##fileformat=VCFv4.1
##FILTER=<ID=GOF,Description="Variant fails goodness-of-fit test.">
##FILTER=<ID=HapScore,Description="Too many haplotypes are supported by the data in this region.">
##FILTER=<ID=MQ,Description="Root-mean-square mapping quality across calling region is low.">
##FILTER=<ID=Q20,Description="Variant quality is below 20.">
##FILTER=<ID=QD,Description="Variants fail quality/depth filter.">
##FILTER=<ID=QualDepth,Description="Variant quality/Read depth ratio is low.">
##FILTER=<ID=REFCALL,Description="This line represents a homozygous reference call">
##FILTER=<ID=SC,Description="Variants fail sequence-context filter. Surrounding sequence is low-complexity">
##FILTER=<ID=alleleBias,Description="Variant frequency is lower than expected for het">
##FILTER=<ID=badReads,Description="Variant supported only by reads with low quality bases close to variant position, and not present on both strands.">
##FILTER=<ID=hp10,Description="Flanking sequence contains homopolymer of length 10 or greater">
##FILTER=<ID=strandBias,Description="Variant fails strand-bias filter">
##FORMAT=<ID=AD,Number=.,Type=Integer,Description="Allelic depths for the ref and alt alleles in the order listed">
##FORMAT=<ID=AF,Number=A,Type=Float,Description="Allelic frequency for the alt alleles in the order listed">
##FORMAT=<ID=DP,Number=1,Type=Integer,Description="Read depth">
##FORMAT=<ID=GT,Number=1,Type=String,Description="Genotype">
##GATKCommandLine.CombineVariants=<ID=CombineVariants,Version=3.4-0-g7e26428,Date="Thu Jul 01 21:22:50 EDT 2021",Epoch=1625188970148,CommandLineOptions="analysis_type=CombineVariants input_file=[] showFullBamList=false read_buffer_size=null phone_home=AWS gatk_key=null tag=NA read_filter=[] disable_read_filter=[] intervals=null excludeIntervals=null interval_set_rule=UNION interval_merging=ALL interval_padding=0 reference_sequence=/data/MoCha/patidarr/ref/ucsc.hg19.fasta nonDeterministicRandomSeed=false disableDithering=false maxRuntime=-1 maxRuntimeUnits=MINUTES downsampling_type=BY_SAMPLE downsample_to_fraction=null downsample_to_coverage=10000 baq=OFF baqGapOpenPenalty=40.0 refactor_NDN_cigar_string=false fix_misencoded_quality_scores=false allow_potentially_misencoded_quality_scores=false useOriginalQualities=false defaultBaseQualities=-1 performanceLog=null BQSR=null quantize_quals=0 disable_indel_quals=false emit_original_quals=false preserve_qscores_less_than=6 globalQScorePrior=-1.0 validation_strictness=SILENT remove_program_records=false keep_program_records=false sample_rename_mapping_file=null unsafe=null disable_auto_index_creation_and_locking_when_reading_rods=false no_cmdline_in_header=false sites_only=false never_trim_vcf_format_field=false bcf=false bam_compression=null simplifyBAM=false disable_bam_indexing=false generate_md5=false num_threads=2 num_cpu_threads_per_data_thread=1 num_io_threads=0 monitorThreadEfficiency=false num_bam_file_handles=null read_group_black_list=null pedigree=[] pedigreeString=[] pedigreeValidationType=STRICT allow_intervals_with_unindexed_bam=false generateShadowBCF=false variant_index_type=DYNAMIC_SEEK variant_index_parameter=-1 logging_level=INFO log_to_file=null help=false version=false variant=[(RodBindingCollection [(RodBinding name=HC source=/lscratch/18310821//HC.vcf)]), (RodBindingCollection [(RodBinding name=Platypus source=/lscratch/18310821//PL.vcf)])] out=/gpfs/gsfs6/users/MoCha/processedDATA/242566/20170910/242566~281-R~J2-PDC~WES/calls/242566~281-R~J2-PDC~WES.merged.vcf genotypemergeoption=PRIORITIZE filteredrecordsmergetype=KEEP_IF_ANY_UNFILTERED multipleallelesmergetype=BY_TYPE rod_priority_list=HC,Platypus printComplexMerges=false filteredAreUncalled=false minimalVCF=false excludeNonVariants=false setKey=set assumeIdenticalSamples=false minimumN=1 suppressCommandLineHeader=false mergeInfoWithMaxAC=false filter_reads_with_N_cigar=false filter_mismatching_base_and_quals=false filter_bases_not_stored=false">
##INFO=<ID=AC,Number=A,Type=Integer,Description="Allele count in genotypes, for each ALT allele, in the same order as listed">
##INFO=<ID=AF,Number=A,Type=Float,Description="Allele Frequency, for each ALT allele, in the same order as listed">
##INFO=<ID=AF,Number=A,Type=Float,Description="Allele frequency, for each ALT allele, in the same order as listed">
##INFO=<ID=ALERT,Number=0,Type=Flag,Description="Variant is adjacent to other variants, but case was too complex for joinAdjacentSNPs to handle. Please review.">
##INFO=<ID=AN,Number=1,Type=Integer,Description="Total number of alleles in called genotypes">
##INFO=<ID=BRF,Number=1,Type=Float,Description="Fraction of reads around this variant that failed filters">
##INFO=<ID=BaseQRankSum,Number=1,Type=Float,Description="Z-score from Wilcoxon rank sum test of Alt Vs. Ref base qualities">
##INFO=<ID=ClippingRankSum,Number=1,Type=Float,Description="Z-score From Wilcoxon rank sum test of Alt vs. Ref number of hard clipped bases">
##INFO=<ID=DB,Number=0,Type=Flag,Description="dbSNP membership">
##INFO=<ID=DP,Number=1,Type=Integer,Description="Combined depth across samples">
##INFO=<ID=END,Number=1,Type=Integer,Description="Stop position of the interval">
##INFO=<ID=ExcessHet,Number=1,Type=Float,Description="Phred-scaled p-value for exact test of excess heterozygosity">
##INFO=<ID=FR,Number=.,Type=Float,Description="Estimated population frequency of variant">
##INFO=<ID=FS,Number=.,Type=Float,Description="Fisher's exact test for strand bias (Phred scale)">
##INFO=<ID=HP,Number=1,Type=Integer,Description="Homopolymer run length around variant locus">
##INFO=<ID=HapScore,Number=.,Type=Integer,Description="Haplotype score measuring the number of haplotypes the variant is segregating into in a window">
##INFO=<ID=InbreedingCoeff,Number=1,Type=Float,Description="Inbreeding coefficient as estimated from the genotype likelihoods per-sample when compared against the Hardy-Weinberg expectation">
##INFO=<ID=JOINED,Number=0,Type=Flag,Description="Variant is the result of joining adjacent SNPs/MNPs. Please use caution when interpreting sample-specific values.">
##INFO=<ID=MGOF,Number=.,Type=Integer,Description="Worst goodness-of-fit value reported across all samples">
##INFO=<ID=MLEAC,Number=A,Type=Integer,Description="Maximum likelihood expectation (MLE) for the allele counts, for each ALT allele, in the same order as listed">
##INFO=<ID=MLEAF,Number=A,Type=Float,Description="Maximum likelihood expectation (MLE) for the allele frequency, for each ALT allele, in the same order as listed">
##INFO=<ID=MMLQ,Number=1,Type=Float,Description="Median minimum base quality for bases around variant">
##INFO=<ID=MQ,Number=1,Type=Float,Description="RMS Mapping Quality">
##INFO=<ID=MQRankSum,Number=1,Type=Float,Description="Z-score From Wilcoxon rank sum test of Alt vs. Ref read mapping qualities">
##INFO=<ID=NF,Number=.,Type=Integer,Description="Total number of forward reads containing this variant">
##INFO=<ID=NR,Number=.,Type=Integer,Description="Total number of reverse reads containing this variant">
##INFO=<ID=PP,Number=.,Type=Float,Description="Posterior probability (phred scaled) that this variant segregates">
##INFO=<ID=QD,Number=1,Type=Float,Description="Variant-quality/read-depth for this variant">
##INFO=<ID=ReadPosRankSum,Number=.,Type=Float,Description="Mann-Whitney Rank sum test for difference between in positions of variants in reads from ref and alt">
##INFO=<ID=SC,Number=1,Type=String,Description="Genomic sequence 10 bases either side of variant position">
##INFO=<ID=SOR,Number=1,Type=Float,Description="Symmetric Odds Ratio of 2x2 contingency table to detect strand bias">
##INFO=<ID=START,Number=.,Type=Integer,Description="Start position of reference call block">
##INFO=<ID=SbPval,Number=.,Type=Float,Description="Binomial P-value for strand bias test">
##INFO=<ID=Size,Number=.,Type=Integer,Description="Size of reference call block">
##INFO=<ID=Source,Number=.,Type=String,Description="Was this variant suggested by Playtypus, Assembler, or from a VCF?">
##INFO=<ID=TC,Number=1,Type=Integer,Description="Total coverage at this locus">
##INFO=<ID=TCF,Number=1,Type=Integer,Description="Total forward strand coverage at this locus">
##INFO=<ID=TCR,Number=1,Type=Integer,Description="Total reverse strand coverage at this locus">
##INFO=<ID=TR,Number=.,Type=Integer,Description="Total number of reads containing this variant">
##INFO=<ID=WE,Number=1,Type=Integer,Description="End position of calling window">
##INFO=<ID=WS,Number=1,Type=Integer,Description="Starting position of calling window">
##INFO=<ID=set,Number=1,Type=String,Description="Source VCF for the merged record in CombineVariants">
##SentieonCommandLine.Haplotyper=<ID=Haplotyper,Version="sentieon-genomics-201711",Date="2021-07-02T01:11:43Z",CommandLine="/data/MoCha/patidarr/sentieon/sentieon-genomics-201711/libexec/driver --temp_dir /lscratch/18310723// -t 26 -r /data/MoCha/patidarr/ref/ucsc.hg19.fasta -i 242566/20170910/242566~281-R~J2-PDC~WES/242566~281-R~J2-PDC~WES.bwa.final.bam --interval /data/MoCha/patidarr/ref/design/Sureselect.v5.refseq.ensembl.noUTR.notfound.targetbp.hg19.bed --algo Haplotyper -d /data/MoCha/patidarr/ref/dbsnp_138.hg19.vcf --min_base_qual 20 --min_map_qual 30 /lscratch/18310723//242566~281-R~J2-PDC~WES.HC_DNASeq.raw.vcf">
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##fileDate=2021-07-01
##joinAdjacentSNPs_command=/data/MoCha/patidarr/ngs_pipeline/scripts/joinAdjacentSNPs.py -v 242566/20170910/242566~281-R~J2-PDC~WES/calls/242566~281-R~J2-PDC~WES.HC_DNASeq.raw.vcf -o /lscratch/18310821//HC.vcf.tmp 1 242566/20170910/242566~281-R~J2-PDC~WES/242566~281-R~J2-PDC~WES.bwa.final.bam /data/MoCha/patidarr/ref/ucsc.hg19.2bit
##platypusOptions={'assemblyRegionSize': 1500, 'trimReadFlank': 0, 'assembleBadReads': 1, 'bamFiles': ['242566/20170910/242566~281-R~J2-PDC~WES/242566~281-R~J2-PDC~WES.bam'], 'minVarDist': 9, 'trimSoftClipped': 1, 'minReads': 2, 'qualBinSize': 1, 'refFile': '/data/MoCha/patidarr/ref/ucsc.hg19.fasta', 'maxHaplotypes': 50, 'filterVarsByCoverage': 1, 'maxSize': 1500, 'originalMaxHaplotypes': 50, 'skipDifficultWindows': 0, 'parseNCBI': 0, 'skipRegionsFile': None, 'noCycles': 0, 'trimAdapter': 1, 'minPosterior': 5, 'assembleAll': 1, 'trimOverlapping': 1, 'filterDuplicates': 1, 'abThreshold': 0.001, 'minFlank': 10, 'bufferSize': 1000000, 'fileCaching': 0, 'useEMLikelihoods': 0, 'coverageSamplingLevel': 30, 'calculateFlankScore': 0, 'logFileName': 'log/platypus.242566.20170910.242566~281-R~J2-PDC~WES', 'nCPU': 32, 'filterReadsWithUnmappedMates': 1, 'qdThreshold': 10, 'maxVariants': 8, 'scThreshold': 0.95, 'filterReadsWithDistantMates': 1, 'maxReads': 100000000.0, 'badReadsWindow': 11, 'genIndels': 1, 'largeWindows': 0, 'minMapQual': 20, 'maxVarDist': 15, 'maxGOF': 30, 'rlen': 150, 'minGoodQualBases': 20, 'refCallBlockSize': 1000, 'countOnlyExactIndelMatches': 0, 'longHaps': 0, 'HLATyping': 0, 'filterReadPairsWithSmallInserts': 1, 'minBaseQual': 20, 'getVariantsFromBAMs': 1, 'genSNPs': 1, 'assemble': 0, 'assemblerKmerSize': 15, 'minVarFreq': 0.05, 'alignScoreFile': '', 'verbosity': 2, 'sourceFile': None, 'compressReads': 0, 'rmsmqThreshold': 40, 'filteredReadsFrac': 0.7, 'outputRefCalls': 0, 'badReadsThreshold': 15, 'hapScoreThreshold': 4, 'regions': ['/data/MoCha/patidarr/ref/design/Sureselect.v5.refseq.ensembl.noUTR.notfound.targetbp.hg19.bed'], 'sbThreshold': 0.001, 'output': '242566/20170910/242566~281-R~J2-PDC~WES/calls/242566~281-R~J2-PDC~WES.Platypus.raw.vcf', 'assembleBrokenPairs': 0, 'mergeClusteredVariants': 1, 'maxGenotypes': 1275, 'nInd': 1}
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chr1	762273	rs3115849	G	A	4363.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.865;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=469;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.419;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=-15.977;NF=50;NR=119;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.209;SC=CTGCCAAGGAGGAGCCCGCTT;SOR=0.994;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=351;TCF=115;TCR=236;TR=169;WE=762281;WS=762263;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:254,202:0.44:456
chr1	762589	rs71507461	G	C	211.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.431;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=2.808;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.57;MQRankSum=0.894;QD=21.18;ReadPosRankSum=1.431;SOR=1.108;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,6:0.60:10
chr1	762592	rs71507462	C	G	211.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.637;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=2.808;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.57;MQRankSum=0.894;QD=21.18;ReadPosRankSum=1.431;SOR=1.108;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,6:0.60:10
chr1	762601	rs71507463	T	C	205.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=2.463;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.97;MQRankSum=0.275;QD=18.71;ReadPosRankSum=1.248;SOR=1.206;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,6:0.55:11
chr1	762632	rs61768173	T	A	80.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.022;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=39;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.566;NF=3;NR=3;PP=52;ReadPosRankSum=-0.921;SC=AGAACTAGGGTGGAAGGGCCG;SOR=0.799;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=9;TCF=3;TCR=6;TR=6;WE=762640;WS=762622;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,5:0.62:8
chr1	782981	rs6594026	C	T	574.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.642;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.105;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-2.549;NF=17;NR=6;PP=298;ReadPosRankSum=-2.105;SC=TAAGACAGGGCGTTGTGAAGA;SOR=0.437;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=44;TCF=33;TCR=11;TR=23;WE=782989;WS=782971;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,28:0.50:56
chr1	792263	rs1044922	A	G	1190.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=50.37;QD=26.46;SOR=1.154;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr1	792480	rs2905036	C	T	3820.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=44;NR=61;PP=1937;SC=TTGTGTTCAACATATTTCATT;SOR=0.937;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=105;TCF=44;TCR=61;TR=105;WE=792488;WS=792470;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,144:1.00:144
chr1	866319	rs9988021	G	A	2054.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=37;NR=21;PP=1252;SC=GTGGCCCAGCGGGGCACTGAC;SOR=1.288;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=58;TCF=37;TCR=21;TR=58;WE=866327;WS=866309;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr1	866511	.	C	CCCCT	2348.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.953;ClippingRankSum=0.000;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.317;NF=0;NR=45;PP=2447;ReadPosRankSum=1.052;SC=GGCCGTGACTCCCCTCCCTCC;SOR=6.666;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=57;TCF=1;TCR=56;TR=45;WE=866519;WS=866501;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,55:0.98:56
chr1	871334	rs4072383	G	T	2759.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=65;PP=1861;SC=GAGGACGGTGGCGTCTCCACT;SOR=3.044;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=73;TCF=8;TCR=65;TR=73;WE=871342;WS=871324;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr1	874864	.	CT	C	721	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;FR=0.5000;HP=2;HapScore=1;MGOF=23;MMLQ=26;MQ=59.06;NF=2;NR=23;PP=721;QD=30.24;SC=CTGGCATGATCTCCCCTCATC;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=77;TCF=4;TCR=73;TR=25;WE=874872;WS=874854;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:52,25:0.32:77
chr1	876499	rs4372192	A	G	1656.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.61;BaseQRankSum=-1.711;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.898;HP=6;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=12;PP=690;ReadPosRankSum=-0.088;SC=AGCCGGGGGGATCACTGCTGT;SOR=0.201;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=38;TCF=26;TCR=12;TR=36;WE=876507;WS=876488;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,68:0.97:70
chr1	877715	rs6605066	C	G	773.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=10;PP=331;SC=CGAGACGGACCGGGTAGGGGA;SOR=0.997;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=7;TCR=10;TR=17;WE=877723;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr1	877831	rs6672356	T	C	763.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.34;SOR=0.906;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr1	879676	rs6605067	G	A	1415.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=9;NR=36;PP=1035;SC=TCAAAGGAAAGGAACAAATTT;SOR=2.448;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=45;TCF=9;TCR=36;TR=45;WE=879695;WS=879666;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr1	879687	rs2839	T	C	1182.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=33;PP=934;SC=GAACAAATTTTCAAAGACTTG;SOR=2.891;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=39;TCF=6;TCR=33;TR=39;WE=879695;WS=879666;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr1	880238	rs3748592	A	G	9122.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=328;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=149;NR=70;PP=2965;SC=AGCCAGCCTTAGAGGTTACTC;SOR=1.393;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=220;TCF=149;TCR=71;TR=219;WE=880246;WS=880228;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,324:1.00:324
chr1	881627	rs2272757	G	A	4830.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=63;NR=39;PP=2005;SC=TACAAGGTCAGGGGTGTCCCC;SOR=1.030;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=103;TCF=64;TCR=39;TR=102;WE=881635;WS=881617;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,183:1.00:183
chr1	883625	rs4970378	A	G	3963.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=42;NR=43;PP=1454;SC=GAAGAGCAGGAGAGAGGGCCG;SOR=0.693;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=85;TCF=42;TCR=43;TR=85;WE=883633;WS=883615;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,152:1.00:152
chr1	884091	.	C	G	2962	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.67;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MMLQ=28;MQ=59.99;NF=9;NR=62;PP=2962;QD=20;SC=CACCTGGCTGCACCCTGGTCA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=213;TCF=68;TCR=145;TR=71;WE=884109;WS=884081;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:142,71:0.33:213
chr1	884091	.	C	CACCCTGGTCCCCCTGGTCCCTTTGGCCCTGCACCTGGCTGG	9682.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=340;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=33.97;SOR=1.041;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:4,281:0.99:285
chr1	884101	.	A	C	2962	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.67;FR=0.5000;HP=4;HapScore=2;MGOF=6;MMLQ=25;MQ=59.99;NF=43;NR=66;PP=2962;QD=20;SC=CACCCTGGTCACCCTGGTCCT;SbPval=0.09;Source=Platypus;TC=182;TCF=53;TCR=129;TR=109;WE=884109;WS=884081;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:73,109:0.60:182
chr1	886788	rs10465242	G	A	11222.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=409;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=87;NR=211;PP=2965;SC=TGGGGCTGCAGGTACCTTACC;SOR=1.669;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=301;TCF=89;TCR=212;TR=298;WE=886796;WS=886778;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,404:1.00:404
chr1	886817	rs10465241	C	T	6401.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=41;NR=152;PP=2965;SC=AGCTTTATTTCAACACGGTGG;SOR=2.388;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=193;TCF=41;TCR=152;TR=193;WE=886825;WS=886807;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,226:1.00:226
chr1	887560	rs3748595	A	C	14016.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=527;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=146;NR=180;PP=2965;SC=CCAGGCTGACAAGTCAGGCTG;SOR=0.840;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=326;TCF=146;TCR=180;TR=326;WE=887568;WS=887550;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,522:1.00:522
chr1	887801	rs3828047	A	G	5776.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=79;NR=44;PP=2965;SC=CCTTCTTGCGAGTGGTCATGG;SOR=1.179;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=123;TCF=79;TCR=44;TR=123;WE=887809;WS=887791;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,203:1.00:203
chr1	888639	rs3748596	T	C	18386.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=684;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=204;NR=181;PP=2965;SC=GCAGAGACTCTTCCCCAGTGC;SOR=0.781;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=386;TCF=205;TCR=181;TR=385;WE=888647;WS=888629;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,683:1.00:683
chr1	888659	rs3748597	T	C	18679.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=708;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=188;NR=205;PP=2965;SC=CTCCATACGATCACCATTCTC;SOR=0.736;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=394;TCF=189;TCR=205;TR=393;WE=888667;WS=888649;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,707:1.00:707
chr1	889158	rs13303056	GA	CC	3054.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=44;NR=11;PP=2531;SC=ACTGGGCCACGAACCTTGAGC;SOR=2.517;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=59;TCF=48;TCR=11;TR=55;WE=889167;WS=889148;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr1	889638	rs13303206	G	C	1865.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=11;NR=40;PP=1228;SC=AGGGGCTTAGGAGGACCCTCT;SOR=2.303;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=52;TCF=11;TCR=41;TR=51;WE=889646;WS=889628;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr1	892745	rs13303227	G	A	2250.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=18;NR=30;PP=861;SC=CTTCACAAGGGTTACCAACTA;SOR=1.030;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=48;TCF=18;TCR=30;TR=48;WE=892753;WS=892735;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr1	894573	rs13303010	G	A	14625.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=2.088;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=538;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=140;NR=224;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.313;SC=AGGCCAAATCGGCCCTCGGAC;SOR=0.804;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=369;TCF=145;TCR=224;TR=364;WE=894581;WS=894563;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,528:1.00:529
chr1	897325	rs4970441	G	C	24560.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=901;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=266;NR=274;PP=2965;SC=TTGCCGATGCGCACTCCTGCA;SOR=0.695;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=544;TCF=268;TCR=276;TR=540;WE=897333;WS=897315;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,887:1.00:887
chr1	897564	rs13303229	T	C	26837.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=1016;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=293;NR=317;PP=2965;SC=CCGAGACCTTTCTGGATCTGG;SOR=0.751;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=611;TCF=294;TCR=317;TR=610;WE=897572;WS=897554;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,986:1.00:986
chr1	898323	rs6605071	T	C	11747.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=429;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=145;NR=116;PP=2965;SC=CGTTTCCCTCTTGCCCTGTGC;SOR=0.833;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=261;TCF=145;TCR=116;TR=261;WE=898331;WS=898313;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,424:1.00:424
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chr1	899942	rs71509448	G	A	2119.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=38.54;SOR=0.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr1	899989	rs6669071	A	C	466.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.43;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr1	900285	rs4970435	CA	TG	6498.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=94;NR=19;PP=2947;SC=TTTTGTGGTGCAGCCCCTCCC;SOR=2.544;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=118;TCF=96;TCR=22;TR=113;WE=900294;WS=900275;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,144:1.00:144
chr1	906272	rs28507236	A	C	10029.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=372;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=110;NR=111;PP=2965;SC=CACTGCCCGCACCCCTCCTGG;SOR=0.699;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=221;TCF=110;TCR=111;TR=221;WE=906280;WS=906262;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,365:1.00:365
chr1	907609	rs79890672	T	C	6439.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=1.437;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=673;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.102;HP=2;HapScore=4;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=103;NR=111;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.098;SC=CCCGACTCTTTAGTGGGGGCG;SOR=0.611;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=461;TCF=214;TCR=247;TR=214;WE=907639;WS=907599;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:346,318:0.48:664
chr1	907622	rs59928984	G	C	6695.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.038;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=705;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=4;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=93;NR=121;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.611;SC=TGGGGGCGCTGAGGGGTGCAC;SOR=0.684;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=452;TCF=199;TCR=253;TR=214;WE=907639;WS=907599;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:367,330:0.47:697
chr1	908170	rs28542142	C	G	591.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=4.992;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=0;PP=285;ReadPosRankSum=0.328;SC=GGGGACAGCACGGTGGGTCCA;SOR=1.118;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=40;TCF=31;TCR=9;TR=15;WE=908178;WS=908160;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,22:0.48:46
chr1	908414	rs28504611	C	T	2151.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.104;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=250;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.536;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=38;PP=1119;ReadPosRankSum=1.282;SC=GGGTGGCAGACGAAAGTGGGG;SOR=0.593;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=146;TCF=70;TCR=76;TR=77;WE=908422;WS=908404;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:131,114:0.47:245
chr1	909073	rs3892467	C	T	2242.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-5.538;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.201;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=61;PP=1420;ReadPosRankSum=0.386;SC=CAGCCTGAGGCTGGGGAGGTC;SOR=0.287;SbPval=0.26;Source=Platypus;TC=152;TCF=31;TCR=121;TR=81;WE=909081;WS=909063;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,97:0.55:176
chr1	909238	rs3829740	G	C	9520.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.77;SOR=0.880;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,208:1.00:208
chr1	909242	rs3829739	A	G	9593.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.01;SOR=0.871;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,218:1.00:218
chr1	909768	rs2340593	A	G	10755.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=405;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=133;NR=133;PP=2965;SC=CTGCCTCCTGAGGTGAGTGCC;SOR=0.718;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=266;TCF=133;TCR=133;TR=266;WE=909776;WS=909758;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,399:1.00:399
chr1	911595	rs7417106	A	G	4414.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=60;NR=44;PP=2002;SC=CCCTTGCCCCACCTGCCGGCG;SOR=0.938;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=104;TCF=60;TCR=44;TR=104;WE=911603;WS=911585;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,171:1.00:171
chr1	912049	.	T	C	2632	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;FR=1.0000;HP=2;HapScore=1;MGOF=24;MMLQ=24;MQ=59.37;NF=46;NR=104;PP=2632;QD=20;SC=CACTCAGAGATGGCCCCGCAC;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=151;TCF=46;TCR=105;TR=150;WE=912057;WS=912039;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:1,150:0.99:151
chr1	912103	.	G	A	1288	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;FR=1.0000;HP=4;HapScore=1;MGOF=54;MMLQ=27;MQ=56.39;NF=0;NR=48;PP=1288;QD=27.5577335947;SC=CACCAACCCCGGGAACCGCCT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=53;TCF=0;TCR=53;TR=48;WE=912111;WS=912093;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:5,48:0.91:53
chr1	912126	.	GC	G	1346	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;FR=1.0000;HP=8;HapScore=1;MGOF=65;MMLQ=24;MQ=54.85;NF=0;NR=32;PP=1346;QD=42.875;SC=CACTCCCCCCGCCAACCCCGG;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=34;TCF=0;TCR=34;TR=32;WE=912134;WS=912116;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:2,32:0.94:34
chr1	914192	rs2340595	G	C	474.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=2;PP=259;SC=GCGGCCCCCTGCTTGGCCAAG;SOR=1.739;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=10;TCR=2;TR=12;WE=914200;WS=914182;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr1	914333	rs13302979	C	G	2876.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=53;NR=25;PP=1693;SC=CCCGCCCCCTCGGAGGCCGAC;SOR=1.390;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=78;TCF=53;TCR=25;TR=78;WE=914341;WS=914323;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr1	914852	rs13303368	G	C	6616.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=100;NR=66;PP=2965;SC=GCTGAGGCCTGTCCTGAGCCT;SOR=1.002;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=167;TCF=100;TCR=67;TR=166;WE=914860;WS=914842;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,227:1.00:227
chr1	914876	rs13302983	T	C	7999.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=300;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=122;NR=86;PP=2965;SC=TTATTGGGGCTGGGCCCAGCC;SOR=0.965;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=210;TCF=123;TCR=87;TR=208;WE=914884;WS=914866;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,296:1.00:296
chr1	914940	rs13303033	T	C	12456.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.349;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=485;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=153;NR=149;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.028;SC=CCAGTGCGGGTGCCCCAGAGC;SOR=0.379;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=304;TCF=155;TCR=149;TR=302;WE=914948;WS=914930;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,478:0.99:481
chr1	915227	rs13303355	A	G	5517.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=69;NR=65;PP=2888;SC=TCCGTGTCCAATTGTGGCTTG;SOR=0.703;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=135;TCF=70;TCR=65;TR=134;WE=915235;WS=915217;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,195:1.00:195
chr1	916549	rs6660139	A	G	9883.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=0.756;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=395;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=134;NR=88;PP=2965;ReadPosRankSum=2.144;SC=GGCTCCATCCATGCCCTGAAA;SOR=1.006;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=222;TCF=134;TCR=88;TR=222;WE=916557;WS=916539;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,385:0.99:387
chr1	935222	rs2298214	C	A	3242.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=17;NR=59;PP=1628;SC=CGGTCGCCCCCCTCACGCCCG;SOR=1.708;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=76;TCF=17;TCR=59;TR=76;WE=935230;WS=935212;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr1	948846	rs3841266	T	TA	2879.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=23;NR=13;PP=1634;SC=GCCTCAGGCTTATAATAGGGC;SOR=1.875;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=36;TCF=23;TCR=13;TR=36;WE=948854;WS=948836;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr1	948870	rs4615788	C	G	3627.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=35;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=47;NR=21;PP=1192;SC=TGCTGCCTGCCGAAGCCGGCG;SOR=1.464;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=68;TCF=47;TCR=21;TR=68;WE=948878;WS=948860;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr1	948921	rs15842	T	C	4538.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=64;NR=37;PP=1947;SC=TACAGGAGCTTGTGCCGTGGC;SOR=1.053;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=103;TCF=65;TCR=38;TR=101;WE=948929;WS=948911;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,166:1.00:166
chr1	949654	rs8997	A	G	13493.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=503;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=134;NR=144;PP=2965;SC=CCTACGAGGTACGGCTGACGC;SOR=0.743;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=278;TCF=134;TCR=144;TR=278;WE=949662;WS=949644;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,492:1.00:492
chr1	949925	rs2799070	C	T	2858.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=19;NR=49;PP=1502;SC=GAGAAATGGCCGCCTCTGTGT;SOR=1.477;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=69;TCF=19;TCR=50;TR=68;WE=949933;WS=949915;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr1	970549	rs70949545	TGG	T,TG	1006.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-0.380;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=15;HapScore=3;MGOF=9;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=32,32;NR=0,0;PP=451,38;ReadPosRankSum=-0.569;SC=GGGCTAGCGGTGGGGGGGGGG;SOR=4.758;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=40;TCF=40;TCR=0;TR=32,32;WE=970559;WS=970539;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.36,0.58:45
chr1	976481	.	CGGAGCGGGGCG	C	2987	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;FR=1.0000;HP=8;HapScore=1;MGOF=26;MMLQ=22;MQ=56.58;NF=9;NR=1;PP=2987;QD=20;SC=GCCTGGGGGGCGGAGCGGGGC;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=11;TCF=10;TCR=1;TR=10;WE=976499;WS=976471;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:1,10:0.91:11
chr1	976514	rs79290478	C	A	1227.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=21.17;SOR=3.767;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr1	977330	rs2799066	T	C	3648.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=53;NR=33;PP=1671;SC=CACCCCTGCGTCCTAGACCAG;SOR=1.006;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=86;TCF=53;TCR=33;TR=86;WE=977338;WS=977320;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,137:1.00:137
chr1	977570	rs2710876	G	A	3914.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.729;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=63;PP=2001;ReadPosRankSum=-0.525;SC=GAGGCCAGGCGGGGTGGGCTG;SOR=0.552;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=93;TCF=29;TCR=64;TR=92;WE=977578;WS=977560;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,142:0.99:143
chr1	978603	rs35881187	CCT	C	8170.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.171;NF=35;NR=53;PP=2966;SC=CCACTGAGCCCCTGTGTCCTT;SOR=0.326;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=91;TCF=37;TCR=54;TR=88;WE=978612;WS=978593;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,184:0.99:185
chr1	981087	rs3128098	A	G	17481.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=650;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=187;NR=214;PP=2965;SC=TGCGGACATCACGTTCCTCCC;SOR=0.797;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=401;TCF=187;TCR=214;TR=401;WE=981095;WS=981077;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,644:1.00:644
chr1	981931	rs2465128	A	G	14783.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=0.720;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=598;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=134;NR=229;PP=2965;ReadPosRankSum=0.426;SC=CGCCCTCATCACGACCTCGGA;SOR=1.399;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=368;TCF=137;TCR=231;TR=363;WE=981939;WS=981921;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,583:0.99:587
chr1	982941	rs3128102	T	C	16744.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.922;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=636;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=191;NR=190;PP=2965;ReadPosRankSum=0.020;SC=CCTTGCCTACTCCCTGCCACA;SOR=0.546;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=388;TCF=195;TCR=193;TR=381;WE=982949;WS=982931;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:9,623:0.99:632
chr1	982994	rs10267	T	C	16236.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=2.021;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=611;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=177;NR=193;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.710;SC=AGAAGGATTTTCGGAGTGTCC;SOR=0.777;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=377;TCF=181;TCR=196;TR=370;WE=983002;WS=982984;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:10,596:0.98:606
chr1	984147	rs199866572	CAAAAAAAAAAA	C	413.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.62;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5016;FS=0.000;HP=20;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=2;PP=872;SC=AACTCCGTCTCAAAAAAAAAA;SOR=1.179;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=2;TCR=2;TR=4;WE=984180;WS=984137;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr1	984171	rs140904842	CAG	C	542.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.62;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=3;PP=245;SC=AAAAAAAAAGCAGGGGGCGGT;SOR=1.179;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=6;TCF=3;TCR=3;TR=6;WE=984180;WS=984137;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr1	984302	rs9442391	T	C	1722.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=20;NR=19;PP=682;SC=CCTTCCCCACTCTCCGCGCCT;SOR=0.722;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=39;TCF=20;TCR=19;TR=39;WE=984310;WS=984292;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr1	984494	rs60881902	GC	G	479.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.9999;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=9;NR=0;PP=284;SC=GAGGGGACGGGCGGGGGAGGG;SOR=5.549;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=11;TCR=0;TR=9;WE=984503;WS=984484;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr1	985266	rs2275813	C	T	11978.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-0.569;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=468;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=142;NR=123;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.879;SC=GTCCCGGTCCCGTCTTCCTCC;SOR=0.416;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=270;TCF=145;TCR=125;TR=265;WE=985274;WS=985256;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,457:0.99:460
chr1	985443	rs374942603	AG	A	457.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.781;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.34;ReadPosRankSum=2.974;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,15:0.31:49
chr1	985446	rs2275812	G	T	1087.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.179;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=2.721;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.42;ReadPosRankSum=-1.033;SOR=1.323;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,35:0.62:56
chr1	985449	rs2799067	G	A	1056.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-2.167;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=2.823;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.94;ReadPosRankSum=-1.093;SOR=1.247;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,33:0.62:53
chr1	985450	.	G	A	491.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-1.770;ClippingRankSum=0.000;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.84;ReadPosRankSum=2.316;SOR=0.524;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,17:0.34:50
chr1	985460	rs2275811	T	C	736.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.005;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=7.393;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.17;ReadPosRankSum=0.701;SOR=0.154;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,23:0.44:52
chr1	986443	rs2710887	C	T	15306.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.169;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=575;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=174;NR=163;PP=2965;ReadPosRankSum=-2.282;SC=GCCTCTCATCCGCTCACCGTC;SOR=0.528;Source=Platypus;TCF=176;TR=337;WE=986451;WS=986433;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:5,564:0.99:569
chr1	987200	rs9803031	C	T	6850.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.530;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=251;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=5.819;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=96;NR=65;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.107;SC=CGAGAGGTAACGTGCCATCCT;SOR=0.100;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=164;TCF=99;TCR=65;TR=161;WE=987208;WS=987190;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,246:0.99:249
chr1	988932	rs2710871	G	C	5291.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=53;NR=68;PP=2517;SC=CCTCCCGCCCGTCTCTCTGAT;SOR=0.919;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=121;TCF=53;TCR=68;TR=121;WE=988940;WS=988922;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,194:1.00:194
chr1	990280	rs4275402	C	T	1834.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.62;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=16;NR=17;PP=684;SC=GCTTGCGGGACGTGGTGGTGG;SOR=0.693;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=33;TCF=16;TCR=17;TR=33;WE=990288;WS=990270;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr1	990517	rs2710872	C	T	515.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=14;PP=388;SC=GACCTAGTGCCGAGGGATGGA;SOR=2.303;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=4;TCR=14;TR=18;WE=990525;WS=990507;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr1	1007203	rs4633229	A	G	1748.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.76;SOR=2.658;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr1	1007222	rs71628928	G	T	1078.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.071;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FS=11.318;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.40;ReadPosRankSum=0.858;SOR=0.141;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,57:0.66:87
chr1	1007432	rs4333796	G	A	2219.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.139;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=241;ExcessHet=3.0103;FS=0.989;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.33;ReadPosRankSum=0.925;SOR=0.766;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:126,112:0.47:238
chr1	1018144	rs9442395	T	C	1784.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.784;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.575;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=29;PP=1148;ReadPosRankSum=-0.891;SC=GCGGAGGGACTCAGAGCCGAG;SOR=0.777;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=131;TCF=72;TCR=59;TR=65;WE=1018152;WS=1018134;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,80:0.48:165
chr1	1019175	rs2298215	C	G	2450.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=37.13;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr1	1019175	.	CAGACT	GAGACC,GAGACT	633	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.32;FR=0.5000,0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MMLQ=28;MQ=60.0;NF=20,45;NR=2,12;PP=378,633;QD=19.6121761301;SC=GCCCCCATGACAGACTTCTGC;SbPval=0.95;Source=Platypus;TC=57;TCF=45;TCR=12;TR=22,57;WE=1019188;WS=1019165;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.39:57
chr1	1019180	rs9442396	T	C	655.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.029;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FS=5.256;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.86;ReadPosRankSum=0.230;SOR=1.383;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:44,30:0.41:74
chr1	1021346	rs10907177	A	G	3589.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.097;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=318;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.854;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=54;PP=1608;ReadPosRankSum=2.900;SC=GGCCGGAGCTAATGAAGAACG;SOR=0.631;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=192;TCF=90;TCR=102;TR=104;WE=1021354;WS=1021336;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:144,172:0.54:316
chr1	1021415	rs3737728	A	G	1253.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-0.361;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.771;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=37;PP=831;ReadPosRankSum=-0.436;SC=ACCGCTGAGCAGACGGGCAGG;SOR=0.867;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=101;TCF=28;TCR=73;TR=50;WE=1021423;WS=1021405;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,56:0.50:112
chr1	1023145	rs3737727	G	A	719.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.629;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=17;PP=438;ReadPosRankSum=0.497;SC=GGAGCATGGCGGGGCCGTGAG;SOR=0.720;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=36;TCF=9;TCR=27;TR=23;WE=1023153;WS=1023135;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,30:0.60:50
chr1	1026707	rs4074137	C	A	3211.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=57;NR=31;PP=1690;SC=CCCCTCTGACCCCAGCAGTGG;SOR=1.266;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=88;TCF=57;TCR=31;TR=88;WE=1026715;WS=1026697;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr1	1026801	rs4562563	T	A	2964.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.343;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.118;HP=5;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=37;PP=1241;ReadPosRankSum=0.759;SC=CCCACCGCCCTCCACAGAGGC;SOR=0.516;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=131;TCF=72;TCR=59;TR=78;WE=1026809;WS=1026791;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,137:0.63:219
chr1	1078583	rs12737205	C	T	1566.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-3.420;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.341;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=25;PP=469;ReadPosRankSum=0.183;SC=GTGGTCTTTGCTTTTCTCCCA;SOR=0.545;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=83;TCF=29;TCR=54;TR=40;WE=1078591;WS=1078573;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,77:0.53:144
chr1	1103471	.	C	T	300	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MMLQ=24;MQ=58.12;NF=14;NR=15;PP=300;QD=11.5438349154;SC=GGCGGAGGGCCGAGCGGGGCC;SbPval=0.05;Source=Platypus;TC=52;TCF=15;TCR=37;TR=29;WE=1103479;WS=1103461;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:23,29:0.56:52
chr1	1158631	rs6603781	A	G	4717.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=77;NR=53;PP=2311;SC=CACTTTCCTCATCCACTTTGA;SOR=0.990;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=130;TCF=77;TCR=53;TR=130;WE=1158639;WS=1158621;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,182:1.00:182
chr1	1196863	rs6659787	T	C	1638.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=8;NR=36;PP=1227;SC=GTTGGGGGAGTAGCTCATCTC;SOR=2.259;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=44;TCF=8;TCR=36;TR=44;WE=1196871;WS=1196853;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr1	1226924	rs371264004	T	G	2858.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=2.832;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=309;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.071;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=64;PP=1679;ReadPosRankSum=0.737;SC=TTCCAGGGGTTCTGGCGGGAG;SOR=0.999;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=203;TCF=82;TCR=121;TR=98;WE=1226932;WS=1226914;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:168,136:0.45:304
chr1	1229111	.	A	ACGCCCCTGCCCTGGAGGCCC	1054.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=3;NR=3;PP=1577;SC=ACAGCGTGAGACGCCCCTGCC;SOR=0.793;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=25;TCF=8;TCR=17;TR=6;WE=1229119;WS=1229101;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr1	1229680	rs2477781	G	T	12246.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=2.665;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=458;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NR=159;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.057;SC=GGGACCGAACGTGGTCCCCAC;SOR=0.271;SbPval=0.58;Source=Platypus;TCR=163;WE=1229688;WS=1229670;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,438:1.00:440
chr1	1231001	rs74810910	G	A	2929.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.568;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=56;PP=1706;ReadPosRankSum=1.057;SC=CCCAGGTCACGCCGGGAGTCT;SOR=1.138;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=96;TCF=38;TCR=58;TR=92;WE=1231009;WS=1230991;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,111:0.97:115
chr1	1239339	rs11260584	T	G	4905.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=121;NR=21;PP=2941;SC=GACCAGGACCTGGAGCACCAC;SOR=2.732;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=143;TCF=121;TCR=22;TR=142;WE=1239347;WS=1239329;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,180:1.00:180
chr1	1242707	rs2274262	A	G	16358.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.864;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=631;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=180;NR=221;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.744;SC=CACGTTTCCAAGCACCCTACC;SOR=0.313;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=405;TCF=182;TCR=223;TR=401;WE=1242715;WS=1242697;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,615:1.00:616
chr1	1243896	rs61766198	C	T	418.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=115;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=0;PP=353;SC=TGGCGCGGTGCCACCGCGCAG;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=14;TCR=2;TR=14;WE=1243904;WS=1243893;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr1	1245368	rs11590283	G	A	5204.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=36;NR=101;PP=2965;SC=ACAGCTGGAGGGGATTCGCCC;SOR=1.819;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=137;TCF=36;TCR=101;TR=137;WE=1245376;WS=1245358;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,178:1.00:178
chr1	1246004	rs2296474	A	G	3202.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=42;NR=33;PP=1423;SC=ACAGGTACGTATTTTTCCAGG;SOR=0.945;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=79;TCF=42;TCR=37;TR=75;WE=1246012;WS=1245994;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr1	1247494	rs12103	T	C	1670.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=23;NR=25;PP=1263;SC=CAGAGCCGTCTGGGAGGTGCT;SOR=0.976;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=53;TCF=24;TCR=29;TR=48;WE=1247502;WS=1247484;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr1	1249187	rs12142199	G	A	13086.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.784;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=503;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=146;NR=163;PP=2965;ReadPosRankSum=1.828;SC=TCCTCTGCACGAAAGTCTTGC;SOR=0.782;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=310;TCF=146;TCR=164;TR=309;WE=1249195;WS=1249177;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,491:1.00:493
chr1	1254136	rs4970432	G	A	5821.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.901;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=132;NR=33;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.695;SC=ACCTAATATAGTTTCAAGAAA;SOR=1.225;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=167;TCF=134;TCR=33;TR=165;WE=1254144;WS=1254126;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,199:1.00:200
chr1	1254436	rs1886773	A	G	18371.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.045;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=416;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=44.70;ReadPosRankSum=0.396;SOR=0.973;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,409:1.00:411
chr1	1254443	rs1886772	G	A	18622.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.951;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=435;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=43.31;ReadPosRankSum=0.606;SOR=0.931;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,428:1.00:430
chr1	1254841	rs10907179	C	G	5089.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=48;NR=84;PP=2861;SC=TGTAGATGGGCCCGTCGTAGC;SOR=1.244;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=133;TCF=48;TCR=85;TR=132;WE=1254849;WS=1254831;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,178:1.00:178
chr1	1260168	rs61766199	C	A	544.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.249;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=8.587;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=20.95;ReadPosRankSum=2.432;SOR=1.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,24:0.92:26
chr1	1262591	rs2296472	C	T	10599.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=411;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=158;NR=99;PP=2965;SC=CAGGCCTGGGCGAGGACTCGA;SOR=1.040;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=258;TCF=159;TCR=99;TR=257;WE=1262599;WS=1262581;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,405:1.00:405
chr1	1262966	rs307349	C	T	13301.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=505;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=165;NR=158;PP=2965;SC=TCGTGCGCCGCGCCGTCACCG;SOR=0.726;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=323;TCF=165;TCR=158;TR=323;WE=1262974;WS=1262956;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,498:1.00:498
chr1	1263144	rs307350	G	A	6271.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=2.119;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=235;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.867;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=92;PP=2965;ReadPosRankSum=1.655;SC=CCTGCCCTAGGGGCGGGAAGC;SOR=0.852;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=146;TCF=53;TCR=93;TR=145;WE=1263152;WS=1263134;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,228:1.00:229
chr1	1268847	rs307378	T	G	20515.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=779;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=215;NR=245;PP=2965;SC=GCCCACAGGGTACAAGACGAA;SOR=0.771;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=460;TCF=215;TCR=245;TR=460;WE=1268855;WS=1268837;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,773:1.00:773
chr1	1269554	rs307377	T	C	11629.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=444;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=162;NR=110;PP=2965;SC=CCAGCCGGGCTGCTACAACCG;SOR=0.974;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=272;TCF=162;TCR=110;TR=272;WE=1269562;WS=1269544;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,441:1.00:441
chr1	1273116	rs307371	A	G	12212.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=468;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=125;NR=144;PP=2965;SC=CCCCATTCACACTGGCTCCTG;SOR=0.787;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=272;TCF=125;TCR=147;TR=269;WE=1273124;WS=1273106;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,467:1.00:467
chr1	1273278	rs307370	A	G	1616.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=28.36;SOR=3.219;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr1	1275264	.	A	ACAGCCGCATGTCCCCCAGCAGCCCCCACAGACCCACCCG	4628.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.799;ClippingRankSum=0.000;DP=260;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.87;MQRankSum=-0.061;QD=34.03;ReadPosRankSum=-0.672;SOR=2.731;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,134:0.99:136
chr1	1275291	.	G	A	2369	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;FR=0.5000;HP=6;HapScore=1;MGOF=24;MMLQ=27;MQ=58.73;NF=10;NR=110;PP=2369;QD=20.0314267712;SC=AGCAGCCCCCGCAGACCCACC;SbPval=0.97;Source=Platypus;TC=159;TCF=25;TCR=134;TR=120;WE=1275299;WS=1275281;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:39,120:0.75:159
chr1	1275329	.	TA	CG	1874	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;FR=0.5000;HP=4;HapScore=1;MGOF=32;MMLQ=24;MQ=58.56;NF=0;NR=38;PP=1874;QD=50.7228388122;SC=CAGCAGCCCCTACAGACCCAC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=82;TCF=17;TCR=65;TR=38;WE=1275338;WS=1275319;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:44,38:0.46:82
chr1	1276973	rs145370195	G	GACAC	29342.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=655;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=100;NR=149;PP=2975;SC=ACCTCATGCAGACACATGCAC;SOR=0.952;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=266;TCF=111;TCR=155;TR=249;WE=1276981;WS=1276963;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,647:1.00:647
chr1	1277533	rs307362	T	C	5666.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=70;NR=100;PP=2639;SC=TGGCCACATTTGGGCTGTGCA;SOR=0.966;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=171;TCF=70;TCR=101;TR=170;WE=1277541;WS=1277523;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,221:1.00:221
chr1	1278237	rs307361	T	C	3439.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=29;NR=82;PP=2031;SC=GCCCACACAATGTCACTCTGT;SOR=1.981;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=111;TCF=29;TCR=82;TR=111;WE=1278245;WS=1278227;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr1	1284490	rs150789461	G	A	2141.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=46;PP=1285;SC=GCCCGGCCCGGGGCTCGGACG;SOR=1.966;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=67;TCF=18;TCR=49;TR=61;WE=1284498;WS=1284480;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr1	1288471	rs3766183	C	T	1811.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=36;NR=10;PP=1002;SC=GGGGAGCTCTCGGTGGCAGGC;SOR=2.001;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=47;TCF=36;TCR=11;TR=46;WE=1288479;WS=1288465;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr1	1288583	rs3845295	C	G	6790.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=267;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=90;NR=67;PP=2849;SC=TCCCAGCCCCCGACGAGCAGA;SOR=0.882;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=158;TCF=91;TCR=67;TR=157;WE=1288591;WS=1288573;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,263:1.00:263
chr1	1288823	rs2296471	A	G	1312.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=13;NR=27;PP=981;SC=AGCCCCTGGGAGAGGGGTGTG;SOR=1.609;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=13;TCR=27;TR=40;WE=1288831;WS=1288813;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr1	1289367	rs140777846	CTG	C	16865.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=389;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=49;NR=116;PP=2957;SC=CAGCCCGGGACTGGGAGCCGC;SOR=0.803;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=170;TCF=52;TCR=118;TR=165;WE=1289376;WS=1289357;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,380:1.00:380
chr1	1289911	rs4970365	G	A	2740.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=16;NR=57;PP=1717;SC=GCGGGGTCGGGGCGGCGTCAG;SOR=2.019;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=75;TCF=18;TCR=57;TR=73;WE=1289919;WS=1289901;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr1	1291159	rs201260508	GA	G	739.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=6;PP=455;SC=GTCGGTGGGGGAAGGGGTGGG;SOR=1.329;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=2;TCR=6;TR=8;WE=1291167;WS=1291149;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr1	1293764	rs34841888	G	C	7490.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.057;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=289;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=120;NR=66;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.637;SC=TCAGATGGGCGGTTTTGTCCG;SOR=0.455;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=187;TCF=121;TCR=66;TR=186;WE=1293772;WS=1293754;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,280:1.00:281
chr1	1296691	rs2765025	C	G	8665.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=325;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=89;NR=149;PP=2965;SC=CGTTTGCTGACCACCTCCTGG;SOR=1.261;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=239;TCF=89;TCR=150;TR=238;WE=1296699;WS=1296681;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,314:1.00:314
chr1	1310074	rs2765035	C	G	6276.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=2.492;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=250;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=76;NR=63;PP=2672;ReadPosRankSum=-0.575;SC=CGCCCCCGCGCGGCTTCCTAC;SOR=0.270;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=139;TCF=76;TCR=63;TR=139;WE=1310082;WS=1310064;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,241:1.00:242
chr1	1323078	rs12729599	A	G	2221.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-0.788;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.224;NF=35;NR=34;PP=1507;ReadPosRankSum=0.856;SC=ACAAGAAACCACCTCAGGGTG;SOR=0.223;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=70;TCF=35;TCR=35;TR=69;WE=1323086;WS=1323068;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,80:0.99:81
chr1	1323143	rs35654872	CCT	C	4937.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=38;NR=35;PP=2950;SC=CTGGGTGCGCCCTGAGGCACA;SOR=1.315;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=76;TCF=38;TCR=38;TR=73;WE=1323152;WS=1323133;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr1	1323945	rs111530797	GTC	G	533.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.866;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=1.019;NF=3;NR=7;PP=437;ReadPosRankSum=-0.543;SC=GTGAGTGTGTGTCTCTCTCTC;SOR=0.892;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=14;TCF=5;TCR=9;TR=10;WE=1323954;WS=1323935;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,20:0.83:24
chr1	1354610	.	C	T	6757.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=1.445;ClippingRankSum=0.000;DP=676;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.445;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=118;NR=106;PP=2962;ReadPosRankSum=2.302;SC=GCTGGCCCCTCGGCTCAGCAG;SOR=0.604;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=436;TCF=212;TCR=224;TR=224;WE=1354618;WS=1354600;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:339,319:0.48:658
chr1	1362834	rs112393080	C	G	144.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.96;MQRankSum=-1.545;QD=11.14;ReadPosRankSum=0.227;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,7:0.54:13
chr1	1362848	rs12116538	A	T	30.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.389;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=3.282;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.80;MQRankSum=-0.651;QD=2.56;ReadPosRankSum=1.711;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,5:0.42:12
chr1	1387667	rs1781144	C	G	25093.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=949;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=256;NR=271;PP=2965;SC=CTGTGTCAAGCCCTCACCCTC;SOR=0.719;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=527;TCF=256;TCR=271;TR=527;WE=1387675;WS=1387657;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,944:1.00:944
chr1	1418531	rs819973	G	A	1227.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=12;NR=15;PP=467;SC=AAAAAGAAAAGAATTAGCTGG;SOR=0.776;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=12;TCR=15;TR=27;WE=1418539;WS=1418521;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr1	1421022	rs112314200	A	G	608.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=18;NR=1;PP=402;SC=CCGGCGGGGCAGGGTTCCAGC;SOR=3.352;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=19;TCF=18;TCR=1;TR=19;WE=1421030;WS=1421017;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr1	1454207	rs114928482	C	T	39095.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.63;BaseQRankSum=-0.343;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1541;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=428;NR=353;PP=2965;ReadPosRankSum=0.665;SC=GGCACACTCACCCCCCTGCAC;SOR=0.480;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=795;TCF=433;TCR=362;TR=781;WE=1454215;WS=1454197;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:10,1515:0.99:1525
chr1	1458073	rs3118507	A	G	1738.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-1.430;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=-0.672;NF=26;NR=18;PP=815;ReadPosRankSum=-0.672;SC=TCCTGCTCTAAGAGGGAGGGA;SOR=0.305;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=45;TCF=27;TCR=18;TR=44;WE=1458081;WS=1458063;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,66:0.99:67
chr1	1469546	rs3128344	G	A	2537.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=22;NR=49;PP=1421;SC=ATGCTCCTGGGTGGGGACTGG;SOR=1.935;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=74;TCF=25;TCR=49;TR=71;WE=1469554;WS=1469536;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr1	1551927	rs7418389	T	C	5801.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=104;NR=53;PP=2965;SC=GTCCCAAAGTTTCCAGGCATC;SOR=1.284;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=161;TCF=104;TCR=57;TR=157;WE=1551935;WS=1551917;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,202:1.00:202
chr1	1558792	rs12755088	T	C	1574.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=25;NR=14;PP=712;SC=CGGCCCACCATGGACCCCTCT;SOR=1.071;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=39;TCF=25;TCR=14;TR=39;WE=1558800;WS=1558782;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr1	1564712	rs61774907	G	T	2364.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=35;NR=39;PP=1238;SC=GGACGGCGGGGATGGGGTCCG;SOR=0.760;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=74;TCF=35;TCR=39;TR=74;WE=1564720;WS=1564702;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr1	1566068	rs28730454	A	G	1155.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.858;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=3;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=-0.105;NF=8;NR=35;PP=627;ReadPosRankSum=-0.987;SC=GGGGGCGAGGAGGGGGGGCCC;SOR=1.092;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=46;TCF=8;TCR=38;TR=43;WE=1566076;WS=1566055;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,45:0.96:47
chr1	1571640	rs377058079	G	T	602.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=40.79;QD=31.72;SOR=5.994;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr1	1574019	rs9442412	A	G	387.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.369;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.88;MQRankSum=-1.304;QD=3.84;ReadPosRankSum=0.400;SOR=0.627;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:75,26:0.26:101
chr1	1575616	rs80012316	T	C	1703.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=64;NR=3;PP=1770;SC=GACAGTGGCCTGGGGCGAGGG;SOR=3.729;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=68;TCF=65;TCR=3;TR=67;WE=1575624;WS=1575606;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr1	1575836	rs72468213	C	G	1607.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.050;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=463;ExcessHet=3.0103;FS=5.995;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.35;MQRankSum=-9.557;QD=3.47;ReadPosRankSum=0.352;SOR=0.488;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:343,120:0.26:463
chr1	1580738	rs149767621	T	A	1530.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.289;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=365;ExcessHet=3.0103;FS=0.899;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.68;MQRankSum=-9.513;QD=4.21;ReadPosRankSum=2.733;SOR=0.777;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:259,105:0.29:364
chr1	1581558	rs117719933	C	T	394.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=37.98;QD=30.37;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr1	1581586	rs61774914	T	C	532.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=38.47;QD=31.34;SOR=2.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr1	1581713	rs76922129	A	C,G	5963.77	.	AC=2,0;AF=1.00,0.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=122,26;NR=54,0;PP=2962,274;SC=GTACTTTTTAAAACACTAAGA;SOR=1.609;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=202;TCF=148;TCR=54;TR=176,26;WE=1581721;WS=1581703;set=Intersection	GT:AF:DP	1/1:1.00:220
chr1	1581759	rs61774915	G	A	602.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.735;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=519;ExcessHet=3.0103;FS=7.936;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.73;MQRankSum=-14.785;QD=1.20;ReadPosRankSum=-2.970;SOR=1.501;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:428,76:0.15:504
chr1	1581926	rs61774917	G	T	874.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.829;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=237;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.595;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-6.530;NF=15;NR=41;PP=795;ReadPosRankSum=-0.455;SC=AGGAGAGATAGTTACAGGATA;SOR=0.746;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=194;TCF=59;TCR=135;TR=56;WE=1581934;WS=1581916;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:175,56:0.24:231
chr1	1582106	rs79942991	T	C	8627.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=338;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=156;NR=98;PP=2965;SC=CAGGGAATGTTGTTCGTTCCC;SOR=1.204;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=255;TCF=157;TCR=98;TR=254;WE=1582114;WS=1582096;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,324:1.00:324
chr1	1582202	rs61774918	C	T	3046.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.798;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=586;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.891;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-3.069;NF=63;NR=59;PP=1636;ReadPosRankSum=0.013;SC=TGCCTTCTGGCCTCCATTGTT;SOR=0.544;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=384;TCF=209;TCR=175;TR=122;WE=1582210;WS=1582192;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:394,180:0.31:574
chr1	1582794	rs4648754	C	A	896.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=21;NR=10;PP=785;SC=GTTCCTTCCCCCATGCCTATT;SOR=1.044;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=31;TCF=21;TCR=10;TR=31;WE=1582802;WS=1582786;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr1	1582841	rs61774920	A	G	215.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.538;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=4.178;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.98;MQRankSum=0.087;QD=8.30;ReadPosRankSum=-0.946;SOR=0.169;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,8:0.31:26
chr1	1582844	rs61774921	G	T	215.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.365;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=7.915;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=45.34;MQRankSum=-0.781;QD=9.38;ReadPosRankSum=-0.491;SOR=1.096;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,6:0.26:23
chr1	1582880	rs61774922	G	C	123.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.032;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=2.940;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=44.66;MQRankSum=0.511;QD=2.06;ReadPosRankSum=-0.980;SOR=0.275;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:48,12:0.20:60
chr1	1582961	rs61774949	G	C	4119.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.551;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=224;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.879;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.719;NF=73;NR=61;PP=1783;ReadPosRankSum=-1.839;SC=TGAACGTTCAGGCGTCATTCG;SOR=0.743;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=187;TCF=97;TCR=90;TR=134;WE=1582969;WS=1582951;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,184:0.82:224
chr1	1583003	rs72468214	C	T	251.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.368;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=256;ExcessHet=3.0103;FS=2.997;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.24;MQRankSum=-2.112;QD=0.98;ReadPosRankSum=-0.483;SOR=0.943;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:215,41:0.16:256
chr1	1583276	.	TC	T	47.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.850;ClippingRankSum=0.000;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.576;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-3.645;NF=5;NR=0;PP=60;ReadPosRankSum=-0.502;SC=CCTCCGTGCTTCCCAAGTGCA;SOR=1.773;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=24;TCF=20;TCR=4;TR=5;WE=1583284;WS=1583266;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,5:0.17:29
chr1	1585597	rs7531938	A	G	5191.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-3.223;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=101;NR=50;PP=2651;ReadPosRankSum=-0.954;SC=CCATTATACCATAATTTCTGG;SOR=0.787;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=154;TCF=103;TCR=51;TR=151;WE=1585605;WS=1585587;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,204:0.99:207
chr1	1585642	rs3936009	G	T	8554.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.068;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=340;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=113;NR=86;PP=2965;ReadPosRankSum=0.426;SC=CCTGATGACGGATACGAGCTA;SOR=0.486;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=203;TCF=116;TCR=87;TR=199;WE=1585650;WS=1585632;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,326:0.99:329
chr1	1586752	rs11486023	T	C	3567.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=73;NR=22;PP=2091;SC=GTTGTCACAGTGACCCTAGGA;SOR=1.953;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=95;TCF=73;TCR=22;TR=95;WE=1586760;WS=1586742;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr1	1588670	rs61774958	G	A	463.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-4.557;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.760;HP=6;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-2.145;NF=20;NR=5;PP=270;ReadPosRankSum=0.304;SC=ATATTTGAATGTTTTTGTTAA;SOR=0.235;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=80;TCF=69;TCR=11;TR=25;WE=1588678;WS=1588660;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,29:0.30:96
chr1	1588717	rs61774959	G	A	286.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.862;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FS=1.635;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.08;MQRankSum=1.494;QD=1.45;ReadPosRankSum=3.518;SOR=0.503;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:165,33:0.17:198
chr1	1588737	rs61776760	C	T	687.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.272;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=248;ExcessHet=3.0103;FS=2.402;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.65;MQRankSum=1.723;QD=2.77;ReadPosRankSum=1.969;SOR=0.490;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:214,34:0.14:248
chr1	1588743	rs61776761	A	T	565.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-1.730;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=276;ExcessHet=3.0103;FS=3.501;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.93;MQRankSum=2.046;QD=2.05;ReadPosRankSum=2.340;SOR=0.429;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:244,32:0.12:276
chr1	1588744	rs79724854	AGCG	A	538.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-1.055;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=287;ExcessHet=3.0103;FS=3.523;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.68;MQRankSum=2.238;QD=1.88;ReadPosRankSum=2.203;SOR=0.414;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:255,32:0.11:287
chr1	1599812	rs12729295	C	T	891.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.765;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=46.002;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=43.08;MQRankSum=-6.728;QD=17.15;ReadPosRankSum=-0.719;SOR=6.863;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,33:0.63:52
chr1	1599888	rs2072923	A	G	3101.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=3.809;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.007;HP=4;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=3.968;NF=75;NR=46;PP=1936;ReadPosRankSum=-1.702;SC=AGCTCTTCCCACTCCTCCCGA;SOR=1.194;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=153;TCF=88;TCR=65;TR=121;WE=1599896;WS=1599878;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,139:0.82:170
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chr1	1635004	rs874516	T	C	3237.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=48;NR=33;PP=1630;SC=AGGTCATCTTTTTGACTACTG;SOR=1.096;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=81;TCF=48;TCR=33;TR=81;WE=1635012;WS=1634994;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr1	1635619	rs2076329	T	C	997.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.48;QD=23.20;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
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chr1	1636044	rs1059822	G	A	4763.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.920;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.177;NF=70;NR=68;PP=2561;ReadPosRankSum=-1.091;SC=CGTGCTCCACGTAGTTCATCA;SOR=0.693;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=138;TCF=70;TCR=68;TR=138;WE=1636052;WS=1636034;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,178:0.99:180
chr1	1636274	rs2179381	C	T	1843.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=37;NR=19;PP=1289;SC=GCACCCGGCCCCAGGACAGCA;SOR=1.430;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=57;TCF=37;TCR=20;TR=56;WE=1636282;WS=1636264;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr1	1639046	rs138369165	C	G	460.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=39.64;QD=30.72;SOR=5.549;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
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chr1	1639801	rs74378830	T	C	288.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=48.06;QD=26.25;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr1	1644908	rs2179383	C	T	1100.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=18;NR=17;PP=757;SC=AAATTACATACGTTTAGCATA;SOR=0.743;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=35;TCF=18;TCR=17;TR=35;WE=1644916;WS=1644898;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr1	1645050	rs77869096	C	T	1039.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=47.06;QD=26.66;SOR=1.730;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr1	1645838	rs33938712	CA	C	1037.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=32.93;QD=35.78;SOR=0.760;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr1	1646231	rs200994957	T	C	446.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=38.60;QD=44.68;SOR=3.258;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr1	1646236	rs202149796	C	T	446.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=39.22;QD=40.62;SOR=2.494;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr1	1646657	rs760926	T	C	121.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=43.30;QD=24.38;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr1	1646789	rs760927	T	C	112.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=45.67;QD=28.01;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr1	1647722	rs114460890	G	T	3195.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.380;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FS=2.378;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.87;MQRankSum=-0.868;QD=30.73;ReadPosRankSum=1.510;SOR=0.430;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,75:0.72:104
chr1	1647725	rs368680882	GT	AG	3526.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.418;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FS=3.717;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.89;MQRankSum=-0.849;QD=30.67;ReadPosRankSum=1.044;SOR=0.334;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,84:0.73:115
chr1	1647729	.	CA	TG	3646.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.090;ClippingRankSum=0.000;DP=127;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.95;MQRankSum=-0.597;QD=29.41;ReadPosRankSum=1.359;SOR=0.791;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,90:0.73:124
chr1	1647745	rs72634830	G	A	5348.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.178;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FS=1.376;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.96;MQRankSum=-0.599;QD=29.72;ReadPosRankSum=0.929;SOR=0.579;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:49,131:0.73:180
chr1	1647753	rs74045984	C	T	5593.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.999;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FS=3.842;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.02;MQRankSum=0.008;QD=28.11;ReadPosRankSum=1.035;SOR=0.459;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:55,144:0.72:199
chr1	1647778	rs72901773	C	G	4692.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=-1.489;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=308;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.582;HP=2;HapScore=1;MGOF=69;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.624;NF=82;NR=39;PP=2024;ReadPosRankSum=1.245;SC=TGACCCAGCCCACTCACCTTT;SOR=0.596;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=182;TCF=120;TCR=62;TR=121;WE=1647786;WS=1647768;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,216:0.72:298
chr1	1647814	rs72901775	T	C	7411.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.610;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=490;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.02;MQRankSum=0.653;QD=15.67;ReadPosRankSum=0.228;SOR=0.730;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:140,333:0.70:473
chr1	1647871	rs72909014	T	C	9034.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=0.804;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=608;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=59;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQ=60.02;MQRankSum=0.688;NF=88;NR=102;PP=2962;ReadPosRankSum=1.327;SC=CTTCTCGATGTCGTTTCCGAC;SOR=0.729;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=297;TCF=137;TCR=160;TR=190;WE=1647879;WS=1647861;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:191,408:0.68:599
chr1	1647893	rs144636354	C	CTTTCTT	12499.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=0.197;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=517;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=52;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.718;NF=19;NR=85;PP=2970;ReadPosRankSum=3.571;SC=TTCGTGCTCTCTTTCTTTCAC;SOR=0.685;SbPval=0.19;Source=Platypus;TC=181;TCF=25;TCR=156;TR=104;WE=1647901;WS=1647883;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:158,310:0.66:468
chr1	1647968	rs146207119	C	CAT	3839.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=2.986;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.677;HP=1;HapScore=2;MGOF=57;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-2.646;NF=5;NR=62;PP=2954;ReadPosRankSum=-2.393;SC=AAAAATTTCACGAGGCCGGGC;SOR=0.780;SbPval=0.22;Source=Platypus;TC=106;TCF=5;TCR=101;TR=67;WE=1648010;WS=1647958;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,97:0.63:155
chr1	1647971	rs77394327	G	A	3681.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=3.981;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.724;HP=1;HapScore=2;MGOF=57;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-2.989;NF=15;NR=47;PP=2962;ReadPosRankSum=-2.346;SC=AATTTCACGAGGCCGGGCACG;SOR=1.147;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=115;TCF=27;TCR=88;TR=62;WE=1648010;WS=1647958;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,87:0.61:142
chr1	1647983	rs74429813	T	A	2271.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.048;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.34;MQRankSum=-3.449;QD=21.64;ReadPosRankSum=-0.045;SOR=0.792;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:45,60:0.57:105
chr1	1647990	rs76519969	C	T	2141.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.899;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.98;MQRankSum=-3.484;QD=22.54;ReadPosRankSum=0.106;SOR=0.707;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,56:0.59:95
chr1	1648002	rs77107184	C	T	1003.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-3.478;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=57;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-3.662;NF=8;NR=39;PP=2962;ReadPosRankSum=1.120;SC=CCTGTAATCCCAGCACTTTGG;SOR=0.859;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=73;TCF=12;TCR=61;TR=47;WE=1648010;WS=1647958;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,43:0.60:72
chr1	1648018	rs79409185	C	T	833.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.428;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.29;MQRankSum=-3.589;QD=17.02;ReadPosRankSum=1.554;SOR=1.091;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,32:0.65:49
chr1	1648027	rs61776857	T	C	1623.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=54.03;QD=38.66;SOR=3.716;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr1	1650657	.	C	G	521	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=35;MMLQ=28;MQ=59.49;NF=21;NR=3;PP=521;QD=23.1571338561;SC=CTTTCAGCTACAGTTTGCTTT;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=39;TCF=35;TCR=4;TR=24;WE=1650665;WS=1650655;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:15,24:0.62:39
chr1	1650787	rs1137003	T	C	10993.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.598;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=430;ExcessHet=3.0103;FS=2.584;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.03;MQRankSum=-1.292;QD=25.63;ReadPosRankSum=1.931;SOR=0.513;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:160,269:0.63:429
chr1	1650797	rs1059830	A	G	11741.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.881;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=467;ExcessHet=3.0103;FS=1.813;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.02;MQRankSum=-1.291;QD=25.20;ReadPosRankSum=1.031;SOR=0.556;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:174,292:0.63:466
chr1	1650801	rs1137004	T	C	11768.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.869;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=464;ExcessHet=3.0103;FS=1.142;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.02;MQRankSum=-1.318;QD=25.47;ReadPosRankSum=-0.143;SOR=0.597;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:168,294:0.64:462
chr1	1650807	rs1137005	T	C	3093.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=2.346;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=475;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.830;HP=3;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.346;NF=62;NR=43;PP=2962;ReadPosRankSum=1.184;SC=ATTTTTCTTTTCTCTTTTCAT;SOR=0.848;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=290;TCF=164;TCR=126;TR=105;WE=1650815;WS=1650777;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:304,169:0.36:473
chr1	1650832	rs72909030	A	G	7029.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.382;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=528;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.135;HP=1;HapScore=1;MGOF=46;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-1.265;NF=108;NR=89;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.930;SC=TCTGTGATGAACTTTTTCTTT;SOR=0.598;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=314;TCF=177;TCR=137;TR=197;WE=1650853;WS=1650822;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:200,322:0.62:522
chr1	1650845	rs1059831	G	A	3879.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.367;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=549;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.126;HP=2;HapScore=1;MGOF=46;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.261;NF=70;NR=55;PP=2962;ReadPosRankSum=1.314;SC=TTTTCTTTCCGAGACATTTGC;SOR=0.776;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=331;TCF=180;TCR=151;TR=125;WE=1650853;WS=1650822;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:332,210:0.39:542
chr1	1650920	rs36191908	G	A	10508.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.659;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=488;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=76;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=84;NR=107;PP=2552;ReadPosRankSum=1.818;SC=ACAGCACTGCGTCATGCTTGA;SOR=0.705;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=311;TCF=137;TCR=174;TR=191;WE=1650928;WS=1650910;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:193,288:0.60:481
chr1	1650938	.	CGG	C	9796.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.217;ClippingRankSum=0.000;DP=416;ExcessHet=3.0103;FS=0.533;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=23.89;ReadPosRankSum=1.683;SOR=0.641;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:163,247:0.60:410
chr1	1650942	.	A	AAG	9450.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.212;ClippingRankSum=0.000;DP=390;ExcessHet=3.0103;FS=0.379;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.61;ReadPosRankSum=1.772;SOR=0.728;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:151,233:0.61:384
chr1	1650960	rs72634834	G	A	7537.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.714;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=301;ExcessHet=3.0103;FS=1.416;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.47;ReadPosRankSum=0.886;SOR=0.612;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:116,180:0.61:296
chr1	1650967	rs75384210	T	C	6445.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.475;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=265;ExcessHet=3.0103;FS=0.974;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.79;ReadPosRankSum=0.628;SOR=0.621;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:104,156:0.60:260
chr1	1650996	rs74223875	T	C	3813.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.374;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FS=1.229;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=22.43;ReadPosRankSum=-0.740;SOR=0.799;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:69,101:0.59:170
chr1	1651003	rs76941027	G	A	3717.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.510;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FS=1.323;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.95;ReadPosRankSum=-1.491;SOR=0.821;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:59,90:0.60:149
chr1	1653004	rs36039898	T	C	3207.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=56;NR=29;PP=1719;SC=CTGTGTACAGTTGGGTCTTGC;SOR=1.290;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=85;TCF=56;TCR=29;TR=85;WE=1653012;WS=1652994;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr1	1653028	rs16825265	C	T	4052.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=60;NR=45;PP=1822;SC=TCTGTACATCCGCTCACCTGT;SOR=0.889;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=107;TCF=60;TCR=47;TR=105;WE=1653036;WS=1653018;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,154:1.00:154
chr1	1653129	.	G	A	4841.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=44;NR=66;PP=1875;SC=AGGGAATCCCGCTTGGAATCC;SOR=0.991;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=112;TCF=45;TCR=67;TR=110;WE=1653137;WS=1653119;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,189:1.00:189
chr1	1654013	rs74045997	C	G	139.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=46.46;QD=27.98;SOR=3.611;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr1	1654038	rs61777494	G	A	523.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-1.743;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=59;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=1.310;NF=17;NR=4;PP=416;ReadPosRankSum=-0.631;SC=TGCGACATTTGGAAGTACAAA;SOR=0.836;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=22;TCF=18;TCR=4;TR=21;WE=1654046;WS=1654028;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,21:0.95:22
chr1	1654058	rs61777495	C	T	1601.28	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.346;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.62;MQRankSum=1.465;QD=42.14;ReadPosRankSum=-1.095;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,37:0.97:38
chr1	1654064	rs200615789	A	T	1814.28	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.606;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=53.74;MQRankSum=-0.670;QD=39.44;ReadPosRankSum=0.846;SOR=1.157;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:3,43:0.93:46
chr1	1654065	rs35174499	AGCG	A	1806.25	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BRF=0.61;BaseQRankSum=-0.244;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=-0.507;NF=12;NR=9;PP=1156;ReadPosRankSum=0.682;SC=TCACCGAAGAAGCGTTGTTCT;SOR=1.106;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=22;TCF=13;TCR=9;TR=21;WE=1654075;WS=1654048;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,45:0.94:48
chr1	1657021	rs9439499	T	C	305.56	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.313;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=4.472;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=47.13;MQRankSum=0.555;QD=21.83;ReadPosRankSum=1.788;SOR=1.447;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,13:0.93:14
chr1	1663851	rs2294486	G	C	4332.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.180;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=42.90;ReadPosRankSum=-0.468;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,100:0.99:101
chr1	1663861	rs2294487	G	A	4373.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.569;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FS=3.181;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=42.06;ReadPosRankSum=-0.632;SOR=0.378;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,103:0.99:104
chr1	1664019	rs2294488	T	C	629.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=13;PP=305;SC=GCTGCGTGCGTGGTGCACAGC;SOR=1.358;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=7;TCR=13;TR=20;WE=1664027;WS=1664009;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr1	1666175	rs61777509	C	T	854.79	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-6.229;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=12.507;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=45.60;MQRankSum=3.175;QD=18.19;ReadPosRankSum=2.266;SOR=0.027;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,42:0.89:47
chr1	1666251	rs77655487	G	A	1129.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.124;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FS=17.113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.77;MQRankSum=-3.197;QD=8.76;ReadPosRankSum=-0.665;SOR=1.877;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:74,55:0.43:129
chr1	1666338	rs2072924	G	A	1950.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.62;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=23;NR=31;PP=1016;SC=CATCCACCACGAACACCCAGC;SOR=0.746;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=54;TCF=23;TCR=31;TR=54;WE=1666346;WS=1666328;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr1	1669646	rs201497363	ACT	A	455.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=5;NR=3;PP=351;SC=TGTGGGCACCACTCTGAGTGG;SOR=1.802;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=9;TCF=6;TCR=3;TR=8;WE=1669655;WS=1669636;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr1	1669748	rs115554296	A	G	2084.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=41;NR=19;PP=1154;SC=GGTGGGGCCCAGGGGGCCTCA;SOR=1.358;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=61;TCF=42;TCR=19;TR=60;WE=1669756;WS=1669738;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr1	1669964	rs369037660	G	A	168.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=39.84;QD=28.14;SOR=3.912;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr1	1670570	rs150051592	T	C	366.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=43.59;QD=30.56;SOR=3.611;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr1	1684347	rs150880809	C	CCCT	6382.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=0.690;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=373;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.498;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.570;NF=32;NR=51;PP=2990;ReadPosRankSum=-1.264;SC=CTTGACCTAGCCCTCCTCCTC;SOR=0.920;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=116;TCF=42;TCR=74;TR=83;WE=1684360;WS=1684336;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,271:0.89:304
chr1	1684368	.	T	TCCA	1627	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;FR=0.5000;HP=4;HapScore=2;MGOF=20;MMLQ=29;MQ=59.86;NF=34;NR=51;PP=1627;QD=19.2352941176;SC=CTCCTCCTCCTCCTCCTCGAA;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=153;TCF=60;TCR=93;TR=85;WE=1684376;WS=1684358;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:68,85:0.56:153
chr1	1684472	rs7407	C	T	9270.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.552;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=369;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=-0.131;NF=91;NR=141;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.245;SC=TGGAGGGGAGCGGGTAGCATG;SOR=1.068;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=235;TCF=92;TCR=143;TR=232;WE=1684480;WS=1684462;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,360:0.99:362
chr1	1685213	rs2072928	C	G	2448.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=16;NR=48;PP=1629;SC=GCGGACGGTGCAGTGCACGTC;SOR=2.026;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=64;TCF=16;TCR=48;TR=64;WE=1685221;WS=1685203;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr1	1685921	rs139385870	TCCCTGGGACCGAAGTCGCCCCA	T	7432.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.246;NF=46;NR=37;PP=2925;SC=AAGGTCCTCATCCCTGGGACC;SOR=1.501;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=101;TCF=53;TCR=48;TR=83;WE=1685950;WS=1685911;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,170:0.99:172
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chr1	1686962	rs2076327	C	T	2084.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-1.056;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.897;HP=4;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=27;PP=518;ReadPosRankSum=-2.050;SC=CGTGCACCCCCGCACCACCCA;SOR=0.213;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=76;TCF=15;TCR=61;TR=36;WE=1686970;WS=1686952;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,53:0.54:98
chr1	1688192	rs2281173	A	G	4179.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=64;NR=56;PP=2211;SC=AAACTTCATCACCAACGCGCC;SOR=0.824;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=121;TCF=64;TCR=57;TR=120;WE=1688200;WS=1688182;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,160:1.00:160
chr1	1688384	rs79052177	G	A	1401.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.169;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=29;PP=791;ReadPosRankSum=-0.067;SC=CGGACTTCCCGGCCTCCAGGG;SOR=0.641;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=104;TCF=41;TCR=63;TR=47;WE=1688392;WS=1688374;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,66:0.47:139
chr1	1688469	rs4648623	C	G	1276.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=25;PP=962;SC=CCCAGACACCCGGCAGATCCC;SOR=1.312;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=15;TCR=25;TR=40;WE=1688477;WS=1688459;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr1	1690126	rs79655042	A	AAC	3349.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=54;PP=2799;SC=AACAAAACAAAACAGTTTCCT;SOR=2.690;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=63;TCF=4;TCR=59;TR=58;WE=1690134;WS=1690116;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr1	1690793	rs2235538	G	A	1833.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=10;NR=45;PP=1328;SC=GGTACTGCACGGAGAGGGCAG;SOR=2.621;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=56;TCF=10;TCR=46;TR=55;WE=1690801;WS=1690783;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr1	1691227	rs74046214	G	A	2139.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.422;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.497;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=30;PP=898;ReadPosRankSum=-1.010;SC=CACTGAGTACGCCCTGGTCTG;SOR=0.623;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=128;TCF=73;TCR=55;TR=68;WE=1691235;WS=1691217;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:109,109:0.50:218
chr1	1696659	rs5021859	A	G	1221.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=25;NR=8;PP=620;SC=CATCCCTCCCAGTTGTACCTG;SOR=1.814;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=25;TCR=8;TR=33;WE=1696667;WS=1696649;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr1	1724503	.	CA	C	33.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.554;ClippingRankSum=0.000;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.78;ReadPosRankSum=0.677;SOR=1.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,7:0.37:19
chr1	1823922	rs6688000	A	G	21048.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=809;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=201;NR=269;PP=2965;SC=ACCTGTCCGCATCATTTCTGG;SOR=0.880;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=470;TCF=201;TCR=269;TR=470;WE=1823930;WS=1823912;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,803:1.00:803
chr1	1846582	rs2748987	A	G	1520.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=32;NR=7;PP=975;SC=CCTGTACAAGATGGTCAAGCG;SOR=2.170;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=39;TCF=32;TCR=7;TR=39;WE=1846590;WS=1846572;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr1	1846765	rs2247560	G	A	7343.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=273;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=72;NR=82;PP=2965;SC=TGACAGCATGGGACCAGGGTC;SOR=0.754;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=157;TCF=74;TCR=83;TR=154;WE=1846773;WS=1846755;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,270:1.00:270
chr1	1847856	rs2748986	G	T	8688.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.748;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=338;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=142;NR=96;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.882;SC=CTCCTGGTCAGGCCGGTGCGG;SOR=1.026;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=240;TCF=143;TCR=97;TR=238;WE=1847864;WS=1847846;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,330:0.99:332
chr1	1848109	rs2803296	G	C	8568.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.189;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=312;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=109;NR=113;PP=2965;ReadPosRankSum=2.249;SC=TGGGTCAGGTGTCAGTGCCTA;SOR=0.368;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=225;TCF=111;TCR=114;TR=222;WE=1848117;WS=1848099;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,306:0.99:309
chr1	1849529	rs28640257	A	G	3936.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=1.847;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=1.955;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=78;NR=43;PP=2431;ReadPosRankSum=-1.228;SC=AGGAGGAGCCATGGAGTCCAG;SOR=1.288;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=123;TCF=79;TCR=44;TR=121;WE=1849537;WS=1849519;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,150:0.97:154
chr1	1850428	rs2295363	A	G	2864.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=31;NR=31;PP=1130;SC=CGACCTCGCCACCCGTGCCTC;SOR=0.693;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=62;TCF=31;TCR=31;TR=62;WE=1850436;WS=1850418;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr1	1850627	.	CAGCGGCAGG	C	1170.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=15;PP=2988;SC=CCACCTGCGGCAGCGGCAGGA;SOR=0.997;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=21;TCF=2;TCR=19;TR=17;WE=1850643;WS=1850617;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr1	1853615	rs113294876	T	TCTGA	2334.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=22;NR=11;PP=1868;SC=CCTATTGGAATCTGGCAGAGG;SOR=2.004;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=37;TCF=24;TCR=13;TR=33;WE=1853623;WS=1853605;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr1	1854109	rs2803348	A	G	8157.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=314;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=82;NR=75;PP=2965;SC=AGGGCTCAATAGAGAAACCCT;SOR=0.706;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=157;TCF=82;TCR=75;TR=157;WE=1854117;WS=1854099;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,312:1.00:312
chr1	1854321	rs2250833	A	G	1337.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=18;PP=697;SC=CCCGGCTGTCAGGACAAGCCC;SOR=0.818;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=33;TCF=15;TCR=18;TR=33;WE=1854329;WS=1854311;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr1	1855450	rs28423370	A	G	1931.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=11;NR=49;PP=1432;SC=ATAGAGCTCTACACCCTGCCC;SOR=2.730;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=60;TCF=11;TCR=49;TR=60;WE=1855458;WS=1855440;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr1	1857306	rs137862830	C	T	5124.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.716;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=562;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=77;NR=83;PP=2341;ReadPosRankSum=-0.771;SC=TGATCATGGACGCCACGCCAG;SOR=0.708;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=335;TCF=161;TCR=174;TR=160;WE=1857314;WS=1857296;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:297,256:0.46:553
chr1	1858309	rs941530	T	C	16560.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.074;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=646;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=212;NR=186;PP=2965;ReadPosRankSum=1.250;SC=GACCACACCCTGTTCTGGCCA;SOR=0.768;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=401;TCF=213;TCR=188;TR=398;WE=1858317;WS=1858299;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,633:0.99:637
chr1	1859296	rs2748984	T	C	2491.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=64;PP=1970;SC=GCAGTTGGGATTGAATGTGGG;SOR=4.558;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=67;TCF=3;TCR=64;TR=67;WE=1859304;WS=1859286;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr1	1860087	rs2748983	C	T	2376.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=57;NR=12;PP=1473;SC=CAGCTCGACACGTGCATTGCT;SOR=2.698;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=69;TCF=57;TCR=12;TR=69;WE=1860095;WS=1860077;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr1	1861582	rs2803295	C	T	8270.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=318;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=124;NR=63;PP=2965;SC=GACGTGGGCCCCATGGGAGAG;SOR=1.156;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=189;TCF=125;TCR=64;TR=187;WE=1861590;WS=1861572;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,305:1.00:305
chr1	1870210	rs2803323	G	A	2282.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=61;NR=9;PP=1724;SC=GGTCAGGGGCGGGGATGTGGT;SOR=3.442;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=70;TCF=61;TCR=9;TR=70;WE=1870218;WS=1870200;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr1	1871979	rs2748982	G	A	2145.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-1.859;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=50;PP=1414;ReadPosRankSum=-0.773;SC=GAGACGCATCGCGCCGCCCTC;SOR=1.156;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=65;TCF=13;TCR=52;TR=63;WE=1871987;WS=1871969;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,77:0.99:78
chr1	1873453	rs2748981	G	A	1792.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=26;NR=15;PP=800;SC=CGGCCTTGGCGTCCTGGCACC;SOR=1.146;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=41;TCF=26;TCR=15;TR=41;WE=1873461;WS=1873443;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr1	1873514	rs2803326	A	G	3333.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=37;NR=34;PP=1196;SC=GTGCCTGGATATAGCCTGTCT;SOR=0.757;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=71;TCF=37;TCR=34;TR=71;WE=1873533;WS=1873504;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chr1	1873525	rs2803327	T	C	3251.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=38;NR=35;PP=1077;SC=TAGCCTGTCTTGGGCAGGAGC;SOR=0.758;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=73;TCF=38;TCR=35;TR=73;WE=1873533;WS=1873504;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr1	1873697	rs2748980	G	A	3142.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.26;SOR=1.195;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr1	1873697	.	GAG	AAC	1979	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;FR=1.0000;HP=5;HapScore=1;MGOF=0;MMLQ=28;MQ=60.0;NF=19;NR=31;PP=1979;QD=40.6493574972;SC=CCAAGCCCCCGAGAGGTGCTC;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=51;TCF=19;TCR=32;TR=50;WE=1873707;WS=1873687;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:1,50:0.98:51
chr1	1873699	rs2748979	G	C	3142.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.90;SOR=1.163;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr1	1875858	rs2803336	CA	GG	15524.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.612;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=366;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=145;NR=93;PP=2947;ReadPosRankSum=-0.200;SC=CAGACCGGCACATCGATGGCC;SOR=0.739;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=252;TCF=153;TCR=99;TR=238;WE=1875867;WS=1875848;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:5,350:0.99:355
chr1	1878628	rs2803341	C	T	1103.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=6;NR=26;PP=647;SC=TGGAGCCATCCGTGTGGCCCC;SOR=2.247;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=32;TCF=6;TCR=26;TR=32;WE=1878636;WS=1878618;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr1	1886501	.	CG	AG	271	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.6;FR=0.5000,1.0000;HP=3;HapScore=3;MGOF=17;MMLQ=27;MQ=64.79;NF=6,12;NR=1,2;PP=72,271;QD=15.2530303639;SC=ACCGGAAGTGCGGCTCACACC;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=19;TCF=16;TCR=3;TR=7,14;WE=1886509;WS=1886491;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:12,7:0.37:19
chr1	1886501	.	CG	CGGCTCACACCGGAAGTGAG	271	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.6;FR=0.5000,1.0000;HP=3;HapScore=3;MGOF=17;MMLQ=27;MQ=64.79;NF=6,12;NR=1,2;PP=72,271;QD=15.2530303639;SC=ACCGGAAGTGCGGCTCACACC;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=19;TCF=16;TCR=3;TR=7,14;WE=1886509;WS=1886491;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:6,14:0.70:20
chr1	1886517	.	T	TGAG	62.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.150;ClippingRankSum=-0.000;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=67.55;MQRankSum=2.260;QD=6.27;ReadPosRankSum=-0.204;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,4:0.40:10
chr1	1886519	.	C	A	393	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.6;FR=0.6770;HP=3;HapScore=2;MGOF=37;MMLQ=27;MQ=63.75;NF=19;NR=3;PP=393;QD=19.4441460249;SC=ACCGGAAGTGCGGCTCACACA;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=24;TCF=21;TCR=3;TR=22;WE=1886527;WS=1886509;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:2,22:0.92:24
chr1	1886519	.	C	CTCACACCGGAAGTGAGGCTCACACCGGAAGTGA,CGGCTCACACCGGAAGTGAGGCTCACACCGGAAGTGA	1310.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=67.56;QD=54.61;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:0,16,8:0.67,0.33:24
chr1	1887019	rs28548017	A	G	12217.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=444;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=135;NR=156;PP=2965;SC=TCGAAGGCCTAGGAAAATTCT;SOR=0.831;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=292;TCF=135;TCR=157;TR=291;WE=1887027;WS=1887009;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,432:1.00:432
chr1	1891263	rs2474454	A	T	3079.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=2.259;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=291;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.483;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=79;NR=30;PP=1789;ReadPosRankSum=0.395;SC=GAAGTAAAATAGCAAAACAGG;SOR=0.761;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=222;TCF=161;TCR=61;TR=109;WE=1891271;WS=1891253;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:135,138:0.51:273
chr1	1920434	rs144487103	TA	T	356.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.647;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FS=1.814;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.53;ReadPosRankSum=0.004;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:61,40:0.40:101
chr1	1956362	rs2376805	G	A	16165.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=2.325;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=612;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=203;NR=149;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.220;SC=CTGTCTGACCGGTGGCTTTGC;SOR=0.314;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=353;TCF=204;TCR=149;TR=352;WE=1956370;WS=1956352;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,607:1.00:608
chr1	1960674	rs28408173	C	T	4308.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=0.764;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=456;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.745;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=77;PP=2024;ReadPosRankSum=-1.005;SC=TCTGGATCAGCCAGGCGGCGG;SOR=0.859;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=256;TCF=111;TCR=145;TR=129;WE=1960682;WS=1960664;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:242,211:0.47:453
chr1	1960926	rs28581504	T	C	1200.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=2.182;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.439;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=6;PP=905;ReadPosRankSum=-0.498;SC=GTCACAGGCATCAAGGCTGGG;SOR=1.522;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=89;TCF=71;TCR=18;TR=45;WE=1960934;WS=1960916;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,49:0.49:99
chr1	1961408	rs28431879	C	T	2515.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.199;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=249;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.100;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=31;PP=1149;ReadPosRankSum=-1.123;SC=TCTCCCCCACCGGCCTTCGTG;SOR=0.995;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=147;TCF=82;TCR=65;TR=78;WE=1961416;WS=1961398;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:121,126:0.51:247
chr1	1986754	rs3121828	G	T	423.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.541;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.72;MQRankSum=-0.957;QD=9.21;ReadPosRankSum=-0.204;SOR=0.414;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,23:0.50:46
chr1	1988168	.	C	CT	66.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.926;ClippingRankSum=0.000;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=2.162;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.71;MQRankSum=-1.006;QD=3.71;ReadPosRankSum=-0.893;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,8:0.44:18
chr1	2005740	rs2459986	T	C	836.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.049;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FS=0.812;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.84;ReadPosRankSum=0.630;SOR=0.829;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:40,45:0.53:85
chr1	2075560	rs427811	T	G	546.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.742;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.72;ReadPosRankSum=1.521;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,21:0.49:43
chr1	2075570	rs377283	T	C	1675.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=36.43;SOR=2.737;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr1	2075814	rs3128303	C	T	1228.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.257;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FS=1.337;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.59;ReadPosRankSum=-0.499;SOR=0.546;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:76,67:0.47:143
chr1	2077409	rs385039	A	G	3662.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=-2.626;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=430;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.118;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=68;NR=41;PP=1362;ReadPosRankSum=0.141;SC=CAGAAGCTACATTGTAACACC;SOR=0.594;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=239;TCF=153;TCR=86;TR=109;WE=2077417;WS=2077399;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:224,197:0.47:421
chr1	2082458	rs262670	C	T	483.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=1.262;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.855;HP=2;HapScore=2;MGOF=27;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=12;PP=228;ReadPosRankSum=0.609;SC=CCCGGGAACGCGCTGCCCTGG;SOR=0.293;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=42;TCF=10;TCR=32;TR=17;WE=2082466;WS=2082448;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,22:0.43:51
chr1	2082489	rs262669	G	A	1181.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=31;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=24;PP=681;SC=GGGCTTTAGCGGAATTAATCC;SOR=4.615;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=26;TCF=2;TCR=24;TR=25;WE=2082497;WS=2082479;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr1	2082505	rs9442619	C	T	351.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=4.794;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.923;HP=1;HapScore=2;MGOF=50;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=13;PP=263;ReadPosRankSum=1.489;SC=AATCCATGCACGAGAGACCTA;SOR=2.876;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=1;TCR=21;TR=13;WE=2082513;WS=2082495;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,14:0.54:26
chr1	2087557	rs3123592	T	C	1173.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.821;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=17;PP=415;ReadPosRankSum=-1.634;SC=GTATTTCTGATATTCTGCAGA;SOR=0.730;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=78;TCF=38;TCR=40;TR=33;WE=2087565;WS=2087547;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,62:0.45:137
chr1	2101059	rs3737633	C	G	1068.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.161;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FS=1.736;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.15;ReadPosRankSum=0.255;SOR=0.507;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:40,48:0.55:88
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chr1	2113565	rs262688	T	G	4045.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.654;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=460;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.230;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=67;NR=51;PP=1763;ReadPosRankSum=0.796;SC=GTTAGTAGAATGGATGTGGGC;SOR=0.816;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=304;TCF=156;TCR=148;TR=118;WE=2113573;WS=2113555;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:256,198:0.44:454
chr1	2117558	rs3123595	C	T	2302.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.398;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.034;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=35;PP=861;ReadPosRankSum=0.784;SC=GAGGGGGTCGCGCCACCTCAT;SOR=0.617;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=137;TCF=66;TCR=71;TR=70;WE=2117566;WS=2117548;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:104,116:0.53:220
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chr1	2118724	rs70954587	C	CT	447.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.343;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=15;HapScore=3;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=25;PP=279;ReadPosRankSum=1.535;SC=AAGCCATTTTCTTTTTTTTTT;SOR=0.723;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=59;TCF=4;TCR=55;TR=26;WE=2118732;WS=2118714;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,36:0.43:84
chr1	2121118	rs2503701	C	T	6977.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=264;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=96;NR=68;PP=2946;SC=GTCCGGGCGCCGCACTCTGCG;SOR=0.971;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=164;TCF=96;TCR=68;TR=164;WE=2121126;WS=2121108;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,258:1.00:258
chr1	2125172	rs1058411	G	A	1990.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.566;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.533;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=34;PP=1033;ReadPosRankSum=1.414;SC=GCCCTGCAGGGATCAGGTGCC;SOR=0.772;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=137;TCF=62;TCR=75;TR=60;WE=2125180;WS=2125162;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:100,91:0.48:191
chr1	2125942	rs71511332	C	G	353.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=29.48;SOR=5.136;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
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chr1	2144982	rs2480714	G	T	6355.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=243;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=63;NR=99;PP=2965;SC=TCGCCTGGCTGCTTCCTCCCG;SOR=1.059;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=162;TCF=63;TCR=99;TR=162;WE=2144990;WS=2144972;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,240:1.00:240
chr1	2234903	rs2256178	C	T	2129.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=2.117;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=51;PP=1136;ReadPosRankSum=1.200;SC=GCTGTGCATGCGGACGCGCCC;SOR=0.659;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=143;TCF=38;TCR=105;TR=70;WE=2234911;WS=2234893;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:94,98:0.51:192
chr1	2235662	rs2645073	G	A	3029.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.418;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FS=0.664;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=23.13;ReadPosRankSum=-0.705;SOR=0.599;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:52,79:0.60:131
chr1	2235672	rs2843159	C	T	2983.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.367;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FS=1.305;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=20.44;ReadPosRankSum=1.498;SOR=0.572;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:67,79:0.54:146
chr1	2286947	rs1039100	A	G	3693.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=45;NR=49;PP=1852;SC=TGGGGCTTCTAGCCACCAGCT;SOR=0.769;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=94;TCF=45;TCR=49;TR=94;WE=2286955;WS=2286937;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,135:1.00:135
chr1	2323041	rs77804600	T	C	2147.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.458;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=35;PP=1032;ReadPosRankSum=-0.547;SC=CAAGGGGGGGTGTGGCCACGG;SOR=0.399;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=59;TCF=23;TCR=36;TR=58;WE=2323049;WS=2323031;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,82:0.99:83
chr1	2328714	rs2645081	A	G	1762.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=40;PP=1107;SC=CCTGGGCGTGATGTTTGTGGG;SOR=1.963;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=53;TCF=13;TCR=40;TR=53;WE=2328722;WS=2328704;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr1	2332391	rs12037485	C	T	7038.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.422;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=288;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.251;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=105;NR=81;PP=2965;ReadPosRankSum=0.116;SC=TAATTCTTCACGGTATTTGAA;SOR=0.616;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=190;TCF=108;TCR=82;TR=186;WE=2332399;WS=2332381;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,280:0.99:283
chr1	2338126	rs3795269	C	A	9160.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.819;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=349;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=122;NR=96;PP=2965;ReadPosRankSum=1.822;SC=GCCCAGGACACCCCCAGCCCC;SOR=0.862;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=220;TCF=123;TCR=97;TR=218;WE=2338134;WS=2338116;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,343:0.99:345
chr1	2340173	rs146452560	C	T	2827.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.354;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=278;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.919;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=35;PP=1181;ReadPosRankSum=-1.019;SC=GGGCCTTGTCCAGCAGGTAGG;SOR=0.778;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=178;TCF=98;TCR=80;TR=81;WE=2340181;WS=2340163;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:136,140:0.51:276
chr1	2340200	rs2494598	T	C	8383.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.638;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=329;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=106;NR=92;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.460;SC=CGGCATGCAGTGTCACCAGCA;SOR=0.790;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=198;TCF=106;TCR=92;TR=198;WE=2340208;WS=2340190;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,323:0.99:325
chr1	2399119	rs2494632	A	G	4983.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=24;NR=36;PP=1133;SC=GGCAGGTGGGATCCCAGAAGG;SOR=0.885;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=60;TCF=24;TCR=36;TR=60;WE=2399127;WS=2399109;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr1	2399149	rs2494631	A	G	4607.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=16;NR=36;PP=1148;SC=TGGTCCCCGTAGGGAGCCCAG;SOR=1.106;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=52;TCF=16;TCR=36;TR=52;WE=2399157;WS=2399139;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr1	2409892	rs12727342	A	G	1289.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.694;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.630;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=18;PP=645;ReadPosRankSum=0.341;SC=CTCCGCTGACAGCCGTGTCTC;SOR=0.782;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=92;TCF=55;TCR=37;TR=46;WE=2409900;WS=2409882;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,66:0.47:140
chr1	2411451	rs10797428	A	G	1937.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.693;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=236;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.607;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=33;PP=971;ReadPosRankSum=1.173;SC=ATGCAGACCCAGGGACCGGCC;SOR=0.691;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=164;TCF=83;TCR=81;TR=64;WE=2411459;WS=2411441;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:137,97:0.41:234
chr1	2418935	rs10910082	C	T	434.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.666;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=17.624;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=1;PP=287;ReadPosRankSum=-0.841;SC=TTCTGTGTCCCTCACTGAGCA;SOR=3.383;SbPval=0.98;Source=Platypus;TC=31;TCF=23;TCR=8;TR=15;WE=2418943;WS=2418933;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,17:0.44:39
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chr1	2420913	rs6668720	A	G	785.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-1.193;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.198;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=27;PP=590;ReadPosRankSum=0.491;SC=CATGCCATCCATGGGCATATC;SOR=0.283;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=62;TCF=8;TCR=54;TR=32;WE=2420921;WS=2420903;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,33:0.52:63
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chr1	2452569	rs2985862	T	C	1133.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.635;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=16;PP=821;ReadPosRankSum=-0.013;SC=CGATGAGGTCTTTGAACTTGT;SOR=0.709;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=81;TCF=57;TCR=24;TR=49;WE=2452577;WS=2452559;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,54:0.48:113
chr1	2458010	rs143275045	G	C	2687.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.425;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=411;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.537;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=41;PP=1154;ReadPosRankSum=1.573;SC=GCTGCCGCTCGCTCCACACTC;SOR=0.636;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=241;TCF=134;TCR=107;TR=88;WE=2458018;WS=2458000;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:251,151:0.38:402
chr1	2487663	rs2227312	C	A	2949.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.423;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=324;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.351;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=31;PP=1228;ReadPosRankSum=1.266;SC=AGTCAGCGCCCCGGGGAGCAG;SOR=0.597;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=197;TCF=123;TCR=74;TR=81;WE=2487671;WS=2487653;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:175,146:0.45:321
chr1	2487766	rs2227313	T	C	3578.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.802;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=403;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.366;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=68;NR=50;PP=1665;ReadPosRankSum=-0.598;SC=TGGACTGGAATGGTGCAGGGG;SOR=0.671;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=271;TCF=155;TCR=116;TR=118;WE=2487774;WS=2487756;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:214,178:0.45:392
chr1	2488153	rs4870	A	G	1320.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.400;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.713;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=32;PP=789;ReadPosRankSum=-0.169;SC=TCCACCCCCAAAACCGACGTC;SOR=0.788;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=96;TCF=27;TCR=69;TR=43;WE=2488161;WS=2488143;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,58:0.45:128
chr1	2490898	rs2257763	C	A	1979.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.384;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=400;ExcessHet=3.0103;FS=75.261;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.31;ReadPosRankSum=-0.073;SOR=2.731;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:231,142:0.38:373
chr1	2490942	rs2281852	C	A	4002.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-2.283;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=473;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.550;HP=4;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=99;NR=93;PP=2870;ReadPosRankSum=-1.601;SC=GACCTGCCTGCGGGACCCTGC;SOR=1.297;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=376;TCF=191;TCR=185;TR=192;WE=2490950;WS=2490932;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:260,207:0.44:467
chr1	2491205	rs2234161	C	T	7633.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.027;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=589;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=115;NR=108;PP=2962;ReadPosRankSum=3.681;SC=TGTCCTGGCCCGTGGATGGTG;SOR=0.678;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=367;TCF=191;TCR=176;TR=223;WE=2491213;WS=2491195;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:241,345:0.59:586
chr1	2494330	rs2234167	G	A	3746.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=1.470;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=382;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=57;PP=1668;ReadPosRankSum=0.154;SC=GATCGTCTCCGTCCAGGTATT;SOR=0.707;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=251;TCF=121;TCR=130;TR=114;WE=2494338;WS=2494320;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:191,187:0.49:378
chr1	2494785	rs8725	G	A	652.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.300;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.345;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=22;PP=487;ReadPosRankSum=1.184;SC=CCACCTGGCGGAACCACCGGA;SOR=1.032;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=51;TCF=8;TCR=43;TR=26;WE=2494793;WS=2494775;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,27:0.47:57
chr1	2518186	rs10752746	A	G	306.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.60;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr1	2522392	rs2296443	G	A	256.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=1.141;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=0;PP=80;ReadPosRankSum=0.231;SC=TCCGAGCAGCGGGTGGGCGTG;SOR=0.871;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=16;TCR=1;TR=6;WE=2522400;WS=2522382;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,13:0.42:31
chr1	2527678	rs2260976	A	G	4002.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=88;PP=2697;SC=TGGGCCTCTCAGGTGAGGTGT;SOR=3.056;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=102;TCF=14;TCR=88;TR=102;WE=2527686;WS=2527668;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chr1	2528133	rs2843401	T	C	13545.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=522;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=124;NR=176;PP=2965;SC=CAGCGCCTGGTGGGGCCACCC;SOR=0.911;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=301;TCF=125;TCR=176;TR=300;WE=2528141;WS=2528123;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,515:1.00:515
chr1	2529552	rs112057155	G	A	453.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-2.131;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=3;PP=264;ReadPosRankSum=0.611;SC=TGTGACCCTGGTGTGGACCTC;SOR=0.648;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=45;TCF=36;TCR=9;TR=18;WE=2529560;WS=2529544;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,22:0.45:49
chr1	2530341	rs34705971	A	AG	859.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=17;PP=756;SC=ATAAGAGAGAAGTGCAGGTAA;SOR=3.442;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=0;TCR=17;TR=17;WE=2530349;WS=2530331;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr1	2560735	rs4648657	A	G	3788.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=60;NR=35;PP=1810;SC=GAGAGCGGGCACGGGGACAGG;SOR=1.148;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=95;TCF=60;TCR=35;TR=95;WE=2560743;WS=2560725;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,146:1.00:146
chr1	2560882	rs4648658	G	A	9879.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=260;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=71;NR=81;PP=2935;SC=CTGCACGGCCGGCGCTCTCCA;SOR=0.837;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=154;TCF=73;TCR=81;TR=152;WE=2560890;WS=2560872;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,251:1.00:251
chr1	2560903	rs4648659	T	G	9436.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=235;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=64;NR=71;PP=2511;SC=CCATCCCCACTGGGCCTTCGG;SOR=0.812;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=135;TCF=64;TCR=71;TR=135;WE=2560911;WS=2560893;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,229:1.00:229
chr1	2573199	rs4648662	A	G	7946.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.092;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=307;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=97;NR=96;PP=2965;ReadPosRankSum=2.635;SC=AACTCCTGCAACTCGGCCAGG;SOR=0.707;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=193;TCF=97;TCR=96;TR=193;WE=2573207;WS=2573189;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,296:0.99:300
chr1	2700117	rs4648502	C	G	1311.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.583;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.842;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=11;PP=805;ReadPosRankSum=1.929;SC=TCCCCCACCCCTGCTTGCCCA;SOR=1.499;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=95;TCF=72;TCR=23;TR=55;WE=2700125;WS=2700107;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,65:0.50:130
chr1	2938265	rs4576609	C	T	868.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.583;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.972;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=10;PP=397;ReadPosRankSum=-0.812;SC=TTAATCCGCACGCTTTAGACT;SOR=0.413;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=76;TCF=55;TCR=21;TR=31;WE=2938273;WS=2938255;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,43:0.46:94
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chr1	2985885	rs7413494	C	G	772.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.926;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FS=1.905;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.54;ReadPosRankSum=-1.300;SOR=0.994;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:45,36:0.44:81
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chr1	3311212	rs2493253	C	G	1097.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=9;NR=18;PP=570;SC=ACCTGCCCCACGGGCATCAGC;SOR=1.292;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=27;TCF=9;TCR=18;TR=27;WE=3311220;WS=3311202;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr1	3311261	rs6702992	C	T	303.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=9;PP=217;SC=TCCACTTGCGCCTGCTACAAT;SOR=2.494;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=11;TCF=2;TCR=9;TR=11;WE=3311269;WS=3311251;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr1	3312914	rs871822	T	G	4113.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=2.671;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=448;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.104;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=61;PP=1886;ReadPosRankSum=0.065;SC=AGTTCCATAGTGGACCCTCTT;SOR=0.582;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=265;TCF=123;TCR=142;TR=120;WE=3312922;WS=3312904;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:239,200:0.46:439
chr1	3312963	rs12726710	C	T	3223.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.244;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=261;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.509;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=61;PP=1577;ReadPosRankSum=-1.616;SC=GGCCGAGCTGCGTCCACAGTG;SOR=0.795;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=183;TCF=77;TCR=106;TR=103;WE=3312971;WS=3312953;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:111,147:0.57:258
chr1	3328358	rs870124	T	C	37389.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=1389;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=385;NR=407;PP=2965;SC=ACCTCCCACATCGCTGCTCAA;SOR=0.734;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=792;TCF=385;TCR=407;TR=792;WE=3328366;WS=3328348;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,1382:1.00:1382
chr1	3342804	rs870171	G	T	8967.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=346;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=84;NR=100;PP=2965;SC=GAAAACTATCGCGGGCTGGGG;SOR=0.791;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=185;TCF=84;TCR=101;TR=184;WE=3342812;WS=3342794;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,342:1.00:342
chr1	3350134	rs10752734	T	C	67.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=3.008;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.717;NF=63;NR=11;PP=1619;ReadPosRankSum=2.263;SC=CCTGCCTGTCTGGGATGGCCC;SOR=1.071;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=85;TCF=74;TCR=11;TR=74;WE=3350142;WS=3350124;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,6:0.30:20
chr1	3350173	rs2493271	T	C	2298.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-2.433;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.562;HP=3;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.980;NF=67;NR=19;PP=1416;ReadPosRankSum=1.572;SC=CCTGCCTGTCTGGGATGGCCC;SOR=0.611;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=167;TCF=125;TCR=42;TR=86;WE=3350181;WS=3350163;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:103,107:0.51:210
chr1	3383593	rs3893316	G	T	1224.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=31;NR=6;PP=881;SC=CCCAGCCTGGGGCAGTCCCCT;SOR=3.003;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=31;TCR=6;TR=37;WE=3383601;WS=3383590;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr1	3383665	rs7550948	G	A	4600.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=89;NR=37;PP=2518;SC=CTCAGCTGGCGGGTTGCAGGG;SOR=1.525;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=128;TCF=91;TCR=37;TR=126;WE=3383673;WS=3383655;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,166:1.00:166
chr1	3383898	rs6424078	A	G	5145.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=32;NR=91;PP=2623;SC=GCCAGCTCCCAGAGGTAGCGC;SOR=1.547;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=123;TCF=32;TCR=91;TR=123;WE=3383906;WS=3383888;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,188:1.00:188
chr1	3385250	rs1417897	C	A	1515.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=36;NR=9;PP=922;SC=TGACCCAAGGCGGGTTACACA;SOR=2.259;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=45;TCF=36;TCR=9;TR=45;WE=3385258;WS=3385241;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr1	3385330	rs2493249	T	C	4312.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=58;NR=41;PP=1646;SC=ACCTGAGCCCTGTGGGGTGGC;SOR=0.995;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=99;TCF=58;TCR=41;TR=99;WE=3385338;WS=3385320;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,164:1.00:164
chr1	3389727	rs2185639	C	T	18120.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=700;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=179;NR=204;PP=2965;SC=CGCTGAGAAGCACTTCCACCC;SOR=0.767;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=384;TCF=180;TCR=204;TR=383;WE=3389735;WS=3389717;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,695:1.00:695
chr1	3390238	rs2493323	T	A	5811.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=54;NR=85;PP=2768;SC=GATGGCTTTATTAACCAGGAT;SOR=1.032;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=139;TCF=54;TCR=85;TR=139;WE=3390246;WS=3390228;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,216:1.00:216
chr1	3394456	rs4638054	T	C	3339.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=76;NR=26;PP=1933;SC=CACTGATCTCTGCCTCCCGGT;SOR=1.649;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=107;TCF=76;TCR=31;TR=102;WE=3394464;WS=3394446;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr1	3394640	rs4422946	A	G	5883.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=50;NR=94;PP=2965;SC=TGGACACTGGACCGCTGGCCC;SOR=1.222;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=146;TCF=51;TCR=95;TR=144;WE=3394648;WS=3394630;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,212:1.00:212
chr1	3394674	rs4534324	T	C	3160.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=22;NR=73;PP=1791;SC=TACAGGGAGTTGGCCCTGAGC;SOR=2.001;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=95;TCF=22;TCR=73;TR=95;WE=3394682;WS=3394664;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr1	3395039	rs10797395	G	A	14027.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=536;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=137;NR=147;PP=2965;SC=ACATCCAGGTGGAGAAGATAG;SOR=0.767;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=287;TCF=139;TCR=148;TR=284;WE=3395047;WS=3395029;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,531:1.00:531
chr1	3395229	rs4553117	T	C	1626.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=46;PP=1120;SC=ATTAGCTCCATGGGGACCGGG;SOR=3.575;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=51;TCF=5;TCR=46;TR=51;WE=3395237;WS=3395219;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr1	3395973	rs70938094	ACC	A	8679.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=36;NR=54;PP=2125;SC=CACCCCCACCACCCCCATCTC;SOR=0.828;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=92;TCF=36;TCR=56;TR=90;WE=3395986;WS=3395961;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,203:1.00:203
chr1	3396609	rs881978	C	T	1349.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=4;NR=35;PP=1017;SC=CGAGGGCTTCCTCAAAGGGAG;SOR=3.767;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=39;TCF=4;TCR=35;TR=39;WE=3396617;WS=3396599;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr1	3397188	rs2487677	T	C	2717.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=18;NR=56;PP=1783;SC=ACAGCCTGTCTCCAATCAGCA;SOR=2.033;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=74;TCF=18;TCR=56;TR=74;WE=3397196;WS=3397178;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
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chr1	3417131	rs2821031	A	G	6236.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.913;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=247;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.234;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=83;NR=64;PP=2790;ReadPosRankSum=0.627;SC=GTGTGTGTGCACGTGTGCATA;SOR=0.593;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=147;TCF=83;TCR=64;TR=147;WE=3417139;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,243:0.99:246
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chr1	3417960	rs4648507	G	A	5771.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=60;NR=65;PP=2347;SC=CTGGAGCCACGGCCGAGGAGG;SOR=0.768;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=126;TCF=61;TCR=65;TR=125;WE=3417968;WS=3417950;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,220:1.00:220
chr1	3418391	rs4648508	C	T	6664.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-1.097;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=667;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.521;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=95;NR=90;PP=2675;ReadPosRankSum=1.245;SC=TCCTCCCCGGCGGACACCGGC;SOR=0.608;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=371;TCF=199;TCR=172;TR=185;WE=3418399;WS=3418381;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:334,331:0.50:665
chr1	3418565	.	T	C	2321	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.68;FR=1.0000;HP=3;HapScore=1;MGOF=36;MMLQ=24;MQ=53.49;NF=27;NR=99;PP=2321;QD=18.696596925;SC=GGGCTCCTGGTGAGTGTGCCC;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=127;TCF=27;TCR=100;TR=126;WE=3418573;WS=3418555;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:1,126:0.99:127
chr1	3422137	rs115556978	G	A	989.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.703;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.865;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=31;PP=601;ReadPosRankSum=-1.323;SC=CCACAGAACCGTTGAGGGGGG;SOR=0.878;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=76;TCF=16;TCR=60;TR=39;WE=3422145;WS=3422127;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,48:0.49:97
chr1	3440647	rs2794322	T	C	2314.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=43;NR=19;PP=1238;SC=TAGGGATGGCTGAAGCCAGGA;SOR=1.423;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=62;TCF=43;TCR=19;TR=62;WE=3440655;WS=3440637;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr1	3440824	rs10797399	G	A	1443.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=2.048;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=224;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.431;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=30;PP=753;ReadPosRankSum=-0.563;SC=AGCAGGAATGGGGAAGGATCA;SOR=0.907;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=116;TCF=52;TCR=64;TR=49;WE=3440832;WS=3440814;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:140,78:0.36:218
chr1	3477414	rs138354618	GGGCT	G	691.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.944;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.219;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=10;PP=409;ReadPosRankSum=-0.595;SC=GGGGGTTGCTGGGCTGGCTGG;SOR=1.317;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=26;TCF=0;TCR=26;TR=10;WE=3477425;WS=3477404;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,19:0.45:42
chr1	3496328	rs2821051	T	C	1057.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=26;NR=10;PP=784;SC=CGACACATCCTCGCCCCTTGC;SOR=2.012;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=36;TCF=26;TCR=10;TR=36;WE=3496336;WS=3496318;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr1	3496479	rs2794340	T	C	3955.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=46;NR=54;PP=1581;SC=AAACAGAGGCTGGCGCTGCAT;SOR=0.814;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=100;TCF=46;TCR=54;TR=100;WE=3496487;WS=3496469;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,155:1.00:155
chr1	3511934	rs7513275	A	G	2656.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.310;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=265;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.949;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=37;PP=1395;ReadPosRankSum=1.585;SC=GGGCTGCTGCATCCACCCTCG;SOR=0.609;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=195;TCF=125;TCR=70;TR=99;WE=3511942;WS=3511924;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:126,135:0.52:261
chr1	3518944	rs7521546	T	C	1474.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.091;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=15;PP=616;ReadPosRankSum=-2.034;SC=GACGGGGTCCTGGCCTCAGCT;SOR=0.716;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=104;TCF=67;TCR=37;TR=46;WE=3518952;WS=3518934;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,71:0.50:141
chr1	3519179	rs2794330	C	T	3840.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.189;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=306;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.523;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=65;PP=1574;ReadPosRankSum=-0.231;SC=AACAGAGACACGGAGAGTCAG;SOR=0.847;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=188;TCF=76;TCR=112;TR=103;WE=3519187;WS=3519169;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:126,179:0.59:305
chr1	3527944	rs10797402	C	G	6709.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=244;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=89;NR=99;PP=2965;SC=CCCGCGCCCGCTCCGCGGAGC;SOR=0.770;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=188;TCF=89;TCR=99;TR=188;WE=3527952;WS=3527934;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,241:1.00:241
chr1	3528082	rs10797403	T	C	6859.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=266;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=71;NR=104;PP=2965;SC=TGCCCCGGACTCAGAGCCTGG;SOR=1.219;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=176;TCF=71;TCR=105;TR=175;WE=3528090;WS=3528072;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,260:1.00:260
chr1	3545175	rs147637374	GTTCTGGGAGCTCCTCCCCC	G	531.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.395;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.431;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.185;NF=0;NR=10;PP=2925;ReadPosRankSum=-1.360;SC=TAGCCGCTGCGTTCTGGGAGC;SOR=0.216;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=44;TCF=0;TCR=44;TR=10;WE=3545201;WS=3545165;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,15:0.44:34
chr1	3548136	rs2760321	T	C	2837.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.252;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=319;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=51;PP=1233;ReadPosRankSum=0.422;SC=CCCACTGAAATGCGCGCACTG;SOR=0.689;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=186;TCF=83;TCR=103;TR=93;WE=3548144;WS=3548126;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:167,145:0.46:312
chr1	3563428	rs76161888	C	T	2060.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.952;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.198;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=48;PP=1050;ReadPosRankSum=-0.525;SC=TTAAACGCAGCGGAGACCCGA;SOR=0.806;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=137;TCF=52;TCR=85;TR=76;WE=3563436;WS=3563418;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,97:0.55:176
chr1	3563512	rs34514629	GC	G	1174.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=26;PP=1182;SC=CTTAAAACCAGCAGAGACCCG;SOR=3.407;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=27;TCF=1;TCR=26;TR=27;WE=3563520;WS=3563502;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr1	3566625	rs145464993	AGCAGGCTG	A	1385.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=2.295;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.881;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.599;NF=0;NR=20;PP=2966;ReadPosRankSum=2.136;SC=CTGGGCGCGCAGCAGGCTGCA;SOR=1.402;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=40;TCF=0;TCR=40;TR=20;WE=3566640;WS=3566615;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,38:0.45:85
chr1	3566706	rs2251098	G	A	651.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=71;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=20;PP=479;SC=AGCGCCGCCGGCTTCCGCGCG;SOR=4.804;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=21;TCF=1;TCR=20;TR=21;WE=3566714;WS=3566696;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr1	3598900	rs2273953	G	A	7833.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.182;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=383;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=20.62;ReadPosRankSum=0.183;SOR=0.692;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:173,207:0.54:380
chr1	3598910	rs1801173	C	T	7799.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.492;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=387;ExcessHet=3.0103;FS=1.658;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=20.31;ReadPosRankSum=1.739;SOR=0.775;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:181,203:0.53:384
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chr1	3640085	rs6424091	C	G	1297.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.49;QD=29.49;SOR=1.364;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr1	3640134	rs35939665	TCTGC	T	350.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=32;PP=1606;SC=AGTTGGCTGATCTGCCTGCCT;SOR=4.615;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=36;TCF=0;TCR=36;TR=32;WE=3640145;WS=3640124;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr1	3644085	rs10910017	G	A	921.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=2.633;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.567;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=10;PP=610;ReadPosRankSum=1.911;SC=TGTGGTGACCGAGGGCTCTCA;SOR=1.159;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=67;TCF=48;TCR=19;TR=38;WE=3644093;WS=3644075;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,40:0.58:69
chr1	3644349	rs2181486	A	G	4170.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=32;NR=81;PP=2535;SC=GCGGCCGGCCAGGGGAACTGG;SOR=1.593;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=113;TCF=32;TCR=81;TR=113;WE=3644357;WS=3644339;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,147:1.00:147
chr1	3644374	rs2146657	A	G	2436.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=16;NR=52;PP=1561;SC=GTGTGGGAGGAGAAGGGGACA;SOR=1.845;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=68;TCF=16;TCR=52;TR=68;WE=3644382;WS=3644364;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr1	3645835	rs2254530	C	A	2660.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.324;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=2.751;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=41.57;ReadPosRankSum=-1.300;SOR=1.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,62:0.97:64
chr1	3645844	rs2096224	G	A	3012.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.100;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FS=2.765;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=39.13;ReadPosRankSum=-1.234;SOR=1.771;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,75:0.97:77
chr1	3646137	rs11589885	C	T	9918.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.868;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=370;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=124;NR=136;PP=2965;ReadPosRankSum=1.659;SC=GCAGCAGGGTCCAGAGCAGAG;SOR=0.738;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=260;TCF=124;TCR=136;TR=260;WE=3646145;WS=3646127;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,364:0.99:366
chr1	3646192	rs1885867	G	A	14257.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.841;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=348;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=31;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=102;NR=129;PP=2965;ReadPosRankSum=0.181;SC=AGCACTTGGGGCTGCCCTGGG;SOR=0.829;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=231;TCF=102;TCR=129;TR=231;WE=3646200;WS=3646182;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,344:0.99:346
chr1	3646214	rs1885866	T	C	13903.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.805;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=328;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=40;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=88;NR=126;PP=2965;ReadPosRankSum=1.788;SC=CCCTGGGTCATGGCCCTTGCT;SOR=0.939;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=215;TCF=88;TCR=127;TR=214;WE=3646222;WS=3646204;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,324:0.99:326
chr1	3646291	rs1885865	G	A	6450.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=239;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=60;NR=81;PP=2947;SC=GGTGGCCAGAGTGACCATGAC;SOR=0.894;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=141;TCF=60;TCR=81;TR=141;WE=3646299;WS=3646281;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,238:1.00:238
chr1	3647962	rs1745813	T	C	2564.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=41;NR=21;PP=1127;SC=CTCTCAGAGATGGGGGCTCGC;SOR=1.227;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=62;TCF=41;TCR=21;TR=62;WE=3647970;WS=3647952;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr1	3659657	rs2298222	G	A	2811.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-2.102;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=255;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.234;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=33;PP=1296;ReadPosRankSum=-0.671;SC=AGAGGCCGCCGGGAACAGGCA;SOR=0.460;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=161;TCF=108;TCR=53;TR=92;WE=3659665;WS=3659647;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:112,138:0.55:250
chr1	3662845	rs3737589	A	G	359.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=3.388;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.576;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=10;PP=199;ReadPosRankSum=1.109;SC=GAGTTACCCTACAGACCAGTA;SOR=2.284;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=26;TCF=6;TCR=20;TR=10;WE=3662853;WS=3662835;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,15:0.48:31
chr1	3669201	rs10797410	A	G	13147.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.789;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=745;ExcessHet=3.0103;FS=0.522;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.74;ReadPosRankSum=1.201;SOR=0.651;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:396,345:0.47:741
chr1	3669205	rs10910021	C	G	13072.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.239;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=738;ExcessHet=3.0103;FS=0.522;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.83;ReadPosRankSum=1.162;SOR=0.650;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:391,342:0.47:733
chr1	3672156	rs4648555	C	A	1713.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-1.330;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.403;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=46;PP=992;ReadPosRankSum=-0.991;SC=AGGGCCTCTGCCTGCACCTGC;SOR=0.870;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=135;TCF=38;TCR=97;TR=63;WE=3672164;WS=3672146;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,77:0.50:155
chr1	3673496	rs4648405	T	G	129.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.050;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=4;PP=52;ReadPosRankSum=-2.232;SC=CCCACCCCTCTCTCTGCGTCC;SOR=0.569;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=11;TCF=1;TCR=10;TR=5;WE=3673504;WS=3673486;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,7:0.47:15
chr1	3677933	rs1181883	T	C	1979.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.527;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.164;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=38;PP=773;ReadPosRankSum=-0.388;SC=GCCCTGAAGATGCAGCTGAAA;SOR=0.832;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=120;TCF=54;TCR=66;TR=65;WE=3677941;WS=3677923;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,97:0.54:181
chr1	3679139	rs1181879	T	C	1108.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.430;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.60;ReadPosRankSum=2.219;SOR=0.648;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,30:0.48:63
chr1	3679146	rs4648556	G	A	1217.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.182;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=0.899;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.91;ReadPosRankSum=0.160;SOR=0.582;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,35:0.51:68
chr1	3679307	rs4648557	T	C	229.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-1.095;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=7;PP=90;ReadPosRankSum=-1.189;SC=AGGCACGCAGTGGGGGACCCG;SOR=0.631;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=15;TCF=2;TCR=13;TR=8;WE=3679315;WS=3679297;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,12:0.57:21
chr1	3679775	rs10910024	C	T	1236.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.118;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.686;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=23;PP=556;ReadPosRankSum=2.193;SC=GTGGAGGACACGGGTGCCTGG;SOR=0.790;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=74;TCF=38;TCR=36;TR=45;WE=3679783;WS=3679765;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,63:0.54:117
chr1	3683083	rs374337995	TTC	T	4440.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.968;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=248;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.539;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=35;PP=1989;ReadPosRankSum=-1.044;SC=AAGCCAACCCTTCTGTCTCCT;SOR=0.585;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=102;TCF=29;TCR=73;TR=48;WE=3683092;WS=3683073;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:130,116:0.47:246
chr1	3701491	rs2996426	A	G	252.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.803;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.87;ReadPosRankSum=1.590;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,13:0.76:17
chr1	3701557	rs34940702	CA	C	39.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.933;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.20;MQRankSum=1.608;QD=0.81;ReadPosRankSum=-0.301;SOR=0.536;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,12:0.24:49
chr1	3703337	rs2368537	G	C	1085.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=28;NR=6;PP=697;SC=CGGACACGCTGGCCTCAGGAT;SOR=2.712;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=36;TCF=28;TCR=8;TR=34;WE=3703345;WS=3703330;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr1	3703695	rs376974812	G	A	10727.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.636;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=588;ExcessHet=3.0103;FS=0.516;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.40;ReadPosRankSum=-0.390;SOR=0.716;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:300,283:0.49:583
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chr1	3732782	rs6703035	T	C	1143.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=2.218;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.807;HP=5;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=11;PP=688;ReadPosRankSum=-0.031;SC=CGGGGATGCTTTTTTGAATAA;SOR=0.854;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=69;TCF=49;TCR=20;TR=38;WE=3732790;WS=3732772;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,49:0.51:96
chr1	3742824	rs199670608	TTA	T	1889.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.065;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.668;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.954;NF=14;NR=15;PP=1137;ReadPosRankSum=0.874;SC=TTCCTACCTTTTATGATGACT;SOR=0.596;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=66;TCF=35;TCR=31;TR=29;WE=3742833;WS=3742814;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,58:0.45:130
chr1	3743109	rs2275834	A	G	2487.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-6.941;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.958;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=7;PP=1000;ReadPosRankSum=-0.204;SC=AAAAGGTAGCATGTTTTCCAT;SOR=1.022;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=141;TCF=122;TCR=19;TR=63;WE=3743117;WS=3743099;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,67:0.45:149
chr1	3743132	rs4648344	T	C	4096.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.471;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=274;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.505;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=88;NR=25;PP=1928;ReadPosRankSum=-3.803;SC=AGCTGGGAGATGGCTGAGGTG;SOR=0.734;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=233;TCF=179;TCR=54;TR=113;WE=3743140;WS=3743122;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:132,140:0.51:272
chr1	3743319	rs6663840	G	A	7473.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.582;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=761;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQ=60.01;MQRankSum=1.012;NF=105;NR=145;PP=2962;ReadPosRankSum=2.834;SC=CTAAGACACAGAAACAGTGAG;SOR=0.703;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=483;TCF=200;TCR=283;TR=250;WE=3743327;WS=3743309;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:373,366:0.50:739
chr1	3743350	rs58111155	G	C	5816.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.702;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=521;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.532;HP=1;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQ=60.02;MQRankSum=0.964;NF=70;NR=117;PP=2962;ReadPosRankSum=0.790;SC=AAGGGCTGCAGTGTGAGTGAG;SOR=0.592;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=359;TCF=127;TCR=232;TR=187;WE=3743358;WS=3743340;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:246,267:0.52:513
chr1	3743433	rs5772126	T	TG	4335.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=77;PP=2972;SC=TTCTACTGGCTGGCAAGGTGG;SOR=2.172;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=90;TCF=3;TCR=87;TR=80;WE=3743441;WS=3743423;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr1	3745787	rs2275832	T	C	3185.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.307;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=289;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.249;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=33;PP=1562;ReadPosRankSum=0.001;SC=CAAAATACATTTCAGCTAAAA;SOR=0.880;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=171;TCF=108;TCR=63;TR=94;WE=3745795;WS=3745777;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:136,148:0.52:284
chr1	3746583	rs2275828	G	T	1430.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.360;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FS=1.447;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.92;ReadPosRankSum=0.000;SOR=0.547;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:62,69:0.53:131
chr1	3746589	rs2275826	C	G	4133.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=36.91;SOR=1.547;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr1	3747580	rs6424058	C	T	382.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-3.077;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=1;PP=239;ReadPosRankSum=-1.525;SC=TGCTGGGCCGCGTGGTGTGTC;SOR=0.515;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=24;TCF=23;TCR=1;TR=14;WE=3747588;WS=3747570;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,17:0.57:30
chr1	3747603	rs6413779	T	C	1429.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=31;NR=10;PP=797;SC=ACGCGAGGTCTGCTTACCTTC;SOR=2.004;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=42;TCF=32;TCR=10;TR=41;WE=3747611;WS=3747593;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr1	3751459	rs112306922	C	A	1595.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.852;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.456;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=17;PP=848;ReadPosRankSum=-0.746;SC=TCCATGCACGCTGGAGCCAGC;SOR=0.526;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=104;TCF=71;TCR=33;TR=51;WE=3751467;WS=3751449;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,71:0.53:133
chr1	3751728	rs34966926	G	GT	170.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.506;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=12.013;HP=13;HapScore=3;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=15;PP=193;ReadPosRankSum=1.121;SC=TGAAGGCTTTGTTTTTTTTTT;SOR=3.486;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=33;TCF=1;TCR=32;TR=15;WE=3751736;WS=3751718;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,14:0.41:34
chr1	3753013	rs12746541	G	C	95.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.200;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.07;MQRankSum=0.674;QD=9.58;ReadPosRankSum=-1.559;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,5:0.50:10
chr1	3753136	rs2275824	A	T	3410.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-0.893;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=356;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.158;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.980;NF=41;NR=60;PP=1646;ReadPosRankSum=-0.881;SC=GGCTCCCCTAACATGCCTCCC;SOR=0.606;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=207;TCF=94;TCR=113;TR=101;WE=3753144;WS=3753126;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:179,174:0.49:353
chr1	3755675	rs1891941	T	C	26368.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=981;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=219;NR=322;PP=2965;SC=TCCCAAGGCGTTCACCAACCT;SOR=0.932;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=543;TCF=219;TCR=324;TR=541;WE=3755683;WS=3755665;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,975:1.00:975
chr1	3756120	rs1539649	A	G	598.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-1.420;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.050;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=9;PP=461;ReadPosRankSum=0.469;SC=CTAAGTATACATAAAACCTAT;SOR=0.974;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=78;TCF=57;TCR=21;TR=34;WE=3756128;WS=3756110;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,33:0.40:83
chr1	3759784	rs10797347	A	G	3101.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=45;NR=50;PP=1792;SC=TGGCAAGGGAACCACTGTCCC;SOR=0.836;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=95;TCF=45;TCR=50;TR=95;WE=3759792;WS=3759774;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr1	3759889	.	T	TAA	70.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.515;ClippingRankSum=0.000;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=1.999;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.63;MQRankSum=0.000;QD=3.37;ReadPosRankSum=1.341;SOR=0.260;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,8:0.38:21
chr1	3759937	rs10909801	A	G	94.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.291;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.79;MQRankSum=-0.000;QD=11.85;ReadPosRankSum=-1.415;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,4:0.50:8
chr1	3759940	.	A	ATTT	64.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.63;MQRankSum=-0.000;QD=9.25;ReadPosRankSum=-1.006;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,3:0.43:7
chr1	3761479	rs2275822	C	T	1308.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.191;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=18;PP=613;ReadPosRankSum=0.672;SC=ACCTGGCGTACGTTCCTTCTA;SOR=0.704;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=83;TCF=49;TCR=34;TR=45;WE=3761487;WS=3761469;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,65:0.52:125
chr1	3761650	rs2275821	A	G	1711.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=27;PP=988;SC=GCAAGGTTCAATGATCCTCAT;SOR=1.107;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=44;TCF=17;TCR=27;TR=44;WE=3761658;WS=3761640;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr1	3765095	.	C	CAAAAA	134.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.544;ClippingRankSum=0.000;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.30;MQRankSum=1.693;QD=4.81;ReadPosRankSum=-0.301;SOR=0.323;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,7:0.25:28
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chr1	3774130	rs34891610	A	G	4210.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.751;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=20.15;ReadPosRankSum=-1.371;SOR=0.660;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:100,109:0.52:209
chr1	3774138	rs12723005	T	C	4391.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.573;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=235;ExcessHet=3.0103;FS=0.484;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.35;ReadPosRankSum=0.559;SOR=0.657;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:108,119:0.52:227
chr1	3774296	rs12722891	A	G	1116.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-2.645;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.168;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=29;PP=640;ReadPosRankSum=1.129;SC=CCGCTGGGCTAGGCGGGGACG;SOR=0.409;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=75;TCF=21;TCR=54;TR=43;WE=3774304;WS=3774286;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,49:0.60:82
chr1	3774312	rs12726906	T	C	938.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=3.122;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=26;PP=590;ReadPosRankSum=-1.024;SC=GGACGGCCCGTCGGGGAGGCG;SOR=0.871;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=53;TCF=6;TCR=47;TR=30;WE=3774320;WS=3774302;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,35:0.61:57
chr1	3775454	rs4376673	C	G	4187.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=30;NR=77;PP=2356;SC=TGGCACTCTCCGAGGTCCTGG;SOR=1.594;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=107;TCF=30;TCR=77;TR=107;WE=3775462;WS=3775444;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,150:1.00:150
chr1	3782608	rs10909809	C	T	485.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.748;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=13;PP=386;ReadPosRankSum=0.057;SC=TTCTTTGGAGCCTGAGGTGCC;SOR=0.793;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=35;TCF=14;TCR=21;TR=21;WE=3782616;WS=3782598;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,21:0.49:43
chr1	3786189	rs1141070	G	A	5395.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.737;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=102;NR=65;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.930;SC=ACCCCTCCACGGTGGGTGCGG;SOR=1.118;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=167;TCF=102;TCR=65;TR=167;WE=3786197;WS=3786179;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,205:0.99:207
chr1	3788968	rs111645751	G	A	3253.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=3;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=69;NR=18;PP=1858;SC=AGAGCGAGGCGCTGTCTCAAG;SOR=2.327;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=90;TCF=69;TCR=21;TR=87;WE=3788986;WS=3788958;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr1	3788978	.	G	GA	179.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.837;ClippingRankSum=0.000;DP=140;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.15;MQRankSum=2.345;QD=1.45;ReadPosRankSum=1.825;SOR=0.680;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:95,29:0.23:124
chr1	3789194	.	G	GCGGCCC	8166.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.688;ClippingRankSum=0.000;DP=211;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=39.84;ReadPosRankSum=2.187;SOR=1.070;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,203:0.99:205
chr1	3789195	.	T	C	1764	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;FR=1.0000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=49;NR=89;PP=1764;QD=13.034574004;SC=GTCCCTGCCGTGGCCCTGTCC;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=140;TCF=50;TCR=90;TR=138;WE=3789203;WS=3789168;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:2,138:0.99:140
chr1	3789195	.	T	TGTCCCTGCCGC	8167.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.779;ClippingRankSum=0.000;DP=192;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=42.76;ReadPosRankSum=2.283;SOR=1.102;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,189:0.99:191
chr1	3789211	.	AT	GC	2944	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;FR=0.5000;HP=2;HapScore=1;MGOF=89;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=26;NR=39;PP=2944;QD=20;SC=TGTCCCTGCCATGGCCCTGTC;SbPval=0.24;Source=Platypus;TC=106;TCF=35;TCR=71;TR=65;WE=3789220;WS=3789201;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:41,65:0.61:106
chr1	3789229	.	C	T	1126	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;FR=0.5000;HP=2;HapScore=1;MGOF=120;MMLQ=26;MQ=60.0;NF=19;NR=29;PP=1126;QD=24.1827335947;SC=GTCCCTGCCACGGCCCTGTCC;SbPval=0.19;Source=Platypus;TC=91;TCF=28;TCR=63;TR=48;WE=3789237;WS=3789219;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:43,48:0.53:91
chr1	3800242	rs3205087	A	G	4086.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.400;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=563;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.530;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=78;NR=70;PP=2050;ReadPosRankSum=0.996;SC=ACTGTGACCCAAGCAGAATCT;SOR=0.774;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=328;TCF=168;TCR=160;TR=148;WE=3800250;WS=3800232;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:334,222:0.40:556
chr1	3806643	rs4520357	T	A	3405.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=4.204;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=331;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.629;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=69;PP=1768;ReadPosRankSum=-1.305;SC=AGGTCCTTAGTGGAGAAGAAA;SOR=1.053;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=197;TCF=67;TCR=130;TR=95;WE=3806651;WS=3806633;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:166,156:0.48:322
chr1	3807593	rs4274008	G	C	8870.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=331;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=94;NR=125;PP=2965;SC=GGACGTTCGCGTGTCTGTGGC;SOR=0.928;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=219;TCF=94;TCR=125;TR=219;WE=3807601;WS=3807583;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,329:1.00:329
chr1	3809423	rs11807227	G	A	5040.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=2.862;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=529;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=82;NR=65;PP=2182;ReadPosRankSum=1.914;SC=GGATCTTGGCGTTCTCCACGG;SOR=0.741;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=330;TCF=182;TCR=148;TR=147;WE=3809431;WS=3809413;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:276,248:0.47:524
chr1	3816854	rs61770363	G	A	2154.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.821;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FS=0.586;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.17;ReadPosRankSum=1.586;SOR=0.764;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:82,95:0.54:177
chr1	3816892	.	TCCC	T	985.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.788;ClippingRankSum=0.000;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=22.92;ReadPosRankSum=3.471;SOR=1.061;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,36:0.84:43
chr1	3816896	.	C	T	125.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.867;ClippingRankSum=0.000;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.34;ReadPosRankSum=1.516;SOR=0.264;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,10:0.34:29
chr1	3816897	.	C	T	125.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-1.163;ClippingRankSum=0.000;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.34;ReadPosRankSum=1.670;SOR=0.518;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,13:0.45:29
chr1	4772717	rs242056	G	A	3534.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.775;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=375;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.767;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=83;PP=1914;ReadPosRankSum=1.061;SC=CAGCAACAACGGGGAAGTCAC;SOR=0.942;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=232;TCF=74;TCR=158;TR=117;WE=4772725;WS=4772707;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:196,172:0.47:368
chr1	4829835	rs2072901	A	G	880.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-2.256;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.796;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=18;PP=560;ReadPosRankSum=1.423;SC=GGGGGGATGCACCTCCACCTT;SOR=0.294;SbPval=0.26;Source=Platypus;TC=81;TCF=54;TCR=27;TR=44;WE=4829843;WS=4829825;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,45:0.52:86
chr1	4834420	rs12747519	C	T	774.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=2.416;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=8;PP=519;ReadPosRankSum=1.955;SC=AGGCCTGCCCCGGCTTGCCTA;SOR=1.047;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=73;TCF=54;TCR=19;TR=33;WE=4834428;WS=4834410;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,36:0.42:86
chr1	4834606	rs389959	T	C	2475.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.453;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.514;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=46;PP=972;ReadPosRankSum=-1.094;SC=AGACGCCGTGTGTCTGTTTCA;SOR=0.633;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=138;TCF=56;TCR=82;TR=79;WE=4834614;WS=4834596;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,121:0.57:211
chr1	4847845	rs4654460	G	A	14787.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.185;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=580;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=170;NR=195;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.913;SC=CTTGGCCCACGGGGCACGGGC;SOR=0.796;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=369;TCF=172;TCR=197;TR=365;WE=4847853;WS=4847835;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:6,551:0.99:557
chr1	5716287	rs371436567	GA	G	55.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.611;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=6.97;ReadPosRankSum=1.345;SOR=1.270;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,3:0.38:8
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chr1	5925040	rs11121682	G	A	733.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.570;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=3;PP=447;ReadPosRankSum=-0.756;SC=CAGCGTCTGCGCGCTGGAGGC;SOR=1.244;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=21;TCF=18;TCR=3;TR=20;WE=5925048;WS=5925030;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,27:0.96:28
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chr1	5927738	rs2297791	G	A	1111.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=31;NR=4;PP=816;SC=ACCCTCAAGAGGTATCTACTT;SOR=3.202;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=36;TCF=32;TCR=4;TR=35;WE=5927746;WS=5927734;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr1	5934490	rs868163	A	G	9732.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=387;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=133;NR=89;PP=2965;SC=TCCCACCGTCATCAGCCAAAT;SOR=0.951;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=222;TCF=133;TCR=89;TR=222;WE=5934498;WS=5934480;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,380:1.00:380
chr1	5934837	rs1287638	C	T	1476.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=33;NR=12;PP=985;SC=CAAATCGCCCCGGCTCTCGGG;SOR=2.256;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=45;TCF=33;TCR=12;TR=45;WE=5934845;WS=5934827;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr1	5935162	rs1287637	A	T	3528.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=37;NR=40;PP=1477;SC=CTGCTGCGCCAGCAGACAAGA;SOR=0.754;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=77;TCF=37;TCR=40;TR=77;WE=5935170;WS=5935152;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,134:1.00:134
chr1	5935222	rs963030	T	C	2125.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=21;NR=33;PP=1147;SC=CAAGGGGCTATTGCTGGCTGC;SOR=1.079;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=54;TCF=21;TCR=33;TR=54;WE=5935230;WS=5935212;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr1	5937327	rs3747990	C	T	9471.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=0.619;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=369;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=105;NR=85;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.192;SC=TGTCCACGTCCGCCAGCTTCT;SOR=0.791;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=192;TCF=106;TCR=86;TR=190;WE=5937335;WS=5937317;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,363:0.99:365
chr1	5937391	rs3747989	C	T	7037.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=275;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=78;NR=101;PP=2965;SC=GTCAGGTAGACGTGCAGTGTC;SOR=0.873;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=179;TCF=78;TCR=101;TR=179;WE=5937399;WS=5937381;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,275:1.00:275
chr1	5939544	rs11121915	T	G	12775.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=483;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=161;NR=128;PP=2965;SC=CAACATAGGGTACTTCAACTT;SOR=0.864;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=289;TCF=161;TCR=128;TR=289;WE=5939552;WS=5939534;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,478:1.00:478
chr1	5947308	rs41280814	G	A	5644.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.126;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=118;NR=31;PP=2965;ReadPosRankSum=1.508;SC=GGGGTTGGGCGGCCGCTGGAG;SOR=1.098;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=151;TCF=120;TCR=31;TR=149;WE=5947316;WS=5947298;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,197:0.99:198
chr1	5948677	rs2282281	G	A	7698.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=289;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=78;NR=83;PP=2965;SC=TCTCCTTTAGGGAACAGCCAA;SOR=0.707;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=163;TCF=79;TCR=84;TR=161;WE=5948685;WS=5948667;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,284:1.00:284
chr1	5951013	rs34248917	C	T	5282.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-1.233;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=66;PP=2179;ReadPosRankSum=1.702;SC=GGCCAGGTAGCGGGCAAAGCA;SOR=0.280;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=117;TCF=50;TCR=67;TR=116;WE=5951021;WS=5951003;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,201:1.00:202
chr1	5964991	rs3737234	T	C	2657.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=19;NR=74;PP=1766;SC=GAGGCTGCCGTGGTCACCAAT;SOR=2.549;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=93;TCF=19;TCR=74;TR=93;WE=5964999;WS=5964981;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr1	5965381	rs12120967	C	T	11189.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.770;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=420;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=145;NR=109;PP=2965;ReadPosRankSum=0.600;SC=GTAGCACCATCTCGTTGCTTT;SOR=0.307;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=258;TCF=149;TCR=109;TR=254;WE=5965389;WS=5965371;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,416:1.00:417
chr1	5987696	rs7520105	T	C	9516.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=373;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=120;NR=104;PP=2965;SC=GTCAGCTCTCTGGAAACACTT;SOR=0.761;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=225;TCF=120;TCR=105;TR=224;WE=5987704;WS=5987686;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,366:1.00:366
chr1	6038583	rs4908639	G	C	1775.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=12;NR=44;PP=1258;SC=ATATCAGCACGCTGGTTTCCT;SOR=2.419;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=56;TCF=12;TCR=44;TR=56;WE=6038591;WS=6038573;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr1	6145365	rs2294936	A	G	1542.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=36;PP=991;SC=GAACTATCCCAGGGTCAGCCT;SOR=2.480;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=45;TCF=9;TCR=36;TR=45;WE=6145373;WS=6145355;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr1	6150637	rs12081978	C	T	566.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=3.570;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=18;PP=382;ReadPosRankSum=0.854;SC=GCTGGGCACCCGGGTGAGCCG;SOR=0.502;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=50;TCF=8;TCR=42;TR=22;WE=6150645;WS=6150627;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,25:0.45:55
chr1	6154417	rs2294932	C	T	2000.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.432;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.244;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=25;PP=900;ReadPosRankSum=0.765;SC=GGCCCTGAGCCCTGGCTGCCC;SOR=0.848;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=117;TCF=69;TCR=48;TR=65;WE=6154425;WS=6154407;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,95:0.58:165
chr1	6155332	rs1555144	T	C	1985.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=48;NR=18;PP=1363;SC=CCCGGCAGCCTCCCGCCTGCT;SOR=1.931;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=66;TCF=48;TCR=18;TR=66;WE=6155340;WS=6155322;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr1	6157282	rs749434	C	T	1064.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.119;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.048;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=6;PP=734;ReadPosRankSum=1.484;SC=CCATCAGGGGCCCCTGTGGTG;SOR=1.342;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=65;TCF=52;TCR=13;TR=39;WE=6157290;WS=6157272;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,44:0.60:73
chr1	6157434	rs2311802	C	T	4031.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=2.776;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=414;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=73;NR=57;PP=2054;ReadPosRankSum=0.216;SC=GTGAGAGGCCCTGCTGGGCAG;SOR=0.708;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=269;TCF=151;TCR=118;TR=130;WE=6157442;WS=6157424;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:212,187:0.47:399
chr1	6158562	rs2229002	A	G	12292.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-2.154;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=481;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=143;NR=140;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.183;SC=CGAAACTGTCATCTTCCATTA;SOR=0.236;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=284;TCF=144;TCR=140;TR=283;WE=6158570;WS=6158552;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,478:1.00:479
chr1	6162054	rs6696489	T	C	2438.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=18;NR=48;PP=1548;SC=CTGGCGCGCCTTGCACCCAGC;SOR=1.939;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=66;TCF=18;TCR=48;TR=66;WE=6162062;WS=6162044;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr1	6170353	rs2281303	C	T	1318.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.016;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FS=2.419;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.09;MQRankSum=0.953;QD=10.81;ReadPosRankSum=2.428;SOR=1.001;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:57,65:0.53:122
chr1	6170424	rs78789357	CG	C	3865.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.478;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=242;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.557;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=2.094;NF=18;NR=35;PP=1988;ReadPosRankSum=-0.130;SC=CTCCCTGCCCCGTGCAGCCCT;SOR=0.595;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=100;TCF=38;TCR=62;TR=53;WE=6170432;WS=6170414;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:124,115:0.48:239
chr1	6172875	rs4908515	G	A	481.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=2.005;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=6;PP=322;ReadPosRankSum=0.515;SC=CCAAGGGGACGGCGCCTGGGA;SOR=0.811;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=44;TCF=30;TCR=14;TR=20;WE=6172883;WS=6172865;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,23:0.46:50
chr1	6173649	rs2785580	A	G	136.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-0.311;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.935;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=7;PP=116;ReadPosRankSum=0.513;SC=TGGAACTTGGAGCTGTGTCTC;SOR=2.655;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=22;TCF=5;TCR=17;TR=8;WE=6173657;WS=6173639;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,7:0.33:21
chr1	6184092	rs2843493	A	G	2617.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.129;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=235;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.013;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=37;PP=1318;ReadPosRankSum=-0.038;SC=ACCTCGCCCGACTTCTTCCCC;SOR=0.601;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=151;TCF=89;TCR=62;TR=84;WE=6184100;WS=6184082;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:110,124:0.53:234
chr1	6184192	rs2273041	A	G	2615.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.245;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.68;ReadPosRankSum=-1.213;SOR=0.707;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:102,122:0.54:224
chr1	6184286	rs2273040	A	G	729.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=2.060;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.085;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=15;PP=381;ReadPosRankSum=0.430;SC=GGTAGCTGCTACCTCCGCCCA;SOR=0.914;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=46;TCF=14;TCR=32;TR=21;WE=6184294;WS=6184276;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,30:0.54:56
chr1	6185064	rs55930553	G	A	1016.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=2.762;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.976;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=9;PP=725;ReadPosRankSum=-0.194;SC=TCATCCTGGCGGAAGCAAATG;SOR=1.006;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=80;TCF=60;TCR=20;TR=41;WE=6185072;WS=6185054;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,45:0.51:88
chr1	6185532	rs2273037	G	A	2326.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.779;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.745;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=25;PP=1254;ReadPosRankSum=-0.887;SC=CCATACCCCAGGGGCAGCAGG;SOR=0.855;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=139;TCF=87;TCR=52;TR=73;WE=6185540;WS=6185522;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:95,109:0.53:204
chr1	6186961	rs2746060	A	G	1412.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=42;PP=1148;SC=TGATCACCCCAGCCCTAGCTA;SOR=5.376;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=43;TCF=1;TCR=42;TR=43;WE=6186969;WS=6186951;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr1	6188044	rs3215558	TG	T	289.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.861;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.337;NF=10;NR=0;PP=217;ReadPosRankSum=-0.865;SC=GTGGACACAGTGGGGGGCGGG;SOR=0.315;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=26;TCF=24;TCR=2;TR=10;WE=6188052;WS=6188041;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,14:0.38:37
chr1	6188377	rs72632513	G	A	727.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-2.749;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=19;PP=450;ReadPosRankSum=-1.053;SC=CCCATCCCCAGCAGGGGCTGC;SOR=0.624;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=50;TCF=17;TCR=33;TR=29;WE=6188385;WS=6188367;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,34:0.56:61
chr1	6188546	rs2273034	G	A	1320.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-2.047;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.591;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=15;PP=666;ReadPosRankSum=-1.388;SC=GGCTGGGCTGGGTTGGCCCCT;SOR=0.762;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=118;TCF=77;TCR=41;TR=46;WE=6188554;WS=6188536;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:99,69:0.41:168
chr1	6188779	rs2273033	G	C	1473.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.900;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.053;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=33;PP=803;ReadPosRankSum=0.777;SC=AGATACAGGTGGGGGGTGCAG;SOR=0.983;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=111;TCF=51;TCR=60;TR=55;WE=6188787;WS=6188769;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,68:0.49:138
chr1	6195493	rs2250504	G	A	1209.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.350;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=30;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=34;PP=800;ReadPosRankSum=2.216;SC=TAACAGCCAGGAGCAGAGGAC;SOR=0.735;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=74;TCF=13;TCR=61;TR=41;WE=6195501;WS=6195483;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,50:0.56:90
chr1	6196493	rs7526887	A	G	38.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.949;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=2.98;ReadPosRankSum=-1.728;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,4:0.31:13
chr1	6196517	rs7513548	G	A	142.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.563;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.14;ReadPosRankSum=-1.051;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,9:0.45:20
chr1	6196869	rs2250358	A	G	1825.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.797;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.509;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=28;PP=796;ReadPosRankSum=-1.422;SC=TGGCCTGGTCAATGGTGATGA;SOR=0.633;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=120;TCF=57;TCR=63;TR=55;WE=6196877;WS=6196859;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:114,94:0.45:208
chr1	6196943	rs2746066	A	G	1902.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.710;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FS=1.460;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.98;ReadPosRankSum=0.092;SOR=0.531;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:72,55:0.43:127
chr1	6196951	rs2785582	T	A	1805.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.166;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FS=0.727;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.98;ReadPosRankSum=0.299;SOR=0.565;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:64,49:0.43:113
chr1	6204266	rs9435102	A	G	2508.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.100;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=289;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.016;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=53;PP=1242;ReadPosRankSum=-1.523;SC=GCCACAGCACAGGTTTGATGA;SOR=0.817;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=174;TCF=63;TCR=111;TR=80;WE=6204274;WS=6204256;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:155,126:0.45:281
chr1	6209265	rs41279496	G	T	598.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-4.857;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=5;PP=399;ReadPosRankSum=-0.938;SC=GGGGAGCCAGGCGTGGCCCCG;SOR=0.573;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=37;TCF=29;TCR=8;TR=22;WE=6209273;WS=6209255;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,25:0.62:40
chr1	6209363	rs12565328	T	C	2448.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=0.566;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=251;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.493;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=26;PP=1502;ReadPosRankSum=-0.696;SC=GGTCCAGGCATACGAGATGGT;SOR=0.764;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=186;TCF=133;TCR=53;TR=91;WE=6209371;WS=6209353;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:131,116:0.47:247
chr1	6210970	rs12564469	G	A	1438.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=3.221;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.215;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=12;PP=713;ReadPosRankSum=0.750;SC=TGCTTCCCACGGGGAGGTTCC;SOR=1.177;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=97;TCF=65;TCR=32;TR=46;WE=6210978;WS=6210960;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,69:0.48:145
chr1	6211183	rs9434711	G	A	1286.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.515;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.998;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=33;PP=813;ReadPosRankSum=-1.453;SC=TGGCGCTGTCGAAGTCCGACT;SOR=1.039;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=101;TCF=41;TCR=60;TR=50;WE=6211191;WS=6211173;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,63:0.44:144
chr1	6215047	rs12034457	AT	GC	1054.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.479;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.012;HP=1;HapScore=2;JOINED;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=14;PP=688;ReadPosRankSum=-0.828;SC=CCTCTGCCACATGTGCGATCT;SOR=0.179;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=42;TCF=10;TCR=32;TR=19;WE=6215056;WS=6215037;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,29:0.49:59
chr1	6219363	rs3827727	G	T	867.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.705;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.922;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=12;PP=566;ReadPosRankSum=0.040;SC=GGGGGATGTCGCTCTGTCCCC;SOR=0.832;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=60;TCF=41;TCR=19;TR=36;WE=6219371;WS=6219353;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,39:0.54:72
chr1	6239937	rs70981314	C	CG	10169.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.63;DB;DP=282;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=58;NR=59;PP=2936;SC=GCCCGCGCTCCGCCCTGGGCC;SOR=1.243;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=119;TCF=59;TCR=60;TR=117;WE=6239945;WS=6239927;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,273:1.00:273
chr1	6257826	rs2294714	T	C	3556.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=50;NR=43;PP=1851;SC=TCTAAGAAAATACACAAATGA;SOR=0.785;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=94;TCF=50;TCR=44;TR=93;WE=6257834;WS=6257816;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,134:1.00:134
chr1	6257856	rs2294713	G	A	3677.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=47;NR=53;PP=1769;SC=TGAAGTTTCAGTCAGTCGGAA;SOR=0.812;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=100;TCF=47;TCR=53;TR=100;WE=6257864;WS=6257846;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,140:1.00:140
chr1	6272137	rs709208	A	G	2969.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.706;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=345;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.791;HP=8;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;ReadPosRankSum=1.864;SC=GATCTGCCGGAGGGGGGAGAT;SOR=0.753;SbPval=0.68;Source=Platypus;WE=6272145;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:180,154:0.46:334
chr1	6278414	rs709209	A	G	4731.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=3.280;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=494;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=74;PP=2330;ReadPosRankSum=0.388;SC=AGCAGGAACAACGCGGCCTCA;SOR=0.655;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=237;TCF=101;TCR=136;TR=130;WE=6278422;WS=6278404;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:262,229:0.47:491
chr1	6279370	rs846111	G	C	941.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.370;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=16;PP=416;ReadPosRankSum=0.420;SC=GCTCCGAACGGCCTCTCAGAA;SOR=0.798;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=51;TCF=21;TCR=30;TR=26;WE=6279378;WS=6279360;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,44:0.56:79
chr1	6291918	rs113487874	T	TA	173.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.518;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FS=2.160;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.08;MQRankSum=0.000;QD=1.50;ReadPosRankSum=-0.045;SOR=1.081;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:89,27:0.23:116
chr1	6305292	rs61760836	C	A	3890.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=64;NR=34;PP=2126;SC=CCCCCTGGTGCCCGAGAGCGC;SOR=1.237;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=99;TCF=64;TCR=35;TR=98;WE=6305311;WS=6305282;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,139:1.00:139
chr1	6305303	rs61760837	C	A	4429.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=1.930;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=76;NR=38;PP=2495;ReadPosRankSum=1.296;SC=CCGAGAGCGCCGCCGGCAGCA;SOR=0.522;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=115;TCF=77;TCR=38;TR=114;WE=6305311;WS=6305282;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,160:0.99:161
chr1	6309319	rs1883608	C	G	444.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.80;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr1	6313938	rs12735670	C	T	4463.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.989;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=70;NR=50;PP=2393;ReadPosRankSum=0.833;SC=GAAGGCGCGGCGGTCGGCCTG;SOR=0.349;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=121;TCF=71;TCR=50;TR=120;WE=6313946;WS=6313928;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,163:0.99:164
chr1	6314349	rs6696630	A	G	1402.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=31;PP=1026;SC=CCAGTGTGGCAGGGCCTTGTT;SOR=2.160;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=42;TCF=11;TCR=31;TR=42;WE=6314357;WS=6314339;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr1	6314479	rs12740426	C	T	3689.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=87;NR=23;PP=2431;SC=ACAGCAGCCCCTCCTGAGCCT;SOR=2.481;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=116;TCF=89;TCR=27;TR=110;WE=6314487;WS=6314469;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr1	6314822	rs11590458	T	C	7170.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=283;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=64;NR=98;PP=2746;SC=TGGCCGCGAGTGTACACAGCA;SOR=0.933;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=162;TCF=64;TCR=98;TR=162;WE=6314830;WS=6314812;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,276:1.00:276
chr1	6355065	rs35553413	GA	CG	4612.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=1.499;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=282;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.921;HP=2;HapScore=2;JOINED;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=35;PP=2122;ReadPosRankSum=-0.258;SC=ACATGCGGCAGATGAGACACG;SOR=0.779;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=137;TCF=56;TCR=81;TR=62;WE=6355074;WS=6355055;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:155,124:0.44:279
chr1	6399711	rs2235692	A	G	3669.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.881;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=4;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=48;PP=2310;ReadPosRankSum=-1.917;SC=AGCCCCACCCAGGACATGCCC;SOR=0.667;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=161;TCF=64;TCR=97;TR=81;WE=6399732;WS=6399701;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:97,105:0.52:202
chr1	6399724	rs6683889	T	C	3177.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.680;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.580;HP=5;HapScore=4;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=45;PP=2310;ReadPosRankSum=-0.051;SC=ACATGCCCCCTGGAAACGGTC;SOR=0.748;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=138;TCF=45;TCR=93;TR=67;WE=6399732;WS=6399701;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,82:0.48:172
chr1	6409979	rs17029376	A	G	2110.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.270;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=224;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.354;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=45;PP=1164;ReadPosRankSum=-2.315;SC=CCATTTGTGCAACAGTGACAA;SOR=0.891;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=136;TCF=52;TCR=84;TR=69;WE=6409987;WS=6409969;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:114,102:0.47:216
chr1	6420825	rs59626239	G	A	1881.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-3.401;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.692;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=44;PP=1056;ReadPosRankSum=0.097;SC=ATCCCTCCAGGCGGGCATTGC;SOR=0.576;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=110;TCF=24;TCR=86;TR=56;WE=6420833;WS=6420815;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,82:0.55:149
chr1	6453520	rs76483502	C	CG	455.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=9;PP=480;SC=GCGCCGGGGGCAATCGAACGC;SOR=2.147;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=1;TCR=9;TR=10;WE=6453528;WS=6453510;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr1	6479925	rs112408380	A	T	677.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-1.438;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.984;HP=3;HapScore=4;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=12;PP=534;ReadPosRankSum=-0.272;SC=ACGCAAAGGGAAACCGAGGTC;SOR=1.270;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=34;TCF=13;TCR=21;TR=18;WE=6479946;WS=6479915;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,19:0.54:35
chr1	6479938	rs12074131	A	G	736.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.483;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.795;HP=2;HapScore=4;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=11;PP=534;ReadPosRankSum=-1.528;SC=CCGAGGTCCGAAATGAGGTCC;SOR=1.210;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=33;TCF=12;TCR=21;TR=15;WE=6479946;WS=6479915;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,21:0.54:39
chr1	6489866	rs2003071	C	T	259.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=1.734;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.760;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=2;PP=179;ReadPosRankSum=-0.350;SC=CCCTGACCCCCTCCCAGGCCA;SOR=1.236;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=13;TCR=3;TR=10;WE=6489874;WS=6489856;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,12:0.52:23
chr1	6500547	rs191234203	G	A	229.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.734;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=38;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=4;PP=196;ReadPosRankSum=1.515;SC=GGGCGGAGCCGGCAGGGCGGG;SOR=0.859;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=14;TCF=8;TCR=6;TR=11;WE=6500555;WS=6500537;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,11:0.65:17
chr1	6500590	.	C	CG	98.25	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=0.000;HP=11;HapScore=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=0;PP=24;SC=AGGGGTGGGGCGGGGGGGCGG;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TCF=4;TR=4;WE=6500598;WS=6500580;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr1	6500604	.	C	CG	98.25	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=32.75;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr1	6500610	rs200454180	AC	A	98.25	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=32.75;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr1	6500626	.	C	CG	132	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DP=2;ExcessHet=3.0103;FR=0.9954;FS=0.000;HP=8;HapScore=4;MGOF=45;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=1;PP=127;SC=GTACAGGGGGCGGGCCTACAG;SOR=0.693;SbPval=0.96;Source=Platypus;TC=8;TCF=4;TCR=4;TR=5;WE=6500634;WS=6500616;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr1	6500919	rs3817918	T	C	346.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=2.017;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.092;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-1.522;NF=9;NR=3;PP=168;ReadPosRankSum=0.478;SC=GCACCGCGCTTTCAGCACGGC;SOR=1.460;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=35;TCF=22;TCR=13;TR=12;WE=6500927;WS=6500909;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,16:0.46:35
chr1	6508625	rs149033367	A	G	684.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.451;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=1.510;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.36;ReadPosRankSum=-1.355;SOR=1.061;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,17:0.63:27
chr1	6508633	rs112292564	G	T	700.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.887;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=1.402;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=22.61;ReadPosRankSum=-0.852;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,19:0.61:31
chr1	6508712	rs77656032	T	C	702.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.798;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.06;ReadPosRankSum=0.530;SOR=0.658;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,33:0.66:50
chr1	6508872	rs138198721	C	T	486.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.798;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=3;PP=164;ReadPosRankSum=-0.015;SC=GGTGCGTGCCCGCCAGCCCGC;SOR=0.859;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=30;TCF=20;TCR=10;TR=12;WE=6508880;WS=6508862;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,21:0.52:40
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chr1	6526008	rs3007416	A	G	1197.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=1.677;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.715;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=20;PP=712;ReadPosRankSum=-1.763;SC=GAGATCGGAAAGGGCGGCCAA;SOR=0.831;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=76;TCF=44;TCR=32;TR=47;WE=6526016;WS=6525998;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,57:0.52:110
chr1	6526183	rs3007417	G	A	2839.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-2.032;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=137;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=1.280;NF=25;NR=33;PP=582;ReadPosRankSum=0.591;SC=TCCGACGGGCGCCCAGGGGCT;SOR=0.735;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=97;TCF=42;TCR=55;TR=58;WE=6526191;WS=6526173;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,86:0.55:155
chr1	6526202	rs45616733	CCGTGCTCT	C	2528.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-0.570;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.704;HP=1;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.246;NF=2;NR=28;PP=2939;ReadPosRankSum=-0.006;SC=CTTCCCGGCTCCGTGCTCTCT;SOR=0.810;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=51;TCF=6;TCR=45;TR=30;WE=6526217;WS=6526192;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,65:0.57:114
chr1	6526240	rs45542640	GCGCC	G	1456.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.178;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=129;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=23;PP=2970;ReadPosRankSum=0.694;SC=CTTCAGCCCCGCGCCCGCAGG;SOR=0.688;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=42;TCF=7;TCR=35;TR=28;WE=6526251;WS=6526230;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,37:0.65:57
chr1	6527745	rs9435269	C	T	2265.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-3.001;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=261;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.464;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=53;PP=1069;ReadPosRankSum=2.094;SC=CTGCCCACCACAGCCCCCTGC;SOR=0.742;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=169;TCF=64;TCR=105;TR=84;WE=6527753;WS=6527735;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:133,122:0.48:255
chr1	6528589	rs3138150	C	T	3565.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.962;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=320;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=51;PP=1607;ReadPosRankSum=3.368;SC=GGGAGGACAGCGTGTCCCCAG;SOR=0.700;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=198;TCF=109;TCR=89;TR=115;WE=6528597;WS=6528579;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:147,171:0.54:318
chr1	6529182	rs113541584	TTCC	T	3387.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.174;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.236;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.734;NF=15;NR=36;PP=2464;ReadPosRankSum=0.011;SC=TGTCCTCGCCTTCCTCCTCCT;SOR=0.496;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=106;TCF=34;TCR=72;TR=51;WE=6529195;WS=6529172;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,89:0.64:140
chr1	6529443	rs730600	A	G	6487.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=2.619;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=730;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.207;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=96;NR=115;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.890;SC=AGGCCTGGCCACTGGCCTGGA;SOR=0.806;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=464;TCF=225;TCR=239;TR=211;WE=6529451;WS=6529433;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:395,325:0.45:720
chr1	6529807	rs77492523	C	T	201.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.294;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.21;ReadPosRankSum=1.162;SOR=0.307;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,7:0.39:18
chr1	6530435	rs2986753	A	G	4199.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.393;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=405;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.516;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=60;ReadPosRankSum=1.093;SC=GATGGCGTGAACGTAGGGGAG;SOR=0.745;Source=Platypus;TCF=124;WE=6530443;WS=6530425;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:203,198:0.49:401
chr1	6530965	rs111312565	C	CG	3720.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=31;NR=59;PP=2936;SC=GGAGTGGGGGCGGGCTCAGGG;SOR=1.674;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=95;TCF=32;TCR=63;TR=90;WE=6530973;WS=6530955;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr1	6531589	rs74809741	C	T	1887.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-2.024;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=26;PP=879;ReadPosRankSum=0.152;SC=TGTAGCAGCGCTCGCGTGCGC;SOR=0.709;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=123;TCF=71;TCR=52;TR=62;WE=6531597;WS=6531579;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,91:0.51:179
chr1	6531966	rs75682285	C	T	2089.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-6.071;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=70;PP=1599;ReadPosRankSum=-0.547;SC=TTCCCCTTCCCCGTTCCAGGA;SOR=0.758;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=147;TCF=16;TCR=131;TR=80;WE=6531974;WS=6531956;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,84:0.54:156
chr1	6533393	rs61741379	G	C	1790.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.020;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.501;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=29;PP=1002;ReadPosRankSum=-0.408;SC=GCTGTCGCCAGTGTTGGTGCT;SOR=0.649;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=135;TCF=67;TCR=68;TR=62;WE=6533401;WS=6533383;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:105,87:0.45:192
chr1	6534781	rs2986751	G	A	814.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-4.640;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=34;PP=714;ReadPosRankSum=1.511;SC=AGGGAAGCCCGCATGGGATCA;SOR=1.034;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=60;TCF=2;TCR=58;TR=35;WE=6534789;WS=6534771;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,35:0.57:61
chr1	6579607	rs1556035	C	T	2970.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=28;NR=52;PP=1385;SC=CTGCCTGGACCTCCAGCCACA;SOR=1.282;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=81;TCF=28;TCR=53;TR=80;WE=6579615;WS=6579597;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr1	6585804	rs13513	C	T	2058.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=60;NR=5;PP=1627;SC=AACACTGTTGCTAATAAGGGC;SOR=4.375;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=65;TCF=60;TCR=5;TR=65;WE=6585812;WS=6585794;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr1	6586070	rs7548042	C	T	10767.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=411;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=103;NR=148;PP=2965;SC=CACGCTGAAACGGAAACACAG;SOR=0.963;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=251;TCF=103;TCR=148;TR=251;WE=6586078;WS=6586060;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,407:1.00:407
chr1	6591937	rs932112	T	C	844.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=17;NR=4;PP=503;SC=GAGCGAGGAGTTATGTAGTGG;SOR=1.942;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=21;TCF=17;TCR=4;TR=21;WE=6591945;WS=6591927;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr1	6601773	rs3761927	T	C	402.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=11;NR=1;PP=324;SC=GACCATGAGTTTGGTAGGCGC;SOR=2.833;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=12;TCF=11;TCR=1;TR=12;WE=6601781;WS=6601772;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr1	6609559	rs11122091	C	A	1195.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=33;NR=3;PP=968;SC=AAGACAACATCCTACATAGTC;SOR=3.912;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=36;TCF=33;TCR=3;TR=36;WE=6609567;WS=6609549;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr1	6609851	rs10864622	A	G	5816.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=55;NR=96;PP=2889;SC=AACTATAAACATTAGGAGAGT;SOR=1.220;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=152;TCF=56;TCR=96;TR=151;WE=6609859;WS=6609841;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,222:1.00:222
chr1	6609896	rs11579888	G	A	2827.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=23;NR=63;PP=1877;SC=TCAGGGGGCCGTACTACATAC;SOR=1.911;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=86;TCF=23;TCR=63;TR=86;WE=6609904;WS=6609886;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr1	6610366	rs2063805	T	C	1369.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=31;NR=8;PP=904;SC=GCTGGGATTATAGGCGTGAGC;SOR=2.208;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=39;TCF=31;TCR=8;TR=39;WE=6610374;WS=6610364;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr1	6610382	rs2063806	C	T	1585.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=34;NR=12;PP=982;SC=TGAGCCACCGCGCCTGGCCCT;SOR=1.823;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=46;TCF=34;TCR=12;TR=46;WE=6610390;WS=6610372;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr1	6614391	rs6693391	A	C	3165.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=32;NR=34;PP=1424;SC=TCCACGCCGGACGCCTGGGCT;SOR=0.774;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=66;TCF=32;TCR=34;TR=66;WE=6614399;WS=6614381;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr1	6614415	rs6693400	A	G	3102.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=33;NR=32;PP=1333;SC=AGTAACCGCCACCGTAGGCGC;SOR=0.719;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=65;TCF=33;TCR=32;TR=65;WE=6614423;WS=6614405;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr1	6614535	rs4908923	G	A	3998.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=29;NR=43;PP=1194;SC=CAGGAACCCCGCTTTAGCAGC;SOR=0.839;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=72;TCF=29;TCR=43;TR=72;WE=6614543;WS=6614525;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,159:1.00:159
chr1	6614653	rs4908924	C	G	780.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=16;PP=475;SC=GAGGGGCCTCCGAGCCGCCGG;SOR=2.066;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=5;TCR=16;TR=21;WE=6614661;WS=6614643;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr1	6615690	rs925745	A	G	3567.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.99;SOR=2.112;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr1	6615695	rs925744	C	T	3505.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.53;SOR=2.043;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr1	6635231	rs10864628	A	G	12476.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=456;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=201;NR=144;PP=2965;SC=GGCAGACAAGAAGGCCCCTAG;SOR=1.012;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=346;TCF=201;TCR=145;TR=345;WE=6635239;WS=6635221;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,451:1.00:451
chr1	6636461	rs17492553	C	T	2671.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.224;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=34;PP=1261;ReadPosRankSum=1.291;SC=CTTCATGATACGCGTTTCTTT;SOR=0.688;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=148;TCF=91;TCR=57;TR=88;WE=6636469;WS=6636451;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,125:0.58:215
chr1	6645867	rs6682920	G	A	820.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.641;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.583;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=4;PP=457;ReadPosRankSum=-0.443;SC=TTAACCAGCCGGTGTCACCTG;SOR=1.191;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=53;TCF=41;TCR=12;TR=26;WE=6645875;WS=6645857;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,37:0.53:70
chr1	6646959	rs3833475	GCCTGCCTTC	G	16738.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=437;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=45;NR=144;PP=2986;SC=CTGTCAGGGAGCCTGCCTTCC;SOR=0.797;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=205;TCF=47;TCR=158;TR=189;WE=6646975;WS=6646949;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,383:1.00:383
chr1	6659505	rs2232460	G	A	3269.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=2.168;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=305;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.423;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=55;PP=1462;ReadPosRankSum=0.555;SC=GGGAGCCATCGGACCCACCTG;SOR=0.659;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=198;TCF=80;TCR=118;TR=93;WE=6659513;WS=6659495;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:144,155:0.52:299
chr1	6662913	rs6674407	G	A	122.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.707;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=7.144;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.12;ReadPosRankSum=-0.146;SOR=1.766;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,8:0.33:24
chr1	6679848	rs2072948	C	T	516.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-0.380;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.411;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=6;PP=324;ReadPosRankSum=1.456;SC=GAATCTGCCACCTTTGTCTTT;SOR=1.151;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=49;TCF=33;TCR=16;TR=22;WE=6679856;WS=6679838;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,25:0.44:57
chr1	6681375	rs6695474	C	T	1204.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=1.141;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.784;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=8;PP=836;ReadPosRankSum=-0.253;SC=TGGAAGTGTTCTCGTCAGTAG;SOR=1.074;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=92;TCF=71;TCR=21;TR=44;WE=6681383;WS=6681365;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,52:0.43:122
chr1	6681744	rs3747994	C	T	3741.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.058;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=94;PP=2575;ReadPosRankSum=-0.708;SC=GAAGCGACCGCGGGCTTTTTT;SOR=1.220;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=120;TCF=25;TCR=95;TR=119;WE=6681752;WS=6681734;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,133:0.99:134
chr1	6685442	rs12746591	A	G	530.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=7;NR=12;PP=326;SC=CGGGAGGCCCAAAGGCGTGCG;SOR=1.127;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=7;TCR=12;TR=19;WE=6685450;WS=6685432;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr1	6690140	rs742394	A	G	517.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=15;NR=3;PP=333;SC=CACTCTGACCATGATTTGAGG;SOR=2.093;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=19;TCF=16;TCR=3;TR=18;WE=6690148;WS=6690137;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr1	6692273	.	C	CAA	239.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.259;ClippingRankSum=-0.000;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=13.32;ReadPosRankSum=-0.818;SOR=1.426;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,15:0.83:18
chr1	6693097	rs3174820	A	G	3156.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=24;NR=72;PP=2048;SC=AAAGGGCACCAGGGACTCCAG;SOR=1.981;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=97;TCF=24;TCR=73;TR=96;WE=6693105;WS=6693087;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr1	6694207	rs12727844	A	G	2374.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=21;NR=41;PP=1457;SC=TGAACACACAATACACGGAAG;SOR=1.275;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=62;TCF=21;TCR=41;TR=62;WE=6694215;WS=6694197;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr1	6694574	rs6804	G	A	3467.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=65;NR=34;PP=1821;SC=GGGGCCCCCCGCGCCAGCTGT;SOR=1.259;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=99;TCF=65;TCR=34;TR=99;WE=6694582;WS=6694564;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chr1	6695802	rs6577583	A	G	7171.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=278;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=73;NR=126;PP=2965;SC=GAAGGTGGCCATTCCCATGCA;SOR=1.231;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=199;TCF=73;TCR=126;TR=199;WE=6695810;WS=6695792;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,269:1.00:269
chr1	6700131	.	C	CAA	44.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.420;ClippingRankSum=0.000;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=3.982;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.94;ReadPosRankSum=1.072;SOR=1.668;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,9:0.39:23
chr1	6704635	rs200458	A	G	8824.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=344;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=127;NR=109;PP=2965;SC=TGAGAGAAACACCCTGTGGAA;SOR=0.784;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=236;TCF=127;TCR=109;TR=236;WE=6704643;WS=6704625;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,341:1.00:341
chr1	6711146	rs12145525	T	C	7669.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=304;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=98;NR=112;PP=2965;SC=GAGTGTGACATGGCAGCAGCA;SOR=0.813;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=211;TCF=98;TCR=113;TR=210;WE=6711154;WS=6711136;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,297:1.00:297
chr1	6761702	rs3761925	C	T	6226.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-2.726;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=239;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=139;NR=62;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.168;SC=CCTCCCGTGGCGGGGGTGGGG;SOR=0.405;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=208;TCF=141;TCR=67;TR=201;WE=6761710;WS=6761692;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,232:0.99:234
chr1	7166332	rs72857584	G	A	240.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.348;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.17;ReadPosRankSum=-2.091;SOR=0.741;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,15:0.38:39
chr1	7289606	rs6659573	T	G	376.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.86;SOR=4.615;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr1	7289612	rs6659575	T	G	376.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.86;SOR=4.615;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr1	7289619	rs6577423	G	A	409.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.53;SOR=4.615;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr1	7289777	rs4243824	G	A	1304.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=16;NR=21;PP=666;SC=CACAGAGGGCGGGGGTTGGGC;SOR=0.859;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=38;TCF=16;TCR=22;TR=37;WE=7289785;WS=7289767;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
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chr1	7595125	rs34371913	G	A	365.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.939;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=11;PP=233;ReadPosRankSum=-1.494;SC=ACCACAGGCCGCCCGCCCCAC;SOR=0.596;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=7;TCR=20;TR=15;WE=7595133;WS=7595115;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,17:0.53:32
chr1	7624855	rs17031140	G	T	380.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.63;BaseQRankSum=1.334;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.6171;FS=3.247;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=4;PP=215;ReadPosRankSum=-1.450;SC=ACAAGCAAAAGGCTGTGAGGA;SOR=1.402;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=19;TCF=14;TCR=5;TR=16;WE=7624863;WS=7624845;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,19:0.59:32
chr1	7723588	rs3737906	C	T	13514.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.843;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=517;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=148;NR=184;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.229;SC=AGAAGAGGAACGGCAAGGTGG;SOR=0.814;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=333;TCF=149;TCR=184;TR=332;WE=7723596;WS=7723578;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,505:1.00:507
chr1	7723957	rs12128526	G	A	24784.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.391;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=944;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=318;NR=308;PP=2965;ReadPosRankSum=0.315;SC=CGGGCAGCTCGGAGAGCCTGT;SOR=0.729;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=639;TCF=327;TCR=312;TR=626;WE=7723965;WS=7723947;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:8,918:0.99:926
chr1	7725284	rs4908671	C	A	2687.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=25;NR=50;PP=1438;SC=CTGCCACCACCTGTCACCTCC;SOR=1.431;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=75;TCF=25;TCR=50;TR=75;WE=7725292;WS=7725274;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr1	7792411	rs2301488	C	T	1240.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=24;NR=10;PP=714;SC=AAGTTACGGACGGCATTTGGA;SOR=1.559;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=34;TCF=24;TCR=10;TR=34;WE=7792419;WS=7792401;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr1	7796641	rs2071985	A	G	1231.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=33;PP=883;SC=AGCCTCGCACATCCTCGCTCA;SOR=3.664;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=37;TCF=4;TCR=33;TR=37;WE=7796649;WS=7796631;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr1	7797734	rs1417986	T	A	2053.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=50;PP=1451;SC=TACATTTCAGTTTTTTTGTTA;SOR=2.439;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=62;TCF=12;TCR=50;TR=62;WE=7797742;WS=7797724;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr1	7807897	rs12133253	A	G	10297.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.331;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=407;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.62;ReadPosRankSum=0.129;SOR=0.377;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,401:1.00:402
chr1	7807966	rs34083763	GT	G	1201.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.811;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FS=4.750;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.54;ReadPosRankSum=0.582;SOR=1.327;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,84:0.74:114
chr1	7809728	rs60799863	C	CT	1468.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.123;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FS=9.992;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.19;MQRankSum=0.797;QD=13.60;ReadPosRankSum=0.445;SOR=2.150;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,88:0.81:108
chr1	7811014	rs1573753	G	A	2709.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.83;SOR=1.633;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr1	7811215	rs10779689	A	G	8872.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=348;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=120;NR=107;PP=2965;SC=GAGCCCGTGCAGCCCCTGTTG;SOR=0.760;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=228;TCF=121;TCR=107;TR=227;WE=7811223;WS=7811205;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,339:1.00:339
chr1	7812398	rs9919223	A	G	311.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=1;PP=213;SC=CATCTTTAACATATGCTGTTG;SOR=3.611;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=12;TCF=11;TCR=1;TR=12;WE=7812406;WS=7812388;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr1	7838113	rs697675	A	C	2612.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=56;NR=16;PP=1670;SC=ATATTATATAATACTCTTCAA;SOR=2.059;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=72;TCF=56;TCR=16;TR=72;WE=7838121;WS=7838103;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr1	7845695	rs228729	T	C	2019.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=17;NR=41;PP=1221;SC=CCAGGACTCATACAAGCAGCC;SOR=1.785;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=58;TCF=17;TCR=41;TR=58;WE=7845703;WS=7845685;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr1	7847362	rs35115980	C	CT	303.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=7;NR=2;PP=311;SC=TTTAGTATATCTTTTTTAATC;SOR=2.147;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=7;TCR=2;TR=9;WE=7847370;WS=7847352;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr1	7847614	rs697685	G	A	662.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=14;PP=413;SC=TAAAGCTAGAGAGGAAAGTAT;SOR=1.519;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=6;TCR=14;TR=20;WE=7847622;WS=7847604;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr1	7861304	rs707465	T	C	534.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=14;PP=300;SC=TAAATATAAATGTGAAGAAGA;SOR=2.200;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=3;TCR=14;TR=17;WE=7861312;WS=7861294;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr1	7869915	rs228668	G	C	3508.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=50;NR=32;PP=1653;SC=CATTTGAACAGCCAGCAATTC;SOR=1.022;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=82;TCF=50;TCR=32;TR=82;WE=7869923;WS=7869905;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr1	7870048	rs228669	T	C	3793.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=51;NR=55;PP=1867;SC=GTGAGGCCAGTGGGCACCGTG;SOR=0.750;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=106;TCF=51;TCR=55;TR=106;WE=7870056;WS=7870038;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,142:1.00:142
chr1	7870144	rs228670	A	C	2327.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=2.276;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.860;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=36;PP=1075;ReadPosRankSum=-0.634;SC=CTCGGTTCTGAATGTGGTGAC;SOR=0.867;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=56;TCF=20;TCR=36;TR=56;WE=7870152;WS=7870134;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,89:0.99:90
chr1	7879627	rs10462018	C	T	871.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=23;PP=618;SC=CTAACACATACGCTGAACATT;SOR=2.985;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=27;TCF=4;TCR=23;TR=27;WE=7879635;WS=7879617;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr1	7887248	rs2859387	G	A	10816.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.416;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=412;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=173;NR=83;PP=2965;ReadPosRankSum=0.806;SC=AGAAGCTGCCGGAGCCGCCAG;SOR=1.283;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=259;TCF=175;TCR=84;TR=256;WE=7887256;WS=7887238;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,398:0.99:402
chr1	7887493	rs228696	T	C	25427.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=962;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=333;NR=342;PP=2965;SC=CTGCATGGGCTGCCCTTGTCC;SOR=0.723;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=675;TCF=333;TCR=342;TR=675;WE=7887501;WS=7887483;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,948:1.00:948
chr1	7889804	rs228701	C	G	3062.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=68;NR=20;PP=2079;SC=GTAACTGAAACTACAGAAAGC;SOR=2.170;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=88;TCF=68;TCR=20;TR=88;WE=7889812;WS=7889794;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr1	7890264	rs1773135	A	G	8608.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=306;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=56;NR=170;PP=2965;SC=CCAATGCCAGACATTCACTAT;SOR=1.941;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=228;TCF=56;TCR=172;TR=226;WE=7890272;WS=7890254;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,294:1.00:294
chr1	7906476	rs172932	G	T	5855.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=71;NR=51;PP=2347;SC=TAGGGTAAACGCTCTGAGACC;SOR=0.921;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=122;TCF=71;TCR=51;TR=122;WE=7906484;WS=7906466;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,221:1.00:221
chr1	7907007	rs697694	G	A	1023.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=24;PP=793;SC=CAGAAACCAAGGAGCATCAGA;SOR=2.765;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=31;TCF=6;TCR=25;TR=30;WE=7907015;WS=7906997;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
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chr1	7913029	rs34305100	A	G	3950.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=59;NR=42;PP=1988;SC=TAAGAATCCTATGAAAAGCAA;SOR=0.963;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=101;TCF=59;TCR=42;TR=101;WE=7913037;WS=7913019;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,148:1.00:148
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chr1	7998963	rs226476	T	G	4188.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=27;NR=62;PP=2021;SC=AAGTTTACAATAAAATAAGAT;SOR=1.233;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=89;TCF=27;TCR=62;TR=89;WE=7998971;WS=7998953;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,149:1.00:149
chr1	8022772	rs144768319	CAG	C	444.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=19;NR=2;PP=952;SC=TGGGGTATCTCAGGGTTGCAA;SOR=3.442;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=21;TCF=19;TCR=2;TR=21;WE=8022781;WS=8022762;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr1	8029494	rs2641116	T	G	1992.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.159;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.60;ReadPosRankSum=1.114;SOR=0.265;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,80:0.99:81
chr1	8029509	rs2640906	GG	AA	2181.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;JOINED;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=26;PP=1189;SC=CTGGGGGGGGGGAAAAACTAA;SOR=0.976;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=45;TCF=16;TCR=29;TR=40;WE=8029518;WS=8029484;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr1	8029644	rs35540656	CTT	C	40.37	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.150;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=10.09;ReadPosRankSum=1.150;SOR=0.916;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,3:0.75:4
chr1	8384268	rs6702047	T	C	2615.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=50;NR=21;PP=1368;SC=TTTCGGGGGATGGTGTTTGAC;SOR=1.469;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=71;TCF=50;TCR=21;TR=71;WE=8384276;WS=8384258;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr1	8390384	rs56125713	G	C	3182.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=1.825;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=329;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.403;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=45;PP=1447;ReadPosRankSum=-1.714;SC=CGGTCACCCTGAGCGTCACCA;SOR=0.736;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=173;TCF=83;TCR=90;TR=83;WE=8390392;WS=8390374;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:169,154:0.48:323
chr1	8390495	rs1058619	A	G	8793.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.642;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=358;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=135;NR=93;PP=2965;ReadPosRankSum=0.304;SC=CCCCGTCCCCACCCGTCCTGC;SOR=0.957;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=231;TCF=138;TCR=93;TR=228;WE=8390503;WS=8390485;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,347:0.99:349
chr1	8395441	rs2305016	T	C	2412.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-2.866;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=251;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.249;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=28;PP=1087;ReadPosRankSum=1.436;SC=GAGCAGGGTCTGCGCTGTGTG;SOR=0.545;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=188;TCF=124;TCR=64;TR=83;WE=8395449;WS=8395431;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:128,118:0.48:246
chr1	8395560	rs7535752	G	T	5656.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.451;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=491;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.525;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=78;NR=97;PP=2609;ReadPosRankSum=-0.806;SC=CAGCGAGCGCGCGGAGCAGCC;SOR=0.782;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=306;TCF=139;TCR=167;TR=175;WE=8395568;WS=8395550;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:221,268:0.55:489
chr1	8404093	rs1055236	C	T	1297.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.294;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.623;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=27;PP=544;ReadPosRankSum=1.141;SC=GCCTCGACTCCGGACACGCGC;SOR=0.600;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=102;TCF=37;TCR=65;TR=44;WE=8404101;WS=8404083;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,66:0.44:149
chr1	8415235	rs1889854	C	T	3731.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.712;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=354;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.767;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=74;PP=1879;ReadPosRankSum=-0.762;SC=CAGGCAGTCACGCAGGCTGGA;SOR=0.793;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=232;TCF=93;TCR=139;TR=121;WE=8415243;WS=8415225;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:166,180:0.52:346
chr1	8415290	rs1889853	C	A	2055.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.484;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.761;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=49;PP=1288;ReadPosRankSum=-0.600;SC=CCCAAGCCCGCAGCCTCCTGT;SOR=0.988;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=136;TCF=43;TCR=93;TR=67;WE=8415298;WS=8415280;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,87:0.52:168
chr1	8418644	rs11121172	C	A	6270.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.457;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=381;ExcessHet=3.0103;FS=1.229;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.95;ReadPosRankSum=-0.201;SOR=0.707;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:206,164:0.44:370
chr1	8418650	rs1058766	T	C	6260.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.064;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=389;ExcessHet=3.0103;FS=1.677;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.52;ReadPosRankSum=-0.378;SOR=0.719;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:210,169:0.45:379
chr1	8421092	rs2784735	C	T	926.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-1.788;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.876;HP=6;HapScore=2;MGOF=29;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=17;PP=388;ReadPosRankSum=-0.659;SC=GAGGCTGCAGCGGGGGATGTG;SOR=0.772;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=56;TCF=26;TCR=30;TR=31;WE=8421100;WS=8421082;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,47:0.60:78
chr1	8421203	rs13596	T	C	941.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-2.091;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.167;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=14;PP=304;ReadPosRankSum=0.284;SC=TGGGAGCCTGTGGCTGGTTAG;SOR=0.450;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=48;TCF=26;TCR=22;TR=26;WE=8421211;WS=8421193;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,47:0.56:84
chr1	8422676	rs2252865	T	C	1890.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.200;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.718;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=20;PP=835;ReadPosRankSum=-0.673;SC=TGATCACGAATACCAGCAAAC;SOR=0.832;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=120;TCF=73;TCR=47;TR=56;WE=8422684;WS=8422666;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:109,96:0.47:205
chr1	8424984	rs34269918	GA	G	129.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.338;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=2.884;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.63;ReadPosRankSum=-1.649;SOR=1.688;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,6:0.35:17
chr1	8526142	rs4908760	G	A	611.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.232;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.910;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=13;PP=297;ReadPosRankSum=0.145;SC=GGACACAATCGATCCAAGGCA;SOR=0.573;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=53;TCF=17;TCR=36;TR=20;WE=8526150;WS=8526132;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,31:0.42:73
chr1	8555372	.	A	AT	80.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.391;ClippingRankSum=-0.000;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=13.570;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=5.38;ReadPosRankSum=1.175;SOR=0.379;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,9:0.60:15
chr1	8557320	rs7518608	C	G	217.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.323;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=8;NR=1;PP=161;ReadPosRankSum=0.618;SC=GAGCCAGGGTCCCGATTACAG;SOR=0.223;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=16;TCF=15;TCR=1;TR=9;WE=8557328;WS=8557310;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,9:0.53:17
chr1	8557691	rs7530745	A	C	478.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=2.343;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.253;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=18;PP=337;ReadPosRankSum=2.022;SC=TTTTACTGAGACTCTTTCCTT;SOR=1.022;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=57;TCF=11;TCR=46;TR=22;WE=8557699;WS=8557681;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,23:0.38:61
chr1	8616404	rs12122737	C	A	542.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-0.911;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=3;PP=255;ReadPosRankSum=-0.391;SC=CGGACACTGGCATGTTCACTG;SOR=0.756;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=22;TCF=17;TCR=5;TR=14;WE=8616412;WS=8616394;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,23:0.70:33
chr1	8926285	rs3831913	A	AG	2194.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=45;NR=8;PP=2244;SC=CCCCCAACAGAGGGAGCTGGC;SOR=4.375;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=56;TCF=47;TCR=9;TR=53;WE=8926293;WS=8926275;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
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chr1	8930369	rs2781060	T	C	1698.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=29;NR=17;PP=876;SC=ATGTCATGCATGGATTGTTCT;SOR=1.214;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=46;TCF=29;TCR=17;TR=46;WE=8930377;WS=8930359;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr1	8930385	rs2765511	G	A	2114.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=36;NR=20;PP=1136;SC=GTTCTCGTGCGTGACAGGGAA;SOR=1.252;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=56;TCF=36;TCR=20;TR=56;WE=8930393;WS=8930375;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr1	8935149	rs2038904	A	G	2364.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=18;NR=56;PP=1650;SC=GAAAGCAGTGAGAATTCTCCT;SOR=2.274;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=74;TCF=18;TCR=56;TR=74;WE=8935157;WS=8935139;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr1	9006104	rs5772343	T	TC	585.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.458;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=1.481;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=62.30;MQRankSum=2.624;QD=15.83;ReadPosRankSum=-0.638;SOR=0.444;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,22:0.59:37
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chr1	9009406	rs2274327	C	T	3932.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.876;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=402;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.362;HP=1;HapScore=2;MGOF=27;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=62;PP=1719;ReadPosRankSum=-1.760;SC=CTACAGAGGACGAAGGTGCGG;SOR=0.655;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=249;TCF=123;TCR=126;TR=121;WE=9009414;WS=9009396;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:202,194:0.49:396
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chr1	9009444	.	ATGACAGG	CTGACAGC,CTGACAGG	1866	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.47;FR=0.5000,0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=18;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=41,94;NR=63,131;PP=1711,1866;QD=16.9660372583;SC=GGGGCTCAATATGACAGGCTA;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=228;TCF=95;TCR=133;TR=104,225;WE=9009459;WS=9009434;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.46:228
chr1	9009451	rs2274329	G	C	5479.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.021;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=326;ExcessHet=3.0103;FS=1.852;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.02;ReadPosRankSum=-1.558;SOR=0.820;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:167,155:0.48:322
chr1	9009470	rs2274330	G	C	4845.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.713;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=289;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.437;HP=3;HapScore=2;MGOF=40;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=61;PP=1221;ReadPosRankSum=-0.806;SC=CCCAGGCAGGGGAGTTCCCCA;SOR=0.807;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=201;TCF=76;TCR=125;TR=97;WE=9009478;WS=9009460;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:157,130:0.45:287
chr1	9009547	rs2274331	C	A	986.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-1.822;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.842;HP=1;HapScore=2;MGOF=34;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=29;PP=682;ReadPosRankSum=2.214;SC=GGGCAGCCTGCAGGGGAAGGC;SOR=0.813;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=84;TCF=19;TCR=65;TR=36;WE=9009555;WS=9009537;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,44:0.43:102
chr1	9011537	rs7540307	G	A	2953.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.892;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=357;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.390;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=44;PP=1535;ReadPosRankSum=-0.870;SC=GAGAAGGGGCGAAGCACAAAG;SOR=0.722;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=233;TCF=134;TCR=99;TR=103;WE=9011545;WS=9011527;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:201,151:0.43:352
chr1	9011586	rs3765968	T	G	10392.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.087;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=413;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=132;NR=123;PP=2965;ReadPosRankSum=0.814;SC=CCTGGACAGCTGGTGGGAAGC;SOR=0.475;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=256;TCF=132;TCR=124;TR=255;WE=9011594;WS=9011576;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:5,406:0.99:411
chr1	9011722	rs3765966	G	T	3765.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=30;NR=72;PP=2287;SC=AGCGGCTCCCGCCTCCCAATT;SOR=1.574;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=102;TCF=30;TCR=72;TR=102;WE=9011730;WS=9011712;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr1	9017204	rs2274333	A	G	5042.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-1.921;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=485;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=90;NR=62;PP=2053;ReadPosRankSum=-0.955;SC=AGTGCAGATCAGCCTGCCCTC;SOR=0.683;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=285;TCF=171;TCR=114;TR=152;WE=9017212;WS=9017194;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:223,256:0.53:479
chr1	9063602	rs4908804	G	C	1407.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-2.123;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.383;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=39;PP=757;ReadPosRankSum=-1.917;SC=GAGAAAGACAGGAGGGGGCAG;SOR=0.571;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=114;TCF=30;TCR=84;TR=55;WE=9063610;WS=9063592;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,70:0.47:150
chr1	9063646	rs4908805	T	C	748.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=5.294;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.746;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=24;PP=572;ReadPosRankSum=0.579;SC=GCTGAGCACGTTGGCTCATGC;SOR=1.908;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=57;TCF=8;TCR=49;TR=27;WE=9063654;WS=9063636;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,29:0.42:69
chr1	9073801	rs7537425	C	T	666.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=1.177;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.324;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=18;PP=404;ReadPosRankSum=-0.807;SC=GTTGGGGACCCTGGGACAGGA;SOR=1.179;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=54;TCF=20;TCR=34;TR=25;WE=9073809;WS=9073791;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,32:0.46:70
chr1	9074861	rs12402973	C	T	2145.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-0.950;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.288;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=34;PP=801;ReadPosRankSum=0.042;SC=GCGCTCGGCCCGGGCCTCCGC;SOR=0.484;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=121;TCF=48;TCR=73;TR=58;WE=9074869;WS=9074851;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:91,106:0.54:197
chr1	9074932	rs1556757	G	A	661.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=3.606;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.145;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=18;PP=419;ReadPosRankSum=1.228;SC=TCAGAGCTGCGGAAAGCAGAA;SOR=0.948;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=52;TCF=14;TCR=38;TR=22;WE=9074940;WS=9074922;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,27:0.45:60
chr1	9075369	rs12410702	G	C	254.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.668;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.906;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=9;PP=133;ReadPosRankSum=1.315;SC=CACTGTGCTCGGAAGGTCACG;SOR=1.270;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=17;TCF=2;TCR=15;TR=10;WE=9075377;WS=9075359;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,13:0.52:25
chr1	9084924	rs2027222	T	C	5959.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=106;NR=51;PP=2798;SC=GGCAAGATGGTGCCTCCTACA;SOR=1.418;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=157;TCF=106;TCR=51;TR=157;WE=9084932;WS=9084914;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,214:1.00:214
chr1	9085006	rs148146441	G	GGCCCACCTTGT	8785.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=-0.362;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=534;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.209;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=47;PP=2986;ReadPosRankSum=2.516;SC=GCTGCTGCCCGGCCCACCTTG;SOR=0.921;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=172;TCF=33;TCR=139;TR=59;WE=9085014;WS=9084996;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:194,212:0.52:406
chr1	9099727	rs769897	A	G	2574.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.452;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=305;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.820;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=40;PP=1211;ReadPosRankSum=1.836;SC=TAGATCTGCAAGGCAAGCGCG;SOR=0.503;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=188;TCF=83;TCR=105;TR=80;WE=9099735;WS=9099717;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:174,129:0.43:303
chr1	9107849	rs3737661	G	T	1897.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.009;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.255;HP=5;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=48;PP=1135;ReadPosRankSum=-1.660;SC=TTTCATTCAAGAAATGTTTCT;SOR=0.810;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=118;TCF=36;TCR=82;TR=68;WE=9107857;WS=9107839;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,89:0.53:169
chr1	9117371	rs11121310	A	G	831.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.76;SOR=3.383;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr1	9129620	rs5438	C	T	3826.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.622;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=369;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.378;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=58;PP=1660;ReadPosRankSum=-0.201;SC=GGCAGAGTGCCGCTCACCTCC;SOR=0.660;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=229;TCF=111;TCR=118;TR=112;WE=9129628;WS=9129610;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:178,187:0.51:365
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chr1	9171564	rs377407472	A	C	2092.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.550;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=244;ExcessHet=3.0103;FS=2.502;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.61;ReadPosRankSum=-0.728;SOR=0.524;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:137,106:0.44:243
chr1	9323457	rs731183	G	C	885.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-1.575;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.224;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=5;PP=623;ReadPosRankSum=-2.079;SC=AAGGCGAGGGGCTTCCCTGAG;SOR=0.501;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=65;TCF=56;TCR=9;TR=33;WE=9323465;WS=9323450;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,37:0.49:75
chr1	9324571	rs9434742	T	C	6774.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.050;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=671;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.057;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=91;NR=131;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.372;SC=CCCAGATCTATGCCAGGGAGA;SOR=0.957;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=455;TCF=207;TCR=248;TR=222;WE=9324579;WS=9324561;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:316,328:0.51:644
chr1	9324670	rs9434743	A	G	4589.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=2.349;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=562;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.124;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=90;PP=2524;ReadPosRankSum=1.399;SC=TCCCACAGTCACCCACTGGCC;SOR=0.780;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=351;TCF=149;TCR=202;TR=155;WE=9324678;WS=9324660;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:327,230:0.41:557
chr1	9416346	rs3795309	C	T	4064.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-2.525;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=397;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=74;NR=60;PP=1977;ReadPosRankSum=0.760;SC=ACACAACCCTCGTGGGGAATA;SOR=0.678;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=269;TCF=148;TCR=121;TR=134;WE=9416354;WS=9416336;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:191,198:0.51:389
chr1	9633387	.	G	GT	46.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.213;ClippingRankSum=0.000;DP=91;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.56;ReadPosRankSum=0.148;SOR=0.818;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:69,15:0.18:84
chr1	9658465	rs9430181	T	G	5748.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=99;NR=52;PP=2965;SC=AGGCAGCTCATCCACCCCTGC;SOR=1.277;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=151;TCF=99;TCR=52;TR=151;WE=9658473;WS=9658455;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,204:1.00:204
chr1	9658657	rs140267928	C	T	2707.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.165;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=325;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=61;PP=1310;ReadPosRankSum=-0.174;SC=GTTCAAGCGCCGGGAGGCCGA;SOR=0.692;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=238;TCF=99;TCR=139;TR=105;WE=9658665;WS=9658647;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:178,141:0.44:319
chr1	9658707	rs9430182	G	A	4628.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=1.078;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.669;HP=4;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=98;PP=2965;ReadPosRankSum=0.177;SC=TCCACAGGGCGGGGGTGGGGG;SOR=1.697;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=142;TCF=43;TCR=99;TR=140;WE=9658715;WS=9658697;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,166:0.99:168
chr1	9661061	rs9430184	A	G	3015.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=65;NR=23;PP=1888;SC=AGGATGTGTGAGAACATGGGT;SOR=1.819;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=88;TCF=65;TCR=23;TR=88;WE=9661069;WS=9661051;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr1	9670483	rs4244632	T	A	7716.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.779;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=304;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.867;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=126;NR=78;PP=2965;ReadPosRankSum=2.150;SC=AATAGAAGAATGCCCCCAGAA;SOR=0.211;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=206;TCF=128;TCR=78;TR=204;WE=9670491;WS=9670473;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,290:0.99:292
chr1	9670834	rs4926472	C	T	5456.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.947;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=104;PP=2965;ReadPosRankSum=1.960;SC=CCCCGGAAGCCGCCCCTGCAG;SOR=1.387;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=156;TCF=51;TCR=105;TR=155;WE=9670842;WS=9670824;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,203:0.99:205
chr1	9671257	rs70979767	CT	C	2106.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.123;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=245;ExcessHet=3.0103;FS=2.436;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.10;MQRankSum=0.933;QD=10.64;ReadPosRankSum=-0.230;SOR=0.957;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:45,153:0.77:198
chr1	9714177	rs7511971	G	A	1370.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.936;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.770;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=9;PP=840;ReadPosRankSum=-0.868;SC=AGACAACTAAGCTAGCCTCCT;SOR=0.818;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=76;TCF=60;TCR=16;TR=43;WE=9714185;WS=9714167;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,61:0.55:111
chr1	9714538	rs150187930	GT	GGAT,G	1498.73	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;ALERT;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=3.553;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=12.099;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=17;PP=2389;ReadPosRankSum=1.312;SC=ACCAATGGTTGTGCGAAAGCC;SOR=1.964;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=50;TCF=1;TCR=49;TR=17;WE=9714552;WS=9714528;set=Intersection	GT:AF:DP	0/1:0.42:102
chr1	9714539	rs56017286	T	G	870.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=5.041;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FS=12.034;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.80;ReadPosRankSum=1.037;SOR=2.001;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:61,38:0.38:99
chr1	9714540	.	G	GAGGCCAGACC	2962	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;FR=0.5000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MMLQ=28;MQ=60.0;NF=0;NR=17;PP=2962;QD=20;SC=CAATGGTTGTGCGAAAGCCAG;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=50;TCF=1;TCR=49;TR=17;WE=9714552;WS=9714528;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:33,17:0.34:50
chr1	9714541	rs56235370	C	CCA	1499.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.191;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FS=10.281;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.46;ReadPosRankSum=0.778;SOR=1.837;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:56,41:0.42:97
chr1	9714542	.	GAA	CAG	2944	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;FR=0.5000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MMLQ=28;MQ=60.0;NF=1;NR=17;PP=2944;QD=20;SC=ATGGTTGTGCGAAAGCCAGCC;SbPval=0.98;Source=Platypus;TC=67;TCF=15;TCR=52;TR=18;WE=9714552;WS=9714528;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:49,18:0.27:67
chr1	9714543	rs55851927	A	ACCCC	870.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.470;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FS=10.214;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.07;ReadPosRankSum=0.499;SOR=1.880;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:58,38:0.40:96
chr1	9714544	rs55746245	A	AG	1466.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=2.693;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FS=11.703;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.12;ReadPosRankSum=0.256;SOR=2.173;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:54,37:0.41:91
chr1	9770690	.	CAG	C	226.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.548;ClippingRankSum=0.000;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.144;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=3.070;NF=0;NR=15;PP=297;ReadPosRankSum=0.442;SC=CCTTGGTGCTCAGAGAGAGAG;SOR=0.917;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=57;TCF=5;TCR=52;TR=15;WE=9770701;WS=9770680;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,18:0.25:71
chr1	9777586	rs28730669	G	C	1728.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.648;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.313;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=21;PP=777;ReadPosRankSum=-0.948;SC=CTGCTTCCCCGGCCCCCAGCC;SOR=0.447;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=92;TCF=61;TCR=31;TR=56;WE=9777594;WS=9777576;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,80:0.61:131
chr1	9781412	rs12735071	C	G	1894.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.146;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.186;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=44;PP=1260;ReadPosRankSum=0.583;SC=GGCTTGCTCCCTCCTGCCTGG;SOR=0.815;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=150;TCF=60;TCR=90;TR=74;WE=9781420;WS=9781402;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:92,86:0.48:178
chr1	9782556	rs11589267	C	T	2537.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.277;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=254;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.959;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=44;PP=1186;ReadPosRankSum=0.828;SC=CAGAAACTCACGCTTCTCCTC;SOR=0.635;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=151;TCF=73;TCR=78;TR=88;WE=9782564;WS=9782546;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:127,127:0.50:254
chr1	9782695	.	G	C	1250.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=2.862;ClippingRankSum=0.000;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.632;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=26;PP=644;ReadPosRankSum=-0.380;SC=TCGTCCCTTGGTGTCTGTGCC;SOR=1.040;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=98;TCF=38;TCR=60;TR=39;WE=9782703;WS=9782685;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:107,64:0.37:171
chr1	9792105	rs377673198	G	GA	533.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=3;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=1;NR=21;PP=305;SC=GAAAAGGACAGAAAAAAAAAT;SOR=2.925;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=34;TCF=1;TCR=33;TR=22;WE=9792113;WS=9792095;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr1	9801341	rs10864436	G	A	1007.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.290;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.499;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=24;PP=493;ReadPosRankSum=-0.600;SC=AAGCGGGGAGGTGTGAGATGT;SOR=0.906;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=88;TCF=33;TCR=55;TR=38;WE=9801349;WS=9801331;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,52:0.43:122
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chr1	9816620	rs6680090	T	C	9391.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=369;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.02;SOR=0.816;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,361:1.00:361
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chr1	10057422	rs112770895	G	C	3940.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-0.467;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=334;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.402;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=62;PP=1637;ReadPosRankSum=-2.353;SC=GCGGCGCGAGGCTCGCCGTGG;SOR=0.722;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=206;TCF=91;TCR=115;TR=109;WE=10057430;WS=10057412;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:143,187:0.57:330
chr1	10068111	rs372996268	CA	C	120.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.421;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=1.427;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.02;ReadPosRankSum=-1.044;SOR=0.404;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,16:0.40:40
chr1	10132493	rs34652791	C	CT	336.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.132;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=4.506;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.87;ReadPosRankSum=-0.883;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,22:0.45:49
chr1	10155354	rs201933475	TTTA	T	358.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=2.511;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.375;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=0;PP=338;ReadPosRankSum=1.513;SC=TTCCTATGATTTTATTATTGT;SOR=3.145;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=16;TCR=4;TR=8;WE=10155364;WS=10155347;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,10:0.56:18
chr1	10155666	.	C	G	979.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.251;ClippingRankSum=0.000;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.400;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=27;PP=498;ReadPosRankSum=-0.968;SC=TAAAATGAAGCCAGTTTTCTA;SOR=1.079;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=93;TCF=27;TCR=66;TR=35;WE=10155674;WS=10155656;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,52:0.39:132
chr1	10190884	rs2295294	A	T	2005.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.375;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.439;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=48;PP=1160;ReadPosRankSum=-0.583;SC=AAGTGTTCAGAAAACAAATCC;SOR=0.972;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=137;TCF=53;TCR=84;TR=74;WE=10190892;WS=10190874;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,94:0.51:184
chr1	10218377	rs2273298	A	G	1155.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.251;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.529;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=12;PP=697;ReadPosRankSum=-3.886;SC=AAGCAAGAAAATACATATCCC;SOR=0.446;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=98;TCF=74;TCR=24;TR=42;WE=10218385;WS=10218367;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,55:0.42:130
chr1	10218439	rs2273299	T	C	3349.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.006;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=362;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.746;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=39;PP=1320;ReadPosRankSum=0.052;SC=GAGCCACCAGTGAGTTTTATG;SOR=0.792;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=214;TCF=127;TCR=87;TR=102;WE=10218447;WS=10218429;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:186,168:0.47:354
chr1	10238770	rs7546642	A	G	2219.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=2.309;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=277;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.365;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=47;PP=1226;ReadPosRankSum=1.676;SC=TCAAATCCACAATAGCAATAG;SOR=0.917;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=184;TCF=81;TCR=103;TR=80;WE=10238778;WS=10238760;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:160,114:0.42:274
chr1	10335315	rs6685773	G	A	1263.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=18;NR=9;PP=598;SC=AAATTACCTTGTTGCGTGAGT;SOR=1.378;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=27;TCF=18;TCR=9;TR=27;WE=10335323;WS=10335305;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr1	10342629	rs3748576	G	A	348.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=0.484;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=8;PP=144;ReadPosRankSum=2.018;SC=GGTATTCTATGTAGCTCCACA;SOR=0.804;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=24;TCF=10;TCR=14;TR=14;WE=10342637;WS=10342619;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,19:0.49:39
chr1	10384711	rs201407650	C	CT	192.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.326;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.27;ReadPosRankSum=1.075;SOR=0.641;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:40,19:0.32:59
chr1	10402009	.	C	CA	75.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.797;ClippingRankSum=0.000;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=2.383;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.68;ReadPosRankSum=-1.854;SOR=0.172;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,14:0.31:45
chr1	10468005	rs144558011	C	CA	359.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.115;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=252;ExcessHet=3.0103;FS=0.657;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.04;MQRankSum=1.739;QD=1.59;ReadPosRankSum=1.271;SOR=0.759;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:172,54:0.24:226
chr1	10478830	rs370777082	CA	C	92.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.287;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.93;ReadPosRankSum=-0.586;SOR=0.813;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,18:0.38:48
chr1	10479055	rs5772408	G	GT	83.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.602;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FS=10.552;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.91;ReadPosRankSum=0.478;SOR=0.349;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:75,17:0.18:92
chr1	10490285	rs649639	T	C	56.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=18.76;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr1	10490539	rs661256	G	C	356.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.247;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.451;HP=1;HapScore=4;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=4;PP=378;ReadPosRankSum=-1.027;SC=GCCCCTTCTCGGCCCTCCTGC;SOR=0.264;Source=Platypus;TCF=16;TR=8;WE=10490558;WS=10490529;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,19:0.43:44
chr1	10490550	rs661272	G	C	448.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.687;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.541;HP=3;HapScore=4;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=4;PP=378;ReadPosRankSum=-1.770;SC=GCCCTCCTGCGTTTGCCCAGG;SOR=0.358;Source=Platypus;TCF=17;TR=9;WE=10490558;WS=10490529;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,22:0.46:48
chr1	10490759	rs143754643	TTGGCTTAAC	T	223.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.302;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=1.958;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.73;MQRankSum=0.000;QD=12.43;ReadPosRankSum=-0.997;SOR=1.371;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,7:0.39:18
chr1	10502307	rs33919161	AT	A	515.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.498;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.218;HP=10;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=11;PP=320;ReadPosRankSum=-0.745;SC=ATAAATACAGATTTTTTTTTT;SOR=1.197;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=52;TCF=27;TCR=25;TR=26;WE=10502316;WS=10502297;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,38:0.47:80
chr1	10511544	rs628462	C	T	1437.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.083;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.540;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=25;PP=744;ReadPosRankSum=-1.274;SC=GAGAGGAAGCCCGGGAGGTGG;SOR=0.637;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=119;TCF=58;TCR=61;TR=53;WE=10511552;WS=10511534;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:113,76:0.40:189
chr1	10511589	rs666103	T	C	887.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.229;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.304;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=30;PP=525;ReadPosRankSum=0.539;SC=CCCAGCAATCTGCGCGCCGGG;SOR=1.148;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=105;TCF=39;TCR=66;TR=44;WE=10511597;WS=10511579;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:95,52:0.35:147
chr1	10529194	rs2781233	T	C	853.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=1.578;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.919;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=10;PP=590;ReadPosRankSum=-0.604;SC=ATGGATGCTGTACTGCATAGG;SOR=0.856;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=66;TCF=47;TCR=19;TR=35;WE=10529202;WS=10529184;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,38:0.51:75
chr1	10555257	rs622623	C	T	2793.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=1.552;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=237;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.488;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=38;PP=1519;ReadPosRankSum=1.330;SC=CGTTTGAGAACGGAACATCTT;SOR=0.737;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=171;TCF=104;TCR=67;TR=98;WE=10555265;WS=10555247;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:101,130:0.56:231
chr1	10596341	rs12375	C	T	1645.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.757;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.127;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=32;PP=751;ReadPosRankSum=0.455;SC=GGAGAGCATTCCTAAAGAAGA;SOR=0.506;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=93;TCF=32;TCR=61;TR=53;WE=10596349;WS=10596331;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,80:0.54:147
chr1	10596388	rs2480779	A	G	1808.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=12;NR=39;PP=1159;SC=AGCACGGCCTACAGGGGGACT;SOR=1.802;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=51;TCF=12;TCR=39;TR=51;WE=10596396;WS=10596378;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr1	10689942	rs11539794	G	T	1297.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.694;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.716;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=24;PP=627;ReadPosRankSum=-2.273;SC=ACTGCCTGGGGGTGCAGAGGG;SOR=0.952;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=64;TCF=23;TCR=41;TR=35;WE=10689950;WS=10689932;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,59:0.61:97
chr1	11008102	rs1281018	G	A	3141.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.183;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=300;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.886;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=44;PP=1501;ReadPosRankSum=-1.208;SC=TGCCAGGGGCGCTGCCAGCCT;SOR=0.776;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=200;TCF=103;TCR=97;TR=94;WE=11008110;WS=11008092;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:146,148:0.50:294
chr1	11008497	rs1281017	G	C	10190.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=380;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=101;NR=121;PP=2965;SC=CGCTTGACAAGCCTCTCAGCA;SOR=0.828;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=222;TCF=101;TCR=121;TR=222;WE=11008505;WS=11008487;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,376:1.00:376
chr1	11008594	rs1281016	A	T	2444.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.679;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=247;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.160;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=39;PP=1116;ReadPosRankSum=1.275;SC=TGGTCCTGAGACCAGAAGTGA;SOR=0.863;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=156;TCF=72;TCR=84;TR=68;WE=11008602;WS=11008584;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:128,117:0.48:245
chr1	11008695	rs17036032	T	C	1407.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-2.410;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=32;PP=750;ReadPosRankSum=2.299;SC=TTGGCAAGACTGGACGTGGCC;SOR=0.751;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=103;TCF=46;TCR=57;TR=57;WE=11008703;WS=11008685;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,70:0.50:140
chr1	11009679	rs1281013	G	A	336.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.892;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=1;PP=170;ReadPosRankSum=-0.342;SC=CCATAGACGTGCTTTGGCCAG;SOR=0.927;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=28;TCF=24;TCR=4;TR=11;WE=11009687;WS=11009669;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,16:0.43:37
chr1	11009703	rs1281012	C	T	660.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.679;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=1;PP=333;ReadPosRankSum=-1.228;SC=GTCGGAAGGCCGGTGCAGGAG;SOR=0.868;SbPval=0.93;Source=Platypus;TC=40;TCF=34;TCR=6;TR=17;WE=11009711;WS=11009693;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,29:0.50:58
chr1	11014118	rs45537241	C	T	5998.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-2.187;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=721;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=76;NR=73;PP=1852;ReadPosRankSum=-1.787;SC=AGGACCGGGGCAGCCATCTCG;SOR=0.680;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=390;TCF=194;TCR=196;TR=149;WE=11014126;WS=11014108;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:406,313:0.44:719
chr1	11015165	rs75130475	A	G	930.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.906;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.845;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=6;PP=365;ReadPosRankSum=0.317;SC=GGTTTCCTCAATGTAGGAACC;SOR=1.031;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=54;TCF=35;TCR=19;TR=24;WE=11015173;WS=11015155;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,45:0.52:87
chr1	11015325	rs41274492	C	T	679.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.649;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.222;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=18;PP=433;ReadPosRankSum=1.351;SC=GGGCCTTTGCCAGGGGCCACA;SOR=1.055;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=42;TCF=13;TCR=29;TR=26;WE=11015333;WS=11015315;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,31:0.51:61
chr1	11016942	rs11121660	C	T	643.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.142;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.128;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=7;PP=340;ReadPosRankSum=0.899;SC=ATTTCTGAAACGCATAGCCAA;SOR=1.051;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=40;TCF=26;TCR=14;TR=24;WE=11016950;WS=11016932;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,30:0.58:52
chr1	11017022	rs149410406	C	CAG	1153.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.169;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=9;PP=525;ReadPosRankSum=0.999;SC=AGGGAGAAAACAGACCAGAAT;SOR=0.782;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=38;TCF=11;TCR=27;TR=14;WE=11017030;WS=11017012;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,34:0.38:90
chr1	11017609	rs7511959	T	C	2594.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.52;SOR=1.140;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr1	11017617	rs34691090	G	C	2741.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.18;SOR=1.249;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr1	11017634	rs35950437	C	T	2193.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=32;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=41;NR=19;PP=1127;SC=GCCCCAGAGGCCCCTCACCTC;SOR=1.367;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=60;TCF=41;TCR=19;TR=60;WE=11017642;WS=11017624;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr1	11018723	rs60676743	A	G	3951.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.216;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=404;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.522;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=55;PP=1703;ReadPosRankSum=0.341;SC=CAGTCCTAGCAGAAACTTCCA;SOR=0.621;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=261;TCF=145;TCR=116;TR=120;WE=11018731;WS=11018713;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:204,198:0.49:402
chr1	11018765	rs12758610	G	A	4543.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.618;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=429;ExcessHet=3.0103;FS=1.102;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.64;ReadPosRankSum=1.273;SOR=0.610;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:205,222:0.52:427
chr1	11024271	rs11121662	G	T	17864.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.892;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=686;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=204;NR=182;PP=2965;ReadPosRankSum=0.771;SC=CGATCACTCCGCTCCAACCCC;SOR=0.779;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=389;TCF=205;TCR=184;TR=386;WE=11024279;WS=11024261;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,680:0.99:684
chr1	11024353	rs6659231	A	G	12354.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.955;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=473;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=43;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=116;NR=187;PP=2965;ReadPosRankSum=1.069;SC=AAATTCATGTATGCAAATGAG;SOR=1.033;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=306;TCF=117;TCR=189;TR=303;WE=11024361;WS=11024343;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,467:1.00:469
chr1	11024381	rs6659326	A	G	8670.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.375;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=325;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=33;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=80;NR=151;PP=2965;ReadPosRankSum=1.360;SC=AATACAGTTAATAGCCTGCAA;SOR=0.483;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=232;TCF=80;TCR=152;TR=231;WE=11024403;WS=11024371;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,320:1.00:321
chr1	11024395	rs11121663	T	C	6802.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=248;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=33;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=66;NR=125;PP=2965;SC=CCTGCAATTATAGGTCAGTCC;SOR=1.260;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=191;TCF=66;TCR=125;TR=191;WE=11024403;WS=11024371;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,244:1.00:244
chr1	11026381	.	T	TA	219.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.353;ClippingRankSum=0.000;DP=306;ExcessHet=3.0103;FS=1.262;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.11;MQRankSum=0.000;QD=0.78;ReadPosRankSum=-0.157;SOR=0.583;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:230,51:0.18:281
chr1	11030014	rs56044863	G	A	2947.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.422;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.512;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=37;PP=1423;ReadPosRankSum=-0.921;SC=CCCAGCCACCGACCACCTCTT;SOR=0.631;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=169;TCF=105;TCR=64;TR=99;WE=11030022;WS=11030004;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,140:0.62:224
chr1	11036050	rs79323519	T	C	281.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.507;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=1;PP=212;ReadPosRankSum=0.586;SC=TGCCGCTTCCTTGTTGGGAGA;SOR=1.302;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=22;TCF=20;TCR=2;TR=12;WE=11036058;WS=11036040;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,12:0.50:24
chr1	11042201	rs56848003	C	CAG	811.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.757;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.206;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.067;NF=0;NR=14;PP=579;ReadPosRankSum=1.579;SC=GTGCAGGTCTCGGGTCACTCA;SOR=1.022;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=30;TCF=3;TCR=27;TR=14;WE=11042209;WS=11042191;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,22:0.49:45
chr1	11079077	rs2273348	A	G	223.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-0.535;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=10;PP=141;ReadPosRankSum=-0.136;SC=CCCTTAGTGCATGCTGAATAT;SOR=0.616;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=35;TCF=3;TCR=32;TR=11;WE=11079085;WS=11079067;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,12:0.30:40
chr1	11080723	rs143130606	T	TG	1009.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.719;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.844;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=20;PP=701;ReadPosRankSum=-0.121;SC=CCCAGCACTTTGGAGGCCGAG;SOR=0.846;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=53;TCF=9;TCR=44;TR=23;WE=11080731;WS=11080713;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,38:0.46:82
chr1	11086097	rs3215616	A	AT	2318.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-1.414;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.441;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=30;PP=1229;ReadPosRankSum=-0.627;SC=CTTATTTCTAATGCCACTTTT;SOR=0.387;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=68;TCF=4;TCR=64;TR=32;WE=11086105;WS=11086087;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,74:0.57:129
chr1	11087524	rs1782455	G	A	3667.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-3.147;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=456;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.097;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=68;NR=79;PP=2053;ReadPosRankSum=-0.458;SC=TGTCCAGGGCGGATGCATCAT;SOR=0.808;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=325;TCF=157;TCR=168;TR=147;WE=11087543;WS=11087514;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:240,209:0.47:449
chr1	11087835	rs1782454	T	C	532.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=1.533;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=19;PP=416;ReadPosRankSum=0.218;SC=GGTGGGTGACTACCTATACAG;SOR=0.527;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=46;TCF=8;TCR=38;TR=24;WE=11087843;WS=11087825;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,23:0.51:45
chr1	11090916	rs12711521	C	A	1092.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-0.273;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.517;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=29;PP=706;ReadPosRankSum=-0.106;SC=CTGGGTAGATCATCAGGAGGG;SOR=0.946;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=98;TCF=33;TCR=65;TR=41;WE=11090924;WS=11090906;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,50:0.44:114
chr1	11094665	rs11121684	G	A	129.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.677;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=0;PP=31;ReadPosRankSum=-0.170;SC=TGAGGCAGGAGGATTGCTTAA;SOR=1.270;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=6;TCR=2;TR=3;WE=11094673;WS=11094661;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,7:0.50:14
chr1	11094757	rs70977538	G	GA	110.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.408;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=7.968;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.43;MQRankSum=1.005;QD=4.81;ReadPosRankSum=0.685;SOR=2.469;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,11:0.48:23
chr1	11095039	rs6695096	C	T	211.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.314;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.851;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=6;PP=138;ReadPosRankSum=2.783;SC=GCTCTCACAGCAGTTCCTATT;SOR=1.445;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=19;TCF=5;TCR=14;TR=8;WE=11095047;WS=11095029;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,10:0.42:24
chr1	11104845	rs9430347	T	C	279.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.760;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.527;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=4;PP=139;ReadPosRankSum=-0.267;SC=CAGAGACACGTGGCAGCAGGT;SOR=0.368;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=23;TCF=12;TCR=11;TR=11;WE=11104853;WS=11104835;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,14:0.52:27
chr1	11105106	rs2273345	C	T	2094.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.944;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=23;PP=654;ReadPosRankSum=1.186;SC=GCTGCCCACGCCCCAGAGCAC;SOR=0.669;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=79;TCF=43;TCR=36;TR=49;WE=11105114;WS=11105096;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,55:0.59:93
chr1	11105122	rs2273344	C	T	2067.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.169;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.779;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=24;PP=682;ReadPosRankSum=1.294;SC=AGCACTGGCCCGTCCCACAGT;SOR=0.581;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=83;TCF=44;TCR=39;TR=49;WE=11105130;WS=11105112;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,54:0.57:94
chr1	11115177	.	C	CT	300.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.077;ClippingRankSum=0.000;DP=124;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.23;ReadPosRankSum=1.179;SOR=0.614;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:60,33:0.35:93
chr1	11119899	rs7545802	T	C	2593.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.63;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=26;NR=36;PP=1008;SC=CCACCTGCAGTGACAGGGCCT;SOR=0.952;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=63;TCF=26;TCR=37;TR=62;WE=11119907;WS=11119889;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr1	11126569	rs2791659	C	A	880.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-2.290;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=8;PP=566;ReadPosRankSum=0.512;SC=TCACCATAACCCCCGGAGCAC;SOR=0.843;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=55;TCF=41;TCR=14;TR=33;WE=11126577;WS=11126559;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,39:0.57:68
chr1	11126941	rs6701726	C	T	878.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.704;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.800;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=24;PP=537;ReadPosRankSum=1.415;SC=GAGAACTCGGCGGCCCACCAG;SOR=0.986;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=72;TCF=26;TCR=46;TR=35;WE=11126949;WS=11126931;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,42:0.48:87
chr1	11128001	rs2791657	A	G	1055.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-1.810;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.836;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=10;PP=605;ReadPosRankSum=-0.448;SC=CCCACGGACCACACCACGCAG;SOR=0.840;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=82;TCF=60;TCR=22;TR=42;WE=11128009;WS=11127991;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,52:0.53:99
chr1	11128329	rs2791656	A	G	486.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=3.035;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=18;PP=404;ReadPosRankSum=-0.402;SC=GAACAGGAGCACCCCAAAGCA;SOR=1.697;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=25;TCF=0;TCR=25;TR=18;WE=11128337;WS=11128319;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,18:0.69:26
chr1	11128654	rs2791655	G	A	1513.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.750;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.326;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=18;PP=702;ReadPosRankSum=-0.770;SC=GAGGAGGTCAGAAACAGGCGC;SOR=0.582;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=97;TCF=60;TCR=37;TR=48;WE=11128662;WS=11128644;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,75:0.52:143
chr1	11129848	rs2791653	A	G	356.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-1.013;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.402;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=9;PP=184;ReadPosRankSum=0.124;SC=AGGGAACTCCACCGGCCTCAG;SOR=0.100;SbPval=0.09;Source=Platypus;TC=38;TCF=8;TCR=30;TR=15;WE=11129856;WS=11129838;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,19:0.40:47
chr1	11132217	rs1130683	G	A	978.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.256;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FS=0.623;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.66;ReadPosRankSum=1.286;SOR=0.687;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:90,57:0.39:147
chr1	11133956	.	A	AAAAG	536.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.295;ClippingRankSum=0.000;DP=87;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=62.96;MQRankSum=8.303;QD=6.71;ReadPosRankSum=-2.313;SOR=0.731;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:53,27:0.34:80
chr1	11134157	rs2748876	T	G	2062.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.274;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.541;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=40;PP=1365;ReadPosRankSum=-1.591;SC=TGCTGGTGCCTTGTCAGCGTC;SOR=0.623;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=160;TCF=84;TCR=76;TR=84;WE=11134165;WS=11134147;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:89,96:0.52:185
chr1	11134470	.	A	AT	93.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.674;ClippingRankSum=0.000;DP=117;ExcessHet=3.0103;FS=4.023;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.12;ReadPosRankSum=1.012;SOR=1.255;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:66,18:0.21:84
chr1	11137778	rs2259886	C	T	215.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=2.641;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=7;PP=160;ReadPosRankSum=0.384;SC=CAGTCTCCAGCGCTGACTGTA;SOR=1.002;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=25;TCF=9;TCR=16;TR=10;WE=11137786;WS=11137768;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,11:0.39:28
chr1	11140621	rs58972264	AC	A	357.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.490;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=6.204;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.51;MQRankSum=1.171;QD=12.34;ReadPosRankSum=1.174;SOR=0.408;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,18:0.62:29
chr1	11140622	rs9430364	C	A	71.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=1.332;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.53;MQRankSum=0.630;QD=2.39;ReadPosRankSum=0.725;SOR=0.402;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,7:0.23:30
chr1	11140623	rs374511075	ACAC	A	165.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.491;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=3.326;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.52;MQRankSum=-0.760;QD=4.48;ReadPosRankSum=2.395;SOR=0.250;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,12:0.32:37
chr1	11141187	rs2258621	C	G	2630.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-1.278;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=320;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.409;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=39;PP=1061;ReadPosRankSum=0.328;SC=GCAGCTGCACCGGCTGCCCGT;SOR=0.648;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=188;TCF=106;TCR=82;TR=85;WE=11141195;WS=11141177;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:179,141:0.44:320
chr1	11151779	rs1148482	A	G	270.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-1.902;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=8;PP=135;ReadPosRankSum=-1.734;SC=GCAGTGGCGCAATCTTGCCTC;SOR=0.573;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=18;TCF=4;TCR=14;TR=11;WE=11151787;WS=11151769;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,14:0.54:26
chr1	11181327	rs11121691	C	T	5625.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.024;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=608;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=114;NR=84;PP=2669;ReadPosRankSum=0.948;SC=TTTTCAGCCACAGCAGCTTGG;SOR=0.677;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=415;TCF=239;TCR=176;TR=198;WE=11181335;WS=11181317;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:315,283:0.47:598
chr1	11187893	rs1770344	T	C	2594.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=18;NR=56;PP=1733;SC=GAGAGAAGCATCAAGAATCAG;SOR=2.007;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=76;TCF=18;TCR=58;TR=74;WE=11187901;WS=11187883;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr1	11190646	rs2275527	G	A	2216.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.212;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.628;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=32;PP=1033;ReadPosRankSum=1.108;SC=TCTCGGCCTCGCTCTCACTGT;SOR=0.829;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=162;TCF=90;TCR=72;TR=77;WE=11190654;WS=11190636;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:113,110:0.49:223
chr1	11205058	rs1057079	C	T	5315.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.469;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=536;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=79;NR=91;PP=2388;ReadPosRankSum=-0.018;SC=CTCCTGCCATCGCAGTTAATT;SOR=0.680;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=322;TCF=152;TCR=170;TR=170;WE=11205066;WS=11205048;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:268,264:0.50:532
chr1	11288758	rs1064261	G	A	1728.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.271;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.624;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=20;PP=854;ReadPosRankSum=-0.172;SC=CTCGAATGACGTTAAGGAACG;SOR=0.614;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=103;TCF=69;TCR=34;TR=58;WE=11288766;WS=11288748;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,81:0.54:150
chr1	11292666	rs10864495	T	A	561.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-1.996;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=18;PP=385;ReadPosRankSum=-1.160;SC=GCACGGTGGCTCATGCCTGTA;SOR=0.951;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=40;TCF=5;TCR=35;TR=21;WE=11292674;WS=11292656;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,24:0.50:48
chr1	11294474	rs718206	T	A	403.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-4.821;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.870;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=11;PP=202;ReadPosRankSum=1.387;SC=AGCAACAGACTTTTCTGCAAC;SOR=0.052;SbPval=0.24;Source=Platypus;TC=25;TCF=3;TCR=22;TR=14;WE=11294482;WS=11294464;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,18:0.60:30
chr1	11298790	rs2024627	T	C	381.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=1.092;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.596;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=10;PP=251;ReadPosRankSum=-0.027;SC=TTCAACTAGATATTGATCAAT;SOR=1.112;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=25;TCF=9;TCR=16;TR=16;WE=11298798;WS=11298780;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,17:0.65:26
chr1	11298823	rs35144517	C	CT	133.74	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.691;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=8.92;ReadPosRankSum=0.617;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,11:0.73:15
chr1	11301714	rs1135172	A	G	4224.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.668;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=479;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.453;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=67;NR=56;PP=1631;ReadPosRankSum=-0.989;SC=AGACTGTGGCATCCACCTGCA;SOR=0.726;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=271;TCF=136;TCR=135;TR=123;WE=11301722;WS=11301704;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:257,217:0.46:474
chr1	11317320	rs2092642	C	T	787.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.606;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=18;PP=408;ReadPosRankSum=1.954;SC=CGGCCAGGCACGGTGGCTCAA;SOR=0.687;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=43;TCF=13;TCR=30;TR=27;WE=11317328;WS=11317310;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,35:0.66:53
chr1	11318763	rs2076657	C	G	769.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-1.458;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.456;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=24;PP=535;ReadPosRankSum=-1.627;SC=TAGTTCAAACCAAAGAAGACA;SOR=1.402;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=49;TCF=6;TCR=43;TR=26;WE=11318771;WS=11318753;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,30:0.57:53
chr1	11319587	rs4845988	A	G	33.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.653;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.60;ReadPosRankSum=-0.984;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,3:0.23:13
chr1	11561164	rs41274528	G	A	1900.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.646;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.549;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=21;PP=977;ReadPosRankSum=-0.975;SC=GCCCCAACCTGGGGCAGGGGG;SOR=0.767;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=120;TCF=73;TCR=47;TR=55;WE=11561172;WS=11561154;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:96,88:0.48:184
chr1	11561593	rs2817580	G	A	3639.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-2.389;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=420;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=50;PP=1664;ReadPosRankSum=1.712;SC=CTCACTCGGTGGCCCAGGCCC;SOR=0.664;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=255;TCF=136;TCR=119;TR=108;WE=11561601;WS=11561583;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:231,182:0.44:413
chr1	11561937	rs12144924	C	T	3955.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-1.167;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=362;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.252;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=57;PP=1799;ReadPosRankSum=-1.310;SC=AGCGCCTGGTCACGATCCATG;SOR=0.609;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=222;TCF=120;TCR=102;TR=121;WE=11561945;WS=11561927;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:168,187:0.53:355
chr1	11562913	rs60362998	C	T	4088.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.379;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=404;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=69;PP=1835;ReadPosRankSum=0.533;SC=TTCAGAGCTTCGTGGTCACCT;SOR=0.728;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=240;TCF=105;TCR=135;TR=120;WE=11562921;WS=11562903;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:203,198:0.49:401
chr1	11575375	rs2594318	T	A	1761.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.261;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.938;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=20;PP=935;ReadPosRankSum=-0.355;SC=GTGGGGTTTGTGTCCCATGAG;SOR=0.462;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=122;TCF=85;TCR=37;TR=59;WE=11575383;WS=11575365;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,82:0.50:164
chr1	11575398	rs12135502	G	A	2874.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.618;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=281;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.493;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=29;PP=1492;ReadPosRankSum=-0.520;SC=TCCCCCCACCGTCTCCCTGTG;SOR=0.794;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=173;TCF=117;TCR=56;TR=94;WE=11575406;WS=11575388;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:135,138:0.51:273
chr1	11579470	rs2072994	G	A	5106.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.013;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=441;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.112;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=81;NR=66;PP=2104;ReadPosRankSum=1.971;SC=CGTGTTTGCCGCTCCCGAGCA;SOR=0.592;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=269;TCF=152;TCR=117;TR=147;WE=11579478;WS=11579460;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:193,245:0.56:438
chr1	11584164	rs2076469	A	G	893.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.042;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.796;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=21;PP=431;ReadPosRankSum=0.396;SC=CTAGGGTTGAAGGCCCTGTAA;SOR=0.839;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=70;TCF=27;TCR=43;TR=33;WE=11584172;WS=11584154;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,45:0.49:91
chr1	11593793	rs113116961	T	TGCACACACGCAC	2142.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=3.666;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.250;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=5.825;NF=14;NR=20;PP=2954;ReadPosRankSum=-0.104;SC=CAGACACGCATGCACACACAC;SOR=0.824;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=87;TCF=35;TCR=52;TR=34;WE=11593803;WS=11593783;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:123,61:0.33:184
chr1	11594400	rs2235663	T	C	5514.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.864;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=497;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.116;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=99;NR=78;PP=2818;ReadPosRankSum=-0.476;SC=TGGGCCACAGTCCCTGCCTGT;SOR=0.575;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=318;TCF=185;TCR=133;TR=177;WE=11594408;WS=11594390;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:231,260:0.53:491
chr1	11596455	rs2594310	C	T	2608.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=1.956;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=381;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.857;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=35;PP=1441;ReadPosRankSum=2.357;SC=TCTCCAGTGCCCTCACCACGG;SOR=0.854;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=241;TCF=143;TCR=98;TR=93;WE=11596463;WS=11596445;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:242,137:0.36:379
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chr1	11596864	rs2745295	A	G	124.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.117;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=5;PP=45;ReadPosRankSum=-0.373;SC=CCTGCGGGCCAGCGTGGAGGC;SOR=0.836;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=27;TCF=7;TCR=20;TR=6;WE=11596872;WS=11596854;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,9:0.24:37
chr1	11708736	rs1055547	T	C	5000.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.293;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=445;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=68;NR=78;PP=1996;ReadPosRankSum=-0.173;SC=TGGGGGAGAGTGGAGGCAGGG;SOR=0.669;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=268;TCF=126;TCR=142;TR=146;WE=11708744;WS=11708726;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:197,240:0.55:437
chr1	11709051	rs56192923	A	AG	808.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.720;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FS=4.506;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.63;ReadPosRankSum=0.270;SOR=1.220;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:58,26:0.31:84
chr1	11709052	.	C	G	769	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;FR=0.5000;HP=3;HapScore=2;MGOF=16;MMLQ=26;MQ=59.84;NF=20;NR=14;PP=769;QD=23.6403297808;SC=GCCCAGCCCACCCCAGCCCAG;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=89;TCF=55;TCR=34;TR=34;WE=11709060;WS=11709038;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:55,34:0.38:89
chr1	11709052	.	C	CCCAG	808.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.331;ClippingRankSum=0.000;DP=88;ExcessHet=3.0103;FS=4.399;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.30;ReadPosRankSum=0.427;SOR=1.255;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:58,29:0.33:87
chr1	11710561	rs9614	T	G	4533.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.256;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=464;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.520;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=85;NR=69;PP=2044;ReadPosRankSum=-0.169;SC=GCGGCGCCGCTTGCTCAGGAA;SOR=0.640;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=293;TCF=166;TCR=127;TR=154;WE=11710569;WS=11710551;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:229,233:0.50:462
chr1	11714368	rs2272983	T	G	1087.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.61;BaseQRankSum=2.295;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.364;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=26;PP=615;ReadPosRankSum=0.649;SC=GGTCCAGGCGTCGGCTACCTG;SOR=0.987;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=68;TCF=24;TCR=44;TR=39;WE=11714376;WS=11714358;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,55:0.45:122
chr1	11718195	rs3125816	A	G	202.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.316;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=1;PP=152;ReadPosRankSum=-0.768;SC=TGTGATCTGCAGCGTCCCACA;SOR=1.329;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=20;TCF=17;TCR=3;TR=10;WE=11718203;WS=11718189;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,10:0.50:20
chr1	11728894	rs3125818	G	A	5061.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.095;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=482;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.521;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.250;NF=73;NR=84;PP=2609;ReadPosRankSum=0.310;SC=AAGTGCCTGCGAGAGGGCTTC;SOR=0.645;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=300;TCF=138;TCR=162;TR=157;WE=11728902;WS=11728884;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:240,238:0.50:478
chr1	11731927	rs3215521	AG	A	1021.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=1.542;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.815;HP=10;HapScore=3;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.094;NF=24;NR=11;PP=440;ReadPosRankSum=1.330;SC=GGCCTGGGTGAGGGGGGGGGC;SOR=0.999;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=75;TCF=50;TCR=25;TR=35;WE=11731935;WS=11731917;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,46:0.46:101
chr1	11734029	.	G	A	1223.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=1.330;ClippingRankSum=0.000;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=35;PP=850;ReadPosRankSum=1.222;SC=ACCAGCTTGTGGTAACTTACT;SOR=0.765;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=75;TCF=18;TCR=57;TR=45;WE=11734037;WS=11734019;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,51:0.60:85
chr1	11734049	rs1063301	C	G	547.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-2.716;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.378;HP=1;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=15;PP=304;ReadPosRankSum=1.347;SC=TGTCACATAGCTCTGACGTTT;SOR=0.415;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=57;TCF=13;TCR=44;TR=20;WE=11734057;WS=11734039;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,27:0.41:66
chr1	11734706	.	G	A	703.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-2.049;ClippingRankSum=0.000;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=2;PP=538;ReadPosRankSum=1.955;SC=CCCCGGGCTGGGGCGGGCGAT;SOR=0.896;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=54;TCF=49;TCR=5;TR=26;WE=11734714;WS=11734696;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,28:0.48:58
chr1	11735262	rs2233027	C	T	1065.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=0.997;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.735;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=32;PP=708;ReadPosRankSum=1.007;SC=AGGGGGGTGACGGGGCTGGGC;SOR=1.140;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=100;TCF=37;TCR=63;TR=48;WE=11735270;WS=11735252;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,51:0.46:112
chr1	11735841	rs2233024	C	A	3314.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.218;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=323;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.410;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=63;PP=1757;ReadPosRankSum=-1.243;SC=GTGCCAGCCACTGGGCCCAGC;SOR=0.846;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=214;TCF=97;TCR=117;TR=111;WE=11735849;WS=11735831;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:155,163:0.51:318
chr1	11737051	rs2294638	G	C	4696.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.007;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=552;ExcessHet=3.0103;FS=5.076;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.62;ReadPosRankSum=-1.621;SOR=1.047;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:304,241:0.44:545
chr1	11740358	rs7417320	A	G	3135.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=-0.012;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=312;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.423;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=19;PP=1106;ReadPosRankSum=-0.007;SC=CGACCAAAGAATTTTTAAAAG;SOR=0.651;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=163;TCF=113;TCR=50;TR=69;WE=11740366;WS=11740348;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:155,151:0.49:306
chr1	11771766	rs114057756	C	T	797.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=3.358;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=5;PP=542;ReadPosRankSum=0.766;SC=TCTTTATGTCCTTGGGCTGAG;SOR=0.518;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=69;TCF=59;TCR=10;TR=30;WE=11771774;WS=11771756;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,32:0.46:70
chr1	11772303	rs1883574	A	G	1663.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.806;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.879;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=25;PP=995;ReadPosRankSum=-1.481;SC=CATGCTGTAGAGTGGTGGTAT;SOR=0.534;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=146;TCF=92;TCR=54;TR=64;WE=11772311;WS=11772293;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:102,82:0.45:184
chr1	11772526	rs1883573	A	G	1641.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=3.437;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.227;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=43;PP=1017;ReadPosRankSum=-0.120;SC=CAGGCTGGGTACTGGGAGGGA;SOR=1.098;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=109;TCF=27;TCR=82;TR=54;WE=11772534;WS=11772516;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,72:0.49:148
chr1	11779499	rs4846028	T	C	841.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=22;NR=3;PP=607;SC=TTTAAGCTCATTGGGGCTGCC;SOR=2.910;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=25;TCF=22;TCR=3;TR=25;WE=11779507;WS=11779494;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr1	11779762	rs12117076	C	T	2515.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.495;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=269;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.451;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=55;PP=1303;ReadPosRankSum=1.164;SC=AGCGGCCCCGCGGGACTGGGG;SOR=0.738;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=179;TCF=73;TCR=106;TR=94;WE=11779770;WS=11779752;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:139,126:0.48:265
chr1	11782781	rs7533583	G	C	2642.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.263;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=261;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=42;PP=1196;ReadPosRankSum=0.864;SC=CAGCCACAGAGAGTGTGTAAA;SOR=0.690;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=159;TCF=82;TCR=77;TR=85;WE=11782789;WS=11782771;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:128,132:0.51:260
chr1	11782814	rs7414943	G	A	2594.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.780;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=273;ExcessHet=3.0103;FS=1.451;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.54;ReadPosRankSum=-0.288;SOR=0.645;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:140,132:0.49:272
chr1	11782886	rs6540990	C	T	686.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.732;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FS=2.318;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.28;ReadPosRankSum=-1.003;SOR=0.437;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,57:0.77:74
chr1	11796168	rs146190997	CGGGCG	C	1447.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=9;PP=901;SC=GTGGCCGCAACGGGCGGGGCG;SOR=1.542;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=10;TCR=10;TR=18;WE=11796180;WS=11796158;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
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chr1	11808706	rs11121819	T	G	1259.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-1.964;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=39;PP=823;ReadPosRankSum=-0.953;SC=CACCGCTCCCTTCTCTCCCTT;SOR=0.663;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=82;TCF=11;TCR=71;TR=46;WE=11808714;WS=11808696;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,53:0.58:92
chr1	11824242	rs4845876	A	C	1154.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=1.294;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.755;HP=3;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=10;PP=813;ReadPosRankSum=1.287;SC=GAGAGGAGCCACTGAGAGACC;SOR=1.775;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=38;TCF=28;TCR=10;TR=38;WE=11824250;WS=11824232;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,43:0.96:45
chr1	11824303	rs4845877	T	C	2823.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=1.094;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=24;PP=1776;ReadPosRankSum=0.141;SC=CAAGAGCAGCTAGGAGTACTG;SOR=1.477;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=81;TCF=57;TCR=24;TR=81;WE=11824311;WS=11824293;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,103:0.98:105
chr1	11824346	rs4845878	G	A	4458.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.759;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.817;HP=3;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=75;NR=45;PP=2370;ReadPosRankSum=-1.059;SC=AGAATGGGGTGGGGTTGAATG;SOR=0.821;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=120;TCF=75;TCR=45;TR=120;WE=11824354;WS=11824336;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,170:0.99:171
chr1	11824556	rs4845879	A	G	3538.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.993;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=41;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=64;PP=2006;ReadPosRankSum=0.353;SC=CTGGATGGGCAGTTACAGGAG;SOR=1.179;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=103;TCF=38;TCR=65;TR=101;WE=11824564;WS=11824546;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,133:0.99:135
chr1	11824575	rs10864536	T	C	4732.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.82;SOR=1.721;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr1	11824578	rs11121825	C	T	4756.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.04;SOR=1.791;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr1	11825851	rs10218813	G	C	7056.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=264;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=101;NR=61;PP=2965;SC=GAGGCCTGGAGAGCTTCGCCT;SOR=1.048;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=163;TCF=102;TCR=61;TR=162;WE=11825859;WS=11825841;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,260:1.00:260
chr1	11826630	rs6668699	C	T	3490.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=61;NR=37;PP=2403;SC=CCAGGAACCCCCCGGTGCTGT;SOR=1.270;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=98;TCF=61;TCR=37;TR=98;WE=11826638;WS=11826620;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr1	11827180	rs6540995	A	G	4626.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=28.92;SOR=3.625;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,160:1.00:160
chr1	11827304	rs6540996	A	G	8459.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=323;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.27;SOR=1.263;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,322:1.00:322
chr1	11827355	rs6540997	A	G	3927.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.498;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FS=2.750;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.18;ReadPosRankSum=0.072;SOR=1.752;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,154:0.99:156
chr1	11828238	rs4845880	G	A	3868.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.699;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=48;PP=1869;ReadPosRankSum=-0.873;SC=CAGCTGTTGCGAAAGTGCCTT;SOR=0.836;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=106;TCF=57;TCR=49;TR=104;WE=11828246;WS=11828228;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,148:0.99:150
chr1	11828319	rs4845881	G	A	3905.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.290;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=52;PP=1716;ReadPosRankSum=1.273;SC=CTGCTGGTCCGGAGCTTCCGA;SOR=0.478;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=97;TCF=43;TCR=54;TR=91;WE=11828327;WS=11828309;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,148:0.98:151
chr1	11831615	rs6667720	C	T	5692.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.217;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=69;PP=2462;ReadPosRankSum=0.590;SC=GATTGCTCAGCGGCTTCTGTC;SOR=0.250;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=136;TCF=66;TCR=70;TR=135;WE=11831623;WS=11831605;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,217:1.00:218
chr1	11831756	rs6680385	A	G	1618.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=33;PP=971;SC=CCTGAGCTCCACACTGGGCAG;SOR=1.651;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=46;TCF=13;TCR=33;TR=46;WE=11831764;WS=11831746;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr1	11832100	rs11121827	T	A	2866.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=54;NR=25;PP=1390;SC=TCCCATCTGCTTACTCTCTCT;SOR=1.274;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=80;TCF=54;TCR=26;TR=79;WE=11832108;WS=11832090;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr1	11832311	rs10779764	G	C	2078.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=11;NR=50;PP=1555;SC=GAGCTTGGCTGTGCAGGTAGG;SOR=2.551;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=61;TCF=11;TCR=50;TR=61;WE=11832319;WS=11832301;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr1	11835546	.	C	T	3104.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.723;ClippingRankSum=0.000;DP=254;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.465;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=46;PP=1234;ReadPosRankSum=-1.793;SC=ACCGAGACCACCTGGCTGACC;SOR=0.655;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=153;TCF=70;TCR=83;TR=84;WE=11835554;WS=11835536;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:106,144:0.58:250
chr1	11836441	rs6699669	TG	CA	8688.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=69;NR=44;PP=2947;SC=AAGAGGGGCCTGAGGCAGCAG;SOR=1.102;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=119;TCF=75;TCR=44;TR=113;WE=11836450;WS=11836431;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,189:1.00:189
chr1	11836628	rs6699881	T	C	4126.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=45;NR=67;PP=1954;SC=GGATGCCTGCTGGACACTGGC;SOR=0.980;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=113;TCF=45;TCR=68;TR=112;WE=11836636;WS=11836618;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,156:1.00:156
chr1	11836682	rs7538516	C	T	2795.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=23;NR=41;PP=1244;SC=GCTTTTCCAGCGCCAGTGGGC;SOR=1.077;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=65;TCF=23;TCR=42;TR=64;WE=11836690;WS=11836672;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr1	11838848	rs6697244	G	T	6994.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=278;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.16;SOR=1.242;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,278:1.00:278
chr1	11839966	rs4846043	G	A	1711.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=17;NR=19;PP=690;SC=GGCCTGTGGCGTCAGCGGCTG;SOR=0.758;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=36;TCF=17;TCR=19;TR=36;WE=11839974;WS=11839956;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr1	11839998	rs4846044	T	C	1241.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=19;PP=513;SC=GCTGGTGGAGTGGTGGGCCCA;SOR=1.179;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=29;TCF=10;TCR=19;TR=29;WE=11840006;WS=11839988;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr1	11842144	rs10864542	C	G	1372.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=23;NR=11;PP=707;SC=GTGGCCTCCTCTGTTCCCACC;SOR=1.225;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=35;TCF=23;TCR=12;TR=34;WE=11842152;WS=11842134;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr1	11844330	rs10864543	C	T	8452.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.683;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=340;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=97;NR=102;PP=2965;ReadPosRankSum=1.413;SC=CACTGGGGGCCGTGTTTGCCA;SOR=0.730;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=203;TCF=99;TCR=104;TR=199;WE=11844338;WS=11844320;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:6,328:0.98:334
chr1	11845113	rs11587953	G	A	2802.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=61;NR=23;PP=1753;SC=GGCTGGGCCCGGAAGGCCCCC;SOR=1.705;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=84;TCF=61;TCR=23;TR=84;WE=11845121;WS=11845103;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr1	11845169	rs11586659	T	G	5234.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.793;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=74;NR=57;PP=2568;ReadPosRankSum=-0.754;SC=TCCTGGCCTTTATGGCCCTGG;SOR=0.881;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=133;TCF=75;TCR=58;TR=131;WE=11845177;WS=11845159;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,195:0.99:197
chr1	11847334	rs35134728	G	GGAA	1657.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=15;NR=4;PP=924;SC=GGGAATGGGTGGAAGAGGCCG;SOR=3.383;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=27;TCF=20;TCR=7;TR=19;WE=11847342;WS=11847324;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr1	11847759	rs3737966	C	T	702.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=11;NR=10;PP=475;SC=TCTCTTTGGGCGGCAGGCAGC;SOR=0.770;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=21;TCF=11;TCR=10;TR=21;WE=11847767;WS=11847749;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr1	11848879	rs2077360	A	G	4474.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=39;NR=69;PP=2124;SC=TGCCACAGCCACGCACCGTGG;SOR=1.199;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=108;TCF=39;TCR=69;TR=108;WE=11848887;WS=11848869;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,167:1.00:167
chr1	11849447	rs868014	A	G	4841.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=60;NR=69;PP=2328;SC=GGAAGCCGCCAGAGCACCGCG;SOR=0.796;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=129;TCF=60;TCR=69;TR=129;WE=11849455;WS=11849437;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,181:1.00:181
chr1	11854457	rs4846051	G	A	11665.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=444;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=141;NR=105;PP=2965;SC=GGTAAAGAACGAAGACTTCAA;SOR=0.858;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=246;TCF=141;TCR=105;TR=246;WE=11854465;WS=11854447;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,442:1.00:442
chr1	11854755	rs1994798	G	A	11936.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.003;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=470;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.51;ReadPosRankSum=-0.686;SOR=0.386;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:3,465:0.99:468
chr1	11867044	rs3737964	T	C	1878.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=36;NR=13;PP=1008;SC=CCCTCACCCCTGAAAGGTTTT;SOR=1.751;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=49;TCF=36;TCR=13;TR=49;WE=11867052;WS=11867034;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr1	11884555	rs198400	A	G	7356.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=279;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=79;NR=100;PP=2965;SC=CTCTTCGTGGAGAAGGAAGGC;SOR=0.864;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=179;TCF=79;TCR=100;TR=179;WE=11884563;WS=11884545;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,276:1.00:276
chr1	11896102	rs143767396	C	T	5305.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.372;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=523;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.521;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=75;NR=71;PP=2381;ReadPosRankSum=-0.800;SC=TGGTGAGCATCCTGCGCACCA;SOR=0.643;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=303;TCF=158;TCR=145;TR=146;WE=11896110;WS=11896092;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:265,254:0.49:519
chr1	11900035	rs198410	G	A	3224.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=74;NR=15;PP=1964;SC=TTGGCCTCCAGTGTGTGAGCC;SOR=2.345;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=90;TCF=74;TCR=16;TR=89;WE=11900043;WS=11900025;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr1	11971345	rs4845889	T	C	428.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.219;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.317;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=9;PP=228;ReadPosRankSum=-0.574;SC=TTGCATCCTTTGATGCAATCA;SOR=0.473;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=28;TCF=11;TCR=17;TR=16;WE=11971353;WS=11971335;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,20:0.59:34
chr1	11982544	rs2639453	T	C	4427.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=75;NR=37;PP=2099;SC=AAAACACTTGTGCGCGCTCTC;SOR=1.301;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=112;TCF=75;TCR=37;TR=112;WE=11982552;WS=11982534;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,164:1.00:164
chr1	11983206	rs3795408	A	G	1704.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.560;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.490;HP=6;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-13.010;NF=30;NR=35;PP=982;ReadPosRankSum=0.245;SC=GCAGCCCCCCAAAGCTGAGCA;SOR=0.650;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=146;TCF=68;TCR=78;TR=65;WE=11983214;WS=11983196;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:144,89:0.38:233
chr1	12004479	rs5772479	T	TAC,TACACAC	756.73	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.940;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=4.196;HP=1;HapScore=4;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=10,10;NR=12,12;PP=348,768;ReadPosRankSum=-0.708;SC=CATGCACGCGTACACACACAC;SOR=0.199;SbPval=0.11;Source=Platypus;TC=38;TCF=24;TCR=14;TR=22,22;WE=12004492;WS=12004469;set=Intersection	GT:AF:DP	0/1:0.75:32
chr1	12009955	rs7529452	C	T	2015.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.664;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.834;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=37;PP=946;ReadPosRankSum=-0.209;SC=TCATTCTCTTCGCAGACAGGT;SOR=0.550;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=113;TCF=44;TCR=69;TR=66;WE=12009963;WS=12009945;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,96:0.52:184
chr1	12012644	rs192592403	G	A	3362.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-1.141;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=324;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=30;PP=1312;ReadPosRankSum=-0.914;SC=TGGAAGCTAAGGGTCCGTCTT;SOR=0.712;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=182;TCF=113;TCR=69;TR=83;WE=12012652;WS=12012634;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:159,163:0.51:322
chr1	12024235	rs1130529	C	T	6310.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=-1.283;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=641;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.094;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=83;NR=76;PP=2189;ReadPosRankSum=1.017;SC=CCCTCAGGAACGTCATTGCCC;SOR=0.721;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=334;TCF=166;TCR=168;TR=159;WE=12024243;WS=12024225;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:313,321:0.51:634
chr1	12026953	.	G	T	1695.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-3.386;ClippingRankSum=0.000;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=13;PP=634;ReadPosRankSum=-1.028;SC=CACTGGGAGGGCTCCCTGGCT;SOR=0.678;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=106;TCF=71;TCR=35;TR=45;WE=12026961;WS=12026943;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,83:0.52:159
chr1	12027204	rs2273293	C	T	919.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=2.978;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.166;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=25;PP=515;ReadPosRankSum=0.653;SC=CCATCAGTGCCGCTCACTGTC;SOR=1.058;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=55;TCF=10;TCR=45;TR=30;WE=12027212;WS=12027194;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,40:0.51:78
chr1	12033113	rs3737961	A	G	2671.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.852;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FS=2.360;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.80;ReadPosRankSum=-2.578;SOR=0.503;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:86,73:0.46:159
chr1	12033120	rs3820190	G	C	2571.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.951;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FS=1.606;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.50;ReadPosRankSum=-3.488;SOR=0.522;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:79,68:0.46:147
chr1	12056440	rs2236056	C	T	937.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=25;PP=739;SC=CGTTGTGACACGGCTGACCTC;SOR=2.765;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=5;TCR=25;TR=30;WE=12056448;WS=12056430;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr1	12062205	rs2236057	A	G	4789.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.525;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=83;PP=2602;ReadPosRankSum=-0.679;SC=CTGCCGAGACAAGGGTGCTCC;SOR=0.496;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=130;TCF=46;TCR=84;TR=129;WE=12062213;WS=12062195;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,175:0.99:176
chr1	12071680	rs1042842	A	G	1411.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=33;PP=884;SC=CCTAAGTGCCATGTGGGCTCC;SOR=1.747;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=14;TCR=33;TR=47;WE=12071688;WS=12071670;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr1	12082926	rs2295283	A	G	4899.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=61;NR=85;PP=2932;SC=TGCAGTTCCTAAGAGGAGCTG;SOR=1.009;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=147;TCF=61;TCR=86;TR=146;WE=12082934;WS=12082916;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,179:1.00:179
chr1	12089241	.	C	T	2234.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-2.476;ClippingRankSum=0.000;DP=244;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.053;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=41;PP=1040;ReadPosRankSum=0.367;SC=GGCTGAGCGGCTCCATCCCCC;SOR=0.837;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=172;TCF=80;TCR=92;TR=82;WE=12089249;WS=12089231;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:127,116:0.48:243
chr1	12091210	rs946461	T	C	1633.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=39;NR=5;PP=1241;SC=AGGCCCTGCCTTGGTGGGGGC;SOR=3.215;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=44;TCF=39;TCR=5;TR=44;WE=12091218;WS=12091200;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr1	12144662	rs11569821	T	A	3074.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.661;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FS=5.101;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.009;QD=18.98;ReadPosRankSum=1.047;SOR=1.108;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:79,83:0.51:162
chr1	12144667	rs11569822	C	T	2995.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.522;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FS=2.233;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.009;QD=19.84;ReadPosRankSum=0.749;SOR=0.902;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:72,79:0.52:151
chr1	12157076	rs11121856	A	C	985.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=1.129;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=7;PP=569;ReadPosRankSum=-0.263;SC=GAGGGGCGTCAGGGATGAGAG;SOR=0.709;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=54;TCF=42;TCR=12;TR=33;WE=12157084;WS=12157066;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,44:0.54:81
chr1	12157288	rs11569835	T	C	3034.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.349;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=251;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.982;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=53;PP=1458;ReadPosRankSum=1.449;SC=AGGGCCTTGTTCTCTCTCCAG;SOR=0.625;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=170;TCF=73;TCR=97;TR=95;WE=12157302;WS=12157278;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:107,140:0.57:247
chr1	12175729	rs1763642	C	T	12762.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=488;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=143;NR=139;PP=2965;SC=CACCAACTCCCGTGCCCGCTG;SOR=0.710;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=282;TCF=143;TCR=139;TR=282;WE=12175737;WS=12175719;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,484:1.00:484
chr1	12183174	rs4846096	A	C	887.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=19;NR=7;PP=632;SC=GTGTGAGCCAATGTGCCTGGC;SOR=1.765;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=19;TCR=7;TR=26;WE=12183182;WS=12183164;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr1	12198635	rs6419481	T	C	223.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.583;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=5;PP=136;ReadPosRankSum=0.736;SC=TTCACCCCAATTGAAGTTTCT;SOR=0.527;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=22;TCF=6;TCR=16;TR=7;WE=12198643;WS=12198625;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,10:0.40:25
chr1	12249031	rs1201157	A	G	1152.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-4.448;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.982;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=38;PP=858;ReadPosRankSum=-0.828;SC=GCAAGAGCATAGCCCTTGATT;SOR=0.213;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=89;TCF=12;TCR=77;TR=45;WE=12249039;WS=12249021;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,46:0.52:89
chr1	12250888	rs5746014	T	C	2145.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.093;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.552;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=20;PP=1176;ReadPosRankSum=1.147;SC=TCTGAGGAATTGGAACTCCAC;SOR=0.636;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=137;TCF=99;TCR=38;TR=70;WE=12250896;WS=12250878;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:97,99:0.51:196
chr1	12252333	rs112033722	CTG	C	296.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.762;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.82;ReadPosRankSum=1.182;SOR=0.653;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,16:0.31:51
chr1	12331023	rs150878332	ACT	A	3262.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.885;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.528;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQ=60.06;MQRankSum=1.073;NF=28;NR=15;PP=1613;ReadPosRankSum=0.085;SC=GAAAATTCTGACTCTGCTGTG;SOR=0.958;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=99;TCF=54;TCR=45;TR=43;WE=12331032;WS=12331013;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:97,86:0.47:183
chr1	12337667	rs12407578	C	T	5466.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.029;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=537;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.090;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=79;NR=100;PP=2725;ReadPosRankSum=0.538;SC=GAGATGGTATCGCTCTTTGAA;SOR=0.781;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=368;TCF=171;TCR=197;TR=179;WE=12337675;WS=12337657;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:266,261:0.50:527
chr1	12401868	rs28551666	A	C	8756.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.853;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=330;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=141;NR=81;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.851;SC=GCCGGCAGCCATTTGTCCCCT;SOR=1.144;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=222;TCF=141;TCR=81;TR=222;WE=12401876;WS=12401858;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,323:0.99:325
chr1	12418700	rs10864552	T	C	2253.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=19;NR=52;PP=1270;SC=AACCATTGGCTGATGACCTCA;SOR=1.872;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=71;TCF=19;TCR=52;TR=71;WE=12418708;WS=12418690;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr1	12470019	rs41279470	T	G	1312.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.253;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.258;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=28;PP=706;ReadPosRankSum=0.867;SC=GGGAGAAAGGTGAAGAAGCCA;SOR=0.807;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=99;TCF=40;TCR=59;TR=45;WE=12470027;WS=12470009;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:92,67:0.42:159
chr1	12567232	rs7554257	A	G	6358.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=83;NR=59;PP=2965;SC=CTCAGCAGGAACTCATTTAGG;SOR=0.924;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=142;TCF=83;TCR=59;TR=142;WE=12567240;WS=12567222;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,228:1.00:228
chr1	12638964	rs2275875	T	C	5384.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=52;NR=93;PP=2495;SC=CCAGCATACGTGGCAGGAAGG;SOR=1.218;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=145;TCF=52;TCR=93;TR=145;WE=12638972;WS=12638954;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,204:1.00:204
chr1	12639018	rs2275874	C	T	2946.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=20;NR=59;PP=1803;SC=GTGGAGCAGCCGCAGCTCTGA;SOR=1.958;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=79;TCF=20;TCR=59;TR=79;WE=12639026;WS=12639008;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr1	12639168	rs3128461	A	G	4836.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.434;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=82;NR=29;PP=2573;ReadPosRankSum=-0.571;SC=AGTCTGATGTATCCTAGAGCT;SOR=0.739;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=112;TCF=83;TCR=29;TR=111;WE=12639176;WS=12639158;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,168:0.99:169
chr1	12776218	rs3000860	A	C	400.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=2.439;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=3;PP=300;ReadPosRankSum=1.897;SC=CAGCAGCCTGAGTGTTCTCAC;SOR=0.954;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=37;TCF=30;TCR=7;TR=17;WE=12776226;WS=12776208;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,18:0.44:41
chr1	12776344	rs3000859	A	T	2272.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=2.488;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.950;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=28;PP=1059;ReadPosRankSum=1.384;SC=TGCTGTTGACATGGGTGAGTT;SOR=0.922;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=139;TCF=76;TCR=63;TR=69;WE=12776352;WS=12776334;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:121,108:0.47:229
chr1	12779560	rs3010876	T	C	10688.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.564;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=420;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=121;NR=124;PP=2965;ReadPosRankSum=1.632;SC=TAAAGTATGATCCCGATGTTG;SOR=0.717;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=245;TCF=121;TCR=124;TR=245;WE=12779568;WS=12779550;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,415:1.00:417
chr1	12779618	rs3010877	T	C	7306.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=275;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=77;NR=108;PP=2965;SC=GCTGTACCAATCCAAGGCATC;SOR=1.019;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=185;TCF=77;TCR=108;TR=185;WE=12779626;WS=12779608;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,273:1.00:273
chr1	12785093	rs4361998	T	G	1123.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=28;NR=5;PP=802;SC=TTTCACAAAGTGAAGTGAATG;SOR=2.833;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=33;TCF=28;TCR=5;TR=33;WE=12785101;WS=12785083;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr1	12785494	rs7513079	G	T	9308.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.243;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=445;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=1.794;HP=8;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=123;NR=168;PP=2965;ReadPosRankSum=0.347;SC=ATCTGCTACTGTTTTTTTCAA;SOR=0.801;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=302;TCF=130;TCR=172;TR=291;WE=12785502;WS=12785482;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:13,389:0.97:402
chr1	12786070	rs3000930	A	G	376.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=12;PP=313;SC=GCTAGGGAGGAGGTAGAGGTT;SOR=5.136;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=0;TCR=12;TR=12;WE=12786078;WS=12786060;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr1	12820870	rs1132185	T	C	9720.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.999;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=360;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=81;NR=165;PP=2965;ReadPosRankSum=1.639;SC=CCTGCATCCTTTCCCACACTT;SOR=1.325;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=246;TCF=81;TCR=165;TR=246;WE=12820878;WS=12820860;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,344:0.99:346
chr1	12835868	rs1812242	T	C	7158.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=281;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=78;NR=115;PP=2965;SC=AAGAATGGGATGCTGGATGAA;SOR=0.977;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=193;TCF=78;TCR=115;TR=193;WE=12835876;WS=12835858;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,277:1.00:277
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chr1	12837840	rs848577	G	C	999.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=29;PP=653;SC=CAATGTGAACGGGAAAGGAAA;SOR=2.362;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=8;TCR=29;TR=37;WE=12837848;WS=12837830;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
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chr1	12907400	rs149302457	G	A	59.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.547;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=606;ExcessHet=3.0103;FS=15.416;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.23;MQRankSum=-13.113;QD=0.10;ReadPosRankSum=-1.594;SOR=2.645;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:556,49:0.08:605
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chr1	12907798	rs150096254	A	C	4427.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.198;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=509;ExcessHet=3.0103;FS=15.521;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.62;MQRankSum=-12.297;QD=8.73;ReadPosRankSum=-3.368;SOR=1.744;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:381,126:0.25:507
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chr1	12908243	rs1736808	A	G	2664.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.343;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=243;ExcessHet=3.0103;FS=10.382;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.57;MQRankSum=-6.766;QD=11.10;ReadPosRankSum=0.267;SOR=1.474;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:166,74:0.31:240
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chr1	13183528	rs76937665	A	C	5826.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.119;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=574;ExcessHet=3.0103;FS=13.803;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.76;MQRankSum=-11.772;QD=10.19;ReadPosRankSum=-1.079;SOR=1.235;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:410,162:0.28:572
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chr1	13183567	rs78160026	C	T	1696.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.611;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=503;ExcessHet=3.0103;FS=31.141;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.15;MQRankSum=-15.690;QD=3.39;ReadPosRankSum=-4.287;SOR=2.660;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:419,82:0.16:501
chr1	13183573	rs76669210	G	T	1274.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.549;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=471;ExcessHet=3.0103;FS=44.033;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.56;MQRankSum=-15.870;QD=2.72;ReadPosRankSum=-2.112;SOR=4.025;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:412,57:0.12:469
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chr1	13183973	rs3929664	G	A	602.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.401;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FS=12.031;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.84;MQRankSum=-5.823;QD=3.74;ReadPosRankSum=3.091;SOR=1.798;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:126,35:0.22:161
chr1	13695974	rs142734546	T	C	127.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=38.64;QD=25.58;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
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chr1	13802373	rs2940315	G	A	1335.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-3.011;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.811;HP=1;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=13;PP=501;ReadPosRankSum=-1.549;SC=CACCTCTGGAGGCACTGCACC;SOR=0.341;SbPval=0.25;Source=Platypus;TC=75;TCF=53;TCR=22;TR=35;WE=13802381;WS=13802363;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,62:0.50:123
chr1	13802437	rs3013106	G	A	6025.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=239;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=75;NR=56;PP=2398;SC=CGGCCACACCGGAGAAAATGA;SOR=0.859;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=131;TCF=75;TCR=56;TR=131;WE=13802445;WS=13802427;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,232:1.00:232
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chr1	13839419	rs139328962	C	CCCCT	716.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.434;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.58;ReadPosRankSum=0.610;SOR=1.284;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,20:0.43:46
chr1	13910417	rs355025	C	T	4943.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=1.693;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=492;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.527;HP=6;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=94;NR=63;PP=2521;ReadPosRankSum=0.068;SC=CTCCGGCCCCCCCACCGTCGC;SOR=0.762;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=332;TCF=196;TCR=136;TR=157;WE=13910425;WS=13910407;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:242,235:0.49:477
chr1	13910741	rs150088145	CGGA	C	721.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-0.265;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=15;PP=619;ReadPosRankSum=-0.058;SC=GGCTGAGCGCCGGAGGAGGAG;SOR=0.856;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=27;TCF=0;TCR=27;TR=15;WE=13910751;WS=13910731;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,19:0.59:32
chr1	13936822	rs404658	G	T	1978.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=41;NR=17;PP=1168;SC=TAAGGCAGGGGATATATTTTA;SOR=1.745;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=58;TCF=41;TCR=17;TR=58;WE=13936830;WS=13936812;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr1	13937089	rs2487643	G	T	1668.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=11;NR=38;PP=1048;SC=TCAACAAATAGAATAATCAAT;SOR=2.041;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=49;TCF=11;TCR=38;TR=49;WE=13937097;WS=13937079;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr1	13940864	rs2486188	C	G	7053.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=277;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=89;NR=87;PP=2965;SC=TTCATTGGTGCAATCATCGTT;SOR=0.701;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=176;TCF=89;TCR=87;TR=176;WE=13940872;WS=13940854;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,269:1.00:269
chr1	14057425	rs35643856	G	GA	318.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.285;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=236;ExcessHet=3.0103;FS=1.441;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.05;MQRankSum=0.000;QD=1.44;ReadPosRankSum=-1.776;SOR=0.824;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:171,50:0.23:221
chr1	14096635	rs2884788	A	T	473.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-0.743;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=8;PP=316;ReadPosRankSum=-2.483;SC=ACCTACTGCAAATGGCTTCTC;SOR=0.685;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=53;TCF=35;TCR=18;TR=23;WE=14096643;WS=14096625;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,25:0.41:61
chr1	14099763	rs10803426	C	T	1630.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.444;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.904;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=44;PP=937;ReadPosRankSum=0.457;SC=TTTATATTGTCCTTCTGAGAA;SOR=0.965;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=121;TCF=41;TCR=80;TR=65;WE=14099771;WS=14099753;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,79:0.50:159
chr1	14105139	rs2076324	T	A	3259.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.146;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=477;ExcessHet=3.0103;FS=3.282;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.99;ReadPosRankSum=6.159;SOR=0.705;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:243,165:0.40:408
chr1	14105298	rs1203678	G	A	6079.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-2.396;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=552;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.522;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=97;NR=86;PP=2960;ReadPosRankSum=-1.166;SC=ACTGCTCAGAGGTAACACCTG;SOR=0.763;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=383;TCF=196;TCR=187;TR=183;WE=14105306;WS=14105288;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:253,285:0.53:538
chr1	14106394	rs2308040	A	ACTC	8056.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.191;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=432;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.516;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=2.622;NF=27;NR=60;PP=2967;ReadPosRankSum=-1.091;SC=AGATAAACTAACTCCTGCAGG;SOR=0.644;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=197;TCF=66;TCR=131;TR=87;WE=14106402;WS=14106384;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:201,208:0.51:409
chr1	14109114	rs1203651	A	G	6058.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.033;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=552;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.103;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=86;NR=112;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.347;SC=GCAAAACATCACGGAGCCTGC;SOR=0.807;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=349;TCF=154;TCR=195;TR=198;WE=14109122;WS=14109104;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:253,291:0.53:544
chr1	14109810	rs145506045	A	G	216.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.265;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.944;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=10;PP=169;ReadPosRankSum=0.057;SC=AGAATTGCCAATGCTTAAATT;SOR=1.765;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=25;TCF=2;TCR=23;TR=10;WE=14109818;WS=14109800;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,10:0.38:26
chr1	14143003	rs1046331	A	G	11937.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=464;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=136;NR=150;PP=2965;SC=TCAAAGCTCCAGCTGCAGCCC;SOR=0.728;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=287;TCF=136;TCR=151;TR=286;WE=14143011;WS=14142993;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,462:1.00:462
chr1	14149505	rs2697970	C	A	915.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=22;NR=6;PP=643;SC=TCACTGTGAACATTCATCAAG;SOR=2.235;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=28;TCF=22;TCR=6;TR=28;WE=14149513;WS=14149495;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr1	14149601	rs2697969	C	T	5136.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.815;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=73;NR=42;PP=2381;ReadPosRankSum=0.394;SC=CCACCATGGTCGGCACTGAAT;SOR=1.053;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=117;TCF=74;TCR=43;TR=115;WE=14149609;WS=14149591;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,192:0.99:194
chr1	14149622	rs2697968	T	C	5698.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.602;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.33;ReadPosRankSum=-0.714;SOR=0.898;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,223:0.99:225
chr1	14220186	rs1358577	A	G	2283.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.777;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=267;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.949;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=38;PP=1254;ReadPosRankSum=3.172;SC=GCGACATCCAATTCTGCCACA;SOR=0.785;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=177;TCF=96;TCR=81;TR=86;WE=14220194;WS=14220176;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:149,115:0.44:264
chr1	14507057	rs10928050	A	G	2869.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.473;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=253;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.991;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=61;PP=1539;ReadPosRankSum=-0.349;SC=GTTCCATGATATTGATGAGGC;SOR=0.784;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=173;TCF=76;TCR=97;TR=106;WE=14507065;WS=14507047;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:108,136:0.56:244
chr1	15287135	rs112565658	G	A	2250.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.246;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.670;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=36;PP=1214;ReadPosRankSum=2.425;SC=GCGAGTGAGCGGCAGAGACGT;SOR=0.564;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=143;TCF=83;TCR=60;TR=80;WE=15287143;WS=15287125;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:105,110:0.51:215
chr1	15421216	rs151218750	T	C	155.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=2.145;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.786;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=0;PP=68;ReadPosRankSum=0.153;SC=GGGCAGGAGATGGGGAAGGAG;SOR=2.237;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=25;TCF=18;TCR=7;TR=6;WE=15421224;WS=15421206;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,9:0.30:30
chr1	15427934	rs10927676	C	T	2969.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=59;NR=25;PP=1624;SC=CCTCCCCCAACCCCATTGCTT;SOR=1.631;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=84;TCF=59;TCR=25;TR=84;WE=15427942;WS=15427924;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr1	15427982	rs502918	G	A	6481.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=261;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=96;NR=56;PP=2872;SC=CTGCCCGTCCGTCTGTTTCTG;SOR=1.137;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=152;TCF=96;TCR=56;TR=152;WE=15427990;WS=15427972;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,246:1.00:246
chr1	15428358	rs477953	T	C	1365.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=30;PP=1006;SC=GTCCACCCACTACCCGTCTAT;SOR=3.312;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=35;TCF=5;TCR=30;TR=35;WE=15428366;WS=15428348;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr1	15438990	rs10803354	G	A	7972.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=1.214;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=313;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=102;NR=70;PP=2965;ReadPosRankSum=0.405;SC=CGTCACGCGGGCAGGAAAGGA;SOR=0.954;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=173;TCF=102;TCR=71;TR=172;WE=15438998;WS=15438980;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,299:0.99:303
chr1	15490865	rs61561984	T	A	9121.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.070;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=350;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=132;NR=80;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.273;SC=CTTTGAAGAGTACTGGTTAGT;SOR=0.593;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=213;TCF=133;TCR=80;TR=212;WE=15490873;WS=15490855;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,341:0.99:344
chr1	15497727	rs6429722	T	C	5321.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=55;NR=57;PP=2368;SC=GCCTGGAAGATCGCTGTTTGA;SOR=0.713;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=112;TCF=55;TCR=57;TR=112;WE=15497735;WS=15497717;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,204:1.00:204
chr1	15497844	rs10429935	T	A	2403.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=17;NR=45;PP=1311;SC=TAGGAATTAGTTCTTATGCAT;SOR=1.557;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=63;TCF=18;TCR=45;TR=62;WE=15497852;WS=15497834;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr1	15541537	rs3753314	C	T	3139.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=63;NR=26;PP=1819;SC=GCCTTGTATACATTTATTTTC;SOR=1.589;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=89;TCF=63;TCR=26;TR=89;WE=15541545;WS=15541527;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr1	15546077	rs3753313	G	A	6728.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.422;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=684;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.448;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=110;NR=115;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.248;SC=GACTGAAACCGCTGAAAGTTC;SOR=0.524;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=439;TCF=202;TCR=237;TR=225;WE=15546085;WS=15546067;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:331,334:0.50:665
chr1	15573689	rs1780596	A	G	183.56	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.282;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=38;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=2;PP=113;ReadPosRankSum=-0.000;SC=GCCCTCATCTATTAGGCTGGA;SOR=0.446;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=6;TCF=4;TCR=2;TR=6;WE=15573697;WS=15573679;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,8:0.89:9
chr1	15573711	rs1752018	C	A	145.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=65;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=3;NR=3;PP=75;SC=CCCGCGGCGCCTGGCGGCGTT;SOR=0.941;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=6;TCF=3;TCR=3;TR=6;WE=15573719;WS=15573701;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr1	15573758	rs1780597	G	A	242.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.559;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.03;ReadPosRankSum=1.893;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,14:0.64:22
chr1	15573769	rs1752017	G	A	629.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.203;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=23.32;ReadPosRankSum=0.663;SOR=0.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,17:0.63:27
chr1	15573775	rs1780598	A	G	753.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.165;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=22.84;ReadPosRankSum=-0.756;SOR=0.776;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,23:0.70:33
chr1	15573950	rs1780599	A	C	262.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-1.649;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.808;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=5;PP=52;ReadPosRankSum=-0.218;SC=GGGGCGGCCCAGCGAGGACTA;SOR=0.830;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=15;TCF=7;TCR=8;TR=8;WE=15573958;WS=15573940;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,14:0.67:21
chr1	15578195	rs1622686	T	C	406.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=2.029;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.678;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=0;PP=222;ReadPosRankSum=0.301;SC=TTCATTCATTTTAAGTATGAT;SOR=2.200;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=36;TCF=31;TCR=5;TR=12;WE=15578203;WS=15578185;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,17:0.40:43
chr1	15650784	rs3765354	T	G	577.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.886;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=1.862;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.92;ReadPosRankSum=-2.128;SOR=0.268;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,15:0.52:29
chr1	15650791	rs3765355	G	C	574.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.060;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=1.643;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.96;ReadPosRankSum=-1.532;SOR=0.283;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,16:0.50:32
chr1	15651062	rs3765356	A	G	1473.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.758;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.483;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=29;PP=715;ReadPosRankSum=1.511;SC=TCAGGTAGGCATGTTCCAGAG;SOR=0.467;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=86;TCF=31;TCR=55;TR=48;WE=15651070;WS=15651052;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,68:0.58:117
chr1	15653503	rs7532559	A	G	1905.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=2.982;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.538;HP=6;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=21;PP=853;ReadPosRankSum=-0.194;SC=CGCTGCCCCCACTTGCCGGCC;SOR=0.751;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=130;TCF=82;TCR=48;TR=59;WE=15653511;WS=15653493;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:92,95:0.51:187
chr1	15653563	rs3765357	C	T	3437.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.626;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=357;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.798;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=44;PP=1333;ReadPosRankSum=0.116;SC=AGCTGGAGCACTTCAGAAGTC;SOR=0.663;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=201;TCF=104;TCR=97;TR=94;WE=15653571;WS=15653553;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:182,173:0.49:355
chr1	15654737	rs144888008	C	CT	428.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.146;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.24;MQRankSum=2.372;QD=3.79;ReadPosRankSum=0.318;SOR=0.619;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:73,40:0.35:113
chr1	15668276	rs763821	G	A	913.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-0.095;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.591;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=20;PP=611;ReadPosRankSum=1.061;SC=CTTTACTGCAGGAAAAGCTGC;SOR=0.523;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=83;TCF=46;TCR=37;TR=41;WE=15668284;WS=15668266;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,45:0.43:104
chr1	15671483	rs486089	G	A	544.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-0.599;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=8;PP=322;ReadPosRankSum=-1.491;SC=AGGGGAGTGCGGTGAGGAGTG;SOR=0.628;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=27;TCR=14;TR=23;WE=15671491;WS=15671473;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,27:0.57:47
chr1	15702297	rs2496342	T	G	1503.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.242;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.095;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=33;PP=830;ReadPosRankSum=-0.504;SC=GACACTAGCTTCGTTCCCTGG;SOR=0.428;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=111;TCF=38;TCR=73;TR=53;WE=15702305;WS=15702287;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,71:0.50:143
chr1	15707137	rs3737690	C	T	1994.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.529;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.617;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=24;PP=1107;ReadPosRankSum=3.956;SC=CTTTAGCTTCCAGTCATAGAA;SOR=0.900;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=122;TCF=78;TCR=44;TR=70;WE=15707145;WS=15707127;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:89,92:0.51:181
chr1	15707984	rs2473333	G	A	457.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.351;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.368;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=12;PP=284;ReadPosRankSum=1.620;SC=AGAAAGGCCCGGGCCTCCCTT;SOR=0.223;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=35;TCF=10;TCR=25;TR=18;WE=15707992;WS=15707974;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,21:0.55:38
chr1	15708540	rs1010294	A	G	1633.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.326;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.053;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=25;PP=643;ReadPosRankSum=0.565;SC=CAAAGTGTCCATTGAGATGTA;SOR=0.613;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=121;TCF=65;TCR=56;TR=52;WE=15708548;WS=15708530;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:131,89:0.40:220
chr1	15709555	rs3820067	A	G	2032.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.132;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.802;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=28;PP=808;ReadPosRankSum=1.180;SC=AGCATGGTACAGGAGTCAGCC;SOR=0.554;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=115;TCF=66;TCR=49;TR=61;WE=15709563;WS=15709545;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,100:0.53:188
chr1	15710411	rs2496338	G	C	998.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=1.403;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=19;PP=484;ReadPosRankSum=0.817;SC=TTCTCCTGCTGTCTGCAGGGT;SOR=0.740;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=83;TCF=39;TCR=44;TR=33;WE=15710419;WS=15710401;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,52:0.41:128
chr1	15710493	rs3831918	CAT	C	391.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-2.324;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.631;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=9;PP=365;ReadPosRankSum=0.288;SC=TGTACATTCTCATGTGTGTGT;SOR=0.307;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=29;TCF=0;TCR=29;TR=9;WE=15710502;WS=15710483;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,15:0.39:38
chr1	15714716	rs72643654	G	A	329.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.598;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.002;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=11;PP=183;ReadPosRankSum=0.389;SC=GCCTGCACGCGCTGCCCAAGG;SOR=1.434;SbPval=0.94;Source=Platypus;TC=27;TCF=6;TCR=21;TR=12;WE=15714724;WS=15714706;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,16:0.39:41
chr1	15714831	rs113932963	C	CCATT	775.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.214;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=27.436;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.53;MQRankSum=1.359;QD=24.24;ReadPosRankSum=3.012;SOR=5.421;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,14:0.44:32
chr1	15714842	rs3002000	G	C	1131.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.028;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FS=8.075;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.42;MQRankSum=1.112;QD=15.94;ReadPosRankSum=-0.308;SOR=0.995;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,40:0.56:71
chr1	15717838	rs2473338	A	G	799.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.802;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.562;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-5.518;NF=8;NR=24;PP=503;ReadPosRankSum=1.017;SC=TTGAGACGGAATCTCACTCTG;SOR=1.309;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=57;TCF=16;TCR=41;TR=32;WE=15717846;WS=15717828;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,35:0.50:70
chr1	15723843	rs2294490	G	A	2478.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.835;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=296;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.414;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=37;PP=1425;ReadPosRankSum=-1.099;SC=GAGAGATGCTGAGGAAAGAGA;SOR=0.790;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=191;TCF=112;TCR=79;TR=92;WE=15723851;WS=15723833;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:164,128:0.44:292
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chr1	15724033	rs2253372	A	G	3446.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=29;NR=65;PP=1825;SC=CTAGTGTTTCATTTCCTAGAC;SOR=1.501;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=94;TCF=29;TCR=65;TR=94;WE=15724041;WS=15724023;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
chr1	15754484	rs2473356	T	C	2557.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=31;NR=35;PP=1196;SC=CGCCCTTGCTTTGCAGCAGCC;SOR=0.776;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=67;TCF=31;TCR=36;TR=66;WE=15754492;WS=15754474;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr1	15769139	rs3765373	G	A	871.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.129;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.337;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=25;PP=441;ReadPosRankSum=-0.819;SC=AGACGGAGCCGCAGAGCCTGT;SOR=0.925;SbPval=0.94;Source=Platypus;TC=108;TCF=35;TCR=73;TR=31;WE=15769147;WS=15769129;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:94,47:0.33:141
chr1	15769876	rs35149641	G	GC	5176.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQ=60.29;NF=36;NR=39;PP=2973;SC=TGGGGCCAGGGCCTCCTGCCC;SOR=1.324;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=82;TCF=42;TCR=40;TR=75;WE=15769884;WS=15769866;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,147:1.00:147
chr1	15770101	rs10803384	C	A	3218.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.333;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=415;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.519;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=63;PP=1581;ReadPosRankSum=0.626;SC=GGAAGCAGGACGTCACCCACA;SOR=0.942;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=251;TCF=111;TCR=140;TR=104;WE=15770109;WS=15770091;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:248,166:0.40:414
chr1	15772057	rs10927786	G	T	1282.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-2.572;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.766;HP=8;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=11;PP=725;ReadPosRankSum=0.616;SC=TCTGGGGGGGGGCCTGGTGGC;SOR=0.575;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=100;TCF=75;TCR=25;TR=45;WE=15772065;WS=15772039;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,58:0.49:118
chr1	15772933	rs555015	A	G	573.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=4.047;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=3;PP=468;ReadPosRankSum=-0.833;SC=AGACCCCTTGAACAGGGACAA;SOR=0.527;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=47;TCF=41;TCR=6;TR=24;WE=15772941;WS=15772923;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,22:0.54:41
chr1	15783096	rs5772641	GA	G	9396.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.115;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=459;ExcessHet=3.0103;FS=2.919;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=20.88;ReadPosRankSum=0.197;SOR=0.140;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:7,443:0.98:450
chr1	15783117	rs5772642	C	CA	21515.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=574;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=93;NR=161;PP=2967;SC=TATTTGGACACAGCTCTTTTT;SOR=0.913;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=265;TCF=100;TCR=165;TR=254;WE=15783125;WS=15783106;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,569:1.00:569
chr1	15783553	rs35457461	T	TG	5896.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.224;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=406;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-1.489;NF=29;NR=56;PP=2954;ReadPosRankSum=0.640;SC=CGCTGCTTCCTGACTCAAGAC;SOR=0.741;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=161;TCF=60;TCR=101;TR=85;WE=15783561;WS=15783543;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:211,190:0.47:401
chr1	15788269	rs3737696	A	C	3003.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.129;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=281;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.263;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=49;PP=1435;ReadPosRankSum=-0.468;SC=TAACCACTATACTGGCTGAGA;SOR=0.802;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=165;TCF=80;TCR=85;TR=90;WE=15788277;WS=15788259;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:133,144:0.52:277
chr1	15788491	rs3737697	C	T	1106.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-2.204;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=13;PP=389;ReadPosRankSum=-1.784;SC=GCTTCAATACCATCACCTGCA;SOR=0.732;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=69;TCF=41;TCR=28;TR=32;WE=15788499;WS=15788481;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,56:0.50:113
chr1	15788630	rs7512589	G	A	461.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-0.795;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.482;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=12;PP=305;ReadPosRankSum=-1.274;SC=ACAAGGTTCTGCAACGTTGTT;SOR=0.399;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=46;TCF=16;TCR=30;TR=20;WE=15788638;WS=15788620;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,22:0.44:50
chr1	15788693	rs7536007	C	T	160.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=2.353;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.160;HP=2;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=8;PP=123;ReadPosRankSum=-2.178;SC=TGGAACTCACCGGAGTTTCTG;SOR=2.636;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=2;TCR=16;TR=8;WE=15788701;WS=15788683;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,8:0.40:20
chr1	15789176	rs3815786	C	T	2886.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.403;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=259;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.778;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=72;NR=29;PP=1711;ReadPosRankSum=0.386;SC=CCAGCATTATCCAAAGCCAGG;SOR=0.456;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=195;TCF=147;TCR=48;TR=101;WE=15789184;WS=15789166;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:122,128:0.51:250
chr1	15789297	rs3815787	A	C	8985.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.324;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=946;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.521;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-1.463;NF=136;NR=134;PP=2962;ReadPosRankSum=0.722;SC=GCTCGCTGGCAGTCAGTGTCT;SOR=0.623;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=542;TCF=282;TCR=260;TR=270;WE=15789305;WS=15789287;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:483,451:0.48:934
chr1	15792426	rs2901964	C	G	328.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=2.433;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.779;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=1;PP=229;ReadPosRankSum=0.478;SC=AAACCTAAGACGGGTCCATCA;SOR=1.222;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=25;TCF=21;TCR=4;TR=11;WE=15792434;WS=15792423;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,14:0.45:31
chr1	15792800	rs60125415	G	A	362.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.208;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=8;PP=163;ReadPosRankSum=-1.810;SC=GCTCACACCTGTAATCCCAGC;SOR=0.874;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=18;TCF=4;TCR=14;TR=10;WE=15792808;WS=15792790;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,17:0.53:32
chr1	15808198	rs7520335	C	T	415.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=0.981;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.976;NF=6;NR=16;PP=314;ReadPosRankSum=1.065;SC=CTTCTTTGTCCGTGACCTCTG;SOR=0.634;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=39;TCF=9;TCR=30;TR=22;WE=15808206;WS=15808188;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,20:0.49:41
chr1	15808702	rs4661635	C	T	2118.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-2.843;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=15;PP=1192;ReadPosRankSum=-0.137;SC=CTATCCCTAGCATTATTCAAA;SOR=0.686;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=145;TCF=112;TCR=33;TR=71;WE=15808710;WS=15808692;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,95:0.52:183
chr1	15808767	rs3820071	G	A	6282.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=1.193;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=567;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=100;NR=69;PP=2594;ReadPosRankSum=-0.221;SC=CAGCTCCTCCGGGATCTACCG;SOR=0.687;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=333;TCF=197;TCR=136;TR=169;WE=15808775;WS=15808757;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:260,300:0.54:560
chr1	15808872	rs3766160	G	A	7957.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-0.166;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=739;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-1.912;NF=97;NR=128;PP=2962;ReadPosRankSum=1.559;SC=CTGGAACTCCGACCAGGTCTC;SOR=0.712;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=415;TCF=182;TCR=233;TR=225;WE=15808880;WS=15808862;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:351,385:0.52:736
chr1	15809876	rs10927792	G	A	3731.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=0.554;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=342;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.779;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.093;NF=74;NR=61;PP=2031;ReadPosRankSum=2.061;SC=GCTACGTCACGGGCTGGGGAA;SOR=0.804;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=249;TCF=133;TCR=116;TR=135;WE=15809884;WS=15809866;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:162,178:0.52:340
chr1	15812432	rs6429745	A	G	5008.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=89;NR=50;PP=2359;SC=AAGCAGGGCCAGTTGCTGGTT;SOR=1.156;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=139;TCF=89;TCR=50;TR=139;WE=15812440;WS=15812422;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,196:1.00:196
chr1	15812665	rs2861484	G	T	606.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-2.272;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.319;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=21;PP=431;ReadPosRankSum=-0.767;SC=ACCCGGAAATGGTACCAGATA;SOR=1.038;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=48;TCF=10;TCR=38;TR=25;WE=15812673;WS=15812655;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,26:0.52:50
chr1	15813751	rs2011159	C	T	9495.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=353;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=177;NR=84;PP=2965;SC=CCTCCCACTTCAACTCCCTAT;SOR=1.435;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=261;TCF=177;TCR=84;TR=261;WE=15813759;WS=15813741;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,341:1.00:341
chr1	15813969	rs3737704	A	C	6417.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=47;NR=156;PP=2965;SC=CAAGGCACTGACCTGCTCACC;SOR=2.428;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=203;TCF=47;TCR=156;TR=203;WE=15813977;WS=15813959;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,213:1.00:213
chr1	15820307	rs2234723	A	AC	1015.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.062;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=8;PP=926;ReadPosRankSum=0.681;SC=TGCCCTGCTCACCCCAAATCC;SOR=0.742;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=55;TCF=38;TCR=17;TR=26;WE=15820315;WS=15820297;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,41:0.47:87
chr1	15820576	rs2020900	T	A	1474.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=1.829;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=36;PP=1084;ReadPosRankSum=-1.132;SC=CCATGCACGCTGGCTCGGGCG;SOR=1.460;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=46;TCF=9;TCR=37;TR=45;WE=15820584;WS=15820566;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,49:0.98:50
chr1	15820607	rs2020895	A	G	854.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=20;PP=628;SC=CTTGACTCATACATACATCCA;SOR=3.611;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=22;TCF=2;TCR=20;TR=22;WE=15820626;WS=15820597;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr1	15820618	rs2020898	A	G	708.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=17;PP=528;SC=CATACATCCAACAGGAGCAGC;SOR=3.258;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=19;TCF=2;TCR=17;TR=19;WE=15820626;WS=15820597;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr1	15822043	rs4646091	T	C	381.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-2.115;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.537;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=9;PP=120;ReadPosRankSum=-0.714;SC=ACATTAACAGTGTGAAAGGAA;SOR=0.420;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=23;TCF=6;TCR=17;TR=12;WE=15822051;WS=15822033;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,19:0.63:30
chr1	15822073	rs4646090	A	G	214.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=1.298;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=6;PP=164;ReadPosRankSum=0.382;SC=TGGGACCCCAAACTCATTAAG;SOR=0.446;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=15;TCF=4;TCR=11;TR=9;WE=15822081;WS=15822063;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,9:0.53:17
chr1	15832383	rs1800614	G	T	2273.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=58;NR=11;PP=1626;SC=TTTCCACAAAGCCAAGGGTGT;SOR=2.955;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=69;TCF=58;TCR=11;TR=69;WE=15832391;WS=15832373;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr1	15832543	rs1052576	T	C	12544.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=489;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQ=59.98;NF=135;NR=140;PP=2965;SC=GTGGTCCTGCTGCGCCAGCTC;SOR=0.735;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=275;TCF=135;TCR=140;TR=275;WE=15832551;WS=15832533;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,484:1.00:484
chr1	15834297	rs2020903	G	A	1609.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=33;NR=14;PP=1052;SC=CACCTGCAGGGAAGGACCTGA;SOR=1.532;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=33;TCR=14;TR=47;WE=15834305;WS=15834287;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr1	15834360	rs2020902	A	G	846.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.524;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.496;HP=3;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=8;PP=353;ReadPosRankSum=0.087;SC=AATTTCATGGAGACTCACCAA;SOR=0.887;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=83;TCF=53;TCR=30;TR=26;WE=15834368;WS=15834350;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,46:0.37:126
chr1	15834491	rs4646032	G	A	4292.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=33;NR=55;PP=1763;SC=CCCCAAGAACGGAGCAGCGAG;SOR=0.964;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=88;TCF=33;TCR=55;TR=88;WE=15834499;WS=15834481;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,164:1.00:164
chr1	15844615	rs1132312	A	G	3222.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=61;NR=35;PP=1729;SC=CGACATCACCAAATCCTCCAG;SOR=1.225;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=96;TCF=61;TCR=35;TR=96;WE=15844623;WS=15844605;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr1	15844926	rs1820205	C	T	2146.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQ=60.39;NF=23;NR=39;PP=1158;SC=TAATTATCCACGTACTTTTAT;SOR=1.151;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=62;TCF=23;TCR=39;TR=62;WE=15844934;WS=15844916;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr1	15845022	rs112189619	C	CTGAG	988.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=18;PP=1051;SC=TGCAGGTGCACTGTGTGCCAT;SOR=3.442;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=0;TCR=19;TR=18;WE=15845030;WS=15845012;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr1	15850483	rs4645985	G	A	584.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=13;NR=2;PP=315;SC=CCACAGGGAAGGCTAGGCTCC;SOR=2.531;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=13;TCR=2;TR=15;WE=15850491;WS=15850473;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr1	15850553	rs4645984	C	CGGGGGCG	2259.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=10;NR=16;PP=1928;SC=GACAGGGGGCCGGGGGCGCAC;SOR=1.270;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=33;TCF=14;TCR=19;TR=26;WE=15850561;WS=15850543;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr1	15850603	rs4645983	G	A	1452.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.317;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.86;MQRankSum=1.924;QD=13.09;ReadPosRankSum=2.937;SOR=0.737;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:46,65:0.59:111
chr1	15850613	rs1052571	G	A	4445.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.76;QD=35.28;SOR=0.826;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr1	15850792	rs142513755	GC	G	672.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.863;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.090;HP=5;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.055;NF=0;NR=21;PP=704;ReadPosRankSum=-0.059;SC=CCCAGGGCCTGCCCCCGCGTC;SOR=2.368;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=43;TCF=2;TCR=41;TR=21;WE=15850800;WS=15850782;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,27:0.49:55
chr1	15860803	rs11583306	C	T	6401.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.543;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=603;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=94;NR=93;PP=2826;ReadPosRankSum=0.055;SC=TACGAGGTATCGTGTCCAGCT;SOR=0.685;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=359;TCF=178;TCR=181;TR=187;WE=15860811;WS=15860793;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:282,313:0.53:595
chr1	15873386	rs7515244	A	G	5290.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.148;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=527;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.29;ReadPosRankSum=2.065;SOR=0.725;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:241,273:0.53:514
chr1	15873410	.	CTT	C	1804.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.976;ClippingRankSum=0.000;DP=331;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.59;ReadPosRankSum=1.712;SOR=0.665;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:100,110:0.52:210
chr1	15874961	rs2295626	T	A	1984.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.092;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=224;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.511;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=46;PP=1028;ReadPosRankSum=-1.299;SC=TTTCTTCACATTTTATCCCAA;SOR=0.740;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=152;TCF=51;TCR=101;TR=69;WE=15874969;WS=15874951;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:115,100:0.47:215
chr1	15890342	rs71002909	CA	C	143.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.865;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=1.775;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.53;ReadPosRankSum=1.743;SOR=1.493;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,16:0.62:26
chr1	15890355	.	A	AAAG	162.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.299;ClippingRankSum=0.000;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.26;MQRankSum=-0.520;QD=4.07;ReadPosRankSum=-0.141;SOR=0.651;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,10:0.25:40
chr1	15892415	rs2236215	A	C	2106.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.791;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=326;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=31;PP=982;ReadPosRankSum=0.618;SC=TGGTTTTAGGAGGGAAATGAT;SOR=0.680;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=186;TCF=112;TCR=74;TR=74;WE=15892423;WS=15892405;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:200,117:0.37:317
chr1	15901121	rs61213091	C	T	570.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.754;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.618;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=8;PP=377;ReadPosRankSum=0.171;SC=GAGCTGCCCACCTTGGCCTCC;SOR=0.346;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=53;TCF=38;TCR=15;TR=22;WE=15901129;WS=15901111;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,28:0.42:66
chr1	15904318	rs11544523	C	T	2058.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.534;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.107;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=32;PP=864;ReadPosRankSum=-0.319;SC=GAGGAACCAGCGACTTCATCC;SOR=0.818;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=119;TCF=55;TCR=64;TR=57;WE=15904326;WS=15904308;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:96,100:0.51:196
chr1	15905501	rs41270261	G	A	5715.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.493;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=481;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=101;PP=2618;ReadPosRankSum=0.250;SC=GGGCCTTGTCGGTCGTGTCCG;SOR=0.660;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=307;TCF=119;TCR=188;TR=164;WE=15905509;WS=15905491;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:205,267:0.57:472
chr1	15906696	rs34166013	CT	C,CTTT	479.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.962;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.06;MQRankSum=0.543;QD=7.05;ReadPosRankSum=-0.154;SOR=0.843;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:10,40,18:0.59,0.26:68
chr1	15909547	rs6429756	G	A	468.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=102;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=10;NR=4;PP=365;SC=TAAAATAAATGAATTACAATG;SOR=1.609;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=10;TCR=4;TR=14;WE=15909555;WS=15909537;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr1	15909624	rs111921608	TGAGTACAG	T	2752.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=12;NR=21;PP=2957;SC=CTCAAGCCCCTGAGTACAGGA;SOR=1.143;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=12;TCR=21;TR=33;WE=15909639;WS=15909614;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr1	15909744	rs11580170	C	T	1325.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-2.146;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.464;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=18;PP=550;ReadPosRankSum=2.702;SC=CTCTTGAATTCGCCGGCAGCT;SOR=0.893;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=80;TCF=44;TCR=36;TR=45;WE=15909752;WS=15909734;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,65:0.58:112
chr1	15909850	rs6429757	C	G	2924.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=25;NR=36;PP=1121;SC=TTGACTGTCCCAAGCATCACT;SOR=0.927;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=61;TCF=25;TCR=36;TR=61;WE=15909858;WS=15909840;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr1	15909895	rs6429758	A	G	1402.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=25;PP=671;SC=CCGAATCTGCAGAAGGAAGAA;SOR=1.480;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=34;TCF=9;TCR=25;TR=34;WE=15909903;WS=15909885;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr1	15911031	rs10927808	T	G	3495.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=77;NR=28;PP=2449;SC=AGGGTCCAGGTAAATCAACCA;SOR=1.981;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=105;TCF=77;TCR=28;TR=105;WE=15911039;WS=15911022;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr1	15911131	rs59475085	G	A	5990.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-1.995;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=621;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.520;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=105;NR=71;PP=2379;ReadPosRankSum=0.089;SC=TGCTTTCCATGCCCGACAGCC;SOR=0.723;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=335;TCF=199;TCR=136;TR=176;WE=15911139;WS=15911121;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:308,304:0.50:612
chr1	15911349	rs3737705	G	A	1239.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.232;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.847;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=36;PP=811;ReadPosRankSum=-0.363;SC=TCCGGGGCGCGTCGGAAGCCT;SOR=0.540;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=90;TCF=18;TCR=72;TR=47;WE=15911357;WS=15911339;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,55:0.50:109
chr1	15911493	rs6687474	A	G	272.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=7;PP=169;SC=TCACCGACCAAACCGCCCGCG;SOR=2.303;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=8;WE=15911501;WS=15911483;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr1	15944384	rs75354298	G	A	4760.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-2.363;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=488;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=87;PP=2037;ReadPosRankSum=-0.582;SC=TTTGCTACTGGTGAAGAATTG;SOR=0.710;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=290;TCF=121;TCR=169;TR=148;WE=15944392;WS=15944374;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:243,243:0.50:486
chr1	15956769	rs72647120	G	T	2826.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.523;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=371;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=68;NR=36;PP=1561;ReadPosRankSum=0.513;SC=TCCTTCAAGTGCTTGTTTTTG;SOR=0.689;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=244;TCF=164;TCR=80;TR=104;WE=15956777;WS=15956759;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:219,145:0.40:364
chr1	15959886	rs3795762	C	G	1725.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=38;NR=14;PP=1091;SC=TACTGATAAACGTTGAAAATA;SOR=1.812;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=52;TCF=38;TCR=14;TR=52;WE=15959894;WS=15959876;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr1	15959977	rs3795763	C	T	1123.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.882;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.108;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=22;PP=530;ReadPosRankSum=1.665;SC=AGGACCGAGCCCGGAGAGAGC;SOR=0.878;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=88;TCF=42;TCR=46;TR=40;WE=15959985;WS=15959967;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,60:0.42:143
chr1	15965025	.	C	CTTT	64.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.042;ClippingRankSum=0.000;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.08;ReadPosRankSum=-1.864;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,5:0.24:21
chr1	15986547	rs3766163	T	C	4500.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.784;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=506;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=71;NR=87;PP=2739;ReadPosRankSum=-0.629;SC=TTCAGCTGAATTCCAGCTAAA;SOR=0.706;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=343;TCF=154;TCR=189;TR=158;WE=15986555;WS=15986537;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:269,215:0.44:484
chr1	16011005	.	G	GGGC	1601.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.342;ClippingRankSum=0.000;DP=73;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.30;MQRankSum=0.357;QD=23.55;ReadPosRankSum=1.345;SOR=0.744;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:3,65:0.96:68
chr1	16065303	rs147907985	ACACACT	A	1313.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=14;PP=1361;SC=ACACACTCTCACACACTCACA;SOR=1.536;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=18;TCF=1;TCR=17;TR=15;WE=16065316;WS=16065293;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr1	16095316	rs2271545	C	T	891.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=21;PP=575;SC=TACCTAAATTCTATTTAAAAT;SOR=2.376;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=5;TCR=21;TR=26;WE=16095324;WS=16095306;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr1	16096934	rs10927851	C	T	2561.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=47;NR=22;PP=1479;SC=AAGACCGTGTCCCCCCGAGAG;SOR=1.408;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=70;TCF=47;TCR=23;TR=69;WE=16096942;WS=16096924;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr1	16097237	rs10803398	G	A	933.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=1.632;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.491;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=27;PP=739;ReadPosRankSum=-0.299;SC=GAAGGCGATTGGTTTCCTAGG;SOR=2.899;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=35;TCF=6;TCR=29;TR=32;WE=16097245;WS=16097227;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,34:0.94:36
chr1	16342237	rs1739840	A	G	2576.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.695;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=34;PP=1078;ReadPosRankSum=-0.964;SC=TGTTCATGACAGTGCCGTCAG;SOR=0.818;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=61;TCF=27;TCR=34;TR=61;WE=16342245;WS=16342227;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,100:0.98:102
chr1	16344360	rs732286	A	G	3837.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=53;NR=52;PP=1886;SC=GGGCCGGGAGAGCACGGGAGG;SOR=0.779;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=106;TCF=54;TCR=52;TR=105;WE=16344368;WS=16344350;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,144:1.00:144
chr1	16344402	rs945416	G	A	3482.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.00;SOR=0.740;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,129:1.00:129
chr1	16344494	rs1572381	G	A	3108.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=40;NR=36;PP=1503;SC=AGGCGGGCGAGGGCTGGACAG;SOR=0.728;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=76;TCF=40;TCR=36;TR=76;WE=16344502;WS=16344484;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr1	16344625	rs945417	C	G	2818.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.753;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=40;PP=1203;ReadPosRankSum=0.387;SC=ATTTAGGCCTCTCCATGGCCC;SOR=1.002;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=68;TCF=27;TCR=41;TR=66;WE=16344633;WS=16344615;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,109:0.98:111
chr1	16344664	rs872222	G	A	1853.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.663;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=24;PP=716;ReadPosRankSum=-1.884;SC=TCTCCCGTGCGCCGGCCCTGC;SOR=0.927;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=45;TCF=20;TCR=25;TR=43;WE=16344672;WS=16344654;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,74:0.97:76
chr1	16344730	rs945418	T	C	529.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=33;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=11;PP=257;SC=CATTCCAGGCTGATCACAGCA;SOR=1.508;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=4;TCR=11;TR=15;WE=16344738;WS=16344720;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr1	16345619	rs945422	T	C	3848.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=84;NR=27;PP=2279;SC=TCAGCAAAGCTGGGACTGACC;SOR=2.099;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=113;TCF=85;TCR=28;TR=111;WE=16345627;WS=16345609;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,134:1.00:134
chr1	16346009	rs3841842	G	GC	5204.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.253;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.057;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.164;NF=6;NR=96;PP=2969;ReadPosRankSum=-1.186;SC=TTTTGTCTGAGCCCCCTACAA;SOR=1.960;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=115;TCF=7;TCR=108;TR=102;WE=16346017;WS=16345999;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,168:0.99:170
chr1	16351275	rs10927887	A	G	3371.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.648;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=72;NR=26;PP=1967;ReadPosRankSum=-0.799;SC=GTGGCTGTACAGGGAGATTGG;SOR=0.805;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=99;TCF=73;TCR=26;TR=98;WE=16351283;WS=16351265;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,127:0.99:128
chr1	16352937	rs1010069	G	A	5729.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.557;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FS=2.951;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.81;ReadPosRankSum=-0.848;SOR=0.169;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,220:0.99:222
chr1	16353400	rs9442216	T	C	1428.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=29;PP=938;SC=TCAGCCCCGCTTTGGGTATAG;SOR=1.863;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=39;TCF=10;TCR=29;TR=39;WE=16353408;WS=16353390;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr1	16356501	rs1805152	G	A	5006.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=55;NR=66;PP=2452;SC=TCTTGCCGTCGCCTTCCCTGA;SOR=0.867;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=121;TCF=55;TCR=66;TR=121;WE=16356509;WS=16356491;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,185:1.00:185
chr1	16356583	rs3737218	C	T	3391.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=34;NR=50;PP=1424;SC=GAGTGGGTCACGGCCCTGCTG;SOR=0.983;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=84;TCF=34;TCR=50;TR=84;WE=16356591;WS=16356573;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr1	16358148	rs2015509	T	C	10679.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.257;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=410;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=162;NR=100;PP=2965;ReadPosRankSum=0.204;SC=ATCCCCTTGCTGGCCTGGGTC;SOR=0.846;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=264;TCF=162;TCR=102;TR=262;WE=16358156;WS=16358138;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,401:1.00:402
chr1	16358685	rs6669935	C	G	13203.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.145;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=512;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=157;NR=145;PP=2965;ReadPosRankSum=1.445;SC=CCCTCTCCCTCTCTACTTGCC;SOR=0.738;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=304;TCF=157;TCR=147;TR=302;WE=16358693;WS=16358675;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:6,503:0.99:509
chr1	16358932	rs10803407	T	C	20279.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.987;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=777;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQ=60.01;MQRankSum=0.090;NF=251;NR=202;PP=2965;ReadPosRankSum=1.199;SC=TCTTCCCCACTCCCAGCAGTG;SOR=0.840;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=458;TCF=254;TCR=204;TR=453;WE=16358940;WS=16358922;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,769:0.99:773
chr1	16359051	rs10927892	CA	AG	12243.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.122;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=449;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=116;NR=184;PP=2947;ReadPosRankSum=-0.111;SC=GTGACACACGCAGCCCCCGGG;SOR=0.638;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=305;TCF=118;TCR=187;TR=300;WE=16359060;WS=16359041;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,438:0.99:441
chr1	16359106	rs10803408	C	T	7176.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.099;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=40.78;ReadPosRankSum=0.754;SOR=1.189;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,175:0.99:176
chr1	16359106	.	CCAACCCCGCCCCGCCCA	TCAACCCCGCCCCGCCCA,TCAACCCTGCCCCGCCCG	1392	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.45;FR=0.5000,0.5000;HP=2;HapScore=1;MGOF=39;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=36,12;NR=119,55;PP=797,1392;QD=5.3662658874;SC=GCCTCCCGTCCCAACCCCGCC;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=155;TCF=36;TCR=119;TR=155,67;WE=16359131;WS=16359096;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:1.00:155
chr1	16359113	.	C	T	2289.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.961;ClippingRankSum=0.000;DP=160;ExcessHet=3.0103;FS=0.748;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.40;ReadPosRankSum=-0.780;SOR=0.586;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:62,97:0.61:159
chr1	16359123	rs9442217	A	G	5868.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=46.21;SOR=3.205;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
chr1	16361875	rs11807054	A	G	160.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=1;PP=114;SC=GGAGGGGCTGAGCGAGGAGAA;SOR=2.303;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=5;TCR=1;TR=6;WE=16361883;WS=16361865;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr1	16361916	rs11811753	G	A	462.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=5;PP=236;SC=GTGAGGGGCCGCTGGGAAGGC;SOR=1.179;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=14;TCF=9;TCR=5;TR=14;WE=16361924;WS=16361906;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr1	16362561	rs55731534	C	G	4304.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=89;NR=33;PP=2794;SC=CCTGCTCCTGCCACTGCCGGG;SOR=2.006;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=125;TCF=91;TCR=34;TR=122;WE=16362569;WS=16362551;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,143:1.00:143
chr1	16362621	rs2009044	G	A	12451.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=-1.304;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=475;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=2.186;NF=170;NR=117;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.322;SC=GAAGAAACTCGGGCTGAGAAA;SOR=0.335;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=288;TCF=171;TCR=117;TR=287;WE=16362629;WS=16362611;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,473:1.00:474
chr1	16362661	rs3978493	A	C	17686.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.61;BaseQRankSum=0.522;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=687;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=-0.422;NF=188;NR=178;PP=2965;ReadPosRankSum=1.480;SC=GTCACACTGCATTTGGTGATG;SOR=0.726;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=366;TCF=188;TCR=178;TR=366;WE=16362669;WS=16362651;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,683:1.00:685
chr1	16363158	rs74057560	G	A	149.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.405;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FS=3.367;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.54;MQRankSum=-6.739;QD=1.35;ReadPosRankSum=-4.838;SOR=1.113;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:92,19:0.17:111
chr1	16363237	rs143626665	C	T	573.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.62;BaseQRankSum=-2.555;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.503;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-5.464;NF=15;NR=11;PP=228;ReadPosRankSum=1.349;SC=CACGCGGCCTCGGGCCATGGC;SOR=0.589;SbPval=0.14;Source=Platypus;TC=79;TCF=33;TCR=46;TR=26;WE=16363245;WS=16363227;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,39:0.31:126
chr1	16370899	rs945394	G	A	976.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=91;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=26;NR=4;PP=654;SC=TTCATGGGTGGGGAGAGCACT;SOR=2.649;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=26;TCR=4;TR=30;WE=16370907;WS=16370889;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr1	16371067	rs2015352	G	T	10196.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=391;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=123;NR=106;PP=2965;SC=CCCTGTCCCCGCATCCGCCGA;SOR=0.785;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=231;TCF=123;TCR=108;TR=229;WE=16371075;WS=16371057;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,383:1.00:383
chr1	16371932	rs6604909	A	C	1485.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=32;NR=8;PP=951;SC=ACCCCAGAGTATACCACCAAG;SOR=2.655;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=40;TCF=32;TCR=8;TR=40;WE=16371940;WS=16371922;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr1	16372003	rs6604910	G	C	4062.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=59;NR=30;PP=2065;SC=GGATGGGACTGTCTGTGCCTC;SOR=1.186;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=89;TCF=59;TCR=30;TR=89;WE=16372011;WS=16371993;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,146:1.00:146
chr1	16372274	.	T	TG	300	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;FR=0.5010;HP=8;HapScore=3;MGOF=10;MMLQ=26;MQ=59.69;NF=2;NR=3;PP=300;QD=63.4;SC=CAGCGGAGGTTGGGGGGGGTG;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=26;TCF=10;TCR=16;TR=5;WE=16372291;WS=16372264;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:21,5:0.19:26
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chr1	16372283	rs6604911	T	G	623.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-1.343;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=3.841;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.99;ReadPosRankSum=0.550;SOR=2.494;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,30:0.77:39
chr1	16373124	rs5257	A	G	9089.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.724;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=356;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.186;NF=117;NR=93;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.059;SC=CTTTCTCTTCAGGCTTCTCTC;SOR=0.844;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=212;TCF=118;TCR=94;TR=210;WE=16373132;WS=16373114;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,353:0.99:355
chr1	16373199	rs35820664	CCTT	C	18329.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=0.570;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=438;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.221;NF=21;NR=129;PP=2948;ReadPosRankSum=1.051;SC=CTGGCCAAAACCTTCTCAGAT;SOR=0.932;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=151;TCF=21;TCR=130;TR=150;WE=16373209;WS=16373189;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,417:1.00:419
chr1	16373282	rs2095540	A	G	3115.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=31;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=18;NR=62;PP=1951;SC=TGGCTTGCCCAAAGGGACACA;SOR=2.049;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=81;TCF=18;TCR=63;TR=80;WE=16373290;WS=16373272;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr1	16374533	rs2014562	G	C	8004.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=303;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=92;NR=96;PP=2965;SC=TCTTCCTCGGGAAAGTGGTAT;SOR=0.747;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=188;TCF=92;TCR=96;TR=188;WE=16374541;WS=16374523;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,302:1.00:302
chr1	16374622	rs2863440	C	G	3671.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=40;NR=74;PP=2464;SC=ACGAAAGCTGCGTCAGAGGGG;SOR=2.165;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=114;TCF=40;TCR=74;TR=114;WE=16374630;WS=16374612;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,134:1.00:134
chr1	16374656	rs2902490	A	G	3048.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.668;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.941;HP=2;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=60;PP=2219;ReadPosRankSum=0.814;SC=CCTGCCTTCCAGGAACTCAGT;SOR=0.916;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=104;TCF=44;TCR=60;TR=100;WE=16374664;WS=16374646;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,113:0.99:114
chr1	16374994	rs1889788	C	T	2352.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=33;NR=32;PP=1397;SC=ACTCGGATCCCCCAGAACAAG;SOR=0.718;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=67;TCF=33;TCR=34;TR=65;WE=16375002;WS=16374984;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr1	16375063	rs1889789	CA	GC	4939.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=33;NR=40;PP=2610;SC=ACAGTCTTTGCAGCTCCCTTC;SOR=0.806;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=78;TCF=35;TCR=43;TR=73;WE=16375072;WS=16375053;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr1	16375210	rs9633514	G	A	657.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=14;PP=370;SC=CCCCGCCTTGGGCACAGCCAC;SOR=2.124;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=4;TCR=14;TR=18;WE=16375218;WS=16375200;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr1	16376191	rs7367494	C	T	2911.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=65;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=76;NR=17;PP=2187;SC=TTTTTTGTGGCGCTGGGGTGA;SOR=2.742;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=93;TCF=76;TCR=17;TR=93;WE=16376199;WS=16376181;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr1	16376230	rs59006537	A	AT	9200.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=50;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=64;NR=51;PP=2966;SC=TGAGAGTCCAAAAGGCATTCC;SOR=1.598;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=115;TCF=64;TCR=51;TR=115;WE=16376246;WS=16376220;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,201:1.00:201
chr1	16376232	rs59924562	A	T	9209.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=58.11;QD=44.28;SOR=1.509;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,208:1.00:208
chr1	16376238	rs34589727	TC	T	6810.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=50;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=50;NR=57;PP=2975;SC=CAAAAGGCATTCCCCCCAAGG;SOR=1.388;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=126;TCF=58;TCR=68;TR=107;WE=16376246;WS=16376220;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,214:1.00:214
chr1	16376278	rs7365182	G	A	9715.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=367;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=58;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=155;NR=102;PP=2965;SC=TACTGGGGTCGGGCTCTGGGC;SOR=1.072;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=257;TCF=155;TCR=102;TR=257;WE=16376286;WS=16376268;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,363:1.00:363
chr1	16376319	rs7368151	T	C	12024.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.739;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=463;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=48;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=158;NR=144;PP=2965;ReadPosRankSum=2.101;SC=GGGGTCTCTGTGGCATCCTGG;SOR=0.794;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=304;TCF=158;TCR=146;TR=302;WE=16376327;WS=16376309;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,456:1.00:458
chr1	16376458	rs7368166	T	C	4873.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=31;NR=92;PP=2965;SC=AGCTCCCCCCTCACCGTACTC;SOR=1.609;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=124;TCF=31;TCR=93;TR=123;WE=16376466;WS=16376441;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,166:1.00:166
chr1	16379008	rs2050522	C	T	1772.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=9;NR=42;PP=1153;SC=TAGCTGACCTCGGACATGGGG;SOR=2.303;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=52;TCF=9;TCR=43;TR=51;WE=16379016;WS=16378998;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr1	16380196	rs5253	T	C	13551.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=536;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=147;NR=212;PP=2965;SC=GCCAAGGACATGCCACTGGAG;SOR=0.976;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=359;TCF=147;TCR=212;TR=359;WE=16380204;WS=16380186;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,526:1.00:526
chr1	16380243	rs2275166	A	G	10552.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=253;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=56.03;QD=42.21;SOR=1.553;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,250:1.00:250
chr1	16380252	rs2275167	C	T	9833.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=55.35;QD=45.53;SOR=1.878;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,216:1.00:216
chr1	16381718	rs1414498	T	C	1482.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=46.34;SOR=3.126;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr1	16381722	rs12691552	C	T	1514.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.08;SOR=3.026;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr1	16381792	rs12047858	T	A	3529.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.809;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.748;HP=2;HapScore=1;MGOF=32;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=33;PP=1904;ReadPosRankSum=-0.740;SC=AAGTTTCCTGTCCTTTATAAT;SOR=0.267;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=101;TCF=68;TCR=33;TR=99;WE=16381800;WS=16381782;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,131:0.98:133
chr1	16381816	rs12029508	C	T	4719.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.744;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=69;NR=43;PP=2127;ReadPosRankSum=-1.137;SC=TGACAATAGTCACAATAGCCC;SOR=0.395;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=113;TCF=70;TCR=43;TR=112;WE=16381824;WS=16381806;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,175:0.99:176
chr1	16382086	rs2297727	C	T	6659.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.833;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=247;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=90;NR=70;PP=2965;ReadPosRankSum=1.136;SC=GAGAGGGGCCCGCTGATATCC;SOR=0.331;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=164;TCF=92;TCR=72;TR=160;WE=16382094;WS=16382076;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,239:1.00:240
chr1	16382730	rs12030469	C	T	4898.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=1.256;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=51;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=105;NR=0;PP=2965;ReadPosRankSum=0.360;SC=CCTGCGGCCCCGCCCAGACCC;SOR=5.387;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=107;TCF=107;TCR=0;TR=105;WE=16382738;WS=16382726;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,120:0.99:121
chr1	16382791	rs12023153	G	C	12201.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.955;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=425;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=76;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=264;NR=96;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.580;SC=TTGCAGGCCTGGGTCTCTTGT;SOR=0.867;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=368;TCF=267;TCR=101;TR=360;WE=16382799;WS=16382781;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,420:1.00:421
chr1	16382827	rs77508204	CTCT	C	31000.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=2.021;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=705;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=41;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=120;NR=193;PP=2971;ReadPosRankSum=-0.795;SC=GGCCCCGCCCCTCTTCCTGGC;SOR=1.293;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=324;TCF=126;TCR=198;TR=313;WE=16382842;WS=16382817;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:6,686:0.99:692
chr1	16382831	rs61769890	T	A	31407.77	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=1.446;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=706;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=44.87;ReadPosRankSum=0.579;SOR=1.293;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:6,694:0.99:700
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chr1	16382877	rs7517792	A	G	37222.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.099;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1088;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=34.47;ReadPosRankSum=-1.312;SOR=0.340;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,1079:1.00:1080
chr1	16382877	.	ACCTTCTACCC	GCCTTCTACCC,GCCTTCTACCG	2962	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.54;FR=0.5000,0.5000;HP=3;HapScore=1;MGOF=54;MMLQ=23;MQ=60.0;NF=374,152;NR=331,149;PP=2962,2944;QD=20;SC=TGGGCTGGGCACCTTCTACCC;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=707;TCF=374;TCR=333;TR=705,301;WE=16382895;WS=16382867;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:1.00:707
chr1	16382887	rs199680368	C	G	10105.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.322;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1150;ExcessHet=3.0103;FS=0.523;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.90;ReadPosRankSum=2.326;SOR=0.710;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:616,519:0.46:1135
chr1	16383329	rs138507185	T	TC	839.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.503;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=56.24;MQRankSum=-0.458;QD=24.70;ReadPosRankSum=1.210;SOR=4.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,32:0.94:34
chr1	16383336	rs12746138	G	C	1640.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=53.99;QD=38.16;SOR=3.417;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr1	16383448	rs10803415	A	C	4923.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.67;BaseQRankSum=-3.604;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.032;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=2.454;NF=65;NR=59;PP=2007;ReadPosRankSum=2.908;SC=ACCCCAGCTGACCTGGTACTG;SOR=0.142;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=127;TCF=68;TCR=59;TR=124;WE=16383456;WS=16383438;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,196:0.99:198
chr1	16383574	rs1057841	A	T	173.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.638;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=20.975;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=43.63;MQRankSum=-3.720;QD=3.70;ReadPosRankSum=-1.997;SOR=4.499;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,10:0.21:47
chr1	16383581	rs1057844	G	T	1331.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.774;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=16.919;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=43.08;MQRankSum=3.511;QD=28.95;ReadPosRankSum=2.393;SOR=0.019;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,35:0.76:46
chr1	16383605	rs1057845	A	G	1723.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=4.721;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.231;HP=2;HapScore=1;MGOF=31;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-1.168;NF=40;NR=21;PP=1322;ReadPosRankSum=2.351;SC=CCTGCCTTGAAAGACAAAAAT;SOR=0.223;SbPval=0.24;Source=Platypus;TC=97;TCF=70;TCR=27;TR=61;WE=16383613;WS=16383595;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,50:0.66:76
chr1	16383668	rs6660218	T	G	9566.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=281;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=118;NR=83;PP=2962;SC=TATCTGCCAGTTGCTCAGTGA;SOR=1.103;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=202;TCF=119;TCR=83;TR=201;WE=16383690;WS=16383658;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,281:1.00:281
chr1	16383682	rs1057854	G	C	2609.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.024;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=327;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.385;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.382;NF=60;NR=36;PP=1510;ReadPosRankSum=-0.834;SC=TCAGTGACTGGCCATCACATT;SOR=0.926;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=227;TCF=131;TCR=96;TR=96;WE=16383690;WS=16383658;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:192,134:0.41:326
chr1	16383742	rs1057857	C	G	4703.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.085;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=402;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.521;HP=1;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.145;NF=64;NR=76;PP=2204;ReadPosRankSum=1.904;SC=GGCACAGATGCCTTCTGGGGT;SOR=0.751;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=259;TCF=118;TCR=141;TR=140;WE=16383750;WS=16383732;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:179,222:0.55:401
chr1	16384868	rs12756288	G	A	140.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.631;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.54;MQRankSum=-0.958;QD=7.82;ReadPosRankSum=0.338;SOR=0.758;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,9:0.50:18
chr1	16384986	rs28496958	G	T	544.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.577;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.301;HP=3;HapScore=4;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-2.828;NF=6;NR=3;PP=511;ReadPosRankSum=0.371;SC=CCATGGAGGGGAGGGAGCCCG;SOR=0.999;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=20;TCF=12;TCR=8;TR=9;WE=16385007;WS=16384976;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,15:0.42:36
chr1	16384998	rs1807285	GG	CA	643.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=4;JOINED;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-2.898;NF=6;NR=3;PP=495;ReadPosRankSum=-0.213;SC=GGGAGCCCGGGGGGTGGGTCC;SOR=0.751;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=21;TCF=13;TCR=8;TR=9;WE=16385007;WS=16384976;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,17:0.45:38
chr1	16385042	rs77667563	G	A	230.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.702;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.269;HP=4;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-1.937;NF=8;NR=4;PP=147;ReadPosRankSum=1.079;SC=GGCAGCCGCCGCCGATGCTGC;SOR=1.460;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=27;TCF=17;TCR=10;TR=12;WE=16385050;WS=16385032;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,13:0.41:32
chr1	16385175	rs17853748	G	A	1878.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=45.82;QD=39.97;SOR=0.919;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr1	16385175	.	GCTGGGAAGG	ACTGGGAAGA,ACTGGGAAGG	274	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.51;FR=0.5000,0.5000;HP=3;HapScore=2;MGOF=22;MMLQ=25;MQ=41.62;NF=11,17;NR=12,23;PP=274,136;QD=14.2377336897;SC=GTGAGGGGCCGCTGGGAAGGC;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=40;TCF=17;TCR=23;TR=23,40;WE=16385192;WS=16385165;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.57:40
chr1	16385184	rs75273615	G	A	714.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.078;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=3.219;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=45.33;MQRankSum=1.593;QD=17.02;ReadPosRankSum=-1.137;SOR=0.312;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,33:0.79:42
chr1	16385248	rs74054903	C	T	502.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.539;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=2.269;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=44.07;MQRankSum=2.970;QD=20.11;ReadPosRankSum=3.082;SOR=0.365;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,21:0.84:25
chr1	16385250	rs74054904	A	G	1027.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=45.19;QD=41.11;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr1	16385323	rs77017249	A	G	273.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=52.26;QD=39.11;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr1	16385330	rs3978476	G	T	266.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=55.03;QD=38.11;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr1	16385797	rs3978478	C	G	3391.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=4.582;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=0.5032;FS=13.489;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=4.709;NF=84;NR=26;PP=2247;ReadPosRankSum=2.804;SC=TGTGCTCACTCTCTCCTTCCT;SOR=1.918;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=131;TCF=96;TCR=35;TR=110;WE=16385805;WS=16385787;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,131:0.82:159
chr1	16385980	rs3884058	G	A	6871.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=287;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=75;NR=140;PP=2965;SC=TGGACCCTCTGGGCTGTACCT;SOR=2.183;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=224;TCF=82;TCR=142;TR=215;WE=16385988;WS=16385970;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,272:1.00:272
chr1	16386008	rs2863452	T	C	5943.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=62;NR=120;PP=2965;SC=GGACGATGCCTTGGGGGCTGT;SOR=1.987;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=182;TCF=62;TCR=120;TR=182;WE=16386016;WS=16385998;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,212:1.00:212
chr1	16386247	rs2095543	T	C	216.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=42.33;QD=27.10;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr1	16386305	rs372070031	G	GC	611.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.862;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=2.634;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.74;MQRankSum=3.502;QD=22.66;ReadPosRankSum=1.414;SOR=0.166;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,23:0.85:27
chr1	16386416	rs9442230	G	A	1666.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=26;NR=20;PP=742;SC=AGTAATGCTCGTCCTCAGCTG;SOR=0.892;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=47;TCF=26;TCR=21;TR=46;WE=16386424;WS=16386406;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr1	16386447	rs11576236	G	C	1623.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=33;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=21;NR=26;PP=665;SC=CCAGCCTGCCGGCTGGGCACT;SOR=0.854;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=47;TCF=21;TCR=26;TR=47;WE=16386455;WS=16386437;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr1	16386495	rs71510977	C	T	1317.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=49.87;QD=26.89;SOR=1.473;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr1	16388485	rs58894453	T	C	80.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=33;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=0;PP=90;SC=GAGAATCCAATAGGGCTGCCA;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=5;TCR=0;TR=5;WE=16388493;WS=16388483;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr1	16388556	rs2863455	C	T	1426.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=58.22;QD=46.02;SOR=1.044;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr1	16388565	rs7524413	C	G	1522.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=58.47;QD=42.30;SOR=1.209;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr1	16388646	rs2863456	T	C	1193.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=35;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=21;NR=16;PP=675;SC=CGGGGCGGGATCTGGAGTCGG;SOR=0.976;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=38;TCF=21;TCR=17;TR=37;WE=16388654;WS=16388636;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr1	16388709	rs28570004	G	T	1141.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=21;NR=15;PP=789;SC=GGCAGGAGGAGTGAGCAGGGT;SOR=1.151;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=36;TCF=21;TCR=15;TR=36;WE=16388717;WS=16388699;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr1	16388766	rs3978469	C	T	1220.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=25;NR=16;PP=796;SC=CACCCATCCCCGTCTCCCAGC;SOR=1.455;Source=Platypus;TCF=25;TR=41;WE=16388774;WS=16388756;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr1	16388875	rs34673312	GCCC	G,GC	1191.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=59.86;QD=34.05;SOR=5.610;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:0,14,21:0.40,0.60:35
chr1	16459986	.	C	T	5049.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-3.493;ClippingRankSum=0.000;DP=489;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.764;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=69;NR=109;PP=2767;ReadPosRankSum=-0.461;SC=CTGCTCCGATCACCTTCTGCC;SOR=0.560;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=328;TCF=119;TCR=209;TR=178;WE=16459994;WS=16459976;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:239,243:0.50:482
chr1	16525333	rs74394813	C	T	2401.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-1.926;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=55;PP=1439;ReadPosRankSum=0.884;SC=GCTTTGTCTGCACCCTTGGGG;SOR=0.818;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=77;TCF=21;TCR=56;TR=76;WE=16525341;WS=16525323;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,89:0.99:90
chr1	16528843	rs1693540	A	G	1867.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=41;NR=13;PP=986;SC=CGGGGTGCCCATCATGGGGAC;SOR=1.745;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=54;TCF=41;TCR=13;TR=54;WE=16528851;WS=16528833;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr1	16532498	rs41269185	G	A	5713.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=0.920;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=44;PP=2385;ReadPosRankSum=-0.975;SC=GCGGAAGGCCGGGCAGTGGTC;SOR=0.876;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=104;TCF=60;TCR=44;TR=102;WE=16532506;WS=16532488;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,212:0.99:214
chr1	16542366	rs41269187	G	A	3115.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=70;NR=35;PP=2041;SC=ACTGCACCGTGTGGGTGGGGA;SOR=1.453;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=105;TCF=70;TCR=35;TR=105;WE=16542374;WS=16542356;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr1	16542937	rs2273312	T	G	2589.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-0.268;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=20;PP=1629;ReadPosRankSum=0.908;SC=GGTCATTATGTTGCGGGTGGG;SOR=0.726;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=74;TCF=54;TCR=20;TR=72;WE=16542945;WS=16542927;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,90:0.99:91
chr1	16543175	rs221024	A	C	3972.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=42;NR=67;PP=1807;SC=GCTTACCCTGAGCCAAACCCT;SOR=1.106;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=109;TCF=42;TCR=67;TR=109;WE=16543183;WS=16543165;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,153:1.00:153
chr1	16543390	rs61769779	G	A	308.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=9;NR=2;PP=250;SC=GTGGGAGAGTGCTTCCTCTCG;SOR=2.494;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=11;TCF=9;TCR=2;TR=11;WE=16543398;WS=16543385;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr1	16555882	rs12748676	C	T	260.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=2.459;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.890;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=2;PP=180;ReadPosRankSum=-0.116;SC=GAGCTACTTCCGGGGCTGGGG;SOR=1.718;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=20;TCF=16;TCR=4;TR=12;WE=16555890;WS=16555876;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,12:0.41:29
chr1	16558838	rs6700888	C	A	1855.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-2.090;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.009;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=32;PP=748;ReadPosRankSum=1.290;SC=TGCACAGCCCCCCATCAGACC;SOR=0.528;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=107;TCF=38;TCR=69;TR=50;WE=16558846;WS=16558828;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,89:0.54:164
chr1	16559541	rs3738631	C	G	1618.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.823;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.632;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=35;PP=878;ReadPosRankSum=-0.032;SC=CAGCCACTCACCATGGGAGAG;SOR=0.604;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=109;TCF=38;TCR=71;TR=53;WE=16559549;WS=16559531;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,75:0.52:144
chr1	16562968	rs6603850	C	A	1398.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=27;NR=3;PP=757;SC=GGTCCCAGAGCTAGGGCTTTC;SOR=2.400;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=31;TCF=28;TCR=3;TR=30;WE=16562976;WS=16562958;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr1	16577908	rs12069239	G	C	2579.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.642;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=333;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.470;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=48;PP=1751;ReadPosRankSum=-1.695;SC=TATCCTTCAGGAGCAGATGGA;SOR=0.850;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=229;TCF=118;TCR=111;TR=103;WE=16577916;WS=16577898;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:191,126:0.40:317
chr1	16583030	rs3830890	C	CA	381.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-1.421;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.223;HP=8;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=7;PP=273;ReadPosRankSum=2.400;SC=ACTCTTGACACAAAAAAACAA;SOR=0.400;SbPval=0.16;Source=Platypus;TC=40;TCF=27;TCR=13;TR=14;WE=16583038;WS=16583020;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,22:0.47:47
chr1	16621183	rs1007150	C	T	2679.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=55;NR=19;PP=1619;SC=CCCAGTAACCCATCCTTGAGA;SOR=1.796;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=74;TCF=55;TCR=19;TR=74;WE=16621191;WS=16621173;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr1	16632188	rs61769833	G	A	1107.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-1.358;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.436;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=15;PP=506;ReadPosRankSum=-0.592;SC=CAGCTTGGGTGATAGAGTGAG;SOR=0.531;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=79;TCF=50;TCR=29;TR=36;WE=16632196;WS=16632178;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,57:0.45:128
chr1	16641899	rs2273311	C	T	1829.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.902;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=36;PP=899;ReadPosRankSum=-0.021;SC=CTTCACTGTCCGAGGAGCTGG;SOR=0.673;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=155;TCF=65;TCR=90;TR=61;WE=16641907;WS=16641889;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:127,92:0.42:219
chr1	16713555	rs61770604	G	C	383.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=1.159;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.647;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=0;PP=287;ReadPosRankSum=0.901;SC=AACAGGGCTGGTGTGAGCAGA;SOR=2.494;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=27;TCF=24;TCR=3;TR=15;WE=16713563;WS=16713545;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,16:0.52:31
chr1	16714095	rs61770605	C	T	3074.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.329;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=316;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.856;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=48;PP=1317;ReadPosRankSum=0.347;SC=ATGCTCCGTGCGAGTGGAGTT;SOR=0.587;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=201;TCF=109;TCR=92;TR=101;WE=16714103;WS=16714085;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:158,157:0.50:315
chr1	16725818	rs41310375	A	G	684.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.223;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.096;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=5;PP=340;ReadPosRankSum=-1.129;SC=CTGGGCTGGGACCCTTTCTCT;SOR=0.941;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=41;TCF=28;TCR=13;TR=20;WE=16725826;WS=16725808;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,31:0.58:53
chr1	16726036	rs61769432	A	G	1242.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.895;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.497;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=27;PP=739;ReadPosRankSum=0.007;SC=AAGGAGGCAGAAGGAGGAATG;SOR=0.855;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=76;TCF=33;TCR=43;TR=46;WE=16726044;WS=16726026;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,60:0.53:113
chr1	16727305	rs139527123	G	GCTT	5282.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=0.144;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=337;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.431;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=1.144;NF=7;NR=47;PP=2603;ReadPosRankSum=-1.511;SC=TTGTAGGGAAGCTTCTGCAAC;SOR=0.842;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=118;TCF=18;TCR=100;TR=54;WE=16727317;WS=16727295;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:180,139:0.44:319
chr1	16730413	rs61769436	C	T	4303.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.718;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=483;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.520;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=74;PP=1847;ReadPosRankSum=-0.843;SC=CGCAACCAACCTCCCAGCCCC;SOR=0.741;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=281;TCF=130;TCR=151;TR=134;WE=16730421;WS=16730403;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:260,220:0.46:480
chr1	16730582	rs17419150	C	G	1824.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.420;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=44;PP=1032;ReadPosRankSum=-1.362;SC=CGGAGCAGGTCCATGCCTTGC;SOR=0.739;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=111;TCF=41;TCR=70;TR=70;WE=16730590;WS=16730572;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,85:0.60:142
chr1	16731646	rs3106498	TGTCATTCATCCCATT	CCTCATTCATCCCATT,CCTCATTTATCCCATC	4675.77	.	AC=2,0;AF=1.00,0.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;JOINED;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=27,10;NR=46,23;PP=531,512;SC=TTCTTGTTTCTGTCATTCATC;SOR=1.279;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=75;TCF=28;TCR=47;TR=73,33;WE=16731669;WS=16731636;set=Intersection	GT:AF:DP	1/1:1.00:105
chr1	16731653	rs526489	C	T	1250.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.554;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.14;ReadPosRankSum=-0.416;SOR=0.723;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:43,60:0.58:103
chr1	16731661	rs526513	T	C	3342.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=37.56;SOR=1.481;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr1	16736327	rs41269197	G	A	2231.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=2.068;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=27;PP=1249;ReadPosRankSum=-0.239;SC=GGTGGGCACCGGGGTCAGGGT;SOR=0.719;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=138;TCF=88;TCR=50;TR=72;WE=16736335;WS=16736317;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:94,103:0.52:197
chr1	16736546	rs10907226	C	T	1611.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-1.076;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.797;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=43;PP=1008;ReadPosRankSum=-1.929;SC=CTCCTGGGGACAGGGGAGGGG;SOR=1.026;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=95;TCF=25;TCR=70;TR=57;WE=16736554;WS=16736536;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,69:0.60:115
chr1	16748432	rs114456729	C	T	2353.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.163;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=247;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.539;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=30;PP=791;ReadPosRankSum=0.641;SC=TAGGTCCAGGCGTGGATGGCA;SOR=0.582;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=144;TCF=64;TCR=80;TR=56;WE=16748440;WS=16748422;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:128,118:0.48:246
chr1	16767359	rs114024565	A	G	2575.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.039;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=302;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.523;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=45;PP=1091;ReadPosRankSum=0.979;SC=GTGACTACCCACCGCCAGACC;SOR=0.862;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=173;TCF=76;TCR=97;TR=75;WE=16767367;WS=16767349;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:167,132:0.44:299
chr1	16778265	rs279782	G	T	836.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.818;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.810;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=10;PP=377;ReadPosRankSum=0.605;SC=GGCCCTCCTTGTGGGGTTTTC;SOR=0.556;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=64;TCF=43;TCR=21;TR=27;WE=16778273;WS=16778255;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,42:0.45:94
chr1	16802392	rs114074695	G	C	1588.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.430;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.664;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=29;PP=678;ReadPosRankSum=-0.824;SC=CTGCCTCCTGGGCCTGCTCCG;SOR=0.572;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=158;TCF=86;TCR=72;TR=62;WE=16802400;WS=16802382;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:136,88:0.39:224
chr1	16802533	rs115349413	G	A	3060.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=-1.611;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=321;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.051;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=44;PP=1267;ReadPosRankSum=1.235;SC=CCTGCAGGGCGCACTTTTCTT;SOR=0.560;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=172;TCF=81;TCR=91;TR=91;WE=16802541;WS=16802523;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:160,157:0.50:317
chr1	16802890	rs696095	G	A	256.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.804;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-1.112;NF=5;NR=4;PP=148;ReadPosRankSum=-0.330;SC=GGTGCACAGCGTACCTGGGTG;SOR=0.582;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=15;TCF=9;TCR=6;TR=9;WE=16802898;WS=16802880;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,12:0.60:20
chr1	16803267	rs156846	T	C	946.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=25;NR=6;PP=741;SC=AGGTCTGTGGTCTGTGACAAA;SOR=2.694;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=25;TCR=6;TR=31;WE=16803275;WS=16803257;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr1	16809796	rs41269205	T	G	196.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.334;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.843;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=3;PP=31;ReadPosRankSum=1.480;SC=TCAGGAGCTCTTTGGCGCTCC;SOR=0.625;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=20;TCF=12;TCR=8;TR=5;WE=16809804;WS=16809786;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,13:0.33:39
chr1	16862273	rs76517011	C	A	1022.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.093;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FS=3.206;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.91;MQRankSum=-1.167;QD=5.17;ReadPosRankSum=-0.204;SOR=1.082;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:146,52:0.26:198
chr1	16862294	.	A	G	195.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.916;ClippingRankSum=0.000;DP=323;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.94;MQRankSum=-1.853;QD=0.61;ReadPosRankSum=0.451;SOR=0.640;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:285,38:0.12:323
chr1	16862296	rs1759227	G	C	2393.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.065;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=337;ExcessHet=3.0103;FS=2.719;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.89;MQRankSum=-5.193;QD=7.10;ReadPosRankSum=1.314;SOR=0.910;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:227,110:0.33:337
chr1	16862340	rs200564364	G	A	2034.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.186;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=767;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.04;MQRankSum=-9.112;QD=2.72;ReadPosRankSum=1.859;SOR=0.699;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:596,152:0.20:748
chr1	16862454	rs71248115	T	G	16679.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.384;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=2060;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.04;MQRankSum=-11.648;QD=8.10;ReadPosRankSum=-0.694;SOR=0.723;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1198,860:0.42:2058
chr1	16862461	rs145386412	T	A	43652.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.519;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=2064;ExcessHet=3.0103;FS=0.536;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.98;MQRankSum=-17.774;QD=21.19;ReadPosRankSum=-0.778;SOR=0.768;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:769,1291:0.63:2060
chr1	16862472	rs200621127	G	C	5536.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.009;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=2101;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.93;MQRankSum=-7.623;QD=2.64;ReadPosRankSum=1.346;SOR=0.702;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1667,431:0.21:2098
chr1	16862501	.	T	C	709.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.444;ClippingRankSum=0.000;DP=2114;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.82;MQRankSum=-3.461;QD=0.34;ReadPosRankSum=2.262;SOR=0.635;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1845,268:0.13:2113
chr1	16862502	rs141629643	A	G	44638.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.489;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=2097;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.675;HP=1;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-13.281;NF=578;NR=596;PP=2962;ReadPosRankSum=2.724;SC=ATCAATTCGTAATTTCCCATC;SOR=0.562;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=1468;TCF=700;TCR=768;TR=1174;WE=16862510;WS=16862491;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:399,1692:0.81:2091
chr1	16862566	rs77197089	G	A	4905.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.253;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1727;ExcessHet=3.0103;FS=0.651;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.71;MQRankSum=-2.124;QD=2.84;ReadPosRankSum=1.434;SOR=0.853;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1355,370:0.21:1725
chr1	16862638	rs369070338	A	G	757.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.445;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=817;ExcessHet=3.0103;FS=0.811;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.46;MQRankSum=-1.481;QD=0.93;ReadPosRankSum=-0.239;SOR=0.543;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:699,115:0.14:814
chr1	16862708	rs1762987	T	G	4103.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.560;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FS=0.958;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.56;MQRankSum=-9.083;QD=24.00;ReadPosRankSum=-3.065;SOR=0.967;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:64,107:0.63:171
chr1	16862712	rs61769538	G	T	3957.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.398;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FS=1.072;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.62;MQRankSum=-9.142;QD=26.04;ReadPosRankSum=-4.807;SOR=0.937;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:55,97:0.64:152
chr1	16862714	rs61769539	T	G	3873.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.115;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FS=1.071;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.65;MQRankSum=-9.099;QD=26.53;ReadPosRankSum=-5.219;SOR=0.931;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:53,93:0.64:146
chr1	16862732	.	A	G	784.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.657;ClippingRankSum=0.000;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=2.983;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.79;MQRankSum=-7.428;QD=11.21;ReadPosRankSum=-2.636;SOR=1.900;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:40,30:0.43:70
chr1	16863141	rs370191971	C	A	1064.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-3.469;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.141;HP=4;HapScore=2;MGOF=28;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.794;NF=30;NR=7;PP=664;ReadPosRankSum=1.178;SC=TCTCGACCCCCGGCGACCAAC;SOR=0.544;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=68;TCF=58;TCR=10;TR=37;WE=16863149;WS=16863133;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,44:0.57:77
chr1	16863304	rs61769542	T	C	12325.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.806;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=847;ExcessHet=3.0103;FS=7.202;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.94;MQRankSum=-12.848;QD=14.57;ReadPosRankSum=-10.381;SOR=1.202;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:521,325:0.38:846
chr1	16863308	rs112689425	G	T	13495.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.272;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=885;ExcessHet=3.0103;FS=8.406;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.99;MQRankSum=-12.800;QD=15.27;ReadPosRankSum=-8.434;SOR=1.220;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:537,347:0.39:884
chr1	16863313	rs76539488	C	T	2595.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.371;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=949;ExcessHet=3.0103;FS=4.168;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.91;MQRankSum=-7.285;QD=2.74;ReadPosRankSum=-3.509;SOR=1.020;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:748,199:0.21:947
chr1	16863314	rs74927161	A	G	14988.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.397;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=966;ExcessHet=3.0103;FS=7.045;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.92;MQRankSum=-12.044;QD=15.53;ReadPosRankSum=-7.833;SOR=1.119;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:548,417:0.43:965
chr1	16863328	rs61769543	T	G	13714.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=1.521;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1181;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.957;HP=1;HapScore=1;MGOF=30;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-10.821;NF=271;NR=133;PP=2962;ReadPosRankSum=-5.023;SC=AAGAAAGGCGTCGAGTCCTGT;SOR=0.910;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=733;TCF=427;TCR=306;TR=404;WE=16863336;WS=16863294;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:586,594:0.50:1180
chr1	16863352	rs61769544	C	T	16806.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-3.149;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1290;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.272;HP=4;HapScore=1;MGOF=52;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=-10.109;NF=289;NR=195;PP=2962;ReadPosRankSum=0.715;SC=GTTGGGTAGGCGGAAGAGAGA;SOR=0.672;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=793;TCF=429;TCR=364;TR=484;WE=16863360;WS=16863342;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:534,751:0.58:1285
chr1	16863398	rs61769545	A	C	13074.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-3.570;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1067;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.527;HP=2;HapScore=2;MGOF=51;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-7.859;NF=193;NR=218;PP=2962;ReadPosRankSum=3.755;SC=GGGAGGTTTCAGGATCTAAAG;SOR=0.615;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=741;TCF=340;TCR=401;TR=411;WE=16863406;WS=16863388;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:469,597:0.56:1066
chr1	16863484	rs199948789	C	A	1263.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.836;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=254;ExcessHet=3.0103;FS=10.015;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.71;MQRankSum=-1.426;QD=5.06;ReadPosRankSum=-0.429;SOR=1.895;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:186,64:0.26:250
chr1	16946336	rs11586784	G	A	73.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.405;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.395;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=3;PP=42;ReadPosRankSum=1.568;SC=CAGGGCTCACGAACCTGCTGC;SOR=0.818;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=30;TCF=14;TCR=16;TR=7;WE=16946344;WS=16946326;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,9:0.18:49
chr1	16946407	rs10796418	T	G	244.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.841;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.55;ReadPosRankSum=-0.203;SOR=0.793;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:50,19:0.28:69
chr1	16946437	rs2262202	C	T	123.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.252;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.677;HP=3;HapScore=3;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=6;PP=49;ReadPosRankSum=-1.399;SC=AGCCTTCCGCCGGGCCAGCAG;SOR=1.179;SbPval=0.93;Source=Platypus;TC=35;TCF=16;TCR=19;TR=8;WE=16946446;WS=16946427;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,13:0.22:59
chr1	16946438	rs28392876	G	C	314.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.827;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.25;ReadPosRankSum=-1.324;SOR=0.732;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,21:0.35:60
chr1	16946535	rs437905	T	C	433.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-0.156;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.440;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=8;PP=215;ReadPosRankSum=0.759;SC=GGGCCAGGACTGGACGCGTGT;SOR=0.446;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=24;TCF=10;TCR=14;TR=15;WE=16946543;WS=16946525;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,20:0.65:31
chr1	16948473	rs446948	C	T	666.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.888;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FS=1.622;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.86;MQRankSum=1.302;QD=6.35;ReadPosRankSum=-0.478;SOR=0.644;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:68,37:0.35:105
chr1	16948473	.	CC	TG	370	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;FR=0.5000;HP=1;HapScore=3;MGOF=13;MMLQ=27;MQ=59.02;NF=11;NR=12;PP=370;QD=18.4116467331;SC=AAGTCCTCCTCCTGGGCTGCC;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=69;TCF=35;TCR=34;TR=23;WE=16948482;WS=16948463;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:46,23:0.33:69
chr1	16948474	rs2781579	C	G	2238.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.263;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.86;MQRankSum=-1.120;QD=21.32;ReadPosRankSum=0.293;SOR=0.685;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,74:0.70:105
chr1	16948509	rs11260842	C	T	164.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.223;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.68;MQRankSum=-1.577;QD=1.34;ReadPosRankSum=-1.761;SOR=0.665;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:102,21:0.17:123
chr1	16950251	rs55674375	AG	A	70.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.564;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.28;MQRankSum=0.791;QD=5.05;ReadPosRankSum=1.086;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,4:0.29:14
chr1	16950346	rs9663015	A	C	255.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.003;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=1.116;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.91;MQRankSum=1.833;QD=4.74;ReadPosRankSum=1.907;SOR=0.835;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,18:0.33:54
chr1	16969246	rs11260857	G	A	1781.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.754;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=461;ExcessHet=3.0103;FS=1.284;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.62;MQRankSum=-5.759;QD=3.90;ReadPosRankSum=0.796;SOR=0.569;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:337,120:0.26:457
chr1	16969381	rs9727604	C	T	7281.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=2.987;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=479;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-9.534;NF=118;NR=133;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.067;SC=AAGGGCCACACGATGAGTGCA;SOR=0.738;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=353;TCF=167;TCR=186;TR=251;WE=16969389;WS=16969371;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:155,315:0.67:470
chr1	16971948	rs2209174	C	G	424.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=0.700;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.035;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-1.875;NF=11;NR=5;PP=245;ReadPosRankSum=-1.694;SC=TTGCAACTGACCTGTGGGACC;SOR=0.267;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=35;TCF=27;TCR=8;TR=16;WE=16971956;WS=16971938;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,20:0.47:43
chr1	16972189	rs9728527	C	A	138.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.307;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FS=5.257;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.24;MQRankSum=1.294;QD=0.77;ReadPosRankSum=-0.215;SOR=1.029;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:153,27:0.15:180
chr1	16972940	rs1970921	G	A	1053.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.377;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=393;ExcessHet=3.0103;FS=0.451;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.62;MQRankSum=0.525;QD=2.70;ReadPosRankSum=-1.399;SOR=0.634;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:306,84:0.22:390
chr1	16973152	rs1970920	A	G	1913.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.553;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=377;ExcessHet=3.0103;FS=2.501;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.39;MQRankSum=-5.579;QD=5.10;ReadPosRankSum=1.034;SOR=0.549;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:272,103:0.27:375
chr1	16973184	rs55828106	G	A	960.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.054;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=352;ExcessHet=3.0103;FS=5.963;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.49;MQRankSum=2.114;QD=2.74;ReadPosRankSum=1.287;SOR=0.541;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:271,80:0.23:351
chr1	16973198	rs368927391	G	A	31.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.700;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=337;ExcessHet=3.0103;FS=15.944;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.30;MQRankSum=-9.950;QD=0.09;ReadPosRankSum=1.026;SOR=1.787;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:296,39:0.12:335
chr1	16973519	rs2501762	G	A	723.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.004;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=945;ExcessHet=3.0103;FS=2.737;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.90;MQRankSum=-2.087;QD=0.77;ReadPosRankSum=0.183;SOR=1.099;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:806,133:0.14:939
chr1	16973919	rs141898836	A	G	952.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.393;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=352;ExcessHet=3.0103;FS=0.967;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.97;MQRankSum=-2.176;QD=2.71;ReadPosRankSum=-0.904;SOR=0.764;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:272,80:0.23:352
chr1	16973996	rs200256873	A	G	945.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=0.082;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-1.470;NF=14;NR=22;PP=974;ReadPosRankSum=-1.520;SC=TATTGCCGGAATCCTGACGGC;SOR=0.647;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=120;TCF=47;TCR=73;TR=36;WE=16974029;WS=16973986;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:112,57:0.34:169
chr1	16974010	rs201140718	G	C	671.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=0.332;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-2.701;NF=9;NR=19;PP=974;ReadPosRankSum=-1.919;SC=TGACGGCTCCGAGCGGCCATG;SOR=0.630;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=100;TCF=33;TCR=67;TR=28;WE=16974029;WS=16973986;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:91,40:0.31:131
chr1	16974021	rs142740321	G	A	449.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.371;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FS=0.921;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.94;MQRankSum=-0.325;QD=4.89;ReadPosRankSum=-0.464;SOR=0.854;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:65,27:0.29:92
chr1	16974243	rs372123873	G	C	144.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.815;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FS=4.675;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=45.68;MQRankSum=-3.842;QD=1.83;ReadPosRankSum=-3.828;SOR=1.767;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:67,12:0.15:79
chr1	16974256	.	G	C	1434.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=7.507;ClippingRankSum=0.000;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=12.249;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-8.838;NF=54;NR=4;PP=1205;ReadPosRankSum=-1.402;SC=GCTCGGGGCCGGACCTATCTC;SOR=2.187;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=104;TCF=94;TCR=10;TR=58;WE=16974264;WS=16974233;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,56:0.48:116
chr1	16974454	rs3981965	T	TGGGC	768.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=9.980;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=952;ExcessHet=3.0103;FS=5.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.85;MQRankSum=-15.059;QD=0.86;ReadPosRankSum=-6.018;SOR=1.544;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:812,84:0.09:896
chr1	16974511	rs58679574	G	A	2748.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.456;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1095;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.59;MQRankSum=-0.057;QD=2.52;ReadPosRankSum=0.051;SOR=0.696;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:863,226:0.21:1089
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chr1	16974786	rs28622547	G	C	484.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.663;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FS=8.787;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.56;MQRankSum=-5.774;QD=3.41;ReadPosRankSum=-1.233;SOR=1.599;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:113,29:0.20:142
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chr1	16975230	rs2761535	G	C	33395.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.370;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1561;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.888;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=-15.535;NF=527;NR=587;PP=2965;ReadPosRankSum=3.704;SC=TCCCTTAACCGCAGTGAACTT;SOR=0.858;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=1229;TCF=586;TCR=643;TR=1114;WE=16975238;WS=16975220;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:162,1395:0.90:1557
chr1	16975724	rs149232270	GC	G	604.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.782;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=357;ExcessHet=3.0103;FS=1.233;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.45;MQRankSum=-2.119;QD=1.70;ReadPosRankSum=1.655;SOR=0.565;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:308,48:0.13:356
chr1	16975994	rs2261801	T	C	715.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=4.372;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=389;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=38.602;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-12.726;NF=66;NR=32;PP=1511;ReadPosRankSum=-0.967;SC=CCTCAGGCTCTCAGCTTGTCC;SOR=2.379;SbPval=0.93;Source=Platypus;TC=337;TCF=185;TCR=152;TR=98;WE=16976002;WS=16975984;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:325,62:0.16:387
chr1	16976032	rs2483047	A	C	381.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.336;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=550;ExcessHet=3.0103;FS=2.800;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.54;MQRankSum=1.430;QD=0.69;ReadPosRankSum=1.049;SOR=0.423;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:476,74:0.13:550
chr1	16976193	rs61772256	C	T	881.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.894;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=568;ExcessHet=3.0103;FS=31.575;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.50;MQRankSum=-14.391;QD=1.55;ReadPosRankSum=-3.622;SOR=2.487;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:478,90:0.16:568
chr1	16976436	.	G	C	854.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.409;ClippingRankSum=0.000;DP=211;ExcessHet=3.0103;FS=2.864;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.55;MQRankSum=-3.111;QD=4.05;ReadPosRankSum=-2.375;SOR=0.936;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:157,54:0.26:211
chr1	16976539	.	A	G	923	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;FR=0.5000;HP=3;HapScore=1;MGOF=20;MMLQ=24;MQ=46.24;NF=63;NR=14;PP=923;QD=12.4385871759;SC=GCTGTGGCCCAGGGCCCTCAT;SbPval=0.99;Source=Platypus;TC=259;TCF=167;TCR=92;TR=77;WE=16976547;WS=16976518;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:182,77:0.30:259
chr1	16976569	rs78288272	G	A	227.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=2.842;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=393;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=26.944;HP=2;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-7.887;NF=83;NR=30;PP=1580;ReadPosRankSum=-3.543;SC=TACCTGCCAGGGTGACTACGG;SOR=2.198;SbPval=0.93;Source=Platypus;TC=377;TCF=236;TCR=141;TR=113;WE=16976577;WS=16976559;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:319,53:0.14:372
chr1	16976620	rs55885953	A	G	3089.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.591;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=856;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.34;MQRankSum=-6.148;QD=3.70;ReadPosRankSum=-3.211;SOR=0.643;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:616,220:0.26:836
chr1	16976641	rs1057417	C	T	9802.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.649;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1018;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.07;MQRankSum=-5.397;QD=9.66;ReadPosRankSum=0.692;SOR=0.688;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:659,356:0.35:1015
chr1	16976649	rs1057333	C	T	3634.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.919;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1049;ExcessHet=3.0103;FS=0.625;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.75;MQRankSum=-9.691;QD=3.47;ReadPosRankSum=2.383;SOR=0.682;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:807,240:0.23:1047
chr1	16976679	rs1065528	G	A	8400.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=1.238;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=893;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=-0.024;NF=116;NR=154;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.385;SC=CCGTCTTCACGCGTGTCTCTG;SOR=0.643;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=581;TCF=240;TCR=341;TR=270;WE=16976689;WS=16976669;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:458,435:0.49:893
chr1	16976681	rs3175284	G	T	267.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.824;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=884;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.76;MQRankSum=-5.372;QD=0.31;ReadPosRankSum=1.019;SOR=0.731;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:755,119:0.14:874
chr1	16976772	rs79425189	G	T	495.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.855;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FS=0.889;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.06;MQRankSum=-1.916;QD=3.52;ReadPosRankSum=-2.261;SOR=0.543;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:108,33:0.23:141
chr1	16976786	rs201445230	G	C	81.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.513;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.02;MQRankSum=-1.229;QD=1.00;ReadPosRankSum=-1.903;SOR=0.358;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:69,13:0.16:82
chr1	17017675	rs2743471	C	A	14175.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.482;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=887;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-1.492;NF=167;NR=218;PP=2962;ReadPosRankSum=1.349;SC=CAGTCAAGACCCGCTGCCAGG;SOR=0.711;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=505;TCF=217;TCR=288;TR=385;WE=17017683;WS=17017665;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:238,644:0.73:882
chr1	17017717	rs12561804	C	T	3662.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.991;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=580;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.33;ReadPosRankSum=-0.384;SOR=0.711;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:442,137:0.24:579
chr1	17017734	rs12561805	C	T	3261.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.409;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=460;ExcessHet=3.0103;FS=0.647;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.98;MQRankSum=0.000;QD=7.12;ReadPosRankSum=-0.605;SOR=0.747;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:355,103:0.22:458
chr1	17022909	rs557582	C	G	840.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.114;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=315;ExcessHet=3.0103;FS=2.364;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.69;ReadPosRankSum=0.200;SOR=0.550;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:246,67:0.21:313
chr1	17022952	rs557690	C	A	12601.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.358;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=500;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.99;MQRankSum=-0.067;QD=25.30;ReadPosRankSum=0.466;SOR=0.812;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,496:1.00:498
chr1	17023110	rs11260887	G	A	617.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.951;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=255;ExcessHet=3.0103;FS=1.247;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.94;MQRankSum=0.707;QD=2.47;ReadPosRankSum=0.066;SOR=0.829;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:201,49:0.20:250
chr1	17023126	rs2610633	C	G	1720.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.932;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=283;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.582;NF=25;NR=30;PP=737;ReadPosRankSum=1.128;SC=AACCCCGCAGCTGGCGGTGTG;SOR=0.710;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=170;TCF=79;TCR=91;TR=55;WE=17023134;WS=17023116;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:184,95:0.34:279
chr1	17023143	rs559507	C	T	2377.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.150;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=282;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.784;HP=2;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-2.037;NF=29;NR=41;PP=1165;ReadPosRankSum=0.547;SC=TGTGGGGCTCCGGACTGGTAA;SOR=0.895;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=165;TCF=78;TCR=87;TR=70;WE=17023151;WS=17023133;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:167,114:0.41:281
chr1	17023182	rs614461	C	G	2495.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.147;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=282;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.994;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-4.850;NF=42;NR=33;PP=1163;ReadPosRankSum=0.817;SC=CGGCAGCGGCCAATCGGGCTG;SOR=0.825;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=166;TCF=91;TCR=75;TR=75;WE=17023190;WS=17023172;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:155,126:0.45:281
chr1	17023376	rs613579	C	T	4851.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.256;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=551;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.796;NF=68;NR=78;PP=2114;ReadPosRankSum=0.792;SC=CCAGTAGCTCCGAGTTGTCGC;SOR=0.721;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=326;TCF=154;TCR=172;TR=146;WE=17023384;WS=17023366;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:306,245:0.44:551
chr1	17023403	rs10907267	G	A	1647.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.049;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=501;ExcessHet=3.0103;FS=0.618;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.30;ReadPosRankSum=-0.444;SOR=0.750;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:381,119:0.24:500
chr1	17023483	rs563062	C	T	1691.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.883;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.977;HP=2;HapScore=2;MGOF=32;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=44;PP=879;ReadPosRankSum=-1.187;SC=ACCCCTCACCCGCCCCTCTGC;SOR=0.485;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=141;TCF=33;TCR=108;TR=58;WE=17023491;WS=17023473;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:99,80:0.45:179
chr1	17023509	rs563142	T	C	1036.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.514;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FS=7.942;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.26;ReadPosRankSum=0.221;SOR=0.235;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:64,48:0.43:112
chr1	17023509	.	TCC	CCA	529	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;FR=0.5000;HP=3;HapScore=1;MGOF=20;MMLQ=26;MQ=60.0;NF=9;NR=28;PP=529;QD=15.7423749963;SC=CCTTCCCAACTCCAGATTGGA;SbPval=0.24;Source=Platypus;TC=95;TCF=17;TCR=78;TR=37;WE=17023519;WS=17023499;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:58,37:0.39:95
chr1	17023511	rs563144	C	A	4050.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=15;NR=76;PP=1169;SC=TTCCCAACTCCAGATTGGATG;SOR=2.792;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=93;TCF=15;TCR=78;TR=91;WE=17023519;WS=17023499;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr1	17025992	rs12026928	G	A	898.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=0.271;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.620;HP=2;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQ=60.35;MQRankSum=1.951;NF=18;NR=14;PP=349;ReadPosRankSum=-0.933;SC=AGGCGGGACCGGCGGCGGCGA;SOR=0.608;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=105;TCF=60;TCR=45;TR=32;WE=17026012;WS=17025982;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:109,53:0.33:162
chr1	17026004	rs9661305	C	G	437.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.731;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FS=1.427;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.38;MQRankSum=-1.330;QD=2.22;ReadPosRankSum=-1.465;SOR=0.532;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:158,39:0.20:197
chr1	17026043	.	G	GGCA	4617.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=0.128;ClippingRankSum=0.000;DP=272;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.591;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=3.072;NF=23;NR=33;PP=2184;ReadPosRankSum=4.220;SC=CGGCGGCGGCGGCAGCTGCTG;SOR=0.932;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=111;TCF=41;TCR=70;TR=56;WE=17026051;WS=17026033;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:131,132:0.50:263
chr1	17026087	rs678369	G	A	2378.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.077;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=282;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.435;HP=2;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQ=60.95;MQRankSum=5.647;NF=48;NR=40;PP=1226;ReadPosRankSum=0.900;SC=CGGCGCAGCCGTTAGGCACGT;SOR=0.662;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=160;TCF=88;TCR=72;TR=88;WE=17026095;WS=17026077;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:149,128:0.46:277
chr1	17026551	rs665763	G	C	782.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=0.390;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.145;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=-0.895;NF=11;NR=11;PP=333;ReadPosRankSum=0.409;SC=GCTCGGGCAAGTGCCCGGTAG;SOR=0.399;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=39;TCF=17;TCR=22;TR=22;WE=17026559;WS=17026541;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,40:0.54:74
chr1	17029462	rs11260891	A	G	1561.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.740;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=396;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.878;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQ=59.79;MQRankSum=0.247;NF=30;NR=42;PP=918;ReadPosRankSum=0.810;SC=CTAGTGCTGGAAAGCCCTGGG;SOR=0.623;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=250;TCF=99;TCR=151;TR=72;WE=17029473;WS=17029452;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:293,102:0.26:395
chr1	17029513	rs523936	C	G	2072.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.832;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.022;NF=29;NR=56;PP=1428;ReadPosRankSum=0.305;SC=ATGCAGACAGCCTTTCCCCCA;SOR=0.727;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=143;TCF=46;TCR=97;TR=85;WE=17029521;WS=17029503;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:92,94:0.51:186
chr1	17030325	rs601893	A	G	654.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=2.746;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.001;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=3;PP=509;ReadPosRankSum=0.926;SC=AGCAAGTGATAAGAGTAGTCT;SOR=0.859;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=60;TCF=49;TCR=11;TR=21;WE=17030344;WS=17030315;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,30:0.38:78
chr1	17030336	rs4661915	C	T	183.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.006;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.11;ReadPosRankSum=3.615;SOR=0.743;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:71,16:0.18:87
chr1	17030504	rs601031	T	A	3342.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=2.191;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=390;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.419;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.608;NF=47;NR=35;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.817;SC=TTGGAGAGGGTGCTGGTGGGC;SOR=0.732;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=269;TCF=152;TCR=117;TR=82;WE=17030527;WS=17030494;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:284,103:0.27:387
chr1	17030515	rs201665864	G	A	4283.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.446;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=402;ExcessHet=3.0103;FS=2.936;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.97;MQRankSum=0.000;QD=10.76;ReadPosRankSum=-3.449;SOR=0.863;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:279,119:0.30:398
chr1	17030518	rs200139772	CT	TG	3963.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.391;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=427;ExcessHet=3.0103;FS=2.824;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.97;MQRankSum=0.000;QD=9.35;ReadPosRankSum=-2.615;SOR=0.912;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:307,117:0.28:424
chr1	17030590	rs590170	G	A	2577.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.768;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=675;ExcessHet=3.0103;FS=0.592;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.98;MQRankSum=0.000;QD=3.85;ReadPosRankSum=0.539;SOR=0.641;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:494,175:0.26:669
chr1	17030716	rs4661917	G	A	407.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.622;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FS=0.725;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.02;ReadPosRankSum=0.847;SOR=0.776;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:166,36:0.18:202
chr1	17030729	rs12029338	C	T	615.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=4.327;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.594;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=26;PP=469;ReadPosRankSum=0.015;SC=ATGCCTTTGCCGTGGGATCTT;SOR=0.977;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=123;TCF=34;TCR=89;TR=35;WE=17030737;WS=17030706;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:123,38:0.24:161
chr1	17033758	rs1736691	A	G	2826.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.422;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=245;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.199;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-7.653;NF=54;NR=33;PP=1269;ReadPosRankSum=0.139;SC=GAGAGAATGCAACAGGAGCAG;SOR=0.861;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=145;TCF=88;TCR=57;TR=87;WE=17033766;WS=17033748;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:106,137:0.56:243
chr1	17033805	rs59259153	C	T	1369.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.677;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=290;ExcessHet=3.0103;FS=3.526;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.06;MQRankSum=-12.353;QD=4.76;ReadPosRankSum=0.550;SOR=0.548;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:199,89:0.31:288
chr1	17033854	rs2476568	C	T	3251.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.394;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=290;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.433;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-6.385;NF=50;NR=51;PP=1435;ReadPosRankSum=0.397;SC=TCAGCGGCCGCGTACCCGTCG;SOR=0.704;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=184;TCF=94;TCR=90;TR=101;WE=17033862;WS=17033844;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:127,156:0.55:283
chr1	17034041	rs2743505	T	C	1815.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=13;NR=36;PP=1185;SC=CGCGCTGACCTCTAGCTCCCC;SOR=1.765;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=50;TCF=14;TCR=36;TR=49;WE=17034049;WS=17034031;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr1	17034125	rs141324796	C	CAGCT	342.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.771;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=1.242;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.71;MQRankSum=-0.869;QD=6.47;ReadPosRankSum=2.764;SOR=0.487;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,12:0.23:53
chr1	17034250	rs61773400	C	G	440.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.65;BaseQRankSum=-1.586;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.272;NF=9;NR=0;PP=179;ReadPosRankSum=2.079;SC=GGAGAGAGGGCCGGGGGATGG;SOR=1.802;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=10;TCR=8;TR=9;WE=17034258;WS=17034240;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,18:0.86:21
chr1	17034455	rs140689885	CGCGCGCGT	C	598.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.525;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FS=6.311;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.99;MQRankSum=-3.659;QD=2.59;ReadPosRankSum=-0.530;SOR=0.556;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:201,30:0.13:231
chr1	17044511	rs2773185	T	C	2470.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=41;NR=23;PP=1398;SC=TCCCAGCTGCTCTTCCTGCAT;SOR=1.105;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=64;TCF=41;TCR=23;TR=64;WE=17044519;WS=17044501;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr1	17044662	rs13374664	G	C	413.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.050;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.929;NF=8;NR=12;PP=221;ReadPosRankSum=-2.596;SC=ATCAGTCCAGGCCATCTGGCC;SOR=0.763;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=73;TCF=29;TCR=44;TR=20;WE=17044670;WS=17044652;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,27:0.26:104
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chr1	17085427	rs2002186	T	C	17652.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=-0.596;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=674;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.261;HP=3;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-17.005;NF=178;NR=142;PP=2962;ReadPosRankSum=4.923;SC=CGGAGGTAAATGTGAACCGAG;SOR=0.802;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=432;TCF=238;TCR=194;TR=320;WE=17085435;WS=17085417;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:177,495:0.74:672
chr1	17085502	rs2329006	T	C	4405.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.666;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=412;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.126;HP=1;HapScore=1;MGOF=31;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.368;NF=63;NR=118;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.319;SC=GTCCCAGACATCAAAGCATGC;SOR=0.995;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=335;TCF=126;TCR=209;TR=181;WE=17085510;WS=17085492;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:210,201:0.49:411
chr1	17085542	rs2261754	G	A	1645.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.907;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=247;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.754;HP=2;HapScore=1;MGOF=35;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-3.074;NF=29;NR=51;PP=1372;ReadPosRankSum=1.313;SC=TGGCGGGGCCGGGAGCACCAG;SOR=0.573;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=233;TCF=77;TCR=156;TR=80;WE=17085550;WS=17085532;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:169,78:0.32:247
chr1	17085564	rs3851921	A	G	3786.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.040;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FS=4.407;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.86;MQRankSum=-4.865;QD=18.84;ReadPosRankSum=-2.166;SOR=1.027;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:86,115:0.57:201
chr1	17085589	rs371449598	AGCGCTG	A	99.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.849;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FS=2.452;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.14;MQRankSum=-2.017;QD=0.62;ReadPosRankSum=0.294;SOR=1.140;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:146,14:0.09:160
chr1	17085671	rs3863806	C	G	2552.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.447;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.55;MQRankSum=-8.625;QD=15.76;ReadPosRankSum=0.974;SOR=0.715;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:93,69:0.43:162
chr1	17085677	rs3863805	G	A	2648.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.390;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.72;MQRankSum=-7.512;QD=15.40;ReadPosRankSum=1.084;SOR=0.654;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:98,74:0.43:172
chr1	17085712	rs3863803	C	T	1440.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-3.150;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.729;HP=1;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=-4.073;NF=24;NR=38;PP=789;ReadPosRankSum=0.727;SC=CCCCGGCCCTCCGGTTCCAGG;SOR=0.957;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=145;TCF=60;TCR=85;TR=62;WE=17085720;WS=17085702;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:91,76:0.46:167
chr1	17085795	rs1057379	G	T	231.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.441;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FS=13.989;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.44;MQRankSum=-2.805;QD=1.38;ReadPosRankSum=-1.975;SOR=1.637;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:139,29:0.17:168
chr1	17085834	rs2005622	G	T	4331.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=61;NR=49;PP=2133;SC=CGGGCCGCAGGGTGAAGCACC;SOR=0.927;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=110;TCF=61;TCR=49;TR=110;WE=17085842;WS=17085824;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,159:1.00:159
chr1	17085908	rs1805293	C	G	1721.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.61;BaseQRankSum=1.090;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.646;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-11.560;NF=60;NR=43;PP=1761;ReadPosRankSum=-0.983;SC=AGCAGGCGCTCCACTCAGCCC;SOR=0.733;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=176;TCF=100;TCR=76;TR=103;WE=17085916;WS=17085898;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:138,90:0.39:228
chr1	17085995	.	G	GC	801.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.819;ClippingRankSum=0.000;DP=100;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.60;MQRankSum=0.688;QD=8.81;ReadPosRankSum=-0.846;SOR=0.437;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:52,39:0.43:91
chr1	17086052	rs1057286	T	C	831.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=47.85;QD=20.29;SOR=6.043;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr1	17086870	.	T	C	822	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.65;FR=0.5000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MMLQ=24;MQ=41.35;NF=39;NR=6;PP=822;QD=19.0393602788;SC=GATTTGATGCTGCAGCTCTGG;SbPval=0.99;Source=Platypus;TC=160;TCF=109;TCR=51;TR=45;WE=17086878;WS=17086860;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:115,45:0.28:160
chr1	17086941	rs28462251	C	T	1236.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.672;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=260;ExcessHet=3.0103;FS=27.451;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.41;MQRankSum=2.721;QD=4.85;ReadPosRankSum=-2.242;SOR=1.979;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:184,71:0.28:255
chr1	17087072	rs79486936	G	A	1889.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.743;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=665;ExcessHet=3.0103;FS=0.632;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.40;MQRankSum=-4.789;QD=2.84;ReadPosRankSum=0.826;SOR=0.742;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:520,145:0.22:665
chr1	17087244	rs58502471	AC	A	1633.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.346;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=454;ExcessHet=3.0103;FS=1.374;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.66;MQRankSum=-0.994;QD=3.65;ReadPosRankSum=0.323;SOR=0.861;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:354,94:0.21:448
chr1	17087262	rs2926375	C	T	6580.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=3.452;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=527;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.750;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-1.857;NF=152;NR=99;PP=2962;ReadPosRankSum=0.038;SC=TCGCCTTTCTCCTGGAAGAGG;SOR=0.848;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=435;TCF=251;TCR=184;TR=251;WE=17087270;WS=17087252;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:235,290:0.55:525
chr1	17087292	rs2179161	A	G	2231.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.480;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=704;ExcessHet=3.0103;FS=19.991;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.58;MQRankSum=-20.890;QD=3.18;ReadPosRankSum=-4.950;SOR=2.183;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:612,90:0.13:702
chr1	17087299	rs2179162	T	C	2610.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.480;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=722;ExcessHet=3.0103;FS=13.518;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.07;MQRankSum=-22.001;QD=3.63;ReadPosRankSum=-4.802;SOR=1.743;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:613,107:0.15:720
chr1	17087305	rs12046578	G	C	2703.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.140;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=719;ExcessHet=3.0103;FS=12.844;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.27;MQRankSum=-23.832;QD=3.77;ReadPosRankSum=-3.736;SOR=1.606;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:604,113:0.16:717
chr1	17087365	rs2446556	C	G	14801.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.122;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=732;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.744;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-4.716;NF=236;NR=228;PP=2962;ReadPosRankSum=0.109;SC=TGTAGTGGAACGCCCTGGAGA;SOR=0.623;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=556;TCF=278;TCR=278;TR=464;WE=17087373;WS=17087355;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:109,619:0.85:728
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chr1	17087465	rs11260924	G	A	6650.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.564;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=757;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.753;HP=2;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-5.711;NF=122;NR=121;PP=2962;ReadPosRankSum=1.768;SC=GTCCATTAAGGGCCCACAGCG;SOR=0.588;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=575;TCF=275;TCR=300;TR=243;WE=17087473;WS=17087449;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:425,328:0.44:753
chr1	17087521	rs11589598	G	A	3239.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.039;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=739;ExcessHet=3.0103;FS=0.582;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.38;MQRankSum=-2.420;QD=4.40;ReadPosRankSum=0.250;SOR=0.787;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:532,204:0.28:736
chr1	17087541	rs113982165	GGTGCT	G	10356.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.544;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=682;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.525;HP=1;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-12.993;NF=27;NR=124;PP=2943;ReadPosRankSum=-0.230;SC=GCATGTAGCAGGTGCTGTAGC;SOR=0.749;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=361;TCF=70;TCR=291;TR=151;WE=17087553;WS=17087531;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:381,277:0.42:658
chr1	17087582	rs10907280	G	A	8937.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=1.741;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=537;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.242;HP=1;HapScore=1;MGOF=29;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-18.979;NF=116;NR=194;PP=2962;ReadPosRankSum=2.018;SC=GAAGTCATTCGATGGCGAGCG;SOR=0.824;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=419;TCF=157;TCR=262;TR=310;WE=17087601;WS=17087572;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:161,374:0.70:535
chr1	17087593	rs12145944	C	T	532.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.950;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=480;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.49;MQRankSum=-8.883;QD=1.12;ReadPosRankSum=-0.177;SOR=0.680;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:401,76:0.16:477
chr1	17087682	rs9725203	A	G	70.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.965;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FS=2.765;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.21;MQRankSum=-2.633;QD=0.56;ReadPosRankSum=0.000;SOR=0.299;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:110,17:0.13:127
chr1	17090902	.	A	AT	1164.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.124;ClippingRankSum=0.000;DP=283;ExcessHet=3.0103;FS=0.520;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.95;MQRankSum=-5.692;QD=4.12;ReadPosRankSum=3.686;SOR=0.632;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:219,64:0.23:283
chr1	17197563	rs7556482	G	T	3893.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.389;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=616;ExcessHet=3.0103;FS=19.525;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.66;MQRankSum=-21.652;QD=6.41;ReadPosRankSum=-9.717;SOR=1.995;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:485,122:0.20:607
chr1	17197571	rs76372883	G	A	4989.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.801;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=681;ExcessHet=3.0103;FS=11.619;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.23;MQRankSum=-22.507;QD=7.43;ReadPosRankSum=-10.430;SOR=1.503;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:504,168:0.25:672
chr1	17197595	rs201521253	A	C	5850.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=5.023;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=792;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=11.667;HP=1;HapScore=1;MGOF=41;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-23.634;NF=135;NR=57;PP=2962;ReadPosRankSum=-3.817;SC=ACAGGACTCGACGCCTTTCTT;SOR=1.407;SbPval=0.94;Source=Platypus;TC=494;TCF=292;TCR=202;TR=192;WE=17197627;WS=17197585;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:534,252:0.32:786
chr1	17197609	rs150993810	T	C	11149.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.668;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=841;ExcessHet=3.0103;FS=7.422;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.46;MQRankSum=-23.963;QD=13.37;ReadPosRankSum=1.122;SOR=1.200;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:534,300:0.36:834
chr1	17197610	rs200754171	G	A	548.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.406;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=852;ExcessHet=3.0103;FS=5.109;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.50;MQRankSum=-14.004;QD=0.65;ReadPosRankSum=0.963;SOR=1.195;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:727,120:0.14:847
chr1	17197615	rs146936960	C	A	11758.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.792;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=851;ExcessHet=3.0103;FS=8.513;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.42;MQRankSum=-23.819;QD=13.93;ReadPosRankSum=2.752;SOR=1.221;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:528,316:0.37:844
chr1	17197619	rs113661539	A	G	11904.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.038;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=856;ExcessHet=3.0103;FS=8.361;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.39;MQRankSum=-23.701;QD=13.99;ReadPosRankSum=3.717;SOR=1.131;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:523,328:0.39:851
chr1	17197665	rs377033452	G	T	1774.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.709;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=805;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.67;MQRankSum=-12.667;QD=2.29;ReadPosRankSum=4.614;SOR=0.659;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:642,134:0.17:776
chr1	17197666	rs74055933	T	C	813.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.973;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=798;ExcessHet=3.0103;FS=1.711;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.62;MQRankSum=-7.875;QD=1.09;ReadPosRankSum=2.179;SOR=0.907;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:643,101:0.14:744
chr1	17197690	rs72642967	T	G	14105.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-8.378;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=631;ExcessHet=3.0103;FS=4.136;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.30;MQRankSum=-20.860;QD=22.39;ReadPosRankSum=-0.801;SOR=0.471;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:260,370:0.59:630
chr1	17197694	rs72642969	G	A	13415.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-8.956;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=588;ExcessHet=3.0103;FS=4.118;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.41;MQRankSum=-20.559;QD=22.85;ReadPosRankSum=1.014;SOR=0.477;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:253,334:0.57:587
chr1	17197710	rs114564385	G	C	9563.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.571;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=439;ExcessHet=3.0103;FS=2.577;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.31;MQRankSum=-18.264;QD=21.94;ReadPosRankSum=1.899;SOR=0.533;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:188,248:0.57:436
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chr1	17197721	.	C	T	2271.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.013;ClippingRankSum=0.000;DP=371;ExcessHet=3.0103;FS=2.871;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.22;MQRankSum=-10.915;QD=6.12;ReadPosRankSum=0.021;SOR=0.533;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:285,86:0.23:371
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chr1	17197779	rs138448635	G	A	1548.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-6.508;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FS=1.441;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.74;MQRankSum=-2.646;QD=12.10;ReadPosRankSum=-0.408;SOR=1.006;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:87,41:0.32:128
chr1	17197781	.	CG	C	831.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.226;ClippingRankSum=0.000;DP=121;ExcessHet=3.0103;FS=7.004;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.44;MQRankSum=-7.179;QD=6.87;ReadPosRankSum=-1.861;SOR=2.155;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:95,26:0.21:121
chr1	17198518	rs141922545	T	G	433.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=41.42;QD=28.92;SOR=1.911;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr1	17248500	rs6683035	A	G	2336.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=46;NR=22;PP=1282;SC=AGGCATGCCCACAGCCTCCCC;SOR=1.321;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=68;TCF=46;TCR=22;TR=68;WE=17248508;WS=17248490;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr1	17248532	rs6586566	A	G	3422.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=51;NR=30;PP=1667;SC=GGGGCTGGCGAGGGCACAGGA;SOR=1.051;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=81;TCF=51;TCR=30;TR=81;WE=17248540;WS=17248522;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chr1	17249395	rs6586567	A	G	13542.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=0.680;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=540;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=119;NR=203;PP=2965;ReadPosRankSum=1.868;SC=ACTGTAACTCACTGTGGGGCA;SOR=1.113;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=322;TCF=119;TCR=203;TR=322;WE=17249403;WS=17249385;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,513:1.00:515
chr1	17251055	rs9435703	C	T	2636.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=31;NR=42;PP=1294;SC=GGCCCACACACGGGGCAAAAG;SOR=1.007;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=73;TCF=31;TCR=42;TR=73;WE=17251063;WS=17251045;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr1	17263127	rs181026525	C	T	3028.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.541;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=276;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.668;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=42;PP=960;ReadPosRankSum=-0.197;SC=TGCTCTCTCCCGAAGGGACCT;SOR=0.876;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=136;TCF=60;TCR=76;TR=70;WE=17263135;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:121,150:0.55:271
chr1	17273493	rs7537563	A	C	632.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=1.639;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.161;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=15;PP=371;ReadPosRankSum=0.853;SC=GCAGGTGGGCAAAGCTGTGTG;SOR=0.468;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=46;TCF=11;TCR=35;TR=20;WE=17273501;WS=17273483;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,27:0.48:56
chr1	17281003	rs2076606	T	C	1121.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=24;PP=598;SC=AGCCCCCATCTGAGGGAGGTG;SOR=1.609;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=9;TCR=24;TR=33;WE=17281011;WS=17280993;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr1	17281759	rs151046905	C	CG	697.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.721;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.998;HP=7;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=7;PP=252;ReadPosRankSum=-0.167;SC=CCCAGCTTGACGGGGGGGTCC;SOR=0.896;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=22;TCF=8;TCR=14;TR=11;WE=17281767;WS=17281749;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,30:0.51:59
chr1	17285022	rs12097969	A	G	224.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=0.983;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=4;PP=122;ReadPosRankSum=0.526;SC=CTTGGGCCAGAACTGGGAGGG;SOR=0.877;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=24;TCF=13;TCR=11;TR=9;WE=17285030;WS=17285012;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,12:0.44:27
chr1	17285298	rs41300134	C	T	661.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.790;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.013;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=12;PP=254;ReadPosRankSum=0.796;SC=CAGCAGGAAGCAGGTGGGCAC;SOR=0.957;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=31;TCF=13;TCR=18;TR=19;WE=17285306;WS=17285288;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,31:0.53:58
chr1	17287414	rs2273113	T	C	221.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=1;PP=76;SC=GGGCCGAGGCTGCAGAGCTGG;SOR=1.402;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=5;TCR=1;TR=6;WE=17287422;WS=17287404;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr1	17295679	rs4920574	T	C	4027.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=39;NR=59;PP=2193;SC=GGGCCCTGGCTAAGGTGGAGG;SOR=1.042;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=98;TCF=39;TCR=59;TR=98;WE=17295687;WS=17295669;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,144:1.00:144
chr1	17297289	rs9435656	C	T	324.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-1.639;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.643;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=9;PP=175;ReadPosRankSum=-0.057;SC=TCCGGGACCCCAACTTCATCC;SOR=0.385;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=27;TCF=6;TCR=21;TR=13;WE=17297297;WS=17297279;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,15:0.48:31
chr1	17299013	rs201543544	CA	C	187.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.466;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FS=3.003;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.50;ReadPosRankSum=-2.083;SOR=0.257;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:59,16:0.21:75
chr1	17299014	rs6661019	A	C	1331.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.488;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.003;HP=10;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=55;PP=789;ReadPosRankSum=2.006;SC=CAGCCCCCCCACCCAGAGCCC;SOR=1.483;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=82;TCF=15;TCR=67;TR=65;WE=17299022;WS=17298996;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,59:0.79:75
chr1	17301672	rs761423	T	C	3261.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=50;NR=37;PP=1455;SC=GTGGATAATATGTGTTGAATA;SOR=0.941;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=88;TCF=50;TCR=38;TR=87;WE=17301680;WS=17301662;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr1	17301780	rs761422	A	G	4155.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.079;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=1.675;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=51;PP=1836;ReadPosRankSum=0.011;SC=GGAGCTCCTCATGGGCACACA;SOR=0.493;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=99;TCF=48;TCR=51;TR=98;WE=17301788;WS=17301770;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:5,165:0.97:170
chr1	17303589	rs2235932	C	T	7941.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=302;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=85;NR=87;PP=2965;SC=CTCGGTGACCCGGCAAGGCCC;SOR=0.720;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=172;TCF=85;TCR=87;TR=172;WE=17303597;WS=17303579;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,300:1.00:300
chr1	17303792	rs4920588	C	T	814.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-1.805;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=25;PP=602;ReadPosRankSum=-0.685;SC=AGGTCAGGCCCATAAGAGCCT;SOR=1.493;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=30;TCF=4;TCR=26;TR=29;WE=17303800;WS=17303782;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,31:0.97:32
chr1	17312743	rs3170740	C	T	2727.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=41;NR=28;PP=1514;SC=CGGGCAGCGGCGGCCAGGGCT;SOR=1.044;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=69;TCF=41;TCR=28;TR=69;WE=17312751;WS=17312733;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr1	17313157	rs2076605	G	A	2011.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=17;NR=48;PP=1491;SC=TCAGGCAGGAGCCACGCCCCC;SOR=1.931;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=66;TCF=17;TCR=49;TR=65;WE=17313165;WS=17313147;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr1	17313343	rs9435659	G	A	3223.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=2.842;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=35;PP=1654;ReadPosRankSum=0.383;SC=CCTTGGACACGGCTGCAGCCA;SOR=0.971;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=88;TCF=52;TCR=36;TR=86;WE=17313351;WS=17313333;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,128:0.98:130
chr1	17313654	rs761421	C	T	9181.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.613;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=361;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=124;NR=136;PP=2965;ReadPosRankSum=1.741;SC=CCGGTGGCCGCACCCGTCCCA;SOR=0.769;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=262;TCF=125;TCR=137;TR=260;WE=17313662;WS=17313644;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,353:0.99:355
chr1	17314942	rs9435662	G	A	8125.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=314;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=81;NR=129;PP=2965;SC=AGTCATTGGCGCCGTCTCCGC;SOR=1.095;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=211;TCF=81;TCR=130;TR=210;WE=17314950;WS=17314932;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,309:1.00:309
chr1	17319011	rs2076603	G	A	10657.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=389;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=117;NR=141;PP=2965;SC=CCCAAAGTGGGGGTCTCATCA;SOR=0.855;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=259;TCF=118;TCR=141;TR=258;WE=17319019;WS=17319001;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,385:1.00:385
chr1	17323449	rs9435736	T	C	156.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=1;PP=111;SC=CCACCCTGCCTCACTCCACCT;SOR=2.303;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=5;TCR=1;TR=6;WE=17323457;WS=17323448;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr1	17359676	rs1022580	C	A	2361.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=21;NR=46;PP=1492;SC=ATTTATGTAACGTTCAACCTC;SOR=1.554;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=68;TCF=22;TCR=46;TR=67;WE=17359684;WS=17359666;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr1	17371152	rs12073028	T	C	1473.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=36;NR=8;PP=1059;SC=AACAGAGCCATCGGATGATCT;SOR=2.701;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=44;TCF=36;TCR=8;TR=44;WE=17371160;WS=17371142;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr1	17371494	rs9435745	C	T	506.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=3;NR=13;PP=304;SC=ACATTACTGACACATAATCTT;SOR=2.419;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=16;TCF=3;TCR=13;TR=16;WE=17371502;WS=17371484;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr1	17380497	rs2746462	G	T	3677.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.011;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=65;PP=1914;ReadPosRankSum=0.988;SC=TCAAGGAGAGGGCGACCACCG;SOR=1.458;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=96;TCF=30;TCR=66;TR=94;WE=17380505;WS=17380487;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,136:0.99:138
chr1	17395480	rs2076599	G	A	3813.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=100;NR=20;PP=2578;SC=GGCTCTGGGCGTGTGAGGGAG;SOR=2.750;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=120;TCF=100;TCR=20;TR=120;WE=17395488;WS=17395470;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,138:1.00:138
chr1	17395521	rs2076598	G	A	8250.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.518;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=311;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=154;NR=68;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.128;SC=GGAGGCAAACGCCAGGGCCCC;SOR=0.631;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=223;TCF=155;TCR=68;TR=222;WE=17395529;WS=17395511;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,300:1.00:301
chr1	17396498	rs2076596	T	C	1775.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=42;NR=13;PP=1168;SC=GGCCTCCCCATTGGACAGCTT;SOR=2.056;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=55;TCF=42;TCR=13;TR=55;WE=17396506;WS=17396488;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr1	17396703	rs2076595	T	C	10440.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=403;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=104;NR=121;PP=2965;SC=GGTTCCAGTCTAGGCAGCGCT;SOR=0.771;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=225;TCF=104;TCR=121;TR=225;WE=17396711;WS=17396693;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,399:1.00:399
chr1	17398066	rs875219	G	C	3403.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.20;SOR=1.150;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr1	17398069	rs875218	T	C	3373.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.39;SOR=1.121;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr1	17401283	rs3818041	C	T	1077.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=19;NR=9;PP=477;SC=TTATCTGCCCCACCCTCCCGA;SOR=1.347;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=30;TCF=20;TCR=10;TR=28;WE=17401291;WS=17401273;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr1	17402116	rs3818035	G	T	5441.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=0.820;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=33;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=103;NR=56;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.397;SC=TGGCAGGGGCGGGTAATATAT;SOR=1.364;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=163;TCF=105;TCR=58;TR=159;WE=17402124;WS=17402106;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,201:0.99:203
chr1	17402135	rs3818034	T	C	6890.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.914;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=260;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=35;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=128;NR=70;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.435;SC=ATTGGTTTGCTGCTACCCCAT;SOR=1.299;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=201;TCF=130;TCR=71;TR=198;WE=17402143;WS=17402125;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,256:0.99:258
chr1	17402159	rs3818033	G	A	8705.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.359;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=335;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=1.925;HP=2;HapScore=1;MGOF=32;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=143;NR=94;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.159;SC=CTCCAGCCTCGGGAGGCTAGC;SOR=0.383;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=242;TCF=146;TCR=96;TR=237;WE=17402167;WS=17402149;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,327:0.99:331
chr1	17402255	rs3818032	C	T	12563.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.742;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=480;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=159;NR=148;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.621;SC=GCTCCACGGGCGCCTGCACCT;SOR=0.736;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=311;TCF=160;TCR=151;TR=307;WE=17402263;WS=17402245;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,472:1.00:474
chr1	17402347	rs2647205	C	T	9027.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-3.124;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=357;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.925;HP=3;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=77;NR=131;PP=2965;ReadPosRankSum=2.321;SC=GGAGTTTCAGCAAATTACCCA;SOR=0.181;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=210;TCF=77;TCR=133;TR=208;WE=17402355;WS=17402337;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,344:0.99:346
chr1	17402418	rs3818031	A	G	3659.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=32;NR=77;PP=2370;SC=ACCCAGAGTGACATCAGCAGA;SOR=1.685;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=109;TCF=32;TCR=77;TR=109;WE=17402426;WS=17402408;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chr1	17405809	rs2057096	G	A	2548.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.638;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=295;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.897;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=37;PP=1023;ReadPosRankSum=-0.171;SC=ATGTCTTGCCGTTCACGGTCA;SOR=0.615;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=179;TCF=100;TCR=79;TR=82;WE=17405817;WS=17405799;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:153,136:0.47:289
chr1	17405916	rs2057095	C	T	1848.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-2.359;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.594;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=36;PP=694;ReadPosRankSum=-0.230;SC=GGGCCCTAGGCAGAGGGCACA;SOR=0.981;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=130;TCF=51;TCR=79;TR=53;WE=17405924;WS=17405906;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:127,98:0.44:225
chr1	17405949	rs2057094	C	T	1322.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-1.413;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.372;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=26;PP=548;ReadPosRankSum=0.249;SC=TCTTCTGCAGCCAGGGTCCTC;SOR=0.874;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=94;TCF=30;TCR=64;TR=34;WE=17405957;WS=17405939;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,63:0.43:145
chr1	17406015	rs2057093	C	T	1307.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=8;NR=30;PP=866;SC=TGTGGGCACCCAGTTTCCAGG;SOR=2.110;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=39;TCF=8;TCR=31;TR=38;WE=17406023;WS=17406005;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr1	17406045	rs2057092	C	T	109.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.891;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=4.813;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.22;ReadPosRankSum=-1.166;SOR=0.132;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,8:0.31:26
chr1	17409017	rs2076617	G	A	616.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=2.433;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.899;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=6;PP=307;ReadPosRankSum=0.152;SC=TGCTCCACCCGCAAGTGGCCC;SOR=0.818;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=45;TCF=31;TCR=14;TR=20;WE=17409025;WS=17409007;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,31:0.41:75
chr1	17409241	rs2235925	G	A	1002.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.478;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=21;PP=555;ReadPosRankSum=0.000;SC=CACAAAGGAAGAAGAACGTCT;SOR=0.762;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=69;TCF=27;TCR=42;TR=33;WE=17409249;WS=17409231;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,48:0.48:101
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chr1	17419024	rs11203297	G	A	2441.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.147;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.914;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=34;PP=1047;ReadPosRankSum=-1.129;SC=ACATGTCCTTGAGATCTGAGG;SOR=0.563;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=133;TCF=62;TCR=71;TR=68;WE=17419032;WS=17419014;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:109,121:0.53:230
chr1	17419066	rs11203298	T	C	1699.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.143;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.558;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=28;PP=745;ReadPosRankSum=1.774;SC=GATCTATCTGTTGCTGGAGCC;SOR=0.748;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=111;TCF=49;TCR=62;TR=49;WE=17419074;WS=17419056;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,84:0.49:172
chr1	17422226	rs2076609	C	T	1061.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=4.721;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.359;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=5;PP=698;ReadPosRankSum=1.727;SC=GCTCTGTTGCCGTCTCTAGGA;SOR=1.411;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=80;TCF=67;TCR=13;TR=39;WE=17422234;WS=17422216;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,43:0.48:90
chr1	17422302	rs2076608	T	C	2814.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.060;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=275;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=37;PP=1733;ReadPosRankSum=-0.386;SC=TGTCTTGGGCTTTAGTCTCCT;SOR=0.712;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=207;TCF=130;TCR=77;TR=100;WE=17422310;WS=17422292;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:137,131:0.49:268
chr1	17431618	rs11203300	A	G	2818.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=25;NR=56;PP=1720;SC=GAGGGGCTTCAAGAGGAGACT;SOR=1.586;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=81;TCF=25;TCR=56;TR=81;WE=17431626;WS=17431608;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr1	17431681	rs2647172	C	A	1447.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=9;NR=31;PP=947;SC=TGAGCCCAGGCGTTTGAGACC;SOR=2.078;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=9;TCR=31;TR=40;WE=17431689;WS=17431671;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr1	17550121	rs2293912	G	A	1458.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.288;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.955;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=13;PP=774;ReadPosRankSum=-0.565;SC=TGCAGGTGAGGGTCTCCTACT;SOR=1.172;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=69;TCF=46;TCR=23;TR=45;WE=17550129;WS=17550111;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,65:0.61:107
chr1	17550225	rs3003481	T	C	5222.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=59;NR=55;PP=1922;SC=TCTATCCCTTTGCCCCTCCAG;SOR=0.723;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=115;TCF=60;TCR=55;TR=114;WE=17550233;WS=17550215;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,203:1.00:203
chr1	17550314	rs2293914	G	A	1270.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.495;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.285;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=29;PP=683;ReadPosRankSum=0.995;SC=GAGGGGCTTGGATTCCTCGGG;SOR=1.082;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=84;TCF=33;TCR=51;TR=44;WE=17550322;WS=17550304;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,62:0.48:128
chr1	17551034	rs2293915	A	T	402.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-3.198;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=15;PP=287;ReadPosRankSum=-0.547;SC=CAGGGTCTGTAGTATCCAACC;SOR=1.030;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=35;TCF=3;TCR=32;TR=16;WE=17551042;WS=17551024;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,17:0.46:37
chr1	17555316	rs2977233	C	G	681.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.739;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.17;ReadPosRankSum=1.847;SOR=0.826;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,30:0.54:56
chr1	17555508	rs2977234	G	T	1665.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=2.635;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.717;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=23;PP=883;ReadPosRankSum=-1.050;SC=GGATCATGACGCCCAACACTC;SOR=0.824;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=126;TCF=70;TCR=56;TR=53;WE=17555516;WS=17555498;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:124,84:0.40:208
chr1	17557039	rs10888010	T	C	920.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-2.063;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.460;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=12;PP=538;ReadPosRankSum=-0.107;SC=AAAAGGTCACTGTGGCTTTTT;SOR=0.489;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=106;TCF=77;TCR=29;TR=41;WE=17557047;WS=17557029;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,49:0.37:133
chr1	17557133	rs3003406	A	C	2968.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.643;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=409;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=52;PP=1119;ReadPosRankSum=0.497;SC=TGACTCCCCCAGGAACAGGGG;SOR=0.689;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=263;TCF=134;TCR=129;TR=104;WE=17557141;WS=17557123;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:245,163:0.40:408
chr1	17557178	rs2977235	C	T	3350.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.548;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=408;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.523;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=58;PP=1387;ReadPosRankSum=-1.032;SC=GATCCTGGTACGTAGCGACAG;SOR=0.638;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=258;TCF=116;TCR=142;TR=108;WE=17557186;WS=17557168;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:231,176:0.43:407
chr1	17557310	rs3003407	G	A	489.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.596;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.961;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=19;PP=358;ReadPosRankSum=-1.885;SC=GAGGTGGGATGTCAGCAAACT;SOR=1.247;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=47;TCF=5;TCR=42;TR=21;WE=17557318;WS=17557300;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,23:0.38:60
chr1	17559196	rs4268393	T	C	1075.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=2.095;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=8;PP=610;ReadPosRankSum=0.491;SC=GTTTTTCAGGTACTAAGAGCC;SOR=0.717;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=95;TCF=72;TCR=23;TR=36;WE=17559204;WS=17559186;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,50:0.41:123
chr1	17563967	rs2977306	T	C	3264.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=2.929;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=366;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=63;PP=1799;ReadPosRankSum=1.940;SC=CGTCCCCTCCTTCCCTGCCTG;SOR=0.714;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=230;TCF=96;TCR=134;TR=111;WE=17563975;WS=17563957;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:198,158:0.44:356
chr1	17564990	rs2977310	T	C	434.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-0.085;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.862;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=9;PP=298;ReadPosRankSum=0.600;SC=GGCTGGGGTGTAGACCGAGTG;SOR=0.191;SbPval=0.25;Source=Platypus;TC=40;TCF=27;TCR=13;TR=21;WE=17564998;WS=17564980;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,21:0.50:42
chr1	17566369	rs41265089	G	A	591.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-3.090;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.987;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=19;PP=390;ReadPosRankSum=-0.473;SC=GAGATTCAGCGCTGGAGCTCT;SOR=0.333;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=50;TCF=8;TCR=42;TR=24;WE=17566377;WS=17566359;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,27:0.49:55
chr1	17570466	rs2293921	T	C	3356.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.328;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=373;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.380;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=47;PP=1609;ReadPosRankSum=-0.820;SC=ACAGCACTTATAGCCAGACAG;SOR=0.656;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=227;TCF=124;TCR=103;TR=98;WE=17570474;WS=17570456;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:199,166:0.45:365
chr1	17592324	rs2272627	T	C	867.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-0.555;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.038;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=28;PP=512;ReadPosRankSum=0.063;SC=TCCCAGCTGATGCCGAGACCA;SOR=0.882;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=60;TCF=13;TCR=47;TR=34;WE=17592332;WS=17592314;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,41:0.59:70
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chr1	17594592	rs4339902	G	A	854.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-2.030;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.121;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=29;PP=611;ReadPosRankSum=0.639;SC=GTGGCGGGTCGCAGTAAGAAC;SOR=1.942;SbPval=0.93;Source=Platypus;TC=57;TCF=5;TCR=52;TR=30;WE=17594600;WS=17594582;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,34:0.52:65
chr1	17596980	rs66624969	C	CA	249.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.080;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=3.337;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.43;ReadPosRankSum=2.033;SOR=0.258;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,24:0.52:46
chr1	17597655	rs2293916	C	T	2435.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-1.516;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=59;PP=1244;ReadPosRankSum=-1.580;SC=CCGAGAACCGCAACGACCGCT;SOR=0.686;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=178;TCF=57;TCR=121;TR=86;WE=17597663;WS=17597645;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:109,117:0.52:226
chr1	17601083	rs2293917	C	T	3562.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.223;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=400;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.176;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=47;PP=1530;ReadPosRankSum=0.107;SC=TGGTTCAGGCCCTTCCTGGTA;SOR=0.625;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=227;TCF=131;TCR=96;TR=108;WE=17601091;WS=17601073;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:220,180:0.45:400
chr1	17601165	rs11585357	C	T	3803.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.703;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=396;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.112;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=58;PP=1486;ReadPosRankSum=0.259;SC=GGGAACCACGCGACAGGTCTG;SOR=0.587;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=240;TCF=113;TCR=127;TR=115;WE=17601173;WS=17601155;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:206,190:0.48:396
chr1	17609448	rs2293920	G	T	3057.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.098;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=287;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.919;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=34;PP=1612;ReadPosRankSum=-0.606;SC=TGCTGGAGCCGCTGGGCCTCC;SOR=0.782;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=193;TCF=124;TCR=69;TR=97;WE=17609456;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:145,140:0.49:285
chr1	17657534	rs11203366	G	A	13130.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.649;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=503;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=147;NR=169;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.785;SC=TATTGCCCACGGCCCTCCAGC;SOR=0.759;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=317;TCF=148;TCR=169;TR=316;WE=17657542;WS=17657524;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,500:1.00:502
chr1	17657616	rs11203367	T	C	8322.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.831;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=322;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=89;NR=135;PP=2965;ReadPosRankSum=0.125;SC=ACGATGAAAGTGGCCAGTGGT;SOR=0.990;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=226;TCF=90;TCR=136;TR=224;WE=17657624;WS=17657606;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,320:0.99:322
chr1	17660499	rs874881	G	C	4434.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.93;SOR=0.753;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,171:1.00:171
chr1	17660660	rs874882	G	A	1286.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=9;NR=24;PP=707;SC=CTGGGAGTTCGAAATATTCCA;SOR=1.609;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=35;TCF=9;TCR=26;TR=33;WE=17660668;WS=17660650;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr1	17660697	rs1548323	T	C	853.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=17;PP=576;SC=CACAAAGAAATACAATGTGGC;SOR=1.863;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=6;TCR=17;TR=23;WE=17660705;WS=17660687;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr1	17661128	rs1555658	A	C	1806.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.81;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr1	17661659	rs71575828	C	CAT	387.80	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=2.088;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5515;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.856;NF=7;NR=4;PP=398;ReadPosRankSum=-0.170;SC=TATACACACACATATATATAT;SOR=1.609;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=16;TCF=9;TCR=7;TR=11;WE=17661667;WS=17661649;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,13:0.87:15
chr1	17661805	rs1635594	A	G	2381.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.587;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=28;PP=1166;ReadPosRankSum=-0.949;SC=AATCCTTACAACAATCCAGTG;SOR=0.804;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=60;TCF=32;TCR=28;TR=60;WE=17661813;WS=17661795;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,93:0.98:95
chr1	17662541	rs1748034	A	C	1285.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=40;NR=0;PP=1073;SC=AGAGGGGCTCACACTATGGGT;SOR=7.476;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=40;TCF=40;TCR=0;TR=40;WE=17662549;WS=17662531;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr1	17662639	rs2240340	T	C	5759.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=105;NR=57;PP=2965;SC=CTCCTCTTACTTGATGGGATT;SOR=1.268;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=162;TCF=105;TCR=57;TR=162;WE=17662647;WS=17662629;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,211:1.00:211
chr1	17662662	rs1748033	T	C	7616.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-2.275;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=289;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=119;NR=80;PP=2965;ReadPosRankSum=0.733;SC=AGAAATCTCCTTGTGCGCAGA;SOR=0.366;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=201;TCF=120;TCR=81;TR=199;WE=17662670;WS=17662652;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,287:1.00:288
chr1	17662751	rs1621005	C	G	3214.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.509;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=322;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.406;HP=2;HapScore=2;MGOF=32;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=60;PP=1572;ReadPosRankSum=-0.672;SC=TCCTTTCCTACTTCTACTGGA;SOR=0.665;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=207;TCF=87;TCR=120;TR=105;WE=17662759;WS=17662741;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:163,156:0.49:319
chr1	17662804	rs1748032	C	T	5081.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.362;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=87;PP=2769;ReadPosRankSum=0.197;SC=CAAATGCTGGCCTGTCCCACG;SOR=0.738;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=135;TCF=47;TCR=88;TR=134;WE=17662812;WS=17662794;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,188:0.98:191
chr1	17662907	rs1748031	A	T	783.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=20;PP=541;SC=CAAAATCAGAATTTCACCAAT;SOR=2.468;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=5;TCR=20;TR=25;WE=17662915;WS=17662897;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr1	17664329	rs1748025	C	G	320.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=8;NR=1;PP=273;SC=AGAATCACTTCAACCTGGGGG;SOR=2.494;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=8;TCR=1;TR=9;WE=17664337;WS=17664328;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr1	17664770	rs1635586	A	G	1020.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=29;PP=889;SC=CTTGTTGGCAAATCTGTTTTA;SOR=4.615;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=31;TCF=2;TCR=29;TR=31;WE=17664778;WS=17664760;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr1	17668270	rs1748021	A	G	352.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=10;NR=1;PP=294;SC=TCCCAGCTAGAACTTCAGTCC;SOR=3.442;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=11;TCF=10;TCR=1;TR=11;WE=17668278;WS=17668264;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr1	17668563	rs35903413	G	A	1256.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=0.806;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.318;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=21;PP=519;ReadPosRankSum=0.972;SC=CCCGGACACCGACTTCCCGGG;SOR=0.820;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=76;TCF=31;TCR=45;TR=34;WE=17668571;WS=17668553;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,65:0.45:143
chr1	17672642	rs41266003	C	T	767.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.362;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.754;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=13;PP=342;ReadPosRankSum=2.589;SC=CAGGTATGTGCCCTGCGGGGC;SOR=0.518;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=63;TCF=24;TCR=39;TR=22;WE=17672650;WS=17672632;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,37:0.42:89
chr1	17674402	rs2240336	C	T	2247.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.204;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=35;PP=1320;ReadPosRankSum=-0.538;SC=CCAGGCAGCACGCGCAACAGC;SOR=0.697;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=168;TCF=107;TCR=61;TR=93;WE=17674410;WS=17674392;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:97,108:0.53:205
chr1	17674537	rs2240335	C	A	5820.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.883;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=562;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=92;NR=89;PP=2921;ReadPosRankSum=1.974;SC=CCATCAAACGCGTGATGGTAC;SOR=0.737;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=336;TCF=170;TCR=166;TR=181;WE=17674545;WS=17674527;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:278,280:0.50:558
chr1	17681277	rs6683201	T	C	1146.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=33;PP=986;SC=CTGCTTCCGATTCTAGACAGC;SOR=3.383;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=5;TCR=33;TR=38;WE=17681285;WS=17681267;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr1	17683041	rs1635567	T	C	8022.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-1.443;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=306;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=73;NR=108;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.594;SC=ATCCAGGCAATAGGGTAGCAT;SOR=0.339;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=182;TCF=73;TCR=109;TR=181;WE=17683049;WS=17683031;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,300:1.00:301
chr1	17683157	rs1635566	A	G	1380.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=8;NR=34;PP=1137;SC=GGGGGAAGTGAGTCAAAAGAA;SOR=2.885;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=42;TCF=8;TCR=34;TR=42;WE=17683165;WS=17683147;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr1	17685174	rs2428735	T	C	2102.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=49;NR=15;PP=1321;SC=GTATTAAAGATATTTGACTTG;SOR=2.012;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=64;TCF=49;TCR=15;TR=64;WE=17685182;WS=17685164;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr1	17685466	rs34481461	C	A	1230.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-2.501;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=27;PP=598;ReadPosRankSum=0.998;SC=CAGCCACTTTCCCAGTGATTA;SOR=0.621;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=76;TCF=24;TCR=52;TR=40;WE=17685474;WS=17685456;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,57:0.57:100
chr1	17707739	rs1204898	T	C	1287.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=0.702;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.646;HP=3;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=23;PP=540;ReadPosRankSum=1.561;SC=TCCAGACTAATTTTCTCCACC;SOR=0.766;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=69;TCF=23;TCR=46;TR=36;WE=17707747;WS=17707729;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,64:0.47:135
chr1	17707757	rs6664321	CG	TC	1853.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=0.586;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;JOINED;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=18;PP=1014;ReadPosRankSum=0.674;SC=ACCCCACCCCCGACACCCTCT;SOR=0.656;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=55;TCF=16;TCR=39;TR=27;WE=17707776;WS=17707747;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,51:0.48:106
chr1	17707798	rs10788668	C	T	451.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-1.267;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=32;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=13;PP=245;ReadPosRankSum=0.529;SC=GCTGATCAAACCTTTTGTCCT;SOR=0.892;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=33;TCF=5;TCR=28;TR=16;WE=17707806;WS=17707788;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,22:0.46:48
chr1	17714864	rs6696295	T	C	1505.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.341;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=17;PP=819;ReadPosRankSum=-0.260;SC=CCATCCCTTCTTTCTCTCCTA;SOR=0.675;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=87;TCF=60;TCR=27;TR=51;WE=17714872;WS=17714854;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,69:0.55:125
chr1	17715081	rs2526842	C	T	1197.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.805;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.498;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=30;PP=719;ReadPosRankSum=1.118;SC=GATGGGTCCTCAGACTAGGAT;SOR=1.144;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=89;TCF=37;TCR=52;TR=46;WE=17715089;WS=17715071;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,58:0.49:119
chr1	17715135	rs2526841	T	C	606.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.166;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.749;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=16;PP=422;ReadPosRankSum=0.233;SC=GGGCAGAGCTTGAGGTTTGCT;SOR=1.138;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=49;TCF=23;TCR=26;TR=27;WE=17715143;WS=17715125;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,28:0.51:55
chr1	17715475	rs2800688	T	C	522.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=1.064;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=13;PP=266;ReadPosRankSum=0.366;SC=CTAGGACCTCTCACCAGGAGA;SOR=0.892;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=38;TCF=11;TCR=27;TR=17;WE=17715483;WS=17715465;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,24:0.53:45
chr1	17718671	rs10709483	AG	A	7016.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQ=60.11;NF=14;NR=64;PP=2951;SC=AGCAACAGCCAGGGTGGCATC;SOR=0.754;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=82;TCF=16;TCR=66;TR=78;WE=17718679;WS=17718661;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,202:1.00:202
chr1	17718750	rs12737852	C	T	922.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.916;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.197;HP=4;HapScore=2;MGOF=28;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.874;NF=7;NR=27;PP=551;ReadPosRankSum=-0.039;SC=ACCCACCTGTCGGGGAGGGGT;SOR=1.208;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=79;TCF=21;TCR=58;TR=34;WE=17718758;WS=17718740;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,44:0.44:99
chr1	17720439	rs6695849	T	C	1626.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.032;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.535;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=25;PP=865;ReadPosRankSum=-1.041;SC=GATGTGTGACTGGCAAACAAT;SOR=0.627;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=133;TCF=84;TCR=49;TR=63;WE=17720447;WS=17720429;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:116,83:0.42:199
chr1	17720545	rs12073549	C	T	2434.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.212;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=297;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.896;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=38;PP=1138;ReadPosRankSum=-0.363;SC=CTCAGGCCGCCGATCTCGATG;SOR=0.709;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=174;TCF=88;TCR=86;TR=78;WE=17720553;WS=17720535;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:169,125:0.43:294
chr1	17720615	rs10458537	A	C	1847.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.821;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.280;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=32;PP=1028;ReadPosRankSum=0.380;SC=AGCTCAGTCCAATCTCTCAGG;SOR=0.817;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=133;TCF=66;TCR=67;TR=59;WE=17720623;WS=17720605;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:103,87:0.46:190
chr1	17720686	rs34075690	AG	A	1854.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.053;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.532;HP=7;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=29;PP=950;ReadPosRankSum=0.303;SC=GTGGCCTCTGAGGGGGGAGGG;SOR=0.533;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=113;TCF=37;TCR=76;TR=40;WE=17720694;WS=17720676;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:112,78:0.41:190
chr1	17721388	rs6691485	C	T	134.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-1.784;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.274;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=8;NR=0;PP=80;ReadPosRankSum=-0.300;SC=CACCAAGTGGCGGGTGACCAG;SOR=2.517;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=14;TCR=1;TR=8;WE=17721396;WS=17721382;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,8:0.47:17
chr1	17721695	rs35197313	GT	G	1019.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.382;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.123;HP=17;HapScore=4;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=18;PP=473;ReadPosRankSum=-0.528;SC=GCTTTTTCTTGTTTTTTTTTT;SOR=1.668;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=34;TCF=4;TCR=30;TR=19;WE=17721715;WS=17721685;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,31:0.69:45
chr1	17721707	rs12239645	T	G	601.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.474;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.37;ReadPosRankSum=-0.603;SOR=0.889;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,27:0.60:45
chr1	17722230	rs114428194	A	G	1049.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.944;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.511;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=22;PP=445;ReadPosRankSum=-0.286;SC=CTACATAGCCATTCTGTCACG;SOR=1.060;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=79;TCF=32;TCR=47;TR=33;WE=17722238;WS=17722220;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,53:0.47:112
chr1	17725358	rs2244936	C	G	2595.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=2.143;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=357;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.439;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=59;PP=1604;ReadPosRankSum=-0.084;SC=GGGGCGACTGCGCATCCCTGG;SOR=0.838;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=251;TCF=108;TCR=143;TR=98;WE=17725366;WS=17725348;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:188,133:0.41:321
chr1	17738570	rs71014950	AC	A	3799.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.862;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=322;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.428;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=34;PP=1980;ReadPosRankSum=2.209;SC=GCCATGAGCCACCCTGACTGG;SOR=0.834;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=145;TCF=63;TCR=82;TR=59;WE=17738578;WS=17738560;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:184,137:0.43:321
chr1	17739820	rs1075535	T	C	1135.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-0.717;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=31;PP=565;ReadPosRankSum=-1.121;SC=GTGGCGTGCCTGTGCAGTCCT;SOR=0.697;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=94;TCF=37;TCR=57;TR=51;WE=17739828;WS=17739810;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,59:0.52:113
chr1	17740357	rs2003871	G	A	336.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=2.116;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.604;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=10;PP=205;ReadPosRankSum=1.487;SC=AGCCGGGCACGGTGGTTCACA;SOR=1.179;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=23;TCF=4;TCR=19;TR=12;WE=17740365;WS=17740347;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,15:0.47:32
chr1	17914122	rs35497285	G	A	3264.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=0.065;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=341;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.525;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=52;PP=1464;ReadPosRankSum=0.197;SC=GATCCACTTGGACTCCATCCC;SOR=0.896;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=179;TCF=81;TCR=98;TR=86;WE=17914130;WS=17914112;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:180,158:0.47:338
chr1	17914846	rs1193343	C	T	538.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.491;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.591;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=1;PP=271;ReadPosRankSum=-0.233;SC=CTGTCTGCGGCGCCCCTGGGG;SOR=2.435;SbPval=0.99;Source=Platypus;TC=47;TCF=35;TCR=12;TR=19;WE=17914854;WS=17914836;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,24:0.49:49
chr1	17942507	rs184187396	G	A	2410.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.976;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.766;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=33;PP=1309;ReadPosRankSum=0.651;SC=TCTGCAGGCCGAGGCCTGGGG;SOR=0.566;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=139;TCF=88;TCR=51;TR=84;WE=17942515;WS=17942497;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:89,113:0.56:202
chr1	17991052	rs6695710	T	C	8597.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.789;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=344;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=118;NR=105;PP=2965;ReadPosRankSum=1.742;SC=CTGTGGGCCCTGGGTCACTGT;SOR=0.815;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=223;TCF=118;TCR=105;TR=223;WE=17991060;WS=17991042;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,329:0.99:331
chr1	18017522	rs871087	T	C	14604.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=553;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=245;NR=148;PP=2965;SC=AACAATTTATTGCACTTCCTT;SOR=1.141;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=394;TCF=246;TCR=148;TR=393;WE=18017530;WS=18017512;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,549:1.00:549
chr1	18017558	rs871088	A	G	20158.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=792;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=268;NR=212;PP=2965;SC=TTCCACTCGCATACTCGACTG;SOR=0.858;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=481;TCF=268;TCR=213;TR=480;WE=18017566;WS=18017548;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,784:1.00:784
chr1	18017704	rs871089	C	T	10523.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=395;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=88;NR=200;PP=2965;SC=TGAACACTGCCGCATTAAGTC;SOR=1.473;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=288;TCF=88;TCR=200;TR=288;WE=18017712;WS=18017694;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,389:1.00:389
chr1	18021406	rs905389	T	C	2222.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=2.066;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=322;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.883;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=25;PP=970;ReadPosRankSum=-1.648;SC=AATGCATCCGTATGGCAGCCC;SOR=0.756;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=193;TCF=116;TCR=77;TR=66;WE=18021414;WS=18021396;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:201,118:0.37:319
chr1	18023290	rs2270979	C	T	1691.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.415;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.508;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=17;PP=768;ReadPosRankSum=-0.442;SC=CAGGTGCTTCCCTTAATGCGC;SOR=0.959;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=108;TCF=68;TCR=40;TR=50;WE=18023298;WS=18023280;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,83:0.49:170
chr1	18023365	rs2270978	C	T	2800.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=0.846;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=294;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.541;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=28;PP=1005;ReadPosRankSum=1.185;SC=TCTCACTCAACGGGCACTGTG;SOR=0.780;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=154;TCF=84;TCR=70;TR=68;WE=18023373;WS=18023355;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:152,140:0.48:292
chr1	18023509	rs2270977	T	C	2787.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=2.027;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=245;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=38;PP=1532;ReadPosRankSum=0.427;SC=CCATGCCCGATAGCCACGTGG;SOR=0.667;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=174;TCF=97;TCR=77;TR=83;WE=18023517;WS=18023499;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:117,124:0.51:241
chr1	18023690	rs2270976	A	G	3572.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.057;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=321;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=61;PP=1768;ReadPosRankSum=0.652;SC=CGACCCCGACATCTGGGTGCG;SOR=0.673;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=219;TCF=101;TCR=118;TR=115;WE=18023698;WS=18023680;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:147,170:0.54:317
chr1	18023997	rs3835471	G	GC	533.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-2.022;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.385;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=6;PP=428;ReadPosRankSum=-0.781;SC=AACTACTTGGGCAGAGCAAAG;SOR=1.002;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=12;TCR=13;TR=12;WE=18024005;WS=18023987;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,18:0.58:31
chr1	18434518	rs9660391	G	C	299.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.090;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.37;ReadPosRankSum=-1.175;SOR=0.681;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,17:0.53:32
chr1	18554345	rs61762155	T	C	13762.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.257;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=526;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=213;NR=142;PP=2965;ReadPosRankSum=1.374;SC=GCCCAGCCCCTCTGATCTGCT;SOR=1.010;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=357;TCF=214;TCR=143;TR=355;WE=18554364;WS=18554335;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,518:0.99:522
chr1	18554356	rs3738087	C	T	15640.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.554;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=601;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=227;NR=155;PP=2965;ReadPosRankSum=0.917;SC=CTGATCTGCTCGTGCCCTTAC;SOR=0.641;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=390;TCF=229;TCR=161;TR=382;WE=18554364;WS=18554335;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:5,591:0.99:596
chr1	18702988	rs10796450	T	C	1927.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=60;PP=1441;SC=ACTCTTCCTTTGATCCCCAGC;SOR=4.468;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=64;TCF=4;TCR=60;TR=64;WE=18702996;WS=18702978;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr1	18960722	rs4920523	G	C	2795.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-2.225;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=266;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.461;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=33;PP=1178;ReadPosRankSum=0.224;SC=ACTGGAGTCAGGGAGTGTACT;SOR=0.519;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=178;TCF=120;TCR=58;TR=92;WE=18960730;WS=18960712;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:127,137:0.52:264
chr1	19018405	rs2076020	G	A	3138.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-1.175;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=302;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.416;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=53;PP=1445;ReadPosRankSum=1.848;SC=ACACCCGCGAGGAGCTGGCGC;SOR=0.664;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=178;TCF=79;TCR=99;TR=98;WE=19018413;WS=19018395;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:149,153:0.51:302
chr1	19018432	rs2076019	A	C	2688.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.706;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=257;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.456;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=52;PP=1071;ReadPosRankSum=-0.906;SC=CCAAGCTGACAGAGGCGCGTG;SOR=0.756;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=159;TCF=69;TCR=90;TR=92;WE=19018440;WS=19018422;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:122,135:0.53:257
chr1	19027239	rs2743201	A	G	6901.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.709;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=740;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.520;HP=6;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=130;NR=93;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.713;SC=GAGGCTTCCCACCCACCGGCA;SOR=0.745;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=441;TCF=254;TCR=187;TR=223;WE=19027247;WS=19027229;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:378,353:0.48:731
chr1	19029546	rs1416464	A	G	1139.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=2.256;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=8;PP=665;ReadPosRankSum=0.404;SC=AGCGTCCAGGATGAGGCCACT;SOR=0.693;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=61;TCF=46;TCR=15;TR=35;WE=19029554;WS=19029536;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,47:0.59:80
chr1	19071153	rs142874250	C	CGGAT	634.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.955;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=5;PP=873;ReadPosRankSum=-2.711;SC=GTAGACAGGACGGATGGATGG;SOR=0.399;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=31;TCF=26;TCR=5;TR=30;WE=19071161;WS=19071143;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,17:0.57:30
chr1	19071179	.	GATAA	G	898	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;FR=0.5000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MMLQ=25;MQ=60.25;NF=28;NR=11;PP=898;QD=23.2307692308;SC=TGGATGGATGGATAAATGGAT;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=41;TCF=30;TCR=11;TR=39;WE=19071203;WS=19071169;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:2,39:0.95:41
chr1	19071181	.	T	TGGATA	2111	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;FR=0.5000;HP=4;HapScore=1;MGOF=8;MMLQ=26;MQ=60.25;NF=31;NR=11;PP=2111;QD=50.4523809524;SC=GATGGATGGATAAATGGATGG;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=43;TCF=32;TCR=11;TR=42;WE=19071203;WS=19071169;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:1,42:0.98:43
chr1	19071182	rs3915506	A	G	176.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=2.509;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FS=3.849;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.44;MQRankSum=0.000;QD=3.76;ReadPosRankSum=3.480;SOR=1.552;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,9:0.19:47
chr1	19071183	.	A	ATGG	2117	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;FR=0.5000,0.5000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MMLQ=10;MQ=60.26;NF=14,29;NR=11,11;PP=994,2117;QD=39.92;SC=TGGATGGATAAATGGATGGAT;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=36;TCF=20;TCR=16;TR=25,40;WE=19071203;WS=19071169;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:2,40:0.95:42
chr1	19071183	rs3915505	A	AATGG,G	1157.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.464;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=10;MQRankSum=0.000;NF=14,29;NR=11,11;PP=994,2117;ReadPosRankSum=1.532;SC=TGGATGGATAAATGGATGGAT;SOR=1.179;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=36;TCF=20;TCR=16;TR=25,40;WE=19071203;WS=19071169;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.70,0.22:40
chr1	19071191	.	G	GATGGATAA	164.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.421;ClippingRankSum=0.000;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.369;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=11;PP=1075;ReadPosRankSum=3.077;SC=TAAATGGATGGATGGATGGAT;SOR=2.219;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=46;TCF=29;TCR=17;TR=35;WE=19071203;WS=19071169;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,9:0.17:52
chr1	19166294	rs12033832	G	A	2974.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=2.738;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=303;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=15.727;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=50;PP=1552;ReadPosRankSum=-0.647;SC=AGAGGGAGACGGATGAGGTGA;SOR=0.724;SbPval=0.16;Source=Platypus;TC=181;TCF=94;TCR=87;TR=85;WE=19166302;WS=19166284;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:157,139:0.47:296
chr1	19181314	rs376306941	C	T	4667.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.737;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=470;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=75;NR=78;PP=2401;ReadPosRankSum=0.696;SC=GCCATTGTCGCGGCCATAGGT;SOR=0.676;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=300;TCF=148;TCR=152;TR=153;WE=19181322;WS=19181304;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:232,222:0.49:454
chr1	19186129	rs9701796	G	C	7997.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.580;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=305;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=84;NR=119;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.857;SC=GAACAGGGAGGAGATGGTCTT;SOR=0.314;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=204;TCF=85;TCR=119;TR=203;WE=19186137;WS=19186119;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,297:1.00:298
chr1	19186260	rs9700646	C	T	1799.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=18;NR=34;PP=1023;SC=GTCCTGCCACCGACTGTGGGG;SOR=1.318;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=53;TCF=19;TCR=34;TR=52;WE=19186268;WS=19186250;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr1	19186320	rs9701803	G	C	551.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=14;PP=406;SC=GGAAAGGAGGGTGGAATTATG;SOR=2.419;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=3;TCR=14;TR=17;WE=19186328;WS=19186310;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr1	19199473	rs28700162	T	A	2437.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.267;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=249;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.830;HP=4;HapScore=4;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=40;PP=2610;ReadPosRankSum=1.219;SC=ACACTTCTGTTTTTCTCTGAA;SOR=0.529;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=152;TCF=69;TCR=83;TR=78;WE=19199495;WS=19199463;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:121,122:0.50:243
chr1	19199487	rs35255325	A	G	2083.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.965;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.045;HP=1;HapScore=4;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=40;PP=2165;ReadPosRankSum=-0.037;SC=CTCTGAAAAGATGCAACAGCC;SOR=0.800;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=143;TCF=62;TCR=81;TR=68;WE=19199495;WS=19199463;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:113,106:0.48:219
chr1	19200895	rs35657817	C	T	2290.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.525;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=305;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.952;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=30;PP=2796;ReadPosRankSum=-0.667;SC=CCCCTCGAGACGTAACATCTA;SOR=0.817;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=207;TCF=121;TCR=86;TR=77;WE=19200916;WS=19200885;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:181,122:0.40:303
chr1	19200908	rs28529092	G	C	4384.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.609;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=320;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.497;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=80;NR=64;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.644;SC=AACATCTAGGGTCTCCCACCA;SOR=0.551;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=229;TCF=131;TCR=98;TR=144;WE=19200916;WS=19200885;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:123,195:0.61:318
chr1	19201184	rs6665917	G	C	1740.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=43;PP=1002;SC=AGGTTCAACAGGAGGCCGAGT;SOR=2.070;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=58;TCF=15;TCR=43;TR=58;WE=19201192;WS=19201174;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr1	19201956	rs2230708	A	G	9108.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.192;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=363;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=101;NR=97;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.355;SC=TGTACTTGTCATCCGGGTAGA;SOR=0.716;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=202;TCF=103;TCR=99;TR=198;WE=19201964;WS=19201946;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:6,354:0.98:360
chr1	19202770	rs7550822	T	C	5338.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.328;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=71;NR=49;PP=2382;ReadPosRankSum=1.723;SC=TCCGGTGGGATTGTCCTCCTC;SOR=0.316;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=121;TCF=72;TCR=49;TR=120;WE=19202778;WS=19202760;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,200:1.00:201
chr1	19202896	rs2230707	G	A	4315.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.566;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=38;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=67;PP=2129;ReadPosRankSum=-0.051;SC=ACTTGCCCCCGGCCAGGATGG;SOR=0.944;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=116;TCF=46;TCR=70;TR=112;WE=19202904;WS=19202886;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,167:0.99:169
chr1	19202917	rs7550938	T	C	5853.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.765;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=41.52;ReadPosRankSum=1.535;SOR=1.076;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,139:0.99:141
chr1	19202926	rs2230706	T	C	5591.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.793;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=44.03;ReadPosRankSum=0.875;SOR=0.406;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,126:0.99:127
chr1	19204154	rs6426813	G	A	973.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.68;QD=27.05;SOR=1.209;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr1	19204173	rs6426814	A	G	770.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=8;NR=15;PP=506;SC=GGGGCCCAAAACACCACCTAC;SOR=1.302;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=8;TCR=15;TR=23;WE=19204181;WS=19204163;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr1	19205672	rs28497538	T	G	1007.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.180;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.779;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=11;PP=432;ReadPosRankSum=-1.291;SC=GCAGTGCTGGTGCCTGAAATG;SOR=0.853;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=59;TCF=35;TCR=24;TR=30;WE=19205680;WS=19205662;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,49:0.52:94
chr1	19208145	rs112548638	G	GGGTTGCCT	8073.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.348;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.156;NF=37;NR=32;PP=2978;ReadPosRankSum=0.788;SC=CAGGTGAGCAGGTGAACGTCC;SOR=0.675;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=74;TCF=40;TCR=34;TR=69;WE=19208153;WS=19208135;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,164:0.99:165
chr1	19208944	rs28566028	A	G	902.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=22;NR=6;PP=577;SC=GCTGGGCTGCACCTCCCCCAC;SOR=2.049;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=28;TCF=22;TCR=6;TR=28;WE=19208952;WS=19208934;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr1	19209543	rs6426611	A	G	3086.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=62;NR=28;PP=1677;SC=CAAGGGGCTCAGGGTGGCCTC;SOR=1.550;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=90;TCF=62;TCR=28;TR=90;WE=19209551;WS=19209533;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr1	19209615	rs138788183	C	T	3023.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.338;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=311;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.896;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=35;PP=1302;ReadPosRankSum=-1.690;SC=GCCCACATCTCACCATCAGGG;SOR=0.827;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=183;TCF=103;TCR=80;TR=89;WE=19209623;WS=19209605;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:157,150:0.49:307
chr1	19215834	rs941495	T	C	11622.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=450;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=153;NR=112;PP=2965;SC=GGGGCTGAGCTCTGCCCACCC;SOR=0.926;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=266;TCF=154;TCR=112;TR=265;WE=19215842;WS=19215824;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,436:1.00:436
chr1	19238001	.	T	TTTTA	544.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.956;ClippingRankSum=0.000;DP=127;ExcessHet=3.0103;FS=2.799;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.09;MQRankSum=1.476;QD=10.48;ReadPosRankSum=0.069;SOR=0.339;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,17:0.33:52
chr1	19243589	rs3748586	A	G	6692.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=246;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=63;NR=122;PP=2965;SC=CTAGGATGGAAGGTAGGGGTG;SOR=1.316;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=185;TCF=63;TCR=122;TR=185;WE=19243597;WS=19243579;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,242:1.00:242
chr1	19246320	rs41273181	G	A	1214.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=2.156;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.878;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=38;PP=853;ReadPosRankSum=1.573;SC=TCTGGGGATAGGAGGGTCTGG;SOR=0.887;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=95;TCF=20;TCR=75;TR=47;WE=19246328;WS=19246310;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,52:0.50:105
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chr1	19441723	rs370299174	ACTCT	A	513.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.860;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=1.931;NF=12;NR=0;PP=842;ReadPosRankSum=0.533;SC=ACACTCACTCACTCTCTCTTC;SOR=0.569;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=31;TCF=28;TCR=3;TR=12;WE=19441734;WS=19441713;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,16:0.47:34
chr1	19451084	.	C	T	1629.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.307;ClippingRankSum=0.000;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.798;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=25;PP=839;ReadPosRankSum=-2.344;SC=AGGTGGGATTCGAGAATTGGT;SOR=0.459;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=105;TCF=58;TCR=47;TR=53;WE=19451092;WS=19451074;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,77:0.51:150
chr1	19486804	rs61579638	GA	G	178.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.606;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FS=1.049;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.08;MQRankSum=1.643;QD=1.84;ReadPosRankSum=1.484;SOR=0.479;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:67,30:0.31:97
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chr1	19513570	.	T	TTA	367.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.394;ClippingRankSum=0.000;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.729;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=6;PP=468;ReadPosRankSum=1.250;SC=CAAGAAAGTTTTATATATATA;SOR=1.142;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=46;TCF=27;TCR=19;TR=17;WE=19513581;WS=19513560;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,17:0.31:54
chr1	19578192	rs2294942	G	A	1263.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-3.353;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.596;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=19;PP=833;ReadPosRankSum=-1.321;SC=GCGGCGGCTTGGCAGGGAGAG;SOR=0.503;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=92;TCF=56;TCR=36;TR=46;WE=19578200;WS=19578182;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,55:0.51:107
chr1	19582563	rs1557133	G	A	1452.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.197;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=27;PP=689;ReadPosRankSum=-0.733;SC=GGCAGGGGGAGGAAGGCCCTT;SOR=0.733;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=114;TCF=50;TCR=64;TR=48;WE=19582571;WS=19582546;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:99,77:0.44:176
chr1	19583400	rs1774075	A	G	614.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.353;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.198;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=4;PP=261;ReadPosRankSum=-0.435;SC=AAGGGACCCCAACGTGGGGAC;SOR=1.044;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=46;TCF=33;TCR=13;TR=19;WE=19583408;WS=19583390;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,32:0.48:66
chr1	19583636	rs1126682	C	T	1124.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.845;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.472;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=16;PP=483;ReadPosRankSum=-1.837;SC=ACAACCTGCACCAGGTAAGTC;SOR=0.656;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=77;TCF=37;TCR=40;TR=33;WE=19583644;WS=19583626;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,56:0.47:118
chr1	19583734	rs4912057	G	A	989.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=3.223;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.933;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=11;PP=715;ReadPosRankSum=0.689;SC=TTGGCAGGCCGGAGGCTCAGG;SOR=0.859;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=65;TCF=44;TCR=21;TR=35;WE=19583742;WS=19583724;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,39:0.53:74
chr1	19584035	rs11811927	G	A	1498.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.685;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.664;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=36;PP=895;ReadPosRankSum=1.315;SC=GCTGAGGAACGGAGGGAAAGA;SOR=0.580;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=99;TCF=24;TCR=75;TR=50;WE=19584043;WS=19584025;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,69:0.48:144
chr1	19595137	rs2235795	C	T	3098.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-3.913;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=314;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.948;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=1.435;NF=68;NR=41;PP=1426;ReadPosRankSum=-2.795;SC=GCGCCATACGCGGCCTGCAGG;SOR=0.571;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=213;TCF=137;TCR=76;TR=109;WE=19595145;WS=19595127;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:150,153:0.50:303
chr1	19595892	rs6665423	G	A	2779.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=5.680;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=248;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.539;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=79;PP=1881;ReadPosRankSum=0.102;SC=ATCAGCCCCCGGGCCCAGAGT;SOR=1.028;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=203;TCF=39;TCR=164;TR=95;WE=19595900;WS=19595882;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:132,114:0.46:246
chr1	19596124	rs2235794	C	T	1021.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-2.655;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.812;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=1.534;NF=28;NR=15;PP=564;ReadPosRankSum=-0.409;SC=GTGCCTGAGGCAGGGGAAGAG;SOR=0.456;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=79;TCF=54;TCR=25;TR=43;WE=19596132;WS=19596114;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,49:0.53:92
chr1	19596156	rs6665756	G	T	1591.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.179;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.530;NF=28;NR=23;PP=669;ReadPosRankSum=-1.245;SC=CCTGCCGGGTGGTGGCGCTGT;SOR=0.672;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=100;TCF=55;TCR=45;TR=51;WE=19596164;WS=19596146;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,78:0.53:146
chr1	19609254	rs1738025	T	C	4961.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-1.294;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=433;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.098;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-3.513;NF=62;NR=72;PP=2061;ReadPosRankSum=-0.156;SC=CATTCGTGAGTAACCAAATGC;SOR=0.734;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=247;TCF=121;TCR=126;TR=134;WE=19609262;WS=19609244;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:193,238:0.55:431
chr1	19609522	rs140599506	G	A	1286.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=-0.275;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.984;NF=20;NR=30;PP=804;ReadPosRankSum=0.153;SC=AGGTGCCTTGGATAGCTGTAC;SOR=0.652;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=90;TCF=36;TCR=54;TR=50;WE=19609530;WS=19609512;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,62:0.48:128
chr1	19611227	rs1065658	G	A	8172.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=1.968;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=868;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.115;HP=2;HapScore=3;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQ=59.98;MQRankSum=-1.510;NF=100;NR=162;PP=2962;ReadPosRankSum=0.230;SC=AGCGGCCCACGGGCTGTTTCC;SOR=0.794;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=572;TCF=229;TCR=343;TR=262;WE=19611249;WS=19611217;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:453,397:0.47:850
chr1	19611241	rs1738023	T	C	6756.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=1.871;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=695;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.528;HP=1;HapScore=3;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQ=59.97;MQRankSum=-1.499;NF=80;NR=140;PP=2962;ReadPosRankSum=0.566;SC=TGTTTCCCATTCTTGTCCTCA;SOR=0.727;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=478;TCF=176;TCR=302;TR=220;WE=19611249;WS=19611217;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:362,322:0.47:684
chr1	19638309	rs2227295	A	G	808.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=9;PP=402;SC=GAGGATCTGCAGCTACTGTTA;SOR=1.214;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=24;TCF=14;TCR=10;TR=23;WE=19638317;WS=19638299;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr1	19638643	rs6143148	G	GCCGGGGGCC	546.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=4;PP=913;SC=CGCGTTGGGAGCCGGGGGCCC;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=4;WE=19638651;WS=19638633;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr1	19651087	rs12142349	G	A	5258.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.100;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=570;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.522;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=103;NR=70;PP=2622;ReadPosRankSum=-0.220;SC=CCCCTGTAAGGTGGCCTGAGC;SOR=0.749;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=358;TCF=212;TCR=146;TR=173;WE=19651095;WS=19651077;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:305,264:0.46:569
chr1	19652130	.	T	TGGG	491	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;FR=1.0000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MMLQ=24;MQ=60.17;NF=3;NR=6;PP=491;QD=58.4444444444;SC=AGGGGGCAGTTGTGGGGGGGG;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=12;TCF=4;TCR=8;TR=9;WE=19652141;WS=19652120;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:3,9:0.75:12
chr1	19652132	rs214315	T	G	231.19	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.175;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=62.56;MQRankSum=0.000;QD=21.02;ReadPosRankSum=-1.107;SOR=3.442;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,10:0.91:11
chr1	19652133	.	G	GGT	230.19	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-1.365;ClippingRankSum=0.000;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=62.85;MQRankSum=0.000;QD=20.93;ReadPosRankSum=-1.107;SOR=3.442;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,10:0.91:11
chr1	19669235	rs12124843	A	G	2295.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=40;NR=18;PP=1064;SC=CGCGGCTCTCAGGCAGGGTAC;SOR=1.295;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=58;TCF=40;TCR=18;TR=58;WE=19669243;WS=19669225;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr1	19683301	rs169957	G	T	2746.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.963;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=54;PP=1659;ReadPosRankSum=-2.013;SC=AGTGGCCCCTGGAATTCAGGG;SOR=1.562;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=76;TCF=21;TCR=55;TR=75;WE=19683309;WS=19683291;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,98:0.98:100
chr1	19775246	rs10442634	C	T	9969.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.769;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=380;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=144;NR=82;PP=2965;ReadPosRankSum=1.168;SC=TCTCCCTTCACCCTGGCAGTT;SOR=1.095;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=227;TCF=145;TCR=82;TR=226;WE=19775254;WS=19775236;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,374:0.99:376
chr1	19775492	rs10442635	A	G	1070.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=23;PP=632;SC=TGACGTGACTAGGGACGCTGC;SOR=2.494;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=29;TCF=5;TCR=24;TR=28;WE=19775500;WS=19775482;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr1	19923313	rs4912130	T	A	69.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.973;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=3.090;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=6.34;ReadPosRankSum=-0.743;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,4:0.36:11
chr1	19934900	rs61740466	G	A	4459.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.193;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=403;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.742;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=71;NR=63;PP=2115;ReadPosRankSum=-1.585;SC=ATCCAACTCCGGGCCACAGGA;SOR=0.676;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=269;TCF=135;TCR=134;TR=134;WE=19934908;WS=19934890;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:185,211:0.53:396
chr1	19935118	rs138778783	T	TA	779.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-0.505;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=10;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=26;PP=643;ReadPosRankSum=-0.970;SC=AAAAAATAAATAAAAAAAGTG;SOR=0.804;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=59;TCF=7;TCR=52;TR=28;WE=19935126;WS=19935108;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,41:0.52:79
chr1	19981451	rs3828101	A	G	497.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=2.035;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=1;PP=326;ReadPosRankSum=0.367;SC=TAACACCACTACCCGGCCCCC;SOR=0.544;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=25;TCF=23;TCR=2;TR=15;WE=19981459;WS=19981441;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,19:0.66:29
chr1	19981791	rs2294630	A	G	3956.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-3.946;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=408;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.757;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=70;NR=60;PP=1794;ReadPosRankSum=-1.677;SC=ACAGTGACACAGGCATGGTGA;SOR=0.641;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=267;TCF=147;TCR=120;TR=130;WE=19981799;WS=19981781;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:196,199:0.50:395
chr1	20020993	rs4370779	AC	GT	16037.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=361;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=100;NR=134;PP=2947;SC=GGCCGGCGACACGGAGCTGCA;SOR=0.854;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=239;TCF=103;TCR=136;TR=234;WE=20021002;WS=20020983;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,359:1.00:359
chr1	20066485	rs6426824	G	A	6062.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.723;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=315;ExcessHet=3.0103;FS=0.863;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.56;ReadPosRankSum=-1.175;SOR=0.762;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:150,160:0.52:310
chr1	20066490	rs6426825	T	C	5971.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.452;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=301;ExcessHet=3.0103;FS=1.916;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=20.11;ReadPosRankSum=-0.468;SOR=0.806;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:143,154:0.52:297
chr1	20067186	rs12065466	T	C	1778.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.763;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=18;PP=838;ReadPosRankSum=0.308;SC=CCTGGGGGCTTTGGGCATGCA;SOR=0.674;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=85;TCF=56;TCR=29;TR=51;WE=20067194;WS=20067176;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,81:0.60:135
chr1	20096893	rs185815845	C	G	288.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-3.122;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=2;PP=160;ReadPosRankSum=-1.814;SC=ACCAGCTCACCAATGACATCA;SOR=0.205;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=37;TCF=32;TCR=5;TR=14;WE=20096901;WS=20096888;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,16:0.41:39
chr1	20097941	rs10917536	G	T	1256.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.483;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.191;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=27;PP=643;ReadPosRankSum=0.358;SC=TCCAGCCACTGCACCAGGCCT;SOR=1.034;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=90;TCF=36;TCR=54;TR=42;WE=20097949;WS=20097931;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,60:0.45:132
chr1	20107018	rs12035882	G	A	2077.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.741;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.561;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=33;PP=1022;ReadPosRankSum=0.614;SC=TTGGCTGTCCGTAGTTGTTCC;SOR=0.609;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=113;TCF=63;TCR=50;TR=71;WE=20107026;WS=20107008;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,100:0.57:176
chr1	20141528	rs1541185	C	T	2522.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.117;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=265;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.951;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=43;PP=997;ReadPosRankSum=0.484;SC=GGGGCCACAGCGGTGGTGGTT;SOR=0.770;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=154;TCF=62;TCR=92;TR=70;WE=20141536;WS=20141518;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:134,126:0.48:260
chr1	20216860	rs10799593	G	A	2329.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.296;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=246;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.184;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=31;PP=1061;ReadPosRankSum=1.013;SC=GTCTTGACTCGTGTTGTTGTT;SOR=0.545;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=150;TCF=94;TCR=56;TR=75;WE=20216868;WS=20216850;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:130,116:0.47:246
chr1	20304857	rs2307246	G	A	552.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.027;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.244;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=6;PP=295;ReadPosRankSum=0.370;SC=GGGTAGGGAGGGATAGGTGGC;SOR=1.035;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=39;TCF=25;TCR=14;TR=19;WE=20304865;WS=20304847;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,27:0.48:56
chr1	20304926	rs4744	G	A	1312.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-2.988;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.266;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=16;PP=368;ReadPosRankSum=0.266;SC=AGTGGCAGCCGTAGAAGCCAT;SOR=0.519;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=68;TCF=39;TCR=29;TR=33;WE=20304934;WS=20304916;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,69:0.55:125
chr1	20305065	rs10732279	C	T	950.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.069;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.177;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=13;PP=507;ReadPosRankSum=-0.282;SC=TGGGGTTCTGCGCCCTCCCTC;SOR=0.415;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=54;TCF=30;TCR=24;TR=28;WE=20305073;WS=20305055;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,41:0.58:71
chr1	20395401	rs11573185	C	A	4190.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=92;NR=29;PP=2573;SC=CACACTCCCCCCTACGTCCTT;SOR=2.104;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=121;TCF=92;TCR=29;TR=121;WE=20395409;WS=20395391;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,149:1.00:149
chr1	20411234	rs2020886	T	A	675.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=2.444;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.311;HP=4;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=5;PP=500;ReadPosRankSum=-0.719;SC=TGGGGCCTGGTGGAGAGCCAG;SOR=1.075;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=55;TCF=43;TCR=12;TR=28;WE=20411242;WS=20411224;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,31:0.46:68
chr1	20411332	rs2020887	C	T	2313.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.467;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=236;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.477;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=42;PP=1260;ReadPosRankSum=1.280;SC=AGATGAAAGGCCTCCTCCCAC;SOR=0.650;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=167;TCF=89;TCR=78;TR=87;WE=20411340;WS=20411322;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:121,112:0.48:233
chr1	20442054	rs584367	T	C	6506.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.530;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=263;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=73;NR=100;PP=2790;ReadPosRankSum=-1.044;SC=TTGTAGATGCTGCACCCCTGG;SOR=0.506;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=176;TCF=74;TCR=102;TR=173;WE=20442062;WS=20442044;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,253:0.99:256
chr1	20446170	rs11298078	GT	G	2335.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.21;QD=25.95;SOR=2.520;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr1	20470148	rs6657574	C	T	1048.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-2.551;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=27;PP=660;ReadPosRankSum=0.980;SC=TCAGACTGACCTTGCCCTCCA;SOR=0.703;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=65;TCF=17;TCR=48;TR=36;WE=20470156;WS=20470138;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,45:0.54:83
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chr1	20501362	rs6692902	C	T	354.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=1.726;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.730;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=1;PP=212;ReadPosRankSum=0.538;SC=CTCCAAATCCCGTTCAGTTCT;SOR=0.257;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=18;TCF=17;TCR=1;TR=12;WE=20501370;WS=20501352;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,14:0.67:21
chr1	20501582	rs12139100	G	A	2609.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.554;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=279;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.928;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=40;PP=1022;ReadPosRankSum=0.870;SC=AAGGCACTTCGCCCCGTGATG;SOR=0.630;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=159;TCF=67;TCR=92;TR=71;WE=20501590;WS=20501572;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:138,131:0.49:269
chr1	20637043	rs12726937	C	T	1656.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.816;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.853;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=15;PP=981;ReadPosRankSum=0.317;SC=CCTCTTCCCACTTCCTGCCCT;SOR=1.074;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=154;TCF=109;TCR=45;TR=65;WE=20637051;WS=20637033;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:92,80:0.47:172
chr1	20637374	rs10916761	T	C	4981.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=35;NR=96;PP=2965;SC=AATGGTGAGATTCTTTCTGCT;SOR=1.737;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=131;TCF=35;TCR=96;TR=131;WE=20637382;WS=20637364;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,172:1.00:172
chr1	20640906	rs61741263	C	T	5969.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.432;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=586;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.521;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=97;NR=81;PP=2510;ReadPosRankSum=-0.858;SC=GGATCCTGTTCGTGGCCAACC;SOR=0.794;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=395;TCF=208;TCR=187;TR=178;WE=20640914;WS=20640896;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:292,290:0.50:582
chr1	20643944	rs4654851	G	C	2080.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=54;NR=5;PP=1513;SC=GGAACTCATCGTCCTCTCCTT;SOR=3.578;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=59;TCF=54;TCR=5;TR=59;WE=20643952;WS=20643934;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr1	20649814	rs4655194	T	C	3202.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.203;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=293;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=72;NR=36;PP=1552;ReadPosRankSum=2.763;SC=CTCTTGACCCTGATTGCCCAA;SOR=0.670;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=202;TCF=135;TCR=67;TR=108;WE=20649822;WS=20649804;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:133,150:0.53:283
chr1	20656824	rs2072752	A	G	2704.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.040;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=267;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=56;PP=1331;ReadPosRankSum=0.605;SC=GGCGCTGTCAACAACACAGGG;SOR=0.665;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=164;TCF=51;TCR=113;TR=81;WE=20656832;WS=20656814;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:134,129:0.49:263
chr1	20657352	rs2072753	T	C	3503.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=2.560;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=328;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=43;PP=1740;ReadPosRankSum=1.200;SC=CTCTTCTCCCTTTCCGCCAGG;SOR=0.697;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=192;TCF=109;TCR=83;TR=102;WE=20657360;WS=20657342;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:159,166:0.51:325
chr1	20662938	rs10916769	A	G	2388.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.624;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=246;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.551;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=45;PP=1248;ReadPosRankSum=1.301;SC=GGGCAGGCCAAAAATGCCCGG;SOR=0.811;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=169;TCF=77;TCR=92;TR=80;WE=20662946;WS=20662928;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:128,114:0.47:242
chr1	20671833	rs10799629	C	A	742.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.966;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=2.069;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.46;ReadPosRankSum=2.029;SOR=0.433;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,36:0.51:71
chr1	20671961	rs11582960	G	A	1735.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.014;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.084;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=36;PP=873;ReadPosRankSum=2.156;SC=TCCAACCGCCGCTACCAAGTG;SOR=0.743;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=136;TCF=67;TCR=69;TR=69;WE=20671969;WS=20671951;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:111,91:0.45:202
chr1	20672101	rs4655200	C	T	1076.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.724;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.464;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=22;PP=513;ReadPosRankSum=-1.261;SC=GGCAGGCGAGCGGCCGGGGGC;SOR=0.550;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=87;TCF=36;TCR=51;TR=39;WE=20672109;WS=20672091;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,55:0.46:120
chr1	20676932	rs179471	T	A	306.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-2.860;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=13;PP=241;ReadPosRankSum=0.856;SC=CACAGAGTACTCTGGTGACAG;SOR=1.402;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=27;TCF=0;TCR=27;TR=13;WE=20676940;WS=20676922;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,13:0.45:29
chr1	20680718	rs2072751	G	A	1542.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.566;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FS=2.626;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.16;ReadPosRankSum=0.801;SOR=0.523;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:103,86:0.46:189
chr1	20680760	rs230180	A	G	1325.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.246;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FS=6.007;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.52;ReadPosRankSum=-1.086;SOR=0.337;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:62,64:0.51:126
chr1	20809956	.	TCTC	T	69.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.113;ClippingRankSum=0.000;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.29;ReadPosRankSum=1.539;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:48,6:0.11:54
chr1	20827216	rs595980	C	T	6443.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.534;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=240;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=111;NR=54;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.983;SC=CCCGGGTGATCGCCTGTCTGC;SOR=0.488;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=166;TCF=112;TCR=54;TR=165;WE=20827224;WS=20827206;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,236:1.00:237
chr1	20829808	rs60519890	TA	T	1182.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=0.943;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=15;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.591;NF=4;NR=40;PP=496;ReadPosRankSum=-0.973;SC=GCTCCCTAAATAAAAAAAAAA;SOR=0.864;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=61;TCF=6;TCR=55;TR=44;WE=20829817;WS=20829798;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:10,72:0.88:82
chr1	20915531	rs602950	A	G	473.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.939;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.647;HP=4;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=3;PP=239;ReadPosRankSum=-0.728;SC=GACACACCCAAGGGGAGGAGC;SOR=0.341;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=48;TCF=39;TCR=9;TR=16;WE=20915539;WS=20915521;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,23:0.38:60
chr1	20915589	rs3215400	TC	T	1748.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.526;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.948;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQ=60.06;MQRankSum=1.211;NF=22;NR=14;PP=1129;ReadPosRankSum=1.155;SC=AGCTCCTGTTTCCCGCTGCTC;SOR=0.887;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=94;TCF=51;TCR=43;TR=36;WE=20915597;WS=20915579;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:105,73:0.41:178
chr1	20915701	rs2072671	A	C	2910.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.828;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=391;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.780;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.247;NF=42;NR=46;PP=1389;ReadPosRankSum=-1.142;SC=GGAGGCCAAGAAGTCAGCCTA;SOR=0.658;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=224;TCF=115;TCR=109;TR=88;WE=20915709;WS=20915691;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:236,153:0.39:389
chr1	20940258	rs488991	T	A	2484.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=41;NR=21;PP=1129;SC=ACAGACCGAGTCTCAGGGCCT;SOR=1.216;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=62;TCF=41;TCR=21;TR=62;WE=20940266;WS=20940248;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr1	20944889	rs77158575	G	A	2328.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.329;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.517;HP=2;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=34;PP=1205;ReadPosRankSum=-0.983;SC=GACCCAGTCCGTCTCAGCCCC;SOR=0.763;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=154;TCF=92;TCR=62;TR=85;WE=20944897;WS=20944879;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:94,112:0.54:206
chr1	20944909	rs61781969	G	A	3051.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.258;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=277;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.446;HP=2;HapScore=4;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=35;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.091;SC=CCTCAGCCACGCTGTGTCTCT;SOR=0.746;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=177;TCF=108;TCR=69;TR=92;WE=20944930;WS=20944899;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:124,149:0.55:273
chr1	20944922	rs61781970	C	T	3300.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.123;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=309;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.787;HP=1;HapScore=4;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=35;PP=2962;ReadPosRankSum=1.315;SC=GTGTCTCTCACGCCAGCTTTG;SOR=0.912;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=187;TCF=111;TCR=76;TR=95;WE=20944930;WS=20944899;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:143,160:0.53:303
chr1	20945055	rs1048977	C	T	2832.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.588;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=300;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.857;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=54;PP=1437;ReadPosRankSum=1.872;SC=TGCAGAAGACCCAGTGACAGC;SOR=0.914;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=175;TCF=80;TCR=95;TR=92;WE=20945063;WS=20945045;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:152,138:0.48:290
chr1	20960230	rs45530340	C	T	516.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.465;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.096;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=7;PP=252;ReadPosRankSum=-1.202;SC=GGCTCGGGCTCCCTAACCGTC;SOR=1.022;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=35;TCF=19;TCR=16;TR=18;WE=20960238;WS=20960220;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,26:0.52:50
chr1	20960385	rs148871409	A	T	1088.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.529;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.738;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=15;PP=423;ReadPosRankSum=-0.616;SC=GAGGAAAAACAGGCGGAGAGC;SOR=0.981;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=60;TCF=29;TCR=31;TR=34;WE=20960393;WS=20960375;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,53:0.58:91
chr1	20964328	rs2298298	A	G	614.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-0.962;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=8;PP=477;ReadPosRankSum=0.114;SC=TTCTTTTCTCATCACAGGCAA;SOR=0.805;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=81;TCF=62;TCR=19;TR=34;WE=20964336;WS=20964318;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,32:0.40:81
chr1	20971158	rs139226733	A	T	2007.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=2.971;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.444;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=59;PP=1346;ReadPosRankSum=-0.281;SC=GTTCCTCGTTATGAAGAAGTA;SOR=0.865;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=125;TCF=24;TCR=101;TR=74;WE=20971166;WS=20971148;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,87:0.53:164
chr1	20971911	rs56125389	G	C	112.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-3.440;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.358;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=1;PP=62;ReadPosRankSum=1.562;SC=GAACCTGGAAGGTGGAGGTTG;SOR=0.132;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=16;TCF=14;TCR=2;TR=7;WE=20971919;WS=20971901;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,6:0.46:13
chr1	20971980	rs11379920	C	CA	86.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.533;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.85;MQRankSum=0.000;QD=1.81;ReadPosRankSum=1.739;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,16:0.33:48
chr1	20972048	rs3131713	G	A	962.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.647;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.073;HP=4;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.785;NF=30;NR=17;PP=634;ReadPosRankSum=0.776;SC=TCCCCTCTCCGCCAGCTATCC;SOR=0.852;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=111;TCF=65;TCR=46;TR=47;WE=20972056;WS=20972038;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:91,54:0.37:145
chr1	20974802	rs2298299	A	G	78.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=3.087;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.881;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=0;PP=34;ReadPosRankSum=0.414;SC=TGCAGCCTGTACTTACTGGAG;SOR=1.721;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=7;TCR=1;TR=3;WE=20974810;WS=20974800;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,4:0.33:12
chr1	20977221	rs686658	A	T	697.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=2.734;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.270;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=23;PP=508;ReadPosRankSum=0.398;SC=CTAAAAGAACATGGCATCCTC;SOR=1.027;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=58;TCF=12;TCR=46;TR=28;WE=20977229;WS=20977211;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,31:0.45:69
chr1	20978832	rs6893	T	C	753.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.290;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.033;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=6;PP=569;ReadPosRankSum=1.085;SC=ACCCCCCTCCTTGCCCCGTCT;SOR=0.974;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=58;TCF=44;TCR=14;TR=29;WE=20978840;WS=20978822;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,33:0.47:70
chr1	20979307	rs11428148	G	GT	2975.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.132;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=267;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.451;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQ=60.04;MQRankSum=1.027;NF=26;NR=43;PP=2534;ReadPosRankSum=1.295;SC=GCCTGGGGCCGTTTCTGGCAG;SOR=0.741;SbPval=0.2;Source=Platypus;TC=146;TCF=44;TCR=102;TR=69;WE=20979315;WS=20979297;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:132,127:0.49:259
chr1	20980922	rs2070658	G	A	1577.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.064;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.57;ReadPosRankSum=-0.266;SOR=0.679;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:104,80:0.43:184
chr1	20981768	rs115601582	G	T	333.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.871;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.188;HP=3;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=4;PP=232;ReadPosRankSum=-0.369;SC=CCTTCCCAAAGCGCTGGGATT;SOR=1.275;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=28;TCF=17;TCR=11;TR=14;WE=20981776;WS=20981758;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,17:0.52:33
chr1	20981806	rs592851	G	A	1671.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=25;NR=17;PP=905;SC=ACTCGGCCTTGATATAACAAA;SOR=1.057;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=42;TCF=25;TCR=17;TR=42;WE=20981814;WS=20981796;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr1	20987873	rs537816	G	C	7537.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=282;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=70;NR=89;PP=2965;SC=GACCCAGCACGTGCACACCGG;SOR=0.941;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=159;TCF=70;TCR=89;TR=159;WE=20987881;WS=20987863;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,277:1.00:277
chr1	20991273	rs56070322	G	A	542.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.311;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.885;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=18;PP=427;ReadPosRankSum=1.027;SC=GAAGAGGGCAGAGGTGCTGGT;SOR=1.528;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=28;TCF=4;TCR=24;TR=21;WE=20991281;WS=20991263;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,22:0.69:32
chr1	20992819	rs631357	G	C	1729.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.210;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.544;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=33;PP=773;ReadPosRankSum=-1.942;SC=TGTAGCGGTCGTCCTCCTGCC;SOR=0.615;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=130;TCF=46;TCR=84;TR=51;WE=20992827;WS=20992809;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:109,86:0.44:195
chr1	20997072	rs41265075	A	G	1818.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.382;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.991;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=40;PP=1043;ReadPosRankSum=-1.229;SC=GGCCTGGCTCAGGCTTAAACA;SOR=0.884;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=119;TCF=49;TCR=70;TR=65;WE=20997080;WS=20997062;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,87:0.54:161
chr1	21016906	rs493018	G	T	604.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-1.801;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.234;HP=5;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-1.095;NF=6;NR=16;PP=300;ReadPosRankSum=0.719;SC=ATTCCTTTTTGGTTATTCAAA;SOR=0.474;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=39;TCF=10;TCR=29;TR=22;WE=21016914;WS=21016896;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,29:0.62:47
chr1	21024860	rs41302005	C	A	1307.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.854;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.669;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=16;PP=630;ReadPosRankSum=-0.048;SC=TTCCCACCCGCTTGGGTCTCA;SOR=0.797;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=84;TCF=51;TCR=33;TR=42;WE=21024868;WS=21024850;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,62:0.50:125
chr1	21024901	rs522496	C	T	1795.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.228;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=23;PP=779;ReadPosRankSum=2.320;SC=TCGGCCTCCACGTCATGCTGG;SOR=0.707;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=115;TCF=68;TCR=47;TR=56;WE=21024909;WS=21024891;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:108,93:0.46:201
chr1	21030902	rs900039	G	T	1608.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.183;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.661;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=14;PP=871;ReadPosRankSum=0.183;SC=TTCTCCTGGGGACCTGGCCCT;SOR=0.797;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=103;TCF=75;TCR=28;TR=54;WE=21030910;WS=21030892;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,75:0.52:145
chr1	21040079	rs10799661	C	A	2447.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.959;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=254;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.118;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=45;PP=1029;ReadPosRankSum=0.866;SC=GAACCTAGACCTCAGAGCTCG;SOR=1.005;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=148;TCF=66;TCR=82;TR=74;WE=21040087;WS=21040069;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:124,123:0.50:247
chr1	21040151	rs10916851	G	A	879.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=1.978;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=26;PP=642;ReadPosRankSum=0.703;SC=GGACATCATGGGAGGAGAAGG;SOR=0.730;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=66;TCF=18;TCR=48;TR=36;WE=21040159;WS=21040141;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,38:0.51:75
chr1	21042300	rs554111	C	G	49.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-0.176;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.667;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=5;PP=55;ReadPosRankSum=-0.419;SC=GGAGTTGACTCTCTGGTGGGG;SOR=1.460;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=3;TCR=14;TR=5;WE=21042308;WS=21042290;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,4:0.24:17
chr1	21043913	rs604659	T	C	1759.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.406;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.510;HP=2;HapScore=3;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=24;PP=2424;ReadPosRankSum=-0.560;SC=CCCTGGGGACTCTCGGGGCGG;SOR=0.883;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=147;TCF=90;TCR=57;TR=65;WE=21043934;WS=21043903;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:110,86:0.44:196
chr1	21043926	rs604645	T	C	2179.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.145;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=239;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.247;HP=3;HapScore=3;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=28;PP=2424;ReadPosRankSum=-1.155;SC=CGGGGCGGCCTCATGCCCTGC;SOR=0.862;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=164;TCF=97;TCR=67;TR=73;WE=21043934;WS=21043903;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:127,107:0.46:234
chr1	21044161	rs601329	A	G	3125.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=1.795;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=334;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.835;HP=3;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=55;PP=1532;ReadPosRankSum=4.044;SC=GGTTCATGGGACGGCAGCGCA;SOR=0.748;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=178;TCF=69;TCR=109;TR=88;WE=21044169;WS=21044151;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:183,151:0.45:334
chr1	21044219	rs601392	A	C	3728.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=42;NR=60;PP=2046;SC=CCCAGGACCAACGGGACCAGA;SOR=1.082;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=102;TCF=42;TCR=60;TR=102;WE=21044227;WS=21044209;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,137:1.00:137
chr1	21050958	rs592060	C	T	10064.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=382;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=103;NR=169;PP=2965;SC=TCTGAGAGAGCTGATCACGGC;SOR=1.148;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=274;TCF=103;TCR=171;TR=272;WE=21050966;WS=21050948;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,368:1.00:368
chr1	21083865	.	ATT	A	55.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.077;ClippingRankSum=0.000;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.10;ReadPosRankSum=0.992;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,4:0.22:18
chr1	21083870	.	T	A	154.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.593;ClippingRankSum=0.000;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.10;ReadPosRankSum=1.463;SOR=0.735;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,6:0.35:17
chr1	21091861	rs1985278	G	T	1208.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-2.834;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.231;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=15;PP=593;ReadPosRankSum=0.361;SC=CCAGGCCAATGGCTCATACCT;SOR=0.323;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=77;TCF=54;TCR=23;TR=41;WE=21091869;WS=21091851;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,58:0.56:104
chr1	21099846	rs589755	A	G	506.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=0.969;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=4;PP=336;ReadPosRankSum=0.196;SC=AGGAAGCAGAACAAGATTTAT;SOR=0.561;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=33;TCF=26;TCR=7;TR=18;WE=21099854;WS=21099836;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,22:0.56:39
chr1	21143774	rs12126757	A	T	250.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.442;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.29;ReadPosRankSum=0.698;SOR=1.802;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,11:0.85:13
chr1	21143782	rs76848587	A	AATAAAAAAAATAAAT	238.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.385;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.04;ReadPosRankSum=-0.821;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,3:0.18:17
chr1	21151744	.	GA	G	38.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.832;ClippingRankSum=0.000;DP=124;ExcessHet=3.0103;FS=8.241;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.63;ReadPosRankSum=-0.362;SOR=0.384;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:44,17:0.28:61
chr1	21167404	rs2230573	A	G	6073.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.312;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=91;NR=48;PP=2901;ReadPosRankSum=1.704;SC=TGATAGAGTAATTGGCCCATG;SOR=0.708;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=142;TCF=93;TCR=49;TR=139;WE=21167412;WS=21167394;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,220:0.99:223
chr1	21175855	rs7525082	C	A	1240.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=41;NR=4;PP=1101;SC=CCAAGTTATTCTATACTATCA;SOR=3.716;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=46;TCF=41;TCR=5;TR=45;WE=21175863;WS=21175845;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr1	21179969	rs7542882	G	A	1831.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=34;NR=16;PP=969;SC=CATAAGGATTGCTATCAAAAC;SOR=1.296;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=50;TCF=34;TCR=16;TR=50;WE=21179977;WS=21179959;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr1	21180181	rs2305463	C	T	453.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.119;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.370;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=12;PP=232;ReadPosRankSum=-0.722;SC=CTACACATGTCGAGGATTTAG;SOR=1.131;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=39;TCF=12;TCR=27;TR=16;WE=21180189;WS=21180171;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,23:0.40:58
chr1	21180250	rs7543140	G	A	82.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-0.157;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=4;PP=46;ReadPosRankSum=0.793;SC=ATCCCTAGGTGAGGCCTGAGA;SOR=0.527;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=17;TCF=6;TCR=11;TR=6;WE=21180258;WS=21180240;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,6:0.32:19
chr1	21183819	rs145504996	TTG	T	67.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.135;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=1.465;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.04;ReadPosRankSum=0.570;SOR=0.423;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:56,9:0.14:65
chr1	21188703	rs10916885	A	T	4999.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.083;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=703;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.118;HP=10;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=96;NR=80;PP=2962;ReadPosRankSum=0.885;SC=GCTTATTATTATTTTTTTTCC;SOR=0.791;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=407;TCF=215;TCR=192;TR=176;WE=21188711;WS=21188690;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:393,283:0.42:676
chr1	21188871	rs17409373	C	A	1596.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=4.012;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.791;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=48;PP=1132;ReadPosRankSum=0.396;SC=GAAACTTAAACGTAATTTTAC;SOR=0.565;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=119;TCF=16;TCR=103;TR=56;WE=21188879;WS=21188861;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,67:0.47:142
chr1	21219050	rs6685306	C	T	580.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-1.599;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=5;PP=388;ReadPosRankSum=-0.268;SC=ATAAAAAGAGCGTAACAGAAA;SOR=0.737;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=51;TCF=40;TCR=11;TR=25;WE=21219058;WS=21219040;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,26:0.47:55
chr1	21295864	rs2271115	C	T	163.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.993;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=2;PP=61;ReadPosRankSum=-1.455;SC=TGCGAGACAACTGATGGAAAT;SOR=0.627;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=17;TCF=12;TCR=5;TR=7;WE=21295872;WS=21295854;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,10:0.43:23
chr1	21299363	rs6700718	C	A	41.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=2.037;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=4;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=0;PP=24;ReadPosRankSum=0.319;SC=AGTGGTGTGACTATAAGGGAA;SOR=0.836;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=8;TCR=0;TR=3;WE=21299385;WS=21299360;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,3:0.30:10
chr1	21325360	rs885363	C	A	892.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.684;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.728;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=16;PP=465;ReadPosRankSum=0.042;SC=ATTTAAGGAGCAAAAATATAT;SOR=0.789;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=74;TCF=40;TCR=34;TR=36;WE=21325368;WS=21325350;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,48:0.46:104
chr1	21327637	rs1395508	C	T	8631.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=331;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=137;NR=79;PP=2965;SC=GTCAAAAATACTAAGTGCCAG;SOR=1.109;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=216;TCF=137;TCR=79;TR=216;WE=21327645;WS=21327627;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,323:1.00:323
chr1	21377314	rs6426663	C	T	1573.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=25;NR=13;PP=731;SC=AAAATGATGCCTTTACAGGGA;SOR=1.342;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=25;TCR=13;TR=38;WE=21377322;WS=21377304;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr1	21494634	rs61779121	C	T	330.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=2.564;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.869;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=9;PP=204;ReadPosRankSum=0.400;SC=TGGTGGCTCACGCCTGTAATC;SOR=1.244;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=28;TCF=10;TCR=18;TR=12;WE=21494642;WS=21494624;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,16:0.41:39
chr1	21502724	rs34197724	TGCC	T	2319.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.147;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.609;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=2.024;NF=10;NR=21;PP=1118;ReadPosRankSum=1.169;SC=GGGGGACCGCTGCCGCCGCCG;SOR=0.598;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=90;TCF=32;TCR=58;TR=31;WE=21502737;WS=21502714;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:92,68:0.43:160
chr1	21554319	rs6426676	A	G	935.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=22;NR=2;PP=635;SC=CTGCAACCTGAAGCACTGGGG;SOR=3.056;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=24;TCF=22;TCR=2;TR=24;WE=21554327;WS=21554309;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr1	21554573	rs3026901	C	T	1758.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.656;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.406;HP=6;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=34;PP=784;ReadPosRankSum=0.333;SC=CAGCACAGGGCGGGAGGCAGG;SOR=0.500;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=80;TCF=26;TCR=54;TR=52;WE=21554581;WS=21554563;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,81:0.63:128
chr1	21560253	rs28368029	G	C	431.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.542;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.144;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=11;PP=272;ReadPosRankSum=-0.890;SC=AGATTAATCTGCAGGCTGGAG;SOR=1.042;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=32;TCF=10;TCR=22;TR=15;WE=21560261;WS=21560243;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,21:0.42:50
chr1	21573603	rs212513	C	T	184.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=3.349;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.969;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=0;PP=140;ReadPosRankSum=0.872;SC=CGTAAAAGCCCGCCCAGGTCC;SOR=1.802;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=19;TCR=2;TR=8;WE=21573611;WS=21573602;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,8:0.38:21
chr1	21582425	rs212522	C	T	1355.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.619;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=16;PP=867;ReadPosRankSum=-0.263;SC=CCCTAGCAGCCGGCGCTCAAG;SOR=0.742;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=93;TCF=67;TCR=26;TR=55;WE=21582433;WS=21582415;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,62:0.51:122
chr1	21616932	rs142246501	G	T	493.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.64;BaseQRankSum=-0.055;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.192;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=9;PP=192;ReadPosRankSum=-0.499;SC=GCCTGGTCCCGCTGCCCGGGT;SOR=0.965;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=22;TCF=8;TCR=14;TR=12;WE=21616940;WS=21616922;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,25:0.57:44
chr1	21625145	rs10916958	T	C	1079.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.646;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.437;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=15;PP=599;ReadPosRankSum=-0.020;SC=CGGTGGCACATGTCAGCTCCT;SOR=0.555;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=113;TCF=81;TCR=32;TR=47;WE=21625153;WS=21625135;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:91,56:0.38:147
chr1	21625357	rs138305492	G	A	1974.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.271;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=247;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.742;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=39;PP=972;ReadPosRankSum=0.211;SC=CTGGGTTTAAGGGGCTGAGTT;SOR=0.489;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=159;TCF=55;TCR=104;TR=66;WE=21625365;WS=21625347;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:139,100:0.42:239
chr1	21671973	rs114921587	G	A	2024.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.96;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr1	21751116	rs200628132	G	C	426.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.301;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.59;MQRankSum=-4.093;QD=6.88;ReadPosRankSum=0.060;SOR=0.646;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,21:0.34:62
chr1	21751142	rs150916531	A	G	1835.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=2.949;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.998;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-6.891;NF=81;NR=42;PP=2035;ReadPosRankSum=1.515;SC=CCCATCTGGAAGGCCAGGTGG;SOR=0.985;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=247;TCF=161;TCR=86;TR=123;WE=21751150;WS=21751132;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,79:0.49:162
chr1	21751214	rs72476501	G	A	2567.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.130;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=678;ExcessHet=3.0103;FS=1.273;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.98;MQRankSum=-7.005;QD=3.79;ReadPosRankSum=-0.939;SOR=0.839;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:499,179:0.26:678
chr1	21751325	rs140609058	G	C	3704.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.349;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=361;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.322;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-2.630;NF=40;NR=83;PP=2076;ReadPosRankSum=3.446;SC=AAGACTTCAGGCTCTTCTGCT;SOR=0.835;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=244;TCF=86;TCR=158;TR=123;WE=21751333;WS=21751315;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:171,175:0.51:346
chr1	21752682	rs71512992	G	A	38.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.413;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.39;MQRankSum=-2.748;QD=0.31;ReadPosRankSum=1.061;SOR=0.556;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:107,17:0.14:124
chr1	21752746	rs140646278	G	A	2160.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.732;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FS=15.728;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.57;MQRankSum=-3.688;QD=10.29;ReadPosRankSum=-0.813;SOR=1.117;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:105,105:0.50:210
chr1	21752766	rs144829292	A	G	676.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.816;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FS=6.660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.41;MQRankSum=-1.082;QD=2.94;ReadPosRankSum=2.852;SOR=0.855;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:175,55:0.24:230
chr1	21753562	rs146549873	A	C	445.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.650;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=8.934;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=43.63;MQRankSum=-3.891;QD=21.23;ReadPosRankSum=2.415;SOR=3.611;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,16:0.76:21
chr1	21753584	rs181635696	A	T	55.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.813;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=4.099;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.01;MQRankSum=-0.071;QD=1.64;ReadPosRankSum=0.779;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,6:0.18:34
chr1	21753632	.	G	A	136.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.650;ClippingRankSum=0.000;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.09;MQRankSum=-0.448;QD=2.49;ReadPosRankSum=0.277;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:42,13:0.24:55
chr1	21754981	rs148590544	C	G	198.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.797;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.189;HP=4;HapScore=2;MGOF=35;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.032;NF=8;NR=12;PP=262;ReadPosRankSum=-0.056;SC=GCCCGACCCCCACTACGAGAA;SOR=0.909;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=52;TCF=23;TCR=29;TR=20;WE=21754989;WS=21754971;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,16:0.31:51
chr1	21754996	rs12024079	C	T	844.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.970;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=3.979;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=48.09;MQRankSum=-0.880;QD=23.47;ReadPosRankSum=0.814;SOR=2.584;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,34:0.94:36
chr1	21755013	rs201191572	C	T	149.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.942;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=2.021;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=45.30;MQRankSum=-0.141;QD=5.76;ReadPosRankSum=-1.286;SOR=1.276;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,9:0.35:26
chr1	21755055	rs12024104	C	A	404.89	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.973;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=4.803;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=43.62;MQRankSum=-1.986;QD=23.82;ReadPosRankSum=-0.833;SOR=3.126;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,15:0.88:17
chr1	21755288	.	A	ACCGCCGCGACT	1118.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.255;ClippingRankSum=0.000;DP=85;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.08;MQRankSum=-0.685;QD=13.81;ReadPosRankSum=0.912;SOR=0.595;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:55,26:0.32:81
chr1	21755345	rs41302023	T	C	1711.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=-0.215;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.307;HP=1;HapScore=2;MGOF=47;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.691;NF=20;NR=25;PP=667;ReadPosRankSum=-0.071;SC=ATCACCCTGCTACGAGACCCC;SOR=0.578;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=85;TCF=37;TCR=48;TR=45;WE=21755353;WS=21755335;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,84:0.57:147
chr1	21755453	rs3856177	G	A	833.22	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.690;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=7.446;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=48.13;MQRankSum=-2.129;QD=24.51;ReadPosRankSum=0.755;SOR=2.985;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:4,30:0.88:34
chr1	21755539	rs3855556	C	A	381.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=39.92;QD=29.37;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr1	21755756	rs56343055	G	C	7494.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=287;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=100;NR=115;PP=2965;SC=CAGTACAACAGCACGCGGGCG;SOR=0.728;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=216;TCF=101;TCR=115;TR=215;WE=21755764;WS=21755746;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,287:1.00:287
chr1	21755867	rs7522332	A	G	4773.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=57;NR=88;PP=2923;SC=TTCCAGCAGCACTACCAGTAC;SOR=1.073;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=145;TCF=57;TCR=88;TR=145;WE=21755875;WS=21755857;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,177:1.00:177
chr1	21755906	rs3738922	G	A	3472.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=49;NR=71;PP=2256;SC=AGGGAGCAGCGCCTGAGGAGC;SOR=1.010;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=120;TCF=49;TCR=71;TR=120;WE=21755914;WS=21755896;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chr1	21756008	rs3894725	G	T	1717.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=15;NR=30;PP=850;SC=GACTACATGAGCCACATCATT;SOR=1.341;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=45;TCF=15;TCR=30;TR=45;WE=21756016;WS=21755998;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr1	21756069	rs7532750	G	A	717.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=15;PP=399;SC=TGGGGTGTGTGGGGGATAAAA;SOR=1.981;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=5;TCR=15;TR=20;WE=21756077;WS=21756059;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
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chr1	21795388	rs1827293	A	G	2949.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.173;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=269;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.450;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=55;PP=1378;ReadPosRankSum=-0.240;SC=CAAAATAATTACGGTAAGTTC;SOR=0.639;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=175;TCF=73;TCR=102;TR=97;WE=21795396;WS=21795378;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:121,146:0.55:267
chr1	21797204	rs72872292	G	C	1058.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.406;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.683;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=19;PP=452;ReadPosRankSum=-0.717;SC=TTGCAGAGGAGCTCGGGCAAG;SOR=0.603;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=77;TCF=34;TCR=43;TR=34;WE=21797212;WS=21797194;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,55:0.46:120
chr1	21798144	rs142355608	C	T	793.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.920;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-1.689;NF=16;NR=8;PP=381;ReadPosRankSum=1.530;SC=AGATGCCTCCCGCTCATTGAA;SOR=0.648;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=63;TCF=42;TCR=21;TR=24;WE=21798152;WS=21798134;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,39:0.41:95
chr1	21798249	rs72872297	C	G	1241.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.869;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.626;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=23;PP=533;ReadPosRankSum=-0.465;SC=TAGGCTGGCACAGCACCTCGT;SOR=0.807;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=95;TCF=41;TCR=54;TR=38;WE=21798257;WS=21798239;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,62:0.43:144
chr1	21799414	rs78430674	G	A	1578.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.345;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.833;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=24;PP=602;ReadPosRankSum=0.194;SC=CCCAGGTAACGCTGAATAATC;SOR=0.568;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=88;TCF=38;TCR=50;TR=45;WE=21799422;WS=21799404;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:96,83:0.46:179
chr1	21799489	rs1971327	T	C	1359.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=26;PP=591;SC=CTGGCATCTATGATGGGCCGA;SOR=1.220;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=41;TCF=15;TCR=26;TR=41;WE=21799497;WS=21799479;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr1	21799823	rs1971328	A	G	1038.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=4.031;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=3;PP=790;ReadPosRankSum=1.197;SC=CTGGTGTCCAATCCCTCTGTG;SOR=0.473;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=63;TCF=58;TCR=5;TR=35;WE=21799831;WS=21799813;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,38:0.58:66
chr1	21800185	rs7520015	T	G	3275.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=23;NR=76;PP=2307;SC=TCTATTATGGTATTCTTAACA;SOR=2.303;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=99;TCF=23;TCR=76;TR=99;WE=21800193;WS=21800175;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr1	21801346	rs7531217	G	A	2128.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-2.021;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=-0.084;NF=61;NR=8;PP=1599;ReadPosRankSum=-0.594;SC=GTCATATGTGGAGTGTGAATT;SOR=2.219;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=72;TCF=62;TCR=10;TR=69;WE=21801354;WS=21801336;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,72:0.99:73
chr1	21804620	rs182761944	C	T	650.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=2.808;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.534;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=6;PP=422;ReadPosRankSum=1.562;SC=TCATCCCTGTCCTGCCTGGCT;SOR=1.244;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=65;TCF=42;TCR=23;TR=24;WE=21804628;WS=21804610;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,31:0.39:79
chr1	21804815	rs7535654	T	G	1491.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=12;NR=27;PP=812;SC=GTACTCCATTTTGAAGGTGAT;SOR=1.371;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=39;TCF=12;TCR=27;TR=39;WE=21804823;WS=21804805;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr1	21805730	rs2316504	A	G	1055.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=16;NR=8;PP=505;SC=AAAGTCTCCTATTCTCACACT;SOR=1.236;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=25;TCF=17;TCR=8;TR=24;WE=21805738;WS=21805720;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr1	21806571	rs41265989	A	G	2479.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.61;BaseQRankSum=-4.191;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=15.443;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=5.288;NF=44;NR=26;PP=1197;ReadPosRankSum=-0.557;SC=TGGATGAGAAAGAGCCTGAAG;SOR=0.071;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=76;TCF=48;TCR=28;TR=70;WE=21806579;WS=21806561;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,108:0.86:125
chr1	21807367	rs201117263	TA	T	193.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=39.34;QD=32.30;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr1	21807405	rs146754754	T	A	527.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.193;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.65;MQRankSum=2.035;QD=4.44;ReadPosRankSum=1.200;SOR=0.732;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:84,35:0.29:119
chr1	21807521	rs200206527	A	T	1163.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.489;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FS=0.642;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.40;MQRankSum=-1.810;QD=8.95;ReadPosRankSum=-0.545;SOR=0.759;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:67,63:0.48:130
chr1	21808159	rs71512991	G	A	1275.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.200;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=251;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.42;MQRankSum=-4.528;QD=5.12;ReadPosRankSum=-1.936;SOR=0.686;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:170,79:0.32:249
chr1	21808207	rs146564096	A	C	507.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.354;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FS=1.730;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.99;MQRankSum=-5.085;QD=3.94;ReadPosRankSum=-0.692;SOR=0.939;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:97,32:0.25:129
chr1	21808223	rs145079058	T	C	1068.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.566;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.56;MQRankSum=-4.469;QD=13.19;ReadPosRankSum=-0.334;SOR=0.724;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,47:0.58:81
chr1	21809667	rs139757131	C	G	925.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.556;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=44.54;MQRankSum=-1.124;QD=9.35;ReadPosRankSum=-0.356;SOR=0.675;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:52,47:0.47:99
chr1	21809750	rs202069483	T	C	1602.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=38.52;QD=34.10;SOR=5.464;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr1	21880818	rs142935969	C	CATAT	166.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.366;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=43;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=5;PP=268;ReadPosRankSum=1.068;SC=ACTCTTTTCCCATATATATAT;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=5;WE=21880826;WS=21880808;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,5:0.71:7
chr1	21887290	rs1767430	C	A	824.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-3.912;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.201;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=24;PP=461;ReadPosRankSum=2.056;SC=TAGCTAGGAGCCCCGGGAGCC;SOR=0.437;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=60;TCF=9;TCR=51;TR=30;WE=21887298;WS=21887280;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,37:0.54:68
chr1	21889635	rs1780316	T	C	9934.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=380;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=117;NR=107;PP=2965;SC=TCCCTGACAGTGCCGGCACCG;SOR=0.714;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=224;TCF=117;TCR=107;TR=224;WE=21889643;WS=21889625;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,378:1.00:378
chr1	21890464	rs1767428	A	G	3525.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=29.14;SOR=3.823;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr1	21896767	rs1256328	C	T	3988.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.910;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=454;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.233;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=74;NR=49;PP=1853;ReadPosRankSum=-0.211;SC=CCCTAGCCCCCGGCATGTGCT;SOR=0.932;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=261;TCF=142;TCR=119;TR=123;WE=21896775;WS=21896757;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:251,198:0.44:449
chr1	21896925	rs2275375	C	T	1317.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.642;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.690;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=37;PP=727;ReadPosRankSum=0.710;SC=GCCGGAGCTGCGTGTGGCCAG;SOR=0.601;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=120;TCF=31;TCR=89;TR=52;WE=21896933;WS=21896915;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,63:0.45:141
chr1	21900420	rs2275370	A	G	707.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.442;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=18;PP=385;ReadPosRankSum=0.372;SC=TTAGGAGAATAGGTTGTGGAA;SOR=0.796;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=58;TCF=17;TCR=41;TR=25;WE=21900428;WS=21900410;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,34:0.44:77
chr1	21904203	.	C	T	932.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-4.263;ClippingRankSum=0.000;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.877;HP=7;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=33;PP=741;ReadPosRankSum=0.862;SC=ACGGCAGCCCCCCCCTCAAGG;SOR=1.383;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=59;TCF=3;TCR=56;TR=35;WE=21904211;WS=21904193;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,36:0.55:65
chr1	21925108	rs2794278	T	C	355.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.506;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.187;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=10;PP=268;ReadPosRankSum=0.384;SC=ACCCGTACCCTCTGCGAGGAG;SOR=0.260;SbPval=0.22;Source=Platypus;TC=24;TCF=3;TCR=21;TR=13;WE=21925116;WS=21925098;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,14:0.56:25
chr1	21929260	rs829368	A	G	2509.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=1.064;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=331;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.855;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=32;PP=1052;ReadPosRankSum=-2.167;SC=AGGGATGGGGATGCAGGGGAA;SOR=0.753;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=193;TCF=110;TCR=83;TR=76;WE=21929268;WS=21929250;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:191,133:0.41:324
chr1	21932530	rs1767443	C	A	1584.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.564;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.604;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=20;PP=796;ReadPosRankSum=0.359;SC=AGGGAGGGGCCGGGGCCTGGG;SOR=0.888;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=88;TCF=52;TCR=36;TR=55;WE=21932538;WS=21932520;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,78:0.66:118
chr1	21935884	rs34097078	GA	G	401.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.443;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=1.195;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.28;ReadPosRankSum=-0.854;SOR=0.976;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,34:0.53:64
chr1	21939741	rs1256282	G	C	1923.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=3.177;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.171;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=47;PP=1289;ReadPosRankSum=-0.737;SC=GGAGATAAGGGAGGGGTGTGA;SOR=0.825;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=151;TCF=51;TCR=100;TR=69;WE=21939749;WS=21939731;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:107,85:0.44:192
chr1	21943820	rs2275360	G	A	1046.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.904;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.064;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=13;PP=563;ReadPosRankSum=0.693;SC=AGTGCTTCCGGTAGATGCGGG;SOR=0.981;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=90;TCF=56;TCR=34;TR=38;WE=21943828;WS=21943810;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:94,55:0.37:149
chr1	21946396	rs12134357	T	C	1125.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-4.397;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.388;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=10;PP=753;ReadPosRankSum=0.571;SC=CATCTTCTACTGGCGTGGCCT;SOR=0.268;SbPval=0.24;Source=Platypus;TC=88;TCF=74;TCR=14;TR=47;WE=21946404;WS=21946386;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,49:0.52:95
chr1	21946415	rs1681255	G	A	1776.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-3.085;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.241;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=18;PP=1090;ReadPosRankSum=-0.253;SC=CTGTCCTCAGGGAGGTGAAGG;SOR=0.469;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=125;TCF=95;TCR=30;TR=66;WE=21946423;WS=21946405;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,79:0.52:151
chr1	21948936	rs829415	G	C	60.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.842;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=3.979;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=10.13;ReadPosRankSum=-1.282;SOR=1.414;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,4:0.67:6
chr1	21953436	rs829412	A	G	6977.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.659;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=757;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.522;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=110;NR=142;PP=2962;ReadPosRankSum=0.428;SC=CCCACTTTACAGACAGGACCC;SOR=0.756;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=501;TCF=219;TCR=282;TR=252;WE=21953444;WS=21953426;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:396,352:0.47:748
chr1	21961339	rs10799706	A	T	11817.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=448;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=124;NR=135;PP=2965;SC=CACCCCACCGAGGACTTCAGT;SOR=0.739;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=259;TCF=124;TCR=135;TR=259;WE=21961347;WS=21961329;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,448:1.00:448
chr1	22016678	.	TA	T	392.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=1.853;ClippingRankSum=0.000;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=7.782;HP=14;HapScore=3;MGOF=26;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=27;PP=324;ReadPosRankSum=-0.117;SC=CATGGATTCTTAAAAAAAAAA;SOR=4.712;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=33;TCF=0;TCR=33;TR=27;WE=22016688;WS=22016668;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,28:0.88:32
chr1	22028111	rs6689260	C	A	5020.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-2.107;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=80;PP=2661;ReadPosRankSum=-1.207;SC=TGTGCCAGGACAACAAAGAGA;SOR=0.381;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=134;TCF=53;TCR=81;TR=133;WE=22028119;WS=22028101;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,187:0.99:188
chr1	22032472	rs11426922	A	AT	1110.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=26;NR=12;PP=1671;SC=TATTCATTTAATTAATAGAAA;SOR=2.179;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=41;TCF=27;TCR=14;TR=38;WE=22032480;WS=22032462;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr1	22082967	rs35545280	CA	C	141.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.675;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FS=2.227;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.28;ReadPosRankSum=0.745;SOR=0.399;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:77,34:0.31:111
chr1	22139141	rs34297508	C	T	3015.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=30;NR=48;PP=1562;SC=ACCTTTTGAGCTGGGGGAGGC;SOR=1.028;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=78;TCF=30;TCR=48;TR=78;WE=22139149;WS=22139131;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr1	22141206	rs10917051	A	C	9439.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=340;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=80;NR=145;PP=2965;SC=TGCGGCCTGAACATCCCGGTG;SOR=1.288;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=225;TCF=80;TCR=145;TR=225;WE=22141214;WS=22141196;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,336:1.00:336
chr1	22149935	rs897467	T	C	6996.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=0.570;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=279;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=72;NR=70;PP=2384;ReadPosRankSum=-1.117;SC=CTGTGATGCCTGAGGAGAATC;SOR=0.708;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=142;TCF=72;TCR=70;TR=142;WE=22149943;WS=22149925;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,276:0.99:278
chr1	22150257	rs3736357	C	T	3087.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=1.192;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.898;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=70;PP=1993;ReadPosRankSum=-1.007;SC=ACTTCCTGGTCCTCCCCGGCC;SOR=1.856;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=95;TCF=25;TCR=70;TR=95;WE=22150265;WS=22150247;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,111:0.98:113
chr1	22157689	rs3736355	G	A	12077.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=478;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=142;NR=184;PP=2965;SC=GCCAGGTGGTGTGTGGGGTGT;SOR=0.906;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=327;TCF=142;TCR=185;TR=326;WE=22157697;WS=22157679;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,463:1.00:463
chr1	22158363	rs4654771	G	A	1172.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=9;NR=23;PP=611;SC=GCCCAGTTGGGTAGAGGGGTC;SOR=1.508;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=9;TCR=23;TR=32;WE=22158371;WS=22158353;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr1	22160148	rs7547731	C	T	2717.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=30;NR=52;PP=1723;SC=CCTTGGCCCACGGCTCCAGGG;SOR=1.274;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=82;TCF=30;TCR=52;TR=82;WE=22160156;WS=22160138;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr1	22168216	rs7556412	C	T	2952.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=30;NR=58;PP=1750;SC=TGGTCCTTCTCGTGTCTTGGT;SOR=1.308;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=88;TCF=30;TCR=58;TR=88;WE=22168224;WS=22168206;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr1	22174600	rs3767138	A	G	5877.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.198;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=97;PP=2965;ReadPosRankSum=1.126;SC=CAGGAAGCAGATGGCAGGAGG;SOR=0.544;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=136;TCF=38;TCR=98;TR=135;WE=22174608;WS=22174590;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,214:1.00:215
chr1	22177119	rs61777200	A	G	1029.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=20;PP=520;SC=TGTCCTTCACATGGGGAAGGG;SOR=1.609;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=28;TCF=8;TCR=20;TR=28;WE=22177127;WS=22177109;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr1	22179673	rs12049614	T	C	2598.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=21;NR=55;PP=1424;SC=GGCCGACAGGTGGCCTTTCTG;SOR=1.562;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=76;TCF=21;TCR=55;TR=76;WE=22179681;WS=22179663;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
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chr1	22183650	rs140134749	G	A	4258.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.869;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=395;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.366;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=76;NR=75;PP=2299;ReadPosRankSum=-0.240;SC=GCAGTTTCCCGTTGTGCAGGC;SOR=0.671;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=281;TCF=141;TCR=140;TR=151;WE=22183658;WS=22183640;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:185,201:0.52:386
chr1	22183739	rs2305562	A	G	12584.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.475;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=492;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=140;NR=134;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.341;SC=AGACCCCAGAAGACAGACTTC;SOR=0.702;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=280;TCF=143;TCR=137;TR=274;WE=22183747;WS=22183729;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:8,476:0.98:484
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chr1	22191454	rs897471	G	A	5150.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-2.059;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=78;PP=2518;ReadPosRankSum=1.560;SC=GATGCTGGCCGCCAGCGGCAC;SOR=0.396;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=127;TCF=46;TCR=81;TR=124;WE=22191462;WS=22191444;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,192:0.99:193
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chr1	22199245	rs2229482	C	T	4476.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=0.575;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=37;PP=1703;ReadPosRankSum=0.537;SC=TGAGGCCTTCCACCTGGGCCT;SOR=0.922;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=94;TCF=56;TCR=38;TR=92;WE=22199253;WS=22199235;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,172:0.99:174
chr1	22199821	rs2454290	G	A	6215.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=243;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=87;NR=57;PP=2898;SC=CTCCGCCCTAGGGACTCTGGG;SOR=1.044;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=144;TCF=87;TCR=57;TR=144;WE=22199829;WS=22199811;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,236:1.00:236
chr1	22200067	rs2247741	A	G	2090.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.528;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.981;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=46;PP=1409;ReadPosRankSum=0.050;SC=AACTGGGCAGAGAAGAGCAGG;SOR=1.917;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=61;TCF=15;TCR=46;TR=61;WE=22200075;WS=22200057;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,73:0.97:75
chr1	22200082	rs2445136	T	C	1410.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=37;PP=946;SC=AGCAGGGACGTGCCCTGGACC;SOR=2.215;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=10;TCR=37;TR=47;WE=22200090;WS=22200072;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr1	22200835	rs2445135	C	G	467.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=10;NR=4;PP=259;SC=CTGGATGAAGCGGGTGTGGGA;SOR=1.609;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=10;TCR=4;TR=14;WE=22200843;WS=22200829;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr1	22202109	rs2501265	C	T	3489.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=67;NR=32;PP=1860;SC=CCTCCTGCCCCGGCTCCAGAC;SOR=1.467;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=100;TCF=67;TCR=33;TR=99;WE=22202117;WS=22202099;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chr1	22203259	rs2454295	A	G	3204.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=17;NR=69;PP=1980;SC=AGCCACTGAAAGAGCACATGT;SOR=2.100;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=86;TCF=17;TCR=69;TR=86;WE=22203267;WS=22203249;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr1	22205408	rs2454294	T	C	863.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=19;NR=5;PP=601;SC=CCAAGTCTCCTGCCTCCCTGC;SOR=2.468;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=19;TCR=5;TR=24;WE=22205416;WS=22205404;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr1	22205466	rs2454293	T	C	1701.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=1.446;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=18;PP=1449;ReadPosRankSum=-1.734;SC=AAACCCCCCCTGACCCGGAGC;SOR=1.578;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=68;TCF=50;TCR=18;TR=67;WE=22205474;WS=22205456;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,65:0.96:68
chr1	22206649	rs989994	T	C	6303.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=112;NR=75;PP=2965;SC=GCCATTGCAATTGCAACCAGA;SOR=1.058;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=187;TCF=112;TCR=75;TR=187;WE=22206657;WS=22206639;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,228:1.00:228
chr1	22206942	rs1874793	G	A	10457.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=395;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=127;NR=129;PP=2965;SC=GTCCCACGCTGGCCATCTTGG;SOR=0.714;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=261;TCF=129;TCR=132;TR=256;WE=22206950;WS=22206932;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,388:1.00:388
chr1	22207235	rs1874792	T	C	3835.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=39;NR=82;PP=2106;SC=CCGGCACCCATGAGGACCACG;SOR=1.530;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=121;TCF=39;TCR=82;TR=121;WE=22207243;WS=22207225;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,146:1.00:146
chr1	22207804	rs139046040	ACCCAGGGTGGCAG	A	7084.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.696;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=291;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQ=60.15;MQRankSum=0.154;NF=29;NR=81;PP=2970;ReadPosRankSum=0.349;SC=TTCTTTCCCCACCCAGGGTGG;SOR=0.716;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=120;TCF=32;TCR=88;TR=110;WE=22207824;WS=22207794;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,265:0.99:267
chr1	22208030	rs921847	C	T	1088.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=7;NR=25;PP=772;SC=AGGGCTGCAGCCTGGGCCTGC;SOR=2.242;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=7;TCR=25;TR=32;WE=22208038;WS=22208020;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr1	22211222	rs4654994	T	C	9018.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.795;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=356;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=143;NR=103;PP=2965;ReadPosRankSum=0.778;SC=AGCCCGGCTCTGCCCCCACAC;SOR=0.983;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=248;TCF=144;TCR=104;TR=246;WE=22211230;WS=22211212;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,342:0.99:344
chr1	22215088	rs2445140	T	C	2614.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=40;NR=29;PP=1047;SC=CGTGAGCCCCTGCACCCGGCC;SOR=0.952;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=69;TCF=40;TCR=29;TR=69;WE=22215096;WS=22215078;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr1	22215152	.	C	T	1763.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.62;BaseQRankSum=-0.512;ClippingRankSum=0.000;DP=214;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.354;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=18;PP=572;ReadPosRankSum=-0.483;SC=GCCTGGCTTACACTCTCACCT;SOR=0.859;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=103;TCF=53;TCR=50;TR=42;WE=22215160;WS=22215142;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:119,92:0.44:211
chr1	22216574	rs2254358	C	A	9006.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.742;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=346;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.386;HP=3;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=114;NR=115;PP=2965;ReadPosRankSum=1.578;SC=GAATCTGAGCCCCATCCGCAT;SOR=0.299;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=230;TCF=115;TCR=115;TR=229;WE=22216596;WS=22216564;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,340:0.99:344
chr1	22216604	rs2254357	C	G	8208.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.228;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=319;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.754;HP=1;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=97;NR=120;PP=2965;ReadPosRankSum=0.138;SC=AGCCCACATCCAGCTCCACAA;SOR=0.552;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=218;TCF=98;TCR=120;TR=217;WE=22216612;WS=22216594;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:6,311:0.98:317
chr1	22217108	rs2501260	G	A	21788.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=830;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=206;NR=286;PP=2965;SC=ACACCTCTCGGAACTCTCTGG;SOR=0.924;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=494;TCF=206;TCR=288;TR=492;WE=22217116;WS=22217098;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,813:1.00:813
chr1	22307340	rs7528228	C	T	467.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=2.593;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=14.678;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-2.831;NF=20;NR=3;PP=443;ReadPosRankSum=0.108;SC=ATGAGAAAAGCGGAAGCTTCT;SOR=3.258;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=51;TCF=39;TCR=12;TR=23;WE=22307348;WS=22307330;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,20:0.39:51
chr1	22307358	rs7528300	C	G	685.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.785;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.115;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-3.062;NF=24;NR=7;PP=450;ReadPosRankSum=-0.333;SC=TCTACCACACCTGTGGCGGTA;SOR=1.009;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=69;TCF=52;TCR=17;TR=31;WE=22307366;WS=22307348;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,35:0.44:80
chr1	22307538	rs7528405	C	T	1747.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.470;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.354;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=34;PP=834;ReadPosRankSum=-0.301;SC=CAGGAGCTCCCGGACCTACCA;SOR=0.563;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=97;TCF=31;TCR=66;TR=51;WE=22307546;WS=22307528;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,81:0.55:147
chr1	22310080	rs10799723	G	A	658.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-3.411;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=1.379;NF=17;NR=6;PP=366;ReadPosRankSum=1.059;SC=TTTGGAGGGTGAAGGAGCTGG;SOR=0.843;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=41;TCF=31;TCR=10;TR=23;WE=22310088;WS=22310070;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,30:0.53:57
chr1	22310139	rs10733031	T	G	2419.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.666;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FS=1.402;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.59;MQRankSum=-1.291;QD=17.53;ReadPosRankSum=1.572;SOR=0.558;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:75,63:0.46:138
chr1	22310145	rs10733032	C	T	2482.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.345;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FS=0.636;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.22;MQRankSum=-1.338;QD=16.78;ReadPosRankSum=1.390;SOR=0.591;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:82,66:0.45:148
chr1	22310262	rs10733033	G	C	3751.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.143;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=383;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.769;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-15.805;NF=79;NR=64;PP=1745;ReadPosRankSum=3.698;SC=CACTCCCTCCGGCTGGTGACA;SOR=0.644;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=269;TCF=148;TCR=121;TR=143;WE=22310270;WS=22310252;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:192,189:0.50:381
chr1	22310411	rs28468423	A	G	1611.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.995;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.10;MQRankSum=-6.803;QD=13.43;ReadPosRankSum=-0.706;SOR=0.659;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:75,45:0.38:120
chr1	22310411	.	AGA	GGG	1903	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;FR=0.5000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MMLQ=24;MQ=55.38;NF=7;NR=34;PP=1903;QD=47.7187286552;SC=CACCAAGACCAGACCTTGTAC;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=111;TCF=30;TCR=81;TR=41;WE=22310421;WS=22310401;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:70,41:0.37:111
chr1	22310413	rs7549398	A	G	1611.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.485;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.06;MQRankSum=-6.504;QD=14.14;ReadPosRankSum=-1.299;SOR=0.699;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:70,44:0.39:114
chr1	22310662	rs6426735	G	T	10202.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.875;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1086;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.095;HP=1;HapScore=4;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=135;NR=154;PP=2962;ReadPosRankSum=1.465;SC=CCCCTGACTCGGTGCTTTTTA;SOR=0.731;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=602;TCF=295;TCR=307;TR=289;WE=22310682;WS=22310652;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:568,516:0.48:1084
chr1	22310674	rs7538207	C	T	9589.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=1.451;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1008;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.520;HP=1;HapScore=4;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=121;NR=152;PP=2962;ReadPosRankSum=2.942;SC=TGCTTTTTATCGCTGCAGCCA;SOR=0.765;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=576;TCF=266;TCR=310;TR=273;WE=22310682;WS=22310652;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:529,476:0.47:1005
chr1	22310725	rs3820287	G	C	5854.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.587;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=584;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=77;NR=125;PP=2487;ReadPosRankSum=-0.506;SC=CCCTGCTGCCGGTGGTGGACT;SOR=0.680;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=413;TCF=158;TCR=255;TR=202;WE=22310733;WS=22310715;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:289,294:0.50:583
chr1	22310824	rs1803531	T	C	881.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-5.859;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-2.737;NF=1;NR=33;PP=599;ReadPosRankSum=-1.891;SC=CCGGCTGCAATGTGAGTCAGC;SOR=0.428;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=70;TCF=2;TCR=68;TR=34;WE=22310832;WS=22310814;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,41:0.50:82
chr1	22313161	rs1803530	T	C	2699.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.312;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=327;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.847;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-1.666;NF=37;NR=50;PP=983;ReadPosRankSum=-1.240;SC=CCGCCTTCATTGACTGGATTG;SOR=0.747;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=201;TCF=89;TCR=112;TR=87;WE=22313169;WS=22313151;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:181,142:0.44:323
chr1	22313197	rs34963341	C	A	1480.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.989;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-2.418;NF=27;NR=36;PP=905;ReadPosRankSum=2.983;SC=CAGGGCGGCCCGGAGGGCTTT;SOR=0.672;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=152;TCF=61;TCR=91;TR=63;WE=22313205;WS=22313187;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:129,78:0.38:207
chr1	22315646	rs61777968	T	C	442.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.844;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FS=6.738;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.45;MQRankSum=-0.731;QD=1.99;ReadPosRankSum=1.291;SOR=1.275;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:182,40:0.18:222
chr1	22315738	rs4655006	C	T	1301.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.343;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FS=11.765;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.33;MQRankSum=-0.802;QD=8.09;ReadPosRankSum=-0.071;SOR=0.226;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:97,64:0.40:161
chr1	22329062	rs143337942	CC	GT	1972.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.855;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=284;ExcessHet=3.0103;FS=6.159;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.86;MQRankSum=-10.370;QD=6.97;ReadPosRankSum=0.651;SOR=0.396;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:220,63:0.22:283
chr1	22329414	rs10917107	G	A	1292.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-1.110;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=19;PP=838;ReadPosRankSum=-1.059;SC=CCAGTTGAAGGCATGGCTTGG;SOR=0.727;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=108;TCF=75;TCR=33;TR=58;WE=22329422;WS=22329404;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,64:0.47:135
chr1	22333595	rs3820290	G	A	1359.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=4.243;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.738;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-8.007;NF=16;NR=39;PP=1084;ReadPosRankSum=1.419;SC=CACCAAGACCGGACCTTGTAC;SOR=0.828;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=100;TCF=29;TCR=71;TR=55;WE=22333603;WS=22333585;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,55:0.47:117
chr1	22336277	rs3820285	C	G	4460.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.625;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=380;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.777;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=51;PP=1754;ReadPosRankSum=0.117;SC=TTTGTTTCTGCCTTTGGCTGC;SOR=0.640;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=198;TCF=108;TCR=90;TR=107;WE=22336285;WS=22336267;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:170,208:0.55:378
chr1	22336371	rs3806297	C	A	2361.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.049;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.518;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.159;NF=31;NR=47;PP=1193;ReadPosRankSum=1.204;SC=CAGGGCGGCCCGGAGGGCTTT;SOR=0.632;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=147;TCF=57;TCR=90;TR=78;WE=22336379;WS=22336361;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:95,113:0.54:208
chr1	22405379	rs34952712	CT	C	430.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.427;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=2.456;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.39;MQRankSum=0.816;QD=11.96;ReadPosRankSum=-0.178;SOR=1.911;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,31:0.86:36
chr1	22408106	rs2501282	G	A	6770.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=262;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=75;NR=56;PP=2617;SC=GGATGGACTAGGGGACGATTA;SOR=0.869;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=132;TCF=75;TCR=57;TR=131;WE=22408114;WS=22408096;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,257:1.00:257
chr1	22447148	rs12756110	G	C	827.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=28;PP=689;SC=CCTCCTCTTAGGAATTACGCG;SOR=4.548;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=30;TCF=2;TCR=28;TR=30;WE=22447156;WS=22447138;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr1	22447645	rs41420150	C	CTG	2817.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=51;NR=2;PP=2262;SC=GTGGGAGAGTCTGGGGCCCTG;SOR=4.875;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=59;TCF=56;TCR=3;TR=53;WE=22447653;WS=22447635;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr1	22592949	rs76727629	A	G	80.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.203;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=5.77;ReadPosRankSum=-1.896;SOR=1.112;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,5:0.36:14
chr1	22818139	.	A	AT	148.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.011;ClippingRankSum=0.000;DP=110;ExcessHet=3.0103;FS=2.292;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.07;ReadPosRankSum=0.266;SOR=0.426;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:52,20:0.28:72
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chr1	22837586	.	CTT	C,CT	1301.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.637;ClippingRankSum=0.000;DP=113;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.02;ReadPosRankSum=-1.441;SOR=0.883;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:13,34,53:0.34,0.53:100
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chr1	22849003	rs998978	A	C	2208.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=14;NR=45;PP=1441;SC=CGGGGCCTGAATCTCCCCTCC;SOR=1.949;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=59;TCF=14;TCR=45;TR=59;WE=22849011;WS=22848993;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr1	22852715	rs881646	G	C	8663.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=1.954;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=344;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=97;NR=86;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.647;SC=CCCCAGAGCCGGTGGCCCCGA;SOR=0.774;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=186;TCF=99;TCR=87;TR=183;WE=22852723;WS=22852705;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,333:0.99:335
chr1	22902565	rs75947384	G	A	814.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-3.942;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.434;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=3;PP=592;ReadPosRankSum=-0.695;SC=CATGTCTGCAGGGGGCCTGGC;SOR=1.026;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=69;TCF=62;TCR=7;TR=33;WE=22902573;WS=22902555;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,35:0.46:76
chr1	22903102	rs55844027	C	T	4782.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.567;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=480;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=80;NR=92;PP=2782;ReadPosRankSum=2.298;SC=TCTACCTGGCCTTCCAGGACA;SOR=0.687;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=356;TCF=164;TCR=192;TR=172;WE=22903110;WS=22903092;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:250,217:0.46:467
chr1	22913153	rs638058	T	C	6053.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.487;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=617;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=2.074;NF=85;NR=100;PP=2950;ReadPosRankSum=2.292;SC=GAGATGCCAGTACCCTTGAGC;SOR=0.699;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=355;TCF=162;TCR=193;TR=185;WE=22913161;WS=22913143;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:314,294:0.48:608
chr1	22913274	rs66713995	G	GGGGT	407.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=1.728;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=32;PP=976;ReadPosRankSum=2.116;SC=AGTCTGAGGTGGGGGGGGTGA;SOR=0.646;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=69;TCF=0;TCR=69;TR=32;WE=22913283;WS=22913264;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,21:0.34:62
chr1	22915753	rs606002	T	C	3595.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.531;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=300;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.898;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=62;PP=1802;ReadPosRankSum=0.843;SC=TTCCCCTGCCTCAGACCCATC;SOR=0.772;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=189;TCF=75;TCR=114;TR=100;WE=22915761;WS=22915743;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:136,159:0.54:295
chr1	22915891	rs79330282	A	T	1446.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.302;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=31;PP=756;ReadPosRankSum=1.711;SC=AACACATTCTATAAGTAAGAG;SOR=0.647;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=108;TCF=43;TCR=65;TR=54;WE=22915899;WS=22915881;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:97,76:0.44:173
chr1	22915978	rs521570	A	T	366.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-1.520;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.585;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=16;PP=280;ReadPosRankSum=-0.120;SC=TCTGTGCCTCAGTTTCCTCCC;SOR=1.981;SbPval=0.96;Source=Platypus;TC=39;TCF=7;TCR=32;TR=17;WE=22915986;WS=22915968;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,17:0.46:37
chr1	22922546	rs209692	G	A	610.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-0.192;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.933;HP=1;HapScore=4;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=9;PP=658;ReadPosRankSum=1.274;SC=TTGGGGTCAGGTCCCGGGCTA;SOR=0.495;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=47;TCF=29;TCR=18;TR=21;WE=22922568;WS=22922536;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,31:0.45:69
chr1	22922560	rs209691	G	A	860.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-1.205;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.752;HP=3;HapScore=4;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=10;PP=658;ReadPosRankSum=-1.307;SC=CGGGCTAGGGGTGGCCTGGCC;SOR=0.492;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=53;TCF=32;TCR=21;TR=23;WE=22922568;WS=22922536;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,44:0.51:87
chr1	22922722	rs71638849	T	C	922.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-0.800;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.751;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=13;PP=228;ReadPosRankSum=-2.984;SC=GGGGACCCAGTGCTGGACTGG;SOR=0.403;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=58;TCF=24;TCR=34;TR=25;WE=22922730;WS=22922712;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,49:0.49:99
chr1	22923873	rs999765	G	C	4320.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=1.980;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=435;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.103;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=61;PP=2270;ReadPosRankSum=0.260;SC=GTTCTATGCGGAACCCCACAC;SOR=0.594;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=246;TCF=121;TCR=125;TR=123;WE=22923881;WS=22923863;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:230,203:0.47:433
chr1	22924464	rs12404556	T	C	1077.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.058;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.319;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=24;ReadPosRankSum=1.321;SC=CCCTGTCCTCTTGGTTCAGGT;SOR=0.213;SbPval=0.21;Source=Platypus;TC=77;TCF=25;TCR=52;TR=41;WE=22924472;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,44:0.51:86
chr1	22924783	rs11586741	C	T	1227.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.669;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.791;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=31;PP=778;ReadPosRankSum=-1.010;SC=AGTGCAAAGCCCTCTAAGCCC;SOR=0.849;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=84;TCF=25;TCR=59;TR=42;WE=22924791;WS=22924773;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,53:0.52:101
chr1	22925292	rs664340	C	G	9951.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=386;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=157;NR=89;PP=2965;SC=CAGGCGCCTCCCCGGGCTTTC;SOR=1.117;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=246;TCF=157;TCR=89;TR=246;WE=22925300;WS=22925282;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,385:1.00:385
chr1	22927314	rs209702	A	G	4225.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.961;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=416;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=4;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=72;NR=64;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.571;SC=GTGAGTGCCAAGCCCTGGCAG;SOR=0.735;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=290;TCF=152;TCR=138;TR=136;WE=22927334;WS=22927304;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:214,193:0.47:407
chr1	22927326	rs209701	T	G	4023.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=3.581;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=396;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.199;HP=2;HapScore=4;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=72;NR=57;PP=2962;ReadPosRankSum=1.340;SC=CCCTGGCAGGTCCGCGGGCGG;SOR=0.777;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=280;TCF=153;TCR=127;TR=129;WE=22927334;WS=22927304;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:208,179:0.46:387
chr1	22928265	rs209700	A	G	1572.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.592;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.435;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=40;PP=947;ReadPosRankSum=1.000;SC=GGCAGCCACCAAGCCCACCCC;SOR=0.876;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=105;TCF=30;TCR=75;TR=54;WE=22928273;WS=22928255;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,70:0.51:138
chr1	22928349	rs209699	A	G	434.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-2.430;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=13;PP=264;ReadPosRankSum=0.669;SC=CCCTCCTCTCAGGTGCTGGAG;SOR=0.906;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=27;TCF=2;TCR=25;TR=14;WE=22928357;WS=22928339;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,17:0.55:31
chr1	22965438	rs172378	A	G	7011.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.007;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=571;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.111;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=119;NR=105;PP=2962;ReadPosRankSum=1.499;SC=GCCCCCTCGGAGCCCGTGGCA;SOR=0.592;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=388;TCF=212;TCR=176;TR=224;WE=22965446;WS=22965428;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:251,315:0.56:566
chr1	22970828	rs666656	G	T	313.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=0.253;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=9;PP=183;ReadPosRankSum=0.589;SC=CAGGGCAGAGGTGGACTCTCA;SOR=0.573;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=17;TCF=4;TCR=13;TR=12;WE=22970836;WS=22970818;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,14:0.74:19
chr1	22974297	rs9434	C	A	742.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-2.721;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=37;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.871;NF=7;NR=21;PP=526;ReadPosRankSum=-1.814;SC=TGCGCTCGAGCCCCACGGGCC;SOR=0.665;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=46;TCF=11;TCR=35;TR=28;WE=22974305;WS=22974287;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,33:0.59:56
chr1	22987958	rs10580	A	G	3703.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=22;NR=82;PP=2496;SC=CCCTTGCCCAACCAATGCACA;SOR=2.247;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=105;TCF=23;TCR=82;TR=104;WE=22987966;WS=22987948;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
chr1	23101688	rs1561624	T	G	2882.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=41;NR=26;PP=1514;SC=GTTGTGAAAATAGATGGATGT;SOR=1.103;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=68;TCF=42;TCR=26;TR=67;WE=23101696;WS=23101678;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr1	23107811	rs71020449	TA	T	727.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.254;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=5.022;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.14;MQRankSum=0.491;QD=11.93;ReadPosRankSum=1.851;SOR=0.132;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:7,54:0.89:61
chr1	23108089	rs2817904	A	G	1459.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=34;PP=967;SC=TTCAGGACCCAGAGCCAGGCC;SOR=2.303;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=7;TCR=34;TR=41;WE=23108097;WS=23108079;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr1	23216712	rs309474	T	C	2837.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=35;NR=32;PP=1042;SC=GAGCCTCAGCTGGAAGTTGAG;SOR=0.766;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=68;TCF=35;TCR=33;TR=67;WE=23216720;WS=23216702;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr1	23219187	rs116119	C	T	1479.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=32;NR=12;PP=985;SC=CTCTGCCTACCTTTGTGGGCA;SOR=1.848;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=44;TCF=32;TCR=12;TR=44;WE=23219195;WS=23219177;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr1	23219493	rs309472	T	C	13532.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=497;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=149;NR=151;PP=2965;SC=CCGTGGCAGGTTACGGGCGCT;SOR=0.697;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=301;TCF=149;TCR=152;TR=300;WE=23219501;WS=23219483;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,491:1.00:491
chr1	23223116	rs309466	C	T	8460.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=311;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=63;NR=165;PP=2965;SC=AGCTCACTCTCACCTCTAGGC;SOR=1.697;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=231;TCF=63;TCR=168;TR=228;WE=23223124;WS=23223106;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,306:1.00:306
chr1	23232400	rs309502	C	T	917.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=24;NR=4;PP=625;SC=TTTCCCTCCACGGAGGGACTG;SOR=2.765;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=28;TCF=24;TCR=4;TR=28;WE=23232408;WS=23232390;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr1	23233134	rs200311784	CAG	C	3741.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-1.204;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.041;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.815;NF=27;NR=27;PP=2231;ReadPosRankSum=2.301;SC=GTGGACATGACAGGGAACAGG;SOR=0.514;SbPval=0.25;Source=Platypus;TC=105;TCF=61;TCR=44;TR=54;WE=23233143;WS=23233124;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,97:0.55:175
chr1	23236826	rs309497	C	T	5784.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=119;NR=36;PP=2965;SC=AGAGGGTAGACGCCCTCAGCC;SOR=1.863;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=156;TCF=120;TCR=36;TR=155;WE=23236834;WS=23236816;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,208:1.00:208
chr1	23280424	rs12048993	G	T	2718.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.917;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=280;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=37;PP=995;ReadPosRankSum=-0.488;SC=GCTCCAGCACGTTCTCCGAGA;SOR=0.666;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=169;TCF=86;TCR=83;TR=76;WE=23280432;WS=23280414;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:141,137:0.49:278
chr1	23289568	rs10799777	T	C	1699.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.781;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.83;ReadPosRankSum=-0.214;SOR=0.741;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:73,84:0.54:157
chr1	23291582	rs4655138	G	A	390.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.139;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.109;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=4;PP=156;ReadPosRankSum=-0.893;SC=TTTTATACACGAGGACATCGA;SOR=0.296;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=34;TCF=26;TCR=8;TR=13;WE=23291590;WS=23291572;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,18:0.44:41
chr1	23342193	rs10917344	C	G	147.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=0.218;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=1;PP=62;ReadPosRankSum=0.364;SC=CATAGATGAACCTTGAGGACA;SOR=1.022;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=14;TCF=11;TCR=3;TR=6;WE=23342201;WS=23342183;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,9:0.47:19
chr1	23342362	rs681648	A	G	2407.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.61;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=23;NR=24;PP=760;SC=TGTTTAATGTATACAGAATTT;SOR=0.714;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=47;TCF=23;TCR=24;TR=47;WE=23342370;WS=23342352;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr1	23356864	rs10799788	G	A	230.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-1.592;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5565;FS=3.424;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=1;PP=135;ReadPosRankSum=-1.080;SC=CCCTTAAAATGTGAGGTTAAC;SOR=2.303;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=9;TCF=8;TCR=1;TR=8;WE=23356872;WS=23356856;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,10:0.83:12
chr1	23380198	rs579785	A	G	2092.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=40;NR=20;PP=1211;SC=TTTTAAAGATAGTCAAATAAC;SOR=1.457;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=60;TCF=40;TCR=20;TR=60;WE=23380206;WS=23380188;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr1	23385826	rs79588010	CTT	C	2027.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-5.156;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.184;NF=6;NR=21;PP=991;ReadPosRankSum=-1.182;SC=TTTCTTAACTCTTGAGCTATG;SOR=0.614;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=56;TCF=14;TCR=42;TR=27;WE=23385835;WS=23385816;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,52:0.60:87
chr1	23399932	rs967605	C	T	5445.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=54;NR=81;PP=2624;SC=ATTGCACATGCCTTTGAGAGG;SOR=1.040;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=135;TCF=54;TCR=81;TR=135;WE=23399940;WS=23399922;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,205:1.00:205
chr1	23405794	rs2072945	A	C	1025.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=28;PP=643;SC=TTGTGACATCAGGGCTGAGGC;SOR=2.038;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=9;TCR=28;TR=37;WE=23405802;WS=23405784;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr1	23405872	rs2072944	T	C	145.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.927;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=2;PP=112;ReadPosRankSum=1.476;SC=CTTAGTCTTATGGGGTCATTT;SOR=1.112;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=15;TCF=10;TCR=5;TR=7;WE=23405880;WS=23405862;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,7:0.41:17
chr1	23408923	.	A	AT	34.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.372;ClippingRankSum=0.000;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.94;ReadPosRankSum=-0.994;SOR=0.752;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,10:0.27:37
chr1	23409538	rs2235546	G	A	569.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=2.248;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.390;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=6;PP=415;ReadPosRankSum=-0.273;SC=GAGACTCTTCGATAGAATGAT;SOR=0.421;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=72;TCF=56;TCR=16;TR=27;WE=23409546;WS=23409528;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,28:0.38:74
chr1	23418153	rs10799790	C	T	7655.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=284;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=77;NR=104;PP=2965;SC=TCTGGCCTGTCCTTCAGGGGC;SOR=0.895;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=181;TCF=77;TCR=104;TR=181;WE=23418161;WS=23418143;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,280:1.00:280
chr1	23419261	rs477717	G	A	8642.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=315;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=106;NR=116;PP=2965;SC=CCTTCAGTCCGCTCTCGGTGC;SOR=0.773;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=223;TCF=106;TCR=117;TR=222;WE=23419269;WS=23419251;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,312:1.00:312
chr1	23419374	rs3765407	G	T	18490.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=422;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.24;SOR=0.783;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,418:1.00:418
chr1	23419383	rs477830	C	T	18839.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=437;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.51;SOR=0.755;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,433:1.00:433
chr1	23419855	rs1983965	T	C	4809.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=62;NR=64;PP=2249;SC=GTTTGATTTGTGTCTTAAGTT;SOR=0.704;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=126;TCF=62;TCR=64;TR=126;WE=23419863;WS=23419845;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,185:1.00:185
chr1	23519477	rs623988	C	T	1043.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=3.010;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=12.309;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=8;PP=887;ReadPosRankSum=0.018;SC=ACTCAAGATACCATGAATTAA;SOR=1.971;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=74;TCF=54;TCR=20;TR=43;WE=23519485;WS=23519467;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,46:0.55:84
chr1	23519508	rs113803399	T	TA	1100.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.640;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FS=0.648;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.07;MQRankSum=0.000;QD=7.34;ReadPosRankSum=-0.664;SOR=0.763;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:78,72:0.48:150
chr1	23664511	rs11586100	T	G	216.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=0.127;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.017;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=6;PP=144;ReadPosRankSum=0.956;SC=GTGCCAGAGATTGGAGCAGAC;SOR=0.243;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=18;TCF=5;TCR=13;TR=10;WE=23664519;WS=23664501;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,10:0.53:19
chr1	23688933	rs2849028	A	G	3995.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.018;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=390;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.195;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=65;PP=2039;ReadPosRankSum=1.509;SC=TCTGACTGAAATTCTTCCCAC;SOR=0.624;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=248;TCF=128;TCR=120;TR=130;WE=23688941;WS=23688923;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:194,189:0.49:383
chr1	23689786	rs35676026	AT	A	179.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.596;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=3.132;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.39;MQRankSum=1.333;QD=5.45;ReadPosRankSum=-1.591;SOR=0.124;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,19:0.58:33
chr1	23693385	rs618237	T	C	398.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.749;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=2;PP=258;ReadPosRankSum=-0.210;SC=GATGTTCCCATATTCAAAGAT;SOR=0.760;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=38;TCF=33;TCR=5;TR=15;WE=23693393;WS=23693381;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,17:0.44:39
chr1	23693422	rs2849025	T	C	1165.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-1.373;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.269;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=11;PP=862;ReadPosRankSum=0.363;SC=GTCAAGCCAATATCCAATTAA;SOR=0.416;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=78;TCF=63;TCR=15;TR=49;WE=23693430;WS=23693412;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,51:0.59:86
chr1	23694639	rs683204	G	A	462.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-3.105;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.464;HP=1;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=12;PP=217;ReadPosRankSum=0.463;SC=TGGCCCCAAGGCGGGCAGGGA;SOR=0.180;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=35;TCF=8;TCR=27;TR=17;WE=23694647;WS=23694629;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,22:0.52:42
chr1	23696152	rs665977	G	A	3322.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=36;NR=55;PP=1808;SC=GAGGCTGGCCGAGAAACCACC;SOR=1.022;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=91;TCF=36;TCR=55;TR=91;WE=23696160;WS=23696142;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr1	23697617	rs638722	T	C	1216.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.480;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FS=3.118;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.88;ReadPosRankSum=-0.601;SOR=0.472;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:75,62:0.45:137
chr1	23710805	rs605468	A	G	4010.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=70;NR=41;PP=2350;SC=GTATGTGGATAACAGGGAAGG;SOR=1.235;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=111;TCF=70;TCR=41;TR=111;WE=23710813;WS=23710795;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,144:1.00:144
chr1	23713952	rs676363	T	G	3316.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=37;NR=48;PP=1697;SC=CTGAGGAGTTTCAGGGGCCCT;SOR=0.848;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=85;TCF=37;TCR=48;TR=85;WE=23713960;WS=23713942;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr1	23720260	rs2486078	T	G	1791.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=47;NR=0;PP=1398;SC=GAGGCTGGTTTGAAAAGCTCC;SOR=5.097;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=47;TCF=47;TCR=0;TR=47;WE=23720268;WS=23720250;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr1	23724183	rs2275355	C	T	2777.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=41;NR=34;PP=1450;SC=TGTTCCTGTACCATCCCTTGG;SOR=0.836;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=76;TCF=42;TCR=34;TR=75;WE=23724191;WS=23724173;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr1	23735241	rs1198423	G	T	2337.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=2.466;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=30;PP=900;ReadPosRankSum=-0.651;SC=AAATTGGCAAGGAGACTGCTT;SOR=0.301;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=52;TCF=21;TCR=31;TR=51;WE=23735249;WS=23735231;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,92:0.99:93
chr1	23743581	rs2156087	C	G	862.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=24;NR=3;PP=688;SC=AGTCTAACATCTGGTTGAGCC;SOR=3.690;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=27;TCF=24;TCR=3;TR=27;WE=23743589;WS=23743571;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr1	23751140	rs71514235	G	T	17528.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.899;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=665;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=26.64;ReadPosRankSum=-0.732;SOR=0.474;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:3,655:1.00:658
chr1	23755513	rs1198430	T	C	3600.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=34;NR=56;PP=1442;SC=CCATCAACCCTGACTATTCCT;SOR=1.048;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=90;TCF=34;TCR=56;TR=90;WE=23755521;WS=23755503;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,142:1.00:142
chr1	23758498	rs11438812	T	TA	547.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=63.02;QD=27.39;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr1	23763449	rs115515935	G	A	1709.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-2.395;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.920;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=22;PP=811;ReadPosRankSum=0.236;SC=GTGACTGCATGCGCGAAAAGC;SOR=0.490;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=109;TCF=68;TCR=41;TR=56;WE=23763457;WS=23763439;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,80:0.53:151
chr1	23765472	rs1767148	A	G	2379.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=24;NR=36;PP=1363;SC=CAAGGATGTGAAGTGTAGACT;SOR=1.048;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=60;TCF=24;TCR=36;TR=60;WE=23765480;WS=23765462;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr1	23810658	rs71514236	G	A	581.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.29;SOR=0.776;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr1	23836364	rs2075993	A	G	6006.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.557;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=247;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=86;NR=67;PP=2567;ReadPosRankSum=2.317;SC=GGGGGCAGGCAGGGCCACTCA;SOR=0.896;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=153;TCF=86;TCR=67;TR=153;WE=23836372;WS=23836354;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,236:0.99:238
chr1	23847464	rs2075995	C	A	6931.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=269;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=80;NR=72;PP=2873;SC=TCTGGATGAGCTGGTCCAAGG;SOR=0.755;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=153;TCF=81;TCR=72;TR=152;WE=23847472;WS=23847454;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,264:1.00:264
chr1	23885498	rs11574	T	C	4596.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=72;NR=53;PP=2264;SC=AGTTCCGGAGTGAGCTCGGCT;SOR=0.922;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=125;TCF=72;TCR=53;TR=125;WE=23885506;WS=23885488;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,172:1.00:172
chr1	23908221	.	CTT	C	117.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.003;ClippingRankSum=-0.000;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.55;MQRankSum=0.674;QD=7.36;ReadPosRankSum=0.771;SOR=0.180;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,8:0.50:16
chr1	23954126	rs34020220	T	TAC	903.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=3.593;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.239;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=13;PP=852;ReadPosRankSum=1.603;SC=CTTCCAATTGTACACACACAC;SOR=0.382;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=64;TCF=31;TCR=33;TR=24;WE=23954135;WS=23954116;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,33:0.40:83
chr1	23955186	.	T	TTTATTATTATTATTATTA	717.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.074;ClippingRankSum=0.000;DP=112;ExcessHet=3.0103;FS=5.507;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.19;MQRankSum=2.016;QD=11.04;ReadPosRankSum=1.075;SOR=1.563;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:43,22:0.34:65
chr1	24018277	rs10917413	C	G	9183.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=341;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=109;NR=117;PP=2965;SC=ATAAGGCCCTCGGCCGGAAGC;SOR=0.748;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=228;TCF=109;TCR=119;TR=226;WE=24018285;WS=24018267;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,337:1.00:337
chr1	24022437	rs2280437	A	G	2549.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.162;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=314;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.460;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=41;PP=1111;ReadPosRankSum=1.058;SC=GTGGAATGTGATGTTGGTGAA;SOR=0.564;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=178;TCF=81;TCR=97;TR=83;WE=24022445;WS=24022427;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:177,134:0.43:311
chr1	24082286	rs10917422	T	A	507.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.304;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=265;ExcessHet=3.0103;FS=1.962;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.98;MQRankSum=0.573;QD=2.18;ReadPosRankSum=1.435;SOR=0.856;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:177,56:0.24:233
chr1	24083494	rs2076345	C	T	1107.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.503;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.429;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=14;PP=641;ReadPosRankSum=-0.092;SC=CCGCCAGTAGCATCAGCTTTA;SOR=0.939;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=77;TCF=52;TCR=25;TR=42;WE=24083502;WS=24083484;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,53:0.45:119
chr1	24106510	rs3831910	A	AT	2345.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=52;PP=2139;SC=GAATAGTATCATTTTCTTCTT;SOR=1.939;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=56;TCF=1;TCR=55;TR=53;WE=24106518;WS=24106500;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr1	24122986	rs760941	C	T	708.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.752;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FS=6.311;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.62;ReadPosRankSum=2.818;SOR=2.472;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:52,55:0.51:107
chr1	24129126	rs2076343	A	G	3209.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=2.027;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=310;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.764;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=68;PP=1760;ReadPosRankSum=0.335;SC=ATCAGCATGGACAGACAACTG;SOR=0.898;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=209;TCF=81;TCR=128;TR=107;WE=24129134;WS=24129116;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:157,150:0.49:307
chr1	24133612	rs1018396	G	A	2196.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-1.560;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=30;PP=811;ReadPosRankSum=0.739;SC=TGTCCTGAGCGTGATCAGGAT;SOR=0.670;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=130;TCF=70;TCR=60;TR=65;WE=24133620;WS=24133602;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:110,117:0.52:227
chr1	24134721	rs719400	T	C	8578.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=327;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=113;NR=105;PP=2965;SC=TGACAGCAGATAGCATGTCTT;SOR=0.784;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=218;TCF=113;TCR=105;TR=218;WE=24134729;WS=24134711;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,320:1.00:320
chr1	24143932	rs2076344	A	G	3584.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=40;NR=29;PP=1404;SC=TTTCATCCCTAGAGAAAGGCC;SOR=0.902;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=69;TCF=40;TCR=29;TR=69;WE=24143940;WS=24143922;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,135:1.00:135
chr1	24151996	rs6697805	C	A	830.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.221;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.274;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=28;PP=660;ReadPosRankSum=0.106;SC=GCCCCTCCGCCGTGACTTCCG;SOR=0.324;SbPval=0.92;Source=Platypus;TC=75;TCF=24;TCR=51;TR=35;WE=24152004;WS=24151986;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,44:0.61:72
chr1	24172765	rs11456086	C	CT	316.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.620;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FS=5.217;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.89;ReadPosRankSum=-1.349;SOR=0.206;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,26:0.57:46
chr1	24180962	rs13551	T	C	2733.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.998;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=327;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.861;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=65;PP=1246;ReadPosRankSum=-0.319;SC=TGGCAAGCTCTGTGGCTTGAA;SOR=0.818;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=222;TCF=94;TCR=128;TR=110;WE=24180970;WS=24180952;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:176,144:0.45:320
chr1	24186460	.	A	AT	72.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.487;ClippingRankSum=0.000;DP=175;ExcessHet=3.0103;FS=0.945;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.52;ReadPosRankSum=0.017;SOR=0.515;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:117,22:0.16:139
chr1	24192200	rs34902309	A	G	568.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-1.613;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=18;PP=360;ReadPosRankSum=-0.245;SC=CTTTTTAAATAGCTGAAAGAA;SOR=0.608;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=46;TCF=12;TCR=34;TR=24;WE=24192208;WS=24192190;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,27:0.55:49
chr1	24200903	rs2229586	G	C	417.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.926;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.66;ReadPosRankSum=1.432;SOR=0.627;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,10:0.30:33
chr1	24200921	rs2229585	T	C	561.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.113;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.252;HP=1;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=3;PP=187;ReadPosRankSum=-0.889;SC=TGTCTAGGTGTCTGGGACTGG;SOR=1.022;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=30;TCF=20;TCR=10;TR=13;WE=24200929;WS=24200911;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,19:0.45:42
chr1	24200969	rs2229584	T	C	1477.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.529;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=4;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=7;PP=851;ReadPosRankSum=0.023;SC=CCTCTCTCTCTTCCAGGGAGT;SOR=0.753;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=49;TCF=33;TCR=16;TR=23;WE=24200991;WS=24200959;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,39:0.46:84
chr1	24200983	rs2229583	C	T	1649.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-2.845;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.764;HP=2;HapScore=4;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=10;PP=851;ReadPosRankSum=-1.689;SC=AGGGAGTGAACTGATTTCTGA;SOR=0.547;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=62;TCF=41;TCR=21;TR=29;WE=24200991;WS=24200959;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,48:0.48:101
chr1	24201094	rs2229581	G	C	2251.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.504;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.041;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=30;PP=1030;ReadPosRankSum=-0.662;SC=CCTCTGTCTCGGTGACTGAGG;SOR=0.596;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=157;TCF=101;TCR=56;TR=77;WE=24201102;WS=24201084;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:117,110:0.48:227
chr1	24201109	rs2229580	C	T	2430.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.638;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=239;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=32;PP=1418;ReadPosRankSum=0.083;SC=CTGAGGATCTCGGGGCTTCTT;SOR=0.687;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=178;TCF=114;TCR=64;TR=89;WE=24201117;WS=24201099;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:122,114:0.48:236
chr1	24201262	rs2502993	A	G	5317.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.103;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=578;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=71;NR=75;PP=2143;ReadPosRankSum=-0.664;SC=TGGAGCAGAAAGCAAAGGCCT;SOR=0.667;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=321;TCF=153;TCR=168;TR=146;WE=24201270;WS=24201252;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:302,265:0.47:567
chr1	24201357	rs4649124	A	G	3497.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=3.677;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=334;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=66;PP=2157;ReadPosRankSum=0.924;SC=AGCACAGCCAACACTAGCCCT;SOR=0.672;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=254;TCF=109;TCR=145;TR=114;WE=24201365;WS=24201347;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:175,155:0.47:330
chr1	24201448	rs3003336	C	T	3241.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-1.478;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=351;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.392;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=49;PP=1443;ReadPosRankSum=-0.615;SC=ACAAGCTGGCCACATGCTGAT;SOR=0.653;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=243;TCF=121;TCR=122;TR=99;WE=24201456;WS=24201438;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:185,157:0.46:342
chr1	24201643	rs2501431	G	A	2081.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.367;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.083;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=36;PP=1197;ReadPosRankSum=0.953;SC=CCCACATGATGCCCAGGGTCA;SOR=0.721;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=146;TCF=72;TCR=74;TR=71;WE=24201651;WS=24201633;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:106,97:0.48:203
chr1	24201919	rs2502992	TT	CC	7492.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=2.306;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=357;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.767;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=71;PP=2944;ReadPosRankSum=-0.298;SC=TCCGGCGGAGTTGGTGGGAGG;SOR=0.814;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=233;TCF=101;TCR=132;TR=124;WE=24201928;WS=24201909;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:158,191:0.55:349
chr1	24255844	rs71575785	C	CTATTAT,CTATTATTAT	616.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.69;QD=41.12;SOR=5.549;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:0,10,5:0.67,0.33:15
chr1	24294362	rs145308205	A	T	234.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=36.43;QD=23.48;SOR=1.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr1	24383819	rs7540491	T	C	1659.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=38;NR=14;PP=1079;SC=CTGGTCCATGTAGACTAGACT;SOR=2.001;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=52;TCF=38;TCR=14;TR=52;WE=24383827;WS=24383809;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr1	24388371	rs4649168	T	C	2554.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=37;NR=13;PP=994;SC=ACTGACCCAGTGTGCCCAGAC;SOR=1.265;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=50;TCF=37;TCR=13;TR=50;WE=24388379;WS=24388361;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr1	24389509	rs67138023	GAA	G	73.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-0.138;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=1;PP=28;ReadPosRankSum=-1.332;SC=TGGGGGACCAGAAACTCTGCT;SOR=0.330;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=18;TCF=14;TCR=4;TR=3;WE=24389518;WS=24389501;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,4:0.17:23
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chr1	24395003	rs6660675	T	G	204.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.282;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.922;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=6;PP=136;ReadPosRankSum=-0.488;SC=AACCCTCTGCTGCTCCCCCCA;SOR=1.609;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=18;TCF=6;TCR=12;TR=8;WE=24395011;WS=24394993;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,9:0.43:21
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chr1	24400584	rs6660949	G	C	4675.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=78;NR=42;PP=2461;SC=TTGCTGACCTGTGTGGGCATT;SOR=1.206;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=122;TCF=78;TCR=44;TR=120;WE=24400592;WS=24400574;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,170:1.00:170
chr1	24400633	rs10903083	C	G	6547.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=246;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=92;NR=67;PP=2965;SC=TGGCAGGGAGCGGGGTAGGTG;SOR=0.878;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=160;TCF=92;TCR=68;TR=159;WE=24400641;WS=24400623;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,245:1.00:245
chr1	24406535	rs35446243	G	A	4220.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.512;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=443;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=83;NR=62;PP=2224;ReadPosRankSum=0.455;SC=ATGGGGCCTGGGGTGACCGGC;SOR=0.720;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=296;TCF=167;TCR=129;TR=145;WE=24406543;WS=24406525;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:224,205:0.48:429
chr1	24406647	rs4649175	G	A	5721.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.423;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=519;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.526;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=68;NR=98;PP=2618;ReadPosRankSum=-2.158;SC=CCAGGGATGTGGCCCGCACCT;SOR=0.625;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=315;TCF=127;TCR=188;TR=166;WE=24406655;WS=24406637;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:232,276:0.54:508
chr1	24408015	rs10903090	C	G	1285.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.702;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=27;PP=658;ReadPosRankSum=1.658;SC=AGCAGTGGTGCGGGAGGGACT;SOR=0.709;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=80;TCF=25;TCR=55;TR=39;WE=24408023;WS=24408005;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,61:0.49:124
chr1	24408765	rs4333801	T	C	638.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.847;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=15;PP=364;ReadPosRankSum=0.265;SC=ACGAGCCTCCTCTAGTTGGTG;SOR=0.557;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=32;TCF=9;TCR=23;TR=22;WE=24408773;WS=24408755;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,28:0.68:41
chr1	24409191	rs4320729	C	T	3360.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.360;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=370;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.377;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=50;PP=1276;ReadPosRankSum=0.656;SC=GTCCTCAGCCCGGGAACTGTA;SOR=0.654;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=213;TCF=99;TCR=114;TR=96;WE=24409199;WS=24409181;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:199,170:0.46:369
chr1	24413159	rs6424152	T	C	3748.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=4.174;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=345;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.802;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=68;NR=41;PP=2027;ReadPosRankSum=-0.645;SC=AGGCGATGGGTTCGCTGGGCT;SOR=0.798;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=219;TCF=133;TCR=86;TR=109;WE=24413167;WS=24413149;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:168,166:0.50:334
chr1	24413427	rs6686608	T	G	639.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=3.668;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.131;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=18;PP=446;ReadPosRankSum=0.012;SC=TGATCCTCTATACTCAGCCCA;SOR=0.096;SbPval=0.17;Source=Platypus;TC=41;TCF=4;TCR=37;TR=22;WE=24413435;WS=24413417;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,25:0.53:47
chr1	24416059	rs4393101	T	C	3221.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=54;NR=28;PP=1863;SC=TGGTGCTCTGTCCCGGGGGCT;SOR=1.258;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=82;TCF=54;TCR=28;TR=82;WE=24416078;WS=24416049;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr1	24416070	rs7533060	G	C	1343.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=2.070;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.141;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=11;PP=643;ReadPosRankSum=-1.398;SC=CCCGGGGGCTGGGCTCCTCCC;SOR=0.921;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=93;TCF=60;TCR=33;TR=38;WE=24416078;WS=24416049;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,64:0.44:146
chr1	24418768	rs7556176	T	C	1487.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.444;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=36;PP=627;ReadPosRankSum=-0.843;SC=GGACGTTCAGTGGGGAGCCTG;SOR=0.654;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=138;TCF=51;TCR=87;TR=56;WE=24418776;WS=24418758;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:110,80:0.42:190
chr1	24419496	rs4233050	A	G	2632.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.470;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=308;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=38;PP=1161;ReadPosRankSum=-0.713;SC=CACCCGGACCATGTAGAGCCC;SOR=0.702;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=184;TCF=108;TCR=76;TR=90;WE=24419504;WS=24419486;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:165,139:0.46:304
chr1	24421334	rs6678411	G	T	1680.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=-2.381;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.569;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=18;PP=677;ReadPosRankSum=0.944;SC=CAGGACTGGGGGTCCTTACCA;SOR=0.501;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=76;TCF=52;TCR=24;TR=52;WE=24421342;WS=24421324;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,80:0.66:122
chr1	24421474	rs6678540	G	A	2105.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.949;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.097;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=40;PP=936;ReadPosRankSum=-1.151;SC=GGGGCCAAACGTCGATCCTGG;SOR=0.806;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=122;TCF=54;TCR=68;TR=69;WE=24421482;WS=24421464;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:96,104:0.52:200
chr1	24421875	rs11249143	C	T	744.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.486;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.815;HP=4;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=8;PP=467;ReadPosRankSum=-2.204;SC=CTGTGGGGGTCGGGGAGCAAA;SOR=0.864;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=84;TCF=60;TCR=24;TR=30;WE=24421883;WS=24421865;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,37:0.34:108
chr1	24421950	rs4319261	C	G	2223.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.425;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=291;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.260;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=36;PP=957;ReadPosRankSum=-1.046;SC=ATCTCTGAATCGAAGCCAGCA;SOR=0.515;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=180;TCF=99;TCR=81;TR=72;WE=24421958;WS=24421940;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:171,118:0.41:289
chr1	24434595	rs11249170	T	C	9314.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.573;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=350;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=97;NR=123;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.202;SC=TAAATGGCTCTTGCAGGATTG;SOR=0.293;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=221;TCF=97;TCR=124;TR=220;WE=24434616;WS=24434585;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,347:1.00:348
chr1	24447214	rs3795300	G	A	4943.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=90;NR=42;PP=2757;SC=AGTGTGTGGCGTGGGCAGGCA;SOR=1.468;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=132;TCF=90;TCR=42;TR=132;WE=24447222;WS=24447204;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,179:1.00:179
chr1	24447468	rs3795299	G	C	5560.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=65;NR=88;PP=2855;SC=GAACATGGACGGGAAGGAGGT;SOR=0.923;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=153;TCF=65;TCR=88;TR=153;WE=24447476;WS=24447458;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,210:1.00:210
chr1	24465113	rs10903022	C	T	10002.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=389;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=102;NR=113;PP=2965;SC=GGGTGCCCTCCGGCCCGCTGT;SOR=0.763;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=216;TCF=102;TCR=114;TR=215;WE=24465121;WS=24465103;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,383:1.00:383
chr1	24484441	rs946671	A	G	2268.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=38;PP=1105;SC=CATAATTATCATCATCTGAAT;SOR=1.554;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=51;TCF=13;TCR=38;TR=51;WE=24484449;WS=24484431;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr1	24485518	rs10751769	T	C	3430.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=77;NR=25;PP=2173;SC=CCCCACCTGCTGCACACCCCC;SOR=2.073;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=102;TCF=77;TCR=25;TR=102;WE=24485526;WS=24485508;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr1	24485813	rs4649194	T	C	2814.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=31;NR=56;PP=1902;SC=AACCAAGGTTTGGGGCATTAT;SOR=1.337;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=87;TCF=31;TCR=56;TR=87;WE=24485821;WS=24485803;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr1	24485941	rs4649195	T	C	1600.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=0.212;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.228;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=26;PP=987;ReadPosRankSum=0.236;SC=AAAGTTTCTCTTTCTGCACCA;SOR=0.583;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=128;TCF=75;TCR=53;TR=60;WE=24485949;WS=24485931;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,77:0.47:164
chr1	24486216	rs34545094	GT	G	571.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.123;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=4.015;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.88;ReadPosRankSum=3.420;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:10,26:0.72:36
chr1	24513613	rs78312791	C	A	164.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.61;BaseQRankSum=-0.803;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.561;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=0;PP=56;ReadPosRankSum=0.901;SC=AGCTCCGGGTCCGAGGGTAGG;SOR=1.981;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=10;TCR=2;TR=6;WE=24513621;WS=24513603;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,10:0.53:19
chr1	24513768	rs4090311	G	A	508.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.68;BaseQRankSum=-1.689;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=8;PP=146;ReadPosRankSum=1.430;SC=CCCCGCCCGGGCCCAGGTCCC;SOR=0.768;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=35;TCF=13;TCR=22;TR=13;WE=24513776;WS=24513758;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,32:0.42:76
chr1	24671287	rs4648859	C	T	3040.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.299;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=355;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=41;PP=1215;ReadPosRankSum=0.380;SC=ATTCTCCCCACCTCCCACCAA;SOR=0.677;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=200;TCF=113;TCR=87;TR=93;WE=24671295;WS=24671277;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:196,158:0.45:354
chr1	24671464	.	ACCCTCCACACCTGTGCC	A	213.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.004;ClippingRankSum=0.000;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=7.983;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.90;MQRankSum=0.064;QD=5.62;ReadPosRankSum=-1.197;SOR=2.876;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,9:0.24:38
chr1	24673247	rs6702097	G	A	455.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-3.067;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.385;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=14;PP=264;ReadPosRankSum=-0.404;SC=ACCCCTTGGAGCTAGGTTTAG;SOR=0.455;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=33;TCF=5;TCR=28;TR=16;WE=24673255;WS=24673237;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,22:0.54:41
chr1	24673866	rs6691722	A	G	1873.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.951;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.764;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=18;PP=851;ReadPosRankSum=-0.583;SC=AGCAGAAGTCAATCTTCAAGT;SOR=0.560;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=128;TCF=91;TCR=37;TR=60;WE=24673874;WS=24673856;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:109,97:0.47:206
chr1	24684116	rs7527465	G	A	873.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.387;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=12;PP=512;ReadPosRankSum=0.868;SC=GGTATCTGGCGGGGTTAATGT;SOR=0.772;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=76;TCF=50;TCR=26;TR=36;WE=24684124;WS=24684106;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,45:0.45:101
chr1	24684728	rs11249092	G	A	2493.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=4.468;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=258;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.114;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=25;PP=1365;ReadPosRankSum=1.126;SC=GCAGGGAGTCGTGCCGGAAGG;SOR=1.056;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=166;TCF=109;TCR=57;TR=82;WE=24684736;WS=24684718;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:135,116:0.46:251
chr1	24684850	.	G	A	3592.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=1.586;ClippingRankSum=0.000;DP=484;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.301;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=72;NR=56;PP=1893;ReadPosRankSum=-0.666;SC=AGGGAGCAATGTCTCCAGCTC;SOR=0.877;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=278;TCF=144;TCR=134;TR=128;WE=24684858;WS=24684840;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:292,190:0.39:482
chr1	24687653	rs532147	T	C	62.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.130;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=5.051;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.92;ReadPosRankSum=-1.338;SOR=0.042;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,5:0.31:16
chr1	24718075	rs2294520	T	C	4417.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.835;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=413;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.450;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=78;PP=2226;ReadPosRankSum=-0.745;SC=ATCTCTTGGCTTGACTATTGA;SOR=0.908;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=247;TCF=108;TCR=139;TR=131;WE=24718097;WS=24718065;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:198,211:0.52:409
chr1	24727678	rs2078445	C	T	654.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.826;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.819;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=1;PP=482;ReadPosRankSum=-1.262;SC=CCTAAAGCCACCTATTTGGTA;SOR=1.965;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=42;TCF=39;TCR=3;TR=23;WE=24727686;WS=24727668;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,26:0.53:49
chr1	24746205	rs12125143	C	T	3096.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-2.113;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=338;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.363;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=49;PP=1179;ReadPosRankSum=-1.418;SC=CATTGGCTAACAGATATGTAT;SOR=0.570;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=201;TCF=83;TCR=118;TR=86;WE=24746213;WS=24746195;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:175,156:0.47:331
chr1	24768778	rs4648863	G	C	566.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-0.910;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.446;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=12;PP=288;ReadPosRankSum=1.929;SC=CAGAGTGCCAGCGCCAGGATC;SOR=0.372;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=40;TCF=13;TCR=27;TR=19;WE=24768786;WS=24768768;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,27:0.51:53
chr1	24779855	rs2272934	T	C	897.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=1.290;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.841;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=6;PP=627;ReadPosRankSum=0.520;SC=TCTCGCCTACTTCTGTGGTCC;SOR=1.324;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=59;TCF=46;TCR=13;TR=33;WE=24779863;WS=24779845;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,39:0.49:80
chr1	24780521	rs56978150	C	CT	383.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.364;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.61;MQRankSum=1.405;QD=4.68;ReadPosRankSum=0.645;SOR=0.709;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:49,33:0.40:82
chr1	24784139	rs10903089	A	G	561.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=0.055;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.568;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=8;PP=476;ReadPosRankSum=-0.905;SC=AAGAGGCTAGAAAGTGGCGGA;SOR=0.360;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=60;TCF=46;TCR=14;TR=28;WE=24784147;WS=24784129;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,27:0.45:60
chr1	24784197	rs195718	T	C	1603.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-2.808;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.089;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=20;PP=727;ReadPosRankSum=-0.896;SC=ATGCCCTCACTGCTCTGCTCT;SOR=0.431;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=111;TCF=75;TCR=36;TR=56;WE=24784205;WS=24784187;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,77:0.53:144
chr1	24785393	rs2272935	C	T	2958.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.576;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=325;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.340;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=53;PP=1358;ReadPosRankSum=-0.623;SC=TGAGTCAAGCCTCACAGATGT;SOR=0.785;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=206;TCF=87;TCR=119;TR=89;WE=24785401;WS=24785383;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:173,145:0.46:318
chr1	24792617	rs195725	T	A	4083.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.913;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=402;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.651;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=58;PP=1683;ReadPosRankSum=-1.026;SC=AAAAATGAGATCGAGAAACAG;SOR=0.565;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=236;TCF=105;TCR=131;TR=108;WE=24792625;WS=24792607;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:192,199:0.51:391
chr1	24840768	rs196403	G	A	365.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-1.714;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.744;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.867;NF=10;NR=5;PP=166;ReadPosRankSum=-2.338;SC=TTTGGTCTTCGGAGTTTTACC;SOR=0.345;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=37;TCF=26;TCR=11;TR=15;WE=24840776;WS=24840758;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,20:0.45:44
chr1	24859617	rs196429	G	A	1323.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=0.771;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.281;HP=6;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=12;PP=516;ReadPosRankSum=-1.301;SC=ATCTCCTGCCGCCCCAGCCTG;SOR=0.972;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=76;TCF=49;TCR=27;TR=39;WE=24859625;WS=24859607;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,65:0.50:130
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chr1	24861704	rs196432	G	A	2179.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.035;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.674;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=35;PP=911;ReadPosRankSum=2.558;SC=TTGCCCAGACGAGGCGCCCCG;SOR=0.699;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=123;TCF=61;TCR=62;TR=66;WE=24861712;WS=24861694;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:102,110:0.52:212
chr1	24922129	rs10903095	G	A	319.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=1.456;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.715;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=13;PP=242;ReadPosRankSum=0.975;SC=GTTCTGCCACGTGCCAACTGC;SOR=1.312;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=34;TCF=7;TCR=27;TR=15;WE=24922137;WS=24922119;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,15:0.42:36
chr1	24927561	rs4553122	T	C	1301.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.200;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FS=4.177;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.17;ReadPosRankSum=1.154;SOR=0.548;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:62,66:0.52:128
chr1	24927625	rs4378146	C	A	827.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.727;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=24;PP=501;ReadPosRankSum=1.159;SC=TATCCCTCAGCCTTTAGTAAA;SOR=0.796;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=56;TCF=22;TCR=34;TR=39;WE=24927633;WS=24927615;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,40:0.61:66
chr1	24969973	rs376232433	AC	A	683.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.142;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.22;MQRankSum=0.000;QD=22.06;ReadPosRankSum=1.206;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,30:0.97:31
chr1	24989762	rs4649011	G	T	3881.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=28;NR=56;PP=1646;SC=GTCAAAAATTGTAGTGACTTA;SOR=1.119;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=85;TCF=29;TCR=56;TR=84;WE=24989770;WS=24989752;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,149:1.00:149
chr1	25098245	rs9332415	T	C	2102.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=54;NR=15;PP=1483;SC=ATTGGGGTTTTGTAACTAGCT;SOR=2.336;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=69;TCF=54;TCR=15;TR=69;WE=25098253;WS=25098235;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr1	25098341	rs7548438	C	T	7267.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.675;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=277;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=94;NR=72;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.747;SC=GGTTCAAGTCCTATGTGTATC;SOR=0.840;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=167;TCF=94;TCR=73;TR=166;WE=25098349;WS=25098331;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,275:0.99:277
chr1	25153692	rs4649022	G	A	4049.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=45;NR=61;PP=2045;SC=TTATAAATGAGTACTTTAGAG;SOR=0.937;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=107;TCF=45;TCR=62;TR=106;WE=25153700;WS=25153682;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,153:1.00:153
chr1	25234062	rs34878696	T	G	276.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=2.288;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.805;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=9;PP=159;ReadPosRankSum=1.306;SC=CACAGAGGTTTTCAAAAGACT;SOR=2.368;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=23;TCF=7;TCR=16;TR=11;WE=25234070;WS=25234052;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,13:0.48:27
chr1	25291010	rs6672420	A	T	2187.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.002;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=272;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.19;ReadPosRankSum=0.593;SOR=0.664;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:144,123:0.46:267
chr1	25570550	rs5773124	A	AT	605.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-1.076;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.541;HP=12;HapScore=4;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=8;PP=265;ReadPosRankSum=0.752;SC=TAGATACAGCATTTTTTTTTT;SOR=0.357;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=41;TCF=28;TCR=13;TR=23;WE=25570558;WS=25570540;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,38:0.62:61
chr1	25572944	rs200995046	T	C	5090.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.893;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=513;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=102;NR=75;PP=2962;ReadPosRankSum=1.441;SC=CCTTTTTCACTTAAGCGAAAG;SOR=0.684;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=349;TCF=201;TCR=148;TR=177;WE=25572952;WS=25572934;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:257,240:0.48:497
chr1	25611035	rs2301153	G	C	7919.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=294;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=120;NR=60;PP=2965;SC=CTTCCCCCTCGTCCTTCTCGC;SOR=1.223;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=180;TCF=120;TCR=60;TR=180;WE=25611043;WS=25611025;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,291:1.00:291
chr1	25634143	rs2427766	T	C	885.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.62;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=5;PP=410;SC=CCAAGGTCACTCGGCTGGAAC;SOR=1.542;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=15;TCR=5;TR=20;WE=25634151;WS=25634133;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr1	25678002	rs66744254	TA	T	181.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.185;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=6.690;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.57;ReadPosRankSum=2.029;SOR=4.174;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,16:0.84:19
chr1	25678238	rs3093616	T	A	3481.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=28;NR=60;PP=1827;SC=TTAAGATGAGTATTTCACATG;SOR=1.397;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=88;TCF=28;TCR=60;TR=88;WE=25678246;WS=25678228;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
chr1	25747156	rs138268848	T	C	4143.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.722;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=337;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.769;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.388;NF=70;NR=68;PP=1735;ReadPosRankSum=-1.026;SC=GAGCCCCTTTTGATCCTCTAA;SOR=0.459;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=234;TCF=114;TCR=120;TR=138;WE=25747164;WS=25747146;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:135,202:0.60:337
chr1	25747230	rs586178	G	C	222.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=5.080;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=21.723;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=-7.122;NF=7;NR=29;PP=742;ReadPosRankSum=-1.032;SC=GTGTTAGGGCGCAGAGGGGCA;SOR=3.520;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=120;TCF=36;TCR=84;TR=36;WE=25747238;WS=25747220;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:115,19:0.14:134
chr1	25780668	rs34006994	C	T	817.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=0.454;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=12;PP=487;ReadPosRankSum=0.733;SC=AAGTTACTGTCGTCAAATTAG;SOR=0.693;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=63;TCF=43;TCR=20;TR=35;WE=25780676;WS=25780658;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,37:0.52:71
chr1	25780889	rs141203814	A	ATG	858.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.262;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=20;PP=1454;ReadPosRankSum=2.045;SC=TATTACATAAATGTATGTGTG;SOR=0.784;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=43;TCF=1;TCR=42;TR=21;WE=25780901;WS=25780879;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,26:0.48:54
chr1	25780893	rs61775167	A	G	867.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.297;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=22;PP=1449;ReadPosRankSum=1.637;SC=ACATAAATGTATGTGTGTGTG;SOR=0.784;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=52;TCF=11;TCR=41;TR=27;WE=25780901;WS=25780879;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,26:0.48:54
chr1	25780929	.	ATGTG	A	207	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=72;MMLQ=26;MQ=58.9;NF=2;NR=17;PP=207;QD=11.0526315789;SC=ATGTATATATATGTGTGTGTG;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=24;TCF=2;TCR=22;TR=19;WE=25780940;WS=25780919;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:5,19:0.79:24
chr1	25785451	rs35530120	A	G	1115.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-0.853;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.676;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=30;PP=687;ReadPosRankSum=0.140;SC=ACATACTCCCATATGGGCCTG;SOR=0.330;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=72;TCF=18;TCR=54;TR=43;WE=25785459;WS=25785441;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,51:0.59:86
chr1	25870326	.	C	T	177.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.62;BaseQRankSum=1.108;ClippingRankSum=0.000;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=4;PP=46;ReadPosRankSum=-1.436;SC=GGCAGAGGCGCGCGGGGCCTC;SOR=0.941;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=11;TCF=4;TCR=7;TR=6;WE=25870334;WS=25870316;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,9:0.47:19
chr1	25893221	rs4523506	G	T	2534.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=35;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=56;NR=17;PP=1587;SC=CCCCTGCACCGGGGGCTTCCT;SOR=2.022;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=75;TCF=56;TCR=19;TR=73;WE=25893229;WS=25893211;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr1	25893242	rs4418583	TG	CA	5756.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=68;NR=25;PP=2947;SC=TCTTGGGCCATGTGCCCTGCT;SOR=1.743;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=99;TCF=73;TCR=26;TR=93;WE=25893251;WS=25893232;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chr1	26085048	rs11321223	AG	A	6591.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=234;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=95;NR=53;PP=2974;SC=GCCTGGCCAAAGGGGGGATGA;SOR=1.981;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=163;TCF=103;TCR=60;TR=148;WE=26085062;WS=26085038;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,229:1.00:229
chr1	26089977	rs60144894	C	CA	73.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.688;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=6.286;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=4.92;ReadPosRankSum=0.922;SOR=3.056;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,9:0.60:15
chr1	26090072	rs807270	A	G	3886.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=46;NR=40;PP=1702;SC=GTTGGGTGGGATAGGAGTCGG;SOR=0.747;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=86;TCF=46;TCR=40;TR=86;WE=26090080;WS=26090062;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,150:1.00:150
chr1	26098107	rs2072747	G	A	3524.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=75;NR=30;PP=2121;SC=GAGAGCCGGCGGCAGATGGAG;SOR=1.665;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=106;TCF=76;TCR=30;TR=105;WE=26098115;WS=26098097;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chr1	26098333	rs807264	G	A	3857.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=33;NR=74;PP=2337;SC=GCCGAGCGAGGGTGCTGCGGG;SOR=1.445;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=108;TCF=34;TCR=74;TR=107;WE=26098341;WS=26098323;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,138:1.00:138
chr1	26107688	rs807273	C	A	5837.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=62;NR=75;PP=2600;SC=TGGCTTGGGCCTGGAGTGGAA;SOR=0.817;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=137;TCF=62;TCR=75;TR=137;WE=26107696;WS=26107678;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,221:1.00:221
chr1	26109237	rs12567324	A	G	5228.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=33;NR=115;PP=2965;SC=TGGGAGGTTGAGGGTAGGGGT;SOR=2.084;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=148;TCF=33;TCR=115;TR=148;WE=26109245;WS=26109227;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,177:1.00:177
chr1	26110065	rs3820514	A	G	8902.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=315;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=147;NR=67;PP=2965;SC=GCCTATCACAAAGGCCCTGAG;SOR=1.428;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=214;TCF=147;TCR=67;TR=214;WE=26110073;WS=26110055;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,315:1.00:315
chr1	26110143	rs3767877	G	A	17186.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=658;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=206;NR=183;PP=2965;SC=CCTGCCCTGCGTGGGGCACAG;SOR=0.786;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=390;TCF=206;TCR=184;TR=389;WE=26110151;WS=26110133;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,649:1.00:649
chr1	26127020	rs13373825	G	A	720.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.72;SOR=1.445;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr1	26127425	rs6659086	G	A	2181.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=51;NR=7;PP=1473;SC=CACTGGGAGAGCTCAGGAAGA;SOR=2.964;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=58;TCF=51;TCR=7;TR=58;WE=26127433;WS=26127415;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr1	26131654	rs7349185	G	A	2906.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=43;NR=21;PP=1253;SC=GCGGCCAGCTGCGAGGAGGAG;SOR=1.168;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=64;TCF=43;TCR=21;TR=64;WE=26131662;WS=26131644;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr1	26138136	rs760598	C	A	18487.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=1.912;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=722;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=200;NR=197;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.234;SC=CCTGAGGATTCTTGCCCATCT;SOR=0.384;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=398;TCF=200;TCR=198;TR=397;WE=26138144;WS=26138126;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,699:1.00:702
chr1	26138262	rs760597	T	C	10635.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=396;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=90;NR=165;PP=2965;SC=GCCACCTGCCTTCAGGGGAGC;SOR=1.203;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=255;TCF=90;TCR=165;TR=255;WE=26138270;WS=26138252;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,387:1.00:387
chr1	26139137	rs10902685	C	T	1651.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=31;NR=15;PP=1007;SC=GGACCCTGGCCGCTTTGATGA;SOR=1.197;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=47;TCF=32;TCR=15;TR=46;WE=26139145;WS=26139127;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr1	26139392	rs3738451	A	G	2510.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=18;NR=46;PP=1360;SC=TGAGGGCCTCAGGGACTGCCC;SOR=1.531;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=64;TCF=18;TCR=46;TR=64;WE=26139400;WS=26139382;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr1	26139444	rs10751726	G	A	1236.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=7;NR=26;PP=742;SC=TTTCTGTGCTGAGCCCAGAGG;SOR=1.828;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=7;TCR=26;TR=33;WE=26139452;WS=26139434;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr1	26139919	rs6676509	C	T	494.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=12;NR=4;PP=299;SC=AGTACAAGCACGGTGAGTGTT;SOR=2.303;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=12;TCR=4;TR=16;WE=26139927;WS=26139909;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr1	26140573	rs2294228	C	A	7960.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=307;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=82;NR=74;PP=2965;SC=CACAGAACAACCAGGAGAACT;SOR=0.761;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=157;TCF=82;TCR=75;TR=156;WE=26140581;WS=26140563;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,304:1.00:304
chr1	26146884	rs984412	C	G	3348.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=30;NR=64;PP=2149;SC=AGGCGGCGAGCACTTGGCCGA;SOR=1.432;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=94;TCF=30;TCR=64;TR=94;WE=26146892;WS=26146874;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr1	26150023	rs11247758	C	T	3570.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.994;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=50;PP=2108;ReadPosRankSum=0.766;SC=TAGAGAGTGCCCTGTCCCTAG;SOR=0.804;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=106;TCF=55;TCR=51;TR=105;WE=26150031;WS=26150013;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,131:0.98:133
chr1	26152666	rs6598923	T	C	3602.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=75;NR=27;PP=2191;SC=AGGAACCTTCTTCTGCCCCCT;SOR=1.703;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=103;TCF=75;TCR=28;TR=102;WE=26152674;WS=26152656;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,129:1.00:129
chr1	26152758	rs6598924	A	G	9255.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.009;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=377;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=137;NR=107;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.117;SC=TCATCATGGCATCTGTAAATG;SOR=0.858;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=244;TCF=137;TCR=107;TR=244;WE=26152766;WS=26152748;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,364:0.99:368
chr1	26310394	rs2275102	A	G	2997.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=47;NR=31;PP=1560;SC=GTAGGGAGAGAACAGGCTCAT;SOR=1.015;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=78;TCF=47;TCR=31;TR=78;WE=26310402;WS=26310384;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr1	26314564	rs2245979	T	C	1203.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=24;NR=9;PP=647;SC=AAAGGCCTTCTGGGGAAGGTG;SOR=1.609;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=24;TCR=9;TR=33;WE=26314572;WS=26314554;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr1	26317177	rs145457479	G	A	1921.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.474;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.968;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=17;PP=1036;ReadPosRankSum=0.177;SC=GGTGCCGGCAGAAGCAGTGCA;SOR=0.859;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=110;TCF=75;TCR=35;TR=60;WE=26317185;WS=26317167;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,87:0.52:166
chr1	26349109	rs78022960	C	CT	2148.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=1.862;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.480;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=23;PP=1535;ReadPosRankSum=-0.436;SC=GGCCTCCCAGCTTCCCTAGCC;SOR=0.896;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=88;TCF=34;TCR=54;TR=43;WE=26349117;WS=26349099;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:111,86:0.44:197
chr1	26357667	rs11247848	G	A	8262.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-3.561;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=882;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.100;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=112;NR=118;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.936;SC=ACCCCTCACTGCTGTGGAACA;SOR=0.674;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=499;TCF=254;TCR=245;TR=230;WE=26357675;WS=26357657;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:452,428:0.49:880
chr1	26357855	rs2802321	A	G	9509.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=337;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=104;NR=117;PP=2965;SC=TCCAAGCCCTAACATTTTTCC;SOR=0.767;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=222;TCF=104;TCR=118;TR=221;WE=26357863;WS=26357845;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,336:1.00:336
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chr1	26372144	rs6686190	A	G	1106.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=3.206;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.112;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=8;PP=793;ReadPosRankSum=-0.059;SC=CAGGGGTCAGAATCTGGGCTG;SOR=1.033;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=76;TCF=61;TCR=15;TR=41;WE=26372152;WS=26372134;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,45:0.51:88
chr1	26383875	rs2275947	A	G	345.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-1.877;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=10;PP=195;ReadPosRankSum=-0.520;SC=AGTGCAGGGAAGAGAGGGCAC;SOR=0.668;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=23;TCF=4;TCR=19;TR=12;WE=26383883;WS=26383865;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,15:0.58:26
chr1	26384013	rs12059101	A	G	256.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.919;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.128;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=4;PP=157;ReadPosRankSum=-0.212;SC=AAGCCAGCCTAGAGTGAGACC;SOR=0.105;SbPval=0.2;Source=Platypus;TC=31;TCF=25;TCR=6;TR=12;WE=26384021;WS=26384003;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,13:0.41:32
chr1	26385003	rs2275950	T	C	4589.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.976;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=400;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=56;PP=2102;ReadPosRankSum=-0.798;SC=CTAAGCTTTTTCTCCTGCTCC;SOR=0.702;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=244;TCF=130;TCR=114;TR=121;WE=26385011;WS=26384993;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:185,213:0.54:398
chr1	26385150	rs2275949	G	C	3385.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=2.256;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=299;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=71;PP=1968;ReadPosRankSum=-0.343;SC=GTTCTGTAGGGTCTTTATTCC;SOR=0.695;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=215;TCF=85;TCR=130;TR=119;WE=26385158;WS=26385140;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:137,156:0.53:293
chr1	26488019	rs3748857	G	A	3062.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.118;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=315;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.890;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=73;PP=1930;ReadPosRankSum=0.633;SC=GGCGGCTGCCGAGGCCTGATT;SOR=0.769;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=243;TCF=89;TCR=154;TR=112;WE=26488027;WS=26488009;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:169,140:0.45:309
chr1	26496370	rs2232646	C	T	320.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.773;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=2;PP=150;ReadPosRankSum=-0.673;SC=CCGAGCCTGCCTAGCCCCCCG;SOR=0.420;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=26;TCF=22;TCR=4;TR=11;WE=26496378;WS=26496360;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,15:0.43:35
chr1	26496651	rs7087	T	C	3743.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-0.122;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=391;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.250;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=57;PP=1537;ReadPosRankSum=0.031;SC=CAGGGGGCGGTCTGCACCGCT;SOR=0.545;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=231;TCF=97;TCR=134;TR=103;WE=26496659;WS=26496641;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:200,185:0.48:385
chr1	26496870	rs2232654	A	G	1031.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.177;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.974;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=15;PP=665;ReadPosRankSum=0.622;SC=TTGGGAGACTATCACCTCCTC;SOR=0.311;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=54;TCF=36;TCR=18;TR=42;WE=26496878;WS=26496860;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,45:0.69:65
chr1	26504196	rs2783707	C	G	724.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.642;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.384;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=22;PP=506;ReadPosRankSum=-0.539;SC=ACTGGGTGCGCTGGTTCACAC;SOR=1.075;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=53;TCF=14;TCR=39;TR=29;WE=26504204;WS=26504186;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,32:0.53:60
chr1	26508293	rs3819033	G	A	1847.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.970;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.311;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=18;PP=873;ReadPosRankSum=-0.947;SC=TGAGTAATTGGCTCTGAGTGG;SOR=0.927;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=135;TCF=87;TCR=48;TR=60;WE=26508301;WS=26508283;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:107,89:0.45:196
chr1	26508480	rs2275945	T	C	1752.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.383;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.601;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=54;PP=1025;ReadPosRankSum=0.617;SC=GAGACCAAGCTGGGCTAGAGC;SOR=0.765;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=139;TCF=39;TCR=100;TR=76;WE=26508488;WS=26508470;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,86:0.50:171
chr1	26510336	rs115982258	C	T	1226.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.418;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FS=3.823;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.84;MQRankSum=0.000;QD=8.18;ReadPosRankSum=-0.672;SOR=0.384;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:72,78:0.52:150
chr1	26511139	rs2297711	G	A	478.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=2.052;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.432;HP=4;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=16;PP=340;ReadPosRankSum=-0.126;SC=GGGTTCCCCTGTTTGAGGAGC;SOR=1.429;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=28;TCF=2;TCR=26;TR=17;WE=26511147;WS=26511129;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,21:0.51:41
chr1	26511700	rs2783680	A	G	6860.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-1.464;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=280;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.479;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=80;NR=84;PP=2825;ReadPosRankSum=-0.959;SC=ACACAAAAACAGGTAGGCAAG;SOR=0.354;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=166;TCF=82;TCR=84;TR=164;WE=26511708;WS=26511690;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,271:0.99:275
chr1	26515956	rs1045105	C	A	7904.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=0.117;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=780;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=118;NR=111;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.350;SC=ACAGTCCCCCCACTCCCTGCC;SOR=0.682;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=415;TCF=215;TCR=200;TR=229;WE=26515964;WS=26515946;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:383,387:0.50:770
chr1	26517667	rs11247864	T	C	1014.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=2.177;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.704;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=9;PP=586;ReadPosRankSum=-0.514;SC=TCTCAGATGATTTCCCCCCTC;SOR=1.024;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=72;TCF=51;TCR=21;TR=35;WE=26517675;WS=26517657;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,48:0.47:103
chr1	26524706	rs9970046	A	G	2061.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.178;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=40;PP=1222;ReadPosRankSum=0.782;SC=GCGTTCATTTACATGACATTT;SOR=0.691;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=141;TCF=63;TCR=78;TR=71;WE=26524714;WS=26524696;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:89,91:0.51:180
chr1	26527863	rs17163674	C	T	1870.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.275;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FS=3.781;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.62;ReadPosRankSum=0.540;SOR=1.020;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:71,90:0.56:161
chr1	26528181	rs34161386	C	CT	63.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.472;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.18;MQRankSum=1.228;QD=2.28;ReadPosRankSum=-0.124;SOR=0.465;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,10:0.36:28
chr1	26528922	rs10902720	C	G	1274.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=2.071;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.377;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=11;PP=649;ReadPosRankSum=-0.757;SC=AGGTGAGTAACGGAGGCTGCC;SOR=1.135;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=85;TCF=57;TCR=28;TR=39;WE=26528930;WS=26528912;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,60:0.45:133
chr1	26529121	rs6691747	G	C	778.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-1.549;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.270;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=22;PP=492;ReadPosRankSum=-0.694;SC=GCAGAGCCTGGCCAGAGCCCA;SOR=0.392;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=60;TCF=17;TCR=43;TR=33;WE=26529129;WS=26529111;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,35:0.53:66
chr1	26597435	rs4659419	G	A	2838.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.572;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=279;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.443;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=34;PP=1245;ReadPosRankSum=-0.460;SC=TGTGCAATAAGTAGCAGAACC;SOR=0.750;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=161;TCF=94;TCR=67;TR=84;WE=26597443;WS=26597425;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:131,142:0.52:273
chr1	26597673	rs11247894	G	A	209.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.870;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.139;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=8;PP=111;ReadPosRankSum=-0.308;SC=GGAGGGATACGTGAATTCTTG;SOR=0.269;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=27;TCF=2;TCR=25;TR=8;WE=26597681;WS=26597663;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,11:0.37:30
chr1	26601570	rs11577318	A	G	1970.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.784;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=36;PP=921;ReadPosRankSum=-0.393;SC=GAGGTGAGCAACATTAGTCAG;SOR=0.702;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=98;TCF=33;TCR=65;TR=55;WE=26601578;WS=26601560;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,91:0.54:169
chr1	26608769	rs35567724	C	T	1340.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.990;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.68;ReadPosRankSum=-0.007;SOR=0.656;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:54,44:0.45:98
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chr1	26608865	.	ACC	A	2714.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.981;ClippingRankSum=0.000;DP=144;ExcessHet=3.0103;FS=0.663;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=63.44;MQRankSum=7.942;QD=18.98;ReadPosRankSum=0.408;SOR=0.774;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:68,75:0.52:143
chr1	26608868	.	GGGACTGGGGCCGGGACCGGGACCGGGAC	G	2545.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=3.257;ClippingRankSum=0.000;DP=179;ExcessHet=3.0103;FS=2.016;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=62.78;MQRankSum=9.377;QD=14.46;ReadPosRankSum=0.903;SOR=0.889;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:102,74:0.42:176
chr1	26609093	rs72872912	A	T	5396.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.657;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=477;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.447;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=93;NR=76;PP=2715;ReadPosRankSum=1.593;SC=CAGGCTGGGCAGTGGGACCAG;SOR=0.818;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=338;TCF=174;TCR=164;TR=169;WE=26609101;WS=26609083;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:224,248:0.53:472
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chr1	26610891	rs4332350	A	C	4287.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-2.434;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=438;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=60;PP=1437;ReadPosRankSum=-1.241;SC=CTTGTGCATCAGCTGCCTGCC;SOR=0.667;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=268;TCF=128;TCR=140;TR=116;WE=26610899;WS=26610881;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:220,215:0.49:435
chr1	26612042	rs11247898	A	G	408.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.719;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.072;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=9;PP=184;ReadPosRankSum=-0.076;SC=GCTGCAAGGGAAGAGGAAAAG;SOR=0.662;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=40;TCF=19;TCR=21;TR=17;WE=26612050;WS=26612032;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,23:0.45:51
chr1	26620846	rs3832184	C	CA	4690.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=2.840;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=293;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.446;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=2.593;NF=10;NR=62;PP=2834;ReadPosRankSum=0.328;SC=GGGGGAGATGCGGGGCACCGT;SOR=0.739;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=145;TCF=17;TCR=128;TR=72;WE=26620854;WS=26620836;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:135,144:0.52:279
chr1	26627478	rs2276712	T	C	8883.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.954;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=901;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=130;NR=120;PP=2962;ReadPosRankSum=0.608;SC=TCTTTTCTTCTGAGCCACACC;SOR=0.698;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=517;TCF=266;TCR=251;TR=250;WE=26627486;WS=26627468;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:452,445:0.50:897
chr1	26629465	rs11803933	G	C	208.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.635;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.35;ReadPosRankSum=-1.309;SOR=0.722;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,14:0.36:39
chr1	26646611	rs111668601	TA	T	209.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.901;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FS=0.760;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.05;MQRankSum=2.596;QD=1.12;ReadPosRankSum=0.580;SOR=0.602;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:137,51:0.27:188
chr1	26646726	rs1071849	A	G	8441.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.354;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=506;ExcessHet=3.0103;FS=1.109;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.02;MQRankSum=1.073;QD=16.99;ReadPosRankSum=-2.121;SOR=0.827;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:265,232:0.47:497
chr1	26646730	rs17645	A	G	8317.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.649;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=488;ExcessHet=3.0103;FS=1.737;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.02;MQRankSum=1.091;QD=17.33;ReadPosRankSum=-1.694;SOR=0.830;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:260,220:0.46:480
chr1	26648328	rs12568163	G	A	775.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=2.513;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.139;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=6;PP=532;ReadPosRankSum=0.665;SC=ACCCCACCCCGAAATATCAAG;SOR=0.909;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=53;TCF=43;TCR=10;TR=30;WE=26648336;WS=26648318;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,34:0.54:63
chr1	26648551	rs11247913	G	C	5276.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.208;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=529;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.517;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=98;NR=76;PP=2351;ReadPosRankSum=0.895;SC=CGGCCTCCTGGGGGTGGGATG;SOR=0.760;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=345;TCF=190;TCR=155;TR=174;WE=26648559;WS=26648541;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:262,256:0.49:518
chr1	26654937	rs11589684	G	C	2799.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=3.116;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=273;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.148;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=61;PP=1708;ReadPosRankSum=0.229;SC=TTCTCCCATGGAGGGATTCCT;SOR=0.947;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=192;TCF=73;TCR=119;TR=94;WE=26654945;WS=26654927;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:139,128:0.48:267
chr1	26662774	rs7517559	C	T	2917.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.268;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.719;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=71;NR=31;PP=1712;ReadPosRankSum=1.545;SC=GGGAAAGGTCCGAAATGAGGG;SOR=0.561;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=178;TCF=123;TCR=55;TR=102;WE=26662782;WS=26662764;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:99,129:0.57:228
chr1	26662904	rs72649360	C	T	6995.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=2.294;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=608;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.517;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=92;NR=99;PP=2962;ReadPosRankSum=2.286;SC=GGGTGCCGGCCCCTAGCCTTG;SOR=0.665;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=336;TCF=163;TCR=173;TR=191;WE=26662912;WS=26662894;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:281,325:0.54:606
chr1	26664219	rs4072445	T	C	1576.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.945;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.537;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=31;PP=725;ReadPosRankSum=-2.145;SC=CCCAGCCAGCTCAGGAATGGC;SOR=0.753;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=138;TCF=53;TCR=85;TR=48;WE=26664227;WS=26664209;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:116,81:0.41:197
chr1	26670401	rs41285435	G	A	2935.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.497;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=310;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.156;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=49;PP=1399;ReadPosRankSum=0.998;SC=CCTCCTTGGCGGTAGGCACCA;SOR=0.618;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=206;TCF=107;TCR=99;TR=94;WE=26670409;WS=26670391;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:162,145:0.47:307
chr1	26670444	rs36024412	G	T	3868.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-2.470;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=359;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.245;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=49;PP=1555;ReadPosRankSum=0.818;SC=TCCAAGACGGGAAGTGGGCCT;SOR=0.765;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=216;TCF=115;TCR=101;TR=109;WE=26670452;WS=26670434;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:167,188:0.53:355
chr1	26670609	rs34370465	C	T	3237.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.004;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=361;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.721;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-1.586;NF=49;NR=57;PP=1441;ReadPosRankSum=3.555;SC=CTCCTGCCTGCGCTGGAGCTT;SOR=0.794;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=226;TCF=109;TCR=117;TR=106;WE=26670617;WS=26670599;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:196,164:0.46:360
chr1	26670650	rs199784730	T	TTCC	6506.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-0.132;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=444;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.242;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=2.574;NF=26;NR=42;PP=2855;ReadPosRankSum=4.133;SC=GGTTCTCTGGTTCCTCCTCCT;SOR=0.780;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=176;TCF=62;TCR=114;TR=68;WE=26670660;WS=26670640;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:187,172:0.48:359
chr1	26671522	.	GAAATGAGGCATCA	G	2037.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.595;ClippingRankSum=0.000;DP=199;ExcessHet=3.0103;FS=2.888;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.81;MQRankSum=0.663;QD=12.74;ReadPosRankSum=-2.247;SOR=0.630;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:102,58:0.36:160
chr1	26671538	.	AGCAC	A	2101.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.584;ClippingRankSum=0.000;DP=187;ExcessHet=3.0103;FS=0.619;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.83;MQRankSum=0.648;QD=13.83;ReadPosRankSum=-1.831;SOR=0.670;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:95,57:0.38:152
chr1	26671544	.	GGGGCCCTTCACGACCTCTTTCCAGGTGGGGAACA	G	1954.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.951;ClippingRankSum=0.000;DP=206;ExcessHet=3.0103;FS=0.590;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.89;MQRankSum=1.004;QD=11.43;ReadPosRankSum=-1.506;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:112,59:0.35:171
chr1	26689659	rs11247932	G	A	1789.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.986;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=308;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.285;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=40;PP=898;ReadPosRankSum=0.059;SC=AGTCAGATGCGGGATAAATGC;SOR=0.883;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=196;TCF=88;TCR=108;TR=66;WE=26689667;WS=26689649;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:206,102:0.33:308
chr1	26691174	rs11247933	C	A	3200.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=2.096;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=359;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.838;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=51;PP=1767;ReadPosRankSum=-0.035;SC=CATGCCACCACGCTCCAGGCC;SOR=0.786;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=245;TCF=125;TCR=120;TR=112;WE=26691182;WS=26691164;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:193,157:0.45:350
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chr1	26694260	rs10794532	T	C	2515.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.897;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.10;ReadPosRankSum=0.056;SOR=0.667;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:73,66:0.47:139
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chr1	26698938	rs6703878	A	G	3019.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.936;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=278;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.728;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=25;PP=1197;ReadPosRankSum=-0.100;SC=CAAATACTTAATTCCAACCTC;SOR=0.541;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=178;TCF=124;TCR=54;TR=79;WE=26698946;WS=26698928;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:134,141:0.51:275
chr1	26699103	rs11584185	T	C	3100.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.100;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=340;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.665;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=55;PP=1410;ReadPosRankSum=0.435;SC=CTTGCACAACTTCTCTGTTAG;SOR=0.450;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=219;TCF=72;TCR=147;TR=87;WE=26699111;WS=26699093;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:181,152:0.46:333
chr1	26699157	rs11247937	T	C	1051.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=4.659;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-1.121;NF=6;NR=28;PP=709;ReadPosRankSum=1.591;SC=CTTCCCAACCTACTCTGGTGA;SOR=0.586;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=81;TCF=14;TCR=67;TR=34;WE=26699165;WS=26699147;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,43:0.43:99
chr1	26700631	rs12079255	A	G	1824.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.894;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.534;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=16;PP=973;ReadPosRankSum=1.837;SC=GTTCACCAAAACTCTACTCCC;SOR=0.897;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=126;TCF=84;TCR=42;TR=56;WE=26700639;WS=26700621;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:110,86:0.44:196
chr1	26700795	rs7520030	T	C	10217.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=0.655;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=389;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=91;NR=118;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.569;SC=CCAGCTGTGCTCCCTCCTGGC;SOR=0.848;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=211;TCF=92;TCR=119;TR=209;WE=26700803;WS=26700785;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,386:0.99:388
chr1	26752992	rs4659441	T	C	3621.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQ=59.98;NF=32;NR=72;PP=1840;SC=CAGGAAGTTTTGAGGAGCAGG;SOR=1.575;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=104;TCF=32;TCR=72;TR=104;WE=26753000;WS=26752982;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,137:1.00:137
chr1	26786627	rs3816539	G	A	2738.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.581;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=284;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.962;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=44;PP=1237;ReadPosRankSum=-2.174;SC=GAACCATAGCGTGCTTCAGGT;SOR=0.500;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=190;TCF=83;TCR=107;TR=83;WE=26786635;WS=26786617;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:145,135:0.48:280
chr1	26801229	rs72651510	C	A	668.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.500;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=11;PP=259;ReadPosRankSum=-1.183;SC=AATTTAATTGCCCTTTTCTTG;SOR=0.690;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=65;TCF=26;TCR=39;TR=19;WE=26801237;WS=26801219;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,38:0.36:105
chr1	26856462	rs11800553	T	G	546.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=7;PP=176;SC=AGCTAGTGCCTCTGGACCCGG;SOR=1.127;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=3;TCR=7;TR=10;WE=26856470;WS=26856452;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr1	26869610	rs921893	G	A	10644.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=405;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=163;NR=90;PP=2965;SC=AGCAGAAGTAGGAAGAGTAAC;SOR=1.190;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=253;TCF=163;TCR=90;TR=253;WE=26869618;WS=26869600;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,400:1.00:400
chr1	26870730	rs1466286	C	G	2887.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.060;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=269;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.711;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=49;PP=1424;ReadPosRankSum=0.499;SC=CTGCCTACCTCTGTCTGTGGT;SOR=0.545;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=173;TCF=68;TCR=105;TR=86;WE=26870738;WS=26870720;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:130,134:0.51:264
chr1	26872554	rs12723936	A	G	1159.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.365;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=16;PP=409;ReadPosRankSum=1.974;SC=TCTGGTCCTGACCTGGCTGTG;SOR=0.662;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=91;TCF=44;TCR=47;TR=31;WE=26872562;WS=26872544;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:93,61:0.40:154
chr1	26879376	rs7543005	T	C	5072.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.902;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=734;ExcessHet=3.0103;FS=4.095;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.08;ReadPosRankSum=-1.686;SOR=1.021;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:389,327:0.46:716
chr1	26879792	rs4970489	T	C	1058.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=28;NR=0;PP=803;SC=CCAGGGTGGCTCTTCAGGACC;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=28;TCF=28;TCR=0;TR=28;WE=26879800;WS=26879791;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr1	26879920	rs4970490	T	C	7692.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-2.341;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=300;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=101;NR=68;PP=2913;ReadPosRankSum=0.515;SC=TTTACCTGGCTGAGCTGGCTC;SOR=0.338;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=171;TCF=102;TCR=69;TR=169;WE=26879928;WS=26879910;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,293:1.00:294
chr1	26880989	rs873151	T	C	1170.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=2.578;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.536;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=2;PP=736;ReadPosRankSum=2.228;SC=ATGGGGGTGATGCCTTCTGGC;SOR=1.899;SbPval=0.94;Source=Platypus;TC=77;TCF=67;TCR=10;TR=36;WE=26880997;WS=26880979;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,48:0.48:99
chr1	26881565	rs67600391	AG	A	680.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.239;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.067;HP=5;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=6;PP=545;ReadPosRankSum=1.236;SC=ACTGGGGCAGAGGGGTCTGAC;SOR=0.941;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=40;TCF=25;TCR=15;TR=17;WE=26881573;WS=26881555;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,26:0.41:63
chr1	26881806	rs897641	C	A	2465.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.266;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.665;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=47;PP=1362;ReadPosRankSum=-2.175;SC=CCTGCCTCAGCTACCCTCTCT;SOR=0.569;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=147;TCF=63;TCR=84;TR=86;WE=26881814;WS=26881796;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:102,114:0.53:216
chr1	26887150	rs34062688	A	G	1240.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.673;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=19;PP=840;ReadPosRankSum=3.739;SC=CCAAGACCTTAGGTCCTGGGG;SOR=0.652;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=97;TCF=66;TCR=31;TR=53;WE=26887158;WS=26887139;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,60:0.46:130
chr1	26887592	rs1064196	T	C	1508.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=2.648;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.630;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=25;PP=797;ReadPosRankSum=-0.754;SC=TTCTGCGGTATGGCCAGCACC;SOR=0.769;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=91;TCF=49;TCR=42;TR=54;WE=26887600;WS=26887582;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,72:0.53:137
chr1	26898142	rs188158	A	G	2875.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=4.516;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=306;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=60;PP=1924;ReadPosRankSum=1.212;SC=GTGAGGGGGAATTGGAGGCCT;SOR=0.666;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=219;TCF=102;TCR=117;TR=111;WE=26898150;WS=26898132;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:162,132:0.45:294
chr1	26898956	rs282176	T	C	500.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=1.590;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.410;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=13;PP=348;ReadPosRankSum=-1.405;SC=ACCACCTCCGTACCTTGTTGG;SOR=0.419;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=33;TCF=9;TCR=24;TR=19;WE=26898964;WS=26898946;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,21:0.57:37
chr1	26899687	rs282178	C	A	2841.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.405;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=277;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.252;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=75;NR=33;PP=1743;ReadPosRankSum=0.301;SC=CAGCCCTCCCCCAACCCCCTT;SOR=0.955;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=218;TCF=146;TCR=72;TR=108;WE=26899695;WS=26899677;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:140,130:0.48:270
chr1	26900735	rs282179	C	G	7821.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=283;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=81;NR=128;PP=2965;SC=TAGCTTGACACAGTCAGCATG;SOR=1.071;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=211;TCF=83;TCR=128;TR=209;WE=26900743;WS=26900725;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,277:1.00:277
chr1	26901090	rs11113	C	T	1383.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=37;PP=1018;SC=GGGACCCCCACGATTGGCCAC;SOR=3.209;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=42;TCF=5;TCR=37;TR=42;WE=26901098;WS=26901080;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr1	27088546	rs113319329	A	T	587.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.531;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=6;PP=353;ReadPosRankSum=-1.218;SC=AGTGGCTGCTAAAGAAAATGT;SOR=0.749;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=30;TCF=22;TCR=8;TR=22;WE=27088554;WS=27088536;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,26:0.67:39
chr1	27094156	rs34502618	A	G	329.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.833;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=2;PP=247;ReadPosRankSum=0.316;SC=TGAAGGTAGGACAGGTGTTAG;SOR=1.270;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=18;TCF=15;TCR=3;TR=13;WE=27094164;WS=27094154;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,13:0.72:18
chr1	27097515	rs76490152	A	G	340.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=4.971;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=0;PP=279;ReadPosRankSum=1.133;SC=TGGTTCTACAAAGATGAATAC;SOR=1.230;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=29;TCF=28;TCR=1;TR=13;WE=27097523;WS=27097505;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,13:0.42:31
chr1	27105553	.	C	T	967.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-1.101;ClippingRankSum=0.000;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.779;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=11;PP=529;ReadPosRankSum=2.837;SC=ATATTTCCGACGATGCCTGAT;SOR=0.608;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=71;TCF=52;TCR=19;TR=37;WE=27105561;WS=27105543;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,48:0.48:99
chr1	27153703	rs112408368	A	G	723.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.624;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=26;PP=603;ReadPosRankSum=0.565;SC=CCTGCTGGGCACTCCGTGCCT;SOR=0.555;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=61;TCF=14;TCR=47;TR=36;WE=27153711;WS=27153693;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,33:0.54:61
chr1	27158844	rs34924059	G	T	1563.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-4.036;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.509;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=17;PP=1016;ReadPosRankSum=-0.371;SC=TTTGGTGGTGGTTGTTGGAAT;SOR=0.495;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=114;TCF=87;TCR=27;TR=64;WE=27158852;WS=27158834;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,71:0.51:138
chr1	27174976	rs17370283	C	G	1044.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-4.951;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.760;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=2;PP=709;ReadPosRankSum=0.903;SC=ATGTTTGTTCCTGGGAACCTG;SOR=1.240;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=91;TCF=84;TCR=7;TR=44;WE=27174984;WS=27174967;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,51:0.48:106
chr1	27210721	rs3170660	T	C	1017.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=-1.412;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.368;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=11;PP=225;ReadPosRankSum=-0.499;SC=TCTTGGGCTCTGAAACAGTAT;SOR=0.778;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=69;TCF=36;TCR=33;TR=24;WE=27210729;WS=27210711;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,57:0.43:134
chr1	27320356	rs6689941	T	C	7238.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.64;DB;DP=288;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=80;NR=58;PP=2392;SC=GCCGCCGCCCTGGGATCCCAT;SOR=0.854;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=138;TCF=80;TCR=58;TR=138;WE=27320364;WS=27320346;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,279:1.00:279
chr1	27426796	rs4266911	T	C	3099.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=44;NR=22;PP=1433;SC=CTGGCCCTGGTGTTACTGCCC;SOR=1.081;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=66;TCF=44;TCR=22;TR=66;WE=27426804;WS=27426786;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr1	27427041	rs4418629	T	C	18108.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=693;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=182;NR=193;PP=2965;SC=CCTTCAGCTCTTCATTCACCA;SOR=0.740;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=375;TCF=182;TCR=193;TR=375;WE=27427049;WS=27427031;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,690:1.00:690
chr1	27428321	rs6598870	T	C	1613.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.727;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FS=0.543;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.72;ReadPosRankSum=1.057;SOR=0.614;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:99,86:0.46:185
chr1	27435976	rs3738689	C	G	1791.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.983;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=25.279;HP=4;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=15;PP=820;ReadPosRankSum=1.285;SC=CAGCCCCCGCCCCCACCCCGC;SOR=1.448;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=121;TCF=83;TCR=38;TR=55;WE=27435984;WS=27435966;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,86:0.57:151
chr1	27480757	rs34306208	A	G	3998.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.378;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=411;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.516;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=62;PP=1882;ReadPosRankSum=-1.249;SC=CCACCAAAGCAACCACCACGA;SOR=0.736;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=231;TCF=114;TCR=117;TR=118;WE=27480765;WS=27480747;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:209,195:0.48:404
chr1	27609980	rs6670124	T	G	9144.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=340;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=92;NR=145;PP=2965;SC=AAGCCACAGATCAAGCACAAG;SOR=1.044;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=238;TCF=92;TCR=146;TR=237;WE=27609988;WS=27609970;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,335:1.00:335
chr1	27610043	rs41291064	T	C	1110.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=1.176;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.787;HP=1;HapScore=2;MGOF=32;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=37;PP=834;ReadPosRankSum=-1.043;SC=CCATATACCGTCTAGGGTCAC;SOR=0.247;SbPval=0.24;Source=Platypus;TC=92;TCF=16;TCR=76;TR=48;WE=27610051;WS=27610033;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,48:0.49:97
chr1	27660340	rs12758154	T	C	568.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=4;PP=389;ReadPosRankSum=-0.374;SC=TTACTGTACATCTCAGCACCC;SOR=0.846;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=34;TCF=28;TCR=6;TR=22;WE=27660348;WS=27660333;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,26:0.62:42
chr1	27660568	rs35771571	G	A	4731.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=3.419;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=463;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.029;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=101;NR=45;PP=2634;ReadPosRankSum=0.108;SC=GGGCGGCACCGGCACTCCCCA;SOR=1.026;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=301;TCF=190;TCR=111;TR=146;WE=27660576;WS=27660558;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:238,218:0.48:456
chr1	27661037	rs12565684	T	C	1474.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=1.826;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=16;PP=992;ReadPosRankSum=0.720;SC=TGGTCTCTCTTAGCCACAGCT;SOR=0.648;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=99;TCF=69;TCR=30;TR=54;WE=27661045;WS=27661027;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,62:0.53:117
chr1	27661755	rs71294466	T	TGTA	1420.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=1.424;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.432;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=1;PP=1258;ReadPosRankSum=0.367;SC=AGGGGGTGGTTGGGTTTTCCT;SOR=1.711;SbPval=0.98;Source=Platypus;TC=59;TCF=51;TCR=8;TR=30;WE=27661763;WS=27661745;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,36:0.48:75
chr1	27676925	rs6702341	G	A	7635.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-2.551;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=754;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=102;NR=119;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.933;SC=GCAAGCGCAAGACGGCGGTGA;SOR=0.694;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=412;TCF=189;TCR=223;TR=221;WE=27676933;WS=27676915;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:360,381:0.51:741
chr1	27679692	rs11247639	A	G	3536.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=73;NR=22;PP=2321;SC=CATATGTGAGAGAGAATGAGT;SOR=2.147;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=95;TCF=73;TCR=22;TR=95;WE=27679700;WS=27679682;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr1	27679797	rs3813795	A	G	11749.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=456;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=145;NR=121;PP=2965;SC=GATGACAGCCAGGCCAGCCGC;SOR=0.805;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=266;TCF=145;TCR=121;TR=266;WE=27679805;WS=27679787;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,450:1.00:450
chr1	27679954	rs1128918	G	A	1959.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.315;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=46;PP=1072;ReadPosRankSum=-0.382;SC=GCCAGCTGGGGGGCACACGCC;SOR=0.666;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=156;TCF=50;TCR=106;TR=67;WE=27679962;WS=27679944;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:114,93:0.45:207
chr1	27680292	rs8533	A	G	6723.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=251;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=85;NR=66;PP=2965;SC=AGCCGTGCGAATGGGTGGATG;SOR=0.885;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=151;TCF=85;TCR=66;TR=151;WE=27680300;WS=27680282;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,248:1.00:248
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chr1	27686063	rs7521552	G	C	2505.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=22;NR=47;PP=1535;SC=GCCAGCAGAAGTAGACCCTCT;SOR=1.556;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=69;TCF=22;TCR=47;TR=69;WE=27686071;WS=27686053;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr1	27687366	rs35733093	C	G	11678.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=-1.802;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=446;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=119;NR=149;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.898;SC=TTCAGCAGGGCCCGCGGCCCC;SOR=0.306;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=269;TCF=119;TCR=150;TR=268;WE=27687374;WS=27687356;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,435:1.00:436
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chr1	27688633	rs1138294	G	A	8019.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.721;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=315;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.180;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=81;NR=99;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.006;SC=CACCACCTGGGTGGGGTCATT;SOR=0.525;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=184;TCF=83;TCR=101;TR=180;WE=27688641;WS=27688623;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,307:0.99:310
chr1	27696011	rs10218730	C	T	2614.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=14;NR=66;PP=1876;SC=CCCAGCACCACGCCTGGCACC;SOR=2.967;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=80;TCF=14;TCR=66;TR=80;WE=27696019;WS=27696001;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr1	27720178	rs2504786	T	C	1153.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.052;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.030;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=6;PP=678;ReadPosRankSum=0.379;SC=GCATTGGGACTCTATCAGGTA;SOR=1.010;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=65;TCF=50;TCR=15;TR=35;WE=27720186;WS=27720168;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,49:0.59:83
chr1	27875824	rs4908364	C	T	7130.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=276;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=88;NR=94;PP=2965;SC=CAGTCTGAAGCGGCTGGAGTT;SOR=0.731;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=182;TCF=88;TCR=94;TR=182;WE=27875832;WS=27875814;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,269:1.00:269
chr1	27876482	rs2076457	C	A	14893.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=4.956;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=574;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=7.418;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=141;NR=220;PP=2965;ReadPosRankSum=0.949;SC=CAGTAAGGCCCGGGCCCCCGA;SOR=0.648;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=366;TCF=145;TCR=221;TR=361;WE=27876490;WS=27876472;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:6,561:0.99:567
chr1	27944000	rs1292089	T	A	1392.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=7;NR=34;PP=987;SC=GTAGGTGCCCTGCAAAGGTTA;SOR=2.737;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=42;TCF=8;TCR=34;TR=41;WE=27944008;WS=27943990;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr1	27995077	rs56015130	G	T	4249.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.917;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.449;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=83;PP=2645;ReadPosRankSum=1.155;SC=CGTAGTGGGGGTGTTGGGGTG;SOR=1.254;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=122;TCF=39;TCR=83;TR=121;WE=27995085;WS=27995067;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,155:0.99:156
chr1	28086528	rs141031717	C	T	453.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.378;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=1.154;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.08;ReadPosRankSum=-0.199;SOR=0.469;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,23:0.51:45
chr1	28086955	rs10902671	C	A	3636.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=57;NR=31;PP=1684;SC=TGAAAAATAGCTTATATCCTG;SOR=1.187;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=88;TCF=57;TCR=31;TR=88;WE=28086963;WS=28086945;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,136:1.00:136
chr1	28206588	rs12568383	T	C	3327.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.836;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=376;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.246;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=79;PP=1628;ReadPosRankSum=0.360;SC=GGCAGATGGATGCGCGCTGCT;SOR=0.771;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=274;TCF=102;TCR=172;TR=124;WE=28206596;WS=28206578;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:203,169:0.45:372
chr1	28209305	rs3766398	A	G	7484.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=272;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=102;NR=86;PP=2965;SC=TGGTGAGCCTAGACTCTGAGC;SOR=0.826;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=189;TCF=103;TCR=86;TR=188;WE=28209313;WS=28209295;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,271:1.00:271
chr1	28209362	rs3766399	T	C	13808.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=311;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.27;SOR=0.781;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,305:1.00:305
chr1	28209366	rs3766400	A	G	13794.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=321;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.79;SOR=0.806;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,315:1.00:315
chr1	28212272	rs11247705	G	A	1651.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.247;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.313;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=14;PP=1019;ReadPosRankSum=0.320;SC=AAGACCGTAGGGCATCCAGGC;SOR=0.575;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=114;TCF=84;TCR=30;TR=53;WE=28212280;WS=28212262;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,76:0.47:162
chr1	28220392	rs192157818	T	C	1107.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.745;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=18;PP=662;ReadPosRankSum=1.804;SC=AGTGCTGAGATTACAGGCGTG;SOR=0.723;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=99;TCF=58;TCR=41;TR=44;WE=28220400;WS=28220382;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,58:0.41:140
chr1	28223981	.	TAA	T	299.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.975;ClippingRankSum=0.000;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=6.117;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.27;ReadPosRankSum=-2.058;SOR=0.048;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,14:0.67:21
chr1	28224312	rs2295367	C	T	225.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.162;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=6;PP=92;ReadPosRankSum=-0.183;SC=GAGAAAGTTACGAAGTAGAAG;SOR=0.784;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=18;TCF=4;TCR=14;TR=7;WE=28224320;WS=28224302;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,13:0.46:28
chr1	28233572	.	GA	G	1015.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.938;ClippingRankSum=0.000;DP=220;ExcessHet=3.0103;FS=0.537;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.05;MQRankSum=1.160;QD=5.00;ReadPosRankSum=1.266;SOR=0.749;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:122,81:0.40:203
chr1	28240807	rs144637577	CGGGT	C	19571.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=0.461;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1080;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=2.726;NF=48;NR=151;PP=2944;ReadPosRankSum=0.957;SC=CGCCTTCCTGCGGGTGACCCC;SOR=0.664;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=435;TCF=99;TCR=336;TR=199;WE=28240818;WS=28240797;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:537,509:0.49:1046
chr1	28261593	rs3737809	T	C	790.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.202;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.13;MQRankSum=-0.622;QD=9.76;ReadPosRankSum=-1.569;SOR=0.645;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:57,24:0.30:81
chr1	28261600	rs3737808	A	C	766.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.201;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FS=0.932;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.13;MQRankSum=-0.601;QD=9.02;ReadPosRankSum=-1.089;SOR=0.533;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:61,24:0.28:85
chr1	28261658	rs3831926	T	TG	3902.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.049;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.219;NF=32;NR=26;PP=2515;ReadPosRankSum=-1.072;SC=CAACAGTGCCTGAGAATCCCA;SOR=0.820;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=62;TCF=34;TCR=28;TR=58;WE=28261666;WS=28261648;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,111:0.97:114
chr1	28261902	rs3737807	C	A	740.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-3.411;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=24;PP=498;ReadPosRankSum=0.410;SC=AGCTAGTGGGCCTTAGCAAGT;SOR=0.866;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=54;TCF=10;TCR=44;TR=30;WE=28261910;WS=28261892;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,32:0.53:60
chr1	28268573	rs10902678	C	T	224.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.092;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=2;PP=83;ReadPosRankSum=0.225;SC=CACCCTTCAGCAGTATGTGCC;SOR=0.859;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=21;TCF=16;TCR=5;TR=9;WE=28268581;WS=28268567;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,13:0.43:30
chr1	28268706	rs4908341	G	A	958.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.964;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FS=4.401;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.08;MQRankSum=1.289;QD=7.32;ReadPosRankSum=1.226;SOR=0.412;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:81,50:0.38:131
chr1	28268833	rs11386058	C	CG	2466.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.414;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.399;NF=4;NR=18;PP=1453;ReadPosRankSum=2.175;SC=AGGGCCTCCCCCAACATCCAT;SOR=0.702;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=77;TCF=16;TCR=61;TR=22;WE=28268843;WS=28268823;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:135,70:0.34:205
chr1	28268835	rs5018921	A	C	2475.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.049;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=18;PP=1449;ReadPosRankSum=2.349;SC=GGCCTCCCCCAACATCCATCC;SOR=0.674;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=114;TCF=52;TCR=62;TR=35;WE=28268843;WS=28268823;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:133,68:0.34:201
chr1	28271804	rs141404787	C	T	4296.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=2.277;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=466;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=51;PP=1886;ReadPosRankSum=2.173;SC=CCAAAGACCCCTTCCAGGTGT;SOR=0.709;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=256;TCF=138;TCR=118;TR=110;WE=28271812;WS=28271794;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:253,207:0.45:460
chr1	28282206	rs3813804	C	T	1582.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-0.985;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.572;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=16;PP=845;ReadPosRankSum=-0.360;SC=TGTACATTGTCGGCCACGTGC;SOR=0.544;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=93;TCF=65;TCR=28;TR=52;WE=28282214;WS=28282196;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,71:0.60:119
chr1	28282307	rs35908659	G	A	3219.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.646;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=344;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.318;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=68;NR=35;PP=1565;ReadPosRankSum=1.633;SC=AAGCATCATCGCGTCATAGCA;SOR=0.790;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=230;TCF=146;TCR=84;TR=103;WE=28282315;WS=28282297;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:183,155:0.46:338
chr1	28282819	rs4908381	T	C	3621.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=14;NR=95;PP=2965;SC=CTGTCACAGCTTCATACCTGG;SOR=3.383;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=109;TCF=14;TCR=95;TR=109;WE=28282827;WS=28282809;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr1	28290231	rs4373781	C	G	1642.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=32;PP=921;SC=GGCTGGCCCCCCTGTCGTGGC;SOR=1.649;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=44;TCF=12;TCR=32;TR=44;WE=28290239;WS=28290221;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr1	28301217	rs12406483	C	T	533.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.904;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.891;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=15;PP=285;ReadPosRankSum=0.505;SC=TAATCATATGCATAAGGACCT;SOR=1.700;SbPval=0.94;Source=Platypus;TC=48;TCF=8;TCR=40;TR=16;WE=28301225;WS=28301207;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,24:0.41:58
chr1	28339933	rs6683268	A	T	47.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.282;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=7.96;ReadPosRankSum=-0.842;SOR=2.093;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,3:0.50:6
chr1	28369279	rs2476547	G	A	3501.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=24;NR=78;PP=2301;SC=GTAAATCTTCGTGATATCCTT;SOR=2.187;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=104;TCF=24;TCR=80;TR=102;WE=28369287;WS=28369269;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr1	28374815	rs7541031	C	T	334.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.470;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=4.451;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.61;ReadPosRankSum=-0.119;SOR=0.264;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,19:0.43:44
chr1	28374836	.	G	GA	134.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.272;ClippingRankSum=0.000;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.54;ReadPosRankSum=-0.999;SOR=0.803;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,14:0.26:53
chr1	28422847	rs2989472	C	T	12482.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.879;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=447;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=-0.419;NF=232;NR=102;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.433;SC=TACGGCCACTCCCTGTCCCGC;SOR=0.338;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=340;TCF=234;TCR=106;TR=334;WE=28422855;WS=28422837;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,439:1.00:441
chr1	28422967	rs34450732	C	CT	4327.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.127;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=850;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.02;MQRankSum=0.000;QD=5.87;ReadPosRankSum=2.660;SOR=0.702;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:441,296:0.40:737
chr1	28817355	.	C	CA	178.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.895;ClippingRankSum=0.000;DP=72;ExcessHet=3.0103;FS=1.475;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.03;MQRankSum=1.601;QD=2.71;ReadPosRankSum=2.494;SOR=0.335;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:45,21:0.32:66
chr1	28832713	.	C	CT	186.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.977;ClippingRankSum=0.000;DP=130;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.01;ReadPosRankSum=2.295;SOR=0.740;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:67,26:0.28:93
chr1	28843271	rs139141175	CAG	C	139.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.605;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FS=2.678;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.47;ReadPosRankSum=-1.760;SOR=0.362;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:81,14:0.15:95
chr1	29016715	.	GT	G	62.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=1.486;ClippingRankSum=0.000;DP=236;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.48;ReadPosRankSum=-0.071;SOR=0.635;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:96,34:0.26:130
chr1	29016716	rs6678913	T	G	426.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.754;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FS=8.369;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.39;ReadPosRankSum=0.139;SOR=1.365;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:74,52:0.41:126
chr1	29018316	rs10538696	TTTTA	T	2356.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=1;NR=40;PP=2164;SC=ACTATATCAGTTTTATTTATT;SOR=2.480;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=74;TCF=2;TCR=72;TR=41;WE=29018331;WS=29018306;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr1	29019724	rs4654365	G	A	2330.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=3;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=7;NR=53;PP=1501;SC=CCTGGGAGACGAGATTGATTT;SOR=3.167;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=62;TCF=7;TCR=55;TR=60;WE=29019739;WS=29019714;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr1	29037240	rs11415888	C	CT	330.14	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.339;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.35;ReadPosRankSum=1.402;SOR=3.352;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:3,20:0.87:23
chr1	29063559	rs6697540	A	C	1698.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.62;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=18;NR=13;PP=654;SC=GCTCCCGCAGACGGGGCTCAT;SOR=0.859;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=31;TCF=18;TCR=13;TR=31;WE=29063567;WS=29063549;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr1	29070609	rs3835537	A	AG	728.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=12;PP=500;SC=ATACAGTATCACCTAACAGTT;SOR=2.948;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=0;TCR=14;TR=12;WE=29070617;WS=29070599;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr1	29138975	rs1042114	G	T	6119.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=88;NR=47;PP=2965;SC=CCTAGCGCCTGCCCCAGCGCT;SOR=1.189;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=137;TCF=90;TCR=47;TR=135;WE=29138983;WS=29138965;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,224:1.00:224
chr1	29320013	rs111642750	G	A	1227.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.371;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=15;PP=504;ReadPosRankSum=-0.188;SC=GCACTGCAAGGTTTCTTTGTT;SOR=0.753;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=74;TCF=41;TCR=33;TR=35;WE=29320021;WS=29320003;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,60:0.53:114
chr1	29345009	rs5773229	C	CTT	730.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=1.225;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.738;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=15;PP=675;ReadPosRankSum=0.023;SC=AGTTTAAACACAACATGGTAT;SOR=2.400;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=26;TCF=0;TCR=26;TR=15;WE=29345017;WS=29344999;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,19:0.66:29
chr1	29475341	rs2230678	C	T	3678.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=64;NR=37;PP=2370;SC=CTCTTCCTGCCCTTCCTCTTG;SOR=1.151;Source=Platypus;TCR=38;TR=101;WE=29475349;WS=29475331;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr1	29475394	rs2230677	C	G	5680.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=103;NR=56;PP=2965;SC=CCTGCTGCCCCCTTTGCTCCT;SOR=1.261;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=160;TCF=104;TCR=56;TR=159;WE=29475402;WS=29475384;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,213:1.00:213
chr1	29475648	rs2230679	T	G	5733.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=53;NR=107;PP=2965;SC=TGCGGCTCTTTTCCTTGCTGG;SOR=1.471;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=160;TCF=53;TCR=107;TR=160;WE=29475656;WS=29475638;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,199:1.00:199
chr1	29485714	rs116085517	A	G	704.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=2.940;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.317;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=7;PP=458;ReadPosRankSum=-0.894;SC=TAGCAGGAATATAATTCTGAT;SOR=1.809;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=41;TCF=27;TCR=14;TR=24;WE=29485722;WS=29485704;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,29:0.56:52
chr1	29508350	rs571016	C	T	2202.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=48;PP=1337;SC=GCAGCGGCGGCGGCGGCAACG;SOR=2.712;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=56;TCF=8;TCR=48;TR=56;WE=29508358;WS=29508340;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr1	29529699	rs1062924	T	C	9091.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=354;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=109;NR=87;PP=2965;SC=TCTGGATGACTGCTTGCCCCA;SOR=0.794;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=196;TCF=109;TCR=87;TR=196;WE=29529707;WS=29529689;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,353:1.00:353
chr1	29542435	rs2640469	C	G	2440.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=39;NR=15;PP=1107;SC=CAGGTACACTCGGCCAATCAG;SOR=1.364;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=55;TCF=39;TCR=16;TR=54;WE=29542443;WS=29542425;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr1	29542637	rs1128400	A	G	4946.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=49;NR=65;PP=2179;SC=TCAGGAAGGAATCCGTAGTTT;SOR=0.867;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=114;TCF=49;TCR=65;TR=114;WE=29542645;WS=29542627;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,185:1.00:185
chr1	29557224	rs2640466	C	T	14628.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=564;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=165;NR=155;PP=2965;SC=CCTTCCCCGGCTTCGGCGCCG;SOR=0.740;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=321;TCF=166;TCR=155;TR=320;WE=29557232;WS=29557214;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,561:1.00:561
chr1	29616318	rs2076620	C	A	3541.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.520;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=371;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.733;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=75;PP=1655;ReadPosRankSum=0.224;SC=TCTCGCTGCACCCAGCCTGGC;SOR=0.798;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=244;TCF=97;TCR=147;TR=120;WE=29616326;WS=29616308;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:184,178:0.49:362
chr1	29631236	rs3831903	C	CTA	21768.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-0.495;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1144;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.521;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.415;NF=45;NR=174;PP=2927;ReadPosRankSum=1.412;SC=GGAAGGGGCCCTCAGTGAGGG;SOR=0.741;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=434;TCF=96;TCR=338;TR=219;WE=29631244;WS=29631225;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:556,557:0.50:1113
chr1	29631782	rs2235935	C	T	883.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=2.611;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=6;PP=618;ReadPosRankSum=0.151;SC=TGCCCTATCCCCTAGCCTCCA;SOR=0.740;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=68;TCF=56;TCR=12;TR=33;WE=29631790;WS=29631772;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,37:0.45:82
chr1	29631909	rs2235937	A	G	3594.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.993;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=367;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=51;PP=1655;ReadPosRankSum=1.201;SC=GGAGACCCCAATGCCGACTAC;SOR=0.688;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=217;TCF=117;TCR=100;TR=111;WE=29631917;WS=29631899;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:189,174:0.48:363
chr1	29842261	rs10915168	A	T	1376.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.22;QD=28.10;SOR=1.755;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr1	29842354	rs111593358	C	CT	79.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.875;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.08;MQRankSum=0.000;QD=0.60;ReadPosRankSum=-0.983;SOR=0.785;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:108,24:0.18:132
chr1	31186254	rs1188405	A	G	493.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-0.092;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.485;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=1;PP=319;ReadPosRankSum=-1.280;SC=ACACATGCACACATACACACA;SOR=2.342;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=41;TCF=36;TCR=5;TR=20;WE=31186262;WS=31186250;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,24:0.48:50
chr1	31188089	rs1065755	C	T	3274.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.502;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=364;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.821;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=65;PP=1699;ReadPosRankSum=0.181;SC=CTGCCACAGGCTCTGAGGCTA;SOR=0.859;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=219;TCF=96;TCR=123;TR=112;WE=31188097;WS=31188079;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:193,164:0.46:357
chr1	31188901	rs20566	A	G	5288.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.083;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=524;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=79;NR=89;PP=2348;ReadPosRankSum=-0.053;SC=GAGCAGCCCCAGTCATTGTGC;SOR=0.707;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=338;TCF=160;TCR=178;TR=168;WE=31188909;WS=31188891;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:260,264:0.50:524
chr1	31191516	rs10914186	G	C	508.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-1.231;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-0.910;NF=16;NR=7;PP=358;ReadPosRankSum=-1.252;SC=CTCCAGCCCTGGCCCCGCCCC;SOR=0.846;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=37;TCF=24;TCR=13;TR=23;WE=31191524;WS=31191506;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,23:0.52:44
chr1	31196255	rs45601237	G	A	467.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-4.186;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.045;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=7;PP=220;ReadPosRankSum=-0.572;SC=CAGTGCTGAGGGTCAGGGCCC;SOR=0.127;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=38;TCF=27;TCR=11;TR=18;WE=31196263;WS=31196245;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,24:0.51:47
chr1	31206637	rs3795438	C	T	1931.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-1.584;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.191;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=28;PP=1128;ReadPosRankSum=-1.628;SC=TGAGGCAGCTCCACCCCTCCC;SOR=0.531;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=110;TCF=64;TCR=46;TR=61;WE=31206645;WS=31206627;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,83:0.60:138
chr1	31206806	rs3795437	T	C	3138.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.474;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=331;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=61;PP=1299;ReadPosRankSum=-0.082;SC=TGGTCAAGAATGACCTGCAAT;SOR=0.697;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=214;TCF=94;TCR=120;TR=110;WE=31206814;WS=31206796;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:165,161:0.49:326
chr1	31206957	rs12404920	T	C	372.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=4.684;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.236;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=13;PP=274;ReadPosRankSum=1.548;SC=AGTGGACATATTTGCCTTTGC;SOR=2.712;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=31;TCF=3;TCR=28;TR=13;WE=31206965;WS=31206947;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,14:0.44:32
chr1	31208042	rs35351292	C	T	2755.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.170;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=266;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.679;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=34;PP=1086;ReadPosRankSum=-0.472;SC=CTTGGAGTTTCTCTTCTCCTC;SOR=0.613;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=147;TCF=69;TCR=78;TR=68;WE=31208050;WS=31208032;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:130,132:0.50:262
chr1	31215364	rs1050663	T	C	6500.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.791;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=623;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.105;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=118;NR=82;PP=2737;ReadPosRankSum=-1.138;SC=CCACCTCTACTGAGTGCTCGA;SOR=0.795;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=387;TCF=220;TCR=167;TR=200;WE=31215372;WS=31215354;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:295,318:0.52:613
chr1	31406286	.	TACACACAC	T	183.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.303;ClippingRankSum=-0.000;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=15.31;ReadPosRankSum=1.068;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,5:0.42:12
chr1	31446070	.	G	GT	63.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.197;ClippingRankSum=0.000;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.04;ReadPosRankSum=0.582;SOR=0.667;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:48,13:0.21:61
chr1	31446099	rs11376427	T	TA	184.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.408;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.86;ReadPosRankSum=0.633;SOR=0.551;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,15:0.39:38
chr1	31654940	rs2297959	C	T	552.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=14;PP=368;SC=AGGGTCAGACCCCGTGCAGGG;SOR=2.093;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=4;TCR=14;TR=18;WE=31654948;WS=31654930;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr1	31732390	rs6425725	G	A	384.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=20.25;SOR=2.419;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr1	31732602	.	CAA	C,CA	891.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.561;ClippingRankSum=0.000;DP=99;ExcessHet=3.0103;FS=1.189;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.22;MQRankSum=0.748;QD=11.01;ReadPosRankSum=-1.383;SOR=0.963;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:15,29,37:0.36,0.46:81
chr1	31732892	rs2292165	G	A	2112.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.043;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.639;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=36;PP=1066;ReadPosRankSum=-1.478;SC=AAAGACAAGCGGCCTTGGAGT;SOR=0.815;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=145;TCF=69;TCR=76;TR=67;WE=31732900;WS=31732882;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:116,102:0.47:218
chr1	31733674	rs36125997	C	A	76.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.056;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=3;PP=87;ReadPosRankSum=0.405;SC=CGTGCCACTGCACTCCAGCCT;SOR=0.582;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=13;TCF=6;TCR=7;TR=7;WE=31733682;WS=31733669;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,5:0.38:13
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chr1	31733926	rs12121460	A	G	1528.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=19;NR=26;PP=795;SC=AGTGGCTCACACCTGTAATCC;SOR=0.871;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=45;TCF=19;TCR=26;TR=45;WE=31733934;WS=31733916;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr1	31740668	rs3753374	C	T	3501.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.665;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=294;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.990;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=67;NR=44;PP=1571;ReadPosRankSum=1.482;SC=CACGAGCCACCGCATCCGGCC;SOR=0.509;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=191;TCF=121;TCR=70;TR=111;WE=31740676;WS=31740658;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:124,163:0.57:287
chr1	31744142	rs55738946	C	T	37.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=18.87;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr1	31744168	rs3737755	G	A	87.82	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-1.282;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=0.5103;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=0;PP=59;ReadPosRankSum=1.282;SC=GATGGAATCTGTGAGCAATCT;SOR=1.981;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=5;TCR=0;TR=4;WE=31744176;WS=31744158;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,4:0.80:5
chr1	31744505	rs113021667	A	AT	644.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.115;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.42;ReadPosRankSum=0.584;SOR=0.610;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,33:0.94:35
chr1	31754367	rs7513215	T	C	4250.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.525;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=441;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.094;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=70;PP=1980;ReadPosRankSum=-1.247;SC=CAAGACAGTCTATCAGCAACA;SOR=0.702;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=262;TCF=129;TCR=133;TR=132;WE=31754375;WS=31754357;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:224,212:0.49:436
chr1	31754511	rs4949374	G	C	631.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-0.736;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=18;PP=380;ReadPosRankSum=-1.491;SC=TAAGCAGTGTGCTCAATTTTG;SOR=0.818;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=50;TCF=12;TCR=38;TR=22;WE=31754519;WS=31754501;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,28:0.49:57
chr1	31761989	rs1532859	G	A	2168.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=50;NR=13;PP=1407;SC=TGTTATGGGAGATGACTGCTA;SOR=2.272;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=63;TCF=50;TCR=13;TR=63;WE=31761997;WS=31761979;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr1	31762374	rs1532858	C	T	858.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=22;PP=627;SC=CACTGACCTGCTGTGCTACGC;SOR=3.767;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=23;TCF=1;TCR=22;TR=23;WE=31762382;WS=31762364;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr1	31764693	rs12135540	G	A	148.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-3.507;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.274;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=7;NR=1;PP=101;ReadPosRankSum=0.426;SC=CCTGAGAAAGGATGAAAGGTG;SOR=0.148;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=16;TCF=15;TCR=1;TR=8;WE=31764701;WS=31764683;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,8:0.47:17
chr1	31764713	rs142762586	C	CAAG	532.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.090;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=3;PP=389;ReadPosRankSum=0.400;SC=GAAAGGACGCCAAGAATTAGT;SOR=0.420;SbPval=0.21;Source=Platypus;TC=25;TCF=20;TCR=5;TR=8;WE=31764721;WS=31764703;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,15:0.43:35
chr1	31764930	rs10733007	T	C	1869.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=19;NR=30;PP=889;SC=AGTTCTCAGGTCAGGCACGGT;SOR=1.042;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=49;TCF=19;TCR=30;TR=49;WE=31764938;WS=31764920;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr1	31766005	rs112391814	TA	T	36.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.531;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=4.523;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.57;MQRankSum=1.477;QD=2.16;ReadPosRankSum=-1.218;SOR=0.061;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,6:0.35:17
chr1	31792141	rs4949384	A	G	393.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=0.628;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=16;PP=299;ReadPosRankSum=0.906;SC=TTTTTAATGTATAGATATGAA;SOR=0.600;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=40;TCF=3;TCR=37;TR=18;WE=31792149;WS=31792131;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,18:0.40:45
chr1	31819407	rs34746219	A	C	189.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.385;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.99;ReadPosRankSum=0.189;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,9:0.47:19
chr1	31821932	rs34282779	TA	T	370.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.801;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=8;PP=197;ReadPosRankSum=-0.128;SC=CTTGGGAGGATAAGGTGGGAG;SOR=0.446;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=0;TCR=15;TR=8;WE=31821940;WS=31821922;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,13:0.50:26
chr1	31838551	rs5773353	T	TA	34.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.352;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=2.865;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.83;ReadPosRankSum=-0.664;SOR=2.012;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,6:0.32:19
chr1	31838909	.	ATGTGTGTGTG	A,ATG	417	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.18;FR=0.5000,0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=18;MMLQ=21;MQ=60.98;NF=2,2;NR=11,11;PP=417,111;QD=32.3076923077;SC=ATATGTATGTATGTGTGTGTG;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=17;TCF=2;TCR=15;TR=13,13;WE=31838926;WS=31838899;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.76:17
chr1	31840426	rs2271072	C	G	684.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-2.788;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=20;PP=494;ReadPosRankSum=1.431;SC=GGCCACAGAGCACACAGCCTT;SOR=0.836;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=42;TCF=5;TCR=37;TR=23;WE=31840434;WS=31840416;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,26:0.53:49
chr1	31882582	rs4012494	G	GGCCTCA	1872.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=0.621;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=8;PP=1104;ReadPosRankSum=3.114;SC=CATAAGGGATGGCCCTGCTCT;SOR=0.660;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=54;TCF=32;TCR=22;TR=21;WE=31882590;WS=31882572;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,48:0.40:120
chr1	31883295	rs6701521	T	C	987.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.302;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.817;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=21;PP=562;ReadPosRankSum=-1.338;SC=GAGTTATGCCTTCCATGCTGG;SOR=0.544;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=62;TCF=22;TCR=40;TR=35;WE=31883303;WS=31883285;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,46:0.52:89
chr1	31886833	rs10914377	T	C	2121.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=2.011;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=304;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.713;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=29;PP=1061;ReadPosRankSum=-0.113;SC=TCGCCCCGGATCATCTGGGCC;SOR=0.929;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=168;TCF=92;TCR=76;TR=72;WE=31886841;WS=31886823;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:182,113:0.38:295
chr1	31897493	rs1320585	A	G	2170.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=50;NR=21;PP=1385;SC=GTTCTGTGAGAGGTGGGGCTT;SOR=1.580;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=71;TCF=50;TCR=21;TR=71;WE=31897501;WS=31897483;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr1	31897773	rs12145995	C	T	703.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.379;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.031;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=18;PP=368;ReadPosRankSum=0.243;SC=GTGCCTTGCCCGCTCCTCTGC;SOR=0.503;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=52;TCF=11;TCR=41;TR=22;WE=31897781;WS=31897763;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,33:0.49:68
chr1	31898132	rs4949400	T	C	4556.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.227;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=607;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.117;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=86;NR=77;PP=1958;ReadPosRankSum=0.195;SC=CCAGTTTCCCTGCCTGCACTC;SOR=0.607;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=400;TCF=219;TCR=181;TR=163;WE=31898140;WS=31898122;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:364,241:0.40:605
chr1	31898162	rs4949401	C	T	6051.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.050;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=740;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.23;ReadPosRankSum=-0.353;SOR=0.683;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:421,314:0.43:735
chr1	31898234	rs4949402	T	C	4687.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.763;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=549;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.116;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=92;PP=2407;ReadPosRankSum=1.575;SC=CCTTCTACATTCCTGACGGCT;SOR=0.765;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=358;TCF=142;TCR=216;TR=148;WE=31898242;WS=31898224;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:318,230:0.42:548
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chr1	31898536	rs2275435	C	T	277.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=3.386;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.520;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=0;PP=228;ReadPosRankSum=-0.194;SC=TCAGTGTCCCCGGTGCAGGGT;SOR=2.998;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=19;TCR=1;TR=11;WE=31898544;WS=31898526;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,11:0.46:24
chr1	31899684	rs10454445	A	T	3157.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=19;NR=62;PP=1830;SC=AGCCTGCCTGACCCCCCCTGG;SOR=2.079;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=82;TCF=19;TCR=63;TR=81;WE=31899692;WS=31899674;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr1	31899704	rs10454446	C	T	816.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=2.099;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.039;HP=2;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=22;PP=409;ReadPosRankSum=0.398;SC=GCCTGAAGCCCGGCCCCTTAG;SOR=0.551;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=61;TCF=10;TCR=51;TR=26;WE=31899712;WS=31899694;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,37:0.47:79
chr1	31902279	rs34728687	G	A	5616.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-1.515;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=652;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.523;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=82;NR=82;PP=2323;ReadPosRankSum=0.158;SC=AACCCAGCTGGGCAACGAGAC;SOR=0.657;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=377;TCF=185;TCR=192;TR=164;WE=31902287;WS=31902269;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:358,291:0.45:649
chr1	31902357	rs144747208	A	G	4903.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.585;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=456;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=93;PP=2288;ReadPosRankSum=-0.731;SC=GGGCCTCATCATCTTCCTCCT;SOR=0.733;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=294;TCF=122;TCR=172;TR=158;WE=31902365;WS=31902347;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:216,239:0.53:455
chr1	31902418	rs10047085	A	G	2368.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.777;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=236;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.510;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=48;PP=1161;ReadPosRankSum=0.549;SC=GGGAAGGATCATGATTGAGGG;SOR=0.473;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=170;TCF=61;TCR=109;TR=80;WE=31902426;WS=31902408;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:119,116:0.49:235
chr1	31905767	rs59550534	G	C	418.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-2.576;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.325;HP=1;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=3;PP=158;ReadPosRankSum=0.599;SC=AGTGTTATGAGCAACGCCAGA;SOR=0.160;SbPval=0.16;Source=Platypus;TC=29;TCF=25;TCR=4;TR=10;WE=31905775;WS=31905761;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,20:0.45:44
chr1	31905889	rs3050461	A	ACAG	6140.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.129;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=303;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.803;NF=39;NR=62;PP=2980;ReadPosRankSum=-0.189;SC=TAGACGCCACACAGCAGCAGC;SOR=0.755;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=130;TCF=53;TCR=77;TR=101;WE=31905897;WS=31905878;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,247:0.89:278
chr1	31906882	rs11587589	A	G	1630.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.062;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.255;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=24;PP=972;ReadPosRankSum=0.451;SC=ACTGGGCACCAGGCTCATGGG;SOR=0.810;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=122;TCF=78;TCR=44;TR=69;WE=31906890;WS=31906872;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,82:0.51:161
chr1	31907102	rs7417775	A	G	813.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-2.719;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.098;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=22;PP=428;ReadPosRankSum=0.216;SC=CTCTCGGCTCAGTGACAGCCA;SOR=0.371;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=70;TCF=18;TCR=52;TR=32;WE=31907110;WS=31907092;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,41:0.45:92
chr1	31971684	rs1316427	C	G	1620.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=41;NR=3;PP=1249;SC=TGTTTCCGCTCTTTGTTTCTG;SOR=3.702;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=44;TCF=41;TCR=3;TR=44;WE=31971692;WS=31971674;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr1	31973122	rs112889748	GTGGAGTCTGTC	G	4512.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-1.618;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=33;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.295;SC=CTGCTTCTATGTGGAGTCTGT;SOR=1.000;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=52;TCF=19;TCR=33;TR=51;WE=31973146;WS=31973112;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,102:0.98:104
chr1	31973138	rs56235358	T	C	4552.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.836;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=33;PP=1624;ReadPosRankSum=0.656;SC=TCTGTCTGCATGGCCGCTGTC;SOR=1.015;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=82;TCF=48;TCR=34;TR=77;WE=31973146;WS=31973112;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,105:0.98:107
chr1	31973215	rs1320577	G	A	3079.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-1.956;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.667;HP=2;HapScore=1;MGOF=130;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=38;PP=1810;ReadPosRankSum=-1.414;SC=GGGTGGGGATGCCACTGTCCA;SOR=0.725;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=92;TCF=53;TCR=39;TR=91;WE=31973223;WS=31973205;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,113:0.99:114
chr1	31973266	rs10753250	G	A	3649.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.082;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.353;HP=2;HapScore=1;MGOF=35;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=40;PP=1920;ReadPosRankSum=1.849;SC=GCAGAGGGTTGGGCTCTGTCC;SOR=0.758;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=101;TCF=59;TCR=42;TR=97;WE=31973274;WS=31973256;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,136:0.98:139
chr1	31973348	rs1574106	A	C	6002.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.857;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=235;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=33;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=73;NR=69;PP=2461;ReadPosRankSum=-1.410;SC=ATTATCTCAAAGATGGCCACT;SOR=0.702;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=144;TCF=74;TCR=70;TR=142;WE=31973356;WS=31973338;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,231:0.99:233
chr1	31973409	rs1574105	G	A	6737.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=254;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=38;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=68;NR=77;PP=2905;SC=GGTTCCCATCGTGGTGAAGGT;SOR=0.774;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=145;TCF=68;TCR=77;TR=145;WE=31973417;WS=31973399;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,254:1.00:254
chr1	31973440	rs1574104	G	A	6036.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.766;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=42;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=79;PP=2798;ReadPosRankSum=0.891;SC=CTCCAGCCCCGAGTCTAGTCC;SOR=0.862;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=138;TCF=58;TCR=80;TR=137;WE=31973448;WS=31973430;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,228:0.99:230
chr1	31973481	rs1573837	C	T	3627.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.712;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=40;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=60;PP=1938;ReadPosRankSum=-1.276;SC=GCCTCCCCTACTGGGAACAGT;SOR=0.980;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=98;TCF=38;TCR=60;TR=98;WE=31973489;WS=31973471;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,140:0.99:142
chr1	32044641	.	G	A	1011	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;FR=1.0000;HP=3;HapScore=1;MGOF=75;MMLQ=24;MQ=57.51;NF=25;NR=6;PP=1011;QD=33.7345552435;SC=TTCAGTTATAGTTTAATTTCA;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=25;TCR=6;TR=31;WE=32044649;WS=32044631;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr1	32044641	.	G	GTTTAATTTCAGTGAGAGCTGGTGTGTCTGTGTGTGTGTGTGTGATGTCTTCAGTTATAA	854.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.465;ClippingRankSum=-0.000;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=49.26;MQRankSum=1.068;QD=122.10;ReadPosRankSum=-0.792;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,6:0.86:7
chr1	32045800	.	CTCTCTCTCTCTCTG	C	262.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.408;ClippingRankSum=0.000;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=4.868;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.78;MQRankSum=1.736;QD=14.60;ReadPosRankSum=-0.862;SOR=1.518;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,13:0.72:18
chr1	32045814	rs141285377	GTCTCTCTCTCTCTGTCTCTCTCTGTCTC	G	55.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-1.258;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.40;MQRankSum=0.533;QD=2.14;ReadPosRankSum=0.190;SOR=0.412;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,4:0.15:26
chr1	32052145	rs45611233	G	A	339.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-2.899;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.845;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=2;PP=134;ReadPosRankSum=-1.257;SC=ACTTACAGATGTGAGAGTGAG;SOR=0.270;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=18;TCF=16;TCR=2;TR=10;WE=32052153;WS=32052141;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,16:0.52:31
chr1	32084904	rs1056526	C	T	4764.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-2.478;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=463;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.445;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=73;PP=1840;ReadPosRankSum=2.032;SC=ATCTGTGGCGCGATTATCTGT;SOR=0.711;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=264;TCF=129;TCR=135;TR=132;WE=32084912;WS=32084894;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:222,239:0.52:461
chr1	32086912	rs2280386	A	C	435.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-3.581;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=1;PP=325;ReadPosRankSum=0.354;SC=AGGAGGGACAACCCAAGTTGG;SOR=1.259;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=32;TCF=29;TCR=3;TR=18;WE=32086920;WS=32086910;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,18:0.50:36
chr1	32090874	rs56017663	C	T	491.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.950;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=14;PP=269;ReadPosRankSum=0.830;SC=CCACCCCAAGCGGCCCTGGCC;SOR=0.818;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=21;TCF=2;TCR=19;TR=16;WE=32090882;WS=32090864;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,22:0.71:31
chr1	32092525	rs2271933	A	G	2561.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.508;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=285;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=47;PP=1092;ReadPosRankSum=-0.551;SC=CCGATGCTCCATCTCCAAAAT;SOR=0.673;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=167;TCF=68;TCR=99;TR=81;WE=32092533;WS=32092515;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:153,131:0.46:284
chr1	32092735	rs2176807	T	G	932.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-3.265;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=11;PP=666;ReadPosRankSum=-0.480;SC=TTGTGTCCCCTAAGCAGGGTT;SOR=0.664;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=80;TCF=59;TCR=21;TR=42;WE=32092743;WS=32092725;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,44:0.49:89
chr1	32092918	rs141988488	T	TTCC	9450.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.353;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=467;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.522;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=1.653;NF=18;NR=80;PP=2921;ReadPosRankSum=-0.995;SC=TCCTACCCAATTACAGGCCTT;SOR=0.767;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=198;TCF=43;TCR=155;TR=98;WE=32092926;WS=32092908;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:216,239:0.53:455
chr1	32096265	rs1061770	A	G	255.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=4.074;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.513;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=0;PP=190;ReadPosRankSum=-1.397;SC=AGCTGAGCCGAATGTTGCCTT;SOR=2.206;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=26;TCF=24;TCR=2;TR=10;WE=32096273;WS=32096255;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,12:0.32:38
chr1	32100551	rs3835520	GA	G	2249.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.046;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=248;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.508;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=44;PP=1578;ReadPosRankSum=1.412;SC=ATCCCTGAATGAAAAAGACAC;SOR=0.648;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=114;TCF=12;TCR=102;TR=49;WE=32100559;WS=32100541;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:107,109:0.50:216
chr1	32118160	rs1061392	C	A	612.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.061;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FS=4.685;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.96;ReadPosRankSum=0.128;SOR=1.250;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:43,34:0.44:77
chr1	32119347	rs67961612	AACAC	A	1456.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.975;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.24;MQRankSum=1.100;QD=22.76;ReadPosRankSum=-0.138;SOR=0.799;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,40:0.62:64
chr1	32119431	rs3817398	T	C	1727.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.070;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=21;PP=818;ReadPosRankSum=-1.189;SC=CCCCAAAGAATTACATGTGTC;SOR=0.724;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=107;TCF=62;TCR=45;TR=50;WE=32119439;WS=32119421;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,84:0.49:171
chr1	32122164	rs7545321	A	G	186.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.687;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=9;PP=146;ReadPosRankSum=0.835;SC=TGTCCAGCCCAGCTCTGTGTG;SOR=0.804;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=40;TCF=10;TCR=30;TR=12;WE=32122172;WS=32122154;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,12:0.24:49
chr1	32126135	rs41263967	C	T	4068.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.926;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=446;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=58;PP=1650;ReadPosRankSum=-1.972;SC=CCAACCACCCCGCCAAAATGC;SOR=0.699;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=258;TCF=134;TCR=124;TR=121;WE=32126143;WS=32126125;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:237,207:0.47:444
chr1	32127911	rs2271927	C	T	4066.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.854;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=288;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=88.189;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=57;PP=1807;ReadPosRankSum=2.731;SC=AAGGGGTGCCCGCCCTCCCAG;SOR=0.120;SbPval=0.07;Source=Platypus;TC=187;TCF=72;TCR=115;TR=119;WE=32127919;WS=32127901;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:102,184:0.64:286
chr1	32127953	rs2271928	G	A	3897.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=2.032;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=278;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=48.555;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=60;PP=1703;ReadPosRankSum=0.091;SC=CAGGCTTGCCGTCCTTCCCAT;SOR=0.086;SbPval=0.12;Source=Platypus;TC=170;TCF=63;TCR=107;TR=115;WE=32127961;WS=32127943;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:93,181:0.66:274
chr1	32128138	rs377614296	CAT	C	5137.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.321;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=308;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=2.907;NF=14;NR=42;PP=2058;ReadPosRankSum=-0.361;SC=GCACCACACACATGCGCATGC;SOR=0.710;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=118;TCF=32;TCR=86;TR=56;WE=32128147;WS=32128128;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:163,138:0.46:301
chr1	32128283	rs1568396	C	G	434.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.137;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.07;MQRankSum=1.322;QD=13.17;ReadPosRankSum=-1.109;SOR=0.462;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,24:0.73:33
chr1	32131163	rs1356803	C	G	7577.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-0.649;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=756;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=101;NR=105;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.636;SC=ACAGAGCTGGCTTTGTGTCTT;SOR=0.683;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=432;TCF=212;TCR=220;TR=206;WE=32131171;WS=32131153;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:375,371:0.50:746
chr1	32133737	rs2292988	C	T	2000.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.072;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.012;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=18;PP=1090;ReadPosRankSum=-1.346;SC=ACCTGGCACCCACTCCCCAGC;SOR=1.097;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=109;TCF=72;TCR=37;TR=61;WE=32133745;WS=32133727;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,90:0.58:155
chr1	32134491	rs2271929	C	G	2332.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=2.681;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=63;PP=1474;ReadPosRankSum=1.286;SC=CTGCAGGAGCCGGCGGTCCCC;SOR=0.702;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=172;TCF=56;TCR=116;TR=92;WE=32134499;WS=32134481;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:104,108:0.51:212
chr1	32136168	rs2292990	G	C,T	4672.77	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.342;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=43,38;NR=28,28;PP=985,835;ReadPosRankSum=1.911;SC=TGGCTGACGGGGGGGAGGGGA;SOR=0.344;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=138;TCF=82;TCR=56;TR=71,66;WE=32136176;WS=32136158;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.47,0.53:202
chr1	32136398	rs1474182	G	A	1095.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.595;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.726;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=28;PP=584;ReadPosRankSum=-0.096;SC=GAAAGTCTTGGCTCAAAAGAC;SOR=0.830;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=80;TCF=24;TCR=56;TR=40;WE=32136406;WS=32136388;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,54:0.47:114
chr1	32140733	rs2292993	C	T	1030.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-2.693;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.681;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=20;PP=587;ReadPosRankSum=-1.679;SC=CGTCATGCACCTTCCAGCCTC;SOR=0.502;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=78;TCF=40;TCR=38;TR=38;WE=32140741;WS=32140723;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,48:0.52:93
chr1	32145009	rs4949461	C	T	3006.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=57;NR=23;PP=1563;SC=TGACAGCTGACGCAACAGTGC;SOR=1.487;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=80;TCF=57;TCR=23;TR=80;WE=32145017;WS=32144999;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr1	32146425	rs11590964	C	T	1210.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.242;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.718;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=12;PP=570;ReadPosRankSum=-1.083;SC=CTGCTAATCCCCCAGAGTACG;SOR=0.798;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=72;TCF=49;TCR=23;TR=38;WE=32146433;WS=32146415;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,57:0.50:113
chr1	32148571	rs10737358	A	G	5740.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=81;NR=63;PP=2506;SC=GAGGTCCCACAGGTCCGGTGG;SOR=0.834;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=144;TCF=81;TCR=63;TR=144;WE=32148579;WS=32148561;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,225:1.00:225
chr1	32150411	rs78189411	C	G	3418.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.548;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=295;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.547;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=54;PP=1673;ReadPosRankSum=1.693;SC=TGCCCACGGACGCCCTCTCAC;SOR=0.597;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=191;TCF=100;TCR=91;TR=107;WE=32150419;WS=32150401;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:133,158:0.54:291
chr1	32156869	rs10798884	A	T	22078.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=831;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=252;NR=264;PP=2965;SC=TCCAGGGACCACTCGCTACAG;SOR=0.713;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=518;TCF=252;TCR=266;TR=516;WE=32156877;WS=32156859;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,822:1.00:822
chr1	32156940	rs2297680	C	A	6048.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-3.004;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=698;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.526;HP=5;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=75;NR=112;PP=2702;ReadPosRankSum=0.849;SC=GCCTTATCTTCCCCCCGTTCA;SOR=0.738;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=430;TCF=176;TCR=254;TR=187;WE=32156948;WS=32156930;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:392,306:0.44:698
chr1	32157009	rs2297679	G	T	4822.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.887;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=507;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.097;HP=4;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=81;NR=73;PP=2419;ReadPosRankSum=0.245;SC=GAAGCAAGGGGGTACTCACCG;SOR=0.698;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=316;TCF=157;TCR=159;TR=154;WE=32157017;WS=32156999;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:271,234:0.46:505
chr1	32158304	rs2297675	A	G	6838.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.817;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=592;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.522;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=99;NR=122;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.803;SC=TGCCAAGCGCACAGTCCCTCC;SOR=0.646;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=400;TCF=175;TCR=225;TR=221;WE=32158312;WS=32158294;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:258,327:0.56:585
chr1	32158374	rs3818788	T	C	4518.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.954;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=378;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.269;HP=5;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=105;PP=2147;ReadPosRankSum=-0.232;SC=TTACCTGAAGTGGGGCATCCG;SOR=0.625;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=260;TCF=83;TCR=177;TR=156;WE=32158382;WS=32158364;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:158,217:0.58:375
chr1	32159588	rs2275097	A	C	1419.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.362;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=22;PP=750;ReadPosRankSum=1.480;SC=ACACACACAAACCCCTGCTTT;SOR=0.722;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=91;TCF=53;TCR=38;TR=53;WE=32159596;WS=32159578;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,70:0.53:132
chr1	32160918	rs6656079	A	G	3198.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.094;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=351;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.196;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=55;PP=1545;ReadPosRankSum=-2.194;SC=CATCACACATATCTTGAGTGG;SOR=0.508;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=222;TCF=88;TCR=134;TR=97;WE=32160926;WS=32160908;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:184,157:0.46:341
chr1	32163950	rs2297674	G	C	1044.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-2.958;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.050;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=24;PP=726;ReadPosRankSum=-0.691;SC=GGTACTGGTGGGCTGGGGACA;SOR=0.171;SbPval=0.24;Source=Platypus;TC=66;TCF=23;TCR=43;TR=42;WE=32163958;WS=32163940;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,44:0.61:72
chr1	32164206	rs2228550	T	G	1377.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.273;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.006;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=37;PP=873;ReadPosRankSum=-1.061;SC=GGGAATACTCTTCTGGAGATG;SOR=0.889;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=125;TCF=51;TCR=74;TR=60;WE=32164214;WS=32164196;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,72:0.45:159
chr1	32165495	rs2228552	G	T	2725.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.014;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=265;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.948;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=34;PP=1408;ReadPosRankSum=1.482;SC=GATGGCAGACGTCTTCATGAG;SOR=0.631;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=173;TCF=109;TCR=64;TR=86;WE=32165503;WS=32165485;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:134,129:0.49:263
chr1	32167526	rs1815465	G	C	2727.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=74;NR=7;PP=1971;SC=CGAAGACACAGGCACACACAC;SOR=4.199;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=81;TCF=74;TCR=7;TR=81;WE=32167534;WS=32167516;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr1	32193647	rs1127100	T	C	2028.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.544;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=254;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.180;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=23;PP=956;ReadPosRankSum=-0.262;SC=TCCGCTCGGCTGCCCCACCCG;SOR=0.836;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=142;TCF=92;TCR=50;TR=66;WE=32193655;WS=32193637;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:145,103:0.42:248
chr1	32194000	rs3831257	C	CAAGA	958.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-0.018;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.766;NF=10;NR=9;PP=920;ReadPosRankSum=1.316;SC=CCCTCTGGGACAAGACCTAGT;SOR=0.859;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=33;TCF=16;TCR=17;TR=19;WE=32194008;WS=32193990;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,24:0.67:36
chr1	32196647	rs909001	C	G	2509.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=3.243;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=251;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=32;PP=1026;ReadPosRankSum=-1.155;SC=GGGTCCCCTCCGGCCGGGCCC;SOR=0.724;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=139;TCF=66;TCR=73;TR=60;WE=32196655;WS=32196637;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:120,122:0.50:242
chr1	32203163	rs2271931	C	G	2864.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=0.383;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=258;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.442;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=44;PP=1486;ReadPosRankSum=0.207;SC=GGGACAGAGGCGCTGGCTGCC;SOR=0.705;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=161;TCF=81;TCR=80;TR=91;WE=32203171;WS=32203153;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:121,135:0.53:256
chr1	32203218	rs2271932	C	A	2690.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.749;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=253;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.802;HP=6;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=50;PP=1420;ReadPosRankSum=-1.967;SC=CCTGCCCCCCCTCCCCCAGCC;SOR=0.541;SbPval=0.41;Source=Platypus;TCF=63;TR=91;WE=32203226;WS=32203208;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:120,129:0.52:249
chr1	32207581	rs2297600	T	G	5850.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=2.151;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=591;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.522;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=86;NR=97;PP=2915;ReadPosRankSum=0.324;SC=GTGGGAGAGGTGAGGCATATG;SOR=0.615;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=368;TCF=171;TCR=197;TR=183;WE=32207589;WS=32207571;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:303,280:0.48:583
chr1	32221913	rs4949223	G	A	7238.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.933;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=632;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=90;NR=117;PP=2962;ReadPosRankSum=0.500;SC=CTAGGGCAGCGGGCGCCAGCA;SOR=0.704;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=392;TCF=172;TCR=220;TR=207;WE=32221921;WS=32221903;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:281,344:0.55:625
chr1	32266026	rs552124	A	G	2689.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.747;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=319;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.350;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=44;PP=1230;ReadPosRankSum=0.592;SC=ATTAAATGACATCACTTGTTC;SOR=0.796;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=206;TCF=113;TCR=93;TR=101;WE=32266034;WS=32266016;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:169,143:0.46:312
chr1	32279629	rs6669563	G	A	1795.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.775;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.305;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=23;PP=756;ReadPosRankSum=0.040;SC=TCTGTGCCCCGGTCTTGGGCA;SOR=0.472;SbPval=0.23;Source=Platypus;TC=102;TCF=59;TCR=43;TR=45;WE=32279637;WS=32279619;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:94,88:0.48:182
chr1	32280610	rs6664445	T	C	3456.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=3.556;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=386;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=65;PP=2068;ReadPosRankSum=0.810;SC=CTCCCCTGAGTAGGCACCGAG;SOR=0.709;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=249;TCF=111;TCR=138;TR=118;WE=32280618;WS=32280600;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:213,164:0.44:377
chr1	32658062	rs79952364	G	GGT	3076.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.611;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=28.701;HP=4;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.700;NF=15;NR=37;PP=2099;ReadPosRankSum=2.270;SC=TTGGGGTGGGGGTGGGAGGAG;SOR=0.601;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=105;TCF=27;TCR=78;TR=52;WE=32658070;WS=32658052;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,81:0.69:118
chr1	32680606	rs72666786	T	C	883.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=3.345;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=32;PP=698;ReadPosRankSum=1.363;SC=CCTGCTGTTGTTGGGGATGTC;SOR=0.815;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=87;TCF=14;TCR=73;TR=38;WE=32680614;WS=32680596;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,38:0.43:88
chr1	32682384	rs479014	G	A	418.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=0.419;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=5;PP=267;ReadPosRankSum=0.827;SC=AGGTCCATCCGCTCACTGCCA;SOR=0.656;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=38;TCF=28;TCR=10;TR=19;WE=32682392;WS=32682374;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,21:0.46:46
chr1	32689857	rs589034	A	G	694.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.436;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.007;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=12;PP=354;ReadPosRankSum=2.376;SC=CTCTTCACTGACTGAGGAAAC;SOR=0.489;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=43;TCF=18;TCR=25;TR=22;WE=32689865;WS=32689847;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,32:0.54:59
chr1	32860161	rs547329	T	C	8995.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=311;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=67;NR=197;PP=2965;SC=CATCATTAGGTCCCGCCTCCC;SOR=2.052;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=265;TCF=67;TCR=198;TR=264;WE=32860169;WS=32860151;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,308:1.00:308
chr1	33060834	rs11327743	AT	A	1532.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.551;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.387;NF=4;NR=43;PP=827;ReadPosRankSum=0.078;SC=AGTATGTATGATTTTTTTTCA;SOR=0.685;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=102;TCF=9;TCR=93;TR=47;WE=33060842;WS=33060824;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,91:0.51:177
chr1	33065947	rs704886	G	C	13148.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=489;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=139;NR=162;PP=2965;SC=GATGGGTCTGGTGATCTGGTC;SOR=0.788;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=303;TCF=140;TCR=163;TR=301;WE=33065955;WS=33065937;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,484:1.00:484
chr1	33087567	.	G	GA	236.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.532;ClippingRankSum=0.000;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=3.935;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.51;MQRankSum=2.422;QD=3.95;ReadPosRankSum=-0.395;SOR=0.278;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,21:0.35:60
chr1	33099798	rs704877	A	G	560.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=1.158;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.406;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=18;PP=388;ReadPosRankSum=2.425;SC=TCAATTTAACAGCACTGCAAC;SOR=1.675;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=42;TCF=14;TCR=28;TR=24;WE=33099806;WS=33099788;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,26:0.57:46
chr1	33117071	rs583114	T	G	2661.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=30;NR=41;PP=1330;SC=CCGCGGGGCGTGCTAACGGCT;SOR=0.957;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=71;TCF=30;TCR=41;TR=71;WE=33117079;WS=33117061;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr1	33127730	rs1085416	T	C	882.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=9;NR=8;PP=268;SC=TGCGATCTGCTAGCCTTGGCC;SOR=0.693;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=18;TCF=9;TCR=9;TR=17;WE=33127738;WS=33127720;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr1	33127764	rs138948889	C	T	209.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.63;BaseQRankSum=0.338;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=3;PP=69;ReadPosRankSum=0.084;SC=GGATTACAGGCTTGAGCCACC;SOR=0.693;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=14;TCF=7;TCR=7;TR=6;WE=33127772;WS=33127754;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,12:0.35:34
chr1	33133968	rs2762904	T	C	7254.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=276;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=80;NR=70;PP=2965;SC=ATGTTCTTGTTTTTGACTATA;SOR=0.808;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=152;TCF=80;TCR=72;TR=150;WE=33133976;WS=33133958;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,273:1.00:273
chr1	33134774	rs359955	A	C	903.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.885;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FS=2.715;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.61;ReadPosRankSum=-1.534;SOR=0.977;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:45,49:0.52:94
chr1	33134989	rs359956	A	G	290.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=1;NR=6;PP=143;SC=TAGAAAACATAATTTCTCTAG;SOR=1.802;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=1;TCR=6;TR=7;WE=33134997;WS=33134979;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr1	33160878	rs360042	C	T	13211.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.713;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=502;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=172;NR=125;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.349;SC=CAGCACTTCCCGGAAATCGGC;SOR=0.914;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=298;TCF=172;TCR=126;TR=297;WE=33160886;WS=33160868;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,498:1.00:500
chr1	33161212	rs360041	T	C	24175.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=917;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=336;NR=262;PP=2965;SC=TTCTCCTCCATGCTGGGGCTC;SOR=0.879;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=598;TCF=336;TCR=262;TR=598;WE=33161220;WS=33161202;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,910:1.00:910
chr1	33233323	rs360523	A	G	5371.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=108;NR=45;PP=2965;SC=CCTTGCCGTGAGACCTGTGCC;SOR=1.572;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=153;TCF=108;TCR=45;TR=153;WE=33233331;WS=33233313;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,190:1.00:190
chr1	33234110	rs111335810	C	T	233.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=1.311;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=3;PP=160;ReadPosRankSum=0.734;SC=GCAGGATAATCGCTTGAACTT;SOR=0.716;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=16;TCF=12;TCR=4;TR=10;WE=33234118;WS=33234100;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,11:0.44:25
chr1	33234136	rs360522	T	C	887.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=18;NR=4;PP=443;SC=GCGGAGGTTGTGGTGAGCCAA;SOR=2.376;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=22;TCF=18;TCR=4;TR=22;WE=33234144;WS=33234126;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr1	33234153	rs3737993	G	A	513.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.307;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.192;HP=2;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=4;PP=147;ReadPosRankSum=0.049;SC=CCAAGATTTCGCTACTGCACT;SOR=0.518;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=32;TCF=24;TCR=8;TR=14;WE=33234161;WS=33234143;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,25:0.53:47
chr1	33235626	rs3737995	G	A	3711.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=0.193;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=291;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=47;PP=1654;ReadPosRankSum=1.033;SC=AGGCGGAGGCGGAGGCTGGCG;SOR=0.692;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=182;TCF=96;TCR=86;TR=98;WE=33235634;WS=33235616;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:122,166:0.58:288
chr1	33235789	rs41306613	C	T	5399.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.041;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=539;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.176;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=100;NR=86;PP=2780;ReadPosRankSum=-0.835;SC=GCCTGCAGAGCCCCTGAGCCC;SOR=0.802;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=349;TCF=180;TCR=169;TR=186;WE=33235797;WS=33235779;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:272,262:0.49:534
chr1	33276424	rs4951787	G	A	5238.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=82;NR=49;PP=2611;SC=CCTCCAACCTGTCTCCTCCAG;SOR=1.060;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=131;TCF=82;TCR=49;TR=131;WE=33276432;WS=33276414;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,195:1.00:195
chr1	33293748	rs10753266	T	C	1247.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=8;NR=30;PP=914;SC=TCTTCCCCTCTCCAGTTTCCT;SOR=2.200;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=38;TCF=8;TCR=30;TR=38;WE=33293756;WS=33293738;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr1	33299816	rs4951773	A	T	337.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=9;PP=222;SC=TTGTTTATTGATAATTTATAT;SOR=2.147;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=11;TCF=2;TCR=9;TR=11;WE=33299824;WS=33299806;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr1	33318561	rs702836	T	C	1743.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=35;NR=16;PP=868;SC=TTGTGATAATTGTAAGTATAT;SOR=1.410;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=51;TCF=35;TCR=16;TR=51;WE=33318569;WS=33318551;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr1	33318634	rs785274	G	A	5278.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=67;NR=53;PP=1989;SC=GTTGGCTGACGTAGTTCACTC;SOR=0.814;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=120;TCF=67;TCR=53;TR=120;WE=33318642;WS=33318624;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,208:1.00:208
chr1	33330432	rs1284368	A	G	3062.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=29;NR=50;PP=1584;SC=CAGAGGCCAGAGCCTGGGTTC;SOR=1.179;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=79;TCF=29;TCR=50;TR=79;WE=33330440;WS=33330422;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr1	33430102	rs113840389	T	G	361.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.12;SOR=1.473;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr1	33476353	rs66599471	C	T	158.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.466;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FS=1.900;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.32;MQRankSum=-5.965;QD=1.18;ReadPosRankSum=2.812;SOR=0.938;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:112,23:0.17:135
chr1	33476385	rs76881767	C	G	158.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.009;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.80;MQRankSum=-8.489;QD=0.80;ReadPosRankSum=1.243;SOR=0.695;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:180,18:0.09:198
chr1	33476387	rs201842558	C	T	113.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.705;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.81;MQRankSum=-8.804;QD=0.53;ReadPosRankSum=1.401;SOR=0.710;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:197,18:0.08:215
chr1	33478602	rs114140319	C	A	539.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.647;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FS=5.103;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.29;ReadPosRankSum=0.847;SOR=1.675;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:48,26:0.35:74
chr1	33480308	rs56014743	C	T	1298.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-2.235;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=32;PP=683;ReadPosRankSum=0.497;SC=TGCAAGGACCCAGCACCCAGC;SOR=0.705;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=82;TCF=21;TCR=61;TR=42;WE=33480316;WS=33480298;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,58:0.56:103
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chr1	33497070	rs1012884	G	A	1228.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=34;NR=4;PP=936;SC=GGTCTGTCACGTAACTGAGCA;SOR=3.312;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=38;TCF=34;TCR=4;TR=38;WE=33497078;WS=33497060;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr1	33560338	rs804428	A	G	5993.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-1.615;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=106;PP=2965;ReadPosRankSum=1.083;SC=TGGGAGTGTCATGCTGGGCTC;SOR=0.505;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=160;TCF=53;TCR=107;TR=159;WE=33560346;WS=33560328;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,226:1.00:227
chr1	33567592	rs78742377	G	C	1366.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=2.186;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=37;PP=981;ReadPosRankSum=1.265;SC=CTGCTGCTGTGAATTCTTGTT;SOR=0.723;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=123;TCF=36;TCR=87;TR=56;WE=33567600;WS=33567582;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:101,64:0.39:165
chr1	33641932	rs604941	A	G	8713.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=328;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=106;NR=80;PP=2965;SC=CCAGAGCCGAAATTTGAACCT;SOR=0.850;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=186;TCF=106;TCR=80;TR=186;WE=33641940;WS=33641922;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,326:1.00:326
chr1	33642152	rs643402	C	T	2200.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=23;NR=47;PP=1240;SC=GAACCTGAGACGGCCAGAGAG;SOR=1.473;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=70;TCF=23;TCR=47;TR=70;WE=33642160;WS=33642142;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr1	33646950	rs622407	A	G	6549.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=242;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=76;NR=74;PP=2965;SC=GGCAGAAGTAATGCTCGCAGC;SOR=0.718;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=150;TCF=76;TCR=74;TR=150;WE=33646958;WS=33646940;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,239:1.00:239
chr1	33741787	rs12743549	G	A	7430.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=1.336;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=639;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.226;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=90;NR=125;PP=2962;ReadPosRankSum=0.024;SC=TCGCCCCTCCGGCTGCCCTAC;SOR=0.927;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=354;TCF=160;TCR=194;TR=215;WE=33741795;WS=33741777;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:284,353:0.55:637
chr1	33741895	rs12743740	G	A	3566.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.183;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=318;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.887;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=56;PP=1848;ReadPosRankSum=-0.279;SC=GCGGGCCTGGGCAAGGGGCGG;SOR=0.578;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=228;TCF=118;TCR=110;TR=116;WE=33741903;WS=33741885;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:145,162:0.53:307
chr1	33742228	rs4475712	T	C	1143.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=15;PP=437;SC=GCGGGGCCGGTGAGGACTGGG;SOR=0.976;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=8;TCR=15;TR=23;WE=33742236;WS=33742218;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr1	33746163	rs10914676	T	C	992.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=24;PP=503;SC=CCCTTAGGGCTGAGGGGCAGG;SOR=1.923;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=30;TCF=5;TCR=25;TR=29;WE=33746171;WS=33746153;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr1	33760743	rs4641276	T	C	7112.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=2.987;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=648;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.430;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=102;NR=97;PP=2962;ReadPosRankSum=0.920;SC=GCTGTGCCCCTACAGTCTCAC;SOR=0.529;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=389;TCF=186;TCR=203;TR=199;WE=33760751;WS=33760733;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:313,329:0.51:642
chr1	33777524	rs6679416	T	C	2062.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=2.874;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=16;PP=1411;ReadPosRankSum=2.719;SC=GCAAGAAGTGTTGTCTTTGCT;SOR=0.688;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=114;TCF=90;TCR=24;TR=72;WE=33777532;WS=33777514;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,87:0.57:152
chr1	33778591	rs6664593	T	C	255.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-1.438;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=6;PP=64;ReadPosRankSum=-1.263;SC=TCCAGCCAGCTGGTTCTTCTG;SOR=0.735;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=17;TCF=5;TCR=12;TR=8;WE=33778599;WS=33778581;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,14:0.56:25
chr1	33790496	rs11554674	G	A	1531.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.306;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=23;PP=803;ReadPosRankSum=-1.487;SC=TGATGCGGGCGTAGATCTTCA;SOR=0.650;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=119;TCF=75;TCR=44;TR=60;WE=33790504;WS=33790486;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,77:0.48:161
chr1	33795572	rs10914684	G	A	365.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=1.319;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.787;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=3;PP=235;ReadPosRankSum=-0.653;SC=AGCAGAGTGCGCTGAAGTCGG;SOR=0.063;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=25;TCF=22;TCR=3;TR=15;WE=33795580;WS=33795564;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,17:0.63:27
chr1	33795590	rs10914685	A	T	485.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-2.255;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.379;HP=6;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=4;PP=292;ReadPosRankSum=1.316;SC=CGGCAGCTGGAGGGGACCGTG;SOR=0.452;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=37;TCF=30;TCR=7;TR=19;WE=33795598;WS=33795580;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,23:0.53:43
chr1	33796834	rs34504596	GA	G	46.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=0.051;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=1;PP=51;ReadPosRankSum=-0.494;SC=GTGGGTCGAGGAACTAGGAAA;SOR=1.022;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=13;TCF=9;TCR=4;TR=3;WE=33796842;WS=33796824;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,4:0.18:22
chr1	33799548	rs12044118	C	T	318.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-2.176;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.750;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=1;PP=243;ReadPosRankSum=-1.080;SC=AAAGAAATGGCTCTATATTCT;SOR=2.170;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=21;TCF=18;TCR=3;TR=13;WE=33799556;WS=33799538;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,13:0.62:21
chr1	33799900	rs12734630	G	A	1013.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-1.907;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.359;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=26;PP=666;ReadPosRankSum=0.210;SC=GTCTCTGCACGAGAGAGAGTA;SOR=0.266;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=61;TCF=10;TCR=51;TR=32;WE=33799908;WS=33799890;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,44:0.56:78
chr1	33820134	rs12026290	C	T	1780.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-2.216;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.011;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=29;PP=782;ReadPosRankSum=-0.531;SC=CCTGGTGCCACTTCTTTCCAG;SOR=0.515;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=98;TCF=45;TCR=53;TR=57;WE=33820142;WS=33820124;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,88:0.56:157
chr1	33832865	rs6425816	A	G	3830.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.459;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=335;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.811;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=66;PP=1731;ReadPosRankSum=0.975;SC=TGGCACCTGCAGGGGAAGCCT;SOR=0.807;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=186;TCF=73;TCR=113;TR=105;WE=33832873;WS=33832855;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:154,180:0.54:334
chr1	33833210	rs185861601	AG	TA	172.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.887;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.260;HP=4;HapScore=2;JOINED;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=5;PP=207;ReadPosRankSum=0.887;SC=GTTGCTAAAGAGGGCCAGAGG;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=5;WE=33833219;WS=33833200;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,5:0.62:8
chr1	33836796	rs7545416	C	G	1317.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-1.019;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=35;PP=819;ReadPosRankSum=1.243;SC=GTGTTAAGGACAACAGCCTCT;SOR=0.744;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=105;TCF=35;TCR=70;TR=51;WE=33836804;WS=33836786;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,60:0.51:118
chr1	33954248	.	A	G	347.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-0.144;ClippingRankSum=0.000;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=8;PP=219;ReadPosRankSum=0.158;SC=TTTGAAAGAGAGTGGTGAGTA;SOR=0.542;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=42;TCF=16;TCR=26;TR=13;WE=33954256;WS=33954238;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,19:0.36:53
chr1	33957152	rs4403594	T	G	8966.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=2.207;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=341;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=92;NR=110;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.965;SC=CAGGCTCGGGTATAGTGACGC;SOR=0.267;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=202;TCF=92;TCR=110;TR=202;WE=33957160;WS=33957142;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,331:1.00:332
chr1	34038214	rs2641962	T	C	5785.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=224;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=85;NR=72;PP=2450;SC=CAGCTGTACATGGCCTTGGTT;SOR=0.836;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=157;TCF=85;TCR=72;TR=157;WE=34038222;WS=34038204;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,223:1.00:223
chr1	34038413	rs2794602	A	C	1444.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=40;PP=1175;SC=AGGGTAAAGTATCATAATAAA;SOR=3.564;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=46;TCF=6;TCR=40;TR=46;WE=34038421;WS=34038403;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr1	34043169	rs11291100	TC	T	2951.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=46;PP=1350;SC=CCCTTTCGTCTCCCCCCCATC;SOR=1.514;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=52;TCF=2;TCR=50;TR=47;WE=34043177;WS=34043159;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr1	34052605	rs7526990	A	G	684.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=19;NR=6;PP=500;SC=GATAAGGTCCACTGGCCCGAC;SOR=1.981;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=19;TCR=6;TR=25;WE=34052613;WS=34052595;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr1	34070826	rs12733436	G	A	423.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-3.202;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.485;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=0;PP=342;ReadPosRankSum=0.080;SC=GATTGCTCTGGACCAGTCTCC;SOR=2.059;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=29;TCF=28;TCR=1;TR=16;WE=34070834;WS=34070823;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,16:0.55:29
chr1	34071434	rs1874044	C	T	770.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.045;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FS=0.857;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.88;ReadPosRankSum=0.902;SOR=0.572;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,41:0.53:78
chr1	34071525	rs1874045	C	T	1333.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.938;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.369;HP=5;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=21;PP=709;ReadPosRankSum=-0.015;SC=TGAGTTGGTTCTTTCCAACTC;SOR=0.608;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=70;TCF=36;TCR=34;TR=38;WE=34071533;WS=34071515;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,62:0.53:117
chr1	34158472	rs12757315	C	T	4178.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.979;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FS=1.725;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.62;ReadPosRankSum=-0.640;SOR=0.847;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:103,110:0.52:213
chr1	34158482	rs12757320	C	T	4306.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.804;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=237;ExcessHet=3.0103;FS=0.488;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.56;ReadPosRankSum=-0.797;SOR=0.744;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:113,119:0.51:232
chr1	34180109	rs141495644	G	A	6714.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=2.098;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=713;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.533;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=139;NR=72;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.695;SC=CCTGTGTGCCGTCCACCACCT;SOR=0.767;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=458;TCF=297;TCR=161;TR=211;WE=34180117;WS=34180099;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:371,333:0.47:704
chr1	34189917	rs519370	C	T	4963.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=44;NR=74;PP=2324;SC=CAGAGAGCTACAGAAGGAGTG;SOR=1.090;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=118;TCF=44;TCR=74;TR=118;WE=34189925;WS=34189907;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,188:1.00:188
chr1	34189957	rs11346874	AG	A	3448.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=12;NR=48;PP=2310;SC=AGAGGGCCTCAGGGGAGCACC;SOR=1.157;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=64;TCF=14;TCR=50;TR=60;WE=34189965;WS=34189947;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr1	34254108	rs57878978	CA	C	140.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.232;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FS=0.871;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.01;MQRankSum=1.616;QD=0.90;ReadPosRankSum=2.101;SOR=0.817;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:113,43:0.28:156
chr1	34329897	rs911218	T	C	8359.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=309;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=144;NR=72;PP=2965;SC=CAAATACCTATGTTGGCTTTA;SOR=1.375;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=217;TCF=144;TCR=73;TR=216;WE=34329905;WS=34329887;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,308:1.00:308
chr1	34383662	rs12029535	T	C	1358.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.333;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=12;PP=614;ReadPosRankSum=-1.818;SC=TTGCAGAGAATAGGGTAGGAA;SOR=0.686;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=81;TCF=57;TCR=24;TR=38;WE=34383670;WS=34383652;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,67:0.47:142
chr1	34631522	rs146556427	G	C	90.10	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.514;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=11.26;ReadPosRankSum=-0.619;SOR=0.269;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,6:0.75:8
chr1	35183838	rs683589	A	C	2508.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=46;NR=19;PP=1357;SC=CAGGAAAAAAAAAACAAACAA;SOR=1.609;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=65;TCF=46;TCR=19;TR=65;WE=35183846;WS=35183828;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr1	35184033	rs693582	C	T	4266.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=36;NR=59;PP=1880;SC=AAAGGGAGCACGGAGGGACAA;SOR=0.990;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=96;TCF=36;TCR=60;TR=95;WE=35184041;WS=35184023;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,159:1.00:159
chr1	35184084	rs693852	C	T	2134.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=21;NR=39;PP=1089;SC=CCACTACTCACAACTTAACAC;SOR=1.058;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=60;TCF=21;TCR=39;TR=60;WE=35184092;WS=35184074;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr1	35223345	rs3738345	G	A	3473.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.331;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=320;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.331;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=66;PP=2067;ReadPosRankSum=0.701;SC=TAGTGTTCAAGGCGAGCGTGG;SOR=0.785;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=234;TCF=106;TCR=128;TR=118;WE=35223353;WS=35223335;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:159,158:0.50:317
chr1	35223881	rs1061349	G	A	210.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-3.855;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.707;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=9;PP=121;ReadPosRankSum=-1.202;SC=GGATTCAGACGCTCTGGGAGC;SOR=0.191;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=32;TCF=1;TCR=31;TR=9;WE=35223889;WS=35223871;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,11:0.31:35
chr1	35227162	rs9426009	C	T	7007.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.103;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=727;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.517;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=120;NR=113;PP=2962;ReadPosRankSum=1.741;SC=GGAACGCGAGCGCAAGCACCA;SOR=0.726;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=494;TCF=256;TCR=238;TR=233;WE=35227170;WS=35227152;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:368,339:0.48:707
chr1	35259961	rs1764390	A	G	7792.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=2.103;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=780;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.097;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=131;NR=95;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.318;SC=GTGACGAGCAATCAGATTTCG;SOR=0.786;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=451;TCF=255;TCR=196;TR=226;WE=35259969;WS=35259951;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:398,373:0.48:771
chr1	35260929	rs3543	G	A	963.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=0.940;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.012;NF=10;NR=29;PP=636;ReadPosRankSum=0.388;SC=GGGGAAGCAGGTGCTTGCTGG;SOR=0.724;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=73;TCF=17;TCR=56;TR=39;WE=35260937;WS=35260919;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,43:0.51:85
chr1	35321242	rs14103	A	C	4023.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.194;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=433;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=68;NR=58;PP=1987;ReadPosRankSum=0.822;SC=GGCTCTGTCAACATGGTAGCA;SOR=0.709;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=267;TCF=143;TCR=124;TR=126;WE=35321250;WS=35321232;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:227,195:0.46:422
chr1	35332926	rs1001616	G	C	697.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.819;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=15;PP=369;ReadPosRankSum=0.911;SC=TGGGAGACAGGGGGACAAGAG;SOR=0.763;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=60;TCF=27;TCR=33;TR=27;WE=35332934;WS=35332916;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,35:0.47:75
chr1	35333126	rs12727066	T	C	2923.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.421;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=339;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=37;PP=935;ReadPosRankSum=2.102;SC=TCTACTACTATGGGCACTCAC;SOR=0.696;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=175;TCF=88;TCR=87;TR=75;WE=35333134;WS=35333116;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:185,153:0.45:338
chr1	35350573	rs34565935	CT	C	3567.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.210;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.321;NF=8;NR=40;PP=1637;ReadPosRankSum=1.083;SC=CCCACCGTGACTTTACCTCTT;SOR=0.707;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=89;TCF=20;TCR=69;TR=48;WE=35350581;WS=35350563;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:105,122:0.54:227
chr1	35561510	rs2101973	G	A	2910.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.778;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=31;PP=1358;ReadPosRankSum=-0.674;SC=AATTATTTAAGTTAGTTATGT;SOR=0.804;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=70;TCF=39;TCR=31;TR=70;WE=35561518;WS=35561500;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,112:0.98:114
chr1	35562965	rs2971408	G	A	11771.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=455;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=173;NR=117;PP=2965;SC=ATCATCTGGCGTGAATAAAAT;SOR=0.971;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=293;TCF=175;TCR=118;TR=290;WE=35562973;WS=35562955;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,445:1.00:445
chr1	35563206	rs6658571	C	G	5393.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=35;NR=114;PP=2965;SC=TATTTCCCTACCTTGTTCTTG;SOR=1.994;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=149;TCF=35;TCR=114;TR=149;WE=35563214;WS=35563196;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,188:1.00:188
chr1	35576145	rs2935955	C	T	652.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=20;PP=498;SC=CAAATTAAACCGACTTTTAAA;SOR=3.352;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=23;TCF=3;TCR=20;TR=23;WE=35576153;WS=35576135;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr1	35577843	rs150335730	A	G	478.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-0.655;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=15;PP=289;ReadPosRankSum=0.714;SC=CAGTGGCGTGATCTCAGCTCA;SOR=0.527;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=36;TCF=6;TCR=30;TR=19;WE=35577851;WS=35577833;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,22:0.51:43
chr1	35655061	rs72657982	T	A	745.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.204;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=20;PP=406;ReadPosRankSum=1.085;SC=ACTGATCTTTTTCCTGTTCTA;SOR=0.706;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=94;TCF=33;TCR=61;TR=31;WE=35655069;WS=35655051;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,41:0.34:119
chr1	35835939	.	AT	A	45.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.095;ClippingRankSum=0.000;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=1.680;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.23;MQRankSum=1.003;QD=1.63;ReadPosRankSum=1.508;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,13:0.46:28
chr1	35854578	rs61751000	T	C	1929.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=2.046;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.513;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=26;PP=896;ReadPosRankSum=-1.778;SC=TGTGCAGTTATTGTTTACAGA;SOR=0.769;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=122;TCF=67;TCR=55;TR=58;WE=35854586;WS=35854568;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:109,96:0.47:205
chr1	35925861	rs2819002	C	A	5343.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=99;NR=37;PP=2965;SC=CCACGAGAGGCAAAAAAATGG;SOR=1.660;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=138;TCF=100;TCR=38;TR=136;WE=35925869;WS=35925851;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,191:1.00:191
chr1	36025977	rs138059318	G	T	6603.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.874;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=709;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.099;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=115;NR=94;PP=2962;ReadPosRankSum=0.575;SC=CTCGGCGGCGGATCTTCGATG;SOR=0.780;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=423;TCF=233;TCR=190;TR=209;WE=36025985;WS=36025967;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:382,323:0.46:705
chr1	36203701	.	GAAAAAA	G	78.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=1.042;ClippingRankSum=0.000;DP=206;ExcessHet=3.0103;FS=4.365;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.77;ReadPosRankSum=2.620;SOR=1.375;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:89,13:0.13:102
chr1	36203708	.	AAAAAAAAT	A	1250.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-1.568;ClippingRankSum=0.000;DP=145;ExcessHet=3.0103;FS=2.927;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.51;ReadPosRankSum=-0.176;SOR=1.100;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:43,57:0.57:100
chr1	36203715	rs67465242	AT	A	494.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.184;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FS=2.017;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.99;ReadPosRankSum=0.190;SOR=0.464;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:103,21:0.17:124
chr1	36203717	.	ATAT	A	491.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.440;ClippingRankSum=0.000;DP=133;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.93;ReadPosRankSum=1.661;SOR=0.760;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:104,21:0.17:125
chr1	36205166	rs577483	A	G	1151.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.901;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.597;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=32;PP=666;ReadPosRankSum=-0.032;SC=AAATGCAACAATGAATATACT;SOR=1.075;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=95;TCF=26;TCR=69;TR=41;WE=36205174;WS=36205156;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,54:0.44:122
chr1	36213712	rs516992	G	T	2959.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=21;NR=53;PP=1544;SC=ACAAATGTCAGTCATTGTCAT;SOR=1.502;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=74;TCF=21;TCR=53;TR=74;WE=36213720;WS=36213702;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr1	36216835	rs535638	C	T	334.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=0.016;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.592;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=3;PP=203;ReadPosRankSum=0.356;SC=AACAAAACAACGTAATTGCCA;SOR=0.262;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=34;TCF=29;TCR=5;TR=15;WE=36216843;WS=36216825;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,16:0.43:37
chr1	36219317	rs3831243	C	CA	2234.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.106;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=236;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=27;PP=1461;ReadPosRankSum=3.045;SC=AAGCAAAAAGCAAAAAACAAA;SOR=0.719;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=118;TCF=60;TCR=58;TR=54;WE=36219325;WS=36219307;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:123,110:0.47:233
chr1	36225948	rs7537203	T	C	2434.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.087;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=330;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=36;PP=1326;ReadPosRankSum=0.271;SC=ATTACCTCTGTTGGTTTCAGG;SOR=0.703;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=216;TCF=131;TCR=85;TR=90;WE=36225956;WS=36225938;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:197,126:0.39:323
chr1	36235425	rs77552681	G	T	8473.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=-1.318;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=666;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.534;HP=5;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=149;NR=92;PP=2962;ReadPosRankSum=1.159;SC=AAGCCCCCGTGGGGGGCGTGT;SOR=0.756;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=404;TCF=245;TCR=159;TR=241;WE=36235433;WS=36235415;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:268,395:0.60:663
chr1	36235455	rs61751002	C	T	7776.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=-0.291;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=949;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.106;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=128;NR=89;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.765;SC=CACCTCAGAACCCACCTCGCC;SOR=0.776;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=527;TCF=300;TCR=227;TR=217;WE=36235463;WS=36235445;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:537,405:0.43:942
chr1	36274130	rs116628323	G	A	441.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.173;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.978;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=5;PP=209;ReadPosRankSum=-0.083;SC=CGCCGGGTTCGGGCCGCCAGG;SOR=1.708;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=28;TCF=17;TCR=11;TR=17;WE=36274138;WS=36274120;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,23:0.59:39
chr1	36282417	rs2791960	A	G	654.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.534;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=63.11;MQRankSum=8.128;QD=5.20;ReadPosRankSum=0.267;SOR=0.692;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:67,59:0.47:126
chr1	36282419	rs11810620	A	G	1127.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.154;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FS=7.506;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=62.84;MQRankSum=-4.651;QD=8.23;ReadPosRankSum=5.045;SOR=1.670;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:64,73:0.53:137
chr1	36288635	rs41312028	G	A	1501.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.163;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=38;PP=907;ReadPosRankSum=0.523;SC=AATTATACATGACAAAAATAT;SOR=0.734;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=97;TCF=24;TCR=73;TR=50;WE=36288643;WS=36288625;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,66:0.52:127
chr1	36298019	.	C	CT	208.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.307;ClippingRankSum=0.000;DP=108;ExcessHet=3.0103;FS=2.078;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.60;MQRankSum=4.100;QD=2.07;ReadPosRankSum=0.385;SOR=0.459;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:75,26:0.26:101
chr1	36307412	rs5773512	CAT	C	828.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.142;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.71;MQRankSum=0.992;QD=21.81;ReadPosRankSum=1.292;SOR=1.075;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,32:0.84:38
chr1	36316418	rs11403763	C	CA	1711.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.890;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FS=3.290;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.21;ReadPosRankSum=0.336;SOR=1.371;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:8,86:0.91:94
chr1	36316571	rs4652895	A	C	3344.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.766;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=303;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.429;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.870;NF=40;NR=57;PP=1296;ReadPosRankSum=-1.783;SC=GCACTCGCTCAGTCTCTATTC;SOR=0.803;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=173;TCF=78;TCR=95;TR=97;WE=36316579;WS=36316561;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:122,164:0.57:286
chr1	36316678	rs3806291	G	C	841.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=2.178;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQ=60.12;MQRankSum=-0.897;NF=8;NR=22;PP=530;ReadPosRankSum=-1.150;SC=GCACAATAAAGTCTCTTTATA;SOR=0.688;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=69;TCF=18;TCR=51;TR=30;WE=36316686;WS=36316668;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,39:0.46:85
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chr1	36553673	rs399393	A	G	7539.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=295;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=96;NR=73;PP=2965;SC=GCATGGACACACGGCGCAAGC;SOR=0.888;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=169;TCF=96;TCR=73;TR=169;WE=36553681;WS=36553663;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,290:1.00:290
chr1	36563158	rs3738360	C	A	1864.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=30;NR=14;PP=916;SC=GCAGCAGGACCCCCCCCGCGG;SOR=1.329;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=45;TCF=31;TCR=14;TR=44;WE=36563166;WS=36563148;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr1	36565584	rs274753	C	G	2516.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=52;NR=26;PP=1516;SC=TCTGATGGCTCTCAGGGAGGC;SOR=1.508;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=78;TCF=52;TCR=26;TR=78;WE=36565592;WS=36565574;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr1	36565617	rs274754	G	A	1177.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.656;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=19;PP=617;ReadPosRankSum=1.618;SC=GGCTGGGAGCGATTTGAGGCA;SOR=0.685;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=92;TCF=55;TCR=37;TR=46;WE=36565625;WS=36565607;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,59:0.48:123
chr1	36602943	rs2231318	C	T	897.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=1.013;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.847;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=16;PP=440;ReadPosRankSum=0.167;SC=AGTGGGAAAACGAAGGGGTAG;SOR=0.553;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=55;TCF=20;TCR=35;TR=26;WE=36602951;WS=36602933;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,41:0.51:81
chr1	36641729	rs2296263	C	T	438.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=6;PP=212;ReadPosRankSum=0.568;SC=GGTGCCTGGTCTGCTCCCTTG;SOR=0.830;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=26;TCF=16;TCR=10;TR=15;WE=36641737;WS=36641719;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,21:0.62:34
chr1	36642420	rs475591	T	C	1128.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.887;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.772;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=29;PP=559;ReadPosRankSum=-0.219;SC=CCCGCCTCTCTGCCAGCACCG;SOR=0.491;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=77;TCF=27;TCR=50;TR=47;WE=36642428;WS=36642410;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,55:0.59:93
chr1	36752152	rs2242428	C	T	3229.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.278;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=288;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=58;PP=2038;ReadPosRankSum=-0.694;SC=ATGGAAACTACCGCTCAAATT;SOR=0.711;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=226;TCF=104;TCR=122;TR=110;WE=36752160;WS=36752142;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:142,139:0.49:281
chr1	36752433	rs6425977	C	T	7553.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=283;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=76;NR=115;PP=2965;SC=GGAGATGAGGCCAAGGAGCAG;SOR=0.998;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=192;TCF=77;TCR=115;TR=191;WE=36752441;WS=36752423;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,275:1.00:275
chr1	36762396	rs1566589	C	T	1433.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=10;NR=28;PP=800;SC=GTTACCCCTTCCAGACTCTTA;SOR=1.524;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=38;TCF=10;TCR=28;TR=38;WE=36762404;WS=36762386;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr1	36767400	rs882799	C	T	2333.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=19;NR=45;PP=1298;SC=ATTAAATGTACGTGCAGGATT;SOR=1.402;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=65;TCF=19;TCR=46;TR=64;WE=36767408;WS=36767390;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr1	36773405	rs35343437	T	G	5063.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.233;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=633;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.529;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=68;NR=99;PP=2610;ReadPosRankSum=-1.518;SC=CAGTCAGCCCTGGTCCCCAGC;SOR=0.637;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=386;TCF=149;TCR=237;TR=167;WE=36773413;WS=36773395;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:369,257:0.41:626
chr1	36773819	rs11263871	C	G	4182.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.81;SOR=1.550;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,156:1.00:156
chr1	36787888	rs58971913	G	A	808.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.275;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.789;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=8;PP=501;ReadPosRankSum=-1.538;SC=AGCGGGAGCCGGGGCCCATCA;SOR=0.245;SbPval=0.26;Source=Platypus;TC=44;TCF=35;TCR=9;TR=29;WE=36787896;WS=36787878;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,38:0.62:61
chr1	36788356	rs7536394	A	G	2469.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=28;NR=28;PP=1224;SC=GGTCACGGAGAGGCCCGGACG;SOR=0.763;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=56;TCF=28;TCR=28;TR=56;WE=36788364;WS=36788346;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr1	36807481	rs3795498	C	T	1836.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-1.472;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.063;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=24;PP=658;ReadPosRankSum=0.711;SC=CAGCTCCGGGCGTCATGGATG;SOR=0.589;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=123;TCF=69;TCR=54;TR=51;WE=36807489;WS=36807471;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:117,96:0.45:213
chr1	36824332	rs55890026	A	G	2317.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.851;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=251;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.581;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=27;PP=1171;ReadPosRankSum=-0.917;SC=CCCATGTCTCACTTACCTTCA;SOR=0.820;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=152;TCF=98;TCR=54;TR=81;WE=36824340;WS=36824322;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:124,118:0.49:242
chr1	36888302	.	CT	C	291.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.371;ClippingRankSum=0.000;DP=249;ExcessHet=3.0103;FS=0.657;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.24;ReadPosRankSum=0.243;SOR=0.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:180,55:0.23:235
chr1	36921371	rs1538634	G	T	2236.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.669;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.343;HP=6;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=19;PP=947;ReadPosRankSum=-0.581;SC=AAGACAGAAAGAAATGATTGA;SOR=0.883;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=127;TCF=80;TCR=47;TR=61;WE=36921379;WS=36921361;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:110,107:0.49:217
chr1	36926445	rs3738839	C	T	2780.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.394;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=264;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=51;PP=1315;ReadPosRankSum=1.057;SC=CCTCCTCCCCCCAAGGGCCCT;SOR=0.703;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=177;TCF=73;TCR=104;TR=88;WE=36926453;WS=36926435;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:129,132:0.51:261
chr1	36927733	rs7065	G	A	1709.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.535;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=20;PP=820;ReadPosRankSum=1.513;SC=GCAGCGTAGAGGGAGGTGGGT;SOR=0.653;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=107;TCF=66;TCR=41;TR=52;WE=36927741;WS=36927723;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,81:0.49:164
chr1	36945307	rs3832027	AG	A	324.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-1.318;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=8;PP=225;ReadPosRankSum=-0.867;SC=ATGCAAGTCAAGGGCTTTTCA;SOR=0.430;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=0;TCR=18;TR=8;WE=36945315;WS=36945297;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,12:0.55:22
chr1	37335458	rs577094	A	G	3100.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=25;NR=58;PP=1872;SC=AGCCCTCCCCACATCCCCACC;SOR=1.526;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=83;TCF=25;TCR=58;TR=83;WE=37335466;WS=37335448;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr1	37335485	rs509284	A	G	2761.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=40.61;SOR=2.372;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr1	37335494	rs577813	G	T	2315.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.41;SOR=2.540;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr1	37626981	rs215756	T	C	173.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-1.739;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=3;PP=85;ReadPosRankSum=1.573;SC=TGGTTTAGTCTAGTGCCCCTG;SOR=0.412;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=23;TCF=17;TCR=6;TR=9;WE=37626989;WS=37626971;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,10:0.37:27
chr1	37941662	rs41267297	G	A	774.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=0.527;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=23;PP=553;ReadPosRankSum=-0.180;SC=CCTTCTTAGGGACTGGTCTAG;SOR=0.929;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=42;TCF=7;TCR=35;TR=27;WE=37941670;WS=37941652;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,31:0.63:49
chr1	37948212	rs215205	C	G	8167.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-2.330;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=878;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.522;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=145;NR=129;PP=2962;ReadPosRankSum=0.944;SC=TGCCTGTGCCCTGTTTTCCTC;SOR=0.643;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=552;TCF=298;TCR=254;TR=274;WE=37948220;WS=37948202;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:448,411:0.48:859
chr1	37959450	rs215210	T	C	9861.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=391;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=96;NR=119;PP=2965;SC=AGCAACTTGCTGGGATTACAA;SOR=0.819;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=216;TCF=96;TCR=120;TR=215;WE=37959458;WS=37959440;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,385:1.00:385
chr1	37959470	rs215211	C	G	8429.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=326;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=81;NR=110;PP=2965;SC=ACATTGTCTTCATCTTCCTGC;SOR=0.906;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=194;TCF=81;TCR=113;TR=191;WE=37959478;WS=37959460;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,319:1.00:319
chr1	37961308	rs200110144	A	C	204.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.825;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=2.823;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.30;MQRankSum=1.736;QD=11.38;ReadPosRankSum=-0.697;SOR=0.191;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,13:0.72:18
chr1	37961613	rs2294873	A	G	584.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=1.617;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=17;PP=394;ReadPosRankSum=-0.497;SC=TATAACAAAGACTATTTGGTT;SOR=0.749;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=40;TCF=11;TCR=29;TR=24;WE=37961621;WS=37961603;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,26:0.54:48
chr1	37967649	rs41306601	C	T	635.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.504;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.538;HP=2;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=20;PP=421;ReadPosRankSum=-0.195;SC=ACTCCTCAGGCAATCTGTCCA;SOR=1.270;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=68;TCF=22;TCR=46;TR=27;WE=37967657;WS=37967639;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,32:0.38:85
chr1	37967707	.	ATTGACAGAGAAGATACATG	A	2868	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;FR=1.0000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MMLQ=26;MQ=60.0;NF=1;NR=6;PP=2868;QD=20;SC=CTATCCTCTAATTGACAGAGA;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=15;TCF=1;TCR=14;TR=7;WE=37967733;WS=37967697;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:8,7:0.47:15
chr1	37975279	rs215214	C	T	800.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-0.552;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.041;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=25;PP=519;ReadPosRankSum=-0.256;SC=ATGCTGAACACAGAAAGCAAC;SOR=0.981;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=62;TCF=16;TCR=46;TR=32;WE=37975287;WS=37975269;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,35:0.52:67
chr1	37975312	rs2036637	T	C	1053.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=28;PP=806;SC=ATGGTACATGTCCCACTGTGA;SOR=3.611;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=32;TCF=4;TCR=28;TR=32;WE=37975320;WS=37975302;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr1	37980080	rs12126401	C	T	662.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=1.565;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.353;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=1;PP=406;ReadPosRankSum=-0.162;SC=TTCGCACAGCCGGGAAGCTGA;SOR=1.085;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=55;TCF=49;TCR=6;TR=22;WE=37980088;WS=37980070;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,29:0.48:60
chr1	38006359	rs2174769	A	G	4197.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-1.100;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=86;PP=2686;ReadPosRankSum=-0.581;SC=TCACGCTCCTAAAATTCAAAC;SOR=0.724;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=126;TCF=38;TCR=88;TR=124;WE=38006367;WS=38006349;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,148:0.99:149
chr1	38018134	rs12144401	C	T	1744.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-1.807;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.120;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=24;PP=1109;ReadPosRankSum=2.316;SC=GAGATGTAGGCGAGCGTACGT;SOR=0.513;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=139;TCF=99;TCR=40;TR=75;WE=38018142;WS=38018124;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,81:0.49:164
chr1	38022452	rs2273014	C	A	1161.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-3.356;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=7;PP=929;ReadPosRankSum=0.730;SC=ATGAAACTTGCCGGCTGTTGG;SOR=0.669;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=92;TCF=77;TCR=15;TR=48;WE=38022460;WS=38022442;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,48:0.49:97
chr1	38030696	rs6619	T	C	866.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=1.014;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=21;PP=471;ReadPosRankSum=0.324;SC=AACAAGACACTTGGGAGTTAT;SOR=0.730;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=59;TCF=16;TCR=43;TR=28;WE=38030704;WS=38030686;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,39:0.51:77
chr1	38034054	.	C	T	2773.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=-0.718;ClippingRankSum=0.000;DP=360;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=48;PP=1071;ReadPosRankSum=-0.645;SC=TAAAGAAACCCCACTCCTATC;SOR=0.672;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=188;TCF=77;TCR=111;TR=81;WE=38034062;WS=38034044;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:210,148:0.41:358
chr1	38046920	rs2360010	G	T	4861.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-2.037;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=89;NR=46;PP=2656;ReadPosRankSum=-0.591;SC=TAACTAAATAGACAAATTCAA;SOR=0.491;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=136;TCF=90;TCR=46;TR=135;WE=38046928;WS=38046910;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,182:0.99:183
chr1	38049373	rs3753372	C	T	1427.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.030;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=21;PP=867;ReadPosRankSum=0.684;SC=CTGTACTCTGCGCAACAGAGC;SOR=0.659;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=141;TCF=91;TCR=50;TR=58;WE=38049381;WS=38049363;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:117,74:0.39:191
chr1	38049552	rs6426024	C	G	8524.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.003;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=340;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=106;NR=127;PP=2965;ReadPosRankSum=0.421;SC=AGAAAGCACCCCAAATGAGCA;SOR=0.520;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=235;TCF=107;TCR=128;TR=233;WE=38049574;WS=38049542;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:5,330:0.99:335
chr1	38049566	rs61776195	G	A	2594.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.299;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=301;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.393;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=56;PP=1428;ReadPosRankSum=-1.248;SC=ATGAGCAACTGAAGCACCATC;SOR=0.782;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=213;TCF=89;TCR=124;TR=93;WE=38049574;WS=38049542;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:168,130:0.44:298
chr1	38052867	rs11420067	C	CA	1341.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.747;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FS=3.316;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.12;MQRankSum=1.281;QD=8.39;ReadPosRankSum=1.137;SOR=1.042;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:64,96:0.60:160
chr1	38056595	rs3737749	A	G	310.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-1.795;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=8;PP=140;ReadPosRankSum=-1.693;SC=AACTTAAAAGAGGAAAAAACC;SOR=0.465;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=22;TCF=4;TCR=18;TR=10;WE=38056603;WS=38056585;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,16:0.50:32
chr1	38061572	rs6697632	G	T	1319.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-1.938;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=36;PP=937;ReadPosRankSum=-0.739;SC=CGTCCCTCTCGGCCTCAGAGC;SOR=2.494;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=42;TCF=5;TCR=37;TR=41;WE=38061580;WS=38061562;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,44:0.98:45
chr1	38078300	rs4652964	A	G	3768.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=1.050;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.184;NF=73;NR=25;PP=2065;ReadPosRankSum=1.850;SC=TCTTGTGTCTATGTATGCATG;SOR=1.609;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=103;TCF=73;TCR=30;TR=98;WE=38078308;WS=38078290;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,133:0.99:135
chr1	38079517	rs36043533	T	G	3264.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=1.541;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=340;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.834;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=40;PP=1331;ReadPosRankSum=-0.120;SC=AGCTGCTGCTTCTTGGAGCAG;SOR=0.763;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=175;TCF=87;TCR=88;TR=77;WE=38079525;WS=38079507;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:164,157:0.49:321
chr1	38148765	rs684260	A	G	1683.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=2.233;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=20;PP=961;ReadPosRankSum=0.155;SC=CAACTGTGGTACCCGTGGTCT;SOR=0.681;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=128;TCF=85;TCR=43;TR=57;WE=38148773;WS=38148755;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:113,81:0.42:194
chr1	38167345	rs71701232	T	TA	89.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.105;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FS=0.995;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.32;MQRankSum=2.808;QD=0.99;ReadPosRankSum=-2.429;SOR=0.479;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:70,21:0.23:91
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chr1	38272660	rs2291297	G	A	2472.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-3.396;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.136;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=36;PP=1157;ReadPosRankSum=-1.299;SC=TGTAAGGCAAGGGGAAAGGGA;SOR=0.718;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=123;TCF=62;TCR=61;TR=70;WE=38272668;WS=38272650;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,116:0.60:194
chr1	38289383	rs12751325	T	C	2689.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.799;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=285;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.907;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=34;PP=953;ReadPosRankSum=-1.046;SC=GTGACAAACCTGTCTGTTGAG;SOR=0.776;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=174;TCF=97;TCR=77;TR=80;WE=38289391;WS=38289373;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:146,137:0.48:283
chr1	38293845	.	T	TA	136.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.275;ClippingRankSum=0.000;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=1.259;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.14;ReadPosRankSum=1.111;SOR=0.469;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:45,19:0.30:64
chr1	38293992	rs9329568	C	T	1919.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=24;NR=32;PP=1010;SC=TTCTTTTGTTCTGAGACAGAG;SOR=0.934;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=56;TCF=24;TCR=32;TR=56;WE=38294000;WS=38293982;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr1	38301250	rs3912368	A	G	574.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=3.656;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=3;PP=458;ReadPosRankSum=-0.417;SC=TATATACAGGATCTATATCTC;SOR=0.610;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=61;TCF=52;TCR=9;TR=25;WE=38301258;WS=38301240;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,24:0.42:57
chr1	38301476	rs3762359	G	A	864.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.883;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.92;ReadPosRankSum=-1.904;SOR=0.624;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:54,43:0.44:97
chr1	38301478	.	C	CT	135.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.524;ClippingRankSum=0.000;DP=90;ExcessHet=3.0103;FS=1.150;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.06;ReadPosRankSum=0.843;SOR=0.479;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:49,17:0.26:66
chr1	38327982	rs3843	G	T	2494.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.699;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FS=6.694;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.39;ReadPosRankSum=-1.432;SOR=0.403;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:93,126:0.58:219
chr1	38332057	.	T	TTC	74.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-1.420;ClippingRankSum=0.000;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=3;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-2.248;NF=37;NR=21;PP=875;ReadPosRankSum=1.040;SC=CTCACTCATATTCTCTCTCTC;SOR=0.569;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=87;TCF=60;TCR=27;TR=58;WE=38332091;WS=38332047;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:102,19:0.16:121
chr1	38332074	rs149926262	TCTCTCACA	T	541.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=1.185;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.160;HP=2;HapScore=3;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.695;NF=35;NR=27;PP=2581;ReadPosRankSum=2.079;SC=TCTCTCTCTCTCTCTCACACA;SOR=1.258;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=103;TCF=57;TCR=46;TR=62;WE=38332091;WS=38332047;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:105,39:0.27:144
chr1	38338795	rs11488569	A	G	5156.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=1.918;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=545;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.729;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=82;PP=2093;ReadPosRankSum=-1.429;SC=TGTAGCTGTCATCTTATTTAC;SOR=0.833;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=308;TCF=139;TCR=169;TR=145;WE=38338803;WS=38338785;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:276,261:0.49:537
chr1	38345896	rs2306427	A	C	617.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.422;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.142;HP=2;HapScore=4;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=15;PP=336;ReadPosRankSum=-0.041;SC=AAAAAAAAATATCAGAATAAA;SOR=1.110;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=53;TCF=20;TCR=33;TR=21;WE=38345904;WS=38345875;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,31:0.40:78
chr1	38352849	rs2279261	G	C	812.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.801;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=24;PP=703;ReadPosRankSum=0.618;SC=CCTACGAGTGGCGAGACCCTG;SOR=0.693;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=40;TCF=6;TCR=34;TR=29;WE=38352857;WS=38352839;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,28:0.68:41
chr1	38397341	rs34655914	G	A	3901.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.594;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=472;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=69;PP=2223;ReadPosRankSum=0.862;SC=GCCGCCCGCCGAACCTGCAGT;SOR=0.689;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=337;TCF=169;TCR=168;TR=130;WE=38397349;WS=38397331;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:258,202:0.44:460
chr1	38397369	rs35267671	C	T	5267.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.520;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=496;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.730;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=92;NR=66;PP=2718;ReadPosRankSum=-0.432;SC=TCCCGAGAGCCGGCGGCGGCA;SOR=0.826;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=351;TCF=198;TCR=153;TR=158;WE=38397377;WS=38397359;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:240,245:0.51:485
chr1	38411350	rs11485595	C	T	2394.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.396;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.118;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=29;PP=1188;ReadPosRankSum=1.734;SC=CCTGGAGGGACAGTTGAAGTT;SOR=0.599;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=141;TCF=89;TCR=52;TR=74;WE=38411358;WS=38411340;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:91,110:0.55:201
chr1	38423853	rs9293	G	C	2081.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=51;NR=11;PP=1571;SC=CTACATCCCTGAACACTAGAG;SOR=2.973;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=62;TCF=51;TCR=11;TR=62;WE=38423861;WS=38423843;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr1	38425629	rs34993722	CAA	C	439.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.335;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=7.160;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.36;MQRankSum=0.730;QD=19.12;ReadPosRankSum=0.323;SOR=0.704;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:3,20:0.87:23
chr1	38425724	rs17531342	T	C	4252.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.893;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=70;NR=40;PP=2386;ReadPosRankSum=-0.467;SC=TTTCACCTCCTTTCTACATGG;SOR=0.336;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=112;TCF=72;TCR=40;TR=110;WE=38425732;WS=38425714;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,161:0.99:162
chr1	38425895	rs28675056	T	C	4275.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.776;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=68;PP=1911;ReadPosRankSum=-0.589;SC=GAACATCTGTTGGGTATCCAG;SOR=0.402;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=110;TCF=41;TCR=69;TR=109;WE=38425903;WS=38425885;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,164:0.99:165
chr1	38442547	rs10890216	G	A	10193.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.782;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=398;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=112;NR=129;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.919;SC=TCAGCAGTCAGTCACTTACCC;SOR=0.763;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=241;TCF=112;TCR=129;TR=241;WE=38442555;WS=38442537;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,385:0.99:387
chr1	38444749	rs7555461	T	C	1017.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=1.363;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=25;PP=621;ReadPosRankSum=-1.149;SC=AGAGAAAAATTACAATATTAC;SOR=0.719;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=77;TCF=25;TCR=52;TR=37;WE=38444757;WS=38444739;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,48:0.47:103
chr1	38447615	rs7533079	G	T	482.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=4;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=8;PP=205;SC=GCTAATTTTGGTTTTTTTTGC;SOR=1.609;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=12;TCF=3;TCR=9;TR=11;WE=38447623;WS=38447604;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr1	38449910	rs11210870	T	C	3385.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.843;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=283;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.423;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=38;PP=1667;ReadPosRankSum=-2.671;SC=CATATCCCTCTTCATCTGTGA;SOR=0.510;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=191;TCF=123;TCR=68;TR=101;WE=38449918;WS=38449900;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:118,157:0.57:275
chr1	38450367	rs6680796	A	G	14708.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=570;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=164;NR=192;PP=2965;SC=TGAAATTTTCACCCCTACTTA;SOR=0.809;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=356;TCF=164;TCR=192;TR=356;WE=38450375;WS=38450357;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,565:1.00:565
chr1	38453576	rs10890285	A	C	3951.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.419;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=378;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.59;ReadPosRankSum=1.031;SOR=0.680;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:174,199:0.53:373
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chr1	38462898	rs4274021	T	A	4699.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.10;QD=43.92;SOR=0.961;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
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chr1	39385086	rs7522863	A	C	2863.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=16;NR=53;PP=1609;SC=AAAGTTTTCTATGTAATTGTT;SOR=1.832;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=69;TCF=16;TCR=53;TR=69;WE=39385094;WS=39385076;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
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chr1	39466626	rs11205525	A	G	1050.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-3.819;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=8;PP=628;ReadPosRankSum=1.372;SC=GCCCAAACTCACTTTTTCTTT;SOR=0.818;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=64;TCF=49;TCR=15;TR=39;WE=39466634;WS=39466616;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,50:0.62:81
chr1	39466786	rs10888613	C	G	2690.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.283;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=299;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.153;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=51;PP=1334;ReadPosRankSum=0.377;SC=CAGGTAGGCCCAGGCAGTGAC;SOR=0.888;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=202;TCF=95;TCR=107;TR=88;WE=39466794;WS=39466776;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:160,136:0.46:296
chr1	39494666	rs35464164	C	CT	732.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.947;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FS=2.229;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.88;ReadPosRankSum=-1.629;SOR=1.105;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,56:0.60:93
chr1	39494687	rs3768323	G	A	3278.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=19;NR=50;PP=1465;SC=TTTTTGAGACGAAGTCTCACT;SOR=1.816;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=69;TCF=19;TCR=50;TR=69;WE=39494695;WS=39494677;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr1	39550210	rs260972	C	T	945.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=26;PP=716;SC=CTCACCAGGGCCTCTGACAAA;SOR=4.548;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=27;TCF=1;TCR=26;TR=27;WE=39550218;WS=39550200;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
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chr1	39568765	rs2282232	T	C	1344.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=4.380;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.001;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=38;PP=948;ReadPosRankSum=1.763;SC=TTAGAGAAGCTCTCTAGCCAC;SOR=1.352;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=71;TCF=10;TCR=61;TR=43;WE=39568773;WS=39568755;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,51:0.61:84
chr1	39715857	rs138875979	C	CA	1342.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.936;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.805;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=24;PP=1145;ReadPosRankSum=0.290;SC=GCAAGGGCAGCAGCCATCACT;SOR=0.790;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=56;TCF=5;TCR=51;TR=27;WE=39715865;WS=39715847;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,45:0.47:96
chr1	39717566	rs2490948	T	C	2260.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=22;NR=25;PP=728;SC=GCCCTCCTGGTGCCATACAAA;SOR=0.738;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=47;TCF=22;TCR=25;TR=47;WE=39717574;WS=39717556;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr1	39748921	rs2275188	G	A	826.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.968;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=14;PP=484;ReadPosRankSum=-1.154;SC=ATCTGGAACAGGCTTTTGAAG;SOR=0.645;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=78;TCF=47;TCR=31;TR=34;WE=39748929;WS=39748911;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,46:0.35:131
chr1	39758993	rs6688708	C	G	235.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=3.015;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.114;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=1;PP=179;ReadPosRankSum=0.818;SC=TTGTACAAAACTTGAATCCAT;SOR=1.329;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=24;TCF=20;TCR=4;TR=10;WE=39759001;WS=39758986;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,10:0.42:24
chr1	39763242	rs2275187	G	A	3529.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.300;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=347;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.395;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=70;NR=39;PP=1645;ReadPosRankSum=1.021;SC=TTAATATTCCGGTGTTCTAAT;SOR=0.660;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=226;TCF=146;TCR=80;TR=109;WE=39763250;WS=39763232;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:173,172:0.50:345
chr1	39766055	rs2275186	C	T	1295.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-1.313;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.759;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=29;PP=710;ReadPosRankSum=-0.567;SC=AGAAAGGGTACCTCTGGGCCA;SOR=0.595;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=90;TCF=27;TCR=63;TR=42;WE=39766063;WS=39766045;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,58:0.54:108
chr1	39766138	rs59075192	TA	T	123.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=8.25;ReadPosRankSum=0.226;SOR=0.582;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,7:0.47:15
chr1	39796844	.	CTTTTTTTTTTTT	C	700.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.516;ClippingRankSum=0.000;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=3.646;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.03;ReadPosRankSum=1.996;SOR=1.204;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,19:0.68:28
chr1	39806610	rs3116396	C	T	6095.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=239;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=51;NR=91;PP=2754;SC=TGAACCTCTGCCTCCAACAGT;SOR=1.006;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=143;TCF=51;TCR=92;TR=142;WE=39806618;WS=39806600;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,232:1.00:232
chr1	39812620	rs2490944	G	T	3768.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=75;NR=31;PP=2181;SC=GGTTTTTTGTGTTTTGTTTCC;SOR=1.540;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=106;TCF=75;TCR=31;TR=106;WE=39812628;WS=39812610;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,135:1.00:135
chr1	39812822	rs2761764	C	A	4667.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=31;NR=74;PP=2348;SC=AACAGACTGCCGCTCAGGTGG;SOR=1.381;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=105;TCF=31;TCR=74;TR=105;WE=39812830;WS=39812812;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,167:1.00:167
chr1	39815409	rs41270813	A	G	217.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.316;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=7;PP=97;ReadPosRankSum=0.178;SC=GGCTCAGGCAATCCTCCCACC;SOR=0.536;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=24;TCF=4;TCR=20;TR=9;WE=39815417;WS=39815399;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,13:0.34:38
chr1	39824718	rs2256614	C	G	717.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=1.932;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=6;PP=523;ReadPosRankSum=0.429;SC=GTTAAACTTACAATTATTCTG;SOR=0.610;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=43;TCF=34;TCR=9;TR=26;WE=39824726;WS=39824708;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,28:0.61:46
chr1	39826391	rs10632223	A	ATTAT	581.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.878;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.23;MQRankSum=1.437;QD=12.38;ReadPosRankSum=0.865;SOR=0.850;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,16:0.34:47
chr1	39843958	rs663449	G	A	342.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=2.696;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.993;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=2;PP=261;ReadPosRankSum=1.222;SC=CTTGAGTGACGTTTTGTTGCC;SOR=0.172;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=22;TCF=20;TCR=2;TR=14;WE=39843966;WS=39843948;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,14:0.61:23
chr1	39879366	rs604316	T	C	2794.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.208;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=315;ExcessHet=3.0103;FS=7.965;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.37;MQRankSum=2.239;QD=9.32;ReadPosRankSum=-1.329;SOR=0.410;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:159,141:0.47:300
chr1	39889677	rs663892	G	A	644.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.876;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.669;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=9;PP=225;ReadPosRankSum=-1.726;SC=CTGTGTTACAGCTTTTCATTC;SOR=0.482;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=82;TCF=49;TCR=33;TR=21;WE=39889685;WS=39889667;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,37:0.35:107
chr1	39893093	rs625384	C	T	1112.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.746;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.784;HP=6;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=11;PP=740;ReadPosRankSum=0.729;SC=TGTGACTTTTCTTCCTGAGCA;SOR=0.442;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=97;TCF=76;TCR=21;TR=44;WE=39893101;WS=39893083;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,52:0.44:117
chr1	39894839	rs645061	A	G	1039.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=26;NR=0;PP=713;SC=TTTAAATTTGATCTCTTAAAG;SOR=4.743;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=26;TCF=26;TCR=0;TR=26;WE=39894847;WS=39894829;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr1	39895460	rs683135	G	A	426.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-1.540;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.016;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=5;PP=264;ReadPosRankSum=2.397;SC=TCATTCCTAGGTCTCTTAAAT;SOR=0.293;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=32;TCF=24;TCR=8;TR=16;WE=39895468;WS=39895450;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,20:0.48:42
chr1	39908506	rs587404	G	A	426.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.911;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=7;PP=161;ReadPosRankSum=-0.084;SC=CCGTTTGGAAGCCATGAACCA;SOR=0.630;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=41;TCF=22;TCR=19;TR=15;WE=39908514;WS=39908496;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,25:0.38:66
chr1	39908726	rs588326	A	G	122.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-1.180;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=4;PP=89;ReadPosRankSum=-0.366;SC=TAACTTATCTAGAAAGAGCAG;SOR=0.527;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=7;TCF=1;TCR=6;TR=5;WE=39908734;WS=39908716;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,5:0.71:7
chr1	39914363	rs668556	G	C	2456.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.284;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=286;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.252;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=37;PP=1316;ReadPosRankSum=-0.738;SC=CCCGAAGATAGTCAGAAACTT;SOR=0.831;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=190;TCF=100;TCR=90;TR=85;WE=39914371;WS=39914353;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:157,126:0.45:283
chr1	39919346	rs688320	T	G	517.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=2.458;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.017;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=5;PP=342;ReadPosRankSum=-0.982;SC=TGTAGACTTTTTACGTTTTTG;SOR=0.968;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=51;TCF=36;TCR=15;TR=20;WE=39919354;WS=39919336;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,26:0.34:77
chr1	39927507	rs783820	G	A	4071.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=91;NR=40;PP=2965;SC=ACCGCCAACCGAACAAGTACC;SOR=1.350;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=132;TCF=92;TCR=40;TR=131;WE=39927515;WS=39927497;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,146:1.00:146
chr1	39929240	rs7554206	T	C	3115.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-1.177;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=346;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.820;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=40;PP=1478;ReadPosRankSum=-0.603;SC=AATAGGAAGTTTTGCTCTACC;SOR=0.646;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=214;TCF=132;TCR=82;TR=99;WE=39929248;WS=39929230;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:179,161:0.47:340
chr1	39957913	rs4660269	A	G	901.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=0.086;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.872;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.991;NF=15;NR=15;PP=374;ReadPosRankSum=1.349;SC=GTACCACGCCATGGCTGGCGA;SOR=0.726;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=46;TCF=23;TCR=23;TR=30;WE=39957921;WS=39957903;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,46:0.60:77
chr1	39976930	rs201515760	C	T	54.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.645;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=40.00;MQRankSum=-0.000;QD=10.95;ReadPosRankSum=0.842;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,3:0.60:5
chr1	39981462	rs200107336	G	T	1543.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.348;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=353;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.716;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.115;NF=31;NR=47;PP=1048;ReadPosRankSum=-3.106;SC=TTAACGATCCGGAAAGAGGAA;SOR=0.949;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=249;TCF=121;TCR=128;TR=78;WE=39981470;WS=39981452;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:256,95:0.27:351
chr1	39981522	rs200818147	G	A	2357.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.131;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FS=1.854;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.36;MQRankSum=4.621;QD=12.15;ReadPosRankSum=-1.568;SOR=0.560;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:81,113:0.58:194
chr1	39988145	rs6524	T	C	1284.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=2.257;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=350;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.449;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-16.618;NF=42;NR=44;PP=914;ReadPosRankSum=-1.152;SC=TCCAGGACCTTGGCTGGCTGG;SOR=0.654;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=271;TCF=127;TCR=144;TR=86;WE=39988153;WS=39988135;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:260,87:0.25:347
chr1	39988193	rs139291071	C	T	1653.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.731;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=263;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.657;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=4.952;NF=20;NR=41;PP=822;ReadPosRankSum=0.848;SC=ATGACAATCACCACCTGTAGA;SOR=0.925;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=199;TCF=75;TCR=124;TR=61;WE=39988201;WS=39988183;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:172,90:0.34:262
chr1	39988913	rs148144829	CAG	C	4625.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.133;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=257;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=52;PP=2526;ReadPosRankSum=1.535;SC=TTTGTCTGCACAGAGTCAGTA;SOR=0.680;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=121;TCF=14;TCR=107;TR=60;WE=39988922;WS=39988903;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:122,121:0.50:243
chr1	39991474	rs11583829	AG	CA	4388.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.668;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=516;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.524;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-5.431;NF=74;NR=75;PP=2944;ReadPosRankSum=0.431;SC=CCACTGAGTCAGCCCGCCCAG;SOR=0.651;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=332;TCF=158;TCR=174;TR=149;WE=39991483;WS=39991464;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:290,224:0.44:514
chr1	39991588	rs3738676	G	T	1804.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-2.118;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.272;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=46;PP=999;ReadPosRankSum=-0.912;SC=CCTCACTCTCGGTGCCTACTT;SOR=0.580;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=132;TCF=37;TCR=95;TR=66;WE=39991596;WS=39991578;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,85:0.50:171
chr1	40028180	rs4660293	A	G	1588.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.909;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.627;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=38;PP=940;ReadPosRankSum=-0.268;SC=ACATCTGACTATGTGAAAGAG;SOR=1.016;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=110;TCF=43;TCR=67;TR=60;WE=40028188;WS=40028170;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,78:0.46:168
chr1	40033651	rs11206343	C	T	909.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.899;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=23;PP=485;ReadPosRankSum=-0.478;SC=AATTCTCGGCCGGACGCGGTG;SOR=0.791;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=63;TCF=17;TCR=46;TR=30;WE=40033659;WS=40033641;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,44:0.48:91
chr1	40035686	rs17513135	C	T	3394.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.771;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=412;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=72;PP=1824;ReadPosRankSum=-1.003;SC=TAAAATGAAACCATGAAGAAC;SOR=0.705;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=256;TCF=101;TCR=155;TR=120;WE=40035694;WS=40035676;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:233,172:0.42:405
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chr1	40037354	rs41264487	C	G	329.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.310;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=7;PP=139;ReadPosRankSum=-0.938;SC=GGAGCCAGATCGTTGGACAAT;SOR=0.693;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=45;TCF=23;TCR=22;TR=14;WE=40037362;WS=40037344;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,22:0.31:70
chr1	40041371	rs79094524	G	GA	1126.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.602;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.846;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=9;PP=928;ReadPosRankSum=-0.067;SC=GGCCCTGCCAGAAGACGACTC;SOR=0.585;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=68;TCF=47;TCR=21;TR=27;WE=40041379;WS=40041361;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,45:0.44:102
chr1	40041699	rs201925786	T	TCGGAGC	565.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-0.334;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=2.256;NF=0;NR=14;PP=746;ReadPosRankSum=2.101;SC=AGGGGCGCCTTCGGAGCCCGG;SOR=1.519;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=34;TCF=1;TCR=33;TR=14;WE=40041707;WS=40041689;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,16:0.47:34
chr1	40092089	rs2695320	T	C	2210.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=49;NR=21;PP=1288;SC=AGCCAGTCCATGAAGCAAAGC;SOR=1.668;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=71;TCF=50;TCR=21;TR=70;WE=40092097;WS=40092079;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr1	40097136	rs11206504	T	C	918.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=0.570;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.065;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=7;PP=575;ReadPosRankSum=1.094;SC=CCACACAGTATTTCCTCTAGC;SOR=1.045;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=75;TCF=56;TCR=19;TR=34;WE=40097144;WS=40097126;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,40:0.47:85
chr1	40098328	rs784625	T	C	5285.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.638;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=68;NR=59;PP=2055;ReadPosRankSum=-1.078;SC=CACCCCTCTGTGTTTCTTCCT;SOR=0.773;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=128;TCF=68;TCR=60;TR=127;WE=40098336;WS=40098318;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,206:0.99:208
chr1	40149515	rs784633	A	G	2155.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=50;NR=4;PP=1198;SC=GGGGAGCAGCAGGGAGGCCCC;SOR=2.642;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=54;TCF=50;TCR=4;TR=54;WE=40149523;WS=40149513;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr1	40149551	rs11206617	G	C	3455.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=75;NR=24;PP=2019;SC=CGCGGAGGCAGGGGCGGGGAT;SOR=1.896;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=99;TCF=75;TCR=24;TR=99;WE=40149559;WS=40149541;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr1	40149642	rs784634	G	T	9837.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=367;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=137;NR=108;PP=2965;SC=GGCGCGTGATGCGCCCGTCGC;SOR=0.884;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=245;TCF=137;TCR=108;TR=245;WE=40149650;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,364:1.00:364
chr1	40149870	rs113763288	C	G	1513.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=1.573;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=11.538;HP=3;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=46;PP=1353;ReadPosRankSum=0.913;SC=GCCCCGCCCACCCCGCCCCCA;SOR=5.207;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=48;TCF=1;TCR=47;TR=47;WE=40149878;WS=40149860;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,56:0.98:57
chr1	40149926	.	C	CCCCGGGTGCCTCGCCTCCTCCCAT	914.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=50.82;SOR=5.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr1	40150370	rs2746058	C	T	954.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=8;NR=25;PP=719;SC=ACACACAGGGCGGGGTTGCAG;SOR=2.235;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=8;TCR=25;TR=33;WE=40150378;WS=40150360;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr1	40207169	rs497333	T	G	2165.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.402;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.101;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=46;PP=1130;ReadPosRankSum=0.347;SC=TGGTTAGGTTTTTGGGCCTTA;SOR=0.615;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=132;TCF=47;TCR=85;TR=74;WE=40207177;WS=40207159;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:99,104:0.51:203
chr1	40230531	rs115705483	C	T	194.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.267;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FS=5.263;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.89;MQRankSum=-4.176;QD=1.53;ReadPosRankSum=1.099;SOR=1.461;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:107,20:0.16:127
chr1	40235277	rs374340047	A	G	188.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=2.402;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.447;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.985;NF=7;NR=1;PP=120;ReadPosRankSum=0.536;SC=GGAGGCCAGTAGCAAACCCCT;SOR=1.609;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=22;TCF=18;TCR=4;TR=8;WE=40235285;WS=40235267;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,8:0.53:15
chr1	40236074	rs230321	A	C	1709.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.409;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=350;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=18.216;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-3.625;NF=59;NR=23;PP=976;ReadPosRankSum=-0.650;SC=TTCCTCTTTCAGGATCGTTAA;SOR=1.465;SbPval=0.95;Source=Platypus;TC=245;TCF=144;TCR=101;TR=82;WE=40236082;WS=40236064;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:249,97:0.28:346
chr1	40236981	rs369406165	G	A	56.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.440;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-1.960;NF=0;NR=5;PP=82;ReadPosRankSum=-0.674;SC=CGTGCGCCTCGGGCCGCGCGT;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=5;WE=40236989;WS=40236971;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,3:0.50:6
chr1	40240691	rs370056406	C	T	260.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.704;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=3.136;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=44.69;MQRankSum=0.297;QD=12.42;ReadPosRankSum=-0.193;SOR=0.126;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,12:0.57:21
chr1	40253726	rs230328	C	T	226.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=2.976;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=11.993;HP=1;HapScore=2;MGOF=31;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-5.325;NF=12;NR=1;PP=218;ReadPosRankSum=0.655;SC=CCGTCTGTGACTCCCCGTTCG;SOR=2.941;SbPval=0.97;Source=Platypus;TC=29;TCF=22;TCR=7;TR=13;WE=40253734;WS=40253716;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,12:0.31:39
chr1	40253768	rs60164088	C	CA	1342.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=1.464;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=4;MGOF=38;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-2.856;NF=10;NR=8;PP=1106;ReadPosRankSum=-1.529;SC=CGGATGCGCGCCCCTCCCCTG;SOR=0.755;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=34;TCF=18;TCR=16;TR=18;WE=40253778;WS=40253758;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,36:0.46:78
chr1	40253770	rs4068800	C	T	1351.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=1.722;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=4;MGOF=38;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-2.856;NF=16;NR=8;PP=1100;ReadPosRankSum=-1.303;SC=GATGCGCGCCCCTCCCCTGCA;SOR=0.755;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=50;TCF=33;TCR=17;TR=24;WE=40253778;WS=40253758;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,36:0.46:78
chr1	40253786	rs230329	C	T	753.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.423;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=43;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=-2.975;NF=18;NR=11;PP=430;ReadPosRankSum=1.004;SC=CTGCAGCCAGCTTACTCCGAG;SOR=0.650;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=57;TCF=36;TCR=21;TR=29;WE=40253794;WS=40253776;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,41:0.42:97
chr1	40253810	rs56694047	GC	G	1933.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.167;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=26;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-2.233;NF=8;NR=15;PP=1444;ReadPosRankSum=1.260;SC=CCCCGCGCGGGCGGCCGCACT;SOR=0.660;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=49;TCF=20;TCR=29;TR=23;WE=40253820;WS=40253800;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,51:0.42:121
chr1	40253812	rs57439527	G	A	1942.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.332;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=4;MGOF=26;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-2.148;NF=18;NR=15;PP=1440;ReadPosRankSum=1.175;SC=CCGCGCGGGCGGCCGCACTCA;SOR=0.630;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=74;TCF=43;TCR=31;TR=33;WE=40253820;WS=40253800;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,53:0.43:124
chr1	40313849	rs1333742	T	C	1405.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=3.391;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.690;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=33;PP=818;ReadPosRankSum=-0.593;SC=GAACAGGTGGTCACAAAAAAA;SOR=1.111;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=88;TCF=23;TCR=65;TR=42;WE=40313857;WS=40313839;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,58:0.50:117
chr1	40319587	rs2294814	A	C	2371.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.908;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=268;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=28;PP=1005;ReadPosRankSum=2.631;SC=CTGAAATTAGACAGCAAGAAA;SOR=0.698;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=150;TCF=86;TCR=64;TR=66;WE=40319595;WS=40319577;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:146,118:0.45:264
chr1	40349131	rs3845570	G	A	2062.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.264;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.099;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=37;PP=993;ReadPosRankSum=0.026;SC=CACTGCCCACGGGAACTGCTC;SOR=0.819;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=126;TCF=57;TCR=69;TR=65;WE=40349139;WS=40349121;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:100,100:0.50:200
chr1	40363054	rs3134614	G	C	3579.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=54;NR=26;PP=1595;SC=TTAGTAGCCAGTGAGGTATGC;SOR=1.129;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=80;TCF=54;TCR=26;TR=80;WE=40363062;WS=40363044;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,135:1.00:135
chr1	40367592	rs804719	A	G	4156.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=43;NR=49;PP=1626;SC=CCGCACTCACAAGCGCGCCCC;SOR=0.784;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=92;TCF=43;TCR=49;TR=92;WE=40367614;WS=40367582;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,159:1.00:159
chr1	40421617	rs140696582	TG	T	1403.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=30;PP=1164;SC=TCCCCAGCCCTGGGGACTTAT;SOR=3.716;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=34;TCF=1;TCR=33;TR=31;WE=40421625;WS=40421607;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr1	40526003	rs3122419	T	C	723.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=1.035;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.073;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=23;PP=521;ReadPosRankSum=-0.076;SC=GAGTTCAGTCTAGCCACAGAA;SOR=0.223;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=57;TCF=12;TCR=45;TR=31;WE=40526011;WS=40525993;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,31:0.53:58
chr1	40528445	.	T	TTGTGTGTGTGTG,TTGTGTGTGTGTGTGTGTGTG	454.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.57;QD=50.53;SOR=2.093;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:0,5,4:0.56,0.44:9
chr1	40533266	rs11207440	T	G	4918.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=67;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=68;NR=54;PP=2538;SC=TGCCGGATCATGTCCTCCTCC;SOR=3.786;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=122;TCF=68;TCR=54;TR=122;WE=40533274;WS=40533256;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr1	40533287	rs6665926	T	G	5258.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=75;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=30;NR=62;PP=2119;SC=CCCTCCACCATGCCCCCCTCC;SOR=4.244;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=94;TCF=32;TCR=62;TR=92;WE=40533295;WS=40533277;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chr1	40533315	rs6665933	T	G	5960.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=58.95;QD=44.48;SOR=4.047;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,134:1.00:134
chr1	40533320	rs6665936	T	G	6039.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=58.96;QD=44.74;SOR=3.928;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,135:1.00:135
chr1	40533326	rs6665937	T	G	6014.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=58.95;QD=44.89;SOR=3.661;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,134:1.00:134
chr1	40533347	rs6665944	T	G	5559.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=74;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=15;NR=61;PP=2064;SC=TTCCCGCTCATCACTGTTCGC;SOR=3.240;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=78;TCF=16;TCR=62;TR=76;WE=40533355;WS=40533337;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr1	40536074	rs58190778	C	CT	11198.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=288;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=22;NR=110;PP=2965;SC=TAAAGTTACACGTTGACACAC;SOR=0.939;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=138;TCF=24;TCR=114;TR=132;WE=40536082;WS=40536064;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,279:1.00:279
chr1	40556922	rs3122439	T	C	4142.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=74;NR=30;PP=2752;SC=TGTGCAAATATAGTTCCTAGA;SOR=1.517;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=104;TCF=74;TCR=30;TR=104;WE=40556950;WS=40556912;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,151:1.00:151
chr1	40556942	rs56654546	A	T	1459.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.549;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FS=7.761;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.93;ReadPosRankSum=1.835;SOR=0.337;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:100,84:0.46:184
chr1	40558256	rs4481840	C	G	1521.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=44;PP=1224;SC=AGGCCTCAAACAGCATTATCA;SOR=4.407;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=46;TCF=2;TCR=44;TR=46;WE=40558264;WS=40558246;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr1	40688132	rs16827064	C	T	157.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=0.204;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.086;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=0;PP=85;ReadPosRankSum=0.338;SC=CATTCATTAGCAGGAGAAAAT;SOR=1.270;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=15;TCR=3;TR=6;WE=40688140;WS=40688122;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,8:0.40:20
chr1	40701378	rs2235985	T	G	253.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=1.827;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.049;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=2;PP=192;ReadPosRankSum=0.588;SC=CTAAAAGTTTTTACAAGCTAA;SOR=1.244;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=27;TCF=23;TCR=4;TR=13;WE=40701386;WS=40701368;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,11:0.41:27
chr1	40705726	rs10889205	A	T	2775.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-3.601;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=277;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.439;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=52;PP=1551;ReadPosRankSum=1.058;SC=AAGAGAAAGAAGATGATTTTG;SOR=0.652;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=213;TCF=105;TCR=108;TR=103;WE=40705734;WS=40705716;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:139,134:0.49:273
chr1	40733658	rs7516571	A	G	934.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-0.348;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=29;PP=600;ReadPosRankSum=-1.652;SC=CTCTGTTTGCATAGTCCTTGG;SOR=0.704;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=77;TCF=15;TCR=62;TR=35;WE=40733666;WS=40733648;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,42:0.48:88
chr1	40735817	rs16827109	T	G	1187.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.058;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.691;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=26;PP=590;ReadPosRankSum=-2.128;SC=AAATCTTTATTTCGTTTTCTT;SOR=0.901;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=68;TCF=20;TCR=48;TR=35;WE=40735825;WS=40735807;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,54:0.55:99
chr1	40737516	rs6677717	T	G	1788.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=39;NR=15;PP=1097;SC=ATAAAGAATGTTTTTTCTTTA;SOR=1.758;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=54;TCF=39;TCR=15;TR=54;WE=40737524;WS=40737506;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr1	40773123	rs2228567	G	C	1473.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.784;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.521;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=24;PP=680;ReadPosRankSum=-2.329;SC=CTTACCGCTAGGCCCTGGTGG;SOR=0.638;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=146;TCF=87;TCR=59;TR=57;WE=40773131;WS=40773113;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:130,81:0.38:211
chr1	40777884	rs34036643	C	CT	430.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.164;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FS=0.904;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.10;ReadPosRankSum=0.385;SOR=0.854;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:63,42:0.40:105
chr1	40840268	rs72258841	CGT	C	1066.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=1.346;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.99;ReadPosRankSum=0.369;SOR=0.728;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:42,47:0.53:89
chr1	40840270	rs10645094	T	TGC	775.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=2.232;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.34;ReadPosRankSum=1.681;SOR=0.679;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:57,36:0.39:93
chr1	40840274	.	T	C	651.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.091;ClippingRankSum=0.000;DP=123;ExcessHet=3.0103;FS=0.851;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.39;ReadPosRankSum=2.294;SOR=0.855;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:72,30:0.29:102
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chr1	40840353	rs1003710	A	G	5966.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=84;NR=78;PP=2965;SC=GATGGCGGAAAGGAAAACTGC;SOR=0.740;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=162;TCF=84;TCR=78;TR=162;WE=40840361;WS=40840343;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,217:1.00:217
chr1	40859213	rs35913943	CTT	C	360.86	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.076;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FS=9.129;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.15;MQRankSum=0.616;QD=15.04;ReadPosRankSum=2.318;SOR=1.426;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,19:0.79:24
chr1	40872623	rs2982510	C	T	123.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.091;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.557;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=6;PP=75;ReadPosRankSum=0.933;SC=AAACCTGGCACAAAGGTGAAG;SOR=2.419;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=4;TCR=18;TR=6;WE=40872631;WS=40872613;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,7:0.27:26
chr1	40879808	rs209605	G	T	9314.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=361;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=119;NR=86;PP=2965;SC=CTTATTTCTTGCTATAACATA;SOR=0.949;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=206;TCF=119;TCR=87;TR=205;WE=40879816;WS=40879798;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,348:1.00:348
chr1	40879952	rs2294752	T	G	2591.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-2.331;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=279;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.933;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=54;PP=1190;ReadPosRankSum=0.462;SC=TCTTACAAATTTTGATAAATT;SOR=0.625;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=176;TCF=68;TCR=108;TR=90;WE=40879960;WS=40879942;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:140,132:0.49:272
chr1	40881041	rs209606	C	G	7207.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=280;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=85;NR=85;PP=2965;SC=CTTCTTCTTCCGGTTCCAGAA;SOR=0.715;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=170;TCF=85;TCR=85;TR=170;WE=40881049;WS=40881031;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,277:1.00:277
chr1	40881840	rs1007263	G	A	568.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-1.152;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.752;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=3;PP=468;ReadPosRankSum=0.370;SC=CGCCCTCTTTGCCCTAAGGTT;SOR=1.581;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=42;TCF=36;TCR=6;TR=25;WE=40881848;WS=40881830;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,24:0.59:41
chr1	40923019	rs2272994	G	A	5396.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.634;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=580;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.520;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=75;NR=90;PP=2416;ReadPosRankSum=0.657;SC=TAAGCAGGATGTCAGCTTTCC;SOR=0.748;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=354;TCF=165;TCR=189;TR=165;WE=40923027;WS=40923009;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:306,272:0.47:578
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chr1	40955156	rs10789144	A	T	1223.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=21;NR=13;PP=644;SC=TGGTTCTTAGACATCAGCATA;SOR=1.038;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=34;TCF=21;TCR=13;TR=34;WE=40955164;WS=40955146;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr1	40980668	rs35672330	T	C	1685.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.479;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.125;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=26;PP=942;ReadPosRankSum=1.904;SC=CTGAACATACTTTTGCTGATT;SOR=0.651;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=124;TCF=59;TCR=65;TR=54;WE=40980676;WS=40980658;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:112,81:0.42:193
chr1	41094320	rs2076334	C	G	291.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=4.409;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.520;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=0;PP=241;ReadPosRankSum=0.967;SC=TATGAATCAACTGGGGACAGT;SOR=2.998;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=23;TCF=20;TCR=3;TR=11;WE=41094328;WS=41094310;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,11:0.46:24
chr1	41095171	rs2076333	A	G	166.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=2.328;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=6;PP=91;ReadPosRankSum=-0.692;SC=GATGGCACCAACCACATGGGC;SOR=1.136;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=2;TCR=17;TR=6;WE=41095179;WS=41095161;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,8:0.38:21
chr1	41101572	rs2253835	A	G	3214.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=53;NR=33;PP=1586;SC=GGACCACAGCACGGGGCTGCA;SOR=1.107;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=87;TCF=54;TCR=33;TR=86;WE=41101580;WS=41101562;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr1	41107239	rs7535398	G	A	1597.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.230;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.838;HP=3;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=12;PP=1175;ReadPosRankSum=-0.872;SC=ACTGGACCTAGAACAGCACCT;SOR=1.148;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=122;TCF=94;TCR=28;TR=62;WE=41107247;WS=41107229;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,68:0.52:132
chr1	41107360	rs491619	T	C	20615.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=801;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=209;NR=194;PP=2965;SC=CTCTACCCCGTGATGTCCCAT;SOR=0.739;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=403;TCF=209;TCR=194;TR=403;WE=41107368;WS=41107350;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,798:1.00:798
chr1	41107612	rs2076332	C	G	613.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-1.348;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.541;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=19;PP=410;ReadPosRankSum=-0.017;SC=CCCGGGGTGGCAGGGCCTCAG;SOR=1.244;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=50;TCF=13;TCR=37;TR=23;WE=41107620;WS=41107602;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,27:0.47:58
chr1	41204569	rs1057925	C	T	1493.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=23;NR=16;PP=720;SC=CCCAGCAAAGCCTACAGTCGT;SOR=0.914;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=39;TCF=23;TCR=16;TR=39;WE=41204577;WS=41204559;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr1	41215075	rs3818758	T	A	190.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=2.075;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.103;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=1;PP=138;ReadPosRankSum=-0.851;SC=TTTCTCCCTGTTACCTGCTTT;SOR=1.302;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=21;TCF=17;TCR=4;TR=9;WE=41215083;WS=41215065;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,9:0.41:22
chr1	41228898	rs4660454	G	A	479.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=11;NR=6;PP=382;SC=ATATATGTATGTCTCTATATA;SOR=1.244;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=11;TCR=6;TR=17;WE=41228906;WS=41228888;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr1	41229180	rs4660455	G	A	891.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=8;NR=18;PP=582;SC=CACTATGCCCGGCTGATTTTT;SOR=1.609;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=27;TCF=9;TCR=18;TR=26;WE=41229188;WS=41229170;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr1	41235177	rs10889608	G	C	1059.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.671;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.767;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=20;PP=494;ReadPosRankSum=1.232;SC=TAGGGCAACTGTCCTGTCCTC;SOR=0.294;SbPval=0.23;Source=Platypus;TC=59;TCF=18;TCR=41;TR=33;WE=41235185;WS=41235167;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,50:0.57:88
chr1	41235946	rs3754176	G	A	341.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-4.361;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=2;PP=300;ReadPosRankSum=0.675;SC=CAGATATTCTGAGAAAAGAAG;SOR=0.770;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=29;TCF=25;TCR=4;TR=15;WE=41235954;WS=41235936;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,15:0.52:29
chr1	41284366	rs2361660	G	C	3941.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=41;NR=60;PP=2224;SC=AGGCCTGCAAGCCGCGCGCGG;SOR=0.976;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=102;TCF=41;TCR=61;TR=101;WE=41284374;WS=41284356;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,142:1.00:142
chr1	41284406	rs2361659	A	G	2714.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=33;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=21;NR=51;PP=1627;SC=GGGCACGACCAGAGCGGGCAG;SOR=1.445;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=72;TCF=21;TCR=51;TR=72;WE=41284414;WS=41284396;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr1	41285087	rs4660468	T	C	17259.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=673;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=177;NR=180;PP=2965;SC=TCTACCTGGCTGAGAAGGACG;SOR=0.702;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=357;TCF=177;TCR=180;TR=357;WE=41285095;WS=41285077;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,667:1.00:667
chr1	41298652	rs913378	T	C	5025.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-2.064;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=481;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=90;NR=60;PP=1938;ReadPosRankSum=-3.134;SC=GTGGCCCCTTTGGTGGGCCAC;SOR=0.718;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=318;TCF=187;TCR=131;TR=150;WE=41298660;WS=41298642;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:235,245:0.51:480
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chr1	41327873	rs12081504	G	C	312.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=9;PP=234;SC=GCCAGCGGCTGCTCTGCGGCG;SOR=2.494;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=11;TCF=2;TCR=9;TR=11;WE=41327881;WS=41327863;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr1	41453286	rs5773721	GT	G	6782.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=98;PP=2973;SC=TAAGGGCACAGTTAACAGTCA;SOR=1.622;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=100;TCF=1;TCR=99;TR=99;WE=41453294;WS=41453276;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,185:1.00:185
chr1	41454425	rs6675122	G	A	1896.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.469;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FS=3.663;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.48;ReadPosRankSum=-2.591;SOR=0.420;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:49,82:0.63:131
chr1	41456808	rs111518708	C	CT	190.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.484;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FS=4.334;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.47;ReadPosRankSum=-0.702;SOR=1.253;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:101,29:0.22:130
chr1	41466550	rs12735455	T	A	111.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=1.242;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.522;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=0;PP=78;ReadPosRankSum=0.738;SC=ATATATTAAGTTGATCACTTT;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=8;TCR=1;TR=5;WE=41466558;WS=41466540;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,5:0.56:9
chr1	41466681	rs140062309	CCT	C	1450.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.735;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.957;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.098;NF=12;NR=9;PP=830;ReadPosRankSum=1.589;SC=GCTTTTCTCCCCTGTCTGAAT;SOR=1.085;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=39;TCF=19;TCR=20;TR=21;WE=41466690;WS=41466671;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,39:0.46:84
chr1	41466803	rs12718433	G	A	833.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.639;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.805;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=1.093;NF=11;NR=16;PP=430;ReadPosRankSum=0.253;SC=AGTAGAGTTCGCTGCCTTGGG;SOR=0.824;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=52;TCF=22;TCR=30;TR=27;WE=41466811;WS=41466793;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,41:0.47:88
chr1	41473283	rs41308258	A	G	333.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-0.699;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=9;PP=151;ReadPosRankSum=-0.039;SC=TCTTAGGGTGATGCTGTGGCT;SOR=0.439;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=25;TCF=4;TCR=21;TR=11;WE=41473291;WS=41473273;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,16:0.50:32
chr1	41475085	rs12144160	A	G	2071.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.738;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=25;PP=1197;ReadPosRankSum=-1.536;SC=AACCTTCACAATGAAGCTGTT;SOR=0.666;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=141;TCF=93;TCR=48;TR=71;WE=41475093;WS=41475075;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:93,94:0.50:187
chr1	41483951	rs11209361	G	C	493.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=2.185;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.384;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=15;PP=341;ReadPosRankSum=0.439;SC=CGGACATCCTGATGCCCCTCA;SOR=1.101;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=36;TCF=9;TCR=27;TR=19;WE=41483959;WS=41483941;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,21:0.52:40
chr1	41485902	rs3738368	C	G	1586.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.602;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.285;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=24;PP=814;ReadPosRankSum=-0.103;SC=ACTTACCTCTCTGTGGCTGAA;SOR=0.556;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=109;TCF=66;TCR=43;TR=57;WE=41485910;WS=41485892;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,76:0.49:154
chr1	41494222	rs11578697	G	T	3915.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.725;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=461;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.526;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=76;NR=52;PP=1746;ReadPosRankSum=-0.450;SC=TCTCCACACAGGTTCCTACTG;SOR=0.753;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=286;TCF=166;TCR=120;TR=128;WE=41494230;WS=41494212;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:254,204:0.45:458
chr1	41540853	rs2011981	A	T	9091.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.69;SOR=1.133;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,199:1.00:199
chr1	41540861	rs2011982	T	C	9467.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.65;SOR=1.045;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,222:1.00:222
chr1	41541166	rs41269465	C	T	547.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-1.716;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=16;PP=313;ReadPosRankSum=-0.152;SC=CTCCCCCCTGCATTCTCATCC;SOR=0.699;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=42;TCF=13;TCR=29;TR=23;WE=41541174;WS=41541156;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,27:0.53:51
chr1	41582470	rs11209563	T	C	359.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-0.843;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=2;PP=256;ReadPosRankSum=0.266;SC=CATAAGCTACTAAAAAATCCT;SOR=0.885;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=35;TCF=30;TCR=5;TR=15;WE=41582478;WS=41582460;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,17:0.39:44
chr1	41582760	rs11209565	G	A	745.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.178;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=18;PP=388;ReadPosRankSum=0.130;SC=AGCCACCCAGGTGCCGAGGCA;SOR=0.686;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=57;TCF=15;TCR=42;TR=24;WE=41582768;WS=41582750;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,36:0.44:81
chr1	41618442	rs213768	A	T	2552.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=20;NR=52;PP=1513;SC=CACTGAATGAAGAAATCTAAA;SOR=1.511;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=72;TCF=20;TCR=52;TR=72;WE=41618450;WS=41618432;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr1	41627206	rs11209604	C	T	185.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.489;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=3;PP=28;ReadPosRankSum=0.524;SC=AAGTAATCCACTTCCGAGATT;SOR=0.859;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=7;TCF=2;TCR=5;TR=4;WE=41627214;WS=41627196;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,9:0.75:12
chr1	41651697	rs12139225	G	A	722.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.115;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.864;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=8;PP=381;ReadPosRankSum=0.412;SC=AAAGGATAACGAGTAGTCTAA;SOR=1.099;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=76;TCF=53;TCR=23;TR=30;WE=41651705;WS=41651687;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,39:0.38:102
chr1	41848060	rs12092825	C	T	5064.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=86;NR=35;PP=2546;SC=CCTGGCACCGCCGGGCCACGC;SOR=1.424;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=122;TCF=87;TCR=35;TR=121;WE=41848068;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,184:1.00:184
chr1	41848296	rs4359027	G	A	13568.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=519;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=157;NR=168;PP=2965;SC=CCCTGCCTCCGCCGCCGCCGG;SOR=0.717;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=325;TCF=157;TCR=168;TR=325;WE=41848304;WS=41848286;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,514:1.00:514
chr1	41949595	rs2759256	G	A	3139.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=62;NR=13;PP=1806;SC=ATATTAGCCAGTGCCTCCATC;SOR=2.093;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=75;TCF=62;TCR=13;TR=75;WE=41949603;WS=41949585;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr1	41949628	rs2759257	A	C	6120.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=2.002;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=103;NR=39;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.796;SC=GAGAGATGGAATGTGTCAACG;SOR=0.635;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=143;TCF=104;TCR=39;TR=142;WE=41949636;WS=41949618;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,223:1.00:224
chr1	41950312	rs2984691	T	C	3670.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-2.193;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=56;PP=1344;ReadPosRankSum=-0.633;SC=GAGCAGGGAGTGCCTGTTGCC;SOR=0.382;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=90;TCF=33;TCR=57;TR=89;WE=41950320;WS=41950302;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,147:0.99:148
chr1	41976017	rs678110	C	T	3395.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=61;NR=41;PP=1772;SC=AGCTCCTGGACGGAGGGACAG;SOR=1.061;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=102;TCF=61;TCR=41;TR=102;WE=41976025;WS=41976007;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr1	41976328	rs9439043	T	C	2330.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=38;NR=19;PP=1304;SC=TCGGGGTTGGTCGGTGCACGC;SOR=1.220;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=57;TCF=38;TCR=19;TR=57;WE=41976336;WS=41976318;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
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chr1	41978825	rs2483689	C	G	7067.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=262;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=86;NR=76;PP=2965;SC=CAAGGGAGAGCGCCCATGCCC;SOR=0.749;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=163;TCF=86;TCR=77;TR=162;WE=41978833;WS=41978815;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,257:1.00:257
chr1	41979156	rs615177	A	G	1230.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.603;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.640;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=21;PP=670;ReadPosRankSum=-0.568;SC=TGCCTCGTGTAGCCTCCGTGC;SOR=0.620;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=98;TCF=48;TCR=50;TR=41;WE=41979164;WS=41979146;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,58:0.43:135
chr1	41983912	rs2810547	C	A	2803.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.817;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.96;ReadPosRankSum=-0.669;SOR=0.895;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,107:0.99:108
chr1	42041479	rs1815257	A	C	468.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.839;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=14;PP=306;ReadPosRankSum=1.339;SC=TGCAATCTTCACACTCCCCCA;SOR=0.826;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=36;TCF=6;TCR=30;TR=16;WE=42041487;WS=42041469;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,21:0.45:47
chr1	42046613	rs12132697	G	T	2168.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.955;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.197;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=43;PP=1211;ReadPosRankSum=-1.406;SC=GGGGGTAGCCGGATGTCACTG;SOR=0.590;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=135;TCF=54;TCR=81;TR=72;WE=42046621;WS=42046603;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,97:0.56:174
chr1	42046812	rs2810565	C	T	3462.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=50;NR=55;PP=1791;SC=AGGAAGGGGGCTGCCTGAAGG;SOR=0.723;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=109;TCF=51;TCR=58;TR=105;WE=42046820;WS=42046802;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,136:1.00:136
chr1	42048745	rs2810566	T	C	7889.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.931;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=311;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=93;NR=117;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.369;SC=GTGACTGCTGTGGCTCAGGGC;SOR=0.835;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=214;TCF=93;TCR=121;TR=210;WE=42048753;WS=42048735;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,300:0.99:302
chr1	42049032	rs2984694	G	A	4542.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=64;NR=66;PP=2791;SC=TGTCGATCTCGCTGGTGTCCA;SOR=0.743;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=131;TCF=64;TCR=67;TR=130;WE=42049040;WS=42049022;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,164:1.00:164
chr1	42049140	rs2475842	C	G	9220.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.696;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=330;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.066;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=150;NR=81;PP=2965;ReadPosRankSum=1.727;SC=CTTCGGTGGACAGGGGCAGGA;SOR=0.985;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=231;TCF=150;TCR=81;TR=231;WE=42049148;WS=42049130;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,328:1.00:329
chr1	42619139	rs1047047	A	G	1364.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.148;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=14;PP=613;ReadPosRankSum=-1.314;SC=GCAGGGCTGCATCAGGGCTCC;SOR=0.648;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=125;TCF=80;TCR=45;TR=42;WE=42619147;WS=42619129;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:102,72:0.41:174
chr1	42621170	rs80206942	G	C	5573.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-2.309;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=492;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=86;NR=91;PP=2151;ReadPosRankSum=0.314;SC=AGAGGGCCCAGGTTCAGGTCA;SOR=0.689;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=306;TCF=148;TCR=158;TR=177;WE=42621178;WS=42621160;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:209,274:0.57:483
chr1	42629040	rs2232224	A	G	2316.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=42;NR=20;PP=1349;SC=GTATTCCCGAACCCCACCAAT;SOR=1.347;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=63;TCF=42;TCR=21;TR=62;WE=42629048;WS=42629030;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr1	42630364	rs2071499	G	A	1514.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.362;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.649;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=17;PP=656;ReadPosRankSum=-1.540;SC=GCACAGTGCGGAGAGCAGGAA;SOR=0.811;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=77;TCF=44;TCR=33;TR=43;WE=42630372;WS=42630354;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,73:0.55:133
chr1	42647536	.	TCA	T	120	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;FR=0.5000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MMLQ=17;MQ=59.36;NF=4;NR=1;PP=120;QD=24.6;SC=CCTGGAGTGCTCACACACACA;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=23;TCF=14;TCR=9;TR=5;WE=42647545;WS=42647526;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:18,5:0.22:23
chr1	42657196	rs1139978	T	G	3145.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=2.682;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=287;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=45;PP=1734;ReadPosRankSum=0.392;SC=GATGGCTGTGTGTGCATCTGG;SOR=0.699;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=195;TCF=112;TCR=83;TR=104;WE=42657204;WS=42657186;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:139,144:0.51:283
chr1	42693597	rs343376	A	G	8942.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=348;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=102;NR=107;PP=2965;SC=AGTAGGCAGCACATCTTCCTT;SOR=0.734;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=209;TCF=102;TCR=107;TR=209;WE=42693605;WS=42693587;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,347:1.00:347
chr1	42846786	rs11210626	G	C	4301.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=49;NR=65;PP=1756;SC=AGGCGGGCCCGGGGAGGGCAG;SOR=0.948;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=114;TCF=49;TCR=65;TR=114;WE=42846794;WS=42846776;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,165:1.00:165
chr1	42880516	rs1055055	T	C	5787.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.513;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.889;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=100;NR=62;PP=2965;ReadPosRankSum=0.461;SC=CTACCTCTAGTGAAAGTGAGC;SOR=0.867;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=163;TCF=100;TCR=63;TR=162;WE=42880524;WS=42880506;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,212:1.00:213
chr1	42898843	rs1034268	A	G	3032.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.680;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=313;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.873;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=39;PP=1513;ReadPosRankSum=-0.886;SC=AGGTAGTAAAACATGACCAGG;SOR=0.764;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=197;TCF=121;TCR=76;TR=101;WE=42898851;WS=42898833;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:162,147:0.48:309
chr1	42915527	rs12142723	C	A	452.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-3.237;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=2;PP=364;ReadPosRankSum=-1.875;SC=ACAGTTCGAGCCTTGTCTTGG;SOR=0.336;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=39;TCF=36;TCR=3;TR=19;WE=42915535;WS=42915517;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,19:0.50:38
chr1	43002199	rs372826618	AAG	A	227.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.710;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=412;ExcessHet=3.0103;FS=1.266;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.57;ReadPosRankSum=0.431;SOR=0.803;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:356,42:0.11:398
chr1	43055243	rs10789417	C	G	572.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-3.666;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=21;PP=425;ReadPosRankSum=-0.034;SC=TTTACTAAACCTAATCCTTTA;SOR=0.671;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=37;TCF=3;TCR=34;TR=23;WE=43055251;WS=43055233;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,23:0.61:38
chr1	43076555	rs34595968	CT	C	341.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.728;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=3.972;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.43;ReadPosRankSum=0.206;SOR=1.734;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,32:0.70:46
chr1	43110276	rs7523056	G	A	536.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=0.372;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.851;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=6;PP=335;ReadPosRankSum=-1.946;SC=TCTAAGATCCGGGGCCAGTGG;SOR=0.146;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=39;TCF=31;TCR=8;TR=22;WE=43110284;WS=43110266;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,25:0.57:44
chr1	43124701	rs6600419	A	G	1460.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-2.698;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.868;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=41;PP=962;ReadPosRankSum=0.878;SC=TGATTCCTCCATGCATTGCTC;SOR=1.332;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=127;TCF=53;TCR=74;TR=61;WE=43124709;WS=43124691;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,67:0.48:141
chr1	43124859	rs3738494	C	T	3785.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-3.143;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=414;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.233;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=68;NR=46;PP=1566;ReadPosRankSum=0.486;SC=ACGACTGTGACATCATAGTGA;SOR=0.935;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=220;TCF=121;TCR=99;TR=114;WE=43124867;WS=43124849;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:212,193:0.48:405
chr1	43126733	rs3768025	G	A	2594.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.834;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.034;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=51;PP=1278;ReadPosRankSum=-0.440;SC=GGAAGTTCTTGAAAGTGGCTG;SOR=0.785;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=143;TCF=54;TCR=89;TR=79;WE=43126741;WS=43126723;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:107,120:0.53:227
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chr1	43132393	rs35844708	G	GA	612.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=0.494;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.978;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQ=60.13;MQRankSum=1.439;NF=0;NR=18;PP=581;ReadPosRankSum=-0.176;SC=AAAGGGAAGAGAACCACCTAA;SOR=0.929;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=52;TCF=1;TCR=51;TR=18;WE=43132401;WS=43132383;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,28:0.33:84
chr1	43162182	.	G	GC	119.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.122;ClippingRankSum=-0.000;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.74;MQRankSum=1.111;QD=6.30;ReadPosRankSum=1.322;SOR=0.818;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,8:0.42:19
chr1	43200855	rs74885359	G	A	640.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.981;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=12;PP=274;ReadPosRankSum=1.549;SC=CTGTGGGGTCGGGGGCAGGGG;SOR=0.779;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=52;TCF=19;TCR=33;TR=20;WE=43200863;WS=43200845;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,32:0.43:74
chr1	43212431	rs4660662	A	G	4852.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=75;NR=43;PP=2597;ReadPosRankSum=0.054;SC=GTTCGGGGGGACCCTGCTGGG;SOR=1.121;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=121;TCF=77;TCR=44;TR=118;WE=43212439;WS=43212421;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,176:0.99:178
chr1	43213499	rs3738499	C	T	1974.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.105;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.574;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=38;PP=995;ReadPosRankSum=0.139;SC=CTCATCATGGCCCTTCCCTGC;SOR=0.629;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=104;TCF=37;TCR=67;TR=61;WE=43213507;WS=43213489;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,93:0.55:170
chr1	43228189	rs2816593	T	A	4570.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=32;NR=81;PP=2440;SC=TCACATCCAATCTCTGAACGT;SOR=1.470;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=113;TCF=32;TCR=81;TR=113;WE=43228197;WS=43228179;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,165:1.00:165
chr1	43239395	rs2760075	G	A	1242.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-2.750;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.108;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=31;PP=662;ReadPosRankSum=1.253;SC=GTTTATAATCGTTGTGACTTT;SOR=0.329;SbPval=0.26;Source=Platypus;TC=108;TCF=31;TCR=77;TR=48;WE=43239403;WS=43239385;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,62:0.48:129
chr1	43263435	rs17381636	G	T	703.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-1.921;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.057;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=7;PP=455;ReadPosRankSum=2.433;SC=AAACAATGAGGAAGATTTTTT;SOR=0.527;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=60;TCF=47;TCR=13;TR=29;WE=43263443;WS=43263425;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,33:0.49:67
chr1	43296173	rs33950227	C	T	3427.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.483;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=342;ExcessHet=3.0103;FS=1.279;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.11;ReadPosRankSum=0.870;SOR=0.683;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:166,173:0.51:339
chr1	43296195	rs33953680	C	T	3779.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.787;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=371;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.376;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=57;PP=1514;ReadPosRankSum=0.413;SC=GCTGTCTGTGCATGTGTCAGG;SOR=0.669;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=219;TCF=102;TCR=117;TR=108;WE=43296203;WS=43296185;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:179,187:0.51:366
chr1	43296354	rs12727498	G	T	1042.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=0.538;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.078;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=26;PP=707;ReadPosRankSum=1.524;SC=GGCTCTGTCCGTCCCCGGGAT;SOR=0.428;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=69;TCF=25;TCR=44;TR=43;WE=43296362;WS=43296344;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,46:0.58:79
chr1	43300663	rs4660672	T	C	998.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=22;NR=10;PP=589;SC=TGCCAGAAGCTCTTAGACATC;SOR=1.609;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=22;TCR=10;TR=32;WE=43300671;WS=43300653;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr1	43300921	rs4660673	C	G	1386.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=26;PP=783;SC=CCTGACACTTCTCCATAGGTT;SOR=1.358;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=40;TCF=14;TCR=26;TR=40;WE=43300929;WS=43300911;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr1	43392250	rs4658	C	G	986.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.575;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=10;PP=593;ReadPosRankSum=-0.994;SC=GCCAGCAGAACGGGTGGCCAT;SOR=0.830;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=54;TCF=37;TCR=17;TR=34;WE=43392258;WS=43392240;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,42:0.63:67
chr1	43393245	rs11282849	G	GGGTGAGAAAT	585.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.517;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-1.002;NF=3;NR=2;PP=1734;ReadPosRankSum=-0.042;SC=TCATGCGTGCGGGTGAGTATA;SOR=0.846;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=19;TCF=13;TCR=6;TR=5;WE=43393253;WS=43393235;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,14:0.47:30
chr1	43395635	rs2229682	C	T	1919.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=2.086;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.153;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=38;PP=964;ReadPosRankSum=0.181;SC=GCAGCAGGGCCGGGATGAAGA;SOR=0.804;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=94;TCF=34;TCR=60;TR=58;WE=43395643;WS=43395625;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:92,93:0.50:185
chr1	43396414	rs11537641	G	A	6000.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.456;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=580;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.104;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=103;NR=83;PP=2570;ReadPosRankSum=0.115;SC=TGGTCAGGCCGCAGTACACAC;SOR=0.602;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=349;TCF=200;TCR=149;TR=186;WE=43396422;WS=43396404;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:272,301:0.53:573
chr1	43409179	rs12718444	G	T	1548.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-2.803;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.681;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=33;PP=781;ReadPosRankSum=-1.565;SC=CTGACTTCAAGATACTGGGCT;SOR=0.779;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=86;TCF=28;TCR=58;TR=49;WE=43409187;WS=43409169;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,73:0.57:127
chr1	43409364	rs34964576	T	C	149.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.310;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=7;PP=79;ReadPosRankSum=-0.871;SC=AGCCCTCCTATGCGAGGGGGC;SOR=0.770;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=25;TCF=8;TCR=17;TR=10;WE=43409372;WS=43409354;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,10:0.36:28
chr1	43418026	rs2297972	C	T	3582.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=41;NR=35;PP=1425;SC=CACTCAGGCCCACACTCAGCC;SOR=0.769;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=77;TCF=41;TCR=36;TR=76;WE=43418034;WS=43418016;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,135:1.00:135
chr1	43418056	rs3216016	AT	A	2215.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.460;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.070;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=29;PP=1324;ReadPosRankSum=2.237;SC=GCTGGAGGAGATTCCCGTAGA;SOR=0.965;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=58;TCF=13;TCR=45;TR=35;WE=43418064;WS=43418046;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,71:0.53:135
chr1	43610910	rs626842	T	G	1583.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.957;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.626;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=17;PP=517;ReadPosRankSum=-0.164;SC=TGCAGGGCCATTGACAGAGAA;SOR=0.618;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=72;TCF=41;TCR=31;TR=40;WE=43610918;WS=43610900;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,77:0.55:140
chr1	43611005	rs627263	G	A	948.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.733;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=18;PP=506;ReadPosRankSum=-0.958;SC=TCAAGTGAGTGCAACCCCTGA;SOR=0.610;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=62;TCF=25;TCR=37;TR=31;WE=43611013;WS=43610995;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,45:0.50:90
chr1	43613786	rs519666	G	T	1463.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.162;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FS=0.572;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.77;ReadPosRankSum=-1.357;SOR=0.781;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:89,78:0.47:167
chr1	43613850	rs34514362	C	CA	329.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-1.942;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.345;HP=5;HapScore=2;MGOF=39;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=19;PP=544;ReadPosRankSum=0.650;SC=GCGGTCCCAGCAAAAACTCTT;SOR=0.252;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=57;TCF=2;TCR=55;TR=20;WE=43613858;WS=43613840;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,17:0.47:36
chr1	43618596	rs12074551	G	A	3360.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.199;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=356;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.251;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=60;PP=1702;ReadPosRankSum=-2.094;SC=GGGACTTAGAGCCCTTGGTAA;SOR=0.622;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=227;TCF=108;TCR=119;TR=119;WE=43618604;WS=43618586;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:187,166:0.47:353
chr1	43632536	rs7163	C	T	5763.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.855;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=544;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=75;NR=75;PP=2010;ReadPosRankSum=0.374;SC=TGCCTTCTTGCGCTGTGCCAG;SOR=0.661;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=306;TCF=157;TCR=149;TR=150;WE=43632544;WS=43632526;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:254,288:0.53:542
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chr1	43636484	rs1049276	C	G	3001.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.61;BaseQRankSum=-1.481;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=284;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.974;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=35;PP=910;ReadPosRankSum=-2.429;SC=TGGGTCGCTTCGTAGGGACTT;SOR=0.577;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=135;TCF=60;TCR=75;TR=67;WE=43636492;WS=43636474;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:134,150:0.53:284
chr1	43637549	rs1691289	A	G	1328.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-5.090;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=18.630;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=17;PP=672;ReadPosRankSum=1.683;SC=CCCTGTGCCCACGCTCACCAC;SOR=0.142;SbPval=0.11;Source=Platypus;TC=109;TCF=83;TCR=26;TR=49;WE=43637557;WS=43637539;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,66:0.49:136
chr1	43637932	rs9519	T	C	6735.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.747;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=696;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.524;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=89;NR=122;PP=2962;ReadPosRankSum=-2.319;SC=ACCGAATCGCTCCAGCGCCAG;SOR=0.637;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=458;TCF=185;TCR=273;TR=211;WE=43637940;WS=43637922;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:360,328:0.48:688
chr1	43638185	rs1782383	A	G	315.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=1.444;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=9;PP=261;ReadPosRankSum=0.236;SC=TACAAAGGAAAAGGCAGAAAA;SOR=0.948;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=28;TCF=4;TCR=24;TR=11;WE=43638193;WS=43638175;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,14:0.41:34
chr1	43638334	rs2934883	A	T	190.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-2.241;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=2;PP=113;ReadPosRankSum=-1.071;SC=GGGGAGGGCGAGTCCGGGCCG;SOR=0.551;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=36;TCF=27;TCR=9;TR=13;WE=43638342;WS=43638329;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,11:0.46:24
chr1	43638410	rs1782386	G	C	888.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.385;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.779;HP=4;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=10;PP=484;ReadPosRankSum=-0.091;SC=CAGCAGAACTGTTTGGCGGGA;SOR=0.788;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=93;TCF=62;TCR=31;TR=33;WE=43638418;WS=43638400;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,42:0.39:108
chr1	43638457	rs1782387	T	A	1334.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.212;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.162;HP=4;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=20;PP=672;ReadPosRankSum=0.411;SC=CGCTGCATGTTTTTGGTCTTC;SOR=0.824;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=136;TCF=77;TCR=59;TR=50;WE=43638465;WS=43638447;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:122,73:0.37:195
chr1	43642988	rs12094101	G	T	642.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-1.130;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.097;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=14;PP=295;ReadPosRankSum=-0.661;SC=CACCATGTGGGGTGGAAGCAG;SOR=0.400;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=56;TCF=22;TCR=34;TR=25;WE=43642996;WS=43642978;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,33:0.50:66
chr1	43649508	rs663824	A	G	660.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.922;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=16;PP=403;ReadPosRankSum=-0.452;SC=GGAACCTACCAATGGCTCAAA;SOR=0.627;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=59;TCF=23;TCR=36;TR=27;WE=43649516;WS=43649498;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,33:0.40:82
chr1	43650741	rs598336	T	C	958.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-2.049;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.977;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=13;PP=584;ReadPosRankSum=1.115;SC=CCAGTGACAGTCTTCTTTCTC;SOR=0.287;SbPval=0.23;Source=Platypus;TC=79;TCF=60;TCR=19;TR=42;WE=43650749;WS=43650731;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,48:0.51:94
chr1	43652281	.	CAA	C	271.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.098;ClippingRankSum=0.000;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=15.199;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.15;ReadPosRankSum=2.013;SOR=3.605;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,18:0.47:38
chr1	43652369	rs6413971	T	C	7336.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=289;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=114;NR=88;PP=2965;SC=TGTTTTGCATTTTGGGCAGAT;SOR=0.830;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=218;TCF=126;TCR=92;TR=202;WE=43652377;WS=43652359;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,278:1.00:278
chr1	43663376	rs513009	A	G	3259.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=31;NR=55;PP=1736;SC=AAGGAATGAAAGGCTTGCCTA;SOR=1.133;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=86;TCF=31;TCR=55;TR=86;WE=43663384;WS=43663366;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr1	43664119	rs603560	A	G	1599.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=3.348;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.686;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=11;PP=858;ReadPosRankSum=0.397;SC=TAGTGAGCTAAGCTTACAATT;SOR=1.075;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=149;TCF=102;TCR=47;TR=50;WE=43664127;WS=43664109;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:107,74:0.41:181
chr1	43664218	rs603123	C	T	4459.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.048;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=532;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.101;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.595;NF=69;NR=66;PP=1762;ReadPosRankSum=-2.378;SC=CATCTGGACACTTCATTGTAG;SOR=0.696;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=321;TCF=157;TCR=164;TR=135;WE=43664226;WS=43664208;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:296,234:0.44:530
chr1	43664319	rs10711519	TA	T	1547.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-2.014;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=239;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.797;HP=10;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=1.288;NF=1;NR=60;PP=618;ReadPosRankSum=-1.273;SC=TGCGGAGAGGTAAAAAAAAAA;SOR=0.376;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=123;TCF=4;TCR=119;TR=61;WE=43664328;WS=43664309;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:96,99:0.51:195
chr1	43665255	rs143705230	AAG	A	546.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-1.717;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=13;PP=520;ReadPosRankSum=0.629;SC=AGGTGAACAAAAGAGAGATGG;SOR=0.922;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=25;TCF=0;TCR=25;TR=13;WE=43665264;WS=43665245;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,16:0.55:29
chr1	43672636	rs11210812	T	G	575.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.905;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.234;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=20;PP=408;ReadPosRankSum=-1.939;SC=TCTGGGCTGGTGCACGGATCT;SOR=1.061;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=52;TCF=12;TCR=40;TR=26;WE=43672644;WS=43672626;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,26:0.46:57
chr1	43675467	rs2453412	G	A	9628.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.984;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=367;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=146;NR=92;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.834;SC=TTGTCATCTCGCATTCTGGAC;SOR=0.985;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=242;TCF=147;TCR=95;TR=238;WE=43675475;WS=43675457;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,356:0.99:358
chr1	43680839	rs34721748	T	TG	328.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-1.512;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.569;HP=6;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=5;PP=240;ReadPosRankSum=-1.581;SC=CAGGATTGCATGGGGGGAAGC;SOR=0.317;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=26;TCF=16;TCR=10;TR=10;WE=43680847;WS=43680829;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,15:0.45:33
chr1	43680855	rs4233492	G	A	1279.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=30;NR=12;PP=825;SC=GAAGCCTTGCGCAACAGCTGG;SOR=1.765;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=42;TCF=30;TCR=12;TR=42;WE=43680863;WS=43680845;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr1	43681184	rs612626	C	T	574.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=12;PP=313;SC=CCTGGCTACACCCTATGCCCA;SOR=2.531;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=13;TCF=1;TCR=12;TR=13;WE=43681192;WS=43681174;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
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chr1	43738340	rs10890247	A	C	1660.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=22;NR=14;PP=639;SC=CTGTGATCTGAACCCTCTGAC;SOR=0.966;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=37;TCF=22;TCR=15;TR=36;WE=43738348;WS=43738330;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr1	43771016	rs3831248	TA	T	4497.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.317;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=375;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.309;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.072;NF=5;NR=64;PP=2360;ReadPosRankSum=-1.489;SC=AGAGCAACGGTAAAGAGGGGC;SOR=0.778;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=162;TCF=13;TCR=149;TR=69;WE=43771024;WS=43771006;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:182,160:0.47:342
chr1	43771090	rs3120044	G	A	929.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-1.914;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.787;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=27;PP=559;ReadPosRankSum=-1.102;SC=TGACCCATGGGACCCTCAGCT;SOR=0.309;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=89;TCF=20;TCR=69;TR=37;WE=43771098;WS=43771080;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,43:0.44:97
chr1	43773033	rs2275180	A	G	1662.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.697;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.584;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=37;ReadPosRankSum=-1.034;SC=CTTGGAGGGTAAGGGCGACAG;SOR=0.634;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=143;TCF=64;TCR=79;TR=67;WE=43773041;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,72:0.45:160
chr1	43774437	rs1467809	G	A	470.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-3.331;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=3;PP=314;ReadPosRankSum=-1.214;SC=GCAGGTATTAGACGGTATCGG;SOR=0.566;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=27;TCF=22;TCR=5;TR=16;WE=43774445;WS=43774427;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,19:0.61:31
chr1	43774495	rs2282225	G	C	1049.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-1.924;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.029;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=8;PP=674;ReadPosRankSum=-1.379;SC=GATGGGATGTGGGGCTGGGAC;SOR=0.999;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=64;TCF=47;TCR=17;TR=37;WE=43774503;WS=43774485;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,43:0.60:72
chr1	43774878	rs2282226	C	T	1162.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-2.871;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.077;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=36;PP=834;ReadPosRankSum=0.920;SC=ACCCCCTAGTCCCTCAGAACT;SOR=1.368;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=83;TCF=15;TCR=68;TR=41;WE=43774886;WS=43774868;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,46:0.48:95
chr1	43777852	rs1999595	C	T	5637.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NR=97;PP=2965;SC=GTTACTTTCCCGTCGACCCCA;SOR=1.090;Source=Platypus;TCR=97;WE=43777860;WS=43777842;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,188:1.00:188
chr1	43779564	rs3120276	T	C	3410.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=1.063;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=328;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.393;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=40;PP=1306;ReadPosRankSum=1.023;SC=CCATCCTGGCTGCCCTTTTAA;SOR=0.846;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=182;TCF=103;TCR=79;TR=95;WE=43779572;WS=43779554;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:158,164:0.51:322
chr1	43779869	rs2991990	T	G	548.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=3.532;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=19;PP=435;ReadPosRankSum=-0.521;SC=AAATATTTAATATTCCCATTT;SOR=1.022;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=35;TCF=3;TCR=32;TR=20;WE=43779877;WS=43779859;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,21:0.57:37
chr1	43782846	rs1198982	G	A	928.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=-3.402;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.150;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=7;PP=361;ReadPosRankSum=1.507;SC=TGGACCGTCTGCCCTCTTGTC;SOR=0.278;SbPval=0.21;Source=Platypus;TC=50;TCF=40;TCR=10;TR=24;WE=43782854;WS=43782836;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,43:0.51:84
chr1	43784956	rs1199039	A	G	1850.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.261;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.255;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=25;PP=960;ReadPosRankSum=1.155;SC=GAGAGAACCTAGCCTCCAAGA;SOR=0.446;SbPval=0.19;Source=Platypus;TC=119;TCF=80;TCR=39;TR=61;WE=43784964;WS=43784946;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:105,88:0.46:193
chr1	43785236	.	C	T	3239.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.634;ClippingRankSum=0.000;DP=316;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.908;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=70;PP=1772;ReadPosRankSum=0.626;SC=GAGGGCTTGGCCCCCAAGAAT;SOR=0.832;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=205;TCF=76;TCR=129;TR=106;WE=43785244;WS=43785226;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:158,153:0.49:311
chr1	43805240	rs16830693	A	G	3637.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=2.166;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=452;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.799;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=74;PP=1895;ReadPosRankSum=-2.572;SC=CAAGTAGAGAAGTATGCTGAC;SOR=0.841;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=284;TCF=111;TCR=173;TR=117;WE=43805248;WS=43805230;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:266,180:0.40:446
chr1	43812075	rs1760670	G	A	773.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.629;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=7;PP=362;ReadPosRankSum=-0.573;SC=TTAGTCTCTGGGGCAGGCCTG;SOR=0.779;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=47;TCF=33;TCR=14;TR=24;WE=43812083;WS=43812065;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,35:0.58:60
chr1	43814864	rs839995	T	C	1511.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=2.607;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.393;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=16;PP=859;ReadPosRankSum=0.746;SC=GGGGCCAGAGTAGGGGCTGGC;SOR=0.840;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=89;TCF=55;TCR=34;TR=46;WE=43814872;WS=43814854;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,67:0.51:131
chr1	43825644	rs839763	T	C	2085.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=0.212;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.646;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=30;PP=1213;ReadPosRankSum=0.340;SC=CCACAGGTTATCAGAACAGAC;SOR=0.472;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=122;TCF=71;TCR=51;TR=66;WE=43825652;WS=43825634;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,90:0.55:164
chr1	43826312	rs710251	C	A	22278.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=2.858;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=864;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=243;NR=243;PP=2965;ReadPosRankSum=1.065;SC=TGCCCACCCTCCCCTTGACTG;SOR=0.261;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=493;TCF=246;TCR=247;TR=486;WE=43826320;WS=43826302;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,852:1.00:856
chr1	43855546	rs839752	A	G	4727.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=2.160;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=466;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.523;HP=2;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=80;PP=2280;ReadPosRankSum=-1.024;SC=CCCTCCCACCAACTTCCGGTT;SOR=0.638;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=270;TCF=109;TCR=161;TR=140;WE=43855554;WS=43855536;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:234,222:0.49:456
chr1	43855578	rs839753	G	C	9291.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=331;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=72;NR=136;PP=2965;SC=CCGAGGTAGCGAGGTCAGGGG;SOR=1.225;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=209;TCF=72;TCR=137;TR=208;WE=43855586;WS=43855568;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,327:1.00:327
chr1	43855800	.	G	A	123.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.398;ClippingRankSum=-0.000;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=4;PP=55;ReadPosRankSum=-0.494;SC=AGCCCAGCCCGGAAGGCCCGA;SOR=0.495;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=10;TCF=2;TCR=8;TR=5;WE=43855808;WS=43855790;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,7:0.58:12
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chr1	43888602	rs2782645	G	A	2423.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-2.374;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.246;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=64;PP=1768;ReadPosRankSum=0.926;SC=TAGGGTGTAGGATAGCTCCCT;SOR=0.330;SbPval=0.26;Source=Platypus;TC=147;TCF=30;TCR=117;TR=85;WE=43888610;WS=43888592;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,97:0.60:161
chr1	43892189	rs2782646	G	A	9584.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-0.617;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1005;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=137;NR=155;PP=2962;ReadPosRankSum=0.608;SC=GAGGTGCTGCGGCGGACCTGC;SOR=0.735;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=582;TCF=277;TCR=305;TR=292;WE=43892197;WS=43892179;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:513,478:0.48:991
chr1	43901011	rs2039531	A	C	2596.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=1.310;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.530;HP=6;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=69;PP=1727;ReadPosRankSum=0.133;SC=GTGAGATCCCACCCAGGAGCC;SOR=0.760;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=173;TCF=53;TCR=120;TR=101;WE=43901019;WS=43901001;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:97,116:0.54:213
chr1	43903589	rs2782648	G	T	1643.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-2.786;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.260;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=47;PP=978;ReadPosRankSum=-0.002;SC=GTCTGAGGAGGGGGTAGGGGA;SOR=0.920;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=129;TCF=30;TCR=99;TR=59;WE=43903597;WS=43903579;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,76:0.48:158
chr1	43906896	rs2027130	A	G	830.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-1.317;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.466;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=17;PP=390;ReadPosRankSum=-0.692;SC=GTAAAACAGAATGTGGGGATT;SOR=0.483;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=83;TCF=49;TCR=34;TR=36;WE=43906904;WS=43906886;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,46:0.41:113
chr1	43909265	rs2255632	T	C	5117.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=3.008;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=468;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=70;NR=95;PP=2887;ReadPosRankSum=0.092;SC=TTTACTCTCATAGCGGCGCCA;SOR=0.691;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=304;TCF=126;TCR=178;TR=165;WE=43909273;WS=43909255;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:219,235:0.52:454
chr1	43912590	rs2782650	A	G	962.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-0.495;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=12;PP=327;ReadPosRankSum=0.093;SC=CAGTGCAGCCATACCTTAACC;SOR=0.716;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=77;TCF=48;TCR=29;TR=31;WE=43912598;WS=43912580;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,54:0.42:128
chr1	43916642	rs6954	T	C	11850.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.082;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=474;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.376;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=134;NR=168;PP=2965;ReadPosRankSum=3.533;SC=GAAGCACTTGTGGCCACCGTC;SOR=0.669;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=305;TCF=136;TCR=169;TR=302;WE=43916650;WS=43916632;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:5,460:0.99:465
chr1	43917409	rs2251804	T	C	2638.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.058;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=236;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.482;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=37;PP=1111;ReadPosRankSum=-2.818;SC=GGATACTACATTCCGAGACCC;SOR=0.757;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=139;TCF=64;TCR=75;TR=66;WE=43917417;WS=43917399;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:107,123:0.53:230
chr1	43917637	rs2251802	G	A	3514.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.384;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=359;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=67;NR=47;PP=1572;ReadPosRankSum=-1.500;SC=AGTACTGGGGGTCAGTGATGC;SOR=0.677;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=247;TCF=143;TCR=104;TR=114;WE=43917645;WS=43917627;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:178,172:0.49:350
chr1	43919413	rs6692611	A	G	2415.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=30;NR=38;PP=1320;SC=GGGAGGCCGGAGAGCTCGGGG;SOR=0.935;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=70;TCF=30;TCR=40;TR=68;WE=43919421;WS=43919403;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr1	43998397	rs11350891	GT	G	1166.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=29;PP=733;SC=GAAAATCCCTGTTTTTTTACT;SOR=1.656;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=34;TCF=0;TCR=34;TR=29;WE=43998405;WS=43998386;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr1	44035472	rs943513	G	A	1590.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.640;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.120;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=33;PP=757;ReadPosRankSum=-0.559;SC=CAGGGGTCAAGGGGCCATGCA;SOR=0.447;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=104;TCF=34;TCR=70;TR=52;WE=44035480;WS=44035462;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,77:0.54:143
chr1	44070691	rs17371903	A	G	1431.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.947;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=37;PP=1003;ReadPosRankSum=0.607;SC=GGCCACGGCCAGCTGAGCCTG;SOR=0.732;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=105;TCF=38;TCR=67;TR=59;WE=44070699;WS=44070681;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,65:0.50:131
chr1	44071221	rs631248	G	A	3129.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-2.989;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=259;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.982;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=67;PP=1700;ReadPosRankSum=-1.620;SC=TTGTTGTGGTGCCCATTGACC;SOR=0.765;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=179;TCF=65;TCR=114;TR=105;WE=44071229;WS=44071211;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:111,144:0.56:255
chr1	44072420	rs539096	A	G	1906.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.190;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=27;PP=1067;ReadPosRankSum=0.754;SC=CTCCAGGATTAATAGGCAGAG;SOR=0.677;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=154;TCF=96;TCR=58;TR=73;WE=44072428;WS=44072410;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:111,95:0.46:206
chr1	44075227	rs517622	T	C	3018.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=78;PP=1939;SC=CCTGTGGGTCTGTTCTGCAGG;SOR=3.098;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=92;TCF=14;TCR=78;TR=92;WE=44075235;WS=44075217;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr1	44078384	rs499257	T	C	2360.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.827;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=264;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.617;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=19;PP=1274;ReadPosRankSum=2.085;SC=TTAACGGGCTTTCTTTTCTTG;SOR=0.809;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=179;TCF=129;TCR=50;TR=72;WE=44078392;WS=44078374;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:140,111:0.44:251
chr1	44078602	rs3791151	C	A	3405.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.092;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=356;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.797;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=66;PP=1528;ReadPosRankSum=1.441;SC=TCTTCTCCCCCAATCCCACTG;SOR=0.597;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=223;TCF=84;TCR=139;TR=107;WE=44078610;WS=44078592;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:173,170:0.50:343
chr1	44079411	rs603542	T	C	3930.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.123;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=321;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.921;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=95;PP=1851;ReadPosRankSum=1.146;SC=CCCCCTACCATGTGCCTGGCC;SOR=0.781;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=244;TCF=86;TCR=158;TR=147;WE=44079419;WS=44079401;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:118,189:0.62:307
chr1	44083110	rs571862	C	T	2222.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-3.221;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.185;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=25;PP=1249;ReadPosRankSum=-1.340;SC=TCTCCATTCTCTGCAGTCCAT;SOR=0.588;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=144;TCF=100;TCR=44;TR=79;WE=44083118;WS=44083100;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,104:0.54:192
chr1	44083507	rs641365	T	C	4026.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.663;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=444;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=70;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.686;SC=AGACCATGGGTGATTTCTGGA;SOR=0.663;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=286;TCF=129;TCR=157;TR=127;WE=44083527;WS=44083497;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:234,207:0.47:441
chr1	44083519	rs641351	G	A	3823.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.287;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=410;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.745;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=66;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.116;SC=ATTTCTGGAGGATGGTGTGGG;SOR=0.582;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=267;TCF=111;TCR=156;TR=116;WE=44083527;WS=44083497;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:219,190:0.46:409
chr1	44084739	rs1143701	C	T	4485.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-2.073;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=417;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.094;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=59;PP=1773;ReadPosRankSum=0.932;SC=GTGAGAAGCGCGAGCTGCGTC;SOR=0.632;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=242;TCF=117;TCR=125;TR=116;WE=44084759;WS=44084729;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:191,219:0.53:410
chr1	44086080	rs568639	T	C	4819.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.783;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=449;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.458;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=84;NR=55;PP=2403;ReadPosRankSum=-1.061;SC=ACCCCTCCCCTATTCCTTCTC;SOR=0.900;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=280;TCF=161;TCR=119;TR=139;WE=44086088;WS=44086070;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:224,223:0.50:447
chr1	44086831	rs1143702	C	T	5908.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=2.422;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=547;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.520;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=76;NR=102;PP=2703;ReadPosRankSum=-0.128;SC=GCATGCGCTACGAGGGCGTGG;SOR=0.740;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=340;TCF=149;TCR=191;TR=178;WE=44086839;WS=44086821;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:260,284:0.52:544
chr1	44087496	rs673485	C	T	2467.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.089;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=266;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.207;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=25;PP=1395;ReadPosRankSum=-0.214;SC=GGGTCCAGCACCTGCTCTTGG;SOR=0.848;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=187;TCF=132;TCR=55;TR=90;WE=44087504;WS=44087486;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:140,118:0.46:258
chr1	44121557	rs2274465	C	G	147.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-2.460;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.815;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=3;PP=35;ReadPosRankSum=-0.191;SC=TGGCTCTGTTCTAGCTGTCTC;SOR=0.072;SbPval=0.24;Source=Platypus;TC=16;TCF=3;TCR=13;TR=5;WE=44121565;WS=44121547;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,8:0.42:19
chr1	44137257	rs586339	C	A	2163.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.519;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=241;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.007;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=39;PP=1264;ReadPosRankSum=1.279;SC=GAAGAACAAGCAGCAGCTGCC;SOR=0.598;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=164;TCF=88;TCR=76;TR=79;WE=44137265;WS=44137247;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:129,106:0.45:235
chr1	44280381	rs37468	A	T	2172.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=47;NR=16;PP=1368;SC=AACTTGGTCCATCACAAAACA;SOR=1.949;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=63;TCF=47;TCR=16;TR=63;WE=44280389;WS=44280371;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr1	44290530	rs37458	A	G	3410.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-1.078;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=449;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.120;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=50;PP=1287;ReadPosRankSum=-0.021;SC=GAGCGAGGACACAGCCTTTGC;SOR=0.712;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=251;TCF=125;TCR=126;TR=94;WE=44290538;WS=44290520;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:263,184:0.41:447
chr1	44303786	.	C	CAAAAAAAAAAA,CAAAAAAAAAAAA	950.73	.	AC=2,0;AF=1.00,0.00;AN=2;BRF=0.63;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=16;HapScore=2;MGOF=80;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;NF=10;NR=5;PP=269;SC=GACTCCGTCTCAAAAAAAAAA;SOR=1.022;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=37;TCF=28;TCR=9;TR=15;WE=44303794;WS=44303776;set=Intersection	GT:AF:DP	1/1:0.94:16
chr1	44323736	rs2906465	T	C	3724.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=61;NR=36;PP=1668;SC=AACAGGTTTTTGAAGTGAATA;SOR=1.131;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=98;TCF=62;TCR=36;TR=97;WE=44323744;WS=44323726;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,140:1.00:140
chr1	44344796	rs2527777	T	C	1616.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.048;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.644;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=30;PP=895;ReadPosRankSum=-0.276;SC=AGGTGACATTTCAACAGAAAT;SOR=0.602;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=101;TCF=40;TCR=61;TR=51;WE=44344804;WS=44344786;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,72:0.53:136
chr1	44386305	rs3120802	C	T	1782.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=18;NR=42;PP=1417;SC=GTGGGTGGGGCAGTGCTTCTG;SOR=1.329;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=61;TCF=18;TCR=43;TR=60;WE=44386313;WS=44386295;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr1	44386615	rs3120803	A	G	5371.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.99;SOR=0.974;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,199:1.00:199
chr1	44395786	rs2108202	C	T	4201.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=49;NR=59;PP=2166;SC=CAACTGATCACTTCATCTCTC;SOR=0.813;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=108;TCF=49;TCR=59;TR=108;WE=44395794;WS=44395776;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,157:1.00:157
chr1	44401384	rs2242637	A	G	8849.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=343;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=108;NR=113;PP=2965;SC=TGGCCTAGGCAGCAGGTGAGT;SOR=0.723;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=221;TCF=108;TCR=113;TR=221;WE=44401392;WS=44401374;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,341:1.00:341
chr1	44415415	rs2240447	C	T	18548.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.687;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=714;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=237;NR=204;PP=2965;ReadPosRankSum=1.614;SC=TGATGCCTGACGCTTGGCCAT;SOR=0.810;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=444;TCF=238;TCR=206;TR=441;WE=44415423;WS=44415405;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,703:1.00:705
chr1	44422622	rs17402858	C	T	1592.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.852;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.158;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=28;PP=728;ReadPosRankSum=-0.943;SC=GGTCCTCAGACGAGAAGGAGC;SOR=0.520;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=105;TCF=39;TCR=66;TR=46;WE=44422630;WS=44422612;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,75:0.53:141
chr1	44426025	rs2301993	G	A	3947.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=54;NR=55;PP=1983;SC=CTTGCCCTCCGCTCCCATAGT;SOR=0.734;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=109;TCF=54;TCR=55;TR=109;WE=44426033;WS=44426015;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,149:1.00:149
chr1	44426948	rs2906596	G	A	14661.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=2.164;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=543;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=141;NR=237;PP=2965;ReadPosRankSum=1.648;SC=GGTCCTGACCGGGGTCTCTGC;SOR=0.414;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=380;TCF=141;TCR=239;TR=378;WE=44426956;WS=44426938;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,538:1.00:539
chr1	44432500	rs4660759	C	G	7004.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=253;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=75;NR=118;PP=2965;SC=CCAGTGCCCTCCCCTGCCCAG;SOR=1.142;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=194;TCF=75;TCR=119;TR=193;WE=44432508;WS=44432490;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,249:1.00:249
chr1	44442521	rs12410334	A	C	2766.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=32;NR=45;PP=1684;SC=GTATGAATGCAAAATGCTGGG;SOR=1.037;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=77;TCF=32;TCR=45;TR=77;WE=44442529;WS=44442511;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr1	44451113	.	GGA	G	115.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=1.097;ClippingRankSum=0.000;DP=73;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.87;ReadPosRankSum=1.073;SOR=0.176;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:45,17:0.27:62
chr1	44451115	rs61096284	A	AGG	1238.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-6.173;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=20.31;ReadPosRankSum=-0.343;SOR=1.402;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,39:0.64:61
chr1	44451124	rs75761202	G	T	1174.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.237;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FS=7.710;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.11;ReadPosRankSum=-2.332;SOR=0.148;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:55,42:0.43:97
chr1	44457215	rs12403025	G	A	415.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-1.285;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=3;PP=300;ReadPosRankSum=0.956;SC=ACCAAACACGGGAGGGGGCGG;SOR=0.559;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=29;TCF=24;TCR=5;TR=16;WE=44457223;WS=44457205;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,17:0.55:31
chr1	44457305	rs12403036	G	A	3464.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=47;NR=36;PP=1641;SC=CCCACTGCCTGGTTTCTGGGC;SOR=0.892;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=83;TCF=47;TCR=36;TR=83;WE=44457313;WS=44457295;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chr1	44457739	rs11376967	T	TC	1513.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=25;NR=9;PP=1571;SC=ATTTCCCACCTCTGCGGGTCC;SOR=1.721;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=37;TCF=28;TCR=9;TR=34;WE=44457747;WS=44457729;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
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chr1	44595113	rs2429051	G	C	5352.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.322;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=544;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.088;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=75;NR=68;PP=2219;ReadPosRankSum=-0.484;SC=GGCCTACCAAGCATTCAGCAC;SOR=0.745;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=302;TCF=151;TCR=151;TR=143;WE=44595121;WS=44595103;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:276,264:0.49:540
chr1	44596379	rs34057178	CCAA	C	12940.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=2.381;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=835;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.525;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.906;NF=14;NR=128;PP=2975;ReadPosRankSum=2.690;SC=GACCCACAGGCCAACAACAAC;SOR=0.772;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=304;TCF=32;TCR=272;TR=142;WE=44596389;WS=44596369;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:410,340:0.45:750
chr1	44679556	rs803369	A	G	12089.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=449;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=122;NR=145;PP=2965;SC=GAAAGCGTTGACTAGGGGAGG;SOR=0.796;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=267;TCF=122;TCR=145;TR=267;WE=44679564;WS=44679546;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,448:1.00:448
chr1	44680719	rs4660780	G	C	4304.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.840;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=373;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.332;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=76;NR=66;PP=2389;ReadPosRankSum=0.900;SC=AATGCATGCAGAGTAGGACTC;SOR=0.695;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=247;TCF=125;TCR=122;TR=142;WE=44680727;WS=44680709;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:170,198:0.54:368
chr1	44681113	rs1291169	T	C	551.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.107;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.763;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=21;PP=362;ReadPosRankSum=-0.125;SC=GGATCGTCCTTGACTTAGTCT;SOR=1.334;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=37;TCF=7;TCR=30;TR=25;WE=44681121;WS=44681103;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,26:0.67:39
chr1	44684995	rs2799480	T	C	2756.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.266;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=236;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.484;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=43;PP=1574;ReadPosRankSum=-0.492;SC=GTTCTGAGAGTACCCAGTGCT;SOR=0.631;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=182;TCF=98;TCR=84;TR=92;WE=44685003;WS=44684985;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:108,121:0.53:229
chr1	44686322	rs12419	T	C	2622.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-1.078;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=276;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.445;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=48;PP=895;ReadPosRankSum=-0.516;SC=GACGCTGTTATGTAAATAGAG;SOR=0.640;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=167;TCF=65;TCR=102;TR=81;WE=44686330;WS=44686312;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:138,136:0.50:274
chr1	44788398	rs161721	A	T	2034.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=27;NR=18;PP=811;SC=ACTTCTTACCATCCCATATTG;SOR=0.914;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=45;TCF=27;TCR=18;TR=45;WE=44788406;WS=44788388;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr1	44878509	rs11210991	C	G	388.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=0;NR=13;PP=353;SC=CCAACTACTTCCCTTTCACTA;SOR=5.136;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=0;TCR=13;TR=13;WE=44878517;WS=44878499;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr1	45088629	rs28453885	G	A	700.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-1.204;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.879;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=24;PP=528;ReadPosRankSum=-0.546;SC=CTAGGGCTGCGCCGTGTGTGT;SOR=1.387;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=49;TCF=9;TCR=40;TR=28;WE=45088637;WS=45088619;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,30:0.54:56
chr1	45169711	rs374584525	TA	T	99.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.506;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FS=1.009;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.26;ReadPosRankSum=1.873;SOR=0.879;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:59,20:0.25:79
chr1	45272201	rs138630887	G	A	1484.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.641;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.184;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=25;PP=773;ReadPosRankSum=1.265;SC=GCGCGAGGCCGGGGCTGGACC;SOR=0.501;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=92;TCF=42;TCR=50;TR=50;WE=45272209;WS=45272191;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,70:0.52:135
chr1	45316741	.	CT	C	72.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.279;ClippingRankSum=0.000;DP=208;ExcessHet=3.0103;FS=2.686;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.08;MQRankSum=2.850;QD=0.41;ReadPosRankSum=-0.780;SOR=0.439;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:146,30:0.17:176
chr1	45470130	rs7528534	T	C	2649.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=14;NR=57;PP=1895;SC=TGTGGCCTTTTAGCAGCAGAA;SOR=2.359;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=71;TCF=14;TCR=57;TR=71;WE=45470138;WS=45470120;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr1	45472798	rs147908761	TTGTGTGTG	T,TTG	1727.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=23;NF=14,14;NR=18,18;PP=816,571;SC=CCTCGAGCAGTTGTGTGTGTG;SOR=0.693;SbPval=0.02;Source=Platypus;TC=62;TCF=14;TCR=48;TR=32,32;WE=45472815;WS=45472788;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.56,0.40:50
chr1	45474157	rs2298006	G	A	2898.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.660;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=40;PP=1598;ReadPosRankSum=1.140;SC=AGACACACAAGGCTCAATGTT;SOR=0.253;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=81;TCF=40;TCR=41;TR=79;WE=45474165;WS=45474147;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,107:0.99:108
chr1	45475566	rs6429552	A	G	2930.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=66;NR=16;PP=2221;SC=ACCCTGTTTTAGTCCTGGCCT;SOR=2.380;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=83;TCF=67;TCR=16;TR=82;WE=45475574;WS=45475556;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr1	45479874	rs6698485	G	T	2176.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=26;NR=43;PP=1362;SC=GTGATCTAGCGGAGCAGCCAA;SOR=1.252;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=69;TCF=26;TCR=43;TR=69;WE=45479882;WS=45479864;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr1	45504720	rs7551698	G	C	2756.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.988;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=295;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.396;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=36;PP=1110;ReadPosRankSum=0.260;SC=GGTTTGTGATGGTTGTGGTTC;SOR=0.792;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=184;TCF=99;TCR=85;TR=81;WE=45504728;WS=45504710;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:156,136:0.47:292
chr1	45504858	rs61788380	G	T	1183.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.835;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.475;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=36;PP=791;ReadPosRankSum=-1.359;SC=TCAAATAAAAGCTTCTCTATT;SOR=0.866;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=106;TCF=34;TCR=72;TR=52;WE=45504866;WS=45504848;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,58:0.45:129
chr1	45524213	rs3738246	C	T	664.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-3.061;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.335;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=3;PP=337;ReadPosRankSum=-1.359;SC=ATGGCAAGGGCTCATAAACAC;SOR=0.416;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=41;TCF=35;TCR=6;TR=21;WE=45524221;WS=45524203;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,29:0.56:52
chr1	45671599	rs188223265	G	A	1504.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.341;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=28;PP=957;ReadPosRankSum=1.979;SC=GCCCCGGGGGGTGGCTGCGGC;SOR=0.753;Source=Platypus;TCF=44;TR=51;WE=45671607;WS=45671589;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,64:0.54:119
chr1	45671966	rs4454584	A	G	2677.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.136;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=249;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.135;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-1.008;NF=33;NR=41;PP=1209;ReadPosRankSum=0.912;SC=ACTGCCGCTTAGCCGGAGAGA;SOR=0.568;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=140;TCF=59;TCR=81;TR=74;WE=45671974;WS=45671956;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:122,126:0.51:248
chr1	45796269	rs3219493	G	C	4793.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=44;NR=61;PP=2163;SC=GGCACTTTTTGCAAAAGAGAT;SOR=0.892;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=105;TCF=44;TCR=61;TR=105;WE=45796277;WS=45796253;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,174:1.00:174
chr1	45797505	rs3219489	C	G	1611.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-3.171;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.547;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-1.152;NF=14;NR=40;PP=957;ReadPosRankSum=-1.399;SC=ACAGGTGGCACTGTCCAGTGT;SOR=0.872;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=92;TCF=24;TCR=68;TR=54;WE=45797513;WS=45797495;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,71:0.58:123
chr1	45798555	rs3219487	T	C	16931.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=654;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=184;NR=233;PP=2965;SC=GTCCCTCTATTGTTCCTATTT;SOR=0.843;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=417;TCF=184;TCR=233;TR=417;WE=45798563;WS=45798545;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,641:1.00:641
chr1	45805566	rs3219468	G	C	24389.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=912;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.83;SOR=0.851;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,909:1.00:909
chr1	45810923	rs3893383	G	A	4331.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=2.235;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=360;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.257;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=72;NR=84;PP=2578;ReadPosRankSum=0.087;SC=GCATAGTTCCGGGCCCTGGTG;SOR=0.774;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=274;TCF=131;TCR=143;TR=156;WE=45810931;WS=45810913;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:157,197:0.56:354
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chr1	45813820	rs2153607	G	A	983.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-1.847;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.136;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=29;PP=592;ReadPosRankSum=-1.723;SC=CACTGGTCAGGTCAGGGGCTC;SOR=0.544;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=60;TCF=9;TCR=51;TR=34;WE=45813828;WS=45813810;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,42:0.60:70
chr1	45864695	rs7532762	C	A	106.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-1.317;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=42;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.764;NF=1;NR=8;PP=115;ReadPosRankSum=-0.814;SC=CTTTAAGCCACTAGTTAGTCC;SOR=1.284;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=23;TCF=3;TCR=20;TR=9;WE=45864703;WS=45864685;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,6:0.30:20
chr1	45887288	rs3790582	T	C	473.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=0.233;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=2;PP=366;ReadPosRankSum=-0.857;SC=GCAAGATAGATTCAGCATGAT;SOR=0.735;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=44;TCF=39;TCR=5;TR=20;WE=45887296;WS=45887278;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,22:0.45:49
chr1	45961955	rs937290	A	G	1224.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=23;NR=9;PP=582;SC=TCATGGGCTCAGGTGGAACCA;SOR=1.426;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=23;TCR=9;TR=32;WE=45961963;WS=45961945;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr1	45962894	rs61788289	T	G	2096.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.340;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FS=2.479;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.98;MQRankSum=0.000;QD=9.98;ReadPosRankSum=0.337;SOR=0.912;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:112,98:0.47:210
chr1	45965307	rs12568144	G	A	3744.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.326;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=403;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.368;HP=3;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=85;PP=1793;ReadPosRankSum=0.543;SC=AGCGGCAGGGGTCTGGCTCCC;SOR=0.670;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=265;TCF=92;TCR=173;TR=129;WE=45965315;WS=45965297;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:211,188:0.47:399
chr1	45965340	rs7546268	T	C	6677.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=41;NR=129;PP=2965;SC=CTTGCTCTCCTAGCGGGGGAT;SOR=1.828;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=172;TCF=41;TCR=131;TR=170;WE=45965348;WS=45965330;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,228:1.00:228
chr1	45973928	rs2275276	G	A	7531.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.640;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=711;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.521;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=117;NR=111;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.530;SC=ACTACGAGGTGCACCCCAACC;SOR=0.721;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=443;TCF=225;TCR=218;TR=228;WE=45973936;WS=45973918;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:339,366:0.52:705
chr1	45981512	rs2356559	T	C	6479.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=264;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=56;NR=93;PP=2609;SC=GGTTAGCATTTGACACAGACT;SOR=1.048;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=150;TCF=56;TCR=94;TR=149;WE=45981520;WS=45981502;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,253:1.00:253
chr1	45984852	rs34857974	ATGT	A	1462.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-0.208;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.027;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=2.138;NF=0;NR=21;PP=781;ReadPosRankSum=0.166;SC=AATACATTAAATGTTGTTTTA;SOR=1.077;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=49;TCF=1;TCR=48;TR=21;WE=45984862;WS=45984842;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,42:0.54:78
chr1	46027355	rs512083	T	C	5520.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=103;NR=57;PP=2851;SC=GGATTACAGGTGTGAGCCACT;SOR=1.314;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=160;TCF=103;TCR=57;TR=160;WE=46027363;WS=46027345;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,202:1.00:202
chr1	46050004	rs57257530	TTCGG	T	3619.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=38;PP=2214;SC=GCTGTCGCTGTTCGGGAAGGC;SOR=1.981;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=43;TCF=4;TCR=39;TR=42;WE=46050015;WS=46049994;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr1	46057144	rs2991981	A	G	127.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=3;PP=87;SC=TCCCACTTCAACCTCCTGAGT;SOR=1.022;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=5;TCF=2;TCR=3;TR=5;WE=46057152;WS=46057134;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr1	46065998	rs3014211	T	C	11104.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=421;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=147;NR=99;PP=2965;SC=AGATAATGAGTATTTTCATCA;SOR=0.954;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=246;TCF=147;TCR=99;TR=246;WE=46066006;WS=46065988;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,419:1.00:419
chr1	46073489	rs2230657	G	A	2578.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=25;NR=35;PP=1181;SC=CTTTAGACCCGACAGTCAAGC;SOR=0.914;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=60;TCF=25;TCR=35;TR=60;WE=46073497;WS=46073479;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr1	46078630	rs2050376	A	G	359.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=8;NR=3;PP=231;SC=TGAAGGTCTGACCCATAGACT;SOR=1.609;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=8;TCR=3;TR=11;WE=46078638;WS=46078620;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr1	46078854	rs2230658	A	G	1903.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=30;NR=31;PP=1130;SC=CTGAAGGCTCAGAAGAGGATG;SOR=0.747;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=62;TCF=30;TCR=32;TR=61;WE=46078862;WS=46078844;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr1	46078884	rs2230659	C	T	2398.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=26;NR=36;PP=1345;SC=ATGATAAGACCGAAGAAATGC;SOR=0.863;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=62;TCF=26;TCR=36;TR=62;WE=46078892;WS=46078874;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr1	46080530	rs2991985	T	C	1778.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=41;NR=11;PP=1204;SC=TTAAAAGTCATTTTGACTTTC;SOR=2.546;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=52;TCF=41;TCR=11;TR=52;WE=46080538;WS=46080520;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr1	46080947	rs1972410	A	C	9234.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.321;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=360;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=142;NR=113;PP=2965;ReadPosRankSum=1.798;SC=TTCTTTTTTGAGCCATTACTA;SOR=0.285;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=256;TCF=143;TCR=113;TR=255;WE=46080955;WS=46080937;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,346:1.00:347
chr1	46081940	rs2356581	T	A	2524.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=46;NR=18;PP=1290;SC=GGTGATGGGTTCCTGTTACAA;SOR=1.609;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=64;TCF=46;TCR=18;TR=64;WE=46081948;WS=46081930;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr1	46081960	rs2253862	C	T	3304.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=56;NR=30;PP=1578;SC=AGGCTGTGGGCGGCCTGGGTT;SOR=1.244;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=86;TCF=56;TCR=30;TR=86;WE=46081968;WS=46081950;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr1	46082431	rs2991988	C	A	6414.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=247;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=55;NR=99;PP=2965;SC=CATTTTTAATCCCTTTCCTAT;SOR=1.119;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=154;TCF=55;TCR=99;TR=154;WE=46082439;WS=46082421;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,244:1.00:244
chr1	46085852	rs2275085	C	T	1462.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=38;NR=7;PP=1029;SC=TGCTTCTAGACCCAATGTCAG;SOR=3.171;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=45;TCF=38;TCR=7;TR=45;WE=46085860;WS=46085844;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr1	46085879	rs2275086	C	G	2423.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=53;NR=16;PP=1636;SC=GAGTAGTAAACCTGTAGGTCT;SOR=2.162;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=69;TCF=53;TCR=16;TR=69;WE=46085887;WS=46085869;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr1	46086077	rs3014246	C	T	5273.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=61;NR=87;PP=2792;SC=GGTGAGGAAGCTGGCTTCCAG;SOR=0.988;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=148;TCF=61;TCR=87;TR=148;WE=46086085;WS=46086067;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,198:1.00:198
chr1	46086913	rs3014245	C	T	1428.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=33;NR=12;PP=1225;SC=TAAGCCTCAACTGTGGCAGAG;SOR=2.059;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=46;TCF=34;TCR=12;TR=45;WE=46086921;WS=46086903;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr1	46087577	rs3014242	G	A	17809.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=728;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=190;NR=250;PP=2965;SC=TGGTGGCAGCGGTGGTGCCAC;SOR=1.044;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=449;TCF=198;TCR=251;TR=440;WE=46087585;WS=46087567;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,698:1.00:698
chr1	46087879	rs3014241	A	G	8940.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=330;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=143;NR=88;PP=2965;SC=GGGAGAGATAAGTGGGATGGG;SOR=1.116;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=232;TCF=144;TCR=88;TR=231;WE=46087887;WS=46087869;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,324:1.00:324
chr1	46089225	rs3014240	C	G	9121.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=334;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=132;NR=83;PP=2965;SC=GTAGGTAGCTCTACCTCCTCT;SOR=1.070;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=215;TCF=132;TCR=83;TR=215;WE=46089233;WS=46089215;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,327:1.00:327
chr1	46347875	rs56242896	A	T	415.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-3.016;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.94;ReadPosRankSum=-1.924;SOR=0.483;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,27:0.71:38
chr1	46347876	rs11211216	A	T	37.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=2.044;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=1.879;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.02;ReadPosRankSum=2.321;SOR=1.302;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,8:0.22:37
chr1	46347878	rs201525530	AT	A	387.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-2.227;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=1.582;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.48;ReadPosRankSum=-2.279;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,26:0.70:37
chr1	46347879	rs10890362	T	A	40.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=2.911;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=1.879;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.10;ReadPosRankSum=2.605;SOR=1.302;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,8:0.22:37
chr1	46347910	rs6665193	G	A	2959.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=60;NR=28;PP=1889;SC=AGAAAAAGTTGTTATTTAGAA;SOR=1.462;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=88;TCF=60;TCR=28;TR=88;WE=46347918;WS=46347900;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr1	46379518	rs4256763	A	G	6640.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=255;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=65;NR=97;PP=2965;SC=AAACGGAGGCAAGAGAGACTG;SOR=0.954;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=162;TCF=65;TCR=97;TR=162;WE=46379526;WS=46379508;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,247:1.00:247
chr1	46424964	rs4460582	G	A	4353.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=77;NR=28;PP=2311;SC=GCGGCCCGTGGAATGGTGTCC;SOR=1.594;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=105;TCF=77;TCR=28;TR=105;WE=46424972;WS=46424954;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,156:1.00:156
chr1	46466657	.	A	G	3499.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.971;ClippingRankSum=0.000;DP=334;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.835;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=40;PP=1646;ReadPosRankSum=-0.538;SC=GACAGGTAATAGCGGGTATAA;SOR=0.633;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=216;TCF=130;TCR=86;TR=102;WE=46466665;WS=46466647;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:166,167:0.50:333
chr1	46466721	rs11589562	T	C	12342.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.334;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=488;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.45;ReadPosRankSum=2.073;SOR=0.378;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:3,482:0.99:485
chr1	46476587	rs11211247	T	G	4343.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=41;NR=61;PP=1847;SC=AACTTCAAGATAATTTGGAGA;SOR=0.974;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=102;TCF=41;TCR=61;TR=102;WE=46476595;WS=46476577;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,167:1.00:167
chr1	46485548	rs946529	G	T	550.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=3;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=3;NR=12;PP=288;SC=CAAATGTATGGTCCTGAGGGG;SOR=2.531;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=3;TCR=12;TR=15;WE=46485570;WS=46485538;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr1	46485562	rs946528	C	T	445.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=3;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=10;PP=273;SC=TGAGGGGATGCGGCAGGGAGA;SOR=2.049;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=4;TCR=10;TR=14;WE=46485570;WS=46485538;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr1	46487552	rs2275426	G	A	12845.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.769;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=295;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=45.07;ReadPosRankSum=-1.132;SOR=1.220;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,283:0.99:285
chr1	46487560	rs946524	A	G	14270.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.791;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=361;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=40.66;ReadPosRankSum=-1.074;SOR=1.153;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,349:0.99:351
chr1	46489637	.	A	C	4967.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=2.433;ClippingRankSum=0.000;DP=508;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.750;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=84;PP=2343;ReadPosRankSum=0.957;SC=GTGCATGGTGATGGAGTACGT;SOR=0.578;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=329;TCF=133;TCR=196;TR=145;WE=46489645;WS=46489627;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:263,236:0.47:499
chr1	46491635	rs785478	C	T	2329.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=16;NR=49;PP=1492;SC=AGTTCTCTAGCCCCCCGACCA;SOR=2.133;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=65;TCF=16;TCR=49;TR=65;WE=46491643;WS=46491625;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr1	46493460	rs1707336	T	G	8632.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=330;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=105;NR=88;PP=2965;SC=TGTCCAAAATTGGCCTCATGA;SOR=0.803;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=194;TCF=105;TCR=89;TR=193;WE=46493468;WS=46493444;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,325:1.00:325
chr1	46495434	rs2236560	G	A	661.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-4.745;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.179;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=9;PP=406;ReadPosRankSum=-0.603;SC=CTGGCTTCTTGCTAGATTTGC;SOR=0.487;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=44;TCF=29;TCR=15;TR=25;WE=46495442;WS=46495424;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,29:0.60:48
chr1	46496709	rs925524	A	G	5259.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=72;NR=53;PP=2302;SC=TGTCTGAGTCATCCCACACAG;SOR=0.886;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=125;TCF=72;TCR=53;TR=125;WE=46496717;WS=46496699;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,202:1.00:202
chr1	46498375	rs1622208	A	G	5219.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=47;NR=94;PP=2965;SC=CGGAGGTGGTAGAGCTGATCC;SOR=1.329;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=141;TCF=47;TCR=94;TR=141;WE=46498383;WS=46498365;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,190:1.00:190
chr1	46500993	rs1052610	A	G	3038.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=2.947;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=323;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.087;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=43;PP=1565;ReadPosRankSum=0.158;SC=CCGTCCAGAGACCCTAGGAGC;SOR=0.815;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=213;TCF=106;TCR=107;TR=93;WE=46501001;WS=46500983;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:179,140:0.44:319
chr1	46511487	rs2297883	G	C	2135.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=57;NR=7;PP=1605;SC=ATGGGTCCTCGTTACTGTACA;SOR=4.143;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=64;TCF=57;TCR=7;TR=64;WE=46511495;WS=46511477;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr1	46521517	rs785468	G	A	6588.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=252;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=86;NR=85;PP=2965;SC=CAGGTTTGATGCTATTCATTT;SOR=0.693;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=171;TCF=86;TCR=85;TR=171;WE=46521525;WS=46521507;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,250:1.00:250
chr1	46521559	rs785467	A	T	7280.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=274;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=79;NR=92;PP=2965;SC=CCAAAGCTTGATTCTTCAAAT;SOR=0.808;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=171;TCF=79;TCR=92;TR=171;WE=46521567;WS=46521549;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,273:1.00:273
chr1	46546208	rs1768803	T	C	3508.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=89;NR=29;PP=2576;SC=GCTGGGATTATAGGCATGAGC;SOR=2.381;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=118;TCF=89;TCR=29;TR=118;WE=46546216;WS=46546198;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr1	46598269	rs1707304	C	A	14811.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=335;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.75;SOR=1.002;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,331:1.00:331
chr1	46598273	rs1707303	A	C	14925.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=346;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.64;SOR=1.013;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,342:1.00:342
chr1	46641827	rs12030928	A	G	1230.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.981;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.646;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=8;PP=753;ReadPosRankSum=-0.720;SC=GATTACAGGCATGAGCCACCG;SOR=1.056;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=94;TCF=72;TCR=22;TR=47;WE=46641835;WS=46641817;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,60:0.50:120
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chr1	46655158	rs6659553	T	C	5087.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=66;NR=52;PP=2285;SC=ACCCCCACCATCAGGAAGTGG;SOR=0.857;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=120;TCF=66;TCR=54;TR=118;WE=46655166;WS=46655148;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,195:1.00:195
chr1	46658328	rs2292484	A	G	1736.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=1.987;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.829;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=24;PP=767;ReadPosRankSum=-0.875;SC=CAGAGATGCTAGAATTGCTGG;SOR=0.838;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=66;TCF=29;TCR=37;TR=42;WE=46658336;WS=46658318;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,48:0.57:84
chr1	46658343	rs2292485	G	A	1624.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=0.675;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.859;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=21;PP=735;ReadPosRankSum=0.879;SC=TGCTGGAGCTGGGTCTCAGGA;SOR=0.741;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=63;TCF=31;TCR=32;TR=39;WE=46658351;WS=46658333;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,42:0.55:77
chr1	46659104	rs7527668	T	C	2051.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=0.300;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.691;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=47;PP=1349;ReadPosRankSum=-0.180;SC=TCACTTTCCCTCTGCCCACCT;SOR=1.122;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=146;TCF=58;TCR=88;TR=73;WE=46659112;WS=46659094;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,86:0.52:166
chr1	46659363	rs7527935	T	C	2499.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=2.416;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=270;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.479;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=31;PP=1079;ReadPosRankSum=-2.192;SC=TCAACTCAGGTTCCCCTGTGT;SOR=0.653;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=163;TCF=81;TCR=82;TR=65;WE=46659371;WS=46659353;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:148,118:0.44:266
chr1	46660295	rs2292487	T	C	5580.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.419;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=531;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=74;NR=98;PP=2639;ReadPosRankSum=1.018;SC=GGGCAGGTGATTTAGAATGTT;SOR=0.716;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=333;TCF=147;TCR=186;TR=172;WE=46660303;WS=46660285;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:258,270:0.51:528
chr1	46806393	rs41293273	T	C	190.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-1.629;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=0;PP=119;ReadPosRankSum=-1.203;SC=GTATTTCCTTTCCCTTTTTTC;SOR=0.446;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=17;TCR=0;TR=7;WE=46806401;WS=46806383;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,8:0.42:19
chr1	46806429	rs41293275	A	T	348.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=5.298;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.502;HP=3;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=0;PP=264;ReadPosRankSum=1.414;SC=GGTGGCGCTCACCACCTCCCC;SOR=2.808;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=32;TCF=29;TCR=3;TR=13;WE=46806437;WS=46806419;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,14:0.39:36
chr1	46806480	rs17361749	C	T	851.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=2.375;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=13.855;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=3;PP=514;ReadPosRankSum=-0.146;SC=GTCGGAATTACCCCGTGGAGC;SOR=2.044;SbPval=0.98;Source=Platypus;TC=78;TCF=59;TCR=19;TR=31;WE=46806488;WS=46806470;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,39:0.41:94
chr1	46806550	rs41293277	C	T	2054.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.632;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.075;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=29;PP=1161;ReadPosRankSum=0.916;SC=GCGTGTGGACCTCGCGACGGT;SOR=0.922;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=154;TCF=85;TCR=69;TR=71;WE=46806558;WS=46806540;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:116,98:0.46:214
chr1	46806703	rs10489769	A	G	1792.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=2.145;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.826;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=41;PP=1063;ReadPosRankSum=0.412;SC=ACTCCACGGAACGTCCTTAGG;SOR=0.929;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=113;TCF=42;TCR=71;TR=64;WE=46806711;WS=46806693;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,84:0.53:158
chr1	46810405	rs79697925	TG	T	643.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-1.362;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.070;HP=7;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=1.187;NF=8;NR=7;PP=379;ReadPosRankSum=-1.457;SC=GGCTCTGAGGTGGGGGTCAGG;SOR=0.119;SbPval=0.24;Source=Platypus;TC=48;TCF=32;TCR=16;TR=15;WE=46810413;WS=46810395;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,27:0.43:63
chr1	46810670	rs17361763	T	C	3771.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.772;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=423;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=64;PP=2022;ReadPosRankSum=0.826;SC=GTGCCAAGGATTTTGTGAATG;SOR=0.704;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=267;TCF=136;TCR=131;TR=129;WE=46810678;WS=46810660;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:230,189:0.45:419
chr1	46810842	rs6684274	C	T	1024.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.270;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=31;PP=650;ReadPosRankSum=0.695;SC=ATGACTGGAGCGGTCCTGAGT;SOR=0.732;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=72;TCF=14;TCR=58;TR=39;WE=46810850;WS=46810832;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,47:0.53:89
chr1	46812444	rs17357676	A	G	612.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=0.723;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.438;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=3;PP=334;ReadPosRankSum=-1.460;SC=GTATAGATGAATGAATAAGTG;SOR=1.161;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=31;TCF=24;TCR=7;TR=18;WE=46812452;WS=46812434;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,24:0.62:39
chr1	46812519	rs17361791	A	G	1206.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-1.159;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.665;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=20;PP=622;ReadPosRankSum=1.212;SC=CAGAGGGCATAGACTTGGTGG;SOR=0.407;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=82;TCF=51;TCR=31;TR=46;WE=46812527;WS=46812509;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,56:0.53:106
chr1	46818442	rs41294478	G	A	470.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.799;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.07;ReadPosRankSum=-1.715;SOR=0.610;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,13:0.33:39
chr1	46818452	rs17413701	A	G	522.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.007;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=2.912;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.62;ReadPosRankSum=-1.962;SOR=0.328;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,17:0.38:45
chr1	46818479	rs7515598	C	T	384.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=0.017;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.109;HP=2;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=6;PP=259;ReadPosRankSum=0.454;SC=ACTCCATCAGCGCCATTGCTG;SOR=0.507;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=51;TCF=36;TCR=15;TR=18;WE=46818487;WS=46818469;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,20:0.34:59
chr1	46818508	rs7529674	T	C	623.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=1.974;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=10;PP=383;ReadPosRankSum=-0.289;SC=TTTCATTGGGTCATGGCCTCT;SOR=0.688;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=67;TCF=40;TCR=27;TR=25;WE=46818516;WS=46818498;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,31:0.38:81
chr1	46826587	rs55887761	C	A	291.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-1.195;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=7;PP=119;ReadPosRankSum=-0.195;SC=AGACCATAACCCACACAAGAA;SOR=0.549;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=27;TCF=8;TCR=19;TR=10;WE=46826595;WS=46826577;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,15:0.43:35
chr1	46827214	rs324414	A	C	1287.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=22;NR=9;PP=710;SC=GCTCACTAGTAACTGCTTCTG;SOR=1.559;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=22;TCR=9;TR=31;WE=46827222;WS=46827204;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr1	46827485	rs1053624	C	T	1654.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.109;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.652;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=23;PP=796;ReadPosRankSum=0.885;SC=ATTTTGGCCCCATGTACTTCT;SOR=0.792;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=100;TCF=50;TCR=50;TR=51;WE=46827493;WS=46827475;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,77:0.49:156
chr1	46860237	rs72890727	G	A	462.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=-1.256;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=3;PP=68;ReadPosRankSum=-0.471;SC=AGCGTAGTGGGATGGGCGCGG;SOR=0.859;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=20;TCF=11;TCR=9;TR=8;WE=46860245;WS=46860227;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,24:0.55:44
chr1	46871986	rs324419	T	C	5595.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.157;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=585;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=94;NR=82;PP=2237;ReadPosRankSum=0.186;SC=CCCTGCTGTGTGAGGACATGT;SOR=0.687;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=348;TCF=187;TCR=161;TR=176;WE=46871994;WS=46871976;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:303,277:0.48:580
chr1	46877180	rs6662982	G	A	3478.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.325;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=311;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=41;PP=1579;ReadPosRankSum=1.011;SC=GTTGTGAAGGGTCCACGGAGG;SOR=0.672;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=196;TCF=120;TCR=76;TR=107;WE=46877188;WS=46877170;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:145,164:0.53:309
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chr1	47013364	rs1258041	T	C	4343.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=29;NR=61;PP=1620;SC=GCAGGCAGGATGGGAGGGCAG;SOR=1.132;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=90;TCF=29;TCR=61;TR=90;WE=47013372;WS=47013354;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,167:1.00:167
chr1	47014821	.	A	AAAAAG,AAAAAAG	5648.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=145;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=62.20;QD=48.28;SOR=1.222;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:0,92,25:0.79,0.21:117
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chr1	47046035	rs11211310	T	G	528.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.289;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.960;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=5;PP=411;ReadPosRankSum=-0.685;SC=ACAGAGAAGTTAAGTAACTTG;SOR=0.235;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=33;TCF=27;TCR=6;TR=22;WE=47046043;WS=47046029;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,21:0.66:32
chr1	47048368	rs150913318	CA	C	45.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.009;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=1;PP=61;ReadPosRankSum=1.137;SC=CAGAGAGTGTCAAAAAATGTC;SOR=0.269;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=13;TCF=11;TCR=2;TR=4;WE=47048376;WS=47048358;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,5:0.36:14
chr1	47059934	rs1258021	T	C	9341.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=367;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=106;NR=133;PP=2965;SC=AGTTCTCCATTGGCCTCTGAC;SOR=0.803;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=239;TCF=106;TCR=133;TR=239;WE=47059942;WS=47059924;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,361:1.00:361
chr1	47060655	rs61783125	C	G	745.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.103;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=14;PP=393;ReadPosRankSum=0.363;SC=CGAGGCACTCCTCTGCTATCC;SOR=0.669;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=65;TCF=36;TCR=29;TR=31;WE=47060663;WS=47060645;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,41:0.41:100
chr1	47078637	rs4660947	T	C	6196.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.899;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=667;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.754;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=115;NR=86;PP=2792;ReadPosRankSum=-2.473;SC=CCATGAGCAATGCCATATAGC;SOR=0.875;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=393;TCF=212;TCR=181;TR=201;WE=47078645;WS=47078627;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:355,306:0.46:661
chr1	47080679	rs6671527	G	A	4107.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.648;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=384;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.175;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=71;PP=1804;ReadPosRankSum=-0.134;SC=CCGACTCTTCGACTTCTCACC;SOR=0.808;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=219;TCF=91;TCR=128;TR=117;WE=47080687;WS=47080669;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:181,197:0.52:378
chr1	47099346	rs723333	C	A	3132.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=61;NR=21;PP=1652;SC=ACACATTTATCCATGGACACA;SOR=1.781;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=83;TCF=62;TCR=21;TR=82;WE=47099354;WS=47099336;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr1	47108828	rs736188	T	C	2457.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=46;NR=21;PP=1201;SC=TTCAGTGCCATGAGGTAAATC;SOR=1.460;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=67;TCF=46;TCR=21;TR=67;WE=47108836;WS=47108818;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr1	47109089	rs1745377	A	G	2652.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=21;NR=54;PP=1641;SC=TTGGGTGGCTAGTGAGTTGGA;SOR=1.609;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=76;TCF=21;TCR=55;TR=75;WE=47109097;WS=47109079;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr1	47110668	rs1258054	G	C	434.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=34;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=13;NR=1;PP=353;SC=ATTGAGGAGGGCCTAGAAAAC;SOR=3.912;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=14;TCF=13;TCR=1;TR=14;WE=47110676;WS=47110658;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr1	47110712	rs1258053	C	T	914.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=33;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=23;NR=3;PP=598;SC=AATTCATCTGCGCCACAATAA;SOR=2.448;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=27;TCF=23;TCR=4;TR=26;WE=47110720;WS=47110702;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr1	47110766	rs3215990	G	GC	2678.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=20;NR=13;PP=1508;SC=TTGAGCCTCAGCAAGGGTTTC;SOR=1.340;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=34;TCF=21;TCR=13;TR=33;WE=47110774;WS=47110756;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr1	47133811	rs11211337	T	C	1418.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.62;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=15;NR=17;PP=506;SC=ACCCCGCTGCTGTCGGCGCCC;SOR=0.800;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=32;TCF=15;TCR=17;TR=32;WE=47133819;WS=47133801;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr1	47138444	rs616249	C	T	963.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=26;NR=3;PP=713;SC=GTGGATGGAGCGATTGATGCA;SOR=3.545;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=30;TCF=27;TCR=3;TR=29;WE=47138452;WS=47138434;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr1	47264724	rs2297813	G	T	803.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-3.878;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=4;PP=458;ReadPosRankSum=0.651;SC=AGGCAGGTCAGATGAAGGCTA;SOR=0.804;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=58;TCF=49;TCR=9;TR=29;WE=47264732;WS=47264714;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,35:0.52:67
chr1	47276728	rs2297812	G	C	3503.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.469;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=274;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=62;PP=2268;ReadPosRankSum=0.600;SC=TAAGTCTGCGGAGCTGAGGTT;SOR=0.719;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=209;TCF=98;TCR=111;TR=116;WE=47276736;WS=47276718;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:121,148:0.55:269
chr1	47279789	rs2297811	C	T	4991.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.167;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=486;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.522;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=81;NR=98;PP=2875;ReadPosRankSum=1.191;SC=CTCCTCCTGGCCCCTCTATGC;SOR=0.630;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=353;TCF=155;TCR=198;TR=179;WE=47279797;WS=47279779;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:247,234:0.49:481
chr1	47280746	rs3215983	GAT	G	2348.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.608;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.642;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=17;PP=1279;ReadPosRankSum=0.267;SC=CCTAACCCAGGATGAAGATGA;SOR=0.918;SbPval=0.26;Source=Platypus;TC=91;TCF=36;TCR=55;TR=33;WE=47280755;WS=47280736;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:128,66:0.34:194
chr1	47280859	rs2297810	G	A	1588.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.153;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.553;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=25;PP=721;ReadPosRankSum=-1.602;SC=TCTACTGCATGGCCCTGTACC;SOR=0.609;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=106;TCF=47;TCR=59;TR=47;WE=47280867;WS=47280849;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:98,81:0.45:179
chr1	47280884	rs4646491	C	T	1305.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.282;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.599;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=25;PP=609;ReadPosRankSum=-0.760;SC=GCACCAGCATCGTTGTAGAGA;SOR=0.599;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=96;TCF=37;TCR=59;TR=41;WE=47280892;WS=47280874;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:93,67:0.42:160
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chr1	47395973	rs1126743	G	A	3277.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.618;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=295;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.423;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQ=59.98;MQRankSum=0.082;NF=45;NR=77;PP=1898;ReadPosRankSum=-0.186;SC=ATTGTTTCCCGATGCAGTTCC;SOR=0.997;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=210;TCF=82;TCR=128;TR=122;WE=47395981;WS=47395963;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:139,155:0.53:294
chr1	47398743	rs3890011	G	C	4087.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.172;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=390;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.367;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=71;PP=2058;ReadPosRankSum=-1.558;SC=TGGAAACAGAGAGAAGACCAA;SOR=0.731;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=258;TCF=122;TCR=136;TR=132;WE=47398751;WS=47398733;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:190,198:0.51:388
chr1	47399967	rs28451040	G	A	1796.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.033;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FS=0.588;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.65;MQRankSum=0.546;QD=11.30;ReadPosRankSum=-0.310;SOR=0.748;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:77,82:0.52:159
chr1	47400059	rs71500102	A	G	6454.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=46.90;QD=29.47;SOR=1.732;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,219:1.00:219
chr1	47401424	rs2269231	A	T	582.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.011;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.156;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-4.838;NF=11;NR=24;PP=547;ReadPosRankSum=0.426;SC=TTCCTGTAGCATGCAGATATC;SOR=0.421;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=57;TCF=16;TCR=41;TR=35;WE=47401432;WS=47401414;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,27:0.50:54
chr1	47402487	rs67512144	TTGTG	T	4768.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.019;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=365;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.229;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=1.657;NF=8;NR=79;PP=2997;ReadPosRankSum=1.978;SC=GAATGTGTGTTTGTGTGTGTG;SOR=0.966;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=165;TCF=21;TCR=144;TR=87;WE=47402502;WS=47402477;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:124,135:0.52:259
chr1	47495605	rs17102977	A	G	605.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=2.973;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.470;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=2;PP=412;ReadPosRankSum=-0.194;SC=GCTTGTGTCTATAAGAGGGGA;SOR=1.162;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=38;TCF=33;TCR=5;TR=20;WE=47495613;WS=47495595;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,24:0.53:45
chr1	47497037	rs11211420	G	A	3308.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.179;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=315;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=75;NR=39;PP=1673;ReadPosRankSum=-0.858;SC=GCAGAAAACCGTCACCAACTT;SOR=0.713;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=234;TCF=152;TCR=82;TR=114;WE=47497045;WS=47497027;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:150,157:0.51:307
chr1	47504217	rs2221324	A	G	822.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=3.010;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=0;PP=473;ReadPosRankSum=-0.583;SC=AATTAGATCTATTTAAACGTC;SOR=0.681;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=37;TCF=35;TCR=2;TR=22;WE=47504225;WS=47504207;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,31:0.63:49
chr1	47504936	rs2292060	C	A	970.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.828;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.959;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=7;PP=583;ReadPosRankSum=-0.492;SC=TTTTTCCCCTCAAATCATTAT;SOR=0.552;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=70;TCF=56;TCR=14;TR=35;WE=47504944;WS=47504926;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,44:0.52:85
chr1	47515563	rs11448645	G	GA	291.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.785;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.481;HP=5;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=2;PP=414;ReadPosRankSum=-1.912;SC=GCATTTGGTGGAAAAATATCA;SOR=1.230;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=29;TCF=22;TCR=7;TR=12;WE=47515571;WS=47515553;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,16:0.40:40
chr1	47515596	rs1393659	A	C	813.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=2.492;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.842;HP=4;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.118;NF=21;NR=4;PP=480;ReadPosRankSum=-0.478;SC=CTTCAGACTTATTGTACTAGT;SOR=1.280;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=61;TCF=47;TCR=14;TR=25;WE=47515604;WS=47515586;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,36:0.46:79
chr1	47547972	rs1502924	C	G	1733.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.590;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.526;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=1.968;NF=42;NR=30;PP=1079;ReadPosRankSum=3.319;SC=TACCTGGCCTCTGATAGAAAC;SOR=0.631;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=141;TCF=85;TCR=56;TR=72;WE=47547980;WS=47547962;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:114,87:0.43:201
chr1	47550246	rs201981953	G	GA	293.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.018;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.73;MQRankSum=-2.962;QD=2.67;ReadPosRankSum=3.296;SOR=0.790;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:88,22:0.20:110
chr1	47571902	rs4926802	C	T	7299.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.116;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=450;ExcessHet=3.0103;FS=1.753;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.17;MQRankSum=-11.412;QD=16.29;ReadPosRankSum=0.004;SOR=0.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:254,194:0.43:448
chr1	47571905	rs28463559	C	T	7274.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.691;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=452;ExcessHet=3.0103;FS=1.750;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.19;MQRankSum=-11.435;QD=16.20;ReadPosRankSum=0.364;SOR=0.803;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:255,194:0.43:449
chr1	47571943	rs149137568	CTTT	C,CTTTT	4026.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.875;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=351;ExcessHet=3.0103;FS=0.602;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=57.48;MQRankSum=-4.992;QD=14.75;ReadPosRankSum=0.283;SOR=0.629;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:57,148,68:0.54,0.25:273
chr1	47571996	rs4926804	T	C	2063.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.174;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.230;HP=2;HapScore=2;MGOF=33;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-7.277;NF=32;NR=46;PP=1248;ReadPosRankSum=1.275;SC=TGTCTTAACATACTCATGTCT;SOR=0.565;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=158;TCF=61;TCR=97;TR=78;WE=47572004;WS=47571986;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,95:0.56:170
chr1	47572046	rs4926805	C	T	991.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-3.441;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.151;HP=3;HapScore=2;MGOF=28;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-1.600;NF=8;NR=29;PP=674;ReadPosRankSum=-0.522;SC=GAACCTAGGGCCATTCTTATT;SOR=0.446;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=66;TCF=13;TCR=53;TR=37;WE=47572054;WS=47572036;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,42:0.60:70
chr1	47581122	rs7547893	A	T	1116.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.662;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.377;HP=8;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=13;PP=690;ReadPosRankSum=0.352;SC=GTATAATTTTAAAAAAAAAGT;SOR=0.973;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=116;TCF=82;TCR=34;TR=49;WE=47581130;WS=47581111;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,55:0.40:138
chr1	47582195	rs10890464	G	A	129.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-2.137;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=2;PP=84;ReadPosRankSum=2.003;SC=TCCAGACATTGTAAGTTCCTA;SOR=0.399;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=20;TCF=15;TCR=5;TR=8;WE=47582203;WS=47582185;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,8:0.42:19
chr1	47582246	rs1295463	C	T	396.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=3.856;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.433;HP=3;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=3;PP=350;ReadPosRankSum=0.437;SC=CTATGGATTTCGTTTTTGTTT;SOR=2.097;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=50;TCF=38;TCR=12;TR=20;WE=47582267;WS=47582236;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,20:0.29:69
chr1	47582292	rs10890465	T	G	967.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=4.156;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.550;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-1.559;NF=27;NR=10;PP=626;ReadPosRankSum=-0.738;SC=GCTGGAGGGATTAGGACTGGG;SOR=0.907;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=88;TCF=60;TCR=28;TR=37;WE=47582300;WS=47582282;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,46:0.37:126
chr1	47583415	rs6664496	G	T	825.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.605;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=6;PP=347;ReadPosRankSum=1.394;SC=TAGATGCCATGTTTTCTTTCT;SOR=0.588;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=56;TCF=40;TCR=16;TR=23;WE=47583423;WS=47583405;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,38:0.50:76
chr1	47607281	rs12564525	C	T	3583.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.525;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=367;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.235;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-2.747;NF=35;NR=66;PP=1503;ReadPosRankSum=-1.434;SC=CCTGGCTCCACGGATTGGTAT;SOR=0.817;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=235;TCF=93;TCR=142;TR=101;WE=47607289;WS=47607267;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:188,177:0.48:365
chr1	47607641	rs11211465	C	T	2623.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-3.925;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.640;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQ=59.99;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=31;PP=1532;ReadPosRankSum=0.507;SC=CCTTTTCCTGCATTTGCCCAT;SOR=0.345;SbPval=0.16;Source=Platypus;TC=178;TCF=133;TCR=45;TR=96;WE=47607649;WS=47607631;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:99,116:0.54:215
chr1	47607762	rs2056901	T	C	10816.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.233;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=653;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.519;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=81;NR=96;PP=2709;ReadPosRankSum=-2.697;SC=CACATACACATATTCGTGTCT;SOR=0.747;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=385;TCF=177;TCR=208;TR=177;WE=47607770;WS=47607752;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:344,309:0.47:653
chr1	47607785	rs2056900	G	A	9965.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.478;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=601;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.522;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-4.989;NF=70;NR=96;PP=2392;ReadPosRankSum=-1.780;SC=CTTAGGGTACGGCTTGCTCCT;SOR=0.744;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=365;TCF=154;TCR=211;TR=166;WE=47607793;WS=47607775;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:328,272:0.45:600
chr1	47607851	rs2056899	A	T	2764.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.630;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=316;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.427;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-8.128;NF=35;NR=72;PP=1586;ReadPosRankSum=1.578;SC=AGCCTTCCACAATGACATCCT;SOR=0.741;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=225;TCF=71;TCR=154;TR=107;WE=47607859;WS=47607841;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:178,137:0.43:315
chr1	47608983	rs113777592	G	T	1586.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.411;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FS=7.294;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.16;MQRankSum=-4.975;QD=8.44;ReadPosRankSum=-1.850;SOR=0.614;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:107,81:0.43:188
chr1	47609489	rs10789501	T	C	6522.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.784;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=627;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=111;NR=85;PP=2910;ReadPosRankSum=-0.325;SC=GGTTTTTTGCTGTATGAGGAA;SOR=0.690;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=399;TCF=224;TCR=175;TR=196;WE=47609511;WS=47609479;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:308,314:0.50:622
chr1	47609668	rs911909	T	C	4938.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=1.526;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=430;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.529;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=85;PP=2249;ReadPosRankSum=-0.806;SC=GCAGAGAAGGTCCCTAGTAAT;SOR=0.778;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=248;TCF=93;TCR=155;TR=130;WE=47609676;WS=47609658;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:196,230:0.54:426
chr1	47610065	rs149718343	A	C	5542.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=1.390;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=563;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.765;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-1.413;NF=124;NR=73;PP=2763;ReadPosRankSum=-0.563;SC=CAACTACAGAAGGAGGGGGAG;SOR=0.844;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=390;TCF=236;TCR=154;TR=197;WE=47610073;WS=47610055;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:290,270:0.48:560
chr1	47611598	rs2405599	T	C	3785.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.439;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=332;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.808;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-8.407;NF=57;NR=57;PP=1990;ReadPosRankSum=2.426;SC=TGGCCCAACCTAGAGGTATGT;SOR=0.730;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=213;TCF=106;TCR=107;TR=114;WE=47611606;WS=47611588;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:157,172:0.52:329
chr1	47614185	rs760440	G	C	754.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-4.346;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.116;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-1.242;NF=19;NR=3;PP=342;ReadPosRankSum=-0.442;SC=TGAATGTCCAGCTCAGGGCTG;SOR=0.275;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=41;TCR=6;TR=22;WE=47614193;WS=47614180;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,33:0.56:59
chr1	47614434	rs4926600	C	T	5241.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-3.197;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=584;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.094;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-1.253;NF=77;NR=98;PP=2270;ReadPosRankSum=0.236;SC=TCTCAGGAGGCTCCCTAACCC;SOR=0.775;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=359;TCF=164;TCR=195;TR=175;WE=47614442;WS=47614424;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:294,274:0.48:568
chr1	47685455	rs927462	T	C	7045.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=252;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=59;NR=95;PP=2965;SC=GGGCCGTGTGTTTGGGCGCGG;SOR=1.022;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=155;TCF=60;TCR=95;TR=154;WE=47685463;WS=47685445;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,250:1.00:250
chr1	47691090	rs2273834	T	C	117.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.375;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=3;PP=68;ReadPosRankSum=0.578;SC=GCCCAGCCCCTGGCCCCTGGC;SOR=0.495;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=9;TCF=5;TCR=4;TR=5;WE=47691098;WS=47691080;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,6:0.46:13
chr1	47726087	rs13376679	T	C	3146.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.576;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=346;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.906;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=52;PP=1356;ReadPosRankSum=0.259;SC=TCTTGAATGATGTGTTTTTTT;SOR=0.793;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=224;TCF=115;TCR=109;TR=113;WE=47726095;WS=47726077;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:173,162:0.48:335
chr1	47765490	rs9436838	T	C	633.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=12;NR=5;PP=422;SC=GGCATATAAATTGACTGGACA;SOR=1.828;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=17;TCF=12;TCR=5;TR=17;WE=47765498;WS=47765480;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr1	47767141	rs6689687	C	A	931.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=24;NR=5;PP=630;SC=TATTGTAAATCATTCTCAAAT;SOR=2.517;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=24;TCR=5;TR=29;WE=47767149;WS=47767131;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr1	47767914	rs3125630	G	A	9918.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.748;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=389;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=147;NR=87;PP=2965;ReadPosRankSum=0.759;SC=ACCTTCGTCTGCTGTCAGAGA;SOR=1.033;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=238;TCF=147;TCR=91;TR=234;WE=47767922;WS=47767904;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,378:0.99:380
chr1	47770441	rs3122615	A	C	898.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=25;NR=0;PP=761;SC=CTGAGGGGAGATTCTAAAAGA;SOR=6.666;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=25;TCF=25;TCR=0;TR=25;WE=47770449;WS=47770437;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr1	47770466	rs3122616	T	C	643.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=1.851;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.949;HP=5;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=2;PP=490;ReadPosRankSum=0.740;SC=TAAAGAAAAATGAATAATTGG;SOR=2.884;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=53;TCF=45;TCR=8;TR=26;WE=47770474;WS=47770456;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,27:0.49:55
chr1	47770806	rs12129594	T	C	383.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.574;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.23;ReadPosRankSum=-0.155;SOR=0.465;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,16:0.55:29
chr1	47799639	rs7543016	G	C	1638.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=29;NR=25;PP=810;SC=CTGCCGCAGCGGGCTGCTCCA;SOR=0.756;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=54;TCF=29;TCR=25;TR=54;WE=47799647;WS=47799629;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr1	47841104	rs2306470	C	T	304.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.346;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.85;ReadPosRankSum=-1.415;SOR=0.593;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,15:0.68:22
chr1	47841109	rs2253511	T	C	808.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=3;MGOF=33;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=8;PP=107;SC=TGGCTCATGCTTGTAATCCCA;SOR=0.892;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=14;TCF=6;TCR=8;TR=14;WE=47841117;WS=47841094;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr1	47842431	rs3125648	G	A	2742.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=37;NR=26;PP=1231;SC=TAAACCTGAAGGCATCCTTGA;SOR=0.900;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=63;TCF=37;TCR=26;TR=63;WE=47842439;WS=47842421;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr1	47882497	rs34082359	C	T	1922.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.104;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=32;PP=1089;ReadPosRankSum=0.979;SC=TCAAGCGCGCCGAGCTGCCCG;SOR=0.671;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=128;TCF=63;TCR=65;TR=64;WE=47882505;WS=47882487;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,86:0.50:173
chr1	47883019	rs6666370	T	C	165.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.230;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.21;ReadPosRankSum=0.563;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,10:0.56:18
chr1	47883024	rs2820969	A	G	619.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=5;PP=115;SC=CCCCATCTCTACCCCCCACCC;SOR=0.693;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=5;TCR=5;TR=10;WE=47883032;WS=47883014;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr1	47904668	rs3046924	T	TCCGCAC	7340.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.63;BaseQRankSum=-0.329;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=330;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.373;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.610;NF=20;NR=73;PP=2980;ReadPosRankSum=1.677;SC=CGGCCCCGCATCCGCACCCGC;SOR=0.802;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=125;TCF=24;TCR=101;TR=93;WE=47904676;WS=47904658;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,276:0.99:279
chr1	47904683	.	G	GCACCCC	2777	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.64;FR=0.5000;HP=4;HapScore=1;MGOF=15;MMLQ=24;MQ=61.6;NF=23;NR=76;PP=2777;QD=20;SC=ACCCGCACCCGCACGCCTTCG;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=136;TCF=32;TCR=104;TR=99;WE=47904691;WS=47904673;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:37,99:0.73:136
chr1	47904909	rs2405913	G	C	2674.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=27;NR=32;PP=1520;SC=AGCCTTCTACGCGGCGTCCCT;SOR=0.829;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=59;TCF=27;TCR=32;TR=59;WE=47904917;WS=47904899;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr1	48459907	rs3814006	C	T	7222.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.074;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=704;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=102;NR=92;PP=2883;ReadPosRankSum=-0.366;SC=CCCAGTTGCCCGCGATGGCAT;SOR=0.675;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=403;TCF=210;TCR=193;TR=194;WE=48459915;WS=48459897;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:346,349:0.50:695
chr1	48695081	rs212989	G	A	2184.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.140;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=244;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.287;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=33;PP=869;ReadPosRankSum=-0.480;SC=GAGGATCCAGGTGTACATGTC;SOR=0.448;SbPval=0.26;Source=Platypus;TC=154;TCF=60;TCR=94;TR=61;WE=48695089;WS=48695071;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:131,109:0.45:240
chr1	48697733	rs212991	T	G	11504.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=434;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=105;NR=129;PP=2965;SC=CTTTCCACATTCTTCGGGACC;SOR=0.836;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=234;TCF=105;TCR=129;TR=234;WE=48697741;WS=48697723;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,431:1.00:431
chr1	48701567	rs6694372	C	T	3849.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.046;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=306;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=95;PP=2384;ReadPosRankSum=-0.508;SC=CCGGCCCCTCCTTCCCTCCTT;SOR=0.697;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=244;TCF=77;TCR=167;TR=140;WE=48701575;WS=48701557;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:133,170:0.56:303
chr1	48707838	rs705430	A	G	3825.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=22;NR=96;PP=2831;SC=GTCCAGCCTCATTTGCCTCAG;SOR=2.780;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=118;TCF=22;TCR=96;TR=118;WE=48707846;WS=48707828;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chr1	48708228	rs850763	G	T	1429.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.835;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.664;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=26;PP=636;ReadPosRankSum=0.983;SC=GCCAGCCGGGGAGTGCCCTGC;SOR=0.600;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=86;TCF=30;TCR=56;TR=41;WE=48708236;WS=48708218;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,68:0.52:130
chr1	48713206	rs7535096	T	C	2308.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.713;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=256;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.515;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=45;PP=1134;ReadPosRankSum=-0.024;SC=TCTGGGGCTATTTTGCGTGAT;SOR=0.928;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=164;TCF=69;TCR=95;TR=74;WE=48713214;WS=48713196;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:137,114:0.45:251
chr1	48764419	rs1056042	C	T	3160.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.543;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=327;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.404;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=47;PP=1546;ReadPosRankSum=-1.118;SC=AGCAGAACTACAGGCCTTTTT;SOR=0.732;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=214;TCF=123;TCR=91;TR=113;WE=48764427;WS=48764409;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:167,157:0.48:324
chr1	48869288	rs3738309	T	A	190.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=0.277;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5026;FS=2.920;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=3;PP=121;ReadPosRankSum=1.255;SC=CACACCAAGCTCTTCATTCTC;SOR=1.492;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=13;TCF=8;TCR=5;TR=10;WE=48869296;WS=48869278;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,10:0.77:13
chr1	48902552	rs78784453	G	A	876.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=2.812;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.514;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-5.497;NF=18;NR=21;PP=612;ReadPosRankSum=-0.299;SC=AAAAATTCCCGGTCAGGTGTA;SOR=0.862;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=87;TCF=42;TCR=45;TR=39;WE=48902560;WS=48902542;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,44:0.36:121
chr1	48902977	rs2261674	G	C	3536.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=30;NR=85;PP=2593;SC=GTACAAATACGAGAATTATAC;SOR=2.061;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=115;TCF=30;TCR=85;TR=115;WE=48902985;WS=48902967;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr1	48937691	rs2275309	A	T	1287.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.309;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FS=0.713;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.81;ReadPosRankSum=-0.635;SOR=0.621;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:46,63:0.58:109
chr1	49052933	rs2803277	T	C	1093.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=33;PP=750;SC=TCAGCTTCACTGTCTGAAGAG;SOR=3.312;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=37;TCF=4;TCR=33;TR=37;WE=49052941;WS=49052923;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr1	49056695	rs7543402	T	C	4014.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=47;NR=74;PP=1980;SC=AAGTCTGGGCTGTAGAGCTTG;SOR=1.324;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=131;TCF=47;TCR=84;TR=121;WE=49056703;WS=49056685;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,155:1.00:155
chr1	49056762	rs151241264	A	AC,ACC	469.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.33;MQRankSum=0.535;QD=31.32;ReadPosRankSum=1.043;SOR=4.047;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:1,7,7:0.47,0.47:15
chr1	49056772	rs71501782	A	C	229.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.923;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.51;MQRankSum=0.579;QD=14.36;ReadPosRankSum=-1.041;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,9:0.56:16
chr1	49193394	rs1385152	G	T	634.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=1.745;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.083;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=5;PP=363;ReadPosRankSum=1.564;SC=GCCATCTGTCGTCTTTGGAGT;SOR=0.484;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=63;TCF=50;TCR=13;TR=24;WE=49193402;WS=49193384;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,29:0.43:68
chr1	49224584	rs1128934	G	T	5981.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.768;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=92;NR=65;PP=2916;ReadPosRankSum=-0.894;SC=CTGCCAAGCCGCAGGAGCAGC;SOR=0.910;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=161;TCF=94;TCR=67;TR=157;WE=49224592;WS=49224574;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,222:0.99:224
chr1	49332724	rs6703833	A	C	4685.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.115;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=75;NR=47;PP=2039;ReadPosRankSum=-0.722;SC=GGGGAGGAGAAGAATCATTCA;SOR=0.396;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=123;TCF=76;TCR=47;TR=122;WE=49332732;WS=49332714;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,180:0.99:181
chr1	49332969	rs61785986	A	G	1286.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=32;PP=881;SC=TTAGCAGGTCAGGGCGGACAA;SOR=2.252;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=43;TCF=11;TCR=32;TR=43;WE=49332977;WS=49332959;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr1	49711281	rs7528510	C	T	720.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=17;NR=2;PP=525;SC=TAAGTCTGATCCCCAGCTGTA;SOR=2.833;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=19;TCF=17;TCR=2;TR=19;WE=49711289;WS=49711271;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr1	50331725	rs10788920	T	C	4019.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=38;NR=73;PP=2468;SC=GGAGACAAGATTAGAGAAAGA;SOR=1.313;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=111;TCF=38;TCR=73;TR=111;WE=50331733;WS=50331715;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,141:1.00:141
chr1	50575675	rs148666401	CTG	C	181.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.600;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=256;ExcessHet=3.0103;FS=0.955;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.08;ReadPosRankSum=-0.052;SOR=0.801;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:143,25:0.15:168
chr1	50661411	rs2480683	C	T	13687.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=512;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=167;NR=165;PP=2965;SC=ACCAGTCCCCCAACCGGCGCT;SOR=0.709;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=334;TCF=167;TCR=167;TR=332;WE=50661419;WS=50661401;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,512:1.00:512
chr1	50666515	rs2494876	C	T	5521.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.696;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.581;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=98;NR=38;PP=2796;ReadPosRankSum=-1.921;SC=TTCTGCTTGTCCCCCCAGGTT;SOR=1.337;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=138;TCF=99;TCR=39;TR=136;WE=50666523;WS=50666505;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,200:1.00:201
chr1	50884536	rs200890998	C	T	1236.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.403;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FS=1.346;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.96;ReadPosRankSum=0.189;SOR=0.761;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:68,70:0.51:138
chr1	50884773	rs4027495	CCGGCGG	C	627.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.612;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=2.944;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.39;MQRankSum=1.471;QD=16.52;ReadPosRankSum=3.132;SOR=0.264;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,19:0.50:38
chr1	50884778	rs2746610	G	A	379.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.138;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=2.944;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.39;MQRankSum=-1.396;QD=9.99;ReadPosRankSum=-3.389;SOR=1.460;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,19:0.50:38
chr1	50884784	rs368034286	G	A	633.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.124;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=1.218;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.44;MQRankSum=1.336;QD=15.09;ReadPosRankSum=3.313;SOR=0.430;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,19:0.45:42
chr1	50956212	rs149582773	C	CAAATACAGTGG	17383.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=348;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=60;NR=80;PP=2900;SC=GCTTCAGTATCAAATACAACC;SOR=1.442;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=188;TCF=85;TCR=103;TR=140;WE=50956220;WS=50956202;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,342:1.00:342
chr1	50957509	rs1149790	A	T	4918.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=46;NR=100;PP=2964;SC=TTTGACATATAACTTTTTTTT;SOR=1.508;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=147;TCF=46;TCR=101;TR=146;WE=50957539;WS=50957499;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,182:1.00:182
chr1	51121198	rs11205753	T	C	2273.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.860;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.510;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=43;PP=1210;ReadPosRankSum=0.162;SC=CATTTCTCTTTACCTATGAAA;SOR=0.739;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=131;TCF=52;TCR=79;TR=71;WE=51121206;WS=51121188;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:101,106:0.51:207
chr1	51425564	.	ACCG	A	1215.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.792;ClippingRankSum=0.000;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.350;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.431;NF=0;NR=19;PP=748;ReadPosRankSum=1.078;SC=CGTCGCCGCCACCGCCGCCGC;SOR=1.096;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=42;TCF=0;TCR=42;TR=19;WE=51425574;WS=51425554;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,33:0.61:54
chr1	51753812	rs635590	G	A	663.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.641;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=6;PP=308;ReadPosRankSum=-0.369;SC=CTTCCAGCCCGGAACTGCTGC;SOR=0.788;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=55;TCF=38;TCR=17;TR=21;WE=51753820;WS=51753802;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,33:0.44:75
chr1	51767912	.	G	GC	634.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.020;ClippingRankSum=0.000;DP=234;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.14;MQRankSum=2.599;QD=4.96;ReadPosRankSum=-0.123;SOR=0.192;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:88,40:0.31:128
chr1	51778734	rs34964498	A	G	483.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-2.074;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=17;PP=364;ReadPosRankSum=0.787;SC=CCAGAGGTCCAGGCACGGGGA;SOR=0.824;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=39;TCF=3;TCR=36;TR=18;WE=51778742;WS=51778724;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,21:0.47:45
chr1	51808567	rs12072333	C	T	177.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.803;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.908;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=1;PP=142;ReadPosRankSum=-1.036;SC=TTAGCGTCTACCTCCCATTCC;SOR=1.402;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=27;TCF=24;TCR=3;TR=10;WE=51808575;WS=51808557;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,10:0.29:35
chr1	51808623	rs35273278	C	G	628.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.094;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=9;PP=348;ReadPosRankSum=-0.677;SC=CCTGGACCACCACGCCAGCCT;SOR=0.668;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=64;TCF=45;TCR=19;TR=28;WE=51808631;WS=51808613;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,35:0.40:88
chr1	51810587	rs79266992	C	T	3430.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.61;BaseQRankSum=0.386;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=399;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.109;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=51;PP=1443;ReadPosRankSum=0.672;SC=GCTGTTTCCCCGACGTCGGCT;SOR=0.619;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=193;TCF=100;TCR=93;TR=101;WE=51810595;WS=51810577;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:220,177:0.45:397
chr1	51826921	rs17567	T	C	5058.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.561;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=491;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=88;PP=2252;ReadPosRankSum=-1.501;SC=GATCACAAAATATTTCAGGAT;SOR=0.717;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=305;TCF=123;TCR=182;TR=146;WE=51826929;WS=51826911;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:237,247:0.51:484
chr1	51869248	rs12756284	C	T	1226.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-3.286;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.761;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=30;PP=609;ReadPosRankSum=0.536;SC=TACTTTTTGACATGGCAGAGA;SOR=0.418;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=75;TCF=19;TCR=56;TR=43;WE=51869256;WS=51869238;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,59:0.55:108
chr1	51871438	rs10529789	G	GACTC	630.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=1.355;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=1;PP=550;ReadPosRankSum=1.185;SC=TTTGGATTAGGACTCTCTGCT;SOR=0.813;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=39;TCF=33;TCR=6;TR=12;WE=51871446;WS=51871428;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,15:0.34:44
chr1	51873951	rs1065754	G	A	7223.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=274;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=64;NR=115;PP=2965;SC=ATTCTTCTTCGTAAGTGGAGA;SOR=1.141;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=179;TCF=64;TCR=115;TR=179;WE=51873959;WS=51873941;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,271:1.00:271
chr1	51905949	rs149345524	C	CTG	359.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.156;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.24;MQRankSum=0.950;QD=8.77;ReadPosRankSum=-0.191;SOR=0.653;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,20:0.49:41
chr1	51924226	rs6672300	C	T	234.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.64;BaseQRankSum=-0.118;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=5;PP=66;ReadPosRankSum=0.509;SC=CTGGCAAACACGGCGAAACGC;SOR=0.741;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=17;TCF=5;TCR=12;TR=8;WE=51924234;WS=51924216;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,15:0.38:39
chr1	51929504	rs5774101	TA	T	880.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.710;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.145;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=13;PP=457;ReadPosRankSum=-0.983;SC=AGTTAAATAATAAGAGAAAAG;SOR=0.424;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=33;TCF=3;TCR=30;TR=14;WE=51929512;WS=51929494;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,30:0.47:64
chr1	51956019	rs59040444	C	T	476.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.724;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=9;PP=157;ReadPosRankSum=-0.593;SC=GGGCAAATCACGAGGTCAGGA;SOR=0.784;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=31;TCF=12;TCR=19;TR=14;WE=51956027;WS=51956009;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,25:0.49:51
chr1	52242432	rs57902123	CT	C	41.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.578;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.95;ReadPosRankSum=2.160;SOR=0.760;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,11:0.25:44
chr1	52293638	rs706495	G	A	2342.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=10;NR=65;PP=1864;SC=TGGAGATTTAGTTCACAATCC;SOR=3.669;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=76;TCF=10;TCR=66;TR=75;WE=52293646;WS=52293628;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr1	52303005	rs12944	G	A	1691.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=44;NR=5;PP=1257;SC=GTCAGAAAATGAGTGTGTTTT;SOR=3.912;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=49;TCF=44;TCR=5;TR=49;WE=52303013;WS=52302995;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr1	52402856	rs10888741	T	G	968.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=1.854;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=6.410;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=4;PP=687;ReadPosRankSum=1.739;SC=CTGAGGCCAGTAACCATGTCT;SOR=2.526;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=30;TCF=25;TCR=5;TR=29;WE=52402864;WS=52402846;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,34:0.97:35
chr1	52402956	rs10888742	G	A	5495.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=76;NR=54;PP=2618;SC=AATGAATATGGGTCTCATACC;SOR=0.952;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=130;TCF=76;TCR=54;TR=130;WE=52402964;WS=52402946;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,206:1.00:206
chr1	52489322	rs2783178	G	A	9178.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=350;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=76;NR=136;PP=2965;SC=CTGGTACATCGGGCCCTCTGG;SOR=1.149;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=214;TCF=77;TCR=137;TR=212;WE=52489330;WS=52489312;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,341:1.00:341
chr1	52490418	rs4926906	C	T	1599.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=9;NR=36;PP=1030;SC=TGTCCTACCCCTTGTTAAGTC;SOR=2.221;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=45;TCF=9;TCR=36;TR=45;WE=52490426;WS=52490408;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr1	52517412	rs7529324	A	G	10001.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=373;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=134;NR=94;PP=2965;SC=TTCTTAATGAAAACAGTAGAG;SOR=0.940;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=229;TCF=134;TCR=95;TR=228;WE=52517420;WS=52517402;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,369:1.00:369
chr1	52729432	rs3833531	C	G	2340.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.232;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FS=1.915;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.84;ReadPosRankSum=1.038;SOR=1.508;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,116:0.83:139
chr1	52818978	rs41294494	G	A	722.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.756;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.816;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=13;PP=392;ReadPosRankSum=0.612;SC=CCTGAAGATAGATAGATAGAT;SOR=0.595;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=61;TCF=26;TCR=35;TR=22;WE=52818986;WS=52818968;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,35:0.41:86
chr1	52820226	rs2820334	G	A	11691.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=435;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=166;NR=133;PP=2965;SC=CATTCAGTGCGTATTGGCTCT;SOR=0.862;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=300;TCF=167;TCR=133;TR=299;WE=52820234;WS=52820216;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,434:1.00:434
chr1	52851729	rs78572338	G	A	39.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.139;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=3.31;ReadPosRankSum=0.259;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,3:0.25:12
chr1	52912122	rs55749039	T	TA	669.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.549;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FS=6.180;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.09;MQRankSum=1.038;QD=7.05;ReadPosRankSum=0.598;SOR=1.455;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:46,49:0.52:95
chr1	52947350	rs369545413	TA	T	66.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.332;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=3.071;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.09;ReadPosRankSum=1.009;SOR=0.298;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:46,15:0.25:61
chr1	52991638	rs12123698	C	T	5732.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.043;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=519;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.522;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=78;NR=101;PP=2628;ReadPosRankSum=0.652;SC=CGGCTTTCACCGGTGAATTAG;SOR=0.772;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=347;TCF=156;TCR=191;TR=179;WE=52991646;WS=52991628;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:243,273:0.53:516
chr1	53072454	rs1970951	T	C	13739.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=510;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=175;NR=159;PP=2965;SC=CCCACCACTTTAACGTGCTCG;SOR=0.781;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=334;TCF=175;TCR=159;TR=334;WE=53072462;WS=53072444;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,499:1.00:499
chr1	53192187	rs269298	C	T	242.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=7;NR=3;PP=171;SC=CTGCTACGCTCCTAGCTTGAG;SOR=1.609;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=7;TCR=3;TR=10;WE=53192195;WS=53192177;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr1	53262151	rs56078509	C	T	2244.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.374;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.528;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=46;PP=973;ReadPosRankSum=-0.279;SC=GTGCCAGAAACATTAGTAAAT;SOR=0.634;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=132;TCF=43;TCR=89;TR=68;WE=53262159;WS=53262141;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:94,108:0.53:202
chr1	53267474	.	G	GT	123.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.013;ClippingRankSum=0.000;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.69;ReadPosRankSum=-2.198;SOR=0.745;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,14:0.30:46
chr1	53308665	rs532242	C	G	4657.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=44;NR=72;PP=2194;SC=GGGGTGCGGGCGGCGACGCGG;SOR=1.133;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=117;TCF=44;TCR=73;TR=116;WE=53308673;WS=53308655;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,172:1.00:172
chr1	53320274	rs480299	G	T	6478.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-2.212;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=247;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=84;NR=85;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.597;SC=AAGTAGCCGAGCGATTTCTCA;SOR=0.230;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=169;TCF=84;TCR=85;TR=169;WE=53320282;WS=53320264;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,242:1.00:243
chr1	53323492	rs10788945	C	A	2126.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=11;NR=46;PP=1260;SC=ATAGACCAGACTTTTTACTAG;SOR=2.124;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=57;TCF=11;TCR=46;TR=57;WE=53323500;WS=53323482;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr1	53333116	rs557847	A	G	2137.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=67;NR=9;PP=1580;SC=GACTGTTTTCATTATAGGATT;SOR=3.726;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=78;TCF=68;TCR=10;TR=76;WE=53333124;WS=53333106;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr1	53364976	rs576891	A	G	4630.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=34;NR=87;PP=2724;SC=GCTTTGTTTTAAAGGAGGGAG;SOR=1.595;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=121;TCF=34;TCR=87;TR=121;WE=53364984;WS=53364966;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,162:1.00:162
chr1	53387379	rs7552139	G	C	1624.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-2.279;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=50;PP=1127;ReadPosRankSum=2.156;SC=GTGCTTCTCCGGCCCTGCACC;SOR=3.511;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=54;TCF=3;TCR=51;TR=53;WE=53387387;WS=53387369;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,60:0.98:61
chr1	53407406	.	C	CA	38.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.259;ClippingRankSum=0.000;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.21;ReadPosRankSum=0.344;SOR=0.473;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,9:0.28:32
chr1	53416721	rs35364355	G	A	343.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=2.340;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.580;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=14;PP=266;ReadPosRankSum=2.043;SC=GGGAGGCCGAGGGGGGTGGAT;SOR=0.994;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=40;TCF=6;TCR=34;TR=16;WE=53416729;WS=53416711;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,16:0.37:43
chr1	53535478	rs1288386	G	A	1578.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.306;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FS=0.591;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.19;ReadPosRankSum=-0.944;SOR=0.671;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:78,77:0.50:155
chr1	53537266	rs1769316	G	A	9248.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.61;BaseQRankSum=-0.955;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=965;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.523;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=102;NR=149;PP=2962;ReadPosRankSum=-2.181;SC=GGCTGGAGACGCTGAACCTGC;SOR=0.754;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=538;TCF=229;TCR=309;TR=251;WE=53537274;WS=53537256;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:483,470:0.49:953
chr1	53543112	rs946590	C	G	3350.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=9;NR=79;PP=2480;SC=GCCCACATGGCCACAGGTGCT;SOR=3.912;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=88;TCF=9;TCR=79;TR=88;WE=53543120;WS=53543102;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr1	53544439	rs1288388	G	A	28343.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=0.582;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1093;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=278;NR=385;PP=2965;ReadPosRankSum=2.212;SC=TCACCAGCCCGCAGGTGCACC;SOR=0.933;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=666;TCF=281;TCR=385;TR=663;WE=53544447;WS=53544429;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,1081:1.00:1083
chr1	53544597	rs1288389	T	C	4567.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=37;NR=86;PP=2181;SC=GGGGCGCTGGTGGGCATGGCT;SOR=1.415;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=123;TCF=37;TCR=86;TR=123;WE=53544605;WS=53544587;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,175:1.00:175
chr1	53553702	rs1288400	A	G	1975.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=33;NR=15;SC=TCTCCAGCTCACTGATCTGGA;SOR=1.300;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=48;TCF=33;TCR=15;TR=48;WE=53553710;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr1	53553754	rs1288401	T	C	2601.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=41;NR=23;PP=1235;SC=CTCCTCATCCTGCTCCACTTG;SOR=1.122;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=65;TCF=42;TCR=23;TR=64;WE=53553762;WS=53553744;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr1	53555783	rs1288403	A	C	3901.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=36;NR=65;PP=2131;SC=CACAGTCCTGAAGCCCCATGG;SOR=1.244;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=101;TCF=36;TCR=65;TR=101;WE=53555791;WS=53555773;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,142:1.00:142
chr1	53558270	rs1288406	A	G	6794.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.850;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=270;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=93;NR=61;PP=2965;ReadPosRankSum=0.870;SC=GCAGGATGCCACGGATGAAGA;SOR=1.024;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=156;TCF=94;TCR=62;TR=154;WE=53558278;WS=53558260;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,262:0.99:264
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chr1	53675671	rs180830030	T	C	3327.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.256;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=334;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=75;NR=37;PP=1781;ReadPosRankSum=1.721;SC=GTTATTTTTTTCTTTTTATTT;SOR=0.693;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=229;TCF=151;TCR=78;TR=112;WE=53675686;WS=53675661;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:159,159:0.50:318
chr1	53676448	rs1799821	G	A	1685.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.716;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.270;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=28;PP=1060;ReadPosRankSum=0.660;SC=CTCTACTGCCGTCCACTTTGA;SOR=0.552;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=130;TCF=80;TCR=50;TR=68;WE=53676456;WS=53676438;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,80:0.50:160
chr1	53679229	rs1799822	A	G	1348.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=1.188;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=31;PP=729;ReadPosRankSum=-0.058;SC=CTTAGAAGACATGTTTGATGC;SOR=0.661;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=85;TCF=23;TCR=62;TR=43;WE=53679237;WS=53679219;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,59:0.54:110
chr1	53681699	rs1134688	T	G	3504.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.222;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=383;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=68;PP=1582;ReadPosRankSum=-1.485;SC=AGGCTGTCCCTGACTCCACAC;SOR=0.714;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=260;TCF=98;TCR=162;TR=109;WE=53681707;WS=53681689;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:198,176:0.47:374
chr1	53684525	rs436887	C	G	1316.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.387;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FS=5.927;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.28;ReadPosRankSum=-0.433;SOR=1.185;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:87,72:0.45:159
chr1	53686383	rs1679913	C	G	592.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=2.597;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.192;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=20;PP=422;ReadPosRankSum=0.030;SC=TTCTGCGCGCCGCTGCTCGCC;SOR=0.976;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=47;TCF=10;TCR=37;TR=24;WE=53686391;WS=53686373;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,26:0.48:54
chr1	53712727	rs5174	C	T	2531.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=2.555;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=271;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.463;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=63;PP=1517;ReadPosRankSum=2.220;SC=TAATGCCACTCGCTGGGGAGA;SOR=0.660;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=183;TCF=51;TCR=132;TR=88;WE=53712735;WS=53712717;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:146,121:0.45:267
chr1	53716416	rs3737983	G	A	3037.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=2.545;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=361;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.747;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=53;PP=1509;ReadPosRankSum=1.154;SC=GCTCATCTTCGTCTTCTTCTT;SOR=0.721;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=210;TCF=107;TCR=103;TR=106;WE=53716424;WS=53716406;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:196,157:0.44:353
chr1	53723190	rs869987	G	T	685.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-0.863;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.971;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=17;PP=372;ReadPosRankSum=0.561;SC=GTTGCCTAAGGTATTGCCTCT;SOR=0.280;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=78;TCF=26;TCR=52;TR=29;WE=53723198;WS=53723180;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,38:0.38:99
chr1	53732315	rs2297660	G	T	1193.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.221;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=30;PP=763;ReadPosRankSum=-0.222;SC=ATGGGCTCTTGCCAGCTGTCA;SOR=0.702;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=88;TCF=25;TCR=63;TR=42;WE=53732323;WS=53732305;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,55:0.45:121
chr1	53736613	rs7542607	A	G	294.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-4.824;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.455;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=3;PP=184;ReadPosRankSum=-1.073;SC=GTGTGCGCACATGTACACGCC;SOR=0.052;SbPval=0.22;Source=Platypus;TC=28;TCF=25;TCR=3;TR=15;WE=53736621;WS=53736610;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,15:0.54:28
chr1	53738183	rs7546246	A	G	2619.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=5.583;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=260;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.456;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=67;NR=22;PP=1671;ReadPosRankSum=-0.063;SC=GGCCATGCATATAGCTGGTCT;SOR=1.034;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=199;TCF=141;TCR=58;TR=89;WE=53738191;WS=53738173;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:142,113:0.44:255
chr1	53742506	rs56300220	A	G	219.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=1.890;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.580;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=4;PP=159;ReadPosRankSum=0.532;SC=CGGGGCCCGGACGGCCGCAGA;SOR=0.676;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=19;TCF=10;TCR=9;TR=9;WE=53742514;WS=53742496;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,11:0.44:25
chr1	53755151	rs12035577	T	C	2197.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=2.519;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.327;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=25;PP=1370;ReadPosRankSum=0.700;SC=TTCAACTGGTTACCTCTCCTG;SOR=0.867;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=175;TCF=114;TCR=61;TR=77;WE=53755159;WS=53755141;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:129,101:0.44:230
chr1	53974987	rs10749691	G	T	3111.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.62;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=26;NR=41;PP=1242;SC=CAGGGGCCGCGTTCACAAAGG;SOR=0.997;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=67;TCF=26;TCR=41;TR=67;WE=53974995;WS=53974977;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr1	53990321	rs541224	C	T	787.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-1.076;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.759;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=6;PP=472;ReadPosRankSum=0.332;SC=AACGGACGAACGGATGGACGA;SOR=0.323;SbPval=0.25;Source=Platypus;TC=64;TCF=55;TCR=9;TR=30;WE=53990329;WS=53990311;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,34:0.47:72
chr1	54060016	rs35227000	G	C	4315.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.034;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=365;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.257;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=66;PP=2231;ReadPosRankSum=-1.722;SC=CACCCTGCCTGCCAGGCCCAG;SOR=0.636;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=259;TCF=132;TCR=127;TR=131;WE=54060024;WS=54060006;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:164,191:0.54:355
chr1	54060248	rs4307514	T	C	3140.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.762;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=304;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.881;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=61;PP=1750;ReadPosRankSum=0.591;SC=AGATCTCCCGTCAGAGGGGGG;SOR=0.616;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=200;TCF=84;TCR=116;TR=110;WE=54060256;WS=54060238;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:149,149:0.50:298
chr1	54331763	rs1883453	A	G	3072.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=73;NR=27;PP=1889;SC=GTGAGCCAACATGCCCAGCCC;SOR=1.863;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=100;TCF=73;TCR=27;TR=100;WE=54331771;WS=54331753;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr1	54344282	rs2272928	C	A	3163.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-2.093;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=36;PP=1673;ReadPosRankSum=1.190;SC=TCTCCTTTACCCGTAAAAGGA;SOR=0.395;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=90;TCF=54;TCR=36;TR=89;WE=54344290;WS=54344272;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,120:0.99:121
chr1	54370306	rs2294512	G	A	2069.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.216;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.503;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=17;PP=845;ReadPosRankSum=-0.489;SC=CTGTGTGTAGGGTCTCAGTTT;SOR=0.907;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=114;TCF=71;TCR=43;TR=55;WE=54370314;WS=54370296;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:95,99:0.51:194
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chr1	54570262	rs6699560	T	C	1113.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.361;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.586;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=27;PP=600;ReadPosRankSum=1.250;SC=TCACCCAGGCTGGAGTGCAGT;SOR=0.504;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=85;TCF=30;TCR=55;TR=45;WE=54570270;WS=54570252;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,56:0.51:109
chr1	54605318	rs3841798	T	TGG	994.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-2.019;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FS=27.918;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.30;MQRankSum=-1.254;QD=7.54;ReadPosRankSum=-1.264;SOR=2.479;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:95,37:0.28:132
chr1	54605319	rs36013100	G	GC	3233.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.118;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=31.582;HP=7;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.444;NF=32;NR=51;PP=2101;ReadPosRankSum=3.412;SC=GACCATTCATGGGGGGGGCAG;SOR=0.284;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=97;TCF=34;TCR=63;TR=83;WE=54605327;WS=54605307;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,95:0.66:143
chr1	54606804	rs3766465	C	T	4487.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=2.684;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=420;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.346;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=101;NR=44;PP=2434;ReadPosRankSum=-0.864;SC=CCACGGCCTCCGATGTTGAAG;SOR=0.952;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=275;TCF=181;TCR=94;TR=145;WE=54606812;WS=54606794;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:205,203:0.50:408
chr1	54607051	rs671103	A	G	14242.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=1.595;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=550;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=137;NR=198;PP=2965;ReadPosRankSum=0.103;SC=AGTTGTTGGGATACTCAGGAC;SOR=0.974;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=343;TCF=141;TCR=202;TR=335;WE=54607059;WS=54607041;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:8,537:0.99:545
chr1	54607157	rs671539	G	A	1680.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.615;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=37;PP=835;ReadPosRankSum=1.069;SC=GTGGCTCCCAGTTTCCTCCCT;SOR=0.697;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=120;TCF=34;TCR=86;TR=52;WE=54607165;WS=54607147;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,78:0.49:159
chr1	54618435	rs7528345	A	T	16676.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.725;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=629;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=238;NR=159;PP=2965;ReadPosRankSum=1.853;SC=CTGGCTTCCCATGTAGAAACT;SOR=0.984;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=400;TCF=239;TCR=161;TR=397;WE=54618443;WS=54618425;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,622:1.00:624
chr1	54636689	rs7552121	A	G	974.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.700;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=8;PP=468;ReadPosRankSum=-0.504;SC=TAGGGGTACAATGGGCCGGCC;SOR=0.815;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=52;TCF=37;TCR=15;TR=27;WE=54636697;WS=54636679;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,43:0.57:75
chr1	54636977	rs10493175	T	C	1910.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.522;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.504;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=30;PP=907;ReadPosRankSum=-0.175;SC=GGCGGTGGCATACAAAAAGTC;SOR=0.747;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=136;TCF=63;TCR=73;TR=56;WE=54636985;WS=54636967;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:117,95:0.45:212
chr1	54637167	rs625643	T	C	545.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-0.015;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.083;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=16;PP=282;ReadPosRankSum=-0.547;SC=GAAGTGACGTTGGTAAACATG;SOR=1.402;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=33;TCF=10;TCR=23;TR=22;WE=54637175;WS=54637157;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,26:0.63:41
chr1	54681920	rs13571	G	C	5600.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=54;NR=72;PP=2743;SC=GACCTGGACTGTAACGAGGGT;SOR=0.930;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=127;TCF=54;TCR=73;TR=126;WE=54681928;WS=54681910;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,204:1.00:204
chr1	54694092	rs76470368	C	T	4750.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.164;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=506;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=75;PP=2065;ReadPosRankSum=0.516;SC=ACAGATGGGGCGCCGCCAGGG;SOR=0.703;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=284;TCF=129;TCR=155;TR=137;WE=54694100;WS=54694082;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:262,240:0.48:502
chr1	54871566	.	ACCGC	A	283.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.887;ClippingRankSum=0.000;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=3.799;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.13;ReadPosRankSum=1.912;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,9:0.32:28
chr1	54871709	.	T	TCGCCGC	982.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.287;ClippingRankSum=0.000;DP=102;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.67;MQRankSum=1.087;QD=14.45;ReadPosRankSum=1.474;SOR=0.650;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:43,25:0.37:68
chr1	55014095	rs3753009	C	T	1114.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.235;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FS=1.627;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.93;ReadPosRankSum=-1.340;SOR=0.501;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:46,56:0.55:102
chr1	55014099	rs299874	C	T	3708.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=36.36;SOR=1.051;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr1	55014160	rs299872	C	T	1800.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=15;NR=29;PP=891;SC=AAGGAGAAATCGCAGAACCCC;SOR=1.066;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=44;TCF=15;TCR=29;TR=44;WE=55014168;WS=55014150;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr1	55066759	rs1655534	T	C	280.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.437;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.596;HP=2;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=1;PP=40;ReadPosRankSum=0.312;SC=AGTGTGTGTGTGCATACATGT;SOR=0.180;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=14;TCF=12;TCR=2;TR=5;WE=55066767;WS=55066753;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,7:0.44:16
chr1	55066789	rs10533779	CAT	C	1090.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-3.114;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.625;HP=2;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=2;PP=554;ReadPosRankSum=-1.103;SC=TGTGTGCATACATGTGTGTGT;SOR=0.307;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=28;TCF=24;TCR=4;TR=14;WE=55066798;WS=55066779;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,26:0.62:42
chr1	55066813	rs74310754	C	CAT	1598.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.422;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.669;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=3;PP=1035;ReadPosRankSum=-0.763;SC=TGTGTGCATACGTGTGTGTGT;SOR=0.372;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=41;TCF=35;TCR=6;TR=23;WE=55066821;WS=55066803;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,40:0.62:64
chr1	55069986	rs746503	T	C	2866.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=49;NR=33;PP=1374;SC=AGGAAGGGGGTGGGGTAGTGG;SOR=1.049;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=82;TCF=49;TCR=33;TR=82;WE=55069994;WS=55069976;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr1	55072726	rs1616691	T	C	2162.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=52;NR=12;PP=1488;SC=GGCACTGCAGTGTGGCAGGGC;SOR=2.649;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=64;TCF=52;TCR=12;TR=64;WE=55072734;WS=55072716;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr1	55074840	rs1617287	T	A	4296.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.166;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=392;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.029;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=47;ReadPosRankSum=-0.176;SC=CCCCAAGGACTCACATACAGT;SOR=0.905;Source=Platypus;TCF=108;WE=55074848;WS=55074830;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:194,193:0.50:387
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chr1	55085684	rs200147461	GA	G	5214.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.635;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=299;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.537;HP=2;HapScore=3;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=45;PP=2967;ReadPosRankSum=0.186;SC=TCACAGCCTGGAAGGAATCCC;SOR=0.546;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=125;TCF=24;TCR=101;TR=57;WE=55085695;WS=55085674;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:157,136:0.46:293
chr1	55085687	rs61770426	G	C	5223.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.559;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=295;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.525;HP=2;HapScore=3;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=45;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.100;SC=CAGCCTGGAAGGAATCCCAAG;SOR=0.555;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=184;TCF=85;TCR=99;TR=86;WE=55085695;WS=55085674;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:156,138:0.47:294
chr1	55085703	rs11583256	G	T	2868.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.896;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=285;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.901;HP=3;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=49;PP=1333;ReadPosRankSum=1.156;SC=CCAAGGGGCTGTTAGCGTCTG;SOR=0.753;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=176;TCF=77;TCR=99;TR=89;WE=55085711;WS=55085693;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:143,141:0.50:284
chr1	55100328	rs6588520	T	C	460.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=0.585;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-1.159;NF=13;NR=4;PP=289;ReadPosRankSum=1.558;SC=AAAATAATAATTTGGGGTAGA;SOR=0.582;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=31;TCF=24;TCR=7;TR=17;WE=55100336;WS=55100318;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,20:0.59:34
chr1	55118566	rs1655520	C	G	6178.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=236;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=91;NR=61;PP=2894;SC=TGGAGAGAAGCGGGCACTGGC;SOR=1.038;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=153;TCF=92;TCR=61;TR=152;WE=55118574;WS=55118556;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,233:1.00:233
chr1	55119289	rs9332417	G	C	7275.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.560;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=716;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.213;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=125;NR=109;PP=2962;ReadPosRankSum=1.795;SC=AGCTGAACCTGAATGTAGCTC;SOR=0.692;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=476;TCF=235;TCR=241;TR=234;WE=55119297;WS=55119279;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:365,341:0.48:706
chr1	55119534	rs17399810	C	T	8262.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.476;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1023;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.528;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=136;NR=141;PP=2962;ReadPosRankSum=-2.309;SC=AGCCTGCACTCCAGCACCCAT;SOR=0.669;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=633;TCF=318;TCR=315;TR=277;WE=55119554;WS=55119524;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:595,423:0.42:1018
chr1	55119546	rs1655518	A	G	27833.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=1035;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=308;NR=318;PP=2965;SC=AGCACCCATGAGCCCAACTCC;SOR=0.711;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=629;TCF=309;TCR=320;TR=626;WE=55119554;WS=55119524;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,1027:1.00:1027
chr1	55130931	rs2078273	C	T	1407.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.059;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.689;HP=3;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=35;PP=902;ReadPosRankSum=1.485;SC=TCCTGCCCAACCCCTAGCTGA;SOR=0.789;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=94;TCF=30;TCR=64;TR=52;WE=55130939;WS=55130921;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,63:0.50:125
chr1	55130946	rs6703113	G	C	1342.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.557;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=31;PP=861;ReadPosRankSum=0.285;SC=AGCTGACTGTGCTGGGATACT;SOR=0.703;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=76;TCF=22;TCR=54;TR=44;WE=55130954;WS=55130936;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,56:0.54:103
chr1	55130972	rs471724	C	T	941.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-2.277;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.640;HP=4;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=21;PP=581;ReadPosRankSum=-1.826;SC=CCTGCCAACCCCCTACCCCCC;SOR=0.265;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=47;TCF=11;TCR=36;TR=30;WE=55130980;WS=55130962;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,39:0.61:64
chr1	55134379	rs627095	C	T	1044.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-2.997;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=11;PP=700;ReadPosRankSum=2.449;SC=CCACCCCAAGCTCCCCTTGTG;SOR=0.720;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=89;TCF=69;TCR=20;TR=46;WE=55134387;WS=55134369;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,48:0.51:95
chr1	55136067	rs2251719	T	G	798.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=3.673;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.155;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=4;PP=582;ReadPosRankSum=-1.120;SC=CACTTGAGGGTATGCTGGCTG;SOR=1.329;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=60;TCF=51;TCR=9;TR=30;WE=55136075;WS=55136059;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,33:0.47:70
chr1	55139618	rs571199	G	A	1081.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.096;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.527;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=28;PP=742;ReadPosRankSum=-0.526;SC=ACTATCCACCGGTGTTCACCA;SOR=1.044;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=96;TCF=39;TCR=57;TR=44;WE=55139626;WS=55139608;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,49:0.44:112
chr1	55139741	rs570218	A	G	1200.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.181;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.323;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=24;PP=639;ReadPosRankSum=-1.519;SC=CTCATCCTTCACATTGGGGAT;SOR=0.581;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=105;TCF=49;TCR=56;TR=47;WE=55139749;WS=55139731;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,63:0.45:141
chr1	55165942	rs2304310	G	A	3374.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.560;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=328;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.744;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=48;PP=1812;ReadPosRankSum=-0.033;SC=GGAGGCCAGGGGGCTGCCCTG;SOR=0.708;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=208;TCF=104;TCR=104;TR=105;WE=55165950;WS=55165932;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:164,160:0.49:324
chr1	55166842	rs1065173	C	T	632.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=1.849;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.344;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=6;PP=292;ReadPosRankSum=1.257;SC=CCCTCCTGCCCTCCATGGTGA;SOR=1.213;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=71;TCF=45;TCR=26;TR=24;WE=55166850;WS=55166832;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,32:0.36:89
chr1	55167773	rs646356	T	A	4246.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=2.540;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=49;PP=1717;ReadPosRankSum=-0.591;SC=GCACGAGAGGTCGTGCGCTCC;SOR=0.228;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=98;TCF=48;TCR=50;TR=97;WE=55167781;WS=55167763;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,163:0.99:164
chr1	55182300	rs1147990	T	A	1005.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.089;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.700;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=19;PP=398;ReadPosRankSum=-0.927;SC=CCTATTTATGTCGAGAGCGCC;SOR=0.832;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=72;TCF=31;TCR=41;TR=31;WE=55182308;WS=55182290;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,53:0.46:115
chr1	55197149	rs3815226	T	C	4989.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.125;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=514;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.103;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=80;NR=57;PP=2415;ReadPosRankSum=-1.993;SC=TGTTTCTGTCTTTAACCCAGG;SOR=0.808;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=303;TCF=164;TCR=139;TR=137;WE=55197157;WS=55197139;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:261,244:0.48:505
chr1	55199420	.	ATTTTTTTT	A	702.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.487;ClippingRankSum=0.000;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=5.161;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=27.03;ReadPosRankSum=1.139;SOR=1.687;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,21:0.81:26
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chr1	55248074	rs12144325	A	G	5123.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.768;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=524;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.522;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=91;NR=67;PP=2116;ReadPosRankSum=-2.359;SC=GGCACAGGCCAGGTGGTTCCT;SOR=0.754;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=314;TCF=175;TCR=139;TR=158;WE=55248082;WS=55248064;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:257,261:0.50:518
chr1	55250479	rs78948067	C	T	2004.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.395;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.704;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=30;PP=994;ReadPosRankSum=0.135;SC=CTGGGAGCTCCGAGTCGGCTT;SOR=0.855;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=139;TCF=71;TCR=68;TR=70;WE=55250487;WS=55250469;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:112,100:0.47:212
chr1	55251689	rs586462	T	C	3762.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=63;NR=40;PP=2066;SC=GCCAGTTGAGTTCTGGATCTC;SOR=1.066;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=103;TCF=63;TCR=40;TR=103;WE=55251697;WS=55251679;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,136:1.00:136
chr1	55252514	rs11581256	C	T	520.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.026;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=3;PP=236;ReadPosRankSum=-1.409;SC=AGTGTACTTCCTGGGTGGGCC;SOR=0.804;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=20;TCF=14;TCR=6;TR=12;WE=55252522;WS=55252504;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,22:0.73:30
chr1	55253346	rs2269999	G	A	1990.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=32;NR=18;PP=980;SC=TTGGCAGGGGGCAGAGGCTGC;SOR=1.134;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=50;TCF=32;TCR=18;TR=50;WE=55253354;WS=55253336;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr1	55253575	rs665118	T	C	3366.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=48;NR=41;PP=1725;SC=TGCCCAGGCCTGTGGTGGTGG;SOR=0.758;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=90;TCF=48;TCR=42;TR=89;WE=55253583;WS=55253565;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr1	55266813	rs35727264	G	A	3867.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=2.222;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=397;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.757;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=69;PP=1892;ReadPosRankSum=0.699;SC=CTAGATCGTCGGCCACAGCCT;SOR=0.869;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=237;TCF=103;TCR=134;TR=117;WE=55266821;WS=55266803;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:211,185:0.47:396
chr1	55266845	rs1147984	C	T	2759.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.130;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=290;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.214;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=60;PP=1496;ReadPosRankSum=1.338;SC=ATGACTGCTCCCTCTGCTCCC;SOR=0.877;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=187;TCF=72;TCR=115;TR=95;WE=55266853;WS=55266835;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:155,134:0.46:289
chr1	55271774	rs757581	A	G	821.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=1.692;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=13;PP=454;ReadPosRankSum=0.496;SC=GGAGGCGGGCAGCGCGCAGGC;SOR=0.601;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=62;TCF=40;TCR=22;TR=32;WE=55271782;WS=55271764;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,41:0.50:82
chr1	55272643	rs6666034	C	G	5524.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.278;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=658;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=122;NR=78;PP=2920;ReadPosRankSum=0.270;SC=GCACAGGGCTCTCACTGGGCC;SOR=0.734;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=436;TCF=265;TCR=171;TR=200;WE=55272651;WS=55272633;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:373,274:0.42:647
chr1	55273580	rs9782980	G	T	2759.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.427;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=34;PP=1346;ReadPosRankSum=-1.456;SC=GCTGGGCCCCGGCTCCTACAA;SOR=0.669;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=128;TCF=76;TCR=52;TR=82;WE=55273588;WS=55273570;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,126:0.60:209
chr1	55277430	rs10788986	T	A	242.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.817;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=3.123;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.99;ReadPosRankSum=-1.609;SOR=0.121;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,15:0.56:27
chr1	55277599	rs600499	T	C	10410.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=395;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=144;NR=75;PP=2965;SC=CCCCCGGCCTTATCAGGTACC;SOR=1.149;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=220;TCF=145;TCR=75;TR=219;WE=55277607;WS=55277589;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,388:1.00:388
chr1	55279345	rs149536795	CCCGGCCT	C	908.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=5;PP=759;SC=TTGAGGCTGGCCCGGCCTCCG;SOR=1.828;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=16;TCF=10;TCR=6;TR=12;WE=55279359;WS=55279335;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr1	55282556	rs733168	A	G	929.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=4.637;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.766;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=4;PP=722;ReadPosRankSum=1.100;SC=ACACAATTCAACTCATAACAG;SOR=1.261;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=59;TCF=50;TCR=9;TR=33;WE=55282564;WS=55282546;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,35:0.52:67
chr1	55307501	rs41297871	A	G	3446.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.019;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=350;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.389;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=60;PP=1805;ReadPosRankSum=0.624;SC=TTACTAAGGGAAAGTGCCCTC;SOR=0.735;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=215;TCF=101;TCR=114;TR=113;WE=55307509;WS=55307491;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:180,167:0.48:347
chr1	55307640	rs59138759	C	T	868.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-2.153;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=25;PP=556;ReadPosRankSum=0.079;SC=AGTGGGGTGTCTTAGAGAAAG;SOR=0.732;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=73;TCF=18;TCR=55;TR=33;WE=55307648;WS=55307630;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,38:0.46:82
chr1	55318108	rs667222	C	T	2541.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.689;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=243;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.279;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=59;PP=1245;ReadPosRankSum=-1.168;SC=ACACGGAACGCGAGGCGTGAG;SOR=0.534;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=183;TCF=59;TCR=124;TR=90;WE=55318116;WS=55318098;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:120,123:0.51:243
chr1	55319008	rs631749	T	C	1549.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-1.709;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=16;PP=1084;ReadPosRankSum=1.419;SC=GTTGATAGGCTTGGGGCTCCT;SOR=0.764;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=115;TCF=87;TCR=28;TR=62;WE=55319016;WS=55318998;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,69:0.50:138
chr1	55319902	rs718265	A	G	1797.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=2.877;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.683;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=32;PP=851;ReadPosRankSum=-1.038;SC=CAAAGGGGATAATGTCCTGGA;SOR=0.841;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=121;TCF=49;TCR=72;TR=51;WE=55319910;WS=55319892;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:129,90:0.41:219
chr1	55330966	rs611057	T	C	2580.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=52;NR=16;PP=1532;SC=TACAGAAACCTAAGCCTCACC;SOR=1.821;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=68;TCF=52;TCR=16;TR=68;WE=55330974;WS=55330956;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr1	55336950	rs608458	C	G	1784.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=43;NR=12;PP=1296;SC=GGTCAGGATACGGGAACCGGC;SOR=2.507;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=56;TCF=44;TCR=12;TR=55;WE=55336958;WS=55336940;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr1	55446664	rs2253467	G	C	6974.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.886;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=46.50;ReadPosRankSum=0.634;SOR=0.987;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,149:0.99:150
chr1	55446671	rs2253466	C	T	7341.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.059;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=41.95;ReadPosRankSum=0.212;SOR=0.917;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,174:0.99:175
chr1	55446697	rs2253465	G	A	7891.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.535;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=299;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=136;NR=71;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.914;SC=ACCTGCGCCCGGCTCCCTGCG;SOR=0.533;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=209;TCF=138;TCR=71;TR=207;WE=55446705;WS=55446687;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,290:1.00:291
chr1	55457710	rs2500326	G	A	7282.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.846;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=268;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=113;PP=2965;ReadPosRankSum=1.807;SC=CCGTTTCTGCGGAGACGACAC;SOR=0.481;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=164;TCF=50;TCR=114;TR=163;WE=55457718;WS=55457700;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,263:1.00:264
chr1	55457815	rs2495513	C	T	1979.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=19;NR=40;PP=1084;SC=ACAAAAATGCCGTGCCTTCTC;SOR=1.402;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=59;TCF=19;TCR=40;TR=59;WE=55457823;WS=55457805;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr1	55464743	rs2500340	T	C	2425.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=59;NR=16;PP=1613;SC=CTTGAAGCCTTGAGTTGCAGC;SOR=2.331;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=76;TCF=59;TCR=17;TR=75;WE=55464751;WS=55464733;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr1	55464790	rs2500341	C	G	5265.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=97;NR=48;PP=2907;SC=AAGCCTGTCTCGGTGTTTAGG;SOR=1.440;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=146;TCF=98;TCR=48;TR=145;WE=55464798;WS=55464780;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,188:1.00:188
chr1	55505732	rs2495482	A	G	5368.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=49;NR=88;PP=2676;SC=GGGTGTAGGGATGGGAGGCCG;SOR=1.213;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=137;TCF=49;TCR=88;TR=137;WE=55505740;WS=55505722;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,201:1.00:201
chr1	55516781	rs599037	G	T	7496.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=290;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=106;NR=72;PP=2965;SC=GGGAATTTGTGACCGAAGCCA;SOR=1.006;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=178;TCF=106;TCR=72;TR=178;WE=55516789;WS=55516771;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,283:1.00:283
chr1	55518190	rs45597632	AC	A	2250.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=10;NR=42;PP=1135;SC=CCTGGGTTGCACCCCCCCCAG;SOR=1.550;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=56;TCF=11;TCR=45;TR=52;WE=55518198;WS=55518180;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr1	55518316	rs2483205	C	T	1502.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.730;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.395;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=-1.238;NF=25;NR=26;PP=642;ReadPosRankSum=0.328;SC=TTGTGTTCGTCGAGCAGGCCA;SOR=0.574;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=74;TCF=39;TCR=35;TR=51;WE=55518324;WS=55518306;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,74:0.61:121
chr1	55518467	rs2495477	A	G	946.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.64;BaseQRankSum=-1.981;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.046;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=9;PP=191;ReadPosRankSum=-1.177;SC=CCTCATAGGTAAGTGATGGCC;SOR=0.432;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=32;TCF=12;TCR=20;TR=17;WE=55518475;WS=55518457;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,47:0.60:78
chr1	55518528	rs494198	C	A	304.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=1.247;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.010;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=8;PP=166;ReadPosRankSum=0.702;SC=GTGGCTTGGGCTGGGCCCAGG;SOR=1.473;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=21;TCF=8;TCR=13;TR=11;WE=55518536;WS=55518518;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,16:0.43:37
chr1	55521899	rs201349983	GGGGCGGA	G	888.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=2;NR=5;PP=604;SC=GCGCGGGTAGGGGGCGGAGGG;SOR=1.179;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=11;TCF=2;TCR=9;TR=7;WE=55521913;WS=55521889;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr1	55523033	rs509504	A	G	8355.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.729;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=313;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=88;NR=84;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.324;SC=CCAATGCCCAAGACCAGCCGG;SOR=0.700;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=174;TCF=89;TCR=85;TR=172;WE=55523041;WS=55523023;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,311:0.99:313
chr1	55524116	rs585131	C	T	303.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.63;BaseQRankSum=0.379;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=4;PP=112;ReadPosRankSum=0.470;SC=CTAAAGATTTCTGTGGAGGTC;SOR=0.602;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=18;TCF=12;TCR=6;TR=10;WE=55524124;WS=55524106;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,16:0.48:33
chr1	55524197	rs540796	A	G	342.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.462;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.597;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=7;PP=128;ReadPosRankSum=1.782;SC=GCAGGACTGTATGGTCAGCAC;SOR=0.928;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=29;TCF=15;TCR=14;TR=13;WE=55524205;WS=55524187;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,19:0.42:45
chr1	55524237	rs562556	G	A	291.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=1.992;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.301;HP=2;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=6;PP=153;ReadPosRankSum=-0.644;SC=GGCCACAGCCGTCGCCCGCTG;SOR=0.999;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=25;TCF=11;TCR=14;TR=10;WE=55524245;WS=55524227;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,15:0.42:36
chr1	55524339	.	CGT	C	128	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;FR=0.5269;HP=2;HapScore=2;MGOF=106;MMLQ=24;MQ=58.53;NF=0;NR=5;PP=128;QD=26.2;SC=ACCCCTCCTTCGTGTGTGTGT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=2;TCR=9;TR=5;WE=55524348;WS=55524329;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:6,5:0.45:11
chr1	55529187	rs505151	G	A	2953.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.65;BaseQRankSum=0.781;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=289;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=46;PP=1199;ReadPosRankSum=0.615;SC=ACCAGCGAAGGGGCCGTGACA;SOR=0.705;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=132;TCF=49;TCR=83;TR=74;WE=55529195;WS=55529177;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:142,143:0.50:285
chr1	55537962	rs376212440	C	A	2849.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.090;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=327;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=3;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=37;PP=2527;ReadPosRankSum=-2.923;SC=GTGATTTAGACCACGCAAAAA;SOR=0.708;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=185;TCF=99;TCR=86;TR=78;WE=55537974;WS=55537952;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:175,147:0.46:322
chr1	55537966	rs17410238	G	A	3855.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.282;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=333;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=3;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=51;PP=2962;ReadPosRankSum=2.744;SC=TTTAGACCACGCAAAAACAAG;SOR=0.689;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=188;TCF=99;TCR=89;TR=109;WE=55537974;WS=55537952;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:143,184:0.56:327
chr1	55538385	rs654674	T	C	1131.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-1.836;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.782;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=11;PP=795;ReadPosRankSum=-0.072;SC=TATTCAGTTCTAGAGATTTTT;SOR=0.924;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=93;TCF=70;TCR=23;TR=49;WE=55538393;WS=55538375;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,53:0.50:105
chr1	55538462	rs17410294	C	T	2874.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.955;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=351;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.787;HP=4;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=45;PP=1477;ReadPosRankSum=-0.672;SC=CAGTTACCTTCTTCTGTAGCC;SOR=0.811;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=209;TCF=115;TCR=94;TR=102;WE=55538470;WS=55538452;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:194,149:0.43:343
chr1	55543079	rs56235208	T	C	2853.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.662;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=318;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=48;PP=1014;ReadPosRankSum=-0.662;SC=TGGCCGACCCTGGACAAGTCA;SOR=0.688;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=197;TCF=86;TCR=111;TR=86;WE=55543087;WS=55543069;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:165,149:0.47:314
chr1	55545466	.	T	TGAGTACTCTCACAGAGTACTCACACA	449.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.694;ClippingRankSum=0.000;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=2.862;NF=0;NR=9;PP=822;ReadPosRankSum=1.821;SC=ACTCACACACTGAGTACTCAC;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=30;TCF=1;TCR=29;TR=9;WE=55545474;WS=55545456;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,13:0.48:27
chr1	55545484	rs74650614	G	A	340.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=2.434;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=54;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=2.124;NF=1;NR=7;PP=73;ReadPosRankSum=0.693;SC=CACACACTGAGTACTCGCAGA;SOR=0.465;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=21;TCF=2;TCR=19;TR=8;WE=55545492;WS=55545474;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,10:0.43:23
chr1	55557859	rs34673217	A	ATT	254.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-2.615;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.527;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=1.230;NF=0;NR=4;PP=109;ReadPosRankSum=-0.759;SC=ATTATTACACAGTTACGAACT;SOR=0.197;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=0;TCR=12;TR=4;WE=55557867;WS=55557849;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,8:0.44:18
chr1	55560796	rs503495	T	C	275.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=0.109;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=0;PP=159;ReadPosRankSum=0.725;SC=GGATTTATTTTCTTTTTGGAA;SOR=0.784;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=19;TCR=1;TR=9;WE=55560804;WS=55560788;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,12:0.52:23
chr1	55562125	rs580485	G	T	317.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.692;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=4;PP=163;ReadPosRankSum=0.665;SC=TATAGAAAACGATAAATAAAA;SOR=0.998;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=25;TCF=17;TCR=8;TR=13;WE=55562133;WS=55562115;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,15:0.50:30
chr1	55566411	rs67540253	TTAGTC	T	1070.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-0.071;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.131;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=5;PP=778;ReadPosRankSum=-1.057;SC=TGGCAAGAGATTAGTCTAAAG;SOR=0.879;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=46;TCF=32;TCR=14;TR=16;WE=55566423;WS=55566401;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,29:0.47:62
chr1	55567143	rs1165282	T	C	439.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-0.528;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=2;PP=204;ReadPosRankSum=-0.887;SC=ACTAAAGAATTGCAAGTTATG;SOR=0.452;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=35;TCF=30;TCR=5;TR=15;WE=55567151;WS=55567133;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,20:0.50:40
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chr1	55614036	rs34030121	CAT	C	313.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=0.972;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=1;PP=361;ReadPosRankSum=0.126;SC=CATCAATAAACATAAAGATAG;SOR=0.941;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=24;TCF=21;TCR=3;TR=9;WE=55614045;WS=55614026;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,10:0.36:28
chr1	55619453	rs141688366	ATAC	A	184.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.415;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.55;ReadPosRankSum=-2.228;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,6:0.38:16
chr1	55638075	rs1165222	G	A	2693.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.805;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=257;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=36;PP=1481;ReadPosRankSum=-0.716;SC=CAGGAGACCAGTGGGAATTGG;SOR=0.721;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=185;TCF=116;TCR=69;TR=97;WE=55638083;WS=55638065;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:121,128:0.51:249
chr1	55643837	rs11350615	TA	T	1540.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.688;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.026;HP=7;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=1.325;NF=0;NR=43;PP=1447;ReadPosRankSum=0.022;SC=AAAAAGCAAATAAAACTAATT;SOR=1.073;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=69;TCF=4;TCR=65;TR=43;WE=55643845;WS=55643827;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,64:0.64:100
chr1	55691384	rs17111728	T	C	1150.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.026;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=20;PP=629;ReadPosRankSum=0.410;SC=ATGCTCTTGATTGCAGAGGAG;SOR=0.767;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=75;TCF=36;TCR=39;TR=39;WE=55691392;WS=55691374;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,53:0.51:104
chr1	55691431	rs72662534	G	A	918.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=0.065;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=19;PP=513;ReadPosRankSum=-0.483;SC=GAAGGTAAGTGGGGGAGCCCT;SOR=0.627;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=61;TCF=26;TCR=35;TR=34;WE=55691439;WS=55691421;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,41:0.52:79
chr1	57111169	rs61772962	C	G	2340.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.328;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=285;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.461;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=44;PP=1107;ReadPosRankSum=0.026;SC=AGTACGCGCTCCGGACCGCTG;SOR=0.802;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=178;TCF=73;TCR=105;TR=72;WE=57111177;WS=57111159;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:161,117:0.42:278
chr1	57158293	rs7419053	G	A	640.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-5.992;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=24;PP=557;ReadPosRankSum=0.644;SC=AAAGGAATTAGCTGAAATCTC;SOR=0.571;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=44;TCF=2;TCR=42;TR=26;WE=57158301;WS=57158283;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,26:0.58:45
chr1	57170229	rs932447	T	C	1042.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=4.254;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.410;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=31;PP=789;ReadPosRankSum=3.158;SC=CTGAGTTGAGTATTAAGCCCA;SOR=1.416;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=60;TCF=12;TCR=48;TR=37;WE=57170237;WS=57170219;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,39:0.58:67
chr1	57185818	rs857141	A	G	2850.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=45;NR=30;PP=1592;SC=AGAATGAAATATTATGAAAGA;SOR=1.125;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=75;TCF=45;TCR=30;TR=75;WE=57185826;WS=57185808;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr1	57219631	rs11404547	G	GA	760.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=26;PP=788;SC=GAGATACCAGGAAAAAAATGA;SOR=5.486;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=29;TCF=0;TCR=29;TR=26;WE=57219639;WS=57219621;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr1	57221553	rs1774808	GA	TG	9772.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;JOINED;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=66;NR=49;PP=2947;SC=CTTTTCTTTTGAAAGATAAAA;SOR=0.825;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=127;TCF=71;TCR=56;TR=115;WE=57221562;WS=57221543;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,224:1.00:224
chr1	57224460	rs857103	G	C	4560.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=48;NR=44;PP=1846;SC=CAAGGCAGCTGATCCACCCAT;SOR=0.765;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=92;TCF=48;TCR=44;TR=92;WE=57224468;WS=57224450;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,170:1.00:170
chr1	57252615	rs2275733	A	T	38.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.524;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=7.75;ReadPosRankSum=-1.036;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,3:0.60:5
chr1	57373500	rs10562652	GAGA	G	271.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.908;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.392;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=1;PP=178;ReadPosRankSum=-1.617;SC=TAACCAAGAAGAGAAGAAGAA;SOR=1.828;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=15;TCF=9;TCR=6;TR=5;WE=57373510;WS=57373490;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,8:0.47:17
chr1	57395251	rs605648	T	C	8208.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=316;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=64;NR=88;PP=2965;SC=AGAAGGTCAATAAGCATCAAT;SOR=0.843;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=152;TCF=64;TCR=88;TR=152;WE=57395259;WS=57395241;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,312:1.00:312
chr1	57406392	rs6669836	T	C	861.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=17;NR=6;PP=493;SC=TATTTTCTACTATCGTATATG;SOR=1.402;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=24;TCF=18;TCR=6;TR=23;WE=57406400;WS=57406382;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr1	57409327	rs41286846	T	C	3504.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.370;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=314;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.845;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=78;NR=48;PP=1943;ReadPosRankSum=-1.578;SC=ACTAGGAGGATAAACATTATA;SOR=0.517;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=230;TCF=150;TCR=80;TR=126;WE=57409335;WS=57409317;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:142,165:0.54:307
chr1	57422298	rs145693778	G	T	852.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-2.146;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.334;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=4;PP=548;ReadPosRankSum=2.217;SC=CATGTGAAAGGAGGTCAGAGA;SOR=1.378;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=49;TCF=43;TCR=6;TR=30;WE=57422306;WS=57422288;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,34:0.62:55
chr1	57422484	rs1013579	C	T	15609.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=598;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=147;NR=178;PP=2965;SC=ACTTGACTTCCGCATGGTCTG;SOR=0.802;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=327;TCF=147;TCR=180;TR=325;WE=57422492;WS=57422474;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,597:1.00:597
chr1	57528772	rs1261611	A	G	1058.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-2.484;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.990;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=29;PP=660;ReadPosRankSum=-1.656;SC=GAAAGTATCAAGCCAGGCTCC;SOR=0.561;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=74;TCF=14;TCR=60;TR=36;WE=57528780;WS=57528762;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,44:0.52:84
chr1	58939502	rs12118488	C	A	2013.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-2.964;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=19;PP=1233;ReadPosRankSum=-0.925;SC=AAGCACACTTCCCAAGACTGG;SOR=0.656;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=147;TCF=109;TCR=38;TR=73;WE=58939510;WS=58939492;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,90:0.52:172
chr1	58946861	rs12144759	T	G	209.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.543;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.49;ReadPosRankSum=2.221;SOR=1.002;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,11:0.39:28
chr1	58946947	rs338224	T	C	96.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.834;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=4;PP=68;ReadPosRankSum=0.842;SC=ACAAAGAATGTATTGTTATTT;SOR=1.329;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=4;WE=58946955;WS=58946937;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,4:0.67:6
chr1	58971831	rs3087585	G	A	2745.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=2.831;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=300;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.522;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=48;PP=1348;ReadPosRankSum=-2.236;SC=GGCTATCAACGAACTCCATTT;SOR=0.849;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=195;TCF=92;TCR=103;TR=85;WE=58971839;WS=58971821;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:158,136:0.46:294
chr1	58971940	rs11207245	C	A	1182.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-1.177;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=32;PP=672;ReadPosRankSum=1.213;SC=TTTTTAAAAACTACTACTTTA;SOR=0.697;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=79;TCF=19;TCR=60;TR=42;WE=58971948;WS=58971930;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,54:0.55:98
chr1	59004979	rs902925	C	T	4507.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=45;NR=81;PP=2503;SC=TTTCACTTGACTACCTGAAAC;SOR=1.292;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=126;TCF=45;TCR=81;TR=126;WE=59004997;WS=59004969;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,166:1.00:166
chr1	59125683	rs232777	C	T	1768.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=37;NR=18;PP=1045;SC=ATTAACAATTCCTTTGTACAG;SOR=1.473;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=55;TCF=37;TCR=18;TR=55;WE=59125691;WS=59125673;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr1	59126676	rs232779	A	C	1350.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=40;NR=1;PP=1059;SC=GGCAACAAAAAACGTTACTAA;SOR=4.271;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=42;TCF=40;TCR=2;TR=41;WE=59126684;WS=59126666;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr1	59127207	rs232780	T	C	1219.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=12;NR=21;PP=640;SC=AAGAAGCACATTGTCATCAAC;SOR=1.508;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=12;TCR=21;TR=33;WE=59127215;WS=59127197;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr1	59131088	rs516956	AA	GC	2153.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;JOINED;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=32;NR=4;PP=1916;SC=AAATAATTTTAAACAGTTGCA;SOR=3.080;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=37;TCF=33;TCR=4;TR=36;WE=59131097;WS=59131078;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr1	59131311	rs232790	G	T	4276.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=2.136;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=72;PP=2070;ReadPosRankSum=-0.661;SC=ACTCTACAATGACAAGAAAAA;SOR=0.481;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=109;TCF=36;TCR=73;TR=107;WE=59131319;WS=59131301;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,160:0.99:161
chr1	59133024	rs232794	T	G	604.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=18;PP=451;SC=AATACCACAGTTGCCTTTAAC;SOR=2.737;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=22;TCF=4;TCR=18;TR=22;WE=59133032;WS=59133014;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr1	59134607	rs57822474	C	CAG	10399.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=237;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=15;NR=84;PP=2974;SC=TCCTGTTTGACGGGGAAGCGG;SOR=1.103;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=99;TCF=15;TCR=84;TR=99;WE=59134615;WS=59134597;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,235:1.00:235
chr1	59137783	rs539141	A	G	868.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=22;PP=639;SC=ATGTAGAAAGACTGGACAGTA;SOR=2.093;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=28;TCF=6;TCR=22;TR=28;WE=59137791;WS=59137773;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr1	59139223	rs2064370	C	G	6813.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.674;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=266;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=99;NR=71;PP=2965;ReadPosRankSum=0.437;SC=CATGGATGAGCCATTTGAAAG;SOR=0.941;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=173;TCF=100;TCR=73;TR=170;WE=59139231;WS=59139213;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,259:0.99:261
chr1	59142713	rs579110	T	C	4162.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=40;NR=53;PP=1391;SC=TTAAGTATTTTGGTTTGCATA;SOR=0.887;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=95;TCF=41;TCR=54;TR=93;WE=59142721;WS=59142703;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,167:1.00:167
chr1	59147420	rs11207292	G	A	1815.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=1.365;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.563;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=13;PP=1150;ReadPosRankSum=0.574;SC=AGAATATCACGTTTTAAAACA;SOR=2.303;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=55;TCF=42;TCR=13;TR=54;WE=59147428;WS=59147410;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,66:0.97:68
chr1	59147926	rs12139511	T	C	9842.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.849;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=372;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=142;NR=123;PP=2965;ReadPosRankSum=1.592;SC=CTGTCAGAAGTAATGAATTCT;SOR=0.283;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=266;TCF=143;TCR=123;TR=265;WE=59147934;WS=59147916;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,356:1.00:357
chr1	59148118	rs17118103	A	T	4550.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.242;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=492;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.437;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=78;PP=2184;ReadPosRankSum=-1.083;SC=CCCCTTAAACATGATGGTGTC;SOR=0.849;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=323;TCF=153;TCR=170;TR=142;WE=59148126;WS=59148108;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:257,223:0.46:480
chr1	59150941	rs2206764	G	A	1466.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=19;PP=690;SC=ATTAAAATGGGAAAAAAAATT;SOR=1.022;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=32;TCF=12;TCR=20;TR=31;WE=59150949;WS=59150931;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr1	59150997	rs5774421	TA	T	321.37	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.130;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=0.000;HP=13;HapScore=3;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=10;PP=111;ReadPosRankSum=0.446;SC=ACTACCACATTAAAAAAAAAA;SOR=0.473;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=15;TCF=1;TCR=14;TR=11;WE=59151018;WS=59150987;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,21:0.84:25
chr1	59156155	rs12076049	C	T	709.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=14;PP=384;SC=ATTACTTATACAAAACGTGTG;SOR=1.697;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=19;TCF=5;TCR=14;TR=19;WE=59156163;WS=59156145;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr1	59158632	rs12097333	T	C	2174.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=24;NR=39;PP=1254;SC=TATTTGTCTTTTTATTTATTG;SOR=1.124;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=63;TCF=24;TCR=39;TR=63;WE=59158640;WS=59158622;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr1	59160724	rs66629118	TA	T	191.80	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.204;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.57;MQRankSum=0.596;QD=10.66;ReadPosRankSum=-1.602;SOR=0.646;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,15:0.83:18
chr1	59248813	rs2760499	G	C	3758.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=27;NR=77;PP=2498;SC=CAACAGGGCTGTGGCAAGCGG;SOR=1.882;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=104;TCF=27;TCR=77;TR=104;WE=59248821;WS=59248803;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,129:1.00:129
chr1	59251097	rs2760501	T	G	217.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.814;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=3.140;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.64;MQRankSum=0.000;QD=12.81;ReadPosRankSum=0.514;SOR=0.132;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,10:0.59:17
chr1	59364615	rs11207326	G	C	2031.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=40;NR=18;PP=1127;SC=TAGTCCATCAGAGGAGATAGG;SOR=1.519;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=58;TCF=40;TCR=18;TR=58;WE=59364623;WS=59364605;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr1	59364918	rs6658104	G	A	5225.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=47;NR=70;PP=2138;SC=TACAGCCCACGCAGAGGAAGG;SOR=0.954;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=117;TCF=47;TCR=70;TR=117;WE=59364926;WS=59364908;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,204:1.00:204
chr1	60223460	rs590704	A	G	475.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=2.484;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=1;PP=399;ReadPosRankSum=-1.269;SC=CTTATTACCAAAGAAAAGTAA;SOR=0.638;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=29;TCF=27;TCR=2;TR=17;WE=60223468;WS=60223450;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,18:0.60:30
chr1	60228310	rs10626387	T	TTC	10202.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=237;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQ=60.18;NF=13;NR=79;PP=2930;SC=CATTAAAGACTTGTCATTTGA;SOR=0.883;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=97;TCF=13;TCR=84;TR=92;WE=60228318;WS=60228300;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,228:1.00:228
chr1	60280749	rs113730234	GT	G	3162.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=29;PP=1950;SC=GTAGGAGGGAGTGTGAAGGTG;SOR=0.743;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=43;TCF=14;TCR=29;TR=43;WE=60280757;WS=60280739;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr1	60287421	rs111605995	G	GT	111.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.550;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.49;ReadPosRankSum=0.392;SOR=0.330;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,11:0.34:32
chr1	60299765	rs140713428	A	G	2004.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.131;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.506;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=32;PP=1182;ReadPosRankSum=0.211;SC=GTTGCATGTAATGATGAATGA;SOR=0.636;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=143;TCF=84;TCR=59;TR=75;WE=60299773;WS=60299755;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:114,99:0.46:213
chr1	60299820	rs618716	C	G	5998.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=234;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=70;NR=73;PP=2739;SC=GGCTTTAATCCGTTTCGGTGG;SOR=0.693;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=144;TCF=70;TCR=74;TR=143;WE=60299828;WS=60299810;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,230:1.00:230
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chr1	61331160	.	CTT	C	63.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.811;ClippingRankSum=0.000;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.25;ReadPosRankSum=0.433;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,5:0.33:15
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chr1	61743160	rs332827	G	A	3666.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.757;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=424;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.106;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=45;PP=1701;ReadPosRankSum=-0.205;SC=TGCAGACCCTGTAATTTTTGG;SOR=0.819;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=243;TCF=131;TCR=112;TR=107;WE=61743168;WS=61743150;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:234,183:0.44:417
chr1	61743337	rs11207719	G	T	1102.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-3.574;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.299;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=30;PP=686;ReadPosRankSum=0.036;SC=AGGATTTGGGGGCCTACCCTA;SOR=0.275;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=82;TCF=18;TCR=64;TR=41;WE=61743345;WS=61743327;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,49:0.54:91
chr1	61818381	rs11587835	C	T	2039.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=4.111;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.533;HP=2;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=1.000;NF=23;NR=59;PP=1409;ReadPosRankSum=-0.810;SC=AAAAGACTGTCGGTCTCGTTG;SOR=1.058;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=157;TCF=49;TCR=108;TR=82;WE=61818389;WS=61818371;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,92:0.51:182
chr1	61818422	rs7528918	A	G	3116.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.12;QD=34.63;SOR=2.007;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr1	61818428	rs10544967	TAC	T,TACAC	802.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-1.496;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=3.785;HP=4;HapScore=3;MGOF=23;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.447;NF=1,1;NR=31,31;PP=853,875;ReadPosRankSum=-0.063;SC=CAAGATTAAATACACACACAC;SOR=2.531;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=65;TCF=2;TCR=63;TR=32,32;WE=61818447;WS=61818412;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.46,0.41:41
chr1	61872215	.	GCC	G	210.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.550;ClippingRankSum=-0.000;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=13.17;ReadPosRankSum=0.921;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,9:0.56:16
chr1	61892301	rs5774558	T	TG	11747.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=339;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=52;NR=100;PP=2966;SC=ACTTGTCTTTTGCACAAAAGG;SOR=0.699;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=159;TCF=53;TCR=106;TR=152;WE=61892310;WS=61892291;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,317:1.00:317
chr1	61921185	rs11423561	A	AT	789.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.281;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FS=1.647;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.05;MQRankSum=1.174;QD=5.37;ReadPosRankSum=1.130;SOR=0.482;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:87,60:0.41:147
chr1	62149237	rs12134205	C	G	583.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-1.139;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=14;PP=315;ReadPosRankSum=-3.336;SC=GACAAAATTTCAAAATTATTC;SOR=0.767;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=46;TCF=20;TCR=26;TR=26;WE=62149245;WS=62149227;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,31:0.48:65
chr1	62160525	rs149200386	T	TTA	538.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=0.523;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=9;PP=451;ReadPosRankSum=0.935;SC=TAAACCATTATTATATATATA;SOR=0.473;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=28;TCF=1;TCR=27;TR=10;WE=62160533;WS=62160515;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,18:0.50:36
chr1	62160542	rs1151765	A	G	1168.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=22;PP=668;SC=TATATATCACACTCTTTATAT;SOR=2.448;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=28;TCF=6;TCR=22;TR=28;WE=62160550;WS=62160532;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr1	62189541	rs17312971	T	C	284.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=0.665;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.054;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=11;PP=178;ReadPosRankSum=1.301;SC=TATATACTCATGTTGATATTC;SOR=1.550;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=19;TCF=2;TCR=17;TR=12;WE=62189549;WS=62189531;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,14:0.56:25
chr1	62231924	rs141761262	T	TTGA	423.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=1.688;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.998;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=2;PP=554;ReadPosRankSum=0.772;SC=TAGATTTCTGTTGATTCTTTT;SOR=1.885;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=38;TCF=30;TCR=8;TR=15;WE=62231932;WS=62231914;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,13:0.32:41
chr1	62232031	rs1286835	C	T	7092.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.661;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=276;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=98;NR=76;PP=2965;ReadPosRankSum=2.700;SC=ATGGTTCCATCACTAATGGAA;SOR=0.859;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=174;TCF=98;TCR=76;TR=174;WE=62232039;WS=62232021;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,271:0.99:273
chr1	62329885	rs35853578	AT	A	1671.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=46;NR=6;PP=1434;SC=GTAACTTCACATTTTTTTGCA;SOR=3.458;SbPval=0.92;Source=Platypus;TC=61;TCF=49;TCR=12;TR=52;WE=62329893;WS=62329875;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr1	62330080	rs2799627	T	G	9254.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=4.275;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=353;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.056;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=118;NR=116;PP=2965;ReadPosRankSum=1.023;SC=AAAGAGAAATTCTTGTTGATG;SOR=0.232;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=238;TCF=119;TCR=119;TR=234;WE=62330088;WS=62330070;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,343:0.99:347
chr1	62330353	rs2275859	G	A	2947.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=0.093;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=290;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.430;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=45;PP=1111;ReadPosRankSum=0.652;SC=TGCTCTCCTCGCCTGTCCCTG;SOR=0.657;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=144;TCF=58;TCR=86;TR=78;WE=62330361;WS=62330343;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:140,146:0.51:286
chr1	62341157	rs4598521	T	C	50.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-0.735;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=4;PP=32;ReadPosRankSum=-0.076;SC=TTTGAATTTATGTCTGCTTAA;SOR=0.941;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=4;WE=62341165;WS=62341147;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,4:0.33:12
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chr1	62374267	rs2151122	T	C	713.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=19;PP=536;SC=CCAAACTATATTTAAAGTATG;SOR=3.912;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=21;TCF=2;TCR=19;TR=21;WE=62374275;WS=62374257;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
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chr1	62380270	rs1134766	C	T	3245.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.113;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=411;ExcessHet=3.0103;FS=2.480;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.03;MQRankSum=-0.905;QD=8.07;ReadPosRankSum=-0.791;SOR=0.910;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:220,182:0.45:402
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chr1	62393394	rs2251182	A	G	14484.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.655;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=575;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=195;NR=152;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.104;SC=CAAATTTTGCATCTTCAGAGG;SOR=0.847;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=348;TCF=195;TCR=153;TR=347;WE=62393402;WS=62393384;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,569:1.00:571
chr1	62417951	.	A	AG	1141.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.459;ClippingRankSum=0.000;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.17;MQRankSum=0.329;QD=30.05;ReadPosRankSum=-1.646;SOR=2.531;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,37:0.97:38
chr1	62417952	.	A	G	1544	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;FR=1.0000;HP=4;HapScore=1;MGOF=88;MMLQ=27;MQ=60.05;NF=55;NR=13;PP=1544;QD=23.2172237139;SC=GAGAGAGAGAAAAATAGGCCC;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=68;TCF=55;TCR=13;TR=68;WE=62417960;WS=62417942;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr1	62417952	.	A	AGAGAGAGAG	782.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=2.355;ClippingRankSum=0.000;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.17;MQRankSum=0.000;QD=20.60;ReadPosRankSum=-0.937;SOR=3.767;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,28:0.74:38
chr1	62456014	rs1134767	G	A	2013.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.255;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=244;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.229;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=43;PP=1012;ReadPosRankSum=-1.547;SC=GGACGAATGCGTATTGGAGAT;SOR=0.860;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=151;TCF=63;TCR=88;TR=70;WE=62456022;WS=62456004;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:132,104:0.44:236
chr1	62456048	rs12730210	G	A	1291.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=3.639;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.999;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=35;PP=823;ReadPosRankSum=-1.299;SC=TGAGAAGCATGTGTTTTTAAC;SOR=1.139;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=116;TCF=42;TCR=74;TR=51;WE=62456056;WS=62456038;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:94,63:0.40:157
chr1	62516683	rs2498982	G	C	3076.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.101;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=350;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=54;PP=1420;ReadPosRankSum=-0.027;SC=AGATGGCAGCGTCGAAGTTGG;SOR=0.681;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=218;TCF=96;TCR=122;TR=100;WE=62516691;WS=62516673;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:190,158:0.45:348
chr1	62520035	.	CA	C	156.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.317;ClippingRankSum=0.000;DP=152;ExcessHet=3.0103;FS=2.687;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.07;ReadPosRankSum=-0.727;SOR=0.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:116,31:0.21:147
chr1	62545085	rs17379217	C	T	1463.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.933;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.724;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=9;PP=745;ReadPosRankSum=1.098;SC=TACCTTTCTCCTTTTTGATAT;SOR=0.419;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=99;TCF=80;TCR=19;TR=47;WE=62545093;WS=62545075;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,64:0.52:124
chr1	62579672	rs1475564	A	C	2550.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=1.922;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=10;PP=1799;ReadPosRankSum=-0.692;SC=GCAGACAGAGAAGGCAGAGAC;SOR=2.030;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=73;TCF=63;TCR=10;TR=72;WE=62579680;WS=62579662;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,84:0.99:85
chr1	62579823	rs1475563	G	A	12599.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.479;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=496;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=149;NR=152;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.074;SC=ATAGAGATGAGGCACACTACC;SOR=0.722;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=309;TCF=154;TCR=155;TR=301;WE=62579831;WS=62579813;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:10,485:0.98:495
chr1	62579907	rs7418709	C	T	3451.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.129;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=373;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=68;PP=1606;ReadPosRankSum=-0.279;SC=GCCTGAGCATCGTTGGGAAAC;SOR=0.695;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=248;TCF=93;TCR=155;TR=108;WE=62579915;WS=62579897;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:202,171:0.46:373
chr1	62587014	rs4019806	T	TA,TAAA	5437.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.316;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=351;ExcessHet=3.0103;FS=1.682;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.09;MQRankSum=0.000;QD=19.42;ReadPosRankSum=0.774;SOR=0.905;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:30,105,145:0.38,0.52:280
chr1	62593893	rs2481664	T	C	226.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-2.871;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=9;PP=112;ReadPosRankSum=-2.548;SC=GAGGGCAAGATGCATTAGATA;SOR=0.446;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=24;TCF=1;TCR=23;TR=10;WE=62593901;WS=62593883;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,12:0.43:28
chr1	62594593	rs2476194	C	T	2863.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.208;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=323;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.404;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=50;PP=1225;ReadPosRankSum=-0.166;SC=TGCTGAAGAACGCCTACGGGC;SOR=0.659;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=212;TCF=106;TCR=106;TR=101;WE=62594601;WS=62594583;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:173,148:0.46:321
chr1	62594677	rs2481665	T	C	1490.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=2.145;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.232;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=37;PP=910;ReadPosRankSum=-0.425;SC=GCAAAAAAGATTGAGCGTCAC;SOR=0.808;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=131;TCF=46;TCR=85;TR=56;WE=62594685;WS=62594667;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:103,72:0.41:175
chr1	62628500	rs58055963	TCC	T	94.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.856;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=1;PP=40;ReadPosRankSum=0.369;SC=GCGCCTGTAATCCCAGCTACT;SOR=1.179;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=13;TCF=7;TCR=6;TR=3;WE=62628509;WS=62628497;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,4:0.25:16
chr1	62644118	rs2481703	A	G	685.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=2.153;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.277;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=23;PP=547;ReadPosRankSum=-0.610;SC=TGCCCAATGGATTCACCTTGC;SOR=1.525;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=53;TCF=8;TCR=45;TR=25;WE=62644126;WS=62644108;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,28:0.49:57
chr1	62672546	rs2457829	G	A	4136.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=41;NR=48;PP=1819;SC=CAGTTTTAGGGGGAAAAGCTA;SOR=0.759;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=89;TCF=41;TCR=48;TR=89;WE=62672554;WS=62672536;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,155:1.00:155
chr1	62673037	rs7542665	T	C	3189.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.085;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=289;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.431;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=41;PP=1389;ReadPosRankSum=1.256;SC=CTTACCCTGGTAGCCGACCTT;SOR=0.646;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=169;TCF=87;TCR=82;TR=84;WE=62673045;WS=62673027;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:133,152:0.53:285
chr1	62673225	rs7533274	G	A	1224.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.099;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.540;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=26;PP=541;ReadPosRankSum=-0.772;SC=AAAATCTTCTGTGAAAGAATT;SOR=0.917;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=71;TCF=26;TCR=45;TR=40;WE=62673233;WS=62673215;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,60:0.53:113
chr1	62675619	rs4625314	C	T	565.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.525;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.188;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=7;PP=279;ReadPosRankSum=-1.556;SC=ATGAAGAGGCCTCAGGGATGG;SOR=0.799;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=41;TCF=21;TCR=20;TR=17;WE=62675627;WS=62675609;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,27:0.45:60
chr1	62675892	rs2481694	A	G	2353.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.110;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FS=1.688;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.37;ReadPosRankSum=-0.973;SOR=0.584;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:95,112:0.54:207
chr1	62676284	rs2886644	C	T	1360.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=0.017;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.251;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=26;PP=747;ReadPosRankSum=1.730;SC=ACAGAGGAAACAGAAGAAAAC;SOR=0.742;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=120;TCF=60;TCR=60;TR=54;WE=62676292;WS=62676274;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,69:0.43:159
chr1	62677048	rs1056517	G	T	615.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.223;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.100;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=17;PP=384;ReadPosRankSum=2.173;SC=ACCTTAGCACGCCAGGGTGAC;SOR=1.017;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=42;TCF=13;TCR=29;TR=25;WE=62677056;WS=62677038;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,30:0.45:67
chr1	62704134	rs41289438	A	G	1071.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=-0.336;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.761;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=19;PP=456;ReadPosRankSum=1.419;SC=TTGGGAGTAGAGGGTATGCCT;SOR=0.582;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=57;TCF=22;TCR=35;TR=32;WE=62704142;WS=62704124;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,53:0.54:98
chr1	62712999	rs111297754	TG	T	260.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.398;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=1.293;NF=5;NR=4;PP=211;ReadPosRankSum=0.993;SC=TTTTAAGAGATGGGGGTCTCC;SOR=0.662;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=17;TCF=9;TCR=8;TR=9;WE=62713007;WS=62712989;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,12:0.40:30
chr1	62713224	rs2941679	C	G	6113.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=243;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=82;NR=75;PP=2965;SC=TGACAGGCCACCATGAGGGCC;SOR=0.773;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=159;TCF=83;TCR=76;TR=157;WE=62713232;WS=62713214;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,233:1.00:233
chr1	62713246	rs10889315	G	A	2124.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=2.474;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=268;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.454;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=43;PP=1262;ReadPosRankSum=2.087;SC=AGGATCCATCGTGGTCCTGCA;SOR=0.748;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=163;TCF=82;TCR=81;TR=87;WE=62713254;WS=62713236;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:152,111:0.42:263
chr1	62728784	rs2666472	A	G	1421.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-2.111;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.700;HP=2;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=18;PP=745;ReadPosRankSum=0.834;SC=CAGCAGCTTCACGATGGAGAA;SOR=0.593;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=96;TCF=66;TCR=30;TR=55;WE=62728792;WS=62728774;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,68:0.54:126
chr1	62728838	rs2258470	T	C	4059.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.221;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.151;HP=2;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=33;PP=1109;ReadPosRankSum=-0.527;SC=GTTCCCGTTGTGATCGGCCAA;SOR=0.470;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=141;TCF=90;TCR=51;TR=80;WE=62728846;WS=62728828;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:89,109:0.55:198
chr1	62728861	rs2260581	T	C	4487.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.257;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=240;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.898;HP=2;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=40;PP=1594;ReadPosRankSum=-2.082;SC=TGACAAGCAGTTTCAGGAAGT;SOR=0.534;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=164;TCF=100;TCR=64;TR=93;WE=62728869;WS=62728851;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:110,129:0.54:239
chr1	62728918	rs2262110	G	A	4107.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.281;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=379;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.199;HP=3;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=62;PP=2009;ReadPosRankSum=0.437;SC=CCACCACGGCGGGGCTAGACG;SOR=0.673;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=222;TCF=113;TCR=109;TR=124;WE=62728926;WS=62728908;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:184,194:0.51:378
chr1	62729015	rs2262106	G	A	3988.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.249;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=345;ExcessHet=3.0103;FS=0.400;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.73;ReadPosRankSum=1.508;SOR=0.648;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:149,191:0.56:340
chr1	62733939	rs11207950	G	A	636.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=4.408;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=2;PP=493;ReadPosRankSum=1.062;SC=AAGTGCCCGCGTTTGTGTCCA;SOR=0.732;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=55;TCF=52;TCR=3;TR=29;WE=62733947;WS=62733929;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,28:0.51:55
chr1	62737372	rs4609464	A	C	671.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-6.221;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.385;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=24;PP=408;ReadPosRankSum=-1.734;SC=TGGAGAGGTAAGGAGGGACAG;SOR=0.253;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=66;TCF=8;TCR=58;TR=28;WE=62737380;WS=62737362;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,33:0.46:71
chr1	62738904	rs7516290	T	C	414.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.402;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=1.077;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.98;ReadPosRankSum=0.509;SOR=0.456;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,25:0.48:52
chr1	62739198	rs17855078	G	A	3837.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.377;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=388;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.776;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=73;NR=53;PP=1807;ReadPosRankSum=-0.583;SC=TCTTTCTGTCGCTGCCCCACA;SOR=0.738;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=264;TCF=148;TCR=116;TR=126;WE=62739206;WS=62739188;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:188,186:0.50:374
chr1	62740065	rs12127930	A	G	5074.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.601;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=535;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.090;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=83;NR=71;PP=2207;ReadPosRankSum=-2.309;SC=CCTTCACCACACCCTCTGGAG;SOR=0.758;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=326;TCF=168;TCR=158;TR=154;WE=62740073;WS=62740055;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:266,258:0.49:524
chr1	62740446	rs2666506	T	C	5622.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.055;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=301;ExcessHet=3.0103;FS=1.373;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.74;ReadPosRankSum=-0.229;SOR=0.593;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:150,150:0.50:300
chr1	62740449	rs2666507	T	C	5572.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.121;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=289;ExcessHet=3.0103;FS=0.897;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.35;ReadPosRankSum=0.265;SOR=0.618;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:147,141:0.49:288
chr1	62939634	rs1168007	C	T	1811.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=25;NR=15;PP=747;SC=AAGATCTTTACGCAGAAAGCC;SOR=0.941;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=41;TCF=25;TCR=16;TR=40;WE=62939642;WS=62939624;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr1	62943264	rs1168008	C	T	1534.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=41;NR=9;PP=1146;SC=GAGTAGTTTACTTGGCAAGAT;SOR=2.628;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=50;TCF=41;TCR=9;TR=50;WE=62943272;WS=62943254;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr1	62945418	rs1183260	A	G	330.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-1.201;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=7;PP=158;ReadPosRankSum=0.018;SC=ACAGTGGTGCAACCACAGCTC;SOR=0.678;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=43;TCF=25;TCR=18;TR=16;WE=62945426;WS=62945408;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,22:0.34:64
chr1	62953183	rs1168025	C	T	2136.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=16;NR=42;PP=1178;SC=TCTCCACAAACAGAAGACAGC;SOR=1.493;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=58;TCF=16;TCR=42;TR=58;WE=62953191;WS=62953173;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr1	62954372	rs57650980	G	GA	31.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.153;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.59;ReadPosRankSum=1.041;SOR=0.392;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,6:0.30:20
chr1	62960101	rs10889335	A	G	2147.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.317;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=38;PP=930;ReadPosRankSum=-2.352;SC=AACCAGGTCAATCGCAGATCT;SOR=0.663;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=107;TCF=39;TCR=68;TR=59;WE=62960109;WS=62960091;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,102:0.54:189
chr1	62960250	rs1168041	T	C	219.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.904;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=7;PP=137;ReadPosRankSum=0.523;SC=GTGCACAACCTACTTAGTTTT;SOR=0.569;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=21;TCF=7;TCR=14;TR=11;WE=62960258;WS=62960240;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,10:0.48:21
chr1	62961928	rs1168038	T	C	476.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=13;NR=2;PP=356;SC=CCAGCAAAAATCAACTTTTGA;SOR=3.258;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=13;TCR=2;TR=15;WE=62961936;WS=62961918;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr1	62970184	rs1168027	T	C	207.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.520;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=9;NR=0;PP=155;ReadPosRankSum=0.216;SC=AGATAGCCTATGATTAGACTA;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=18;TCR=0;TR=9;WE=62970192;WS=62970179;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,9:0.50:18
chr1	62973795	rs1184865	A	G	538.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-2.171;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.949;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=14;PP=279;ReadPosRankSum=2.237;SC=AAAAGACTTAAGGATGCATAG;SOR=0.330;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=35;TCF=9;TCR=26;TR=20;WE=62973803;WS=62973785;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,25:0.57:44
chr1	62976472	rs1168043	T	G	1121.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=34;PP=918;SC=CAGTACAAGTTGAAAAACCTG;SOR=5.728;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=35;TCF=1;TCR=34;TR=35;WE=62976480;WS=62976462;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr1	63001120	rs1168018	A	C	1522.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.297;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.195;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=14;PP=836;ReadPosRankSum=-1.693;SC=TCCACTGTTCAAAATCAAACT;SOR=0.500;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=117;TCF=82;TCR=35;TR=49;WE=63001128;WS=63001110;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,72:0.48:149
chr1	63027411	rs5774610	AG	A	2706.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=41;PP=1893;SC=CAGATGCTTAAGTAGATTATG;SOR=1.712;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=42;TCF=0;TCR=42;TR=41;WE=63027419;WS=63027401;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr1	63044464	rs11207993	C	T	197.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-0.720;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.870;NF=8;NR=7;PP=205;ReadPosRankSum=0.031;SC=ATTATTTTAGCTCTTTGATCT;SOR=0.859;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=26;TCF=15;TCR=11;TR=15;WE=63044472;WS=63044454;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,11:0.48:23
chr1	63050598	rs3850634	T	G	638.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.817;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=17;PP=442;ReadPosRankSum=-0.309;SC=GTTTGTTAGGTAAACAATAAA;SOR=0.672;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=36;TCF=11;TCR=25;TR=25;WE=63050606;WS=63050588;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,29:0.62:47
chr1	63052344	rs56200511	CTA	C	1220.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=1.414;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.085;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=23;PP=927;ReadPosRankSum=0.370;SC=CTAAGAAACACTATGTATCAC;SOR=0.876;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=55;TCF=2;TCR=53;TR=23;WE=63052353;WS=63052334;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,34:0.44:77
chr1	63070537	rs67461605	AGTTAATGTG	A	407.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.047;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.989;NF=1;NR=9;PP=2938;ReadPosRankSum=0.175;SC=CCTCATTCCAAGTTAATGTGG;SOR=0.914;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=28;TCF=3;TCR=25;TR=10;WE=63070553;WS=63070527;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,13:0.35:37
chr1	63085483	rs34571440	T	TA	623.84	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.375;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=13;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=5;PP=473;ReadPosRankSum=-0.075;SC=GCCAGATAAATAAAAAAAAAA;SOR=1.067;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=36;TCF=27;TCR=9;TR=27;WE=63085491;WS=63085473;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,34:0.83:41
chr1	63090858	rs6587980	C	T	1223.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.019;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.387;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=6;PP=781;ReadPosRankSum=-1.335;SC=ATAGTACAATCACTACCTTTC;SOR=0.376;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=81;TCF=70;TCR=11;TR=40;WE=63090866;WS=63090848;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,51:0.52:99
chr1	63099023	rs10889352	T	C	367.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=3.112;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.855;HP=8;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=1;PP=275;ReadPosRankSum=1.637;SC=CAGAAAAAAATATAGTACTAG;SOR=2.194;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=32;TCF=28;TCR=4;TR=15;WE=63099031;WS=63099015;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,16:0.43:37
chr1	63113511	rs746735	C	A	1147.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.818;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=25;PP=577;ReadPosRankSum=-1.105;SC=TTATCTTTTTCAGAACTTACT;SOR=0.703;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=54;TCF=14;TCR=40;TR=34;WE=63113519;WS=63113501;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,53:0.58:92
chr1	63113689	rs1168088	T	C	1313.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=37;NR=2;PP=1005;SC=TGCTTTATCCTCTACATTTTG;SOR=5.186;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=39;TCF=37;TCR=2;TR=39;WE=63113697;WS=63113682;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr1	63113719	rs1168089	T	C	1028.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-1.884;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.935;HP=3;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=10;PP=635;ReadPosRankSum=0.625;SC=ATATCAATCATAATCCCAAAA;SOR=0.306;SbPval=0.21;Source=Platypus;TC=66;TCF=54;TCR=12;TR=40;WE=63113727;WS=63113709;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,46:0.60:77
chr1	63128836	.	G	GA	76.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.214;ClippingRankSum=0.000;DP=99;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.11;MQRankSum=2.000;QD=0.98;ReadPosRankSum=-0.403;SOR=0.678;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:63,15:0.19:78
chr1	63153953	rs4344355	C	T	1813.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.167;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=35;PP=759;ReadPosRankSum=0.811;SC=GCGGCGACGGCGACGGCGGCG;SOR=0.661;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=120;TCF=52;TCR=68;TR=63;WE=63153961;WS=63153943;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,93:0.51:181
chr1	63269580	rs12125325	A	G	391.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.798;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.772;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=10;PP=204;ReadPosRankSum=0.080;SC=GAAATATTTGACAATATTTAT;SOR=0.163;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=32;TCF=6;TCR=26;TR=13;WE=63269588;WS=63269570;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,19:0.47:40
chr1	63270772	rs1927486	C	T	387.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.340;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=1.708;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.37;ReadPosRankSum=-0.699;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,19:0.66:29
chr1	63271010	rs10789128	T	C	79.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=2.965;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=4;PP=54;ReadPosRankSum=-0.076;SC=TAGATTAATCTACTTTTGCAG;SOR=1.112;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=1;TCR=10;TR=4;WE=63271018;WS=63271000;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,4:0.36:11
chr1	63285033	rs3737891	T	C	744.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=0.900;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=20;PP=433;ReadPosRankSum=-0.045;SC=ATCTTTCTTCTTGTGACAGAG;SOR=0.738;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=68;TCF=21;TCR=47;TR=28;WE=63285041;WS=63285023;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,38:0.44:86
chr1	63300855	rs59745958	T	TA	106.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.397;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=1.922;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.54;MQRankSum=1.206;QD=5.34;ReadPosRankSum=0.266;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,9:0.45:20
chr1	63788951	rs2274187	C	A	388.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=-2.599;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.609;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=7;PP=104;ReadPosRankSum=0.211;SC=CTCAGCCGCCCCACCAGCAGC;SOR=0.351;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=36;TCF=12;TCR=24;TR=12;WE=63788959;WS=63788941;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,24:0.38:64
chr1	63871881	rs1012872	A	G	296.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.312;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=1;PP=155;ReadPosRankSum=0.659;SC=TAGTAGGGCAAGAACCTTGTG;SOR=0.724;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=18;TCF=15;TCR=3;TR=9;WE=63871889;WS=63871871;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,13:0.59:22
chr1	63872871	rs6588028	A	G	534.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.449;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.528;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=16;PP=314;ReadPosRankSum=1.425;SC=CATTGCTGTCATCTAGTAATG;SOR=1.162;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=47;TCF=15;TCR=32;TR=22;WE=63872879;WS=63872861;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,27:0.42:65
chr1	63879926	rs375709990	CT	C	81.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.779;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=3.315;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.72;ReadPosRankSum=-2.054;SOR=1.347;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,11:0.37:30
chr1	63881552	rs4630153	C	T	924.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.392;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.844;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=14;PP=524;ReadPosRankSum=0.335;SC=AGCTTTTGTTCTACGTTTTTG;SOR=0.569;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=58;TCF=38;TCR=20;TR=36;WE=63881560;WS=63881542;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,46:0.55:83
chr1	63912546	.	G	GT	96.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.876;ClippingRankSum=0.000;DP=93;ExcessHet=3.0103;FS=2.529;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.18;ReadPosRankSum=-2.056;SOR=0.360;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:65,17:0.21:82
chr1	63912563	rs3838450	ACAATT	A	1411.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.770;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=20;PP=974;ReadPosRankSum=-0.800;SC=TTTTCAGAAAACAATTCAAAG;SOR=0.702;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=37;TCF=3;TCR=34;TR=23;WE=63912575;WS=63912553;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,37:0.52:71
chr1	63920515	rs17319708	C	G	542.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-1.888;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.226;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=8;PP=212;ReadPosRankSum=0.498;SC=ACACTTCTTTCATTTTATCCT;SOR=0.393;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=44;TCF=28;TCR=16;TR=19;WE=63920523;WS=63920505;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,29:0.48:60
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chr1	63975859	rs67405755	C	CA	212.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.63;BaseQRankSum=-1.678;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5003;FS=2.199;HP=10;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=4;PP=48;ReadPosRankSum=-1.208;SC=AAAACTGTCTCAAAAAAAAAA;SOR=0.235;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=4;WE=63975867;WS=63975849;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,14:0.74:19
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chr1	64095862	rs72681118	G	A	546.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-2.385;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.346;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=20;PP=342;ReadPosRankSum=-0.121;SC=AAAGATTTCCGTGAGTGCTCT;SOR=0.103;SbPval=0.23;Source=Platypus;TC=48;TCF=2;TCR=46;TR=22;WE=64095870;WS=64095852;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,26:0.48:54
chr1	64097432	rs1126728	C	T	12852.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.208;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=510;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=155;NR=151;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.432;SC=ACTGAAGATCCGTATTGATGC;SOR=0.458;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=307;TCF=156;TCR=151;TR=306;WE=64097440;WS=64097422;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:5,498:0.99:503
chr1	64100478	rs6588052	A	T	2087.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=36;NR=16;PP=1199;SC=TTCTGCATACATTTATTCCAT;SOR=1.371;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=52;TCF=36;TCR=16;TR=52;WE=64100486;WS=64100468;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr1	64102114	rs2269248	A	G	1046.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=28;PP=770;SC=AGTCTTCACCATACCCTTCAC;SOR=3.321;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=31;TCF=3;TCR=28;TR=31;WE=64102122;WS=64102104;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr1	64125544	rs10909	C	T	130.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=3.268;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=6;PP=93;ReadPosRankSum=-1.210;SC=AGAGGACCTGCGGGCTTAGAT;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=0;TCR=12;TR=6;WE=64125552;WS=64125534;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,6:0.50:12
chr1	64515379	rs1772626	C	T	5531.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=87;NR=49;PP=2846;SC=ACCTGACCCTCGATGAACCAA;SOR=1.237;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=136;TCF=87;TCR=49;TR=136;WE=64515387;WS=64515369;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,198:1.00:198
chr1	64608329	rs2762833	G	T	9880.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=368;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=94;NR=125;PP=2965;SC=ACATCCCAGCGTGCGGTAAAT;SOR=0.857;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=224;TCF=95;TCR=129;TR=219;WE=64608337;WS=64608319;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,366:1.00:366
chr1	64624612	rs4362024	G	A	1790.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=35;NR=4;PP=922;SC=GTAATATTATGCATGTTACTT;SOR=2.494;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=39;TCF=35;TCR=4;TR=39;WE=64624620;WS=64624602;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr1	64624842	rs6668545	A	G	4954.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-2.932;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=492;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.755;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=72;PP=1844;ReadPosRankSum=0.822;SC=GTCAAAATGTAGAGATGTCAA;SOR=0.552;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=263;TCF=108;TCR=155;TR=127;WE=64624850;WS=64624832;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:233,248:0.52:481
chr1	64643277	rs7527017	C	T	3734.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.986;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=414;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.106;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=59;PP=1759;ReadPosRankSum=-1.078;SC=CAGCAATGGACGGAATTTCAA;SOR=0.621;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=266;TCF=128;TCR=138;TR=117;WE=64643285;WS=64643267;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:226,185:0.45:411
chr1	64669567	rs2806529	A	T	212.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=2.618;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=1;PP=105;ReadPosRankSum=-0.863;SC=TCATTGTTATATCCCAACTTT;SOR=0.836;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=15;TCF=12;TCR=3;TR=7;WE=64669575;WS=64669557;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,9:0.53:17
chr1	64680682	rs825174	C	G	555.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.274;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=13;PP=273;ReadPosRankSum=0.076;SC=TTGGGAGGCTCAGGTGGGTGG;SOR=0.784;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=27;TCF=9;TCR=18;TR=19;WE=64680690;WS=64680672;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,25:0.68:37
chr1	64726414	rs705542	A	C	1025.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=2.037;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.887;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=21;PP=575;ReadPosRankSum=0.271;SC=GCTTTTATAAATAACATATTA;SOR=0.900;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=55;TCF=20;TCR=35;TR=32;WE=64726422;WS=64726404;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,45:0.58:78
chr1	65016349	rs2164571	A	T	9771.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=369;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=112;NR=102;PP=2965;SC=GGTAAGAGGCAATGAGTACTT;SOR=0.738;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=215;TCF=112;TCR=103;TR=214;WE=65016357;WS=65016339;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,366:1.00:366
chr1	65045602	rs5774708	TA	T	972.14	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.62;BaseQRankSum=-1.101;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.343;HP=12;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=18;PP=325;ReadPosRankSum=0.270;SC=AGCCAGATGTTAAAAAAAAAA;SOR=0.615;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=25;TCF=7;TCR=18;TR=22;WE=65045610;WS=65045592;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:8,59:0.88:67
chr1	65068638	rs6665437	T	C	2394.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=22;NR=42;PP=957;SC=TGTATTCTACTGCATTCAAGT;SOR=1.190;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=65;TCF=22;TCR=43;TR=64;WE=65068646;WS=65068628;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr1	65068669	.	A	AT	53.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.061;ClippingRankSum=0.000;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.25;MQRankSum=1.622;QD=1.73;ReadPosRankSum=-0.691;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,8:0.26:31
chr1	65099701	rs5774715	G	GT	307.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.375;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FS=0.815;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.48;ReadPosRankSum=0.192;SOR=0.582;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:88,36:0.29:124
chr1	65099978	rs2118102	G	A	1936.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=17;NR=38;PP=1101;SC=TAGAGGCATAGTAGATAAAGA;SOR=1.483;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=55;TCF=17;TCR=38;TR=55;WE=65099986;WS=65099968;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr1	65107372	rs6664905	C	T	3548.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=81;NR=32;PP=2314;SC=CAGCATCAAACAGGAGGGACT;SOR=1.721;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=114;TCF=82;TCR=32;TR=113;WE=65107380;WS=65107362;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chr1	65113351	rs7534210	T	C	588.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=19;NR=3;PP=500;SC=GTCCAGAGTCTATGTGGTCTC;SOR=3.056;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=19;TCR=3;TR=22;WE=65113359;WS=65113341;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr1	65113568	rs6588100	T	C	5853.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=235;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=67;NR=83;PP=2512;SC=CCAGACCGGATGGCCTTGCCT;SOR=0.853;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=150;TCF=67;TCR=83;TR=150;WE=65113576;WS=65113558;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,227:1.00:227
chr1	65141676	rs6143245	TTAATAATAATAATAA	T,TTAATAATAA	2906.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;QD=39.82;SOR=1.340;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:0,36,37:0.49,0.51:73
chr1	65247394	rs2478151	T	C	134.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.731;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=5;PP=70;ReadPosRankSum=-1.010;SC=CTTTTCCTTTTTTTTAAAAAA;SOR=0.473;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=0;TCR=13;TR=5;WE=65247402;WS=65247384;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,6:0.43:14
chr1	65255018	rs2500232	G	A	1030.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-4.500;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.053;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=9;PP=780;ReadPosRankSum=0.538;SC=CTTTGAAATTGTGTCTTTGTA;SOR=0.517;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=76;TCF=63;TCR=13;TR=44;WE=65255026;WS=65255008;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,44:0.52:85
chr1	65301669	rs2254002	C	A	116.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-3.062;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=0;PP=76;ReadPosRankSum=-0.286;SC=GTGACATTTTCCATTATAATA;SOR=0.399;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=15;TCR=0;TR=6;WE=65301677;WS=65301659;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,6:0.40:15
chr1	65303510	rs4916004	G	A	282.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-2.698;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.007;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=1;PP=213;ReadPosRankSum=0.606;SC=CTAACCTTGAGTCAGGCCAGA;SOR=1.368;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=31;TCF=27;TCR=4;TR=13;WE=65303518;WS=65303501;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,13:0.37:35
chr1	65311262	rs2230587	G	A	2087.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.905;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.486;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=32;PP=877;ReadPosRankSum=0.093;SC=TAAGGACATCGCTTTTCCGGT;SOR=0.645;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=147;TCF=74;TCR=73;TR=65;WE=65311270;WS=65311252;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:119,106:0.47:225
chr1	65326095	.	TTGCA	T	149	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;FR=0.5000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MMLQ=25;MQ=58.81;NF=0;NR=4;PP=149;QD=44.25;SC=AATATACCCCTTGCATGCATT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=1;TCR=13;TR=4;WE=65326106;WS=65326085;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:10,4:0.29:14
chr1	65830297	rs58549467	GT	G	37.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.765;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=4.010;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.51;MQRankSum=-0.770;QD=1.80;ReadPosRankSum=-0.676;SOR=0.207;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,9:0.43:21
chr1	65886398	rs3790435	T	C	2007.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.658;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=23;PP=856;ReadPosRankSum=-0.663;SC=GCGGCCCCAGTTCGGGAGACA;SOR=0.658;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=137;TCF=86;TCR=51;TR=60;WE=65886406;WS=65886388;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:109,97:0.47:206
chr1	65886448	rs3790434	T	C	3363.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-1.351;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=351;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.262;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=39;PP=1094;ReadPosRankSum=-0.406;SC=CCGGCTCGCTTGTCGTGTGGT;SOR=0.623;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=195;TCF=107;TCR=88;TR=88;WE=65886456;WS=65886438;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:179,168:0.48:347
chr1	65887013	rs12145690	A	C	3479.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=2.412;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=303;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=45;PP=1985;ReadPosRankSum=1.686;SC=ATGGACAGAGAAGAAACCAGT;SOR=0.712;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=183;TCF=111;TCR=72;TR=108;WE=65887021;WS=65887003;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:138,160:0.54:298
chr1	66036501	rs2186248	G	T	1091.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=7;NR=25;PP=658;SC=CATTAGCTATGTTTTAAATGT;SOR=1.981;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=7;TCR=25;TR=32;WE=66036509;WS=66036491;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr1	66058513	rs1137101	A	G	3476.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.358;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=328;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=62;PP=1570;ReadPosRankSum=-1.055;SC=GTAATTTTCCAGTCACCTCTA;SOR=0.713;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=195;TCF=82;TCR=113;TR=104;WE=66058521;WS=66058503;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:145,171:0.54:316
chr1	66064293	rs3762273	A	C	250.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-2.500;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.605;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=6;PP=119;ReadPosRankSum=-0.216;SC=CTTTTAGTAAAGGTTCCACAT;SOR=0.078;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=21;TCF=14;TCR=7;TR=13;WE=66064301;WS=66064283;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,13:0.62:21
chr1	66067109	rs1805134	T	C	538.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=1.597;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=4;PP=234;ReadPosRankSum=-0.917;SC=TTCTGACAAGTGTTGGGTCTA;SOR=0.711;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=39;TCF=30;TCR=9;TR=17;WE=66067117;WS=66067099;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,25:0.47:53
chr1	66075586	rs74733149	A	G	1295.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.586;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.770;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=13;PP=842;ReadPosRankSum=-0.053;SC=TTAGATACATATGTGTTGGTA;SOR=0.602;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=90;TCF=68;TCR=22;TR=50;WE=66075594;WS=66075576;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,58:0.53:110
chr1	66618300	rs114287158	T	A	610.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.835;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.51;ReadPosRankSum=-0.685;SOR=0.627;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,18:0.49:37
chr1	66618303	rs115304639	T	A	610.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.066;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=1.441;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.96;ReadPosRankSum=0.209;SOR=0.430;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,15:0.44:34
chr1	66618316	rs202241040	TACACACACAC	T,TACAC	500.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=11;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=20;NF=0,0;NR=12,12;PP=720,873;SC=TATATGTGTATACACACACAC;SOR=3.767;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=24;TCF=2;TCR=22;TR=12,12;WE=66618333;WS=66618290;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.53,0.47:15
chr1	66731886	rs6588193	G	C	210.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.799;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.971;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=7;PP=134;ReadPosRankSum=0.839;SC=GCTCTCAAAAGTATGTCTCTT;SOR=0.207;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=20;TCF=5;TCR=15;TR=11;WE=66731894;WS=66731876;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,11:0.50:22
chr1	66732386	rs6588194	G	A	2825.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-2.974;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=335;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.297;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=50;PP=1335;ReadPosRankSum=-0.486;SC=GGTGTGTTGAGAGCTGCAGAG;SOR=0.610;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=201;TCF=99;TCR=102;TR=102;WE=66732394;WS=66732376;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:182,152:0.46:334
chr1	66732529	rs6701329	A	T	464.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=0.801;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.284;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=18;PP=329;ReadPosRankSum=-0.411;SC=TTCCCTACTAATGTAGCAGTA;SOR=1.022;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=51;TCF=10;TCR=41;TR=22;WE=66732537;WS=66732519;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,23:0.40:57
chr1	66829262	rs783039	A	G	2440.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.611;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=242;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.652;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=53;PP=1439;ReadPosRankSum=0.261;SC=GACGTGAGTAATTATGACCTG;SOR=0.566;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=164;TCF=53;TCR=111;TR=79;WE=66829270;WS=66829252;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:116,114:0.50:230
chr1	66831256	rs144339850	C	CA	1741.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.035;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQ=60.07;MQRankSum=1.076;NF=22;NR=15;PP=1339;ReadPosRankSum=-0.335;SC=ATCCCTCTCCCAACAAGAATA;SOR=0.680;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=83;TCF=47;TCR=36;TR=37;WE=66831264;WS=66831246;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,70:0.47:149
chr1	66831370	rs783036	G	A	3869.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.976;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=400;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.181;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=1.044;NF=67;NR=56;PP=1953;ReadPosRankSum=0.474;SC=CAGATTTGGAGATCCTGGCTG;SOR=0.773;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=256;TCF=136;TCR=120;TR=123;WE=66831378;WS=66831360;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:204,189:0.48:393
chr1	67126114	rs12094526	A	G	4877.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.268;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=495;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.094;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=89;NR=55;PP=2414;ReadPosRankSum=-0.651;SC=GTTATCCTGAACCTTGACCTG;SOR=0.765;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=303;TCF=180;TCR=123;TR=144;WE=67126122;WS=67126104;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:257,235:0.48:492
chr1	67133111	rs11208941	T	C	1354.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.571;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=21;PP=885;ReadPosRankSum=-0.568;SC=GGAGTGTATGTTTGGTTAGCT;SOR=0.632;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=101;TCF=66;TCR=35;TR=56;WE=67133119;WS=67133101;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,65:0.50:130
chr1	67138877	rs35377023	AG	A	2681.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=2.193;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=12.734;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=2.203;NF=40;NR=18;PP=2105;ReadPosRankSum=0.055;SC=TGTTTCACTAAGAAAAATATG;SOR=1.432;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=112;TCF=66;TCR=46;TR=58;WE=67138885;WS=67138867;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:107,90:0.46:197
chr1	67145322	rs10889644	C	A	5930.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.205;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=685;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.525;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=128;NR=84;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.226;SC=ACTTAGGAAGCACATGACCAA;SOR=0.768;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=454;TCF=270;TCR=184;TR=212;WE=67145330;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:363,296:0.45:659
chr1	67149706	rs10749764	G	C	327.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-2.547;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=0;PP=237;ReadPosRankSum=0.055;SC=AGCCCTAAATGCTTTTTGGCC;SOR=1.739;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=17;TCR=0;TR=11;WE=67149714;WS=67149696;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,12:0.71:17
chr1	67149964	rs79161970	C	T	517.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-1.424;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=13;PP=282;ReadPosRankSum=-3.102;SC=TATTTGACTACTGACACCCAT;SOR=0.769;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=43;TCF=12;TCR=31;TR=16;WE=67149972;WS=67149954;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,24:0.43:56
chr1	67154730	rs139348429	CAA	C	2537.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.155;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=257;ExcessHet=3.0103;FS=3.322;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.08;MQRankSum=0.804;QD=11.38;ReadPosRankSum=0.575;SOR=0.452;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:90,133:0.60:223
chr1	67160336	rs2146904	A	G	819.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=2.116;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.546;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=23;PP=468;ReadPosRankSum=-2.256;SC=ACTGTTCATCATGGAACTCGT;SOR=1.220;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=70;TCF=19;TCR=51;TR=29;WE=67160344;WS=67160326;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,38:0.44:86
chr1	67160938	rs34260051	T	TAAAAAAAAAAA	468.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.350;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FS=16.487;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.87;ReadPosRankSum=0.500;SOR=2.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:100,21:0.17:121
chr1	67195184	rs1032635	C	G	2758.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.649;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FS=6.656;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.03;ReadPosRankSum=-0.139;SOR=0.345;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:68,77:0.53:145
chr1	67195192	rs1032634	C	G	2645.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.978;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FS=6.057;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=20.83;ReadPosRankSum=0.345;SOR=0.341;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:62,65:0.51:127
chr1	67242200	rs7541120	G	A	1051.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-1.769;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.562;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=1.486;NF=19;NR=30;PP=628;ReadPosRankSum=1.095;SC=GTTAAAATGCGTATTTATAAT;SOR=0.465;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=95;TCF=33;TCR=62;TR=49;WE=67242208;WS=67242190;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,53:0.48:110
chr1	67242243	rs148639880	G	GGT	549.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.599;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=2.126;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.42;MQRankSum=1.323;QD=14.10;ReadPosRankSum=1.087;SOR=0.275;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,20:0.51:39
chr1	67243024	rs2133173	C	A	3924.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.950;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=351;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.825;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=66;PP=1750;ReadPosRankSum=0.105;SC=GCAGAGCATACTTATTGGAAG;SOR=0.734;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=210;TCF=104;TCR=106;TR=127;WE=67243032;WS=67243014;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:149,191:0.56:340
chr1	67266756	rs549148	T	A	798.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=0.594;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=13;PP=367;ReadPosRankSum=-3.869;SC=GATCCCCTCCTGATGCCTTCT;SOR=0.683;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=60;TCF=30;TCR=30;TR=26;WE=67266764;WS=67266746;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,45:0.38:119
chr1	67288045	rs482082	C	T	3238.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.532;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=416;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=73;NR=51;PP=1843;ReadPosRankSum=-0.814;SC=GAGTCTTACCCGGCCAGTTTC;SOR=0.717;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=281;TCF=168;TCR=113;TR=124;WE=67288053;WS=67288035;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:242,166:0.41:408
chr1	67292473	rs34718535	A	AT	2795.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.339;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.417;HP=3;HapScore=4;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=17;PP=2303;ReadPosRankSum=-0.217;SC=TGCTTCTACTAAAATTTATGC;SOR=0.849;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=82;TCF=43;TCR=39;TR=38;WE=67292486;WS=67292463;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,71:0.50:141
chr1	67292478	rs36067642	T	A	2877.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.695;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.625;HP=2;HapScore=4;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=20;PP=2301;ReadPosRankSum=0.132;SC=CTACTAAAATTTATGCAAGAA;SOR=0.754;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=121;TCF=80;TCR=41;TR=58;WE=67292486;WS=67292463;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,77:0.51:151
chr1	67303303	rs6698076	A	G	1724.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.881;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.689;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=14;PP=940;ReadPosRankSum=1.893;SC=AATTTTCTAGACTTTATTTAA;SOR=0.586;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=107;TCF=80;TCR=27;TR=55;WE=67303311;WS=67303293;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,77:0.55:140
chr1	67359195	rs3008881	T	A	142.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=3.268;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=6;PP=135;ReadPosRankSum=-0.908;SC=GAAAAAAGATTAGTATAATGC;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=0;TCR=11;TR=6;WE=67359203;WS=67359185;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,6:0.50:12
chr1	67390416	rs3008858	G	C	15765.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=606;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=184;NR=182;PP=2965;SC=GGGGAGTGGTGCACCACCCCT;SOR=0.713;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=366;TCF=184;TCR=182;TR=366;WE=67390433;WS=67390406;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,602:1.00:602
chr1	67390468	rs1886686	C	G	12740.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=474;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=120;NR=185;PP=2965;SC=CCAAGCTCCTCCGTTAGCGGC;SOR=1.025;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=307;TCF=120;TCR=187;TR=305;WE=67390476;WS=67390458;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,470:1.00:470
chr1	67396222	rs3008861	T	G	1103.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=26;PP=741;SC=AACAGGCCATTCTCTGGGCGG;SOR=3.737;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=28;TCF=2;TCR=26;TR=28;WE=67396230;WS=67396212;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr1	67425311	rs2985794	T	G	743.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=6;PP=316;SC=ATATGTAGATTTAGACAGGAT;SOR=0.997;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=10;TCR=6;TR=16;WE=67425319;WS=67425301;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr1	67425476	rs34957598	A	T	203.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.076;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.808;HP=7;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=4;PP=68;ReadPosRankSum=0.395;SC=ATATTTTTTTAAAAAGCCTCG;SOR=0.238;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=16;TCF=5;TCR=11;TR=7;WE=67425484;WS=67425466;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,11:0.50:22
chr1	67425494	.	A	AT	34	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;FR=0.5082;HP=13;HapScore=3;MGOF=14;MMLQ=28;MQ=60.0;NF=0;NR=4;PP=34;QD=10.75;SC=TCGTGTAATTATTTTTTTTTT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=1;TCR=6;TR=4;WE=67425502;WS=67425484;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:3,4:0.57:7
chr1	67450431	rs17129563	A	G	5751.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.563;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=548;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=74;NR=78;PP=2373;ReadPosRankSum=-0.375;SC=TATGACTGCAAGAAATGAAAA;SOR=0.713;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=325;TCF=160;TCR=165;TR=152;WE=67450439;WS=67450421;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:259,278:0.52:537
chr1	67474977	rs2755271	C	T	329.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=10;PP=271;SC=ACAATGAAAACGCACCAACCC;SOR=3.442;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=11;TCF=1;TCR=10;TR=11;WE=67474985;WS=67474967;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr1	67487119	rs2065002	C	A	2455.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.169;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=15;PP=1617;ReadPosRankSum=-1.193;SC=TAGGCTGACACACTCAGGAGA;SOR=1.634;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=75;TCF=59;TCR=16;TR=72;WE=67487127;WS=67487109;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,87:0.97:90
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chr1	67512920	rs1024230	A	C	3099.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=39;NR=32;PP=1269;SC=TCAGTACACAACTGTTAAAGC;SOR=0.814;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=71;TCF=39;TCR=32;TR=71;WE=67512928;WS=67512910;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr1	67516316	rs2815383	T	A	119.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=4;PP=77;SC=TAATTTATGGTTAAACCCCTG;SOR=1.981;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=5;TCF=1;TCR=4;TR=5;WE=67516324;WS=67516306;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr1	67558739	rs6588237	C	T	2773.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=60;NR=22;PP=1624;SC=TATCCAGTGGCGTTACATTAT;SOR=1.755;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=82;TCF=60;TCR=22;TR=82;WE=67558747;WS=67558729;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr1	67560897	rs10889653	A	G	2802.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=48;NR=26;PP=1297;SC=TTTACTTAACAATAGATGATA;SOR=1.148;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=74;TCF=48;TCR=26;TR=74;WE=67560905;WS=67560887;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr1	67560956	rs11208997	C	T	4577.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=56;NR=51;PP=1859;SC=CTAACGTTGACTATCTTGGCA;SOR=0.738;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=107;TCF=56;TCR=51;TR=107;WE=67560964;WS=67560946;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,180:1.00:180
chr1	67562106	rs6670381	G	T	820.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=7;NR=17;PP=512;SC=CATATGGAAAGTACCTAGTAT;SOR=1.688;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=7;TCR=17;TR=24;WE=67562114;WS=67562096;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr1	67577367	rs6588240	A	T	3495.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=31;NR=46;PP=1512;SC=CTATTAAGTTACTTCTAATTA;SOR=0.941;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=77;TCF=31;TCR=46;TR=77;WE=67577375;WS=67577357;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,133:1.00:133
chr1	67579245	rs2144655	G	A	621.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=13;NR=8;PP=352;SC=ACAGGGTTTCGCCATGTTGGT;SOR=1.270;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=13;TCR=8;TR=21;WE=67579253;WS=67579235;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr1	67579386	rs2144656	A	G	2095.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.649;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=25;PP=959;ReadPosRankSum=-0.716;SC=ACTAAGTACAATGAGAATCCG;SOR=0.846;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=55;TCF=30;TCR=25;TR=55;WE=67579394;WS=67579376;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,82:0.98:84
chr1	67591347	rs6691094	A	G	1070.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=27;NR=9;PP=734;SC=GCACCACTGCACTCTACCCTA;SOR=1.981;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=36;TCF=27;TCR=9;TR=36;WE=67591355;WS=67591337;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr1	67591611	.	GAA	G	295.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.292;ClippingRankSum=0.000;DP=106;ExcessHet=3.0103;FS=8.402;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.10;MQRankSum=-0.511;QD=5.80;ReadPosRankSum=0.747;SOR=1.487;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,20:0.39:51
chr1	67591660	rs4655520	G	A	631.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=10;NR=67;PP=1857;SC=AAAATCTTAGGTGGAAAGAAA;SOR=2.215;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=81;TCF=14;TCR=67;TR=77;WE=67591668;WS=67591650;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr1	67633812	rs1884444	G	T	1921.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=2.030;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=265;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.975;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=29;PP=930;ReadPosRankSum=-1.044;SC=ACATGAATCAGGTCACTATTC;SOR=0.642;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=144;TCF=73;TCR=71;TR=56;WE=67633820;WS=67633802;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:158,101:0.39:259
chr1	67633963	rs11465770	C	T	422.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-1.429;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=16;PP=327;ReadPosRankSum=0.674;SC=GTTAGAATCTCTGAAGAATAC;SOR=0.950;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=36;TCF=5;TCR=31;TR=18;WE=67633971;WS=67633953;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,18:0.47:38
chr1	67648460	rs6687620	T	C	3402.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=57;NR=23;PP=1675;SC=CATCTTGGCTTGGGACCAGAG;SOR=1.495;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=81;TCF=57;TCR=24;TR=80;WE=67648468;WS=67648450;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr1	67685387	rs7530511	T	C	6840.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.144;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=271;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=103;PP=2639;ReadPosRankSum=0.298;SC=TGGAGTTCACTGTTTTTTCAT;SOR=0.628;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=170;TCF=66;TCR=104;TR=167;WE=67685396;WS=67685377;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,267:0.99:270
chr1	67685443	rs7518660	G	A	962.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=2.831;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.678;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=27;PP=641;ReadPosRankSum=-1.615;SC=TTATTCTGTTGGGCTTTTCTT;SOR=0.922;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=81;TCF=19;TCR=62;TR=35;WE=67685451;WS=67685433;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,45:0.38:118
chr1	67705726	rs10889671	A	G	731.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=14;NR=5;PP=452;SC=TGTGGCCTAAAGTAAAGGTTA;SOR=1.893;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=19;TCF=14;TCR=5;TR=19;WE=67705734;WS=67705716;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr1	67792626	.	T	TTTTATTTATTTA	537.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.36;SOR=3.767;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr1	67795319	rs1495963	T	C	5731.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=236;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=61;NR=73;PP=1989;SC=AAAAGGCTTCTGTGAGCAGAT;SOR=0.755;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=135;TCF=61;TCR=74;TR=134;WE=67795327;WS=67795309;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,233:1.00:233
chr1	67796641	rs147756804	ATTAAC	A	271.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.261;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=5;PP=247;ReadPosRankSum=-1.960;SC=TAATTTTTATATTAACTTAAG;SOR=0.593;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=0;TCR=13;TR=5;WE=67796653;WS=67796631;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,8:0.47:17
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chr1	68152363	rs3783468	G	A	1454.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=34;PP=1026;SC=GTGGTAGGTGGGGGTCAGGAG;SOR=3.865;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=37;TCF=3;TCR=34;TR=37;WE=68152371;WS=68152353;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
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chr1	68603731	rs1831297	A	G	1757.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=45;PP=1218;SC=TGTGGGAAACATGAAGGGCCA;SOR=2.584;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=55;TCF=10;TCR=45;TR=55;WE=68603739;WS=68603721;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr1	68614013	rs2566789	A	G	4516.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=33;NR=87;PP=2679;SC=ACATTACAGAAATCCTAAAGA;SOR=1.685;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=124;TCF=37;TCR=87;TR=120;WE=68614021;WS=68614003;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,159:1.00:159
chr1	68620762	rs3762371	G	A	6139.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.721;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=612;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.096;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=109;NR=71;PP=2852;ReadPosRankSum=1.244;SC=CACATGTCAAGATCAATTACA;SOR=0.796;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=348;TCF=204;TCR=144;TR=180;WE=68620770;WS=68620752;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:308,300:0.49:608
chr1	68624878	rs3748705	C	T	2399.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.242;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=42;PP=1104;ReadPosRankSum=-0.483;SC=ACTCAGCAAACGCGTCATCAC;SOR=0.708;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=130;TCF=54;TCR=76;TR=71;WE=68624886;WS=68624868;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:102,114:0.53:216
chr1	68659747	.	G	A	3518.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.618;ClippingRankSum=0.000;DP=396;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=46;PP=1557;ReadPosRankSum=-1.213;SC=CAGAAAACACGATGTCATTGG;SOR=0.700;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=252;TCF=142;TCR=110;TR=106;WE=68659755;WS=68659737;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:208,178:0.46:386
chr1	68693854	rs78382594	A	G	294.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=1.356;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.506;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=3;PP=224;ReadPosRankSum=0.544;SC=TTTGGAAGAAACAATGATCTT;SOR=1.802;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=31;TCF=22;TCR=9;TR=15;WE=68693862;WS=68693844;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,15:0.43:35
chr1	68905358	rs1925955	G	C	3043.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.090;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=259;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.905;NF=35;NR=64;PP=1686;ReadPosRankSum=-0.275;SC=GGCTTTGGAAGAGCCTCTTAT;SOR=0.672;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=183;TCF=65;TCR=118;TR=99;WE=68905375;WS=68905348;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:115,143:0.55:258
chr1	68915479	rs3125907	A	T	481.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=3.144;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=3;PP=319;ReadPosRankSum=0.070;SC=TTTCCTAAACAGGTCATTAAT;SOR=0.446;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=44;TCF=38;TCR=6;TR=19;WE=68915487;WS=68915469;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,20:0.43:46
chr1	68947318	rs3833522	C	CA	15708.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=0.855;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=667;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.205;NF=44;NR=180;PP=2979;ReadPosRankSum=-0.315;SC=AATACCCCCCCAAAAATCATC;SOR=0.716;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=236;TCF=45;TCR=191;TR=224;WE=68947327;WS=68947308;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:7,636:0.99:643
chr1	68949139	rs10789263	T	C	1213.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.029;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.734;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=24;PP=603;ReadPosRankSum=1.092;SC=TTGAGTTCAATTGACAACAGT;SOR=0.597;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=72;TCF=26;TCR=46;TR=40;WE=68949147;WS=68949129;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,58:0.54:107
chr1	68952564	.	AACACAC	A	187.87	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=37.57;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr1	70034263	rs72671185	C	G	6298.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=-1.650;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=778;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=1.122;NF=84;NR=91;PP=2470;ReadPosRankSum=1.036;SC=TAAGGAATAACCCTTGGCAGC;SOR=0.709;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=392;TCF=191;TCR=201;TR=175;WE=70034271;WS=70034253;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:435,332:0.43:767
chr1	70034370	rs11280966	C	CCAGCCGCGTG	10154.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=261;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=64.29;QD=41.96;SOR=1.476;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,242:1.00:242
chr1	70144056	rs72938954	T	C	1301.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-1.184;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.527;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=11;PP=544;ReadPosRankSum=-0.516;SC=TCTGATTCTCTCTTATAGGAT;SOR=0.553;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=68;TCF=46;TCR=22;TR=34;WE=70144064;WS=70144046;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,62:0.54:114
chr1	70226125	rs12407496	T	C	1386.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.069;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.782;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=40;PP=970;ReadPosRankSum=-0.992;SC=TATTTCATAATTTTCAAATAC;SOR=0.565;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=95;TCF=25;TCR=70;TR=57;WE=70226133;WS=70226115;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,61:0.55:111
chr1	70304758	rs12735430	A	G	716.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.089;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.88;ReadPosRankSum=0.348;SOR=0.758;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:50,41:0.45:91
chr1	70397087	rs7530457	T	C	2634.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.208;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=267;ExcessHet=3.0103;FS=2.688;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.91;ReadPosRankSum=-0.898;SOR=0.869;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:137,129:0.48:266
chr1	70587360	rs641909	C	T	1263.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=23;NR=12;PP=580;SC=TAAAAACTGACAACTTTTTGT;SOR=1.112;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=35;TCF=23;TCR=12;TR=35;WE=70587368;WS=70587350;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr1	70904523	rs112004441	T	TTGTG,TTGTGTG	3636.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.814;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=2.324;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-0.268;NF=6,6;NR=73,73;PP=1828,877;ReadPosRankSum=-0.274;SC=AGTCTTATTATTGTGTGTGTG;SOR=1.809;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=123;TCF=7;TCR=116;TR=79,79;WE=70904531;WS=70904513;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.56,0.39:94
chr1	70904800	rs1021737	G	T	3345.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.793;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=365;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.794;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=45;PP=1213;ReadPosRankSum=0.850;SC=CCAAGTGGAAGTCACAGCTAG;SOR=0.699;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=208;TCF=103;TCR=105;TR=90;WE=70904808;WS=70904790;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:189,171:0.47:360
chr1	71327936	rs112423301	T	TA	3390.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.685;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=35;PP=1173;ReadPosRankSum=0.474;SC=ACATACTAAGTAAAAAAAAAT;SOR=0.560;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=107;TCF=59;TCR=48;TR=79;WE=71327944;WS=71327926;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:8,152:0.95:160
chr1	71328234	rs7533733	A	G	1261.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=35;PP=1018;SC=TGACTTAGAAAGCTCAAGGAA;SOR=4.514;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=38;TCF=3;TCR=35;TR=38;WE=71328242;WS=71328224;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr1	71331498	rs1409986	A	G	2792.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=28;NR=36;PP=1128;SC=ATCACAGTAGAGGTGGGAAGA;SOR=0.916;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=66;TCF=29;TCR=37;TR=64;WE=71331506;WS=71331488;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr1	71334870	rs1536537	C	T	3971.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=57;NR=42;PP=1831;SC=GTATGTGTGTCGGGGCAGGGG;SOR=0.895;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=99;TCF=57;TCR=42;TR=99;WE=71334878;WS=71334860;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,150:1.00:150
chr1	71419499	rs571705	C	T	206.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-0.115;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=8;PP=135;ReadPosRankSum=-1.682;SC=ACAGTATAAGCTTGCTATAAT;SOR=0.722;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=27;TCF=8;TCR=19;TR=11;WE=71419507;WS=71419489;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,12:0.38:32
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chr1	71537943	rs11209745	A	G	837.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.636;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.958;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=14;PP=310;ReadPosRankSum=-2.500;SC=TCCAAACTAGAGAAAAACAAT;SOR=0.896;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=43;TCF=18;TCR=25;TR=22;WE=71537951;WS=71537933;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,41:0.61:67
chr1	71538075	.	AAGTT	A	592.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.281;ClippingRankSum=0.000;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=1.002;NF=8;NR=3;PP=496;ReadPosRankSum=-0.527;SC=ACTTAAAAAAAAGTTTGTTTT;SOR=0.859;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=24;TCF=18;TCR=6;TR=11;WE=71538086;WS=71538065;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,16:0.53:30
chr1	71544079	rs10574763	CAAG	C	2416.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=2.422;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.697;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=1.895;NF=34;NR=12;PP=1782;ReadPosRankSum=1.602;SC=GTAATATAAACAAGTAGTGGC;SOR=1.132;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=96;TCF=66;TCR=30;TR=46;WE=71544089;WS=71544069;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,65:0.46:141
chr1	72058367	rs1334004	C	T	920.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=20;NR=10;PP=553;SC=GTAAGGATTGCGTGATGTATA;SOR=1.418;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=30;TCF=20;TCR=10;TR=30;WE=72058375;WS=72058357;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr1	72058405	rs1334005	T	C	1634.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=32;NR=14;PP=1012;SC=GGTTGAGTTTTAAAATGAACG;SOR=1.493;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=46;TCF=32;TCR=14;TR=46;WE=72058413;WS=72058395;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr1	72058552	rs1413368	G	A	4995.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=61;NR=58;PP=2299;SC=CAGCCACACAGGTATAATTGC;SOR=0.704;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=119;TCF=61;TCR=58;TR=119;WE=72058560;WS=72058542;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,187:1.00:187
chr1	72242039	rs6424448	G	A	385.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.814;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=11;PP=221;ReadPosRankSum=0.510;SC=GTTGAAGTACGTATGATTAAT;SOR=0.307;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=26;TCF=4;TCR=22;TR=13;WE=72242047;WS=72242029;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,17:0.53:32
chr1	72747844	rs3101341	C	T	330.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-2.424;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=1;PP=172;ReadPosRankSum=0.049;SC=CGGGCCGGGGCTCCGGGAAGA;SOR=0.395;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=20;TCF=19;TCR=1;TR=10;WE=72747852;WS=72747834;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,15:0.50:30
chr1	74507711	rs7538410	T	G	454.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=12;PP=280;SC=ATAAGAACCTTTTATTTACTT;SOR=1.863;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=4;TCR=12;TR=16;WE=74507719;WS=74507701;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr1	74575182	rs1340472	C	T	1285.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=20;NR=18;PP=683;SC=ATCCATTTTGCTTCATATCCT;SOR=0.732;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=20;TCR=18;TR=38;WE=74575190;WS=74575172;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr1	74646514	rs6701961	C	T	3832.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=27;NR=90;PP=2627;SC=AATAAATATTCTTCAAAAAGG;SOR=2.197;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=117;TCF=27;TCR=90;TR=117;WE=74646522;WS=74646504;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr1	74664149	rs4422957	T	C	2361.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=2.227;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.124;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=44;PP=1327;ReadPosRankSum=0.149;SC=TTCTCATCTGTAGGCCTATGA;SOR=0.597;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=131;TCF=49;TCR=82;TR=72;WE=74664157;WS=74664139;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:89,107:0.55:196
chr1	74665493	rs792310	G	A	3816.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.245;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=424;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.443;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=68;PP=1777;ReadPosRankSum=-1.466;SC=ACGTTTTTGTGGATCCTGCTG;SOR=0.875;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=247;TCF=106;TCR=141;TR=108;WE=74665501;WS=74665483;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:231,188:0.45:419
chr1	74666344	rs35329584	A	AC	314.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.183;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.752;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=5;PP=172;ReadPosRankSum=0.297;SC=GACTGCCACCAGCCTGGCTAA;SOR=0.793;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=3;TCR=6;TR=5;WE=74666352;WS=74666334;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,10:0.59:17
chr1	74666507	rs9804006	T	C	599.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.61;BaseQRankSum=0.980;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=5;PP=147;ReadPosRankSum=-0.662;SC=TCTGAGGTACTCAAGAGTTAA;SOR=0.688;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=24;TCF=12;TCR=12;TR=9;WE=74666515;WS=74666497;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,29:0.56:52
chr1	74666833	rs17591703	A	G	87.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=2.189;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=0;PP=87;ReadPosRankSum=1.068;SC=GTTGTTTGCTATGAGATGTTT;SOR=1.981;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=8;TCR=1;TR=5;WE=74666841;WS=74666823;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,4:0.50:8
chr1	74669973	rs9425024	T	G	529.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=14;NR=2;PP=387;SC=TATCGTTAAATATATTTTGAT;SOR=3.383;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=16;TCF=14;TCR=2;TR=16;WE=74669981;WS=74669963;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr1	74670172	rs12046751	A	G	1930.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=3.022;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.225;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=30;PP=1184;ReadPosRankSum=0.824;SC=TAGAATTAAAACTAGCCATGT;SOR=0.862;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=127;TCF=66;TCR=61;TR=68;WE=74670180;WS=74670162;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:93,89:0.49:182
chr1	74671519	rs571848	A	G	432.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.085;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=12;PP=219;ReadPosRankSum=-1.341;SC=TGATGTAGAGATATTTTAAAT;SOR=0.783;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=25;TCF=3;TCR=22;TR=13;WE=74671527;WS=74671509;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,21:0.57:37
chr1	74701295	rs505508	T	A	167.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=5;PP=104;SC=GCAGCATGTTTTGTGAAAGTC;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=5;WE=74701303;WS=74701285;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr1	74701950	rs532221	T	A	656.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=1.135;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.610;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=15;PP=285;ReadPosRankSum=-1.736;SC=ATTCACCTTATTTTTTAAAGT;SOR=1.478;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=35;TCF=10;TCR=25;TR=18;WE=74701958;WS=74701940;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,31:0.55:56
chr1	74716515	rs11437074	C	CT	434.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.397;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FS=0.911;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.00;ReadPosRankSum=-0.121;SOR=0.567;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:48,39:0.45:87
chr1	74818936	.	G	GT	31.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.057;ClippingRankSum=0.000;DP=83;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.41;ReadPosRankSum=0.789;SOR=0.536;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:64,13:0.17:77
chr1	74819077	rs6424586	T	G	4823.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=54;NR=65;PP=2233;SC=ACTAGTTCTATATGCTTATCA;SOR=0.807;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=120;TCF=55;TCR=65;TR=119;WE=74819085;WS=74819067;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,184:1.00:184
chr1	74841173	rs2880795	A	C	972.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.60;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr1	74901739	rs67642732	CT	C	799.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.767;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.37;MQRankSum=0.595;QD=15.38;ReadPosRankSum=1.197;SOR=0.602;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:3,49:0.94:52
chr1	75006027	rs3895907	A	G	8042.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=315;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=74;NR=107;PP=2965;SC=AGGTTTGTTAAGAAAACTACC;SOR=0.945;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=185;TCF=74;TCR=111;TR=181;WE=75006035;WS=75006017;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,309:1.00:309
chr1	75006076	rs3845348	G	A	4175.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=32;NR=74;PP=2156;SC=AAGGGAGAAAGCATTGCATAT;SOR=1.448;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=106;TCF=32;TCR=74;TR=106;WE=75006084;WS=75006066;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,155:1.00:155
chr1	75036783	rs9326115	T	C	5796.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=91;NR=42;PP=2648;SC=TTAAACTCACTGTCTGCCAGC;SOR=1.311;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=133;TCF=91;TCR=42;TR=133;WE=75036791;WS=75036773;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,215:1.00:215
chr1	75036812	rs9326116	C	T	7030.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=272;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=119;NR=60;PP=2965;SC=TAGACCTGCACGTTGTTGGGG;SOR=1.291;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=179;TCF=119;TCR=60;TR=179;WE=75036820;WS=75036802;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,263:1.00:263
chr1	75037845	rs12723334	A	G	3656.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.474;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=431;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.766;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=69;PP=1914;ReadPosRankSum=0.137;SC=CTCTGGCTTCACTCAGTCTTT;SOR=0.555;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=290;TCF=123;TCR=167;TR=125;WE=75037853;WS=75037835;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:237,184:0.44:421
chr1	75038228	rs11580409	A	C	6211.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.876;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=576;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=108;NR=99;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.677;SC=TCTCTTGCTAAATCTAATTCC;SOR=0.706;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=398;TCF=206;TCR=192;TR=207;WE=75038236;WS=75038218;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:283,291:0.51:574
chr1	75042626	.	TA	T	186.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.263;ClippingRankSum=0.000;DP=171;ExcessHet=3.0103;FS=2.097;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.56;ReadPosRankSum=-1.473;SOR=0.409;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:86,34:0.28:120
chr1	75132462	rs5775255	T	TA	1382.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.274;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.652;HP=9;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=30;PP=569;ReadPosRankSum=1.751;SC=ACTACCTGGTTAAAAAAAAAT;SOR=0.364;SbPval=0.2;Source=Platypus;TC=110;TCF=23;TCR=87;TR=42;WE=75132470;WS=75132452;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:94,80:0.46:174
chr1	75172756	rs10601033	TA	T	247.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.058;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FS=0.974;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.15;MQRankSum=2.222;QD=2.21;ReadPosRankSum=1.158;SOR=0.908;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:76,36:0.32:112
chr1	75199152	rs277373	C	T	3065.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=31;NR=62;PP=1854;SC=TGCGAAACTTCAGGAGCCCTG;SOR=1.356;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=93;TCF=31;TCR=62;TR=93;WE=75199160;WS=75199142;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr1	75596388	rs41289234	C	G	1382.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=1.773;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.246;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=17;PP=746;ReadPosRankSum=-0.041;SC=GCTCTGCCATCTCTGAGGGGT;SOR=0.511;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=102;TCF=67;TCR=35;TR=45;WE=75596396;WS=75596378;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,64:0.48:134
chr1	75603055	rs1526503	A	G	1495.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=7;NR=31;PP=918;SC=GTTCTGGGTGAAGGTTGTAGG;SOR=2.215;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=7;TCR=31;TR=38;WE=75603063;WS=75603045;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr1	75614380	rs35220110	CT	C	1925.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.620;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=382;ExcessHet=3.0103;FS=0.471;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.11;MQRankSum=1.797;QD=6.17;ReadPosRankSum=-0.918;SOR=0.737;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:164,148:0.47:312
chr1	75622616	rs941032	C	T	2009.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.030;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=249;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.205;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=28;PP=873;ReadPosRankSum=0.802;SC=ACAAGAAACACGTCAGTCCTA;SOR=0.556;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=156;TCF=94;TCR=62;TR=66;WE=75622624;WS=75622606;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:134,106:0.44:240
chr1	75626413	rs140511711	G	A	3226.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.624;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FS=5.975;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.80;ReadPosRankSum=0.147;SOR=1.277;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:82,81:0.50:163
chr1	75626420	rs2462955	A	T	3455.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.622;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FS=4.814;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.91;ReadPosRankSum=-0.637;SOR=1.074;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:94,99:0.51:193
chr1	75679569	rs3831898	C	CT	667.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-2.295;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.841;HP=10;HapScore=3;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.101;NF=6;NR=16;PP=235;ReadPosRankSum=0.419;SC=ATCTTTTAAACTTTTTTTTTT;SOR=0.554;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=54;TCF=13;TCR=41;TR=22;WE=75679577;WS=75679559;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,46:0.51:90
chr1	75680433	rs687715	G	A	1473.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.067;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.621;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=31;PP=760;ReadPosRankSum=-0.287;SC=ACAATCCAATGACAGGAAGGT;SOR=0.427;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=82;TCF=29;TCR=53;TR=50;WE=75680441;WS=75680423;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,68:0.60:113
chr1	75680545	rs688513	T	G	270.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=2.644;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=8;PP=155;ReadPosRankSum=0.774;SC=CAACTCTCAGTGTCATTGACA;SOR=1.244;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=0;TCR=13;TR=8;WE=75680553;WS=75680535;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,11:0.61:18
chr1	75681351	rs594470	A	T	196.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-1.385;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=0;PP=118;ReadPosRankSum=0.653;SC=AACTGCATGAAGTAAAAGTAC;SOR=0.941;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=24;TCF=22;TCR=2;TR=8;WE=75681359;WS=75681341;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,10:0.36:28
chr1	75681511	rs595009	T	C	5841.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=65;NR=68;PP=2606;SC=TCAGGCAGCATTGTAGGAATT;SOR=0.720;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=133;TCF=65;TCR=68;TR=133;WE=75681519;WS=75681501;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,223:1.00:223
chr1	75685403	rs600734	T	C	3743.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.679;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=391;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.370;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=74;NR=48;PP=1899;ReadPosRankSum=-0.374;SC=TTCCCAGGGATAGAAAACACT;SOR=0.672;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=246;TCF=151;TCR=95;TR=122;WE=75685411;WS=75685393;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:203,184:0.48:387
chr1	75685643	rs12042874	T	C	778.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=2.983;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=21;PP=484;ReadPosRankSum=-0.169;SC=ACTGAATTGATTCTAAGAAAA;SOR=0.657;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=52;TCF=7;TCR=45;TR=23;WE=75685651;WS=75685633;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,32:0.49:65
chr1	75699646	rs10493564	T	C	6775.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.783;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=267;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.157;NF=129;NR=61;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.672;SC=TGATATTTGATAATTTGAAGA;SOR=0.600;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=195;TCF=132;TCR=63;TR=190;WE=75699654;WS=75699636;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,254:0.98:258
chr1	75699771	rs10493565	A	G	13651.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.175;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=538;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQ=60.02;MQRankSum=0.117;NF=149;NR=187;PP=2965;ReadPosRankSum=0.719;SC=GGACCATGGCAATCGTCAGGC;SOR=0.550;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=342;TCF=150;TCR=192;TR=336;WE=75699779;WS=75699761;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:5,529:0.99:534
chr1	75699831	rs10493566	G	A	7737.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=285;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=69;NR=144;PP=2965;SC=GCTAAACACAGCATATTACAA;SOR=1.425;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=213;TCF=69;TCR=144;TR=213;WE=75699839;WS=75699821;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,284:1.00:284
chr1	75702674	rs17096508	G	A	544.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.578;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=7;PP=239;ReadPosRankSum=-1.102;SC=TCACTTACATGAGAATCCAAT;SOR=0.643;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=47;TCF=31;TCR=16;TR=20;WE=75702682;WS=75702664;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,29:0.43:67
chr1	75704070	rs147152873	CATATATATATATAT	C,CAT	1088.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=3;MGOF=7;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=21;NF=18,18;NR=2,2;PP=517,361;SC=ACGTATATTTCATATATATAT;SOR=3.690;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=22;TCF=19;TCR=3;TR=20,20;WE=75704091;WS=75704060;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.37,0.63:30
chr1	75707652	rs7556057	C	T	6286.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.964;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=244;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=75;NR=72;PP=2935;ReadPosRankSum=0.294;SC=TTTGGTAGATCCTATGTTTCT;SOR=0.728;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=150;TCF=77;TCR=73;TR=147;WE=75707660;WS=75707642;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,234:0.99:236
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chr1	76007232	rs211744	C	T	467.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.356;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=11;PP=221;ReadPosRankSum=-1.798;SC=AAGATAGTTACCTAAAGCAAA;SOR=0.593;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=38;TCF=14;TCR=24;TR=18;WE=76007240;WS=76007222;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,23:0.51:45
chr1	76007268	rs211743	C	G	261.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-2.079;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=11;PP=192;ReadPosRankSum=1.465;SC=AACAACTAACCTTTTGGGAAT;SOR=1.136;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=25;TCF=5;TCR=20;TR=13;WE=76007276;WS=76007258;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,13:0.50:26
chr1	76143443	rs7513363	A	G	2350.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.032;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=280;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.657;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.913;NF=37;NR=42;PP=1111;ReadPosRankSum=0.852;SC=CAAGGGAGGAACCAAGATGGC;SOR=0.538;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=177;TCF=76;TCR=101;TR=79;WE=76143451;WS=76143433;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:151,123:0.45:274
chr1	76143458	rs7516122	T	C	2065.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.080;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-1.019;NF=33;NR=39;PP=1020;ReadPosRankSum=0.177;SC=GATGGCCGAATAGGAACAGCT;SOR=0.661;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=158;TCF=71;TCR=87;TR=72;WE=76143466;WS=76143448;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:125,108:0.46:233
chr1	76143505	rs1746748	T	C	3165.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=33;NR=68;PP=1656;SC=ACGCAGAAGATGGGTGATTTC;SOR=1.426;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=101;TCF=33;TCR=68;TR=101;WE=76143513;WS=76143495;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr1	76190569	rs1251075	C	G	967.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.813;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.830;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=20;PP=472;ReadPosRankSum=1.430;SC=GCAGGGGGCCCTGGGCCAAAA;SOR=0.547;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=57;TCF=20;TCR=37;TR=32;WE=76190577;WS=76190551;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,47:0.55:86
chr1	76194054	rs7524467	C	G	608.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.042;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FS=0.839;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.08;ReadPosRankSum=-2.446;SOR=0.555;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:51,35:0.41:86
chr1	76194229	rs11316888	GT	G	2413.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=43;PP=1687;SC=AGCTTTATATGTTTTGTTTGG;SOR=1.666;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=44;TCF=1;TCR=43;TR=44;WE=76194237;WS=76194219;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr1	76194306	rs1146572	A	G	667.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=19;PP=491;SC=TCCACAGATAATTTACAATAA;SOR=4.804;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=20;TCF=1;TCR=19;TR=20;WE=76194314;WS=76194296;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr1	76198436	rs2275378	T	C	1642.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.459;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=23;PP=709;ReadPosRankSum=-0.695;SC=AGTAGGTATATACATTTTAAA;SOR=0.693;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=81;TCF=41;TCR=40;TR=47;WE=76198444;WS=76198426;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,78:0.60:130
chr1	76198785	rs3818855	G	A	4476.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=2.006;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=486;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQ=60.02;MQRankSum=-0.991;NF=57;NR=72;PP=1960;ReadPosRankSum=0.447;SC=ACCTAGATGCGTTTTTCCTTC;SOR=0.677;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=261;TCF=115;TCR=146;TR=129;WE=76198793;WS=76198774;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:235,233:0.50:468
chr1	76199345	rs2153126	C	G	2994.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.585;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=288;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.439;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=1.011;NF=43;NR=67;PP=1940;ReadPosRankSum=0.484;SC=CTACCTAACTCAGCTCTTGTT;SOR=0.801;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=201;TCF=80;TCR=121;TR=110;WE=76199353;WS=76199335;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:141,140:0.50:281
chr1	76205643	rs12127402	C	A	399.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.295;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.793;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=6;PP=250;ReadPosRankSum=-1.599;SC=AATTTCATTTCTCTTGTTTTT;SOR=1.347;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=59;TCF=37;TCR=22;TR=21;WE=76205651;WS=76205633;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,25:0.30:82
chr1	76216330	rs11161521	T	C	242.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.374;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=8;PP=144;ReadPosRankSum=0.000;SC=CAATTTCTACTTTGATAGCAA;SOR=0.646;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=16;TCF=2;TCR=14;TR=9;WE=76216338;WS=76216320;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,11:0.61:18
chr1	76227022	rs1061337	A	G	1176.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-2.722;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.735;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=31;PP=636;ReadPosRankSum=1.176;SC=AATATCCTGTAGAAAAACTAA;SOR=0.605;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=84;TCF=26;TCR=58;TR=46;WE=76227030;WS=76227012;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,58:0.52:111
chr1	76234886	rs1146593	A	G	2514.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.66;SOR=0.866;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr1	76235001	rs1826978	A	G	155.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.252;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.225;NF=1;NR=4;PP=49;ReadPosRankSum=-0.286;SC=GTGAAAATGGACTAATACAGT;SOR=0.743;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=13;TCF=3;TCR=10;TR=5;WE=76235009;WS=76234991;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,9:0.39:23
chr1	76252011	rs1146634	G	A	1840.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.941;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.153;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=35;PP=851;ReadPosRankSum=-0.858;SC=CAGACAGGGTGGAGTAGGGTT;SOR=0.791;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=118;TCF=52;TCR=66;TR=59;WE=76252019;WS=76252001;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,94:0.52:181
chr1	76252687	rs1146636	T	C	555.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-0.026;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=5;PP=287;ReadPosRankSum=1.821;SC=TGATATTCTATGGTGTTTATT;SOR=0.765;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=32;TCF=25;TCR=7;TR=21;WE=76252695;WS=76252677;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,26:0.59:44
chr1	76255228	rs11161620	G	A	224.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=2.012;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=9;PP=175;ReadPosRankSum=1.298;SC=ATTACACTGAGACCTTGGAGG;SOR=1.460;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=1;TCR=19;TR=9;WE=76255236;WS=76255218;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,9:0.45:20
chr1	76257074	rs35837562	A	AT	248.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.454;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FS=3.744;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.56;ReadPosRankSum=-0.971;SOR=1.338;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:66,31:0.32:97
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chr1	76269372	rs5745323	T	C	457.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.686;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=2;PP=326;ReadPosRankSum=-0.628;SC=CATCATTGCATAATTCAAATC;SOR=0.716;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=42;TCF=36;TCR=6;TR=18;WE=76269380;WS=76269362;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,20:0.44:45
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chr1	76342858	rs5745442	T	G	40.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.674;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=8.15;ReadPosRankSum=0.842;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,3:0.60:5
chr1	76344011	rs1493367	C	A	520.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-1.001;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.337;HP=6;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=18;PP=362;ReadPosRankSum=0.865;SC=CAGGTAATTTCTTTATTTGAT;SOR=1.158;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=49;TCF=16;TCR=33;TR=26;WE=76344019;WS=76344001;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,26:0.45:58
chr1	76344705	rs5745448	T	C	2078.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.219;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FS=0.645;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.51;ReadPosRankSum=0.221;SOR=0.628;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:79,55:0.41:134
chr1	76344711	rs5745449	A	T	2025.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.157;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FS=0.619;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.69;ReadPosRankSum=1.533;SOR=0.757;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:91,57:0.39:148
chr1	76344920	rs5745453	G	A	446.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=14;PP=357;SC=TGAATGTTCTGTATCTTCTCC;SOR=4.047;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=15;TCF=1;TCR=14;TR=15;WE=76344928;WS=76344910;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr1	76345640	rs2307077	G	T	404.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.060;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.079;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=4;PP=241;ReadPosRankSum=0.021;SC=AGAGTAAAATGATTAACCTAA;SOR=1.358;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=39;TCF=27;TCR=12;TR=18;WE=76345648;WS=76345630;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,22:0.41:54
chr1	76345884	rs2307078	T	A	179.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-2.457;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.638;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=8;PP=102;ReadPosRankSum=1.006;SC=ATTGGTTTAATTTGAGAAACT;SOR=0.250;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=27;TCF=7;TCR=20;TR=12;WE=76345892;WS=76345874;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,11:0.38:29
chr1	76346920	rs5745466	C	CAT	3292.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=29;NR=15;PP=2253;SC=TCTTACCAAACGTGTTTTCAG;SOR=1.842;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=45;TCF=29;TCR=16;TR=44;WE=76346928;WS=76346910;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr1	76365191	rs5745544	C	A	449.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-1.464;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.433;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=5;PP=276;ReadPosRankSum=0.928;SC=TTCAGAAGTGCCTCTAGAAGG;SOR=0.412;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=33;TCF=25;TCR=8;TR=18;WE=76365199;WS=76365181;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,20:0.53:38
chr1	76378360	.	T	TA	1561.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.766;ClippingRankSum=0.000;DP=159;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.00;ReadPosRankSum=0.631;SOR=0.717;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:65,77:0.54:142
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chr1	76378362	rs2881857	T	A	1102.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.387;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FS=1.369;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.77;ReadPosRankSum=0.904;SOR=0.850;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:69,73:0.51:142
chr1	76378363	rs28693610	T	A	720.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.183;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.62;ReadPosRankSum=1.535;SOR=0.659;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:102,54:0.35:156
chr1	76387748	rs12567390	T	A	809.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.215;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.812;HP=7;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=9;PP=525;ReadPosRankSum=0.177;SC=CCATTTTTTTTAAAGTAGTTT;SOR=0.573;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=74;TCF=52;TCR=22;TR=32;WE=76387756;WS=76387738;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,44:0.42:106
chr1	76397972	rs3795251	C	T	2437.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-2.252;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.549;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.991;NF=22;NR=63;PP=1500;ReadPosRankSum=-1.443;SC=AGTAGATTTACTCATTGTTAC;SOR=0.894;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=172;TCF=49;TCR=123;TR=85;WE=76397980;WS=76397962;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:103,107:0.51:210
chr1	76608491	rs289686	T	C	1528.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.890;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FS=1.311;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.06;ReadPosRankSum=-0.476;SOR=0.545;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:76,76:0.50:152
chr1	76608777	rs184095	C	T	211.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-3.391;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.007;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=7;PP=101;ReadPosRankSum=1.046;SC=AAATTGAACTCACCCTGTTTA;SOR=0.275;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=22;TCF=4;TCR=18;TR=9;WE=76608785;WS=76608767;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,11:0.46:24
chr1	76771475	rs10782610	G	T	2773.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-2.087;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=21;PP=1321;ReadPosRankSum=-0.583;SC=ATCAGTTAGAGAATTATTTAT;SOR=0.601;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=74;TCF=53;TCR=21;TR=73;WE=76771483;WS=76771465;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,105:0.99:106
chr1	76771495	rs11162118	G	C	931.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.446;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.408;HP=4;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=9;PP=458;ReadPosRankSum=0.069;SC=TATAATCTCAGTTTTCCAGAC;SOR=1.031;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=82;TCF=55;TCR=27;TR=34;WE=76771503;WS=76771485;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,50:0.40:125
chr1	77093010	rs680442	CT	TG	556.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=2.810;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.618;HP=2;HapScore=2;JOINED;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=0;PP=503;ReadPosRankSum=0.923;SC=AGTTTCTCAACTCTTTTTCCT;SOR=2.271;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=37;TCF=30;TCR=7;TR=13;WE=77093019;WS=77093000;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,14:0.36:39
chr1	77093180	rs1184626	C	A	2632.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.500;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=242;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.993;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=44;PP=1233;ReadPosRankSum=-2.018;SC=GTTTACCTTCCTTCTGGCCAT;SOR=0.618;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=168;TCF=81;TCR=87;TR=89;WE=77093188;WS=77093170;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:112,126:0.53:238
chr1	77333355	rs76305167	C	T	3726.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.835;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=409;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=51;PP=1406;ReadPosRankSum=-0.222;SC=AAAAGAGGTGCCCAAAATGAA;SOR=0.657;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=227;TCF=115;TCR=112;TR=104;WE=77333363;WS=77333345;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:218,190:0.47:408
chr1	77334268	rs114586767	G	A	5281.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.938;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=515;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.439;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=5.651;NF=83;NR=75;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.591;SC=GCCAGAAGGAGCGGCCCCCGC;SOR=0.535;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=328;TCF=180;TCR=148;TR=158;WE=77334300;WS=77334258;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:243,268:0.52:511
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chr1	77627096	rs839825	G	A	1902.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=36;NR=21;PP=1403;SC=TGATGCTATGGAAAGGGGGAA;SOR=1.270;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=57;TCF=36;TCR=21;TR=57;WE=77627104;WS=77627086;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr1	77634948	rs1779199	G	A	5882.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=88;NR=60;PP=2604;SC=AATTTACCTCGTAACTTCTAT;SOR=1.042;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=148;TCF=88;TCR=60;TR=148;WE=77634956;WS=77634938;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,224:1.00:224
chr1	77759380	rs2815310	C	G	85.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-0.554;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.015;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=1;PP=56;ReadPosRankSum=1.722;SC=AAAAACAAACCCATTTAATTT;SOR=1.609;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=32;TCF=24;TCR=8;TR=8;WE=77759388;WS=77759370;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,8:0.22:36
chr1	77759578	rs2815311	A	G	1765.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.556;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.759;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=37;PP=880;ReadPosRankSum=-0.054;SC=CTGAGACTGCAGAGTTGATTG;SOR=0.575;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=128;TCF=55;TCR=73;TR=67;WE=77759586;WS=77759568;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:101,92:0.48:193
chr1	77763542	rs1167206	G	A	2850.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=25;NR=51;PP=1559;SC=CAGAGATAAAGCAAAAATTGA;SOR=1.374;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=76;TCF=25;TCR=51;TR=76;WE=77763550;WS=77763532;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr1	77952110	rs77015705	G	A	245.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=0.888;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=6;PP=116;ReadPosRankSum=0.000;SC=GCCAGGTGCGGTGGCTTACAC;SOR=0.648;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=20;TCF=7;TCR=13;TR=9;WE=77952118;WS=77952100;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,13:0.45:29
chr1	77987814	rs61777071	G	A	250.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.450;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=11;PP=189;ReadPosRankSum=-2.413;SC=ACACCCAGCAGTGGTTTAGAT;SOR=0.495;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=26;TCF=1;TCR=25;TR=11;WE=77987822;WS=77987804;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,11:0.44:25
chr1	78001764	.	C	CT	98.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.235;ClippingRankSum=0.000;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=1.582;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.01;ReadPosRankSum=0.233;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,15:0.31:49
chr1	78001881	rs10873948	T	C	814.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=17;PP=637;SC=CACAGTGGCTTATGCCTGTAA;SOR=1.981;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=6;TCR=17;TR=23;WE=78001889;WS=78001871;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr1	78024284	rs6675743	T	C	1697.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=33;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=30;NR=15;PP=931;SC=CTTTTAAATATAGATAAATGC;SOR=1.306;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=46;TCF=30;TCR=16;TR=45;WE=78024292;WS=78024274;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr1	78024345	rs79671213	C	CTAT	5599.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=31;NR=31;PP=2974;SC=GCTATTGACTCTATTTTCTGA;SOR=1.255;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=70;TCF=32;TCR=38;TR=62;WE=78024353;WS=78024335;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr1	78031994	rs7552291	A	G	801.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=25;PP=659;SC=GGACAGTAATATAACACACAA;SOR=5.136;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=26;TCF=1;TCR=25;TR=26;WE=78032002;WS=78031984;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr1	78033981	rs145860524	AAAATG	A	2793.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=15;NR=12;PP=1422;SC=ATAAATAAATAAAATGAAATG;SOR=1.341;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=28;TCF=15;TCR=13;TR=27;WE=78033993;WS=78033971;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr1	78034156	rs10581619	CAA	C	215.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=21.57;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr1	78045369	rs1565852	G	A	3043.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=17;NR=75;PP=2280;SC=TTAAATATTGGATTTCTAAAT;SOR=2.742;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=92;TCF=17;TCR=75;TR=92;WE=78045377;WS=78045359;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr1	78163071	.	C	T	5411.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.116;ClippingRankSum=0.000;DP=347;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.69;ReadPosRankSum=-1.495;SOR=0.700;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:198,147:0.43:345
chr1	78163080	rs34351666	C	T	5287.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.185;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=341;ExcessHet=3.0103;FS=1.794;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.60;ReadPosRankSum=-0.760;SOR=0.678;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:194,145:0.43:339
chr1	78178976	rs6603958	T	A	585.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=2.306;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.919;HP=8;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=21;PP=430;ReadPosRankSum=1.047;SC=CCTAAAAAAATATATAAACAT;SOR=0.932;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=68;TCF=17;TCR=51;TR=26;WE=78178984;WS=78178966;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,30:0.34:89
chr1	78183670	rs41313399	G	T	3014.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.303;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=370;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.795;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=66;PP=1644;ReadPosRankSum=1.115;SC=ATGAAACATGGGTACTGATTT;SOR=0.844;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=219;TCF=93;TCR=126;TR=113;WE=78183678;WS=78183660;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:210,156:0.43:366
chr1	78184345	rs7555421	A	C	480.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.213;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.032;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=10;PP=190;ReadPosRankSum=1.547;SC=AGAAAAGAGAAAATCAATTAG;SOR=0.882;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=34;TCF=11;TCR=23;TR=14;WE=78184353;WS=78184335;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,25:0.44:57
chr1	78188870	rs147525118	CA	C	458.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-1.397;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.059;NF=15;NR=1;PP=568;ReadPosRankSum=-1.287;SC=CACCTAGAATCAAATTTGTGT;SOR=0.201;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=35;TCF=34;TCR=1;TR=16;WE=78188878;WS=78188860;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,17:0.50:34
chr1	78195366	rs72683688	T	G	202.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=1.689;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.804;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=0;PP=107;ReadPosRankSum=-0.519;SC=AAAAAAAAGATAAAGATAAAG;SOR=1.179;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=14;TCR=2;TR=6;WE=78195374;WS=78195356;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,10:0.43:23
chr1	78196274	rs200846205	AAAG	A	1768.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.643;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=13;PP=997;ReadPosRankSum=-0.280;SC=AAAGTTTAATAAAGAAGAAGA;SOR=0.610;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=60;TCF=30;TCR=30;TR=24;WE=78196284;WS=78196264;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,47:0.50:94
chr1	78200005	rs3767037	T	C	184.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-1.324;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.705;HP=7;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=3;PP=86;ReadPosRankSum=0.362;SC=ATTATACAAATAAAACAAAAT;SOR=0.321;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=22;TCF=16;TCR=6;TR=9;WE=78200013;WS=78199995;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,11:0.41:27
chr1	78201745	rs2296227	G	T	2254.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.973;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.382;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=31;PP=872;ReadPosRankSum=0.462;SC=ATTTACCTCTGGCCCTAAGTT;SOR=0.675;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=120;TCF=62;TCR=58;TR=60;WE=78201753;WS=78201735;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:95,112:0.54:207
chr1	78245131	.	G	GTT	199.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.999;ClippingRankSum=-0.000;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.39;MQRankSum=-0.000;QD=7.68;ReadPosRankSum=-0.635;SOR=0.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,15:0.58:26
chr1	78281002	rs11162386	T	C	1303.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=33;PP=722;SC=GTCTGTCTTATGTAATAATAG;SOR=2.170;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=8;TCR=33;TR=41;WE=78281010;WS=78280992;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr1	78383160	rs112597766	AT	A	425.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.804;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=4.099;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.52;ReadPosRankSum=-2.428;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,22:0.65:34
chr1	78383467	rs1749913	G	A	1573.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=10;NR=32;PP=938;SC=CTTTATTCTCGTGAAAATATT;SOR=1.781;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=42;TCF=10;TCR=32;TR=42;WE=78383475;WS=78383457;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr1	78392446	rs1166698	G	A	1719.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=3.784;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.924;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=26;PP=1146;ReadPosRankSum=-0.214;SC=ACTTTCTCCCGGAAAATTGAA;SOR=0.964;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=162;TCF=92;TCR=70;TR=67;WE=78392454;WS=78392436;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:136,84:0.38:220
chr1	78399207	rs4483454	C	G	482.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.312;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.948;HP=1;HapScore=4;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=15;PP=654;ReadPosRankSum=0.788;SC=ATTTATTAAGCTAAATATTTT;SOR=1.670;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=32;TCF=8;TCR=24;TR=18;WE=78399220;WS=78399197;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,22:0.52:42
chr1	78399212	rs41312654	T	C	373.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.111;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.945;HP=4;HapScore=4;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=7;PP=469;ReadPosRankSum=-1.513;SC=TTAAGCTAAATATTTTACTTA;SOR=0.223;SbPval=0.23;Source=Platypus;TC=29;TCF=8;TCR=21;TR=12;WE=78399220;WS=78399197;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,19:0.49:39
chr1	78408055	.	T	TA	51.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.265;ClippingRankSum=0.000;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.40;ReadPosRankSum=-0.195;SOR=0.627;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,9:0.24:37
chr1	78426284	rs2296454	T	C	117.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=3.067;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.404;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=5;PP=87;ReadPosRankSum=0.095;SC=TAGTCACAAATAACAAATTTT;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=3;TCR=8;TR=5;WE=78426292;WS=78426274;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,5:0.45:11
chr1	78429215	rs113280262	A	G	257.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.398;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=4;PP=167;ReadPosRankSum=-1.373;SC=GTGTCCAGAAAAATGAATAAT;SOR=0.527;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=24;TCF=18;TCR=6;TR=13;WE=78429223;WS=78429205;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,13:0.46:28
chr1	78430689	rs11409017	A	AG	13816.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=398;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=79;NR=137;PP=2967;SC=TATTAACAAAAGAAGTGGACA;SOR=0.731;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=230;TCF=83;TCR=147;TR=216;WE=78430697;WS=78430679;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,379:1.00:379
chr1	78432503	rs3736909	G	C	1375.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.917;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FS=1.290;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.05;ReadPosRankSum=-2.019;SOR=0.852;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:84,68:0.45:152
chr1	78432506	.	TA	T	138.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.022;ClippingRankSum=0.000;DP=162;ExcessHet=3.0103;FS=4.134;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.07;MQRankSum=1.876;QD=0.93;ReadPosRankSum=-0.685;SOR=1.153;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:113,36:0.24:149
chr1	78433801	rs74092340	T	C	1053.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-1.360;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.892;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=11;PP=377;ReadPosRankSum=0.825;SC=AATCTTAACATTGAAATTGTT;SOR=0.404;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=52;TCF=32;TCR=20;TR=25;WE=78433809;WS=78433791;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,51:0.55:93
chr1	78444734	rs7548467	C	T	1747.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.264;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.627;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=44;PP=932;ReadPosRankSum=-0.548;SC=GACTTCCTCTCAGCTAACAGC;SOR=0.784;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=125;TCF=39;TCR=86;TR=62;WE=78444742;WS=78444724;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,84:0.52:163
chr1	78471060	rs11384806	T	TC	618.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.90;QD=26.90;SOR=1.911;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,22:0.96:23
chr1	78478675	rs3790586	G	A	350.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-1.356;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=4;PP=222;ReadPosRankSum=-1.923;SC=TACAGTTTTTGAAAGTTTAAC;SOR=0.641;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=36;TCF=26;TCR=10;TR=15;WE=78478683;WS=78478665;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,17:0.45:38
chr1	78481640	rs1039863	G	A	553.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-4.298;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.862;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=2;PP=349;ReadPosRankSum=-2.144;SC=GGTAAAATTTGTGCTTAGATT;SOR=0.229;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=45;TCF=42;TCR=3;TR=21;WE=78481648;WS=78481630;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,25:0.48:52
chr1	78512053	.	CCGCCGCGCCG	C,CCGCCGCGCCGCGCCGCGCCG	2057.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.52;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=24;NF=0,0;NR=21,21;PP=2983,2983;SC=TCCCGCCTCTCCGCCGCGCCG;SOR=2.584;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=44;TCF=3;TCR=41;TR=21,21;WE=78512070;WS=78512043;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.44,0.56:52
chr1	78560583	rs565164	G	A	388.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.638;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.54;ReadPosRankSum=0.870;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,19:0.61:31
chr1	78578177	rs6666954	T	C	6860.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=258;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=81;NR=85;PP=2965;SC=ATGTTGAAATTATGGTCTCTG;SOR=0.757;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=166;TCF=81;TCR=85;TR=166;WE=78578185;WS=78578167;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,258:1.00:258
chr1	78578266	rs41440645	C	T	1256.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=1.502;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.231;HP=3;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=31;PP=755;ReadPosRankSum=-0.695;SC=TCGTTCTGTGCGGAAGTGGGG;SOR=0.409;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=70;TCF=17;TCR=53;TR=43;WE=78578274;WS=78578256;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,53:0.65:82
chr1	78585086	rs540742	T	C	2678.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.860;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=301;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.934;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=35;PP=1132;ReadPosRankSum=-0.230;SC=GAAATAGAGCTGAGGTCAAAG;SOR=0.813;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=173;TCF=99;TCR=74;TR=86;WE=78585094;WS=78585076;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:159,137:0.46:296
chr1	78601465	rs3838409	C	CT	1191.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.199;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.443;HP=10;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQ=60.07;MQRankSum=1.038;NF=2;NR=30;PP=563;ReadPosRankSum=0.468;SC=ACCCATCGTTCTTTTTTTTCT;SOR=0.569;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=72;TCF=4;TCR=68;TR=32;WE=78601473;WS=78601455;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,70:0.51:137
chr1	78963437	rs1322934	G	A	887.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-1.284;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=10;PP=340;ReadPosRankSum=-0.026;SC=CAGCCAAGCAGACTCTGAAAC;SOR=0.693;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=47;TCF=28;TCR=19;TR=26;WE=78963445;WS=78963427;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,43:0.63:68
chr1	78998049	rs10655499	T	TTA	234.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.596;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.04;ReadPosRankSum=0.746;SOR=0.818;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,11:0.61:18
chr1	79094593	rs273257	A	G	2304.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=27;NR=28;PP=1076;SC=CATTTAACCAAACAAGTTTTA;SOR=0.716;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=55;TCF=27;TCR=28;TR=55;WE=79094601;WS=79094583;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr1	79095339	rs273256	A	C	722.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=3.068;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.723;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=7;PP=500;ReadPosRankSum=-2.225;SC=AGGTGACTTGAGATGTTCTTT;SOR=1.402;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=85;TCF=60;TCR=25;TR=33;WE=79095347;WS=79095329;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,36:0.36:99
chr1	79095581	rs987495	T	C	2559.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.279;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=237;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.605;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=49;PP=1366;ReadPosRankSum=-0.331;SC=GGGTCTGATATCACCAGCATA;SOR=0.824;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=157;TCF=63;TCR=94;TR=80;WE=79095589;WS=79095571;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:113,119:0.51:232
chr1	79106899	rs273252	T	C	1022.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=2.426;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=21;PP=610;ReadPosRankSum=-0.487;SC=TATATGTGCTTACAGAGTGTA;SOR=0.675;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=57;TCF=21;TCR=36;TR=34;WE=79106907;WS=79106889;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,45:0.56:81
chr1	79107140	rs35466823	G	T	2095.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.978;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=260;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=29;PP=1129;ReadPosRankSum=0.414;SC=TCCATAAAATGCTAGGCATTC;SOR=0.676;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=190;TCF=122;TCR=68;TR=81;WE=79107148;WS=79107130;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:151,109:0.42:260
chr1	79355596	rs1061728	A	G	677.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.198;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=14;PP=298;ReadPosRankSum=1.768;SC=TGAGATCAAAATCACTGCTTA;SOR=0.671;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=51;TCF=18;TCR=33;TR=22;WE=79355604;WS=79355586;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,35:0.42:83
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chr1	79383300	rs5775467	CA	C	76.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.210;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=1;PP=83;ReadPosRankSum=1.437;SC=ATTGTAATAACAATTTTATAT;SOR=0.368;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=11;TCF=9;TCR=2;TR=4;WE=79383308;WS=79383290;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,4:0.40:10
chr1	79383458	rs12569007	A	T	3923.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=73;NR=34;PP=2215;SC=TTATCAAAGAAATGCAAAGCA;SOR=1.390;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=107;TCF=73;TCR=34;TR=107;WE=79383466;WS=79383448;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,143:1.00:143
chr1	79392756	rs12754818	C	A	573.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=6;NR=9;PP=264;SC=TTATAATATACAAATGCAACT;SOR=1.085;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=15;TCF=6;TCR=9;TR=15;WE=79392764;WS=79392746;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr1	79401927	rs61770681	A	G	1602.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=28;NR=9;PP=1111;SC=TGCATGATAAATATTTATTGC;SOR=1.262;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=28;TCR=9;TR=37;WE=79401935;WS=79401917;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr1	79402210	rs6664377	T	C	158.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.959;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.522;HP=3;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=6;PP=116;ReadPosRankSum=0.566;SC=AAATTATTTATAACAAGTAGA;SOR=1.688;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=11;TCF=2;TCR=9;TR=7;WE=79402218;WS=79402200;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,7:0.54:13
chr1	79403750	rs189378914	CT	TG	2704.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.608;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.654;HP=1;HapScore=2;JOINED;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=23;PP=1308;ReadPosRankSum=-1.596;SC=AAATTCAAAGCTCAATTATAT;SOR=0.749;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=85;TCF=42;TCR=43;TR=43;WE=79403759;WS=79403740;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,71:0.55:130
chr1	79411888	rs723898	T	C	914.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.188;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=6;PP=521;ReadPosRankSum=0.967;SC=TTGGTTTGAATATGTTTAACC;SOR=0.784;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=57;TCF=45;TCR=12;TR=31;WE=79411896;WS=79411878;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,41:0.57:72
chr1	79472141	rs1571992	C	A	2949.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=54;NR=35;PP=1573;SC=TTGGAATATTCAACTTTAGAG;SOR=1.054;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=89;TCF=54;TCR=35;TR=89;WE=79472149;WS=79472131;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr1	81967466	rs111927236	T	TCAG	2017.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.357;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.163;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=2.467;NF=7;NR=13;PP=928;ReadPosRankSum=0.039;SC=TGGAGCCACTTCAGCAGCAGC;SOR=1.087;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=62;TCF=21;TCR=41;TR=20;WE=81967474;WS=81967456;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,54:0.39:139
chr1	81970883	.	CCACACA	C	523.75	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.770;ClippingRankSum=0.000;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.34;MQRankSum=-1.513;QD=24.94;ReadPosRankSum=2.411;SOR=0.551;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,15:0.71:21
chr1	82302600	rs12064537	T	C	390.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-1.041;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=6;PP=146;ReadPosRankSum=-0.986;SC=GACTGATGGTTTTGATGAAGC;SOR=0.639;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=29;TCR=18;TR=15;WE=82302608;WS=82302590;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,21:0.37:57
chr1	82402364	rs142993868	TAATC	T	1107.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=-1.152;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQ=60.22;MQRankSum=0.872;NF=3;NR=8;PP=475;ReadPosRankSum=-0.243;SC=TAAGTGAAAATAATCAAATAA;SOR=0.652;SbPval=0.92;Source=Platypus;TC=20;TCF=9;TCR=11;TR=11;WE=82402375;WS=82402354;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,29:0.59:49
chr1	82415814	rs9438715	T	C	2612.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=64;NR=18;PP=1715;SC=CATGTGTGCATGACTGTATGT;SOR=2.329;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=82;TCF=64;TCR=18;TR=82;WE=82415822;WS=82415804;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr1	82416220	rs2148630	G	A	325.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=2.132;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.997;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=12;PP=209;ReadPosRankSum=-0.484;SC=AGTAGGTTCTGTATTACAGTG;SOR=2.494;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=32;TCF=3;TCR=29;TR=12;WE=82416228;WS=82416210;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,14:0.41:34
chr1	82417552	rs7413275	T	G	591.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.694;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.458;HP=6;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=4;PP=332;ReadPosRankSum=-1.785;SC=TCGCAAATTTTTTTCACCACA;SOR=0.428;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=33;TCF=26;TCR=7;TR=18;WE=82417560;WS=82417542;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,25:0.62:40
chr1	82421596	rs11163397	C	T	9032.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=343;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=108;NR=100;PP=2965;SC=TTCTGAGACCCGAAGCTTTGG;SOR=0.754;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=208;TCF=108;TCR=100;TR=208;WE=82421604;WS=82421586;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,338:1.00:338
chr1	82452565	.	GT	G	156.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.537;ClippingRankSum=0.000;DP=535;ExcessHet=3.0103;FS=4.482;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.04;MQRankSum=2.991;QD=0.31;ReadPosRankSum=0.634;SOR=1.112;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:419,94:0.18:513
chr1	84348938	rs9645396	A	G	325.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.443;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=10;PP=213;ReadPosRankSum=-0.148;SC=TACATTTGCAATAACTATGAA;SOR=1.022;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=23;TCF=5;TCR=18;TR=12;WE=84348946;WS=84348928;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,14:0.56:25
chr1	84352757	rs41293003	T	C	135.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=1.218;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.756;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=2;PP=95;ReadPosRankSum=-0.458;SC=TGTTTTCTGTTTGATACATCA;SOR=1.165;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=23;TCF=16;TCR=7;TR=8;WE=84352765;WS=84352747;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,8:0.33:24
chr1	84352789	rs77314261	T	C	304.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.207;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=4;PP=148;ReadPosRankSum=-2.436;SC=TGGCCAACTCTAGGGAAACCT;SOR=0.836;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=29;TCF=18;TCR=11;TR=12;WE=84352797;WS=84352779;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,16:0.48:33
chr1	84352932	rs41293005	C	G	535.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.151;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.268;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=12;PP=277;ReadPosRankSum=-0.842;SC=TATAATCAAACACTTGGATTA;SOR=0.785;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=46;TCF=23;TCR=23;TR=21;WE=84352940;WS=84352922;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,27:0.48:56
chr1	84355901	rs12127526	A	G	992.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=4.043;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.493;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=7;PP=700;ReadPosRankSum=1.143;SC=AGTAAAAGAAATCCATATTTT;SOR=1.476;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=75;TCF=56;TCR=19;TR=36;WE=84355909;WS=84355891;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,38:0.46:82
chr1	84365735	rs11163863	T	C	74.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.494;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.205;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=1;PP=52;ReadPosRankSum=-2.432;SC=ACATATGAAATTGTTTCTTCC;SOR=1.670;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=26;TCF=17;TCR=9;TR=6;WE=84365743;WS=84365725;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,6:0.23:26
chr1	84377080	rs1408474	A	G	984.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=0.406;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.927;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=18;PP=445;ReadPosRankSum=-0.062;SC=TTTTGTTAGAATTCTTAAAAA;SOR=0.910;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=48;TCF=15;TCR=33;TR=25;WE=84377088;WS=84377070;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,44:0.59:75
chr1	84399564	rs56159052	T	A	234.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-1.342;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.062;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=9;PP=142;ReadPosRankSum=1.817;SC=CTCTGTGGCATCTAGCCCCTG;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=1;TCR=20;TR=9;WE=84399572;WS=84399554;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,12:0.40:30
chr1	84412725	rs12121629	G	C	337.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-0.357;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=3;PP=197;ReadPosRankSum=-0.795;SC=TGGTACTCACGCATGAGTAAT;SOR=0.475;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=24;TCF=19;TCR=5;TR=14;WE=84412733;WS=84412715;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,16:0.59:27
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chr1	84413068	rs76399302	A	G	48.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=1.068;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=3;PP=28;ReadPosRankSum=-0.484;SC=AATTTTCTCCATTCCTTCATT;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=1;TCR=6;TR=3;WE=84413076;WS=84413058;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,3:0.43:7
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chr1	84417499	rs144971611	AT	A	2785.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.064;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FS=1.288;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=64.48;MQRankSum=11.243;QD=18.21;ReadPosRankSum=-0.422;SOR=0.816;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:80,73:0.48:153
chr1	84417500	.	TC	AC	1932	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;FR=0.5000,0.5000;HP=3;HapScore=4;MGOF=0;MMLQ=26;MQ=63.81;NF=33,15;NR=16,16;PP=1932,1917;QD=40.1381880112;SC=ATTATGAGAATCCCATGATTG;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=103;TCF=66;TCR=37;TR=49,31;WE=84417508;WS=84417490;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:54,49:0.48:103
chr1	84417500	.	TC	T	1932	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;FR=0.5000,0.5000;HP=3;HapScore=4;MGOF=0;MMLQ=26;MQ=63.81;NF=33,15;NR=16,16;PP=1932,1917;QD=40.1381880112;SC=ATTATGAGAATCCCATGATTG;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=103;TCF=66;TCR=37;TR=49,31;WE=84417508;WS=84417490;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:39,31:0.44:70
chr1	84417501	rs199704898	C	A	2794.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-1.195;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FS=1.268;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=64.37;MQRankSum=11.124;QD=17.80;ReadPosRankSum=-0.608;SOR=0.812;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:82,75:0.48:157
chr1	84640691	rs582201	T	G	1415.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=20;NR=16;PP=669;SC=TTTAATCATTTTCTAATTTAT;SOR=0.841;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=36;TCF=20;TCR=16;TR=36;WE=84640699;WS=84640681;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr1	84640834	rs12132002	T	G	212.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-2.125;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.112;HP=4;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=6;PP=93;ReadPosRankSum=-1.546;SC=TTATATATTTTTAAGTATATC;SOR=0.307;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=14;TCF=3;TCR=11;TR=8;WE=84640842;WS=84640824;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,12:0.67:18
chr1	84641304	rs2812001	A	C	209.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-0.371;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.187;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=3;PP=132;ReadPosRankSum=-0.367;SC=ATAAACTTTAAAATCTGATTT;SOR=0.293;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=13;TCF=9;TCR=4;TR=8;WE=84641312;WS=84641294;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,9:0.60:15
chr1	84662217	rs12142220	A	T	2128.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=6.004;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=14.443;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=9;PP=1538;ReadPosRankSum=-0.130;SC=CCTCTACTTCATATTAGTTTT;SOR=1.789;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=133;TCF=108;TCR=25;TR=75;WE=84662225;WS=84662207;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,84:0.53:158
chr1	84765340	rs10658515	G	GTATA,GTA	283.73	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.61;BaseQRankSum=-0.538;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=1.991;NF=3,3;NR=55,55;PP=1385,540;ReadPosRankSum=-0.105;SC=GAGTACTAGTGTATATATATA;SOR=0.859;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=91;TCF=3;TCR=88;TR=58,58;WE=84765351;WS=84765330;set=Intersection	GT:AF:DP	0/1:0.31:74
chr1	84765359	rs2811996	T	TA	380.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-1.108;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FS=1.067;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.53;MQRankSum=-1.964;QD=4.64;ReadPosRankSum=0.826;SOR=0.452;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:59,23:0.28:82
chr1	84765360	rs68101017	T	TATA	230.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-1.159;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FS=4.391;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.53;MQRankSum=-0.858;QD=2.78;ReadPosRankSum=-0.396;SOR=0.257;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:65,18:0.22:83
chr1	84791239	rs315555	T	C	914.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=20;NR=5;PP=618;SC=GAAAGGCCTGTCCCAGAAGAC;SOR=2.694;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=20;TCR=5;TR=25;WE=84791247;WS=84791229;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr1	84810396	rs315528	A	C	1425.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=42;NR=3;PP=1194;SC=GTGTGCCTCAAAATGCTTCCT;SOR=4.317;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=45;TCF=42;TCR=3;TR=45;WE=84810404;WS=84810386;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr1	84810815	rs315527	A	G	16613.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=642;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=170;NR=202;PP=2965;SC=TGTAAGCAGCAGACTGAGAAA;SOR=0.807;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=373;TCF=170;TCR=203;TR=372;WE=84810823;WS=84810805;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,628:1.00:628
chr1	84853957	rs665074	A	T	2849.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=61;NR=14;PP=1630;SC=AAATTTTGCAATAAAGGATAA;SOR=2.101;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=75;TCF=61;TCR=14;TR=75;WE=84853965;WS=84853947;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr1	84864256	rs3738573	G	C	2386.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.977;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=295;ExcessHet=3.0103;FS=0.898;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.17;ReadPosRankSum=-0.307;SOR=0.680;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:166,126:0.43:292
chr1	84876711	rs3216015	C	CA	1669.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=3.700;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.491;HP=8;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.798;NF=3;NR=28;PP=1168;ReadPosRankSum=0.060;SC=AGAAAAAAAACGATAACTATG;SOR=0.890;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=75;TCF=6;TCR=69;TR=31;WE=84876719;WS=84876701;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,53:0.39:137
chr1	84876731	rs1506700	T	G	739.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.451;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.062;HP=3;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=22;PP=395;ReadPosRankSum=-1.104;SC=GTTGAAGAAATGATTTGGAAA;SOR=0.385;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=75;TCF=19;TCR=56;TR=32;WE=84876739;WS=84876721;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,39:0.40:98
chr1	84878228	rs7511984	C	T	1263.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.174;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.708;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=27;PP=582;ReadPosRankSum=0.557;SC=CTTTTCTTGACGGTATGAAAG;SOR=0.774;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=73;TCF=21;TCR=52;TR=37;WE=84878236;WS=84878218;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,60:0.51:117
chr1	84944989	rs2292191	A	G	1284.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-1.033;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=11;PP=680;ReadPosRankSum=-0.273;SC=GGATAAGAGCAGCAGCAGCGG;SOR=0.692;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=94;TCF=68;TCR=26;TR=43;WE=84944997;WS=84944979;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,62:0.51:121
chr1	84946745	rs7413066	C	T	726.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=16;PP=432;SC=TAGGGAATCCCTCCTGATATT;SOR=1.781;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=5;TCR=16;TR=21;WE=84946753;WS=84946735;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr1	84956161	rs11440073	C	CT	105.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.767;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=559;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.22;ReadPosRankSum=0.207;SOR=0.640;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:406,82:0.17:488
chr1	84963000	rs1246159	A	G	1063.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.744;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.553;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=15;PP=758;ReadPosRankSum=-0.151;SC=GTTTTTCAGCACTAGTGTTAC;SOR=0.952;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=98;TCF=69;TCR=29;TR=52;WE=84963008;WS=84962990;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,54:0.47:114
chr1	84986213	rs5775789	AT	A	400.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=-0.961;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=2;PP=194;ReadPosRankSum=0.948;SC=ACATCAATTGATTTTTTTTTT;SOR=1.101;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=14;TCF=12;TCR=2;TR=12;WE=84986221;WS=84986203;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,21:0.95:22
chr1	84991488	rs2292808	T	G	1376.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.983;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=17;PP=800;ReadPosRankSum=1.801;SC=GCACTGCTTTTAATTGCAAAC;SOR=0.656;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=77;TCF=49;TCR=28;TR=44;WE=84991496;WS=84991478;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,61:0.53:116
chr1	84998445	rs6690204	C	G	280.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.878;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=2;PP=182;ReadPosRankSum=-1.877;SC=CTGAAATCTACGATAAGATTA;SOR=0.941;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=17;TCF=14;TCR=3;TR=10;WE=84998453;WS=84998435;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,12:0.55:22
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chr1	85009894	rs12143652	A	G	5534.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.769;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=516;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.521;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=78;NR=71;PP=2440;ReadPosRankSum=0.898;SC=GACAGCTGAAAAAGAGTACAT;SOR=0.755;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=280;TCF=143;TCR=137;TR=149;WE=85009902;WS=85009884;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:245,267:0.52:512
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chr1	85029077	rs15911	C	T	1048.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=0.379;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=15;PP=364;ReadPosRankSum=-0.608;SC=CGGAAAGGGACTTTTGCAATG;SOR=0.629;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=60;TCF=27;TCR=33;TR=28;WE=85029085;WS=85029067;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,50:0.48:104
chr1	85029376	rs41284597	A	C	182.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.292;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.685;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=1;PP=79;ReadPosRankSum=0.591;SC=TCTAAAAAATATAATAGATAA;SOR=1.071;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=25;TCF=19;TCR=6;TR=8;WE=85029384;WS=85029366;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,10:0.37:27
chr1	85031630	rs2994953	G	A	2218.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.852;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.010;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=40;PP=1190;ReadPosRankSum=0.732;SC=AAGCATCTGCGATTCCAGTAT;SOR=0.573;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=151;TCF=71;TCR=80;TR=81;WE=85031638;WS=85031620;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:110,110:0.50:220
chr1	85036239	rs2303306	C	G	2776.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.114;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=318;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=32;PP=1244;ReadPosRankSum=1.111;SC=CCAATTGCTGCACACATAGAT;SOR=0.689;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=188;TCF=113;TCR=75;TR=80;WE=85036247;WS=85036229;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:172,140:0.45:312
chr1	85039828	rs41299545	G	A	3985.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.262;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=384;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=74;NR=62;PP=1945;ReadPosRankSum=0.712;SC=GCTGGTTTCGGCGCCCACGGC;SOR=0.689;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=253;TCF=137;TCR=116;TR=136;WE=85039836;WS=85039818;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:186,192:0.51:378
chr1	85039955	rs2303307	G	A	3337.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.038;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=317;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.862;HP=2;HapScore=2;MGOF=55;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.416;NF=39;NR=63;PP=1517;ReadPosRankSum=0.194;SC=TCGGGCGGCAGAGCTCAGGCT;SOR=0.758;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=204;TCF=82;TCR=122;TR=102;WE=85039963;WS=85039945;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:156,157:0.50:313
chr1	85039998	rs142534762	CGCAGCGCCA	C	1275.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.549;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.818;HP=1;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.461;NF=0;NR=33;PP=2985;ReadPosRankSum=-0.801;SC=GGCCGCGAGCCGCAGCGCCAG;SOR=1.039;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=94;TCF=4;TCR=90;TR=33;WE=85040014;WS=85039988;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,53:0.49:108
chr1	85040069	rs2911592	G	A	1239.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.390;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FS=5.335;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.31;ReadPosRankSum=-0.031;SOR=1.391;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:42,34:0.45:76
chr1	85040069	.	GC	AA	1179	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=188;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=2;NR=25;PP=1179;QD=45.6469583282;SC=TAGAGACGAGGCGCCAGCGTC;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=53;TCF=7;TCR=46;TR=27;WE=85040078;WS=85040059;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:26,27:0.51:53
chr1	85040070	rs115347546	C	A	1239.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.655;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FS=5.335;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.31;ReadPosRankSum=-0.157;SOR=1.391;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:42,34:0.45:76
chr1	85113203	rs2994949	T	C	8780.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=341;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=96;NR=80;PP=2965;SC=CAGGTCTTGATGCCACACTCC;SOR=0.797;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=176;TCF=96;TCR=80;TR=176;WE=85113211;WS=85113193;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,341:1.00:341
chr1	85113229	rs1057746	A	G	8330.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=328;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=90;NR=90;PP=2965;SC=TGATTTGTACATTCTCCTCCA;SOR=0.699;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=180;TCF=90;TCR=90;TR=180;WE=85113237;WS=85113219;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,327:1.00:327
chr1	85121255	rs4537578	A	G	7091.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=275;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=68;NR=86;PP=2950;SC=TAAAACACTTAGCAGGAGAAA;SOR=0.809;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=156;TCF=69;TCR=87;TR=154;WE=85121263;WS=85121245;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,271:1.00:271
chr1	85128262	rs2911563	A	G	5990.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=52;NR=100;PP=2965;SC=ATGCTTAAGCATCTAAAACTC;SOR=1.241;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=152;TCF=52;TCR=100;TR=152;WE=85128270;WS=85128252;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,224:1.00:224
chr1	85128280	rs2994437	T	C	4801.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=34;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=29;NR=88;PP=2790;SC=CTCTAATGCATTCTATACACG;SOR=1.697;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=118;TCF=29;TCR=89;TR=117;WE=85128288;WS=85128270;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,166:1.00:166
chr1	85128305	rs11164033	G	C	3066.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=48;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=12;NR=66;PP=1979;SC=TGGTGAAAGTGAACCTGGTAT;SOR=2.419;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=78;TCF=12;TCR=66;TR=78;WE=85128313;WS=85128295;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr1	85131641	rs2911566	G	C	430.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=14;NR=0;PP=357;SC=GGGTTCCTGAGCTTCCAGTTA;SOR=5.421;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=14;TCR=0;TR=14;WE=85131649;WS=85131631;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr1	85131982	rs3096445	T	G	3223.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=18;NR=80;PP=2334;SC=ATCCTTAAAATATCAGTAACA;SOR=2.649;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=98;TCF=18;TCR=80;TR=98;WE=85131990;WS=85131972;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr1	85331808	rs146269415	G	GAGA	3508.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.978;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.485;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.499;NF=3;NR=42;PP=2037;ReadPosRankSum=1.047;SC=ATTCATTGTGGAGAAGTGAAC;SOR=0.981;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=110;TCF=7;TCR=103;TR=45;WE=85331816;WS=85331798;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:103,93:0.47:196
chr1	85488030	rs2028304	G	A	7735.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=292;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=78;NR=105;PP=2965;SC=CAAGCCACACGAGCATGGTAG;SOR=0.879;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=183;TCF=78;TCR=105;TR=183;WE=85488038;WS=85488020;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,291:1.00:291
chr1	85488154	rs2039814	G	C	1245.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=30;PP=885;SC=ATTGAGGTAAGTATGAGTAAG;SOR=3.556;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=32;TCF=2;TCR=30;TR=32;WE=85488162;WS=85488144;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr1	85537502	rs4907131	T	A	356.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=3;PP=254;SC=CCAGGGTAAATCTTAGAAAAC;SOR=2.147;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=14;TCF=11;TCR=3;TR=13;WE=85537510;WS=85537492;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr1	85537522	rs4907132	T	C	751.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=18;NR=5;PP=452;SC=CATATTCTTATGTTTATTAAA;SOR=1.942;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=24;TCF=19;TCR=5;TR=23;WE=85537530;WS=85537512;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr1	85547945	rs7534574	T	C	1263.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=23;NR=6;PP=682;SC=TGAATGACCATTGAACATTAA;SOR=1.659;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=23;TCR=6;TR=29;WE=85547953;WS=85547935;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
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chr1	85551468	rs111823967	A	ATCAGTTTTTCT	1072.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=15;NR=1;PP=2967;SC=TTGCCTACACATCAGGGACTT;SOR=4.804;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=19;TCF=17;TCR=2;TR=16;WE=85551476;WS=85551458;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr1	85555672	rs1417351	A	C	792.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=7;PP=493;SC=AATTCAATGTATATAATTTAA;SOR=1.460;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=17;TCR=7;TR=24;WE=85555680;WS=85555662;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr1	85559118	rs11304107	CT	C	5928.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=252;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=80;NR=49;PP=2979;SC=ATCTTAATTGCTTTTTTTATT;SOR=1.698;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=144;TCF=87;TCR=57;TR=129;WE=85559126;WS=85559108;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,247:1.00:247
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chr1	85560313	rs709765	T	C	1074.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=30;PP=762;SC=CAGTTTTTATTGCAAAGTACT;SOR=2.670;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=36;TCF=6;TCR=30;TR=36;WE=85560321;WS=85560303;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr1	85561546	rs709766	T	C	3255.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=62;NR=25;PP=1788;SC=ACTGTCTTAATATTATTTTCT;SOR=1.476;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=87;TCF=62;TCR=25;TR=87;WE=85561554;WS=85561536;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr1	85564138	rs817489	A	G	1676.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=31;NR=12;PP=890;SC=ATTTTAATTGAGATGATGAGT;SOR=1.498;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=43;TCF=31;TCR=12;TR=43;WE=85564146;WS=85564128;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr1	85573705	rs11427716	A	AC	7313.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.717;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.78;MQRankSum=0.415;QD=36.21;ReadPosRankSum=-0.712;SOR=1.353;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,200:0.99:202
chr1	85574021	rs709759	G	A	760.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=21;PP=614;SC=TCCTTGATTGGGAGGATTTTT;SOR=6.358;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=0;TCR=21;TR=21;WE=85574029;WS=85574011;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr1	85575838	rs376334573	TA	T	331.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.209;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=305;ExcessHet=3.0103;FS=2.150;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.05;MQRankSum=0.789;QD=1.41;ReadPosRankSum=-0.816;SOR=0.940;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:172,63:0.27:235
chr1	85583323	rs817471	T	A	1046.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=2.886;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.001;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=9;PP=713;ReadPosRankSum=0.550;SC=CAAATGCAGGTGGCAAGGGGC;SOR=1.071;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=84;TCF=63;TCR=21;TR=42;WE=85583331;WS=85583313;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,46:0.50:92
chr1	85589939	rs11356964	GT	G	4810.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.127;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=342;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.042;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.443;NF=13;NR=71;PP=2948;ReadPosRankSum=1.424;SC=GTTATGGTAAGTTGCCTGCAA;SOR=0.531;SbPval=0.24;Source=Platypus;TC=168;TCF=20;TCR=148;TR=84;WE=85589947;WS=85589929;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:165,160:0.49:325
chr1	85592126	rs817474	G	T	1054.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=25;NR=7;PP=725;SC=TTAATGAACAGCATGGTGAAT;SOR=2.073;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=25;TCR=7;TR=32;WE=85592134;WS=85592116;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr1	85594466	rs709783	G	A	960.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=0.545;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.729;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=22;PP=544;ReadPosRankSum=-0.145;SC=ACATTAAGTCGCCCTTCCACC;SOR=0.846;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=82;TCF=38;TCR=44;TR=39;WE=85594474;WS=85594456;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,48:0.45:107
chr1	85595645	rs1020770	C	T	3322.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.310;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=296;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.892;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=67;NR=38;PP=1649;ReadPosRankSum=0.373;SC=CTGCCTGTCACCCTCTCATGG;SOR=0.921;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=189;TCF=114;TCR=75;TR=105;WE=85595653;WS=85595635;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:134,158:0.54:292
chr1	85598527	rs36118758	TC	T	4051.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.133;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.179;NF=46;NR=24;PP=1586;ReadPosRankSum=-0.683;SC=TTGTTTTTCTTCCCCCCCCAG;SOR=0.782;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=88;TCF=57;TCR=31;TR=70;WE=85598535;WS=85598517;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,141:0.99:142
chr1	85599563	rs817478	A	C	1841.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=0.615;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=259;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.467;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=23;PP=745;ReadPosRankSum=2.587;SC=TGAAACTGAGACACAAAAGAG;SOR=0.736;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=132;TCF=74;TCR=58;TR=54;WE=85599571;WS=85599553;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:155,100:0.39:255
chr1	85624549	rs709786	C	T	4622.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=70;NR=42;PP=2049;SC=GTAGACTCAACTGTCTGCATT;SOR=1.047;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=113;TCF=70;TCR=43;TR=112;WE=85624557;WS=85624539;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,175:1.00:175
chr1	85624864	rs817412	G	A	9078.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=345;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=86;NR=127;PP=2965;SC=TTCTGCCTCAGATAATTCAGA;SOR=0.972;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=214;TCF=86;TCR=128;TR=213;WE=85624872;WS=85624854;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,338:1.00:338
chr1	85647713	rs817444	T	C	774.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=21;NR=4;PP=606;SC=ACCTTGAATTTCTTCCCCCAA;SOR=3.014;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=26;TCF=22;TCR=4;TR=25;WE=85647721;WS=85647703;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr1	85648620	rs817443	C	T	4364.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=56;NR=61;PP=2353;SC=GTATGATGAACTTCTCGGCAG;SOR=0.770;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=117;TCF=56;TCR=61;TR=117;WE=85648628;WS=85648610;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,160:1.00:160
chr1	85666156	rs12121540	T	G	11225.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-2.142;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=424;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=120;NR=145;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.034;SC=GGGGCCTTCCTGGCGGTCTCC;SOR=0.425;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=266;TCF=121;TCR=145;TR=265;WE=85666164;WS=85666146;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,420:1.00:421
chr1	85724328	rs4949926	C	T	5070.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=52;NR=71;PP=2539;SC=GCTCTGGAGGCGGAGGCTTCT;SOR=0.938;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=123;TCF=52;TCR=71;TR=123;WE=85724336;WS=85724318;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,189:1.00:189
chr1	85787114	rs233116	A	T	3210.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=47.22;SOR=1.751;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr1	85787118	rs3087894	G	C	2199.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.095;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=28.94;ReadPosRankSum=-0.373;SOR=1.641;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,74:0.97:76
chr1	85787323	rs1498375	T	A	2050.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=40;PP=1133;SC=GGAGAATCAATTTGATTTGTA;SOR=1.609;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=55;TCF=15;TCR=40;TR=55;WE=85787331;WS=85787313;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr1	85790633	rs1498373	G	A	1363.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=34;PP=993;SC=AAGGAAGGCAGTGTGGTAGGA;SOR=2.786;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=42;TCF=8;TCR=34;TR=42;WE=85790641;WS=85790623;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr1	85930272	rs4001153	GAC	G	3090.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.879;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FS=9.911;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.50;MQRankSum=0.523;QD=30.30;ReadPosRankSum=2.165;SOR=0.392;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:3,99:0.97:102
chr1	86047311	rs9658584	G	C	2555.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.138;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=44;PP=1380;ReadPosRankSum=0.655;SC=AGTCCCCATAGTCCAGAAGTT;SOR=0.484;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=67;TCF=21;TCR=46;TR=65;WE=86047319;WS=86047301;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,96:0.96:100
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chr1	86173943	rs17399721	C	T	7142.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-1.663;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=739;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.524;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=78;NR=137;PP=2962;ReadPosRankSum=1.275;SC=CCAGACTTCCCTTCATTTTCA;SOR=0.738;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=438;TCF=164;TCR=274;TR=215;WE=86173951;WS=86173933;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:385,347:0.47:732
chr1	86202016	rs1481200	C	T	10203.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.683;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=398;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=136;NR=107;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.815;SC=GTCATGGAAACAACTAGAGTC;SOR=0.857;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=245;TCF=137;TCR=108;TR=243;WE=86202024;WS=86202006;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,392:0.99:394
chr1	86202990	rs114069383	T	C	838.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.848;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.75;ReadPosRankSum=-2.266;SOR=0.641;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,40:0.51:78
chr1	86203249	.	CT	C	224.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.609;ClippingRankSum=0.000;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=3.354;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.15;MQRankSum=1.203;QD=4.89;ReadPosRankSum=-0.140;SOR=0.269;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,22:0.48:46
chr1	86210241	rs11387251	G	GT	1275.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=21;NR=8;PP=1114;SC=TTCTGCCAGGGTTTTATCAAA;SOR=2.636;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=34;TCF=22;TCR=12;TR=29;WE=86210249;WS=86210231;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr1	86210546	rs7547023	G	A	2954.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=21;NR=65;PP=1820;SC=AATTATATAAGCAAAAAAATC;SOR=2.014;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=86;TCF=21;TCR=65;TR=86;WE=86210554;WS=86210536;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr1	86211325	rs10747324	G	A	1103.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=10;NR=26;PP=798;SC=TAACTCTTACGGTTAGACAGA;SOR=1.863;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=36;TCF=10;TCR=26;TR=36;WE=86211333;WS=86211315;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr1	86246849	rs313722	A	C	1188.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.874;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=16;PP=757;ReadPosRankSum=-0.125;SC=ATATTCTAGAAATAGAATTAA;SOR=0.668;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=83;TCF=54;TCR=29;TR=45;WE=86246857;WS=86246839;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,55:0.53:103
chr1	86246998	.	T	TA	70.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.131;ClippingRankSum=0.000;DP=113;ExcessHet=3.0103;FS=2.156;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.75;ReadPosRankSum=-2.229;SOR=0.457;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:75,19:0.20:94
chr1	86249063	rs313724	C	T	2292.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=52;NR=15;PP=1506;SC=TGAGTTTCTACCTTAAAAGTC;SOR=2.055;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=69;TCF=52;TCR=17;TR=67;WE=86249071;WS=86249053;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr1	86249735	rs41371348	A	C	781.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.598;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=6;PP=475;ReadPosRankSum=-0.929;SC=AGACTATATTATTTCAACAGC;SOR=0.632;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=54;TCF=42;TCR=12;TR=28;WE=86249743;WS=86249725;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,35:0.55:64
chr1	86249903	rs41289767	T	C	2547.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.661;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FS=0.493;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.53;ReadPosRankSum=-0.150;SOR=0.637;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:101,120:0.54:221
chr1	86249911	rs313725	A	G	7869.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=36.60;SOR=0.740;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,215:1.00:215
chr1	86252025	rs12746325	A	G	1169.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.565;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.573;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=14;PP=500;ReadPosRankSum=-0.188;SC=TTGGAACAAAATATTAAAGTA;SOR=0.537;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=65;TCF=38;TCR=27;TR=32;WE=86252033;WS=86252015;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,55:0.53:104
chr1	86334070	rs313775	T	A	948.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.375;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.9970;FS=2.578;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=8;PP=386;ReadPosRankSum=-0.709;SC=TCCTTCTCTCTAGCCACAGTT;SOR=1.127;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=28;TCF=18;TCR=10;TR=25;WE=86334078;WS=86334060;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,40:0.93:43
chr1	86334316	rs17411495	T	C	1456.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=16;NR=22;PP=752;SC=CTCCCTGTAATGCAATAAAAA;SOR=1.159;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=38;TCF=16;TCR=22;TR=38;WE=86334324;WS=86334306;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr1	86334675	rs11161693	T	C	58.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=19.43;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr1	86340193	rs11161696	G	T	528.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=11;NR=3;PP=302;SC=GCTTTTGAAAGTATGAAATGA;SOR=1.721;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=11;TCR=3;TR=14;WE=86340201;WS=86340183;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr1	86340523	rs1564518	T	C	135.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=4;PP=85;SC=GGAAATGGGCTGCAAAACAGC;SOR=1.329;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=6;TCF=2;TCR=4;TR=6;WE=86340531;WS=86340513;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr1	86340794	rs1564516	T	C	833.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=21;NR=5;PP=560;SC=CCAAATAGGTTGGGGACTGCT;SOR=2.468;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=21;TCR=5;TR=26;WE=86340802;WS=86340784;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr1	86340892	rs7536101	A	G	3327.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.532;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.404;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=33;PP=1467;ReadPosRankSum=1.716;SC=AGGGGATTCAATGGTAGCAAA;SOR=0.535;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=79;TCF=45;TCR=34;TR=77;WE=86340900;WS=86340882;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,126:0.99:127
chr1	86355414	.	CT	C	159.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.607;ClippingRankSum=0.000;DP=200;ExcessHet=3.0103;FS=1.982;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.11;MQRankSum=2.584;QD=1.08;ReadPosRankSum=1.160;SOR=1.005;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:111,37:0.25:148
chr1	86361802	rs7541806	C	G	1251.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=16;NR=27;PP=772;SC=TATGGTCTTACTATGCTAGCA;SOR=1.179;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=43;TCF=16;TCR=27;TR=43;WE=86361810;WS=86361792;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr1	86372839	rs5775877	T	TG	4153.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.518;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.272;NF=22;NR=50;PP=2045;ReadPosRankSum=2.000;SC=GAAGTAATTTTGGGGGGGTTA;SOR=0.812;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=77;TCF=25;TCR=52;TR=72;WE=86372852;WS=86372829;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,140:0.99:142
chr1	86375654	rs1502657	C	G	11769.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=460;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=120;NR=109;PP=2965;SC=TTTCTCCCTGCGGACCTAGTG;SOR=0.738;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=231;TCF=121;TCR=110;TR=229;WE=86375662;WS=86375644;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,450:1.00:450
chr1	86377028	rs10493777	C	T	4295.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.771;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=26.35;ReadPosRankSum=-0.690;SOR=0.439;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,162:0.99:163
chr1	86482922	rs557928	A	T	1193.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-2.465;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=21;PP=388;ReadPosRankSum=-2.209;SC=GTATAAACATAAACTTAATAA;SOR=0.666;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=79;TCF=33;TCR=46;TR=34;WE=86482930;WS=86482912;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,63:0.50:127
chr1	86487981	rs516213	G	A	2331.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.172;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=247;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.010;HP=3;HapScore=3;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=53;PP=2962;ReadPosRankSum=0.810;SC=AGCACCCTAAGAGAAGAGAAT;SOR=0.779;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=174;TCF=60;TCR=114;TR=80;WE=86488000;WS=86487971;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:128,116:0.48:244
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chr1	86488232	rs641712	G	A	1871.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=0.763;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.079;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=24;PP=896;ReadPosRankSum=-1.870;SC=TTGTCTCCAGGATACCCGGGT;SOR=0.780;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=101;TCF=55;TCR=46;TR=53;WE=86488240;WS=86488222;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:113,92:0.45:205
chr1	86497769	rs582141	C	G	139.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-1.175;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=6;PP=101;ReadPosRankSum=0.026;SC=TCCTGAGAAGCACAAACCTAT;SOR=1.402;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=1;TCR=13;TR=6;WE=86497777;WS=86497759;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,6:0.43:14
chr1	86554813	rs56934354	G	GA	403.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.388;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FS=0.919;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.15;MQRankSum=1.246;QD=5.61;ReadPosRankSum=-0.040;SOR=0.850;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:43,29:0.40:72
chr1	86554821	rs12405791	G	A	2741.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.13;QD=32.26;SOR=1.165;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
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chr1	86578453	rs11161738	C	T	760.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.199;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=9.702;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=20.02;ReadPosRankSum=0.642;SOR=3.473;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,18:0.47:38
chr1	86590509	.	T	TA	92.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.268;ClippingRankSum=-0.000;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=4.64;ReadPosRankSum=-0.259;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,9:0.45:20
chr1	86590915	rs2174767	G	A	7605.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=269;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=113;NR=77;PP=2965;SC=TTAGGAGAGAGCTAAATTTCT;SOR=1.030;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=190;TCF=113;TCR=77;TR=190;WE=86590923;WS=86590905;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,265:1.00:265
chr1	86590948	rs11161746	A	G	2902.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.322;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=345;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.251;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=38;PP=1310;ReadPosRankSum=-1.222;SC=TTTTTGCCTCACTGATGCGAT;SOR=0.504;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=242;TCF=146;TCR=96;TR=90;WE=86590956;WS=86590938;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:196,145:0.43:341
chr1	86591837	rs11161747	G	A	3419.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.385;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=366;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.918;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=86;PP=1952;ReadPosRankSum=0.134;SC=TACAGCAGTCGCTGGTGATGA;SOR=0.949;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=258;TCF=88;TCR=170;TR=124;WE=86591845;WS=86591827;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:189,164:0.46:353
chr1	86621992	rs1999747	C	A	607.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-0.301;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.186;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=5;PP=398;ReadPosRankSum=-0.339;SC=GTTGGTCTAACCCCTACCCTA;SOR=0.164;SbPval=0.14;Source=Platypus;TC=57;TCF=51;TCR=6;TR=26;WE=86622000;WS=86621982;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,29:0.44:66
chr1	86821746	rs17129092	A	G	938.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=13;NR=13;PP=470;SC=ATATCCCAAAAAACTTGACGT;SOR=0.746;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=13;TCR=13;TR=26;WE=86821754;WS=86821736;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr1	86842103	.	T	TA	49.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.309;ClippingRankSum=0.000;DP=112;ExcessHet=3.0103;FS=2.313;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.50;ReadPosRankSum=1.598;SOR=0.432;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:84,16:0.16:100
chr1	86851100	.	T	C	490.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.460;ClippingRankSum=0.000;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.452;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=5;PP=331;ReadPosRankSum=-0.916;SC=CTGAGTATTATACTAGCTTTT;SOR=1.453;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=32;TCF=24;TCR=8;TR=21;WE=86851108;WS=86851090;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,24:0.51:47
chr1	86890931	rs1158505	T	A	356.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=10;NR=3;PP=252;SC=AAATATTTCATTGTCTTTTAT;SOR=2.147;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=10;TCR=3;TR=13;WE=86890939;WS=86890921;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr1	86891005	rs1158506	C	A	1369.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=26;NR=10;PP=672;SC=GTAAGTTTTTCTTTTGTCTGG;SOR=1.480;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=36;TCF=26;TCR=10;TR=36;WE=86891013;WS=86890995;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr1	86896354	rs4292929	G	A	1006.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=25;NR=2;PP=660;SC=CTTTTTTATGGTGGTAGGTGG;SOR=4.112;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=27;TCF=25;TCR=2;TR=27;WE=86896362;WS=86896348;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr1	86896706	rs3737673	C	A	2734.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=22;NR=60;PP=1659;SC=TCTAAAATTGCTTATAACTTA;SOR=1.808;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=82;TCF=22;TCR=60;TR=82;WE=86896714;WS=86896696;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr1	86897970	rs12407985	T	A	1397.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.09;SOR=1.839;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr1	86897973	rs1334150	T	C	1430.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.36;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr1	86900332	rs17449526	T	C	10913.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-2.295;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=440;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=125;NR=148;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.697;SC=TTCCCATGAATGGGACTGAGC;SOR=0.276;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=274;TCF=125;TCR=149;TR=273;WE=86900340;WS=86900322;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,428:1.00:429
chr1	86900372	rs17409304	C	G	9386.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.460;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=353;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=84;NR=139;PP=2965;ReadPosRankSum=2.645;SC=CTCGCTTGTACAGGCTGGTGA;SOR=0.590;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=228;TCF=88;TCR=140;TR=223;WE=86900380;WS=86900362;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,345:0.99:348
chr1	86900491	rs56408800	C	T	2469.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=21;NR=50;PP=1483;SC=TCTTTATTATCTCAATTTATT;SOR=1.664;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=71;TCF=21;TCR=50;TR=71;WE=86900499;WS=86900481;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr1	86906114	rs1981082	T	C	493.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=12;PP=360;SC=AATACAGAAATTGTTTTTAAA;SOR=3.258;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=13;TCF=1;TCR=12;TR=13;WE=86906122;WS=86906104;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr1	86909703	rs3820039	T	C	1111.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=38;PP=847;SC=AGGTAGGTGTTGTGAGTTTGT;SOR=4.125;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=42;TCF=4;TCR=38;TR=42;WE=86909711;WS=86909693;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr1	86939130	rs2145412	C	T	3134.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=37;NR=36;PP=1343;SC=TCTGTATCTGCTTGAAGCTAC;SOR=0.760;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=74;TCF=38;TCR=36;TR=73;WE=86939138;WS=86939120;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr1	86939390	rs2180762	G	A	3797.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=71;NR=32;PP=2213;SC=TGTGATGATAGAAACTTTTTC;SOR=1.381;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=103;TCF=71;TCR=32;TR=103;WE=86939398;WS=86939380;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,137:1.00:137
chr1	86952324	rs2734705	A	G	4710.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=57;NR=68;PP=2514;SC=CATGTACAAAATGAACTCATA;SOR=0.839;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=125;TCF=57;TCR=68;TR=125;WE=86952332;WS=86952314;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,174:1.00:174
chr1	86954591	rs2075632	T	C	5404.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=96;NR=49;PP=2965;SC=CCTCTAGAATTTCTTTTCTCC;SOR=1.251;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=145;TCF=96;TCR=49;TR=145;WE=86954599;WS=86954581;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,194:1.00:194
chr1	86956772	rs2753341	G	A	680.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=3;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=15;NR=4;PP=460;SC=AAAATAAATAGGTTAAAAAAA;SOR=2.303;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=15;TCR=4;TR=19;WE=86956793;WS=86956762;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr1	86956785	rs2753342	C	G	788.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=3;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=4;PP=599;SC=TAAAAAAATACTATCAAATTC;SOR=2.584;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=22;TCF=18;TCR=4;TR=22;WE=86956793;WS=86956762;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr1	86959173	rs2791494	T	C	5149.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=64;NR=46;PP=1769;SC=ACCTGGACAATGCAGCCTCCC;SOR=0.914;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=110;TCF=64;TCR=46;TR=110;WE=86959181;WS=86959163;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,198:1.00:198
chr1	86959796	rs1321689	C	T	3770.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=66;NR=24;PP=2038;SC=AGGGTTTTCCCGTACGTGACA;SOR=1.683;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=90;TCF=66;TCR=24;TR=90;WE=86959804;WS=86959786;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr1	87025819	rs2231582	T	C	2102.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=1.011;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.917;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=17;PP=1384;ReadPosRankSum=-1.957;SC=TTGCCACAAATTATTTAAGAG;SOR=1.227;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=152;TCF=109;TCR=43;TR=74;WE=87025827;WS=87025809;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:98,92:0.48:190
chr1	87036746	rs772599	C	A	8520.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=322;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=113;NR=77;PP=2965;SC=CTGTGCTCTGCATTATGTTTG;SOR=0.934;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=193;TCF=113;TCR=80;TR=190;WE=87036754;WS=87036736;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,321:1.00:321
chr1	87036946	rs2231595	C	T	724.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.496;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.132;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=17;PP=323;ReadPosRankSum=-0.875;SC=AGGTAAAACACGATCCATTTA;SOR=0.164;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=63;TCF=15;TCR=48;TR=24;WE=87036954;WS=87036936;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,35:0.45:77
chr1	87038240	rs2231597	T	C	52.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.823;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=5.28;ReadPosRankSum=-2.074;SOR=0.412;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,4:0.40:10
chr1	87045896	rs4001061	TCCTACA	T	25437.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=609;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=68;NR=164;PP=2973;SC=ATGACATTGATCCTACACCTA;SOR=0.841;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=243;TCF=70;TCR=173;TR=232;WE=87045909;WS=87045886;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,591:1.00:591
chr1	87101245	rs2292831	A	G	396.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.902;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=3;PP=274;ReadPosRankSum=1.386;SC=TCATTTCACTATGAAATTATT;SOR=0.883;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=32;TCF=27;TCR=5;TR=16;WE=87101253;WS=87101235;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,19:0.40:48
chr1	87101375	rs2292830	C	G	1399.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.150;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.617;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=20;PP=621;ReadPosRankSum=-1.144;SC=CAATGACCTACAAATCAAAAT;SOR=0.725;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=84;TCF=42;TCR=42;TR=41;WE=87101383;WS=87101365;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,70:0.49:143
chr1	87101649	rs2292829	T	C	838.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.823;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.883;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=7;PP=431;ReadPosRankSum=-0.054;SC=GCAGATGTCATAGTTGCTGAT;SOR=1.552;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=42;TCF=28;TCR=14;TR=27;WE=87101657;WS=87101639;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,39:0.60:65
chr1	87170493	rs263438	T	G	2904.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=1.246;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.929;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=70;NR=26;PP=1817;ReadPosRankSum=-0.704;SC=ACGTCTGCCCTCGCCGCTCTA;SOR=1.877;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=98;TCF=71;TCR=27;TR=96;WE=87170501;WS=87170483;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,112:0.98:114
chr1	87181604	rs139162261	T	TA	281.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.457;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=4.972;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.22;ReadPosRankSum=0.339;SOR=0.136;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,18:0.46:39
chr1	87185449	rs263465	T	G	1038.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=22;PP=687;SC=GTGGTTGAGGTGGGCGGATCA;SOR=2.115;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=8;TCR=22;TR=30;WE=87185457;WS=87185439;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr1	87189896	rs12755853	G	T	130.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.169;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=1;PP=29;ReadPosRankSum=1.304;SC=TCTTTATCAAGTGATACATAT;SOR=0.446;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=7;TCF=5;TCR=2;TR=3;WE=87189904;WS=87189886;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,7:0.54:13
chr1	87200729	rs263483	C	G	12289.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=478;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=154;NR=124;PP=2965;SC=GTTGACTATACAGCTAAGAAC;SOR=0.814;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=283;TCF=157;TCR=126;TR=278;WE=87200737;WS=87200719;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,469:1.00:469
chr1	87200815	.	T	C	4463.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.712;ClippingRankSum=0.000;DP=460;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.750;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=85;PP=1783;ReadPosRankSum=-1.093;SC=TGACTTACTATGCACAGTGTT;SOR=0.841;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=268;TCF=116;TCR=152;TR=143;WE=87200823;WS=87200805;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:220,226:0.51:446
chr1	87207800	rs166415	G	T	1213.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=39;NR=2;PP=976;SC=CAATGTGAAGGTTGGTAGAAA;SOR=5.136;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=41;TCF=39;TCR=2;TR=41;WE=87207808;WS=87207793;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr1	87207872	rs263478	G	T	4382.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.063;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=86;NR=36;PP=2579;ReadPosRankSum=-1.384;SC=TAAATAATTCGCTGCTTTCTT;SOR=1.536;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=124;TCF=87;TCR=37;TR=122;WE=87207880;WS=87207862;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,158:0.99:160
chr1	87208953	rs7805	T	A	2142.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=19;NR=42;PP=1205;SC=CCATCATGACTTTGTATTTAT;SOR=1.387;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=61;TCF=19;TCR=42;TR=61;WE=87208961;WS=87208943;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr1	87458695	rs10873810	G	A	2370.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=43;NR=19;PP=1282;SC=CTCCCAGTGTGGGGAGGGTAC;SOR=1.477;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=62;TCF=43;TCR=19;TR=62;WE=87458703;WS=87458685;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr1	87538182	rs34124612	TTG	T	4319.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=9;NR=22;PP=1518;SC=CATGCAATCTTTGTGTGTTTG;SOR=0.845;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=33;TCF=10;TCR=23;TR=31;WE=87538191;WS=87538172;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr1	87538200	rs10782592	G	A	4261.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=31;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=30;NR=22;PP=949;SC=TTGAGAATTAGTTCAGGCTGT;SOR=0.848;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=52;TCF=30;TCR=22;TR=52;WE=87538208;WS=87538190;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr1	87549858	rs2798675	A	G	1210.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=22;NR=11;PP=639;SC=TATATAATGAATGTGTTCTCC;SOR=1.280;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=33;TCF=22;TCR=11;TR=33;WE=87549866;WS=87549848;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr1	87558066	rs66709085	CCACATA	C	277.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=1;PP=279;SC=TTCCCAATCGCCACATACACA;SOR=2.584;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=6;TCF=4;TCR=2;TR=4;WE=87558079;WS=87558056;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr1	87563668	rs1199677	G	A	1357.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=7;NR=27;PP=802;SC=TATTATCTCTGTAATCTGTGT;SOR=1.863;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=34;TCF=7;TCR=27;TR=34;WE=87563676;WS=87563658;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr1	87570398	rs1621247	G	A	8128.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=290;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=66;NR=150;PP=2965;SC=TGTGACTATTGGATTCTTGAA;SOR=1.488;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=219;TCF=68;TCR=151;TR=216;WE=87570406;WS=87570388;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,286:1.00:286
chr1	87598117	rs6686259	T	G	6891.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=255;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=144;NR=53;PP=2965;SC=CGCGGCGGCCTCGGGAGGCCC;SOR=1.870;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=197;TCF=144;TCR=53;TR=197;WE=87598125;WS=87598107;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,252:1.00:252
chr1	87599697	rs6576865	G	A	7851.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=315;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=79;NR=132;PP=2965;SC=CTCTGGCCACGCTTGCACCCT;SOR=1.119;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=211;TCF=79;TCR=132;TR=211;WE=87599705;WS=87599680;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,300:1.00:300
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chr1	89236029	rs7541301	T	A	2037.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.085;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=27;PP=1011;ReadPosRankSum=0.867;SC=CTTATTTTTTTAATAGGATCG;SOR=0.729;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=160;TCF=99;TCR=61;TR=71;WE=89236037;WS=89236019;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:120,103:0.46:223
chr1	89236260	.	C	CT	30.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.967;ClippingRankSum=0.000;DP=73;ExcessHet=3.0103;FS=6.423;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.49;MQRankSum=-0.777;QD=0.54;ReadPosRankSum=1.507;SOR=0.139;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:46,11:0.19:57
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chr1	89271574	rs786906	T	C	3696.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.438;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=392;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.769;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=72;NR=51;PP=1696;ReadPosRankSum=1.946;SC=CTTCTATAAGTGATTCTACAG;SOR=0.641;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=260;TCF=153;TCR=107;TR=123;WE=89271582;WS=89271564;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:201,186:0.48:387
chr1	89280965	rs786918	A	G	904.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.077;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.776;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=13;PP=431;ReadPosRankSum=-0.853;SC=CAAGAATACAATGCTGCATTA;SOR=0.603;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=65;TCF=39;TCR=26;TR=30;WE=89280973;WS=89280955;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,44:0.47:93
chr1	89322982	rs2794318	G	A	7458.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=288;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=106;NR=98;PP=2965;SC=ACCAAGTCCAGTTCCACAGCT;SOR=0.700;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=205;TCF=106;TCR=99;TR=204;WE=89322990;WS=89322972;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,281:1.00:281
chr1	89426902	rs3738055	G	A	3514.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.516;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=312;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.373;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=70;NR=47;PP=1926;ReadPosRankSum=0.817;SC=AAACCTCATCGCTGATGCAGA;SOR=0.614;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=207;TCF=128;TCR=79;TR=117;WE=89426910;WS=89426892;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:144,163:0.53:307
chr1	89430420	rs1536259	A	G	527.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.333;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=3.944;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.77;ReadPosRankSum=1.309;SOR=0.287;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,26:0.48:54
chr1	89449412	rs139527615	C	T	1109.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.446;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.754;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=19;PP=708;ReadPosRankSum=-1.526;SC=TTCCACTATTCGTCCATATTT;SOR=0.503;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=81;TCF=51;TCR=30;TR=49;WE=89449420;WS=89449402;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,52:0.57:92
chr1	89473441	.	G	GT	71.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.546;ClippingRankSum=0.000;DP=318;ExcessHet=3.0103;FS=6.101;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.23;ReadPosRankSum=-1.294;SOR=0.628;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:263,43:0.14:306
chr1	89478854	rs4656076	C	G	680.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=4;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=4;PP=546;SC=GGAAGTACTACGAAGGGGACT;SOR=2.400;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=16;TCR=4;TR=20;WE=89478876;WS=89478848;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr1	89478868	rs113490655	G	A	354.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=0.750;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=4;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=2;PP=225;ReadPosRankSum=-0.900;SC=GGGGACTTACGAGGCCCATTG;SOR=0.495;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=27;TCF=22;TCR=5;TR=12;WE=89478876;WS=89478848;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,17:0.52:33
chr1	89479063	rs4656077	G	A	2821.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.828;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=45;PP=1413;ReadPosRankSum=-0.833;SC=AAGAACTTCCGGATACAGAGT;SOR=1.189;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=70;TCF=25;TCR=45;TR=69;WE=89479082;WS=89479053;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,106:0.98:108
chr1	89479074	rs4656078	C	T	2611.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.843;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=40;PP=1201;ReadPosRankSum=-0.984;SC=GATACAGAGTCGGGGCAGATT;SOR=1.112;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=63;TCF=23;TCR=40;TR=63;WE=89479082;WS=89479053;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,100:0.98:102
chr1	89479758	rs3795543	T	C	11951.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=452;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=161;NR=99;PP=2965;SC=ATGGTACGTCTCTGTTACCTT;SOR=0.995;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=260;TCF=161;TCR=99;TR=260;WE=89479766;WS=89479748;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,450:1.00:450
chr1	89485923	.	G	GA	310.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.063;ClippingRankSum=0.000;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.21;ReadPosRankSum=0.391;SOR=0.764;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,22:0.44:50
chr1	89486037	rs7555039	C	T	3127.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=73;NR=30;PP=2287;SC=ACTCACTACCCTCAGAACAGC;SOR=1.813;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=103;TCF=73;TCR=30;TR=103;WE=89486045;WS=89486027;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr1	89520329	rs72054220	GAAAAAC	G	5255.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=0.760;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=5.285;HP=6;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.621;NF=43;NR=32;PP=2979;ReadPosRankSum=-0.636;SC=AGAGAAAACAGAAAAACAGAA;SOR=1.308;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=79;TCF=43;TCR=36;TR=75;WE=89520342;WS=89520319;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,127:0.98:130
chr1	89520574	rs10922554	C	A	8094.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=294;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.65;QD=28.40;SOR=1.321;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,285:1.00:285
chr1	89520636	rs10922555	G	A	3836.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=57.60;QD=43.11;SOR=2.494;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr1	89520643	rs10922556	C	T	3743.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=57.18;QD=46.22;SOR=2.391;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr1	89522512	rs4376712	C	T	8153.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-1.482;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=308;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=111;NR=70;PP=2965;ReadPosRankSum=0.181;SC=GACCCTAAACCGTATACATTT;SOR=0.352;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=183;TCF=112;TCR=71;TR=181;WE=89522520;WS=89522502;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,306:1.00:307
chr1	89522646	rs1048425	G	C	7865.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.378;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=280;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.254;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=113;NR=101;PP=2965;ReadPosRankSum=0.673;SC=CTCCTGGAGGGTTTCTGTGGG;SOR=0.413;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=215;TCF=113;TCR=102;TR=214;WE=89522654;WS=89522636;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,274:1.00:275
chr1	89522928	.	C	T	764.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-4.926;ClippingRankSum=0.000;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.724;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=29;PP=602;ReadPosRankSum=-0.135;SC=TCAATGTCCTCAGCATCACTT;SOR=0.307;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=60;TCF=4;TCR=56;TR=32;WE=89522936;WS=89522918;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,32:0.52:62
chr1	89525219	rs34279176	CT	C	147.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.703;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=7.593;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.70;MQRankSum=0.000;QD=5.28;ReadPosRankSum=0.941;SOR=2.494;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,17:0.61:28
chr1	89574026	rs1329119	G	A	2237.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=15;NR=52;PP=1539;SC=ATTTCCACCAGATTAGTTCCC;SOR=2.103;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=67;TCF=15;TCR=52;TR=67;WE=89574034;WS=89574016;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr1	89575677	rs2026043	T	C	959.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=18;NR=9;PP=659;SC=AATTTTGCCTTGGGTAACCAG;SOR=1.473;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=27;TCF=18;TCR=9;TR=27;WE=89575685;WS=89575667;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr1	89579941	rs2230338	T	C	12809.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=499;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=151;NR=154;PP=2965;SC=TCCCCACTGCTGATGGCATTG;SOR=0.697;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=306;TCF=151;TCR=155;TR=305;WE=89579949;WS=89579931;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,495:1.00:495
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chr1	89652087	rs1142890	CC	TG	9556.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.072;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;JOINED;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=55.95;MQRankSum=-0.893;QD=47.78;ReadPosRankSum=2.378;SOR=0.755;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,198:0.99:200
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chr1	89652094	rs1142887	G	A	8926.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=55.93;QD=45.08;SOR=0.755;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,198:1.00:198
chr1	89652097	rs1142886	C	T	8951.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=55.93;QD=45.21;SOR=0.776;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,198:1.00:198
chr1	89652102	rs655260	A	T	8917.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=55.93;QD=45.04;SOR=0.776;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,198:1.00:198
chr1	89661228	rs650448	T	G	890.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=4;NR=22;PP=622;SC=GTTGTTTCCATCTCAGGCAGG;SOR=2.621;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=4;TCR=22;TR=26;WE=89661236;WS=89661218;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr1	89726592	rs535351	G	A	1895.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=48;PP=1371;SC=TACAGTAGCAGTAAACAGTTC;SOR=2.483;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=59;TCF=11;TCR=48;TR=59;WE=89726600;WS=89726582;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr1	89727870	rs76346754	A	T	461.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=1.897;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.149;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=7;PP=335;ReadPosRankSum=0.210;SC=TCATCGTTACAGGCAGGGGAG;SOR=1.022;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=42;TCF=29;TCR=13;TR=22;WE=89727878;WS=89727860;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,22:0.44:50
chr1	89730723	rs9628688	C	T	963.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=2.397;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.495;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=27;PP=514;ReadPosRankSum=1.036;SC=TTTCTGAGAACGTACATTTAA;SOR=0.876;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=101;TCF=28;TCR=73;TR=36;WE=89730731;WS=89730713;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:92,49:0.35:141
chr1	89731959	rs12729209	G	A	467.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-2.138;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=3;PP=239;ReadPosRankSum=-0.138;SC=ACAATGCAAGGATAATCTTAT;SOR=0.482;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=37;TCF=30;TCR=7;TR=16;WE=89731967;WS=89731949;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,21:0.50:42
chr1	89732237	rs61729628	G	A	1837.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.548;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=39;PP=1042;ReadPosRankSum=-0.577;SC=TACACAGACGGGGCAAATTGA;SOR=0.659;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=109;TCF=39;TCR=70;TR=62;WE=89732245;WS=89732227;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,82:0.57:145
chr1	89733273	rs6690597	T	C	1985.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.124;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=42;PP=1053;ReadPosRankSum=-1.196;SC=TATTTAAAAATAGGCTCTTGT;SOR=0.676;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=113;TCF=31;TCR=82;TR=57;WE=89733281;WS=89733263;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,87:0.54:160
chr1	89735314	rs3806338	G	A	491.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=2.957;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=16;PP=357;ReadPosRankSum=1.209;SC=AATAAGCAAAGGAAGTCATTT;SOR=0.898;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=40;TCF=4;TCR=36;TR=17;WE=89735322;WS=89735304;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,20:0.47:43
chr1	89845926	rs11361992	GT	G	6237.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.278;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=292;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.288;NF=57;NR=67;PP=2423;ReadPosRankSum=1.231;SC=TATATTCTCTGTTTTTTTTTA;SOR=0.670;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=141;TCF=64;TCR=77;TR=124;WE=89845934;WS=89845916;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,284:0.99:287
chr1	89847372	rs4658359	G	T	3746.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-2.275;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=362;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.219;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=68;NR=59;PP=1827;ReadPosRankSum=-1.415;SC=GCAGAGGGCAGCTGACTACTA;SOR=0.810;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=238;TCF=123;TCR=115;TR=127;WE=89847380;WS=89847362;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:181,179:0.50:360
chr1	89847411	rs4658360	C	T	2864.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.180;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=312;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.343;HP=1;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=63;PP=1547;ReadPosRankSum=0.251;SC=GCGAGTGAAGCTCCCCACAGA;SOR=0.763;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=222;TCF=108;TCR=114;TR=119;WE=89847419;WS=89847401;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:159,152:0.49:311
chr1	89847444	rs4658146	A	G	3178.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.238;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=293;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.948;HP=1;HapScore=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=61;ReadPosRankSum=-1.810;SC=GCTGCTGGACATGCATGCGGC;SOR=0.571;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=215;TCF=103;TCR=112;TR=121;WE=89847452;WS=89847434;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:138,153:0.53:291
chr1	89849201	rs928652	C	G	1897.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=33;NR=14;PP=1004;SC=GCTTTTTCTTCCTTCCATAGG;SOR=1.410;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=48;TCF=33;TCR=15;TR=47;WE=89849209;WS=89849191;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr1	89849350	rs928653	G	A	1692.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=15;NR=30;PP=869;SC=GGAGGGGTACGTTTATACAAT;SOR=1.214;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=45;TCF=15;TCR=30;TR=45;WE=89849358;WS=89849340;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr1	89849441	rs928654	T	G	623.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=13;PP=508;SC=TGCTAAATCTTAAAATAACAA;SOR=1.508;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=18;TCF=5;TCR=13;TR=18;WE=89849449;WS=89849431;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr1	89849574	rs928655	G	A	683.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=15;NR=7;PP=388;SC=TTCAGATTTGGTTTAGTCTCA;SOR=1.220;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=15;TCR=7;TR=22;WE=89849582;WS=89849564;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr1	89849742	rs959460	A	T	4054.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=51;NR=45;PP=1640;SC=GAGGCTCAAGATAAGAGTCGC;SOR=0.797;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=96;TCF=51;TCR=45;TR=96;WE=89849750;WS=89849732;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,160:1.00:160
chr1	89851100	rs369061637	G	GT,GTT	570.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.522;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.92;ReadPosRankSum=-1.394;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:7,22,12:0.54,0.29:41
chr1	89885854	rs6673154	G	A	2672.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=26;NR=41;PP=1389;SC=GCTGGACACCGAGGGTCTGGG;SOR=1.067;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=67;TCF=26;TCR=41;TR=67;WE=89885862;WS=89885844;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr1	89888530	rs4261099	C	T	8465.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=296;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=42;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=156;NR=79;PP=2965;SC=ATCATCAGATCGTTGCTCAGC;SOR=1.432;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=236;TCF=157;TCR=79;TR=235;WE=89888538;WS=89888520;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,296:1.00:296
chr1	89888552	rs4282800	T	A	10699.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=392;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=47;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=177;NR=116;PP=2965;SC=TTACTTCAGGTCATTTTCAGT;SOR=1.082;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=294;TCF=177;TCR=117;TR=293;WE=89888560;WS=89888542;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,391:1.00:391
chr1	89888585	rs4415545	C	G	25255.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=567;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=57.53;QD=45.34;SOR=0.910;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,557:1.00:557
chr1	89888588	rs4506445	G	T	25443.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=588;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=57.67;QD=44.02;SOR=0.914;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,578:1.00:578
chr1	90048132	rs2279085	T	C	486.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=2.013;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.636;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=0;PP=346;ReadPosRankSum=1.260;SC=TAGAGTAAAATGCTTATTTGA;SOR=3.105;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=29;TCF=28;TCR=1;TR=17;WE=90048140;WS=90048122;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,19:0.58:33
chr1	90048248	rs12130207	C	T	2574.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=2.582;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=274;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.725;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=25;PP=1521;ReadPosRankSum=-1.753;SC=TAGCAGATGCCCAGTCATCTT;SOR=1.162;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=179;TCF=117;TCR=62;TR=88;WE=90048256;WS=90048238;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:146,123:0.46:269
chr1	90049040	rs36084789	A	G	4375.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.416;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=424;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.221;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=87;NR=80;PP=2310;ReadPosRankSum=0.867;SC=CTTATGTTCCATATTTTTTAA;SOR=0.485;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=281;TCF=156;TCR=125;TR=167;WE=90049048;WS=90049030;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:191,217:0.53:408
chr1	90058242	rs34096201	G	GT	531.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.387;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FS=4.311;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.33;MQRankSum=2.119;QD=5.60;ReadPosRankSum=0.046;SOR=0.553;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:53,42:0.44:95
chr1	90171835	rs6657969	C	T	3871.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=77;NR=30;PP=2274;SC=AAGCTGCCTTCGTTTATATGT;SOR=1.716;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=107;TCF=77;TCR=30;TR=107;WE=90171843;WS=90171825;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,136:1.00:136
chr1	90178743	rs474536	A	G	8038.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=281;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=95;NR=126;PP=2965;SC=GGTCCAGAAGACAGCCTGGTC;SOR=0.951;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=221;TCF=95;TCR=126;TR=221;WE=90178751;WS=90178733;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,276:1.00:276
chr1	90309079	rs150448650	G	A	2373.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-2.004;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=240;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.618;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=28;PP=1175;ReadPosRankSum=-0.118;SC=TGCCCACCATGGCAGTTATGC;SOR=0.586;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=171;TCF=110;TCR=61;TR=76;WE=90309087;WS=90309069;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:115,117:0.50:232
chr1	90470915	rs11808927	T	A	358.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=4.616;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=12;PP=238;ReadPosRankSum=0.293;SC=TGTTTGCTATTGAATCATCAC;SOR=1.329;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=28;TCF=1;TCR=27;TR=12;WE=90470923;WS=90470905;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,14:0.44:32
chr1	90486412	rs2816881	T	G	3000.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.294;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=252;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=49;PP=1279;ReadPosRankSum=2.719;SC=CTTGCAGTGTTTATATCCCTG;SOR=0.718;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=142;TCF=69;TCR=73;TR=95;WE=90486420;WS=90486402;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:105,146:0.58:251
chr1	90493026	rs10922744	G	A	2052.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.343;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=38;PP=1038;ReadPosRankSum=-1.595;SC=ATGAAGATGAGGAAGAAGAAG;SOR=0.669;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=121;TCF=52;TCR=69;TR=67;WE=90493034;WS=90493016;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,96:0.55:173
chr1	91447985	rs358691	C	T	735.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-1.449;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=15;PP=329;ReadPosRankSum=0.157;SC=CATGAATAACCATAGCTACAA;SOR=0.613;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=48;TCF=13;TCR=35;TR=22;WE=91447993;WS=91447975;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,38:0.44:86
chr1	91728053	rs585898	G	A	2969.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=26;NR=40;PP=1374;SC=CTGCATTTCCGGCTTGTTGAG;SOR=1.022;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=67;TCF=27;TCR=40;TR=66;WE=91728061;WS=91728043;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr1	91728202	rs555432	T	C	282.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=6;PP=148;SC=AAAAACCATTTTAATTTGGAT;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=6;WE=91728210;WS=91728192;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr1	91739208	rs281964	C	T	692.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=15;NR=8;PP=400;SC=TAACACTACTCGTCAATTCAA;SOR=1.220;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=15;TCR=8;TR=23;WE=91739216;WS=91739198;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr1	91739414	rs281963	G	A	1213.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=8;NR=21;PP=595;SC=AGAAAATATGGAAATTAATCT;SOR=1.414;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=8;TCR=21;TR=29;WE=91739422;WS=91739404;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr1	91740542	rs11369914	A	AT	79.90	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.887;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=7.99;ReadPosRankSum=0.157;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,7:0.70:10
chr1	91781304	rs281991	T	C	617.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=16;NR=3;PP=471;SC=TATTTTTTTTTCAGTAGAATT;SOR=2.636;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=19;TCF=16;TCR=3;TR=19;WE=91781312;WS=91781294;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr1	91781413	rs281992	T	G	2620.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=44;NR=28;PP=1320;SC=CTGCGTCACCTATGATTAAGG;SOR=1.125;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=72;TCF=44;TCR=28;TR=72;WE=91781421;WS=91781403;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr1	91793877	rs281972	T	C	1720.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=27;NR=16;PP=815;SC=CAACCCTGAATCAAGCTTTAG;SOR=1.162;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=43;TCF=27;TCR=16;TR=43;WE=91793885;WS=91793867;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr1	91813184	rs281936	C	T	913.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=6;NR=23;PP=619;SC=TAAATATCCACAGAAACAATG;SOR=2.235;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=6;TCR=23;TR=29;WE=91813192;WS=91813174;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr1	91841301	rs282036	T	C	3245.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=33;NR=65;PP=1987;SC=AACACAAAAATATGTGCATTA;SOR=1.437;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=99;TCF=33;TCR=66;TR=98;WE=91841309;WS=91841291;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr1	91846374	rs282033	C	A	914.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=7;PP=400;SC=TGTGGCAGTGCAGACATAAAG;SOR=1.002;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=21;TCF=13;TCR=8;TR=20;WE=91846382;WS=91846364;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr1	91846595	rs5776097	T	TA	846.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=15;PP=676;SC=TAGTTACTTTTATTTTAAAAC;SOR=1.519;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=0;TCR=15;TR=15;WE=91846603;WS=91846585;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr1	91846654	rs282032	A	T	154.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=38;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=5;PP=109;SC=TGAGGTTTTAACATTTGCTAT;SOR=2.303;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=1;TCR=5;TR=6;WE=91846662;WS=91846644;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr1	91851253	rs282026	T	C	1974.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=30;NR=29;PP=1213;SC=ACTGAAATTTTTGCTTACTAT;SOR=0.750;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=59;TCF=30;TCR=29;TR=59;WE=91851261;WS=91851243;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr1	91859795	rs282009	T	C	5959.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=66;NR=75;PP=2735;SC=TTGCCAGCAATATGTGATAAG;SOR=0.784;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=141;TCF=66;TCR=75;TR=141;WE=91859803;WS=91859785;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,228:1.00:228
chr1	91870410	rs17131429	G	C	20353.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.505;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=776;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.329;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=259;NR=207;PP=2965;ReadPosRankSum=1.762;SC=CCCCTCTGAGGACCGCCAAGC;SOR=0.694;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=473;TCF=262;TCR=211;TR=466;WE=91870418;WS=91870400;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:7,763:0.99:770
chr1	91973557	rs553606	T	G	1896.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=14;NR=27;PP=758;SC=TTTTCCTTTTTTAGTCTTGGT;SOR=1.103;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=14;TCR=27;TR=41;WE=91973565;WS=91973547;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr1	91974034	rs1876264	G	A	783.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=24;PP=684;SC=AGGGATGAGGGGATTATATGT;SOR=4.977;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=25;TCF=1;TCR=24;TR=25;WE=91974042;WS=91974024;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr1	91980447	rs483532	A	G	11197.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-2.119;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=441;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=156;NR=105;PP=2965;ReadPosRankSum=0.666;SC=CTATTTCTACAAAAGTTATGA;SOR=0.352;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=262;TCF=157;TCR=105;TR=261;WE=91980455;WS=91980437;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,437:1.00:438
chr1	91980649	rs10874758	G	A	2695.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=13;NR=65;PP=1836;SC=CAAGGGATCAGTTCAGATCAG;SOR=2.511;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=78;TCF=13;TCR=65;TR=78;WE=91980657;WS=91980639;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr1	91989572	rs488126	T	G	4021.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=78;NR=21;PP=2473;SC=TTTTTCTGTTTTTGTTTTTTC;SOR=1.964;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=99;TCF=78;TCR=21;TR=99;WE=91989580;WS=91989562;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,137:1.00:137
chr1	92108274	rs142096840	T	TA	590.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.356;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.57;ReadPosRankSum=2.287;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:62,44:0.42:106
chr1	92108899	rs2493202	C	T	18416.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=709;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQ=59.99;NF=219;NR=213;PP=2965;SC=TCTCCTCCATCTGTTGAACGA;SOR=0.716;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=434;TCF=220;TCR=214;TR=432;WE=92108907;WS=92108889;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,700:1.00:700
chr1	92174260	rs284878	A	G	7597.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=286;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=78;NR=81;PP=2965;SC=CAAGGGGCTTAGTGAACGTCT;SOR=0.715;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=159;TCF=78;TCR=81;TR=159;WE=92174268;WS=92174250;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,279:1.00:279
chr1	92174415	rs2038931	G	A	491.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-0.329;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=18;PP=378;ReadPosRankSum=0.014;SC=CTGCACAGCTGTCCTGTGGCC;SOR=0.643;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=42;TCF=7;TCR=35;TR=22;WE=92174423;WS=92174405;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,22:0.49:45
chr1	92181678	rs2029355	T	G	198.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.067;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=18.07;ReadPosRankSum=0.494;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,6:0.55:11
chr1	92184744	rs4658261	C	T	570.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=0.932;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.744;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=3;PP=395;ReadPosRankSum=0.611;SC=AGAACTGACACTTGGCTTTCT;SOR=1.159;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=51;TCF=44;TCR=7;TR=23;WE=92184752;WS=92184734;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,26:0.43:61
chr1	92195601	rs10783002	G	A	580.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=1.257;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.780;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=14;PP=329;ReadPosRankSum=0.942;SC=GAAGGAGGGTGACAGTGAAAC;SOR=1.309;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=34;TCF=10;TCR=24;TR=17;WE=92195609;WS=92195591;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,25:0.56:45
chr1	92200593	rs11165376	A	G	2155.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.518;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.221;HP=2;HapScore=4;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=55;PP=2807;ReadPosRankSum=-1.237;SC=GTACTTCTCAAATCGAAGTGC;SOR=0.819;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=140;TCF=31;TCR=109;TR=70;WE=92200605;WS=92200583;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:100,95:0.49:195
chr1	92200597	rs12124904	G	A	2073.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.163;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.296;HP=2;HapScore=4;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=51;PP=2883;ReadPosRankSum=0.572;SC=TTCTCAAATCGAAGTGCTTGT;SOR=0.590;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=130;TCF=29;TCR=101;TR=65;WE=92200605;WS=92200583;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,92:0.53:174
chr1	92200627	rs10874913	T	C	2522.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=68;PP=1672;SC=CTCTTCCCTTTGTTATACAAG;SOR=2.960;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=80;TCF=11;TCR=69;TR=79;WE=92200635;WS=92200617;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr1	92428495	rs10783071	C	A	3182.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=37;NR=55;PP=1756;SC=TGTGAAACTACAGTTGCCTGT;SOR=1.052;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=93;TCF=37;TCR=56;TR=92;WE=92428503;WS=92428485;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr1	92430435	.	CGT	C	296.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.72;QD=32.97;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr1	92445257	rs3088232	C	G	3713.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-1.106;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=396;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.367;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=52;PP=1313;ReadPosRankSum=-1.361;SC=CTGAAGGGAACTCTTCTGATG;SOR=0.721;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=218;TCF=97;TCR=121;TR=92;WE=92445265;WS=92445247;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:198,188:0.49:386
chr1	92446112	rs11165911	T	C	176.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=1;PP=91;SC=ACAAAAGACATTCTTGACTTT;SOR=2.584;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=5;TCR=1;TR=6;WE=92446120;WS=92446102;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr1	92446398	rs2303967	T	A	2986.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=43;NR=27;PP=1256;SC=TATGATAGCTTATTAAGACAA;SOR=1.121;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=71;TCF=43;TCR=28;TR=70;WE=92446406;WS=92446388;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr1	92446961	rs148496128	T	TTGTA	645.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.415;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.151;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.257;NF=4;NR=11;PP=696;ReadPosRankSum=-0.163;SC=TTTTGTTTGTTTGTATGTATG;SOR=0.934;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=42;TCF=8;TCR=34;TR=15;WE=92446969;WS=92446951;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,19:0.40:47
chr1	92447004	rs10875104	A	G	1403.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=16;NR=15;PP=785;SC=GTCTTGTGATATTGCCCAGGC;SOR=0.776;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=31;TCF=16;TCR=15;TR=31;WE=92447012;WS=92446994;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr1	92457843	rs10747493	C	T	1474.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=27;NR=13;PP=705;SC=GAATGCATACCGCCTGAAGGA;SOR=1.302;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=41;TCF=27;TCR=14;TR=40;WE=92457851;WS=92457833;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr1	92508281	.	C	CAA	75.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.208;ClippingRankSum=0.000;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=3.565;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.52;ReadPosRankSum=-1.320;SOR=2.133;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,14:0.47:30
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chr1	92646021	rs1483022	G	A	2911.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-1.970;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=240;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.659;HP=6;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=64;PP=1810;ReadPosRankSum=2.492;SC=ATCAGTCAAAGAAAGGTGAAA;SOR=0.936;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=187;TCF=85;TCR=102;TR=108;WE=92646029;WS=92646011;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:104,131:0.56:235
chr1	92647223	rs560389	A	G	1484.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.425;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.252;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=28;PP=801;ReadPosRankSum=-0.566;SC=AAGCAAAGTAATAATGATCTT;SOR=0.573;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=130;TCF=69;TCR=61;TR=59;WE=92647231;WS=92647213;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,72:0.46:158
chr1	92647532	rs565156	C	A	4016.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=50;NR=48;PP=2126;SC=TTTTCTGCAACTAAAAAGTTT;SOR=0.707;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=99;TCF=50;TCR=49;TR=98;WE=92647540;WS=92647522;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,147:1.00:147
chr1	92711067	rs3131827	A	T	669.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=0.747;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.722;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=4;PP=272;ReadPosRankSum=0.498;SC=ATTTCTGTAAATAATGCTGCA;SOR=1.273;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=37;TCF=24;TCR=13;TR=17;WE=92711075;WS=92711057;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,33:0.49:68
chr1	92712266	rs974924	C	T	1863.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=23;NR=31;PP=1035;SC=AAGCAAAACACAGAAAAGATT;SOR=0.971;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=54;TCF=23;TCR=31;TR=54;WE=92712274;WS=92712256;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr1	92712598	rs35752451	GAA	G	3450.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.587;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FS=2.325;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.05;MQRankSum=1.169;QD=15.83;ReadPosRankSum=1.284;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:125,93:0.43:218
chr1	92735359	rs1487540	T	C	1086.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=0.876;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=19;PP=525;ReadPosRankSum=-1.402;SC=AACAAATATATATATTATACA;SOR=0.639;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=50;TCF=19;TCR=31;TR=31;WE=92735367;WS=92735349;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,50:0.60:83
chr1	92755943	rs3103178	G	A	133.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=1.776;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.424;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=6;PP=102;ReadPosRankSum=0.723;SC=AAGAAGGCATGTATCGACAAA;SOR=2.179;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=6;WE=92755951;WS=92755933;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,6:0.55:11
chr1	92763091	rs372630078	CA	C	106.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.217;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FS=2.380;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.22;MQRankSum=2.618;QD=1.23;ReadPosRankSum=0.526;SOR=0.861;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:62,25:0.29:87
chr1	92764828	rs10875348	T	A	2860.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=31;NR=48;PP=1598;SC=CCAGGTAGAGTAGGCCGAAAG;SOR=1.115;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=79;TCF=31;TCR=48;TR=79;WE=92764836;WS=92764818;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr1	92765848	rs1542685	A	T	1133.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.511;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FS=5.394;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.06;ReadPosRankSum=0.444;SOR=0.325;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:40,54:0.57:94
chr1	92799151	rs1487537	C	T	400.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=13;PP=302;SC=GTGAAAAGTTCACATGGATTT;SOR=3.126;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=2;TCR=13;TR=15;WE=92799159;WS=92799141;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr1	92846271	rs201155919	G	A	4117.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=2.129;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=430;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=80;NR=55;PP=2321;ReadPosRankSum=1.156;SC=AGTATTTTTGGTTGTTTCAGA;SOR=0.702;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=256;TCF=152;TCR=104;TR=135;WE=92846279;WS=92846261;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:223,197:0.47:420
chr1	92852504	rs10747411	A	G	1270.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.63;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=15;NR=11;PP=414;SC=TCCTGACCTCATGATCTGCCT;SOR=0.853;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=15;TCR=11;TR=26;WE=92852512;WS=92852494;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr1	92944314	rs200902533	CAGAGAG	C	1224.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.875;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FS=6.232;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.52;ReadPosRankSum=-0.585;SOR=2.469;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,32:0.67:48
chr1	92944346	.	GAGAGAT	G	821	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=46;MMLQ=21;MQ=59.99;NF=0;NR=47;PP=821;QD=17.5319148936;SC=GAGAGAGAGAGAGAGATGCAG;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=56;TCF=3;TCR=53;TR=47;WE=92944359;WS=92944336;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:9,47:0.84:56
chr1	92946479	rs11164605	G	A	2334.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=30;NR=24;PP=997;SC=GGGCGGGTTCGCAGAAGAGGC;SOR=0.807;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=55;TCF=30;TCR=25;TR=54;WE=92946487;WS=92946469;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr1	92979092	rs146230362	ATATATATATATATATATATATATATATATATG	A	120.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.282;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=3.522;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=13.41;ReadPosRankSum=1.282;SOR=2.712;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,4:0.44:9
chr1	92979354	rs6603979	A	G	9768.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=368;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=103;NR=113;PP=2965;SC=AAGACATCGAACCAGATTTTC;SOR=0.755;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=217;TCF=103;TCR=114;TR=216;WE=92979362;WS=92979344;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,363:1.00:363
chr1	93029453	rs6656432	A	G	960.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=22;PP=634;SC=ACAATTCATAATGAACTATGC;SOR=1.609;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=9;TCR=22;TR=31;WE=93029461;WS=93029443;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr1	93029479	rs68039687	A	T	69.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.474;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.17;ReadPosRankSum=0.329;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,6:0.27:22
chr1	93071048	rs2050597	G	T	3826.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=26;NR=71;PP=2033;SC=TAAACCATACGTTAAGTATTA;SOR=1.593;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=97;TCF=26;TCR=71;TR=97;WE=93071056;WS=93071038;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,141:1.00:141
chr1	93073228	rs11808092	C	A	2260.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.485;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=250;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.462;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=38;PP=922;ReadPosRankSum=0.304;SC=GCACTTTCTCCTGTAGGCTAA;SOR=0.749;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=147;TCF=71;TCR=76;TR=71;WE=93073236;WS=93073218;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:132,117:0.47:249
chr1	93089823	rs7514716	T	C	6336.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=246;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=64;NR=75;PP=2733;SC=TCAGTTCATCTTGTAACTCAT;SOR=0.796;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=139;TCF=64;TCR=75;TR=139;WE=93089831;WS=93089813;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,242:1.00:242
chr1	93101670	rs41286811	C	T	745.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=2.596;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.494;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=4;PP=503;ReadPosRankSum=0.932;SC=ATAAAAACACCAAGTCAATTA;SOR=0.401;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=69;TCF=58;TCR=11;TR=26;WE=93101678;WS=93101660;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,32:0.43:75
chr1	93128514	rs11411366	T	TA	79.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;QD=13.29;SOR=3.258;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,4:0.67:6
chr1	93128854	rs10747450	A	G	1056.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.77;SOR=0.954;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr1	93159821	.	CA	C	59.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.664;ClippingRankSum=0.000;DP=73;ExcessHet=3.0103;FS=1.128;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.85;ReadPosRankSum=-1.137;SOR=0.474;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:53,17:0.24:70
chr1	93160002	rs34202284	G	A	254.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.847;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=4.362;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.55;ReadPosRankSum=-1.071;SOR=0.280;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,17:0.30:56
chr1	93160902	rs2391199	T	C	7106.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=274;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.52;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,268:1.00:268
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chr1	93312142	rs12746956	A	G	529.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.317;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.259;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=20;PP=388;ReadPosRankSum=-0.833;SC=TTTAGCTATCATAAATAATGT;SOR=0.906;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=51;TCF=8;TCR=43;TR=23;WE=93312150;WS=93312132;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,25:0.42:60
chr1	93312592	rs12062315	C	T	355.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=2.664;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.012;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=3;PP=162;ReadPosRankSum=0.544;SC=TGAGCCACCACGCCCGGCCTC;SOR=1.493;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=28;TCF=17;TCR=11;TR=12;WE=93312600;WS=93312582;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,18:0.50:36
chr1	93426866	rs945629	T	C	5813.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.42;SOR=1.092;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chr1	93426869	rs1415069	G	C	5863.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.76;SOR=1.061;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr1	93426874	rs116489989	G	T	1278.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.873;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.13;ReadPosRankSum=-0.705;SOR=0.688;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:76,64:0.46:140
chr1	93545157	rs2815419	G	A	2385.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.81;SOR=0.965;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr1	93580581	rs2815427	G	C	4149.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=51;NR=48;PP=1921;SC=CATATTGATTGCAGTGTGATT;SOR=0.693;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=99;TCF=51;TCR=48;TR=99;WE=93580589;WS=93580571;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,158:1.00:158
chr1	93580992	rs566843	C	T	2475.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=42;NR=27;PP=1545;SC=AAATTTTAGCCTTCACTCTTT;SOR=0.714;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=73;TCF=43;TCR=30;TR=69;WE=93581000;WS=93580982;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr1	93581024	rs2295423	T	C	2014.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.017;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.736;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=24;PP=1088;ReadPosRankSum=-0.054;SC=CCCTCTAATGTAGAGGGGTGG;SOR=0.576;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=136;TCF=86;TCR=50;TR=62;WE=93581032;WS=93581014;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:98,100:0.51:198
chr1	93583818	rs34049352	CT	C	205.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.541;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=7.819;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.37;MQRankSum=0.765;QD=7.35;ReadPosRankSum=0.753;SOR=2.606;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,19:0.68:28
chr1	93584870	.	C	CT	47.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.607;ClippingRankSum=0.000;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.99;ReadPosRankSum=-0.064;SOR=0.818;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,7:0.29:24
chr1	93592692	rs489183	A	T	897.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.749;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.731;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=14;PP=421;ReadPosRankSum=0.775;SC=ACCAATCAGTACACTTTTCCT;SOR=0.382;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=82;TCF=53;TCR=29;TR=33;WE=93592700;WS=93592682;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,47:0.41:115
chr1	93602194	rs2281524	C	T	1826.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.504;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.548;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=20;PP=961;ReadPosRankSum=0.546;SC=TAAAAAAGCTCAGTAGACAAT;SOR=0.766;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=135;TCF=93;TCR=42;TR=63;WE=93602202;WS=93602174;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:112,86:0.43:198
chr1	93620393	rs1060622	G	A	5499.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.722;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=629;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.101;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=73;NR=95;PP=2381;ReadPosRankSum=-2.223;SC=TCTAAGCAGAGTTTGTATGTG;SOR=0.613;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=372;TCF=154;TCR=218;TR=168;WE=93620401;WS=93620383;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:331,285:0.46:616
chr1	93621483	rs1057257	A	G	262.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=0.797;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=4;PP=140;ReadPosRankSum=1.711;SC=ACCACAAAATAGTTGTGAAAT;SOR=0.582;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=31;TCF=21;TCR=10;TR=12;WE=93621491;WS=93621473;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,14:0.40:35
chr1	93646207	rs2297707	T	C	3090.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.287;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=305;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=46;PP=1756;ReadPosRankSum=-0.230;SC=CCCCGCGCCTTCGGCGGCGCC;SOR=0.696;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=231;TCF=127;TCR=104;TR=102;WE=93646215;WS=93646197;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:157,144:0.48:301
chr1	93646418	rs10874763	C	T	4988.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-4.013;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=530;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=94;PP=2041;ReadPosRankSum=2.329;SC=GGGTGGGTCTCTCCCCAGCGA;SOR=0.708;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=327;TCF=130;TCR=197;TR=158;WE=93646426;WS=93646408;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:264,257:0.49:521
chr1	93646433	rs2255722	T	C	5005.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=2.146;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=481;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=87;PP=2513;ReadPosRankSum=-1.851;SC=CAGCGACGATTTGGGTGGTGA;SOR=0.679;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=293;TCF=113;TCR=180;TR=140;WE=93646441;WS=93646423;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:239,237:0.50:476
chr1	93649732	rs6682670	A	G	1232.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.570;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.563;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=38;PP=902;ReadPosRankSum=1.006;SC=ATCTAGTTAAAAGAAGTTTTG;SOR=0.903;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=108;TCF=28;TCR=80;TR=49;WE=93649740;WS=93649722;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,56:0.43:130
chr1	93659350	rs2815411	A	T	793.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=13;PP=350;SC=AATAAAAGGAAATATTACCTA;SOR=1.536;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=18;TCF=5;TCR=13;TR=18;WE=93659358;WS=93659340;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr1	93672688	rs2783499	C	T	513.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=0.127;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=5;PP=279;ReadPosRankSum=-0.602;SC=AAAATAACAACGGAAAAGAAA;SOR=0.760;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=36;TCF=25;TCR=11;TR=20;WE=93672696;WS=93672678;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,25:0.54:46
chr1	93672723	rs2815413	A	C	2308.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=44;NR=19;PP=1353;SC=GCAGTGAAAAATTCAGAAGTC;SOR=1.697;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=63;TCF=44;TCR=19;TR=63;WE=93672731;WS=93672713;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr1	93676314	rs555161	A	G	410.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-0.436;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.931;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=3;PP=192;ReadPosRankSum=0.302;SC=AAGCAAATGCATCTCATTTAC;SOR=1.287;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=32;TCF=23;TCR=9;TR=16;WE=93676322;WS=93676304;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,22:0.55:40
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chr1	93683210	rs624131	A	G	319.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=2.738;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=4;PP=163;ReadPosRankSum=-0.876;SC=TTCCCAGGCTAGTCTTGAACT;SOR=0.629;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=31;TCF=18;TCR=13;TR=10;WE=93683218;WS=93683200;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,17:0.34:50
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chr1	93711782	rs3754186	T	A	2555.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.497;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=234;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=45;PP=1055;ReadPosRankSum=1.272;SC=CTTGATTATATTTTAATGGAG;SOR=0.670;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=132;TCF=51;TCR=81;TR=73;WE=93711790;WS=93711772;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:96,123:0.56:219
chr1	93720070	rs12030843	C	G	452.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.357;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.990;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=6;PP=222;ReadPosRankSum=-1.288;SC=TAAAGAACAGCTTCGAGAAAA;SOR=0.963;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=65;TCF=43;TCR=22;TR=22;WE=93720078;WS=93720060;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,28:0.35:80
chr1	93998640	rs34814765	AT	A	1120.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=0.677;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=20;PP=768;ReadPosRankSum=1.987;SC=GTGCTAAATAATTATCTTTGA;SOR=0.629;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=41;TCF=2;TCR=39;TR=22;WE=93998648;WS=93998630;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,37:0.55:67
chr1	94012287	rs237425	G	A	775.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=21;NR=2;PP=549;SC=TTAAAAAGATGTGACTCTACT;SOR=3.611;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=23;TCF=21;TCR=2;TR=23;WE=94012295;WS=94012277;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr1	94041787	rs25569	G	GAC	3548.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=42;PP=2305;SC=CGATGGCGTGGACACTTTATG;SOR=1.697;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=51;TCF=4;TCR=47;TR=46;WE=94041795;WS=94041777;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr1	94312482	rs5776191	T	TC	29992.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=848;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.11;QD=36.27;SOR=0.760;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,827:1.00:827
chr1	94312528	rs147446599	G	GC	23203.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=711;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.08;QD=43.53;SOR=1.725;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,533:1.00:533
chr1	94312533	rs202198870	G	GC	22535.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.69;DB;DP=494;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=47;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=82;PP=2973;SC=ACGTCGCGCGGCGGCGCTCGC;SOR=2.008;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=93;TCF=9;TCR=84;TR=91;WE=94312580;WS=94312518;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,490:1.00:490
chr1	94312542	.	G	GC	12579.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.786;ClippingRankSum=0.000;DP=446;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.05;MQRankSum=0.140;QD=29.95;ReadPosRankSum=0.508;SOR=1.468;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:3,417:0.99:420
chr1	94312543	.	C	CCG	2971	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.69;FR=1.0000;HP=2;HapScore=1;MGOF=47;MMLQ=24;MQ=59.84;NF=8;NR=70;PP=2971;QD=20;SC=GCGGCGCTCGCGCGCAGGTCC;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=78;TCF=8;TCR=70;TR=78;WE=94312580;WS=94312518;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr1	94312544	.	G	C	2410	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.69;FR=1.0000;HP=2;HapScore=1;MGOF=47;MMLQ=24;MQ=59.89;NF=29;NR=70;PP=2410;QD=24.6946587126;SC=CGGCGCTCGCGCGCAGGTCCA;SbPval=0.05;Source=Platypus;TC=163;TCF=31;TCR=132;TR=99;WE=94312580;WS=94312518;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:64,99:0.61:163
chr1	94312544	.	G	GC	19889.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=425;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.05;QD=47.24;SOR=2.147;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,421:1.00:421
chr1	94312554	.	A	AG	17377.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.69;DP=379;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=47;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=68;PP=2957;SC=GCGCAGGTCCAGCCGCGGCTG;SOR=2.467;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=74;TCF=6;TCR=68;TR=74;WE=94312580;WS=94312518;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,375:1.00:375
chr1	94312558	.	G	GC	16432.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.69;DP=356;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=47;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=62;PP=2965;SC=AGGTCCAGCCGCGGCTGGGTC;SOR=2.428;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=68;TCF=6;TCR=62;TR=68;WE=94312580;WS=94312518;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,352:1.00:352
chr1	94312566	rs2391318	G	T	14641.77	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=323;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.07;QD=45.90;SOR=2.340;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,319:1.00:319
chr1	94312566	.	GT	TC	2947	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.69;FR=1.0000;HP=2;HapScore=1;MGOF=47;MMLQ=24;MQ=59.88;NF=26;NR=62;PP=2947;QD=20;SC=CCGCGGCTGGGTCGGGCGCGG;SbPval=0.01;Source=Platypus;TC=160;TCF=26;TCR=134;TR=88;WE=94312580;WS=94312518;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:72,88:0.55:160
chr1	94312567	rs2391319	T	C	14416.77	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=318;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.07;QD=45.91;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,314:1.00:314
chr1	94312571	.	G	GC	13912.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=300;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.07;QD=47.00;SOR=2.351;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,296:1.00:296
chr1	94312572	.	CG	C	2971	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.69;FR=1.0000;HP=4;HapScore=1;MGOF=47;MMLQ=24;MQ=59.8;NF=3;NR=62;PP=2971;QD=20;SC=CTGGGTCGGGCGCGGCGGCCG;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=65;TCF=3;TCR=62;TR=65;WE=94312580;WS=94312518;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr1	94312573	.	G	GC	13507.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=294;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.04;QD=46.58;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,290:1.00:290
chr1	94312576	.	G	GC	13012.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=282;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.04;QD=46.81;SOR=2.372;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,278:1.00:278
chr1	94312579	.	G	GC	12022.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=262;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.04;QD=46.60;SOR=2.416;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,258:1.00:258
chr1	94312584	.	G	C	1947	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;FR=1.0000;HP=2;HapScore=1;MGOF=171;MMLQ=24;MQ=59.88;NF=26;NR=62;PP=1947;QD=22.5201274153;SC=CGGCGGCCGGGCGCGAGGGAA;SbPval=0.01;Source=Platypus;TC=166;TCF=26;TCR=140;TR=88;WE=94312592;WS=94312571;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:78,88:0.53:166
chr1	94312584	rs200230769	G	GC	10807.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.05;QD=47.40;SOR=2.409;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,228:1.00:228
chr1	94343233	rs3789457	T	C	2348.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.937;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=234;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.021;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=40;PP=1327;ReadPosRankSum=0.005;SC=CCTCAGAGGTTTCTCCATCCG;SOR=0.771;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=156;TCF=75;TCR=81;TR=74;WE=94343241;WS=94343223;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:115,109:0.49:224
chr1	94343554	.	C	G	1209.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-1.644;ClippingRankSum=0.000;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.671;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=32;PP=689;ReadPosRankSum=2.712;SC=ACCTGCCCAACTCATGATTTT;SOR=0.499;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=88;TCF=25;TCR=63;TR=47;WE=94343562;WS=94343544;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,57:0.53:107
chr1	94344580	rs6675820	C	A	4646.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-4.776;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=409;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.188;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=114;NR=44;PP=2397;ReadPosRankSum=-0.547;SC=GCCCCGCCTGCCTGAGCGCGG;SOR=0.605;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=310;TCF=224;TCR=86;TR=158;WE=94344588;WS=94344570;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:191,213:0.53:404
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chr1	94360107	rs769211	C	A	418.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-2.083;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.316;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=6;PP=215;ReadPosRankSum=-1.709;SC=TATGTATCAACAAATACCTTT;SOR=0.473;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=28;TCF=19;TCR=9;TR=17;WE=94360115;WS=94360097;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,21:0.57:37
chr1	94367097	rs7515191	G	A	707.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.607;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.42;ReadPosRankSum=-1.262;SOR=0.665;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,37:0.65:57
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chr1	94374742	rs743119	C	A	997.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=0.039;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.802;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=21;PP=521;ReadPosRankSum=0.877;SC=CCAGGGGCCGCGCAGCGAAGG;SOR=0.553;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=79;TCF=35;TCR=44;TR=39;WE=94374767;WS=94374732;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,47:0.53:89
chr1	94471075	rs1762114	A	G	11261.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.372;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=431;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=119;NR=163;PP=2965;ReadPosRankSum=2.185;SC=GCAGCTCATCAATTGCATCAA;SOR=0.327;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=283;TCF=119;TCR=164;TR=282;WE=94471083;WS=94471065;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,422:1.00:423
chr1	94471154	rs4147863	C	T	1357.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-1.718;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=42;PP=898;ReadPosRankSum=1.404;SC=AGAAAAAAAGCAATTACTGAG;SOR=0.745;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=123;TCF=32;TCR=91;TR=57;WE=94471162;WS=94471144;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,67:0.43:157
chr1	94473029	rs67601772	TGTTGG	T	562.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=3.563;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=12.180;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=1;PP=675;ReadPosRankSum=0.849;SC=TGGGTCTATGTGTTGGGCTTT;SOR=2.941;SbPval=0.98;Source=Platypus;TC=31;TCF=23;TCR=8;TR=15;WE=94473041;WS=94473019;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,16:0.40:40
chr1	94473605	rs3789386	A	G	339.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=4.264;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.087;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=1;PP=256;ReadPosRankSum=0.792;SC=AAAAATACTAATGAAATTAAT;SOR=2.472;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=29;TCF=24;TCR=5;TR=13;WE=94473613;WS=94473595;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,14:0.38:37
chr1	94473845	rs2275029	T	C	5452.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.020;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=427;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.542;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=50;PP=1044;ReadPosRankSum=0.564;SC=TGGAGGTGCCTGGATAAATCT;SOR=0.704;SbPval=0.46;Source=Platypus;TCF=142;TR=97;WE=94473853;WS=94473835;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:270,155:0.36:425
chr1	94473864	rs1800739	C	T	5390.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.795;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=443;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.152;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=52;PP=1201;ReadPosRankSum=-0.572;SC=CTGCAAGATACGAAGAAACCG;SOR=0.803;Source=Platypus;TCF=135;TR=94;WE=94473872;WS=94473854;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:283,158:0.36:441
chr1	94473896	rs2275031	G	T	2082.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.333;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=380;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.573;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=48;PP=908;ReadPosRankSum=0.683;SC=GAGACAGGGTGAGAGCAAGGA;SOR=0.896;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=247;TCF=99;TCR=148;TR=72;WE=94473904;WS=94473886;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:256,123:0.32:379
chr1	94474185	rs2275032	A	C	1678.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=1.744;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.653;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=18;PP=941;ReadPosRankSum=-0.930;SC=TGATGACCCTACATAAAACTG;SOR=0.613;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=130;TCF=90;TCR=40;TR=59;WE=94474193;WS=94474175;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,76:0.52:147
chr1	94474328	rs4147857	T	C	3937.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=2.830;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=455;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=61;PP=1908;ReadPosRankSum=-1.016;SC=CATGTAGCCTTAAGATGTCAG;SOR=0.718;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=284;TCF=137;TCR=147;TR=119;WE=94474336;WS=94474318;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:254,193:0.43:447
chr1	94474452	rs4147856	T	G	1699.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.148;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=42;PP=1009;ReadPosRankSum=0.284;SC=GGGGTCAGGATTGGGCTGGCT;SOR=0.670;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=118;TCF=35;TCR=83;TR=64;WE=94474460;WS=94474442;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:101,83:0.45:184
chr1	94476203	rs112614086	CT	C	2512.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.101;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.885;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=18;PP=1212;ReadPosRankSum=-0.053;SC=ACCCGATCCTCTACTTGTATT;SOR=0.547;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=80;TCF=41;TCR=39;TR=33;WE=94476211;WS=94476193;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:104,78:0.43:182
chr1	94476388	rs1801574	C	G	3517.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.138;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=383;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.188;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=56;PP=1900;ReadPosRankSum=-0.137;SC=GCTGGACCAGCAGGGTCAGGA;SOR=0.677;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=249;TCF=123;TCR=126;TR=118;WE=94476396;WS=94476378;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:208,172:0.45:380
chr1	94476555	rs537831	G	A	885.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=1.127;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.511;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=29;PP=649;ReadPosRankSum=0.297;SC=CCACAGCACAGGGCCCACTAG;SOR=0.344;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=83;TCF=18;TCR=65;TR=39;WE=94476563;WS=94476545;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,40:0.46:87
chr1	94476991	rs4147899	CT	C	3763.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.979;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=341;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=1.056;NF=6;NR=60;PP=2409;ReadPosRankSum=1.830;SC=CCCACCCCCCCTCTCTTCAGC;SOR=0.674;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=139;TCF=14;TCR=125;TR=66;WE=94476999;WS=94476980;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:173,157:0.48:330
chr1	94484239	rs145838948	G	A	415.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.541;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=10;PP=203;ReadPosRankSum=1.176;SC=AAAATGTTGAGATTTTACTAC;SOR=0.941;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=23;TCF=4;TCR=19;TR=12;WE=94484247;WS=94484229;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,19:0.50:38
chr1	94487354	rs472908	G	A	6547.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=252;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=107;NR=61;PP=2965;SC=ATTCATGGTAGTTAAGCAAGT;SOR=1.156;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=168;TCF=107;TCR=61;TR=168;WE=94487362;WS=94487344;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,248:1.00:248
chr1	94495930	rs547806	T	C	3285.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=71;NR=18;PP=2060;SC=AACCCACCGTTGGGTCCTCCC;SOR=2.459;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=90;TCF=72;TCR=18;TR=89;WE=94495938;WS=94495920;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr1	94496253	rs2297671	G	A	1634.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=11;NR=42;PP=1151;SC=CTGAACACTCGCAGTGGTCTG;SOR=2.604;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=53;TCF=11;TCR=42;TR=53;WE=94496261;WS=94496243;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr1	94497662	.	AT	A	1011.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-1.402;ClippingRankSum=0.000;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=10;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.874;NF=0;NR=28;PP=346;ReadPosRankSum=-1.725;SC=CTCTAATGCCATTTTTTTTTT;SOR=0.680;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=58;TCF=3;TCR=55;TR=28;WE=94497670;WS=94497652;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,66:0.54:122
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chr1	94544135	rs4147887	A	AC	406.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.850;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=13;PP=494;ReadPosRankSum=1.048;SC=CCATCCTCCAACCCCCCTTAC;SOR=0.859;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=44;TCF=16;TCR=28;TR=17;WE=94544143;WS=94544125;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,18:0.45:40
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chr1	94578548	rs4847281	T	C	8724.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=341;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=130;NR=102;PP=2965;SC=GGCTGTAGAGTGGGTTGGCAT;SOR=0.910;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=233;TCF=131;TCR=102;TR=232;WE=94578556;WS=94578538;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,333:1.00:333
chr1	94639337	rs1330858	A	G	3205.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=29.41;SOR=2.281;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
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chr1	94667430	rs5776210	G	GA,GAA	715.73	.	AC=2,0;AF=1.00,0.00;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=1.926;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.4999,0.5001;FS=0.000;HP=10;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=1,1;NR=29,29;PP=18,302;ReadPosRankSum=-0.982;SC=AAATATCACAGAAAAAAAAAT;SOR=2.165;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=39;TCF=1;TCR=38;TR=30,30;WE=94667438;WS=94667420;set=Intersection	GT:AF:DP	1/1:0.94:36
chr1	94667970	rs1541098	T	C	1937.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-2.435;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.270;HP=5;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=17;PP=863;ReadPosRankSum=-0.468;SC=TGAGAAACTCTGGGGGATGGG;SOR=0.556;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=128;TCF=92;TCR=36;TR=60;WE=94667978;WS=94667960;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,90:0.53:171
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chr1	94670784	rs10443184	T	C	674.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.240;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=18;PP=319;ReadPosRankSum=0.860;SC=GGTAAGTATATGTTAAATGTG;SOR=0.644;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=48;TCF=16;TCR=32;TR=27;WE=94670792;WS=94670774;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,35:0.56:63
chr1	94674723	rs6684237	G	A	2469.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=32;NR=20;PP=1022;SC=TTAATACTTCGTTTCCCATGT;SOR=0.959;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=52;TCF=32;TCR=20;TR=52;WE=94674731;WS=94674713;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr1	94924323	.	T	A	229.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.066;ClippingRankSum=0.000;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.368;HP=1;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=5;PP=127;ReadPosRankSum=-1.396;SC=TCCAGTCTTCTACACATTACA;SOR=0.053;SbPval=0.24;Source=Platypus;TC=14;TCF=3;TCR=11;TR=8;WE=94924331;WS=94924313;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,10:0.67:15
chr1	94941376	rs681187	G	A	86.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.863;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.963;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=5;PP=66;ReadPosRankSum=1.002;SC=AATTGATTTTGTGGACATAAC;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=2;TCR=11;TR=5;WE=94941384;WS=94941366;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,5:0.33:15
chr1	94945967	.	A	G	2175.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.030;ClippingRankSum=0.000;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.251;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=23;PP=1246;ReadPosRankSum=0.957;SC=ATCTAAGTGAATTTATTATTA;SOR=0.588;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=135;TCF=95;TCR=40;TR=75;WE=94945975;WS=94945957;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,98:0.56:176
chr1	94964139	rs201875475	AT	A	56.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.687;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.42;ReadPosRankSum=-2.193;SOR=0.748;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:107,27:0.20:134
chr1	94980671	rs3118109	C	G	4407.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=55;NR=43;PP=1862;SC=CTCTGTTACTCATTAAACCTA;SOR=0.807;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=99;TCF=55;TCR=44;TR=98;WE=94980679;WS=94980661;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,165:1.00:165
chr1	94982785	rs662813	A	T	293.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.756;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=1.882;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.88;ReadPosRankSum=-0.252;SOR=1.248;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,14:0.52:27
chr1	95001600	rs698946	A	C	4761.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=53;NR=66;PP=2059;SC=CATTCCCTGCAGGGTAGGAGA;SOR=0.819;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=119;TCF=53;TCR=66;TR=119;WE=95001608;WS=95001590;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,183:1.00:183
chr1	95285897	.	C	CCCCAGA	4054.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=19;NR=32;PP=2232;SC=CCGGCTCCAGCCCCAGCCCCA;SOR=0.782;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=55;TCF=22;TCR=33;TR=51;WE=95285905;WS=95285887;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr1	95286085	rs11165252	G	A	7565.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.515;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=298;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.47;ReadPosRankSum=0.427;SOR=0.714;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,295:0.99:297
chr1	95286094	rs10782992	G	T	13069.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=297;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.15;SOR=0.720;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,296:1.00:296
chr1	95290305	rs6541372	T	C	511.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.65;SOR=5.136;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr1	95290315	rs36094793	A	G	511.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.65;SOR=5.136;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
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chr1	95294089	rs2640065	T	C	2705.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.994;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.049;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=47;PP=1527;ReadPosRankSum=1.088;SC=CCTTCAACTATACCCACAGTC;SOR=0.611;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=160;TCF=72;TCR=88;TR=87;WE=95294097;WS=95294079;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:95,125:0.57:220
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chr1	95367108	rs10605235	ACC	A,AC	778.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=11;HapScore=3;MGOF=13;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=24;NF=14,14;NR=2,2;PP=154,84;SC=TATAAACTACACCCCCCCCCC;SOR=3.528;SbPval=0.92;Source=Platypus;TC=24;TCF=18;TCR=6;TR=16,16;WE=95367117;WS=95367105;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.64,0.36:25
chr1	95367136	rs859059	G	A	1204.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=28;NR=9;PP=673;SC=TAGTACTTCTGTCTATTCTTA;SOR=1.765;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=38;TCF=28;TCR=10;TR=37;WE=95367144;WS=95367126;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr1	95367649	rs859058	T	C	2891.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.566;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=247;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.376;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=35;PP=1554;ReadPosRankSum=0.814;SC=GGGAATCTGTTAACCAGCCAT;SOR=0.973;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=171;TCF=99;TCR=72;TR=91;WE=95367657;WS=95367639;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:110,134:0.55:244
chr1	95367894	rs859057	A	C	1166.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=24;PP=763;SC=GTCTTCATAAACAGTTATAAG;SOR=1.501;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=36;TCF=12;TCR=24;TR=36;WE=95367902;WS=95367884;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr1	95368574	rs10640200	T	TAA	1038.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.710;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FS=0.874;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.18;MQRankSum=0.000;QD=9.11;ReadPosRankSum=0.131;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:58,56:0.49:114
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chr1	95392588	rs115445502	C	T	520.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=2.838;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.147;HP=5;HapScore=4;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=19;PP=820;ReadPosRankSum=-0.980;SC=GAGACGGCCGCGGGGCGCGGG;SOR=0.245;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=37;TCF=2;TCR=35;TR=21;WE=95392601;WS=95392578;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,22:0.54:41
chr1	95392593	rs11540278	C	T	419.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.958;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.05;ReadPosRankSum=1.205;SOR=1.105;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,18:0.47:38
chr1	95427041	rs377385319	ATT	A,AT	1646.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.080;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FS=2.256;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.19;MQRankSum=0.394;QD=18.93;ReadPosRankSum=2.175;SOR=1.830;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:5,44,38:0.51,0.44:87
chr1	95428414	rs2766005	G	A	393.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-2.071;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.507;NF=15;NR=4;PP=288;ReadPosRankSum=0.042;SC=CAACCCTGAAGTACATGCTGG;SOR=0.634;SbPval=0.22;Source=Platypus;TC=32;TCF=28;TCR=4;TR=19;WE=95428422;WS=95428404;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,19:0.49:39
chr1	95614215	rs76921353	G	A	378.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.306;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=7;PP=160;ReadPosRankSum=1.930;SC=AAATTTTATTGCAAAGAATCT;SOR=0.602;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=42;TCF=23;TCR=19;TR=15;WE=95614223;WS=95614205;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,22:0.35:62
chr1	95615678	rs76086699	T	C	126.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.61;BaseQRankSum=0.768;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=0;PP=31;ReadPosRankSum=0.672;SC=AAAGCAATTTTATTATATTTA;SOR=0.836;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=7;TCR=2;TR=3;WE=95615686;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,7:0.44:16
chr1	95615748	rs71876426	C	CT	39.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.572;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.32;ReadPosRankSum=-0.958;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,7:0.23:30
chr1	95615888	rs35206271	T	C	263.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.265;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=6;PP=110;ReadPosRankSum=-0.049;SC=ACAAAGAATATATAGTCTATG;SOR=0.446;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=16;TCF=5;TCR=11;TR=9;WE=95615896;WS=95615878;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,13:0.65:20
chr1	95696612	rs6663164	C	T	1980.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.971;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.536;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=45;PP=1022;ReadPosRankSum=0.129;SC=TTAGACAGAACCAGTAGCACA;SOR=0.763;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=132;TCF=38;TCR=94;TR=62;WE=95696620;WS=95696602;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:110,95:0.46:205
chr1	95705615	rs640527	G	A	3072.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=25;NR=57;PP=1753;SC=CCTCCTTATAGGGACCCTTGT;SOR=1.609;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=82;TCF=25;TCR=57;TR=82;WE=95705623;WS=95705605;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr1	95709821	rs259358	T	C	7516.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.663;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=293;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=97;NR=74;PP=2965;ReadPosRankSum=0.483;SC=TTTATGGATGTGGATATACCT;SOR=0.858;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=173;TCF=98;TCR=75;TR=171;WE=95709829;WS=95709811;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,286:0.99:288
chr1	95709939	rs2296308	T	G	7355.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=275;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=97;NR=104;PP=2965;SC=TGAAAGAGAATTTACTTGAGC;SOR=0.723;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=201;TCF=97;TCR=104;TR=201;WE=95709947;WS=95709929;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,268:1.00:268
chr1	95710329	rs1062076	A	G	487.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-0.045;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=17;PP=333;ReadPosRankSum=0.131;SC=AGTGTGTTTTATAACAATGGG;SOR=0.532;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=35;TCF=3;TCR=32;TR=19;WE=95710337;WS=95710319;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,21:0.54:39
chr1	97189091	rs3762411	G	A	3019.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=47;NR=30;PP=1497;SC=AATAACAGGAGGTTGAAACTA;SOR=1.047;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=78;TCF=48;TCR=30;TR=77;WE=97189099;WS=97189081;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr1	97236130	rs3762409	G	A	396.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=0;PP=328;SC=TTCTAATTCTGCTTATCAGAA;SOR=5.283;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=14;TCR=0;TR=13;WE=97236138;WS=97236129;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr1	97272456	rs6699932	A	G	7935.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=309;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=88;NR=90;PP=2965;SC=TGAAGATTTTATACAATAAGA;SOR=0.713;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=178;TCF=88;TCR=90;TR=178;WE=97272464;WS=97272446;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,307:1.00:307
chr1	97278804	rs273886	G	A	2417.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=27;NR=30;PP=1241;SC=TGTATGAAGTGTCTAATTTTA;SOR=0.740;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=57;TCF=27;TCR=30;TR=57;WE=97278812;WS=97278794;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr1	97547831	rs290854	G	A	4780.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=102;NR=44;PP=2785;SC=GCTTTCTGCCGTAAAAACAAG;SOR=1.636;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=147;TCF=102;TCR=45;TR=146;WE=97547839;WS=97547821;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,177:1.00:177
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chr1	97839016	rs1890138	A	G	494.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.460;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.882;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=5;PP=182;ReadPosRankSum=-1.695;SC=CTAGCCAGTCATCTGATCCAT;SOR=0.941;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=53;TCF=35;TCR=18;TR=18;WE=97839024;WS=97839006;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,30:0.36:84
chr1	97847874	rs72728438	T	C	185.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.786;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=3;PP=144;ReadPosRankSum=-0.044;SC=TTATTTCTCATGGCAGCTCTT;SOR=0.368;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=18;TCF=14;TCR=4;TR=10;WE=97847882;WS=97847864;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,10:0.50:20
chr1	97848140	rs56279424	G	T	295.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.107;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=10;PP=203;ReadPosRankSum=0.380;SC=TTCAAACTGTGAAAAAATAAA;SOR=0.793;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=16;TCF=3;TCR=13;TR=13;WE=97848148;WS=97848130;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,13:0.72:18
chr1	98039541	rs56293913	A	G	4416.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=41;NR=81;PP=2475;SC=AACAAAACAGAACAGAGAAGA;SOR=1.383;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=124;TCF=41;TCR=83;TR=122;WE=98039549;WS=98039531;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,159:1.00:159
chr1	98144856	rs3790387	T	C	258.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=9;PP=162;SC=CCATATAAAATGTGACAACAT;SOR=3.442;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=9;WE=98144864;WS=98144846;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr1	98165091	rs2297595	T	C	8660.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=318;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=73;NR=141;PP=2965;SC=GGGATACTCATTGCTTTGAAT;SOR=1.208;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=214;TCF=73;TCR=141;TR=214;WE=98165099;WS=98165081;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,312:1.00:312
chr1	98349390	rs111231337	C	CA	1268.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.565;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FS=1.312;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.95;MQRankSum=0.000;QD=15.66;ReadPosRankSum=2.956;SOR=0.458;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:11,70:0.86:81
chr1	98511733	.	G	GCCGCTGCCGCTGCTACCGCTGCCGCTGCTA	645.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.630;ClippingRankSum=0.000;DP=123;ExcessHet=3.0103;FS=8.271;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.26;MQRankSum=2.682;QD=10.94;ReadPosRankSum=-0.956;SOR=1.893;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,18:0.31:59
chr1	99127205	rs12723363	A	G	590.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=5;PP=255;SC=GGGGAGGTGCAGGAGACGTGG;SOR=1.051;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=15;TCF=10;TCR=5;TR=14;WE=99127213;WS=99127195;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr1	99127392	rs9728148	T	C	1089.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=21;NR=10;PP=620;SC=CGGGCAGCAGTGGCTCTTCCG;SOR=1.292;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=31;TCF=21;TCR=10;TR=31;WE=99127400;WS=99127382;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr1	99150635	rs9433747	G	A	2405.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.748;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=36;PP=1258;ReadPosRankSum=-0.668;SC=TAAACATTTGGTGAATATTTT;SOR=0.693;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=73;TCF=36;TCR=37;TR=71;WE=99150643;WS=99150625;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,92:0.98:94
chr1	99164434	rs6577322	G	A	2247.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.760;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.496;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQ=59.98;MQRankSum=1.469;NF=23;NR=36;PP=848;ReadPosRankSum=-0.135;SC=TTGTACATGAGTACGTGCTTT;SOR=0.626;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=127;TCF=50;TCR=77;TR=59;WE=99164442;WS=99164424;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:107,114:0.52:221
chr1	99225627	rs2019213	G	A	8129.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=329;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=91;NR=96;PP=2965;SC=CTACGTGGGAGTCATTCCTTA;SOR=0.750;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=189;TCF=92;TCR=97;TR=187;WE=99225635;WS=99225617;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,323:1.00:323
chr1	99387628	rs34854879	T	TA	1532.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.700;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.022;HP=10;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.059;NF=1;NR=49;PP=948;ReadPosRankSum=1.725;SC=AAACATTCAATAAAAAAAATG;SOR=0.883;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=109;TCF=4;TCR=105;TR=50;WE=99387636;WS=99387618;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:91,83:0.48:174
chr1	99418911	.	T	TTG	216.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.088;ClippingRankSum=0.000;DP=104;ExcessHet=3.0103;FS=1.596;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.21;MQRankSum=0.000;QD=4.93;ReadPosRankSum=-1.363;SOR=1.248;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,14:0.32:44
chr1	99418948	rs377156706	T	TGTGTGA	454.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.120;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.41;MQRankSum=0.000;QD=10.11;ReadPosRankSum=-0.480;SOR=0.999;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,19:0.42:45
chr1	100133438	rs143626158	CT	C	168.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.590;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.62;MQRankSum=1.209;QD=6.25;ReadPosRankSum=-1.583;SOR=1.292;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,16:0.59:27
chr1	100152443	rs1338576	T	C	1582.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.379;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=20;PP=850;ReadPosRankSum=0.974;SC=TAGATTCTATTTTTTAAACTG;SOR=0.884;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=38;TCF=17;TCR=21;TR=36;WE=100152451;WS=100152433;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,55:0.96:57
chr1	100181380	.	G	GA	87.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.842;ClippingRankSum=0.000;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.51;ReadPosRankSum=2.871;SOR=0.593;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,9:0.36:25
chr1	100182884	rs6696586	C	T	2545.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-1.163;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.868;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=25;PP=1424;ReadPosRankSum=0.577;SC=AACGCATACACATACACACAT;SOR=0.565;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=171;TCF=125;TCR=46;TR=91;WE=100182892;WS=100182874;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:92,115:0.56:207
chr1	100184963	rs35626078	C	CA	321.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.466;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=1.609;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.37;MQRankSum=1.032;QD=6.43;ReadPosRankSum=1.098;SOR=0.358;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,27:0.54:50
chr1	100185282	rs6679013	G	T	500.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-3.370;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=18;PP=348;ReadPosRankSum=-2.054;SC=ATACGGGCAGGGCATGGCAAC;SOR=0.909;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=50;TCF=9;TCR=41;TR=21;WE=100185290;WS=100185272;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,23:0.45:51
chr1	100194305	rs7522921	C	G	2010.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.113;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=52;PP=1216;ReadPosRankSum=1.119;SC=GATCGTATGTCCATGCTTTGT;SOR=0.728;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=162;TCF=45;TCR=117;TR=70;WE=100194313;WS=100194295;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:111,88:0.44:199
chr1	100203501	rs7537095	C	T	445.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-1.007;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.486;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-1.113;NF=15;NR=3;PP=260;ReadPosRankSum=1.535;SC=GTTTCACCATCTCGGCCAGGC;SOR=0.418;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=40;TCF=35;TCR=5;TR=18;WE=100203509;WS=100203500;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,21:0.43:49
chr1	100203571	rs7548709	A	G	1346.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.234;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.472;HP=2;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.951;NF=30;NR=17;PP=731;ReadPosRankSum=0.536;SC=TGCTGGGATTACAGGCATGAG;SOR=0.546;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=94;TCF=60;TCR=34;TR=47;WE=100203579;WS=100203561;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,63:0.52:122
chr1	100203597	rs7513916	G	A	1772.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.668;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.564;HP=2;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.965;NF=37;NR=23;PP=827;ReadPosRankSum=1.422;SC=ATGCCTAGCCGTGATTCTCCT;SOR=0.635;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=120;TCF=73;TCR=47;TR=60;WE=100203605;WS=100203587;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,88:0.51:172
chr1	100203648	rs7537296	C	T	2854.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.499;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=298;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.421;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=36;PP=1177;ReadPosRankSum=0.951;SC=CAACCATCCACTGATCATGAG;SOR=0.651;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=176;TCF=98;TCR=78;TR=79;WE=100203656;WS=100203638;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:156,142:0.48:298
chr1	100203693	rs7514021	G	A	2937.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.650;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=312;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.345;HP=3;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=41;PP=1206;ReadPosRankSum=-0.671;SC=TACTGGGGCCGCTCATTTCAA;SOR=0.765;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=193;TCF=99;TCR=94;TR=86;WE=100203701;WS=100203683;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:163,148:0.48:311
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chr1	100366446	.	G	GT	848.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.354;ClippingRankSum=0.000;DP=126;ExcessHet=3.0103;FS=3.960;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.33;ReadPosRankSum=-1.196;SOR=1.298;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,63:0.69:91
chr1	100588105	rs71075469	C	CT	44.74	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=6.39;ReadPosRankSum=-0.366;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,5:0.71:7
chr1	100598866	rs472498	GC	AT	12608.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=291;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;JOINED;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=64;NR=136;PP=2947;SC=CGCTGGAGCCGCGGAGGTGTG;SOR=1.359;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=202;TCF=64;TCR=138;TR=200;WE=100598875;WS=100598856;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,287:1.00:287
chr1	100617887	rs2784177	C	T	3373.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=67;NR=28;PP=2003;SC=GTTAGTGATACACACATTACT;SOR=1.688;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=95;TCF=67;TCR=28;TR=95;WE=100617895;WS=100617877;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr1	100624000	.	C	CT	30.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.749;ClippingRankSum=0.000;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=6.736;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.22;MQRankSum=1.929;QD=0.93;ReadPosRankSum=0.757;SOR=0.066;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,7:0.21:33
chr1	100626182	rs35699743	C	CT	165.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.263;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.48;ReadPosRankSum=-1.098;SOR=0.740;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:86,26:0.23:112
chr1	100671860	.	A	AT	692	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;FR=0.5000;HP=7;HapScore=2;MGOF=9;MMLQ=22;MQ=60.0;NF=6;NR=16;PP=692;QD=32.5909090909;SC=CCACCAATCTATTTTTTAAAA;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=84;TCF=21;TCR=63;TR=22;WE=100671876;WS=100671850;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:62,22:0.26:84
chr1	100671867	rs183058253	A	T	307.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.201;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.12;ReadPosRankSum=-0.406;SOR=0.729;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:106,39:0.27:145
chr1	100672060	rs12021720	T	C	7252.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.768;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=276;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=90;NR=75;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.230;SC=CTGAGCTGACTCACAGAGCCC;SOR=0.801;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=167;TCF=91;TCR=76;TR=165;WE=100672068;WS=100672050;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,270:0.99:272
chr1	100680593	rs11431894	C	CT	267.74	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.880;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=2.682;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.28;MQRankSum=0.632;QD=11.64;ReadPosRankSum=-0.298;SOR=1.814;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,18:0.78:23
chr1	100715454	rs3806235	G	A	11167.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=409;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=75;NR=214;PP=2965;SC=TGGGAAACGCGCCTCCCCCTG;SOR=1.753;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=289;TCF=75;TCR=214;TR=289;WE=100715462;WS=100715444;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,396:1.00:396
chr1	100733207	rs60634058	G	GT,GTT	6082.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.150;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=469;ExcessHet=3.0103;FS=1.624;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.09;ReadPosRankSum=0.478;SOR=0.879;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:36,191,129:0.54,0.36:356
chr1	100733552	rs4298755	T	C	1617.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=47;NR=4;PP=1243;SC=TCTAGGTGCATAAAAACCCAA;SOR=4.615;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=52;TCF=47;TCR=5;TR=51;WE=100733560;WS=100733545;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr1	100750733	rs58046505	AGTTTT	A	6948.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=24;NR=32;PP=2954;SC=CTTAGTAATTAGTTTTGTTTT;SOR=1.305;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=72;TCF=31;TCR=41;TR=56;WE=100750745;WS=100750723;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,159:1.00:159
chr1	100752843	.	T	C	142.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.560;ClippingRankSum=0.000;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=3.528;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.33;ReadPosRankSum=1.327;SOR=0.260;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,10:0.30:33
chr1	100817529	rs35169146	AGT	A	467.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.45;QD=29.23;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr1	100818464	rs594529	T	C	3570.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=65;NR=32;PP=2095;SC=GGCGAGTGACTTCAGCTGGCC;SOR=1.347;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=97;TCF=65;TCR=32;TR=97;WE=100818472;WS=100818454;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
chr1	100908324	rs584350	A	G	233.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=7;NR=1;PP=178;SC=TCTTAATGCAATATAACCAGT;SOR=2.833;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=7;TCR=1;TR=8;WE=100908332;WS=100908318;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr1	100961779	rs149672640	ATT	A	1159.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.430;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.15;MQRankSum=0.390;QD=24.68;ReadPosRankSum=0.908;SOR=1.668;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:3,44:0.94:47
chr1	101005090	rs2809819	G	A	6959.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.915;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=264;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=85;NR=115;PP=2965;ReadPosRankSum=1.032;SC=GCCACCGCGAGTCCACTACCC;SOR=0.557;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=202;TCF=86;TCR=116;TR=200;WE=101005098;WS=101005080;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,255:0.99:258
chr1	101188440	rs3917008	G	C	440.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=1.004;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.463;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=3;PP=301;ReadPosRankSum=-0.749;SC=ATCATGAAAGGCTATTCAAAC;SOR=1.058;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=34;TCF=27;TCR=7;TR=17;WE=101188448;WS=101188430;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,19:0.51:37
chr1	101188976	rs202134318	T	TA	97.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.938;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.95;ReadPosRankSum=-0.097;SOR=0.551;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,14:0.28:50
chr1	101194965	rs68164684	G	GT,GTT	1212.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.780;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.13;MQRankSum=0.000;QD=18.37;ReadPosRankSum=-0.437;SOR=1.091;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:7,42,17:0.64,0.26:66
chr1	101203827	rs3176879	G	A	3871.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=44;NR=47;PP=1617;SC=AAGCACAGAAGTCAAAAGTGT;SOR=0.748;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=91;TCF=44;TCR=47;TR=91;WE=101203835;WS=101203817;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,148:1.00:148
chr1	101354479	rs12747459	T	C	579.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.066;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.270;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=14;PP=343;ReadPosRankSum=0.833;SC=AATGCCATTGTCCATAAGCCT;SOR=0.468;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=31;TCF=10;TCR=21;TR=23;WE=101354487;WS=101354469;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,27:0.64:42
chr1	101372607	rs4908106	C	A	1786.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=9;NR=42;PP=1201;SC=GACTTGTTACCAATTGAACAC;SOR=2.546;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=51;TCF=9;TCR=42;TR=51;WE=101372615;WS=101372597;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr1	101473779	rs17123604	T	C	365.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.075;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=2;PP=193;ReadPosRankSum=1.308;SC=CTAAATGAACTACTCTTAAGT;SOR=0.982;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=25;TCF=20;TCR=5;TR=12;WE=101473787;WS=101473769;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,17:0.50:34
chr1	101475901	rs7521424	T	C	196.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.232;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.527;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=7;PP=96;ReadPosRankSum=0.731;SC=TAAGATAGTGTGTATCAACTG;SOR=1.721;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=0;TCR=11;TR=7;WE=101475909;WS=101475891;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,10:0.56:18
chr1	101476712	rs11166536	G	C	273.78	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-2.295;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5002;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=4;PP=140;ReadPosRankSum=0.717;SC=CAAAGTACTTGCATTATGCAG;SOR=0.269;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=14;TCF=10;TCR=4;TR=12;WE=101476720;WS=101476702;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,14:0.88:16
chr1	101476786	rs34915449	G	A	165.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.267;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=6.007;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.88;ReadPosRankSum=1.060;SOR=2.030;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,10:0.29:34
chr1	101476800	rs35409691	CA	C	147.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.250;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=7.781;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.22;ReadPosRankSum=1.334;SOR=1.757;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,11:0.31:35
chr1	101476814	rs17123612	C	T	231.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.187;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=5.225;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.26;ReadPosRankSum=0.096;SOR=1.555;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,13:0.35:37
chr1	101487373	rs67726104	AACACAC	A,AACACACACAC	352.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;QD=32.07;SOR=3.442;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:0,7,4:0.64,0.36:11
chr1	101704532	rs3737577	G	T	3862.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=1.208;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.164;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=86;NR=25;PP=2349;ReadPosRankSum=-0.887;SC=GGGACACAGGGTTGGCACCAT;SOR=2.032;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=111;TCF=86;TCR=25;TR=111;WE=101704540;WS=101704522;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,141:0.99:143
chr1	101704577	rs41287280	C	G	1659.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.777;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=272;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.350;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=21;PP=932;ReadPosRankSum=1.958;SC=CAAGGCCCACCGCAGCTCGGT;SOR=1.031;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=198;TCF=134;TCR=64;TR=75;WE=101704585;WS=101704567;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:173,96:0.36:269
chr1	102462446	rs67744758	GTCAGT	G	2242.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.812;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.820;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=2.267;NF=3;NR=31;PP=1520;ReadPosRankSum=0.012;SC=CCTTTCCCTCGTCAGTTGCAC;SOR=0.924;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=86;TCF=11;TCR=75;TR=34;WE=102462458;WS=102462436;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:106,63:0.37:169
chr1	103347416	rs12140745	A	G	193.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-2.271;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=6;PP=112;ReadPosRankSum=-1.473;SC=AGTAAGACTAAGAAAATAAAG;SOR=0.301;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=16;TCF=2;TCR=14;TR=7;WE=103347424;WS=103347406;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,9:0.50:18
chr1	103354115	rs17127203	T	C	1861.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.287;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=28;PP=1072;ReadPosRankSum=1.481;SC=AACATCACTCTTGTTAACATA;SOR=0.708;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=103;TCF=61;TCR=42;TR=68;WE=103354123;WS=103354105;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,90:0.56:161
chr1	103354138	rs1676486	A	G	1503.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.649;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.905;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=14;PP=563;ReadPosRankSum=-0.183;SC=CTTACTGGAGACCCAGGAGGC;SOR=0.860;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=118;TCF=67;TCR=51;TR=39;WE=103354146;WS=103354128;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:94,77:0.45:171
chr1	103354428	rs1763347	A	G	1157.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.527;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.683;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=24;PP=727;ReadPosRankSum=-0.134;SC=TTACTGGTAAACCTGGAGGAC;SOR=0.769;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=79;TCF=36;TCR=43;TR=42;WE=103354436;WS=103354418;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,56:0.48:116
chr1	103354939	.	C	CTGTGTGTGTGTGTG	577.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.833;ClippingRankSum=0.000;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.50;ReadPosRankSum=1.278;SOR=0.741;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,20:0.36:55
chr1	103356107	rs11164634	A	G	1465.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.826;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.649;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=21;PP=456;ReadPosRankSum=-0.562;SC=CAGAGTAGGTATGAATTAGAG;SOR=0.777;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=79;TCF=32;TCR=47;TR=35;WE=103356115;WS=103356097;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,71:0.54:132
chr1	103356168	rs1085	A	C	518.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=1.723;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=18;PP=396;ReadPosRankSum=0.109;SC=TACGGAGTTGAAAATAGTAAT;SOR=0.749;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=39;TCF=6;TCR=33;TR=22;WE=103356176;WS=103356158;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,22:0.51:43
chr1	103379870	rs28648038	A	C	980.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.542;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.666;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=16;PP=461;ReadPosRankSum=-0.482;SC=GGAAACATTCACTCCAAAATA;SOR=0.791;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=84;TCF=46;TCR=38;TR=36;WE=103379878;WS=103379860;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,55:0.44:126
chr1	103380128	rs12121498	G	A	232.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-1.508;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=5;PP=123;ReadPosRankSum=-0.541;SC=GAATGCTTACGAATATATGAA;SOR=0.473;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=17;TCF=7;TCR=10;TR=9;WE=103380136;WS=103380118;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,11:0.58:19
chr1	103380379	rs34228277	T	TA,TAA	727.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.147;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=29.11;ReadPosRankSum=-0.973;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:1,13,11:0.52,0.44:25
chr1	103380393	.	G	A	452.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.304;ClippingRankSum=0.000;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=1.623;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.11;ReadPosRankSum=2.055;SOR=0.574;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,15:0.60:25
chr1	103380472	rs116009678	T	A	211.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.501;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=2.430;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=21.18;ReadPosRankSum=-0.000;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,6:0.60:10
chr1	103380486	rs111980222	G	A	211.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.501;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=21.18;ReadPosRankSum=-0.411;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,6:0.60:10
chr1	103381129	rs4908273	C	T	1270.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=1.516;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.973;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=12;PP=688;ReadPosRankSum=0.427;SC=GTTTGTAATGCTGTAAAAGAA;SOR=0.903;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=107;TCF=70;TCR=37;TR=42;WE=103381137;WS=103381119;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:110,66:0.38:176
chr1	103381296	rs12120961	T	C	1367.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.819;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.389;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=28;PP=587;ReadPosRankSum=-0.850;SC=TTTACATTTATAAAATTCAAA;SOR=0.447;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=96;TCF=29;TCR=67;TR=41;WE=103381304;WS=103381286;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,65:0.52:125
chr1	103388990	rs147848946	TA	T	545.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=0.043;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.136;HP=10;HapScore=3;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=28;PP=316;ReadPosRankSum=1.340;SC=CTGATGTCTTTAAAAAAAAAA;SOR=0.450;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=60;TCF=0;TCR=60;TR=28;WE=103388998;WS=103388980;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,36:0.50:72
chr1	103399906	rs11164640	G	A	360.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.016;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=1.387;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.31;ReadPosRankSum=2.056;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,19:0.54:35
chr1	103400491	rs11164641	GA	AT	2790.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;JOINED;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=33;NR=15;PP=1807;SC=ATTTAAATTTGATTTAATGTC;SOR=1.467;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=49;TCF=33;TCR=16;TR=48;WE=103400500;WS=103400481;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr1	103405892	rs17127270	G	A	2366.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.448;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.529;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=29;PP=1110;ReadPosRankSum=2.383;SC=CCTTGTCTCCGTCTTCCCCAG;SOR=0.637;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=135;TCF=82;TCR=53;TR=72;WE=103405900;WS=103405882;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,112:0.56:199
chr1	103427381	rs1012282	A	G	647.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=-1.131;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.896;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=6;PP=238;ReadPosRankSum=0.195;SC=GCTGTAATTCACAACCATGAT;SOR=0.856;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=35;TCF=23;TCR=12;TR=18;WE=103427389;WS=103427371;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,35:0.47:74
chr1	103427407	rs1012281	T	C	675.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.145;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=0.860;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.55;ReadPosRankSum=-0.301;SOR=0.895;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:43,36:0.46:79
chr1	103428389	rs1841834	G	A	2318.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=52;PP=1499;SC=CTCAAAAACAGTATTATTACA;SOR=2.274;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=63;TCF=11;TCR=52;TR=63;WE=103428397;WS=103428379;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr1	103435626	rs2061710	G	A	619.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.95;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr1	103444497	rs1903787	A	G	1826.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.714;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=42;PP=1188;ReadPosRankSum=0.698;SC=AGATGAACCCAAACTAATGCC;SOR=0.668;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=135;TCF=56;TCR=79;TR=73;WE=103444505;WS=103444487;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,86:0.50:171
chr1	103444679	rs11164649	T	G	2893.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=-0.452;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=297;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.889;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=41;PP=1143;ReadPosRankSum=0.600;SC=GACAGTTCAATTTCAATATGC;SOR=0.627;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=155;TCF=78;TCR=77;TR=81;WE=103444687;WS=103444669;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:145,146:0.50:291
chr1	103445223	rs2622846	G	A	594.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-0.702;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=14;PP=308;ReadPosRankSum=-1.214;SC=AACCTTCTGAGTAAATGAATT;SOR=0.648;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=37;TCF=14;TCR=23;TR=22;WE=103445231;WS=103445213;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,28:0.64:44
chr1	103449598	rs2615978	G	C	674.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=17;NR=2;PP=505;SC=AAGTACTCATGATAATATAGA;SOR=3.258;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=19;TCF=17;TCR=2;TR=19;WE=103449606;WS=103449588;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr1	103455217	rs1463034	C	T	814.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=21;PP=605;SC=GTGCTGATAACGAGGGAAAAT;SOR=2.303;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=6;TCR=21;TR=27;WE=103455225;WS=103455207;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr1	103461508	rs2622867	T	A	1422.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=2.142;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=14;PP=805;ReadPosRankSum=-0.480;SC=AACATTTCACTTTGAAAGTAA;SOR=0.527;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=43;TCF=29;TCR=14;TR=42;WE=103461516;WS=103461498;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,54:0.98:55
chr1	103462473	rs2786125	A	G	1050.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=29;NR=1;PP=843;SC=ACATAGTCTAATTTCTAAAAT;SOR=5.486;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=30;TCF=29;TCR=1;TR=30;WE=103462481;WS=103462463;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr1	103463976	rs2622870	G	T	236.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=6;PP=138;SC=AAGCTTTAACGTGTACATATA;SOR=2.093;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=2;TCR=6;TR=8;WE=103463984;WS=103463966;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr1	103467615	rs2929162	C	T	1591.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-1.860;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=46;PP=1227;ReadPosRankSum=-0.754;SC=CTATAGTACACAGTGAGTTAT;SOR=2.129;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=55;TCF=8;TCR=47;TR=54;WE=103467623;WS=103467605;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,56:0.98:57
chr1	103468609	rs2251895	A	G	2336.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.82;SOR=1.939;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr1	103468855	.	TAA	T	1525.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.837;ClippingRankSum=0.000;DP=151;ExcessHet=3.0103;FS=0.750;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.83;ReadPosRankSum=-1.240;SOR=0.553;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:66,63:0.49:129
chr1	103471456	rs71752747	CCAT	C	9058.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=273;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=29;NR=66;PP=2995;SC=CCCTGTAAAACCATCATCATC;SOR=0.752;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=112;TCF=35;TCR=77;TR=95;WE=103471469;WS=103471446;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,209:1.00:209
chr1	103471734	rs71592255	A	AAAATAAAT,AAAATAAATAAATAAAT	5879.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;QD=49.41;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:0,63,56:0.53,0.47:119
chr1	103483514	rs945748	C	T	367.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.735;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=6;PP=117;ReadPosRankSum=-0.682;SC=CTAGTCCTATCGAAGAGTTCG;SOR=0.582;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=23;TCF=8;TCR=15;TR=9;WE=103483522;WS=103483504;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,19:0.51:37
chr1	103487394	rs35291481	CT	C	1987.74	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.485;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FS=1.256;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.29;MQRankSum=0.937;QD=14.72;ReadPosRankSum=-0.326;SOR=1.098;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,116:0.86:135
chr1	103496620	rs7523441	G	T	958.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=23;NR=6;PP=699;SC=ACTGCACTGCGATGTCCATAT;SOR=2.448;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=23;TCR=6;TR=29;WE=103496628;WS=103496610;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr1	103496805	rs36076089	GA	G	699.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.023;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.32;MQRankSum=0.690;QD=11.11;ReadPosRankSum=-0.436;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,50:0.79:63
chr1	103548319	rs11164662	C	G	591.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=3.101;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=4;PP=375;ReadPosRankSum=1.778;SC=AGTGTAATAACTTTTAGTAAT;SOR=0.859;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=43;TCF=34;TCR=9;TR=20;WE=103548327;WS=103548309;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,24:0.49:49
chr1	103548497	rs11164663	A	C	2271.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.847;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=47;PP=1393;ReadPosRankSum=-1.835;SC=AATTGTGAAAATCTAGTGCTT;SOR=0.730;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=147;TCF=61;TCR=86;TR=81;WE=103548505;WS=103548487;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:111,111:0.50:222
chr1	103573517	.	CT	C	182.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.215;ClippingRankSum=0.000;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=1.400;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.46;ReadPosRankSum=-1.881;SOR=0.434;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,18:0.44:41
chr1	103573547	rs6691654	G	A	2019.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=55;NR=24;PP=1612;SC=AGAGCGGGGAGGAAGGGTAAA;SOR=1.739;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=80;TCF=55;TCR=25;TR=79;WE=103573555;WS=103573537;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr1	104076462	rs6697444	C	T	373.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.439;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.19;ReadPosRankSum=-2.113;SOR=0.736;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,22:0.42:52
chr1	104076495	rs6702220	A	G	161.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.804;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=1.267;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.68;ReadPosRankSum=-0.164;SOR=0.889;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,14:0.32:44
chr1	104076537	rs6702324	A	T	184.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.316;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.383;HP=7;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=8;PP=144;ReadPosRankSum=0.640;SC=GTGTTTTTTTAAATCAGTTAT;SOR=1.009;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=34;TCF=14;TCR=20;TR=13;WE=104076545;WS=104076527;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,12:0.33:36
chr1	104077271	.	GT	G,GTTT	50	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.44;FR=0.4968,0.5032;HP=15;HapScore=3;MGOF=28;MMLQ=22;MQ=58.31;NF=3,3;NR=1,1;PP=16,50;QD=4.75;SC=ATACTTGAAAGTTTTTTTTTT;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=6;TCF=4;TCR=2;TR=4,4;WE=104077279;WS=104077261;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.67:6
chr1	104080169	rs10736038	G	C	296.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.982;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.883;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=8;PP=121;ReadPosRankSum=-1.000;SC=AGAGACTCTTGCTCTCCCTAG;SOR=0.286;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=29;TCF=9;TCR=20;TR=14;WE=104080177;WS=104080159;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,18:0.44:41
chr1	104084226	rs10881232	A	G	531.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=2.180;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=14;PP=363;ReadPosRankSum=0.974;SC=CTTCCTAGTTACCAAATTTAC;SOR=0.837;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=32;TCF=8;TCR=24;TR=18;WE=104084234;WS=104084216;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,23:0.56:41
chr1	104086145	rs10785725	A	G	1707.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=19;NR=34;PP=960;SC=ATAATGTTTCATATTTTAGTA;SOR=1.146;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=53;TCF=19;TCR=34;TR=53;WE=104086153;WS=104086135;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr1	104089773	rs7529928	C	G	83.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-1.180;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5003;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=3;PP=60;ReadPosRankSum=0.431;SC=TGAAAAAGTTCGTCTATTCTG;SOR=0.180;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=7;TCF=2;TCR=5;TR=5;WE=104089781;WS=104089763;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,5:0.71:7
chr1	107946262	rs12126267	G	A	747.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.821;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FS=8.048;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.12;ReadPosRankSum=1.233;SOR=1.593;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:65,40:0.38:105
chr1	107946324	rs71897263	CA	C	1219.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.878;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=295;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.11;MQRankSum=1.748;QD=4.66;ReadPosRankSum=1.707;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:141,121:0.46:262
chr1	107979396	rs480392	A	C	4903.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=38;NR=91;PP=2888;SC=GTCTGCCGGGAAATTCCTGGC;SOR=1.568;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=129;TCF=38;TCR=91;TR=129;WE=107979404;WS=107979386;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,172:1.00:172
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chr1	108152332	rs1328208	T	A	884.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-4.418;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.455;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=3;PP=650;ReadPosRankSum=-0.280;SC=ATTATCAGTCTAGGGCACTGG;SOR=1.061;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=59;TCF=52;TCR=7;TR=32;WE=108152340;WS=108152322;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,36:0.57:63
chr1	108160260	rs78046594	GAA	G	2263.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.282;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=258;ExcessHet=3.0103;FS=0.543;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.13;MQRankSum=1.673;QD=9.51;ReadPosRankSum=-0.424;SOR=0.640;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:141,97:0.41:238
chr1	108185301	rs12403266	C	G	3156.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.169;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FS=2.070;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=21.33;ReadPosRankSum=0.258;SOR=0.803;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:68,80:0.54:148
chr1	108185309	rs12410676	G	A	3155.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.011;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FS=3.798;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=20.90;ReadPosRankSum=0.450;SOR=0.837;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:69,82:0.54:151
chr1	108292260	rs6672483	A	G	1908.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=34;PP=1067;SC=TGGTTTAGAAACATGGGTTAT;SOR=1.609;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=46;TCF=12;TCR=34;TR=46;WE=108292268;WS=108292250;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr1	108293874	rs7516071	A	G	631.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=0.868;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.960;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=15;PP=328;ReadPosRankSum=0.728;SC=ACATGAAAATAAAAACAAATA;SOR=0.922;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=52;TCF=20;TCR=32;TR=22;WE=108293882;WS=108293864;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,31:0.48:65
chr1	108293899	rs7518423	T	A	392.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-1.289;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.297;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=9;PP=153;ReadPosRankSum=-0.159;SC=TAGAGATATTTACTCAAGACA;SOR=0.160;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=33;TCF=9;TCR=24;TR=14;WE=108293907;WS=108293889;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,19:0.50:38
chr1	108299775	rs71865426	ATGTG	A,ATG	1783.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.574;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=6.128;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.65;MQRankSum=0.375;QD=39.64;ReadPosRankSum=1.184;SOR=2.350;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:1,18,26:0.40,0.58:45
chr1	108299809	rs12138353	G	A	2922.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.691;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.033;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.261;NF=44;NR=24;PP=1267;ReadPosRankSum=-0.728;SC=GTGTGTGTGTGTATGCAATTT;SOR=0.990;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=68;TCF=44;TCR=24;TR=68;WE=108299817;WS=108299799;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,80:0.99:81
chr1	108307642	rs7514025	C	T	633.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=1.321;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.682;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=4;PP=405;ReadPosRankSum=-1.545;SC=TAAAGAGGAACACATTGCTTT;SOR=1.806;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=50;TCF=37;TCR=13;TR=23;WE=108307650;WS=108307632;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,27:0.52:52
chr1	108307727	rs7528153	T	A	2885.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.579;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=259;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.976;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=34;PP=1206;ReadPosRankSum=-1.368;SC=TCTTCTTTTGTCTTAGAAATG;SOR=0.619;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=168;TCF=101;TCR=67;TR=86;WE=108307735;WS=108307717;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:114,139:0.55:253
chr1	108313258	rs6583048	C	T	747.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.800;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.800;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=13;PP=340;ReadPosRankSum=2.646;SC=GATGACTTACCTTTTCTATTG;SOR=0.642;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=58;TCF=28;TCR=30;TR=26;WE=108313266;WS=108313248;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,39:0.43:90
chr1	108315256	rs7416884	G	C	488.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-2.380;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.390;HP=3;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=3;PP=300;ReadPosRankSum=-2.574;SC=AGCAAGCAAAGGTTAAAAAAA;SOR=0.958;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=52;TCF=45;TCR=7;TR=21;WE=108315264;WS=108315246;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,23:0.40:57
chr1	108315305	rs4611048	C	T	4298.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=95;NR=28;PP=2676;SC=TGTTAATTAGCCTTTCCTAAT;SOR=2.195;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=123;TCF=95;TCR=28;TR=123;WE=108315313;WS=108315295;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,151:1.00:151
chr1	108507541	rs71796067	GGCC	G	797.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.021;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.105;NF=1;NR=17;PP=751;ReadPosRankSum=-0.073;SC=GCAAGGATGCGGCCGCCGCCG;SOR=0.730;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=34;TCF=1;TCR=33;TR=18;WE=108507551;WS=108507531;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,22:0.65:34
chr1	108703834	rs11185293	C	T	1228.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.490;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.102;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=20;PP=558;ReadPosRankSum=1.106;SC=GGATAATTTCCTCAATGTCTG;SOR=0.652;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=76;TCF=40;TCR=36;TR=37;WE=108703842;WS=108703824;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,63:0.47:133
chr1	108724541	rs17514537	T	C	1912.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.980;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.729;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=30;PP=1050;ReadPosRankSum=-0.043;SC=AAGTCAATTGTTGACCAACAT;SOR=0.558;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=116;TCF=68;TCR=48;TR=65;WE=108724549;WS=108724531;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:104,98:0.49:202
chr1	108766424	rs3879436	A	G	8193.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-3.154;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=345;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=16.531;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=5.594;NF=107;NR=131;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.735;SC=GGTCCACCTGATGGCTGAGTC;SOR=0.431;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=254;TCF=121;TCR=133;TR=238;WE=108766432;WS=108766414;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:17,324:0.95:341
chr1	108771524	rs200205508	C	T	588.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.442;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=40.00;MQRankSum=0.000;QD=17.32;ReadPosRankSum=-0.139;SOR=1.418;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,22:0.65:34
chr1	109013094	.	C	T	788.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=6.117;ClippingRankSum=0.000;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=42.296;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-8.705;NF=33;NR=0;PP=713;ReadPosRankSum=0.429;SC=GACTCACCCTCCAGCTCATCC;SOR=5.610;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=86;TCF=70;TCR=16;TR=33;WE=109013102;WS=109013084;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,32:0.32:99
chr1	109013340	rs9440563	C	T	1786.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.335;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.802;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.171;NF=17;NR=51;PP=1104;ReadPosRankSum=0.417;SC=AAACACAATACTGCAGGGGTC;SOR=0.929;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=146;TCF=41;TCR=105;TR=68;WE=109013348;WS=109013330;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:99,84:0.46:183
chr1	109170746	rs2133198	C	T	2470.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=54;NR=16;PP=1539;SC=TGACCATTAACTTTTTGGCAA;SOR=1.981;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=70;TCF=54;TCR=16;TR=70;WE=109170754;WS=109170736;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr1	109171220	rs77306348	T	G	1454.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-1.669;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.149;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=36;PP=898;ReadPosRankSum=1.013;SC=TCCTTTTAGTTTAAAGAATAA;SOR=1.114;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=109;TCF=47;TCR=62;TR=57;WE=109171228;WS=109171210;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,69:0.49:142
chr1	109200268	.	C	CA	106.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.814;ClippingRankSum=0.000;DP=110;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.23;ReadPosRankSum=2.060;SOR=0.546;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:69,18:0.21:87
chr1	109202283	rs72695691	C	A	1010.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-1.979;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=8;PP=639;ReadPosRankSum=2.847;SC=ACTTTAACACCTAGTGATAAA;SOR=0.636;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=86;TCF=70;TCR=16;TR=38;WE=109202291;WS=109202273;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,44:0.46:95
chr1	109255513	rs3006864	G	T	5580.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=77;NR=57;PP=2458;SC=AAGAGGACCCGGATTGCTTTG;SOR=0.933;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=134;TCF=77;TCR=57;TR=134;WE=109255521;WS=109255503;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,211:1.00:211
chr1	109260357	rs4970804	G	A	8378.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=324;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=128;NR=71;PP=2965;SC=AGTCATCCTCGTAGGTATCTT;SOR=1.186;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=199;TCF=128;TCR=71;TR=199;WE=109260365;WS=109260347;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,314:1.00:314
chr1	109265029	rs4423040	G	T	4782.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=74;NR=52;PP=2247;SC=TCCTGGGCACGGGCAGAAGGA;SOR=0.974;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=126;TCF=74;TCR=52;TR=126;WE=109265037;WS=109265019;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,183:1.00:183
chr1	109268441	rs11582005	G	A	3196.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.271;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=266;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.093;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=50;PP=1594;ReadPosRankSum=0.123;SC=GCTTGGTCCAGTGTAGATCTG;SOR=0.836;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=185;TCF=97;TCR=88;TR=107;WE=109268449;WS=109268431;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:112,148:0.57:260
chr1	109268573	rs4494160	T	C	2427.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.402;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=265;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.845;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=55;PP=1447;ReadPosRankSum=0.643;SC=AGTGTTTTTGTCTATAACAAG;SOR=1.020;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=171;TCF=73;TCR=98;TR=89;WE=109268581;WS=109268563;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:140,118:0.46:258
chr1	109270402	rs10494096	G	A	1057.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=1.520;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.902;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=8;PP=579;ReadPosRankSum=0.093;SC=TGATGGGACCGCCATTTTCCC;SOR=0.590;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=68;TCF=51;TCR=17;TR=33;WE=109270410;WS=109270392;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,46:0.56:82
chr1	109271348	rs11583590	G	A	3047.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=2.162;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=362;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.255;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=45;PP=1436;ReadPosRankSum=-0.096;SC=CTACTTACACGGTGACTGCCC;SOR=0.785;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=212;TCF=109;TCR=103;TR=92;WE=109271356;WS=109271338;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:202,156:0.44:358
chr1	109273456	rs4970809	A	G	4236.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.341;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=434;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.522;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=72;PP=1847;ReadPosRankSum=-1.606;SC=GCCTCCTAGGATGCATCACAT;SOR=0.749;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=267;TCF=114;TCR=153;TR=124;WE=109273464;WS=109273446;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:217,208:0.49:425
chr1	109273610	rs4970810	G	A	1346.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.599;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.752;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=28;PP=666;ReadPosRankSum=-1.463;SC=ATCCAGGCATGAGCCTTTCCT;SOR=0.571;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=77;TCF=24;TCR=53;TR=41;WE=109273618;WS=109273600;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,63:0.58:109
chr1	109289236	rs1124426	C	A	190.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.239;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.158;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=4;PP=61;ReadPosRankSum=-1.248;SC=CCGGAGGGCGCGGTCTGCTAG;SOR=0.842;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=11;TCF=5;TCR=6;TR=6;WE=109289244;WS=109289226;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,10:0.62:16
chr1	109289353	rs1124427	C	G	414.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-0.132;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.462;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=5;PP=203;ReadPosRankSum=-0.784;SC=TCCGCAGTGTCGGGAAGATGG;SOR=1.022;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=19;TCF=11;TCR=8;TR=13;WE=109289361;WS=109289343;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,19:0.66:29
chr1	109289487	rs6604120	C	T	353.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-1.118;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=10;PP=177;ReadPosRankSum=1.179;SC=AGCCCCAACCCAGCGGTCTGT;SOR=0.551;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=23;TCF=8;TCR=15;TR=16;WE=109289495;WS=109289477;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,18:0.67:27
chr1	109299453	rs1277044	C	G	291.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.068;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.638;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=6;PP=107;ReadPosRankSum=0.793;SC=GGTTTACTAACAGAAAATTCA;SOR=0.379;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=34;TCF=12;TCR=22;TR=10;WE=109299461;WS=109299443;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,17:0.39:44
chr1	109301019	rs3841723	GC	G	223.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.869;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=7;NR=0;PP=206;ReadPosRankSum=1.233;SC=TAAACTTTTAGCCAGTAAAGT;SOR=1.179;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=12;TCR=0;TR=7;WE=109301027;WS=109301009;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,8:0.62:13
chr1	109301250	rs1277042	G	C	759.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.612;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FS=3.573;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.78;ReadPosRankSum=1.743;SOR=0.414;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:66,46:0.41:112
chr1	109315211	rs1623641	A	G	219.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.133;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.430;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=2;PP=122;ReadPosRankSum=1.154;SC=TACATTATATATAACATAAAT;SOR=0.223;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=20;TCF=17;TCR=3;TR=9;WE=109315219;WS=109315201;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,10:0.45:22
chr1	109321824	rs1759481	G	T	1082.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-2.864;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=10;PP=733;ReadPosRankSum=-0.692;SC=TTAGGAAAAGGGTGCTTTGTA;SOR=0.796;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=98;TCF=79;TCR=19;TR=46;WE=109321832;WS=109321814;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,48:0.46:105
chr1	109337572	rs1149158	A	C	481.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.987;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=0.930;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.19;ReadPosRankSum=-0.899;SOR=0.671;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,29:0.43:67
chr1	109338861	rs1127635	G	C	1065.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.509;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FS=1.355;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.78;ReadPosRankSum=-0.907;SOR=0.635;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:78,59:0.43:137
chr1	109339414	rs35138668	GT	G	302.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.024;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.41;ReadPosRankSum=-0.187;SOR=0.593;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,27:0.48:56
chr1	109342716	rs1277239	A	G	453.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=1.043;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=6;PP=301;ReadPosRankSum=-0.568;SC=CAAAGAAAAGACTAATCTTAT;SOR=0.542;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=24;TCF=17;TCR=7;TR=17;WE=109342724;WS=109342706;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,21:0.58:36
chr1	109350198	.	G	GT	196.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.797;ClippingRankSum=0.000;DP=137;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.19;ReadPosRankSum=0.053;SOR=0.503;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:63,27:0.30:90
chr1	109351501	rs1149154	A	G	1075.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-2.865;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.808;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=22;PP=428;ReadPosRankSum=-0.475;SC=GATGAATAGCATTTCTTTTTG;SOR=0.580;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=58;TCF=18;TCR=40;TR=33;WE=109351509;WS=109351491;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,55:0.59:93
chr1	109358755	rs11453763	A	AT	2082.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=2.050;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=273;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.524;HP=7;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=27;PP=1217;ReadPosRankSum=0.640;SC=TTTTCTTTGCATTTTTTTCTT;SOR=0.924;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=131;TCF=63;TCR=68;TR=54;WE=109358763;WS=109358745;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:152,112:0.42:264
chr1	109363075	rs1333128	T	C	801.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.043;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.039;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=8;PP=456;ReadPosRankSum=1.419;SC=ATCTAGGTTATCTTGGGGTAG;SOR=0.894;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=45;TCF=31;TCR=14;TR=28;WE=109363083;WS=109363065;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,36:0.60:60
chr1	109363140	rs1333129	T	C	1178.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.102;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.91;ReadPosRankSum=-0.363;SOR=0.673;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:50,58:0.54:108
chr1	109363232	rs1333130	T	C	851.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=2.609;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.871;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=16;PP=405;ReadPosRankSum=-2.258;SC=AACAGATCCGTTTGGGTTTTA;SOR=0.928;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=51;TCF=16;TCR=35;TR=21;WE=109363240;WS=109363222;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,37:0.47:79
chr1	109366286	rs7522157	C	T	2993.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.925;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=346;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.778;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=51;PP=1329;ReadPosRankSum=0.034;SC=AGAATCAGAACAGAAGCTGTG;SOR=0.589;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=219;TCF=103;TCR=116;TR=101;WE=109366294;WS=109366276;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:189,154:0.45:343
chr1	109366370	rs7522260	C	T	4509.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=47;NR=82;PP=2368;SC=TCATAAAATACGGTGTGGAGA;SOR=1.248;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=129;TCF=47;TCR=82;TR=129;WE=109366378;WS=109366360;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,168:1.00:168
chr1	109369797	rs11102506	T	G	579.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.051;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=11;PP=361;ReadPosRankSum=1.305;SC=CACTGAAAAATGAGCACCCAG;SOR=0.602;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=69;TCF=44;TCR=25;TR=28;WE=109369805;WS=109369787;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,32:0.38:84
chr1	109369915	rs7551421	G	T	1813.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.488;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.048;HP=4;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=25;PP=740;ReadPosRankSum=-0.405;SC=TTTTCTCCACGTTTTGCTTCC;SOR=0.728;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=136;TCF=70;TCR=66;TR=55;WE=109369923;WS=109369893;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:124,95:0.43:219
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chr1	109377157	rs5776950	TA	T	2114.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.093;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FS=1.071;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.13;MQRankSum=0.518;QD=14.69;ReadPosRankSum=1.051;SOR=0.903;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:14,130:0.90:144
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chr1	109394978	rs17563390	G	A	3890.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=2.152;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=376;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=73;NR=46;PP=1883;ReadPosRankSum=-0.641;SC=ACTTAGAAGCGTCTCCTTCAT;SOR=0.697;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=256;TCF=157;TCR=99;TR=119;WE=109394986;WS=109394968;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:185,183:0.50:368
chr1	109395105	rs1277207	C	T	12436.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.236;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=479;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=146;NR=165;PP=2965;ReadPosRankSum=0.752;SC=ACAAGTCTCACTATGCATAGC;SOR=0.417;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=312;TCF=146;TCR=166;TR=311;WE=109395113;WS=109395095;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,470:0.99:473
chr1	109428249	rs10857987	G	A	542.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=0.799;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.027;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=15;PP=341;ReadPosRankSum=-1.657;SC=TTATTTTAAAGTGTTTTTAAC;SOR=0.874;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=49;TCF=19;TCR=30;TR=24;WE=109428257;WS=109428239;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,27:0.48:56
chr1	109444370	rs2270536	A	T	2160.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.118;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.989;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=18;PP=1111;ReadPosRankSum=-1.995;SC=TAAAGCCCAAACTGAGAATGA;SOR=0.968;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=152;TCF=103;TCR=49;TR=68;WE=109444378;WS=109444360;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:115,102:0.47:217
chr1	109445706	rs9662782	T	G	360.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.327;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.216;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=5;PP=238;ReadPosRankSum=1.800;SC=ACATAGGACCTCTTTTCAAAT;SOR=1.072;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=34;TCF=25;TCR=9;TR=19;WE=109445714;WS=109445696;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,20:0.43:46
chr1	109456850	rs1664419	G	A	289.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.182;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=2;PP=129;ReadPosRankSum=-0.461;SC=AGGTTTTCTCGTTTCATATGG;SOR=0.693;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=30;TCF=23;TCR=7;TR=12;WE=109456858;WS=109456840;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,15:0.50:30
chr1	109465165	rs35029887	ACTT	A	11107.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.053;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=579;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.977;NF=33;NR=78;PP=2971;ReadPosRankSum=0.373;SC=TTCAACAACAACTTCTTCCAC;SOR=0.685;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=225;TCF=66;TCR=159;TR=111;WE=109465175;WS=109465155;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:272,287:0.51:559
chr1	109466858	rs705268	G	A	1488.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.461;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.612;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=41;PP=894;ReadPosRankSum=-0.443;SC=TATTTTTTTCGTTCTGCATAC;SOR=1.047;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=136;TCF=47;TCR=89;TR=58;WE=109466866;WS=109466839;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:103,74:0.42:177
chr1	109506029	rs116514040	C	G	2576.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.438;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=240;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.643;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=33;PP=1162;ReadPosRankSum=-2.193;SC=CTGCCCAGGCCGGCCGCAGAA;SOR=0.615;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=139;TCF=74;TCR=65;TR=75;WE=109506037;WS=109506019;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:107,128:0.54:235
chr1	109529322	rs61696019	T	TAA	2607.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=2;NR=44;PP=2403;SC=GAATGAATATTAGTTATCCTA;SOR=3.370;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=51;TCF=2;TCR=49;TR=46;WE=109529330;WS=109529312;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr1	109545046	rs184606	C	T	755.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=23;PP=608;SC=TAGAAAAAAACATATATATTT;SOR=6.439;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=23;TCF=0;TCR=23;TR=23;WE=109545054;WS=109545036;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr1	109618308	rs34069017	G	A	889.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=22;NR=4;PP=595;SC=GATTCTGTACGTGTTTCAGTG;SOR=2.448;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=22;TCR=4;TR=26;WE=109618316;WS=109618298;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr1	109650484	rs113809565	G	GA	216.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.303;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FS=1.028;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.13;MQRankSum=1.445;QD=2.81;ReadPosRankSum=1.382;SOR=0.965;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:54,23:0.30:77
chr1	109704361	rs679224	A	G	565.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=3.228;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=1;PP=367;ReadPosRankSum=-0.491;SC=TAGTTCTTGTACTCGGTTCAT;SOR=0.641;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=48;TCF=43;TCR=5;TR=19;WE=109704369;WS=109704351;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,24:0.43:56
chr1	109704390	rs643197	C	G	2751.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=65;NR=20;PP=1607;SC=GCTCCCTGCCCGGGGTCCCAG;SOR=2.027;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=85;TCF=65;TCR=20;TR=85;WE=109704398;WS=109704380;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr1	109704618	rs678238	A	G	7178.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-2.279;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=285;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.541;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=75;NR=109;PP=2965;ReadPosRankSum=1.482;SC=GCCTGACCCCATCAAGGGCAC;SOR=0.620;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=185;TCF=76;TCR=109;TR=184;WE=109704626;WS=109704608;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,277:1.00:278
chr1	109714750	rs2297758	T	C	1298.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=12;NR=32;PP=930;SC=TGTTGTTTTCTCTCTGGAGAG;SOR=2.110;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=44;TCF=12;TCR=32;TR=44;WE=109714758;WS=109714740;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr1	109714919	rs2297757	A	G	521.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=2;PP=323;SC=TTTGGTGTCAACGCTCATTTT;SOR=2.712;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=11;TCR=2;TR=13;WE=109714927;WS=109714909;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr1	109727475	rs649531	T	C	467.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.52;SOR=2.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr1	109727529	rs12036884	G	A	327.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-2.676;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=3;PP=179;ReadPosRankSum=-0.429;SC=GGAAGGGTGAGTGTGCAGGAT;SOR=0.770;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=30;TCF=23;TCR=7;TR=14;WE=109727537;WS=109727519;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,18:0.51:35
chr1	109734157	rs606066	T	C	2394.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=22;NR=46;PP=1667;SC=ATCTGCCCCATTGGTGTGTCC;SOR=1.497;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=69;TCF=22;TCR=47;TR=68;WE=109734165;WS=109734147;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr1	109734225	rs643785	G	T	1395.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=21;NR=21;PP=1020;SC=AGACTGACCAGCAGGGACTTC;SOR=0.874;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=42;TCF=21;TCR=21;TR=42;WE=109734233;WS=109734222;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr1	109734541	rs645128	C	T	2217.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=18;NR=49;PP=1486;SC=CCCAGGAGGACTCCTAGCATT;SOR=1.936;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=67;TCF=18;TCR=49;TR=67;WE=109734549;WS=109734531;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr1	109735298	rs658779	T	C	9325.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=350;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=131;NR=97;PP=2965;SC=TTATGAATGGTGTGGCCTCCT;SOR=0.902;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=228;TCF=131;TCR=97;TR=228;WE=109735306;WS=109735288;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,345:1.00:345
chr1	109735416	rs659543	A	C	8124.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=306;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=65;NR=112;PP=2965;SC=CTCCTGCCCCACTAACACAAT;SOR=1.027;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=177;TCF=65;TCR=112;TR=177;WE=109735424;WS=109735406;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,302:1.00:302
chr1	109735504	rs659659	T	C	2829.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=17;NR=55;PP=1651;SC=AAGGTACCTGTAGTCTGGCAT;SOR=1.755;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=72;TCF=17;TCR=55;TR=72;WE=109735512;WS=109735494;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr1	109737063	rs2359246	C	T	4474.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=33;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=70;NR=44;PP=2126;SC=TGTGCTACAACGATTGCACCT;SOR=1.106;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=114;TCF=70;TCR=44;TR=114;WE=109737071;WS=109737053;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,170:1.00:170
chr1	109737090	rs2359245	G	A	6104.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=35;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=84;NR=65;PP=2740;SC=GCAACACTCCGACCAGGACTT;SOR=0.899;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=149;TCF=84;TCR=65;TR=149;WE=109737098;WS=109737080;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,232:1.00:232
chr1	109737132	rs2359244	T	C	6912.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=266;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=40;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=83;NR=86;PP=2765;SC=TGGCAAACACTGTCACTCTTG;SOR=0.723;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=169;TCF=83;TCR=86;TR=169;WE=109737140;WS=109737122;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,266:1.00:266
chr1	109737172	rs2359243	C	T	6484.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=246;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=37;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=74;NR=81;PP=2900;SC=TTCCAAAGGGCTGAAATACTT;SOR=0.760;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=155;TCF=74;TCR=81;TR=155;WE=109737180;WS=109737162;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,246:1.00:246
chr1	109737314	rs2359242	T	C	1388.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.40;SOR=2.448;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr1	109737320	rs2359241	G	A	1388.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.40;SOR=2.448;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr1	109740310	rs113482805	A	AGAGAGAGTGTGT,AGAGAGAGAGT	1126.73	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=1.867;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=3;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2,2;NR=45,45;PP=486,604;ReadPosRankSum=0.914;SC=CTTGTTTGAGAGTGTGTGTGT;SOR=1.739;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=60;TCF=3;TCR=57;TR=47,47;WE=109740318;WS=109740300;set=Intersection	GT:AF:DP	0/1:0.56:54
chr1	109740473	rs3818508	C	T	215.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=1.896;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.885;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=2;PP=172;ReadPosRankSum=-0.035;SC=CTTGTTTCACCCTTTCATAAG;SOR=1.426;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=20;TCF=14;TCR=6;TR=9;WE=109740481;WS=109740463;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,9:0.41:22
chr1	109740548	rs2296696	G	T	1631.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=27;NR=14;PP=858;SC=GAATTGAAGTGGTTGCCAGCT;SOR=1.278;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=27;TCR=14;TR=41;WE=109740556;WS=109740538;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr1	109742452	rs913178	C	T	709.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=21;NR=1;PP=557;SC=AGTGAGAGCTCAGGTCTCTTT;SOR=4.804;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=22;TCF=21;TCR=1;TR=22;WE=109742460;WS=109742442;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr1	109742485	rs913179	G	A	1213.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=37;NR=6;PP=971;SC=GAACGTGCTCGGATGGGACCT;SOR=3.664;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=44;TCF=37;TCR=7;TR=43;WE=109742493;WS=109742475;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr1	109745618	rs1052878	T	C	7271.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=266;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=63;NR=122;PP=2965;SC=TCAGGAGGCCTAGACATGGAC;SOR=1.240;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=185;TCF=63;TCR=122;TR=185;WE=109745626;WS=109745608;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,265:1.00:265
chr1	109771063	rs683182	T	C	3161.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.444;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=310;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=59;PP=1641;ReadPosRankSum=1.611;SC=CTGTAAGTTATAGTTCTTTTC;SOR=0.668;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=186;TCF=79;TCR=107;TR=104;WE=109771071;WS=109771053;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:154,154:0.50:308
chr1	109771881	rs657511	G	T	670.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=19;NR=0;PP=490;SC=GTGTGTGAAGGAAATCTCAGT;SOR=4.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=19;TCR=0;TR=19;WE=109771889;WS=109771871;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr1	109773705	rs141018095	ATT	A	44.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.271;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=5.119;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=3.44;ReadPosRankSum=-2.636;SOR=0.039;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,4:0.31:13
chr1	109778577	rs658092	T	C	1402.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.563;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.613;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=17;PP=662;ReadPosRankSum=2.261;SC=CTGTCACCGTTTCCTTGGGTC;SOR=0.622;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=90;TCF=55;TCR=35;TR=40;WE=109778585;WS=109778567;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,67:0.45:149
chr1	109779556	rs631927	T	A	6501.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=244;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=63;NR=89;PP=2965;SC=CCAAGTCAGGTGCTTGAAAGG;SOR=0.939;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=153;TCF=64;TCR=89;TR=152;WE=109779564;WS=109779546;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,243:1.00:243
chr1	109779621	rs11439617	T	TC	1131.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.496;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.077;HP=2;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=24;PP=923;ReadPosRankSum=-1.188;SC=AGGGCCCAACTCTCAGAATAC;SOR=1.432;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=60;TCF=4;TCR=56;TR=24;WE=109779629;WS=109779611;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,39:0.44:89
chr1	109792735	rs144034706	A	ACGC	2449.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.505;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.623;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=19;PP=1632;ReadPosRankSum=0.739;SC=CCCCCTCCCAACGCCGCCGCC;SOR=0.628;SbPval=0.22;Source=Platypus;TC=84;TCF=49;TCR=35;TR=37;WE=109792743;WS=109792725;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,66:0.45:148
chr1	109794252	rs454107	T	C	23998.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.860;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=923;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=268;NR=327;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.247;SC=TCCTGGAGAGTGTCCCCTTAG;SOR=0.461;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=597;TCF=270;TCR=327;TR=595;WE=109794260;WS=109794242;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,910:1.00:911
chr1	109795026	rs413380	T	C	12926.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=490;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=149;NR=145;PP=2965;SC=AGCTGGACTATGAAGACCAAG;SOR=0.735;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=294;TCF=149;TCR=145;TR=294;WE=109795034;WS=109795016;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,486:1.00:486
chr1	109795608	rs437444	T	C	9994.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=363;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=108;NR=105;PP=2965;SC=CTGAGGTCTTTCAGCTGGACA;SOR=0.716;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=213;TCF=108;TCR=105;TR=213;WE=109795616;WS=109795598;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,358:1.00:358
chr1	109796053	rs2359414	C	T	991.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.577;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.143;HP=5;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=27;PP=575;ReadPosRankSum=0.562;SC=GGGTAGCTCGCGGGGATGGTC;SOR=0.449;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=53;TCF=10;TCR=43;TR=35;WE=109796061;WS=109796043;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,42:0.65:65
chr1	109806442	rs1337248	C	A	3601.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=22;NR=88;PP=2474;SC=GGCCATAGGGCCCTGGTAGCC;SOR=2.500;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=110;TCF=22;TCR=88;TR=110;WE=109806450;WS=109806432;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr1	109806674	.	C	T	883.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=2.445;ClippingRankSum=0.000;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.945;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=8;PP=529;ReadPosRankSum=2.127;SC=GTCTGCTGACCCTGTTTTCTT;SOR=0.931;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=78;TCF=59;TCR=19;TR=36;WE=109806682;WS=109806664;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,39:0.45:86
chr1	109808329	rs79762317	G	A	5677.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=0.006;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=529;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.105;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=98;NR=63;PP=2457;ReadPosRankSum=1.319;SC=AGCCTGGCCAGTGACACCGTT;SOR=0.817;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=302;TCF=178;TCR=124;TR=161;WE=109808337;WS=109808319;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:248,274:0.52:522
chr1	109813510	rs41279716	A	T	984.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=2.682;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.768;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=15;PP=660;ReadPosRankSum=0.182;SC=CAGGCCCCTCATCACCCCTCC;SOR=0.584;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=80;TCF=52;TCR=28;TR=39;WE=109813518;WS=109813500;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,46:0.46:101
chr1	109813719	rs17035665	C	T	6268.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.364;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=243;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NR=89;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.172;SC=TGTCCTCCTGCTGCTGGGGCC;SOR=0.389;Source=Platypus;TCR=91;WE=109813727;WS=109813709;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,234:0.99:237
chr1	109816176	rs441853	A	C	10791.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=418;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=140;NR=184;PP=2965;SC=GCAGCCGGGGAGGCCCCCCTC;SOR=1.002;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=324;TCF=140;TCR=184;TR=324;WE=109816184;WS=109816166;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,405:1.00:405
chr1	109823458	rs34863121	C	T	1028.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.315;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.109;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=10;PP=500;ReadPosRankSum=-0.224;SC=AAGCCCTTTTCGAGTTGACAG;SOR=1.227;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=63;TCF=41;TCR=22;TR=34;WE=109823466;WS=109823448;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,48:0.53:91
chr1	109825360	rs643457	C	T	527.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=10;PP=243;SC=AGATCTGAGCCGGAGAGAAAC;SOR=1.721;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=2;TCR=10;TR=12;WE=109825368;WS=109825350;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr1	109836835	rs3738777	A	G	3641.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=0.943;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=341;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=3;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=54;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.497;SC=TACCTTTGTCAGAGTACCATG;SOR=0.691;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=176;TCF=78;TCR=98;TR=100;WE=109836850;WS=109836825;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:152,175:0.54:327
chr1	109836842	rs646335	C	G	2906.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-1.310;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=335;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.404;HP=1;HapScore=3;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=45;PP=2821;ReadPosRankSum=0.063;SC=GTCAGAGTACCATGCCTTCTT;SOR=0.661;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=178;TCF=78;TCR=100;TR=78;WE=109836850;WS=109836825;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:172,150:0.47:322
chr1	109838833	rs616899	T	C	1534.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=35;NR=9;PP=1030;SC=CTCAGCACAGTGCCCCCCAGA;SOR=2.393;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=44;TCF=35;TCR=9;TR=44;WE=109838841;WS=109838823;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr1	109838918	rs629001	C	T	3495.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=51;NR=40;PP=1794;SC=GTAGTGCAGTCGGCCAGAGGC;SOR=0.856;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=91;TCF=51;TCR=40;TR=91;WE=109838926;WS=109838908;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chr1	109839392	rs604349	A	G	4934.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=75;NR=53;PP=2284;SC=CATGATCCCCATGCCTCCCTT;SOR=0.987;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=129;TCF=75;TCR=54;TR=128;WE=109839400;WS=109839382;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,191:1.00:191
chr1	109839433	rs1278285	A	G	8185.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=311;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=104;NR=80;PP=2965;SC=CGAGGTCCGTAGTGATGGGGG;SOR=0.871;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=184;TCF=104;TCR=80;TR=184;WE=109839441;WS=109839423;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,303:1.00:303
chr1	109856842	rs372331171	TG	T	93.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.352;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FS=7.191;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.99;ReadPosRankSum=-0.929;SOR=0.099;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,13:0.28:47
chr1	109878903	rs2228606	C	G	2130.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.960;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=242;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=35;PP=1005;ReadPosRankSum=0.043;SC=TCACTGTTTTCAGGCTTCCTC;SOR=0.688;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=157;TCF=69;TCR=88;TR=62;WE=109878911;WS=109878893;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:134,103:0.43:237
chr1	109883576	rs3217347	C	CAT	4386.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=48;PP=2632;SC=TAACCACACACGATTACCTGC;SOR=1.516;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=56;TCF=3;TCR=53;TR=51;WE=109883584;WS=109883566;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr1	109884775	rs2228604	T	G	1815.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=19;NR=33;PP=1156;SC=TCCTTCTTGTTGTATCCTAGA;SOR=1.127;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=52;TCF=19;TCR=33;TR=52;WE=109884783;WS=109884765;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr1	109897103	rs11142	A	G	6253.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=243;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=65;NR=57;PP=2514;SC=CTGATGATCTAAAGATTCTTC;SOR=0.745;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=127;TCF=66;TCR=61;TR=122;WE=109897111;WS=109897093;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,236:1.00:236
chr1	109898263	rs143094090	A	ACC	379.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=37.97;SOR=4.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr1	109898267	rs71306129	G	GC	379.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=37.97;SOR=4.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr1	109958035	rs1465607	T	C	1706.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=17;NR=28;PP=915;SC=ATAACTGTCTTACATACTCAC;SOR=1.234;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=45;TCF=17;TCR=28;TR=45;WE=109958043;WS=109958025;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr1	110009434	rs2787015	A	C	1977.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.481;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.545;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=21;PP=1075;ReadPosRankSum=0.575;SC=GAGCCAAGCCACCACGCCGCG;SOR=0.610;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=177;TCF=125;TCR=52;TR=73;WE=110009442;WS=110009424;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:117,95:0.45:212
chr1	110009654	rs138525393	AC	A	4403.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.656;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=349;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=2.746;NF=10;NR=64;PP=1968;ReadPosRankSum=-1.651;SC=CACCGCCCTGACCCCCCGGCC;SOR=0.672;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=153;TCF=20;TCR=133;TR=74;WE=110009662;WS=110009644;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:141,173:0.55:314
chr1	110018148	rs530565	C	T	2390.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=15;PP=1614;ReadPosRankSum=1.766;SC=GGTTAGTTCTCGACTTTGGCC;SOR=1.368;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=79;TCF=62;TCR=17;TR=76;WE=110018156;WS=110018138;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,82:0.99:83
chr1	110030895	rs72074532	GTC	G	875.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.088;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.001;NF=12;NR=5;PP=666;ReadPosRankSum=0.034;SC=GAGGGCTGGAGTCTCTTCTGC;SOR=0.804;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=31;TCF=23;TCR=8;TR=17;WE=110030904;WS=110030885;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,24:0.52:46
chr1	110030945	rs1144593	A	G	1288.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.610;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.512;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.967;NF=28;NR=15;PP=697;ReadPosRankSum=-1.650;SC=GAAGCGGCCAAATCCTCCTGT;SOR=0.874;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=83;TCF=53;TCR=30;TR=43;WE=110030953;WS=110030935;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,61:0.53:116
chr1	110035159	rs11590351	T	C	1919.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.313;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.212;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=23;PP=643;ReadPosRankSum=0.019;SC=GTAGGACAGCTGGTAGGCCCC;SOR=0.595;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=99;TCF=55;TCR=44;TR=52;WE=110035167;WS=110035149;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,94:0.56:167
chr1	110035318	rs34382032	AT	A	169.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.813;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.43;MQRankSum=0.962;QD=8.08;ReadPosRankSum=-1.244;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,12:0.57:21
chr1	110036998	rs17575205	G	C	1325.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=1.639;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.240;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=31;PP=982;ReadPosRankSum=1.886;SC=TTGGAGGAGGGACCCCAGCAG;SOR=0.927;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=106;TCF=49;TCR=57;TR=54;WE=110037006;WS=110036988;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,59:0.48:122
chr1	110037709	rs45448998	C	T	1361.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.583;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.688;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=19;PP=786;ReadPosRankSum=-0.119;SC=TTCCACCTAGCTACAGGGGCA;SOR=0.622;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=85;TCF=57;TCR=28;TR=54;WE=110037717;WS=110037699;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,68:0.55:123
chr1	110037838	rs749056	T	G	1793.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.297;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.740;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=30;PP=826;ReadPosRankSum=1.082;SC=GTTTGGGTATTCCTCACCTCA;SOR=0.790;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=128;TCF=63;TCR=65;TR=57;WE=110037846;WS=110037828;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:105,91:0.46:196
chr1	110091447	rs2230350	G	A	1559.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.495;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.241;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=25;PP=622;ReadPosRankSum=0.134;SC=AAGAAGTGAAGCTGCTGCTAC;SOR=0.596;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=96;TCF=46;TCR=50;TR=52;WE=110091455;WS=110091437;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,80:0.51:156
chr1	110129582	.	C	CT	34.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.875;ClippingRankSum=0.000;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=1.559;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.87;ReadPosRankSum=-0.728;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,8:0.20:40
chr1	110148974	rs1799875	C	T	10141.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.140;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=392;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.379;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=134;NR=103;PP=2965;ReadPosRankSum=0.930;SC=CAATGATGCCCGTGGTTTTGA;SOR=0.500;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=242;TCF=135;TCR=107;TR=237;WE=110148982;WS=110148964;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,380:1.00:381
chr1	110163076	rs6669802	A	G	674.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=17;PP=518;SC=GGAAAAATCCAAAGAGGCTAG;SOR=1.802;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=6;TCR=17;TR=23;WE=110163084;WS=110163066;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr1	110168888	rs493972	C	G	4309.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.058;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=478;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.731;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=73;PP=2151;ReadPosRankSum=1.226;SC=TGCGGAGCTGCAGCCTGCCCT;SOR=0.763;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=288;TCF=141;TCR=147;TR=136;WE=110168896;WS=110168878;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:254,212:0.45:466
chr1	110169957	rs524998	A	G	10103.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=387;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=164;NR=81;PP=2965;SC=GGTGTGGTGCATGTTGGGGGG;SOR=1.317;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=246;TCF=165;TCR=81;TR=245;WE=110169965;WS=110169947;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,380:1.00:380
chr1	110170896	rs863978	T	C	5623.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=83;NR=62;PP=2603;SC=TGGATGTGCATGCGGTCTGTG;SOR=0.898;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=146;TCF=84;TCR=62;TR=145;WE=110170904;WS=110170886;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,212:1.00:212
chr1	110171705	rs523786	A	C	5911.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=96;NR=57;PP=2965;SC=TGACTTGCACATACCTGCATG;SOR=1.184;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=153;TCF=96;TCR=57;TR=153;WE=110171713;WS=110171695;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,216:1.00:216
chr1	110172346	rs5776989	T	TG	2143.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=36;NR=8;PP=1753;SC=GCGTGCTGGGTGGGGGTCAGG;SOR=2.670;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=49;TCF=39;TCR=10;TR=44;WE=110172354;WS=110172336;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr1	110172362	rs2269341	C	T	2537.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=53;NR=11;PP=1583;SC=TCAGGGGCTCCGGTGAGCCCA;SOR=2.359;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=65;TCF=53;TCR=12;TR=64;WE=110172370;WS=110172352;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr1	110199172	rs57680849	C	CTG,CTGTG	511.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.206;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=28.43;ReadPosRankSum=-0.483;SOR=0.395;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:1,8,9:0.44,0.50:18
chr1	110201580	rs650985	C	T	13844.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=533;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=147;NR=136;PP=2965;SC=ATACATCCTACGTTACAGAGA;SOR=0.748;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=283;TCF=147;TCR=136;TR=283;WE=110201588;WS=110201570;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,526:1.00:526
chr1	110201699	rs506008	T	C	7027.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=246;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;PP=2965;SC=TGGACGCCTTTCCAAATCTGA;SOR=0.930;Source=Platypus;TC=182;TR=182;WE=110201707;WS=110201689;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,242:1.00:242
chr1	110201809	rs562996	G	T	14390.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.959;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=333;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.60;MQRankSum=-0.265;QD=44.14;ReadPosRankSum=-0.649;SOR=1.017;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,324:0.99:326
chr1	110201812	rs563003	A	G	14828.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.819;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=349;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.75;MQRankSum=-0.205;QD=43.36;ReadPosRankSum=-0.907;SOR=0.970;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,340:0.99:342
chr1	110210780	rs530021	C	G	7588.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.168;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=306;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.93;MQRankSum=9.984;QD=25.64;ReadPosRankSum=1.415;SOR=0.249;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,295:1.00:296
chr1	110210818	rs2073483	C	T	841.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.647;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FS=9.231;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.06;ReadPosRankSum=-2.301;SOR=1.158;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:85,54:0.39:139
chr1	110224329	.	C	G	373.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.180;ClippingRankSum=0.000;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=1.664;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.74;MQRankSum=-2.298;QD=12.89;ReadPosRankSum=1.356;SOR=1.158;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,15:0.52:29
chr1	110230767	rs10857795	G	A	2012.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=33;NR=19;PP=1155;SC=CATCTCTGACGCGACCTGCGG;SOR=1.148;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=52;TCF=33;TCR=19;TR=52;WE=110230775;WS=110230757;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr1	110231592	rs737497	T	C	1625.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=47;NR=1;PP=1265;SC=CGGTCTCCTCTCTGCTCTTGC;SOR=5.630;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=49;TCF=48;TCR=1;TR=48;WE=110231600;WS=110231591;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr1	110231777	rs4147565	G	A	8741.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=324;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=95;PP=2965;SC=TGCAATGTGTGGGGGGAAGGT;SOR=0.744;Source=Platypus;TCF=98;WE=110231785;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,322:1.00:322
chr1	110233138	rs74837985	G	C	2344.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=24;NR=38;PP=1360;SC=TTGAGCCCAAGTGCTTGGACG;SOR=1.112;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=62;TCF=24;TCR=38;TR=62;WE=110233146;WS=110233128;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr1	110252010	rs1292098	T	C	11270.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.448;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=442;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=-0.136;NF=200;NR=165;PP=2965;ReadPosRankSum=0.564;SC=CTCTGTTCTGTTTTTTGCCCC;SOR=1.832;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=369;TCF=201;TCR=168;TR=365;WE=110252018;WS=110252000;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,439:1.00:441
chr1	110252091	rs35677255	G	A	2817.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.090;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=335;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=25.973;HP=4;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-1.788;NF=32;NR=94;PP=2142;ReadPosRankSum=-0.782;SC=CTTAATAAAAGCTTGCTGGTT;SOR=2.127;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=270;TCF=82;TCR=188;TR=126;WE=110252099;WS=110252081;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:187,144:0.44:331
chr1	110255174	rs929166	T	G	2746.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.095;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.989;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=29;PP=1572;ReadPosRankSum=-0.674;SC=GCTGGCCTGGTGCAGAGAAAG;SOR=0.155;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=69;TCF=40;TCR=29;TR=67;WE=110255182;WS=110255164;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,96:0.98:98
chr1	110279701	rs7483	C	T	2355.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.798;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.154;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=25;PP=1245;ReadPosRankSum=-1.334;SC=GCTCAGCATACAGGCTTGTTG;SOR=0.578;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=163;TCF=120;TCR=43;TR=86;WE=110279709;WS=110279691;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:101,111:0.52:212
chr1	110279821	rs1537234	C	A	6222.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=1.025;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=626;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.515;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=90;NR=84;PP=2703;ReadPosRankSum=-0.986;SC=AATCTTATAACGACCCCAACC;SOR=0.735;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=337;TCF=169;TCR=168;TR=174;WE=110279829;WS=110279811;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:315,309:0.50:624
chr1	110279914	rs1571858	C	T	3107.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.386;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=282;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.442;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=66;PP=1778;ReadPosRankSum=-1.485;SC=GACAGTGCCTCCAAGGTATAG;SOR=0.743;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=206;TCF=80;TCR=126;TR=108;WE=110279922;WS=110279904;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:137,141:0.51:278
chr1	110281941	rs10735234	G	A	743.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.821;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.857;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=10;PP=397;ReadPosRankSum=0.814;SC=TATTCTATCCGGGTTAAGATC;SOR=0.831;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=56;TCF=34;TCR=22;TR=27;WE=110281949;WS=110281931;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,37:0.47:78
chr1	110282972	rs1332018	G	T	5574.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-2.585;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=571;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=79;NR=120;PP=2805;ReadPosRankSum=-0.618;SC=CTTTATACCCGACATAAGGGG;SOR=0.682;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=391;TCF=151;TCR=240;TR=199;WE=110282980;WS=110282962;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:289,275:0.49:564
chr1	110292856	rs15864	G	C	792.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=16;NR=7;PP=532;SC=GTTTGCTTCAGCCTCTGGGCC;SOR=1.528;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=16;TCR=7;TR=23;WE=110292864;WS=110292846;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr1	110295772	rs1887547	T	C	3959.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.459;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=355;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.262;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=61;PP=1410;ReadPosRankSum=-1.585;SC=GCCAGTCATCTGAGAATGTGG;SOR=0.642;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=206;TCF=105;TCR=101;TR=116;WE=110295780;WS=110295762;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:157,197:0.56:354
chr1	110295890	rs1887548	C	G	1577.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.856;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.693;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=39;PP=930;ReadPosRankSum=0.260;SC=GGGACGCGGACAGGGAGGGGA;SOR=0.575;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=105;TCF=33;TCR=72;TR=56;WE=110295898;WS=110295880;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,71:0.55:130
chr1	110299691	rs11102001	G	A	2911.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=1.981;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=293;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=45;PP=1421;ReadPosRankSum=1.504;SC=CTCTCAGGTGGGCTTAGACAG;SOR=0.697;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=162;TCF=77;TCR=85;TR=85;WE=110299699;WS=110299681;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:149,141:0.49:290
chr1	110300277	rs11102002	C	T	1491.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-2.592;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.591;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=36;PP=927;ReadPosRankSum=-0.772;SC=GCTGGCACTTCCCAAAAGTCC;SOR=0.501;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=101;TCF=35;TCR=66;TR=57;WE=110300285;WS=110300267;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,66:0.58:113
chr1	110300441	rs3818562	G	A	2116.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.596;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.133;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=33;PP=1181;ReadPosRankSum=-0.474;SC=TTGAAGCTGTGCTTGATCTTC;SOR=0.786;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=137;TCF=80;TCR=57;TR=82;WE=110300449;WS=110300431;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,102:0.54:188
chr1	110300504	rs10776700	A	G	8433.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=313;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=105;NR=85;PP=2965;SC=AGGGGCCAAGACGGTGGGCCA;SOR=0.809;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=190;TCF=105;TCR=85;TR=190;WE=110300512;WS=110300494;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,309:1.00:309
chr1	110300984	.	G	A	2508.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-2.393;ClippingRankSum=0.000;DP=290;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.414;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=45;PP=1381;ReadPosRankSum=0.488;SC=CCTTGGAGGAGGCAGAGTAAA;SOR=0.795;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=197;TCF=104;TCR=93;TR=97;WE=110300992;WS=110300974;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:155,131:0.46:286
chr1	110301260	rs6693815	C	T	1674.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.842;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.170;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=35;PP=809;ReadPosRankSum=-1.456;SC=CTGTCCTGGCCTGGCTGAAGG;SOR=0.896;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=103;TCF=39;TCR=64;TR=52;WE=110301268;WS=110301250;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,77:0.55:139
chr1	110301766	rs146917181	AGTGTGTGT	A,AGTGTGT	1761.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;QD=27.96;SOR=1.464;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:0,41,22:0.65,0.35:63
chr1	110456866	rs2297706	C	A	1933.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.418;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.510;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=27;PP=889;ReadPosRankSum=0.683;SC=AGAAATGACACCCTCTCTGTC;SOR=0.631;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=137;TCF=79;TCR=58;TR=61;WE=110456874;WS=110456856;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:112,97:0.46:209
chr1	110458234	rs2275123	G	A	4287.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.384;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=436;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.106;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=68;NR=54;PP=1758;ReadPosRankSum=-2.064;SC=CCCTGCAATCGTTGGCCTGCT;SOR=0.589;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=251;TCF=146;TCR=105;TR=122;WE=110458242;WS=110458224;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:215,213:0.50:428
chr1	110466338	rs333970	C	A	13082.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=3.503;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1198;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=192;NR=213;PP=2962;ReadPosRankSum=1.901;SC=TAACTGGTACCGCCTTGCCCA;SOR=0.699;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=734;TCF=348;TCR=386;TR=405;WE=110466346;WS=110466328;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:571,614:0.52:1185
chr1	110466466	rs1058885	T	C	7411.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=-1.606;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=766;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.748;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=97;NR=113;PP=2844;ReadPosRankSum=0.408;SC=ATCTCATCACTGCGCCCCCAG;SOR=0.525;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=449;TCF=190;TCR=259;TR=210;WE=110466474;WS=110466456;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:384,370:0.49:754
chr1	110466709	rs333971	T	C	12096.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=464;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=94;NR=151;PP=2965;SC=GAGGGATCCTTCAGCCCGCAG;SOR=0.972;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=246;TCF=94;TCR=152;TR=245;WE=110466717;WS=110466699;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,459:1.00:459
chr1	110466810	rs2229166	C	A	1186.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=4.080;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=32;PP=724;ReadPosRankSum=1.138;SC=GTGGAGGCGGCGGGTGAGTAG;SOR=0.861;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=71;TCF=7;TCR=64;TR=35;WE=110466818;WS=110466800;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,48:0.51:95
chr1	110467745	rs333972	A	G	2159.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=28;NR=20;PP=863;SC=GATGTCTAATACCAGCCCTGT;SOR=0.928;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=48;TCF=28;TCR=20;TR=48;WE=110467753;WS=110467735;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr1	110467831	rs41313284	T	A	1115.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.62;BaseQRankSum=-1.299;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=13;PP=305;ReadPosRankSum=-2.066;SC=TAAGGTAAGATTCTGACTTTG;SOR=0.675;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=79;TCF=43;TCR=36;TR=29;WE=110467839;WS=110467821;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:100,64:0.39:164
chr1	110551590	.	T	TA	64.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.095;ClippingRankSum=0.000;DP=137;ExcessHet=3.0103;FS=10.432;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.24;MQRankSum=3.840;QD=0.53;ReadPosRankSum=-0.530;SOR=2.215;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:101,22:0.18:123
chr1	110558276	rs11384766	A	AC	2212.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=33;PP=1570;SC=ATTAGATAAAATTTTGAGTTT;SOR=2.041;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=36;TCF=2;TCR=34;TR=35;WE=110558284;WS=110558266;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr1	110592048	.	CT	C	280.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.593;ClippingRankSum=0.000;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=3.840;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.53;ReadPosRankSum=-0.104;SOR=0.734;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,33:0.53:62
chr1	110603286	rs144523285	A	AGGTGCTTCCTCCGTGGTGTCCAGGCAGG	2818.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.222;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FS=20.346;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.49;MQRankSum=7.211;QD=19.71;ReadPosRankSum=-1.100;SOR=2.565;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:99,44:0.31:143
chr1	110612925	rs2274568	G	A	110.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.447;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=12.31;ReadPosRankSum=-1.180;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,6:0.67:9
chr1	110709719	rs7527375	TG	CA	2711.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.130;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.998;HP=1;HapScore=2;JOINED;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=24;PP=1772;ReadPosRankSum=0.543;SC=AGGAGCTGGATGCAGAGGACC;SOR=0.542;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=107;TCF=56;TCR=51;TR=45;WE=110709728;WS=110709709;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,72:0.46:155
chr1	110734490	rs185243324	G	A	2007.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-2.341;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.995;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=19;PP=1174;ReadPosRankSum=-1.034;SC=ACTATGGGCTGCTGCCTCTGA;SOR=0.478;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=141;TCF=106;TCR=35;TR=71;WE=110734498;WS=110734480;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,91:0.54:170
chr1	110735037	rs2603583	T	G	1427.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=4.454;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=7;PP=1094;ReadPosRankSum=-0.885;SC=ACCCATGAGGTTCCCACCTGG;SOR=0.808;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=78;TCF=66;TCR=12;TR=46;WE=110735045;WS=110735032;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,54:0.58:93
chr1	110738296	rs2784140	G	A	4819.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.136;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=480;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.101;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=70;NR=71;PP=2143;ReadPosRankSum=1.395;SC=ATGACTACTCGGCCACCCTGC;SOR=0.606;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=288;TCF=138;TCR=150;TR=141;WE=110738304;WS=110738286;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:238,235:0.50:473
chr1	110740273	rs2603581	G	T	893.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-3.061;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.921;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=22;PP=458;ReadPosRankSum=0.079;SC=CTCAGGCCTTGAATGCAACCA;SOR=0.433;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=66;TCF=19;TCR=47;TR=32;WE=110740281;WS=110740263;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,43:0.50:86
chr1	110740688	rs2761445	C	T	2496.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.990;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=246;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=26;PP=1316;ReadPosRankSum=-1.475;SC=TTAAGGCAGCCCACCCGCAGG;SOR=0.663;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=186;TCF=127;TCR=59;TR=83;WE=110740696;WS=110740678;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:130,113:0.47:243
chr1	110765535	rs611587	C	G	847.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-5.363;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.625;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=4;PP=538;ReadPosRankSum=-0.841;SC=CCAGCTGGGCCCATCCATCCC;SOR=0.262;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=101;TCF=91;TCR=10;TR=38;WE=110765543;WS=110765525;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,42:0.40:104
chr1	110882444	rs814771	A	G	5272.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=74;NR=49;PP=2744;SC=GCGGGGGCGAATCGCGCAGCA;SOR=1.014;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=124;TCF=75;TCR=49;TR=123;WE=110882452;WS=110882434;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,184:1.00:184
chr1	110888948	rs61787373	G	A	3012.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=-0.406;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=284;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.988;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.443;NF=38;NR=41;PP=1196;ReadPosRankSum=0.271;SC=GTTGAACAGCGGATGAAGATA;SOR=0.677;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=139;TCF=71;TCR=68;TR=79;WE=110888956;WS=110888938;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:129,152:0.54:281
chr1	110949566	rs12408631	G	T	513.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.100;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=2.432;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.69;ReadPosRankSum=1.643;SOR=1.206;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,25:0.47:53
chr1	110949720	rs6671673	C	T	2619.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.636;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=30;PP=985;ReadPosRankSum=-0.809;SC=GTACCCTTTACACTTTTCCAG;SOR=0.752;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=58;TCF=28;TCR=30;TR=58;WE=110949728;WS=110949710;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,103:0.98:105
chr1	110949857	rs6684395	A	T	506.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=11;PP=369;SC=AGGGCTCGACACTGCACAACT;SOR=2.179;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=3;TCR=11;TR=14;WE=110949865;WS=110949847;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr1	110950439	rs6674775	C	T	4431.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.607;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=447;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.760;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=84;PP=2296;ReadPosRankSum=0.457;SC=CTGACGAAGGCTTGGGCTCCC;SOR=0.859;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=286;TCF=121;TCR=165;TR=141;WE=110950447;WS=110950429;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:225,210:0.48:435
chr1	110950462	rs11102099	G	A	4415.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.781;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=411;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=83;PP=1959;ReadPosRankSum=0.635;SC=CGCGGTGACCGTCGAGGTGAC;SOR=0.700;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=265;TCF=107;TCR=158;TR=136;WE=110950470;WS=110950452;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:190,214:0.53:404
chr1	110998766	rs7551116	T	A	474.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-1.093;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.039;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=1;PP=293;ReadPosRankSum=0.820;SC=GGGGTGAGACTTTTGCCAGTG;SOR=1.697;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=32;TCF=28;TCR=4;TR=16;WE=110998774;WS=110998756;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,20:0.53:38
chr1	110998854	rs7514102	G	A	2139.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.391;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.206;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=27;PP=1170;ReadPosRankSum=-2.212;SC=CTCTCCTTAGGTCCCCTTCTT;SOR=0.797;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=120;TCF=75;TCR=45;TR=73;WE=110998862;WS=110998844;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,98:0.57:172
chr1	111059812	rs3841846	C	CGA	3069.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.200;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=28.16;ReadPosRankSum=-0.709;SOR=0.769;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,95:0.87:109
chr1	111060669	rs1281175	T	C	9193.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=338;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=103;NR=114;PP=2965;SC=TGACCACCTTTAGCTCCCTAT;SOR=0.781;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=218;TCF=104;TCR=114;TR=217;WE=111060677;WS=111060659;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,332:1.00:332
chr1	111061062	rs1281174	T	C	7315.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.910;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=263;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=86;NR=86;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.944;SC=GCATCCTTTTTTCCCGGTCTC;SOR=0.717;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=174;TCF=87;TCR=87;TR=172;WE=111061070;WS=111061052;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,257:0.99:259
chr1	111144526	rs4839071	T	G	262.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=7;NR=1;PP=193;SC=AAATTGCCCTTTGTCAAAAAT;SOR=3.056;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=7;TCR=1;TR=8;WE=111144534;WS=111144516;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr1	111146220	rs78349687	C	G	5623.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.415;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=558;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=104;NR=77;PP=2962;ReadPosRankSum=1.165;SC=CACCTGCAATCGCACATAGGG;SOR=0.714;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=365;TCF=204;TCR=161;TR=181;WE=111146228;WS=111146210;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:286,263:0.48:549
chr1	111390624	rs112561357	AT	A	366.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.472;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=2.017;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.48;ReadPosRankSum=-0.396;SOR=0.510;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,23:0.47:49
chr1	111434170	rs137933588	CTGGTG	C	2117.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.063;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.708;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.562;NF=1;NR=34;PP=1609;ReadPosRankSum=2.633;SC=ACTGAAGAGGCTGGTGTGGGG;SOR=0.791;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=75;TCF=3;TCR=72;TR=35;WE=111434182;WS=111434160;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,57:0.46:125
chr1	111436857	rs1578956	TC	GT	4834.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.728;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=259;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;JOINED;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=30;PP=2565;ReadPosRankSum=0.303;SC=CACCCTGTACTCGTGCAAATG;SOR=0.692;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=166;TCF=106;TCR=60;TR=81;WE=111436866;WS=111436847;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:130,125:0.49:255
chr1	111437176	rs5777031	G	GA	127.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.728;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=8;PP=207;ReadPosRankSum=1.287;SC=TAATTGGGGGGAAAATTTGTA;SOR=0.375;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=30;TCF=1;TCR=29;TR=8;WE=111437184;WS=111437166;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,9:0.30:30
chr1	111441829	rs1803259	C	T	4277.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-2.296;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=393;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.366;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=70;PP=1969;ReadPosRankSum=0.134;SC=CTGCAGTAGTCCTGTGGTGAA;SOR=0.665;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=261;TCF=126;TCR=135;TR=135;WE=111441837;WS=111441819;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:181,207:0.53:388
chr1	111441858	rs12030938	G	A	3518.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=3.555;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=378;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.979;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=67;PP=1961;ReadPosRankSum=0.558;SC=TTTCATCTCCGGAAATGCAAA;SOR=0.962;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=248;TCF=111;TCR=137;TR=113;WE=111441866;WS=111441848;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:206,167:0.45:373
chr1	111494194	rs2232041	C	T	4197.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.820;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=467;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=68;NR=60;PP=2038;ReadPosRankSum=0.065;SC=CTTAGATTGGCCATGGAAGCA;SOR=0.718;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=304;TCF=159;TCR=145;TR=128;WE=111494202;WS=111494184;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:256,205:0.44:461
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chr1	111742838	rs639306	G	C	351.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-2.963;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.998;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=3;PP=232;ReadPosRankSum=-0.140;SC=ACTAGCCCCAGAGAGGGCATG;SOR=0.213;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=28;TCF=24;TCR=4;TR=14;WE=111742846;WS=111742828;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,16:0.48:33
chr1	111770423	rs755467	T	G	3231.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=37;NR=33;PP=1312;SC=CAGCAGGAAATTTGGTGAGGA;SOR=0.726;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=70;TCF=37;TCR=33;TR=70;WE=111770431;WS=111770413;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr1	111773568	rs2255089	G	C	3581.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.117;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=367;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.836;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=79;PP=2040;ReadPosRankSum=-1.353;SC=AAAACCAAGTGAGTAAGATGG;SOR=0.559;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=262;TCF=99;TCR=163;TR=132;WE=111773576;WS=111773558;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:186,173:0.48:359
chr1	111773600	rs2274232	A	G	2305.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.559;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=240;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.493;HP=4;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=59;PP=1296;ReadPosRankSum=0.499;SC=TCCTGCATGGATTTTAGAGGA;SOR=0.647;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=177;TCF=54;TCR=123;TR=86;WE=111773608;WS=111773590;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:125,113:0.47:238
chr1	111773830	rs2147789	A	T	2639.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.065;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.029;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=30;PP=1164;ReadPosRankSum=0.584;SC=CAGCCAGAAAATAAATAATCA;SOR=0.795;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=141;TCF=80;TCR=61;TR=73;WE=111773838;WS=111773820;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:102,126:0.55:228
chr1	111778187	rs2251715	A	G	226.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=2.619;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=1;PP=143;ReadPosRankSum=0.903;SC=GAAACCTCATAGATTCCAGGC;SOR=0.765;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=22;TCF=20;TCR=2;TR=9;WE=111778195;WS=111778177;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,10:0.40:25
chr1	111778241	rs2764544	C	T	1807.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=43;NR=4;PP=1204;SC=TATTGCACCTCGTTTCTTTGT;SOR=3.538;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=47;TCF=43;TCR=4;TR=47;WE=111778249;WS=111778231;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr1	111778325	rs11556868	C	T	2316.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.978;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=241;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.227;HP=4;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=28;PP=912;ReadPosRankSum=-2.516;SC=CTCTTGACTGCGGGCGTATCT;SOR=0.538;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=149;TCF=90;TCR=59;TR=66;WE=111778333;WS=111778315;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:122,115:0.49:237
chr1	111778824	rs2251608	T	C	1789.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=45;PP=1063;SC=GGGGTGGGGCTGGGGAGAGTC;SOR=2.973;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=51;TCF=6;TCR=45;TR=51;WE=111778832;WS=111778814;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr1	111783942	rs56403938	C	T	1824.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.665;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=19;PP=873;ReadPosRankSum=-1.158;SC=TCCCTTTCCCCTGCCAGATCT;SOR=0.735;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=112;TCF=73;TCR=39;TR=60;WE=111783950;WS=111783932;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,86:0.58:149
chr1	111783996	rs2494007	A	G	6894.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=264;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=83;NR=79;PP=2965;SC=TCCAGGATCAACAGGTTCCCT;SOR=0.716;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=162;TCF=83;TCR=79;TR=162;WE=111784004;WS=111783986;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,261:1.00:261
chr1	111784148	rs2764551	T	G	2206.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=17;NR=44;PP=1339;SC=TGTTCAAAGATAGAAGCTTCT;SOR=1.609;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=61;TCF=17;TCR=44;TR=61;WE=111784156;WS=111784138;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr1	111784816	rs11102221	G	A	1502.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.507;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.233;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=21;PP=803;ReadPosRankSum=-0.074;SC=GCCACCCTTCGAATCTCTGTG;SOR=0.836;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=105;TCF=59;TCR=46;TR=50;WE=111784824;WS=111784806;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,74:0.45:164
chr1	111785930	rs1056825	T	C	2818.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=17;NR=68;PP=1611;SC=CTTGCCAGGCTGGCCTTTGGA;SOR=2.393;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=86;TCF=17;TCR=69;TR=85;WE=111785938;WS=111785920;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr1	111826055	rs12140873	A	G	2056.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.327;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FS=0.638;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.60;MQRankSum=-0.052;QD=12.54;ReadPosRankSum=-0.387;SOR=0.593;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:75,89:0.54:164
chr1	111833441	rs11102235	G	A	3658.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.544;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=423;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.747;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=2.189;NF=61;NR=57;PP=1451;ReadPosRankSum=-1.244;SC=CAAACAACTCGTTACAAAAAC;SOR=0.558;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=272;TCF=150;TCR=122;TR=118;WE=111833449;WS=111833431;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:229,193:0.46:422
chr1	111833488	rs34698010	C	CCT	6620.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.709;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=435;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.757;HP=3;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=2.291;NF=14;NR=58;PP=2966;ReadPosRankSum=-0.348;SC=CTTCATGAAACCTCCTCGTCT;SOR=0.831;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=168;TCF=33;TCR=135;TR=72;WE=111833496;WS=111833478;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:238,183:0.43:421
chr1	111833517	rs12026825	G	A	2891.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.905;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=337;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.402;HP=2;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=56;PP=1441;ReadPosRankSum=0.462;SC=ACAGGTGGCCGACTCTGGAGC;SOR=0.742;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=211;TCF=82;TCR=129;TR=89;WE=111833525;WS=111833507;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:192,144:0.43:336
chr1	111853174	rs56387509	C	T	2247.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.121;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.721;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=51;PP=1117;ReadPosRankSum=-0.699;SC=CTCTCACAGGCTCTGAAAATC;SOR=0.941;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=168;TCF=61;TCR=107;TR=74;WE=111853182;WS=111853164;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:124,110:0.47:234
chr1	111854207	rs4839122	T	C	5391.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=94;NR=39;PP=2948;SC=CTCACTGAGGTTGTAACAATT;SOR=1.572;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=133;TCF=94;TCR=39;TR=133;WE=111854215;WS=111854197;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,190:1.00:190
chr1	111854223	rs6537695	C	T	6364.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=244;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=109;NR=55;PP=2965;SC=CAATTTATGGCAAATTGGAAG;SOR=1.339;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=164;TCF=109;TCR=55;TR=164;WE=111854231;WS=111854213;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,239:1.00:239
chr1	111854755	rs4423003	A	C	1491.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=40;NR=5;PP=1159;SC=CAAAACTCACAGCACACTTCA;SOR=3.657;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=45;TCF=40;TCR=5;TR=45;WE=111854763;WS=111854750;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr1	111857087	rs2786151	C	T	1244.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.224;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=11;PP=652;ReadPosRankSum=1.092;SC=CCAGATCCAACACTAAAGCAA;SOR=0.673;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=97;TCF=72;TCR=25;TR=43;WE=111857095;WS=111857077;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,61:0.46:132
chr1	111857154	rs2786152	T	C	7856.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=292;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=130;NR=78;PP=2965;SC=CTATCCTTTGTTTTACAGGAA;SOR=1.104;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=209;TCF=131;TCR=78;TR=208;WE=111857162;WS=111857144;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,286:1.00:286
chr1	111857276	rs41391244	T	C	4426.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.266;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=493;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=76;PP=1659;ReadPosRankSum=0.611;SC=GTTAGCCCCATGTGATCACTG;SOR=0.674;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=297;TCF=136;TCR=161;TR=141;WE=111857284;WS=111857266;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:262,228:0.47:490
chr1	111857951	rs61756687	A	G	130.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.101;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=2;PP=92;ReadPosRankSum=0.069;SC=TCAGTCATCAAATTCCTGCGC;SOR=0.743;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=26;TCF=18;TCR=8;TR=8;WE=111857959;WS=111857941;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,9:0.29:31
chr1	111858200	rs41282500	G	A	184.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=3.390;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.158;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=3;PP=116;ReadPosRankSum=-0.135;SC=TATATCGTGCGTTCATTAAAC;SOR=0.169;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=15;TCF=11;TCR=4;TR=7;WE=111858208;WS=111858190;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,8:0.50:16
chr1	111858291	rs2786155	T	C	759.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-1.338;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.568;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=5;PP=544;ReadPosRankSum=-0.422;SC=GAACCATAACTCATTTCATCT;SOR=1.171;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=59;TCF=47;TCR=12;TR=31;WE=111858299;WS=111858281;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,34:0.52:66
chr1	111858444	rs2786156	C	T	10420.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=395;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=41;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=110;NR=103;PP=2965;SC=GCAGTTTGGCCACAGAGTCCA;SOR=0.693;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=216;TCF=110;TCR=106;TR=213;WE=111858452;WS=111858434;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,394:1.00:394
chr1	111858499	rs6661725	A	G	2531.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-1.721;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=286;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=98;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=6.949;NF=39;NR=48;PP=1006;ReadPosRankSum=-0.429;SC=TACTGAGTACATATTCTGTGG;SOR=0.688;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=183;TCF=79;TCR=104;TR=87;WE=111858507;WS=111858489;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:154,131:0.46:285
chr1	111858525	rs371155945	TAAATATAAGAATAAGA	T	3019.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=2.649;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FS=12.332;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.83;MQRankSum=7.774;QD=15.73;ReadPosRankSum=0.636;SOR=1.498;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:111,81:0.42:192
chr1	111858526	.	AAATATAAGAATAAGACACTATCCTTGGCTT	CAATATAAGAATAAGACACTATCCTTGGCTT	2912	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;FR=0.5000,0.5000;HP=2;HapScore=1;MGOF=33;MMLQ=28;MQ=62.1;NF=1,16;NR=21,22;PP=2912,2467;QD=20;SC=TTGTCAGGCTAAATATAAGAA;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=79;TCF=2;TCR=77;TR=22,38;WE=111858563;WS=111858516;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:80,38:0.32:118
chr1	111858526	.	AAATATAAGAATAAGACACTATCCTTGGCTT	A	2912	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;FR=0.5000,0.5000;HP=2;HapScore=1;MGOF=33;MMLQ=28;MQ=62.1;NF=1,16;NR=21,22;PP=2912,2467;QD=20;SC=TTGTCAGGCTAAATATAAGAA;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=79;TCF=2;TCR=77;TR=22,38;WE=111858563;WS=111858516;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:57,22:0.28:79
chr1	111858542	rs376128132	CACTATCCTTGGCTT	C	3077.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=2.679;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FS=6.295;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=62.23;MQRankSum=7.099;QD=18.00;ReadPosRankSum=1.397;SOR=1.201;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:90,81:0.47:171
chr1	111858589	rs2786157	G	T	1076.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.492;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FS=14.554;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=64.43;MQRankSum=6.902;QD=12.67;ReadPosRankSum=0.470;SOR=0.093;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,48:0.56:85
chr1	111858603	rs2786158	G	T	818.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.817;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=14.752;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=65.60;MQRankSum=6.781;QD=13.42;ReadPosRankSum=-0.892;SOR=0.066;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,37:0.61:61
chr1	111861714	rs2786161	T	A	4113.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.921;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=70;NR=34;PP=2093;ReadPosRankSum=-1.921;SC=TAACATTTAATAGATTTGAAT;SOR=1.294;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=107;TCF=72;TCR=35;TR=104;WE=111861722;WS=111861704;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,153:0.99:155
chr1	111861841	rs2275253	A	G	7461.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=294;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=98;NR=91;PP=2965;SC=CTATGACAACATCAAGAGCTT;SOR=0.772;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=189;TCF=98;TCR=91;TR=189;WE=111861849;WS=111861831;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,287:1.00:287
chr1	111861974	rs2275254	T	C	7587.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.740;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=292;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=78;NR=92;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.816;SC=CACAACAAATTTGGAGGCGCC;SOR=0.828;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=172;TCF=78;TCR=94;TR=170;WE=111861982;WS=111861964;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,282:0.99:284
chr1	111862136	rs114909116	C	G	536.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-1.987;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.582;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=11;PP=234;ReadPosRankSum=-1.275;SC=TACCCCTTCTCCAACTCAAAA;SOR=0.235;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=24;TCF=5;TCR=19;TR=15;WE=111862144;WS=111862126;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,24:0.67:36
chr1	111862952	rs2256721	T	G	10204.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.857;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=378;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=144;NR=97;PP=2965;ReadPosRankSum=0.734;SC=TTCTGTGCTGTCAGAGCCAAC;SOR=0.975;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=243;TCF=145;TCR=98;TR=241;WE=111862960;WS=111862942;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,375:0.99:377
chr1	111890240	rs142260201	C	CT	1405.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.497;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=1.521;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=23.04;ReadPosRankSum=0.163;SOR=0.347;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,50:0.82:61
chr1	111890244	rs3738305	C	T	360.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.138;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FS=22.289;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.01;ReadPosRankSum=-2.345;SOR=1.423;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:46,26:0.36:72
chr1	111891170	rs15396	A	C	3903.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.168;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=471;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.113;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=75;NR=54;PP=1818;ReadPosRankSum=1.238;SC=GGTACCAGAAAGTAAGTCCTC;SOR=0.788;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=277;TCF=161;TCR=116;TR=129;WE=111891178;WS=111891160;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:264,198:0.43:462
chr1	111892905	rs3820443	T	C	831.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=3.955;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.898;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=23;PP=591;ReadPosRankSum=-1.628;SC=TCATAGGTATTAGGGACTCTT;SOR=1.282;SbPval=0.93;Source=Platypus;TC=53;TCF=12;TCR=41;TR=26;WE=111892913;WS=111892895;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,33:0.51:65
chr1	111893708	rs10158004	G	A	304.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.375;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.107;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=1;PP=283;ReadPosRankSum=0.050;SC=AGATGATAAAGGGTAGATGTA;SOR=2.636;SbPval=0.96;Source=Platypus;TC=27;TCF=21;TCR=6;TR=14;WE=111893716;WS=111893704;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,12:0.67:18
chr1	111893788	rs371457544	GTTTTT	G,GTTTT	1801.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.266;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=26.89;ReadPosRankSum=-0.785;SOR=0.242;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:1,50,16:0.75,0.24:67
chr1	111893958	rs1668	A	G	3200.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.105;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=268;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=56;PP=1570;ReadPosRankSum=1.224;SC=GAGCGGCTGTAACTACCTTCA;SOR=0.719;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=173;TCF=77;TCR=96;TR=99;WE=111893966;WS=111893948;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:111,150:0.57:261
chr1	111957097	rs7825	C	G	3711.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.819;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=36;PP=2119;ReadPosRankSum=-0.536;SC=TAGGCTTCTTCATCCACAGCA;SOR=0.469;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=101;TCF=65;TCR=36;TR=100;WE=111957105;WS=111957087;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,133:0.99:134
chr1	111957245	rs9629	G	A	3133.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.711;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=317;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.337;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=41;PP=1310;ReadPosRankSum=-0.247;SC=GCTGGATGACGGGGCTGGAGG;SOR=0.722;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=182;TCF=92;TCR=90;TR=88;WE=111957253;WS=111957235;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:156,154:0.50:310
chr1	111957311	rs10067	G	C	2929.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=2.195;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=274;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.621;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=43;PP=1636;ReadPosRankSum=0.420;SC=CCATCCTGGGGTGAGTGCCCA;SOR=0.765;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=176;TCF=90;TCR=86;TR=93;WE=111957319;WS=111957301;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:139,133:0.49:272
chr1	111957501	rs201350653	CTCACAGACTGATGACTCACAGGGG	C	3175.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.533;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=260;ExcessHet=3.0103;FS=2.951;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.58;MQRankSum=7.263;QD=13.75;ReadPosRankSum=-2.505;SOR=0.826;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:131,100:0.43:231
chr1	111957514	.	GACTCACAGGGGTCACAGACTGATGACCCACAGGGGTCAGGGTCTTTTCCCCAGGGGTCACAGACTGATA	G	2964	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MMLQ=24;MQ=61.78;NF=15;NR=21;PP=2964;QD=20;SC=ACAGACTGATGACTCACAGGG;SbPval=0.1;Source=Platypus;TC=132;TCF=37;TCR=95;TR=36;WE=111957600;WS=111957504;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:96,36:0.27:132
chr1	111957547	.	GGGTCAGGGTCTTTTCCCCAGGGGTCACAGACTGATAACCCACAGA	G	3284.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.972;ClippingRankSum=0.000;DP=314;ExcessHet=3.0103;FS=0.959;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.72;MQRankSum=10.359;QD=11.65;ReadPosRankSum=0.971;SOR=0.776;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:186,96:0.34:282
chr1	111957592	.	A	G	2962	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;FR=0.5000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MMLQ=21;MQ=62.1;NF=34;NR=23;PP=2962;QD=20;SC=TAACCCACAGAGGTCAGGGTC;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=146;TCF=77;TCR=69;TR=57;WE=111957600;WS=111957504;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:89,57:0.39:146
chr1	111957693	rs2485319	A	G	7324.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=285;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=88;NR=93;PP=2965;SC=AGTCATGGTCATTGCCCCAGT;SOR=0.767;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=182;TCF=89;TCR=93;TR=181;WE=111957701;WS=111957683;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,280:1.00:280
chr1	111964144	rs1264885	G	C	1769.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.776;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.538;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=25;PP=817;ReadPosRankSum=0.465;SC=CTGAGCTCAGGGGGGCAGATG;SOR=0.620;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=121;TCF=64;TCR=57;TR=52;WE=111964152;WS=111964134;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:104,84:0.45:188
chr1	111966291	rs954739	C	T	2982.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.768;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=311;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.878;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=47;PP=1208;ReadPosRankSum=-0.054;SC=AAGCAATAAACTTTTCACGGT;SOR=0.810;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=172;TCF=76;TCR=96;TR=82;WE=111966299;WS=111966281;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:159,149:0.48:308
chr1	111968121	rs1264887	C	T	893.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-1.171;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.919;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=20;PP=482;ReadPosRankSum=0.730;SC=GCAGCTGCTGCCACATTCTTT;SOR=0.528;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=58;TCF=26;TCR=32;TR=37;WE=111968129;WS=111968111;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,44:0.61:72
chr1	111969294	rs1264892	A	G	6718.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=250;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=72;NR=91;PP=2962;SC=TTAGTTGGCAAAAACCAAGGG;SOR=0.924;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=165;TCF=74;TCR=91;TR=163;WE=111969315;WS=111969284;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,248:1.00:248
chr1	111969307	rs2275795	G	C	2616.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.051;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=257;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.204;HP=3;HapScore=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=54;PP=1083;ReadPosRankSum=0.763;SC=ACCAAGGGAGGGGATGGAGCT;SOR=0.958;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=163;TCF=71;TCR=92;TR=90;WE=111969315;WS=111969284;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:124,132:0.52:256
chr1	111969432	rs1264893	C	G	900.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-1.521;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.055;HP=4;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=22;PP=524;ReadPosRankSum=0.322;SC=ATTCCTCCCCCACTGCTGAGG;SOR=0.506;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=52;TCF=14;TCR=38;TR=31;WE=111969440;WS=111969422;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,39:0.61:64
chr1	111969719	rs1264894	A	G	8361.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=322;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=96;NR=91;PP=2965;SC=CAGCCCTGTGAGAAACAAAGG;SOR=0.744;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=187;TCF=96;TCR=91;TR=187;WE=111969727;WS=111969709;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,318:1.00:318
chr1	111970431	rs71652911	TAC	T,TACACACACACACAC	404.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.780;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.09;MQRankSum=0.500;QD=20.24;ReadPosRankSum=-0.267;SOR=0.914;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:2,13,5:0.65,0.25:20
chr1	111985229	rs1264902	G	T	722.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=2;PP=498;SC=ACACCCTCACGGTTCCCATTT;SOR=2.925;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=19;TCF=17;TCR=2;TR=19;WE=111985237;WS=111985219;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr1	111989884	rs139328736	G	A	1476.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-3.953;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=41;PP=963;ReadPosRankSum=-0.796;SC=TTGGACTGCTGCTATGGTCTA;SOR=0.645;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=94;TCF=19;TCR=75;TR=52;WE=111989892;WS=111989874;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,61:0.57:107
chr1	111990265	rs2298185	T	C	2107.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.559;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=50;PP=1234;ReadPosRankSum=0.779;SC=ACTTCTAGGATTCAAAGAGCC;SOR=0.682;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=131;TCF=37;TCR=94;TR=71;WE=111990273;WS=111990255;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,94:0.53:177
chr1	111991845	rs1270853	C	A	5633.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.546;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=600;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.727;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQ=60.02;MQRankSum=1.069;NF=83;NR=90;PP=2605;ReadPosRankSum=1.796;SC=CCGGAGACTCCGCTCCGGCAG;SOR=0.746;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=372;TCF=186;TCR=186;TR=173;WE=111991853;WS=111991835;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:317,279:0.47:596
chr1	111992095	rs1264899	C	T	4349.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.549;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=358;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.813;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=67;PP=1922;ReadPosRankSum=-0.241;SC=CCATCTTGGTCCTGCCCTGAC;SOR=0.641;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=208;TCF=97;TCR=111;TR=125;WE=111992103;WS=111992085;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:147,205:0.58:352
chr1	112020222	rs3831358	GC	G	1115.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=1.940;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=17.269;HP=6;HapScore=4;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=9;PP=1624;ReadPosRankSum=0.610;SC=CTTCCGCCCTGCCCCCCACCC;SOR=0.833;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=74;TCF=54;TCR=20;TR=28;WE=112020246;WS=112020212;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,28:0.76:37
chr1	112020224	rs115634476	C	A	1124.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=1.157;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=20.777;HP=5;HapScore=4;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=8;PP=1614;ReadPosRankSum=0.982;SC=TCCGCCCTGCCCCCCACCCAC;SOR=0.935;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=92;TCF=72;TCR=20;TR=36;WE=112020246;WS=112020212;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,29:0.74:39
chr1	112020238	rs2211494	A	C	2188.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=4;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=54;NR=29;PP=2856;SC=CACCCACCTGACAACACCTCC;SOR=0.822;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=85;TCF=56;TCR=29;TR=83;WE=112020246;WS=112020212;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr1	112026198	rs9025	T	A	270.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=3.003;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.307;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=0;PP=189;ReadPosRankSum=-0.432;SC=GGATAGAGGGTCCTTCAGAAT;SOR=3.816;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=18;TCR=4;TR=10;WE=112026206;WS=112026193;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,11:0.48:23
chr1	112028515	rs72695203	T	C	2898.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.244;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=347;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.831;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQ=60.03;MQRankSum=-0.860;NF=41;NR=62;PP=1699;ReadPosRankSum=-0.208;SC=TGCCTATTGATTCTCAGCTCT;SOR=0.749;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=230;TCF=93;TCR=137;TR=103;WE=112028523;WS=112028505;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:196,147:0.43:343
chr1	112028577	rs2275796	A	T	1161.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-2.398;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=32;PP=633;ReadPosRankSum=-0.901;SC=ACCCAGTTACAGTAGCTTCTG;SOR=0.657;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=93;TCF=14;TCR=79;TR=37;WE=112028585;WS=112028567;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,57:0.43:133
chr1	112029193	rs2252739	A	G	1491.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=35;NR=30;PP=1109;SC=TTCATCCGCCAAGACTATGAC;SOR=1.066;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=69;TCF=39;TCR=30;TR=65;WE=112029201;WS=112029183;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr1	112029325	rs2800906	A	G	3402.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=35;NR=46;PP=1484;SC=GCCAGGTCCTACCTCTGCCTC;SOR=0.912;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=82;TCF=35;TCR=47;TR=81;WE=112029333;WS=112029315;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,129:1.00:129
chr1	112031278	rs41282516	G	T	1338.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.166;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=19;PP=695;ReadPosRankSum=0.201;SC=CATCCAGCCAGACCCCAGGCA;SOR=0.723;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=98;TCF=63;TCR=35;TR=52;WE=112031286;WS=112031268;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,69:0.48:144
chr1	112032126	rs58712964	T	C	3639.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.924;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FS=0.517;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.50;ReadPosRankSum=1.857;SOR=0.649;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:113,95:0.46:208
chr1	112032131	rs61002431	T	G	3630.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.239;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FS=0.507;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.50;ReadPosRankSum=2.237;SOR=0.641;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:122,98:0.45:220
chr1	112032205	rs7544118	C	T	2185.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.870;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=295;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.915;HP=4;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=38;PP=1255;ReadPosRankSum=-1.168;SC=TGGAGAAGTCCTTTTCCCTGG;SOR=0.615;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=195;TCF=111;TCR=84;TR=86;WE=112032213;WS=112032193;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:165,121:0.42:286
chr1	112032347	rs2789539	G	A	2265.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=1.734;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=304;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.683;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=48;PP=1209;ReadPosRankSum=1.403;SC=GAAAGAAAGTGATGTTTGGAG;SOR=0.958;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=173;TCF=71;TCR=102;TR=77;WE=112032355;WS=112032337;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:178,118:0.40:296
chr1	112033456	rs3831359	G	GA	1417.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.146;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.734;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=22;PP=926;ReadPosRankSum=-0.685;SC=AGTGAAAAGGGAAACAACCAG;SOR=0.587;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=59;TCF=10;TCR=49;TR=27;WE=112033464;WS=112033446;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,60:0.56:107
chr1	112033515	rs2252198	T	C	801.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.617;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.22;ReadPosRankSum=0.540;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,22:0.50:44
chr1	112033519	rs2252197	A	G	773.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.065;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.59;ReadPosRankSum=1.046;SOR=0.569;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,21:0.48:44
chr1	112042632	rs2229155	A	G	13207.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=495;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=168;NR=142;PP=2965;SC=AGACCACACAAGCTTTGAGGA;SOR=0.823;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=310;TCF=168;TCR=142;TR=310;WE=112042640;WS=112042622;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,488:1.00:488
chr1	112042787	rs35511654	T	G	5013.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=2.069;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=499;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=71;NR=73;PP=2468;ReadPosRankSum=-1.885;SC=CAGTTGATGATAGATAAAGGC;SOR=0.678;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=314;TCF=156;TCR=158;TR=144;WE=112042795;WS=112042777;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:247,237:0.49:484
chr1	112106444	rs1591712	G	A	10223.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=405;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=124;NR=123;PP=2965;SC=CCTCCCAGCAGCTATATTTTC;SOR=0.703;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=247;TCF=124;TCR=123;TR=247;WE=112106452;WS=112106434;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,400:1.00:400
chr1	112240038	.	CT	C	685.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.206;ClippingRankSum=0.000;DP=211;ExcessHet=3.0103;FS=1.373;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.05;MQRankSum=1.393;QD=3.41;ReadPosRankSum=1.499;SOR=0.554;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:119,82:0.41:201
chr1	112269872	rs197434	G	A	19990.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=746;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=312;NR=194;PP=2965;SC=CTGTCAGGGCGAACCTGCGGC;SOR=1.075;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=507;TCF=313;TCR=194;TR=506;WE=112269880;WS=112269862;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,734:1.00:734
chr1	112298582	rs197392	A	G	2355.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.113;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=224;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.026;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=37;PP=974;ReadPosRankSum=-0.837;SC=GAGCCTTAGCAGCAGTGGCGA;SOR=0.615;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=128;TCF=57;TCR=71;TR=69;WE=112298590;WS=112298572;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:107,117:0.52:224
chr1	112298829	rs197393	T	C	169.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.731;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.821;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=7;PP=110;ReadPosRankSum=-1.046;SC=GGCCATCCCGTTGGGGCGCTG;SOR=1.342;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=20;TCF=6;TCR=14;TR=9;WE=112298837;WS=112298819;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,9:0.41:22
chr1	112303260	rs169093	A	G	1521.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.084;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=27;PP=781;ReadPosRankSum=0.177;SC=CGAAGTATCTATCTTTAGCTT;SOR=0.720;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=103;TCF=50;TCR=53;TR=50;WE=112303268;WS=112303250;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,70:0.51:137
chr1	112305228	rs519155	A	G	672.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.951;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=6;PP=411;ReadPosRankSum=-2.030;SC=TACTGGAAGAATATAATATGC;SOR=0.693;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=50;TCF=39;TCR=11;TR=26;WE=112305236;WS=112305218;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,30:0.50:60
chr1	112305406	.	TA	T	1012.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.143;ClippingRankSum=0.000;DP=297;ExcessHet=3.0103;FS=0.555;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.97;ReadPosRankSum=1.399;SOR=0.613;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:145,110:0.43:255
chr1	112308953	rs197412	T	C	4608.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=0.590;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=287;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=57;PP=1901;ReadPosRankSum=1.852;SC=AATAAAGTTATTGAACAGAGA;SOR=0.688;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=234;TCF=114;TCR=120;TR=110;WE=112308961;WS=112308943;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:156,129:0.45:285
chr1	112308972	rs197413	G	A	4486.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-2.131;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=283;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.512;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=55;PP=1755;ReadPosRankSum=-0.320;SC=GAGTCCCTGTGTTGGCAAGTA;SOR=0.524;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=227;TCF=120;TCR=107;TR=108;WE=112308980;WS=112308962;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:152,128:0.46:280
chr1	112309123	rs197414	C	A	5999.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.843;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=613;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=76;NR=81;PP=2505;ReadPosRankSum=-0.519;SC=TGTGGATGATCGTATTTCTTT;SOR=0.700;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=347;TCF=171;TCR=176;TR=157;WE=112309131;WS=112309113;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:309,294:0.49:603
chr1	112309331	rs85276	T	C	3258.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.939;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=357;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.261;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=56;PP=1502;ReadPosRankSum=0.567;SC=CATAGGGAAATACGTCTGAGT;SOR=0.775;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=229;TCF=108;TCR=121;TR=101;WE=112309339;WS=112309321;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:189,161:0.46:350
chr1	112321032	rs640029	T	A	2670.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.235;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=265;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.450;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=41;PP=1294;ReadPosRankSum=-0.389;SC=GAGAAAAACATCAATTGAATT;SOR=0.659;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=176;TCF=97;TCR=79;TR=90;WE=112321040;WS=112321022;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:128,132:0.51:260
chr1	112533728	rs59747755	G	A	2421.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.396;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.269;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=33;PP=1074;ReadPosRankSum=0.156;SC=TCGGCCTGGCGCTCCGGAAGC;SOR=0.820;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=146;TCF=76;TCR=70;TR=73;WE=112533736;WS=112533718;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:105,118:0.53:223
chr1	112958898	.	G	GA	34.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.087;ClippingRankSum=0.000;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=1.342;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.62;ReadPosRankSum=0.116;SOR=0.456;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:46,10:0.18:56
chr1	112991698	rs2256883	T	C	2674.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.422;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=275;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.920;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=39;PP=1241;ReadPosRankSum=-1.045;SC=TCTGCACAAATCCACTCTCTA;SOR=0.629;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=169;TCF=90;TCR=79;TR=81;WE=112991706;WS=112991688;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:141,132:0.48:273
chr1	112999227	rs1175641	G	A	3113.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.847;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=284;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.426;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=44;PP=1792;ReadPosRankSum=0.341;SC=TAGAAAACCAGGTGCCTCCAC;SOR=0.609;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=208;TCF=119;TCR=89;TR=98;WE=112999235;WS=112999217;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:144,137:0.49:281
chr1	113033459	rs61820474	T	C	1150.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=1.523;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.669;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=1;PP=752;ReadPosRankSum=-0.152;SC=ATTTTTGTATTTCAAATCCTA;SOR=1.507;SbPval=0.97;Source=Platypus;TC=71;TCF=64;TCR=7;TR=35;WE=113033467;WS=113033451;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,44:0.52:85
chr1	113051966	rs199522950	G	A	480.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.470;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=5;PP=156;ReadPosRankSum=-1.433;SC=GCCGTCGCCCGCGGCCCCCGA;SOR=0.688;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=40;TCF=25;TCR=15;TR=14;WE=113051974;WS=113051956;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,25:0.45:55
chr1	113052155	rs3790605	C	G	213.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.787;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=7;PP=110;ReadPosRankSum=1.238;SC=CGGGACCAGGCTGTTGCTTCG;SOR=0.919;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=20;TCF=5;TCR=15;TR=8;WE=113052163;WS=113052145;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,11:0.42:26
chr1	113052186	rs3790606	G	C	137.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.669;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=6;PP=100;ReadPosRankSum=0.103;SC=GACGATTCGGGCAGGACTGTC;SOR=1.085;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=2;TCR=14;TR=6;WE=113052194;WS=113052176;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,7:0.37:19
chr1	113063125	rs910697	A	G	2346.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.279;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.603;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=40;PP=1115;ReadPosRankSum=0.658;SC=GGCTGGACCAAACCTGAACAC;SOR=0.813;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=141;TCF=62;TCR=79;TR=68;WE=113063133;WS=113063115;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:117,111:0.49:228
chr1	113068577	rs35147679	C	T	1834.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=2.510;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.959;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=20;PP=954;ReadPosRankSum=0.265;SC=TGTCACTTTACAGATGCTGTT;SOR=0.975;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=128;TCF=81;TCR=47;TR=61;WE=113068585;WS=113068567;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:123,91:0.43:214
chr1	113068788	rs145638984	G	C	420.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-0.899;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.591;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=13;PP=287;ReadPosRankSum=-1.556;SC=TCCCAGGACAGCCAAGAGAGT;SOR=0.370;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=47;TCF=11;TCR=36;TR=19;WE=113068796;WS=113068778;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,21:0.37:57
chr1	113083439	rs10745330	C	T	944.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.034;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=12;PP=369;ReadPosRankSum=0.974;SC=TCAGTGTTTTCATTTTTGGGA;SOR=0.693;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=56;TCF=32;TCR=24;TR=28;WE=113083447;WS=113083429;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,48:0.50:96
chr1	113113167	.	GTA	G	69.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.631;ClippingRankSum=0.000;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=2.409;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.03;ReadPosRankSum=-0.249;SOR=0.193;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,7:0.30:23
chr1	113113194	.	C	T	129	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MMLQ=26;MQ=60.0;NF=10;NR=2;PP=129;QD=13.6476010456;SC=TATATATATACACACACACAT;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=51;TCF=40;TCR=11;TR=12;WE=113113202;WS=113113184;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:39,12:0.24:51
chr1	113140583	rs12049572	T	C	1742.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.317;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.203;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=25;PP=821;ReadPosRankSum=-0.019;SC=TGAACAGATATGATACATACC;SOR=0.595;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=114;TCF=74;TCR=40;TR=65;WE=113140591;WS=113140573;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,85:0.49:173
chr1	113196196	rs66520135	TA	T	254.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.012;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.20;ReadPosRankSum=0.101;SOR=0.861;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,27:0.55:49
chr1	113196197	rs2932528	A	T	256.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=1.112;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.14;ReadPosRankSum=0.039;SOR=0.505;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,22:0.44:50
chr1	113202417	rs2932536	G	A	1402.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-1.508;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.946;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=19;PP=497;ReadPosRankSum=0.804;SC=ATTCCAACATGTTTATAGACT;SOR=0.532;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=76;TCF=35;TCR=41;TR=40;WE=113202425;WS=113202407;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,73:0.50:145
chr1	113202571	rs12120956	G	A	177.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.016;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=7;PP=129;ReadPosRankSum=-0.232;SC=GAGCTATTCTGAGTTGATAAA;SOR=0.582;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=16;TCF=2;TCR=14;TR=8;WE=113202579;WS=113202561;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,8:0.47:17
chr1	113234456	rs2932532	G	A	3998.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.081;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=355;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=64;PP=1645;ReadPosRankSum=-0.291;SC=GCACTCTCCCGTCTTTTACCT;SOR=0.686;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=208;TCF=84;TCR=124;TR=105;WE=113234464;WS=113234446;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:159,194:0.55:353
chr1	113236681	rs3748656	C	T	2997.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=-1.137;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=252;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.650;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=32;PP=1263;ReadPosRankSum=-0.082;SC=TGCTACGGGGCGACCACCTGT;SOR=0.497;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=143;TCF=93;TCR=50;TR=82;WE=113236689;WS=113236671;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:105,141:0.57:246
chr1	113237171	rs883593	A	G	2459.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=1.327;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=261;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.511;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=46;PP=1393;ReadPosRankSum=2.201;SC=TGGAGCTGACAGGGCGCTGGC;SOR=0.677;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=187;TCF=95;TCR=92;TR=89;WE=113237179;WS=113237161;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:135,119:0.47:254
chr1	113238665	rs71584764	T	TA	302.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=1.237;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.317;HP=8;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-1.027;NF=13;NR=1;PP=262;ReadPosRankSum=1.456;SC=CCGTCTCAATTAAAAAAAATA;SOR=1.402;SbPval=0.93;Source=Platypus;TC=33;TCF=27;TCR=6;TR=14;WE=113238673;WS=113238655;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,19:0.46:41
chr1	113239382	rs17030651	G	A	2934.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-2.192;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=324;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.834;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=39;PP=1118;ReadPosRankSum=0.857;SC=CACTGCTGGAGCGGCTGCTCA;SOR=0.620;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=177;TCF=84;TCR=93;TR=80;WE=113239390;WS=113239372;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:172,149:0.46:321
chr1	113239478	rs2999158	T	C	1356.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.518;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.971;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=35;PP=578;ReadPosRankSum=1.728;SC=GGTATTCCCATGCCCTTGCCT;SOR=0.970;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=106;TCF=35;TCR=71;TR=49;WE=113239486;WS=113239468;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,71:0.46:154
chr1	113240790	rs12133583	G	T	1348.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=1.863;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.158;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=31;PP=949;ReadPosRankSum=-0.034;SC=CCCACTGAAGGTGCAGCCCCT;SOR=0.368;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=92;TCF=27;TCR=65;TR=46;WE=113240798;WS=113240780;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,52:0.51:102
chr1	113241052	rs2306940	T	C	2865.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.229;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=266;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.503;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=48;PP=1334;ReadPosRankSum=-0.274;SC=AGGGCAAAGCTCGCCTGAGCC;SOR=0.581;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=168;TCF=69;TCR=99;TR=84;WE=113241060;WS=113241042;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:123,137:0.53:260
chr1	113242488	rs3013431	C	T	4213.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.056;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=427;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.521;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=69;NR=57;PP=1855;ReadPosRankSum=0.023;SC=CTCTTCCCTCCCATGACCACA;SOR=0.764;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=255;TCF=133;TCR=122;TR=126;WE=113242496;WS=113242478;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:214,207:0.49:421
chr1	113243048	rs6679	C	T	2337.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.615;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=255;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.156;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=39;PP=1307;ReadPosRankSum=0.153;SC=GGCCCCACAGCCATGACTACC;SOR=0.464;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=180;TCF=107;TCR=73;TR=86;WE=113243056;WS=113243038;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:133,114:0.46:247
chr1	113244433	rs2279500	T	C	5051.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=38;NR=88;PP=2666;SC=AATGCCTCCTTCTCCAGCCCT;SOR=1.520;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=127;TCF=38;TCR=89;TR=126;WE=113244441;WS=113244423;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,183:1.00:183
chr1	113246229	rs937053	T	A	649.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.441;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=2;PP=359;ReadPosRankSum=-1.520;SC=GGGGGCGGGGTCTCAGGGTGG;SOR=0.589;SbPval=1.0;Source=Platypus;TCR=29;TR=23;WE=113246237;WS=113246219;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,31:0.53:58
chr1	113246506	rs2306937	C	T	501.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-3.877;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.887;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=14;PP=254;ReadPosRankSum=0.975;SC=CCCAAACCTCCCTGGAAACCG;SOR=0.146;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=36;TCF=6;TCR=30;TR=18;WE=113246514;WS=113246496;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,24:0.57:42
chr1	113247898	rs34731458	G	A	330.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.135;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=6.065;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.24;ReadPosRankSum=0.077;SOR=1.596;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,18:0.34:53
chr1	113248365	rs954679	A	G	413.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-2.331;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.660;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=12;PP=244;ReadPosRankSum=0.479;SC=CCTGTTTTGTAAAGATGGGCT;SOR=0.133;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=31;TCF=3;TCR=28;TR=14;WE=113248373;WS=113248355;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,19:0.53:36
chr1	113252614	rs41310100	C	A	185.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=3.508;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.662;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=0;PP=179;ReadPosRankSum=0.522;SC=AATACAGACACACACCTTTAT;SOR=3.056;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=14;TCR=1;TR=9;WE=113252622;WS=113252612;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,8:0.44:18
chr1	113252632	rs41306187	G	A	207.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-0.067;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.525;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=2;PP=71;ReadPosRankSum=1.079;SC=TATCCATCTCGTTTATTTGCC;SOR=0.418;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=28;TCF=21;TCR=7;TR=9;WE=113252640;WS=113252622;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,12:0.39:31
chr1	113254484	rs4839258	A	G	394.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=8;NR=3;PP=208;SC=TTCCCAGTAAAGTGCTTTCTG;SOR=1.473;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=8;TCR=3;TR=11;WE=113254492;WS=113254474;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr1	113255389	rs10857971	C	T	677.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=17;NR=5;PP=468;SC=GCATTCTCAACGGCCCCCACT;SOR=2.494;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=17;TCR=5;TR=22;WE=113255397;WS=113255379;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr1	113255456	rs34611728	C	A	639.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.425;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FS=0.888;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.42;ReadPosRankSum=-0.816;SOR=0.886;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:42,34:0.45:76
chr1	113255686	rs147819439	T	TTG	157.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.335;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=6.864;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=7.17;ReadPosRankSum=-0.387;SOR=3.516;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,9:0.41:22
chr1	113264930	rs35995150	C	G	1251.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.064;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.646;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=27;PP=652;ReadPosRankSum=0.137;SC=GGCTGTGGACCCACCTGACCT;SOR=0.588;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=94;TCF=37;TCR=57;TR=46;WE=113264938;WS=113264920;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,63:0.47:135
chr1	113456546	rs1049434	A	T	3506.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=3.136;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=329;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.120;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=85;NR=39;PP=1989;ReadPosRankSum=-0.830;SC=TGGGCCCTCCATCTGTGTCTT;SOR=0.882;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=242;TCF=163;TCR=79;TR=124;WE=113456554;WS=113456536;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:164,160:0.49:324
chr1	113460676	rs149491709	CAATA	C	136.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.645;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.43;MQRankSum=0.921;QD=9.77;ReadPosRankSum=2.034;SOR=0.307;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,5:0.36:14
chr1	113460683	rs1344429	T	G	227.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=3.116;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=4;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.776;NF=0;NR=9;PP=227;ReadPosRankSum=-1.750;SC=AGACAATAAATAAATAAATAA;SOR=0.941;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=0;TCR=18;TR=9;WE=113460691;WS=113460666;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,9:0.56:16
chr1	113471629	.	CT	C	119.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.212;ClippingRankSum=0.000;DP=72;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.71;ReadPosRankSum=-0.141;SOR=0.622;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:52,18:0.26:70
chr1	113616382	rs56062000	G	GA	474.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.896;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=8;PP=298;ReadPosRankSum=-0.831;SC=CCTAAGCTCTGAAGGAAACTG;SOR=0.646;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=26;TCF=1;TCR=25;TR=8;WE=113616390;WS=113616372;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,20:0.45:44
chr1	113635696	rs76477170	T	G	358.78	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.121;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=4;PP=204;ReadPosRankSum=0.062;SC=TATTTTCGTCTAACTCATTCT;SOR=1.127;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=20;TCF=15;TCR=5;TR=15;WE=113635704;WS=113635686;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,17:0.85:20
chr1	113636924	rs1216802	T	C	1684.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-1.814;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=10;PP=1228;ReadPosRankSum=-0.774;SC=TTTATTTTACTAAATTTTTTC;SOR=1.483;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=56;TCF=46;TCR=10;TR=55;WE=113636932;WS=113636914;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,59:0.98:60
chr1	113657018	.	A	AT	41.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.507;ClippingRankSum=0.000;DP=91;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.49;ReadPosRankSum=-1.228;SOR=0.610;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:69,17:0.20:86
chr1	113657092	rs1216793	A	C	6278.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=235;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=99;NR=67;PP=2965;SC=AGACAGTAACACGAGGTGAAA;SOR=0.962;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=167;TCF=100;TCR=67;TR=166;WE=113657100;WS=113657082;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,232:1.00:232
chr1	113658887	rs1216791	G	A	2728.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=55;NR=23;PP=1565;SC=ACCTTTGAGAGTTAAAAATGT;SOR=1.562;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=78;TCF=55;TCR=23;TR=78;WE=113658895;WS=113658877;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr1	113659065	rs10541977	ACT	A	10098.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=241;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=20;NR=84;PP=2965;SC=GACGGTAATGACTCTGTTGTT;SOR=0.842;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=104;TCF=20;TCR=84;TR=104;WE=113659074;WS=113659055;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,228:1.00:228
chr1	113662249	rs12568813	G	C	363.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-5.316;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=16;PP=295;ReadPosRankSum=-0.149;SC=GCAAGCAGATGGGTATATAGG;SOR=0.818;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=31;TCF=0;TCR=31;TR=16;WE=113662257;WS=113662239;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,17:0.53:32
chr1	113666345	.	G	GTT	88.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.234;ClippingRankSum=0.000;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.23;ReadPosRankSum=1.814;SOR=0.502;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,7:0.33:21
chr1	113666351	rs1728222	G	T	488.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.974;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=2.208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.46;ReadPosRankSum=-1.156;SOR=1.519;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,18:0.64:28
chr1	113666353	rs1728223	G	T	138.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.132;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=2.098;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.34;ReadPosRankSum=-0.132;SOR=1.547;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,10:0.38:26
chr1	114092111	.	G	GT	55.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.889;ClippingRankSum=0.000;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=1.405;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.16;ReadPosRankSum=1.332;SOR=0.963;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,10:0.21:48
chr1	114092278	rs34297448	A	G	882.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.934;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.675;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=14;PP=344;ReadPosRankSum=1.296;SC=GAATAAAAGAACTGAAGCAGA;SOR=0.465;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=63;TCF=27;TCR=36;TR=27;WE=114092286;WS=114092268;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,45:0.47:95
chr1	114137013	rs3834733	C	CAT	2171.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=39;NR=1;PP=2040;SC=GTTCAAACATCATGTCTTTTA;SOR=4.935;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=42;TCF=40;TCR=2;TR=40;WE=114137021;WS=114137003;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr1	114161116	rs1217200	C	A	517.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=6;PP=220;SC=ACTCATATCACCTCTTTATTT;SOR=0.693;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=12;TCF=6;TCR=6;TR=12;WE=114161124;WS=114161106;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr1	114189067	rs3761934	G	T	1564.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.250;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=17;PP=829;ReadPosRankSum=-1.257;SC=TCAACCATCTGCTTTTTAAAA;SOR=0.700;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=117;TCF=76;TCR=41;TR=51;WE=114189075;WS=114189057;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,73:0.46:159
chr1	114191994	rs1743594	G	A	2182.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.347;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=278;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=39;PP=1021;ReadPosRankSum=0.570;SC=CTGTTCAAACGTTTTGAGTGG;SOR=0.691;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=172;TCF=74;TCR=98;TR=69;WE=114192002;WS=114191984;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:158,114:0.42:272
chr1	114224782	rs11438160	A	AT,ATT	4495.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.406;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=339;ExcessHet=3.0103;FS=0.693;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.09;ReadPosRankSum=-2.038;SOR=0.598;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:62,131,126:0.41,0.39:319
chr1	114234690	rs12138638	C	T	616.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-2.251;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.738;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=2;PP=439;ReadPosRankSum=-2.780;SC=GAAACCTGTGCAGATGTTGTG;SOR=1.675;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=54;TCF=47;TCR=7;TR=24;WE=114234698;WS=114234680;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,26:0.48:54
chr1	114234925	rs76921361	A	G	1316.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.952;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.974;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=32;PP=808;ReadPosRankSum=-0.259;SC=GAACAAGATGATGTAAGACAA;SOR=0.400;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=84;TCF=25;TCR=59;TR=48;WE=114234933;WS=114234915;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,58:0.57:101
chr1	114240319	rs3835263	T	TA	10663.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=294;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=31;NR=83;PP=2936;SC=TCCAGGCATTTACTCAGCTTA;SOR=0.743;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=118;TCF=32;TCR=86;TR=114;WE=114240327;WS=114240309;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,287:1.00:287
chr1	114249382	rs6698586	C	T	4896.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=52;NR=100;PP=2965;SC=TATCCATGCCCTCTTGCCTCC;SOR=1.426;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=155;TCF=52;TCR=103;TR=152;WE=114249390;WS=114249372;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,173:1.00:173
chr1	114255828	rs17031795	T	C	720.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-1.800;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.325;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=7;PP=392;ReadPosRankSum=0.378;SC=CTATTTTATATCTCTAACAGA;SOR=0.392;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=73;TCF=55;TCR=18;TR=28;WE=114255836;WS=114255818;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,37:0.43:86
chr1	114267347	rs1230640	C	T	6288.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.902;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=242;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=103;NR=54;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.430;SC=GTAAACACTACGTGAATACAA;SOR=1.233;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=158;TCF=104;TCR=54;TR=157;WE=114267355;WS=114267337;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,236:0.99:238
chr1	114280717	rs2273758	A	C	2111.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=2.392;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=224;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.236;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=25;PP=1355;ReadPosRankSum=1.045;SC=TGCTTATTCCAATTTCTCCAA;SOR=1.272;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=176;TCF=115;TCR=61;TR=85;WE=114280725;WS=114280707;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:118,101:0.46:219
chr1	114309873	rs34345741	T	C	903.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-1.166;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.688;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=21;PP=461;ReadPosRankSum=-0.164;SC=CATCTCACAATGAAAAATGAT;SOR=0.440;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=70;TCF=26;TCR=44;TR=36;WE=114309881;WS=114309863;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,47:0.48:98
chr1	114339956	rs34169583	C	CTAAA	2654.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=29;NR=9;PP=2168;SC=ATCGTATTTACTAATTTTTAA;SOR=2.564;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=41;TCF=32;TCR=9;TR=38;WE=114339964;WS=114339946;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr1	114354654	rs3195954	T	C	1616.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.463;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.369;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=10;PP=1023;ReadPosRankSum=-0.955;SC=CTGCATTCGTTGGCGGCAGCG;SOR=1.050;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=105;TCF=80;TCR=25;TR=53;WE=114354662;WS=114354644;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,68:0.47:144
chr1	114354942	rs3789604	T	G	9682.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=2.829;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=919;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=122;NR=165;PP=2962;ReadPosRankSum=0.942;SC=CGTCCGCGCATCGCGCAAGCG;SOR=0.704;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=567;TCF=247;TCR=320;TR=287;WE=114354950;WS=114354932;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:451,456:0.50:907
chr1	114372332	rs57877024	TA	T	188.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.302;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.23;MQRankSum=1.059;QD=4.60;ReadPosRankSum=0.846;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,17:0.41:41
chr1	114372528	rs3761935	T	G	935.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=1.959;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.951;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=11;PP=569;ReadPosRankSum=0.379;SC=CTTTTAACATTTTCATTTTTA;SOR=0.923;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=64;TCF=41;TCR=23;TR=33;WE=114372536;WS=114372518;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,40:0.57:70
chr1	114377093	rs1599971	A	G	2894.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=27;NR=55;PP=1589;SC=TCGGTTCTTAAGAATAGTATT;SOR=1.380;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=82;TCF=27;TCR=55;TR=82;WE=114377101;WS=114377083;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr1	114377148	rs1970559	T	C	487.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-2.268;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=28;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=15;PP=236;ReadPosRankSum=-0.458;SC=CATAAAACATTGAAAGGACCT;SOR=0.880;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=37;TCF=7;TCR=30;TR=17;WE=114377156;WS=114377138;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,24:0.53:45
chr1	114377568	rs2476601	A	G	10067.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=399;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=115;NR=104;PP=2965;SC=TCAGGTGTCCATACAGGAAGT;SOR=0.745;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=220;TCF=116;TCR=104;TR=219;WE=114377576;WS=114377558;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,396:1.00:396
chr1	114394463	rs3765598	C	T	459.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=3.561;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.639;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=1;PP=358;ReadPosRankSum=0.000;SC=GGAATTTGACCCAGGACAAGG;SOR=2.080;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=36;TCF=32;TCR=4;TR=18;WE=114394471;WS=114394458;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,18:0.47:38
chr1	114400195	rs11386228	G	GA	180.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.021;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=11;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=0;PP=135;ReadPosRankSum=-0.972;SC=ATTCTTAGGAGAAAAAAAAAA;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=32;TCF=25;TCR=7;TR=10;WE=114400203;WS=114400185;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,13:0.48:27
chr1	114401231	rs1217418	A	G	236.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-0.628;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=8;PP=133;ReadPosRankSum=0.104;SC=GGTGACTACAAATAATACCCT;SOR=0.754;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=27;TCF=9;TCR=18;TR=12;WE=114401239;WS=114401221;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,14:0.47:30
chr1	114401904	rs1217419	T	G	324.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=4.123;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.385;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=6;PP=296;ReadPosRankSum=-0.924;SC=CAGTAAGCAATGGGTACAAAG;SOR=0.458;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=19;TCR=12;TR=15;WE=114401912;WS=114401894;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,13:0.42:31
chr1	114423653	rs1217382	C	T	923.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.804;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.062;HP=6;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=5;PP=599;ReadPosRankSum=1.026;SC=GAAAAAAGTGCTTTTTTATTT;SOR=1.401;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=54;TCF=42;TCR=12;TR=29;WE=114423661;WS=114423643;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,40:0.47:85
chr1	114424601	rs1217381	C	T	3192.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=35;NR=56;PP=1829;SC=TCCACAGTGTCCTGGAGTATA;SOR=1.121;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=91;TCF=35;TCR=56;TR=91;WE=114424609;WS=114424591;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr1	114429340	rs1746860	T	C	1892.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.196;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.395;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=48;PP=902;ReadPosRankSum=-2.660;SC=CCCAGGAATCTGGGCAATGAG;SOR=0.966;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=122;TCF=37;TCR=85;TR=66;WE=114429348;WS=114429330;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:97,96:0.50:193
chr1	114438712	rs138381914	T	C	3271.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.901;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=334;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.831;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=51;PP=1626;ReadPosRankSum=0.171;SC=ACTTTCCTCCTACTCTTGTGC;SOR=0.626;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=216;TCF=100;TCR=116;TR=96;WE=114438720;WS=114438702;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:178,155:0.47:333
chr1	114438951	rs1217401	A	G	4788.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.596;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=378;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.731;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=97;NR=64;PP=2489;ReadPosRankSum=1.354;SC=AAGGCGCAGCAAAGCAGTGAG;SOR=0.804;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=267;TCF=157;TCR=110;TR=161;WE=114438959;WS=114438941;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:152,223:0.59:375
chr1	114439025	rs114201291	A	G	4596.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.483;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=561;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.525;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=79;NR=77;PP=2124;ReadPosRankSum=0.192;SC=CCTCTAACACATAAGGAGCAT;SOR=0.700;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=351;TCF=173;TCR=178;TR=156;WE=114439033;WS=114439015;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:318,241:0.43:559
chr1	114442355	rs3838300	C	CA	602.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.672;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=2.507;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.74;ReadPosRankSum=-0.670;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,38:0.55:69
chr1	114443035	rs3789613	C	G	805.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-0.851;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.083;HP=10;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=21;PP=496;ReadPosRankSum=-0.204;SC=ATCCAAAAAACAAAACAAAAG;SOR=0.993;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=61;TCF=15;TCR=46;TR=27;WE=114443043;WS=114443025;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,35:0.46:76
chr1	114443899	rs17464525	G	A	3971.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.828;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=484;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.523;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=69;PP=2010;ReadPosRankSum=0.989;SC=TGATGACAACGCCTCCTTCCT;SOR=0.714;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=286;TCF=143;TCR=143;TR=134;WE=114443907;WS=114443889;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:255,214:0.46:469
chr1	114447034	rs6661817	G	C	169.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.031;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=7;NR=0;PP=131;ReadPosRankSum=-0.266;SC=TGATATGGAGGAAACTACCCA;SOR=1.828;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=14;TCR=1;TR=7;WE=114447042;WS=114447030;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,7:0.50:14
chr1	114449856	.	T	TTA	233	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;FR=0.5000;HP=20;HapScore=3;MGOF=43;MMLQ=28;MQ=51.29;NF=0;NR=23;PP=233;QD=10.2608695652;SC=TTTTTTTTTTTAATGTATAGA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=46;TCF=2;TCR=44;TR=23;WE=114449864;WS=114449846;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:23,23:0.50:46
chr1	114472218	rs1217441	A	G	1921.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=23;NR=39;PP=1363;SC=GGGTTGAGGGACGGCCGCTCG;SOR=1.211;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=62;TCF=23;TCR=39;TR=62;WE=114472226;WS=114472208;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr1	114495348	.	G	GT	717.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.868;ClippingRankSum=0.000;DP=144;ExcessHet=3.0103;FS=1.643;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.08;MQRankSum=1.270;QD=5.40;ReadPosRankSum=-0.180;SOR=0.512;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:74,59:0.44:133
chr1	114504860	rs41302825	G	A	1074.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.165;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=11;PP=683;ReadPosRankSum=0.436;SC=TTTGAACAGAGAAGCTGAAAA;SOR=0.701;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=99;TCF=74;TCR=25;TR=42;WE=114504868;WS=114504850;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,52:0.40:129
chr1	114505000	rs17852555	G	A	3931.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.102;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=429;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.094;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=64;PP=1921;ReadPosRankSum=-0.084;SC=ATGCTGTACCGATTGTACCCC;SOR=0.611;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=275;TCF=133;TCR=142;TR=130;WE=114505008;WS=114504990;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:223,201:0.47:424
chr1	114512939	rs3811018	A	T	1961.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=10;NR=45;PP=1381;SC=TCTTAAAGAGACCTTAATTCA;SOR=2.483;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=55;TCF=10;TCR=45;TR=55;WE=114512947;WS=114512929;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr1	114515717	rs2358996	G	A	7756.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-0.609;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=791;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=128;NR=108;PP=2962;ReadPosRankSum=0.910;SC=GGCAGCAGGCGTTTGTGGCCC;SOR=0.639;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=444;TCF=244;TCR=200;TR=236;WE=114515725;WS=114515707;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:393,394:0.50:787
chr1	114523465	rs3789614	A	G	479.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-1.405;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=6;PP=339;ReadPosRankSum=-2.415;SC=GGAGGCAACCACTGGGCAAAT;SOR=0.590;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=75;TCF=59;TCR=16;TR=26;WE=114523473;WS=114523455;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,27:0.34:80
chr1	114634485	rs1053135	T	C	198.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.348;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=1;PP=94;ReadPosRankSum=-0.350;SC=GTGTCTCAGCTTTGACCTACA;SOR=1.051;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=18;TCF=15;TCR=3;TR=7;WE=114634493;WS=114634475;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,10:0.42:24
chr1	114641685	rs2774285	A	G	2656.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=31;NR=25;PP=953;SC=AGTGAGGGGTAGAATTACGTC;SOR=0.815;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=56;TCF=31;TCR=25;TR=56;WE=114641693;WS=114641675;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr1	114940215	rs147717859	T	TG	164.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.335;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=11.77;ReadPosRankSum=0.882;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,8:0.57:14
chr1	114940632	rs5777192	CA	C	486.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.563;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FS=1.028;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.05;MQRankSum=1.426;QD=6.16;ReadPosRankSum=-0.919;SOR=0.888;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,40:0.51:79
chr1	114948281	rs6537825	A	G	11274.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=418;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=114;NR=129;PP=2965;SC=TGCAGGTTCAATTTTCACATG;SOR=0.788;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=243;TCF=114;TCR=129;TR=243;WE=114948289;WS=114948271;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,415:1.00:415
chr1	114951390	rs71662879	T	A	93.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.026;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.027;HP=1;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=4;PP=78;ReadPosRankSum=0.566;SC=AAAATGAATATCAATGCATAT;SOR=1.329;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=10;TCF=4;TCR=6;TR=6;WE=114951398;WS=114951380;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,6:0.43:14
chr1	114969925	rs36115645	GA	G	2196.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.949;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=279;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.982;HP=7;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=1.048;NF=8;NR=52;PP=1294;ReadPosRankSum=-0.666;SC=ATCTTAAAGGGAAAAAAATCC;SOR=0.791;SbPval=0.2;Source=Platypus;TC=131;TCF=12;TCR=119;TR=60;WE=114969933;WS=114969915;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:131,121:0.48:252
chr1	114973429	rs12083584	T	C	1587.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.336;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.359;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=29;PP=846;ReadPosRankSum=-1.931;SC=CCTCTAGCTGTTGTAAGAGAG;SOR=0.971;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=82;TCF=37;TCR=45;TR=48;WE=114973437;WS=114973419;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,75:0.59:127
chr1	115006230	rs34437690	TA	T	241.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.026;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=3.079;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.53;ReadPosRankSum=0.207;SOR=1.061;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,21:0.57:37
chr1	115006256	.	A	C	221.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-1.017;ClippingRankSum=0.000;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.468;HP=1;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=7;PP=128;ReadPosRankSum=-0.728;SC=CTTGTTCTTCAATATACTATT;SOR=0.340;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=26;TCF=9;TCR=17;TR=12;WE=115006264;WS=115006246;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,14:0.47:30
chr1	115110989	rs71090789	C	CT	30.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.752;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=1.987;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.92;ReadPosRankSum=0.706;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,6:0.38:16
chr1	115128087	rs222493	A	G	270.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=1;PP=181;SC=ATCCTCCTCTAACAGCCTGAC;SOR=2.093;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=6;TCR=1;TR=7;WE=115128095;WS=115128077;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr1	115130508	rs61753528	A	G	2312.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=3.216;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=242;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.878;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=44;PP=1291;ReadPosRankSum=-1.338;SC=TTCAAAGAATAATGTCCTACC;SOR=0.909;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=153;TCF=66;TCR=87;TR=71;WE=115130516;WS=115130498;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:131,109:0.45:240
chr1	115144035	rs61811019	G	A	1942.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.296;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=21;PP=1157;ReadPosRankSum=-0.916;SC=TACTAATAGGGAACCTTTCTG;SOR=0.745;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=138;TCF=94;TCR=44;TR=70;WE=115144043;WS=115144025;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,89:0.51:175
chr1	115144304	rs12730318	C	T	845.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=3.383;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.181;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=32;PP=679;ReadPosRankSum=2.820;SC=CTCTTTAGTACGGAGCAGTAA;SOR=0.990;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=87;TCF=16;TCR=71;TR=39;WE=115144312;WS=115144294;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,40:0.40:101
chr1	115144703	rs28398	A	G	16570.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=640;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.77;SOR=0.841;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,619:1.00:619
chr1	115161140	rs12145066	C	T	213.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-3.658;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.086;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=7;PP=82;ReadPosRankSum=0.408;SC=TTAAGACCAACACCCAAAAGT;SOR=0.330;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=18;TCF=3;TCR=15;TR=9;WE=115161148;WS=115161130;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,12:0.60:20
chr1	115165472	rs222502	T	A	448.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=0;PP=365;SC=AAACAAAAATTAAAAAAACTA;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=15;TCR=0;TR=15;WE=115165480;WS=115165462;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr1	115166350	rs148413143	ATTGT	A	1139.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=1;NR=24;PP=1172;SC=TATTTGTTTGATTGTTTGTTT;SOR=4.332;SbPval=0.92;Source=Platypus;TC=29;TCF=3;TCR=26;TR=25;WE=115166361;WS=115166340;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
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chr1	115168600	rs7541738	A	T	2233.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.337;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=248;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.012;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=45;PP=1017;ReadPosRankSum=0.428;SC=AAAAACCAACATCCATGTTCC;SOR=0.608;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=164;TCF=59;TCR=105;TR=71;WE=115168608;WS=115168590;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:130,113:0.47:243
chr1	115222434	rs761755	G	A	724.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=15;PP=383;SC=GGAAATAATTGTTGGAACAAA;SOR=2.303;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=3;TCR=15;TR=18;WE=115222442;WS=115222424;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr1	115238016	rs68036474	CA	C	668.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.423;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.14;MQRankSum=0.000;QD=9.16;ReadPosRankSum=1.433;SOR=0.950;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,55:0.75:73
chr1	115256669	rs969273	G	A	1228.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=9;NR=25;PP=732;SC=CACAGGGAATGCAATGCTATT;SOR=1.464;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=35;TCF=9;TCR=26;TR=34;WE=115256677;WS=115256659;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr1	115280193	.	CA	C	173.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.626;ClippingRankSum=0.000;DP=283;ExcessHet=3.0103;FS=3.205;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.04;MQRankSum=2.000;QD=0.73;ReadPosRankSum=0.712;SOR=0.463;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:190,48:0.20:238
chr1	115398044	rs60659641	GC	G	2637.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQ=60.12;NF=29;NR=10;PP=1123;SC=TTCCCCTCCCGCCCCCCCGGG;SOR=1.836;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=46;TCF=34;TCR=12;TR=39;WE=115398052;WS=115398034;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr1	115401136	rs360615	G	A	381.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=12;NR=3;PP=335;SC=TAGAATTTTGGACAATTAATT;SOR=3.767;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=12;TCR=3;TR=15;WE=115401144;WS=115401126;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr1	115416989	rs34594672	G	A	79.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.697;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.680;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=0;PP=57;ReadPosRankSum=-1.718;SC=AAAAGACCCAGTAATGATTTA;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=5;TCR=1;TR=4;WE=115416997;WS=115416979;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,4:0.50:8
chr1	115576023	rs10776792	A	G	8981.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=338;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.05;SOR=1.008;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,332:1.00:332
chr1	115601615	rs7523818	A	G	2291.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.968;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=261;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=50;PP=1221;ReadPosRankSum=-0.100;SC=GAAGAAATACAAGGAAAAATG;SOR=0.683;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=168;TCF=59;TCR=109;TR=77;WE=115601623;WS=115601605;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:142,112:0.44:254
chr1	115631924	rs4240540	C	T	4088.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=106;NR=79;PP=2965;SC=TCGGGGACCCCGGCCCCGCGC;SOR=1.478;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=187;TCF=107;TCR=80;TR=185;WE=115631932;WS=115631914;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,157:1.00:157
chr1	115829313	rs6330	G	A	6770.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=255;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=89;NR=97;PP=2965;SC=AGTCCAGTGGGCTTGGGGGAT;SOR=0.750;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=187;TCF=89;TCR=98;TR=186;WE=115829321;WS=115829303;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,249:1.00:249
chr1	116224925	rs10923176	G	A	1504.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=3.873;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.436;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=9;PP=990;ReadPosRankSum=-0.255;SC=AGGATTTTTCGTTTAGGACCT;SOR=1.079;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=134;TCF=106;TCR=28;TR=57;WE=116224933;WS=116224915;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,69:0.43:159
chr1	116224940	rs10754330	C	A	2256.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-2.377;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=256;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.745;HP=4;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=14;PP=1283;ReadPosRankSum=0.073;SC=GGACCTGCTTCTTCAGTGAAA;SOR=0.829;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=178;TCF=137;TCR=41;TR=76;WE=116224948;WS=116224930;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:134,107:0.44:241
chr1	116225180	rs10923177	A	C	2407.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=4.520;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.945;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=73;PP=1776;ReadPosRankSum=0.433;SC=ACTATTTAAGATTCATGGTAC;SOR=0.950;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=186;TCF=43;TCR=143;TR=92;WE=116225188;WS=116225170;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:101,98:0.49:199
chr1	116228220	rs12145661	C	T	726.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=3.260;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=26;PP=512;ReadPosRankSum=-0.344;SC=TGAATTATAGCGTGTTACTAG;SOR=0.722;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=70;TCF=12;TCR=58;TR=31;WE=116228228;WS=116228210;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,33:0.44:75
chr1	116234083	rs3811013	T	A	829.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=2.822;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.608;HP=5;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=37;PP=924;ReadPosRankSum=1.658;SC=GTGTCTTTTTTAAAAATTCTT;SOR=0.093;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=61;TCF=9;TCR=52;TR=44;WE=116234091;WS=116234073;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,40:0.68:59
chr1	116243868	rs28730711	A	G	1057.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.312;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=4;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=17;PP=1586;ReadPosRankSum=1.699;SC=TGGGCTATTCATCATCATCGT;SOR=0.698;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=82;TCF=55;TCR=27;TR=47;WE=116243885;WS=116243858;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,53:0.54:98
chr1	116243877	rs7413162	G	A	776.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.297;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=4;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=10;PP=1005;ReadPosRankSum=0.163;SC=CATCATCATCGTCATCACTGT;SOR=0.639;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=92;TCF=62;TCR=30;TR=34;WE=116243885;WS=116243858;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,42:0.39:107
chr1	116245655	rs12402684	G	C	2438.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.477;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=252;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.459;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=40;PP=1072;ReadPosRankSum=-1.873;SC=AGCAGGCAGAGGGCATTCTCT;SOR=0.711;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=150;TCF=76;TCR=74;TR=83;WE=116245663;WS=116245645;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:127,124:0.49:251
chr1	116245809	rs6667224	C	T	596.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-0.757;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.619;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=22;PP=435;ReadPosRankSum=0.948;SC=AAAGATGACACAGCATAAATT;SOR=1.159;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=49;TCF=11;TCR=38;TR=27;WE=116245817;WS=116245799;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,28:0.51:55
chr1	116260532	rs2997741	A	T	5664.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-3.790;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=278;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=4;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=57;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.005;SC=GAGAAAAGTAACAAAAGTTAC;SOR=0.689;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=174;TCF=79;TCR=95;TR=104;WE=116260552;WS=116260522;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:112,159:0.59:271
chr1	116260544	rs3811001	C	T	5163.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-3.454;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=245;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.478;HP=2;HapScore=4;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=54;PP=2962;ReadPosRankSum=1.988;SC=AAAAGTTACACTTCCAGCTGG;SOR=0.741;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=161;TCF=67;TCR=94;TR=90;WE=116260552;WS=116260522;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:106,132:0.55:238
chr1	116260604	rs2997742	G	A	1406.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.370;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.708;HP=2;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=33;PP=764;ReadPosRankSum=-0.806;SC=GCTGGAATGGGAATAGGAGAG;SOR=0.567;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=93;TCF=28;TCR=65;TR=46;WE=116260612;WS=116260594;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,65:0.52:124
chr1	116283343	rs9428083	A	G	3732.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-2.277;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=348;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.298;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=44;PP=1512;ReadPosRankSum=1.526;SC=GTGTATAAATACTTACATCCA;SOR=0.613;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=213;TCF=128;TCR=85;TR=107;WE=116283351;WS=116283333;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:155,184:0.54:339
chr1	116283526	rs7538337	G	A	1608.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-3.025;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.738;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=41;PP=862;ReadPosRankSum=0.605;SC=AGGTCTGGCTGAGGGTTTCTG;SOR=0.483;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=134;TCF=41;TCR=93;TR=61;WE=116283534;WS=116283516;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:97,83:0.46:180
chr1	116287682	rs9428211	T	C	312.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.227;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.353;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=8;PP=131;ReadPosRankSum=-0.320;SC=AAAGGAAATGTATTCTTGTCC;SOR=0.134;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=28;TCF=3;TCR=25;TR=10;WE=116287690;WS=116287672;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,15:0.43:35
chr1	116311198	rs4074537	T	C	2268.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=22;NR=48;PP=1398;SC=CCAAATATGCTGTGTGCAGAA;SOR=1.501;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=70;TCF=22;TCR=48;TR=70;WE=116311206;WS=116311188;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr1	116534852	rs4046190	C	T	5478.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=49;NR=77;PP=2651;SC=GCTTCACCTCCATCGCCTCGG;SOR=1.018;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=126;TCF=49;TCR=77;TR=126;WE=116534860;WS=116534842;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,203:1.00:203
chr1	116569530	rs2488429	G	C	1866.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=31;NR=14;PP=966;SC=TTGGCGGCCTGTTCTTTGCAG;SOR=1.473;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=45;TCF=31;TCR=14;TR=45;WE=116569538;WS=116569520;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr1	116577981	rs1935828	G	A	1561.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=37;PP=1026;SC=GAAGTGCACCGTAGAGAATGC;SOR=3.258;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=41;TCF=4;TCR=37;TR=41;WE=116577989;WS=116577971;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr1	116607254	rs1281748	G	T	1438.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=39;PP=1080;SC=GTGAACCTTGGCCCTTTTAGA;SOR=5.376;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=41;TCF=2;TCR=39;TR=41;WE=116607262;WS=116607244;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr1	116609126	rs3833541	TC	T	12410.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=367;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=44;NR=100;PP=2966;SC=TTCATTCCACTCCCCGCCTCT;SOR=0.773;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=150;TCF=47;TCR=103;TR=144;WE=116609134;WS=116609116;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,364:1.00:364
chr1	116655183	.	G	GA	136.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.807;ClippingRankSum=0.000;DP=85;ExcessHet=3.0103;FS=1.247;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.13;MQRankSum=1.789;QD=1.69;ReadPosRankSum=0.796;SOR=0.451;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:59,22:0.27:81
chr1	116937809	rs77217304	A	G	2031.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-0.055;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.495;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=24;PP=642;ReadPosRankSum=-0.815;SC=GAATTTCCCTATCGATAATCT;SOR=0.648;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=119;TCF=55;TCR=64;TR=46;WE=116937817;WS=116937799;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:114,103:0.47:217
chr1	116940481	.	CT	C	396.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.080;ClippingRankSum=0.000;DP=235;ExcessHet=3.0103;FS=3.936;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.75;ReadPosRankSum=0.758;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:164,63:0.28:227
chr1	117121865	rs12066192	G	A	1071.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-3.520;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.920;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=9;PP=710;ReadPosRankSum=0.531;SC=GAACTAATATGTCCAATCCCA;SOR=0.564;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=83;TCF=67;TCR=16;TR=43;WE=117121873;WS=117121855;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,48:0.49:97
chr1	117122285	.	G	GTCC	2213.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=1.315;ClippingRankSum=0.000;DP=344;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=21.767;HP=1;HapScore=3;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.486;NF=24;NR=54;PP=2986;ReadPosRankSum=4.109;SC=CGTCGTCGTCGTCGTCCTCCT;SOR=2.089;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=195;TCF=59;TCR=136;TR=78;WE=117122303;WS=117122259;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:153,67:0.30:220
chr1	117122288	rs647711	G	C	4682.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=2.522;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=342;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=18.597;HP=1;HapScore=3;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.297;NF=42;NR=55;PP=2962;ReadPosRankSum=3.530;SC=CGTCGTCGTCGTCCTCCTCCT;SOR=1.949;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=233;TCF=101;TCR=132;TR=97;WE=117122303;WS=117122259;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:147,129:0.47:276
chr1	117142531	rs631461	G	A	851.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.265;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=12.161;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=3;PP=519;ReadPosRankSum=0.196;SC=CAGGCAGCATGGGCACATAGC;SOR=1.981;SbPval=0.95;Source=Platypus;TC=65;TCF=51;TCR=14;TR=29;WE=117142539;WS=117142521;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,39:0.43:90
chr1	117236970	rs614477	G	C	1804.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.702;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.622;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=40;PP=973;ReadPosRankSum=1.202;SC=GGACAGTGCTGCTGCCATGTG;SOR=0.623;SbPval=0.22;Source=Platypus;TC=121;TCF=27;TCR=94;TR=56;WE=117236978;WS=117236960;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:94,79:0.46:173
chr1	117248468	.	C	CA	94.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.354;ClippingRankSum=0.000;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=2.669;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.11;ReadPosRankSum=2.611;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,12:0.27:45
chr1	117487270	rs56209138	G	A	216.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=1;PP=94;SC=CGGTGTGGACGGGCTACTGAC;SOR=2.093;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=5;TCR=1;TR=6;WE=117487278;WS=117487260;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr1	117487710	rs10159095	AT	GA	10366.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=241;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=54;NR=102;PP=2947;SC=TGATCCAGCCATCAGGTGAGC;SOR=1.218;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=162;TCF=58;TCR=104;TR=156;WE=117487719;WS=117487700;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,237:1.00:237
chr1	117509981	rs12410651	G	A	2038.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.615;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FS=1.544;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.13;ReadPosRankSum=1.171;SOR=0.911;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:64,55:0.46:119
chr1	117509987	rs12403233	C	T	2072.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.986;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FS=1.553;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.72;ReadPosRankSum=1.035;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:62,55:0.47:117
chr1	117510061	rs12403245	C	T	383.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.942;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.073;HP=1;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=14;PP=307;ReadPosRankSum=-1.310;SC=AATTCATATGCCATACAATGT;SOR=2.303;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=30;TCF=3;TCR=27;TR=15;WE=117510069;WS=117510051;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,16:0.44:36
chr1	117527645	rs36119404	GTCT	G	2595.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-1.832;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.971;NF=1;NR=36;PP=1532;ReadPosRankSum=-0.442;SC=GTTTGGGAATGTCTTCTTCTT;SOR=0.719;SbPval=0.94;Source=Platypus;TC=79;TCF=6;TCR=73;TR=37;WE=117527655;WS=117527635;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,70:0.51:136
chr1	117529458	rs10801922	G	A	4233.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.843;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=375;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.349;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=49;PP=1759;ReadPosRankSum=-0.507;SC=GCTGATCGGCGTCGGTCTGTC;SOR=0.535;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=214;TCF=128;TCR=86;TR=115;WE=117529466;WS=117529448;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:168,205:0.55:373
chr1	117552560	rs7554376	T	C	2039.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-2.471;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.175;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=29;PP=836;ReadPosRankSum=1.383;SC=TTGGCTGCAATGTAACTGGCC;SOR=0.831;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=128;TCF=71;TCR=57;TR=70;WE=117552568;WS=117552550;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,100:0.56:180
chr1	117555898	rs2764849	G	A	607.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=17;NR=0;PP=438;SC=TTTACCTACCGCTATAGAATT;SOR=4.615;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=17;TCR=0;TR=17;WE=117555906;WS=117555894;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr1	117559726	rs2249265	A	G	6003.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=240;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=74;NR=56;PP=2224;SC=AAGTGTGGTCATGTCTACCAA;SOR=0.808;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=131;TCF=75;TCR=56;TR=130;WE=117559734;WS=117559716;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,237:1.00:237
chr1	117560058	rs17235773	C	G	1328.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.726;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=33;PP=845;ReadPosRankSum=0.578;SC=GAGATCTGAGCTGGACTCAGA;SOR=0.714;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=103;TCF=36;TCR=67;TR=50;WE=117560066;WS=117560048;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,64:0.47:135
chr1	117602960	rs2244501	C	A	3428.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=2.548;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.740;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=69;NR=38;PP=1873;ReadPosRankSum=-0.947;SC=ACTTGGGGGACCCAGCGAAAT;SOR=0.271;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=111;TCF=72;TCR=39;TR=107;WE=117602968;WS=117602950;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,137:0.99:139
chr1	117603188	rs2244406	G	T	803.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-1.293;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.815;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=28;PP=563;ReadPosRankSum=-0.726;SC=GAGTAGGTCTGGAGCTGGGCC;SOR=1.279;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=72;TCF=14;TCR=58;TR=33;WE=117603196;WS=117603178;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,36:0.46:79
chr1	117605130	.	C	CT	157.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.257;ClippingRankSum=0.000;DP=215;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.05;MQRankSum=0.000;QD=0.99;ReadPosRankSum=-0.657;SOR=0.721;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:125,34:0.21:159
chr1	117617705	rs998532	A	G	5520.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.823;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=521;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=96;NR=83;PP=2962;ReadPosRankSum=0.735;SC=CGATCAAAAGAAAGAACAGAA;SOR=0.692;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=369;TCF=194;TCR=175;TR=179;WE=117617713;WS=117617695;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:251,253:0.50:504
chr1	117618067	rs1289673	C	T	3854.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.420;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=374;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=72;PP=2079;ReadPosRankSum=0.170;SC=AGTACACGAACTGGGAGGCTA;SOR=0.692;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=254;TCF=117;TCR=137;TR=133;WE=117618075;WS=117618057;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:183,185:0.50:368
chr1	117618722	rs1289672	T	C	984.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=26;NR=4;PP=763;SC=AGAGTTTGGGTGTTTCAGGCT;SOR=3.126;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=26;TCR=4;TR=30;WE=117618730;WS=117618712;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr1	117622286	rs2801939	A	G	4562.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.294;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=424;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.523;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=87;PP=2087;ReadPosRankSum=-0.799;SC=GTGTGGTATTATAAGAGTCAG;SOR=0.738;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=276;TCF=113;TCR=163;TR=145;WE=117622294;WS=117622276;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:201,222:0.52:423
chr1	117626528	rs41312698	G	A	871.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-2.577;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.269;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=6;PP=514;ReadPosRankSum=0.331;SC=GAGCCTAGGAGTTTGAGACAG;SOR=1.037;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=68;TCF=53;TCR=15;TR=33;WE=117626536;WS=117626518;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,41:0.53:77
chr1	117631391	rs1555792	T	C	6880.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=259;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=101;NR=51;PP=2965;SC=TTTTCCCATATTGTGGCTGGA;SOR=1.183;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=153;TCF=101;TCR=52;TR=152;WE=117631399;WS=117631381;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,256:1.00:256
chr1	117633366	rs2296447	T	C	187.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.294;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=6;PP=90;ReadPosRankSum=0.130;SC=TGGATGTCTGTATTCCCTTTT;SOR=0.368;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=16;TCF=2;TCR=14;TR=7;WE=117633374;WS=117633356;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,10:0.53:19
chr1	117639828	rs11330257	TA	T	701.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.637;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=2.471;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.23;MQRankSum=0.395;QD=15.95;ReadPosRankSum=1.459;SOR=1.708;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:4,40:0.91:44
chr1	117656088	rs1289658	A	G	5255.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.532;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=53;PP=1860;ReadPosRankSum=0.797;SC=TCTCCTCACCATCACAGTGAA;SOR=0.752;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=113;TCF=59;TCR=54;TR=111;WE=117656096;WS=117656078;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,208:0.99:210
chr1	117656276	rs1290530	A	G	333.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=7;PP=164;SC=AGCTGAGAGGAGGCAGACACA;SOR=2.670;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=7;WE=117656284;WS=117656266;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr1	117660608	rs1289655	C	T	820.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=22;NR=4;PP=524;SC=TCACACACCACCTCCCTGTCC;SOR=2.833;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=28;TCF=22;TCR=6;TR=26;WE=117660616;WS=117660598;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr1	117660754	rs749902	C	T	8367.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=319;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=123;NR=73;PP=2965;SC=CTCCTGAGGACAGAAGCGTAT;SOR=1.100;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=196;TCF=123;TCR=73;TR=196;WE=117660762;WS=117660744;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,312:1.00:312
chr1	117690272	rs10754339	G	A	1912.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=40;NR=16;PP=1146;SC=TTTTGTGGCCGAGGCACATTA;SOR=1.678;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=56;TCF=40;TCR=16;TR=56;WE=117690280;WS=117690262;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr1	117699714	rs145887761	G	GAT	146.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-0.615;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=7;PP=178;ReadPosRankSum=1.299;SC=CAATCATTTTGATATATATAT;SOR=0.836;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=2;TCR=19;TR=7;WE=117699722;WS=117699704;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,7:0.54:13
chr1	117715026	rs6657810	C	T	1209.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=2.394;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.158;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=14;PP=652;ReadPosRankSum=-0.157;SC=TCCTCTTTTCCCACACCTCAG;SOR=1.364;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=130;TCF=77;TCR=53;TR=46;WE=117715034;WS=117715016;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:137,66:0.33:203
chr1	117715987	rs140251705	A	AAC	181.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.677;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=10;PP=266;ReadPosRankSum=-1.419;SC=GACACAGATGAACACACACAC;SOR=0.465;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=29;TCF=3;TCR=26;TR=11;WE=117715996;WS=117715977;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,10:0.26:39
chr1	117957288	rs1289948	A	G	687.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=1.798;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=6;PP=540;ReadPosRankSum=-0.455;SC=GAGAACAGGAACCTAAAGGGA;SOR=0.852;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=47;TCF=38;TCR=9;TR=29;WE=117957296;WS=117957278;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,28:0.57:49
chr1	117984776	rs2306444	A	T	306.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=2.720;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=1;PP=194;ReadPosRankSum=-1.907;SC=TGTGCTATGTATACTATGAGA;SOR=0.520;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=37;TCF=33;TCR=4;TR=12;WE=117984784;WS=117984766;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,14:0.38:37
chr1	118053126	rs41506254	T	C	1004.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.842;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=14;PP=408;ReadPosRankSum=0.794;SC=AGAACACAGATGAAAAGTCAA;SOR=0.756;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=67;TCF=37;TCR=30;TR=34;WE=118053134;WS=118053116;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,53:0.45:117
chr1	118065284	rs34350477	C	G	38.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=2.044;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=1;PP=27;ReadPosRankSum=-0.524;SC=AACCTCTTGTCTTTGTGTTTA;SOR=0.275;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=8;TCF=7;TCR=1;TR=3;WE=118065292;WS=118065274;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,3:0.25:12
chr1	118065841	rs1290558	A	G	1714.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=2.721;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.671;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=23;PP=963;ReadPosRankSum=3.407;SC=CACATGAGAAATGATACCTGT;SOR=1.136;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=106;TCF=59;TCR=47;TR=58;WE=118065849;WS=118065831;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,79:0.48:163
chr1	118165691	rs1630312	C	T	3424.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=2.785;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=339;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=76;PP=2083;ReadPosRankSum=0.889;SC=TCAAAGTGCACGACGTCCGGC;SOR=0.687;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=261;TCF=108;TCR=153;TR=133;WE=118165699;WS=118165681;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:178,159:0.47:337
chr1	118320644	rs1780028	A	G	266.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=14;NR=3;PP=270;SC=ATTCCCTAGCAAATTTGTTTC;SOR=1.179;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=14;TCR=3;TR=17;WE=118320652;WS=118320634;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr1	118320859	rs1775749	T	A	2032.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.836;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.221;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=-1.195;NF=46;NR=37;PP=1627;ReadPosRankSum=1.855;SC=CATAGTTCTGTTTAGCTTGAG;SOR=1.121;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=84;TCF=46;TCR=38;TR=83;WE=118320867;WS=118320849;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,73:0.99:74
chr1	118321119	rs114485606	T	C	2768.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=30;NR=65;PP=2199;SC=TACCTCTCTCTACCACCCATC;SOR=1.274;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=95;TCF=30;TCR=65;TR=95;WE=118321127;WS=118321109;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr1	118424269	rs10923444	C	T	562.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=5;PP=412;SC=CCCACAAAGGCGCTGGAGTCA;SOR=2.093;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=15;TCR=5;TR=20;WE=118424277;WS=118424259;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr1	118429438	rs3054231	G	GACA	1913.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=38;PP=1966;SC=CTACTCTGCAGACAACACCTA;SOR=5.376;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=45;TCF=0;TCR=45;TR=38;WE=118429446;WS=118429428;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr1	118484265	rs10733098	G	A	497.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=5;PP=273;SC=CCAAGGTAATGCAACTACTAA;SOR=1.292;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=10;TCR=5;TR=15;WE=118484273;WS=118484255;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr1	118491215	rs11370392	G	GT	112.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=12.53;SOR=2.093;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr1	118501390	rs3215666	CT	C,CTT	388.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.833;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.16;MQRankSum=0.622;QD=6.59;ReadPosRankSum=-0.314;SOR=0.546;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:13,25,21:0.42,0.36:59
chr1	118514723	.	TA	T	55.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.051;ClippingRankSum=0.000;DP=101;ExcessHet=3.0103;FS=2.711;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.71;ReadPosRankSum=0.448;SOR=0.319;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:62,16:0.21:78
chr1	118526592	rs4347199	G	A	264.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=6;PP=131;SC=TTCAACTGTCGCAAATATGTT;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=6;WE=118526600;WS=118526582;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr1	118617274	rs1935993	C	T	15007.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=570;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=163;NR=196;PP=2965;SC=TTGTTCTTGCCCTGCTGGTTA;SOR=0.821;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=360;TCF=163;TCR=197;TR=359;WE=118617282;WS=118617264;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,562:1.00:562
chr1	118623681	rs56768861	TACACACAC	TAC,T	2903.73	.	AC=2,0;AF=1.00,0.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;NF=16,16;NR=17,17;PP=1653,121;SC=AATAGTGTCTTACACACACAC;SOR=1.402;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=41;TCF=22;TCR=19;TR=33,33;WE=118623696;WS=118623671;set=Intersection	GT:AF:DP	1/1:1.00:72
chr1	118644430	rs10754367	A	G	4387.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=74;NR=52;PP=2075;SC=TCACTGGTGCATTTGCCTCAG;SOR=1.013;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=126;TCF=74;TCR=52;TR=126;WE=118644451;WS=118644420;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,170:1.00:170
chr1	119466275	rs4659129	A	G	1440.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=32;PP=876;SC=AGGAACCTACATTTTGTTCTC;SOR=1.893;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=42;TCF=10;TCR=32;TR=42;WE=119466283;WS=119466265;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr1	119474410	.	C	T	1435.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.271;ClippingRankSum=0.000;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.472;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=34;PP=744;ReadPosRankSum=-0.047;SC=GCAGGAAGTCCGCTCAGTGAG;SOR=0.550;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=95;TCF=23;TCR=72;TR=46;WE=119474418;WS=119474400;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,67:0.51:132
chr1	119683063	rs3934789	G	A	1843.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=37;NR=11;PP=1020;SC=CCTTAGGCGAGGGAAGGCATG;SOR=1.946;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=48;TCF=37;TCR=11;TR=48;WE=119683071;WS=119683053;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr1	119683390	rs12096448	G	A	2002.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.209;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.774;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=38;PP=1172;ReadPosRankSum=-1.025;SC=AGCCGCTATCGGGCGGACTGC;SOR=1.778;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=54;TCF=15;TCR=39;TR=51;WE=119683398;WS=119683380;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,72:0.97:74
chr1	119935400	rs193128553	C	T	1867.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-2.094;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.391;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=42;PP=966;ReadPosRankSum=1.820;SC=AGACCCTTTCCTGATGTGGTA;SOR=0.488;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=136;TCF=45;TCR=91;TR=67;WE=119935408;WS=119935390;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:98,92:0.48:190
chr1	119962319	rs36022499	T	A	1798.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.463;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.287;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=46;PP=1082;ReadPosRankSum=0.371;SC=CTTGGCCAAGTGCCTTTGCTG;SOR=1.005;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=149;TCF=56;TCR=93;TR=67;WE=119962327;WS=119962309;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:106,84:0.44:190
chr1	120165826	rs12076924	C	T	6491.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.137;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=627;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.738;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=91;NR=111;PP=2638;ReadPosRankSum=1.625;SC=CACAGCCGTGCGGCTTCTCGC;SOR=0.571;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=404;TCF=172;TCR=232;TR=202;WE=120165834;WS=120165816;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:304,319:0.51:623
chr1	120166681	rs12067843	G	A	5712.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.230;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=519;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=76;NR=85;PP=2442;ReadPosRankSum=-0.356;SC=CAGCTACACCGGATTGGTCAT;SOR=0.699;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=299;TCF=143;TCR=156;TR=161;WE=120166689;WS=120166671;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:236,280:0.54:516
chr1	120263643	rs550174	T	C	1136.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.003;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=9;PP=1742;ReadPosRankSum=-0.938;SC=CTAGTGAGTATACCAAAGATA;SOR=0.667;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=89;TCF=70;TCR=19;TR=42;WE=120263665;WS=120263633;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,52:0.48:109
chr1	120263657	rs894079	A	G	1612.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=3.386;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.417;HP=2;HapScore=4;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=14;PP=2041;ReadPosRankSum=1.362;SC=AAAGATATCTATGAACTGGCA;SOR=0.862;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=119;TCF=87;TCR=32;TR=57;WE=120263665;WS=120263633;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,70:0.47:148
chr1	120267544	rs1886736	C	T	3298.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.632;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=327;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.853;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=2.000;NF=39;NR=67;PP=1615;ReadPosRankSum=1.289;SC=GGAAGGAATGCGTTCGTTTCA;SOR=0.639;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=201;TCF=72;TCR=129;TR=106;WE=120267552;WS=120267534;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:161,163:0.50:324
chr1	120267597	rs3838425	GC	G	2109.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.220;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=2.057;NF=1;NR=39;PP=1378;ReadPosRankSum=-1.307;SC=GAGTGTGGGTGCCTATATGTA;SOR=0.714;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=83;TCF=4;TCR=79;TR=40;WE=120267605;WS=120267587;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,71:0.49:144
chr1	120269567	rs2236398	G	C	3853.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=1.869;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=360;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.250;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=49;PP=1774;ReadPosRankSum=-0.497;SC=TGGGCTCAGGGCCCGGGGTCC;SOR=0.580;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=200;TCF=113;TCR=87;TR=106;WE=120269575;WS=120269557;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:173,183:0.51:356
chr1	120285546	rs543703	G	A	2644.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.333;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=261;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=32;PP=1212;ReadPosRankSum=-2.105;SC=AAGGCACTACGCCTGTACTGC;SOR=0.682;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=185;TCF=114;TCR=71;TR=86;WE=120285554;WS=120285536;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:124,128:0.51:252
chr1	120293352	rs667226	T	C	2320.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=-0.912;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=246;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.600;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=22;PP=829;ReadPosRankSum=-0.700;SC=CCACCTTCTCTCTCTGTGTTG;SOR=0.919;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=130;TCF=76;TCR=54;TR=61;WE=120293360;WS=120293342;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:120,118:0.50:238
chr1	120293367	rs667246	T	C	2832.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=-1.350;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=294;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.573;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=28;PP=1012;ReadPosRankSum=0.128;SC=GTGTTGTTACTCAGAGGAAGA;SOR=0.871;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=148;TCF=85;TCR=63;TR=73;WE=120293375;WS=120293357;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:142,144:0.50:286
chr1	120293568	rs668156	G	A	1176.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.571;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=26;PP=534;ReadPosRankSum=-1.468;SC=CTCACAAAGAGTTATATGAGT;SOR=0.684;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=59;TCF=16;TCR=43;TR=37;WE=120293576;WS=120293558;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,55:0.57:96
chr1	120296033	.	AACACAC	A	762.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;QD=40.14;SOR=2.985;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,14:0.74:19
chr1	120336785	rs1052972	C	T	10188.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=389;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=121;NR=124;PP=2965;SC=TAAACCTTCCCATGGCCAAAG;SOR=0.709;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=246;TCF=121;TCR=125;TR=245;WE=120336793;WS=120336775;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,387:1.00:387
chr1	120378678	rs3009182	C	T	5199.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=77;NR=49;PP=2422;SC=TGGCTACATCCTGAGCAGAGC;SOR=0.984;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=127;TCF=77;TCR=50;TR=126;WE=120378686;WS=120378668;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,193:1.00:193
chr1	120380008	rs3009184	T	A	2167.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=16;NR=43;PP=1188;SC=GAAGAGCAGGTCATATTATGC;SOR=1.639;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=59;TCF=16;TCR=43;TR=59;WE=120380016;WS=120379998;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr1	120381686	rs5777416	G	GT,GTGTGAGTCA	2466.73	.	AC=2,0;AF=1.00,0.00;ALERT;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=32;NR=2;PP=2900;SC=GTGATTATATGGAGCACCTAG;SOR=4.407;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=37;TCF=34;TCR=3;TR=34;WE=120381695;WS=120381682;set=Intersection	GT:AF:DP	1/1:1.00:48
chr1	120381687	.	G	C	839	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;FR=1.0000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MMLQ=28;MQ=60.0;NF=36;NR=2;PP=839;QD=22.9939792776;SC=TGATTATATGGAGCACCTAGC;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=52;TCF=49;TCR=3;TR=38;WE=120381695;WS=120381682;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:14,38:0.73:52
chr1	120381687	rs34302627	G	GTGAGTCAC	2466.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=50.34;SOR=4.450;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr1	120384205	rs2994820	A	G	1267.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=7;NR=29;PP=893;SC=CCTGAGAGTGAACCAGGACTT;SOR=2.303;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=36;TCF=7;TCR=29;TR=36;WE=120384213;WS=120384195;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr1	120387120	rs12405228	G	A	318.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=2.478;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=11;PP=211;ReadPosRankSum=1.081;SC=TGGCAGAAGAGGTGGAGCCAG;SOR=0.713;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=30;TCF=3;TCR=27;TR=12;WE=120387128;WS=120387110;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,14:0.42:33
chr1	120467876	rs41302079	G	A	586.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.423;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.971;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=5;PP=363;ReadPosRankSum=0.983;SC=ACGAGAAACTGAAGTGTGTTA;SOR=0.839;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=57;TCF=43;TCR=14;TR=23;WE=120467884;WS=120467866;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,29:0.39:74
chr1	120478285	rs5025718	T	C	3878.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=41;NR=72;PP=1886;SC=AAACAGACCATGAGAGCTAGT;SOR=1.179;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=113;TCF=41;TCR=72;TR=113;WE=120478293;WS=120478275;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,148:1.00:148
chr1	120480394	rs2453057	T	C	676.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=2;PP=481;SC=TCCCTCTTATTCCACAAAAAA;SOR=3.912;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=20;TCF=18;TCR=2;TR=18;WE=120480402;WS=120480391;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr1	120512104	rs2493409	T	C	3373.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=87;NR=18;PP=2433;SC=GCCCCTTCCCTGTTTCTAGAT;SOR=2.753;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=106;TCF=87;TCR=19;TR=105;WE=120512112;WS=120512094;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr1	120539213	rs2691745	G	T	621.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.380;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FS=13.341;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.33;MQRankSum=-11.229;QD=3.59;ReadPosRankSum=0.558;SOR=2.253;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:136,37:0.21:173
chr1	120539331	rs2124109	C	T	8700.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=1.941;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=960;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-6.329;NF=137;NR=127;PP=2962;ReadPosRankSum=2.337;SC=CTTGCCTGTCCCTTTCCCAGA;SOR=0.676;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=529;TCF=275;TCR=254;TR=264;WE=120539339;WS=120539321;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:523,435:0.45:958
chr1	120539530	rs2746768	G	C	77.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.148;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=21.984;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.92;MQRankSum=-6.565;QD=0.96;ReadPosRankSum=-3.396;SOR=4.401;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:69,12:0.15:81
chr1	120572547	rs141882865	T	C	68.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.875;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=3.090;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=40.00;MQRankSum=-0.000;QD=6.25;ReadPosRankSum=-0.410;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,4:0.36:11
chr1	120572572	rs146242578	C	T	158.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.535;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=3.039;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=40.00;MQRankSum=0.000;QD=8.82;ReadPosRankSum=-0.755;SOR=1.911;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,7:0.39:18
chr1	120611496	rs138685616	C	A	729.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.361;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=328;ExcessHet=3.0103;FS=18.270;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.36;MQRankSum=-4.973;QD=2.29;ReadPosRankSum=-6.212;SOR=1.405;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:281,38:0.12:319
chr1	120611498	rs2489097	G	C	729.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.154;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=328;ExcessHet=3.0103;FS=14.381;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.17;MQRankSum=-5.278;QD=2.27;ReadPosRankSum=-6.137;SOR=1.220;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:283,38:0.12:321
chr1	120611554	rs75248693	TT	CG	5696.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=-2.388;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=628;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.003;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-10.843;NF=98;NR=53;PP=2944;ReadPosRankSum=-2.630;SC=GAATCTGGCATTCCTTCGCTC;SOR=0.928;SbPval=0.92;Source=Platypus;TC=510;TCF=278;TCR=232;TR=151;WE=120611563;WS=120611544;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:454,168:0.27:622
chr1	120611715	rs2794167	A	G	2016.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=1.594;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=336;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.249;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-2.599;NF=41;NR=94;PP=2552;ReadPosRankSum=-0.924;SC=GGAGGCGTGTAAGGGGTCCCG;SOR=0.520;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=290;TCF=103;TCR=187;TR=135;WE=120611723;WS=120611705;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:212,107:0.34:319
chr1	120611758	rs61790276	G	A	2106.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=2.553;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=239;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.035;HP=4;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.985;NF=33;NR=51;PP=1382;ReadPosRankSum=4.567;SC=GGGGAACCCCGGCGGTTGGCG;SOR=0.614;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=190;TCF=69;TCR=121;TR=84;WE=120611766;WS=120611748;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:140,98:0.41:238
chr1	120611830	rs61790277	G	A	1659.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-1.527;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.759;NF=23;NR=35;PP=972;ReadPosRankSum=-0.376;SC=GAGTGGCCTCGCTCCGCGCCG;SOR=0.657;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=110;TCF=41;TCR=69;TR=58;WE=120611838;WS=120611820;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,73:0.52:140
chr1	120611876	rs11801062	C	T	1608.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.619;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.294;HP=1;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-3.141;NF=34;NR=24;PP=920;ReadPosRankSum=-0.129;SC=AGAGAAGGACCGAGGGGGAGA;SOR=0.963;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=99;TCF=53;TCR=46;TR=58;WE=120611884;WS=120611866;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,73:0.57:127
chr1	120611964	rs11810554	G	C	2721.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.968;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.475;HP=2;HapScore=2;MGOF=54;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-1.733;NF=38;NR=35;PP=1080;ReadPosRankSum=-1.012;SC=CGGGGGCCGCGCAGCACAGCC;SOR=0.536;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=153;TCF=86;TCR=67;TR=73;WE=120611972;WS=120611950;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,110:0.56:195
chr1	120612002	.	CGG	C	1633	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;FR=0.5000;HP=5;HapScore=2;MGOF=95;MMLQ=24;MQ=51.71;NF=19;NR=38;PP=1633;QD=29.2456140351;SC=CACAGCAGAGCGGGGCGCAGG;SbPval=0.11;Source=Platypus;TC=112;TCF=26;TCR=86;TR=57;WE=120612014;WS=120611992;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:55,57:0.51:112
chr1	120612006	rs4021006	G	A	2219.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.915;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FS=0.498;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.66;MQRankSum=-3.352;QD=10.28;ReadPosRankSum=-0.611;SOR=0.767;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:106,110:0.51:216
chr1	120612040	.	T	TCCTCCGCCG	1432.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.695;ClippingRankSum=0.000;DP=216;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.556;HP=4;HapScore=1;MGOF=52;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-3.573;NF=13;NR=46;PP=831;ReadPosRankSum=2.140;SC=CGCCTCCTCCTCCGCCGCCGC;SOR=1.169;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=105;TCF=24;TCR=81;TR=59;WE=120612053;WS=120612021;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:136,62:0.31:198
chr1	120612154	rs56375229	C	G	1198.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.666;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.45;MQRankSum=-2.990;QD=9.44;ReadPosRankSum=-1.006;SOR=0.686;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:91,36:0.28:127
chr1	120612163	rs55899574	C	A	1213.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.018;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.58;MQRankSum=-3.234;QD=9.95;ReadPosRankSum=-1.573;SOR=0.738;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:86,36:0.30:122
chr1	120612168	rs11801102	C	T	319.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.185;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FS=4.036;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.55;MQRankSum=-1.850;QD=2.60;ReadPosRankSum=-0.217;SOR=1.117;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:95,28:0.23:123
chr1	120612194	rs79247096	C	G	130.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.390;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FS=3.915;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.80;MQRankSum=-0.651;QD=1.59;ReadPosRankSum=0.702;SOR=0.324;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:66,16:0.20:82
chr1	120612223	rs372622310	AGCC	A	313.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.709;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=1.203;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.29;MQRankSum=-0.924;QD=5.23;ReadPosRankSum=-1.096;SOR=0.483;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:47,13:0.22:60
chr1	120612265	rs375584849	A	G	137.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=4.281;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=11.806;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-4.611;NF=1;NR=8;PP=136;ReadPosRankSum=-2.604;SC=CGGGTGTGCAACGAAGCAGCC;SOR=2.833;SbPval=0.98;Source=Platypus;TC=30;TCF=11;TCR=19;TR=9;WE=120612273;WS=120612255;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,9:0.22:41
chr1	121115761	rs150166046	T	G	215.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.969;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.18;MQRankSum=-0.118;QD=3.60;ReadPosRankSum=0.622;SOR=0.354;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:46,14:0.23:60
chr1	121115786	rs199825051	C	A	882.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.615;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FS=30.264;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.22;MQRankSum=-2.667;QD=7.68;ReadPosRankSum=2.253;SOR=3.690;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:64,51:0.44:115
chr1	121116121	rs201302047	T	C	326.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.351;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=44.91;MQRankSum=-1.992;QD=8.17;ReadPosRankSum=0.291;SOR=0.727;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,18:0.45:40
chr1	121116647	rs2772072	T	A	935.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.261;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FS=13.006;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.83;MQRankSum=-7.668;QD=6.24;ReadPosRankSum=-0.119;SOR=0.219;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:91,59:0.39:150
chr1	121116678	rs61806689	C	T	6870.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.193;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=291;ExcessHet=3.0103;FS=26.201;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.17;MQRankSum=2.674;QD=23.61;ReadPosRankSum=0.147;SOR=1.570;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:120,171:0.59:291
chr1	121116688	rs61806690	A	G	7895.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.575;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=346;ExcessHet=3.0103;FS=32.324;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.74;MQRankSum=1.877;QD=22.82;ReadPosRankSum=-3.147;SOR=1.492;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:123,223:0.64:346
chr1	121116733	rs61806691	A	G	1304.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.201;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=481;ExcessHet=3.0103;FS=7.590;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.41;MQRankSum=-5.642;QD=2.72;ReadPosRankSum=4.288;SOR=0.841;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:372,108:0.22:480
chr1	121116933	rs79097880	T	C	2375.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=8;NR=56;PP=1690;SC=ATTAGGAAGATAGCAGCCATG;SOR=3.056;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=64;TCF=8;TCR=56;TR=64;WE=121116941;WS=121116923;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr1	121116953	rs78187610	A	G	1401.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=35;PP=1007;SC=GATCCATCAGAGTGCTTGCCA;SOR=3.816;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=39;TCF=4;TCR=35;TR=39;WE=121116961;WS=121116943;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr1	121124501	rs201210511	C	A	215.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.093;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=3.259;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.56;MQRankSum=-1.618;QD=5.68;ReadPosRankSum=-0.033;SOR=1.508;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,12:0.32:38
chr1	121124514	rs201833112	G	A	173.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.030;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=11.695;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=45.05;MQRankSum=-2.508;QD=5.61;ReadPosRankSum=2.386;SOR=3.611;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,9:0.29:31
chr1	144013853	rs6600697	T	C	661.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.119;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=499;ExcessHet=3.0103;FS=0.745;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.34;ReadPosRankSum=-0.284;SOR=0.602;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:417,77:0.16:494
chr1	144013865	rs6600696	T	G	3080.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-3.356;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=594;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.955;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=79;NR=48;PP=1851;ReadPosRankSum=-0.307;SC=TATTTAGGGCTGTCTTTCTGA;SOR=0.528;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=406;TCF=269;TCR=137;TR=127;WE=144013873;WS=144013843;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:402,185:0.32:587
chr1	144014051	rs1884147	G	A	3879.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.351;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=691;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.204;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=90;PP=1748;ReadPosRankSum=-1.026;SC=CTGGCAGAACGCTTCCTGGCC;SOR=0.842;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=443;TCF=166;TCR=277;TR=134;WE=144014059;WS=144014041;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:454,220:0.33:674
chr1	144014068	rs1884146	T	C	7027.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-2.682;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=538;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.165;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=77;NR=147;PP=2962;ReadPosRankSum=0.097;SC=GGCCAAGACATGCAGCACCAA;SOR=0.605;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=365;TCF=122;TCR=243;TR=224;WE=144014076;WS=144014058;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:196,331:0.63:527
chr1	144052641	.	CAAA	C	1219.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.168;ClippingRankSum=0.000;DP=125;ExcessHet=3.0103;FS=27.811;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.32;MQRankSum=1.886;QD=12.20;ReadPosRankSum=3.097;SOR=2.229;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:44,56:0.56:100
chr1	144052752	.	T	C	1364.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.088;ClippingRankSum=0.000;DP=594;ExcessHet=3.0103;FS=0.659;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.36;MQRankSum=-0.515;QD=2.36;ReadPosRankSum=0.006;SOR=0.797;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:455,123:0.21:578
chr1	144680070	rs150219082	T	C	662.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=41.89;QD=30.13;SOR=3.258;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr1	144854412	rs77812232	A	C	1262.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=2.251;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=40;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.048;NF=34;NR=4;PP=821;ReadPosRankSum=1.842;SC=AATCAGTCTCAACTCCCAACA;SOR=0.604;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=57;TCF=50;TCR=7;TR=38;WE=144854420;WS=144854407;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,49:0.71:69
chr1	144854452	rs3863690	T	A	134.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.518;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FS=1.080;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.52;MQRankSum=0.934;QD=0.98;ReadPosRankSum=-0.399;SOR=0.819;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:120,17:0.12:137
chr1	144854454	rs2274129	A	C	379.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.015;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FS=0.941;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.31;MQRankSum=-0.673;QD=2.53;ReadPosRankSum=0.342;SOR=0.810;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:129,21:0.14:150
chr1	144854491	rs2798856	T	G	4442.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.879;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=251;ExcessHet=3.0103;FS=1.530;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.97;MQRankSum=4.448;QD=17.70;ReadPosRankSum=0.479;SOR=0.585;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:134,117:0.47:251
chr1	144854497	rs2653676	A	G	4704.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.381;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=269;ExcessHet=3.0103;FS=3.327;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.05;MQRankSum=4.630;QD=17.49;ReadPosRankSum=-0.560;SOR=0.530;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:139,130:0.48:269
chr1	144854528	rs78461771	A	G	1113.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.062;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=390;ExcessHet=3.0103;FS=11.072;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.55;MQRankSum=-17.017;QD=2.86;ReadPosRankSum=2.266;SOR=1.340;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:337,53:0.14:390
chr1	144854537	rs3851872	T	C	1155.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.455;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=423;ExcessHet=3.0103;FS=5.209;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.67;MQRankSum=-16.859;QD=2.73;ReadPosRankSum=1.687;SOR=1.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:365,58:0.14:423
chr1	144854581	rs78371650	T	C	1708.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.648;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=396;ExcessHet=3.0103;FS=1.614;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.46;MQRankSum=-15.380;QD=4.33;ReadPosRankSum=-0.365;SOR=0.581;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:327,68:0.17:395
chr1	144854594	rs79028512	G	T	1759.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.394;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=361;ExcessHet=3.0103;FS=1.062;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.43;MQRankSum=-14.577;QD=4.89;ReadPosRankSum=0.244;SOR=0.772;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:296,64:0.18:360
chr1	144854597	rs3851873	T	C	8929.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.631;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=350;ExcessHet=3.0103;FS=0.408;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.38;MQRankSum=-5.053;QD=25.66;ReadPosRankSum=0.132;SOR=0.738;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:124,224:0.64:348
chr1	144854597	.	TC	CT	1468	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;FR=0.5000;HP=1;HapScore=1;MGOF=32;MMLQ=28;MQ=57.84;NF=35;NR=48;PP=1468;QD=18.3309382514;SC=TCTGAAGGAGTCGCTCCTGTT;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=212;TCF=88;TCR=124;TR=83;WE=144854606;WS=144854571;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:129,83:0.39:212
chr1	144854598	rs3863691	C	T	6004.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.067;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=343;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.37;MQRankSum=6.283;QD=17.61;ReadPosRankSum=0.218;SOR=0.696;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:184,157:0.46:341
chr1	144859720	rs678786	G	C	1521.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=30;NR=10;PP=918;SC=GTGATCTCCCGACTGGCCAAG;SOR=1.835;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=40;TCF=30;TCR=10;TR=40;WE=144859728;WS=144859710;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr1	144860026	rs1699819	G	C	1307.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=2.077;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.385;NF=16;NR=32;PP=855;ReadPosRankSum=1.264;SC=TGGTAACATTGACCCAAGTAT;SOR=0.738;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=117;TCF=38;TCR=79;TR=48;WE=144860034;WS=144860016;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,62:0.41:152
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chr1	144866509	rs924667	G	A	1845.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=2.614;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.641;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=12;PP=985;ReadPosRankSum=-1.624;SC=CATAAGGAGCGAGTGAAGTAA;SOR=0.902;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=173;TCF=135;TCR=38;TR=67;WE=144866517;WS=144866499;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:131,92:0.41:223
chr1	144866643	rs1620560	G	A	6730.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.288;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=834;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=99;NR=107;PP=2962;ReadPosRankSum=0.672;SC=TCCCGTAGGCGGTCATTGATG;SOR=0.709;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=480;TCF=233;TCR=247;TR=206;WE=144866651;WS=144866633;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:484,348:0.42:832
chr1	144866662	rs1064044	T	C	6623.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.376;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=774;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=89;NR=114;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.030;SC=TGCAGATGGATTCCTCCAGGC;SOR=0.752;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=469;TCF=214;TCR=255;TR=203;WE=144866671;WS=144866652;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:436,335:0.43:771
chr1	144868170	rs1628310	C	T	2253.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-2.141;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=252;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.104;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=68;PP=1352;ReadPosRankSum=-1.888;SC=ACAGTGCTGGCACCTGGGCAG;SOR=0.973;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=196;TCF=43;TCR=153;TR=83;WE=144868178;WS=144868160;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:137,105:0.43:242
chr1	144868204	rs1747951	A	C	1091.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=3.922;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.913;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=35;PP=765;ReadPosRankSum=-1.367;SC=TAAGAAGCAAATGGGGTGTCA;SOR=0.534;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=109;TCF=15;TCR=94;TR=42;WE=144868212;WS=144868194;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,47:0.38:124
chr1	144871738	rs1698605	C	A	611.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.383;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.330;HP=1;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-1.653;NF=12;NR=2;PP=278;ReadPosRankSum=0.181;SC=TCCTGCTGAGCCTCAGCCAAG;SOR=0.954;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=34;TCF=27;TCR=7;TR=14;WE=144871746;WS=144871728;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,18:0.42:43
chr1	144871755	rs1778159	A	T	581.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=3.510;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.760;HP=3;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=2;PP=254;ReadPosRankSum=2.251;SC=CAAGGAGACCACTGGTGTCTC;SOR=1.292;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=39;TCF=30;TCR=9;TR=14;WE=144871763;WS=144871745;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,18:0.34:53
chr1	144871782	rs1778158	A	G	595.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=2.368;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.360;HP=3;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=6;PP=353;ReadPosRankSum=-0.449;SC=GCCAAGGAGGAGAGGGCCAGT;SOR=1.493;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=58;TCF=35;TCR=23;TR=21;WE=144871790;WS=144871772;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,29:0.38:76
chr1	144871889	rs1698606	A	C	1456.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.133;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=24;PP=675;ReadPosRankSum=1.649;SC=AGCCTAGGAAAAGAAAGTTAA;SOR=0.659;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=85;TCF=36;TCR=49;TR=41;WE=144871897;WS=144871879;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,71:0.51:139
chr1	144873818	rs1610566	A	G	1242.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=2.231;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.519;HP=4;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=6;PP=797;ReadPosRankSum=1.598;SC=TTGAAGAAAAATCAAACAGGC;SOR=0.399;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=78;TCF=70;TCR=8;TR=43;WE=144873826;WS=144873808;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,49:0.53:93
chr1	144873840	rs1627335	A	G	1696.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.758;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.275;HP=3;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=16;PP=1006;ReadPosRankSum=1.259;SC=GCAGAGAAAGAGGAGATGAAG;SOR=0.495;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=138;TCF=107;TCR=31;TR=63;WE=144873848;WS=144873830;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,76:0.46:166
chr1	144873887	rs1699787	C	T	3189.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.107;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=392;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.278;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=75;NR=42;PP=1628;ReadPosRankSum=-0.228;SC=CTGAATGGGCCTGGTTGGCCT;SOR=0.571;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=273;TCF=182;TCR=91;TR=117;WE=144873895;WS=144873877;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:219,161:0.42:380
chr1	144874038	rs1419160	T	C	3986.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.356;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=473;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=84;PP=1955;ReadPosRankSum=-2.120;SC=ATCTATAAAATCCATGAATGA;SOR=0.676;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=316;TCF=117;TCR=199;TR=133;WE=144874046;WS=144874028;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:252,203:0.45:455
chr1	144874070	rs1610565	C	T	1962.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-2.878;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=246;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=54;PP=1069;ReadPosRankSum=0.285;SC=TGATGTTCTACAGAGAACTGG;SOR=0.667;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=190;TCF=53;TCR=137;TR=73;WE=144874078;WS=144874060;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:143,98:0.41:241
chr1	144874088	rs1419158	G	C	1432.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.382;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=44;PP=966;ReadPosRankSum=0.865;SC=TGGAATCCTGGCCTTATGTTT;SOR=0.756;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=134;TCF=27;TCR=107;TR=55;WE=144874096;WS=144874078;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:94,65:0.41:159
chr1	144874641	rs1610771	G	C	625.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-1.627;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.891;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=9;PP=454;ReadPosRankSum=-0.859;SC=TCTCCACTCAGCCTAGACAAA;SOR=0.841;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=84;TCF=61;TCR=23;TR=32;WE=144874649;WS=144874631;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,34:0.36:94
chr1	144874760	rs1610774	T	C	2078.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.481;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=328;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-1.614;NF=33;NR=31;PP=886;ReadPosRankSum=0.499;SC=AGGCTTCCAGTTCATCAGACA;SOR=0.680;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=186;TCF=96;TCR=90;TR=64;WE=144874768;WS=144874750;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:209,116:0.36:325
chr1	144874815	rs1778155	T	C	1562.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.016;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=248;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.248;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=33;PP=662;ReadPosRankSum=0.895;SC=AGACAAGGCATGGCTGCTGGA;SOR=0.849;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=166;TCF=79;TCR=87;TR=60;WE=144874823;WS=144874805;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:159,87:0.35:246
chr1	144874950	rs1747957	G	A	858.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.992;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQ=59.95;MQRankSum=-1.333;NF=12;NR=19;PP=367;ReadPosRankSum=1.278;SC=GGTCACCGAAGCCAACCTGTC;SOR=0.628;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=88;TCF=31;TCR=57;TR=31;WE=144874958;WS=144874940;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:89,49:0.36:138
chr1	144875979	rs71664005	G	C	2429.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.848;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=353;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.840;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=33;PP=1198;ReadPosRankSum=1.353;SC=TGAATTACCTGAGGGCCAGTG;SOR=0.755;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=231;TCF=132;TCR=99;TR=83;WE=144875987;WS=144875969;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:212,132:0.38:344
chr1	144877176	rs2762875	C	T	832.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.244;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-5.862;NF=22;NR=11;PP=491;ReadPosRankSum=-0.048;SC=TTTTGCATGCCGGGTGATAAG;SOR=0.641;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=79;TCF=54;TCR=25;TR=33;WE=144877184;WS=144877166;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,40:0.42:96
chr1	144877366	rs1807092	A	G	1531.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.011;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.676;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=38;PP=849;ReadPosRankSum=-1.665;SC=CTATGAGAACATCTCTAAGGA;SOR=0.610;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=104;TCF=35;TCR=69;TR=58;WE=144877374;WS=144877356;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,70:0.54:130
chr1	144877390	rs1807093	G	A	951.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-0.408;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.880;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=29;PP=685;ReadPosRankSum=1.345;SC=CCCCCAAGCTGAATTCTGGCA;SOR=0.846;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=73;TCF=20;TCR=53;TR=39;WE=144877398;WS=144877380;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,42:0.49:86
chr1	144879264	rs2798901	A	G	10897.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=422;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=127;NR=104;PP=2965;SC=CTCAGCTTCCAGGGTCTTTCC;SOR=0.824;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=231;TCF=127;TCR=104;TR=231;WE=144879272;WS=144879254;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,420:1.00:420
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chr1	144882823	rs1698647	C	T	11843.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.282;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1258;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.523;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=159;NR=212;PP=2962;ReadPosRankSum=0.495;SC=TCAGACATTGCTTCTCCCATC;SOR=0.633;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=755;TCF=313;TCR=442;TR=371;WE=144882831;WS=144882813;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:655,589:0.47:1244
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chr1	144886092	rs1343472	C	T	1159.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.393;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.626;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=13;PP=677;ReadPosRankSum=-1.251;SC=GGAAGAATGTCCTACCTGATG;SOR=0.761;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=97;TCF=66;TCR=31;TR=39;WE=144886100;WS=144886082;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:101,57:0.36:158
chr1	144886197	rs1698624	A	T	2449.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.376;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=304;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.883;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=43;PP=1101;ReadPosRankSum=-0.962;SC=TGCTGGTGGAACTCAGCCCTC;SOR=0.729;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=189;TCF=93;TCR=96;TR=83;WE=144886205;WS=144886187;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:169,129:0.43:298
chr1	144886350	rs2296230	G	T	1072.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.576;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.97;ReadPosRankSum=1.214;SOR=0.701;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:94,60:0.39:154
chr1	144886409	rs1620507	A	C	546.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=1.686;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.510;HP=4;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=18;PP=402;ReadPosRankSum=-0.196;SC=AGGCAGTTTTAAATGAGAACA;SOR=0.379;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=68;TCF=16;TCR=52;TR=25;WE=144886417;WS=144886399;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,25:0.37:68
chr1	144890833	rs11447	T	C	1063.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=1.629;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.779;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=10;PP=793;ReadPosRankSum=0.017;SC=CTTGTTAACTTATAATTACAC;SOR=0.930;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=97;TCF=74;TCR=23;TR=43;WE=144890841;WS=144890823;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,46:0.42:109
chr1	144891147	rs76879485	T	C	562.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=4.069;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.934;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.236;NF=2;NR=19;PP=435;ReadPosRankSum=-1.360;SC=CCCACAGTCATTATAACCATC;SOR=1.755;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=45;TCF=7;TCR=38;TR=21;WE=144891155;WS=144891137;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,23:0.42:55
chr1	144892089	rs1614098	G	T	586.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.387;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.758;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-3.871;NF=19;NR=5;PP=368;ReadPosRankSum=2.046;SC=TCCCAAGCAGGTCCTCCGCCC;SOR=1.329;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=58;TCF=42;TCR=16;TR=24;WE=144892097;WS=144892079;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,31:0.38:81
chr1	144892149	rs1698709	G	A	1702.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.835;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.720;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-3.238;NF=36;NR=18;PP=725;ReadPosRankSum=-0.996;SC=TCTGTGGTGCGTTTCAGTTAC;SOR=0.838;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=123;TCF=80;TCR=43;TR=54;WE=144892157;WS=144892139;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:123,90:0.42:213
chr1	144892368	rs1698708	A	T	2016.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-1.645;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=251;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.762;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=25;PP=1281;ReadPosRankSum=-0.702;SC=GGAGAACAGGAAGATGACTGA;SOR=0.958;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=209;TCF=135;TCR=74;TR=81;WE=144892376;WS=144892358;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:151,97:0.39:248
chr1	144895460	rs1698703	C	T	1040.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.902;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.775;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=30;PP=635;ReadPosRankSum=0.327;SC=ACACTGTCTTCAGAACTAACT;SOR=0.789;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=83;TCF=21;TCR=62;TR=38;WE=144895468;WS=144895450;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,50:0.47:106
chr1	144905992	.	T	TA	58.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.171;ClippingRankSum=0.000;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.84;MQRankSum=0.000;QD=1.84;ReadPosRankSum=0.170;SOR=0.536;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,9:0.28:32
chr1	144909956	rs638260	G	A	915.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-2.103;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=17;PP=445;ReadPosRankSum=0.680;SC=CTGTGTCCAAGTCTCCTAAAA;SOR=0.724;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=90;TCF=54;TCR=36;TR=39;WE=144909964;WS=144909946;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,51:0.40:126
chr1	144910082	rs638780	A	G	2171.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=0.627;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.685;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=35;PP=849;ReadPosRankSum=0.689;SC=CATACACACAAGTTGTTCTTT;SOR=0.791;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=81;TCF=32;TCR=49;TR=57;WE=144910090;WS=144910072;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,100:0.70:142
chr1	144912153	rs1628172	A	G	1539.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=0.700;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.992;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=27;PP=1163;ReadPosRankSum=-0.592;SC=TTTCCAAGACAGCCAGTGGGG;SOR=0.410;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=73;TCF=37;TCR=36;TR=58;WE=144912161;WS=144912143;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,61:0.80:76
chr1	144912233	rs1629011	C	T	1926.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=2.056;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.576;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-1.364;NF=34;NR=25;PP=887;ReadPosRankSum=0.768;SC=TAAATATTGGCGCAGGGCCTG;SOR=0.924;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=115;TCF=62;TCR=53;TR=59;WE=144912241;WS=144912223;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,94:0.52:182
chr1	144915412	rs1698684	T	C	1833.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.133;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.559;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=19;PP=983;ReadPosRankSum=0.063;SC=ATGCACTACATGACACTTGTC;SOR=0.905;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=155;TCF=110;TCR=45;TR=70;WE=144915420;WS=144915402;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:118,90:0.43:208
chr1	144915561	rs1778111	G	A	3091.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.495;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=324;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.342;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.158;NF=46;NR=73;PP=1706;ReadPosRankSum=-1.203;SC=CTTTCCTTTCGCTGTAGACGC;SOR=0.795;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=242;TCF=97;TCR=145;TR=119;WE=144915569;WS=144915551;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:169,152:0.47:321
chr1	144915623	rs66512216	AG	A	1905.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-3.040;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.738;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.403;NF=0;NR=39;PP=1446;ReadPosRankSum=-0.145;SC=TTTGCAGAGCAGTGTTGCACT;SOR=0.571;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=90;TCF=1;TCR=89;TR=39;WE=144915631;WS=144915613;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,59:0.43:136
chr1	144916748	rs1747930	C	G	3793.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.790;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=455;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.534;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=80;PP=1752;ReadPosRankSum=-0.852;SC=ACTCTCCATACTCTACAGCCA;SOR=0.610;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=316;TCF=119;TCR=197;TR=132;WE=144916756;WS=144916738;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:247,192:0.44:439
chr1	144917546	rs1698682	A	G	1611.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.182;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.535;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=28;PP=813;ReadPosRankSum=-1.478;SC=AGTCTCTCTAAGTCATGATCT;SOR=0.631;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=138;TCF=68;TCR=70;TR=58;WE=144917554;WS=144917536;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:111,81:0.42:192
chr1	144917841	rs1698681	T	C	780.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.187;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.749;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=-0.627;NF=20;NR=13;PP=357;ReadPosRankSum=-0.365;SC=AGCTTTATCATGTATTCGCTG;SOR=0.582;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=86;TCF=54;TCR=32;TR=33;WE=144917849;WS=144917831;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,42:0.39:107
chr1	144918957	rs1061308	T	A	5989.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.485;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=616;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.516;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-5.694;NF=99;NR=86;PP=2478;ReadPosRankSum=-0.018;SC=ATTCTGCAATTCTTCTTGTAG;SOR=0.735;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=357;TCF=188;TCR=169;TR=185;WE=144918965;WS=144918947;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:312,304:0.49:616
chr1	144919094	rs1698680	C	T	1361.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-5.104;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.927;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=41;PP=860;ReadPosRankSum=0.049;SC=GAAAGAGGAGCAGAGGGTGCC;SOR=0.544;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=99;TCF=15;TCR=84;TR=49;WE=144919102;WS=144919084;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,59:0.51:115
chr1	144921924	rs71664015	G	A	5883.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.012;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=637;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=117;NR=94;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.956;SC=GCATCAGCCAGTTGGCGCTCT;SOR=0.719;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=458;TCF=252;TCR=206;TR=211;WE=144921932;WS=144921914;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:349,284:0.45:633
chr1	144922109	rs1343469	A	G	9730.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=4.702;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1171;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=185;NR=153;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.560;SC=CACAAAGACTAAAAATAAAAT;SOR=0.704;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=810;TCF=444;TCR=366;TR=338;WE=144922117;WS=144922099;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:695,474:0.41:1169
chr1	144922171	rs1343470	C	T	11759.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.692;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1499;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.528;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=190;NR=217;PP=2962;ReadPosRankSum=0.704;SC=TCCTGTCCTACGTGACCCTCA;SOR=0.741;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=953;TCF=451;TCR=502;TR=407;WE=144922179;WS=144922161;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:869,620:0.42:1489
chr1	144922583	rs1359300	G	A	9603.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=2.097;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1133;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.526;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=124;NR=150;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.444;SC=CTTTTGAGACGACTCCTGAGC;SOR=0.782;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=578;TCF=273;TCR=305;TR=274;WE=144922591;WS=144922573;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:618,491:0.44:1109
chr1	144923728	rs369106087	GT	G	6962.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.490;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=588;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.531;HP=2;HapScore=1;MGOF=32;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=105;PP=2948;ReadPosRankSum=1.111;SC=TTTTCCTGGAGTTCTGCCAAG;SOR=0.708;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=269;TCF=84;TCR=185;TR=154;WE=144923736;WS=144923718;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:347,234:0.40:581
chr1	144923823	rs11268079	TAGGAAGAAACGGCA	T	10219.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.227;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=453;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.909;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=124;PP=2954;ReadPosRankSum=0.785;SC=AGTCATGGGCTAGGAAGAAAC;SOR=0.777;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=199;TCF=19;TCR=180;TR=139;WE=144923844;WS=144923813;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:105,255:0.71:360
chr1	144930571	rs2762866	C	A	1486.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.160;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.581;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=17;PP=725;ReadPosRankSum=0.901;SC=CACTATGTAGCCGTTTTGTAT;SOR=0.792;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=106;TCF=68;TCR=38;TR=49;WE=144930579;WS=144930561;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:95,75:0.44:170
chr1	144930596	rs2762867	C	A	2284.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.845;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=234;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.492;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=23;PP=1055;ReadPosRankSum=-0.643;SC=GGACCCGGAGCGGCAAATAAT;SOR=0.656;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=140;TCF=90;TCR=50;TR=64;WE=144930604;WS=144930586;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:118,108:0.48:226
chr1	144930940	rs2147326	T	C	6477.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.692;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=614;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.725;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=96;NR=95;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.607;SC=TCCTCATCTTTCTGTTGTGGA;SOR=0.573;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=392;TCF=185;TCR=207;TR=191;WE=144930948;WS=144930930;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:296,307:0.51:603
chr1	144931330	rs2762745	C	T	9924.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-2.884;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1133;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.524;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=145;NR=162;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.784;SC=TGGAGCAGTGCAGAGTATCTC;SOR=0.758;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=661;TCF=320;TCR=341;TR=307;WE=144931338;WS=144931320;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:612,508:0.45:1120
chr1	144931392	rs2798893	G	A	6994.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.305;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=860;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.759;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=115;NR=144;PP=2962;ReadPosRankSum=-2.387;SC=CTTGATCTCCGCGCCAGAGTC;SOR=0.833;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=589;TCF=272;TCR=317;TR=259;WE=144931400;WS=144931382;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:490,359:0.42:849
chr1	144946510	rs2488977	C	T	4275.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=94;NR=30;PP=2604;SC=TTTAAACTGCCAAGTTTGTAG;SOR=1.973;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=126;TCF=94;TCR=32;TR=124;WE=144946518;WS=144946500;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,148:1.00:148
chr1	144946768	rs2762733	G	A	2183.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.433;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=251;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=50;PP=1037;ReadPosRankSum=-1.965;SC=AGTAAGGACAGTAATTATGAT;SOR=0.663;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=163;TCF=45;TCR=118;TR=68;WE=144946776;WS=144946758;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:139,108:0.44:247
chr1	144946876	rs2798887	C	T	473.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.687;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=1.986;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.47;ReadPosRankSum=0.097;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,14:0.37:38
chr1	144951973	rs77471170	T	C	7104.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-2.069;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=559;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=1.227;NF=168;NR=85;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.533;SC=TAAGTGAATCTATGTCTCTTG;SOR=0.683;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=421;TCF=281;TCR=140;TR=253;WE=144951981;WS=144951963;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:233,321:0.58:554
chr1	144952078	rs71220421	C	A	4130.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.693;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=987;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.67;MQRankSum=-0.722;QD=4.20;ReadPosRankSum=-0.365;SOR=0.697;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:716,268:0.27:984
chr1	144952220	rs139438772	C	T	2391.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.062;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=427;ExcessHet=3.0103;FS=0.580;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.04;MQRankSum=-10.829;QD=5.60;ReadPosRankSum=0.919;SOR=0.594;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:288,139:0.33:427
chr1	144994658	rs1664022	C	A	8043.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.092;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=885;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.784;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=144;NR=100;PP=2962;ReadPosRankSum=0.242;SC=GAAGTAGATGCGCAGCTTGAG;SOR=0.566;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=565;TCF=350;TCR=215;TR=244;WE=144994666;WS=144994648;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:490,386:0.44:876
chr1	144994861	rs2442640	C	T	29758.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.999;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1090;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=403;NR=448;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.854;SC=GCTGGGGCTACGGCGACATGG;SOR=0.794;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=854;TCF=404;TCR=450;TR=851;WE=144994869;WS=144994851;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,1082:1.00:1084
chr1	144994902	rs4649499	G	A	4028.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.171;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1258;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.22;ReadPosRankSum=-0.421;SOR=0.652;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:970,282:0.23:1252
chr1	145014103	rs1778711	G	C	1796.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-4.260;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.895;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=4;PP=1410;ReadPosRankSum=-1.086;SC=CAGGCTGGCTGGCCTTTGGAG;SOR=1.322;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=181;TCF=162;TCR=19;TR=70;WE=145014111;WS=145014093;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:117,73:0.38:190
chr1	145014186	rs66593379	G	GA	2316.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.224;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=683;ExcessHet=3.0103;FS=3.977;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.22;MQRankSum=5.199;QD=3.71;ReadPosRankSum=2.216;SOR=1.054;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:423,201:0.32:624
chr1	145014263	rs1778708	C	T	10540.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-1.022;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1627;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=2.950;NF=185;NR=189;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.082;SC=CACAGCTGTTCGGAGGTTTAG;SOR=0.709;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=1061;TCF=537;TCR=524;TR=374;WE=145014271;WS=145014253;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1008,604:0.37:1612
chr1	145014394	rs1107089	C	T	7920.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=2.535;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=555;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.598;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=123;PP=2621;ReadPosRankSum=1.493;SC=CTTAGGCACACGTTATATGGT;SOR=0.485;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=416;TCF=102;TCR=314;TR=169;WE=145014402;WS=145014384;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:308,234:0.43:542
chr1	145014411	rs1778707	T	C	7116.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.565;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=422;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.343;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=103;PP=2337;ReadPosRankSum=1.258;SC=TGGTGCATATTCTTTGCCCAC;SOR=0.345;SbPval=0.18;Source=Platypus;TC=335;TCF=73;TCR=262;TR=142;WE=145014419;WS=145014401;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:227,186:0.45:413
chr1	145014436	rs3856006	G	A	1936.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=2.680;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=245;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.666;HP=1;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=64;PP=1306;ReadPosRankSum=0.401;SC=ATATCTGGTAGGATGTACAGA;SOR=0.280;SbPval=0.11;Source=Platypus;TC=214;TCF=27;TCR=187;TR=79;WE=145014444;WS=145014426;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:152,90:0.37:242
chr1	145016020	rs657162	T	G	27550.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=1019;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQ=60.05;NF=218;NR=449;PP=2965;SC=AGCTGTCAATTAAACAGAACA;SOR=1.249;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=670;TCF=218;TCR=452;TR=667;WE=145016042;WS=145016010;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,1008:1.00:1008
chr1	145016032	rs112952246	C	CA	4644.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.029;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=814;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.558;HP=11;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=2.413;NF=10;NR=158;PP=2287;ReadPosRankSum=0.584;SC=AACAGAACAACAAAAAAAAAG;SOR=0.765;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=422;TCF=22;TCR=400;TR=168;WE=145016042;WS=145016010;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:401,287:0.42:688
chr1	145017784	rs202050342	CTT	C,CT	490.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.235;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.490;QD=16.36;ReadPosRankSum=2.335;SOR=1.220;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:4,14,12:0.47,0.40:30
chr1	145018023	rs2799192	G	T	1737.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.884;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=260;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.587;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=42;PP=1050;ReadPosRankSum=1.481;SC=AGAAAAAATTGGAAGACAGGG;SOR=0.587;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=186;TCF=74;TCR=112;TR=74;WE=145018031;WS=145018004;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:159,94:0.37:253
chr1	145021089	rs1613515	G	A	6163.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-2.087;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1125;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=146;NR=86;PP=2962;ReadPosRankSum=0.359;SC=AATTTAACAAGGCAAGGCCCA;SOR=0.722;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=736;TCF=457;TCR=279;TR=232;WE=145021097;WS=145021079;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:758,353:0.32:1111
chr1	145038686	rs67176560	AG	A	575.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.496;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FS=4.293;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.24;MQRankSum=3.960;QD=3.13;ReadPosRankSum=-0.764;SOR=1.365;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:146,38:0.21:184
chr1	145038736	rs1663882	C	G	3800.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-4.467;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=455;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=2.260;NF=135;NR=43;PP=2464;ReadPosRankSum=1.179;SC=GTGTTTGTACCGTCTTCACTC;SOR=0.721;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=402;TCF=304;TCR=98;TR=178;WE=145038744;WS=145038726;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:248,196:0.44:444
chr1	145038815	rs2442664	A	G	21794.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.417;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=797;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.089;NF=471;NR=379;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.169;SC=AGATGGAAGCATATCTGTTAT;SOR=1.271;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=857;TCF=473;TCR=384;TR=850;WE=145038823;WS=145038805;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,788:1.00:789
chr1	145038889	rs10797615	G	A	1340.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.870;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=831;ExcessHet=3.0103;FS=0.875;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.63;ReadPosRankSum=-0.539;SOR=0.616;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:677,146:0.18:823
chr1	145038952	rs1663881	C	T	7992.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.312;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=762;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.57;ReadPosRankSum=2.672;SOR=0.712;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:435,321:0.42:756
chr1	145038954	rs10797616	G	T	1516.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.105;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=770;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.99;ReadPosRankSum=3.238;SOR=0.725;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:627,137:0.18:764
chr1	145039026	rs1663880	T	C	3475.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.484;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=400;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.230;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=95;PP=1859;ReadPosRankSum=-1.917;SC=AACTGTTGCCTGGCCTCAATA;SOR=0.783;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=308;TCF=103;TCR=205;TR=140;WE=145039034;WS=145039016;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:219,178:0.45:397
chr1	145039523	rs1663879	G	T	274.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.502;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=606;ExcessHet=3.0103;FS=0.921;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.45;ReadPosRankSum=0.655;SOR=0.820;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:533,71:0.12:604
chr1	145039562	rs1663878	C	T	9369.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.442;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1047;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.811;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=228;NR=104;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.289;SC=AAGTCTGGAGCGCGGCGAGAA;SOR=0.865;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=710;TCF=478;TCR=232;TR=332;WE=145039570;WS=145039552;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:580,450:0.44:1030
chr1	145039821	rs7554603	C	A	1990.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.605;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=341;ExcessHet=3.0103;FS=0.661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.94;ReadPosRankSum=-1.247;SOR=0.778;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:263,72:0.21:335
chr1	145074882	rs3845334	G	T	556.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.077;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=244;ExcessHet=3.0103;FS=2.184;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.30;ReadPosRankSum=1.475;SOR=0.509;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:196,46:0.19:242
chr1	145074939	rs1663854	T	C	3132.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.817;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=579;ExcessHet=3.0103;FS=1.223;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.44;ReadPosRankSum=-1.228;SOR=0.783;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:395,181:0.31:576
chr1	145074975	rs56128713	G	A	516.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.193;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=801;ExcessHet=3.0103;FS=1.656;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.65;ReadPosRankSum=0.686;SOR=0.546;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:681,109:0.14:790
chr1	145075208	rs6424335	T	A	2088.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.614;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=259;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.661;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=58;PP=1199;ReadPosRankSum=-0.343;SC=CGATCCTTCATCTTTCATGCC;SOR=0.828;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=198;TCF=58;TCR=140;TR=80;WE=145075216;WS=145075198;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:147,103:0.41:250
chr1	145075234	rs9424815	C	T	182.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.378;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FS=6.021;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.07;ReadPosRankSum=-0.559;SOR=1.341;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:146,25:0.15:171
chr1	145075519	rs2596337	G	C	846.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=2.839;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.858;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=6;PP=510;ReadPosRankSum=0.968;SC=TCTTCAGTCCGGGGCCCCAGC;SOR=0.837;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=70;TCF=52;TCR=18;TR=28;WE=145075527;WS=145075509;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,39:0.42:93
chr1	145075683	rs2762779	C	T	4061.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.368;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=503;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=76;NR=56;PP=1999;ReadPosRankSum=2.693;SC=CCGCTGCTGCCCAGCTCCCGG;SOR=0.719;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=305;TCF=171;TCR=134;TR=132;WE=145075691;WS=145075673;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:292,204:0.41:496
chr1	145075854	rs1663853	G	C	9171.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.702;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=959;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.521;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=126;NR=137;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.100;SC=CGCTGTCTGTGCCCTTCATGG;SOR=0.706;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=566;TCF=283;TCR=283;TR=263;WE=145075862;WS=145075844;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:502,451:0.47:953
chr1	145075923	rs6656135	C	T	3840.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.100;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=715;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.569;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=91;PP=2011;ReadPosRankSum=-0.729;SC=TTCCTGGTGTCTTCCGGGACT;SOR=0.757;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=462;TCF=188;TCR=274;TR=151;WE=145075931;WS=145075913;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:491,223:0.31:714
chr1	145103844	rs2590144	G	A	1387.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.612;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=385;ExcessHet=3.0103;FS=7.734;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.63;ReadPosRankSum=-0.278;SOR=1.130;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:292,90:0.24:382
chr1	145103928	rs2596251	G	A	194.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.500;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1039;ExcessHet=3.0103;FS=0.809;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.02;MQRankSum=3.727;QD=0.19;ReadPosRankSum=-0.894;SOR=0.646;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:901,130:0.13:1031
chr1	145103947	rs2794062	T	C	3937.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.638;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1048;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.02;MQRankSum=2.397;QD=3.80;ReadPosRankSum=2.661;SOR=0.688;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:768,268:0.26:1036
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chr1	145109456	rs7553975	C	T	2939.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.918;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=593;ExcessHet=3.0103;FS=1.316;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.03;ReadPosRankSum=1.899;SOR=0.571;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:417,168:0.29:585
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chr1	145282093	rs199946317	G	A	265.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.581;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=413;ExcessHet=3.0103;FS=1.382;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.37;MQRankSum=-9.763;QD=0.67;ReadPosRankSum=-0.013;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:350,49:0.12:399
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chr1	145457039	.	CTCT	C	169.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.114;ClippingRankSum=0.000;DP=84;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.23;ReadPosRankSum=-0.973;SOR=0.673;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:66,10:0.13:76
chr1	145507826	rs872786	A	T	1016.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.519;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=26;PP=558;ReadPosRankSum=0.920;SC=GGTCGTAAGGATGGGAATCGA;SOR=0.703;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=100;TCF=41;TCR=59;TR=43;WE=145507834;WS=145507816;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,56:0.39:144
chr1	145510376	rs147038428	A	G	154.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=47.50;QD=25.81;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr1	145517561	rs4471211	C	T	967.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=2.032;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.043;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=31;PP=643;ReadPosRankSum=0.248;SC=AGTAATTAGGCGGACTGGAGA;SOR=0.518;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=75;TCF=15;TCR=60;TR=40;WE=145517569;WS=145517551;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,43:0.54:79
chr1	145531980	rs4384171	T	C	1559.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=58;NR=12;PP=1488;SC=GGCAAGATGCTTGACCTCAGG;SOR=2.917;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=74;TCF=58;TCR=16;TR=70;WE=145531988;WS=145531970;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr1	145532010	rs370509438	CTG	C	303.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.148;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FS=2.279;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.89;ReadPosRankSum=-0.094;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:53,25:0.32:78
chr1	145532549	rs1328584	T	C	8290.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=311;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=116;NR=89;PP=2965;SC=AGCGATTCTTTTTCAATGTCA;SOR=0.867;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=206;TCF=116;TCR=90;TR=205;WE=145532557;WS=145532539;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,309:1.00:309
chr1	145532994	rs34834904	GT	G	5050.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.056;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.305;HP=8;HapScore=4;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=36;PP=2751;ReadPosRankSum=2.015;SC=CTCCTGGAACGTTTTTTTTCT;SOR=0.478;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=111;TCF=51;TCR=60;TR=59;WE=145533009;WS=145532984;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,127:0.62:204
chr1	145533001	rs35103913	T	C	5198.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.915;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.096;HP=7;HapScore=4;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=37;PP=2733;ReadPosRankSum=2.448;SC=AACGTTTTTTTTCTCTTTATT;SOR=0.503;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=139;TCF=81;TCR=58;TR=80;WE=145533009;WS=145532984;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,134:0.60:222
chr1	145533175	rs11590105	T	C	3647.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.531;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=265;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.132;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=56;PP=1728;ReadPosRankSum=0.704;SC=CCCCCCTGCATTGCAGAACCA;SOR=0.833;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=153;TCF=66;TCR=87;TR=96;WE=145533183;WS=145533165;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:100,161:0.62:261
chr1	145533314	rs2274619	T	C	5019.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.976;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=391;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.762;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=96;NR=67;PP=2747;ReadPosRankSum=-0.033;SC=TGACCTCTGGTTACTTCCCTT;SOR=0.835;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=260;TCF=149;TCR=111;TR=163;WE=145533322;WS=145533304;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:153,224:0.59:377
chr1	145535921	rs2274617	T	C	9109.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=3.013;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=666;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=149;NR=116;PP=2962;ReadPosRankSum=1.148;SC=TAAAATGCATTACAGGCAACT;SOR=0.668;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=440;TCF=247;TCR=193;TR=265;WE=145535929;WS=145535911;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:258,400:0.61:658
chr1	145538664	rs1109216	A	G	2241.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=2.118;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.987;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=27;PP=1032;ReadPosRankSum=-1.556;SC=TGCTGATCATATGCCCCTGTG;SOR=0.879;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=104;TCF=59;TCR=45;TR=66;WE=145538672;WS=145538654;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,102:0.61:166
chr1	145555653	rs6424379	C	T	4225.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.521;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=725;ExcessHet=3.0103;FS=0.558;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.88;ReadPosRankSum=2.243;SOR=0.638;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:482,237:0.33:719
chr1	145558565	rs11801520	C	G	3381.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=25;NR=71;PP=2273;SC=GGCTGCTGCTCTCTCTCAGCT;SOR=1.823;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=96;TCF=25;TCR=71;TR=96;WE=145558573;WS=145558555;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr1	145559010	rs374630197	CGT	C	551.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.968;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=524;ExcessHet=3.0103;FS=2.924;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.02;MQRankSum=2.667;QD=1.27;ReadPosRankSum=1.894;SOR=0.411;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:380,54:0.12:434
chr1	145560918	rs41296196	G	A	2302.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.154;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=332;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.854;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=33;PP=766;ReadPosRankSum=-0.117;SC=CCCAGATCTCGCATCCCAGGT;SOR=0.745;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=210;TCF=105;TCR=105;TR=72;WE=145560926;WS=145560908;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:199,129:0.39:328
chr1	145561594	rs6670984	C	T	11908.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-2.702;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=899;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=177;NR=167;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.716;SC=ACAGGGGCCACCCCAGAGCCC;SOR=0.716;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=567;TCF=289;TCR=278;TR=344;WE=145561602;WS=145561584;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:339,555:0.62:894
chr1	145562087	rs41315701	G	A	1642.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.335;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=280;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.541;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=30;PP=860;ReadPosRankSum=0.760;SC=CCTGGGGCTCGAGGAGAGCCT;SOR=0.637;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=201;TCF=97;TCR=104;TR=60;WE=145562095;WS=145562077;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:190,89:0.32:279
chr1	145562293	rs11579366	G	C	2478.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.977;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=422;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=38;PP=1215;ReadPosRankSum=-1.508;SC=GCCCAAGCCAGAGGCGCAGGT;SOR=0.723;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=240;TCF=126;TCR=114;TR=81;WE=145562301;WS=145562283;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:278,137:0.33:415
chr1	145562881	rs10910824	T	C	2372.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.694;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.388;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=36;PP=1013;ReadPosRankSum=0.149;SC=AAAGGCTCTGTTGGAAAAGTA;SOR=1.071;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=105;TCF=45;TCR=60;TR=57;WE=145562889;WS=145562871;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,107:0.59:180
chr1	145566535	rs1819347	C	T	1944.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=3.294;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.492;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=12;PP=1211;ReadPosRankSum=-0.821;SC=TAGTGAACACCACACAGAAGA;SOR=1.069;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=111;TCF=85;TCR=26;TR=61;WE=145566543;WS=145566525;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,80:0.57:140
chr1	145567008	rs45624331	T	G	815.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=2.426;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.159;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=5;PP=372;ReadPosRankSum=0.026;SC=ACATGTGACTTCCCATTGATG;SOR=1.236;SbPval=0.92;Source=Platypus;TC=62;TCF=40;TCR=22;TR=23;WE=145567016;WS=145566998;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,37:0.40:92
chr1	145581644	.	C	CT	33.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.046;ClippingRankSum=0.000;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.70;ReadPosRankSum=-0.519;SOR=0.846;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,10:0.21:48
chr1	145585317	rs4128488	A	G	5630.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.63;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=72;NR=40;PP=2112;SC=TGGGGAAGTCAGGATTGAGAT;SOR=1.032;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=112;TCF=72;TCR=40;TR=112;WE=145585325;WS=145585307;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,216:1.00:216
chr1	145586780	rs10910829	T	C	6224.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.001;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=495;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.102;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=71;NR=100;PP=2840;ReadPosRankSum=-1.358;SC=ACTGTGGAGCTCTCCAGTCCT;SOR=0.884;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=290;TCF=132;TCR=158;TR=171;WE=145586788;WS=145586770;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:196,289:0.60:485
chr1	145587858	rs77271458	CT	C	135.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.101;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FS=1.400;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.14;MQRankSum=0.000;QD=2.34;ReadPosRankSum=-0.753;SOR=1.148;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,21:0.36:58
chr1	145588536	rs9286836	C	T	19205.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=721;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=244;NR=197;PP=2965;SC=TTTGCTTGCCCCTCCCTCAGC;SOR=0.844;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=443;TCF=244;TCR=199;TR=441;WE=145588544;WS=145588526;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,708:1.00:708
chr1	145594220	rs11589437	C	T	4792.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.528;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=336;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.401;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=91;PP=2431;ReadPosRankSum=0.296;SC=GAGACATCTTCCCTAACCTGG;SOR=0.604;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=221;TCF=78;TCR=143;TR=143;WE=145594228;WS=145594210;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:118,212:0.64:330
chr1	145594869	.	C	T	370.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.394;ClippingRankSum=0.000;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=4;PP=180;ReadPosRankSum=-0.147;SC=CTATTGATTCCTATTTCTAGA;SOR=0.724;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=28;TCF=18;TCR=10;TR=12;WE=145594877;WS=145594859;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,17:0.47:36
chr1	145597116	rs9728311	C	T	3637.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=22;NR=74;PP=2027;SC=TTCCCAGTCACAGATGGGGTG;SOR=1.999;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=99;TCF=24;TCR=75;TR=96;WE=145597124;WS=145597106;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr1	145598459	rs9729715	T	C	6125.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=97;NR=67;PP=2965;SC=AGGAGGATGATACTAGGTATC;SOR=1.109;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=164;TCF=97;TCR=67;TR=164;WE=145598467;WS=145598449;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,209:1.00:209
chr1	145601861	rs9286837	G	A	5558.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.520;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=93;PP=2848;ReadPosRankSum=-0.692;SC=GGCTGAGGAAGAGATTTAGAG;SOR=0.544;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=134;TCF=40;TCR=94;TR=133;WE=145601869;WS=145601851;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,206:1.00:207
chr1	145687100	rs80314439	A	G	2394.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.062;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=359;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.297;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=53;PP=1145;ReadPosRankSum=-0.062;SC=TGGTGAGTACAGCAAGTCATG;SOR=0.780;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=240;TCF=104;TCR=136;TR=89;WE=145687108;WS=145687090;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:221,134:0.38:355
chr1	145706564	.	C	CA	214.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.013;ClippingRankSum=0.000;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.61;MQRankSum=-1.285;QD=4.47;ReadPosRankSum=0.093;SOR=0.749;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,26:0.54:48
chr1	145826770	rs34955113	G	A	550.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.373;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.616;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=3;PP=401;ReadPosRankSum=-1.376;SC=CAGAGTGACTGGCGCAGGACG;SOR=1.249;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=61;TCF=49;TCR=12;TR=23;WE=145826778;WS=145826760;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,26:0.37:71
chr1	146321029	rs367739467	C	T	175.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.458;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=43.16;MQRankSum=-0.279;QD=10.99;ReadPosRankSum=0.055;SOR=0.180;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,8:0.50:16
chr1	146633933	rs1036852	G	A	1531.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-0.878;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=15;PP=657;ReadPosRankSum=-1.534;SC=CACCTCTGTAGTAATCCTAAC;SOR=0.758;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=83;TCF=53;TCR=30;TR=45;WE=146633941;WS=146633923;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,73:0.59:124
chr1	146643555	rs1348316	A	G	2677.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-0.321;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.059;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=38;PP=1005;ReadPosRankSum=0.932;SC=AACTGCGGGCATGGGACGCTT;SOR=0.614;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=128;TCF=67;TCR=61;TR=78;WE=146643563;WS=146643545;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,132:0.60:219
chr1	146656292	rs4950385	A	G	1531.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=12;NR=26;PP=780;SC=CATACTATCAATGTGACTTAT;SOR=1.382;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=39;TCF=13;TCR=26;TR=38;WE=146656300;WS=146656282;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr1	146672906	rs894469	C	T	13025.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=489;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=146;NR=161;PP=2965;SC=CTTCCAGAAACGGAAAGTCAA;SOR=0.735;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=307;TCF=146;TCR=161;TR=307;WE=146672914;WS=146672896;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,486:1.00:486
chr1	146673178	rs6683215	A	G	1413.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=36;PP=1039;SC=AGGTAAACAGAATGCCAATAA;SOR=5.283;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=38;TCF=2;TCR=36;TR=38;WE=146673186;WS=146673168;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr1	146680262	rs2354433	A	G	1754.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=40;NR=8;PP=1221;SC=CCGCCTCCCAAAGTGCTGGGA;SOR=2.917;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=48;TCF=40;TCR=8;TR=48;WE=146680270;WS=146680252;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr1	146685121	rs1530336	G	A	1213.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=33;PP=882;SC=GATATCACAGGCACTATCACA;SOR=2.780;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=39;TCF=6;TCR=33;TR=39;WE=146685129;WS=146685111;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr1	146687250	rs1822312	A	T	2004.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=58;NR=4;PP=1693;SC=AAGTAAACATAGGTAACTGAA;SOR=4.548;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=62;TCF=58;TCR=4;TR=62;WE=146687258;WS=146687240;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr1	146714255	rs1890040	A	G	33.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.327;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.25;ReadPosRankSum=0.778;SOR=0.582;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,4:0.27:15
chr1	146714281	rs1890041	C	G	93.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.375;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.187;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=1;PP=28;ReadPosRankSum=-2.445;SC=GCGCAGTCGCCCGCCCCCGCG;SOR=0.269;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=13;TCF=10;TCR=3;TR=4;WE=146714289;WS=146714271;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,6:0.38:16
chr1	146714392	rs1890042	G	C,T	2653.77	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=27;NF=11,31;NR=5,25;PP=180,760;SC=GGGGCCAAGCGCCTGGCTTCT;SOR=0.984;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=72;TCF=42;TCR=30;TR=16,56;WE=146714400;WS=146714382;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.22,0.78:115
chr1	146714588	rs1890043	C	T	234.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.931;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=8;PP=165;ReadPosRankSum=0.241;SC=GTTTACCCGCCCGCGCCAGGG;SOR=0.446;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=22;TCF=6;TCR=16;TR=12;WE=146714596;WS=146714578;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,12:0.44:27
chr1	146724093	rs1890037	A	G	2608.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=39;NR=38;PP=2026;SC=GAATAAGTCTACTCAAAAAGT;SOR=0.742;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=77;TCF=39;TCR=38;TR=77;WE=146724101;WS=146724083;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr1	146727388	rs17160051	G	T	279.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-0.364;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.935;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=2;PP=207;ReadPosRankSum=0.204;SC=ATCCTCCCATGAAATGTAATT;SOR=1.296;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=21;TCF=17;TCR=4;TR=12;WE=146727396;WS=146727378;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,12:0.52:23
chr1	146728149	rs12119390	A	G	950.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=3.817;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.704;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=6;PP=548;ReadPosRankSum=-0.669;SC=GAGTTTATCAATGCCAGCCTT;SOR=1.186;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=97;TCF=71;TCR=26;TR=31;WE=146728170;WS=146728139;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:99,47:0.32:146
chr1	146728162	rs61409326	T	TA	5812.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=46;NR=30;PP=2962;SC=CCAGCCTTTATACGTGTCTTC;SOR=1.536;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=78;TCF=46;TCR=32;TR=76;WE=146728170;WS=146728139;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,158:1.00:158
chr1	146736092	rs4950315	C	T	2256.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.406;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.567;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=23;PP=1174;ReadPosRankSum=1.150;SC=TCTCAGTAGTCTTCAGTCTCC;SOR=0.611;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=117;TCF=81;TCR=36;TR=69;WE=146736100;WS=146736082;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,103:0.57:182
chr1	146739068	rs11239963	T	C	1266.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=2.926;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=343;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.702;HP=8;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.652;NF=59;NR=22;PP=1195;ReadPosRankSum=3.311;SC=GTCTCTCTCTTTTTTTTTAAA;SOR=1.121;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=248;TCF=161;TCR=87;TR=81;WE=146739076;WS=146739056;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:226,98:0.30:324
chr1	146739277	rs4143738	T	C	2663.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.635;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=366;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.371;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=67;PP=1517;ReadPosRankSum=1.321;SC=CTTACTTTGTTTACTTTGTTT;SOR=0.606;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=279;TCF=87;TCR=192;TR=99;WE=146739285;WS=146739267;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:222,133:0.37:355
chr1	146740502	rs17356233	C	G	2990.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.664;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.020;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=35;PP=1521;ReadPosRankSum=0.289;SC=GGAAGCTTCACCTGCTGGATA;SOR=0.793;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=147;TCF=89;TCR=58;TR=88;WE=146740510;WS=146740492;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:100,136:0.58:236
chr1	146740576	rs11576360	G	A	9740.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=375;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=110;NR=104;PP=2965;SC=TGAGCTAATGGCTGTTAAAAC;SOR=0.742;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=216;TCF=111;TCR=105;TR=214;WE=146740584;WS=146740566;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,375:1.00:375
chr1	146747153	rs6680778	T	C	7545.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=289;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=70;NR=111;PP=2965;SC=TTTTCTGCTTTCTTGGCTTGC;SOR=1.080;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=184;TCF=70;TCR=114;TR=181;WE=146747161;WS=146747143;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,283:1.00:283
chr1	146748072	rs7534963	A	G	826.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=16;PP=470;SC=AGTGCTGGCTATGTGCAGGGT;SOR=1.765;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=5;TCR=16;TR=21;WE=146748080;WS=146748062;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr1	146751782	rs7547279	A	C	4840.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=2.478;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.227;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=49;PP=2069;ReadPosRankSum=1.555;SC=TGGAGTCCATACTGGGAGAAA;SOR=0.399;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=110;TCF=60;TCR=50;TR=109;WE=146751790;WS=146751772;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,184:0.99:185
chr1	146759306	rs6703892	T	C	1576.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.116;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FS=0.685;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.61;ReadPosRankSum=0.936;SOR=0.806;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:52,73:0.58:125
chr1	146762984	rs6665723	AG	CA	203.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=3.911;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.634;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=0;PP=168;ReadPosRankSum=0.905;SC=ATAAAAATTCAGGAGTGAAGC;SOR=1.565;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=20;TCR=2;TR=5;WE=146762993;WS=146762983;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,6:0.22:27
chr1	146763089	rs10900333	G	A	1032.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.608;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.809;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=10;PP=610;ReadPosRankSum=0.080;SC=AATTTGAAGAGGGCGAGATAC;SOR=1.208;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=121;TCF=79;TCR=42;TR=41;WE=146763097;WS=146763079;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:139,60:0.30:199
chr1	146763415	rs3737854	T	C	342.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-3.995;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=15;PP=201;ReadPosRankSum=-0.022;SC=TTCTGGAGGCTGAAAGTCCAA;SOR=0.495;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=48;TCF=4;TCR=44;TR=17;WE=146763423;WS=146763405;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,19:0.37:51
chr1	146766069	rs71083827	C	CAT	9643.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=74;NR=44;PP=2965;SC=TGAGTGAAGACGTGTTCTTCT;SOR=1.523;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=119;TCF=75;TCR=44;TR=118;WE=146766077;WS=146766059;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,215:1.00:215
chr1	146767149	rs4950394	G	T	2427.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=34;NR=25;PP=1056;SC=TGTCCTTCATGCACAGTCTTC;SOR=0.829;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=59;TCF=34;TCR=25;TR=59;WE=146767157;WS=146767139;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr1	146767320	rs6537	A	G	238.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.337;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=7;PP=111;ReadPosRankSum=0.866;SC=CTGAGTTTCAATTTGGTTCTC;SOR=0.914;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=32;TCF=9;TCR=23;TR=9;WE=146767328;WS=146767310;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,13:0.35:37
chr1	146767353	rs6538	G	A	118.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-0.293;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=3;PP=23;ReadPosRankSum=-1.778;SC=CTCTGTTTTGGTACCTGTAAT;SOR=0.859;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=3;TCR=14;TR=3;WE=146767361;WS=146767343;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,7:0.33:21
chr1	147087721	rs3737843	T	A	8901.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.769;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=333;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.915;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=82;NR=130;PP=2965;ReadPosRankSum=0.997;SC=TTTCAGAAACTGAGTAATGGT;SOR=0.187;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=215;TCF=83;TCR=132;TR=212;WE=147087729;WS=147087711;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,326:0.99:328
chr1	147091689	rs61751617	G	A	3780.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.354;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=496;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=76;PP=2028;ReadPosRankSum=0.913;SC=TGGAAGGGCCGAATGTCCCCA;SOR=0.670;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=351;TCF=153;TCR=198;TR=136;WE=147091697;WS=147091679;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:292,193:0.40:485
chr1	147091972	rs3820129	C	T	8019.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-2.091;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=301;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=76;NR=113;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.727;SC=CCACATGGAGCCTGGGAATAA;SOR=0.344;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=189;TCF=76;TCR=113;TR=189;WE=147091980;WS=147091962;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,297:1.00:298
chr1	147096794	rs867270	A	G	4355.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=37;NR=80;PP=2501;SC=TCCTTGTCAAAATGAGATTCC;SOR=1.448;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=118;TCF=38;TCR=80;TR=117;WE=147096802;WS=147096784;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,155:1.00:155
chr1	147096828	rs946902	C	G	2609.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=17;NR=57;PP=1664;SC=TGCTTTGAGGCAGTTCCAGGA;SOR=2.049;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=74;TCF=17;TCR=57;TR=74;WE=147096836;WS=147096818;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr1	147119273	rs1344	G	A	10138.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.855;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=403;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=113;NR=107;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.014;SC=AGCAGAGTGCGTGGTATTTTT;SOR=0.729;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=225;TCF=116;TCR=109;TR=220;WE=147119281;WS=147119263;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,395:0.99:399
chr1	147121977	rs6593795	C	T	3321.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=49;NR=31;PP=1599;SC=GCAGAGTCCACGGCTTTCAGC;SOR=0.998;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=80;TCF=49;TCR=31;TR=80;WE=147121985;WS=147121967;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr1	147124310	rs2153463	T	G	2880.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=48;NR=35;PP=1386;SC=TCGATCATCCTTGCAAATCTC;SOR=0.946;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=83;TCF=48;TCR=35;TR=83;WE=147124318;WS=147124300;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr1	147131465	rs6674938	T	C	3420.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=66;NR=27;PP=2061;SC=TATCCTCATGTTCAAGACCTT;SOR=1.552;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=93;TCF=66;TCR=27;TR=93;WE=147131473;WS=147131455;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr1	147131501	rs34675044	A	T	5819.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=224;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=94;NR=53;PP=2748;SC=TCCCCTTTCAAGTGACTCACA;SOR=1.148;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=147;TCF=94;TCR=53;TR=147;WE=147131509;WS=147131491;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,220:1.00:220
chr1	147131945	rs2275552	T	C	764.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=7;NR=17;PP=496;SC=TTGAAATGTATAGCATTAACA;SOR=1.609;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=7;TCR=17;TR=24;WE=147131953;WS=147131935;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr1	147230217	rs1692141	T	C	6723.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=245;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=115;NR=53;PP=2965;SC=CACGTCTTTCTTCTCTGAGCC;SOR=1.439;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=168;TCF=115;TCR=53;TR=168;WE=147230225;WS=147230207;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,241:1.00:241
chr1	147381397	rs34123490	G	GA	862.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.853;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FS=0.737;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.21;MQRankSum=2.049;QD=6.30;ReadPosRankSum=-0.664;SOR=0.829;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:75,62:0.45:137
chr1	147381444	rs1532399	A	C	2300.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=42;NR=102;PP=2965;SC=ATGAAAGGAAAAGGTGCCAAC;SOR=0.941;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=144;TCF=42;TCR=102;TR=144;WE=147381452;WS=147381434;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr1	147806559	rs10752439	C	T	6704.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=252;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=113;NR=49;PP=2965;SC=ACTTAGCTTGCGTTAAGCAAG;SOR=1.407;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=162;TCF=113;TCR=49;TR=162;WE=147806567;WS=147806549;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,246:1.00:246
chr1	147806874	rs2999607	G	C	3197.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.53;SOR=2.395;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr1	147806880	rs537191	T	C	2942.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=46.71;SOR=2.494;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
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chr1	149880863	rs68002561	A	G	6326.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.994;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=496;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=82;NR=101;PP=2962;ReadPosRankSum=0.507;SC=TCAGACCTTGACTATACTAAG;SOR=0.740;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=312;TCF=143;TCR=169;TR=183;WE=149880871;WS=149880853;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:195,290:0.60:485
chr1	149881173	rs55909843	A	C	4483.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.416;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FS=4.913;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=20.66;ReadPosRankSum=0.607;SOR=1.043;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:98,119:0.55:217
chr1	149881183	rs56351279	C	T	4266.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.195;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FS=7.428;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=21.66;ReadPosRankSum=-0.010;SOR=1.199;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:88,109:0.55:197
chr1	149900985	rs71664710	CA	C	314.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.579;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=278;ExcessHet=3.0103;FS=2.372;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.16;MQRankSum=0.000;QD=1.23;ReadPosRankSum=1.600;SOR=0.680;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:181,75:0.29:256
chr1	149905854	rs76890062	A	G	3521.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.046;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=278;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.448;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=50;PP=1493;ReadPosRankSum=0.242;SC=TGAGAGTGATATTACAGTTTG;SOR=0.644;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=161;TCF=71;TCR=90;TR=92;WE=149905862;WS=149905844;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:111,163:0.59:274
chr1	149906413	rs11205303	T	C	1380.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-2.115;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=244;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.089;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=35;PP=508;ReadPosRankSum=-0.600;SC=ACAATGGCCATGGTCACCTGC;SOR=0.590;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=151;TCF=46;TCR=105;TR=51;WE=149906421;WS=149906403;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:156,82:0.34:238
chr1	149908108	rs1868992	A	G	2314.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.446;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=38;PP=1153;ReadPosRankSum=-0.955;SC=CCGGCATCCTATTTTCCTGGA;SOR=0.721;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=118;TCF=52;TCR=66;TR=69;WE=149908116;WS=149908098;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,105:0.60:174
chr1	150122493	rs4553237	T	C	2248.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=24;NR=25;PP=824;SC=TGCGCTTGCCTGCCCTGCGGC;SOR=0.716;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=49;TCF=24;TCR=25;TR=49;WE=150122501;WS=150122483;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr1	150128425	rs1545762	C	T	1887.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=42;PP=1162;SC=CCACCTTGGCCGCTGGAACAT;SOR=2.303;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=51;TCF=9;TCR=42;TR=51;WE=150128433;WS=150128415;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr1	150129267	rs10749675	G	A	2730.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=64;PP=1732;SC=AACAGCTGTGGCCCACTGAAG;SOR=1.969;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=82;TCF=18;TCR=64;TR=82;WE=150129275;WS=150129257;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr1	150199039	rs68136184	CTCCTCT	C	3824.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.023;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=323;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=6.174;NF=9;NR=32;PP=1969;ReadPosRankSum=1.245;SC=CATCCTCATCCTCCTCTTCCT;SOR=0.688;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=134;TCF=40;TCR=94;TR=41;WE=150199052;WS=150199029;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:204,108:0.35:312
chr1	150199123	rs7522034	G	T	1443.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.026;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=311;ExcessHet=3.0103;FS=0.461;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.42;MQRankSum=5.511;QD=4.72;ReadPosRankSum=-1.500;SOR=0.652;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:217,89:0.29:306
chr1	150203082	rs201009025	C	CT	230.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.009;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.27;ReadPosRankSum=0.911;SOR=0.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,23:0.43:54
chr1	150203984	rs113913866	AT	A	578.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.234;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQ=60.17;MQRankSum=1.431;NF=15;NR=1;PP=494;ReadPosRankSum=-2.929;SC=AAAATCCTATATAACTTTTTC;SOR=0.643;SbPval=0.94;Source=Platypus;TC=52;TCF=43;TCR=9;TR=16;WE=150203992;WS=150203974;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,22:0.34:65
chr1	150236314	.	C	CT	74.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.542;ClippingRankSum=0.000;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=6.593;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.77;ReadPosRankSum=-0.579;SOR=0.120;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,10:0.37:27
chr1	150256879	rs137955605	G	A	4747.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.236;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=339;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.891;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=86;NR=73;PP=2453;ReadPosRankSum=1.968;SC=ACAGGATCCAGCGTATTGTAG;SOR=0.580;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=232;TCF=130;TCR=102;TR=159;WE=150256887;WS=150256869;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:119,216:0.64:335
chr1	150277611	rs200049029	G	GT	304.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.525;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=2.350;NF=1;NR=8;PP=327;ReadPosRankSum=-0.039;SC=GGGAGTGCAGGTGTGTGTGCC;SOR=0.859;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=22;TCF=1;TCR=21;TR=9;WE=150277619;WS=150277601;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,12:0.38:32
chr1	150280550	rs4845	G	A	3962.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.520;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=275;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.464;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=52;PP=1701;ReadPosRankSum=0.370;SC=CCATGCCGCCGGCGACAGAGG;SOR=0.750;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=165;TCF=81;TCR=84;TR=100;WE=150280558;WS=150280540;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:94,179:0.66:273
chr1	150281202	rs580060	A	C	1030.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=3.220;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.826;NF=32;NR=5;PP=782;ReadPosRankSum=-1.387;SC=ACTGGGGAGGAAGAGGTTGCA;SOR=0.829;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=55;TCF=49;TCR=6;TR=37;WE=150281210;WS=150281192;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,40:0.62:65
chr1	150281343	rs71622690	C	T	4461.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.029;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=398;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.644;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=69;PP=1818;ReadPosRankSum=0.728;SC=CTTAATGCCACTGAACTATAC;SOR=0.799;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=230;TCF=111;TCR=119;TR=129;WE=150281351;WS=150281333;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:176,217:0.55:393
chr1	150297334	.	CT	C	559.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.298;ClippingRankSum=0.000;DP=86;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.77;ReadPosRankSum=-0.890;SOR=0.671;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,53:0.74:72
chr1	150300727	rs834225	T	C	2084.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.851;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.42;ReadPosRankSum=-1.077;SOR=1.387;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,80:0.98:82
chr1	150307270	rs1260408	T	G	1128.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=25;NR=10;PP=853;SC=TAACTCCTGGTCTCAAGTGAT;SOR=1.863;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=35;TCF=25;TCR=10;TR=35;WE=150307278;WS=150307260;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr1	150310827	rs11806171	A	C	1913.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=1.446;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.483;HP=6;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=53;PP=1315;ReadPosRankSum=0.276;SC=GTACCTTTTTAAAAAAACAGT;SOR=0.886;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=108;TCF=30;TCR=78;TR=75;WE=150310835;WS=150310817;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,83:0.61:137
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chr1	150321486	rs1625468	G	A	110.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.906;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=2;PP=55;ReadPosRankSum=0.609;SC=GTCTAATTTGGGGAAAATAAA;SOR=0.631;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=26;TCF=16;TCR=10;TR=6;WE=150321494;WS=150321476;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,8:0.25:32
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chr1	150416621	rs74124686	G	C	526.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=1.847;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.464;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=3;PP=341;ReadPosRankSum=0.733;SC=TAAGCTTTAGGGTGTTTGTTT;SOR=1.109;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=37;TCF=30;TCR=7;TR=19;WE=150416629;WS=150416611;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,22:0.52:42
chr1	150416913	rs16836940	A	G	1359.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.642;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=35;PP=798;ReadPosRankSum=-0.059;SC=TCATTTTTCCAGTAATCATAC;SOR=0.789;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=78;TCF=23;TCR=55;TR=49;WE=150416921;WS=150416903;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,60:0.65:93
chr1	150432870	.	GGTT	G	350.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.780;ClippingRankSum=0.000;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=2.120;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.08;MQRankSum=1.246;QD=13.49;ReadPosRankSum=-0.447;SOR=1.352;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,11:0.42:26
chr1	150437215	rs66513313	A	G	1694.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.999;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=32;PP=788;ReadPosRankSum=-1.097;SC=TAACTGACATATGCCAGAGGG;SOR=0.743;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=91;TCF=31;TCR=60;TR=49;WE=150437223;WS=150437205;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,80:0.54:148
chr1	150445819	rs7002	A	G	277.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=1.742;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.305;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=12;PP=186;ReadPosRankSum=0.433;SC=GATGGAAACCAAGGGAAAGGC;SOR=1.048;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=54;TCF=11;TCR=43;TR=14;WE=150445827;WS=150445809;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,16:0.25:64
chr1	150459715	rs34001546	T	C	459.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.274;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.002;NF=14;NR=1;PP=312;ReadPosRankSum=1.272;SC=GTGTTACATTTTCGGTCTTCC;SOR=0.826;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=31;TCF=27;TCR=4;TR=15;WE=150459723;WS=150459705;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,19:0.53:36
chr1	150468842	rs1343965	A	G	1106.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.053;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.262;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=8;PP=615;ReadPosRankSum=-1.363;SC=TACTGGTGGGATTGTTGTCAA;SOR=0.112;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=44;TCF=35;TCR=9;TR=32;WE=150468850;WS=150468832;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,44:0.79:56
chr1	150470296	rs11588874	G	A	1214.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.612;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.659;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=30;PP=702;ReadPosRankSum=2.323;SC=GGCCGGGCACGGTGGCTCACG;SOR=0.903;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=72;TCF=18;TCR=54;TR=39;WE=150470304;WS=150470286;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,55:0.52:106
chr1	150470322	rs11590324	C	A	500.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-2.748;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=18;PP=333;ReadPosRankSum=-1.310;SC=AATCCCAACACTTTGGGAGGC;SOR=0.565;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=50;TCF=8;TCR=42;TR=22;WE=150470330;WS=150470312;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,26:0.41:64
chr1	150471056	rs116476409	C	T	3471.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=2.485;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=382;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.764;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=71;NR=36;PP=1757;ReadPosRankSum=0.168;SC=TACACCGGGCCGAAGCCTCTG;SOR=0.836;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=234;TCF=148;TCR=86;TR=107;WE=150471064;WS=150471046;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:212,166:0.44:378
chr1	150471156	rs34542152	C	T	5841.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-2.693;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=500;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.742;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=89;NR=84;PP=2497;ReadPosRankSum=-1.303;SC=CTTTCCCTGGCTCCACCAAAG;SOR=0.628;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=309;TCF=152;TCR=157;TR=173;WE=150471164;WS=150471146;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:215,280:0.57:495
chr1	150471848	rs34802685	A	AT	317.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.081;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=11;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=14;PP=192;ReadPosRankSum=-0.996;SC=GATACAAAGAATTTTTTTTTT;SOR=0.970;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=0;TCR=21;TR=14;WE=150471856;WS=150471838;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,19:0.79:24
chr1	150477061	rs3738487	C	T	3479.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.148;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=378;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=14.672;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-2.783;NF=48;NR=60;PP=1536;ReadPosRankSum=1.156;SC=GTACACAATTCGTGATACTTC;SOR=0.336;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=295;TCF=139;TCR=156;TR=108;WE=150477069;WS=150477051;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:204,172:0.46:376
chr1	150477085	rs35866586	A	AC	2394.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.743;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=353;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=56.785;HP=10;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=1.101;NF=17;NR=86;PP=1919;ReadPosRankSum=1.351;SC=CATTCCATCCACCCCCCCCTT;SOR=2.537;Source=Platypus;TR=103;WE=150477093;WS=150477075;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:168,138:0.45:306
chr1	150480473	rs141248191	G	A	931.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-4.471;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.969;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=1;PP=692;ReadPosRankSum=1.247;SC=GTGACTTTGGGAGGAGTGGCT;SOR=1.287;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=53;TCF=50;TCR=3;TR=32;WE=150480481;WS=150480463;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,35:0.61:57
chr1	150480571	rs12724450	G	A	4371.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.564;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=321;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.924;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=100;NR=56;PP=2433;ReadPosRankSum=-0.956;SC=AGAAGAGCTGGTCCTGAAGCT;SOR=0.772;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=237;TCF=150;TCR=87;TR=156;WE=150480579;WS=150480561;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:111,196:0.64:307
chr1	150482738	rs11205387	G	A	3574.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.934;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=432;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.541;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=73;PP=1632;ReadPosRankSum=0.251;SC=CAGACAAGACGGTGGGCTCTG;SOR=0.651;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=278;TCF=91;TCR=187;TR=108;WE=150482746;WS=150482728;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:245,179:0.42:424
chr1	150483236	rs9661040	A	C	1444.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=40;NR=5;PP=1051;SC=TCTCATTTCCACTATATCCTC;SOR=3.657;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=46;TCF=41;TCR=5;TR=45;WE=150483244;WS=150483233;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr1	150483355	rs3737240	C	T	2364.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=2.033;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=310;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.911;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=25;PP=1181;ReadPosRankSum=0.908;SC=ATTCCAGGAACGCCAGCTCCA;SOR=0.752;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=199;TCF=133;TCR=66;TR=77;WE=150483363;WS=150483345;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:191,118:0.38:309
chr1	150483840	rs4970979	C	T	1826.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=29;NR=27;PP=1348;SC=CAACCACTGTCTCTTCTTTAT;SOR=0.758;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=56;TCF=29;TCR=27;TR=56;WE=150483848;WS=150483830;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr1	150484004	rs11801190	G	A	4234.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=2.273;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=355;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.537;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=87;NR=45;PP=2194;ReadPosRankSum=2.157;SC=GGTGCTGCACGCGGCAGGGGG;SOR=0.884;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=222;TCF=142;TCR=80;TR=132;WE=150484012;WS=150483994;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:157,190:0.55:347
chr1	150484395	rs149815479	ACC	A	1420.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=28;PP=847;SC=CCATCCATGTACCCCCCCTGC;SOR=3.321;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=31;TCF=0;TCR=31;TR=28;WE=150484404;WS=150484385;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
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chr1	150485566	rs12031973	T	G	3561.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.09;SOR=2.103;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr1	150485571	rs12031974	T	C	2427.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.230;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FS=2.695;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=27.59;ReadPosRankSum=0.131;SOR=1.721;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,86:0.98:88
chr1	150522471	rs10668635	C	CTG	7897.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=37;NR=42;PP=2974;SC=GTGGAGGGCTCTGAGGGCCCG;SOR=1.121;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=80;TCF=38;TCR=42;TR=79;WE=150522479;WS=150522461;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,176:1.00:176
chr1	150526044	rs41317515	G	C	24373.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=1.273;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=947;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=303;NR=296;PP=2965;ReadPosRankSum=-2.202;SC=AGGGGAAGAGGCTATTCCGTC;SOR=0.508;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=604;TCF=305;TCR=299;TR=599;WE=150526052;WS=150526034;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:7,918:0.99:925
chr1	150526406	rs6681639	C	T	2757.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-3.500;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=336;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.995;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=54;PP=1502;ReadPosRankSum=-1.117;SC=GCCAGCAGGGCCAAGGGCCTT;SOR=0.656;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=253;TCF=129;TCR=124;TR=105;WE=150526414;WS=150526396;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:197,134:0.40:331
chr1	150528090	rs146160043	G	GACAC	8472.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=32;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=11;NR=57;PP=2973;SC=TATGCACACAGACACATGCCC;SOR=0.961;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=76;TCF=12;TCR=64;TR=68;WE=150528098;WS=150528080;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,191:1.00:191
chr1	150528118	rs149100901	T	TACAC	3693.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.62;BaseQRankSum=0.887;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=64;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=53;PP=2975;ReadPosRankSum=-1.239;SC=CATACACATGTACACACATAT;SOR=1.205;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=63;TCF=10;TCR=53;TR=63;WE=150528126;WS=150528108;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,132:0.99:134
chr1	150528175	rs35233292	GCA	G	2195.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=71;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=25;PP=1287;SC=ACGCATATGCGCACAGACACA;SOR=1.136;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=30;TCF=3;TCR=27;TR=28;WE=150528184;WS=150528165;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr1	150528208	rs9728540	C	T	967.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.16;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr1	150529322	rs34379037	T	TAA	6157.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=35;NR=43;PP=2965;SC=CTGTTCCCTCTGGGCAGAGCT;SOR=0.925;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=83;TCF=37;TCR=46;TR=78;WE=150529330;WS=150529312;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr1	150531008	rs10888382	T	C	11036.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=418;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=158;NR=101;PP=2965;SC=TTGGGAACAATGGTGATGAAG;SOR=1.023;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=260;TCF=159;TCR=101;TR=259;WE=150531016;WS=150530998;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,416:1.00:416
chr1	150531050	rs10749657	G	A	13355.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=513;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=177;NR=138;PP=2965;SC=CAGGCCCCCCGCAGCCCCCCA;SOR=0.849;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=316;TCF=178;TCR=138;TR=315;WE=150531058;WS=150531040;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,507:1.00:507
chr1	150531170	rs10749658	C	T	16012.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=611;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=168;NR=208;PP=2965;SC=TGGGTAACCACGCCCAGGACA;SOR=0.826;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=378;TCF=168;TCR=210;TR=376;WE=150531178;WS=150531160;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,606:1.00:606
chr1	150531380	rs11204664	T	C	1766.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=19;NR=36;PP=1238;SC=GCCCCCCTACTGTCCCTTGTG;SOR=1.366;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=55;TCF=19;TCR=36;TR=55;WE=150531388;WS=150531370;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr1	150550019	rs11428742	T	TA	7260.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=101;PP=2967;SC=TCTGCTCTCTTACAACACTAC;SOR=1.573;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=106;TCF=4;TCR=102;TR=105;WE=150550027;WS=150550009;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,196:1.00:196
chr1	150600181	rs2280078	C	T	3096.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=31;NR=60;PP=1631;SC=CTTGTAAATACGCTATCTCTA;SOR=1.329;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=91;TCF=31;TCR=60;TR=91;WE=150600189;WS=150600171;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr1	150676485	rs12403609	T	C	821.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=17;NR=7;PP=461;SC=AAATATTGAATTTTATTCTAA;SOR=1.473;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=25;TCF=17;TCR=8;TR=24;WE=150676493;WS=150676475;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr1	150686633	rs34593358	A	T	2113.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=17;NR=28;PP=889;SC=TTTAGACTGAATGCATTTCCA;SOR=0.995;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=45;TCF=17;TCR=28;TR=45;WE=150686641;WS=150686623;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr1	150687296	rs10888388	C	T	286.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.90;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr1	150691769	rs201335673	A	T	51.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=17.09;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr1	150771703	rs10788796	T	C	15048.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=584;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=161;NR=146;PP=2965;SC=CTGCCAAAACTGCATGGTTCA;SOR=0.768;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=308;TCF=162;TCR=146;TR=307;WE=150771711;WS=150771687;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,579:1.00:579
chr1	150779401	rs12746973	G	A	863.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=1.720;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.232;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=24;PP=593;ReadPosRankSum=1.022;SC=TGATAGTCAGGAGGGGCCTGT;SOR=1.038;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=59;TCF=17;TCR=42;TR=33;WE=150779409;WS=150779391;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,36:0.55:65
chr1	150779755	rs6587522	C	T	9289.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=362;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=117;NR=114;PP=2965;SC=TAAGTTTTGCCTCCTGATCAT;SOR=0.710;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=233;TCF=117;TCR=116;TR=231;WE=150779763;WS=150779745;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,353:1.00:353
chr1	150789953	rs10305739	T	A	223.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.160;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FS=2.123;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.94;ReadPosRankSum=0.268;SOR=0.994;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:55,21:0.28:76
chr1	150790289	rs35672926	C	CA	752.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.323;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FS=4.941;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.86;ReadPosRankSum=1.156;SOR=1.191;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:83,72:0.46:155
chr1	150795908	.	A	G	1136.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.306;ClippingRankSum=0.000;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.618;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=33;PP=791;ReadPosRankSum=0.148;SC=CTATAACCCTAAAACTCTTGT;SOR=1.475;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=65;TCF=13;TCR=52;TR=40;WE=150795916;WS=150795898;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,45:0.59:76
chr1	150801466	rs3738483	T	C	2543.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=52;NR=19;PP=1506;SC=CTCTTTTTCTTAACTGAGGTT;SOR=1.609;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=73;TCF=52;TCR=21;TR=71;WE=150801474;WS=150801456;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr1	150804401	rs34083816	GA	G	1572.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.932;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=255;ExcessHet=3.0103;FS=1.380;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.21;MQRankSum=1.721;QD=7.15;ReadPosRankSum=2.607;SOR=0.556;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:77,143:0.65:220
chr1	150849071	rs34415707	AC	A	672.86	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.807;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=2.222;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.79;ReadPosRankSum=3.137;SOR=0.442;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,30:0.88:34
chr1	150936903	rs1045628	T	C	2318.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=2.230;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.247;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=52;PP=1319;ReadPosRankSum=0.086;SC=GTCTTCCTGATTGTTGAACCC;SOR=1.061;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=109;TCF=35;TCR=74;TR=74;WE=150936911;WS=150936893;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,97:0.65:149
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chr1	150939492	rs192357982	G	A	181.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-0.146;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=2;PP=193;ReadPosRankSum=1.630;SC=CCCTCCCAAAGAAAACCAAAG;SOR=0.641;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=36;TCF=26;TCR=10;TR=10;WE=150939500;WS=150939481;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,10:0.28:36
chr1	150940625	rs267738	T	G	1645.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-2.256;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=313;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.447;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=17;PP=528;ReadPosRankSum=0.123;SC=GAACCAACGCTCTACCTGGCG;SOR=0.643;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=170;TCF=111;TCR=59;TR=51;WE=150940633;WS=150940615;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:205,102:0.33:307
chr1	150944541	rs267737	A	G	905.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=5;NR=18;PP=562;SC=TGCCTGCAAAACAGGGGGTGG;SOR=1.839;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=23;TCF=5;TCR=18;TR=23;WE=150944549;WS=150944531;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr1	150956623	rs41310861	G	A	8899.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=2.175;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=625;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=161;NR=118;PP=2962;ReadPosRankSum=1.424;SC=AGCAACAGCCGCTGAGGCCAG;SOR=0.681;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=423;TCF=244;TCR=179;TR=279;WE=150956631;WS=150956613;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:217,399:0.65:616
chr1	150958836	rs267733	A	G	2404.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.570;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=367;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=41;PP=1172;ReadPosRankSum=-1.253;SC=GCTGTGGATGACATCACATCT;SOR=0.685;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=229;TCF=115;TCR=114;TR=83;WE=150958844;WS=150958826;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:233,130:0.36:363
chr1	150969992	rs2925740	T	C	9881.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=378;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=115;NR=123;PP=2965;SC=GGGGAAGGACTCTGAGAGAAG;SOR=0.738;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=239;TCF=115;TCR=124;TR=238;WE=150970000;WS=150969982;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,364:1.00:364
chr1	150970577	rs2925741	G	T	6436.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=236;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=116;NR=57;PP=2965;SC=CTGCAGCTGCGTTTCTGGGGA;SOR=1.394;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=174;TCF=116;TCR=58;TR=173;WE=150970585;WS=150970567;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,231:1.00:231
chr1	150970836	rs1673160	T	A	2531.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=10;NR=62;PP=1742;SC=GCATGTGGACTTTTTTTTTCT;SOR=3.365;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=73;TCF=10;TCR=63;TR=72;WE=150970844;WS=150970826;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr1	150972538	rs708909	G	A	1697.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=16;NR=28;PP=787;SC=CTACAACCCTGTGATGAATGG;SOR=0.957;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=45;TCF=16;TCR=29;TR=44;WE=150972546;WS=150972528;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr1	150974162	rs771204	G	A	5257.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=73;NR=41;PP=2387;SC=TAGCTCTGGAGCCCCTTGGGT;SOR=1.067;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=114;TCF=73;TCR=41;TR=114;WE=150974170;WS=150974152;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,198:1.00:198
chr1	150975108	rs771205	T	C	5446.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=47;NR=112;PP=2965;SC=AAAAGGGACTTGGCTGAGGGG;SOR=1.657;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=159;TCF=47;TCR=112;TR=159;WE=150975116;WS=150975098;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,203:1.00:203
chr1	150990466	rs71090118	C	CAT	1716.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.154;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.568;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=22;PP=977;ReadPosRankSum=-0.318;SC=CACTTACCAGCATTTAGCATT;SOR=0.510;SbPval=0.18;Source=Platypus;TC=69;TCF=4;TCR=65;TR=25;WE=150990474;WS=150990456;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,48:0.40:121
chr1	150990825	rs3738480	A	G	779.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=18;NR=0;PP=517;SC=CTGGGTACTTATGGCTTTGAG;SOR=4.091;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=18;TCR=0;TR=18;WE=150990833;WS=150990815;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr1	150991221	rs11204758	A	G	2483.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=0.282;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=45;PP=1271;ReadPosRankSum=0.610;SC=AAAGAGAGGAAGAAAGAGTTT;SOR=0.708;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=122;TCF=46;TCR=76;TR=69;WE=150991229;WS=150991211;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,110:0.60:182
chr1	150991285	rs6664220	A	G	2039.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=48;PP=1478;SC=TTGGGAGGCCAAGGCGGGCGG;SOR=2.636;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=58;TCF=10;TCR=48;TR=58;WE=150991293;WS=150991275;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr1	150997940	rs3738478	T	C	977.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-0.236;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=5;PP=645;ReadPosRankSum=-0.296;SC=TTCTGGTGGTTGTGTGTGAAG;SOR=0.643;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=120;TCF=101;TCR=19;TR=39;WE=150997948;WS=150997930;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:93,46:0.33:139
chr1	150998221	rs55774303	AT	A	470.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.254;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FS=3.239;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.71;ReadPosRankSum=-0.143;SOR=1.167;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:57,43:0.43:100
chr1	150999737	rs11204762	A	G	1517.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=-1.453;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.384;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=18;PP=479;ReadPosRankSum=-1.366;SC=TGCTGAGAAAAGACCAGAAGA;SOR=0.598;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=69;TCF=37;TCR=32;TR=36;WE=150999745;WS=150999727;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,75:0.56:133
chr1	150999863	rs55717234	A	G	1336.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.777;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.534;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=22;PP=537;ReadPosRankSum=-0.092;SC=CATGTTATGCATGTGGCCTTG;SOR=0.443;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=69;TCF=30;TCR=39;TR=42;WE=150999871;WS=150999853;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,66:0.60:110
chr1	151006691	rs138602074	C	T	1199.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-3.044;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.701;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=35;PP=688;ReadPosRankSum=-0.335;SC=TCTACCACAGCCTCCCTGTCC;SOR=0.581;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=112;TCF=26;TCR=86;TR=47;WE=151006699;WS=151006681;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,61:0.43:142
chr1	151016150	rs144766190	C	G	1279.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.814;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.682;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=20;PP=568;ReadPosRankSum=-0.474;SC=CAAGCAGGGCCCAAGTTCCAC;SOR=0.601;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=70;TCF=40;TCR=30;TR=43;WE=151016158;WS=151016140;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,65:0.54:120
chr1	151017254	.	G	GT	635.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.046;ClippingRankSum=0.000;DP=125;ExcessHet=3.0103;FS=0.794;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.17;MQRankSum=1.713;QD=5.34;ReadPosRankSum=1.242;SOR=0.791;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:72,47:0.39:119
chr1	151017408	rs144985017	C	T	2628.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.098;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=513;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.560;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=47;PP=1153;ReadPosRankSum=1.462;SC=GCAAAAGGAACTTACGCGAGG;SOR=0.667;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=294;TCF=142;TCR=152;TR=93;WE=151017416;WS=151017398;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:349,160:0.31:509
chr1	151019180	rs6587553	A	G	1911.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.906;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=288;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.125;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=47;PP=1156;ReadPosRankSum=0.308;SC=ACTGGATAAAAGGCCTTAGAA;SOR=0.852;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=202;TCF=81;TCR=121;TR=74;WE=151019188;WS=151019170;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:179,99:0.36:278
chr1	151019329	rs115704295	G	C	324.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-2.077;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.913;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=10;PP=201;ReadPosRankSum=0.735;SC=CTTTCAGCAGGGCTTTGAGGC;SOR=0.095;SbPval=0.17;Source=Platypus;TC=32;TCF=5;TCR=27;TR=14;WE=151019337;WS=151019319;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,16:0.44:36
chr1	151026815	rs2902810	C	T	4028.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.259;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=450;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.103;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=63;PP=1637;ReadPosRankSum=0.614;SC=AAAACAGATGCGAGACACCTT;SOR=0.605;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=266;TCF=115;TCR=151;TR=113;WE=151026823;WS=151026805;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:239,206:0.46:445
chr1	151028234	rs11204767	G	T	7062.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=262;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=59;NR=116;PP=2965;SC=GCTTCACTCCGCTGTCTGAGG;SOR=1.299;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=175;TCF=59;TCR=116;TR=175;WE=151028242;WS=151028224;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,256:1.00:256
chr1	151039576	rs57235606	GA	G	80.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.173;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=1.974;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.11;ReadPosRankSum=0.356;SOR=0.287;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,12:0.46:26
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chr1	151089885	rs62621412	G	C	3282.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.245;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=343;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.71;ReadPosRankSum=2.503;SOR=0.717;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:242,96:0.28:338
chr1	151089888	rs59454556	A	C	3273.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.553;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=347;ExcessHet=3.0103;FS=0.919;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.57;ReadPosRankSum=2.524;SOR=0.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:245,97:0.28:342
chr1	151104598	rs4971005	A	G	71.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.474;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=2.112;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.99;ReadPosRankSum=-1.671;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,5:0.28:18
chr1	151105824	rs4971006	C	G	437.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=2.004;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.969;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=10;PP=232;ReadPosRankSum=0.392;SC=GCGGGAGCCCCGGAGTCTCGA;SOR=0.885;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=42;TCF=18;TCR=24;TR=16;WE=151105832;WS=151105814;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,24:0.36:67
chr1	151106823	rs12085364	A	G	446.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=0.831;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.453;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=6;PP=315;ReadPosRankSum=0.976;SC=CAGGACACACACTCAGGTATG;SOR=1.151;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=48;TCF=34;TCR=14;TR=24;WE=151106831;WS=151106813;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,24:0.41:59
chr1	151106942	rs12089976	G	A	1379.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-2.013;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.220;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=25;PP=697;ReadPosRankSum=1.108;SC=GGGACAGGGTGAAGATGGGGG;SOR=0.565;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=107;TCF=56;TCR=51;TR=49;WE=151106950;WS=151106932;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:93,74:0.44:167
chr1	151108137	rs4971007	T	G	4931.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.755;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=645;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.113;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=70;NR=62;PP=1873;ReadPosRankSum=-0.309;SC=CCACCTGGGGTCAGCACCTTC;SOR=0.610;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=374;TCF=202;TCR=172;TR=132;WE=151108145;WS=151108127;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:382,259:0.40:641
chr1	151112483	rs75185260	T	C	1042.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=3.772;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.287;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=9;PP=629;ReadPosRankSum=0.375;SC=CGGTTCAAGGTCAGGAATCTC;SOR=0.930;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=108;TCF=76;TCR=32;TR=37;WE=151112491;WS=151112473;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:100,52:0.34:152
chr1	151114882	rs11464219	C	CT	749.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.428;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.09;MQRankSum=1.723;QD=6.20;ReadPosRankSum=1.221;SOR=0.768;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:90,31:0.26:121
chr1	151134579	rs11459817	T	TA	385.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.456;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=1.662;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.71;ReadPosRankSum=0.083;SOR=0.346;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,23:0.64:36
chr1	151139073	.	C	CT	42.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.268;ClippingRankSum=0.000;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.71;ReadPosRankSum=1.047;SOR=0.621;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:48,12:0.20:60
chr1	151140888	.	C	CT	114.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.278;ClippingRankSum=0.000;DP=119;ExcessHet=3.0103;FS=1.124;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.37;ReadPosRankSum=0.035;SOR=0.426;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:66,18:0.21:84
chr1	151144314	rs200165349	C	CT	75.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.091;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=1.885;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.72;ReadPosRankSum=1.710;SOR=0.245;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,12:0.27:44
chr1	151146186	rs7552226	C	G	2942.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=18;NR=61;PP=2024;SC=TAGAATGCTGCGTCACGAAGG;SOR=2.054;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=79;TCF=18;TCR=61;TR=79;WE=151146194;WS=151146176;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr1	151146276	rs7521416	T	C	981.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=14;PP=324;SC=AGTGCGGGGCTGGGCGCTGTG;SOR=1.022;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=22;TCF=8;TCR=14;TR=22;WE=151146284;WS=151146266;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr1	151149601	rs6656261	A	G	1758.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=36;PP=1111;SC=AGTGGCTCACACCTGTAATTC;SOR=1.850;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=11;TCR=36;TR=47;WE=151149609;WS=151149591;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr1	151157066	.	C	CT	37.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.061;ClippingRankSum=-0.000;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=2.36;ReadPosRankSum=-1.407;SOR=0.976;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,6:0.38:16
chr1	151205303	rs7544947	A	G	1473.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=0.693;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=34;PP=1041;ReadPosRankSum=-0.628;SC=CAGGCCAGGCACGGTGGCTCA;SOR=1.649;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=40;TCF=5;TCR=35;TR=39;WE=151205311;WS=151205293;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,49:0.98:50
chr1	151209063	rs12407426	C	T	15785.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.511;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=612;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=-0.398;NF=225;NR=166;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.676;SC=TAATGGATTACAGCCTCTTGA;SOR=0.518;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=393;TCF=226;TCR=167;TR=391;WE=151209071;WS=151209053;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,604:1.00:607
chr1	151209297	.	C	CTT	174.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.850;ClippingRankSum=0.000;DP=80;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.05;MQRankSum=1.123;QD=7.60;ReadPosRankSum=-0.421;SOR=1.078;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,15:0.65:23
chr1	151210789	rs7532935	C	T	12572.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.273;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=500;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=158;NR=158;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.169;SC=ATACAGATAACCAGTCACGTT;SOR=0.542;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=323;TCF=162;TCR=161;TR=316;WE=151210805;WS=151210779;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:9,489:0.98:498
chr1	151212399	rs141190258	C	CCTT	5218.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=47;NR=25;PP=2967;SC=TGCCGGGCCTCCTAACTCTAT;SOR=1.802;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=76;TCF=50;TCR=26;TR=72;WE=151212407;WS=151212389;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr1	151227371	rs3811405	A	G	808.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=13;NR=31;PP=850;SC=GGTGGGGGCCAGGGGCTCATG;SOR=0.826;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=44;TCF=13;TCR=31;TR=44;WE=151227379;WS=151227361;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr1	151237589	rs3216063	TC	T	4100.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=23;NR=39;PP=1731;SC=GCGGGTCCTTTCCCCCCCTCG;SOR=0.857;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=74;TCF=26;TCR=48;TR=62;WE=151237597;WS=151237579;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,143:1.00:143
chr1	151238222	rs2275900	G	A	2412.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=60;PP=1751;SC=TCCTTTTGCCGCCTCTTCCCT;SOR=3.202;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=66;TCF=6;TCR=60;TR=66;WE=151238230;WS=151238212;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr1	151239051	rs7489	T	C	10265.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.765;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=402;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=91;NR=147;PP=2965;ReadPosRankSum=1.122;SC=TGGACACATCTGAGCCAGCCA;SOR=1.037;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=240;TCF=92;TCR=148;TR=238;WE=151239059;WS=151239041;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,395:0.99:397
chr1	151239570	rs10888408	C	T	4058.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=50;NR=72;PP=2675;SC=CCTCTGGCAGCGGCATGCTCC;SOR=1.085;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=122;TCF=50;TCR=72;TR=122;WE=151239578;WS=151239560;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,142:1.00:142
chr1	151254041	rs3811406	T	C	8864.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=343;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=139;NR=83;PP=2965;SC=ATTCCTTCCATGCTCCAAATC;SOR=1.135;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=223;TCF=140;TCR=83;TR=222;WE=151254049;WS=151254031;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,334:1.00:334
chr1	151263677	rs145032688	G	GACA	4219.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.365;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.195;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=45;PP=2335;ReadPosRankSum=-0.124;SC=GGCTGTTGGGGACAACTAGTC;SOR=0.822;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=92;TCF=7;TCR=85;TR=49;WE=151263685;WS=151263667;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,107:0.58:184
chr1	151263782	rs10788803	A	G	999.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=27;PP=727;SC=ATTAACATTAATATTTTGTTA;SOR=2.649;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=32;TCF=5;TCR=27;TR=32;WE=151263790;WS=151263772;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr1	151280400	rs1536617	C	G	1278.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=35;PP=981;SC=TCCAGGAAAGCAGCTGCTTTT;SOR=4.021;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=39;TCF=3;TCR=36;TR=38;WE=151280408;WS=151280390;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr1	151288172	rs1056847	G	A	3576.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.931;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=43;PP=1895;ReadPosRankSum=-0.981;SC=ACAGCCCTGTGTCAGGGGCCG;SOR=0.883;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=99;TCF=55;TCR=44;TR=97;WE=151288180;WS=151288162;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,136:0.99:138
chr1	151288391	rs1752379	A	G	7083.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=274;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=89;NR=80;PP=2965;SC=CATCACCCACATCCTCATCCA;SOR=0.746;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=169;TCF=89;TCR=80;TR=169;WE=151288399;WS=151288381;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,271:1.00:271
chr1	151314379	rs1752387	T	C	789.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=23;NR=1;PP=610;SC=CTAACCTATATATTCATCATA;SOR=4.255;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=24;TCF=23;TCR=1;TR=24;WE=151314387;WS=151314375;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr1	151316161	rs1752386	G	A	3341.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=50;NR=41;PP=1847;SC=ACACACCAGCGAGCCCCATGG;SOR=0.865;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=91;TCF=50;TCR=41;TR=91;WE=151316169;WS=151316151;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr1	151337788	rs10788804	A	G	3015.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=24;NR=49;PP=1782;SC=TATAAGGAGGACCATAGTGGG;SOR=1.201;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=73;TCF=24;TCR=49;TR=73;WE=151337796;WS=151337778;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr1	151341417	rs744459	G	A	1027.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=2.267;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.479;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=13;PP=587;ReadPosRankSum=-0.367;SC=CTTCCTGCCCGTAGACTACCT;SOR=1.075;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=94;TCF=61;TCR=33;TR=42;WE=151341425;WS=151341407;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,51:0.42:121
chr1	151341728	rs35093538	G	GC	993.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=19;PP=896;SC=TGGAAGAGGCGCCCTGTGGAC;SOR=1.839;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=25;TCF=4;TCR=21;TR=22;WE=151341736;WS=151341718;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr1	151372770	rs2495390	A	G	1698.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=13;NR=49;PP=1522;SC=GGGGGACTGGAAGAGTTGTTG;SOR=2.024;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=63;TCF=13;TCR=50;TR=62;WE=151372778;WS=151372760;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr1	151373200	rs2495391	T	C	6994.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=262;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=91;NR=84;PP=2965;SC=CTAAGATGAATCTAAGGTGAA;SOR=0.756;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=175;TCF=91;TCR=84;TR=175;WE=151373208;WS=151373190;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,262:1.00:262
chr1	151374025	rs4603	T	C	13400.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.372;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=516;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=159;NR=135;PP=2965;ReadPosRankSum=2.058;SC=CAGTTTCAAATCGCCACTGTC;SOR=0.266;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=297;TCF=161;TCR=136;TR=294;WE=151374033;WS=151374015;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,509:1.00:510
chr1	151377248	rs6667714	T	C	2789.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=53;NR=22;PP=2038;SC=GTTCCCACCCTCACTCCACAC;SOR=1.014;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=75;TCF=53;TCR=22;TR=75;WE=151377256;WS=151377238;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr1	151380504	rs200057999	AAAAG	A	171.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.138;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=1.941;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.87;ReadPosRankSum=1.578;SOR=1.501;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,18:0.72:25
chr1	151380727	rs2025899	A	G	1059.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=2.026;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=10;HapScore=3;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=27;PP=680;ReadPosRankSum=-0.045;SC=CTGTGGGGGAAAAAAAAAAAG;SOR=0.756;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=75;TCF=21;TCR=54;TR=36;WE=151380735;WS=151380715;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,47:0.49:95
chr1	151384052	.	T	TA	289.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.244;ClippingRankSum=0.000;DP=189;ExcessHet=3.0103;FS=0.758;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.11;MQRankSum=2.615;QD=1.57;ReadPosRankSum=-0.597;SOR=0.813;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:138,46:0.25:184
chr1	151495796	rs2337359	T	C	681.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.187;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.896;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=9;PP=444;ReadPosRankSum=-0.749;SC=GTCCTAAGTATAGTGTCTATC;SOR=1.071;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=79;TCF=54;TCR=25;TR=32;WE=151495804;WS=151495786;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,37:0.38:98
chr1	151497140	rs1573130	T	C	326.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=1.269;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=3;PP=119;ReadPosRankSum=-1.101;SC=TCTTCCTTTATTTTCTCCAGG;SOR=0.700;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=23;TCF=14;TCR=9;TR=9;WE=151497148;WS=151497130;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,18:0.38:47
chr1	151497202	rs12038198	G	A	391.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.63;BaseQRankSum=0.275;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.006;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=4;PP=100;ReadPosRankSum=1.182;SC=GGGAAACAGCGAGTAGAGGAG;SOR=0.652;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=29;TCF=14;TCR=15;TR=10;WE=151497210;WS=151497192;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,23:0.37:62
chr1	151497376	rs1573129	G	A	167.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.111;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=6;PP=101;ReadPosRankSum=-1.896;SC=TGTGACAAGAGCAGGGTCTGA;SOR=0.859;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=15;TCF=5;TCR=10;TR=9;WE=151497384;WS=151497366;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,9:0.53:17
chr1	151499635	rs2298168	C	T	844.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-0.816;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=22;PP=493;ReadPosRankSum=-0.229;SC=GAACACCTGCCTTACCTCTCC;SOR=0.570;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=45;TCF=10;TCR=35;TR=28;WE=151499643;WS=151499625;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,36:0.68:53
chr1	151501698	rs2096232	A	G	1025.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=27;NR=8;PP=685;SC=AGAAACTGCCAAACTACTTTC;SOR=2.133;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=35;TCF=27;TCR=8;TR=35;WE=151501706;WS=151501688;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr1	151501737	rs6678068	T	C	2166.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=46;NR=17;PP=1385;SC=TTTTATTCCCTTGGCAGTGTA;SOR=1.771;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=63;TCF=46;TCR=17;TR=63;WE=151501745;WS=151501727;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr1	151501841	rs12044926	C	G	1173.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.128;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.525;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=18;PP=465;ReadPosRankSum=0.885;SC=GCTCCGGACACAGGAGGAGCT;SOR=0.736;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=131;TCF=69;TCR=62;TR=39;WE=151501849;WS=151501831;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:147,71:0.33:218
chr1	151504778	rs6673116	C	T	235.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-1.701;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=4;PP=149;ReadPosRankSum=-1.376;SC=GAGAGGGCTGCCTTGTCAGGA;SOR=0.722;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=20;TCF=13;TCR=7;TR=12;WE=151504786;WS=151504768;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,12:0.57:21
chr1	151534142	rs4132646	A	C	1428.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.030;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.660;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=16;PP=658;ReadPosRankSum=1.700;SC=TAGTTCAGGAAGAATATGCTA;SOR=0.821;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=94;TCF=60;TCR=34;TR=47;WE=151534150;WS=151534132;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,69:0.52:133
chr1	151535020	.	ATC	A	126.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.063;ClippingRankSum=0.000;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.48;ReadPosRankSum=1.175;SOR=0.605;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:42,9:0.18:51
chr1	151538507	rs11405272	T	TC	336.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=28.06;SOR=3.611;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr1	151538784	rs201554325	TTC	T	1057.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.123;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=17;PP=724;ReadPosRankSum=1.305;SC=GTTTATTGCTTTCTCTCTCTC;SOR=0.653;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=41;TCF=4;TCR=37;TR=20;WE=151538795;WS=151538774;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,41:0.51:80
chr1	151542099	rs3748610	G	T	1802.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-2.533;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=235;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.271;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=29;PP=717;ReadPosRankSum=0.200;SC=AGAAACTTGAGGGCTTCCCCT;SOR=0.532;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=155;TCF=91;TCR=64;TR=65;WE=151542107;WS=151542089;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:134,98:0.42:232
chr1	151546931	rs6660238	A	G	2443.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=61;PP=1707;SC=AGGGGCCTGCAGGTGGATCGA;SOR=3.098;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=70;TCF=9;TCR=61;TR=70;WE=151546939;WS=151546921;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr1	151551320	rs3748608	G	A	766.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.289;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.470;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=19;PP=395;ReadPosRankSum=-0.379;SC=GGGCTGGTTTGTAACCTGCCC;SOR=0.818;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=76;TCF=37;TCR=39;TR=34;WE=151551328;WS=151551310;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,44:0.38:115
chr1	151552301	rs3833527	TG	T	119.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=1.674;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQ=60.42;MQRankSum=1.873;NF=1;NR=3;PP=79;ReadPosRankSum=-1.858;SC=GTCTTTGTCATGTCTTGCTGT;SOR=0.631;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=19;TCF=2;TCR=17;TR=4;WE=151552309;WS=151552291;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,6:0.24:25
chr1	151553918	rs10494267	C	T	55.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=1.863;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=0;PP=36;ReadPosRankSum=-0.063;SC=ACCCTTGCTACAAGACACATG;SOR=1.051;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=13;TCR=1;TR=4;WE=151553926;WS=151553911;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,4:0.25:16
chr1	151554503	rs1891592	T	C	1772.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-0.112;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.373;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=23;PP=859;ReadPosRankSum=-0.614;SC=ACTCTGGCTGTGCCATAAGCC;SOR=0.495;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=168;TCF=117;TCR=51;TR=69;WE=151554511;WS=151554493;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:118,88:0.43:206
chr1	151634512	rs3831367	A	AT	1868.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=44;NR=9;PP=1683;SC=AAATGTATTGATTTTTTTCCC;SOR=2.995;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=63;TCF=50;TCR=13;TR=53;WE=151634520;WS=151634502;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr1	151634803	rs11808761	G	A	1040.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-1.698;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.132;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=32;PP=711;ReadPosRankSum=0.582;SC=AAGGAAGATAGATTAAATAAG;SOR=0.275;SbPval=0.26;Source=Platypus;TC=109;TCF=20;TCR=89;TR=42;WE=151634811;WS=151634793;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,47:0.39:122
chr1	151675486	rs3790508	A	G	509.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=2.668;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.051;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=3;PP=373;ReadPosRankSum=-0.854;SC=CCAGCTTCCAAGAAACCCCTA;SOR=0.250;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=27;TCF=24;TCR=3;TR=17;WE=151675494;WS=151675485;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,19:0.61:31
chr1	151675618	rs1308150	T	C	6294.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=99;NR=69;PP=2965;SC=AAACGCTGGGTACAGAAGGCC;SOR=0.999;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=169;TCF=100;TCR=69;TR=168;WE=151675626;WS=151675608;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,229:1.00:229
chr1	151681567	rs2280474	G	A	4317.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.961;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=316;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.117;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=68;NR=44;PP=1867;ReadPosRankSum=-1.362;SC=GAGAGGTTGAGATGGAGGAGG;SOR=1.032;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=175;TCF=100;TCR=75;TR=112;WE=151681575;WS=151681557;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:112,197:0.64:309
chr1	151686983	rs939592	T	A	2494.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.537;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=32;PP=1361;ReadPosRankSum=0.863;SC=GAGGTGGAAATTATGCTCAGT;SOR=0.680;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=131;TCF=81;TCR=50;TR=83;WE=151686991;WS=151686973;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,112:0.63:177
chr1	151700189	rs72506285	C	CCTG	4943.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=66;PP=2974;SC=CAGGATTCTCCCAGAGTCTGG;SOR=2.179;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=73;TCF=3;TCR=70;TR=69;WE=151700197;WS=151700179;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr1	151733379	.	CA	C	511.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.469;ClippingRankSum=0.000;DP=281;ExcessHet=3.0103;FS=1.962;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.08;MQRankSum=1.014;QD=4.00;ReadPosRankSum=-0.530;SOR=0.458;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:61,67:0.52:128
chr1	151740479	rs1196457	C	A	1367.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=40;NR=5;PP=1106;SC=GACACACCCCCATCTGCCTGA;SOR=3.564;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=45;TCF=40;TCR=5;TR=45;WE=151740487;WS=151740476;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr1	151740666	rs2495397	T	C	9036.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=341;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=104;NR=121;PP=2965;SC=TCGACTCTTCTTGGATATCCC;SOR=0.767;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=226;TCF=104;TCR=122;TR=225;WE=151740674;WS=151740656;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,336:1.00:336
chr1	151742550	.	GGAGAGA	G	6574.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.532;ClippingRankSum=0.000;DP=147;ExcessHet=3.0103;FS=3.476;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.43;MQRankSum=0.252;QD=45.66;ReadPosRankSum=-0.017;SOR=2.237;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,142:0.99:144
chr1	151742553	.	GAGAGAGGGAGAGGGAGACCATGGGGAGAC	G	2972	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;FR=0.5000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MMLQ=24;MQ=61.5;NF=30;NR=32;PP=2972;QD=20;SC=AGACCGTGGAGAGAGAGGGAG;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=64;TCF=31;TCR=33;TR=62;WE=151742596;WS=151742543;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:2,62:0.97:64
chr1	151742565	rs140076465	GGGAGACCATGGGGAGACGGAGAC	G	7760.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.135;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.81;MQRankSum=0.398;QD=39.60;ReadPosRankSum=-0.976;SOR=1.378;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,194:0.99:196
chr1	151742588	.	C	G	2962	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;FR=1.0000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MMLQ=24;MQ=60.76;NF=85;NR=49;PP=2962;QD=20;SC=GAGACGGAGACGGAGAGGGAG;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=140;TCF=86;TCR=54;TR=134;WE=151742596;WS=151742543;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:6,134:0.96:140
chr1	151747043	rs1123855	C	T	6978.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=268;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=69;NR=89;PP=2965;SC=GCAATGCCAGCGAGGCTCAAA;SOR=0.863;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=158;TCF=69;TCR=89;TR=158;WE=151747051;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,265:1.00:265
chr1	151747733	rs1781421	C	T	1419.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=12;NR=31;PP=1104;SC=ACTTTAAAGACATTCCTTTGG;SOR=1.931;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=43;TCF=12;TCR=31;TR=43;WE=151747741;WS=151747723;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr1	151747799	rs1781419	G	A	1602.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=27;NR=19;PP=1044;SC=GGTTTCTGAGGAAGAAAAAGT;SOR=1.159;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=46;TCF=27;TCR=19;TR=46;WE=151747807;WS=151747789;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr1	151748425	rs3923394	C	A	3637.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=34;NR=71;PP=2384;SC=TTGCTGCTTTCAGAAAGAACC;SOR=1.553;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=105;TCF=34;TCR=71;TR=105;WE=151748433;WS=151748415;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr1	151751081	rs1996729	G	A	3040.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=58;NR=34;PP=1824;SC=AGACTGAGAAGGCATTCCTTC;SOR=1.295;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=92;TCF=58;TCR=34;TR=92;WE=151751089;WS=151751071;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr1	151751274	rs17853082	C	G	7767.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=268;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=126;NR=85;PP=2965;SC=GTCGCCTCCTCCTTTGGGTGG;SOR=1.090;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=211;TCF=126;TCR=85;TR=211;WE=151751282;WS=151751264;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,265:1.00:265
chr1	151754112	rs35077383	T	C	7377.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.927;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=271;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=124;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.791;SC=CACCCAAAGCTAGTATAACTA;SOR=1.258;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=190;TCF=65;TCR=125;TR=188;WE=151754120;WS=151754102;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,267:0.99:269
chr1	151774330	rs151205204	G	A	3453.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.458;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=300;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=51;PP=1898;ReadPosRankSum=-0.262;SC=GGGATTCTGGGACAGATCCAG;SOR=0.673;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=193;TCF=107;TCR=86;TR=112;WE=151774338;WS=151774320;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:136,158:0.54:294
chr1	151780177	rs3828057	C	T	3150.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=28;NR=54;PP=1582;SC=GAAGTCCGCTCATTCTTCCTG;SOR=1.247;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=83;TCF=28;TCR=55;TR=82;WE=151780185;WS=151780167;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr1	151783688	rs939595	A	C	1071.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=24;NR=6;PP=641;SC=TCTAACAGAGAGTGGTACTCC;SOR=2.242;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=30;TCF=24;TCR=6;TR=30;WE=151783696;WS=151783678;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr1	151789588	rs151171878	C	CTGTGTGTG	1658.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5334;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=43;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;NF=25;NR=7;PP=703;SC=TAAGGAGACACTGTGTGTGTG;SOR=3.352;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=41;TCF=28;TCR=13;TR=32;WE=151789596;WS=151789578;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr1	151789609	rs56273334	C	T	1811.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.13;SOR=2.147;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr1	151789609	.	CGC	TGT	2162	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;FR=1.0000;HP=2;HapScore=1;MGOF=38;MMLQ=25;MQ=59.79;NF=42;NR=11;PP=2162;QD=41.8012806578;SC=TGTGTGTGTGCGCGCGCGCGC;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=71;TCF=51;TCR=20;TR=53;WE=151789619;WS=151789597;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:18,53:0.75:71
chr1	151789611	rs55841824	C	T	1811.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.13;SOR=2.147;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr1	151789647	rs12144914	T	G	3604.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=36;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=73;NR=51;PP=2419;SC=CACACATGCATGCATACACAT;SOR=0.990;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=127;TCF=75;TCR=52;TR=124;WE=151789655;WS=151789637;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,136:1.00:136
chr1	151811226	rs6673556	G	A	1039.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=24;NR=7;PP=766;SC=GAGGCAGCGAGCAGGTCGCGG;SOR=2.049;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=24;TCR=7;TR=31;WE=151811234;WS=151811216;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr1	151819691	.	AGGAGGCAGGAGGCAGGCAGGGGAGGCAGGAGGCAGGAGGCAGGCAGG	A	1754.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=111;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=46.18;SOR=1.493;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr1	151820298	rs6587624	G	C	9206.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=352;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=94;NR=93;PP=2965;SC=ATCTTGTCCAGTTCTACGTCC;SOR=0.699;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=189;TCF=95;TCR=94;TR=187;WE=151820306;WS=151820288;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,349:1.00:349
chr1	151820324	rs6587625	T	C	8421.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=319;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=85;NR=91;PP=2965;SC=AACCAGAGAGTCCACGGGGAT;SOR=0.744;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=177;TCF=85;TCR=92;TR=176;WE=151820332;WS=151820314;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,318:1.00:318
chr1	151825991	rs7556386	G	T	2975.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-2.165;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.531;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=46;PP=1479;ReadPosRankSum=-0.461;SC=CCTCAAGAAGGCCTCTGTGGT;SOR=0.628;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=80;TCF=33;TCR=47;TR=77;WE=151825999;WS=151825981;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,114:0.99:115
chr1	151862661	rs1060870	G	A	2122.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.592;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=319;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.429;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.784;NF=44;NR=33;PP=997;ReadPosRankSum=-1.359;SC=GATTATAGGCGTGAGCCACAG;SOR=0.650;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=204;TCF=119;TCR=85;TR=77;WE=151862669;WS=151862651;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:192,116:0.38:308
chr1	151867560	rs3762427	G	A	4416.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.350;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=-0.473;NF=60;NR=63;PP=2378;ReadPosRankSum=-0.260;SC=TCCAGGAGCCGTCTTCACATT;SOR=0.249;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=124;TCF=60;TCR=64;TR=123;WE=151867568;WS=151867550;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,163:0.99:164
chr1	151881885	rs3748805	A	C	3060.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-2.073;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=61;PP=1461;ReadPosRankSum=0.927;SC=TACTGGCGGCAGGCACAGAGC;SOR=0.600;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=89;TCF=27;TCR=62;TR=88;WE=151881893;WS=151881875;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,119:0.99:120
chr1	152009530	rs3811422	T	C	541.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=9;PP=300;SC=CTCAGACAGCTTCCGCGCCTG;SOR=1.493;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=13;TCF=4;TCR=9;TR=13;WE=152009538;WS=152009520;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr1	152079823	rs1131473	C	G	3859.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=2.218;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=310;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.553;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=79;NR=41;PP=2009;ReadPosRankSum=-0.156;SC=TTCCCGTGCTCGAAGCTTTGG;SOR=0.871;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=189;TCF=122;TCR=67;TR=120;WE=152079831;WS=152079813;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:130,174:0.57:304
chr1	152079989	rs1131471	T	G	6802.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.700;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=535;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.116;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=121;NR=102;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.686;SC=TCTTGGGATTTTATCTCCCCG;SOR=0.584;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=385;TCF=215;TCR=170;TR=223;WE=152079997;WS=152079979;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:216,302:0.58:518
chr1	152081921	rs2496253	G	C	7167.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-2.997;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=511;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.816;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=117;NR=118;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.486;SC=CTGTCGCGCAGCTGGGAATCT;SOR=0.550;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=374;TCF=179;TCR=195;TR=235;WE=152081929;WS=152081911;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:187,314:0.63:501
chr1	152085505	rs2515663	A	C	7171.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=285;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=74;NR=102;PP=2965;SC=ATTACTGTCAAGATCCAGAAG;SOR=0.939;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=178;TCF=75;TCR=103;TR=176;WE=152085513;WS=152085495;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,279:1.00:279
chr1	152128121	rs72696940	G	A	21642.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=-1.504;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1659;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=325;NR=303;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.246;SC=ACCATAGTGGGAACTCTGGCC;SOR=0.697;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=1068;TCF=524;TCR=544;TR=628;WE=152128129;WS=152128111;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:636,1000:0.61:1636
chr1	152191658	rs142633454	C	A	8917.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.043;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=808;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.743;HP=4;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=135;NR=142;PP=2962;ReadPosRankSum=0.265;SC=TTGCCCAAAACCAGAAGCCTG;SOR=0.615;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=496;TCF=234;TCR=262;TR=277;WE=152191666;WS=152191648;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:348,446:0.56:794
chr1	152191709	rs6662450	C	G	16033.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.882;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=593;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=182;NR=214;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.280;SC=GGAAGAACAACTTGTGCCAGA;SOR=0.812;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=400;TCF=184;TCR=216;TR=396;WE=152191717;WS=152191699;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,585:1.00:587
chr1	152191879	rs10788828	G	A	13543.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.608;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=504;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=198;NR=166;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.038;SC=AGCTAGATCCGTGTTGTTCAC;SOR=0.278;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=365;TCF=199;TCR=166;TR=364;WE=152191887;WS=152191869;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,497:1.00:498
chr1	152192114	rs7520249	C	T	9970.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-4.997;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=524;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.294;HP=2;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=17.334;NF=124;NR=198;PP=2962;ReadPosRankSum=10.348;SC=GGACCCATGTCGGCCGCGACT;SOR=1.099;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=376;TCF=163;TCR=213;TR=322;WE=152192122;WS=152192104;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:107,413:0.79:520
chr1	152192163	rs61814943	G	T	3186.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.180;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=482;ExcessHet=3.0103;FS=0.555;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.58;MQRankSum=-16.562;QD=6.64;ReadPosRankSum=8.664;SOR=0.636;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:313,167:0.35:480
chr1	152192293	rs7520375	C	T	6086.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=0.044;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.375;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=-0.994;NF=103;NR=81;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.670;SC=AGGAATGACCCGAGCTAGATC;SOR=0.504;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=185;TCF=103;TCR=82;TR=184;WE=152192301;WS=152192283;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,210:1.00:211
chr1	152192631	rs6587647	C	T	20882.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=1.128;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=796;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=-0.259;NF=243;NR=249;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.050;SC=CCGTGTTGTCCGTGGCCGGAG;SOR=0.551;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=501;TCF=245;TCR=256;TR=492;WE=152192639;WS=152192621;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:9,783:0.99:792
chr1	152192687	rs6587648	T	C	21601.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=805;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=239;NR=267;PP=2965;SC=AGAGGAATGCTCTGAGCTAGA;SOR=0.784;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=507;TCF=239;TCR=268;TR=506;WE=152192695;WS=152192677;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,801:1.00:801
chr1	152192825	rs6666097	C	T	10911.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-3.133;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=402;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=6.045;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=141;NR=150;PP=2965;ReadPosRankSum=1.243;SC=CCCACGCTGGCCGTGGCCTGG;SOR=0.065;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=295;TCF=142;TCR=153;TR=291;WE=152192833;WS=152192815;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,393:0.99:396
chr1	152192978	rs6587649	T	C	23300.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=884;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=294;NR=252;PP=2965;SC=AGATCCATGTTGTCCCTGGCT;SOR=0.813;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=549;TCF=297;TCR=252;TR=546;WE=152192986;WS=152192968;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,878:1.00:878
chr1	152193052	rs6587650	A	G	21410.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.814;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=820;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=242;NR=292;PP=2965;ReadPosRankSum=0.473;SC=AGCCAGACTCATGTTGCCCAA;SOR=0.807;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=534;TCF=242;TCR=292;TR=534;WE=152193060;WS=152193042;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,814:1.00:816
chr1	152193121	rs6587651	G	T	14049.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=500;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=165;NR=206;PP=2965;SC=AGTAACTTGAGCCAGACCCGT;SOR=0.895;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=371;TCF=165;TCR=206;TR=371;WE=152193129;WS=152193111;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,496:1.00:496
chr1	152193286	rs7545406	G	T	34733.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=778;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.95;QD=45.29;SOR=0.952;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,767:1.00:767
chr1	152193291	rs6587652	G	T	34591.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=795;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.95;QD=44.07;SOR=0.946;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,785:1.00:785
chr1	152193544	rs7535536	A	G	28751.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=672;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.10;SOR=0.851;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,652:1.00:652
chr1	152193547	rs6587653	G	A	17695.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.993;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=653;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=27.91;ReadPosRankSum=-1.911;SOR=0.864;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,632:1.00:634
chr1	152193851	rs11204937	C	T	12377.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.496;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=476;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=132;NR=182;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.196;SC=GATTTTATTACGAGCCTGAAC;SOR=0.978;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=315;TCF=132;TCR=183;TR=314;WE=152193859;WS=152193841;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:6,467:0.99:473
chr1	152193990	rs11204938	A	G	2828.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=16;NR=64;PP=1858;SC=AGGTACAAAGAGTAGCTCTGT;SOR=2.454;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=80;TCF=16;TCR=64;TR=80;WE=152193998;WS=152193980;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr1	152195728	rs34061715	AT	A	4273.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.203;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=289;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=1.166;HP=11;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.509;NF=7;NR=123;PP=1870;ReadPosRankSum=1.504;SC=GAGTTTAGGCATTTTTTTTTT;SOR=1.022;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=149;TCF=8;TCR=141;TR=130;WE=152195747;WS=152195718;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:13,224:0.95:237
chr1	152282684	rs151103850	G	A	6071.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.693;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1005;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=96;NR=124;PP=2766;ReadPosRankSum=-3.132;SC=TCATGGTGACGTGACCCTGAG;SOR=0.677;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=612;TCF=263;TCR=349;TR=220;WE=152282692;WS=152282674;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:649,347:0.35:996
chr1	152323132	rs12568784	G	T	5139.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.558;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=377;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.385;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=92;NR=65;PP=2656;ReadPosRankSum=0.785;SC=TGTTGACCATGAAAGGTGAGA;SOR=0.740;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=253;TCF=147;TCR=106;TR=157;WE=152323140;WS=152323122;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:145,231:0.61:376
chr1	152325732	rs12022217	G	A	16024.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.740;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1325;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.766;NF=269;NR=243;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.251;SC=AGCCCCCTGAGTGCACTTCAC;SOR=0.683;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=881;TCF=466;TCR=415;TR=512;WE=152325740;WS=152325722;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:557,745:0.57:1302
chr1	152327469	.	C	T	2962	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;FR=0.5000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MMLQ=28;MQ=58.16;NR=224;PP=2962;QD=20;SC=AGCCAGATGACTGACTTGAGC;SbPval=0.65;Source=Platypus;TCR=493;WE=152327477;WS=152327459;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:488,376:0.44:864
chr1	152327502	.	A	G	2962	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;FR=0.5000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MMLQ=28;NF=78;NR=125;PP=2962;QD=20;SC=GGCCATAGCTAGACTGATGTG;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=679;TCF=292;TCR=387;TR=203;WE=152327510;WS=152327492;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:476,203:0.30:679
chr1	152328411	rs6679449	A	G	13084.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=13.943;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1235;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.108;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-9.660;NF=261;NR=231;PP=2962;ReadPosRankSum=-2.407;SC=GTTGGCCATAACTAGACTGAC;SOR=0.805;SbPval=0.54;Source=Platypus;TCR=460;TR=492;WE=152328419;WS=152328401;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:663,547:0.45:1210
chr1	152329435	rs2282303	C	T	13584.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-1.733;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1058;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.124;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=210;NR=206;PP=2962;ReadPosRankSum=1.165;SC=TGCATGACTTCGCCTCCCACT;SOR=0.599;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=680;TCF=350;TCR=330;TR=416;WE=152329443;WS=152329425;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:416,632:0.60:1048
chr1	152331240	rs3818831	G	A	5144.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.011;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=386;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.760;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=94;NR=64;PP=2477;ReadPosRankSum=1.303;SC=ACTGGATGAAGCTCTTTCTCC;SOR=0.809;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=244;TCF=143;TCR=101;TR=158;WE=152331248;WS=152331230;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:139,237:0.63:376
chr1	152382062	rs10888486	C	T	2047.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.550;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.256;HP=4;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=19;PP=1166;ReadPosRankSum=1.140;SC=ACATTGGAGTCGGGGAAGTCA;SOR=0.836;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=143;TCF=101;TCR=42;TR=68;WE=152382070;WS=152382052;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,89:0.50:179
chr1	152382120	rs3829868	C	T	4819.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.011;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=411;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.526;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=101;NR=46;PP=2439;ReadPosRankSum=-1.421;SC=GCTGTGATGCCTCGCTTCTCT;SOR=0.894;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=284;TCF=185;TCR=99;TR=147;WE=152382128;WS=152382110;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:191,217:0.53:408
chr1	152384498	rs3215709	G	GT	291.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.783;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.021;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=0;PP=334;ReadPosRankSum=1.284;SC=AATTCCCCAGGCAAGGCCTCT;SOR=2.522;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=25;TCF=22;TCR=3;TR=10;WE=152384506;WS=152384497;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,10:0.40:25
chr1	152384759	rs7521839	A	G	4017.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.018;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=316;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.140;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=74;PP=1907;ReadPosRankSum=-0.424;SC=AGGCTCCATAATCAACCTCAG;SOR=0.543;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=207;TCF=82;TCR=125;TR=127;WE=152384767;WS=152384749;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:125,186:0.60:311
chr1	152384833	rs1923492	T	C	1563.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=1.565;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.883;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=38;PP=1033;ReadPosRankSum=2.411;SC=TGTTTTTAGTTTTCCTTTGTC;SOR=0.551;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=81;TCF=23;TCR=58;TR=55;WE=152384841;WS=152384823;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,64:0.66:97
chr1	152484129	rs2105117	G	A	10949.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.201;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1435;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=158;NR=177;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.438;SC=CCTCCCCAGTGTTCAGCCCCA;SOR=0.688;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=847;TCF=400;TCR=447;TR=335;WE=152484137;WS=152484119;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:829,587:0.41:1416
chr1	152487979	rs2282296	C	T	1609.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.160;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.713;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=29;PP=948;ReadPosRankSum=1.214;SC=CCTCCTGCTGCGGCTCCGGCA;SOR=0.515;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=121;TCF=58;TCR=63;TR=59;WE=152487987;WS=152487969;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,77:0.47:165
chr1	152488063	rs1053588	C	T	2050.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.910;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.482;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=36;PP=1019;ReadPosRankSum=-0.507;SC=GGAGACGCCGCCGACAGCGGA;SOR=0.518;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=108;TCF=44;TCR=64;TR=66;WE=152488071;WS=152488053;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:95,100:0.51:195
chr1	152552285	rs512208	C	A	2908.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-3.326;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=379;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.164;NF=66;NR=46;PP=1564;ReadPosRankSum=-0.758;SC=AGGGCCACAGCCCCCAGAGCT;SOR=0.694;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=289;TCF=169;TCR=120;TR=112;WE=152552293;WS=152552275;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:226,147:0.39:373
chr1	152552461	rs4845313	C	A	2711.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-1.158;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.540;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=63;PP=1474;ReadPosRankSum=-1.779;SC=ATTTGTTAGTCCAAAATCTAC;SOR=0.770;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=164;TCF=50;TCR=114;TR=87;WE=152552469;WS=152552451;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,122:0.58:210
chr1	152636843	rs9793541	A	T	2041.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-4.431;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=255;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.315;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.524;NF=22;NR=59;PP=1159;ReadPosRankSum=-0.130;SC=CCGGCACCAGAGCCCCGATTG;SOR=0.852;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=193;TCF=57;TCR=136;TR=81;WE=152636851;WS=152636833;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:139,106:0.43:245
chr1	152681543	rs1332496	T	C	23602.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=892;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.76;SOR=1.015;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,882:1.00:882
chr1	152681680	rs6143428	C	CAGCTCTGGGGGCTGCTGT	21304.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.973;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=736;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.082;NF=8;NR=123;PP=2900;ReadPosRankSum=1.588;SC=GCTGTGGCTCCAGCTCTGGGG;SOR=0.871;Source=Platypus;TCF=12;TR=131;WE=152681688;WS=152681669;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,468:1.00:469
chr1	152691943	rs1332499	G	A	866.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.097;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.664;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=11;PP=413;ReadPosRankSum=-3.093;SC=AAACCTTCCTGGTTTTACAGT;SOR=0.618;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=108;TCF=72;TCR=36;TR=32;WE=152691951;WS=152691933;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:97,49:0.34:146
chr1	152692074	rs1332500	G	C	4462.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-2.312;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=529;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.777;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=101;NR=55;PP=2349;ReadPosRankSum=0.817;SC=GGGCAGGGTAGCAATGGTGCC;SOR=0.829;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=370;TCF=231;TCR=139;TR=156;WE=152692082;WS=152692064;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:299,223:0.43:522
chr1	152692472	rs873775	A	C	6049.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.477;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=878;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.00;ReadPosRankSum=-0.042;SOR=0.697;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:548,316:0.37:864
chr1	152692588	rs944682	A	G	5430.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.791;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=760;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=75;NR=94;PP=2268;ReadPosRankSum=2.681;SC=ACACAGGATCATCTGGCTGCT;SOR=0.722;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=456;TCF=210;TCR=246;TR=169;WE=152692596;WS=152692578;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:464,292:0.39:756
chr1	152692781	rs3814350	G	T	936.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-2.113;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.008;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=23;PP=460;ReadPosRankSum=-1.306;SC=AGAATGCACTGCCCCGCTACC;SOR=0.532;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=132;TCF=49;TCR=83;TR=39;WE=152692789;WS=152692771;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:137,57:0.29:194
chr1	152692862	rs3814351	G	C	358.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=0.506;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=13;PP=221;ReadPosRankSum=-1.470;SC=TCATCACTTTGCCTCTGTGCT;SOR=0.752;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=49;TCF=7;TCR=42;TR=14;WE=152692870;WS=152692852;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,18:0.31:59
chr1	152732106	rs17612167	A	T	6900.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.132;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=493;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.165;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=130;NR=75;PP=2962;ReadPosRankSum=0.019;SC=TGCCGCTCCAACAGTGCTGCG;SOR=0.798;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=323;TCF=200;TCR=123;TR=205;WE=152732114;WS=152732096;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:176,314:0.64:490
chr1	152732436	rs4845480	G	C	3250.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=4.073;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=373;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.242;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=58;PP=2102;ReadPosRankSum=-0.473;SC=AGTGCGAAGCGTCACAACCTG;SOR=0.757;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=283;TCF=146;TCR=137;TR=121;WE=152732444;WS=152732426;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:218,151:0.41:369
chr1	152733301	rs4329520	T	A	12103.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.695;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1507;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=189;NR=192;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.355;SC=CCCAGAACCATGCATAAGTCT;SOR=0.691;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=979;TCF=478;TCR=501;TR=381;WE=152733309;WS=152733291;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:869,618:0.42:1487
chr1	152749091	rs41268480	C	T	2625.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.939;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=76;PP=1795;ReadPosRankSum=-0.333;SC=CCACCACAGACGGCGTAGGTC;SOR=0.665;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=146;TCF=26;TCR=120;TR=93;WE=152749099;WS=152749081;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,107:0.63:170
chr1	152759950	rs11205106	A	G	4064.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.635;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=539;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-2.358;NF=69;NR=77;PP=1835;ReadPosRankSum=0.401;SC=CTCTGGGGGCAGCTGTGGCTC;SOR=0.703;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=337;TCF=157;TCR=180;TR=146;WE=152759958;WS=152759948;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:299,219:0.42:518
chr1	152760106	rs56313719	G	A	823.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=3.055;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.984;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=30;MQRankSum=0.889;NF=7;NR=23;PP=532;ReadPosRankSum=0.908;SC=AGGGGGCAGCGGCCAGCACTC;SOR=1.445;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=64;TCF=20;TCR=44;TR=30;WE=152760114;WS=152760096;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,38:0.39:98
chr1	152777868	rs36107483	A	G	3547.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.580;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=572;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.15;MQRankSum=-8.360;QD=6.38;ReadPosRankSum=-1.214;SOR=0.738;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:351,205:0.37:556
chr1	152777964	rs17624493	G	A	2152.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-1.498;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=351;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.663;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-3.606;NF=30;NR=37;PP=843;ReadPosRankSum=0.501;SC=TCTTGGTGGCGGATTCAGGAG;SOR=0.529;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=196;TCF=76;TCR=120;TR=67;WE=152777972;WS=152777954;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:223,122:0.35:345
chr1	152882952	.	G	C	588	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=29;MMLQ=25;MQ=48.11;NF=26;NR=14;PP=588;QD=15.5692803137;SC=GGAGCTCCCAGAGCAGCAGGA;SbPval=0.07;Source=Platypus;TC=126;TCF=59;TCR=67;TR=40;WE=152882960;WS=152882942;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:86,40:0.32:126
chr1	152882982	.	C	CAGCAGCAGGAGGGGCAGCTGGAGCTCTCTG	2474.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.356;ClippingRankSum=0.000;DP=118;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=57.32;MQRankSum=-0.105;QD=52.65;ReadPosRankSum=-2.136;SOR=0.829;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,45:0.96:47
chr1	152944594	rs3170863	C	T	15387.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.940;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=582;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=167;NR=253;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.097;SC=CCTCCAAGAGCAAACAGAAGT;SOR=1.039;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=420;TCF=167;TCR=253;TR=420;WE=152944602;WS=152944584;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,574:1.00:576
chr1	152957573	rs1611760	T	C	2165.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=57;NR=10;PP=1636;SC=AATGGGGGAGTTAAGGGAGAT;SOR=3.258;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=67;TCF=57;TCR=10;TR=67;WE=152957581;WS=152957563;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr1	152957832	rs1611762	C	A	13248.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.337;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=492;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=8.963;NR=173;PP=2965;ReadPosRankSum=1.812;SC=AGCCCTGCCACCCCAAGGTGC;SOR=0.378;Source=Platypus;TCR=175;WE=152957840;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,480:0.99:483
chr1	152957887	rs1611764	G	A	13506.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.583;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=497;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=11.011;NF=207;NR=185;PP=2965;ReadPosRankSum=0.130;SC=CCAGCCCAAGGTTCCAGAGCC;SOR=0.810;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=397;TCF=210;TCR=187;TR=392;WE=152957895;WS=152957877;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,485:0.99:489
chr1	152975495	rs2075739	G	A	12550.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=471;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=188;NR=104;PP=2965;SC=ATCCTTTGAAGCATGAGTTCT;SOR=1.179;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=292;TCF=188;TCR=104;TR=292;WE=152975503;WS=152975485;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,468:1.00:468
chr1	152975658	rs67156933	AGAGCCAGGCTGTACCAAGGTCCCT	A	3290.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.649;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=270;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=3.731;NF=16;NR=63;PP=2695;ReadPosRankSum=1.202;SC=CAAAGATTCCAGAGCCAGGCT;SOR=1.445;SbPval=0.09;Source=Platypus;TC=151;TCF=20;TCR=131;TR=79;WE=152975689;WS=152975648;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,110:0.98:112
chr1	152975763	rs1977734	C	A	7255.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=75;NR=73;PP=2345;SC=CTGAGCCAGGCTGTACCAAGG;SOR=0.704;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=148;TCF=75;TCR=73;TR=148;WE=152975771;WS=152975753;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,177:1.00:177
chr1	152975829	rs1970328	A	G	10407.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.804;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=309;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.164;NF=96;NR=94;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.277;SC=AGGTCCCTGAACCAGGCAGCA;SOR=0.706;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=190;TCF=96;TCR=94;TR=190;WE=152975837;WS=152975819;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,304:0.99:306
chr1	152975941	rs1055935	C	G	9320.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.317;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=375;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=113;NR=98;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.569;SC=CTACACAAAGCTACCAGAGCC;SOR=0.787;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=215;TCF=115;TCR=100;TR=211;WE=152975949;WS=152975931;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:6,354:0.98:360
chr1	153004721	rs1334848	A	T	2148.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=1.872;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=34;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=8;PP=1598;ReadPosRankSum=-0.820;SC=GAAAGAACATAGCTTTTTAAG;SOR=1.694;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=63;TCF=55;TCR=8;TR=62;WE=153004729;WS=153004711;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,71:0.99:72
chr1	153004778	rs3820141	C	T	6542.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.943;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=249;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=48;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=112;NR=45;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.384;SC=TTATTCTCTGCTTAAATCATC;SOR=1.387;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=158;TCF=112;TCR=46;TR=157;WE=153004786;WS=153004768;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,244:0.99:246
chr1	153004809	rs3181787	T	C	10148.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=1.169;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=384;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=49;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=150;NR=83;PP=2965;ReadPosRankSum=1.374;SC=CCAGGACCAGTCACTGTTGCA;SOR=1.130;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=233;TCF=150;TCR=83;TR=233;WE=153004817;WS=153004799;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,375:0.99:379
chr1	153004848	rs3795381	T	C	21798.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=492;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.98;QD=44.85;SOR=0.950;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,486:1.00:486
chr1	153004853	rs3795382	C	T	21814.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=497;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.98;QD=44.43;SOR=0.932;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,491:1.00:491
chr1	153004983	rs12195	C	T	12742.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.436;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=478;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=-0.384;NF=216;NR=152;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.444;SC=CCAAAGTGCCCGAGCCCTGCC;SOR=0.586;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=373;TCF=220;TCR=153;TR=368;WE=153004991;WS=153004973;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,454:0.99:457
chr1	153005156	rs2711	C	T	19518.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.090;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=754;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=197;NR=291;PP=2965;ReadPosRankSum=1.814;SC=TCCCATTCTGCGTATGAGTCC;SOR=0.552;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=490;TCF=198;TCR=292;TR=488;WE=153005164;WS=153005146;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,739:1.00:742
chr1	153122310	rs510277	G	A	1535.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=30;NR=17;PP=876;SC=AGTCCTGGGAGTAAGAAGAGC;SOR=1.255;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=30;TCR=17;TR=47;WE=153122318;WS=153122300;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr1	153190590	rs35221508	G	GT	3332.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.535;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.314;HP=8;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=30;PP=2228;ReadPosRankSum=-1.465;SC=CGAATCTTGTGTTTTTTTCAG;SOR=1.166;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=84;TCF=47;TCR=37;TR=69;WE=153190598;WS=153190580;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,134:0.99:135
chr1	153233488	rs150026164	C	CGGCGGT	6882.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=-0.108;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=426;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.125;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.462;NF=13;NR=113;PP=2981;ReadPosRankSum=-0.742;SC=AGACCTCTGGCGGCGGTGGCG;SOR=1.087;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=166;TCF=16;TCR=150;TR=126;WE=153233496;WS=153233478;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:5,253:0.98:258
chr1	153233503	.	C	CGGTGGT	2981	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;FR=1.0000;HP=4;HapScore=1;MGOF=18;MMLQ=24;MQ=61.08;NF=13;NR=109;PP=2981;QD=20;SC=GTGGCGGTGGCGGCGGCAGCG;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=142;TCF=16;TCR=126;TR=122;WE=153233511;WS=153233493;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:20,122:0.86:142
chr1	153233701	rs1143390	A	C	1682.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=1.963;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=-0.142;NF=23;NR=23;PP=851;ReadPosRankSum=-0.116;SC=AGTACTCCGGAGGCGGCGGCT;SOR=0.368;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=23;TCR=24;TR=46;WE=153233709;WS=153233691;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,66:0.96:69
chr1	153233991	rs11275959	A	ACTCTGGCGGCGG	2275.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=17;PP=2965;SC=GTCTGCGGCTACTCTGGCGGC;SOR=0.909;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=25;TCF=4;TCR=21;TR=20;WE=153233999;WS=153233981;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr1	153234295	rs12043009	G	A	7682.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=284;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=121;NR=65;PP=2965;SC=GTGGCTCCGGGAGTGGCAAGG;SOR=1.203;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=186;TCF=121;TCR=65;TR=186;WE=153234303;WS=153234285;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,281:1.00:281
chr1	153270362	rs2771110	C	G	421.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=3.327;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=3;PP=312;ReadPosRankSum=-0.999;SC=TGCTGAGCCACCTTGGCTGGT;SOR=0.648;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=37;TCF=31;TCR=6;TR=16;WE=153270370;WS=153270356;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,18:0.40:45
chr1	153271524	rs821431	C	T	1472.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-1.824;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.658;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=14;PP=604;ReadPosRankSum=1.780;SC=TCCCGCCATGCTTCCCAGACA;SOR=0.623;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=85;TCF=58;TCR=27;TR=40;WE=153271532;WS=153271514;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,70:0.52:135
chr1	153277423	rs843971	C	T	1868.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.722;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.377;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=20;PP=962;ReadPosRankSum=-2.801;SC=TGACCCTTACCTATCTTATTG;SOR=0.879;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=165;TCF=105;TCR=60;TR=63;WE=153277431;WS=153277413;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:130,93:0.42:223
chr1	153277660	rs2771112	A	T	562.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-1.651;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=24;PP=380;ReadPosRankSum=0.429;SC=TCCAATAACAAAACAATAGGA;SOR=0.756;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=115;TCF=35;TCR=80;TR=34;WE=153277668;WS=153277650;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:96,37:0.28:133
chr1	153279462	rs66966700	TAAG	T	8820.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=48;NR=56;PP=2948;SC=GCGCAGAAAATAAGAGCCACA;SOR=1.373;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=116;TCF=54;TCR=62;TR=104;WE=153279472;WS=153279452;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,199:1.00:199
chr1	153282892	rs821424	C	T	662.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-0.307;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.009;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=5;PP=369;ReadPosRankSum=-0.338;SC=AATTGAATAACTTGTTGAAGA;SOR=0.520;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=73;TCF=59;TCR=14;TR=26;WE=153282900;WS=153282882;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,33:0.39:85
chr1	153283004	rs821423	C	T	9556.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.723;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=370;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=130;NR=91;PP=2965;ReadPosRankSum=0.509;SC=TGAAAGCACTCGGATGGGTTT;SOR=0.953;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=224;TCF=131;TCR=93;TR=221;WE=153283012;WS=153282994;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,360:0.99:362
chr1	153283179	rs3006473	A	G	2141.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-1.308;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.712;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=55;PP=1464;ReadPosRankSum=0.609;SC=TGTGGACGGCAGCCCTGGAAG;SOR=0.812;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=112;TCF=31;TCR=81;TR=75;WE=153283187;WS=153283169;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,89:0.64:140
chr1	153314153	rs3006448	C	A	1892.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=29;NR=18;PP=914;SC=CTCGCCTTTCCCAAGAAGTGG;SOR=0.971;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=29;TCR=18;TR=47;WE=153314161;WS=153314143;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr1	153314347	rs3006449	C	T	232.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=6;PP=131;SC=AGCCCCTGCACAGCTGATGGA;SOR=2.093;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=1;TCR=6;TR=7;WE=153314355;WS=153314337;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr1	153315467	rs5777858	T	TAAG	1714.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=19;NR=7;PP=1100;SC=ATGAGAAGGATAAGACAGCAG;SOR=2.494;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=31;TCF=23;TCR=8;TR=26;WE=153315475;WS=153315457;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr1	153315579	rs3014863	A	G	6102.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=246;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=85;NR=47;PP=2484;SC=TCTTAGTGCCAAAGAAGGCAA;SOR=1.066;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=132;TCF=85;TCR=47;TR=132;WE=153315587;WS=153315569;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,236:1.00:236
chr1	153315784	rs1865234	T	C	4162.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=32;NR=89;PP=2830;SC=GGACTGAAGCTATGTTCACTA;SOR=2.032;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=121;TCF=32;TCR=89;TR=121;WE=153315792;WS=153315774;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,141:1.00:141
chr1	153320334	rs3006457	T	C	5770.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=77;NR=65;PP=2956;SC=CTCGGTTGCTTTTTGGCCCAG;SOR=0.833;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=144;TCF=77;TCR=67;TR=142;WE=153320342;WS=153320324;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,212:1.00:212
chr1	153320372	rs3006458	T	G	6156.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=73;NR=78;PP=2965;SC=CAGGCCTGGATACCCAGAGCA;SOR=0.702;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=152;TCF=74;TCR=78;TR=151;WE=153320380;WS=153320362;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,229:1.00:229
chr1	153320581	rs3006459	T	C	1217.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=28;PP=803;SC=CAGCACCTGCTTCAGTCTTCT;SOR=2.356;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=33;TCF=5;TCR=28;TR=33;WE=153320589;WS=153320571;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr1	153362788	rs41264638	T	C	2352.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.628;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=57;PP=1488;ReadPosRankSum=-0.083;SC=TAGCCATCTATGAAGGGTGGC;SOR=0.711;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=155;TCF=60;TCR=95;TR=93;WE=153362796;WS=153362778;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,105:0.58:180
chr1	153410822	rs10888561	C	A	2843.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=27;NR=58;PP=1667;SC=TTTCAAAAAGCCTTCAGGAAA;SOR=1.380;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=85;TCF=27;TCR=58;TR=85;WE=153410830;WS=153410812;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr1	153412392	rs3006428	T	G	9373.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=354;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=84;NR=137;PP=2965;SC=AAAAGGCAAATAGGCAGGTGA;SOR=1.074;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=224;TCF=86;TCR=138;TR=221;WE=153412400;WS=153412382;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,349:1.00:349
chr1	153430249	rs35971850	TG	T	3621.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.515;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=449;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.651;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=34;PP=2094;ReadPosRankSum=0.314;SC=TTATTGTTCCTGGGGTCTCTG;SOR=0.915;SbPval=0.16;Source=Platypus;TC=190;TCF=76;TCR=114;TR=68;WE=153430257;WS=153430239;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:297,146:0.33:443
chr1	153431406	rs3014837	C	G	6540.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=237;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=104;NR=79;PP=2965;SC=GGCTTGGCTTCTCAATCTTGT;SOR=0.920;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=183;TCF=104;TCR=79;TR=183;WE=153431414;WS=153431396;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,232:1.00:232
chr1	153516439	rs146843088	A	G	649.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-2.068;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.550;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=15;PP=338;ReadPosRankSum=-0.134;SC=ACAGAAGCCCAGTGGGTGGAG;SOR=0.259;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=46;TCF=13;TCR=33;TR=23;WE=153516447;WS=153516429;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,32:0.54:59
chr1	153587256	rs11548102	A	T	1311.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-1.734;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=5;PP=827;ReadPosRankSum=1.323;SC=TGCAGAGATGAGGACAGGTGC;SOR=0.990;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=42;TCF=36;TCR=6;TR=38;WE=153587264;WS=153587246;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,47:0.96:49
chr1	153587308	rs11548104	C	T	4557.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.349;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=84;NR=33;PP=2504;ReadPosRankSum=-0.915;SC=CAAGTTTTATCTCCAGGCCCA;SOR=0.633;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=118;TCF=85;TCR=33;TR=117;WE=153587316;WS=153587298;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,165:0.99:166
chr1	153588208	rs9792963	G	A	1958.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=48;NR=7;PP=1388;SC=TGCAGGGCAAGGCCAAGGTGA;SOR=3.091;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=55;TCF=48;TCR=7;TR=55;WE=153588216;WS=153588198;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr1	153588279	rs9792967	G	A	6769.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=261;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=111;NR=54;PP=2965;SC=TGTGGGAGCAGAAAGGCCAGG;SOR=1.284;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=165;TCF=111;TCR=54;TR=165;WE=153588287;WS=153588269;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,257:1.00:257
chr1	153600778	rs3806233	G	A	3546.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=85;NR=30;PP=2848;SC=TTCCAGCCCAGGAGACAGAGG;SOR=2.366;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=126;TCF=85;TCR=41;TR=115;WE=153600786;WS=153600768;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr1	153604029	rs1046379	C	T	9070.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=339;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;NR=112;PP=2965;SC=CCCTCAAGACCTTTGAGGAGG;SOR=0.699;Source=Platypus;TCR=117;WE=153604037;WS=153604019;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,335:1.00:335
chr1	153604112	rs1046381	G	A	9720.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-2.069;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=378;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.130;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=128;NR=116;PP=2965;ReadPosRankSum=1.112;SC=CCACCCCCTTGCCTCTGACTC;SOR=0.320;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=246;TCF=129;TCR=117;TR=244;WE=153604120;WS=153604102;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,367:1.00:368
chr1	153609039	rs4845557	T	C	4450.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.427;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=68;NR=32;PP=2080;ReadPosRankSum=2.062;SC=TACGTATTGTTCTTTGTAGAT;SOR=0.910;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=103;TCF=70;TCR=33;TR=100;WE=153609047;WS=153609029;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:5,166:0.97:171
chr1	153635425	rs3795396	G	A	1360.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.611;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=12;PP=1067;ReadPosRankSum=-0.665;SC=ACCATATTCCGCTTTGCCTGC;SOR=0.871;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=43;TCF=31;TCR=12;TR=42;WE=153635433;WS=153635418;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,45:0.98:46
chr1	153636432	.	TTAC	T	389	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=26;MMLQ=20;MQ=61.9;NF=19;NR=5;PP=389;QD=16.4166666667;SC=AATTTCAGAGTTACTACTACT;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=29;TCF=24;TCR=5;TR=24;WE=153636445;WS=153636424;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:5,24:0.83:29
chr1	153636468	rs369602600	CTA	C	573.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.307;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=65.71;MQRankSum=-0.025;QD=14.71;ReadPosRankSum=0.844;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,16:0.41:39
chr1	153636471	rs372540759	CT	C	516.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=1.176;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FS=1.580;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=65.71;MQRankSum=0.158;QD=12.02;ReadPosRankSum=0.088;SOR=0.994;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,16:0.37:43
chr1	153636472	.	TA	CA	661	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;FR=0.5000,0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MMLQ=10;MQ=64.63;NF=20,46;NR=3,15;PP=661,439;QD=30.2509222847;SC=CTACTACTACTAGTAAATAAG;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=72;TCF=57;TCR=15;TR=23,61;WE=153636480;WS=153636462;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:49,23:0.32:72
chr1	153636472	.	TA	TACCA	693.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=1.270;ClippingRankSum=0.000;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=1.632;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=10;MQRankSum=0.658;NF=20,46;NR=3,15;PP=661,439;ReadPosRankSum=-1.330;SC=CTACTACTACTAGTAAATAAG;SOR=0.350;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=72;TCF=57;TCR=15;TR=23,61;WE=153636480;WS=153636462;set=Intersection	GT:AF:DP	0/1:0.47:43
chr1	153636860	rs4351684	A	G	7375.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.816;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=279;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=112;NR=67;PP=2965;ReadPosRankSum=2.421;SC=AAATGGTTAGAGAGGGACTCA;SOR=1.105;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=179;TCF=112;TCR=67;TR=179;WE=153636868;WS=153636850;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,274:0.99:276
chr1	153637617	rs3862047	G	A	1529.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=26;NR=16;PP=812;SC=ATAGCAACAAGCTAAGTAAAC;SOR=1.140;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=42;TCF=26;TCR=16;TR=42;WE=153637625;WS=153637607;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr1	153642835	rs6663046	G	C	3721.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=34;NR=72;PP=2347;SC=ACTTACACTTGTCCCCATTCC;SOR=1.455;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=106;TCF=34;TCR=72;TR=106;WE=153642843;WS=153642825;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,133:1.00:133
chr1	153656352	rs9662664	T	G	2043.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=12;NR=44;PP=1340;SC=GGAGAACCAATAGCAGAGGAG;SOR=2.105;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=56;TCF=12;TCR=44;TR=56;WE=153656360;WS=153656342;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr1	153660514	rs11295572	AC	A	1819.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=40;NR=10;PP=1376;SC=CAGCTCCTCTACCCCCCCAAT;SOR=2.419;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=53;TCF=42;TCR=11;TR=50;WE=153660522;WS=153660504;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr1	153661374	rs34402066	CG	C	19183.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-1.225;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=529;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.109;NF=103;NR=138;PP=2951;ReadPosRankSum=1.605;SC=CGGGCGCTCACGGTAGGCTGT;SOR=0.411;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=247;TCF=107;TCR=140;TR=241;WE=153661382;WS=153661364;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,527:1.00:528
chr1	153662584	rs72023554	GTCTC	G	229.80	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.691;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=7.160;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.47;MQRankSum=-1.138;QD=17.68;ReadPosRankSum=-0.000;SOR=0.704;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,10:0.77:13
chr1	153662615	.	TCTCA	T	184	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;FR=0.5000;HP=2;HapScore=3;MGOF=35;MMLQ=21;MQ=54.71;NF=4;NR=8;PP=184;QD=15.5833333333;SC=TCTCTCTCTCTCTCACACACA;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=26;TCF=12;TCR=14;TR=12;WE=153662626;WS=153662605;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:14,12:0.46:26
chr1	153665650	rs116245325	C	T	4435.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.439;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=602;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.119;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=85;NR=66;PP=2080;ReadPosRankSum=-0.375;SC=CGAGCTGGAGCTTCGAGGGGA;SOR=0.785;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=371;TCF=204;TCR=167;TR=151;WE=153665658;WS=153665640;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:355,235:0.40:590
chr1	153665919	rs5777879	T	TC	1298.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQ=60.25;NF=0;NR=32;PP=1334;SC=CCTCCACACCTCCCTACCCTG;SOR=4.514;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=36;TCF=0;TCR=36;TR=32;WE=153665927;WS=153665909;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr1	153701376	rs12074957	G	C	739.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=28.45;SOR=0.846;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr1	153721348	.	G	A	566.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=1.396;ClippingRankSum=0.000;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=13;PP=293;ReadPosRankSum=2.512;SC=TTAGAGAGGGGGAGGCAAGGA;SOR=0.779;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=21;TCF=2;TCR=19;TR=14;WE=153721356;WS=153721338;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,22:0.76:29
chr1	153742534	.	GGTGT	G	321.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;QD=45.96;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr1	153743317	rs4345834	G	A	4296.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=38;NR=74;PP=2274;SC=TTTTCCTGTCGTTAACATCTG;SOR=1.281;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=112;TCF=38;TCR=74;TR=112;WE=153743325;WS=153743307;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,160:1.00:160
chr1	153784666	rs11264420	CT	C,CTT	587.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.567;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FS=1.063;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.08;MQRankSum=0.655;QD=5.82;ReadPosRankSum=-0.561;SOR=0.954;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:19,51,31:0.50,0.31:101
chr1	153790501	rs4363451	C	T	773.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-1.900;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.716;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=12;PP=327;ReadPosRankSum=-0.104;SC=TAAGATCCCACTATGGGTCAC;SOR=0.593;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=88;TCF=54;TCR=34;TR=31;WE=153790509;WS=153790491;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,45:0.38:118
chr1	153792297	rs75524443	G	A	648.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=0.903;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=16;PP=343;ReadPosRankSum=1.188;SC=AAGGGGGGCCGGGTGCGGTGG;SOR=0.693;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=50;TCF=16;TCR=34;TR=23;WE=153792305;WS=153792287;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,30:0.50:60
chr1	153904574	rs11264620	T	C	869.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.135;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=6;PP=408;ReadPosRankSum=0.572;SC=TGAGCCACCGTGCCTGGCCAG;SOR=0.614;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=74;TCF=55;TCR=19;TR=28;WE=153904582;WS=153904564;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,42:0.41:102
chr1	153906397	rs11264621	A	G	6215.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.757;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=83;PP=2803;ReadPosRankSum=-1.241;SC=CTCTGCACCAACTTCCCCTTT;SOR=1.015;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=137;TCF=53;TCR=84;TR=135;WE=153906405;WS=153906387;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,233:0.99:235
chr1	153907278	rs3835302	CCTGCTGCTG	C,CCTGCTGCTGCTG	2707.73	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.884;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=386;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.483;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.092;NF=41,41;NR=66,66;PP=2990,2990;ReadPosRankSum=0.411;SC=GACACCTGCTCCTGCTGCTGC;SOR=0.732;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=192;TCF=88;TCR=104;TR=107,107;WE=153907316;WS=153907268;set=Intersection	GT:AF:DP	0/1:0.26:355
chr1	153907305	rs35902206	G	GC	2127.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.808;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=422;ExcessHet=3.0103;FS=2.019;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-1.710;QD=7.44;ReadPosRankSum=6.053;SOR=0.576;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:170,116:0.41:286
chr1	153907306	.	T	C	2962	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;FR=0.5000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MMLQ=28;MQ=59.94;NF=104;NR=80;PP=2962;QD=20;SC=GCTGCTGCTGTTGCTGCTGCT;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=286;TCF=165;TCR=121;TR=184;WE=153907316;WS=153907268;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:102,184:0.64:286
chr1	153907306	rs375088543	T	TGC	4809.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.247;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=502;ExcessHet=3.0103;FS=2.123;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-1.551;QD=15.67;ReadPosRankSum=6.969;SOR=0.565;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:166,141:0.46:307
chr1	153909069	rs1043608	G	C	1732.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-2.023;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=18;PP=692;ReadPosRankSum=3.414;SC=GCACATGGTAGGCTGTGTGCA;SOR=0.675;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=120;TCF=79;TCR=41;TR=52;WE=153909077;WS=153909059;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:116,88:0.43:204
chr1	153911321	rs80093879	A	T	1078.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.369;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.390;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=12;PP=414;ReadPosRankSum=-0.332;SC=TTGGGGCAACAGAGACAATGA;SOR=0.564;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=91;TCF=59;TCR=32;TR=34;WE=153911329;WS=153911311;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,57:0.42:137
chr1	153913699	rs1110165	T	G	702.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.686;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FS=2.384;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.78;ReadPosRankSum=0.517;SOR=0.961;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:105,42:0.29:147
chr1	153913770	rs2252508	A	G	7852.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-2.045;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=301;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.025;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=84;NR=81;PP=2965;ReadPosRankSum=0.905;SC=AGACATCTGGAAGGGAAGAAG;SOR=0.245;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=167;TCF=84;TCR=83;TR=165;WE=153913778;WS=153913760;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,294:1.00:295
chr1	153917369	rs6680140	C	T	97.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=3.181;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=0;PP=37;ReadPosRankSum=1.329;SC=TAAGAGGACCCCATGGGTTTC;SOR=0.223;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=15;TCR=0;TR=4;WE=153917377;WS=153917367;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,5:0.31:16
chr1	153920564	rs10559	A	G	1020.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.251;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=8;PP=481;ReadPosRankSum=-1.315;SC=GGCCAAGAAGAGGGATGGTGA;SOR=0.737;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=91;TCF=64;TCR=27;TR=30;WE=153920572;WS=153920554;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,51:0.39:132
chr1	153921483	rs111395902	AC	A	2168.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.106;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.777;HP=7;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQ=60.05;MQRankSum=1.172;NF=26;NR=34;PP=1905;ReadPosRankSum=-0.047;SC=CCCACCACCCACCCCACCTAG;SOR=0.787;SbPval=0.5;Source=Platypus;TCR=88;TR=60;WE=153921491;WS=153921473;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:112,83:0.43:195
chr1	153926078	rs11264680	T	C	292.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=0.101;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=8;PP=136;ReadPosRankSum=0.640;SC=CCCCAGGCCATCGTCCTGGGG;SOR=0.737;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=31;TCF=10;TCR=21;TR=12;WE=153926086;WS=153926068;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,18:0.33:55
chr1	153941514	rs11264743	C	T	1692.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.401;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=253;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=31;PP=908;ReadPosRankSum=1.919;SC=CTCTGAGGACCCCTGCCATCC;SOR=0.700;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=162;TCF=79;TCR=83;TR=59;WE=153941522;WS=153941504;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:159,88:0.36:247
chr1	153954674	rs10908578	T	C	3033.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.578;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=34;PP=1171;ReadPosRankSum=-0.718;SC=AGGGCACAGGTGTCATGGTGT;SOR=0.726;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=74;TCF=39;TCR=35;TR=72;WE=153954682;WS=153954664;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,120:0.98:122
chr1	153954778	rs371625659	AAC	A	675.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.947;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=1.882;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.26;ReadPosRankSum=0.176;SOR=0.438;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,29:0.78:37
chr1	153955601	.	C	CA	71.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.509;ClippingRankSum=0.000;DP=291;ExcessHet=3.0103;FS=3.378;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.07;MQRankSum=0.000;QD=0.27;ReadPosRankSum=-0.359;SOR=0.430;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:224,46:0.17:270
chr1	153964396	rs34521811	C	CAA	13212.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=300;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=61;NR=79;PP=2930;SC=AGGAAGTAACCAGTGATACAA;SOR=1.070;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=147;TCF=65;TCR=82;TR=140;WE=153964404;WS=153964386;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,296:1.00:296
chr1	153967487	.	C	CA	197.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.048;ClippingRankSum=0.000;DP=129;ExcessHet=3.0103;FS=1.974;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.25;MQRankSum=2.471;QD=1.80;ReadPosRankSum=0.118;SOR=0.450;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:80,30:0.27:110
chr1	153974621	rs6701341	C	T	90.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=3.461;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=5;PP=57;ReadPosRankSum=0.207;SC=TTGGCCACTACGAGGAGGATG;SOR=0.260;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=0;TCR=15;TR=5;WE=153974629;WS=153974611;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,5:0.33:15
chr1	153994647	rs11264875	C	T	627.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.449;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.694;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=10;PP=356;ReadPosRankSum=0.852;SC=ATATCTCCAACAAAGGTAAGC;SOR=0.504;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=75;TCF=49;TCR=26;TR=25;WE=153994655;WS=153994637;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,35:0.32:109
chr1	153995806	.	A	C	196.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-4.450;ClippingRankSum=0.000;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.053;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=9;PP=70;ReadPosRankSum=1.496;SC=GTACAGAGAAAGATGCACTGG;SOR=0.266;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=38;TCF=4;TCR=34;TR=10;WE=153995814;WS=153995796;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,13:0.30:44
chr1	154027381	rs3834774	AT	A	530.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.277;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FS=12.500;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.25;ReadPosRankSum=-0.890;SOR=0.181;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:76,49:0.39:125
chr1	154029450	rs11264964	G	C	1090.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.215;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.707;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=24;PP=652;ReadPosRankSum=0.650;SC=ATTTTCAGGTGAGAAAGATTT;SOR=0.784;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=88;TCF=35;TCR=53;TR=38;WE=154029458;WS=154029440;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,52:0.46:113
chr1	154031217	rs4845591	A	G	1155.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.560;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.137;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=32;PP=749;ReadPosRankSum=0.741;SC=ACATGCTCCAAGCATAATCAA;SOR=1.421;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=58;TCF=10;TCR=48;TR=38;WE=154031225;WS=154031207;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,48:0.59:82
chr1	154061855	rs2066135	T	G	5147.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=70;NR=59;PP=2512;SC=AAGCACGGAATATAAAAGTGC;SOR=0.836;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=129;TCF=70;TCR=59;TR=129;WE=154061863;WS=154061845;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,193:1.00:193
chr1	154091017	rs6661101	G	C	529.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-2.909;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.650;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=5;PP=261;ReadPosRankSum=-1.795;SC=TATAATTTTGGTTGTCACCAA;SOR=0.223;SbPval=0.22;Source=Platypus;TC=56;TCF=47;TCR=9;TR=20;WE=154091025;WS=154091007;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,26:0.39:66
chr1	154108387	rs3001361	G	A	8641.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=334;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=95;NR=133;PP=2965;SC=AATGAGACCCGTTAAGTGCAA;SOR=0.980;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=229;TCF=95;TCR=134;TR=228;WE=154108395;WS=154108377;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,330:1.00:330
chr1	154110733	rs11318139	GA	G	493.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.844;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FS=3.044;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.06;MQRankSum=1.449;QD=2.87;ReadPosRankSum=0.259;SOR=0.478;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:121,51:0.30:172
chr1	154112167	rs2500223	A	C	78.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.154;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=6.813;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.13;ReadPosRankSum=0.603;SOR=0.166;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:53,17:0.24:70
chr1	154141908	rs4845364	A	G	5692.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.987;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=109;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.416;SC=CAGAGTGAAGAGTTTCAGAAG;SOR=1.477;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=163;TCF=52;TCR=111;TR=160;WE=154141916;WS=154141898;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,208:0.99:210
chr1	154144060	rs5777891	T	TAG	1661.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.042;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.887;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.682;NF=2;NR=31;PP=1477;ReadPosRankSum=1.026;SC=AACCTATATGTAGAGAGAGTT;SOR=0.833;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=57;TCF=2;TCR=55;TR=33;WE=154144068;WS=154144050;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,52:0.60:87
chr1	154178185	.	C	CT	218.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.786;ClippingRankSum=0.000;DP=183;ExcessHet=3.0103;FS=5.696;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.06;MQRankSum=1.732;QD=1.64;ReadPosRankSum=0.664;SOR=0.314;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:104,29:0.22:133
chr1	154192143	rs9803862	G	A	1274.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-3.545;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=9;PP=868;ReadPosRankSum=-0.140;SC=GCACTGAGCAGGTAAGCCAAG;SOR=0.662;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=71;TCF=57;TCR=14;TR=47;WE=154192151;WS=154192133;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,53:0.69:77
chr1	154192463	rs34176728	G	GT	587.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.409;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FS=4.549;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.28;MQRankSum=1.237;QD=9.63;ReadPosRankSum=1.196;SOR=1.457;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,38:0.62:61
chr1	154208877	rs3762339	A	G	537.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.328;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.702;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=4;PP=237;ReadPosRankSum=0.293;SC=GTTTTGCTCTATTGCCTAGGC;SOR=0.346;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=21;TCF=15;TCR=6;TR=13;WE=154208885;WS=154208867;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,23:0.74:31
chr1	154218550	rs11301778	CT	C	68.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-0.967;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=0;PP=56;ReadPosRankSum=-1.358;SC=CATTTCAAGGCTTTTGTGTTT;SOR=0.160;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=9;TCR=0;TR=4;WE=154218558;WS=154218545;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,5:0.50:10
chr1	154218639	rs4040743	TTCAG	T	991.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.406;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.202;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=6;PP=560;ReadPosRankSum=0.364;SC=TGTTAGCGTGTTCAGTCATTC;SOR=0.483;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=27;TCF=15;TCR=12;TR=12;WE=154218650;WS=154218629;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,26:0.55:47
chr1	154227239	rs1194604	C	A	2137.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-1.498;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.047;NF=68;NR=20;PP=1573;ReadPosRankSum=-0.500;SC=AATAAAGCTGCATCAGTGCTA;SOR=0.629;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=135;TCF=102;TCR=33;TR=88;WE=154227247;WS=154227229;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,90:0.65:138
chr1	154227292	rs11412846	G	GT	2693.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.739;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=365;ExcessHet=3.0103;FS=2.711;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.12;MQRankSum=0.960;QD=7.76;ReadPosRankSum=1.241;SOR=0.873;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:152,195:0.56:347
chr1	154228287	rs1194603	T	C	5100.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-3.918;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=361;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.947;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=108;PP=2320;ReadPosRankSum=-0.493;SC=ACTGTCCAACTGTAAGATTGT;SOR=0.393;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=245;TCF=78;TCR=167;TR=169;WE=154228295;WS=154228277;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:115,238:0.67:353
chr1	154235657	rs11265398	G	A	4074.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.612;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=324;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=87;PP=2214;ReadPosRankSum=0.093;SC=GCTGTGTTTTGTGTGTGTGTA;SOR=0.686;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=225;TCF=85;TCR=140;TR=142;WE=154235665;WS=154235645;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:126,188:0.60:314
chr1	154243115	rs1044013	C	T	1043.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-5.627;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.040;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=36;PP=760;ReadPosRankSum=-0.581;SC=GACCCCCAAACATATATCAGC;SOR=0.508;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=105;TCF=11;TCR=94;TR=40;WE=154243123;WS=154243105;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,47:0.40:118
chr1	154243243	.	TTTG	T	67.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.021;ClippingRankSum=-0.000;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.46;MQRankSum=-0.000;QD=6.16;ReadPosRankSum=-1.626;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,5:0.45:11
chr1	154243457	rs12354278	A	T	1323.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.609;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.245;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=30;PP=633;ReadPosRankSum=-1.088;SC=ATAAAATGAAATCTTCGCCCT;SOR=0.951;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=143;TCF=64;TCR=79;TR=47;WE=154243465;WS=154243447;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:140,75:0.35:215
chr1	154245917	rs13796	T	C	1596.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.869;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.670;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=25;PP=1041;ReadPosRankSum=-0.903;SC=GGTTCCATAGTCCTCAGCACC;SOR=0.800;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=102;TCF=55;TCR=47;TR=56;WE=154245925;WS=154245907;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,67:0.54:124
chr1	154285052	rs11265530	G	A	2350.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=54.80;QD=24.23;SOR=1.402;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr1	154285078	rs11581043	T	G	1751.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=54.58;QD=25.03;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr1	154294656	rs1194607	T	C	3505.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=27;NR=53;PP=1711;SC=TTGAACAGTGTCCCAGACTGA;SOR=1.187;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=80;TCF=27;TCR=53;TR=80;WE=154294664;WS=154294646;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr1	154296076	rs1194610	T	C	6366.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=241;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=119;NR=53;PP=2965;SC=TTCTGGGCACTGGGATGCTGA;SOR=1.352;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=172;TCF=119;TCR=53;TR=172;WE=154296084;WS=154296066;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,235:1.00:235
chr1	154296812	rs41304552	C	T	2940.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.117;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.568;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=68;NR=33;PP=1691;ReadPosRankSum=0.798;SC=TGGGGGCCACCGTTGGCACAG;SOR=0.754;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=160;TCF=109;TCR=51;TR=101;WE=154296820;WS=154296802;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,133:0.67:200
chr1	154302826	rs6691345	C	T	3945.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.409;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FS=3.718;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.79;ReadPosRankSum=-0.703;SOR=0.754;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,152:0.99:153
chr1	154305010	rs1209264	A	G	1775.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=38;NR=8;PP=1128;SC=CTCCAGCCTGAGCAGCAGAGC;SOR=2.226;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=46;TCF=38;TCR=8;TR=46;WE=154305018;WS=154305000;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr1	154310223	rs11448687	G	GA	3210.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.264;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=77;PP=1218;ReadPosRankSum=-0.791;SC=CTGTATTAGAGAAAAAAAAAT;SOR=1.127;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=90;TCF=1;TCR=89;TR=78;WE=154310231;WS=154310213;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,139:0.98:142
chr1	154321072	rs1194591	A	G	2704.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=25;NR=52;PP=1600;SC=GAAAGGCCTCATGTGAACACT;SOR=1.469;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=78;TCF=25;TCR=53;TR=77;WE=154321080;WS=154321062;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr1	154401972	rs6694817	T	C	3390.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.557;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=276;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.943;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=64;PP=1709;ReadPosRankSum=-1.731;SC=AAATGAGGCTTTGTGCATTCC;SOR=0.620;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=185;TCF=73;TCR=112;TR=108;WE=154401980;WS=154401962;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:114,159:0.58:273
chr1	154407419	rs7518199	A	C	1072.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=2.449;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.301;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=6;PP=708;ReadPosRankSum=-1.522;SC=GGGCTTCTCTACACTATATTT;SOR=1.094;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=49;TCF=37;TCR=12;TR=33;WE=154407427;WS=154407409;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,41:0.73:56
chr1	154407713	rs7521458	T	C	1282.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.168;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.708;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=34;PP=600;ReadPosRankSum=0.877;SC=AGGCCAGGCATGGTGGCTCAC;SOR=0.979;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=76;TCF=22;TCR=54;TR=45;WE=154407721;WS=154407703;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,62:0.60:104
chr1	154408340	rs4845371	T	C	637.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-4.007;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.281;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=5;PP=408;ReadPosRankSum=-1.648;SC=TAGAGGCCTCTGCCAGCTGAA;SOR=0.120;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=30;TCF=25;TCR=5;TR=22;WE=154408348;WS=154408337;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,25:0.78:32
chr1	154409893	rs71586015	A	AT	1555.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.803;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FS=1.351;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.06;MQRankSum=0.828;QD=9.26;ReadPosRankSum=1.180;SOR=0.557;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:63,105:0.62:168
chr1	154420402	rs7512646	G	C	765.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.125;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.594;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.729;NF=17;NR=4;PP=377;ReadPosRankSum=1.467;SC=GTTGGTCAGGGTGGTCTCGAA;SOR=1.542;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=28;TCF=21;TCR=7;TR=21;WE=154420410;WS=154420396;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,31:0.77:40
chr1	154422580	rs71586016	C	CTGTGTGTGTGTG	405.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.989;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=28.98;ReadPosRankSum=-0.989;SOR=1.426;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,9:0.64:14
chr1	154426970	rs2228145	A	C	3163.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.578;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=246;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=38;PP=1464;ReadPosRankSum=1.898;SC=CTAGTGCAAGATTCTTCTTCA;SOR=0.688;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=143;TCF=77;TCR=66;TR=83;WE=154426978;WS=154426960;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:99,146:0.60:245
chr1	154437896	rs2229238	T	C	9315.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=323;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=70;NR=189;PP=2965;SC=CTGTGGATGATAAAACACAAA;SOR=1.694;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=259;TCF=70;TCR=189;TR=259;WE=154437904;WS=154437886;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,318:1.00:318
chr1	154442960	rs11265621	G	A	3914.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=32;NR=59;PP=1870;SC=TACAGGGCAGGGGCAGGAAAC;SOR=1.195;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=92;TCF=33;TCR=59;TR=91;WE=154442968;WS=154442950;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,144:1.00:144
chr1	154443014	rs79925547	C	T	808.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.730;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.169;HP=3;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=23;PP=541;ReadPosRankSum=-1.753;SC=GGTGTGCTGGCGAGGTGAAAG;SOR=1.038;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=51;TCF=14;TCR=37;TR=31;WE=154443022;WS=154443004;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,37:0.55:67
chr1	154459197	rs4845633	C	G	3993.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=38;NR=65;PP=2052;SC=CAGGCCACTGCGGTGACCCAT;SOR=1.125;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=103;TCF=38;TCR=65;TR=103;WE=154459205;WS=154459187;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,147:1.00:147
chr1	154474131	rs4845635	C	G	9469.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.550;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=360;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.158;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=119;NR=126;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.852;SC=CCTCCGTGGCCCGGGAGTTTT;SOR=0.341;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=246;TCF=120;TCR=126;TR=245;WE=154474139;WS=154474121;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,357:1.00:358
chr1	154474557	rs6703672	T	C	897.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=5;NR=22;PP=551;SC=GGCTGCTCCGTGCGCCCCCGG;SOR=2.833;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=27;TCF=5;TCR=22;TR=27;WE=154474565;WS=154474547;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr1	154479657	rs10654618	C	CAT	3809.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=27;NR=29;PP=2816;SC=ATGCCTGACACGTTTCCTTTT;SOR=1.005;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=59;TCF=28;TCR=31;TR=56;WE=154479678;WS=154479647;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr1	154479670	rs6664608	C	T	3124.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=50;NR=38;PP=1718;SC=TTCCTTTTGTCGGAGTCTGAG;SOR=0.922;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=88;TCF=50;TCR=38;TR=88;WE=154479678;WS=154479647;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr1	154492702	rs10908842	G	A	2390.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-1.899;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=14;PP=1400;ReadPosRankSum=-0.757;SC=CAGACTAGCTGGCTGGGGATC;SOR=1.042;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=72;TCF=57;TCR=15;TR=70;WE=154492710;WS=154492692;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,87:0.99:88
chr1	154493721	rs6684225	T	C	2206.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=42;NR=13;PP=1238;SC=CCTTCCAGCTTGGGCTTGGTG;SOR=1.802;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=56;TCF=42;TCR=14;TR=55;WE=154493729;WS=154493711;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr1	154514331	rs4845647	C	A	831.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=23;NR=6;PP=653;SC=CTCAGGATGCCGTGAGGATGG;SOR=2.303;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=31;TCF=24;TCR=7;TR=29;WE=154514339;WS=154514321;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr1	154516571	rs6678164	T	C	16100.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=592;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=133;NR=223;PP=2965;SC=TTTTCTGGGCTATGCACGTCA;SOR=1.072;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=356;TCF=133;TCR=223;TR=356;WE=154516579;WS=154516561;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,585:1.00:585
chr1	154523215	rs4520411	C	T	954.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=27;NR=5;PP=674;SC=ATCGGTGATACGATCATTTTG;SOR=2.368;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=32;TCF=27;TCR=5;TR=32;WE=154523223;WS=154523205;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr1	154523588	rs10908849	T	G	1331.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=37;PP=1037;SC=CTCCCAGCACTGTGGTCTAGT;SOR=4.174;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=39;TCF=2;TCR=37;TR=39;WE=154523596;WS=154523578;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr1	154528086	rs4078519	T	C	2349.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=35;NR=29;PP=1249;SC=GCTCTTAGTTTGGGCCCCACA;SOR=0.788;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=64;TCF=35;TCR=29;TR=64;WE=154528094;WS=154528076;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr1	154557685	rs9427094	C	T	2627.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.468;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.384;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=24;PP=1328;ReadPosRankSum=-1.653;SC=GCTCTCCTGTCTCCTTACCCA;SOR=0.954;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=141;TCF=89;TCR=52;TR=75;WE=154557693;WS=154557675;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,113:0.59:193
chr1	154561261	rs9427095	G	C	1223.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=7;NR=27;PP=832;SC=TGTTGCAGACGTTTCACAGTT;SOR=2.419;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=34;TCF=7;TCR=27;TR=34;WE=154561269;WS=154561251;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr1	154561925	rs1127309	C	T	2701.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.065;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=367;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=38;PP=1191;ReadPosRankSum=-0.249;SC=AATCTCCTTTCACACAGCGAT;SOR=0.693;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=226;TCF=130;TCR=96;TR=90;WE=154561933;WS=154561915;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:217,144:0.40:361
chr1	154562624	rs201932953	CG	C	259.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.682;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=4;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=12;PP=359;ReadPosRankSum=0.414;SC=AGGACCCCCCCGCCCCAAAAA;SOR=0.495;SbPval=0.24;Source=Platypus;TC=58;TCF=25;TCR=33;TR=26;WE=154562637;WS=154562613;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,16:0.46:35
chr1	154562625	rs7532276	G	C	237.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.628;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=11.477;HP=11;HapScore=4;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=22;PP=557;ReadPosRankSum=-0.911;SC=GGACCCCCCCGCCCCAAAAAA;SOR=2.712;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=57;TCF=25;TCR=32;TR=34;WE=154562637;WS=154562613;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,16:0.46:35
chr1	154562629	rs60407842	C	A	386.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.200;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.58;ReadPosRankSum=1.970;SOR=0.709;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,27:0.53:51
chr1	154571174	rs143817514	T	TGGA	1077.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=16;PP=803;SC=TTTTCACTTGTGGAGATGAAG;SOR=1.981;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=0;TCR=17;TR=16;WE=154571182;WS=154571164;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr1	154573967	rs2229857	T	C	9172.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.642;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=666;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.137;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=138;NR=129;PP=2962;ReadPosRankSum=0.724;SC=TGCGTTTCTTTTGGTCTCAGG;SOR=0.691;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=417;TCF=209;TCR=208;TR=267;WE=154573975;WS=154573957;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:249,410:0.62:659
chr1	154574820	rs1466731	T	C	15193.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=588;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=172;NR=175;PP=2965;SC=CCCTGACTTCTGAGATGCACG;SOR=0.710;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=348;TCF=172;TCR=176;TR=347;WE=154574828;WS=154574810;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,581:1.00:581
chr1	154575040	rs1802645	C	T	3978.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=33;NR=56;PP=1823;SC=GCTGCTGGTACCTGAGCTGTC;SOR=1.125;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=89;TCF=33;TCR=56;TR=89;WE=154575048;WS=154575030;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,147:1.00:147
chr1	154580348	rs71586026	G	GAC	7916.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.63;BaseQRankSum=-0.989;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1040;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.478;NF=42;NR=82;PP=2989;ReadPosRankSum=1.161;SC=TTGGCAAGACGACACACACAC;SOR=0.679;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=421;TCF=154;TCR=267;TR=124;WE=154580371;WS=154580338;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:621,297:0.32:918
chr1	154600372	rs6426859	A	G	3781.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=258;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.95;QD=26.63;SOR=3.564;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,142:1.00:142
chr1	154709682	rs35539682	TG	T	279.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=21.52;SOR=2.147;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr1	154744807	rs1051614	C	G	11578.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.723;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=411;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=95;NR=176;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.065;SC=GGCTGATGTACAGGATGCGCT;SOR=0.949;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=273;TCF=97;TCR=176;TR=271;WE=154744815;WS=154744797;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,410:1.00:411
chr1	154744852	rs1131820	A	G	7045.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.064;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=260;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=122;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.208;SC=CATCCGCGCCATTGTCGATCA;SOR=1.416;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=179;TCF=56;TCR=123;TR=177;WE=154744860;WS=154744842;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,258:0.99:260
chr1	154744937	rs11589471	C	T	1095.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-4.475;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.806;HP=2;HapScore=2;MGOF=28;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=29;PP=624;ReadPosRankSum=-0.980;SC=CCAGGCAGGACAGGTGGGGCA;SOR=0.234;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=62;TCF=11;TCR=51;TR=37;WE=154744945;WS=154744927;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,50:0.65:77
chr1	154832290	rs1061122	C	T	3280.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-2.294;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=68;PP=2962;ReadPosRankSum=-2.055;SC=TCAGTCCCTGCAAGGAGTGTC;SOR=0.721;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=136;TCF=42;TCR=94;TR=97;WE=154832312;WS=154832280;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,141:0.71:198
chr1	154832304	rs4845397	T	C	1011.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=2.201;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=25;PP=1323;ReadPosRankSum=-0.144;SC=GAGTGTCCTTTAAGCTGACTT;SOR=0.647;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=111;TCF=28;TCR=83;TR=34;WE=154832312;WS=154832280;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:103,52:0.34:155
chr1	154832322	rs1218586	A	C	3965.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=17;NR=72;PP=2181;SC=CTTTCCTGTTAATTTGACACT;SOR=2.432;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=89;TCF=17;TCR=72;TR=89;WE=154832330;WS=154832312;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr1	154841415	rs57846577	TCTCTCTCTCTCACA	T	1918.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.241;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FS=4.499;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.82;MQRankSum=6.666;QD=14.01;ReadPosRankSum=2.683;SOR=1.118;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:83,54:0.39:137
chr1	154842199	.	G	GGCTGCTGCTGCT,GGCTGCTGCTGCTGCT	5385.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.5;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=24;NF=14,14;NR=21,21;PP=819,766;SC=GGGATGCGGTGGCTGCTGCTG;SOR=1.145;SbPval=0.1;Source=Platypus;TC=91;TCF=24;TCR=67;TR=35,35;WE=154842207;WS=154842189;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.52,0.48:107
chr1	154917701	rs906594	A	G	4488.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=0.768;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=83;PP=2667;ReadPosRankSum=-0.784;SC=AGCAGGCACCACCAAGCATAT;SOR=0.996;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=141;TCF=58;TCR=83;TR=141;WE=154917709;WS=154917691;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,171:0.99:173
chr1	154919080	rs2061690	C	T	4432.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.923;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=598;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.127;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=83;PP=2268;ReadPosRankSum=0.319;SC=TGGGCCTCTACCCCCACTGAG;SOR=0.629;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=371;TCF=155;TCR=216;TR=145;WE=154919088;WS=154919070;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:366,228:0.38:594
chr1	154983539	rs6686021	C	T	2543.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-1.778;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=53;PP=1588;ReadPosRankSum=-0.768;SC=TGCCTGTGTCCCAGGCCCATA;SOR=0.633;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=82;TCF=27;TCR=55;TR=80;WE=154983547;WS=154983529;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,93:0.99:94
chr1	154987526	rs11264295	C	T	14884.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.760;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=566;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=186;NR=167;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.534;SC=TGCTGGAGATCCCGTGTGTCA;SOR=0.779;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=355;TCF=187;TCR=168;TR=353;WE=154987534;WS=154987516;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,555:1.00:557
chr1	154988957	rs2242195	A	G	17174.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.895;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=654;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=164;NR=235;PP=2965;ReadPosRankSum=0.538;SC=CCCACTACCCACCACCCTCTA;SOR=0.448;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=405;TCF=166;TCR=239;TR=399;WE=154988965;WS=154988935;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:6,640:0.99:646
chr1	155026942	rs6427128	A	C	11589.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=449;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=113;NR=147;PP=2965;SC=CACACTCAGAAGCCACCAGAG;SOR=0.836;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=261;TCF=113;TCR=148;TR=260;WE=155026950;WS=155026932;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,446:1.00:446
chr1	155033334	rs12743272	G	A	5744.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=41;NR=101;PP=2965;SC=CAGAGGAAGGGGACTCCACCT;SOR=1.486;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=146;TCF=44;TCR=102;TR=142;WE=155033342;WS=155033324;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,206:1.00:206
chr1	155058663	rs17723260	G	A	10467.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-2.658;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=417;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=97;NR=149;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.784;SC=GGGCCCCAATGTGAAGATCAA;SOR=1.193;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=251;TCF=98;TCR=153;TR=246;WE=155058671;WS=155058653;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,413:1.00:415
chr1	155106054	rs4390169	A	G	8595.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.424;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=330;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=130;NR=106;PP=2965;ReadPosRankSum=0.968;SC=AGTGAGTGTCAGAGCCCTGTG;SOR=0.853;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=237;TCF=130;TCR=107;TR=236;WE=155106062;WS=155106044;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,322:0.99:326
chr1	155106227	rs4745	A	T	11618.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.034;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=445;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=135;NR=151;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.456;SC=CAGGCCCATGACAATCCACAG;SOR=0.425;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=291;TCF=137;TCR=154;TR=286;WE=155106235;WS=155106217;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,433:0.99:436
chr1	155109218	.	C	CA	105.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.312;ClippingRankSum=0.000;DP=97;ExcessHet=3.0103;FS=2.219;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.22;MQRankSum=2.386;QD=1.16;ReadPosRankSum=-1.529;SOR=1.012;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:70,21:0.23:91
chr1	155162067	rs4072037	C	T	3221.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.275;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=243;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.012;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=41;PP=1484;ReadPosRankSum=1.328;SC=GACCAGAACCCGTAACAACTG;SOR=0.759;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=161;TCF=83;TCR=78;TR=89;WE=155162075;WS=155162057;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:95,146:0.61:241
chr1	155166794	rs77150642	G	A	2049.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.742;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.221;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=19;PP=848;ReadPosRankSum=0.411;SC=GACAGGCCCGGCCTGAGTCCC;SOR=0.586;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=110;TCF=73;TCR=37;TR=54;WE=155166802;WS=155166784;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,95:0.55:173
chr1	155167786	rs41264915	A	G	5502.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.001;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=416;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.546;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=106;NR=73;PP=2893;ReadPosRankSum=-0.547;SC=CCCCCGTCCCAGTAGCCCTGT;SOR=0.885;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=272;TCF=156;TCR=116;TR=179;WE=155167794;WS=155167776;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:148,254:0.63:402
chr1	155172725	rs35154152	T	C	7415.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.433;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=535;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.819;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=115;NR=120;PP=2962;ReadPosRankSum=0.003;SC=GGATTGGGGCTGCAGTGGGAA;SOR=0.632;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=356;TCF=181;TCR=175;TR=235;WE=155172733;WS=155172715;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:194,336:0.63:530
chr1	155173527	rs67579710	G	A	71.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.360;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.99;ReadPosRankSum=0.706;SOR=0.602;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,5:0.28:18
chr1	155178782	rs760077	A	T	3919.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=2.043;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=259;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=74;PP=2184;ReadPosRankSum=0.321;SC=GCGCCGTGACACTCCGAGGCG;SOR=0.710;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=188;TCF=75;TCR=113;TR=122;WE=155178790;WS=155178772;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,167:0.67:251
chr1	155181843	rs2974935	G	T	1159.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.953;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.096;NF=29;NR=14;PP=627;ReadPosRankSum=-0.655;SC=GGGGGTACCAGACAGGACTCC;SOR=0.636;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=66;TCF=45;TCR=21;TR=43;WE=155181851;WS=155181833;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,54:0.64:84
chr1	155182164	rs2075570	C	T	4707.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.417;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=415;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.758;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-1.179;NF=94;NR=60;PP=2462;ReadPosRankSum=-0.801;SC=TCTTCCTGCCCACCCAATCCA;SOR=0.755;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=271;TCF=160;TCR=111;TR=154;WE=155182172;WS=155182154;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:182,218:0.55:400
chr1	155184367	rs137953989	G	C	3459.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=0.386;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=801;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.688;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=-23.657;NF=88;NR=72;PP=2213;ReadPosRankSum=3.069;SC=ACCGGTTTAGGACGACCACAA;SOR=0.977;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=483;TCF=251;TCR=232;TR=160;WE=155184375;WS=155184357;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:577,220:0.28:797
chr1	155184975	rs140081212	A	G	7971.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.698;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=637;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.529;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.272;NF=108;NR=147;PP=2962;ReadPosRankSum=0.617;SC=ACAAAGGCAAAGAGACAAAGG;SOR=0.747;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=439;TCF=193;TCR=246;TR=255;WE=155184983;WS=155184965;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:264,366:0.58:630
chr1	155186729	rs28445596	T	C	3427.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.635;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=262;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.244;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.921;NF=40;NR=49;PP=1595;ReadPosRankSum=-1.452;SC=CCCCGCTCCCTTGGTCTTGAG;SOR=0.798;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=148;TCF=71;TCR=77;TR=89;WE=155186737;WS=155186719;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:104,154:0.60:258
chr1	155202689	rs10796940	A	C	1736.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=3.915;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.654;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=27;PP=1223;ReadPosRankSum=0.874;SC=AGGGGACGGGAACACACAGAC;SOR=0.617;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=109;TCF=61;TCR=48;TR=59;WE=155202697;WS=155202679;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,67:0.52:130
chr1	155203060	rs56310840	G	A	2957.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.094;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.542;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.106;NF=43;NR=58;PP=1832;ReadPosRankSum=0.107;SC=GCTTAGGTGCGGAGGTGGCAC;SOR=0.639;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=156;TCF=67;TCR=89;TR=101;WE=155203068;WS=155203050;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,128:0.64:200
chr1	155205669	rs28559737	G	T	11018.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=399;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NR=168;PP=2965;SC=AGACAAAGGCGCAACACTGGG;SOR=0.937;Source=Platypus;TCR=170;WE=155205677;WS=155205659;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,391:1.00:391
chr1	155206341	rs9628662	T	G	2915.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.327;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=72;PP=1714;ReadPosRankSum=-2.587;SC=AATCCTGGAGTTGGGTGACGG;SOR=0.732;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=174;TCF=48;TCR=126;TR=96;WE=155206349;WS=155206331;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:93,128:0.58:221
chr1	155208183	rs114099990	T	C	211.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.61;BaseQRankSum=4.623;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.354;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-5.031;NF=0;NR=10;PP=169;ReadPosRankSum=-0.473;SC=GCCATTAGCCTCCACCCTCCC;SOR=2.387;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=38;TCF=14;TCR=24;TR=10;WE=155208191;WS=155208173;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,10:0.29:35
chr1	155209360	rs2075569	C	T	1095.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.213;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.265;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=5;PP=803;ReadPosRankSum=-1.437;SC=AAAAGAAAAACGAAAAGTTTC;SOR=2.124;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=58;TCF=49;TCR=9;TR=39;WE=155209368;WS=155209350;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,42:0.70:60
chr1	155217435	.	AGG	A	1054.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.674;ClippingRankSum=0.000;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.50;ReadPosRankSum=-1.318;SOR=0.746;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,29:0.51:57
chr1	155217436	.	GGA	ATT	921	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;FR=0.5000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MMLQ=28;MQ=60.0;NF=4;NR=10;PP=921;QD=70.3191339187;SC=CCCAGAGGTAGGAGGGAAAGG;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=38;TCF=13;TCR=25;TR=14;WE=155217446;WS=155217426;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:24,14:0.37:38
chr1	155217438	rs199735676	A	ATT	1054.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-1.946;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.50;ReadPosRankSum=-1.286;SOR=0.746;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,29:0.51:57
chr1	155218168	rs2075568	T	C	6386.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.998;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=486;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.126;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=86;NR=114;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.045;SC=CCAATCCCCATCCCTGGGGCG;SOR=0.807;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=330;TCF=146;TCR=184;TR=200;WE=155218187;WS=155218158;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:192,293:0.60:485
chr1	155218365	rs734073	T	C	552.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.326;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.314;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=12;PP=269;ReadPosRankSum=0.875;SC=CTTTCACAGCTCCCACGCTCC;SOR=0.180;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=31;TCF=6;TCR=25;TR=16;WE=155218373;WS=155218355;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,24:0.56:43
chr1	155221837	rs2072647	C	A	966.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-1.295;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.915;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=20;PP=481;ReadPosRankSum=-0.134;SC=CCTCCCTCACCCAAAATCAGC;SOR=0.905;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=51;TCF=19;TCR=32;TR=30;WE=155221845;WS=155221827;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,43:0.58:74
chr1	155224091	rs2075566	C	A	3321.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.964;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.001;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=68;NR=48;PP=2033;ReadPosRankSum=-0.258;SC=ACCCGGCTGGCACCAACTGGG;SOR=0.375;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=179;TCF=112;TCR=67;TR=116;WE=155224099;WS=155224081;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,143:0.64:223
chr1	155224301	rs2242577	C	A	3472.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-4.520;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=266;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.985;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=73;PP=2061;ReadPosRankSum=-0.695;SC=CCTGAGTGAGCCCCTCACCAC;SOR=0.765;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=198;TCF=77;TCR=121;TR=118;WE=155224309;WS=155224291;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:103,151:0.59:254
chr1	155230131	rs1142287	C	T	4373.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.626;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=314;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.428;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=91;NR=48;PP=2396;ReadPosRankSum=0.301;SC=TAGCTGTGCCCCCCAGGGCAG;SOR=0.605;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=225;TCF=150;TCR=75;TR=139;WE=155230139;WS=155230121;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:121,189:0.61:310
chr1	155231545	rs2242576	T	G	2714.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=2.883;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=63;PP=1754;ReadPosRankSum=0.855;SC=GAGACCCGGGTCTCAGCTGGC;SOR=0.653;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=139;TCF=35;TCR=104;TR=85;WE=155231553;WS=155231535;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,111:0.64:174
chr1	155239624	rs2361543	G	A	794.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.424;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.589;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=17;PP=407;ReadPosRankSum=-0.875;SC=ACTGTTCTCAGACACTTGTTG;SOR=1.136;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=40;TCF=13;TCR=27;TR=23;WE=155239632;WS=155239614;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,34:0.67:51
chr1	155255837	rs11264352	T	C	684.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.460;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.226;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=19;PP=448;ReadPosRankSum=0.140;SC=GGTCCCTGCCTCAGTACGCTG;SOR=0.446;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=44;TCF=13;TCR=31;TR=28;WE=155255845;WS=155255827;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,31:0.63:49
chr1	155257492	rs11264355	C	G	1068.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.817;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FS=2.353;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.91;ReadPosRankSum=1.741;SOR=0.490;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:64,56:0.47:120
chr1	155260350	rs1052177	A	G	3915.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.055;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=331;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.405;HP=5;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=77;NR=57;PP=1965;ReadPosRankSum=0.681;SC=GGGCCAGAGGAGGGAGGGGCG;SOR=0.651;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=233;TCF=136;TCR=97;TR=134;WE=155260358;WS=155260340;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:147,182:0.55:329
chr1	155260383	rs1052176	G	T	5921.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.616;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=490;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=93;NR=72;PP=2410;ReadPosRankSum=-0.525;SC=CTTAGCACCCGCATGATGTTG;SOR=0.685;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=292;TCF=162;TCR=130;TR=165;WE=155260403;WS=155260373;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:207,282:0.58:489
chr1	155260395	.	T	C	1170.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.638;ClippingRankSum=0.000;DP=536;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.19;ReadPosRankSum=2.571;SOR=0.656;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:428,107:0.20:535
chr1	155265177	rs2071053	A	G	6396.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.672;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=496;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=83;NR=118;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.315;SC=CCAACCCTACAGGCGCCGCCT;SOR=0.715;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=321;TCF=131;TCR=190;TR=201;WE=155265185;WS=155265167;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:196,294:0.60:490
chr1	155269776	rs3020781	A	G	1560.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.361;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.894;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=20;PP=962;ReadPosRankSum=1.573;SC=AATTTTTGTTAAATGAATGAC;SOR=0.875;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=75;TCF=47;TCR=28;TR=55;WE=155269784;WS=155269766;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,65:0.71:91
chr1	155279482	rs2297480	T	G	497.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-3.180;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=2;PP=147;ReadPosRankSum=0.480;SC=GGGCTAAGGCTGGGGTGGGAG;SOR=0.657;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=22;TCF=16;TCR=6;TR=13;WE=155279490;WS=155279472;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,24:0.75:32
chr1	155280104	rs35556344	C	CT	389.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.408;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FS=8.104;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.23;MQRankSum=1.307;QD=6.96;ReadPosRankSum=-1.691;SOR=0.177;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,31:0.55:56
chr1	155289545	rs11264361	T	G	3097.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=1.838;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=306;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.897;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=37;PP=1207;ReadPosRankSum=-1.373;SC=CCCAGGAACCTCATCCTTCCT;SOR=0.618;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=170;TCF=84;TCR=86;TR=78;WE=155289553;WS=155289535;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:147,153:0.51:300
chr1	155294274	rs914616	A	G	6133.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=58;NR=108;PP=2965;SC=GCGCTGGGCTACACCTCCCTC;SOR=1.308;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=166;TCF=58;TCR=108;TR=166;WE=155294282;WS=155294264;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,220:1.00:220
chr1	155294772	rs4971075	A	G	7004.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NR=100;PP=2965;SC=GCTTCCGAATAAACTGCCCTT;SOR=0.719;Source=Platypus;TCR=100;WE=155294780;WS=155294762;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,229:1.00:229
chr1	155313047	rs4971051	T	C	2783.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=55;NR=18;PP=1651;SC=GCTGGGATTATCAGCGTGAGC;SOR=1.921;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=73;TCF=55;TCR=18;TR=73;WE=155313055;WS=155313037;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
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chr1	155532341	rs61812107	T	C	24695.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=568;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.72;QD=43.86;SOR=1.060;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,563:1.00:563
chr1	155581311	rs141265144	T	C	5837.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.366;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=287;ExcessHet=3.0103;FS=0.439;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.55;MQRankSum=-7.322;QD=20.34;ReadPosRankSum=0.011;SOR=0.655;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:129,158:0.55:287
chr1	155581319	rs202139573	G	A	5619.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.217;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=255;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.69;MQRankSum=-8.358;QD=22.04;ReadPosRankSum=0.338;SOR=0.686;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:116,139:0.55:255
chr1	155581757	rs145150302	A	G	56.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=39.67;QD=18.76;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr1	155583937	rs147713038	A	G	291.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.146;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=40.21;MQRankSum=-0.146;QD=14.59;ReadPosRankSum=-0.178;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,11:0.55:20
chr1	155618415	rs5777949	CT	C	12002.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=418;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=54;NR=149;PP=2966;SC=ACTCATGCGCCTTTTCAGATG;SOR=0.723;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=207;TCF=54;TCR=153;TR=203;WE=155618423;WS=155618405;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,412:1.00:412
chr1	155630752	rs3738590	A	G	3768.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.754;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=286;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.806;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=66;PP=2050;ReadPosRankSum=-1.315;SC=AGAATTTGGGAAAAAGAATAG;SOR=0.829;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=196;TCF=94;TCR=102;TR=122;WE=155630760;WS=155630742;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:112,169:0.60:281
chr1	155631307	.	AAC	A,AACACAC	537	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.33;FR=0.5000,0.5000;HP=2;HapScore=4;MGOF=24;MMLQ=25;MQ=57.57;NF=0,0;NR=25,25;PP=105,537;QD=4.32;SC=GATCAAGAGAAACACACACAC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=34;TCF=0;TCR=34;TR=25,25;WE=155631316;WS=155631297;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.74:34
chr1	155658085	rs2666826	T	C	5392.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.373;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=397;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.702;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-1.107;NF=96;NR=79;PP=2962;ReadPosRankSum=0.318;SC=CTGGGATCGTTTCCCCTCGCA;SOR=0.788;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=271;TCF=146;TCR=125;TR=175;WE=155658093;WS=155658075;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:147,239:0.62:386
chr1	155679543	.	C	CT	197.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.846;ClippingRankSum=0.000;DP=159;ExcessHet=3.0103;FS=7.049;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.35;ReadPosRankSum=2.177;SOR=0.700;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:115,32:0.22:147
chr1	155691191	.	GTA	G	54	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;FR=0.5000;HP=2;HapScore=3;MGOF=4;MMLQ=28;MQ=60.0;NF=1;NR=2;PP=54;QD=20.6666666667;SC=ATGTATGTATGTATATATATA;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=16;TCF=10;TCR=6;TR=3;WE=155691202;WS=155691181;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:13,3:0.19:16
chr1	155701055	.	CA	C	1006.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.198;ClippingRankSum=0.000;DP=151;ExcessHet=3.0103;FS=6.338;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.07;MQRankSum=0.811;QD=7.24;ReadPosRankSum=2.320;SOR=1.304;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:58,81:0.58:139
chr1	155707954	rs3841631	CAGA	C	8002.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.140;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=385;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.724;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=67;PP=2968;ReadPosRankSum=2.225;SC=TTAGCTCCTACAGAAGAAGGG;SOR=0.600;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=152;TCF=21;TCR=131;TR=80;WE=155707964;WS=155707944;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:158,206:0.57:364
chr1	155715641	rs11264409	G	A	351.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.18;MQRankSum=-1.373;QD=15.99;ReadPosRankSum=2.269;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,17:0.77:22
chr1	155724315	.	G	GTT	73.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DP=112;ExcessHet=3.0103;FS=19.551;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.07;ReadPosRankSum=-2.150;SOR=1.634;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,11:0.46:24
chr1	155735012	rs2297775	T	C	5038.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.545;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=393;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.781;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=67;NR=82;PP=2497;ReadPosRankSum=-0.534;SC=TCAGGATCCATTGAGGACAAA;SOR=0.633;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=261;TCF=116;TCR=145;TR=149;WE=155735020;WS=155735002;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:158,227:0.59:385
chr1	155737147	rs488349	C	T	708.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=0.265;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-3.519;NF=25;NR=14;PP=530;ReadPosRankSum=0.717;SC=ATTAAGGAAGCCCTTGATATT;SOR=0.724;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=93;TCF=62;TCR=31;TR=39;WE=155737155;WS=155737137;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,38:0.40:95
chr1	155737385	rs849712	C	T	985.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=52.62;QD=28.16;SOR=1.148;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr1	155737425	.	AAC	A	194	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;FR=0.5000;HP=2;HapScore=4;MGOF=33;MMLQ=27;MQ=51.5;NF=0;NR=15;PP=194;QD=13.1333333333;SC=GATCAAGAGAAACACACACAC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=26;TCF=0;TCR=26;TR=15;WE=155737438;WS=155737415;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:11,15:0.58:26
chr1	155746340	rs60525991	CT	C	165.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=13;HapScore=3;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=3;NR=6;PP=166;SC=CCAGAGAGATCTTTTTTTTTT;SOR=0.859;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=15;TCF=3;TCR=12;TR=9;WE=155746349;WS=155746330;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr1	155755097	rs822021	G	A	7338.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=296;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=77;NR=126;PP=2965;SC=TTAAAATCCCGTGTTCTCACT;SOR=1.108;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=204;TCF=77;TCR=127;TR=203;WE=155755105;WS=155755087;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,284:1.00:284
chr1	155785578	rs148569012	CAACT	C	10674.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=244;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=45;NR=59;PP=2947;SC=CAAATATTACCAACTAACATT;SOR=1.100;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=108;TCF=47;TCR=61;TR=104;WE=155785589;WS=155785568;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,242:1.00:242
chr1	155822971	rs822490	C	T	604.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=0.161;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=32;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=1;PP=445;ReadPosRankSum=-0.570;SC=AAATCAATATCCCCTTTCAGA;SOR=0.651;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=50;TCF=48;TCR=2;TR=22;WE=155822979;WS=155822961;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,24:0.41:58
chr1	155823002	rs822491	T	C	2768.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=66;NR=15;PP=1951;SC=TGTAAAGGTATCCAGAAATAG;SOR=2.478;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=81;TCF=66;TCR=15;TR=81;WE=155823010;WS=155822992;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr1	155829360	rs1749412	C	A	663.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=19;NR=4;PP=505;SC=CTTAGCTCAGCGCATCCCCGG;SOR=2.833;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=19;TCR=4;TR=23;WE=155829368;WS=155829353;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr1	155829511	rs3820594	C	T	2352.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.700;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FS=5.516;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.74;ReadPosRankSum=-2.321;SOR=0.443;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:103,116:0.53:219
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chr1	155838267	rs822521	T	C	12451.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.951;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=477;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=221;NR=143;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.878;SC=AGGAGGCCCATGGGCTGCCAG;SOR=1.116;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=367;TCF=223;TCR=144;TR=364;WE=155838275;WS=155838257;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,465:1.00:467
chr1	155850558	rs822508	T	C	1096.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-1.374;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.479;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=31;PP=557;ReadPosRankSum=0.087;SC=CTCTTCCTGATGAGTATCTAC;SOR=0.421;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=111;TCF=31;TCR=80;TR=45;WE=155850566;WS=155850548;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,57:0.43:132
chr1	155850811	rs822509	G	A	143.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.752;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.107;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=0;PP=110;ReadPosRankSum=1.720;SC=CATCCAGGCAGGCAGACTCAC;SOR=3.033;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=14;TCR=3;TR=7;WE=155850819;WS=155850807;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,7:0.37:19
chr1	155870416	rs1749409	G	A	3694.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.553;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=595;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.567;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=73;NR=65;PP=1870;ReadPosRankSum=0.997;SC=TGACCTTTAAGGGCAAAATGT;SOR=0.637;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=391;TCF=183;TCR=208;TR=138;WE=155870424;WS=155870406;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:379,206:0.35:585
chr1	155880573	rs493446	C	G	2823.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.055;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=340;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=57;PP=1446;ReadPosRankSum=-0.601;SC=GGGCCTTCCTCGGTTGCCCCG;SOR=0.717;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=245;TCF=106;TCR=139;TR=101;WE=155880581;WS=155880563;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:194,143:0.42:337
chr1	155880760	rs5777961	C	CA	835.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.410;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.444;HP=6;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=1.202;NF=1;NR=16;PP=580;ReadPosRankSum=-1.437;SC=AGAAACCCCCCCATCTTCACC;SOR=0.276;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=41;TCF=1;TCR=40;TR=17;WE=155880768;WS=155880750;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,27:0.42:64
chr1	155886302	rs78579033	T	C	857.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-1.789;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.534;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=2;PP=615;ReadPosRankSum=0.337;SC=CATATTTGATTCAAAGATTTC;SOR=0.210;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=38;TCF=36;TCR=2;TR=28;WE=155886310;WS=155886292;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,32:0.74:43
chr1	155891045	rs625658	A	C	1344.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=4.692;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=11.538;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=11;PP=914;ReadPosRankSum=0.595;SC=AGGAACACAGAAGACAGCAGG;SOR=1.510;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=164;TCF=116;TCR=48;TR=56;WE=155891053;WS=155891035;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:134,63:0.32:197
chr1	155891877	rs4020747	C	CAG	2287.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=43;PP=1146;SC=TTTTTTGAGACAGTCTTGCTC;SOR=2.259;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=50;TCF=3;TCR=47;TR=46;WE=155891887;WS=155891867;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr1	155899020	rs539602	A	T	2740.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=2.638;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=405;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.840;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=28;PP=1416;ReadPosRankSum=-0.136;SC=ACCTAAGGATAAAAAACATGA;SOR=0.848;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=269;TCF=176;TCR=93;TR=93;WE=155899028;WS=155899010;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:254,142:0.36:396
chr1	155903310	rs4661150	T	C	2292.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=50;NR=21;PP=1313;SC=CTCCTGACCTTGTGATCCACC;SOR=1.730;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=72;TCF=50;TCR=22;TR=71;WE=155903318;WS=155903300;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr1	155903408	rs4661151	C	T	1212.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.959;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=278;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.050;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=21;PP=780;ReadPosRankSum=-0.684;SC=AGTGGAGACCCTTCAACTTCA;SOR=0.911;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=176;TCF=101;TCR=75;TR=55;WE=155903416;WS=155903398;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:198,74:0.27:272
chr1	155904177	rs2275079	T	C	10717.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=0.078;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1404;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.529;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=157;NR=148;PP=2962;ReadPosRankSum=0.876;SC=CGACCGCTTCTACTCAACCAC;SOR=0.635;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=785;TCF=408;TCR=377;TR=305;WE=155904185;WS=155904167;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:829,565:0.41:1394
chr1	155904392	rs2275081	G	A	560.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.005;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.773;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=25;PP=476;ReadPosRankSum=0.795;SC=GATGGCTGCTGTGCCTACTAT;SOR=1.493;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=66;TCF=2;TCR=64;TR=25;WE=155904400;WS=155904382;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,25:0.37:68
chr1	155912486	rs2152051	T	C	12964.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=505;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=133;NR=199;PP=2965;SC=GATCTGCGGTTGAGGCTGTGG;SOR=0.994;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=332;TCF=133;TCR=199;TR=332;WE=155912494;WS=155912476;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,498:1.00:498
chr1	155917880	rs1010033	T	A	3749.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-2.155;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=533;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.540;HP=6;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=70;PP=1597;ReadPosRankSum=-1.072;SC=GACTAATGCCTCCCCATCTGC;SOR=0.620;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=347;TCF=145;TCR=202;TR=122;WE=155917888;WS=155917870;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:329,198:0.38:527
chr1	155928232	rs2364404	T	C	1091.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.544;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.06;ReadPosRankSum=-1.641;SOR=0.763;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,31:0.46:68
chr1	155928242	rs2886069	C	T	996.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.008;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.08;ReadPosRankSum=-1.270;SOR=0.809;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,27:0.44:62
chr1	155931368	rs4661175	G	A	1473.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-2.831;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.733;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.210;NF=40;NR=19;PP=850;ReadPosRankSum=-1.105;SC=ACCCGGCCAAGAGAGGTTGAT;SOR=0.423;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=132;TCF=94;TCR=38;TR=59;WE=155931376;WS=155931358;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:103,75:0.42:178
chr1	155933002	rs35730001	T	C	2138.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.366;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.373;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=48;PP=1329;ReadPosRankSum=0.850;SC=ACATTTGGCCTCTACCCTGGC;SOR=0.574;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=112;TCF=41;TCR=71;TR=79;WE=155933010;WS=155932992;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,95:0.64:148
chr1	155934683	rs11295795	CA	C	36.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.302;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.73;ReadPosRankSum=0.432;SOR=0.709;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,14:0.28:50
chr1	155955076	rs4661216	A	G	4457.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=60;NR=53;PP=2116;SC=GCAACAAGATATATAGGGGAA;SOR=0.740;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=113;TCF=60;TCR=53;TR=113;WE=155955084;WS=155955066;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,172:1.00:172
chr1	155981489	rs1475766	C	G	297.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.373;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=2;PP=192;ReadPosRankSum=-1.456;SC=CCAAAAAACACACAGGGCAAG;SOR=0.551;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=24;TCF=20;TCR=4;TR=12;WE=155981497;WS=155981486;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,14:0.47:30
chr1	155989179	.	C	CT	97.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.165;ClippingRankSum=0.000;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.76;ReadPosRankSum=-1.738;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,10:0.38:26
chr1	156011444	rs2297792	T	C	2297.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=1.147;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=318;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-2.044;NF=37;NR=35;PP=1087;ReadPosRankSum=1.161;SC=GGGTCCGGGATATCCCAAAGG;SOR=0.691;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=175;TCF=92;TCR=83;TR=72;WE=156011452;WS=156011434;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:192,123:0.39:315
chr1	156013676	rs34673835	C	T	1892.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.371;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.012;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=22;PP=1005;ReadPosRankSum=-1.081;SC=TCTGTGGCCTCGATAGTCTCA;SOR=0.864;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=129;TCF=84;TCR=45;TR=68;WE=156013684;WS=156013666;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,89:0.55:162
chr1	156025096	rs7541	C	T	7578.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.660;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=622;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=140;NR=92;PP=2962;ReadPosRankSum=-2.509;SC=ACTCTGGTTACGGGGACACTG;SOR=0.724;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=417;TCF=249;TCR=168;TR=232;WE=156025104;WS=156025086;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:256,359:0.58:615
chr1	156046682	.	C	T	1947.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.138;ClippingRankSum=0.000;DP=224;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.502;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=27;PP=992;ReadPosRankSum=0.767;SC=CGGGCCTTGGCGGAAGAGGAG;SOR=0.635;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=171;TCF=102;TCR=69;TR=70;WE=156046696;WS=156046672;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:123,96:0.44:219
chr1	156095848	rs2475758	C	T	757.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.500;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=4;PP=439;ReadPosRankSum=0.697;SC=AAATTAGATGCCCAGGAGGAT;SOR=0.804;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=35;TCF=29;TCR=6;TR=24;WE=156095856;WS=156095838;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,32:0.73:44
chr1	156095882	rs368043775	C	T	459.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.568;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=5;PP=219;ReadPosRankSum=0.381;SC=TGCCACCAGGCGGACTCCCTG;SOR=0.598;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=62;TCF=47;TCR=15;TR=19;WE=156095890;WS=156095872;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,28:0.32:87
chr1	156096387	rs593987	G	A	2370.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.820;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.960;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=23;PP=1134;ReadPosRankSum=-0.213;SC=CTGGGGAGCCGGACTTCCTTG;SOR=0.548;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=109;TCF=73;TCR=36;TR=66;WE=156096395;WS=156096377;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,106:0.60:176
chr1	156096417	rs594028	T	G	3442.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.221;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=245;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.493;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=32;PP=1495;ReadPosRankSum=0.151;SC=GCACAGCTCTTCAGACCCCTG;SOR=0.638;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=133;TCF=82;TCR=51;TR=84;WE=156096425;WS=156096407;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:89,151:0.63:240
chr1	156096814	rs113124909	ACCCTGTCCT	A	624.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-1.182;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.619;HP=7;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.878;NF=1;NR=8;PP=2971;ReadPosRankSum=0.074;SC=GGCCTGCCCCACCCTGTCCTC;SOR=0.317;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=19;TCF=3;TCR=16;TR=9;WE=156096830;WS=156096804;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,17:0.61:28
chr1	156099630	rs665979	C	G	367.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.61;BaseQRankSum=1.446;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.356;HP=1;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=7;PP=163;ReadPosRankSum=1.508;SC=AGGCTTAAAGCTGGGGCCCAG;SOR=0.758;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=16;TCF=8;TCR=8;TR=12;WE=156099638;WS=156099620;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,18:0.53:34
chr1	156099669	rs513043	T	G	356.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.62;BaseQRankSum=0.317;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.862;HP=2;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=6;PP=127;ReadPosRankSum=0.272;SC=GATCCACATCTGGAACCAGAT;SOR=0.848;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=14;TCF=6;TCR=8;TR=9;WE=156099677;WS=156099659;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,17:0.68:25
chr1	156105028	rs538089	T	C	4048.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=0.415;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=318;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.429;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=58;PP=1443;ReadPosRankSum=1.467;SC=TGGTGGGGGCTGCCCACGAGG;SOR=0.648;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=166;TCF=74;TCR=92;TR=107;WE=156105036;WS=156105018;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:114,193:0.63:307
chr1	156105609	rs646840	G	T	2863.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.909;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.501;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=69;NR=38;PP=1650;ReadPosRankSum=1.114;SC=GAGTAGCCAGGTGTCTCCTAC;SOR=0.757;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=176;TCF=112;TCR=64;TR=107;WE=156105617;WS=156105599;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:93,137:0.60:230
chr1	156105928	rs534807	G	A	3289.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.431;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=297;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.426;HP=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=59;ReadPosRankSum=-0.246;SC=CTGGGGAGACGTCGGGGAGGT;SOR=0.805;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=183;TCF=82;TCR=101;TR=102;WE=156105936;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:125,161:0.56:286
chr1	156106185	rs505058	T	C	343.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.356;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.823;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=9;PP=129;ReadPosRankSum=0.694;SC=AGGAGGTGGATGAGGAGGGCA;SOR=1.609;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=19;TCF=5;TCR=14;TR=11;WE=156106193;WS=156106175;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,17:0.63:27
chr1	156106863	rs553016	C	T	6040.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.702;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=436;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=89;NR=108;PP=2962;ReadPosRankSum=0.437;SC=CCTTGGGTGGCGATGGGAGCG;SOR=0.683;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=312;TCF=140;TCR=172;TR=197;WE=156106871;WS=156106853;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:163,270:0.62:433
chr1	156107534	rs4641	C	T	441.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.556;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=13;PP=231;ReadPosRankSum=-0.555;SC=ATCACCACCACGTGAGTGGTA;SOR=0.604;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=46;TCF=14;TCR=32;TR=19;WE=156107553;WS=156107524;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,25:0.38:66
chr1	156108976	rs7339	G	C	1089.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.936;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.924;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=21;PP=597;ReadPosRankSum=-1.259;SC=TGCCCTGCACGTCATGGGAGG;SOR=0.836;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=55;TCF=22;TCR=33;TR=34;WE=156108984;WS=156108966;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,49:0.66:74
chr1	156146086	.	CA	C	96.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.620;ClippingRankSum=0.000;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=3.010;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.51;ReadPosRankSum=-1.609;SOR=1.222;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:43,21:0.33:64
chr1	156146640	rs41265017	G	A	7191.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.228;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=557;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=106;NR=127;PP=2962;ReadPosRankSum=0.668;SC=CTCCGGGCTCGGGGCAAGGTT;SOR=0.710;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=379;TCF=174;TCR=205;TR=233;WE=156146648;WS=156146630;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:211,329:0.61:540
chr1	156169610	rs2072499	A	G	965.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=2.726;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=8;PP=610;ReadPosRankSum=-0.410;SC=ATCCCTCCATACTGCTCAAAT;SOR=0.681;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=100;TCF=77;TCR=23;TR=35;WE=156169618;WS=156169600;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,46:0.36:127
chr1	156182710	rs2241107	T	C	345.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-2.126;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.236;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=0;PP=272;ReadPosRankSum=0.433;SC=GACGTTCTACTGCTTCCAATC;SOR=2.712;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=34;TCF=32;TCR=2;TR=14;WE=156182718;WS=156182700;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,14:0.44:32
chr1	156202173	rs1052053	A	G	2632.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.989;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=420;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.284;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=37;PP=1128;ReadPosRankSum=0.503;SC=ATGACACAGCAAATCTATGAC;SOR=0.783;SbPval=0.25;Source=Platypus;TC=245;TCF=121;TCR=124;TR=86;WE=156202181;WS=156202163;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:267,149:0.36:416
chr1	156206121	rs1052067	G	A	2405.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=-0.903;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=395;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.258;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=29;ReadPosRankSum=0.172;SC=ACAGTGTTATGGCACCCTACT;SOR=0.832;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=199;TCF=119;TCR=80;TR=75;WE=156206129;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:259,136:0.34:395
chr1	156212014	rs199896882	C	T	2966.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.438;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=328;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.872;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=29;PP=1218;ReadPosRankSum=0.427;SC=GCGCAGCCACCGAGACACCAT;SOR=0.583;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=192;TCF=124;TCR=68;TR=77;WE=156212022;WS=156212004;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:182,142:0.44:324
chr1	156213921	rs7513351	C	T	4745.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.762;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=584;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.789;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=95;PP=2427;ReadPosRankSum=0.612;SC=GATGGGGCCTCACTGTTGTTT;SOR=0.837;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=426;TCF=185;TCR=241;TR=160;WE=156213929;WS=156213911;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:348,230:0.40:578
chr1	156215899	rs2075165	G	A	2331.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.239;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=301;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.199;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=38;PP=1223;ReadPosRankSum=0.583;SC=GGCCTGGGGCGGAGCCTCCCC;SOR=0.535;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=201;TCF=121;TCR=80;TR=89;WE=156215907;WS=156215889;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:177,123:0.41:300
chr1	156220056	rs1043165	T	C	1496.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.131;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-1.689;NF=39;NR=19;PP=821;ReadPosRankSum=0.504;SC=CAAGAACCCATTCCAGTGAAA;SOR=0.713;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=144;TCF=100;TCR=44;TR=58;WE=156220064;WS=156220046;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:106,74:0.41:180
chr1	156230141	rs2287025	T	A	538.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=0.865;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.381;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=9;PP=345;ReadPosRankSum=0.939;SC=CCTGTCTGAGTGGAAGAGGGC;SOR=0.401;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=55;TCF=37;TCR=18;TR=24;WE=156230149;WS=156230131;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,26:0.46:56
chr1	156230206	rs2287024	C	A	1103.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.149;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.177;HP=4;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=20;PP=530;ReadPosRankSum=1.505;SC=TTGTGACTGACAAACAGAGCT;SOR=0.409;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=91;TCF=53;TCR=38;TR=40;WE=156230214;WS=156230196;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,57:0.42:136
chr1	156231266	rs759328	G	C	2494.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=2.015;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=296;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.446;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=56;PP=1441;ReadPosRankSum=0.714;SC=AGTGAGCAAGGAAAGCACCAC;SOR=0.728;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=208;TCF=69;TCR=139;TR=85;WE=156231274;WS=156231256;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:168,119:0.41:287
chr1	156233479	rs4661036	T	C	1345.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.355;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.360;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=32;PP=746;ReadPosRankSum=-1.084;SC=TCCAAGGAATTTGGATATGAA;SOR=0.479;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=111;TCF=29;TCR=82;TR=45;WE=156233487;WS=156233469;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,62:0.45:139
chr1	156236592	rs370875877	CT	C	236.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.008;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=3.873;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.17;MQRankSum=0.896;QD=5.64;ReadPosRankSum=-0.018;SOR=1.646;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,24:0.57:42
chr1	156255833	rs2842883	G	C	1854.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=12;NR=36;PP=1132;SC=GCAGGGCCTGGCTGGTGTGGG;SOR=1.926;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=48;TCF=12;TCR=36;TR=48;WE=156255841;WS=156255823;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr1	156261491	rs3795728	G	C	1527.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.008;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=234;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.529;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=41;PP=941;ReadPosRankSum=0.795;SC=GCCTAGGACCGCGGTGGGTGG;SOR=0.643;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=158;TCF=53;TCR=105;TR=62;WE=156261499;WS=156261481;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:141,79:0.36:220
chr1	156279210	rs3001784	T	C	3391.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=23;NR=73;PP=2176;SC=CTGAAATCTATCTTTTCAGTC;SOR=1.931;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=97;TCF=23;TCR=74;TR=96;WE=156279218;WS=156279200;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr1	156287403	rs2296374	T	C	760.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.268;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=19;PP=369;ReadPosRankSum=-0.767;SC=AAGGGTCATATTATACTCCTT;SOR=0.622;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=64;TCF=16;TCR=48;TR=26;WE=156287411;WS=156287393;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,38:0.41:93
chr1	156288906	.	G	GT	110.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.326;ClippingRankSum=0.000;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=1.413;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.13;ReadPosRankSum=-0.435;SOR=1.051;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,16:0.31:52
chr1	156304782	rs3762281	A	G	463.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-0.208;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.328;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=12;PP=256;ReadPosRankSum=-0.103;SC=AGTAATAGGGAAAAGGGGCAT;SOR=1.022;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=32;TCF=8;TCR=24;TR=15;WE=156304790;WS=156304772;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,19:0.47:40
chr1	156316741	rs56410778	T	C	1629.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.596;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.426;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=37;PP=816;ReadPosRankSum=-0.441;SC=TCCTAATCCATTGTTAAATCA;SOR=0.540;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=162;TCF=52;TCR=110;TR=56;WE=156316749;WS=156316731;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:143,85:0.37:228
chr1	156347131	rs2245623	G	A	4943.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-0.773;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=794;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.548;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=77;NR=74;PP=2043;ReadPosRankSum=0.439;SC=GTGGGCTTTGGCTTCCTCATG;SOR=0.626;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=436;TCF=233;TCR=203;TR=151;WE=156347139;WS=156347121;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:513,279:0.35:792
chr1	156351066	rs942679	C	A	1763.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.682;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=268;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.480;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=25;PP=971;ReadPosRankSum=0.980;SC=GATTTGCCTGCAGTTATACAA;SOR=0.751;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=184;TCF=114;TCR=70;TR=67;WE=156351074;WS=156351056;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:163,93:0.36:256
chr1	156354293	rs6668731	A	G	7810.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.799;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=670;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.529;NF=122;NR=116;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.192;SC=GAGAAGCCTCACAGATCCTCC;SOR=0.718;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=432;TCF=220;TCR=212;TR=238;WE=156354301;WS=156354283;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:289,373:0.56:662
chr1	156354347	rs11303415	TC	T	13448.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.165;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=723;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.746;HP=9;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.847;NF=30;NR=121;PP=2622;ReadPosRankSum=-0.097;SC=CTTTCTGGACTCCCCCCCCAG;SOR=0.848;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=292;TCF=68;TCR=224;TR=151;WE=156354355;WS=156354337;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:305,363:0.54:668
chr1	156354367	rs6668857	A	G	6941.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.417;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=629;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.522;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.943;NF=80;NR=111;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.382;SC=GACTCCCAGCACTACGAGGAC;SOR=0.747;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=364;TCF=157;TCR=207;TR=191;WE=156354375;WS=156354357;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:293,332:0.53:625
chr1	156376680	rs6662064	A	G	793.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=18;NR=1;PP=580;SC=GGGGCACAGAAGGGGAATTTC;SOR=3.014;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=19;TCF=18;TCR=1;TR=19;WE=156376688;WS=156376675;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr1	156450719	rs1185700	G	A	2651.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.706;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=310;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.877;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=46;PP=1311;ReadPosRankSum=2.357;SC=CCTCCCCGTCGGGCTCGGGGC;SOR=0.631;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=172;TCF=76;TCR=96;TR=86;WE=156450727;WS=156450709;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:169,134:0.44:303
chr1	156496188	rs6427315	A	G	3240.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=54;NR=25;PP=1751;SC=CCTGAGCTCTAGGTGTCTGCA;SOR=1.356;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=81;TCF=54;TCR=27;TR=79;WE=156496196;WS=156496178;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr1	156498673	rs1171564	T	A	3228.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.970;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=300;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.428;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=37;PP=1596;ReadPosRankSum=-0.155;SC=GAGAAGTCACTCGTAACCTTC;SOR=0.725;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=175;TCF=109;TCR=66;TR=98;WE=156498681;WS=156498663;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:142,152:0.52:294
chr1	156499969	rs1171566	T	C	8464.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=1.470;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=633;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=95;NR=165;PP=2962;ReadPosRankSum=1.121;SC=CAAGTCGGCGTAGGTTCCGCA;SOR=0.657;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=415;TCF=151;TCR=264;TR=260;WE=156499977;WS=156499959;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:233,377:0.62:610
chr1	156502991	rs1609666	A	G	1754.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-1.430;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.435;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=53;PP=1177;ReadPosRankSum=-1.053;SC=ATGGGGTCACATTAAATCAGC;SOR=0.361;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=97;TCF=11;TCR=86;TR=61;WE=156502999;WS=156502981;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,71:0.65:109
chr1	156503541	rs6699212	T	C	1233.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=27;NR=3;PP=789;SC=CTAGCTGGCCTCAGCTGCTAA;SOR=2.584;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=30;TCF=27;TCR=3;TR=30;WE=156503549;WS=156503531;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr1	156503947	rs6661934	G	A	6466.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.042;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=403;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=131;PP=2962;ReadPosRankSum=0.422;SC=TCCAGAGGGCGGGCATGTGAG;SOR=0.714;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=293;TCF=96;TCR=197;TR=192;WE=156503955;WS=156503937;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:124,275:0.69:399
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chr1	156509552	rs1171570	C	G	1601.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=26;NR=16;PP=1075;SC=TGGTGCCAAACGCACAGACAA;SOR=1.270;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=42;TCF=26;TCR=16;TR=42;WE=156509560;WS=156509542;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
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chr1	156520173	rs1778819	T	A	4581.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=50;NR=42;PP=1850;SC=AAAAAAGATGTGACCCCAAGC;SOR=0.788;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=92;TCF=50;TCR=42;TR=92;WE=156520181;WS=156520150;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,174:1.00:174
chr1	156520320	rs1778818	C	T	416.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=4.806;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=15;PP=334;ReadPosRankSum=-0.373;SC=TTCCCTGGGACGCGGCCAGGC;SOR=1.270;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=26;TCF=2;TCR=24;TR=16;WE=156520328;WS=156520310;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,16:0.62:26
chr1	156524221	rs6694580	G	T	2095.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.143;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.375;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=58;PP=1328;ReadPosRankSum=1.713;SC=CAAGTGGGCAGGTGAAGGGTC;SOR=0.837;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=128;TCF=32;TCR=96;TR=77;WE=156524229;WS=156524211;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,93:0.58:159
chr1	156526234	rs2489139	C	T	4264.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=81;NR=47;PP=2288;SC=CATCTCATATCGCACTCACAA;SOR=1.222;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=128;TCF=81;TCR=47;TR=128;WE=156526242;WS=156526224;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,161:1.00:161
chr1	156526387	rs11264498	C	G	2811.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-2.127;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=344;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=40;PP=939;ReadPosRankSum=1.126;SC=ACAGGGTACACTGGAGGCAGC;SOR=0.673;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=212;TCF=101;TCR=111;TR=78;WE=156526395;WS=156526377;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:196,147:0.43:343
chr1	156526444	rs2488269	T	C	5939.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=59;NR=99;PP=2965;SC=GCCGCCACTCTCCTCCGGATG;SOR=1.071;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=158;TCF=59;TCR=99;TR=158;WE=156526452;WS=156526434;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,215:1.00:215
chr1	156526564	rs2489138	C	A	547.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-0.575;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.076;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=21;PP=450;ReadPosRankSum=-0.211;SC=CTAGGCTCCGCCGGGGGATCT;SOR=1.688;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=32;TCF=4;TCR=28;TR=24;WE=156526572;WS=156526554;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,23:0.66:35
chr1	156531871	rs1171545	A	G	5406.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=51;NR=94;PP=2965;SC=CTAGGAATCTACCCTCTTCTT;SOR=1.309;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=147;TCF=52;TCR=95;TR=145;WE=156531879;WS=156531861;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,191:1.00:191
chr1	156532344	rs7548309	T	G	582.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=1.711;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.282;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=6;PP=410;ReadPosRankSum=-0.949;SC=TACCCTGAGGTCACCCCCAAA;SOR=0.390;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=72;TCF=58;TCR=14;TR=26;WE=156532352;WS=156532334;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,29:0.34:86
chr1	156532908	rs16837492	C	A	1960.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.140;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=440;ExcessHet=3.0103;FS=0.580;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.47;ReadPosRankSum=1.923;SOR=0.790;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:313,126:0.29:439
chr1	156532977	rs1171547	T	C	10600.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=397;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=121;NR=132;PP=2965;SC=CCAGCATCTCTTGGTAGACGG;SOR=0.772;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=256;TCF=121;TCR=135;TR=253;WE=156532985;WS=156532967;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,395:1.00:395
chr1	156534525	rs4661184	A	C	418.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-1.034;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.720;HP=3;HapScore=3;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=12;PP=601;ReadPosRankSum=1.623;SC=GGGAACCTTTAAGCACCACCA;SOR=0.183;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=46;TCF=11;TCR=35;TR=18;WE=156534547;WS=156534515;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,22:0.42:53
chr1	156534539	rs4661185	G	A	421.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-3.058;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.871;HP=1;HapScore=3;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=12;PP=601;ReadPosRankSum=0.136;SC=ACCACCAAATGCGGAGAGGGG;SOR=0.232;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=42;TCF=10;TCR=32;TR=17;WE=156534547;WS=156534515;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,21:0.45:47
chr1	156536123	rs2066378	T	C	2416.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.75;SOR=3.098;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr1	156536133	rs4382715	A	G	2789.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.27;SOR=2.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr1	156536221	rs2066377	G	C	7399.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=279;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=31;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=123;NR=66;PP=2965;SC=TCTTCTTCAAGGGAACCACGG;SOR=1.212;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=189;TCF=123;TCR=66;TR=189;WE=156536229;WS=156536211;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,277:1.00:277
chr1	156536251	rs947662	T	C	9730.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=366;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=146;NR=99;PP=2965;SC=AACAGTGGCCTAGCTTGGCCA;SOR=1.007;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=245;TCF=146;TCR=99;TR=245;WE=156536259;WS=156536241;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,362:1.00:362
chr1	156536353	rs947663	A	G	11836.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=445;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=120;NR=156;PP=2965;SC=GAACATGAGAACACCTTCTCA;SOR=0.880;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=276;TCF=120;TCR=156;TR=276;WE=156536361;WS=156536343;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,440:1.00:440
chr1	156536480	rs947664	T	C	3591.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=26;NR=68;PP=2237;SC=TCCAACTCCCTTCTCTGCCCA;SOR=1.591;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=94;TCF=26;TCR=68;TR=94;WE=156536488;WS=156536470;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr1	156539154	rs6427319	T	C	3696.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=65;NR=27;PP=1688;SC=TCCATCTTCCTGGACTCCGCT;SOR=1.478;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=93;TCF=66;TCR=27;TR=92;WE=156539162;WS=156539144;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,140:1.00:140
chr1	156539320	rs34005985	C	CTTT	97.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.180;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=10.86;ReadPosRankSum=1.668;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,6:0.67:9
chr1	156551848	rs6682716	A	G	1049.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=1.045;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.574;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=23;PP=640;ReadPosRankSum=-1.830;SC=AGGAGCACTGAGAGGCGACTG;SOR=0.543;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=97;TCF=37;TCR=60;TR=37;WE=156551856;WS=156551838;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,47:0.43:110
chr1	156553102	rs34924172	AG	A	2819.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=1.523;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.219;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=2.431;NF=44;NR=38;PP=2878;ReadPosRankSum=0.541;SC=AAGTCATGAAAGGACCTTCCA;SOR=0.806;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=137;TCF=70;TCR=67;TR=82;WE=156553110;WS=156553092;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,106:0.59:181
chr1	156553762	rs11264502	A	C	1479.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=40;PP=1212;SC=GTAAGCAGAGACGCTGTTCCC;SOR=3.611;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=44;TCF=4;TCR=40;TR=44;WE=156553770;WS=156553752;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr1	156556321	rs10796961	G	A	12649.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=487;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=157;NR=123;PP=2965;SC=CCATGGAGTCGGGCATCTGCA;SOR=0.829;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=281;TCF=157;TCR=124;TR=280;WE=156556329;WS=156556311;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,483:1.00:483
chr1	156561414	rs6698493	T	C	278.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=5;PP=140;SC=GAATCCCAAGTGGAAGGGAAG;SOR=1.270;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=3;TCR=5;TR=8;WE=156561422;WS=156561404;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr1	156561557	rs149629319	G	GGGGCCGGGCC,GGGGTCGGGCC	2745.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=24;NF=15,16;NR=13,13;PP=139,441;SC=CACATGCGCCGGGGCCGGGCC;SOR=1.573;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=32;TCF=18;TCR=14;TR=28,29;WE=156561565;WS=156561547;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.25,0.75:63
chr1	156561651	rs7516274	G	C	6769.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=249;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=52;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQ=60.04;NF=75;NR=54;PP=2670;SC=GGGCTCGCGCGTGCCGCGGAT;SOR=0.866;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=129;TCF=75;TCR=54;TR=129;WE=156561670;WS=156561641;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,248:1.00:248
chr1	156562008	rs1925949	G	A	2243.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.332;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.663;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=46;PP=1362;ReadPosRankSum=-1.084;SC=CAAGGTCAGTGGCACAACTCT;SOR=1.700;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=63;TCF=16;TCR=47;TR=61;WE=156562016;WS=156561998;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,79:0.98:81
chr1	156562143	rs942959	G	A	1125.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=21;NR=7;PP=730;SC=AACCACCCTTGACTCTGCCTT;SOR=1.270;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=28;TCF=21;TCR=7;TR=28;WE=156562151;WS=156562133;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr1	156563375	rs6427321	G	A	8904.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=338;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=78;NR=122;PP=2965;SC=GTGGGGTGGGGGAGATTGGGG;SOR=1.010;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=204;TCF=82;TCR=122;TR=200;WE=156563383;WS=156563365;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,330:1.00:330
chr1	156563726	rs6427322	A	C	5693.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=75;NR=67;PP=2715;SC=ACTTGCTCATATCCCTCACAG;SOR=0.721;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=143;TCF=75;TCR=68;TR=142;WE=156563734;WS=156563716;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,213:1.00:213
chr1	156563813	rs6668178	G	A	3498.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=31;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=28;NR=61;PP=1921;SC=CTGCTCTGGAGAAGAAGTACC;SOR=1.646;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=90;TCF=28;TCR=62;TR=89;WE=156563821;WS=156563803;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,129:1.00:129
chr1	156563852	rs942963	C	T	1817.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=43;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=11;NR=49;PP=1353;SC=ACCCTGACACCGAGTGTGTCT;SOR=2.505;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=63;TCF=14;TCR=49;TR=60;WE=156563860;WS=156563842;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr1	156563898	rs1270	T	C	660.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=43;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=7;NR=22;PP=584;SC=TGGGTATTCTTCCCAATAAAG;SOR=2.215;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=7;TCR=22;TR=29;WE=156563906;WS=156563888;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr1	156564640	rs3795732	G	A	1124.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.711;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.777;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=10;PP=555;ReadPosRankSum=0.243;SC=AGCAGCTGACGTCCCAGAGAT;SOR=0.417;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=106;TCF=84;TCR=22;TR=42;WE=156564648;WS=156564630;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,55:0.44:126
chr1	156564922	rs3795733	C	T	3915.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-2.247;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=651;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.265;NF=73;NR=75;PP=1947;ReadPosRankSum=-0.347;SC=CTAGCCCCGCCATCCTTCTCA;SOR=0.712;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=464;TCF=227;TCR=237;TR=148;WE=156564930;WS=156564912;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:430,213:0.33:643
chr1	156565049	rs72559129	A	AAC	34036.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.699;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=819;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.250;NF=96;NR=257;PP=2966;ReadPosRankSum=-1.572;SC=CACCACCTAAAAGTTTCCTCA;SOR=0.756;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=371;TCF=98;TCR=273;TR=353;WE=156565057;WS=156565039;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,788:1.00:790
chr1	156565834	rs12024215	G	C	1333.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.929;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=13;PP=688;ReadPosRankSum=1.325;SC=GGTCAAAGGTGGGGAGAAAAG;SOR=0.674;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=78;TCF=55;TCR=23;TR=43;WE=156565842;WS=156565824;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,59:0.55:107
chr1	156567496	rs879461	C	T	466.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=0.890;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.478;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=2;PP=270;ReadPosRankSum=-1.505;SC=TCCAGATAATCTCTCAGGTCT;SOR=1.158;SbPval=0.95;Source=Platypus;TC=56;TCF=41;TCR=15;TR=17;WE=156567504;WS=156567486;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,23:0.35:65
chr1	156594364	rs12405992	T	C	3695.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=0.500;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=277;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.459;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=51;PP=1678;ReadPosRankSum=0.700;SC=TGACGCCTCTTATCCCCGACC;SOR=0.740;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=151;TCF=69;TCR=82;TR=90;WE=156594372;WS=156594354;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:101,166:0.62:267
chr1	156594656	rs12567958	C	A	480.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.604;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.072;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=12;PP=248;ReadPosRankSum=-0.260;SC=AGCTTGAGATCAGGGCAGGGT;SOR=0.532;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=44;TCF=15;TCR=29;TR=18;WE=156594664;WS=156594646;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,24:0.44:54
chr1	156626340	rs11582013	C	G	737.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-1.921;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.288;HP=6;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=18;PP=399;ReadPosRankSum=0.467;SC=CCTCAATTTTCTTATCTAAGT;SOR=0.434;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=44;TCF=13;TCR=31;TR=26;WE=156626348;WS=156626330;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,33:0.67:49
chr1	156626920	rs7524611	T	C	18396.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=727;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=205;NR=268;PP=2965;SC=GAGGGGCCCCTGCCATATGCT;SOR=0.866;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=476;TCF=205;TCR=271;TR=473;WE=156626928;WS=156626910;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,711:1.00:711
chr1	156639000	rs1046650	A	G	2028.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=56;NR=8;PP=1353;SC=GCCAGAAACCATATGTCAAGA;SOR=3.412;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=64;TCF=56;TCR=8;TR=64;WE=156639008;WS=156638990;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr1	156639636	rs11549292	G	A	24925.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.019;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=939;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=342;NR=291;PP=2965;ReadPosRankSum=1.137;SC=AGCTACTCAGGGCCTGGAGGC;SOR=0.629;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=643;TCF=348;TCR=295;TR=633;WE=156639644;WS=156639626;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:9,917:0.99:926
chr1	156639753	rs11582300	G	A	28913.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.529;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1084;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=285;NR=381;PP=2965;ReadPosRankSum=1.490;SC=CAAACCCATCGGACTCCCCAT;SOR=0.113;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=678;TCF=294;TCR=384;TR=666;WE=156639761;WS=156639743;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,1074:1.00:1077
chr1	156640156	rs3748570	G	A	31624.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=1.185;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1205;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=399;NR=313;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.895;SC=TTCCTCCTGGGGGCCCTCGGG;SOR=0.872;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=720;TCF=404;TCR=316;TR=712;WE=156640164;WS=156640146;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:6,1188:0.99:1194
chr1	156640308	rs3748571	C	T	18897.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.185;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=732;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=197;NR=292;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.788;SC=TCGGGGTGTACGTTGGGCTGG;SOR=1.057;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=494;TCF=199;TCR=295;TR=489;WE=156640316;WS=156640298;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,709:0.99:713
chr1	156640503	rs3828043	C	T	17979.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.866;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=672;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=229;NR=195;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.541;SC=CTCTGCTCTTCCCAGGCAGCT;SOR=0.808;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=427;TCF=230;TCR=197;TR=424;WE=156640511;WS=156640493;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,662:1.00:664
chr1	156640678	rs2886443	G	A	6469.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=325;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=12;NR=210;PP=2965;SC=CCCCTGCCCCGGGCCTGGCTC;SOR=4.472;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=222;TCF=12;TCR=210;TR=222;WE=156640686;WS=156640668;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,307:1.00:307
chr1	156646668	rs4278369	A	G	6638.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=260;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=79;NR=63;PP=2629;SC=CAGCTCTGCCACCTGGCTACT;SOR=0.869;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=142;TCF=79;TCR=63;TR=142;WE=156646676;WS=156646658;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,257:1.00:257
chr1	156670545	rs4661213	C	T	956.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-0.058;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=13;PP=803;ReadPosRankSum=0.226;SC=CCCCCACCACCACCTAGGGAT;SOR=0.465;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=34;TCF=21;TCR=13;TR=33;WE=156670553;WS=156670535;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,31:0.97:32
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chr1	156705593	rs4311877	G	C	14454.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=549;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=162;NR=126;PP=2965;SC=TCAGGCCCACGTGGCCCAGGA;SOR=0.839;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=291;TCF=164;TCR=127;TR=288;WE=156705601;WS=156705583;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,539:1.00:539
chr1	156706559	rs8658	A	G	1402.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=13;NR=29;PP=928;SC=AGCCTGAGGAAACATCTCAGA;SOR=1.562;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=42;TCF=13;TCR=29;TR=42;WE=156706567;WS=156706549;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
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chr1	156713512	rs4437869	C	T	4490.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.57;SOR=0.729;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,169:1.00:169
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chr1	156761618	rs2644615	C	T	13284.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.623;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=521;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=153;NR=162;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.283;SC=CCATCTTTGACCGCTGGGCAC;SOR=0.373;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=318;TCF=155;TCR=163;TR=315;WE=156761626;WS=156761608;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,513:0.99:516
chr1	156845492	.	AGTGT	A,AGT	4683.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.128;ClippingRankSum=0.000;DP=400;ExcessHet=3.0103;FS=9.076;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.05;MQRankSum=0.419;QD=25.05;ReadPosRankSum=-0.962;SOR=1.721;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:13,53,121:0.28,0.65:187
chr1	156846233	rs6334	G	A	11221.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=440;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=118;NR=106;PP=2965;SC=AGGACTTCCAGCGTGAGGCTG;SOR=0.740;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=224;TCF=118;TCR=106;TR=224;WE=156846241;WS=156846223;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,432:1.00:432
chr1	156875092	rs4661074	G	A	6156.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.102;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=44.29;ReadPosRankSum=-1.079;SOR=0.386;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,138:0.99:139
chr1	156875097	rs4661075	G	A	6623.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.098;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=44.76;ReadPosRankSum=-1.158;SOR=0.365;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,147:0.99:148
chr1	156875107	rs2644590	C	A	6987.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.827;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=42.09;ReadPosRankSum=0.247;SOR=0.964;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,164:0.99:166
chr1	156875377	rs2644591	G	C	1230.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=17;PP=519;SC=CCCCAGGATGGGGATCAGCAC;SOR=1.022;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=12;TCR=17;TR=29;WE=156875385;WS=156875367;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr1	156875985	rs2644593	G	A	6909.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=264;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=106;NR=57;PP=2965;SC=TGGTTTTGGAGGAAGGTGGGG;SOR=1.148;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=165;TCF=108;TCR=57;TR=163;WE=156875993;WS=156875975;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,262:1.00:262
chr1	156877457	rs1952294	T	C	15691.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=586;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=157;NR=194;PP=2965;SC=CAGCACCCATTCTTGCCAAAA;SOR=0.821;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=351;TCF=157;TCR=194;TR=351;WE=156877465;WS=156877447;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,581:1.00:581
chr1	156884365	rs749256	T	C	4148.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=3.999;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=258;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.593;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=106;NR=27;PP=2516;ReadPosRankSum=1.914;SC=AGGAGAGGAGTGCAGTGGGAG;SOR=1.277;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=200;TCF=151;TCR=49;TR=133;WE=156884373;WS=156884355;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,168:0.66:255
chr1	156902677	rs112423332	C	T	4009.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-1.270;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=323;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.415;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=45;PP=1240;ReadPosRankSum=-1.680;SC=GTCCTGCGTACGCCATAATCC;SOR=0.661;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=165;TCF=79;TCR=86;TR=85;WE=156902685;WS=156902667;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:126,192:0.60:318
chr1	156911288	rs75968909	G	A	2403.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.405;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.810;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=42;PP=1154;ReadPosRankSum=-0.560;SC=TCATGCATTAGAATGGGCAAT;SOR=0.844;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=125;TCF=53;TCR=72;TR=71;WE=156911296;WS=156911278;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,110:0.58:190
chr1	157062364	rs1176536	G	A	647.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-1.503;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.882;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=8;PP=314;ReadPosRankSum=0.082;SC=AGGGGAAGGGGCTAACCCAGA;SOR=0.511;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=79;TCF=55;TCR=24;TR=27;WE=157062372;WS=157062354;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,34:0.38:89
chr1	157062696	rs1176537	G	T	2906.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-2.364;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=371;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.736;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=58;PP=1388;ReadPosRankSum=-0.807;SC=AGGCCCCTGGGAGGCTCCTAG;SOR=0.596;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=251;TCF=106;TCR=145;TR=102;WE=157062704;WS=157062686;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:216,152:0.41:368
chr1	157062739	rs12136960	C	G	3188.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.266;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=272;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.898;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=69;PP=1871;ReadPosRankSum=0.006;SC=CTTAAAAGCCCCTGGGAGCTG;SOR=0.977;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=189;TCF=78;TCR=111;TR=111;WE=157062747;WS=157062729;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:121,147:0.55:268
chr1	157485561	rs3811035	G	A	3671.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.81;SOR=2.468;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,148:1.00:148
chr1	157485720	rs1002967	T	C	1049.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=29;PP=794;SC=TCTTCCCTTGTGCCTGCGCTG;SOR=2.133;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=41;TCF=12;TCR=29;TR=41;WE=157485728;WS=157485710;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr1	157489516	rs1332714	T	G	789.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=0.758;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.559;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=8;PP=231;ReadPosRankSum=0.268;SC=CACACAGGAATGCAGCTCAGC;SOR=0.706;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=55;TCF=28;TCR=27;TR=18;WE=157489524;WS=157489506;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,44:0.40:109
chr1	157491173	rs6427383	T	A	1858.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=12;NR=38;PP=1039;SC=AAAAGTCATATCTCAATCTTG;SOR=1.946;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=50;TCF=12;TCR=38;TR=50;WE=157491181;WS=157491163;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr1	157497263	rs3761961	T	C	5615.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.150;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.687;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=105;NR=38;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.083;SC=ATACAAAACTTAGAGATGGAG;SOR=1.708;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=148;TCF=106;TCR=42;TR=143;WE=157497271;WS=157497253;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,198:0.99:200
chr1	157504353	rs200167525	T	TG	2862.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.770;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.602;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.826;NF=7;NR=33;PP=1628;ReadPosRankSum=-0.285;SC=AAGGAATGGGTGAGAGAGAAC;SOR=0.776;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=75;TCF=16;TCR=59;TR=40;WE=157504361;WS=157504343;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,96:0.61:158
chr1	157508882	rs6427384	C	T	1901.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=54;NR=8;PP=1393;SC=TTACCAGTGACGGAGAGGCTC;SOR=3.682;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=62;TCF=54;TCR=8;TR=62;WE=157508890;WS=157508872;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr1	157509025	rs2012199	C	T	12246.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=466;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=135;NR=131;PP=2965;SC=CAGGGCAGCACCCTCATGATG;SOR=0.715;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=267;TCF=135;TCR=132;TR=266;WE=157509033;WS=157509015;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,463:1.00:463
chr1	157514091	rs12036228	C	T	1571.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.064;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FS=3.159;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.05;ReadPosRankSum=0.467;SOR=0.947;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:140,83:0.37:223
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chr1	157517127	rs7531685	C	T	1347.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-2.204;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.353;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=23;PP=523;ReadPosRankSum=1.731;SC=TAGCTCAAAGCTCCCTGTCAG;SOR=0.576;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=125;TCF=69;TCR=56;TR=48;WE=157517135;WS=157517117;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:139,85:0.38:224
chr1	157522016	rs7552348	G	A	401.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-2.667;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.574;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=2;PP=350;ReadPosRankSum=0.369;SC=TAATGTAGGAGAGAGTCTCTC;SOR=1.158;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=49;TCF=42;TCR=7;TR=19;WE=157522024;WS=157522006;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,20:0.36:55
chr1	157548669	rs1885561	T	A	166.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-1.122;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=9;PP=108;ReadPosRankSum=0.688;SC=CACATAATAATCCCTGGAACA;SOR=0.708;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=31;TCF=5;TCR=26;TR=11;WE=157548677;WS=157548659;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,11:0.28:39
chr1	157550066	rs10489673	T	C	8345.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-0.860;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=645;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=124;NR=110;PP=2962;ReadPosRankSum=0.744;SC=TTGCATATTGTGTACTCGGGA;SOR=0.686;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=353;TCF=189;TCR=164;TR=234;WE=157550088;WS=157550056;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:242,401:0.62:643
chr1	157557701	rs2777962	G	A	1387.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=3.366;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.908;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=8;PP=877;ReadPosRankSum=-0.804;SC=CATCATTCTCGTCTCCATATC;SOR=0.917;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=93;TCF=78;TCR=15;TR=50;WE=157557709;WS=157557691;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,59:0.54:109
chr1	157557957	rs11799853	T	C	2173.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.651;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=241;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.498;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=58;PP=1414;ReadPosRankSum=1.368;SC=ATTCCTGCTATCTCCTTCTTC;SOR=0.758;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=173;TCF=55;TCR=118;TR=85;WE=157557965;WS=157557947;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:132,104:0.44:236
chr1	157559122	rs11582663	C	T	4569.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=3.069;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=397;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=82;NR=76;PP=2400;ReadPosRankSum=1.140;SC=CCAGTAGTGCCGATGATACCA;SOR=0.675;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=263;TCF=136;TCR=127;TR=158;WE=157559130;WS=157559112;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:182,213:0.54:395
chr1	157566019	rs10489674	G	A	220.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-0.957;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.224;HP=4;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=0;PP=161;ReadPosRankSum=-1.330;SC=CTCAGGAAAAGGATGAAATGG;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=30;TCF=27;TCR=3;TR=10;WE=157566027;WS=157566009;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,11:0.30:37
chr1	157566211	rs12744410	A	G	1523.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.861;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.747;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=30;PP=734;ReadPosRankSum=0.940;SC=GAGCCCATACACTCATATGCT;SOR=0.551;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=141;TCF=57;TCR=84;TR=52;WE=157566219;WS=157566201;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:127,82:0.39:209
chr1	157567751	rs1361889	A	G	8630.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=328;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=94;NR=119;PP=2965;SC=CTGCTCCAGGATTGGAGAAGG;SOR=0.858;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=214;TCF=95;TCR=119;TR=213;WE=157567759;WS=157567741;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,325:1.00:325
chr1	157651017	rs1806798	T	C	398.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=2.436;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.431;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=14;PP=290;ReadPosRankSum=-0.238;SC=CTGCTTCTGCTTGGGTCTTTT;SOR=1.077;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=39;TCF=6;TCR=33;TR=16;WE=157651025;WS=157651007;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,18:0.38:47
chr1	157652929	rs141977401	TA	T	1304.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.403;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=260;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.074;HP=9;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=2.541;NF=28;NR=25;PP=625;ReadPosRankSum=-0.311;SC=CATTGAAATTTAAAAAAAAAC;SOR=0.607;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=158;TCF=87;TCR=71;TR=53;WE=157652937;WS=157652919;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:159,95:0.37:254
chr1	157718231	rs143605468	CAAAT	C	3232.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.205;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FS=3.387;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.27;MQRankSum=1.584;QD=23.95;ReadPosRankSum=1.777;SOR=1.013;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:51,84:0.62:135
chr1	157718283	rs6696643	A	T	1924.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.419;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=315;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.439;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-1.821;NF=43;NR=24;PP=916;ReadPosRankSum=1.933;SC=CTCTATTGCAAACAATGCATC;SOR=0.660;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=204;TCF=128;TCR=76;TR=67;WE=157718291;WS=157718273;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:198,108:0.35:306
chr1	157740457	.	C	A	2616.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.295;ClippingRankSum=0.000;DP=388;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.798;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=51;PP=1318;ReadPosRankSum=0.181;SC=GTCAGCGAATCTGGAAGAGAA;SOR=0.727;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=292;TCF=148;TCR=144;TR=106;WE=157740465;WS=157740447;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:231,143:0.38:374
chr1	157771880	rs4971154	C	T	7546.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.191;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=570;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=129;NR=135;PP=2962;ReadPosRankSum=2.130;SC=AGTACAGGATCGGAGGAGAGC;SOR=0.706;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=412;TCF=201;TCR=211;TR=264;WE=157771888;WS=157771870;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:203,348:0.63:551
chr1	157802877	rs2765500	T	C	430.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-1.401;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.932;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=2;PP=263;ReadPosRankSum=-1.083;SC=AGCAGCTTCATGGCGCTTGTG;SOR=0.090;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=28;TCF=26;TCR=2;TR=16;WE=157802885;WS=157802874;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,18:0.60:30
chr1	157802979	rs2261295	C	T	6155.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.116;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.699;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=111;NR=51;PP=2965;ReadPosRankSum=2.577;SC=CTGTAGGACTCACCTGAGCAG;SOR=0.291;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=166;TCF=113;TCR=53;TR=162;WE=157802987;WS=157802969;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,223:0.99:225
chr1	157806006	rs2765503	G	A	9186.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=342;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=73;NR=147;PP=2965;SC=CCTTAGGCATGTACTCAGTCA;SOR=1.279;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=220;TCF=73;TCR=147;TR=220;WE=157806014;WS=157805996;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,340:1.00:340
chr1	157811392	rs2260040	G	A	3976.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=72;NR=34;PP=2121;SC=CCAGGTTGGCGGGGAGAAAGT;SOR=1.398;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=106;TCF=72;TCR=34;TR=106;WE=157811400;WS=157811382;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,149:1.00:149
chr1	157963324	.	C	CGT	1556	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;FR=0.5000;HP=2;HapScore=1;MGOF=61;MMLQ=23;MQ=59.93;NF=97;NR=0;PP=1556;QD=16.2268041237;SC=TGCGCGCGCGCGTGTGTGTGT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=115;TCF=113;TCR=2;TR=97;WE=157963332;WS=157963314;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:18,97:0.84:115
chr1	157963362	rs148023130	GCGGGCTCC	G	8335.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.651;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.37;MQRankSum=0.223;QD=43.64;ReadPosRankSum=-1.633;SOR=4.047;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,190:0.99:191
chr1	158047657	rs12133744	G	A	841.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-3.206;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=7;PP=600;ReadPosRankSum=-0.188;SC=GTCTGTGTCTGGGGCCTCACC;SOR=0.641;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=79;TCF=63;TCR=16;TR=33;WE=158047665;WS=158047647;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,38:0.44:86
chr1	158054379	rs927662	A	G	3777.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.220;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=276;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=92;PP=2228;ReadPosRankSum=-0.055;SC=GGTGAGCTCCAGCCAGCTCCC;SOR=0.676;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=220;TCF=66;TCR=154;TR=133;WE=158054387;WS=158054369;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:106,167:0.61:273
chr1	158056299	rs7367384	C	G	1065.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-4.253;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.671;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=15;PP=639;ReadPosRankSum=0.500;SC=CCCCTCCAGCCCAAGCCCATC;SOR=0.600;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=122;TCF=91;TCR=31;TR=55;WE=158056307;WS=158056289;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:89,61:0.41:150
chr1	158057420	rs7514301	A	T	2227.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=43;NR=16;PP=1262;SC=ACTGGAGCCGATACACTGCAA;SOR=1.700;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=60;TCF=44;TCR=16;TR=59;WE=158057428;WS=158057410;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr1	158058109	rs6427419	C	A	2377.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.263;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=354;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.415;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=33;PP=1386;ReadPosRankSum=-0.738;SC=CTTCTTTCTCCCTCACAGTTG;SOR=0.654;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=254;TCF=163;TCR=91;TR=90;WE=158058117;WS=158058099;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:220,125:0.36:345
chr1	158066834	rs6427420	A	G	1446.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-1.229;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.733;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=32;PP=745;ReadPosRankSum=0.752;SC=TTTTAACTTCACAGGAAGTCT;SOR=0.566;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=148;TCF=63;TCR=85;TR=58;WE=158066842;WS=158066824;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:131,81:0.38:212
chr1	158067047	rs874844	A	C	162.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.937;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.140;HP=4;HapScore=4;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=1.315;NF=0;NR=6;PP=161;ReadPosRankSum=-1.616;SC=ATTTTCACAAAAACCAGAAAC;SOR=2.093;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=2;TCR=14;TR=6;WE=158067068;WS=158067037;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,7:0.41:17
chr1	158067060	.	TG	T	156	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;FR=0.5000;HP=5;HapScore=4;MGOF=0;MMLQ=27;MQ=60.83;NF=0;NR=2;PP=156;QD=93.5;SC=CCAGAAACCATGGGGGAATCC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=1;TCR=9;TR=2;WE=158067068;WS=158067037;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:8,2:0.20:10
chr1	158153996	rs426336	T	C	5474.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=37;NR=113;PP=2965;SC=CTCAGGTTCCTAAGACTTCAG;SOR=1.994;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=151;TCF=37;TCR=114;TR=150;WE=158154004;WS=158153986;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,188:1.00:188
chr1	158224575	rs370074413	CTGTGTGTGTG	C,CTGTG	1480.73	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.383;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=448;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=10.459;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=1.607;NF=3,3;NR=117,117;PP=2461,1357;ReadPosRankSum=5.457;SC=CTCTCTCTCTCTGTGTGTGTG;SOR=1.598;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=204;TCF=8;TCR=196;TR=120,120;WE=158224596;WS=158224542;set=Intersection	GT:AF:DP	0/1:0.42:195
chr1	158224825	rs411089	C	T	1807.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.869;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=13;PP=1037;ReadPosRankSum=1.125;SC=CTCTCTCCATCCTCTTTCTCA;SOR=0.659;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=88;TCF=65;TCR=23;TR=55;WE=158224833;WS=158224815;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,76:0.65:117
chr1	158226465	rs34315183	CA	C	481.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.036;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.42;ReadPosRankSum=1.956;SOR=0.629;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,41:0.55:75
chr1	158226814	rs41310138	G	A	4828.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-1.879;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=400;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-2.661;NF=71;NR=65;PP=1926;ReadPosRankSum=-1.425;SC=GTCGGGTGAAGCACAGCAGTC;SOR=0.706;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=241;TCF=128;TCR=113;TR=136;WE=158226822;WS=158226804;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:160,231:0.59:391
chr1	158260878	rs375739413	CT	C	334.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.777;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=377;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.06;MQRankSum=1.979;QD=0.92;ReadPosRankSum=2.331;SOR=0.662;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:281,81:0.22:362
chr1	158297864	rs11583390	C	A	612.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=2.861;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.455;HP=6;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=3;PP=448;ReadPosRankSum=-0.636;SC=GTTTTAAGTACTTTTTTGCTG;SOR=1.022;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=55;TCF=48;TCR=7;TR=25;WE=158297872;WS=158297854;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,26:0.46:57
chr1	158298679	rs199678441	T	TA	115.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.603;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=536;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.22;ReadPosRankSum=0.519;SOR=0.657;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:442,73:0.14:515
chr1	158532614	rs41273499	G	A	2114.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.983;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.070;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=35;PP=1028;ReadPosRankSum=0.320;SC=GCCCGGGGCCGTGCATAGGTG;SOR=0.744;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=111;TCF=54;TCR=57;TR=66;WE=158532622;WS=158532604;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,95:0.62:153
chr1	158565115	rs1332688	G	T	210.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.953;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=0;PP=162;ReadPosRankSum=1.213;SC=TAAACTATATGCAGATAGCTA;SOR=1.214;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=21;TCR=1;TR=9;WE=158565123;WS=158565105;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,9:0.41:22
chr1	158577167	rs2427808	A	T	1395.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.325;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.301;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=32;PP=775;ReadPosRankSum=0.064;SC=TGGGTAAAGGATGAAGGTTAC;SOR=0.944;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=142;TCF=57;TCR=85;TR=49;WE=158577175;WS=158577157;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:134,74:0.36:208
chr1	158580921	rs66981873	GCA	G	291.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.272;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=1.364;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.63;ReadPosRankSum=-1.347;SOR=0.412;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,15:0.34:44
chr1	158582497	.	G	GA	109.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.191;ClippingRankSum=0.000;DP=114;ExcessHet=3.0103;FS=1.028;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.09;MQRankSum=2.157;QD=0.99;ReadPosRankSum=2.000;SOR=0.450;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:91,20:0.18:111
chr1	158584103	rs57778257	G	GA	128.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.696;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FS=1.838;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.15;MQRankSum=2.998;QD=0.99;ReadPosRankSum=1.450;SOR=0.799;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:106,24:0.18:130
chr1	158587784	rs857717	T	G	3054.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=53;NR=32;PP=1657;SC=AATTCTTCCATAATAATATAA;SOR=1.179;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=86;TCF=54;TCR=32;TR=85;WE=158587792;WS=158587774;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr1	158607788	rs2518492	T	G	2686.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=2.725;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.918;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=20;PP=1629;ReadPosRankSum=-1.019;SC=TACTCGCTTGTATTATCCACA;SOR=1.872;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=75;TCF=55;TCR=20;TR=75;WE=158607796;WS=158607778;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,95:0.98:97
chr1	158613926	.	C	CA	55.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.057;ClippingRankSum=0.000;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.21;MQRankSum=1.625;QD=1.19;ReadPosRankSum=-0.364;SOR=0.563;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,11:0.23:47
chr1	158619728	rs2482965	A	C	8502.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=332;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=106;NR=101;PP=2965;SC=CCCCAGCGGGAATTCAATTCC;SOR=0.764;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=207;TCF=106;TCR=101;TR=207;WE=158619736;WS=158619718;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,321:1.00:321
chr1	158637865	rs5778087	GA	G	389.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.515;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FS=2.143;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.25;MQRankSum=1.863;QD=4.70;ReadPosRankSum=-1.014;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:45,38:0.46:83
chr1	158639601	rs2298801	A	G	5395.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.98;SOR=1.090;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,200:1.00:200
chr1	158644105	rs703116	T	A	9798.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.874;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=356;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.597;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=182;NR=73;PP=2965;ReadPosRankSum=1.191;SC=ACAAACTCTGTTAAACTAGAT;SOR=0.343;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=260;TCF=184;TCR=76;TR=255;WE=158644113;WS=158644095;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,351:0.99:353
chr1	158647495	rs325996	A	T	10991.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=427;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=126;NR=126;PP=2965;SC=CACTCATGACAGCAAGATTTC;SOR=0.708;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=253;TCF=126;TCR=127;TR=252;WE=158647503;WS=158647485;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,419:1.00:419
chr1	158647631	rs325995	T	A	2562.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=17;NR=52;PP=1676;SC=ATCCCTGCAGTCATTAACAAG;SOR=1.954;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=69;TCF=17;TCR=52;TR=69;WE=158647639;WS=158647621;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr1	158654786	rs385096	C	T	1461.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=38;NR=8;PP=1036;SC=TGTTTCTAAACGGAATCTAAT;SOR=2.701;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=46;TCF=38;TCR=8;TR=46;WE=158654794;WS=158654776;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr1	158655036	rs435080	G	A	11486.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=428;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=129;NR=151;PP=2965;SC=CCCTCTCAGCGACCCGCTCCT;SOR=0.803;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=280;TCF=129;TCR=151;TR=280;WE=158655044;WS=158655026;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,418:1.00:418
chr1	158655162	rs2564859	C	A	5160.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=45;NR=101;PP=2882;SC=GATTCTGTTACTTGCTAGTTC;SOR=1.547;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=146;TCF=45;TCR=101;TR=146;WE=158655170;WS=158655152;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,188:1.00:188
chr1	158656281	rs2564858	T	C	917.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=7;PP=505;SC=AATATGTACTTACGGTTTCCT;SOR=1.179;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=15;TCR=7;TR=22;WE=158656289;WS=158656271;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr1	158656347	rs111674514	C	CAGAG,CAG	2372.73	.	AC=2,0;AF=1.00,0.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.885;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11,11;NR=13,13;PP=101,773;ReadPosRankSum=-0.840;SC=TAAAATGTGTCAGAGAGAGAG;SOR=1.220;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=26;TCF=11;TCR=15;TR=24,24;WE=158656355;WS=158656337;set=Intersection	GT:AF:DP	1/1:0.96:57
chr1	158724537	rs34126693	T	C	657.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-3.631;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.555;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=5;PP=480;ReadPosRankSum=-0.435;SC=GAGGTAAAGCTTAAGAGATAT;SOR=0.235;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=45;TCF=39;TCR=6;TR=27;WE=158724545;WS=158724527;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,29:0.58:50
chr1	158735595	rs857824	C	T	8170.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=320;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=118;NR=96;PP=2965;SC=CTCCTTGTTGCGCAAGCTGTA;SOR=0.809;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=214;TCF=118;TCR=96;TR=214;WE=158735603;WS=158735585;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,309:1.00:309
chr1	158735691	rs857825	T	C	10170.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=388;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=127;NR=115;PP=2965;SC=CTTCTTCAGCTGCACATACAT;SOR=0.757;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=244;TCF=128;TCR=116;TR=242;WE=158735699;WS=158735681;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,386:1.00:386
chr1	158735740	rs857826	A	G	9804.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=364;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=116;NR=116;PP=2965;SC=ACCACAGTGAAGTGGGAGGCA;SOR=0.699;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=232;TCF=116;TCR=116;TR=232;WE=158735748;WS=158735730;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,361:1.00:361
chr1	158735892	rs857827	A	G	10495.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=390;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=134;NR=120;PP=2965;SC=TAGGACATTTATAGACGTATC;SOR=0.785;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=254;TCF=134;TCR=120;TR=254;WE=158735900;WS=158735882;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,385:1.00:385
chr1	158736215	rs6666753	G	A	4638.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=61;NR=54;PP=2584;SC=TTTTCTCACTGAGCAAGTTTG;SOR=0.741;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=115;TCF=61;TCR=54;TR=115;WE=158736223;WS=158736205;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,168:1.00:168
chr1	158746678	rs41273541	T	C	3946.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.104;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=567;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.536;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=85;NR=76;PP=1885;ReadPosRankSum=0.934;SC=CCAAAGAAGATGAGGACCACA;SOR=0.734;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=354;TCF=177;TCR=177;TR=161;WE=158746686;WS=158746668;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:341,213:0.38:554
chr1	158746847	rs16841094	A	G	4507.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.587;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=565;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.450;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=71;NR=86;PP=2298;ReadPosRankSum=-1.024;SC=GAATGTTAGCAGATGTGTCCT;SOR=0.769;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=346;TCF=173;TCR=173;TR=157;WE=158746855;WS=158746837;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:315,236:0.43:551
chr1	158747492	rs857835	A	G	630.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=1.889;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.271;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=18;PP=413;ReadPosRankSum=-0.350;SC=TCCATGCCAAAACTTCATTTC;SOR=1.002;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=41;TCF=12;TCR=29;TR=24;WE=158747500;WS=158747482;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,27:0.59:46
chr1	158813819	rs857870	A	G	6561.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.164;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=550;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.762;HP=5;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=110;NR=94;PP=2962;ReadPosRankSum=0.396;SC=GTAAGCCCCCAGGTCCCTCAG;SOR=0.819;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=337;TCF=173;TCR=164;TR=204;WE=158813827;WS=158813803;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:227,318:0.58:545
chr1	158906555	rs1633280	A	C	230.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=3.155;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=1;PP=154;ReadPosRankSum=0.591;SC=AAACTGGAAGAATTCCCTTTG;SOR=0.741;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=30;TCF=26;TCR=4;TR=10;WE=158906563;WS=158906545;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,11:0.32:34
chr1	158909164	rs2325704	C	A	1883.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-5.764;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.147;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=24;PP=1361;ReadPosRankSum=-0.067;SC=ACTGAGAATTCACTGCATTTT;SOR=0.979;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=128;TCF=78;TCR=50;TR=66;WE=158909172;WS=158909154;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,74:0.54:137
chr1	158913525	rs856082	A	G	2387.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=52;NR=14;PP=1648;SC=AGACTTTCCTATATGCACGGT;SOR=2.103;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=67;TCF=53;TCR=14;TR=66;WE=158913533;WS=158913515;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr1	158943295	rs144676333	T	TCA	941.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.467;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.232;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.661;NF=19;NR=4;PP=783;ReadPosRankSum=0.047;SC=AAAGGGATTTTCACACACACA;SOR=0.123;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=41;TCF=33;TCR=8;TR=23;WE=158943303;WS=158943285;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,38:0.78:49
chr1	158946629	rs145608153	A	AATATATGTAT	1665.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.18;QD=43.84;SOR=1.670;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr1	158946658	rs145640162	CTATATATATATATATATATATATATATA	C,CTA	1291.73	.	AC=2,0;AF=1.00,0.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=215;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;NF=1;NR=20;PP=2776;SC=GGTTGAAATACTATATATATA;SOR=2.948;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=21;TCF=1;TCR=20;TR=21;WE=158946695;WS=158946648;set=Intersection	GT:AF:DP	1/1:1.00:31
chr1	158986477	rs866484	G	C	17553.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.504;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=670;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=26.56;ReadPosRankSum=-0.018;SOR=0.238;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,660:1.00:661
chr1	158987941	rs856046	A	G	4986.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=97;NR=42;PP=2965;SC=GCCCTGTGTTATACTGAGGTC;SOR=1.596;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=139;TCF=97;TCR=42;TR=139;WE=158987949;WS=158987931;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,174:1.00:174
chr1	159002222	rs861318	A	G	1911.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=53;NR=7;PP=1581;SC=AGACCTATTAAAATCTAATAA;SOR=4.103;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=60;TCF=53;TCR=7;TR=60;WE=159002230;WS=159002212;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr1	159002301	rs2518553	T	C	8559.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=326;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=144;NR=73;PP=2965;SC=AAACAGAAAATGAATACTTTC;SOR=1.229;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=218;TCF=144;TCR=74;TR=217;WE=159002309;WS=159002291;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,325:1.00:325
chr1	159002377	rs1057027	C	A	15366.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=584;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=160;NR=170;PP=2965;SC=CCAGGAACAGCGTCAGCTTCC;SOR=0.721;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=330;TCF=160;TCR=170;TR=330;WE=159002397;WS=159002367;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,582:1.00:582
chr1	159002389	rs1057028	T	A	14454.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=554;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=157;NR=169;PP=2965;SC=TCAGCTTCCATATCCTTCAGA;SOR=0.730;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=326;TCF=157;TCR=169;TR=326;WE=159002397;WS=159002367;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,552:1.00:552
chr1	159166644	.	G	A	532.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-1.939;ClippingRankSum=0.000;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.722;NF=17;NR=3;PP=282;ReadPosRankSum=-1.253;SC=CCTGGCCTATGCTCTCCTGAG;SOR=0.797;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=64;TCF=51;TCR=13;TR=20;WE=159166652;WS=159166634;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,27:0.36:75
chr1	159169641	rs862999	T	C	5943.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=58;NR=83;PP=2448;SC=TCATCTTCCTTGGCCACTACT;SOR=0.970;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=141;TCF=58;TCR=83;TR=141;WE=159169649;WS=159169631;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,226:1.00:226
chr1	159170797	rs3027003	C	T	823.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=1.560;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=24;PP=521;ReadPosRankSum=1.235;SC=ACAGAGCAACCGCAGGGCCGC;SOR=0.919;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=40;TCF=9;TCR=31;TR=31;WE=159170805;WS=159170787;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,35:0.71:49
chr1	159174824	rs863001	G	C	27799.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=1058;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=332;NR=319;PP=2965;SC=CTCATTTCCCGTGCTGTTTGC;SOR=0.823;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=653;TCF=333;TCR=320;TR=651;WE=159174832;WS=159174814;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,1048:1.00:1048
chr1	159174920	rs863002	C	T	6696.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.288;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=546;ExcessHet=3.0103;FS=1.171;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.10;MQRankSum=-0.808;QD=12.45;ReadPosRankSum=-0.412;SOR=0.583;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:227,311:0.58:538
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chr1	159249187	rs10489855	G	C	365.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-3.745;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=6;PP=272;ReadPosRankSum=-1.564;SC=AGGTCATGTAGAGTGGTATCA;SOR=0.655;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=50;TCF=36;TCR=14;TR=20;WE=159249195;WS=159249181;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,19:0.36:53
chr1	159249451	rs57414108	T	TA	1999.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.150;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=315;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.916;HP=10;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.251;NF=28;NR=40;PP=1100;ReadPosRankSum=-0.184;SC=GCCAAGGTAATAAAAAAAACA;SOR=0.765;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=185;TCF=83;TCR=102;TR=68;WE=159249459;WS=159249441;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:178,120:0.40:298
chr1	159249743	rs11265163	G	T	2777.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.928;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FS=0.549;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.75;ReadPosRankSum=-0.290;SOR=0.776;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:125,77:0.38:202
chr1	159249743	.	GTG	TTT	2023	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;FR=0.5000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MMLQ=28;MQ=59.97;NF=21;NR=36;PP=2023;QD=36.4292609625;SC=CCTTATCACTGTGTGGTTCTC;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=150;TCF=54;TCR=96;TR=57;WE=159249753;WS=159249733;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:93,57:0.38:150
chr1	159249745	rs11265164	G	T	2777.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.080;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FS=1.173;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.10;ReadPosRankSum=-0.483;SOR=0.797;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:121,76:0.39:197
chr1	159272764	rs12119226	C	T	2034.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-1.026;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=339;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.530;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=39;PP=886;ReadPosRankSum=0.130;SC=TTCTAATGAGCATGAATCTGT;SOR=0.555;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=188;TCF=71;TCR=117;TR=69;WE=159272772;WS=159272754;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:217,113:0.34:330
chr1	159275706	rs2269718	G	A	153.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-1.709;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.975;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=3;PP=47;ReadPosRankSum=-0.203;SC=TCTATGCGTGGCTCTCTTTTC;SOR=0.197;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=25;TCF=19;TCR=6;TR=8;WE=159275714;WS=159275696;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,10:0.36:28
chr1	159283494	rs58037016	T	C	2524.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.284;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=297;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.434;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=32;PP=1390;ReadPosRankSum=-1.009;SC=GGAAAAGCCTTCACAACCTCT;SOR=0.659;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=195;TCF=125;TCR=70;TR=87;WE=159283502;WS=159283484;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:170,125:0.42:295
chr1	159283746	rs11265165	T	C	1874.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-2.487;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=288;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.564;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=31;PP=691;ReadPosRankSum=0.754;SC=GGCCTTCTTCTGACCTTCAGC;SOR=0.503;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=187;TCF=83;TCR=104;TR=63;WE=159283754;WS=159283736;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:181,106:0.37:287
chr1	159402584	rs11419544	G	GT	5050.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=13;NR=87;PP=2967;SC=CTATCAAGGAGTTATTACTTT;SOR=1.780;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=109;TCF=13;TCR=96;TR=100;WE=159402592;WS=159402574;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,159:1.00:159
chr1	159409196	rs6691297	T	C	7057.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=272;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=108;NR=69;PP=2918;SC=TGAGAACCTCTGAGTGTAATA;SOR=1.005;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=180;TCF=108;TCR=72;TR=177;WE=159409204;WS=159409186;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,269:1.00:269
chr1	159409533	rs10908721	G	A	5364.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=104;NR=45;PP=2965;SC=TGCTTTACTGGGACTATGTGA;SOR=1.609;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=151;TCF=106;TCR=45;TR=149;WE=159409541;WS=159409523;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,193:1.00:193
chr1	159409734	rs10908722	G	T	22336.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=859;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=284;NR=250;PP=2965;SC=TCATCCGAATGGATCTTCATC;SOR=0.790;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=535;TCF=285;TCR=250;TR=534;WE=159409742;WS=159409724;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,841:1.00:841
chr1	159410340	rs12409540	T	A	5607.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.003;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=427;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.540;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=102;NR=78;PP=2839;ReadPosRankSum=-1.098;SC=ACTACAGCTGTGCCTCCATTG;SOR=0.784;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=287;TCF=160;TCR=127;TR=180;WE=159410348;WS=159410330;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:159,260:0.62:419
chr1	159505101	rs35393723	G	A	4481.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.905;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=349;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.486;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=67;NR=65;PP=2275;ReadPosRankSum=2.248;SC=GTCTTCTTCCGGCCCTCAGCT;SOR=0.471;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=239;TCF=113;TCR=126;TR=132;WE=159505109;WS=159505091;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:139,201:0.59:340
chr1	159558258	rs2808661	A	G	7409.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=271;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=92;NR=93;PP=2965;SC=GTTACTTTGTAGAAGCTCAGC;SOR=0.708;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=185;TCF=92;TCR=93;TR=185;WE=159558266;WS=159558248;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,270:1.00:270
chr1	159684047	.	C	CCA	549.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.139;ClippingRankSum=0.000;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.09;ReadPosRankSum=-0.726;SOR=0.582;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,28:0.67:42
chr1	159684121	.	CTT	C	201.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.481;ClippingRankSum=0.000;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=1.686;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.48;ReadPosRankSum=-0.173;SOR=0.321;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:42,16:0.28:58
chr1	159778699	rs12042065	G	A	2995.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.081;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=69;NR=35;PP=1754;ReadPosRankSum=0.279;SC=AGCCTCCTGGGGCTTCATCAT;SOR=0.720;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=169;TCF=115;TCR=54;TR=104;WE=159778707;WS=159778689;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:92,133:0.59:225
chr1	159785284	rs4411129	C	G	4802.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.038;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=354;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.832;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=85;NR=54;PP=2063;ReadPosRankSum=-1.042;SC=CTCACCCTCTCTCTTACATTT;SOR=0.806;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=225;TCF=131;TCR=94;TR=139;WE=159785292;WS=159785274;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:128,221:0.63:349
chr1	159799599	rs11422063	C	CA	3180.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.038;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.431;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=27;PP=2586;ReadPosRankSum=1.541;SC=CAGATGCATGCAAAGAAGGAT;SOR=0.950;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=116;TCF=64;TCR=52;TR=70;WE=159799607;WS=159799589;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,126:0.62:202
chr1	159802627	rs2494480	A	C	3250.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=2.080;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.536;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=33;PP=1770;ReadPosRankSum=-1.002;SC=CCTGCCCAGCATCCCTGAGAC;SOR=0.649;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=147;TCF=97;TCR=50;TR=97;WE=159802635;WS=159802617;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,140:0.65:215
chr1	159807969	rs2494491	A	T	939.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-1.782;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.416;HP=6;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=24;PP=489;ReadPosRankSum=1.043;SC=CCTCATTTTTAAAAAAACTGC;SOR=1.201;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=64;TCF=18;TCR=46;TR=30;WE=159807977;WS=159807959;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,44:0.54:82
chr1	159824967	rs2501340	G	C	16241.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=606;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=197;NR=145;PP=2965;SC=TCGACCTACTGTCCTTTGTGA;SOR=0.876;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=344;TCF=197;TCR=147;TR=342;WE=159824975;WS=159824957;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,603:1.00:603
chr1	159825916	rs11587021	C	T	7710.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.772;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=301;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=70;NR=121;PP=2965;ReadPosRankSum=1.835;SC=CACAGCCTGGCAGGTGCCTGA;SOR=1.132;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=191;TCF=70;TCR=121;TR=191;WE=159825937;WS=159825906;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,292:0.99:294
chr1	159827456	rs2494503	A	G	1415.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=31;NR=4;PP=1018;SC=GGCACTGATAACCCAAGGAAA;SOR=3.816;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=36;TCF=31;TCR=5;TR=35;WE=159827464;WS=159827446;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr1	159827747	rs41264827	G	A	5343.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.121;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=793;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.144;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NR=92;PP=2523;ReadPosRankSum=0.085;SC=CATGGGCACTGCAGGTCGTGC;SOR=0.579;Source=Platypus;TCR=266;WE=159827755;WS=159827737;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:493,293:0.37:786
chr1	159828128	rs2494504	A	G	3355.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=31;NR=60;PP=2057;SC=CAGAGCCAAGAAGGGCCATGT;SOR=1.247;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=91;TCF=31;TCR=60;TR=91;WE=159828136;WS=159828118;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr1	159828746	rs2501337	G	A	1755.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=12;NR=42;PP=1303;SC=AGCAGAAGCAGGGCTTCAGGA;SOR=2.187;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=54;TCF=12;TCR=42;TR=54;WE=159828754;WS=159828736;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr1	159832425	rs2494507	G	A	2911.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.933;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.404;HP=3;HapScore=1;MGOF=31;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=83;PP=2477;ReadPosRankSum=0.293;SC=CACTGCCTGGGGTGGCAGGAA;SOR=1.233;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=113;TCF=29;TCR=84;TR=111;WE=159832433;WS=159832415;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,101:0.99:102
chr1	159842088	rs2494518	T	A	940.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=23;NR=4;PP=625;SC=GTTCCCCCCATCCTATTTTAC;SOR=2.765;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=27;TCF=23;TCR=4;TR=27;WE=159842096;WS=159842078;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr1	159842103	rs11265289	C	T	968.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=26;NR=6;PP=686;SC=TTTTACTCCACCTTCAGTACC;SOR=2.649;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=32;TCF=26;TCR=6;TR=32;WE=159842111;WS=159842093;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr1	159842691	rs4460634	C	G	4031.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=69;NR=35;PP=2094;SC=CATCTCTTTGCGGGAGGGAAG;SOR=1.282;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=104;TCF=69;TCR=35;TR=104;WE=159842699;WS=159842681;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,147:1.00:147
chr1	159842876	rs371893609	G	A	2591.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.884;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=425;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.547;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=55;PP=1349;ReadPosRankSum=0.391;SC=ACCTGGCGCCGGAGCTCATTG;SOR=0.771;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=276;TCF=130;TCR=146;TR=101;WE=159842884;WS=159842866;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:274,147:0.35:421
chr1	159854392	rs2501325	C	A	2197.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=21;NR=46;PP=1429;SC=TTAGAAACCCCGGGTCCACAT;SOR=1.550;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=68;TCF=22;TCR=46;TR=67;WE=159854400;WS=159854382;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr1	159860259	rs2501320	G	A	3046.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=48;NR=38;PP=1659;SC=GGCAGGGGACGGTGTACTCAC;SOR=0.859;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=87;TCF=49;TCR=38;TR=86;WE=159860267;WS=159860249;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr1	159860547	rs35075962	C	CT	74.79	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.426;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.67;MQRankSum=-0.396;QD=5.75;ReadPosRankSum=0.151;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,9:0.69:13
chr1	159889686	rs2252815	G	A	1375.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.999;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.538;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=32;PP=646;ReadPosRankSum=-0.636;SC=AGCTCAGCGTGCACCACCCTC;SOR=0.621;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=144;TCF=53;TCR=91;TR=52;WE=159889694;WS=159889676;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:132,75:0.36:207
chr1	159890459	rs11265297	T	C	1333.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=2.981;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.747;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=31;PP=887;ReadPosRankSum=1.925;SC=ACCAGAACTGTTACCAAATGC;SOR=0.967;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=74;TCF=26;TCR=48;TR=46;WE=159890467;WS=159890449;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,58:0.60:96
chr1	159897126	rs13052	C	T	1970.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=46;NR=18;PP=1309;SC=AGCCTCACATCAGGGATGTTC;SOR=1.712;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=64;TCF=46;TCR=18;TR=64;WE=159897134;WS=159897116;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr1	159897388	rs1934074	C	T	5221.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.309;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=86;PP=2911;ReadPosRankSum=1.002;SC=ATGTGAAGCTCGCTAGGCCCT;SOR=0.425;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=140;TCF=53;TCR=87;TR=138;WE=159897396;WS=159897378;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,187:0.99:188
chr1	159897681	rs77828868	TAAA	T,TA	4063.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.669;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.05;MQRankSum=0.249;QD=21.85;ReadPosRankSum=1.228;SOR=0.516;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:27,43,116:0.23,0.62:186
chr1	159898100	rs3747615	A	G	4571.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.172;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=80;PP=2844;ReadPosRankSum=1.788;SC=TGCCTCGCCCACTGCTCTGGC;SOR=1.179;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=128;TCF=48;TCR=80;TR=128;WE=159898108;WS=159898090;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,163:0.99:165
chr1	159898913	rs7543462	A	G	2691.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=51;NR=29;PP=1913;SC=CAGAGCTAGGAAGAACAAGCG;SOR=1.295;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=80;TCF=51;TCR=29;TR=80;WE=159898921;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr1	159902526	rs3827531	T	C	2472.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=17;NR=51;PP=1242;SC=GGGGGCAGGATGAGAAACCCA;SOR=1.634;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=68;TCF=17;TCR=51;TR=68;WE=159902534;WS=159902516;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr1	159906156	rs10908750	A	G	11579.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=435;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=131;NR=126;PP=2965;SC=TGCATAGGTAACCCTGGACCC;SOR=0.712;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=257;TCF=131;TCR=126;TR=257;WE=159906164;WS=159906146;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,432:1.00:432
chr1	159906849	rs10797055	A	G	706.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=17;PP=501;SC=CACCCTGTCTACTGCACCCAG;SOR=2.833;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=18;TCF=1;TCR=17;TR=18;WE=159906857;WS=159906839;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr1	159907362	rs7524321	A	G	6668.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.37;SOR=2.452;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,147:1.00:147
chr1	159907367	rs7526647	T	C	7016.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.79;SOR=2.274;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,164:1.00:164
chr1	159913053	rs41264841	C	T	7596.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=1.411;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=526;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=149;NR=75;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.565;SC=CTGGAGAAACCCCCAGTTCAG;SOR=0.720;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=348;TCF=226;TCR=122;TR=224;WE=159913061;WS=159913043;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:184,330:0.64:514
chr1	159922369	rs2840583	C	T	4143.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=37;NR=78;PP=2403;SC=AATCAGGGATCGGGTCTGTTT;SOR=1.457;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=115;TCF=37;TCR=78;TR=115;WE=159922377;WS=159922359;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,150:1.00:150
chr1	159923111	rs2789417	T	G	5998.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=99;NR=57;PP=2965;SC=TAGACACATATATTGTACTGC;SOR=1.173;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=156;TCF=99;TCR=57;TR=156;WE=159923119;WS=159923101;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,215:1.00:215
chr1	160000435	rs12409352	A	T	8764.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.285;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=621;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.542;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=153;NR=117;PP=2962;ReadPosRankSum=0.910;SC=CCTGCCCTATAAACCATAACA;SOR=0.642;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=428;TCF=246;TCR=182;TR=270;WE=160000443;WS=160000425;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:222,391:0.64:613
chr1	160085868	rs2854244	A	C	981.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=3;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=11;NR=11;PP=461;SC=TCTCCTCTGCACGCCCCAGCC;SOR=0.914;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=22;TCF=11;TCR=11;TR=22;WE=160085878;WS=160085858;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
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chr1	160090681	rs67915591	CCCTT	C	1594.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.129;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.469;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.235;NF=11;NR=24;PP=1581;ReadPosRankSum=0.557;SC=CTCTGGCTCTCCCTTCCTCCC;SOR=0.904;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=94;TCF=34;TCR=60;TR=35;WE=160090692;WS=160090664;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:123,82:0.40:205
chr1	160093222	rs2820581	C	T	12475.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=465;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=119;NR=150;PP=2965;SC=CCCACACGCCCGACCCGGGAA;SOR=0.860;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=270;TCF=119;TCR=151;TR=269;WE=160093230;WS=160093212;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,464:1.00:464
chr1	160093911	rs2820582	T	C	1916.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=34;PP=1056;SC=AGCTCATCTTTTGTCAGCTCC;SOR=1.678;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=48;TCF=14;TCR=34;TR=48;WE=160093919;WS=160093901;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr1	160093927	rs2854248	T	A	314.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.944;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=35;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=8;PP=145;ReadPosRankSum=-0.460;SC=GCTCCCAGGCTCTAAGATAGA;SOR=0.520;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=40;TCF=11;TCR=29;TR=11;WE=160093935;WS=160093917;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,18:0.33:55
chr1	160093942	rs17846707	G	A	606.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-1.085;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=28;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=16;PP=390;ReadPosRankSum=0.757;SC=GATAGAGATGGACAGAAAAGA;SOR=0.844;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=31;TCF=9;TCR=22;TR=23;WE=160093950;WS=160093932;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,26:0.63:41
chr1	160094343	rs1023420	T	C	183.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.61;BaseQRankSum=-0.727;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=5;PP=41;ReadPosRankSum=-2.023;SC=ACCATGCCTATGCCCCTGCTA;SOR=0.919;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=3;TCR=12;TR=5;WE=160094351;WS=160094333;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,11:0.42:26
chr1	160095127	rs7548116	T	A	1888.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.117;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.415;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=50;PP=1191;ReadPosRankSum=-2.161;SC=AGTACTTACCTGGCAAAAGCT;SOR=0.366;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=95;TCF=14;TCR=81;TR=60;WE=160095135;WS=160095117;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,77:0.64:121
chr1	160097666	rs6695366	G	A	2620.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-1.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=59;PP=1658;ReadPosRankSum=0.111;SC=TCTTTCCTCAGAGTGATAGAG;SOR=0.746;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=143;TCF=51;TCR=92;TR=92;WE=160097674;WS=160097656;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,118:0.66:178
chr1	160098543	rs1063125	G	A	23572.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=2.807;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=901;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.511;NF=339;NR=265;PP=2965;ReadPosRankSum=0.082;SC=CCATCTGCTCGGACAAGACGG;SOR=0.881;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=616;TCF=347;TCR=269;TR=604;WE=160098551;WS=160098533;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:10,889:0.99:899
chr1	160098927	rs5778151	A	AG	2463.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=13;NR=36;PP=2247;SC=GTGTCTCCAAAGCCTCTTGCT;SOR=1.179;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=53;TCF=13;TCR=40;TR=49;WE=160098935;WS=160098917;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr1	160100264	rs17846714	C	T	4024.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=635;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.153;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=81;PP=1978;ReadPosRankSum=-0.556;SC=GCTTCAAATTCGACACGGATG;SOR=0.781;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=413;TCF=193;TCR=220;TR=147;WE=160100272;WS=160100254;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:400,220:0.35:620
chr1	160110965	rs114964592	A	G	784.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-1.765;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.795;HP=5;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=10;PP=380;ReadPosRankSum=-1.554;SC=CACTTCCCCCAGTGCCCTTCA;SOR=0.933;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=67;TCF=44;TCR=23;TR=33;WE=160110973;WS=160110955;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,40:0.46:87
chr1	160124875	rs6427504	G	A	5055.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.417;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.402;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=85;NR=46;PP=2433;ReadPosRankSum=-0.898;SC=CTGACTCGAGGTGGACCCAAT;SOR=0.525;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=134;TCF=87;TCR=47;TR=131;WE=160124883;WS=160124865;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,196:0.99:197
chr1	160128994	rs10908764	C	T	89.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=0.252;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=6;PP=96;ReadPosRankSum=1.025;SC=ACACCTGGGCCGTTAGAGAAA;SOR=0.818;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=30;TCF=10;TCR=20;TR=9;WE=160129002;WS=160128984;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,7:0.23:30
chr1	160134056	rs17368402	G	A	7440.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=1.066;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=561;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.794;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=85;NR=106;PP=2962;ReadPosRankSum=0.266;SC=TGCTGAGATCGAACACTTCAT;SOR=0.761;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=320;TCF=151;TCR=169;TR=191;WE=160134064;WS=160134046;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:214,345:0.62:559
chr1	160134205	rs11265338	C	T	765.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.980;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.405;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=27;PP=492;ReadPosRankSum=-0.483;SC=GGCTGTTGGCCACAGTCACTG;SOR=1.435;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=80;TCF=15;TCR=65;TR=31;WE=160134213;WS=160134195;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,37:0.37:99
chr1	160136350	rs7529215	G	A	3044.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=2.021;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=433;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.567;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-8.278;NF=93;NR=43;PP=1938;ReadPosRankSum=-0.667;SC=AGCGCATGGCGCGGAAGAACT;SOR=0.767;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=339;TCF=231;TCR=108;TR=136;WE=160136358;WS=160136340;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:251,157:0.38:408
chr1	160137300	rs4656889	A	C	2849.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.309;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=66;PP=2012;ReadPosRankSum=-0.722;SC=CACCTCGGAGAAGCAGAGGAG;SOR=1.508;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=77;TCF=10;TCR=67;TR=76;WE=160137308;WS=160137290;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,93:0.99:94
chr1	160140998	rs1209804	G	A	659.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-4.313;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.406;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=2;PP=433;ReadPosRankSum=0.442;SC=CTGATCCTTGGTCTCTCCTCC;SOR=0.039;SbPval=0.26;Source=Platypus;TC=47;TCF=45;TCR=2;TR=23;WE=160141006;WS=160140988;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,27:0.54:50
chr1	160141196	rs625549	C	T	11964.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=463;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=163;NR=142;PP=2965;SC=AAAATGCCTACTTAGAACTGG;SOR=0.843;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=305;TCF=163;TCR=142;TR=305;WE=160141204;WS=160141186;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,456:1.00:456
chr1	160141285	rs669162	CC	TG	8703.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=1.319;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=388;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.772;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=83;NR=81;PP=2944;ReadPosRankSum=-0.131;SC=GGTTATTATCCCTGGGGTGAG;SOR=0.667;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=282;TCF=141;TCR=141;TR=164;WE=160141294;WS=160141275;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:163,221:0.58:384
chr1	160147502	rs731852	T	G	1784.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=1.520;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.610;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=41;PP=1002;ReadPosRankSum=-0.137;SC=AGAGTGAGAGTGACAGGGGAG;SOR=0.629;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=120;TCF=42;TCR=78;TR=64;WE=160147510;WS=160147492;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,82:0.54:152
chr1	160151345	rs113684338	CA	C	165.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.913;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=6.303;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.85;ReadPosRankSum=-0.900;SOR=0.061;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,20:0.47:43
chr1	160151450	rs7519748	T	C	3727.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-2.271;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=263;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.371;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=79;NR=41;PP=2038;ReadPosRankSum=3.530;SC=CTGACACTGTTTCCTCTCTCC;SOR=0.415;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=192;TCF=134;TCR=58;TR=120;WE=160151458;WS=160151440;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:99,163:0.62:262
chr1	160151624	rs36097870	G	GC	26677.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-1.597;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1594;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.528;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.429;NF=94;NR=259;PP=2933;ReadPosRankSum=1.075;SC=TCACAAAACAGCCCAGCACTC;SOR=0.759;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=632;TCF=165;TCR=467;TR=353;WE=160151632;WS=160151614;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:635,935:0.60:1570
chr1	160164668	rs1186693	T	C	1130.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=27;NR=9;PP=760;SC=GCACATGCAATCCCCCACACA;SOR=2.038;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=36;TCF=27;TCR=9;TR=36;WE=160164676;WS=160164658;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr1	160165095	rs2275703	A	C	5706.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=121;NR=34;PP=2965;SC=CCAGACAAGCACCTCCAGTAT;SOR=2.105;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=155;TCF=121;TCR=34;TR=155;WE=160165103;WS=160165085;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,197:1.00:197
chr1	160165451	rs10908769	C	T	3487.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=32;NR=75;PP=1560;SC=TGCCCCCCCCCCCGGCTCCTC;SOR=1.919;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=114;TCF=36;TCR=78;TR=107;WE=160165459;WS=160165441;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,126:0.99:127
chr1	160168368	rs822450	G	A	5781.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=99;NR=59;PP=2965;SC=ACAAAATTGAGGTTCAATGAA;SOR=1.189;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=158;TCF=99;TCR=59;TR=158;WE=160168376;WS=160168358;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,214:1.00:214
chr1	160169473	rs959166	T	C	1299.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=33;NR=6;PP=951;SC=TCCTCTTTTGTTGTTTAGTTC;SOR=2.885;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=39;TCF=33;TCR=6;TR=39;WE=160169481;WS=160169463;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr1	160178356	rs667306	A	G	3295.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=43;NR=31;PP=1451;SC=TTTCTCCACGAGCCCTAAGGA;SOR=0.924;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=74;TCF=43;TCR=31;TR=74;WE=160178364;WS=160178346;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr1	160232929	rs61480108	AT	A	293.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.280;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FS=1.537;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.58;ReadPosRankSum=1.118;SOR=0.537;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:138,48:0.26:186
chr1	160233265	rs11455653	C	CA	48.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.656;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.43;MQRankSum=-1.294;QD=1.62;ReadPosRankSum=1.592;SOR=0.922;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,9:0.30:30
chr1	160263286	rs368176604	AT	A	82.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.181;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FS=2.674;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.30;MQRankSum=2.086;QD=2.24;ReadPosRankSum=0.111;SOR=1.390;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,14:0.38:37
chr1	160275434	rs2066320	A	G	4741.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.83;SOR=0.723;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,199:1.00:199
chr1	160303542	rs72706684	C	A	1127.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-2.133;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.527;HP=6;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=33;PP=630;ReadPosRankSum=-0.130;SC=AATCATTTTTCTCTAAAGAAC;SOR=0.874;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=116;TCF=27;TCR=89;TR=42;WE=160303550;WS=160303532;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:89,55:0.38:144
chr1	160319055	rs12239946	T	C	1236.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=28;PP=915;SC=GAAGGAAAGGTGTACCATCAA;SOR=1.775;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=12;TCR=28;TR=40;WE=160319063;WS=160319045;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr1	160393905	rs12086448	A	G	3763.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=2.545;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=517;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.158;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=84;NR=52;PP=2114;ReadPosRankSum=0.471;SC=AGGAGCAGAAAAACCCCAGGG;SOR=0.778;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=341;TCF=213;TCR=128;TR=136;WE=160393913;WS=160393895;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:318,191:0.38:509
chr1	160394173	rs12087593	A	G	1776.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.687;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=269;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.632;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=48;PP=1013;ReadPosRankSum=-0.605;SC=CTCACTGTCCACCTCATTTCT;SOR=0.417;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=200;TCF=59;TCR=141;TR=74;WE=160394181;WS=160394163;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:164,95:0.37:259
chr1	160394937	rs17380127	A	C	1978.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.306;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=280;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.479;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=35;PP=1122;ReadPosRankSum=-0.114;SC=TGGCGGCTGGACCTACCATCC;SOR=0.804;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=187;TCF=100;TCR=87;TR=78;WE=160394945;WS=160394927;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:173,106:0.38:279
chr1	160395003	rs17380141	G	A	1730.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.264;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=247;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.590;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=39;PP=869;ReadPosRankSum=1.895;SC=GCGAGGAGCCGGTGACCAACG;SOR=0.829;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=178;TCF=82;TCR=96;TR=69;WE=160395011;WS=160394993;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:151,94:0.38:245
chr1	160458782	rs3795327	A	G	9838.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-2.063;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=399;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=149;NR=107;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.738;SC=TCCTCCCCTCAGTGGTCATTT;SOR=0.351;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=258;TCF=151;TCR=107;TR=256;WE=160458790;WS=160458772;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,386:1.00:387
chr1	160580015	rs1061217	A	G	5623.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=100;NR=43;PP=2639;SC=TTCACCCTTCAGCCTCTATTC;SOR=1.404;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=143;TCF=100;TCR=43;TR=143;WE=160580023;WS=160580005;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,221:1.00:221
chr1	160582213	rs2025515	C	A	1676.88	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.908;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FS=4.227;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.11;ReadPosRankSum=1.451;SOR=0.297;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,85:0.87:98
chr1	160582248	rs11265449	C	G	4768.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.455;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=45;PP=2111;ReadPosRankSum=-0.108;SC=TATTCCCTCTCTACGGAGAGT;SOR=0.319;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=112;TCF=66;TCR=46;TR=110;WE=160582256;WS=160582238;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,176:0.99:177
chr1	160585554	rs149160	C	G	11397.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=443;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=144;NR=122;PP=2965;SC=CTGATGATGACTGTCCTTATA;SOR=0.823;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=268;TCF=145;TCR=123;TR=266;WE=160585562;WS=160585544;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,424:1.00:424
chr1	160585706	rs151607	C	T	3594.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=29;NR=74;PP=2212;SC=GGATTTTCTCCTAAAGCCTCC;SOR=1.724;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=105;TCF=29;TCR=76;TR=103;WE=160585714;WS=160585696;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
chr1	160616703	rs2295612	G	T	3583.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.535;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=595;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.621;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=78;PP=1650;ReadPosRankSum=-0.638;SC=GAAACAGCACGAAGGTCAAGG;SOR=0.905;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=373;TCF=160;TCR=213;TR=124;WE=160616711;WS=160616693;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:388,202:0.34:590
chr1	160650913	rs4656926	A	G	1805.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=33;NR=14;PP=943;SC=AGGAGGCTGAATAGGACCCCC;SOR=1.503;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=33;TCR=14;TR=47;WE=160650921;WS=160650903;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr1	160681653	rs57782077	G	GA	55.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.759;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FS=2.645;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.15;MQRankSum=1.813;QD=0.87;ReadPosRankSum=1.428;SOR=1.099;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:50,14:0.22:64
chr1	160717872	rs527733	T	G	307.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=9;NR=1;PP=242;SC=TCCAGGAGGTTGTTGTGTTGG;SOR=3.258;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=9;TCR=1;TR=10;WE=160717880;WS=160717862;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr1	160722064	rs527342	A	G	1397.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=30;PP=845;SC=GCTTAACTTCATCTTAATGGT;SOR=2.448;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=36;TCF=6;TCR=30;TR=36;WE=160722072;WS=160722054;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr1	160766179	rs3831924	C	CT	219.52	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.922;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5131;FS=0.000;HP=10;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=7;PP=128;ReadPosRankSum=2.381;SC=CTGGGAGATTCTTTTTTTTGT;SOR=1.445;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=1;TCR=12;TR=7;WE=160766187;WS=160766169;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,12:0.86:14
chr1	160786670	rs560681	A	G	684.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.570;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=18;PP=349;ReadPosRankSum=-0.451;SC=CTCCATCTCTATTTACTCAGG;SOR=0.696;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=77;TCF=22;TCR=55;TR=26;WE=160786678;WS=160786660;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,38:0.34:113
chr1	160789196	rs537540	A	C	6525.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=52;NR=114;PP=2965;SC=GCTATGGGGTATCTGGTCCAA;SOR=1.527;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=168;TCF=52;TCR=116;TR=166;WE=160789204;WS=160789186;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,227:1.00:227
chr1	160803802	rs11265493	A	G	1686.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.346;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.396;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=10;PP=716;ReadPosRankSum=-1.692;SC=ACACATCTACATCAACAACAC;SOR=0.951;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=87;TCF=68;TCR=19;TR=50;WE=160803810;WS=160803792;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,81:0.59:138
chr1	160808413	rs111332135	G	A	754.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-0.566;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.108;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=21;PP=464;ReadPosRankSum=-0.452;SC=CTTAAAAAAGGTTCTAGAAAG;SOR=0.295;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=68;TCF=14;TCR=54;TR=28;WE=160808421;WS=160808403;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,36:0.44:81
chr1	160809003	rs6682654	G	A	608.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.809;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=20;PP=434;ReadPosRankSum=0.427;SC=TTGCTCATTTGGTTAACCTCC;SOR=0.461;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=47;TCF=6;TCR=41;TR=23;WE=160809011;WS=160808993;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,25:0.50:50
chr1	160849030	rs3766358	T	A	1950.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=45;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=39;NR=7;PP=1060;SC=CTCAACACACTCACACATACC;SOR=2.173;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=46;TCF=39;TCR=7;TR=46;WE=160849038;WS=160849020;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr1	160849060	rs3766359	G	A	3562.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=32;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=72;NR=13;PP=1989;SC=GGACAAACTCGACCTTACTCA;SOR=2.265;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=85;TCF=72;TCR=13;TR=85;WE=160849068;WS=160849050;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr1	160849082	rs3820094	A	G	4657.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=86;NR=30;PP=2193;SC=AGGTCCCTGCAGTCCCCACAG;SOR=1.596;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=116;TCF=86;TCR=30;TR=116;WE=160849090;WS=160849072;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,174:1.00:174
chr1	160849367	rs2274905	G	T	1682.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=2.823;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=8.571;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=48;PP=1350;ReadPosRankSum=0.074;SC=CTACATCCTGGCCTCAAACTT;SOR=5.136;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=52;TCF=3;TCR=49;TR=50;WE=160849375;WS=160849357;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,54:0.96:56
chr1	160850280	rs4656957	G	A	1698.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=39;NR=11;PP=1111;SC=AACATTACAGGAGAGAACCAA;SOR=2.342;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=52;TCF=40;TCR=12;TR=50;WE=160850288;WS=160850270;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr1	160850936	rs2236515	T	C	28901.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=1094;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=326;NR=301;PP=2965;SC=GCCAGCAGCCTTCTGTACCTG;SOR=0.746;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=627;TCF=326;TCR=301;TR=627;WE=160850944;WS=160850926;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,1090:1.00:1090
chr1	160851594	rs56380748	GAAAAAAA	G	1490.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.98;QD=42.59;SOR=2.649;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr1	160851619	rs10908808	A	G	2716.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.13;QD=36.22;SOR=1.874;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr1	160851826	rs2274907	A	T	7843.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.385;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=292;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=-0.635;NF=89;NR=112;PP=2965;ReadPosRankSum=0.120;SC=CTCTGGGTAGACTGCTTTGCT;SOR=0.889;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=203;TCF=90;TCR=113;TR=201;WE=160851834;WS=160851816;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,288:0.99:292
chr1	160851894	rs2274908	G	A	5978.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.214;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=91;NR=91;PP=2965;ReadPosRankSum=0.440;SC=TGTCATTCTCGTGCACGCTGG;SOR=0.238;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=183;TCF=91;TCR=92;TR=182;WE=160851902;WS=160851884;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,217:1.00:218
chr1	160852022	rs2274909	C	T	8184.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=1.016;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=319;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=-0.268;NF=73;NR=95;PP=2965;ReadPosRankSum=2.605;SC=CCAGAGCCTCCCTGTCTGAGA;SOR=0.843;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=171;TCF=74;TCR=97;TR=168;WE=160852030;WS=160852012;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,312:0.99:316
chr1	160852046	rs2274910	T	C	6579.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=246;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=55;NR=85;PP=2965;SC=GAGGGTTCATTTCAGCCCCAT;SOR=0.980;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=141;TCF=56;TCR=85;TR=140;WE=160852054;WS=160852036;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,243:1.00:243
chr1	160854526	rs2297559	G	A	1215.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=34;NR=2;PP=920;SC=TGCATCTCAAGGACATGCTCT;SOR=4.461;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=36;TCF=34;TCR=2;TR=36;WE=160854534;WS=160854516;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr1	160917902	rs1556519	T	C	1557.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.858;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.595;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=38;PP=1057;ReadPosRankSum=0.310;SC=AGTCCAGGGATTCCCTAAGCC;SOR=0.323;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=95;TCF=29;TCR=66;TR=59;WE=160917910;WS=160917892;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,65:0.62:104
chr1	160920809	rs3829790	A	G	20247.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=450;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.35;QD=45.40;SOR=0.846;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,446:1.00:446
chr1	160920813	rs790059	A	G	20309.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=467;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.32;QD=43.87;SOR=0.826;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,463:1.00:463
chr1	160920966	rs6680969	C	T	6696.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=248;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=106;NR=102;PP=2965;SC=GCACTTCCCACGCATGTCATT;SOR=0.744;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=208;TCF=106;TCR=102;TR=208;WE=160920974;WS=160920956;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,240:1.00:240
chr1	160921230	rs4656971	T	G	1650.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=45;PP=1292;SC=CATCTTGTGTTCTGCTCACCT;SOR=5.018;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=48;TCF=3;TCR=45;TR=48;WE=160921238;WS=160921220;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr1	160968609	rs41269993	G	A	3454.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=4.030;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.462;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=70;NR=46;PP=2262;ReadPosRankSum=1.127;SC=GCCAGAGTCCGGTAGCACCTG;SOR=0.481;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=166;TCF=104;TCR=62;TR=116;WE=160968617;WS=160968599;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,141:0.68:208
chr1	160969008	rs3831190	T	TG	2428.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-0.956;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.250;NF=17;NR=49;PP=2332;ReadPosRankSum=-0.853;SC=CAGGTATGGGTGGGGTAACAG;SOR=0.689;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=116;TCF=33;TCR=83;TR=66;WE=160969016;WS=160968998;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,89:0.66:134
chr1	160969110	rs2297222	T	C	3155.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.146;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=240;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.276;HP=4;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=43;PP=1858;ReadPosRankSum=0.347;SC=CCCATTCCCCTAGGCCCACTT;SOR=0.854;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=164;TCF=97;TCR=67;TR=109;WE=160969118;WS=160969100;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:92,143:0.61:235
chr1	160969585	rs790056	C	T	7004.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-2.604;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=626;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.103;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=121;NR=90;PP=2962;ReadPosRankSum=1.811;SC=TCACTCACGGCACCTACAGTA;SOR=0.818;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=366;TCF=204;TCR=162;TR=211;WE=160969593;WS=160969575;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:283,337:0.54:620
chr1	160969930	rs869985	A	C	2050.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.478;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.686;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=25;PP=1115;ReadPosRankSum=1.079;SC=ACCACCCCATACATACCAGCT;SOR=0.578;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=91;TCF=52;TCR=39;TR=55;WE=160969938;WS=160969920;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,86:0.66:131
chr1	160970968	rs2297221	G	A	1067.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.907;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.200;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=25;PP=703;ReadPosRankSum=-0.267;SC=GCAAATACACGAGATGGGGAA;SOR=1.194;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=63;TCF=26;TCR=37;TR=38;WE=160970976;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,45:0.59:76
chr1	160971015	rs2297220	G	C	831.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.239;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.899;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=15;PP=587;ReadPosRankSum=1.182;SC=GTGCTCTCTAGATCCCCAGGC;SOR=0.582;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=61;TCF=33;TCR=28;TR=31;WE=160971023;WS=160971005;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,35:0.51:68
chr1	160971146	rs790055	A	G	3324.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.263;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FS=2.842;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=21.31;ReadPosRankSum=1.037;SOR=0.894;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:69,87:0.56:156
chr1	160971155	rs2297219	G	C	3348.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.476;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FS=2.906;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=21.75;ReadPosRankSum=1.500;SOR=0.690;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:67,87:0.56:154
chr1	160990906	rs2481085	G	A	7838.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.172;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=535;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=90;NR=146;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.904;SC=AGGACTCCTGGGAACAGACAC;SOR=0.669;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=369;TCF=141;TCR=228;TR=236;WE=160990914;WS=160990896;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:184,346:0.65:530
chr1	161008535	rs10908821	C	G	2433.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.594;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=437;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=46;PP=1224;ReadPosRankSum=-0.219;SC=ATCCCCTCACCTGGCAGCGCC;SOR=0.742;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=297;TCF=170;TCR=127;TR=108;WE=161008543;WS=161008525;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:287,143:0.33:430
chr1	161010762	rs2073658	C	T	621.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.330;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.424;HP=2;HapScore=4;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=16;PP=841;ReadPosRankSum=0.049;SC=ATTAGGACCACTTATGGTAGC;SOR=0.425;SbPval=0.22;Source=Platypus;TC=38;TCF=9;TCR=29;TR=24;WE=161010782;WS=161010752;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,28:0.53:53
chr1	161010774	rs2516841	A	G	530.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.112;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=15;PP=842;ReadPosRankSum=1.425;SC=TATGGTAGCTAGGTGTGGTGT;SOR=0.565;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=30;TCF=7;TCR=23;TR=21;WE=161010782;WS=161010752;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,24:0.59:41
chr1	161010791	rs2073657	C	T	387.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.468;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5006;FS=1.893;HP=1;HapScore=2;MGOF=29;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=12;PP=262;ReadPosRankSum=1.423;SC=GTGTCTCACACCTGTAATCCC;SOR=1.387;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=5;TCR=15;TR=16;WE=161010799;WS=161010781;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,17:0.71:24
chr1	161011716	rs2774276	G	C	1397.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=3.217;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.597;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=29;PP=996;ReadPosRankSum=-0.746;SC=GCTTCTATCCGTTGGGGTGGT;SOR=0.421;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=92;TCF=37;TCR=55;TR=50;WE=161011724;WS=161011706;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,56:0.52:108
chr1	161011736	rs144100508	GGA	G	157.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.123;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FS=5.023;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.50;ReadPosRankSum=0.613;SOR=1.126;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:52,11:0.17:63
chr1	161012590	rs2073655	G	A	2469.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.179;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.927;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=38;PP=1459;ReadPosRankSum=0.100;SC=GCCATGATGGGTTCTTAGTCT;SOR=0.446;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=114;TCF=62;TCR=52;TR=79;WE=161012598;WS=161012580;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,104:0.66:158
chr1	161013121	rs2516839	C	T	2504.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-2.357;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.168;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=53;PP=1183;ReadPosRankSum=-0.511;SC=GTCTTTGTATCTCCTGATTCA;SOR=0.591;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=137;TCF=46;TCR=91;TR=80;WE=161013129;WS=161013111;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,118:0.60:197
chr1	161019040	rs3813609	G	C	10475.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-3.095;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=783;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.536;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=160;NR=163;PP=2962;ReadPosRankSum=0.977;SC=GCGGAGTCCAGGGAACAGCAG;SOR=0.632;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=514;TCF=248;TCR=266;TR=323;WE=161019048;WS=161019030;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:293,478:0.62:771
chr1	161022380	rs4396136	G	A	3536.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=3.197;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=299;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.996;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=74;PP=2095;ReadPosRankSum=0.540;SC=CATGAAGGTCGGTGCAGGGGA;SOR=0.845;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=212;TCF=75;TCR=137;TR=110;WE=161022388;WS=161022370;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:138,156:0.53:294
chr1	161022639	rs3813610	C	G	108.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-3.067;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.424;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=3;PP=37;ReadPosRankSum=0.494;SC=AGAGAGGGACCTCAGGCACCC;SOR=0.074;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=4;WE=161022647;WS=161022629;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,6:0.55:11
chr1	161023252	.	T	TTC	120.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.674;ClippingRankSum=-0.000;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=13.41;ReadPosRankSum=-0.210;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,5:0.56:9
chr1	161043735	rs4656285	A	C	690.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-2.264;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.116;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=19;PP=459;ReadPosRankSum=-0.040;SC=GGTGGCAGTGAGGCTGAAGAG;SOR=0.458;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=52;TCF=15;TCR=37;TR=28;WE=161043743;WS=161043725;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,31:0.53:58
chr1	161043764	rs4656978	G	A	709.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.566;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.728;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=12;PP=477;ReadPosRankSum=-1.003;SC=TGCTGTGTGCGTGTGCATACT;SOR=0.132;SbPval=0.21;Source=Platypus;TC=42;TCF=16;TCR=26;TR=24;WE=161043772;WS=161043754;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,28:0.58:48
chr1	161047125	rs60601836	CTATA	C	709.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=2.143;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.323;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.948;NF=13;NR=2;PP=743;ReadPosRankSum=-0.441;SC=CTGTCACATACTATATATAGC;SOR=1.981;SbPval=0.92;Source=Platypus;TC=30;TCF=22;TCR=8;TR=15;WE=161047136;WS=161047118;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,19:0.56:34
chr1	161047220	rs11265548	T	C	1233.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.124;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.808;NF=28;NR=16;PP=594;ReadPosRankSum=-0.237;SC=TGGGCCTCCCTACCCAAGCAT;SOR=0.686;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=109;TCF=68;TCR=41;TR=44;WE=161047228;WS=161047210;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:98,66:0.40:164
chr1	161049358	rs3820097	G	A	10495.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.982;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=400;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=138;NR=98;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.363;SC=GGCTCAGACCGTACCCAGAGA;SOR=0.914;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=238;TCF=139;TCR=99;TR=236;WE=161049366;WS=161049348;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,398:1.00:400
chr1	161058927	rs41270009	T	C	2204.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.168;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.728;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=29;PP=872;ReadPosRankSum=-0.103;SC=TGCGTGCGTGTGTGTCTATGT;SOR=0.492;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=132;TCF=81;TCR=51;TR=67;WE=161058935;WS=161058917;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:114,113:0.50:227
chr1	161140388	rs41270029	C	G	1728.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.048;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=314;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.061;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=42;PP=1011;ReadPosRankSum=0.420;SC=CCAGACTGATCAGTGCTATAT;SOR=0.952;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=211;TCF=99;TCR=112;TR=71;WE=161140396;WS=161140378;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:213,98:0.32:311
chr1	161160872	rs34884997	T	C	564.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.100;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=32;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=2;PP=274;ReadPosRankSum=-0.068;SC=GCTCTCTCTTTCTCCCAGCTA;SOR=1.002;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=37;TCF=32;TCR=5;TR=16;WE=161160880;WS=161160862;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,23:0.50:46
chr1	161162173	rs7512012	G	A	328.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=1.265;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.854;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=13;PP=268;ReadPosRankSum=0.118;SC=GGTGAGTGCCGGCCACCATGT;SOR=0.105;SbPval=0.2;Source=Platypus;TC=36;TCF=2;TCR=34;TR=15;WE=161162181;WS=161162163;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,14:0.41:34
chr1	161163037	rs4233367	T	C	1261.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-3.212;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.480;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=21;PP=496;ReadPosRankSum=-0.533;SC=GCCCAGTGCCTGGGCCTGGCA;SOR=0.268;SbPval=0.26;Source=Platypus;TC=106;TCF=65;TCR=41;TR=45;WE=161163045;WS=161163027;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,65:0.45:143
chr1	161163633	rs3813622	C	T	3870.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.245;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=594;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=67;NR=77;PP=1743;ReadPosRankSum=-2.241;SC=AGGCACAGAACGGAAGTGGGG;SOR=0.720;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=396;TCF=186;TCR=210;TR=144;WE=161163641;WS=161163623;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:372,218:0.37:590
chr1	161166723	rs35630547	G	T	410.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.512;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.147;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=11;PP=258;ReadPosRankSum=-0.108;SC=AGACCCATGGGTCGGTCGATT;SOR=0.938;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=37;TCF=10;TCR=27;TR=14;WE=161166731;WS=161166713;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,21:0.40:53
chr1	161167698	rs4589131	T	G	439.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=0.745;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.807;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=4;PP=282;ReadPosRankSum=0.342;SC=GCCAGAAGTGTAAGTGGGTGG;SOR=0.331;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=55;TCF=44;TCR=11;TR=19;WE=161167706;WS=161167688;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,22:0.37:59
chr1	161176137	rs4656993	A	G	1167.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.986;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=12;PP=562;ReadPosRankSum=1.631;SC=ACTCCTTGCTATCTTTTGGGG;SOR=0.637;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=112;TCF=77;TCR=35;TR=39;WE=161176145;WS=161176127;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:97,59:0.38:156
chr1	161179877	rs4656994	G	A	1468.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-1.148;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.943;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=16;PP=786;ReadPosRankSum=0.966;SC=GCCACATTCAGTAGCACTTCC;SOR=0.864;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=136;TCF=87;TCR=49;TR=50;WE=161179885;WS=161179867;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:106,71:0.40:177
chr1	161183516	rs1136207	C	T	1925.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.019;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=298;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.057;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=29;PP=902;ReadPosRankSum=-0.271;SC=CTGGTTTTGCCCATCTGGTAA;SOR=0.563;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=190;TCF=120;TCR=70;TR=70;WE=161183524;WS=161183506;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:190,106:0.36:296
chr1	161184059	.	C	CTGTGTG	617.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=1.589;ClippingRankSum=0.000;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.003;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=28;PP=779;ReadPosRankSum=0.461;SC=AAATTGGCCTCTGTGTGTGTG;SOR=1.888;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=83;TCF=1;TCR=82;TR=28;WE=161184070;WS=161184049;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,22:0.44:50
chr1	161191296	rs113024931	T	C	516.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.61;BaseQRankSum=2.685;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.943;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=5;PP=250;ReadPosRankSum=0.785;SC=CAAACTCAAGTCTTTTATTGT;SOR=0.833;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=46;TCF=32;TCR=14;TR=16;WE=161191304;WS=161191286;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,26:0.36:73
chr1	161191450	.	CTTTTTTT	C	2432.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.860;ClippingRankSum=0.000;DP=94;ExcessHet=3.0103;FS=5.153;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=31.19;ReadPosRankSum=-0.351;SOR=0.857;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:4,74:0.95:78
chr1	161191462	.	T	C	2437.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.387;ClippingRankSum=0.000;DP=80;ExcessHet=3.0103;FS=5.153;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=31.25;ReadPosRankSum=1.712;SOR=0.857;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:4,74:0.95:78
chr1	161191522	rs685	A	G	1074.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=32;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=18;PP=551;SC=GTGCAGTGGCACGATGTCAGC;SOR=2.584;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=24;TCF=6;TCR=18;TR=24;WE=161191530;WS=161191512;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr1	161192845	.	CCACACACACACACA	C,CCA	13262.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.46;DP=518;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=21;NF=15,15;NR=170,170;PP=2997,845;SC=AAGCTCCTGCCCACACACACA;SOR=1.733;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=232;TCF=21;TCR=211;TR=185,185;WE=161192870;WS=161192833;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.24,0.76:346
chr1	161196166	rs3813628	A	C	1744.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=29.08;SOR=3.334;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr1	161200487	rs4073054	C	A	2000.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=51;NR=8;PP=1466;SC=CTAGACCCCACGATACCTGAA;SOR=3.511;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=59;TCF=51;TCR=8;TR=59;WE=161200495;WS=161200484;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr1	161200586	rs2307418	T	G	10173.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=396;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=159;NR=102;PP=2965;SC=CTCCAAGCCCTCAGTGTCCCA;SOR=1.003;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=261;TCF=159;TCR=102;TR=261;WE=161200594;WS=161200576;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,389:1.00:389
chr1	161201297	.	A	AT	95.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.529;ClippingRankSum=0.000;DP=74;ExcessHet=3.0103;FS=2.969;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.81;ReadPosRankSum=-0.903;SOR=0.304;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:40,13:0.25:53
chr1	161201350	rs11265567	G	T	1141.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.91;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr1	161201350	.	GCG	TCA	515	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;FR=1.0000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MMLQ=28;MQ=60.0;NF=7;NR=18;PP=515;QD=22.7387149945;SC=GAGTGCAGTGGCGTGATCTCT;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=7;TCR=18;TR=25;WE=161201360;WS=161201340;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr1	161201352	rs11265568	G	A	1141.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.91;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr1	161202605	rs2307424	G	A	6017.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=71;NR=66;PP=2715;SC=ACCGGAAGACGGGCAGGTCCT;SOR=0.711;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=137;TCF=71;TCR=66;TR=137;WE=161202613;WS=161202595;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,228:1.00:228
chr1	161205050	rs7414014	T	C	35.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=11.76;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr1	161208254	.	AAG	A	61.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.390;ClippingRankSum=0.000;DP=155;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.46;ReadPosRankSum=0.720;SOR=0.724;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:116,17:0.13:133
chr1	161208926	.	A	ATT	71.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.480;ClippingRankSum=-0.000;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=5.98;ReadPosRankSum=1.443;SOR=0.754;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,7:0.58:12
chr1	161208928	rs28689882	A	T	562.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=29.62;SOR=0.793;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr1	161228800	rs4078110	C	T	2710.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=13;NR=63;PP=1723;SC=CCGGCGCTGTCGGCAGGGCTG;SOR=2.737;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=76;TCF=13;TCR=63;TR=76;WE=161228808;WS=161228790;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr1	161276434	rs6674383	A	G	2454.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=30;NR=40;PP=1714;SC=CCCCCAACCTATCAGTCCTCC;SOR=0.902;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=70;TCF=30;TCR=40;TR=70;WE=161276442;WS=161276424;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr1	161309335	.	A	AT	174.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.238;ClippingRankSum=0.000;DP=326;ExcessHet=3.0103;FS=6.068;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.59;ReadPosRankSum=0.931;SOR=1.192;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:246,49:0.17:295
chr1	161332091	rs34744926	CT	C	93.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.163;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.35;MQRankSum=2.596;QD=1.54;ReadPosRankSum=-0.496;SOR=0.627;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:42,19:0.31:61
chr1	161479745	rs1801274	A	G	4267.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.052;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=611;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.537;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-2.513;NF=77;NR=62;PP=1917;ReadPosRankSum=0.459;SC=AAATTCTCCCATTTGGATCCC;SOR=0.762;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=361;TCF=197;TCR=164;TR=139;WE=161479753;WS=161479735;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:368,234:0.39:602
chr1	161495477	rs72633678	A	T	14561.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.842;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=533;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=-0.416;NF=199;NR=190;PP=2965;ReadPosRankSum=1.574;SC=GGGGCTCCACACGCATCCCCA;SOR=0.247;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=392;TCF=199;TCR=193;TR=389;WE=161495485;WS=161495467;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,532:1.00:533
chr1	161495885	rs404508	T	C	14337.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.591;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=536;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=3.391;NF=166;NR=168;PP=2965;ReadPosRankSum=2.285;SC=TAGAGGTGACTTTTGACATTG;SOR=0.466;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=337;TCF=167;TCR=170;TR=334;WE=161495893;WS=161495875;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:5,526:0.99:531
chr1	161518172	rs147342954	C	T	904.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.967;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FS=3.659;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=44.07;MQRankSum=-1.767;QD=10.05;ReadPosRankSum=0.532;SOR=0.347;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:53,37:0.41:90
chr1	161559327	rs3933769	A	G	7632.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=297;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=126;NR=68;PP=2965;SC=TCTTCCTCACACTACCTCCTC;SOR=1.230;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=194;TCF=126;TCR=68;TR=194;WE=161559335;WS=161559317;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,292:1.00:292
chr1	161561151	rs74341264	G	A	5155.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.62;BaseQRankSum=0.031;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=394;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.781;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=-0.071;NF=95;NR=100;PP=2719;ReadPosRankSum=1.818;SC=TAGGCTACACGCTGTACTCAT;SOR=0.650;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=304;TCF=155;TCR=149;TR=195;WE=161561159;WS=161561141;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:146,248:0.63:394
chr1	161561236	rs143998157	C	T	1875.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.921;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=241;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.496;HP=3;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.773;NF=21;NR=48;PP=1042;ReadPosRankSum=-0.200;SC=AGGGGATGGACAAGGGCTGAG;SOR=0.648;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=177;TCF=54;TCR=123;TR=69;WE=161561244;WS=161561226;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:144,97:0.40:241
chr1	161561287	rs151302833	A	G	2106.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.667;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FS=3.100;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=46.60;MQRankSum=-2.172;QD=28.47;ReadPosRankSum=-0.035;SOR=1.997;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,72:0.97:74
chr1	161565324	rs61801822	C	T	8318.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=275;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=170;NR=77;PP=2965;SC=CTGGCTAATCCTTTTCTTTTT;SOR=1.780;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=256;TCF=170;TCR=86;TR=247;WE=161565332;WS=161565314;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,275:1.00:275
chr1	161565408	rs114010589	T	C	9345.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=3.392;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=878;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.522;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-15.826;NF=161;NR=123;PP=2962;ReadPosRankSum=4.069;SC=TCTCCTTTTCTTCCTGCCTTG;SOR=0.798;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=545;TCF=291;TCR=254;TR=284;WE=161565416;WS=161565398;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:430,447:0.51:877
chr1	161565479	rs111504845	G	A	8119.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-2.332;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=618;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-12.045;NF=114;NR=161;PP=2962;ReadPosRankSum=1.238;SC=AATGGAGACTGGGCCTGAAAA;SOR=0.643;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=440;TCF=180;TCR=260;TR=275;WE=161565487;WS=161565469;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:241,377:0.61:618
chr1	161565604	rs147165343	G	A	1049.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=4.599;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-2.825;NF=3;NR=32;PP=808;ReadPosRankSum=-0.287;SC=TACTTAACTTGGATCATTTCT;SOR=0.686;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=59;TCF=5;TCR=54;TR=35;WE=161565612;WS=161565594;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,39:0.56:70
chr1	161576227	rs145679054	C	G	159.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.380;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=45.77;MQRankSum=-0.558;QD=7.26;ReadPosRankSum=-0.136;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,9:0.41:22
chr1	161577204	rs200837054	G	T	4666.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.228;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=370;ExcessHet=3.0103;FS=4.855;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.56;MQRankSum=3.082;QD=12.79;ReadPosRankSum=-1.795;SOR=0.953;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:160,205:0.56:365
chr1	161577657	rs61802306	G	A	2604.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.734;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=339;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.861;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-7.324;NF=47;NR=61;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.977;SC=CGAGCAGTACGGGGCTGAGGA;SOR=0.819;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=270;TCF=122;TCR=148;TR=108;WE=161577677;WS=161577647;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:208,127:0.38:335
chr1	161577669	rs61802307	G	A	2237.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.156;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=317;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.975;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-6.680;NF=43;NR=58;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.001;SC=GGCTGAGGATGAGGCCCAGAG;SOR=0.820;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=260;TCF=114;TCR=146;TR=101;WE=161577677;WS=161577647;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:201,110:0.35:311
chr1	161594226	rs61803008	C	T	4333.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=87;NR=30;PP=2497;SC=CTCTTATTACCCCCATGGGAT;SOR=1.752;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=118;TCF=87;TCR=31;TR=117;WE=161594234;WS=161594216;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,154:1.00:154
chr1	161594246	rs61803009	G	T	5183.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=98;NR=43;PP=2932;SC=TGGGGGTCATGTGTCTTGAGG;SOR=1.485;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=142;TCF=99;TCR=43;TR=141;WE=161594254;WS=161594236;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,186:1.00:186
chr1	161594525	rs61803010	GT	CG	3297.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=63;PP=2947;SC=TCTTTGACAAGTGCCAACAGG;SOR=4.091;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=72;TCF=7;TCR=65;TR=69;WE=161594534;WS=161594515;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr1	161596283	rs418215	G	A	2346.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=12;NR=71;PP=2021;SC=AGATCCTGAGGCATAAGGGAA;SOR=3.174;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=83;TCF=12;TCR=71;TR=83;WE=161596291;WS=161596273;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr1	161599693	rs76714703	T	C	6844.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=264;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=47.64;QD=27.38;SOR=1.220;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,250:1.00:250
chr1	161600287	rs143868437	AT	A	681.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.282;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-4.024;NF=1;NR=22;PP=755;ReadPosRankSum=1.228;SC=CAGGAGCCCAATTTTCCCAAG;SOR=0.639;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=35;TCF=1;TCR=34;TR=23;WE=161600295;WS=161600277;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,29:0.73:40
chr1	161601118	rs61803026	G	C	621.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=3.156;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.052;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=22;PP=412;ReadPosRankSum=1.294;SC=GTGGGTGGGTGTGCCCCCTTT;SOR=0.837;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=80;TCF=12;TCR=68;TR=25;WE=161601126;WS=161601108;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,30:0.32:95
chr1	161601133	rs61803027	T	C	2209.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=54;PP=1575;SC=CCCTTTACTCTCCCAAAGGTC;SOR=3.675;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=58;TCF=4;TCR=54;TR=58;WE=161601141;WS=161601123;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr1	161641384	rs6665610	G	A	2484.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.522;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FS=1.217;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=45.85;MQRankSum=-2.270;QD=13.50;ReadPosRankSum=-0.079;SOR=0.837;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:77,107:0.58:184
chr1	161643327	.	C	G	357	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MMLQ=24;MQ=44.8;NF=9;NR=17;PP=357;QD=15.0681235595;SC=CTGGGCATTCCTAAGAACTGA;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=70;TCF=27;TCR=43;TR=26;WE=161643335;WS=161643317;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:44,26:0.37:70
chr1	161643663	rs112422693	C	T	187.88	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.660;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.55;MQRankSum=-0.689;QD=17.08;ReadPosRankSum=-1.097;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,9:0.82:11
chr1	161645259	rs1674759	T	G	279.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=5;PP=115;SC=GGTCAGCTCTTAGTCTAACTC;SOR=1.085;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=3;TCR=5;TR=8;WE=161645267;WS=161645249;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr1	161676904	rs1340977	T	C	353.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=2;PP=247;SC=CAAATCTGAATGATGAAAGCC;SOR=2.833;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=10;TCR=2;TR=12;WE=161676912;WS=161676894;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr1	161676970	rs1340978	A	G	1441.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=25;NR=15;PP=769;SC=GAGACAGTTAAATTTACTTCC;SOR=1.118;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=25;TCR=15;TR=40;WE=161676978;WS=161676960;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr1	161680258	rs6427618	G	A	4114.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.769;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=375;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.221;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=65;PP=2034;ReadPosRankSum=0.873;SC=CTGGTTTCCCGTACCAGCAGC;SOR=0.648;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=219;TCF=107;TCR=112;TR=130;WE=161680266;WS=161680248;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:171,197:0.54:368
chr1	161680413	rs112039702	GA	G	440.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.517;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FS=4.067;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.10;MQRankSum=1.284;QD=4.59;ReadPosRankSum=1.374;SOR=0.380;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:59,37:0.39:96
chr1	161680432	rs17405152	A	G	842.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.801;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.211;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=20;PP=529;ReadPosRankSum=1.319;SC=AAAGGTTTTGATGTCTTACTA;SOR=0.323;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=81;TCF=29;TCR=52;TR=34;WE=161680440;WS=161680422;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,41:0.40:102
chr1	161680518	rs61801161	T	A	1164.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-1.094;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.446;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=16;PP=417;ReadPosRankSum=-0.732;SC=CATCATCATTTTCTGGTTCTC;SOR=0.809;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=68;TCF=32;TCR=36;TR=27;WE=161680526;WS=161680508;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,58:0.48:121
chr1	161681848	rs4301614	C	T	1969.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.325;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=349;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.494;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=38;PP=1000;ReadPosRankSum=0.474;SC=TCCTCTTCTCCTTCTACAAGG;SOR=0.562;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=236;TCF=100;TCR=136;TR=73;WE=161681856;WS=161681838;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:233,111:0.32:344
chr1	161695639	rs7520519	G	T	6946.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=257;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=110;NR=64;PP=2965;SC=TGCCCTATGCGCCAGTGTTCG;SOR=1.147;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=174;TCF=110;TCR=64;TR=174;WE=161695647;WS=161695629;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,252:1.00:252
chr1	161696088	rs1417582	T	C	14101.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=519;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=179;NR=162;PP=2965;SC=CCGACGCACATCCTGGCTTCT;SOR=0.782;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=341;TCF=179;TCR=162;TR=341;WE=161696096;WS=161696078;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,516:1.00:516
chr1	161697319	rs34868416	G	A	7433.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-2.344;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=574;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.130;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=93;NR=141;PP=2962;ReadPosRankSum=0.042;SC=CTGCTCAAAGGCCTTCTGAGC;SOR=0.844;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=392;TCF=166;TCR=226;TR=234;WE=161697327;WS=161697309;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:230,337:0.59:567
chr1	161697547	rs12044611	T	C	1590.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.320;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=42;PP=684;ReadPosRankSum=-0.457;SC=TTTGCATCCTTGTGTTTTGCT;SOR=0.660;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=147;TCF=45;TCR=102;TR=60;WE=161697555;WS=161697537;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:129,88:0.41:217
chr1	161721351	rs7540096	A	G	488.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=1.896;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.246;NF=12;NR=2;PP=227;ReadPosRankSum=0.448;SC=TTGAGAAGCAAAAATGAAGTG;SOR=0.685;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=41;TCF=34;TCR=7;TR=14;WE=161721359;WS=161721341;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,20:0.41:49
chr1	161721403	rs200382520	T	TG	285.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.107;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FS=3.019;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.19;MQRankSum=0.000;QD=2.55;ReadPosRankSum=2.097;SOR=1.123;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:80,32:0.29:112
chr1	161722272	rs10917852	C	A	1238.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.614;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.760;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=20;PP=490;ReadPosRankSum=1.862;SC=ATTTTATATCCTTTGGATATT;SOR=0.713;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=58;TCF=28;TCR=30;TR=37;WE=161722280;WS=161722262;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,62:0.61:101
chr1	161722779	rs35439833	C	CAA,CAAA	2217.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.653;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FS=13.559;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.13;MQRankSum=0.279;QD=29.18;ReadPosRankSum=-0.536;SOR=2.780;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:2,34,40:0.45,0.53:76
chr1	161722805	rs17415408	T	G	1270.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.400;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.135;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.373;NF=36;NR=12;PP=809;ReadPosRankSum=2.148;SC=ACCGCACATTTCATCCATGTT;SOR=0.477;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=130;TCF=100;TCR=30;TR=48;WE=161722813;WS=161722795;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:103,62:0.38:165
chr1	161736035	rs2298019	A	G	2912.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=51;NR=22;PP=1578;SC=TCGTGCGGCAAAAGTAGTTTG;SOR=1.413;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=73;TCF=51;TCR=22;TR=73;WE=161736043;WS=161736025;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr1	161751741	rs1058405	A	G	4473.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.650;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=57;PP=2020;ReadPosRankSum=-0.872;SC=TTTGGATTTGATGCCTTGGGA;SOR=0.752;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=111;TCF=53;TCR=58;TR=109;WE=161751749;WS=161751731;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,173:0.99:175
chr1	161790714	.	AT	A	45.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.654;ClippingRankSum=0.000;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=4.876;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.47;MQRankSum=1.373;QD=2.18;ReadPosRankSum=-1.124;SOR=0.132;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,8:0.38:21
chr1	161822959	rs2340717	C	T	1032.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=23;NR=7;PP=645;SC=GGTGAAACATCCATTTCTATG;SOR=2.179;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=23;TCR=7;TR=30;WE=161822967;WS=161822949;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr1	161823011	rs2257107	T	A	2411.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=28.04;SOR=1.477;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr1	161823197	rs3215134	G	GT	8541.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=281;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=11;NR=95;PP=2936;SC=TCCCTAGAAGGTTGGTAAACT;SOR=0.923;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=112;TCF=11;TCR=101;TR=106;WE=161823205;WS=161823187;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,268:1.00:268
chr1	161928327	rs9482	A	G	6975.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=278;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=87;NR=87;PP=2965;SC=AAAGTTCGTCAGTTCCTCCTT;SOR=0.693;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=175;TCF=88;TCR=87;TR=174;WE=161928335;WS=161928317;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,274:1.00:274
chr1	161954448	rs12726227	C	T	329.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=1.397;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=1;PP=201;ReadPosRankSum=-0.607;SC=GAAGGGGGACCGCTCTCCAAG;SOR=0.560;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=20;TCF=18;TCR=2;TR=11;WE=161954456;WS=161954438;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,14:0.58:24
chr1	161967515	rs201490367	CT	C	134.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.356;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=0;PP=242;ReadPosRankSum=-0.708;SC=CCATAAAGAACTTTGACCATC;SOR=1.096;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=25;TCF=23;TCR=2;TR=9;WE=161967523;WS=161967505;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,7:0.28:25
chr1	161967681	rs2499836	A	G	2527.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=1.615;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=358;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=42;PP=1181;ReadPosRankSum=-0.056;SC=GTTGTTCCCCACCCAGCAGGA;SOR=0.685;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=193;TCF=98;TCR=95;TR=84;WE=161967689;WS=161967671;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:218,138:0.39:356
chr1	161969986	rs4656343	G	A	4014.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-2.321;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=287;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.525;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=68;PP=1918;ReadPosRankSum=-0.590;SC=CTGGGAGGCCGGCCGGCCTCT;SOR=0.586;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=200;TCF=86;TCR=114;TR=120;WE=161969994;WS=161969976;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:96,182:0.65:278
chr1	161976234	rs12022536	A	G	6863.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.495;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=271;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.130;NF=100;NR=86;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.227;SC=TGATTTGTTCATTTTCCTTGG;SOR=0.272;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=187;TCF=100;TCR=87;TR=186;WE=161976242;WS=161976224;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,269:1.00:270
chr1	161976272	rs34863451	G	GA	4689.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.528;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=313;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.657;NF=23;NR=79;PP=1179;ReadPosRankSum=0.067;SC=TCCTGAGAAGGAAAAAAAAAA;SOR=0.705;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=130;TCF=30;TCR=100;TR=102;WE=161976280;WS=161976262;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:30,243:0.89:273
chr1	162302635	rs347306	T	C	1281.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.364;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.909;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=12;PP=811;ReadPosRankSum=0.233;SC=TTGTGGAATCTGTTGAAAGTG;SOR=0.527;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=74;TCF=57;TCR=17;TR=48;WE=162302643;WS=162302625;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,55:0.62:89
chr1	162302689	rs347307	C	T	3562.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.426;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=265;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.252;HP=4;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=76;NR=39;PP=1944;ReadPosRankSum=0.579;SC=AGAAGACTTTCTGTAATAACT;SOR=0.871;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=165;TCF=107;TCR=58;TR=115;WE=162302697;WS=162302679;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:94,158:0.63:252
chr1	162313518	rs3751285	A	G	2148.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=2.505;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=307;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.071;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=25;PP=1349;ReadPosRankSum=1.459;SC=GCATATCTGAACAACTTTAGA;SOR=0.852;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=217;TCF=147;TCR=70;TR=83;WE=162313526;WS=162313508;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:195,109:0.36:304
chr1	162313597	rs347278	T	C	17755.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=688;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=202;NR=168;PP=2965;SC=TCCTCACCCATCCTGTTCTTC;SOR=0.798;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=370;TCF=202;TCR=168;TR=370;WE=162313605;WS=162313587;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,682:1.00:682
chr1	162313735	rs3751284	C	T	3086.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.079;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=413;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.802;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=67;PP=1389;ReadPosRankSum=-0.448;SC=ATGGAGAGAGCGAGAGGAACA;SOR=0.857;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=274;TCF=110;TCR=164;TR=105;WE=162313743;WS=162313725;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:245,163:0.40:408
chr1	162335424	rs1964052	T	C	961.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=22;PP=635;SC=GTCACTTTCCTTAAGTTTTTG;SOR=2.985;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=23;TCF=1;TCR=22;TR=23;WE=162335432;WS=162335414;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr1	162343774	rs7512126	A	G	4163.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.041;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=347;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.837;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=88;NR=57;PP=2090;ReadPosRankSum=-0.298;SC=TGGGAAGGACAGCAGGCTGTG;SOR=0.747;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=248;TCF=149;TCR=99;TR=145;WE=162343782;WS=162343764;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:141,201:0.59:342
chr1	162344102	rs2282397	C	T	6106.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.053;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=480;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.531;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=99;NR=94;PP=2962;ReadPosRankSum=0.972;SC=CTGGGTGCCACCTGGAAGCCA;SOR=0.702;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=314;TCF=159;TCR=155;TR=193;WE=162344110;WS=162344092;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:190,282:0.60:472
chr1	162344390	rs164159	A	G	6953.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=259;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=67;NR=132;PP=2965;SC=CGTGCTGGGTATCCCCCAAGC;SOR=1.351;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=199;TCF=67;TCR=132;TR=199;WE=162344398;WS=162344380;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,251:1.00:251
chr1	162345091	rs164181	G	A	2470.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=39;NR=17;PP=1118;SC=TGGTGAGAGCGCTGTGTTCTG;SOR=1.280;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=56;TCF=39;TCR=17;TR=56;WE=162345099;WS=162345081;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr1	162345294	rs3737312	G	T	1045.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.094;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.440;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=25;PP=507;ReadPosRankSum=-0.704;SC=GTACTTCAAGGCATCTCAACG;SOR=0.833;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=89;TCF=32;TCR=57;TR=37;WE=162345302;WS=162345284;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,54:0.43:125
chr1	162346433	rs150155141	CA	C	3154.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.632;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=313;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.181;HP=8;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=1.665;NF=25;NR=56;PP=1466;ReadPosRankSum=-0.782;SC=TTAAAAGCTTCAAAAAAAACC;SOR=0.782;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=140;TCF=40;TCR=100;TR=81;WE=162346441;WS=162346423;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:121,177:0.59:298
chr1	162348662	rs164188	C	T	801.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=21;NR=4;PP=610;SC=CACCACTCCTCGTAGCAGGTC;SOR=2.387;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=27;TCF=22;TCR=5;TR=25;WE=162348670;WS=162348652;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr1	162351586	rs901662	G	A	1171.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-2.602;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.110;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=11;PP=610;ReadPosRankSum=-0.326;SC=GGAAGTTACAGGTTTTGGGTG;SOR=0.532;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=131;TCF=101;TCR=30;TR=42;WE=162351594;WS=162351576;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:124,63:0.34:187
chr1	162352941	rs11806859	G	A	2619.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.979;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=385;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.396;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=40;PP=1465;ReadPosRankSum=-0.348;SC=TGTCCTTAAGGCATGTGTGTT;SOR=0.660;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=269;TCF=169;TCR=100;TR=105;WE=162352949;WS=162352931;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:231,138:0.37:369
chr1	162367071	rs17852003	C	T	8780.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.301;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=673;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=138;NR=106;PP=2962;ReadPosRankSum=0.382;SC=GCCTTATCTTCAAGGCAAGAC;SOR=0.723;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=418;TCF=232;TCR=186;TR=244;WE=162367079;WS=162367061;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:266,402:0.60:668
chr1	162367235	rs164124	G	A	2144.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-2.209;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=271;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.749;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=63;PP=1300;ReadPosRankSum=-1.474;SC=CCTGAAAGTTGTATCTTTAAA;SOR=0.497;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=218;TCF=62;TCR=156;TR=93;WE=162367243;WS=162367225;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:156,108:0.41:264
chr1	162560360	.	TTC	T	347.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.342;ClippingRankSum=0.000;DP=279;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.04;MQRankSum=2.034;QD=1.69;ReadPosRankSum=1.749;SOR=0.673;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:170,36:0.17:206
chr1	162722846	rs1632311	C	G	2097.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=35;NR=14;PP=1100;SC=AAAAATAAAACCATGTCCTCT;SOR=1.402;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=49;TCF=35;TCR=14;TR=49;WE=162722854;WS=162722836;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr1	162725655	rs1115570	A	C	847.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=21;PP=508;SC=TCAACCAATCAGTATTTATTT;SOR=2.235;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=4;TCR=21;TR=25;WE=162725663;WS=162725645;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr1	162740327	rs1780003	T	C	16095.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=620;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=182;NR=228;PP=2965;SC=GTGGGCAGGGTGTCAAGGGAG;SOR=0.887;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=410;TCF=182;TCR=228;TR=410;WE=162740335;WS=162740317;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,606:1.00:606
chr1	162742180	rs1704762	T	C	1302.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=32;PP=905;SC=CCTCTGGATTTCAGTATTGGG;SOR=2.303;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=41;TCF=9;TCR=32;TR=41;WE=162742188;WS=162742170;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr1	162743418	rs1355287	G	T	3017.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=29;NR=48;PP=1475;SC=TTTTCCTTTAGGTATTTCATC;SOR=1.081;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=77;TCF=29;TCR=48;TR=77;WE=162743426;WS=162743408;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr1	162748588	rs907074	C	A	1597.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=45;PP=1196;SC=GCAAGTCCTGCCTTAGCAGGA;SOR=5.097;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=48;TCF=3;TCR=45;TR=48;WE=162748596;WS=162748578;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr1	162754049	rs11338	G	A	2356.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.933;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=-0.444;NF=44;NR=24;PP=1223;ReadPosRankSum=-0.978;SC=TTCCAAGGAAGTATGCTGAAA;SOR=1.408;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=70;TCF=45;TCR=25;TR=68;WE=162754057;WS=162754039;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,89:0.98:91
chr1	162754244	rs61812969	T	G	1214.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=40.21;QD=33.74;SOR=3.797;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr1	162760551	rs1704754	C	T	7771.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=55.00;QD=45.45;SOR=1.185;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,171:1.00:171
chr1	162760554	rs71519246	T	C	7969.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=55.49;QD=43.08;SOR=1.054;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,185:1.00:185
chr1	162765475	rs2684884	G	C	3092.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=48.03;QD=26.43;SOR=0.781;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr1	162766476	rs1780019	C	T	15042.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.769;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=585;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=-0.147;NF=140;NR=218;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.926;SC=AGGTAATTTTCGTTTTATGGA;SOR=1.006;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=360;TCF=141;TCR=219;TR=358;WE=162766484;WS=162766466;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,568:1.00:570
chr1	162774236	rs77482353	A	G	893.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-2.512;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.732;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.546;NF=1;NR=30;PP=669;ReadPosRankSum=-0.032;SC=TGAATAATTGAGGTCCCGTTT;SOR=2.041;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=50;TCF=4;TCR=46;TR=31;WE=162774244;WS=162774226;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,34:0.64:53
chr1	162775267	rs12563263	C	T	4616.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.392;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=355;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.821;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-3.745;NF=69;NR=75;PP=2185;ReadPosRankSum=-0.443;SC=GAAGAAATTACATTATGACCC;SOR=0.644;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=230;TCF=107;TCR=123;TR=144;WE=162775275;WS=162775257;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:138,214:0.61:352
chr1	162787243	rs2803865	T	A	363.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.058;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=23.065;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-7.798;NF=37;NR=8;PP=777;ReadPosRankSum=1.893;SC=ATGTTAGAATTTTGCCTTTTG;SOR=4.271;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=104;TCF=80;TCR=24;TR=45;WE=162787251;WS=162787233;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,20:0.23:88
chr1	162822771	rs2684878	A	C	2531.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=47;NR=29;PP=1529;SC=ATGCCTATTCATGTTGGCCCA;SOR=1.216;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=76;TCF=47;TCR=29;TR=76;WE=162822779;WS=162822761;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr1	162824553	rs78851184	G	A	2076.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.921;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=253;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.614;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=30;PP=1007;ReadPosRankSum=-0.264;SC=TATGTTAAACGGTTAGAGAGG;SOR=0.505;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=171;TCF=107;TCR=64;TR=74;WE=162824561;WS=162824543;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:138,108:0.44:246
chr1	162825457	rs77227460	C	A	3434.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-2.296;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=430;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.748;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=50;PP=1398;ReadPosRankSum=-0.719;SC=TGTGCTTCTGCCTTCCCTGTG;SOR=0.776;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=282;TCF=146;TCR=136;TR=109;WE=162825465;WS=162825447;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:241,179:0.43:420
chr1	163038684	rs12402634	C	A	771.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.718;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.138;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=12;PP=288;ReadPosRankSum=0.970;SC=GATGATCCTGCCAGCTCCCTT;SOR=0.530;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=104;TCF=63;TCR=41;TR=28;WE=163038692;WS=163038674;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:113,50:0.31:163
chr1	163122528	rs1354939	G	C	2421.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=17;NR=56;PP=1699;SC=AAAACAGTCAGCTGGAGAAAT;SOR=2.112;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=73;TCF=17;TCR=56;TR=73;WE=163122536;WS=163122518;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr1	163142537	rs10917691	G	A	552.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=2.535;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.728;HP=4;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=20;PP=424;ReadPosRankSum=0.031;SC=GGAGTTCATTGTTCAGGGAAT;SOR=1.802;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=40;TCF=8;TCR=32;TR=23;WE=163142545;WS=163142527;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,23:0.56:41
chr1	163142555	rs12035879	G	A	476.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.831;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.873;HP=3;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=16;PP=335;ReadPosRankSum=0.549;SC=AATGACTAATGTTATTGCATT;SOR=1.646;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=31;TCF=6;TCR=25;TR=18;WE=163142563;WS=163142545;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,20:0.59:34
chr1	163172574	rs2292270	G	C	1768.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.449;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=281;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.971;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=29;PP=1016;ReadPosRankSum=0.308;SC=AAATAACTTGGTTCTCACCTT;SOR=0.613;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=171;TCF=98;TCR=73;TR=63;WE=163172582;WS=163172564;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:183,95:0.34:278
chr1	163187263	rs2814368	G	A	455.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-0.989;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=6;PP=307;ReadPosRankSum=0.009;SC=AGTCTTTCCTGTAAATTATAA;SOR=0.722;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=58;TCF=43;TCR=15;TR=22;WE=163187271;WS=163187253;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,23:0.37:63
chr1	163297322	rs16852612	A	C	2019.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.876;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=246;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.472;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=33;PP=839;ReadPosRankSum=-1.380;SC=TACAAATAGTATATGGAATTC;SOR=0.737;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=137;TCF=57;TCR=80;TR=54;WE=163297330;WS=163297312;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:142,103:0.42:245
chr1	163297381	rs12691496	G	A	824.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.649;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.514;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=16;PP=340;ReadPosRankSum=-0.499;SC=AAAATTATGGGGTTTTTTTTG;SOR=0.548;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=75;TCF=26;TCR=49;TR=26;WE=163297389;WS=163297371;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,45:0.37:123
chr1	163298548	rs2271226	T	C	634.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.188;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.389;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=4;PP=425;ReadPosRankSum=1.137;SC=CAGAAATCTCTTTCTGAAAAT;SOR=1.103;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=53;TCF=43;TCR=10;TR=25;WE=163298556;WS=163298538;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,29:0.43:68
chr1	163298768	.	TA	T	145.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.698;ClippingRankSum=0.000;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.19;MQRankSum=1.226;QD=3.47;ReadPosRankSum=0.894;SOR=0.719;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,17:0.40:42
chr1	163306431	rs7541849	G	T	149.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-2.071;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=1;PP=84;ReadPosRankSum=-1.284;SC=ATCCTATACAGTTTTATTTTA;SOR=0.368;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=20;TCF=18;TCR=2;TR=7;WE=163306439;WS=163306421;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,8:0.40:20
chr1	163307846	rs61747498	G	A	1517.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-0.139;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.645;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=25;PP=552;ReadPosRankSum=-0.637;SC=GTTAAACGCCGCACACCAGGA;SOR=0.804;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=66;TCF=26;TCR=40;TR=40;WE=163307854;WS=163307836;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,75:0.56:135
chr1	163308027	rs11330875	TA	T	31.93	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=3.979;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=6.39;ReadPosRankSum=1.282;SOR=1.447;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,4:0.80:5
chr1	163309302	rs2999852	C	T	5667.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=51;NR=88;PP=2719;SC=CTTTAAAAAACAAAATTTGTT;SOR=1.131;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=139;TCF=51;TCR=88;TR=139;WE=163309310;WS=163309292;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,211:1.00:211
chr1	163313539	rs11802875	C	T	249.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.094;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=5;PP=136;ReadPosRankSum=2.029;SC=CTAAAATTGTCGGTGGTTTCT;SOR=0.765;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=29;TCF=18;TCR=11;TR=13;WE=163313547;WS=163313529;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,15:0.37:41
chr1	163317811	rs12758792	C	T	297.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=5.102;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.945;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=12;PP=231;ReadPosRankSum=0.752;SC=TTCAAAACCTCGGTATTTTCC;SOR=1.773;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=34;TCF=3;TCR=31;TR=12;WE=163317819;WS=163317801;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,13:0.39:33
chr1	164529284	rs141669515	GTTTT	G	4820.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.190;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=391;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.347;HP=6;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=3.249;NF=4;NR=65;PP=2240;ReadPosRankSum=0.869;SC=CTTTCTTGGGGTTTTTTGTTT;SOR=0.838;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=185;TCF=15;TCR=170;TR=69;WE=164529295;WS=164529274;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:234,135:0.37:369
chr1	164559536	rs1780335	A	G	909.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=1.106;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.152;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=11;PP=652;ReadPosRankSum=-0.139;SC=AAAGGGGAACACTTTCTTGAT;SOR=1.461;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=69;TCF=47;TCR=22;TR=40;WE=164559544;WS=164559526;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,43:0.53:81
chr1	164789444	rs1538488	A	G	2420.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=58;PP=1704;SC=CCAATATGTCACCAGGTGAAT;SOR=2.331;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=71;TCF=13;TCR=58;TR=71;WE=164789452;WS=164789434;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr1	164818596	.	G	A	12925.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=-0.459;ClippingRankSum=0.000;DP=1506;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-1.619;NF=181;NR=157;PP=2962;ReadPosRankSum=2.120;SC=CGGCACCCCCGGCAAGCCCAC;SOR=0.692;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=789;TCF=421;TCR=368;TR=338;WE=164818604;WS=164818586;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:839,662:0.44:1501
chr1	165173216	rs1354509	A	G	4923.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=42;NR=78;PP=2467;SC=CTAGGAAACAATCACCCAGGT;SOR=1.185;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=120;TCF=42;TCR=78;TR=120;WE=165173224;WS=165173206;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,181:1.00:181
chr1	165180089	rs1532815	T	A	795.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.345;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.881;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=21;PP=465;ReadPosRankSum=0.309;SC=TATATAATACTTGAGGAGGCC;SOR=0.976;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=54;TCF=16;TCR=38;TR=30;WE=165180097;WS=165180079;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,39:0.48:82
chr1	165218679	rs9970062	C	T	7620.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-2.656;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=562;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.564;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=150;NR=88;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.103;SC=CCAGGCTGAGCAGCTCCCGCT;SOR=0.899;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=384;TCF=230;TCR=154;TR=238;WE=165218687;WS=165218658;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:207,349:0.63:556
chr1	165375870	rs140794306	G	A	326.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-3.048;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.754;HP=1;HapScore=2;MGOF=40;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=1;PP=174;ReadPosRankSum=-0.065;SC=TGAATGGTGAGCAAGACAGAT;SOR=0.223;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=15;TCF=14;TCR=1;TR=10;WE=165375878;WS=165375860;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,14:0.74:19
chr1	165375895	rs283697	A	C	737.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=17;NR=3;PP=480;SC=CCGCTAGCCCAATGGAATTAA;SOR=2.303;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=17;TCR=3;TR=20;WE=165375903;WS=165375885;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr1	165376043	rs283696	T	C	3687.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=54;NR=48;PP=1957;SC=GCCAGCACTGTCTCACCTGCC;SOR=0.864;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=102;TCF=54;TCR=48;TR=102;WE=165376051;WS=165376033;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,137:1.00:137
chr1	165376227	rs111545739	C	CCG	345.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.890;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=4.231;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.67;ReadPosRankSum=-0.752;SOR=0.266;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:40,21:0.34:61
chr1	165376229	rs10800095	C	G	926.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.486;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=4.297;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.71;ReadPosRankSum=0.170;SOR=1.388;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,40:0.68:59
chr1	165376231	.	CTG	C	302.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.264;ClippingRankSum=0.000;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=4.297;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.13;ReadPosRankSum=-0.089;SOR=0.287;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:40,19:0.32:59
chr1	165376233	rs10800096	G	C	932.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=1.599;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=1.299;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.96;ReadPosRankSum=-0.456;SOR=1.071;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,38:0.69:55
chr1	165377389	rs283692	T	C	1586.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=43;NR=7;PP=1236;SC=GGAGGACCAATAACATGGGAG;SOR=3.258;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=50;TCF=43;TCR=7;TR=50;WE=165377397;WS=165377379;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr1	165377552	rs2134095	G	A	12357.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=477;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=134;NR=146;PP=2965;SC=GCTCAGTTAGGACTCTGTTAA;SOR=0.749;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=280;TCF=134;TCR=146;TR=280;WE=165377560;WS=165377542;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,473:1.00:473
chr1	165378729	rs66800417	TACAC	T,TAC	4611.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-1.982;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.20;MQRankSum=0.260;QD=33.66;ReadPosRankSum=0.913;SOR=0.785;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:3,88,46:0.64,0.34:137
chr1	165378733	rs12406497	C	T	1191.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=1.336;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FS=1.456;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.21;MQRankSum=-0.988;QD=8.22;ReadPosRankSum=0.025;SOR=0.851;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:97,48:0.33:145
chr1	165378733	.	CAC	TAT	1682	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MMLQ=28;MQ=60.15;NF=25;NR=9;PP=1682;QD=51.0431727901;SC=TGTGTATACACACACACACAC;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=110;TCF=76;TCR=34;TR=34;WE=165378743;WS=165378719;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:76,34:0.31:110
chr1	165378735	rs138671935	C	T	1671.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.172;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FS=0.638;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.20;MQRankSum=-0.270;QD=10.93;ReadPosRankSum=0.601;SOR=0.786;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:90,63:0.41:153
chr1	165386567	rs2281986	C	T	1648.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=44;PP=1193;SC=ATCACTTGGGCATTGGGACAG;SOR=3.651;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=48;TCF=4;TCR=44;TR=48;WE=165386575;WS=165386557;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr1	165389129	rs1128977	G	A	3734.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=69;NR=25;PP=2083;SC=CTCCACAGATGGCACAGATGT;SOR=1.699;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=94;TCF=69;TCR=25;TR=94;WE=165389137;WS=165389119;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,135:1.00:135
chr1	165513439	rs285446	A	C	650.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=38;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=19;NR=11;PP=563;SC=TTCTTTCCAGAGCCCCTCCCC;SOR=3.383;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=19;TCR=11;TR=30;WE=165513447;WS=165513429;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr1	165513456	rs285445	A	T	725.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.69;SOR=2.712;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr1	165513463	rs285444	C	G	806.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=40.34;SOR=2.093;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr1	165533005	rs453717	C	A	12664.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=474;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=140;NR=150;PP=2965;SC=GGAAGTCAGCCGGCGGATTTT;SOR=0.737;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=290;TCF=140;TCR=150;TR=290;WE=165533013;WS=165532995;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,468:1.00:468
chr1	165533188	rs367199	A	C	1985.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=10;NR=49;PP=1457;SC=AAAATCTCTGATGGCCATTTC;SOR=2.602;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=59;TCF=10;TCR=49;TR=59;WE=165533196;WS=165533178;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr1	165601566	rs9333379	T	C	249.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.042;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.47;ReadPosRankSum=0.437;SOR=0.776;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:53,19:0.26:72
chr1	165621322	rs77176546	TATTATC	T	2553.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.449;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.561;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=30;PP=1601;ReadPosRankSum=1.049;SC=TTCACTGAGCTATTATCAGGG;SOR=0.746;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=95;TCF=11;TCR=84;TR=33;WE=165621335;WS=165621312;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:116,70:0.38:186
chr1	165624799	rs8133	G	T	276.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.455;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.391;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=7;PP=114;ReadPosRankSum=-0.064;SC=TTTATTTCCAGTTACATTTTT;SOR=0.397;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=6;TCR=24;TR=9;WE=165624807;WS=165624789;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,15:0.36:42
chr1	165630475	rs7544840	C	T	300.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.359;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=2;PP=192;ReadPosRankSum=-0.932;SC=TGAAAAGATACATAATTTTAT;SOR=0.955;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=32;TCF=25;TCR=7;TR=13;WE=165630483;WS=165630465;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,15:0.39:38
chr1	165630495	rs7511691	T	C	446.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.802;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=6;PP=234;ReadPosRankSum=0.009;SC=TATATAGGCATAAAATATCAC;SOR=0.654;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=43;TCF=29;TCR=14;TR=19;WE=165630503;WS=165630485;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,25:0.42:59
chr1	165630698	rs6667681	A	G	561.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=2.336;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.881;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=15;PP=290;ReadPosRankSum=0.525;SC=CCTGGGCCACACTGGAAGAAG;SOR=0.817;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=68;TCF=22;TCR=46;TR=22;WE=165630706;WS=165630688;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,29:0.36:80
chr1	165634425	rs3820362	C	G	1594.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.065;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.451;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=43;PP=992;ReadPosRankSum=1.100;SC=ACTACTTTAACAGGAAAAGTT;SOR=0.947;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=149;TCF=51;TCR=98;TR=62;WE=165634433;WS=165634415;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:112,78:0.41:190
chr1	165636749	rs2176151	A	G	722.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-1.190;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=23;PP=452;ReadPosRankSum=0.453;SC=CACCACCCCCAGCTAATTTTT;SOR=0.743;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=77;TCF=17;TCR=60;TR=29;WE=165636757;WS=165636739;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,34:0.40:86
chr1	165648559	rs4646897	T	G	596.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.925;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=8;PP=384;ReadPosRankSum=0.041;SC=GAATTCTTTGTACTATTTGTG;SOR=0.693;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=74;TCF=54;TCR=20;TR=29;WE=165648567;WS=165648549;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,34:0.34:101
chr1	165648886	rs4646896	G	A	1470.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.635;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.96;ReadPosRankSum=0.860;SOR=0.645;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:79,44:0.36:123
chr1	165648894	rs4646895	C	G	1427.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.482;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FS=1.825;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.14;ReadPosRankSum=0.396;SOR=0.463;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:63,38:0.38:101
chr1	165651153	rs2882006	T	A	348.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=9;NR=1;PP=191;SC=TGTACAACCTTAACTATAAGC;SOR=2.147;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=11;TCF=9;TCR=2;TR=10;WE=165651161;WS=165651152;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
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chr1	165652273	rs1143659	A	G	8649.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.701;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=346;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=125;NR=87;PP=2965;ReadPosRankSum=1.745;SC=AGGAAATGTCAATGTCCAAGC;SOR=0.980;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=214;TCF=126;TCR=88;TR=212;WE=165652281;WS=165652263;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,337:0.99:339
chr1	165652445	rs4233407	A	G	2341.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=13;NR=58;PP=1646;SC=TTTAAAACTAAAAATAGCTTT;SOR=2.642;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=71;TCF=13;TCR=58;TR=71;WE=165652453;WS=165652435;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr1	165721223	rs7512095	T	C	73.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.519;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.54;ReadPosRankSum=-0.586;SOR=0.283;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,6:0.21:29
chr1	165721489	rs72699929	A	T	500.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.655;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=2.963;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.92;ReadPosRankSum=-2.613;SOR=0.299;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,27:0.64:42
chr1	165737704	rs2790053	C	G	13007.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=530;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.92;SOR=0.968;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,522:1.00:522
chr1	165738064	.	G	C	2045.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.630;ClippingRankSum=0.000;DP=325;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.425;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=45;PP=938;ReadPosRankSum=-1.085;SC=AGCGAAAACGGCTTCCGTAGA;SOR=0.728;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=204;TCF=80;TCR=124;TR=73;WE=165738072;WS=165738054;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:200,116:0.37:316
chr1	165859630	rs477033	C	G	6925.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=270;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.04;QD=26.23;SOR=1.002;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,264:1.00:264
chr1	165859640	rs138035087	G	GTGT	2509.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.401;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=251;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.204;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=2.079;NF=2;NR=31;PP=1283;ReadPosRankSum=0.191;SC=CTGTATTGGTGTGTTGGGGGG;SOR=0.916;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=115;TCF=9;TCR=106;TR=33;WE=165859648;WS=165859620;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:156,73:0.32:229
chr1	166029970	rs4353067	T	C	2312.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.116;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.566;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.251;NF=29;NR=46;PP=1193;ReadPosRankSum=1.086;SC=TGTCATTCCCTAAAAGCAGAT;SOR=0.776;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=132;TCF=53;TCR=79;TR=75;WE=166029978;WS=166029960;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,105:0.59:178
chr1	166124134	rs896402	A	G	16168.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=611;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=154;NR=204;PP=2965;SC=TGTAAGTTAAAAATGATTCTG;SOR=0.888;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=358;TCF=154;TCR=204;TR=358;WE=166124142;WS=166124124;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,604:1.00:604
chr1	166591043	rs530513	T	C	1522.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=3.175;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.952;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=5;PP=905;ReadPosRankSum=0.239;SC=TACTCAGACTTATGGGGTTTT;SOR=1.389;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=78;TCF=63;TCR=15;TR=44;WE=166591051;WS=166591033;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,63:0.58:108
chr1	166944273	rs67253020	TCACA	T	72.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-2.259;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=13.172;HP=2;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=1;PP=142;ReadPosRankSum=1.812;SC=TCTCTCTCTCTCACACACACA;SOR=0.593;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=21;TCF=18;TCR=3;TR=6;WE=166944284;WS=166944263;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,5:0.22:23
chr1	167059336	rs2281964	C	T	2130.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=57;NR=2;PP=1727;SC=GGCACTGGTCCGGAATGTGTA;SOR=5.518;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=59;TCF=57;TCR=2;TR=59;WE=167059344;WS=167059334;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr1	167059444	rs148390679	C	T	3243.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.803;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=467;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.158;HP=2;HapScore=1;MGOF=29;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=72;NR=43;PP=1676;ReadPosRankSum=0.950;SC=CATGTCTCACCCACCCCTGGG;SOR=0.810;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=306;TCF=186;TCR=120;TR=115;WE=167059454;WS=167059434;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:293,169:0.37:462
chr1	167059462	rs2281963	G	C	18190.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-2.183;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=574;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=205;NR=147;PP=2965;ReadPosRankSum=0.852;SC=GGGCACTGGAGAGAAAAGGGG;SOR=0.337;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=354;TCF=207;TCR=147;TR=352;WE=167059470;WS=167059452;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,569:1.00:570
chr1	167059575	rs28384507	G	T	15468.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.809;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=614;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=169;NR=218;PP=2965;ReadPosRankSum=0.761;SC=GCAGCCTCCAGACAGGTCTGA;SOR=0.497;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=393;TCF=172;TCR=221;TR=387;WE=167059583;WS=167059565;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,595:0.99:598
chr1	167082869	rs12122365	G	A	10340.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=394;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=182;NR=107;PP=2965;SC=TAAAATCAAAGCCAGGTTTCT;SOR=1.215;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=290;TCF=182;TCR=108;TR=289;WE=167082877;WS=167082859;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,379:1.00:379
chr1	167095163	rs267745	G	C	2381.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.425;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=307;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.878;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=44;PP=1057;ReadPosRankSum=1.219;SC=ACCCCAATGAGGGCTTCCTGA;SOR=0.730;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=197;TCF=99;TCR=98;TR=86;WE=167095171;WS=167095153;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:177,127:0.42:304
chr1	167096931	rs267746	A	C	2090.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.548;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=326;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.430;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=47;PP=1223;ReadPosRankSum=0.348;SC=GTCTGAGTACAAAATGGAAAA;SOR=0.746;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=236;TCF=101;TCR=135;TR=80;WE=167096939;WS=167096921;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:209,110:0.34:319
chr1	167097945	rs267747	G	A	187.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=2.232;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.688;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=7;PP=139;ReadPosRankSum=0.534;SC=GATACAGAGAGGATCTTCCAG;SOR=1.911;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=14;TCF=3;TCR=11;TR=8;WE=167097953;WS=167097935;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,8:0.57:14
chr1	167307350	rs113980889	GCCTGCCTCT	G	2416.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.598;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=1.140;NF=11;NR=28;PP=2973;ReadPosRankSum=1.086;SC=CACCAAGTGTGCCTGCCTCTC;SOR=0.664;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=73;TCF=28;TCR=45;TR=39;WE=167307366;WS=167307340;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,113:0.61:185
chr1	167341354	rs12733834	A	G	838.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=3.608;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=25;PP=592;ReadPosRankSum=-1.873;SC=AGAATTGTTCACCATAGCTGG;SOR=0.609;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=47;TCF=4;TCR=43;TR=27;WE=167341362;WS=167341344;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,32:0.62:52
chr1	167343328	rs35633696	G	A	2372.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.409;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.82;ReadPosRankSum=1.094;SOR=0.717;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:40,110:0.73:150
chr1	167353258	rs35617253	AT	A	2752.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.525;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.44;MQRankSum=0.428;QD=20.09;ReadPosRankSum=-1.434;SOR=1.578;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:3,134:0.98:137
chr1	167365409	rs12758211	C	T	800.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.188;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.411;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=5;PP=553;ReadPosRankSum=-0.784;SC=GGAATAATTACTGACTCCTTG;SOR=0.458;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=47;TCF=41;TCR=6;TR=29;WE=167365417;WS=167365399;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,33:0.59:56
chr1	167367193	rs7524019	C	T	1006.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.011;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FS=2.708;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.70;ReadPosRankSum=-1.330;SOR=0.935;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:154,60:0.28:214
chr1	167370560	rs6664379	G	C	140.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=3.268;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=1;PP=102;ReadPosRankSum=0.494;SC=AACCATCTTCGAATAGCAGCT;SOR=0.693;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=12;TCF=10;TCR=2;TR=6;WE=167370568;WS=167370550;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,6:0.50:12
chr1	167382374	rs10753757	A	C	3788.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.97;QD=25.77;SOR=0.852;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,147:1.00:147
chr1	167382399	rs67647055	AGTGT	A,AGTGTGTGT	1713.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.919;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=26;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=0,0;NR=34,34;PP=1907,1295;ReadPosRankSum=0.923;SC=CGTGTGTGTGAGTGTGTGTGT;SOR=0.390;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=58;TCF=1;TCR=57;TR=34,34;WE=167382412;WS=167382389;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.55,0.42:55
chr1	167385144	rs1059761	C	G	1752.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.336;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.620;HP=2;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=43;PP=1441;ReadPosRankSum=0.266;SC=TTGGCTTCCTCTCGCCGTGTT;SOR=0.500;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=134;TCF=58;TCR=76;TR=80;WE=167385152;WS=167385134;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,69:0.64:108
chr1	167385178	rs35216157	G	GA	261.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.198;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.76;ReadPosRankSum=0.255;SOR=0.663;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:62,33:0.35:95
chr1	167385324	rs34032944	TA	T	416.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.891;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FS=0.938;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.28;ReadPosRankSum=1.275;SOR=0.843;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,44:0.56:79
chr1	167403504	rs952962	A	G	2954.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=25;NR=53;PP=1493;SC=CACCCCCCTCATCCTCAGCCC;SOR=1.336;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=79;TCF=25;TCR=54;TR=78;WE=167403512;WS=167403494;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr1	167404078	rs3108156	G	A	2744.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=44;NR=22;PP=1272;SC=GACATTACTCGATCCAAGAAG;SOR=1.292;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=66;TCF=44;TCR=22;TR=66;WE=167404086;WS=167404068;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr1	167404179	rs61806155	G	A	1300.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.658;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FS=6.018;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.50;MQRankSum=-0.459;QD=16.89;ReadPosRankSum=4.296;SOR=0.459;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,62:0.81:77
chr1	167404196	.	T	TTCCTCCAGCCC	1220	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;FR=0.5000;HP=3;HapScore=1;MGOF=22;MMLQ=28;MQ=47.49;NF=1;NR=10;PP=1220;QD=113.181818182;SC=CCTCCAGCCCTTCCTCCGGAG;SbPval=0.24;Source=Platypus;TC=41;TCF=1;TCR=40;TR=11;WE=167404204;WS=167404186;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:30,11:0.27:41
chr1	167404514	rs55696551	C	G	786.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.964;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=1.172;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.64;MQRankSum=0.746;QD=14.57;ReadPosRankSum=-2.167;SOR=0.518;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,37:0.69:54
chr1	167515272	rs7513428	T	C	2500.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=44;NR=16;PP=1240;SC=AAACCCCCCTTGCCTTAGAAG;SOR=1.508;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=60;TCF=44;TCR=16;TR=60;WE=167515280;WS=167515262;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr1	167654670	rs35632798	A	G	8792.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.036;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=689;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.120;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=124;NR=115;PP=2962;ReadPosRankSum=0.818;SC=ACCAGCCAGTAAACCAACCCG;SOR=0.595;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=397;TCF=213;TCR=184;TR=239;WE=167654678;WS=167654659;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:275,409:0.60:684
chr1	167659507	rs192342201	C	T	414.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.512;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.671;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=10;PP=209;ReadPosRankSum=-1.074;SC=TTGCAGTAAACGATAAGGATC;SOR=0.053;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=21;TCF=2;TCR=19;TR=12;WE=167659515;WS=167659497;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,18:0.67:27
chr1	167673738	rs34762939	T	TA	266.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-2.139;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.821;HP=9;HapScore=3;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=4;PP=235;ReadPosRankSum=0.481;SC=AGTCAATGCATAAAAAAAACT;SOR=0.148;SbPval=0.25;Source=Platypus;TC=33;TCF=27;TCR=6;TR=14;WE=167673746;WS=167673728;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,19:0.56:34
chr1	167778843	rs3213588	G	A	1396.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-3.380;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=6;PP=1005;ReadPosRankSum=-1.167;SC=GAGTGGGCCAGCCACGGAGAA;SOR=0.781;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=73;TCF=66;TCR=7;TR=49;WE=167778851;WS=167778833;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,53:0.64:83
chr1	167793670	rs1476074	C	T	134.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.441;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.21;ReadPosRankSum=0.338;SOR=0.547;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,11:0.34:32
chr1	167794130	rs55964745	G	A	643.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-1.168;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.658;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=21;PP=345;ReadPosRankSum=0.548;SC=GAGGCAGAACGCAAAGCAGAA;SOR=0.903;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=87;TCF=30;TCR=57;TR=30;WE=167794138;WS=167794120;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,38:0.34:112
chr1	167805439	rs7550383	G	A	846.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=2.878;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.427;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=10;PP=602;ReadPosRankSum=-0.335;SC=GGGTGCTGTCGGGAATATACA;SOR=1.226;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=74;TCF=51;TCR=23;TR=38;WE=167805447;WS=167805429;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,40:0.47:85
chr1	167806642	rs35986349	C	G	4572.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.709;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=388;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.10;ReadPosRankSum=-0.772;SOR=0.706;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:163,215:0.57:378
chr1	167806647	rs1034463	T	A	13125.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-3.067;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=364;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=37.08;ReadPosRankSum=-0.908;SOR=1.093;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,352:0.99:354
chr1	167806696	rs1034464	T	C	5939.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-0.566;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.430;HP=1;HapScore=1;MGOF=40;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=113;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.009;SC=GTCCCCATTGTATCTTAGGTG;SOR=1.236;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=169;TCF=56;TCR=113;TR=168;WE=167806704;WS=167806686;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,207:1.00:208
chr1	167806714	rs1034465	G	A	2303.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=0.653;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.248;HP=1;HapScore=1;MGOF=50;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=61;PP=1402;ReadPosRankSum=-0.164;SC=GTGAAGCCACGTGATGAGTTC;SOR=0.933;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=139;TCF=38;TCR=101;TR=80;WE=167806722;WS=167806704;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,99:0.62:160
chr1	167815167	rs2269678	T	C	7066.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=259;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=111;NR=79;PP=2965;SC=ATAGGTCAATTCTTTGATCTA;SOR=0.982;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=190;TCF=111;TCR=79;TR=190;WE=167815175;WS=167815157;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,257:1.00:257
chr1	167815610	rs2269679	C	A	1460.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=11;NR=37;PP=1082;SC=GTTCTTGTTGCAAGAAACTCA;SOR=2.494;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=48;TCF=11;TCR=37;TR=48;WE=167815618;WS=167815600;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr1	167817639	rs203795	A	G	8078.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.990;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=317;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.136;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=101;NR=91;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.955;SC=TCAGTCTGACACCACTTGTGA;SOR=0.326;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=193;TCF=101;TCR=92;TR=192;WE=167817647;WS=167817629;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,314:1.00:315
chr1	167823512	rs3738236	T	C	2574.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=0.911;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=21;PP=1948;ReadPosRankSum=1.871;SC=GTGGAATAGCTCATTTTTGCT;SOR=1.118;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=86;TCF=65;TCR=21;TR=83;WE=167823520;WS=167823502;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,87:0.96:91
chr1	167825485	rs2071921	T	C	6481.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=256;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=71;NR=77;PP=2508;SC=ACTGCACCAATGACAATGTAG;SOR=0.733;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=149;TCF=71;TCR=78;TR=148;WE=167825493;WS=167825475;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,251:1.00:251
chr1	167825718	rs7537851	C	T	651.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=1;NR=17;PP=461;SC=CACCATAGGACGTCAGGTTTT;SOR=4.712;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=18;TCF=1;TCR=17;TR=18;WE=167825726;WS=167825708;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr1	167863008	rs113505249	G	GT	40.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.469;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FS=0.847;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.22;ReadPosRankSum=-1.787;SOR=0.839;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:155,30:0.16:185
chr1	167871297	rs71735758	GA	G	57.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.215;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FS=3.732;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.25;MQRankSum=3.784;QD=0.47;ReadPosRankSum=-0.564;SOR=1.317;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:98,24:0.20:122
chr1	167889094	rs17556487	T	A	1101.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-2.298;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.132;HP=7;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=9;PP=899;ReadPosRankSum=0.800;SC=ATGAATCTTTTAAAAAAATTA;SOR=0.502;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=70;TCF=59;TCR=11;TR=46;WE=167889102;WS=167889084;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,46:0.61:75
chr1	167889145	rs11445941	C	CA	72.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.027;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FS=2.820;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.34;ReadPosRankSum=-0.212;SOR=1.048;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:177,38:0.18:215
chr1	167893759	rs9618	G	A	491.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.314;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.06;ReadPosRankSum=1.317;SOR=0.794;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,27:0.44:61
chr1	167906239	rs203788	A	C	2334.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=33;NR=21;PP=1133;SC=TGCGGAGTCGATACCTGGGTG;SOR=1.005;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=54;TCF=33;TCR=21;TR=54;WE=167906247;WS=167906229;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr1	167971979	rs436256	G	T	104.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-2.189;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=14.97;ReadPosRankSum=-0.108;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,4:0.57:7
chr1	167971979	.	GC	TG	64	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MMLQ=28;MQ=60.0;NF=0;NR=3;PP=64;QD=39.1559582874;SC=GTGGAATGGCGCAGTCACTGG;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=3;WE=167971988;WS=167971969;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:4,3:0.43:7
chr1	167971980	rs428694	C	G	104.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-1.718;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=14.97;ReadPosRankSum=-0.108;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,4:0.57:7
chr1	167973976	rs1060041	C	T	7216.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-0.245;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=660;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.745;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-1.856;NF=87;NR=99;PP=2593;ReadPosRankSum=0.114;SC=CTTCTCCAGACAGTGAACAAA;SOR=0.705;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=358;TCF=179;TCR=179;TR=186;WE=167973984;WS=167973966;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:303,353:0.54:656
chr1	167985326	rs3831959	TG	T	612.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=1.121;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.713;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=18;PP=586;ReadPosRankSum=-2.753;SC=TCCTTGCATATGGGTGGTATT;SOR=1.204;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=39;TCF=0;TCR=39;TR=18;WE=167985334;WS=167985316;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,23:0.46:50
chr1	167988653	rs202255	A	G	1611.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.790;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.816;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=22;PP=832;ReadPosRankSum=1.443;SC=AAAGGCCCCCATAAGGTTGAT;SOR=0.423;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=81;TCF=54;TCR=27;TR=59;WE=167988661;WS=167988643;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,74:0.69:108
chr1	167992344	rs201541	T	A	2659.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.153;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.980;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=65;PP=1598;ReadPosRankSum=0.033;SC=GCAATGCATATACTAAGCTCT;SOR=0.537;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=152;TCF=46;TCR=106;TR=95;WE=167992352;WS=167992334;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,117:0.62:188
chr1	168013850	rs11558511	T	C	846.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.641;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.651;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=13;PP=349;ReadPosRankSum=-0.470;SC=TCAGAGGATGTGACAAAATAT;SOR=0.990;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=62;TCF=34;TCR=28;TR=31;WE=168013858;WS=168013840;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,44:0.46:96
chr1	168035104	rs380095	G	C	1535.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=39;PP=1193;SC=TGACTAGGCAGCAGTAGAGTC;SOR=3.398;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=44;TCF=5;TCR=39;TR=44;WE=168035112;WS=168035094;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr1	168056724	rs275143	A	G	3731.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.095;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=284;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.964;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=76;NR=42;PP=1992;ReadPosRankSum=-0.318;SC=TGGAGCCCTGATATATTCCGG;SOR=0.620;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=207;TCF=134;TCR=73;TR=118;WE=168056732;WS=168056714;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:110,166:0.60:276
chr1	168059866	rs275149	A	G	3782.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.314;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=280;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.459;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=65;PP=1810;ReadPosRankSum=-0.586;SC=GGGGCTGTCCACCTGCCATGA;SOR=0.745;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=179;TCF=78;TCR=101;TR=114;WE=168059874;WS=168059856;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:100,172:0.63:272
chr1	168073601	rs2294817	C	A	974.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-4.213;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=6;PP=566;ReadPosRankSum=-1.750;SC=TGGTCATCCTCCCCCAGCAAG;SOR=0.620;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=70;TCF=59;TCR=11;TR=34;WE=168073609;WS=168073591;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,43:0.51:84
chr1	168074145	rs6427119	G	A	1319.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=1.957;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.519;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=37;PP=876;ReadPosRankSum=0.165;SC=GGAAAGATAAGGCAGGACCAG;SOR=0.996;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=91;TCF=24;TCR=67;TR=49;WE=168074153;WS=168074135;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,61:0.51:120
chr1	168106716	rs6664903	T	C	8084.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=293;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=71;NR=141;PP=2965;SC=AGTGAATTCGTCCCGAAGCCA;SOR=1.326;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=213;TCF=71;TCR=142;TR=212;WE=168106724;WS=168106706;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,291:1.00:291
chr1	168106783	rs41271651	C	T	1236.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-3.841;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.577;HP=2;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=37;PP=832;ReadPosRankSum=-0.167;SC=CCCTGCACTCCCTCGGAACCA;SOR=0.204;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=81;TCF=15;TCR=66;TR=48;WE=168106791;WS=168106773;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,52:0.61:85
chr1	168153090	rs2038035	A	T	2401.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.813;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.471;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=70;NR=16;PP=1554;ReadPosRankSum=-0.549;SC=AGAAACAAAAATGCCAACAGC;SOR=1.007;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=135;TCF=106;TCR=29;TR=86;WE=168153098;WS=168153080;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,102:0.64:160
chr1	168153370	rs2038034	A	G	2108.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.437;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.594;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=49;PP=1169;ReadPosRankSum=-1.872;SC=AGGTTAAACAAAAGAGAAAAG;SOR=0.921;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=148;TCF=48;TCR=100;TR=70;WE=168153378;WS=168153360;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:96,98:0.51:194
chr1	168165767	rs35234155	CT	C	1204.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.156;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.15;MQRankSum=1.065;QD=8.61;ReadPosRankSum=-0.607;SOR=0.701;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:51,89:0.64:140
chr1	168200733	rs11588504	T	C	4379.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.311;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=11;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=100;NR=56;PP=1853;ReadPosRankSum=1.506;SC=TATATGTATTTTTTTTTTTTC;SOR=0.809;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=161;TCF=103;TCR=58;TR=156;WE=168200741;WS=168200722;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:5,212:0.98:217
chr1	168206118	rs55947108	GTTTAA	G	5206.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=57;PP=2971;SC=CACAGAAGCTGTTTAATTTAA;SOR=1.931;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=67;TCF=4;TCR=63;TR=61;WE=168206130;WS=168206108;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr1	168208308	rs12142742	T	C	4677.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=56;NR=51;PP=1870;SC=AAGCCCATTCTGCTGGATAAT;SOR=0.693;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=108;TCF=56;TCR=52;TR=107;WE=168208316;WS=168208298;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,180:1.00:180
chr1	168262289	rs7543224	A	G	6667.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.36;SOR=1.642;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,147:1.00:147
chr1	168262299	rs7520743	C	T	7401.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.58;SOR=1.493;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,178:1.00:178
chr1	168262522	.	AGT	A	257.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.808;ClippingRankSum=0.000;DP=161;ExcessHet=3.0103;FS=1.678;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.07;MQRankSum=1.332;QD=5.05;ReadPosRankSum=-0.479;SOR=0.269;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,19:0.37:51
chr1	168274201	rs4656579	G	A	2810.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=48;NR=20;PP=1391;SC=TTTGGTGTGGGAGTTCACAGA;SOR=1.477;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=68;TCF=48;TCR=20;TR=68;WE=168274209;WS=168274191;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr1	168278264	rs1883148	G	A	2076.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=12;NR=50;PP=1494;SC=TGGCAACAGGGTGGAGTTCTT;SOR=2.584;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=62;TCF=12;TCR=50;TR=62;WE=168278272;WS=168278254;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr1	168282261	rs3885717	T	A	4086.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-2.653;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=291;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.955;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=81;PP=2025;ReadPosRankSum=-0.217;SC=AGGAGCCTCTTTGCACAGCGA;SOR=0.769;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=192;TCF=63;TCR=129;TR=117;WE=168282269;WS=168282251;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:107,181:0.63:288
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chr1	168545949	rs34933908	G	A	9899.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.229;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=395;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=-1.443;NF=116;NR=138;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.187;SC=AAGTGGAGAAGCTGTCTGTGA;SOR=0.535;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=257;TCF=117;TCR=140;TR=254;WE=168545957;WS=168545939;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:5,384:0.99:389
chr1	168549234	rs376339731	T	C	715.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.247;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-4.383;NF=21;NR=4;PP=392;ReadPosRankSum=0.016;SC=ATTTAACAGATGATTGTTCCT;SOR=0.862;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=45;TCF=37;TCR=8;TR=25;WE=168549242;WS=168549224;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,32:0.56:57
chr1	168549254	rs5024578	A	G	1301.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.928;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.026;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-3.689;NF=29;NR=11;PP=618;ReadPosRankSum=-0.478;SC=TGTGATCTGGATAATTGCTTT;SOR=0.286;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=68;TCF=51;TCR=17;TR=40;WE=168549262;WS=168549244;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,58:0.63:92
chr1	168549422	rs6427130	C	T	1123.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.847;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.929;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-1.263;NF=15;NR=34;PP=757;ReadPosRankSum=-2.080;SC=TAATGTGAGTCTGCCTCCTCA;SOR=1.263;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=139;TCF=57;TCR=82;TR=49;WE=168549430;WS=168549412;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:140,62:0.31:202
chr1	168550512	rs200980747	G	C	1047.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=1.179;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.656;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-9.731;NF=10;NR=44;PP=1015;ReadPosRankSum=-0.617;SC=CACTTTACACGCTCATGGACT;SOR=1.283;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=111;TCF=22;TCR=89;TR=54;WE=168550520;WS=168550502;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,44:0.40:109
chr1	168550535	rs79981832	A	G	1135.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=3.848;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.367;HP=3;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=7.504;NF=6;NR=35;PP=848;ReadPosRankSum=1.068;SC=GTTTATACTCACCTTTTATGA;SOR=0.385;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=79;TCF=11;TCR=68;TR=41;WE=168550543;WS=168550525;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,43:0.60:72
chr1	168665747	rs78760104	C	CT	9618.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.753;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=503;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.528;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=2.159;NF=50;NR=67;PP=2963;ReadPosRankSum=0.206;SC=CTCCTGTCCCCGGCCCCTTTC;SOR=0.771;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=205;TCF=87;TCR=118;TR=117;WE=168665755;WS=168665737;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:215,280:0.57:495
chr1	168665974	rs524705	T	C	897.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=2.503;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.253;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=28;PP=657;ReadPosRankSum=2.433;SC=GGACACTTAATCTCACTTTGC;SOR=0.140;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=45;TCF=3;TCR=42;TR=31;WE=168665982;WS=168665964;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,34:0.69:49
chr1	168670140	rs113747482	TGTGTGG	T	560.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.942;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=2.170;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.62;MQRankSum=2.211;QD=18.09;ReadPosRankSum=-1.133;SOR=0.252;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,17:0.55:31
chr1	168698173	rs1052591	C	T	2657.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-2.970;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=358;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=32;PP=1045;ReadPosRankSum=1.049;SC=GGCTCTGTGGCGTGGGCATGC;SOR=0.696;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=245;TCF=152;TCR=93;TR=86;WE=168698181;WS=168698163;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:210,142:0.40:352
chr1	169079805	rs11423213	C	CT	201.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.952;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FS=2.265;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.30;MQRankSum=2.218;QD=3.15;ReadPosRankSum=0.213;SOR=0.443;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:45,19:0.30:64
chr1	169080837	rs1200138	C	T	3703.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=31;NR=74;PP=2262;SC=ATAATGTAGTCTTAAAGCAAC;SOR=1.609;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=105;TCF=31;TCR=74;TR=105;WE=169080845;WS=169080827;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,133:1.00:133
chr1	169094100	rs968304	T	A	1397.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.430;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.153;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=18;PP=629;ReadPosRankSum=0.374;SC=CCTACTAATGTTTTTCTCTCT;SOR=0.930;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=146;TCF=87;TCR=59;TR=52;WE=169094108;WS=169094090;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:148,79:0.35:227
chr1	169099061	rs1200157	G	A	59.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.960;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.98;ReadPosRankSum=1.095;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,5:0.33:15
chr1	169102223	rs61803315	G	C	1788.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=2.558;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.578;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=45;PP=1045;ReadPosRankSum=0.488;SC=GCTCCAGTTTGAAGTTCCATT;SOR=0.750;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=145;TCF=35;TCR=110;TR=59;WE=169102231;WS=169102213;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:113,81:0.42:194
chr1	169138027	rs10919082	A	G	617.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=1.957;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.769;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=9;PP=286;ReadPosRankSum=-0.655;SC=GTATCTATATATATGTTATGC;SOR=0.504;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=54;TCF=31;TCR=23;TR=20;WE=169138035;WS=169138017;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,33:0.36:91
chr1	169138307	rs4656656	C	A	365.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.985;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.30;ReadPosRankSum=0.076;SOR=0.746;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:82,29:0.26:111
chr1	169138318	rs4656657	T	A	396.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.517;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.45;ReadPosRankSum=0.542;SOR=0.703;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:85,30:0.26:115
chr1	169138868	rs3737681	C	T	526.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.601;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=19;PP=323;ReadPosRankSum=-0.816;SC=CTATATGAAACGCTAACTTAT;SOR=0.746;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=69;TCF=21;TCR=48;TR=27;WE=169138876;WS=169138858;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,31:0.36:87
chr1	169159866	rs7526721	G	T	368.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.330;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=2.190;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.50;ReadPosRankSum=-1.596;SOR=1.034;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:45,22:0.33:67
chr1	169200111	rs10800420	C	T	363.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=2.802;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.940;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=10;PP=201;ReadPosRankSum=-0.246;SC=TTAACTCTCCCCTTTTAATTG;SOR=0.846;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=55;TCF=22;TCR=33;TR=15;WE=169200119;WS=169200101;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,22:0.27:82
chr1	169216412	rs2040445	C	G	2832.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=18;NR=54;PP=1608;SC=AAATAAAGTACGGTACTGAGT;SOR=1.728;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=72;TCF=18;TCR=54;TR=72;WE=169216420;WS=169216402;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr1	169256501	rs4589164	C	T	1353.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=2.537;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=235;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.805;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=14;PP=762;ReadPosRankSum=-0.006;SC=CATTGCTCTCCTATTAACAAA;SOR=0.839;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=162;TCF=111;TCR=51;TR=52;WE=169256509;WS=169256491;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:154,73:0.32:227
chr1	169272299	rs10919130	A	T	902.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.628;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=16;PP=386;ReadPosRankSum=2.678;SC=ATTATTCTCAAGTAATAAATT;SOR=0.659;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=70;TCF=38;TCR=32;TR=34;WE=169272307;WS=169272289;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,48:0.41:116
chr1	169272451	rs10800427	A	T	1490.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.59;SOR=1.483;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr1	169272451	.	AGG	TGA	1134	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;FR=1.0000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MMLQ=25;MQ=60.0;NF=9;NR=18;PP=1134;QD=43.9802916616;SC=ATAATCAAAAAGGCAATAGTT;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=30;TCF=10;TCR=20;TR=27;WE=169272461;WS=169272441;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:3,27:0.90:30
chr1	169272453	rs10800428	G	A	1490.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=46.59;SOR=1.473;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr1	169279196	rs34054662	T	TA	518.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.033;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=5;PP=310;ReadPosRankSum=-0.171;SC=CTGAAAATGATAAAAAAATTA;SOR=0.591;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=47;TCF=24;TCR=23;TR=14;WE=169279204;WS=169279186;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,31:0.36:86
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chr1	169345704	rs12563090	G	A	925.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-2.056;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.547;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.781;NF=28;NR=13;PP=567;ReadPosRankSum=-1.208;SC=TTGAATATAGGGTATAGCATG;SOR=0.543;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=103;TCF=73;TCR=30;TR=41;WE=169345712;WS=169345694;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,49:0.39:126
chr1	169349608	rs3830533	C	CTA	536.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=0.135;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=0;PP=566;ReadPosRankSum=1.690;SC=AGTAACTATACTGTTAAATCT;SOR=0.631;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=28;TCF=27;TCR=1;TR=13;WE=169349616;WS=169349600;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,15:0.48:31
chr1	169351596	rs3905328	A	G	496.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.772;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=12;PP=231;ReadPosRankSum=-1.721;SC=CATGGAAAGCATTTGGCATTA;SOR=0.638;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=38;TCF=12;TCR=26;TR=17;WE=169351604;WS=169351586;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,25:0.49:51
chr1	169390957	rs35107735	A	T	387.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.638;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=10;PP=343;ReadPosRankSum=-0.016;SC=GGAGGCAAAAACCCCTGACTG;SOR=0.585;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=72;TCF=34;TCR=38;TR=21;WE=169390965;WS=169390947;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,22:0.24:90
chr1	169391154	rs3820059	A	G	835.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.630;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.372;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=21;PP=516;ReadPosRankSum=3.523;SC=ATAATTTTTAAAAGTAGTAGT;SOR=0.865;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=109;TCF=51;TCR=58;TR=37;WE=169391162;WS=169391144;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:104,49:0.32:153
chr1	169394226	rs10919168	A	G	516.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.900;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.490;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=16;PP=324;ReadPosRankSum=0.278;SC=TGTTATGCCCACTCTAGAGGA;SOR=1.248;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=58;TCF=22;TCR=36;TR=23;WE=169394234;WS=169394216;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,29:0.35:83
chr1	169435027	rs2678166	C	T	4234.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=87;NR=21;PP=2478;SC=AAAAATCAAACACATCCAGGC;SOR=2.163;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=110;TCF=88;TCR=22;TR=108;WE=169435035;WS=169435017;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,149:1.00:149
chr1	169447008	.	G	GA	169.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.741;ClippingRankSum=0.000;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=5.047;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.54;ReadPosRankSum=0.062;SOR=0.221;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,15:0.31:48
chr1	169493953	rs12131397	A	C	542.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.625;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FS=4.998;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.02;ReadPosRankSum=1.622;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:99,36:0.27:135
chr1	169498834	rs6009	T	C	1016.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.446;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.845;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=7;PP=612;ReadPosRankSum=0.734;SC=GATCAAAGTCTGAGGAAAATA;SOR=0.997;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=79;TCF=59;TCR=20;TR=36;WE=169498842;WS=169498824;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,46:0.48:96
chr1	169510233	rs9332607	G	A	3642.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.182;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=456;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.115;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-1.604;NF=64;NR=65;PP=1781;ReadPosRankSum=1.268;SC=CTAGAGAAAGGGTTGTATGGC;SOR=0.644;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=318;TCF=162;TCR=156;TR=129;WE=169510241;WS=169510223;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:266,188:0.41:454
chr1	169519049	rs6025	T	C	4631.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.77;SOR=0.935;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,173:1.00:173
chr1	169525766	rs2239853	T	C	672.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-2.327;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.718;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=3;PP=446;ReadPosRankSum=-1.517;SC=TGTTAGGAACTGAGGAAAGTT;SOR=1.270;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=38;TCF=32;TCR=6;TR=24;WE=169525774;WS=169525756;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,27:0.66:41
chr1	169528384	rs6023	G	A	1646.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.808;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=254;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.502;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=17;PP=758;ReadPosRankSum=-0.057;SC=CACAGCCCTCGTGTTACCTGG;SOR=0.759;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=174;TCF=121;TCR=53;TR=59;WE=169528392;WS=169528374;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:156,90:0.37:246
chr1	169528580	rs6012	C	T	3941.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.856;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=321;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=74;PP=1809;ReadPosRankSum=1.052;SC=AGATAGAAGACGCTCATTAGC;SOR=0.700;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=197;TCF=72;TCR=125;TR=116;WE=169528588;WS=169528570;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:130,186:0.59:316
chr1	169529646	rs12119880	T	G	290.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=2.321;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=1;PP=171;ReadPosRankSum=-0.532;SC=TTTTTTCTCTTGTCAAACAAT;SOR=0.776;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=25;TCR=2;TR=11;WE=169529654;WS=169529642;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,13:0.41:32
chr1	169529826	rs6022	C	A	3421.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-2.952;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=286;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.279;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=43;PP=1173;ReadPosRankSum=-0.698;SC=CAATCAGCCCCGAGTTGAAAT;SOR=0.524;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=165;TCF=75;TCR=90;TR=83;WE=169529834;WS=169529816;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:118,166:0.58:284
chr1	169529973	rs6029	C	T	443.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=2.169;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.239;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=11;PP=242;ReadPosRankSum=1.873;SC=CCATCTTCTCCGCAGGGAATG;SOR=0.446;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=39;TCF=11;TCR=28;TR=16;WE=169529981;WS=169529963;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,21:0.45:47
chr1	169541513	rs6019	C	G	2445.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.192;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FS=0.493;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.12;ReadPosRankSum=0.641;SOR=0.734;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:99,121:0.55:220
chr1	169551549	rs56901113	T	TA	216.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=3;PP=79;SC=CAGTACTTCTTAAAAAAAAAA;SOR=1.445;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=10;TCF=6;TCR=4;TR=5;WE=169551557;WS=169551539;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr1	169555367	rs372224504	TA	T	138.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.791;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.17;MQRankSum=1.528;QD=2.43;ReadPosRankSum=1.669;SOR=0.538;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,19:0.33:57
chr1	169559326	rs3917853	G	A	1992.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-4.656;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.789;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=4;PP=2138;ReadPosRankSum=-0.712;SC=AAGCTTTATAGTCTTCCATTT;SOR=0.593;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=133;TCF=115;TCR=18;TR=45;WE=169559341;WS=169559316;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:98,56:0.36:154
chr1	169559333	rs3917852	AT	A	2115.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.264;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FS=1.461;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.06;MQRankSum=1.425;QD=11.19;ReadPosRankSum=0.480;SOR=0.857;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:126,63:0.33:189
chr1	169559635	rs3917851	T	C	284.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-2.487;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.715;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=17;PP=196;ReadPosRankSum=-1.018;SC=CATTGCATTTTGCACCCACAC;SOR=1.855;SbPval=0.94;Source=Platypus;TC=71;TCF=11;TCR=60;TR=18;WE=169559643;WS=169559625;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,19:0.26:73
chr1	169560471	rs3917840	A	G	47.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.360;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=2.881;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=3.98;ReadPosRankSum=-1.456;SOR=1.721;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,4:0.33:12
chr1	169560485	rs3917839	T	G	106.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=2.748;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.963;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=0;PP=79;ReadPosRankSum=-0.262;SC=TATTCCTACTTTATATTTTAA;SOR=1.802;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=11;TCR=1;TR=5;WE=169560493;WS=169560475;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,5:0.36:14
chr1	169560727	rs35706397	T	TAA	360.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.313;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.81;ReadPosRankSum=0.611;SOR=0.698;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:43,32:0.43:75
chr1	169562904	rs6128	C	T	7046.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.014;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=531;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.534;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=117;NR=110;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.988;SC=TCAGACCTATCGTAGAAGCCA;SOR=0.640;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=369;TCF=194;TCR=175;TR=227;WE=169562912;WS=169562894;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:201,326:0.62:527
chr1	169563062	rs17522707	G	A	1937.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.333;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=246;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.670;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=58;PP=1297;ReadPosRankSum=0.385;SC=TAAGATGTGCGATCAAGTAGG;SOR=0.815;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=190;TCF=59;TCR=131;TR=83;WE=169563070;WS=169563052;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:144,96:0.40:240
chr1	169564130	rs1569471	T	G	3517.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=29;NR=70;PP=2160;SC=AGAAAAGAAATAATGCAAGAG;SOR=1.628;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=99;TCF=29;TCR=70;TR=99;WE=169564138;WS=169564120;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr1	169565346	rs6133	C	A	2796.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.189;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=43;PP=1183;ReadPosRankSum=0.036;SC=GGACATTGCACCCCTGGAGTA;SOR=0.690;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=141;TCF=66;TCR=75;TR=81;WE=169565354;WS=169565336;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:93,135:0.59:228
chr1	169565393	rs3917811	C	A	2126.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.575;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.260;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=39;PP=1007;ReadPosRankSum=2.422;SC=AAAATGTTTCCATTCAGAGAC;SOR=0.581;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=111;TCF=41;TCR=70;TR=63;WE=169565401;WS=169565383;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,98:0.59:165
chr1	169566308	rs6132	G	A	5000.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.675;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=395;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.79;ReadPosRankSum=-1.430;SOR=0.707;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:154,237:0.61:391
chr1	169566313	rs6127	C	T	13827.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.682;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=374;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=97;NR=128;PP=2962;ReadPosRankSum=0.829;SC=AAGCCGTTGTCACAAGAGAAA;SOR=0.869;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=225;TCF=97;TCR=128;TR=225;WE=169566334;WS=169566298;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,368:0.99:370
chr1	169566326	rs6135	G	A	4078.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.629;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=330;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=65;PP=2962;ReadPosRankSum=-2.144;SC=AAGAGAAATGGCAGGTGGAGC;SOR=0.705;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=208;TCF=89;TCR=119;TR=111;WE=169566334;WS=169566298;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:133,193:0.59:326
chr1	169572541	.	CTCTCTGTG	C	62.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-1.305;ClippingRankSum=0.000;DP=84;ExcessHet=3.0103;FS=2.159;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=62.40;MQRankSum=0.000;QD=1.14;ReadPosRankSum=1.461;SOR=0.209;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:49,6:0.11:55
chr1	169572545	rs60786797	C	CTGTGTG	425.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.478;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FS=2.350;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=62.46;MQRankSum=0.000;QD=8.35;ReadPosRankSum=0.038;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,17:0.33:51
chr1	169580885	rs6131	C	T	1338.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-1.053;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.125;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.014;NF=19;NR=31;PP=635;ReadPosRankSum=-0.530;SC=GGTTCCTTCACTGGGGGCTTC;SOR=0.800;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=155;TCF=65;TCR=90;TR=50;WE=169580893;WS=169580875;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:137,74:0.35:211
chr1	169580972	rs3917730	C	CAT	4073.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=1.244;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.500;NF=5;NR=55;PP=2891;ReadPosRankSum=0.423;SC=AAAAGCCACACAGAGAGCAAT;SOR=1.609;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=62;TCF=5;TCR=57;TR=60;WE=169580980;WS=169580962;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,97:0.98:99
chr1	169582132	rs3917722	T	A	1047.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=2.239;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.169;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=12;PP=602;ReadPosRankSum=3.770;SC=CAAAATTCTATGTCAGTGAGG;SOR=1.038;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=47;TCF=28;TCR=19;TR=32;WE=169582140;WS=169582122;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,45:0.67:67
chr1	169586330	rs6129	C	T	2372.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.570;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.046;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=18;PP=1094;ReadPosRankSum=0.567;SC=CAGGGGCTGACGGACTCTTGA;SOR=0.917;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=113;TCF=77;TCR=36;TR=65;WE=169586338;WS=169586320;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,105:0.62:170
chr1	169599254	rs732314	T	C	11104.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.669;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=426;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=154;NR=99;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.862;SC=CTGACTTTACTCCATACCACT;SOR=0.994;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=255;TCF=155;TCR=100;TR=253;WE=169599262;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,422:1.00:424
chr1	169660781	rs12938	A	G	5781.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.766;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=97;NR=61;PP=2728;ReadPosRankSum=-0.911;SC=ACTGTTGGTCAGGTAGAAATC;SOR=1.035;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=160;TCF=98;TCR=62;TR=158;WE=169660789;WS=169660771;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,228:0.99:230
chr1	169665551	rs4987358	G	T	3264.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=54;NR=38;PP=1690;SC=CTGGTCATTTGGATGAGGACC;SOR=1.028;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=93;TCF=55;TCR=38;TR=92;WE=169665559;WS=169665541;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr1	169665632	rs2223286	T	C	4680.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=50;NR=60;PP=1703;SC=AAGTAGAGAATGAATCAGCAG;SOR=0.818;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=110;TCF=50;TCR=60;TR=110;WE=169665640;WS=169665622;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,185:1.00:185
chr1	169672595	rs202128116	GA	G	63.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.081;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FS=4.608;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.11;MQRankSum=1.696;QD=0.90;ReadPosRankSum=-1.975;SOR=1.501;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:55,16:0.23:71
chr1	169676486	rs1131498	A	G	5392.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=76;NR=59;PP=2723;SC=GACTTACCAAACTGACACTGG;SOR=0.901;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=135;TCF=76;TCR=59;TR=135;WE=169676494;WS=169676476;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,199:1.00:199
chr1	169679553	rs4987280	C	T	8040.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.782;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=315;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=125;NR=82;PP=2965;ReadPosRankSum=0.467;SC=ATAGACTTAGCGATATATAAA;SOR=0.584;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=208;TCF=126;TCR=82;TR=207;WE=169679561;WS=169679543;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,311:0.99:314
chr1	169680500	rs4987273	G	A	1376.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.842;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=11;PP=736;ReadPosRankSum=1.339;SC=TTTTTTGAGGGTCTGAGAAAA;SOR=0.716;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=125;TCF=92;TCR=33;TR=47;WE=169680508;WS=169680490;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:103,67:0.39:170
chr1	169698825	rs1534904	T	G	9226.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=345;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=90;NR=131;PP=2965;SC=CTGAGGATTTTAAAGAGCACC;SOR=0.977;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=222;TCF=91;TCR=131;TR=221;WE=169698833;WS=169698815;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,341:1.00:341
chr1	169698921	rs2076059	C	T	2485.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=18;NR=58;PP=1724;SC=AAGGGTAGATCCCAAAGTCCT;SOR=2.168;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=76;TCF=18;TCR=58;TR=76;WE=169698929;WS=169698911;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr1	169699819	rs3917419	G	A	2805.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=24;NR=54;PP=1716;SC=AAGAACACTGGAAACTAGAAC;SOR=1.519;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=80;TCF=24;TCR=56;TR=78;WE=169699827;WS=169699809;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr1	169768033	rs6680938	T	C	1873.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=31;NR=18;PP=1078;SC=ATTACTATGATACTAGTATCT;SOR=1.098;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=50;TCF=32;TCR=18;TR=49;WE=169768041;WS=169768023;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr1	169768080	rs6668114	C	A	3200.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=48;NR=38;PP=1652;SC=AACATTCTGACAGTTGGATTG;SOR=0.796;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=87;TCF=49;TCR=38;TR=86;WE=169768088;WS=169768070;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr1	169795214	rs57068023	CT	C	1496.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=6;NR=26;PP=626;SC=TTTAAAACAACTTTTTTTTTC;SOR=1.022;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=37;TCF=6;TCR=31;TR=32;WE=169795222;WS=169795204;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr1	169795276	rs6682137	A	C	1212.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=25;PP=769;SC=TGCAATGGCGAAATCTCGGCT;SOR=1.508;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=37;TCF=12;TCR=25;TR=37;WE=169795284;WS=169795266;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr1	169818726	.	C	T	2619.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.231;ClippingRankSum=0.000;DP=267;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.871;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=45;PP=980;ReadPosRankSum=0.023;SC=ACCTTGGAGGCGTTTACTCAG;SOR=0.923;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=162;TCF=75;TCR=87;TR=75;WE=169818734;WS=169818716;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:134,131:0.49:265
chr1	169819605	rs6664099	A	G	2058.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=0.660;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=29;PP=845;ReadPosRankSum=-0.136;SC=TGCTGAGCACAGTGCTGACGA;SOR=1.096;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=45;TCF=16;TCR=29;TR=45;WE=169819613;WS=169819595;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,80:0.98:82
chr1	169823660	rs1062976	C	T	13425.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.853;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=509;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=167;NR=185;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.659;SC=CTTGTGATGACACTTTTGGCG;SOR=0.771;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=352;TCF=167;TCR=185;TR=352;WE=169823668;WS=169823650;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,503:1.00:505
chr1	169823718	rs4656197	T	C	12212.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.470;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=472;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=151;NR=168;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.463;SC=GCTAATCTTTTGGGGTAAGCT;SOR=0.477;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=322;TCF=153;TCR=169;TR=319;WE=169823726;WS=169823708;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,466:0.99:469
chr1	169831690	rs5778632	CTCTT	C	1762.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=18;NR=7;PP=1301;SC=ACCTCCAAAACTCTTTCTTTC;SOR=2.948;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=28;TCF=19;TCR=9;TR=25;WE=169831701;WS=169831680;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr1	169831993	rs7525259	A	G	2572.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=18;NR=40;PP=1371;SC=TTTCAGTGAAAAGTATTAAGC;SOR=1.434;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=59;TCF=18;TCR=41;TR=58;WE=169832001;WS=169831983;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr1	169835950	rs12133843	A	C	550.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=13;NR=3;PP=356;SC=AACCAAATATATGACTCATCT;SOR=1.981;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=16;TCF=13;TCR=3;TR=16;WE=169835958;WS=169835940;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr1	169838278	rs17603022	G	A	3393.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=34;NR=68;PP=2023;SC=ACCTGTAAAAGCCCAAACAAA;SOR=1.411;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=102;TCF=34;TCR=68;TR=102;WE=169838286;WS=169838268;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr1	169847683	rs6683056	G	A	1201.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-1.977;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=4;PP=943;ReadPosRankSum=0.860;SC=CAATTTCTATGAACACCATAA;SOR=2.352;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=40;TCF=36;TCR=4;TR=39;WE=169847691;WS=169847673;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,41:0.98:42
chr1	169890933	rs518928	A	G	7999.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=305;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=73;NR=109;PP=2965;SC=CTAAAAAAGAAAAAAAAGAAT;SOR=0.959;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=186;TCF=76;TCR=110;TR=182;WE=169890941;WS=169890923;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,302:1.00:302
chr1	169891056	rs3838393	CT	C	583.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=3;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=22;PP=485;SC=ATATCATTAACTTTTTTTTTT;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=27;TCF=0;TCR=27;TR=22;WE=169891065;WS=169891046;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr1	169941761	rs511443	A	T	1210.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=9;NR=23;PP=641;SC=TGGTTAAAGAAACAAACTACA;SOR=1.559;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=9;TCR=23;TR=32;WE=169941769;WS=169941751;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr1	169947146	rs11396984	C	CA	810.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.250;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=4.286;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.90;ReadPosRankSum=1.438;SOR=1.802;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:6,45:0.88:51
chr1	169951748	rs638486	A	G	791.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=22;NR=3;PP=556;SC=TTTTCCTAACATAATAATAGT;SOR=2.910;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=25;TCF=22;TCR=3;TR=25;WE=169951756;WS=169951738;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr1	169952385	rs2057249	G	T	3331.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=82;NR=14;PP=2320;SC=CAGTCTATTTGAATAGAAAGC;SOR=2.876;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=96;TCF=82;TCR=14;TR=96;WE=169952393;WS=169952375;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr1	170135608	rs61825691	C	T	1104.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.158;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.994;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=6;PP=591;ReadPosRankSum=-0.622;SC=AAGGATGGGTCTCTGTACTTG;SOR=0.963;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=51;TCF=40;TCR=11;TR=31;WE=170135616;WS=170135598;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,48:0.60:80
chr1	170135828	rs41272487	C	T	2237.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-2.122;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=326;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=42;PP=871;ReadPosRankSum=-0.951;SC=ACCACTGCTACAGCCTGCAGG;SOR=0.682;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=205;TCF=91;TCR=114;TR=75;WE=170135836;WS=170135818;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:200,124:0.38:324
chr1	170136787	rs12075997	C	T	2157.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.588;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=325;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.873;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=47;PP=1165;ReadPosRankSum=1.190;SC=TCCTCCGGAGCCTAATAAGGA;SOR=0.751;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=218;TCF=98;TCR=120;TR=85;WE=170136795;WS=170136777;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:208,117:0.36:325
chr1	170136876	rs144066772	T	C	1389.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-2.726;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=38;PP=688;ReadPosRankSum=1.027;SC=ATGTTCGCACTGCACAGCGAC;SOR=0.639;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=83;TCF=18;TCR=65;TR=48;WE=170136884;WS=170136866;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,66:0.63:105
chr1	170501385	rs7531125	A	C	3442.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=43;NR=32;PP=1752;SC=GTTGGGCAGGATTCTCTGAGG;SOR=0.902;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=75;TCF=43;TCR=32;TR=75;WE=170501393;WS=170501375;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr1	170502517	rs1412892	A	G	273.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=8;NR=1;PP=148;SC=AGGCTAAGCTATGTAGTTAAC;SOR=2.303;SbPval=0.93;Source=Platypus;TC=11;TCF=8;TCR=3;TR=9;WE=170502525;WS=170502507;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr1	170508755	rs141412003	G	GT	573.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-0.149;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=18;PP=509;ReadPosRankSum=0.099;SC=CATTTAACCCGTTTTTTCCCA;SOR=0.551;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=40;TCF=0;TCR=40;TR=18;WE=170508763;WS=170508745;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,29:0.62:47
chr1	170511604	rs7538037	T	C	2323.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.304;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=12;PP=1120;ReadPosRankSum=-3.290;SC=TTTCATAAACTCATTTTTATG;SOR=0.644;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=99;TCF=76;TCR=23;TR=60;WE=170511612;WS=170511594;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,101:0.68:149
chr1	170521376	rs913257	G	A	8281.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=1.723;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=307;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=109;NR=110;PP=2965;ReadPosRankSum=0.825;SC=ATTGCTACACGAACAAGAAGT;SOR=0.700;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=220;TCF=109;TCR=111;TR=219;WE=170521384;WS=170521366;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,293:0.99:297
chr1	170633186	rs11286665	AT	A	261.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=2.661;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5206;FS=5.421;HP=12;HapScore=2;MGOF=56;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.694;NF=16;NR=3;PP=203;ReadPosRankSum=1.950;SC=CTCTTTTCCAATTTTTTTTTT;SOR=2.303;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=22;TCR=4;TR=19;WE=170633194;WS=170633177;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,19:0.73:26
chr1	170633229	rs373077469	CCT	C	91.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.092;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=3.749;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.17;MQRankSum=-0.354;QD=1.55;ReadPosRankSum=-0.529;SOR=0.234;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:50,9:0.15:59
chr1	170927572	rs35425940	T	TC	610.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.713;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FS=2.410;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.26;ReadPosRankSum=1.657;SOR=0.490;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:68,48:0.41:116
chr1	170928671	rs2294740	T	C	2813.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.056;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=244;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=38;PP=1181;ReadPosRankSum=-1.874;SC=GGAATGCTAGTTGTCATGCCA;SOR=0.721;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=138;TCF=65;TCR=73;TR=71;WE=170928679;WS=170928661;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:109,134:0.55:243
chr1	170931180	rs72710535	C	T	756.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.507;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=13;PP=311;ReadPosRankSum=-0.678;SC=CTATGCTTCACTTTCTTCTCA;SOR=0.742;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=39;TCF=14;TCR=25;TR=20;WE=170931188;WS=170931170;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,36:0.55:66
chr1	170993444	rs3077629	G	GGT	896.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.116;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.989;HP=3;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.662;NF=23;NR=2;PP=1020;ReadPosRankSum=0.298;SC=ATTTATATGGGGTGTGTGTGT;SOR=2.038;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=32;TCF=28;TCR=4;TR=25;WE=170993452;WS=170993434;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,33:0.85:39
chr1	171061989	rs4140653	C	T	340.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.958;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.11;ReadPosRankSum=-1.471;SOR=0.560;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,16:0.38:42
chr1	171061989	.	CA	TG	40	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MMLQ=21;MQ=60.0;NF=3;NR=6;PP=40;QD=10.3853194291;SC=TATAAGAGCACACTGTGTGCA;SbPval=0.23;Source=Platypus;TC=27;TCF=5;TCR=22;TR=9;WE=171061998;WS=171061979;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:18,9:0.33:27
chr1	171061990	rs2064074	A	G	1484.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=22;PP=321;SC=ATAAGAGCACACTGTGTGCAC;SOR=2.303;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=27;TCF=5;TCR=22;TR=27;WE=171061998;WS=171061979;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr1	171070472	rs12404455	G	T	337.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.852;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.122;HP=5;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=7;PP=113;ReadPosRankSum=-1.737;SC=GCAGCCACAAGAAACTAATAC;SOR=0.530;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=33;TCF=11;TCR=22;TR=10;WE=171070480;WS=171070462;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,20:0.42:48
chr1	171072798	rs28363535	G	A	551.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-4.343;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.932;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=0;PP=383;ReadPosRankSum=-0.404;SC=GTAGATTTTGGTAACCACGGA;SOR=1.769;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=56;TCF=54;TCR=2;TR=22;WE=171072806;WS=171072795;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,24:0.41:59
chr1	171072862	rs28363536	G	T	2780.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.034;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.716;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=69;NR=19;PP=1621;ReadPosRankSum=1.705;SC=CTTGGAACCAGCCCTGACCAT;SOR=0.997;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=147;TCF=111;TCR=36;TR=88;WE=171072870;WS=171072852;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,121:0.62:195
chr1	171076740	rs28363545	T	C	286.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=1.500;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=0;PP=200;ReadPosRankSum=1.144;SC=TAACCCACTTTTCTTTTTTCA;SOR=0.823;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=31;TCF=30;TCR=1;TR=11;WE=171076748;WS=171076734;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,13:0.34:38
chr1	171076935	rs1800822	C	T	3647.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.551;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=610;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.547;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=2.741;NF=70;NR=68;PP=1863;ReadPosRankSum=2.349;SC=TGGTTTGTTCCGGACATCATG;SOR=0.693;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=346;TCF=170;TCR=176;TR=138;WE=171076943;WS=171076925;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:392,210:0.35:602
chr1	171076966	rs2266782	G	A	8143.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-1.033;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=582;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-2.727;NF=84;NR=113;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.363;SC=CCTACCAAAAGAGTCCTTTCC;SOR=0.638;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=332;TCF=142;TCR=190;TR=197;WE=171076974;WS=171076956;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:202,374:0.65:576
chr1	171077038	rs143661234	GTCT	G	2475.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.682;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=246;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.850;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQ=60.18;MQRankSum=2.765;NF=5;NR=37;PP=1609;ReadPosRankSum=-1.635;SC=TCTTGATAATGTCTTCTTTTT;SOR=0.854;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=128;TCF=18;TCR=110;TR=42;WE=171077048;WS=171077028;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:137,73:0.35:210
chr1	171077165	rs2066529	G	A	2087.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-0.495;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.135;HP=3;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=30;PP=1041;ReadPosRankSum=0.042;SC=TTCTGTTAAAGTCTTTGTTTA;SOR=0.535;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=100;TCF=55;TCR=45;TR=63;WE=171077173;WS=171077155;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,92:0.63:146
chr1	171077198	rs1920149	G	A	6330.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-2.196;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=253;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=79;NR=54;PP=2519;ReadPosRankSum=-0.596;SC=AAACTGCCATGTATTTCTCAC;SOR=0.320;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=134;TCF=79;TCR=55;TR=133;WE=171077206;WS=171077188;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,243:1.00:244
chr1	171077502	rs28363550	TC	T	323.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.572;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.251;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=1.038;NF=1;NR=10;PP=323;ReadPosRankSum=-0.243;SC=TAGCTGAGCTTCCCCAAGTAA;SOR=0.193;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=25;TCF=1;TCR=24;TR=11;WE=171077510;WS=171077492;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,14:0.52:27
chr1	171083174	rs909530	C	T	10347.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.876;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=389;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=160;NR=83;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.590;SC=CTGTATTTAACGATGAGCTCC;SOR=1.188;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=247;TCF=162;TCR=85;TR=243;WE=171083182;WS=171083164;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,387:0.99:389
chr1	171083242	rs2266780	A	G	7631.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.576;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=614;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=117;NR=93;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.949;SC=GAATTCACAGAGACCTCGGCC;SOR=0.707;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=388;TCF=214;TCR=174;TR=210;WE=171083250;WS=171083232;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:251,362:0.59:613
chr1	171083537	rs909531	T	C	982.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-2.478;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.602;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=36;PP=637;ReadPosRankSum=0.996;SC=ATTGCGAAGATGAATGCCAGT;SOR=1.460;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=63;TCF=9;TCR=54;TR=41;WE=171083545;WS=171083527;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,45:0.62:72
chr1	171085314	rs2066528	A	AT	1440.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=16;NR=8;PP=1008;SC=TGCCAGACTCATTAATTACCA;SOR=1.464;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=25;TCF=16;TCR=9;TR=24;WE=171085322;WS=171085304;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr1	171112490	rs1736565	C	T	5634.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=49;NR=121;PP=2965;SC=AAGATACATACAGTTTGAGGT;SOR=1.644;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=170;TCF=49;TCR=121;TR=170;WE=171112498;WS=171112480;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,205:1.00:205
chr1	171115483	rs72712685	A	G	2992.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=2.287;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=31;PP=1676;ReadPosRankSum=-0.012;SC=TAAATTTTCTAGTTTTCTTAA;SOR=0.692;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=164;TCF=110;TCR=54;TR=94;WE=171115491;WS=171115473;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:97,129:0.57:226
chr1	171115567	rs11812044	G	A	5053.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.021;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=459;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.519;HP=4;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=77;NR=71;PP=2493;ReadPosRankSum=-0.494;SC=TTACTGAAAAGGATGGGAAAC;SOR=0.635;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=260;TCF=136;TCR=124;TR=148;WE=171115575;WS=171115557;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:214,244:0.53:458
chr1	171115645	rs11812061	G	T	4191.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.355;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=321;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.387;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=84;PP=2070;ReadPosRankSum=1.777;SC=ATCTGCCAACGGATTCCTTTC;SOR=0.792;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=215;TCF=77;TCR=138;TR=130;WE=171115653;WS=171115635;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:126,191:0.60:317
chr1	171116760	rs7063044	C	T	3777.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-1.349;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=288;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=40;PP=1447;ReadPosRankSum=0.121;SC=CCATGTTCCACTTAGGCCTGG;SOR=0.679;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=155;TCF=89;TCR=66;TR=94;WE=171116768;WS=171116750;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:105,180:0.63:285
chr1	171118840	rs2272797	G	A	2188.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.590;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.661;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=41;PP=1043;ReadPosRankSum=1.639;SC=CTGGTTATATGTCCAGAAGAT;SOR=0.478;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=84;TCF=27;TCR=57;TR=63;WE=171118848;WS=171118830;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,98:0.75:131
chr1	171121173	rs7889839	A	G	7855.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.548;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=709;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.116;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=151;NR=102;PP=2962;ReadPosRankSum=0.307;SC=GGATGGGACCATGTTTGAGGC;SOR=0.795;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=439;TCF=251;TCR=188;TR=253;WE=171121181;WS=171121163;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:299,391:0.57:690
chr1	171121268	rs7886938	G	A	12308.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.299;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=980;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=172;NR=165;PP=2962;ReadPosRankSum=2.100;SC=GAAACAATGAGGTTACCTTGT;SOR=0.682;SbPval=0.56;Source=Platypus;TCR=283;TR=337;WE=171121276;WS=171121258;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:403,565:0.58:968
chr1	171121421	rs7887142	G	T	4653.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.778;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=310;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.499;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=110;PP=2816;ReadPosRankSum=-1.118;SC=GGGCCATTCTGTCTTTCATTC;SOR=0.823;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=233;TCF=68;TCR=165;TR=153;WE=171121429;WS=171121411;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:111,198:0.64:309
chr1	171121571	rs11406277	T	TG	74.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.956;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=5.75;ReadPosRankSum=-0.434;SOR=0.283;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,5:0.38:13
chr1	171130590	.	AAC	A	104.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.455;ClippingRankSum=0.000;DP=86;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.75;ReadPosRankSum=-0.395;SOR=0.385;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:51,9:0.15:60
chr1	171227216	rs10912675	T	C	4997.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=72;NR=48;SC=ATCTTCCTCATGCAGGAGAAC;SOR=0.958;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=120;TCF=72;TCR=48;TR=120;WE=171227224;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,193:1.00:193
chr1	171244759	rs2076320	A	C	939.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=27;PP=615;SC=TAAAGTTGGGAGGTAGGAGGA;SOR=3.737;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=29;TCF=2;TCR=27;TR=29;WE=171244767;WS=171244749;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr1	171254794	rs12954	C	T	755.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=22;PP=586;SC=ATAGTAAAGGCCACCCTCTCG;SOR=4.174;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=24;TCF=2;TCR=22;TR=24;WE=171254802;WS=171254784;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr1	171300959	rs2294482	T	C	4866.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=44;NR=83;PP=2645;SC=AATCCCATCATCAGTTATGAT;SOR=1.098;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=128;TCF=45;TCR=83;TR=127;WE=171300967;WS=171300949;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,179:1.00:179
chr1	171301033	rs2294483	C	G	2118.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=3;MGOF=31;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=10;NR=44;PP=1230;SC=TGCAGACACACAGTAAGTGGG;SOR=2.041;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=54;TCF=10;TCR=44;TR=54;WE=171301051;WS=171301023;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr1	171301043	rs71103398	G	GA	557.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.292;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.24;MQRankSum=0.500;QD=15.94;ReadPosRankSum=0.666;SOR=1.112;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:4,31:0.89:35
chr1	171303925	rs3820170	C	T	10752.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=411;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=98;NR=139;PP=2965;SC=TACTGAAAGTCCTCTCTTTGG;SOR=0.919;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=237;TCF=98;TCR=139;TR=237;WE=171303933;WS=171303915;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,410:1.00:410
chr1	171306613	.	C	CA	902.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.943;ClippingRankSum=0.000;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.584;HP=8;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQ=60.17;MQRankSum=1.632;NF=0;NR=27;PP=632;ReadPosRankSum=0.884;SC=TATTCTGTTACAAAAAAAGGA;SOR=1.027;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=65;TCF=3;TCR=62;TR=27;WE=171306621;WS=171306603;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,50:0.43:117
chr1	171311003	rs1042772	A	C	8268.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=2.128;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=307;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.733;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=69;NR=114;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.615;SC=AGGGTTACACAAAGTCATGCT;SOR=0.755;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=184;TCF=70;TCR=114;TR=183;WE=171311011;WS=171310993;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,299:1.00:300
chr1	171514848	rs144272003	T	TTTTA	1253.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=0;NR=24;PP=1333;SC=GTTTCTTTCATTTTATTTATT;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=51;TCF=0;TCR=51;TR=24;WE=171514856;WS=171514838;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr1	171607569	rs144871239	CAG	C	34.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.389;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.89;ReadPosRankSum=0.536;SOR=0.412;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,5:0.13:39
chr1	171673749	rs3835498	AT	A	187.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=1.862;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.983;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=6;PP=161;ReadPosRankSum=0.305;SC=ATATTCCTAAATGTAGTTGTG;SOR=1.501;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=0;TCR=19;TR=6;WE=171673757;WS=171673739;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,8:0.29:28
chr1	171679958	rs10913530	G	A	1003.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.827;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.118;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=23;PP=555;ReadPosRankSum=0.955;SC=CTGAACACTAGTTTAAAAAAG;SOR=0.448;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=108;TCF=41;TCR=67;TR=41;WE=171679966;WS=171679948;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:96,54:0.36:150
chr1	171707272	rs10753179	T	C	155.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.020;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=10.38;ReadPosRankSum=0.015;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,8:0.53:15
chr1	171751051	rs2294719	A	G	1817.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.256;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=251;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.225;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=33;PP=928;ReadPosRankSum=-0.305;SC=AAGCTCCTCAAATGGTATCTC;SOR=0.759;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=158;TCF=79;TCR=79;TR=61;WE=171751059;WS=171751041;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:152,93:0.38:245
chr1	171751236	rs2294720	T	C	826.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-1.025;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=14;PP=247;ReadPosRankSum=-1.330;SC=GGGTGCTACATAAATATATCA;SOR=0.635;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=76;TCF=28;TCR=48;TR=22;WE=171751244;WS=171751226;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,45:0.39:116
chr1	171753039	rs2232816	A	G	2427.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.466;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=324;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=38;PP=1007;ReadPosRankSum=-1.116;SC=GAAGATGGACATGACGCAGAT;SOR=0.698;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=211;TCF=105;TCR=106;TR=76;WE=171753047;WS=171753029;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:189,129:0.41:318
chr1	171755170	rs2232818	G	A	2033.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.877;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=363;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.854;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=42;PP=936;ReadPosRankSum=0.418;SC=CTGAGCTGTCGGCTAGAGTCA;SOR=0.768;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=223;TCF=93;TCR=130;TR=68;WE=171755178;WS=171755160;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:244,118:0.33:362
chr1	171763522	rs909958	C	A	1311.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-2.169;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.524;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=20;PP=878;ReadPosRankSum=0.563;SC=GACTTGTTTCCTTCTTTTTCC;SOR=0.459;SbPval=0.26;Source=Platypus;TC=155;TCF=111;TCR=44;TR=58;WE=171763530;WS=171763512;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:143,72:0.33:215
chr1	171765591	rs2232826	G	A	2715.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.825;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=396;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.798;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=39;PP=1573;ReadPosRankSum=-2.216;SC=CCTGATGTGAGGTCATTCTGA;SOR=0.751;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=234;TCF=141;TCR=93;TR=99;WE=171765599;WS=171765581;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:245,143:0.37:388
chr1	171956803	rs3736790	C	T	2184.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=3.094;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=348;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.936;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=23;PP=1030;ReadPosRankSum=-1.967;SC=TAGAATATGCCGAGTTTCTAC;SOR=0.807;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=211;TCF=132;TCR=79;TR=68;WE=171956811;WS=171956793;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:212,116:0.35:328
chr1	172001666	.	CTTTTTTTT	C	1048.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.856;ClippingRankSum=0.000;DP=146;ExcessHet=3.0103;FS=33.790;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.30;MQRankSum=1.939;QD=16.92;ReadPosRankSum=2.076;SOR=1.585;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,33:0.53:62
chr1	172011059	rs3736791	G	A	290.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.612;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=2;PP=168;ReadPosRankSum=-0.068;SC=ACCTGGAAAAGGATTCTAAGG;SOR=0.862;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=35;TCF=27;TCR=8;TR=13;WE=172011067;WS=172011049;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,16:0.37:43
chr1	172038079	rs12760234	T	C	1441.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=2.927;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=30;PP=927;ReadPosRankSum=0.960;SC=GGCAGGGAGATTGTGGGAGGT;SOR=0.693;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=86;TCF=32;TCR=54;TR=49;WE=172038087;WS=172038069;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,63:0.52:121
chr1	172222629	rs139551857	TCTCTCCTCTCCTCTCCTCTC	T,TCTCTC	3218.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=17;NF=23,23;NR=7,7;PP=531,1758;SC=CAATTTTCTGTCTCTCCTCTC;SOR=2.425;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=38;TCF=30;TCR=8;TR=30,30;WE=172222656;WS=172222628;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.45,0.55:78
chr1	172277845	rs200321314	AT	A	84.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.441;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.83;ReadPosRankSum=-0.151;SOR=0.555;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:78,24:0.24:102
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chr1	172410967	rs1063412	G	A	2196.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.263;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=332;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.935;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=20;PP=987;ReadPosRankSum=0.493;SC=AGGTAGAATGGACACAGACAT;SOR=0.811;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=200;TCF=130;TCR=70;TR=65;WE=172410975;WS=172410957;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:214,116:0.35:330
chr1	172411496	rs2230471	A	G	1338.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=29;NR=16;PP=1059;SC=AAGAAGCCAGACCAGTCCCTA;SOR=1.559;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=45;TCF=29;TCR=16;TR=45;WE=172411504;WS=172411486;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr1	172417781	rs2157451	A	G	767.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=19;PP=490;SC=TACACCATCAATGTTCAATAA;SOR=2.753;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=21;TCF=2;TCR=19;TR=21;WE=172417789;WS=172417771;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr1	172425529	rs2285170	C	G	5593.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-3.819;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=879;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=96;NR=106;PP=2438;ReadPosRankSum=1.490;SC=ATTTCCTCACCTCTCTCTGTC;SOR=0.662;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=508;TCF=236;TCR=272;TR=202;WE=172425537;WS=172425519;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:547,322:0.37:869
chr1	172431210	rs4916261	G	A	161.03	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-1.534;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=2;PP=108;ReadPosRankSum=0.887;SC=AAGGATGTATGAAGGACTTTG;SOR=0.693;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=7;TCF=5;TCR=2;TR=6;WE=172431218;WS=172431200;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,7:0.88:8
chr1	172434309	rs9425328	G	A	377.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.100;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=1.358;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.00;ReadPosRankSum=-0.407;SOR=0.432;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:43,20:0.32:63
chr1	172434375	rs2901655	G	A	1874.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.671;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=250;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.269;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=21;PP=783;ReadPosRankSum=-1.023;SC=ATGTATAAAGGCACATTTCTT;SOR=0.553;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=170;TCF=116;TCR=54;TR=62;WE=172434383;WS=172434365;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:144,99:0.41:243
chr1	172434812	rs2901656	C	T	2874.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=2.064;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=400;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.950;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=62;PP=1576;ReadPosRankSum=0.612;SC=ATAAAAGTTCCCCTATTGGCA;SOR=0.884;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=261;TCF=110;TCR=151;TR=101;WE=172434820;WS=172434802;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:244,147:0.38:391
chr1	172437592	rs1129942	G	A	1303.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.844;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=21;PP=731;ReadPosRankSum=0.466;SC=CATCCAGAAAGCATTCACTAC;SOR=0.690;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=148;TCF=88;TCR=60;TR=51;WE=172437600;WS=172437582;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:153,72:0.32:225
chr1	172501643	rs2239816	T	C	5114.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.851;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=405;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.883;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=92;NR=76;PP=2711;ReadPosRankSum=-0.038;SC=CCCCTTTCTATCTACCAATCA;SOR=0.530;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=276;TCF=157;TCR=119;TR=168;WE=172501651;WS=172501633;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:160,234:0.59:394
chr1	172502340	rs2285143	T	C	736.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.62;BaseQRankSum=-0.471;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.975;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=8;PP=298;ReadPosRankSum=0.061;SC=AGCCGGTGGCTGCAGCGGCGG;SOR=1.030;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=41;TCF=26;TCR=15;TR=23;WE=172502348;WS=172502330;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,38:0.53:72
chr1	172502479	rs2285144	T	C	1913.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.61;BaseQRankSum=0.988;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.633;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=15;PP=887;ReadPosRankSum=-0.147;SC=TCGGTCACATTCTCGCGCTCC;SOR=0.788;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=81;TCF=55;TCR=26;TR=49;WE=172502487;WS=172502469;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,85:0.58:146
chr1	172502727	rs55696309	TA	T	3598.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.834;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.541;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.167;NF=3;NR=50;PP=2095;ReadPosRankSum=0.677;SC=TTTTGGCTTTTAGGGTCCGGG;SOR=0.346;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=86;TCF=5;TCR=81;TR=53;WE=172502735;WS=172502717;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,113:0.69:163
chr1	172522602	rs1159378	G	A	79.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.481;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=7.25;ReadPosRankSum=2.297;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,6:0.55:11
chr1	172547465	rs2285664	A	G	4824.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.616;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=357;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.406;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=72;NR=65;PP=2054;ReadPosRankSum=1.568;SC=TGGTGGAAGAATATGAAGAAA;SOR=0.652;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=211;TCF=113;TCR=98;TR=137;WE=172547473;WS=172547455;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:123,226:0.65:349
chr1	172554867	rs10752995	T	A	348.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-3.585;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=1;PP=217;ReadPosRankSum=-0.316;SC=CTTTGATTTTTTAAGAAAAAG;SOR=0.569;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=19;TCF=18;TCR=1;TR=12;WE=172554875;WS=172554860;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,14:0.67:21
chr1	172577864	rs372623434	CT	C	462.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.135;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FS=0.809;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.32;ReadPosRankSum=-0.429;SOR=0.569;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:58,49:0.46:107
chr1	172629250	rs140406512	C	A	2282.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.673;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=344;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.410;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=32;PP=1142;ReadPosRankSum=-0.511;SC=CAGCCAGATGCACACAGCATC;SOR=0.739;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=205;TCF=120;TCR=85;TR=79;WE=172629258;WS=172629240;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:218,123:0.36:341
chr1	172633350	rs5030772	A	G	205.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=1.164;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=1;PP=94;ReadPosRankSum=-0.728;SC=TGATTAGTATATGTTAGACTG;SOR=1.022;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=9;TCF=8;TCR=1;TR=7;WE=172633358;WS=172633341;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,8:0.80:10
chr1	172634734	rs2639653	T	C	1572.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=37;NR=9;PP=1027;SC=CTATTCCTTGTTGAAAGCTCC;SOR=2.179;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=47;TCF=38;TCR=9;TR=46;WE=172634742;WS=172634724;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr1	173157541	rs17346501	T	C	141.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=0;PP=78;ReadPosRankSum=-0.000;SC=TGGGATTTAATTGGAATTTAA;SOR=1.402;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=8;TCR=0;TR=5;WE=173157549;WS=173157539;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,6:0.67:9
chr1	173457017	rs78495657	C	T	98.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-2.099;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=6;PP=73;ReadPosRankSum=-0.961;SC=CTTGGAGAAGCTGGTGCTGTG;SOR=0.859;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=1;TCR=21;TR=6;WE=173457025;WS=173457007;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,6:0.24:25
chr1	173472551	rs10912625	T	C	413.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.241;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=15;PP=189;ReadPosRankSum=1.506;SC=AATATCTATTTGCTTTCTCCC;SOR=0.598;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=62;TCF=15;TCR=47;TR=21;WE=173472559;WS=173472541;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,27:0.31:87
chr1	173474262	rs6687872	G	A	550.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-4.323;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=2;PP=428;ReadPosRankSum=-0.130;SC=TGGGCCCAAGGATGGGGACTA;SOR=0.455;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=50;TCF=46;TCR=4;TR=23;WE=173474270;WS=173474258;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,23:0.43:53
chr1	173474429	rs12026637	T	C	4076.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=0.678;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=571;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=59;PP=1794;ReadPosRankSum=2.733;SC=GCTCAGATGCTTGGATTATCA;SOR=0.680;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=316;TCF=164;TCR=152;TR=125;WE=173474437;WS=173474419;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:347,219:0.39:566
chr1	173478648	rs10737303	T	C	364.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=0.652;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.687;NF=14;NR=3;PP=303;ReadPosRankSum=0.725;SC=GAAATGCATTTTGTAAAAAAT;SOR=0.659;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=48;TCF=40;TCR=8;TR=17;WE=173478656;WS=173478638;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,18:0.35:52
chr1	173490407	rs5778771	TA	T,TAA	927.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.060;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FS=2.008;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.16;MQRankSum=0.777;QD=7.54;ReadPosRankSum=1.002;SOR=1.012;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:22,65,36:0.53,0.29:123
chr1	173490547	.	G	GA	76.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.400;ClippingRankSum=0.000;DP=191;ExcessHet=3.0103;FS=9.022;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.48;ReadPosRankSum=-2.251;SOR=0.977;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:134,25:0.16:159
chr1	173490616	rs146332693	CTATATA	C	715.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;QD=55.06;SOR=2.670;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,12:0.92:13
chr1	173493312	rs10912633	A	G	174.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.121;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.358;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=7;PP=138;ReadPosRankSum=0.263;SC=AAGGAAATCTAAATAAACTAC;SOR=2.093;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=0;TCR=11;TR=7;WE=173493320;WS=173493302;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,7:0.54:13
chr1	173516871	rs16846206	G	C	2836.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-1.484;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=445;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.541;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=43;PP=1201;ReadPosRankSum=-0.965;SC=CTCCATTAAAGCTTCATCTGT;SOR=0.645;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=245;TCF=121;TCR=124;TR=89;WE=173516879;WS=173516861;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:279,160:0.36:439
chr1	173516903	rs10494490	A	G	2524.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.935;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=403;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.579;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=43;PP=970;ReadPosRankSum=0.349;SC=TCTTCATATCATTATGTGAAA;SOR=0.506;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=230;TCF=96;TCR=134;TR=82;WE=173516911;WS=173516893;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:253,147:0.37:400
chr1	173552783	rs12032386	G	A	674.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.960;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FS=0.827;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.03;ReadPosRankSum=-3.313;SOR=0.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:48,36:0.43:84
chr1	173556699	rs301698	G	T	726.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=22;NR=2;PP=556;SC=AAAGCACAGAGTCTTATTCTT;SOR=3.528;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=24;TCF=22;TCR=2;TR=24;WE=173556707;WS=173556689;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr1	173606207	rs12067170	T	A	376.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.093;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.62;ReadPosRankSum=-1.614;SOR=0.706;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:47,20:0.30:67
chr1	173615965	rs7539322	C	T	4280.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.696;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=713;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.859;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=99;NR=57;PP=2307;ReadPosRankSum=-0.176;SC=AGTTTGCTAACCCCTTGTGAG;SOR=0.866;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=439;TCF=265;TCR=174;TR=156;WE=173615973;WS=173615955;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:465,238:0.34:703
chr1	173626609	.	G	GA	114.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.205;ClippingRankSum=0.000;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.39;ReadPosRankSum=-1.768;SOR=0.518;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,14:0.29:48
chr1	173636845	rs200555170	TA	T	1064.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.559;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=260;ExcessHet=3.0103;FS=1.698;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.31;ReadPosRankSum=0.888;SOR=0.838;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:154,93:0.38:247
chr1	173794586	.	C	CTATTATTATTAT	297.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=1.600;ClippingRankSum=0.000;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.45;ReadPosRankSum=-0.875;SOR=0.829;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,12:0.46:26
chr1	173794587	rs146050880	C	T	467.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.105;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=3.802;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=24.62;ReadPosRankSum=0.549;SOR=2.584;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,9:0.47:19
chr1	173797451	.	TC	T	166.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.744;ClippingRankSum=0.000;DP=164;ExcessHet=3.0103;FS=41.373;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.07;ReadPosRankSum=2.157;SOR=0.014;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:132,24:0.15:156
chr1	173814258	rs77124001	T	C	353.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=0.553;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.966;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=2;PP=97;ReadPosRankSum=0.369;SC=TATTAAATCTTACTATTGTAA;SOR=0.897;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=15;TCF=7;TCR=8;TR=6;WE=173814266;WS=173814248;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,17:0.47:36
chr1	173819743	rs66665709	C	CT	33.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.963;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=8.980;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.41;ReadPosRankSum=1.017;SOR=0.053;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,7:0.29:24
chr1	173834332	.	TA	T	74.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.443;ClippingRankSum=0.000;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=1.810;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.26;ReadPosRankSum=0.000;SOR=1.302;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,12:0.36:33
chr1	173834605	rs2235095	G	A	512.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-3.726;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.467;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=8;PP=246;ReadPosRankSum=-2.273;SC=AATAAAACATGTACCTTTAAA;SOR=0.361;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=53;TCF=33;TCR=20;TR=19;WE=173834613;WS=173834595;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,27:0.40:68
chr1	173834632	rs6790	G	A	461.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-4.413;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.267;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=5;PP=332;ReadPosRankSum=0.126;SC=GACAGGAACTGTCTTCATGTC;SOR=0.412;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=66;TCF=54;TCR=12;TR=23;WE=173834640;WS=173834622;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,24:0.33:73
chr1	173842467	rs9286895	A	G	225.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-0.612;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.413;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=3;PP=136;ReadPosRankSum=2.666;SC=TTAACTCCACAAAACTATTCC;SOR=1.158;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=42;TCF=31;TCR=11;TR=15;WE=173842475;WS=173842457;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,15:0.33:45
chr1	173855298	rs1322775	A	T	839.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=2.733;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.605;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=23;PP=558;ReadPosRankSum=-0.988;SC=CTCTTCCCCTATGAGCCATAA;SOR=0.474;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=95;TCF=29;TCR=66;TR=36;WE=173855306;WS=173855288;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,42:0.36:116
chr1	173876705	rs2759328	C	T	2337.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.156;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=369;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.887;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=46;PP=1070;ReadPosRankSum=1.276;SC=TTGGCTTCAACCCACAGATGG;SOR=0.847;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=234;TCF=101;TCR=133;TR=76;WE=173876713;WS=173876695;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:235,132:0.36:367
chr1	173878832	rs5878	T	C	4357.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.412;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=673;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.820;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=77;NR=61;PP=1991;ReadPosRankSum=0.036;SC=CCAGCCACTCTTGCAGCACCT;SOR=0.823;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=392;TCF=208;TCR=184;TR=138;WE=173878840;WS=173878822;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:427,241:0.36:668
chr1	173878862	rs5877	T	C	3902.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.653;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=602;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=71;NR=63;PP=1898;ReadPosRankSum=0.525;SC=GTTCCTTCTCTACCTTGGCCA;SOR=0.675;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=382;TCF=200;TCR=182;TR=134;WE=173878870;WS=173878852;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:378,216:0.36:594
chr1	173886216	rs2227589	C	T	192.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.830;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.298;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=1;PP=142;ReadPosRankSum=0.559;SC=CTTGAAATGACGTCTTCCAAA;SOR=1.863;SbPval=0.92;Source=Platypus;TC=30;TCF=23;TCR=7;TR=10;WE=173886224;WS=173886206;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,10:0.33:30
chr1	173961807	rs34709821	A	AAC	185.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.287;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=4.932;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.60;MQRankSum=0.996;QD=3.44;ReadPosRankSum=-0.405;SOR=1.569;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:40,14:0.26:54
chr1	174188285	rs2103640	G	A	1307.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.263;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=224;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.718;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=19;PP=430;ReadPosRankSum=-0.532;SC=AGAGAAGTTTGCAGAACTGAA;SOR=0.723;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=141;TCF=75;TCR=66;TR=42;WE=174188293;WS=174188275;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:144,77:0.35:221
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chr1	174274349	rs2860909	T	G	358.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=2.559;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=13;PP=272;ReadPosRankSum=-0.176;SC=GTGTTGTGGGTAGAAGTGGTG;SOR=0.725;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=33;TCF=5;TCR=28;TR=15;WE=174274357;WS=174274339;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,17:0.41:41
chr1	174417231	rs7516240	G	A	4102.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=79;NR=26;PP=2380;SC=GTCTGCAGGTGTCTTTAAATT;SOR=1.758;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=105;TCF=79;TCR=26;TR=105;WE=174417239;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,148:1.00:148
chr1	174516999	rs41266050	C	T	393.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=0.114;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.919;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=3;PP=252;ReadPosRankSum=-0.442;SC=TAGTCTTACACCGAGACAGAC;SOR=1.314;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=51;TCF=41;TCR=10;TR=18;WE=174517007;WS=174516989;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,20:0.34:59
chr1	174926860	rs34143059	CT	C	789.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.979;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FS=1.006;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.67;ReadPosRankSum=-1.672;SOR=0.929;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,78:0.76:103
chr1	174927388	rs10798329	G	C	886.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=22;PP=617;SC=TGATATTTGAGTTAAAGTATG;SOR=1.981;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=9;TCR=22;TR=31;WE=174927396;WS=174927378;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr1	174945171	rs142125254	CTGTATGACTGTGA	C	10222.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.543;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=543;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.694;NF=34;NR=68;PP=2962;ReadPosRankSum=0.668;SC=TCTTTACCCTCTGTATGACTG;SOR=0.674;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=200;TCF=66;TCR=134;TR=102;WE=174945191;WS=174945161;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:251,264:0.51:515
chr1	174969271	rs1046439	C	T	11239.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=426;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=176;NR=108;PP=2965;SC=TCCTGTTCCTCCTTCTGCGCG;SOR=1.173;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=284;TCF=176;TCR=108;TR=284;WE=174969279;WS=174969261;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,412:1.00:412
chr1	174984072	rs199952908	TTC	T	57.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.189;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FS=1.340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.91;MQRankSum=0.000;QD=1.15;ReadPosRankSum=-0.184;SOR=0.914;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,14:0.28:50
chr1	175046488	rs2072033	G	A	1383.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.019;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=16;PP=844;ReadPosRankSum=-0.115;SC=GCACATCTCCGTGGCTTTCTT;SOR=0.754;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=87;TCF=62;TCR=25;TR=55;WE=175046496;WS=175046478;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,65:0.62:104
chr1	175046789	rs2072032	A	G	7357.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.016;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=523;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.149;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=109;NR=125;PP=2962;ReadPosRankSum=1.988;SC=GGGGGAGGCCAGGGAGGAACA;SOR=0.740;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=364;TCF=177;TCR=187;TR=234;WE=175046797;WS=175046779;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:184,337:0.65:521
chr1	175048442	rs192666426	A	G	14845.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=1.388;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1163;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.115;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=177;NR=189;PP=2962;ReadPosRankSum=2.757;SC=CTTCAACCCAACCTACTGTTT;SOR=0.729;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=620;TCF=314;TCR=306;TR=366;WE=175048450;WS=175048432;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:459,699:0.60:1158
chr1	175049379	rs16847812	G	A	1838.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-2.352;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=263;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.490;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=25;PP=872;ReadPosRankSum=0.418;SC=CAGCCAGGTGGATCACTACCT;SOR=0.465;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=165;TCF=110;TCR=55;TR=63;WE=175049387;WS=175049369;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:161,97:0.38:258
chr1	175053098	rs11577778	T	C	6785.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.243;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=284;ExcessHet=3.0103;FS=0.974;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.15;ReadPosRankSum=1.778;SOR=0.775;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:107,174:0.62:281
chr1	175053101	rs2072030	A	T	6760.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.102;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=275;ExcessHet=3.0103;FS=1.574;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.86;ReadPosRankSum=1.941;SOR=0.815;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:103,169:0.62:272
chr1	175054548	rs1573758	C	T	1977.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.002;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.263;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=22;PP=756;ReadPosRankSum=-0.878;SC=CAGGTCTGCACCCGGGGACTG;SOR=0.833;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=97;TCF=54;TCR=43;TR=52;WE=175054556;WS=175054538;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,93:0.58:159
chr1	175086461	rs6690229	A	G	1699.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=47;PP=1272;SC=GTGGGATGGCATCCCTTCATA;SOR=4.332;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=50;TCF=3;TCR=47;TR=50;WE=175086469;WS=175086451;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr1	175087606	rs10912888	T	C	2210.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-2.134;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.118;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=18;PP=1048;ReadPosRankSum=-1.422;SC=CCACACAACATGAAAGGGTTT;SOR=0.506;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=119;TCF=88;TCR=31;TR=65;WE=175087614;WS=175087596;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,99:0.59:169
chr1	175087677	rs6656284	G	A	5119.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.206;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=432;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.123;HP=1;HapScore=3;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=89;NR=54;PP=2962;ReadPosRankSum=2.193;SC=GTGCATATTGGTCAGCATTTT;SOR=0.829;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=273;TCF=165;TCR=108;TR=143;WE=175087691;WS=175087667;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:193,239:0.55:432
chr1	175087683	rs149150350	A	AT	4070.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.233;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=451;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.106;HP=10;HapScore=3;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=58;PP=2985;ReadPosRankSum=2.734;SC=ATTGGTCAGCATTTTTTTTTT;SOR=0.796;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=207;TCF=84;TCR=123;TR=96;WE=175087691;WS=175087667;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:200,237:0.54:437
chr1	175087729	rs6696455	T	C	6255.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.156;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=552;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=110;NR=95;PP=2700;ReadPosRankSum=-1.201;SC=GGTCACTGACTGGGTGACAGA;SOR=0.656;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=369;TCF=202;TCR=167;TR=205;WE=175087737;WS=175087719;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:247,304:0.55:551
chr1	175087815	rs116355400	C	T	3519.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.355;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=446;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-2.096;NF=69;NR=80;PP=2138;ReadPosRankSum=1.067;SC=CGTCTGCCAACGGAGAGACCA;SOR=0.691;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=341;TCF=159;TCR=182;TR=149;WE=175087823;WS=175087805;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:263,180:0.41:443
chr1	175087884	rs2269654	CA	TG	6444.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.156;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=445;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.118;HP=3;HapScore=1;JOINED;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-4.883;NF=50;NR=64;PP=2944;ReadPosRankSum=-0.486;SC=TGAGGCCGGGCATGGAGTACA;SOR=0.798;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=283;TCF=132;TCR=151;TR=114;WE=175087893;WS=175087874;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:268,174:0.39:442
chr1	175092674	rs2285215	C	T	4479.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.945;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=314;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=85;NR=73;PP=2569;ReadPosRankSum=-0.650;SC=AGGGAGGTTCCGGTGGGGAAG;SOR=0.697;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=246;TCF=132;TCR=114;TR=158;WE=175092682;WS=175092660;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:112,192:0.63:304
chr1	175092707	rs10798333	C	T	5143.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.704;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=380;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.385;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=88;NR=88;PP=2874;ReadPosRankSum=2.130;SC=ACTGTCCTGACGGGCCTGAGA;SOR=0.720;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=274;TCF=136;TCR=138;TR=176;WE=175092715;WS=175092697;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:142,227:0.62:369
chr1	175092840	rs2072041	T	C	4910.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.253;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=343;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.868;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=88;PP=2463;ReadPosRankSum=0.266;SC=CTCACACTTATCAGGAGAGAA;SOR=0.751;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=222;TCF=87;TCR=135;TR=144;WE=175092848;WS=175092830;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:118,220:0.65:338
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chr1	175096333	rs2072040	A	G	822.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-0.199;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.093;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=28;PP=607;ReadPosRankSum=1.530;SC=ATCTTTACTGATCACATTGCT;SOR=0.897;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=64;TCF=12;TCR=52;TR=34;WE=175096341;WS=175096323;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,36:0.51:71
chr1	175097331	rs10912891	G	A	6012.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=58;NR=99;PP=2848;SC=CTGAACGACCGTGCAATGAGA;SOR=1.077;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=158;TCF=58;TCR=100;TR=157;WE=175097339;WS=175097321;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,230:1.00:230
chr1	175097349	rs7547567	C	T	2553.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-1.327;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=3;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=57;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.843;SC=AGAACCAGCACCGGAAAGCCT;SOR=0.725;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=137;TCF=43;TCR=94;TR=84;WE=175097365;WS=175097339;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,116:0.60:192
chr1	175097357	rs2269652	C	G	1452.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.566;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=3;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=37;PP=1906;ReadPosRankSum=0.185;SC=CACCGGAAAGCCTAGCAAAGG;SOR=0.724;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=129;TCF=40;TCR=89;TR=52;WE=175097365;WS=175097339;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:107,73:0.41:180
chr1	175097864	rs12022593	G	A	2245.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=2.544;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=272;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.044;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=55;PP=1248;ReadPosRankSum=-0.157;SC=ACATGGAAACGGACGGAGGTG;SOR=1.037;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=186;TCF=58;TCR=128;TR=72;WE=175097872;WS=175097854;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:162,108:0.40:270
chr1	175104796	rs4651324	G	T	869.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=22;NR=5;PP=569;SC=GGCATACTACGGTACATATAA;SOR=2.303;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=27;TCF=22;TCR=5;TR=27;WE=175104804;WS=175104786;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr1	175105880	rs2072037	G	A	1209.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-0.560;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=13;PP=765;ReadPosRankSum=1.539;SC=GGTTCTGAAAGCCTCAGACAC;SOR=0.752;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=59;TCF=42;TCR=17;TR=44;WE=175105888;WS=175105870;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,51:0.73:70
chr1	175105942	rs4650703	G	A	5014.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=90;NR=43;PP=2656;SC=TTGGAATTCCGTTTTTTATTT;SOR=1.355;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=133;TCF=90;TCR=43;TR=133;WE=175105950;WS=175105932;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,184:1.00:184
chr1	175105996	rs2072036	C	T	2193.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.286;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=341;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.469;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=35;PP=1194;ReadPosRankSum=-0.632;SC=GGCACTCCAGCGCGGTATGAG;SOR=0.853;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=233;TCF=135;TCR=98;TR=91;WE=175106004;WS=175105986;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:213,121:0.36:334
chr1	175113578	rs10912897	T	C	4556.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.635;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=47;PP=1812;ReadPosRankSum=0.824;SC=ACAGAGACAATGATATCGCAC;SOR=0.873;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=109;TCF=61;TCR=48;TR=107;WE=175113586;WS=175113568;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,179:0.99:181
chr1	175116046	rs11450833	C	CT	1448.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.356;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FS=1.347;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.15;MQRankSum=1.239;QD=8.28;ReadPosRankSum=-0.558;SOR=0.850;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:73,102:0.58:175
chr1	175116252	rs4651335	C	G	2639.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=21;NR=54;PP=1715;SC=CCAGCTGTGGCAGCTTGGGGC;SOR=1.533;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=75;TCF=21;TCR=54;TR=75;WE=175116260;WS=175116242;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr1	175129945	rs60195884	TC	T	1537.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.171;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.18;MQRankSum=0.733;QD=25.21;ReadPosRankSum=2.637;SOR=0.567;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,41:0.67:61
chr1	175129946	rs2072035	C	T	333.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.303;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.18;MQRankSum=-0.664;QD=5.47;ReadPosRankSum=-2.614;SOR=0.837;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,20:0.33:61
chr1	175129947	.	TTCTTCTTG	T	1525.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.334;ClippingRankSum=0.000;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.16;MQRankSum=0.793;QD=22.44;ReadPosRankSum=2.253;SOR=0.724;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,43:0.63:68
chr1	175129955	.	G	T	1455	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;FR=0.5000;HP=4;HapScore=3;MGOF=2;MMLQ=23;MQ=60.36;NF=16;NR=8;PP=1455;QD=62.0738005228;SC=TCTTCTTCTTGTTCTTCTCTG;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=37;TCF=24;TCR=13;TR=24;WE=175129963;WS=175129914;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:13,24:0.65:37
chr1	175130204	rs1057239	G	A	316.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=1.314;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=8;PP=145;ReadPosRankSum=1.833;SC=GCAGGTCCTGGGCTCAAAAGG;SOR=0.446;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=22;TCF=3;TCR=19;TR=9;WE=175130212;WS=175130194;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,14:0.52:27
chr1	175293424	rs2213635	T	C	751.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=23;NR=0;PP=603;SC=GCTTTTAAAATATAAAGCTAA;SOR=6.439;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=23;TCF=23;TCR=0;TR=23;WE=175293432;WS=175293421;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr1	175299301	rs2027867	T	C	11101.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.902;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=415;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=175;NR=100;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.276;SC=AGGCGGCCTCTTGGCCATCCC;SOR=1.153;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=279;TCF=177;TCR=102;TR=275;WE=175299309;WS=175299291;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,406:1.00:408
chr1	175324518	rs55715761	GCA	G	4552.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=39;NR=17;PP=2695;SC=AAGCTGATGAGCAATCCTTGT;SOR=2.040;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=57;TCF=40;TCR=17;TR=56;WE=175324529;WS=175324508;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr1	175324521	rs55973835	A	T	4561.77	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=63;NR=16;PP=1515;SC=CTGATGAGCAATCCTTGTGGA;SOR=2.063;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=91;TCF=67;TCR=24;TR=79;WE=175324529;WS=175324508;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr1	175324651	rs2228359	A	G	11146.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-2.085;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=433;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=130;NR=126;PP=2965;ReadPosRankSum=1.076;SC=TGCGGCTTCCATCGGTGGATT;SOR=0.231;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=257;TCF=131;TCR=126;TR=256;WE=175324659;WS=175324641;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,430:1.00:431
chr1	175335412	rs1385540	A	C	1184.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=30;PP=882;SC=ACACTTATCTAATATTTTGCT;SOR=3.145;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=34;TCF=4;TCR=30;TR=34;WE=175335420;WS=175335402;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr1	175336530	rs6697701	T	C	3476.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=34;NR=65;PP=2050;SC=CCTATTCATATCTTGTGTTTA;SOR=1.347;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=99;TCF=34;TCR=65;TR=99;WE=175336538;WS=175336520;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
chr1	175336619	rs6697801	T	C	360.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.997;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=14;PP=272;ReadPosRankSum=-0.428;SC=GTCAATAGGATGAACCAGCCC;SOR=2.712;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=16;TCF=1;TCR=15;TR=15;WE=175336627;WS=175336609;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,15:0.94:16
chr1	175348723	rs859427	C	T	3933.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=73;NR=36;PP=2121;SC=ACCAATGCCCCTGGGGACCAG;SOR=1.308;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=109;TCF=73;TCR=36;TR=109;WE=175348731;WS=175348713;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,146:1.00:146
chr1	175355128	rs859436	C	G	8753.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=258;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=34.60;SOR=1.134;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,253:1.00:253
chr1	175355129	.	T	C	2180.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.604;ClippingRankSum=0.000;DP=258;ExcessHet=3.0103;FS=1.561;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.62;ReadPosRankSum=-0.542;SOR=0.829;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:145,108:0.43:253
chr1	175355391	rs859437	A	G	6181.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=241;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=51;NR=87;PP=2757;SC=CAAAAGCCACAGTGTCCGAGA;SOR=1.057;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=139;TCF=52;TCR=87;TR=138;WE=175355399;WS=175355381;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,235:1.00:235
chr1	175360690	rs859444	C	T	1878.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=13;NR=45;PP=1260;SC=AAAATGGGGGCGATGTCTCTT;SOR=2.165;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=58;TCF=13;TCR=45;TR=58;WE=175360698;WS=175360680;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr1	175362736	rs3752517	G	A	1183.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=37;NR=2;PP=984;SC=TCAGCAGGTCGTTACCACATA;SOR=5.031;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=39;TCF=37;TCR=2;TR=39;WE=175362744;WS=175362734;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr1	175365663	rs859446	G	A	5656.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=85;NR=54;PP=2673;SC=GAAGCAGGACGGGGAAATGGT;SOR=0.995;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=141;TCF=87;TCR=54;TR=139;WE=175365671;WS=175365653;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,224:1.00:224
chr1	175375334	rs859400	C	T	3952.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=1.871;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=5.426;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=86;NR=30;PP=2377;ReadPosRankSum=1.649;SC=GACCACGCTGCGAGCTCCCGG;SOR=1.881;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=118;TCF=87;TCR=31;TR=116;WE=175375342;WS=175375324;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,142:0.99:143
chr1	175375469	rs2239819	C	A	15613.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=2.010;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=587;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.282;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=201;NR=164;PP=2965;ReadPosRankSum=0.246;SC=GCTGAACTGGCACATGGACAG;SOR=0.622;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=368;TCF=201;TCR=167;TR=365;WE=175375490;WS=175375459;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:5,578:0.99:583
chr1	175375683	rs859399	T	C	13969.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=533;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=193;NR=163;PP=2965;SC=CTTTGCTGGATGTGTTGTAGT;SOR=0.805;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=357;TCF=194;TCR=163;TR=356;WE=175375691;WS=175375673;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,524:1.00:524
chr1	175375802	rs859398	T	C	20379.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.767;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=794;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=233;NR=246;PP=2965;ReadPosRankSum=1.869;SC=ATCAGGTTGATGCCAATGAGC;SOR=0.732;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=481;TCF=235;TCR=246;TR=479;WE=175375810;WS=175375792;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,785:1.00:787
chr1	175916267	rs6674353	T	C	2639.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=50;NR=25;PP=1667;SC=GGTGTATTTCTATAATCCTGT;SOR=1.337;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=75;TCF=50;TCR=25;TR=75;WE=175916275;WS=175916257;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr1	175937540	rs4534339	C	T	6683.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=253;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=107;NR=62;PP=2965;SC=AAAGGCTGTACGGAGGGGAAC;SOR=1.169;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=170;TCF=108;TCR=62;TR=169;WE=175937548;WS=175937530;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,247:1.00:247
chr1	175951347	rs10798430	T	A	2830.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=75;NR=9;PP=2179;SC=TAAAATTAGGTTACAGAAAAA;SOR=3.841;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=84;TCF=75;TCR=9;TR=84;WE=175951355;WS=175951337;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr1	176012807	rs4233165	G	A	1105.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=25;NR=4;PP=684;SC=CAAACCAAATGTATGATTCAT;SOR=2.833;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=29;TCF=25;TCR=4;TR=29;WE=176012815;WS=176012797;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr1	176050430	rs56720201	GA	G	443.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.406;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FS=1.717;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.34;MQRankSum=3.486;QD=3.06;ReadPosRankSum=-0.914;SOR=0.891;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:84,61:0.42:145
chr1	176103053	rs34010407	TAC	T	3004.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=28;PP=1743;SC=GATAACAATATACACAGACCA;SOR=0.941;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=38;TCF=9;TCR=29;TR=37;WE=176103062;WS=176103043;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr1	176105710	rs373330844	CA	C	162.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.968;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.21;MQRankSum=2.522;QD=1.77;ReadPosRankSum=-1.448;SOR=0.619;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:66,26:0.28:92
chr1	176118219	rs3748618	G	A	1747.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=12;NR=30;PP=914;SC=TCCTACAATAGAAAATTATAA;SOR=1.366;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=42;TCF=12;TCR=30;TR=42;WE=176118227;WS=176118209;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr1	176153658	rs791744	T	C	955.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.15;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr1	176665102	.	ATGTG	A	152.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=0.808;ClippingRankSum=-0.000;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=3;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=8;PP=229;ReadPosRankSum=-0.457;SC=ATGTATGTGTATGTGTGTGTG;SOR=1.371;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=0;TCR=22;TR=8;WE=176665113;WS=176665092;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,5:0.42:12
chr1	176671881	.	T	TTGTGTG	52.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.759;ClippingRankSum=0.000;DP=131;ExcessHet=3.0103;FS=2.207;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.15;ReadPosRankSum=-1.664;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,7:0.15:46
chr1	176679338	.	C	T	1792.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=3.979;ClippingRankSum=0.000;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.910;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=41;PP=973;ReadPosRankSum=-0.419;SC=TGAATAGAGTCGAGCCTGCGC;SOR=1.217;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=84;TCF=23;TCR=61;TR=53;WE=176679346;WS=176679328;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,77:0.62:124
chr1	176681165	rs66731142	ATG	A	917.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-0.106;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.299;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=28;PP=986;ReadPosRankSum=-0.841;SC=GTGTAAGCATATGTGTGTGTG;SOR=0.463;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=82;TCF=1;TCR=81;TR=29;WE=176681176;WS=176681155;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,38:0.54:71
chr1	176734756	rs3737759	C	T	1187.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.119;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=12;PP=594;ReadPosRankSum=0.073;SC=CTCCTCCTTACTGGTTCTCAA;SOR=0.747;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=125;TCF=91;TCR=34;TR=46;WE=176734764;WS=176734746;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:103,62:0.38:165
chr1	176759202	rs2076335	A	G	745.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-1.084;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.881;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=21;PP=405;ReadPosRankSum=-0.205;SC=AAATTTCTAAAGAATTCCAAC;SOR=0.526;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=82;TCF=21;TCR=61;TR=29;WE=176759210;WS=176759192;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,37:0.38:98
chr1	176762955	rs78673484	T	G	270.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-0.294;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.341;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=9;PP=133;ReadPosRankSum=0.172;SC=GATTAAACATTGAAAAGAAAA;SOR=0.264;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=38;TCF=10;TCR=28;TR=14;WE=176762963;WS=176762945;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,15:0.38:39
chr1	176826975	rs55807696	C	T	161.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-2.200;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=4;PP=85;ReadPosRankSum=0.140;SC=GCACATTCAGCCTTAGTTTTA;SOR=0.368;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=7;TCF=1;TCR=6;TR=5;WE=176826983;WS=176826965;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,7:0.78:9
chr1	176845528	rs2076341	C	T	2260.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=58;NR=10;PP=1589;SC=GGAAAGGCAACGCTCCTGTAC;SOR=2.804;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=69;TCF=59;TCR=10;TR=68;WE=176845536;WS=176845518;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr1	176851817	rs75775267	C	T	434.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=2.603;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=1;PP=322;ReadPosRankSum=-1.025;SC=TTCTAGATCCCCCCATTCCAG;SOR=0.693;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=20;TCF=19;TCR=1;TR=15;WE=176851825;WS=176851807;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,16:0.70:23
chr1	176857347	rs2072935	A	G	1579.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=13;NR=26;PP=922;SC=AGAGCTGCATAAGAGAACAGG;SOR=1.371;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=39;TCF=13;TCR=26;TR=39;WE=176857355;WS=176857337;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr1	176863836	rs2281180	G	C	7324.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=272;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=104;NR=83;PP=2965;SC=GTCCCTTGCTGTGGCACTCCA;SOR=0.860;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=188;TCF=104;TCR=84;TR=187;WE=176863844;WS=176863826;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,269:1.00:269
chr1	176863867	rs2228956	T	C	8720.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=339;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=104;NR=99;PP=2965;SC=AGCCGCCATGTGCTTGGTGCC;SOR=0.711;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=203;TCF=104;TCR=99;TR=203;WE=176863875;WS=176863857;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,331:1.00:331
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chr1	176915022	rs2076070	A	G	3062.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.063;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=291;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.443;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=67;NR=38;PP=1591;ReadPosRankSum=-3.138;SC=AAAGTCCACCAACAGTCTTGA;SOR=0.661;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=197;TCF=125;TCR=72;TR=105;WE=176915030;WS=176915012;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:128,150:0.54:278
chr1	176926763	rs35655504	C	G	293.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.087;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.501;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=1;PP=213;ReadPosRankSum=0.021;SC=TCCCCCGTGCCTTTCCTCCCC;SOR=1.871;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=33;TCF=28;TCR=5;TR=14;WE=176926771;WS=176926753;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,15:0.44:34
chr1	176927093	rs12076044	T	A	641.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-2.401;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=16;PP=271;ReadPosRankSum=-0.653;SC=AAATTGAAGATCAACTATACT;SOR=0.651;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=34;TCF=7;TCR=27;TR=20;WE=176927101;WS=176927083;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,31:0.67:46
chr1	176927116	.	C	T	398.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-2.247;ClippingRankSum=0.000;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.697;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=11;PP=221;ReadPosRankSum=-2.477;SC=AAGCCTTGAACTAACAAACGA;SOR=0.399;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=24;TCF=5;TCR=19;TR=14;WE=176927124;WS=176927106;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,18:0.62:29
chr1	176992553	rs172917	A	G	5342.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=1.822;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=432;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.525;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=74;NR=78;PP=2503;ReadPosRankSum=-0.374;SC=TTTCGGGGTCACATTGGTGTT;SOR=0.731;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=238;TCF=118;TCR=120;TR=152;WE=176992561;WS=176992543;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:177,252:0.59:429
chr1	176992676	rs10798496	C	T	1636.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-2.405;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=48;PP=1128;ReadPosRankSum=0.667;SC=TGGCATCCAGCTGGCTCCCCT;SOR=0.712;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=110;TCF=27;TCR=83;TR=64;WE=176992684;WS=176992666;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,71:0.58:123
chr1	176998368	rs10753142	T	A	254.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-3.777;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=2;PP=183;ReadPosRankSum=0.691;SC=CTTGCCTAGCTCAAACCCAAG;SOR=0.527;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=18;TCF=16;TCR=2;TR=11;WE=176998376;WS=176998358;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,11:0.58:19
chr1	177199323	rs3176442	C	T	1296.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.168;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.536;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=33;PP=672;ReadPosRankSum=-1.712;SC=TCCCTAAGAACCCAACCTGCA;SOR=0.629;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=162;TCF=60;TCR=102;TR=53;WE=177199331;WS=177199313;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:144,73:0.34:217
chr1	177242773	.	T	TA	41.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.517;ClippingRankSum=0.000;DP=82;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.13;MQRankSum=2.141;QD=0.60;ReadPosRankSum=-0.668;SOR=0.569;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:57,12:0.17:69
chr1	177247854	rs3176443	C	G	11469.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=443;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=95;NR=168;PP=2965;SC=CCATCGGATCCTACGCCGGCT;SOR=1.108;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=264;TCF=95;TCR=169;TR=263;WE=177247862;WS=177247844;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,432:1.00:432
chr1	177898799	rs623479	C	T	252.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-2.930;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.869;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=0;PP=101;ReadPosRankSum=1.073;SC=CATTGTGAAGCTAATCTTAAG;SOR=2.494;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=7;TCR=2;TR=6;WE=177898807;WS=177898789;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,11:0.73:15
chr1	177899121	rs545608	G	C	541.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=0.077;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=13;PP=259;ReadPosRankSum=0.685;SC=ACTCTGCCCGGGGTTGATTGG;SOR=0.700;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=37;TCF=16;TCR=21;TR=23;WE=177899129;WS=177899111;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,27:0.60:45
chr1	177901713	rs522367	T	C	10906.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.810;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=833;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=137;NR=142;PP=2962;ReadPosRankSum=-2.187;SC=ACCTGGAAAGTAATGAGGCAG;SOR=0.705;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=458;TCF=227;TCR=231;TR=279;WE=177901721;WS=177901703;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:318,509:0.62:827
chr1	177901741	rs684227	A	G	8555.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.763;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=696;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=122;NR=132;PP=2962;ReadPosRankSum=1.125;SC=TCCTCTGCTCAGGACTGGGGG;SOR=0.738;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=433;TCF=212;TCR=221;TR=254;WE=177901749;WS=177901731;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:281,411:0.59:692
chr1	177902753	rs591120	G	C	5847.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.540;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=437;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.773;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=85;NR=82;PP=2920;ReadPosRankSum=0.473;SC=ATACTTCGTGGTCTAGCAGCC;SOR=0.628;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=270;TCF=134;TCR=136;TR=167;WE=177902761;WS=177902743;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:171,264:0.61:435
chr1	177906657	rs6676302	G	A	832.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-0.335;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=19;PP=406;ReadPosRankSum=0.599;SC=TTCTAAGGACGTGGAACAAAG;SOR=0.798;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=62;TCF=22;TCR=40;TR=28;WE=177906665;WS=177906647;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,40:0.50:80
chr1	177910896	rs10913466	A	G	89.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.544;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=2.271;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.28;ReadPosRankSum=-0.494;SOR=0.160;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,7:0.41:17
chr1	177913980	rs532842	T	C	1086.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=26;PP=772;SC=AGTGTTTCACTTCCTCTCCCT;SOR=4.112;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=27;TCF=1;TCR=26;TR=27;WE=177913988;WS=177913970;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr1	177915474	rs842192	A	C	2732.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.266;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=35;PP=1258;ReadPosRankSum=-1.070;SC=AAAATGAAAAATGGATCCATA;SOR=0.710;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=116;TCF=59;TCR=57;TR=73;WE=177915482;WS=177915464;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,121:0.68:179
chr1	177915498	rs10159204	G	A	994.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.732;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.565;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=22;PP=607;ReadPosRankSum=-0.959;SC=CCCAACAAGGGCTAAAACAGT;SOR=0.638;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=125;TCF=61;TCR=64;TR=44;WE=177915506;WS=177915488;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:138,60:0.30:198
chr1	177916889	.	AA	GG	892	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;FR=0.5000;HP=2;HapScore=1;MGOF=40;MMLQ=28;MQ=59.61;NF=18;NR=0;PP=892;QD=52.5259930479;SC=GGAGGTGAGGAAAGGGACAGG;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=24;TCF=22;TCR=2;TR=18;WE=177916898;WS=177916879;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:6,18:0.75:24
chr1	177916890	.	A	AAGGGACAGGGAGGGGAGGTGAGGGG	973.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=74.90;SOR=5.283;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr1	177927188	rs73045023	A	G	602.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.458;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.623;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=7;PP=270;ReadPosRankSum=-2.246;SC=TACTATTCACATAATTTGAGC;SOR=0.864;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=99;TCF=71;TCR=28;TR=30;WE=177927196;WS=177927178;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,39:0.31:125
chr1	177929554	rs10913472	C	T	5176.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.219;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=457;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=81;PP=2056;ReadPosRankSum=0.367;SC=ATAAAACAATCAGATTTTGTG;SOR=0.728;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=262;TCF=115;TCR=147;TR=141;WE=177929562;WS=177929544;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:196,253:0.56:449
chr1	177929628	rs73045026	G	A	2242.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.253;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=239;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.651;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=55;PP=1331;ReadPosRankSum=-0.077;SC=CAAGGCCGTGGGGCTAGGATA;SOR=0.846;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=155;TCF=47;TCR=108;TR=74;WE=177929636;WS=177929618;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:129,107:0.45:236
chr1	177929940	rs7413442	G	A	1088.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-2.246;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=18;PP=606;ReadPosRankSum=0.689;SC=ATGCTGTGCAGTTCAACAAGG;SOR=0.641;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=125;TCF=82;TCR=43;TR=49;WE=177929948;WS=177929930;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:94,59:0.39:153
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chr1	177930642	rs945640	G	A	937.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=2.185;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=6;PP=482;ReadPosRankSum=0.955;SC=ATGATCCATCGTAAGGCTGAC;SOR=0.742;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=56;TCF=43;TCR=13;TR=27;WE=177930650;WS=177930632;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,42:0.55:76
chr1	177930894	rs945641	C	T	2360.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=21;NR=43;PP=1231;SC=CAAAAACACACAGGAAGAAGT;SOR=1.244;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=65;TCF=21;TCR=44;TR=64;WE=177930902;WS=177930884;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr1	177933443	rs3813651	G	A	3576.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.740;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=265;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.808;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=61;PP=1696;ReadPosRankSum=0.546;SC=AGCAGTGAGCGGGGTCCTGGG;SOR=0.879;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=165;TCF=76;TCR=89;TR=107;WE=177933451;WS=177933433;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:97,166:0.63:263
chr1	177933505	rs3813652	C	T	1411.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.129;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=35;PP=820;ReadPosRankSum=0.174;SC=TGCTCCAAAGCGTGGGCAGGT;SOR=0.713;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=75;TCF=22;TCR=53;TR=50;WE=177933513;WS=177933495;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,63:0.66:96
chr1	177934122	rs80271131	G	T	1669.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-2.645;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=17;PP=956;ReadPosRankSum=0.740;SC=CAGAAGATTTGCCCGACATAG;SOR=0.675;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=116;TCF=84;TCR=32;TR=62;WE=177934130;WS=177934112;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,75:0.54:138
chr1	177934351	rs72703030	G	T	3451.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.040;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=270;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.981;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=76;PP=1883;ReadPosRankSum=0.837;SC=TCCTGTTTCTGAAAGTTCTTA;SOR=0.790;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=195;TCF=65;TCR=130;TR=111;WE=177934359;WS=177934341;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:110,157:0.59:267
chr1	177935050	rs1889981	T	A	2433.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.192;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=26;PP=1050;ReadPosRankSum=-1.446;SC=GCAGCCACTGTGGGTGTCCAT;SOR=0.697;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=114;TCF=67;TCR=47;TR=65;WE=177935058;WS=177935040;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,113:0.62:183
chr1	177935203	rs954502	A	G	1523.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.186;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.443;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=31;PP=804;ReadPosRankSum=-0.845;SC=GAAACCAATGAAGAACTTGAC;SOR=0.851;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=82;TCF=29;TCR=53;TR=48;WE=177935211;WS=177935193;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,70:0.56:125
chr1	177935275	rs1415085	A	G	1253.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=32;PP=840;SC=TGAAAGCCACAGTTAATTCTA;SOR=2.461;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=39;TCF=7;TCR=32;TR=39;WE=177935283;WS=177935265;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr1	178494428	rs6664493	C	T	1130.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=1.998;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.057;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=1;PP=796;ReadPosRankSum=-0.697;SC=GAGGAGTGTACGAAAGGGCCT;SOR=1.852;SbPval=0.98;Source=Platypus;TC=71;TCF=64;TCR=7;TR=39;WE=178494436;WS=178494418;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,45:0.56:80
chr1	178499068	rs6675811	T	A	624.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=1.603;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.299;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=3;PP=492;ReadPosRankSum=1.935;SC=AATAAACAAATGACTTACAGT;SOR=2.226;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=32;TCF=28;TCR=4;TR=25;WE=178499076;WS=178499058;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,24:0.73:33
chr1	178514165	rs12141152	C	T	2404.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.074;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.767;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=50;PP=1383;ReadPosRankSum=-0.787;SC=GGGTTCCAGGCGAGATGAGAC;SOR=0.851;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=150;TCF=66;TCR=84;TR=86;WE=178514173;WS=178514155;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,113:0.57:198
chr1	178514560	rs34632529	A	AT	10738.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.024;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=756;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.542;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.087;NF=41;NR=184;PP=2963;ReadPosRankSum=1.717;SC=TTGAAGGTTGATTTTGACTAC;SOR=0.747;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=375;TCF=76;TCR=299;TR=225;WE=178514570;WS=178514550;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:267,454:0.63:721
chr1	178515135	rs4650992	A	T	985.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=1.018;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.681;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=29;PP=670;ReadPosRankSum=-0.950;SC=GAAAACTAAGACCTTCCCACT;SOR=0.228;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=63;TCF=13;TCR=50;TR=39;WE=178515143;WS=178515125;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,41:0.62:66
chr1	178646748	rs2811318	A	T	121.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.823;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=12.18;ReadPosRankSum=-0.241;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,6:0.60:10
chr1	178646752	rs2773075	A	C	380.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=3;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=2;PP=55;SC=AGGAAAAACTACATGCATATA;SOR=1.609;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=6;TCR=2;TR=8;WE=178646760;WS=178646742;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr1	178745798	rs11323887	CT	C	1292.84	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.961;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.34;ReadPosRankSum=0.069;SOR=0.597;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,95:0.83:114
chr1	178746031	rs75184054	C	T	380.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-1.404;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=13;PP=223;ReadPosRankSum=-0.864;SC=TGTTTGTTCACATACTTAAAT;SOR=0.760;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=58;TCF=17;TCR=41;TR=18;WE=178746039;WS=178746021;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,21:0.33:63
chr1	178776985	rs6690324	G	A	277.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=8;NR=0;PP=183;SC=TTTCATAGTCGTTGTGCTCTC;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=8;TCR=0;TR=8;WE=178776993;WS=178776981;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr1	178780650	rs12131426	A	G	896.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=17;PP=498;SC=GAAAAATAAGACTCATTGATA;SOR=1.681;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=6;TCR=17;TR=23;WE=178780658;WS=178780640;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr1	178820159	rs1544124	C	A	2211.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=2.190;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=5.866;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=16;PP=1665;ReadPosRankSum=-0.300;SC=TAAAAACTTTCTGTGTAGAAA;SOR=2.362;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=79;TCF=61;TCR=18;TR=75;WE=178820167;WS=178820149;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,80:0.95:84
chr1	178854162	rs6425503	C	T	1107.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=22;NR=4;PP=613;SC=TTTCAAGGGACTGAAAAATAA;SOR=1.981;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=22;TCR=4;TR=26;WE=178854170;WS=178854152;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr1	178858711	rs10798635	C	A	292.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.529;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.453;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=3;PP=169;ReadPosRankSum=0.414;SC=TTTATTTTTACATTGTGAAAT;SOR=1.151;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=38;TCF=26;TCR=12;TR=13;WE=178858719;WS=178858701;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,18:0.31:59
chr1	178858759	rs3753534	G	A	793.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.006;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.36;ReadPosRankSum=-0.412;SOR=0.711;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:99,49:0.33:148
chr1	178858891	rs116413802	A	G	413.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.748;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=1.070;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.01;ReadPosRankSum=-2.261;SOR=0.475;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,23:0.39:59
chr1	178866674	rs17674780	A	G	480.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-4.278;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.606;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=0;PP=349;ReadPosRankSum=-0.627;SC=GAAGTGATACAGCTCAACTCT;SOR=2.119;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=38;TCF=37;TCR=1;TR=21;WE=178866682;WS=178866664;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,22:0.56:39
chr1	179012947	rs72707294	C	G	689.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-0.763;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.205;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=2;PP=499;ReadPosRankSum=-1.055;SC=AATACATGAGCAAGAGTGGGT;SOR=0.066;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=45;TCF=43;TCR=2;TR=24;WE=179012955;WS=179012943;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,27:0.54:50
chr1	179023601	rs2147769	G	T	1972.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.949;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.306;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=22;PP=1116;ReadPosRankSum=-0.278;SC=TAATTTTTAAGACTGTTACTT;SOR=1.074;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=108;TCF=71;TCR=37;TR=70;WE=179023609;WS=179023591;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,87:0.63:139
chr1	179023879	rs12735672	T	G	190.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=2.034;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=9;PP=120;ReadPosRankSum=-0.187;SC=AAGAACTCAGTGGAATACAAA;SOR=0.573;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=35;TCF=2;TCR=33;TR=9;WE=179023887;WS=179023869;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,11:0.29:38
chr1	179040930	rs10913689	T	C	545.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.629;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.149;HP=5;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=8;PP=327;ReadPosRankSum=-1.534;SC=AAAGCAAAAATTATTTAGTTA;SOR=0.284;SbPval=0.24;Source=Platypus;TC=57;TCF=42;TCR=15;TR=22;WE=179040938;WS=179040920;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,28:0.38:73
chr1	179041011	rs3820163	A	G	6315.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=94;NR=56;PP=2965;SC=GATAATGAGAAGTTTTATGTA;SOR=1.064;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=150;TCF=94;TCR=56;TR=150;WE=179041019;WS=179041001;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,231:1.00:231
chr1	179051300	rs2296377	T	C	3219.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=59;NR=18;PP=1858;SC=TTGGCTCTTTTTCCTGCTGCT;SOR=1.807;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=77;TCF=59;TCR=18;TR=77;WE=179051308;WS=179051290;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr1	179052006	rs2274227	G	T	1857.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.220;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=256;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.216;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=39;PP=1260;ReadPosRankSum=0.290;SC=AAGTTGTGTGGCAAGGTTGCC;SOR=0.648;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=189;TCF=94;TCR=95;TR=73;WE=179052014;WS=179051996;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:160,90:0.36:250
chr1	179054557	.	C	CA	131.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.720;ClippingRankSum=0.000;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=1.516;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.58;ReadPosRankSum=2.603;SOR=0.313;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,16:0.31:51
chr1	179054692	rs912758	T	G	9329.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=361;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=117;NR=100;PP=2965;SC=CTTGGTTTCTTGGCTGTTGGC;SOR=0.699;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=221;TCF=119;TCR=102;TR=217;WE=179054700;WS=179054682;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,353:1.00:353
chr1	179055020	rs2296376	C	T	2182.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.213;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.599;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=47;PP=1203;ReadPosRankSum=-0.675;SC=ATATGTGGACCTGTACAAGGT;SOR=0.789;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=113;TCF=35;TCR=78;TR=67;WE=179055028;WS=179055010;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,96:0.58:166
chr1	179067071	rs10913690	C	A	4307.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=40;NR=73;PP=2290;SC=ATTCCCCATGCTTTTACTCAC;SOR=1.215;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=114;TCF=40;TCR=74;TR=113;WE=179067079;WS=179067061;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,158:1.00:158
chr1	179080115	.	CTTTT	C,CTT	1092.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.371;ClippingRankSum=0.000;DP=101;ExcessHet=3.0103;FS=4.130;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.51;ReadPosRankSum=-0.591;SOR=1.086;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:9,14,33:0.25,0.59:56
chr1	179087934	rs2171959	T	C	5106.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=42;NR=111;PP=2768;SC=TTTTTATTAGTGTACATTCAA;SOR=1.748;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=153;TCF=42;TCR=111;TR=153;WE=179087942;WS=179087924;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,195:1.00:195
chr1	179089213	rs1858551	C	T	3285.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=72;NR=33;PP=2006;SC=GACAACAGAGCGAGACCCTGT;SOR=1.753;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=105;TCF=72;TCR=33;TR=105;WE=179089221;WS=179089203;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr1	179089475	rs9726961	C	G	3798.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=26;NR=79;PP=2502;SC=AAAATCATTTCATTCATCTCA;SOR=1.944;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=105;TCF=26;TCR=79;TR=105;WE=179089483;WS=179089465;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,129:1.00:129
chr1	179089491	rs9728480	A	C	2704.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=38;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=16;NR=61;PP=1949;SC=TCTCACAATCATAAAGCTTCA;SOR=2.276;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=77;TCF=16;TCR=61;TR=77;WE=179089499;WS=179089481;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr1	179089518	rs9727252	C	G	1413.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=52;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=40;PP=1090;SC=AAAGTAAAAACTATCTTTTGA;SOR=3.352;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=46;TCF=6;TCR=40;TR=46;WE=179089526;WS=179089508;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr1	179095895	.	T	TA	62.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.665;ClippingRankSum=0.000;DP=86;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.00;ReadPosRankSum=0.595;SOR=0.582;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:50,13:0.21:63
chr1	179102268	rs28914510	A	T	575.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=3.560;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.121;NF=20;NR=2;PP=355;ReadPosRankSum=-1.191;SC=CTGGGATTACAAACGTGAGCC;SOR=0.781;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=63;TCF=56;TCR=7;TR=22;WE=179102276;WS=179102258;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,25:0.37:67
chr1	179112145	rs1318056	C	G	2684.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.365;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=373;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.388;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=57;PP=1317;ReadPosRankSum=-0.433;SC=TCTGCCATAACTATTAGGTGG;SOR=0.731;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=248;TCF=117;TCR=131;TR=105;WE=179112153;WS=179112135;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:218,144:0.40:362
chr1	179307047	rs10913726	T	A	1441.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=20;PP=738;SC=TATTTTTAGTTGTTTTTAAAT;SOR=1.022;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=14;TCR=20;TR=34;WE=179307055;WS=179307037;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr1	179312235	rs10913728	G	A	2405.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=11;NR=53;PP=1653;SC=TGGTGAGTAGGGAAGTCTAAT;SOR=2.833;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=68;TCF=15;TCR=53;TR=64;WE=179312243;WS=179312225;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr1	179312525	rs12691483	G	A	762.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=18;NR=9;PP=516;SC=ACGCCCGGTTGGTTTTTTTGT;SOR=1.460;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=27;TCF=18;TCR=9;TR=27;WE=179312533;WS=179312517;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr1	179317895	.	ATGTGTGTGTGTG	A	858.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=40.89;SOR=2.636;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr1	179339334	rs6666358	G	A	631.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=20;PP=506;SC=AAAATTTACAGTATCTTTGAA;SOR=3.912;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=22;TCF=2;TCR=20;TR=22;WE=179339342;WS=179339324;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr1	179348646	rs141815555	T	TG	3141.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=37;PP=1807;SC=AAAAAATACCTGCCCCAGCTC;SOR=0.911;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=42;TCF=4;TCR=38;TR=41;WE=179348654;WS=179348636;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr1	179351606	rs4625243	G	C	655.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=12;NR=10;PP=482;SC=GCCATGTCCCGATGATTATTT;SOR=0.859;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=22;TCF=12;TCR=10;TR=22;WE=179351614;WS=179351602;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr1	179354304	rs7541905	A	G	910.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=19;NR=5;PP=570;SC=CATTCAAGGTATTAACCTCCT;SOR=1.942;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=19;TCR=5;TR=24;WE=179354312;WS=179354294;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr1	179380472	rs5779024	GT	G	2166.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=11;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=47;PP=1110;SC=TTTAAAATTTGTTTTTTTTGT;SOR=1.489;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=53;TCF=3;TCR=50;TR=50;WE=179380480;WS=179380462;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr1	179398563	rs4652382	C	G	329.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=2;PP=257;SC=TTAATGATTCCATGAAAAATC;SOR=2.833;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=11;TCR=2;TR=13;WE=179398571;WS=179398553;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
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chr1	179401379	rs11314780	CT	C	1772.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=20.61;SOR=3.003;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr1	179401526	rs7550638	C	G	12535.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=0.610;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=499;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.211;HP=3;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.280;NF=117;NR=143;PP=2965;ReadPosRankSum=1.037;SC=TGATTGTAAACTTGGCATTCC;SOR=0.382;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=268;TCF=120;TCR=148;TR=260;WE=179401534;WS=179401516;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,492:0.99:496
chr1	179401559	rs7550656	C	T	11094.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.791;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=403;ExcessHet=3.0103;FS=2.288;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.27;MQRankSum=0.287;QD=27.74;ReadPosRankSum=-1.522;SOR=0.670;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:3,397:0.99:400
chr1	179401564	rs10706073	CT	C	3698.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=1.660;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=370;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.841;HP=12;HapScore=1;MGOF=29;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.514;NF=14;NR=99;PP=1222;ReadPosRankSum=-0.220;SC=ACATCCCATCCTTTTTTTTTT;SOR=1.032;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=158;TCF=17;TCR=141;TR=113;WE=179401573;WS=179401549;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,243:0.81:301
chr1	179401599	rs7550736	C	T	5828.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.558;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.873;HP=1;HapScore=1;MGOF=39;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=104;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.226;SC=CACTCACTGTCGCCCAGGCTG;SOR=0.856;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=167;TCF=61;TCR=106;TR=164;WE=179401607;WS=179401589;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,221:1.00:222
chr1	179402037	rs199738366	C	CA	1555.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.718;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FS=2.339;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.41;ReadPosRankSum=-0.098;SOR=0.413;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,91:0.84:108
chr1	179414105	rs11577579	A	C	4888.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=84;NR=36;PP=2592;SC=CACTCTTTAGATCCTGAATGA;SOR=1.429;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=120;TCF=84;TCR=36;TR=120;WE=179414113;WS=179414095;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,176:1.00:176
chr1	179418132	rs10913770	C	T	1058.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=18;NR=8;PP=614;SC=AGCAATCCTCCCACCTCAACC;SOR=1.270;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=26;TCF=18;TCR=8;TR=26;WE=179418140;WS=179418130;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr1	179418181	rs10913771	T	C	1515.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=26;NR=17;PP=768;SC=CCACCACTGTTGACTAATTTT;SOR=1.101;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=43;TCF=26;TCR=17;TR=43;WE=179418189;WS=179418171;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr1	179437827	rs7514278	G	A	342.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=10;PP=268;SC=CTAAAGGTTTGTTGCAATACA;SOR=2.670;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=2;TCR=10;TR=12;WE=179437835;WS=179437817;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr1	179462149	rs7549194	A	G	2013.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=16;NR=53;PP=1564;SC=AGATTTTTGAAGTTCAATTGA;SOR=2.173;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=69;TCF=16;TCR=53;TR=69;WE=179462157;WS=179462139;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr1	179494612	rs35486954	CTACA	C	757.75	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.461;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.7458;FS=4.715;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.573;NF=1;NR=18;PP=1432;ReadPosRankSum=2.234;SC=GTTTTTCCTCCTACATACATA;SOR=3.056;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=27;TCF=1;TCR=26;TR=19;WE=179494623;WS=179494602;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,20:0.91:22
chr1	179494665	rs4620484	C	T	591.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=57;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=13;PP=400;SC=AGGGTCCTGCCCTGTCACCCA;SOR=1.721;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=18;TCF=5;TCR=13;TR=18;WE=179494673;WS=179494655;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr1	179497359	rs6698201	T	C	2486.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=47;NR=17;PP=1307;SC=AAATGGAAAATGTAAGCTTCC;SOR=1.559;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=64;TCF=47;TCR=17;TR=64;WE=179497367;WS=179497349;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr1	179520254	rs1410591	C	G	5972.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=94;NR=44;PP=2965;SC=CTCCCTCAGGCATGTGACTTT;SOR=1.297;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=138;TCF=94;TCR=44;TR=138;WE=179520262;WS=179520244;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,219:1.00:219
chr1	179520506	rs1410592	G	A	4314.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=37;NR=68;PP=2115;SC=GAAGCTGAACGGCAGCAGGGG;SOR=1.261;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=105;TCF=37;TCR=68;TR=105;WE=179520514;WS=179520496;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,156:1.00:156
chr1	179526214	rs61747728	C	T	10743.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.903;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=420;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=149;NR=109;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.545;SC=AGTGAGGGATCGATGTGCTAG;SOR=0.906;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=264;TCF=152;TCR=112;TR=258;WE=179526222;WS=179526204;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,412:0.99:416
chr1	179528917	rs12401708	G	A	6539.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.534;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=264;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.132;NF=70;NR=86;PP=2739;ReadPosRankSum=1.682;SC=GGAGGAGGAAGTGACAGATAA;SOR=0.833;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=160;TCF=71;TCR=89;TR=156;WE=179528925;WS=179528907;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,257:0.99:259
chr1	179528942	rs12401711	G	A	6028.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=2.011;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=80;PP=2733;ReadPosRankSum=0.308;SC=CTAGCATGAAGGCTGTTTGGG;SOR=0.851;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=144;TCF=63;TCR=81;TR=139;WE=179528950;WS=179528932;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,229:0.99:231
chr1	179544898	rs1079292	T	C	10974.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=400;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=81;NR=165;PP=2965;SC=GCCCGCGGCCTCCGCCGCTCC;SOR=1.256;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=246;TCF=81;TCR=165;TR=246;WE=179544906;WS=179544888;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,396:1.00:396
chr1	179545050	rs12406197	C	A	2047.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=2.538;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=8.690;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=43;PP=1337;ReadPosRankSum=1.984;SC=GCTAGGGGCACGGGAGCGCAG;SOR=1.194;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=71;TCF=27;TCR=44;TR=67;WE=179545058;WS=179545040;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,76:0.97:78
chr1	179590352	rs61826406	C	T	2251.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=19;NR=45;PP=1241;SC=TTTTGTTTTGCATTTTAGTAT;SOR=1.725;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=64;TCF=19;TCR=45;TR=64;WE=179590360;WS=179590342;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr1	179631242	rs35448215	G	A	3573.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-2.278;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=27;PP=1552;ReadPosRankSum=-0.794;SC=ATTTTAGGATGAGATCCCCAC;SOR=0.404;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=79;TCF=52;TCR=27;TR=78;WE=179631250;WS=179631232;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,133:0.99:134
chr1	179852074	rs1281378	T	C	9715.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.449;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=390;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=103;NR=155;PP=2965;ReadPosRankSum=0.109;SC=TCTCCTGTTATGACCAGGAGA;SOR=0.559;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=261;TCF=104;TCR=157;TR=258;WE=179852082;WS=179852064;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,375:0.99:378
chr1	179852552	rs605807	T	G	1747.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=40;NR=10;PP=1190;SC=GATCTAACCTTTCAGTCTTTT;SOR=2.428;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=50;TCF=40;TCR=10;TR=50;WE=179852560;WS=179852542;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr1	179858333	rs1300068	C	T	464.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=11;NR=2;PP=272;SC=ACTTCTCTAGCGTAAATAAAA;SOR=2.179;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=11;TCR=2;TR=13;WE=179858341;WS=179858323;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr1	179858444	rs2245425	G	A	1795.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=16;NR=20;PP=680;SC=TCCTATATTAGCAGTGAGTGA;SOR=0.811;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=36;TCF=16;TCR=20;TR=36;WE=179858452;WS=179858434;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr1	179876900	rs1281380	A	T	2081.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.35;SOR=1.136;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr1	179876988	rs609521	C	G	2887.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.18;QD=24.68;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr1	179877048	.	C	CTTT	78.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.132;ClippingRankSum=-0.000;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=5.756;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.55;MQRankSum=1.198;QD=5.62;ReadPosRankSum=-1.326;SOR=2.556;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,7:0.50:14
chr1	179887125	rs627897	G	A	14173.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=527;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=163;NR=154;PP=2965;SC=ATGAAAACGCGGCCTTCAAAG;SOR=0.728;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=321;TCF=166;TCR=155;TR=317;WE=179887133;WS=179887115;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,523:1.00:523
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chr1	179989742	rs2477120	G	C	9302.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.779;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=359;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=110;NR=115;PP=2965;ReadPosRankSum=0.080;SC=TCCCAAACCAGAAGGGCTACT;SOR=0.716;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=227;TCF=111;TCR=116;TR=225;WE=179989750;WS=179989732;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,348:0.99:350
chr1	179992076	rs2477117	A	G	1876.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=52;PP=1465;SC=AGTTTTGCTCATTTAAAAATA;SOR=3.442;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=61;TCF=9;TCR=52;TR=61;WE=179992084;WS=179992066;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr1	179993793	rs4622030	T	C	576.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=14;PP=302;SC=ATGATTTGATTGCATAAGAAG;SOR=1.708;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=19;TCF=5;TCR=14;TR=19;WE=179993801;WS=179993783;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr1	180010702	rs4652461	T	C	1252.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=33;NR=6;PP=872;SC=TTTTTTACTATGAATAAGACA;SOR=3.109;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=39;TCF=33;TCR=6;TR=39;WE=180010710;WS=180010692;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr1	180022343	rs9425854	T	G	5650.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.402;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.856;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=89;PP=2756;ReadPosRankSum=-1.054;SC=GTTGTGGATATGTTCTCTCAA;SOR=0.217;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=138;TCF=47;TCR=91;TR=136;WE=180022351;WS=180022333;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,211:0.99:213
chr1	180059736	rs67852047	GACATACCT	G	2336.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=49;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=33;NR=5;PP=2912;SC=GACATAGATTGACATACCTAC;SOR=3.872;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=40;TCF=34;TCR=6;TR=38;WE=180059751;WS=180059726;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr1	180059811	rs10798729	A	C	5402.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=2.856;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.177;NF=93;NR=56;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.230;SC=TTATTATAGTAATATGTTTAT;SOR=1.101;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=151;TCF=94;TCR=57;TR=149;WE=180059819;WS=180059801;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,201:0.99:203
chr1	180080115	rs3767202	T	G	2316.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=49;NR=21;PP=1405;SC=CTAACCTTATTGTCTTCTAAA;SOR=1.638;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=70;TCF=49;TCR=21;TR=70;WE=180080123;WS=180080105;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr1	180144291	rs71118443	C	CA	1276.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.950;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FS=4.393;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.09;MQRankSum=0.617;QD=11.10;ReadPosRankSum=-0.713;SOR=0.328;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,79:0.69:115
chr1	180145088	rs2298206	A	G	7286.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=284;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=86;NR=73;PP=2965;SC=ACGTGCAGACACTGCGGGAGA;SOR=0.805;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=159;TCF=86;TCR=73;TR=159;WE=180145096;WS=180145078;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,281:1.00:281
chr1	180155376	rs2298207	C	G	2215.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQ=60.21;NF=9;NR=34;PP=1019;SC=AGTGTGCGTTCCTGTAAGGCT;SOR=2.170;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=43;TCF=9;TCR=34;TR=43;WE=180155390;WS=180155366;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr1	180155382	rs3216058	AG	A	2206.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=32;PP=1337;SC=CGTTCCTGTAAGGCTGGGCAC;SOR=2.170;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=34;TCF=1;TCR=33;TR=33;WE=180155390;WS=180155366;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr1	180159797	rs3215795	TC	T	1041.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=23;PP=880;SC=GCAGGGAAGCTCCCTTGAATT;SOR=3.056;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=26;TCF=0;TCR=26;TR=23;WE=180159805;WS=180159787;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr1	180180669	rs164980	A	G	3182.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.61;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=32;NR=28;PP=1179;SC=TAACTCGTGCATAGTGGCAGG;SOR=0.693;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=60;TCF=32;TCR=28;TR=60;WE=180180677;WS=180180659;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr1	180240510	rs2764449	T	C	1429.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.382;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=18;PP=550;ReadPosRankSum=-1.257;SC=GGTTTTTCCTTGCAGATGACT;SOR=0.653;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=113;TCF=68;TCR=45;TR=45;WE=180240518;WS=180240500;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:106,76:0.42:182
chr1	180240752	rs3845397	C	T	638.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.610;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=16;PP=419;ReadPosRankSum=-2.967;SC=CATCAGCTCACGGGTGGTTGG;SOR=0.706;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=48;TCF=21;TCR=27;TR=28;WE=180240760;WS=180240742;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,32:0.56:57
chr1	180243524	rs7536561	A	G	6580.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.893;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=487;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.533;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=89;NR=90;PP=2962;ReadPosRankSum=-2.400;SC=CCTTTGCTCAATGGGCTGGAT;SOR=0.662;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=306;TCF=154;TCR=152;TR=179;WE=180243532;WS=180243514;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:190,290:0.60:480
chr1	180257692	rs2254465	A	C	1355.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=22;PP=559;SC=AAGTTTACCAAGAGACAGAGA;SOR=1.022;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=36;TCF=14;TCR=22;TR=36;WE=180257700;WS=180257682;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr1	180283659	rs2764433	T	C	550.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=5;PP=264;SC=GGATTACAGGTGTGAGCCCTC;SOR=1.329;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=11;TCR=5;TR=16;WE=180283667;WS=180283649;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr1	180471054	rs12723183	C	A	266.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.654;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.16;MQRankSum=0.767;QD=2.45;ReadPosRankSum=2.437;SOR=0.646;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:80,29:0.27:109
chr1	180471066	rs61811621	C	T	2148.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.533;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.120;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=1.063;NF=61;NR=24;PP=1209;ReadPosRankSum=4.083;SC=AAACAAAATACACATACACAA;SOR=0.789;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=199;TCF=141;TCR=58;TR=85;WE=180471074;WS=180471056;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:111,100:0.47:211
chr1	180757056	rs3761904	A	G	953.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.999;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.575;HP=3;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=1.641;NF=11;NR=23;PP=526;ReadPosRankSum=-1.304;SC=ATCATTGTTTAAACTTCTGAT;SOR=0.877;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=71;TCF=23;TCR=48;TR=34;WE=180757064;WS=180757046;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,48:0.43:111
chr1	180757117	rs34984251	G	GT	1149.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=27;PP=1207;SC=CACTTAAGAGGATTTTCTTGA;SOR=4.548;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=27;TCF=0;TCR=27;TR=27;WE=180757125;WS=180757107;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr1	180803922	rs2271669	T	C	218.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=2.680;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.482;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=4;PP=170;ReadPosRankSum=1.275;SC=TCAACTAAAGTAATCATGCTG;SOR=0.375;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=39;TCF=29;TCR=10;TR=12;WE=180803930;WS=180803912;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,12:0.28:43
chr1	180849081	rs2271668	A	G	990.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.437;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=1.145;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.21;ReadPosRankSum=-0.587;SOR=0.908;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,38:0.51:75
chr1	180849494	rs10914123	T	C	494.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-3.750;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.322;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=18;PP=278;ReadPosRankSum=0.831;SC=TTGGGTAGCATGTAAGCTAAA;SOR=0.293;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=42;TCF=4;TCR=38;TR=21;WE=180849502;WS=180849484;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,25:0.49:51
chr1	180885430	rs10732273	T	C	17630.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=672;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=204;NR=194;PP=2965;SC=ACATCCAGCCTGATGGCCCCC;SOR=0.748;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=399;TCF=205;TCR=194;TR=398;WE=180885438;WS=180885420;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,668:1.00:668
chr1	180886140	rs79485039	C	T	6824.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.233;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=562;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.116;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=84;NR=95;PP=2861;ReadPosRankSum=0.543;SC=GGAGAGAAACCGCCTGTTGCT;SOR=0.588;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=330;TCF=149;TCR=181;TR=179;WE=180886148;WS=180886130;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:236,320:0.58:556
chr1	180886252	rs79944107	T	C	1843.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=3.179;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=48;PP=1213;ReadPosRankSum=-0.751;SC=GCTCACTGTGTAGGTCCAGGT;SOR=0.665;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=121;TCF=26;TCR=95;TR=62;WE=180886260;WS=180886242;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,77:0.52:148
chr1	180886810	rs3761905	C	G	530.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.683;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=3;PP=363;ReadPosRankSum=-0.076;SC=CAGCATATGGCTGTGCCCACA;SOR=0.512;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=27;TCF=24;TCR=3;TR=19;WE=180886818;WS=180886800;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,22:0.65:34
chr1	180897521	rs7544551	C	T	20030.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=760;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=219;NR=180;PP=2965;SC=CGTTATTTTCCTCTAATCCCT;SOR=0.784;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=403;TCF=219;TCR=184;TR=399;WE=180897529;WS=180897511;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,755:1.00:755
chr1	180897569	rs3747958	C	T	4736.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-0.087;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=732;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.541;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=80;NR=77;PP=2083;ReadPosRankSum=-0.114;SC=GCTGCAGGACCGTTGGTCCCA;SOR=0.639;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=420;TCF=204;TCR=216;TR=157;WE=180897591;WS=180897559;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:463,263:0.36:726
chr1	180897792	rs35197779	ATGC	A	1320.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-0.506;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.448;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.981;NF=0;NR=25;PP=1139;ReadPosRankSum=-0.046;SC=ATCTAGCCAAATGCTGCTGCT;SOR=1.140;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=44;TCF=1;TCR=43;TR=25;WE=180897802;WS=180897782;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,34:0.69:49
chr1	180905352	rs3795505	C	T	13097.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.905;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1105;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.882;NF=216;NR=183;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.953;SC=TTACAGAAAGCCACGAGTCCC;SOR=0.728;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=711;TCF=382;TCR=329;TR=399;WE=180905360;WS=180905342;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:475,613:0.56:1088
chr1	180905448	rs3795504	G	T	15379.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-1.522;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1204;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.499;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQ=60.01;MQRankSum=0.824;NF=225;NR=230;PP=2962;ReadPosRankSum=2.065;SC=CAGCTTCCTTGTGTCCTGAAG;SOR=0.531;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=759;TCF=354;TCR=405;TR=455;WE=180905456;WS=180905438;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:481,711:0.60:1192
chr1	180913597	rs2331995	A	G	17556.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.646;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=675;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=200;NR=217;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.209;SC=CAGCAAGGGGAACCGGTCCAG;SOR=0.739;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=419;TCF=201;TCR=218;TR=417;WE=180913605;WS=180913587;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,667:1.00:669
chr1	180933498	rs4652543	C	T	1187.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=1.302;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=7;PP=816;ReadPosRankSum=1.602;SC=GTCCAGGCCCCGGTTCCTGGG;SOR=0.765;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=75;TCF=62;TCR=13;TR=43;WE=180933506;WS=180933488;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,50:0.59:85
chr1	180974596	rs12125196	C	T	890.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.154;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=21;PP=482;ReadPosRankSum=-0.054;SC=CTTTCTGTACCTCTCTGTAAT;SOR=0.650;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=71;TCF=20;TCR=51;TR=29;WE=180974604;WS=180974586;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,47:0.41:115
chr1	181003032	.	A	G	289.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=1.159;ClippingRankSum=0.000;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=1;PP=179;ReadPosRankSum=0.259;SC=GCAACTGATGACACTGCATAT;SOR=0.693;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=24;TCF=21;TCR=3;TR=13;WE=181003040;WS=181003022;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,13:0.50:26
chr1	181058643	rs1361365	A	G	748.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=16;NR=5;PP=463;SC=TGCGCGCCGCAACCAGCGGAG;SOR=2.147;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=16;TCR=5;TR=21;WE=181058651;WS=181058633;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr1	181548341	rs17443123	A	G	7005.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.477;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=612;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.521;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=104;NR=103;PP=2880;ReadPosRankSum=1.798;SC=TACATCGAGCATGCTTCATGA;SOR=0.668;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=351;TCF=172;TCR=179;TR=207;WE=181548349;WS=181548331;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:265,344:0.56:609
chr1	181684605	rs12407563	A	G	1262.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-0.002;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.292;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=34;PP=783;ReadPosRankSum=-0.878;SC=ATTCAAAAGGAGAGAAAGAAA;SOR=0.565;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=131;TCF=47;TCR=84;TR=55;WE=181684613;WS=181684595;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:99,64:0.39:163
chr1	181688868	rs4651113	G	A	740.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.575;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.830;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=9;PP=477;ReadPosRankSum=-0.663;SC=TCTCACTGTGGCTGGCATTGC;SOR=0.998;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=75;TCF=52;TCR=23;TR=33;WE=181688876;WS=181688858;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,38:0.38:100
chr1	181701799	rs35737760	T	A	2848.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=4.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=446;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.570;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=84;PP=2096;ReadPosRankSum=1.268;SC=TCAAGGGGGATGGAGGGGACC;SOR=0.757;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=367;TCF=130;TCR=237;TR=125;WE=181701807;WS=181701789;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:283,149:0.34:432
chr1	181706685	rs34488539	C	T	3208.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.028;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=467;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=75;NR=44;PP=1687;ReadPosRankSum=0.164;SC=GCCACTACATCGTGAACCTGC;SOR=0.730;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=316;TCF=199;TCR=117;TR=119;WE=181706693;WS=181706675;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:289,170:0.37:459
chr1	181708168	rs73045109	A	G	332.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-0.677;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=4;PP=211;ReadPosRankSum=0.086;SC=AGGTCCTAGCATAGGGTTGGT;SOR=0.622;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=54;TCF=43;TCR=11;TR=19;WE=181708176;WS=181708158;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,19:0.33:57
chr1	181714466	rs375841404	AT	A	492.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.895;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=360;ExcessHet=3.0103;FS=4.088;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.09;MQRankSum=2.986;QD=1.60;ReadPosRankSum=-0.874;SOR=0.986;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:227,80:0.26:307
chr1	181725110	rs4652678	T	C	1410.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=1.001;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=21;PP=503;ReadPosRankSum=-0.423;SC=ATGTAGATCATGAGAAAAACA;SOR=0.697;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=107;TCF=55;TCR=52;TR=42;WE=181725118;WS=181725100;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:127,78:0.38:205
chr1	181727030	rs12564606	A	T	1910.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=2.523;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=274;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.787;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=27;PP=963;ReadPosRankSum=-1.355;SC=AGAGCCTGCCATGGTAGATCT;SOR=0.537;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=175;TCF=100;TCR=75;TR=57;WE=181727038;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:170,98:0.37:268
chr1	181731667	rs149636359	T	TC	1688.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.188;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=240;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.36;MQRankSum=1.355;QD=7.13;ReadPosRankSum=1.078;SOR=0.702;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:143,94:0.40:237
chr1	181732695	rs72735265	A	G	860.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.991;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.784;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=20;PP=491;ReadPosRankSum=-0.048;SC=ATCCTCTCTGAGGGTTGTCAT;SOR=0.848;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=67;TCF=25;TCR=42;TR=32;WE=181732703;WS=181732685;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,42:0.43:97
chr1	181741301	rs199930	C	T	3642.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.707;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=582;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=72;NR=54;PP=1692;ReadPosRankSum=2.445;SC=AGAACGAGAACGAACGCTGCG;SOR=0.708;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=365;TCF=209;TCR=156;TR=126;WE=181741309;WS=181741291;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:372,201:0.35:573
chr1	181745580	rs199932	G	A	288.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.717;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=12;PP=233;ReadPosRankSum=1.046;SC=CTGTGACAGGGTTTTCCCTTT;SOR=0.562;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=59;TCF=12;TCR=47;TR=16;WE=181745588;WS=181745570;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,18:0.24:75
chr1	181752783	rs201160192	T	TG	646.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.729;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FS=2.560;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.07;MQRankSum=0.000;QD=4.46;ReadPosRankSum=-0.508;SOR=0.663;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:90,55:0.38:145
chr1	181752923	rs36163765	AAGCTT	A	3271.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-1.199;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.880;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.288;NF=3;NR=36;PP=1816;ReadPosRankSum=-0.562;SC=TGCCAAAGGTAAGCTTAGCTT;SOR=0.496;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=85;TCF=5;TCR=80;TR=39;WE=181752935;WS=181752913;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,85:0.55:154
chr1	181754314	rs579105	G	C	570.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-1.477;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.738;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=4;PP=298;ReadPosRankSum=0.348;SC=GGCACCATGGGGGCCCTCAAT;SOR=0.331;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=64;TCF=55;TCR=9;TR=22;WE=181754322;WS=181754304;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,28:0.37:76
chr1	181754803	rs473200	C	T	5016.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=2.467;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=873;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.191;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=109;NR=71;PP=2408;ReadPosRankSum=0.954;SC=CAGCAAACTCCGTAGTCATTG;SOR=0.797;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=521;TCF=305;TCR=216;TR=180;WE=181754811;WS=181754793;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:580,281:0.33:861
chr1	181759473	rs593942	T	A	550.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-2.015;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.602;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=10;PP=449;ReadPosRankSum=-0.510;SC=TGTAAGTTACTAGGTTTACAA;SOR=0.352;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=91;TCF=70;TCR=21;TR=35;WE=181759481;WS=181759463;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,29:0.35:82
chr1	182355046	rs2296519	A	G	1850.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.808;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=328;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.866;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=32;PP=730;ReadPosRankSum=-1.420;SC=AGGACAAAACACTAAGAGTCA;SOR=0.508;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=192;TCF=83;TCR=109;TR=63;WE=182355054;WS=182355036;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:214,110:0.34:324
chr1	182356399	rs1058111	A	G	2990.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.076;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=478;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=47;PP=1302;ReadPosRankSum=-0.627;SC=GTAAAGTACTAGAGCCATCGA;SOR=0.702;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=268;TCF=139;TCR=129;TR=97;WE=182356407;WS=182356389;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:312,165:0.35:477
chr1	182369078	rs6698722	G	A	2409.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.165;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=317;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.958;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=27;PP=1299;ReadPosRankSum=0.672;SC=AGCCAGAGACGGGTCTGTATA;SOR=0.818;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=209;TCF=129;TCR=80;TR=77;WE=182369086;WS=182369068;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:194,118:0.38:312
chr1	182369233	rs6674281	A	G	5677.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.384;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=678;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=93;NR=92;PP=2821;ReadPosRankSum=0.714;SC=AGCAGAGAATAAACGTGCAGC;SOR=0.690;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=445;TCF=223;TCR=222;TR=185;WE=182369241;WS=182369223;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:390,283:0.42:673
chr1	182429295	rs10572829	CTG	C	2075.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.538;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FS=2.639;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.95;MQRankSum=-0.195;QD=29.65;ReadPosRankSum=0.426;SOR=0.313;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,68:0.97:70
chr1	182429728	rs266508	T	C	2817.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=42;NR=21;PP=1362;SC=AATTTGTCTCTTTGCTTTTGC;SOR=1.201;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=63;TCF=42;TCR=21;TR=63;WE=182429736;WS=182429718;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr1	182491107	rs607269	A	C	1914.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=47;NR=15;PP=1262;SC=CTTATAATATAGTGTTCTCCA;SOR=2.105;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=62;TCF=47;TCR=15;TR=62;WE=182491115;WS=182491097;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr1	182496829	rs7535533	A	G	8590.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=328;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=73;NR=135;PP=2965;SC=GAAGATCAGTATAGAGACCAA;SOR=1.151;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=210;TCF=74;TCR=136;TR=208;WE=182496837;WS=182496819;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,324:1.00:324
chr1	182501933	rs266534	C	A	16103.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.597;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=619;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=176;NR=183;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.781;SC=GAAAGTAAGTCATTTCTGTAT;SOR=0.716;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=360;TCF=176;TCR=184;TR=359;WE=182501941;WS=182501923;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,615:1.00:617
chr1	182502033	rs266535	G	T	8048.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=310;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=78;NR=123;PP=2965;SC=GCAGCCTGGAGTCTAGCAAAA;SOR=1.076;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=201;TCF=78;TCR=123;TR=201;WE=182502041;WS=182502023;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,304:1.00:304
chr1	182509269	rs266531	G	A	3590.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=76;NR=22;PP=2297;SC=GACTATTTCAGTAGGCCAAAA;SOR=2.100;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=98;TCF=76;TCR=22;TR=98;WE=182509277;WS=182509259;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr1	182509292	rs3856115	A	G	1309.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-2.094;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.589;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=16;PP=754;ReadPosRankSum=1.835;SC=ATGGATCCACAGTCTCCTTTC;SOR=0.606;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=147;TCF=109;TCR=38;TR=58;WE=182509300;WS=182509282;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:126,72:0.36:198
chr1	182509617	rs3911280	C	A	488.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-4.058;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.367;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=15;PP=305;ReadPosRankSum=0.278;SC=TAGGACTGCCCAGCAGAAACT;SOR=0.237;SbPval=0.22;Source=Platypus;TC=50;TCF=8;TCR=42;TR=20;WE=182509625;WS=182509607;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,22:0.41:54
chr1	182517357	rs6657620	G	C	362.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=3.573;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=1;PP=287;ReadPosRankSum=0.737;SC=CTGGCCTTGCGTTTTTTGGGC;SOR=0.892;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=37;TCF=34;TCR=3;TR=16;WE=182517365;WS=182517356;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,16:0.43:37
chr1	182517642	rs10911094	C	A	4536.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.108;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=365;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.179;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=106;PP=2760;ReadPosRankSum=0.855;SC=GCATTTCCCCCACAAGGACAA;SOR=0.910;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=269;TCF=91;TCR=178;TR=155;WE=182517650;WS=182517632;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:158,201:0.56:359
chr1	182549019	rs533259	A	G	6272.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=251;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=93;NR=65;PP=2840;SC=TCACAGCTTCATGTAGTGGTG;SOR=0.977;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=158;TCF=93;TCR=65;TR=158;WE=182549027;WS=182549009;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,245:1.00:245
chr1	182551337	rs627928	A	C	1713.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.547;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=322;ExcessHet=3.0103;FS=1.999;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.34;ReadPosRankSum=-1.609;SOR=0.781;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:222,99:0.31:321
chr1	182554557	rs486907	C	T	3719.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=1.065;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=548;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.542;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=49;PP=1496;ReadPosRankSum=-2.069;SC=CAGGACATTTCGGGCAAATTC;SOR=0.718;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=302;TCF=150;TCR=152;TR=104;WE=182554565;WS=182554547;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:347,197:0.36:544
chr1	182555588	rs146336238	G	A	7185.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.582;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=506;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.542;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=101;NR=112;PP=2962;ReadPosRankSum=-2.542;SC=CACACTCATTGACATCTGCTC;SOR=0.643;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=340;TCF=159;TCR=181;TR=213;WE=182555596;WS=182555578;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:178,317:0.64:495
chr1	182569626	rs1144566	T	C	11080.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=439;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=120;NR=163;PP=2965;SC=CGTCAGCTCGTGGGTCTCATG;SOR=0.889;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=283;TCF=120;TCR=163;TR=283;WE=182569634;WS=182569616;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,433:1.00:433
chr1	182571003	rs610367	C	T	825.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.388;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.275;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=8;PP=445;ReadPosRankSum=2.539;SC=GGCCCTTCTACCTCTACACCT;SOR=0.412;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=34;TCF=25;TCR=9;TR=26;WE=182571011;WS=182570993;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,36:0.71:51
chr1	182571277	rs569790	C	T	3927.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.969;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=293;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.657;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=64;PP=1798;ReadPosRankSum=0.814;SC=TCTGGGGTTGCGGGAAAGAAG;SOR=0.875;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=167;TCF=73;TCR=94;TR=109;WE=182571285;WS=182571267;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:108,182:0.63:290
chr1	182573227	rs509476	T	C	8626.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=335;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=110;NR=82;PP=2965;SC=TCAAGTGCGCTTCTACCTCTC;SOR=0.882;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=192;TCF=110;TCR=82;TR=192;WE=182573235;WS=182573217;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,333:1.00:333
chr1	182778367	rs971040	G	A	8263.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.61;DB;DP=321;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=68;NR=93;PP=2965;SC=CAAAGTAGACGGAGTAGCTTT;SOR=0.880;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=163;TCF=70;TCR=93;TR=161;WE=182778375;WS=182778357;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,313:1.00:313
chr1	182850727	rs6677840	T	C	3477.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=30;NR=53;PP=2034;SC=TAAGAATGACTTGGGAAGCCA;SOR=1.169;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=84;TCF=30;TCR=54;TR=83;WE=182850735;WS=182850717;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr1	182854017	rs3130492	G	A	2372.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=16;NR=42;PP=1284;SC=TAGAATTCCTGAAGTTAGTGA;SOR=1.528;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=58;TCF=16;TCR=42;TR=58;WE=182854025;WS=182854007;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr1	182993025	rs10911194	C	T	21212.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.211;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=803;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=275;NR=224;PP=2965;ReadPosRankSum=1.427;SC=TCAACGCCGCCTTCAACGTGA;SOR=0.476;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=505;TCF=279;TCR=226;TR=499;WE=182993033;WS=182993015;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,797:1.00:800
chr1	182993358	rs12030652	G	T	906.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=0.677;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.969;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=29;PP=674;ReadPosRankSum=-0.491;SC=CCTCACGGGCGCAGACGGCCG;SOR=1.338;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=84;TCF=17;TCR=67;TR=34;WE=182993366;WS=182993348;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,38:0.39:97
chr1	183072590	rs2296288	T	C	10538.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=403;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=120;NR=163;PP=2965;SC=GTGGTTCCTGTGAGAACACCT;SOR=0.903;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=283;TCF=120;TCR=163;TR=283;WE=183072598;WS=183072580;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,396:1.00:396
chr1	183072701	rs2296289	C	T	1537.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=1.509;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.088;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=39;PP=824;ReadPosRankSum=-1.201;SC=CTGGGGGCAACGTGGCCTTTT;SOR=0.800;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=162;TCF=63;TCR=99;TR=62;WE=183072709;WS=183072691;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:140,82:0.37:222
chr1	183077296	rs3835273	A	AG	1927.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=39;NR=5;PP=1833;SC=ATTTAGTGCTAAAGAGGGCGT;SOR=4.407;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=44;TCF=39;TCR=5;TR=44;WE=183077304;WS=183077286;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr1	183077615	rs3765521	C	T	2157.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.04;SOR=3.702;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr1	183077618	rs3765522	C	T	2157.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.95;SOR=3.657;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr1	183079509	rs2296291	C	T	2058.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.551;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=12;PP=1393;ReadPosRankSum=-0.784;SC=GCTCAGTTCCCCAGTTTACAC;SOR=1.473;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=63;TCF=50;TCR=13;TR=61;WE=183079517;WS=183079499;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,68:0.99:69
chr1	183079853	rs6672093	T	C	1883.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=49;PP=1156;SC=GAAGAAGGAATGGGTGACTTT;SOR=2.336;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=63;TCF=14;TCR=49;TR=63;WE=183079861;WS=183079843;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr1	183084607	rs3736888	AC	GA	8834.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.835;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.393;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=88;NR=44;PP=2947;ReadPosRankSum=-0.591;SC=GATTTTACTTACGTATCTGGC;SOR=1.212;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=140;TCF=93;TCR=47;TR=132;WE=183084616;WS=183084597;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,197:0.99:198
chr1	183085611	rs10689020	C	CA,CAA	638.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.277;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.89;ReadPosRankSum=-0.124;SOR=0.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:9,21,16:0.46,0.35:46
chr1	183085696	rs6424888	A	G	6450.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=254;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=120;NR=75;PP=2965;SC=TGTTTTATCCATTTTTCATTG;SOR=1.073;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=195;TCF=120;TCR=75;TR=195;WE=183085704;WS=183085686;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,251:1.00:251
chr1	183085755	rs20563	A	G	10834.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.917;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=418;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=145;NR=121;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.226;SC=TGAATGTAATATTGAAACAGG;SOR=0.795;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=270;TCF=147;TCR=123;TR=266;WE=183085763;WS=183085745;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,412:0.99:416
chr1	183086757	rs2296292	A	C	5552.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=61;NR=85;PP=2584;SC=GCCTCTCTGCAGAAGACCTTG;SOR=0.967;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=146;TCF=61;TCR=85;TR=146;WE=183086765;WS=183086747;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,212:1.00:212
chr1	183093875	rs20557	T	C	6452.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.807;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=256;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=74;NR=87;PP=2813;ReadPosRankSum=-1.492;SC=TCGATCCCAATGCAGTTGGAA;SOR=0.776;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=163;TCF=75;TCR=88;TR=161;WE=183093883;WS=183093865;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,250:0.99:252
chr1	183094547	rs20558	T	C	8146.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.835;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=310;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=132;NR=71;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.413;SC=AATTGCAATCTGTATGGGACC;SOR=1.194;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=206;TCF=133;TCR=73;TR=203;WE=183094555;WS=183094537;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,305:0.99:307
chr1	183094802	rs10797850	G	A	462.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=3.713;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=15;PP=377;ReadPosRankSum=-0.055;SC=GCCTAATGTAGGCAAGGCATC;SOR=2.200;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=0;TCR=20;TR=15;WE=183094810;WS=183094792;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,16:0.76:21
chr1	183095185	rs55856623	TAA	T	3713.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.837;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.06;MQRankSum=0.207;QD=23.21;ReadPosRankSum=2.083;SOR=1.279;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:22,138:0.86:160
chr1	183095234	rs1886501	A	G	7008.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.606;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=272;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.130;NF=94;NR=61;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.814;SC=TGCCTGAGAAATGTCCTGTGT;SOR=0.962;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=159;TCF=97;TCR=62;TR=155;WE=183095242;WS=183095224;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,266:0.99:268
chr1	183095477	rs2296293	G	A	3838.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.868;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=82;PP=2360;ReadPosRankSum=1.715;SC=GACTTTGACAGCCTCAGTCTA;SOR=1.438;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=124;TCF=41;TCR=83;TR=123;WE=183095485;WS=183095467;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,146:0.99:148
chr1	183096253	rs3066017	T	TATA	1315.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=15;NR=5;PP=1003;SC=TCAAAAAAATTATGACAGTAT;SOR=2.226;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=21;TCF=16;TCR=5;TR=20;WE=183096261;WS=183096243;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr1	183096634	rs1413390	G	A	630.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=15;PP=415;SC=GGTGAACAAGGTAGATGTGGT;SOR=2.030;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=4;TCR=15;TR=19;WE=183096642;WS=183096624;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr1	183096668	rs1413389	C	T	259.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=5;PP=141;SC=GACTTATGTTCCAGTTGGGAG;SOR=2.093;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=7;TCF=2;TCR=5;TR=7;WE=183096676;WS=183096658;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr1	183097956	rs34133998	G	GTTA	4728.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=2;NR=52;PP=2869;SC=CTAAAGCAAGGTTAGTATAGT;SOR=1.721;SbPval=0.92;Source=Platypus;TC=63;TCF=5;TCR=58;TR=54;WE=183097964;WS=183097946;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr1	183098001	rs10797851	A	G	1245.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=38;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=27;PP=774;SC=TAAACTACTCATAGATTATAA;SOR=1.931;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=6;TCR=27;TR=33;WE=183098009;WS=183097991;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr1	183099701	rs2296300	G	A	2507.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=20;NR=54;PP=1547;SC=GATTGCAAACGTCTGAGGTGG;SOR=1.916;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=74;TCF=20;TCR=54;TR=74;WE=183099709;WS=183099691;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr1	183100555	rs2333620	T	C	12923.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.629;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=335;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=40.01;ReadPosRankSum=0.456;SOR=1.312;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,321:0.99:323
chr1	183100562	.	G	GT	4067.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.638;ClippingRankSum=0.000;DP=294;ExcessHet=3.0103;FS=4.463;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=39.49;ReadPosRankSum=2.011;SOR=2.921;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:3,100:0.97:103
chr1	183100563	rs55951405	G	GTGTGT,GTGTGTGT	3573.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.190;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=295;ExcessHet=3.0103;FS=6.043;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=44.67;ReadPosRankSum=2.655;SOR=3.816;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:3,23,54:0.29,0.68:80
chr1	183100596	rs2333619	A	G	5192.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.549;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=49.45;ReadPosRankSum=-1.206;SOR=2.624;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,104:0.99:105
chr1	183100596	.	ATT	GTG	2947	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;FR=1.0000;HP=3;HapScore=1;MGOF=65;MMLQ=28;MQ=58.26;NF=2;NR=93;PP=2947;QD=20;SC=GTGTGTGTGTATTGTCTTATC;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=106;TCF=4;TCR=102;TR=95;WE=183100606;WS=183100586;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:11,95:0.90:106
chr1	183100598	rs4047797	T	G	4542.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.141;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=48.85;ReadPosRankSum=-1.108;SOR=3.679;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,92:0.99:93
chr1	183101427	rs148796825	AAAT	A	1112.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=49;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=9;NR=1;PP=502;SC=ACTCCATTTCAAATAATAATA;SOR=2.494;SbPval=0.96;Source=Platypus;TC=14;TCF=10;TCR=4;TR=10;WE=183101437;WS=183101423;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr1	183101444	rs12071514	A	C	1481.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.90;SOR=2.235;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr1	183101451	rs12066735	T	G	761.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.177;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=1.435;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.58;ReadPosRankSum=0.044;SOR=1.061;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,30:0.73:41
chr1	183101471	rs12061219	G	A	2439.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=41;NR=11;PP=1117;SC=AGCATTACCTGAATTTTACTT;SOR=1.963;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=52;TCF=41;TCR=11;TR=52;WE=183101479;WS=183101461;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr1	183101686	rs12095664	G	A	6517.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-2.124;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=253;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.897;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=102;PP=2965;ReadPosRankSum=0.460;SC=AGTATAATTTGAAAGTGGTTT;SOR=0.197;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=170;TCF=65;TCR=105;TR=167;WE=183101694;WS=183101676;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,245:0.99:247
chr1	183102719	rs73036945	C	T	272.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=1.793;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=11;PP=169;ReadPosRankSum=1.366;SC=AGCCCCACCCCGTCTCTCCCC;SOR=0.420;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=33;TCF=2;TCR=31;TR=12;WE=183102727;WS=183102709;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,14:0.35:40
chr1	183104003	rs3831074	GGTCTGT	G	2479.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.623;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.560;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=29;PP=2777;ReadPosRankSum=0.012;SC=AGTCCAAATGGGTCTGTGATG;SOR=0.441;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=92;TCF=13;TCR=79;TR=34;WE=183104021;WS=183103993;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:111,68:0.38:179
chr1	183104013	rs2296299	G	A	2434.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.477;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.790;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=50;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.389;SC=GGTCTGTGATGATGCCGTACT;SOR=1.118;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=120;TCF=41;TCR=79;TR=72;WE=183104021;WS=183103993;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,104:0.61:171
chr1	183104079	rs2296298	C	G	595.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-0.576;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.981;HP=2;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=15;PP=432;ReadPosRankSum=0.076;SC=TTTATGCTGGCAAGTCTCAGG;SOR=0.933;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=60;TCF=25;TCR=35;TR=23;WE=183104087;WS=183104069;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,25:0.37:68
chr1	183104340	rs35182436	AT	A	4148.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-2.799;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=261;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=1.870;HP=11;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.335;NF=7;NR=94;PP=1580;ReadPosRankSum=-0.982;SC=CACTAGAGTGATTTTTTTTTT;SOR=0.301;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=118;TCF=8;TCR=110;TR=101;WE=183104349;WS=183104330;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:5,209:0.98:214
chr1	183105399	rs2296296	C	G	1975.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=47;NR=13;PP=1404;SC=AGCCCATGCTCTCTTCCATTT;SOR=2.412;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=60;TCF=47;TCR=13;TR=60;WE=183105407;WS=183105389;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr1	183105534	rs20560	T	C	13387.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=512;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=185;NR=131;PP=2965;SC=TTGATAGGCGTGTGAACGATA;SOR=0.958;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=318;TCF=186;TCR=132;TR=316;WE=183105542;WS=183105524;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,506:1.00:506
chr1	183105705	rs20561	G	A	3373.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.929;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.519;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=81;PP=2132;ReadPosRankSum=0.222;SC=AGAGGATCGCGAGCGCTGTCC;SOR=0.996;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=166;TCF=45;TCR=121;TR=109;WE=183105713;WS=183105695;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,140:0.65:217
chr1	183106739	rs10797854	G	A	2208.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=57;NR=14;PP=1505;SC=TATAAAAGGAGCGGGAGCATA;SOR=2.554;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=72;TCF=58;TCR=14;TR=71;WE=183106747;WS=183106729;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr1	183155399	rs2276542	A	G	197.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-1.792;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.274;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=0;PP=146;ReadPosRankSum=-0.148;SC=AAAGGAAGGCACAGCGGAGCG;SOR=2.049;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=39;TCF=35;TCR=4;TR=12;WE=183155407;WS=183155389;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,12:0.30:40
chr1	183155715	rs60707856	CT	C	2752.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-1.783;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.262;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=28;PP=1726;ReadPosRankSum=0.399;SC=TCTGGGGCTCCTCCAGAGACG;SOR=0.577;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=88;TCF=4;TCR=84;TR=29;WE=183155725;WS=183155705;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:98,74:0.43:172
chr1	183155717	rs61418038	C	A	2761.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-2.654;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.255;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=28;PP=1723;ReadPosRankSum=0.527;SC=TGGGGCTCCTCCAGAGACGGA;SOR=0.590;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=118;TCF=37;TCR=81;TR=43;WE=183155725;WS=183155705;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:97,74:0.43:171
chr1	183155778	rs6703054	A	C	407.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=4.781;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=15;PP=289;ReadPosRankSum=1.146;SC=AAATAGTAAGACAATAAGCTG;SOR=0.997;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=43;TCF=3;TCR=40;TR=15;WE=183155786;WS=183155768;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,17:0.38:45
chr1	183176970	rs11480551	G	GT	294.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.032;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.13;MQRankSum=2.061;QD=1.93;ReadPosRankSum=-0.507;SOR=0.726;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:115,38:0.25:153
chr1	183177218	rs647347	A	G	738.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=2.058;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=21;PP=417;ReadPosRankSum=0.196;SC=GCTGAAAAGGACGGAAAGAGG;SOR=0.605;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=64;TCF=10;TCR=54;TR=25;WE=183177226;WS=183177208;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,33:0.42:78
chr1	183184524	rs2274981	C	T	462.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=3.575;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.465;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=4;PP=291;ReadPosRankSum=-1.255;SC=TAGTTGCTTCCAATGCCGCAT;SOR=1.811;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=51;TCF=36;TCR=15;TR=20;WE=183184532;WS=183184514;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,23:0.33:69
chr1	183184616	rs2274980	C	T	1179.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.546;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.639;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=21;PP=552;ReadPosRankSum=0.167;SC=GTGACAACTCCGGACGGTGCA;SOR=0.519;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=124;TCF=70;TCR=54;TR=43;WE=183184624;WS=183184606;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:126,66:0.34:192
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chr1	183187494	rs10911285	T	C	1387.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.730;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=240;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.688;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=20;PP=522;ReadPosRankSum=-0.876;SC=TTTGGAAGCATGTCCCTAATT;SOR=0.581;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=155;TCF=95;TCR=60;TR=50;WE=183187502;WS=183187484;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:157,79:0.33:236
chr1	183187603	rs1129723	C	T	2662.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.911;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=415;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.544;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=43;PP=1057;ReadPosRankSum=-0.662;SC=AGCCAGCTGTCACTGGAGAAC;SOR=0.691;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=251;TCF=124;TCR=127;TR=88;WE=183187611;WS=183187593;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:262,149:0.36:411
chr1	183191144	rs2296307	C	T	487.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-1.195;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.177;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=7;PP=229;ReadPosRankSum=1.606;SC=TAGGACTTGTCGGCAAGCAAA;SOR=0.443;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=55;TCF=39;TCR=16;TR=20;WE=183191152;WS=183191134;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,26:0.39:67
chr1	183191324	rs2296306	C	A	1620.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.469;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=240;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.622;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=37;PP=843;ReadPosRankSum=0.090;SC=AACGACTAGACCCTGTCTATT;SOR=0.829;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=168;TCF=78;TCR=90;TR=66;WE=183191332;WS=183191314;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:150,89:0.37:239
chr1	183191367	rs2296305	C	T	1200.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.332;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.412;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=31;PP=681;ReadPosRankSum=1.024;SC=AATAATGTCTCCTATAGAGGC;SOR=0.973;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=133;TCF=51;TCR=82;TR=46;WE=183191375;WS=183191357;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:144,67:0.32:211
chr1	183192304	rs1047980	T	G	1104.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.744;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.100;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=16;PP=557;ReadPosRankSum=1.367;SC=TGAGCTATGGTCAAAGCCTGT;SOR=0.532;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=94;TCF=57;TCR=37;TR=36;WE=183192312;WS=183192294;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:97,57:0.37:154
chr1	183194619	rs2021956	A	G	522.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=5.778;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.096;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=0;PP=457;ReadPosRankSum=-1.764;SC=TCTCAGTCCTATGCCCCCTTC;SOR=2.215;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=41;TCF=39;TCR=2;TR=20;WE=183194627;WS=183194615;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,19:0.46:41
chr1	183206573	rs1047981	G	A	2874.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.373;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=446;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.541;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=43;PP=918;ReadPosRankSum=1.483;SC=AGCGTACACAGAAGAATCTGG;SOR=0.755;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=242;TCF=111;TCR=131;TR=76;WE=183206581;WS=183206563;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:276,165:0.37:441
chr1	183207603	rs1925043	T	C	1199.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.664;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.591;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=30;PP=633;ReadPosRankSum=1.287;SC=AAGTGTATAGTCATGACCAAT;SOR=0.756;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=123;TCF=38;TCR=85;TR=43;WE=183207611;WS=183207593;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:123,63:0.34:186
chr1	183209086	.	C	A	25	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MMLQ=28;MQ=60.0;NF=4;NR=0;PP=25;QD=14.9428031368;SC=GCCCGGCTGCCGCTGTATTTT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=15;TCR=2;TR=4;WE=183209094;WS=183209076;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:13,4:0.24:17
chr1	183212548	rs3768593	T	G	1238.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.223;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.651;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=31;PP=697;ReadPosRankSum=0.555;SC=CTGCCATAAATATTTCTCAAC;SOR=0.806;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=95;TCF=30;TCR=65;TR=46;WE=183212556;WS=183212538;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,61:0.43:141
chr1	183253213	rs607332	G	A	682.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.449;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=15;PP=374;ReadPosRankSum=-1.577;SC=TTAGGGAACAGGCTTCCTGGT;SOR=0.732;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=38;TCF=12;TCR=26;TR=23;WE=183253221;WS=183253203;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,29:0.60:48
chr1	183253959	rs603850	T	G	5035.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=42;NR=81;PP=2493;SC=AGGGACAGAGTGGGAGAGAAC;SOR=1.287;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=123;TCF=42;TCR=81;TR=123;WE=183253967;WS=183253949;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,184:1.00:184
chr1	183471295	rs789193	G	T	600.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=16;NR=2;PP=436;SC=CCTTTCACATGAAGTCATTTC;SOR=3.056;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=18;TCF=16;TCR=2;TR=18;WE=183471303;WS=183471285;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr1	183486859	rs789169	G	A	12243.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.537;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=489;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=145;NR=154;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.059;SC=TCACAACACTGCAAGGCCAGG;SOR=0.736;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=302;TCF=145;TCR=157;TR=299;WE=183486867;WS=183486849;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,478:1.00:480
chr1	183516100	rs699246	G	C	1323.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=35;NR=7;PP=1004;SC=ATTTCAGAGCGTTTTTTCTCT;SOR=2.885;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=42;TCF=35;TCR=7;TR=42;WE=183516108;WS=183516090;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr1	183516440	rs2702182	G	A	1635.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.833;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=33;PP=899;ReadPosRankSum=0.870;SC=CTGCTTCTCTGAGATACTGTA;SOR=1.366;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=50;TCF=16;TCR=34;TR=48;WE=183516448;WS=183516430;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,63:0.97:65
chr1	183525452	rs699244	T	G	8210.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=2.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=311;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=70;NR=144;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.654;SC=ATTTGTTATCTGTCACCCTTC;SOR=0.517;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=215;TCF=70;TCR=145;TR=214;WE=183525460;WS=183525442;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,305:1.00:306
chr1	183534935	rs2296164	C	T	3186.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=39;NR=32;PP=1333;SC=CAGGGAGCGACGGTCAGAACC;SOR=0.779;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=71;TCF=39;TCR=32;TR=71;WE=183534943;WS=183534925;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr1	183542387	rs2274064	T	C	8021.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.768;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=307;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=103;NR=72;PP=2965;ReadPosRankSum=0.354;SC=TCGAAACAGCTTGCCCACAGG;SOR=0.919;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=177;TCF=104;TCR=73;TR=175;WE=183542395;WS=183542377;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,301:0.99:303
chr1	183556043	rs201003183	A	T	4320.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.201;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=317;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.942;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=57;PP=1892;ReadPosRankSum=-0.080;SC=TCTGTCTGGTAGTAGAGCATC;SOR=0.642;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=184;TCF=90;TCR=94;TR=115;WE=183556051;WS=183556033;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:113,201:0.64:314
chr1	183617266	rs17436878	C	G	13252.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.803;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=493;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=173;NR=161;PP=2965;ReadPosRankSum=2.187;SC=CCAGTGCTCTCCCAGTTAAAA;SOR=0.739;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=337;TCF=173;TCR=164;TR=334;WE=183617274;WS=183617256;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,485:1.00:487
chr1	183711483	rs3820689	C	T	1646.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=32;PP=880;SC=TACCTGAGACCATAATTCTTC;SOR=1.609;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=47;TCF=15;TCR=32;TR=47;WE=183711491;WS=183711473;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr1	183775704	rs368701909	CT	C	111.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.464;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FS=2.119;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.08;MQRankSum=1.853;QD=1.04;ReadPosRankSum=0.213;SOR=0.394;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:84,23:0.21:107
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chr1	183866849	rs12031722	G	T	3911.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-2.015;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=265;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=82;NR=43;PP=2126;ReadPosRankSum=0.513;SC=CGAGAGTTATGCAGGGTTGTG;SOR=0.681;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=193;TCF=126;TCR=67;TR=125;WE=183866857;WS=183866839;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,170:0.66:256
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chr1	183876182	rs11591089	C	T	5749.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-0.301;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=532;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.522;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=79;PP=2163;ReadPosRankSum=-0.824;SC=CAGCTGCTGACGCCAGCACCA;SOR=0.761;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=275;TCF=124;TCR=151;TR=142;WE=183876190;WS=183876172;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:237,282:0.54:519
chr1	183895178	rs4328036	G	A	3616.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.115;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=281;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.523;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=75;NR=49;PP=1799;ReadPosRankSum=0.726;SC=TACAGCTGCCGTTGTCAGTAC;SOR=0.585;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=206;TCF=128;TCR=78;TR=124;WE=183895186;WS=183895168;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:105,167:0.61:272
chr1	183913540	rs17504460	C	T	664.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=1.696;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=21;PP=453;ReadPosRankSum=-2.627;SC=TAAAAAGTCACGAGTCTAGTA;SOR=0.592;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=46;TCF=11;TCR=35;TR=28;WE=183913548;WS=183913530;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,29:0.60:48
chr1	183942950	rs2296714	C	T	671.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.286;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=14;PP=269;ReadPosRankSum=-0.986;SC=GAGAATAACCCAGCCCTTCTG;SOR=0.627;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=36;TCF=10;TCR=26;TR=20;WE=183942958;WS=183942940;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,31:0.61:51
chr1	183944089	rs2077202	A	C	494.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=1.616;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=2;PP=292;ReadPosRankSum=0.760;SC=CAAAAATTTCATTGTGCCTTT;SOR=0.706;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=33;TCF=29;TCR=4;TR=18;WE=183944097;WS=183944083;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,22:0.56:39
chr1	183944444	rs2378795	C	T	545.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-0.465;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.270;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=18;PP=396;ReadPosRankSum=3.844;SC=TTCTATCAATCCCAGGAAGTA;SOR=1.371;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=31;TCF=4;TCR=27;TR=21;WE=183944452;WS=183944434;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,23:0.56:41
chr1	183947757	rs3833521	G	GA	345.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=1.363;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.245;HP=8;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=19;PP=347;ReadPosRankSum=5.060;SC=GCTACTCCTGGAAAAAAAATT;SOR=1.863;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=53;TCF=0;TCR=53;TR=19;WE=183947765;WS=183947747;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,20:0.53:38
chr1	184476621	rs9633308	T	C	635.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=4;PP=402;SC=AGGCCACAGGTGAAAGGGTCT;SOR=2.636;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=15;TCR=4;TR=19;WE=184476629;WS=184476611;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr1	184692999	rs71101940	T	TA	336.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.461;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FS=2.995;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.12;ReadPosRankSum=-0.148;SOR=0.481;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,30:0.55:55
chr1	184718750	rs10588591	GA	G	105.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.905;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=3.319;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.21;MQRankSum=1.179;QD=3.02;ReadPosRankSum=0.725;SOR=0.283;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,13:0.37:35
chr1	184760001	rs570441	T	C	1929.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=2.871;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.848;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=15;PP=1363;ReadPosRankSum=1.502;SC=CATTAAGTGGTTTCCCTGCAG;SOR=0.912;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=99;TCF=78;TCR=21;TR=70;WE=184760009;WS=184759991;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,77:0.66:116
chr1	184764067	rs581100	C	G	8959.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=-1.695;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=775;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.531;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=126;NR=96;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.097;SC=CCCCTATAACCCTTTGGCTTT;SOR=0.616;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=415;TCF=242;TCR=173;TR=222;WE=184764075;WS=184764057;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:328,440:0.57:768
chr1	184801065	rs487675	T	C	15098.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=569;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=150;NR=211;PP=2965;SC=CTAAAAAGGCTTGGGCTTCAA;SOR=0.948;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=362;TCF=151;TCR=211;TR=361;WE=184801073;WS=184801046;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,560:1.00:560
chr1	184868251	rs3753575	G	A	6555.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=243;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=119;NR=50;PP=2965;SC=TCAGAAATACGGCTGTGCTAT;SOR=1.609;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=169;TCF=119;TCR=50;TR=169;WE=184868259;WS=184868241;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,235:1.00:235
chr1	185061018	rs12408074	G	A	546.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=14;PP=357;SC=CACGATCTTGGCTCACTGCAA;SOR=2.419;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=16;TCF=2;TCR=14;TR=16;WE=185061026;WS=185061008;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr1	185094277	rs7523448	G	T	1660.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=16;NR=33;PP=967;SC=AACTGGGTTTGAAAAATGTTT;SOR=1.292;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=49;TCF=16;TCR=33;TR=49;WE=185094285;WS=185094267;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr1	185119794	rs1544051	C	T	684.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=19;PP=517;SC=GTAATTGTTGCAGCACATGAT;SOR=2.833;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=4;TCR=19;TR=23;WE=185119802;WS=185119784;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr1	185135745	rs950327	A	G	3151.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.82;SOR=0.774;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
chr1	185137454	rs58809696	T	TAAATGATAGAC	4524.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=28;PP=435;SC=TTATGTGTCCTTTTTTTATTT;SOR=1.368;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=44;TCF=8;TCR=36;TR=32;WE=185137472;WS=185137442;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr1	185137461	rs56166198	A	T	1652.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.641;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FS=1.762;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.91;ReadPosRankSum=1.091;SOR=1.379;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:6,77:0.93:83
chr1	185137464	.	T	TAA	3921.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=28;PP=1579;SC=TTTTTTTATTTATTTCAGAAA;SOR=1.329;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=31;TCF=3;TCR=28;TR=31;WE=185137472;WS=185137442;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr1	185137628	rs10797999	C	T	207.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=7;PP=168;SC=AAGAGGACTGCTTTGCATGCA;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=7;WE=185137636;WS=185137618;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr1	185143721	rs10489579	A	G	1970.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.505;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=406;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.837;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=37;PP=1130;ReadPosRankSum=-0.527;SC=TGACCATGGAATTAAAAGCCT;SOR=0.766;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=266;TCF=141;TCR=125;TR=81;WE=185143729;WS=185143711;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:281,115:0.29:396
chr1	185144334	.	G	GT	49.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.965;ClippingRankSum=0.000;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=2.105;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.84;ReadPosRankSum=1.023;SOR=0.263;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,8:0.30:27
chr1	185144347	rs6696591	T	G	186.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.877;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.23;ReadPosRankSum=-0.773;SOR=0.735;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,11:0.37:30
chr1	185153545	rs76544683	G	GT	468.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-0.429;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=8;PP=298;ReadPosRankSum=-0.993;SC=TAACAATGATGGGCTTTTTTT;SOR=0.698;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=32;TCF=7;TCR=25;TR=10;WE=185153553;WS=185153535;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,17:0.28:60
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chr1	185176015	rs2146328	A	G	80.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=2.823;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.979;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=3;PP=49;ReadPosRankSum=-0.328;SC=AATCATTTATACTTCTAATTT;SOR=0.078;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=11;TCF=1;TCR=10;TR=4;WE=185176023;WS=185176005;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,4:0.40:10
chr1	185240474	rs12041704	A	G	1502.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.399;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.056;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=33;PP=812;ReadPosRankSum=0.367;SC=CCCAAACAGTAATTATCAAGA;SOR=0.604;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=147;TCF=65;TCR=82;TR=58;WE=185240482;WS=185240464;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:144,86:0.37:230
chr1	185259731	rs2378909	A	G	625.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.194;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=8;PP=382;ReadPosRankSum=-0.338;SC=ATTAAAATGTAAAATAAAATG;SOR=0.709;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=74;TCF=46;TCR=28;TR=23;WE=185259739;WS=185259721;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,32:0.37:87
chr1	185267114	rs10174	A	G	627.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=5.971;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=12.697;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=3;PP=557;ReadPosRankSum=1.534;SC=GTGTACCTCTACTAACCATAA;SOR=2.368;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=94;TCF=77;TCR=17;TR=29;WE=185267122;WS=185267104;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,29:0.28:103
chr1	185833565	rs7556537	A	C	1177.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.028;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=10;PP=774;ReadPosRankSum=0.050;SC=ATTGTTTTTGATGATGACGTA;SOR=0.670;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=69;TCF=54;TCR=15;TR=43;WE=185833573;WS=185833555;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,50:0.61:82
chr1	185833880	rs41458549	A	G	2284.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.377;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.674;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=60;PP=1388;ReadPosRankSum=1.510;SC=ATCCACATGTATGTTCTCCAA;SOR=0.626;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=123;TCF=30;TCR=93;TR=80;WE=185833888;WS=185833870;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,97:0.62:156
chr1	185834847	rs34137386	GTTTC	G	1551.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.045;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.051;HP=4;HapScore=3;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=13;PP=342;ReadPosRankSum=-0.621;SC=CCTTTACACTGTTTCTTTTTT;SOR=0.569;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=52;TCF=33;TCR=19;TR=37;WE=185834860;WS=185834837;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,46:0.69:67
chr1	185951573	.	C	CT	108.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.266;ClippingRankSum=0.000;DP=115;ExcessHet=3.0103;FS=2.485;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.34;ReadPosRankSum=0.429;SOR=1.136;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:62,19:0.23:81
chr1	185958904	rs11335599	AT	A	144.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.010;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=6.107;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.82;ReadPosRankSum=-0.228;SOR=0.076;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,19:0.63:30
chr1	185976493	rs79434055	C	G	674.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-4.682;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.310;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=23;PP=396;ReadPosRankSum=0.791;SC=TAACTACACTCTTATTTCATA;SOR=0.368;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=76;TCF=8;TCR=68;TR=26;WE=185976501;WS=185976483;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,32:0.37:86
chr1	185984517	rs6665753	T	C	2392.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.850;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=359;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.837;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=55;PP=1014;ReadPosRankSum=-1.139;SC=ATACGTGTCATGTAGCCAATG;SOR=0.748;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=233;TCF=94;TCR=139;TR=92;WE=185984525;WS=185984507;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:220,133:0.38:353
chr1	185988567	rs11290212	CT	C	361.94	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.642;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=11;HapScore=3;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.756;NF=9;NR=3;PP=128;ReadPosRankSum=-1.602;SC=TAGGGATTTGCTTTTTTTTTT;SOR=0.892;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=17;TCF=14;TCR=3;TR=12;WE=185988575;WS=185988559;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,22:0.81:27
chr1	186022032	rs10911808	T	G	1155.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=3.178;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.022;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=5;PP=775;ReadPosRankSum=0.010;SC=TAAACTGTTATGAGAATTCTA;SOR=0.957;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=72;TCF=60;TCR=12;TR=37;WE=186022040;WS=186022022;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,46:0.55:84
chr1	186026474	rs12129650	T	C	5331.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.737;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=449;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.477;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=75;NR=86;PP=2572;ReadPosRankSum=0.402;SC=CTGCCTTCCATAACCTGGTTC;SOR=0.720;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=263;TCF=130;TCR=133;TR=161;WE=186026482;WS=186026464;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:191,255:0.57:446
chr1	186030902	rs10737266	G	T	769.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=2.548;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.185;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=4;PP=472;ReadPosRankSum=-1.134;SC=AATTTTTACCGAAATTGAGCA;SOR=0.990;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=49;TCF=39;TCR=10;TR=26;WE=186030910;WS=186030892;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,32:0.55:58
chr1	186031041	rs7522627	C	T	3872.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-1.918;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=299;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.922;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=50;PP=1354;ReadPosRankSum=-1.240;SC=AATATACTTGCGTTGTAAGGA;SOR=0.760;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=154;TCF=73;TCR=81;TR=95;WE=186031049;WS=186031031;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:105,190:0.64:295
chr1	186039006	rs761905	C	T	275.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-3.923;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=12;PP=212;ReadPosRankSum=0.392;SC=TTTATACTCACCATTAAAGAC;SOR=1.127;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=30;TCF=1;TCR=29;TR=12;WE=186039014;WS=186038996;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,12:0.40:30
chr1	186050417	rs10798035	A	G	3241.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.008;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=291;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=48;PP=1525;ReadPosRankSum=-0.459;SC=GCACTGATAGAGTGTTTATCC;SOR=0.673;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=184;TCF=94;TCR=90;TR=96;WE=186050425;WS=186050407;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:129,154:0.54:283
chr1	186055371	rs6425017	A	G	2669.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.301;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.103;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=27;PP=1494;ReadPosRankSum=-0.708;SC=TATATTTACTATTATAGTTCC;SOR=0.504;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=115;TCF=81;TCR=34;TR=83;WE=186055379;WS=186055361;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,115:0.66:174
chr1	186057181	rs10911816	T	C	6547.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.601;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=501;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.134;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=97;PP=2962;ReadPosRankSum=2.021;SC=CTTTTTCCCCTAGATATGCAA;SOR=0.606;Source=Platypus;TCF=151;WE=186057202;WS=186057171;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:187,297:0.61:484
chr1	186057940	.	AG	A	627.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-3.573;ClippingRankSum=0.000;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.051;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=15;PP=562;ReadPosRankSum=0.549;SC=TTCCATTTATAGTACAAAATA;SOR=0.250;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=26;TCF=0;TCR=26;TR=15;WE=186057948;WS=186057930;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,19:0.61:31
chr1	186064760	rs1022671	A	T	1013.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.869;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=1.702;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.10;ReadPosRankSum=0.821;SOR=1.371;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,40:0.71:56
chr1	186077463	rs1555495	A	G	700.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=3.390;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=2;PP=591;ReadPosRankSum=0.101;SC=GTTTGTAATTATCTAGGCTAT;SOR=0.393;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=52;TCF=49;TCR=3;TR=28;WE=186077471;WS=186077455;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,27:0.52:52
chr1	186081918	rs7555520	C	T	5325.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.405;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=439;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=97;NR=58;PP=2388;ReadPosRankSum=-1.889;SC=ATTTTAACGGCAAATTTCTTT;SOR=0.736;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=266;TCF=165;TCR=101;TR=155;WE=186081926;WS=186081908;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:181,248:0.58:429
chr1	186083010	rs41317485	A	T	295.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=1.498;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.026;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=3;PP=246;ReadPosRankSum=0.490;SC=ACAAAGCTATACATTTGACTC;SOR=0.202;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=33;TCF=28;TCR=5;TR=14;WE=186083018;WS=186083000;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,14:0.41:34
chr1	186086578	rs10157742	G	A	3720.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.511;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=289;ExcessHet=3.0103;FS=2.070;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.24;ReadPosRankSum=-0.135;SOR=0.838;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:106,175:0.62:281
chr1	186113852	rs17531405	G	C	4376.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.855;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=316;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.427;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=80;PP=2197;ReadPosRankSum=1.533;SC=GTTGGAAATAGTGAGTCAACA;SOR=0.749;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=193;TCF=72;TCR=121;TR=127;WE=186113860;WS=186113842;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:118,198:0.63:316
chr1	186120982	rs80159306	G	A	536.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-3.807;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.741;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=18;PP=404;ReadPosRankSum=-0.473;SC=AACTTTTTACGCAATCTTATA;SOR=1.781;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=27;TCF=2;TCR=25;TR=19;WE=186120990;WS=186120972;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,20:0.69:29
chr1	186135231	rs78002252	A	C	1593.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.623;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FS=5.085;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.97;ReadPosRankSum=0.957;SOR=1.336;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:44,40:0.48:84
chr1	186135236	rs6425021	G	A	1724.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.452;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FS=4.678;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.78;ReadPosRankSum=-0.168;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:49,48:0.49:97
chr1	186141301	rs4651302	G	A	4709.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.433;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=361;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=87;PP=2236;ReadPosRankSum=1.258;SC=AGATCAGTTTGCCGTCAACAA;SOR=0.703;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=232;TCF=89;TCR=143;TR=140;WE=186141309;WS=186141291;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:140,217:0.61:357
chr1	186151493	rs16825040	C	G	2234.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.752;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=52;PP=1291;ReadPosRankSum=-0.566;SC=AGTTTTTTTTCAATAATCATT;SOR=0.708;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=134;TCF=36;TCR=98;TR=72;WE=186151501;WS=186151483;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,101:0.53:189
chr1	186277088	rs68069719	G	C	36013.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=1343;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=438;PP=2965;SC=TCCACCACCTGTGACAAGCCC;SOR=0.711;SbPval=0.44;Source=Platypus;TCF=439;WE=186277096;WS=186277078;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,1332:1.00:1332
chr1	186292803	rs3818293	C	T	163.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.430;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=1.433;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.81;ReadPosRankSum=-0.070;SOR=1.078;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,11:0.26:43
chr1	186313249	rs2950829	A	G	8764.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=312;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=75;NR=167;PP=2965;SC=TATCAGAATAACAGATTTTCC;SOR=1.446;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=243;TCF=75;TCR=168;TR=242;WE=186313257;WS=186313239;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,309:1.00:309
chr1	186330695	.	TA	T	614.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.192;ClippingRankSum=0.000;DP=223;ExcessHet=3.0103;FS=2.998;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.02;MQRankSum=2.068;QD=2.89;ReadPosRankSum=1.044;SOR=0.966;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:142,71:0.33:213
chr1	186357523	rs1290390	T	C	671.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=15;NR=7;PP=370;SC=TCAACACTCATCTTTTTTTTT;SOR=1.302;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=15;TCR=7;TR=22;WE=186357531;WS=186357513;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr1	186368338	rs59324641	AT	A	40.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.215;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=3.091;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.78;ReadPosRankSum=-1.738;SOR=0.317;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,13:0.25:52
chr1	186649221	rs2745557	A	G	519.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=2.825;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.890;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=5;PP=332;ReadPosRankSum=0.593;SC=AGTTCTTTCGAACTCTAGCGG;SOR=1.307;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=51;TCF=33;TCR=18;TR=19;WE=186649229;WS=186649211;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,26:0.36:72
chr1	186839861	rs7547993	G	A	8960.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=339;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=82;NR=102;PP=2965;SC=GACAAAGGGGGCCTTTGGTGA;SOR=0.826;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=185;TCF=82;TCR=103;TR=184;WE=186839869;WS=186839851;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,335:1.00:335
chr1	186862419	rs7519192	A	G	236.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.765;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=8;PP=141;ReadPosRankSum=-0.559;SC=AGCTTGGTAGACTAGAATCTA;SOR=0.484;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=32;TCF=6;TCR=26;TR=10;WE=186862427;WS=186862409;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,12:0.34:35
chr1	186863385	rs2307193	TAA	T	771.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.624;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=16;PP=533;ReadPosRankSum=1.812;SC=TTATGTTAGATAAAGTCTATT;SOR=0.831;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=40;TCF=0;TCR=40;TR=16;WE=186863394;WS=186863375;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,22:0.37:60
chr1	186901738	rs12720584	TTCTTCTTTTAAAA	T	1132.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=1.314;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=2;PP=2968;ReadPosRankSum=0.105;SC=CGGCCTTATTTTCTTCTTTTA;SOR=1.038;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=26;TCF=23;TCR=3;TR=13;WE=186901758;WS=186901728;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,29:0.64:45
chr1	186919732	rs4650709	A	T	2593.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=28.50;SOR=2.435;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr1	186919993	rs969357	G	A	3885.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=23;NR=85;PP=2398;SC=GTAGCTTTCTGTTGAGAGAGA;SOR=2.139;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=108;TCF=23;TCR=85;TR=108;WE=186920001;WS=186919983;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,140:1.00:140
chr1	186925168	rs5007825	A	G	1183.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=31;NR=6;PP=720;SC=CACCGTGCCCAGCCCAAAGAT;SOR=2.252;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=31;TCR=6;TR=37;WE=186925176;WS=186925166;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr1	186925194	rs5007824	T	C	2305.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=53;NR=13;PP=1602;SC=TTTAAACATGTATTTTGGAGT;SOR=2.365;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=66;TCF=53;TCR=13;TR=66;WE=186925202;WS=186925184;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr1	186925552	rs2307199	T	C	5402.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=39;NR=108;PP=2965;SC=GCATTTTAATTATTATTAACA;SOR=1.842;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=147;TCF=39;TCR=108;TR=147;WE=186925560;WS=186925542;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,183:1.00:183
chr1	186946638	rs2891262	C	T	1562.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.767;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=1.088;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=21.41;ReadPosRankSum=0.267;SOR=0.960;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,40:0.55:73
chr1	186946641	rs2891263	C	G	1563.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.194;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FS=1.093;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=21.13;ReadPosRankSum=0.349;SOR=0.997;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,41:0.55:74
chr1	186946912	rs2307198	G	A	6921.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=250;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=54;NR=111;PP=2965;SC=AGAAAGTACAGGGCTCCAGGT;SOR=1.279;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=165;TCF=54;TCR=111;TR=165;WE=186946920;WS=186946902;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,246:1.00:246
chr1	187610538	rs10157977	C	G	939.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=24;NR=2;PP=690;SC=GGACAAAGAACCCCGTCTTTA;SOR=3.407;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=26;TCF=24;TCR=2;TR=26;WE=187610546;WS=187610528;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr1	187610698	rs10157987	C	A	2674.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-2.685;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=322;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.137;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=34;PP=1199;ReadPosRankSum=0.408;SC=GAAACCATGCCCCCACCCCTA;SOR=0.528;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=210;TCF=134;TCR=76;TR=86;WE=187610706;WS=187610688;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:182,133:0.42:315
chr1	187610852	rs10159182	A	T	17160.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=659;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=186;NR=227;PP=2965;SC=CCATGTGCCCATGGAATCTCC;SOR=0.834;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=417;TCF=188;TCR=229;TR=413;WE=187610860;WS=187610842;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,651:1.00:651
chr1	187611003	rs12076164	A	G	1873.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-0.650;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=55;PP=1466;ReadPosRankSum=0.499;SC=CAATATCAGCATTTAAGTTTA;SOR=3.226;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=60;TCF=4;TCR=56;TR=59;WE=187611011;WS=187610993;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,63:0.98:64
chr1	192128183	rs4454527	G	A	2466.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=55;NR=16;PP=1618;SC=AAACATTTTCGTATGTTACCC;SOR=2.093;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=71;TCF=55;TCR=16;TR=71;WE=192128191;WS=192128173;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr1	192129370	rs4329489	G	A	537.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=11;NR=1;PP=294;SC=TAATGTAAATGCAATTTTCAT;SOR=2.948;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=12;TCF=11;TCR=1;TR=12;WE=192129378;WS=192129360;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr1	192335271	rs59139714	C	CTAAT	1827.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.505;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.386;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.990;NF=0;NR=34;PP=1846;ReadPosRankSum=1.427;SC=TAAAAGTTAACTAATCACTAT;SOR=1.206;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=71;TCF=1;TCR=70;TR=34;WE=192335279;WS=192335261;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,48:0.52:93
chr1	192544795	rs2984920	A	G	2300.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=61;NR=7;PP=1884;SC=CACCAAGAAAAGGGGAACTTC;SOR=3.737;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=69;TCF=62;TCR=7;TR=68;WE=192544803;WS=192544785;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr1	192545099	rs7535818	G	A	4932.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=31;NR=111;PP=2965;SC=ATTTTAACAAGTTATCTTTAA;SOR=2.144;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=142;TCF=31;TCR=111;TR=142;WE=192545107;WS=192545089;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,174:1.00:174
chr1	192778159	rs12130714	A	T	1168.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.709;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.673;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=10;PP=748;ReadPosRankSum=0.930;SC=GCTGCGACGCACGCCCAGCCG;SOR=0.916;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=119;TCF=94;TCR=25;TR=48;WE=192778167;WS=192778149;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,54:0.45:121
chr1	192779227	rs2746073	T	A	543.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=3.196;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=2;PP=440;ReadPosRankSum=-0.180;SC=TTGGTAAAAATGCGTTCAGCT;SOR=0.914;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=49;TCF=43;TCR=6;TR=23;WE=192779235;WS=192779217;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,24:0.44:55
chr1	192780088	rs5779653	GCT	G	8260.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.391;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=641;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.131;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=2.159;NF=50;NR=93;PP=2966;ReadPosRankSum=-0.084;SC=CATTCTGCATGCTCTCTTTTC;SOR=0.794;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=251;TCF=94;TCR=157;TR=143;WE=192780097;WS=192780078;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:251,381:0.60:632
chr1	192780337	rs10607546	CAA	C	1078.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.526;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.606;HP=6;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=20;PP=740;ReadPosRankSum=0.391;SC=AAAAGTGAAACAAAGTAATCA;SOR=2.080;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=40;TCF=1;TCR=39;TR=20;WE=192780346;WS=192780327;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,28:0.58:48
chr1	192780498	rs17647363	A	G	755.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=2.952;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.408;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=5;PP=524;ReadPosRankSum=-0.271;SC=TTAACTCTGAATACCAAATAA;SOR=0.398;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=61;TCF=52;TCR=9;TR=28;WE=192780506;WS=192780488;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,30:0.47:64
chr1	193020842	rs199876948	G	GTA	758.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=2.005;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.840;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=7;PP=608;ReadPosRankSum=0.869;SC=GTTTGTTAAAGTATATATATA;SOR=1.347;SbPval=0.16;Source=Platypus;TC=31;TCF=12;TCR=19;TR=16;WE=193020850;WS=193020832;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,26:0.47:55
chr1	193039658	.	C	CT	229.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.960;ClippingRankSum=0.000;DP=142;ExcessHet=3.0103;FS=5.696;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.15;MQRankSum=2.209;QD=1.81;ReadPosRankSum=0.895;SOR=1.294;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:98,29:0.23:127
chr1	193051685	rs2275444	G	A	3105.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=50;NR=24;PP=1487;SC=CTTTTGTTCCGAATTAGATCC;SOR=1.342;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=74;TCF=50;TCR=24;TR=74;WE=193051693;WS=193051675;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr1	193054088	rs72740218	C	T	444.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.920;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.83;ReadPosRankSum=0.125;SOR=0.719;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:66,26:0.28:92
chr1	193054154	rs10921309	G	A	1361.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-0.109;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=29;PP=787;ReadPosRankSum=0.375;SC=TGAATAATACGTGTGTACCTA;SOR=0.788;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=69;TCF=29;TCR=40;TR=50;WE=193054162;WS=193054144;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,63:0.68:93
chr1	193074371	rs10801175	A	G	961.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=19;NR=3;PP=472;SC=ACGCCGCGGCACTCCTGCCCG;SOR=1.802;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=19;TCR=3;TR=22;WE=193074379;WS=193074361;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr1	193074651	rs10921310	T	A	6580.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=263;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=70;NR=90;PP=2965;SC=GGTCACCTCCTCGCAGCTGAG;SOR=1.007;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=163;TCF=72;TCR=91;TR=160;WE=193074659;WS=193074641;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,253:1.00:253
chr1	193090865	rs10737621	C	A	7505.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.575;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=288;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=26.90;ReadPosRankSum=-0.788;SOR=0.388;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,277:0.99:279
chr1	193094375	rs4466634	T	C	5923.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-1.142;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=108;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.964;SC=TACTTATCTATCTATTTATCA;SOR=0.506;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=169;TCF=60;TCR=109;TR=167;WE=193094383;WS=193094365;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,221:1.00:222
chr1	193104827	rs10921318	G	A	386.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=9;PP=293;SC=TTTTTTTCTGGAAAAATTTTT;SOR=2.670;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=11;TCF=2;TCR=9;TR=11;WE=193104835;WS=193104817;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr1	193111228	rs147167392	TGA	T	268.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.194;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FS=3.197;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.13;ReadPosRankSum=-0.088;SOR=0.287;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:51,14:0.22:65
chr1	193202001	rs10921328	C	G	426.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=11;NR=2;PP=281;SC=CCACTGCACTCTAGCCTGGGC;SOR=2.448;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=11;TCR=2;TR=13;WE=193202009;WS=193201991;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr1	193205272	rs3738244	T	A	5401.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=95;NR=42;PP=2762;SC=ATAAGACTCTTTCACATGAAT;SOR=1.503;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=141;TCF=96;TCR=45;TR=137;WE=193205280;WS=193205262;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,196:1.00:196
chr1	196227526	rs977157	A	G	7254.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=281;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=74;NR=100;PP=2965;SC=GGTCCGACTGATCACTGGATG;SOR=0.973;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=174;TCF=74;TCR=100;TR=174;WE=196227534;WS=196227516;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,272:1.00:272
chr1	196242764	rs558895	T	G	1854.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=37;PP=1028;SC=ATTTCTCGTATGGCTTTTGAA;SOR=1.863;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=46;TCF=9;TCR=37;TR=46;WE=196242772;WS=196242754;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr1	196251522	rs2477357	T	C	1829.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.72;SOR=1.473;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr1	196254970	rs2477360	C	T	5409.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=32;NR=120;PP=2965;SC=TGTTGACATACGTAAAAAGTT;SOR=2.367;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=152;TCF=32;TCR=120;TR=152;WE=196254978;WS=196254960;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,187:1.00:187
chr1	196461513	rs4607811	C	T	473.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=13;PP=340;SC=ATGCAAGCAACCATATCTTTA;SOR=2.712;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=2;TCR=13;TR=15;WE=196461521;WS=196461503;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr1	196577545	rs41313916	C	G	1590.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.43;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr1	196642072	rs551397	C	T	3861.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=72;NR=31;PP=2053;SC=TTTAAATAGACACTTTATGCA;SOR=1.464;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=103;TCF=72;TCR=31;TR=103;WE=196642080;WS=196642062;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,142:1.00:142
chr1	196642233	rs800292	G	A	5511.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=49;NR=84;PP=2604;SC=TCTTGGAAATGTAATAATGGT;SOR=1.140;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=133;TCF=49;TCR=84;TR=133;WE=196642241;WS=196642223;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,207:1.00:207
chr1	196642969	rs35507625	C	CTT	4518.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.864;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.968;HP=9;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQ=60.06;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=47;PP=868;ReadPosRankSum=1.831;SC=TAATTCATAACTTTTTTTTTC;SOR=0.163;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=84;TCF=32;TCR=52;TR=73;WE=196642977;WS=196642959;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,160:0.98:164
chr1	196654324	rs1061147	A	C	15556.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=603;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=166;NR=183;PP=2965;SC=GAAATACAGCAAAATGCACAA;SOR=0.766;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=349;TCF=166;TCR=183;TR=349;WE=196654332;WS=196654314;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,593:1.00:593
chr1	196658497	rs482934	G	T	1627.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=34;NR=19;PP=985;SC=TCTAATATGAGTGTTTATTAC;SOR=1.329;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=53;TCF=34;TCR=19;TR=53;WE=196658505;WS=196658487;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr1	196658905	rs12029785	G	A	579.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=28.99;SOR=6.091;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr1	196659237	rs1061170	C	T	6070.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=91;NR=47;PP=2965;SC=TAATCAAAATCATGGAAGAAA;SOR=1.173;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=138;TCF=91;TCR=47;TR=138;WE=196659245;WS=196659227;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,220:1.00:220
chr1	196682947	rs2274700	G	A	9929.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=391;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=127;NR=101;PP=2965;SC=AAGAAAAAGCGAAATATCAAT;SOR=0.843;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=228;TCF=127;TCR=101;TR=228;WE=196682955;WS=196682937;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,385:1.00:385
chr1	196684625	rs203674	G	T	1145.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=31;NR=6;PP=850;SC=TTTATTAGTAGATCTAATCAA;SOR=3.202;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=31;TCR=6;TR=37;WE=196684633;WS=196684615;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr1	196705926	rs375046	C	A	1494.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=28.20;SOR=1.791;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr1	196712577	rs513699	T	C	4495.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.848;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=648;ExcessHet=3.0103;FS=14.898;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.28;MQRankSum=-24.785;QD=6.97;ReadPosRankSum=-5.494;SOR=1.838;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:507,138:0.21:645
chr1	196712586	rs61822181	C	T	5317.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.661;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=735;ExcessHet=3.0103;FS=10.281;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.60;MQRankSum=-22.506;QD=7.27;ReadPosRankSum=-5.579;SOR=1.438;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:544,187:0.26:731
chr1	196757258	rs400642	C	T	382.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=2;PP=260;SC=TTCATTGTTTCGCCATATTGC;SOR=2.833;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=10;TCR=2;TR=12;WE=196757266;WS=196757248;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr1	196757392	rs400344	C	T	1931.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=61;NR=21;PP=1963;SC=GATTCATTTCCGAATCTTCCT;SOR=1.163;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=83;TCF=61;TCR=22;TR=82;WE=196757400;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr1	196794519	rs442759	C	T	1308.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=34;NR=5;PP=909;SC=GAAAGAAAAACACTATAAGTG;SOR=3.467;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=39;TCF=34;TCR=5;TR=39;WE=196794527;WS=196794509;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr1	196794909	rs409549	G	C	4408.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=38;NR=100;PP=2965;SC=GACCAAAGAAGCTGGAAAGAT;SOR=2.012;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=139;TCF=38;TCR=101;TR=138;WE=196794917;WS=196794899;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,154:1.00:154
chr1	196796184	rs399507	G	A	5855.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=224;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=50;NR=86;PP=2784;SC=TATAAAGTTTGAGAGAAATAA;SOR=1.056;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=136;TCF=50;TCR=86;TR=136;WE=196796192;WS=196796174;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,216:1.00:216
chr1	196796240	rs438781	T	A	2192.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=11;NR=49;PP=1328;SC=TACTTTTATCTTTATTCATTT;SOR=2.103;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=61;TCF=12;TCR=49;TR=60;WE=196796248;WS=196796230;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr1	196797123	rs677961	C	T	3802.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=60;NR=38;PP=1963;SC=CGTCTTGAAACATATTTGTAA;SOR=1.027;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=98;TCF=60;TCR=38;TR=98;WE=196797131;WS=196797113;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,143:1.00:143
chr1	196797238	rs425757	C	T	5084.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=52.86;QD=41.34;SOR=1.534;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr1	196797244	rs113811987	C	G	4738.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=51.72;QD=46.46;SOR=1.802;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr1	196797292	rs388862	G	C	535.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=38.66;QD=33.49;SOR=3.258;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr1	196797357	rs3201739	A	G	125.79	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.383;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=41.51;MQRankSum=-2.200;QD=13.98;ReadPosRankSum=-0.549;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,7:0.78:9
chr1	196800889	rs181963459	C	T	890.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.074;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.691;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.392;NF=33;NR=11;PP=620;ReadPosRankSum=0.102;SC=GATTTGCATACTACTTAATGT;SOR=0.460;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=128;TCF=99;TCR=29;TR=44;WE=196800897;WS=196800879;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:92,47:0.34:139
chr1	196801042	rs4230	G	T	18636.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.720;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=712;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=-0.722;NF=217;NR=221;PP=2965;ReadPosRankSum=1.181;SC=TGTGTAAACGGGGATATCGTC;SOR=0.699;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=438;TCF=217;TCR=221;TR=438;WE=196801050;WS=196801032;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,710:1.00:712
chr1	196801078	rs414628	A	T	16688.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=632;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=182;NR=211;PP=2965;SC=ACACATTGCGAACAACATGTT;SOR=0.779;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=393;TCF=182;TCR=211;TR=393;WE=196801086;WS=196801068;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,632:1.00:632
chr1	196801190	rs390679	C	A	5288.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=39;NR=107;PP=2965;SC=TTCTTAATTTCATTTTTAAGT;SOR=1.783;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=146;TCF=39;TCR=107;TR=146;WE=196801198;WS=196801180;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,185:1.00:185
chr1	196874356	rs10801578	G	T	10731.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=413;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=156;NR=108;PP=2965;SC=CAACAGCAGAGGGAAATTCTT;SOR=0.967;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=266;TCF=158;TCR=108;TR=264;WE=196874364;WS=196874346;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,401:1.00:401
chr1	196882038	rs181498339	A	T	2271.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-1.567;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=365;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-4.543;NF=40;NR=38;PP=892;ReadPosRankSum=-0.049;SC=TGGTCAGCACAACCAATTTGC;SOR=0.685;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=223;TCF=111;TCR=112;TR=78;WE=196882046;WS=196882028;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:235,130:0.36:365
chr1	196883940	rs35868341	T	TA	114.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.936;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=12.601;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.46;MQRankSum=-2.011;QD=6.75;ReadPosRankSum=1.642;SOR=4.407;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,11:0.65:17
chr1	196920148	rs4085749	C	T	6507.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.758;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=265;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=-0.198;NF=69;NR=82;PP=2611;ReadPosRankSum=-1.147;SC=CTCCCAAATGCAGGTCCACTA;SOR=0.790;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=153;TCF=70;TCR=83;TR=151;WE=196920156;WS=196920138;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,258:0.98:262
chr1	196920299	rs3790414	T	A	658.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=17;PP=477;SC=TCAGTTCCAATTGTGTCTAAG;SOR=2.833;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=19;TCF=2;TCR=17;TR=19;WE=196920307;WS=196920289;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr1	196946869	rs3748557	T	A	6689.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=256;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=61;NR=109;PP=2965;SC=TGAAAACAGATCCGAATATTT;SOR=1.120;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=170;TCF=61;TCR=109;TR=170;WE=196946877;WS=196946859;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,249:1.00:249
chr1	196952268	rs45489701	C	T	10942.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.350;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=425;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQ=59.98;MQRankSum=0.000;NF=112;NR=163;PP=2965;ReadPosRankSum=1.203;SC=AAGGATGTGCCGGACAAGATC;SOR=0.343;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=276;TCF=112;TCR=164;TR=275;WE=196952276;WS=196952258;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,413:1.00:414
chr1	197026672	rs1759009	A	G	395.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=11;PP=270;SC=AATATTCATCATGTCAAGCAT;SOR=2.448;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=2;TCR=11;TR=13;WE=197026680;WS=197026662;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr1	197030201	rs5997	T	C	5762.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=43;NR=123;PP=2909;SC=GAGCCAAACATGTTTCTAAAA;SOR=1.810;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=166;TCF=43;TCR=123;TR=166;WE=197030209;WS=197030191;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,223:1.00:223
chr1	197031021	rs6003	C	T	10315.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=404;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=96;NR=113;PP=2965;SC=GCAACCATAACGCATGTTCTC;SOR=0.787;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=210;TCF=97;TCR=113;TR=209;WE=197031029;WS=197031011;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,400:1.00:400
chr1	197053373	rs12677	G	A	1334.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=27;NR=10;PP=825;SC=AGTTGTACACGGAGAGCAAAA;SOR=1.755;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=37;TCF=27;TCR=10;TR=37;WE=197053381;WS=197053363;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr1	197053561	rs200839523	T	TA	698.80	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.194;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FS=7.779;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.13;ReadPosRankSum=-0.751;SOR=0.108;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,50:0.72:69
chr1	197055925	rs10754213	T	C	1997.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=23;NR=25;PP=950;SC=CTATATTTAATTGCTTACCTT;SOR=0.804;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=48;TCF=23;TCR=25;TR=48;WE=197055933;WS=197055915;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr1	197059878	rs4915315	G	A	635.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=19;NR=2;PP=474;SC=CGGCTAATGCGTTAGCTTTTT;SOR=3.912;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=21;TCF=19;TCR=2;TR=21;WE=197059900;WS=197059868;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr1	197059892	rs10754214	A	G	930.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=24;NR=3;PP=723;SC=GCTTTTTAAAATGGTAACTAT;SOR=3.407;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=27;TCF=24;TCR=3;TR=27;WE=197059900;WS=197059868;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr1	197059928	rs4915316	A	G	1677.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=38;NR=12;PP=1142;SC=GATATCATGTAGATGAATTGC;SOR=2.107;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=50;TCF=38;TCR=12;TR=50;WE=197059936;WS=197059918;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr1	197063352	rs41304071	C	T	4977.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.726;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=57;PP=2191;ReadPosRankSum=-0.807;SC=ATTACTTTAACTTATTCAATG;SOR=0.704;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=115;TCF=58;TCR=57;TR=115;WE=197063360;WS=197063342;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,191:0.99:193
chr1	197070442	rs3762271	G	T	2182.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=22;NR=36;PP=1160;SC=GTTGCTCTAAGGTGGAGATAA;SOR=1.124;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=58;TCF=22;TCR=36;TR=58;WE=197070450;WS=197070432;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr1	197070697	rs41310927	T	C	7379.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.67;SOR=1.061;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,169:1.00:169
chr1	197070707	rs41308365	G	A	7442.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.948;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=42.29;ReadPosRankSum=1.934;SOR=1.005;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,174:0.99:176
chr1	197070815	rs1412640	T	C	8551.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=325;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=112;NR=94;PP=2965;SC=TTTCTCTTTGTAATTTTGCAG;SOR=0.855;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=207;TCF=113;TCR=94;TR=206;WE=197070823;WS=197070805;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,318:1.00:318
chr1	197070901	rs964201	A	G	10216.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=379;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=137;NR=119;PP=2965;SC=TATGTTCTGTACATCCTGAAA;SOR=0.787;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=256;TCF=137;TCR=119;TR=256;WE=197070909;WS=197070891;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,375:1.00:375
chr1	197072420	rs41310925	T	C	9028.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=327;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=150;NR=93;PP=2965;SC=TCCACTTCTTTTGTTGCACAT;SOR=1.129;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=248;TCF=152;TCR=96;TR=243;WE=197072428;WS=197072410;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,321:1.00:321
chr1	197073932	rs2878749	T	C	3932.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=50;NR=56;PP=2175;SC=TATAAATATATTTCCGTAATT;SOR=0.825;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=106;TCF=50;TCR=56;TR=106;WE=197073940;WS=197073922;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,143:1.00:143
chr1	197091537	rs4915337	A	T	6263.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=234;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=117;NR=47;PP=2965;SC=ATGCTTTAAGAGACATATCCA;SOR=1.558;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=164;TCF=117;TCR=47;TR=164;WE=197091545;WS=197091527;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,227:1.00:227
chr1	197091808	rs61819088	T	C	4206.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.106;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=83;PP=2598;ReadPosRankSum=1.472;SC=CTGTGAATAATAAAGGCAGAG;SOR=0.852;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=113;TCF=29;TCR=84;TR=112;WE=197091816;WS=197091798;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,144:0.99:145
chr1	197097891	rs150344996	AAAAT	A	1151.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.72;QD=42.66;SOR=5.211;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr1	197101303	rs3737110	C	A	729.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=20;NR=2;PP=513;SC=TCAAGCTAACCTAATGACTTT;SOR=3.528;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=22;TCF=20;TCR=2;TR=22;WE=197101311;WS=197101293;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr1	197104149	rs35659894	TA	T	834.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=24;NR=0;PP=597;SC=TATGTATAATTAAAGAATGAC;SOR=5.136;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=27;TCF=27;TCR=0;TR=24;WE=197104157;WS=197104137;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr1	197109042	rs1332663	C	T	1166.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=6;NR=25;PP=709;SC=CATTAAAATACAAATTCCCTA;SOR=2.093;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=6;TCR=25;TR=31;WE=197109050;WS=197109032;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr1	197112533	rs6677082	G	A	9895.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=368;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=141;NR=107;PP=2965;SC=TAACATTTACGGAATTAAAGG;SOR=0.923;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=250;TCF=143;TCR=107;TR=248;WE=197112541;WS=197112523;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,364:1.00:364
chr1	197113073	rs1571964	G	A	2586.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=43;NR=32;PP=1517;SC=ATCACAGAATGGTTAAAACAT;SOR=0.969;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=75;TCF=43;TCR=32;TR=75;WE=197113081;WS=197113063;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr1	197141243	rs6428389	A	C	1579.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-0.044;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=16;PP=1141;ReadPosRankSum=-0.397;SC=CACTATATATATCTCTCTCTA;SOR=0.606;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=57;TCF=40;TCR=17;TR=53;WE=197141261;WS=197141225;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,63:0.94:67
chr1	197147471	rs61819118	A	C	950.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=19;NR=4;PP=517;SC=AATTCAACAAAGTAATAAGAA;SOR=1.885;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=19;TCR=4;TR=23;WE=197147479;WS=197147461;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr1	197297540	rs12042179	A	T	1162.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=2.375;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.266;HP=8;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=10;PP=784;ReadPosRankSum=0.890;SC=GTTACTTTTTATTTCCTTGTA;SOR=1.139;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=62;TCF=48;TCR=14;TR=44;WE=197297548;WS=197297530;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,47:0.64:74
chr1	197316435	rs1337167	T	C	6097.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=114;NR=48;PP=2965;SC=TCAATATGACTAAGAGTTGAC;SOR=1.535;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=162;TCF=114;TCR=48;TR=162;WE=197316443;WS=197316425;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,219:1.00:219
chr1	197325908	rs2786098	T	G	6677.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.242;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=279;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.015;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=118;NR=55;PP=2965;ReadPosRankSum=0.880;SC=AGGCAAATGCTCTATAATTCA;SOR=1.362;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=175;TCF=119;TCR=56;TR=173;WE=197325916;WS=197325898;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,263:0.99:267
chr1	197390368	rs3902057	A	G	10675.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=399;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=101;NR=124;PP=2965;SC=TCAGCTGCCTATGTCCATCTG;SOR=0.839;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=226;TCF=102;TCR=124;TR=225;WE=197390376;WS=197390358;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,393:1.00:393
chr1	197398086	rs7534863	A	G	1275.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.040;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.953;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=14;PP=623;ReadPosRankSum=0.993;SC=AAATAATAATACTATGTCTCT;SOR=0.895;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=111;TCF=69;TCR=42;TR=42;WE=197398094;WS=197398076;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:105,69:0.40:174
chr1	197407942	rs980371	A	G	778.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=21;PP=540;SC=TTCAGACAGAATGAAACAATA;SOR=3.690;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=22;TCF=1;TCR=21;TR=22;WE=197407950;WS=197407932;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr1	197446702	rs1135810	G	T	2105.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-2.093;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=263;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.815;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=32;PP=1059;ReadPosRankSum=-0.136;SC=AGCTTGCTCTGGTTGGTCTTC;SOR=0.536;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=184;TCF=116;TCR=68;TR=78;WE=197446710;WS=197446692;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:149,109:0.42:258
chr1	197480927	rs12142127	C	T	1800.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.282;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.93;ReadPosRankSum=1.418;SOR=0.700;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:131,96:0.42:227
chr1	197482167	rs2013617	C	G	1329.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=33;PP=933;SC=AATGTGATTTCATAAGAAACA;SOR=3.767;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=37;TCF=4;TCR=33;TR=37;WE=197482175;WS=197482157;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr1	197510025	rs3902061	G	T	1518.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=37;NR=8;PP=1033;SC=TTCTAATTTGGAAGTATAAAC;SOR=2.628;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=45;TCF=37;TCR=8;TR=45;WE=197510033;WS=197510015;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr1	197510299	rs3850628	G	A	725.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=17;PP=497;SC=TCAGGGATACGCATATCACTT;SOR=2.925;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=3;TCR=17;TR=20;WE=197510307;WS=197510289;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr1	197515253	rs11276673	ATGTTCAG	A	311.75	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=5;PP=280;SC=AAATTATTTCATGTTCAGTGT;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=5;WE=197515267;WS=197515243;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr1	197515715	rs4303099	G	A	365.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=2;PP=243;SC=AACTATAAACGTAAAATAAGA;SOR=2.147;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=11;TCF=9;TCR=2;TR=11;WE=197515723;WS=197515705;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr1	197515777	rs4316386	A	T	1691.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.955;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=13;PP=851;ReadPosRankSum=2.142;SC=TCAAATAAACAGCATAAGTAT;SOR=1.609;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=51;TCF=36;TCR=15;TR=49;WE=197515785;WS=197515767;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,64:0.97:66
chr1	197515981	rs10922249	T	C	324.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.848;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=10;PP=161;ReadPosRankSum=-0.996;SC=CAAGAACTAGTATTTGCACAA;SOR=0.596;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=43;TCF=15;TCR=28;TR=16;WE=197515989;WS=197515971;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,20:0.35:57
chr1	197576307	rs11411505	A	AT	1141.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=3;NR=19;PP=917;SC=TTCACTCTCTATAAAAAAAAC;SOR=1.418;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=23;TCF=3;TCR=20;TR=22;WE=197576315;WS=197576297;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr1	197704717	rs17641524	C	T	3227.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=1.323;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=551;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=38;PP=1288;ReadPosRankSum=0.255;SC=GGGTATTACTCGAAAATACAG;SOR=0.700;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=316;TCF=186;TCR=130;TR=95;WE=197704725;WS=197704707;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:364,184:0.34:548
chr1	197741951	rs2477067	C	A	3285.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=55;NR=36;PP=1869;SC=GATCTTGTCCCAAAAAAAAGA;SOR=0.945;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=91;TCF=55;TCR=36;TR=91;WE=197741959;WS=197741940;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,134:1.00:134
chr1	197742171	rs2488396	C	T	885.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=23;PP=690;SC=ATACATTTCACGTGACTGTAT;SOR=2.621;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=28;TCF=5;TCR=23;TR=28;WE=197742179;WS=197742161;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr1	197744098	rs117405403	G	C	239.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=2.307;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=1;PP=177;ReadPosRankSum=0.514;SC=GCCTAGCGCCGTCCCGCCGGC;SOR=0.330;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=17;TCF=16;TCR=1;TR=10;WE=197744106;WS=197744094;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,10:0.59:17
chr1	197872019	rs4539165	G	T	4429.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=48;NR=64;PP=2159;SC=GACAGATCGCGGAGCTGCACG;SOR=0.934;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=112;TCF=48;TCR=64;TR=112;WE=197872027;WS=197872009;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,164:1.00:164
chr1	197874949	rs2270763	T	C	1994.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.204;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=315;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=25;PP=785;ReadPosRankSum=-0.915;SC=ACTATGTGGATCCAGCTACTG;SOR=0.665;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=181;TCF=107;TCR=74;TR=60;WE=197874957;WS=197874939;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:201,111:0.36:312
chr1	197876533	rs1546244	C	A	459.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=12;PP=342;SC=GCACATTGATCGTTATTTTCC;SOR=3.126;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=14;TCF=2;TCR=12;TR=14;WE=197876541;WS=197876523;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr1	197887266	rs72744984	C	T	1059.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.714;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.658;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=15;PP=655;ReadPosRankSum=0.122;SC=AGTTTTCTCCCGTCCACCTAT;SOR=0.514;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=100;TCF=67;TCR=33;TR=42;WE=197887274;WS=197887256;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,47:0.44:107
chr1	197890422	rs12122995	C	G	5018.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=108;NR=30;PP=2965;SC=TGACTCAACTCTTTCCTTCCA;SOR=2.075;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=140;TCF=108;TCR=32;TR=138;WE=197890430;WS=197890412;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,169:1.00:169
chr1	197890802	rs13376365	T	C	3615.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=2.777;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=517;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.547;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=70;PP=1895;ReadPosRankSum=0.578;SC=GTGCCTCCTATCCTCACCCCC;SOR=0.774;SbPval=0.53;Source=Platypus;TCF=134;TR=121;WE=197890810;WS=197890792;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:330,185:0.36:515
chr1	197898023	rs10664707	C	CA,CAA	1188.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.061;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=5.031;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.14;MQRankSum=0.000;QD=16.51;ReadPosRankSum=0.011;SOR=2.093;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:9,31,32:0.43,0.44:72
chr1	197898395	rs111260868	G	GT	311.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.479;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=430;ExcessHet=3.0103;FS=1.168;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.08;MQRankSum=3.444;QD=0.96;ReadPosRankSum=0.973;SOR=0.785;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:265,60:0.18:325
chr1	198492470	rs373064078	A	G	2647.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=2.352;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.176;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=24;PP=1377;ReadPosRankSum=0.374;SC=GCCATAAGCAACCAGGTGGCA;SOR=0.799;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=117;TCF=78;TCR=39;TR=75;WE=198492478;WS=198492460;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,113:0.60:188
chr1	198498325	rs139314248	AAT	A	152.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.967;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.05;ReadPosRankSum=-1.806;SOR=0.686;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:127,18:0.12:145
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chr1	200143064	rs3034024	CTTTT	C	1364.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.256;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=8.322;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=23.94;ReadPosRankSum=1.602;SOR=1.834;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,48:0.84:57
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chr1	200311868	rs2790109	C	G	5484.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=54;NR=58;PP=2126;SC=CTTCTCTTCTCCTGTCTCAAA;SOR=0.762;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=113;TCF=54;TCR=59;TR=112;WE=200311876;WS=200311858;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,207:1.00:207
chr1	200311910	rs2225986	T	A	1936.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-1.294;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=29;PP=732;ReadPosRankSum=0.311;SC=TGTCATTGGATTTAGGGCCCA;SOR=0.726;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=89;TCF=38;TCR=51;TR=50;WE=200311918;WS=200311900;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,102:0.64:159
chr1	200312546	rs61101900	CA	C	466.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.078;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=3.701;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.28;MQRankSum=0.548;QD=16.67;ReadPosRankSum=0.973;SOR=2.448;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,26:0.93:28
chr1	200342046	rs6677545	A	C	668.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=1.828;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.725;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=10;PP=497;ReadPosRankSum=0.712;SC=GATTGGGTTAAATTCAAATCA;SOR=1.136;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=116;TCF=77;TCR=39;TR=35;WE=200342054;WS=200342036;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:97,38:0.28:135
chr1	200522566	rs12120084	G	C	1535.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.889;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.528;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=18;PP=657;ReadPosRankSum=-0.311;SC=CTCACTGCTGGGGATGAGCCA;SOR=0.623;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=147;TCF=92;TCR=55;TR=49;WE=200522574;WS=200522556;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:130,80:0.38:210
chr1	200523514	rs7548174	A	G	226.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-1.580;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.593;HP=2;HapScore=4;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=1;PP=176;ReadPosRankSum=-0.347;SC=GCGAGACTCCATCTCAAAAAA;SOR=1.942;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=17;TCF=14;TCR=3;TR=10;WE=200523526;WS=200523504;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,12:0.60:20
chr1	200523518	rs11417929	C	CA	38.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=0.417;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=11;HapScore=4;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=2;PP=97;ReadPosRankSum=1.832;SC=GACTCCATCTCAAAAAAAAAA;SOR=0.394;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=19;TCF=10;TCR=9;TR=7;WE=200523526;WS=200523504;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,6:0.29:21
chr1	200534248	rs7543730	C	T	3178.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.521;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=491;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.819;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=39;PP=1485;ReadPosRankSum=-0.347;SC=CTTGTCTCAACTCATCCTCAA;SOR=0.826;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=287;TCF=167;TCR=120;TR=101;WE=200534256;WS=200534238;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:311,174:0.36:485
chr1	200538885	rs10800711	C	T	597.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=13;NR=9;PP=334;SC=ATTTTTGAAGCGGAAGGGGTC;SOR=1.051;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=22;TCF=13;TCR=9;TR=22;WE=200538893;WS=200538875;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr1	200538962	rs73070685	G	A	1296.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=-0.427;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.736;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=15;PP=484;ReadPosRankSum=0.358;SC=ATTTGCACACGGATAAGAAAA;SOR=0.591;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=54;TCF=34;TCR=20;TR=36;WE=200538970;WS=200538952;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,64:0.59:108
chr1	200544650	rs142403729	TACAC	T	5008.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.619;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.007;NF=35;NR=29;PP=2931;ReadPosRankSum=-1.039;SC=ATATACAATTTACACACACAC;SOR=0.723;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=134;TCF=69;TCR=65;TR=64;WE=200544663;WS=200544640;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,133:0.66:202
chr1	200549590	rs10753877	T	C	70.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=3.213;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=4;PP=45;ReadPosRankSum=-0.810;SC=TGGGGTAGAATAATTTCCCTA;SOR=0.602;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=2;TCR=14;TR=4;WE=200549598;WS=200549580;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,4:0.27:15
chr1	200555203	rs58696327	G	T	279.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.260;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=2.187;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.19;ReadPosRankSum=-0.233;SOR=0.260;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,14:0.56:25
chr1	200555482	rs6691410	C	T	276.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-3.837;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=12;PP=226;ReadPosRankSum=-1.027;SC=ATTTATATACCCCATAACATT;SOR=0.495;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=29;TCF=2;TCR=27;TR=13;WE=200555490;WS=200555472;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,12:0.44:27
chr1	200558363	rs6665951	T	C	5242.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=70;NR=52;PP=2613;SC=TAGCCAATGTTTCCATTTCTA;SOR=0.879;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=122;TCF=70;TCR=52;TR=122;WE=200558371;WS=200558353;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,197:1.00:197
chr1	200561456	rs16846948	T	C	1713.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=4.866;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.127;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=50;PP=1263;ReadPosRankSum=0.724;SC=CAATTCAATATAGTCTAGTAT;SOR=1.039;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=98;TCF=15;TCR=83;TR=57;WE=200561464;WS=200561446;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,64:0.59:109
chr1	200567596	rs2809358	T	G	195.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.161;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.590;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=9;PP=151;ReadPosRankSum=0.599;SC=CAGTATGAAATTGTTAAATTC;SOR=4.047;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=2;TCR=12;TR=9;WE=200567604;WS=200567586;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,9:0.64:14
chr1	200569392	rs2809357	C	A	8078.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=304;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=138;NR=81;PP=2965;SC=TAAGGAAGGTCGGAAAAATAC;SOR=1.198;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=219;TCF=138;TCR=81;TR=219;WE=200569400;WS=200569382;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,293:1.00:293
chr1	200574959	rs2808238	T	C	403.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.63;BaseQRankSum=-2.210;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=3;PP=109;ReadPosRankSum=2.484;SC=ATGCTCTTTCTATCTAGTGAA;SOR=0.551;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=17;TCF=11;TCR=6;TR=9;WE=200574967;WS=200574949;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,20:0.67:30
chr1	200575744	rs10577607	CTAAA	C	1992.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-0.783;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=6;PP=1743;ReadPosRankSum=-0.367;SC=GGGTAGAAGGCTAAATAAATA;SOR=0.741;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=66;TCF=56;TCR=10;TR=38;WE=200575755;WS=200575734;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,50:0.68:73
chr1	200575794	rs2794410	A	G	2934.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.630;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.873;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=36;PP=1754;ReadPosRankSum=1.386;SC=CAATGAGAATACAATAAAGAT;SOR=0.536;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=155;TCF=104;TCR=51;TR=102;WE=200575802;WS=200575784;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,129:0.64:203
chr1	200578093	rs2794409	G	A	2531.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQ=59.93;NF=29;NR=43;PP=1385;SC=AATTTATTTTGATGTTTTGCA;SOR=1.076;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=73;TCF=29;TCR=44;TR=72;WE=200578101;WS=200578083;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr1	200583380	rs2808241	T	G	994.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-1.993;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=13;PP=460;ReadPosRankSum=1.019;SC=TGGCCATGACTGATTTGAACT;SOR=0.689;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=70;TCF=45;TCR=25;TR=37;WE=200583388;WS=200583370;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,51:0.55:92
chr1	200594240	rs2809350	G	A	4192.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=34;NR=99;PP=2831;SC=GAGGTATTAGGTGATCTCAAT;SOR=2.046;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=133;TCF=34;TCR=99;TR=133;WE=200594248;WS=200594230;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,149:1.00:149
chr1	200610525	rs5780032	TA	T	304.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.664;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.70;ReadPosRankSum=0.333;SOR=0.518;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:3,21:0.88:24
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chr1	200619530	rs2809365	T	C	2327.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=46;NR=14;PP=1404;SC=CCATAAAACATAGTTAACTGC;SOR=1.725;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=60;TCF=46;TCR=14;TR=60;WE=200619538;WS=200619520;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr1	200635617	rs78479136	G	A	4162.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-3.143;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=304;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.138;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=68;PP=2335;ReadPosRankSum=-1.542;SC=CAGAAGGATGGCTGTCCTTCG;SOR=0.630;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=225;TCF=115;TCR=110;TR=130;WE=200635625;WS=200635607;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:124,178:0.59:302
chr1	200816521	rs2172666	G	T	550.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.649;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.74;ReadPosRankSum=0.005;SOR=0.684;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:66,30:0.31:96
chr1	200816658	rs2131834	T	C	677.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=14;NR=9;PP=559;SC=TATGTACCTATTTAATTTGTA;SOR=1.085;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=23;TCF=14;TCR=9;TR=23;WE=200816666;WS=200816648;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr1	200824978	rs61825260	C	T	601.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.441;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=3.873;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=20.75;ReadPosRankSum=0.517;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,16:0.55:29
chr1	200824980	rs2029752	CC	TT	601.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.722;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=1.619;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=20.06;ReadPosRankSum=1.333;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,16:0.53:30
chr1	200842110	rs968497	G	A	868.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-2.536;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.086;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=9;PP=571;ReadPosRankSum=0.441;SC=CTCCTGCTCAGAGCTGCTGCC;SOR=0.553;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=57;TCF=43;TCR=14;TR=36;WE=200842118;WS=200842100;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,38:0.61:62
chr1	200843305	rs3738250	G	T	876.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-1.639;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.792;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=30;PP=505;ReadPosRankSum=-0.203;SC=GGAGGCCAGAGGTCCCGGAGG;SOR=0.911;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=103;TCF=18;TCR=85;TR=35;WE=200843313;WS=200843295;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,44:0.35:125
chr1	200876788	.	TA	T	63.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.021;ClippingRankSum=0.000;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=2.128;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.90;ReadPosRankSum=1.036;SOR=0.188;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,6:0.27:22
chr1	200880869	rs45547233	A	C	3830.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.568;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=303;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.002;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.520;NF=41;NR=104;PP=2055;ReadPosRankSum=0.575;SC=CCGGCAGCAGAGAGCTGGTCG;SOR=0.798;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=225;TCF=66;TCR=159;TR=145;WE=200880877;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:106,179:0.63:285
chr1	200880978	rs296520	C	T	1041.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=26;PP=850;SC=GTGGGAGCTGCGCCGCGCAGC;SOR=2.649;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=8;TCR=26;TR=34;WE=200880986;WS=200880968;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr1	200881172	rs296521	C	A	586.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.227;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.015;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.319;NF=13;NR=18;PP=338;ReadPosRankSum=-0.188;SC=GGAGCACCCGCCCCCACTCAC;SOR=0.467;SbPval=0.23;Source=Platypus;TC=81;TCF=43;TCR=38;TR=31;WE=200881180;WS=200881162;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,37:0.34:108
chr1	200943793	rs71991687	CAGGA	C	11183.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=260;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=68;NR=69;PP=2970;SC=CTGCCCACACCAGGAAGGAGA;SOR=1.508;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=146;TCF=73;TCR=73;TR=137;WE=200943804;WS=200943783;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,251:1.00:251
chr1	200944057	rs296565	G	A	1298.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=2.726;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=40;PP=926;ReadPosRankSum=0.365;SC=AGAGGATCAGGGCTGGTGAGG;SOR=0.796;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=99;TCF=22;TCR=77;TR=50;WE=200944065;WS=200944047;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,53:0.52:102
chr1	200944840	rs296563	T	G	1631.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=4;NR=36;PP=1069;SC=AGTGGGAGGATGGAAGGCAGG;SOR=3.056;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=40;TCF=4;TCR=36;TR=40;WE=200944848;WS=200944830;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr1	200945778	rs296561	G	C	190.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=0.780;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=2;PP=106;ReadPosRankSum=-1.466;SC=CCTTCTTTGGGGTGATTTCTT;SOR=0.793;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=45;TCF=35;TCR=10;TR=10;WE=200945786;WS=200945768;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,14:0.21:66
chr1	200952336	rs12562818	C	G	682.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.747;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.238;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=21;PP=496;ReadPosRankSum=1.503;SC=TCTCTTCCAGCGGAGCAGAGA;SOR=0.467;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=51;TCF=12;TCR=39;TR=28;WE=200952344;WS=200952326;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,29:0.56:52
chr1	200954186	rs12141466	T	C	812.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=4.458;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.252;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=21;PP=568;ReadPosRankSum=1.620;SC=ACCTTCTGCCTTGTGAGGCCC;SOR=2.049;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=42;TCF=7;TCR=35;TR=24;WE=200954194;WS=200954176;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,29:0.54:54
chr1	200956288	rs2275485	A	G	6004.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.349;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=465;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.533;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=72;NR=103;PP=2896;ReadPosRankSum=0.325;SC=CCAGGCACTCAGCCGACACAG;SOR=0.748;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=281;TCF=118;TCR=163;TR=175;WE=200956296;WS=200956278;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:180,279:0.61:459
chr1	200957691	rs2297912	G	C	3573.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.974;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FS=99.474;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.64;ReadPosRankSum=0.475;SOR=0.191;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,145:0.80:182
chr1	200958111	rs12143520	A	C	988.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=3.262;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.634;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=29;PP=741;ReadPosRankSum=-0.503;SC=GTTGGGAGTCACCCATATCAC;SOR=1.252;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=56;TCF=12;TCR=44;TR=35;WE=200958119;WS=200958101;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,39:0.62:63
chr1	200959052	rs57758014	T	G	2393.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=1.700;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.508;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=27;PP=1028;ReadPosRankSum=-0.188;SC=CCCCTGCCCATGTACGCTCCC;SOR=0.735;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=124;TCF=73;TCR=51;TR=66;WE=200959060;WS=200959035;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:94,114:0.55:208
chr1	200959302	rs2297911	G	A	5775.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-1.710;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=498;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.527;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=86;NR=81;PP=2486;ReadPosRankSum=-0.138;SC=TGGCCTGGCAGTCGGTGATGC;SOR=0.742;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=293;TCF=148;TCR=145;TR=167;WE=200959310;WS=200959292;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:209,284:0.58:493
chr1	200960886	rs12123633	C	T	2537.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.778;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.788;HP=1;HapScore=4;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=44;PP=2337;ReadPosRankSum=-1.128;SC=GGGCTCCACACTCAGGCACCT;SOR=1.074;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=125;TCF=51;TCR=74;TR=67;WE=200960906;WS=200960876;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:92,118:0.56:210
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chr1	200967490	rs10920089	A	G	1383.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=1.579;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=9;PP=891;ReadPosRankSum=0.172;SC=GATGGGGTGGAGGGGCATGGC;SOR=0.689;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=65;TCF=52;TCR=13;TR=46;WE=200967498;WS=200967480;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,55:0.73:75
chr1	200968879	rs16847508	G	A	1358.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.030;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=11.183;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=4;PP=1012;ReadPosRankSum=0.624;SC=ATATAAGGAAGTACAAGGATC;SOR=2.029;SbPval=0.94;Source=Platypus;TC=82;TCF=68;TCR=14;TR=46;WE=200968887;WS=200968869;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,53:0.55:97
chr1	200969766	rs6692235	G	A	7497.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.815;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=541;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=115;NR=114;PP=2962;ReadPosRankSum=0.824;SC=GGACGGGGCCGAGTGAGCTGC;SOR=0.704;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=339;TCF=169;TCR=170;TR=229;WE=200969774;WS=200969756;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:202,335:0.62:537
chr1	200969921	rs6692427	G	A	3120.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=2.255;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.656;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=70;PP=1939;ReadPosRankSum=-0.106;SC=GGAGTGGGACGGCGGGAAGAA;SOR=1.002;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=173;TCF=62;TCR=111;TR=104;WE=200969929;WS=200969911;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:98,135:0.58:233
chr1	200969942	rs6667956	A	G	2329.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=1.068;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.948;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=52;PP=1451;ReadPosRankSum=-0.406;SC=GGGTGCGATAAAGAAGATAAA;SOR=0.871;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=135;TCF=49;TCR=86;TR=78;WE=200969950;WS=200969932;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,101:0.58:175
chr1	200969983	rs6656481	T	C	1331.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-0.044;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=31;PP=817;ReadPosRankSum=0.256;SC=GACCTATAATTCCAGCACTTT;SOR=0.693;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=87;TCF=33;TCR=54;TR=50;WE=200969991;WS=200969973;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,58:0.57:101
chr1	200971521	rs56770229	G	A	7093.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.360;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=321;ExcessHet=3.0103;FS=1.920;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=22.52;ReadPosRankSum=1.708;SOR=0.808;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:128,187:0.59:315
chr1	200971528	rs41269929	G	T	6840.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.216;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=297;ExcessHet=3.0103;FS=2.026;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=23.43;ReadPosRankSum=2.001;SOR=0.828;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:119,173:0.59:292
chr1	201009182	rs12139527	A	G	5261.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=1.100;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=366;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.848;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=93;PP=2707;ReadPosRankSum=-0.337;SC=ATCAGCTGCCAAGGTGCCCAG;SOR=0.642;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=232;TCF=89;TCR=143;TR=153;WE=201009190;WS=201009172;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:124,233:0.65:357
chr1	201009897	rs6427875	T	C	1880.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=22;NR=45;PP=1079;SC=CCAGGAGCCCTGAGTCAACAG;SOR=1.547;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=67;TCF=22;TCR=45;TR=67;WE=201009905;WS=201009887;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr1	201010862	rs6675915	T	C	617.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=2.853;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.005;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=17;PP=431;ReadPosRankSum=-0.171;SC=GGCTGACGTTTCCACCACTGT;SOR=0.283;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=34;TCF=4;TCR=30;TR=20;WE=201010870;WS=201010852;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,23:0.62:37
chr1	201012247	rs2279944	C	T	1524.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=0.062;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=8;PP=1092;ReadPosRankSum=-0.642;SC=CCTCTGCCATCGAGGTCGGCC;SOR=0.668;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=92;TCF=77;TCR=15;TR=54;WE=201012255;WS=201012237;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,58:0.61:95
chr1	201016646	rs2297905	C	T	1045.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.517;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.669;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=7;PP=554;ReadPosRankSum=1.080;SC=CCCAAAGTAGCACCTACCTCC;SOR=0.988;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=69;TCF=50;TCR=19;TR=31;WE=201016654;WS=201016636;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,48:0.46:104
chr1	201017687	rs35713982	C	CT	1917.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.487;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.657;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.040;NF=6;NR=19;PP=927;ReadPosRankSum=-0.295;SC=AAGGAGGGGGCTCACATTGGA;SOR=0.793;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=54;TCF=14;TCR=40;TR=25;WE=201017695;WS=201017677;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,62:0.49:127
chr1	201020105	rs6702590	A	G	3335.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=0.923;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=36;PP=1699;ReadPosRankSum=1.599;SC=GGCCCTCAGCATCTCACCAGG;SOR=1.152;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=100;TCF=63;TCR=37;TR=97;WE=201020113;WS=201020095;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,129:0.98:131
chr1	201021619	rs12029212	C	G	1020.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=4.720;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=1;PP=849;ReadPosRankSum=0.828;SC=CTCCAGTGCACATTAGAACAG;SOR=1.355;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=76;TCF=61;TCR=15;TR=41;WE=201021627;WS=201021609;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,38:0.63:60
chr1	201031307	rs2297903	A	C	282.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=3.249;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=11;PP=204;ReadPosRankSum=2.649;SC=GGGGAGTGTGAAGGAGAAATG;SOR=0.896;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=34;TCF=2;TCR=32;TR=12;WE=201031315;WS=201031297;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,13:0.30:43
chr1	201031655	.	AGAGG	A	197.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.912;ClippingRankSum=0.000;DP=258;ExcessHet=3.0103;FS=67.324;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.04;MQRankSum=3.097;QD=1.11;ReadPosRankSum=-0.774;SOR=0.639;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:161,17:0.10:178
chr1	201038687	rs7415038	A	G	3521.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.200;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=315;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=52;PP=1415;ReadPosRankSum=2.679;SC=TGAAGTTGGTAAACCAGGTGG;SOR=0.672;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=177;TCF=79;TCR=98;TR=94;WE=201038695;WS=201038677;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:142,168:0.54:310
chr1	201044748	rs1998721	A	G	3978.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.181;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=333;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.839;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=64;PP=1819;ReadPosRankSum=1.401;SC=CAGTACCTGTATGGAGGGAGG;SOR=0.644;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=209;TCF=94;TCR=115;TR=116;WE=201044756;WS=201044738;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:142,187:0.57:329
chr1	201047062	rs4915476	G	A	3298.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.139;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=335;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.403;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=36;PP=1555;ReadPosRankSum=0.352;SC=GAGATGCCCAGGGGTGTCATG;SOR=0.722;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=227;TCF=142;TCR=85;TR=100;WE=201047083;WS=201047052;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:178,156:0.47:334
chr1	201047075	rs4915477	A	G	9711.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=370;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=154;NR=103;PP=2965;SC=GTGTCATGGCACCCGACTCCA;SOR=1.071;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=257;TCF=154;TCR=103;TR=257;WE=201047083;WS=201047052;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,370:1.00:370
chr1	201047111	rs9427714	A	G	6678.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.166;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=526;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=111;NR=88;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.565;SC=GGATACCGCTACACACCACGA;SOR=0.697;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=346;TCF=191;TCR=155;TR=199;WE=201047119;WS=201047101;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:216,306:0.59:522
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chr1	201060865	rs2296383	G	A	5010.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.533;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=404;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.686;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=67;NR=73;PP=2177;ReadPosRankSum=1.155;SC=CCAGCAGGGCGATGTGAAAGA;SOR=0.568;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=234;TCF=107;TCR=127;TR=140;WE=201060873;WS=201060855;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:158,239:0.60:397
chr1	201112981	rs8158	A	G	2842.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.288;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.087;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=27;PP=1143;ReadPosRankSum=-1.614;SC=GTTGCTCAGTATATGCATCCG;SOR=0.810;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=136;TCF=83;TCR=53;TR=74;WE=201112989;WS=201112971;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,131:0.61:216
chr1	201113118	rs3738266	A	G	5368.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=52;NR=83;PP=2846;SC=CCATTATCTGAGGCCAGGGCT;SOR=1.099;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=136;TCF=53;TCR=83;TR=135;WE=201113126;WS=201113108;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,196:1.00:196
chr1	201116018	rs3752979	C	G	2887.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=29;NR=43;PP=1592;SC=AGGGCCACCACGTCTTAGAGC;SOR=0.987;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=72;TCF=29;TCR=43;TR=72;WE=201116026;WS=201116008;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr1	201122784	rs6684980	C	T	2204.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=2.321;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.647;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=28;PP=1226;ReadPosRankSum=1.974;SC=CTCTGTGCCCCACCCTTCCTC;SOR=0.790;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=113;TCF=69;TCR=44;TR=75;WE=201122792;WS=201122774;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,94:0.64:147
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chr1	201122947	rs1925361	T	G	9009.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=353;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=118;NR=118;PP=2965;SC=GGCCGTGCACTGTGGTCGTGA;SOR=0.705;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=238;TCF=119;TCR=119;TR=236;WE=201122955;WS=201122937;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,346:1.00:346
chr1	201162411	rs12089471	G	A	1162.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.150;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.297;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=1.225;NF=22;NR=21;PP=566;ReadPosRankSum=1.239;SC=AGTCAAAGAGGAGGCAGAACT;SOR=0.554;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=94;TCF=52;TCR=42;TR=43;WE=201162419;WS=201162401;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:91,62:0.41:153
chr1	201162643	rs10800761	G	A	244.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=0.242;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQ=57.37;MQRankSum=-0.233;NF=1;NR=8;PP=148;ReadPosRankSum=1.493;SC=ACAGTGACGCGATCTCAGCTC;SOR=1.022;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=20;TCF=3;TCR=17;TR=9;WE=201162651;WS=201162633;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,11:0.48:23
chr1	201163191	rs1107128	G	T	1196.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.434;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.918;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=13;PP=767;ReadPosRankSum=1.154;SC=TCTTGCTCCTGGGGTGAGTGG;SOR=0.925;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=64;TCF=45;TCR=19;TR=45;WE=201163199;WS=201163181;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,53:0.64:83
chr1	201166281	rs7533096	C	T	3876.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.905;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=350;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.392;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=69;NR=50;PP=1870;ReadPosRankSum=-0.216;SC=AACACATAGCCGTGTCTAGTA;SOR=0.664;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=218;TCF=127;TCR=91;TR=119;WE=201166289;WS=201166271;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:159,185:0.54:344
chr1	201166383	rs4915221	G	A	4363.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.620;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=421;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.521;HP=3;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=62;PP=1858;ReadPosRankSum=0.033;SC=GATCTGTACCGCTGCACAGCA;SOR=0.781;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=237;TCF=113;TCR=124;TR=114;WE=201166391;WS=201166373;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:201,214:0.52:415
chr1	201166435	rs11589317	T	C	7732.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.671;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=309;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=79;NR=96;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.157;SC=TGAGACTCACTGTCATCGAAG;SOR=0.726;Source=Platypus;TCF=80;TR=175;WE=201166443;WS=201166425;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,303:0.99:305
chr1	201169601	rs35998091	C	T	858.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-4.040;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.083;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=26;PP=528;ReadPosRankSum=0.035;SC=ACCATAGGTGCCTCACACCTG;SOR=0.274;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=84;TCF=18;TCR=66;TR=35;WE=201169609;WS=201169591;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,41:0.43:95
chr1	201170772	rs10157730	A	G	1744.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=36;NR=18;PP=1127;SC=ATGGTACCAGAGCCTATGAGG;SOR=1.430;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=54;TCF=36;TCR=18;TR=54;WE=201170780;WS=201170762;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr1	201170824	rs10158976	C	G	4498.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=62;NR=40;PP=1876;SC=AGCTCTCCTGCTGGGTGTTTG;SOR=0.983;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=102;TCF=62;TCR=40;TR=102;WE=201170832;WS=201170814;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,170:1.00:170
chr1	201171007	rs10800762	T	G	2064.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=31;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=15;NR=45;PP=1374;SC=CAGGGATGCTTCAGGTCTAGT;SOR=1.643;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=60;TCF=15;TCR=45;TR=60;WE=201171015;WS=201170997;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr1	201173104	rs832160	C	T	335.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.036;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.36;ReadPosRankSum=0.136;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:76,24:0.24:100
chr1	201174204	rs12725611	C	T	2324.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=2.759;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=298;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.389;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=24;PP=1269;ReadPosRankSum=-0.233;SC=CCTATTTCCCCGGCAGCCATC;SOR=0.908;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=200;TCF=135;TCR=65;TR=81;WE=201174212;WS=201174194;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:181,113:0.38:294
chr1	201175227	rs832156	C	A	5319.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=68;NR=42;PP=2156;SC=AGGATAAAGACCTTCAGTCCA;SOR=1.067;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=110;TCF=68;TCR=42;TR=110;WE=201175235;WS=201175217;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,198:1.00:198
chr1	201175274	rs9651057	A	G	1749.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-2.983;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=260;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.470;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=19;PP=582;ReadPosRankSum=-0.777;SC=CAAGGAGCCCAGGCATCAGGA;SOR=0.651;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=154;TCF=94;TCR=60;TR=52;WE=201175282;WS=201175264;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:158,99:0.39:257
chr1	201175715	rs1341631	G	T	9042.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=342;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=102;NR=122;PP=2965;SC=GGGTCCAGTCGGCTTCAGGCT;SOR=0.839;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=225;TCF=102;TCR=123;TR=224;WE=201175723;WS=201175705;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,335:1.00:335
chr1	201176018	rs10753895	A	G	3280.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=42;NR=63;PP=2337;SC=GAAGCTGGAGACAGCAATGGG;SOR=1.081;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=105;TCF=42;TCR=63;TR=105;WE=201176026;WS=201176008;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
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chr1	201176968	rs12063867	A	G	2053.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.292;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.248;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=35;PP=1118;ReadPosRankSum=-2.207;SC=TCCAGGAGAAATGGGGTCCGG;SOR=0.567;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=111;TCF=58;TCR=53;TR=70;WE=201176976;WS=201176958;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,92:0.65:141
chr1	201177246	rs72751165	T	C	4889.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.152;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=348;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.436;HP=4;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=74;NR=71;PP=2155;ReadPosRankSum=0.537;SC=ATTCAGATGGTGGCCTAGGGA;SOR=0.614;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=227;TCF=119;TCR=108;TR=145;WE=201177254;WS=201177236;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:119,223:0.65:342
chr1	201177278	rs7551098	C	T	5124.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.890;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=356;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.288;HP=4;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=75;NR=74;PP=2405;ReadPosRankSum=0.231;SC=ACAGGGTCTGCGGGTAGAGGT;SOR=0.608;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=242;TCF=125;TCR=117;TR=149;WE=201177286;WS=201177268;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:124,228:0.65:352
chr1	201177538	rs7551538	G	T	5770.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.667;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=376;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.572;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=86;NR=71;PP=2783;ReadPosRankSum=0.724;SC=ATGCCCTGGTGCTAAGGCCTC;SOR=0.523;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=240;TCF=137;TCR=103;TR=157;WE=201177546;WS=201177528;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:123,251:0.67:374
chr1	201178470	rs12757706	G	A	2578.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.015;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.29;ReadPosRankSum=-0.364;SOR=0.737;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:72,122:0.63:194
chr1	201178667	rs199718718	C	G	1047.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.106;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=289;ExcessHet=3.0103;FS=10.231;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.29;MQRankSum=-13.993;QD=3.65;ReadPosRankSum=-7.058;SOR=1.418;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:245,42:0.15:287
chr1	201178680	.	A	G	1625.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.002;ClippingRankSum=0.000;DP=331;ExcessHet=3.0103;FS=8.044;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.27;MQRankSum=-13.354;QD=4.94;ReadPosRankSum=-5.615;SOR=1.211;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:267,62:0.19:329
chr1	201178696	.	G	C	87.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.453;ClippingRankSum=0.000;DP=411;ExcessHet=3.0103;FS=2.515;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.59;MQRankSum=-10.967;QD=0.22;ReadPosRankSum=-4.800;SOR=1.069;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:380,26:0.06:406
chr1	201178702	.	G	A	173.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.509;ClippingRankSum=0.000;DP=447;ExcessHet=3.0103;FS=2.293;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.32;MQRankSum=-12.149;QD=0.39;ReadPosRankSum=-4.769;SOR=1.105;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:405,35:0.08:440
chr1	201178705	.	A	G	237.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.744;ClippingRankSum=0.000;DP=458;ExcessHet=3.0103;FS=2.293;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.32;MQRankSum=-12.085;QD=0.53;ReadPosRankSum=-3.966;SOR=1.113;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:415,35:0.08:450
chr1	201178708	rs200427142	A	G	264.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.699;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=468;ExcessHet=3.0103;FS=1.001;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.22;MQRankSum=-12.640;QD=0.58;ReadPosRankSum=-4.198;SOR=1.028;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:420,39:0.08:459
chr1	201178819	.	G	A	1455	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.6;FR=0.5000;HP=2;HapScore=1;MGOF=42;MMLQ=22;MQ=54.75;NF=53;NR=74;PP=1455;QD=11.7304819886;SC=AGTGAATGAAGCAGGTTATAG;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=377;TCF=179;TCR=198;TR=127;WE=201178827;WS=201178809;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:250,127:0.34:377
chr1	201178866	.	A	G	1929	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.6;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=46;MMLQ=27;MQ=54.11;NF=35;NR=66;PP=1929;QD=19.4432793322;SC=TAGGTTCAGGAAGTAAGGCAG;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=285;TCF=119;TCR=166;TR=101;WE=201178884;WS=201178856;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:184,101:0.35:285
chr1	201178904	.	A	G	2418	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;FR=0.5000;HP=1;HapScore=1;MGOF=45;MMLQ=26;MQ=49.21;NF=61;NR=66;PP=2418;QD=19.3131591539;SC=GGGGGTTCTGAAGAAATGGGG;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=244;TCF=107;TCR=137;TR=127;WE=201178912;WS=201178894;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:117,127:0.52:244
chr1	201178924	.	AAG	GAA	2944	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;FR=0.5000;HP=1;HapScore=1;MGOF=36;MMLQ=25;MQ=46.19;NF=73;NR=64;PP=2944;QD=20;SC=GTCAGTGAATAAGGCAGGTTA;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=248;TCF=118;TCR=130;TR=137;WE=201178934;WS=201178914;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:111,137:0.55:248
chr1	201181217	rs12070918	A	G	6985.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.804;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=554;ExcessHet=3.0103;FS=1.757;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.66;ReadPosRankSum=-0.196;SOR=0.824;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:235,317:0.57:552
chr1	201181223	rs12070919	A	G	20371.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=551;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=37.11;SOR=0.711;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,549:1.00:549
chr1	201181920	rs12060924	G	T	4762.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.878;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=353;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.398;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=75;NR=61;PP=2150;ReadPosRankSum=-0.338;SC=AAAACCAGGGGTTTAGCCAAG;SOR=0.740;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=222;TCF=120;TCR=102;TR=136;WE=201181928;WS=201181910;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:134,218:0.62:352
chr1	201182779	rs2282413	A	G	4244.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.923;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=304;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.927;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=95;PP=2245;ReadPosRankSum=0.671;SC=GCTGGCTCCCATGGGCTAGAG;SOR=0.757;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=220;TCF=73;TCR=147;TR=141;WE=201182787;WS=201182769;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:111,191:0.63:302
chr1	201183363	rs2282415	C	T	2355.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.583;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.503;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=29;PP=1023;ReadPosRankSum=0.908;SC=CGGGGGAGGCCGCCACACTCT;SOR=0.741;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=121;TCF=70;TCR=51;TR=70;WE=201183371;WS=201183353;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:97,115:0.54:212
chr1	201183402	rs1568810	T	C	3017.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-2.508;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=268;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=40;PP=997;ReadPosRankSum=0.900;SC=ACCTGGGACCTGGCACCTGGT;SOR=0.679;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=143;TCF=76;TCR=67;TR=85;WE=201183410;WS=201183392;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:118,150:0.56:268
chr1	201184275	rs2275673	C	T	1191.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=1.428;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=32;PP=737;ReadPosRankSum=-1.470;SC=CCACCCTGACCGTCCAGGGTA;SOR=0.628;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=96;TCF=34;TCR=62;TR=50;WE=201184283;WS=201184265;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,55:0.53:104
chr1	201187764	rs10920144	T	C	9960.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=386;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=114;NR=112;PP=2965;SC=CATCGGATGCTGTCTTTGCTC;SOR=0.698;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=227;TCF=114;TCR=113;TR=226;WE=201187772;WS=201187754;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,383:1.00:383
chr1	201187828	rs3738268	T	C	7211.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=2.238;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=281;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.557;HP=3;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=79;NR=112;PP=2965;ReadPosRankSum=0.833;SC=GAGGTGAGCATGGGATAGCCC;SOR=0.631;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=192;TCF=79;TCR=113;TR=191;WE=201187836;WS=201187818;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,278:1.00:279
chr1	201187954	rs6667020	C	T	1265.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=32;PP=981;SC=TGAGCCACATCTTAGGGGCCC;SOR=3.003;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=6;TCR=32;TR=38;WE=201187962;WS=201187944;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr1	201193668	rs6687494	G	T	1853.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=49;NR=5;PP=1354;SC=TTTTCTTGTCGACGTTGTGTT;SOR=4.370;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=55;TCF=49;TCR=6;TR=54;WE=201193676;WS=201193665;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr1	201195119	rs3738270	C	T	16342.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.158;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=632;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.144;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=185;NR=172;PP=2965;ReadPosRankSum=0.062;SC=CGACCGCATCCACACCAACCG;SOR=0.575;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=367;TCF=187;TCR=180;TR=357;WE=201195127;WS=201195109;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:7,622:0.99:629
chr1	201197331	rs3753971	G	A	986.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=4.066;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.278;HP=4;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=4;PP=667;ReadPosRankSum=1.618;SC=ATGGTTCCCCGAGGGGCCAGC;SOR=1.122;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=65;TCF=58;TCR=7;TR=36;WE=201197339;WS=201197321;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,41:0.54:76
chr1	201197358	rs3753972	G	C	1079.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-1.506;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.834;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=6;PP=653;ReadPosRankSum=0.364;SC=CTTTGCCCAAGCTTAGAGAGC;SOR=0.849;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=91;TCF=74;TCR=17;TR=39;WE=201197366;WS=201197348;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,50:0.44:114
chr1	201197471	rs3753973	T	C	3663.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=1.075;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=508;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.135;HP=6;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=69;NR=49;PP=1540;ReadPosRankSum=-1.578;SC=CAGGGTGGGGTGGCTGCCCCT;SOR=0.805;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=292;TCF=163;TCR=129;TR=118;WE=201197479;WS=201197461;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:307,193:0.39:500
chr1	201263330	rs1779301	C	G	232.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.148;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.430;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=8;PP=175;ReadPosRankSum=0.045;SC=GTTGACTTGGCCATTGTTTCA;SOR=0.223;SbPval=0.26;Source=Platypus;TC=20;TCF=2;TCR=18;TR=10;WE=201263338;WS=201263320;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,10:0.45:22
chr1	201282167	rs1772860	C	G	2304.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=5.012;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=10;PP=1570;ReadPosRankSum=0.199;SC=GTTCCTTCCACGCCAAACATT;SOR=0.629;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=117;TCF=102;TCR=15;TR=73;WE=201282175;WS=201282157;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,84:0.64:131
chr1	201285712	rs7514146	C	T	815.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.519;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.661;HP=3;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=14;PP=356;ReadPosRankSum=0.566;SC=GTGCAGTGGGCTGACCATCCC;SOR=0.585;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=98;TCF=55;TCR=43;TR=32;WE=201285720;WS=201285702;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:89,49:0.36:138
chr1	201285759	rs1779297	A	G	4215.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=45;NR=53;PP=1932;SC=AGGATGAGAAATACCAGGCCA;SOR=0.811;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=98;TCF=45;TCR=53;TR=98;WE=201285767;WS=201285749;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,159:1.00:159
chr1	201285909	rs1534051	A	G	956.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=7;NR=20;PP=631;SC=GAGATGGGTGAGGGCATCTGC;SOR=1.751;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=7;TCR=20;TR=27;WE=201285917;WS=201285899;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr1	201286614	rs11336457	GA	G	938.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=1.246;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.091;HP=10;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=13;PP=1920;ReadPosRankSum=-0.388;SC=TTTTTGGTCTGAAAAAAAAAA;SOR=1.091;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=74;TCF=47;TCR=27;TR=42;WE=201286636;WS=201286604;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,59:0.61:96
chr1	201286628	rs1772823	C	G	2681.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=1.294;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=20;PP=1897;ReadPosRankSum=-0.087;SC=AAAAAAATCACCTTTGAGTAG;SOR=0.720;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=98;TCF=68;TCR=30;TR=63;WE=201286636;WS=201286604;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,77:0.64:121
chr1	201288007	rs1794868	G	A	198.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.198;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5002;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=5;PP=143;ReadPosRankSum=0.882;SC=ACATTCAGCCGGTGCATAGAA;SOR=0.593;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=12;TCF=5;TCR=7;TR=9;WE=201288015;WS=201287997;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,9:0.64:14
chr1	201288032	rs2002519	C	T	34.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.799;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=2.90;ReadPosRankSum=0.431;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,4:0.33:12
chr1	201288898	rs1722759	A	C	6599.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=2.205;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=249;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=93;NR=67;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.176;SC=CCACCCCCAGATCCACTTCTG;SOR=0.319;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=161;TCF=94;TCR=67;TR=160;WE=201288906;WS=201288888;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,245:1.00:246
chr1	201289545	rs6427898	G	A	2746.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-2.687;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=420;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.922;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=71;PP=1335;ReadPosRankSum=0.196;SC=TGACCCCTAGGCCCAGCCCCC;SOR=0.864;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=297;TCF=90;TCR=207;TR=94;WE=201289553;WS=201289535;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:265,146:0.36:411
chr1	201290968	rs1779292	T	G	3513.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=73;NR=11;PP=2284;SC=CCCAGGCTGATAGTGTGGTGG;SOR=2.712;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=84;TCF=73;TCR=11;TR=84;WE=201290976;WS=201290958;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr1	201290985	rs12122545	C	T	734.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.833;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FS=2.733;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.17;ReadPosRankSum=-0.075;SOR=0.987;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:102,40:0.28:142
chr1	201291066	rs2071960	C	T	7302.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.153;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=550;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.357;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=113;NR=81;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.575;SC=CCTGTCGGGCCGGGCAGAGGC;SOR=0.495;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=336;TCF=205;TCR=131;TR=194;WE=201291074;WS=201291056;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:201,332:0.62:533
chr1	201292092	rs74525695	C	T	1467.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.291;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.477;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=15;PP=791;ReadPosRankSum=1.700;SC=GGGTTGTGTCCTCTCACAAGG;SOR=0.947;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=146;TCF=98;TCR=48;TR=55;WE=201292100;WS=201292082;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:125,73:0.37:198
chr1	201292110	rs1779288	T	C	9125.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=296;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=117;NR=72;PP=2965;SC=AGGCTCCCCATTGACCCCCCT;SOR=1.087;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=189;TCF=117;TCR=72;TR=189;WE=201292118;WS=201292100;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,291:1.00:291
chr1	201293512	rs36076398	TG	T	1860.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.438;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.017;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=13;PP=1323;ReadPosRankSum=-2.335;SC=CCATGGTGCCTGGGAAGCCAC;SOR=0.946;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=50;TCF=33;TCR=17;TR=37;WE=201293520;WS=201293502;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,60:0.74:81
chr1	201293970	rs1620046	C	T	1526.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=0.825;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=6;PP=1054;ReadPosRankSum=-0.265;SC=GCTCAGAGCCCGGCAGAAGGC;SOR=1.263;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=46;TCF=40;TCR=6;TR=43;WE=201293978;WS=201293960;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,50:0.96:52
chr1	201293985	rs854505	G	A	1948.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=1.660;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=12;PP=1247;ReadPosRankSum=0.244;SC=GAAGGCTATCGAAGAGTGTGG;SOR=1.286;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=63;TCF=50;TCR=13;TR=59;WE=201293993;WS=201293975;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,70:0.95:74
chr1	201295107	rs16848334	C	T	703.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.368;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.712;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=22;PP=454;ReadPosRankSum=-1.532;SC=ACAGCGTCTACGTGAAAATGA;SOR=0.104;SbPval=0.23;Source=Platypus;TC=59;TCF=10;TCR=49;TR=29;WE=201295115;WS=201295097;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,32:0.51:63
chr1	201328824	rs2275863	G	A	2256.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.036;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=330;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.872;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=45;PP=1079;ReadPosRankSum=0.548;SC=AAAGAGCAACGCTGGAGCTGA;SOR=0.622;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=206;TCF=89;TCR=117;TR=80;WE=201328832;WS=201328814;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:194,125:0.39:319
chr1	201328913	rs45509695	G	C	589.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-1.898;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.898;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=24;PP=352;ReadPosRankSum=-0.160;SC=GGAGGAGCATGGAAGAGTAGG;SOR=0.795;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=83;TCF=17;TCR=66;TR=30;WE=201328921;WS=201328903;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,34:0.34:99
chr1	201330583	rs2275861	A	G	1483.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=0.355;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.672;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=41;PP=872;ReadPosRankSum=1.865;SC=AGCCCCCAGCATCCCAGCCCT;SOR=1.052;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=101;TCF=28;TCR=73;TR=54;WE=201330591;WS=201330573;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,66:0.57:116
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chr1	201333703	rs2275860	C	T	342.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-0.529;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.091;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=13;PP=236;ReadPosRankSum=-0.890;SC=TGCAGTGACCCACCTCCAACA;SOR=2.012;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=29;TCF=6;TCR=23;TR=15;WE=201333711;WS=201333693;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,15:0.50:30
chr1	201334382	rs3729547	G	A	3000.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.634;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=376;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.237;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=60;PP=1410;ReadPosRankSum=0.388;SC=AGTGAGCCTCGATCAGCGCCT;SOR=0.779;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=237;TCF=103;TCR=134;TR=104;WE=201334390;WS=201334372;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:219,156:0.42:375
chr1	201335899	rs1573230	C	T	3053.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=72;NR=8;PP=2133;SC=TACTGCACCCCGTTCCATCAT;SOR=3.634;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=81;TCF=72;TCR=9;TR=80;WE=201335907;WS=201335889;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr1	201337170	rs3729842	A	G	1786.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=43;NR=16;PP=1279;SC=AATCTTAGTCAATAGGAGAGT;SOR=1.963;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=60;TCF=44;TCR=16;TR=59;WE=201337178;WS=201337169;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr1	201337486	rs3753999	G	A	2636.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.572;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=340;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.404;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=46;PP=990;ReadPosRankSum=-2.692;SC=GAATTTGGGGGCAACCAACGT;SOR=0.733;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=202;TCF=88;TCR=114;TR=81;WE=201337494;WS=201337476;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:193,139:0.42:332
chr1	201338553	rs10800776	T	C	1825.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-5.024;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.967;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=53;PP=927;ReadPosRankSum=0.189;SC=CCCTGCTTGGTGCTGTCCAGC;SOR=0.302;SbPval=0.26;Source=Platypus;TC=142;TCF=25;TCR=117;TR=68;WE=201338561;WS=201338543;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:93,90:0.49:183
chr1	201339044	rs45584633	G	A	2273.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.366;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.302;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=47;PP=1201;ReadPosRankSum=-1.210;SC=GAGAGCCCGCGGCAGGAGCAG;SOR=0.550;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=123;TCF=41;TCR=82;TR=73;WE=201339052;WS=201339034;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,102:0.61:166
chr1	201341341	rs868407	C	T	1115.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.926;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.719;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=35;PP=635;ReadPosRankSum=0.178;SC=CAAACACACACGCCTGCACAC;SOR=0.921;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=148;TCF=47;TCR=101;TR=49;WE=201341349;WS=201341331;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:136,65:0.32:201
chr1	201351421	rs2275866	T	A	2699.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.897;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=34;PP=1047;ReadPosRankSum=1.066;SC=CCCCACTGAGTCCTCTCGGTT;SOR=0.726;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=114;TCF=62;TCR=52;TR=76;WE=201351429;WS=201351411;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,128:0.67:192
chr1	201353827	rs10920189	G	C	693.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.093;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.739;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=14;PP=413;ReadPosRankSum=0.325;SC=GTGCCCTACCGCACAGCCTGG;SOR=0.489;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=73;TCF=42;TCR=31;TR=29;WE=201353835;WS=201353817;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,36:0.38:94
chr1	201355522	rs4128458	T	C	2722.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.171;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.013;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.055;NF=44;NR=27;PP=1418;ReadPosRankSum=1.740;SC=GCCCCCTGCTTTGCCAAAGAG;SOR=0.540;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=111;TCF=70;TCR=41;TR=71;WE=201355530;WS=201355512;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,112:0.65:173
chr1	201355943	rs2799677	C	T	3132.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.127;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=263;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=56;PP=1862;ReadPosRankSum=0.441;SC=GCATGGAGGACTTCTCCAAGA;SOR=0.689;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=194;TCF=100;TCR=94;TR=115;WE=201355951;WS=201355933;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:111,143:0.56:254
chr1	201356428	rs4915230	C	A	93.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.113;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=6.70;ReadPosRankSum=0.736;SOR=0.412;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,6:0.43:14
chr1	201383616	rs2026593	A	G	1785.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=56;NR=11;PP=1171;SC=CTCCAGCCCCACCCTGCCCCG;SOR=2.925;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=72;TCF=61;TCR=11;TR=67;WE=201383624;WS=201383606;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr1	201383643	rs2026594	A	C	3701.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.006;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=5.356;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=78;NR=25;PP=2260;ReadPosRankSum=1.554;SC=CTGCCAGGCTAACCTGCAGGG;SOR=1.840;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=108;TCF=80;TCR=28;TR=103;WE=201383651;WS=201383633;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,126:0.99:127
chr1	201434740	rs1053592	G	A	8035.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=310;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=129;NR=72;PP=2965;SC=GGGAAGATGCGTAGAGGTGGG;SOR=1.179;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=202;TCF=130;TCR=72;TR=201;WE=201434748;WS=201434730;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,303:1.00:303
chr1	201453289	rs576697	T	C	726.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=21;PP=499;SC=CCTAGGACCCTGCCTGCATGC;SOR=3.180;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=23;TCF=2;TCR=21;TR=23;WE=201453297;WS=201453279;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr1	201687406	rs11588142	G	A	1235.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-2.951;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.033;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=6;PP=920;ReadPosRankSum=-0.792;SC=AGGTGGGGAGGAGGTGACAGG;SOR=0.991;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=77;TCF=67;TCR=10;TR=45;WE=201687414;WS=201687396;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,48:0.53:91
chr1	201687451	rs11576721	A	G	4856.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=108;NR=49;PP=2898;SC=GCTGGGGTGCATGTGAGGGGA;SOR=1.485;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=157;TCF=108;TCR=49;TR=157;WE=201687459;WS=201687441;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,186:1.00:186
chr1	201688515	rs9662744	T	A	808.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-2.802;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.862;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=7;PP=493;ReadPosRankSum=-1.067;SC=TGCAACTTCCTAATCCCTACC;SOR=0.303;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=36;TCF=27;TCR=9;TR=27;WE=201688523;WS=201688505;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,35:0.83:42
chr1	201688832	rs67974334	T	C	1452.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.361;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.466;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=31;PP=818;ReadPosRankSum=0.362;SC=ACTGCCACTTTCACTCTCCCT;SOR=0.467;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=86;TCF=33;TCR=53;TR=54;WE=201688840;WS=201688822;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,68:0.59:116
chr1	201752405	rs191982504	G	T	772.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-6.215;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.829;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=2;PP=556;ReadPosRankSum=1.222;SC=TTTCACAACAGCATTAGGATA;SOR=0.230;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=46;TCF=44;TCR=2;TR=28;WE=201752413;WS=201752400;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,30:0.62:48
chr1	201754410	.	CTT	C,CT	1448.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.622;ClippingRankSum=0.000;DP=117;ExcessHet=3.0103;FS=1.119;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.60;ReadPosRankSum=1.580;SOR=0.477;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:15,61,39:0.53,0.34:115
chr1	201763184	rs564440	T	C	5051.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.31;SOR=0.918;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,185:1.00:185
chr1	201763499	rs567185	C	T	1291.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=21;NR=15;PP=819;SC=GAACTCCTGACCTCAGGTGAT;SOR=1.038;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=36;TCF=21;TCR=15;TR=36;WE=201763507;WS=201763489;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr1	201772863	rs34105833	T	TG	6734.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=13;NR=109;PP=2936;SC=GTTTGGGGGGTGGGAAGTAGG;SOR=1.422;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=126;TCF=13;TCR=113;TR=122;WE=201772871;WS=201772853;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,206:1.00:206
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chr1	201816639	rs146207613	ATCTTTT	A	1578.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.011;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=14;ReadPosRankSum=1.388;SC=TGTGAAAAAAATCTTTTTCTT;SOR=0.758;Source=Platypus;TR=24;WE=201816652;WS=201816629;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:91,45:0.33:136
chr1	201821443	rs1400875	T	C	888.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=2.600;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.751;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=28;PP=598;ReadPosRankSum=-0.118;SC=CTGACAAAGATCTGGATCTGA;SOR=1.009;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=78;TCF=17;TCR=61;TR=35;WE=201821451;WS=201821433;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,43:0.37:115
chr1	201826340	rs2172935	C	T	3430.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-1.266;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=469;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=61;PP=1503;ReadPosRankSum=0.777;SC=TACCTTGATACTTCAGCCACA;SOR=0.640;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=289;TCF=126;TCR=163;TR=110;WE=201826348;WS=201826330;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:276,183:0.40:459
chr1	201826482	rs2132363	C	T	329.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-0.145;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.333;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=12;PP=179;ReadPosRankSum=0.712;SC=AAATTCGAGACTCAGAAATTC;SOR=0.979;SbPval=0.93;Source=Platypus;TC=52;TCF=10;TCR=42;TR=13;WE=201826490;WS=201826472;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,17:0.29:58
chr1	201827919	rs72742073	C	G	2442.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.147;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.307;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=27;PP=1449;ReadPosRankSum=-0.746;SC=AATCTTGTTTCCTCAAATATT;SOR=0.297;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=111;TCF=76;TCR=35;TR=75;WE=201827927;WS=201827909;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,101:0.68:149
chr1	201832864	rs2494115	G	C	826.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=2.704;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.754;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=26;PP=573;ReadPosRankSum=-2.821;SC=GTGAATGTTGGAAGGACAGGG;SOR=1.380;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=88;TCF=26;TCR=62;TR=33;WE=201832872;WS=201832854;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,38:0.38:99
chr1	201837934	.	CGTGT	C,CGT	5254.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.185;ClippingRankSum=0.000;DP=319;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.24;MQRankSum=0.245;QD=21.10;ReadPosRankSum=0.747;SOR=0.567;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:12,33,204:0.13,0.82:249
chr1	201837956	.	TGA	T	1382	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=21;MMLQ=28;MQ=60.23;NF=16;NR=95;PP=1382;QD=12.4954954955;SC=TGTGTGTGTGTGAGAGAGATC;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=149;TCF=23;TCR=126;TR=111;WE=201837965;WS=201837946;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:38,111:0.74:149
chr1	201838107	rs2820310	G	A	360.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-1.376;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=12;PP=204;ReadPosRankSum=-1.712;SC=TTGGCTTGGCGCGGTGGCTCA;SOR=0.586;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=45;TCF=9;TCR=36;TR=15;WE=201838115;WS=201838097;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,19:0.35:55
chr1	201840059	rs150361248	GTTATT	G	4699.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=56;PP=2976;SC=TTGGTCCTGAGTTATTTTATT;SOR=1.819;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=74;TCF=8;TCR=66;TR=62;WE=201840071;WS=201840049;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr1	201840464	rs2644124	T	C	4705.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=28.01;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,168:1.00:168
chr1	201844128	rs2678203	G	A	5042.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=62;NR=70;PP=2334;SC=GATCCCAACAGTGGGGTACCC;SOR=0.798;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=134;TCF=62;TCR=72;TR=132;WE=201844136;WS=201844118;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,198:1.00:198
chr1	201860626	rs2250377	A	G	6759.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=-0.625;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=520;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=73;NR=94;PP=2629;ReadPosRankSum=1.179;SC=CTGGCTTCATATACCCACCTA;SOR=0.718;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=270;TCF=118;TCR=152;TR=167;WE=201860634;WS=201860616;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:189,314:0.62:503
chr1	201865763	rs8028	A	G	5282.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.761;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=369;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=71;NR=88;PP=2587;ReadPosRankSum=-1.310;SC=GTGCAGTGGGACTGACAGTGA;SOR=0.717;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=242;TCF=107;TCR=135;TR=159;WE=201865771;WS=201865753;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:129,239:0.65:368
chr1	201869257	rs2820312	G	A	3357.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.521;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=417;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.748;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=56;PP=1666;ReadPosRankSum=1.807;SC=GCCACTGGGCGTCTGTTTCTC;SOR=0.772;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=303;TCF=154;TCR=149;TR=119;WE=201869265;WS=201869247;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:234,173:0.43:407
chr1	201938482	rs58623305	C	T	437.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-2.312;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=0;PP=255;ReadPosRankSum=-1.175;SC=AGGGTTATAGCTTTAATTTAG;SOR=0.638;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=26;TCF=24;TCR=2;TR=13;WE=201938490;WS=201938477;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,18:0.60:30
chr1	201952294	rs73074403	C	G	2495.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=31;PP=990;SC=TTCCGGCCCCCAGCCGCCCTG;SOR=1.460;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=45;TCF=14;TCR=31;TR=45;WE=201952302;WS=201952284;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr1	201952310	rs112370844	T	G	2345.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=29;PP=902;SC=CCCTGCACCCTCACCTACCCC;SOR=1.697;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=39;TCF=10;TCR=29;TR=39;WE=201952318;WS=201952300;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr1	201952574	rs4950806	T	C	3966.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=63;NR=37;PP=2146;SC=TTTCTAACATTTTCCGTGGCT;SOR=1.094;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=101;TCF=64;TCR=37;TR=100;WE=201952582;WS=201952564;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,145:1.00:145
chr1	201952598	rs56768485	G	A	1144.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-2.211;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.530;HP=3;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=22;PP=499;ReadPosRankSum=-1.067;SC=TAGATGACCTGTTGTTCATGC;SOR=0.456;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=132;TCF=78;TCR=54;TR=45;WE=201952606;WS=201952588;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:125,66:0.35:191
chr1	201952755	rs4950807	T	A	3966.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=33;NR=71;PP=2002;SC=GTTAAAGCTCTTATCTTTGTT;SOR=1.382;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=104;TCF=33;TCR=71;TR=104;WE=201952763;WS=201952745;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,148:1.00:148
chr1	201969082	rs1130790	G	A	3571.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.060;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=248;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=39;PP=1490;ReadPosRankSum=-1.299;SC=TGCTGCGTCAGCACATGGACA;SOR=0.684;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=145;TCF=85;TCR=60;TR=94;WE=201969090;WS=201969072;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,163:0.67:245
chr1	201970562	rs4332408	T	C	12220.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=462;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=116;NR=140;PP=2965;SC=TCTGCTTTGTTTCATACCTGG;SOR=0.827;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=256;TCF=116;TCR=140;TR=256;WE=201970570;WS=201970552;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,459:1.00:459
chr1	201970748	rs4131469	G	A	2654.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.055;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.886;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=30;PP=1273;ReadPosRankSum=0.119;SC=CACTCCCCACGGGGCCAGAGA;SOR=0.386;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=117;TCF=71;TCR=46;TR=69;WE=201970756;WS=201970738;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,116:0.67:174
chr1	201970986	rs35227221	C	CA	966.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-0.906;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.078;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=26;PP=1004;ReadPosRankSum=-0.168;SC=GATGGGAAAACACTGGGTCAG;SOR=0.538;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=58;TCF=0;TCR=58;TR=26;WE=201970994;WS=201970976;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,33:0.43:76
chr1	201973565	rs3820439	G	A	2400.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.247;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=281;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.447;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=48;PP=1132;ReadPosRankSum=2.232;SC=GGGCCAAATCGTCCTTAAGAA;SOR=0.638;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=181;TCF=71;TCR=110;TR=81;WE=201973573;WS=201973555;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:156,119:0.43:275
chr1	201980119	rs2819361	C	G	1199.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=30;NR=1;PP=854;SC=CTTGAAGAGACGGTGTCCGCA;SOR=3.855;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=31;TCF=30;TCR=1;TR=31;WE=201980127;WS=201980109;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr1	201981005	.	C	CA	80.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.028;ClippingRankSum=0.000;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=6.085;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.18;ReadPosRankSum=-0.518;SOR=2.566;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,12:0.32:37
chr1	201981218	rs11543979	C	G	3319.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.838;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=241;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.033;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=64;PP=1861;ReadPosRankSum=0.276;SC=ACATGGATGGCGCCACCCTCT;SOR=0.926;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=170;TCF=72;TCR=98;TR=107;WE=201981226;WS=201981208;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,146:0.62:234
chr1	201981354	rs56310296	TG	CC	1770.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.046;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.569;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=23;PP=1787;ReadPosRankSum=1.652;SC=CATGTTGAGCTGAGTCGAGTT;SOR=0.595;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=67;TCF=33;TCR=34;TR=42;WE=201981363;WS=201981344;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,45:0.61:74
chr1	201981862	rs2819362	T	C	10568.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=406;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=92;NR=112;PP=2965;SC=CCCCCTCCCCTGGCAGCTCTG;SOR=0.836;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=204;TCF=92;TCR=112;TR=204;WE=201981870;WS=201981852;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,403:1.00:403
chr1	202092046	rs3795593	C	T	1629.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=35;NR=11;PP=982;SC=GGGCCCCCTGCACTCACCTGC;SOR=2.024;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=46;TCF=35;TCR=11;TR=46;WE=202092054;WS=202092036;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr1	202092360	rs3795595	G	A	10108.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=370;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=139;NR=100;PP=2965;SC=CCTAACCCCGGCAAGGATGGG;SOR=0.906;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=239;TCF=139;TCR=100;TR=239;WE=202092368;WS=202092350;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,370:1.00:370
chr1	202092415	rs3795596	A	G	13803.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=515;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=168;NR=140;PP=2965;SC=ATCTGACAGGAGCACCAGGGC;SOR=0.808;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=311;TCF=170;TCR=141;TR=308;WE=202092423;WS=202092405;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,512:1.00:512
chr1	202092580	rs7516762	T	C	13327.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=530;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=163;NR=185;PP=2965;SC=ACCTGAAGAGTGCCTGGAACT;SOR=0.766;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=349;TCF=163;TCR=186;TR=348;WE=202092588;WS=202092570;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,512:1.00:512
chr1	202096815	rs3820380	G	A	9100.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=354;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=145;NR=90;PP=2965;SC=GTCCTTCCTTGTCCCCATAGA;SOR=1.106;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=235;TCF=145;TCR=90;TR=235;WE=202096823;WS=202096805;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,342:1.00:342
chr1	202103802	rs4342901	G	A	447.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-2.568;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.762;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=15;PP=292;ReadPosRankSum=-0.385;SC=GGAAGCTCAGGTGAGAGGATT;SOR=0.341;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=34;TCF=5;TCR=29;TR=18;WE=202103810;WS=202103792;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,20:0.54:37
chr1	202107422	.	AACACACAC	A,AAC	3108.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=95;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.11;QD=38.38;SOR=1.547;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:0,26,55:0.32,0.68:81
chr1	202113835	rs4989100	T	G	4328.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=1.406;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=122;PP=2965;ReadPosRankSum=0.701;SC=CGAGCGCGGCTGCCGACGACT;SOR=4.468;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=124;TCF=1;TCR=123;TR=123;WE=202113843;WS=202113825;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,135:0.99:136
chr1	202117975	.	C	CT	60.19	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.366;ClippingRankSum=-0.000;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.79;MQRankSum=-0.180;QD=8.60;ReadPosRankSum=-0.366;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,6:0.86:7
chr1	202119308	rs7551879	T	C	2120.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.549;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.639;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=14;PP=947;ReadPosRankSum=1.976;SC=AATAAACAGCTCTAAGCAGAA;SOR=0.627;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=94;TCF=70;TCR=24;TR=55;WE=202119316;WS=202119298;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,94:0.61:154
chr1	202121643	rs10920337	G	A	1396.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-6.650;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=18.012;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=8;PP=889;ReadPosRankSum=-0.045;SC=ACAGTCCACAGGCTGCAGTGA;SOR=0.041;SbPval=0.15;Source=Platypus;TC=78;TCF=70;TCR=8;TR=49;WE=202121651;WS=202121633;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,58:0.64:90
chr1	202122783	rs11590076	C	A	442.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.552;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=2;PP=244;ReadPosRankSum=-0.948;SC=TAGTGAAGAGCCAGCCTGAGT;SOR=0.634;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=34;TCF=27;TCR=7;TR=14;WE=202122791;WS=202122773;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,20:0.49:41
chr1	202128336	rs80312566	G	T	791.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-1.403;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.962;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=2;PP=551;ReadPosRankSum=-0.565;SC=AGCTGGAGGGGCAGATGGAAG;SOR=1.871;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=45;TCF=40;TCR=5;TR=28;WE=202128344;WS=202128326;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,32:0.63:51
chr1	202129826	rs4309039	T	C	4807.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-1.297;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=616;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.528;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=87;NR=73;PP=1855;ReadPosRankSum=-0.293;SC=TCTGCCCTCCTGTGCCTGCTG;SOR=0.764;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=387;TCF=202;TCR=185;TR=160;WE=202129834;WS=202129816;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:360,255:0.41:615
chr1	202129895	rs3935295	G	A	4123.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.451;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=573;ExcessHet=3.0103;FS=1.134;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.27;ReadPosRankSum=1.910;SOR=0.807;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:348,219:0.39:567
chr1	202130754	rs3934648	T	C	4968.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=45;NR=95;PP=2283;SC=GCCCCCAACATGCACAATCCA;SOR=1.306;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=142;TCF=46;TCR=96;TR=140;WE=202130762;WS=202130744;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,196:1.00:196
chr1	202155543	rs2993432	A	C	9575.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=358;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=102;NR=133;PP=2965;SC=ATCCTGGTGCACTGCAGGAGG;SOR=0.939;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=235;TCF=102;TCR=133;TR=235;WE=202155551;WS=202155533;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,342:1.00:342
chr1	202156135	rs139095833	C	CCCTCGCT,CCCTCGCTCCTCGCTCCTCGCT	2907.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.69;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=24;NF=1,1;NR=12,12;PP=1664,2174;SC=CTGCAGGCCCCCCTCGCTCCT;SOR=0.865;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=26;TCF=3;TCR=23;TR=13,13;WE=202156143;WS=202156125;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.77,0.23:61
chr1	202156482	rs3010088	G	A	7382.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=289;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=123;NR=80;PP=2965;SC=GAAGGAGTACGAGGTACACTT;SOR=1.062;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=203;TCF=123;TCR=80;TR=203;WE=202156490;WS=202156472;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,276:1.00:276
chr1	202156628	rs3010089	A	C	8160.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=311;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=71;NR=123;PP=2965;SC=GCTGGCTCTTACGCACCCCTG;SOR=1.123;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=195;TCF=71;TCR=124;TR=194;WE=202156636;WS=202156618;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,303:1.00:303
chr1	202163063	rs2361431	T	C	2538.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=36;NR=24;PP=1089;SC=GCTGCGGCCATCGCGCCGTGC;SOR=0.992;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=60;TCF=36;TCR=24;TR=60;WE=202163071;WS=202163053;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr1	202163364	rs2077598	C	G	992.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=17;NR=14;PP=677;SC=CCTGGTCCTGCGGGCTGCTGG;SOR=0.869;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=17;TCR=14;TR=31;WE=202163372;WS=202163354;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr1	202163516	rs1812761	C	A	4443.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=72;NR=38;PP=2316;SC=AAATACCAGGCGAGCAGGGAG;SOR=1.273;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=110;TCF=72;TCR=38;TR=110;WE=202163524;WS=202163506;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,162:1.00:162
chr1	202163621	rs3120747	G	A	4556.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.141;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=336;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.465;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=64;PP=1823;ReadPosRankSum=1.092;SC=TGGACCCTGAGCGGGAGGGCG;SOR=0.781;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=182;TCF=89;TCR=93;TR=119;WE=202163629;WS=202163611;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:118,214:0.64:332
chr1	202183308	rs10920362	C	T	1673.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=2.183;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.095;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=39;PP=975;ReadPosRankSum=-1.063;SC=GAGGGCCGCTCAGCGAGGGCG;SOR=0.965;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=94;TCF=36;TCR=58;TR=61;WE=202183316;WS=202183298;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,77:0.56:137
chr1	202196931	rs1452070	G	A	2811.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=2.129;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.223;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=28;PP=1445;ReadPosRankSum=-0.616;SC=AGTATTAAACGCATCGTAGAT;SOR=0.933;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=155;TCF=100;TCR=55;TR=87;WE=202196939;WS=202196921;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,127:0.59:214
chr1	202197161	rs3795598	C	T	2096.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.746;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.617;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=44;PP=1078;ReadPosRankSum=0.930;SC=CCTCATTTTACATAGAGCTGC;SOR=0.803;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=104;TCF=30;TCR=74;TR=61;WE=202197169;WS=202197145;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,93:0.58:161
chr1	202266547	rs788827	C	T	2110.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.072;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.795;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=26;PP=979;ReadPosRankSum=1.059;SC=TCTCCCTGGCCAAGCCCAGAG;SOR=0.553;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=125;TCF=77;TCR=48;TR=64;WE=202266555;WS=202266537;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:92,100:0.52:192
chr1	202273872	rs115712065	G	C	4586.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.162;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=348;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.406;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=96;PP=2544;ReadPosRankSum=2.062;SC=GGAGAATGGAGCAGCATAGGC;SOR=0.743;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=254;TCF=97;TCR=157;TR=154;WE=202273880;WS=202273862;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:135,207:0.61:342
chr1	202287156	rs12123010	C	T	5300.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.581;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=437;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.465;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=69;NR=76;PP=2359;ReadPosRankSum=-0.738;SC=TGTTGCTCTCCGTGCTCTGCA;SOR=0.688;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=266;TCF=133;TCR=133;TR=145;WE=202287164;WS=202287146;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:192,244:0.56:436
chr1	202287206	rs788795	T	C	4745.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=3.997;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=420;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.418;HP=5;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=70;PP=2506;ReadPosRankSum=-1.514;SC=GGCGGGCCTGTCCCCCTGCCC;SOR=0.651;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=262;TCF=134;TCR=128;TR=136;WE=202287214;WS=202287196;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:200,215:0.52:415
chr1	202287754	rs75658797	G	A	7462.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.929;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=587;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.477;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=115;NR=115;PP=2962;ReadPosRankSum=0.813;SC=GGTGAGGCACGTGGCCTGGCT;SOR=0.577;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=391;TCF=204;TCR=187;TR=230;WE=202287762;WS=202287744;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:242,339:0.58:581
chr1	202287813	rs788793	T	C	8473.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.584;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=664;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.117;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=143;NR=128;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.784;SC=TCCTCAGCTTTGCCTCCATGC;SOR=0.571;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=449;TCF=242;TCR=207;TR=271;WE=202287821;WS=202287791;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:276,381:0.58:657
chr1	202288293	rs56234832	C	T	2723.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.184;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.879;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=57;PP=1368;ReadPosRankSum=0.251;SC=CAGGGGGTGGCGGCTTTCAGC;SOR=0.445;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=127;TCF=35;TCR=92;TR=82;WE=202288301;WS=202288283;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,121:0.66:182
chr1	202304868	rs14451	T	C	2083.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.889;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=33;PP=802;ReadPosRankSum=0.412;SC=TCTTCAGACGTGAAGCTCTCT;SOR=0.669;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=94;TCF=47;TCR=47;TR=65;WE=202304876;WS=202304858;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,99:0.70:142
chr1	202318316	rs930734	A	C	1779.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-1.227;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=308;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.463;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=45;PP=690;ReadPosRankSum=-2.144;SC=CCTACAGATGAGCCTTTGACC;SOR=0.790;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=206;TCF=79;TCR=127;TR=66;WE=202318324;WS=202318306;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:193,106:0.35:299
chr1	202386075	rs2843413	T	C	4837.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=41;NR=82;PP=2729;SC=TGTGGCTTTGTAGTATTTGTA;SOR=1.272;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=123;TCF=41;TCR=82;TR=123;WE=202386083;WS=202386065;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,175:1.00:175
chr1	202407189	.	G	GT	30.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.359;ClippingRankSum=0.000;DP=178;ExcessHet=3.0103;FS=0.892;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.20;ReadPosRankSum=-2.566;SOR=0.896;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:129,23:0.15:152
chr1	202443000	rs11587179	C	A	6533.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.147;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=492;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.731;NF=109;NR=82;PP=2913;ReadPosRankSum=-2.197;SC=CAGTCTTTCCCAGCAGCCACT;SOR=0.720;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=329;TCF=184;TCR=145;TR=191;WE=202443008;WS=202442990;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:184,306:0.62:490
chr1	202457784	rs3820374	T	A	978.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.551;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.571;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-2.308;NF=9;NR=19;PP=409;ReadPosRankSum=-1.023;SC=TGTCATTTTGTGTATCTACCC;SOR=0.511;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=76;TCF=25;TCR=51;TR=28;WE=202457792;WS=202457774;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,49:0.43:113
chr1	202531741	rs2249811	C	T	1240.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.546;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.106;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=20;PP=797;ReadPosRankSum=2.396;SC=GCCCTGAGGTCTGGGAACGCT;SOR=0.418;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=132;TCF=88;TCR=44;TR=55;WE=202531749;WS=202531731;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:93,62:0.40:155
chr1	202533516	rs12133781	G	C	1458.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.921;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=10;PP=941;ReadPosRankSum=-0.116;SC=CTCATGTGATGAAATGGTGTG;SOR=0.712;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=69;TCF=55;TCR=14;TR=47;WE=202533524;WS=202533506;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,60:0.65:92
chr1	202536848	rs2292489	C	T	1120.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.913;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=16;PP=547;ReadPosRankSum=2.149;SC=CTAGACTGGGCGTTCTACTGG;SOR=0.639;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=129;TCF=88;TCR=41;TR=48;WE=202536856;WS=202536838;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:114,62:0.35:176
chr1	202565747	rs138552846	AAAAC	A	993.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=0.395;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=11.070;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.892;NF=19;NR=4;PP=892;ReadPosRankSum=0.901;SC=TAAAAAGAGAAAAACAAGGAA;SOR=2.015;SbPval=0.94;Source=Platypus;TC=60;TCF=41;TCR=19;TR=23;WE=202565758;WS=202565737;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,30:0.37:82
chr1	202569600	rs115267501	C	T	3118.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.005;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=498;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.152;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=55;PP=1300;ReadPosRankSum=-0.003;SC=CCAGCTTCTCCGGCTGTCCAG;SOR=0.717;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=298;TCF=151;TCR=147;TR=107;WE=202569608;WS=202569590;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:316,176:0.36:492
chr1	202572105	rs55968420	GCC	G	26531.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-1.431;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=673;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.144;NF=77;NR=241;PP=2974;ReadPosRankSum=-1.671;SC=CCCCCACTCTGCCCCCCCACA;SOR=0.588;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=337;TCF=86;TCR=251;TR=318;WE=202572120;WS=202572095;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,645:1.00:646
chr1	202574784	rs1968583	G	A	6683.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.557;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=506;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.120;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.186;NF=90;NR=116;PP=2962;ReadPosRankSum=1.007;SC=TGTCCTCCTGGCTCTCCCCAG;SOR=0.789;SbPval=0.59;Source=Platypus;TCR=176;TR=206;WE=202574792;WS=202574774;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:193,305:0.61:498
chr1	202701186	rs72750651	C	A	72.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.697;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.33;MQRankSum=-0.615;QD=5.60;ReadPosRankSum=-1.691;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,6:0.46:13
chr1	202703053	rs4310498	G	A	3876.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=28;NR=66;PP=2024;SC=TGTCCGAGATGGCTTGGCCTT;SOR=1.527;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=94;TCF=28;TCR=66;TR=94;WE=202703061;WS=202703043;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,140:1.00:140
chr1	202705455	rs1141109	G	C	2676.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=30;NR=35;PP=1031;SC=TCAGATGTACGGGGATAGATC;SOR=0.830;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=65;TCF=30;TCR=35;TR=65;WE=202705463;WS=202705445;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr1	202715244	rs3216061	G	GA	7692.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-2.136;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=329;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=8.874;HP=8;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.244;NF=54;NR=105;PP=2756;ReadPosRankSum=1.163;SC=TTTTCCATAGGAAAAAAAATC;SOR=0.055;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=194;TCF=69;TCR=125;TR=159;WE=202715252;WS=202715234;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,314:0.99:318
chr1	202715284	rs1141108	G	A	14640.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=565;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=199;NR=160;PP=2965;SC=ATTTATATTTGTAAGGAGGAC;SOR=0.842;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=360;TCF=200;TCR=160;TR=359;WE=202715292;WS=202715274;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,559:1.00:559
chr1	202718028	rs1892163	A	G	2015.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=54;NR=3;PP=1645;SC=ATTTTACTAAATAATACCCAA;SOR=5.318;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=57;TCF=54;TCR=3;TR=57;WE=202718036;WS=202718019;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr1	202718202	rs1892164	G	A	17208.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=665;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=189;NR=192;PP=2965;SC=TCATCTCATCGTGGGAAAACA;SOR=0.708;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=383;TCF=189;TCR=194;TR=381;WE=202718214;WS=202718192;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,661:1.00:661
chr1	202722277	rs4950742	G	A	1015.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=25;PP=770;SC=TTTCAGACTCGGCTTTGTAAG;SOR=2.833;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=29;TCF=4;TCR=25;TR=29;WE=202722285;WS=202722267;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr1	202731986	rs140328663	C	CCTCAA	2300.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=0;NR=36;PP=2196;SC=TTCTCCACTTCCTCATCATCT;SOR=3.528;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=47;TCF=0;TCR=47;TR=36;WE=202731994;WS=202731976;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr1	202733238	rs3196669	C	T	5108.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.574;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=56;PP=2003;ReadPosRankSum=-0.616;SC=TTCTGGCTTCCGTTGTCTCCT;SOR=0.703;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=114;TCF=55;TCR=59;TR=111;WE=202733246;WS=202733228;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,199:0.99:201
chr1	202735634	.	TA	T	142.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.919;ClippingRankSum=0.000;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=1.097;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.13;MQRankSum=1.510;QD=1.85;ReadPosRankSum=-0.215;SOR=0.478;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:54,23:0.30:77
chr1	202735751	rs12140729	T	C	2155.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=25;NR=32;PP=1183;SC=CAACGCCAATTTTGTGAGGGT;SOR=0.928;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=57;TCF=25;TCR=32;TR=57;WE=202735759;WS=202735741;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr1	202743634	rs12410981	G	T	733.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-1.077;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.148;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=8;PP=540;ReadPosRankSum=-1.816;SC=GAGATTACAGGTGCGAGCCAC;SOR=0.926;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=50;TCF=38;TCR=12;TR=32;WE=202743642;WS=202743624;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,32:0.57:56
chr1	202794787	rs12139944	T	C	5854.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.487;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=476;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=100;NR=89;PP=2643;ReadPosRankSum=-1.980;SC=TGGGCTTCCTTGGCAAACTCT;SOR=0.690;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=323;TCF=169;TCR=154;TR=189;WE=202794795;WS=202794777;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:194,274:0.59:468
chr1	202827191	rs6663182	G	A	1972.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.559;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=1.329;NF=44;NR=20;PP=1012;ReadPosRankSum=-0.436;SC=TCAGCCTCCCGACCAGAGACC;SOR=0.723;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=92;TCF=64;TCR=28;TR=64;WE=202827199;WS=202827181;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,87:0.67:130
chr1	202827398	rs6687459	A	G	1025.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.303;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FS=2.076;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.32;ReadPosRankSum=0.014;SOR=1.047;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,47:0.61:77
chr1	202887295	rs2275734	G	A	14559.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.948;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=559;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=179;NR=158;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.020;SC=AGACAAATCCGTACCTGAATT;SOR=0.422;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=340;TCF=181;TCR=159;TR=337;WE=202887303;WS=202887285;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,547:0.99:550
chr1	202889207	rs7520522	T	C	744.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=6;NR=17;PP=549;SC=TTTGAGAGGCTAAGGCAGGCA;SOR=1.697;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=6;TCR=17;TR=23;WE=202889215;WS=202889197;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr1	202897431	rs10800882	A	G	1193.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.82;QD=31.41;SOR=5.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr1	202931839	rs2232854	G	A	1988.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=3.333;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.564;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=34;PP=1008;ReadPosRankSum=-1.609;SC=TGAAGTATGGGGAGAAGAAAG;SOR=0.971;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=100;TCF=37;TCR=63;TR=50;WE=202931847;WS=202931829;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,87:0.51:171
chr1	202931958	rs2232853	G	A	569.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.274;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.354;HP=2;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=14;PP=405;ReadPosRankSum=-0.459;SC=AGCTGGGAATGGGTATACTCA;SOR=1.069;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=33;TCF=12;TCR=21;TR=21;WE=202931966;WS=202931948;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,23:0.62:37
chr1	202931998	rs2232852	C	A	622.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=2.088;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=10;PP=454;ReadPosRankSum=-0.230;SC=TTAGCAGCACCGCCATCCCTG;SOR=0.521;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=30;TCF=17;TCR=13;TR=21;WE=202932006;WS=202931989;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,22:0.59:37
chr1	202933657	rs2232847	T	A	379.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-0.537;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.893;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=1;PP=239;ReadPosRankSum=2.436;SC=TGGCTATGGTTACCAGTCTTC;SOR=1.714;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=31;TCF=26;TCR=5;TR=14;WE=202933665;WS=202933647;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,17:0.47:36
chr1	202933992	rs1418445	G	C	977.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=1.275;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=27;PP=677;ReadPosRankSum=-0.323;SC=CAATAATATAGTTGAGGGACA;SOR=0.777;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=46;TCF=9;TCR=37;TR=34;WE=202934000;WS=202933982;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,40:0.71:56
chr1	202934764	rs56932949	TC	T	278.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.465;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=1.365;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.61;MQRankSum=-1.481;QD=8.20;ReadPosRankSum=0.935;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,16:0.47:34
chr1	202936456	rs12137082	G	C	587.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.155;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=2.126;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.92;MQRankSum=-0.294;QD=19.59;ReadPosRankSum=1.742;SOR=0.287;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,26:0.87:30
chr1	202936491	.	G	T	36.56	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.405;ClippingRankSum=-0.000;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=8.451;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=4.57;ReadPosRankSum=1.415;SOR=3.229;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,4:0.50:8
chr1	202978032	rs1418444	C	G	771.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=0.293;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.946;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=22;PP=467;ReadPosRankSum=0.626;SC=AGATATAAGACGTGATACCAG;SOR=0.352;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=44;TCF=9;TCR=35;TR=29;WE=202978040;WS=202978022;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,34:0.65:52
chr1	202987770	rs782788	T	C	1828.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.429;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.503;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=30;PP=920;ReadPosRankSum=0.207;SC=TCTGTTTGTGTTGCTATAACA;SOR=0.546;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=82;TCF=36;TCR=46;TR=56;WE=202987778;WS=202987760;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,85:0.67:127
chr1	202987796	rs782787	G	A	1507.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.159;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.890;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=28;PP=772;ReadPosRankSum=-1.359;SC=ACAGATTCTGGGTAACTTAAA;SOR=0.425;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=71;TCF=26;TCR=45;TR=48;WE=202987804;WS=202987786;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,68:0.68:100
chr1	202990110	rs140916058	CTTT	C	1214.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.711;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.05;MQRankSum=0.797;QD=15.78;ReadPosRankSum=0.000;SOR=0.850;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,50:0.65:77
chr1	203004627	rs5780134	A	AC	3543.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.919;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=26.25;ReadPosRankSum=1.058;SOR=0.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:4,131:0.97:135
chr1	203006243	rs782805	A	G	17283.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=678;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=245;NR=168;PP=2965;SC=AACTTTCCTCAGATCTAGACC;SOR=0.983;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=413;TCF=245;TCR=168;TR=413;WE=203006251;WS=203006233;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,670:1.00:670
chr1	203008174	rs61821060	G	C	15542.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=578;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=150;NR=181;PP=2965;SC=GAGGGGGACCGCCTGGGTCCC;SOR=0.788;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=331;TCF=150;TCR=181;TR=331;WE=203008182;WS=203008164;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,570:1.00:570
chr1	203008286	rs10920553	C	G	8862.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=337;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=87;NR=122;PP=2965;SC=GTCAGGAGACCTTGGCGGCCA;SOR=0.948;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=209;TCF=87;TCR=122;TR=209;WE=203008294;WS=203008276;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,332:1.00:332
chr1	203012661	rs372177187	CGT	C	183.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.284;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FS=0.887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.02;ReadPosRankSum=1.795;SOR=0.905;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:160,21:0.12:181
chr1	203012705	rs7547566	C	G	3273.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.828;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=58;PP=1746;ReadPosRankSum=2.335;SC=ACACCTTGACCAAGAGAGCAG;SOR=1.374;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=86;TCF=28;TCR=58;TR=86;WE=203012713;WS=203012695;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,123:0.98:125
chr1	203012906	rs4950908	G	A	3876.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.220;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=89;NR=31;PP=2476;ReadPosRankSum=-0.789;SC=CAGTTGGGGCGGGAGCTCTGT;SOR=0.832;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=121;TCF=90;TCR=31;TR=120;WE=203012914;WS=203012896;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,139:0.99:140
chr1	203023122	rs2291691	A	C	8511.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.887;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=326;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQ=60.03;MQRankSum=0.130;NF=86;NR=111;PP=2965;ReadPosRankSum=0.430;SC=TGGGAAGTGCATTGAAGGGCA;SOR=0.480;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=200;TCF=87;TCR=113;TR=197;WE=203023130;WS=203023112;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,316:0.99:319
chr1	203023240	rs10635298	G	GGC	3927.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.044;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.648;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQ=60.11;MQRankSum=0.222;NF=3;NR=48;PP=2557;ReadPosRankSum=-0.994;SC=CAGGCCCGCTGCCAGTGCCGG;SOR=1.688;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=53;TCF=3;TCR=50;TR=51;WE=203023248;WS=203023230;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,91:0.98:93
chr1	203025209	rs11590950	G	C	9821.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-1.774;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=385;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.643;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=125;NR=96;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.959;SC=AGGGCACCCAGAGGGTGAGTC;SOR=0.458;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=224;TCF=126;TCR=98;TR=221;WE=203025217;WS=203025199;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,377:0.99:381
chr1	203028711	rs4590732	C	G	1282.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=33;NR=7;PP=1021;SC=TTGGGGTGGTCAGGTGTTCCT;SOR=2.780;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=33;TCR=7;TR=40;WE=203028719;WS=203028701;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr1	203030685	rs2270543	T	C	1437.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=25;NR=6;PP=712;SC=GATACTGGGATGTCTTTTTCC;SOR=1.802;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=25;TCR=6;TR=31;WE=203030693;WS=203030675;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr1	203032922	rs1416262	C	T	5850.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.256;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.494;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=101;NR=54;PP=2965;ReadPosRankSum=1.518;SC=TACCTTCCTCCCCCATAATAG;SOR=1.055;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=160;TCF=101;TCR=59;TR=155;WE=203032930;WS=203032912;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,218:0.99:221
chr1	203036757	rs2275354	T	C	5038.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.513;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.095;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=91;NR=50;PP=2537;ReadPosRankSum=-0.660;SC=TGATGCTGGATGTGAGACAGG;SOR=1.012;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=142;TCF=91;TCR=51;TR=141;WE=203036765;WS=203036747;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,189:0.99:190
chr1	203040673	rs9803710	A	G	1117.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=23;NR=7;PP=790;SC=AGCAGCTTCAAAAAGGTGTGT;SOR=1.949;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=23;TCR=7;TR=30;WE=203040681;WS=203040663;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr1	203040740	rs11583155	T	C	2766.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=48;NR=26;PP=1284;SC=CTTGGACCCTTGGAAAATGGT;SOR=1.179;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=74;TCF=48;TCR=26;TR=74;WE=203040748;WS=203040730;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr1	203040816	rs2270540	G	C	5041.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=66;NR=59;PP=2266;SC=TCTATGGACTGCAGGCACGCC;SOR=0.746;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=126;TCF=66;TCR=60;TR=125;WE=203040824;WS=203040806;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,191:1.00:191
chr1	203053768	rs903356	T	C	4223.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.260;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=337;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.840;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=65;PP=2115;ReadPosRankSum=-0.328;SC=AGTCAGGCCTTACTTACCCCC;SOR=0.642;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=211;TCF=104;TCR=107;TR=130;WE=203053776;WS=203053758;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:135,198:0.59:333
chr1	203053889	rs12143972	C	T	1545.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.671;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=38;PP=845;ReadPosRankSum=-2.089;SC=AAGGTCGGGGCACAGCCATTC;SOR=0.730;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=73;TCF=15;TCR=58;TR=47;WE=203053897;WS=203053879;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,67:0.66:102
chr1	203054651	rs61745017	G	A	3290.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.099;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=270;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.971;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=78;NR=36;PP=1808;ReadPosRankSum=0.300;SC=CCCCGGTAGCGGAGGTCACGC;SOR=0.508;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=184;TCF=131;TCR=53;TR=114;WE=203054659;WS=203054641;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:103,159:0.61:262
chr1	203137784	rs35823777	A	ACT	10329.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.266;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=432;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.139;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=70;PP=2954;ReadPosRankSum=1.702;SC=TCCTCCCGTGACTTCAGTGTG;SOR=0.824;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=176;TCF=54;TCR=122;TR=98;WE=203137792;WS=203137774;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:164,263:0.62:427
chr1	203140671	rs3737875	G	A	1434.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.449;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=34;PP=718;ReadPosRankSum=1.037;SC=GGGCATGGCCGTTGTGGGTCC;SOR=0.709;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=111;TCF=36;TCR=75;TR=50;WE=203140679;WS=203140661;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,72:0.45:159
chr1	203143379	rs3737873	T	C	140.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-2.079;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.102;HP=4;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=1;PP=29;ReadPosRankSum=-0.396;SC=CAGAGGCCCCTTACTGCTGAG;SOR=0.113;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=18;TCF=15;TCR=3;TR=4;WE=203143387;WS=203143378;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,8:0.36:22
chr1	203143395	rs3737872	T	C	539.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=2.627;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=12.614;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=2;PP=453;ReadPosRankSum=1.553;SC=CTGAGGAACCTGGAACTTTCT;SOR=3.033;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=28;TCF=25;TCR=3;TR=21;WE=203143403;WS=203143385;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,21:0.54:39
chr1	203144833	rs12145010	G	A	1683.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.664;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.523;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=35;PP=768;ReadPosRankSum=-0.565;SC=ATTCAGATGCGGTCTCCTCTG;SOR=0.643;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=138;TCF=42;TCR=96;TR=50;WE=203144841;WS=203144823;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:133,86:0.39:219
chr1	203148633	rs4950927	A	G	5814.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=70;NR=62;PP=2384;SC=GATCCTGGCCACAGAAGGAGC;SOR=0.738;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=132;TCF=70;TCR=62;TR=132;WE=203148641;WS=203148623;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,225:1.00:225
chr1	203152801	rs880633	T	C	5219.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.228;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=85;NR=56;PP=2603;ReadPosRankSum=2.303;SC=TGTTTGTCTCTCCGTCCAGGG;SOR=0.996;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=144;TCF=86;TCR=58;TR=141;WE=203152809;WS=203152791;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,201:0.98:205
chr1	203153555	rs12128727	C	T	2888.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=84;NR=8;PP=2234;SC=CTTTGCTACACATCAGGCAGG;SOR=4.129;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=92;TCF=84;TCR=8;TR=92;WE=203153563;WS=203153545;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
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chr1	203186666	rs41308417	C	G	1100.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-1.685;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=24;PP=715;ReadPosRankSum=-0.469;SC=TTGCTACAACCAGGAAGAGAA;SOR=0.713;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=57;TCF=18;TCR=39;TR=34;WE=203186674;WS=203186656;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,43:0.65:66
chr1	203186950	rs150192398	C	CAGACCATGGCCCCGCCCAGTCCCT	1929.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.780;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=286;ExcessHet=3.0103;FS=11.824;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.04;MQRankSum=1.618;QD=9.80;ReadPosRankSum=-0.645;SOR=1.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:142,55:0.28:197
chr1	203188692	rs2486958	A	C	1192.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.753;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=14;PP=767;ReadPosRankSum=1.639;SC=ATTCTCTGCAATTGGCATCCT;SOR=0.701;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=98;TCF=68;TCR=30;TR=44;WE=203188700;WS=203188682;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:93,58:0.38:151
chr1	203191262	rs2244385	C	G	277.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.902;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.038;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=1;PP=109;ReadPosRankSum=0.824;SC=CCTCGGGGCTCAAAAGAAGCC;SOR=0.211;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=26;TCF=23;TCR=3;TR=8;WE=203191270;WS=203191252;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,13:0.42:31
chr1	203198845	rs115551220	C	T	5103.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.037;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=384;ExcessHet=3.0103;FS=2.821;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.61;ReadPosRankSum=0.507;SOR=0.551;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:141,234:0.62:375
chr1	203198889	rs201364457	GA	G	750.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.095;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FS=3.012;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.74;ReadPosRankSum=-0.789;SOR=1.128;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:68,29:0.30:97
chr1	203311736	rs1891180	T	C	1043.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-1.390;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=33;PP=571;ReadPosRankSum=-0.689;SC=AAGTTGGGGATGGAGGGCAGA;SOR=0.699;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=124;TCF=38;TCR=86;TR=48;WE=203311744;WS=203311726;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:95,57:0.38:152
chr1	203317162	rs7543148	C	T	3756.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.445;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=257;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=64;PP=2017;ReadPosRankSum=1.712;SC=GGCAGTCGCACTCCTGGGGGC;SOR=0.768;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=181;TCF=88;TCR=93;TR=123;WE=203317170;WS=203317152;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,164:0.65:254
chr1	203652444	rs1419114	A	G	5317.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=54;NR=58;PP=2125;SC=AGCTGCGTTCAAGGGATGCAC;SOR=0.722;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=112;TCF=54;TCR=58;TR=112;WE=203652452;WS=203652434;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,207:1.00:207
chr1	203667409	rs2228445	T	C	9322.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=354;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=117;NR=113;PP=2965;SC=ATGTCACGCTTATCATCCTGG;SOR=0.728;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=230;TCF=117;TCR=113;TR=230;WE=203667417;WS=203667399;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,350:1.00:350
chr1	203708772	rs41264257	C	T	5436.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.475;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=388;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.091;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=67;NR=87;PP=2347;ReadPosRankSum=-0.487;SC=ACCCTGAATTCGCCATAGAGG;SOR=0.796;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=234;TCF=109;TCR=125;TR=154;WE=203708780;WS=203708762;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:132,252:0.66:384
chr1	203740615	rs3737976	T	C	6454.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=252;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=78;NR=85;PP=2965;SC=GGTAGGTTTTTCCTTCTAATC;SOR=0.760;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=163;TCF=78;TCR=85;TR=163;WE=203740623;WS=203740605;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,246:1.00:246
chr1	203741368	rs3737973	C	A	1366.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=14;NR=29;PP=935;SC=TCACTGCAAACAAACAGCATG;SOR=1.473;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=43;TCF=14;TCR=29;TR=43;WE=203741376;WS=203741358;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr1	203766827	rs872032	T	C	13060.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.747;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=523;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=177;NR=168;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.852;SC=CAAAACAGCCTGCTAAAAAGA;SOR=0.742;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=348;TCF=178;TCR=170;TR=345;WE=203766835;WS=203766817;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,502:1.00:504
chr1	203787700	rs4951260	T	C	3944.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=65;NR=34;PP=1869;SC=GTTTACAGGGTGACAGCTGCC;SOR=1.202;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=99;TCF=65;TCR=34;TR=99;WE=203787708;WS=203787690;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,147:1.00:147
chr1	203803016	rs6694647	A	G	3053.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=28;NR=42;PP=1282;SC=TTTCTTTTCTACTTGTTTGTG;SOR=1.066;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=70;TCF=28;TCR=42;TR=70;WE=203803024;WS=203803006;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr1	203821200	rs7512877	G	A	3513.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=73;NR=33;PP=2241;SC=CTTTGTGTCCGTGAGACTAGG;SOR=1.501;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=106;TCF=73;TCR=33;TR=106;WE=203821208;WS=203821190;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
chr1	204006095	rs41264273	A	G	2253.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=2.444;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=263;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=22;PP=1368;ReadPosRankSum=-0.272;SC=CATCACACTTACTGTCCACTG;SOR=0.707;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=201;TCF=141;TCR=60;TR=80;WE=204006103;WS=204006085;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:148,107:0.42:255
chr1	204006538	rs4951291	T	C	1370.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=26;NR=8;PP=838;SC=ATCACCTTCCTCTCATGCTGC;SOR=1.814;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=26;TCR=8;TR=34;WE=204006546;WS=204006528;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr1	204006597	rs4951039	G	A	1929.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=36;NR=19;PP=1078;SC=ACAAGCCCGCGCGATGGGAGT;SOR=1.362;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=55;TCF=36;TCR=19;TR=55;WE=204006605;WS=204006587;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr1	204010389	rs10437107	G	T	5864.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.830;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=117;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.721;SC=GGAATCGGGCGGAGTGATTAG;SOR=0.831;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=162;TCF=44;TCR=118;TR=161;WE=204010397;WS=204010379;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,211:1.00:212
chr1	204081655	.	AC	TC	1901	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;FR=0.5000,0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MMLQ=28;MQ=59.53;NF=14,39;NR=5,21;PP=622,1901;QD=32.8947368421;SC=ACACACACACACTTTCTCTCT;SbPval=0.93;Source=Platypus;TC=61;TCF=35;TCR=26;TR=19,60;WE=204081663;WS=204081645;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:25,60:0.71:85
chr1	204081655	.	AC	ACACACACACTC	1901	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;FR=0.5000,0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MMLQ=28;MQ=59.53;NF=14,39;NR=5,21;PP=622,1901;QD=32.8947368421;SC=ACACACACACACTTTCTCTCT;SbPval=0.93;Source=Platypus;TC=61;TCF=35;TCR=26;TR=19,60;WE=204081663;WS=204081645;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:42,19:0.31:61
chr1	204081655	rs940653	A	T,ACACACACACT	2614.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;QD=40.86;SOR=2.480;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:0,40,24:0.62,0.38:64
chr1	204082002	rs2293336	C	T	2284.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.265;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=24;PP=1113;ReadPosRankSum=-0.838;SC=CAGAAGTTTACGACTGGGGAC;SOR=0.753;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=110;TCF=71;TCR=39;TR=68;WE=204082010;WS=204081992;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,100:0.66:151
chr1	204103618	rs2293335	G	A	4140.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=73;NR=24;PP=1905;SC=TTTTCTCCACGTCCCACCATC;SOR=1.478;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=99;TCF=73;TCR=26;TR=97;WE=204103626;WS=204103608;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,157:1.00:157
chr1	204110334	rs10793755	A	G	14020.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=546;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=187;NR=140;PP=2965;SC=GACCTAAATCAAGGTCTAACT;SOR=0.919;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=328;TCF=188;TCR=140;TR=327;WE=204110342;WS=204110324;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,537:1.00:537
chr1	204116452	rs45528645	G	A	479.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=4.599;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.686;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=1;PP=279;ReadPosRankSum=-0.604;SC=TGATGCTGGCGGCTGGGTGCC;SOR=1.147;SbPval=0.94;Source=Platypus;TC=75;TCF=64;TCR=11;TR=19;WE=204116460;WS=204116442;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,25:0.29:87
chr1	204120952	rs3737655	G	T	7198.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-1.574;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=531;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.572;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=90;NR=110;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.665;SC=GGACGCGCGCGGCTGAGGGGC;SOR=0.490;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=317;TCF=131;TCR=186;TR=200;WE=204120960;WS=204120942;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:193,335:0.63:528
chr1	204124370	rs11571092	AC	A	5642.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQ=60.12;NF=7;NR=82;PP=2969;SC=ACCTTGCCTGACCCCCAGCAA;SOR=1.342;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=94;TCF=7;TCR=87;TR=89;WE=204124378;WS=204124360;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,175:1.00:175
chr1	204124865	rs2368564	C	T	3698.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=66;NR=42;PP=1939;SC=TCTAACATGACCTGTGCATTG;SOR=1.076;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=111;TCF=67;TCR=44;TR=108;WE=204124873;WS=204124855;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,139:1.00:139
chr1	204125089	rs3795575	G	A	1601.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.817;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.312;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=39;PP=940;ReadPosRankSum=1.952;SC=TATGGAAGACGTCTCAGCAGA;SOR=0.920;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=103;TCF=37;TCR=66;TR=58;WE=204125097;WS=204125079;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,72:0.56:128
chr1	204125272	rs3795574	C	A	1271.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.216;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=17;PP=711;ReadPosRankSum=-1.428;SC=GGCGCTCCCCCCACCCACAGC;SOR=0.671;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=136;TCF=93;TCR=43;TR=52;WE=204125280;WS=204125262;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:110,67:0.38:177
chr1	204125464	.	T	TCAGACAGA,TCAGACAGACAGA	5802.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.56;DP=231;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=28;NF=9,9;NR=38,38;PP=1144,1110;SC=GAGGCCACAGTCAGACAGACA;SOR=0.928;SbPval=0.13;Source=Platypus;TC=84;TCF=10;TCR=74;TR=47,47;WE=204125472;WS=204125454;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.48,0.52:122
chr1	204125509	rs11571088	T	G	919.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.584;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.625;HP=4;HapScore=2;MGOF=111;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.757;NF=14;NR=15;PP=404;ReadPosRankSum=1.698;SC=ATGGGGCACCTCCAGGCTGCA;SOR=0.769;SbPval=0.07;Source=Platypus;TC=91;TCF=28;TCR=63;TR=29;WE=204125517;WS=204125499;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,45:0.45:99
chr1	204126378	rs3730102	G	A	1310.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=1.811;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.981;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=11;PP=839;ReadPosRankSum=1.073;SC=GGCATCTAGCGGAGGCTGGGC;SOR=0.869;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=64;TCF=48;TCR=16;TR=45;WE=204126386;WS=204126368;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,55:0.69:80
chr1	204131186	rs5705	T	G	5746.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=2.258;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=440;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.536;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=94;NR=62;PP=2489;ReadPosRankSum=-0.482;SC=TGTTGCCAAGTGTCAGCCTCT;SOR=0.771;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=261;TCF=153;TCR=108;TR=156;WE=204131194;WS=204131176;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:172,262:0.60:434
chr1	204159537	.	T	TTG	544	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;FR=0.5000;HP=4;HapScore=4;MGOF=19;MMLQ=20;MQ=56.37;NF=1;NR=4;PP=544;QD=113.2;SC=TAGCCCTACGTCCCCGCCCCC;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=16;TCF=5;TCR=11;TR=5;WE=204159549;WS=204159527;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:11,5:0.31:16
chr1	204159541	.	CG	C	544	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;FR=0.5000;HP=3;HapScore=4;MGOF=19;MMLQ=23;MQ=60.0;NF=1;NR=4;PP=544;QD=113.2;SC=CCTACGTCCCCGCCCCCCGCC;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=14;TCF=2;TCR=12;TR=5;WE=204159549;WS=204159527;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:9,5:0.36:14
chr1	204161947	rs12998	C	T	2304.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-1.526;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.583;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=40;PP=1000;ReadPosRankSum=-1.472;SC=TCTAATGGCTCCCCAAAGTGG;SOR=0.617;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=116;TCF=44;TCR=72;TR=64;WE=204161955;WS=204161937;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,107:0.62:173
chr1	204167672	rs3795573	T	C	3761.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.172;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=283;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.473;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=81;PP=1641;ReadPosRankSum=-0.760;SC=AGAGAGCAGATGCAATATCTA;SOR=0.916;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=192;TCF=74;TCR=118;TR=127;WE=204167680;WS=204167662;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:101,175:0.63:276
chr1	204214975	.	TAC	T	614.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.123;ClippingRankSum=0.000;DP=143;ExcessHet=3.0103;FS=1.071;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.61;ReadPosRankSum=0.882;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:58,35:0.38:93
chr1	204230657	rs116761228	C	T	623.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=1.893;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.171;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=20;PP=390;ReadPosRankSum=0.589;SC=AAGACACCAACGCCCACAGAA;SOR=0.425;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=56;TCF=9;TCR=47;TR=25;WE=204230665;WS=204230647;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,30:0.43:69
chr1	204379617	rs3014626	T	C	8630.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=319;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=111;NR=107;PP=2965;SC=TTGCCCCTTGTTAGCCTGTTG;SOR=0.712;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=218;TCF=111;TCR=107;TR=218;WE=204379625;WS=204379607;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,313:1.00:313
chr1	204409281	rs3014631	C	G	7828.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=275;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=168;NR=58;PP=2965;SC=ATAAGCAAAGCGGTCCCCTCC;SOR=1.954;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=226;TCF=168;TCR=58;TR=226;WE=204409289;WS=204409271;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,268:1.00:268
chr1	204413297	rs2292459	C	T	10044.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.45;SOR=0.858;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,221:1.00:221
chr1	204413297	.	CGG	TGA	2947	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;FR=1.0000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MMLQ=23;MQ=60.0;NF=72;NR=60;PP=2947;QD=20;SC=GGGCCTGTTTCGGAGAAAGGG;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=139;TCF=77;TCR=62;TR=132;WE=204413307;WS=204413287;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:7,132:0.95:139
chr1	204413299	rs2292460	G	A	10044.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.06;SOR=0.862;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,228:1.00:228
chr1	204418889	rs2999492	C	T	1054.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=24;NR=2;PP=601;SC=TCTCCCAAGGCGCACTGGCCA;SOR=3.026;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=26;TCF=24;TCR=2;TR=26;WE=204418897;WS=204418879;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr1	204418939	rs3014637	C	T	2434.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=46;NR=16;PP=1273;SC=CCCTCCTCCCCTTCCAAGGCC;SOR=1.691;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=63;TCF=46;TCR=17;TR=62;WE=204418947;WS=204418929;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr1	204426052	rs2999490	A	C	679.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=82;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=17;NR=5;PP=875;SC=ACACACACACACCAGCCGAAC;SOR=1.244;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=23;TCF=18;TCR=5;TR=22;WE=204426060;WS=204426042;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr1	204429212	rs5013460	AT	TG	2072.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;JOINED;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.10;SOR=1.514;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr1	204429215	rs5013458	TA	AG	2041.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;JOINED;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.37;SOR=1.559;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr1	204429285	rs2999485	A	G	828.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=56;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=10;NR=16;PP=600;SC=AGAGGGAAGAAATGAAACATG;SOR=1.179;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=10;TCR=16;TR=26;WE=204429293;WS=204429275;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr1	204429838	rs2271414	C	G	3889.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.823;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=53;PP=1839;ReadPosRankSum=-0.888;SC=GACTCAGTGGCAAGGGAGATA;SOR=1.006;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=87;TCF=33;TCR=54;TR=86;WE=204429846;WS=204429828;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,144:0.99:146
chr1	204433093	rs2271415	A	C	3498.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=60;NR=24;PP=1930;SC=CCCCCTCACAATCTTACTACC;SOR=1.591;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=84;TCF=60;TCR=24;TR=84;WE=204433101;WS=204433083;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr1	204433511	rs11455991	T	TC	2869.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=50;NR=12;PP=2870;SC=GGAAATCGAGTCAAAACACAG;SOR=3.174;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=69;TCF=54;TCR=15;TR=62;WE=204433519;WS=204433501;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr1	204434277	rs2942149	T	C	1271.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=66;NR=26;PP=1804;SC=AAAGAAAGTTTGGAAATGGAT;SOR=2.004;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=92;TCF=66;TCR=26;TR=92;WE=204434285;WS=204434267;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr1	204438334	rs1124777	C	T	10119.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=387;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=102;NR=146;PP=2965;SC=GCAGTTTGCCCGGCAATTGTT;SOR=0.948;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=251;TCF=103;TCR=148;TR=248;WE=204438342;WS=204438324;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,384:1.00:384
chr1	204438643	rs1553921	G	T	7100.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=2.016;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=278;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.563;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=108;NR=76;PP=2965;ReadPosRankSum=0.715;SC=CCTGTGGGGAGAGTGAGTTGT;SOR=0.635;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=186;TCF=109;TCR=77;TR=184;WE=204438651;WS=204438633;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,267:1.00:268
chr1	204494756	.	G	GT	425.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.267;ClippingRankSum=0.000;DP=399;ExcessHet=3.0103;FS=2.997;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.11;MQRankSum=3.177;QD=1.69;ReadPosRankSum=-0.041;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:193,59:0.23:252
chr1	204495595	rs200388119	G	GT	100.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.505;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.53;ReadPosRankSum=-0.796;SOR=0.787;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:50,16:0.24:66
chr1	204915393	rs2595960	A	G	2193.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.196;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.689;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=23;PP=1155;ReadPosRankSum=1.951;SC=ATGCACCAGGAAGTGAGCTAA;SOR=1.117;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=103;TCF=62;TCR=41;TR=66;WE=204915401;WS=204915383;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,102:0.60:169
chr1	204921258	rs12141283	A	G	7758.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.604;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=562;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.542;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=94;NR=127;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.388;SC=AGTGAAGGGGAAAAAGAGTGC;SOR=0.762;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=355;TCF=153;TCR=202;TR=221;WE=204921266;WS=204921248;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:204,354:0.63:558
chr1	204921312	rs113463555	C	T	1925.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.709;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=261;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.509;HP=3;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=53;PP=1100;ReadPosRankSum=0.600;SC=ATAACTAAGGCAAATGAGGCA;SOR=1.060;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=189;TCF=55;TCR=134;TR=68;WE=204921320;WS=204921302;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:165,96:0.37:261
chr1	204931137	rs16854813	A	G	3349.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.759;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.564;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=85;NR=44;PP=1937;ReadPosRankSum=0.856;SC=TGCCCTCCTCAGTTGTTTTTC;SOR=0.612;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=183;TCF=122;TCR=61;TR=129;WE=204931145;WS=204931127;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,151:0.70:217
chr1	204943285	rs2595945	A	T	5241.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=92;NR=36;PP=2640;SC=GGCACTCGAGATTGCTTCTCT;SOR=1.445;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=128;TCF=92;TCR=36;TR=128;WE=204943293;WS=204943275;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,194:1.00:194
chr1	204943947	rs2246662	C	A	5292.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=57;NR=83;PP=2954;SC=GCCTGGAGGTCAAAGGTAAAG;SOR=1.083;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=142;TCF=57;TCR=85;TR=140;WE=204943955;WS=204943937;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,197:1.00:197
chr1	204943991	rs2246661	CA	TG	5788.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;JOINED;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=32;NR=63;PP=2947;SC=TGGAGAGGGACAAGGAGGCCA;SOR=1.420;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=95;TCF=32;TCR=63;TR=95;WE=204944000;WS=204943981;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr1	204966428	rs2802808	C	G	7069.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.914;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=916;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.531;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=108;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.120;SC=CTACCACCATCGCCACCACCA;SOR=0.703;Source=Platypus;TCF=284;WE=204966439;WS=204966418;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:540,366:0.40:906
chr1	204966690	rs2794858	G	A	8541.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=308;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=71;NR=140;PP=2965;SC=ACCCGTGACTGGATGCTCAGT;SOR=1.304;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=216;TCF=74;TCR=142;TR=211;WE=204966698;WS=204966680;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,304:1.00:304
chr1	204966749	rs2595944	A	G	3689.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=26;NR=81;PP=2413;SC=TGACACACACACACTCCTTGG;SOR=1.990;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=107;TCF=26;TCR=81;TR=107;WE=204966757;WS=204966739;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chr1	204978442	rs5780258	T	TCTG	20234.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=0.904;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=867;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.827;NF=64;NR=108;PP=2921;ReadPosRankSum=0.253;SC=TGTTCAACCTTCTGCTTATTT;SOR=0.664;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=326;TCF=127;TCR=199;TR=172;WE=204978450;WS=204978432;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:345,507:0.60:852
chr1	204978533	rs1530745	A	G	21607.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.825;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=847;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.121;NF=321;NR=252;PP=2965;ReadPosRankSum=0.196;SC=GTCCTTTAGCAGGGTAGTTTG;SOR=0.877;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=575;TCF=323;TCR=252;TR=573;WE=204978541;WS=204978523;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,826:1.00:828
chr1	204978643	rs1530744	C	A	9423.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-3.016;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1204;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.525;HP=4;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=139;NR=144;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.585;SC=CCATCTCCCCCATGAAATCAT;SOR=0.645;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=741;TCF=377;TCR=364;TR=283;WE=204978651;WS=204978633;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:701,495:0.41:1196
chr1	204978776	rs150655555	C	A	3868.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=2.708;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=586;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.198;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=97;PP=2128;ReadPosRankSum=1.755;SC=TCCTGCTCATCGTCTGTTTCA;SOR=0.777;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=400;TCF=127;TCR=273;TR=139;WE=204978784;WS=204978766;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:373,201:0.35:574
chr1	204982054	rs114328632	C	T	1401.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-2.067;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=36;PP=891;ReadPosRankSum=-0.518;SC=TGAGGCACCACCCTCCCCTCA;SOR=0.642;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=78;TCF=19;TCR=59;TR=46;WE=204982062;WS=204982044;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,59:0.60:98
chr1	204985634	rs143897854	G	A	5656.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.469;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=502;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.525;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=80;NR=87;PP=2537;ReadPosRankSum=-0.767;SC=CAGAGGCCACGTCACCTGTCA;SOR=0.607;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=311;TCF=145;TCR=166;TR=167;WE=204985642;WS=204985624;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:222,265:0.54:487
chr1	205028581	rs2305278	C	G	1428.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-1.408;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.331;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=12;PP=872;ReadPosRankSum=0.526;SC=GAGGCCCTTGCCCCAGGCCTC;SOR=0.498;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=145;TCF=114;TCR=31;TR=54;WE=205028589;WS=205028571;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:99,66:0.40:165
chr1	205028883	rs35182846	CAG	C	2217.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=2.288;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.912;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=47;PP=1984;ReadPosRankSum=-0.084;SC=TGAGGGCAGGCAGAGTCAGGG;SOR=2.192;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=85;TCF=1;TCR=84;TR=47;WE=205028892;WS=205028873;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,57:0.56:102
chr1	205030862	rs41264869	C	T	364.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-1.385;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.230;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=3;PP=231;ReadPosRankSum=-0.764;SC=TCTTTGTCCTCTCCATCTCAG;SOR=0.162;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=35;TCF=30;TCR=5;TR=15;WE=205030870;WS=205030852;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,17:0.45:38
chr1	205031116	rs2229866	C	T	4271.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-1.877;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=647;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=87;NR=68;PP=2043;ReadPosRankSum=2.735;SC=AACGGGGAGCCTCTGGCCTCC;SOR=0.723;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=412;TCF=223;TCR=189;TR=155;WE=205031124;WS=205031106;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:396,235:0.37:631
chr1	205031744	rs2242001	G	A	2372.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.060;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=381;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.877;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=42;PP=971;ReadPosRankSum=1.243;SC=CATGCATATGGTGGCTTTCAG;SOR=0.847;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=222;TCF=106;TCR=116;TR=76;WE=205031752;WS=205031734;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:241,130:0.35:371
chr1	205031769	rs2242000	G	A	2145.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.071;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=340;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.359;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=44;PP=852;ReadPosRankSum=0.029;SC=CTGAGTTTAGGTGTTTCCAAA;SOR=0.797;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=208;TCF=84;TCR=124;TR=70;WE=205031777;WS=205031759;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:215,121:0.36:336
chr1	205033283	rs1470637	G	A	238.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=1.993;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.678;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=0;PP=149;ReadPosRankSum=0.621;SC=TAGTCCAGGCGGGAGATTTGA;SOR=1.981;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=23;TCF=19;TCR=4;TR=9;WE=205033291;WS=205033273;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,11:0.44:25
chr1	205033374	rs2305277	T	C	1205.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.658;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=18;PP=799;ReadPosRankSum=0.899;SC=ATGGCGTGGCTTCAAAGGGCA;SOR=0.642;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=145;TCF=99;TCR=46;TR=52;WE=205033382;WS=205033364;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:133,66:0.33:199
chr1	205034488	rs4460698	A	G	996.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-3.185;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.547;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=32;PP=608;ReadPosRankSum=-0.214;SC=AGAAACCCATAGCCTAAGCGC;SOR=0.326;SbPval=0.23;Source=Platypus;TC=131;TCF=21;TCR=110;TR=41;WE=205034496;WS=205034478;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:103,50:0.33:153
chr1	205034852	rs143128501	A	ATGGCCTGCTGCACTGGTCAGGGCCGGTGGTC	1710.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.602;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=9.409;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.84;MQRankSum=5.055;QD=22.81;ReadPosRankSum=-0.893;SOR=1.950;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:45,30:0.40:75
chr1	205038731	rs2305275	C	T	3105.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=26;NR=65;PP=2012;SC=CCTCCCTGACCCCTCTCCCGC;SOR=1.632;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=91;TCF=26;TCR=65;TR=91;WE=205038739;WS=205038721;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr1	205039288	rs12134724	T	C	2476.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=2.619;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.226;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=51;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.381;SC=CTCAGTTCCATAGGAGGAGGT;SOR=0.601;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=121;TCF=35;TCR=86;TR=74;WE=205039303;WS=205039278;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,105:0.58:181
chr1	205039295	rs56283998	A	C	1210.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-2.234;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=30;PP=1456;ReadPosRankSum=0.490;SC=CCATAGGAGGAGGTTGAGAGG;SOR=0.738;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=111;TCF=29;TCR=82;TR=39;WE=205039303;WS=205039278;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:94,65:0.41:159
chr1	205040943	rs12117194	C	G	667.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=1.353;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=3;PP=481;ReadPosRankSum=-0.192;SC=ATGATCTAGTCTCCAGGTTCT;SOR=0.793;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=27;TCF=24;TCR=3;TR=22;WE=205040951;WS=205040933;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,24:0.86:28
chr1	205041015	rs11240349	G	A	1877.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.556;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.674;HP=3;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=24;PP=947;ReadPosRankSum=-1.643;SC=TGTGGGGGCCGGGGCAGCCCT;SOR=0.368;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=94;TCF=62;TCR=32;TR=60;WE=205041023;WS=205041005;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,85:0.64:133
chr1	205041542	rs3903399	T	C	542.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=2.036;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.208;HP=2;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-1.250;NF=14;NR=5;PP=330;ReadPosRankSum=0.796;SC=GAAGGGCTGGTTAAAGGTGAG;SOR=0.446;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=45;TCF=35;TCR=10;TR=19;WE=205041550;WS=205041532;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,24:0.44:54
chr1	205042115	rs56338794	C	T	740.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.570;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.912;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=7;PP=488;ReadPosRankSum=1.022;SC=ATCGGGTCTCCTCCCAGTACC;SOR=1.046;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=91;TCF=70;TCR=21;TR=34;WE=205042123;WS=205042105;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,38:0.34:113
chr1	205042939	rs17416088	C	T	862.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-0.040;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.566;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=24;PP=416;ReadPosRankSum=-1.482;SC=CCACCTCCGACGGACACAGCC;SOR=0.538;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=102;TCF=34;TCR=68;TR=35;WE=205042947;WS=205042929;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,47:0.39:121
chr1	205052939	rs4950979	G	A	7984.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.786;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=300;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.055;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=97;NR=103;PP=2965;ReadPosRankSum=0.980;SC=GCCTCTTGACGAGTCTCAAGT;SOR=0.267;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=201;TCF=98;TCR=103;TR=200;WE=205052947;WS=205052929;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,294:1.00:295
chr1	205053219	rs4951168	C	T	8679.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=323;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=121;NR=103;PP=2965;SC=TTCTAAGCGCCGAGTCTGACA;SOR=0.820;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=226;TCF=121;TCR=105;TR=224;WE=205053227;WS=205053209;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,317:1.00:317
chr1	205063949	rs3738154	C	T	1651.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=39;NR=13;PP=1177;SC=TCAAGGGCTACACAAAGCAAG;SOR=1.961;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=52;TCF=39;TCR=13;TR=52;WE=205063957;WS=205063939;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr1	205065733	rs11577406	G	T	203.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-1.218;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.971;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=1;PP=35;ReadPosRankSum=3.243;SC=CGCTCAAACAGGAAATTACCA;SOR=0.307;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=16;TCF=14;TCR=2;TR=6;WE=205065741;WS=205065723;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,10:0.48:21
chr1	205074424	rs3738155	C	T	649.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=4.613;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.568;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=22;PP=464;ReadPosRankSum=1.423;SC=TTTTGTTCCACGTATACTCAA;SOR=1.981;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=45;TCF=7;TCR=38;TR=24;WE=205074432;WS=205074414;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,27:0.51:53
chr1	205083865	rs11240360	T	C	1357.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-1.626;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.276;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=18;PP=820;ReadPosRankSum=-0.459;SC=TGCAAATATATAGTCATCATT;SOR=0.260;SbPval=0.24;Source=Platypus;TC=77;TCF=55;TCR=22;TR=51;WE=205083873;WS=205083855;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,59:0.65:91
chr1	205084120	rs7515178	G	A	1628.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-0.714;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.684;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=41;PP=941;ReadPosRankSum=0.054;SC=AAGAATAGAGGCAACAATAGC;SOR=0.620;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=109;TCF=34;TCR=75;TR=59;WE=205084128;WS=205084110;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,74:0.57:129
chr1	205085358	rs12025836	T	C	78.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.361;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=5.237;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.92;ReadPosRankSum=-0.375;SOR=0.681;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,5:0.31:16
chr1	205090885	rs61822619	C	G	8404.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.028;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=648;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.530;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=144;NR=101;PP=2962;ReadPosRankSum=2.470;SC=CATAGCCGAACAGTGTCCCTA;SOR=0.652;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=410;TCF=242;TCR=168;TR=245;WE=205090893;WS=205090875;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:261,380:0.59:641
chr1	205129319	rs1062715	G	A	1626.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.027;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.101;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=26;PP=640;ReadPosRankSum=-0.409;SC=GGGCACAAGGGAAGTGTCCTC;SOR=0.586;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=130;TCF=58;TCR=72;TR=50;WE=205129327;WS=205129309;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:119,85:0.42:204
chr1	205130413	rs3851294	A	G	4320.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=61;NR=47;PP=1933;SC=TGTAAAGAACAGCTTTCCAGA;SOR=0.915;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=108;TCF=61;TCR=47;TR=108;WE=205130421;WS=205130403;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,167:1.00:167
chr1	205133169	rs61822658	T	C	489.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.439;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=16;PP=234;ReadPosRankSum=0.351;SC=ATCAGAACCATGGAACTACCG;SOR=0.756;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=59;TCF=17;TCR=42;TR=22;WE=205133177;WS=205133159;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,28:0.37:75
chr1	205138321	rs35845538	G	C	4638.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.359;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=620;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=90;NR=67;PP=2375;ReadPosRankSum=0.493;SC=GCATCATCCAGAAGTTCCTCC;SOR=0.768;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=405;TCF=228;TCR=177;TR=157;WE=205138329;WS=205138311;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:370,241:0.39:611
chr1	205225457	rs1172147	G	A	1681.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-1.995;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.560;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=22;PP=954;ReadPosRankSum=-0.919;SC=ATTGTCCTCAGCTGTGGACCT;SOR=0.558;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=102;TCF=67;TCR=35;TR=61;WE=205225465;WS=205225447;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,75:0.64:118
chr1	205238275	rs1768586	A	G	8995.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.930;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=715;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.530;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=135;NR=138;PP=2962;ReadPosRankSum=0.433;SC=ACAATGTGGCAGAGTATCTGA;SOR=0.663;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=471;TCF=235;TCR=236;TR=273;WE=205238283;WS=205238265;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:279,425:0.60:704
chr1	205238530	rs1779411	C	T	5122.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.429;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=367;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.554;HP=7;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=83;NR=78;PP=2553;ReadPosRankSum=-1.172;SC=GCTTTGGGGGCGGCGTGGTGG;SOR=0.681;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=254;TCF=126;TCR=128;TR=161;WE=205238538;WS=205238520;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:129,229:0.64:358
chr1	205239031	rs1668870	C	G	1311.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-2.557;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.477;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=34;PP=846;ReadPosRankSum=0.403;SC=CTGCCCACCCCCTCCTGCAGC;SOR=0.200;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=70;TCF=15;TCR=55;TR=46;WE=205239039;WS=205239021;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,55:0.68:81
chr1	205240251	rs1668867	C	T	867.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-0.603;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=10;PP=493;ReadPosRankSum=-0.016;SC=CCGCCAGGTACGAGCGGCTGG;SOR=0.754;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=38;TCF=26;TCR=12;TR=31;WE=205240259;WS=205240241;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,38:0.81:47
chr1	205240913	rs9659978	A	G	1085.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=29;NR=4;PP=685;SC=TCCTGAGCGCACACATGCCAG;SOR=2.726;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=33;TCF=29;TCR=4;TR=33;WE=205240921;WS=205240903;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr1	205272926	rs1106201	C	T	2481.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.779;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=338;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.329;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=40;PP=1360;ReadPosRankSum=1.140;SC=CCGCGAGCTCCAAGGCTGTCT;SOR=0.618;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=242;TCF=141;TCR=101;TR=94;WE=205272934;WS=205272916;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:207,128:0.38:335
chr1	205272983	rs1106202	C	G	3353.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.852;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=458;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.534;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=61;PP=1802;ReadPosRankSum=0.015;SC=GATGGAGGAGCAGCCCTGAAG;SOR=0.741;SbPval=0.35;Source=Platypus;TR=113;WE=205272991;WS=205272973;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:284,173:0.38:457
chr1	205273040	rs56069742	G	A	6135.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.473;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=454;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.535;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=99;NR=111;PP=2962;ReadPosRankSum=0.921;SC=CAAACACGTCGCCTGCGTCCA;SOR=0.738;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=324;TCF=154;TCR=170;TR=210;WE=205273048;WS=205273030;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:171,279:0.62:450
chr1	205274174	rs10793728	A	G	100.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-2.395;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=0;PP=27;ReadPosRankSum=-1.348;SC=CAGAGGTCTCAACATTGGACA;SOR=0.223;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=18;TCR=2;TR=6;WE=205274182;WS=205274166;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,7:0.33:21
chr1	205275206	rs4951195	AG	TT	6891.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=69;NR=37;PP=2947;SC=GAGGCTTGAGAGTTGTGCTCT;SOR=1.255;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=112;TCF=72;TCR=40;TR=106;WE=205275215;WS=205275196;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,153:1.00:153
chr1	205275421	rs4951197	A	G	5015.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=42;NR=72;PP=2416;SC=GGTTGGAGAGACCGAAGTCAG;SOR=1.071;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=114;TCF=42;TCR=72;TR=114;WE=205275429;WS=205275411;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,184:1.00:184
chr1	205306590	rs3210952	G	A	1153.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.825;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=17;PP=551;ReadPosRankSum=-0.104;SC=CACCTCCCACGGCGAGGAGGC;SOR=0.640;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=75;TCF=46;TCR=29;TR=42;WE=205306598;WS=205306580;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,58:0.55:106
chr1	205312280	rs7549293	C	G	2976.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=83;NR=14;PP=2066;SC=CAGCAAATGCCTGTTGGTTTC;SOR=3.300;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=98;TCF=84;TCR=14;TR=97;WE=205312288;WS=205312270;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr1	205325609	rs2298250	C	A	14891.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-2.727;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=584;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=169;NR=167;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.028;SC=ACCAGCAGGCCCTCAGAATGC;SOR=0.229;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=337;TCF=170;TCR=167;TR=336;WE=205325617;WS=205325599;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,578:1.00:579
chr1	205385498	rs6688045	C	T	9918.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=377;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=101;NR=133;PP=2965;SC=ACATCAATCACCAGGGTGAAT;SOR=0.918;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=234;TCF=101;TCR=133;TR=234;WE=205385506;WS=205385488;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,372:1.00:372
chr1	205417303	rs79887708	C	T	427.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-0.163;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=1;PP=277;ReadPosRankSum=-0.187;SC=CAAGGTCACACGGCTTAGCCC;SOR=0.693;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=36;TCF=32;TCR=4;TR=15;WE=205417311;WS=205417293;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,19:0.50:38
chr1	205417586	rs74141216	C	T	1239.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.265;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=26;PP=688;ReadPosRankSum=1.722;SC=CCGAGAAGCCCTCACTCCCCT;SOR=0.826;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=53;TCF=20;TCR=33;TR=40;WE=205417594;WS=205417576;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,54:0.69:78
chr1	205492756	rs7529442	A	G	9400.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=342;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=84;NR=138;PP=2965;SC=CCATGGAGGTAAGGGCCTCTG;SOR=1.083;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=222;TCF=84;TCR=138;TR=222;WE=205492764;WS=205492746;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,336:1.00:336
chr1	205495392	rs2297837	A	G	9951.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=350;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=133;NR=122;PP=2965;SC=AGCTGGGGGTAGAGGATCATT;SOR=0.740;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=255;TCF=133;TCR=122;TR=255;WE=205495400;WS=205495382;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,344:1.00:344
chr1	205495976	rs1544154	A	G	11337.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=436;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=112;NR=140;PP=2965;SC=GTGAGGCCTCAGGGGCAGGGT;SOR=0.851;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=252;TCF=112;TCR=140;TR=252;WE=205495994;WS=205495966;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,434:1.00:434
chr1	205498021	rs7531230	T	C	254.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=1.280;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=3;PP=159;ReadPosRankSum=-0.094;SC=AGAGCCACGATCCCTGCAGCC;SOR=0.664;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=31;TCF=24;TCR=7;TR=12;WE=205498029;WS=205498011;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,13:0.38:34
chr1	205498045	rs143048177	C	T	327.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.780;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.190;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=5;PP=194;ReadPosRankSum=0.431;SC=TGTGGCAGGTCGTCATTGGTG;SOR=0.955;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=48;TCF=34;TCR=14;TR=19;WE=205498053;WS=205498035;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,18:0.34:53
chr1	205548956	rs112374673	G	A	8310.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.396;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=664;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.527;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=114;NR=138;PP=2962;ReadPosRankSum=0.075;SC=CCCTTCTGCCGCGACGTGAAG;SOR=0.642;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=417;TCF=185;TCR=232;TR=252;WE=205548964;WS=205548946;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:258,392:0.60:650
chr1	205549122	rs77822322	T	A	642.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=2.588;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=21;PP=407;ReadPosRankSum=0.659;SC=GGGGAGGGCATGGGAGCTCCC;SOR=0.776;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=70;TCF=11;TCR=59;TR=25;WE=205549130;WS=205549112;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,32:0.34:94
chr1	205553346	.	AT	A	138.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.676;ClippingRankSum=0.000;DP=101;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.11;MQRankSum=1.001;QD=2.57;ReadPosRankSum=-1.436;SOR=0.811;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,21:0.39:54
chr1	205554085	rs7526132	G	C	7914.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.572;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=587;ExcessHet=3.0103;FS=0.534;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.62;ReadPosRankSum=0.047;SOR=0.620;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:350,231:0.40:581
chr1	205554095	rs7515820	A	C	3840.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.166;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=549;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.07;ReadPosRankSum=0.687;SOR=0.677;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:338,205:0.38:543
chr1	205555145	rs7531623	G	A	257.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.484;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=2;PP=140;ReadPosRankSum=-0.423;SC=GCTCAACAGCGCCCGGTCTCT;SOR=0.412;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=13;TCR=3;TR=10;WE=205555153;WS=205555135;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,12:0.63:19
chr1	205561494	rs72128490	CTCT	C	803.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.358;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.87;MQRankSum=2.756;QD=13.40;ReadPosRankSum=1.262;SOR=0.659;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,25:0.42:60
chr1	205561511	rs6593956	T	A	780.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.026;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=1.561;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.66;MQRankSum=-0.930;QD=18.16;ReadPosRankSum=0.321;SOR=1.075;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,22:0.51:43
chr1	205568213	rs2282449	C	T	1466.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-3.190;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.123;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=19;PP=647;ReadPosRankSum=-1.707;SC=ACACCTTCCACGTGAAGTTTT;SOR=0.609;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=150;TCF=99;TCR=51;TR=55;WE=205568221;WS=205568203;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:122,83:0.40:205
chr1	205568390	rs2282450	T	A	1431.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=2.382;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=246;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.998;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=41;PP=854;ReadPosRankSum=1.946;SC=GTAAGGAAAGTATCTGTTTCT;SOR=0.979;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=174;TCF=63;TCR=111;TR=60;WE=205568398;WS=205568380;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:164,78:0.32:242
chr1	205568438	rs2282451	G	T	697.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.485;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.986;HP=4;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=26;PP=447;ReadPosRankSum=0.080;SC=GTCGGGGAGCGGGGGAGCAGG;SOR=1.108;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=101;TCF=26;TCR=75;TR=33;WE=205568446;WS=205568428;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,38:0.31:123
chr1	205589574	rs1064406	C	T	2160.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.555;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=429;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=46;PP=1115;ReadPosRankSum=-0.302;SC=CAGGTTCAACCGGTGGCTTTT;SOR=0.658;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=274;TCF=131;TCR=143;TR=88;WE=205589582;WS=205589564;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:294,129:0.30:423
chr1	205615947	rs4951250	C	A	543.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.775;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FS=7.630;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.23;ReadPosRankSum=2.013;SOR=0.233;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:66,38:0.37:104
chr1	205630893	rs3761916	A	G	1989.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.586;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.191;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=20;PP=757;ReadPosRankSum=-0.730;SC=GCATTCTCCAAAGTTGCTTGC;SOR=0.799;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=102;TCF=58;TCR=44;TR=50;WE=205630901;WS=205630883;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,95:0.55:172
chr1	205696671	rs1772147	G	A	984.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=30;NR=1;PP=775;SC=TTGTATACTCGAGCACAGCCT;SOR=4.680;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=31;TCF=30;TCR=1;TR=31;WE=205696679;WS=205696661;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr1	205739396	rs823139	T	G	5173.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.849;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=77;NR=50;PP=2661;ReadPosRankSum=-0.955;SC=TTAATAAAATTGTCAGGTGGG;SOR=1.041;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=130;TCF=79;TCR=51;TR=127;WE=205739404;WS=205739386;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,191:0.99:193
chr1	205764640	rs823156	G	A	5361.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=49;NR=67;PP=2322;SC=GACACAGACAGAGGTCAGAGG;SOR=0.894;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=116;TCF=49;TCR=67;TR=116;WE=205764648;WS=205764630;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,205:1.00:205
chr1	205766159	rs5780304	CA	C	12160.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=356;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQ=60.12;NF=25;NR=113;PP=2951;SC=CAAAATGACGCAAAGACCACT;SOR=0.783;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=145;TCF=26;TCR=119;TR=138;WE=205766167;WS=205766149;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,347:1.00:347
chr1	205779231	rs11240569	G	A	6728.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=1.584;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=261;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.206;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=136;NR=54;PP=2965;ReadPosRankSum=0.831;SC=CAGCAGCCACGGTCCCAAAGC;SOR=1.629;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=195;TCF=139;TCR=56;TR=190;WE=205779239;WS=205779221;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,246:0.98:250
chr1	205814485	rs1104899	G	A	22908.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.501;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=528;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=160;NR=132;PP=2965;ReadPosRankSum=1.591;SC=AGTGTGCCCCGACCATAGATG;SOR=0.274;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=295;TCF=161;TCR=134;TR=292;WE=205814505;WS=205814475;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,520:1.00:521
chr1	205814497	rs1891460	T	C	14195.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.743;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=548;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=166;NR=146;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.268;SC=CCATAGATGATGCCATCACGC;SOR=0.774;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=312;TCF=166;TCR=146;TR=312;WE=205814505;WS=205814475;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,541:1.00:543
chr1	205859798	rs12028467	G	C	286.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=7;PP=208;SC=ATATTTTTATGATGCTGGTTA;SOR=3.056;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=8;WE=205859806;WS=205859788;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr1	205889538	rs143280298	C	T	215.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=2.968;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.979;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=9;PP=166;ReadPosRankSum=-1.890;SC=TGTTGGCTGACGGTTTCTCTG;SOR=2.494;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=1;TCR=14;TR=9;WE=205889546;WS=205889528;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,9:0.60:15
chr1	205890679	rs12759719	T	C	7403.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=279;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=110;NR=73;PP=2965;SC=TGCTTGCTGTTCCCGAGGGCC;SOR=0.998;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=183;TCF=110;TCR=73;TR=183;WE=205890687;WS=205890669;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,275:1.00:275
chr1	205896475	rs7366204	C	T	4486.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=61;NR=58;PP=2646;SC=TCTTGATTTACTTCCAATCCA;SOR=0.718;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=119;TCF=61;TCR=58;TR=119;WE=205896483;WS=205896465;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,158:1.00:158
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chr1	206327510	rs61742539	T	C	1870.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.104;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=278;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.462;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=27;PP=833;ReadPosRankSum=2.718;SC=AGCTGATTTTTGGAGGCTACG;SOR=0.654;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=187;TCF=118;TCR=69;TR=71;WE=206327518;WS=206327500;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:177,100:0.36:277
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chr1	206603535	rs2297539	G	A	7330.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.529;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=291;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=89;NR=82;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.693;SC=CAATTCCTCTGGTGGTGGAAA;SOR=0.700;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=175;TCF=90;TCR=85;TR=171;WE=206603543;WS=206603525;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,285:0.99:287
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chr1	206631518	rs10864212	G	T	1559.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=39;NR=2;PP=1106;SC=GTTACAGTCTGTTTGGAAAAA;SOR=5.507;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=41;TCF=39;TCR=2;TR=41;WE=206631526;WS=206631509;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr1	206634429	rs17018890	A	G	7136.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.899;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=262;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=111;NR=59;PP=2965;ReadPosRankSum=-2.007;SC=TACGGGAACTAGAACGGCAGA;SOR=1.108;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=173;TCF=111;TCR=62;TR=170;WE=206634437;WS=206634419;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,255:0.99:257
chr1	206647742	rs1539242	A	G	10570.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=393;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=128;NR=102;PP=2965;SC=GCGAGGTGCAAGTGAGGGAGT;SOR=0.840;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=232;TCF=128;TCR=104;TR=230;WE=206647750;WS=206647732;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,391:1.00:391
chr1	206647787	rs1539243	T	C	9968.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=386;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=107;NR=123;PP=2965;SC=ACCAGAACATTGTCAAGCTCT;SOR=0.796;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=231;TCF=107;TCR=124;TR=230;WE=206647795;WS=206647777;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,385:1.00:385
chr1	206648037	rs2297546	C	G	506.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.463;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.705;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=7;PP=343;ReadPosRankSum=-0.388;SC=CCTGGAATAACTGACTTTGGA;SOR=1.292;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=27;TCF=16;TCR=11;TR=19;WE=206648045;WS=206648034;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,19:0.70:27
chr1	206648147	rs1953090	T	G	1899.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.968;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.112;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=25;PP=1055;ReadPosRankSum=0.444;SC=GAGCCACTTCTTCCTGGTGGG;SOR=1.114;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=106;TCF=65;TCR=41;TR=71;WE=206648155;WS=206648137;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,91:0.61:148
chr1	206648378	rs1059704	G	A	1203.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=4;NR=32;PP=1004;SC=TCAGACCAGCGGCAGGCCTGG;SOR=3.855;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=37;TCF=5;TCR=32;TR=36;WE=206648386;WS=206648368;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr1	206651107	rs2297545	G	A	2784.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.212;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.138;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=26;PP=1280;ReadPosRankSum=0.113;SC=GGATCACCACGGAGAAGCCGG;SOR=0.925;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=125;TCF=78;TCR=47;TR=75;WE=206651115;WS=206651097;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,130:0.60:217
chr1	206651350	rs2297543	C	T	851.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=1.311;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=25;PP=597;ReadPosRankSum=0.865;SC=GTTGCTGGAACGAGTTCTTCC;SOR=0.525;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=47;TCF=11;TCR=36;TR=33;WE=206651358;WS=206651340;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,35:0.70:50
chr1	206651725	rs17433909	C	T	4470.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=2.705;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=348;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.460;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=86;PP=2310;ReadPosRankSum=-0.454;SC=ACCTTCTCTACCCAAGCAGCA;SOR=1.002;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=228;TCF=90;TCR=138;TR=133;WE=206651733;WS=206651715;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:144,201:0.58:345
chr1	206665720	rs17434047	C	T	3083.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.492;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=266;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.523;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=32;PP=1408;ReadPosRankSum=0.408;SC=CCTGTAGGACCTCACCTTGTT;SOR=0.601;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=164;TCF=106;TCR=58;TR=88;WE=206665728;WS=206665710;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:117,142:0.55:259
chr1	206665896	rs2336940	C	G	7947.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=280;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=106;NR=104;PP=2965;SC=CGAGGGCTGACCTCCAACCCC;SOR=0.700;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=211;TCF=106;TCR=105;TR=210;WE=206665904;WS=206665886;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,275:1.00:275
chr1	206666734	rs12026566	T	G	3387.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=0.866;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=271;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.753;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=47;PP=1384;ReadPosRankSum=0.503;SC=GAGAAAGCGGTTGTGTATCTG;SOR=0.528;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=148;TCF=63;TCR=85;TR=90;WE=206666742;WS=206666724;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:109,156:0.59:265
chr1	206667441	rs2184030	G	A	1791.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.926;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=272;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.602;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=48;PP=1084;ReadPosRankSum=-0.465;SC=GTCCATTTTCGAAGAAGCCCT;SOR=0.805;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=200;TCF=64;TCR=136;TR=67;WE=206667449;WS=206667431;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:179,92:0.34:271
chr1	206669465	rs3748022	C	T	2216.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=0.799;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.518;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=19;PP=827;ReadPosRankSum=-0.101;SC=GTCCCAGCACCTCCTGATGTC;SOR=0.765;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=100;TCF=61;TCR=39;TR=51;WE=206669473;WS=206669455;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:95,108:0.53:203
chr1	206670827	rs12754274	G	T	1400.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.327;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.459;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=14;PP=571;ReadPosRankSum=-2.077;SC=TGTGTGCTTCGAAGCGTGAAG;SOR=0.900;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=145;TCF=90;TCR=55;TR=45;WE=206670835;WS=206670817;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:144,77:0.35:221
chr1	206680983	rs2095124	A	C	9481.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.68;DB;DP=369;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=90;NR=56;PP=2787;SC=ACCCGCTACTATTGGACCCCG;SOR=0.890;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=148;TCF=90;TCR=58;TR=146;WE=206680991;WS=206680973;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,365:1.00:365
chr1	206758077	rs4418597	T	A	1263.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-1.212;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.039;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=36;PP=670;ReadPosRankSum=0.131;SC=AAGCCCACCCTCTAAAACTCC;SOR=0.862;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=132;TCF=42;TCR=90;TR=50;WE=206758085;WS=206758067;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:101,67:0.40:168
chr1	206766817	.	AGAGAGC	A	49.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.395;ClippingRankSum=0.000;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.80;MQRankSum=0.849;QD=3.32;ReadPosRankSum=1.861;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,5:0.33:15
chr1	206766845	rs371749910	AGTGTGTGTGTGC	A	106.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.904;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=1.576;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.90;MQRankSum=0.000;QD=2.96;ReadPosRankSum=0.754;SOR=0.293;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,11:0.31:36
chr1	206770283	rs11284613	AC	A	334.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.691;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.481;HP=7;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.791;NF=10;NR=3;PP=253;ReadPosRankSum=0.682;SC=TGTTCCAAAGACCCCCCCAAA;SOR=1.230;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=36;TCF=27;TCR=9;TR=13;WE=206770291;WS=206770273;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,16:0.40:40
chr1	206772194	rs373767533	ACT	A	1530.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-2.309;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.016;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=7;PP=858;ReadPosRankSum=-1.720;SC=CCAGACAATAACTCTGAGTGT;SOR=0.471;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=54;TCF=39;TCR=15;TR=22;WE=206772203;WS=206772184;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,40:0.53:76
chr1	206772753	rs4845116	A	G	611.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.276;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=4;PP=274;ReadPosRankSum=-1.351;SC=CACTACTCAGATTGAGAGGAA;SOR=0.767;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=43;TCF=31;TCR=12;TR=18;WE=206772761;WS=206772743;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,29:0.47:62
chr1	206773659	rs6662929	A	G	8931.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=348;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=98;NR=107;PP=2965;SC=GTCGTCCTTCAGGGCTGATGG;SOR=0.747;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=205;TCF=98;TCR=107;TR=205;WE=206773667;WS=206773649;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,343:1.00:343
chr1	206776200	rs6668054	C	T	656.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=1.186;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.13;ReadPosRankSum=1.787;SOR=0.500;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,29:0.49:59
chr1	206776203	rs6675741	T	C	2276.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=42;NR=9;PP=639;SC=CCCCTCCCCCTCCGGAAGCTT;SOR=2.303;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=52;TCF=42;TCR=10;TR=51;WE=206776211;WS=206776187;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr1	206821569	rs3813963	C	T	3491.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.161;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=573;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.552;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=60;PP=1581;ReadPosRankSum=-2.312;SC=AAAACATTCTCCTGAAACACC;SOR=0.626;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=353;TCF=162;TCR=191;TR=115;WE=206821577;WS=206821559;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:375,190:0.34:565
chr1	206904644	rs368231892	CGT	C	369.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.562;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=224;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.35;ReadPosRankSum=-2.769;SOR=0.638;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:127,30:0.19:157
chr1	206943351	rs3024494	T	C	737.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=18;PP=442;SC=CCAAATGCCTTGCCTCACAGC;SOR=1.942;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=23;TCF=5;TCR=18;TR=23;WE=206943359;WS=206943341;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr1	206944233	rs1554286	A	G	1679.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.181;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=263;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.343;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=21;PP=898;ReadPosRankSum=-0.291;SC=GCAAGGGAAAAAACTGATCTG;SOR=1.010;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=165;TCF=96;TCR=69;TR=58;WE=206944241;WS=206944223;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:174,86:0.33:260
chr1	206944645	rs1518111	T	C	305.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=1.350;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.916;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=6;PP=202;ReadPosRankSum=0.447;SC=GGAAGCAGAGTCTCCCTTCCC;SOR=0.199;SbPval=0.23;Source=Platypus;TC=44;TCF=31;TCR=13;TR=14;WE=206944653;WS=206944635;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,16:0.34:47
chr1	206944861	rs1518110	A	C	581.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.195;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.352;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=15;PP=346;ReadPosRankSum=-1.641;SC=TTTTTTAAATAAAATTGGCTC;SOR=0.366;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=61;TCF=21;TCR=40;TR=24;WE=206944869;WS=206944851;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,30:0.42:72
chr1	207009910	rs2243170	T	C	849.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=21;NR=4;PP=623;SC=TCCTCCCGGCTTGCCTTCGAG;SOR=2.833;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=21;TCR=4;TR=25;WE=207009918;WS=207009905;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr1	207014472	rs2243188	A	C	3792.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-2.300;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=67;PP=1624;ReadPosRankSum=-0.583;SC=GAGGTAGATCAGGAGGGTGCC;SOR=0.377;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=111;TCF=43;TCR=68;TR=110;WE=207014480;WS=207014462;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,151:0.99:152
chr1	207015957	rs2243191	T	C	5471.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=60;NR=64;PP=2525;SC=GAAGTAATGTTCTCAGCTTGA;SOR=0.693;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=124;TCF=60;TCR=64;TR=124;WE=207015965;WS=207015947;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,206:1.00:206
chr1	207040614	rs2232359	A	G	682.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=5.648;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=0;PP=539;ReadPosRankSum=-0.355;SC=GCTTTTCTATAGGAATAAGCA;SOR=1.371;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=34;TCF=34;TCR=0;TR=22;WE=207040622;WS=207040604;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,23:0.64:36
chr1	207040659	rs2232360	G	A	3106.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=62;NR=22;PP=1654;SC=TAGAGTTTCTGCCTGCTTCAT;SOR=1.807;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=87;TCF=62;TCR=25;TR=84;WE=207040667;WS=207040649;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr1	207072959	rs1150255	C	T	964.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=8;NR=20;PP=511;SC=GAGTCCTTCACAGCTTGCTAA;SOR=1.609;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=28;TCF=8;TCR=20;TR=28;WE=207072967;WS=207072949;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr1	207074905	rs1150258	T	C	10554.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.811;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=410;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=152;NR=104;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.872;SC=TTTCAAAAACTACCACAATAG;SOR=0.968;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=258;TCF=153;TCR=105;TR=256;WE=207074913;WS=207074895;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,392:0.99:394
chr1	207075171	rs291107	T	C	1724.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=32;NR=17;PP=1440;SC=TTAAAGGAGGTAGCCCCTTTC;SOR=1.358;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=49;TCF=32;TCR=17;TR=49;WE=207075179;WS=207075161;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr1	207086969	rs291083	A	G	827.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=23;NR=3;PP=648;SC=TTTCATATGGATCTCAATCAT;SOR=3.690;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=26;TCF=23;TCR=3;TR=26;WE=207086977;WS=207086959;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr1	207087435	rs167082	C	T	5962.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=64;NR=109;PP=2965;SC=TCAGGGCCCCCGATACTGCAG;SOR=1.158;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=173;TCF=64;TCR=109;TR=173;WE=207087443;WS=207087425;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,216:1.00:216
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chr1	207108191	rs72570603	CAT	C	1979.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=1.623;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.501;NF=1;NR=33;PP=1566;ReadPosRankSum=-2.085;SC=ATGTCATATACATATATATAT;SOR=1.263;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=44;TCF=3;TCR=41;TR=34;WE=207108200;WS=207108181;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,59:0.95:62
chr1	207109116	rs2275531	C	T	9155.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.562;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=365;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=108;NR=127;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.576;SC=GCCACAGAGCCTCCTGCCACC;SOR=0.843;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=238;TCF=109;TCR=129;TR=235;WE=207109124;WS=207109106;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,355:0.99:357
chr1	207109167	rs6695632	G	A	5103.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.967;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=97;PP=2965;ReadPosRankSum=0.583;SC=GTGGACTCTGGAAGCACAGAC;SOR=1.380;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=149;TCF=51;TCR=98;TR=147;WE=207109175;WS=207109157;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,186:0.99:188
chr1	207110363	rs748140	A	G	2487.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=50;NR=18;PP=1728;SC=ATTGATGAATACACTCAGAGG;SOR=1.788;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=68;TCF=50;TCR=18;TR=68;WE=207110371;WS=207110353;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr1	207110936	rs291096	T	C	7355.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=280;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=86;NR=91;PP=2965;SC=AGTTGGGATTTACATAACCAC;SOR=0.723;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=178;TCF=87;TCR=91;TR=177;WE=207110944;WS=207110926;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,272:1.00:272
chr1	207111257	rs291095	G	T	584.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=3;NR=17;PP=460;SC=GCTTGACAGCGGTCTTCTCCA;SOR=3.056;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=3;TCR=17;TR=20;WE=207111265;WS=207111247;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr1	207113755	rs2007272	G	C	596.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.62;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=3;PP=255;SC=TCTGATTTTAGTGTCCCCAGG;SOR=1.426;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=10;TCR=3;TR=13;WE=207113763;WS=207113745;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr1	207132345	rs7556372	A	G	6971.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.042;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=277;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=78;NR=101;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.137;SC=GGGCTTTGCCAAAGGGGGAAA;SOR=0.887;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=181;TCF=79;TCR=102;TR=179;WE=207132353;WS=207132335;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,268:0.99:272
chr1	207139046	rs11576146	A	G	790.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=20;NR=3;PP=615;SC=ACAAAGGGAGAGTAGGGGTTG;SOR=3.014;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=23;TCF=20;TCR=3;TR=23;WE=207139054;WS=207139036;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr1	207139362	rs12569037	C	G	1236.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=22;PP=652;SC=TGCAGCTTCTCCCTCCCACTG;SOR=1.954;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=27;TCF=5;TCR=22;TR=27;WE=207139370;WS=207139352;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr1	207140440	rs11119933	C	T	4533.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=48;NR=41;PP=1707;SC=TTTTCCATCCCGCCCTCCTGC;SOR=0.816;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=90;TCF=48;TCR=42;TR=89;WE=207140448;WS=207140430;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,170:1.00:170
chr1	207142507	rs17018488	T	C	396.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=2;PP=282;SC=CTCCCCCGGGTGAATTTTTCT;SOR=2.833;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=10;TCR=2;TR=12;WE=207142515;WS=207142503;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr1	207143296	rs1890864	C	T	554.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=0.819;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=0;PP=363;ReadPosRankSum=0.980;SC=ACTCTAGAACCCTTACCTGGC;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=16;TCR=0;TR=15;WE=207143304;WS=207143295;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,19:0.95:20
chr1	207143422	rs1856746	A	G	5255.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=87;NR=54;PP=2443;SC=AGGAGAAAGCATCATTTCACC;SOR=1.114;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=142;TCF=88;TCR=54;TR=141;WE=207143430;WS=207143412;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,207:1.00:207
chr1	207143550	rs1340232	C	T	6351.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=250;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=64;NR=88;PP=2884;SC=TAGTTGCTCTCCTTTAAACCT;SOR=0.869;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=153;TCF=64;TCR=89;TR=152;WE=207143558;WS=207143540;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,244:1.00:244
chr1	207195779	rs2842726	A	G	7791.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=295;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=85;NR=92;PP=2965;SC=TTAGGGATAGAAATTGGCATA;SOR=0.742;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=177;TCF=85;TCR=92;TR=177;WE=207195787;WS=207195769;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,289:1.00:289
chr1	207228331	rs111917867	C	T	252.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-1.976;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.539;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=9;PP=170;ReadPosRankSum=1.362;SC=AATGTCTGTTCTTGGGGCTTG;SOR=2.194;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=28;TCF=3;TCR=25;TR=9;WE=207228339;WS=207228321;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,11:0.37:30
chr1	207237233	.	GGT	G	318.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.419;ClippingRankSum=0.000;DP=258;ExcessHet=3.0103;FS=0.981;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.17;MQRankSum=3.785;QD=2.06;ReadPosRankSum=-1.370;SOR=0.532;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:129,26:0.17:155
chr1	207241440	rs4030464	AGT	A	36.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.031;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.27;ReadPosRankSum=-0.160;SOR=0.644;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:119,16:0.12:135
chr1	207243851	rs923109	A	G	1728.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=16;NR=37;PP=1116;SC=CCCTGTCTCCACTCAAATTAG;SOR=1.647;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=53;TCF=16;TCR=37;TR=53;WE=207243859;WS=207243841;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr1	207245045	rs11120137	T	C	4077.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=1.096;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.257;NF=38;NR=79;PP=2104;ReadPosRankSum=0.741;SC=TACGTCCAAATGTAGTTTGCT;SOR=1.379;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=117;TCF=38;TCR=79;TR=117;WE=207245053;WS=207245035;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,156:0.99:158
chr1	207245080	rs35425352	A	AT	1307.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-1.312;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.484;HP=12;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.497;NF=4;NR=41;PP=868;ReadPosRankSum=0.904;SC=TGTTGGAATTATTTTTTTTTT;SOR=0.363;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=60;TCF=6;TCR=54;TR=45;WE=207245088;WS=207245070;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,60:0.95:63
chr1	207262980	rs12711513	T	G	5053.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=49;NR=81;PP=2643;SC=TTTGGTGTCCTTTTGCGGTGT;SOR=1.154;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=131;TCF=50;TCR=81;TR=130;WE=207262988;WS=207262970;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,186:1.00:186
chr1	207263829	rs6690037	A	G	6041.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=60;NR=87;PP=2965;SC=GTGCCGCTGTAAGTTAGATCT;SOR=0.929;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=147;TCF=60;TCR=87;TR=147;WE=207263837;WS=207263819;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,224:1.00:224
chr1	207268779	rs7542292	A	G	4663.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=37;NR=111;PP=2965;SC=AGGTTCAAGCAGTTCTCATGC;SOR=2.118;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=148;TCF=37;TCR=111;TR=148;WE=207268787;WS=207268769;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,161:1.00:161
chr1	207269858	rs3813948	T	C	1292.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.388;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.199;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=21;PP=609;ReadPosRankSum=-0.382;SC=CTATACTCGTTTCTCTCAGGG;SOR=0.593;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=125;TCF=74;TCR=51;TR=48;WE=207269866;WS=207269848;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:111,69:0.38:180
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chr1	207288897	rs12031629	T	C	1663.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.439;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FS=4.336;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.42;ReadPosRankSum=0.161;SOR=1.139;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:59,75:0.56:134
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chr1	207510596	rs10746463	G	A	6141.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=2.762;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=397;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=125;NR=66;PP=2962;ReadPosRankSum=0.358;SC=TCAGCAGCACGTAAGTCCACT;SOR=0.706;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=275;TCF=180;TCR=95;TR=191;WE=207510604;WS=207510586;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:121,267:0.69:388
chr1	207512577	rs10641442	T	TTAA	534.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=0;PP=464;SC=CTTGATTAAGTTAATGTGTAA;SOR=5.136;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=13;TCR=2;TR=10;WE=207512585;WS=207512567;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr1	207520376	rs2404781	T	C	2286.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.050;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.287;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=20;PP=1196;ReadPosRankSum=-0.608;SC=CTTGCTTCTGTCTCCTTCCTT;SOR=0.502;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=120;TCF=84;TCR=36;TR=71;WE=207520384;WS=207520366;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,100:0.66:152
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chr1	207527285	rs11120753	G	A	1325.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-4.506;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.259;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=11;PP=746;ReadPosRankSum=-0.948;SC=TATGATATAAGCAAGAACAAA;SOR=0.173;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=63;TCF=50;TCR=13;TR=43;WE=207527293;WS=207527275;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,58:0.69:84
chr1	207532861	rs56253023	C	CT	1394.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.306;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.38;MQRankSum=2.149;QD=6.49;ReadPosRankSum=1.148;SOR=0.727;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:97,118:0.55:215
chr1	207627918	rs1876453	G	A	445.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.017;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.12;MQRankSum=-0.638;QD=4.85;ReadPosRankSum=0.524;SOR=0.599;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:64,28:0.30:92
chr1	207627998	rs17258955	C	T	297.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-0.851;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.668;NF=2;NR=10;PP=196;ReadPosRankSum=-0.907;SC=TGATTGTCCCCACTGGCCCCT;SOR=1.179;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=16;TCF=3;TCR=13;TR=12;WE=207628006;WS=207627988;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,14:0.78:18
chr1	207643949	rs10863322	G	A	687.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-1.394;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.218;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=0;PP=470;ReadPosRankSum=0.036;SC=CCCAAAGCTGGTCTGCAACAT;SOR=2.494;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=31;TCF=29;TCR=2;TR=21;WE=207643957;WS=207643939;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,26:0.68:38
chr1	207646322	rs1048971	G	A	2583.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.207;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=422;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.545;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=44;PP=1316;ReadPosRankSum=2.653;SC=CTGCTCCCCTGTGTAAACTTT;SOR=0.616;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=268;TCF=147;TCR=121;TR=94;WE=207646330;WS=207646312;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:260,143:0.35:403
chr1	207646462	rs17615	G	A	2420.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.817;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=341;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.341;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=49;PP=1157;ReadPosRankSum=-0.149;SC=TTGAAGGGCAGTAGTCAGATT;SOR=0.779;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=222;TCF=93;TCR=129;TR=79;WE=207646470;WS=207646452;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:200,129:0.39:329
chr1	207646898	rs4308977	T	C	1401.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=2.050;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.601;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=10;PP=795;ReadPosRankSum=-0.020;SC=AGGCTGCCAGTCACCTCCTGG;SOR=0.760;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=141;TCF=107;TCR=34;TR=50;WE=207646906;WS=207646888;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:124,69:0.36:193
chr1	207646923	rs17616	G	A	1857.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=3.797;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=295;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.547;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=20;PP=1070;ReadPosRankSum=1.663;SC=CACCATGGTCGTCATACAGGT;SOR=0.817;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=200;TCF=134;TCR=66;TR=70;WE=207646931;WS=207646913;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:189,98:0.34:287
chr1	207648173	rs61735651	T	C	1879.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.169;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=319;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.439;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=24;PP=743;ReadPosRankSum=1.222;SC=CTGCAGTTATTCACTGTCACC;SOR=0.591;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=200;TCF=118;TCR=82;TR=58;WE=207648181;WS=207648163;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:209,105:0.33:314
chr1	207653178	rs12032512	C	G	1305.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=2.165;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.264;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=9;PP=760;ReadPosRankSum=-0.892;SC=TATGATTATTCAGGAATTCAG;SOR=1.173;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=130;TCF=92;TCR=38;TR=45;WE=207653186;WS=207653168;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:102,61:0.37:163
chr1	207653395	rs17617	C	A	15150.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.893;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=564;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=147;NR=179;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.884;SC=AAACACAGAGCACGGTAAGTT;SOR=0.807;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=328;TCF=148;TCR=180;TR=326;WE=207653403;WS=207653385;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,554:1.00:556
chr1	207679229	rs4844599	T	G	8957.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.393;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=658;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-1.803;NF=145;NR=100;PP=2962;ReadPosRankSum=0.733;SC=CTTTGATGCTTCTATGGTCTT;SOR=0.648;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=408;TCF=244;TCR=164;TR=245;WE=207679237;WS=207679219;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:249,405:0.62:654
chr1	207679307	rs4844600	A	G	18467.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=689;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=265;NR=230;PP=2965;SC=TAACTGATGAATTTGAGTTTC;SOR=0.766;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=495;TCF=265;TCR=230;TR=495;WE=207679315;WS=207679297;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,680:1.00:680
chr1	207753621	rs2274567	A	G	5863.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.830;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=417;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.546;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=96;NR=101;PP=2962;ReadPosRankSum=0.522;SC=CATGGTGAGCATACCCCAAGC;SOR=0.717;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=302;TCF=147;TCR=155;TR=197;WE=207753629;WS=207753611;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:137,267:0.66:404
chr1	207753831	.	C	CT	222.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.937;ClippingRankSum=0.000;DP=225;ExcessHet=3.0103;FS=1.578;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.02;MQRankSum=0.000;QD=1.34;ReadPosRankSum=-0.284;SOR=0.615;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:131,35:0.21:166
chr1	207757936	rs646817	A	G	2440.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-1.030;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.836;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=81;NR=17;PP=1645;ReadPosRankSum=0.030;SC=CTGTAGAATCACCTTGGATTA;SOR=0.593;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=140;TCF=117;TCR=23;TR=98;WE=207757944;WS=207757926;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,108:0.70:155
chr1	207758232	rs1752688	A	G	6658.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=2.924;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=485;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.171;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQ=59.76;MQRankSum=-2.295;NF=67;NR=144;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.004;SC=GTCAGTATCCACTTCCACATA;SOR=0.827;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=331;TCF=107;TCR=224;TR=211;WE=207758240;WS=207758222;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:187,288:0.61:475
chr1	207760773	rs3737002	C	T	2062.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.197;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=310;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=30;PP=786;ReadPosRankSum=1.365;SC=GCCAGTCCTACGATCCCAATT;SOR=0.712;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=195;TCF=106;TCR=89;TR=68;WE=207760781;WS=207760763;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:192,113:0.37:305
chr1	207782916	rs4844609	A	T	8803.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=325;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=88;NR=116;PP=2965;SC=GAGTTTCTTTACCCTCACTGA;SOR=0.906;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=204;TCF=88;TCR=116;TR=204;WE=207782924;WS=207782906;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,319:1.00:319
chr1	207782931	rs6691117	A	G	4134.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.276;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=287;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.511;HP=1;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=70;PP=2006;ReadPosRankSum=-1.123;SC=CACTGAGATCATCAGATTTAG;SOR=0.826;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=179;TCF=71;TCR=108;TR=114;WE=207782939;WS=207782921;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:99,184:0.65:283
chr1	207784968	rs3818361	A	G	20299.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.130;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=779;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=235;NR=212;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.240;SC=ATAAGATATAACAAAGGAAAT;SOR=0.350;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=451;TCF=237;TCR=214;TR=447;WE=207784976;WS=207784958;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:6,765:0.99:771
chr1	207790088	rs3811381	C	G	9845.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-2.624;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=720;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.156;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-1.045;NF=127;NR=173;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.522;SC=ACAAGTGACCCTCAAGGGAAT;SOR=0.809;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=462;TCF=199;TCR=263;TR=300;WE=207790096;WS=207790078;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:250,457:0.65:707
chr1	207795320	rs2296160	A	G	5096.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQ=59.98;NF=71;NR=65;PP=2557;SC=CCTTTTAGGTACACATGATGC;SOR=0.826;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=136;TCF=71;TCR=65;TR=136;WE=207795328;WS=207795310;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,190:1.00:190
chr1	207818719	rs11118237	G	A	6876.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=259;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=65;NR=81;PP=2883;SC=CGAGGCTAGAGCTCTGCTCAG;SOR=0.850;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=146;TCF=65;TCR=81;TR=146;WE=207818727;WS=207818709;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,259:1.00:259
chr1	207850560	rs67422482	A	G	806.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=39;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=17;NR=3;PP=357;SC=CCATCTACTCAGGAGGCTGAG;SOR=2.303;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=21;TCF=17;TCR=4;TR=20;WE=207850568;WS=207850557;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr1	207850589	rs34451130	A	C	945.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=28;NR=4;PP=753;SC=AATTGCTTGAACCTGTGAGGC;SOR=2.124;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=33;TCF=28;TCR=5;TR=32;WE=207850597;WS=207850579;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr1	207850652	.	CAAAAAAA	C,CAA	1481.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;ClippingRankSum=0.000;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=36.113;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=59.91;MQRankSum=-0.315;QD=30.87;SOR=2.718;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:6,15,27:0.31,0.56:48
chr1	207851611	rs2296158	A	G	13311.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=519;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=142;NR=155;PP=2965;SC=CATCCAGTTCAGATCCCAAAT;SOR=0.752;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=297;TCF=142;TCR=155;TR=297;WE=207851619;WS=207851601;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,519:1.00:519
chr1	207857158	rs12411037	T	C	11128.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.241;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=413;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=-0.230;NF=212;NR=92;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.822;SC=AAGTAGTAATTTAATTGGGTA;SOR=0.632;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=310;TCF=213;TCR=97;TR=304;WE=207857166;WS=207857148;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,398:1.00:399
chr1	207888739	rs7553211	G	T	5388.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=48;NR=90;PP=2674;SC=TCCAGTGTGTGAACGTGAGTA;SOR=1.261;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=138;TCF=48;TCR=90;TR=138;WE=207888747;WS=207888729;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,200:1.00:200
chr1	207941191	rs2724374	G	T	3564.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=35;NR=66;PP=2014;SC=CCTGCTTATAGTTTTTCAAAA;SOR=1.306;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=101;TCF=35;TCR=66;TR=101;WE=207941199;WS=207941181;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chr1	207959122	.	CTTT	C	1698.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;QD=40.45;SOR=1.483;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr1	207959136	rs373519619	T	TAA	1853.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.14;SOR=1.402;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr1	208061530	rs2235766	A	G	4346.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=45;NR=62;PP=2017;SC=CAGCTCCCGCAGGAAAACGGG;SOR=0.978;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=107;TCF=45;TCR=62;TR=107;WE=208061538;WS=208061520;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,165:1.00:165
chr1	208062260	rs2745952	T	C	3269.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=38;NR=62;PP=1978;SC=GCTCCAGCCCTCTGTGTGTGA;SOR=0.986;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=101;TCF=38;TCR=63;TR=100;WE=208062268;WS=208062250;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr1	208063100	rs5780411	G	GA,GAA	4014.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.352;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=241;ExcessHet=3.0103;FS=1.237;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.87;ReadPosRankSum=1.361;SOR=1.065;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:14,125,63:0.62,0.31:202
chr1	208207839	rs3736963	G	A	5658.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.157;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=88;NR=52;PP=2578;ReadPosRankSum=-0.614;SC=GGTTCTCACCGTATCTGCTGA;SOR=0.407;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=143;TCF=91;TCR=52;TR=140;WE=208207847;WS=208207829;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,218:1.00:219
chr1	208208034	rs12128144	G	C	3346.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=30;NR=70;PP=1787;SC=AGATAGCTGTGGGGTAGAGAG;SOR=1.573;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=100;TCF=30;TCR=70;TR=100;WE=208208042;WS=208208024;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chr1	208208124	rs6540448	C	A	634.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=15;PP=469;SC=ATAACCCAATCAAATAGCTAC;SOR=4.615;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=0;TCR=15;TR=15;WE=208208132;WS=208208114;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr1	208211887	rs905100	T	C	1836.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=18;NR=43;PP=1424;SC=TGTCTCCCGATTGCACCTTCT;SOR=1.727;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=61;TCF=18;TCR=43;TR=61;WE=208211895;WS=208211877;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr1	208213125	rs1751580	A	G	10590.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=398;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=110;NR=106;PP=2965;SC=GTGGGCACAGACAGGGCAGGA;SOR=0.719;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=216;TCF=110;TCR=106;TR=216;WE=208213133;WS=208213115;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,395:1.00:395
chr1	208219164	rs1536471	A	C	1596.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=33;NR=6;PP=942;SC=GCCAGGAGCGAGGGGCGCCCT;SOR=2.628;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=39;TCF=33;TCR=6;TR=39;WE=208219172;WS=208219154;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr1	208252489	rs2274445	T	C	1007.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=25;NR=4;PP=707;SC=CCCCCCACATTAAACTCACTG;SOR=2.584;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=29;TCF=25;TCR=4;TR=29;WE=208252497;WS=208252481;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr1	208255877	rs6540453	T	C	4301.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=41;NR=85;PP=2103;SC=GGCAGAGGCATGGGGCTCATG;SOR=1.445;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=126;TCF=41;TCR=85;TR=126;WE=208255885;WS=208255867;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,166:1.00:166
chr1	208270244	rs3818517	A	C	668.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.162;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=19;PP=349;ReadPosRankSum=3.374;SC=GGAGGAGCAAAGAGATGATGC;SOR=0.735;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=70;TCF=23;TCR=47;TR=29;WE=208270252;WS=208270234;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,39:0.33:117
chr1	208276399	rs10654695	C	CCTCT	12481.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=283;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=71;NR=66;PP=2973;SC=GAGGACAATTCCTCTCTCTGC;SOR=1.618;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=144;TCF=78;TCR=66;TR=137;WE=208276407;WS=208276389;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,275:1.00:275
chr1	208390469	rs3748735	C	T	15750.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.856;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=589;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=183;NR=176;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.802;SC=GAGTTGATGGCCACACCCTCA;SOR=0.717;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=359;TCF=183;TCR=176;TR=359;WE=208390477;WS=208390459;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,583:1.00:585
chr1	209605636	rs3842530	TAGCAGCAGCAGC	T	5081.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.542;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=307;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.293;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.500;NF=5;NR=43;PP=2994;ReadPosRankSum=-0.459;SC=GCCACCACCGTAGCAGCAGCA;SOR=0.868;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=103;TCF=11;TCR=92;TR=48;WE=209605658;WS=209605626;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:96,132:0.58:228
chr1	209779805	rs880783	G	A	1539.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-0.473;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.625;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=41;PP=950;ReadPosRankSum=-0.079;SC=CTGGGAGCAGGAGGAAGGTTG;SOR=0.877;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=96;TCF=23;TCR=73;TR=52;WE=209779813;WS=209779795;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,66:0.56:118
chr1	209781417	rs112536633	T	TAC	560.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=0.453;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.289;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=28;PP=865;ReadPosRankSum=0.563;SC=GGCACACGGGTACACACACAC;SOR=2.062;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=55;TCF=3;TCR=52;TR=28;WE=209781430;WS=209781407;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,23:0.52:44
chr1	209782545	rs9430006	A	G	591.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.144;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=19;PP=405;ReadPosRankSum=-0.172;SC=GTCCCTGGGGATCTTACAGAA;SOR=0.824;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=51;TCF=15;TCR=36;TR=26;WE=209782553;WS=209782535;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,29:0.43:67
chr1	209784663	rs10746421	A	C	2565.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=63;NR=9;PP=1861;SC=CACAGAGGAGACCTGCTTGCA;SOR=3.285;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=72;TCF=63;TCR=9;TR=72;WE=209784671;WS=209784653;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr1	209785957	rs2272879	T	G	667.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=4;PP=469;SC=CAGAAGGAAGTGTAGGGGGGC;SOR=1.708;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=19;TCF=14;TCR=5;TR=18;WE=209785965;WS=209785947;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr1	209786078	rs2272880	G	A	4916.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=60;NR=50;PP=2009;SC=CTGCCCCATCGACTCTTCTTC;SOR=0.845;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=110;TCF=60;TCR=50;TR=110;WE=209786086;WS=209786068;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,196:1.00:196
chr1	209788514	rs2566	G	A	3939.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=78;NR=29;PP=2114;SC=ACTTTAGGCTGCATGAAAGTC;SOR=1.546;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=109;TCF=78;TCR=31;TR=107;WE=209788522;WS=209788504;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,147:1.00:147
chr1	209792015	rs5780528	A	AC	8851.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=252;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=103;PP=2967;SC=CTGGAAGACAACACGCATTTG;SOR=1.164;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=125;TCF=14;TCR=111;TR=117;WE=209792023;WS=209792005;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,239:1.00:239
chr1	209803754	rs116466280	C	G	237.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=2.844;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=1;PP=175;ReadPosRankSum=0.522;SC=GAAGCAGGCTCTAGCTGGGGA;SOR=0.941;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=23;TCF=20;TCR=3;TR=10;WE=209803762;WS=209803744;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,10:0.43:23
chr1	209811829	rs2076355	A	T	1713.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=2.166;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.622;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=18;PP=782;ReadPosRankSum=-1.028;SC=CATCCGTCTTATCCTGTGGAG;SOR=0.784;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=82;TCF=51;TCR=31;TR=48;WE=209811837;WS=209811819;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,79:0.54:145
chr1	209823354	rs2228339	G	A	9444.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=360;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=88;NR=132;PP=2965;SC=TCAGTCCACAGGTAGATGAAG;SOR=0.956;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=222;TCF=89;TCR=133;TR=220;WE=209823362;WS=209823344;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,356:1.00:356
chr1	209849002	rs3817870	T	C	6234.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=239;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=88;NR=57;PP=2901;SC=CTGCAGGTCATTCCCGCCTCC;SOR=0.948;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=145;TCF=88;TCR=57;TR=145;WE=209849010;WS=209848992;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,235:1.00:235
chr1	209849399	rs3830766	AG	A	6295.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=63;PP=2974;SC=ACAGACCGAGAGAGGAATGGA;SOR=1.179;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=69;TCF=5;TCR=64;TR=68;WE=209849414;WS=209849389;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,143:1.00:143
chr1	209849406	rs1473683	T	G	5956.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=35;NR=62;PP=1816;SC=GAGAGAGGAATGGAGAGACAG;SOR=1.152;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=97;TCF=35;TCR=62;TR=97;WE=209849414;WS=209849389;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,129:1.00:129
chr1	209950681	rs649275	T	C	1986.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.729;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=22;PP=858;ReadPosRankSum=-0.382;SC=ATATTGGCCCTTCCTCCTCCT;SOR=0.368;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=49;TCF=26;TCR=23;TR=48;WE=209950689;WS=209950671;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,82:0.96:85
chr1	209950760	rs669694	C	G	2044.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-1.978;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=26;PP=830;ReadPosRankSum=1.430;SC=TGAGCACCAGCAACTGCAGGC;SOR=0.303;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=46;TCF=19;TCR=27;TR=45;WE=209950768;WS=209950750;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,79:0.99:80
chr1	209952865	rs623360	C	G	2295.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=13;NR=45;PP=1241;SC=TTTTTAAGGACTGATCATTGG;SOR=1.981;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=58;TCF=13;TCR=45;TR=58;WE=209952873;WS=209952855;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr1	209974528	rs35878470	C	CA	479.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.568;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.40;ReadPosRankSum=-1.313;SOR=0.656;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,44:0.59:75
chr1	210001586	rs616227	A	G	3192.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=26;NR=51;PP=1553;SC=CTGGTCTCCCAGATAGTGCTG;SOR=1.278;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=78;TCF=26;TCR=52;TR=77;WE=210001594;WS=210001576;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr1	210003388	rs599663	A	C	2190.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.796;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=20;PP=1217;ReadPosRankSum=-1.009;SC=TTAACATCTCATTTGACCTTT;SOR=1.302;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=66;TCF=43;TCR=23;TR=62;WE=210003410;WS=210003378;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,85:0.98:87
chr1	210003402	rs599649	T	C	2647.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=44;NR=29;PP=1500;SC=GACCTTTTCCTAATTTCTACA;SOR=1.037;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=73;TCF=44;TCR=29;TR=73;WE=210003410;WS=210003378;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr1	210004199	rs585627	C	G	5465.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=67;NR=44;PP=2596;SC=GAGTGAACCACAACAAGTTTC;SOR=0.938;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=111;TCF=67;TCR=44;TR=111;WE=210004207;WS=210004189;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,198:1.00:198
chr1	210006437	rs655712	GC	AT	1669.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=32;NR=2;PP=809;SC=ATCAATGAACGCTATTGTTGG;SOR=3.912;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=36;TCF=33;TCR=3;TR=34;WE=210006446;WS=210006427;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr1	210006603	rs656566	C	T	11467.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.746;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=446;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=144;NR=127;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.749;SC=AAACATCCCCCGAAGAGTTCA;SOR=0.805;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=274;TCF=144;TCR=130;TR=271;WE=210006611;WS=210006593;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,431:1.00:433
chr1	210008367	rs685248	C	G	4153.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=99;NR=17;PP=2884;SC=GGGAAGACCACAAAACCCCTC;SOR=2.885;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=117;TCF=100;TCR=17;TR=116;WE=210008375;WS=210008357;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,136:1.00:136
chr1	210008673	rs686582	T	G	4631.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=37;NR=94;PP=2682;SC=TGGGGCACAGTTGTAGCTAGA;SOR=1.788;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=131;TCF=37;TCR=94;TR=131;WE=210008681;WS=210008663;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,166:1.00:166
chr1	210012102	rs1962735	A	G	1804.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=40;NR=7;PP=1255;SC=TGTTGAGCCAAGCCCTGCGCA;SOR=2.833;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=40;TCR=7;TR=47;WE=210012110;WS=210012092;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr1	210012467	rs143030946	A	C	3171.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.341;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=498;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.543;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=74;PP=1371;ReadPosRankSum=-1.114;SC=TGACCACTTCAGGATTGGTAA;SOR=0.772;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=323;TCF=133;TCR=190;TR=120;WE=210012475;WS=210012457;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:311,180:0.37:491
chr1	210015568	rs10570454	GCT	G	6154.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=36;NR=34;PP=2967;SC=ACATGTAAATGCTCTCAGTCA;SOR=1.340;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=73;TCF=37;TCR=36;TR=70;WE=210015577;WS=210015558;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,140:1.00:140
chr1	210406940	rs624270	T	C	643.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-1.701;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.962;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=9;PP=388;ReadPosRankSum=-1.812;SC=GCAGCAGAGCTGCGCTGCGGG;SOR=0.495;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=80;TCF=61;TCR=19;TR=30;WE=210406958;WS=210406930;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,32:0.36:90
chr1	210407031	rs624706	G	T	2394.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.026;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=327;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=32;PP=990;ReadPosRankSum=0.285;SC=TCCGCCTCTCGCTTCCCTTCC;SOR=0.716;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=182;TCF=99;TCR=83;TR=73;WE=210407039;WS=210407021;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:196,128:0.40:324
chr1	210407338	rs200920236	TT	AA	149.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.832;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FS=1.100;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.14;ReadPosRankSum=1.612;SOR=0.463;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:51,19:0.27:70
chr1	210411266	rs11347154	GT	G	85.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.307;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.66;ReadPosRankSum=2.922;SOR=0.649;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:101,28:0.22:129
chr1	210414871	rs67121079	G	GT	51.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.904;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=8.010;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.78;ReadPosRankSum=-0.255;SOR=0.515;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,7:0.24:29
chr1	210536078	rs2294848	C	G	1631.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.879;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=255;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.015;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.480;NF=44;NR=22;PP=1012;ReadPosRankSum=0.755;SC=CGTGCCTGCACCTTAGTCCAC;SOR=0.912;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=160;TCF=102;TCR=58;TR=66;WE=210536086;WS=210536068;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:166,86:0.34:252
chr1	210536278	rs11119469	C	A	1585.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.776;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.579;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=42;PP=965;ReadPosRankSum=-0.333;SC=AAAGTGGATGCATAATAAATC;SOR=0.773;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=141;TCF=38;TCR=103;TR=58;WE=210536286;WS=210536268;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:115,77:0.40:192
chr1	210577831	rs34772809	C	T	125.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.039;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.657;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=3;PP=39;ReadPosRankSum=-0.124;SC=AGACAGAAAACGAGTACTACC;SOR=0.307;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=24;TCF=17;TCR=7;TR=7;WE=210577839;WS=210577821;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,9:0.29:31
chr1	210577873	rs2066721	G	C	371.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.920;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.224;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=5;PP=194;ReadPosRankSum=0.559;SC=TTCGCTGCCTGTACTACACCA;SOR=0.442;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=53;TCF=40;TCR=13;TR=16;WE=210577881;WS=210577863;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,22:0.29:75
chr1	210577901	rs34228541	T	C	686.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-2.778;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.792;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=6;PP=211;ReadPosRankSum=-0.650;SC=CCTGGAGCTCTGCTGGCAGCA;SOR=0.544;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=71;TCF=51;TCR=20;TR=21;WE=210577909;WS=210577891;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,38:0.35:110
chr1	210591742	rs3215542	TG	T	908.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.922;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.864;HP=7;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.334;NF=1;NR=30;PP=732;ReadPosRankSum=-0.030;SC=GGAGCTGGAGTGGGGGGTGAG;SOR=0.854;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=82;TCF=3;TCR=79;TR=31;WE=210591750;WS=210591732;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,41:0.37:112
chr1	210686570	rs4545340	A	G	712.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.062;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.763;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=15;PP=355;ReadPosRankSum=-1.979;SC=ACATTGAATAACATGTCTATT;SOR=0.930;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=59;TCF=22;TCR=37;TR=21;WE=210686578;WS=210686560;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,37:0.41:90
chr1	210761462	rs4297293	G	C	3513.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=15;NR=85;PP=2585;SC=GATCCTTGCTGCTGTGTTAGG;SOR=2.938;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=101;TCF=15;TCR=86;TR=100;WE=210761470;WS=210761452;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr1	210804430	rs4951682	G	A	5554.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.696;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=394;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=94;NR=63;PP=2551;ReadPosRankSum=0.011;SC=ACAAACAGAGGTACTGGCTAC;SOR=0.713;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=263;TCF=154;TCR=109;TR=157;WE=210804438;WS=210804420;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:140,251:0.64:391
chr1	210856585	rs3135473	G	T	1266.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.642;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.084;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=16;PP=884;ReadPosRankSum=-0.552;SC=GGCAGGGTTGGAGGTATCTGT;SOR=0.877;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=125;TCF=89;TCR=36;TR=54;WE=210856593;WS=210856575;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:106,63:0.37:169
chr1	210856604	rs34689382	T	G	1730.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.935;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.762;HP=8;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=20;PP=1071;ReadPosRankSum=-0.684;SC=GTCTCTGACTTTTTTTTTAAA;SOR=0.570;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=150;TCF=105;TCR=45;TR=60;WE=210856612;WS=210856592;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:134,84:0.39:218
chr1	210857457	rs1135317	A	G	1147.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.147;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.876;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=31;PP=622;ReadPosRankSum=-0.313;SC=CACGTTTCACATCGCTGATCT;SOR=0.937;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=114;TCF=41;TCR=73;TR=45;WE=210857465;WS=210857447;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:104,61:0.37:165
chr1	210857483	rs144706702	GGA	G	84.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.121;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.92;ReadPosRankSum=-0.024;SOR=0.509;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:81,11:0.12:92
chr1	211276828	rs3762452	C	T	1916.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.132;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.587;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=23;PP=910;ReadPosRankSum=1.691;SC=AGAATGGTCTCAATACTCACT;SOR=0.777;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=105;TCF=60;TCR=45;TR=59;WE=211276836;WS=211276818;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,90:0.56:161
chr1	211280724	rs199641326	TAA	T,TA	7401.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.422;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=505;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.04;MQRankSum=0.383;QD=18.10;ReadPosRankSum=-0.686;SOR=0.673;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:28,233,148:0.57,0.36:409
chr1	211447435	rs5780634	CT	C	140.75	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=0;PP=102;SC=GTGCCTTTGGCTTTTTTTTTT;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=7;TCR=0;TR=6;WE=211447443;WS=211447433;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr1	211447625	rs11580084	G	A	4048.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=54;NR=47;PP=1797;SC=AAACACTTCAGTAGTAAGGCT;SOR=0.814;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=101;TCF=54;TCR=47;TR=101;WE=211447633;WS=211447615;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,155:1.00:155
chr1	211452529	rs10708960	TA	T	338.92	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.422;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.51;MQRankSum=0.856;QD=9.16;ReadPosRankSum=0.639;SOR=0.976;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,29:0.78:37
chr1	211452678	rs3767377	G	A	3632.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=32;NR=43;PP=1249;SC=ATCACTAGAAGTACTTGTGAT;SOR=0.910;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=75;TCF=32;TCR=43;TR=75;WE=211452686;WS=211452668;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,140:1.00:140
chr1	211452728	rs3767378	G	A	1739.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=31;PP=854;SC=ACAGTACTTCGTATTAAGAAA;SOR=1.609;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=42;TCF=11;TCR=31;TR=42;WE=211452736;WS=211452718;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr1	211527609	rs7530570	C	A	818.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=25;NR=3;PP=660;SC=TACAGGAGGCCCCTTCTGGGT;SOR=3.334;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=28;TCF=25;TCR=3;TR=28;WE=211527617;WS=211527599;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr1	211529846	rs41303277	A	G	5150.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-1.538;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=466;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.752;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=81;NR=77;PP=2310;ReadPosRankSum=1.272;SC=TGCTTTTGCCATTTTTCCAGG;SOR=0.638;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=282;TCF=138;TCR=144;TR=158;WE=211529854;WS=211529836;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:209,253:0.55:462
chr1	211545442	rs10717294	CT	C	369.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.937;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=1.670;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.55;MQRankSum=0.882;QD=9.73;ReadPosRankSum=0.087;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,30:0.79:38
chr1	211840278	rs1542140	T	C	228.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.698;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=2;PP=140;ReadPosRankSum=0.855;SC=AAATAAATCATTGCTATAACA;SOR=0.512;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=18;TCF=15;TCR=3;TR=9;WE=211840286;WS=211840268;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,11:0.46:24
chr1	211846876	rs701929	A	G	2875.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.734;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=413;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQ=59.98;MQRankSum=0.825;NF=55;NR=44;PP=1200;ReadPosRankSum=1.110;SC=AACTCGTGTCATGGTTTAATA;SOR=0.700;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=252;TCF=137;TCR=115;TR=99;WE=211846884;WS=211846866;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:241,162:0.40:403
chr1	211923435	rs11585946	G	A	1094.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.329;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.753;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=29;PP=579;ReadPosRankSum=1.588;SC=TACTGTAATGGTAGGTCTCCT;SOR=0.602;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=90;TCF=25;TCR=65;TR=40;WE=211923443;WS=211923425;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,53:0.47:113
chr1	212002789	rs151259797	T	C	137.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=2.183;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=5;PP=105;ReadPosRankSum=-2.054;SC=CCGGGTGTAGTACCTCGGTGA;SOR=0.425;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=16;TCF=3;TCR=13;TR=7;WE=212002797;WS=212002779;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,7:0.35:20
chr1	212156041	rs146700490	A	G	2256.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=2.748;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=370;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.952;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=29;PP=1104;ReadPosRankSum=-1.214;SC=AGAAACAGTTATATTAGTTAG;SOR=0.938;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=214;TCF=124;TCR=90;TR=78;WE=212156049;WS=212156031;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:240,124:0.34:364
chr1	212236157	rs4951436	G	T	3188.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=61;NR=24;PP=1911;SC=TCTACAAAATGTAAACTGAAA;SOR=1.630;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=85;TCF=61;TCR=24;TR=85;WE=212236165;WS=212236147;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr1	212240063	rs3738449	G	A	3129.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=69;NR=23;PP=2042;SC=AGTCAGTCTGGGGAGAAAAGT;SOR=1.959;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=92;TCF=69;TCR=23;TR=92;WE=212240071;WS=212240053;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr1	212241714	rs201294353	TA	T	85.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.825;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=247;ExcessHet=3.0103;FS=1.657;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.18;MQRankSum=4.379;QD=0.42;ReadPosRankSum=-0.302;SOR=0.924;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:160,45:0.22:205
chr1	212251103	rs6658972	A	G	795.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=13;PP=358;SC=ATCTGAAGATATATATGCTGT;SOR=1.402;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=4;TCR=13;TR=17;WE=212251111;WS=212251093;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr1	212251367	rs5780675	GT	G	1837.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=2.775;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=9.562;HP=12;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQRankSum=0.298;NF=54;NR=16;PP=1266;ReadPosRankSum=2.190;SC=GAAATCTGTTGTTTTTTTTTT;SOR=2.808;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=79;TCF=59;TCR=20;TR=70;WE=212251375;WS=212251357;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:6,92:0.94:98
chr1	212273639	rs3135474	C	T	11506.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.745;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=448;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=144;NR=126;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.496;SC=GCCCCCAGGGCAAAGTGCAAT;SOR=0.778;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=272;TCF=145;TCR=127;TR=270;WE=212273647;WS=212273629;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,438:1.00:440
chr1	212274413	rs6540718	A	C	2257.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=22;NR=36;PP=1157;SC=AGCGGAAAGAAATTGCCAAGC;SOR=1.179;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=58;TCF=22;TCR=36;TR=58;WE=212274421;WS=212274403;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr1	212475573	rs2298114	T	C	453.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.617;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.186;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=10;PP=178;ReadPosRankSum=0.401;SC=CTACAAATTATCTTACTGTAT;SOR=0.922;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=27;TCF=8;TCR=19;TR=13;WE=212475581;WS=212475563;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,23:0.53:43
chr1	212515613	rs1774249	C	T	4244.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=35;NR=63;PP=1867;SC=ATCAGAAATTCGTACAACAGG;SOR=1.164;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=98;TCF=35;TCR=63;TR=98;WE=212515621;WS=212515603;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,157:1.00:157
chr1	212521639	rs701908	T	G	11522.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.759;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=438;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=178;NR=112;PP=2965;ReadPosRankSum=1.967;SC=GATTGAAGCATAGCACTGTTC;SOR=1.077;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=291;TCF=179;TCR=112;TR=290;WE=212521647;WS=212521629;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,426:1.00:428
chr1	212526288	rs792442	C	T	10377.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.604;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=403;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.156;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=108;NR=121;PP=2965;ReadPosRankSum=0.800;SC=TGGGAAAATACCATTCCATTG;SOR=0.338;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=230;TCF=109;TCR=121;TR=229;WE=212526296;WS=212526278;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,392:1.00:393
chr1	212530192	rs792439	T	C	2409.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=12;NR=54;PP=1784;SC=ATTTTTTTGCTTATTGTATAC;SOR=2.630;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=67;TCF=13;TCR=54;TR=66;WE=212530200;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr1	212530659	.	CT	C	31.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.765;ClippingRankSum=0.000;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.24;MQRankSum=1.503;QD=1.02;ReadPosRankSum=-0.552;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,8:0.26:31
chr1	212538771	rs71690513	CT	C	65.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.131;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.22;MQRankSum=1.171;QD=2.74;ReadPosRankSum=0.435;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,11:0.46:24
chr1	212553111	rs701905	G	C	779.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=19;NR=4;PP=555;SC=TCCTGGGCCAGTGGGTCATCT;SOR=2.303;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=19;TCR=4;TR=23;WE=212553119;WS=212553101;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr1	212560327	rs792449	A	G	12213.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=454;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=116;NR=150;PP=2965;SC=GGTAGACCAGAAAGACGGCCA;SOR=0.869;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=266;TCF=116;TCR=150;TR=266;WE=212560335;WS=212560317;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,453:1.00:453
chr1	212588206	rs518793	C	G	7145.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=248;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=35;NR=163;PP=2965;SC=GAGGCGAAACCGGTCCGGAGG;SOR=2.664;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=198;TCF=35;TCR=163;TR=198;WE=212588214;WS=212588196;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,240:1.00:240
chr1	212617860	rs3222182	CGTGTGTGTGT	C,CGT	1290.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.13;QD=39.11;SOR=3.193;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:0,16,17:0.48,0.52:33
chr1	212791288	rs3839030	CGT	C	1131.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.62;QD=32.34;SOR=1.751;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr1	212792191	rs11571552	A	G	665.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=4.380;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.173;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=0;PP=504;ReadPosRankSum=-1.022;SC=CCCTCCTCCAAATGTGGACAG;SOR=3.788;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=25;TCF=25;TCR=0;TR=20;WE=212792199;WS=212792184;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,22:0.76:29
chr1	212798977	rs3122712	A	G	4737.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.168;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=388;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.210;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=74;PP=2182;ReadPosRankSum=0.953;SC=AAACCCACTAATGTGCTCAAT;SOR=0.781;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=239;TCF=113;TCR=126;TR=139;WE=212798985;WS=212798967;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:164,220:0.57:384
chr1	212799870	rs3122713	A	G	12302.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=445;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=164;NR=167;PP=2965;SC=CAGAGATGTGAACGTCATGGC;SOR=0.707;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=332;TCF=164;TCR=168;TR=331;WE=212799878;WS=212799860;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,441:1.00:441
chr1	212799949	rs3795842	C	T	13811.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=530;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=154;NR=168;PP=2965;SC=GGGCTGGAGACGGTTGGTTCT;SOR=0.736;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=323;TCF=154;TCR=169;TR=322;WE=212799957;WS=212799939;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,523:1.00:523
chr1	212900434	rs3835160	C	CG	1496.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=19;NR=8;PP=1124;SC=CTTCATCTTGCCAGTTCACCA;SOR=2.303;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=19;TCR=8;TR=27;WE=212900442;WS=212900424;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr1	212900487	rs2244935	A	G	2680.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=53;NR=25;PP=1811;SC=TTCTCTCCTAAACTGCCCCTA;SOR=1.559;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=78;TCF=53;TCR=25;TR=78;WE=212900495;WS=212900477;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr1	212911836	rs15702	T	C	2591.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.059;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=309;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.941;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=39;PP=1044;ReadPosRankSum=0.031;SC=TTCAGTACCATGTCAGAGGTT;SOR=0.567;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=188;TCF=113;TCR=75;TR=88;WE=212911844;WS=212911826;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:166,134:0.45:300
chr1	212912108	rs67229635	ATT	A	376.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.400;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=3.278;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.32;MQRankSum=1.642;QD=7.39;ReadPosRankSum=0.771;SOR=1.519;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,19:0.37:51
chr1	212955454	rs11120026	G	A	2002.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.583;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=255;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.254;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=26;PP=759;ReadPosRankSum=-0.302;SC=TTAGAGATGGGTATGTGTTAT;SOR=0.818;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=144;TCF=75;TCR=69;TR=60;WE=212955462;WS=212955444;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:147,107:0.42:254
chr1	212960866	rs3738800	C	T	1867.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=2.761;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.113;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=18;PP=945;ReadPosRankSum=0.922;SC=CAAAAATAACCCAGAAATTAA;SOR=1.003;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=93;TCF=58;TCR=35;TR=53;WE=212960874;WS=212960856;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,84:0.59:142
chr1	212969842	rs11421046	C	CT	122.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.826;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=1.545;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.72;ReadPosRankSum=1.299;SOR=1.106;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,11:0.42:26
chr1	212970375	rs1284800	A	G	4096.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=83;NR=31;PP=2609;SC=ACCATGCCCGACCTCTACTTA;SOR=1.802;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=114;TCF=83;TCR=31;TR=114;WE=212970383;WS=212970365;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,141:1.00:141
chr1	212985466	rs12130945	C	T	209.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.040;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=8.556;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.62;ReadPosRankSum=-0.365;SOR=0.604;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:42,16:0.28:58
chr1	213003428	rs12038225	T	G	195.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=3;PP=154;SC=TAGAATGGAATGAATAAAGAT;SOR=0.941;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=7;TCF=4;TCR=3;TR=7;WE=213003436;WS=213003418;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr1	213009469	rs10864004	A	G	1308.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-2.004;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.607;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=36;PP=640;ReadPosRankSum=0.870;SC=CATTATTTCAATGGTTCTGTT;SOR=0.605;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=133;TCF=42;TCR=91;TR=53;WE=213009477;WS=213009459;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:98,70:0.42:168
chr1	213031709	rs2201603	C	T	262.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.840;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=0;PP=207;ReadPosRankSum=0.119;SC=GGAGGTGGGGCCCCAGGAGGA;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=23;TCF=21;TCR=2;TR=11;WE=213031717;WS=213031704;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,11:0.48:23
chr1	213031948	rs11120047	G	C	1512.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.937;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.759;HP=6;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=20;PP=634;ReadPosRankSum=1.129;SC=GGTGAATGGGGCCCCCCGGGA;SOR=0.563;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=128;TCF=71;TCR=57;TR=43;WE=213031956;WS=213031934;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:121,81:0.40:202
chr1	213032568	rs12023052	T	A	1789.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.579;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.523;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=33;PP=780;ReadPosRankSum=-2.428;SC=GTCAGATCCTTAAAAGACCGG;SOR=0.771;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=128;TCF=48;TCR=80;TR=49;WE=213032586;WS=213032558;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:115,89:0.44:204
chr1	213046236	rs1890932	G	A	991.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-2.312;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=34;PP=748;ReadPosRankSum=-2.195;SC=ATTTAACCTAGTGGTTTGAAC;SOR=0.593;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=53;TCF=4;TCR=49;TR=37;WE=213046244;WS=213046226;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,39:0.71:55
chr1	213056819	rs2644547	A	G	4886.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=53;NR=54;PP=2106;SC=GCCTGGCCAAAAATTTTTCTT;SOR=0.737;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=108;TCF=54;TCR=54;TR=107;WE=213056827;WS=213056809;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,184:1.00:184
chr1	213056892	rs12125982	A	G	812.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.755;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=17;PP=381;ReadPosRankSum=-0.096;SC=TTGCTATCAAATATTTACATT;SOR=0.678;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=65;TCF=21;TCR=44;TR=26;WE=213056900;WS=213056882;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,40:0.44:91
chr1	213058852	rs7536716	T	A	426.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.173;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.247;HP=1;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=16;PP=282;ReadPosRankSum=-1.290;SC=AAGATACGGATTCTAAACACT;SOR=1.773;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=37;TCF=3;TCR=34;TR=17;WE=213058860;WS=213058842;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,14:0.38:37
chr1	213061362	rs2291772	T	A	1340.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.750;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=24;PP=648;ReadPosRankSum=-3.526;SC=CAGATGTGTTTAGGAGGAATG;SOR=0.665;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=57;TCF=21;TCR=36;TR=38;WE=213061370;WS=213061352;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,61:0.57:107
chr1	213061460	rs2291771	T	C	416.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.922;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5105;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=12;PP=290;ReadPosRankSum=0.040;SC=TTTTAAACTTTAAAGGATTCA;SOR=1.085;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=18;TCF=4;TCR=14;TR=16;WE=213061468;WS=213061450;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,18:0.75:24
chr1	213062017	rs112024320	T	TTTG	3415.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=0.626;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.842;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.375;NF=1;NR=50;PP=2434;ReadPosRankSum=0.508;SC=CATGGTTTTATTTGTTGTTGT;SOR=1.916;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=81;TCF=3;TCR=78;TR=51;WE=213062025;WS=213062007;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,81:0.96:84
chr1	213068192	rs2792558	T	C	1011.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=22;NR=9;PP=742;SC=TATTATTTTTTAGGCTGTTGG;SOR=1.609;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=22;TCR=9;TR=31;WE=213068200;WS=213068182;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr1	213068233	rs12408694	C	T	2218.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=39;NR=21;PP=1227;SC=CACTACAGTGCATTAAATTTG;SOR=1.367;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=60;TCF=39;TCR=21;TR=60;WE=213068241;WS=213068223;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr1	213068404	rs17019870	T	C	1086.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.400;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.797;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=22;PP=657;ReadPosRankSum=-2.239;SC=CTGTAAGTAATATTTTTATGA;SOR=0.491;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=68;TCF=25;TCR=43;TR=36;WE=213068412;WS=213068394;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,48:0.55:87
chr1	213068436	rs17019873	A	G	840.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=2.177;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=11.331;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=10;PP=560;ReadPosRankSum=-0.713;SC=AGAAGTATGTATAGAATAAAT;SOR=1.137;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=52;TCF=27;TCR=25;TR=28;WE=213068444;WS=213068426;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,35:0.57:61
chr1	213068542	rs146462077	C	CTGAT	4880.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.234;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.187;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=26;PP=2713;ReadPosRankSum=-0.851;SC=TTTTAATCTTCTGATTGTTTT;SOR=0.826;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=96;TCF=51;TCR=45;TR=50;WE=213068550;WS=213068532;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,116:0.61:191
chr1	213068595	rs3207090	C	T	2714.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.836;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=407;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.542;HP=5;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-0.779;NF=54;NR=33;PP=995;ReadPosRankSum=-2.110;SC=GAACCAAAAACGGTTATGTTG;SOR=0.751;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=233;TCF=139;TCR=94;TR=87;WE=213068603;WS=213068585;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:249,153:0.38:402
chr1	213124871	rs3123305	G	A	626.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=2.256;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.001;HP=7;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=7;PP=377;ReadPosRankSum=1.584;SC=CTCGCTCCCCGCCCAGGCCCC;SOR=0.533;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=65;TCF=49;TCR=16;TR=25;WE=213124879;WS=213124861;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,28:0.40:70
chr1	213134384	.	C	T	77.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=3.270;ClippingRankSum=0.000;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=0;PP=51;ReadPosRankSum=-0.419;SC=CCAGGGTGACCATGCTGCCAT;SOR=0.404;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=20;TCR=1;TR=5;WE=213134392;WS=213134374;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,5:0.23:22
chr1	213139748	rs3738805	T	G	542.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.388;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.784;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=19;PP=313;ReadPosRankSum=0.007;SC=CAATGGGGCTTGTTGTGCCTT;SOR=0.822;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=100;TCF=32;TCR=68;TR=28;WE=213139756;WS=213139738;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:95,34:0.26:129
chr1	213140362	rs10779597	G	A	492.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-1.859;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=5;PP=218;ReadPosRankSum=-2.613;SC=GTTGAGATTAGAGGCAGGAGC;SOR=0.819;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=56;TCF=38;TCR=18;TR=19;WE=213140370;WS=213140352;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,27:0.40:68
chr1	213140398	rs10779598	A	C	740.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-1.193;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.693;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=9;PP=263;ReadPosRankSum=0.697;SC=GCCAGGGAAAATTCTAAGAGT;SOR=0.813;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=93;TCF=57;TCR=36;TR=27;WE=213140406;WS=213140388;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,45:0.34:131
chr1	213146944	rs7511930	A	G	459.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-3.693;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.470;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=20;PP=388;ReadPosRankSum=-0.877;SC=CTGGTTTCTGAGGCAATAGAG;SOR=0.368;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=62;TCF=10;TCR=52;TR=24;WE=213146952;WS=213146934;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,23:0.37:63
chr1	213173457	rs3738806	C	T	271.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=2.452;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=2;PP=178;ReadPosRankSum=-0.546;SC=GAAACTGAACCTCAGAGATGT;SOR=0.829;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=22;TCF=17;TCR=5;TR=10;WE=213173465;WS=213173447;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,12:0.46:26
chr1	213178340	rs11120076	G	A	752.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.267;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=7;PP=518;ReadPosRankSum=-0.075;SC=GAGCAACTATGTCCACTCCCT;SOR=0.704;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=72;TCF=54;TCR=18;TR=31;WE=213178348;WS=213178330;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,36:0.44:82
chr1	213180441	rs202124670	GA	G,GAA	543.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.349;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FS=13.133;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.38;MQRankSum=1.402;QD=5.28;ReadPosRankSum=1.308;SOR=0.116;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:25,45,33:0.44,0.32:103
chr1	213224719	rs4951476	T	C	4114.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.21;SOR=0.841;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,157:1.00:157
chr1	213405414	rs11271079	GGCAACTGAGGAT	G	4618.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.293;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=0.9942;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.332;NF=26;NR=26;PP=2937;ReadPosRankSum=1.512;SC=AGGCTCCAAAGGCAACTGAGG;SOR=0.825;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=64;TCF=36;TCR=28;TR=52;WE=213405433;WS=213405404;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,109:0.99:110
chr1	214478459	rs6540819	G	A	7815.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=322;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.05;SOR=0.706;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,312:1.00:312
chr1	214492106	rs34932055	C	A	1959.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=57;NR=9;PP=1585;SC=TTTTTTTTCGCCCGTTCCTTT;SOR=3.293;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=67;TCF=58;TCR=9;TR=66;WE=214492114;WS=214492096;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr1	214492286	rs1134647	G	A	10229.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=385;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.71;SOR=0.917;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,383:1.00:383
chr1	214503489	rs2291830	T	G	11719.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.523;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=472;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=126;NR=121;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.824;SC=AGACTGAAGCTTTATCTTTTT;SOR=0.715;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=247;TCF=126;TCR=121;TR=247;WE=214503497;WS=214503479;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,463:1.00:465
chr1	214504604	rs2270704	T	C	3255.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=25;NR=60;PP=1875;SC=GTTGTATGATTTTATTTCCCC;SOR=1.510;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=86;TCF=25;TCR=61;TR=85;WE=214504612;WS=214504594;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr1	214505596	rs1874804	C	T	3118.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=39;NR=50;PP=1518;SC=AGAATGTATACGATAGTGTCA;SOR=0.928;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=89;TCF=39;TCR=50;TR=89;WE=214505604;WS=214505586;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr1	214509970	rs12406647	C	T	2571.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=0.176;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.591;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=36;PP=1532;ReadPosRankSum=0.446;SC=CAGAGAGATCCAACTTAAAGT;SOR=0.641;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=145;TCF=91;TCR=54;TR=97;WE=214509978;WS=214509960;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,112:0.64:174
chr1	214542668	rs3002311	T	C	1597.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=42;NR=6;PP=1211;SC=AAGGAATATATATTTCAATAT;SOR=3.300;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=50;TCF=44;TCR=6;TR=48;WE=214542676;WS=214542658;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr1	214542819	rs1135352	T	C	13736.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=520;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=192;NR=156;PP=2965;SC=CTTGGACATCTTCTGGACAGC;SOR=0.869;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=349;TCF=193;TCR=156;TR=348;WE=214542827;WS=214542809;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,516:1.00:516
chr1	214543098	rs3738425	A	G	510.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.294;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.636;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=13;PP=270;ReadPosRankSum=0.987;SC=TTTTAATCCTAAGATATGAAG;SOR=0.243;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=45;TCF=9;TCR=36;TR=18;WE=214543106;WS=214543088;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,24:0.41:59
chr1	214549501	rs1125452	C	T	818.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=2.301;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=5;PP=517;ReadPosRankSum=-0.899;SC=TTCTTCTCCCCGCATTTTTCC;SOR=0.929;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=44;TCF=34;TCR=10;TR=27;WE=214549509;WS=214549491;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,33:0.65:51
chr1	214551276	rs3013451	G	A	4440.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=94;NR=35;PP=2763;SC=CAGAGAATGAGTCACATTGAC;SOR=1.765;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=129;TCF=94;TCR=35;TR=129;WE=214551284;WS=214551266;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,158:1.00:158
chr1	214558228	rs3013446	A	G	542.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=3;NR=16;PP=437;SC=ATTTAAACAAATCATAAAAAG;SOR=2.948;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=19;TCF=3;TCR=16;TR=19;WE=214558236;WS=214558218;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr1	214564340	rs7550799	T	C	14024.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.696;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=549;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=145;NR=221;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.310;SC=CCAGAGAGGATCGGCTCCAGG;SOR=1.057;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=366;TCF=145;TCR=221;TR=366;WE=214564348;WS=214564330;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,529:1.00:531
chr1	214564442	rs11120307	C	G	2559.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=8;NR=61;PP=1790;SC=TATAAAAAGACCAGATAGACA;SOR=3.030;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=69;TCF=8;TCR=61;TR=69;WE=214564450;WS=214564432;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr1	214566845	rs7355212	A	G	764.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=17;NR=4;PP=480;SC=TTCTCTCTCTAGGCATATGCA;SOR=2.303;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=21;TCF=17;TCR=4;TR=21;WE=214566853;WS=214566835;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr1	214566952	rs4655342	A	G	2909.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=45;NR=23;PP=1465;SC=AAGAGTGAATAGGAAAAGAGA;SOR=1.314;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=69;TCF=46;TCR=23;TR=68;WE=214566960;WS=214566942;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr1	214567013	rs11322819	CG	C	4574.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQ=60.07;NF=17;NR=44;PP=1747;SC=GCCATCAAGTCGGGGGGGATT;SOR=0.821;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=65;TCF=19;TCR=46;TR=61;WE=214567022;WS=214567003;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,149:1.00:149
chr1	214571251	rs11580603	A	C	3980.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.206;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=546;ExcessHet=3.0103;FS=2.522;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.47;ReadPosRankSum=-0.512;SOR=0.535;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:320,213:0.40:533
chr1	214575122	rs17022807	T	C	4385.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.078;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=345;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.827;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=66;PP=1973;ReadPosRankSum=1.214;SC=TCCACTAAAATCAAAATAGCA;SOR=0.584;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=221;TCF=102;TCR=119;TR=127;WE=214575130;WS=214575112;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:133,207:0.61:340
chr1	214638172	rs10864100	C	T	6845.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=2.898;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=512;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.183;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=74;NR=153;PP=2962;ReadPosRankSum=1.356;SC=GGACGCCGCCCGCCTATCCTG;SOR=0.794;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=367;TCF=121;TCR=246;TR=227;WE=214638180;WS=214638162;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:184,303:0.62:487
chr1	214825289	rs71679696	CT	C	136.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.179;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=235;ExcessHet=3.0103;FS=4.806;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.74;ReadPosRankSum=0.716;SOR=0.381;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:149,37:0.20:186
chr1	214826196	rs335524	G	A	2698.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=45;NR=34;PP=1507;SC=CAGACATACCGAGAGAAATTG;SOR=0.979;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=79;TCF=45;TCR=34;TR=79;WE=214826204;WS=214826186;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr1	214826364	rs335523	G	A	1996.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=21;NR=39;PP=1155;SC=TCATGATTTCGAATGGTTTAT;SOR=1.257;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=60;TCF=21;TCR=39;TR=60;WE=214826372;WS=214826354;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr1	214826810	.	CTT	C,CT	4656.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.147;ClippingRankSum=0.000;DP=444;ExcessHet=3.0103;FS=0.579;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.10;MQRankSum=0.780;QD=12.06;ReadPosRankSum=1.339;SOR=0.760;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:57,80,249:0.21,0.65:386
chr1	214828812	rs435043	A	G	5209.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.904;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=88;PP=2570;ReadPosRankSum=-0.818;SC=AACATATGGTATGCGTGCATA;SOR=1.325;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=131;TCF=42;TCR=89;TR=129;WE=214828820;WS=214828802;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,195:0.99:197
chr1	214830617	rs438034	A	G	14793.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=554;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=179;NR=186;PP=2965;SC=GGAGAATGGTAGAGGACCAAC;SOR=0.701;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=366;TCF=179;TCR=187;TR=365;WE=214830625;WS=214830607;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,542:1.00:542
chr1	214837110	rs7289	C	G	6608.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=246;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=46;NR=131;PP=2965;SC=TGGAGTCCAACGGCAGTGAGA;SOR=1.777;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=177;TCF=46;TCR=131;TR=177;WE=214837118;WS=214837100;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,236:1.00:236
chr1	215256537	rs201482650	TC	T	329.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.219;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=3.183;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.99;ReadPosRankSum=0.406;SOR=2.093;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,16:0.73:22
chr1	215345263	rs3834061	GTCTCTC	G	681.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.171;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=6.532;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.33;MQRankSum=1.993;QD=11.18;ReadPosRankSum=-0.508;SOR=1.711;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:40,21:0.34:61
chr1	215368514	rs1556907	A	G	1759.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=48;PP=1339;SC=TTATGTTTACATTTAAAATAT;SOR=3.538;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=55;TCF=7;TCR=48;TR=55;WE=215368522;WS=215368504;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr1	215408057	rs11120527	G	T	482.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-2.089;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=5;PP=301;ReadPosRankSum=0.032;SC=TGCTGTAAAAGACTACTCCAC;SOR=1.058;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=22;TCF=16;TCR=6;TR=18;WE=215408065;WS=215408047;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,21:0.78:27
chr1	215741053	rs2275768	T	G	1523.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=-0.122;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=20;PP=586;ReadPosRankSum=-1.004;SC=CTGCGGCAGCTTCCCCGCGGC;SOR=0.641;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=57;TCF=33;TCR=24;TR=46;WE=215741061;WS=215741043;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,75:0.70:107
chr1	215753355	rs11803705	T	G	4255.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.020;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=320;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.586;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=85;PP=2412;ReadPosRankSum=-1.054;SC=AGTGTATAATTAATAATGCTT;SOR=0.553;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=220;TCF=92;TCR=128;TR=151;WE=215753363;WS=215753345;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:112,196:0.64:308
chr1	215781574	rs3767255	A	G	699.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-2.487;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.044;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=16;PP=390;ReadPosRankSum=0.814;SC=GAAGAAGCATATCAACTAATA;SOR=0.138;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=43;TCF=12;TCR=31;TR=25;WE=215781582;WS=215781564;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,31:0.63:49
chr1	215793834	rs14137	G	A	2355.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.413;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=259;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=36;PP=1178;ReadPosRankSum=1.551;SC=CCTATCTGGCGTCATCACCAA;SOR=0.713;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=162;TCF=87;TCR=75;TR=79;WE=215793842;WS=215793824;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:136,116:0.46:252
chr1	215814142	rs371387260	TA	T	133.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.062;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FS=2.634;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.69;ReadPosRankSum=0.619;SOR=0.352;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:58,21:0.27:79
chr1	215848641	rs2797235	T	C	20561.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=788;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=239;NR=248;PP=2965;SC=CGGCCTGGATTGTCTGATTTC;SOR=0.722;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=487;TCF=239;TCR=248;TR=487;WE=215848649;WS=215848631;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,777:1.00:777
chr1	215853748	rs5780842	GT	G	2167.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.561;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FR=0.5826;FS=0.000;HP=14;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.933;NF=5;NR=75;PP=949;ReadPosRankSum=2.466;SC=TTAAGTTGTTGTTTTTTTTTT;SOR=0.666;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=105;TCF=6;TCR=99;TR=80;WE=215853768;WS=215853738;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,134:0.83:161
chr1	215853835	rs12140451	A	G	260.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=1.892;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.695;NF=0;NR=10;PP=145;ReadPosRankSum=-2.584;SC=CAGCGCAAACACTACAGCAGA;SOR=0.929;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=36;TCF=5;TCR=31;TR=10;WE=215853843;WS=215853825;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,14:0.36:39
chr1	215901492	rs2820718	C	T	2028.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.606;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=245;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.410;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=38;PP=1027;ReadPosRankSum=-1.063;SC=TCCAATTCAACAGAACTGAAT;SOR=0.789;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=152;TCF=75;TCR=77;TR=68;WE=215901500;WS=215901482;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:136,102:0.43:238
chr1	215914646	rs6694510	T	A	532.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-5.284;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.532;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=6;PP=382;ReadPosRankSum=1.605;SC=TATAAAATGCTCTTGATTCTG;SOR=0.100;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=43;TCF=35;TCR=8;TR=25;WE=215914654;WS=215914636;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,25:0.52:48
chr1	215914826	rs35309576	T	C	2927.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.430;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=252;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.814;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQ=60.04;MQRankSum=0.898;NF=35;NR=43;PP=1173;ReadPosRankSum=-1.312;SC=TTAAGATCCATTGGGGCTGCT;SOR=0.521;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=152;TCF=65;TCR=87;TR=78;WE=215914834;WS=215914816;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:111,140:0.56:251
chr1	215916563	rs11120616	G	A	6288.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.850;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=526;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.28;ReadPosRankSum=-0.784;SOR=0.715;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:193,319:0.62:512
chr1	215931922	.	CT	C	64.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.766;ClippingRankSum=0.000;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=3.264;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.22;ReadPosRankSum=1.550;SOR=1.284;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,15:0.28:53
chr1	215956304	rs7518466	A	G	615.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.046;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=14;PP=268;ReadPosRankSum=0.949;SC=TAGACAGGGAAGTTTCTCTTA;SOR=0.716;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=56;TCF=17;TCR=39;TR=19;WE=215956312;WS=215956294;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,34:0.33:103
chr1	215960167	rs10864198	T	G	2401.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.196;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=267;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.477;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=59;PP=1370;ReadPosRankSum=-0.377;SC=GCCACAATGTTCTGTGGCTTC;SOR=0.632;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=197;TCF=63;TCR=134;TR=87;WE=215960175;WS=215960157;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:146,115:0.44:261
chr1	216051287	rs7518358	A	G	2309.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-2.304;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=322;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=54;PP=1098;ReadPosRankSum=-1.180;SC=ACCAAAACTCAGGCTGTTCTG;SOR=0.688;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=212;TCF=70;TCR=142;TR=83;WE=216051295;WS=216051277;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:195,123:0.39:318
chr1	216052549	rs6669557	A	G	255.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-0.613;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.153;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=10;PP=175;ReadPosRankSum=-1.832;SC=CATTTTCTAAATGGCTACATT;SOR=0.260;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=33;TCF=3;TCR=30;TR=11;WE=216052557;WS=216052539;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,13:0.36:36
chr1	216073289	rs56074952	G	T	1278.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-3.084;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=8;PP=918;ReadPosRankSum=-0.108;SC=TCTTGCCCTAGAAAAGGTTAT;SOR=0.760;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=81;TCF=67;TCR=14;TR=52;WE=216073297;WS=216073279;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,54:0.67:81
chr1	216073395	rs12401812	G	A	2896.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.947;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=429;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=43;PP=1340;ReadPosRankSum=2.076;SC=ACATTTGGCTGTGTATTGTTC;SOR=0.668;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=279;TCF=167;TCR=112;TR=104;WE=216073403;WS=216073385;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:267,158:0.37:425
chr1	216073505	rs12404427	C	T	3217.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.599;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=440;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.535;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=59;PP=1467;ReadPosRankSum=0.986;SC=ACTCTGTGTACGGTTGGAGAT;SOR=0.641;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=262;TCF=106;TCR=156;TR=102;WE=216073513;WS=216073495;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:255,171:0.40:426
chr1	216143948	rs6689120	T	C	1997.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.189;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=325;ExcessHet=3.0103;FS=1.918;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.22;ReadPosRankSum=-2.148;SOR=0.580;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:202,119:0.37:321
chr1	216172380	rs10864219	A	G	1574.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.002;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.679;HP=7;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=34;PP=773;ReadPosRankSum=-0.335;SC=AATCCCACTTATTTTTCTTGG;SOR=1.161;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=83;TCF=29;TCR=54;TR=49;WE=216172388;WS=216172370;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,73:0.60:121
chr1	216219781	rs6657250	A	G	7291.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.583;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=283;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=99;NR=74;PP=2965;ReadPosRankSum=1.193;SC=ACCTGTGACTATGTAGTTCTC;SOR=0.878;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=173;TCF=99;TCR=74;TR=173;WE=216219789;WS=216219771;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,280:0.99:282
chr1	216246675	rs35944387	AG	A	3705.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=58;PP=2534;SC=TATCGCATAAAGGGCTTGAGT;SOR=1.588;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=65;TCF=4;TCR=61;TR=62;WE=216246683;WS=216246665;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr1	216258194	rs56110889	G	T	1778.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-3.946;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.494;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=46;PP=1029;ReadPosRankSum=0.975;SC=CCTTGAGACAGCCCACAAAAC;SOR=0.483;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=146;TCF=47;TCR=99;TR=73;WE=216258202;WS=216258184;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:98,89:0.48:187
chr1	216348764	rs1805049	C	T	2450.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.363;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.291;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=45;PP=1134;ReadPosRankSum=1.117;SC=TGGAAACCACCTAAGATGGAT;SOR=0.823;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=106;TCF=38;TCR=68;TR=69;WE=216348772;WS=216348754;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,110:0.66:167
chr1	216370108	rs447102	C	T	779.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=3.058;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=30;PP=586;ReadPosRankSum=0.620;SC=CAATGAATGTCGTCCCTATAT;SOR=0.804;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=84;TCF=11;TCR=73;TR=34;WE=216370116;WS=216370098;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,36:0.39:92
chr1	216370130	rs386851	T	G	2398.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=57;PP=1680;SC=TTTTTAAATTTAATTCACACA;SOR=4.047;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=63;TCF=6;TCR=57;TR=63;WE=216370138;WS=216370120;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr1	216371934	rs646094	A	C	1046.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=4.227;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.307;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=36;PP=848;ReadPosRankSum=0.972;SC=TTCCTAGAGAAATTAAATAGT;SOR=1.160;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=99;TCF=18;TCR=81;TR=42;WE=216371942;WS=216371924;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,43:0.40:107
chr1	216373476	.	G	GA	126.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.311;ClippingRankSum=0.000;DP=158;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.14;MQRankSum=2.064;QD=1.02;ReadPosRankSum=0.936;SOR=0.774;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:101,23:0.19:124
chr1	216390694	rs1324330	C	T	2848.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-2.369;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.846;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=36;PP=1597;ReadPosRankSum=0.044;SC=TATGATGCTGCTTCACACACC;SOR=0.541;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=154;TCF=98;TCR=56;TR=96;WE=216390702;WS=216390684;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,128:0.63:202
chr1	216592003	rs4253963	T	C	12411.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.637;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=512;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=147;NR=137;PP=2965;ReadPosRankSum=0.781;SC=GCCCATCTACTGTCTTTTCTA;SOR=0.739;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=291;TCF=150;TCR=141;TR=284;WE=216592011;WS=216591993;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,493:0.99:497
chr1	216595306	rs10779261	C	T	12631.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=494;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=152;NR=156;PP=2965;SC=ATAAAACTTGCAGAATTGCTA;SOR=0.693;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=308;TCF=152;TCR=156;TR=308;WE=216595314;WS=216595296;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,480:1.00:480
chr1	216737861	rs11117622	G	T	256.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=3.844;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.965;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=10;PP=174;ReadPosRankSum=-0.496;SC=GGCTCAATAGGTATATATTAA;SOR=1.802;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=27;TCF=2;TCR=25;TR=10;WE=216737869;WS=216737851;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,11:0.39:28
chr1	216824505	rs10863261	C	G	490.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.130;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=15;PP=288;ReadPosRankSum=-2.441;SC=AAGGCAATGTCAACTCTATTA;SOR=0.749;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=64;TCF=17;TCR=47;TR=20;WE=216824513;WS=216824495;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,25:0.33:75
chr1	216880662	rs11572672	G	A	8176.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.979;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=629;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.144;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=165;NR=108;PP=2962;ReadPosRankSum=0.903;SC=TGGCAACTTTGGTGATCAAGT;SOR=0.634;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=431;TCF=265;TCR=166;TR=273;WE=216880670;WS=216880652;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:234,380:0.62:614
chr1	217604777	rs7520483	G	A	3289.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=29;NR=58;PP=1814;SC=CTATGAAAACGATGTTCTCCT;SOR=1.247;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=88;TCF=29;TCR=59;TR=87;WE=217604785;WS=217604767;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
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chr1	217804955	rs10495062	T	C	500.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=3.366;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.683;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=17;PP=422;ReadPosRankSum=0.120;SC=TCTGTTACCATACAACGAAAT;SOR=1.670;SbPval=0.96;Source=Platypus;TC=34;TCF=6;TCR=28;TR=18;WE=217804963;WS=217804945;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,20:0.54:37
chr1	217842180	.	T	C	51	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MMLQ=25;MQ=60.0;NF=4;NR=0;PP=51;QD=21.4428031368;SC=TTGACTACCATAGATTTTTAC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=7;TCR=1;TR=4;WE=217842188;WS=217842170;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:4,4:0.50:8
chr1	217842575	rs115200514	C	A	52.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.834;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=3.310;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=8.79;ReadPosRankSum=-1.111;SOR=0.105;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,4:0.67:6
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chr1	217915324	rs34347452	C	T	3133.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.866;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=264;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.808;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=69;NR=34;PP=1650;ReadPosRankSum=0.801;SC=CAGGAAGGCACTGGAGGAGTT;SOR=0.871;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=172;TCF=111;TCR=61;TR=103;WE=217915332;WS=217915314;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:111,146:0.57:257
chr1	217947738	rs6604561	G	A	10435.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=395;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=139;NR=110;PP=2965;SC=TGCAATTACAGAAGGCAAAGC;SOR=0.835;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=249;TCF=139;TCR=110;TR=249;WE=217947746;WS=217947728;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,390:1.00:390
chr1	217974998	rs17676037	A	T	262.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.107;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=3;PP=133;ReadPosRankSum=-1.180;SC=ACAAAGCCTTATTTTAAAAAT;SOR=0.857;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=30;TCF=20;TCR=10;TR=11;WE=217975006;WS=217974988;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,14:0.37:38
chr1	217975289	rs55773207	C	T	155.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-1.424;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=4;PP=53;ReadPosRankSum=-1.434;SC=ACAATTAAGACCTTTATGGTA;SOR=0.399;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=4;WE=217975297;WS=217975279;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,7:0.64:11
chr1	218458551	rs946213	T	C	1030.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-2.227;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=4;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=2;PP=958;ReadPosRankSum=-1.871;SC=CCCGGAACTCTGGGCTAGACG;SOR=0.593;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=27;TCF=23;TCR=4;TR=16;WE=218458565;WS=218458541;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,26:0.70:37
chr1	218458557	rs3831934	AG	A	1161.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-1.111;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=4;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=3;PP=960;ReadPosRankSum=-2.582;SC=ACTCTGGGCTAGACGACCCCG;SOR=0.693;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=25;TCF=20;TCR=5;TR=15;WE=218458565;WS=218458541;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,30:0.68:44
chr1	218475533	rs2251169	C	T	633.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-1.231;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=6;PP=469;ReadPosRankSum=-0.240;SC=ACCCCCCTTGCAAAAATGGGG;SOR=0.610;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=51;TCF=41;TCR=10;TR=26;WE=218475541;WS=218475523;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,28:0.45:62
chr1	218578726	rs142802402	ACT	A	193.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.915;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FS=5.234;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.05;MQRankSum=2.690;QD=1.37;ReadPosRankSum=-1.334;SOR=1.404;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:121,20:0.14:141
chr1	218683417	rs11422961	C	CT	78.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.450;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=3.187;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.19;MQRankSum=0.000;QD=1.54;ReadPosRankSum=1.417;SOR=0.970;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,13:0.25:51
chr1	219366400	rs35359058	T	TG	461.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.397;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=61.53;MQRankSum=0.577;QD=24.30;ReadPosRankSum=-1.006;SOR=3.056;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,18:0.95:19
chr1	219383848	rs5781096	A	ACTTTTT	2289.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=31;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=13;PP=1372;SC=TATGTATTCTACTTTTAAGTA;SOR=1.067;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=26;TCF=12;TCR=14;TR=22;WE=219383856;WS=219383838;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr1	219383867	rs940571	T	C	2061.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=44;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=32;NR=16;PP=1085;SC=TATGTTTTTGTTTTTAGGAGG;SOR=1.179;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=48;TCF=32;TCR=16;TR=48;WE=219383875;WS=219383857;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr1	219383905	rs940570	A	G	2778.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=38;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=28;NR=29;PP=1132;SC=GCATGGCAATACATTTAGCAT;SOR=0.732;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=57;TCF=28;TCR=29;TR=57;WE=219383913;WS=219383895;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr1	219706327	rs2785986	A	G	1889.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-3.968;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.519;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=19;PP=899;ReadPosRankSum=0.530;SC=AATATATGACATTATAATTAA;SOR=0.518;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=175;TCF=132;TCR=43;TR=71;WE=219706335;WS=219706317;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:128,102:0.44:230
chr1	219783257	rs183522757	A	C	5388.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=2.246;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=499;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.188;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=13.244;NF=95;NR=89;PP=2508;ReadPosRankSum=-0.593;SC=CTTCAGGCACAGTGACTGATT;SOR=0.502;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=382;TCF=181;TCR=201;TR=184;WE=219783265;WS=219783247;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:223,260:0.54:483
chr1	219783279	rs79789352	T	A	2747.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.011;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=376;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=12.786;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-15.667;NF=62;NR=97;PP=2373;ReadPosRankSum=-1.222;SC=GTCCTCAGAGTCAAGCAGGAC;SOR=1.201;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=330;TCF=155;TCR=175;TR=159;WE=219783287;WS=219783269;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:217,145:0.40:362
chr1	220089352	rs2231734	A	C	1101.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=33;PP=758;SC=ATGGAACTACAGGAGGGATAT;SOR=3.312;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=37;TCF=4;TCR=33;TR=37;WE=220089360;WS=220089342;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr1	220101022	.	A	AC	1381.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.213;ClippingRankSum=0.000;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=38.38;ReadPosRankSum=0.138;SOR=1.067;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,34:0.94:36
chr1	220101024	.	A	AC	540.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.300;ClippingRankSum=0.000;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=2.139;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.52;ReadPosRankSum=1.101;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,32:0.80:40
chr1	220142023	rs1061248	C	T	590.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=2.187;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=3;PP=404;ReadPosRankSum=0.214;SC=AATAATTGTCCTGTGTGACTT;SOR=1.022;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=31;TCF=26;TCR=5;TR=21;WE=220142031;WS=220142013;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,23:0.70:33
chr1	220142070	rs1061242	C	T	1106.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.107;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.152;HP=4;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=13;PP=633;ReadPosRankSum=0.064;SC=AATCATAAAACGGTCTGTATC;SOR=1.005;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=59;TCF=39;TCR=20;TR=42;WE=220142078;WS=220142060;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,52:0.70:74
chr1	220145371	rs2795315	T	G	1424.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=27;NR=10;PP=746;SC=ACAATTTACTTAAATATTCTT;SOR=1.480;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=37;TCF=27;TCR=10;TR=37;WE=220145379;WS=220145361;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr1	220145584	rs1982986	C	T	610.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=2.400;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.972;HP=1;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=12;PP=387;ReadPosRankSum=1.046;SC=AAAAGACAACCTGGGAGTGAG;SOR=0.855;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=42;TCF=18;TCR=24;TR=21;WE=220145592;WS=220145574;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,28:0.47:60
chr1	220145651	.	GTTACC	G	478.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=1.164;ClippingRankSum=0.000;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=4;PP=228;ReadPosRankSum=1.170;SC=GTATATCAGAGTTACCTTATC;SOR=0.446;SbPval=0.21;Source=Platypus;TC=14;TCF=2;TCR=12;TR=6;WE=220145663;WS=220145641;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,13:0.57:23
chr1	220151808	rs3215088	C	CAA	2033.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.619;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.532;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=6;PP=1888;ReadPosRankSum=3.009;SC=TGAGAAACCTCGTTTTATAAA;SOR=0.374;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=71;TCF=62;TCR=9;TR=42;WE=220151816;WS=220151798;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,49:0.63:78
chr1	220153332	rs34917248	T	TAA	5748.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQ=60.23;NF=45;NR=30;PP=2975;SC=ACTTATTTTTTAAGAGTCTAC;SOR=1.627;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=84;TCF=53;TCR=31;TR=75;WE=220153340;WS=220153322;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,137:1.00:137
chr1	220154246	rs35193743	AT	A	1313.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.785;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=0.7114;FS=0.000;HP=12;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.996;NF=3;NR=49;PP=559;ReadPosRankSum=1.055;SC=GAGCTTTTCAATTTTTTTTTT;SOR=0.742;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=77;TCF=4;TCR=73;TR=52;WE=220154255;WS=220154236;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:11,83:0.88:94
chr1	220154659	rs10595099	TAAA	T	5705.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.408;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FS=3.358;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.22;MQRankSum=0.282;QD=30.84;ReadPosRankSum=2.152;SOR=2.161;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:5,180:0.97:185
chr1	220154768	rs1061160	C	T	3702.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.902;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=697;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.553;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=-0.629;NF=65;NR=72;PP=1579;ReadPosRankSum=1.395;SC=CTCTGTGTGACTGTACCCATT;SOR=0.740;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=406;TCF=202;TCR=204;TR=137;WE=220154776;WS=220154758;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:456,227:0.33:683
chr1	220156090	rs2647462	T	C	10885.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.722;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=426;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=134;NR=125;PP=2965;ReadPosRankSum=0.092;SC=GAGCATTCTCTTGCACTCCAA;SOR=0.408;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=265;TCF=136;TCR=129;TR=259;WE=220156098;WS=220156080;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,417:0.99:420
chr1	220156427	rs1391566	T	C	553.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.821;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=0;PP=341;ReadPosRankSum=0.173;SC=AACTTTTTAATAAAAATGGCT;SOR=0.941;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=24;TCF=23;TCR=1;TR=16;WE=220156435;WS=220156420;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,22:0.73:30
chr1	220156704	rs5030752	T	C	3589.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-2.551;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=260;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.378;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=45;PP=783;ReadPosRankSum=-0.607;SC=CAGCCACTTATGTCATGGTAT;SOR=0.465;SbPval=0.26;Source=Platypus;TC=160;TCF=53;TCR=107;TR=74;WE=220156712;WS=220156694;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:141,113:0.44:254
chr1	220156729	rs5030754	C	T	2975.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.864;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.599;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=38;PP=835;ReadPosRankSum=-0.815;SC=TCATTTCTGACTTTGTGATGA;SOR=0.610;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=117;TCF=31;TCR=86;TR=53;WE=220156737;WS=220156719;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:93,79:0.46:172
chr1	220160360	rs2647435	A	G	2052.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-1.902;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=9;PP=1458;ReadPosRankSum=1.116;SC=ATCTGCTGACATTGTAGCTTT;SOR=2.033;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=72;TCF=63;TCR=9;TR=71;WE=220160368;WS=220160350;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,78:0.99:79
chr1	220160433	rs2647434	A	G	7788.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.887;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=289;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=135;NR=71;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.789;SC=ACTATTAAGAATTGAATTAAT;SOR=1.305;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=208;TCF=136;TCR=72;TR=206;WE=220160441;WS=220160423;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,283:0.99:285
chr1	220162195	rs2254494	T	C	4007.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=1.294;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.577;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=96;PP=2919;ReadPosRankSum=1.803;SC=GAGATATTTATAAAACTTTGG;SOR=2.303;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=124;TCF=28;TCR=96;TR=123;WE=220162203;WS=220162185;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,138:0.99:140
chr1	220178717	rs5781162	T	TA	3009.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=8;NR=37;PP=1857;SC=AAAGATGATATAAACCAAAGT;SOR=0.925;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=48;TCF=8;TCR=40;TR=45;WE=220178725;WS=220178707;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr1	220184150	rs34170326	CA	C	424	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.197;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.34;ReadPosRankSum=1.145;SOR=0.743;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,33:0.80:41
chr1	220184164	rs28570471	A	G	1953.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=33.69;SOR=2.554;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr1	220191932	rs35962858	G	GA	109.92	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.47;MQRankSum=0.140;QD=12.21;ReadPosRankSum=0.765;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,8:0.89:9
chr1	220192192	rs34320023	TA	T	484.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.177;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.46;MQRankSum=0.707;QD=11.02;ReadPosRankSum=1.513;SOR=1.666;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:6,38:0.86:44
chr1	220192495	rs2245457	C	G	4323.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.280;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=88;PP=2663;ReadPosRankSum=1.791;SC=GATACTTAATCAATAATAAAT;SOR=0.831;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=123;TCF=34;TCR=89;TR=122;WE=220192503;WS=220192485;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,152:0.99:153
chr1	220197545	rs2577159	C	T	3423.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=79;NR=25;PP=2260;SC=AAAGAAATCACGTTCTACTAA;SOR=2.224;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=104;TCF=79;TCR=25;TR=104;WE=220197553;WS=220197535;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr1	220197625	rs2230301	G	T	9656.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-2.328;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=381;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=132;NR=111;PP=2965;ReadPosRankSum=1.688;SC=TATGTTTAGAGTCTATCCTCT;SOR=0.283;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=245;TCF=134;TCR=111;TR=243;WE=220197633;WS=220197615;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,371:1.00:372
chr1	220205943	rs2789816	G	A	2416.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.976;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=57;PP=1641;ReadPosRankSum=-0.913;SC=GTGACTAATTGAAGTAATTGA;SOR=1.222;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=72;TCF=14;TCR=58;TR=71;WE=220205951;WS=220205933;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,84:0.99:85
chr1	220205980	rs2577138	A	C	1147.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=1.105;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=32;PP=918;ReadPosRankSum=-0.738;SC=GCTTCTAAAGAAAATGAAATG;SOR=2.948;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=36;TCF=3;TCR=33;TR=35;WE=220205988;WS=220205970;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,36:0.97:37
chr1	220207017	rs2647456	C	T	2433.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=21;NR=45;PP=1216;SC=ACATAAAAGACAGAAAAGAAA;SOR=1.389;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=66;TCF=21;TCR=45;TR=66;WE=220207025;WS=220207007;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
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chr1	220239448	rs1146773	T	C	6504.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.745;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=252;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=92;PP=2965;ReadPosRankSum=0.256;SC=TTAACTGCTGTTTTTCATTGT;SOR=1.043;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=156;TCF=63;TCR=93;TR=154;WE=220239456;WS=220239438;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,243:0.99:245
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chr1	220374047	rs12129903	A	C	65.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.275;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=2.363;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=4.70;ReadPosRankSum=-0.267;SOR=1.675;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,5:0.36:14
chr1	220406291	rs10863538	A	G	474.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=0.874;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.770;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=17;PP=347;ReadPosRankSum=-0.223;SC=TCATAGAACCAACCCCTGTAT;SOR=1.197;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=48;TCF=10;TCR=38;TR=20;WE=220406299;WS=220406281;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,22:0.40:55
chr1	220427839	rs146145094	G	A	2191.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.148;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=248;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-1.171;NF=22;NR=58;PP=1387;ReadPosRankSum=2.136;SC=TAGTGCCAGCGATTATGAAGT;SOR=0.693;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=182;TCF=49;TCR=133;TR=80;WE=220427847;WS=220427829;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:137,103:0.43:240
chr1	220445488	rs2292418	C	T	665.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-1.650;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.046;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=8;PP=392;ReadPosRankSum=1.614;SC=AGGCGCAGAGCGAGTAGGAGA;SOR=0.495;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=54;TCF=39;TCR=15;TR=26;WE=220445496;WS=220445478;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,31:0.48:64
chr1	220603310	rs10553491	TGTGA	T	1396.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.445;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.894;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=26;PP=1999;ReadPosRankSum=0.033;SC=TGTGTGTGTGTGTGAGAGAGA;SOR=0.906;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=87;TCF=46;TCR=41;TR=65;WE=220603323;WS=220603296;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,71:0.63:112
chr1	220603516	rs34808456	G	A	1742.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-2.266;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.593;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=40;PP=778;ReadPosRankSum=-0.337;SC=GTTGAGTGTGGTTATTGGGAA;SOR=0.453;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=148;TCF=43;TCR=105;TR=57;WE=220603524;WS=220603506;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:104,86:0.45:190
chr1	220607685	rs1361256	G	A	7531.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=287;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=84;NR=102;PP=2965;SC=GGTACTACCCGAAGAAGAAAA;SOR=0.811;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=187;TCF=84;TCR=103;TR=186;WE=220607693;WS=220607675;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,284:1.00:284
chr1	220607891	rs1338767	A	G	3393.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=60;NR=42;PP=2321;SC=TTAGCCCTTTAAGAAAAAAGT;SOR=1.066;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=102;TCF=60;TCR=42;TR=102;WE=220607899;WS=220607881;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr1	220754250	rs12127574	T	G	40.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.645;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=8.15;ReadPosRankSum=-0.524;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,3:0.60:5
chr1	220789236	rs2786599	C	T	2421.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=33;NR=28;PP=1117;SC=GGGAAAATTGCGTTTTTTTAA;SOR=0.782;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=62;TCF=33;TCR=29;TR=61;WE=220789244;WS=220789226;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr1	220789362	rs12137627	T	A	918.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.318;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=20.88;ReadPosRankSum=0.646;SOR=0.776;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:3,41:0.93:44
chr1	220808921	rs10746403	T	C	3627.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=34;NR=49;PP=1679;SC=TCTTCCCAAATTTGTGTTTTT;SOR=1.049;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=83;TCF=34;TCR=49;TR=83;WE=220808929;WS=220808911;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,135:1.00:135
chr1	220824115	rs12123306	G	C	7217.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.668;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=281;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=74;NR=96;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.674;SC=CTGTGTTAGTGCCCTTGCTGA;SOR=0.857;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=170;TCF=74;TCR=96;TR=170;WE=220824123;WS=220824105;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,275:0.99:277
chr1	220825523	rs3737296	A	G	3439.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=28;NR=59;PP=1717;SC=CATTTTGTTCATTAAGAGTTT;SOR=1.397;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=87;TCF=28;TCR=59;TR=87;WE=220825531;WS=220825513;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
chr1	220970028	rs2642438	A	G	9970.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.716;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=397;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=156;NR=112;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.312;SC=TGGCGAGGCCACCGCCCAGTG;SOR=0.951;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=268;TCF=156;TCR=112;TR=268;WE=220970036;WS=220970018;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,389:0.99:391
chr1	220978645	rs17596144	C	T	697.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=0.731;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.834;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=22;PP=494;ReadPosRankSum=-0.201;SC=GGCTCATCCTCGGGTTTAGGT;SOR=0.416;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=36;TCF=8;TCR=28;TR=29;WE=220978653;WS=220978635;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,29:0.78:37
chr1	220982320	rs34579579	CA	C	348.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.665;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=5.795;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.72;ReadPosRankSum=-1.188;SOR=0.133;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,24:0.60:40
chr1	220986516	rs12144830	C	G,T	2341.77	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.831;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=7.253;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=40,17;NR=8,3;PP=977,317;ReadPosRankSum=-0.726;SC=TGAGCTTTGACGGGATGGTGC;SOR=2.965;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=69;TCF=57;TCR=12;TR=48,20;WE=220986524;WS=220986506;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.66,0.33:85
chr1	220986546	rs17650107	G	A	843.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=2.546;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=8;PP=412;ReadPosRankSum=-1.343;SC=CTGTGCGTGCGGAGGCCCTGT;SOR=0.616;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=97;TCF=72;TCR=25;TR=29;WE=220986554;WS=220986536;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,43:0.34:126
chr1	221053545	rs12141189	T	C	7049.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.874;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=881;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.524;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=131;NR=105;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.192;SC=GTCTCCGCTCTCAGCCGCCTA;SOR=0.740;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=571;TCF=309;TCR=262;TR=236;WE=221053553;WS=221053535;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:504,363:0.42:867
chr1	221054761	rs17597773	C	G	1369.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-2.392;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=39;PP=808;ReadPosRankSum=0.639;SC=AGCCGACTAACAGTCAGAAAT;SOR=0.653;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=129;TCF=29;TCR=100;TR=52;WE=221054769;WS=221054751;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:91,63:0.41:154
chr1	221055463	rs2247213	G	A	5637.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.547;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=429;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=82;NR=84;PP=2830;ReadPosRankSum=-0.448;SC=GACACTGAACGGCCCTCTTGT;SOR=0.663;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=280;TCF=137;TCR=143;TR=166;WE=221055471;WS=221055453;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:170,254:0.60:424
chr1	221057646	rs2738755	C	T	6383.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.909;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=256;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=70;NR=59;PP=2016;ReadPosRankSum=2.750;SC=GGTGGAGCCCCGGCTGCGGAT;SOR=0.665;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=198;TCF=107;TCR=91;TR=129;WE=221057654;WS=221057636;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,167:0.66:253
chr1	221057662	rs3738182	G	A	6533.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-3.422;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=259;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.267;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=75;NR=56;PP=1959;ReadPosRankSum=3.187;SC=CGGATGGCGAGCAGGACGAGA;SOR=0.856;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=197;TCF=110;TCR=87;TR=131;WE=221057670;WS=221057652;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,171:0.67:255
chr1	221507141	rs7555947	C	T	3453.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=81;NR=27;PP=2170;SC=TGTGAACATACTTTCATAGGC;SOR=2.010;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=108;TCF=81;TCR=27;TR=108;WE=221507149;WS=221507131;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr1	221509335	rs72746037	A	C	2516.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.579;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=242;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.875;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=36;PP=999;ReadPosRankSum=1.764;SC=CAGGGTAGACAGAGAAACAAA;SOR=0.526;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=147;TCF=81;TCR=66;TR=75;WE=221509343;WS=221509325;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:112,126:0.53:238
chr1	221876126	rs2280340	A	G	46.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.077;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.95;ReadPosRankSum=-0.609;SOR=0.476;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,5:0.21:24
chr1	221912361	rs1141714	T	C	5661.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.728;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=92;NR=53;PP=2965;ReadPosRankSum=1.792;SC=CTCGGCTTGGTTCATTGGTAT;SOR=0.415;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=146;TCF=93;TCR=53;TR=145;WE=221912369;WS=221912351;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,205:1.00:206
chr1	221912808	rs1136448	T	C	3793.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=3.165;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=306;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.904;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=55;PP=2116;ReadPosRankSum=-1.427;SC=TGGCTTGGGTTTGGGCCTGAT;SOR=0.752;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=193;TCF=99;TCR=94;TR=115;WE=221912816;WS=221912798;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:134,169:0.56:303
chr1	222721288	rs4846382	C	T	7534.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=287;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=79;NR=101;PP=2965;SC=CCACCTGGCCCAACAAGAATA;SOR=0.860;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=182;TCF=79;TCR=103;TR=180;WE=222721296;WS=222721278;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,282:1.00:282
chr1	222734803	rs1134898	G	C	13535.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.892;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=533;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=158;NR=163;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.306;SC=TGAAATGAAAGCCTGGCCACC;SOR=0.720;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=323;TCF=159;TCR=164;TR=321;WE=222734811;WS=222734793;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,519:0.99:523
chr1	222737265	rs35877231	G	T	882.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=16;NR=7;PP=407;SC=AGACAATACAGAAACAGATGG;SOR=1.418;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=16;TCR=7;TR=23;WE=222737273;WS=222737255;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr1	222737568	rs3008640	C	T	365.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=11;PP=243;SC=TAATATGCTCCCTTTAAATTT;SOR=2.985;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=2;TCR=11;TR=13;WE=222737576;WS=222737558;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr1	222742676	rs4846766	T	C	1198.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=25;NR=6;PP=734;SC=CAGGGGATAGTGTGGATGATA;SOR=2.038;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=25;TCR=6;TR=31;WE=222742684;WS=222742666;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr1	222751034	rs2936033	T	C	5753.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=43;NR=118;PP=2965;SC=TAGATAACCATTAGTCAAAAA;SOR=1.755;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=161;TCF=43;TCR=118;TR=161;WE=222751042;WS=222751024;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,202:1.00:202
chr1	222798106	rs3008617	G	A	4222.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=39;NR=49;PP=1554;SC=ATTCTTTTGTGTAGGTTGGAC;SOR=0.821;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=90;TCF=40;TCR=50;TR=88;WE=222798114;WS=222798096;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,164:1.00:164
chr1	222802006	rs2936053	A	G	8391.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=307;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=103;NR=99;PP=2965;SC=GGTACAAGATAAGACAGAATT;SOR=0.790;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=202;TCF=103;TCR=99;TR=202;WE=222802014;WS=222801996;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,302:1.00:302
chr1	222802803	rs3748626	T	G	11050.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=425;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=162;NR=126;PP=2965;SC=AAAAAAACCCTGGGAATCAGG;SOR=0.905;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=289;TCF=163;TCR=126;TR=288;WE=222802811;WS=222802793;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,414:1.00:414
chr1	222802926	rs3008620	C	T	15247.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=565;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=188;NR=186;PP=2965;SC=TTTTGGATAGCGAAAAAACAA;SOR=0.704;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=377;TCF=188;TCR=189;TR=374;WE=222802934;WS=222802916;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,561:1.00:561
chr1	222821211	rs61824282	C	T	1628.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=21;NR=24;PP=828;SC=ATTCCTATAACAATGGTATTA;SOR=0.758;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=45;TCF=21;TCR=24;TR=45;WE=222821219;WS=222821201;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr1	222823529	rs17465637	A	C	775.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.428;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.393;HP=8;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=5;PP=378;ReadPosRankSum=1.700;SC=CTGAGAAGTTATTTTTTGTCA;SOR=1.284;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=21;TCF=16;TCR=5;TR=20;WE=222823537;WS=222823519;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,32:0.97:33
chr1	222823743	rs67180937	T	G	1428.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.07;SOR=1.569;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr1	222825403	rs3002150	G	A	1931.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=26;NR=25;PP=1012;SC=AAAGCTGACTGTAATTCCTGC;SOR=0.776;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=51;TCF=26;TCR=25;TR=51;WE=222825411;WS=222825393;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr1	222825717	rs10495198	T	C	9271.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.529;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=359;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=87;NR=122;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.635;SC=AATAGAGAACTCAGTATCATA;SOR=0.345;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=213;TCF=89;TCR=124;TR=209;WE=222825725;WS=222825707;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,352:1.00:353
chr1	222825761	rs2936019	G	A	5343.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=41;NR=94;PP=2965;SC=TCTATTTTTAGGGTAATATAT;SOR=1.512;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=135;TCF=41;TCR=94;TR=135;WE=222825769;WS=222825751;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,191:1.00:191
chr1	222826481	rs2291832	G	A	4065.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=43;NR=70;PP=2363;SC=ATGTAAGTGCGTTCATGAATA;SOR=1.125;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=113;TCF=43;TCR=70;TR=113;WE=222826489;WS=222826471;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,147:1.00:147
chr1	222832295	rs2291834	T	C	1409.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=12;NR=34;PP=955;SC=AAAAACTAAATTTTAAGTTAA;SOR=1.656;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=46;TCF=12;TCR=34;TR=46;WE=222832303;WS=222832285;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr1	222833601	rs3002153	T	C	5323.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=58;NR=98;PP=2690;SC=TGGAGCCACCTGTGAGACCTC;SOR=1.218;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=156;TCF=58;TCR=98;TR=156;WE=222833609;WS=222833591;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,204:1.00:204
chr1	222833778	rs115327360	A	G	100.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.998;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=4;PP=73;ReadPosRankSum=0.366;SC=AAATTTCTTAATTTGTCTTGG;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=4;WE=222833786;WS=222833768;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,5:0.45:11
chr1	222837594	rs2270707	G	A	2334.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=7;NR=61;PP=1637;SC=CAATGCAGCAGTGAAGCTGAT;SOR=3.230;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=68;TCF=7;TCR=61;TR=68;WE=222837602;WS=222837584;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr1	222838216	rs2936026	C	T	3459.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=37;NR=48;PP=1662;SC=ATCTATCTCTCTTTTTCAGAT;SOR=0.873;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=86;TCF=37;TCR=49;TR=85;WE=222838224;WS=222838206;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr1	222846882	rs12138316	G	A	1674.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=33;PP=950;SC=ACTTTGGGAGGCCGAGGCGGG;SOR=1.688;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=46;TCF=13;TCR=33;TR=46;WE=222846890;WS=222846872;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr1	222860734	rs3008638	C	T	270.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.62;SOR=1.270;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr1	222886119	rs3811465	A	G	14532.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.244;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=539;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=174;NR=191;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.026;SC=CTCGGTAGCTATCATGGCCGC;SOR=0.265;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=370;TCF=174;TCR=196;TR=365;WE=222886127;WS=222886109;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,532:1.00:533
chr1	222919895	rs2378607	T	G	2288.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=45;NR=13;PP=1333;SC=ATTATGGAGATTGACGGTTTC;SOR=1.893;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=58;TCF=45;TCR=13;TR=58;WE=222919903;WS=222919885;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr1	222923001	rs2068814	A	G	2929.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=29;NR=55;PP=1824;SC=CCACCTGGTCATATGTACTAT;SOR=1.322;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=84;TCF=29;TCR=55;TR=84;WE=222923009;WS=222922991;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr1	222923351	rs6683071	A	G	2837.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=32;NR=46;PP=1507;SC=GCTGGGGTCCAAGAGTATGGA;SOR=0.961;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=78;TCF=32;TCR=46;TR=78;WE=222923359;WS=222923341;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr1	223152868	rs1815607	G	A	2903.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=70;NR=23;PP=1921;SC=GGTGAATTATGTGGTATATGA;SOR=2.124;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=93;TCF=70;TCR=23;TR=93;WE=223152876;WS=223152858;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr1	223156382	rs2926159	C	T	2493.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=50;NR=21;PP=1441;SC=TTATGATGCTCTGTTTTTGAT;SOR=1.179;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=74;TCF=50;TCR=24;TR=71;WE=223156390;WS=223156372;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr1	223168213	rs2609359	T	C	612.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.022;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=0.993;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.43;ReadPosRankSum=0.217;SOR=0.963;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,31:0.48:65
chr1	223177574	rs2609355	A	G	1682.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.843;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.088;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=32;PP=1079;ReadPosRankSum=0.803;SC=AGTTTTATAAAGAGGTGGACT;SOR=0.738;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=173;TCF=90;TCR=83;TR=69;WE=223177582;WS=223177564;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:128,83:0.39:211
chr1	223178561	rs9441941	A	C	10628.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-2.628;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=847;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.496;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=146;NR=151;PP=2962;ReadPosRankSum=1.306;SC=GTAGCTGCCCAGATGCCTACA;SOR=0.511;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=531;TCF=284;TCR=247;TR=297;WE=223178569;WS=223178551;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:343,489:0.59:832
chr1	223283910	rs7512943	A	G	15739.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=588;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=192;NR=145;PP=2965;SC=ACATCCTGGAAATCCTCAGGC;SOR=0.891;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=340;TCF=195;TCR=145;TR=337;WE=223283918;WS=223283900;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,585:1.00:585
chr1	223284528	rs5744174	A	G	4233.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.290;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=300;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.906;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=72;PP=2212;ReadPosRankSum=-1.351;SC=ACCCCAGAGAACGAGTCAGGG;SOR=0.756;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=194;TCF=79;TCR=115;TR=121;WE=223284536;WS=223284518;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:115,183:0.61:298
chr1	223286191	rs5744165	G	A	1764.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.101;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=256;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.021;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=36;PP=905;ReadPosRankSum=-1.321;SC=ATGAAGCAGTGACTGTCCTGA;SOR=0.613;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=184;TCF=68;TCR=116;TR=59;WE=223286199;WS=223286181;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:164,90:0.35:254
chr1	223438070	rs112912611	C	T	2274.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.771;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.092;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=35;PP=1022;ReadPosRankSum=2.240;SC=GGGAAAGCAGCGATAGGAGAT;SOR=0.600;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=121;TCF=55;TCR=66;TR=66;WE=223438078;WS=223438060;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:91,111:0.55:202
chr1	223532570	rs1547788	T	C	2869.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.489;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=250;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.997;HP=4;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=56;PP=1500;ReadPosRankSum=0.288;SC=TCAGAACCCCTATTGGAGCTT;SOR=0.777;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=154;TCF=54;TCR=100;TR=85;WE=223532578;WS=223532560;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:115,131:0.53:246
chr1	223532665	rs1547789	G	A	408.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=2.362;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.334;HP=1;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=16;PP=334;ReadPosRankSum=-0.840;SC=CAGATTAAACGGACTATTTTC;SOR=0.250;SbPval=0.25;Source=Platypus;TC=37;TCF=2;TCR=35;TR=18;WE=223532673;WS=223532655;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,17:0.46:37
chr1	223566859	rs111306873	T	C	1551.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.527;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.154;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=16;PP=706;ReadPosRankSum=-1.595;SC=CCTACCGGGATCTCTGGGAAC;SOR=1.084;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=82;TCF=46;TCR=36;TR=44;WE=223566867;WS=223566849;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,73:0.53:138
chr1	223566876	rs75945379	G	A	1629.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.915;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.032;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=18;PP=803;ReadPosRankSum=-0.262;SC=GAACCCCCGCGGCCCGGCGGA;SOR=1.103;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=90;TCF=50;TCR=40;TR=48;WE=223566884;WS=223566866;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,76:0.52:147
chr1	223567267	rs6679661	C	T	5997.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.952;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=453;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=78;NR=70;PP=2421;ReadPosRankSum=1.373;SC=CGCCTTGCCCCGGAGGAGCTG;SOR=0.732;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=241;TCF=127;TCR=114;TR=148;WE=223567275;WS=223567257;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:173,276:0.61:449
chr1	223567401	rs6689850	T	C	4268.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=1.467;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=349;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.279;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=68;NR=62;PP=1920;ReadPosRankSum=-0.085;SC=CGGTCTTCTGTGCCCTCGCAA;SOR=0.619;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=221;TCF=114;TCR=107;TR=130;WE=223567417;WS=223567391;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:148,197:0.57:345
chr1	223567531	rs2298063	G	A	6828.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.372;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=529;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.533;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=120;NR=100;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.528;SC=TGCGGAGCCCGCACACCCAGG;SOR=0.654;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=343;TCF=189;TCR=154;TR=220;WE=223567539;WS=223567521;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:201,312:0.61:513
chr1	223567808	rs6682552	C	T	3187.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.880;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=281;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.441;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=57;PP=1625;ReadPosRankSum=1.154;SC=GCGCGGCCTGCGGCGGGACAG;SOR=0.640;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=182;TCF=76;TCR=106;TR=98;WE=223567816;WS=223567798;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:129,147:0.53:276
chr1	223715248	rs36108579	GT	G	2748.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.469;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.686;NF=8;NR=30;PP=1406;ReadPosRankSum=-0.668;SC=ACAAGATTGAGTTCTTGGCTT;SOR=0.716;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=58;TCF=13;TCR=45;TR=38;WE=223715256;WS=223715238;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,85:0.69:123
chr1	223716349	rs4072246	G	A	3871.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.179;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=310;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.446;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=81;NR=38;PP=1931;ReadPosRankSum=0.846;SC=GCCACAGAACGTGCATGGTAT;SOR=0.600;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=214;TCF=147;TCR=67;TR=119;WE=223716357;WS=223716339;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:126,177:0.58:303
chr1	223717379	rs61823524	A	C	3441.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=56;NR=34;PP=1768;SC=CCCTGCCCCAACTTGCACCTT;SOR=1.102;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=90;TCF=56;TCR=34;TR=90;WE=223717387;WS=223717369;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr1	223717484	rs34158997	G	A	3604.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.270;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=268;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.144;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=60;PP=1945;ReadPosRankSum=-1.560;SC=AGTTGATGCCGAGCTTGCTGC;SOR=0.607;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=177;TCF=91;TCR=86;TR=119;WE=223717492;WS=223717474;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:98,164:0.63:262
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chr1	223718651	rs61823553	G	A	3411.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.946;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=272;ExcessHet=3.0103;FS=1.500;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.87;ReadPosRankSum=-1.065;SOR=0.798;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:106,159:0.60:265
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chr1	223718764	rs35808016	C	T	832.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.259;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.761;HP=2;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=29;PP=622;ReadPosRankSum=-0.770;SC=CTTAGTGAACCTTCCATGTCT;SOR=1.057;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=97;TCF=28;TCR=69;TR=39;WE=223718772;WS=223718754;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,41:0.36:114
chr1	223718793	rs72747903	G	C	1007.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-1.260;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=29;PP=524;ReadPosRankSum=0.711;SC=CAGAGCAGTGGGGGTGACGGT;SOR=0.765;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=67;TCF=16;TCR=51;TR=37;WE=223718801;WS=223718783;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,48:0.60:80
chr1	223722646	rs34630115	T	TA	789.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=1.292;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.954;HP=12;HapScore=3;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQ=60.12;MQRankSum=0.770;NF=25;NR=15;PP=454;ReadPosRankSum=0.762;SC=CGGACGAAAGTAAAAAAAAAA;SOR=0.844;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=58;TCF=37;TCR=21;TR=40;WE=223722654;WS=223722636;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,49:0.60:82
chr1	223722780	rs34606532	G	A	4041.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.493;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=329;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.022;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQ=60.03;MQRankSum=0.864;NF=67;NR=63;PP=2137;ReadPosRankSum=1.596;SC=AGTGGGAATCGGATCATTTGA;SOR=0.534;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=219;TCF=119;TCR=100;TR=130;WE=223722788;WS=223722770;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:137,186:0.58:323
chr1	223799857	rs34786756	C	T	5495.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.466;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=75;NR=66;PP=2700;ReadPosRankSum=-0.980;SC=CCAGCTTCTACCACAGGAAAC;SOR=0.251;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=142;TCF=76;TCR=66;TR=141;WE=223799879;WS=223799847;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,209:1.00:210
chr1	223799871	rs35116708	C	T	5557.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.812;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=76;NR=75;PP=2797;ReadPosRankSum=-1.235;SC=AGGAAACAGACGCTGCTGGCT;SOR=0.223;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=152;TCF=77;TCR=75;TR=151;WE=223799879;WS=223799847;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,212:1.00:213
chr1	223805804	rs34893034	C	T	220.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.240;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.13;ReadPosRankSum=1.168;SOR=0.489;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,14:0.33:43
chr1	223807239	rs34693465	C	G	1007.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-1.991;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.408;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=33;PP=650;ReadPosRankSum=-0.084;SC=GGAAGGAGCCCTGTGGCACAG;SOR=0.950;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=119;TCF=30;TCR=89;TR=42;WE=223807247;WS=223807229;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:93,52:0.36:145
chr1	223807262	rs34900680	G	A	604.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=0.452;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=21;PP=383;ReadPosRankSum=-0.077;SC=CCTAGAGGCCGTGGGCTAGCT;SOR=0.757;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=82;TCF=20;TCR=62;TR=27;WE=223807270;WS=223807252;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,32:0.34:95
chr1	223810318	rs61825177	G	A	366.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=2.655;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.761;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=2;PP=265;ReadPosRankSum=-0.797;SC=AGCCAGAATCGAAGACTACAG;SOR=2.049;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=20;TCF=16;TCR=4;TR=14;WE=223810326;WS=223810312;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,15:0.68:22
chr1	223813586	rs35539373	G	T	2428.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.333;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.321;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=54;PP=1340;ReadPosRankSum=0.213;SC=GGCTGCACTGGAGACCTGCGT;SOR=0.586;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=135;TCF=46;TCR=89;TR=84;WE=223813594;WS=223813576;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,106:0.64:165
chr1	223814671	rs61825208	A	T	2119.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.784;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=14;PP=2282;ReadPosRankSum=0.010;SC=GTGGGGCAGTAGAGAAGCCAT;SOR=0.693;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=83;TCF=63;TCR=20;TR=58;WE=223814690;WS=223814661;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,85:0.70:122
chr1	223814682	rs67990281	A	T	745.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.696;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.543;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=7;PP=843;ReadPosRankSum=0.709;SC=GAGAAGCCATATGCCTCACAT;SOR=0.914;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=92;TCF=69;TCR=23;TR=28;WE=223814690;WS=223814661;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:102,43:0.30:145
chr1	223815575	rs34187970	G	A	2872.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=80;NR=9;PP=2150;SC=CTCTCTCTCCGGCTCATGGGG;SOR=3.981;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=90;TCF=81;TCR=9;TR=89;WE=223815583;WS=223815565;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr1	223816322	rs66602040	A	G	6621.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=248;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=107;NR=56;PP=2965;SC=AGCCCTAAGAATACGGAAAAC;SOR=1.207;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=163;TCF=107;TCR=56;TR=163;WE=223816330;WS=223816312;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,241:1.00:241
chr1	223816347	rs61825210	A	G	8475.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=337;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=122;NR=71;PP=2965;SC=ACAAAGGGCCAGAGCAGAGCA;SOR=1.051;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=193;TCF=122;TCR=71;TR=193;WE=223816355;WS=223816337;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,329:1.00:329
chr1	223830566	rs11584107	G	A	3999.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.811;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=601;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.543;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=78;PP=1719;ReadPosRankSum=-0.075;SC=AGACTCAATGGCATGAAACAG;SOR=0.738;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=370;TCF=159;TCR=211;TR=133;WE=223830574;WS=223830556;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:374,221:0.37:595
chr1	223841836	rs2105405	C	T	793.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=3.941;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=0;PP=591;ReadPosRankSum=0.812;SC=GAGGTAGTTCCAGCATTTGGA;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=38;TCF=37;TCR=1;TR=24;WE=223841844;WS=223841826;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,28:0.68:41
chr1	223841877	rs2105406	C	G	1602.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.810;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=12;PP=926;ReadPosRankSum=1.087;SC=TTTGGACTCACAGTGAAGAAT;SOR=0.651;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=76;TCF=56;TCR=20;TR=48;WE=223841885;WS=223841867;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,64:0.67:96
chr1	223841913	rs11585533	C	A	1055.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=4.184;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.774;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=14;PP=759;ReadPosRankSum=0.768;SC=CAAACCCAGACGGACACATCA;SOR=0.997;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=130;TCF=87;TCR=43;TR=45;WE=223841921;WS=223841903;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:135,57:0.30:192
chr1	223853099	rs66700641	C	A	4586.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.176;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=849;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=75;NR=76;PP=1837;ReadPosRankSum=1.260;SC=CAACAGCAAGCCCGCTTCCTT;SOR=0.702;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=474;TCF=235;TCR=239;TR=151;WE=223853107;WS=223853089;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:566,271:0.32:837
chr1	223900408	rs25655	C	G	15320.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=573;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=193;NR=150;PP=2965;SC=GCTCCCACGACAGGGCCATCA;SOR=0.847;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=345;TCF=195;TCR=150;TR=343;WE=223900416;WS=223900398;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,571:1.00:571
chr1	223905532	rs17596	G	A	11632.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=450;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=108;NR=133;PP=2965;SC=AAGGAGCCCTGGGTAAGTGAT;SOR=0.807;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=243;TCF=109;TCR=134;TR=241;WE=223905540;WS=223905522;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,442:1.00:442
chr1	223931648	rs1222137	T	C	709.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=18;NR=6;PP=460;SC=CCAAACCCTCTGACCCAACCC;SOR=1.981;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=24;TCF=18;TCR=6;TR=24;WE=223931656;WS=223931638;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr1	223934720	rs17600	G	A	6685.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=254;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=96;NR=70;PP=2965;SC=GCTATGAAGCGCTATCAGGGG;SOR=0.920;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=166;TCF=96;TCR=70;TR=166;WE=223934728;WS=223934710;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,252:1.00:252
chr1	223938565	rs1153968	A	C	3835.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=2.392;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=325;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.340;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=53;PP=1823;ReadPosRankSum=1.047;SC=TCAACCTCTTACTCCTCCCTT;SOR=0.618;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=191;TCF=101;TCR=90;TR=111;WE=223938573;WS=223938555;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:137,178:0.57:315
chr1	223951841	rs751128	T	C	1514.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.624;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.724;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=22;PP=662;ReadPosRankSum=-0.822;SC=GCTCTGGTTATGTGTCCACAG;SOR=0.846;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=151;TCF=86;TCR=65;TR=56;WE=223951849;WS=223951831;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:131,83:0.39:214
chr1	223954338	rs28370152	C	T	1052.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-0.942;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.966;HP=6;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=28;PP=705;ReadPosRankSum=0.198;SC=ATGCTACACCCCCCCTCCCAC;SOR=0.577;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=66;TCF=18;TCR=48;TR=40;WE=223954346;WS=223954328;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,45:0.59:76
chr1	224301749	rs6690695	C	T	48.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.515;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=5.42;ReadPosRankSum=0.531;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,3:0.33:9
chr1	224302154	rs3066024	T	TGAG	10001.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=259;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=121;PP=2965;SC=GTCTGGGAGATGAGAAGGGAG;SOR=1.410;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=127;TCF=3;TCR=124;TR=124;WE=224302162;WS=224302144;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,227:1.00:227
chr1	224318151	rs3065998	T	TTTG	4130.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=33;NR=25;PP=2566;SC=GTTATTGATTTTTGTTCTTTT;SOR=1.821;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=63;TCF=36;TCR=27;TR=58;WE=224318159;WS=224318141;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr1	224321984	rs1472167	C	T	1985.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=1.137;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.672;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=43;PP=1236;ReadPosRankSum=2.971;SC=TTATGAATTTCTGATTTTAGA;SOR=1.708;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=60;TCF=17;TCR=43;TR=60;WE=224321992;WS=224321974;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,73:0.97:75
chr1	224345012	rs7543762	G	A	1472.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=32;NR=8;PP=926;SC=CTGGTAGAGAGACATTTTAAG;SOR=2.215;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=40;TCF=32;TCR=8;TR=40;WE=224345020;WS=224345002;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr1	224379893	.	CT	C	152.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.505;ClippingRankSum=0.000;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.88;ReadPosRankSum=-0.428;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,21:0.40:53
chr1	224380234	rs908804	A	G	1266.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-2.069;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.361;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=36;PP=800;ReadPosRankSum=0.833;SC=ATAAAATGGAATTTTTGCATT;SOR=0.245;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=67;TCF=14;TCR=53;TR=48;WE=224380242;WS=224380224;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,54:0.72:75
chr1	224424344	rs369400573	G	A	2350.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.743;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.708;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=59;PP=1493;ReadPosRankSum=-1.249;SC=CGGGTGCGATGGCTCATGCTT;SOR=0.832;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=127;TCF=36;TCR=91;TR=81;WE=224424352;WS=224424334;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,95:0.66:145
chr1	224444628	rs10799556	C	T	21583.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=825;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=302;NR=185;PP=2965;SC=ATTCAGATTCCTTCTACATCC;SOR=1.033;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=487;TCF=302;TCR=185;TR=487;WE=224444636;WS=224444618;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,807:1.00:807
chr1	224444901	rs2897055	G	C	1162.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=26;PP=767;SC=AAGAGAAAGTGCATTCACTCA;SOR=2.833;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=5;TCR=26;TR=31;WE=224444909;WS=224444891;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr1	224468921	rs79564051	C	T	520.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.361;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FS=0.728;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.01;ReadPosRankSum=1.636;SOR=0.564;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:93,37:0.28:130
chr1	224468986	.	CG	TG	391	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;FR=0.5000,0.5000;HP=2;HapScore=4;MGOF=29;MMLQ=24;MQ=58.5;NF=0,4;NR=12,9;PP=391,147;QD=32.8333333333;SC=ACTCTGTGTGCGTGTGTGTGT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=37;TCF=2;TCR=35;TR=12,13;WE=224468994;WS=224468976;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:32,13:0.29:45
chr1	224468986	rs34156240	CG	CGTG	315.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-1.309;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=29;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0,4;NR=12,9;PP=391,147;ReadPosRankSum=1.383;SC=ACTCTGTGTGCGTGTGTGTGT;SOR=0.793;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=37;TCF=2;TCR=35;TR=12,13;WE=224468994;WS=224468976;set=Intersection	GT:AF:DP	0/1:0.73:15
chr1	224473849	rs16846031	A	C	642.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.048;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FS=0.674;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.37;ReadPosRankSum=0.495;SOR=0.592;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:104,43:0.29:147
chr1	224473917	rs11341380	GT	G	86.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.659;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=6.127;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.48;ReadPosRankSum=0.468;SOR=0.793;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,13:0.37:35
chr1	224482216	rs2404783	T	C	647.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-0.804;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.293;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=18;PP=360;ReadPosRankSum=-0.113;SC=TTACAGATTTTGACAGCAACA;SOR=0.490;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=41;TCF=11;TCR=30;TR=26;WE=224482224;WS=224482206;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,30:0.67:45
chr1	224484410	rs16846214	C	A	198.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-1.226;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=9;PP=168;ReadPosRankSum=-0.801;SC=AAAAAATCTTCAAGGTCAAGG;SOR=1.022;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=27;TCF=5;TCR=22;TR=10;WE=224484418;WS=224484400;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,11:0.37:30
chr1	224489411	rs73130464	A	G	353.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.61;BaseQRankSum=-0.021;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.281;HP=4;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=4;PP=99;ReadPosRankSum=-0.257;SC=CTGAGGCAGGAGGATCATTTG;SOR=0.495;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=20;TCF=10;TCR=10;TR=8;WE=224489419;WS=224489401;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,18:0.53:34
chr1	224492381	rs7522125	C	T	1877.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=38;NR=15;PP=1172;SC=TAGGCTTTTTCCTCATAACTG;SOR=1.681;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=53;TCF=38;TCR=15;TR=53;WE=224492389;WS=224492371;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr1	224492746	rs3754090	C	T	11400.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.170;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=819;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.546;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=152;NR=163;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.777;SC=CTTTCTTTTGCAGGACAGCTT;SOR=0.647;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=480;TCF=228;TCR=252;TR=315;WE=224492754;WS=224492736;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:280,534:0.66:814
chr1	224495852	rs7534447	C	T	5112.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.997;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=462;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.095;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=76;NR=84;PP=2607;ReadPosRankSum=0.488;SC=TGGAACTTATCCGTGGTGTTG;SOR=0.744;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=278;TCF=135;TCR=143;TR=160;WE=224495860;WS=224495842;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:210,240:0.53:450
chr1	224500881	.	A	G	89	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.69;FR=0.9987;HP=21;HapScore=2;MGOF=23;MMLQ=26;MQ=59.71;NF=2;NR=4;PP=89;QD=20.6285354245;SC=AAAAAAAAAAAACAAGCAAAT;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=10;TCF=4;TCR=6;TR=6;WE=224500889;WS=224500871;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:4,6:0.60:10
chr1	224505570	rs3066969	T	TAA	5681.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=56;PP=2930;SC=GCTCTAACAATAAGACTCACC;SOR=1.147;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=66;TCF=10;TCR=56;TR=66;WE=224505578;WS=224505560;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,141:1.00:141
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chr1	224517907	rs4146965	A	T	2691.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.243;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=64;PP=1518;ReadPosRankSum=2.431;SC=GCCCGCCGCGATCGCCGGGCC;SOR=0.743;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=147;TCF=48;TCR=99;TR=93;WE=224517915;WS=224517897;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,122:0.65:188
chr1	224544529	rs7517754	A	G	3154.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=68;NR=13;PP=2071;SC=GGATTCGAGGACCACACGCCT;SOR=2.618;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=83;TCF=70;TCR=13;TR=81;WE=224544537;WS=224544519;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
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chr1	224621368	rs2405033	G	C	3109.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=38;NR=35;PP=1986;SC=TCACCAGCTGGCGGTAAGGGA;SOR=0.765;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=73;TCF=38;TCR=35;TR=73;WE=224621376;WS=224621358;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr1	224872443	rs3738364	A	G	1730.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=3.230;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=269;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.563;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=22;PP=853;ReadPosRankSum=0.059;SC=TTCTCATGCTATTTTAGCAGA;SOR=0.833;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=179;TCF=100;TCR=79;TR=58;WE=224872451;WS=224872433;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:173,92:0.35:265
chr1	224927217	rs3738362	C	T	794.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-4.304;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=24;PP=532;ReadPosRankSum=0.048;SC=CACGCAGCAGCTGGGAGCCGA;SOR=0.564;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=46;TCF=3;TCR=43;TR=26;WE=224927225;WS=224927207;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,32:0.60:53
chr1	225230608	rs2501107	C	T	5025.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=63;NR=56;PP=2012;SC=TAAATCTATGCTTGAGAATTC;SOR=0.776;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=119;TCF=63;TCR=56;TR=119;WE=225230616;WS=225230598;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,198:1.00:198
chr1	225237850	rs2501086	A	C	745.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=21;NR=3;PP=590;SC=GTCATGGATAATTTTGAAGTG;SOR=3.014;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=24;TCF=21;TCR=3;TR=24;WE=225237858;WS=225237840;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr1	225266966	rs3105559	C	G	1466.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=29;NR=7;PP=847;SC=AGAAGAATTTCTGGAGCATTT;SOR=2.004;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=36;TCF=29;TCR=7;TR=36;WE=225266974;WS=225266956;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr1	225268106	rs115366080	C	A	3038.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.095;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=390;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.781;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=46;PP=1571;ReadPosRankSum=0.673;SC=CTGTTATGTGCTGGTACTCAA;SOR=0.754;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=230;TCF=134;TCR=96;TR=110;WE=225268114;WS=225268096;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:231,157:0.40:388
chr1	225268343	rs3128651	A	G	11353.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=259;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.18;SOR=1.083;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,257:1.00:257
chr1	225268346	rs3128652	G	A	11298.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=256;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.48;SOR=1.099;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,254:1.00:254
chr1	225270409	rs3128655	A	T	2965.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.246;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.617;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=43;PP=1282;ReadPosRankSum=0.211;SC=GCTTGATAAAAACTGTAAAGT;SOR=0.689;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=72;TCF=29;TCR=43;TR=71;WE=225270417;WS=225270399;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,114:0.99:115
chr1	225273248	rs3128658	G	T	2431.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=48;NR=21;PP=1480;SC=CATTTTAGATGTTTCAGTATG;SOR=1.455;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=69;TCF=48;TCR=21;TR=69;WE=225273256;WS=225273238;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr1	225273633	rs3105565	T	A	848.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=26;PP=686;SC=TATTTACTAGTTTGAATACCA;SOR=6.666;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=26;TCF=0;TCR=26;TR=26;WE=225273641;WS=225273623;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr1	225418903	rs114086886	G	A	1543.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.619;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.570;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQ=60.05;MQRankSum=-0.806;NF=20;NR=38;PP=904;ReadPosRankSum=-0.458;SC=TTAGGTGCCAGACCCTCAAAT;SOR=0.918;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=124;TCF=45;TCR=79;TR=58;WE=225418911;WS=225418893;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:117,78:0.40:195
chr1	225419014	rs141117014	CTAATA	C	396.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQ=60.67;MQRankSum=0.809;NF=0;NR=6;PP=219;ReadPosRankSum=-0.397;SC=CTTTGTATAGCTAATATAAGA;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=0;TCR=11;TR=6;WE=225419026;WS=225419004;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,11:0.69:16
chr1	225440105	.	C	A	1024.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.350;ClippingRankSum=0.000;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.878;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=21;PP=531;ReadPosRankSum=0.849;SC=AATGATCAGACACTAATTCAA;SOR=0.549;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=57;TCF=20;TCR=37;TR=32;WE=225440113;WS=225440095;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,48:0.60:80
chr1	225511905	rs10799300	T	C	1505.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.867;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=241;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.833;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=20;PP=1007;ReadPosRankSum=-0.460;SC=ATGTAATACATTAACTGTGTT;SOR=1.068;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=175;TCF=115;TCR=60;TR=67;WE=225511913;WS=225511895;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:153,81:0.35:234
chr1	225512083	rs12032942	A	G	1765.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.717;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=278;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.471;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=43;PP=954;ReadPosRankSum=-1.626;SC=AACATCTGTCATGATTTGGAA;SOR=0.737;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=180;TCF=69;TCR=111;TR=70;WE=225512091;WS=225512073;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:175,95:0.35:270
chr1	225519445	rs78032721	G	T	1076.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=1.926;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.872;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=31;PP=678;ReadPosRankSum=-0.107;SC=AAGAAATCCTGTTTGAGTCGT;SOR=0.880;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=88;TCF=22;TCR=66;TR=40;WE=225519453;WS=225519435;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,48:0.48:101
chr1	225525299	rs5781398	G	GA	389.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-1.035;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.296;HP=6;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=14;PP=337;ReadPosRankSum=-0.640;SC=AACTGTCAGGGAAAAAATAAT;SOR=0.269;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=43;TCF=0;TCR=43;TR=14;WE=225525307;WS=225525289;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,22:0.42:52
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chr1	225533684	rs6667999	A	G	2098.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.387;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=359;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.117;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.731;NF=55;NR=23;PP=1086;ReadPosRankSum=-0.189;SC=AGATGATGACAAAATTGTAGA;SOR=0.867;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=222;TCF=148;TCR=74;TR=78;WE=225533692;WS=225533674;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:223,121:0.35:344
chr1	225533931	rs17522489	A	G	1656.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=2.194;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=224;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.110;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=48;PP=1122;ReadPosRankSum=-1.906;SC=AGCAAAGAACAAGAACATAGT;SOR=1.049;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=166;TCF=53;TCR=113;TR=67;WE=225533939;WS=225533921;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:140,80:0.36:220
chr1	225534219	rs7527925	T	C	1482.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.794;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=22;PP=506;ReadPosRankSum=1.856;SC=CTTTGCACTGTAATCATGCAA;SOR=0.725;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=107;TCF=45;TCR=62;TR=37;WE=225534227;WS=225534209;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,76:0.46:166
chr1	225534348	rs7535953	G	A	390.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.934;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.675;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=7;PP=151;ReadPosRankSum=0.193;SC=TCCCAGTCTAGACTTACTAGT;SOR=0.380;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=33;TCF=11;TCR=22;TR=11;WE=225534356;WS=225534338;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,20:0.47:43
chr1	225539665	rs3856150	T	A	164.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-2.669;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.696;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=7;PP=101;ReadPosRankSum=-0.309;SC=ATGTCGTACATTATCTTACAT;SOR=0.136;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=22;TCF=3;TCR=19;TR=9;WE=225539673;WS=225539655;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,9:0.39:23
chr1	225555512	rs11578981	C	T	2203.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.374;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=28;PP=801;ReadPosRankSum=-0.258;SC=TCAAGATTGCCGTGGAATCTC;SOR=0.675;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=120;TCF=65;TCR=55;TR=61;WE=225555520;WS=225555502;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:92,108:0.54:200
chr1	225555602	rs12737248	T	G	1829.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.689;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.483;HP=4;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=28;PP=837;ReadPosRankSum=-1.139;SC=TATTTGAAAATCCTGACTGTG;SOR=0.440;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=101;TCF=41;TCR=60;TR=53;WE=225555610;WS=225555592;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,88:0.52:170
chr1	225562385	rs10915816	C	T	2383.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.446;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.678;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=25;PP=1064;ReadPosRankSum=-1.229;SC=ATGGGTTTTCCAAAGGTTGCC;SOR=0.582;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=137;TCF=87;TCR=50;TR=67;WE=225562393;WS=225562375;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:104,111:0.52:215
chr1	225565015	rs3856154	T	C	2532.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.081;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.501;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=36;PP=1193;ReadPosRankSum=0.500;SC=GATGATGACCTTCCCGAGGTC;SOR=0.654;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=138;TCF=71;TCR=67;TR=72;WE=225565023;WS=225565005;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:93,120:0.56:213
chr1	225565073	rs3856155	C	T	2037.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.169;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.791;HP=4;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=41;PP=1036;ReadPosRankSum=-1.729;SC=AGACCCAGGGCGAAAAGTTTA;SOR=0.833;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=133;TCF=57;TCR=76;TR=69;WE=225565081;WS=225565063;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:89,98:0.52:187
chr1	225569241	rs950210	T	G	1547.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.790;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.586;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=29;PP=733;ReadPosRankSum=-1.454;SC=GAGGAAATATTTAACTCTTTT;SOR=0.535;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=77;TCF=19;TCR=58;TR=37;WE=225569249;WS=225569231;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,69:0.58:118
chr1	225576058	rs6679430	T	C	2785.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.978;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.843;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=24;PP=1177;ReadPosRankSum=0.532;SC=AAAAATGATGTGACTGTCTTT;SOR=0.863;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=123;TCF=81;TCR=42;TR=77;WE=225576066;WS=225576048;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,125:0.62:200
chr1	225576311	rs10753405	A	G	1982.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.547;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.807;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=39;PP=945;ReadPosRankSum=-0.090;SC=TGAATTAAGCAAGGGAGGGAT;SOR=0.941;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=111;TCF=40;TCR=71;TR=57;WE=225576319;WS=225576301;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,90:0.55:164
chr1	225577648	rs12134158	C	T	1933.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-2.360;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=51;PP=1241;ReadPosRankSum=-0.281;SC=TGTCACTCACCCTTTCCTCCT;SOR=0.797;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=102;TCF=21;TCR=81;TR=64;WE=225577656;WS=225577638;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,78:0.66:119
chr1	225586274	rs41304131	G	T	4201.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-1.365;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=356;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=76;NR=57;PP=2010;ReadPosRankSum=1.310;SC=TTCATCGAGGGGGCAAGATGG;SOR=0.714;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=221;TCF=130;TCR=91;TR=133;WE=225586282;WS=225586264;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:147,199:0.58:346
chr1	225586737	.	AT	A	113.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.053;ClippingRankSum=0.000;DP=246;ExcessHet=3.0103;FS=0.722;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.09;MQRankSum=3.090;QD=0.48;ReadPosRankSum=-0.545;SOR=0.767;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:190,49:0.21:239
chr1	225601647	rs3766928	C	T	4353.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.603;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=379;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.261;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=83;NR=41;PP=1995;ReadPosRankSum=-2.109;SC=TAACACAAGACTACTTAGAAA;SOR=0.767;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=235;TCF=152;TCR=83;TR=124;WE=225601655;WS=225601637;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:158,208:0.57:366
chr1	225603103	rs6702433	C	T	250.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-1.402;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.218;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=7;PP=173;ReadPosRankSum=-0.458;SC=TACACACACACATATATATAT;SOR=0.250;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=17;TCF=6;TCR=11;TR=12;WE=225603111;WS=225603093;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,12:0.71:17
chr1	225607144	rs2230419	C	T	630.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-1.819;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=14;PP=336;ReadPosRankSum=-1.255;SC=TTGTGACAAACTGAATTTTTC;SOR=0.716;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=36;TCF=13;TCR=23;TR=22;WE=225607152;WS=225607134;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,30:0.67:45
chr1	225609884	rs1056608	A	G	1327.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.121;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.65;ReadPosRankSum=-0.778;SOR=0.630;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:40,65:0.62:105
chr1	225611661	rs1056607	C	T	8751.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=348;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=130;NR=86;PP=2965;SC=CTTTATACTTCACAGTGTAAA;SOR=1.000;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=217;TCF=130;TCR=87;TR=216;WE=225611669;WS=225611651;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,333:1.00:333
chr1	225611845	rs1340867	C	T	4054.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=32;NR=80;PP=2401;SC=TTTATGTATTCGTCTTTTTCC;SOR=1.677;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=112;TCF=32;TCR=80;TR=112;WE=225611853;WS=225611835;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,143:1.00:143
chr1	225685621	rs145776060	TAAG	T	1177.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=0;NR=11;PP=497;SC=CTCACAGTAATAAGAAGATTA;SOR=1.302;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=0;TCR=12;TR=11;WE=225685631;WS=225685611;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr1	226019633	rs1051740	T	C	2292.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=1.329;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=310;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.390;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=44;PP=1278;ReadPosRankSum=2.188;SC=TCTCAACAGATACCCTCACTT;SOR=0.611;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=218;TCF=106;TCR=112;TR=88;WE=226019641;WS=226019623;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:184,120:0.39:304
chr1	226019774	rs2260863	G	C	2462.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=15;NR=47;PP=1451;SC=AATTATAGGTGACTGAGATGT;SOR=1.809;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=62;TCF=15;TCR=47;TR=62;WE=226019782;WS=226019764;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr1	226026616	rs2292567	G	A	5007.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.219;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=320;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.460;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=108;PP=2766;ReadPosRankSum=0.738;SC=TAACTGCCCCGTCCTCGCCAA;SOR=0.648;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=223;TCF=75;TCR=148;TR=164;WE=226026624;WS=226026606;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:97,217:0.69:314
chr1	226027067	rs35708670	G	GGTGT	1071.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.126;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FS=8.030;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.19;MQRankSum=0.000;QD=26.79;ReadPosRankSum=0.319;SOR=2.595;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,28:0.70:40
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chr1	226036309	rs360063	A	G	3968.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-1.843;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=596;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=52;PP=1403;ReadPosRankSum=-0.782;SC=CTCTGTGAACAAACACCCTCC;SOR=0.660;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=323;TCF=173;TCR=150;TR=110;WE=226036317;WS=226036299;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:372,223:0.37:595
chr1	226044489	rs60955535	G	GC	1647.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=11;NR=24;PP=1396;SC=TGCTCTATGTGCCCCAGTGAG;SOR=0.732;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=37;TCF=12;TCR=25;TR=35;WE=226044497;WS=226044479;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr1	226044766	rs9919303	G	A	743.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-1.205;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.562;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=24;PP=395;ReadPosRankSum=0.566;SC=CGTGGGCCACGCGGCTCTGAG;SOR=1.107;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=92;TCF=28;TCR=64;TR=31;WE=226044774;WS=226044756;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,43:0.32:133
chr1	226048744	rs34700682	CA	C	2596.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.620;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=27;PP=1393;ReadPosRankSum=1.556;SC=CTCAGGTTACCAAGCACACAT;SOR=0.663;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=63;TCF=15;TCR=48;TR=38;WE=226048752;WS=226048734;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,82:0.57:145
chr1	226053805	rs7515156	G	A	418.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=1.976;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.911;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=15;PP=256;ReadPosRankSum=1.125;SC=TTCTGTGGCCGGGGGAGCCCC;SOR=0.880;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=74;TCF=22;TCR=52;TR=20;WE=226053813;WS=226053795;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,26:0.26:99
chr1	226054333	rs45492299	G	A	2755.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.289;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=352;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=42;PP=1203;ReadPosRankSum=1.400;SC=CCCACAGTGAGGAAGAGGTAA;SOR=0.696;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=213;TCF=103;TCR=110;TR=85;WE=226054341;WS=226054323;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:208,143:0.41:351
chr1	226054681	rs360085	T	A	2110.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=56;NR=8;PP=1492;SC=GCTCAACAACTCACTAGCTGC;SOR=3.458;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=64;TCF=56;TCR=8;TR=64;WE=226054689;WS=226054671;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr1	226054714	rs2292563	G	A	1158.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=3.193;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.776;HP=2;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=9;PP=742;ReadPosRankSum=-1.182;SC=GATACCAGCCGGCCCCCTTTG;SOR=0.843;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=114;TCF=89;TCR=25;TR=47;WE=226054722;WS=226054704;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,53:0.40:131
chr1	226055595	rs2292564	G	A	999.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.160;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.595;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=15;PP=425;ReadPosRankSum=0.183;SC=TACCCAGCAAGTCCCCTGAGA;SOR=0.766;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=109;TCF=65;TCR=44;TR=39;WE=226055603;WS=226055585;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:113,59:0.34:172
chr1	226059794	rs199880126	G	GA	44.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.199;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FS=2.420;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.45;ReadPosRankSum=1.041;SOR=0.391;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:83,16:0.16:99
chr1	226074563	rs360057	T	G	2096.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.709;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.126;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-4.389;NF=32;NR=31;PP=1175;ReadPosRankSum=-0.772;SC=GGGCAGCGAGTCAGTCTCCGA;SOR=0.621;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=117;TCF=60;TCR=57;TR=63;WE=226074571;WS=226074553;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:97,93:0.49:190
chr1	226075410	rs57114136	GC	G	4613.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.543;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=291;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-1.830;NF=11;NR=111;PP=2895;ReadPosRankSum=1.986;SC=ACCCCGCACCGCCCCCCCGCG;SOR=0.690;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=201;TCF=22;TCR=179;TR=122;WE=226075425;WS=226075399;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,177:0.68:260
chr1	226076919	rs360058	G	T	397.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.651;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.431;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=11;PP=249;ReadPosRankSum=0.462;SC=AGGGAAGGAGGGAGGGAGGTC;SOR=1.216;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=24;TCF=8;TCR=16;TR=17;WE=226076927;WS=226076909;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,19:0.63:30
chr1	226125543	rs60825997	G	GA	1223.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=25;PP=1186;SC=GGTCATCTGGGAGGCTGAAGT;SOR=2.584;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=27;TCF=2;TCR=25;TR=27;WE=226125551;WS=226125533;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr1	226127443	rs74578461	G	C	1780.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.953;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.742;NF=6;NR=50;PP=1177;ReadPosRankSum=2.524;SC=CTGCGCGCCCGCGCGACCCCC;SOR=0.696;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=103;TCF=12;TCR=91;TR=56;WE=226127451;WS=226127433;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,72:0.56:128
chr1	226180026	rs72757014	C	T	1307.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-2.673;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.806;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=13;PP=570;ReadPosRankSum=1.032;SC=GCTCTTTGTGCGTAGTGTAGA;SOR=0.234;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=59;TCF=41;TCR=18;TR=39;WE=226180034;WS=226180016;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,59:0.77:77
chr1	226180816	rs61170616	C	CT	277.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.020;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.71;ReadPosRankSum=0.377;SOR=1.109;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,21:0.58:36
chr1	226252232	rs2036870	C	T	2206.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=20;NR=39;PP=1156;SC=TATGTATCCACATAATTTAAC;SOR=1.206;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=59;TCF=20;TCR=39;TR=59;WE=226252240;WS=226252222;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr1	226253316	rs1849032	G	T	4156.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.856;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=51;PP=2018;ReadPosRankSum=-0.749;SC=TTTTGTGCTAGTTATGTTTTT;SOR=0.813;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=96;TCF=45;TCR=51;TR=96;WE=226253324;WS=226253306;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,157:0.99:159
chr1	226334578	rs1219666	G	A	5266.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=41;NR=85;PP=2665;SC=ACTTGCATCAGGCAATTAAAA;SOR=1.329;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=127;TCF=41;TCR=86;TR=126;WE=226334586;WS=226334568;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,190:1.00:190
chr1	226352498	rs2306120	T	G	13664.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=2.271;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=524;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=190;NR=139;PP=2965;ReadPosRankSum=0.034;SC=ACCTTTTTTTTTCTTGCTCTT;SOR=0.593;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=330;TCF=190;TCR=140;TR=329;WE=226352506;WS=226352488;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,513:1.00:514
chr1	226411317	rs10915962	C	T	1866.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=25;NR=20;PP=784;SC=GCCTTCCCAGCCCCTGGCCCG;SOR=0.836;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=45;TCF=25;TCR=20;TR=45;WE=226411325;WS=226411307;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr1	226438449	rs6678137	T	C	748.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.96;SOR=1.143;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr1	226455809	rs201428204	G	A	2368.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.061;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.169;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=46;PP=1178;ReadPosRankSum=2.994;SC=AAGAACAAAGGCATTATGATG;SOR=0.590;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=129;TCF=53;TCR=76;TR=79;WE=226455817;WS=226455799;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,110:0.59:185
chr1	226474132	rs10799347	G	A	2291.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.61;BaseQRankSum=-1.155;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=30;PP=936;ReadPosRankSum=1.847;SC=GACATACACAGAAGTCATTAT;SOR=0.384;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=47;TCF=16;TCR=31;TR=46;WE=226474140;WS=226474122;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,88:0.99:89
chr1	226485327	rs11390947	A	AT	2024.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=33;NR=15;PP=1597;SC=AAACTTGTAAATTTTTTACTG;SOR=2.073;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=61;TCF=40;TCR=21;TR=48;WE=226485335;WS=226485317;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr1	226488826	rs11577454	A	G	1887.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.52;SOR=0.948;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
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chr1	226553485	rs118165556	A	C	342.79	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-1.789;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=3.680;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.32;ReadPosRankSum=-0.301;SOR=2.419;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,19:0.90:21
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chr1	226553494	rs11378196	C	CA	348.74	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.050;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.03;ReadPosRankSum=1.622;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,24:0.83:29
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chr1	226570840	rs1805415	T	C	2224.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=21;NR=34;PP=1238;SC=TACGGTCCTGTTTTTTAACCT;SOR=1.165;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=55;TCF=21;TCR=34;TR=55;WE=226570848;WS=226570830;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr1	226923146	rs11337528	GT	G	3026.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQ=60.13;NF=25;NR=23;PP=2045;SC=TGTGTAGAAAGTTAAGAAAAA;SOR=1.395;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=51;TCF=27;TCR=24;TR=48;WE=226923159;WS=226923136;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr1	226923264	rs708775	G	A	4402.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=56;NR=56;PP=2329;SC=TATGCAGGAAGGCTGAGTTGG;SOR=0.705;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=112;TCF=56;TCR=56;TR=112;WE=226923272;WS=226923254;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,163:1.00:163
chr1	226923505	rs708776	G	T	11350.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=432;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=148;NR=122;PP=2965;SC=AGGCTTGTCCGGATCTTGGGG;SOR=0.848;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=273;TCF=149;TCR=124;TR=270;WE=226923513;WS=226923495;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,414:1.00:414
chr1	226923938	rs6667260	A	C	11127.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=390;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=116;NR=139;PP=2965;SC=CAGCTCAGGGAATCAGAGGAC;SOR=0.824;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=255;TCF=116;TCR=139;TR=255;WE=226923946;WS=226923928;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,388:1.00:388
chr1	226924875	rs147889095	ACTGCCGCTG	A	7841.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.146;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FR=0.5010;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.352;NF=16;NR=79;PP=2976;ReadPosRankSum=-0.626;SC=TGCTCACGCTACTGCCGCTGC;SOR=0.470;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=115;TCF=19;TCR=96;TR=95;WE=226924891;WS=226924865;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,179:0.99:180
chr1	227069677	rs11405	T	C	9262.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.750;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=366;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=93;NR=122;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.965;SC=TAATGTCGGCTGAGAGCCCCA;SOR=0.861;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=217;TCF=94;TCR=123;TR=215;WE=227069685;WS=227069667;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,358:0.99:360
chr1	227069737	rs6759	C	T	4271.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=42;NR=87;PP=2372;SC=ATGGAGAGAACACTGCCCAGT;SOR=1.453;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=129;TCF=42;TCR=87;TR=129;WE=227069745;WS=227069727;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,161:1.00:161
chr1	227071364	rs1295643	G	A	828.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=17;NR=3;PP=492;SC=ATAGGCTGCCGTGGGGGACAT;SOR=2.546;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=17;TCR=3;TR=20;WE=227071385;WS=227071354;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr1	227071377	rs1295644	T	C	1223.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=24;NR=6;PP=696;SC=GGGGACATTCTGCGGCCCTCA;SOR=2.147;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=30;TCF=24;TCR=6;TR=30;WE=227071385;WS=227071354;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr1	227071525	rs1046240	C	T	6886.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=272;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.99;SOR=0.881;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,265:1.00:265
chr1	227073410	rs2236910	G	C	10315.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=396;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=91;NR=165;PP=2965;SC=CTCCAGCCACGCTTCTCTCCG;SOR=1.170;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=258;TCF=91;TCR=167;TR=256;WE=227073418;WS=227073400;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,379:1.00:379
chr1	227078955	rs2802267	T	C	3480.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=52;NR=39;PP=1485;SC=CCGCCTGAGATGTGAACCTTT;SOR=0.905;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=92;TCF=52;TCR=40;TR=91;WE=227078963;WS=227078945;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,133:1.00:133
chr1	227079222	rs2236915	C	G	2066.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=35;NR=23;PP=1283;SC=CTTGAAGATTCAGCAAGTGTT;SOR=1.276;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=58;TCF=35;TCR=23;TR=58;WE=227079230;WS=227079212;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr1	227081622	rs10753428	A	G	3366.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=68;NR=49;PP=2137;SC=GGGCAAGAGCAGCTGGGCCTT;SOR=1.944;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=117;TCF=68;TCR=49;TR=117;WE=227081630;WS=227081612;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,129:1.00:129
chr1	227081850	rs2855562	G	A	3069.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.946;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=56;PP=1628;ReadPosRankSum=0.548;SC=GATGCGTCCAGCTGCCTCGTG;SOR=1.453;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=82;TCF=25;TCR=57;TR=80;WE=227081858;WS=227081840;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,116:0.98:118
chr1	227085155	rs11802358	G	A	598.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-4.352;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.539;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=5;PP=377;ReadPosRankSum=0.960;SC=TTAGGGTGAAGTGTTAAGACT;SOR=0.093;SbPval=0.23;Source=Platypus;TC=47;TCF=40;TCR=7;TR=22;WE=227085163;WS=227085145;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,26:0.51:51
chr1	227170298	rs2297412	A	G	1258.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.069;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.171;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=11;PP=749;ReadPosRankSum=2.583;SC=TGGCCAGGGCATCCCAGGAGT;SOR=1.085;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=71;TCF=52;TCR=19;TR=47;WE=227170306;WS=227170288;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,58:0.66:88
chr1	227170543	rs2297413	C	G	4050.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.719;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=302;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.009;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=72;PP=2160;ReadPosRankSum=-0.016;SC=GGGCTTCTCCCGGTGGCCCAG;SOR=0.689;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=219;TCF=108;TCR=111;TR=134;WE=227170551;WS=227170533;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:109,183:0.63:292
chr1	227171584	rs3215919	GT	G	686.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-1.354;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.382;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=14;PP=560;ReadPosRankSum=-0.251;SC=CCCCTTGCGTGTTTGCACCAG;SOR=1.044;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=33;TCF=8;TCR=25;TR=17;WE=227171592;WS=227171574;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,24:0.60:40
chr1	227171737	rs1574184	G	T	2297.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.459;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FS=3.418;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=21.08;ReadPosRankSum=1.389;SOR=1.542;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,76:0.70:109
chr1	227171739	rs1574185	G	T	2306.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.496;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FS=5.488;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=20.78;ReadPosRankSum=1.400;SOR=1.855;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,76:0.68:111
chr1	227172290	rs12593	C	T	9971.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.632;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=812;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=144;NR=138;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.029;SC=GGGAGCTGTTCGAGTTCCACT;SOR=0.697;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=495;TCF=256;TCR=239;TR=282;WE=227172298;WS=227172280;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:336,468:0.58:804
chr1	227172903	rs2297415	G	A	2000.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=2.299;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=29;PP=1236;ReadPosRankSum=1.633;SC=CTGGGATGTCGGGAGCTGAGC;SOR=0.694;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=128;TCF=75;TCR=53;TR=70;WE=227172911;WS=227172893;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,88:0.56:157
chr1	227172935	rs2297416	C	G	2888.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.119;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=241;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.480;HP=3;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=46;PP=1491;ReadPosRankSum=-0.389;SC=CCCACGGTCCCCTCCTGTGCC;SOR=0.641;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=177;TCF=96;TCR=81;TR=99;WE=227172943;WS=227172925;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:99,138:0.58:237
chr1	227174145	rs7552783	T	C	4873.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.730;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=342;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.906;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=112;NR=35;PP=2661;ReadPosRankSum=0.860;SC=CCTTCCTCTCTTGCCCCAGGT;SOR=0.781;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=245;TCF=181;TCR=64;TR=147;WE=227174153;WS=227174135;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:134,206:0.61:340
chr1	227174210	rs3738725	T	C	10899.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-3.399;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=814;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.550;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=181;NR=128;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.015;SC=CCTTCGCCTCTGATGAGCCTT;SOR=0.627;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=498;TCF=292;TCR=206;TR=309;WE=227174218;WS=227174200;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:289,506:0.64:795
chr1	227181923	rs3795451	C	T	215.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-1.632;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=0;PP=134;ReadPosRankSum=-0.147;SC=TGAGAGGAGGCGAGTGGCAGG;SOR=1.051;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=17;TCR=0;TR=8;WE=227181931;WS=227181913;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,10:0.45:22
chr1	227182033	rs2802269	G	A	1558.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.361;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=20;PP=618;ReadPosRankSum=0.361;SC=TCGGGGTGAAGCTGGGCTTGG;SOR=0.729;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=89;TCF=49;TCR=40;TR=45;WE=227182041;WS=227182023;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,79:0.59:135
chr1	227182575	rs1045247	A	G	3599.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.524;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=283;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.457;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=73;NR=45;PP=1682;ReadPosRankSum=0.230;SC=CCATGCCTCCAGAGGACAAAG;SOR=0.641;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=189;TCF=117;TCR=72;TR=118;WE=227182583;WS=227182565;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:105,174:0.62:279
chr1	227182754	rs2297419	G	A	1591.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.478;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.591;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=42;PP=962;ReadPosRankSum=-0.796;SC=ACAGACTGCTGAGCTGACAGG;SOR=0.892;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=91;TCF=21;TCR=70;TR=52;WE=227182762;WS=227182744;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,70:0.56:125
chr1	227192579	rs2297418	A	C	1158.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=2.466;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=7;PP=780;ReadPosRankSum=0.726;SC=CACTGCAGCCACTTGAGAATG;SOR=0.814;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=69;TCF=56;TCR=13;TR=41;WE=227192587;WS=227192569;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,49:0.57:86
chr1	227204557	rs17600747	T	C	3054.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-2.243;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.916;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=74;NR=31;PP=1877;ReadPosRankSum=-0.268;SC=CCAAATCAAATATAGTATCAT;SOR=0.375;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=137;TCF=100;TCR=37;TR=105;WE=227204565;WS=227204547;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,131:0.78:168
chr1	227210820	rs11580229	G	A	569.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.301;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.075;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=4;PP=252;ReadPosRankSum=-0.923;SC=GAATGTGATAGTGGCCAACAT;SOR=0.957;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=35;TCF=26;TCR=9;TR=17;WE=227210828;WS=227210810;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,27:0.49:55
chr1	227210888	rs11578479	A	T	1478.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.244;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.683;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=14;PP=508;ReadPosRankSum=-0.202;SC=ACTTATTATTAATGTGACCTT;SOR=0.768;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=69;TCF=40;TCR=29;TR=34;WE=227210896;WS=227210878;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,70:0.59:119
chr1	227213968	rs7535826	G	T	1206.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.464;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.908;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=32;PP=691;ReadPosRankSum=-0.166;SC=AAATCCTATGGGGCTATCATA;SOR=0.840;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=66;TCF=17;TCR=49;TR=42;WE=227213976;WS=227213958;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,54:0.64:85
chr1	227218069	rs5781458	C	CAT	1398.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.008;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.024;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=15;PP=885;ReadPosRankSum=-0.940;SC=TTTTTTAACACGATTTAAAAT;SOR=0.551;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=34;TCF=16;TCR=18;TR=25;WE=227218077;WS=227218059;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,36:0.59:61
chr1	227218085	.	C	CA	53.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.970;ClippingRankSum=0.000;DP=86;ExcessHet=3.0103;FS=1.149;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.67;ReadPosRankSum=1.764;SOR=0.952;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:66,14:0.17:80
chr1	227221251	rs12031609	T	C	2326.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.943;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.769;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=51;PP=1413;ReadPosRankSum=1.120;SC=AAAAATTAATTTTCCCCCATT;SOR=0.483;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=103;TCF=29;TCR=74;TR=71;WE=227221259;WS=227221241;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,96:0.74:129
chr1	227222515	rs113874316	G	GACAA	17176.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=437;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=150;PP=2972;SC=GTTTTAGACAGACAAACAGCC;SOR=1.188;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=185;TCF=17;TCR=168;TR=167;WE=227222523;WS=227222505;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,387:1.00:387
chr1	227227740	rs12026688	A	C	892.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-3.150;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=5;PP=633;ReadPosRankSum=-0.177;SC=TGATTAAGTAAAACAAACATT;SOR=0.758;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=70;TCF=59;TCR=11;TR=35;WE=227227748;WS=227227730;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,38:0.51:74
chr1	227239746	rs10799381	G	T	417.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-0.451;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=12;PP=281;ReadPosRankSum=1.197;SC=CAATGTGCAGGCTTAGCAAAT;SOR=0.560;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=21;TCF=5;TCR=16;TR=16;WE=227239754;WS=227239736;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,17:0.77:22
chr1	227246890	rs59693176	C	CA	678.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.450;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=10;HapScore=3;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=5;PP=338;ReadPosRankSum=-1.326;SC=CGGCCAAAGCCAAAAAAAAAA;SOR=0.735;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=56;TCF=44;TCR=12;TR=28;WE=227246898;WS=227246880;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,45:0.53:85
chr1	227288655	rs2104863	G	A	282.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.877;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=4;PP=176;ReadPosRankSum=0.280;SC=CAGGTACTCAGTAAGTATTTA;SOR=1.179;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=18;TCF=12;TCR=6;TR=13;WE=227288663;WS=227288645;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,13:0.72:18
chr1	227300277	rs488104	G	A	1730.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-5.218;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.795;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=20;PP=1315;ReadPosRankSum=-0.586;SC=AATAACTTTAGAAATATTTTA;SOR=0.440;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=104;TCF=74;TCR=30;TR=65;WE=227300285;WS=227300267;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,68:0.61:111
chr1	227330759	rs12139502	A	G	7394.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.631;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=289;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=77;NR=104;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.824;SC=TAAGAAATAGATAGCTATATG;SOR=0.858;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=181;TCF=77;TCR=104;TR=181;WE=227330767;WS=227330749;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,286:0.99:288
chr1	227330783	rs58442036	G	C	1672.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.421;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.726;HP=1;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=29;PP=741;ReadPosRankSum=2.027;SC=TGTAGGCTTGGCTATAAATAT;SOR=0.383;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=140;TCF=55;TCR=85;TR=53;WE=227330791;WS=227330773;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:131,88:0.40:219
chr1	227335329	rs6685954	T	C	835.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=3.366;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=26;PP=615;ReadPosRankSum=-1.185;SC=TTACTTAAGATACACAATAGA;SOR=0.682;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=50;TCF=4;TCR=46;TR=28;WE=227335337;WS=227335319;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,31:0.57:54
chr1	227381326	rs6696485	C	T	1048.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=30;NR=3;PP=855;SC=CAAATAATAACAACAACAAAG;SOR=3.675;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=33;TCF=30;TCR=3;TR=33;WE=227381334;WS=227381324;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr1	227381373	rs3768436	G	T	1767.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-3.151;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=22.10;ReadPosRankSum=0.850;SOR=0.434;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:3,77:0.96:80
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chr1	227381674	rs35780410	TA	T	1340.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=1.606;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.511;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.908;NF=0;NR=32;PP=1206;ReadPosRankSum=-0.078;SC=AGTAAACTAATAAGGGTGAAA;SOR=1.802;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=45;TCF=0;TCR=45;TR=32;WE=227381682;WS=227381664;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,42:0.72:58
chr1	227387143	rs3768435	A	G	329.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=10;NR=0;PP=275;SC=CTTACCCTGTATGAAATGCAC;SOR=4.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=10;TCR=0;TR=10;WE=227387151;WS=227387133;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr1	227387361	rs3768434	A	G	3455.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=38;NR=41;PP=1406;SC=TGTCTGAAACACAAAAAGAAA;SOR=0.754;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=79;TCF=38;TCR=41;TR=79;WE=227387369;WS=227387351;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,134:1.00:134
chr1	227504924	rs41303091	G	T	2773.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.364;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=253;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.669;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=63;PP=1450;ReadPosRankSum=1.329;SC=AAATTATTATGATGACTTTTA;SOR=0.587;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=172;TCF=60;TCR=112;TR=97;WE=227504932;WS=227504914;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:98,130:0.57:228
chr1	227834233	rs78467777	TC	T	5367.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.520;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=561;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=67;NR=88;PP=2079;ReadPosRankSum=0.377;SC=TGTGTATTTTTCCCCCCCCCA;SOR=0.723;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=292;TCF=121;TCR=171;TR=155;WE=227834241;WS=227834223;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:248,271:0.52:519
chr1	227920061	rs1060295	T	G	774.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-2.610;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.603;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=1;PP=496;ReadPosRankSum=0.373;SC=GCTGCCTCTCTTCCACCCGTC;SOR=1.140;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=43;TCF=40;TCR=3;TR=27;WE=227920069;WS=227920051;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,34:0.64:53
chr1	227920186	rs35575794	G	A	5575.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.638;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=430;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.544;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=110;NR=75;PP=2867;ReadPosRankSum=-0.822;SC=CTCTCTGGAAGTCGGGGTGCG;SOR=0.633;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=289;TCF=175;TCR=114;TR=185;WE=227920194;WS=227920176;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:151,258:0.63:409
chr1	227920357	rs4837	C	T	6170.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.855;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=445;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=69;NR=116;PP=2962;ReadPosRankSum=0.541;SC=AGTTGATGCCCGAGCAGGACC;SOR=0.706;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=316;TCF=120;TCR=196;TR=185;WE=227920365;WS=227920347;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:165,276:0.63:441
chr1	227922251	.	T	G	703.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.731;ClippingRankSum=0.000;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.906;HP=6;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=4;PP=503;ReadPosRankSum=1.269;SC=CGGGGAAAAATAGCTCCGTTG;SOR=0.262;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=40;TCF=35;TCR=5;TR=25;WE=227922259;WS=227922243;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,27:0.66:41
chr1	227923081	rs7419238	G	A	23680.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=894;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=251;NR=290;PP=2965;SC=TTTCTGCCCCGCCAGCGCCTG;SOR=0.805;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=541;TCF=251;TCR=290;TR=541;WE=227923089;WS=227923071;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,883:1.00:883
chr1	227935280	rs2236361	C	T	2220.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.919;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.494;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=15;PP=1404;ReadPosRankSum=-1.071;SC=GAGTCAGCCACGTGCTGCAGC;SOR=0.992;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=131;TCF=103;TCR=28;TR=80;WE=227935288;WS=227935270;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,95:0.62:152
chr1	227935355	rs2236360	T	C	6264.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.697;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=452;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.551;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=112;NR=78;PP=2648;ReadPosRankSum=3.045;SC=CTCCAGTCCATGGGTGACGGC;SOR=0.773;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=288;TCF=167;TCR=121;TR=190;WE=227935363;WS=227935345;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:156,287:0.65:443
chr1	227954677	rs17851681	C	T	5690.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=2.735;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=401;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.432;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=122;NR=53;PP=2962;ReadPosRankSum=0.099;SC=GCTGATGGGCCGTACCCTGCA;SOR=0.870;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=276;TCF=191;TCR=85;TR=175;WE=227954685;WS=227954667;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:158,238:0.60:396
chr1	227958225	rs41305134	T	C	2101.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.741;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.854;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=22;PP=1040;ReadPosRankSum=0.835;SC=ATGAAACTATTTTCAGAAGGT;SOR=1.009;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=112;TCF=67;TCR=45;TR=64;WE=227958233;WS=227958215;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,92:0.59:155
chr1	227968107	rs10799448	G	A	1311.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=2.593;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.866;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=12;PP=772;ReadPosRankSum=0.455;SC=CTGCTGGCTCGCAGATGGCAT;SOR=1.003;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=71;TCF=50;TCR=21;TR=44;WE=227968115;WS=227968097;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,58:0.62:93
chr1	228003967	rs12121588	G	A	1827.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-1.041;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=250;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.360;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=29;PP=763;ReadPosRankSum=0.981;SC=AGCGGGCGCCGGCCTGGGATG;SOR=0.526;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=160;TCF=73;TCR=87;TR=60;WE=228003975;WS=228003957;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:148,99:0.40:247
chr1	228033197	rs9426581	A	G	3273.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.981;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.812;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=43;PP=1623;ReadPosRankSum=0.105;SC=GCTGCAGGAGATGCAGCTCCC;SOR=0.552;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=152;TCF=91;TCR=61;TR=102;WE=228033205;WS=228033187;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,146:0.68:215
chr1	228112121	rs4653889	A	G	1848.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=1.410;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.279;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=53;PP=1083;ReadPosRankSum=-1.256;SC=GCAAGGGCCGATCAGTGAGCC;SOR=0.849;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=152;TCF=30;TCR=122;TR=65;WE=228112129;WS=228112111;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:113,86:0.43:199
chr1	228113163	rs3795768	A	G	5620.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=59;NR=82;PP=2743;SC=GCGCCTGGGCAGCCGCCTCTG;SOR=0.967;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=141;TCF=59;TCR=82;TR=141;WE=228113171;WS=228113153;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,212:1.00:212
chr1	228129197	rs631768	T	C	901.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=1.430;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.105;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=14;PP=437;ReadPosRankSum=0.522;SC=GGAGACTCCATGGGGACCCTC;SOR=0.964;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=76;TCF=41;TCR=35;TR=36;WE=228129205;WS=228129187;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:94,51:0.35:145
chr1	228294300	rs12564763	T	C	1632.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-5.393;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=4;PP=1173;ReadPosRankSum=0.676;SC=CACTGAGCTCTCTCTGTGCTT;SOR=0.836;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=82;TCF=75;TCR=7;TR=54;WE=228294308;WS=228294291;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,61:0.67:91
chr1	228334418	rs3216021	GAT	G	727.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=1.914;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=2;PP=759;ReadPosRankSum=1.232;SC=GCCCAGCAAGGATCTGACTAA;SOR=0.619;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=51;TCF=44;TCR=7;TR=20;WE=228334427;WS=228334408;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,21:0.35:60
chr1	228334436	rs55873533	G	A	493.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=2.854;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.185;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=4;PP=364;ReadPosRankSum=1.328;SC=TAAAGCAGTCGTGGGTGTGGG;SOR=0.477;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=73;TCF=62;TCR=11;TR=25;WE=228334444;WS=228334426;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,27:0.32:84
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chr1	228362682	rs2298014	G	A	1745.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.320;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=279;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.460;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=30;PP=982;ReadPosRankSum=0.307;SC=GGTGCCCGGGGGCCGGCTCGG;SOR=0.657;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=168;TCF=98;TCR=70;TR=68;WE=228362690;WS=228362672;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:178,96:0.35:274
chr1	228391808	rs11800309	G	T	2678.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.728;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.683;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=47;PP=1198;ReadPosRankSum=1.082;SC=ACAGATTTTGGTATATGCGGG;SOR=0.981;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=114;TCF=44;TCR=70;TR=73;WE=228391816;WS=228391798;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,119:0.66:179
chr1	228399482	rs11804508	C	G	952.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.839;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.118;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=7;PP=526;ReadPosRankSum=0.460;SC=CGCCGCCACCCTCATGGATCA;SOR=1.110;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=53;TCF=41;TCR=12;TR=33;WE=228399490;WS=228399472;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,45:0.58:77
chr1	228399766	rs55971985	T	C	3583.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.316;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=292;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=54;PP=1316;ReadPosRankSum=0.193;SC=CCTTCGCTGCTGTGGGCCTGC;SOR=0.682;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=163;TCF=79;TCR=84;TR=104;WE=228399774;WS=228399756;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:114,172:0.60:286
chr1	228400646	rs3121192	T	C	5024.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.291;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=249;ExcessHet=3.0103;FS=0.494;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=21.85;ReadPosRankSum=0.013;SOR=0.632;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:97,133:0.58:230
chr1	228400653	rs3121191	A	T	4941.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.475;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FS=1.720;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=23.20;ReadPosRankSum=1.078;SOR=0.566;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:88,125:0.59:213
chr1	228402047	rs1620111	A	G	6766.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=2.412;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=595;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=98;NR=101;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.403;SC=GCCACACACTAACCATCTCCC;SOR=0.711;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=388;TCF=188;TCR=200;TR=199;WE=228402055;WS=228402037;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:280,313:0.53:593
chr1	228402121	rs1771487	A	G	5339.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.236;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=436;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.531;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=85;PP=2381;ReadPosRankSum=-1.496;SC=ACGTCCACCCAGTTCTGCGTG;SOR=0.620;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=259;TCF=107;TCR=152;TR=149;WE=228402129;WS=228402111;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:186,250:0.57:436
chr1	228402508	rs2776853	C	T	2606.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.298;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=265;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.564;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=30;PP=1368;ReadPosRankSum=0.261;SC=GAAGCCTCCCCTGCAACCCCC;SOR=0.591;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=186;TCF=127;TCR=59;TR=91;WE=228402516;WS=228402498;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:133,124:0.48:257
chr1	228404668	rs3795777	T	C	1071.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.603;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=9;PP=552;ReadPosRankSum=-1.371;SC=TGGCCAAGTTTGTGCTCAGGG;SOR=0.601;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=73;TCF=59;TCR=14;TR=38;WE=228404676;WS=228404658;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,49:0.50:98
chr1	228405118	rs5781507	G	GA	324.70	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.400;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.53;ReadPosRankSum=0.145;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,20:0.83:24
chr1	228412106	rs1771482	T	C	1108.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.806;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.937;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=10;PP=631;ReadPosRankSum=-0.882;SC=TCTGAAACTTTAGTTTCTGTG;SOR=1.060;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=118;TCF=77;TCR=41;TR=39;WE=228412114;WS=228412096;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:111,58:0.34:169
chr1	228412227	rs1771480	TG	CA	5039.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.225;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=325;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=41;PP=2944;ReadPosRankSum=1.413;SC=CAGGAGCCAGTGCCACACTGA;SOR=0.698;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=221;TCF=121;TCR=100;TR=89;WE=228412236;WS=228412217;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:185,135:0.42:320
chr1	228412308	rs1757152	G	A	2110.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.345;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=289;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.454;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=35;PP=1278;ReadPosRankSum=0.895;SC=GCTCCAGCTCGAAAGTGTGCA;SOR=0.637;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=225;TCF=137;TCR=88;TR=86;WE=228412316;WS=228412298;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:180,105:0.37:285
chr1	228431095	rs1771455	A	G	4756.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=46;NR=60;PP=2060;SC=CAGGCAAGACAGATGCCGGGG;SOR=0.883;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=106;TCF=46;TCR=60;TR=106;WE=228431103;WS=228431085;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,182:1.00:182
chr1	228431235	rs11584385	G	A	256.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-0.666;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.744;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=10;PP=205;ReadPosRankSum=1.446;SC=CCACCTAATTGCCTCTTTTCT;SOR=1.244;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=23;TCF=4;TCR=19;TR=12;WE=228431243;WS=228431225;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,12:0.40:30
chr1	228431930	rs10916293	C	T	13101.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.662;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=514;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=193;NR=136;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.837;SC=GAATCTTCAGCGCCTGTGAAA;SOR=0.950;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=330;TCF=194;TCR=136;TR=329;WE=228431938;WS=228431920;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,504:1.00:506
chr1	228432987	rs1757129	G	C	1481.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-1.870;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.322;NF=38;NR=16;PP=832;ReadPosRankSum=0.177;SC=AGAGCATCTTGAGTCTGTGGA;SOR=0.714;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=143;TCF=98;TCR=45;TR=54;WE=228432995;WS=228432977;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:97,71:0.42:168
chr1	228433217	rs2487384	A	G	8068.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=299;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=87;NR=128;PP=2965;SC=AGCCCCAGACAGAGGTGACGT;SOR=1.068;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=215;TCF=87;TCR=128;TR=215;WE=228433225;WS=228433207;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,291:1.00:291
chr1	228434395	rs7517088	T	C	10838.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=407;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=127;NR=154;PP=2965;SC=GCATAGAGGCTGCGGGCTGCA;SOR=0.870;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=281;TCF=127;TCR=154;TR=281;WE=228434403;WS=228434385;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,403:1.00:403
chr1	228434467	rs7517108	T	C	10444.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=401;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=105;NR=140;PP=2965;SC=CCTGTGAGGCTGGGGGCCAGC;SOR=0.913;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=245;TCF=105;TCR=140;TR=245;WE=228434475;WS=228434457;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,400:1.00:400
chr1	228437603	rs6426494	T	C	7303.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=272;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=132;NR=81;PP=2965;SC=GGCCTTGTCTTCCCAGTGCTG;SOR=1.132;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=215;TCF=132;TCR=83;TR=213;WE=228437611;WS=228437593;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,265:1.00:265
chr1	228438045	rs12737540	G	A	1903.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=3.029;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.101;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=43;PP=1086;ReadPosRankSum=-0.993;SC=TTCATGTCTCGGGCTTCCCAT;SOR=1.229;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=83;TCF=22;TCR=61;TR=55;WE=228438053;WS=228438035;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,77:0.67:115
chr1	228444297	rs7532141	T	G	1210.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.435;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.559;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=16;PP=658;ReadPosRankSum=-0.442;SC=TCTCCCCAGTTCTGCCTTCCT;SOR=0.767;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=150;TCF=95;TCR=55;TR=47;WE=228444305;WS=228444287;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:138,66:0.32:204
chr1	228444318	rs7532144	T	G	7031.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=268;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=108;NR=70;PP=2965;SC=GACCTAGATGTTGGTGGTCAC;SOR=0.988;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=178;TCF=108;TCR=70;TR=178;WE=228444326;WS=228444308;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,260:1.00:260
chr1	228444565	rs7532342	T	A	9935.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=373;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=108;NR=122;PP=2965;SC=GGCCAGGCGGTCGCCGGGGAG;SOR=0.783;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=230;TCF=108;TCR=122;TR=230;WE=228444573;WS=228444555;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,370:1.00:370
chr1	228444741	rs3795780	C	T	1370.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=32;PP=1006;SC=TCCACTTCTCCATGCCCTCAC;SOR=2.935;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=36;TCF=4;TCR=32;TR=36;WE=228444749;WS=228444731;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr1	228447513	rs7525075	T	G	3083.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.317;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FS=0.506;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.53;ReadPosRankSum=-0.696;SOR=0.761;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:138,90:0.39:228
chr1	228447519	rs7525078	T	A	3029.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.612;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FS=2.505;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.43;ReadPosRankSum=0.105;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:130,80:0.38:210
chr1	228451826	rs453140	C	T	6255.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=1.507;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=493;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.524;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=78;NR=69;PP=2541;ReadPosRankSum=0.764;SC=GAGCCCAAGGCGGTGTTTGCC;SOR=0.739;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=255;TCF=133;TCR=122;TR=147;WE=228451834;WS=228451816;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:199,291:0.59:490
chr1	228456147	rs878388	T	C	15595.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=593;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=175;NR=153;PP=2965;SC=CCTACTTTCTTGTCTAGGCCC;SOR=0.759;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=329;TCF=175;TCR=154;TR=328;WE=228456155;WS=228456137;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,591:1.00:591
chr1	228461129	rs1188724	A	G	6036.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.963;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=75;NR=83;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.125;SC=TCAAAAGTGCACATGGAGGCC;SOR=0.826;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=160;TCF=76;TCR=84;TR=158;WE=228461137;WS=228461119;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,222:0.99:224
chr1	228461408	rs11398292	A	AG	4738.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=29;NR=47;PP=2936;SC=GTGGCCCTGAAGGGAGCGGGG;SOR=0.987;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=79;TCF=30;TCR=49;TR=76;WE=228461416;WS=228461398;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,145:1.00:145
chr1	228461757	rs474735	G	A	2463.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.347;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=339;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.351;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=41;PP=1344;ReadPosRankSum=0.078;SC=AAGGTGAGCCGGGCATGGGGC;SOR=0.628;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=220;TCF=107;TCR=113;TR=86;WE=228461765;WS=228461747;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:207,123:0.37:330
chr1	228463433	rs510931	C	T	834.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.897;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.273;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=6;PP=433;ReadPosRankSum=-1.174;SC=CGAGGGCCGCCGTGACCTCCC;SOR=0.208;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=33;TCF=26;TCR=7;TR=23;WE=228463441;WS=228463423;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,36:0.73:49
chr1	228464100	rs936884	G	A	111.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-2.697;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.639;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=3;PP=56;ReadPosRankSum=-0.361;SC=GGTTCTAAAGGCGGTGGTCTC;SOR=0.368;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=31;TCF=23;TCR=8;TR=9;WE=228464108;WS=228464090;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,9:0.25:36
chr1	228464248	rs1188721	T	G	7936.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.562;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=310;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=106;NR=83;PP=2965;ReadPosRankSum=1.203;SC=CGGACGTGGATGGCAGCTGGA;SOR=0.863;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=191;TCF=107;TCR=84;TR=189;WE=228464256;WS=228464238;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,304:0.99:306
chr1	228464276	rs1188722	T	C	9253.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-1.403;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=355;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.099;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=106;NR=97;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.725;SC=CGGTCTGCGGTTCCAGCAGGG;SOR=0.297;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=204;TCF=106;TCR=98;TR=203;WE=228464284;WS=228464266;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,346:1.00:347
chr1	228464842	rs936885	C	G	11655.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=429;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=132;NR=145;PP=2965;SC=GTGCCTGACTCGGCCTCTGCC;SOR=0.777;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=279;TCF=132;TCR=147;TR=277;WE=228464850;WS=228464832;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,421:1.00:421
chr1	228465346	rs493945	A	G	2644.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.101;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=435;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=53;PP=1517;ReadPosRankSum=2.318;SC=GCCCACTGACAACGTGCGCAT;SOR=0.656;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=269;TCF=140;TCR=129;TR=109;WE=228465354;WS=228465336;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:281,149:0.35:430
chr1	228465370	rs867599	T	G	12915.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=396;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=137;NR=129;PP=2965;SC=CCAGGAAGGTTCGAGGACAGG;SOR=0.740;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=266;TCF=137;TCR=129;TR=266;WE=228465378;WS=228465360;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,391:1.00:391
chr1	228466750	rs3795782	T	C	1003.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-2.092;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.700;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=20;PP=673;ReadPosRankSum=-0.818;SC=ACGCTGGGTCTGGGCAGCTCA;SOR=0.439;SbPval=0.26;Source=Platypus;TC=105;TCF=47;TCR=58;TR=43;WE=228466758;WS=228466740;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,47:0.41:114
chr1	228468458	rs1188697	G	A	1932.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.507;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FS=7.081;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.64;ReadPosRankSum=-0.122;SOR=0.358;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:65,101:0.61:166
chr1	228470995	rs1150906	G	T	1727.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-1.300;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.746;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=44;PP=1251;ReadPosRankSum=0.104;SC=GGTAAATGCCGCAGGAGCCCC;SOR=0.859;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=109;TCF=33;TCR=76;TR=62;WE=228471003;WS=228470985;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,68:0.57:120
chr1	228471046	rs41303079	C	T	578.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=4.312;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.345;HP=4;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=11;PP=400;ReadPosRankSum=0.312;SC=TAGCGGGGCACGGGGCCACCC;SOR=0.379;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=64;TCF=29;TCR=35;TR=23;WE=228471054;WS=228471036;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,26:0.37:71
chr1	228471379	rs56168609	G	C	2568.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.287;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=446;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.81;ReadPosRankSum=-0.841;SOR=0.654;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:299,143:0.32:442
chr1	228475848	rs437129	G	A	9025.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.513;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=678;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.534;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=123;NR=152;PP=2962;ReadPosRankSum=0.844;SC=GCTGAGCAAGGCAGCCCCTGT;SOR=0.776;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=456;TCF=209;TCR=247;TR=275;WE=228475856;WS=228475838;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:265,406:0.61:671
chr1	228480282	rs1150908	A	G	15271.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-2.049;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=583;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=197;NR=177;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.206;SC=AAGGGGCCACAGCTGTGCTGC;SOR=0.285;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=376;TCF=198;TCR=178;TR=374;WE=228480290;WS=228480272;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,575:1.00:576
chr1	228480964	rs10158357	A	G	1053.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.952;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.730;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=10;PP=719;ReadPosRankSum=1.842;SC=GTCCAGTTGGATTCTGTGTCT;SOR=0.775;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=104;TCF=78;TCR=26;TR=43;WE=228480972;WS=228480954;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,50:0.38:130
chr1	228482010	rs449133	C	T	10764.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.407;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=704;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=157;NR=179;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.207;SC=TGAGGCAGGACGGGTCCAGGT;SOR=0.731;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=516;TCF=243;TCR=273;TR=336;WE=228482018;WS=228482000;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:228,467:0.67:695
chr1	228482028	rs4653547	G	C	4218.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.459;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=687;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.555;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=74;NR=88;PP=2558;ReadPosRankSum=-1.097;SC=GGTGTGAGCTGCAGATCCGTG;SOR=0.626;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=481;TCF=220;TCR=261;TR=162;WE=228482036;WS=228482018;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:456,225:0.33:681
chr1	228482285	rs1150909	T	C	3386.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=35;NR=60;PP=2592;SC=CAGGAGGTGTTCTCATGCTCA;SOR=1.322;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=95;TCF=35;TCR=60;TR=95;WE=228482293;WS=228482275;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr1	228484744	rs72759967	T	C	222.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-0.102;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=0;PP=148;ReadPosRankSum=0.459;SC=TTGGTTCCTTTTTTATTTACA;SOR=0.793;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=25;TCF=25;TCR=0;TR=9;WE=228484752;WS=228484739;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,10:0.33:30
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chr1	228494209	rs201397658	T	C	2139.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=1.217;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=402;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.194;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=27;PP=802;ReadPosRankSum=-1.445;SC=TGCAGGCCAATGGGCGCCGGG;SOR=0.910;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=251;TCF=147;TCR=104;TR=74;WE=228494217;WS=228494199;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:268,123:0.31:391
chr1	228494357	rs3795795	C	T	5637.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.465;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=444;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=70;PP=1516;ReadPosRankSum=-1.020;SC=CCCAGGCTAGCGTGGCCCAGG;SOR=0.685;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=281;TCF=114;TCR=167;TR=119;WE=228494365;WS=228494347;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:251,184:0.42:435
chr1	228494382	rs1150911	T	G,C	9295.77	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=303;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=27;NF=33,49;NR=61,83;PP=1480,1984;SC=AGCGCAGTTCTTGTGCTTTGG;SOR=1.206;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=226;TCF=82;TCR=144;TR=94,132;WE=228494390;WS=228494372;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.59,0.41:299
chr1	228494438	rs3795797	C	T	1126.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=6.292;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=27;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=32;PP=767;ReadPosRankSum=-1.731;SC=CCAACTGAGACGGCTCCACAG;SOR=0.730;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=94;TCF=17;TCR=77;TR=39;WE=228494446;WS=228494428;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,47:0.43:110
chr1	228494696	rs4653939	G	A	1477.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=1.381;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=17;PP=672;ReadPosRankSum=-0.438;SC=GGGCGGGTGCGAGCGTGGAGT;SOR=0.693;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=123;TCF=74;TCR=49;TR=44;WE=228494704;WS=228494686;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:126,78:0.38:204
chr1	228494790	rs435776	G	A	4262.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=1.625;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=317;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=49;PP=1836;ReadPosRankSum=0.628;SC=GCTGGTACGCGGAGTGGAGCA;SOR=0.674;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=169;TCF=89;TCR=80;TR=102;WE=228494798;WS=228494780;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:119,195:0.62:314
chr1	228495696	rs419173	T	C	1644.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=31;NR=15;PP=900;SC=ACAGATGGGCTATGGCAAAAG;SOR=1.329;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=46;TCF=31;TCR=15;TR=46;WE=228495704;WS=228495686;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr1	228496014	rs876180	G	A	1248.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.115;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.530;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=21;PP=553;ReadPosRankSum=2.355;SC=AGGGCGTGACGCCCGAGGACG;SOR=0.618;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=121;TCF=51;TCR=70;TR=37;WE=228496022;WS=228496004;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:148,72:0.33:220
chr1	228497053	rs379620	A	G	10888.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.019;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=400;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=167;NR=124;PP=2965;ReadPosRankSum=1.428;SC=CTCCATTCAGAAAGGCCTTCC;SOR=0.931;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=295;TCF=168;TCR=127;TR=291;WE=228497061;WS=228497043;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,390:0.99:392
chr1	228503677	rs1150912	A	G	13371.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.695;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=529;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=162;NR=142;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.271;SC=GAACCCGTGCACACCTCGGAG;SOR=0.777;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=304;TCF=162;TCR=142;TR=304;WE=228503685;WS=228503667;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,517:1.00:519
chr1	228504472	rs1188732	T	C	8127.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=319;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=105;NR=74;PP=2965;SC=CGCACAGGCATGCTTCACCTG;SOR=0.888;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=179;TCF=105;TCR=74;TR=179;WE=228504480;WS=228504462;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,312:1.00:312
chr1	228504507	rs114932694	G	T	2552.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-0.992;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=309;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=42;PP=1108;ReadPosRankSum=-0.683;SC=CGGTGCCCGTGGGAGAGGCGT;SOR=0.714;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=192;TCF=100;TCR=92;TR=86;WE=228504515;WS=228504497;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:168,135:0.45:303
chr1	228504591	rs61825301	C	A	2659.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=1.339;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=296;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.849;HP=1;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-1.292;NF=25;NR=49;PP=1152;ReadPosRankSum=-1.533;SC=GCAGTCACCACGCCCTACTGC;SOR=0.910;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=157;TCF=65;TCR=92;TR=74;WE=228504599;WS=228504581;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:160,134:0.46:294
chr1	228504669	rs61825302	G	A	903.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=0.606;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.624;HP=2;HapScore=3;MGOF=25;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-1.135;NF=4;NR=22;PP=934;ReadPosRankSum=-0.508;SC=TGGCCTCTGCGCGGCTCACCG;SOR=1.066;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=72;TCF=19;TCR=53;TR=26;WE=228504678;WS=228504659;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,47:0.39:119
chr1	228504670	rs11810627	C	T	1527.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=0.513;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.653;HP=3;HapScore=3;MGOF=25;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.168;NF=15;NR=30;PP=1647;ReadPosRankSum=0.712;SC=GGCCTCTGCGCGGCTCACCGT;SOR=0.407;SbPval=0.26;Source=Platypus;TC=71;TCF=19;TCR=52;TR=45;WE=228504678;WS=228504659;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,71:0.60:118
chr1	228504701	rs111792077	G	GCTCC	2319.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQ=60.35;NF=1;NR=28;PP=1553;SC=TGGTGGGCGAGCTTTTCCCTC;SOR=2.628;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=32;TCF=1;TCR=31;TR=29;WE=228504709;WS=228504691;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr1	228505204	rs4653942	G	A	2874.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.846;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=344;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.394;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=29;PP=813;ReadPosRankSum=-2.496;SC=GTGGTGGCTCGCAGCAGCCAC;SOR=0.731;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=169;TCF=89;TCR=80;TR=66;WE=228505212;WS=228505194;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:187,153:0.45:340
chr1	228505668	rs1188729	C	G	9343.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=341;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=124;NR=93;PP=2965;SC=GAAGATGTCTCTCTGGAGCTT;SOR=0.900;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=222;TCF=124;TCR=98;TR=217;WE=228505676;WS=228505658;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,338:1.00:338
chr1	228505699	rs1188728	T	C	11049.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=418;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=135;NR=122;PP=2965;SC=CTGAGGCTGGTGAGGTCATCT;SOR=0.793;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=257;TCF=135;TCR=122;TR=257;WE=228505707;WS=228505689;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,416:1.00:416
chr1	228505739	rs3795801	G	A	3315.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=0.012;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=487;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.127;HP=3;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=61;PP=1578;ReadPosRankSum=-0.712;SC=CATCCAGCCCGGTGGGCGGTT;SOR=0.693;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=284;TCF=142;TCR=142;TR=118;WE=228505747;WS=228505729;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:293,182:0.38:475
chr1	228509427	rs373610	A	G	13397.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.489;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=505;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=147;NR=148;PP=2965;ReadPosRankSum=1.284;SC=ACTGGCCTGGACCGTGCTGAT;SOR=0.697;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=298;TCF=149;TCR=149;TR=295;WE=228509435;WS=228509417;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:6,495:0.99:501
chr1	228520763	rs384553	G	A	818.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=2.159;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=14.191;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=22;PP=647;ReadPosRankSum=-0.071;SC=CCTTCCTCCAGGCCCTGGCGG;SOR=0.024;SbPval=0.19;Source=Platypus;TC=44;TCF=7;TCR=37;TR=29;WE=228520771;WS=228520753;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,31:0.66:47
chr1	228520880	rs416564	C	T	1226.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=0.834;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.058;HP=3;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=17;PP=733;ReadPosRankSum=0.771;SC=TTATGGCTGACCCCTTTTCTG;SOR=0.481;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=64;TCF=42;TCR=22;TR=43;WE=228520888;WS=228520870;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,52:0.68:77
chr1	228520973	rs369909	C	G	3083.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.804;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=237;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.037;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=44;PP=1353;ReadPosRankSum=0.055;SC=GCTGAGAGACCTCCAGGTGGC;SOR=0.593;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=149;TCF=81;TCR=68;TR=95;WE=228520981;WS=228520963;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,143:0.61:233
chr1	228522029	rs57891072	TA	T	697.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.167;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=1;PP=542;ReadPosRankSum=0.245;SC=CCTGAGTGTGTAGAGTTCCAG;SOR=1.255;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=18;TCF=16;TCR=2;TR=14;WE=228522037;WS=228522023;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,21:0.78:27
chr1	228522047	rs520552	A	T	838.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.500;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=2;PP=429;ReadPosRankSum=-0.205;SC=CAGGGCTCCAAGGCCCAGGTT;SOR=0.859;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=29;TCF=25;TCR=4;TR=22;WE=228522055;WS=228522037;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,35:0.80:44
chr1	228523005	rs60787858	T	TG	236.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=1.250;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.204;HP=6;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.632;NF=0;NR=8;PP=358;ReadPosRankSum=0.029;SC=GGGCCGTGAGTGGGGGTGGGG;SOR=1.763;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=3;TCR=16;TR=8;WE=228523013;WS=228522995;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,11:0.46:24
chr1	228523442	rs1684868	T	C	3000.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.350;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FS=6.325;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=21.43;ReadPosRankSum=0.559;SOR=1.185;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:65,75:0.54:140
chr1	228523447	rs10799473	T	C	5328.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=55;NR=35;PP=1267;SC=TCAGATGTGCTGGGGTTGGGA;SOR=1.110;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=94;TCF=58;TCR=36;TR=90;WE=228523456;WS=228523432;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,146:1.00:146
chr1	228523448	rs1757161	G	A	3001.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.722;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FS=3.013;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=20.56;ReadPosRankSum=0.313;SOR=0.982;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:65,81:0.55:146
chr1	228523618	rs1757160	G	A	2003.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.542;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.635;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=40;PP=1224;ReadPosRankSum=-0.406;SC=AGGAGTGGGGGACAGGACAGC;SOR=0.776;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=108;TCF=42;TCR=66;TR=66;WE=228523626;WS=228523608;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,84:0.59:143
chr1	228524919	rs3795807	G	A	6316.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.503;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=476;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=112;NR=95;PP=2962;ReadPosRankSum=1.258;SC=AGGCAGGCCAGGGTGTCATGA;SOR=0.719;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=342;TCF=185;TCR=157;TR=207;WE=228524927;WS=228524909;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:191,284:0.60:475
chr1	228524961	rs3795808	C	A	8776.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=0.826;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=647;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.142;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=114;NR=118;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.213;SC=TGCAGGTGCCCGGAGGTGACA;SOR=0.597;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=385;TCF=184;TCR=201;TR=232;WE=228524969;WS=228524951;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:244,402:0.62:646
chr1	228525008	rs3795809	G	A	4535.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-1.686;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=746;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.836;HP=8;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=87;PP=1782;ReadPosRankSum=0.916;SC=GCATCCCCCCGCCATGGCCGA;SOR=0.830;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=393;TCF=176;TCR=217;TR=153;WE=228525016;WS=228524998;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:483,262:0.35:745
chr1	228525627	rs1757127	C	A	3208.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.476;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=334;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.821;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=36;PP=1550;ReadPosRankSum=0.991;SC=CACTTCAGCACCCCCATCCCT;SOR=0.811;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=195;TCF=121;TCR=74;TR=100;WE=228525635;WS=228525617;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:170,162:0.49:332
chr1	228525898	rs1188717	C	G	4625.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.444;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=273;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.804;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=91;NR=56;PP=2701;ReadPosRankSum=-1.665;SC=AGGCCCCTAGCAGGGTCGTCC;SOR=0.970;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=213;TCF=127;TCR=86;TR=147;WE=228525906;WS=228525888;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,189:0.71:268
chr1	228526011	rs11577699	C	T	1680.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.601;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=534;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.17;ReadPosRankSum=-1.420;SOR=0.636;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:406,124:0.23:530
chr1	228526486	rs58480216	G	A	1598.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.912;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.360;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=15;PP=875;ReadPosRankSum=-0.568;SC=TGGGGGCCTCGTGGCCCACAG;SOR=0.346;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=81;TCF=60;TCR=21;TR=52;WE=228526494;WS=228526476;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,70:0.67:105
chr1	228526665	rs505629	T	C	2853.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-1.067;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.527;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.757;NF=34;NR=55;PP=1153;ReadPosRankSum=-0.053;SC=TGCCCATAGCTGTGGCCGGCC;SOR=0.761;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=125;TCF=46;TCR=79;TR=89;WE=228526673;WS=228526655;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,138:0.64:215
chr1	228526742	.	C	CCACACA	408.37	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.537;ClippingRankSum=0.000;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.28;MQRankSum=0.000;QD=22.69;ReadPosRankSum=-0.496;SOR=1.802;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,16:0.89:18
chr1	228528412	rs1150916	G	A	8190.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.312;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=590;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=116;NR=108;PP=2962;ReadPosRankSum=-2.678;SC=CCTGACCTTCGCCCCGGCCCC;SOR=0.717;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=352;TCF=181;TCR=171;TR=224;WE=228528420;WS=228528402;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:210,372:0.64:582
chr1	228528563	rs1188710	C	G	5971.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.065;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=421;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=98;PP=2907;ReadPosRankSum=2.326;SC=AGGCACCCTGCAGGCCCTGGG;SOR=0.704;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=259;TCF=103;TCR=156;TR=162;WE=228528571;WS=228528553;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:152,264:0.63:416
chr1	228529429	rs141828109	A	AGACGGCTCAGCCAGCCTGTGGCATGG	926.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.869;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FS=2.139;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.15;MQRankSum=1.078;QD=17.82;ReadPosRankSum=0.758;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,25:0.48:52
chr1	228539300	rs3795812	G	A	152.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-1.625;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=4;PP=52;ReadPosRankSum=-1.935;SC=CACCATACCCGCTGCTACACC;SOR=0.892;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=13;TCF=6;TCR=7;TR=7;WE=228539308;WS=228539290;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,9:0.53:17
chr1	228547396	.	C	T	2709.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=0.571;ClippingRankSum=0.000;DP=484;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.162;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=51;PP=1495;ReadPosRankSum=0.233;SC=TCTGCCAGCCCGCTGAGGCCA;SOR=0.778;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=287;TCF=149;TCR=138;TR=99;WE=228547404;WS=228547386;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:311,159:0.34:470
chr1	228560139	rs498382	A	G	1519.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-3.266;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.146;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=39;PP=1050;ReadPosRankSum=1.784;SC=TGTCCCAGTCAGAGGAGGAGG;SOR=0.784;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=161;TCF=71;TCR=90;TR=67;WE=228560148;WS=228560128;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:115,76:0.40:191
chr1	228560700	rs512253	T	C	2019.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.067;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=360;ExcessHet=3.0103;FS=1.828;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.66;ReadPosRankSum=0.966;SOR=0.630;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:236,121:0.34:357
chr1	228565329	rs61730829	G	A	1975.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.454;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=305;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.601;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=31;PP=876;ReadPosRankSum=0.454;SC=CCTGCTCAAGGTCGTGGACCT;SOR=0.725;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=183;TCF=90;TCR=93;TR=66;WE=228565337;WS=228565319;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:193,109:0.36:302
chr1	228601638	rs472594	T	C	3902.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.023;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=597;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.542;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=76;PP=1878;ReadPosRankSum=0.499;SC=GCGATCCCCCTACCTCCTGCC;SOR=0.755;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=364;TCF=156;TCR=208;TR=131;WE=228601646;WS=228601628;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:376,210:0.36:586
chr1	228612838	rs2230656	G	T	11896.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=424;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=125;NR=184;PP=2965;SC=GCAACTTGCGGATTAGCAGCT;SOR=1.063;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=309;TCF=125;TCR=184;TR=309;WE=228612846;WS=228612828;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,421:1.00:421
chr1	228613052	rs1188474	T	C	9852.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=384;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=95;NR=146;PP=2965;SC=GGCCCCGCGGTGTCCTCTGCC;SOR=1.018;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=241;TCF=95;TCR=146;TR=241;WE=228613060;WS=228613042;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,380:1.00:380
chr1	228645063	rs10916317	A	G	1837.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.894;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FS=3.508;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.05;MQRankSum=-0.859;QD=8.88;ReadPosRankSum=-0.990;SOR=0.461;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:118,89:0.43:207
chr1	228646356	rs144766104	CGT	C,CGTGTGT	850.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=0.137;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.553;NF=1,1;NR=32,32;PP=1533,617;ReadPosRankSum=-1.175;SC=GAATCTGAGCCGTGTGTGTGT;SOR=1.426;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=64;TCF=1;TCR=63;TR=33,33;WE=228646369;WS=228646346;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.65,0.30:43
chr1	228675570	rs61827301	G	C	743.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.79;SOR=0.826;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr1	228680988	rs61827303	C	T	956.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=7;NR=24;PP=695;SC=GCGGGAGCCCCGCTGGGTCTG;SOR=2.235;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=7;TCR=24;TR=31;WE=228680996;WS=228680978;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr1	228681489	rs10916330	T	G	1577.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-2.019;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=269;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.250;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=24;PP=832;ReadPosRankSum=-0.020;SC=TCATGTGCGCTCTCTCTTTCG;SOR=0.547;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=201;TCF=130;TCR=71;TR=68;WE=228681497;WS=228681479;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:167,93:0.36:260
chr1	228698190	.	G	A	1575.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.289;ClippingRankSum=0.000;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.471;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=19;PP=661;ReadPosRankSum=-0.940;SC=GTCCCAGAGCGTCAAGCTGGA;SOR=0.909;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=120;TCF=69;TCR=51;TR=51;WE=228698198;WS=228698180;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:117,84:0.42:201
chr1	228699477	rs6665115	T	C	25339.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.806;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=968;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=339;NR=304;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.773;SC=CCTGGCCACGTGGTCACTCAT;SOR=0.756;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=644;TCF=340;TCR=304;TR=643;WE=228699485;WS=228699467;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,951:1.00:953
chr1	228785805	rs10916348	C	T	507.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=0.710;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=3;PP=385;ReadPosRankSum=0.135;SC=TGACTTTTCTCTAAAGGCATC;SOR=1.008;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=43;TCF=37;TCR=6;TR=20;WE=228785813;WS=228785795;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,21:0.50:42
chr1	229385407	rs9435867	G	C	1743.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.836;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=241;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.507;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=20;PP=1064;ReadPosRankSum=0.904;SC=CATGAAAGTTGAACACGTCAT;SOR=0.758;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=166;TCF=114;TCR=52;TR=66;WE=229385415;WS=229385397;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:148,90:0.38:238
chr1	229407233	rs7519709	G	C	835.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=6;NR=17;PP=479;SC=GCCGGAGCCGGGGGACGGATC;SOR=1.352;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=24;TCF=6;TCR=18;TR=23;WE=229407241;WS=229407223;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr1	229422193	rs237764	T	C	2585.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=43;NR=24;PP=1338;SC=TTCACAGCACTATTTTGAAGT;SOR=1.214;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=67;TCF=43;TCR=24;TR=67;WE=229422201;WS=229422183;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr1	229438530	rs72183342	CT	C	30.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.654;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=1.445;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.48;ReadPosRankSum=0.390;SOR=0.351;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:50,14:0.22:64
chr1	229438828	rs237787	G	A	1383.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=29;PP=890;SC=TGAAAAAGAGGGGATCCCAGC;SOR=2.303;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=35;TCF=6;TCR=29;TR=34;WE=229438836;WS=229438818;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr1	229461024	rs2282083	C	T	12329.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.632;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=488;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=151;NR=148;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.804;SC=CTGTCATCCACGGGTTCTCTG;SOR=0.706;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=301;TCF=152;TCR=149;TR=299;WE=229461032;WS=229461014;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,477:1.00:479
chr1	229568231	rs527621	T	G	2510.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=48;NR=28;SC=GAGGCTAGGCTCTCAGCGCTA;SOR=1.191;SbPval=0.1;Source=Platypus;TC=99;TCF=49;TCR=50;TR=76;WE=229568239;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr1	229613186	rs11403497	C	CA	108.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.481;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.45;MQRankSum=1.144;QD=5.18;ReadPosRankSum=0.685;SOR=0.593;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,10:0.48:21
chr1	229663064	rs113712941	GAGGAA	G	7864.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=15;NR=59;PP=2981;SC=TCCTTGTTGAGAGGAAAGGAA;SOR=0.693;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=84;TCF=19;TCR=65;TR=74;WE=229663076;WS=229663054;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,176:1.00:176
chr1	229730452	rs2295625	G	A	15617.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=593;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=183;NR=179;PP=2965;SC=CCTGCTGAGCGCTCCACAGCC;SOR=0.724;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=364;TCF=183;TCR=181;TR=362;WE=229730460;WS=229730442;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,589:1.00:589
chr1	229738170	rs3753886	T	G	7765.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=299;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=109;NR=90;PP=2965;SC=CATCCTTGACTCGCTTAATGC;SOR=0.851;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=199;TCF=109;TCR=90;TR=199;WE=229738178;WS=229738160;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,298:1.00:298
chr1	229738236	rs4925500	G	A	8077.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.764;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=324;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=96;NR=106;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.155;SC=TGGGCATGTCGGGGGGCTCCA;SOR=0.746;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=204;TCF=97;TCR=107;TR=202;WE=229738244;WS=229738225;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,308:0.99:310
chr1	229746019	rs2273573	C	T	4920.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=48;NR=66;PP=2090;SC=TAACCCAGTACGTGGCAGGAT;SOR=0.913;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=114;TCF=48;TCR=66;TR=114;WE=229746027;WS=229746009;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,189:1.00:189
chr1	229750343	rs2273574	T	G	6736.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.721;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=254;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=136;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.898;SC=AGACCAGCCATGTGGCTAAGT;SOR=0.635;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=198;TCF=61;TCR=137;TR=197;WE=229750351;WS=229750333;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,246:1.00:247
chr1	229768297	rs1473719	C	T	1174.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=10;NR=27;PP=741;SC=ATAGGAAATACTAAGGTAGGA;SOR=1.775;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=37;TCF=10;TCR=27;TR=37;WE=229768305;WS=229768287;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr1	229772693	rs3811473	T	G	9676.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=353;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=147;NR=106;PP=2965;SC=GCCCAGGAAGTCTCAATAGAT;SOR=0.913;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=253;TCF=147;TCR=106;TR=253;WE=229772701;WS=229772683;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,349:1.00:349
chr1	229781532	rs881694	T	G	738.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=16;NR=6;PP=528;SC=CAGAGAGCAGTCTTCTTCCCC;SOR=1.893;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=22;TCF=16;TCR=6;TR=22;WE=229781540;WS=229781522;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr1	229781744	rs2274994	T	C	9628.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=368;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=103;NR=109;PP=2965;SC=ATGTGTCCTCTAGCTCCTCCC;SOR=0.743;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=213;TCF=103;TCR=110;TR=212;WE=229781752;WS=229781734;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,365:1.00:365
chr1	229783236	rs6587349	T	C	8947.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.42;SOR=1.381;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,197:1.00:197
chr1	229783240	rs2274995	T	C	8979.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.02;SOR=1.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,204:1.00:204
chr1	229790048	rs7521953	A	G	11022.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=415;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=114;NR=151;PP=2965;SC=TGGTTGAAAGAATGTACAGCC;SOR=0.907;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=265;TCF=114;TCR=151;TR=265;WE=229790056;WS=229790038;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,410:1.00:410
chr1	229795070	rs1048306	T	G	2792.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=27;NR=53;PP=1568;SC=GTGCCGCCAGTGACACTGTCC;SOR=1.336;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=81;TCF=27;TCR=54;TR=80;WE=229795078;WS=229795060;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr1	230371883	rs3811488	G	A	2248.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.389;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.433;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=40;PP=1455;ReadPosRankSum=-0.043;SC=TGCATTACCTGTCAGGGGTGT;SOR=0.539;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=119;TCF=57;TCR=62;TR=80;WE=230371891;WS=230371873;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,94:0.67:140
chr1	230384970	rs1923950	G	A	1753.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=1.329;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.244;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=23;PP=614;ReadPosRankSum=-2.478;SC=ATTACATGACGCCTGAGCAGA;SOR=0.805;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=84;TCF=40;TCR=44;TR=41;WE=230384978;WS=230384960;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,84:0.54:157
chr1	230386341	rs2273966	T	A	3690.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.737;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=292;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=70;PP=1898;ReadPosRankSum=0.880;SC=GACAGAGAAGTGCCTCAGCTC;SOR=0.693;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=192;TCF=84;TCR=108;TR=125;WE=230386349;WS=230386331;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:111,174:0.61:285
chr1	230410162	rs12091838	C	T	2677.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.805;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.496;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=26;PP=1168;ReadPosRankSum=-1.185;SC=GTGCATAGCACGCCTCTGACT;SOR=0.754;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=147;TCF=93;TCR=54;TR=78;WE=230410170;WS=230410152;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:101,124:0.55:225
chr1	230415025	rs6698963	A	G	8275.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=313;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=106;NR=80;PP=2965;SC=CCCACACTCTAAGGCACTCTC;SOR=0.844;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=189;TCF=107;TCR=82;TR=186;WE=230415033;WS=230415015;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,310:1.00:310
chr1	230451935	rs144363709	C	CAT	2746.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=18;NR=12;PP=1485;SC=TACACATGTGCATGTGTATAC;SOR=1.536;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=31;TCF=19;TCR=12;TR=30;WE=230451943;WS=230451925;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr1	230451978	rs11122492	G	A	2800.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=43;NR=26;PP=1255;SC=ATGTGTATACGTACATATGTG;SOR=1.056;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=69;TCF=43;TCR=26;TR=69;WE=230451986;WS=230451968;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr1	230459433	rs35048134	GC	G	1648.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=33;PP=958;SC=CATCCCAAAGGCCCCCCCTCA;SOR=2.024;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=40;TCF=2;TCR=38;TR=35;WE=230459441;WS=230459423;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr1	230473103	rs10864744	A	C	4796.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=42;NR=93;PP=2916;SC=AGTATTCAGCAAGCACAGATC;SOR=1.450;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=135;TCF=42;TCR=93;TR=135;WE=230473111;WS=230473093;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,172:1.00:172
chr1	230497940	rs828479	G	T	5780.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=104;NR=54;PP=2965;SC=GCACGAGAGGGTGGGGGAGGA;SOR=1.283;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=159;TCF=104;TCR=55;TR=158;WE=230497948;WS=230497930;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,215:1.00:215
chr1	230498232	rs2820384	C	T	2155.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=51;PP=1472;SC=GGAAGCCCTCCTGGGGCTCCA;SOR=3.643;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=54;TCF=3;TCR=51;TR=54;WE=230498240;WS=230498222;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr1	230503684	rs2632571	C	T	3367.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=60;NR=26;PP=1672;SC=CTCAAGGTCACGCAAGCTGGC;SOR=1.392;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=87;TCF=61;TCR=26;TR=86;WE=230503692;WS=230503674;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr1	230513128	rs828463	G	A	386.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=4.394;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=0;PP=227;ReadPosRankSum=-0.756;SC=ACATCAACACGTGATAAATCC;SOR=0.997;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=26;TCF=26;TCR=0;TR=14;WE=230513136;WS=230513124;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,16:0.57:28
chr1	230778491	rs4846864	G	C	1378.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-2.528;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=237;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.162;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=40;PP=684;ReadPosRankSum=-0.468;SC=CCTCTGTGGCGGTCTCTTCGG;SOR=0.372;SbPval=0.25;Source=Platypus;TC=174;TCF=58;TCR=116;TR=67;WE=230778499;WS=230778481;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:151,79:0.34:230
chr1	230795177	rs1359866	T	C	1021.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.170;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FS=0.621;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.27;ReadPosRankSum=0.457;SOR=0.767;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:104,59:0.36:163
chr1	230796326	rs3736983	A	G	222.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=3.886;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=1;PP=176;ReadPosRankSum=-0.199;SC=TTCACATTCTATCAGCAATAT;SOR=0.818;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=21;TCF=19;TCR=2;TR=9;WE=230796334;WS=230796325;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,9:0.41:22
chr1	230819479	rs5781597	G	GT,GTT	1294.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.540;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.32;ReadPosRankSum=-1.861;SOR=0.963;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:5,47,15:0.70,0.22:67
chr1	230820763	rs150768186	C	CACATT	1958.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.638;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.078;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-1.058;NF=40;NR=17;PP=1923;ReadPosRankSum=1.649;SC=TCGGAAGTCTCACATTAGACT;SOR=1.051;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=66;TCF=44;TCR=22;TR=57;WE=230820771;WS=230820753;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,49:0.54:91
chr1	230820780	rs3215851	TA	T	1106.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.126;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.668;HP=4;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.305;NF=34;NR=18;PP=762;ReadPosRankSum=0.263;SC=GACTATAGCCTAAAATTGCCT;SOR=0.782;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=83;TCF=52;TCR=31;TR=52;WE=230820788;WS=230820770;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,54:0.38:144
chr1	230822607	rs1536591	G	A	4926.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=109;NR=34;PP=2965;SC=TTATTGACGCGCACATATGTA;SOR=1.995;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=143;TCF=109;TCR=34;TR=143;WE=230822615;WS=230822597;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,174:1.00:174
chr1	230822903	rs2493147	C	T	864.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-4.405;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.659;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=29;PP=655;ReadPosRankSum=-0.703;SC=CAGAATAATTCCAGGTGCTTG;SOR=0.211;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=46;TCF=2;TCR=44;TR=31;WE=230822911;WS=230822893;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,33:0.69:48
chr1	230825942	rs3000064	A	G	1271.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-4.593;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.481;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=22;PP=514;ReadPosRankSum=-0.906;SC=TGCTTAGAAGAGTCTGCGGCA;SOR=0.323;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=69;TCF=21;TCR=48;TR=33;WE=230825950;WS=230825932;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,59:0.61:97
chr1	230828987	rs2478534	C	A	3803.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.071;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=268;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.708;HP=7;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=40;PP=1653;ReadPosRankSum=-0.756;SC=TTTCCCCCCCCATATTCAGCT;SOR=0.956;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=174;TCF=101;TCR=73;TR=104;WE=230828995;WS=230828977;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,177:0.68:262
chr1	230841687	rs7080	T	C	3018.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.774;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=472;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.579;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=51;PP=1550;ReadPosRankSum=2.333;SC=ACCGGGGAGATAGTTTCTTCA;SOR=0.523;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=300;TCF=171;TCR=129;TR=108;WE=230841695;WS=230841677;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:301,166:0.36:467
chr1	230883484	rs6690251	T	C	8500.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.999;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=317;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.246;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=139;PP=2965;ReadPosRankSum=0.466;SC=GGAAGGAGCATAGATGAGGCC;SOR=1.108;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=205;TCF=66;TCR=139;TR=204;WE=230883492;WS=230883474;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,310:1.00:311
chr1	230883499	rs6690254	T	C	6511.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.942;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=239;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=111;PP=2965;ReadPosRankSum=2.223;SC=GAGGCCGAGGTTCAGCAGCCC;SOR=1.352;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=167;TCF=55;TCR=112;TR=165;WE=230883507;WS=230883489;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,235:0.99:237
chr1	230910481	.	CTTTCTT	C	167.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.321;ClippingRankSum=0.000;DP=73;ExcessHet=3.0103;FS=3.764;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.32;MQRankSum=2.161;QD=3.05;ReadPosRankSum=3.180;SOR=1.445;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:40,15:0.27:55
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chr1	230914729	rs1933631	A	C	2358.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.310;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.297;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=24;PP=520;ReadPosRankSum=-0.168;SC=GATGGCATTTAAGGACTTCAA;SOR=0.849;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=113;TCF=56;TCR=57;TR=40;WE=230914737;WS=230914719;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:124,70:0.36:194
chr1	230916260	rs28359687	C	T	697.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.934;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.539;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=18;PP=483;ReadPosRankSum=0.109;SC=CTGACAAAGACGAACACCTGA;SOR=0.850;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=89;TCF=43;TCR=46;TR=34;WE=230916268;WS=230916250;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,39:0.33:119
chr1	230923151	rs2297830	T	C	738.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-2.985;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.299;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=7;PP=405;ReadPosRankSum=-0.446;SC=TTGTGCACACTGCCTCAGGAG;SOR=0.371;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=93;TCF=74;TCR=19;TR=30;WE=230923159;WS=230923141;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,37:0.35:107
chr1	230923187	rs12731671	C	G	1637.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.036;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.532;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=22;PP=828;ReadPosRankSum=-1.341;SC=GGCACACAGGCTCCTGGCTTC;SOR=0.624;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=153;TCF=98;TCR=55;TR=59;WE=230923195;WS=230923177;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:120,85:0.41:205
chr1	230923313	rs12731961	C	T	2439.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.822;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=372;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.304;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=46;PP=1054;ReadPosRankSum=-0.482;SC=GGAGGAGCAGCGGTTTCGGGC;SOR=0.567;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=217;TCF=92;TCR=125;TR=83;WE=230923321;WS=230923303;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:233,137:0.37:370
chr1	230928512	rs7522057	C	G	1939.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.071;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=245;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=32;PP=932;ReadPosRankSum=-0.869;SC=GTAGCTCCCCCGGGCTGGCTG;SOR=0.663;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=174;TCF=102;TCR=72;TR=76;WE=230928520;WS=230928497;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:137,105:0.43:242
chr1	230930967	rs145939347	G	T	1898.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.525;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.191;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=21;PP=924;ReadPosRankSum=0.220;SC=CGGATGAGGAGCTCCAGCTGG;SOR=0.831;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=117;TCF=72;TCR=45;TR=58;WE=230930975;WS=230930957;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,89:0.51:176
chr1	230975454	rs1202550	A	G	929.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=18;NR=7;PP=472;SC=AAATCTGGCAATATTGACCAG;SOR=1.609;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=18;TCR=7;TR=25;WE=230975462;WS=230975444;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr1	231042732	rs3811502	T	A	3273.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.565;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=261;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.881;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=70;PP=1882;ReadPosRankSum=0.898;SC=ACGTTTCTGATACTGATGGAA;SOR=0.912;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=186;TCF=73;TCR=113;TR=111;WE=231042740;WS=231042722;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:100,151:0.60:251
chr1	231047069	.	TA	T	337.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.586;ClippingRankSum=0.000;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=1;PP=259;ReadPosRankSum=1.582;SC=ACTAAGGAAATATTTTTTTGT;SOR=0.914;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=16;TCF=14;TCR=2;TR=8;WE=231047077;WS=231047059;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,12:0.46:26
chr1	231047310	rs10580953	TAC	T	901.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.386;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.463;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=1.429;NF=1;NR=14;PP=556;ReadPosRankSum=-0.380;SC=AAAAAAAAGATACAGACTCAT;SOR=1.139;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=28;TCF=3;TCR=25;TR=15;WE=231047319;WS=231047289;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,25:0.51:49
chr1	231047392	rs2153049	G	A	57.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.191;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=5.25;ReadPosRankSum=-0.938;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,4:0.36:11
chr1	231057247	rs2275333	A	T	554.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.169;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FS=0.819;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.97;ReadPosRankSum=1.193;SOR=0.864;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:60,33:0.35:93
chr1	231057310	rs2275334	C	T	508.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.063;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=1.285;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.83;ReadPosRankSum=2.425;SOR=0.426;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,25:0.58:43
chr1	231059784	rs3748774	C	T	331.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-3.142;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=14;PP=270;ReadPosRankSum=-0.111;SC=GCTAGTCCATCATATCTAAAA;SOR=0.518;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=29;TCF=1;TCR=28;TR=15;WE=231059792;WS=231059774;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,15:0.45:33
chr1	231060736	rs3748775	T	C	2132.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.670;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.237;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=39;PP=1133;ReadPosRankSum=2.284;SC=GAAAGGAATATCGAGAAGAGT;SOR=0.575;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=119;TCF=51;TCR=68;TR=71;WE=231060744;WS=231060726;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,101:0.60:168
chr1	231064578	rs5781609	T	TCTC	631.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-3.572;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.576;HP=1;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=6;PP=419;ReadPosRankSum=-0.566;SC=CCCAGGCAATTCTACCTCACC;SOR=0.107;SbPval=0.09;Source=Platypus;TC=24;TCF=15;TCR=9;TR=9;WE=231064586;WS=231064568;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,16:0.52:31
chr1	231064611	rs950029	G	A	562.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.917;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=7;PP=327;ReadPosRankSum=0.232;SC=AGGGAGTAGCGTGCCACCATG;SOR=0.610;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=49;TCF=35;TCR=14;TR=23;WE=231064619;WS=231064601;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,28:0.46:61
chr1	231067236	rs11122624	C	T	4042.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.599;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=341;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.531;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=66;PP=1825;ReadPosRankSum=0.655;SC=CAAAATGCTGCATTAGTATCA;SOR=0.876;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=182;TCF=79;TCR=103;TR=113;WE=231067244;WS=231067226;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:147,190:0.56:337
chr1	231067318	rs11122625	G	T	1517.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.483;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.571;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=38;PP=908;ReadPosRankSum=-0.744;SC=GGTTAAACCAGACCTGTAAAC;SOR=1.150;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=94;TCF=33;TCR=61;TR=57;WE=231067326;WS=231067308;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,69:0.56:123
chr1	231069340	rs12749386	C	T	369.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=3.835;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=0;PP=269;ReadPosRankSum=0.349;SC=TCATGACATCCTCTGGTACAA;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=27;TCF=27;TCR=0;TR=13;WE=231069348;WS=231069330;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,14:0.50:28
chr1	231069652	rs1890351	A	C	713.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=0.979;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.149;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=21;PP=476;ReadPosRankSum=-2.342;SC=ATAATTGTTAAAATTGAGATT;SOR=0.208;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=50;TCF=7;TCR=43;TR=26;WE=231069660;WS=231069642;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,31:0.53:59
chr1	231081304	rs6673085	T	G	734.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.041;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.652;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=21;PP=448;ReadPosRankSum=-1.479;SC=CAGCTCTACTTCTTTATGCTA;SOR=0.357;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=53;TCF=12;TCR=41;TR=28;WE=231081312;WS=231081294;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,32:0.55:58
chr1	231092180	rs11122161	G	A	916.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.524;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.055;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=18;PP=406;ReadPosRankSum=0.005;SC=CCGTGTGATCGTGGGGACCTC;SOR=0.613;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=101;TCF=54;TCR=47;TR=36;WE=231092188;WS=231092170;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:107,55:0.34:162
chr1	231092211	rs34436246	T	TG	1296.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.299;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=17;PP=680;ReadPosRankSum=2.058;SC=CATAACTGTCTGGTCTTGCTT;SOR=0.732;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=60;TCF=11;TCR=49;TR=20;WE=231092219;WS=231092201;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:108,51:0.32:159
chr1	231093785	rs59207624	CT	C	1656.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=1.158;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.200;HP=10;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.427;NF=46;NR=14;PP=1103;ReadPosRankSum=2.320;SC=CCATCCAAACCTTTTTTTTTT;SOR=2.147;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=79;TCF=56;TCR=23;TR=60;WE=231093793;WS=231093775;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,80:0.96:83
chr1	231094050	rs60736833	GA	G	952.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.263;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FS=0.655;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.25;MQRankSum=2.294;QD=5.44;ReadPosRankSum=-2.074;SOR=0.796;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:88,87:0.50:175
chr1	231114465	rs76376323	C	G	493.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.122;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FS=2.067;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.16;ReadPosRankSum=-0.506;SOR=0.546;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:42,27:0.39:69
chr1	231114595	rs11122174	C	T	577.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.014;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.909;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=9;PP=152;ReadPosRankSum=-2.445;SC=AAGGCGCATGCGCGACAGCCC;SOR=0.522;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=40;TCF=13;TCR=27;TR=14;WE=231114603;WS=231114585;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,32:0.44:73
chr1	231124055	rs10779804	T	C	1003.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.045;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.680;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=17;PP=574;ReadPosRankSum=2.100;SC=TATTATCTTGTATTATTTCAG;SOR=0.781;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=82;TCF=48;TCR=34;TR=42;WE=231124063;WS=231124045;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,53:0.44:121
chr1	231155964	.	G	C	1380.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.383;ClippingRankSum=0.000;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.884;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=41;PP=980;ReadPosRankSum=0.217;SC=GCGCCTGCCAGCACATTCCTT;SOR=0.871;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=89;TCF=21;TCR=68;TR=54;WE=231155972;WS=231155954;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,58:0.60:96
chr1	231175644	rs12025055	C	G	215.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=0.442;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=2;PP=28;ReadPosRankSum=-0.830;SC=GGGAAGAGCCCCAGCTCGCGG;SOR=0.693;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=11;TCF=6;TCR=5;TR=5;WE=231175652;WS=231175634;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,12:0.55:22
chr1	231353589	rs4658907	A	G	1255.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.964;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=20;PP=545;ReadPosRankSum=-0.360;SC=TGGAAAGTGCAGGAGGGTAAT;SOR=0.656;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=93;TCF=43;TCR=50;TR=38;WE=231353597;WS=231353579;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:103,68:0.40:171
chr1	231359931	rs16854007	C	T	2124.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-3.127;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=16;PP=1382;ReadPosRankSum=0.297;SC=CTGTGAAATGCGTGTTAAGAA;SOR=0.737;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=141;TCF=113;TCR=28;TR=81;WE=231359939;WS=231359921;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,93:0.56:167
chr1	231361110	rs11590715	C	T	5109.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.956;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=399;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.380;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=101;NR=66;PP=2667;ReadPosRankSum=0.260;SC=GACAGTGAAGCGCTCTAATGG;SOR=0.735;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=271;TCF=164;TCR=107;TR=167;WE=231361118;WS=231361100;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:156,231:0.60:387
chr1	231362923	rs491182	G	A	6392.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=244;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=57;NR=121;PP=2965;SC=TAATGACAGCGTACAGGAATA;SOR=1.399;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=178;TCF=57;TCR=121;TR=178;WE=231362931;WS=231362913;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,237:1.00:237
chr1	231377081	rs518686	C	T	13164.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-2.122;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=499;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=209;NR=109;PP=2965;ReadPosRankSum=1.054;SC=ACCACCACGGCTTAGCAAAGA;SOR=0.459;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=319;TCF=210;TCR=109;TR=318;WE=231377089;WS=231377071;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,493:1.00:494
chr1	231396485	.	C	CA	36.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.324;ClippingRankSum=0.000;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.60;ReadPosRankSum=1.128;SOR=0.275;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,6:0.26:23
chr1	231400905	rs849714	A	G	964.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=1.099;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=5;PP=787;ReadPosRankSum=-0.916;SC=TTTGTGACCAACCTAGCCAAC;SOR=1.802;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=33;TCF=27;TCR=6;TR=31;WE=231400913;WS=231400899;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,31:0.97:32
chr1	231401596	rs532226	T	C	7845.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=284;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=71;NR=141;PP=2965;SC=TACATAAAACTTGACGCTTTA;SOR=1.436;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=212;TCF=71;TCR=141;TR=212;WE=231401604;WS=231401586;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,277:1.00:277
chr1	231401902	rs574553	G	A	6698.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.996;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=253;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=106;NR=68;PP=2965;ReadPosRankSum=0.065;SC=AACCAAAAGAGTCTACAACTG;SOR=1.037;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=176;TCF=107;TCR=69;TR=174;WE=231401910;WS=231401892;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,247:0.99:249
chr1	231408091	rs11558492	A	G	1923.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.445;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=29;PP=800;ReadPosRankSum=1.012;SC=TTCCTACGTGATGTTTTTGCA;SOR=0.679;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=141;TCF=71;TCR=70;TR=58;WE=231408099;WS=231408081;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:114,97:0.46:211
chr1	231480507	rs1009227	A	G	303.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.691;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.93;ReadPosRankSum=1.051;SOR=0.512;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,16:0.47:34
chr1	231486908	.	T	C	80	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;FR=0.5000;HP=4;HapScore=2;MGOF=39;MMLQ=23;MQ=58.48;NF=5;NR=0;PP=80;QD=22.9542425094;SC=CTTTCTCTCCTAAAATAGAAC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=9;TCR=2;TR=5;WE=231486916;WS=231486898;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:6,5:0.45:11
chr1	231486989	rs2474633	A	C	305.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-1.196;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=27;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=5;PP=279;ReadPosRankSum=0.514;SC=TGCTTATGTAAATTGTTTTCT;SOR=1.022;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=40;TCF=31;TCR=9;TR=21;WE=231486997;WS=231486979;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,15:0.56:27
chr1	231487017	rs2474634	T	C	438.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.686;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.95;ReadPosRankSum=2.225;SOR=0.525;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,21:0.43:49
chr1	231488524	rs2437150	C	T	2406.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.733;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=336;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.874;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=35;PP=1176;ReadPosRankSum=-2.617;SC=GCTGTAAGACCTAATTCTAAA;SOR=0.628;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=225;TCF=121;TCR=104;TR=78;WE=231488532;WS=231488514;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:203,120:0.37:323
chr1	231502245	rs1435167	T	A	263.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.157;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.40;ReadPosRankSum=-0.313;SOR=0.740;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:83,27:0.25:110
chr1	231502310	rs1435166	T	C	366.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.888;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.024;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=12;PP=192;ReadPosRankSum=-1.079;SC=CCTAAGAGTATGGACAATATT;SOR=1.006;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=56;TCF=24;TCR=32;TR=20;WE=231502318;WS=231502300;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,24:0.30:79
chr1	231506557	rs2256908	G	A	377.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=1.411;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.331;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=13;PP=256;ReadPosRankSum=0.380;SC=TCACAAATACGTCTCAATAAA;SOR=1.508;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=38;TCF=9;TCR=29;TR=15;WE=231506565;WS=231506547;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,17:0.44:39
chr1	231664607	rs41303127	C	T	6347.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.967;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=255;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=68;NR=68;PP=2562;ReadPosRankSum=-1.459;SC=GTTATTTATCCGGAGGGGGAG;SOR=0.701;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=140;TCF=70;TCR=70;TR=136;WE=231664615;WS=231664597;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,245:0.98:249
chr1	231699398	rs11313472	AT	A	88.79	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.233;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.34;ReadPosRankSum=-0.212;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,10:0.71:14
chr1	231830295	rs3738401	G	A	17242.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.283;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=658;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=224;NR=198;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.850;SC=TGTCTCTCTCGGCCCTTCAGT;SOR=0.492;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=428;TCF=228;TCR=200;TR=422;WE=231830303;WS=231830285;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,640:1.00:643
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chr1	231954872	rs11588937	C	T	203.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=0.483;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5006;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=4;PP=157;ReadPosRankSum=-0.396;SC=TCTCAGAAGACGCTGGTTCAG;SOR=0.307;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=12;TCF=8;TCR=4;TR=10;WE=231954880;WS=231954862;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,9:0.69:13
chr1	231956086	rs11122343	A	T	762.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.565;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=13;PP=420;ReadPosRankSum=1.649;SC=TTGTGTTTTGAGGGTTAAAAA;SOR=0.643;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=44;TCF=24;TCR=20;TR=27;WE=231956094;WS=231956076;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,39:0.51:77
chr1	231957336	rs16855093	C	T	316.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.263;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.91;ReadPosRankSum=-1.368;SOR=0.641;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:58,23:0.28:81
chr1	232535030	rs629939	C	T	7750.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=298;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=81;NR=97;PP=2965;SC=CTGGTCAGAGCAGAAATAAAC;SOR=0.815;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=178;TCF=81;TCR=97;TR=178;WE=232535038;WS=232535020;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,293:1.00:293
chr1	232564096	rs34949132	CT	C	124.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.725;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=7.143;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.43;MQRankSum=1.776;QD=3.04;ReadPosRankSum=-0.310;SOR=0.876;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,19:0.46:41
chr1	232568293	rs1547741	A	G	1829.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=2.138;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.395;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=51;PP=1294;ReadPosRankSum=-0.771;SC=ATTCAGAGCCACAAGGCTTTA;SOR=1.244;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=105;TCF=31;TCR=74;TR=69;WE=232568301;WS=232568283;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,74:0.66:112
chr1	232577281	rs573140	T	G	682.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=4.667;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.601;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=20;PP=506;ReadPosRankSum=0.122;SC=CCAATGGATATGTCACAAAAG;SOR=1.889;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=39;TCF=8;TCR=31;TR=23;WE=232577289;WS=232577271;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,25:0.58:43
chr1	232596653	rs1766574	A	G	7173.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.906;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=285;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=116;NR=66;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.586;SC=AGCCGTCATCATGGGGCTGGA;SOR=0.448;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=183;TCF=117;TCR=66;TR=182;WE=232596661;WS=232596643;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,276:1.00:277
chr1	232650750	rs3795366	A	G	15166.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=581;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=209;NR=177;PP=2965;SC=TCTGCAGGACAGAAGTGATGC;SOR=0.795;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=386;TCF=209;TCR=177;TR=386;WE=232650758;WS=232650740;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,576:1.00:576
chr1	232650867	rs4649383	C	T	22685.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=871;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=265;NR=253;PP=2965;SC=TCACACCCATCTTGGGCACAG;SOR=0.731;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=521;TCF=267;TCR=254;TR=518;WE=232650875;WS=232650857;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,862:1.00:862
chr1	232941153	rs12409898	C	T	5273.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=54;NR=80;PP=2965;SC=GCTTCAGCTTCTCGTTTGCGG;SOR=1.046;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=134;TCF=54;TCR=80;TR=134;WE=232941161;WS=232941143;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,182:1.00:182
chr1	233091276	.	CTTT	C	57.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.604;ClippingRankSum=0.000;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=4.649;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.43;MQRankSum=2.003;QD=2.51;ReadPosRankSum=-0.706;SOR=0.726;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,5:0.22:23
chr1	233137225	rs140788891	CATAA	C	4095.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.35;QD=43.57;SOR=1.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr1	233160772	rs17355937	T	C	2819.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=56;NR=26;PP=1734;SC=GATGGCTGGGTTTCCAATTCG;SOR=1.519;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=82;TCF=56;TCR=26;TR=82;WE=233160780;WS=233160762;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr1	233295992	.	CT	C	328.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.088;ClippingRankSum=0.000;DP=89;ExcessHet=3.0103;FS=3.157;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.82;ReadPosRankSum=1.703;SOR=0.397;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:55,31:0.36:86
chr1	233395214	rs2139998	T	A	233.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.173;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=10;PP=140;ReadPosRankSum=-0.194;SC=GATACTTTTTTAATTTTACTT;SOR=0.124;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=40;TCF=2;TCR=38;TR=11;WE=233395222;WS=233395204;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,13:0.28:47
chr1	233397267	rs10489808	G	A	316.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=3.087;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=13.913;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=14;PP=274;ReadPosRankSum=0.104;SC=ACATTCAACCGAGACAACTGT;SOR=3.690;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=40;TCF=6;TCR=34;TR=14;WE=233397275;WS=233397257;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,14:0.30:46
chr1	233397752	rs6701073	T	C	4036.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=69;NR=33;PP=2145;SC=AACATCGAAATCACATGAAGA;SOR=1.324;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=102;TCF=69;TCR=33;TR=102;WE=233397760;WS=233397742;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,147:1.00:147
chr1	233398636	rs12120677	A	G	743.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=2.483;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.672;HP=5;HapScore=2;MGOF=35;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=1;PP=538;ReadPosRankSum=-0.360;SC=AAACACTGATAAAAAACTTAT;SOR=0.153;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=39;TCF=38;TCR=1;TR=24;WE=233398644;WS=233398626;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,28:0.65:43
chr1	233398670	rs12132556	C	A	2025.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=54;NR=10;PP=1456;SC=AAAACATTTACATTTTGAAGT;SOR=2.899;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=64;TCF=54;TCR=10;TR=64;WE=233398678;WS=233398660;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr1	233398713	rs1033325	C	T	4718.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=91;NR=37;PP=2650;SC=CCTTGGATTTCTGTGATTAGT;SOR=1.514;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=128;TCF=91;TCR=37;TR=128;WE=233398721;WS=233398703;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,171:1.00:171
chr1	233398918	rs66542898	AG	A	1467.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.135;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQ=60.11;MQRankSum=-1.163;NF=3;NR=52;PP=1385;ReadPosRankSum=-0.912;SC=GCCTGAAGAAAGGAAAAGACA;SOR=0.678;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=66;TCF=3;TCR=63;TR=55;WE=233398939;WS=233398908;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,52:0.58:89
chr1	233398927	rs1033324	C	G	3330.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;MQ=60.14;NF=10;NR=51;PP=2535;SC=AAGGAAAAGACAGAGAAAAAT;SOR=2.649;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=61;TCF=10;TCR=51;TR=61;WE=233398939;WS=233398908;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr1	233398931	rs5781734	G	GC	3026.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQ=60.16;NF=3;NR=47;PP=2754;SC=AAAAGACAGAGAAAAATCATT;SOR=2.602;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=50;TCF=3;TCR=47;TR=50;WE=233398939;WS=233398908;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr1	233398993	rs1033323	C	A	673.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=75;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=1;NR=19;PP=523;SC=TTTAGACTATCTATTGAATAT;SOR=4.804;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=20;TCF=1;TCR=19;TR=20;WE=233399001;WS=233398983;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr1	233489499	rs7539016	A	G	1619.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-1.797;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=7;PP=934;ReadPosRankSum=0.716;SC=TAAGTGTGTCATAAGGAAAAG;SOR=1.179;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=48;TCF=41;TCR=7;TR=46;WE=233489507;WS=233489489;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,62:0.98:63
chr1	233489529	rs7549137	G	A	2626.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-1.878;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=10;PP=1526;ReadPosRankSum=-0.682;SC=AGCCCATTGAGCATATGAAAT;SOR=1.066;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=66;TCF=56;TCR=10;TR=64;WE=233489537;WS=233489519;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,92:0.99:93
chr1	233489707	rs7551511	G	T	6130.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-3.352;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=295;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.045;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=71;NR=92;PP=2965;ReadPosRankSum=0.277;SC=GAAAGGTATTGTGTGTGTGTG;SOR=0.294;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=176;TCF=75;TCR=101;TR=163;WE=233489715;WS=233489694;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:13,254:0.95:267
chr1	233490536	rs137943316	A	AATGTCTTGGGGATAATCTG	9189.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=40;NR=25;PP=2900;SC=TAGCAACTCTAAACTGCGTTG;SOR=2.004;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=70;TCF=44;TCR=26;TR=65;WE=233490551;WS=233490526;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,157:1.00:157
chr1	233490543	rs2049182	G	A	9663.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=243;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=112;NR=50;PP=2965;SC=TCTAAACTGCGTTGAGAGATG;SOR=1.484;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=163;TCF=112;TCR=51;TR=162;WE=233490551;WS=233490526;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,240:1.00:240
chr1	233490764	rs4649219	G	T	2990.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=17;NR=75;PP=2134;SC=AAAGGTGAGAGAAATTTTTAA;SOR=2.618;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=92;TCF=17;TCR=75;TR=92;WE=233490784;WS=233490754;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr1	233490776	rs4649220	C	T	2562.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=10;NR=68;PP=1863;SC=AATTTTTAAACAGCATAATGT;SOR=3.232;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=78;TCF=10;TCR=68;TR=78;WE=233490784;WS=233490754;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr1	233511913	rs35806537	TAGAG	T	523.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=0.642;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.824;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=8;PP=361;ReadPosRankSum=0.221;SC=AGTAAATTAATAGAGAGATTT;SOR=1.473;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=3;TCR=14;TR=8;WE=233511924;WS=233511903;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,14:0.61:23
chr1	233512313	rs1294248	C	T	4094.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.632;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=587;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=74;PP=1856;ReadPosRankSum=-0.546;SC=TTGAGCAGTCCTTGGCATCTG;SOR=0.718;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=343;TCF=156;TCR=187;TR=137;WE=233512321;WS=233512303;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:350,222:0.39:572
chr1	233515413	rs1402815	G	A	5570.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=1.125;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=404;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.940;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=81;PP=2209;ReadPosRankSum=0.248;SC=AACATAGACCGTCACATCACA;SOR=0.885;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=224;TCF=96;TCR=128;TR=137;WE=233515421;WS=233515403;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:142,258:0.64:400
chr1	233749855	rs2795294	A	G	1210.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=21;NR=4;PP=639;SC=CGGGGCCAGAAGAGGCGGCGG;SOR=2.476;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=27;TCF=23;TCR=4;TR=25;WE=233749863;WS=233749847;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr1	233767008	rs701224	T	A	4755.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.820;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=371;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.386;HP=3;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=65;PP=1971;ReadPosRankSum=-0.274;SC=CAGGTGCGGGTTTCTGACAAC;SOR=0.661;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=215;TCF=109;TCR=106;TR=131;WE=233767016;WS=233766998;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:143,225:0.61:368
chr1	233767023	rs701225	A	G	4617.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.541;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=360;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.391;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=66;PP=1917;ReadPosRankSum=-1.935;SC=GACAACATCAAGATATGAAAG;SOR=0.725;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=211;TCF=102;TCR=109;TR=129;WE=233767031;WS=233767013;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:139,219:0.61:358
chr1	233767059	rs701226	T	C	3471.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.126;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=304;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.934;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=72;PP=1509;ReadPosRankSum=-0.660;SC=ACCCCTAATGTGTGTTTAACT;SOR=0.811;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=189;TCF=74;TCR=115;TR=116;WE=233767067;WS=233767049;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:131,171:0.57:302
chr1	233785786	rs4649241	A	C	2774.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.225;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=254;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.548;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=62;PP=1296;ReadPosRankSum=-0.180;SC=CTTCCCTGAGAGTACACCAGG;SOR=0.941;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=173;TCF=69;TCR=104;TR=98;WE=233785794;WS=233785776;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:115,136:0.54:251
chr1	234040742	rs12136133	A	C	5642.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.669;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.65;ReadPosRankSum=-1.507;SOR=0.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,218:0.99:220
chr1	234040898	rs78485515	G	A	3614.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.333;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=268;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.470;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=67;PP=1739;ReadPosRankSum=0.821;SC=CCCGGGCGTGGGTGAGCGAGC;SOR=0.760;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=189;TCF=81;TCR=108;TR=115;WE=234040906;WS=234040888;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:97,166:0.63:263
chr1	234041317	rs79244900	C	T	4592.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=3.418;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=324;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.571;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=102;NR=29;PP=2643;ReadPosRankSum=0.232;SC=GGAGACTGTCCGACATCAGCC;SOR=0.997;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=214;TCF=160;TCR=54;TR=131;WE=234041325;WS=234041307;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:128,192:0.60:320
chr1	234041422	rs57010808	G	C	24182.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.028;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=921;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=334;NR=263;PP=2965;ReadPosRankSum=0.470;SC=CCAGCGGGCCGGTGGGGCTCA;SOR=0.504;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=603;TCF=338;TCR=265;TR=597;WE=234041430;WS=234041412;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,910:1.00:913
chr1	234367549	rs2236220	T	C	3279.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=30;NR=67;PP=1735;SC=GCGCTGACTCTGCAGAGCTGC;SOR=1.482;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=97;TCF=30;TCR=67;TR=97;WE=234367557;WS=234367539;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr1	234442376	rs674385	G	A	359.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=12;PP=324;SC=TGGCCATGAGGCCTTAAAGGG;SOR=5.136;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=0;TCR=12;TR=12;WE=234442384;WS=234442366;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr1	234444761	rs11359233	TA	T	686.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.940;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=1.669;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.72;ReadPosRankSum=-0.584;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,45:0.83:54
chr1	234452542	rs41314292	G	A	3893.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.027;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=572;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=83;PP=2015;ReadPosRankSum=0.205;SC=GCTTTAGATCGCTTGTCCTTT;SOR=0.727;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=360;TCF=150;TCR=210;TR=143;WE=234452550;WS=234452532;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:356,210:0.37:566
chr1	234458668	rs35870005	G	A	687.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-3.193;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=3;PP=437;ReadPosRankSum=-0.536;SC=GCCAGACAGAGGAGGGTGCCC;SOR=0.818;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=46;TCF=38;TCR=8;TR=22;WE=234458676;WS=234458658;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,30:0.49:61
chr1	234509259	rs10910420	G	C	4312.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.753;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=291;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.230;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=82;NR=48;PP=2246;ReadPosRankSum=-0.955;SC=CGCCGCGTGAGTTGCTTTTTG;SOR=0.944;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=184;TCF=111;TCR=73;TR=130;WE=234509267;WS=234509249;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:94,194:0.67:288
chr1	234510262	rs4300255	A	G	1553.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.966;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.047;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=41;PP=984;ReadPosRankSum=-0.743;SC=GCGCAGAGAAAACCTTGCCTG;SOR=1.061;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=78;TCF=15;TCR=63;TR=49;WE=234510270;WS=234510252;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,61:0.62:98
chr1	234519385	rs10797539	T	C	177.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=2.181;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.035;HP=4;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=0;PP=114;ReadPosRankSum=0.317;SC=TTATGTTGAATAATATGTTAC;SOR=2.215;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=13;TCR=3;TR=8;WE=234519393;WS=234519375;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,8:0.44:18
chr1	234519452	rs58896934	C	CT	200.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.264;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=1.407;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.28;MQRankSum=1.147;QD=5.43;ReadPosRankSum=-0.174;SOR=0.990;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,16:0.43:37
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chr1	234529570	rs2175593	G	A	3986.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.523;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.879;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=42;PP=1189;ReadPosRankSum=-0.597;SC=TATCTGCTTCGACCAAATTAG;SOR=0.792;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=126;TCF=61;TCR=65;TR=78;WE=234529578;WS=234529560;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,102:0.58:175
chr1	234541622	rs2271444	G	T	1965.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-2.983;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=22;PP=1095;ReadPosRankSum=1.130;SC=GAGAGTGAGGGCGATGAGGTT;SOR=0.670;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=113;TCF=77;TCR=36;TR=69;WE=234541630;WS=234541612;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,88:0.62:142
chr1	234546245	rs1141264	C	T	1858.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.801;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.621;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=23;PP=742;ReadPosRankSum=-0.118;SC=CTGCTAAAAACGTACAAATGC;SOR=0.758;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=86;TCF=49;TCR=37;TR=54;WE=234546253;WS=234546235;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,85:0.59:144
chr1	234556630	rs6661926	C	T	999.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.252;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=26;PP=582;ReadPosRankSum=1.834;SC=AAATCAATGACAACTTGAAAT;SOR=0.826;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=52;TCF=8;TCR=44;TR=32;WE=234556638;WS=234556620;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,42:0.58:72
chr1	234556646	rs6669819	T	A	762.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=2.037;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.080;HP=3;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=20;PP=484;ReadPosRankSum=-1.240;SC=GAAATGTAAGTGGCTTAAATT;SOR=0.074;SbPval=0.24;Source=Platypus;TC=38;TCF=5;TCR=33;TR=25;WE=234556654;WS=234556636;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,29:0.67:43
chr1	234563060	rs443685	T	C	684.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=2.788;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.808;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=8;PP=337;ReadPosRankSum=0.060;SC=CTACCATACTTACTTTTCCAT;SOR=1.013;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=54;TCF=32;TCR=22;TR=22;WE=234563068;WS=234563050;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,35:0.38:92
chr1	234563556	rs10910434	T	A	663.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=5.012;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.620;HP=6;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=24;PP=523;ReadPosRankSum=1.757;SC=ATTTAGTTTTTAAAAAATCAG;SOR=1.292;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=57;TCF=5;TCR=52;TR=26;WE=234563564;WS=234563546;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,27:0.43:63
chr1	234564864	rs71701823	GAA	G	2345.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-2.233;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=1.577;NF=12;NR=15;PP=918;ReadPosRankSum=-0.353;SC=AAAGCAAAAAGAAAAGAAAGT;SOR=0.674;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=58;TCF=28;TCR=30;TR=27;WE=234564873;WS=234564854;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,61:0.55:110
chr1	234565078	.	G	GA	2269.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.447;ClippingRankSum=0.000;DP=324;ExcessHet=3.0103;FS=4.333;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.23;MQRankSum=2.628;QD=7.75;ReadPosRankSum=0.701;SOR=0.487;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:148,145:0.49:293
chr1	234565176	rs111283864	C	T	8843.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.816;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=723;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=2.286;NF=154;NR=114;PP=2962;ReadPosRankSum=0.090;SC=GGAACCAACACTTTCAAGCAA;SOR=0.693;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=471;TCF=268;TCR=203;TR=268;WE=234565184;WS=234565166;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:304,411:0.57:715
chr1	234566085	rs2236587	A	G	2720.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.180;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=254;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.468;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=57;PP=1360;ReadPosRankSum=0.251;SC=TTTAATATGCACAAGTCTTAA;SOR=0.741;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=168;TCF=63;TCR=105;TR=91;WE=234566093;WS=234566075;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:118,131:0.53:249
chr1	234569192	rs3754311	T	C	4226.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.798;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=392;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.212;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=83;NR=56;PP=1925;ReadPosRankSum=-0.698;SC=GCTGAATGGATGCATTTTTCA;SOR=0.779;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=255;TCF=148;TCR=107;TR=139;WE=234569200;WS=234569182;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:176,205:0.54:381
chr1	234582457	rs270527	C	T	1201.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-1.249;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.045;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=8;PP=601;ReadPosRankSum=-0.531;SC=AAAGTTTTCTCTTTGTTTTAA;SOR=0.412;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=65;TCF=50;TCR=15;TR=34;WE=234582465;WS=234582447;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,54:0.58:93
chr1	234582720	rs139816698	C	T	1724.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=1.982;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.414;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=43;PP=1015;ReadPosRankSum=2.010;SC=CTCTGCTTTCCGCTAGACATT;SOR=0.490;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=103;TCF=22;TCR=81;TR=57;WE=234582728;WS=234582710;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,77:0.55:141
chr1	234584176	rs115691704	T	G	2929.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.763;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=258;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.597;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=71;NR=33;PP=1491;ReadPosRankSum=-0.762;SC=ATCATAATTCTCATCAGGATT;SOR=0.814;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=191;TCF=128;TCR=63;TR=104;WE=234584184;WS=234584166;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:107,143:0.57:250
chr1	234584288	rs114916639	G	A	7838.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-1.210;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=653;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.524;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=103;NR=106;PP=2962;ReadPosRankSum=1.240;SC=AAACAAGCTTGGCTTCAAACC;SOR=0.619;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=371;TCF=178;TCR=193;TR=209;WE=234584296;WS=234584278;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:282,370:0.57:652
chr1	234601586	rs270504	G	A	349.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.230;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.81;MQRankSum=0.000;QD=4.21;ReadPosRankSum=1.699;SOR=0.683;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:59,24:0.29:83
chr1	234603386	rs270502	G	T	529.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-0.592;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.827;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=18;PP=339;ReadPosRankSum=2.208;SC=ATGGGTGAAAGAGCCAACATC;SOR=0.792;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=85;TCF=31;TCR=54;TR=27;WE=234603394;WS=234603376;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,31:0.31:99
chr1	234608725	rs34245359	A	AT	126.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=4;PP=96;SC=TCAGAGGGAGATTTTTTTTTG;SOR=2.584;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=11;TCF=1;TCR=10;TR=5;WE=234608733;WS=234608715;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr1	234743237	rs7543281	G	A	5217.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-2.705;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=384;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.633;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=79;PP=2465;ReadPosRankSum=-0.987;SC=CCTCTCTGGGGCCCAGCCTTC;SOR=0.445;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=242;TCF=101;TCR=141;TR=144;WE=234743245;WS=234743227;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:150,233:0.61:383
chr1	234744480	rs11502	G	A	1017.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-2.773;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.508;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=18;PP=318;ReadPosRankSum=-1.095;SC=CTTGGCTGCCGCCTCACGCTG;SOR=0.492;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=69;TCF=23;TCR=46;TR=27;WE=234744488;WS=234744470;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,51:0.48:107
chr1	234745009	rs7545855	A	G	2578.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=28.03;SOR=1.485;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr1	234953834	rs200007946	A	C	142.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=39.61;QD=28.58;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr1	234953875	rs138215498	C	CA	449.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=43.49;QD=29.98;SOR=0.818;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr1	235285740	rs4659823	C	T	1767.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.721;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=25;PP=718;ReadPosRankSum=-0.789;SC=AAATGGGAATCAAAAGAATTC;SOR=0.941;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=45;TCF=19;TCR=26;TR=43;WE=235285748;WS=235285730;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,70:0.97:72
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chr1	235316185	.	CTTT	C	92.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.282;ClippingRankSum=-0.000;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=2.187;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=6.18;ReadPosRankSum=-0.228;SOR=1.371;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,6:0.40:15
chr1	235357303	rs34768226	A	ATG	4101.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=40;NR=16;PP=2804;SC=AAATACTTGCACAACAGAACG;SOR=2.059;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=57;TCF=40;TCR=17;TR=56;WE=235357322;WS=235357293;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
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chr1	235357543	rs10802438	A	G	2164.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=7;NR=51;PP=1393;SC=TAAGAAAAAAAGTATGTCGTA;SOR=2.774;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=59;TCF=7;TCR=52;TR=58;WE=235357551;WS=235357533;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr1	235383188	rs4659654	A	G	2792.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.626;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=37;PP=1073;ReadPosRankSum=-0.971;SC=CATCTTTGTCATCCAGATTTT;SOR=0.951;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=65;TCF=27;TCR=38;TR=63;WE=235383196;WS=235383178;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,111:0.98:113
chr1	235392546	rs12731746	T	C	5212.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.802;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=86;NR=47;PP=2716;ReadPosRankSum=-1.086;SC=TTTCACTTACTTCTTCTTCAC;SOR=1.196;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=133;TCF=86;TCR=47;TR=133;WE=235392554;WS=235392536;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,197:0.99:199
chr1	235394541	rs7518225	A	C	573.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=9;NR=12;PP=354;SC=AAGAAAAAAAACCCAAAATAT;SOR=0.963;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=9;TCR=12;TR=21;WE=235394549;WS=235394531;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr1	235397937	rs35818300	GCA	G	912.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=14;PP=659;SC=GGGTAAACAGGCACACACACA;SOR=2.215;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=0;TCR=15;TR=14;WE=235397946;WS=235397927;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr1	235490391	rs3840452	CA	C	2297.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=30;PP=1435;SC=GAAAGAGCCGCAACCAGGCGC;SOR=1.214;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=37;TCF=6;TCR=31;TR=36;WE=235490399;WS=235490381;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr1	235505313	rs3841735	A	AT	3439.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=0.546;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=68;NR=23;PP=2707;ReadPosRankSum=1.465;SC=GAAATTTTCAATTTTTTTATT;SOR=1.430;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=116;TCF=78;TCR=38;TR=91;WE=235505321;WS=235505303;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,135:0.99:136
chr1	235543476	rs10608598	TTGTG	T,TTG	2086.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.259;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=301;ExcessHet=3.0103;FS=2.598;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.18;MQRankSum=0.528;QD=24.84;ReadPosRankSum=1.837;SOR=0.262;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:3,42,39:0.50,0.46:84
chr1	235598973	rs2055127	C	T	839.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.097;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.344;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=12;PP=560;ReadPosRankSum=-1.486;SC=AGCCCTCCATCGCACCAAATG;SOR=1.022;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=107;TCF=70;TCR=37;TR=40;WE=235598981;WS=235598963;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:98,46:0.32:144
chr1	235601958	rs3819974	G	T	539.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-2.812;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.972;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=5;PP=231;ReadPosRankSum=-0.291;SC=GTGAAAACTAGATCTTGTCCC;SOR=0.499;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=69;TCF=54;TCR=15;TR=21;WE=235601966;WS=235601948;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,30:0.36:84
chr1	235619032	rs138874913	CCAAA	C	12373.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.132;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=592;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.786;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.460;NF=14;NR=127;PP=2977;ReadPosRankSum=2.531;SC=GTCAGTGCGACCAAACAAACA;SOR=0.838;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=249;TCF=26;TCR=223;TR=141;WE=235619043;WS=235619022;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:221,313:0.59:534
chr1	235628908	rs1305556	G	A	1823.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.790;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=19;PP=889;ReadPosRankSum=-0.199;SC=AAGATTAAGTGTAAGACATTC;SOR=0.735;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=73;TCF=46;TCR=27;TR=53;WE=235628916;WS=235628898;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,82:0.68:121
chr1	235647631	rs291387	G	T	1248.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-2.432;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=6;PP=814;ReadPosRankSum=0.157;SC=TACAGAGCAGGGCATACCTCT;SOR=0.970;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=66;TCF=57;TCR=9;TR=45;WE=235647639;WS=235647621;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,49:0.67:73
chr1	235652513	rs291396	T	C	6353.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.713;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=525;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.128;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=128;NR=74;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.875;SC=AATAAGGATCTTCCCTGTCTT;SOR=0.809;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=364;TCF=221;TCR=143;TR=202;WE=235652521;WS=235652503;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:220,293:0.57:513
chr1	235667690	rs291348	A	G	638.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.547;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=20;PP=447;ReadPosRankSum=-0.376;SC=CGACGTCTGGAGGGCTCCTCG;SOR=0.895;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=38;TCF=9;TCR=29;TR=26;WE=235667698;WS=235667680;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,28:0.57:49
chr1	235715523	rs14326	A	G	1597.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.789;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=246;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.301;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=41;PP=858;ReadPosRankSum=-1.323;SC=GGAGGTCCGCAGCTGCCTGGG;SOR=0.861;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=172;TCF=70;TCR=102;TR=64;WE=235715531;WS=235715513;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:151,88:0.37:239
chr1	235715556	rs423026	C	G	903.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.090;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.530;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=31;PP=627;ReadPosRankSum=0.437;SC=GCACAGAGCACAGGTGCTCAG;SOR=1.385;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=119;TCF=38;TCR=81;TR=40;WE=235715564;WS=235715546;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:92,45:0.33:137
chr1	235715601	rs400948	A	G	446.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-3.395;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=19;PP=341;ReadPosRankSum=-1.033;SC=TCCAGGGAAGAGGTGTCCACG;SOR=0.920;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=59;TCF=6;TCR=53;TR=20;WE=235715609;WS=235715591;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,21:0.33:64
chr1	235747005	rs2774335	C	T	821.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=1.877;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.811;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=4;PP=614;ReadPosRankSum=-0.293;SC=AGCTGAGCTTCGGGCGGAGGG;SOR=1.291;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=55;TCF=45;TCR=10;TR=29;WE=235747013;WS=235746995;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,32:0.52:61
chr1	235747154	rs2774336	A	G	4279.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.651;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=306;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.427;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=63;PP=2051;ReadPosRankSum=-0.249;SC=TGCCCCTAGAAGTAACCAAAG;SOR=0.655;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=187;TCF=89;TCR=98;TR=122;WE=235747162;WS=235747144;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:116,190:0.62:306
chr1	235826382	rs36014994	TA	T	1251.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.728;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FS=5.509;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.27;MQRankSum=0.925;QD=12.04;ReadPosRankSum=0.328;SOR=0.251;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,84:0.81:104
chr1	235827443	rs3819013	T	C	1418.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-1.747;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=42;PP=917;ReadPosRankSum=0.126;SC=TTAAAAATCATGTGGAAGGAA;SOR=1.385;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=53;TCF=10;TCR=43;TR=52;WE=235827451;WS=235827433;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,56:0.98:57
chr1	235827641	rs12092604	C	T	863.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=25;NR=0;PP=658;SC=AGAACCTACACCCCAAGGTGA;SOR=5.283;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=25;TCF=25;TCR=0;TR=25;WE=235827649;WS=235827640;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr1	235856901	rs3754232	G	A	650.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=21;PP=582;SC=ATCATTTGGTGCAAGACCATC;SOR=6.184;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=22;TCF=1;TCR=21;TR=22;WE=235856909;WS=235856891;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr1	235860340	rs7541057	C	T	2267.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=44;NR=26;PP=1271;SC=TCAAATCTCACGAAAGATATA;SOR=1.192;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=72;TCF=45;TCR=27;TR=70;WE=235860348;WS=235860330;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr1	235887276	rs6667717	G	T	987.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=2.137;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=6.039;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=1;PP=744;ReadPosRankSum=-0.913;SC=TATAGTTACAGTGGCCCATGA;SOR=3.797;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=31;TCF=29;TCR=2;TR=29;WE=235887284;WS=235887266;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,36:0.95:38
chr1	235896726	rs6429275	C	T	2813.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=50;NR=17;PP=1516;SC=GTCTGAATTCCGGAATACAAA;SOR=1.609;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=67;TCF=50;TCR=17;TR=67;WE=235896734;WS=235896716;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr1	235910392	rs6676149	A	G	1597.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=32;NR=13;PP=1014;SC=TTGGAATTCAATGCTACAAAA;SOR=1.569;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=45;TCF=32;TCR=13;TR=45;WE=235910400;WS=235910382;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr1	235910542	rs3754234	C	T	4847.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=54;NR=57;PP=1995;SC=TTTAATGGACCGAAGGAGAAG;SOR=0.704;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=111;TCF=54;TCR=57;TR=111;WE=235910550;WS=235910532;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,185:1.00:185
chr1	235918688	rs149138177	CAAAAG	C	3893.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.11;QD=43.75;SOR=2.276;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr1	235922228	rs3738519	T	C	4179.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=84;NR=36;PP=2533;SC=CTTTAAAGAATAGTAAAATAA;SOR=1.547;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=121;TCF=84;TCR=37;TR=120;WE=235922236;WS=235922218;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,150:1.00:150
chr1	235940450	rs2273584	C	T	4314.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=47;NR=40;PP=1652;SC=GTTGGAGATTCTTTAGATGAT;SOR=0.756;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=87;TCF=47;TCR=40;TR=87;WE=235940458;WS=235940440;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,163:1.00:163
chr1	235945294	rs6696123	T	C	6672.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=258;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=70;NR=64;PP=2633;SC=CTTGGGATGATAAACAATGGC;SOR=0.725;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=135;TCF=70;TCR=65;TR=134;WE=235945302;WS=235945284;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,256:1.00:256
chr1	235972435	rs3820553	T	C	15212.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=561;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=199;NR=195;PP=2965;SC=AAGCCTGCTGTAGTAAGCGCA;SOR=0.715;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=394;TCF=199;TCR=195;TR=394;WE=235972443;WS=235972425;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,552:1.00:552
chr1	235972867	rs1063128	T	C	17713.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.252;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=650;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=212;NR=219;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.220;SC=AAGCTGCACTTTGAAGACAAC;SOR=0.253;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=437;TCF=213;TCR=224;TR=431;WE=235972875;WS=235972857;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,642:1.00:643
chr1	236142565	rs1536132	T	C	1754.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=8;NR=44;PP=1294;SC=CTGGGGTGGGTCAAGCCTGCA;SOR=2.683;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=52;TCF=8;TCR=44;TR=52;WE=236142573;WS=236142555;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr1	236175153	rs2031486	T	C	772.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=16;NR=7;PP=396;SC=GACAGGGCAATGGGCCATGTG;SOR=1.460;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=16;TCR=7;TR=23;WE=236175161;WS=236175143;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr1	236175339	rs2031487	T	C	7473.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=284;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=83;NR=73;PP=2965;SC=GGCATTCATCTACATCTGTAA;SOR=0.781;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=156;TCF=83;TCR=73;TR=156;WE=236175347;WS=236175329;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,284:1.00:284
chr1	236176990	rs10803217	T	C	1494.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=39;PP=900;SC=CAGCTTCACCTGCACCCCACT;SOR=2.001;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=52;TCF=13;TCR=39;TR=52;WE=236176998;WS=236176980;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr1	236193145	rs2273586	G	C	4367.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-0.075;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=97;PP=2965;ReadPosRankSum=1.961;SC=TGGTGCGAACGCTTCTGCAGG;SOR=0.892;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=135;TCF=37;TCR=98;TR=134;WE=236193153;WS=236193135;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,151:0.99:152
chr1	236201609	rs4659620	T	G	2952.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=68;PP=2040;SC=TCTAGCCCGGTGGGCTCTCTC;SOR=2.954;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=81;TCF=12;TCR=69;TR=80;WE=236201617;WS=236201599;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr1	236205090	rs2385052	C	T	185.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=3.316;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=31;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=1;PP=102;ReadPosRankSum=0.819;SC=TCTACTTTCCCAAGCTCTTAT;SOR=0.269;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=36;TCF=33;TCR=3;TR=9;WE=236205098;WS=236205080;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,10:0.26:38
chr1	236205121	rs4297282	T	C	2196.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=55;NR=9;PP=1426;SC=CACCATGTAATGCTCACAACT;SOR=2.804;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=64;TCF=55;TCR=9;TR=64;WE=236205129;WS=236205111;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr1	236208688	rs10733131	AT	GA	3489.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=65;NR=4;PP=2947;SC=ATGATCTATAATACACATTAC;SOR=4.698;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=73;TCF=68;TCR=5;TR=69;WE=236208697;WS=236208678;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr1	236208773	rs10733133	C	T	10347.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=404;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.46;SOR=1.027;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,391:1.00:391
chr1	236209024	rs3768088	C	G	4128.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=22;NR=91;PP=2691;SC=GGAAAAATATCGATAGATTTT;SOR=2.353;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=113;TCF=22;TCR=91;TR=113;WE=236209032;WS=236209014;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,141:1.00:141
chr1	236209081	rs3768089	G	A	1157.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=28;PP=851;SC=CAGTGCTATAGAGCGATGGCA;SOR=3.442;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=3;TCR=29;TR=31;WE=236209089;WS=236209071;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr1	236393654	rs2812471	A	G	1144.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=11;NR=23;PP=733;SC=GCTCATGCCTATAATCCTAGC;SOR=1.501;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=35;TCF=11;TCR=24;TR=34;WE=236393662;WS=236393644;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr1	236395979	rs11388266	C	CT	198.90	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.196;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.70;ReadPosRankSum=-0.945;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,14:0.82:17
chr1	236413230	rs2477599	T	A	3866.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=2.301;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.069;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=43;PP=1635;ReadPosRankSum=-0.520;SC=TTGCTCACAATCTTCTAATTC;SOR=0.287;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=91;TCF=47;TCR=44;TR=90;WE=236413238;WS=236413220;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,149:0.99:150
chr1	236433135	rs3834089	AT	A	2669.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=20;PP=1342;SC=GTCACATATAATACCTTTGAT;SOR=0.949;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=11;TCR=20;TR=31;WE=236433143;WS=236433125;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr1	236557771	rs966365	G	A	6971.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.564;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=271;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=89;NR=79;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.782;SC=CTAAACAGATGGGGAGAGGCA;SOR=0.754;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=171;TCF=90;TCR=81;TR=168;WE=236557779;WS=236557761;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,268:0.99:270
chr1	236557928	rs966364	G	A	1830.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=14;NR=35;PP=1035;SC=TTTTCGACCCGACTTTTATCT;SOR=1.646;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=49;TCF=14;TCR=35;TR=49;WE=236557936;WS=236557918;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr1	236572368	.	TA	T	364.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.054;ClippingRankSum=0.000;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=3.274;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=20.26;ReadPosRankSum=0.635;SOR=0.515;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,16:0.89:18
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chr1	236590563	rs1778861	C	T	1052.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.462;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.845;HP=2;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=13;PP=518;ReadPosRankSum=1.474;SC=GTAGTCCAGCCCTTCTGATTT;SOR=0.524;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=57;TCF=35;TCR=22;TR=32;WE=236590571;WS=236590553;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,48:0.57:84
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chr1	236590659	rs636048	G	C	1409.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.500;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.678;HP=6;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=22;PP=627;ReadPosRankSum=1.142;SC=ATCACACTTTGTTTCTTTCTT;SOR=0.718;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=72;TCF=35;TCR=37;TR=40;WE=236590667;WS=236590649;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,68:0.56:121
chr1	236590816	rs635487	T	G	880.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.308;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.768;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=16;PP=344;ReadPosRankSum=1.889;SC=TTTTTTGAGATTTATAGAGTT;SOR=0.306;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=36;TCF=12;TCR=24;TR=26;WE=236590824;WS=236590806;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,42:0.75:56
chr1	236631633	rs16833716	A	G	1047.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.407;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.990;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=21;PP=425;ReadPosRankSum=-0.693;SC=TGAATAAAAGATAATTTGAGG;SOR=0.379;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=118;TCF=46;TCR=72;TR=39;WE=236631641;WS=236631623;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:105,60:0.36:165
chr1	236645670	rs604070	C	T	4593.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.523;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=370;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.728;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=85;NR=61;PP=2075;ReadPosRankSum=-1.379;SC=ACTTACTAGACGTGATCAGGA;SOR=0.811;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=233;TCF=134;TCR=99;TR=146;WE=236645678;WS=236645660;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:154,216:0.58:370
chr1	236700673	rs62670060	GAGC	G	1897.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=31;NR=2;PP=1718;SC=GCTGGATTCTGAGCAGATTTA;SOR=4.174;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=34;TCF=31;TCR=3;TR=33;WE=236700683;WS=236700667;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr1	236700807	rs1126407	T	A	10540.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=397;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=156;NR=104;PP=2965;SC=GTAATCCCGTTTGTTGGCACC;SOR=1.005;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=260;TCF=156;TCR=104;TR=260;WE=236700815;WS=236700797;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,394:1.00:394
chr1	236700823	rs1041934	T	C	11694.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=449;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=32;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=160;NR=128;PP=2965;SC=GCACCATTCCTGATCAGCTGG;SOR=0.862;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=288;TCF=160;TCR=128;TR=288;WE=236700831;WS=236700813;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,445:1.00:445
chr1	236700857	rs1041935	C	T	12320.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=476;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=33;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=144;NR=156;PP=2965;SC=GATTGTGATACGTGGGCATGT;SOR=0.741;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=301;TCF=145;TCR=156;TR=300;WE=236700865;WS=236700847;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,471:1.00:471
chr1	236700982	rs2737706	T	C	4386.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=30;NR=83;PP=2734;SC=ATTTGATACTTTGAGGCCCAA;SOR=1.739;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=113;TCF=30;TCR=83;TR=113;WE=236700990;WS=236700972;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,150:1.00:150
chr1	236702153	rs2244808	G	A	690.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=18;NR=4;PP=519;SC=AGCACTCATGGGGCCCCTGTG;SOR=2.494;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=22;TCF=18;TCR=4;TR=22;WE=236702161;WS=236702143;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr1	236702209	rs1041936	C	T	633.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.376;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=3.511;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.06;ReadPosRankSum=-1.806;SOR=1.230;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,31:0.49:63
chr1	236702210	rs1041937	A	G	2244.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=34.01;SOR=0.957;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr1	236702374	rs2472126	G	A	2617.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=30;NR=30;PP=1098;SC=TTATGGTGCTGAAGGACAAAT;SOR=0.693;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=62;TCF=31;TCR=31;TR=60;WE=236702382;WS=236702364;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr1	236702447	rs12744425	T	G	1971.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.95;SOR=1.514;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr1	236702450	rs12744427	T	C	1971.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=49.29;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr1	236702475	rs11807205	A	G	678.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=99;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=17;PP=470;SC=GCCCAGCCTTATATTTCCTAC;SOR=2.124;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=21;TCF=4;TCR=17;TR=21;WE=236702483;WS=236702465;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr1	236702497	rs111502141	AGTTT	A	145.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-1.545;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.472;HP=1;HapScore=2;MGOF=109;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=7;PP=133;ReadPosRankSum=0.386;SC=CCTGAGATATAGTTTGTTTGG;SOR=0.061;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=1;TCR=12;TR=7;WE=236702508;WS=236702487;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,5:0.36:14
chr1	236702517	rs11807542	T	C	376.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=117;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=10;PP=274;SC=GCTTTGTAGTTTTTCTCCATA;SOR=3.611;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=11;TCF=1;TCR=10;TR=11;WE=236702525;WS=236702507;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr1	236703700	rs2244659	A	G	408.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=35;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQ=60.83;NF=11;NR=0;PP=300;SC=AAGCACTGCTAGTGTTTTGGG;SOR=3.767;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=11;TCR=0;TR=11;WE=236703708;WS=236703695;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr1	236703734	rs2243405	T	C	465.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=43;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=3;PP=352;SC=CATTTGGTCATGTGTGTGGAG;SOR=2.833;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=15;TCR=3;TR=18;WE=236703742;WS=236703724;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr1	236703767	rs2758994	C	T	755.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.35;QD=25.19;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr1	236703832	rs34818366	CG	C	3599.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.895;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.261;NF=32;NR=30;PP=1379;ReadPosRankSum=1.498;SC=TTTTTGGTGGCGGGGGGGGCT;SOR=1.207;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=66;TCF=34;TCR=32;TR=62;WE=236703840;WS=236703822;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,122:0.98:124
chr1	236704888	.	A	AACAGGT	907.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=50.43;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr1	236704891	.	TAAA	T	986.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=46.99;SOR=2.200;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr1	236704897	.	ATT	A	986.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.11;SOR=2.124;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr1	236706352	rs2758174	A	C	8677.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.070;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=332;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=83;NR=140;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.609;SC=TTTGAAGAGCACCAAATTTTC;SOR=0.419;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=225;TCF=83;TCR=142;TR=223;WE=236706360;WS=236706342;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,318:1.00:319
chr1	236706371	rs2758175	A	G	6632.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.351;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=257;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=31;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=117;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.082;SC=TCTTAACTCTATATAAAAATT;SOR=0.522;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=179;TCF=59;TCR=120;TR=176;WE=236706379;WS=236706361;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,245:1.00:246
chr1	236706425	rs2244267	G	A	2560.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.180;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=50;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=60;PP=1820;ReadPosRankSum=-0.715;SC=CCACAATAGAGGCCCAAAGCA;SOR=1.609;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=73;TCF=12;TCR=61;TR=72;WE=236706433;WS=236706415;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,83:0.99:84
chr1	236706671	rs2243530	T	A	878.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=21;NR=4;PP=633;SC=TGTAATCATGTGTGTTTGCTT;SOR=2.985;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=21;TCR=4;TR=25;WE=236706679;WS=236706666;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr1	236706780	rs2243527	C	T	4193.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=66;NR=35;PP=2112;SC=TGAAACATTCCGTAGTGTTCT;SOR=1.255;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=102;TCF=66;TCR=36;TR=101;WE=236706788;WS=236706770;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,153:1.00:153
chr1	236706862	rs2243525	G	C	6807.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=257;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=81;NR=74;PP=2965;SC=CTTTTCAGAGGCTGCCATTCG;SOR=0.725;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=155;TCF=81;TCR=74;TR=155;WE=236706870;WS=236706852;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,254:1.00:254
chr1	236707007	rs2799410	C	T	2776.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=20;NR=49;PP=1396;SC=TACCGCCTTCCACCCGTGAAC;SOR=1.413;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=71;TCF=20;TCR=51;TR=69;WE=236707015;WS=236706997;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr1	236707036	rs2794786	A	T	1826.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.52;SOR=2.200;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr1	236707045	rs2799409	C	T	1655.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.75;SOR=2.494;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr1	236708022	rs5781896	GT	G	1666.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.221;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=11;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQ=60.21;MQRankSum=0.477;NF=30;NR=23;PP=727;ReadPosRankSum=1.293;SC=GTTAATTAAGGTTTTTTTTTT;SOR=0.799;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=66;TCF=39;TCR=27;TR=53;WE=236708030;WS=236708012;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:9,89:0.91:98
chr1	236708224	rs2244063	A	C	4254.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=48;NR=71;PP=2482;SC=AGGTGAGGTTACAGTTTTTGA;SOR=1.012;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=119;TCF=48;TCR=71;TR=119;WE=236708232;WS=236708214;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,156:1.00:156
chr1	236708316	rs2758181	A	G	1169.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=35;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=8;NR=31;PP=875;SC=AGTATGTGGAAGTTGTGTATG;SOR=2.476;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=39;TCF=8;TCR=31;TR=39;WE=236708324;WS=236708306;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr1	236708357	rs60495052	C	CCCTT	907.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=18;PP=938;SC=TGTAATTTGCCCCTTTTTATA;SOR=4.712;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=0;TCR=20;TR=18;WE=236708365;WS=236708347;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr1	236711297	rs2254823	A	T	1380.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=33;NR=7;PP=984;SC=AATGGCATGTATCCTTTCCTT;SOR=2.935;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=33;TCR=7;TR=40;WE=236711305;WS=236711287;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr1	236711323	rs15701	T	C	2180.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=52;NR=18;PP=1411;SC=TGATAATTTATTGTGATGTTA;SOR=1.952;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=70;TCF=52;TCR=18;TR=70;WE=236711331;WS=236711313;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr1	236711586	rs1160	G	A	2457.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=19;NR=46;PP=1339;SC=GCACCATTAGGTCCTGCTGGG;SOR=1.434;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=66;TCF=20;TCR=46;TR=65;WE=236711594;WS=236711576;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr1	236714064	rs6989	A	C	1040.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=31;NR=2;PP=786;SC=GATTTTGTAAAGAAGTGATAA;SOR=4.804;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=33;TCF=31;TCR=2;TR=33;WE=236714072;WS=236714058;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr1	236714292	rs373763274	T	TA,TAA	1841.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.474;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FS=6.776;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.10;ReadPosRankSum=0.626;SOR=0.224;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:20,33,69:0.27,0.57:122
chr1	236714335	rs2254487	C	T	1507.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=34;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=12;NR=78;PP=2012;SC=TGAGTCAGTCCGCCTGCCTCG;SOR=2.262;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=91;TCF=13;TCR=78;TR=90;WE=236714343;WS=236714325;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr1	236716741	rs1475132	G	A	1770.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=49;NR=4;PP=1365;SC=ACAAAAGACCGGACCTCTAGT;SOR=4.370;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=53;TCF=49;TCR=4;TR=53;WE=236716749;WS=236716731;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr1	236716959	rs2275685	C	T	8080.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.728;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=311;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=87;NR=121;PP=2965;ReadPosRankSum=1.052;SC=CCATGGCCACCGAAAACTGTG;SOR=0.970;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=210;TCF=88;TCR=122;TR=208;WE=236716967;WS=236716949;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,308:0.99:310
chr1	236717104	rs2275686	A	G	755.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=23;PP=600;SC=TTGAAAAAATATCCAACATAC;SOR=4.174;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=25;TCF=2;TCR=23;TR=25;WE=236717112;WS=236717094;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr1	236717926	rs2275687	T	C	9138.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=348;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=95;NR=103;PP=2965;SC=CATCAAGGCTTCTGCTCTCTC;SOR=0.728;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=199;TCF=95;TCR=104;TR=198;WE=236717934;WS=236717916;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,346:1.00:346
chr1	236718524	rs6668848	G	C	1711.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=46;NR=6;PP=1301;SC=CAAGCACTAGGTTGTGTCTTA;SOR=3.690;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=52;TCF=46;TCR=6;TR=52;WE=236718532;WS=236718514;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr1	236718561	rs6668926	G	A	3315.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=69;NR=20;PP=1972;SC=GGCACACAGGGCAAGGGTGAC;SOR=2.033;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=90;TCF=69;TCR=21;TR=89;WE=236718569;WS=236718551;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr1	236718620	rs1126627	T	C	7943.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.758;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=300;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=110;NR=72;PP=2965;ReadPosRankSum=1.727;SC=TTCACCTGGTTCAAGGTGTCA;SOR=1.034;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=185;TCF=112;TCR=73;TR=182;WE=236718628;WS=236718610;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,296:0.99:298
chr1	236719135	rs1885532	T	C	6561.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=130;NR=58;PP=2965;SC=AGTCCAGGGCTTCCAGGAAAA;SOR=1.480;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=188;TCF=130;TCR=58;TR=188;WE=236719149;WS=236719125;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,231:1.00:231
chr1	236719193	rs1885533	A	G	12979.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.167;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=514;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.099;HP=5;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=170;NR=151;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.374;SC=CTTCTTCATCACCCCAATATG;SOR=0.518;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=325;TCF=172;TCR=153;TR=321;WE=236719201;WS=236719183;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:5,508:0.99:513
chr1	236719259	rs1885534	G	A	14353.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-2.059;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=547;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=148;NR=186;PP=2965;ReadPosRankSum=0.965;SC=ACACAGGAAAGAGATGTGCCA;SOR=0.271;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=336;TCF=148;TCR=188;TR=334;WE=236719267;WS=236719249;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,544:1.00:545
chr1	236720761	rs2799404	T	C	1513.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=39;PP=1193;SC=CGCTATCTGCTTCATAGCCTA;SOR=3.352;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=44;TCF=4;TCR=40;TR=43;WE=236720769;WS=236720751;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr1	236721610	rs2275688	G	A	5124.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.439;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=6.298;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=101;NR=38;PP=2916;ReadPosRankSum=0.118;SC=GCGCTTCCCAGGACATTCTTC;SOR=1.671;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=142;TCF=103;TCR=39;TR=139;WE=236721618;WS=236721600;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,184:0.98:187
chr1	236721660	rs2275689	T	C	9978.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.064;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=369;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.396;HP=1;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=142;NR=95;PP=2965;ReadPosRankSum=0.552;SC=CACAGCAGTGTTCAGCACTGG;SOR=0.847;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=239;TCF=143;TCR=96;TR=237;WE=236721668;WS=236721650;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,366:0.99:369
chr1	236721731	rs819431	T	C	13679.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-2.005;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=539;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=175;NR=156;PP=2965;ReadPosRankSum=2.156;SC=AGGTATACAATGCTGTCTGTC;SOR=0.339;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=333;TCF=175;TCR=158;TR=331;WE=236721739;WS=236721721;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,529:1.00:530
chr1	236722182	rs819432	A	T	1773.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=41;NR=11;PP=1084;SC=TATATTCAGAAAATAATATAC;SOR=2.194;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=52;TCF=41;TCR=11;TR=52;WE=236722190;WS=236722172;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr1	236722489	rs2146122	C	T	1256.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=29;PP=833;SC=AAAAAAAAAACCAACTTCAAT;SOR=1.714;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=39;TCF=10;TCR=29;TR=39;WE=236722497;WS=236722479;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr1	236723177	rs10754576	GC	AA	5967.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=29;NR=49;PP=2947;SC=GCAGCTGAAGGCACTCAGAGA;SOR=1.072;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=81;TCF=29;TCR=52;TR=78;WE=236723186;WS=236723167;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,134:1.00:134
chr1	236724504	rs1077439	G	A	2641.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=38;NR=25;PP=1161;SC=ATAAAAAGTAGAAAAAGAAAA;SOR=0.957;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=63;TCF=38;TCR=25;TR=63;WE=236724512;WS=236724494;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr1	236724605	rs1077438	G	T	4440.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=55;NR=52;PP=1783;SC=TAGAACGGTAGGGAAGTCAAT;SOR=0.716;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=107;TCF=55;TCR=52;TR=107;WE=236724613;WS=236724595;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,172:1.00:172
chr1	236724715	rs1077437	T	G	1704.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=1.905;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=32;PP=999;ReadPosRankSum=-0.580;SC=CAGGTTCATATCATCTTCATT;SOR=0.548;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=50;TCF=16;TCR=34;TR=48;WE=236724723;WS=236724705;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,63:0.98:64
chr1	236724766	rs1077436	C	T	634.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=17;PP=464;SC=ATTTTAATTACATTCTACTGG;SOR=2.737;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=21;TCF=4;TCR=17;TR=21;WE=236724774;WS=236724756;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr1	236729867	rs2758172	C	T	4049.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.565;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=82;NR=35;PP=2370;ReadPosRankSum=2.697;SC=ATCATCAGCCCCATGTTTAAA;SOR=0.361;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=120;TCF=85;TCR=35;TR=117;WE=236729875;WS=236729857;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,144:0.99:146
chr1	236732198	rs12135604	C	A	880.06	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=2.196;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=4.570;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.33;ReadPosRankSum=1.311;SOR=2.038;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,56:0.85:66
chr1	236732199	.	A	AC	255.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=1.902;ClippingRankSum=0.000;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=4.384;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.31;ReadPosRankSum=1.865;SOR=1.814;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,20:0.57:35
chr1	236735939	rs2853602	T	C	7251.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=276;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=107;NR=99;PP=2965;SC=TATAGCAAATTGATGAGTATC;SOR=0.829;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=207;TCF=108;TCR=99;TR=206;WE=236735947;WS=236735929;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,265:1.00:265
chr1	236739416	rs2115740	C	T	2561.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=55;NR=20;PP=1554;SC=CTCTTCTGAGCGCACACATGC;SOR=1.821;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=76;TCF=56;TCR=20;TR=75;WE=236739424;WS=236739406;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr1	236740039	rs6658793	G	C	3436.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=64;NR=24;PP=1750;SC=CCAGTACACAGAGGCATGAAC;SOR=1.519;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=88;TCF=64;TCR=24;TR=88;WE=236740047;WS=236740029;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chr1	236744424	rs35257076	A	AT	1421.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=1.635;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=6.489;HP=10;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=10;PP=853;ReadPosRankSum=-0.796;SC=GCCCTCTGCTATTTTTTTTTA;SOR=2.584;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=58;TCF=45;TCR=13;TR=42;WE=236744432;WS=236744414;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:5,66:0.93:71
chr1	236744626	rs147383856	C	T	6107.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.642;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=484;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=88;NR=100;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.034;SC=TGTTTTCACACTGCAGTTTAG;SOR=0.647;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=302;TCF=139;TCR=163;TR=188;WE=236744634;WS=236744616;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:192,285:0.60:477
chr1	236744712	rs4518892	C	A	5230.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=31.70;SOR=1.638;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,165:1.00:165
chr1	236744720	.	T	TA	197.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.172;ClippingRankSum=0.000;DP=135;ExcessHet=3.0103;FS=2.408;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.00;ReadPosRankSum=-1.517;SOR=0.352;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:75,24:0.24:99
chr1	236746275	rs2794769	G	C	6820.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.047;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=250;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=129;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.022;SC=CAGTTTTGCAGAGTATCACAT;SOR=1.512;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=185;TCF=55;TCR=130;TR=184;WE=236746283;WS=236746265;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,240:0.99:242
chr1	236746443	rs2794768	C	T	3107.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=38;NR=40;PP=1309;SC=CCCACAGCTCCACTGGGATCC;SOR=0.779;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=79;TCF=39;TCR=40;TR=78;WE=236746451;WS=236746433;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr1	236748505	rs1006456	T	C	26366.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.671;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=996;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=251;NR=323;PP=2965;ReadPosRankSum=0.346;SC=CCACGCTTATTAAATCCTCCA;SOR=0.845;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=574;TCF=251;TCR=323;TR=574;WE=236748513;WS=236748495;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,986:1.00:988
chr1	236748630	rs1006455	C	T	5006.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=40.38;SOR=3.370;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr1	236748636	rs1006454	G	A	4476.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.68;SOR=4.197;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr1	236749022	rs10925166	G	A	548.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=22.87;SOR=2.494;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr1	236749022	.	GAAAT	AAAAA,AAAAT	164	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.34;FR=0.5000,0.5000;HP=7;HapScore=2;MGOF=1;MMLQ=23;MQ=60.0;NF=10,18;NR=3,4;PP=164,133;QD=16.7282980663;SC=AAGAATAAAAGAAATTTTTTT;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=23;TCF=18;TCR=5;TR=13,22;WE=236749034;WS=236749012;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.57:23
chr1	236749026	rs10925167	T	A	238.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.132;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=1.792;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.84;ReadPosRankSum=-0.248;SOR=0.307;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,16:0.59:27
chr1	236749348	rs2794764	C	T	1020.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=22;PP=688;SC=GGTTTGCTTTCTATTTTTCCT;SOR=2.368;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=27;TCF=5;TCR=22;TR=27;WE=236749356;WS=236749338;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr1	236749451	rs3831993	TA	T	613.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=8;NR=4;PP=471;SC=TACTGGCATATAAGCATGACC;SOR=1.473;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=14;TCF=10;TCR=4;TR=12;WE=236749459;WS=236749444;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr1	236749649	rs2794763	T	C	4019.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=48;NR=43;PP=1851;SC=TTGATAACCATAAATGGCAGC;SOR=0.761;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=91;TCF=48;TCR=43;TR=91;WE=236749657;WS=236749639;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,151:1.00:151
chr1	236749817	rs2799420	C	T	1630.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=12;NR=30;PP=810;SC=GGCAAAAATTCATCATTACAT;SOR=1.430;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=42;TCF=12;TCR=30;TR=42;WE=236749825;WS=236749807;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr1	236751519	rs34200005	GA	G	603.75	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=2.191;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=6.214;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=-3.735;NF=1;NR=20;PP=904;ReadPosRankSum=-1.155;SC=AGGGCCTTTTGAGATTAATAA;SOR=3.912;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=22;TCF=1;TCR=21;TR=21;WE=236751527;WS=236751509;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,22:0.92:24
chr1	236755170	rs2794760	G	T	6989.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.980;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=271;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=132;NR=64;PP=2965;ReadPosRankSum=0.609;SC=GCAAACTGTAGAAGGTTATCT;SOR=0.591;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=197;TCF=133;TCR=64;TR=196;WE=236755178;WS=236755160;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,258:1.00:259
chr1	236755427	rs2794759	A	G	2191.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=12;NR=44;PP=1289;SC=AGCAATTAAAAAGTGAATTCA;SOR=1.863;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=56;TCF=12;TCR=44;TR=56;WE=236755435;WS=236755417;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr1	236755690	rs2794758	G	A	445.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=10;NR=0;PP=243;SC=TCCGATACTCGCCCCTTCTTG;SOR=2.584;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=10;TCR=0;TR=10;WE=236755698;WS=236755680;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr1	236755814	rs2794757	G	A	2400.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=18;NR=12;PP=558;SC=ACATACACACGTAACTTACTT;SOR=0.970;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=30;TCF=18;TCR=12;TR=30;WE=236755822;WS=236755804;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr1	236755837	rs2564739	C	T	2644.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=19;NR=14;PP=627;SC=TTTCTAAAAGCCTAATGAGTG;SOR=0.892;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=19;TCR=14;TR=33;WE=236755845;WS=236755827;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr1	236755937	rs67239913	TA	T	626.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.401;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.21;MQRankSum=0.476;QD=14.25;ReadPosRankSum=0.685;SOR=0.927;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:6,38:0.86:44
chr1	236757200	rs2564738	A	G	1232.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=26;NR=8;PP=727;SC=AATGATACAGACAAAACAAGA;SOR=1.828;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=26;TCR=8;TR=34;WE=236757208;WS=236757190;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr1	236757229	rs2794754	G	A	1857.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=38;NR=16;PP=1020;SC=AAAAAGGAATGCTGGGAAATT;SOR=1.512;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=55;TCF=38;TCR=17;TR=54;WE=236757237;WS=236757219;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr1	236757507	rs2794753	A	G	657.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=22;PP=581;SC=CGTTCTCAGAATAAAACACAC;SOR=6.184;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=0;TCR=22;TR=22;WE=236757515;WS=236757497;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr1	236758887	rs2794751	T	C	11405.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=454;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=123;NR=128;PP=2965;SC=AAGCATGTAATGCAGAAGAGG;SOR=0.739;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=251;TCF=123;TCR=128;TR=251;WE=236758895;WS=236758877;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,446:1.00:446
chr1	236759060	rs2794750	T	C	5160.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=89;NR=53;PP=2965;SC=TCACTTATCTTACAAAAAAAA;SOR=1.199;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=146;TCF=89;TCR=57;TR=142;WE=236759070;WS=236759050;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,172:1.00:172
chr1	236767072	rs1529540	A	G	629.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=17;NR=2;PP=522;SC=CTACTCATAAACATTTCAAGC;SOR=3.611;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=19;TCF=17;TCR=2;TR=19;WE=236767080;WS=236767066;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr1	236767176	rs1529541	C	G	6190.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.91;SOR=1.448;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,141:1.00:141
chr1	236767178	rs375752396	AG	A	1114.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.288;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FS=5.231;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.58;ReadPosRankSum=-0.103;SOR=1.152;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:67,80:0.54:147
chr1	236767182	rs6650089	G	A	865.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.681;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FS=5.042;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.51;ReadPosRankSum=-1.130;SOR=0.402;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:94,63:0.40:157
chr1	236767330	rs10802551	A	G	5709.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.732;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=92;PP=2734;ReadPosRankSum=-0.942;SC=CTTCATCTCTAGATAAGAGGC;SOR=1.117;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=154;TCF=60;TCR=94;TR=151;WE=236767338;WS=236767320;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,217:0.99:219
chr1	236881403	rs2275399	C	T	1145.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=35;PP=983;SC=CCAAAGAAAACCTTTCCAAAG;SOR=3.855;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=39;TCF=4;TCR=35;TR=39;WE=236881411;WS=236881393;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr1	236882110	rs1341865	G	A	4329.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=72;NR=39;PP=2186;SC=TTAAGGAAAAGATGGATGCTT;SOR=1.214;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=112;TCF=72;TCR=40;TR=111;WE=236882118;WS=236882100;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,163:1.00:163
chr1	236882303	rs1341864	T	C	2758.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=32;NR=55;PP=1482;SC=TGGTGTCCATTGGCGCTGAAG;SOR=1.222;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=87;TCF=32;TCR=55;TR=87;WE=236882311;WS=236882293;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr1	236883240	rs1768053	T	C	639.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=4;PP=395;SC=TTATGAATACTGTATTTATAA;SOR=2.030;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=15;TCR=4;TR=19;WE=236883248;WS=236883230;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr1	236883421	rs1341863	C	T	5769.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=78;NR=63;PP=2442;SC=TTGATGGCAACGTGAAAATGA;SOR=0.805;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=142;TCF=79;TCR=63;TR=141;WE=236883429;WS=236883411;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,224:1.00:224
chr1	236883564	rs1341862	G	A	2073.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=20;NR=48;PP=1358;SC=TGAGCAAGATGTTTTAAAGTC;SOR=1.771;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=68;TCF=20;TCR=48;TR=68;WE=236883572;WS=236883554;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr1	236890781	rs1768056	A	G	474.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=4;PP=323;SC=CAAGGAAGTCAAAAGGAGAGG;SOR=1.863;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=17;TCF=13;TCR=4;TR=16;WE=236890789;WS=236890775;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr1	236897633	rs707203	A	G	6273.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=123;NR=51;PP=2965;SC=ATGGGGGCGAAGGGGGAGGAT;SOR=1.632;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=175;TCF=123;TCR=52;TR=174;WE=236897641;WS=236897623;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,216:1.00:216
chr1	236899899	rs11355106	TC	T	5561.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=9;NR=79;PP=2969;SC=TGTGGAAGGATCCCCCTCCAG;SOR=1.212;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=96;TCF=12;TCR=84;TR=88;WE=236899907;WS=236899889;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,173:1.00:173
chr1	236900018	rs7542508	G	A	891.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=20;PP=581;SC=ATTTCCAAAGGCTAATGTTAT;SOR=1.681;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=28;TCF=8;TCR=20;TR=28;WE=236900026;WS=236900008;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr1	236900598	rs7521191	C	T	235.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.65;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=129;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=1;NR=6;PP=205;SC=TCCGTGGGGGCATATATATAT;SOR=1.402;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=1;TCR=6;TR=7;WE=236900606;WS=236900588;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr1	236902532	.	AT	A	106.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.222;ClippingRankSum=0.000;DP=211;ExcessHet=3.0103;FS=1.670;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.52;ReadPosRankSum=0.939;SOR=0.869;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:170,34:0.17:204
chr1	236902560	rs7527525	C	T	8624.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=319;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=155;NR=90;PP=2965;SC=GGGGAGGGGGCTTGCTGGTGT;SOR=1.171;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=247;TCF=156;TCR=91;TR=245;WE=236902568;WS=236902550;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,317:1.00:317
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chr1	236902865	rs2288602	A	C	7335.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=2.124;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=273;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=91;PP=2965;ReadPosRankSum=1.869;SC=TCCTGGCGCCACGGGAAGCCC;SOR=0.339;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=158;TCF=66;TCR=92;TR=157;WE=236902873;WS=236902855;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,266:1.00:267
chr1	236902955	rs7544174	T	C	2814.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=26;NR=49;PP=1645;SC=GTGAATATCATTTTGGCCCTG;SOR=1.402;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=75;TCF=26;TCR=49;TR=75;WE=236902963;WS=236902945;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr1	236910863	rs10802557	T	C	209.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.366;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=8;NR=1;PP=157;ReadPosRankSum=-1.352;SC=ACATTTCAGATGTTTTTGTTT;SOR=0.593;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=13;TCF=12;TCR=1;TR=9;WE=236910871;WS=236910853;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,9:0.69:13
chr1	236914610	rs3738545	G	C	776.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=21;NR=3;PP=596;SC=CTTGACTTCTGTGTACCTAAA;SOR=3.528;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=24;TCF=21;TCR=3;TR=24;WE=236914618;WS=236914600;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr1	236924506	rs2282366	A	G	8095.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=312;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=81;NR=122;PP=2965;SC=CTGCTTTAGCAGGAGTCCACT;SOR=1.012;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=204;TCF=81;TCR=123;TR=203;WE=236924514;WS=236924496;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,307:1.00:307
chr1	236925844	rs12063382	G	A	3247.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.728;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=286;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.579;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=43;PP=1325;ReadPosRankSum=-0.620;SC=CCGCCTACTCGGGCCCAGGCA;SOR=0.676;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=158;TCF=78;TCR=80;TR=89;WE=236925852;WS=236925834;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:128,157:0.55:285
chr1	236978992	rs5781924	T	TTCTG	3605.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=2.323;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=298;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.169;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=3.239;NF=4;NR=46;PP=2235;ReadPosRankSum=1.389;SC=GCACAATACATTCTTTTATTA;SOR=1.091;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=143;TCF=8;TCR=135;TR=50;WE=236979000;WS=236978982;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:173,101:0.37:274
chr1	237023333	rs10925254	T	C	134.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-0.207;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=6;PP=91;ReadPosRankSum=-0.894;SC=CCACTGATTCTCAACCTGGGG;SOR=0.399;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=26;TCF=7;TCR=19;TR=9;WE=237023341;WS=237023323;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,9:0.32:28
chr1	237038008	.	T	TA	147.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.471;ClippingRankSum=0.000;DP=110;ExcessHet=3.0103;FS=5.792;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.45;ReadPosRankSum=3.297;SOR=0.250;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:77,25:0.25:102
chr1	237038161	rs1770449	T	C	2045.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.584;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=38;PP=933;ReadPosRankSum=0.329;SC=GTTATACTAATGAGCTTTGTC;SOR=0.717;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=112;TCF=51;TCR=61;TR=69;WE=237038169;WS=237038151;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,98:0.58:169
chr1	237048500	rs1805087	A	G	1699.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.816;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.318;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=34;PP=853;ReadPosRankSum=-1.456;SC=ATTAGACAGGACCATTATGAG;SOR=0.547;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=102;TCF=34;TCR=68;TR=54;WE=237048508;WS=237048490;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,80:0.53:152
chr1	237048562	rs2275566	G	A	460.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.156;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=15;PP=337;ReadPosRankSum=-2.613;SC=TAATGTGACTGTTTTTTATGA;SOR=0.588;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=33;TCF=4;TCR=29;TR=18;WE=237048570;WS=237048552;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,20:0.48:42
chr1	237057608	rs2297965	G	A	2109.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.269;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=323;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.638;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=32;PP=1188;ReadPosRankSum=-0.132;SC=CTGGCGCCACGTTCTTGCTAA;SOR=0.553;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=264;TCF=178;TCR=86;TR=95;WE=237057616;WS=237057598;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:206,115:0.36:321
chr1	237058828	rs1131449	C	T	2124.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.181;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=51;PP=1220;ReadPosRankSum=2.528;SC=TGTGGAGACTCGCAGACATCG;SOR=0.675;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=142;TCF=49;TCR=93;TR=80;WE=237058836;WS=237058818;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:99,103:0.51:202
chr1	237060433	rs3820571	G	T	2174.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.012;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=301;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.005;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=45;PP=1073;ReadPosRankSum=-0.153;SC=GCTAGCTGTTGCATTATATGT;SOR=0.579;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=207;TCF=78;TCR=129;TR=74;WE=237060441;WS=237060423;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:184,115:0.38:299
chr1	237060945	rs67705775	CT	C	179.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.643;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.17;ReadPosRankSum=0.094;SOR=0.821;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:55,28:0.34:83
chr1	237061056	rs2853522	A	C	150.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=1.271;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=4;PP=117;ReadPosRankSum=0.301;SC=GCTGACACTTACCTGCTTCTG;SOR=0.368;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=15;TCF=6;TCR=9;TR=7;WE=237061064;WS=237061046;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,8:0.42:19
chr1	237063335	rs1050996	G	C	2955.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.268;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=426;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=38;PP=1358;ReadPosRankSum=0.114;SC=ATTTGCAGACGTTATGATCTT;SOR=0.736;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=260;TCF=149;TCR=111;TR=94;WE=237063343;WS=237063325;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:262,161:0.38:423
chr1	237504759	rs10925374	T	C	3147.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=72;NR=22;PP=2105;SC=TTAACACTCCTTCCTGCATTT;SOR=1.981;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=95;TCF=72;TCR=23;TR=94;WE=237504767;WS=237504749;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr1	237516073	rs10802607	T	C	1024.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.783;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.425;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=6;PP=470;ReadPosRankSum=-0.612;SC=AGTAGATCTGTACATTTGTGT;SOR=0.283;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=54;TCF=41;TCR=13;TR=28;WE=237516081;WS=237516063;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,46:0.65:71
chr1	237519165	rs10925382	G	T	206.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-4.003;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.245;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=1;PP=173;ReadPosRankSum=-0.956;SC=AGATTGTGGTGCAAGGACCAA;SOR=0.155;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=18;TCF=17;TCR=1;TR=9;WE=237519173;WS=237519155;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,9:0.47:19
chr1	237540615	rs10925391	A	C	3009.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=1.432;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.023;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=40;PP=1580;ReadPosRankSum=-2.040;SC=ATATCCGTATATCTGCAGGGG;SOR=0.603;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=166;TCF=96;TCR=70;TR=95;WE=237540623;WS=237540605;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:98,137:0.58:235
chr1	237580606	rs6673182	G	T	1898.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.19;SOR=4.758;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr1	237580612	rs6673187	G	C	1715.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.15;SOR=5.031;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr1	237617612	rs75144658	G	A	622.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-2.821;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=5;PP=409;ReadPosRankSum=-2.212;SC=AGAGATTAATGCCTGAAATCA;SOR=0.562;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=43;TCF=35;TCR=8;TR=25;WE=237617620;WS=237617602;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,28:0.55:51
chr1	237617757	rs3765097	C	T	7644.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.036;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=298;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=107;NR=96;PP=2965;ReadPosRankSum=0.147;SC=AGTCCGTAAGCCTAAGTCTGC;SOR=0.771;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=207;TCF=109;TCR=98;TR=203;WE=237617765;WS=237617747;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,293:0.99:297
chr1	237619875	rs60132900	AT	A,ATT	3184.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.221;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=343;ExcessHet=3.0103;FS=0.609;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.71;ReadPosRankSum=2.433;SOR=0.625;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:45,198,85:0.60,0.26:328
chr1	237620049	rs2045955	T	C	2053.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=2.496;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=281;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.460;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=43;PP=1088;ReadPosRankSum=-0.435;SC=AGAAGCATGATTGGGTTCATA;SOR=0.659;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=179;TCF=62;TCR=117;TR=67;WE=237620057;WS=237620039;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:175,102:0.37:277
chr1	237632285	rs35662567	A	AT	398.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=0.263;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=0;PP=415;ReadPosRankSum=-0.207;SC=TAGATGTAACAGAGGATATTT;SOR=0.446;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=37;TCF=36;TCR=1;TR=12;WE=237632293;WS=237632275;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,14:0.33:43
chr1	237632595	rs71561877	T	TGTG	103.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-2.458;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=30;PP=484;ReadPosRankSum=-1.487;SC=TTGAGTGAGGTGTGGTGGTGT;SOR=1.329;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=51;TCF=3;TCR=48;TR=31;WE=237632603;WS=237632585;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,4:0.31:13
chr1	237670140	rs2618702	A	G	6140.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=244;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=60;NR=96;PP=2965;SC=ATTTATTTTCAGATTCTGTGA;SOR=1.076;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=158;TCF=62;TCR=96;TR=156;WE=237670148;WS=237670130;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,237:1.00:237
chr1	237693610	rs34521733	C	CA	1294.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.134;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FS=0.668;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.90;MQRankSum=-0.547;QD=7.48;ReadPosRankSum=-1.636;SOR=0.770;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:70,103:0.60:173
chr1	237693921	rs2779365	A	G	1313.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=24;PP=704;SC=TTTAAAATTCAGATTCAAGGC;SOR=1.426;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=35;TCF=11;TCR=24;TR=35;WE=237693929;WS=237693911;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr1	237711644	rs2618661	T	C	974.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=25;NR=7;PP=735;SC=GGAAGAACAGTAATGAGGTAG;SOR=2.235;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=25;TCR=7;TR=32;WE=237711652;WS=237711634;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr1	237711797	rs2253273	A	G	6383.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=251;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=84;NR=78;PP=2853;SC=TCACCCCATCACAAGAAGCAA;SOR=0.750;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=163;TCF=84;TCR=79;TR=162;WE=237711805;WS=237711787;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,249:1.00:249
chr1	237730124	rs2805390	A	G	2714.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=69;PP=1911;SC=CTGGAGGCTCATCTCCTCTGC;SOR=3.209;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=82;TCF=13;TCR=69;TR=82;WE=237730132;WS=237730114;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr1	237730169	rs2779401	C	T	1276.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=36;PP=977;SC=ACCAGTGTTTCCCACAGCACA;SOR=5.186;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=37;TCF=1;TCR=36;TR=37;WE=237730177;WS=237730159;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr1	237732395	rs2805396	G	A	1371.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=40;NR=4;PP=1057;SC=GGGTGGGTGCGATTTTCCTGG;SOR=4.271;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=44;TCF=40;TCR=4;TR=44;WE=237732403;WS=237732388;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr1	237794603	rs1759123	A	G	1332.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=2.210;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.311;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=5;PP=880;ReadPosRankSum=-2.236;SC=GTGGCTTATTAAATACTGTGA;SOR=1.136;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=67;TCF=55;TCR=12;TR=42;WE=237794611;WS=237794593;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,53:0.66:80
chr1	237794986	.	T	TGAA	106.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.238;ClippingRankSum=-0.000;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=2.632;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.84;MQRankSum=-0.967;QD=8.89;ReadPosRankSum=1.097;SOR=1.492;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,4:0.33:12
chr1	237794989	.	ACG	A	106.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.139;ClippingRankSum=-0.000;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=2.632;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.84;MQRankSum=-0.967;QD=8.89;ReadPosRankSum=-0.000;SOR=1.492;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,4:0.33:12
chr1	237796759	rs10925478	G	C	500.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-4.118;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.850;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=3;PP=352;ReadPosRankSum=0.361;SC=TTTGGTATCTGAAGTTTGGCA;SOR=0.169;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=39;TCF=34;TCR=5;TR=18;WE=237796767;WS=237796749;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,22:0.50:44
chr1	237796837	rs10802626	G	A	4757.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=79;NR=38;PP=2354;SC=TTTTATAAAGGTCGTTTGCTT;SOR=1.265;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=117;TCF=79;TCR=38;TR=117;WE=237796845;WS=237796827;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,177:1.00:177
chr1	237797082	rs1967579	T	G	1137.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=28;PP=829;SC=GCAAACGTTTTGTTAAAAAAT;SOR=2.554;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=35;TCF=7;TCR=28;TR=35;WE=237797090;WS=237797072;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr1	237797103	rs1967580	C	A	723.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=21;PP=551;SC=GTGCAATGGACCTGAATAGAC;SOR=4.091;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=23;TCF=2;TCR=21;TR=23;WE=237797111;WS=237797093;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr1	237798342	rs41305973	G	A	2752.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.294;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=240;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.967;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=50;PP=1356;ReadPosRankSum=-0.395;SC=GCTTTTTCACGGTTTTCTCAA;SOR=0.531;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=152;TCF=56;TCR=96;TR=81;WE=237798350;WS=237798332;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:104,129:0.55:233
chr1	237798450	rs3736543	G	A	942.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=23;PP=640;SC=AACACAATATGTTCTAGTGCT;SOR=3.193;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=23;TCF=0;TCR=23;TR=23;WE=237798458;WS=237798440;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr1	237801770	rs707189	T	C	8022.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=300;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=76;NR=118;PP=2965;SC=TTGACTTTCTTAGATTTGCTG;SOR=0.975;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=195;TCF=76;TCR=119;TR=194;WE=237801778;WS=237801760;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,295:1.00:295
chr1	237802559	rs530109	T	C	3238.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.55;SOR=1.115;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr1	237813126	rs625006	A	G	904.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=24;NR=2;PP=681;SC=CCCTTTGAAGATTATCTACTG;SOR=4.407;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=26;TCF=24;TCR=2;TR=26;WE=237813134;WS=237813116;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr1	237814783	rs684923	C	T	2336.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=23;NR=37;PP=1138;SC=TAAATGAACACGCAAAGATGC;SOR=1.116;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=61;TCF=23;TCR=38;TR=60;WE=237814791;WS=237814773;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr1	237814898	rs2184014	C	A	555.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=12;PP=364;SC=TCATGCTTGACGCTGGGAAAT;SOR=2.419;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=14;TCF=2;TCR=12;TR=14;WE=237814906;WS=237814888;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr1	237817514	rs3831940	GA	G	2105.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.794;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.906;HP=9;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.214;NF=28;NR=23;PP=1041;ReadPosRankSum=0.234;SC=GAGGAGAAATGAAAAAAAAAT;SOR=1.863;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=66;TCF=35;TCR=31;TR=51;WE=237817522;WS=237817499;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,98:0.98:100
chr1	237817784	rs669375	A	G	1887.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=10;NR=42;PP=1182;SC=TTAGTAAGATAGTATTCCTAG;SOR=2.412;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=53;TCF=10;TCR=43;TR=52;WE=237817792;WS=237817774;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr1	237819014	rs515474	C	G	1319.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=32;NR=8;PP=931;SC=TTCAGTTAGTCCAGGGTAATT;SOR=2.636;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=40;TCF=32;TCR=8;TR=40;WE=237819022;WS=237819004;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr1	237821109	rs607785	T	A	435.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=13;NR=0;PP=318;SC=AAAATGTAATTCTAAAAAAAG;SOR=4.047;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=13;TCR=0;TR=13;WE=237821117;WS=237821104;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr1	237823476	rs1342834	A	G	513.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=2;NR=14;PP=385;SC=TTTATTTTAAATTTCACATTT;SOR=2.833;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=16;TCF=2;TCR=14;TR=16;WE=237823484;WS=237823466;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr1	237824332	rs471647	G	A	1775.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=40;PP=1211;SC=TTTTTCTAAAGAATAATCTGA;SOR=2.019;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=52;TCF=12;TCR=40;TR=52;WE=237824340;WS=237824322;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr1	237831103	rs477245	C	A	644.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=12;NR=4;PP=341;SC=TATTCCTTTACGGTATCTAAT;SOR=1.802;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=12;TCR=4;TR=16;WE=237831111;WS=237831093;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr1	237850666	rs10679267	C	CT	835.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.310;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FS=6.596;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.96;ReadPosRankSum=0.169;SOR=0.136;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,73:0.70:105
chr1	237862164	rs1521745	G	C	481.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.862;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.270;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=4;PP=252;ReadPosRankSum=1.279;SC=AAATATTACTGTTGTGTCATT;SOR=1.402;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=61;TCF=43;TCR=18;TR=21;WE=237862172;WS=237862154;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,27:0.32:85
chr1	237862436	rs1521744	T	C	575.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=14;PP=407;SC=GGATTTGTAATAAAGTCTTTA;SOR=2.948;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=16;TCF=2;TCR=14;TR=16;WE=237862444;WS=237862426;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr1	237863439	rs12754190	G	A	742.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.758;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=9;PP=433;ReadPosRankSum=1.408;SC=TAGAGTAATGGAGAAATAAAC;SOR=0.685;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=87;TCF=63;TCR=24;TR=33;WE=237863447;WS=237863429;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,40:0.39:103
chr1	237863718	rs2797436	T	G	8646.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=337;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=86;NR=113;PP=2965;SC=CAATGCTGTCTTCATTATTTG;SOR=0.853;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=200;TCF=87;TCR=113;TR=199;WE=237863726;WS=237863708;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,335:1.00:335
chr1	237865203	rs939699	C	T	1512.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=33;NR=11;PP=898;SC=CTGAATAGTACATAGCTTAAG;SOR=1.835;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=44;TCF=33;TCR=11;TR=44;WE=237865211;WS=237865193;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr1	237872714	rs35261418	GT	G	2503.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.083;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.19;MQRankSum=0.513;QD=14.90;ReadPosRankSum=0.523;SOR=0.612;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:16,152:0.90:168
chr1	237881770	rs2797441	C	T	4173.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=50;NR=57;PP=1858;SC=AGAAAGATACCGAGGATGAAG;SOR=0.824;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=107;TCF=50;TCR=57;TR=107;WE=237881778;WS=237881760;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,160:1.00:160
chr1	237890437	rs2685301	C	T	11341.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=435;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=138;NR=132;PP=2965;SC=AACTACTGTCCAAGCAGAGGA;SOR=0.721;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=273;TCF=138;TCR=135;TR=270;WE=237890445;WS=237890427;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,430:1.00:430
chr1	237893674	rs2797445	C	T	7388.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=285;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=78;NR=80;PP=2856;SC=TTTAGTGGGGCTCTAAGATGA;SOR=0.722;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=158;TCF=78;TCR=80;TR=158;WE=237893682;WS=237893664;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,284:1.00:284
chr1	237905568	rs35446101	T	TC	251.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.395;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.99;ReadPosRankSum=1.116;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,16:0.44:36
chr1	237905570	rs71656371	C	CT	88.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.761;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.40;ReadPosRankSum=-0.690;SOR=0.479;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,14:0.38:37
chr1	237923053	rs2253831	C	T	3823.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.214;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=346;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.633;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=83;NR=41;PP=1983;ReadPosRankSum=-0.935;SC=TCAGTGGCCACGTGGTTTCTA;SOR=0.908;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=215;TCF=140;TCR=75;TR=124;WE=237923061;WS=237923043;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:149,189:0.56:338
chr1	237923243	rs3817436	A	G	2413.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.179;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.208;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=56;PP=1351;ReadPosRankSum=-1.808;SC=TTGCACATAGAAGAATAGTTA;SOR=0.823;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=136;TCF=43;TCR=93;TR=80;WE=237923251;WS=237923233;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,109:0.59:186
chr1	237924114	rs6143694	C	CAATGAATGGAGACATGT	204.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=0;PP=816;ReadPosRankSum=-1.068;SC=GGTTGGTACGCAATGAATGGA;SOR=0.941;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=12;TCR=0;TR=3;WE=237924122;WS=237924110;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,4:0.57:7
chr1	237944814	rs12135982	C	T	1659.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.353;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=23;PP=699;ReadPosRankSum=0.160;SC=TATGATGTTCCTGCTGCATAG;SOR=0.662;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=91;TCF=48;TCR=43;TR=50;WE=237944822;WS=237944804;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,80:0.57:141
chr1	237951451	rs2256242	A	G	1074.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.786;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.333;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=28;PP=499;ReadPosRankSum=0.959;SC=ATGTTTTAGAATGAATATTGT;SOR=0.841;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=129;TCF=41;TCR=88;TR=39;WE=237951459;WS=237951441;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:114,57:0.33:171
chr1	237951482	rs16835818	G	A	2611.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=18;NR=62;PP=1713;SC=GTGCAATACCGTAATAATTTA;SOR=2.494;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=80;TCF=18;TCR=62;TR=80;WE=237951490;WS=237951472;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr1	237955649	rs141054929	CTG	C	116.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.282;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.19;MQRankSum=0.126;QD=4.49;ReadPosRankSum=0.674;SOR=0.569;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,9:0.35:26
chr1	237957146	rs790902	G	A	1059.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=1.708;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.754;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=16;PP=632;ReadPosRankSum=0.120;SC=TAATTTTAACGTATTTATTTT;SOR=0.524;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=79;TCF=51;TCR=28;TR=41;WE=237957154;WS=237957136;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,49:0.54:90
chr1	237957161	rs790901	A	G	1471.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=3.384;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.562;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=18;PP=928;ReadPosRankSum=-0.591;SC=TATTTTTCCTATGTAGGTCCC;SOR=0.899;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=96;TCF=63;TCR=33;TR=53;WE=237957169;WS=237957151;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,63:0.54:116
chr1	237957309	rs790900	A	C	3763.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.396;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=248;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=54;PP=1545;ReadPosRankSum=-0.775;SC=TGAGTAAATAATTATATGAGA;SOR=0.668;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=151;TCF=67;TCR=84;TR=97;WE=237957317;WS=237957299;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,174:0.71:246
chr1	237958750	rs35572672	A	AT	67.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.332;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.23;ReadPosRankSum=2.867;SOR=0.542;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,8:0.38:21
chr1	237965133	.	AT	A	712.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.935;ClippingRankSum=0.000;DP=350;ExcessHet=3.0103;FS=1.032;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.14;ReadPosRankSum=0.224;SOR=0.607;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:241,92:0.28:333
chr1	237993724	rs2275692	C	T	663.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=1.250;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=3;PP=444;ReadPosRankSum=0.638;SC=TGATCTTTGACGTGTATTGAG;SOR=0.768;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=57;TCF=49;TCR=8;TR=24;WE=237993732;WS=237993714;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,29:0.44:66
chr1	238045590	rs2794813	C	T	936.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=25;NR=4;PP=737;SC=GTATCAGTTTCTATTCTATTC;SOR=3.407;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=29;TCF=25;TCR=4;TR=29;WE=238045598;WS=238045580;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr1	238045995	rs2275694	T	C	786.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=0.537;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.680;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=10;PP=371;ReadPosRankSum=-0.265;SC=TTGCTTTGATTAGTAATTTAG;SOR=1.088;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=95;TCF=49;TCR=46;TR=29;WE=238046003;WS=238045985;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,43:0.34:126
chr1	238046253	rs2794814	T	C	311.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=12;PP=248;SC=CTTGGTTCTATGCCTTACAAA;SOR=5.136;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=0;TCR=12;TR=12;WE=238046261;WS=238046243;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr1	238047941	rs75316020	C	T	683.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=2.272;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=7;PP=515;ReadPosRankSum=0.436;SC=TCTATGGCACCGCAAGTACTT;SOR=0.904;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=35;TCF=26;TCR=9;TR=26;WE=238047949;WS=238047931;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,27:0.64:42
chr1	238048325	rs2298100	A	G	1004.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=22;PP=637;SC=TCATGTAATTAGTAACAAGGG;SOR=2.115;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=28;TCF=6;TCR=22;TR=28;WE=238048333;WS=238048315;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr1	238048660	rs12095919	T	C	3256.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.599;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=251;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.471;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=34;PP=1411;ReadPosRankSum=0.152;SC=CTTTGAGAATTTCAGCACAGG;SOR=0.737;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=138;TCF=76;TCR=62;TR=78;WE=238048668;WS=238048650;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:100,148:0.60:248
chr1	238049338	rs79095941	T	C	349.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=0.309;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.066;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=9;PP=189;ReadPosRankSum=-1.514;SC=TGTATTTTAGTTGGGGAGACC;SOR=0.307;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=20;TCF=4;TCR=16;TR=12;WE=238049346;WS=238049328;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,15:0.65:23
chr1	238050043	rs510546	T	C	683.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-1.141;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.683;HP=3;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=7;PP=379;ReadPosRankSum=0.971;SC=TTATGGCAGATGGGAAGTCAT;SOR=0.332;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=51;TCF=39;TCR=12;TR=26;WE=238050051;WS=238050033;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,31:0.54:57
chr1	238050081	rs36017138	T	C	1190.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.560;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.615;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=11;PP=555;ReadPosRankSum=0.255;SC=CTGAAGATGCTGTCACGAGTG;SOR=0.892;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=75;TCF=49;TCR=26;TR=37;WE=238050089;WS=238050071;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,55:0.53:104
chr1	238050136	rs520720	T	C	2791.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.129;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=32;PP=1075;ReadPosRankSum=-0.706;SC=TTGCCACCAGTTCATTTTCAT;SOR=0.681;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=116;TCF=58;TCR=58;TR=65;WE=238050144;WS=238050126;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,127:0.65:196
chr1	238050901	rs114491365	C	T	875.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-0.093;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.974;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=28;PP=628;ReadPosRankSum=-0.314;SC=GTCATCTCTCCCATTGTGGGG;SOR=1.378;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=57;TCF=10;TCR=47;TR=32;WE=238050909;WS=238050891;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,35:0.57:61
chr1	238051933	rs2236595	C	T	758.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=16;PP=396;SC=TAGGTGTCTACTCCATATTGT;SOR=2.387;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=4;TCR=16;TR=20;WE=238051941;WS=238051923;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr1	238053118	rs2636212	A	G	560.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.552;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=9;PP=476;ReadPosRankSum=0.868;SC=GTACTTTCACACCCCACCCCC;SOR=0.787;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=57;TCF=39;TCR=18;TR=31;WE=238053131;WS=238053108;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,27:0.64:42
chr1	238053524	rs538499	T	C	682.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-2.117;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=28;PP=453;ReadPosRankSum=-0.045;SC=CAGTCTCCAGTGCCAGAAAGG;SOR=0.651;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=77;TCF=15;TCR=62;TR=36;WE=238053532;WS=238053514;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,36:0.44:82
chr1	240072367	rs200289455	T	C	3689.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.172;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=469;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.526;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=69;PP=1654;ReadPosRankSum=-2.172;SC=AACAGCACCGTGAACCCCGTG;SOR=0.630;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=308;TCF=141;TCR=167;TR=131;WE=240072375;WS=240072357;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:265,193:0.42:458
chr1	240254874	rs7521945	T	C	95.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-1.981;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=1;PP=25;ReadPosRankSum=-0.000;SC=TCAGTTTTTCTCCGTGTAAAA;SOR=0.527;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=6;TCF=5;TCR=1;TR=4;WE=240254882;WS=240254864;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,5:0.71:7
chr1	240255568	rs140531536	GGGC	G	1597.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.691;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FS=0.952;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.43;ReadPosRankSum=-1.065;SOR=0.554;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:72,47:0.39:119
chr1	240341119	rs3765590	A	G	273.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.251;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=2;PP=168;ReadPosRankSum=-0.139;SC=GTATGCATATATAAGTAATTT;SOR=0.321;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=25;TCF=22;TCR=3;TR=13;WE=240341127;WS=240341109;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,13:0.50:26
chr1	240341164	rs3765589	C	T	914.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-2.516;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.967;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=10;PP=553;ReadPosRankSum=-0.337;SC=TTAGTCATGGCTTATTTTTTT;SOR=0.489;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=64;TCF=48;TCR=16;TR=36;WE=240341172;WS=240341154;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,42:0.55:77
chr1	240341268	rs3765588	A	G	3465.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.754;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=319;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=67;NR=48;PP=1526;ReadPosRankSum=-2.689;SC=CCACACACTCATTGGACTATT;SOR=0.717;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=200;TCF=117;TCR=83;TR=115;WE=240341276;WS=240341258;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:143,172:0.55:315
chr1	240341423	rs55930966	G	T	1308.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-0.929;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.727;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=36;PP=802;ReadPosRankSum=-1.456;SC=TAGAGAGAGAGAAGTTTTATT;SOR=0.848;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=96;TCF=27;TCR=69;TR=49;WE=240341431;WS=240341413;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,62:0.51:121
chr1	240343621	rs7519493	A	G	232.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=1.107;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.204;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=8;PP=134;ReadPosRankSum=-1.612;SC=GTAAATTTGGAGAGACACTTC;SOR=2.409;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=23;TCF=5;TCR=18;TR=8;WE=240343629;WS=240343611;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,10:0.38:26
chr1	240351628	rs4659948	T	C	4886.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.681;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=378;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.258;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=88;PP=2507;ReadPosRankSum=-0.397;SC=TGTGACAGACTCTGCGATTTA;SOR=0.785;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=244;TCF=105;TCR=139;TR=150;WE=240351636;WS=240351618;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:146,223:0.60:369
chr1	240421383	rs10926181	G	A	1402.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=9;NR=28;PP=797;SC=TTTGGGCTGAGGGATATGATG;SOR=1.802;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=38;TCF=10;TCR=28;TR=37;WE=240421391;WS=240421373;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr1	240421437	rs10926182	C	T	475.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=1;NR=12;PP=326;SC=CTGTGTAAACCGAGGTTAGTA;SOR=4.174;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=13;TCF=1;TCR=12;TR=13;WE=240421445;WS=240421427;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr1	240457973	rs7526497	G	T	446.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=1.136;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.072;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=3;PP=316;ReadPosRankSum=1.411;SC=AATTCCTGGTGCAGGCTTTGC;SOR=1.781;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=27;TCF=21;TCR=6;TR=17;WE=240457981;WS=240457963;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,18:0.60:30
chr1	240492543	rs6686353	G	A	4773.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.773;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.508;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=79;NR=61;PP=2965;ReadPosRankSum=1.815;SC=ATGCAAATGCGGTGTCTTCAG;SOR=0.605;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=141;TCF=79;TCR=62;TR=140;WE=240492551;WS=240492533;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,156:0.99:157
chr1	240492734	rs3795677	G	A	4335.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.270;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=681;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.542;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=74;NR=77;PP=2008;ReadPosRankSum=-0.472;SC=TGCTCAATTCGTCGCAAACTG;SOR=0.615;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=391;TCF=181;TCR=210;TR=151;WE=240492742;WS=240492724;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:428,242:0.36:670
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chr1	240601269	rs2356386	A	G	3633.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=92;NR=33;PP=2415;SC=ATAATTGTGCATGAATAAAAT;SOR=1.981;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=125;TCF=92;TCR=33;TR=125;WE=240601277;WS=240601259;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,138:1.00:138
chr1	240635491	rs2210861	G	C	442.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=3;PP=290;SC=ATAAATTAGCGTCTGTAGCTG;SOR=2.448;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=10;TCR=3;TR=13;WE=240635499;WS=240635483;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr1	240643167	rs11578184	A	C	530.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=2.350;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=1;PP=364;ReadPosRankSum=0.488;SC=CAAAGGGGACATTCACCCCCT;SOR=0.620;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=37;TCF=34;TCR=3;TR=19;WE=240643175;WS=240643157;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,23:0.56:41
chr1	240643184	rs9442211	C	T	881.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=2.879;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.390;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=3;PP=637;ReadPosRankSum=-0.407;SC=CCCTTCTCTCCCAAAAATCAT;SOR=1.179;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=52;TCF=45;TCR=7;TR=30;WE=240643192;WS=240643174;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,34:0.59:58
chr1	240643435	.	A	ACCCTTGGGAGGTGTTATCTCAAAATCCTTCTCCAAGGTGAAACCATT	1353.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.126;ClippingRankSum=0.000;DP=131;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.90;MQRankSum=-0.725;QD=21.49;ReadPosRankSum=-3.359;SOR=0.789;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,40:0.63:63
chr1	240655330	rs9287248	G	A	345.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-2.181;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=4;PP=168;ReadPosRankSum=-1.258;SC=TTCTGAGTAAGACACCTTCTG;SOR=0.869;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=40;TCF=27;TCR=13;TR=15;WE=240655338;WS=240655320;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,19:0.43:44
chr1	240655560	rs11587912	C	A	2486.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.781;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.220;HP=9;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=42;PP=1191;ReadPosRankSum=0.871;SC=AAATAGGGGGCGGGGACAGTG;SOR=0.764;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=110;TCF=51;TCR=59;TR=71;WE=240655568;WS=240655550;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,114:0.60:190
chr1	240656797	rs11806449	G	A	3119.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.402;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=465;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.152;HP=3;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=60;PP=1367;ReadPosRankSum=-0.047;SC=GAAAAGAGAGGGGCTGGCTGT;SOR=0.624;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=261;TCF=95;TCR=166;TR=99;WE=240656805;WS=240656787;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:295,170:0.37:465
chr1	240656841	rs45519645	A	T	2358.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.330;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FS=1.288;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.29;ReadPosRankSum=-3.174;SOR=0.585;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:133,76:0.36:209
chr1	240656852	rs34695275	T	TA	1525.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.676;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FS=2.836;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.19;ReadPosRankSum=1.510;SOR=1.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:106,60:0.36:166
chr1	240975213	rs2275742	T	C	2971.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.920;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=350;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.700;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=70;NR=30;PP=1605;ReadPosRankSum=1.234;SC=AGCAATGTGTTTTACCTTAAA;SOR=0.902;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=240;TCF=159;TCR=81;TR=100;WE=240975221;WS=240975203;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:190,144:0.43:334
chr1	240975435	rs2275744	C	T	839.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=4.146;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.774;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=33;PP=576;ReadPosRankSum=-1.201;SC=ATGTGTGCCTCGAAGTTCCCA;SOR=0.810;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=142;TCF=32;TCR=110;TR=41;WE=240975443;WS=240975425;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:108,45:0.29:153
chr1	240977964	rs12744536	G	T	322.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=0.423;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=5;PP=225;ReadPosRankSum=-1.200;SC=TTAAACACATGTAATTGTCAT;SOR=0.752;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=36;TCF=25;TCR=11;TR=16;WE=240977972;WS=240977954;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,16:0.40:40
chr1	240979803	rs3738068	G	A	607.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-0.879;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=21;PP=455;ReadPosRankSum=-0.373;SC=CATAAATTCAGTAAGGTCTCT;SOR=1.179;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=38;TCF=2;TCR=36;TR=22;WE=240979811;WS=240979793;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,24:0.60:40
chr1	241100122	rs261857	G	T	254.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-3.753;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=10;PP=188;ReadPosRankSum=-1.193;SC=CCTCTTGAAAGATTTAATTTC;SOR=0.317;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=18;TCF=1;TCR=17;TR=11;WE=241100130;WS=241100112;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,11:0.58:19
chr1	241146322	rs7520707	A	G	531.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.727;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.609;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=11;PP=259;ReadPosRankSum=0.785;SC=CTGATGAAACATATTTCTTAA;SOR=0.960;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=71;TCF=39;TCR=32;TR=27;WE=241146330;WS=241146312;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,36:0.33:109
chr1	241519098	rs4659599	T	A	4971.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=50;NR=82;PP=2624;SC=CTTGGTCCACTCTCAAGATAC;SOR=1.179;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=132;TCF=50;TCR=82;TR=132;WE=241519106;WS=241519088;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,183:1.00:183
chr1	241667233	rs4660099	C	T	4456.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.924;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=104;NR=20;PP=2915;ReadPosRankSum=-0.811;SC=GTGCGCCTTGCGCATCCAGCT;SOR=1.371;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=126;TCF=106;TCR=20;TR=124;WE=241667252;WS=241667223;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,153:0.99:154
chr1	241667244	rs4659607	G	T	5413.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=120;NR=29;PP=2965;SC=GCATCCAGCTGCGGGATAACT;SOR=2.251;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=150;TCF=120;TCR=30;TR=149;WE=241667252;WS=241667223;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,182:1.00:182
chr1	241675119	rs6673988	G	C	1842.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=51;NR=2;PP=1351;SC=ATAAAACCAAGATTCCTTCAA;SOR=4.209;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=53;TCF=51;TCR=2;TR=53;WE=241675127;WS=241675109;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr1	241676758	rs10926500	C	T	3575.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.075;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.560;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=88;NR=14;PP=2464;ReadPosRankSum=0.442;SC=ATTAATATCACCACTAAAAAT;SOR=2.374;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=103;TCF=89;TCR=14;TR=102;WE=241676766;WS=241676748;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,123:0.98:126
chr1	241728198	rs12139441	A	G	1326.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.654;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.157;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=14;PP=598;ReadPosRankSum=-1.554;SC=ACTGGTTTTAATTACTGTGGA;SOR=0.392;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=57;TCF=38;TCR=19;TR=38;WE=241728206;WS=241728188;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,60:0.68:88
chr1	241755567	rs1053221	T	C	1428.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=0.940;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.711;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=35;PP=913;ReadPosRankSum=-2.163;SC=GTGTTCTGCTTATAATTAAAC;SOR=0.340;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=75;TCF=20;TCR=55;TR=49;WE=241755575;WS=241755557;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,58:0.69:84
chr1	241767930	rs632966	G	A	2197.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=20;NR=49;PP=1589;SC=GGGGGAAACCGGGCATAAGAG;SOR=1.739;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=70;TCF=20;TCR=50;TR=69;WE=241767938;WS=241767920;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr1	241798631	rs3737604	C	T	4263.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.558;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=322;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.532;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=81;NR=66;PP=2358;ReadPosRankSum=-0.832;SC=TATTAAAATACGATAACTGGC;SOR=0.489;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=243;TCF=142;TCR=101;TR=147;WE=241798639;WS=241798621;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:123,193:0.61:316
chr1	241838057	rs67170285	C	T	2698.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.956;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FS=4.414;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=21.25;ReadPosRankSum=0.211;SOR=1.137;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:52,75:0.59:127
chr1	241838065	rs66585415	T	C	2577.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.813;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FS=3.594;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=23.43;ReadPosRankSum=0.268;SOR=1.044;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:45,65:0.59:110
chr1	241847018	rs10802979	C	T	1177.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-2.885;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=38;PP=841;ReadPosRankSum=-1.472;SC=GAGTATCATACAGTTAATTTA;SOR=0.811;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=68;TCF=10;TCR=58;TR=44;WE=241847026;WS=241847008;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,49:0.65:75
chr1	241850713	rs75208052	T	C	1487.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=0.860;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.415;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=20;PP=905;ReadPosRankSum=-0.788;SC=AAACATATTATACGTTTGTGT;SOR=1.003;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=97;TCF=59;TCR=38;TR=53;WE=241850721;WS=241850703;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,69:0.58:118
chr1	241913062	rs11432682	C	CT	900.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.304;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.206;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=22;PP=744;ReadPosRankSum=-0.399;SC=TGCAGGTGCCCTTTTTGGGAA;SOR=1.203;SbPval=0.93;Source=Platypus;TC=44;TCF=5;TCR=39;TR=23;WE=241913070;WS=241913052;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,43:0.57:76
chr1	241933876	rs11809239	A	G	1157.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=2.249;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=8;PP=775;ReadPosRankSum=1.643;SC=TGAGTATGGTAGCATATCTTA;SOR=0.773;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=71;TCF=57;TCR=14;TR=40;WE=241933884;WS=241933866;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,48:0.56:86
chr1	241935987	rs35632793	AC	A	1113.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-1.636;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.029;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.913;NF=23;NR=4;PP=926;ReadPosRankSum=-2.071;SC=CTGATCTGGAACTCCTGACCT;SOR=0.264;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=63;TCF=56;TCR=7;TR=27;WE=241935995;WS=241935977;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,35:0.45:77
chr1	241946766	rs953597	A	C	2464.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.479;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.244;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=63;PP=1167;ReadPosRankSum=-0.683;SC=TGAAGTATATAGTTCAAATGC;SOR=0.828;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=142;TCF=40;TCR=102;TR=87;WE=241946774;WS=241946756;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,117:0.62:188
chr1	241951034	rs6429312	C	T	126.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.677;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=5.082;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.09;ReadPosRankSum=0.038;SOR=2.093;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,8:0.20:41
chr1	241951106	rs6429313	A	G	1198.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.800;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FS=1.939;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.70;ReadPosRankSum=-0.540;SOR=0.545;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:110,69:0.39:179
chr1	241954005	rs35435449	TA	T	1656.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.418;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=346;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.06;MQRankSum=1.178;QD=6.87;ReadPosRankSum=0.236;SOR=0.741;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:85,156:0.65:241
chr1	241958401	rs146518112	C	CTTGT	723.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-0.961;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=1;PP=955;ReadPosRankSum=-1.436;SC=AGGGAAGTCCCTTAAGATCAC;SOR=0.653;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=38;TCF=31;TCR=7;TR=11;WE=241958417;WS=241958391;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,18:0.38:47
chr1	241958409	rs55865277	C	T	710.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-0.401;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=5;PP=1003;ReadPosRankSum=0.392;SC=CCCTTAAGATCACACATCTAA;SOR=0.760;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=56;TCF=44;TCR=12;TR=24;WE=241958417;WS=241958391;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,21:0.39:54
chr1	241964559	rs4658661	C	T	7223.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=3.126;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=591;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=93;NR=103;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.631;SC=AAAATGGCAACGTTTGGATGA;SOR=0.696;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=331;TCF=155;TCR=176;TR=196;WE=241964567;WS=241964549;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:238,342:0.59:580
chr1	242015820	rs2526704	A	G	185.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.897;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.498;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=4;PP=22;ReadPosRankSum=1.339;SC=AGTGGCTTGCACCTGTTGTCC;SOR=1.222;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=24;TCF=7;TCR=17;TR=4;WE=242015828;WS=242015810;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,11:0.31:36
chr1	242020495	rs2995544	C	T	162.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=2.572;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.654;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=4;PP=134;ReadPosRankSum=0.639;SC=CTAAAACTTACAGTAGAAAAA;SOR=0.243;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=28;TCF=19;TCR=9;TR=10;WE=242020503;WS=242020485;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,9:0.30:30
chr1	242030151	rs735943	A	G	2549.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-1.364;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=362;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.281;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=34;PP=984;ReadPosRankSum=-0.459;SC=TCAAGAAGTCATAGTTGGGAT;SOR=0.621;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=211;TCF=128;TCR=83;TR=83;WE=242030159;WS=242030141;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:212,143:0.40:355
chr1	242042301	rs1047840	G	A	8871.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.884;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=649;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.535;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=124;NR=145;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.129;SC=CTACTCTTTTGAGAGCAGCAA;SOR=0.782;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=419;TCF=199;TCR=220;TR=269;WE=242042309;WS=242042291;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:246,399:0.62:645
chr1	242042545	rs1776148	A	G	7948.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.951;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=301;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=93;NR=103;PP=2965;ReadPosRankSum=0.471;SC=TTACGAGAAGAGGCATGTTCT;SOR=0.255;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=197;TCF=93;TCR=104;TR=196;WE=242042553;WS=242042535;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,295:1.00:296
chr1	242042690	rs1418760	A	G	2415.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=13;NR=50;PP=1409;SC=TATATGTAAGAAAAAATAGAT;SOR=2.049;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=63;TCF=13;TCR=50;TR=63;WE=242042698;WS=242042680;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr1	242045275	rs1635498	C	T	7937.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=314;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=78;NR=90;PP=2850;SC=CTCCAAGCTACGTTTATCTCA;SOR=0.719;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=168;TCF=78;TCR=90;TR=168;WE=242045283;WS=242045265;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,310:1.00:310
chr1	242048514	rs10666416	G	GTAAATAAA	996.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-0.503;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=0;PP=783;ReadPosRankSum=-1.107;SC=ATCTCAAAAAGTAAATAAATA;SOR=2.494;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=13;TCR=4;TR=11;WE=242048522;WS=242048504;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,21:0.95:22
chr1	242048674	rs9350	C	T	2787.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.191;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.244;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=38;PP=1456;ReadPosRankSum=0.268;SC=AAGATCAAACCTCTAGGACCT;SOR=0.896;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=146;TCF=80;TCR=66;TR=90;WE=242048682;WS=242048664;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,127:0.62:206
chr1	242048945	rs1635488	C	T	35.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.645;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=7.15;ReadPosRankSum=-0.524;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,3:0.60:5
chr1	242052685	rs4150020	C	G	727.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-4.892;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.043;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=5;PP=485;ReadPosRankSum=-2.319;SC=CTTCATGTCCCTCTATTTTGT;SOR=0.064;SbPval=0.25;Source=Platypus;TC=43;TCF=38;TCR=5;TR=29;WE=242052693;WS=242052675;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,32:0.70:46
chr1	242053030	rs4150021	AT	A	1297.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=1.928;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.098;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.667;NF=2;NR=34;PP=1911;ReadPosRankSum=2.166;SC=AATAGAATACATTTTGTATAT;SOR=0.927;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=56;TCF=2;TCR=54;TR=36;WE=242053050;WS=242053020;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,54:0.71:76
chr1	242053042	rs851797	A	G	260.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-0.273;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=10;PP=694;ReadPosRankSum=-1.540;SC=TTTGTATATTAACTTTATAAT;SOR=0.560;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=44;TCF=6;TCR=38;TR=12;WE=242053050;WS=242053020;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,16:0.26:62
chr1	242159710	rs114367814	G	T	1081.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-1.372;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.462;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=39;PP=764;ReadPosRankSum=0.722;SC=GGAGGGTGGTGAGGGTATGGC;SOR=1.051;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=118;TCF=29;TCR=89;TR=51;WE=242159718;WS=242159700;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:94,54:0.36:148
chr1	242264091	.	G	GA	155.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.555;ClippingRankSum=0.000;DP=193;ExcessHet=3.0103;FS=0.770;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.17;MQRankSum=3.582;QD=0.93;ReadPosRankSum=1.170;SOR=0.573;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:137,30:0.18:167
chr1	242511556	rs112478548	AACAAAG	A	7994.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.396;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=-0.453;NF=7;NR=95;PP=2974;ReadPosRankSum=1.060;SC=TGAAAGAGGAAACAAAGACAA;SOR=0.625;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=109;TCF=7;TCR=102;TR=102;WE=242511569;WS=242511546;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,187:0.99:188
chr1	242612420	rs2654871	G	A	546.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=2.520;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.775;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=2;PP=357;ReadPosRankSum=0.249;SC=AGAGCCCAGCGAAGTCCTTAT;SOR=0.156;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=48;TCF=45;TCR=3;TR=22;WE=242612428;WS=242612418;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,25:0.47:53
chr1	242687390	rs2810008	G	A	2382.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=2.556;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.334;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=29;PP=1084;ReadPosRankSum=-3.296;SC=TCGCCCTTACGTGCTCCAGCT;SOR=0.879;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=140;TCF=82;TCR=58;TR=75;WE=242687398;WS=242687380;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:101,116:0.53:217
chr1	243291379	rs142085698	T	G	251.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-4.271;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-1.205;NF=13;NR=0;PP=185;ReadPosRankSum=1.303;SC=ATTTTTATACTGGGTTTAAAA;SOR=0.299;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=23;TCF=22;TCR=1;TR=13;WE=243291387;WS=243291371;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,13:0.57:23
chr1	243299436	rs146160146	T	A	283.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.120;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=1.301;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.16;MQRankSum=-0.482;QD=7.88;ReadPosRankSum=0.667;SOR=0.999;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,15:0.42:36
chr1	243335940	rs74889777	GA	G	256.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.706;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=3.620;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.51;MQRankSum=0.766;QD=4.08;ReadPosRankSum=0.699;SOR=0.356;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,22:0.35:63
chr1	243362331	rs2789172	C	T	943.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=0.505;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=278;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.911;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-13.808;NF=51;NR=14;PP=814;ReadPosRankSum=-0.156;SC=AAAATATCCACTTAATGTCAC;SOR=1.126;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=222;TCF=172;TCR=50;TR=65;WE=243362339;WS=243362321;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:203,62:0.23:265
chr1	243419429	rs3904682	T	A	2190.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.936;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=359;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.404;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=36;PP=1076;ReadPosRankSum=-1.428;SC=GGGAGAAAGCTGGACATTTCC;SOR=0.667;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=220;TCF=124;TCR=96;TR=80;WE=243419437;WS=243419419;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:225,124:0.36:349
chr1	243434123	.	CT	C	79.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.543;ClippingRankSum=0.000;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=8.503;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.99;ReadPosRankSum=0.580;SOR=2.882;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,12:0.30:40
chr1	243481431	rs2783972	A	G	2312.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.316;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=346;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.420;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=46;PP=891;ReadPosRankSum=0.693;SC=GACAGATTGTATAAAGAAAAT;SOR=0.564;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=223;TCF=90;TCR=133;TR=80;WE=243481439;WS=243481421;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:208,129:0.38:337
chr1	243493484	rs2636324	C	T	48.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.495;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.12;ReadPosRankSum=2.100;SOR=0.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,5:0.22:23
chr1	243579112	rs10927011	G	A	2046.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.802;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.711;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=41;PP=1168;ReadPosRankSum=-0.244;SC=AGCAAATGGAGGCCCAGCATG;SOR=0.605;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=95;TCF=37;TCR=58;TR=67;WE=243579120;WS=243579102;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,89:0.68:130
chr1	243736210	rs66631932	CT	C	360.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.835;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FS=2.037;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.10;MQRankSum=1.414;QD=3.54;ReadPosRankSum=-0.548;SOR=0.463;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:56,46:0.45:102
chr1	244218691	.	AAT	A	240.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.788;ClippingRankSum=0.000;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.08;ReadPosRankSum=-0.057;SOR=0.569;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,10:0.29:34
chr1	244527857	rs10927214	T	C	788.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-1.900;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.128;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=9;PP=423;ReadPosRankSum=0.085;SC=ATAGCCTATATGCATAGTCCT;SOR=0.281;SbPval=0.2;Source=Platypus;TC=76;TCF=61;TCR=15;TR=32;WE=244527865;WS=244527847;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,38:0.44:87
chr1	244528127	rs9782996	T	C	5808.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=46;NR=108;PP=2965;SC=GGAGTTAGAATTGCACATCCT;SOR=1.528;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=154;TCF=46;TCR=108;TR=154;WE=244528135;WS=244528117;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,201:1.00:201
chr1	244538931	.	G	GT	40	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;FR=0.5000;HP=12;HapScore=2;MGOF=16;MMLQ=28;MQ=60.63;NF=0;NR=4;PP=40;QD=12.25;SC=AACTGTTAATGTTTTTTTTTT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=0;TCR=11;TR=4;WE=244538939;WS=244538921;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:7,4:0.36:11
chr1	244601152	rs3127465	C	T	3054.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=35;NR=37;PP=1262;SC=AATTAATGACCTCCTGCCAAA;SOR=0.762;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=72;TCF=35;TCR=37;TR=72;WE=244601160;WS=244601142;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr1	244624635	rs3006006	G	C	1037.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=16;NR=10;PP=457;SC=CCGGGACCCAGGCGCCTGCAG;SOR=0.984;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=16;TCR=10;TR=26;WE=244624643;WS=244624625;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr1	244624887	rs3124058	T	C	2182.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=22;NR=30;PP=1069;SC=CCCATGCGCCTCGGGACCGCT;SOR=0.961;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=52;TCF=22;TCR=30;TR=52;WE=244624895;WS=244624877;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr1	244773784	rs6698173	T	C	1553.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=27;PP=622;SC=ATTTTTAAAATGCTTCATCTT;SOR=2.147;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=6;TCR=27;TR=33;WE=244773792;WS=244773774;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr1	244773803	rs6698180	T	C	1124.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=15;PP=337;SC=TTAATTTCTGTGTGATCTTTT;SOR=1.781;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=4;TCR=15;TR=19;WE=244773811;WS=244773793;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr1	244803205	rs60280231	CTT	C	4529.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.063;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.09;MQRankSum=0.239;QD=24.09;ReadPosRankSum=1.693;SOR=0.597;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:23,165:0.88:188
chr1	244993308	rs77714147	CT	C	66.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.610;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.00;ReadPosRankSum=-0.962;SOR=0.546;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:48,19:0.28:67
chr1	244999212	rs142283268	T	TC	3000.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.607;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.238;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.414;NF=5;NR=43;PP=1801;ReadPosRankSum=-0.429;SC=ATCCCAAGCCTCCAACATTTT;SOR=0.933;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=71;TCF=9;TCR=62;TR=48;WE=244999220;WS=244999202;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,101:0.67:150
chr1	245018831	.	G	A	2400.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.634;ClippingRankSum=0.000;DP=367;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.291;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=32;PP=963;ReadPosRankSum=-0.454;SC=ATGGATAGCCGATTCCACCAC;SOR=0.619;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=219;TCF=130;TCR=89;TR=73;WE=245018839;WS=245018821;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:229,133:0.37:362
chr1	245021291	rs11299108	TA	T	274.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.010;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=275;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.12;MQRankSum=3.397;QD=1.04;ReadPosRankSum=0.117;SOR=0.701;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:205,60:0.23:265
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chr1	245133539	rs7542813	A	G	4363.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=94;NR=49;PP=2962;SC=GTGGCGCGAAACGGGGACAGG;SOR=2.133;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=144;TCF=95;TCR=49;TR=143;WE=245133558;WS=245133529;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr1	245133549	rs10536649	GGC	G	2378.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.098;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.816;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=31;PP=2570;ReadPosRankSum=1.840;SC=ACGGGGACAGGGCGCGCGCTC;SOR=0.915;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=118;TCF=61;TCR=57;TR=63;WE=245133558;WS=245133529;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,66:0.56:118
chr1	245133623	rs145835471	T	TCCTCC	5846.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-0.601;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=263;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.611;HP=6;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=52;PP=2968;ReadPosRankSum=-0.311;SC=GAGCGGCCCCTCCTCCAGGCC;SOR=0.566;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=152;TCF=37;TCR=115;TR=68;WE=245133631;WS=245133613;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:110,141:0.56:251
chr1	245133662	rs61844237	G	C	4273.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=1.830;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=353;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.529;HP=2;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=72;PP=2018;ReadPosRankSum=-0.359;SC=TGAGCAGGCCGGGACACCGCG;SOR=0.522;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=215;TCF=86;TCR=129;TR=127;WE=245133670;WS=245133652;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:147,203:0.58:350
chr1	245179011	rs201488109	CA	C	1405.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.724;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=369;ExcessHet=3.0103;FS=2.288;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.98;MQRankSum=0.000;QD=4.41;ReadPosRankSum=2.711;SOR=0.857;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:168,151:0.47:319
chr1	245179171	rs1196365	C	T	7467.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.820;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=382;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.810;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=101;PP=2414;ReadPosRankSum=-0.393;SC=CCAAAGTGATCAGCAGACCGC;SOR=0.760;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=274;TCF=103;TCR=171;TR=160;WE=245179179;WS=245179161;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:150,219:0.59:369
chr1	245179188	rs1196366	G	T	6141.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.455;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=269;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.477;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=87;PP=2142;ReadPosRankSum=0.384;SC=CCGCATCACTGTGCTGCCTGG;SOR=0.731;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=216;TCF=63;TCR=153;TR=124;WE=245179196;WS=245179178;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:108,154:0.59:262
chr1	245222634	rs694793	C	G	2099.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=48;NR=19;PP=1224;SC=TTGGAGAAACCTGGCCTTTTC;SOR=1.697;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=67;TCF=48;TCR=19;TR=67;WE=245222642;WS=245222624;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr1	245222839	rs579269	G	T	5170.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=48;NR=85;PP=2529;SC=AATCCTTACCGGAAACTAAAA;SOR=1.115;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=134;TCF=48;TCR=86;TR=133;WE=245222847;WS=245222829;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,195:1.00:195
chr1	245245378	rs10927386	T	C	5797.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.548;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=38.65;ReadPosRankSum=-0.980;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,148:0.99:150
chr1	245245402	rs10927387	C	T	5306.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-2.099;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.253;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=44;PP=1365;ReadPosRankSum=0.732;SC=AAGAAGAACCCACTGGATACA;SOR=0.425;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=82;TCF=37;TCR=45;TR=80;WE=245245410;WS=245245392;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,128:0.99:129
chr1	245318688	rs12409851	C	T	6390.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.663;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=490;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.534;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=106;NR=90;PP=2962;ReadPosRankSum=0.614;SC=GATGTAGCGTCGGTGGAACCT;SOR=0.744;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=319;TCF=172;TCR=147;TR=196;WE=245318696;WS=245318678;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:191,294:0.61:485
chr1	245703819	rs7551348	T	C	1777.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-1.244;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.655;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=18;PP=1147;ReadPosRankSum=0.031;SC=ACATCATTCTTTGTAAATCGT;SOR=0.530;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=109;TCF=78;TCR=31;TR=66;WE=245703827;WS=245703809;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,76:0.62:122
chr1	245703990	rs9919234	G	T	12233.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.960;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=459;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=178;NR=146;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.159;SC=ACGAGGGGTTGTTTAAGAGAA;SOR=0.442;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=325;TCF=178;TCR=147;TR=324;WE=245703998;WS=245703980;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,448:1.00:449
chr1	245765800	rs7541927	T	A	994.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.041;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=9;PP=475;ReadPosRankSum=0.056;SC=TGCATGTATATCGCAGAGTAT;SOR=0.634;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=66;TCF=46;TCR=20;TR=30;WE=245765808;WS=245765790;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,49:0.49:100
chr1	245775356	rs5782359	TTG	T	78.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.742;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FS=4.129;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.62;ReadPosRankSum=-0.034;SOR=0.188;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,10:0.33:30
chr1	245775407	rs28368385	T	A	275.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.304;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.26;ReadPosRankSum=1.711;SOR=0.569;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,10:0.26:38
chr1	245851304	rs6701084	A	G	17237.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=643;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=151;NR=239;PP=2965;SC=GCAGGGCGACAGTCAGCCACT;SOR=1.003;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=391;TCF=152;TCR=239;TR=390;WE=245851312;WS=245851294;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,639:1.00:639
chr1	245851609	rs150834033	C	G	14973.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=1.529;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1242;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.529;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=195;NR=268;PP=2962;ReadPosRankSum=1.179;SC=AGCTCGCCCCCCGGTGGGAAG;SOR=0.751;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=757;TCF=320;TCR=437;TR=463;WE=245851617;WS=245851599;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:507,707:0.58:1214
chr1	245861571	rs3205034	C	T	6256.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.484;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=240;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.044;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=105;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.820;SC=AAATCGATGACGTGGAGCGCC;SOR=0.974;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=163;TCF=58;TCR=105;TR=162;WE=245861579;WS=245861561;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,235:1.00:236
chr1	246021941	rs2362587	T	C	1552.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.085;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=296;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.26;ReadPosRankSum=0.511;SOR=0.710;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:201,94:0.32:295
chr1	246022071	rs2185370	C	T	509.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.088;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.498;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=15;PP=251;ReadPosRankSum=0.510;SC=AGCACAGGAGCGAGGGAAGCA;SOR=0.379;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=55;TCF=13;TCR=42;TR=20;WE=246022079;WS=246022061;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,26:0.43:61
chr1	246027024	rs12123124	A	G	2657.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.357;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FS=4.144;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.51;ReadPosRankSum=2.062;SOR=0.420;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:93,68:0.42:161
chr1	246027029	rs61830203	A	T	2713.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.248;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FS=0.595;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.59;ReadPosRankSum=2.184;SOR=0.617;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:110,76:0.41:186
chr1	246027034	rs2153404	G	C	7018.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=102;NR=39;PP=2937;SC=ACCTCATTACGACAGGGCTTC;SOR=1.574;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=143;TCF=103;TCR=40;TR=141;WE=246027042;WS=246027014;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,202:1.00:202
chr1	246091456	.	ATG	A	2041.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=1.004;ClippingRankSum=0.000;DP=186;ExcessHet=3.0103;FS=3.005;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.80;ReadPosRankSum=-1.864;SOR=0.990;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:115,58:0.34:173
chr1	246091457	rs6669768	T	C	2426.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-3.953;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FS=3.005;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.03;ReadPosRankSum=1.871;SOR=0.464;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:58,115:0.66:173
chr1	246091457	.	TGCCAGGGG	CAGCAGGGA,CGCCAGGGG	2962	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.44;FR=0.5000,0.5000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MMLQ=28;MQ=60.0;NF=9,40;NR=21,78;PP=1704,2962;QD=59.2489291621;SC=GTTGACAGGATGCCAGGGGTT;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=119;TCF=40;TCR=79;TR=30,118;WE=246091473;WS=246091447;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.25:119
chr1	246091459	.	C	CAG	2041.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.694;ClippingRankSum=0.000;DP=174;ExcessHet=3.0103;FS=3.005;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.80;ReadPosRankSum=-1.492;SOR=0.990;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:115,58:0.34:173
chr1	246091465	rs2275317	G	A	1952.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.319;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FS=2.243;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.44;ReadPosRankSum=-2.048;SOR=0.891;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:105,52:0.33:157
chr1	246091515	rs2275318	C	T	1170.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=1.738;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.107;HP=1;HapScore=1;MGOF=54;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=31;PP=742;ReadPosRankSum=-0.920;SC=ACACCTCCCACGAAGTGCAAT;SOR=1.515;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=55;TCF=13;TCR=42;TR=40;WE=246091523;WS=246091505;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,47:0.76:62
chr1	246091531	rs6669866	T	C	1929.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=52;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=7;NR=37;PP=1181;SC=GCAATTCTCCTCAAGATGCAG;SOR=2.833;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=44;TCF=7;TCR=37;TR=44;WE=246091539;WS=246091521;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr1	246093465	rs11295264	GA	G	2222.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.988;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=484;ExcessHet=3.0103;FS=2.916;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.25;MQRankSum=3.365;QD=5.02;ReadPosRankSum=2.096;SOR=0.619;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:238,205:0.46:443
chr1	246110573	rs10802300	A	G	4933.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=2.125;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=375;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.824;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=104;NR=52;PP=2747;ReadPosRankSum=-0.268;SC=AAGAGCAAGTAGCTAAAGGAA;SOR=0.749;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=258;TCF=173;TCR=85;TR=156;WE=246110581;WS=246110563;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:152,214:0.58:366
chr1	246489769	rs367922653	TA	T	36.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.673;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.27;ReadPosRankSum=0.136;SOR=0.730;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:109,25:0.19:134
chr1	246489842	rs139780901	G	A	603.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-2.695;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.128;HP=2;HapScore=2;MGOF=30;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=18;PP=434;ReadPosRankSum=-1.611;SC=TTGGGAGGCCGAGGCGGGTGG;SOR=0.182;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=48;TCF=10;TCR=38;TR=25;WE=246489850;WS=246489832;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,27:0.59:46
chr1	246490438	rs3737245	T	C	7307.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.39;SOR=1.580;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,161:1.00:161
chr1	246490442	rs3737246	A	G	7548.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.89;SOR=1.504;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,176:1.00:176
chr1	246498866	rs10159376	A	C	1407.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=1.068;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.024;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=39;PP=1042;ReadPosRankSum=-0.047;SC=ATAAACATTAAATTTTAATAG;SOR=0.494;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=77;TCF=19;TCR=58;TR=53;WE=246498874;WS=246498856;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,56:0.67:84
chr1	246670281	rs6671418	G	C	1286.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.26;SOR=1.755;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr1	246670297	rs201911211	CCCT	C	157.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.877;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FS=1.144;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.10;ReadPosRankSum=1.034;SOR=0.481;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:60,15:0.20:75
chr1	246670298	rs150603688	CCT	C	948.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=1.282;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FS=13.441;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.00;ReadPosRankSum=-1.641;SOR=0.114;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,44:0.60:73
chr1	246670299	rs10603677	CT	C	96.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.445;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FS=28.886;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.33;ReadPosRankSum=1.381;SOR=4.962;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:59,14:0.19:73
chr1	246670333	rs6426303	A	G	5694.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=81;NR=82;PP=2965;SC=CGACTCAGGTAGGCGAGGGCG;SOR=0.824;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=163;TCF=81;TCR=82;TR=163;WE=246670341;WS=246670323;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,209:1.00:209
chr1	246670481	rs7520453	C	G	13205.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=2.419;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=509;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=140;NR=174;PP=2965;ReadPosRankSum=0.889;SC=CGTTTCCCCTCTTGGCGGTTG;SOR=0.452;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=315;TCF=141;TCR=174;TR=314;WE=246670489;WS=246670471;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,501:1.00:502
chr1	246704563	rs764243	C	T	314.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=0.522;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.400;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=10;PP=148;ReadPosRankSum=-1.014;SC=TATCAGTTCACGGTGACAGAA;SOR=0.389;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=35;TCF=6;TCR=29;TR=12;WE=246704571;WS=246704553;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,17:0.39:44
chr1	246707816	rs3124119	T	C	210.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.125;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=1;PP=62;ReadPosRankSum=-0.892;SC=TTATTCTTTTTACTCACCGTA;SOR=0.746;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=32;TCF=24;TCR=8;TR=7;WE=246707824;WS=246707806;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,12:0.32:37
chr1	246707858	rs3129568	A	G	542.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-0.652;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=5;PP=242;ReadPosRankSum=-1.906;SC=TGCGCCTCCCAAAACAGTGCT;SOR=0.703;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=58;TCF=40;TCR=18;TR=20;WE=246707866;WS=246707848;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,29:0.42:69
chr1	246711789	rs3124131	T	A	602.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-0.187;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=11;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=7;PP=387;ReadPosRankSum=-0.446;SC=CCTAAAAAAATAAAATAAAAA;SOR=0.582;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=79;TCF=59;TCR=20;TR=27;WE=246711797;WS=246711771;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,32:0.37:87
chr1	246711816	rs5782396	GA	G	1767.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=2.374;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.464;HP=6;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.799;NF=27;NR=23;PP=1493;ReadPosRankSum=-0.729;SC=CACGTAGGGAGAAAAAGGAAA;SOR=1.161;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=76;TCF=38;TCR=38;TR=50;WE=246711824;WS=246711806;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,83:0.62:134
chr1	246712033	rs1890160	A	G	2039.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=9;NR=53;PP=1583;SC=TTGGATTTAAAAGAAACATGT;SOR=2.973;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=62;TCF=9;TCR=53;TR=62;WE=246712041;WS=246712023;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr1	246714587	rs10754526	G	A	1438.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.439;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.918;HP=2;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=23;PP=611;ReadPosRankSum=-0.058;SC=CTGGATTTCCGGGATCTGCCA;SOR=0.659;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=85;TCF=42;TCR=43;TR=43;WE=246714595;WS=246714577;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,73:0.51:144
chr1	246714631	rs80342781	TG	AA	2110.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.451;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FS=2.504;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.73;ReadPosRankSum=-0.038;SOR=0.965;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:52,55:0.51:107
chr1	246714636	rs34850511	T	A	2088.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.634;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FS=1.634;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=21.10;ReadPosRankSum=-0.389;SOR=0.904;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:49,50:0.51:99
chr1	246714728	rs9426201	G	A	874.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=15;PP=529;SC=ACTAGAATTAGATGCAAAAAG;SOR=1.609;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=5;TCR=15;TR=20;WE=246714748;WS=246714718;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr1	246714740	rs10754527	C	T	345.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.119;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.497;HP=3;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=6;PP=140;ReadPosRankSum=1.750;SC=TGCAAAAAGCCGGGTGCAGCG;SOR=0.387;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=6;TCR=13;TR=9;WE=246714748;WS=246714718;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,17:0.57:30
chr1	246719833	rs138568355	TAC	T	628.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-0.541;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=0;PP=436;ReadPosRankSum=-0.776;SC=AGAGAAAAATTACAGACTCAG;SOR=3.500;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=13;TCR=0;TR=11;WE=246719842;WS=246719823;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,16:0.89:18
chr1	246720174	rs3120710	A	G	483.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=11;PP=353;SC=CCTTGGCATGAAACTTGGCTT;SOR=2.049;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=3;TCR=11;TR=14;WE=246720182;WS=246720164;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr1	246720798	rs3124071	G	A	8071.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=307;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=86;NR=100;PP=2965;SC=AGTCACAGTGGATCACTCGTA;SOR=0.819;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=186;TCF=86;TCR=100;TR=186;WE=246720806;WS=246720788;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,302:1.00:302
chr1	246727558	rs3120713	G	T	1937.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=35;NR=10;PP=998;SC=GATATTCTATGTAAAACACTG;SOR=1.712;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=45;TCF=35;TCR=10;TR=45;WE=246727566;WS=246727548;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr1	246755124	rs6702823	T	C	6443.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=252;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=79;NR=79;PP=2725;SC=GGTGAGAACTTGCAAAACACC;SOR=0.718;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=159;TCF=79;TCR=80;TR=158;WE=246755132;WS=246755114;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,245:1.00:245
chr1	246903654	rs3007322	G	C	714.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.488;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.142;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=17;PP=311;ReadPosRankSum=0.467;SC=CCGTGCAAAGGCTTCATGTTT;SOR=0.420;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=53;TCF=9;TCR=44;TR=20;WE=246903662;WS=246903644;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,36:0.46:78
chr1	246929483	rs12144408	A	G	455.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.921;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.886;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=17;PP=272;ReadPosRankSum=0.266;SC=TTTTTTATCTATGTTATATTT;SOR=0.871;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=83;TCF=21;TCR=62;TR=22;WE=246929491;WS=246929473;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,29:0.26:110
chr1	246939513	rs3795467	G	A	1891.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=3.097;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.042;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=17;PP=1220;ReadPosRankSum=0.783;SC=TGGCAGTTGCGCAGTCATCCC;SOR=0.961;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=117;TCF=87;TCR=30;TR=70;WE=246939521;WS=246939503;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,85:0.54:157
chr1	246939610	rs3838991	A	ATATT	5182.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.677;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=407;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.384;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=44;PP=2700;ReadPosRankSum=1.391;SC=GGGCATCTCTATATTTATTTT;SOR=0.659;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=173;TCF=45;TCR=128;TR=58;WE=246939618;WS=246939600;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:244,141:0.37:385
chr1	246939746	rs3795466	C	T	2609.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.542;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.571;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-1.157;NF=37;NR=53;PP=1728;ReadPosRankSum=-0.018;SC=TACGAATTAACTCATTTAAAA;SOR=0.912;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=151;TCF=64;TCR=87;TR=90;WE=246939754;WS=246939736;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,109:0.58:189
chr1	246939856	rs3795465	G	A	1746.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.381;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=268;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.147;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=34;PP=780;ReadPosRankSum=-0.996;SC=ACCAGAAGCAGTTTTCGCAAG;SOR=0.716;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=177;TCF=89;TCR=88;TR=64;WE=246939864;WS=246939846;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:170,96:0.36:266
chr1	246939943	rs6685364	T	C	1290.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.509;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=251;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.915;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=22;PP=648;ReadPosRankSum=-1.211;SC=CTGCTCTAGCTTGAGCAGCTT;SOR=0.574;SbPval=0.26;Source=Platypus;TC=151;TCF=66;TCR=85;TR=46;WE=246939951;WS=246939933;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:167,76:0.31:243
chr1	246940179	rs3795464	G	A	2688.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.610;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FS=1.143;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.99;ReadPosRankSum=-0.688;SOR=0.584;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:134,73:0.35:207
chr1	246940182	rs3795463	C	A	2705.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.800;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FS=1.094;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.13;ReadPosRankSum=-1.137;SOR=0.605;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:145,78:0.35:223
chr1	246940442	rs3795462	T	C	615.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=0.029;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.189;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=8;PP=378;ReadPosRankSum=-0.513;SC=CCCTGCTGGATGAGAACCCAG;SOR=1.125;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=69;TCF=42;TCR=27;TR=25;WE=246940450;WS=246940432;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,29:0.37:79
chr1	246940790	rs66929931	TAAAGA	T	645.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=1.847;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.884;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=1.396;NF=0;NR=10;PP=367;ReadPosRankSum=-1.968;SC=GACACATTTGTAAAGAAAAGG;SOR=1.287;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=27;TCF=0;TCR=27;TR=10;WE=246940802;WS=246940780;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,18:0.53:34
chr1	246942159	rs7512440	G	A	5287.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.491;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=401;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.380;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=90;NR=56;PP=2320;ReadPosRankSum=-1.821;SC=TCCAGTTGACGCCAAGGCACC;SOR=0.658;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=241;TCF=150;TCR=91;TR=146;WE=246942167;WS=246942149;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:149,246:0.62:395
chr1	247021266	rs111386980	C	CTTCT	705.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=15;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=4;NR=11;PP=389;SC=ACACTTTCTTCTTTTTTTTTT;SOR=1.179;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=4;TCR=11;TR=15;WE=247021274;WS=247021256;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr1	247027547	rs114114245	T	C	304.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.679;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.850;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=12;PP=194;ReadPosRankSum=-1.227;SC=AGTATATTAATGTAATCCAAA;SOR=1.292;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=23;TCF=5;TCR=18;TR=15;WE=247027555;WS=247027537;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,15:0.60:25
chr1	247031203	.	CCACA	C	78.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.649;ClippingRankSum=0.000;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=6.284;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.77;MQRankSum=0.000;QD=4.63;ReadPosRankSum=0.850;SOR=0.020;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,4:0.24:17
chr1	247051714	rs144599339	A	G	80.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=2.018;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=3;PP=55;ReadPosRankSum=0.155;SC=TAGCAGGAGGATATTTTCCTG;SOR=0.313;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=19;TCF=6;TCR=13;TR=5;WE=247051722;WS=247051704;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,5:0.26:19
chr1	247067139	rs34620854	CA	C	79.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.087;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=4.740;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.94;ReadPosRankSum=-0.070;SOR=0.250;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,15:0.37:41
chr1	247091604	rs35687457	CA	C	145.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.764;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=1.200;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.14;MQRankSum=1.571;QD=2.24;ReadPosRankSum=-1.261;SOR=0.463;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,26:0.40:65
chr1	247150740	rs3749427	T	C	5638.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.390;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=408;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.223;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=67;NR=83;PP=2787;ReadPosRankSum=-2.131;SC=GGTTAAAGGCTTTTCCACATT;SOR=0.781;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=259;TCF=120;TCR=139;TR=150;WE=247150748;WS=247150730;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:146,250:0.63:396
chr1	247151557	rs2642992	A	G	4176.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=3.286;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=306;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.462;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=102;PP=2574;ReadPosRankSum=-1.196;SC=AGAAGACAAAACTGGAAAAAA;SOR=0.749;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=229;TCF=56;TCR=173;TR=133;WE=247151565;WS=247151547;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:125,176:0.58:301
chr1	247162658	rs2642973	C	T	12206.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.980;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=973;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=138;NR=184;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.155;SC=ACCTGAGTGTCTGGCTGTCTT;SOR=0.704;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=553;TCF=240;TCR=313;TR=322;WE=247162666;WS=247162648;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:392,573:0.59:965
chr1	247171336	rs61852608	C	T	3465.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-2.114;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=480;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.231;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=97;PP=2004;ReadPosRankSum=-0.161;SC=AACCCAGCACCCCGCCGGCCG;SOR=0.793;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=356;TCF=99;TCR=257;TR=133;WE=247171344;WS=247171326;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:301,174:0.37:475
chr1	247171390	rs61373194	C	G	1657.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-4.017;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.510;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=51;PP=977;ReadPosRankSum=1.264;SC=CCGCCCCTTCCTCTCTGGCTG;SOR=1.142;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=155;TCF=23;TCR=132;TR=56;WE=247171398;WS=247171380;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:116,75:0.39:191
chr1	247202032	rs10924897	G	T	151.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=0.319;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=0;PP=102;ReadPosRankSum=2.638;SC=GTGGTTCTTAGTTGTTTTGTC;SOR=1.863;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=5;TCR=0;TR=5;WE=247202040;WS=247202022;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,7:0.70:10
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chr1	247274899	rs73135916	A	G	82.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.153;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=2;PP=27;ReadPosRankSum=-0.906;SC=CAGGTGGCCGAAGTCGGAGGG;SOR=0.569;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=12;TCF=8;TCR=4;TR=4;WE=247274907;WS=247274889;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,6:0.32:19
chr1	247287337	.	A	G	545.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.300;ClippingRankSum=0.000;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.268;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=2.360;NF=3;NR=17;PP=298;ReadPosRankSum=-0.282;SC=TCACCGTGTTAGCCAGGATGG;SOR=1.120;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=63;TCF=16;TCR=47;TR=20;WE=247287345;WS=247287327;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,27:0.36:76
chr1	247322298	rs6675536	G	T	1531.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.993;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.778;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=24;PP=792;ReadPosRankSum=1.551;SC=CTCTTGTGAGGGCAAATTACC;SOR=0.832;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=125;TCF=70;TCR=55;TR=58;WE=247322306;WS=247322288;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:113,81:0.42:194
chr1	247365430	rs10754539	A	G	2849.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.530;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=416;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=51;PP=1349;ReadPosRankSum=2.643;SC=AAAGGTGTCAACACAACCCTT;SOR=0.649;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=239;TCF=101;TCR=138;TR=90;WE=247365438;WS=247365420;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:263,151:0.36:414
chr1	247419509	rs1778540	T	C	14397.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.198;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=529;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=238;NR=131;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.471;SC=TATTACCATATAAATCTTCTT;SOR=0.460;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=370;TCF=239;TCR=131;TR=369;WE=247419517;WS=247419499;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,524:1.00:525
chr1	247419664	rs1778541	C	T	18904.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=698;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=200;NR=280;PP=2965;SC=TGCTCTTCACCCAGGCAATAT;SOR=0.938;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=482;TCF=200;TCR=282;TR=480;WE=247419672;WS=247419654;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,681:1.00:681
chr1	247485932	rs10924984	A	G	1870.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=36;NR=24;PP=1055;SC=TCCTCAGAGCACCCGAGTAAG;SOR=1.179;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=60;TCF=36;TCR=24;TR=60;WE=247485940;WS=247485922;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr1	247486678	rs7540329	T	C	1024.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=33;PP=774;SC=TGTTTCATGGTGCTTTTCATA;SOR=3.145;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=41;TCF=7;TCR=34;TR=40;WE=247486686;WS=247486668;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr1	247582466	.	A	ATTTT	998.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;QD=25.61;SOR=1.863;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,33:0.85:39
chr1	247586476	rs192201564	A	T	2325.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-1.615;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.061;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=37;PP=1335;ReadPosRankSum=-0.645;SC=CCAGGTTTCAATTGCATCCTC;SOR=0.461;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=131;TCF=82;TCR=49;TR=91;WE=247586484;WS=247586466;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,105:0.66:159
chr1	247587531	rs4925543	A	G	15762.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=579;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=206;NR=170;PP=2965;SC=TCCACTGTCGAGAGGTGAGCC;SOR=0.847;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=379;TCF=207;TCR=172;TR=376;WE=247587539;WS=247587521;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,571:1.00:571
chr1	247597329	rs12124866	C	T	806.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=36;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=19;NR=2;PP=503;SC=TCAGGTGTGTCCTGATGCTTC;SOR=3.056;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=47;TCF=44;TCR=3;TR=21;WE=247597337;WS=247597326;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr1	247597349	.	G	GGAGCTCTCTGGTCAGATGTGTTCTGAGGCCTTCTCTATTCCA	1001	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;FR=0.9999;HP=1;HapScore=1;MGOF=26;MMLQ=28;MQ=55.06;NF=17;NR=1;PP=1001;QD=57.0555555556;SC=CCTCTGTTCTGGAGCTCTCTG;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=23;TCF=21;TCR=2;TR=18;WE=247597357;WS=247597339;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:5,18:0.78:23
chr1	247597364	.	G	GAT	3899.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=58.49;QD=92.85;SOR=4.615;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr1	247597365	.	G	A	1485	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;FR=1.0000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MMLQ=25;MQ=58.82;NF=63;NR=7;PP=1485;QD=21.7110173221;SC=CTCTGGTCAGGTGTGTTCTGA;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=71;TCF=64;TCR=7;TR=70;WE=247597373;WS=247597355;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:1,70:0.99:71
chr1	247597365	.	G	GTGTTCTGAGGCCTTCTCTATTCCAGAGCTCTCTGGTCAGA	3896.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=58.52;QD=90.62;SOR=4.664;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr1	247614617	rs4925663	C	T	11590.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.206;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=445;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=152;NR=123;PP=2965;ReadPosRankSum=1.109;SC=GGCAATAAAGCCATAGGAGAG;SOR=0.851;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=276;TCF=152;TCR=124;TR=275;WE=247614625;WS=247614607;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,434:0.99:438
chr1	247614693	rs6695302	C	T	15127.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=561;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=188;NR=163;PP=2965;SC=GTGTCATTCACAGCGGTGTCA;SOR=0.806;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=353;TCF=189;TCR=164;TR=351;WE=247614701;WS=247614683;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,558:1.00:558
chr1	247615261	rs35305980	GA	G	15642.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.219;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=434;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.112;NF=20;NR=164;PP=2967;ReadPosRankSum=0.232;SC=AGTCCCCTAAGAAGCTATGGT;SOR=0.359;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=192;TCF=20;TCR=172;TR=184;WE=247615269;WS=247615251;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,424:1.00:425
chr1	247615340	rs55889481	C	T	1439.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.455;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.544;HP=1;HapScore=1;MGOF=29;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=33;PP=679;ReadPosRankSum=-0.154;SC=TGAATAATACCTGAGAAGAGG;SOR=0.765;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=132;TCF=43;TCR=89;TR=46;WE=247615348;WS=247615330;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:132,76:0.37:208
chr1	247615358	rs10925030	C	G	1077.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.473;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=30;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=24;PP=556;ReadPosRankSum=-1.953;SC=AGGAATTGATCACTTTCCTCC;SOR=0.658;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=99;TCF=33;TCR=66;TR=35;WE=247615366;WS=247615348;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,54:0.38:142
chr1	247695612	rs6657127	G	A	12771.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=465;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=136;NR=184;PP=2965;SC=TCCAGGAAGGGGAGGTTGGCA;SOR=0.937;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=322;TCF=138;TCR=184;TR=320;WE=247695620;WS=247695602;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,454:1.00:454
chr1	247695756	rs6697472	T	C	6587.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=263;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=69;NR=101;PP=2845;SC=GAGGGTCGTGTGGAGAAGCCC;SOR=1.007;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=170;TCF=69;TCR=101;TR=170;WE=247695764;WS=247695746;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,253:1.00:253
chr1	247726822	rs142922665	CTTTT	C	3935.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.736;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=305;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=1.341;NF=12;NR=33;PP=1329;ReadPosRankSum=-0.079;SC=CAACCAAATGCTTTTTTTGAA;SOR=0.686;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=116;TCF=29;TCR=87;TR=45;WE=247726833;WS=247726812;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:194,109:0.36:303
chr1	247729206	rs367904043	CT	C	208.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.327;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.42;ReadPosRankSum=1.464;SOR=0.681;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,23:0.38:61
chr1	247752019	rs1151687	G	C	5412.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.294;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=393;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.248;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=90;NR=92;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.374;SC=CCTCCCGGCTGTGATGTCCTG;SOR=0.619;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=297;TCF=142;TCR=155;TR=182;WE=247752027;WS=247752009;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:142,236:0.62:378
chr1	247752161	rs10925085	T	C	2288.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.196;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=353;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=44;PP=1125;ReadPosRankSum=-0.620;SC=ACCCTCACCCTGCAGCTGCCC;SOR=0.709;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=231;TCF=116;TCR=115;TR=88;WE=247752169;WS=247752151;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:228,123:0.35:351
chr1	247752650	rs35280339	AT	A	941.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.290;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=10;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=44;PP=530;ReadPosRankSum=0.494;SC=ACTGTGATGAATTTTTTTTTT;SOR=0.632;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=66;TCF=2;TCR=64;TR=45;WE=247752659;WS=247752640;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,61:0.62:98
chr1	247768736	rs71798723	AGTGAAAAATGAATAGTTTAGG	A	613.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-1.734;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQ=60.32;MQRankSum=1.002;NF=7;NR=3;PP=2954;ReadPosRankSum=0.805;SC=GCAGCACATTAGTGAAAAATG;SOR=0.498;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=26;TCF=19;TCR=7;TR=10;WE=247768764;WS=247768726;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,17:0.53:32
chr1	247769592	rs1151683	C	T	5209.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.195;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=376;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.439;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=74;NR=94;PP=2903;ReadPosRankSum=1.823;SC=AGGCAAGGCACAAAGCCTTCA;SOR=0.877;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=260;TCF=120;TCR=140;TR=168;WE=247769600;WS=247769582;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:141,227:0.62:368
chr1	247835352	rs1151641	C	T	1876.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=48;NR=8;PP=1281;SC=GTATGAAAAACCAGTAAAATC;SOR=3.187;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=56;TCF=48;TCR=8;TR=56;WE=247835360;WS=247835342;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr1	247835674	rs28446289	G	A	2253.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.772;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=340;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=44;PP=1211;ReadPosRankSum=-0.540;SC=GTGCGGATACGGAGAATAGCA;SOR=0.692;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=235;TCF=110;TCR=125;TR=84;WE=247835682;WS=247835664;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:219,120:0.35:339
chr1	247835908	rs28556931	T	A	1775.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.069;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=304;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=41;PP=1199;ReadPosRankSum=-0.988;SC=GCAATAGCCATGACCATGCTG;SOR=0.668;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=217;TCF=95;TCR=122;TR=73;WE=247835916;WS=247835898;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:206,94:0.31:300
chr1	247835950	rs1151640	T	C	3738.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.580;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=68;PP=2093;ReadPosRankSum=-1.468;SC=TGGTTCATAATAGTACTGTAA;SOR=0.730;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=176;TCF=69;TCR=107;TR=112;WE=247835958;WS=247835940;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,159:0.67:237
chr1	247836008	rs28555391	G	A	1459.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.156;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.098;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=29;PP=889;ReadPosRankSum=1.482;SC=CCATGGTGGTGAAGAGAACCA;SOR=0.604;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=165;TCF=85;TCR=80;TR=58;WE=247836016;WS=247835998;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:147,74:0.33:221
chr1	247836207	rs28711149	T	A	3547.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.722;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=507;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=57;PP=1516;ReadPosRankSum=-1.910;SC=GTTATAGATTTTGGCAATGAT;SOR=0.708;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=323;TCF=160;TCR=163;TR=114;WE=247836215;WS=247836197;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:309,192:0.38:501
chr1	247921100	rs1552812	T	G	7705.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.450;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=298;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.009;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=91;NR=105;PP=2965;ReadPosRankSum=1.526;SC=CCAATAGACCTCCTACTGCAA;SOR=0.129;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=198;TCF=91;TCR=107;TR=196;WE=247921108;WS=247921090;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,292:0.99:294
chr1	247921352	rs1552813	C	T	7258.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=282;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=102;NR=86;PP=2965;SC=ATCTATCATACGCCATCACAC;SOR=0.832;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=189;TCF=103;TCR=86;TR=188;WE=247921360;WS=247921342;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,274:1.00:274
chr1	247921717	rs10888359	C	A	2421.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=21;NR=42;PP=1289;SC=ATATTCCCAACAAATCTAGAA;SOR=1.204;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=63;TCF=21;TCR=42;TR=63;WE=247921725;WS=247921707;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr1	247921789	rs147960387	A	AGTGT,AGT	215.73	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=0.792;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=4;MGOF=40;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=-0.000;NF=1,1;NR=10,10;PP=165,212;ReadPosRankSum=-0.000;SC=AGAGAGAGACAGTGTGTGTGT;SOR=1.981;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=21;TCF=2;TCR=19;TR=11,11;WE=247921797;WS=247921779;set=Intersection	GT:AF:DP	0/1:0.60:10
chr1	247978087	rs10888248	G	A	3101.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=39;NR=25;PP=1340;SC=ATTGAAAGAAGAAAAGCAACA;SOR=1.003;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=64;TCF=39;TCR=25;TR=64;WE=247978095;WS=247978077;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr1	247978135	rs12734733	C	A	2023.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.698;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.087;HP=3;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=17;PP=792;ReadPosRankSum=0.979;SC=TTATCAACATCCCCAGAGCCA;SOR=1.099;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=100;TCF=60;TCR=40;TR=51;WE=247978143;WS=247978125;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:94,97:0.51:191
chr1	247978319	rs6695283	A	G	7952.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=297;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=92;NR=88;PP=2965;SC=TGGAAGGCAAATAGAGTAGGC;SOR=0.707;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=180;TCF=92;TCR=88;TR=180;WE=247978327;WS=247978309;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,290:1.00:290
chr1	247978541	rs35979231	AAGG	A	11522.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.015;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=455;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.328;NF=44;NR=136;PP=2948;ReadPosRankSum=-0.006;SC=ACAGTAGGATAAGGAGAAGGT;SOR=0.716;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=188;TCF=49;TCR=139;TR=180;WE=247978551;WS=247978531;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,437:0.99:441
chr1	247978996	rs10888249	A	G	4352.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=38;NR=63;PP=2174;SC=AAAACCCCATAAGGATAAATT;SOR=1.150;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=101;TCF=38;TCR=63;TR=101;WE=247979004;WS=247978986;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,156:1.00:156
chr1	248004614	rs6667389	G	A	10916.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.933;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=407;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=154;NR=98;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.931;SC=TGGTCACCTCGGTGATATAAA;SOR=1.050;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=254;TCF=155;TCR=99;TR=252;WE=248004622;WS=248004604;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,402:1.00:404
chr1	248004687	rs10888255	C	G	16785.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=0.718;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=640;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=199;NR=173;PP=2965;ReadPosRankSum=0.096;SC=AATCTGATTGCGCCCACAGAA;SOR=0.789;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=376;TCF=201;TCR=175;TR=372;WE=248004695;WS=248004677;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,631:1.00:633
chr1	248004775	rs10888256	C	T	15218.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=576;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=166;NR=185;PP=2965;SC=ACCAACCTGGCACAGAGCCCA;SOR=0.773;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=352;TCF=166;TCR=186;TR=351;WE=248004783;WS=248004765;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,572:1.00:572
chr1	248004848	rs4607924	G	C	10083.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=355;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=42;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=107;NR=147;PP=2965;SC=CATAGGCCATGAAGGCCAGGA;SOR=0.958;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=254;TCF=107;TCR=147;TR=254;WE=248004856;WS=248004838;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,354:1.00:354
chr1	248004877	rs10888257	C	T	14033.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=323;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.13;SOR=0.869;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,318:1.00:318
chr1	248004884	rs1339845	T	C	13670.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=314;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.24;SOR=0.867;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,309:1.00:309
chr1	248005213	rs7522811	G	C	2836.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=30;NR=43;PP=1433;SC=TGTGGGGGATGAAAAACATTC;SOR=0.941;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=74;TCF=31;TCR=43;TR=73;WE=248005221;WS=248005203;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr1	248020448	rs10749636	G	A	190.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=1.183;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=7;NR=0;PP=107;ReadPosRankSum=-0.058;SC=GACACCACCCGTCGGCGCCTG;SOR=0.223;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=14;TCR=0;TR=7;WE=248020456;WS=248020438;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,9:0.53:17
chr1	248020556	rs11204523	G	C	1224.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.862;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.657;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=12;PP=640;ReadPosRankSum=0.025;SC=GTCATGGCCTGGGCGCCGCCC;SOR=0.594;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=124;TCF=88;TCR=36;TR=46;WE=248020564;WS=248020546;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:93,60:0.39:153
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chr1	248024073	rs3737276	A	C	144.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-2.227;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=6;PP=68;ReadPosRankSum=-0.181;SC=GATTCGGGTCAGTAATTCTTC;SOR=0.582;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=14;TCF=1;TCR=13;TR=7;WE=248024081;WS=248024063;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,8:0.47:17
chr1	248028219	rs946696	G	A	350.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=2.546;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.752;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=11;PP=240;ReadPosRankSum=0.338;SC=GCCAGCGCCCGGCCCTGGGTC;SOR=1.169;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=36;TCF=12;TCR=24;TR=15;WE=248028227;WS=248028209;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,17:0.40:42
chr1	248039713	rs3811445	A	G	6073.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.753;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=470;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=81;NR=107;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.224;SC=TGCCACCCACAACAATAGCAG;SOR=0.677;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=320;TCF=137;TCR=183;TR=188;WE=248039721;WS=248039703;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:184,279:0.60:463
chr1	248058755	rs1337876	A	G	1075.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=37.10;SOR=4.479;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr1	248058755	.	ATAACTG	GTAACTC,GTAACTG	480	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.18;FR=0.5000,0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=39;MMLQ=28;MQ=60.0;NF=11,28;NR=0,2;PP=146,480;QD=18.1334431693;SC=GCAACTCCATATAACTGTTGG;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=30;TCF=28;TCR=2;TR=11,30;WE=248058769;WS=248058745;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.37:30
chr1	248058761	rs11204543	G	C	259.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.280;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.42;ReadPosRankSum=2.065;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,12:0.34:35
chr1	248058797	rs1856248	T	G	2673.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=38;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=69;NR=10;PP=2041;SC=ATAAAAAGCATAGAAGAATGC;SOR=3.153;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=79;TCF=69;TCR=10;TR=79;WE=248058805;WS=248058787;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr1	248058845	rs4500353	A	C	6586.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=2.720;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=241;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=33;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=134;NR=49;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.234;SC=ATCAGCTGTTATTATTATTAT;SOR=0.413;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=187;TCF=137;TCR=50;TR=183;WE=248058853;WS=248058835;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,234:0.99:236
chr1	248058879	rs6587387	A	T	10594.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=386;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=180;NR=81;PP=2965;SC=TCTGTTCAGCAGCAGTAGAGA;SOR=1.354;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=263;TCF=180;TCR=83;TR=261;WE=248058887;WS=248058869;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,378:1.00:378
chr1	248059423	rs10888267	C	T	7718.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.741;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=535;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=109;NR=116;PP=2962;ReadPosRankSum=0.441;SC=CCACTTCCTGCGTGAGATGCC;SOR=0.637;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=342;TCF=167;TCR=175;TR=225;WE=248059431;WS=248059413;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:181,347:0.66:528
chr1	248059456	rs12135078	G	A	6973.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=2.980;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=467;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.864;HP=1;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=106;NR=106;PP=2962;ReadPosRankSum=1.532;SC=GATGGCCTGCGTCAGCACTGT;SOR=0.539;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=316;TCF=167;TCR=149;TR=212;WE=248059464;WS=248059446;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:153,308:0.67:461
chr1	248059476	rs12139390	A	C	11672.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=440;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=158;NR=152;PP=2965;SC=TGGCCATCGAAGGCACCGTCT;SOR=0.707;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=310;TCF=158;TCR=152;TR=310;WE=248059484;WS=248059466;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,433:1.00:433
chr1	248059703	rs11204545	T	A	9015.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.667;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=399;ExcessHet=3.0103;FS=1.215;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.08;MQRankSum=-2.108;QD=22.60;ReadPosRankSum=-0.160;SOR=0.767;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:161,238:0.60:399
chr1	248059712	rs11204546	T	C	8762.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.564;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=368;ExcessHet=3.0103;FS=4.134;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.09;MQRankSum=-2.122;QD=23.88;ReadPosRankSum=-0.367;SOR=0.905;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:147,220:0.60:367
chr1	248059779	rs112696640	G	GA	1261.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.155;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.302;HP=2;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=2.337;NF=1;NR=28;PP=922;ReadPosRankSum=-0.198;SC=ACAGAGAGGTGAAGGGGGCAC;SOR=0.487;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=95;TCF=3;TCR=92;TR=29;WE=248059787;WS=248059769;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:100,56:0.36:156
chr1	248059856	rs10888268	T	C	973.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=2.457;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.434;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=27;PP=737;ReadPosRankSum=0.621;SC=CTGACTTCACTTCCATCCAGG;SOR=2.187;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=43;TCF=9;TCR=34;TR=31;WE=248059864;WS=248059846;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,36:0.75:48
chr1	248084222	rs12048237	T	C	627.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.806;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.138;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=5;PP=452;ReadPosRankSum=-0.639;SC=CACAAGTACTTTTCTATTTTT;SOR=0.425;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=85;TCF=73;TCR=12;TR=28;WE=248084230;WS=248084212;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,30:0.32:93
chr1	248084434	rs11204563	G	A	3919.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=1.326;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=246;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.006;HP=3;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-1.688;NF=63;NR=95;PP=2719;ReadPosRankSum=1.541;SC=CTCCCTGTTTGGCAATTCCCT;SOR=0.966;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=214;TCF=89;TCR=125;TR=158;WE=248084442;WS=248084424;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,168:0.69:242
chr1	248084464	rs11204564	T	C	4107.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=2.860;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=7.217;HP=3;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.679;NF=59;NR=107;PP=2603;ReadPosRankSum=0.980;SC=CCTGATTCACTGGGACCACCG;SOR=1.410;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=172;TCF=62;TCR=110;TR=166;WE=248084472;WS=248084454;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,178:0.91:195
chr1	248085108	rs4625315	C	T	790.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.468;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.833;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-2.026;NF=27;NR=2;PP=606;ReadPosRankSum=0.000;SC=CCAAATCCCACAGGTCCACTA;SOR=1.455;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=45;TCF=41;TCR=4;TR=29;WE=248085116;WS=248085098;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,31:0.63:49
chr1	248085124	rs4590708	G	A	416.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=2.710;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.947;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.502;NF=14;NR=2;PP=232;ReadPosRankSum=0.250;SC=CACTAACCACGACAAGGTTGT;SOR=0.319;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=52;TCF=46;TCR=6;TR=16;WE=248085132;WS=248085114;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,21:0.33:64
chr1	248085341	rs4925773	T	A	1284.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.797;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=27;PP=614;ReadPosRankSum=1.424;SC=ACACTTTTATTTCTACATCTG;SOR=0.656;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=81;TCF=30;TCR=51;TR=44;WE=248085349;WS=248085331;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,61:0.56:108
chr1	248112627	rs4925787	T	C	10876.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=1.465;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1089;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.518;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=3.120;NF=167;NR=182;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.260;SC=TCAATGCTTGTGCTCACACTG;SOR=0.759;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=701;TCF=345;TCR=356;TR=349;WE=248112635;WS=248112617;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:549,536:0.49:1085
chr1	248112745	rs4925788	G	T	13704.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.197;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=671;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.332;HP=2;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-7.944;NF=247;NR=225;PP=2962;ReadPosRankSum=0.927;SC=GGTCTATGAGGGCACAGTGTT;SOR=0.523;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=540;TCF=267;TCR=273;TR=472;WE=248112779;WS=248112735;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:113,552:0.83:665
chr1	248112754	rs201126494	T	C	405.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.383;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=676;ExcessHet=3.0103;FS=10.928;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.02;MQRankSum=6.010;QD=0.61;ReadPosRankSum=-1.507;SOR=1.416;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:584,86:0.13:670
chr1	248112762	rs4925789	TG	CA	25527.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.683;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=689;ExcessHet=3.0103;FS=9.235;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.81;MQRankSum=-5.033;QD=37.27;ReadPosRankSum=4.894;SOR=0.520;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:80,605:0.88:685
chr1	248112771	rs4925791	C	T	25846.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.007;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=711;ExcessHet=3.0103;FS=11.231;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.93;MQRankSum=-3.702;QD=36.56;ReadPosRankSum=6.458;SOR=0.474;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:64,643:0.91:707
chr1	248112809	rs4925583	A	G	22299.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-3.284;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=837;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.099;HP=2;HapScore=1;MGOF=68;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=4.962;NF=317;NR=298;PP=2965;ReadPosRankSum=3.928;SC=TCATGTTCCTATGGCCAGGTT;SOR=0.125;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=626;TCF=317;TCR=309;TR=615;WE=248112817;WS=248112799;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:7,829:0.99:836
chr1	248112836	rs4925792	A	G	22661.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.365;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=868;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=62;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=-1.409;NF=296;NR=322;PP=2965;ReadPosRankSum=0.903;SC=GCTGTCTACCACATGAAATCT;SOR=0.733;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=622;TCF=298;TCR=324;TR=618;WE=248112844;WS=248112826;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:6,861:0.99:867
chr1	248112915	rs10888280	A	G	4259.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.381;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=731;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.560;HP=3;HapScore=1;MGOF=30;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.927;NF=63;NR=94;PP=2207;ReadPosRankSum=0.711;SC=TCTACTATGCACCTTTTGTCT;SOR=0.774;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=516;TCF=224;TCR=292;TR=157;WE=248112923;WS=248112905;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:493,237:0.32:730
chr1	248128929	rs6664332	G	A	3855.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-3.555;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=517;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.525;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=77;NR=70;PP=2159;ReadPosRankSum=-1.832;SC=ATGGCAGTCAGCTTCCTCTCA;SOR=0.670;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=396;TCF=195;TCR=201;TR=147;WE=248128937;WS=248128919;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:318,191:0.38:509
chr1	248129240	rs4478844	G	A	3525.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.069;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=281;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.048;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=57;PP=1876;ReadPosRankSum=-1.766;SC=ACTATCATTGGTGTGTCAGGA;SOR=0.490;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=187;TCF=87;TCR=100;TR=114;WE=248129248;WS=248129230;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:117,160:0.58:277
chr1	248154493	rs201911921	T	C	639.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.557;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=375;ExcessHet=3.0103;FS=10.757;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.10;MQRankSum=-11.743;QD=1.73;ReadPosRankSum=-6.349;SOR=1.320;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:310,60:0.16:370
chr1	248154505	rs200140719	A	G	215.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.911;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=351;ExcessHet=3.0103;FS=11.637;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.12;MQRankSum=-12.827;QD=0.62;ReadPosRankSum=-7.408;SOR=1.530;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:302,45:0.13:347
chr1	248202344	rs6658141	G	C	8922.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=1.550;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1222;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.129;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-1.814;NF=133;NR=149;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.164;SC=TTATACCTATGTACGTCCAAG;SOR=0.765;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=736;TCF=361;TCR=375;TR=282;WE=248202352;WS=248202334;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:754,458:0.38:1212
chr1	248202474	rs144950416	A	G	939.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.187;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=870;ExcessHet=3.0103;FS=6.250;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.71;MQRankSum=-19.193;QD=1.09;ReadPosRankSum=1.593;SOR=0.655;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:728,138:0.16:866
chr1	248224099	rs6666048	T	C	4951.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.290;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=709;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.810;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-1.103;NF=86;NR=90;PP=2740;ReadPosRankSum=-1.905;SC=ATGGCTCTAATTGGAAACCTA;SOR=0.556;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=468;TCF=217;TCR=251;TR=176;WE=248224107;WS=248224089;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:442,257:0.37:699
chr1	248224216	rs6658227	C	T	4401.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.604;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=642;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.547;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-3.788;NF=78;NR=63;PP=2184;ReadPosRankSum=-2.377;SC=ACCATTGTTCCTAAGATGGCA;SOR=0.651;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=427;TCF=244;TCR=183;TR=141;WE=248224224;WS=248224206;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:414,225:0.35:639
chr1	248224294	rs6658256	C	T	4172.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-2.779;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=883;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.723;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-11.867;NF=101;NR=88;PP=2134;ReadPosRankSum=2.721;SC=TTCTTCTTCTCGGCATTAGGA;SOR=0.658;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=610;TCF=332;TCR=278;TR=189;WE=248224302;WS=248224284;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:619,259:0.29:878
chr1	248224398	rs55937620	A	G	1432.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.871;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=908;ExcessHet=3.0103;FS=10.905;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.43;MQRankSum=-26.582;QD=1.60;ReadPosRankSum=2.544;SOR=1.701;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:745,148:0.17:893
chr1	248224569	rs75239130	G	T	1999.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-8.735;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=970;ExcessHet=3.0103;FS=0.656;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.56;MQRankSum=-17.096;QD=2.07;ReadPosRankSum=3.581;SOR=0.601;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:768,199:0.21:967
chr1	248224595	rs76336532	C	T	1695.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-9.023;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1026;ExcessHet=3.0103;FS=1.433;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.37;MQRankSum=-20.075;QD=1.66;ReadPosRankSum=-8.147;SOR=0.617;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:828,193:0.19:1021
chr1	248224754	rs55893924	T	C	6106.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.602;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=753;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.787;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-1.492;NF=96;NR=124;PP=2962;ReadPosRankSum=2.248;SC=TTGTCTACACTTATCTACGTC;SOR=0.568;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=536;TCF=226;TCR=310;TR=220;WE=248224762;WS=248224750;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:445,305:0.41:750
chr1	248247140	rs111755774	G	C	691.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-1.996;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.074;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-3.714;NF=3;NR=27;PP=509;ReadPosRankSum=0.705;SC=GGTAAAAATGGCAGCTCCATA;SOR=0.111;SbPval=0.21;Source=Platypus;TC=76;TCF=4;TCR=72;TR=30;WE=248247148;WS=248247130;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,31:0.38:81
chr1	248263626	rs4146708	T	A	1533.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.931;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=290;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.467;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=31;PP=675;ReadPosRankSum=-0.954;SC=ATCATGGCCATCCCCACTCCC;SOR=0.755;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=174;TCF=72;TCR=102;TR=51;WE=248263634;WS=248263616;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:196,90:0.31:286
chr1	248309356	rs73141283	A	G	3281.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.859;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=443;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=63;PP=1872;ReadPosRankSum=1.184;SC=AGCACTCAGGAAAGTGTTAGG;SOR=0.684;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=270;TCF=125;TCR=145;TR=120;WE=248309364;WS=248309346;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:268,168:0.39:436
chr1	248343543	rs9435919	C	T	9695.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-1.438;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=358;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.631;NF=158;NR=137;PP=2965;ReadPosRankSum=0.019;SC=CTTCAACTACCTGTCTGGCAG;SOR=0.842;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=300;TCF=159;TCR=141;TR=295;WE=248343551;WS=248343533;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,344:0.99:346
chr1	248344442	rs4916105	C	T	658.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=18;PP=464;SC=AATAAGGACACTAAAGTATTT;SOR=2.833;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=3;TCR=18;TR=21;WE=248344450;WS=248344432;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr1	248366702	rs4916112	G	A	25455.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.734;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=973;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=-0.023;NF=321;NR=277;PP=2965;ReadPosRankSum=0.427;SC=TTGGCTCTGAGTGCTTTCTTT;SOR=0.784;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=600;TCF=322;TCR=278;TR=598;WE=248366710;WS=248366692;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,964:1.00:966
chr1	248367415	rs4916082	C	T	1747.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=11;NR=41;PP=1130;SC=CATAAATCTGCAATGACATAT;SOR=2.419;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=52;TCF=11;TCR=41;TR=52;WE=248367423;WS=248367405;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr1	248402758	rs6666148	C	T	12452.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.779;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=486;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=131;NR=134;PP=2965;ReadPosRankSum=1.011;SC=AAATTCATCACTTTTTCTGTG;SOR=0.381;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=266;TCF=131;TCR=135;TR=265;WE=248402766;WS=248402748;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,477:0.99:480
chr1	248457979	rs6667171	C	A	17263.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=677;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=176;NR=174;PP=2965;SC=CCCCAGCCACCGTTTCAGGGC;SOR=0.696;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=354;TCF=178;TCR=176;TR=350;WE=248457987;WS=248457969;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,667:1.00:667
chr1	248458676	rs6678138	T	C	3074.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=65;NR=28;PP=1904;SC=ACCAGCATCATGTCCATGAGG;SOR=1.743;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=94;TCF=66;TCR=28;TR=93;WE=248458697;WS=248458666;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr1	248458689	rs6674940	A	G	4004.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=76;NR=35;PP=2618;SC=CCATGAGGGAAAGTTGGCTCA;SOR=1.574;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=111;TCF=76;TCR=35;TR=111;WE=248458697;WS=248458666;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,134:1.00:134
chr1	248458717	rs12745228	C	G	6035.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.964;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=243;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=1.899;NF=101;NR=63;PP=2965;ReadPosRankSum=1.229;SC=GTACATGGGCCTGTGGAGCCG;SOR=1.179;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=164;TCF=101;TCR=63;TR=164;WE=248458725;WS=248458707;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,233:0.99:235
chr1	248486895	rs4244184	G	T	5364.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=67;NR=42;PP=2283;SC=AAAAGAAGACGTTAGCAGACA;SOR=0.938;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=111;TCF=68;TCR=43;TR=109;WE=248486903;WS=248486885;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,198:1.00:198
chr1	248486913	rs4244185	A	G	6159.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=243;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=75;NR=49;PP=2326;SC=ACAGCAAAACATGAAATTTAT;SOR=0.892;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=126;TCF=76;TCR=50;TR=124;WE=248486921;WS=248486903;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,240:1.00:240
chr1	248487638	rs7555310	A	G	10443.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.243;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=369;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.887;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=-0.169;NF=112;NR=173;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.971;SC=CATCTTGGGTACAGTGGTGCA;SOR=0.201;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=287;TCF=112;TCR=175;TR=285;WE=248487646;WS=248487628;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,358:0.99:360
chr1	248487768	rs7555424	A	G	13447.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=495;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQ=59.93;NF=196;NR=153;PP=2965;SC=GCCACTGAAAAGATGGCCAGG;SOR=0.896;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=351;TCF=196;TCR=155;TR=349;WE=248487776;WS=248487758;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,485:1.00:485
chr1	248512064	rs28372410	T	G	9356.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.022;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=352;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=144;NR=83;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.332;SC=GGTCCAAGCTTCATCATCCAC;SOR=0.679;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=232;TCF=146;TCR=86;TR=227;WE=248512072;WS=248512054;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,345:0.99:348
chr1	248512094	rs28728105	C	T	11289.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.285;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=439;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=174;NR=110;PP=2965;ReadPosRankSum=1.101;SC=ATTCAACCACCGTGATGGAAT;SOR=0.725;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=292;TCF=177;TCR=115;TR=284;WE=248512102;WS=248512084;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:5,428:0.99:433
chr1	248512637	rs2039824	C	T	6413.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=241;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=75;NR=93;PP=2965;SC=AGCTCTCTTGCTCTGACACCT;SOR=0.858;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=169;TCF=75;TCR=94;TR=168;WE=248512645;WS=248512627;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,234:1.00:234
chr1	248512749	rs28377739	G	A	5071.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.420;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.082;HP=2;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=70;PP=2895;ReadPosRankSum=1.223;SC=GACCGTGCTCGGGTTTCCAAG;SOR=0.293;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=136;TCF=66;TCR=70;TR=134;WE=248512757;WS=248512739;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,182:0.99:183
chr1	248512767	rs28545014	G	T	4828.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-1.922;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.058;HP=2;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=69;PP=2583;ReadPosRankSum=-0.664;SC=AAGAGGAGCAGACAGAACAAA;SOR=0.276;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=135;TCF=66;TCR=69;TR=133;WE=248512775;WS=248512757;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,181:0.99:182
chr1	248513023	rs28607995	G	A	1955.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=43;PP=1373;SC=TAAGAAACCCGAGAGGCTCAC;SOR=1.678;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=60;TCF=17;TCR=43;TR=60;WE=248513031;WS=248513013;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr1	248513088	rs28481429	G	C	657.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=3;NR=18;PP=524;SC=ATAATTGATTGTGGTTATTAG;SOR=3.160;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=3;TCR=18;TR=21;WE=248513096;WS=248513078;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr1	248525135	rs76721536	G	A	983.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.742;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=480;ExcessHet=3.0103;FS=4.296;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.11;MQRankSum=-8.317;QD=2.11;ReadPosRankSum=0.781;SOR=0.770;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:413,54:0.12:467
chr1	248525138	rs75096121	C	T	972.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.223;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=481;ExcessHet=3.0103;FS=3.040;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.09;MQRankSum=-8.453;QD=2.08;ReadPosRankSum=1.114;SOR=0.730;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:412,55:0.12:467
chr1	248525638	rs34079073	CA	C	8929.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.008;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=787;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.542;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=2.296;NF=53;NR=89;PP=2954;ReadPosRankSum=1.394;SC=CCTATTTACTCATCCTCCTCA;SOR=0.628;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=376;TCF=151;TCR=225;TR=142;WE=248525646;WS=248525628;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:496,280:0.36:776
chr1	248550976	rs6587467	T	G	5111.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.245;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=632;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.529;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=96;NR=73;PP=2425;ReadPosRankSum=0.245;SC=TCACAATAAATGCTCAGGATT;SOR=0.782;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=394;TCF=218;TCR=176;TR=169;WE=248550984;WS=248550966;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:364,265:0.42:629
chr1	248551146	rs72766981	C	G	3822.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.847;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=326;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.368;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=89;PP=2408;ReadPosRankSum=0.208;SC=CCATTGTGCCCAAGATGCTGG;SOR=0.788;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=241;TCF=85;TCR=156;TR=134;WE=248551154;WS=248551136;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:146,173:0.54:319
chr1	248569282	rs28667896	A	G	720.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.688;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=8;PP=432;ReadPosRankSum=0.154;SC=AGTAAATGCTAGATATCAGTC;SOR=0.669;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=61;TCF=41;TCR=20;TR=24;WE=248569290;WS=248569272;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,36:0.41:88
chr1	248569369	rs28599722	A	G	2312.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-2.273;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=282;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.948;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=26;PP=1055;ReadPosRankSum=-0.820;SC=ATTAATTCACATGTTGTTATT;SOR=0.624;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=184;TCF=123;TCR=61;TR=79;WE=248569377;WS=248569359;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:154,122:0.44:276
chr1	248570440	rs6695780	G	A	2067.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=8;NR=51;PP=1511;SC=GGTAAATGGGGGACTCTGTGG;SOR=2.833;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=61;TCF=9;TCR=52;TR=59;WE=248570448;WS=248570430;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr1	248604452	rs78822516	A	G	65.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.067;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FS=1.505;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.00;MQRankSum=0.251;QD=0.69;ReadPosRankSum=0.661;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:86,10:0.10:96
chr1	248604454	rs113331655	CAT	C	3540.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=0.710;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.145;NF=41;NR=25;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.374;SC=CCAACTTTATCATATCTCTTT;SOR=1.042;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=80;TCF=52;TCR=28;TR=66;WE=248604473;WS=248604442;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,87:0.90:97
chr1	248604465	rs76925977	C	T	4693.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=81;NR=32;PP=2962;SC=ATATCTCTTTCGTGTACCCTA;SOR=1.938;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=113;TCF=81;TCR=32;TR=113;WE=248604473;WS=248604442;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr1	248604542	rs61834485	C	T	6935.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=247;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=119;NR=80;PP=2965;SC=TGTTCAGCAACGCCCGTTTCC;SOR=1.147;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=200;TCF=119;TCR=81;TR=199;WE=248604550;WS=248604532;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,247:1.00:247
chr1	248604559	rs150497047	T	TTC	243.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.193;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=283;ExcessHet=3.0103;FS=31.240;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.34;MQRankSum=-9.757;QD=0.87;ReadPosRankSum=-1.446;SOR=2.487;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:259,20:0.07:279
chr1	248604614	rs201226597	A	T	1142.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.433;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=361;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.96;MQRankSum=-10.725;QD=3.17;ReadPosRankSum=-1.186;SOR=0.689;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:277,84:0.23:361
chr1	248604765	rs144165631	T	A	8930.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=326;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=48.91;QD=27.56;SOR=0.810;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,324:1.00:324
chr1	248604971	rs200863194	T	C	1106.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.653;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FS=12.133;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.98;MQRankSum=-0.711;QD=7.58;ReadPosRankSum=0.007;SOR=1.372;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:90,56:0.38:146
chr1	248605436	rs71642447	C	G	1185.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.856;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=464;ExcessHet=3.0103;FS=12.916;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.55;MQRankSum=-18.921;QD=2.62;ReadPosRankSum=-3.191;SOR=1.984;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:391,61:0.13:452
chr1	248605442	rs71642448	G	T	1058.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.097;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=410;ExcessHet=3.0103;FS=21.738;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.36;MQRankSum=-19.893;QD=2.65;ReadPosRankSum=-3.003;SOR=2.024;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:349,50:0.13:399
chr1	248617173	rs78428672	A	G	1931.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.632;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FS=7.746;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.15;MQRankSum=-10.189;QD=14.42;ReadPosRankSum=-2.545;SOR=1.565;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:74,60:0.45:134
chr1	248617181	.	C	T	1524.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.849;ClippingRankSum=0.000;DP=100;ExcessHet=3.0103;FS=13.773;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.88;MQRankSum=-9.263;QD=15.25;ReadPosRankSum=-2.057;SOR=2.646;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:61,39:0.39:100
chr1	248636579	rs1782198	C	T	1623.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.294;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-13.676;NF=48;NR=13;PP=943;ReadPosRankSum=1.946;SC=AGAAAAAGGTCAGGAAAGCCA;SOR=0.638;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=196;TCF=154;TCR=42;TR=61;WE=248636587;WS=248636569;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:153,78:0.34:231
chr1	248637046	rs148025314	G	A	2441.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.132;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=370;ExcessHet=3.0103;FS=15.060;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.43;MQRankSum=-6.404;QD=6.86;ReadPosRankSum=-0.486;SOR=1.306;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:228,128:0.36:356
chr1	248637065	rs139758663	A	G	1709.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.270;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=271;ExcessHet=3.0103;FS=20.558;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.79;MQRankSum=-6.696;QD=6.58;ReadPosRankSum=-0.537;SOR=1.702;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:176,84:0.32:260
chr1	248637115	rs139558207	T	C	230.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.066;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FS=56.480;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=42.71;MQRankSum=3.455;QD=2.54;ReadPosRankSum=-3.034;SOR=1.915;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:75,16:0.18:91
chr1	248637362	rs77686526	C	T	3240.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.369;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=520;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=11.419;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-7.889;NF=120;NR=46;PP=2541;ReadPosRankSum=-1.276;SC=ATTCTGCCGCCGGCCACAGGA;SOR=1.316;SbPval=0.95;Source=Platypus;TC=438;TCF=266;TCR=172;TR=166;WE=248637375;WS=248637352;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:342,177:0.34:519
chr1	248637416	rs75924848	GC	CT	904.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.415;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=892;ExcessHet=3.0103;FS=5.715;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.94;MQRankSum=-11.444;QD=1.07;ReadPosRankSum=-3.798;SOR=1.263;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:741,102:0.12:843
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chr1	248637543	rs139993642	C	T	4550.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.261;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1037;ExcessHet=3.0103;FS=0.588;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.10;MQRankSum=-8.653;QD=4.39;ReadPosRankSum=0.633;SOR=0.787;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:749,287:0.28:1036
chr1	248637685	rs201431222	T	C	2642.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=4.246;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-8.381;NF=22;NR=103;PP=2556;ReadPosRankSum=1.684;SC=CCCTCAGGTCTCCGGGTCCCC;SOR=0.740;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=202;TCF=32;TCR=170;TR=125;WE=248637693;WS=248637675;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,103:0.59:174
chr1	248652011	rs150528589	A	T	751.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.004;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=331;ExcessHet=3.0103;FS=6.436;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.33;MQRankSum=-7.391;QD=2.29;ReadPosRankSum=1.330;SOR=0.413;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:257,72:0.22:329
chr1	248652023	rs139516854	G	A	708.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.925;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=284;ExcessHet=3.0103;FS=7.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.46;MQRankSum=-6.628;QD=2.51;ReadPosRankSum=0.933;SOR=0.392;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:218,64:0.23:282
chr1	248652058	rs199730299	G	A	1139.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.294;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FS=10.906;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.02;MQRankSum=-3.816;QD=7.45;ReadPosRankSum=-3.556;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:115,38:0.25:153
chr1	248652061	rs200544370	C	T	1105.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.781;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FS=9.699;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.63;MQRankSum=-3.921;QD=7.73;ReadPosRankSum=-3.508;SOR=0.240;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:109,34:0.24:143
chr1	248652071	rs199723306	G	C	753.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.920;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FS=12.437;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.22;MQRankSum=-2.757;QD=6.67;ReadPosRankSum=-2.023;SOR=0.120;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:93,20:0.18:113
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chr1	248685719	rs9330305	A	T	8102.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.764;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=653;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.472;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=112;NR=141;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.178;SC=CATCATATTCATGTACCTTCA;SOR=0.847;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=423;TCF=196;TCR=227;TR=253;WE=248685727;WS=248685709;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:271,374:0.58:645
chr1	248722507	rs199706827	C	T	177.28	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=37.90;MQRankSum=0.319;QD=22.16;ReadPosRankSum=-0.000;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,7:0.88:8
chr1	248722611	rs200169450	C	G	3076.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.804;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=44.81;MQRankSum=2.504;QD=42.15;ReadPosRankSum=-0.097;SOR=0.643;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:3,70:0.96:73
chr1	248722621	rs201345491	G	A	4436.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-3.205;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FS=2.443;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=48.60;MQRankSum=2.870;QD=43.08;ReadPosRankSum=0.547;SOR=0.287;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:4,99:0.96:103
chr1	248722624	rs200919674	C	T	4436.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-3.219;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FS=2.435;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=49.21;MQRankSum=2.873;QD=40.33;ReadPosRankSum=0.575;SOR=0.307;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:4,106:0.96:110
chr1	248722659	rs201896684	C	T	5353.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.971;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FS=3.733;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=53.11;MQRankSum=3.532;QD=24.34;ReadPosRankSum=-1.454;SOR=0.288;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:6,214:0.97:220
chr1	248722671	rs140437806	T	A	7354.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-4.375;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=285;ExcessHet=3.0103;FS=8.104;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=54.18;MQRankSum=3.352;QD=25.81;ReadPosRankSum=-0.756;SOR=0.084;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:4,281:0.99:285
chr1	248722777	rs77589892	T	A	7119.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.61;BaseQRankSum=0.041;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=311;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=6.431;NF=90;NR=133;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.440;SC=TTGGCCATCCTGGTGATGTTG;SOR=0.722;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=248;TCF=103;TCR=145;TR=223;WE=248722785;WS=248722767;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:19,285:0.94:304
chr1	248722883	rs78125102	A	G	2271.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.933;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=7.812;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.68;MQRankSum=0.154;QD=35.50;ReadPosRankSum=1.080;SOR=3.021;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,57:0.89:64
chr1	248722888	rs78981094	C	G	2219.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.182;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=7.210;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.03;MQRankSum=-0.172;QD=37.62;ReadPosRankSum=1.680;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,52:0.88:59
chr1	248737095	rs200055265	T	C	111.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=36.40;QD=27.76;SOR=3.258;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr1	248737230	rs199863869	T	C	1030.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.579;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=39.69;MQRankSum=1.751;QD=14.94;ReadPosRankSum=-0.976;SOR=0.980;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,39:0.57:69
chr1	248737259	rs189248971	C	G	2959.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=40.30;QD=28.19;SOR=7.092;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr1	248737293	rs200427293	GC	AG	4350.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-4.518;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.524;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=32;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.993;NF=88;NR=17;PP=2944;ReadPosRankSum=2.324;SC=GCACCGAAGAGCAGCAGCACT;SOR=1.122;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=243;TCF=205;TCR=38;TR=105;WE=248737302;WS=248737283;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:104,113:0.52:217
chr1	248737319	rs77940099	G	A	4578.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-5.509;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=402;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.735;HP=1;HapScore=1;MGOF=37;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.175;NF=118;NR=56;PP=2816;ReadPosRankSum=1.850;SC=CATGTGGGAGGAGCAGGTGGC;SOR=0.401;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=388;TCF=280;TCR=108;TR=174;WE=248737327;WS=248737309;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:196,205:0.51:401
chr1	248737343	rs61833441	C	T	1289.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.684;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=594;ExcessHet=3.0103;FS=12.834;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.18;MQRankSum=-2.242;QD=2.19;ReadPosRankSum=-2.712;SOR=1.814;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:483,107:0.18:590
chr1	248737348	rs61833442	G	A	12217.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.560;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=666;ExcessHet=3.0103;FS=1.989;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.48;MQRankSum=-0.539;QD=18.46;ReadPosRankSum=-1.310;SOR=0.828;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:202,460:0.69:662
chr1	248737511	rs150608839	A	G	7741.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=1.432;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1031;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.657;NF=122;NR=181;PP=2962;ReadPosRankSum=0.265;SC=AGTCTCACAGAAAAAACTCAG;SOR=0.692;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=801;TCF=324;TCR=477;TR=303;WE=248737519;WS=248737501;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:624,392:0.39:1016
chr1	248737595	rs150601708	A	G	5681.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=9.159;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=248;ExcessHet=3.0103;FS=14.062;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=41.09;MQRankSum=-2.451;QD=22.91;ReadPosRankSum=2.354;SOR=2.264;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:54,194:0.78:248
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chr1	248737664	rs147489167	C	T	783.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.727;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FS=58.831;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=44.36;MQRankSum=-5.714;QD=5.37;ReadPosRankSum=0.992;SOR=6.200;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:118,28:0.19:146
chr1	248789454	rs1892441	G	C	3060.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=47;NR=36;PP=1706;SC=TCCTTAGGAAGCCTTATCCTC;SOR=0.907;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=83;TCF=47;TCR=36;TR=83;WE=248789462;WS=248789444;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr1	248789504	rs1892442	T	C	4344.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=60;NR=51;PP=1989;SC=TGCTACTTTCTGAGCAGATGA;SOR=0.819;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=111;TCF=60;TCR=51;TR=111;WE=248789512;WS=248789494;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,166:1.00:166
chr1	248790075	rs1892443	A	G	6978.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=265;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=65;NR=92;PP=2965;SC=GCCACGTAGCAGTCATAGGCC;SOR=0.947;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=157;TCF=65;TCR=92;TR=157;WE=248790083;WS=248790065;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,262:1.00:262
chr1	248801480	.	A	G	117.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.543;ClippingRankSum=0.000;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=17.280;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.36;MQRankSum=-3.717;QD=1.66;ReadPosRankSum=-3.194;SOR=3.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:63,8:0.11:71
chr1	248801488	.	C	T	369.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.297;ClippingRankSum=0.000;DP=74;ExcessHet=3.0103;FS=22.966;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.09;MQRankSum=-3.823;QD=5.00;ReadPosRankSum=-3.445;SOR=4.548;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:63,11:0.15:74
chr1	248801505	.	T	TCA	699.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.175;ClippingRankSum=0.000;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=15.240;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.22;MQRankSum=-3.845;QD=8.64;ReadPosRankSum=-3.464;SOR=2.595;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:62,19:0.23:81
chr1	248801511	.	A	G	876.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.139;ClippingRankSum=0.000;DP=88;ExcessHet=3.0103;FS=25.270;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.51;MQRankSum=-3.623;QD=9.96;ReadPosRankSum=-3.385;SOR=3.247;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:62,26:0.30:88
chr1	248801514	.	AC	A	951.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.64;BaseQRankSum=4.273;ClippingRankSum=0.000;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=25.270;HP=6;HapScore=2;MGOF=49;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-3.623;NF=14;NR=2;PP=1718;ReadPosRankSum=-2.735;SC=ATCAGTCACCACCCCTGATGC;SOR=3.247;SbPval=0.99;Source=Platypus;TC=47;TCF=27;TCR=20;TR=16;WE=248801583;WS=248801495;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,26:0.30:88
chr1	248801528	.	G	A	1353.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.607;ClippingRankSum=0.000;DP=91;ExcessHet=3.0103;FS=15.448;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.39;MQRankSum=-2.881;QD=14.88;ReadPosRankSum=-2.332;SOR=2.115;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:54,37:0.41:91
chr1	248801538	.	G	A	1404.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.807;ClippingRankSum=0.000;DP=89;ExcessHet=3.0103;FS=17.735;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.19;MQRankSum=-2.577;QD=15.78;ReadPosRankSum=0.622;SOR=2.235;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:51,38:0.43:89
chr1	248801542	rs372631772	A	G	1416.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.155;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FS=20.684;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.97;MQRankSum=-2.242;QD=16.47;ReadPosRankSum=1.823;SOR=2.288;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:48,38:0.44:86
chr1	248801550	rs374446105	C	T	1599.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.264;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FS=20.905;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.90;MQRankSum=-1.673;QD=18.60;ReadPosRankSum=3.629;SOR=2.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:45,41:0.48:86
chr1	248801556	rs79649486	C	T	1860.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.473;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FS=15.546;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.69;MQRankSum=-0.798;QD=21.89;ReadPosRankSum=3.854;SOR=1.995;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,44:0.52:85
chr1	248801566	rs74154510	T	G	2397.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.175;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FS=14.138;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.60;MQRankSum=2.179;QD=27.25;ReadPosRankSum=2.785;SOR=1.423;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,59:0.67:88
chr1	248801572	rs201969645	A	G	506.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.877;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FS=40.553;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.98;MQRankSum=-4.657;QD=6.11;ReadPosRankSum=-1.863;SOR=3.479;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:65,18:0.22:83
chr1	248801575	rs199693554	C	G	503.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.077;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=45.473;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.22;MQRankSum=-4.356;QD=6.22;ReadPosRankSum=-1.923;SOR=4.164;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:65,16:0.20:81
chr1	248801592	rs78622116	C	T	2871.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-6.583;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=41.024;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.02;MQRankSum=3.926;QD=35.45;ReadPosRankSum=3.306;SOR=0.744;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,69:0.85:81
chr1	248801602	.	T	TCA	2691.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.426;ClippingRankSum=0.000;DP=78;ExcessHet=3.0103;FS=38.989;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.77;MQRankSum=4.171;QD=34.51;ReadPosRankSum=4.810;SOR=0.423;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,65:0.83:78
chr1	248801610	rs150878651	G	A	2706.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-4.608;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=29.052;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.85;MQRankSum=3.714;QD=36.09;ReadPosRankSum=3.955;SOR=0.305;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,65:0.87:75
chr1	248801611	rs143981271	C	T	2706.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-5.859;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FS=32.045;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.73;MQRankSum=3.850;QD=35.62;ReadPosRankSum=4.195;SOR=0.304;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,65:0.86:76
chr1	248801633	rs74901534	A	G	2615.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.448;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=17.600;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.29;MQRankSum=3.460;QD=36.84;ReadPosRankSum=0.774;SOR=0.015;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,63:0.89:71
chr1	248801778	rs201643849	A	T	360.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.679;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=6.726;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=41.43;MQRankSum=0.505;QD=22.55;ReadPosRankSum=-1.244;SOR=0.314;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,13:0.81:16
chr1	248801944	rs143010547	TCAGCACG	T	6431.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=46.72;QD=44.05;SOR=1.073;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,146:1.00:146
chr1	248802249	rs201931676	T	TAGA	1202.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=39.65;QD=75.17;SOR=2.049;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr1	248813135	rs4916153	G	A	727.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=20;NR=3;PP=500;SC=GGTGGCATGTGGGTCACTTGT;SOR=3.098;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=23;TCF=20;TCR=3;TR=23;WE=248813143;WS=248813125;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr1	248813547	rs201161767	G	C	79.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=40.00;QD=26.43;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr1	248813901	rs144600224	A	T	65.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.718;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=6.398;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.12;MQRankSum=-3.298;QD=1.53;ReadPosRankSum=-2.245;SOR=2.012;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,7:0.16:43
chr1	248814052	rs28533004	T	A	3896.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.196;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=271;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.17;MQRankSum=-2.685;QD=14.49;ReadPosRankSum=-0.441;SOR=0.680;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:93,176:0.65:269
chr1	248814080	rs1782242	A	C	9438.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=364;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=150;NR=201;PP=2965;SC=ATGGAGGTCAAAAAGACCAGG;SOR=0.871;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=351;TCF=150;TCR=201;TR=351;WE=248814088;WS=248814070;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,364:1.00:364
chr1	248814126	rs28418327	G	A	5237.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.897;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=393;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.243;HP=2;HapScore=1;MGOF=32;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-1.764;NF=75;NR=152;PP=2962;ReadPosRankSum=0.543;SC=GGAAACGGGCGTTGCTGAACA;SOR=0.625;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=339;TCF=114;TCR=225;TR=227;WE=248814134;WS=248814116;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:140,253:0.64:393
chr1	248814209	rs148876159	GAT	G	1050.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-2.091;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.916;HP=2;HapScore=1;MGOF=30;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-3.155;NF=0;NR=29;PP=1367;ReadPosRankSum=-2.888;SC=ACACAAAAGAGATATGACAAA;SOR=0.905;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=88;TCF=0;TCR=88;TR=29;WE=248814224;WS=248814199;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,33:0.28:118
chr1	248814216	rs202080638	C	T	1073.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-3.227;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=30;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-3.861;NF=5;NR=21;PP=1365;ReadPosRankSum=-2.553;SC=AGAGATATGACAAAGTTGGAA;SOR=0.761;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=93;TCF=20;TCR=73;TR=26;WE=248814224;WS=248814199;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,30:0.28:108
chr1	248814265	rs3033476	GAAC	G	367.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=46.50;QD=40.86;SOR=4.615;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr1	248844959	rs55871516	T	C	5520.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.179;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=385;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.387;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=94;NR=76;PP=2962;ReadPosRankSum=2.351;SC=GATTTGGAAATAGGAGATCAT;SOR=0.653;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=265;TCF=148;TCR=117;TR=170;WE=248844967;WS=248844949;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:137,244:0.64:381
chr1	248845097	rs2000390	C	T	4054.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.022;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=551;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.490;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=87;NR=60;PP=2233;ReadPosRankSum=0.831;SC=GTGGATCACACTGGATCTGCA;SOR=0.892;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=375;TCF=207;TCR=168;TR=147;WE=248845105;WS=248845087;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:328,211:0.39:539
chr1	248845356	rs41311583	G	T	4672.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-2.641;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=346;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=75;NR=67;PP=2165;ReadPosRankSum=0.867;SC=CTGCGAGTCAGGGAGTTACGG;SOR=0.705;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=233;TCF=120;TCR=113;TR=142;WE=248845364;WS=248845346;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:127,215:0.63:342
chr1	248845411	rs11485825	G	A	1861.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.282;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=296;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.667;HP=1;HapScore=1;MGOF=29;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=38;PP=970;ReadPosRankSum=-0.552;SC=GATCCAAAACGGAGAGGTTCT;SOR=0.821;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=196;TCF=95;TCR=101;TR=67;WE=248845419;WS=248845401;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:194,101:0.34:295
chr1	248845458	rs4509608	C	T	1586.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.544;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=255;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.520;HP=1;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=37;PP=908;ReadPosRankSum=0.428;SC=AGATGCTGATCGAGAGTGATG;SOR=0.861;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=177;TCF=86;TCR=91;TR=65;WE=248845479;WS=248845448;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:164,87:0.35:251
chr1	248845471	rs4575113	T	C	7783.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=246;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=81;NR=98;PP=2962;SC=GAGTGATGACTGCAATGATGA;SOR=0.824;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=179;TCF=81;TCR=98;TR=179;WE=248845479;WS=248845448;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,241:1.00:241
chr1	248845499	rs4462184	A	G	7050.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=268;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=72;NR=102;PP=2965;SC=CCCCACCAGCACTGCCAGATA;SOR=0.902;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=174;TCF=72;TCR=102;TR=174;WE=248845507;WS=248845489;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,261:1.00:261
chr1	249106348	rs202116012	G	C	1826.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.033;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.758;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=28;PP=1110;ReadPosRankSum=1.944;SC=CCGCACCCTCGGCCCCCTCAA;SOR=0.837;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=145;TCF=84;TCR=61;TR=71;WE=249106356;WS=249106338;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:111,87:0.44:198
chr1	249110906	rs4926508	G	C	1601.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.199;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.129;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=34;PP=911;ReadPosRankSum=0.357;SC=TTGGGTCCCAGCCCCTCTTGT;SOR=0.783;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=150;TCF=70;TCR=80;TR=62;WE=249110914;WS=249110896;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:113,79:0.41:192
chr2	41366	rs55798386	C	T	175.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.614;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.083;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=0;PP=186;ReadPosRankSum=0.423;SC=CCTCTGGAAGCAACACTAGTT;SOR=1.942;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=41;TCF=37;TCR=4;TR=12;WE=41374;WS=41359;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,10:0.24:41
chr2	45895	rs4241318	A	G	4997.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=86;NR=57;PP=2965;SC=GGTCTCGGGGATTGCGGGGTC;SOR=1.165;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=143;TCF=86;TCR=57;TR=143;WE=45903;WS=45885;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,167:1.00:167
chr2	224919	rs2290911	A	G	1953.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.567;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.948;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=28;PP=939;ReadPosRankSum=-0.034;SC=CATTTCTGTTACCTGCCAAAA;SOR=0.552;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=106;TCF=58;TCR=48;TR=58;WE=224933;WS=224909;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,91:0.56:163
chr2	224970	rs2290912	C	T	1702.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=1.435;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.592;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=31;PP=800;ReadPosRankSum=-1.115;SC=TAGTATATATCATACAAAATA;SOR=0.788;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=107;TCF=49;TCR=58;TR=55;WE=224978;WS=224960;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,81:0.52:156
chr2	230912	rs2306060	A	C	2120.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=4.062;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.590;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=15;PP=1470;ReadPosRankSum=1.810;SC=GAAGTCAGTGAAACTACGAAG;SOR=0.972;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=128;TCF=100;TCR=28;TR=74;WE=230920;WS=230902;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,84:0.59:142
chr2	242732	rs113405432	T	TAAC	4365.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.391;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.42;MQRankSum=1.420;QD=31.18;ReadPosRankSum=2.249;SOR=0.734;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,106:0.76:140
chr2	243567	rs11383620	T	TA	6356.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.209;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=634;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=10;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.826;NF=35;NR=126;PP=2253;ReadPosRankSum=1.896;SC=ATGTGTCTATTAAAAAAAAAA;SOR=0.732;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=285;TCF=66;TCR=219;TR=161;WE=243576;WS=243557;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:220,375:0.63:595
chr2	262553	rs7596678	T	C	3590.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-2.333;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=35;PP=1588;ReadPosRankSum=-2.042;SC=TGGGATCTTCTCAGAGAAAAT;SOR=0.723;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=156;TCF=97;TCR=59;TR=100;WE=262561;WS=262543;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,165:0.71:233
chr2	264019	rs7595075	C	A	3024.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-4.485;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.993;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=65;PP=1655;ReadPosRankSum=0.628;SC=CGTCCCGAGGCTGCCCAGGAA;SOR=0.473;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=136;TCF=41;TCR=95;TR=97;WE=264027;WS=264009;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,129:0.70:185
chr2	264895	rs4854300	G	C	5814.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=110;NR=46;PP=2965;SC=GGGCAAGAGGGTGGCAGTGCG;SOR=1.575;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=156;TCF=110;TCR=46;TR=156;WE=264903;WS=264885;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,205:1.00:205
chr2	271797	rs59937473	G	A	1055.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-2.481;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=8;PP=706;ReadPosRankSum=0.603;SC=GGTGTGTAAAGAAGGGGAGCT;SOR=0.669;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=59;TCF=47;TCR=12;TR=38;WE=271805;WS=271787;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,43:0.65:66
chr2	271998	rs112400131	CA	C	2434.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.332;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=381;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.17;MQRankSum=1.943;QD=7.33;ReadPosRankSum=0.233;SOR=0.688;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:126,206:0.62:332
chr2	272203	rs11553746	C	T	6455.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.064;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=437;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.910;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=79;NR=122;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.087;SC=GGGTCATTGACAGCGGTGCTG;SOR=0.852;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=296;TCF=120;TCR=176;TR=201;WE=272211;WS=272193;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:134,291:0.68:425
chr2	272840	rs12714401	G	A	1248.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-2.348;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=8;PP=784;ReadPosRankSum=0.838;SC=TTTATATTATGAATTAGAAGC;SOR=0.770;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=78;TCF=63;TCR=15;TR=42;WE=272848;WS=272830;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,53:0.56:95
chr2	272926	rs12714402	A	G	5187.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-1.022;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=428;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.536;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=87;NR=55;PP=2015;ReadPosRankSum=-0.260;SC=TGGAATCTTCATTGGTCAGGT;SOR=0.741;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=240;TCF=144;TCR=96;TR=142;WE=272934;WS=272916;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:165,254:0.61:419
chr2	273070	rs12714403	A	G	3784.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.391;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=288;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=80;PP=2187;ReadPosRankSum=-0.999;SC=GGGGCTGTGAAGTCCTTCTTG;SOR=0.711;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=214;TCF=80;TCR=134;TR=126;WE=273078;WS=273060;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:115,168:0.59:283
chr2	277003	rs79716074	A	G	692.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-3.378;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.147;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=5;PP=461;ReadPosRankSum=0.764;SC=AAAAGTAATCAAGTTAAAACC;SOR=0.160;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=41;TCF=35;TCR=6;TR=26;WE=277011;WS=276993;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,31:0.67:46
chr2	283231	rs368562757	A	AT	2083.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-2.466;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.557;HP=7;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.636;NF=2;NR=57;PP=1456;ReadPosRankSum=0.707;SC=AATAAATCGCATTTTTTTGCA;SOR=0.300;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=104;TCF=3;TCR=101;TR=59;WE=283239;WS=283221;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,99:0.72:137
chr2	287448	rs376142253	TAAA	T	1366.82	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.276;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.14;MQRankSum=0.669;QD=19.53;ReadPosRankSum=0.257;SOR=0.861;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,57:0.81:70
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chr2	676177	rs2293083	C	G	11373.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=2.017;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=436;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.500;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=123;NR=170;PP=2965;ReadPosRankSum=1.080;SC=CTGCAATACACTGAACTCTCC;SOR=0.751;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=296;TCF=125;TCR=171;TR=293;WE=676185;WS=676167;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:5,425:0.99:430
chr2	676457	rs2293082	G	C	18744.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=571;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=303;NR=146;PP=2965;SC=GCTGCAGCCCGGCACAGCCCT;SOR=1.292;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=449;TCF=303;TCR=146;TR=449;WE=676465;WS=676447;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,565:1.00:565
chr2	676478	rs3215297	T	TGTAA	7970.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.115;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=762;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.03;MQRankSum=2.172;QD=10.57;ReadPosRankSum=1.560;SOR=0.697;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:529,225:0.30:754
chr2	677213	rs3749138	G	A	2913.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=66;NR=17;PP=1820;SC=GCCACAGGCCGGGTGCTCTGT;SOR=2.170;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=83;TCF=66;TCR=17;TR=83;WE=677221;WS=677203;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr2	1079143	rs4971431	A	G	2972.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=3.428;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=381;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.854;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=74;NR=33;PP=1652;ReadPosRankSum=0.532;SC=TGCGTCACCTATCCCCACCCC;SOR=0.765;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=292;TCF=198;TCR=94;TR=107;WE=1079151;WS=1079133;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:226,143:0.39:369
chr2	1079320	rs4971432	C	T	3216.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=2.190;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=464;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=78;PP=1668;ReadPosRankSum=-0.772;SC=TCTGTGTGGGCGGAAGCCACC;SOR=0.703;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=341;TCF=130;TCR=211;TR=123;WE=1079328;WS=1079310;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:279,170:0.38:449
chr2	1093965	rs11127460	G	A	5700.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.677;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=417;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=85;NR=64;PP=2367;ReadPosRankSum=-2.155;SC=CTCTATTCCTGCTTTTTATTT;SOR=0.728;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=249;TCF=138;TCR=111;TR=149;WE=1093973;WS=1093955;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:143,263:0.65:406
chr2	1133188	rs5828807	G	GCACA	1689.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.707;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.290;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=5;PP=1247;ReadPosRankSum=1.016;SC=GTGGACACATGCACACACACA;SOR=1.096;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=54;TCF=42;TCR=12;TR=30;WE=1133197;WS=1133178;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,48:0.65:74
chr2	1133367	rs79642551	G	A	1738.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.479;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=266;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.469;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=35;PP=728;ReadPosRankSum=-0.847;SC=TATTGTACACGTTAATCCTTA;SOR=0.729;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=169;TCF=67;TCR=102;TR=57;WE=1133375;WS=1133357;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:165,96:0.37:261
chr2	1161295	rs61744692	C	T	1831.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.815;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=346;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.947;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=39;PP=890;ReadPosRankSum=0.783;SC=CTCAGGGAAGCGCCGGCATTT;SOR=0.651;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=234;TCF=113;TCR=121;TR=79;WE=1161303;WS=1161285;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:228,106:0.32:334
chr2	1168781	rs28505970	C	A	3213.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-2.043;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.867;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=47;PP=1416;ReadPosRankSum=-0.928;SC=GCTGCAGGGTCCCCAGGGCCA;SOR=0.483;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=145;TCF=69;TCR=76;TR=96;WE=1168789;WS=1168771;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,149:0.66:225
chr2	1241592	rs146197111	C	T	1946.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=47;NR=11;PP=1375;SC=GCATCAGCCTCGAAACTCACG;SOR=2.566;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=58;TCF=47;TCR=11;TR=58;WE=1241600;WS=1241582;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr2	1241883	rs35402865	G	A	2616.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.383;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.634;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=58;PP=1573;ReadPosRankSum=-0.987;SC=TGATTAACCCGAAACAGAAAA;SOR=0.607;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=120;TCF=37;TCR=83;TR=85;WE=1241891;WS=1241873;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,111:0.67:166
chr2	1241944	rs28502413	G	C	983.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.236;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.305;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=27;PP=712;ReadPosRankSum=1.313;SC=CATTAAAAATGAAGCCATCAG;SOR=0.113;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=48;TCF=11;TCR=37;TR=37;WE=1241952;WS=1241934;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,39:0.74:53
chr2	1243312	rs28760535	T	C	1453.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.968;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=2.695;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.50;ReadPosRankSum=-1.167;SOR=0.382;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,36:0.63:57
chr2	1243318	rs28436921	C	T	1556.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.486;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=22.24;ReadPosRankSum=0.140;SOR=0.784;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,42:0.60:70
chr2	1243608	rs28570180	A	C	3735.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.300;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.774;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=80;PP=2237;ReadPosRankSum=1.699;SC=GTATTTTCTGATTCATGATGT;SOR=0.460;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=169;TCF=54;TCR=115;TR=121;WE=1243616;WS=1243598;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,157:0.73:214
chr2	1243645	rs28411047	T	G	2294.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-0.988;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.793;HP=5;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=57;PP=1393;ReadPosRankSum=-0.235;SC=CAGTCTCTGGTTTTTTGAAAT;SOR=0.614;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=110;TCF=32;TCR=78;TR=81;WE=1243653;WS=1243635;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,97:0.74:131
chr2	1251087	rs58278307	A	AAAGGTT	4888.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.768;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=32;PP=2963;ReadPosRankSum=1.791;SC=TGTAATTTTCACCCCTCTGCA;SOR=0.658;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=83;TCF=34;TCR=49;TR=49;WE=1251096;WS=1251077;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,119:0.62:193
chr2	1251088	rs55953201	C	T	4897.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=2.023;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=32;PP=2962;ReadPosRankSum=2.684;SC=GTAATTTTCACCCCTCTGCAG;SOR=0.711;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=132;TCF=79;TCR=53;TR=75;WE=1251096;WS=1251077;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,122:0.62:197
chr2	1263005	rs9330340	A	G	942.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=1.098;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.090;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=7;PP=672;ReadPosRankSum=-0.922;SC=GTAAAGTTTAATGTTACCAAT;SOR=0.130;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=49;TCF=41;TCR=8;TR=34;WE=1263013;WS=1262995;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,36:0.71:51
chr2	1263356	rs62106570	T	C	741.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=2.081;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.994;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=26;PP=626;ReadPosRankSum=0.067;SC=CTGGACCCATTCTCCTGCCCT;SOR=2.566;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=40;TCF=5;TCR=35;TR=28;WE=1263364;WS=1263346;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,27:0.69:39
chr2	1271230	rs13023962	A	G	2996.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-2.515;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=48;PP=1346;ReadPosRankSum=-2.665;SC=TTGCTTCAGCATCGTGGCCGG;SOR=0.643;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=136;TCF=63;TCR=73;TR=92;WE=1271238;WS=1271220;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,136:0.74:185
chr2	1320143	rs4927635	C	T	13425.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=514;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=154;NR=167;PP=2965;SC=CAGATTGAGACGAAGGTATGC;SOR=0.761;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=322;TCF=155;TCR=167;TR=321;WE=1320151;WS=1320133;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,513:1.00:513
chr2	1320300	rs35466197	A	G	2860.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.70;SOR=2.636;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr2	1320304	rs74994128	CG	AC	2795.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;JOINED;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=48.20;SOR=2.644;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
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chr2	1440299	rs28909386	A	G	1129.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=0.990;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.655;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=34;PP=751;ReadPosRankSum=-1.136;SC=CCTCCCCGACATGGCCTCCTG;SOR=1.262;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=70;TCF=10;TCR=60;TR=38;WE=1440307;WS=1440289;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,44:0.56:78
chr2	1442417	rs4425120	C	T	976.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-0.806;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.617;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=8;PP=805;ReadPosRankSum=-0.450;SC=TGTGCAACATCGTGGGCATCC;SOR=1.584;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=57;TCF=44;TCR=13;TR=39;WE=1442425;WS=1442407;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,38:0.66:58
chr2	1442476	rs1969248	T	C	2840.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-2.326;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.371;HP=3;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=75;NR=23;PP=1748;ReadPosRankSum=-0.139;SC=GGGGAATCCCTGAGCAAAGCC;SOR=0.954;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=148;TCF=108;TCR=40;TR=98;WE=1442484;WS=1442466;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,118:0.69:170
chr2	1442551	rs3036132	ATTTT	A	9861.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.269;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=476;ExcessHet=3.0103;FS=0.549;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=22.72;ReadPosRankSum=3.256;SOR=0.633;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:134,300:0.69:434
chr2	1457364	rs2070881	A	G	8883.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=3.794;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=618;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.656;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=201;NR=92;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.460;SC=CTCCGGAGAGACCCCACTTAT;SOR=0.959;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=448;TCF=297;TCR=151;TR=293;WE=1457372;WS=1457354;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:214,381:0.64:595
chr2	1459806	rs4927610	A	G	352.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.839;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=3;PP=204;ReadPosRankSum=-0.697;SC=CTGCTACCACAGGGTCCTCCT;SOR=0.711;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=24;TCF=19;TCR=5;TR=14;WE=1459814;WS=1459796;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,17:0.57:30
chr2	1460004	rs4927611	G	T	2560.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-1.782;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.627;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=38;PP=913;ReadPosRankSum=1.174;SC=CGGGGGAGGGGCTGACTGCCA;SOR=0.893;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=109;TCF=50;TCR=59;TR=65;WE=1460012;WS=1459994;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,121:0.64:188
chr2	1460140	rs4927612	A	G	265.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.992;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=1.619;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.86;ReadPosRankSum=0.506;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,16:0.53:30
chr2	1481155	rs2280132	G	T	3141.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.184;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.654;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=56;PP=1744;ReadPosRankSum=-0.625;SC=ACGCGCGCCTGCGGCCTGTGC;SOR=0.783;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=136;TCF=61;TCR=75;TR=102;WE=1481163;WS=1481145;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,134:0.76:176
chr2	1481231	rs2175977	G	C	4134.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-2.559;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=259;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.517;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=60;PP=1736;ReadPosRankSum=1.034;SC=GGCCGCGCCAGCGAGGTCCCC;SOR=0.758;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=153;TCF=73;TCR=80;TR=114;WE=1481239;WS=1481221;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,188:0.73:256
chr2	1491510	.	C	CA	479.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.144;ClippingRankSum=0.000;DP=201;ExcessHet=3.0103;FS=0.690;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.05;MQRankSum=0.000;QD=2.61;ReadPosRankSum=-0.325;SOR=0.779;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:129,55:0.30:184
chr2	1546327	rs1042589	C	G	19704.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-2.106;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=765;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=233;NR=236;PP=2965;ReadPosRankSum=1.361;SC=CAGGCAAATCCGAAATCAGCA;SOR=0.223;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=471;TCF=234;TCR=237;TR=469;WE=1546335;WS=1546317;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,760:1.00:761
chr2	1642537	rs6729142	T	C	2895.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.25;SOR=2.231;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr2	1642537	.	TGCTATACC	CGTTATACG,CGTTATATG	655	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.26;FR=0.5000,0.5000;HP=4;HapScore=2;MGOF=15;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=27,14;NR=8,4;PP=655,201;QD=20.5276535675;SC=GGGAATAAAATGCTATACCCA;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=58;TCF=45;TCR=13;TR=35,18;WE=1642553;WS=1642527;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.60:58
chr2	1642539	rs6742040	C	T	2999.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=46.15;SOR=2.267;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr2	1642544	rs116214231	C	T	394.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.976;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FS=2.540;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.48;ReadPosRankSum=0.793;SOR=1.231;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:51,21:0.29:72
chr2	1642545	rs6742039	C	G	3073.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.29;SOR=2.082;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr2	1642803	.	CGGGTCTCATTTCAAGGTTTCCTGGGTGTGCACCGCCCCTGATGCTCTGAGCT	C	355.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.31;QD=5.31;SOR=1.066;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr2	1647171	rs6730800	T	C	14052.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=525;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=212;NR=157;PP=2965;SC=CCCGGAGGTCTACCCTGGGGA;SOR=0.960;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=369;TCF=212;TCR=157;TR=369;WE=1647179;WS=1647161;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,520:1.00:520
chr2	1648570	rs13015020	G	A	2623.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.342;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=390;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=57;PP=1165;ReadPosRankSum=0.941;SC=AAAGCTGCACGTGGTAAAAAA;SOR=0.710;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=250;TCF=100;TCR=150;TR=94;WE=1648578;WS=1648560;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:236,145:0.38:381
chr2	1651842	rs11685976	C	A	2990.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.727;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.618;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=69;NR=27;PP=1692;ReadPosRankSum=0.064;SC=CTGCACGACACGAACAAAACT;SOR=0.782;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=136;TCF=98;TCR=38;TR=96;WE=1651850;WS=1651832;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,128:0.69:186
chr2	1652660	rs3811613	G	A	5046.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.196;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=321;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.426;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=88;PP=2761;ReadPosRankSum=-1.759;SC=TGGGGCTCTCGTTCTCGTCCC;SOR=0.608;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=233;TCF=97;TCR=136;TR=152;WE=1652668;WS=1652650;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:105,215:0.67:320
chr2	1652822	rs1863135	T	G	10791.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=403;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=137;NR=131;PP=2965;SC=TGGATGCGTCTATGTAGGAGG;SOR=0.744;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=269;TCF=138;TCR=131;TR=268;WE=1652830;WS=1652812;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,402:1.00:402
chr2	1664654	rs17841813	A	G	2517.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-0.823;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.301;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=75;NR=22;PP=1630;ReadPosRankSum=0.256;SC=GCATCTTACCATTCACACTGA;SOR=0.921;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=148;TCF=112;TCR=36;TR=97;WE=1664662;WS=1664644;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,112:0.66:169
chr2	1667310	rs12475392	G	A	4301.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.403;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=315;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.429;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=77;NR=53;PP=2063;ReadPosRankSum=0.009;SC=TGTCAGCTGCGGAATTCTGTG;SOR=0.663;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=215;TCF=128;TCR=87;TR=130;WE=1667318;WS=1667300;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:114,198:0.63:312
chr2	1683923	rs72763569	G	T	512.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-1.453;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.278;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=5.103;NF=20;NR=4;PP=279;ReadPosRankSum=2.027;SC=GTGTGTAGATGGTGTGAGTGT;SOR=1.045;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=82;TCF=64;TCR=18;TR=24;WE=1683931;WS=1683913;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,27:0.30:90
chr2	1696510	rs138859568	AAC	A	11859.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=339;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=8;NR=145;PP=2971;SC=GAGGTGCAGGAACACACAGAG;SOR=1.561;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=162;TCF=8;TCR=154;TR=153;WE=1696519;WS=1696500;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,292:1.00:292
chr2	1812792	rs76779761	C	T	803.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.627;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FS=7.591;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.66;ReadPosRankSum=-0.692;SOR=1.369;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:99,43:0.30:142
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chr2	1926488	rs13399855	C	T	12043.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.008;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=867;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=218;NR=167;PP=2962;ReadPosRankSum=0.180;SC=TGTTCTGCTGCGGATTCCTCT;SOR=0.669;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=595;TCF=340;TCR=255;TR=385;WE=1926496;WS=1926478;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:324,534:0.62:858
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chr2	1946770	rs148009982	TTCCTCC	T	4355.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.306;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=683;ExcessHet=3.0103;FS=0.577;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.60;MQRankSum=9.647;QD=9.21;ReadPosRankSum=-0.695;SOR=0.615;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:336,137:0.29:473
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chr2	1983395	rs2304009	C	T	2930.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.448;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=308;ExcessHet=3.0103;FS=0.970;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.87;ReadPosRankSum=-1.285;SOR=0.615;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:208,89:0.30:297
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chr2	3200948	rs1037467	C	A	708.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-3.917;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.492;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=18;PP=430;ReadPosRankSum=-0.110;SC=CCTTAAATGGCAAAAATGAAC;SOR=0.157;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=42;TCF=9;TCR=33;TR=25;WE=3200956;WS=3200938;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,30:0.64:47
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chr2	3212712	rs28705690	T	C	1736.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.980;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=309;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=57;PP=944;ReadPosRankSum=1.719;SC=TCCTTCAGAATGTTCAGATTC;SOR=0.709;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=225;TCF=72;TCR=153;TR=86;WE=3212720;WS=3212702;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:202,101:0.33:303
chr2	3217777	rs11127386	A	C	480.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.812;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.53;MQRankSum=-1.071;QD=20.90;ReadPosRankSum=1.592;SOR=0.638;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,18:0.78:23
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chr2	3217908	rs11682452	G	C	5920.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-2.672;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=378;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.189;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=89;NR=53;PP=2444;ReadPosRankSum=-1.371;SC=CTGTGTTGTTGCTTTTACTTA;SOR=0.482;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=222;TCF=143;TCR=79;TR=142;WE=3217916;WS=3217898;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:112,261:0.70:373
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chr2	3469463	rs4971514	G	C	1105.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.269;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=25;PP=549;ReadPosRankSum=-0.218;SC=GGATTTCCCTGCAGGTACCTG;SOR=0.657;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=145;TCF=67;TCR=78;TR=49;WE=3469471;WS=3469453;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:143,67:0.32:210
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chr2	3470254	rs11677515	T	G	1390.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=2.513;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.773;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=38;PP=843;ReadPosRankSum=1.356;SC=GGTTAAGTGATATCCAGCTAC;SOR=0.824;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=158;TCF=57;TCR=101;TR=55;WE=3470262;WS=3470244;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:144,74:0.34:218
chr2	3481637	rs4535074	T	C	884.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.291;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FS=0.582;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.63;ReadPosRankSum=0.612;SOR=0.771;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:133,58:0.30:191
chr2	3481659	rs4321399	G	A	732.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.423;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.473;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=22;PP=386;ReadPosRankSum=0.438;SC=TAGAGAAGGCGCTTCTCCCTG;SOR=0.849;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=99;TCF=35;TCR=64;TR=31;WE=3481667;WS=3481649;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:97,44:0.31:141
chr2	3481716	rs4535075	T	C	324.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=2.253;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=11;PP=204;ReadPosRankSum=0.550;SC=CCAAGGAGTATACAGGTGTTT;SOR=0.693;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=51;TCF=12;TCR=39;TR=14;WE=3481724;WS=3481706;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,18:0.27:66
chr2	3482722	rs13003061	C	T	2650.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-3.095;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=505;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=55;PP=1167;ReadPosRankSum=0.673;SC=CCCCAAGCTGCAGGATCCTCC;SOR=0.659;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=335;TCF=172;TCR=163;TR=110;WE=3482730;WS=3482712;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:342,160:0.32:502
chr2	3483181	rs13986	C	T	3076.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=4.069;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=578;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.570;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=75;PP=1762;ReadPosRankSum=0.400;SC=TGGAGGCTGTCGCCGGCAAGG;SOR=0.768;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=396;TCF=167;TCR=229;TR=129;WE=3483189;WS=3483171;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:388,172:0.31:560
chr2	3483205	rs6767	C	T	2759.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.920;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=496;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.674;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=72;PP=1622;ReadPosRankSum=0.604;SC=GGGACAGCTTCAACACACAGT;SOR=0.931;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=351;TCF=143;TCR=208;TR=116;WE=3483213;WS=3483195;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:328,152:0.32:480
chr2	3483390	rs7569694	T	G	291.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=3.981;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.901;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=13;PP=230;ReadPosRankSum=1.114;SC=GCCCAGGACTTCCCCGCAGTT;SOR=1.609;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=47;TCF=7;TCR=40;TR=14;WE=3483398;WS=3483380;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,14:0.29:48
chr2	3488502	rs9752130	A	G	4540.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.680;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=794;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=86;NR=78;PP=1931;ReadPosRankSum=-0.787;SC=AGATGCTGTCAGCCTCGCATC;SOR=0.673;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=453;TCF=240;TCR=213;TR=164;WE=3488510;WS=3488492;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:523,266:0.34:789
chr2	3523324	rs10179340	A	G	4379.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.38;SOR=0.874;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,166:1.00:166
chr2	3579760	rs1071625	T	C	8424.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.786;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=321;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=153;NR=83;PP=2965;ReadPosRankSum=0.210;SC=GCTAACACTTTGAGCAGCCAG;SOR=1.273;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=238;TCF=154;TCR=84;TR=236;WE=3579768;WS=3579750;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,313:0.99:315
chr2	3597974	rs10186193	T	C	3387.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=72;NR=23;PP=2098;SC=AAGGATGGCCTGGCCCCCAGT;SOR=1.931;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=96;TCF=73;TCR=23;TR=95;WE=3597982;WS=3597964;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr2	3600012	rs151141402	CCTCT	C	3440.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=51;PP=2858;SC=TTAAAAACACCCTCTCTATGT;SOR=2.162;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=57;TCF=2;TCR=55;TR=52;WE=3600023;WS=3600002;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr2	3605468	rs12711976	A	G	12325.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.018;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=475;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=146;NR=140;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.164;SC=CACAGGGTTTATTAGGCCACC;SOR=0.706;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=287;TCF=147;TCR=140;TR=286;WE=3605476;WS=3605458;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,465:0.99:469
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chr2	3628383	rs2071639	C	A	315.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=10;NR=1;PP=245;SC=TGAATTCTTTCTTTTCTTGTA;SOR=3.442;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=11;TCF=10;TCR=1;TR=11;WE=3628391;WS=3628373;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
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chr2	3660752	rs3811531	T	C	2346.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=60;NR=11;PP=1693;SC=GCGGCTGGGCTGCAGGCGGGG;SOR=2.720;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=71;TCF=60;TCR=11;TR=71;WE=3660760;WS=3660742;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr2	3660856	rs7567724	G	A	1536.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.147;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=371;ExcessHet=3.0103;FS=0.884;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.18;ReadPosRankSum=-0.112;SOR=0.758;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:264,104:0.28:368
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chr2	3685074	rs3811527	A	G	2986.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.882;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.646;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=71;NR=38;PP=1728;ReadPosRankSum=-1.412;SC=GGAGGAGGCCACGGTGTCACC;SOR=0.777;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=145;TCF=94;TCR=51;TR=109;WE=3685082;WS=3685064;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,136:0.75:182
chr2	3718646	rs60644898	G	A	1014.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.878;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FS=1.906;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.46;ReadPosRankSum=0.790;SOR=0.475;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:67,30:0.31:97
chr2	3718655	rs59726279	A	G	1337.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.845;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FS=0.712;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.62;ReadPosRankSum=-1.255;SOR=0.605;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:81,45:0.36:126
chr2	3718692	rs13409104	C	T	1219.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.124;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.556;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=16;PP=569;ReadPosRankSum=-0.167;SC=CCAGGAAGCACGGCTGATGCT;SOR=0.745;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=130;TCF=82;TCR=48;TR=45;WE=3718700;WS=3718682;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:124,69:0.36:193
chr2	3721632	rs13390724	G	A	323.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.322;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=3;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=5;PP=508;ReadPosRankSum=1.732;SC=ATTTATGGTTGCTTTATCTTT;SOR=0.573;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=36;TCF=26;TCR=10;TR=14;WE=3721648;WS=3721622;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,18:0.41:44
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chr2	3721729	rs12105179	A	G	1001.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.928;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.620;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=1.887;NF=19;NR=15;PP=466;ReadPosRankSum=-0.058;SC=TTGTAAATTGACATTCTGCAA;SOR=0.796;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=90;TCF=49;TCR=41;TR=34;WE=3721737;WS=3721719;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:98,56:0.36:154
chr2	3721821	rs13406032	A	G	685.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.999;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.769;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=14;PP=336;ReadPosRankSum=-0.440;SC=CATGTGATGTACACTGGCAAA;SOR=0.599;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=67;TCF=25;TCR=42;TR=23;WE=3721829;WS=3721811;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,37:0.36:103
chr2	3725964	rs72769388	C	T	385.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.051;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FS=1.006;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.65;ReadPosRankSum=0.094;SOR=0.822;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:61,22:0.27:83
chr2	3726163	rs2043080	T	C	1116.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=1.363;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.205;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=25;PP=677;ReadPosRankSum=0.465;SC=CAACGGTTCGTTCATCGAAGT;SOR=0.515;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=102;TCF=39;TCR=63;TR=43;WE=3726171;WS=3726153;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,56:0.40:139
chr2	3749084	rs11689171	T	C	3255.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-1.593;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=529;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.541;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQ=60.02;MQRankSum=1.350;NF=56;NR=40;PP=1062;ReadPosRankSum=0.524;SC=AAAATCACGCTGTGTTTTGCT;SOR=0.730;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=286;TCF=160;TCR=126;TR=96;WE=3749092;WS=3749074;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:339,187:0.36:526
chr2	3749151	rs66473381	GGAA	G	2059.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.578;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=390;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQ=60.06;MQRankSum=2.007;NF=7;NR=42;PP=1928;ReadPosRankSum=-0.543;SC=TGACAACTCAGGAAGAAGAAG;SOR=0.691;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=165;TCF=18;TCR=147;TR=49;WE=3749161;WS=3749141;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:236,118:0.33:354
chr2	3749267	rs11681270	G	A	478.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-3.814;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=1.332;NF=2;NR=20;PP=366;ReadPosRankSum=0.715;SC=CTCAGACTGTGCTATTTCCCT;SOR=0.723;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=54;TCF=5;TCR=49;TR=22;WE=3749275;WS=3749257;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,22:0.37:59
chr2	3756073	rs17505481	G	A	1214.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=29;NR=7;PP=845;SC=TCGTTTCTAAGGAGTCTGGAA;SOR=2.303;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=37;TCF=30;TCR=7;TR=36;WE=3756081;WS=3756063;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr2	3774436	rs357940	C	T	4201.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=90;NR=42;PP=2666;SC=TGGTCTGCCTCTCTCTGCATC;SOR=1.578;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=132;TCF=90;TCR=42;TR=132;WE=3774456;WS=3774426;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,152:1.00:152
chr2	3774448	rs12711970	T	C	5348.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=108;NR=49;PP=2965;SC=CTCTGCATCCTTCCTGGACCC;SOR=1.512;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=157;TCF=108;TCR=49;TR=157;WE=3774456;WS=3774426;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,191:1.00:191
chr2	3774519	rs357941	T	C	11974.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=468;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=151;NR=129;PP=2965;SC=AGGGCAGTGCTGTGCACACTG;SOR=0.801;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=281;TCF=152;TCR=129;TR=280;WE=3774527;WS=3774509;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,466:1.00:466
chr2	3800383	rs357969	C	T	2980.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.690;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=715;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=72;NR=71;PP=1810;ReadPosRankSum=-1.416;SC=ATCTTTTGGGCGACTCAAAGG;SOR=0.671;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=459;TCF=225;TCR=234;TR=143;WE=3800391;WS=3800373;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:509,188:0.27:697
chr2	3800496	rs357968	C	T	2295.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.038;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=454;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=55;PP=1182;ReadPosRankSum=0.546;SC=CAACAGTGAGCATGCTTCGTA;SOR=0.719;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=285;TCF=110;TCR=175;TR=91;WE=3800504;WS=3800486;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:313,133:0.30:446
chr2	3815250	rs10180257	A	G	5144.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=90;NR=25;PP=2945;SC=TCTCTGAGGAACTTGTGTCTT;SOR=1.823;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=115;TCF=90;TCR=25;TR=115;WE=3815258;WS=3815240;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,175:1.00:175
chr2	3815532	rs11404437	A	AT	1776.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.909;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.01;ReadPosRankSum=-1.081;SOR=0.838;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:12,99:0.89:111
chr2	3816872	rs114369437	A	G	3056.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.325;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.105;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=71;NR=36;PP=1734;ReadPosRankSum=0.468;SC=CATGGGTTTCAAAAGTTTGTC;SOR=0.893;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=140;TCF=92;TCR=48;TR=107;WE=3816880;WS=3816862;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,138:0.73:189
chr2	4672834	rs71906919	CTG	C	43.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.457;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.39;MQRankSum=3.236;QD=0.91;ReadPosRankSum=-0.582;SOR=0.713;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:40,8:0.17:48
chr2	6990020	rs10495545	C	T	4014.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.947;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=258;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=41;PP=1794;ReadPosRankSum=-1.137;SC=GGCTTAATACCGTCTGCAGGA;SOR=0.690;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=162;TCF=96;TCR=66;TR=104;WE=6990028;WS=6990010;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,176:0.69:254
chr2	7001224	.	TACACACACACGC	T	757	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;FR=0.5010;HP=2;HapScore=1;MGOF=22;MMLQ=22;MQ=59.91;NF=32;NR=35;PP=757;QD=11.6119402985;SC=CATGTACGTATACACACACAC;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=96;TCF=52;TCR=44;TR=67;WE=7001247;WS=7001214;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:29,67:0.70:96
chr2	7001233	rs3085147	ACG	A	10495.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.685;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=273;ExcessHet=3.0103;FS=4.175;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=38.59;ReadPosRankSum=1.223;SOR=1.061;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,271:1.00:272
chr2	7001247	.	ACACACACACACC	A	56.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=2.167;ClippingRankSum=0.000;DP=312;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.29;ReadPosRankSum=0.277;SOR=0.705;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:172,21:0.11:193
chr2	7001249	rs202012587	ACACACACACC	A	3827.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-1.118;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=312;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=22.13;ReadPosRankSum=1.744;SOR=0.696;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,139:0.80:173
chr2	7001259	.	C	A	2962	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;FR=0.5000;HP=2;HapScore=1;MGOF=88;MMLQ=24;MQ=59.96;NF=122;NR=71;PP=2962;QD=20;SC=ACACACACACCCACACACTTA;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=199;TCF=128;TCR=71;TR=193;WE=7001274;WS=7001245;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:6,193:0.97:199
chr2	7003879	rs2712039	G	A	545.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=15;PP=387;SC=GGACTGGAGTGTTTTATTTTA;SOR=2.948;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=17;TCF=2;TCR=15;TR=17;WE=7003887;WS=7003869;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr2	7005069	rs2595172	C	T	7625.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=296;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=140;NR=69;PP=2965;SC=AGAACCGGCTCTACAGACCAG;SOR=1.383;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=212;TCF=141;TCR=71;TR=209;WE=7005077;WS=7005059;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,279:1.00:279
chr2	7005369	rs11678810	A	G	8271.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=304;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=76;NR=112;PP=2965;SC=GTGCCTCCTGACAGGCGCCCA;SOR=0.997;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=188;TCF=76;TCR=112;TR=188;WE=7005377;WS=7005359;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,298:1.00:298
chr2	7005992	rs4669108	C	T	2126.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=52;NR=10;PP=1591;SC=GGCAGGAGCCCTGGGGCTGGG;SOR=2.737;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=62;TCF=52;TCR=10;TR=62;WE=7006000;WS=7005982;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr2	7017903	rs10182815	A	G	4044.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=88;NR=29;PP=2554;SC=TGGCATACAGAGACTGCTCTG;SOR=1.939;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=118;TCF=89;TCR=29;TR=117;WE=7017911;WS=7017893;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,139:1.00:139
chr2	7019079	rs6704746	A	G	9594.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.671;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=375;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=117;NR=94;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.221;SC=GATGAATTTCACAAAGCAATC;SOR=0.800;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=211;TCF=117;TCR=94;TR=211;WE=7019087;WS=7019069;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,371:0.99:373
chr2	7026958	rs10197837	T	A	443.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=4.441;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=1;PP=295;ReadPosRankSum=-0.905;SC=TAAGGAAAAGTGTCTTTTTAA;SOR=1.000;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=47;TCF=44;TCR=3;TR=17;WE=7026966;WS=7026948;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,19:0.38:50
chr2	7027323	rs9917321	T	A	3754.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-2.066;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=296;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.465;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=78;PP=1908;ReadPosRankSum=0.408;SC=CTTTTGCTGATTTCCTTCAAG;SOR=0.729;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=179;TCF=56;TCR=123;TR=114;WE=7027331;WS=7027313;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:108,174:0.62:282
chr2	7030541	rs2305258	C	T	360.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-2.742;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=12;PP=217;ReadPosRankSum=-2.679;SC=AAGGACCCCACACATTGTTAT;SOR=0.627;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=30;TCF=7;TCR=23;TR=16;WE=7030549;WS=7030531;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,17:0.55:31
chr2	7046272	.	TACACACACACACACACAC	T	2667.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.181;ClippingRankSum=0.000;DP=214;ExcessHet=3.0103;FS=4.484;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.96;MQRankSum=-0.985;QD=13.47;ReadPosRankSum=1.244;SOR=1.236;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:117,81:0.41:198
chr2	7046309	rs13395107	A	T	2496.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.776;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=337;ExcessHet=3.0103;FS=17.869;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.98;MQRankSum=-1.994;QD=7.59;ReadPosRankSum=2.529;SOR=1.449;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:219,110:0.33:329
chr2	7050483	.	ATG	A	1132.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.252;ClippingRankSum=0.000;DP=195;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.06;MQRankSum=1.148;QD=10.59;ReadPosRankSum=1.933;SOR=0.680;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:56,51:0.48:107
chr2	7076975	rs368028602	AGT	A,AGTGTGTGTGTGT,AGTGTGTGTGTGTGT	1016.73	.	AC=1,1,0;AF=0.500,0.500,0.00;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.836;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=1.695;HP=1;HapScore=4;MGOF=13;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=8,8;NR=11,11;PP=790,438;ReadPosRankSum=0.000;SC=CACACACAGTAGTGTGTGTGT;SOR=1.197;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=28;TCF=11;TCR=17;TR=19,19;WE=7076988;WS=7076965;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.31,0.56:62
chr2	7130516	rs373910830	TACACACACACAC	T	194.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.607;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FS=5.886;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.01;ReadPosRankSum=2.896;SOR=1.595;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:82,15:0.15:97
chr2	7130533	.	A	G	259.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.969;ClippingRankSum=0.000;DP=84;ExcessHet=3.0103;FS=4.126;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.29;ReadPosRankSum=3.138;SOR=1.387;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:63,16:0.20:79
chr2	7130554	.	CACACACACACACAG	C	956.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.737;ClippingRankSum=0.000;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=18.083;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=21.26;ReadPosRankSum=1.078;SOR=1.333;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,27:0.60:45
chr2	7137067	rs364891	A	G	258.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.341;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=2.620;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.39;ReadPosRankSum=-0.100;SOR=1.092;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:44,15:0.25:59
chr2	7154632	rs309325	T	C	18742.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=722;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=236;NR=187;PP=2965;SC=GATTAGAAACTGCAATTAGCT;SOR=0.836;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=425;TCF=237;TCR=188;TR=423;WE=7154640;WS=7154622;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,718:1.00:718
chr2	7154826	rs58700190	A	AT	1322.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.341;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=368;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.983;HP=9;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.492;NF=4;NR=49;PP=552;ReadPosRankSum=-1.621;SC=TCCTGTTTGCATTTTTTTTTC;SOR=0.622;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=181;TCF=18;TCR=163;TR=53;WE=7154834;WS=7154816;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:214,98:0.31:312
chr2	7164483	rs6709878	C	T	2150.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=2.722;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=307;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.701;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=29;PP=1182;ReadPosRankSum=-0.656;SC=AGAGTCCTCACGGCGTTTCTC;SOR=0.969;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=191;TCF=115;TCR=76;TR=80;WE=7164491;WS=7164473;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:187,114:0.38:301
chr2	7170388	.	C	CTGTGTG	727.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.969;ClippingRankSum=0.000;DP=442;ExcessHet=3.0103;FS=4.052;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.02;MQRankSum=0.000;QD=5.97;ReadPosRankSum=2.311;SOR=0.307;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:91,31:0.25:122
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chr2	7208422	rs1869297	T	C	671.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=2.430;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=21;PP=466;ReadPosRankSum=1.512;SC=GGGTTGTTTATAACACATTTT;SOR=0.674;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=87;TCF=24;TCR=63;TR=31;WE=7208430;WS=7208412;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,34:0.31:108
chr2	7243449	rs10617957	AGTGTGT	A	9811.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.329;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=424;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=3.000;NF=61;NR=84;PP=2994;ReadPosRankSum=0.547;SC=TGCATGAGTGAGTGTGTGTGT;SOR=0.713;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=222;TCF=90;TCR=132;TR=145;WE=7243464;WS=7243435;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:124,270:0.69:394
chr2	7386160	rs35913686	C	T	1072.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-2.717;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.154;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=14;PP=505;ReadPosRankSum=2.430;SC=TGTGCACGCGCGTGTGTGTGT;SOR=0.514;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=156;TCF=112;TCR=44;TR=47;WE=7386168;WS=7386148;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:130,63:0.33:193
chr2	7403641	rs111726098	T	TAC,TACACAC	2210.73	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.464;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=1.009;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.510;NF=18,18;NR=27,27;PP=310,1457;ReadPosRankSum=0.328;SC=CAGGTATAGATACACACACAC;SOR=0.573;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=71;TCF=35;TCR=36;TR=45,45;WE=7403652;WS=7403631;set=Intersection	GT:AF:DP	0/1:0.56:147
chr2	7409989	rs10548278	TTG	T	310.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.408;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=534;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.04;MQRankSum=3.752;QD=0.77;ReadPosRankSum=-2.612;SOR=0.712;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:354,48:0.12:402
chr2	7421557	rs4668533	C	G	1510.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=3.815;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.813;NF=45;NR=3;PP=1135;ReadPosRankSum=-1.842;SC=TTGGCTCCAACTAGATGCACG;SOR=0.747;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=81;TCF=74;TCR=7;TR=48;WE=7421578;WS=7421547;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,56:0.62:91
chr2	7421778	rs4668534	A	T	3412.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=263;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=67;PP=1696;ReadPosRankSum=-0.479;SC=TAGCTGCTGAAGCACGAAGCA;SOR=0.698;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=190;TCF=77;TCR=113;TR=113;WE=7421786;WS=7421768;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:98,158:0.62:256
chr2	7421860	rs57998976	A	T	1058.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.829;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=35;PP=733;ReadPosRankSum=0.026;SC=TGGTGGCCAGATTTCCTGCCA;SOR=0.646;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=57;TCF=2;TCR=55;TR=36;WE=7421868;WS=7421850;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,42:0.67:63
chr2	7471480	rs70942698	T	TCACACACA	430.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.707;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FS=3.874;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.03;ReadPosRankSum=-0.767;SOR=0.325;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:87,20:0.19:107
chr2	7471732	rs6732990	G	A	166.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-2.733;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=8;PP=105;ReadPosRankSum=-1.599;SC=TCTGGAATGAGCTGTTCACAT;SOR=1.051;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=29;TCF=2;TCR=27;TR=8;WE=7471740;WS=7471722;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,9:0.28:32
chr2	7540646	rs5829105	C	CA	1931.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.341;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=311;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.958;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=22;PP=1011;ReadPosRankSum=1.128;SC=GAAGGTCAAGCAAGCATTCGA;SOR=0.769;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=118;TCF=33;TCR=85;TR=32;WE=7540654;WS=7540636;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:215,90:0.30:305
chr2	7540695	rs2163257	C	G	1353.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.336;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=297;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.57;ReadPosRankSum=0.485;SOR=0.671;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:210,86:0.29:296
chr2	7540784	rs4669196	T	C	605.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=0.907;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.958;HP=4;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.426;NF=8;NR=20;PP=405;ReadPosRankSum=-0.030;SC=AAAGAATATATAAAGTTTATT;SOR=0.478;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=75;TCF=17;TCR=58;TR=28;WE=7540792;WS=7540774;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,31:0.34:92
chr2	7594516	rs1466671	G	A	4908.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=1.311;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=906;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.560;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=101;NR=79;PP=2180;ReadPosRankSum=-0.794;SC=TCTGGTTTGCGCCGCATCTTG;SOR=0.633;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=543;TCF=318;TCR=225;TR=180;WE=7594524;WS=7594506;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:601,286:0.32:887
chr2	8822892	rs373887089	CAAAAAAAAAAAA	C	6609.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.591;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=321;ExcessHet=3.0103;FS=10.573;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.17;MQRankSum=1.097;QD=23.11;ReadPosRankSum=1.604;SOR=1.535;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:83,203:0.71:286
chr2	8822912	rs3845751	A	C	1270.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.540;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=363;ExcessHet=3.0103;FS=2.175;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.15;MQRankSum=-0.902;QD=3.61;ReadPosRankSum=2.180;SOR=0.507;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:259,93:0.26:352
chr2	8822912	.	A	AC	2997	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;FR=0.5000;HP=24;HapScore=2;MGOF=10;MMLQ=24;MQ=59.86;NF=68;NR=62;PP=2997;QD=20;SC=AAAAAAAAAAAAAAAACCCTT;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=240;TCF=134;TCR=106;TR=130;WE=8822920;WS=8822881;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:110,130:0.54:240
chr2	8870814	rs6431959	A	G	7065.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=262;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=113;NR=60;PP=2965;SC=TCTGTCATAAAGGTACAGTAA;SOR=1.135;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=173;TCF=113;TCR=60;TR=173;WE=8870822;WS=8870804;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,258:1.00:258
chr2	8877042	rs61742863	G	A	5905.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.065;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=445;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.538;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=102;NR=76;PP=2747;ReadPosRankSum=1.483;SC=CTCTGGTCCAGCCCTTCTATT;SOR=0.632;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=270;TCF=157;TCR=113;TR=178;WE=8877050;WS=8877032;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:163,273:0.63:436
chr2	8887180	rs3351	A	G	1586.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.468;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=12;PP=733;ReadPosRankSum=-1.285;SC=ACAAACGCAGAGTTAGTGAGC;SOR=0.730;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=71;TCF=49;TCR=22;TR=42;WE=8887188;WS=8887170;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,71:0.67:106
chr2	8887426	rs12622593	A	G	1689.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.148;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FS=3.314;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.73;ReadPosRankSum=1.499;SOR=0.391;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,79:0.78:101
chr2	8887910	rs1978841	A	T	575.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=3.239;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.200;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=4;PP=390;ReadPosRankSum=-0.122;SC=AAAACTATGTATAAAATCAGT;SOR=1.041;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=68;TCF=58;TCR=10;TR=26;WE=8887918;WS=8887900;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,27:0.36:75
chr2	8910736	rs57679000	G	GT	152.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.343;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.11;ReadPosRankSum=0.309;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,12:0.48:25
chr2	8910987	rs12476359	A	T	5879.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=51;NR=108;PP=2965;SC=AAAAGCATTTAAAAATTAATA;SOR=1.375;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=159;TCF=51;TCR=108;TR=159;WE=8910995;WS=8910977;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,221:1.00:221
chr2	8911010	rs17630893	T	C	1079.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.673;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.474;HP=1;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=32;PP=666;ReadPosRankSum=-0.939;SC=TGTGTGATAGTATGTTAAGTA;SOR=0.414;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=120;TCF=30;TCR=90;TR=46;WE=8911018;WS=8911000;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:91,54:0.37:145
chr2	8916847	rs4669338	A	T	1038.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=24;NR=8;PP=727;SC=AAGCTTATTAACTATCATAGA;SOR=2.179;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=33;TCF=24;TCR=9;TR=32;WE=8916855;WS=8916837;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
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chr2	8998624	rs10929559	A	G	1763.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=42;NR=7;PP=1244;SC=TGGCCCACGGAGACATGGCAT;SOR=2.998;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=49;TCF=42;TCR=7;TR=49;WE=8998632;WS=8998619;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
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chr2	9484561	rs79044067	TAAAA	T	8412.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=78;NR=34;PP=2988;SC=TTGTTGTTGTTAAAAAAAAAA;SOR=2.366;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=130;TCF=90;TCR=40;TR=112;WE=9484572;WS=9484551;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,191:1.00:191
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chr2	9528801	rs3811594	T	C	5310.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=3.906;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=305;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.104;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=140;PP=2962;ReadPosRankSum=0.703;SC=TTATTTTCTGTTTGCTTCCTA;SOR=0.803;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=251;TCF=59;TCR=192;TR=182;WE=9528809;WS=9528791;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,207:0.70:295
chr2	9540849	rs10204214	C	T	8643.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-2.773;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=654;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.542;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=137;NR=111;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.749;SC=ATGTCTTAAGCTGCTTCATTT;SOR=0.774;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=391;TCF=213;TCR=178;TR=248;WE=9540857;WS=9540839;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:232,410:0.64:642
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chr2	9554461	rs10185646	C	A	2613.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.508;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=567;ExcessHet=3.0103;FS=0.588;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.68;ReadPosRankSum=1.071;SOR=0.785;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:398,161:0.29:559
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chr2	9616301	rs3831465	TAGG	T	343.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.386;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.669;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=2;PP=23;ReadPosRankSum=-0.187;SC=AATCAGTATATAGGAGAAGGA;SOR=0.116;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=0;TCR=14;TR=2;WE=9616311;WS=9616291;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,10:0.43:23
chr2	9630231	rs6705408	C	T	247.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.563;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.552;HP=3;HapScore=4;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=1;PP=655;ReadPosRankSum=-0.062;SC=TCACAAAATACAAGCTGTGAT;SOR=1.609;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=29;TCF=24;TCR=5;TR=12;WE=9630252;WS=9630221;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,13:0.34:38
chr2	9630244	rs3833563	AT	A	527.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.325;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=4;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=6;PP=662;ReadPosRankSum=-0.158;SC=GCTGTGATTGATTTGTAGGTC;SOR=0.758;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=28;TCF=17;TCR=11;TR=13;WE=9630252;WS=9630221;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,20:0.36:55
chr2	9631340	rs10495562	T	C	731.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.813;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.723;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=16;PP=377;ReadPosRankSum=-0.477;SC=GTGAGTACTATTTCATCACAG;SOR=0.588;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=77;TCF=29;TCR=48;TR=26;WE=9631348;WS=9631330;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,41:0.34:121
chr2	9633137	rs4622692	T	G	1619.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=2.065;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=257;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.928;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=36;PP=851;ReadPosRankSum=1.564;SC=TCCAAACAGTTAATGTCTTGA;SOR=0.903;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=162;TCF=73;TCR=89;TR=60;WE=9633145;WS=9633127;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:164,89:0.35:253
chr2	9634856	rs1048610	A	G	2084.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.256;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=477;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=49;PP=1045;ReadPosRankSum=1.625;SC=CACAGCGGCCAGAAAGGTCCC;SOR=0.690;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=294;TCF=138;TCR=156;TR=94;WE=9634864;WS=9634846;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:336,133:0.28:469
chr2	9642478	rs34367192	C	T	732.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=2.901;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.731;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=23;PP=436;ReadPosRankSum=-0.719;SC=GCTACAGTTACGTTACAGTGA;SOR=0.351;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=77;TCF=13;TCR=64;TR=29;WE=9642486;WS=9642468;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,35:0.38:91
chr2	9642521	rs13031491	C	T	373.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=2.720;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=14;PP=232;ReadPosRankSum=1.133;SC=CTCCTGGCTCCGTCACCCACT;SOR=0.638;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=43;TCF=4;TCR=39;TR=16;WE=9642529;WS=9642511;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,18:0.35:51
chr2	9650350	rs35431407	C	CATAA	1613.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=1.844;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.729;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=32;PP=1783;ReadPosRankSum=-0.218;SC=TAAATAGAGCCTTATAATCAG;SOR=1.004;SbPval=0.15;Source=Platypus;TC=106;TCF=6;TCR=100;TR=36;WE=9650358;WS=9650340;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:103,46:0.31:149
chr2	9657947	rs2298763	A	T	124.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=1.501;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5003;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=2;PP=141;ReadPosRankSum=-0.431;SC=TACATTTTTTAAAAAAATACC;SOR=0.473;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=9;TCF=7;TCR=2;TR=7;WE=9657955;WS=9657937;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,8:0.80:10
chr2	9661184	rs4328603	T	C	4510.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=119;NR=18;PP=2965;SC=TGCTGCTACATGGGATGGGGT;SOR=2.990;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=137;TCF=119;TCR=18;TR=137;WE=9661192;WS=9661174;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,153:1.00:153
chr2	9662410	rs35744046	T	C	327.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.239;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FS=1.955;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.28;ReadPosRankSum=0.494;SOR=0.937;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:76,24:0.24:100
chr2	9695906	rs12692386	A	G	1095.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=27;PP=812;SC=CGACGCCCCCAGAAGTGCAGG;SOR=3.026;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=32;TCF=5;TCR=27;TR=32;WE=9695914;WS=9695896;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr2	9728574	rs67724256	A	G	311.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.694;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=2.501;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.87;ReadPosRankSum=-0.529;SOR=0.382;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:46,18:0.28:64
chr2	9770589	rs200302461	G	GCGGGGC	1725.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.62;BaseQRankSum=1.255;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.636;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=2.084;NF=2;NR=18;PP=1086;ReadPosRankSum=1.110;SC=CATGGCGGGCGCGGGGCCGGG;SOR=0.771;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=79;TCF=6;TCR=73;TR=20;WE=9770597;WS=9770579;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:109,51:0.32:160
chr2	9770613	rs1130874	G	A	1632.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.61;BaseQRankSum=0.287;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.386;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=17;PP=316;ReadPosRankSum=2.405;SC=GGGGCGGAGGGCGAGGAGAGC;SOR=0.822;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=84;TCF=29;TCR=55;TR=25;WE=9770621;WS=9770603;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:108,48:0.31:156
chr2	9983591	rs35818430	A	AG	10575.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=290;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=23;NR=76;PP=2936;SC=TCCGGCCGGAAGCTTCTCCAG;SOR=0.707;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=112;TCF=27;TCR=85;TR=99;WE=9983599;WS=9983581;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,282:1.00:282
chr2	9983686	rs2303914	G	T	2389.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.464;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.032;HP=1;HapScore=1;MGOF=35;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=51;PP=1316;ReadPosRankSum=-1.154;SC=CCTCGAGGAGGCGGTAAGGAG;SOR=0.910;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=122;TCF=47;TCR=75;TR=81;WE=9983694;WS=9983676;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,109:0.64:170
chr2	9983716	rs385513	A	C	3274.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=31;NR=59;PP=1867;SC=CTGGCGGGCCACGATCGCCGG;SOR=1.297;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=90;TCF=31;TCR=59;TR=90;WE=9983724;WS=9983706;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr2	9986162	rs287987	C	T	842.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.748;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.881;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=7;PP=481;ReadPosRankSum=-0.772;SC=AATTATTCTTCGTTATCCTTT;SOR=0.471;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=76;TCF=61;TCR=15;TR=29;WE=9986170;WS=9986152;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,40:0.40:100
chr2	9991556	rs287991	G	A	327.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=2;PP=273;SC=TGGGTTAATTGAAAAAAAAAG;SOR=2.670;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=14;TCF=12;TCR=2;TR=14;WE=9991564;WS=9991546;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr2	9991867	rs287992	G	A	1712.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=7;NR=39;PP=1110;SC=TAACACTAGGGCTACTGGAAG;SOR=2.381;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=46;TCF=7;TCR=39;TR=46;WE=9991875;WS=9991857;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr2	10023016	rs447465	T	C	2002.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=39;PP=1287;SC=GCTTGACTTATTATTTGGTGT;SOR=2.105;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=51;TCF=12;TCR=39;TR=51;WE=10023024;WS=10023006;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr2	10044941	rs450192	G	T	7296.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.04;SOR=2.133;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,162:1.00:162
chr2	10044946	rs450194	G	T	7735.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.98;SOR=2.028;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,180:1.00:180
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chr2	10045024	rs396190	G	A	25661.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=614;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.63;SOR=0.978;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,602:1.00:602
chr2	10045147	rs448327	A	G	13178.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=504;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=119;NR=200;PP=2965;SC=TAAGTGTGTGACATATATTGT;SOR=1.096;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=322;TCF=120;TCR=202;TR=319;WE=10045155;WS=10045137;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,490:1.00:490
chr2	10050947	rs1054561	T	C	4487.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=47;NR=53;PP=1917;SC=ATCCTATAGCTAAAATGGCAA;SOR=0.789;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=100;TCF=47;TCR=53;TR=100;WE=10050968;WS=10050937;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,172:1.00:172
chr2	10050960	rs1054565	A	G	4047.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=44;NR=49;PP=1728;SC=AATGGCAAAAACTGTTAAGTA;SOR=0.788;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=95;TCF=45;TCR=50;TR=93;WE=10050968;WS=10050937;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,153:1.00:153
chr2	10051053	rs10495576	G	C	1079.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=26;PP=762;SC=GTAAGTGTACGTCAATTTTAT;SOR=2.712;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=29;TCF=3;TCR=26;TR=29;WE=10051061;WS=10051043;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr2	10051792	rs2241664	A	G	753.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=17;PP=497;SC=TATACACATAAACACATGTAT;SOR=2.215;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=22;TCF=5;TCR=17;TR=21;WE=10051800;WS=10051782;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr2	10053412	rs12467598	C	T	13742.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=529;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=158;NR=181;PP=2965;SC=ATGCACCTGCCTTACTTCTGT;SOR=0.816;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=340;TCF=158;TCR=182;TR=339;WE=10053420;WS=10053402;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,514:1.00:514
chr2	10059770	rs1820965	G	T	8455.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.708;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=324;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=122;NR=90;PP=2965;ReadPosRankSum=2.332;SC=CACTGGTCGAGTCAACAGCAA;SOR=0.926;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=215;TCF=124;TCR=91;TR=212;WE=10059778;WS=10059760;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,322:0.99:324
chr2	10183748	rs372827624	TGCC	T	524.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-1.048;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=4;PP=313;ReadPosRankSum=1.545;SC=AGCTCCGGGTTGCCGCCGCCG;SOR=0.693;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=22;TCF=11;TCR=11;TR=8;WE=10183758;WS=10183738;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,16:0.32:50
chr2	10183970	rs115226520	A	G	716.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.781;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.23;ReadPosRankSum=1.331;SOR=0.686;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:76,39:0.34:115
chr2	10186419	rs35927125	A	G	1662.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.271;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=303;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.448;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=27;PP=705;ReadPosRankSum=-2.535;SC=CAAAGATCCCAGAAAGGTGAC;SOR=0.737;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=181;TCF=97;TCR=84;TR=57;WE=10186427;WS=10186409;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:204,97:0.32:301
chr2	10188649	rs11687357	A	T	17507.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=669;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=151;NR=249;PP=2965;SC=GGAACTATGTATGCAGCTTCC;SOR=1.052;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=401;TCF=151;TCR=250;TR=400;WE=10188657;WS=10188639;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,653:1.00:653
chr2	10225215	rs55815895	G	T	1432.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-0.125;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.975;HP=3;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=14;PP=1033;ReadPosRankSum=-0.578;SC=AGGTTCAGGTGCCCATCCCTG;SOR=0.960;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=76;TCF=55;TCR=21;TR=52;WE=10225223;WS=10225205;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,56:0.67:83
chr2	10225241	rs6432058	C	T	1904.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=1.877;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.568;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=21;PP=1202;ReadPosRankSum=0.445;SC=CTGAGTAAGACGATGTTTGTG;SOR=0.933;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=104;TCF=70;TCR=34;TR=68;WE=10225249;WS=10225231;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,83:0.65:127
chr2	10226306	rs34098251	G	GC	4763.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.722;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.653;NF=5;NR=59;PP=2723;ReadPosRankSum=0.653;SC=GAATAGACCAGCGAGCTCTGA;SOR=0.730;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=91;TCF=10;TCR=81;TR=64;WE=10226314;WS=10226296;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,146:0.73:201
chr2	10262920	rs1130609	T	G	2465.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.567;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=431;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=53;ReadPosRankSum=0.270;SC=TCGCTGCGCCTCCACTATGCT;SOR=0.712;SbPval=0.59;Source=Platypus;TCF=98;TR=84;WE=10262928;WS=10262910;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:284,139:0.33:423
chr2	10264057	rs6432065	T	C	3357.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.556;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=555;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=72;PP=1317;ReadPosRankSum=1.748;SC=TCGTCTTGTATGTTTTTCCAT;SOR=0.730;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=324;TCF=135;TCR=189;TR=120;WE=10264065;WS=10264047;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:346,197:0.36:543
chr2	10281903	rs5829249	G	GC	4523.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=49;NR=22;PP=2973;SC=GGTGGCCATGGCCTGGGGCTG;SOR=1.666;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=77;TCF=52;TCR=25;TR=71;WE=10281911;WS=10281898;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
chr2	10282147	rs11896140	T	C	3974.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=2.986;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=637;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=84;PP=2309;ReadPosRankSum=-0.613;SC=GCTATGCCCCTTGCTCTTTCA;SOR=0.644;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=419;TCF=173;TCR=246;TR=147;WE=10282155;WS=10282137;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:415,214:0.34:629
chr2	10332876	rs56228505	AC	A	2244.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=32;PP=735;SC=CTGCCACTCCACCCCCCCCTG;SOR=1.150;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=36;TCF=2;TCR=34;TR=34;WE=10332884;WS=10332866;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr2	10350599	rs7423163	G	C	1700.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.738;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=406;ExcessHet=3.0103;FS=1.816;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.25;ReadPosRankSum=0.814;SOR=0.799;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:287,113:0.28:400
chr2	10563236	rs55737425	G	A	4847.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.362;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=309;ExcessHet=3.0103;FS=13.903;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.95;ReadPosRankSum=-1.230;SOR=0.292;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:86,218:0.72:304
chr2	10566792	rs2270306	C	G	5828.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.745;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=422;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=97;NR=63;PP=2962;ReadPosRankSum=0.165;SC=CCCATCCTCTCTGGAAGCATA;SOR=0.745;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=244;TCF=143;TCR=101;TR=160;WE=10566812;WS=10566782;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:156,262:0.63:418
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chr2	10582415	rs145483973	G	A	376.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=1.342;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.176;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=12;PP=253;ReadPosRankSum=-1.061;SC=TCAACAGACAGGTTTATCATT;SOR=0.255;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=24;TCF=2;TCR=22;TR=14;WE=10582423;WS=10582405;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,16:0.55:29
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chr2	10729897	rs759403	C	T	1359.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.409;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.043;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=32;PP=784;ReadPosRankSum=0.217;SC=GGAAAAAGTACGTAAAAATTT;SOR=0.990;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=65;TCF=22;TCR=43;TR=48;WE=10729905;WS=10729887;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,59:0.71:83
chr2	10741141	rs10181806	A	G	655.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-0.651;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.905;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=19;PP=492;ReadPosRankSum=-1.857;SC=GCTTAAAGGTAAACAGTTGTG;SOR=0.330;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=31;TCF=6;TCR=25;TR=24;WE=10741149;WS=10741131;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,26:0.76:34
chr2	10743153	rs2287061	C	T	1990.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.647;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=11.357;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=21;PP=1279;ReadPosRankSum=-0.197;SC=GAAATGGCCACAGACTGCGCA;SOR=1.638;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=106;TCF=68;TCR=38;TR=70;WE=10743161;WS=10743143;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,83:0.69:121
chr2	10743191	rs2287062	G	A	3687.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.625;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=249;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.082;HP=4;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=68;NR=38;PP=1881;ReadPosRankSum=1.059;SC=AATAACTGTAGTTTTCTGTTT;SOR=0.801;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=168;TCF=106;TCR=62;TR=106;WE=10743199;WS=10743181;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,160:0.67:239
chr2	10747246	rs6744854	C	G	1215.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=1.436;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.028;HP=4;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=6;PP=531;ReadPosRankSum=0.429;SC=TTCTCATGTTCAAAACTCAAA;SOR=0.163;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=47;TCF=39;TCR=8;TR=29;WE=10747254;WS=10747236;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,30:0.64:47
chr2	10747271	rs6759740	A	G	1764.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=2.202;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.284;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=8;PP=943;ReadPosRankSum=-1.490;SC=AAGTAGAAATAAAGTAATTAC;SOR=0.409;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=67;TCF=57;TCR=10;TR=46;WE=10747279;WS=10747261;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,52:0.68:76
chr2	10762302	rs70953325	TA	T	19117.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=558;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=31;NR=196;PP=2951;SC=GGTAAACAGTTAACACAGGAA;SOR=0.944;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=237;TCF=31;TCR=206;TR=227;WE=10762310;WS=10762292;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,532:1.00:532
chr2	10799467	rs201112079	TGG	T	180.92	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.674;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=18.09;ReadPosRankSum=1.645;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,9:0.90:10
chr2	10808776	rs55925118	C	CAA	6118.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=8;NR=50;PP=2958;SC=ATTACTAAAACTACTCACGCA;SOR=0.831;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=58;TCF=8;TCR=50;TR=58;WE=10808784;WS=10808766;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,137:1.00:137
chr2	10811535	rs5829273	CT	C	148.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.704;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.10;ReadPosRankSum=0.165;SOR=0.733;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,21:0.44:48
chr2	10813782	rs6748766	T	C	1655.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=17;NR=32;PP=995;SC=AGAAATTATATACATACCAGT;SOR=1.197;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=49;TCF=17;TCR=32;TR=49;WE=10813790;WS=10813772;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr2	10815833	rs9287721	A	G	844.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=0.804;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=8;PP=535;ReadPosRankSum=0.051;SC=ATAAAAAACTAATTACAAACC;SOR=0.586;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=46;TCF=35;TCR=11;TR=30;WE=10815841;WS=10815823;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,36:0.62:58
chr2	10908662	rs12468989	G	A	262.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=1.555;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.820;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=1;PP=104;ReadPosRankSum=-0.607;SC=ATGGCTTGGCGCCTGGGTGCC;SOR=0.229;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=41;TCF=36;TCR=5;TR=10;WE=10908670;WS=10908652;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,15:0.30:50
chr2	10911891	rs1198850	T	C	3667.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=69;NR=39;PP=1976;SC=AGTGCCCGGGTGTGGGTGTGT;SOR=1.170;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=108;TCF=69;TCR=39;TR=108;WE=10911899;WS=10911881;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,135:1.00:135
chr2	10912153	rs2171773	T	G	1678.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=13;NR=41;PP=1243;SC=TGGACGAGGATGCTCCCTGCC;SOR=2.107;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=54;TCF=13;TCR=41;TR=54;WE=10912161;WS=10912143;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr2	10915090	rs58188788	T	A	14756.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-2.293;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=591;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=171;NR=194;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.068;SC=AACCCATGATTTGCTTGTTTT;SOR=0.346;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=367;TCF=172;TCR=195;TR=365;WE=10915098;WS=10915080;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,578:1.00:579
chr2	10917594	rs3856467	G	A	1669.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=1.336;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.005;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=13;PP=1199;ReadPosRankSum=-0.941;SC=CGCGAGTCCCGAGGGTGGGCC;SOR=0.984;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=95;TCF=75;TCR=20;TR=65;WE=10917602;WS=10917584;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,70:0.68:103
chr2	10923353	rs17364812	T	C	5806.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.847;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=389;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.898;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=100;PP=2263;ReadPosRankSum=-0.396;SC=ATTTTCCTTATGTCTACTTCC;SOR=0.831;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=234;TCF=94;TCR=140;TR=162;WE=10923361;WS=10923343;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:107,271:0.72:378
chr2	10924524	rs1198873	T	C	883.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-3.073;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.358;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=22;PP=384;ReadPosRankSum=0.532;SC=TCTCATTTTATGGAAGAGCGA;SOR=0.396;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=55;TCF=11;TCR=44;TR=29;WE=10924532;WS=10924514;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,45:0.58:77
chr2	10927345	rs1686510	T	C	1107.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.510;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=8;PP=516;ReadPosRankSum=0.862;SC=GTTCCAAATATAAACCTACAA;SOR=0.743;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=53;TCF=39;TCR=14;TR=32;WE=10927353;WS=10927335;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,50:0.66:76
chr2	10928694	rs139639749	G	GAA	805.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.457;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FS=2.873;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.28;MQRankSum=0.000;QD=8.39;ReadPosRankSum=1.196;SOR=1.157;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:43,53:0.55:96
chr2	10928777	rs2952626	A	C	8076.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.719;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=575;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.548;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.290;NF=152;NR=95;PP=2962;ReadPosRankSum=0.544;SC=GAAAGCCTATAATCAGCTGTT;SOR=0.603;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=393;TCF=244;TCR=149;TR=247;WE=10928785;WS=10928767;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:201,365:0.64:566
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chr2	10930106	rs199881762	ATTT	A	641.87	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.250;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=3.440;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.02;MQRankSum=0.516;QD=22.92;ReadPosRankSum=0.968;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,23:0.82:28
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chr2	10932082	rs1734421	T	C	3058.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.028;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FS=7.799;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.01;ReadPosRankSum=-0.138;SOR=1.312;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:72,119:0.62:191
chr2	10933195	rs17455876	T	A	7281.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.247;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=546;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.542;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=107;NR=85;PP=2881;ReadPosRankSum=1.081;SC=TTATGACACATTAAAAACTGA;SOR=0.780;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=306;TCF=164;TCR=142;TR=192;WE=10933203;WS=10933185;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:199,345:0.63:544
chr2	10937409	rs1686444	C	T	1910.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-3.052;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=53;PP=1202;ReadPosRankSum=-0.532;SC=ATCTGCTTCACATAGACTCAG;SOR=0.719;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=105;TCF=19;TCR=86;TR=65;WE=10937417;WS=10937399;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,79:0.64:123
chr2	10938043	rs56346617	T	G	478.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.606;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.107;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=9;PP=300;ReadPosRankSum=-0.905;SC=GGGCACGGTGTCTCACGCCTG;SOR=0.881;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=20;TCF=10;TCR=10;TR=15;WE=10938051;WS=10938033;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,20:0.69:29
chr2	10942567	rs1686434	G	A	1741.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=4.458;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=8;PP=1238;ReadPosRankSum=1.041;SC=TTTATACAGCGTTTTCTCCAA;SOR=0.661;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=94;TCF=83;TCR=11;TR=63;WE=10942575;WS=10942557;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,68:0.67:102
chr2	10942687	rs4758	C	T	9096.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.397;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=679;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=158;NR=125;PP=2962;ReadPosRankSum=0.255;SC=GGTTGAAATTCGATGGAGTTA;SOR=0.670;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=455;TCF=254;TCR=201;TR=283;WE=10942695;WS=10942677;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:242,419:0.63:661
chr2	10950284	rs1734449	G	C	2674.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.119;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.576;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=22;PP=1353;ReadPosRankSum=0.269;SC=CATATATTAAGTCATTTAAGA;SOR=1.123;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=134;TCF=90;TCR=44;TR=80;WE=10950292;WS=10950274;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,119:0.63:190
chr2	10952648	rs116156133	C	T	1318.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.422;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=11;PP=831;ReadPosRankSum=-0.908;SC=CCGGGGCAACCTAGCAGCTCC;SOR=0.612;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=69;TCF=52;TCR=17;TR=45;WE=10952656;WS=10952638;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,56:0.67:83
chr2	10952790	rs6726687	T	C	7145.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=1.019;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=551;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=94;NR=86;PP=2451;ReadPosRankSum=0.817;SC=CTCCCTCCGCTGGCCCGCACC;SOR=0.677;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=282;TCF=149;TCR=133;TR=180;WE=10952798;WS=10952780;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:212,338:0.61:550
chr2	10994418	rs1198852	T	C	2202.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=54;NR=7;PP=1584;SC=TGAGCCACTGTGTCCGGCCTC;SOR=3.675;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=61;TCF=54;TCR=7;TR=61;WE=10994426;WS=10994410;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr2	11053020	rs3732104	A	G	15944.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=607;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=221;NR=224;PP=2965;SC=GCGTGGACGCAGCCGAGGGCC;SOR=0.724;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=447;TCF=222;TCR=225;TR=445;WE=11053028;WS=11053010;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,593:1.00:593
chr2	11053740	rs3732105	C	T	16679.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=654;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=197;NR=243;PP=2965;SC=GTGGTGTCATCGCCATCGCCC;SOR=0.846;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=441;TCF=197;TCR=244;TR=440;WE=11053748;WS=11053730;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,614:1.00:614
chr2	11264830	rs7560331	G	A	19326.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=737;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=245;NR=177;PP=2965;SC=CGTGGACCTGGCAACCTGCTC;SOR=0.916;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=422;TCF=245;TCR=177;TR=422;WE=11264838;WS=11264820;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,730:1.00:730
chr2	11273407	.	GTC	G	3463.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=1.120;ClippingRankSum=0.000;DP=688;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.611;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=73;PP=2065;ReadPosRankSum=0.853;SC=TCAGGCACAGGTCTCTCTCTC;SOR=0.797;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=292;TCF=108;TCR=184;TR=109;WE=11273420;WS=11273397;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:443,167:0.27:610
chr2	11280500	rs10611339	TA	T	1120.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.014;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.09;MQRankSum=0.572;QD=11.10;ReadPosRankSum=-0.585;SOR=0.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:16,85:0.84:101
chr2	11295226	rs148805827	C	CG	605.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=1;PP=569;SC=GACTGTCGCCCGGGGCGGGGC;SOR=3.056;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=11;TCF=10;TCR=1;TR=11;WE=11295234;WS=11295216;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr2	11295464	.	A	C	61.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.884;ClippingRankSum=0.000;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.29;ReadPosRankSum=1.088;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,7:0.26:27
chr2	11295867	rs7598570	G	C	3732.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=39;NR=54;PP=1588;SC=AGCTGCTGCCGGCTGGGAGCC;SOR=0.904;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=93;TCF=39;TCR=54;TR=93;WE=11295875;WS=11295857;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,144:1.00:144
chr2	11300732	rs2271622	C	T	13964.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.044;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1006;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.540;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=219;NR=197;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.508;SC=CCCCCTCACTCGGAGCCTCTC;SOR=0.729;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=629;TCF=329;TCR=300;TR=416;WE=11300743;WS=11300722;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:356,634:0.64:990
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chr2	11300927	rs59329825	TAAA	T	1570.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.286;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.602;HP=20;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.796;NF=4;NR=105;PP=1289;ReadPosRankSum=0.852;SC=TTGGTTAAACTAAAAAAAAAA;SOR=1.277;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=138;TCF=4;TCR=134;TR=109;WE=11300956;WS=11300914;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,96:0.77:125
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chr2	11333994	rs2271621	T	G	1142.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.918;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.378;HP=6;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=34;PP=699;ReadPosRankSum=1.140;SC=CTATAAAAAATTTTGAATAAA;SOR=0.820;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=125;TCF=39;TCR=86;TR=48;WE=11334002;WS=11333984;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:91,59:0.39:150
chr2	11348364	rs141148984	C	CTAACT	1269.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-1.776;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=6;PP=1080;ReadPosRankSum=-1.057;SC=ATGAATAAACCTATTAATTCA;SOR=0.941;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=33;TCF=20;TCR=13;TR=19;WE=11348372;WS=11348354;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,31:0.72:43
chr2	11348609	rs5829297	CAAAT	C	1352.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=2.953;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=11.205;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.776;NF=0;NR=23;PP=979;ReadPosRankSum=-0.399;SC=CATAAATTTACAAATAAAAGA;SOR=2.197;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=33;TCF=0;TCR=33;TR=23;WE=11348620;WS=11348599;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,35:0.65:54
chr2	11356190	rs726843	G	A	962.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.129;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.449;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=13;PP=429;ReadPosRankSum=-0.185;SC=TTCAAGGCACGTATTACTATG;SOR=0.364;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=54;TCF=35;TCR=19;TR=33;WE=11356198;WS=11356180;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,46:0.64:72
chr2	11357100	rs57554471	G	A	280.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=1.516;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=4;PP=155;ReadPosRankSum=1.523;SC=CACCCACCTCGGCCTCCCAAA;SOR=0.512;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=15;TCF=10;TCR=5;TR=10;WE=11357108;WS=11357090;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,14:0.47:30
chr2	11359031	rs9808228	G	T	481.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.76;SOR=1.863;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr2	11359120	rs2230774	G	T	658.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.467;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=12;PP=348;ReadPosRankSum=0.898;SC=TATGGAATCAGTTTCTCTACA;SOR=0.698;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=38;TCF=21;TCR=17;TR=26;WE=11359128;WS=11359110;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,33:0.60:55
chr2	11590393	rs374830196	TA	T	110.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.215;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=9.073;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.35;MQRankSum=1.953;QD=2.36;ReadPosRankSum=-1.657;SOR=0.082;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,14:0.30:47
chr2	11680896	rs34137466	CAA	C	2840.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=35;PP=1506;SC=GGAGGACCGTCAAAGAGTTTA;SOR=1.681;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=38;TCF=0;TCR=38;TR=35;WE=11680905;WS=11680886;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr2	11702661	rs10929757	A	C	9139.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=353;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=102;NR=110;PP=2965;SC=GGCCCCCCAAACCCTTTCCAG;SOR=0.764;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=215;TCF=103;TCR=112;TR=212;WE=11702669;WS=11702651;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,348:1.00:348
chr2	11716433	.	C	CA	155.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.030;ClippingRankSum=0.000;DP=163;ExcessHet=3.0103;FS=6.195;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.13;MQRankSum=1.820;QD=1.06;ReadPosRankSum=0.423;SOR=0.271;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:118,29:0.20:147
chr2	11718591	rs1529868	C	T	6533.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-1.907;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=143;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.631;SC=AGCTGCTAAACCCACAGAGCT;SOR=1.085;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=185;TCF=41;TCR=144;TR=184;WE=11718599;WS=11718581;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,226:1.00:227
chr2	11728854	rs72772076	G	A	6666.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-1.428;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1046;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.539;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=139;NR=102;PP=2962;ReadPosRankSum=-2.778;SC=GTGCCAAGTCGCTGCTGTTCC;SOR=0.744;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=673;TCF=379;TCR=294;TR=241;WE=11728862;WS=11728844;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:658,373:0.36:1031
chr2	11738091	rs1435547	T	C	17268.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=674;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=178;NR=211;PP=2965;SC=CTCTGCTCCATGTGTGGCATT;SOR=0.783;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=390;TCF=178;TCR=212;TR=389;WE=11738099;WS=11738081;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,671:1.00:671
chr2	11738765	rs1865575	C	T	2947.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=78;NR=6;PP=2143;SC=AAACCCAGTGCGCATGTTTGC;SOR=4.152;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=84;TCF=78;TCR=6;TR=84;WE=11738773;WS=11738755;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr2	11741157	rs16857679	A	G	1361.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.567;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.165;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=38;PP=735;ReadPosRankSum=-1.638;SC=CTTGTGTAGCAATATCACTTG;SOR=0.598;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=163;TCF=53;TCR=110;TR=56;WE=11741165;WS=11741147;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:131,75:0.36:206
chr2	11741193	rs11681838	C	A	2373.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=13;NR=60;PP=1782;SC=CATTTAGTAACAGCCTTGACC;SOR=2.985;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=73;TCF=13;TCR=60;TR=73;WE=11741201;WS=11741183;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr2	11751166	rs55890755	C	T	1474.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.072;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.165;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=31;PP=625;ReadPosRankSum=-0.508;SC=AGGTGCTGTGCGCAGGGAGGG;SOR=0.787;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=132;TCF=53;TCR=79;TR=49;WE=11751174;WS=11751156;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:110,75:0.41:185
chr2	11752635	rs2304399	T	C	3394.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=36;NR=47;PP=1320;SC=GGCAGAAAATTGAGGATGTGG;SOR=0.908;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=83;TCF=36;TCR=47;TR=83;WE=11752643;WS=11752625;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr2	11755443	rs2252958	T	G	961.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=1.037;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.391;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=30;PP=681;ReadPosRankSum=2.780;SC=CTCAGCCTACTTGTCCCTGTC;SOR=1.915;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=46;TCF=8;TCR=38;TR=35;WE=11755451;WS=11755433;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,39:0.70:56
chr2	11757009	rs6735957	A	G	1866.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=14;NR=44;PP=1302;SC=GAGAGTAAATATTGTGGTCAA;SOR=2.070;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=60;TCF=14;TCR=46;TR=58;WE=11757031;WS=11756999;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr2	11757023	rs892868	C	T	1655.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=9;NR=42;PP=1206;SC=TGGTCAACTTCGGATCGGAGA;SOR=2.644;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=51;TCF=9;TCR=42;TR=51;WE=11757031;WS=11756999;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr2	11774324	rs2304402	G	A	11526.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.460;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=770;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=151;NR=147;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.872;SC=GGCGGCCCCCGACATCATGCA;SOR=0.665;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=443;TCF=224;TCR=219;TR=298;WE=11774332;WS=11774314;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:249,511:0.67:760
chr2	11778184	rs33962728	G	A	1319.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-3.986;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.287;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=36;PP=888;ReadPosRankSum=-0.684;SC=TTGCCATTCAGCTGAGAGAAC;SOR=0.473;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=64;TCF=11;TCR=53;TR=44;WE=11778192;WS=11778174;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,52:0.72:72
chr2	11810095	rs6432225	G	A	11415.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=433;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=132;NR=151;PP=2965;SC=CACCACGTGCGCGGACAGCGC;SOR=0.792;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=283;TCF=132;TCR=151;TR=283;WE=11810103;WS=11810085;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,420:1.00:420
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chr2	11853913	rs4614906	G	A	4793.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.857;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=68;NR=55;PP=2434;ReadPosRankSum=-0.644;SC=GGGTGGATTCGAAATGTATGG;SOR=0.834;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=126;TCF=69;TCR=57;TR=123;WE=11853921;WS=11853903;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,180:0.99:182
chr2	11853964	rs4640359	G	A	5999.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.644;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=235;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=70;NR=71;PP=2542;ReadPosRankSum=-1.354;SC=ATAGAATGTCGTTGTTATGCT;SOR=0.719;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=144;TCF=71;TCR=73;TR=141;WE=11853972;WS=11853954;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,233:0.99:235
chr2	11905636	rs3214670	GT	G	3585.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.581;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=317;ExcessHet=3.0103;FS=0.952;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.57;ReadPosRankSum=2.633;SOR=0.770;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:107,203:0.65:310
chr2	11905876	rs10209969	C	T	2420.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.102;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.638;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=64;PP=1498;ReadPosRankSum=0.087;SC=TCTCAGGGCACGGGGACCTGG;SOR=0.468;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=126;TCF=29;TCR=97;TR=86;WE=11905884;WS=11905866;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,103:0.71:146
chr2	11924950	rs3795974	T	C	4753.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-1.963;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=340;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.715;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=80;NR=58;PP=1803;ReadPosRankSum=0.864;SC=CACTGGATGGTGATGTAGGAC;SOR=0.485;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=198;TCF=122;TCR=76;TR=138;WE=11924958;WS=11924940;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:104,221:0.68:325
chr2	11932173	rs7561070	G	T	2459.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=1.547;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=60;PP=1572;ReadPosRankSum=-0.806;SC=CTTAGCAAGTGTTGGTTTTGT;SOR=0.707;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=119;TCF=35;TCR=84;TR=86;WE=11932181;WS=11932163;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,104:0.71:147
chr2	11936798	rs2577264	A	G	704.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=2.925;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.861;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=3;PP=510;ReadPosRankSum=1.027;SC=AAGAAAGAATAGGAAGGCACC;SOR=1.211;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=45;TCF=38;TCR=7;TR=24;WE=11936806;WS=11936788;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,29:0.55:53
chr2	12864613	rs6432324	T	A	680.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=4.965;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=0;PP=510;ReadPosRankSum=1.205;SC=AGTTCCTGAATGAGGCCCCAC;SOR=1.127;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=40;TCF=40;TCR=0;TR=24;WE=12864621;WS=12864607;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,25:0.60:42
chr2	12877501	rs5829384	G	GA	11217.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.105;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=537;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.414;NF=65;NR=94;PP=2971;ReadPosRankSum=-0.990;SC=GTGAGAATGGGTAGAGGAAGC;SOR=0.657;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=264;TCF=110;TCR=154;TR=159;WE=12877509;WS=12877491;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:211,319:0.60:530
chr2	12877609	rs7604252	C	T	9796.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.941;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=702;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.546;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=2.577;NF=108;NR=155;PP=2962;ReadPosRankSum=1.222;SC=CGTCACATCTCGACAGCTAGT;SOR=0.747;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=417;TCF=174;TCR=243;TR=263;WE=12877617;WS=12877599;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:246,452:0.65:698
chr2	12877695	rs7564991	A	C	2504.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-5.630;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.969;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=78;PP=1415;ReadPosRankSum=-2.061;SC=GTTTTTAATCAGCTCCATTCC;SOR=0.386;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=174;TCF=45;TCR=129;TR=107;WE=12877703;WS=12877685;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,120:0.62:194
chr2	15319070	.	T	TA	86.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.298;ClippingRankSum=0.000;DP=234;ExcessHet=3.0103;FS=1.605;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.05;MQRankSum=2.165;QD=0.38;ReadPosRankSum=-0.417;SOR=0.881;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:187,39:0.17:226
chr2	15378822	rs140225141	G	GAATT	1365.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=22;PP=1153;SC=TTAAAAAAAAGAATAGTGAGA;SOR=3.126;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=23;TCF=0;TCR=23;TR=22;WE=15378830;WS=15378812;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr2	15471002	rs6759219	C	A	212.85	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=1.593;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=7;PP=156;ReadPosRankSum=-0.282;SC=AAGACAGACACATTTAAAAAT;SOR=1.609;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=8;WE=15471010;WS=15470992;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,8:0.89:9
chr2	15491994	.	GCACACACACACA	G,GCA	16151.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;ClippingRankSum=0.000;DP=503;ExcessHet=3.0103;FS=4.523;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.26;MQRankSum=0.178;QD=38.18;SOR=1.291;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:4,69,350:0.16,0.83:423
chr2	15493881	rs2277915	A	G	5745.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=54;NR=91;PP=2762;SC=GAAGAAGAATATTCAATCTAA;SOR=1.102;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=145;TCF=54;TCR=91;TR=145;WE=15493889;WS=15493871;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,218:1.00:218
chr2	15519992	rs2058866	G	T	3370.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=31;NR=55;PP=1683;SC=GTTATAGAGAGGGAAGATTCA;SOR=1.188;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=86;TCF=31;TCR=55;TR=86;WE=15520000;WS=15519982;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr2	15523266	rs6756934	A	T	1414.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=36;NR=9;PP=984;SC=ATGGTCATCAATCTTGTATCC;SOR=2.303;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=45;TCF=36;TCR=9;TR=45;WE=15523274;WS=15523256;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr2	15523307	rs3834149	TA	T	1969.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.12;QD=21.89;SOR=1.584;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr2	15523549	rs3755129	T	C	1491.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=36;PP=1089;SC=CACCACTCTATATCCACATCA;SOR=2.494;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=45;TCF=9;TCR=36;TR=45;WE=15523557;WS=15523539;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr2	15533689	rs2380650	T	C	1069.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=156;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=32;NR=6;PP=760;SC=AACTATTCACTTACCAAATGA;SOR=2.494;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=32;TCR=6;TR=38;WE=15533697;WS=15533679;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr2	15533734	rs139494535	G	GAAATGAAAGCGTATGTCTACAC	4452.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=8;NR=12;PP=2969;SC=TTGTCTGAGAGAAATGAAAGC;SOR=1.609;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=28;TCF=11;TCR=17;TR=20;WE=15533742;WS=15533724;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr2	15533779	rs9710889	G	A	5113.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.11;QD=26.50;SOR=0.746;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,193:1.00:193
chr2	15533884	rs9710962	C	A	5342.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=23;NR=52;PP=1548;SC=AATACCATTCCGCAAACAAAA;SOR=1.384;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=76;TCF=24;TCR=52;TR=75;WE=15533907;WS=15533874;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,129:1.00:129
chr2	15533895	rs13417550	A	G	4864.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=46.33;SOR=1.587;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr2	15533899	rs11689153	A	G	4638.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.48;SOR=1.519;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr2	15536509	.	G	GA	86.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.097;ClippingRankSum=0.000;DP=206;ExcessHet=3.0103;FS=0.738;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.05;MQRankSum=2.258;QD=0.44;ReadPosRankSum=-0.683;SOR=0.561;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:166,31:0.16:197
chr2	15564718	rs10929367	T	C	2291.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=7;NR=59;PP=1786;SC=ATGTATGTGGTTTGTGTATCT;SOR=3.737;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=67;TCF=7;TCR=60;TR=66;WE=15564726;WS=15564708;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr2	15567649	rs3796002	T	C	1361.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=35;NR=5;PP=968;SC=TCCTTTGTAGTATTTAATTTT;SOR=3.467;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=35;TCR=5;TR=40;WE=15567657;WS=15567639;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr2	15601287	rs11411624	A	AT	7911.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=48;NR=46;PP=2975;SC=TTATCAATATAAAAAAGAAGG;SOR=1.184;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=104;TCF=55;TCR=49;TR=94;WE=15601295;WS=15601277;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,206:1.00:206
chr2	15601441	rs7590340	C	T	11234.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=447;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=137;NR=171;PP=2965;SC=ACAGAATTTCCAGGGCTTGTA;SOR=0.880;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=310;TCF=137;TCR=173;TR=308;WE=15601449;WS=15601431;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,429:1.00:429
chr2	15601574	rs7590458	C	T	1356.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=7;NR=38;PP=1076;SC=TATGAAACACCTTGAAATGAC;SOR=3.209;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=45;TCF=7;TCR=38;TR=45;WE=15601582;WS=15601564;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr2	15607842	rs4668909	T	C	3913.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.58;SOR=0.816;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,153:1.00:153
chr2	15608013	rs4668910	C	A	668.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=4;NR=18;PP=525;SC=TGACTGATTTCATTATTGATT;SOR=2.737;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=22;TCF=4;TCR=18;TR=22;WE=15608021;WS=15608003;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr2	15614404	rs13014906	T	C	10048.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=380;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=97;NR=163;PP=2965;SC=CTTCTCCAGCTCTAGTCTCCA;SOR=1.121;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=260;TCF=97;TCR=163;TR=260;WE=15614412;WS=15614394;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,371:1.00:371
chr2	15615910	rs1990754	A	G	15316.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=607;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=193;NR=173;PP=2965;SC=AAGTTTTCACAGATGAAACAG;SOR=0.755;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=368;TCF=193;TCR=175;TR=366;WE=15615918;WS=15615900;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,600:1.00:600
chr2	15616013	rs1990755	C	G	7860.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=304;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=72;NR=155;PP=2965;SC=ATCTAAGAAGCGAAAAACAAA;SOR=1.513;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=229;TCF=72;TCR=157;TR=227;WE=15616021;WS=15616003;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,289:1.00:289
chr2	15616030	rs1990756	C	T	5886.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=46;NR=126;PP=2965;SC=CAAATCAATACAAATGCATCT;SOR=1.909;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=173;TCF=47;TCR=126;TR=172;WE=15616038;WS=15616020;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,212:1.00:212
chr2	15618339	rs1125534	G	A	2875.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=48;NR=33;PP=1441;SC=ATCACATTTCGTAGAACTCAC;SOR=1.002;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=81;TCF=48;TCR=33;TR=81;WE=15618347;WS=15618329;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr2	15623608	rs10201564	C	G	1011.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=47;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=20;PP=617;SC=AAAATTAAGGCCGAAAATGAG;SOR=1.949;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=23;TCF=3;TCR=20;TR=23;WE=15623616;WS=15623598;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr2	15644107	rs3732002	C	A	5088.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=46.26;SOR=4.077;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr2	15644111	rs3732003	C	T	5150.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.65;SOR=4.066;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr2	15644401	rs2287265	C	T	6079.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=1.878;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=5.587;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=142;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.327;SC=TAAAATGTCCCTTTATAATGA;SOR=2.237;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=184;TCF=40;TCR=144;TR=180;WE=15644409;WS=15644391;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,216:0.98:220
chr2	15674686	rs13029846	T	C	11668.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.586;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=457;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=155;NR=125;PP=2965;ReadPosRankSum=1.088;SC=GGGTGGTAAATAGCTGTGTTG;SOR=0.840;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=280;TCF=155;TCR=125;TR=280;WE=15674694;WS=15674676;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,451:1.00:453
chr2	15676686	rs10208972	G	A	9478.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=355;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.78;SOR=1.106;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,354:1.00:354
chr2	15676703	rs57935128	T	TA	458.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.641;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=259;ExcessHet=3.0103;FS=2.327;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.27;ReadPosRankSum=1.252;SOR=0.919;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:149,53:0.26:202
chr2	15678368	rs7595512	C	T	1540.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=30;NR=10;PP=806;SC=CATTTGAGCACACATACAGCT;SOR=1.692;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=40;TCF=30;TCR=10;TR=40;WE=15678376;WS=15678358;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr2	15678482	rs2380657	T	C	5834.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=82;NR=58;PP=2916;SC=CGTTTTTAGTTTCTCCACTCA;SOR=0.964;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=141;TCF=82;TCR=59;TR=140;WE=15678490;WS=15678472;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,214:1.00:214
chr2	15678501	rs66736557	GA	G	4464.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=32;NR=64;PP=1946;SC=CATTATTTCTGAAAAAAAAAT;SOR=0.898;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=107;TCF=36;TCR=71;TR=96;WE=15678509;WS=15678491;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,201:1.00:201
chr2	15679609	rs2058868	A	T	867.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=1;NR=26;PP=648;SC=TCTCTAATAAAGCTTCCCTCA;SOR=4.548;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=27;TCF=1;TCR=26;TR=27;WE=15679617;WS=15679599;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr2	15691886	rs7572131	G	A	912.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=21;PP=588;SC=CATATATATGGAATATAGTGA;SOR=3.841;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=0;TCR=21;TR=21;WE=15691894;WS=15691876;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr2	15694164	rs34789730	T	TA	18685.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=472;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=53;NR=128;PP=2936;SC=CAGAAAAACATTGAATTTCAC;SOR=0.896;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=183;TCF=54;TCR=129;TR=181;WE=15694172;WS=15694146;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,463:1.00:463
chr2	15731998	rs10221770	A	G	2195.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=39;NR=25;PP=1190;SC=CGCCACTGCCACGCCGTGTCA;SOR=1.139;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=64;TCF=39;TCR=25;TR=64;WE=15732006;WS=15731988;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr2	15732238	rs73915402	G	C	992.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=25;PP=591;SC=GATCAGGGGCGGCCGCGGCTC;SOR=2.073;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=7;TCR=25;TR=32;WE=15732246;WS=15732228;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr2	15737480	rs2302931	C	A	2003.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.02;SOR=1.150;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr2	15737698	rs2302932	G	A	919.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=20;PP=576;SC=AATCTTGTCAGTATCTGGGGG;SOR=1.911;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=6;TCR=20;TR=26;WE=15737706;WS=15737688;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr2	15744123	rs3213793	T	G	2016.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=13;NR=34;PP=978;SC=TGAGCAGATTTTCTGTATATT;SOR=1.402;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=13;TCR=34;TR=47;WE=15744131;WS=15744113;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr2	15747234	rs55800266	G	A	3113.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-2.141;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.576;HP=5;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=75;NR=34;PP=1780;ReadPosRankSum=1.537;SC=TTGTCCTAATGTTTTATAAGT;SOR=0.641;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=158;TCF=112;TCR=46;TR=109;WE=15747242;WS=15747224;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,135:0.66:204
chr2	15747393	rs10929378	C	T	11058.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.698;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=429;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=113;NR=154;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.161;SC=AAACTTTGAACAACATCAAGC;SOR=0.910;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=269;TCF=114;TCR=155;TR=267;WE=15747401;WS=15747383;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,424:1.00:426
chr2	15753307	rs3217220	A	AT	1347.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.128;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FS=1.252;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.36;MQRankSum=0.460;QD=15.32;ReadPosRankSum=0.532;SOR=0.498;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:11,77:0.88:88
chr2	15753482	rs2302935	C	G	1833.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=22;NR=38;PP=1191;SC=TGTTTTGTTTCAAGAAAATTT;SOR=1.163;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=60;TCF=22;TCR=38;TR=60;WE=15753490;WS=15753472;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr2	15758293	rs3770466	T	C	2649.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=48;NR=29;PP=1499;SC=TTATTCTTTGTTTCTCATGCA;SOR=1.029;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=77;TCF=48;TCR=29;TR=77;WE=15758301;WS=15758283;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr2	15763788	rs41264163	C	T	1577.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=8;NR=40;PP=1139;SC=CAATCTAGAACACATGCACAG;SOR=2.833;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=48;TCF=8;TCR=40;TR=48;WE=15763796;WS=15763778;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr2	15768846	rs3835049	AT	A	4433.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=18;NR=57;PP=1754;SC=TACTTCTGCAATTTTTTTTCC;SOR=0.746;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=83;TCF=23;TCR=60;TR=75;WE=15768854;WS=15768836;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,195:1.00:195
chr2	15770061	rs2302937	G	A	1032.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=27;NR=8;PP=828;SC=ATGATAAAATGCAACTCTTTC;SOR=2.584;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=35;TCF=27;TCR=8;TR=35;WE=15770069;WS=15770051;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr2	15770775	rs3770471	C	T	889.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=25;NR=4;PP=662;SC=CTGGAGATAACTTGCCCAGTA;SOR=3.407;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=29;TCF=25;TCR=4;TR=29;WE=15770783;WS=15770765;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr2	15840505	rs4668460	C	A	4479.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-4.345;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=282;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=99;NR=46;PP=2446;ReadPosRankSum=0.875;SC=ATGTTTGGATCTATTGCAGCC;SOR=0.705;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=216;TCF=148;TCR=68;TR=145;WE=15840513;WS=15840495;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,194:0.69:282
chr2	15840522	rs4668461	G	T	5501.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.589;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=375;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.404;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=107;NR=73;PP=2688;ReadPosRankSum=0.381;SC=AGCCATACTGGGAACATCAGG;SOR=0.726;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=275;TCF=163;TCR=112;TR=180;WE=15840530;WS=15840512;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:121,251:0.67:372
chr2	15840645	rs4668962	T	C	7090.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=2.130;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=488;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=73;NR=123;PP=2962;ReadPosRankSum=2.643;SC=ACTGCCCCACTTCTGGACTTA;SOR=0.732;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=308;TCF=117;TCR=191;TR=196;WE=15840653;WS=15840635;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:170,314:0.65:484
chr2	15841230	rs1421610	T	A	447.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-3.353;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=1;PP=328;ReadPosRankSum=-1.903;SC=CTAAAGTGTTTATTGCTTTTT;SOR=0.334;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=24;TCF=23;TCR=1;TR=17;WE=15841238;WS=15841220;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,18:0.69:26
chr2	15841288	rs1421609	G	A	1606.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-3.588;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.481;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=10;PP=942;ReadPosRankSum=-0.105;SC=CATTGATGTGGCTATCTGTGT;SOR=0.260;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=77;TCF=63;TCR=14;TR=49;WE=15841296;WS=15841278;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,65:0.70:93
chr2	15883821	.	CT	C	117.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.199;ClippingRankSum=0.000;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=1.676;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.22;ReadPosRankSum=-3.841;SOR=0.352;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,16:0.30:53
chr2	16743453	rs6751062	A	C	1579.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-3.492;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=42;PP=860;ReadPosRankSum=2.354;SC=GGTGGCCCACAGAGGTCCTTC;SOR=0.688;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=68;TCF=15;TCR=53;TR=54;WE=16743461;WS=16743443;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,72:0.74:97
chr2	16746897	rs62122698	C	G	838.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=1.210;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=7;PP=525;ReadPosRankSum=0.461;SC=GTCAGTTCAGCGTGATCATTG;SOR=0.813;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=46;TCF=36;TCR=10;TR=29;WE=16746905;WS=16746887;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,35:0.57:61
chr2	17696573	rs834514	C	T	3082.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.640;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.796;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=45;PP=1571;ReadPosRankSum=0.467;SC=CATATTAGGACCTGCTATAGT;SOR=0.555;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=146;TCF=77;TCR=69;TR=92;WE=17696581;WS=17696563;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,137:0.66:208
chr2	17698678	rs665312	A	G	3941.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=4.770;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=247;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.682;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=93;PP=2866;ReadPosRankSum=-0.674;SC=TATTTTGGCTACTGAGTGATG;SOR=0.820;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=204;TCF=71;TCR=133;TR=141;WE=17698686;WS=17698668;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,157:0.65:243
chr2	17773524	rs2680827	G	A	1414.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-1.077;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.784;HP=7;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=33;PP=813;ReadPosRankSum=-0.341;SC=TTTCAACCTTGTTTTTATTCC;SOR=0.514;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=77;TCF=25;TCR=52;TR=49;WE=17773532;WS=17773514;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,64:0.65:98
chr2	17836722	.	TCA	T	292.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.686;ClippingRankSum=0.000;DP=115;ExcessHet=3.0103;FS=2.889;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.52;ReadPosRankSum=0.245;SOR=0.311;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,19:0.36:53
chr2	17883218	rs11681696	T	A	760.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.944;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=17;PP=383;ReadPosRankSum=1.060;SC=TAAAAAAAAATTTAAACCGAA;SOR=0.578;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=34;TCF=10;TCR=24;TR=25;WE=17883226;WS=17883208;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,34:0.72:47
chr2	17884495	rs1065381	C	T	1693.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.319;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=28;PP=841;ReadPosRankSum=0.055;SC=TTTTCAAGGGCAGATAAATGT;SOR=0.635;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=77;TCF=41;TCR=36;TR=58;WE=17884503;WS=17884485;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,79:0.65:122
chr2	17888457	rs6734462	G	A	4557.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.903;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=87;NR=31;PP=2695;ReadPosRankSum=-0.687;SC=CAGTGGGAATGATACAGTAAA;SOR=0.721;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=119;TCF=88;TCR=31;TR=118;WE=17888465;WS=17888447;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,163:0.99:164
chr2	17890091	rs10657992	G	GTA,GTATA	2918.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=28;NF=1,1;NR=48,48;PP=699,1347;SC=TGAAAATTGTGTATATATATA;SOR=2.303;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=67;TCF=2;TCR=65;TR=49,49;WE=17890099;WS=17890081;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.41,0.59:74
chr2	17896390	rs139060299	ATCC	A	865.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=0.243;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=14;PP=477;ReadPosRankSum=-0.849;SC=AAATATTAACATCCTCCTCTT;SOR=0.763;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=58;TCF=1;TCR=57;TR=14;WE=17896400;WS=17896380;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,25:0.34:74
chr2	17898326	rs12469221	C	T	4935.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=69;NR=57;PP=2264;SC=AATGGGATAGCCATGAAAATT;SOR=0.826;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=127;TCF=69;TCR=58;TR=126;WE=17898334;WS=17898316;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,190:1.00:190
chr2	17902381	rs11897477	C	G	2450.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.317;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=383;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.285;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=39;PP=1223;ReadPosRankSum=-0.474;SC=CACATAGATACGTGAACAAGT;SOR=0.605;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=273;TCF=167;TCR=106;TR=96;WE=17902389;WS=17902371;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:243,135:0.36:378
chr2	17913266	rs2052746	A	C	2052.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=54;PP=1624;SC=TGCAAATTAGATTTACATCAA;SOR=4.244;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=59;TCF=4;TCR=55;TR=58;WE=17913274;WS=17913256;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr2	17927275	rs12474069	C	T	1396.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=38;PP=1058;SC=ATATTAAACTCAACAAAATAA;SOR=3.611;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=43;TCF=5;TCR=38;TR=43;WE=17927283;WS=17927265;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
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chr2	17942775	rs1812152	T	A	2504.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.167;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=540;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.70;ReadPosRankSum=-0.998;SOR=0.644;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:375,158:0.30:533
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chr2	17953850	rs116651705	A	G	1268.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=2.344;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=16;PP=757;ReadPosRankSum=-0.523;SC=GTATGTAGAAAGTAATTATAA;SOR=0.647;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=129;TCF=89;TCR=40;TR=48;WE=17953858;WS=17953840;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:107,62:0.37:169
chr2	17954027	rs300175	G	A	9260.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=355;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=90;NR=130;PP=2965;SC=AGGCAACTCAGTGAAGTAGAG;SOR=0.976;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=220;TCF=90;TCR=130;TR=220;WE=17954035;WS=17954017;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,350:1.00:350
chr2	17954140	rs300176	A	G	500.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=0.208;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=18;PP=331;ReadPosRankSum=-0.675;SC=CTTTCCCCATATCTAGATTAG;SOR=0.584;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=57;TCF=8;TCR=49;TR=21;WE=17954148;WS=17954130;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,24:0.39:62
chr2	17959405	rs143973077	G	GTA	161.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.070;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.74;ReadPosRankSum=1.465;SOR=0.616;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,7:0.29:24
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chr2	17962518	rs300169	C	T	1479.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.696;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=289;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.537;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=33;PP=757;ReadPosRankSum=0.583;SC=CGAATATTTACAAAATTATCA;SOR=0.830;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=199;TCF=97;TCR=102;TR=59;WE=17962526;WS=17962508;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:196,87:0.31:283
chr2	18112473	rs4240213	G	A	13388.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=517;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=192;NR=156;PP=2965;SC=CCGATAAGGAGTACTACTTTG;SOR=0.844;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=351;TCF=194;TCR=157;TR=348;WE=18112481;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,510:1.00:510
chr2	18113623	rs4832524	A	G	11801.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=440;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=130;NR=188;PP=2965;SC=GCGGATGCACACCTTCATTAC;SOR=1.016;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=320;TCF=130;TCR=190;TR=318;WE=18113631;WS=18113613;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,431:1.00:431
chr2	18113789	rs3747515	G	A	1212.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.106;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.887;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=29;PP=698;ReadPosRankSum=-0.009;SC=ATCCTTTCCCGACATTAGGTT;SOR=0.833;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=60;TCF=14;TCR=46;TR=37;WE=18113797;WS=18113779;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,52:0.60:87
chr2	18745466	rs74349222	C	T	198.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=1.796;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.217;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=9;PP=128;ReadPosRankSum=-0.566;SC=CTATATGATACGATACAATAC;SOR=0.081;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=31;TCF=3;TCR=28;TR=11;WE=18745474;WS=18745456;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,11:0.32:34
chr2	18757501	rs3902946	G	C	2638.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.624;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.594;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=31;PP=1328;ReadPosRankSum=1.293;SC=AGAATTTGTCGAGCCCATGCT;SOR=0.615;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=114;TCF=72;TCR=42;TR=81;WE=18757509;WS=18757491;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,119:0.67:178
chr2	18768850	rs16985306	A	G	6606.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-2.229;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=494;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=68;NR=149;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.376;SC=ACCTCATTCCAGGCTCATTCT;SOR=0.692;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=347;TCF=111;TCR=236;TR=217;WE=18768858;WS=18768840;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:187,299:0.62:486
chr2	18770540	rs6720633	G	C	2263.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-2.724;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=10;PP=1461;ReadPosRankSum=1.053;SC=TCCCTTTTCTGTACTCTTTCC;SOR=0.646;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=117;TCF=96;TCR=21;TR=74;WE=18770548;WS=18770530;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,89:0.67:132
chr2	20096936	rs7563410	C	A	219.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.239;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=8;PP=157;ReadPosRankSum=-0.169;SC=CCGAGTATTTCTATATATTAT;SOR=0.818;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=24;TCF=7;TCR=17;TR=11;WE=20096944;WS=20096926;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,11:0.41:27
chr2	20097874	rs12328613	T	C	5583.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.773;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=347;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.448;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=134;PP=2962;ReadPosRankSum=0.497;SC=CTTTTGGGTATTGTCAAACTT;SOR=0.740;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=279;TCF=90;TCR=189;TR=197;WE=20097882;WS=20097864;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:105,233:0.69:338
chr2	20101487	rs2304589	G	A	4797.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-2.487;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=291;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.430;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=98;NR=59;PP=2483;ReadPosRankSum=1.311;SC=TCTCGTCGCTGGAGGCCGCGC;SOR=0.531;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=207;TCF=131;TCR=76;TR=157;WE=20101495;WS=20101477;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,211:0.75:280
chr2	20101717	rs2304588	A	G	1690.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-1.086;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.108;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=49;PP=1146;ReadPosRankSum=-0.034;SC=CTACCTTGACAGCCAACCTTG;SOR=1.119;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=89;TCF=17;TCR=72;TR=57;WE=20101725;WS=20101707;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,69:0.67:103
chr2	20130145	rs28502265	T	G	2992.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=2.304;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.394;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=35;PP=1832;ReadPosRankSum=-1.017;SC=ACACATTAGGTGACATGCCCA;SOR=0.867;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=155;TCF=100;TCR=55;TR=101;WE=20130153;WS=20130135;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,131:0.60:219
chr2	20130259	rs56395266	G	A	5293.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.589;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=367;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.963;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=79;NR=84;PP=2761;ReadPosRankSum=0.272;SC=TCTGTGAAACGATCTGTTGTA;SOR=0.552;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=234;TCF=109;TCR=125;TR=163;WE=20130267;WS=20130249;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:122,239:0.66:361
chr2	20130970	.	C	CT	109.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.648;ClippingRankSum=0.000;DP=94;ExcessHet=3.0103;FS=4.361;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.23;ReadPosRankSum=1.699;SOR=1.490;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:71,18:0.20:89
chr2	20131184	rs1191779	C	A	5318.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=48;NR=92;PP=2716;SC=AAACATTTTTCAAAATTGAGG;SOR=1.279;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=140;TCF=48;TCR=92;TR=140;WE=20131192;WS=20131174;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,199:1.00:199
chr2	20131987	rs4294960	T	C	193.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.378;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=2;PP=106;ReadPosRankSum=1.475;SC=TGCTCTTTCATATATTAAAAT;SOR=0.426;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=33;TCF=27;TCR=6;TR=9;WE=20131995;WS=20131977;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,12:0.29:41
chr2	20135283	rs6741091	T	C	14010.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=538;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=150;NR=150;PP=2965;SC=TCTCTAACCCTTCATAATCCT;SOR=0.708;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=300;TCF=150;TCR=150;TR=300;WE=20135291;WS=20135273;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,532:1.00:532
chr2	20137864	rs2293671	T	C	836.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-0.292;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.876;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=9;PP=703;ReadPosRankSum=0.026;SC=TTTCTGCTTATTTTGAGGACT;SOR=1.645;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=46;TCF=31;TCR=15;TR=31;WE=20137872;WS=20137854;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,31:0.67:46
chr2	20160209	rs10169398	G	A	772.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=1.123;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=4;PP=553;ReadPosRankSum=-0.581;SC=GGTCATCCTCGTTTTAGAAAA;SOR=0.446;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=34;TCF=30;TCR=4;TR=29;WE=20160217;WS=20160199;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,31:0.86:36
chr2	20160250	rs12996974	G	C	341.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.787;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FS=0.905;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.80;ReadPosRankSum=-0.180;SOR=0.559;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:65,25:0.28:90
chr2	20169509	rs61079224	AT	A	123.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.962;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.58;ReadPosRankSum=0.795;SOR=0.610;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,14:0.52:27
chr2	20173255	rs10153717	A	C	4080.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=80;NR=32;PP=2394;SC=TTCCTTTGTTATTTTTTCCTC;SOR=1.626;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=115;TCF=81;TCR=34;TR=112;WE=20173263;WS=20173245;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,146:1.00:146
chr2	20189015	rs1060742	T	C	10003.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.357;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=722;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=141;NR=150;PP=2962;ReadPosRankSum=0.162;SC=GGATACACACTGCAGCTTCAC;SOR=0.719;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=443;TCF=216;TCR=227;TR=291;WE=20189023;WS=20189005;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:244,474:0.66:718
chr2	20189089	rs3731663	C	T	11530.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=435;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=129;NR=188;PP=2965;SC=CACGAAGGAGCTGGGAAGTAA;SOR=0.976;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=317;TCF=129;TCR=188;TR=317;WE=20189097;WS=20189079;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,430:1.00:430
chr2	20192696	rs7569975	G	A	691.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=21;NR=1;PP=572;SC=TTCCTTGGAAGAATCATGCTG;SOR=4.804;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=22;TCF=21;TCR=1;TR=22;WE=20192704;WS=20192686;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr2	20192931	rs35973216	G	A	471.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.653;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.63;ReadPosRankSum=-1.947;SOR=0.728;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:98,32:0.25:130
chr2	20194036	rs3820949	G	C	5591.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=78;NR=56;PP=2875;SC=CAGGCAGAAGGAGAAAACCTT;SOR=0.930;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=134;TCF=78;TCR=56;TR=134;WE=20194044;WS=20194026;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,204:1.00:204
chr2	20201920	.	T	TACAC	546.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-0.594;ClippingRankSum=0.000;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.717;NF=1;NR=16;PP=1667;ReadPosRankSum=2.603;SC=CACTTACAGTTATACACACAC;SOR=0.892;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=27;TCF=1;TCR=26;TR=17;WE=20201930;WS=20201910;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,16:0.73:22
chr2	20201922	rs55977150	T	C	1044.56	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=0.831;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.665;NF=4;NR=14;PP=799;ReadPosRankSum=2.701;SC=CTTACAGTTATACACACACAC;SOR=1.402;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=31;TCF=5;TCR=26;TR=18;WE=20201930;WS=20201910;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,27:0.90:30
chr2	20202811	rs11681705	A	G	272.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.185;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FS=1.176;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.90;ReadPosRankSum=0.638;SOR=0.412;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:52,18:0.26:70
chr2	20202929	rs28452699	C	T	1270.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.574;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=283;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.619;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=20;PP=658;ReadPosRankSum=1.994;SC=CACCTGAACACGTTTTCTTGT;SOR=0.816;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=176;TCF=100;TCR=76;TR=50;WE=20202937;WS=20202919;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:203,78:0.28:281
chr2	20205423	rs5829721	A	AAAAG	5215.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=74;NR=19;PP=2332;SC=TCCACCAAAAAAGAATAATAC;SOR=2.636;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=101;TCF=80;TCR=21;TR=93;WE=20205431;WS=20205413;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr2	20205680	rs28401180	C	T	20305.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=754;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=231;NR=199;PP=2965;SC=GAGCCGCCACCTCATTCACCT;SOR=0.771;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=435;TCF=233;TCR=202;TR=430;WE=20205688;WS=20205670;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,744:1.00:744
chr2	20205848	rs28598872	G	A	16753.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=628;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=186;NR=241;PP=2965;SC=TTCGACCCACGGCCTGCTTCA;SOR=0.900;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=430;TCF=188;TCR=242;TR=427;WE=20205856;WS=20205838;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,614:1.00:614
chr2	20233135	rs1191824	T	C	253.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=5.148;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.677;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=12;PP=224;ReadPosRankSum=1.028;SC=TAAATAGGGTTATACAAAACC;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=37;TCF=3;TCR=34;TR=12;WE=20233143;WS=20233125;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,11:0.30:37
chr2	20233929	rs936509	C	T	267.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=1.852;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.199;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=1;PP=190;ReadPosRankSum=-0.898;SC=ATGTTGAATCCTGTGGATTTT;SOR=1.781;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=16;TCF=13;TCR=3;TR=10;WE=20233937;WS=20233919;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,11:0.58:19
chr2	20237512	rs57679180	TA	T	51.74	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.140;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=5.17;ReadPosRankSum=-0.253;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,8:0.80:10
chr2	20320489	rs376838936	AAAGG	A	296.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.901;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=2.095;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.59;ReadPosRankSum=-0.968;SOR=0.250;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,13:0.29:45
chr2	20401858	rs11350492	TA	T	204.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.034;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.58;MQRankSum=2.509;QD=3.41;ReadPosRankSum=-0.020;SOR=0.871;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,26:0.43:60
chr2	20403794	rs10205485	A	T	7863.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.818;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=300;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=106;NR=101;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.565;SC=CGTTGAGGCCAGATGAGTGGT;SOR=0.693;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=209;TCF=107;TCR=102;TR=207;WE=20403802;WS=20403784;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,292:0.99:294
chr2	20403949	rs2230924	C	T	8939.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.805;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=336;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=115;NR=106;PP=2965;ReadPosRankSum=0.120;SC=CAGCTGTAGCCTCCAGGCCGG;SOR=0.761;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=223;TCF=116;TCR=107;TR=221;WE=20403957;WS=20403939;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,331:0.99:333
chr2	20405004	rs3732166	C	T	639.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=17;NR=2;PP=406;SC=GCAGGGTGCACTCAGTACATG;SOR=3.258;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=19;TCF=17;TCR=2;TR=19;WE=20405012;WS=20404998;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr2	20405050	rs6531225	A	C	1642.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=35;NR=10;PP=959;SC=ACCACTGCCCACAGGCATGAC;SOR=1.961;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=45;TCF=35;TCR=10;TR=45;WE=20405058;WS=20405040;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr2	20423154	rs4666375	A	G	4205.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=44;NR=90;PP=2877;SC=AGCAGTGGAGAACCCGAGTGC;SOR=2.240;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=134;TCF=44;TCR=90;TR=134;WE=20423170;WS=20423144;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,150:1.00:150
chr2	20424062	rs138986173	G	A	541.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.552;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.140;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=16;PP=338;ReadPosRankSum=-0.021;SC=CTCCCGCGCCGGCCGCGCTGC;SOR=0.277;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=48;TCF=8;TCR=40;TR=21;WE=20424070;WS=20424052;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,24:0.47:51
chr2	20455176	rs111928251	GT	G	157.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.140;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.20;MQRankSum=1.415;QD=1.92;ReadPosRankSum=1.513;SOR=0.688;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:58,24:0.29:82
chr2	20455757	rs77051628	C	G	1718.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-1.707;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=288;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=24;PP=930;ReadPosRankSum=0.076;SC=TAAAATAATGCCCTGCTAACA;SOR=0.675;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=215;TCF=143;TCR=72;TR=71;WE=20455765;WS=20455747;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:185,96:0.34:281
chr2	20462852	rs3796066	G	C	484.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-5.934;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.170;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=2;PP=370;ReadPosRankSum=-0.721;SC=GCTCTTAAAAGCTTCCAACTT;SOR=0.040;SbPval=0.19;Source=Platypus;TC=53;TCF=51;TCR=2;TR=21;WE=20462860;WS=20462851;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,21:0.40:53
chr2	20525948	rs9306890	T	C	643.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=1.046;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=6;PP=386;ReadPosRankSum=1.340;SC=TTTCTTAGGGTTGAGAATTTT;SOR=0.599;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=61;TCF=47;TCR=14;TR=25;WE=20525956;WS=20525938;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,31:0.41:75
chr2	20526998	.	TA	T	85.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.288;ClippingRankSum=0.000;DP=133;ExcessHet=3.0103;FS=0.844;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.66;ReadPosRankSum=-0.003;SOR=0.567;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:105,25:0.19:130
chr2	20699667	rs342089	C	G	3206.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=53;NR=20;PP=1393;SC=CAGCAGTCACCCCACATCTAG;SOR=1.392;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=73;TCF=53;TCR=20;TR=73;WE=20699675;WS=20699657;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr2	20700900	rs342088	A	G	5565.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=67;NR=62;PP=2514;SC=CTTCTTTGCTAGCCTTGGGCA;SOR=0.732;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=129;TCF=67;TCR=62;TR=129;WE=20700908;WS=20700890;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,208:1.00:208
chr2	20818454	rs3732152	T	A	15163.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=394;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=38.78;SOR=0.783;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,391:1.00:391
chr2	20818454	.	TTCTG	ATCTA,ATCTG	2544	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.55;FR=0.5000,0.5000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MMLQ=23;MQ=60.0;NF=86,134;NR=69,100;PP=2544,1119;QD=20;SC=GGGGCTGGGCTTCTGGTTGGC;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=234;TCF=134;TCR=100;TR=155,234;WE=20818466;WS=20818444;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.66:234
chr2	20818458	rs3732151	G	A	6073.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.539;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=404;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.15;ReadPosRankSum=-0.056;SOR=0.666;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:124,277:0.69:401
chr2	20818517	rs3732150	T	C	2699.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=3.239;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=537;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.205;HP=1;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=44;PP=1549;ReadPosRankSum=-0.906;SC=ATAAGACACATTGGGCTCTGG;SOR=0.693;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=297;TCF=164;TCR=133;TR=105;WE=20818525;WS=20818507;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:366,162:0.31:528
chr2	20822218	rs4666444	T	C	1768.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=18;NR=41;PP=943;SC=CACCACAGAGTGGGGGGCCCA;SOR=1.451;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=59;TCF=18;TCR=41;TR=59;WE=20822226;WS=20822208;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr2	20823612	rs13030108	A	G	2958.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=38;NR=23;PP=1240;SC=CTCTGTCCAGAACACTCTCAG;SOR=1.008;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=61;TCF=38;TCR=23;TR=61;WE=20823620;WS=20823602;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr2	20823724	rs6531248	T	C	3373.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQ=59.96;NF=37;NR=44;PP=1359;SC=CACAGGCGGCTGGCAGCAGGA;SOR=0.804;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=81;TCF=37;TCR=44;TR=81;WE=20823732;WS=20823714;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr2	20823816	rs2305460	G	T	1039.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.130;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=21;PP=494;ReadPosRankSum=0.453;SC=CAGCAGGGGGGTCAGAGGAAG;SOR=0.685;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=52;TCF=19;TCR=33;TR=34;WE=20823824;WS=20823806;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,50:0.58:86
chr2	20823850	rs6733419	T	C	1610.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=32.22;SOR=1.390;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr2	20823850	.	TGCTCTCTC	CGCTCTCTC,CGCTCTCTT	403	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.46;FR=0.5000,0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=17;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=12,3;NR=26,9;PP=403,126;QD=11.520295067;SC=ATGCCATGGCTGCTCTCTCTC;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=12;TCR=26;TR=38,12;WE=20823866;WS=20823840;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:1.00:38
chr2	20823858	rs2305459	C	T	317.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.926;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.91;ReadPosRankSum=-0.265;SOR=0.768;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,18:0.39:46
chr2	20824498	rs2305458	C	T	1946.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.005;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=326;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.429;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=28;PP=881;ReadPosRankSum=0.486;SC=TTACGGTCCACGGATGACACG;SOR=0.742;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=220;TCF=130;TCR=90;TR=72;WE=20824506;WS=20824488;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:216,110:0.34:326
chr2	20824559	rs2305457	C	T	5717.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.308;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=448;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=83;NR=94;PP=2734;ReadPosRankSum=1.027;SC=CAAAGAGCCCCTCATCAGGGT;SOR=0.732;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=268;TCF=126;TCR=142;TR=177;WE=20824567;WS=20824549;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:180,267:0.60:447
chr2	20824658	rs10199441	G	A	3266.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.956;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=61;PP=1631;ReadPosRankSum=2.270;SC=TGGAGCTGGAGAATCACAGAC;SOR=0.710;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=139;TCF=46;TCR=93;TR=91;WE=20824666;WS=20824648;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,143:0.64:223
chr2	20824691	rs17663045	C	T	843.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.819;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.323;HP=2;HapScore=1;MGOF=29;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=27;PP=504;ReadPosRankSum=-0.671;SC=GAGGATTTCCCACAAGTGTCC;SOR=0.934;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=106;TCF=27;TCR=79;TR=34;WE=20824699;WS=20824681;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:116,48:0.29:164
chr2	20824708	rs10191266	T	C	2013.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.590;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.644;HP=2;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=37;PP=938;ReadPosRankSum=0.248;SC=GTCCAGGTGGTCCGGTCAGAC;SOR=0.518;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=82;TCF=25;TCR=57;TR=55;WE=20824716;WS=20824698;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,88:0.70:125
chr2	20838318	rs3796064	G	A	9138.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.694;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=672;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.537;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=118;NR=133;PP=2962;ReadPosRankSum=0.116;SC=CAAAAAAGTCGAAAGCCTCTT;SOR=0.750;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=413;TCF=198;TCR=215;TR=251;WE=20838326;WS=20838308;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:242,415:0.63:657
chr2	20841059	rs4666449	C	T	501.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-3.803;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.126;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=16;PP=304;ReadPosRankSum=-0.214;SC=GGTACGCCCGCCTGCTGCCCC;SOR=0.196;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=56;TCF=8;TCR=48;TR=20;WE=20841067;WS=20841049;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,24:0.38:63
chr2	20845273	rs2304423	G	A	3456.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.272;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=249;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=72;PP=2046;ReadPosRankSum=0.268;SC=CGCCTGCCAGGGGAAAAGAAG;SOR=0.684;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=180;TCF=63;TCR=117;TR=112;WE=20845281;WS=20845263;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:97,147:0.60:244
chr2	20867122	.	G	GGGCGGC,GGGCGGCGGC	797.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=59.45;QD=41.99;SOR=0.793;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:0,4,15:0.21,0.79:19
chr2	20870579	rs13013489	G	A	2959.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=28;NR=42;PP=1528;SC=CACTGCGGCGGCTGGGCTTCG;SOR=1.002;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=70;TCF=28;TCR=42;TR=70;WE=20870587;WS=20870569;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr2	20870820	rs78872016	G	T	4176.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-5.089;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=275;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.740;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=110;NR=39;PP=2790;ReadPosRankSum=-2.539;SC=GACGCGGACAGCGCAGGGCAG;SOR=0.562;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=232;TCF=176;TCR=56;TR=149;WE=20870828;WS=20870810;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:103,169:0.62:272
chr2	20871190	rs4666457	A	C	8523.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=330;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=75;NR=172;PP=2965;SC=AGGTAGCGCGAGGGCCGGGGA;SOR=1.632;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=248;TCF=75;TCR=173;TR=247;WE=20871198;WS=20871180;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,319:1.00:319
chr2	20884550	rs11693849	C	A	1738.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.935;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=309;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=20;PP=720;ReadPosRankSum=-1.485;SC=TCACAAAGACCATCCATGTGG;SOR=0.698;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=192;TCF=122;TCR=70;TR=59;WE=20884558;WS=20884540;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:201,101:0.33:302
chr2	21225281	rs1042034	C	T	4602.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=71;NR=62;PP=2965;SC=GATATAATCACTGAAGATTGT;SOR=0.796;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=134;TCF=71;TCR=63;TR=133;WE=21225289;WS=21225271;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,162:1.00:162
chr2	21232195	rs693	G	A	20716.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.152;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=759;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=258;NR=257;PP=2965;ReadPosRankSum=0.491;SC=TATCTTCTAGGGTCTCTCGGA;SOR=0.236;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=518;TCF=259;TCR=259;TR=515;WE=21232203;WS=21232185;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,745:1.00:746
chr2	21232803	rs584542	TG	CA	14994.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=343;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=94;NR=136;PP=2947;SC=TGCTCAAGAATGTCATTTATT;SOR=1.048;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=243;TCF=98;TCR=145;TR=230;WE=21232812;WS=21232793;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,338:1.00:338
chr2	21235475	rs568413	T	C	5732.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=40;NR=93;PP=2965;SC=AGACCCATCATATGATAGTGT;SOR=1.452;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=133;TCF=40;TCR=93;TR=133;WE=21235483;WS=21235465;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,203:1.00:203
chr2	21236482	rs488329	A	G	2315.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=15;NR=53;PP=1590;SC=GACCTTCACAACAATATTGTA;SOR=2.215;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=68;TCF=15;TCR=53;TR=68;WE=21236490;WS=21236472;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr2	21250914	rs679899	G	A	3681.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.725;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.280;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=79;PP=2052;ReadPosRankSum=0.340;SC=TTCTTTCAGAGCTTCTTTCAC;SOR=0.965;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=154;TCF=49;TCR=105;TR=115;WE=21250922;WS=21250904;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,160:0.68:235
chr2	21252365	rs67556837	GAGGA	G	1801.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.471;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FS=1.181;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.10;MQRankSum=2.192;QD=25.02;ReadPosRankSum=0.693;SOR=1.099;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,49:0.68:72
chr2	21255573	rs10701091	C	CCATCT	3287.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=46;PP=2704;SC=TCAAATCTAACTTCAAAACCC;SOR=3.228;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=55;TCF=0;TCR=55;TR=46;WE=21255581;WS=21255562;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr2	21263900	rs1367117	G	A	879.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.234;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=25;PP=514;ReadPosRankSum=1.100;SC=CTCTTTCAGGGTGCACTGGCT;SOR=0.718;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=129;TCF=56;TCR=73;TR=43;WE=21263908;WS=21263890;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:130,55:0.30:185
chr2	21266774	rs17240441	GGCAGCGCCA	G	589.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.076;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.08;MQRankSum=1.718;QD=6.55;ReadPosRankSum=-2.267;SOR=0.734;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:70,20:0.22:90
chr2	21360583	rs312966	A	G	3290.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.035;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=50;PP=1576;ReadPosRankSum=1.233;SC=AGGAAGAGTCATGGAAAAGAA;SOR=0.684;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=156;TCF=77;TCR=79;TR=100;WE=21360591;WS=21360573;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,151:0.65:231
chr2	21364562	rs113588790	C	T	1554.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.451;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=251;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.952;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=27;PP=840;ReadPosRankSum=1.116;SC=GGAATCCATGCTTTTCTTAGT;SOR=0.913;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=169;TCF=90;TCR=79;TR=64;WE=21364570;WS=21364552;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:164,87:0.35:251
chr2	23746975	rs139466168	C	T	722.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.314;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.900;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=22;PP=409;ReadPosRankSum=-0.752;SC=ACCTCAGTGTCGTAGGTAGCG;SOR=0.495;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=84;TCF=19;TCR=65;TR=28;WE=23746983;WS=23746965;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,37:0.39:96
chr2	23862187	rs540290	C	G	2521.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.826;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=492;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=60;PP=1241;ReadPosRankSum=-0.107;SC=CGACTGAGCCCAGGGCTTGGC;SOR=0.704;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=310;TCF=125;TCR=185;TR=99;WE=23862195;WS=23862177;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:331,153:0.32:484
chr2	23865260	rs642931	T	C	3656.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=1.160;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=809;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.978;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=84;NR=63;PP=1669;ReadPosRankSum=1.710;SC=CCACCCTGATTGCACACTCCT;SOR=0.845;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=484;TCF=266;TCR=218;TR=147;WE=23865268;WS=23865250;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:579,225:0.28:804
chr2	23865908	rs527176	G	C	1819.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.047;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=328;ExcessHet=3.0103;FS=8.565;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.74;ReadPosRankSum=-1.050;SOR=0.383;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:214,103:0.32:317
chr2	23907211	.	T	TA	56.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.774;ClippingRankSum=0.000;DP=173;ExcessHet=3.0103;FS=3.389;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.19;MQRankSum=3.963;QD=0.34;ReadPosRankSum=-1.979;SOR=1.201;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:135,30:0.18:165
chr2	23919375	rs3795942	C	T	4022.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=32;NR=84;PP=2353;SC=ACGTGGACCACGTGGAGAGGT;SOR=1.625;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=116;TCF=32;TCR=84;TR=116;WE=23919383;WS=23919365;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,149:1.00:149
chr2	23925980	rs12466745	T	C	4607.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=94;NR=36;PP=2873;SC=AGATGGCAGTTTGCTGCCCTT;SOR=1.762;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=130;TCF=94;TCR=36;TR=130;WE=23925988;WS=23925970;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,161:1.00:161
chr2	23926659	rs3795948	T	C	15909.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.687;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=604;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=180;NR=181;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.089;SC=ATGCCAGAGCTACCACCATCT;SOR=0.700;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=363;TCF=181;TCR=182;TR=361;WE=23926667;WS=23926649;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,600:1.00:602
chr2	24009163	rs9636434	A	G	6583.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.400;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=248;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=122;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.644;SC=GCATTCTCTCAAAATGTTCTT;SOR=0.594;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=181;TCF=58;TCR=123;TR=180;WE=24009171;WS=24009153;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,239:1.00:240
chr2	24042550	rs2879639	C	T	1486.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.101;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=13;PP=808;ReadPosRankSum=2.394;SC=AAAAATATACCATAATTCTAA;SOR=1.609;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=48;TCF=33;TCR=15;TR=45;WE=24042558;WS=24042540;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,55:0.96:57
chr2	24042805	rs143477841	G	A	45.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.193;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.41;ReadPosRankSum=-0.728;SOR=0.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,4:0.21:19
chr2	24055058	rs10432637	G	C	26249.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=984;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=287;NR=301;PP=2965;SC=ACACCCCACTGTCTTTAGTTT;SOR=0.750;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=591;TCF=287;TCR=304;TR=588;WE=24055066;WS=24055048;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,977:1.00:977
chr2	24103432	rs374010112	CA	C	175.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.104;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FS=0.972;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.04;ReadPosRankSum=0.231;SOR=0.888;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:61,25:0.29:86
chr2	24108652	rs7579201	T	C	10604.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=411;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=126;NR=113;PP=2965;SC=TCGACGATTCTGTCGGATGTT;SOR=0.758;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=241;TCF=128;TCR=113;TR=239;WE=24108660;WS=24108642;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,409:1.00:409
chr2	24110911	rs34093830	G	GA	2217.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.235;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FS=2.669;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.14;MQRankSum=0.532;QD=17.46;ReadPosRankSum=1.540;SOR=0.395;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:13,114:0.90:127
chr2	24194314	rs1533440	C	T	1909.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=20;NR=30;PP=934;SC=TTTTCTTTTTCTTTCAGTGTT;SOR=1.002;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=50;TCF=20;TCR=30;TR=50;WE=24194322;WS=24194304;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr2	24246175	rs12989842	C	T	7345.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=272;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=73;NR=150;PP=2965;SC=GTAAACCTGCCGTCCCAGGCC;SOR=1.462;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=225;TCF=74;TCR=151;TR=223;WE=24246183;WS=24246165;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,266:1.00:266
chr2	24246679	rs925228	A	G	5500.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=41;NR=119;PP=2965;SC=TACCAAGCTCAGGGCATCCAT;SOR=1.931;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=161;TCF=41;TCR=120;TR=160;WE=24246687;WS=24246669;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,190:1.00:190
chr2	24255862	rs10179142	C	G	5750.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=60;PP=2965;SC=CAGAAGTAATCGAGTTAACAT;SOR=1.302;Source=Platypus;TCF=60;WE=24255870;WS=24255852;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,201:1.00:201
chr2	24277553	.	A	T	784.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-4.174;ClippingRankSum=0.000;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.174;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=21;PP=401;ReadPosRankSum=-0.902;SC=GTGAAGCACAAGGTTAATTCT;SOR=0.446;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=49;TCF=10;TCR=39;TR=28;WE=24277561;WS=24277543;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,37:0.63:59
chr2	24369674	rs11693860	C	T	15734.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=607;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=176;NR=198;PP=2965;SC=ACAAGGATAACGAAAAAAGAA;SOR=0.755;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=375;TCF=176;TCR=199;TR=374;WE=24369682;WS=24369664;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,598:1.00:598
chr2	24384424	rs4665667	T	C	6618.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=248;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=108;NR=69;PP=2965;SC=ATTTGAAACCTTTGGCAAGAG;SOR=1.083;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=178;TCF=109;TCR=69;TR=177;WE=24384432;WS=24384414;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,245:1.00:245
chr2	24387178	rs113322110	G	GC	4662.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=7;NR=59;PP=2967;SC=TTGAGCCTCAGCAGGAACGGG;SOR=1.430;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=68;TCF=7;TCR=61;TR=66;WE=24387186;WS=24387168;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr2	24388096	rs4665668	G	A	1076.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.188;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=7;PP=699;ReadPosRankSum=0.385;SC=AGCTGGCACCGATGTCTCCAG;SOR=0.900;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=31;TCF=24;TCR=7;TR=30;WE=24388104;WS=24388086;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,39:0.98:40
chr2	24390517	rs2288072	G	A	12683.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=491;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=136;NR=166;PP=2965;SC=CGCGTTTGGGGCTGCTGAAGC;SOR=0.811;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=303;TCF=136;TCR=167;TR=302;WE=24390525;WS=24390507;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,481:1.00:481
chr2	24395269	rs918802	T	C	1743.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=43;NR=11;PP=1207;SC=AGCCTTTCCTTCGTTCAAGTA;SOR=2.644;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=56;TCF=43;TCR=13;TR=54;WE=24395277;WS=24395259;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr2	24395294	rs918803	T	C	2562.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=59;NR=27;PP=1767;SC=TAGAAATTTCTTAAGTTTTCT;SOR=1.765;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=86;TCF=59;TCR=27;TR=86;WE=24395302;WS=24395284;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr2	24395506	rs889830	T	C	3850.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=34;NR=74;PP=1966;SC=CGGACTCAAGTGATCCTCCCA;SOR=1.366;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=108;TCF=34;TCR=74;TR=108;WE=24395514;WS=24395496;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,147:1.00:147
chr2	24398281	rs2042467	T	G	3271.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=68;NR=31;PP=1872;SC=CCCAAAGGCCTGGCTCTCAAC;SOR=1.515;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=99;TCF=68;TCR=31;TR=99;WE=24398289;WS=24398271;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr2	24398446	rs2042468	A	T	5437.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=50;NR=88;PP=2596;SC=AATGGAGGTGAGATAACGTGG;SOR=1.230;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=138;TCF=50;TCR=88;TR=138;WE=24398454;WS=24398436;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,205:1.00:205
chr2	24402127	rs61193015	C	CAA	4840.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQ=60.29;NF=8;NR=45;PP=2801;SC=TAAAATGAAACGAGAATGTTG;SOR=1.061;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=53;TCF=8;TCR=45;TR=53;WE=24402135;WS=24402117;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr2	24432211	rs2303293	C	T	4854.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.874;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=86;PP=2391;ReadPosRankSum=1.500;SC=AGGGGTCTAGCGTCTAAGGTC;SOR=0.534;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=126;TCF=39;TCR=87;TR=125;WE=24432219;WS=24432201;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,183:0.99:184
chr2	24432620	rs2303294	A	G	3523.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=80;NR=20;PP=2485;SC=GTCTGCCAGGAAGGCCTTAAG;SOR=2.468;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=100;TCF=80;TCR=20;TR=100;WE=24432628;WS=24432610;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr2	24432667	rs2303295	C	G	6782.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=269;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=127;NR=63;PP=2965;SC=TGATGCTACCCCCAGACGCGT;SOR=1.344;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=190;TCF=127;TCR=63;TR=190;WE=24432675;WS=24432657;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,261:1.00:261
chr2	24440997	rs2551183	A	T	3262.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=26;NR=75;PP=2136;SC=AATAATGTCAACATAAACTGA;SOR=1.911;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=101;TCF=26;TCR=75;TR=101;WE=24441005;WS=24440987;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr2	24475205	rs4450560	T	C	14630.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=557;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=262;NR=138;PP=2965;SC=GATTTTAATATCAAAATACCT;SOR=1.285;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=400;TCF=262;TCR=138;TR=400;WE=24475213;WS=24475195;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,545:1.00:545
chr2	24484150	rs4665680	T	C	3182.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=18;NR=75;PP=2249;SC=TATAAGTATATTTATTTGTTT;SOR=2.415;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=94;TCF=18;TCR=76;TR=93;WE=24484158;WS=24484140;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr2	24498839	rs4411652	T	G	759.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=29.22;SOR=3.611;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr2	24521493	rs7559133	C	T	7238.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=274;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=97;NR=57;PP=2965;SC=CAGGTAGCTCCATCATCATTC;SOR=1.055;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=156;TCF=97;TCR=59;TR=154;WE=24521501;WS=24521483;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,268:1.00:268
chr2	24521766	rs6707600	C	T	1579.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=12;NR=40;PP=1078;SC=CAATAAAAGTCAGGCAGAGTT;SOR=2.107;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=52;TCF=12;TCR=40;TR=52;WE=24521774;WS=24521756;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr2	24550867	.	CAA	C,CA	4883.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.402;ClippingRankSum=0.000;DP=360;ExcessHet=3.0103;FS=6.914;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.21;MQRankSum=0.928;QD=14.24;ReadPosRankSum=-0.522;SOR=1.256;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:35,85,223:0.25,0.65:343
chr2	24896389	rs4665712	T	G	3396.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.863;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=59;PP=1756;ReadPosRankSum=2.350;SC=GCCAGTTTGGTTTTTTCTTTT;SOR=1.196;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=92;TCF=33;TCR=59;TR=92;WE=24896397;WS=24896379;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,129:0.98:131
chr2	24905927	rs11125744	G	C	8837.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=344;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=93;NR=85;PP=2965;SC=TAATGAATACGAGCGTCTACA;SOR=0.729;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=178;TCF=93;TCR=85;TR=178;WE=24905935;WS=24905917;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,340:1.00:340
chr2	24933689	rs7593430	A	C	1627.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=42;NR=6;PP=1219;SC=TTTCTTCATTATCTCAAAGTC;SOR=3.300;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=50;TCF=42;TCR=8;TR=48;WE=24933697;WS=24933679;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr2	24952712	rs375818965	CT	C	65.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.075;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FS=0.851;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.15;MQRankSum=-0.817;QD=0.40;ReadPosRankSum=0.551;SOR=0.521;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:132,33:0.20:165
chr2	24952740	rs11439247	C	CT	4656.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=65;PP=2973;SC=CGAAGTCTCACCTGTCACCAG;SOR=1.473;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=73;TCF=6;TCR=67;TR=71;WE=24952748;WS=24952730;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
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chr2	25048847	rs2289090	A	G	6144.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=236;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=142;NR=58;PP=2965;SC=CTTAGGTCCCAGGGCTGCTTC;SOR=1.771;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=201;TCF=143;TCR=58;TR=200;WE=25048855;WS=25048837;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,229:1.00:229
chr2	25050977	rs7566416	T	C	7318.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=262;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=60;NR=114;PP=2965;SC=TGCCCTCCGTTTCCATCCCTG;SOR=1.233;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=174;TCF=60;TCR=114;TR=174;WE=25050985;WS=25050967;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,259:1.00:259
chr2	25061810	rs377483153	AT	A	136.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.602;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FS=2.502;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.42;ReadPosRankSum=-0.986;SOR=0.347;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:66,30:0.31:96
chr2	25064079	rs2241757	G	A	839.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=19;NR=8;PP=537;SC=TGGGTCCAGGGCCGGGGCCCT;SOR=1.609;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=19;TCR=8;TR=27;WE=25064087;WS=25064069;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr2	25064193	rs2241759	G	A	3824.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=64;NR=39;PP=2052;SC=CCCGGTAGTCGGGCAAGCCGC;SOR=1.123;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=104;TCF=64;TCR=40;TR=103;WE=25064201;WS=25064183;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,142:1.00:142
chr2	25065418	rs113578562	T	C	365.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.006;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.069;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=19;PP=252;ReadPosRankSum=1.374;SC=GCCAGGGGTCTGGGACAGGCA;SOR=1.632;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=72;TCF=15;TCR=57;TR=22;WE=25065426;WS=25065408;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,23:0.28:82
chr2	25194741	rs7593864	G	A	22759.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=869;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=197;NR=261;PP=2965;SC=GAGACCTGCCGGGCTCCTTCC;SOR=0.853;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=460;TCF=199;TCR=261;TR=458;WE=25194749;WS=25194731;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,862:1.00:862
chr2	25314186	rs2918630	T	C	9360.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=365;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.37;SOR=0.805;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,355:1.00:355
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chr2	25362194	rs6718083	G	A	582.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=2.667;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.089;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=21;PP=400;ReadPosRankSum=-0.969;SC=ACCACTAATGGTGAGAAGTTA;SOR=1.002;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=65;TCF=13;TCR=52;TR=26;WE=25362202;WS=25362184;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,28:0.37:76
chr2	25368005	rs10188516	G	A	511.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=4.398;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.790;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=17;PP=290;ReadPosRankSum=-1.976;SC=CTGCATAGTGGGCTTAAGGCT;SOR=1.900;SbPval=0.96;Source=Platypus;TC=69;TCF=12;TCR=57;TR=18;WE=25368013;WS=25367995;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,24:0.30:81
chr2	25368030	rs10180231	T	C	219.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=4.378;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.085;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=8;PP=152;ReadPosRankSum=0.138;SC=GGAAAGCAAGTTTCTCGAGTA;SOR=0.240;SbPval=0.26;Source=Platypus;TC=40;TCF=4;TCR=36;TR=10;WE=25368038;WS=25368020;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,11:0.24:46
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chr2	25377329	rs2118404	C	T	398.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=3.249;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=15;PP=269;ReadPosRankSum=3.024;SC=TAGATGGCAGCGCCTCCCAGG;SOR=1.071;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=38;TCF=3;TCR=35;TR=16;WE=25377337;WS=25377319;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,18:0.39:46
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chr2	25466888	rs2289093	G	T	931.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.127;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FS=1.214;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.66;ReadPosRankSum=-1.637;SOR=0.799;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:143,57:0.28:200
chr2	25469913	rs2276599	C	T	2615.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-1.955;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=486;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.234;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=67;NR=37;PP=1112;ReadPosRankSum=0.726;SC=CCAGCAGGGACACTCACCTGC;SOR=0.545;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=332;TCF=220;TCR=112;TR=104;WE=25469921;WS=25469903;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:324,153:0.32:477
chr2	25472784	rs11681447	C	T	562.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-2.937;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.747;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=22;PP=421;ReadPosRankSum=-0.625;SC=GCTGCGAATGCAAACCCATCC;SOR=1.104;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=73;TCF=8;TCR=65;TR=22;WE=25472792;WS=25472774;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,27:0.34:79
chr2	25602142	rs2304426	G	A	3129.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-2.084;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=500;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.576;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=84;NR=32;PP=1808;ReadPosRankSum=2.219;SC=GGGAGGCAGAGGACTCTTTGT;SOR=0.781;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=345;TCF=238;TCR=107;TR=116;WE=25602150;WS=25602132;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:317,165:0.34:482
chr2	25656880	rs1395949	C	G	1282.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.867;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=283;ExcessHet=3.0103;FS=1.058;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.08;MQRankSum=-0.887;QD=4.61;ReadPosRankSum=1.930;SOR=0.783;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:199,79:0.28:278
chr2	25875401	.	T	TA	997.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.512;ClippingRankSum=0.000;DP=693;ExcessHet=3.0103;FS=0.607;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.02;MQRankSum=0.000;QD=1.69;ReadPosRankSum=1.341;SOR=0.770;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:449,143:0.24:592
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chr2	26082046	rs34236477	GT	G	169.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.403;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=3;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=2;PP=115;ReadPosRankSum=-1.004;SC=CTAGGCTCAAGTTGATTCTCC;SOR=0.893;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=15;TCF=2;TCR=13;TR=3;WE=26082065;WS=26082036;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,7:0.19:36
chr2	26082057	rs13422450	T	C	202.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.082;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=3;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=3;PP=129;ReadPosRankSum=-1.315;SC=TTGATTCTCCTAACCTAGCCT;SOR=0.569;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=26;TCF=12;TCR=14;TR=6;WE=26082065;WS=26082036;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,8:0.22:36
chr2	26082212	rs13425195	T	C	363.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.679;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.573;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=3;PP=187;ReadPosRankSum=0.014;SC=TATTTAATTATAGCTGAACTT;SOR=1.195;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=43;TCF=29;TCR=14;TR=14;WE=26082220;WS=26082202;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,22:0.31:71
chr2	26161226	rs199782711	CA	C	292.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.074;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FS=0.773;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.19;MQRankSum=2.642;QD=1.93;ReadPosRankSum=0.013;SOR=0.590;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:105,47:0.31:152
chr2	26174882	rs41285967	T	C	2121.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.728;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.662;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=37;PP=886;ReadPosRankSum=1.041;SC=CAGAGGGGGCTGGGCACGGTG;SOR=0.793;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=87;TCF=39;TCR=48;TR=66;WE=26174890;WS=26174872;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,99:0.68:145
chr2	26177198	rs17047211	A	G	5193.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=3.307;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=370;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.844;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=76;NR=82;PP=2632;ReadPosRankSum=0.968;SC=GCACGCGGATATACTCATCAT;SOR=0.721;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=223;TCF=109;TCR=114;TR=158;WE=26177206;WS=26177188;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:121,235:0.66:356
chr2	26203678	rs1465878	T	C	19773.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=747;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=264;NR=191;PP=2965;SC=CTCGTTCACCTGGGGCTTGTT;SOR=0.925;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=460;TCF=268;TCR=192;TR=455;WE=26203686;WS=26203668;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,735:1.00:735
chr2	26204640	rs6721440	G	A	16815.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=638;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.52;SOR=0.856;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,634:1.00:634
chr2	26321526	rs11678157	T	C	2719.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=44;NR=35;PP=1321;SC=TTTTCTGCATTGTAGGAATAG;SOR=0.880;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=80;TCF=44;TCR=36;TR=79;WE=26321534;WS=26321502;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr2	26350136	rs2289022	G	T	2940.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=24;NR=52;PP=1622;SC=ACTCTGCTCTGTCTTTGTAAA;SOR=1.380;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=76;TCF=24;TCR=52;TR=76;WE=26350144;WS=26350126;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr2	26357748	rs2243834	G	T	8837.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=334;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=150;NR=67;PP=2965;SC=CTGTTGAATCGTGATTTTATC;SOR=1.371;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=224;TCF=152;TCR=72;TR=217;WE=26357756;WS=26357738;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,321:1.00:321
chr2	26399214	rs4665830	G	A	24248.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.428;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=900;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=268;NR=294;PP=2965;ReadPosRankSum=0.383;SC=CCTTCCCAGGGGAGTACGCCG;SOR=0.253;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=567;TCF=272;TCR=295;TR=562;WE=26399222;WS=26399204;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,898:1.00:899
chr2	26405985	rs10779956	A	G	2832.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=16;NR=55;PP=1650;SC=CTCCCTCACCAGGTGTGGTGT;SOR=1.832;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=71;TCF=16;TCR=55;TR=71;WE=26405993;WS=26405975;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr2	26407937	rs181971256	A	G	917.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.240;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.970;HP=2;HapScore=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=14;PP=309;ReadPosRankSum=-0.125;SC=GAGGGCGACCAGGAGTACGTG;SOR=0.836;Source=Platypus;TCF=18;TR=24;WE=26407945;WS=26407927;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,43:0.66:65
chr2	26408064	rs4665833	T	C	1433.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=20;PP=618;SC=CAGGGCTCGATCTCATCTCCT;SOR=1.287;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=9;TCR=20;TR=29;WE=26408072;WS=26408054;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr2	26410214	rs1019972	C	T	5930.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=5.272;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=940;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.208;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=140;NR=69;PP=2962;ReadPosRankSum=0.683;SC=GCCCAGCCCCCGGTCCCCTAC;SOR=0.805;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=631;TCF=406;TCR=225;TR=209;WE=26410222;WS=26410204;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:620,302:0.33:922
chr2	26414523	rs149347225	TAGA	T	4724.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=1.244;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.610;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.556;NF=8;NR=36;PP=1810;ReadPosRankSum=-0.450;SC=GATGTTTAGGTAGAAGAAGAG;SOR=0.509;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=86;TCF=12;TCR=74;TR=44;WE=26414533;WS=26414513;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,120:0.63:191
chr2	26415429	rs5001914	A	G	2083.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=51;PP=1650;SC=GCCGAGGCGGAGGATCATTTG;SOR=2.303;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=65;TCF=14;TCR=51;TR=65;WE=26415437;WS=26415419;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr2	26416301	rs7582341	A	G	4053.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=75;NR=36;PP=2388;SC=CCTGACTCATAAAATCATTTT;SOR=1.394;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=111;TCF=75;TCR=36;TR=111;WE=26416309;WS=26416291;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,146:1.00:146
chr2	26417533	rs1865324	C	A	896.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=28;PP=706;SC=ACATGAGCTCCCTGGCCCTGC;SOR=3.545;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=32;TCF=4;TCR=28;TR=32;WE=26417541;WS=26417523;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr2	26420708	rs13387855	T	G	5573.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=48;NR=80;PP=2541;SC=AGAGGCCACATCAAAGCTAAT;SOR=1.114;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=128;TCF=48;TCR=80;TR=128;WE=26420716;WS=26420698;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,207:1.00:207
chr2	26420809	rs2289019	G	C	1544.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=35;PP=1101;SC=CACCTAGGGGGTTTTGTGTCG;SOR=3.080;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=6;TCR=35;TR=41;WE=26420817;WS=26420799;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr2	26454996	rs7593175	A	G	2449.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=55;NR=13;PP=1302;SC=TAAAGAGGGCATATAGCTTCA;SOR=2.154;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=68;TCF=55;TCR=13;TR=68;WE=26455004;WS=26454986;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr2	26477125	rs147970487	G	GACT	3283.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=43;NR=7;PP=2591;SC=ATTCCAGAATGACTATCTTGA;SOR=3.521;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=56;TCF=49;TCR=7;TR=50;WE=26477133;WS=26477115;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr2	26484080	rs70950178	A	ACC	576.79	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.713;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.39;MQRankSum=0.471;QD=30.36;ReadPosRankSum=0.822;SOR=4.514;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,18:0.95:19
chr2	26500101	rs35610761	CT	C	139.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.732;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.26;MQRankSum=-0.000;QD=7.35;ReadPosRankSum=2.200;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,10:0.53:19
chr2	26508607	rs10673554	G	GTTTTTTT	97.37	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=32.46;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
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chr2	26532735	rs3856397	G	A	563.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-0.455;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=13;PP=369;ReadPosRankSum=0.168;SC=TGACTGCTCTGACCAGGCTGC;SOR=0.673;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=114;TCF=70;TCR=44;TR=33;WE=26532743;WS=26532725;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:98,36:0.27:134
chr2	26533023	rs3851967	C	T	3410.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.507;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=575;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.166;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=60;PP=1497;ReadPosRankSum=0.643;SC=CCCCGGCCTGCGGGCTGCAAG;SOR=0.692;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=347;TCF=175;TCR=172;TR=116;WE=26533031;WS=26533013;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:379,190:0.33:569
chr2	26534801	rs7568529	G	A	1403.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.931;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.909;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=27;PP=764;ReadPosRankSum=-0.002;SC=GCGAAGGGGTGGTCCTGTGGG;SOR=0.982;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=102;TCF=47;TCR=55;TR=46;WE=26534809;WS=26534791;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,65:0.45:146
chr2	26536299	rs11886746	C	G	7389.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.115;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=545;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.164;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=125;NR=83;PP=2962;ReadPosRankSum=3.452;SC=TGCTGTGGACCGGCCCCCAGA;SOR=0.811;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=311;TCF=182;TCR=129;TR=208;WE=26536307;WS=26536289;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:189,347:0.65:536
chr2	26536694	rs2052937	C	T	2072.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.171;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=413;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.569;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=43;PP=1062;ReadPosRankSum=0.916;SC=AGGTCACAAGCGTACGTGGTG;SOR=0.656;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=271;TCF=147;TCR=124;TR=91;WE=26536702;WS=26536684;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:287,126:0.31:413
chr2	26537499	rs10187359	A	C	3367.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=2.853;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=579;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.648;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=66;PP=1608;ReadPosRankSum=0.389;SC=CACCTGCAGAAACGTGTGTGC;SOR=0.894;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=307;TCF=121;TCR=186;TR=101;WE=26537507;WS=26537489;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:385,186:0.33:571
chr2	26606347	rs13030294	T	A	383.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-1.047;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.225;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=9;PP=178;ReadPosRankSum=-0.197;SC=TTTTAAATCTTTAATGGGGTA;SOR=0.376;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=52;TCF=16;TCR=36;TR=15;WE=26606355;WS=26606337;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,23:0.33:70
chr2	26607992	rs934280	T	C	9561.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=358;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=92;NR=140;PP=2965;SC=TTGGAACAGCTTTTGCCAACA;SOR=1.039;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=234;TCF=92;TCR=142;TR=232;WE=26608000;WS=26607982;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,353:1.00:353
chr2	26625042	rs13003230	C	A	7092.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=253;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=53;NR=142;PP=2965;SC=GGGCGGGATCCGCGCCGCAGG;SOR=1.790;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=197;TCF=53;TCR=144;TR=195;WE=26625050;WS=26625032;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,247:1.00:247
chr2	26647277	rs7423300	T	G	2505.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=29;NR=40;PP=1236;SC=TGCACTGTGCTGGACTCTTAG;SOR=0.892;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=69;TCF=29;TCR=40;TR=69;WE=26647285;WS=26647267;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr2	26652671	rs4356622	A	G	2927.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=24;NR=54;PP=1640;SC=CTGCTCTTGGAGGGCCCCTGG;SOR=1.458;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=78;TCF=24;TCR=54;TR=78;WE=26652679;WS=26652661;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr2	26653457	rs4450561	G	A	21166.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=803;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=290;NR=199;PP=2965;SC=TTGGAGTATCGTCTTCATAAT;SOR=0.975;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=490;TCF=290;TCR=200;TR=489;WE=26653465;WS=26653447;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,800:1.00:800
chr2	26663187	rs138497746	T	TTG,TTGTG	1893.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.535;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FS=2.102;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.78;ReadPosRankSum=0.940;SOR=0.430;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:22,67,31:0.56,0.26:120
chr2	26663213	.	GTA	G	1119	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;FR=0.5000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MMLQ=20;MQ=59.71;NF=24;NR=26;PP=1119;QD=22.44;SC=GTGTGTGTGTGTATATATATA;SbPval=0.19;Source=Platypus;TC=113;TCF=43;TCR=70;TR=50;WE=26663223;WS=26663177;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:63,50:0.44:113
chr2	26663215	rs56218945	A	G	532.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.560;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FS=8.674;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.95;MQRankSum=0.580;QD=3.31;ReadPosRankSum=2.644;SOR=1.472;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:122,39:0.24:161
chr2	26667615	rs939820	T	C	4926.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=80;NR=39;PP=2255;SC=TGAGAAGTTTTGGGAGATTTG;SOR=1.223;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=121;TCF=82;TCR=39;TR=119;WE=26667623;WS=26667605;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,184:1.00:184
chr2	26671092	rs34461558	C	CA	1540.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.657;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FS=5.525;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.33;MQRankSum=1.200;QD=8.37;ReadPosRankSum=0.296;SOR=1.350;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:61,123:0.67:184
chr2	26671544	rs4072407	A	G	5627.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=2.245;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=224;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=67;NR=65;PP=2435;ReadPosRankSum=-0.731;SC=TCTCCTCCCCATGACCCAACT;SOR=0.223;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=134;TCF=68;TCR=66;TR=132;WE=26671552;WS=26671534;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,218:1.00:219
chr2	26676322	rs1402962	A	G	9303.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=348;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.20;SOR=0.717;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,342:1.00:342
chr2	26677810	rs2280516	A	G	1873.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=34;NR=22;PP=1236;SC=CATGTGGGGCAGTTGGCTCTT;SOR=1.066;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=57;TCF=35;TCR=22;TR=56;WE=26677818;WS=26677800;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr2	26705527	rs74802025	G	T	2676.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=0.746;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.292;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=76;PP=1793;ReadPosRankSum=-0.348;SC=GTGTGTGTGTGTGAGTGGGCG;SOR=0.516;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=159;TCF=40;TCR=119;TR=104;WE=26705535;WS=26705517;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,114:0.67:171
chr2	26707593	rs55763868	T	A	1812.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=4.229;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=52;PP=1279;ReadPosRankSum=0.662;SC=CAGAACCAAATGCTGTCTTGG;SOR=0.746;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=101;TCF=14;TCR=87;TR=60;WE=26707601;WS=26707583;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,70:0.61:114
chr2	26712561	rs41288779	C	T	8458.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.746;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=582;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=108;NR=105;PP=2962;ReadPosRankSum=-2.127;SC=TCTTGATGATCTTGTCAAACA;SOR=0.714;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=334;TCF=167;TCR=167;TR=213;WE=26712569;WS=26712551;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:192,386:0.67:578
chr2	26724725	rs6547079	T	G	1882.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=1.051;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.070;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=41;PP=1136;ReadPosRankSum=0.414;SC=GACTGCTTGTTGGGGAGGAGG;SOR=0.518;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=72;TCF=21;TCR=51;TR=59;WE=26724733;WS=26724715;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,74:0.80:92
chr2	26726752	rs884390	G	A	9878.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.899;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=697;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.838;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=124;NR=150;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.101;SC=CAGGGAGAGGGACGCATGGAG;SOR=0.578;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=417;TCF=184;TCR=233;TR=274;WE=26726760;WS=26726742;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:243,452:0.65:695
chr2	26739247	rs7575020	T	A	6640.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=264;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=121;NR=54;PP=2965;SC=TCCCCGTGTCTTGGGAGCAGT;SOR=1.345;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=176;TCF=121;TCR=55;TR=175;WE=26739255;WS=26739237;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,253:1.00:253
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chr2	26798893	rs13002673	A	T	10843.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.61;BaseQRankSum=0.244;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=2165;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=179;NR=201;PP=2962;ReadPosRankSum=0.461;SC=CCTTCAGCCAAGGCGGCCATT;SOR=0.732;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=1203;TCF=588;TCR=615;TR=380;WE=26798901;WS=26798883;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1489,663:0.31:2152
chr2	26799031	rs2272464	G	A	3407.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.129;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=525;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.010;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=87;PP=1848;ReadPosRankSum=0.926;SC=CAGAGCTTACGAATTTCTACC;SOR=0.512;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=362;TCF=89;TCR=273;TR=120;WE=26799039;WS=26799021;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:334,175:0.34:509
chr2	26802392	rs2272467	A	T	1431.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=1.677;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.953;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=41;PP=863;ReadPosRankSum=-0.372;SC=TTTAGCCATGACCATGCTACC;SOR=0.898;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=138;TCF=42;TCR=96;TR=58;WE=26802400;WS=26802382;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:118,72:0.38:190
chr2	26804008	rs744538	A	G	209.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=2.498;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=0;PP=134;ReadPosRankSum=-0.044;SC=AGCCCTGGAAAGGGCAGTTCT;SOR=1.179;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=15;TCR=2;TR=7;WE=26804016;WS=26803998;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,9:0.47:19
chr2	26804122	rs744539	T	G	2127.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=1.604;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=268;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.567;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=24;PP=1058;ReadPosRankSum=0.655;SC=TAGAGGTGAGTGTGGGCCCAG;SOR=0.465;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=210;TCF=150;TCR=60;TR=76;WE=26804130;WS=26804112;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:158,107:0.40:265
chr2	26804143	rs744540	T	C	2415.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.412;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=343;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.417;HP=2;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=34;PP=1285;ReadPosRankSum=0.717;SC=TACAAAGTCATACTTCAAACC;SOR=0.653;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=271;TCF=175;TCR=96;TR=94;WE=26804151;WS=26804133;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:213,129:0.38:342
chr2	26804218	rs935171	G	A	18988.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.429;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=735;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=227;NR=202;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.164;SC=CATGTCAGGTGTTTGCCGCTA;SOR=0.790;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=431;TCF=227;TCR=204;TR=429;WE=26804226;WS=26804208;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,730:1.00:732
chr2	26804247	rs935172	T	C	19849.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.926;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=772;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=204;NR=226;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.410;SC=TCCCCAGAAGTGAATCCGAAA;SOR=0.389;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=430;TCF=204;TCR=226;TR=430;WE=26804255;WS=26804237;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,765:1.00:768
chr2	26806846	.	C	T	174.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.188;ClippingRankSum=0.000;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.255;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=10;PP=146;ReadPosRankSum=1.999;SC=CTGGGGGACACAGCACCAGCC;SOR=0.922;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=46;TCF=15;TCR=31;TR=14;WE=26806854;WS=26806836;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,13:0.25:53
chr2	26818006	rs1148962	T	C	7970.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.439;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=597;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=120;NR=97;PP=2962;ReadPosRankSum=0.400;SC=CTCTATGGCCTTTCCACCCCT;SOR=0.694;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=344;TCF=191;TCR=153;TR=217;WE=26818014;WS=26817996;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:223,371:0.62:594
chr2	26818021	rs1148963	C	T	8747.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.126;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=652;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=120;NR=114;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.066;SC=ACCCCTCACCCCTCAGTCCCC;SOR=0.680;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=368;TCF=190;TCR=178;TR=234;WE=26818029;WS=26818011;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:241,405:0.63:646
chr2	26951449	rs1663002	G	A	6929.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=260;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=59;NR=102;PP=2965;SC=GCCCCGAGGGGCCTGGAGCAC;SOR=1.092;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=161;TCF=59;TCR=102;TR=161;WE=26951457;WS=26951439;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,258:1.00:258
chr2	26997031	rs13007156	G	A	12902.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=489;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=191;NR=114;PP=2965;SC=CCCAGGTCTGGGCCTCTTGAC;SOR=1.072;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=310;TCF=192;TCR=118;TR=305;WE=26997039;WS=26997021;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,480:1.00:480
chr2	27157396	rs920437	G	A	120.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.806;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.47;ReadPosRankSum=-0.881;SOR=1.002;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,7:0.26:27
chr2	27157400	rs920436	A	G	960.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=23;NR=6;PP=310;SC=GCGATCGCTCAGGTTCGGTGG;SOR=2.376;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=23;TCR=6;TR=29;WE=27157408;WS=27157386;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr2	27163044	rs3739085	T	C	3608.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-3.336;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=245;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.561;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=96;PP=1869;ReadPosRankSum=0.266;SC=AGGAGTGGTATGTTTCCTAGA;SOR=0.613;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=181;TCF=42;TCR=139;TR=126;WE=27163052;WS=27163034;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,165:0.68:241
chr2	27164806	rs3820823	G	A	1990.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.295;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.674;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=24;PP=1207;ReadPosRankSum=0.230;SC=GACACTTTCTGCAACATTTCA;SOR=0.626;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=108;TCF=70;TCR=38;TR=69;WE=27164814;WS=27164796;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,88:0.64:137
chr2	27167784	rs3739088	C	T	463.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-0.050;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.150;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=15;PP=312;ReadPosRankSum=-0.577;SC=TCTTTTGTGTCCTCTCCTCCC;SOR=0.871;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=54;TCF=13;TCR=41;TR=19;WE=27167792;WS=27167774;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,22:0.37:59
chr2	27169637	rs3835821	TC	T	2586.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=0.158;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.426;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQ=60.09;MQRankSum=0.751;NF=49;NR=8;PP=2261;ReadPosRankSum=-0.688;SC=TGAGCCTCTGTCTCCTCATCT;SOR=1.193;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=90;TCF=74;TCR=16;TR=57;WE=27169645;WS=27169627;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,78:0.65:120
chr2	27169842	rs11126784	C	A	6949.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-2.832;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=529;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.535;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=73;NR=107;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.046;SC=CTCCCGGAGGCAGGTCGAGTG;SOR=0.730;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=320;TCF=134;TCR=186;TR=180;WE=27169850;WS=27169832;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:207,319:0.61:526
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chr2	27249245	rs3754733	A	G	6048.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-2.985;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=401;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.683;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=92;PP=2476;ReadPosRankSum=0.415;SC=CTGACTGCACAGCTTCCCCGT;SOR=0.464;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=229;TCF=87;TCR=142;TR=155;WE=27249253;WS=27249235;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:121,276:0.70:397
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chr2	27260469	rs1124649	G	A	3640.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.926;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=672;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.54;ReadPosRankSum=-0.538;SOR=0.703;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:442,215:0.33:657
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chr2	27276202	rs3806520	G	A	2951.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.427;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.561;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=39;PP=1750;ReadPosRankSum=0.119;SC=GGCTGGCTCCGGCTCTCCCAC;SOR=0.776;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=153;TCF=90;TCR=63;TR=97;WE=27276210;WS=27276192;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,128:0.66:195
chr2	27279416	rs2384570	A	G	6603.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=258;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=111;NR=72;PP=2965;SC=TCACATGGTCACATACTTGCT;SOR=1.082;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=184;TCF=112;TCR=72;TR=183;WE=27279424;WS=27279406;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,252:1.00:252
chr2	27280092	rs6711384	T	A	2182.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-1.787;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=19;PP=1346;ReadPosRankSum=-0.045;SC=TTGCCTCCTTTGACCACCTAA;SOR=0.701;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=127;TCF=93;TCR=34;TR=74;WE=27280100;WS=27280082;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,96:0.60:159
chr2	27280127	rs6721395	G	A	3473.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.355;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=250;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.740;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=82;NR=28;PP=2016;ReadPosRankSum=-0.390;SC=TTCTGTCCTGGTATCTGTTCA;SOR=1.003;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=183;TCF=130;TCR=53;TR=110;WE=27280135;WS=27280117;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:96,150:0.61:246
chr2	27290525	rs11681145	A	G	9543.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.219;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=678;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.850;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=137;NR=153;PP=2962;ReadPosRankSum=1.853;SC=GTCTGTACCCACTGCCACTGA;SOR=0.567;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=430;TCF=194;TCR=236;TR=290;WE=27290533;WS=27290515;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:230,438:0.66:668
chr2	27291661	rs7575465	G	A	915.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=1.045;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=23;PP=650;ReadPosRankSum=-0.681;SC=AACCCAGCAAGGCACTGTTCC;SOR=0.716;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=41;TCF=8;TCR=33;TR=29;WE=27291669;WS=27291651;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,36:0.71:51
chr2	27292651	rs10865461	T	C	1652.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=1.951;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=47;PP=1284;ReadPosRankSum=-0.647;SC=TTCAGAATAATTTTCTGCTTC;SOR=0.673;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=94;TCF=23;TCR=71;TR=61;WE=27292659;WS=27292641;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,65:0.67:97
chr2	27293150	rs1053609	G	T	6274.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.250;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=419;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.207;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=111;PP=2962;ReadPosRankSum=0.645;SC=TTATGTTCAAGCCCAGGATAT;SOR=0.594;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=275;TCF=99;TCR=176;TR=176;WE=27293158;WS=27293140;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:131,277:0.68:408
chr2	27302165	rs2289360	T	C	7313.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.899;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=288;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=157;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.785;SC=ATGCCACCTCTGCCTGGCTCT;SOR=0.737;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=217;TCF=59;TCR=158;TR=216;WE=27302173;WS=27302155;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,282:1.00:283
chr2	27303755	rs2736976	A	G	6569.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=246;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=56;NR=124;PP=2965;SC=CCCCTGGCCCAGCCTGCCCGC;SOR=1.550;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=181;TCF=56;TCR=125;TR=180;WE=27303763;WS=27303745;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,238:1.00:238
chr2	27307769	rs2304682	G	C	8396.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.777;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=314;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=100;NR=95;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.570;SC=ACGTAGCACCGAGCACAACAG;SOR=0.732;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=195;TCF=100;TCR=95;TR=195;WE=27307777;WS=27307759;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,312:0.99:314
chr2	27319826	rs9677784	A	G	2410.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=20;NR=47;PP=1483;SC=TTCAGGTGAGAAAACTAAGGC;SOR=1.582;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=67;TCF=20;TCR=47;TR=67;WE=27319834;WS=27319816;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr2	27323468	rs4665371	A	C	6291.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=236;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=61;NR=94;PP=2965;SC=GACCTGGATTAAAATCTGCCA;SOR=1.006;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=155;TCF=61;TCR=94;TR=155;WE=27323476;WS=27323458;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,232:1.00:232
chr2	27324036	rs1057394	G	A	1889.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=47;NR=11;PP=1389;SC=CTGGGACCAGGCAGGGGGCAC;SOR=2.797;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=59;TCF=48;TCR=11;TR=58;WE=27324044;WS=27324026;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr2	27324340	.	G	A	1988	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;FR=0.5000;HP=4;HapScore=2;MMLQ=28;NF=26;NR=41;SC=CTCTGGGCCCGGGGGCATCTC;Source=Platypus;TCF=78;TR=67;WS=27324330;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:80,67:0.46:147
chr2	27324724	rs2384571	G	C	18720.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.404;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=724;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=224;NR=226;PP=2965;ReadPosRankSum=1.708;SC=TCAGGTCCTGGGTCTCGAGCA;SOR=0.241;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=452;TCF=226;TCR=226;TR=450;WE=27324732;WS=27324714;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,712:0.99:716
chr2	27324751	rs2384572	G	T	10442.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.667;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=799;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=143;NR=144;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.415;SC=CCACTATCAAGATCACCTGTG;SOR=0.672;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=472;TCF=238;TCR=234;TR=287;WE=27324759;WS=27324741;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:310,481:0.61:791
chr2	27351279	rs1866561	G	A	3958.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=83;NR=29;PP=2570;SC=AAAAGTCAGGGAAGTGGGGCA;SOR=1.921;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=112;TCF=83;TCR=29;TR=112;WE=27351287;WS=27351269;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,138:1.00:138
chr2	27351948	rs6715286	T	G	15674.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=580;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=148;NR=189;PP=2965;SC=GTAGCCAGGATACATACGTCT;SOR=0.813;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=338;TCF=149;TCR=189;TR=337;WE=27351956;WS=27351938;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,579:1.00:579
chr2	27354173	rs11126874	C	A	1210.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=35;NR=4;PP=944;SC=ATCTTGTCAGCGGCAACCTCA;SOR=4.021;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=40;TCF=36;TCR=4;TR=39;WE=27354181;WS=27354163;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr2	27354419	rs11695641	C	T	4115.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-2.104;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=287;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.954;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=69;NR=68;PP=2282;ReadPosRankSum=-0.478;SC=AAAAGGGCTTCCCAGCCTGAA;SOR=0.616;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=209;TCF=107;TCR=102;TR=137;WE=27354427;WS=27354409;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:98,184:0.65:282
chr2	27355454	rs4665948	A	C	1767.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=45;NR=12;PP=1331;SC=TTCAGCCACCACCCAAAGTCT;SOR=2.381;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=57;TCF=45;TCR=12;TR=57;WE=27355462;WS=27355444;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
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chr2	27424496	rs1006898	G	A	4303.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=65;NR=41;PP=2312;SC=TCAAAGGAGGGCTTTGAGAAA;SOR=1.085;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=106;TCF=65;TCR=41;TR=106;WE=27424504;WS=27424486;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,154:1.00:154
chr2	27424636	rs1395	G	A	8821.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.408;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=627;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.542;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=149;NR=99;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.456;SC=TGGCATGCTGGAGCCCATGCT;SOR=0.870;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=391;TCF=228;TCR=163;TR=248;WE=27424644;WS=27424626;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:232,389:0.63:621
chr2	27426362	rs2580761	G	A	564.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=1.351;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.928;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=16;PP=349;ReadPosRankSum=-0.870;SC=ACCTCAGAGCGGGCCTGGAAG;SOR=0.921;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=73;TCF=24;TCR=49;TR=23;WE=27426370;WS=27426352;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,27:0.33:81
chr2	27426514	rs1275521	G	C	12331.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=468;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=198;NR=105;PP=2965;SC=CCCTTGTCATGCACACAGATG;SOR=1.228;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=303;TCF=198;TCR=105;TR=303;WE=27426522;WS=27426504;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,450:1.00:450
chr2	27428147	rs1298361	A	G	6030.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=163;NR=33;PP=2965;SC=TACTATAGCCAAGACCAGCCT;SOR=2.844;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=197;TCF=164;TCR=33;TR=196;WE=27428155;WS=27428137;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,224:1.00:224
chr2	27428295	rs1275524	A	G	37065.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=1417;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=408;NR=394;PP=2965;SC=CTGACCCCACAATGATAACTG;SOR=0.722;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=803;TCF=409;TCR=394;TR=802;WE=27428303;WS=27428285;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,1404:1.00:1404
chr2	27428702	rs1275525	A	C	1823.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=54;NR=5;PP=1507;SC=CCCTGTTGACATCATTCCCAT;SOR=4.443;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=60;TCF=55;TCR=5;TR=59;WE=27428710;WS=27428692;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr2	27428815	rs1275526	C	G	15229.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.631;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=582;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=197;NR=135;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.823;SC=CTCAGCTTATCTCTTCTTTTC;SOR=0.906;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=332;TCF=197;TCR=135;TR=332;WE=27428823;WS=27428805;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,576:1.00:578
chr2	27428877	rs1275527	C	G	18936.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=1.820;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=734;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=201;NR=205;PP=2965;ReadPosRankSum=2.380;SC=CCCCACACCACGGCTTACTGC;SOR=0.410;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=410;TCF=203;TCR=207;TR=406;WE=27428885;WS=27428867;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,723:1.00:726
chr2	27435250	rs1275533	A	G	7972.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.265;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=304;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.219;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=92;NR=103;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.400;SC=GCGCCTCACGACCCGGGTAGT;SOR=0.387;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=195;TCF=92;TCR=103;TR=195;WE=27435258;WS=27435240;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,297:1.00:298
chr2	27435374	rs11608	G	A	2813.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.075;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=57;PP=1442;ReadPosRankSum=-1.000;SC=AAGCAGGGTCGCTGGCCAGCC;SOR=0.736;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=137;TCF=54;TCR=83;TR=94;WE=27435382;WS=27435364;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,128:0.66:193
chr2	27438710	rs11126918	G	A	271.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.317;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FS=1.477;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.02;ReadPosRankSum=-0.838;SOR=0.375;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:71,19:0.21:90
chr2	27440785	rs1275536	C	T	29159.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=1111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=350;NR=324;PP=2965;SC=AGGCCCTCACCGATCCCTCCT;SOR=0.750;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=677;TCF=352;TCR=325;TR=674;WE=27440793;WS=27440775;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,1084:1.00:1084
chr2	27445315	rs3214689	G	GT	2742.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.535;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=368;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.331;HP=2;HapScore=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=34;PP=1607;ReadPosRankSum=0.817;SC=GAAGGTAGGAGTTGGTGCAGG;SOR=0.607;Source=Platypus;TR=50;WE=27445323;WS=27445305;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:243,120:0.33:363
chr2	27449293	rs7593448	C	G	1069.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.348;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=25;PP=637;ReadPosRankSum=0.853;SC=CCCTGGAGTACAAGCTGGAAT;SOR=0.645;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=153;TCF=69;TCR=84;TR=47;WE=27449301;WS=27449283;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:117,57:0.33:174
chr2	27460968	rs1141313	A	G	5282.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.542;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=105;NR=105;PP=2553;ReadPosRankSum=-1.519;SC=TGGCTCACGCAGAGCAGCAAA;SOR=0.691;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=638;TCF=323;TCR=315;TR=210;WE=27460976;WS=27460958;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:759,329:0.30:1088
chr2	27462076	rs3739092	C	T	2555.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.590;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=549;ExcessHet=3.0103;FS=1.222;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.72;ReadPosRankSum=2.494;SOR=0.661;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:387,155:0.29:542
chr2	27462405	rs2014252	T	A	606.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-2.626;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=11;PP=394;ReadPosRankSum=1.104;SC=TTTCTTCCCTTCCCAGCACAT;SOR=0.728;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=67;TCF=33;TCR=34;TR=23;WE=27462413;WS=27462395;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,29:0.35:84
chr2	27463091	.	G	GA	121.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.925;ClippingRankSum=0.000;DP=459;ExcessHet=3.0103;FS=1.237;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.07;MQRankSum=0.000;QD=0.30;ReadPosRankSum=-1.843;SOR=0.928;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:336,71:0.17:407
chr2	27466258	rs5830040	CT	C	246.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.929;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.35;ReadPosRankSum=-0.519;SOR=0.648;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:65,40:0.38:105
chr2	27481460	rs58965570	C	T	657.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=1.173;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.367;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=2;PP=519;ReadPosRankSum=-0.956;SC=TTGTTGCTGTCCCTTATCCCT;SOR=1.981;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=55;TCF=48;TCR=7;TR=26;WE=27481468;WS=27481451;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,28:0.39:72
chr2	27497815	rs60631624	T	G	212.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.991;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.318;HP=2;HapScore=2;MGOF=27;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=0;PP=65;ReadPosRankSum=0.574;SC=TAATGAGACGTGCAAACTCAT;SOR=0.260;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=15;TCR=1;TR=5;WE=27497823;WS=27497809;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,10:0.48:21
chr2	27505782	rs62130709	C	T	1995.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.372;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=357;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.860;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=57;PP=1081;ReadPosRankSum=-0.092;SC=GTGCCAGGGACGGGGCAGGGC;SOR=0.506;SbPval=0.26;Source=Platypus;TC=265;TCF=88;TCR=177;TR=93;WE=27505790;WS=27505772;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:233,116:0.33:349
chr2	27522543	rs141577308	C	CCTAT,CCTATCTAT	5537.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.739;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=278;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.19;MQRankSum=0.185;QD=40.72;ReadPosRankSum=-0.718;SOR=1.038;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:4,41,91:0.30,0.67:136
chr2	27522576	.	C	CTATCTATT	1477	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;FR=0.5000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MMLQ=25;MQ=60.26;NF=6;NR=41;PP=1477;QD=31.5319148936;SC=ATCTATCTATCTATCTATCAT;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=83;TCF=15;TCR=68;TR=47;WE=27522584;WS=27522566;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:36,47:0.57:83
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chr2	27550967	rs1049817	A	G	5859.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=224;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=66;NR=77;PP=2818;SC=TTCGAGCCTTAGGAGGGTTGG;SOR=0.798;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=143;TCF=66;TCR=77;TR=143;WE=27550975;WS=27550957;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,219:1.00:219
chr2	27556721	rs3739095	G	A	7047.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-2.166;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=271;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.437;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=74;NR=100;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.718;SC=GCTCAAATCAGTGCTTAATCC;SOR=0.546;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=175;TCF=75;TCR=100;TR=174;WE=27556729;WS=27556711;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,266:1.00:267
chr2	27558252	rs11684134	A	G	5663.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.697;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=73;NR=51;PP=2533;ReadPosRankSum=0.234;SC=AGGGGGAGATAAAAGGAAATG;SOR=0.918;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=126;TCF=74;TCR=52;TR=124;WE=27558260;WS=27558242;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,214:0.99:216
chr2	27558926	rs79125942	G	A	1607.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.066;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=387;ExcessHet=3.0103;FS=0.882;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.26;ReadPosRankSum=0.323;SOR=0.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:274,103:0.27:377
chr2	27566520	rs11689803	T	A	1948.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.311;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.663;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=55;PP=1221;ReadPosRankSum=0.688;SC=TTCCCCATCTTTTCTCCCTCA;SOR=1.133;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=114;TCF=30;TCR=84;TR=70;WE=27566528;WS=27566510;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,86:0.63:136
chr2	27587922	rs35891906	CT	C	465.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-1.693;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=15;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.429;NF=1;NR=21;PP=231;ReadPosRankSum=0.036;SC=AGTAATAAATCTTTTTTTTTT;SOR=1.296;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=28;TCF=1;TCR=27;TR=22;WE=27587933;WS=27587912;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,31:0.91:34
chr2	27589810	rs2280737	T	C	15785.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.332;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=617;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=183;NR=216;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.228;SC=TGAGCTAGAGTGAATGAAGAG;SOR=0.514;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=404;TCF=186;TCR=218;TR=399;WE=27589818;WS=27589800;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,605:1.00:608
chr2	27590038	rs78599355	G	C	4446.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.881;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=764;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=87;NR=71;PP=2383;ReadPosRankSum=1.430;SC=TGCACATACCGATCAATGGCT;SOR=0.706;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=499;TCF=271;TCR=228;TR=158;WE=27590046;WS=27590028;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:512,246:0.32:758
chr2	27591804	rs80051818	T	C	1832.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=2.189;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=22;PP=1244;ReadPosRankSum=0.455;SC=AGAGCTGTTTTACTATTGGGC;SOR=0.771;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=83;TCF=51;TCR=32;TR=57;WE=27591812;WS=27591794;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,70:0.66:106
chr2	27592423	rs7602534	C	T	13051.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=505;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=152;NR=147;PP=2965;SC=CTGCCTGAGACACAGACATAG;SOR=0.725;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=299;TCF=152;TCR=147;TR=299;WE=27592431;WS=27592413;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,502:1.00:502
chr2	27595756	rs1528533	G	C	1218.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=24;NR=11;PP=964;SC=AGTAAATAGTGTACGAGGATG;SOR=1.670;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=35;TCF=24;TCR=11;TR=35;WE=27595764;WS=27595746;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr2	27597805	rs3215365	CTT	C	2650.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=25;NR=20;PP=2138;SC=AGATCAAGGACTTACTGCAGA;SOR=1.355;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=46;TCF=25;TCR=21;TR=45;WE=27597814;WS=27597795;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr2	27598097	rs4665972	T	C	1886.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=19;NR=40;PP=1294;SC=GCTCTGCCTCTCAGATTCATG;SOR=1.646;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=60;TCF=19;TCR=41;TR=59;WE=27598105;WS=27598087;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr2	27599132	rs12475426	G	A	17919.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=2.098;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=660;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=222;NR=227;PP=2965;ReadPosRankSum=0.913;SC=GTCTTGAGAGGGAGGGGAAGT;SOR=0.243;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=453;TCF=226;TCR=227;TR=449;WE=27599140;WS=27599122;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,652:1.00:653
chr2	27600239	rs13472	G	A	12903.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=518;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.91;SOR=0.943;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,498:1.00:498
chr2	27606098	rs2384629	A	G	1816.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=38;NR=13;PP=1206;SC=TATTTCACAGAAATATAAGAA;SOR=2.019;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=51;TCF=38;TCR=13;TR=51;WE=27606106;WS=27606088;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr2	27656822	rs3214499	G	GA	6487.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.229;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.237;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=50;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.390;SC=AGTGATTTGTGACTCTGTTAT;SOR=0.407;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=79;TCF=27;TCR=52;TR=76;WE=27656830;WS=27656812;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,176:0.99:177
chr2	27657681	rs77005271	C	T	1183.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-2.132;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.135;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=25;PP=503;ReadPosRankSum=-1.742;SC=GTAGTTACTCCAAACAGATTT;SOR=0.447;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=111;TCF=31;TCR=80;TR=36;WE=27657689;WS=27657671;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:99,60:0.38:159
chr2	27659491	rs780102	T	C	5170.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.448;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=87;NR=43;PP=2570;ReadPosRankSum=-0.712;SC=AAAGGGAATATGTTTGTGCCT;SOR=0.488;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=133;TCF=88;TCR=45;TR=130;WE=27659499;WS=27659481;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,192:0.99:193
chr2	27659832	.	C	CT	378.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.519;ClippingRankSum=0.000;DP=509;ExcessHet=3.0103;FS=3.520;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.02;MQRankSum=2.198;QD=0.79;ReadPosRankSum=0.209;SOR=0.532;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:392,90:0.19:482
chr2	27663215	rs1260341	T	A	3640.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=70;NR=24;PP=1836;SC=CATGCCTTCTTTGACATTTAA;SOR=1.525;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=95;TCF=70;TCR=25;TR=94;WE=27663223;WS=27663205;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,137:1.00:137
chr2	27663416	rs1260342	G	T	17065.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.662;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=661;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=225;NR=200;PP=2965;ReadPosRankSum=1.301;SC=GATTGGTCACGACCACTCTTG;SOR=0.477;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=427;TCF=226;TCR=201;TR=425;WE=27663424;WS=27663406;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,649:1.00:652
chr2	27665361	rs780112	C	G	14059.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=550;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=187;NR=134;PP=2965;SC=ACCCTTGCCCCGTCCTACTGC;SOR=0.865;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=321;TCF=187;TCR=134;TR=321;WE=27665369;WS=27665351;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,539:1.00:539
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chr2	27667520	rs10635082	T	TTTTG	1473.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.22;QD=43.35;SOR=2.049;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
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chr2	27688601	rs1647276	C	T	7706.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=297;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=117;NR=70;PP=2965;SC=TGGTTATTGGCCAGCCTCTCA;SOR=1.090;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=188;TCF=118;TCR=70;TR=187;WE=27688609;WS=27688591;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,289:1.00:289
chr2	27706640	rs2272417	T	C	10018.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=349;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=157;NR=100;PP=2965;SC=TTCTCCCCAGTACGCAACTTG;SOR=1.068;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=258;TCF=157;TCR=101;TR=257;WE=27706648;WS=27706630;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,341:1.00:341
chr2	27708007	.	TA	T	252.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.034;ClippingRankSum=0.000;DP=371;ExcessHet=3.0103;FS=1.335;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.87;ReadPosRankSum=-1.153;SOR=0.548;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:233,59:0.20:292
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chr2	27721971	rs813592	T	C	4665.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=50;NR=61;PP=2096;SC=GCTTCTGCTTTCCAGCCACTG;SOR=0.837;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=111;TCF=50;TCR=61;TR=111;WE=27721979;WS=27721961;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,176:1.00:176
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chr2	27728777	rs2293572	C	G	4302.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=40;NR=72;PP=2192;SC=ATTGGCAGGTCTAGATCCAAG;SOR=1.267;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=112;TCF=40;TCR=72;TR=112;WE=27728785;WS=27728767;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,159:1.00:159
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chr2	27730940	rs1260326	T	C	8932.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-2.062;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=334;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=123;NR=85;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.036;SC=CAGACCTTGCTGGTGAGAGTC;SOR=0.344;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=209;TCF=124;TCR=85;TR=208;WE=27730948;WS=27730930;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,331:1.00:332
chr2	27741633	rs8179236	C	G	854.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.273;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=244;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.53;ReadPosRankSum=-1.175;SOR=0.720;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:177,65:0.27:242
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chr2	27801403	rs1919125	C	G	22659.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=2.230;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=961;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.137;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=188;NR=191;PP=2962;ReadPosRankSum=1.329;SC=AGTCCATGTACTCAAGTGAAG;SOR=0.630;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=597;TCF=303;TCR=294;TR=379;WE=27801411;WS=27801393;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:356,598:0.63:954
chr2	27801418	rs1919126	C	A	22274.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.368;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=935;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.137;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=182;NR=186;PP=2962;ReadPosRankSum=1.486;SC=GTGAAGTCTGCAGAATTAACC;SOR=0.655;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=584;TCF=294;TCR=290;TR=368;WE=27801426;WS=27801408;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:355,571:0.62:926
chr2	27802805	rs3811644	A	G	8602.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=2.118;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=569;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=119;NR=142;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.700;SC=CTATCTGCCTACAGTGTGGCC;SOR=0.648;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=391;TCF=174;TCR=217;TR=261;WE=27802813;WS=27802795;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:185,367:0.66:552
chr2	27804432	rs28381983	T	C	6498.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.969;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=999;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.114;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.250;NF=189;NR=180;PP=2962;ReadPosRankSum=14.686;SC=CCATCGCAGTTCCTCTGAGAG;SOR=0.599;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=560;TCF=276;TCR=284;TR=369;WE=27804440;WS=27804422;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:406,316:0.44:722
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chr2	27824168	rs56725354	G	C	12463.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.213;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=844;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.179;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=204;NR=131;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.371;SC=CGGACTTCATGACATTCTGTT;SOR=0.813;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=504;TCF=300;TCR=204;TR=335;WE=27824176;WS=27824158;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:273,556:0.67:829
chr2	27830990	rs6547734	G	T	2725.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.997;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.695;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=62;PP=1560;ReadPosRankSum=1.392;SC=TGCACTTGAGGAAGTACGTGA;SOR=0.820;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=124;TCF=39;TCR=85;TR=89;WE=27830998;WS=27830980;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,118:0.74:160
chr2	27838058	rs11127071	C	A	4237.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.253;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=311;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=61;PP=1917;ReadPosRankSum=-0.169;SC=GTCCAGGGCTCCCTACCTTCA;SOR=0.699;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=191;TCF=93;TCR=98;TR=118;WE=27838066;WS=27838048;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:112,194:0.63:306
chr2	27839107	rs6737921	T	C	6783.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.059;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=444;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.222;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=90;NR=93;PP=2962;ReadPosRankSum=1.337;SC=ATAGTCTTCATACTATTTCTT;SOR=0.611;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=250;TCF=127;TCR=123;TR=183;WE=27839115;WS=27839097;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:126,311:0.71:437
chr2	27849928	rs199568016	GTC	G	6427.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.300;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=459;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.852;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=2.789;NF=30;NR=93;PP=2964;ReadPosRankSum=2.380;SC=CTTCCTTGCAGTCTCTGCCTC;SOR=0.702;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=189;TCF=51;TCR=138;TR=123;WE=27849937;WS=27849918;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:150,289:0.66:439
chr2	27851120	rs12615690	T	C	417.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.579;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=2;PP=306;ReadPosRankSum=-0.427;SC=GAACACTGTTTGCAGCTACAA;SOR=1.179;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=23;TCF=21;TCR=2;TR=16;WE=27851128;WS=27851110;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,16:0.59:27
chr2	27852117	rs60089768	A	AGGTCTT	4778.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.494;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.506;HP=3;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=28;PP=2969;ReadPosRankSum=0.046;SC=AAAGGGAGGGAAGAGGATTTG;SOR=0.470;SbPval=0.15;Source=Platypus;TC=101;TCF=36;TCR=65;TR=52;WE=27852126;WS=27852107;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,114:0.62:183
chr2	27852118	rs58737572	A	C	4787.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=2.007;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.517;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=28;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.140;SC=AAGGGAGGGAAGAGGATTTGG;SOR=0.674;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=120;TCF=65;TCR=55;TR=60;WE=27852126;WS=27852107;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,115:0.62:184
chr2	27852150	rs146892484	C	CG	2916.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.470;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.417;HP=5;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=31;PP=2644;ReadPosRankSum=1.088;SC=GCATGGCTTTCGGGGGCTTCC;SOR=1.280;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=129;TCF=76;TCR=53;TR=78;WE=27852158;WS=27852140;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,118:0.67:175
chr2	27852637	rs6547738	A	G	1429.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=2.076;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.081;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=10;PP=1066;ReadPosRankSum=0.713;SC=TCTAAGTGCAATATTCTTAAG;SOR=0.335;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=61;TCF=49;TCR=12;TR=46;WE=27852645;WS=27852628;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,52:0.76:68
chr2	27855397	rs10173720	A	T	2880.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-2.328;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.793;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=28;PP=1422;ReadPosRankSum=-1.657;SC=TGATTGAGGGATTCAGTAGGT;SOR=0.391;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=134;TCF=93;TCR=41;TR=82;WE=27855405;WS=27855387;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,125:0.66:189
chr2	27857992	rs4666009	T	A	9490.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.060;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=647;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.162;HP=6;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=153;NR=120;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.188;SC=GGCTTTGATTTTTTTGTGGCT;SOR=0.784;SbPval=0.58;Source=Platypus;TCR=186;TR=273;WE=27858000;WS=27857982;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:214,422:0.66:636
chr2	27861707	rs11692692	G	A	386.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=2.935;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.375;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=1;PP=232;ReadPosRankSum=-2.113;SC=TAAATTTTGCGTTTGTTGGCT;SOR=0.950;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=45;TCF=39;TCR=6;TR=15;WE=27861715;WS=27861697;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,19:0.37:52
chr2	27884878	rs1569152	C	T	1657.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=45;NR=5;PP=1251;SC=TGCCTTCTAACTGGTATCCCT;SOR=3.422;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=50;TCF=45;TCR=5;TR=50;WE=27884886;WS=27884868;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr2	27887034	rs9678851	C	A	3102.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-2.779;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=569;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=41;PP=1229;ReadPosRankSum=-1.912;SC=GTCGCGCCCCCCGACAGCGGT;SOR=0.691;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=327;TCF=191;TCR=136;TR=100;WE=27887042;WS=27887019;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:385,180:0.32:565
chr2	27900569	rs79021989	A	G	1276.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-1.672;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.890;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=13;PP=799;ReadPosRankSum=1.269;SC=ATTCAGGATCATCTTTCTAAA;SOR=0.567;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=86;TCF=66;TCR=20;TR=53;WE=27900577;WS=27900559;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,60:0.62:96
chr2	27905388	.	ATTCTT	A	180.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.740;ClippingRankSum=-0.000;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=2.158;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=11.30;ReadPosRankSum=-1.917;SOR=1.863;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,8:0.50:16
chr2	27930837	rs4665385	C	T	7116.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.329;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=486;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.178;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=98;NR=126;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.183;SC=ACCTGTCTCCCACCCTGGCTG;SOR=0.586;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=347;TCF=150;TCR=197;TR=224;WE=27930845;WS=27930827;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:164,316:0.66:480
chr2	27995781	rs3736594	A	C	285.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=2.779;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=11;PP=219;ReadPosRankSum=0.885;SC=GAAATACTTGAAGGAACCTTT;SOR=0.752;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=30;TCF=3;TCR=27;TR=12;WE=27995789;WS=27995771;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,12:0.40:30
chr2	28065875	rs34139736	C	G	1938.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-0.792;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.202;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=30;PP=1177;ReadPosRankSum=-0.449;SC=AAAAGGTTAACTTTAATTAAG;SOR=0.363;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=103;TCF=65;TCR=38;TR=75;WE=28065883;WS=28065865;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,84:0.74:113
chr2	28069713	rs11901133	T	G	114.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=3.224;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.282;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=0;PP=87;ReadPosRankSum=0.998;SC=TCCAAAAATTTATCTGAACGA;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=10;TCR=2;TR=5;WE=28069721;WS=28069703;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,5:0.42:12
chr2	28236120	rs11127132	C	T	7491.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=2.474;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=545;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.139;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=130;NR=95;PP=2962;ReadPosRankSum=1.097;SC=ATTCTGACACCCTGGCACAAA;SOR=0.818;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=356;TCF=199;TCR=157;TR=225;WE=28236128;WS=28236110;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:208,335:0.62:543
chr2	28268467	rs6738887	C	T	87.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=0;PP=79;ReadPosRankSum=-0.670;SC=TCTTGCCTAACGTTAGGAAAA;SOR=0.223;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=17;TCR=0;TR=6;WE=28268475;WS=28268457;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,5:0.31:16
chr2	28464435	rs6737817	T	C	1548.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=40;PP=1257;SC=GATCTTGGCTTACTGCAACCT;SOR=3.080;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=45;TCF=5;TCR=40;TR=45;WE=28464443;WS=28464425;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr2	28615812	rs72195155	GGA	G	31.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.063;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=267;ExcessHet=3.0103;FS=10.334;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.04;MQRankSum=3.123;QD=0.17;ReadPosRankSum=0.654;SOR=2.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:168,23:0.12:191
chr2	28634790	rs12624279	G	A	3860.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.339;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=259;ExcessHet=3.0103;FS=3.858;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.14;ReadPosRankSum=-0.701;SOR=0.486;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:75,180:0.71:255
chr2	28718897	rs4665423	A	G	5779.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=90;NR=55;PP=2965;SC=ACACAGAGGAACATAAAAGCA;SOR=1.125;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=145;TCF=90;TCR=55;TR=145;WE=28718905;WS=28718887;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,208:1.00:208
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chr2	28748916	rs10181687	A	C	5329.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.418;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=335;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=91;PP=2572;ReadPosRankSum=-0.229;SC=CCACTTTATCACTGGAGCCCA;SOR=0.706;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=206;TCF=80;TCR=126;TR=151;WE=28748924;WS=28748906;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:98,237:0.71:335
chr2	28752498	rs6728486	T	C	9016.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=330;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=137;NR=87;PP=2965;SC=GGATAAAGCTTAGAGACTGAC;SOR=1.051;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=227;TCF=137;TCR=90;TR=224;WE=28752506;WS=28752488;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,329:1.00:329
chr2	28752555	rs4473343	T	C	13414.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=508;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=174;NR=154;PP=2965;SC=AACAAAATAATATTTAGCCAA;SOR=0.775;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=329;TCF=174;TCR=155;TR=328;WE=28752563;WS=28752545;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,504:1.00:504
chr2	28752727	rs6710800	C	G	5232.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=22;NR=92;PP=2730;SC=TGATGACCCTCGTACCATTTT;SOR=2.531;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=114;TCF=22;TCR=92;TR=114;WE=28752749;WS=28752717;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chr2	28752741	rs6725577	A	G	4363.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=76;PP=2168;SC=CCATTTTACCATGAACTCGGC;SOR=3.430;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=86;TCF=10;TCR=76;TR=86;WE=28752749;WS=28752717;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr2	28761257	rs7589169	A	G	3315.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=32;NR=54;PP=1658;SC=AGGTGAGGCCACGGGCCTAGG;SOR=1.225;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=86;TCF=32;TCR=54;TR=86;WE=28761265;WS=28761247;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr2	28761282	rs7589254	A	G	2602.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=24;NR=49;PP=1380;SC=CCCCAAGGGCAGTGGGGCCCA;SOR=1.469;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=73;TCF=24;TCR=49;TR=73;WE=28761290;WS=28761272;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr2	28763374	rs11127162	G	T	3465.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-1.866;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=243;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.900;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=79;PP=1943;ReadPosRankSum=-0.853;SC=AGGAGAACAGGAGTGATAGGG;SOR=0.973;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=179;TCF=58;TCR=121;TR=113;WE=28763382;WS=28763364;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:91,151:0.62:242
chr2	28771452	rs56019402	CTA	C	3386.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.729;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=0.9999;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.613;NF=24;NR=21;PP=1952;ReadPosRankSum=0.938;SC=GAAGTCCCTTCTATATATATA;SOR=0.774;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=50;TCF=26;TCR=24;TR=45;WE=28771461;WS=28771442;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,103:0.90:115
chr2	28771624	rs11680168	T	G	8090.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=301;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=112;NR=83;PP=2965;SC=TCTAATGCGTTCCCTGGTACT;SOR=0.917;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=197;TCF=114;TCR=83;TR=195;WE=28771632;WS=28771614;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,294:1.00:294
chr2	28771897	rs11680304	T	C	542.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-3.404;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.576;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=21;PP=395;ReadPosRankSum=-1.430;SC=ACCTGAGATGTGAATCCTGTT;SOR=1.765;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=25;TCF=2;TCR=23;TR=22;WE=28771905;WS=28771887;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,24:0.83:29
chr2	28773037	rs61081790	G	GT	226.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.326;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FS=3.205;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.60;ReadPosRankSum=0.844;SOR=1.281;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:40,23:0.37:63
chr2	28785754	rs7560628	G	C	1112.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=29;NR=7;PP=797;SC=CATTGACAAGGATGGGTTTTT;SOR=2.303;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=37;TCF=29;TCR=8;TR=36;WE=28785776;WS=28785744;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr2	28785768	rs12999555	A	G	216.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=1.234;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=1;PP=81;ReadPosRankSum=1.591;SC=GGTTTTTCCTATCTTTTATCC;SOR=0.602;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=40;TCF=31;TCR=9;TR=9;WE=28785776;WS=28785744;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,12:0.30:40
chr2	28788428	rs34237604	AG	A	549.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-0.107;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=13;PP=499;ReadPosRankSum=-2.114;SC=GCCTTGAGCCAGGAATCCAGG;SOR=0.473;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=20;TCF=1;TCR=19;TR=14;WE=28788436;WS=28788418;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,18:0.64:28
chr2	28789643	rs10186460	T	C	15988.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.356;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1170;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.152;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=223;NR=203;PP=2962;ReadPosRankSum=1.115;SC=TTCATTTTCTTTCTTGGACCC;SOR=0.599;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=696;TCF=372;TCR=324;TR=426;WE=28789651;WS=28789633;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:420,743:0.64:1163
chr2	28795893	rs13005799	G	A	968.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=3;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=21;NR=4;PP=562;SC=CTGCCCTGTCGTTAAGCGCCA;SOR=2.621;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=21;TCR=4;TR=25;WE=28795907;WS=28795883;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr2	28795899	rs13007288	C	T	64.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.331;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=5.063;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.85;ReadPosRankSum=-0.309;SOR=0.093;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,7:0.20:35
chr2	28795962	rs13005854	G	A	2732.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=47;NR=25;PP=1428;SC=TAGGGGCTGCGGAGTGGGGAC;SOR=1.237;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=72;TCF=47;TCR=25;TR=72;WE=28795970;WS=28795952;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr2	28802355	rs12466173	G	C	2591.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.431;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.591;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=27;PP=1393;ReadPosRankSum=1.147;SC=GACCCTAAAAGCAAGGAACAG;SOR=0.611;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=131;TCF=89;TCR=42;TR=81;WE=28802363;WS=28802345;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,115:0.63:182
chr2	28802473	rs72863332	C	G	5574.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.830;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=425;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.284;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=93;NR=75;PP=2798;ReadPosRankSum=1.268;SC=GTGCTTACTTCTGTGTTTCTA;SOR=0.748;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=273;TCF=142;TCR=131;TR=168;WE=28802481;WS=28802463;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:165,251:0.60:416
chr2	28804835	rs5830085	GA	G	1545.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.301;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FS=0.591;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.05;MQRankSum=0.886;QD=7.69;ReadPosRankSum=1.649;SOR=0.640;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:88,113:0.56:201
chr2	28805410	rs4666102	C	A	2354.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-1.599;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=48;PP=1203;ReadPosRankSum=-0.560;SC=ACTAAGAATCCTCACTGCTAA;SOR=0.679;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=122;TCF=49;TCR=73;TR=81;WE=28805418;WS=28805400;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,108:0.65:165
chr2	28805465	rs79974360	G	A	1133.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.178;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=27;PP=668;ReadPosRankSum=0.797;SC=CCCAAGGGCCGAAGTGTGAAA;SOR=0.693;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=61;TCF=18;TCR=43;TR=38;WE=28805473;WS=28805455;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,49:0.66:74
chr2	28808539	rs13393932	G	A	512.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=0.912;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.269;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=3;PP=311;ReadPosRankSum=0.988;SC=TAAAAGAAATGTATTGAGTCT;SOR=2.200;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=29;TCF=20;TCR=9;TR=17;WE=28808547;WS=28808529;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,21:0.64:33
chr2	28812285	rs12468715	T	C	2998.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-4.516;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.890;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=79;NR=21;PP=1884;ReadPosRankSum=-0.412;SC=CAGAGAGGACTGCCTGACATC;SOR=0.380;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=146;TCF=118;TCR=28;TR=100;WE=28812293;WS=28812275;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,119:0.71:168
chr2	28812982	rs4666105	C	T	3611.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.907;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=264;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.990;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=74;PP=2059;ReadPosRankSum=2.770;SC=TCCGGCTGCACTGGGCTTCTT;SOR=0.798;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=190;TCF=77;TCR=113;TR=122;WE=28812990;WS=28812972;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:98,164:0.63:262
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chr2	28816425	rs10176136	T	C	937.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=26;NR=2;PP=727;SC=GGCTCCTGGTTCCATGTCTGC;SOR=3.912;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=28;TCF=26;TCR=2;TR=28;WE=28816433;WS=28816415;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr2	28816814	rs11462230	C	CTT,CTTT	5587.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.098;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=313;ExcessHet=3.0103;FS=2.601;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.14;MQRankSum=0.294;QD=20.32;ReadPosRankSum=1.052;SOR=1.290;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:25,166,84:0.60,0.31:275
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chr2	28821662	rs7557359	C	T	5043.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=48;NR=95;PP=2878;SC=GCCTGCAGAGCAGGGAGTGGA;SOR=1.460;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=143;TCF=48;TCR=95;TR=143;WE=28821670;WS=28821652;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,184:1.00:184
chr2	28824303	rs1106882	C	G	1356.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.153;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=34;PP=1016;ReadPosRankSum=1.596;SC=CTAGGATTATCCACCTACACC;SOR=1.107;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=43;TCF=8;TCR=35;TR=42;WE=28824311;WS=28824293;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,48:0.98:49
chr2	28824793	rs7601771	C	G	12546.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.525;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=491;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=149;NR=135;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.220;SC=CAACTTTGTTCACCATCTCCG;SOR=0.727;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=292;TCF=152;TCR=140;TR=284;WE=28824801;WS=28824783;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,480:1.00:482
chr2	28824940	rs67381370	G	A	2504.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=4;NR=70;PP=2023;SC=GAGACAGCCAGGGGCATGGAC;SOR=4.698;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=76;TCF=5;TCR=71;TR=74;WE=28824948;WS=28824930;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr2	28840691	rs1534478	C	T	7241.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=269;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=56;NR=139;PP=2965;SC=CAATTAAGGGCCTTGCCGAAT;SOR=1.600;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=195;TCF=56;TCR=139;TR=195;WE=28840699;WS=28840681;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,258:1.00:258
chr2	28841021	rs1881256	G	A	1679.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=42;NR=4;PP=1201;SC=GATAGCCATGGAACCCATTCC;SOR=3.383;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=46;TCF=42;TCR=4;TR=46;WE=28841029;WS=28841011;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr2	28841049	rs1881255	G	A	2701.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=57;NR=12;PP=1589;SC=GCCTTGGTTGGTCTGAATGAA;SOR=2.461;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=70;TCF=57;TCR=13;TR=69;WE=28841057;WS=28841039;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr2	28847806	rs11127181	C	G	12417.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.124;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=464;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.134;NF=186;NR=100;PP=2965;ReadPosRankSum=0.564;SC=AATGGAATGACCTTTGTACTG;SOR=0.700;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=291;TCF=189;TCR=102;TR=286;WE=28847814;WS=28847796;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,455:0.99:458
chr2	28849461	rs149607211	CCCCGAGCTCCTTGCT	C	3388.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=41;PP=2966;SC=CCTGGCCCTGCCCCGAGCTCC;SOR=2.630;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=45;TCF=2;TCR=43;TR=43;WE=28849483;WS=28849451;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr2	28853352	rs6713038	C	T	397.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=2.178;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=3;PP=240;ReadPosRankSum=0.967;SC=GGCTGCAGGCCCCTGGGGTAG;SOR=0.531;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=62;TCF=53;TCR=9;TR=17;WE=28853360;WS=28853342;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,21:0.29:72
chr2	28853377	rs6731155	T	C	576.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=2.202;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.900;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=6;PP=302;ReadPosRankSum=0.037;SC=CTGCTCTGTGTGTCAGAGCCA;SOR=0.564;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=96;TCF=78;TCR=18;TR=26;WE=28853385;WS=28853367;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,32:0.27:118
chr2	28854816	rs2272388	G	A	1332.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=1.243;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=4;PP=973;ReadPosRankSum=-0.601;SC=GTTGACTCCCGTCAACAACCA;SOR=2.540;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=42;TCF=38;TCR=4;TR=41;WE=28854824;WS=28854807;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,45:0.98:46
chr2	28854958	rs2199619	C	T	10217.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-2.361;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=333;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=115;NR=92;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.715;SC=GAGGACTTTGCGGTTGTGGTG;SOR=0.837;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=210;TCF=116;TCR=94;TR=207;WE=28854980;WS=28854948;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,324:0.99:326
chr2	28854972	rs74701215	C	A	1730.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.287;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=341;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.431;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=31;PP=815;ReadPosRankSum=0.523;SC=TGTGGTGCAGCCTTTCTTCCA;SOR=0.654;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=217;TCF=113;TCR=104;TR=65;WE=28854980;WS=28854948;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:229,102:0.31:331
chr2	28855088	rs3071742	C	CT,CTT	2781.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.580;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=21.07;ReadPosRankSum=0.898;SOR=0.507;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:10,29,93:0.22,0.70:132
chr2	28855918	rs34314459	A	AG	10102.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.780;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=398;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.222;NF=31;NR=139;PP=2974;ReadPosRankSum=-1.286;SC=TGAGCAGCCAAGGCCTGGTGG;SOR=0.873;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=180;TCF=33;TCR=147;TR=170;WE=28855926;WS=28855908;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,373:0.99:375
chr2	28856047	rs3752901	T	C	2709.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=14;NR=58;PP=1773;SC=TTGGTCCTGATAGATTAATTC;SOR=2.226;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=72;TCF=14;TCR=58;TR=72;WE=28856055;WS=28856037;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr2	28863738	rs56350389	A	G	11471.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.629;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=435;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=188;NR=116;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.659;SC=CCCCTCAGAGAGGAAAGTGTC;SOR=0.842;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=306;TCF=189;TCR=117;TR=304;WE=28863746;WS=28863728;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,420:1.00:421
chr2	28865760	rs2272387	T	C	14023.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.635;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=534;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=158;NR=152;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.068;SC=GAACAGCCGATTGCTCCCAGA;SOR=0.229;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=313;TCF=159;TCR=154;TR=310;WE=28865768;WS=28865750;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,526:1.00:527
chr2	28865968	rs57817040	T	C	922.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.673;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=23;PP=665;ReadPosRankSum=-0.686;SC=CTATAGCCACTCTCTTCACCG;SOR=1.802;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=27;TCF=3;TCR=24;TR=26;WE=28865976;WS=28865958;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,31:0.97:32
chr2	28975107	rs2276547	G	C	1365.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=2.845;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.981;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=39;PP=995;ReadPosRankSum=0.083;SC=CTGCGTCCCCGTCTGCCGCCG;SOR=0.963;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=76;TCF=15;TCR=61;TR=47;WE=28975115;WS=28975097;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,54:0.61:88
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chr2	29001691	rs1128416	A	G	1396.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.114;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=13;PP=716;ReadPosRankSum=-1.017;SC=TTCATGGACAATATACAGATT;SOR=0.788;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=55;TCF=36;TCR=19;TR=39;WE=29001699;WS=29001681;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,61:0.74:82
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chr2	29092679	rs4233729	T	C	2810.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.051;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=590;ExcessHet=3.0103;FS=1.222;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.85;ReadPosRankSum=-0.124;SOR=0.783;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:411,169:0.29:580
chr2	29092850	rs4666122	G	T	3873.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.321;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=893;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=102;NR=76;PP=2242;ReadPosRankSum=0.262;SC=GCTCTCGAGGGGATGACTCTT;SOR=0.745;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=591;TCF=336;TCR=255;TR=178;WE=29092858;WS=29092840;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:633,242:0.28:875
chr2	29135468	rs6715296	C	G	4854.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.764;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=363;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.865;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=70;NR=45;PP=1905;ReadPosRankSum=-0.216;SC=AATGGAAAGGCGACAATAGCA;SOR=0.845;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=191;TCF=111;TCR=80;TR=115;WE=29135476;WS=29135458;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:139,223:0.62:362
chr2	29145725	rs9653591	G	T	1423.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.517;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.661;HP=1;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=32;PP=1099;ReadPosRankSum=-0.708;SC=TTTTCATAAGGTAGATTGGGG;SOR=0.516;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=85;TCF=39;TCR=46;TR=61;WE=29145733;WS=29145715;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,65:0.63:103
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chr2	29152456	rs1140697	A	G	12950.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.255;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=499;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=177;NR=155;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.557;SC=TTAGCATTGAAGAACGTCTGG;SOR=0.427;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=333;TCF=178;TCR=155;TR=332;WE=29152464;WS=29152446;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,486:0.99:489
chr2	29158613	rs70958225	CAAAAA	C	603.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=2.218;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=20.82;ReadPosRankSum=-0.528;SOR=1.508;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,21:0.72:29
chr2	29161010	rs4233731	G	A	2514.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=13;NR=60;PP=1785;SC=GTTTTACCCCGGGTGCAATGA;SOR=2.805;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=74;TCF=14;TCR=60;TR=73;WE=29161018;WS=29161000;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr2	29169612	rs3087649	T	C	7921.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.577;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=536;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.183;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=110;NR=113;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.313;SC=GAGATTCTGATTTAGATCCTG;SOR=0.637;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=344;TCF=171;TCR=173;TR=223;WE=29169620;WS=29169602;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:168,356:0.68:524
chr2	29226498	rs12613325	G	A	11763.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=453;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=114;NR=201;PP=2965;SC=TTCCCAGCCCGTTACCTCCAG;SOR=1.194;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=316;TCF=114;TCR=202;TR=315;WE=29226520;WS=29226488;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,441:1.00:441
chr2	29226512	rs12623297	A	G	9807.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=372;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=92;NR=179;PP=2965;SC=CCTCCAGGCCAGGGAGTCCTC;SOR=1.338;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=273;TCF=93;TCR=180;TR=271;WE=29226520;WS=29226488;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,362:1.00:362
chr2	29226559	rs12619829	C	T	4345.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=39;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=30;NR=101;PP=2761;SC=GTAAGAGCTCCAAGTCAAACC;SOR=2.257;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=131;TCF=30;TCR=101;TR=131;WE=29226567;WS=29226549;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,155:1.00:155
chr2	29240005	rs13409097	T	C	14913.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=568;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=151;NR=158;PP=2965;SC=AGAGTTTGCCTTGACCTTGTG;SOR=0.715;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=309;TCF=151;TCR=158;TR=309;WE=29240013;WS=29239995;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,560:1.00:560
chr2	29274720	rs895591	A	G	23068.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.824;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=872;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=258;NR=291;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.964;SC=CAGGAATGGCACCCTGCCTGG;SOR=0.760;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=552;TCF=260;TCR=292;TR=549;WE=29274728;WS=29274710;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,862:1.00:864
chr2	29293681	rs200278694	C	T	2788.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.329;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=429;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.547;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=35;PP=1204;ReadPosRankSum=0.568;SC=CAGCCTCTGGCGGCAGCGATG;SOR=0.901;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=267;TCF=156;TCR=111;TR=94;WE=29293689;WS=29293671;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:265,154:0.37:419
chr2	29355303	rs4666167	C	T	1122.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=32;PP=885;SC=TTTATACCCTCCTGATACCTC;SOR=4.294;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=35;TCF=3;TCR=32;TR=35;WE=29355311;WS=29355293;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr2	29356567	rs17749904	G	C	13339.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.489;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=525;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=162;NR=151;PP=2965;ReadPosRankSum=0.974;SC=TTATTGACCTGGGAGCAGACA;SOR=0.267;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=314;TCF=162;TCR=152;TR=313;WE=29356575;WS=29356557;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,515:1.00:516
chr2	29375775	rs113615666	C	CT	3415.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-1.247;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQ=60.06;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=108;PP=1912;ReadPosRankSum=1.247;SC=GATTGCTTCACTTTTTTTTGT;SOR=1.092;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=130;TCF=4;TCR=126;TR=112;WE=29375783;WS=29375765;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,146:0.99:148
chr2	29383374	rs2305450	G	A	3534.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=24;NR=83;PP=2343;SC=ATTCTTTAGAGTACAAAAGGT;SOR=2.138;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=107;TCF=24;TCR=83;TR=107;WE=29383382;WS=29383364;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr2	29390301	rs72790253	A	G	6863.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=270;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=84;NR=69;PP=2929;SC=AAACCTGAAGACCAGCTACTT;SOR=0.829;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=156;TCF=86;TCR=70;TR=153;WE=29390309;WS=29390291;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,265:1.00:265
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chr2	29446202	rs4622670	G	A	11995.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.752;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=468;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=185;NR=134;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.355;SC=GCAGCAGGGCGCTCACCGAAT;SOR=0.952;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=322;TCF=186;TCR=136;TR=319;WE=29446210;WS=29446192;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,457:1.00:459
chr2	29448474	rs150079428	T	C	2766.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.289;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=433;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.537;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=52;PP=1304;ReadPosRankSum=0.452;SC=CCACACCAGGTCTCCTTTGAG;SOR=0.751;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=261;TCF=123;TCR=138;TR=96;WE=29448482;WS=29448464;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:272,155:0.36:427
chr2	29451675	rs141563891	A	AGGGCG	682.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.796;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FS=37.763;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.90;ReadPosRankSum=-0.102;SOR=5.116;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:151,24:0.14:175
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chr2	29455267	rs2256740	A	G	12569.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.836;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=485;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=175;NR=142;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.044;SC=AGGCCCTGCCACCACCTCCGG;SOR=0.282;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=318;TCF=176;TCR=142;TR=317;WE=29455275;WS=29455257;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,480:1.00:481
chr2	29498210	rs4589708	A	G	3885.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=55;NR=38;PP=2342;SC=GGAGGGGACAATGAGGCCATG;SOR=1.102;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=93;TCF=55;TCR=38;TR=93;WE=29498218;WS=29498200;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr2	29519622	rs2272409	C	T	1609.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=39;NR=5;PP=1066;SC=TGCGTGCACGCGCACATATCG;SOR=3.651;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=47;TCF=42;TCR=5;TR=44;WE=29519630;WS=29519612;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr2	29525341	rs11127213	A	G	7202.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.95;QD=45.30;SOR=3.078;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,159:1.00:159
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chr2	29541104	rs2276549	C	T	3868.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.29;SOR=1.036;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,153:1.00:153
chr2	29543663	rs2293564	T	C	4588.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=80;NR=47;PP=2550;SC=TGACCTGCCATTGAGGAGTGT;SOR=1.152;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=128;TCF=80;TCR=48;TR=127;WE=29543671;WS=29543653;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,171:1.00:171
chr2	29917940	rs2256376	C	G	3250.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=31;NR=55;PP=1696;SC=CTTTTCAGCCCCCTCCACTCC;SOR=1.188;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=86;TCF=31;TCR=55;TR=86;WE=29917948;WS=29917930;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr2	29940529	rs2246745	A	T	13883.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=538;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=183;NR=145;PP=2965;SC=GAGAAGGAGAAGGCATGTTTG;SOR=0.838;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=329;TCF=183;TCR=146;TR=328;WE=29940537;WS=29940519;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,530:1.00:530
chr2	30143499	rs4358080	G	C	3273.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=17;NR=69;PP=2247;SC=GCAGCGGCAGGAGCCACAGGA;SOR=2.415;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=86;TCF=17;TCR=69;TR=86;WE=30143507;WS=30143489;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr2	30381505	rs1137288	T	C	1417.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=37;NR=8;PP=1057;SC=TGCAGTACAGTGAAGTTCAAG;SOR=3.033;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=45;TCF=37;TCR=8;TR=45;WE=30381513;WS=30381495;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr2	30682360	rs829574	G	A	3264.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=59;NR=24;PP=1846;SC=TGATGAGCCCGGTGCACTGTT;SOR=1.570;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=83;TCF=59;TCR=24;TR=83;WE=30682368;WS=30682350;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr2	30682630	rs829573	T	A	2069.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.930;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.729;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=43;PP=1120;ReadPosRankSum=-0.295;SC=GTTTTTGTCTTGCTTCATATA;SOR=0.853;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=91;TCF=28;TCR=63;TR=61;WE=30682638;WS=30682620;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,89:0.68:131
chr2	30748733	rs766880	G	T	1555.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-3.406;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=46;PP=1116;ReadPosRankSum=0.678;SC=ACATATCCTAGGCACATCCTT;SOR=1.038;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=69;TCF=7;TCR=62;TR=50;WE=30748741;WS=30748723;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,60:0.73:82
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chr2	30791152	rs6749074	A	G	1141.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=27;PP=878;SC=TTGTCTCAAGAAATGAGATAT;SOR=1.923;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=36;TCF=8;TCR=28;TR=35;WE=30791160;WS=30791142;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr2	30828792	rs2248777	G	A	958.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=2.893;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.206;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=11;PP=570;ReadPosRankSum=0.243;SC=TAAGGAGCGCGCAACCTAGAT;SOR=0.993;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=116;TCF=80;TCR=36;TR=40;WE=30828800;WS=30828782;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:103,51:0.33:154
chr2	30862842	rs150564049	AG	A	3583.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=0.120;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.808;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.160;NF=54;NR=19;PP=2858;ReadPosRankSum=1.151;SC=CAGGAACACCAGTATCTCTAA;SOR=0.608;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=104;TCF=80;TCR=24;TR=73;WE=30862850;WS=30862832;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,101:0.70:145
chr2	30862980	rs12466818	C	T	8710.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.658;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=692;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=1.437;NF=128;NR=113;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.290;SC=TTTCGAAACCCAGGTAAGAAC;SOR=0.667;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=411;TCF=219;TCR=192;TR=241;WE=30862988;WS=30862970;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:278,406:0.59:684
chr2	30863092	rs12467646	C	T	6616.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.201;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=476;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.550;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=88;NR=122;PP=2962;ReadPosRankSum=0.378;SC=TCCACTTTCACGTCCACCGGT;SOR=0.747;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=332;TCF=141;TCR=191;TR=210;WE=30863100;WS=30863082;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:164,306:0.65:470
chr2	30863108	rs12471868	A	G	5984.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.340;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=413;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.605;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=77;NR=111;PP=2962;ReadPosRankSum=1.334;SC=CCGGTATCCAATAGACACCCT;SOR=0.941;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=299;TCF=129;TCR=170;TR=188;WE=30863116;WS=30863098;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:144,263:0.65:407
chr2	30955528	rs2276567	C	A	1813.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=1.955;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.708;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=36;PP=1061;ReadPosRankSum=-0.536;SC=AGGGCCCGGCCACCTCCCACC;SOR=1.447;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=52;TCF=16;TCR=36;TR=51;WE=30955536;WS=30955518;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,67:0.99:68
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chr2	30961022	rs55799526	C	G	1008.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.593;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.915;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=15;PP=622;ReadPosRankSum=-0.786;SC=GGGTTCCCTACTGTCCTAATT;SOR=0.928;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=152;TCF=100;TCR=52;TR=46;WE=30961030;WS=30961012;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:131,56:0.30:187
chr2	30964632	rs72783018	G	A	135.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=3.876;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.817;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=0;PP=110;ReadPosRankSum=1.024;SC=TTCTGGAGACGATCCAGGAAG;SOR=1.954;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=16;TCR=1;TR=6;WE=30964640;WS=30964630;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,7:0.32:22
chr2	30968228	rs7567391	A	G	730.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.500;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FS=3.055;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.06;ReadPosRankSum=0.711;SOR=0.479;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:134,46:0.26:180
chr2	30968760	rs57880021	ATTTT	A	996.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.034;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FS=2.673;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.11;MQRankSum=0.656;QD=21.67;ReadPosRankSum=0.478;SOR=0.190;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,32:0.70:46
chr2	30976058	rs2926304	C	T	10816.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.396;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=422;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=125;NR=137;PP=2965;ReadPosRankSum=2.332;SC=AATCTTGACACGACATCCTGT;SOR=0.463;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=263;TCF=126;TCR=137;TR=262;WE=30976066;WS=30976048;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,412:0.99:415
chr2	30977073	rs485100	G	A	11996.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=457;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=199;NR=106;PP=2965;SC=TTCCACCTTCGTAAATGTTCA;SOR=1.220;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=305;TCF=199;TCR=106;TR=305;WE=30977081;WS=30977063;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,451:1.00:451
chr2	30980940	rs508405	C	T	6010.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=109;NR=42;PP=2965;SC=CTCCATTCGGCCTCGCCCCAG;SOR=1.609;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=151;TCF=109;TCR=42;TR=151;WE=30980948;WS=30980930;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,217:1.00:217
chr2	30986989	rs579016	G	T	8956.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=346;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=123;NR=76;PP=2965;SC=GGGCTCCCCAGTGACTTACCC;SOR=1.017;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=199;TCF=123;TCR=76;TR=199;WE=30986997;WS=30986979;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,338:1.00:338
chr2	31000370	rs6548033	G	C	818.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-4.568;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.587;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=2;PP=601;ReadPosRankSum=-0.927;SC=AGGACTCTGTGGGTAAGCACC;SOR=0.293;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=39;TCF=37;TCR=2;TR=27;WE=31000378;WS=31000360;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,30:0.73:41
chr2	31009977	rs1915125	G	C	976.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=25;NR=2;PP=688;SC=GGGTATGCTCGTGTGGGGCTC;SOR=4.047;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=27;TCF=25;TCR=2;TR=27;WE=31009985;WS=31009967;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr2	31010212	rs13021213	C	T	2835.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.501;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.247;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=45;PP=1344;ReadPosRankSum=-0.302;SC=AGAAGACTTCCGAGGTCCTTT;SOR=0.412;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=133;TCF=60;TCR=73;TR=87;WE=31010220;WS=31010202;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,130:0.65:200
chr2	31188957	rs889896	C	T	1704.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=49;NR=9;PP=1293;SC=GTGCCTGGCACGTAGTTAGAT;SOR=2.833;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=58;TCF=49;TCR=9;TR=58;WE=31188965;WS=31188947;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr2	31348076	rs41280621	G	A	4994.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.949;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=356;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.348;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=86;NR=57;PP=2330;ReadPosRankSum=-0.252;SC=CACCTGAGGCGCCCAAGGGCT;SOR=0.790;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=224;TCF=133;TCR=91;TR=143;WE=31348084;WS=31348066;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:120,227:0.65:347
chr2	31397696	rs10168043	G	C	2608.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=19;NR=40;PP=1270;SC=GCCAGAGGGAGCATATCATCC;SOR=1.274;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=59;TCF=19;TCR=40;TR=59;WE=31397704;WS=31397686;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr2	31397727	rs10180369	T	C	1612.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=28;PP=883;SC=ATAAATCAACTTGAAATATAA;SOR=1.493;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=39;TCF=11;TCR=28;TR=39;WE=31397735;WS=31397717;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr2	31399358	rs7570373	T	G	2697.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=66;NR=12;PP=2104;SC=CAGAATAAAGTGTCCCCAGAG;SOR=3.312;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=78;TCF=66;TCR=12;TR=78;WE=31399366;WS=31399348;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr2	31399414	rs7556787	G	C	6555.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=239;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=122;NR=53;PP=2965;SC=CCACCTCTACGTAAGATGACA;SOR=1.578;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=175;TCF=122;TCR=53;TR=175;WE=31399422;WS=31399404;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,229:1.00:229
chr2	31399659	rs6720151	T	C	10664.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=389;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=94;NR=175;PP=2965;SC=CGCAGCCACATCTATGATAAG;SOR=1.285;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=270;TCF=94;TCR=176;TR=269;WE=31399667;WS=31399649;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,380:1.00:380
chr2	31399751	rs6720254	T	G	3795.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=57;NR=45;PP=2885;SC=CACAGGCACTTGGCTGGAGGT;SOR=0.877;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=102;TCF=57;TCR=45;TR=102;WE=31399759;WS=31399741;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr2	31399988	rs4592896	C	T	7780.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=298;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=71;NR=129;PP=2965;SC=AGCTGACAGACGTCATCACTG;SOR=1.195;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=200;TCF=71;TCR=129;TR=200;WE=31399996;WS=31399978;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,290:1.00:290
chr2	31400039	rs4516476	A	G	3332.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=19;NR=76;PP=2073;SC=TGCTGTGGGTATTGGGGGCTT;SOR=2.204;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=95;TCF=19;TCR=76;TR=95;WE=31400047;WS=31400029;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr2	31400502	rs13421721	A	C	1730.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.38;SOR=3.556;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr2	31400510	rs1443707	G	A	1861.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.31;SOR=3.160;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr2	31400722	rs1443706	G	A	8165.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.827;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=323;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=80;NR=95;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.064;SC=CAGGAAGCCAGGCATTTCCAA;SOR=0.806;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=178;TCF=82;TCR=96;TR=175;WE=31400730;WS=31400712;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,315:0.99:319
chr2	31400867	rs1373216	T	C	814.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=27;PP=610;SC=TACCGCCTCATGTTTCCTACA;SOR=4.548;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=29;TCF=2;TCR=27;TR=29;WE=31400875;WS=31400857;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr2	31401188	rs4951967	A	C	333.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=3.690;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.029;HP=3;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=1;PP=248;ReadPosRankSum=-0.291;SC=GAACTTCAGGAGACTACTGCA;SOR=1.688;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=37;TCF=33;TCR=4;TR=14;WE=31401196;WS=31401178;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,15:0.33:45
chr2	31401290	rs4952052	A	C	5428.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=94;NR=56;PP=2965;SC=TAAAGGGCTGAAGGGGACAGA;SOR=1.239;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=150;TCF=94;TCR=56;TR=150;WE=31401298;WS=31401280;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,193:1.00:193
chr2	31401499	rs28684727	G	A	3355.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=27;NR=59;PP=1861;SC=CCATGCTTTGGAGGCAGTGAT;SOR=1.387;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=86;TCF=27;TCR=59;TR=86;WE=31401507;WS=31401489;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr2	31403947	rs2028678	G	A	3682.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=29;NR=86;PP=2447;SC=AGGCAGTGCTGCATGGGCCAG;SOR=2.063;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=115;TCF=29;TCR=86;TR=115;WE=31403955;WS=31403937;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr2	31409115	rs10445909	T	C	1385.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=35;NR=10;PP=1065;SC=ATTTTCAAAGTTGTATAAATT;SOR=2.511;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=46;TCF=36;TCR=10;TR=45;WE=31409123;WS=31409105;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr2	31410653	rs7422120	C	T	18246.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=691;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=225;NR=234;PP=2965;SC=AAGAATTCATCCTGCCTTTCA;SOR=0.714;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=459;TCF=225;TCR=234;TR=459;WE=31410661;WS=31410643;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,685:1.00:685
chr2	31410708	rs1822496	C	T	21272.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=530;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=33;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=164;NR=213;PP=2965;SC=CAGAAAGACACAATTATTCAC;SOR=0.897;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=378;TCF=165;TCR=213;TR=377;WE=31410716;WS=31410698;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,525:1.00:525
chr2	31410728	rs764072	C	A	19931.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=472;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=33;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=125;NR=198;PP=2965;SC=CCTGTATAAACGGACTTTCGT;SOR=1.060;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=326;TCF=127;TCR=199;TR=323;WE=31410736;WS=31410718;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,468:1.00:468
chr2	31411184	rs1465972	C	A	19497.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=1.421;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=766;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=249;NR=194;PP=2965;ReadPosRankSum=-2.337;SC=GACTACTCACCTTTGAGAAGA;SOR=0.664;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=449;TCF=251;TCR=198;TR=443;WE=31411192;WS=31411174;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:5,757:0.99:762
chr2	31411242	rs1465973	C	A	21545.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.448;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=828;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=236;NR=250;PP=2965;ReadPosRankSum=1.368;SC=CAAACAAGAACAAACTCAGAG;SOR=0.402;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=489;TCF=238;TCR=251;TR=486;WE=31411250;WS=31411232;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,820:1.00:823
chr2	31411310	rs1465974	C	T	11134.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.011;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=426;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=32;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=118;NR=198;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.952;SC=TCGTCTTCCACGTTCCTTCAC;SOR=0.427;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=317;TCF=118;TCR=199;TR=316;WE=31411318;WS=31411300;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,421:1.00:422
chr2	31411365	rs1465975	G	A	5499.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-1.892;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=31;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=133;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.244;SC=CTCACCTCCTGCTTCCCCTTG;SOR=1.133;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=172;TCF=38;TCR=134;TR=171;WE=31411373;WS=31411355;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,197:0.99:198
chr2	31412096	rs55741080	T	C	809.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=22;NR=2;PP=619;SC=CCTGTCCTCGTCCAAGTGGTC;SOR=3.611;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=24;TCF=22;TCR=2;TR=24;WE=31412104;WS=31412094;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr2	31412443	rs13382984	T	C	6247.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.636;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=122;NR=71;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.736;SC=TAAGGTGGCCTCTGCTCTGCC;SOR=0.508;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=194;TCF=123;TCR=71;TR=193;WE=31412451;WS=31412433;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,216:1.00:217
chr2	31412646	rs1562021	T	C	13800.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.006;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=555;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=142;NR=203;PP=2965;ReadPosRankSum=2.313;SC=TTCCATTTTATGGCTGAGGGC;SOR=0.972;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=345;TCF=142;TCR=203;TR=345;WE=31412654;WS=31412636;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,541:0.99:545
chr2	31412670	rs1465976	C	T	10527.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.802;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=407;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=100;NR=179;PP=2965;ReadPosRankSum=2.581;SC=GAGGCTTAGACGGGTTAGGTC;SOR=1.214;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=279;TCF=100;TCR=179;TR=279;WE=31412678;WS=31412660;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,399:1.00:401
chr2	31414223	rs13408524	G	A	2852.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.19;QD=25.70;SOR=0.865;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr2	31414807	rs1562022	C	G	4577.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=70;NR=39;PP=2360;SC=CTACCCTATACAGGTAGAAGC;SOR=1.172;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=109;TCF=70;TCR=39;TR=109;WE=31414815;WS=31414797;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,165:1.00:165
chr2	31415967	rs7591444	T	C	2064.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.864;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.586;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=14;PP=1276;ReadPosRankSum=1.035;SC=AACCTCACCCTGAGAGCCCTG;SOR=0.973;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=109;TCF=86;TCR=23;TR=70;WE=31415975;WS=31415957;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,83:0.61:135
chr2	31416213	rs11124248	T	C	3462.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.453;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.151;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=72;PP=2095;ReadPosRankSum=-0.359;SC=AACGCCTAGTTATCAGGACCC;SOR=0.339;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=161;TCF=53;TCR=108;TR=113;WE=31416221;WS=31416203;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,144:0.71:202
chr2	31416305	rs11124249	C	T	1309.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.061;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=1.914;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=28.47;ReadPosRankSum=0.131;SOR=1.350;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,34:0.74:46
chr2	31416309	rs11124250	A	G	1201.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.017;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=30.81;ReadPosRankSum=-0.717;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,30:0.77:39
chr2	31416317	rs12619774	C	G	1042.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.183;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=33.64;ReadPosRankSum=-1.327;SOR=0.387;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,24:0.77:31
chr2	31417222	rs140399169	A	G	5092.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.723;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=327;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.451;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=91;NR=62;PP=2596;ReadPosRankSum=1.930;SC=TGTCTGCTGGATGGGTTTTCA;SOR=0.595;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=226;TCF=137;TCR=89;TR=153;WE=31417230;WS=31417212;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:101,222:0.69:323
chr2	31424885	rs11692905	C	T	4522.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=2.457;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=376;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=77;NR=66;PP=2362;ReadPosRankSum=0.639;SC=AGAGTGGCCCCGGGTGAATGA;SOR=0.676;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=266;TCF=145;TCR=121;TR=143;WE=31424893;WS=31424875;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:166,205:0.55:371
chr2	31457817	rs2236170	T	C	2228.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=7;NR=56;PP=1691;SC=ATGGGAAGCCTTCAGTTGAGG;SOR=3.643;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=63;TCF=7;TCR=56;TR=63;WE=31457825;WS=31457807;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr2	31467351	rs2295473	T	A	5733.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=54;NR=92;PP=2880;SC=TTTCAGGTGCTCTCTTTTCTT;SOR=1.173;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=146;TCF=54;TCR=92;TR=146;WE=31467359;WS=31467341;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,215:1.00:215
chr2	31483890	rs13028669	T	C	2315.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=74;PP=1752;SC=CAGTGCATCATGTGTGTGACA;SOR=5.161;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=77;TCF=3;TCR=74;TR=77;WE=31483898;WS=31483880;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr2	31484334	rs654650	G	A	5159.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=104;NR=37;PP=2965;SC=GTAGGGGAAGGAATGATGCAA;SOR=1.744;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=141;TCF=104;TCR=37;TR=141;WE=31484342;WS=31484324;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,182:1.00:182
chr2	31488965	rs619002	C	T	3466.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=78;NR=31;PP=2211;SC=CATTCTGGTGCTCATAGGAGG;SOR=1.788;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=109;TCF=78;TCR=31;TR=109;WE=31488973;WS=31488955;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr2	31489627	rs67643147	TAC	T	248.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.658;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.10;MQRankSum=1.813;QD=3.77;ReadPosRankSum=0.355;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:49,17:0.26:66
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chr2	31567743	rs566224	T	C	4595.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=41;NR=69;PP=2509;SC=TACCTTACCTTACATTGTCAC;SOR=1.082;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=111;TCF=41;TCR=70;TR=110;WE=31567751;WS=31567733;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,163:1.00:163
chr2	31569471	rs7599175	A	G	1421.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=1.519;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.837;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=13;PP=891;ReadPosRankSum=-0.916;SC=ACCCAGCCAGAATGAGCATTT;SOR=0.582;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=90;TCF=66;TCR=24;TR=52;WE=31569479;WS=31569461;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,60:0.58:103
chr2	31570376	rs1366813	T	C	1651.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.639;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=18;PP=774;ReadPosRankSum=0.328;SC=CGGGATCCCATGGGCTCCTTA;SOR=0.694;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=86;TCF=58;TCR=28;TR=55;WE=31570384;WS=31570366;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,76:0.65:117
chr2	31570626	rs4952083	C	T	1322.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.528;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=1.555;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=29.39;ReadPosRankSum=1.176;SOR=0.382;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,34:0.76:45
chr2	31570631	rs4952084	A	G	1301.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.806;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=30.27;ReadPosRankSum=1.526;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,32:0.74:43
chr2	31571241	rs13415401	G	C	2740.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=2.472;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.691;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=51;PP=1611;ReadPosRankSum=0.228;SC=TAGGGAAAGAGAAGGATGCCA;SOR=0.918;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=122;TCF=45;TCR=77;TR=80;WE=31571249;WS=31571231;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,112:0.62:182
chr2	31571786	rs1884725	A	G	4431.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.630;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=311;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=80;PP=2276;ReadPosRankSum=-0.427;SC=AAGGAACTGTAAAGCTTATTC;SOR=0.694;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=210;TCF=87;TCR=123;TR=136;WE=31571794;WS=31571776;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:106,198:0.65:304
chr2	31572398	rs1429374	A	G	726.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=2.756;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=3;PP=563;ReadPosRankSum=-0.251;SC=GAAGATCATTATAAGATCTTA;SOR=1.022;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=35;TCF=31;TCR=4;TR=26;WE=31572406;WS=31572388;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,26:0.74:35
chr2	31572482	rs11408029	T	TG	2992.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.076;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.665;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.582;NF=33;NR=31;PP=2291;ReadPosRankSum=0.759;SC=GCTTCCTATATGGGGTCAGCA;SOR=0.632;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=93;TCF=52;TCR=41;TR=64;WE=31572490;WS=31572472;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,130:0.76:172
chr2	31587235	rs1018505	G	A	2528.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.396;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.990;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=51;PP=1236;ReadPosRankSum=1.678;SC=ACATCATCCCGTGAAAAAAAG;SOR=0.893;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=111;TCF=44;TCR=67;TR=82;WE=31587245;WS=31587225;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,116:0.66:177
chr2	31588288	rs2365842	T	A	6912.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.119;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=543;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=119;NR=90;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.694;SC=ACAAAATGGCTCATCCCGCCC;SOR=0.721;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=366;TCF=207;TCR=159;TR=209;WE=31588296;WS=31588278;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:221,321:0.59:542
chr2	31589654	rs13387204	T	C	829.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-2.044;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=5;PP=527;ReadPosRankSum=-0.209;SC=TCCCTCTTCCTATTTCCCACA;SOR=0.743;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=52;TCF=42;TCR=10;TR=30;WE=31589662;WS=31589644;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,34:0.59:58
chr2	31590759	rs2281550	C	T	2412.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.403;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.204;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=19;PP=1427;ReadPosRankSum=-0.689;SC=GGGTTCAATGCATATCTCTTG;SOR=1.042;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=133;TCF=98;TCR=35;TR=84;WE=31590767;WS=31590749;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,107:0.65:165
chr2	31591013	.	G	C	876.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.077;ClippingRankSum=0.000;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.479;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=25;PP=499;ReadPosRankSum=0.497;SC=TCTCTGAATTGTTGACTCTCT;SOR=0.482;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=116;TCF=32;TCR=84;TR=36;WE=31591021;WS=31591003;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:93,47:0.34:140
chr2	31596955	rs4952086	G	A	1069.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.201;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=21.40;ReadPosRankSum=0.720;SOR=0.798;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,30:0.60:50
chr2	31596963	rs4952087	T	C	982.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.419;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.86;ReadPosRankSum=-0.036;SOR=1.371;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,24:0.63:38
chr2	31600146	rs10187719	T	C	753.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=2.571;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=21;PP=502;ReadPosRankSum=0.406;SC=CCTTGCTCTGTAGGGGCTGCA;SOR=0.735;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=43;TCF=7;TCR=36;TR=25;WE=31600154;WS=31600136;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,29:0.62:47
chr2	31609448	rs477626	A	C	7810.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=298;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=79;NR=101;PP=2965;SC=TCTTACTACAATGTCTCCCTC;SOR=0.877;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=180;TCF=79;TCR=101;TR=180;WE=31609456;WS=31609438;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,293:1.00:293
chr2	31611029	rs2073316	G	A	2351.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=58;NR=12;PP=1621;SC=CATGGAGCTCGTGCACTGACT;SOR=2.749;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=70;TCF=58;TCR=12;TR=70;WE=31611037;WS=31611019;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr2	31611367	rs206847	T	C	1730.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=42;PP=957;SC=AAACAACTCATGGATAAACAA;SOR=2.448;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=49;TCF=7;TCR=42;TR=49;WE=31611375;WS=31611357;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr2	31805619	rs619857	T	C	1515.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=30;NR=16;PP=1003;SC=GTGCGCGCTCTACGCTGCGCT;SOR=1.262;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=46;TCF=30;TCR=16;TR=46;WE=31805627;WS=31805609;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr2	31805675	rs522638	A	G	3593.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=60;NR=27;PP=2005;SC=GGCGCCCGCAAGGGAAAAACG;SOR=1.397;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=87;TCF=60;TCR=27;TR=87;WE=31805683;WS=31805665;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
chr2	31805706	rs523349	G	C	5224.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=81;NR=35;PP=2424;SC=AAGTAATGTAGGCAGAAGAGG;SOR=1.408;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=116;TCF=81;TCR=35;TR=116;WE=31805714;WS=31805696;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,191:1.00:191
chr2	31805880	rs142200057	A	AG	15788.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=449;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=31;NR=150;PP=2936;SC=CCGTAGCCGGAGGCTTCGCGA;SOR=0.874;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=187;TCF=33;TCR=154;TR=181;WE=31805888;WS=31805870;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,443:1.00:443
chr2	31806031	rs632148	C	G	1840.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=45;PP=1336;SC=CCCCGCAACCCCTTTATGGAG;SOR=2.760;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=55;TCF=10;TCR=45;TR=55;WE=31806039;WS=31806021;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr2	32340016	rs72796859	A	G	378.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.132;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.03;ReadPosRankSum=-0.556;SOR=0.627;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,17:0.63:27
chr2	32340026	rs11399176	A	ATT	215.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;QD=19.61;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr2	32369901	rs2365556	T	C	2182.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=63;NR=7;PP=1795;SC=CACAGTGAGCTGAGATCATGC;SOR=3.706;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=70;TCF=63;TCR=7;TR=70;WE=32369909;WS=32369891;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr2	32402636	rs4258846	C	T	1810.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.359;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.724;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=25;PP=724;ReadPosRankSum=-0.726;SC=GCTGGGATAACAGGCGTGAGC;SOR=0.578;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=71;TCF=37;TCR=34;TR=50;WE=32402644;WS=32402626;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,83:0.68:122
chr2	32412065	.	CA	C	92.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.181;ClippingRankSum=0.000;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=4.206;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.41;ReadPosRankSum=1.338;SOR=1.477;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:44,22:0.33:66
chr2	32418808	rs212751	T	A	2104.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=40;NR=16;PP=1223;SC=ATGGGGCTAGTAACTAAGTTC;SOR=1.673;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=56;TCF=40;TCR=16;TR=56;WE=32418816;WS=32418798;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr2	32429880	rs34353191	A	AT	430.94	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.227;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FS=9.766;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.29;MQRankSum=0.000;QD=7.98;ReadPosRankSum=-0.139;SOR=3.126;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,38:0.70:54
chr2	32434701	rs212685	A	G	1101.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=26;PP=686;SC=CTGAAAAAAAATATTTCCTTA;SOR=2.191;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=32;TCF=6;TCR=26;TR=32;WE=32434709;WS=32434691;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr2	32449871	rs376045897	ATTTT	A	9617.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=252;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.53;SOR=1.632;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,216:1.00:216
chr2	32449879	rs199998217	T	TAAA	8698.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=40.27;SOR=1.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,216:1.00:216
chr2	32460348	rs212714	A	G	1799.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=55;NR=8;PP=1255;SC=TTCATTAGACATATTTATATT;SOR=3.360;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=63;TCF=55;TCR=8;TR=63;WE=32460368;WS=32460338;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr2	32461493	rs55638726	T	TC	472.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=11;PP=466;SC=AATTCTGAGTTTTATCTTCTC;SOR=2.833;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=12;TCF=1;TCR=11;TR=12;WE=32461501;WS=32461483;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr2	32466029	rs212721	A	G	3810.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=50;NR=34;PP=1903;SC=GACACAGCCAATGTCAGAGCC;SOR=0.969;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=84;TCF=50;TCR=34;TR=84;WE=32466037;WS=32466019;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,137:1.00:137
chr2	32475109	rs455060	G	A	19954.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=746;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=249;NR=236;PP=2965;SC=TGAAGTCCAGGGCACTTGCAC;SOR=0.726;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=486;TCF=250;TCR=236;TR=485;WE=32475117;WS=32475099;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,736:1.00:736
chr2	32476390	rs408813	T	G	8905.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=2.069;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=320;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=104;NR=108;PP=2965;ReadPosRankSum=0.722;SC=GCATGGCAATTCGCTGCAGCA;SOR=0.244;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=214;TCF=104;TCR=110;TR=212;WE=32476398;WS=32476380;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,318:1.00:319
chr2	32481793	rs11295492	AT	A	6489.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=16;NR=43;PP=2612;SC=AATCACCAGTATTTGGTAGCA;SOR=0.838;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=59;TCF=16;TCR=43;TR=59;WE=32481803;WS=32481783;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,146:1.00:146
chr2	32481795	rs59966205	T	A	6498.77	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=45;NR=42;PP=1581;SC=TCACCAGTATTTGGTAGCAGA;SOR=0.838;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=96;TCF=50;TCR=46;TR=87;WE=32481803;WS=32481783;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,146:1.00:146
chr2	32620722	rs3731581	A	T	7135.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=2.174;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=476;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.574;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=75;NR=152;PP=2962;ReadPosRankSum=1.281;SC=ATGCTTCTAAATTTTACTTTT;SOR=0.757;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=331;TCF=111;TCR=220;TR=227;WE=32620730;WS=32620712;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:153,312:0.67:465
chr2	32667058	rs55734616	C	A	3650.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.07;SOR=2.920;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr2	32667061	rs60955793	T	A	3878.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.16;SOR=2.687;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr2	32667182	rs60197615	G	C	18278.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=702;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=240;NR=163;PP=2965;SC=TGAGAAGCTTGTTAATACTCT;SOR=0.959;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=406;TCF=242;TCR=164;TR=403;WE=32667190;WS=32667172;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,683:1.00:683
chr2	32688601	rs762019	A	C	442.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=12;PP=317;SC=AGTCTTTGTGATATTTAAATT;SOR=5.421;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=0;TCR=12;TR=12;WE=32688609;WS=32688591;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr2	32690253	rs374940577	AT	A	333.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.447;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=460;ExcessHet=3.0103;FS=0.668;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.22;ReadPosRankSum=-0.075;SOR=0.612;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:191,83:0.30:274
chr2	32706501	.	C	T	5599.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-4.036;ClippingRankSum=0.000;DP=361;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.413;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=95;PP=2681;ReadPosRankSum=1.218;SC=AAAGGACCCTCTTGCAGCCAA;SOR=0.799;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=221;TCF=90;TCR=131;TR=157;WE=32706509;WS=32706491;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:101,253:0.71:354
chr2	32706579	rs9646977	T	A	3320.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=24;NR=72;PP=2209;SC=TCATGCCTGTTATCCCAGCAC;SOR=1.940;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=96;TCF=24;TCR=72;TR=96;WE=32706587;WS=32706569;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr2	32712875	rs2366891	A	C	7905.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=2.042;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=284;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.710;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=149;PP=2965;ReadPosRankSum=1.801;SC=TCAGGTATGAATTCAGGAGAA;SOR=1.417;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=214;TCF=64;TCR=150;TR=212;WE=32712883;WS=32712865;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,280:1.00:281
chr2	32713706	rs2366894	A	T	1518.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=19;NR=21;PP=737;SC=TTCTAGTTCAACTGGAAACAA;SOR=0.836;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=19;TCR=21;TR=40;WE=32713714;WS=32713696;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr2	32724590	rs145668508	GTC	G	336.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.429;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.05;MQRankSum=2.519;QD=1.63;ReadPosRankSum=-1.357;SOR=0.643;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:176,30:0.15:206
chr2	32735881	rs3731579	A	G	370.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.119;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=13;PP=262;ReadPosRankSum=-0.114;SC=TTAGACATACATTTGTATGTG;SOR=1.508;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=0;TCR=19;TR=13;WE=32735889;WS=32735871;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,15:0.65:23
chr2	32740138	rs34757266	T	C	9923.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.796;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=689;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=132;NR=89;PP=2962;ReadPosRankSum=1.028;SC=GCTCAATGTGTCACGTACACC;SOR=0.696;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=373;TCF=219;TCR=154;TR=221;WE=32740146;WS=32740128;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:237,448:0.65:685
chr2	32749880	rs2710609	C	T	1591.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.48;SOR=2.649;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr2	32749890	rs2710610	C	T	1816.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=46.58;SOR=2.613;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr2	32749893	rs2710611	A	T	1820.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.52;SOR=2.419;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr2	32749903	rs2710612	T	C	1928.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.93;SOR=1.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr2	32757201	.	C	CGTGTGTGTGTGTGT	366.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=61.12;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr2	32757349	rs72800834	G	C	571.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.033;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=12;PP=293;ReadPosRankSum=-2.499;SC=CAATAGTTGAGGAGGCTGTAA;SOR=0.693;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=37;TCF=13;TCR=24;TR=18;WE=32757357;WS=32757339;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,28:0.55:51
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chr2	32822957	rs2710625	G	A	9410.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=357;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=109;NR=123;PP=2965;SC=AAGCTGTGACGCTTTCAACCT;SOR=0.775;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=232;TCF=109;TCR=123;TR=232;WE=32822965;WS=32822947;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,354:1.00:354
chr2	32855615	rs2710623	A	G	1220.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=20;NR=11;PP=597;SC=TACAATTGCTACTGGAAGGGA;SOR=1.280;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=20;TCR=11;TR=31;WE=32855623;WS=32855605;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr2	32860415	rs11124286	C	T	5591.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=60;NR=70;PP=2469;SC=ATCCAGAACTCGTGCAGCAAA;SOR=0.872;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=130;TCF=60;TCR=70;TR=130;WE=32860423;WS=32860405;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,216:1.00:216
chr2	32875084	rs34549288	T	C	1049.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=0.760;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.278;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=6;PP=749;ReadPosRankSum=-0.261;SC=GGTAATCTTATTGAGGAATAA;SOR=1.059;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=55;TCF=45;TCR=10;TR=37;WE=32875092;WS=32875079;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,42:0.67:63
chr2	32928119	rs7586406	A	G	1321.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.610;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.368;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=32;PP=744;ReadPosRankSum=1.170;SC=TGTTTAGAGAATAAGTTCTAT;SOR=1.096;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=61;TCF=14;TCR=47;TR=40;WE=32928127;WS=32928109;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,54:0.70:77
chr2	32959024	rs1551177	T	C	4238.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.109;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=661;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=84;PP=2003;ReadPosRankSum=0.253;SC=GTATGGAAATTACTTGGCATT;SOR=0.676;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=389;TCF=150;TCR=239;TR=138;WE=32959032;WS=32959014;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:421,235:0.36:656
chr2	32961691	rs17497801	C	T	392.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.252;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FS=0.994;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.39;ReadPosRankSum=-0.407;SOR=0.481;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:90,26:0.22:116
chr2	32961745	rs10200333	T	A	7462.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=297;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=126;NR=75;PP=2965;SC=TAATTATTTTTACTTGATTTT;SOR=1.111;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=202;TCF=127;TCR=75;TR=201;WE=32961753;WS=32961735;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,282:1.00:282
chr2	32961858	rs2273660	A	G	7272.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.189;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=509;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=85;NR=111;PP=2962;ReadPosRankSum=0.687;SC=GTCATTTGTTATGAAAGAGCC;SOR=0.750;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=306;TCF=136;TCR=170;TR=196;WE=32961866;WS=32961848;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:166,331:0.67:497
chr2	32991453	rs79420221	T	C	691.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-1.195;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.230;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=9;PP=303;ReadPosRankSum=0.455;SC=AAGTAGGGTATGTGTGACTCT;SOR=0.432;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=44;TCF=28;TCR=16;TR=23;WE=32991461;WS=32991443;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,34:0.58:59
chr2	33007817	rs6738232	T	C	682.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.724;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.433;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=17;PP=426;ReadPosRankSum=-0.578;SC=CAACTGAACATTGTTTCAATG;SOR=0.416;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=35;TCF=7;TCR=28;TR=22;WE=33007825;WS=33007807;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,28:0.65:43
chr2	33036324	rs3731578	G	A	1085.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-1.283;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.705;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=32;PP=715;ReadPosRankSum=-0.367;SC=CTTGCCTTTCGTTTGAACATG;SOR=0.268;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=52;TCF=8;TCR=44;TR=40;WE=33036332;WS=33036314;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,44:0.77:57
chr2	33042596	rs151264467	A	G	1828.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.433;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=318;ExcessHet=3.0103;FS=0.433;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.86;ReadPosRankSum=-3.704;SOR=0.684;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:205,107:0.34:312
chr2	33172307	rs112060237	C	G	222.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-1.360;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=2;PP=145;ReadPosRankSum=-0.707;SC=CTCGGGGGAGCCCGAACGCGC;SOR=1.609;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=10;TCF=7;TCR=3;TR=8;WE=33172315;WS=33172297;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,10:0.83:12
chr2	33172362	rs62135679	C	T	62.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.203;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=2.963;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=4.48;ReadPosRankSum=-0.092;SOR=0.084;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,5:0.36:14
chr2	33359565	rs116713089	G	A	5067.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.648;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=346;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.419;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=80;NR=58;PP=2222;ReadPosRankSum=0.045;SC=ATAAAGTGCAGCATTGTGGTT;SOR=0.740;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=189;TCF=108;TCR=81;TR=138;WE=33359573;WS=33359555;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:111,234:0.68:345
chr2	33392911	rs6728094	G	A	9582.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=368;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=123;NR=102;PP=2965;SC=ATCAAGGAGAGCCCTTCTGCC;SOR=0.821;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=227;TCF=124;TCR=103;TR=225;WE=33392919;WS=33392901;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,364:1.00:364
chr2	33407186	rs6759943	T	C	415.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=1.263;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=1;PP=300;ReadPosRankSum=0.189;SC=TACTGGACTTTTATTGGTTGA;SOR=0.668;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=58;TCF=54;TCR=4;TR=18;WE=33407194;WS=33407176;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,19:0.32:60
chr2	33407285	rs2367619	G	A	2215.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.602;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=417;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.562;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=35;PP=1040;ReadPosRankSum=0.400;SC=CACGTATGCTGGTATAGTCCT;SOR=0.627;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=243;TCF=138;TCR=105;TR=77;WE=33407293;WS=33407275;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:283,132:0.32:415
chr2	33412077	rs1065324	G	A	1733.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.317;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=281;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.465;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=48;PP=1071;ReadPosRankSum=0.532;SC=CAGGCAAGGCGTTGGGGACGC;SOR=0.755;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=191;TCF=71;TCR=120;TR=75;WE=33412085;WS=33412067;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:182,97:0.35:279
chr2	33413640	rs6712473	G	T	619.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-2.176;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.606;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.617;NF=19;NR=7;PP=278;ReadPosRankSum=-0.309;SC=CCAATCTGTTGTAGTGAAATT;SOR=0.517;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=99;TCF=74;TCR=25;TR=26;WE=33413648;WS=33413630;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:100,40:0.29:140
chr2	33413949	rs4542826	G	A	4224.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=33;NR=77;PP=2213;SC=TGCTTTAGCAGTGTCTTACAG;SOR=1.519;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=110;TCF=33;TCR=77;TR=110;WE=33413957;WS=33413939;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,154:1.00:154
chr2	33414009	rs3922572	T	A	1405.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=12;NR=39;PP=1232;SC=AATGCTTTTTTAAAAAAAAGG;SOR=2.794;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=51;TCF=12;TCR=39;TR=51;WE=33414017;WS=33413998;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr2	33442549	rs2290449	G	A	2572.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=54;NR=19;PP=1594;SC=GGCTGTGAGGGACAGCAGTGC;SOR=1.916;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=73;TCF=54;TCR=19;TR=73;WE=33442557;WS=33442539;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr2	33447202	rs2290448	C	T	3830.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.695;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=719;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.564;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=80;NR=55;PP=1738;ReadPosRankSum=0.494;SC=AGCGGGTTAACAACACCTTTT;SOR=0.795;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=402;TCF=227;TCR=175;TR=135;WE=33447210;WS=33447192;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:490,226:0.32:716
chr2	33482586	rs11686962	C	T	3024.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=2.957;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.030;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=75;PP=1836;ReadPosRankSum=0.220;SC=AAGGTGAGAGCGGTAATGGAT;SOR=1.013;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=151;TCF=38;TCR=113;TR=99;WE=33482594;WS=33482576;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,125:0.67:187
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chr2	33488245	rs76813476	T	C	787.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=1.281;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.482;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=1;PP=554;ReadPosRankSum=0.168;SC=CAGTTCTTTATATCTGACAAA;SOR=2.073;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=36;TCF=34;TCR=2;TR=26;WE=33488253;WS=33488237;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,30:0.71:42
chr2	33525382	rs935996	A	C	1394.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=40;NR=2;PP=1110;SC=TGGAGTGATAAATACTAAAGT;SOR=5.376;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=42;TCF=40;TCR=2;TR=42;WE=33525390;WS=33525376;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr2	33526748	rs116724079	C	T	1955.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-2.915;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.985;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=53;PP=1285;ReadPosRankSum=-0.306;SC=CATAAAATGCCCAGATCGGAG;SOR=0.398;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=98;TCF=19;TCR=79;TR=66;WE=33526756;WS=33526738;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,80:0.67:120
chr2	33540138	rs2276591	G	A	493.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-1.173;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.450;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=3;PP=343;ReadPosRankSum=0.774;SC=AGATTTATTTGCCATCTGTTT;SOR=1.390;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=60;TCF=50;TCR=10;TR=22;WE=33540146;WS=33540128;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,24:0.33:72
chr2	33540172	rs3216704	A	AT	798.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.301;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.845;HP=7;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=8;PP=567;ReadPosRankSum=-1.105;SC=AATGAAACCGATTTTTTTCAA;SOR=1.188;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=81;TCF=50;TCR=31;TR=27;WE=33540180;WS=33540162;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,47:0.36:130
chr2	33540248	rs1058840	G	A	2266.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.570;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=315;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.422;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=37;PP=1038;ReadPosRankSum=1.939;SC=TCTGTGGTCCGCAAGGGGAGT;SOR=0.654;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=197;TCF=110;TCR=87;TR=82;WE=33540256;WS=33540238;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:192,121:0.39:313
chr2	33568055	rs79463530	C	T	4097.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.492;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=323;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=80;PP=1851;ReadPosRankSum=0.731;SC=TTTTTCCCAACGTGTTTCACA;SOR=0.682;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=208;TCF=77;TCR=131;TR=126;WE=33568063;WS=33568045;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:124,193:0.61:317
chr2	33568137	rs5024713	G	A	1938.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.937;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.450;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=34;PP=740;ReadPosRankSum=0.205;SC=GAGCTTTATCGTAATTTGATT;SOR=0.566;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=79;TCF=19;TCR=60;TR=44;WE=33568145;WS=33568127;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,87:0.63:138
chr2	33568191	rs5024712	T	C	1042.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=21;PP=575;SC=CTATGTTGGCTGGGTGCATGG;SOR=1.445;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=31;TCF=10;TCR=21;TR=31;WE=33568199;WS=33568181;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr2	33585796	rs4422143	T	C	15957.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.656;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=630;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=159;NR=223;PP=2965;ReadPosRankSum=2.006;SC=ACATCAGGCGTGGGATGGGGA;SOR=0.925;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=384;TCF=160;TCR=224;TR=382;WE=33585804;WS=33585786;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,619:1.00:621
chr2	33586464	rs11442294	C	CT	1045.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.758;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FS=4.468;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.35;ReadPosRankSum=1.043;SOR=1.250;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,70:0.69:101
chr2	33586610	rs77815980	A	G	2646.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-2.208;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.512;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=44;PP=1109;ReadPosRankSum=-0.155;SC=ACAAATTTTCAGCACATTGTG;SOR=0.767;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=141;TCF=57;TCR=84;TR=70;WE=33586618;WS=33586600;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,125:0.58:215
chr2	33622448	rs2367734	T	C	200.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.461;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.72;ReadPosRankSum=-0.301;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:40,14:0.26:54
chr2	33622475	rs12053346	T	C	142.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-4.799;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.354;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=6;PP=49;ReadPosRankSum=0.133;SC=GTTCTGGAGATGTACATTAAG;SOR=0.200;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=27;TCF=4;TCR=23;TR=8;WE=33622483;WS=33622465;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,9:0.33:27
chr2	33623306	rs2034693	C	T	568.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=0.621;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=29;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=0;PP=356;ReadPosRankSum=2.713;SC=TTGTCTGTGACTGAAGCAATG;SOR=0.580;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=68;TCF=65;TCR=3;TR=22;WE=33623314;WS=33623298;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,26:0.34:76
chr2	33623387	rs624060	AT	GC	15325.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=351;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=138;NR=86;PP=2947;SC=TCCTCACAGAATAATATCCAA;SOR=1.212;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=237;TCF=145;TCR=92;TR=224;WE=33623396;WS=33623377;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,343:1.00:343
chr2	33623720	rs8970	A	G	169.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-1.980;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.287;HP=1;HapScore=3;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=6;PP=93;ReadPosRankSum=0.191;SC=CTGGAAATACAGAAACAGCAT;SOR=0.223;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=23;TCF=3;TCR=20;TR=7;WE=33623742;WS=33623710;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,9:0.35:26
chr2	33623734	rs622716	A	G	577.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=3;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=13;PP=447;SC=ACAGCATGGAATTGCAAGTCC;SOR=3.383;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=14;TCF=1;TCR=13;TR=14;WE=33623742;WS=33623710;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr2	33744958	rs7597095	C	T	2073.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=41;NR=22;PP=1074;SC=ATTGAGGGCACAGCTGCAGGG;SOR=1.329;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=63;TCF=41;TCR=22;TR=63;WE=33744966;WS=33744948;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr2	33745208	rs2305576	T	C	11962.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.616;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=485;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=110;NR=170;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.833;SC=CCACCAACTTTGTTAAAATTG;SOR=1.011;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=283;TCF=111;TCR=172;TR=280;WE=33745216;WS=33745198;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,474:1.00:476
chr2	33748913	rs6735997	A	G	980.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=2.391;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.417;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=12;PP=644;ReadPosRankSum=0.246;SC=AGGCTCTATTATAATTCAGAG;SOR=0.534;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=144;TCF=108;TCR=36;TR=43;WE=33748921;WS=33748903;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:129,53:0.29:182
chr2	33752152	rs10189430	G	T	120.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.158;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FS=1.045;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.07;ReadPosRankSum=1.096;SOR=0.950;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:95,18:0.16:113
chr2	33759395	rs35933402	C	T	1676.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.984;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=295;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.455;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=22;PP=761;ReadPosRankSum=-0.198;SC=TGTAGCTTTCCCTGGACCTCT;SOR=0.747;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=166;TCF=102;TCR=64;TR=60;WE=33759403;WS=33759385;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:197,97:0.33:294
chr2	33759563	rs74326828	G	A	574.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=2.157;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.830;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=18;PP=341;ReadPosRankSum=-0.771;SC=GTTCTAAAACGGAAGAATTTT;SOR=0.800;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=86;TCF=28;TCR=58;TR=23;WE=33759571;WS=33759553;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,32:0.30:108
chr2	33764286	rs7592762	T	C	3133.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.681;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=53;PP=1548;ReadPosRankSum=0.722;SC=AGGTAAGTGGTTGAGGGAGAA;SOR=0.692;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=117;TCF=43;TCR=74;TR=84;WE=33764294;WS=33764276;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,137:0.68:201
chr2	33784161	rs2278955	G	A	1644.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.071;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=33;PP=801;ReadPosRankSum=0.525;SC=TGAGATGAGCGTTACAGAGGG;SOR=0.685;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=72;TCF=23;TCR=49;TR=49;WE=33784169;WS=33784151;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,73:0.69:106
chr2	33784500	rs2278956	G	A	1005.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-4.931;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.388;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=7;PP=844;ReadPosRankSum=-1.272;SC=TTAGATAAAGGAGAATTGGAA;SOR=0.283;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=73;TCF=64;TCR=9;TR=43;WE=33784508;WS=33784490;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,41:0.59:69
chr2	33787708	rs75370629	A	AAAG	3936.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-1.255;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.346;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=29;PP=2394;ReadPosRankSum=1.458;SC=ATGTTCCCTCAAAGTCATCTG;SOR=0.549;SbPval=0.18;Source=Platypus;TC=98;TCF=55;TCR=43;TR=53;WE=33787716;WS=33787698;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,94:0.61:155
chr2	33787773	rs13415927	A	G	4650.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.867;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=343;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.847;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.116;NF=88;NR=63;PP=2350;ReadPosRankSum=0.843;SC=CAGCCATGCAATAGGTTCCAA;SOR=0.637;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=237;TCF=140;TCR=97;TR=151;WE=33787781;WS=33787763;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:130,211:0.62:341
chr2	33787976	rs10572554	CCTAA	C	3484.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=1;NR=48;PP=2530;SC=GAGAATTGACCCTAACTAACT;SOR=2.133;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=61;TCF=1;TCR=60;TR=49;WE=33787987;WS=33787966;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr2	33952022	rs4670913	C	A	1740.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=36;NR=10;PP=1047;SC=AGAGGAAAACCCAGGAAATGA;SOR=1.981;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=48;TCF=36;TCR=12;TR=46;WE=33952030;WS=33952013;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr2	33952055	rs2290101	C	G	3077.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=1.930;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=7.404;HP=6;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=74;NR=11;PP=2275;ReadPosRankSum=0.490;SC=GAAAACTCAGCGGGGGCAGGA;SOR=3.045;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=87;TCF=74;TCR=13;TR=85;WE=33952063;WS=33952043;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,98:0.99:99
chr2	33952413	rs4477896	T	C	16457.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.482;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=591;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=210;NR=218;PP=2965;ReadPosRankSum=1.620;SC=CTCAGCAGGATAGTGAGGGCC;SOR=0.234;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=429;TCF=210;TCR=219;TR=428;WE=33952421;WS=33952403;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,584:1.00:585
chr2	33952456	rs2367810	C	G	17814.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=674;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=238;NR=216;PP=2965;SC=ACACCGCCACCCACCACTCCA;SOR=0.777;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=455;TCF=239;TCR=216;TR=454;WE=33952464;WS=33952446;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,667:1.00:667
chr2	33952621	rs11684598	G	A	31159.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.159;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1163;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=453;NR=348;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.977;SC=CTTCGGTGGCGTAAGCCACAC;SOR=0.674;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=801;TCF=453;TCR=348;TR=801;WE=33952629;WS=33952611;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,1152:1.00:1155
chr2	35696612	rs4670472	C	T	748.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=10;NR=10;PP=357;SC=GTTTTAGTGTCTATGTGCATG;SOR=0.756;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=10;TCR=10;TR=20;WE=35696620;WS=35696602;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr2	36605585	rs4670548	A	G	2446.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-2.604;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.143;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=44;PP=1139;ReadPosRankSum=-2.726;SC=GTCCAGATGCAACAGTAGGGA;SOR=0.512;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=114;TCF=37;TCR=77;TR=67;WE=36605593;WS=36605575;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,107:0.65:164
chr2	36605676	rs60204094	A	AT	166.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-0.592;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.481;HP=10;HapScore=3;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=12;PP=120;ReadPosRankSum=1.651;SC=GCGGTAAGTCATTTTTTTTTT;SOR=0.204;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=30;TCF=1;TCR=29;TR=12;WE=36605684;WS=36605666;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,14:0.47:30
chr2	36670011	rs3732073	T	C	485.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.603;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=20;PP=321;ReadPosRankSum=-0.426;SC=ATCACTGAACTGTTTGCATTA;SOR=0.838;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=35;TCF=6;TCR=29;TR=24;WE=36670019;WS=36670001;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,24:0.67:36
chr2	36704144	rs848547	C	T	4932.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.547;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=313;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.826;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=86;NR=58;PP=2321;ReadPosRankSum=1.818;SC=TCTGCTTCACCGCCCAGTGTG;SOR=0.926;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=198;TCF=113;TCR=85;TR=144;WE=36704152;WS=36704134;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,218:0.71:308
chr2	36739553	rs848526	T	C	3171.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-1.961;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=73;PP=1716;ReadPosRankSum=-0.795;SC=TGTGTACACATGGCCCTTCCC;SOR=0.756;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=102;TCF=28;TCR=74;TR=101;WE=36739561;WS=36739543;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,123:0.99:124
chr2	36756288	rs711247	T	C	12121.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=477;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=140;NR=151;PP=2965;SC=TCTCTTATTTTGGTCCAGGAG;SOR=0.741;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=291;TCF=140;TCR=151;TR=291;WE=36756296;WS=36756278;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,467:1.00:467
chr2	36771701	rs2276671	C	A	1840.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-1.453;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.753;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=40;PP=933;ReadPosRankSum=1.347;SC=TAGGTGTTTTCTAATTTTTAA;SOR=0.578;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=92;TCF=26;TCR=66;TR=56;WE=36771709;WS=36771691;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,82:0.66:124
chr2	36775315	rs2270333	C	G	1229.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.016;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQ=59.99;MQRankSum=-0.625;NF=33;NR=14;PP=710;ReadPosRankSum=-0.048;SC=AGAAGTCATCCCTTTGTTTTT;SOR=0.718;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=67;TCF=47;TCR=20;TR=47;WE=36775323;WS=36775305;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,59:0.70:84
chr2	36775410	.	CTT	C	96.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.110;ClippingRankSum=0.000;DP=112;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.09;ReadPosRankSum=0.178;SOR=0.455;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:74,15:0.17:89
chr2	36775883	rs181652510	C	T	5310.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=2.543;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=353;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.410;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=104;PP=2583;ReadPosRankSum=-1.948;SC=AGACGGAAGACGACTAAATCT;SOR=0.989;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=221;TCF=78;TCR=143;TR=156;WE=36775891;WS=36775873;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:109,236:0.68:345
chr2	36782886	rs848642	G	A	9908.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.489;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=664;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.182;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=93;NR=172;PP=2962;ReadPosRankSum=0.618;SC=TTCATGGCACGAAGAACTGCA;SOR=0.816;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=413;TCF=152;TCR=261;TR=265;WE=36782894;WS=36782876;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:219,439:0.67:658
chr2	36808732	rs848637	T	G	3708.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=2.600;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=242;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=64;PP=1825;ReadPosRankSum=1.752;SC=TCAAAATTTTTACTGTAGGAG;SOR=0.723;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=153;TCF=54;TCR=99;TR=98;WE=36808740;WS=36808722;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,160:0.67:240
chr2	36824956	rs5830430	G	GC	2234.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=23;NR=11;PP=1392;SC=CGGCCGTAGGGCTGCCGGTCG;SOR=1.647;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=36;TCF=24;TCR=12;TR=34;WE=36824964;WS=36824946;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr2	36825137	rs1544655	G	A	5388.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.978;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=381;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.039;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=83;NR=85;PP=2509;ReadPosRankSum=0.917;SC=GCTGCAGGCCGGGGCCGGGAA;SOR=0.951;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=266;TCF=136;TCR=130;TR=168;WE=36825145;WS=36825127;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:124,254:0.67:378
chr2	36825170	rs2287104	T	C	4530.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.617;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=344;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.902;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=82;PP=2033;ReadPosRankSum=0.915;SC=CCCACCCGCCTCGGCCCCCGC;SOR=1.053;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=223;TCF=95;TCR=128;TR=137;WE=36825178;WS=36825160;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:123,211:0.63:334
chr2	36825330	rs11441122	C	CG,CGGCCCAGCCCG	3456.73	.	AC=2,0;AF=1.00,0.00;AN=2;BRF=0.61;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0,0;NR=43,43;PP=2976,1602;SC=CGGCCCAGCCCGCCCAGCCCG;SOR=4.223;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=44;TCF=0;TCR=44;TR=43,43;WE=36825344;WS=36825317;set=Intersection	GT:AF:DP	1/1:1.00:87
chr2	36825336	.	G	GCCCGGCCCAGCCCGGCCCCGC,GCCCGGCCCCGC	766.73	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.61;BaseQRankSum=-1.087;ClippingRankSum=0.000;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=42;PP=2976;ReadPosRankSum=1.840;SC=AGCCCGCCCAGCCCGGCCCCG;SOR=0.941;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=43;TCF=0;TCR=43;TR=42;WE=36825344;WS=36825317;set=Intersection	GT:AF:DP	0/1:0.48:44
chr2	36825359	.	G	GCCCCGC	443.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=-0.231;ClippingRankSum=0.000;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.081;HP=4;HapScore=2;MGOF=95;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=23;PP=647;ReadPosRankSum=0.209;SC=CCGGCCCGAAGCCCCGCCCCC;SOR=2.066;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=27;TCF=1;TCR=26;TR=23;WE=36825367;WS=36825349;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,13:0.43:30
chr2	36943338	rs4670597	C	G	2815.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=59;NR=24;PP=1704;SC=AGGCCAGCCACTGACATCTCT;SOR=1.839;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=83;TCF=59;TCR=24;TR=83;WE=36943346;WS=36943328;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr2	36943419	rs4670598	T	C	9642.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=369;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=134;NR=92;PP=2965;SC=TGATGCAGTCTATCCCCACAC;SOR=0.967;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=227;TCF=135;TCR=92;TR=226;WE=36943427;WS=36943409;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,360:1.00:360
chr2	36965582	rs35608380	TC	T	470.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQ=61.34;NF=1;NR=10;PP=384;SC=TATATTAGGGTCCTTTGTAAA;SOR=1.765;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=13;TCF=1;TCR=12;TR=11;WE=36965590;WS=36965572;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr2	37000797	rs3770784	C	G	1416.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=36;NR=7;PP=911;SC=TCGCTTGAACCCGGAGGTTGC;SOR=2.628;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=43;TCF=36;TCR=7;TR=43;WE=37000805;WS=37000787;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr2	37000877	rs116154541	A	T	5718.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.049;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=26.98;ReadPosRankSum=-0.910;SOR=0.478;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,211:1.00:212
chr2	37001570	rs974964	C	T	5330.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=56;NR=95;PP=2752;SC=CAGGGTTTGACGGTTTCCACA;SOR=1.156;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=151;TCF=56;TCR=95;TR=151;WE=37001578;WS=37001560;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,201:1.00:201
chr2	37010574	rs3821147	G	A	11963.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.730;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=471;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=140;NR=121;PP=2965;ReadPosRankSum=2.295;SC=AGAAACCCACGGTGTCTTTGA;SOR=0.484;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=262;TCF=141;TCR=121;TR=261;WE=37010582;WS=37010564;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,461:0.99:464
chr2	37032529	rs75212718	G	C	756.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.720;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FS=4.022;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.11;MQRankSum=1.116;QD=8.41;ReadPosRankSum=-0.143;SOR=0.376;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:49,41:0.46:90
chr2	37041480	rs17441812	G	A	10850.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.751;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=757;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.163;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=132;NR=184;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.273;SC=TTTGTACAGAGTTCAACTCAC;SOR=0.772;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=470;TCF=199;TCR=271;TR=316;WE=37041488;WS=37041470;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:254,500:0.66:754
chr2	37077015	rs723674	C	A	2534.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=71;PP=1913;SC=CTACCATGTCCTGCTGGTTTC;SOR=3.690;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=82;TCF=10;TCR=72;TR=81;WE=37077023;WS=37077005;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr2	37078095	rs10668550	A	AT	381.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.524;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=4.155;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.54;ReadPosRankSum=-0.588;SOR=1.743;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,25:0.62:40
chr2	37094945	rs2540923	A	G	3588.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=55;NR=39;PP=1885;SC=TAAAGAAAAAACATATACTTA;SOR=1.011;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=96;TCF=56;TCR=40;TR=94;WE=37094953;WS=37094935;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,135:1.00:135
chr2	37096970	rs2160379	C	T	1374.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=40;PP=1093;SC=TGTCAATAAACGATCACTTTG;SOR=4.758;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=43;TCF=3;TCR=40;TR=43;WE=37096978;WS=37096960;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr2	37111045	rs2691106	T	A	5405.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=96;NR=37;PP=2748;SC=CCAAGTGCATTTTGTGCTCCA;SOR=1.515;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=133;TCF=96;TCR=37;TR=133;WE=37111053;WS=37111035;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,197:1.00:197
chr2	37129618	rs148671880	A	ATAAT	2872.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.18;QD=47.88;SOR=6.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr2	37292890	rs11903252	T	G	2149.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=0.849;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.734;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=23;PP=1263;ReadPosRankSum=-0.592;SC=AGTAACTGAATGTCATACCTA;SOR=0.804;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=93;TCF=63;TCR=30;TR=71;WE=37292898;WS=37292880;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,91:0.70:130
chr2	37297329	rs4327218	C	G	6700.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-2.074;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=463;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.468;NF=148;NR=67;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.157;SC=AGGCGTGAGCCACCGTGCCTG;SOR=0.658;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=336;TCF=228;TCR=108;TR=215;WE=37297337;WS=37297319;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:143,306:0.68:449
chr2	37299145	rs12621276	G	A	2414.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-2.654;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.928;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=69;NR=7;PP=1736;ReadPosRankSum=-2.040;SC=TCATTTTATGGAAAAGTAGAC;SOR=0.922;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=111;TCF=99;TCR=12;TR=76;WE=37299153;WS=37299135;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,94:0.70:135
chr2	37302556	rs34545380	GA	G	3846.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.693;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FS=2.337;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.12;MQRankSum=0.240;QD=21.25;ReadPosRankSum=0.241;SOR=1.895;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:4,177:0.98:181
chr2	37306343	rs6743906	G	A	2956.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=33;NR=31;PP=1176;SC=GAAAAACTGTGAAAGTATCCC;SOR=0.710;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=64;TCF=33;TCR=31;TR=64;WE=37306351;WS=37306333;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr2	37316717	.	T	TA	79.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.510;ClippingRankSum=0.000;DP=129;ExcessHet=3.0103;FS=3.677;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.08;MQRankSum=1.837;QD=0.66;ReadPosRankSum=-0.062;SOR=0.325;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:97,24:0.20:121
chr2	37317869	rs4670654	C	T	2489.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=29;NR=37;PP=1215;SC=AAAACAGGTACGTAATTATTT;SOR=0.870;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=66;TCF=29;TCR=37;TR=66;WE=37317877;WS=37317859;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr2	37318041	rs4670655	A	G	127.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.271;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=3;PP=57;ReadPosRankSum=-0.185;SC=TAGTGAGTATAAAATAAAATT;SOR=0.490;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=20;TCF=8;TCR=12;TR=6;WE=37318049;WS=37318031;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,7:0.30:23
chr2	37319211	rs55823009	A	G	3796.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.709;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=224;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.996;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=52;PP=1853;ReadPosRankSum=-1.008;SC=TTTTGGTTCTATTTCCTCTTT;SOR=0.377;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=145;TCF=78;TCR=67;TR=104;WE=37319219;WS=37319201;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,162:0.74:219
chr2	37373982	rs2307475	A	AT	7275.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=27;NR=47;PP=2975;SC=TTAGGAAAAAAGGCAATCACT;SOR=0.867;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=78;TCF=27;TCR=51;TR=74;WE=37373990;WS=37373972;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,185:1.00:185
chr2	37402270	rs11569755	C	G	426.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-1.197;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.113;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=7;PP=183;ReadPosRankSum=0.146;SC=CAATAATAATCTCACCTCTTT;SOR=0.446;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=37;TCF=25;TCR=12;TR=17;WE=37402278;WS=37402260;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,23:0.43:54
chr2	37402373	rs11569758	A	G	264.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.237;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.081;HP=4;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=8;PP=121;ReadPosRankSum=-1.172;SC=CAAGAAACTAAAAACACAGGG;SOR=1.009;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=44;TCF=19;TCR=25;TR=12;WE=37402381;WS=37402363;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,18:0.29:63
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chr2	37406761	rs4459710	T	C	2086.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=3.155;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.381;HP=3;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=54;PP=1324;ReadPosRankSum=-0.343;SC=TTTATTTGGGTCTATGTTTTG;SOR=0.980;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=113;TCF=24;TCR=89;TR=67;WE=37406769;WS=37406751;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,87:0.59:147
chr2	37406807	rs2111630	A	G	752.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=0.651;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=31;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=27;PP=604;ReadPosRankSum=2.251;SC=CAATATCATCATGTCCACTCG;SOR=1.154;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=45;TCF=2;TCR=43;TR=29;WE=37406815;WS=37406797;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,29:0.59:49
chr2	37410537	rs6544061	C	T	973.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.604;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.741;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=16;PP=459;ReadPosRankSum=0.333;SC=ATAGAAATTTCAAAGAATTAT;SOR=0.514;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=128;TCF=86;TCR=42;TR=40;WE=37410545;WS=37410527;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:146,59:0.29:205
chr2	37414431	rs6724820	A	C	333.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.142;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.84;ReadPosRankSum=-1.001;SOR=0.569;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:48,21:0.30:69
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chr2	37428743	rs2540973	C	T	542.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=14;NR=5;PP=387;SC=TTTAACAATGCTTCCACATGA;SOR=2.093;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=19;TCF=14;TCR=5;TR=19;WE=37428751;WS=37428733;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr2	37438993	rs1137437	G	A	2392.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.609;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=400;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=33;PP=1081;ReadPosRankSum=0.260;SC=TACCTGGAACGCTCTCACTTT;SOR=0.676;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=239;TCF=147;TCR=92;TR=85;WE=37439001;WS=37438983;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:260,137:0.35:397
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chr2	37447465	rs11124567	A	G	220.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.635;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=3.485;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.69;ReadPosRankSum=0.670;SOR=0.204;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,15:0.45:33
chr2	37447473	rs57004489	T	A	926.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.451;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=28.96;ReadPosRankSum=-0.195;SOR=0.430;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,30:0.94:32
chr2	37447475	rs74177066	T	A	926.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.525;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=28.96;ReadPosRankSum=-0.078;SOR=0.430;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,30:0.94:32
chr2	37447477	rs199703730	T	A	221.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.875;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=12.608;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.34;ReadPosRankSum=1.248;SOR=3.116;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,13:0.37:35
chr2	37447627	rs35462755	C	CA	1545.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.021;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.630;HP=10;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=28;PP=610;ReadPosRankSum=-0.771;SC=CTAGGAATAACAAAAAAAATA;SOR=0.789;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=56;TCF=7;TCR=49;TR=31;WE=37447635;WS=37447617;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,83:0.58:144
chr2	37456032	rs2098386	C	T	8143.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=297;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=139;NR=91;PP=2965;SC=TCTTCTTCAACTAAGGAAGCT;SOR=1.047;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=231;TCF=140;TCR=91;TR=230;WE=37456040;WS=37456022;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,293:1.00:293
chr2	37458711	rs3213745	G	A	6275.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-2.398;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=893;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.536;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=97;NR=113;PP=2868;ReadPosRankSum=1.403;SC=CTGCGGCCATGGCGGGCAAAG;SOR=0.777;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=591;TCF=281;TCR=310;TR=210;WE=37458719;WS=37458701;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:539,333:0.38:872
chr2	37480249	rs1056021	A	G	312.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-3.445;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.628;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=0;PP=203;ReadPosRankSum=0.268;SC=GACAATCTACAAAGAACAAGT;SOR=1.568;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=59;TCF=56;TCR=3;TR=17;WE=37480257;WS=37480239;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,18:0.31:59
chr2	37483771	.	ATTTTTTTTTT	A	470.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;ClippingRankSum=0.000;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=20.212;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.67;MQRankSum=-2.353;QD=31.38;SOR=5.279;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,13:0.87:15
chr2	37483782	.	T	A	479.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=2.947;ClippingRankSum=0.000;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=20.212;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.67;MQRankSum=-2.353;QD=31.98;ReadPosRankSum=1.455;SOR=5.279;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,13:0.87:15
chr2	37487341	rs199676568	TA	T	53.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.041;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=257;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.22;ReadPosRankSum=0.437;SOR=0.643;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:206,40:0.16:246
chr2	37494591	rs2302650	A	G	1018.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-3.310;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.882;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=10;PP=447;ReadPosRankSum=-0.016;SC=TAGCCACTTCATTACGGAGTT;SOR=0.178;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=48;TCF=35;TCR=13;TR=31;WE=37494599;WS=37494581;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,48:0.71:68
chr2	37499289	rs11124574	T	C	209.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-1.565;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=7;NR=0;PP=123;ReadPosRankSum=-0.063;SC=ACCAGTCTTATCACTTTGTAA;SOR=1.802;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=10;TCR=1;TR=7;WE=37499297;WS=37499286;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,9:0.69:13
chr2	37499406	rs2160394	C	T	1172.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=1.120;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.888;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=14;PP=647;ReadPosRankSum=0.765;SC=AGTTACCAACCGCAAAGTCTA;SOR=1.140;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=75;TCF=46;TCR=29;TR=42;WE=37499414;WS=37499396;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,54:0.56:97
chr2	37518045	rs10177176	G	C	4289.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.717;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=674;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.544;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=68;PP=1786;ReadPosRankSum=1.355;SC=CCAATCCCCAGAGCATCTCAC;SOR=0.657;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=371;TCF=186;TCR=185;TR=132;WE=37518053;WS=37518035;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:430,241:0.36:671
chr2	37543371	rs6544066	A	G	3623.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-2.490;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=259;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.217;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=80;NR=39;PP=1807;ReadPosRankSum=0.632;SC=ATAATAGCACACACAGTACCT;SOR=0.492;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=179;TCF=125;TCR=54;TR=119;WE=37543379;WS=37543361;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,170:0.68:249
chr2	37586681	rs2302651	A	G	916.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.502;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.663;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=11;PP=449;ReadPosRankSum=1.941;SC=AATGAAAGCCATTTCTTTAGA;SOR=0.811;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=112;TCF=78;TCR=34;TR=39;WE=37586689;WS=37586671;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:104,52:0.33:156
chr2	37595604	rs3770747	C	T	2126.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.137;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=17;PP=1203;ReadPosRankSum=0.581;SC=CCCTCCCTGACGCTCACCCCA;SOR=0.730;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=125;TCF=96;TCR=29;TR=72;WE=37595612;WS=37595594;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,95:0.57:168
chr2	37595696	rs1468816	A	C	5533.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.020;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=453;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.530;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=85;NR=71;PP=2475;ReadPosRankSum=1.566;SC=CTATAAAAGTACAAATGGTCA;SOR=0.765;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=267;TCF=143;TCR=124;TR=156;WE=37595704;WS=37595686;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:187,260:0.58:447
chr2	37596940	.	G	A	7263.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.290;ClippingRankSum=0.000;DP=521;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=78;NR=116;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.080;SC=AAGCACCACTGTTATTAATGA;SOR=0.741;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=310;TCF=128;TCR=182;TR=194;WE=37596948;WS=37596930;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:176,336:0.66:512
chr2	38177525	rs11687301	A	C	4218.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=3.482;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=272;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.168;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=104;NR=25;PP=2435;ReadPosRankSum=2.531;SC=GGTGAGCTACAGAACAGTTCT;SOR=1.046;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=188;TCF=147;TCR=41;TR=129;WE=38177533;WS=38177515;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,175:0.68:258
chr2	38178406	rs4670799	A	G	5247.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.604;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=348;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=96;NR=61;PP=2610;ReadPosRankSum=1.125;SC=GCTTCCAACGATGTTCTCCAG;SOR=0.721;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=226;TCF=138;TCR=88;TR=157;WE=38178414;WS=38178396;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:115,231:0.67:346
chr2	38179134	rs4670800	G	A	30907.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=1142;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=352;PP=2965;SC=TACAGCACAGGTCATTCTCCA;SOR=0.731;Source=Platypus;TCF=355;WE=38179142;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,1137:1.00:1137
chr2	38179414	rs72332368	CTG	C	7928.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.978;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=315;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.114;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=90;PP=2947;ReadPosRankSum=1.155;SC=CTTTCATAGCCTGTAGAATTC;SOR=0.850;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=144;TCF=11;TCR=133;TR=96;WE=38179423;WS=38179404;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:100,197:0.66:297
chr2	38208233	rs1446297	T	C	319.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.107;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.269;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=1;PP=253;ReadPosRankSum=-0.558;SC=AACCACAGATTATTGGGCCCC;SOR=1.885;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=21;TCF=19;TCR=2;TR=12;WE=38208241;WS=38208223;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,13:0.50:26
chr2	38208606	rs61676428	A	T	259.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=2.846;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=9;PP=134;ReadPosRankSum=0.238;SC=TCACTGAAAAATATGTATAAT;SOR=0.784;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=36;TCF=6;TCR=30;TR=10;WE=38208614;WS=38208596;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,13:0.33:39
chr2	38216766	.	C	CT	1866.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.313;ClippingRankSum=0.000;DP=283;ExcessHet=3.0103;FS=1.970;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.99;MQRankSum=0.000;QD=8.49;ReadPosRankSum=0.032;SOR=0.528;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:93,127:0.58:220
chr2	38218470	rs11356296	TA	T	597.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.879;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.883;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=12;PP=409;ReadPosRankSum=0.233;SC=TTATAAACTTTATTTGAATAT;SOR=0.569;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=45;TCF=2;TCR=43;TR=12;WE=38218478;WS=38218460;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,29:0.34:86
chr2	38244826	rs77762745	A	G	795.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.725;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=13;PP=219;ReadPosRankSum=-1.765;SC=CAAATGTAGTATTGTAACTGG;SOR=0.786;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=60;TCF=22;TCR=38;TR=19;WE=38244834;WS=38244816;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,44:0.40:111
chr2	38298139	rs1800440	T	C	4740.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.469;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=348;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.400;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=71;NR=75;PP=2663;ReadPosRankSum=-0.652;SC=CAGGTCCTTGTTGATGAGGCC;SOR=0.650;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=241;TCF=121;TCR=120;TR=146;WE=38298158;WS=38298129;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:135,209:0.61:344
chr2	38298150	rs1056837	A	G	8863.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-1.752;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=339;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.142;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=118;NR=115;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.057;SC=TGATGAGGCCATCCTTGTCCA;SOR=0.330;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=236;TCF=118;TCR=118;TR=233;WE=38298158;WS=38298129;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,333:1.00:334
chr2	38298203	rs1056836	C	G	8843.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-1.202;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=330;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=126;NR=123;PP=2965;ReadPosRankSum=1.155;SC=GGCCACTTCACTGGGTCATGA;SOR=0.236;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=251;TCF=126;TCR=125;TR=249;WE=38298211;WS=38298193;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,325:1.00:326
chr2	38302177	rs1056827	C	A	2397.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-2.937;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=382;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.854;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=44;PP=1003;ReadPosRankSum=1.041;SC=GAGGCGAAGGCCGGCCGGTCG;SOR=0.562;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=234;TCF=102;TCR=132;TR=84;WE=38302185;WS=38302167;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:236,135:0.36:371
chr2	38302390	rs10012	G	C	751.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.405;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FS=4.709;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.70;ReadPosRankSum=-0.729;SOR=0.873;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:151,52:0.26:203
chr2	38302544	rs2617266	G	A	775.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-1.766;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.910;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=16;PP=368;ReadPosRankSum=0.033;SC=TGGGGACAGAGAGGAGAAGGC;SOR=0.349;SbPval=0.25;Source=Platypus;TC=68;TCF=24;TCR=44;TR=29;WE=38302552;WS=38302534;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,43:0.38:113
chr2	38526324	rs3816370	A	T	360.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.157;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=2.608;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.91;ReadPosRankSum=1.313;SOR=0.348;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:45,16:0.26:61
chr2	38526333	.	AT	A	34.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.310;ClippingRankSum=0.000;DP=73;ExcessHet=3.0103;FS=4.652;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.49;ReadPosRankSum=1.286;SOR=0.256;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:56,15:0.21:71
chr2	38526547	rs3765052	G	A	400.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-0.698;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.542;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=14;PP=278;ReadPosRankSum=-0.250;SC=AATAAGTTATGTACAATAAAC;SOR=0.394;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=51;TCF=13;TCR=38;TR=20;WE=38526555;WS=38526537;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,21:0.38:56
chr2	38536626	rs2305243	T	G	837.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.474;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.042;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=21;PP=483;ReadPosRankSum=1.635;SC=TTCGAAGCTCTCGTTTAAAGT;SOR=0.867;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=103;TCF=46;TCR=57;TR=35;WE=38536634;WS=38536616;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:126,52:0.29:178
chr2	38537579	rs34873284	T	C	5867.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.987;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=373;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.422;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=71;NR=107;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.303;SC=TTCATGTTGATTTTGTTTTAC;SOR=0.643;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=248;TCF=97;TCR=151;TR=178;WE=38537587;WS=38537569;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:107,259:0.71:366
chr2	38537626	rs2305245	A	C	894.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.053;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FS=1.460;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.03;ReadPosRankSum=-0.932;SOR=0.555;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:127,51:0.29:178
chr2	38541581	rs71400348	C	CTAT	127.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.948;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=1;PP=155;ReadPosRankSum=-0.803;SC=TCCTGTTCGCCTACTGATAAG;SOR=0.252;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=18;TCF=16;TCR=2;TR=5;WE=38541589;WS=38541571;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,5:0.25:20
chr2	38542573	rs12712583	T	C	450.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=2.347;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.416;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=17;PP=325;ReadPosRankSum=0.135;SC=TTATTTTGTATCTCAGCGCAA;SOR=1.255;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=73;TCF=26;TCR=47;TR=24;WE=38542581;WS=38542563;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,25:0.30:83
chr2	38604351	rs3731847	A	G	1946.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.150;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=420;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.574;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=42;PP=1058;ReadPosRankSum=0.777;SC=CGCCGGCGCCACAGCCCCTGG;SOR=0.641;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=264;TCF=134;TCR=130;TR=84;WE=38604359;WS=38604341;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:286,121:0.30:407
chr2	38813090	rs116332894	T	C	7929.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=2.058;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=517;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.705;NF=72;NR=193;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.734;SC=TTGTCCTCAATTAAGTAAAAG;SOR=0.739;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=384;TCF=101;TCR=283;TR=265;WE=38813098;WS=38813080;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:167,340:0.67:507
chr2	38916906	rs11687518	T	C	6849.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=267;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=128;NR=53;PP=2965;SC=AAAACAAATATATGAAATAAG;SOR=1.432;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=182;TCF=129;TCR=53;TR=181;WE=38916914;WS=38916896;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,257:1.00:257
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chr2	38975332	.	G	GT	97.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.678;ClippingRankSum=0.000;DP=159;ExcessHet=3.0103;FS=0.996;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.79;ReadPosRankSum=1.689;SOR=0.813;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:97,27:0.22:124
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chr2	38977402	rs3134630	T	C	4474.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=2.944;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=308;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.050;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=112;PP=2943;ReadPosRankSum=1.567;SC=CAATTACTTATTTGCCTTAAA;SOR=0.986;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=243;TCF=70;TCR=173;TR=150;WE=38977410;WS=38977392;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:115,187:0.62:302
chr2	39006603	rs3112201	T	G	6341.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=247;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=61;NR=65;PP=2402;SC=AAACTCCTGATCTCCAAGGAT;SOR=0.710;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=126;TCF=61;TCR=65;TR=126;WE=39006611;WS=39006593;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,244:1.00:244
chr2	39025043	rs34252629	GA	G,GAA	663.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.380;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.06;ReadPosRankSum=0.067;SOR=2.265;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:8,21,31:0.35,0.52:60
chr2	39025555	rs1530853	G	A	7673.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.309;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=549;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.145;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=92;NR=121;PP=2962;ReadPosRankSum=0.655;SC=GATCAAGTTCGCAACGAAGCT;SOR=0.769;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=324;TCF=143;TCR=181;TR=213;WE=39025563;WS=39025545;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:189,349:0.65:538
chr2	39025632	rs1530852	A	G	3107.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.824;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.822;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=66;PP=1760;ReadPosRankSum=0.413;SC=AACAGGCAGGATAGGTTATTG;SOR=0.550;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=156;TCF=46;TCR=110;TR=96;WE=39025640;WS=39025622;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,134:0.62:215
chr2	39030074	rs13029406	C	T	4238.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-5.121;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=259;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.229;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=93;PP=2375;ReadPosRankSum=0.512;SC=CAAAAAACCTCAGATGATGAC;SOR=0.509;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=193;TCF=62;TCR=131;TR=140;WE=39030082;WS=39030064;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,185:0.72:257
chr2	39033590	rs3099968	T	C	1177.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=5.312;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.293;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=4;PP=762;ReadPosRankSum=-1.634;SC=CCTCAGTCAGTGGTATTGCTG;SOR=1.312;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=123;TCF=103;TCR=20;TR=41;WE=39033598;WS=39033580;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:108,54:0.33:162
chr2	39040845	rs7419838	G	A	892.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=4.934;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.061;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=4;PP=645;ReadPosRankSum=0.195;SC=AAGGGTGTGCGTGTGTGCACA;SOR=0.482;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=128;TCF=116;TCR=12;TR=40;WE=39040853;WS=39040836;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:95,44:0.32:139
chr2	39042639	rs3112138	G	A	17137.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=653;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=238;NR=162;PP=2965;SC=AAAGAGAAATGAGAACCAACT;SOR=0.983;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=402;TCF=239;TCR=163;TR=400;WE=39042647;WS=39042629;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,647:1.00:647
chr2	39045885	rs10176932	C	T	1366.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-0.252;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.219;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=1;PP=950;ReadPosRankSum=0.288;SC=CCATTTTACACGGCTGGTAAG;SOR=1.609;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=70;TCF=67;TCR=3;TR=44;WE=39045893;WS=39045884;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,51:0.66:77
chr2	39050019	rs3112146	G	T	2213.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=65;NR=5;PP=1719;SC=AAAATTCACAGCTAACATACA;SOR=4.235;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=71;TCF=66;TCR=5;TR=70;WE=39050027;WS=39050009;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr2	39050061	rs34582261	AT	A	5106.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=58;NR=28;PP=2951;SC=CATGCCCTTGATTTCCCCCAT;SOR=2.072;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=97;TCF=62;TCR=35;TR=86;WE=39050069;WS=39050051;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,147:1.00:147
chr2	39050141	rs3770681	A	C	6061.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.261;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=443;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.546;HP=3;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.108;NF=97;NR=75;PP=2559;ReadPosRankSum=1.401;SC=TTACAAACGGAGACTTAAAAG;SOR=0.630;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=283;TCF=161;TCR=122;TR=172;WE=39050149;WS=39050131;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:158,278:0.64:436
chr2	39065729	rs17494315	C	A	2619.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.379;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.308;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=67;NR=22;PP=1580;ReadPosRankSum=0.730;SC=CAAAATTCAACGTCAAATACA;SOR=0.467;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=135;TCF=105;TCR=30;TR=89;WE=39065737;WS=39065719;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,111:0.66:167
chr2	39075356	rs11124651	A	C	1031.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-4.264;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.085;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=6;PP=503;ReadPosRankSum=-0.543;SC=CAAACTTTAAAATAATTATAT;SOR=0.318;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=52;TCF=43;TCR=9;TR=31;WE=39075364;WS=39075346;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,48:0.67:72
chr2	39082344	rs7598922	T	C	7296.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.193;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=496;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.553;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=92;NR=128;PP=2962;ReadPosRankSum=1.815;SC=AGGTGGTCCATTCAGAGAATC;SOR=0.599;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=335;TCF=135;TCR=200;TR=220;WE=39082352;WS=39082334;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:172,318:0.65:490
chr2	39083645	rs372510406	CT	C	108.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.346;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FS=6.770;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.73;ReadPosRankSum=0.332;SOR=0.188;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,22:0.35:63
chr2	39084292	rs1131752	A	G	1410.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.277;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=23;PP=516;ReadPosRankSum=1.237;SC=AGCACCTGAAATGTGAAGAAT;SOR=0.729;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=111;TCF=52;TCR=59;TR=41;WE=39084300;WS=39084282;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:122,78:0.39:200
chr2	39090696	rs3099999	T	C	9404.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=340;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=77;NR=186;PP=2965;SC=TACACACATATCTTCAATCAG;SOR=1.631;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=264;TCF=77;TCR=187;TR=263;WE=39090704;WS=39090686;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,331:1.00:331
chr2	39108773	rs3099948	A	G	193.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-1.330;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=7;PP=92;ReadPosRankSum=2.283;SC=ATTTTCTGGTATGTTTGCTTA;SOR=0.402;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=5;TCR=20;TR=9;WE=39108781;WS=39108763;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,11:0.37:30
chr2	39117117	rs7565111	G	A	4724.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.549;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=372;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.277;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=67;NR=67;PP=2026;ReadPosRankSum=-1.525;SC=AACCACCGCAGGCAACATGGG;SOR=0.598;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=220;TCF=113;TCR=107;TR=134;WE=39117125;WS=39117107;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:142,221:0.61:363
chr2	39117285	rs3112175	T	G	613.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-1.204;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.704;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=24;PP=426;ReadPosRankSum=-0.844;SC=TAACTTTTATTTAAGAGTTAT;SOR=1.717;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=76;TCF=17;TCR=59;TR=28;WE=39117293;WS=39117275;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,31:0.35:88
chr2	39156806	rs115016228	T	C	770.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.115;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=10;PP=454;ReadPosRankSum=1.186;SC=TATATACTTTTACCCCATGTA;SOR=0.655;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=104;TCF=76;TCR=28;TR=33;WE=39156814;WS=39156796;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,41:0.33:124
chr2	39162785	rs5830547	CT	C	323.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.343;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FS=2.671;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.48;ReadPosRankSum=-0.215;SOR=1.158;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:66,27:0.29:93
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chr2	39181774	rs10706405	CT	C	558.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.456;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=2.062;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.18;MQRankSum=0.537;QD=12.42;ReadPosRankSum=-1.756;SOR=1.429;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:5,40:0.89:45
chr2	39185048	rs422854	C	T	3908.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=64;NR=19;PP=1797;SC=TGCAAAGGCCCCTGGAGATAG;SOR=1.609;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=84;TCF=65;TCR=19;TR=83;WE=39185056;WS=39185038;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,142:1.00:142
chr2	39187190	rs6755527	T	C	9199.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=338;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=125;NR=105;PP=2965;SC=GGACTTCGAGTCCTCTCCGGC;SOR=0.860;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=232;TCF=126;TCR=106;TR=230;WE=39187198;WS=39187180;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,321:1.00:321
chr2	39187519	rs958412	A	G	4646.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=48;NR=77;PP=2965;SC=GCGCCTACAAACTGGAGGCGG;SOR=1.143;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=125;TCF=48;TCR=77;TR=125;WE=39187527;WS=39187509;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,158:1.00:158
chr2	39198966	rs2305516	A	G	4582.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=87;NR=38;PP=2641;SC=AGCTGAGTTTATGGACTTTGA;SOR=1.524;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=125;TCF=87;TCR=38;TR=125;WE=39198974;WS=39198956;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,163:1.00:163
chr2	39201073	rs141703594	CTA	C	65.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=0.603;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=2.569;NF=0;NR=19;PP=216;ReadPosRankSum=-0.783;SC=ATATCTATATCTATATATATA;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=74;TCF=0;TCR=74;TR=19;WE=39201082;WS=39201063;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,10:0.12:81
chr2	39214821	rs2290445	A	C	881.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=20;PP=563;SC=AATTGCTTATAATTAAAAGTA;SOR=2.093;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=5;TCR=20;TR=25;WE=39214829;WS=39214811;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr2	39224351	rs1454223	G	T	2833.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=68;NR=16;PP=2011;SC=AAGTAGTTTAGAAACTTAATC;SOR=2.608;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=84;TCF=68;TCR=16;TR=84;WE=39224359;WS=39224341;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr2	39224615	rs5830551	G	GT	1549.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=1.565;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.976;HP=7;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=40;PP=1217;ReadPosRankSum=0.184;SC=GAAAATGCAAGTTTTTTTCTG;SOR=2.566;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=58;TCF=1;TCR=57;TR=41;WE=39224623;WS=39224605;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,65:0.97:67
chr2	39233500	rs7577088	G	A	888.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=21;NR=5;PP=529;SC=TTAATGAAATGAGTGTTTTGT;SOR=1.981;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=21;TCR=5;TR=26;WE=39233508;WS=39233490;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr2	39251375	rs10634554	T	TCAC	1066.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=22;PP=1209;SC=TATTCAACTGTCACAATAAAA;SOR=3.014;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=24;TCF=0;TCR=24;TR=22;WE=39251383;WS=39251365;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr2	39262068	rs10153761	C	T	9204.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=348;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=76;NR=171;PP=2965;SC=AGGTACAAGACAAAAATATCT;SOR=1.426;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=248;TCF=77;TCR=171;TR=247;WE=39262076;WS=39262058;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,337:1.00:337
chr2	39281730	rs997344	G	C	460.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=12;NR=1;PP=304;SC=CATTCAATGAGAGGCATATAT;SOR=3.258;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=13;TCF=12;TCR=1;TR=13;WE=39281738;WS=39281720;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr2	39406572	rs7566123	C	A	3336.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=20;NR=73;PP=2208;SC=GAAAATCTTCCAGTTTGTGTA;SOR=2.163;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=93;TCF=20;TCR=73;TR=93;WE=39406580;WS=39406562;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr2	39440727	rs10196407	G	C	2593.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=28;NR=45;PP=1183;SC=AACACCATGCGGAAGGGTCCT;SOR=1.072;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=73;TCF=28;TCR=45;TR=73;WE=39440735;WS=39440717;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr2	39452861	rs11124663	C	T	2701.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=32.95;SOR=1.367;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr2	39452861	.	CAGATGC	TAGATGC,TAGATGG	764	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.43;FR=0.5000,0.5000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=42,12;NR=19,6;PP=764,153;QD=13.0946100418;SC=ATGGGGTAGCCAGATGCATTG;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=61;TCF=42;TCR=19;TR=61,18;WE=39452875;WS=39452851;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:1.00:61
chr2	39452867	.	C	G	395.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.197;ClippingRankSum=0.000;DP=92;ExcessHet=3.0103;FS=0.873;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.40;ReadPosRankSum=0.764;SOR=0.579;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:63,27:0.30:90
chr2	39479122	rs3770678	G	C	855.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=21;PP=575;SC=AAACATGATCGCTAAAAATGA;SOR=3.334;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=24;TCF=3;TCR=21;TR=24;WE=39479130;WS=39479112;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr2	39494197	rs2302749	C	T	2906.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=67;NR=22;PP=1816;SC=AGAGATGAAACAGCCAAGAAA;SOR=2.004;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=89;TCF=67;TCR=22;TR=89;WE=39494205;WS=39494187;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr2	39494469	rs10865149	C	G	628.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=14;PP=403;SC=GATCAGTGCACAAAGGATGAG;SOR=1.708;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=19;TCF=4;TCR=15;TR=18;WE=39494477;WS=39494459;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr2	39505484	.	G	A	785.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-1.078;ClippingRankSum=0.000;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.114;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=11;PP=439;ReadPosRankSum=0.054;SC=CCTTATTTCTGGTCTAATGTG;SOR=1.030;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=42;TCF=25;TCR=17;TR=29;WE=39505492;WS=39505474;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,37:0.58:64
chr2	39507417	rs3755176	T	A	4635.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=53;NR=56;PP=2140;SC=TACTACCTCTTGTATCTGGGT;SOR=0.693;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=111;TCF=54;TCR=57;TR=109;WE=39507425;WS=39507407;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,176:1.00:176
chr2	39514136	rs3755172	T	C	1735.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.53;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr2	39514204	rs3755171	G	C	506.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=3;NR=12;PP=331;SC=CTCTGACATAGTGTCATTATT;SOR=2.712;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=3;TCR=12;TR=15;WE=39514212;WS=39514194;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr2	39526842	rs2111382	A	C	2302.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=43;NR=22;PP=1425;SC=GCAACTTAATAATTCTTGAAT;SOR=1.395;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=65;TCF=43;TCR=22;TR=65;WE=39526850;WS=39526832;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr2	39542658	rs5830562	AT	A	261.06	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=0.051;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=12;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.118;NF=0;NR=18;PP=208;ReadPosRankSum=-2.243;SC=CACTTTGCAAATTTTTTTTTT;SOR=1.508;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=23;TCF=0;TCR=23;TR=18;WE=39542666;WS=39542648;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,20:0.83:24
chr2	39553271	rs3815594	A	G	8726.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=319;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=134;NR=79;PP=2965;SC=AGATTCTTCAATGATGATGCA;SOR=1.168;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=213;TCF=134;TCR=79;TR=213;WE=39553279;WS=39553261;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,314:1.00:314
chr2	39558928	rs6760382	G	A	182.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=0;PP=75;SC=GTACATGCCTGAATTACTTTG;SOR=2.584;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=4;TCR=0;TR=4;WE=39558936;WS=39558918;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr2	39564620	rs1125839	C	A	2576.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=49;NR=30;PP=1451;SC=GTAAGTAAAGCCTTAGTTTAA;SOR=1.132;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=80;TCF=49;TCR=31;TR=79;WE=39564628;WS=39564610;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
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chr2	39583446	rs8545	A	G	5854.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=65;NR=71;PP=2633;SC=CTTTCATCATAATAATTTCTT;SOR=0.748;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=136;TCF=65;TCR=71;TR=136;WE=39583454;WS=39583436;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,222:1.00:222
chr2	39944055	rs2540229	G	A	2632.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=74;NR=9;PP=1998;SC=GACTGCCTCAGTGGTTGATCT;SOR=3.742;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=83;TCF=74;TCR=9;TR=83;WE=39944063;WS=39944045;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr2	39982898	rs10688564	G	GAGTAT	1029.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=19;NR=0;PP=1149;SC=CATCTATTTTGAGTAAATAAT;SOR=6.184;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=23;TCF=21;TCR=2;TR=19;WE=39982906;WS=39982888;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr2	39993167	rs4670959	T	C	6103.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.641;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=244;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=75;NR=59;PP=2281;ReadPosRankSum=0.519;SC=ATCTGTCTTATGGGACAAACC;SOR=0.864;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=136;TCF=76;TCR=60;TR=134;WE=39993175;WS=39993157;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,239:0.99:241
chr2	40006430	rs12620957	A	C	1023.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-1.855;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=20;PP=847;ReadPosRankSum=0.310;SC=CTCGGGCGCGAGCGGCTCGCT;SOR=0.693;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=55;TCF=9;TCR=46;TR=24;WE=40006450;WS=40006420;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,30:0.47:64
chr2	40006442	rs35761077	C	T	895.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-1.980;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.255;HP=1;HapScore=4;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=15;PP=847;ReadPosRankSum=1.102;SC=CGGCTCGCTCCTGGAGGCGGC;SOR=1.112;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=42;TCF=6;TCR=36;TR=18;WE=40006450;WS=40006420;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,24:0.46:52
chr2	40006488	rs145441522	A	AGGGAGAGGGAGAGGGAGAGG	147.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.550;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=2.817;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=9.85;ReadPosRankSum=-1.057;SOR=0.136;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,5:0.33:15
chr2	40366716	.	G	A	6396.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.119;ClippingRankSum=0.000;DP=460;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.548;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=108;PP=2947;ReadPosRankSum=1.270;SC=GGGGGACGAAGGCAAACAGGA;SOR=0.744;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=253;TCF=90;TCR=163;TR=166;WE=40366724;WS=40366706;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:170,289:0.63:459
chr2	40392313	rs434725	G	C	2840.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=11;NR=68;PP=2097;SC=ATCACTGTGAGAGCAAGTGAT;SOR=3.019;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=79;TCF=11;TCR=68;TR=79;WE=40392321;WS=40392303;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr2	40402275	rs6734847	G	A	876.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.849;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=13;PP=533;ReadPosRankSum=-0.589;SC=TGAGGTCAATGGCCCTAAACA;SOR=0.578;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=44;TCF=26;TCR=18;TR=29;WE=40402283;WS=40402265;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,37:0.66:56
chr2	40403104	rs106706	A	G	3629.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.20;SOR=1.061;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,150:1.00:150
chr2	40404839	rs433572	C	T	5266.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=103;NR=43;PP=2965;SC=TAGGGAGACACGGAGAGAGAA;SOR=1.597;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=146;TCF=103;TCR=43;TR=146;WE=40404847;WS=40404829;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,192:1.00:192
chr2	40655563	rs3838567	CCACA	C,CCA	4421.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.865;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FS=4.643;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=29.09;ReadPosRankSum=-0.142;SOR=2.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:6,70,76:0.46,0.50:152
chr2	42165754	rs10192292	C	T	3657.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.505;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=271;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.463;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=49;PP=1665;ReadPosRankSum=-0.052;SC=CAGGTGGAACCTGCAAGAAAG;SOR=0.739;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=170;TCF=89;TCR=81;TR=105;WE=42165762;WS=42165744;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:97,169:0.64:266
chr2	42165961	rs7590930	T	A	769.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-3.628;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=19;PP=429;ReadPosRankSum=1.358;SC=TGGCCTCCCCTTGTTGTGCTG;SOR=0.703;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=36;TCF=7;TCR=29;TR=23;WE=42165969;WS=42165951;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,32:0.71:45
chr2	42181051	rs141828337	GCACA	G	119.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.627;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.35;ReadPosRankSum=-2.033;SOR=0.408;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:44,7:0.14:51
chr2	42396722	rs7233	A	G	8938.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=326;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=142;NR=76;PP=2965;SC=CCGCCCCTCTAAGCCCGGAGC;SOR=1.248;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=220;TCF=142;TCR=78;TR=218;WE=42396730;WS=42396712;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,320:1.00:320
chr2	42472894	rs17671409	G	A	889.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=2.112;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.027;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=31;PP=709;ReadPosRankSum=0.848;SC=GTTGAAGCTGGAAATATAAAA;SOR=2.670;SbPval=0.94;Source=Platypus;TC=65;TCF=6;TCR=59;TR=32;WE=42472902;WS=42472884;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,33:0.52:64
chr2	42510018	rs6736913	A	G	8368.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=339;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.13;SOR=0.939;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,333:1.00:333
chr2	42515388	rs10202624	A	G	3727.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=44;NR=36;PP=1573;SC=TCATTTATGTATTATTGATGA;SOR=0.751;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=80;TCF=44;TCR=36;TR=80;WE=42515396;WS=42515378;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,140:1.00:140
chr2	42552284	rs56315033	G	C	4179.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.099;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=310;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=51;PP=1904;ReadPosRankSum=-1.955;SC=GGGGACACCAGTGACGTGAAA;SOR=0.681;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=179;TCF=100;TCR=79;TR=113;WE=42552292;WS=42552274;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:116,192:0.62:308
chr2	42552711	rs149584395	T	TTATA	201.75	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.792;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=28.82;ReadPosRankSum=1.465;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,6:0.86:7
chr2	42560975	rs7572231	A	G	2600.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.894;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.968;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=31;PP=1161;ReadPosRankSum=-0.517;SC=AGTCTCCAGCAGCCACAGAAA;SOR=0.861;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=119;TCF=71;TCR=48;TR=81;WE=42560983;WS=42560965;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,124:0.68:183
chr2	42579743	rs56851715	T	C	5758.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.613;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=436;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=86;NR=70;PP=2587;ReadPosRankSum=0.845;SC=TGGACTACTTTTGAGGAGGGG;SOR=0.669;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=243;TCF=136;TCR=107;TR=156;WE=42579751;WS=42579733;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:155,267:0.63:422
chr2	42719847	rs113015907	T	TG	14183.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=306;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=69;NR=92;PP=2975;SC=TGGCCGCGCCTGGGCCTCGCT;SOR=1.337;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=161;TCF=69;TCR=92;TR=161;WE=42719868;WS=42719837;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,303:1.00:303
chr2	42719860	rs112592817	G	GC	15890.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=372;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=79;NR=105;PP=2975;SC=GCCTCGCTGGGCGCGCACCCC;SOR=1.107;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=188;TCF=83;TCR=105;TR=184;WE=42719868;WS=42719837;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,368:1.00:368
chr2	42795954	rs78106475	T	C	2771.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=29;NR=34;PP=1231;SC=TGGGAGCGGGTTCCGGGAGCG;SOR=0.791;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=63;TCF=29;TCR=34;TR=63;WE=42795962;WS=42795944;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr2	42836516	rs6720277	A	G	3614.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=89;NR=11;PP=2763;SC=AATATTGAATAAAATGTTGAT;SOR=3.797;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=100;TCF=89;TCR=11;TR=100;WE=42836524;WS=42836506;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr2	42922888	rs66547039	AT	A	427.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.206;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.01;ReadPosRankSum=0.690;SOR=0.681;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,34:0.56:61
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chr2	42935979	rs4953578	C	T	6141.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.325;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=235;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=97;NR=50;PP=2964;ReadPosRankSum=-0.946;SC=GGCAAGTTCACTTCCTTGAGT;SOR=0.444;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=148;TCF=98;TCR=50;TR=147;WE=42935987;WS=42935969;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,230:1.00:231
chr2	42990336	rs1992286	T	G	7658.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=4.250;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=470;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.179;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=109;NR=105;PP=2962;ReadPosRankSum=0.496;SC=GGTCCAGGGATCGGCAGGCGG;SOR=0.647;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=327;TCF=162;TCR=165;TR=214;WE=42990344;WS=42990326;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:154,310:0.67:464
chr2	42996709	rs35746707	ATGTGTGTGTG	A,ATG	2067.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.295;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FS=2.935;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=33.90;ReadPosRankSum=-1.352;SOR=1.893;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:2,36,23:0.59,0.38:61
chr2	42996759	rs34567167	AAGAG	A	4090.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.449;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.381;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=40;PP=2989;ReadPosRankSum=1.058;SC=GTGTGTGTGAAAGAGAGAGAG;SOR=0.799;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=80;TCF=37;TCR=43;TR=70;WE=42996770;WS=42996728;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,103:0.97:106
chr2	42997118	rs149035671	A	G	191.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-1.208;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.227;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=6;PP=96;ReadPosRankSum=0.332;SC=ATCCAGCTCAATGATCAAGCA;SOR=1.169;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=35;TCF=19;TCR=16;TR=10;WE=42997126;WS=42997108;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,11:0.29:38
chr2	42997614	rs2241850	G	A	2163.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.875;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=303;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.440;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=31;PP=1202;ReadPosRankSum=0.637;SC=AAGAGGCAGGGGCTGGGCTGG;SOR=0.749;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=218;TCF=140;TCR=78;TR=86;WE=42997630;WS=42997604;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:186,114:0.38:300
chr2	43009872	rs143788834	C	G	398.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.455;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.778;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=5;PP=156;ReadPosRankSum=0.131;SC=TAATCAGAAACTCAAAAGAAT;SOR=0.295;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=60;TCF=47;TCR=13;TR=17;WE=43009880;WS=43009862;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,21:0.31:68
chr2	43010108	.	G	T	2493.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=2.357;ClippingRankSum=0.000;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.659;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=56;PP=1405;ReadPosRankSum=2.712;SC=ACGGGCACACGTCCTCAACCT;SOR=1.082;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=108;TCF=39;TCR=69;TR=86;WE=43010116;WS=43010098;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,109:0.76:144
chr2	43011169	rs4953660	G	T	1152.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=2.344;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.332;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=42;PP=785;ReadPosRankSum=0.904;SC=TGTCTCCCCGGTGCATGCCAT;SOR=0.832;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=167;TCF=45;TCR=122;TR=57;WE=43011177;WS=43011159;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:129,61:0.32:190
chr2	43015612	rs3816181	G	T	10076.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=373;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=162;NR=99;PP=2965;SC=GCCCCCTCCCGCTAGGGCCAG;SOR=1.130;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=261;TCF=162;TCR=99;TR=261;WE=43015620;WS=43015602;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,370:1.00:370
chr2	43015704	rs3816182	T	A	3390.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=2.133;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=636;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=36;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=56;PP=1509;ReadPosRankSum=1.294;SC=TCCTTCCTGGTGTTGGGGCCT;SOR=0.694;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=374;TCF=192;TCR=182;TR=115;WE=43015712;WS=43015694;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:434,199:0.31:633
chr2	43015719	rs3816183	T	C	15604.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=598;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=175;NR=181;PP=2965;SC=GGGCCTCCGATGAACATGACT;SOR=0.731;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=357;TCF=175;TCR=182;TR=356;WE=43015727;WS=43015709;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,597:1.00:597
chr2	43015757	rs3816184	G	A	11592.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=435;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=123;NR=170;PP=2965;SC=CCTGCAATGCGCAAAGTGGGG;SOR=0.973;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=293;TCF=123;TCR=170;TR=293;WE=43015765;WS=43015747;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,434:1.00:434
chr2	43015814	rs62143190	G	A	3008.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.353;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.078;HP=3;HapScore=1;MGOF=38;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=74;PP=1870;ReadPosRankSum=-0.800;SC=CACGGGTCCCGTGGGGGCCAG;SOR=0.520;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=154;TCF=46;TCR=108;TR=107;WE=43015822;WS=43015804;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,130:0.68:190
chr2	43015902	rs3816185	G	A	1450.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=35;PP=1084;SC=TCTCATCCCCGGTTCATGCCT;SOR=3.306;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=40;TCF=4;TCR=36;TR=39;WE=43015910;WS=43015892;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr2	43019730	rs2304656	A	G	4826.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=35;NR=84;PP=2496;SC=GGAGGCCCGCAGCTCCGCCCA;SOR=1.442;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=119;TCF=35;TCR=84;TR=119;WE=43019738;WS=43019720;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,177:1.00:177
chr2	43452183	rs7933	A	G	1416.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.452;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=347;ExcessHet=3.0103;FS=5.182;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.12;ReadPosRankSum=-0.152;SOR=1.015;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:262,82:0.24:344
chr2	43513934	rs201941340	CA	C	1267.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.324;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.275;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=10;PP=800;ReadPosRankSum=0.205;SC=AACTGAAAGACATAAAGGCAG;SOR=0.474;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=34;TCF=20;TCR=14;TR=22;WE=43513942;WS=43513924;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,36:0.72:50
chr2	43514036	rs11900952	G	A	922.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.003;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=15;PP=503;ReadPosRankSum=0.576;SC=CTTCCGTCTCGGCGCACTTAC;SOR=0.685;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=115;TCF=71;TCR=44;TR=39;WE=43514044;WS=43514026;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:134,55:0.29:189
chr2	43625078	rs7605661	T	C	2211.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.526;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.634;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=20;PP=1144;ReadPosRankSum=0.299;SC=TTATGGTGTTTGACAGAAGTC;SOR=0.766;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=123;TCF=86;TCR=37;TR=70;WE=43625086;WS=43625068;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,97:0.61:158
chr2	43625184	rs33979934	T	A	5725.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.504;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=387;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.347;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=84;NR=83;PP=2582;ReadPosRankSum=-1.340;SC=GACAACAGAGTTCGAATGGTA;SOR=0.649;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=246;TCF=121;TCR=125;TR=167;WE=43625192;WS=43625174;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:110,261:0.70:371
chr2	43657510	rs35340152	T	A	818.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=3.112;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=37;PP=973;ReadPosRankSum=-0.866;SC=GCCTTTTTTTTAAAAAAAGGA;SOR=0.767;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=63;TCF=12;TCR=51;TR=46;WE=43657518;WS=43657500;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,42:0.63:67
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chr2	43754992	rs1491508	C	T	823.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=1.653;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.208;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=9;PP=521;ReadPosRankSum=-0.406;SC=CTTTTTAAAACGTACACAAAA;SOR=1.278;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=85;TCF=56;TCR=29;TR=35;WE=43755000;WS=43754982;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,42:0.39:107
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chr2	43798792	rs11884742	G	A	1850.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.602;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=333;ExcessHet=3.0103;FS=3.288;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.61;ReadPosRankSum=0.612;SOR=0.518;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:225,105:0.32:330
chr2	43799070	rs3752355	C	T	1485.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.846;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=41;PP=1137;ReadPosRankSum=-0.790;SC=ACTTGAATTGCTTACTTACAT;SOR=1.903;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=50;TCF=8;TCR=42;TR=49;WE=43799078;WS=43799060;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,50:0.98:51
chr2	43800174	rs11898207	A	G	2077.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.690;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=312;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=52;PP=1068;ReadPosRankSum=-2.041;SC=TTATGCAATGACTACTATAAT;SOR=0.682;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=205;TCF=56;TCR=149;TR=71;WE=43800182;WS=43800164;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:193,109:0.36:302
chr2	43801712	rs11899823	A	G	4089.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.683;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=819;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=82;NR=74;PP=2263;ReadPosRankSum=1.464;SC=ATGGTTTCCAAGAGGTCACTT;SOR=0.655;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=525;TCF=273;TCR=252;TR=156;WE=43801720;WS=43801702;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:574,236:0.29:810
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chr2	43804229	rs13021894	T	C	3716.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.303;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=636;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=58;PP=1491;ReadPosRankSum=-1.525;SC=GACCCATGCTTCCGTTCTGCC;SOR=0.692;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=354;TCF=172;TCR=182;TR=114;WE=43804237;WS=43804219;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:416,214:0.34:630
chr2	43817950	rs35899859	CT	C	1204.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.941;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.06;MQRankSum=1.238;QD=6.41;ReadPosRankSum=-2.522;SOR=0.667;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:113,75:0.40:188
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chr2	43872032	rs4450661	A	G	879.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.480;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=31;PP=634;ReadPosRankSum=-0.061;SC=GTTTGATTTAATTTTTGTCAA;SOR=0.716;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=81;TCF=12;TCR=69;TR=37;WE=43872040;WS=43872022;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,41:0.41:100
chr2	43902511	rs755862	G	C	3991.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=69;NR=22;PP=2103;SC=TATTCTCCAGGCCTCAGTCAT;SOR=1.643;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=91;TCF=69;TCR=22;TR=91;WE=43902519;WS=43902501;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,141:1.00:141
chr2	43903066	rs3828297	A	G	19742.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=1.894;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=772;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=236;NR=211;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.823;SC=TGTAGTTGTCACCATACTTTT;SOR=0.759;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=449;TCF=237;TCR=212;TR=447;WE=43903074;WS=43903056;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,750:1.00:752
chr2	43903354	rs4952675	T	C	21806.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.832;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=808;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=230;NR=264;PP=2965;ReadPosRankSum=0.302;SC=GGTCTTGAGTTTGACCTCTGT;SOR=0.788;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=498;TCF=231;TCR=267;TR=494;WE=43903362;WS=43903344;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,796:1.00:798
chr2	43903483	rs4952995	T	C	9153.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=358;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=83;NR=166;PP=2965;SC=TAGGACAGTGTGCCAGGGTCA;SOR=1.262;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=250;TCF=83;TCR=167;TR=249;WE=43903491;WS=43903473;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,353:1.00:353
chr2	43905898	rs142175341	G	GAGGTGGAGGTGC	1003.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=4;NR=7;PP=2598;SC=GGTGGAGGTGGAGGTGGAGGT;SOR=0.941;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=15;TCF=6;TCR=9;TR=11;WE=43905906;WS=43905888;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr2	43921489	rs12616572	A	T	257.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.355;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.89;ReadPosRankSum=-0.378;SOR=0.963;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,13:0.45:29
chr2	43926943	rs7606783	T	A	4065.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.947;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=590;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=78;NR=89;PP=2549;ReadPosRankSum=0.153;SC=CTGGGGCTCCTGTGAGTGACT;SOR=0.751;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=439;TCF=205;TCR=234;TR=167;WE=43926951;WS=43926933;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:371,209:0.36:580
chr2	43931176	rs4953002	T	C	3721.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=1.434;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=755;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.192;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=70;NR=68;PP=1951;ReadPosRankSum=-0.193;SC=AGGCCTTCAATATGGAGAGTG;SOR=0.657;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=433;TCF=207;TCR=226;TR=138;WE=43931184;WS=43931166;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:505,227:0.31:732
chr2	43931321	rs4953003	G	A	1330.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.993;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=41;PP=788;ReadPosRankSum=-1.054;SC=TAAAGGAGGTGTTTAAAGGGT;SOR=0.663;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=172;TCF=46;TCR=126;TR=55;WE=43931329;WS=43931311;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:136,72:0.35:208
chr2	43937500	rs17414174	T	C	953.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.454;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FS=0.627;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.96;ReadPosRankSum=2.020;SOR=0.681;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:109,51:0.32:160
chr2	43939525	rs13028613	A	G	2150.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.762;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=372;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.890;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=59;PP=1232;ReadPosRankSum=-0.050;SC=TCACTAAGGTAGGAACCTCCT;SOR=1.005;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=248;TCF=92;TCR=156;TR=86;WE=43939533;WS=43939515;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:252,119:0.32:371
chr2	43947944	rs17031344	A	G	116.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=1.245;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.015;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=6;PP=88;ReadPosRankSum=-1.260;SC=GTTAGGGCTTAAACTTTTCCT;SOR=1.402;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=22;TCF=5;TCR=17;TR=7;WE=43947952;WS=43947934;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,7:0.27:26
chr2	43953664	rs7574334	A	G	493.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.760;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FS=0.846;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.71;ReadPosRankSum=-0.802;SOR=0.520;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:100,33:0.25:133
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chr2	44071625	rs4148209	C	A	7859.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.682;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=529;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.526;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=148;NR=109;PP=2962;ReadPosRankSum=0.361;SC=AGGAGCCCCTCATCTCTCCTG;SOR=0.937;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=368;TCF=202;TCR=166;TR=257;WE=44071647;WS=44071615;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:170,358:0.68:528
chr2	44071639	rs4148210	C	T	8353.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.806;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=548;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.626;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=150;NR=114;PP=2962;ReadPosRankSum=0.916;SC=TCTCCTGTCTCCCACAGGGCC;SOR=0.894;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=376;TCF=206;TCR=170;TR=264;WE=44071647;WS=44071615;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:179,368:0.67:547
chr2	44071743	rs4148211	A	G	7595.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=3.667;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=494;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.690;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=76;NR=131;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.043;SC=GACCTCAACTACCAGGTAGAG;SOR=0.955;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=296;TCF=116;TCR=180;TR=207;WE=44071751;WS=44071733;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:152,332:0.69:484
chr2	44071833	rs4148212	A	C	1709.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=5.279;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=16.885;HP=1;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=52;PP=1247;ReadPosRankSum=-0.536;SC=GGTGGGCCCAACTTGCAGGCC;SOR=2.400;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=93;TCF=16;TCR=77;TR=58;WE=44071841;WS=44071823;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,64:0.63:101
chr2	44079004	rs4148214	T	C	5105.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.404;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=324;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=109;PP=2917;ReadPosRankSum=-1.804;SC=TCCAAGAAGCTACAGTGTCCA;SOR=0.682;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=248;TCF=81;TCR=167;TR=158;WE=44079012;WS=44078994;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:105,216:0.67:321
chr2	44101214	rs10709506	CA	C	1490.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=1.076;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.464;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.018;NF=0;NR=30;PP=1180;ReadPosRankSum=-1.213;SC=GGTTTGATTTCATTGTGATTG;SOR=1.302;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=40;TCF=1;TCR=39;TR=30;WE=44101222;WS=44101204;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,44:0.76:58
chr2	44101394	rs4953027	A	G	609.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=4.010;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=1;PP=519;ReadPosRankSum=0.375;SC=CATCTAAATTAGGATGGCTTT;SOR=1.061;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=39;TCF=37;TCR=2;TR=23;WE=44101402;WS=44101384;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,22:0.58:38
chr2	44101430	rs4952689	T	G	1414.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=1.690;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=15;PP=1053;ReadPosRankSum=-1.254;SC=AAAAAAAAATTAGAGACTTGG;SOR=0.701;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=80;TCF=60;TCR=20;TR=56;WE=44101438;WS=44101407;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,57:0.65:88
chr2	44101538	rs28517482	C	T	6482.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.255;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=462;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.552;HP=5;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=1.442;NF=100;NR=86;PP=2697;ReadPosRankSum=-0.268;SC=CTTTCCCTTACTTTTTAGGTT;SOR=0.769;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=269;TCF=141;TCR=128;TR=186;WE=44101546;WS=44101528;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:157,305:0.66:462
chr2	44101649	rs10667526	G	GC	3155.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.010;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.619;HP=6;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=60;PP=1799;ReadPosRankSum=-0.257;SC=GAGAGCAAGTGCCCCCCACCC;SOR=0.792;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=103;TCF=8;TCR=95;TR=64;WE=44101657;WS=44101639;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,122:0.68:179
chr2	44104610	rs10609687	ACT	A	852.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-1.664;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.656;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.533;NF=10;NR=4;PP=542;ReadPosRankSum=0.237;SC=ATATGGGGAGACTCTGTGAAT;SOR=0.212;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=18;TCF=14;TCR=4;TR=14;WE=44104619;WS=44104608;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,22:0.85:26
chr2	44104925	rs6544718	T	C	9052.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.141;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=631;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=114;NR=123;PP=2962;ReadPosRankSum=1.429;SC=ATCCTCAGTGTCATGGAGCTG;SOR=0.728;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=364;TCF=177;TCR=187;TR=237;WE=44104933;WS=44104915;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:212,413:0.66:625
chr2	44184565	.	C	T	2335.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.142;ClippingRankSum=0.000;DP=600;ExcessHet=3.0103;FS=0.591;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.93;ReadPosRankSum=0.715;SOR=0.778;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:435,159:0.27:594
chr2	44187829	rs10190161	A	C	2396.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=23;NR=48;PP=1187;SC=TATTTTGATAAGCCAAAGATC;SOR=1.440;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=71;TCF=23;TCR=48;TR=71;WE=44187837;WS=44187819;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr2	44209477	rs6741066	C	T	9433.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=369;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=133;NR=115;PP=2965;SC=CCCAATCAAACTGATTGGAAA;SOR=0.791;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=248;TCF=133;TCR=115;TR=248;WE=44209485;WS=44209467;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,361:1.00:361
chr2	44445604	.	G	GT	109.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.337;ClippingRankSum=0.000;DP=159;ExcessHet=3.0103;FS=1.903;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.14;MQRankSum=2.961;QD=0.77;ReadPosRankSum=0.865;SOR=0.628;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:116,27:0.19:143
chr2	44502788	rs3738985	A	C	17412.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=655;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=203;NR=173;PP=2965;SC=CGGATCCAGGAAGCTCAACAG;SOR=0.807;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=376;TCF=203;TCR=173;TR=376;WE=44502796;WS=44502778;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,649:1.00:649
chr2	44508835	rs11124986	G	A	1769.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=46;PP=1247;SC=GTTTCCAGTTGTTATTTACTC;SOR=3.538;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=51;TCF=5;TCR=46;TR=51;WE=44508843;WS=44508825;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr2	44512971	rs3768919	G	A	2874.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=0.800;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=50;PP=1933;ReadPosRankSum=-0.749;SC=GTAAAAATACGTTGCAACCAT;SOR=0.263;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=102;TCF=47;TCR=55;TR=96;WE=44512979;WS=44512961;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,107:0.99:108
chr2	44531484	rs3738984	C	T	4657.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=33;NR=90;PP=2732;SC=GATGGTAAGTCCTCATGACAG;SOR=1.713;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=123;TCF=33;TCR=90;TR=123;WE=44531492;WS=44531474;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,164:1.00:164
chr2	44545234	rs11348872	GT	G	2145.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.263;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=288;ExcessHet=3.0103;FS=3.673;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.02;ReadPosRankSum=0.453;SOR=0.838;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:68,170:0.71:238
chr2	44547574	rs698761	G	A	12896.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=482;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=185;NR=159;PP=2965;SC=CCGCTAAAATGAGAATAAGGT;SOR=0.814;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=344;TCF=185;TCR=159;TR=344;WE=44547582;WS=44547564;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,469:1.00:469
chr2	44547909	rs8886	T	C	2043.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=63;PP=1521;SC=TGAATGTAACTGCTTTAAGAA;SOR=3.412;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=73;TCF=9;TCR=64;TR=72;WE=44547917;WS=44547899;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr2	44548613	rs2241871	T	C	5377.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=61;NR=99;PP=2965;SC=AAAAATTAAATAGAAGGCCTT;SOR=1.115;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=162;TCF=63;TCR=99;TR=160;WE=44548621;WS=44548603;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,195:1.00:195
chr2	44556298	rs2033951	T	C	2999.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=67;PP=2032;SC=TCTTTTATAATAACTGTTTTA;SOR=2.549;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=81;TCF=14;TCR=67;TR=81;WE=44556306;WS=44556288;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr2	44565447	rs2289463	A	T	1167.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=22;NR=11;PP=602;SC=AAACTGCATAAATATTTTGAT;SOR=1.312;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=33;TCF=22;TCR=11;TR=33;WE=44565455;WS=44565437;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr2	44566504	.	TAG	T	70.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.406;ClippingRankSum=0.000;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=3.790;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.11;ReadPosRankSum=-1.419;SOR=1.568;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:56,8:0.12:64
chr2	44569474	rs2304769	G	A	1834.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=46;NR=5;PP=1274;SC=CAAAATAAACGTTTTAAGTCA;SOR=3.370;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=51;TCF=46;TCR=5;TR=51;WE=44569482;WS=44569464;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr2	44569700	rs61004197	AAAT	A	8320.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.563;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.16;MQRankSum=0.168;QD=43.34;ReadPosRankSum=-1.300;SOR=0.351;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,191:0.99:192
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chr2	44570776	rs17580226	C	T	1976.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=50;NR=8;PP=1400;SC=CATAGGGATACATGAATCAGG;SOR=3.327;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=58;TCF=50;TCR=8;TR=58;WE=44570784;WS=44570766;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr2	44570804	rs12053381	C	A	3238.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=69;NR=16;PP=1946;SC=CTTCTCCCTCCCTCACATGCG;SOR=2.324;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=85;TCF=69;TCR=16;TR=85;WE=44570824;WS=44570794;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr2	44573624	rs698763	G	A	743.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=2;NR=21;PP=568;SC=TAGACTTAACGTTGTACAAAA;SOR=3.528;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=23;TCF=2;TCR=21;TR=23;WE=44573632;WS=44573614;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr2	44573658	rs698764	T	C	326.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=3;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=10;PP=273;SC=AAATAGTAGGTATTTCACAGA;SOR=4.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=0;TCR=10;TR=10;WE=44573679;WS=44573648;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr2	44573671	rs698765	G	T	250.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=3;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=0;NR=9;PP=204;SC=TTCACAGATTGTAAATGTTCT;SOR=4.615;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=9;WE=44573679;WS=44573648;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr2	44617324	rs1085486	T	A	3225.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=42;NR=27;PP=1408;SC=CTTTTTTGAATACTAAAAATG;SOR=0.945;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=69;TCF=42;TCR=27;TR=69;WE=44617332;WS=44617314;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr2	44622256	rs1067342	A	C	369.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=9;PP=230;SC=TATGGTCTAAATTTTTAGTTT;SOR=1.765;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=12;TCF=3;TCR=9;TR=12;WE=44622264;WS=44622246;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr2	44858687	rs10191477	T	C	4941.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=89;NR=51;PP=2527;SC=AAGCAATCCTTCTGCCTCAGC;SOR=1.160;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=142;TCF=89;TCR=53;TR=140;WE=44858695;WS=44858677;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,184:1.00:184
chr2	45170153	rs4953152	G	A	714.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-1.073;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.476;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=24;PP=422;ReadPosRankSum=-0.506;SC=CAGGGAAGCCGTGACTCCTGG;SOR=0.270;SbPval=0.19;Source=Platypus;TC=100;TCF=17;TCR=83;TR=32;WE=45170161;WS=45170143;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,37:0.33:113
chr2	45170194	rs338079	A	G	393.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=3.653;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=16;PP=296;ReadPosRankSum=0.141;SC=CTTGTCCGGGACGCGCGGAAG;SOR=0.700;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=64;TCF=10;TCR=54;TR=19;WE=45170202;WS=45170184;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,19:0.30:64
chr2	45171724	rs377320521	T	C	1634.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.913;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.426;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=11;PP=1139;ReadPosRankSum=-1.919;SC=CACCAGGCCATTGGACCGAGC;SOR=0.443;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=162;TCF=140;TCR=22;TR=64;WE=45171732;WS=45171714;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:120,76:0.39:196
chr2	45171842	rs338074	A	G	15208.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=0.853;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1164;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=204;NR=192;PP=2962;ReadPosRankSum=0.408;SC=CGGAGCGCGCAGACACCGGCA;SOR=0.678;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=636;TCF=327;TCR=309;TR=396;WE=45171850;WS=45171832;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:426,727:0.63:1153
chr2	45647043	rs3213788	C	G	12411.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=460;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=85;NR=216;PP=2965;SC=GCTGAAAAGACAAAGATCAAA;SOR=1.459;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=305;TCF=89;TCR=216;TR=301;WE=45647051;WS=45647033;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,446:1.00:446
chr2	45773816	rs2276657	C	G	4020.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=90;NR=30;PP=2731;SC=ATCACAAAAGCAACTTTAAAG;SOR=2.059;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=120;TCF=90;TCR=30;TR=120;WE=45773824;WS=45773806;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,139:1.00:139
chr2	45774050	rs6708810	G	A	8682.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=327;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=80;NR=134;PP=2965;SC=AAAATGTACAGAATGCACAAA;SOR=1.129;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=215;TCF=80;TCR=135;TR=214;WE=45774058;WS=45774040;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,321:1.00:321
chr2	45774548	rs1865685	A	C	8046.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=308;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=109;NR=88;PP=2965;SC=TATATGGTTTATTGTCTCTCA;SOR=0.857;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=200;TCF=109;TCR=91;TR=197;WE=45774556;WS=45774538;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,301:1.00:301
chr2	45780962	rs3816107	C	G	5053.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-0.489;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=101;PP=2953;ReadPosRankSum=-1.243;SC=AATACAGAAGCGGGGAAAACC;SOR=0.646;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=148;TCF=44;TCR=104;TR=145;WE=45780970;WS=45780952;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,181:0.99:182
chr2	45806963	rs374392017	TA	T	393.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.871;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.11;ReadPosRankSum=1.130;SOR=0.689;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:126,61:0.33:187
chr2	45826526	rs35501868	CT	C	16892.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=427;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=118;NR=114;PP=2966;SC=AGTACAACCCCTATGCTAGTC;SOR=1.302;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=236;TCF=120;TCR=116;TR=232;WE=45826534;WS=45826516;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,425:1.00:425
chr2	45879610	rs637909	A	G	1731.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=41;PP=1195;SC=CCTCCCCGTCATTCCGGGAAC;SOR=2.119;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=54;TCF=13;TCR=41;TR=54;WE=45879618;WS=45879600;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr2	46070269	rs3214783	T	TC	80.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=1.166;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.599;HP=7;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.929;NF=0;NR=8;PP=125;ReadPosRankSum=0.118;SC=GTCTCTTCTTTCCCCCCCTTG;SOR=1.532;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=33;TCF=0;TCR=33;TR=8;WE=46070277;WS=46070259;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,7:0.23:31
chr2	46203796	rs2278786	G	C	5390.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=40;NR=99;PP=2965;SC=TGGGGTAGGGGAGACTATGCA;SOR=1.609;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=139;TCF=40;TCR=99;TR=139;WE=46203804;WS=46203786;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,190:1.00:190
chr2	46211658	rs4953294	G	A	10374.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=389;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=173;NR=100;PP=2965;SC=TGAGGAGCTCGGTGGTGAACC;SOR=1.161;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=273;TCF=173;TCR=100;TR=273;WE=46211666;WS=46211648;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,380:1.00:380
chr2	46228391	.	C	CATATAT	742.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.737;ClippingRankSum=0.000;DP=111;ExcessHet=3.0103;FS=4.036;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.14;ReadPosRankSum=-0.434;SOR=0.312;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:74,30:0.29:104
chr2	46231525	rs4953297	T	A	989.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-2.737;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.635;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=9;PP=582;ReadPosRankSum=2.271;SC=TCATTTTGGCTACTTTGGCGA;SOR=0.519;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=111;TCF=87;TCR=24;TR=39;WE=46231533;WS=46231515;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,49:0.37:133
chr2	46237446	rs1987070	C	A	4275.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.248;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=340;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.860;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=85;NR=60;PP=2217;ReadPosRankSum=-0.457;SC=TTATTCCATACATGCATAGAT;SOR=0.773;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=209;TCF=123;TCR=86;TR=145;WE=46237454;WS=46237436;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:127,207:0.62:334
chr2	46372407	rs76239120	G	A	1740.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-4.177;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.567;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=45;PP=1131;ReadPosRankSum=0.401;SC=TCCTCCTGGTGCCAGGACCGA;SOR=0.257;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=85;TCF=19;TCR=66;TR=60;WE=46372415;WS=46372397;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,74:0.73:102
chr2	46378419	rs35676949	T	TAC	868.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.692;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=285;ExcessHet=3.0103;FS=2.101;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.15;MQRankSum=0.000;QD=9.44;ReadPosRankSum=1.100;SOR=1.067;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:46,46:0.50:92
chr2	46602722	rs7567582	T	C	1951.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=52;NR=11;PP=1410;SC=CGCCCTGTTCTGTCTGTTCCC;SOR=2.765;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=63;TCF=52;TCR=11;TR=63;WE=46602730;WS=46602712;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr2	46603671	rs7557402	C	G	7121.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=275;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=99;NR=69;PP=2965;SC=TCTTTCCCCCCCATTAGTGAG;SOR=0.945;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=168;TCF=99;TCR=69;TR=168;WE=46603679;WS=46603661;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,273:1.00:273
chr2	46605659	rs7571218	A	G	906.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=26;NR=3;PP=634;SC=GTTAATTAGCAGCCCCTCTAC;SOR=2.899;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=29;TCF=26;TCR=3;TR=29;WE=46605667;WS=46605649;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr2	46605954	rs7598371	G	C	4666.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=42;NR=92;PP=2234;SC=GCTGTCTGGTGGACAGCAAAG;SOR=1.445;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=134;TCF=42;TCR=92;TR=134;WE=46605962;WS=46605944;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,180:1.00:180
chr2	46608542	rs13006131	C	G	1527.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=39;NR=7;PP=1107;SC=CCTTCAGCATCTTATAGCTGA;SOR=3.080;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=46;TCF=39;TCR=7;TR=46;WE=46608550;WS=46608537;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr2	46707808	.	C	CAGCGGCAGCACGAGGTGGTGATGGAGCAGCTGCAGCGGG	3689.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.348;ClippingRankSum=0.000;DP=423;ExcessHet=3.0103;FS=3.538;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.91;MQRankSum=-0.147;QD=34.48;ReadPosRankSum=1.438;SOR=2.280;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,105:0.98:107
chr2	46739157	rs3814045	A	G	8082.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=316;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=137;NR=72;PP=2965;SC=CACTAGCTTCACTTCCCAGAG;SOR=1.289;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=210;TCF=137;TCR=73;TR=209;WE=46739165;WS=46739147;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,310:1.00:310
chr2	46771134	rs6714484	G	C	5192.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=18;NR=127;PP=2965;SC=AACAAACAGAGCCGGATAAGC;SOR=3.556;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=146;TCF=18;TCR=128;TR=145;WE=46771142;WS=46771124;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,162:1.00:162
chr2	46799852	rs1451153	G	T	2105.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=30;NR=15;PP=911;SC=AAAATATAATGGGTTTGTTAA;SOR=1.136;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=45;TCF=30;TCR=15;TR=45;WE=46799860;WS=46799842;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr2	46818992	rs17818315	C	T	618.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.605;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.367;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=14;PP=327;ReadPosRankSum=-0.718;SC=TGATACAAGACGAAAAATCTG;SOR=0.495;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=92;TCF=53;TCR=39;TR=28;WE=46819000;WS=46818982;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:106,40:0.27:146
chr2	46819146	.	T	C	1230.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=2.435;ClippingRankSum=0.000;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.102;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=31;PP=857;ReadPosRankSum=1.074;SC=GGGCAATAAATATCAAAGTTG;SOR=1.021;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=63;TCF=20;TCR=43;TR=44;WE=46819154;WS=46819136;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,50:0.66:76
chr2	46819815	rs2305350	A	G	4044.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.143;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=62;PP=1912;ReadPosRankSum=-0.170;SC=GTATACATATATTTCCTGCTA;SOR=0.627;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=102;TCF=38;TCR=64;TR=99;WE=46819823;WS=46819805;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,154:0.98:157
chr2	46839477	rs1824050	T	C	426.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.014;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=1.009;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.11;ReadPosRankSum=-0.419;SOR=0.901;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,23:0.38:60
chr2	46839487	.	G	GA	46.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.334;ClippingRankSum=0.000;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.82;ReadPosRankSum=0.453;SOR=0.763;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:46,11:0.19:57
chr2	46840735	rs3213985	T	C	387.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.541;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.066;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=5;PP=176;ReadPosRankSum=0.113;SC=CTATTAATGATGCACATCATG;SOR=0.307;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=17;TCF=12;TCR=5;TR=14;WE=46840743;WS=46840725;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,18:0.78:23
chr2	46842410	rs2242033	A	G	1148.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=8;NR=26;PP=806;SC=AATAGGTCATAAAGTCAATTT;SOR=2.191;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=8;TCR=26;TR=34;WE=46842418;WS=46842400;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr2	46844247	rs113423551	G	T	499.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-1.829;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.987;HP=3;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=1;PP=326;ReadPosRankSum=0.489;SC=AGAAAGGGAGGGGCGGGCAAA;SOR=2.621;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=33;TCF=29;TCR=4;TR=19;WE=46844255;WS=46844237;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,20:0.54:37
chr2	46845849	rs2122715	A	G	375.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.863;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.860;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=5;PP=95;ReadPosRankSum=-1.011;SC=AACCTTAGGCACAATGTAATG;SOR=0.813;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=51;TCF=26;TCR=25;TR=12;WE=46845857;WS=46845839;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,26:0.29:91
chr2	46851180	rs11333819	AT	A	205.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.655;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.94;ReadPosRankSum=-0.289;SOR=0.551;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,8:0.35:23
chr2	46851183	rs56198684	T	A	214.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.622;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.95;ReadPosRankSum=-0.418;SOR=0.760;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,9:0.38:24
chr2	46985726	rs41395245	C	T	1617.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.363;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=275;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.020;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=19;PP=820;ReadPosRankSum=0.647;SC=AGAATCTCTTCGGTCATGAGG;SOR=0.796;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=176;TCF=119;TCR=57;TR=61;WE=46985734;WS=46985716;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:182,89:0.33:271
chr2	46986416	rs6738426	A	G	2599.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.189;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=592;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=1.166;NF=61;NR=55;PP=1288;ReadPosRankSum=-0.858;SC=TTTTTGATACATTTGATCCAT;SOR=0.716;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=380;TCF=199;TCR=181;TR=116;WE=46986424;WS=46986406;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:412,171:0.29:583
chr2	46987139	rs17771838	G	A	3794.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.910;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=282;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.934;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-1.961;NF=37;NR=43;PP=1479;ReadPosRankSum=1.321;SC=TCTGTCGCGCGGTAATCTGCA;SOR=0.630;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=154;TCF=71;TCR=83;TR=80;WE=46987147;WS=46987129;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:108,171:0.61:279
chr2	46987300	rs3768720	T	G	3200.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=1.209;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=62;PP=1915;ReadPosRankSum=-1.096;SC=TCCCCAAAGGTTGTTAACTAG;SOR=1.453;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=90;TCF=28;TCR=62;TR=90;WE=46987308;WS=46987290;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,116:0.98:118
chr2	47045267	rs2289931	G	A	3604.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=2.100;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=15.919;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=83;NR=35;PP=2247;ReadPosRankSum=0.373;SC=GCAGCAACCCGGGCCAGCCCA;SOR=0.206;SbPval=0.24;Source=Platypus;TC=182;TCF=137;TCR=45;TR=118;WE=47045275;WS=47045257;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,149:0.67:222
chr2	47049453	rs1053952	A	G	547.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-2.575;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.313;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=16;PP=416;ReadPosRankSum=1.045;SC=GTCCTCCTAGAGAAATCTAGA;SOR=0.169;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=33;TCF=5;TCR=28;TR=20;WE=47049461;WS=47049443;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,22:0.61:36
chr2	47083044	rs1079	A	T	1137.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.089;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.37;ReadPosRankSum=1.278;SOR=0.740;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:81,55:0.40:136
chr2	47132834	rs59068176	TAAA	T	3025.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;QD=33.25;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,89:0.98:91
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chr2	47133055	rs11890177	T	C	6938.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.310;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=276;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=120;NR=65;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.036;SC=TGTTTCATTATGGCTCATTCT;SOR=0.696;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=188;TCF=122;TCR=66;TR=185;WE=47133063;WS=47133045;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,266:0.99:269
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chr2	47144394	rs76192704	C	G	3969.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.193;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=275;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.623;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=69;NR=51;PP=1941;ReadPosRankSum=0.214;SC=ACCTCCGCCTCCCAAAGTGCT;SOR=0.566;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=184;TCF=108;TCR=76;TR=120;WE=47144402;WS=47144384;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,180:0.68:263
chr2	47144532	rs6715620	T	C	1424.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.411;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=333;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.714;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=37;PP=693;ReadPosRankSum=1.504;SC=AGTTCCTCCTTCTACCCTGCA;SOR=0.890;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=200;TCF=82;TCR=118;TR=58;WE=47144540;WS=47144522;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:231,92:0.28:323
chr2	47144629	rs6729120	A	G	205.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=0.646;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=11;PP=141;ReadPosRankSum=0.646;SC=AATATCTTCTATGTACTAGGC;SOR=0.132;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=42;TCF=0;TCR=42;TR=11;WE=47144637;WS=47144619;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,11:0.26:42
chr2	47168533	.	CGCCGCCCGGGCCCCCGCT	C	1354.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=0.485;ClippingRankSum=0.000;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.911;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.797;NF=6;NR=6;PP=2968;ReadPosRankSum=-0.570;SC=GCCCACCCTCCGCCGCCCGGG;SOR=0.885;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=33;TCF=18;TCR=15;TR=12;WE=47168558;WS=47168530;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,36:0.49:73
chr2	47168597	rs140303915	C	A	939.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=0.599;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=50;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=13;PP=537;ReadPosRankSum=1.263;SC=CGACCCCGCCCGCGAGTGCGC;SOR=0.646;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=76;TCF=50;TCR=26;TR=34;WE=47168605;WS=47168587;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,49:0.40:122
chr2	47168892	rs6755386	G	C	3635.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.453;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=265;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.538;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=68;PP=1331;ReadPosRankSum=-2.424;SC=CTGGCTCGCCGGCAGCGAGCG;SOR=1.005;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=166;TCF=70;TCR=96;TR=110;WE=47168900;WS=47168882;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,174:0.67:259
chr2	47178787	rs116687628	C	T	1044.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.782;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.909;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=13;PP=606;ReadPosRankSum=-0.426;SC=TGGGCTCAAGCGATCCTCCTA;SOR=0.932;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=135;TCF=91;TCR=44;TR=46;WE=47178795;WS=47178777;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:120,59:0.33:179
chr2	47201797	rs6745836	A	T	1064.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=0.943;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.873;HP=7;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=16;PP=647;ReadPosRankSum=-0.386;SC=AAATTTTTTTAAAAAACCTCA;SOR=0.848;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=60;TCF=35;TCR=25;TR=40;WE=47201805;WS=47201787;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,56:0.67:84
chr2	47201991	rs67758600	CT	C	774.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=2.336;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=9;PP=892;ReadPosRankSum=-1.377;SC=AGACCTCCGCCTCCTCCTGGC;SOR=0.648;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=31;TCF=17;TCR=14;TR=21;WE=47201999;WS=47201981;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,24:0.62:39
chr2	47202275	rs74362086	C	T	1469.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-1.467;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=251;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.292;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=32;PP=618;ReadPosRankSum=0.398;SC=GTAGGAGCTGCTCTCTATTGA;SOR=0.855;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=157;TCF=66;TCR=91;TR=52;WE=47202283;WS=47202265;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:163,83:0.34:246
chr2	47250819	rs12988535	A	G	1416.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=35;PP=996;SC=AGCAGCCACAAGTCTCGGTTC;SOR=3.564;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=41;TCF=6;TCR=35;TR=40;WE=47250827;WS=47250809;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr2	47251469	rs2304290	G	C	8745.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.094;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=534;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.241;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=137;NR=99;PP=2962;ReadPosRankSum=-2.795;SC=CATCCTCTATGTCTCGCTGCA;SOR=0.834;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=337;TCF=192;TCR=145;TR=236;WE=47251477;WS=47251459;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:152,380:0.71:532
chr2	47251555	rs72872958	G	T	2853.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.522;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=582;ExcessHet=3.0103;FS=0.580;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.92;ReadPosRankSum=-0.175;SOR=0.637;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:412,168:0.29:580
chr2	47251634	rs6713052	T	C	9847.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.114;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=367;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=90;NR=150;PP=2965;ReadPosRankSum=0.518;SC=GTCATGTAAGTCCTTTGAGCC;SOR=0.408;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=243;TCF=91;TCR=152;TR=240;WE=47251642;WS=47251624;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,361:1.00:362
chr2	47256618	rs7575628	A	G	2788.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=2.271;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.816;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=72;PP=1890;ReadPosRankSum=-0.755;SC=GTCAGCCAACACACATGAAGT;SOR=0.438;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=127;TCF=23;TCR=104;TR=90;WE=47256626;WS=47256608;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,109:0.72:152
chr2	47273581	rs149412946	G	C	963.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.972;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=298;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.26;ReadPosRankSum=0.963;SOR=0.675;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:223,73:0.25:296
chr2	47277207	rs3816066	CA	AG	6605.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.323;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=609;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=55;PP=2944;ReadPosRankSum=-2.217;SC=CTCCTTGGGCCACTGTGTGCA;SOR=0.723;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=362;TCF=172;TCR=190;TR=106;WE=47277216;WS=47277197;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:415,191:0.32:606
chr2	47287966	rs142959785	G	A	3945.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.895;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=619;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=70;PP=1909;ReadPosRankSum=0.819;SC=TCCAGGAGGCGGCGGGCCTCT;SOR=0.702;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=364;TCF=180;TCR=184;TR=135;WE=47287974;WS=47287956;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:396,221:0.36:617
chr2	47301029	rs3739099	A	G	554.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=2.741;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.051;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=18;PP=370;ReadPosRankSum=0.144;SC=GCAGCCCTGTACTGCCCTTCT;SOR=0.840;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=66;TCF=15;TCR=51;TR=22;WE=47301037;WS=47301019;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,26:0.37:71
chr2	47314048	rs2280647	T	C	232.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.118;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.62;ReadPosRankSum=0.444;SOR=0.387;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,11:0.41:27
chr2	47314052	rs1474394	T	C	1065.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=22;NR=1;PP=201;SC=CAATCATGTTTTGTGGCCAGA;SOR=4.479;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=23;TCF=22;TCR=1;TR=23;WE=47314060;WS=47314045;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr2	47317250	rs28679288	T	C	690.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.041;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=4;PP=386;ReadPosRankSum=-0.040;SC=TCACTCCTGATTGCCTTGACA;SOR=0.578;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=31;TCF=26;TCR=5;TR=20;WE=47317258;WS=47317240;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,29:0.66:44
chr2	47348347	rs1880583	C	T	982.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.560;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=291;ExcessHet=3.0103;FS=3.060;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.42;ReadPosRankSum=0.127;SOR=0.852;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:217,70:0.24:287
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chr2	47357564	rs59073987	A	T	319.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-3.237;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.089;HP=3;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=14;PP=228;ReadPosRankSum=-0.011;SC=GTGGAGCTTCAAAACATTTAA;SOR=2.059;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=54;TCF=6;TCR=48;TR=15;WE=47357572;WS=47357554;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,16:0.27:59
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chr2	48030838	rs2020911	A	T	3906.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.249;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=79;PP=2192;ReadPosRankSum=0.618;SC=ACTGATTCTTAAAGTTTTGTT;SOR=0.671;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=170;TCF=55;TCR=115;TR=121;WE=48030846;WS=48030828;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,164:0.71:231
chr2	48032740	rs267608102	AT	A	52.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.932;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FS=1.847;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.37;ReadPosRankSum=0.533;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:117,26:0.18:143
chr2	48032874	rs2234731	ACTAT	A	4678.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.390;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=5.696;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=59;PP=2973;ReadPosRankSum=-1.019;SC=TCATTTGAAGACTATCTATCT;SOR=1.467;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=63;TCF=3;TCR=60;TR=61;WE=48032885;WS=48032864;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,108:0.97:111
chr2	48032937	rs3136359	T	C	1454.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.038;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=35;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=40;PP=1156;ReadPosRankSum=0.177;SC=TGAAGTACATTTAAACAATAT;SOR=1.823;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=50;TCF=9;TCR=41;TR=49;WE=48032945;WS=48032927;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,48:0.98:49
chr2	48033551	rs3136367	C	G	18562.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.462;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=711;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=265;NR=203;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.151;SC=GGGCACTTCTCTTGCTAGCAC;SOR=0.622;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=475;TCF=267;TCR=208;TR=468;WE=48033559;WS=48033541;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,686:1.00:689
chr2	48040285	rs3732191	A	C	1790.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.343;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=23;PP=1128;ReadPosRankSum=1.309;SC=CTCATTTATAACTTAGTTAGC;SOR=0.651;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=107;TCF=76;TCR=31;TR=73;WE=48040293;WS=48040275;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,84:0.60:140
chr2	48040904	rs373765859	G	GA	9004.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.802;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=363;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=72;NR=87;PP=2975;ReadPosRankSum=-0.032;SC=TATTAACACAGAAAAAAGATG;SOR=1.142;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=177;TCF=83;TCR=94;TR=159;WE=48040912;WS=48040894;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,345:0.99:347
chr2	48046012	rs374445177	TA	T	786.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.383;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=371;ExcessHet=3.0103;FS=1.550;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.20;ReadPosRankSum=0.805;SOR=0.595;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:249,108:0.30:357
chr2	48047335	rs4381823	A	G	1018.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=2.720;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.830;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=10;PP=774;ReadPosRankSum=-0.066;SC=AATCATTAAGATACTGGCAGG;SOR=0.565;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=118;TCF=93;TCR=25;TR=43;WE=48047343;WS=48047325;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,46:0.37:124
chr2	48132541	.	CCCCG	C	43.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.105;ClippingRankSum=0.000;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=2.772;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.43;ReadPosRankSum=0.072;SOR=0.935;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,3:0.17:18
chr2	48573895	rs79073127	G	C	2924.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=2.599;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=467;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.970;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=83;PP=1864;ReadPosRankSum=-0.864;SC=GGCAAGGTCAGTGTTTATGAA;SOR=0.848;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=324;TCF=98;TCR=226;TR=115;WE=48573903;WS=48573885;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:303,152:0.33:455
chr2	48586409	rs137947879	ATTTAGTT	A	2795.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.206;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=2.693;NF=3;NR=39;PP=2047;ReadPosRankSum=0.028;SC=TTTATGTTTTATTTAGTTTTT;SOR=0.773;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=87;TCF=7;TCR=80;TR=42;WE=48586423;WS=48586399;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,72:0.65:111
chr2	48602252	rs17855177	C	T	8719.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=2.808;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=590;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=121;NR=147;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.307;SC=GCGTGTCTTCCCTGTCTTCTG;SOR=0.683;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=393;TCF=174;TCR=219;TR=268;WE=48602260;WS=48602242;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:206,375:0.65:581
chr2	48713729	rs72822226	T	C	1937.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.793;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.941;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=13;PP=1243;ReadPosRankSum=0.575;SC=ATGTGACTTATATATAGATAA;SOR=0.511;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=92;TCF=74;TCR=18;TR=63;WE=48713737;WS=48713719;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,79:0.70:113
chr2	48722755	rs4443044	T	C	849.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=2.060;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.218;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=6;PP=545;ReadPosRankSum=-0.899;SC=TTTGTGTATGTTGGATGCAGG;SOR=1.239;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=92;TCF=69;TCR=23;TR=34;WE=48722763;WS=48722745;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,40:0.37:108
chr2	48725610	rs3811519	C	T	348.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.731;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=4;PP=186;ReadPosRankSum=-1.879;SC=CTCTAAGATACAACACTCTGT;SOR=0.551;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=46;TCF=35;TCR=11;TR=16;WE=48725618;WS=48725600;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,20:0.33:60
chr2	48732670	rs115134303	C	T	6246.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.940;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=421;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.221;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=118;NR=66;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.922;SC=TGTACACATTCTGTTCTAAAA;SOR=0.815;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=268;TCF=169;TCR=99;TR=184;WE=48732678;WS=48732660;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:124,282:0.69:406
chr2	48734331	.	CT	C	87.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.436;ClippingRankSum=0.000;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=7.825;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.31;ReadPosRankSum=0.319;SOR=2.279;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,16:0.42:38
chr2	48734576	rs6716341	G	A	4103.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=40;NR=77;PP=2306;SC=CCCTGCAGGAGTTAGGACACT;SOR=1.432;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=117;TCF=40;TCR=77;TR=117;WE=48734584;WS=48734566;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,154:1.00:154
chr2	48738687	rs4528813	G	C	1384.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.357;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.281;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=37;PP=851;ReadPosRankSum=1.563;SC=ATTTCAGGAGGAAGAGGACAT;SOR=0.447;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=124;TCF=28;TCR=96;TR=50;WE=48738695;WS=48738677;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:92,65:0.41:157
chr2	48756682	rs34461314	C	G	2718.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.243;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FS=1.064;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.47;ReadPosRankSum=1.258;SOR=0.715;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:88,130:0.60:218
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chr2	48808594	rs3749142	C	T	12278.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.365;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=844;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQ=60.01;MQRankSum=0.713;NF=176;NR=171;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.807;SC=AGCCAAAATCCGGATGGTCTT;SOR=0.690;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=551;TCF=276;TCR=275;TR=347;WE=48808602;WS=48808584;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:276,547:0.66:823
chr2	48808882	rs3749144	T	A	3501.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-1.438;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.149;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=66;PP=2129;ReadPosRankSum=0.447;SC=TTCATGAACCTGACATAGAGC;SOR=0.509;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=185;TCF=76;TCR=109;TR=117;WE=48808890;WS=48808872;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,148:0.65:228
chr2	48808898	rs3749145	C	T	3161.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-3.666;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.503;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=57;PP=1830;ReadPosRankSum=0.508;SC=AGAGCAGATGCTGAAGTTGGG;SOR=0.524;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=170;TCF=76;TCR=94;TR=107;WE=48808906;WS=48808888;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,135:0.65:209
chr2	48809593	rs3792234	G	T	5072.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.829;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=345;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.356;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=86;NR=69;PP=2511;ReadPosRankSum=-1.511;SC=GGAGTTTACAGGAACTTGAAT;SOR=0.788;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=228;TCF=124;TCR=104;TR=155;WE=48809601;WS=48809583;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:116,226:0.66:342
chr2	48809756	rs3792235	T	C	2047.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=2.408;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.548;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.728;NF=16;NR=50;PP=1281;ReadPosRankSum=0.532;SC=TAAATATTCTTACCTTCCTCC;SOR=0.873;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=95;TCF=23;TCR=72;TR=66;WE=48809764;WS=48809746;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,85:0.64:132
chr2	48822540	rs7574549	T	C	4214.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.900;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=279;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.489;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=81;PP=2253;ReadPosRankSum=-0.751;SC=GACTTCTGAATAGCGGTTTTA;SOR=0.753;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=187;TCF=65;TCR=122;TR=120;WE=48822548;WS=48822530;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,186:0.69:271
chr2	48844968	rs2293269	C	G	5146.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-0.767;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=358;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.405;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=71;NR=41;PP=1969;ReadPosRankSum=-0.707;SC=TCCGAGGGCACTGCGTGCCGC;SOR=0.737;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=190;TCF=117;TCR=73;TR=112;WE=48844976;WS=48844958;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:126,228:0.64:354
chr2	48847918	rs72187525	GAATA	G,GAATAAATAAATA	1632.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=23;NF=8,8;NR=4,4;PP=806,723;SC=TCCATCTCAAGAATAAATAAA;SOR=2.303;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=21;TCF=14;TCR=7;TR=12,12;WE=48847929;WS=48847908;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.40,0.60:42
chr2	48848515	rs17037472	G	C	1839.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=2.320;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=51;PP=1308;ReadPosRankSum=-0.981;SC=ACAGGGTAATGTTCTTAGGGT;SOR=0.892;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=82;TCF=15;TCR=67;TR=63;WE=48848523;WS=48848505;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,68:0.74:92
chr2	48873662	rs13396590	T	C	3149.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.018;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=610;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=81;NR=44;PP=1730;ReadPosRankSum=0.006;SC=TTCTTCAGCATCCAATTCAGC;SOR=0.682;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=401;TCF=258;TCR=143;TR=125;WE=48873670;WS=48873652;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:420,184:0.30:604
chr2	48873925	rs61755864	A	G	3915.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=2.323;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=628;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.864;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=78;NR=64;PP=2100;ReadPosRankSum=-0.534;SC=AGTTCTCACTATATCAGTCTT;SOR=0.868;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=406;TCF=211;TCR=195;TR=142;WE=48873933;WS=48873915;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:412,209:0.34:621
chr2	48898798	rs3920390	T	A	5630.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=55;NR=71;PP=2568;SC=CGGATAATGTTATTGTCTGTC;SOR=0.878;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=126;TCF=55;TCR=71;TR=126;WE=48898806;WS=48898788;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,210:1.00:210
chr2	48906625	rs1965508	T	C	3457.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=35;NR=42;PP=1307;SC=ATCAGTTGGATTATATTGCAT;SOR=0.864;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=77;TCF=35;TCR=42;TR=77;WE=48906633;WS=48906615;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,137:1.00:137
chr2	48915871	rs11125179	A	G	9709.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.456;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=607;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.695;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=114;NR=164;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.159;SC=AGCCCATAATATCTTCACAGG;SOR=0.468;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=428;TCF=169;TCR=259;TR=278;WE=48915879;WS=48915861;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:173,426:0.71:599
chr2	48921375	rs2293275	T	C	2079.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.944;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.374;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=28;PP=955;ReadPosRankSum=-0.037;SC=TGTTTTGTTATTCACTTTCCT;SOR=0.487;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=86;TCF=48;TCR=38;TR=60;WE=48921383;WS=48921365;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,94:0.69:136
chr2	48921438	rs12470652	T	C	808.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.891;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.142;HP=5;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=15;PP=322;ReadPosRankSum=0.644;SC=ATGTGAAAAATTCTGTCTGAA;SOR=0.543;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=94;TCF=42;TCR=52;TR=29;WE=48921446;WS=48921428;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:97,49:0.34:146
chr2	48925746	rs6755901	C	T	4085.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=68;NR=45;PP=2045;SC=CTTTTGGTTTCTACTTACTCT;SOR=1.012;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=113;TCF=68;TCR=45;TR=113;WE=48925754;WS=48925736;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,156:1.00:156
chr2	48925986	rs70946824	AT	A	760.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.107;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.41;MQRankSum=0.497;QD=13.12;ReadPosRankSum=0.162;SOR=0.936;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:8,50:0.86:58
chr2	48936006	rs73928211	G	A	213.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.763;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=3.114;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.50;ReadPosRankSum=-0.304;SOR=1.238;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:47,14:0.23:61
chr2	48948802	rs4490239	T	C	751.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.183;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=8;PP=342;ReadPosRankSum=-1.244;SC=TCCTCTGAGATGATCTCTTCT;SOR=0.692;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=113;TCF=84;TCR=29;TR=34;WE=48948810;WS=48948792;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:95,43:0.31:138
chr2	48948856	rs4637173	A	G	1872.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.662;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=323;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.478;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=25;PP=664;ReadPosRankSum=-0.216;SC=ATTCCAATCCATGTTTTCTCT;SOR=0.465;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=204;TCF=131;TCR=73;TR=61;WE=48948864;WS=48948846;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:207,111:0.35:318
chr2	48952701	rs6545063	C	G	1442.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=36;NR=5;PP=1122;SC=GAGGAACATGCAAATAGTGCC;SOR=2.985;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=36;TCR=5;TR=41;WE=48952709;WS=48952691;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr2	48953068	rs184053942	C	A	709.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-0.611;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.903;HP=1;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=25;PP=582;ReadPosRankSum=1.035;SC=TGGTGAGAGCCAGTTCCCTAT;SOR=1.292;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=67;TCF=13;TCR=54;TR=29;WE=48953076;WS=48953058;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,31:0.40:78
chr2	48956431	rs11892719	T	A	2545.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.266;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.245;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=44;PP=1220;ReadPosRankSum=0.895;SC=TCTGCATGATTATGAGCTATG;SOR=0.819;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=107;TCF=42;TCR=65;TR=72;WE=48956439;WS=48956421;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,114:0.65:175
chr2	48982755	.	G	GGCTGCA	1011.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-0.952;ClippingRankSum=0.000;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.345;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=2.178;NF=2;NR=8;PP=683;ReadPosRankSum=-0.846;SC=TGGCAGCGGCGGCTGCAGCAG;SOR=0.531;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=16;TCF=4;TCR=12;TR=10;WE=48982763;WS=48982745;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,29:0.71:41
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chr2	49191041	rs6165	C	T	949.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.258;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.586;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=24;PP=449;ReadPosRankSum=0.827;SC=TGACCCCTAGCCTGAGTCATA;SOR=0.627;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=122;TCF=47;TCR=75;TR=42;WE=49191049;WS=49191031;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:130,58:0.31:188
chr2	49215977	rs2072488	G	A	1045.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-2.418;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.339;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=7;PP=759;ReadPosRankSum=-1.318;SC=AGATGAGAGAGGAACGCAGAA;SOR=1.034;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=55;TCF=45;TCR=10;TR=40;WE=49215985;WS=49215967;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,43:0.73:59
chr2	49216284	rs2072487	C	T	587.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-5.346;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.249;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=20;PP=421;ReadPosRankSum=-1.611;SC=ATGCGGTCTTCAGCTGAGGTA;SOR=0.175;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=42;TCF=6;TCR=36;TR=25;WE=49216292;WS=49216274;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,25:0.61:41
chr2	49241849	rs6708637	G	A	1204.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-0.381;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.442;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=10;PP=678;ReadPosRankSum=0.085;SC=TTTCCAATCCGCATTTTCAGA;SOR=0.259;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=59;TCF=46;TCR=13;TR=41;WE=49241857;WS=49241839;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,51:0.73:70
chr2	49244559	rs2091787	A	G	4428.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=2.052;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=289;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.997;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=102;NR=44;PP=2597;ReadPosRankSum=0.902;SC=AGTATCAAGTAGGCCTTTTAG;SOR=0.780;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=228;TCF=155;TCR=73;TR=146;WE=49244567;WS=49244549;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:97,187:0.66:284
chr2	49381585	rs1394205	C	T	224.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.548;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=8;PP=146;ReadPosRankSum=-0.040;SC=CTGATTTCTTCCTGCATTTGC;SOR=1.329;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=0;TCR=14;TR=8;WE=49381593;WS=49381575;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,10:0.50:20
chr2	49510173	rs7578654	A	C	5958.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.835;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=393;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=75;NR=95;PP=2877;ReadPosRankSum=-1.350;SC=CTGCTATATAACTTGATCTCT;SOR=0.691;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=261;TCF=116;TCR=145;TR=170;WE=49510181;WS=49510163;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:124,267:0.68:391
chr2	50201110	rs9636391	A	G	1693.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.724;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=285;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=25;PP=915;ReadPosRankSum=1.506;SC=AGCTACCTGCAAGTTTTCACA;SOR=0.674;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=201;TCF=128;TCR=73;TR=71;WE=50201118;WS=50201100;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:181,96:0.35:277
chr2	50201383	rs4971883	G	A	519.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-3.139;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.399;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=18;PP=328;ReadPosRankSum=-1.600;SC=AATGGCTGACGCACTACGGCA;SOR=0.438;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=60;TCF=7;TCR=53;TR=20;WE=50201391;WS=50201373;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,24:0.39:62
chr2	50280283	rs1363050	T	C	119.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-1.531;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=2;PP=72;ReadPosRankSum=1.203;SC=TTAAGCTAGTTTCAAAGGAAG;SOR=0.368;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=17;TCF=13;TCR=4;TR=7;WE=50280291;WS=50280273;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,7:0.41:17
chr2	50280338	rs1363049	G	A	363.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.348;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=4.425;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.61;ReadPosRankSum=1.393;SOR=0.275;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,20:0.36:55
chr2	50434759	rs1715984	C	G	763.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=0.316;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=10;PP=307;ReadPosRankSum=-0.885;SC=GACTTTGAATCAAATATTATA;SOR=0.681;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=69;TCF=41;TCR=28;TR=24;WE=50434767;WS=50434749;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,44:0.34:128
chr2	50574038	rs13413205	C	A	1479.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.793;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FS=1.986;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.00;ReadPosRankSum=1.411;SOR=0.536;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:110,75:0.41:185
chr2	50574485	rs13422484	A	G	4763.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.469;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=362;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.540;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=94;PP=2435;ReadPosRankSum=1.573;SC=TCCTCCTGGAAGGTCCTCACT;SOR=0.878;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=245;TCF=97;TCR=148;TR=150;WE=50574493;WS=50574475;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:138,216:0.61:354
chr2	50692819	rs10168838	T	G	1181.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=6;NR=32;PP=946;SC=AACTAGTTTTTAAAGTTCTAG;SOR=3.145;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=6;TCR=32;TR=38;WE=50692827;WS=50692809;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr2	50693504	rs75315267	AAC	A	5262.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=14;NR=34;PP=2238;SC=GAACCCAAATAACAGTTACTG;SOR=0.693;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=49;TCF=15;TCR=34;TR=48;WE=50693513;WS=50693494;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr2	50699305	rs2075234	T	A	1338.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=37;NR=6;PP=1019;SC=AATTAAAAACTTGAATAAGGA;SOR=3.467;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=43;TCF=37;TCR=6;TR=43;WE=50699313;WS=50699304;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr2	50733545	rs13008919	G	T	878.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.121;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.104;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=11;PP=470;ReadPosRankSum=-0.969;SC=TTCAAGTTGTGTACCAGCCTT;SOR=0.891;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=136;TCF=89;TCR=47;TR=38;WE=50733553;WS=50733535;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:135,52:0.28:187
chr2	50733860	rs7584062	A	G	4152.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.32;SOR=1.445;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,152:1.00:152
chr2	50758657	rs2066948	T	C	2356.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=10;NR=49;PP=1523;SC=TTATCATTTATTTAAGACTTC;SOR=2.425;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=59;TCF=10;TCR=49;TR=59;WE=50758665;WS=50758647;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr2	50780219	rs13429627	T	G	1237.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-3.521;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=40;PP=907;ReadPosRankSum=1.720;SC=TATCTGAAACTTGTGAACAGC;SOR=0.663;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=63;TCF=6;TCR=57;TR=45;WE=50780227;WS=50780209;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,48:0.71:68
chr2	50858107	rs961405	T	A	595.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.899;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=7;PP=197;ReadPosRankSum=-0.401;SC=AGAAAAGGAATGTCTGCTTAT;SOR=0.640;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=57;TCF=35;TCR=22;TR=18;WE=50858115;WS=50858097;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,34:0.38:90
chr2	50966283	rs1546667	C	T	158.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.464;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=1.275;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.00;ReadPosRankSum=0.493;SOR=0.402;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:40,13:0.25:53
chr2	51148872	rs36106628	T	A	443.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.495;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=5.763;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.65;ReadPosRankSum=-1.815;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,25:0.43:58
chr2	52929596	rs6711444	C	G	399.81	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.555;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5105;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=1;PP=317;ReadPosRankSum=1.129;SC=CTGTCTTAGTCCATTTTGTGC;SOR=1.863;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=16;TCF=15;TCR=1;TR=14;WE=52929604;WS=52929586;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,14:0.88:16
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chr2	52929844	rs6545299	G	A	1989.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.243;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.731;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=45;PP=1119;ReadPosRankSum=-0.355;SC=CAGAGAGAGAGGATGTACCAG;SOR=0.616;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=101;TCF=34;TCR=67;TR=67;WE=52929852;WS=52929834;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,89:0.70:128
chr2	53832072	rs2357490	C	T	2353.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.862;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=497;ExcessHet=3.0103;FS=0.576;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.75;ReadPosRankSum=-0.350;SOR=0.816;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:348,148:0.30:496
chr2	53920931	rs7563054	G	A	833.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=1.783;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.525;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=6;PP=452;ReadPosRankSum=-0.554;SC=TGTGTTCACCGATGAATCTTA;SOR=0.362;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=87;TCF=75;TCR=12;TR=33;WE=53920939;WS=53920921;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,41:0.39:105
chr2	53927313	rs112093661	T	TAC	1450.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=3.537;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.306;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=6;PP=1332;ReadPosRankSum=-0.496;SC=AAAACACAGATACCCTTCTCC;SOR=1.531;SbPval=0.92;Source=Platypus;TC=109;TCF=81;TCR=28;TR=38;WE=53927321;WS=53927303;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:100,42:0.30:142
chr2	53990532	rs13397311	C	T	1701.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.614;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.510;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=19;PP=690;ReadPosRankSum=-0.172;SC=TCTGTATCCACGGGTTTTGCA;SOR=0.653;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=150;TCF=96;TCR=54;TR=55;WE=53990540;WS=53990522;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:128,90:0.41:218
chr2	54014303	rs10181752	A	G	1004.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=2.390;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.829;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.211;NF=30;NR=6;PP=691;ReadPosRankSum=-0.212;SC=CTCCTCCTGGAGCAGAGGAGG;SOR=0.871;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=84;TCF=69;TCR=15;TR=36;WE=54014311;WS=54014293;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,45:0.41:109
chr2	54023247	rs72502136	GT	G	77.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.797;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.41;ReadPosRankSum=-1.532;SOR=0.540;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,14:0.25:55
chr2	54025009	rs150175603	A	AT	38.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.519;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.15;ReadPosRankSum=0.243;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,6:0.33:18
chr2	54029010	rs146655630	G	A	1052.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.198;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.628;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=31;PP=637;ReadPosRankSum=0.785;SC=TAGCTTTTTGGTGCTTCATTT;SOR=0.598;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=136;TCF=40;TCR=96;TR=47;WE=54029018;WS=54029000;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:121,57:0.32:178
chr2	54035508	rs2287345	G	C	2594.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.244;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=474;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=45;PP=1197;ReadPosRankSum=-0.112;SC=CTCTCAGCCAGTGCTCACTGT;SOR=0.693;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=292;TCF=148;TCR=144;TR=92;WE=54035516;WS=54035498;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:318,152:0.32:470
chr2	54042132	rs72377367	CT	C	33.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.136;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=6.631;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.25;ReadPosRankSum=0.599;SOR=2.052;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,9:0.33:27
chr2	54081923	rs72799239	T	G	723.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.613;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.581;HP=5;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=21;PP=402;ReadPosRankSum=0.052;SC=CTTCTTCTGCTCCCCAAAAAT;SOR=0.420;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=94;TCF=26;TCR=68;TR=31;WE=54081931;WS=54081913;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:91,42:0.32:133
chr2	54125185	.	G	GA	73.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.967;ClippingRankSum=0.000;DP=221;ExcessHet=3.0103;FS=1.866;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.05;MQRankSum=0.000;QD=0.41;ReadPosRankSum=-0.856;SOR=0.471;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:151,29:0.16:180
chr2	54127041	rs805423	C	T	1054.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-0.858;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=239;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.102;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=19;PP=446;ReadPosRankSum=-1.328;SC=CATTCTTTTCCTGTTGGCGTT;SOR=0.641;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=125;TCF=62;TCR=63;TR=39;WE=54127049;WS=54127031;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:161,71:0.31:232
chr2	54131154	rs17045370	C	T	2677.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.500;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=610;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.50;ReadPosRankSum=1.324;SOR=0.711;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:426,169:0.28:595
chr2	54136322	.	CTAAT	C	190.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-1.020;ClippingRankSum=-0.000;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=33;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=2;PP=29;ReadPosRankSum=0.502;SC=GCTCTAGTCACTAATTAGAGA;SOR=0.412;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=2;WE=54136333;WS=54136312;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,6:0.43:14
chr2	54150237	rs3213775	A	G	991.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.627;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.618;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=19;PP=567;ReadPosRankSum=-0.376;SC=AAGAGCTTCAAAGATTCTTCT;SOR=0.750;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=99;TCF=48;TCR=51;TR=38;WE=54150245;WS=54150227;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:105,54:0.34:159
chr2	54159999	rs3731973	G	A	1684.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.721;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=338;ExcessHet=3.0103;FS=0.456;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.12;ReadPosRankSum=-1.591;SOR=0.659;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:231,98:0.30:329
chr2	54160059	rs3731972	T	C	314.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.102;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FS=1.012;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.74;ReadPosRankSum=-0.423;SOR=0.862;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:89,26:0.23:115
chr2	54342955	rs2287641	G	A	2179.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.690;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=339;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=49;PP=1166;ReadPosRankSum=-2.140;SC=AGAAAGCTGTGAGAAGCGCCT;SOR=0.695;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=224;TCF=87;TCR=137;TR=81;WE=54342963;WS=54342945;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:209,117:0.36:326
chr2	54342974	rs2287640	A	T	1565.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-3.258;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=276;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.744;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=39;PP=757;ReadPosRankSum=1.608;SC=CTCCCACCTAAAGTATGCCTT;SOR=0.499;SbPval=0.26;Source=Platypus;TC=190;TCF=64;TCR=126;TR=65;WE=54342982;WS=54342964;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:176,88:0.33:264
chr2	54343012	rs7573491	C	A	1156.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=1.550;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=33;PP=770;ReadPosRankSum=0.184;SC=ACTTCCGCTCCGCCATGACAC;SOR=0.660;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=110;TCF=30;TCR=80;TR=45;WE=54343020;WS=54343002;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,55:0.41:134
chr2	54362437	rs2357954	T	C	213.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-1.190;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=4;PP=111;ReadPosRankSum=0.721;SC=AAATTTAATATTGTAGGACCA;SOR=0.527;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=36;TCF=26;TCR=10;TR=12;WE=54362445;WS=54362427;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,14:0.33:42
chr2	54362645	rs78531993	T	C	651.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.266;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.21;ReadPosRankSum=1.485;SOR=0.629;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:85,40:0.32:125
chr2	54362726	rs13417064	A	G	490.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.026;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.888;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=10;PP=199;ReadPosRankSum=-1.184;SC=CCTTGACAGCAAATGAAGAAA;SOR=0.579;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=49;TCF=17;TCR=32;TR=15;WE=54362734;WS=54362716;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,28:0.36:78
chr2	54369120	rs146726231	TTGTGTG	TTG,T	1291.73	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.542;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.845;HP=2;HapScore=1;MGOF=35;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=1.693;NF=3;NR=28;PP=2997;ReadPosRankSum=0.166;SC=GCTGGCTAATTTGTGTGTGTG;SOR=0.854;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=67;TCF=5;TCR=62;TR=31;WE=54369133;WS=54369110;set=Intersection	GT:AF:DP	0/1:0.43:93
chr2	54369154	rs146513137	TTTGTTGTTG	T	792.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.068;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.743;HP=3;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=27;PP=2992;ReadPosRankSum=2.211;SC=GTGTGTATATTTTGTTGTTGT;SOR=1.609;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=53;TCF=4;TCR=49;TR=30;WE=54369170;WS=54369144;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,23:0.45:51
chr2	54494370	rs865816	A	G	2246.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=49;NR=19;PP=1401;SC=GGCACAAAGAAGCTCCCAATA;SOR=1.795;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=68;TCF=49;TCR=19;TR=68;WE=54494378;WS=54494360;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr2	54587596	rs2280718	C	T	8406.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=311;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=90;NR=132;PP=2965;SC=CCCAGCACTCCTGAGAGCAGA;SOR=1.034;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=223;TCF=90;TCR=133;TR=222;WE=54587604;WS=54587586;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,310:1.00:310
chr2	54587659	rs13184	G	C	3057.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-2.511;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.590;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=65;PP=1261;ReadPosRankSum=-0.593;SC=CTTTTCACTAGGCACAAGCCT;SOR=0.638;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=138;TCF=45;TCR=93;TR=96;WE=54587667;WS=54587649;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,143:0.71:200
chr2	54608883	rs11677654	C	A	962.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-1.508;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.424;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=15;PP=612;ReadPosRankSum=-1.019;SC=ACTTTTCCATCATGGGCACAT;SOR=0.542;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=112;TCF=77;TCR=35;TR=44;WE=54608891;WS=54608873;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:94,53:0.36:147
chr2	54839276	rs3796014	A	G	13761.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.200;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=520;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=177;NR=144;PP=2965;ReadPosRankSum=2.343;SC=ATGTGTCTCTACCTCTGCTCT;SOR=0.587;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=322;TCF=177;TCR=145;TR=321;WE=54839284;WS=54839266;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,513:0.99:516
chr2	54844911	rs72618664	G	A	2137.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=1.659;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.405;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=61;PP=1453;ReadPosRankSum=-0.258;SC=TTCCATATCCGTTGGCTTAAC;SOR=1.436;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=104;TCF=23;TCR=81;TR=75;WE=54844919;WS=54844901;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,85:0.73:116
chr2	54844926	rs7569127	T	G	386.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-0.815;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.726;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=16;PP=274;ReadPosRankSum=0.557;SC=CTTAACTGTCTCACCGTGGTG;SOR=0.203;SbPval=0.2;Source=Platypus;TC=88;TCF=18;TCR=70;TR=23;WE=54844934;WS=54844916;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,25:0.26:96
chr2	54848728	rs12713274	A	G	276.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-0.929;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=9;PP=104;ReadPosRankSum=-0.559;SC=CACTCATAAAATTTGCCAATA;SOR=0.656;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=44;TCF=10;TCR=34;TR=11;WE=54848736;WS=54848718;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,16:0.31:51
chr2	54855137	rs2971887	T	C	6656.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=243;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=126;NR=49;PP=2965;SC=AGGGAAGGCATAGCTTCATTG;SOR=1.590;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=175;TCF=126;TCR=49;TR=175;WE=54855145;WS=54855127;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,239:1.00:239
chr2	54855454	rs17046036	G	A	227.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=3.282;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=11;PP=196;ReadPosRankSum=1.773;SC=GAAACACAGTGGGGCTTTTGA;SOR=0.854;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=45;TCF=6;TCR=39;TR=12;WE=54855462;WS=54855444;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,12:0.26:47
chr2	54858511	rs1052788	C	T	12804.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=2.439;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=922;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.144;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=174;NR=169;PP=2962;ReadPosRankSum=0.070;SC=ACATCAAGAACGAGATCGACA;SOR=0.688;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=525;TCF=260;TCR=265;TR=343;WE=54858519;WS=54858501;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:338,580:0.63:918
chr2	54858664	rs2229503	C	T	2672.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-2.795;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=471;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.556;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=59;PP=1273;ReadPosRankSum=-0.723;SC=TGTGGGAGAACAGACAAAATC;SOR=0.634;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=328;TCF=134;TCR=194;TR=103;WE=54858672;WS=54858654;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:308,150:0.33:458
chr2	54877146	rs3739109	A	G	452.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.431;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.956;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=18;PP=320;ReadPosRankSum=2.579;SC=GCAGCCACCCAGGGGTGCTGG;SOR=0.888;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=74;TCF=20;TCR=54;TR=24;WE=54877154;WS=54877136;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,26:0.28:92
chr2	54882381	rs2271329	G	A	2061.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.100;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=452;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.63;ReadPosRankSum=-0.010;SOR=0.701;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:314,131:0.29:445
chr2	54884870	rs966003	C	T	239.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=0.394;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.787;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=0;PP=161;ReadPosRankSum=-0.699;SC=TTAGAGTAGACGATAGACTGG;SOR=1.002;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=43;TCF=40;TCR=3;TR=12;WE=54884878;WS=54884860;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,14:0.28:50
chr2	54886347	rs1052820	G	A	6489.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=2.202;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=448;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=82;NR=90;PP=2702;ReadPosRankSum=1.334;SC=AGAGGCGGCCGCCTTCTCCCG;SOR=0.714;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=257;TCF=123;TCR=134;TR=172;WE=54886355;WS=54886337;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:149,297:0.67:446
chr2	54893237	rs3817163	C	T	2654.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=1.961;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.035;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=77;PP=1735;ReadPosRankSum=0.297;SC=TGAGAGTCGCCGTGCTTCATG;SOR=0.922;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=159;TCF=37;TCR=122;TR=98;WE=54893245;WS=54893227;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,116:0.59:196
chr2	54895817	rs201990044	AT	A	50.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.598;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FS=5.539;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.18;ReadPosRankSum=-1.384;SOR=1.732;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,12:0.28:43
chr2	55040426	rs2631840	A	G	13485.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=528;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=149;NR=174;PP=2965;SC=GGAAGGAGCCATATATATGCA;SOR=0.801;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=323;TCF=149;TCR=174;TR=323;WE=55040434;WS=55040416;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,523:1.00:523
chr2	55071101	.	T	TTGTG,TTGTGTGTGTGTGTGTG	871.73	.	AC=2,0;AF=1.00,0.00;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=1.669;ClippingRankSum=0.000;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=4.393;HP=3;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=26,26;NR=9,9;PP=399,197;ReadPosRankSum=1.739;SC=CTTTAGGGTTTTGTGTGTGTG;SOR=1.447;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=53;TCF=41;TCR=12;TR=35,35;WE=55071109;WS=55071091;set=Intersection	GT:AF:DP	1/1:0.95:22
chr2	55077061	rs12713278	A	G	2365.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=59;NR=11;PP=1860;SC=TTCTATTTGTAGAATTGCTGC;SOR=3.167;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=70;TCF=59;TCR=11;TR=70;WE=55077069;WS=55077051;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr2	55122589	rs6545454	A	G	14422.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=546;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=140;NR=215;PP=2965;SC=CTGGGACTAGAGTGAGGCAAA;SOR=1.027;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=355;TCF=140;TCR=215;TR=355;WE=55122597;WS=55122579;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,536:1.00:536
chr2	55138272	rs2304688	G	A	1056.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=30;PP=812;SC=ACTAATATGGGTTATATTTAC;SOR=3.797;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=34;TCF=4;TCR=30;TR=34;WE=55138280;WS=55138262;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr2	55155672	rs10164886	A	G	25649.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.275;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1022;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=354;NR=280;PP=2965;ReadPosRankSum=1.064;SC=CACCTGCCACATGCCTCCTGC;SOR=0.852;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=636;TCF=355;TCR=281;TR=634;WE=55155680;WS=55155662;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:6,1000:0.99:1006
chr2	55155957	rs17418194	C	T	3578.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=22;NR=84;PP=2426;SC=AGCCAGAGTGCGTTTTCTTTG;SOR=2.400;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=106;TCF=22;TCR=84;TR=106;WE=55155965;WS=55155947;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr2	55176112	rs13394146	C	T	9255.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=345;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=102;NR=102;PP=2965;SC=GTTAAACAATCACTTGTAGTC;SOR=0.717;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=204;TCF=102;TCR=102;TR=204;WE=55176120;WS=55176102;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,344:1.00:344
chr2	55177822	rs77213467	T	C	4855.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.465;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=361;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.833;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=88;NR=75;PP=2691;ReadPosRankSum=2.970;SC=GCTACAGAGGTTTCGACTGTC;SOR=0.596;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=240;TCF=133;TCR=107;TR=163;WE=55177830;WS=55177812;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:126,221:0.64:347
chr2	55180965	rs4671998	G	A	1725.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=54;NR=7;PP=1362;SC=TGGAGGTTGCGGTGAGCTGAG;SOR=2.910;SbPval=0.95;Source=Platypus;TC=68;TCF=54;TCR=14;TR=61;WE=55180973;WS=55180955;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr2	55181022	rs34371058	T	TA	857.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.451;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.21;MQRankSum=0.922;QD=6.17;ReadPosRankSum=-0.918;SOR=0.663;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:69,70:0.50:139
chr2	55186229	rs12623902	T	C	4443.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=71;NR=38;PP=2367;SC=GAAGATGTTGTTTTGTTTACA;SOR=1.222;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=109;TCF=71;TCR=38;TR=109;WE=55186237;WS=55186219;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,161:1.00:161
chr2	55186394	rs17346629	A	C	5001.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=49;NR=77;PP=2172;SC=CGGAAAAGAGAGGCCGTAAGC;SOR=0.984;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=126;TCF=49;TCR=77;TR=126;WE=55186402;WS=55186384;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,193:1.00:193
chr2	55187297	rs58866010	A	AG	5655.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=29;NR=53;PP=2966;SC=AGAGGGCCGGAGGGGTAGTGG;SOR=0.988;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=88;TCF=32;TCR=56;TR=82;WE=55187305;WS=55187287;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,175:1.00:175
chr2	55201038	rs2255026	C	T	2185.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=21;NR=38;PP=1066;SC=TCAAAAAGAACGGAATGATTT;SOR=1.206;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=59;TCF=21;TCR=38;TR=59;WE=55201046;WS=55201028;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr2	55214618	rs2580769	A	C	4117.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=74;NR=28;PP=2220;SC=TGTTTTCCAGACATCTCACCT;SOR=1.546;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=102;TCF=74;TCR=28;TR=102;WE=55214626;WS=55214608;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,147:1.00:147
chr2	55214912	rs2580770	C	G	2147.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=10;NR=58;PP=1740;SC=AAAACAAAAACGCTACTACAT;SOR=3.290;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=68;TCF=10;TCR=58;TR=68;WE=55214920;WS=55214902;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr2	55258704	rs10173203	C	G	9761.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=348;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=146;NR=86;PP=2965;SC=TGGATTATATCGAAGGTCAGA;SOR=1.159;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=232;TCF=146;TCR=86;TR=232;WE=55258712;WS=55258694;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,345:1.00:345
chr2	55404794	rs14026	G	A	1360.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-2.232;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.876;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=19;PP=615;ReadPosRankSum=-1.857;SC=TTTCATGTCTGCAGAGAACAG;SOR=0.473;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=68;TCF=40;TCR=28;TR=44;WE=55404802;WS=55404784;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,63:0.69:91
chr2	55404925	rs6545477	C	T	427.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.143;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.162;HP=5;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=13;PP=197;ReadPosRankSum=-0.229;SC=CATCTGAAGGCAAAAATGAAA;SOR=1.392;SbPval=0.93;Source=Platypus;TC=56;TCF=22;TCR=34;TR=17;WE=55404933;WS=55404915;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,26:0.30:86
chr2	55407754	rs6716066	C	T	17376.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=681;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=190;NR=210;PP=2965;SC=TCACTGTAGACAATCTGAGCT;SOR=0.739;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=401;TCF=190;TCR=211;TR=400;WE=55407762;WS=55407744;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,663:1.00:663
chr2	55407935	rs10183953	G	A	2216.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=8;NR=54;PP=1594;SC=AGCACAGTAGGACTGGATTTT;SOR=3.167;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=62;TCF=8;TCR=54;TR=62;WE=55407943;WS=55407925;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr2	55436488	.	GA	G	74	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;FR=0.5000;HP=7;HapScore=2;MGOF=8;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=3;NR=1;PP=74;QD=23.75;SC=ACTAGCTAGCGAAAAAAATGT;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=18;TCF=13;TCR=5;TR=4;WE=55436496;WS=55436478;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:14,4:0.22:18
chr2	55436934	rs9677948	G	A	1435.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-1.866;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=239;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.096;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=31;PP=756;ReadPosRankSum=0.089;SC=TTTAGTGAGAGCATCTAGATT;SOR=0.494;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=188;TCF=83;TCR=105;TR=61;WE=55436942;WS=55436924;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:160,79:0.33:239
chr2	55439963	rs2118283	C	A	4336.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=2.080;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.171;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=78;PP=2326;ReadPosRankSum=1.255;SC=GAAAGGCTTTCTTATGTCTTT;SOR=1.066;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=119;TCF=41;TCR=78;TR=118;WE=55439971;WS=55439953;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,161:0.99:162
chr2	55470115	rs11357	C	T	2826.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=61;NR=24;PP=1647;SC=TTTGCACTTACATCACCCACT;SOR=1.728;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=85;TCF=61;TCR=24;TR=85;WE=55470123;WS=55470105;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr2	55471407	rs2589083	T	C	3299.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=26;NR=86;PP=2087;SC=AATGTCATAATGTACTTTAAG;SOR=2.210;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=112;TCF=26;TCR=86;TR=112;WE=55471415;WS=55471397;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr2	55473371	rs2576724	A	G	3325.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-2.255;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=274;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.282;HP=1;HapScore=2;MGOF=30;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=91;NR=24;PP=1787;ReadPosRankSum=-0.789;SC=AATATTGTTCATGAACTAACA;SOR=0.868;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=206;TCF=157;TCR=49;TR=115;WE=55473379;WS=55473361;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:113,158:0.58:271
chr2	55473386	rs3833559	CAT	C	15427.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=353;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=109;NR=77;PP=2973;SC=CTAACAATAACATGTAACAAA;SOR=1.609;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=198;TCF=119;TCR=79;TR=186;WE=55473395;WS=55473376;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,346:1.00:346
chr2	55473681	rs2589081	A	C	3336.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=89;PP=2577;SC=GTCACATAATACTTGCAAGTT;SOR=4.346;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=95;TCF=6;TCR=89;TR=95;WE=55473689;WS=55473671;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr2	55489629	rs2589093	T	C	3654.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=15;NR=100;PP=2929;SC=TTTAGATTTATTCTCAAATAT;SOR=2.757;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=120;TCF=15;TCR=105;TR=115;WE=55489637;WS=55489619;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr2	55490819	rs1056445	G	T	10020.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=395;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=161;NR=99;PP=2965;SC=AGCAGCCCCAGTGAGCACATC;SOR=1.059;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=262;TCF=163;TCR=99;TR=260;WE=55490827;WS=55490809;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,387:1.00:387
chr2	55518742	rs2249856	T	C	3101.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=50;NR=26;PP=1487;SC=TGTGCACTTGTTTCACACTTA;SOR=1.159;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=76;TCF=50;TCR=26;TR=76;WE=55518750;WS=55518732;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr2	55522422	rs2589110	A	G	11066.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=407;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=134;NR=140;PP=2965;SC=TTATTCTGATAACTGGCCTAG;SOR=0.698;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=274;TCF=134;TCR=140;TR=274;WE=55522430;WS=55522412;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,399:1.00:399
chr2	55527108	rs1545121	G	A	11475.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=444;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=119;NR=151;PP=2965;SC=TGATGATGCTGATGAGCTTTT;SOR=0.871;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=270;TCF=119;TCR=151;TR=270;WE=55527116;WS=55527098;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,436:1.00:436
chr2	55528257	rs2576699	A	C	3078.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=52;NR=24;PP=1645;SC=GCTGGCAATGACGCATTCACC;SOR=1.274;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=76;TCF=52;TCR=24;TR=76;WE=55528265;WS=55528247;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr2	55528514	rs2589117	A	G	329.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=54;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=11;PP=299;SC=TCAATCATGTATAATACAGAT;SOR=3.442;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=12;TCF=1;TCR=11;TR=12;WE=55528522;WS=55528504;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
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chr2	55582601	rs5831355	T	TTTGACACA	1987.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=2.487;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=16.176;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=3;PP=2277;ReadPosRankSum=-0.830;SC=TTTTTCTCATTTACTTGTGAA;SOR=2.670;SbPval=0.97;Source=Platypus;TC=69;TCF=54;TCR=15;TR=33;WE=55582609;WS=55582591;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,46:0.48:96
chr2	55582635	rs2589104	T	C	2198.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=1.529;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=24;PP=1456;ReadPosRankSum=-0.235;SC=GCTAGCAATATTTCCATAAGC;SOR=0.743;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=153;TCF=107;TCR=46;TR=85;WE=55582643;WS=55582625;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,99:0.56:177
chr2	55582684	rs1437394	A	T	5000.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.038;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=371;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.295;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=96;NR=54;PP=2439;ReadPosRankSum=-0.896;SC=GACCATATAAATTCAATGAAC;SOR=0.820;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=247;TCF=152;TCR=95;TR=150;WE=55582692;WS=55582674;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:141,229:0.62:370
chr2	55589434	rs3111412	T	A	3097.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.575;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=224;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=34;PP=1545;ReadPosRankSum=0.156;SC=ACTGAAAGAATTTTACAAACC;SOR=0.728;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=159;TCF=99;TCR=60;TR=95;WE=55589442;WS=55589424;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,139:0.64:217
chr2	55599655	rs3111411	G	A	805.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.465;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.225;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=17;PP=351;ReadPosRankSum=-2.009;SC=TTCTAAAATAGAAACAATTAT;SOR=0.946;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=84;TCF=35;TCR=49;TR=25;WE=55599663;WS=55599645;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:103,48:0.32:151
chr2	55749085	rs12992408	T	G	284.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.087;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.55;ReadPosRankSum=-0.504;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,13:0.48:27
chr2	55760844	rs9808405	A	T	450.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.044;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=2.350;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.69;ReadPosRankSum=2.189;SOR=1.802;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,15:0.56:27
chr2	55760940	rs4671248	G	T	4834.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=92;NR=39;PP=2610;SC=CTTAAGGAACGAGAACAGTGA;SOR=1.623;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=132;TCF=92;TCR=40;TR=131;WE=55760948;WS=55760930;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,173:1.00:173
chr2	55762957	rs3762513	C	T	170.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.63;BaseQRankSum=-1.387;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=2;PP=28;ReadPosRankSum=-1.762;SC=ATTAAGTTTACACCTAGATCT;SOR=0.740;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=10;TCF=6;TCR=4;TR=5;WE=55762965;WS=55762947;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,11:0.50:22
chr2	55764754	rs11280083	AATATGAATAC	A	3436.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.402;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.185;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=1.276;NF=4;NR=40;PP=2968;ReadPosRankSum=-1.477;SC=TTTCTCTAATAATATGAATAC;SOR=1.267;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=76;TCF=7;TCR=69;TR=44;WE=55764771;WS=55764744;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,89:0.56:160
chr2	55765882	rs35188812	CT	C	135.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.999;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=406;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.90;MQRankSum=0.000;QD=0.36;ReadPosRankSum=-0.249;SOR=0.705;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:311,69:0.18:380
chr2	55771050	rs3816489	C	G	5180.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=113;NR=28;PP=2965;SC=ATTCTAATTGCTCTTATTGTC;SOR=2.250;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=141;TCF=113;TCR=28;TR=141;WE=55771058;WS=55771040;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,178:1.00:178
chr2	55771161	rs1045910	A	G	20876.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=797;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.33;SOR=0.774;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,793:1.00:793
chr2	55791439	rs114827448	A	G	2929.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-0.079;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.084;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=28;PP=1702;ReadPosRankSum=1.201;SC=AAAATTCCGAATTTTAATACC;SOR=0.305;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=143;TCF=105;TCR=38;TR=94;WE=55791447;WS=55791429;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,121:0.70:174
chr2	55804281	rs3791654	G	A	148.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=3.087;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=7;NR=0;PP=112;ReadPosRankSum=0.050;SC=ATTCCAACTCGTTTTCTATTT;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=13;TCR=0;TR=7;WE=55804289;WS=55804271;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,7:0.47:15
chr2	55805440	rs2903704	T	C	3352.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=26;NR=46;PP=1188;SC=GGGGTACATATGAAACTCCAA;SOR=1.038;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=74;TCF=26;TCR=48;TR=72;WE=55805448;WS=55805430;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr2	55806924	rs67834644	CAT	C	1123.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.918;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=12;PP=494;ReadPosRankSum=0.272;SC=TTTTCTGAAACATAGAATTTT;SOR=0.602;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=45;TCF=5;TCR=40;TR=14;WE=55806933;WS=55806914;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,32:0.38:84
chr2	55808969	rs1975486	C	T	1004.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=20;PP=567;SC=TTATTTAAACCTCTATTCCTA;SOR=1.885;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=29;TCF=7;TCR=22;TR=27;WE=55808977;WS=55808959;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr2	55812061	rs4312532	A	G	985.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-3.565;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.415;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=13;PP=1894;ReadPosRankSum=-1.311;SC=AAGTCACAACAAGTCAGAAAT;SOR=0.559;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=171;TCF=134;TCR=37;TR=56;WE=55812081;WS=55812051;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:130,61:0.32:191
chr2	55812073	rs7594279	T	G	3377.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-3.838;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=245;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.584;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=102;NR=33;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.051;SC=GTCAGAAATCTATTATTTTGC;SOR=0.635;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=207;TCF=154;TCR=53;TR=135;WE=55812081;WS=55812051;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,158:0.68:232
chr2	55842424	rs70954138	CTTTT	C	346.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=2.218;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.722;HP=7;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=0;PP=172;ReadPosRankSum=0.239;SC=AGTACAAAAACTTTTTTTCAG;SOR=1.999;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=24;TCF=20;TCR=4;TR=7;WE=55842435;WS=55842414;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,11:0.34:32
chr2	55844445	rs782594	T	C	2974.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=7.123;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.453;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=86;PP=2309;ReadPosRankSum=-0.277;SC=TCCACCGCTCTAGCCGCCGCC;SOR=1.164;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=147;TCF=16;TCR=131;TR=95;WE=55844453;WS=55844435;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,105:0.66:160
chr2	55863360	rs35916020	T	TA	725.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-2.574;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.612;HP=11;HapScore=3;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.731;NF=17;NR=11;PP=351;ReadPosRankSum=0.803;SC=GAATTCTCTTTAAAAAAAAAA;SOR=0.182;SbPval=0.21;Source=Platypus;TC=51;TCF=36;TCR=15;TR=28;WE=55863368;WS=55863350;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,42:0.66:64
chr2	55867938	rs34679603	A	G	218.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.175;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.391;HP=5;HapScore=2;MGOF=35;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=7;PP=142;ReadPosRankSum=0.360;SC=AAAGTAAAAAACGAAAAGAAA;SOR=0.446;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=23;TCF=8;TCR=15;TR=12;WE=55867946;WS=55867928;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,13:0.37:35
chr2	55871932	rs71393504	AT	A	31.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.214;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FS=2.467;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.38;ReadPosRankSum=-0.749;SOR=1.099;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:67,17:0.20:84
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chr2	55874657	.	A	AT	264.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.732;ClippingRankSum=0.000;DP=177;ExcessHet=3.0103;FS=1.904;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.04;ReadPosRankSum=-1.300;SOR=0.430;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:98,32:0.25:130
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chr2	55898290	rs782632	C	G	234.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=2.062;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.171;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=2;PP=115;ReadPosRankSum=-0.540;SC=CATTCTAGGTCTAGGGAACAG;SOR=1.609;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=11;TCF=7;TCR=4;TR=7;WE=55898298;WS=55898280;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,10:0.62:16
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chr2	55898930	rs2627772	C	T	532.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.985;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=4.047;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.14;ReadPosRankSum=-0.092;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,24:0.73:33
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chr2	55900283	rs782629	A	G	248.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=3.636;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.280;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=9;PP=213;ReadPosRankSum=-0.377;SC=ATTTTCAAATACCATGACATG;SOR=2.964;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=22;TCF=7;TCR=15;TR=11;WE=55900291;WS=55900273;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,10:0.48:21
chr2	55912120	rs782572	T	C	1504.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.281;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.745;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=26;PP=851;ReadPosRankSum=-2.369;SC=GAAGTACCAATCTCTCTTCTC;SOR=0.520;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=71;TCF=31;TCR=40;TR=49;WE=55912128;WS=55912110;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,68:0.69:99
chr2	55914573	rs11386711	C	CA	86.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.289;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.398;HP=11;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=2;PP=53;ReadPosRankSum=0.159;SC=GAGTCCACCTCAAAAAAAAAA;SOR=0.223;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=13;TCF=10;TCR=3;TR=5;WE=55914581;WS=55914567;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,7:0.58:12
chr2	55914621	rs809732	T	C	446.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=2.494;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=7;PP=345;ReadPosRankSum=0.360;SC=TGGACTCTGGTTGTCTGGAAT;SOR=0.527;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=25;TCF=16;TCR=9;TR=18;WE=55914629;WS=55914611;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,18:0.60:30
chr2	56097778	rs202135588	CACA	C	130.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.072;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.14;ReadPosRankSum=0.767;SOR=0.293;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:53,8:0.13:61
chr2	56149475	rs2277886	C	G	7599.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.325;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=515;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.172;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=110;NR=97;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.522;SC=GTACTTATTTCAAATTCCATC;SOR=0.733;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=316;TCF=162;TCR=154;TR=207;WE=56149483;WS=56149465;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:165,340:0.67:505
chr2	56216052	rs10865292	G	A	13916.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=541;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=183;NR=136;PP=2965;SC=GAAATTTGGTGTTTAATTTTG;SOR=0.890;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=322;TCF=184;TCR=138;TR=319;WE=56216060;WS=56216042;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,532:1.00:532
chr2	56411817	rs35587531	C	T	4686.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=78;NR=40;PP=2396;SC=AAGTTGTTCCCCAGCCCCGGC;SOR=1.192;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=118;TCF=78;TCR=40;TR=118;WE=56411825;WS=56411807;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,169:1.00:169
chr2	56412086	rs147892797	C	A	300.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-0.866;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.640;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=12;PP=179;ReadPosRankSum=-1.721;SC=GCGGGGTGCCCCGAGGAGGAG;SOR=1.457;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=41;TCF=9;TCR=32;TR=14;WE=56412094;WS=56412076;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,16:0.29:55
chr2	56569881	rs149233568	A	AT	51.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-1.359;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=10;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=0;PP=26;ReadPosRankSum=0.557;SC=TCTGGGAGATATTTTTTTTTC;SOR=0.770;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=18;TCR=1;TR=4;WE=56569889;WS=56569880;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,6:0.32:19
chr2	56599354	rs11694209	A	G	385.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-2.511;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=1;PP=300;ReadPosRankSum=0.227;SC=CTACAGGTGCATGTTACAGCT;SOR=1.101;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=23;TCF=22;TCR=1;TR=18;WE=56599362;WS=56599346;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,17:0.77:22
chr2	56611386	.	C	CT	160.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.465;ClippingRankSum=0.000;DP=278;ExcessHet=3.0103;FS=0.641;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.04;MQRankSum=2.132;QD=0.60;ReadPosRankSum=-1.411;SOR=0.771;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:223,44:0.16:267
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chr2	58316814	rs1051061	A	G	2124.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.263;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.347;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=29;PP=973;ReadPosRankSum=2.007;SC=TCATGGTGATATAAAAGCAGC;SOR=0.579;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=104;TCF=58;TCR=46;TR=64;WE=58316822;WS=58316804;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,97:0.65:149
chr2	58362161	rs11678320	G	A	958.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.703;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FS=1.112;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.90;ReadPosRankSum=1.626;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,52:0.59:88
chr2	58381785	rs848294	T	C	404.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=0.959;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.062;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=4;PP=230;ReadPosRankSum=-0.809;SC=TGGGGTCTCTTTGACCCATTT;SOR=0.864;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=42;TCF=30;TCR=12;TR=16;WE=58381793;WS=58381775;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,21:0.36:58
chr2	58388696	rs848291	A	G	760.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.071;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.16;ReadPosRankSum=-0.242;SOR=0.732;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:132,51:0.28:183
chr2	58390218	rs374236117	TA	T	90.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.444;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.12;MQRankSum=1.888;QD=1.18;ReadPosRankSum=0.833;SOR=0.681;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:59,18:0.23:77
chr2	58392789	rs848288	T	C	1929.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-2.296;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=335;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.998;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=31;PP=2962;ReadPosRankSum=0.181;SC=CCAACTGTCATTGTTAGATTT;SOR=0.489;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=251;TCF=168;TCR=83;TR=85;WE=58392807;WS=58392779;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:219,111:0.34:330
chr2	58392797	rs148383677	TTTA	T	4170.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.628;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=388;ExcessHet=3.0103;FS=4.379;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.89;ReadPosRankSum=0.848;SOR=0.498;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:263,120:0.31:383
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chr2	60983473	rs180891538	G	C	325.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.386;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FS=0.947;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.29;ReadPosRankSum=1.045;SOR=0.907;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:75,24:0.24:99
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chr2	61008036	rs3845814	C	T	2721.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=11;NR=71;PP=2025;SC=ACTATAGTCCCCTTCCTCCTT;SOR=3.467;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=82;TCF=11;TCR=71;TR=82;WE=61008044;WS=61008026;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr2	61009909	rs10197672	C	T	779.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.432;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FS=1.387;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.87;ReadPosRankSum=-0.904;SOR=0.534;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:111,49:0.31:160
chr2	61009938	.	A	AT	79.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.118;ClippingRankSum=0.000;DP=135;ExcessHet=3.0103;FS=2.106;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.69;ReadPosRankSum=0.649;SOR=0.412;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:95,20:0.17:115
chr2	61014952	rs4672404	A	G	2122.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=54;PP=1655;SC=TTTGGGAGGCAGAGGCGGGCA;SOR=3.073;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=64;TCF=10;TCR=54;TR=64;WE=61014960;WS=61014942;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr2	61021349	rs11125855	A	G	793.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=1.274;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.606;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQ=59.92;MQRankSum=0.677;NF=1;NR=30;PP=557;ReadPosRankSum=-0.874;SC=CTTTAGTGGTAATTCAGTAGT;SOR=1.211;SbPval=0.95;Source=Platypus;TC=108;TCF=11;TCR=97;TR=31;WE=61021357;WS=61021339;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,36:0.30:119
chr2	61118739	rs10185028	A	G	1062.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=27;NR=4;PP=769;SC=CTGCTGTTATAAAAAAAACAG;SOR=2.964;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=32;TCF=28;TCR=4;TR=31;WE=61118747;WS=61118729;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr2	61121492	rs842644	G	A	1128.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=30;NR=5;PP=788;SC=TTATAATGCAGTCTATTTGGA;SOR=3.202;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=35;TCF=30;TCR=5;TR=35;WE=61121500;WS=61121482;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr2	61128268	rs6707682	G	A	1557.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.72;QD=34.62;SOR=1.038;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr2	61128284	rs2115592	T	C	1237.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.61;QD=37.51;SOR=0.880;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr2	61145498	.	A	AT	167.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.021;ClippingRankSum=0.000;DP=265;ExcessHet=3.0103;FS=3.454;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.08;MQRankSum=0.000;QD=0.67;ReadPosRankSum=-0.422;SOR=0.442;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:206,46:0.18:252
chr2	61175312	rs12479056	T	C	18506.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=692;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=200;NR=206;PP=2965;SC=TCTGGTCGATTTTTAAGTCCT;SOR=0.714;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=418;TCF=200;TCR=218;TR=406;WE=61175320;WS=61175302;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,687:1.00:687
chr2	61187478	rs375391646	CA	C	190.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.214;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=2.860;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.13;MQRankSum=1.582;QD=2.65;ReadPosRankSum=1.950;SOR=1.292;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:43,29:0.40:72
chr2	61191995	rs55776317	G	C	1656.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=43;NR=1;PP=1240;SC=ATGTTTGTGTGCTACAACTTC;SOR=5.590;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=44;TCF=43;TCR=1;TR=44;WE=61192003;WS=61191991;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr2	61298684	.	C	CA	45.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.151;ClippingRankSum=0.000;DP=105;ExcessHet=3.0103;FS=3.042;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.31;MQRankSum=2.653;QD=0.50;ReadPosRankSum=-1.253;SOR=1.291;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:74,17:0.19:91
chr2	61304002	rs1729657	A	G	2467.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=0.114;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=15;PP=1674;ReadPosRankSum=1.013;SC=AGTATTCTTGACTCCTTTTCT;SOR=1.244;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=72;TCF=57;TCR=15;TR=71;WE=61304010;WS=61303992;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,85:0.99:86
chr2	61304377	rs10172306	A	T	1848.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=53;PP=1394;SC=AAATGTGGAAAATTGTTTGGA;SOR=4.209;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=58;TCF=5;TCR=53;TR=58;WE=61304385;WS=61304367;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr2	61308517	rs1177295	A	G	1218.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=26;NR=9;PP=778;SC=CTTTTAAGGTAAGAAGGAGCC;SOR=1.559;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=35;TCF=26;TCR=9;TR=35;WE=61308525;WS=61308507;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr2	61315638	.	G	GTA	152.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.685;ClippingRankSum=0.000;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.450;HP=6;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=8;PP=126;ReadPosRankSum=1.271;SC=ATGTATTTTTGTATATATATA;SOR=1.201;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=30;TCF=4;TCR=26;TR=8;WE=61315647;WS=61315628;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,10:0.20:50
chr2	61349446	rs1177284	G	A	1223.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=32;PP=837;SC=TAAAAGAAATGCATAGTTAGG;SOR=2.833;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=5;TCR=32;TR=37;WE=61349454;WS=61349436;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr2	61361325	rs142269591	TG	T	10850.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.870;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=546;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.551;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQ=60.16;MQRankSum=2.069;NF=25;NR=111;PP=2948;ReadPosRankSum=-1.428;SC=ACAGAAAAAGTGGTTTGAGCA;SOR=0.620;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=209;TCF=36;TCR=173;TR=136;WE=61361333;WS=61361315;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:183,347:0.65:530
chr2	61384906	rs7558954	T	C	1515.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=29;NR=9;PP=745;SC=CTGTGTCCACTGCCCCTAGTT;SOR=1.567;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=29;TCR=9;TR=38;WE=61384914;WS=61384896;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr2	61385100	rs1665258	G	A	5625.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.770;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=42.30;ReadPosRankSum=2.713;SOR=0.838;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,131:0.98:133
chr2	61385105	rs1729671	G	C	5723.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.814;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=42.71;ReadPosRankSum=2.093;SOR=0.820;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,132:0.99:134
chr2	61385248	rs1177309	A	G	1042.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=8;NR=22;PP=683;SC=CCTTGCTCCAAAGAGAACCCC;SOR=1.802;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=8;TCR=22;TR=30;WE=61385256;WS=61385238;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
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chr2	61389799	rs1729673	G	A	2525.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=1.691;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.182;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=60;PP=1882;ReadPosRankSum=-0.333;SC=TAGCAAATGTGTATAGAAATA;SOR=2.049;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=84;TCF=24;TCR=60;TR=82;WE=61389807;WS=61389789;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,88:0.98:90
chr2	61404514	rs112583316	G	A	655.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=5;PP=331;SC=TGGGGCTCCCGGGCGCGCCGC;SOR=1.358;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=11;TCR=5;TR=16;WE=61404522;WS=61404507;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr2	61412559	rs777585	C	T	856.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.909;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=5;PP=641;ReadPosRankSum=1.784;SC=TGATGTTTTACTGAGAAGACT;SOR=1.739;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=30;TCF=25;TCR=5;TR=29;WE=61412567;WS=61412549;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,30:0.97:31
chr2	61413723	rs1809028	A	G	6115.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-2.206;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=246;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.137;NF=90;NR=62;PP=2699;ReadPosRankSum=0.992;SC=TTCATAATGCAGTAATAAGGT;SOR=0.334;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=153;TCF=91;TCR=62;TR=152;WE=61413731;WS=61413713;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,242:1.00:243
chr2	61413822	rs201933132	C	CCTAT	1660.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.359;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FS=4.864;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.10;MQRankSum=2.341;QD=8.79;ReadPosRankSum=-0.754;SOR=1.094;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:138,51:0.27:189
chr2	61415492	rs14170	A	G	2864.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=51;NR=38;PP=1938;SC=ATTCTTCCTCAGCTAGGGTAG;SOR=0.952;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=89;TCF=51;TCR=38;TR=89;WE=61415500;WS=61415482;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr2	61417617	rs777591	A	G	5945.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=63;NR=71;PP=2688;SC=TTAACTAATTAGAAATGACAC;SOR=0.776;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=136;TCF=63;TCR=73;TR=134;WE=61417625;WS=61417607;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,225:1.00:225
chr2	61522123	rs13014347	T	C	3796.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=59;NR=33;PP=1752;SC=CCACTTGATCTTCACTTGAAT;SOR=1.117;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=94;TCF=59;TCR=35;TR=92;WE=61522131;WS=61522113;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,144:1.00:144
chr2	61538602	rs141750762	G	GAAAAGAGAAAGAAAAAGAAAA	3786.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=63.49;QD=59.17;SOR=3.716;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr2	61566824	rs369130574	GA	G	116.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.098;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FS=1.240;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.60;ReadPosRankSum=-0.525;SOR=1.056;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:54,19:0.26:73
chr2	61575308	rs6722430	A	G	15033.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=575;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=194;NR=211;PP=2965;SC=TCTTTCTGACATGCCTTGGGA;SOR=0.767;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=406;TCF=195;TCR=211;TR=405;WE=61575316;WS=61575298;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,562:1.00:562
chr2	61576517	rs811378	G	A	4804.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=38;NR=73;PP=2250;SC=TCAACAAGATGTAAGTGGAGA;SOR=1.154;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=111;TCF=38;TCR=73;TR=111;WE=61576525;WS=61576507;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,181:1.00:181
chr2	61622251	rs3213951	C	T	1544.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-2.135;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=21;PP=809;ReadPosRankSum=-1.113;SC=AATAATAAAACATATGGATGA;SOR=0.796;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=43;TCF=20;TCR=23;TR=40;WE=61622259;WS=61622241;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,59:0.97:61
chr2	61713209	rs35844473	GGAAAATC	G	2200.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=31;PP=1959;SC=ACTGAAAACAGGAAAATCTTG;SOR=4.450;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=33;TCF=1;TCR=32;TR=32;WE=61713228;WS=61713199;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr2	61713218	rs60155512	T	A	2207.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.06;SOR=4.450;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr2	61713218	.	TGT	AGG	1772	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;FR=1.0000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MMLQ=28;MQ=60.0;NF=2;NR=30;PP=1772;QD=57.0458710894;SC=AGGAAAATCTTGTGTTTGTAT;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=33;TCF=2;TCR=31;TR=32;WE=61713228;WS=61713199;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:1,32:0.97:33
chr2	61713220	rs61235340	T	G	2176.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.35;SOR=4.407;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr2	61722519	rs74392163	G	GA	586.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=10;NR=5;PP=534;SC=ATACATTTTAGAAAAAGGCAC;SOR=1.426;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=18;TCF=13;TCR=5;TR=15;WE=61722527;WS=61722509;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr2	61724086	.	A	G	5973.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.179;ClippingRankSum=0.000;DP=506;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=77;NR=80;PP=2259;ReadPosRankSum=-0.254;SC=CACTCACACCAGCAATCTCAG;SOR=0.684;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=287;TCF=140;TCR=147;TR=157;WE=61724094;WS=61724076;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:205,294:0.59:499
chr2	61729258	rs2305155	A	G	6730.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.71;SOR=0.920;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,154:1.00:154
chr2	61729268	rs2305156	T	C	6862.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.16;SOR=0.958;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,159:1.00:159
chr2	61749690	rs3732171	C	T	2973.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.531;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=26;PP=1230;ReadPosRankSum=2.354;SC=CAGTCAACTACAATAAAAATG;SOR=0.565;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=68;TCF=42;TCR=26;TR=67;WE=61749698;WS=61749680;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,118:0.98:121
chr2	61749716	rs3732170	C	T	3523.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.822;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=37;PP=1566;ReadPosRankSum=0.349;SC=AAAAACAAAACTCTGAATTTA;SOR=0.926;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=90;TCF=52;TCR=38;TR=88;WE=61749724;WS=61749706;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,141:0.97:145
chr2	61761169	rs1446532	G	A	342.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=9;PP=233;SC=TTTAATTACAGAAAACTGAGA;SOR=2.670;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=1;TCR=9;TR=10;WE=61761177;WS=61761159;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr2	62053878	rs11392751	G	GA	254.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=7;PP=275;SC=TCAAAAAAAAGAAGAAAACGC;SOR=3.056;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=7;WE=62053886;WS=62053868;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr2	62063093	rs11299120	TA	T	669.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.624;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FS=2.207;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.54;MQRankSum=1.626;QD=7.12;ReadPosRankSum=-0.726;SOR=0.440;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,58:0.62:94
chr2	62065851	rs17513666	C	T	1096.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-2.207;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.561;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=29;PP=496;ReadPosRankSum=-2.021;SC=CTGAGGGTAACAAACTAAGGC;SOR=0.473;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=151;TCF=50;TCR=101;TR=46;WE=62065859;WS=62065841;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:137,66:0.33:203
chr2	62066927	rs4672457	A	G	9318.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=354;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=126;NR=120;PP=2965;SC=TCCTGCATCCACAAGCTGACC;SOR=0.734;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=246;TCF=126;TCR=120;TR=246;WE=62066935;WS=62066917;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,349:1.00:349
chr2	62067433	rs17513722	T	C	5056.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.866;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=816;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=89;NR=83;PP=2334;ReadPosRankSum=-0.934;SC=GGTACTGTAATTGTGGGCACC;SOR=0.702;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=512;TCF=264;TCR=248;TR=172;WE=62067441;WS=62067423;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:529,285:0.35:814
chr2	62069358	rs11125895	T	C	4514.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.279;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=330;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.427;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=94;NR=70;PP=2803;ReadPosRankSum=-0.012;SC=CCATAGTTTCTATGTGGGCAG;SOR=0.728;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=239;TCF=139;TCR=100;TR=164;WE=62069366;WS=62069348;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:111,208:0.65:319
chr2	62069528	rs11125896	C	T	3034.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-1.431;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.520;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=65;PP=1633;ReadPosRankSum=-0.297;SC=TATATAGTGACTGGAGCTGAA;SOR=0.775;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=167;TCF=61;TCR=106;TR=100;WE=62069536;WS=62069518;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,138:0.62:221
chr2	62073918	rs58256183	C	T	1533.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=32;NR=14;PP=852;SC=CCTCTGACTGCTTCCTGTCGG;SOR=1.493;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=46;TCF=32;TCR=14;TR=46;WE=62073926;WS=62073908;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr2	62074140	rs113296637	A	AAC	2295.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=1;NR=32;PP=1486;SC=CTCTACTAAAAACAAAACTTA;SOR=1.835;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=35;TCF=2;TCR=33;TR=33;WE=62074162;WS=62074130;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr2	62074154	rs62149863	G	A	191.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.816;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.068;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=9;PP=126;ReadPosRankSum=-0.966;SC=AAACTTAGTCGGGTGTGGTGG;SOR=0.307;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=37;TCF=9;TCR=28;TR=13;WE=62074162;WS=62074130;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,13:0.28:46
chr2	62081012	rs4270331	A	C	28243.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=1083;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=317;NR=263;PP=2965;SC=CAGCGGGCTGAGCCACTTTCT;SOR=0.772;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=580;TCF=317;TCR=263;TR=580;WE=62081020;WS=62081002;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,1079:1.00:1079
chr2	62081217	rs1881616	A	G	3768.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=94;PP=2751;SC=CTGGCCCGGGACGGGAAAGCT;SOR=3.433;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=108;TCF=14;TCR=94;TR=108;WE=62081225;WS=62081207;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr2	62095994	rs4672463	A	G	2117.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQ=59.91;NF=21;NR=35;PP=1040;SC=AAACTTGGCCAGGCACGGTGG;SOR=1.096;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=56;TCF=21;TCR=35;TR=56;WE=62096002;WS=62095984;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr2	62096790	rs149499966	TTCTG	T	3580.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.357;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=273;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.022;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=41;PP=2071;ReadPosRankSum=0.648;SC=CTAGTTTTCTTTCTGTCTAAG;SOR=0.780;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=130;TCF=12;TCR=118;TR=45;WE=62096801;WS=62096780;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:152,98:0.39:250
chr2	62104343	rs7571143	C	T	1703.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=9;NR=44;PP=1364;SC=TCCACTGCTGCCTTACTATCA;SOR=3.098;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=53;TCF=9;TCR=44;TR=53;WE=62104351;WS=62104333;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr2	62104660	rs11371205	T	TA	158.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.988;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FS=3.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.22;ReadPosRankSum=0.599;SOR=0.420;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:103,27:0.21:130
chr2	62105986	rs78442748	C	T	1796.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=0.506;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.044;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=12;PP=1053;ReadPosRankSum=0.553;SC=GACAAGTATCCGTTAGTGTTT;SOR=0.546;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=81;TCF=62;TCR=19;TR=57;WE=62105994;WS=62105976;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,72:0.76:95
chr2	62107376	rs5831625	T	TC	2704.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=32;NR=16;PP=1802;SC=TAAAGTTTGTTTTTTAAACTT;SOR=2.147;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=49;TCF=33;TCR=16;TR=48;WE=62107384;WS=62107366;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr2	62107632	rs2272429	G	A	1052.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-1.014;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.004;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=28;PP=663;ReadPosRankSum=-1.233;SC=ATTTGAAGATGCAACATGATT;SOR=0.857;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=55;TCF=14;TCR=41;TR=37;WE=62107640;WS=62107622;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,46:0.66:70
chr2	62110551	rs57068738	CA	C	182.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.489;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=4.260;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=63.93;MQRankSum=1.345;QD=22.84;ReadPosRankSum=-0.703;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,5:0.62:8
chr2	62110571	rs12713451	G	T	256.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.106;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=2.596;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=62.00;MQRankSum=1.440;QD=16.05;ReadPosRankSum=1.420;SOR=1.802;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,9:0.56:16
chr2	62112221	rs11429418	G	GA	6019.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.237;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=354;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.615;HP=6;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQ=59.95;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=132;PP=2012;ReadPosRankSum=2.287;SC=CAGATGGGGGGGAAAAAAAAG;SOR=1.248;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=166;TCF=14;TCR=152;TR=145;WE=62112230;WS=62112204;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:12,269:0.96:281
chr2	62112222	rs67059162	G	A	13236.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=332;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.95;QD=41.49;SOR=1.136;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,319:1.00:319
chr2	62112246	rs57035931	C	CT	729.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.010;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FS=9.279;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.91;MQRankSum=0.000;QD=4.86;ReadPosRankSum=-1.280;SOR=0.250;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:94,56:0.37:150
chr2	62228180	rs55785307	C	G	370.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-1.438;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.098;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=13;PP=219;ReadPosRankSum=-1.600;SC=GTTAGCTTGTCTATTCAGCTT;SOR=0.527;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=47;TCF=13;TCR=34;TR=19;WE=62228188;WS=62228170;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,21:0.36:58
chr2	62729674	rs4672527	T	C	6285.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=2.653;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=407;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.808;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.701;NF=82;NR=111;PP=2962;ReadPosRankSum=0.068;SC=AGTAGTCAGGTAAGATTGAAT;SOR=0.636;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=285;TCF=120;TCR=165;TR=193;WE=62729682;WS=62729664;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:130,269:0.67:399
chr2	62729747	rs11443505	G	GA	3218.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.124;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.702;NF=24;NR=60;PP=2380;ReadPosRankSum=-0.204;SC=ATTTAAGATAGAAAAAATTAT;SOR=0.691;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=144;TCF=43;TCR=101;TR=84;WE=62729755;WS=62729737;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,148:0.68:219
chr2	62733253	rs11676567	C	T	7282.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.751;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=453;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.013;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=67;NR=134;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.426;SC=GCACCGGATCCGGCAGCTCCA;SOR=0.547;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=287;TCF=94;TCR=193;TR=201;WE=62733261;WS=62733243;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:131,317:0.71:448
chr2	62738883	rs6757222	C	T	2961.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.269;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.082;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=33;PP=1236;ReadPosRankSum=-0.506;SC=TTTTTTGGTTCGGTGGCATTT;SOR=0.470;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=141;TCF=89;TCR=52;TR=84;WE=62738891;WS=62738873;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,137:0.63:216
chr2	62738931	rs6757448	G	C	4603.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.091;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=335;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=52;PP=1861;ReadPosRankSum=-1.852;SC=CCTGCTATATGAAGCAGCTGC;SOR=0.679;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=195;TCF=105;TCR=90;TR=113;WE=62738939;WS=62738921;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:117,211:0.64:328
chr2	62739135	rs4405748	A	C	593.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=1.335;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=17;PP=404;ReadPosRankSum=-0.310;SC=AAAATATTTTATATATTACAC;SOR=0.880;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=11;TCR=27;TR=24;WE=62739143;WS=62739125;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,25:0.61:41
chr2	62998485	rs75835972	G	A	812.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.164;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.666;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=11;PP=318;ReadPosRankSum=-0.646;SC=ATCCTCATGCGGAAGAATTTG;SOR=0.582;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=90;TCF=54;TCR=36;TR=26;WE=62998493;WS=62998475;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:98,47:0.32:145
chr2	63170905	rs75746135	A	G	1681.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.895;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.841;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=9;PP=949;ReadPosRankSum=0.066;SC=ATCAAATACTATATGTACCCA;SOR=0.898;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=73;TCF=55;TCR=18;TR=46;WE=63170913;WS=63170895;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,69:0.66:104
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chr2	63380809	rs7595595	G	A	672.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=19;PP=493;SC=ATATTTTAAAGTTTCTGGGTT;SOR=3.352;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=21;TCF=2;TCR=19;TR=21;WE=63380817;WS=63380799;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr2	63401973	rs2421862	G	A	450.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.743;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=11;PP=224;ReadPosRankSum=0.906;SC=GAGTTCTGTTGAAAATGATTA;SOR=0.614;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=57;TCF=19;TCR=38;TR=18;WE=63401981;WS=63401963;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,27:0.30:91
chr2	63457026	.	GA	G	63.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.258;ClippingRankSum=0.000;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.19;ReadPosRankSum=0.953;SOR=0.722;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,9:0.45:20
chr2	63540324	rs1517403	A	G	9338.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.888;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=679;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.547;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=154;NR=125;PP=2962;ReadPosRankSum=1.688;SC=TATGGTCACAAAAGCTGACAA;SOR=0.787;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=440;TCF=236;TCR=204;TR=279;WE=63540332;WS=63540314;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:240,430:0.64:670
chr2	63540523	rs1517402	A	T	1795.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=1.250;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.455;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=46;PP=1146;ReadPosRankSum=0.583;SC=TTTAACATATATCTGTGATAC;SOR=0.350;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=98;TCF=25;TCR=73;TR=65;WE=63540531;WS=63540513;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,75:0.68:110
chr2	63605772	rs2292794	A	G	529.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=0.339;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=16;PP=376;ReadPosRankSum=0.501;SC=CAGGAAAGATAAAATTAAAAT;SOR=0.789;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=31;TCF=3;TCR=28;TR=17;WE=63605780;WS=63605762;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,21:0.60:35
chr2	63609017	rs2138796	A	T	1246.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=2.112;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.785;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=7;PP=654;ReadPosRankSum=0.718;SC=AAAACTCATCAATGAAAAATA;SOR=1.296;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=47;TCF=34;TCR=13;TR=33;WE=63609025;WS=63609007;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,51:0.71:72
chr2	63631889	rs4671501	A	C	684.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=2.881;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=21;PP=522;ReadPosRankSum=-0.248;SC=TATTAAAGAAAATCAATTACT;SOR=1.121;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=34;TCF=3;TCR=31;TR=23;WE=63631897;WS=63631879;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,25:0.66:38
chr2	63631921	rs4671502	C	T	365.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-2.935;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=12;PP=239;ReadPosRankSum=-0.979;SC=CAGCAACATACAAGTATATAA;SOR=0.399;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=21;TCF=2;TCR=19;TR=14;WE=63631929;WS=63631911;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,16:0.62:26
chr2	63719887	rs17617855	T	C	1085.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.474;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.107;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=5;PP=852;ReadPosRankSum=0.199;SC=AAAGAAAGAATGCAACTCCAG;SOR=1.392;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=71;TCF=61;TCR=10;TR=45;WE=63719895;WS=63719877;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,44:0.62:71
chr2	63720210	rs7563623	A	G	522.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=2.860;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=18;PP=470;ReadPosRankSum=0.179;SC=GAATAAACATACTCTAGTGTA;SOR=0.749;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=26;TCF=0;TCR=26;TR=18;WE=63720218;WS=63720200;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,19:0.70:27
chr2	63798333	rs4671068	C	T	1178.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.818;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.853;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=17;PP=561;ReadPosRankSum=1.538;SC=GCATAAGCCACCGCGCCTGGT;SOR=0.929;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=60;TCF=35;TCR=25;TR=43;WE=63798341;WS=63798323;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,56:0.66:85
chr2	63815206	rs1109027	A	G	1724.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-3.704;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=18;PP=1074;ReadPosRankSum=-0.828;SC=TACTCCGCTCAGAAAAGGGAC;SOR=0.682;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=97;TCF=72;TCR=25;TR=69;WE=63815214;WS=63815196;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,78:0.72:109
chr2	63816672	rs10469944	C	G	694.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-1.696;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=23;PP=547;ReadPosRankSum=-0.400;SC=GCGTTTGCAGCAGACGTGTTT;SOR=0.616;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=36;TCF=1;TCR=35;TR=24;WE=63816680;WS=63816662;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,26:0.67:39
chr2	63822785	rs2305157	T	C	843.31	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.329;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5173;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=22;PP=561;ReadPosRankSum=-1.321;SC=ACTACCACTGTTTATTAACTA;SOR=0.622;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=28;TCF=3;TCR=25;TR=25;WE=63822793;WS=63822775;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,31:0.91:34
chr2	63826528	rs7606045	T	G	285.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-2.533;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=12;PP=225;ReadPosRankSum=-0.839;SC=TTTCTTGTTTTTGTTTAGTAG;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=24;TCF=1;TCR=23;TR=12;WE=63826536;WS=63826518;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,12:0.48:25
chr2	63850098	rs12476592	G	C	135.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-1.949;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=6;PP=45;ReadPosRankSum=0.414;SC=ACCACCGCACGGCGCCCAAGC;SOR=0.409;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=24;TCF=4;TCR=20;TR=7;WE=63850106;WS=63850088;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,9:0.35:26
chr2	64069277	.	G	GA	310.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DP=313;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.24;MQRankSum=4.865;QD=1.08;ReadPosRankSum=-0.043;SOR=0.655;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:230,58:0.20:288
chr2	64069311	rs4671534	G	C	6517.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.922;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=516;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.813;HP=4;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQ=60.15;MQRankSum=-0.969;NF=140;NR=91;PP=2962;ReadPosRankSum=0.116;SC=ATTTTACTAAGCCCCTAAAAT;SOR=0.853;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=379;TCF=224;TCR=155;TR=231;WE=64069319;WS=64069301;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:201,310:0.61:511
chr2	64069732	rs6546029	G	A	6910.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=242;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=45;NR=138;PP=2965;SC=GAGAAAAGCCGGGTGGGTTTT;SOR=1.956;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=185;TCF=47;TCR=138;TR=183;WE=64069740;WS=64069722;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,237:1.00:237
chr2	64082619	rs34900788	G	C	1414.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.097;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FS=6.042;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.21;ReadPosRankSum=-0.856;SOR=0.563;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,67:0.72:93
chr2	64082654	.	GTT	G	62.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.489;ClippingRankSum=0.000;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=7.521;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.30;ReadPosRankSum=1.536;SOR=2.279;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,6:0.32:19
chr2	64082721	rs13028805	G	A	283.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.489;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.336;HP=1;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=13;PP=292;ReadPosRankSum=0.284;SC=TGTCACCCAGGCTGGAGTGCG;SOR=1.609;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=22;TCF=3;TCR=19;TR=15;WE=64082729;WS=64082711;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,13:0.76:17
chr2	64084005	rs35253921	G	A	3980.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.577;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=263;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.097;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=98;PP=2320;ReadPosRankSum=-1.660;SC=TTTTTTACTTGTAAATCAATA;SOR=1.013;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=196;TCF=54;TCR=142;TR=130;WE=64084013;WS=64083995;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,171:0.68:253
chr2	64084098	rs35552326	T	C	639.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-2.934;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.413;HP=2;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=22;PP=429;ReadPosRankSum=0.506;SC=GTTCTTTTAGTGAAGATTAAT;SOR=0.446;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=44;TCF=8;TCR=36;TR=28;WE=64084106;WS=64084088;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,30:0.62:48
chr2	64085114	rs10183479	G	A	6625.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=254;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=57;NR=90;PP=2845;SC=GTAATCTTGGGCACTGGTTTT;SOR=0.950;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=148;TCF=58;TCR=90;TR=147;WE=64085122;WS=64085104;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,251:1.00:251
chr2	64114398	.	C	CA	139.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.237;ClippingRankSum=0.000;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=4.107;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.19;MQRankSum=0.000;QD=2.85;ReadPosRankSum=1.313;SOR=1.739;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,17:0.35:49
chr2	64117423	.	G	A	272.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.137;ClippingRankSum=-0.000;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=6.990;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=18.18;ReadPosRankSum=0.935;SOR=3.056;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,8:0.53:15
chr2	64117425	.	G	T	272.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.442;ClippingRankSum=-0.000;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=7.160;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=20.98;ReadPosRankSum=1.025;SOR=3.180;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,7:0.54:13
chr2	64117426	.	C	A	275.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.406;ClippingRankSum=-0.000;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=7.160;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=21.21;ReadPosRankSum=1.025;SOR=3.180;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,7:0.54:13
chr2	64117428	rs201713347	AC	A	238.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=1.434;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.802;HP=4;HapScore=4;MGOF=56;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=4;PP=352;ReadPosRankSum=0.576;SC=TCTTAGTGCCACCTTAATTAC;SOR=2.419;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=4;WE=64117436;WS=64117413;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,7:0.58:12
chr2	64117431	.	T	TAG	241.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.194;ClippingRankSum=-0.000;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=3.802;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=20.14;ReadPosRankSum=1.283;SOR=2.419;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,7:0.58:12
chr2	64118158	rs11433092	T	TA	257.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.178;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=4.011;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.60;ReadPosRankSum=-0.622;SOR=0.212;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,19:0.34:56
chr2	64124440	rs34502946	TAA	T	571.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=1.909;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.845;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.062;NF=12;NR=1;PP=424;ReadPosRankSum=-0.956;SC=TGTCCATGTATAAACCCCTTT;SOR=1.547;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=22;TCF=19;TCR=3;TR=13;WE=64124449;WS=64124430;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,16:0.50:32
chr2	64126765	rs3815616	A	G	3325.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.516;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=69;PP=2962;ReadPosRankSum=-2.778;SC=TGAATTGCATAATGTCTCCAC;SOR=0.696;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=148;TCF=50;TCR=98;TR=105;WE=64126783;WS=64126755;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,140:0.70:201
chr2	64126775	rs78227932	C	A	1070.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.221;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=27;PP=1449;ReadPosRankSum=0.931;SC=AATGTCTCCACCATTCCCTGA;SOR=0.637;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=132;TCF=43;TCR=89;TR=41;WE=64126783;WS=64126755;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:119,59:0.33:178
chr2	64139901	rs2302809	A	T	1159.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=34;PP=970;SC=CTTATAAAGAACCAGTTTATT;SOR=3.145;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=38;TCF=4;TCR=34;TR=38;WE=64139909;WS=64139891;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr2	64140301	rs10207847	A	T	3142.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=56;NR=28;PP=1580;SC=ACATGATGAGAACAGTGACAT;SOR=1.316;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=84;TCF=56;TCR=28;TR=84;WE=64140309;WS=64140291;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr2	64143884	rs13027117	T	C	612.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-0.687;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=0;PP=440;ReadPosRankSum=-0.390;SC=AAAGTTTCCTTTAAGTTCTTT;SOR=0.522;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=48;TCF=48;TCR=0;TR=21;WE=64143892;WS=64143879;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,24:0.45:53
chr2	64195997	rs34977697	C	CA	599.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.213;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FS=7.104;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.09;MQRankSum=1.012;QD=5.77;ReadPosRankSum=-0.361;SOR=1.439;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:60,44:0.42:104
chr2	64331815	.	CT	C	781.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.283;ClippingRankSum=0.000;DP=204;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.32;ReadPosRankSum=0.818;SOR=0.735;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:85,96:0.53:181
chr2	64567680	rs12477412	T	G	540.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=1.758;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=4;PP=355;ReadPosRankSum=0.471;SC=GTCACTTTGATTGTAGGAAAA;SOR=0.836;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=22;TCF=17;TCR=5;TR=17;WE=64567688;WS=64567672;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,21:0.75:28
chr2	64567916	rs12473206	C	G	736.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.710;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.313;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=18;PP=409;ReadPosRankSum=-1.748;SC=TCCCACCCCCCACTCCTGTTT;SOR=1.076;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=44;TCF=16;TCR=28;TR=27;WE=64567924;WS=64567906;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,34:0.60:57
chr2	64682364	rs3770741	A	C	6190.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.931;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=137;NR=40;PP=2965;ReadPosRankSum=1.528;SC=CATCATCTGCAGACACTGTGT;SOR=1.162;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=180;TCF=138;TCR=42;TR=177;WE=64682372;WS=64682354;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,212:1.00:213
chr2	64794945	rs7598893	G	A	246.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.709;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.68;ReadPosRankSum=1.336;SOR=0.817;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:51,16:0.24:67
chr2	64796479	rs6546087	C	T	267.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-3.169;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=12;PP=214;ReadPosRankSum=0.504;SC=TAAATGTTCACTTATATTGAA;SOR=0.622;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=39;TCF=2;TCR=37;TR=13;WE=64796487;WS=64796469;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,13:0.30:43
chr2	64796847	rs2287532	A	G	1501.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.887;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=246;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.494;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=33;PP=724;ReadPosRankSum=0.246;SC=TGTATTTATCATTACTGCATC;SOR=0.738;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=158;TCF=64;TCR=94;TR=55;WE=64796855;WS=64796837;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:159,84:0.35:243
chr2	64796932	rs2287533	G	A	415.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=4.179;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=16;PP=298;ReadPosRankSum=-0.280;SC=GAATCTGAAGGGTATAAATAG;SOR=0.892;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=53;TCF=5;TCR=48;TR=17;WE=64796940;WS=64796922;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,19:0.32:59
chr2	64799937	rs147232569	TAA	T	169.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.164;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=3.169;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.36;ReadPosRankSum=-0.563;SOR=1.320;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:58,14:0.19:72
chr2	64800239	rs75307105	G	A	3650.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.636;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.641;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=93;PP=2229;ReadPosRankSum=0.676;SC=ATGTTTATGCGTGTATATACA;SOR=0.942;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=186;TCF=51;TCR=135;TR=125;WE=64800247;WS=64800229;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,155:0.68:229
chr2	65231063	rs35470885	GT	G	1700.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.292;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=347;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.866;HP=9;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=3.223;NF=14;NR=38;PP=614;ReadPosRankSum=0.421;SC=CTAACAGTGGGTTTTTTTTTC;SOR=0.757;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=141;TCF=41;TCR=100;TR=52;WE=65231071;WS=65231053;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:214,121:0.36:335
chr2	65245365	rs759458	G	A	3230.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.873;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=679;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=72;NR=58;PP=1413;ReadPosRankSum=-0.417;SC=ACTCAACAACGTAGAGCTCAA;SOR=0.733;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=439;TCF=243;TCR=196;TR=130;WE=65245373;WS=65245355;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:463,199:0.30:662
chr2	65248271	rs7563131	G	A	2891.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.338;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=672;ExcessHet=3.0103;FS=0.591;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.38;ReadPosRankSum=-1.070;SOR=0.758;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:478,182:0.28:660
chr2	65298839	rs17849707	A	G	2728.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.415;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=484;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.904;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=63;PP=1635;ReadPosRankSum=2.437;SC=CTTCCTCCACAGGCAGCAGTC;SOR=0.533;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=348;TCF=144;TCR=204;TR=117;WE=65298847;WS=65298829;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:314,152:0.33:466
chr2	65299766	rs55952639	T	C	3323.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=3.307;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=566;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=65;PP=2133;ReadPosRankSum=-1.804;SC=CCACTGGGGATATCAAAGGGC;SOR=0.717;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=395;TCF=197;TCR=198;TR=131;WE=65299774;WS=65299756;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:380,177:0.32:557
chr2	65315679	rs61748092	T	C	1574.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.828;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=291;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.603;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=23;PP=1025;ReadPosRankSum=-1.730;SC=AATTTTAACATTGGACTTCTC;SOR=0.822;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=211;TCF=138;TCR=73;TR=70;WE=65315687;WS=65315669;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:199,87:0.30:286
chr2	65315880	rs1420184	G	C	3584.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.368;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.105;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=84;PP=2242;ReadPosRankSum=-0.733;SC=CTAATTCTTAGTGCATTTCTA;SOR=0.540;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=160;TCF=43;TCR=117;TR=118;WE=65315888;WS=65315870;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,147:0.72:203
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chr2	65488538	rs268862	G	A	3547.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.044;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=258;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.492;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=61;PP=1693;ReadPosRankSum=-0.395;SC=TACATTAGAAGTGGTGATTTC;SOR=0.629;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=144;TCF=52;TCR=92;TR=98;WE=65488546;WS=65488528;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,165:0.66:251
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chr2	65495570	.	AT	CC	2944	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;FR=0.5000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MMLQ=28;MQ=60.0;NF=35;NR=8;PP=2944;QD=20;SC=GGTACCAAATATTACGTTCTA;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=77;TCF=59;TCR=18;TR=43;WE=65495581;WS=65495560;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:34,43:0.56:77
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chr2	65495573	rs72536103	A	AC	2077.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.906;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.861;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=9;PP=2954;ReadPosRankSum=1.603;SC=ACCAAATATTACGTTCTACTT;SOR=1.302;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=64;TCF=45;TCR=19;TR=35;WE=65495581;WS=65495560;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,54:0.57:94
chr2	65495887	rs268875	G	A	8456.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=2.251;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=622;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.541;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=-7.049;NF=103;NR=144;PP=2962;ReadPosRankSum=2.098;SC=GCTTGTTCCCGTCATACCCGT;SOR=0.794;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=383;TCF=163;TCR=220;TR=247;WE=65495895;WS=65495877;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:229,385:0.63:614
chr2	65559027	rs2271198	A	G	11159.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-2.050;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=437;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=136;NR=101;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.627;SC=AACAGCAAACACTGCATTGCA;SOR=0.450;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=238;TCF=136;TCR=102;TR=237;WE=65559035;WS=65559017;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,432:1.00:433
chr2	65561392	rs4671658	C	T	7478.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.590;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1214;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.546;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=128;NR=114;PP=2962;ReadPosRankSum=1.278;SC=AGAATCCATTCTCTACTTCTG;SOR=0.731;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=721;TCF=375;TCR=346;TR=242;WE=65561400;WS=65561382;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:793,420:0.35:1213
chr2	65561543	rs17533992	T	G	3010.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.200;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=252;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.510;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=84;PP=1938;ReadPosRankSum=1.632;SC=CTCCTTACTCTGAAACCCATC;SOR=0.627;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=200;TCF=57;TCR=143;TR=117;WE=65561551;WS=65561533;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:104,139:0.57:243
chr2	65604911	rs34928603	G	C	2001.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.129;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.695;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=55;PP=2675;ReadPosRankSum=-1.543;SC=CTGTCAAAGCGGCAGTCCTCA;SOR=1.058;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=113;TCF=28;TCR=85;TR=70;WE=65604922;WS=65604901;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,90:0.67:134
chr2	65604914	rs268120	A	G	785.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-3.242;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.097;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=27;PP=1372;ReadPosRankSum=0.671;SC=TCAAAGCGGCAGTCCTCAGCA;SOR=0.370;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=104;TCF=25;TCR=79;TR=38;WE=65604922;WS=65604901;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,42:0.34:124
chr2	66665146	rs2280334	T	C	8468.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.827;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=547;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=86;NR=155;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.042;SC=CGCTTCCCTCTTTCTCTGTGC;SOR=0.700;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=355;TCF=128;TCR=227;TR=241;WE=66665154;WS=66665136;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:168,369:0.69:537
chr2	66667186	rs2271856	C	T	816.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.175;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=6.870;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.71;ReadPosRankSum=-1.420;SOR=1.949;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,36:0.69:52
chr2	66667200	.	A	AACACACACACACACAC	373.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.542;ClippingRankSum=0.000;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=10.462;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.84;ReadPosRankSum=0.395;SOR=3.014;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,11:0.41:27
chr2	66667848	.	T	G	200.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.179;ClippingRankSum=0.000;DP=89;ExcessHet=3.0103;FS=14.632;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.28;ReadPosRankSum=0.297;SOR=3.632;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:50,38:0.43:88
chr2	66794834	rs1000756	G	A	1101.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=7;NR=29;PP=783;SC=TTTGGAGAAGGTGGAAAAAAA;SOR=2.554;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=38;TCF=7;TCR=31;TR=36;WE=66794842;WS=66794824;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr2	66798282	rs2861108	G	T	1343.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=39;NR=1;PP=1017;SC=TTAATCACAGGGTTCTCTGGC;SOR=6.184;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=40;TCF=39;TCR=1;TR=40;WE=66798290;WS=66798272;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr2	67626390	rs143819253	A	G	1604.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.790;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=334;ExcessHet=3.0103;FS=0.435;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.80;ReadPosRankSum=-0.584;SOR=0.740;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:235,99:0.30:334
chr2	67630980	rs3770657	G	A	4406.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.961;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=260;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.531;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=73;PP=2333;ReadPosRankSum=0.434;SC=TTACTAGGTAGTGAACCTTTT;SOR=0.652;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=181;TCF=82;TCR=99;TR=137;WE=67630988;WS=67630970;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,190:0.75:252
chr2	67631831	rs61740794	G	A	2557.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.975;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.953;NF=35;NR=35;PP=1207;ReadPosRankSum=1.617;SC=TAATAATTCCGAACATGGAGC;SOR=0.711;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=105;TCF=53;TCR=52;TR=70;WE=67631839;WS=67631821;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,113:0.68:165
chr2	67632125	rs3770655	C	T	2408.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.019;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.581;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=32;PP=1310;ReadPosRankSum=-0.622;SC=ATTGGTTCTTCCAGGAAGTTC;SOR=0.752;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=103;TCF=53;TCR=50;TR=68;WE=67632133;WS=67632115;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,103:0.62:167
chr2	67637196	rs1569	G	A	8482.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=319;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=87;NR=146;PP=2965;SC=AAGACTTCACGAAGACTGCTG;SOR=1.160;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=233;TCF=87;TCR=146;TR=233;WE=67637204;WS=67637186;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,313:1.00:313
chr2	68272883	rs72821819	G	A	86.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.207;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.823;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=0;PP=62;ReadPosRankSum=0.406;SC=TAATATGTAAGTTATAAATAA;SOR=1.751;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=15;TCR=3;TR=5;WE=68272891;WS=68272879;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,5:0.28:18
chr2	68352515	rs6742154	A	C	13532.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.567;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=486;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=150;NR=226;PP=2965;ReadPosRankSum=0.453;SC=TGCTCTGAGCACTGGAGAGAA;SOR=0.407;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=377;TCF=150;TCR=227;TR=376;WE=68352523;WS=68352505;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,479:1.00:480
chr2	68358341	rs62145930	T	C	5445.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=102;NR=58;PP=2858;SC=TGAGCCACCGTGCCCAGCCTC;SOR=1.279;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=160;TCF=102;TCR=58;TR=160;WE=68358349;WS=68358331;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,199:1.00:199
chr2	68358653	rs17035004	T	C	2240.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.91;QD=26.36;SOR=1.694;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr2	68385097	rs2044693	A	G	16096.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=604;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=183;NR=217;PP=2965;SC=GCAGAGCGCCAGGGCAGAGGA;SOR=0.791;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=401;TCF=183;TCR=218;TR=400;WE=68385105;WS=68385087;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,596:1.00:596
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chr2	68389557	rs141022040	TTA	T	137.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.502;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FS=0.871;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.19;MQRankSum=-0.711;QD=0.71;ReadPosRankSum=1.022;SOR=0.562;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:173,21:0.11:194
chr2	68415767	rs687	G	A	12132.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-2.396;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=471;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=118;NR=165;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.589;SC=AACCAGAATTGTCCAAATCAA;SOR=0.522;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=284;TCF=119;TCR=165;TR=283;WE=68415775;WS=68415757;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,464:1.00:465
chr2	68444171	rs374427852	C	CGCAG,CACGCAG	4803.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=1.889;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=1.783;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-5.439;NF=33,33;NR=52,52;PP=1397,519;ReadPosRankSum=2.564;SC=CACACACACACAGAGAGAGAT;SOR=0.654;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=87;TCF=34;TCR=53;TR=85,85;WE=68444179;WS=68444158;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.27,0.65:127
chr2	68483396	rs7593613	A	T	731.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=20;PP=514;SC=CCTTCCTGCTAAGCAGCAGAG;SOR=3.528;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=21;TCF=1;TCR=20;TR=21;WE=68483404;WS=68483386;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr2	68511506	rs5831925	GA	G,GAA	668.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.013;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=1.429;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.16;MQRankSum=0.503;QD=10.13;ReadPosRankSum=0.747;SOR=0.439;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:9,41,16:0.62,0.24:66
chr2	68511584	rs735815	A	G	1535.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.684;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.758;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.741;NF=19;NR=24;PP=664;ReadPosRankSum=0.571;SC=CATATGTAAGAGAGATCTCTT;SOR=0.790;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=62;TCF=30;TCR=32;TR=43;WE=68511592;WS=68511574;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,71:0.66:108
chr2	68546304	rs4671897	T	C	58.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.492;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=2;PP=37;ReadPosRankSum=0.915;SC=CTCAGTCCTCTGCCTGTACCC;SOR=0.836;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=29;TCF=20;TCR=9;TR=7;WE=68546312;WS=68546294;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,7:0.18:38
chr2	68546374	rs4671898	T	C	608.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=0.589;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.756;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=5;PP=225;ReadPosRankSum=0.402;SC=GCGTGCTGGGTTTAATCTTCA;SOR=1.029;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=47;TCF=30;TCR=17;TR=17;WE=68546382;WS=68546364;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,35:0.35:100
chr2	68592584	rs880668	T	C	9403.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=362;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=85;NR=133;PP=2965;SC=AGACTTGGGTTCAGCTCCACC;SOR=0.982;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=218;TCF=85;TCR=133;TR=218;WE=68592592;WS=68592574;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,351:1.00:351
chr2	68613710	rs2070171	G	A	7222.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.080;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=281;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=102;NR=79;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.466;SC=TTGCTTCATCGCTGCTCAATG;SOR=0.300;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=182;TCF=103;TCR=79;TR=181;WE=68613718;WS=68613700;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,273:1.00:274
chr2	68615654	rs2241946	T	C	12422.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.320;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=474;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=113;NR=155;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.068;SC=CCATCTAGCCTTTTCCCTTTA;SOR=0.492;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=270;TCF=113;TCR=157;TR=268;WE=68615662;WS=68615644;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,468:0.99:471
chr2	68620410	rs17602092	T	A	10479.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.132;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=453;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=123;NR=174;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.671;SC=TCCATTCAAATAAATAAATCC;SOR=0.717;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=302;TCF=125;TCR=177;TR=297;WE=68620418;WS=68620400;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:5,426:0.99:431
chr2	68621338	rs17530191	G	T	7055.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=267;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=79;NR=114;PP=2965;SC=GAGAGAGGTGGGTCTGCTCAG;SOR=0.979;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=194;TCF=79;TCR=115;TR=193;WE=68621346;WS=68621328;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,259:1.00:259
chr2	68621427	rs34196827	G	A	3185.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=26;NR=64;PP=2053;SC=GAATGGGGCAGGCATGGTGGC;SOR=1.718;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=90;TCF=26;TCR=64;TR=90;WE=68621435;WS=68621417;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr2	68622658	rs1373200	C	T	908.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=20;NR=3;PP=589;SC=AATGAATTATCCTATAATCAT;SOR=2.621;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=23;TCF=20;TCR=3;TR=23;WE=68622666;WS=68622656;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr2	68622914	rs1063479	G	A	10401.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=399;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=102;NR=136;PP=2965;SC=GAGTGGATCAGAGCCATCCAG;SOR=0.845;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=239;TCF=102;TCR=137;TR=238;WE=68622922;WS=68622904;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,394:1.00:394
chr2	68622952	rs1050181	G	C	6656.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=248;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=60;NR=105;PP=2965;SC=GAAGTAAAGAGACTCCTGCAT;SOR=1.080;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=165;TCF=60;TCR=105;TR=165;WE=68622960;WS=68622942;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,247:1.00:247
chr2	68881938	rs140852128	CA	C,CAA	572.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.517;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FS=5.171;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.09;MQRankSum=0.582;QD=5.67;ReadPosRankSum=1.990;SOR=1.478;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:22,41,38:0.41,0.38:101
chr2	68882468	rs6722313	T	C	7523.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-3.359;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1202;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=123;NR=155;PP=2932;ReadPosRankSum=1.053;SC=CCACCGTGTTTGTGAAGGAGA;SOR=0.690;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=780;TCF=346;TCR=434;TR=278;WE=68882476;WS=68882458;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:764,429:0.36:1193
chr2	68962259	rs34504087	T	C	3741.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=1.985;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=284;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.957;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=90;NR=47;PP=2036;ReadPosRankSum=-0.429;SC=AGGGAAAGAGTGAAAAGACAA;SOR=0.790;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=222;TCF=144;TCR=78;TR=137;WE=68962267;WS=68962249;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:115,165:0.59:280
chr2	68962570	rs71413157	G	A	1393.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=2.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=41;PP=1032;ReadPosRankSum=0.888;SC=ATGCTGGGAGGGGGTTCTCTT;SOR=0.649;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=90;TCF=22;TCR=68;TR=53;WE=68962578;WS=68962560;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,56:0.60:94
chr2	69002760	rs10445945	C	T	6489.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=243;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=77;NR=84;PP=2965;SC=AGCACCAGGACGGGCACTGTG;SOR=0.761;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=161;TCF=77;TCR=84;TR=161;WE=69002768;WS=69002750;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,240:1.00:240
chr2	69034249	rs17035954	T	C	2629.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.321;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FS=1.776;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=23.27;ReadPosRankSum=-0.372;SOR=0.992;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:49,64:0.57:113
chr2	69034258	rs71413165	G	A	2861.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.205;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=20.89;ReadPosRankSum=-1.787;SOR=0.641;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:55,82:0.60:137
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chr2	69043539	rs2271832	G	C	463.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.202;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=2.346;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.27;ReadPosRankSum=0.804;SOR=0.384;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:49,25:0.34:74
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chr2	69050058	.	A	G	1219.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.018;ClippingRankSum=0.000;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.580;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=31;PP=714;ReadPosRankSum=-2.859;SC=TTTAGAGACAAGAGGGATTGT;SOR=0.620;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=144;TCF=49;TCR=95;TR=47;WE=69050066;WS=69050048;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:125,65:0.34:190
chr2	69093769	rs2231341	A	C	907.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=2.456;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.746;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=26;PP=643;ReadPosRankSum=1.181;SC=ATGCTTATTTATGTAATAAGA;SOR=0.588;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=91;TCF=21;TCR=70;TR=36;WE=69093777;WS=69093759;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,45:0.34:131
chr2	69172374	.	C	T	513.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=0.068;ClippingRankSum=0.000;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.989;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=5;PP=254;ReadPosRankSum=1.405;SC=TCTATAAATACAGCATTTATA;SOR=0.506;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=75;TCF=58;TCR=17;TR=21;WE=69172382;WS=69172364;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,28:0.32:88
chr2	69180161	rs7561266	T	A	2215.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=20;NR=41;PP=1243;SC=AGAATTGAGATCCAACCACAT;SOR=1.445;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=61;TCF=20;TCR=41;TR=61;WE=69180169;WS=69180151;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr2	69297622	rs4591376	C	T	1606.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=44;NR=3;PP=1159;SC=TGACCCTGAACGGATAATATA;SOR=4.215;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=48;TCF=44;TCR=4;TR=47;WE=69297630;WS=69297616;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr2	69317925	rs4854546	G	A	21916.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=840;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=236;NR=247;PP=2965;SC=GCTAAAAGCAGAACCCTGATT;SOR=0.698;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=483;TCF=236;TCR=247;TR=483;WE=69317933;WS=69317915;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,832:1.00:832
chr2	69318129	rs4241348	T	G	2772.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=16;NR=56;PP=1723;SC=TACTTCATTGTTGGTGGGGTG;SOR=2.160;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=73;TCF=16;TCR=57;TR=72;WE=69318137;WS=69318119;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr2	69330284	rs4241349	G	A	446.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=12;PP=301;SC=TGGGTGTCCAGCTTGGTAAGC;SOR=2.584;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=14;TCF=2;TCR=12;TR=14;WE=69330292;WS=69330274;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr2	69409029	rs6749826	C	A	1474.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-2.121;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.200;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=27;PP=591;ReadPosRankSum=-1.391;SC=AGGACAGCTTCATATACACTT;SOR=0.828;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=107;TCF=41;TCR=66;TR=41;WE=69409037;WS=69409019;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:100,76:0.43:176
chr2	69420591	.	T	TCTCA	1752	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MMLQ=27;MQ=60.93;NF=3;NR=63;PP=1752;QD=26.6666666667;SC=TCTCTCTCTCTCACATACACA;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=141;TCF=4;TCR=137;TR=66;WE=69420605;WS=69420564;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:75,66:0.47:141
chr2	69420596	rs7584057	T	C	1343.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=4.006;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=23.378;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=5.713;NF=21;NR=41;PP=2338;ReadPosRankSum=-2.816;SC=CTCTCTCACATACACACACAC;SOR=0.065;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=188;TCF=55;TCR=133;TR=62;WE=69420605;WS=69420564;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:119,50:0.30:169
chr2	69553375	rs201330278	GA	G	1655.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.966;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FS=1.994;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.55;MQRankSum=1.227;QD=13.25;ReadPosRankSum=0.277;SOR=0.882;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,104:0.83:125
chr2	69565563	rs113734896	TA	T	2068.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.311;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=377;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.908;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=2.092;NF=43;NR=28;PP=2208;ReadPosRankSum=0.387;SC=TTTAAGTCTTTAAAATTAACA;SOR=0.770;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=227;TCF=141;TCR=86;TR=71;WE=69565571;WS=69565553;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:250,115:0.32:365
chr2	69565842	rs11296709	TA	T	1490.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.401;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.36;ReadPosRankSum=-2.493;SOR=2.441;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,75:0.97:77
chr2	69565844	rs116730412	A	T	1431.77	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-2.433;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.59;ReadPosRankSum=-0.193;SOR=1.563;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:4,73:0.95:77
chr2	69573029	rs6722492	T	C	4435.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=66;NR=60;PP=2323;SC=AATTCATATGTAATTACCAGT;SOR=0.741;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=126;TCF=66;TCR=60;TR=126;WE=69573037;WS=69573019;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,170:1.00:170
chr2	69581850	rs61401084	T	TA	68.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.568;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=5;PP=90;ReadPosRankSum=0.715;SC=AAGAATTTTTTAAAAAAATCA;SOR=0.368;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=27;TCF=2;TCR=25;TR=5;WE=69581858;WS=69581840;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,8:0.24:33
chr2	69583873	rs67434964	AT	A	223.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.508;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.21;ReadPosRankSum=-0.318;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,12:0.92:13
chr2	69586293	rs6546505	A	C	4538.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=63;NR=50;PP=2240;SC=CAAGAAATTAATTGATGACAC;SOR=0.865;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=114;TCF=64;TCR=50;TR=113;WE=69586301;WS=69586283;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,174:1.00:174
chr2	69586370	rs67760762	A	G	2642.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.487;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.318;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=43;PP=1324;ReadPosRankSum=1.523;SC=ATTCTCAAAGACTGGGGTCTT;SOR=0.584;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=112;TCF=49;TCR=63;TR=80;WE=69586378;WS=69586360;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,119:0.70:169
chr2	69614161	rs6720415	A	G	14761.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=0.649;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=579;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.105;NF=147;NR=181;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.031;SC=CCCCAGCGCCACCCGGCAACA;SOR=0.860;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=330;TCF=149;TCR=181;TR=328;WE=69614169;WS=69614151;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,568:1.00:570
chr2	69633382	rs6546513	A	T	265.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=1;NR=7;PP=161;SC=GATGACAGAAACATTCATTTG;SOR=2.303;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=8;WE=69633390;WS=69633372;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
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chr2	69657349	rs113587680	CT	C	292.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.222;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=1.958;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.45;ReadPosRankSum=0.927;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,22:0.79:28
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chr2	69741753	rs3832159	CTGT	C	5935.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.894;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=255;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.120;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=2.210;NF=41;NR=51;PP=2979;ReadPosRankSum=1.174;SC=GTTGCTGTTGCTGTTGTTGTT;SOR=0.791;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=146;TCF=64;TCR=82;TR=92;WE=69741772;WS=69741743;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,152:0.68:223
chr2	69741801	rs6757825	C	T	1535.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.039;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=287;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.531;HP=1;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-1.794;NF=31;NR=35;PP=804;ReadPosRankSum=-1.111;SC=TCTGCATTAGCTGCTGTTGAG;SOR=0.717;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=216;TCF=111;TCR=105;TR=66;WE=69741809;WS=69741791;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:197,89:0.31:286
chr2	69741854	rs6715776	T	G	9785.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=363;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=107;NR=132;PP=2965;SC=ATTGCTGGTTTCTGGGTTGCT;SOR=0.866;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=239;TCF=107;TCR=132;TR=239;WE=69741862;WS=69741844;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,361:1.00:361
chr2	69746296	rs7603932	C	T	1374.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.517;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=30;PP=615;ReadPosRankSum=-0.201;SC=CCTGAGTTTGCGGCAGAGGCT;SOR=0.710;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=157;TCF=76;TCR=81;TR=59;WE=69746304;WS=69746286;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:132,77:0.37:209
chr2	69759415	rs2276687	G	A	4320.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-1.160;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=98;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.703;SC=TGTGCACAGGGAAGTTATTCC;SOR=0.831;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=136;TCF=37;TCR=99;TR=134;WE=69759423;WS=69759405;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,152:0.99:153
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chr2	69784255	rs3771543	C	T	1948.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-4.139;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.517;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=64;PP=1481;ReadPosRankSum=-0.781;SC=TGTTGTAGAACACATTCTTAG;SOR=1.150;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=112;TCF=13;TCR=99;TR=71;WE=69784263;WS=69784245;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,75:0.65:116
chr2	69784278	rs3821277	T	C	1801.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=64;PP=1525;SC=TCTCAGAACTTGGAGATATTA;SOR=8.380;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=64;TCF=0;TCR=64;TR=64;WE=69784286;WS=69784268;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr2	69870217	.	A	AT	99.80	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.706;ClippingRankSum=0.000;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.99;ReadPosRankSum=-0.981;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,10:0.40:25
chr2	70014986	rs11677629	T	C	256.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-3.130;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.437;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=3;PP=168;ReadPosRankSum=-1.950;SC=AATTGTTGGCTTGTTTACTGT;SOR=0.173;SbPval=0.24;Source=Platypus;TC=31;TCF=27;TCR=4;TR=13;WE=70014994;WS=70014976;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,13:0.39:33
chr2	70015108	rs11683908	A	G	1055.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.846;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=18;PP=594;ReadPosRankSum=-1.334;SC=TCAGTGCTCAACAAATGTTTG;SOR=0.732;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=149;TCF=91;TCR=58;TR=45;WE=70015116;WS=70015098;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:152,61:0.29:213
chr2	70031797	rs3771541	C	G	1008.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.933;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.593;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=27;PP=456;ReadPosRankSum=-1.462;SC=TGGCTGACTTCGCAGCAACAG;SOR=0.792;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=136;TCF=42;TCR=94;TR=39;WE=70031805;WS=70031787;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:136,60:0.31:196
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chr2	70033649	rs17037076	G	A	1069.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.827;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.983;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=34;PP=672;ReadPosRankSum=-1.215;SC=TCTTCCTCTCGTGCTCTTGGT;SOR=0.525;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=159;TCF=50;TCR=109;TR=52;WE=70033657;WS=70033639;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:139,62:0.31:201
chr2	70039677	rs2305523	A	C	263.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-1.164;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=2;PP=152;ReadPosRankSum=-0.403;SC=TGAAGCTCCAATTCTTGTGGT;SOR=0.693;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=23;TCF=18;TCR=5;TR=10;WE=70039685;WS=70039667;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,11:0.50:22
chr2	70057448	rs3732266	T	G	186.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=1.821;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=7;PP=85;ReadPosRankSum=0.180;SC=CGGGGCGGACTGGGGAGCGCC;SOR=1.022;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=2;TCR=20;TR=7;WE=70057456;WS=70057438;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,10:0.37:27
chr2	70064927	rs1377996	C	A	462.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.178;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FS=0.783;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.59;ReadPosRankSum=-2.416;SOR=0.787;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:97,32:0.25:129
chr2	70066571	rs3832156	C	CTT	725.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.675;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.749;HP=10;HapScore=4;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=12;PP=303;ReadPosRankSum=1.721;SC=TAATCGTTGACTTTTTTTTTT;SOR=0.965;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=69;TCF=35;TCR=34;TR=25;WE=70066579;WS=70066561;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,38:0.30:126
chr2	70068057	rs3771533	G	A	1319.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.882;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.217;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=16;PP=663;ReadPosRankSum=-0.910;SC=CATCCTACATGTGTACCTTGC;SOR=1.072;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=136;TCF=80;TCR=56;TR=49;WE=70068065;WS=70068047;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:125,73:0.37:198
chr2	70068258	rs3836157	CT	C	433.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=1.212;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.556;HP=6;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.826;NF=0;NR=14;PP=379;ReadPosRankSum=-1.273;SC=TAAAGCTTAGCTTTTTTGGAG;SOR=1.212;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=30;TCF=0;TCR=30;TR=14;WE=70068266;WS=70068248;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,25:0.49:51
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chr2	70098808	rs3214007	A	G	498.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.991;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=6.645;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.18;ReadPosRankSum=0.281;SOR=0.174;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,25:0.51:49
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chr2	70164580	rs3217643	C	CAGGG	941.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=0.609;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=20;PP=920;ReadPosRankSum=2.045;SC=AACCCCAGAGCAGGGGTTCAG;SOR=0.439;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=59;TCF=0;TCR=59;TR=20;WE=70164588;WS=70164570;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,26:0.43:61
chr2	70187727	rs139486708	A	AC	1692.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=0.644;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=1.118;NF=33;NR=13;PP=891;ReadPosRankSum=2.575;SC=AGGATATGCAACCCCCCCCAC;SOR=0.699;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=87;TCF=60;TCR=27;TR=46;WE=70187735;WS=70187717;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,71:0.62:114
chr2	70188676	rs3796097	T	C	10789.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=425;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=115;NR=169;PP=2965;SC=CGAAGCAGAGTGGGGATGACT;SOR=1.022;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=284;TCF=115;TCR=169;TR=284;WE=70188684;WS=70188666;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,411:1.00:411
chr2	70190288	rs34641834	C	T	273.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.004;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=3;PP=187;ReadPosRankSum=-0.332;SC=CCAGCCCCTTCCACCTGATTC;SOR=0.512;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=40;TCF=32;TCR=8;TR=14;WE=70190296;WS=70190278;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,14:0.35:40
chr2	70315987	rs11545482	C	T	170.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-2.376;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.961;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=8;PP=91;ReadPosRankSum=-0.103;SC=CTGCTGTTCTCCCATGATCCA;SOR=0.285;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=40;TCF=5;TCR=35;TR=10;WE=70315995;WS=70315977;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,11:0.26:43
chr2	70377653	rs12989348	G	A	1526.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.111;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=306;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.04;ReadPosRankSum=0.205;SOR=0.722;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:206,97:0.32:303
chr2	70396706	.	A	G	6337.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.626;ClippingRankSum=0.000;DP=465;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.553;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=-0.475;NF=112;NR=73;PP=2712;ReadPosRankSum=-0.553;SC=CTGATAGTGCATGGTTTGATG;SOR=0.645;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=293;TCF=178;TCR=115;TR=185;WE=70396714;WS=70396696;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:155,301:0.66:456
chr2	70457784	rs200532251	C	CAA	432.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.931;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FS=6.891;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.09;MQRankSum=1.684;QD=4.01;ReadPosRankSum=1.851;SOR=0.187;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:65,43:0.40:108
chr2	70485174	rs13019683	A	C	167.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.976;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.79;ReadPosRankSum=-2.245;SOR=0.610;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,12:0.34:35
chr2	70524577	rs2618235	G	A	2679.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.835;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=376;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.803;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.435;NF=39;NR=48;PP=1122;ReadPosRankSum=0.250;SC=TGGCTTTGTCGTTGCAATGCA;SOR=0.632;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=222;TCF=99;TCR=123;TR=87;WE=70524585;WS=70524567;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:226,145:0.39:371
chr2	70528827	rs2279159	G	A	3910.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.898;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=734;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.917;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=93;NR=59;PP=1979;ReadPosRankSum=-1.125;SC=CTCCTGCCCCGGGCTGGAAGG;SOR=0.900;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=499;TCF=283;TCR=216;TR=152;WE=70528835;WS=70528817;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:502,227:0.31:729
chr2	70676769	rs71710818	GA	G	1120.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.913;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=266;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.073;HP=9;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.353;NF=5;NR=40;PP=553;ReadPosRankSum=0.050;SC=TGGAAATGAGGAAAAAAAAAT;SOR=0.911;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=118;TCF=15;TCR=103;TR=45;WE=70676777;WS=70676759;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:155,83:0.35:238
chr2	70677994	rs2166975	G	A	1958.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=1.688;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=279;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.948;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=26;PP=966;ReadPosRankSum=-2.446;SC=GGGCTCTTCAGACCACTGGCA;SOR=0.768;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=149;TCF=77;TCR=72;TR=57;WE=70678002;WS=70677984;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:172,103:0.37:275
chr2	70678173	rs3732249	C	A	659.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.323;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.71;ReadPosRankSum=0.473;SOR=0.484;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,19:0.45:42
chr2	70678176	rs3732248	G	A	616.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.269;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.42;ReadPosRankSum=0.861;SOR=0.578;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,17:0.43:40
chr2	70678198	rs11466276	C	A	347.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-1.939;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.318;HP=1;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=8;PP=131;ReadPosRankSum=0.044;SC=CCAAAGGAAGCTAGAGAGACT;SOR=0.260;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=19;TCF=2;TCR=17;TR=9;WE=70678206;WS=70678188;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,10:0.48:21
chr2	70679067	rs3771522	G	A	1331.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.346;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=33;PP=625;ReadPosRankSum=1.201;SC=ATCCTCAAGAGCTGTGGCTCC;SOR=0.707;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=161;TCF=56;TCR=105;TR=49;WE=70679075;WS=70679057;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:157,73:0.32:230
chr2	70680211	rs112692567	CT	C	1496.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.135;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.506;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.497;NF=24;NR=12;PP=1229;ReadPosRankSum=1.216;SC=TAAACTAAACCTGACTTGGTA;SOR=0.417;SbPval=0.24;Source=Platypus;TC=108;TCF=80;TCR=28;TR=36;WE=70680219;WS=70680201;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:110,50:0.31:160
chr2	70683753	rs2278791	T	C	340.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=1.105;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.234;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=12;PP=248;ReadPosRankSum=-0.641;SC=GCTTTTGCAATTGGAGGGAAA;SOR=0.973;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=42;TCF=13;TCR=29;TR=16;WE=70683761;WS=70683743;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,18:0.38:47
chr2	70780954	rs186942988	C	G	2625.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=3.221;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.249;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=64;PP=1703;ReadPosRankSum=0.027;SC=CTGCGGTGCCCGAGTGGCGGA;SOR=1.202;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=125;TCF=37;TCR=88;TR=89;WE=70780962;WS=70780944;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,112:0.65:172
chr2	70917812	rs10084293	C	T	452.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.859;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FS=8.880;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.50;ReadPosRankSum=1.145;SOR=1.486;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:140,41:0.23:181
chr2	70923041	.	C	T	247.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-2.453;ClippingRankSum=0.000;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.591;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=9;PP=158;ReadPosRankSum=1.212;SC=CCAAGTCCATCTCTAATGAAC;SOR=0.336;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=33;TCF=7;TCR=26;TR=12;WE=70923049;WS=70923031;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,13:0.36:36
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chr2	71163051	rs79652147	C	T	2249.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.657;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=404;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.201;HP=2;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=41;PP=1150;ReadPosRankSum=0.729;SC=CAGCAGCAGGCTCAGACACTG;SOR=0.564;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=287;TCF=172;TCR=115;TR=93;WE=71163059;WS=71163041;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:271,132:0.33:403
chr2	71163086	rs11681642	T	C	16607.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.451;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=537;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=169;NR=174;PP=2965;ReadPosRankSum=0.522;SC=GACTGCTCCATGGCCATGGAG;SOR=0.272;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=343;TCF=169;TCR=174;TR=343;WE=71163094;WS=71163076;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,530:1.00:531
chr2	71163111	rs17853498	T	C	3062.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=1.456;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=579;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.557;HP=6;HapScore=1;MGOF=30;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=56;PP=1065;ReadPosRankSum=0.212;SC=ACAGCAGGCCTGGGGGGCTCC;SOR=0.634;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=340;TCF=162;TCR=178;TR=109;WE=71163119;WS=71163101;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:386,185:0.32:571
chr2	71163220	rs35768563	C	T	3073.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.260;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=265;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.70;ReadPosRankSum=-2.031;SOR=0.687;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:92,150:0.62:242
chr2	71163225	rs759219	C	T	7535.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=234;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=35.71;SOR=0.781;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,211:1.00:211
chr2	71163277	rs34965400	G	A	730.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.701;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=47;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=40;PP=931;ReadPosRankSum=0.485;SC=CCCGGGCCCCGCTTCTTGCCT;SOR=0.588;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=80;TCF=21;TCR=59;TR=54;WE=71163285;WS=71163267;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,35:0.50:70
chr2	71170525	.	TGGG	T	1027.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.114;ClippingRankSum=0.000;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=1.357;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=21.41;ReadPosRankSum=0.851;SOR=1.188;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,26:0.54:48
chr2	71170528	.	GG	CA	1275	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;FR=0.5000;HP=4;HapScore=4;MGOF=1;MMLQ=28;MQ=60.0;NF=19;NR=3;PP=1275;QD=60.3849034028;SC=TGTGTGGTGGGGGCGGACTCT;SbPval=0.93;Source=Platypus;TC=42;TCF=31;TCR=11;TR=22;WE=71170538;WS=71170523;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:20,22:0.52:42
chr2	71170530	.	GC	G	1280	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;FR=0.5000;HP=4;HapScore=4;MGOF=1;MMLQ=28;MQ=60.0;NF=12;NR=3;PP=1280;QD=88.6020599913;SC=TGTGGTGGGGGCGGACTCTGA;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=26;TCF=20;TCR=6;TR=15;WE=71170538;WS=71170523;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:11,15:0.58:26
chr2	71170531	.	C	CAG	1027.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.587;ClippingRankSum=0.000;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=1.269;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=20.97;ReadPosRankSum=-1.626;SOR=0.984;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,27:0.55:49
chr2	71175511	rs35598289	G	GAA	5831.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.455;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=268;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.486;HP=5;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQ=59.98;MQRankSum=1.452;NF=29;NR=50;PP=2963;ReadPosRankSum=0.499;SC=TAGGACTACAGAAAATGATCA;SOR=0.652;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=118;TCF=50;TCR=68;TR=79;WE=71175519;WS=71175501;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,175:0.68:259
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chr2	71185391	rs967063	A	C	6135.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.629;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=446;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.398;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=93;NR=96;PP=2538;ReadPosRankSum=0.512;SC=GAGCACAGAAAGTGCCCAGAA;SOR=0.544;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=302;TCF=159;TCR=143;TR=189;WE=71185399;WS=71185381;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:156,284:0.65:440
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chr2	71357710	rs981947	G	C	2975.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.147;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=494;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=39;PP=1346;ReadPosRankSum=-0.985;SC=TGAAATCCAAGTTGCGCTGGG;SOR=0.692;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=294;TCF=180;TCR=114;TR=100;WE=71357718;WS=71357700;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:323,165:0.34:488
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chr2	71360735	rs138856662	T	TTCC	7029.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=1;NR=71;PP=2971;SC=AGAGAGCACTTTCCTCCTCAA;SOR=1.329;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=80;TCF=1;TCR=79;TR=72;WE=71360743;WS=71360713;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,158:1.00:158
chr2	71361332	rs9941620	T	G	1187.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.160;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.957;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=29;PP=566;ReadPosRankSum=-0.789;SC=TAGCAAGTTCTATTCTCTAAT;SOR=0.545;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=128;TCF=44;TCR=84;TR=46;WE=71361340;WS=71361322;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:115,67:0.37:182
chr2	71365509	rs357757	C	T	104.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.911;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=2;PP=72;ReadPosRankSum=0.051;SC=AGAACAGAATCGTAGAACAGT;SOR=0.368;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=14;TCF=11;TCR=3;TR=6;WE=71365517;WS=71365499;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,6:0.33:18
chr2	71365676	rs357756	G	A	876.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.434;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.12;ReadPosRankSum=-0.580;SOR=0.712;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:158,55:0.26:213
chr2	71375065	rs357744	A	C	1020.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-0.397;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.474;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=12;PP=607;ReadPosRankSum=0.453;SC=ATAGGTTCACAGTTCACACAT;SOR=0.316;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=124;TCF=98;TCR=26;TR=46;WE=71375073;WS=71375055;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,53:0.39:135
chr2	71376999	rs6574	G	A	658.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.174;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FS=1.472;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.71;ReadPosRankSum=-0.756;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:98,42:0.30:140
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chr2	71429725	rs56871884	T	C	3619.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.416;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=601;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=88;PP=1368;ReadPosRankSum=-1.701;SC=TTCATTATGATGGAACCTAAA;SOR=0.722;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=396;TCF=143;TCR=253;TR=133;WE=71429733;WS=71429715;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:378,211:0.36:589
chr2	71429750	rs35398551	A	T	2370.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-3.507;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=383;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.185;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=66;PP=1168;ReadPosRankSum=-0.030;SC=AGCAAAAGAAAAGATAAAATG;SOR=0.471;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=283;TCF=79;TCR=204;TR=94;WE=71429758;WS=71429740;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:245,132:0.35:377
chr2	71607539	rs17693408	G	A	354.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.193;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.846;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=9;PP=294;ReadPosRankSum=-0.048;SC=TATCACTCCAGTTGAATTATT;SOR=0.160;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=30;TCF=10;TCR=20;TR=16;WE=71607547;WS=71607529;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,16:0.53:30
chr2	71615571	rs2542529	C	T	2737.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=77;NR=10;PP=2154;SC=GGGGCAACAACTACCCACAGA;SOR=4.035;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=87;TCF=77;TCR=10;TR=87;WE=71615579;WS=71615561;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr2	71620818	rs6741436	C	T	7169.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=275;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=69;NR=112;PP=2965;SC=GCTCTCGCTTCCCCTGCAACC;SOR=1.111;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=181;TCF=69;TCR=112;TR=181;WE=71620826;WS=71620808;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,265:1.00:265
chr2	71626679	rs34538815	CT	C	3010.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.566;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=392;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.074;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=33;PP=1818;ReadPosRankSum=1.094;SC=GCTGACTGTACTTTTACAAGC;SOR=0.908;SbPval=0.18;Source=Platypus;TC=169;TCF=59;TCR=110;TR=59;WE=71626687;WS=71626669;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:241,142:0.37:383
chr2	71627539	rs3771371	C	T	957.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=0.569;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=15;PP=593;ReadPosRankSum=0.059;SC=TACTGTTTAACCTATTGTGGA;SOR=0.735;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=52;TCF=31;TCR=21;TR=37;WE=71627547;WS=71627529;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,41:0.68:60
chr2	71632976	rs67651141	AGTGCATATTAAGTGGTCTAATAG	A	158.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=0.805;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=4;PP=1903;ReadPosRankSum=0.703;SC=CAGGTACTGGAGTGCATATTA;SOR=0.892;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=1;TCR=17;TR=4;WE=71633006;WS=71632966;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,6:0.24:25
chr2	71633275	rs3732233	T	C	2613.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.048;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.273;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=38;PP=1416;ReadPosRankSum=0.631;SC=TAGATACAATTTATGATCGAT;SOR=0.879;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=146;TCF=79;TCR=67;TR=87;WE=71633283;WS=71633265;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:100,127:0.56:227
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chr2	71645890	rs4852784	G	C	1101.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=29;PP=886;SC=TTTATTTTGTGTACATATGGG;SOR=3.737;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=34;TCF=5;TCR=29;TR=33;WE=71645898;WS=71645880;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr2	71645946	rs4438512	G	A	197.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-1.352;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.274;HP=3;HapScore=2;MGOF=43;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=6;PP=114;ReadPosRankSum=0.143;SC=TAGGAGTTTCGTTTGTTGCTT;SOR=0.084;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=14;TCF=1;TCR=13;TR=7;WE=71645954;WS=71645936;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,9:0.53:17
chr2	71651939	rs12613800	T	A	1321.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.420;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.657;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=25;PP=652;ReadPosRankSum=-0.282;SC=ACAATGTTAGTGACTAAGAGT;SOR=0.499;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=119;TCF=45;TCR=74;TR=44;WE=71651947;WS=71651929;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:119,70:0.37:189
chr2	71661855	rs35526551	C	CA	2124.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.956;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=263;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.475;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQ=60.04;MQRankSum=1.290;NF=18;NR=25;PP=1419;ReadPosRankSum=0.055;SC=TTTTATATTGCAAATTGCTTT;SOR=0.648;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=129;TCF=57;TCR=72;TR=43;WE=71661863;WS=71661845;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:161,98:0.38:259
chr2	71708825	rs71402983	T	TATCC	1721.87	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.249;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.9837;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.578;NF=8;NR=7;PP=718;ReadPosRankSum=0.433;SC=GGTCTTCATCTATCCATCCAT;SOR=0.869;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=25;TCF=14;TCR=11;TR=15;WE=71708837;WS=71708815;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,45:0.94:48
chr2	71747235	rs11675897	A	G	10888.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.685;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=442;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=191;NR=113;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.947;SC=TAATGGAATCATATAATGCAC;SOR=1.129;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=307;TCF=193;TCR=114;TR=304;WE=71747243;WS=71747225;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,431:1.00:433
chr2	71747432	rs11687223	G	T	5613.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.550;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=123;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.744;SC=CCTCCTGGGGGTTTTAGAATC;SOR=0.892;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=163;TCF=39;TCR=124;TR=162;WE=71747440;WS=71747422;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,202:1.00:203
chr2	71747851	rs12713755	T	C	3997.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=92;NR=37;PP=2850;SC=CCATCCTGGGTTCCCGGATGT;SOR=1.897;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=130;TCF=93;TCR=37;TR=129;WE=71747859;WS=71747841;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,140:1.00:140
chr2	71747899	rs12713756	G	A	7713.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=295;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=133;NR=85;PP=2965;SC=GGGATCACCAGAGGATGTTGT;SOR=1.068;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=218;TCF=133;TCR=85;TR=218;WE=71747907;WS=71747889;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,291:1.00:291
chr2	71755380	rs4852800	A	G	5555.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=99;NR=39;PP=2965;SC=TCAGGGTTTTAGAGGAGAGAC;SOR=1.526;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=139;TCF=100;TCR=39;TR=138;WE=71755388;WS=71755370;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,195:1.00:195
chr2	71762232	rs4852801	C	T	26491.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.703;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1011;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=271;NR=368;PP=2965;ReadPosRankSum=1.063;SC=GAGCCTCCTGCCCCCAGCAAA;SOR=0.917;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=639;TCF=271;TCR=368;TR=639;WE=71762240;WS=71762222;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,995:1.00:997
chr2	71762310	rs4852802	A	G	10005.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-1.882;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=353;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=94;NR=204;PP=2965;ReadPosRankSum=0.821;SC=GCATCCTGCCAGTATCCCAGA;SOR=0.680;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=299;TCF=94;TCR=205;TR=298;WE=71762318;WS=71762300;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,349:1.00:350
chr2	71762413	rs61740288	G	A	4539.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.616;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=301;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.076;HP=6;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=67;PP=2301;ReadPosRankSum=0.065;SC=CTCCATGTGCGAAAAAATGAG;SOR=0.559;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=192;TCF=91;TCR=101;TR=131;WE=71762421;WS=71762402;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:96,202:0.68:298
chr2	71766487	rs7609409	G	A	5035.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=42;NR=94;PP=2654;SC=TAAGGCCTCTGTTGCCCATTT;SOR=1.525;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=137;TCF=42;TCR=95;TR=136;WE=71766495;WS=71766477;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,192:1.00:192
chr2	71776345	rs736096	CA	TG	13745.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=320;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=149;NR=67;PP=2947;SC=GGCCTCGGGCCACATCTGTTT;SOR=1.555;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=236;TCF=164;TCR=72;TR=216;WE=71776354;WS=71776335;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,303:1.00:303
chr2	71780215	rs2303596	T	C	23722.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=923;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=227;NR=293;PP=2965;SC=ATGTGGATGATGCCATCCAGT;SOR=0.842;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=520;TCF=227;TCR=293;TR=520;WE=71780223;WS=71780205;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,920:1.00:920
chr2	71780821	rs2303597	T	C	377.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=43;NR=3;PP=1180;SC=GTGTGGTCCCTTTCCCAGCTC;SOR=0.818;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=46;TCF=43;TCR=3;TR=46;WE=71780829;WS=71780814;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr2	71795152	rs2288355	A	T	24729.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=905;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=308;NR=241;PP=2965;SC=TTGGGCTCTCAGTGGATGAGA;SOR=0.858;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=550;TCF=308;TCR=242;TR=549;WE=71795160;WS=71795142;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,901:1.00:901
chr2	71795460	rs34836829	G	A	1493.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.588;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=296;ExcessHet=3.0103;FS=1.632;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.20;ReadPosRankSum=0.702;SOR=0.574;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:200,87:0.30:287
chr2	71796865	rs10205023	C	G	2100.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=54;NR=9;PP=1565;SC=GGCTGACATACGCAGGGGTGC;SOR=3.193;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=63;TCF=54;TCR=9;TR=63;WE=71796873;WS=71796855;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr2	71797176	rs10183967	A	C	4532.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=49;NR=90;PP=2965;SC=ACCTCCGGAGACTTCATGCTT;SOR=1.402;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=140;TCF=50;TCR=90;TR=139;WE=71797184;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,152:1.00:152
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chr2	71817571	rs720541	A	T	782.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-2.027;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=26;PP=507;ReadPosRankSum=-0.327;SC=CGTCAGGTGCAGCAAACTCTT;SOR=0.781;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=94;TCF=18;TCR=76;TR=32;WE=71817579;WS=71817561;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,38:0.34:111
chr2	71828423	rs2303604	A	T	1537.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=39;NR=9;PP=1099;SC=AACCCGAATAAGTAGACTGAA;SOR=2.790;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=48;TCF=39;TCR=9;TR=48;WE=71828431;WS=71828413;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr2	71829821	rs1529408	G	T	6755.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=259;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=97;NR=65;PP=2965;SC=CGCCTAGTGCGCCTTGATACT;SOR=0.939;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=162;TCF=97;TCR=65;TR=162;WE=71829829;WS=71829811;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,252:1.00:252
chr2	71838597	rs2303606	C	A	8433.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-3.332;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=510;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.062;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=111;NR=147;PP=2962;ReadPosRankSum=0.132;SC=GTGCTTAGATCCTGGCATGGG;SOR=0.517;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=350;TCF=146;TCR=204;TR=258;WE=71838605;WS=71838587;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:125,372:0.75:497
chr2	71847943	rs12995778	C	A	1960.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=21;NR=36;PP=1090;SC=AAATGGACACCCCTAGGTTAC;SOR=1.148;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=57;TCF=21;TCR=36;TR=57;WE=71847951;WS=71847933;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr2	71871039	rs84181	A	G	4259.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=72;NR=47;PP=2436;SC=AACTCTGAAGAATGCTGCTTG;SOR=1.051;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=119;TCF=72;TCR=47;TR=119;WE=71871047;WS=71871029;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,154:1.00:154
chr2	71871236	rs84182	A	G	1731.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=43;PP=1285;SC=GTGTGTGCGTACTGGGCAGTG;SOR=2.644;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=53;TCF=10;TCR=43;TR=53;WE=71871244;WS=71871226;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr2	71891361	rs2303599	C	T	5374.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=98;NR=43;PP=2960;SC=TTGGGTGCCCCGTGTTGGCTG;SOR=1.464;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=142;TCF=98;TCR=44;TR=141;WE=71891369;WS=71891351;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,190:1.00:190
chr2	71901286	rs2559081	C	T	2150.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=38;NR=15;PP=1137;SC=TCTCTCTAACCTTGCTTCCTT;SOR=1.547;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=53;TCF=38;TCR=15;TR=53;WE=71901294;WS=71901276;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr2	71906171	rs1863812	T	C	6404.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=117;NR=56;PP=2965;SC=GGCCAAAAACTACCTCTCTGT;SOR=1.461;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=174;TCF=118;TCR=56;TR=173;WE=71906179;WS=71906161;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,232:1.00:232
chr2	71907930	rs7558412	G	T	375.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=12;NR=1;PP=283;SC=AGTGGAAGTAGGGGTGGCAGT;SOR=3.912;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=13;TCF=12;TCR=1;TR=13;WE=71907938;WS=71907925;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr2	72606790	rs66560019	T	G	5043.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.382;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=358;ExcessHet=3.0103;FS=1.958;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.49;ReadPosRankSum=0.283;SOR=0.569;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:106,242:0.70:348
chr2	72692272	rs5832083	A	AAG	14947.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=333;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=79;NR=69;PP=2930;SC=AGGACAAAGTAAGCAACTGCC;SOR=1.377;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=159;TCF=83;TCR=76;TR=148;WE=72692280;WS=72692262;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,330:1.00:330
chr2	72707874	rs653220	A	G	2782.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-1.643;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=69;PP=1745;ReadPosRankSum=-0.156;SC=TAATAATCTGAACAAGCTAGA;SOR=0.656;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=137;TCF=43;TCR=94;TR=103;WE=72707882;WS=72707864;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,122:0.71:172
chr2	72722464	rs11689707	A	C	216.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=1.590;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5004;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=8;NR=1;PP=153;ReadPosRankSum=0.547;SC=TTCCAAAATCAGGGCTGACGG;SOR=1.802;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=12;TCF=10;TCR=2;TR=9;WE=72722472;WS=72722461;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,9:0.69:13
chr2	72741705	rs59422959	CAATA	C	355.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=39.53;SOR=1.402;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr2	72742083	.	GACAC	G,GAC	4659.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.465;ClippingRankSum=0.000;DP=172;ExcessHet=3.0103;FS=2.531;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=30.26;ReadPosRankSum=0.347;SOR=0.309;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:3,27,124:0.18,0.81:154
chr2	72786528	rs7559956	A	C	1481.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.834;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.557;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=16;PP=728;ReadPosRankSum=0.440;SC=TTGAGAGAGCAAAGTTTTGAA;SOR=0.770;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=146;TCF=102;TCR=44;TR=53;WE=72786536;WS=72786518;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:125,78:0.38:203
chr2	72958333	rs61736520	T	C	10357.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.669;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=730;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.550;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=131;NR=142;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.888;SC=TATTTCTCTGTTGTAGTCGAC;SOR=0.707;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=432;TCF=212;TCR=220;TR=273;WE=72958341;WS=72958323;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:246,475:0.66:721
chr2	73151231	rs1561247	C	T	3995.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=77;NR=26;PP=2251;SC=CTCTCGAGTGCGGGGAGGTGT;SOR=1.814;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=104;TCF=78;TCR=26;TR=103;WE=73151239;WS=73151221;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,145:1.00:145
chr2	73195837	rs10565763	TTTCC	T	1428.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.231;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.362;HP=4;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.010;NF=1;NR=28;PP=1295;ReadPosRankSum=-0.694;SC=TGGTCTCCTTTTTCCTTCCTT;SOR=1.408;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=45;TCF=2;TCR=43;TR=29;WE=73195848;WS=73195827;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,38:0.68:56
chr2	73250225	rs143414267	C	T	596.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=2.012;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=3;PP=300;ReadPosRankSum=0.487;SC=GAAGAGCCACCGGAGGGGGGC;SOR=0.616;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=42;TCF=36;TCR=6;TR=18;WE=73250233;WS=73250215;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,26:0.45:58
chr2	73280303	.	G	GA	233.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.195;ClippingRankSum=0.000;DP=401;ExcessHet=3.0103;FS=2.687;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.16;MQRankSum=5.159;QD=0.65;ReadPosRankSum=-0.978;SOR=0.496;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:294,64:0.18:358
chr2	73339430	rs4143146	T	G	9320.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.791;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=672;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.866;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=165;NR=122;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.674;SC=AGCCCCGCCCTGTTAGGCCTT;SOR=0.595;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=449;TCF=264;TCR=185;TR=287;WE=73339438;WS=73339420;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:220,448:0.67:668
chr2	73339708	rs1864488	G	A	18028.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.169;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1230;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.551;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=240;NR=236;PP=2962;ReadPosRankSum=2.209;SC=GCCACTCGGGGCAGCCGTGCG;SOR=0.653;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=725;TCF=369;TCR=356;TR=476;WE=73339716;WS=73339698;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:409,815:0.67:1224
chr2	73429742	rs60009779	T	G	204.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.917;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.94;ReadPosRankSum=-0.169;SOR=0.276;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,11:0.21:52
chr2	73430234	rs13432787	T	C	607.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=2.053;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.035;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=18;PP=405;ReadPosRankSum=0.692;SC=AGAGCCTAGGTCGCCACTGCC;SOR=0.518;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=62;TCF=15;TCR=47;TR=24;WE=73430242;WS=73430224;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,28:0.39:72
chr2	73441385	rs55857338	C	G	5862.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.967;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=877;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.802;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=103;NR=73;PP=2476;ReadPosRankSum=1.323;SC=AAGGCGGAGGCGCGCCCAAGA;SOR=0.851;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=509;TCF=273;TCR=236;TR=176;WE=73441393;WS=73441375;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:554,318:0.36:872
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chr2	73452127	rs58429816	AG	A	878.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.145;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.207;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.677;NF=0;NR=20;PP=708;ReadPosRankSum=-0.207;SC=GGTGGGCAGTAGGCCTTGGAA;SOR=1.000;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=51;TCF=4;TCR=47;TR=20;WE=73452135;WS=73452117;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,31:0.42:73
chr2	73455747	rs2288631	C	T	4775.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.522;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1130;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.23;ReadPosRankSum=1.287;SOR=0.709;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:817,311:0.28:1128
chr2	73460293	rs70965722	AGGGCC	A	2826.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=3.800;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.194;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=3.547;NF=1;NR=34;PP=1456;ReadPosRankSum=-2.030;SC=GACCATCTCCAGGGCCGGGCC;SOR=1.014;SbPval=0.98;Source=Platypus;TC=103;TCF=12;TCR=91;TR=35;WE=73460305;WS=73460283;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:111,83:0.43:194
chr2	73461483	rs1053329	C	A	1982.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=2.931;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=281;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.493;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=34;PP=1037;ReadPosRankSum=0.724;SC=GGGAGAGTGGCGGGCCGCTGA;SOR=0.700;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=177;TCF=86;TCR=91;TR=69;WE=73461491;WS=73461473;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:173,103:0.37:276
chr2	73467676	rs3835072	GAA	G	5275.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-2.330;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=468;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=2.807;NF=4;NR=54;PP=1915;ReadPosRankSum=0.526;SC=GCTGAGGTAGGAAAATAGTTG;SOR=0.664;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=201;TCF=22;TCR=179;TR=58;WE=73467685;WS=73467666;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:295,151:0.34:446
chr2	73471193	.	G	GT	255.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.032;ClippingRankSum=0.000;DP=430;ExcessHet=3.0103;FS=14.200;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.03;MQRankSum=0.000;QD=1.01;ReadPosRankSum=1.446;SOR=1.852;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:195,59:0.23:254
chr2	73471653	rs1018342	T	G	1837.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.852;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=398;ExcessHet=3.0103;FS=6.070;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.72;ReadPosRankSum=-1.179;SOR=1.013;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:283,106:0.27:389
chr2	73477351	rs909065	T	C	913.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=2.593;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.690;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=13;PP=485;ReadPosRankSum=0.749;SC=CTGCTGAGTGTTGGGGGGGCT;SOR=0.610;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=88;TCF=55;TCR=33;TR=32;WE=73477359;WS=73477341;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,47:0.37:126
chr2	73478461	rs7851	A	T	2048.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=2.445;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=344;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.381;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=46;PP=991;ReadPosRankSum=1.669;SC=TGATTGGGGCATATGCCAAGG;SOR=0.802;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=212;TCF=80;TCR=132;TR=72;WE=73478469;WS=73478451;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:228,114:0.33:342
chr2	73490412	rs34363861	A	G	1656.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.829;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=244;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=33;PP=705;ReadPosRankSum=-0.769;SC=AAATGACCTCATGGCCCACGG;SOR=0.657;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=160;TCF=56;TCR=104;TR=52;WE=73490420;WS=73490402;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:153,85:0.36:238
chr2	73491514	rs61735876	C	T	3313.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.246;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=708;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.574;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=73;PP=1521;ReadPosRankSum=-1.544;SC=GCAGTGTGCGCGTGTCCAGGT;SOR=0.617;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=450;TCF=192;TCR=258;TR=135;WE=73491522;WS=73491504;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:490,204:0.29:694
chr2	73613031	rs193922695	T	TGGA	1966.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.298;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=33.33;ReadPosRankSum=-1.795;SOR=0.779;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,51:0.86:59
chr2	73635899	.	C	CT	31.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.868;ClippingRankSum=0.000;DP=403;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.09;ReadPosRankSum=-0.275;SOR=0.675;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:297,47:0.14:344
chr2	73650122	rs1881246	T	A	11153.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.334;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=416;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=99;NR=185;PP=2965;ReadPosRankSum=1.197;SC=TTTATTTGCATGTAACCTTTC;SOR=0.761;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=287;TCF=101;TCR=186;TR=284;WE=73650130;WS=73650112;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,404:0.99:407
chr2	73675019	rs66492706	CT	C	1738.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=37;NR=13;PP=1378;SC=TCAAAGCTGGCTTTTTTTCCA;SOR=2.400;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=52;TCF=38;TCR=14;TR=50;WE=73675027;WS=73675009;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr2	73675227	rs34628045	T	TCTC	17327.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.279;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=646;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.100;NF=126;NR=192;PP=2967;ReadPosRankSum=0.586;SC=GGCTGTAAGTTCTCTAGAAAC;SOR=1.018;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=336;TCF=137;TCR=199;TR=318;WE=73675235;WS=73675217;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,627:0.99:631
chr2	73675669	rs2037814	T	G	10379.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=368;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=156;NR=135;PP=2965;SC=CACTCACATGTAGAGGACCTC;SOR=0.850;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=291;TCF=156;TCR=135;TR=291;WE=73675677;WS=73675659;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,354:1.00:354
chr2	73675844	rs7598901	C	T	21145.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=787;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=286;NR=247;PP=2965;SC=AACAAGAGTTCGCAGACAGTC;SOR=0.813;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=533;TCF=286;TCR=247;TR=533;WE=73675852;WS=73675834;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,772:1.00:772
chr2	73828310	rs1320374	T	C	6704.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.208;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=241;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=147;NR=37;PP=2965;ReadPosRankSum=1.697;SC=TTCTAAAAACTGTTTCCTGTA;SOR=1.226;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=185;TCF=148;TCR=37;TR=184;WE=73828318;WS=73828300;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,236:1.00:237
chr2	73828538	rs1052161	G	A	11948.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.732;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=441;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=107;NR=216;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.937;SC=GACCTACTGAGGCCATTTGTG;SOR=0.533;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=327;TCF=110;TCR=217;TR=323;WE=73828546;WS=73828528;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,432:1.00:433
chr2	73898118	rs7570683	C	T	5547.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=116;NR=42;PP=2965;SC=GTGACATTGACTGCAGGTAAT;SOR=1.743;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=159;TCF=117;TCR=42;TR=158;WE=73898126;WS=73898108;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,201:1.00:201
chr2	73898359	rs4341964	G	A	3843.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=21;NR=94;PP=2600;SC=CTCAATCATAGTAAAGGACAT;SOR=2.664;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=115;TCF=21;TCR=94;TR=115;WE=73898367;WS=73898349;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,133:1.00:133
chr2	73899613	rs2421585	T	G	3056.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=28;NR=53;PP=1756;SC=CAAGAAGAATTCCCATGAAGG;SOR=1.274;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=81;TCF=28;TCR=53;TR=81;WE=73899621;WS=73899603;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr2	73899955	rs6725284	G	T	14248.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=2.144;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=547;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=248;NR=142;PP=2965;ReadPosRankSum=1.579;SC=GTTTGTTCCTGTGGAAAATGT;SOR=0.976;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=394;TCF=250;TCR=144;TR=390;WE=73899963;WS=73899945;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,526:1.00:527
chr2	73900210	rs4637150	A	G	3525.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=76;PP=2083;SC=TTAGCCCTACATGTAGGGAGA;SOR=2.360;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=90;TCF=14;TCR=76;TR=90;WE=73900218;WS=73900200;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr2	73900918	rs35051622	CT	C	531.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.389;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.31;MQRankSum=0.977;QD=9.01;ReadPosRankSum=-0.177;SOR=0.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,46:0.78:59
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chr2	73928078	rs62619834	C	A	18288.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.344;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1349;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.684;NF=296;NR=286;PP=2962;ReadPosRankSum=0.087;SC=ACTGTGCCCACCACCTTCTCT;SOR=0.692;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=895;TCF=455;TCR=440;TR=582;WE=73928086;WS=73928068;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:488,846:0.63:1334
chr2	73928098	rs2001490	C	G	36622.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.705;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1358;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=-0.129;NF=436;NR=450;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.122;SC=TTCAGATTCACCCACCCAGAA;SOR=0.719;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=893;TCF=439;TCR=454;TR=886;WE=73928106;WS=73928088;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,1343:1.00:1345
chr2	73928366	rs2012574	G	C	19689.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=757;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=196;NR=272;PP=2965;SC=GCCATCCCCCGGGAGAGCAAG;SOR=0.924;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=468;TCF=196;TCR=272;TR=468;WE=73928374;WS=73928356;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,748:1.00:748
chr2	73956940	rs67805162	CT	C	56.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.101;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=3.34;ReadPosRankSum=0.235;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,9:0.53:17
chr2	73957124	rs7210	A	G	3280.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=35;NR=47;PP=1551;SC=ATAATGTCCCAATACTTTCTT;SOR=0.916;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=83;TCF=36;TCR=47;TR=82;WE=73957132;WS=73957114;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
chr2	73957227	rs13003035	T	A	1121.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=7;NR=19;PP=506;SC=TATACAAACATGTGTAAGTGA;SOR=1.402;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=7;TCR=19;TR=26;WE=73957235;WS=73957217;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr2	73961530	rs373693552	C	T	3579.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.729;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=251;ExcessHet=3.0103;FS=0.507;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.67;ReadPosRankSum=2.190;SOR=0.748;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:88,156:0.64:244
chr2	73993436	rs34279043	CA	C	87.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.299;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=6.761;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.66;ReadPosRankSum=-2.030;SOR=2.252;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,11:0.46:24
chr2	73994074	rs2567599	G	A	8096.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.045;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=301;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=150;PP=2965;ReadPosRankSum=1.807;SC=ACAAAAAGCAGATCTTTCCAG;SOR=1.497;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=212;TCF=62;TCR=150;TR=212;WE=73994082;WS=73994064;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,290:0.99:292
chr2	73996085	.	TA	T	155.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.619;ClippingRankSum=-0.000;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=11.12;ReadPosRankSum=-0.319;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,12:0.86:14
chr2	74000701	rs2116367	C	T	1169.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=8;NR=28;PP=877;SC=AAAGATGAGCCAGTTCAGTTC;SOR=2.362;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=37;TCF=9;TCR=28;TR=36;WE=74000709;WS=74000691;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr2	74007136	rs2272051	T	C	20548.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.485;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=764;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=238;NR=253;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.303;SC=CAATGCCAAGTCGGCCAAAAG;SOR=0.230;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=497;TCF=240;TCR=257;TR=491;WE=74007144;WS=74007126;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,754:0.99:758
chr2	74007345	rs3813228	A	G	3994.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=36;NR=84;PP=2582;SC=GCCAGAGGCCAGTAGCACAGG;SOR=1.660;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=120;TCF=36;TCR=84;TR=120;WE=74007353;WS=74007335;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,142:1.00:142
chr2	74128361	rs1653258	T	G	14292.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.906;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=519;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=27.59;ReadPosRankSum=-1.223;SOR=1.249;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,516:1.00:518
chr2	74128369	rs1632564	G	A	25143.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=591;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.69;SOR=1.173;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,589:1.00:589
chr2	74128391	rs1721241	G	C	20975.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=769;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=43;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=300;NR=190;PP=2965;SC=CTCTTCTCCCGCAAATCCCAA;SOR=1.015;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=492;TCF=300;TCR=192;TR=490;WE=74128399;WS=74128381;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,768:1.00:768
chr2	74128433	rs1050146	C	T	26369.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=1004;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=39;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=318;NR=285;PP=2965;SC=CTCAGCCACACACACCATGTG;SOR=0.766;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=604;TCF=319;TCR=285;TR=603;WE=74128441;WS=74128423;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,995:1.00:995
chr2	74128666	.	TGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTCTGTGC	T	664	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;FR=0.5000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MMLQ=24;MQ=61.13;NF=0;NR=17;PP=664;QD=39.2352941176;SC=GAAATGTGTGTGTGTGTGTGT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=35;TCF=0;TCR=35;TR=17;WE=74128721;WS=74128654;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:18,17:0.49:35
chr2	74129664	rs1653256	A	G	30592.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=1163;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NR=301;PP=2965;SC=ATCACCCATCATCATGACCCT;SOR=0.817;Source=Platypus;TCR=301;WE=74129672;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,1160:1.00:1160
chr2	74129712	rs1721243	C	G	32615.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=1210;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NR=368;PP=2965;SC=AACTCTCCCTCTAAAATGCTT;SOR=0.705;SbPval=0.5;Source=Platypus;TCR=373;WE=74129720;WS=74129702;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,1199:1.00:1199
chr2	74129895	rs1721244	G	A	10619.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=405;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=95;NR=198;PP=2965;SC=CTAAACACAGGTCAGCTCATG;SOR=1.428;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=296;TCF=98;TCR=198;TR=293;WE=74129903;WS=74129885;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,390:1.00:390
chr2	74135380	rs756127	G	A	4666.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=82;NR=47;PP=2618;SC=ATTGTCAGGAGATAGACCCTG;SOR=1.218;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=129;TCF=82;TCR=47;TR=129;WE=74135388;WS=74135370;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,176:1.00:176
chr2	74135797	rs702461	T	C	3007.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=59;NR=21;PP=1857;SC=TTGTCTCCACTAGATCTGGCA;SOR=1.721;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=80;TCF=59;TCR=21;TR=80;WE=74135805;WS=74135787;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr2	74135898	rs756128	A	G	7881.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=291;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=98;NR=75;PP=2965;SC=CCAACAGGGAAAAGATGACCC;SOR=0.880;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=174;TCF=98;TCR=76;TR=173;WE=74135906;WS=74135888;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,289:1.00:289
chr2	74140581	rs891699	A	T	5892.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=134;NR=46;PP=2965;SC=AAGAATGAGAATTTTATAAGC;SOR=2.027;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=180;TCF=134;TCR=46;TR=180;WE=74140589;WS=74140571;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,212:1.00:212
chr2	74140789	rs891698	T	C	13960.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=520;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=132;NR=215;PP=2965;SC=CAGCCCCTTTTCTGATTCTGA;SOR=1.084;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=347;TCF=132;TCR=215;TR=347;WE=74140797;WS=74140779;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,509:1.00:509
chr2	74140888	rs891697	A	C	3511.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=23;NR=79;PP=2523;SC=CTCTCCTGAGATAGACTGAGA;SOR=2.323;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=102;TCF=23;TCR=79;TR=102;WE=74140896;WS=74140878;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr2	74142164	rs35892339	GA	G	717.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=23;PP=921;SC=AAAAATTAGGGAAAAATCTCA;SOR=3.258;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=27;TCF=3;TCR=24;TR=26;WE=74142172;WS=74142154;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
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chr2	74362090	rs828879	A	G	1781.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=46;PP=1289;SC=AGTCTGGAATATCTGCCTGTG;SOR=2.948;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=55;TCF=9;TCR=46;TR=55;WE=74362098;WS=74362080;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr2	74374884	rs1667605	G	A	993.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-0.030;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.715;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=8;PP=228;ReadPosRankSum=0.061;SC=GACAGCCGCCGGCCCCGCGGT;SOR=0.572;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=56;TCF=26;TCR=30;TR=17;WE=74374892;WS=74374874;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,50:0.45:110
chr2	74383911	rs828852	G	A	218.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-1.636;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.330;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=7;PP=127;ReadPosRankSum=2.729;SC=ACATTTTAAAGTAGGCATTTA;SOR=0.267;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=33;TCF=8;TCR=25;TR=11;WE=74383919;WS=74383901;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,13:0.35:37
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chr2	74448655	rs7587117	T	C	1548.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.281;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=295;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.40;ReadPosRankSum=0.653;SOR=0.714;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:192,95:0.33:287
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chr2	74466594	rs4853018	G	A	1695.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.807;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=307;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.802;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=46;PP=920;ReadPosRankSum=-1.237;SC=GCAGGCGCCCGCCGTAGCTCA;SOR=1.038;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=201;TCF=76;TCR=125;TR=67;WE=74466602;WS=74466584;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:206,98:0.32:304
chr2	74481944	rs376191179	AT	A	144.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.729;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.73;ReadPosRankSum=-1.245;SOR=0.557;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,21:0.40:53
chr2	74482892	rs7602215	T	C	4006.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.467;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=263;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.416;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=92;NR=48;PP=1988;ReadPosRankSum=1.197;SC=CAGGTTTCAATGGCTCTCACC;SOR=0.530;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=199;TCF=133;TCR=66;TR=140;WE=74482900;WS=74482882;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,177:0.69:256
chr2	74486869	rs10181732	C	A	3256.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.947;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=244;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.026;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=62;PP=1623;ReadPosRankSum=-0.458;SC=TGTTCATAACCAAAGCAAACT;SOR=0.603;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=165;TCF=70;TCR=95;TR=111;WE=74486877;WS=74486859;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,153:0.63:243
chr2	74489318	rs55651232	G	A	5906.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-1.201;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=370;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=79;NR=68;PP=2453;ReadPosRankSum=2.359;SC=GTGGAGTGGTGTAGACTCGGG;SOR=0.697;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=194;TCF=104;TCR=90;TR=147;WE=74489326;WS=74489308;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:100,267:0.73:367
chr2	74531832	rs12991424	G	C	1982.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-2.428;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=302;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.293;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=37;PP=651;ReadPosRankSum=1.292;SC=CAAAAGACAGGGGAGGCAGGG;SOR=0.514;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=205;TCF=81;TCR=124;TR=68;WE=74531840;WS=74531822;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:187,112:0.37:299
chr2	74595014	rs909177	G	A	6882.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.433;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=473;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.559;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=103;NR=106;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.179;SC=GAAGGGCACTGTGAGGCTAGA;SOR=0.695;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=298;TCF=148;TCR=150;TR=209;WE=74595022;WS=74595004;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:151,312:0.67:463
chr2	74595716	rs34598987	G	A	312.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=3.135;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.295;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=3;PP=316;ReadPosRankSum=0.817;SC=TATATTAATCGGTGACTTTGC;SOR=1.055;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=59;TCF=47;TCR=12;TR=19;WE=74595724;WS=74595706;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,18:0.27:67
chr2	74596168	rs3216580	G	GA	1234.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-0.228;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.840;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.082;NF=17;NR=13;PP=1159;ReadPosRankSum=-0.192;SC=CTGAAGCCCAGACCCCATACC;SOR=1.264;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=49;TCF=28;TCR=21;TR=30;WE=74596176;WS=74596158;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,40:0.65:62
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chr2	74604673	rs3213672	C	T	4189.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.172;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=308;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.455;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NR=107;PP=2740;ReadPosRankSum=-0.766;SC=ATGGTAGTGACGGAAAAAAAT;SOR=0.751;Source=Platypus;TCR=179;WE=74604681;WS=74604663;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:125,177:0.59:302
chr2	74604895	rs3815241	T	C	3448.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=3.653;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=240;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.052;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=55;PP=1792;ReadPosRankSum=-0.346;SC=AGTTTCAATATAGCCAGATCA;SOR=0.802;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=144;TCF=64;TCR=80;TR=98;WE=74604903;WS=74604885;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,151:0.64:235
chr2	74641624	rs2240444	G	C	9792.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.369;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=722;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.830;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=125;NR=156;PP=2962;ReadPosRankSum=0.016;SC=GCAGCAACACGGGCTTCCACA;SOR=0.858;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=434;TCF=200;TCR=234;TR=281;WE=74641632;WS=74641614;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:254,461:0.64:715
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chr2	74649921	rs11685929	C	A	1828.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.767;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.83;MQRankSum=-0.461;QD=20.78;ReadPosRankSum=-1.316;SOR=0.796;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,71:0.81:88
chr2	74682512	rs2268417	C	T	6684.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=2.086;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=407;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.814;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=99;NR=100;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.097;SC=CAAACACTGTCGACAGGCTTT;SOR=0.612;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=277;TCF=141;TCR=136;TR=199;WE=74682520;WS=74682502;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:116,278:0.71:394
chr2	74687258	rs113321228	A	ACACATTT	37659.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=-0.531;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1711;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.579;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=3.091;NF=66;NR=261;PP=2966;ReadPosRankSum=1.882;SC=TCCCTTTTCCACACATTTCAA;SOR=0.884;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=687;TCF=141;TCR=546;TR=327;WE=74687266;WS=74687248;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:513,923:0.64:1436
chr2	74687550	rs8469	T	C	3215.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.976;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FS=5.335;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.63;MQRankSum=1.423;QD=23.47;ReadPosRankSum=-0.587;SOR=0.361;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:55,82:0.60:137
chr2	74687563	.	G	T	3374.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-2.810;ClippingRankSum=0.000;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.198;HP=1;HapScore=3;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.438;NF=28;NR=25;PP=2394;ReadPosRankSum=-2.310;SC=TCAGGAGGGTGAGCCCGGGGC;SOR=0.455;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=93;TCF=46;TCR=47;TR=53;WE=74687571;WS=74687540;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,90:0.65:139
chr2	74690039	rs2268416	G	A	7227.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.012;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=483;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=91;NR=101;PP=2962;ReadPosRankSum=0.266;SC=CGTTCAGGGGGGGCCCCTGGG;SOR=0.667;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=288;TCF=136;TCR=152;TR=192;WE=74690047;WS=74690029;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:155,318:0.67:473
chr2	74690378	rs1063588	C	T	3536.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.047;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=268;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=36;PP=1567;ReadPosRankSum=-0.256;SC=AAGCGGAAGTCACCAAGTTCA;SOR=0.704;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=181;TCF=112;TCR=69;TR=99;WE=74690386;WS=74690368;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:105,162:0.61:267
chr2	74699778	rs1047911	C	A	9639.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.567;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=664;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=112;NR=173;PP=2962;ReadPosRankSum=1.796;SC=CGAGCCAAGGCAGCTGCCATG;SOR=0.762;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=447;TCF=180;TCR=267;TR=285;WE=74699786;WS=74699768;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:229,426:0.65:655
chr2	74710491	rs6707475	C	T	7575.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.264;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=514;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.968;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=168;NR=71;PP=2962;ReadPosRankSum=1.592;SC=GTCGCTGCTGCACCCAAACTT;SOR=0.859;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=374;TCF=253;TCR=121;TR=239;WE=74710499;WS=74710481;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:173,333:0.66:506
chr2	74719910	rs17009980	G	T	2277.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.861;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=51;PP=1334;ReadPosRankSum=0.845;SC=GCTGAGGCGGGTATCAGGGAG;SOR=0.727;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=101;TCF=32;TCR=69;TR=75;WE=74719918;WS=74719900;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,97:0.75:130
chr2	74720002	rs4853026	C	G	2388.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=45;NR=20;PP=1646;SC=GGCATGGGCTCTCCTGCTTAA;SOR=1.580;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=65;TCF=45;TCR=20;TR=65;WE=74720010;WS=74719996;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr2	74725144	rs6546908	T	C	10041.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=374;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=157;NR=97;PP=2965;SC=CTGGAGCGCCTTCGGGCAGTG;SOR=1.088;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=254;TCF=157;TCR=97;TR=254;WE=74725152;WS=74725134;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,368:1.00:368
chr2	74725178	rs17009998	G	A	6564.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.218;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=499;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.541;HP=3;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=122;NR=82;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.147;SC=GACTTCCGGGGACAACGCGCG;SOR=0.772;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=314;TCF=185;TCR=129;TR=204;WE=74725186;WS=74725168;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:189,297:0.61:486
chr2	74730062	rs13023123	G	A	3281.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.046;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=411;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.519;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=111;PP=2246;ReadPosRankSum=-1.331;SC=GCAAATCCTGGTGCTGTCGCC;SOR=0.536;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=362;TCF=64;TCR=298;TR=137;WE=74730070;WS=74730052;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:250,154:0.38:404
chr2	74732415	rs2240443	T	G	1970.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.084;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.765;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=31;ReadPosRankSum=0.239;SC=TGTAGGATGGTTGGGGGGAGT;SOR=0.850;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=101;TCF=55;TCR=46;TR=70;WE=74732423;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,78:0.69:113
chr2	74733834	rs41285991	C	T	100.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.261;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=13.320;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.68;ReadPosRankSum=0.228;SOR=3.473;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:51,9:0.15:60
chr2	74734983	.	TG	T	176.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.082;ClippingRankSum=0.000;DP=90;ExcessHet=3.0103;FS=1.543;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.49;ReadPosRankSum=-0.443;SOR=0.354;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:54,17:0.24:71
chr2	74746080	rs6709863	C	T	381.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.854;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.105;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=5;PP=284;ReadPosRankSum=-2.666;SC=CACTAAGATCCCTTCCTCTGT;SOR=0.242;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=21;TCF=15;TCR=6;TR=15;WE=74746088;WS=74746073;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,15:0.68:22
chr2	74746322	rs6546909	A	T	1676.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=1.441;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=33;PP=968;ReadPosRankSum=-1.673;SC=GGGTTAGGAGAAGGTAATTTC;SOR=0.764;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=77;TCF=35;TCR=42;TR=60;WE=74746330;WS=74746304;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,74:0.74:100
chr2	74751022	rs143229792	G	GT	5851.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.938;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=473;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=68;NR=69;PP=2741;ReadPosRankSum=1.548;SC=TTTGCAGGCTGTTTTTTTTGT;SOR=0.670;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=228;TCF=112;TCR=116;TR=137;WE=74751030;WS=74751012;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:164,294:0.64:458
chr2	74755778	rs10779958	A	C	1216.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=1.016;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=13;PP=876;ReadPosRankSum=0.358;SC=AATGAACTGGAGATGATGGGG;SOR=0.765;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=74;TCF=54;TCR=20;TR=46;WE=74755786;WS=74755768;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,48:0.60:80
chr2	74756111	rs3835033	G	GA	3743.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.432;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=351;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.459;HP=10;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.741;NF=53;NR=72;PP=1729;ReadPosRankSum=-0.724;SC=TGAGGAAAATGAAAAAAAAAA;SOR=0.737;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=215;TCF=96;TCR=119;TR=125;WE=74756119;WS=74756101;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:98,219:0.69:317
chr2	74756176	rs2231250	G	C	6700.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.307;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=469;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.614;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.026;NF=137;NR=99;PP=2962;ReadPosRankSum=0.101;SC=ATCCTCCATGGGGAACGCGAG;SOR=0.929;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=364;TCF=205;TCR=159;TR=236;WE=74756184;WS=74756166;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:157,301:0.66:458
chr2	74756548	rs1183739	G	C	3969.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.184;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=640;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.166;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=75;NR=73;PP=2268;ReadPosRankSum=1.212;SC=TCCCGAGAAAGAGGCGCAGGA;SOR=0.601;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=439;TCF=209;TCR=230;TR=148;WE=74756556;WS=74756538;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:423,211:0.33:634
chr2	74758934	rs2241028	G	A	1603.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.865;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FS=4.666;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.62;ReadPosRankSum=-0.663;SOR=0.343;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,66:0.73:91
chr2	74761422	rs6707302	T	C	10589.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=2.175;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=694;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.852;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=164;NR=151;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.734;SC=ACCATGTGGTTCACTTCAGTC;SOR=0.742;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=470;TCF=241;TCR=229;TR=315;WE=74761430;WS=74761412;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:229,451:0.66:680
chr2	74789700	rs11126435	A	T	438.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.859;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=14;PP=279;ReadPosRankSum=0.726;SC=GACTTCCTGCATGAATCATCA;SOR=0.631;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=27;TCF=6;TCR=21;TR=18;WE=74789708;WS=74789690;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,19:0.68:28
chr2	74884611	rs205650	A	G	381.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.278;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FS=3.388;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.24;ReadPosRankSum=0.434;SOR=0.365;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:65,25:0.28:90
chr2	74900588	rs34617503	G	T	2304.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.279;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=21;PP=1049;ReadPosRankSum=-0.835;SC=CTGCAGGGGGGGTCCTCTATG;SOR=0.709;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=101;TCF=67;TCR=34;TR=64;WE=74900596;WS=74900578;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,103:0.67:153
chr2	74901602	rs363608	C	T	1580.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.154;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.449;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=15;PP=941;ReadPosRankSum=2.256;SC=TAAAGAGAACCTCCCATGTGT;SOR=0.404;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=67;TCF=51;TCR=16;TR=54;WE=74901610;WS=74901592;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,66:0.77:86
chr2	74902872	rs363609	A	G	7014.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.039;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=442;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.200;HP=6;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=101;NR=108;PP=2962;ReadPosRankSum=0.790;SC=CTCCGTTTTTATAGAGCTGGC;SOR=0.560;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=309;TCF=145;TCR=164;TR=209;WE=74902880;WS=74902862;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:134,301:0.69:435
chr2	75061873	rs663504	C	G	9795.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=363;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=88;NR=177;PP=2965;SC=CTCCCTACTCCGGGCCTGGGA;SOR=1.334;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=267;TCF=88;TCR=179;TR=265;WE=75061881;WS=75061863;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,356:1.00:356
chr2	75105798	rs604112	A	G	23513.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=874;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=231;NR=226;PP=2965;SC=CCCACATGCTATCTTTCTGTT;SOR=0.707;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=457;TCF=231;TCR=226;TR=457;WE=75105806;WS=75105788;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,864:1.00:864
chr2	75113572	rs2306806	G	A	10488.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=393;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=116;NR=108;PP=2965;SC=CTTGGGTGTGGAGGGGTTGGT;SOR=0.735;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=225;TCF=116;TCR=109;TR=224;WE=75113580;WS=75113562;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,388:1.00:388
chr2	75113657	rs2229626	C	T	7445.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=271;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=137;NR=85;PP=2965;SC=AGATGCGCAACGTGGAACTGG;SOR=1.162;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=223;TCF=137;TCR=86;TR=222;WE=75113665;WS=75113647;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,266:1.00:266
chr2	75113789	rs2229627	C	G	18582.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=728;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=226;NR=220;PP=2965;SC=CACTCAACCCCGGCAAGCAGA;SOR=0.718;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=447;TCF=227;TCR=220;TR=446;WE=75113797;WS=75113779;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,717:1.00:717
chr2	75115108	rs10194657	A	G	4467.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=54;NR=41;PP=2031;SC=AGCGTGGACTACTCTTCCGAG;SOR=0.876;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=95;TCF=54;TCR=41;TR=95;WE=75115116;WS=75115098;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,164:1.00:164
chr2	75116627	rs4853069	C	T	7954.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=300;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=71;NR=122;PP=2965;SC=ATCCCAGCCCCCCCTGCCTAC;SOR=1.099;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=193;TCF=71;TCR=122;TR=193;WE=75116635;WS=75116617;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,295:1.00:295
chr2	75185856	rs12366	G	T	8841.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=323;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=169;NR=74;PP=2965;SC=GAGGAGGAGGGACCTGCTGGG;SOR=1.536;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=243;TCF=169;TCR=74;TR=243;WE=75185864;WS=75185846;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,321:1.00:321
chr2	75187573	rs3771799	G	A	5134.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=79;NR=40;PP=2379;SC=ATCCCTAAATGTCAGGCTTGC;SOR=1.208;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=119;TCF=79;TCR=40;TR=119;WE=75187581;WS=75187563;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,193:1.00:193
chr2	75187793	rs3821312	A	T	1128.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=27;PP=846;SC=AATTTTAGCTACCTAGCCTCA;SOR=2.494;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=32;TCF=5;TCR=27;TR=32;WE=75187801;WS=75187783;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr2	75187869	rs3771800	T	C	230.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=39;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=7;PP=186;SC=TATGTAGTCATGTGCTGCGTA;SOR=1.402;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=3;TCR=7;TR=10;WE=75187877;WS=75187859;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr2	75425623	rs2024512	G	A	763.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=17;NR=6;PP=440;SC=CAGCAATGCCGTGGTCCTCTA;SOR=1.688;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=17;TCR=6;TR=23;WE=75425631;WS=75425613;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr2	75425728	rs6715729	A	G	3931.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=70;NR=39;PP=2174;SC=CGGCGATGGGAAAGAAGTTGT;SOR=1.195;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=109;TCF=70;TCR=39;TR=109;WE=75425736;WS=75425718;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,144:1.00:144
chr2	75720664	rs6741778	G	A	8528.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.201;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=615;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.797;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=115;NR=119;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.494;SC=CTTATCACCAGAGCAGCCAGG;SOR=0.564;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=364;TCF=173;TCR=191;TR=234;WE=75720672;WS=75720654;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:227,382:0.63:609
chr2	75744918	rs2286995	T	C	7223.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.946;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=502;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=128;NR=78;PP=2949;ReadPosRankSum=-0.980;SC=ACAGTAGCCCTGGGCCACTTC;SOR=0.706;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=318;TCF=195;TCR=123;TR=206;WE=75744926;WS=75744908;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:167,329:0.66:496
chr2	75745081	rs2286994	T	C	7442.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.011;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=529;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.547;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.723;NF=115;NR=133;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.304;SC=GATTACGTAGTGTGTCTTTAC;SOR=0.756;SbPval=0.57;Source=Platypus;TCR=203;TR=248;WE=75745089;WS=75745071;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:178,344:0.66:522
chr2	75873733	rs2286238	T	C	1821.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-4.990;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.308;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=5;PP=1335;ReadPosRankSum=-0.415;SC=CTTTCTAGGCTGGGAGAACAC;SOR=0.074;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=87;TCF=82;TCR=5;TR=62;WE=75873741;WS=75873723;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,68:0.72:95
chr2	75919272	.	AAT	A	120	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;FR=0.5000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MMLQ=26;MQ=60.0;NF=1;NR=7;PP=120;QD=15.5;SC=TCGATAATGAAATATATATAT;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=29;TCF=2;TCR=27;TR=8;WE=75919283;WS=75919262;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:21,8:0.28:29
chr2	76976083	rs62170443	G	T	2147.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.825;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.400;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=55;PP=1359;ReadPosRankSum=-0.681;SC=TTATAAAATTGCTTTGGAAAG;SOR=0.884;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=121;TCF=34;TCR=87;TR=75;WE=76976091;WS=76976073;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,93:0.61:153
chr2	77748604	rs113233659	TA	T	2504.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.001;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FS=12.624;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.19;MQRankSum=1.380;QD=11.39;ReadPosRankSum=1.059;SOR=0.239;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:72,148:0.67:220
chr2	79254261	rs452267	T	C	12324.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=3.084;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=831;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-1.037;NF=117;NR=259;PP=2962;ReadPosRankSum=1.291;SC=GTAACAGCTATTCATACATCT;SOR=0.699;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=587;TCF=184;TCR=403;TR=376;WE=79254269;WS=79254251;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:281,521:0.65:802
chr2	79255325	rs2290079	G	C	3712.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.356;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=276;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=51;PP=1887;ReadPosRankSum=0.244;SC=TTTATATTCTGTCTCCCTAGG;SOR=0.674;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=166;TCF=90;TCR=76;TR=108;WE=79255333;WS=79255315;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:104,168:0.62:272
chr2	79255426	rs383969	G	C	2245.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.302;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=42;PP=1137;ReadPosRankSum=-1.132;SC=TCAGCAGCCTGAGCTTGGCGT;SOR=0.756;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=104;TCF=37;TCR=67;TR=65;WE=79255434;WS=79255416;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,99:0.65:153
chr2	79312414	rs3739144	G	A	5013.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.698;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=357;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.574;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=85;NR=79;PP=2700;ReadPosRankSum=-1.846;SC=TGAATCCTATGGTACAATGAG;SOR=0.533;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=251;TCF=135;TCR=116;TR=164;WE=79312422;WS=79312404;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:127,227:0.64:354
chr2	79313815	rs2073445	G	T	3125.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=54;NR=28;PP=1713;SC=TGGGAAGTTTGGGACCAGTGG;SOR=1.199;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=82;TCF=54;TCR=28;TR=82;WE=79313823;WS=79313805;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr2	79314081	rs6738657	T	C	4152.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=30;NR=75;PP=2379;SC=AAGGAGATAATTAAGAAAGAA;SOR=1.514;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=105;TCF=30;TCR=75;TR=105;WE=79314102;WS=79314071;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,145:1.00:145
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chr2	79422965	rs1434199	C	G	6259.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=243;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.08;SOR=0.761;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,240:1.00:240
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chr2	80540600	rs17018984	C	T	2214.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.307;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.623;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=25;PP=1072;ReadPosRankSum=-1.376;SC=CATGCTATGGCAGAGATGTAA;SOR=0.621;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=107;TCF=69;TCR=38;TR=67;WE=80540608;WS=80540590;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,101:0.64:158
chr2	80620235	rs3770306	T	G	217.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.202;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=3;PP=143;ReadPosRankSum=-0.079;SC=TTTAAAAAATTGTTTGAATTT;SOR=1.179;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=15;TCF=10;TCR=5;TR=10;WE=80620243;WS=80620225;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,10:0.67:15
chr2	80772972	rs2276659	G	A	1823.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.876;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=20;PP=1023;ReadPosRankSum=1.908;SC=GTCTTTGACCGGCTTATTCCT;SOR=0.639;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=99;TCF=68;TCR=31;TR=60;WE=80772980;WS=80772962;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,83:0.57:145
chr2	80801346	rs2228460	T	C	723.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.163;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.79;ReadPosRankSum=-3.611;SOR=0.662;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:106,45:0.30:151
chr2	80846147	.	CT	C	98.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.224;ClippingRankSum=0.000;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=6.801;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.97;ReadPosRankSum=1.059;SOR=1.777;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,15:0.30:50
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chr2	84650707	rs2832	A	G	3410.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=2.046;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=36;PP=1760;ReadPosRankSum=-0.691;SC=TGGTGAAAACATCTTAATTCA;SOR=0.460;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=100;TCF=64;TCR=36;TR=98;WE=84650715;WS=84650697;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,132:0.99:133
chr2	84676163	rs10202632	C	A	1883.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=31;PP=944;SC=TTTACACTTACACAAAATCTA;SOR=1.329;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=45;TCF=14;TCR=31;TR=45;WE=84676171;WS=84676153;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr2	84676886	.	TAAAA	T,TA	1258.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.540;ClippingRankSum=0.000;DP=119;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=28.61;ReadPosRankSum=0.094;SOR=0.919;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:2,20,22:0.45,0.50:44
chr2	84755996	rs35980296	A	AT	3763.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.313;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=11;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQRankSum=0.388;NF=56;NR=47;PP=1144;ReadPosRankSum=0.536;SC=GCAAAGACTCATTTTTTTTTT;SOR=0.612;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=122;TCF=69;TCR=53;TR=103;WE=84756004;WS=84755986;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:11,183:0.94:194
chr2	84756049	rs4832089	G	A	11239.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=425;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=175;NR=121;PP=2965;SC=CTATGTTGAGGTGTTCTCTCC;SOR=0.906;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=297;TCF=176;TCR=121;TR=296;WE=84756057;WS=84756039;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,421:1.00:421
chr2	84756341	rs4832090	T	G	1172.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=29;PP=939;SC=AAATAAGATTTCACATATTAT;SOR=3.145;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=5;TCR=29;TR=34;WE=84756349;WS=84756331;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr2	84771480	rs1037863	G	A	7911.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=318;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=99;NR=75;PP=2965;SC=AGGAATATCTGTATCACAGAG;SOR=0.853;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=176;TCF=99;TCR=77;TR=174;WE=84771488;WS=84771470;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,307:1.00:307
chr2	84771567	rs1542477	C	T	5998.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=55;NR=87;PP=2637;SC=ATGTCCGCTCCAAGAAAATCA;SOR=1.075;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=143;TCF=55;TCR=88;TR=142;WE=84771575;WS=84771557;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,225:1.00:225
chr2	84800605	rs11891970	C	A	5381.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=72;NR=59;PP=2620;SC=CCATTCAGGCCGCATTTGAAT;SOR=0.806;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=133;TCF=73;TCR=60;TR=131;WE=84800613;WS=84800595;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,203:1.00:203
chr2	84806553	rs6547569	G	A	919.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=24;NR=5;PP=627;SC=TGCTTCCAATGCCTGCTGATT;SOR=2.765;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=24;TCR=5;TR=29;WE=84806561;WS=84806543;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr2	84816130	rs7423276	G	A	1524.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=2.539;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.542;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=37;PP=921;ReadPosRankSum=-0.114;SC=TAGAAATGGCGTATATGCACA;SOR=0.864;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=96;TCF=33;TCR=63;TR=56;WE=84816138;WS=84816120;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,67:0.57:117
chr2	84822715	rs6761632	C	T	4512.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=108;NR=10;PP=2965;SC=TATTTCAAACCTGACTTTTAC;SOR=3.564;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=120;TCF=108;TCR=12;TR=118;WE=84822723;WS=84822705;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,142:1.00:142
chr2	84834063	rs4276039	T	C	12735.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=488;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=211;NR=135;PP=2965;SC=GCACAAATACTGGGTGCTGCA;SOR=1.068;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=346;TCF=211;TCR=135;TR=346;WE=84834071;WS=84834053;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,484:1.00:484
chr2	84834237	rs4441485	T	C	9354.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=364;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=93;NR=186;PP=2965;SC=AGAATAATTTTGATTCATACA;SOR=1.336;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=279;TCF=93;TCR=186;TR=279;WE=84834245;WS=84834227;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,359:1.00:359
chr2	84897361	rs12470102	T	A	639.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=13;NR=5;PP=394;SC=TCTCTTTTTATCCTGTTTCTT;SOR=1.931;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=18;TCF=13;TCR=5;TR=18;WE=84897369;WS=84897351;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr2	84897517	rs1881095	A	G	4209.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=54;NR=44;PP=1818;SC=CTGTTTATCTAAATTTTTCTG;SOR=0.813;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=99;TCF=54;TCR=45;TR=98;WE=84897525;WS=84897507;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,157:1.00:157
chr2	84899360	rs4832106	G	A	2239.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=59;NR=8;PP=1624;SC=CCTGTAGGATGTCATTGAGTC;SOR=3.412;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=67;TCF=59;TCR=8;TR=67;WE=84899368;WS=84899350;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr2	84915469	rs41490447	A	T	483.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-1.388;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.772;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=4;PP=168;ReadPosRankSum=-0.981;SC=TCAAAATTCCAGTGTAGCTCT;SOR=0.116;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=20;TCF=15;TCR=5;TR=12;WE=84915477;WS=84915459;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,22:0.73:30
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chr2	84955129	rs75124059	T	G	1105.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=2.988;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.153;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=32;PP=830;ReadPosRankSum=0.767;SC=TGCTGTAGGATGGACCTGGTG;SOR=0.341;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=54;TCF=9;TCR=45;TR=40;WE=84955137;WS=84955119;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,42:0.71:59
chr2	85023554	rs754273	A	G	5611.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.024;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=390;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.742;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=88;NR=71;PP=2409;ReadPosRankSum=0.225;SC=AATCAGGTGAATGACTTTTCA;SOR=0.601;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=236;TCF=136;TCR=100;TR=159;WE=85023562;WS=85023544;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:134,256:0.66:390
chr2	85023653	rs754274	G	C	4659.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.842;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=340;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.371;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=80;PP=2054;ReadPosRankSum=1.587;SC=TCTCCACAACGCTGTTATAGC;SOR=0.789;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=214;TCF=86;TCR=128;TR=131;WE=85023661;WS=85023643;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:117,216:0.65:333
chr2	85024731	rs1192395	C	T	9340.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.542;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=687;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.542;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=119;NR=147;PP=2962;ReadPosRankSum=2.076;SC=TGCCTTTGATCGATGACCCAG;SOR=0.620;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=403;TCF=176;TCR=227;TR=266;WE=85024739;WS=85024721;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:248,427:0.63:675
chr2	85040393	rs1192362	G	C	1538.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=3.583;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.902;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=42;PP=1128;ReadPosRankSum=-0.775;SC=TAACAAGGTCGTGCTCTTCCT;SOR=0.944;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=89;TCF=20;TCR=69;TR=53;WE=85040401;WS=85040383;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,60:0.60:100
chr2	85040418	rs1192361	A	G	1152.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.334;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.377;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=36;PP=863;ReadPosRankSum=-0.452;SC=TGTGGGGGGCAGAGGAAAGAT;SOR=1.022;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=67;TCF=8;TCR=59;TR=40;WE=85040426;WS=85040408;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,44:0.61:72
chr2	85041295	rs1192360	T	C	1359.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.045;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=11.232;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=35;PP=915;ReadPosRankSum=-0.203;SC=TCCCACTGTCTTTGAAGATTT;SOR=0.101;SbPval=0.18;Source=Platypus;TC=65;TCF=10;TCR=55;TR=45;WE=85041303;WS=85041285;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,54:0.69:78
chr2	85041316	rs1192359	T	C	947.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=1.125;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.817;HP=2;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=27;PP=659;ReadPosRankSum=1.331;SC=CAGACAACCTTCCATGCCCCA;SOR=0.267;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=44;TCF=3;TCR=41;TR=30;WE=85041324;WS=85041306;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,36:0.69:52
chr2	85051122	rs1649292	G	A	3630.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.147;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=271;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=31;PP=1539;ReadPosRankSum=-0.926;SC=CCGGAGTCGCGGCCTCCGCTG;SOR=0.674;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=153;TCF=101;TCR=52;TR=93;WE=85051130;WS=85051112;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:103,167:0.62:270
chr2	85066245	rs736711	G	A	1864.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-1.879;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=23;PP=889;ReadPosRankSum=0.727;SC=AGATTTCAGAGGCTAATCAGA;SOR=0.761;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=91;TCF=56;TCR=35;TR=60;WE=85066253;WS=85066235;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,87:0.67:129
chr2	85108252	rs34667238	G	GC	1545.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.72;QD=35.95;SOR=1.954;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr2	85133216	rs7148	G	A	6294.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-2.615;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=478;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=106;NR=65;PP=2946;ReadPosRankSum=-0.316;SC=AGACGCAGGAGAAGAACACCC;SOR=0.692;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=267;TCF=167;TCR=100;TR=171;WE=85133224;WS=85133206;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:166,305:0.65:471
chr2	85133320	rs12471929	C	T	9721.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-6.254;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=778;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=159;NR=150;PP=2962;ReadPosRankSum=0.501;SC=CTCCACCCCCCACCCCGCCGT;SOR=0.715;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=504;TCF=281;TCR=223;TR=309;WE=85133328;WS=85133304;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:226,507:0.69:733
chr2	85361101	rs116356120	T	G	3218.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=1.142;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=492;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.604;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=63;PP=1393;ReadPosRankSum=0.229;SC=CGGCCCTGCGTCCGCTCACCC;SOR=0.906;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=273;TCF=108;TCR=165;TR=94;WE=85361109;WS=85361091;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:315,175:0.36:490
chr2	85533670	rs41288839	C	T	3648.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-1.261;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=271;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.362;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=72;PP=1791;ReadPosRankSum=-2.492;SC=CCTGGTCAGCCCGGGACAACT;SOR=0.979;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=183;TCF=69;TCR=114;TR=113;WE=85533678;WS=85533660;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:97,167:0.63:264
chr2	85534574	rs59653199	T	C	363.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.864;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=33.07;ReadPosRankSum=-0.831;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,10:0.91:11
chr2	85589223	rs368398168	TA	T	68.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.518;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FS=1.056;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.23;MQRankSum=2.769;QD=0.76;ReadPosRankSum=-0.046;SOR=0.843;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:71,19:0.21:90
chr2	85622059	rs6886	T	C	5751.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.893;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=74;PP=2268;ReadPosRankSum=1.950;SC=GGGACTCTCATGGCCCTGAGG;SOR=0.278;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=135;TCF=60;TCR=75;TR=133;WE=85622067;WS=85622049;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,222:1.00:223
chr2	85662650	rs6547618	A	G	996.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.345;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.156;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=21;PP=542;ReadPosRankSum=0.133;SC=GGTCTTCTCCAAAACCCCTTT;SOR=0.932;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=113;TCF=54;TCR=59;TR=37;WE=85662658;WS=85662640;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:98,53:0.35:151
chr2	85766545	rs2289972	C	T	1920.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-2.590;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=288;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.249;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=51;PP=1060;ReadPosRankSum=-1.607;SC=GGGCAGAAGGCAGCGCCAAGG;SOR=0.539;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=221;TCF=65;TCR=156;TR=76;WE=85766553;WS=85766535;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:183,99:0.35:282
chr2	85769246	rs1078005	G	A	3972.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=85;NR=33;PP=2904;SC=ATTGTTTGGTGTGATGTTCTG;SOR=1.789;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=119;TCF=85;TCR=34;TR=118;WE=85769254;WS=85769236;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,137:1.00:137
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chr2	85769975	rs2043675	A	G	369.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.946;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.964;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=9;PP=322;ReadPosRankSum=-0.693;SC=TTATACAAGTATATGGGTCTT;SOR=0.870;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=69;TCF=41;TCR=28;TR=22;WE=85769983;WS=85769965;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,21:0.25:84
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chr2	85788401	rs11350741	GA	G	221.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.665;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=1.344;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.00;ReadPosRankSum=0.484;SOR=0.418;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:53,21:0.28:74
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chr2	85788738	rs115669754	C	A	307.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=2.406;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=10;PP=192;ReadPosRankSum=2.698;SC=CGGCAGGGGGCGGAACAAGGA;SOR=0.833;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=48;TCF=15;TCR=33;TR=12;WE=85788746;WS=85788728;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,17:0.32:53
chr2	85804850	rs370015241	C	T	1547.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.088;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FS=6.414;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.75;ReadPosRankSum=-0.495;SOR=1.209;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:57,87:0.60:144
chr2	85806068	rs3731827	T	C	419.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.212;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.194;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=7;PP=226;ReadPosRankSum=-0.528;SC=CCTCCCCAGATCTCTGAGCCC;SOR=0.382;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=54;TCF=38;TCR=16;TR=18;WE=85806076;WS=85806058;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,24:0.33:73
chr2	85806266	rs3731828	C	T	553.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.163;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FS=5.190;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.90;ReadPosRankSum=-0.238;SOR=1.136;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:147,44:0.23:191
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chr2	85808737	rs1009	A	G	2437.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.944;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=509;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.917;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=46;PP=1284;ReadPosRankSum=-1.185;SC=AGGTGGCTCGAAAATTCTGGT;SOR=0.562;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=290;TCF=160;TCR=130;TR=93;WE=85808745;WS=85808727;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:352,149:0.30:501
chr2	85808871	rs1058588	C	T	1276.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.216;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=345;ExcessHet=3.0103;FS=0.450;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.73;ReadPosRankSum=-0.752;SOR=0.728;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:252,90:0.26:342
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chr2	85820027	rs72843872	A	G	230.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=2.317;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=0;PP=95;ReadPosRankSum=-0.888;SC=CCAGGCCAAGAGGGTGCCAGC;SOR=0.725;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=38;TCF=35;TCR=3;TR=8;WE=85820035;WS=85820017;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,13:0.26:50
chr2	85820301	rs1049363	A	T	946.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.813;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.899;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=21;PP=361;ReadPosRankSum=1.038;SC=CCTGAAGGAGAAGCCAAATGG;SOR=0.484;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=119;TCF=40;TCR=79;TR=33;WE=85820313;WS=85820291;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:126,57:0.31:183
chr2	85823167	rs35880310	TG	T	512.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-1.027;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.529;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=10;PP=374;ReadPosRankSum=-1.651;SC=TGGGCCGGCCTGGGGCAAGGG;SOR=0.404;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=5;TCR=28;TR=12;WE=85823175;WS=85823157;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,20:0.44:45
chr2	85824039	rs1127974	G	A	2788.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-2.100;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=547;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.564;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=50;PP=1378;ReadPosRankSum=0.038;SC=GCTGCATTCTGCCCTGGCTAA;SOR=0.771;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=369;TCF=193;TCR=176;TR=109;WE=85824047;WS=85824029;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:374,167:0.31:541
chr2	85824084	rs2232748	G	C	2857.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.853;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=541;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.569;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=51;PP=1582;ReadPosRankSum=0.047;SC=AGCTCTCACCGTGCCCTGGGC;SOR=0.748;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=351;TCF=177;TCR=174;TR=109;WE=85824092;WS=85824074;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:370,164:0.31:534
chr2	85826132	rs1044158	G	A	65.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.430;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=4.476;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.27;ReadPosRankSum=-1.257;SOR=0.160;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,7:0.24:29
chr2	85826721	rs11891495	G	A	2691.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.668;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=474;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.173;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=44;PP=1296;ReadPosRankSum=-2.101;SC=CCAGCGGGGCGGTGGCCCCTT;SOR=0.585;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=266;TCF=122;TCR=144;TR=89;WE=85826729;WS=85826711;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:314,156:0.33:470
chr2	85828014	rs6733550	T	G	481.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.942;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=5;PP=260;ReadPosRankSum=0.660;SC=ACAGTAACTGTCAAGTAGTGT;SOR=0.602;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=53;TCF=38;TCR=15;TR=17;WE=85828022;WS=85828004;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,27:0.33:81
chr2	85848747	.	CTT	C,CT	2765.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.622;ClippingRankSum=0.000;DP=292;ExcessHet=3.0103;FS=0.798;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.30;MQRankSum=1.037;QD=12.51;ReadPosRankSum=0.424;SOR=0.599;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:29,47,145:0.21,0.66:221
chr2	85866577	.	C	CT	163.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.653;ClippingRankSum=0.000;DP=122;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.18;MQRankSum=2.194;QD=2.10;ReadPosRankSum=-0.764;SOR=0.822;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:56,22:0.28:78
chr2	85890758	rs2304566	T	C	1647.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.188;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=252;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.921;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=38;PP=962;ReadPosRankSum=-0.242;SC=AGAGCAGGCATTGGGCTAAGG;SOR=0.520;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=194;TCF=86;TCR=108;TR=74;WE=85890779;WS=85890748;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:158,92:0.37:250
chr2	85890771	rs893159	T	G	8129.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=246;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=76;NR=100;PP=2962;SC=GGCTAAGGAGTGGGCAGTGGG;SOR=0.930;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=176;TCF=76;TCR=100;TR=176;WE=85890779;WS=85890748;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,242:1.00:242
chr2	85893616	rs147140768	CTG	C	66.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.102;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.76;ReadPosRankSum=0.536;SOR=0.563;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,7:0.18:38
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chr2	85895338	rs2077079	T	G	3325.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=33;NR=52;PP=1675;SC=CCCTGCTTGGTGCATGGCCCC;SOR=1.179;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=85;TCF=33;TCR=52;TR=85;WE=85895346;WS=85895328;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr2	85921353	rs1866140	G	T	833.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=21;NR=10;PP=568;SC=TGGGAGTGGGGTGTGGCATGG;SOR=1.839;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=31;TCF=21;TCR=10;TR=31;WE=85921361;WS=85921343;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr2	85921389	rs1866139	G	C	2055.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=42;NR=15;PP=1215;SC=ACTGCCCTGAGCTGCTTCTTC;SOR=1.739;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=58;TCF=42;TCR=16;TR=57;WE=85921397;WS=85921379;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr2	85921992	rs2043760	T	C	1160.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=28;NR=12;PP=712;SC=AGATCTCTTCTGTGTTCAAGG;SOR=1.721;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=28;TCR=12;TR=40;WE=85922000;WS=85921982;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr2	85924729	rs11127	C	T	11971.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.666;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=461;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=149;NR=127;PP=2965;ReadPosRankSum=1.067;SC=TCTAGAGTTACCCAGGGCCTC;SOR=0.779;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=276;TCF=149;TCR=127;TR=276;WE=85924737;WS=85924719;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,459:1.00:461
chr2	85924899	rs1437742	T	A	2389.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=15;NR=62;PP=1769;SC=ATCTCCCAGCTTGGGAAAGTG;SOR=2.670;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=77;TCF=15;TCR=62;TR=77;WE=85924907;WS=85924889;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr2	85925529	rs4240200	A	G	11603.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.181;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=439;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=177;NR=94;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.535;SC=AGGCCCCACAACCTGCTCAGG;SOR=1.171;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=275;TCF=179;TCR=96;TR=271;WE=85925537;WS=85925519;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,424:0.99:428
chr2	85925667	rs4240201	G	A	19804.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.676;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=751;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=202;NR=224;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.180;SC=GCCCACAGCTGGCTGTTCTCT;SOR=0.757;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=436;TCF=209;TCR=227;TR=426;WE=85925688;WS=85925657;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,745:1.00:747
chr2	85925680	rs4240202	T	G	18782.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=712;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=198;NR=217;PP=2965;SC=TGTTCTCTCCTCTCCAGGTCC;SOR=0.742;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=415;TCF=198;TCR=217;TR=415;WE=85925688;WS=85925657;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,711:1.00:711
chr2	85925756	rs7908	C	G	15189.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=574;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=148;NR=210;PP=2965;SC=TCCCGGGAACCTCAGCAACCT;SOR=0.955;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=358;TCF=148;TCR=210;TR=358;WE=85925764;WS=85925746;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,571:1.00:571
chr2	85925848	rs12845	C	G	9535.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=355;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.01;SOR=1.099;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,353:1.00:353
chr2	85981761	rs17851881	T	C	1885.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.226;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=383;ExcessHet=3.0103;FS=0.909;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.98;ReadPosRankSum=-0.418;SOR=0.777;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:272,107:0.28:379
chr2	85981841	rs188300460	T	G	13328.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=3.400;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=872;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=232;NR=160;PP=2962;ReadPosRankSum=0.662;SC=GCCCCCGGAGTCCACTGTGCG;SOR=0.708;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=583;TCF=341;TCR=242;TR=392;WE=85981849;WS=85981831;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:289,578:0.67:867
chr2	86014345	rs736991	G	A	8817.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.417;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=655;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.539;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=111;NR=142;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.487;SC=AAATGGGGTGGTGAAACCCCA;SOR=0.737;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=408;TCF=182;TCR=226;TR=253;WE=86014353;WS=86014335;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:237,407:0.63:644
chr2	86075582	rs11694145	C	T	2938.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.299;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=447;ExcessHet=3.0103;FS=20.208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.57;ReadPosRankSum=2.836;SOR=0.169;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:286,161:0.36:447
chr2	86088311	rs1138484	T	C	614.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.233;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=6;PP=168;ReadPosRankSum=-0.416;SC=AACCTTTACATGGTCAGGGTC;SOR=0.627;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=63;TCF=43;TCR=20;TR=18;WE=86088319;WS=86088301;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,36:0.33:108
chr2	86094686	rs62147538	C	T	1061.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.543;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.685;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=14;PP=506;ReadPosRankSum=0.125;SC=AAGAGGCTGACGAATCCAGTT;SOR=1.026;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=124;TCF=74;TCR=50;TR=40;WE=86094694;WS=86094676;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:122,61:0.33:183
chr2	86258784	rs2278536	T	G	4879.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=2.010;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=95;PP=2853;ReadPosRankSum=1.975;SC=GCACAGGCTGTGTCACTTGGG;SOR=0.606;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=144;TCF=48;TCR=96;TR=143;WE=86258792;WS=86258774;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,176:0.99:177
chr2	86259443	rs2276626	C	T	27835.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=1066;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=315;NR=297;PP=2965;SC=CATCGGCGTCCCCCTCCTCAG;SOR=0.728;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=616;TCF=316;TCR=300;TR=612;WE=86259451;WS=86259433;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,1060:1.00:1060
chr2	86272191	rs7572386	G	A	1185.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=34;NR=1;PP=933;SC=TCAGAACACAGAGCCCTTGGT;SOR=5.838;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=35;TCF=34;TCR=1;TR=35;WE=86272199;WS=86272184;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr2	86275985	rs2289239	A	G	8211.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.995;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=297;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=139;NR=68;PP=2965;ReadPosRankSum=1.182;SC=GTGGGGATAAATGCATGCAAT;SOR=1.321;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=208;TCF=139;TCR=69;TR=207;WE=86275993;WS=86275975;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,293:0.99:295
chr2	86279837	rs35618928	G	C	241.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-1.555;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=3;PP=159;ReadPosRankSum=1.212;SC=CAGAAGCCTTGGAAATCTTCA;SOR=0.835;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=56;TCF=44;TCR=12;TR=15;WE=86279845;WS=86279832;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,15:0.24:63
chr2	86292656	rs311563	C	T	9439.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.925;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=364;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.116;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=96;NR=171;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.724;SC=AATCCCTAATCGCCTGCCTGG;SOR=1.018;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=268;TCF=97;TCR=171;TR=267;WE=86292664;WS=86292646;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,355:1.00:356
chr2	86302103	rs3815840	A	G	485.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=13;NR=3;PP=380;SC=CAATCACCAGAATCCGAACAG;SOR=2.584;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=16;TCF=13;TCR=3;TR=16;WE=86302111;WS=86302093;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr2	86304932	.	GCGCACACACA	G	937.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=61.84;QD=36.07;SOR=2.670;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr2	86305123	rs2288117	T	C	8719.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=311;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=148;NR=65;PP=2965;SC=AGAAAAAAGGTCATAAAAAAC;SOR=1.466;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=213;TCF=148;TCR=65;TR=213;WE=86305131;WS=86305113;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,306:1.00:306
chr2	86310110	rs2288118	C	T	3043.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=59;NR=27;PP=1690;SC=GCTACAATCACTACAACTTAA;SOR=1.487;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=86;TCF=59;TCR=27;TR=86;WE=86310118;WS=86310100;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr2	86315741	rs2288120	C	T	4508.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=68;NR=46;PP=2050;SC=TGGCTGGAAACGTGATAGTCA;SOR=1.013;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=114;TCF=68;TCR=46;TR=114;WE=86315749;WS=86315731;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,170:1.00:170
chr2	86317012	rs146078741	C	G	2974.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.913;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.454;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=39;PP=1303;ReadPosRankSum=0.079;SC=TAATTCCTCCCGAATTTCAGA;SOR=0.535;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=156;TCF=96;TCR=60;TR=99;WE=86317020;WS=86317002;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,143:0.65:220
chr2	86317037	rs4832242	G	C	6979.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=266;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=103;NR=71;PP=2965;SC=GAGGGATCGGGATTTTCTTCC;SOR=0.945;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=174;TCF=103;TCR=71;TR=174;WE=86317045;WS=86317027;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,264:1.00:264
chr2	86332809	rs4832245	G	A	15820.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.724;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=597;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=255;NR=149;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.663;SC=CACGCTACCCGACCAACTCCT;SOR=0.802;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=408;TCF=257;TCR=151;TR=404;WE=86332817;WS=86332799;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:5,588:0.99:593
chr2	86334199	rs2367201	G	A	6449.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=247;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.33;SOR=2.448;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,236:1.00:236
chr2	86343476	rs4832022	C	A	573.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=10;NR=3;PP=231;SC=TTGGGTGACACAGCAAGACAC;SOR=1.609;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=10;TCR=3;TR=13;WE=86343484;WS=86343466;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr2	86343494	rs4832248	G	A	775.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=3;PP=384;SC=CACCCTCTCTGCAAAAAATTT;SOR=1.863;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=15;TCR=3;TR=18;WE=86343502;WS=86343484;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr2	86344367	rs2059353	T	C	1537.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=15;NR=31;PP=1080;SC=TTTCAGTAGCTATTTGAATAC;SOR=1.480;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=46;TCF=15;TCR=31;TR=46;WE=86344375;WS=86344357;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr2	86346308	rs6715623	G	A	1535.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=40;PP=1158;SC=TATATTTTTAGTAGTTTATTT;SOR=3.171;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=48;TCF=7;TCR=41;TR=47;WE=86346316;WS=86346298;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr2	86352010	rs4832250	G	T	1034.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=17;NR=9;PP=434;SC=ATAATGTATAGAAAGTACTTG;SOR=1.151;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=17;TCR=9;TR=26;WE=86352018;WS=86352000;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr2	86352785	rs4618054	G	A	4697.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=36;NR=83;PP=2846;SC=GAGATCCAGAGAGGAGAGTAG;SOR=1.565;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=119;TCF=36;TCR=83;TR=119;WE=86352793;WS=86352775;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,160:1.00:160
chr2	86352825	rs6740228	C	T	4197.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=47;NR=53;PP=2164;SC=TGTGATTAGTCAAGGGACACA;SOR=0.864;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=100;TCF=47;TCR=53;TR=100;WE=86352833;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,150:1.00:150
chr2	86359405	rs1559515	G	T	8786.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=329;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=139;NR=72;PP=2965;SC=GGCTGACAGGGTATCAGAGTG;SOR=1.247;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=211;TCF=139;TCR=72;TR=211;WE=86359413;WS=86359395;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,325:1.00:325
chr2	86362204	rs7606421	C	T	3176.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-1.992;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=65;PP=1798;ReadPosRankSum=0.741;SC=CATTTGGCCACATAACACGTA;SOR=0.719;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=90;TCF=24;TCR=66;TR=89;WE=86362212;WS=86362194;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,117:0.99:118
chr2	86363074	rs3770069	A	G	12212.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.611;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=481;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=174;NR=133;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.730;SC=TTTGTCCTGCATGTGGCAGGC;SOR=0.607;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=310;TCF=175;TCR=135;TR=307;WE=86363082;WS=86363064;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,473:0.99:476
chr2	86363855	rs7558040	G	C	929.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=26;PP=764;SC=TATCTGTGTTGACGGATCATC;SOR=6.666;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=26;TCF=0;TCR=26;TR=26;WE=86363863;WS=86363845;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr2	86364706	rs56274257	TG	T	2976.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=80;PP=2951;SC=GGAGCAGCAATGGGTCTCACC;SOR=6.067;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=85;TCF=0;TCR=85;TR=80;WE=86364714;WS=86364696;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr2	86371883	rs8244	T	C	3313.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=28;NR=50;PP=1414;SC=TGGCCTCAACTGCACTACCCA;SOR=1.161;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=78;TCF=28;TCR=50;TR=78;WE=86371891;WS=86371873;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
chr2	86373498	rs112351810	A	AT	249.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.535;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=2.688;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.14;ReadPosRankSum=0.946;SOR=1.100;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,16:0.84:19
chr2	86385668	rs1057893	T	C	2810.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=45;NR=8;PP=1337;SC=ATTCATTGATTAGTGGTTAAA;SOR=2.910;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=53;TCF=45;TCR=8;TR=53;WE=86385691;WS=86385658;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr2	86385682	rs34945759	TC	T	1109.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.259;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=13;PP=560;ReadPosRankSum=1.375;SC=GGTTAAAACATCAAAAAAAAA;SOR=0.869;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=57;TCF=43;TCR=14;TR=49;WE=86385691;WS=86385658;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,67:0.85:79
chr2	86385886	rs6739460	A	G	6119.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.808;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=234;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=92;PP=2697;ReadPosRankSum=-0.127;SC=TGAACAAAAAATACCATAAAC;SOR=1.219;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=142;TCF=48;TCR=94;TR=140;WE=86385894;WS=86385876;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,232:0.99:234
chr2	86393770	.	TA	T	101.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.639;ClippingRankSum=0.000;DP=194;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.56;ReadPosRankSum=-2.067;SOR=0.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:149,33:0.18:182
chr2	86398074	rs2288115	A	G	257.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=8;PP=197;SC=ATATCAATGCAGGGCATTTTT;SOR=3.056;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=9;WE=86398082;WS=86398064;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr2	86398291	rs2288113	G	A	570.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=16;NR=2;PP=417;SC=TCTGATGAGTGTATCATGTAT;SOR=3.716;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=18;TCF=16;TCR=2;TR=18;WE=86398299;WS=86398281;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr2	86400703	.	C	CA	58.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.520;ClippingRankSum=0.000;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.82;MQRankSum=0.000;QD=2.18;ReadPosRankSum=0.309;SOR=0.711;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,10:0.37:27
chr2	86406438	rs6547663	A	G	264.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=1;PP=210;SC=TTGTATCCACAGGAGGTCCTG;SOR=3.258;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=9;TCR=1;TR=10;WE=86406446;WS=86406428;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr2	86408385	rs6731995	A	G	5436.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=106;NR=40;PP=2694;SC=AGCAGCACACAGTGAAAAGCC;SOR=1.478;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=146;TCF=106;TCR=40;TR=146;WE=86408393;WS=86408375;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,211:1.00:211
chr2	86420255	rs11897696	G	A	973.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.823;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=26;PP=744;ReadPosRankSum=1.964;SC=GGCTGGGCACGGTGGCTCGTG;SOR=1.609;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=31;TCF=4;TCR=27;TR=30;WE=86420263;WS=86420245;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,33:0.97:34
chr2	86422416	rs17551822	T	C	23591.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.610;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=528;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=44.68;ReadPosRankSum=0.545;SOR=0.452;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:3,525:0.99:528
chr2	86422421	rs17551815	T	G	23757.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.069;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=551;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=43.20;ReadPosRankSum=0.888;SOR=0.825;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:4,546:0.99:550
chr2	86433240	rs10901	C	T	12385.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=457;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=181;NR=117;PP=2965;SC=AATCCTACGGCCCCTGAATAT;SOR=1.025;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=299;TCF=182;TCR=117;TR=298;WE=86433248;WS=86433230;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,456:1.00:456
chr2	86434569	rs9309634	T	C	1450.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=7;NR=27;PP=852;SC=CAAGACCAGCTTGGCCAACAT;SOR=2.030;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=34;TCF=7;TCR=27;TR=34;WE=86434577;WS=86434559;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr2	86437551	rs7565645	T	G	4911.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=81;NR=47;PP=2455;SC=TGAAGATACCTGTTGTTTCAT;SOR=1.097;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=128;TCF=81;TCR=47;TR=128;WE=86437559;WS=86437541;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,191:1.00:191
chr2	86479035	rs12988844	A	G	1335.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=35;NR=5;PP=1038;SC=AGGGCACACTAGAGGGACTGA;SOR=3.716;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=42;TCF=37;TCR=5;TR=40;WE=86479043;WS=86479025;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr2	86479287	rs17438687	G	T	5067.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=43;NR=86;PP=2536;SC=TTGGCAGCTTGCCCAATCCTT;SOR=1.313;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=129;TCF=43;TCR=86;TR=129;WE=86479295;WS=86479277;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,186:1.00:186
chr2	86481835	rs2276625	C	T	6659.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.517;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=261;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=5.616;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=130;NR=48;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.251;SC=TTGAAGATAGCGTGGGATGTA;SOR=1.417;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=182;TCF=132;TCR=50;TR=178;WE=86481843;WS=86481825;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,249:0.99:252
chr2	86491245	rs1863056	C	T	11928.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.150;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=466;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=115;NR=190;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.729;SC=CAGGCCCCGGCGGCAGATACG;SOR=0.398;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=307;TCF=116;TCR=191;TR=305;WE=86491253;WS=86491235;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,456:1.00:457
chr2	86509267	rs1863058	G	A	10296.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-3.698;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=409;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=137;NR=122;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.783;SC=CAGCCAACCCGCTCGAAAATA;SOR=0.257;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=262;TCF=137;TCR=125;TR=259;WE=86509275;WS=86509257;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,405:1.00:407
chr2	86509388	rs1863059	T	G	6064.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=2.059;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=106;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.635;SC=GAGACAAAAATAAATACGATT;SOR=0.438;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=169;TCF=61;TCR=108;TR=166;WE=86509396;WS=86509378;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,224:1.00:225
chr2	86682417	.	C	CT	97.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.220;ClippingRankSum=0.000;DP=82;ExcessHet=3.0103;FS=4.742;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.69;ReadPosRankSum=-0.901;SOR=1.476;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:43,15:0.26:58
chr2	86683539	rs11431031	A	AT	35.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.254;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=2.632;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=2.98;ReadPosRankSum=1.257;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,6:0.50:12
chr2	86683642	rs2030259	A	G	1606.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.98;SOR=0.784;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr2	86691250	rs12714187	G	A	9873.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=384;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=130;NR=106;PP=2965;SC=GCTGTACTGCGGCAACTCCAC;SOR=0.858;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=236;TCF=130;TCR=106;TR=236;WE=86691258;WS=86691240;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,377:1.00:377
chr2	86705565	rs2292887	T	C	2618.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=0.886;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=6.180;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=16;PP=2044;ReadPosRankSum=1.643;SC=TGGGATAGTTTTGTAGTAGAA;SOR=2.350;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=81;TCF=61;TCR=20;TR=76;WE=86705573;WS=86705555;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,82:0.99:83
chr2	86707504	rs4832290	T	C	5263.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=50;NR=76;PP=2183;SC=TTCCTGCTTTTGTGTTTGTTC;SOR=0.979;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=126;TCF=50;TCR=76;TR=126;WE=86707512;WS=86707494;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,204:1.00:204
chr2	86737649	rs966477	G	A	5711.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=49;NR=94;PP=2965;SC=GGATGGAATAGAGAGAGACAG;SOR=1.265;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=143;TCF=49;TCR=94;TR=143;WE=86737657;WS=86737639;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,203:1.00:203
chr2	86756209	rs1036940	C	G	550.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=14;NR=3;PP=451;SC=TTTTGCATTTCTACAACACTC;SOR=2.712;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=18;TCF=15;TCR=3;TR=17;WE=86756217;WS=86756205;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr2	86756280	rs9284788	G	A	2123.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=51;NR=15;PP=1339;SC=CAAGGAACCCGTGTTGATAAT;SOR=2.124;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=66;TCF=51;TCR=15;TR=66;WE=86756288;WS=86756270;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr2	86850022	rs396354	T	C	7025.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=1.151;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=248;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=128;PP=2965;ReadPosRankSum=0.570;SC=TCCCTGGAGTTTCCTCTCTTT;SOR=1.441;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=190;TCF=61;TCR=129;TR=188;WE=86850030;WS=86850012;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,244:0.99:246
chr2	86947783	rs76239019	C	T	1819.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=31;NR=14;PP=958;SC=AGCGCCGCCGCCTCCGGCATG;SOR=1.284;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=45;TCF=31;TCR=14;TR=45;WE=86947791;WS=86947773;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr2	86978895	rs4832311	G	T	245.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=0;PP=139;SC=CTTCCTTTGGGACGCTATAAA;SOR=3.056;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=7;TCR=0;TR=7;WE=86978903;WS=86978885;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr2	86979093	rs10186663	G	A	2957.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=29;NR=38;PP=1308;SC=TTCTCAATGAGGTGATGGTGG;SOR=0.922;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=67;TCF=29;TCR=38;TR=67;WE=86979101;WS=86979083;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr2	86980431	.	G	A	319.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-4.486;ClippingRankSum=0.000;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=1;PP=218;ReadPosRankSum=0.199;SC=AAGAGGGGAAGAATGTACTAG;SOR=0.368;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=30;TCF=29;TCR=1;TR=12;WE=86980439;WS=86980421;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,14:0.40:35
chr2	86992337	rs3840984	T	TAA	8014.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=86;PP=2974;SC=AGTCAGATGTTATTAATGTTT;SOR=1.546;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=98;TCF=4;TCR=94;TR=90;WE=86992345;WS=86992327;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,185:1.00:185
chr2	86998659	.	CTT	C,CT	5163.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.974;ClippingRankSum=0.000;DP=530;ExcessHet=3.0103;FS=1.529;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.16;MQRankSum=1.358;QD=10.52;ReadPosRankSum=1.443;SOR=0.875;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:94,136,261:0.28,0.53:491
chr2	87015633	rs71378806	T	TGA	9634.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=73;NR=46;PP=2957;SC=GTGAGCAGGCTGAGTTCAAAA;SOR=1.780;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=129;TCF=78;TCR=51;TR=119;WE=87015641;WS=87015623;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,217:1.00:217
chr2	87042825	rs35555413	T	C	3301.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.994;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=242;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.649;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=51;PP=1463;ReadPosRankSum=-0.119;SC=GTTCCTGATATACCTTCCCCT;SOR=0.589;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=149;TCF=63;TCR=86;TR=90;WE=87042833;WS=87042815;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,151:0.64:235
chr2	87048677	rs13024609	A	G	565.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-7.403;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.017;HP=2;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=4;PP=274;ReadPosRankSum=-1.643;SC=GCCCTGGGCCAAGTTGGGGCA;SOR=0.276;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=86;TCF=77;TCR=9;TR=26;WE=87048685;WS=87048667;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,32:0.34:95
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chr2	87060318	.	C	CT	237.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.228;ClippingRankSum=0.000;DP=184;ExcessHet=3.0103;FS=0.908;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.06;MQRankSum=1.344;QD=2.05;ReadPosRankSum=-0.160;SOR=0.565;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:85,31:0.27:116
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chr2	87356038	rs201869954	G	A	1879.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-6.215;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=15.484;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-7.147;NF=11;NR=31;PP=1719;ReadPosRankSum=-0.393;SC=TCTGAAATCTGCCTTCTCAGA;SOR=0.106;SbPval=0.09;Source=Platypus;TC=106;TCF=17;TCR=89;TR=42;WE=87356046;WS=87356014;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,47:0.41:115
chr2	87408281	rs373956158	T	G	178.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=43.43;QD=29.81;SOR=3.912;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr2	88272798	rs201020598	C	T	473.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.130;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=8.796;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.84;MQRankSum=-1.466;QD=11.02;ReadPosRankSum=0.632;SOR=0.295;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,25:0.58:43
chr2	88328208	rs12328217	G	A	672.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=34;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=32;PP=939;SC=TCGCCCTGTCGCCCAGACTAG;SOR=4.255;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=6;TCR=32;TR=38;WE=88328216;WS=88328198;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr2	88387403	rs1542088	C	A	2666.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=58;NR=14;PP=1711;SC=CATCATGTGGCGGGTGGAGAG;SOR=2.179;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=73;TCF=59;TCR=14;TR=72;WE=88387411;WS=88387393;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr2	88396080	rs2919883	A	C	3304.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=33;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=62;NR=28;PP=1920;SC=GTAGGCCTGGATTCGATTCAC;SOR=1.530;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=90;TCF=62;TCR=28;TR=90;WE=88396088;WS=88396070;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr2	88396120	rs2919882	G	A	9586.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.22;SOR=1.039;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,212:1.00:212
chr2	88396123	rs2970912	C	G	9767.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=224;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.80;SOR=0.986;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,223:1.00:223
chr2	88396174	rs2919881	T	C	9897.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=380;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=128;NR=100;PP=2965;SC=TGTCCTATATTGACTTCCTCA;SOR=0.845;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=229;TCF=129;TCR=100;TR=228;WE=88396182;WS=88396164;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,379:1.00:379
chr2	88409719	rs139694354	A	AGAGTGTGTGT,AGAGTGT	1264.73	.	AC=2,0;AF=1.00,0.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=3;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;NF=16,16;NR=4,4;PP=70,479;SC=TTGATGAATGAGTGTGTGTGT;SOR=2.833;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=21;TCF=17;TCR=4;TR=20,20;WE=88409727;WS=88409709;set=Intersection	GT:AF:DP	1/1:1.00:28
chr2	88410102	rs2289497	C	G	6165.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=43;NR=137;PP=2965;SC=GTGGGTCTCTCGGGAGACCCC;SOR=2.159;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=180;TCF=43;TCR=137;TR=180;WE=88410110;WS=88410092;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,209:1.00:209
chr2	88411793	rs2970888	C	A	10608.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=386;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=86;NR=227;PP=2965;SC=CTGCTAAGCCCCTGGTCATTT;SOR=1.826;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=314;TCF=86;TCR=228;TR=313;WE=88411801;WS=88411783;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,382:1.00:382
chr2	88424066	rs2241883	T	C	9133.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=349;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=114;NR=95;PP=2965;SC=TTTTTGAAAGTTGTCACCAGT;SOR=0.796;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=211;TCF=116;TCR=95;TR=209;WE=88424074;WS=88424056;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,345:1.00:345
chr2	88470593	rs79892776	G	A	1335.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=33;NR=6;PP=949;SC=AATCCCAGGGGACACGTAGTC;SOR=3.160;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=39;TCF=33;TCR=6;TR=39;WE=88470601;WS=88470583;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr2	88472791	rs4129190	G	A	5108.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=67;NR=54;PP=2412;SC=TTGGACAGAGGGACCCTGTGC;SOR=0.837;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=121;TCF=67;TCR=54;TR=121;WE=88472799;WS=88472781;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,191:1.00:191
chr2	88474370	rs2139100	A	G	4887.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=54;NR=77;PP=2616;SC=TTTGGGGCACAAACGCAGAAT;SOR=1.005;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=132;TCF=54;TCR=78;TR=131;WE=88474378;WS=88474360;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,181:1.00:181
chr2	88482258	rs35051888	G	A	14696.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.726;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=561;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=202;NR=154;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.108;SC=CCATCCGTCTGGTCGTGGCAG;SOR=0.902;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=361;TCF=204;TCR=157;TR=356;WE=88482266;WS=88482248;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,555:1.00:557
chr2	88485392	rs1878810	G	C	4504.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=93;NR=30;PP=2844;SC=TGTCCTCCGGGTGCCACCTGC;SOR=1.951;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=123;TCF=93;TCR=30;TR=123;WE=88485400;WS=88485382;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,157:1.00:157
chr2	88748390	rs4972212	A	T	2010.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.242;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=352;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.926;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=53;PP=1045;ReadPosRankSum=0.696;SC=GGACCTATTCAATGCCTGTGT;SOR=0.819;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=217;TCF=74;TCR=143;TR=80;WE=88748398;WS=88748380;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:236,114:0.33:350
chr2	88751751	rs11456039	A	AG	1120.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=18;PP=876;SC=GAGCAGCCGAAGTGCCGGCGG;SOR=2.694;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=25;TCF=2;TCR=23;TR=20;WE=88751759;WS=88751741;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
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chr2	88895351	rs7571971	T	C	7169.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=276;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=73;NR=77;PP=2638;SC=CATGAAGCAGTGCAGTCCATC;SOR=0.752;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=151;TCF=73;TCR=78;TR=150;WE=88895359;WS=88895341;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,276:1.00:276
chr2	88926729	.	CCAGCAG	C,CCAG	4051.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.51;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=24;NF=3;NR=33;PP=1823;SC=GCCGCGAGCCCCAGCAGCAGC;SOR=1.090;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=43;TCF=3;TCR=40;TR=36;WE=88926742;WS=88926719;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.10,0.90:99
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chr2	88999476	rs1158603	G	A	13148.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=512;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=143;NR=147;PP=2965;SC=ATGACAAGAAGAATAAAGTAA;SOR=0.701;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=290;TCF=143;TCR=147;TR=290;WE=88999484;WS=88999466;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,498:1.00:498
chr2	89029066	rs56084203	C	T	538.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=4.903;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=20;PP=360;ReadPosRankSum=-1.210;SC=GTGGTTTAACCGCAAGGGCTC;SOR=0.546;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=58;TCF=4;TCR=54;TR=21;WE=89029074;WS=89029056;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,24:0.39:62
chr2	89160889	rs232224	G	T	13372.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.386;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=949;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.550;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=189;NR=206;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.206;SC=ACAAGCTAGCGTCCTGTGGAA;SOR=0.634;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=609;TCF=286;TCR=323;TR=395;WE=89160897;WS=89160879;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:325,609:0.65:934
chr2	89161069	rs113458930	G	C	11683.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.927;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1081;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.88;ReadPosRankSum=-1.556;SOR=0.655;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:739,335:0.31:1074
chr2	89161072	rs113539064	T	C	11695.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.204;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1066;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.04;ReadPosRankSum=-1.912;SOR=0.667;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:726,333:0.31:1059
chr2	89161322	rs232223	C	G	9604.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=2.757;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=659;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.163;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=157;NR=119;PP=2962;ReadPosRankSum=1.351;SC=TGCAGAGTCACCTTATAGATC;SOR=0.834;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=413;TCF=229;TCR=184;TR=276;WE=89161330;WS=89161312;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:225,425:0.65:650
chr2	89161547	rs232222	A	G	3483.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=0.411;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=87;PP=2545;ReadPosRankSum=-0.707;SC=AGGTGTGGAAACCCTGAGGCT;SOR=1.661;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=107;TCF=19;TCR=88;TR=106;WE=89161555;WS=89161537;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,116:0.99:117
chr2	89512775	rs145409842	T	G	2144.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=68;NR=4;PP=1989;SC=AACTTCCCAGTGAGCTTCAAA;SOR=5.074;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=72;TCF=68;TCR=4;TR=72;WE=89512783;WS=89512769;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr2	89513365	rs181706250	A	G	1541.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-1.177;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.169;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-8.871;NF=21;NR=49;PP=1063;ReadPosRankSum=1.487;SC=GGAGCTGAGCAGGGACCCTCA;SOR=0.794;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=173;TCF=56;TCR=117;TR=70;WE=89513373;WS=89513355;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:126,78:0.38:204
chr2	90007670	rs2847917	G	A	4397.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=102;NR=26;PP=2883;SC=CTCTCAGTCCGGACACAGCAT;SOR=2.303;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=128;TCF=102;TCR=26;TR=128;WE=90007678;WS=90007660;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,154:1.00:154
chr2	90008208	rs138920656	T	G	3089.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=5.558;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=284;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=13.908;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-10.704;NF=25;NR=93;PP=2271;ReadPosRankSum=-4.990;SC=GATGTGTGAGTCTGGGCTGCC;SOR=1.386;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=219;TCF=59;TCR=160;TR=118;WE=90008216;WS=90008198;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:150,134:0.47:284
chr2	90008243	rs79315122	G	C	985.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=9.561;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=54.863;HP=2;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-10.086;NF=0;NR=58;PP=1425;ReadPosRankSum=-0.560;SC=TGGTGCCGCCGTCTGCTGACA;SOR=6.043;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=127;TCF=21;TCR=106;TR=58;WE=90008251;WS=90008233;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:94,40:0.30:134
chr2	90008287	rs147071425	A	C	1743.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=54;PP=1557;SC=TTTGAAGCTCACTGGGAAGTT;SOR=4.654;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=58;TCF=4;TCR=54;TR=58;WE=90008295;WS=90008277;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr2	90043509	rs201839533	C	T	547.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=45.47;QD=27.39;SOR=1.402;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
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chr2	90108778	rs859745	G	T	8706.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=322;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=159;NR=75;PP=2965;SC=TTGCTGTATGGTTTCAGCCTC;SOR=1.464;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=234;TCF=159;TCR=75;TR=234;WE=90108786;WS=90108768;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,317:1.00:317
chr2	91766685	rs2258279	GA	TG	3676.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.306;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=394;ExcessHet=3.0103;FS=2.825;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.64;MQRankSum=-15.451;QD=9.57;ReadPosRankSum=-5.553;SOR=0.872;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:268,116:0.30:384
chr2	91767199	rs2558010	A	C	1227.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=4.778;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-1.675;NF=43;NR=7;PP=939;ReadPosRankSum=0.530;SC=AATTTGTGTCAGCTTATATTC;SOR=0.624;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=141;TCF=121;TCR=20;TR=50;WE=91767207;WS=91767189;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:99,54:0.35:153
chr2	91767507	rs2580541	T	A	180.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.816;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=418;ExcessHet=3.0103;FS=3.135;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.55;MQRankSum=-1.118;QD=0.45;ReadPosRankSum=-0.583;SOR=1.187;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:353,49:0.12:402
chr2	91809227	rs2536993	A	G	2790.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-4.660;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=584;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.209;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-14.033;NF=142;NR=44;PP=2472;ReadPosRankSum=2.960;SC=TGGGGCCTCCATGGTGGCTTG;SOR=0.502;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=530;TCF=402;TCR=128;TR=186;WE=91809235;WS=91809217;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:408,168:0.29:576
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chr2	91927348	rs115528025	G	A	1406.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.256;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=281;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.212;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.412;NF=28;NR=34;PP=830;ReadPosRankSum=-1.072;SC=GCCGCTGAGTGGATCCAGGAT;SOR=0.791;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=174;TCF=86;TCR=88;TR=62;WE=91927356;WS=91927338;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:193,83:0.30:276
chr2	95537871	rs377160464	GC	G	111.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.086;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.26;ReadPosRankSum=0.379;SOR=0.800;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:74,15:0.17:89
chr2	95541573	.	GCA	G	4179.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.332;ClippingRankSum=0.000;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQ=60.12;MQRankSum=0.874;NF=3;NR=72;PP=2970;ReadPosRankSum=1.550;SC=CCAACACCCCGCACACACATC;SOR=0.704;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=113;TCF=3;TCR=110;TR=75;WE=95541582;WS=95541563;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,116:0.73:159
chr2	95816017	rs34282100	T	TA	228.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.198;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.47;ReadPosRankSum=0.399;SOR=0.551;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,19:0.70:27
chr2	95818809	rs79435252	C	A	370.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=1.144;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=4;PP=242;ReadPosRankSum=-0.198;SC=AGCCCAGACACCACTAGCTCT;SOR=0.634;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=56;TCF=44;TCR=12;TR=18;WE=95818817;WS=95818799;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,20:0.31:64
chr2	95830652	rs6719142	T	C	575.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=-0.219;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=3;PP=282;ReadPosRankSum=1.680;SC=ATATCCCATTTGTCCTGATGA;SOR=0.631;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=23;TCF=19;TCR=4;TR=16;WE=95830660;WS=95830642;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,26:0.70:37
chr2	95830737	rs11395151	C	CA	3429.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=24;NR=26;PP=1911;SC=TGTGTACCCACAAAAACTTAA;SOR=0.937;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=52;TCF=24;TCR=28;TR=50;WE=95830745;WS=95830727;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr2	95846158	rs3112230	T	C	832.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=24;PP=698;SC=CAATAGCTTTTATTTTTTTCC;SOR=4.255;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=26;TCF=2;TCR=24;TR=26;WE=95846166;WS=95846148;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr2	95847040	rs10578519	TGCG	T	17160.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=427;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=74;NR=157;PP=2973;SC=GACAAAGGCTTGCGGCGGCGA;SOR=0.709;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=266;TCF=92;TCR=174;TR=231;WE=95847050;WS=95847030;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,387:1.00:387
chr2	95944902	rs61086044	A	AC	1541.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=17;PP=1014;SC=GGTGCTGGGCACCGCAGGGTG;SOR=0.693;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=30;TCF=6;TCR=24;TR=21;WE=95944910;WS=95944892;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr2	95945568	rs7585914	G	A	4303.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=48;NR=35;PP=1624;SC=CTTTCTTAGTGACACCCATGT;SOR=0.918;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=84;TCF=48;TCR=36;TR=83;WE=95945576;WS=95945558;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,165:1.00:165
chr2	95945830	rs7586229	G	T	1072.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=13;NR=21;PP=593;SC=TCCCGGTGTGGCTGCCAGTGT;SOR=1.236;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=34;TCF=13;TCR=21;TR=34;WE=95945838;WS=95945820;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr2	95947085	rs12992066	A	G	14623.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=571;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=173;NR=166;PP=2965;SC=CTGGTGTGCCAGAGCTGGGAG;SOR=0.744;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=371;TCF=173;TCR=198;TR=339;WE=95947093;WS=95947075;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,558:1.00:558
chr2	95952177	rs7602232	C	G	4404.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=63;NR=42;PP=2171;SC=GGCTGGGTGACGGGTAGATGG;SOR=0.999;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=107;TCF=65;TCR=42;TR=105;WE=95952185;WS=95952167;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,162:1.00:162
chr2	95952413	.	CCTCCCCTCCT	C	568.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.581;ClippingRankSum=0.000;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=2.010;NF=0;NR=13;PP=1353;ReadPosRankSum=-2.022;SC=GAGTCCCTTCCCTCCCCTCCT;SOR=2.200;SbPval=1.0;Source=Platypus;TCF=1;TR=13;WE=95952430;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,16:0.76:21
chr2	95952641	rs1006021	A	G	3893.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=-1.091;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=685;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=77;NR=81;PP=2139;ReadPosRankSum=1.526;SC=GGTGGAGCACAGGGGCTGCAG;SOR=0.651;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=422;TCF=204;TCR=218;TR=158;WE=95952649;WS=95952630;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:433,228:0.34:661
chr2	95963242	rs2248415	C	G	3255.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.47;SOR=6.820;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr2	96012907	rs7602807	C	G	12499.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=0.733;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=487;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=114;NR=153;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.419;SC=CCGCCTCCGCCGCAGACCAGT;SOR=0.899;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=267;TCF=114;TCR=153;TR=267;WE=96012915;WS=96012897;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,477:1.00:479
chr2	96048859	rs200310184	GCCCACCCGCCCATCCA	G	1086.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=1.698;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=21.811;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.32;MQRankSum=1.403;QD=18.74;ReadPosRankSum=2.534;SOR=0.298;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,30:0.52:58
chr2	96048862	rs58372613	C	T	412.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.681;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=25.940;HP=2;HapScore=3;MGOF=70;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-1.148;NF=29;NR=14;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.717;SC=GGAGGGAGCCCACCCGCCCAT;SOR=2.804;SbPval=0.24;Source=Platypus;TC=94;TCF=70;TCR=24;TR=43;WE=96048882;WS=96048849;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,23:0.40:57
chr2	96049917	.	TAC	T	156.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.079;ClippingRankSum=0.000;DP=73;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.35;ReadPosRankSum=0.584;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,11:0.31:36
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chr2	96195504	rs75098566	A	G	276.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-2.317;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.413;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=11;PP=134;ReadPosRankSum=0.307;SC=GCTAAAATCTATTTTACTAGT;SOR=0.157;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=44;TCF=3;TCR=41;TR=12;WE=96195512;WS=96195494;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,15:0.30:50
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chr2	96610768	rs376183764	T	G	672.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.525;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FS=20.453;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.20;MQRankSum=-12.983;QD=3.84;ReadPosRankSum=-3.190;SOR=3.914;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:147,28:0.16:175
chr2	96610787	rs112708872	C	CA	2785.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=7.868;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=323;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=99.242;HP=7;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-17.463;NF=127;NR=12;PP=2626;ReadPosRankSum=-3.228;SC=ACTCTGTCTACAAAAAATAAG;SOR=7.035;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=301;TCF=224;TCR=77;TR=139;WE=96610795;WS=96610777;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:249,71:0.22:320
chr2	96610836	rs11893977	T	C	14679.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=2.953;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.167;HP=3;HapScore=1;MGOF=38;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=-13.511;NF=292;NR=150;PP=2962;ReadPosRankSum=-11.566;SC=GTAGATAATATAATAGTCAGG;SOR=1.027;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=797;TCF=505;TCR=292;TR=442;WE=96610844;WS=96610826;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:539,541:0.50:1080
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chr2	96610921	rs62154594	T	G	42192.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-6.098;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1694;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.563;HP=1;HapScore=1;MGOF=46;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-15.420;NF=326;NR=336;PP=2962;ReadPosRankSum=6.735;SC=TTCTGAAATATTCTAGAAGAA;SOR=0.553;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=1055;TCF=502;TCR=553;TR=662;WE=96610931;WS=96610911;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:599,1079:0.64:1678
chr2	96610923	rs75080810	C	G	1933.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.336;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1672;ExcessHet=3.0103;FS=1.499;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.39;MQRankSum=-6.051;QD=1.17;ReadPosRankSum=3.425;SOR=0.678;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1381,276:0.17:1657
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chr2	96611013	rs202100353	A	T	1305.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.791;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=343;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.91;MQRankSum=-0.513;QD=3.82;ReadPosRankSum=-0.260;SOR=0.646;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:263,79:0.23:342
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chr2	96616353	rs150793442	GT	G	1304.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=3.205;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.056;HP=3;HapScore=2;MGOF=29;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-8.565;NF=29;NR=4;PP=2948;ReadPosRankSum=-0.924;SC=AGTTTCTAAAGTTGTGTGAAG;SOR=1.467;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=116;TCF=92;TCR=24;TR=33;WE=96616363;WS=96616338;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:120,46:0.28:166
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chr2	96616355	rs62154610	T	C	1316.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=3.057;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FS=7.049;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.79;MQRankSum=-8.608;QD=7.88;ReadPosRankSum=-1.195;SOR=1.450;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:121,46:0.28:167
chr2	96616378	rs62154611	C	T	3525.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=2.063;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=259;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.729;HP=4;HapScore=2;MGOF=37;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-14.124;NF=66;NR=21;PP=1511;ReadPosRankSum=-3.141;SC=CATGACATGACAAATGTTAAG;SOR=0.949;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=204;TCF=147;TCR=57;TR=87;WE=96616386;WS=96616368;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:144,115:0.44:259
chr2	96616442	rs74960926	C	A	8581.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.109;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=517;ExcessHet=3.0103;FS=2.475;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.94;MQRankSum=-17.779;QD=16.60;ReadPosRankSum=3.804;SOR=0.516;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:289,228:0.44:517
chr2	96616448	rs76503749	G	T	8517.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.436;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=518;ExcessHet=3.0103;FS=1.753;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.76;MQRankSum=-16.886;QD=16.44;ReadPosRankSum=3.681;SOR=0.554;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:292,226:0.44:518
chr2	96616485	rs78218362	C	G	6145.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.656;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=470;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.509;HP=2;HapScore=1;MGOF=52;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-11.988;NF=53;NR=82;PP=1873;ReadPosRankSum=-0.802;SC=TAAAAAATCTCTGAAATCATA;SOR=0.932;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=340;TCF=148;TCR=192;TR=135;WE=96616493;WS=96616475;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:280,190:0.40:470
chr2	96616501	.	C	CAA	5228.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.372;ClippingRankSum=0.000;DP=414;ExcessHet=3.0103;FS=4.352;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.90;MQRankSum=-7.688;QD=12.63;ReadPosRankSum=-2.146;SOR=1.034;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:264,150:0.36:414
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chr2	96616571	rs146478446	C	A	434.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.846;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FS=12.851;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.96;MQRankSum=-7.985;QD=2.60;ReadPosRankSum=-2.800;SOR=2.191;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:144,23:0.14:167
chr2	96616576	rs143490798	T	C	427.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.806;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FS=7.331;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.12;MQRankSum=-7.376;QD=2.80;ReadPosRankSum=-2.005;SOR=1.627;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:135,18:0.12:153
chr2	96616580	rs201649771	A	G	287.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.063;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FS=1.102;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.77;MQRankSum=-7.141;QD=2.03;ReadPosRankSum=-2.089;SOR=0.917;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:126,16:0.11:142
chr2	96616597	rs114583836	A	G	465.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.070;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FS=0.982;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.93;MQRankSum=-7.364;QD=3.53;ReadPosRankSum=-2.714;SOR=0.528;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:113,19:0.14:132
chr2	96616599	rs116630524	G	A	597.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.873;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FS=1.028;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.11;MQRankSum=-7.349;QD=4.63;ReadPosRankSum=-2.207;SOR=0.456;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:111,18:0.14:129
chr2	96616607	rs141967446	G	T	477.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.408;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FS=5.091;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.38;MQRankSum=-7.868;QD=4.19;ReadPosRankSum=-1.955;SOR=0.302;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:95,19:0.17:114
chr2	96616622	rs112338915	C	T	510.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.339;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.363;HP=2;HapScore=1;MGOF=51;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-7.437;NF=8;NR=14;PP=330;ReadPosRankSum=-0.028;SC=TTCCTATAATCCCAGCTACTC;SOR=0.179;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=78;TCF=24;TCR=54;TR=22;WE=96616630;WS=96616612;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,20:0.22:93
chr2	96616654	rs75283408	C	A	999.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-3.844;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=15.052;HP=1;HapScore=4;MGOF=60;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-3.290;NF=11;NR=14;PP=1095;ReadPosRankSum=1.484;SC=GCAGAAGTATCACTTGAGAAG;SOR=0.224;SbPval=0.14;Source=Platypus;TC=50;TCF=15;TCR=35;TR=25;WE=96616675;WS=96616644;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,27:0.44:62
chr2	96616667	rs77249402	A	C	1221.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.188;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=17.842;HP=2;HapScore=4;MGOF=60;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-2.354;NF=13;NR=15;PP=1095;ReadPosRankSum=1.243;SC=TTGAGAAGCCAAGGAGTTTGA;SOR=0.301;SbPval=0.1;Source=Platypus;TC=48;TCF=15;TCR=33;TR=28;WE=96616675;WS=96616644;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,32:0.52:61
chr2	96616690	rs111409549	T	C	1471.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.132;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=11.837;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.68;MQRankSum=-1.177;QD=23.74;ReadPosRankSum=2.312;SOR=0.127;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,37:0.60:62
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chr2	96616957	rs76255864	A	G	1236.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.310;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FS=3.821;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.60;MQRankSum=-9.134;QD=12.62;ReadPosRankSum=-3.074;SOR=0.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:66,32:0.33:98
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chr2	96616976	rs76077075	A	G	1827.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.115;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FS=9.791;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.40;MQRankSum=-10.582;QD=13.15;ReadPosRankSum=-0.668;SOR=0.231;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:90,49:0.35:139
chr2	96616979	rs80105408	G	C	1806.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.471;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FS=11.431;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.45;MQRankSum=-10.798;QD=12.55;ReadPosRankSum=-0.326;SOR=0.205;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:93,51:0.35:144
chr2	96616997	rs74701498	T	G	2244.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.322;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FS=12.765;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.67;MQRankSum=-9.994;QD=11.57;ReadPosRankSum=0.135;SOR=0.251;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:121,73:0.38:194
chr2	96617023	rs78346055	C	A	5948.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.512;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=324;ExcessHet=3.0103;FS=12.969;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.80;MQRankSum=-7.991;QD=18.53;ReadPosRankSum=-2.255;SOR=0.340;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:170,151:0.47:321
chr2	96617025	rs72492186	C	A	6147.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.975;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=335;ExcessHet=3.0103;FS=8.503;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.88;MQRankSum=-8.028;QD=18.52;ReadPosRankSum=-1.789;SOR=0.411;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:177,155:0.47:332
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chr2	96619853	rs201388512	T	C	1911.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=6.384;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=50;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-6.008;NF=7;NR=67;PP=2698;ReadPosRankSum=0.025;SC=AAAAAAATGGTAAAACAAAGT;SOR=0.620;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=190;TCF=21;TCR=169;TR=74;WE=96619861;WS=96619821;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:116,74:0.39:190
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chr2	96698185	rs375306245	G	A	1054.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=27;PP=760;SC=GGGGAAAGGTGCAAGGATGGA;SOR=1.730;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=13;TCR=27;TR=40;WE=96698193;WS=96698175;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr2	96780716	rs2229169	T	G	31400.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=1205;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=465;NR=383;PP=2965;SC=GGCAGATGGCTCCCAGGCTGT;SOR=0.866;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=849;TCF=466;TCR=383;TR=848;WE=96780724;WS=96780706;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,1185:1.00:1185
chr2	96780986	rs29000568	C	CTCCTCCTCT	23248.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.210;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=952;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=62.12;MQRankSum=0.552;QD=27.42;ReadPosRankSum=0.112;SOR=0.740;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:4,844:1.00:848
chr2	96781986	rs3111873	G	C	873.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=25;PP=620;SC=GTCGCCCCTCGGGCGGCGCCG;SOR=2.517;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=5;TCR=25;TR=30;WE=96781994;WS=96781976;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr2	96795857	rs749458	T	C	1318.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.381;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=323;ExcessHet=3.0103;FS=0.954;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.15;ReadPosRankSum=-2.308;SOR=0.781;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:229,89:0.28:318
chr2	96852842	.	G	GA	308.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.390;ClippingRankSum=0.000;DP=273;ExcessHet=3.0103;FS=2.260;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.16;MQRankSum=3.067;QD=1.31;ReadPosRankSum=-1.492;SOR=0.482;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:182,53:0.23:235
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chr2	96859034	rs997547	A	G	24436.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.681;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=952;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=266;NR=321;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.687;SC=CATCCCTCTCAATCACCTCCA;SOR=0.638;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=598;TCF=269;TCR=329;TR=587;WE=96859042;WS=96859024;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:9,937:0.99:946
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chr2	96874590	rs6725867	TT	CC	58349.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=-0.337;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1322;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;JOINED;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=307;NR=386;PP=2947;ReadPosRankSum=-1.798;SC=CGCACCCTACTTTTTCTCCGC;SOR=0.475;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=714;TCF=312;TCR=402;TR=693;WE=96874599;WS=96874580;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,1309:1.00:1312
chr2	96919642	rs3852673	C	T	11854.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.936;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=443;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=156;NR=122;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.555;SC=GCAGCTCCAGCGCCTGCTCCT;SOR=0.866;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=278;TCF=156;TCR=122;TR=278;WE=96919650;WS=96919632;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,437:1.00:439
chr2	96934504	rs62153033	T	C	2122.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=14;NR=46;PP=1368;SC=TAAGATGTGCTACAAGAGGGC;SOR=2.147;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=60;TCF=14;TCR=46;TR=60;WE=96934512;WS=96934494;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr2	96943473	rs3214063	T	C	11740.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=1.932;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=450;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=115;NR=135;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.293;SC=AAAAGGAGTATAAAAGTGGGC;SOR=0.769;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=251;TCF=115;TCR=136;TR=250;WE=96943481;WS=96943463;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,438:0.99:442
chr2	96950487	rs71791481	C	CT	472.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.288;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.90;MQRankSum=-0.390;QD=14.33;ReadPosRankSum=0.196;SOR=1.123;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:5,28:0.85:33
chr2	96952833	rs3171927	A	G	11434.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=420;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=94;NR=162;PP=2965;SC=GACAACTCCAACTTGGGAAAC;SOR=1.087;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=257;TCF=94;TCR=163;TR=256;WE=96952841;WS=96952823;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,416:1.00:416
chr2	96955480	rs3214058	T	C	1613.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=38;NR=5;PP=1075;SC=GAAAAATTTTTTCCTGGGCCA;SOR=2.670;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=44;TCF=38;TCR=6;TR=43;WE=96955488;WS=96955470;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr2	96956315	rs772176	T	G	5339.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=52;NR=81;PP=2963;SC=TTGATGCAGGTATCTACATTA;SOR=1.078;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=133;TCF=52;TCR=81;TR=133;WE=96956323;WS=96956305;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,187:1.00:187
chr2	96962859	rs17479466	A	G	3011.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=27;NR=58;PP=1878;SC=TCCTTGAGCAAAACGTTATTG;SOR=1.524;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=86;TCF=27;TCR=59;TR=85;WE=96962867;WS=96962849;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr2	96966661	rs3731930	G	C	7856.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=307;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=145;NR=73;PP=2965;SC=TAGAGAGCTTGTTTACACTAG;SOR=1.324;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=222;TCF=147;TCR=75;TR=218;WE=96966669;WS=96966651;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,296:1.00:296
chr2	96991492	rs772174	A	G	17025.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=634;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=255;NR=141;PP=2965;SC=CAGGGCTCCTAGAGAGGGCGG;SOR=1.130;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=404;TCF=256;TCR=148;TR=396;WE=96991500;WS=96991482;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,627:1.00:627
chr2	96993757	rs2279105	C	T	30818.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=1173;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=365;NR=363;PP=2965;SC=CTGCCCCTCACGGACTGGGCC;SOR=0.705;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=730;TCF=367;TCR=363;TR=728;WE=96993765;WS=96993747;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,1167:1.00:1167
chr2	96993884	rs1048675	A	G	19182.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.489;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=710;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=231;NR=261;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.740;SC=TGACCATCCCAATCCCTAAGA;SOR=0.794;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=492;TCF=231;TCR=261;TR=492;WE=96993904;WS=96993874;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,702:0.99:706
chr2	96994050	.	T	TA	173.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.539;ClippingRankSum=0.000;DP=490;ExcessHet=3.0103;FS=1.661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.39;ReadPosRankSum=-0.098;SOR=0.503;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:372,68:0.15:440
chr2	97020049	rs3731935	T	C	8659.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.106;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=342;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=100;NR=119;PP=2965;ReadPosRankSum=0.558;SC=ATGCCAACGATGAACCTGACC;SOR=0.819;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=223;TCF=102;TCR=121;TR=219;WE=97020057;WS=97020039;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,336:0.99:340
chr2	97026576	rs62153915	C	T	2891.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=61;PP=1705;SC=AGCGTGTTGCCAGGAAATCAA;SOR=2.004;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=77;TCF=16;TCR=61;TR=77;WE=97026584;WS=97026566;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr2	97030247	rs2305935	T	C	10194.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.973;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=397;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=143;NR=103;PP=2965;ReadPosRankSum=0.162;SC=GGCCATAGGGTAGAGACTGAG;SOR=0.921;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=249;TCF=144;TCR=105;TR=246;WE=97030255;WS=97030237;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,386:0.99:390
chr2	97166204	rs3731938	A	G	21441.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=820;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=219;NR=260;PP=2965;SC=TAGTGGTCCCATACACGTCCA;SOR=0.791;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=479;TCF=219;TCR=260;TR=479;WE=97166212;WS=97166194;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,814:1.00:814
chr2	97267260	rs6759099	G	C	2445.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=56;NR=17;PP=1780;SC=ATACAGATTTGAATTTGAATC;SOR=2.274;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=74;TCF=57;TCR=17;TR=73;WE=97267268;WS=97267250;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr2	97267293	rs6749159	T	C	4702.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=87;NR=45;PP=2396;SC=GTCCAGTGCATGGGCAGCCCC;SOR=1.352;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=133;TCF=88;TCR=45;TR=132;WE=97267301;WS=97267283;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,173:1.00:173
chr2	97267644	rs62154845	G	A	1681.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=23;NR=26;PP=1165;SC=GGTCATCTATGCCCTATCAGT;SOR=0.760;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=50;TCF=23;TCR=27;TR=49;WE=97267652;WS=97267634;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr2	97313450	rs60959055	C	G	6207.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.891;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=249;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=114;NR=55;PP=2965;ReadPosRankSum=0.830;SC=AAAGCCCTGCCCGGGAGAGAA;SOR=1.342;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=171;TCF=115;TCR=56;TR=169;WE=97313458;WS=97313440;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,242:0.99:244
chr2	97326286	rs4907246	T	C	3461.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=20;NR=72;PP=2337;SC=TTTTACCTTATTTTTTAATTT;SOR=2.147;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=92;TCF=20;TCR=72;TR=92;WE=97326294;WS=97326276;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr2	97357756	rs368566816	CG	C	287.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.169;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FS=6.107;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.64;ReadPosRankSum=0.988;SOR=0.025;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:84,25:0.23:109
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chr2	97544089	rs6750988	G	C	5681.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.316;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=258;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=103;NR=63;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.605;SC=GCCAACCCCCGCCGCTTGGGG;SOR=0.620;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=174;TCF=108;TCR=66;TR=166;WE=97544097;WS=97544073;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:8,225:0.97:233
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chr2	97829030	rs140945055	T	G	2112.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-1.239;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FS=19.382;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.64;MQRankSum=-7.026;QD=11.67;ReadPosRankSum=6.539;SOR=0.967;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:121,60:0.33:181
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chr2	97830104	rs62153886	G	A	47.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.062;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=291;ExcessHet=3.0103;FS=4.478;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.08;MQRankSum=-8.431;QD=0.17;ReadPosRankSum=4.264;SOR=0.395;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:249,34:0.12:283
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chr2	97833583	rs72945197	C	T	2165.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-2.375;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.055;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-1.681;NF=34;NR=84;PP=2962;ReadPosRankSum=0.986;SC=CTGATTCTTACTTCTTTTACC;SOR=0.462;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=194;TCF=55;TCR=139;TR=118;WE=97833591;WS=97833543;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,96:0.60:161
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chr2	98795873	rs11419620	T	TG	14208.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.740;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=541;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.225;NF=40;NR=201;PP=2965;ReadPosRankSum=1.152;SC=ATTGGCATTGTGGTTATTCTT;SOR=0.934;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=248;TCF=42;TCR=206;TR=241;WE=98795881;WS=98795863;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,525:1.00:527
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chr2	98804314	rs1466156	G	A	1009.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=19;NR=7;PP=575;SC=ACTAACAAAGGAATGATTGAC;SOR=1.739;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=19;TCR=7;TR=26;WE=98804322;WS=98804304;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr2	98811075	rs7579916	A	G	1808.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=9;NR=46;PP=1363;SC=AAGTGGCTTAACATGTAGACT;SOR=3.076;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=55;TCF=9;TCR=46;TR=55;WE=98811083;WS=98811065;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr2	98833186	rs116350979	T	C	1394.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=3.737;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=309;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.994;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=23;PP=925;ReadPosRankSum=-1.604;SC=AAATAAAATGTACTCAACAAA;SOR=0.776;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=189;TCF=118;TCR=71;TR=61;WE=98833194;WS=98833176;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:223,83:0.27:306
chr2	98833445	rs139373261	A	ACCC	655.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.34;QD=36.43;SOR=3.912;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
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chr2	98844575	rs7606220	A	G	1906.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=41;NR=12;PP=1351;SC=AACATAGTGAACCTCTTGTCT;SOR=2.157;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=53;TCF=41;TCR=12;TR=53;WE=98844583;WS=98844565;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr2	98844674	rs7601049	C	G	8094.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.174;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=306;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=112;NR=75;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.204;SC=GAATGAAGATCTGACTCTTTT;SOR=0.551;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=188;TCF=113;TCR=75;TR=187;WE=98844682;WS=98844664;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,302:0.99:305
chr2	98853173	rs11889349	G	A	14574.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.325;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=563;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=145;NR=179;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.915;SC=CAAGCATGTCGTGTCTAAGGT;SOR=0.787;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=327;TCF=146;TCR=181;TR=324;WE=98853181;WS=98853163;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,555:1.00:557
chr2	98862097	rs4851121	A	G	7727.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=297;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=67;NR=120;PP=2965;SC=TTTTTCTTAAATACATTAAGT;SOR=1.151;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=187;TCF=67;TCR=120;TR=187;WE=98862105;WS=98862087;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,287:1.00:287
chr2	98866980	rs370926569	CT	C	50.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.316;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FS=5.735;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.99;ReadPosRankSum=-1.353;SOR=0.098;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,14:0.27:51
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chr2	98928929	rs1466944	A	G	963.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=0.754;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.363;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=32;PP=729;ReadPosRankSum=-0.369;SC=CGCGCCGCCTATGCCTGCCCT;SOR=1.140;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=56;TCF=6;TCR=50;TR=35;WE=98928937;WS=98928919;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,39:0.58:67
chr2	98948224	rs13427344	C	A	3661.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.687;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=239;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.529;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=70;PP=1758;ReadPosRankSum=-1.835;SC=TGAAGGTAAACTGGATAGAGG;SOR=0.654;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=157;TCF=52;TCR=105;TR=105;WE=98948232;WS=98948214;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,160:0.69:233
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chr2	98950394	rs76843157	C	T	3721.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.591;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=253;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.626;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=52;PP=1822;ReadPosRankSum=-1.193;SC=ACCATTTAACCATGAGTTGGT;SOR=0.574;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=163;TCF=88;TCR=75;TR=108;WE=98950402;WS=98950384;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,165:0.66:249
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chr2	99232873	rs6711099	T	C	10207.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.064;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=710;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=143;NR=157;PP=2962;ReadPosRankSum=0.317;SC=AAGGGACTCATGGTCTGCGTC;SOR=0.686;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=432;TCF=206;TCR=226;TR=300;WE=99232881;WS=99232863;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:226,475:0.68:701
chr2	99234581	rs35335182	C	CATT	955.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.282;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=4;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.668;NF=47;NR=26;PP=1090;ReadPosRankSum=-0.175;SC=ATTTATTAGTCATTTATTTTT;SOR=0.685;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=92;TCF=59;TCR=33;TR=73;WE=99234594;WS=99234571;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:92,43:0.32:135
chr2	99234586	rs373790267	A	AT	1862.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.024;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FS=0.826;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.06;MQRankSum=0.000;QD=11.64;ReadPosRankSum=1.286;SOR=0.587;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,122:0.76:160
chr2	99271712	rs7557647	T	C	707.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=20;NR=2;PP=533;SC=AGTGGAGGGCTGGCTTCCCTA;SOR=4.003;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=22;TCF=20;TCR=2;TR=22;WE=99271720;WS=99271702;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr2	99272057	rs3754870	T	C	652.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=14;PP=329;SC=AATGTATAAATGTCAAATGTC;SOR=2.215;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=3;TCR=14;TR=17;WE=99272065;WS=99272047;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr2	99274653	rs2271670	T	C	2737.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=27;NR=33;PP=935;SC=CCAAAATATTTGTATGTTTAT;SOR=0.849;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=60;TCF=27;TCR=33;TR=60;WE=99274661;WS=99274643;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr2	99274849	rs114008231	G	C	199.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.420;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=6;PP=118;ReadPosRankSum=-0.431;SC=TAAATTTTTAGACAATTTATT;SOR=0.495;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=11;TCF=1;TCR=10;TR=7;WE=99274857;WS=99274839;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,8:0.67:12
chr2	99295003	rs17021875	C	A	738.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-4.729;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.104;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=21;PP=466;ReadPosRankSum=-0.995;SC=CTCAATGGAACTGTAAAATTA;SOR=0.055;SbPval=0.24;Source=Platypus;TC=40;TCF=4;TCR=36;TR=25;WE=99295011;WS=99294993;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,30:0.68:44
chr2	99449174	rs2280256	C	T	583.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-0.326;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.035;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=7;PP=443;ReadPosRankSum=-0.332;SC=CGAGATCCCACTGCAGCTCAT;SOR=0.509;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=117;TCF=97;TCR=20;TR=35;WE=99449182;WS=99449164;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,32:0.28:116
chr2	99614595	.	CA	C	129.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.437;ClippingRankSum=0.000;DP=114;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.17;ReadPosRankSum=0.514;SOR=0.721;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:84,27:0.24:111
chr2	99695097	rs62156364	A	G	1712.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.642;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=303;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.475;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=18;PP=901;ReadPosRankSum=0.166;SC=AACGTTTCTTATAAACCACAG;SOR=0.737;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=219;TCF=150;TCR=69;TR=66;WE=99695105;WS=99695087;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:195,95:0.33:290
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chr2	99725223	rs6542864	A	G	517.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=0.409;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.568;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=4;PP=310;ReadPosRankSum=-0.128;SC=CAGTCTCATAAAACTCAAAGA;SOR=0.265;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=31;TCF=26;TCR=5;TR=18;WE=99725231;WS=99725213;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,23:0.61:38
chr2	99725479	rs11396964	A	AT	2515.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=3.262;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.659;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQ=60.09;MQRankSum=0.760;NF=4;NR=41;PP=1849;ReadPosRankSum=1.146;SC=GGAATTTGAAATCTTCTTTGA;SOR=1.071;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=66;TCF=4;TCR=62;TR=45;WE=99725487;WS=99725469;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,78:0.64:121
chr2	99726043	rs6733624	A	G	1170.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=33;PP=908;SC=AAAAAATTAGACCATTATTTC;SOR=4.407;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=36;TCF=2;TCR=34;TR=35;WE=99726051;WS=99726033;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr2	99743419	rs13008171	G	A	416.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-5.009;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=0;PP=269;ReadPosRankSum=1.244;SC=AATGAGCTCTGAATTAGTAGT;SOR=0.278;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=28;TCF=28;TCR=0;TR=14;WE=99743427;WS=99743417;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,17:0.55:31
chr2	99766927	.	CT	C	127.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.130;ClippingRankSum=0.000;DP=118;ExcessHet=3.0103;FS=2.206;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.11;ReadPosRankSum=1.192;SOR=0.380;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:85,30:0.26:115
chr2	99771533	rs2516834	C	T	7296.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-1.787;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=478;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.211;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=96;NR=116;PP=2962;ReadPosRankSum=-2.917;SC=AGCGGAAACGCTTCAAACCGG;SOR=0.566;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=301;TCF=132;TCR=169;TR=212;WE=99771541;WS=99771523;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:143,329:0.70:472
chr2	99771590	rs2632260	G	T	3297.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-1.612;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.583;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=83;PP=2077;ReadPosRankSum=-0.032;SC=TCTTGGGCGCGCGCGGTGTTT;SOR=0.631;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=171;TCF=53;TCR=118;TR=120;WE=99771598;WS=99771580;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,141:0.68:206
chr2	99778985	rs2632277	T	C	9261.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.576;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=647;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.542;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=141;NR=163;PP=2962;ReadPosRankSum=0.100;SC=TGGGACGTTCTTGTCTTCTTT;SOR=0.651;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=483;TCF=222;TCR=261;TR=304;WE=99778993;WS=99778975;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:228,404:0.64:632
chr2	99779131	rs2516835	T	C	9307.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.767;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=621;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=118;NR=129;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.530;SC=AGTATGCTGCTTATCATCAAA;SOR=0.712;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=366;TCF=175;TCR=191;TR=247;WE=99779139;WS=99779121;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:202,416:0.67:618
chr2	99779655	rs2632276	C	A	57.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.741;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=3.85;ReadPosRankSum=-0.057;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,6:0.40:15
chr2	99802820	rs6757661	A	G	2070.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=1.415;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=56;PP=1534;ReadPosRankSum=-0.153;SC=TTTTGAGACGAAGTCTCTCTC;SOR=0.818;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=101;TCF=20;TCR=81;TR=69;WE=99802828;WS=99802810;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,79:0.69:114
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chr2	99859954	rs36096004	C	CAGAT	519.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.089;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FS=6.383;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=20.79;ReadPosRankSum=-0.549;SOR=0.061;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,14:0.56:25
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chr2	99918077	rs74177686	A	G	457.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=15;NR=1;PP=374;SC=TTTCTTACAGACCCAGACAGG;SOR=3.258;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=16;TCF=15;TCR=1;TR=16;WE=99918085;WS=99918067;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
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chr2	99938942	rs12464785	A	G	3840.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=1.275;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.888;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=88;NR=31;PP=2339;ReadPosRankSum=0.524;SC=GCTTTAAGTCATAAAGGAAGT;SOR=1.847;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=120;TCF=89;TCR=31;TR=119;WE=99938950;WS=99938932;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,147:0.99:149
chr2	99939031	rs17022564	A	G	11222.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.686;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=447;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=168;NR=115;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.648;SC=TACAAGAATCAGAAGTGCACA;SOR=0.967;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=284;TCF=168;TCR=116;TR=283;WE=99939039;WS=99939021;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,442:1.00:444
chr2	99954636	rs11326784	GT	G	770.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.754;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=3;PP=421;ReadPosRankSum=-1.285;SC=CTTCCGGCCTGTTTTTTTTTG;SOR=1.329;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=29;TCF=25;TCR=4;TR=24;WE=99954644;WS=99954626;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,37:0.97:38
chr2	99976564	rs3828162	A	G	579.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=34;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=17;NR=0;PP=492;SC=CTTGTGTTGTAATGAAAGAAC;SOR=5.784;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=17;TCR=0;TR=17;WE=99976572;WS=99976556;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr2	99992822	rs7558074	A	C	1665.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=33;NR=15;PP=908;SC=GAAGGAAACAAAGTTCATATA;SOR=1.467;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=49;TCF=33;TCR=16;TR=48;WE=99992830;WS=99992812;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr2	99995458	rs200706463	AT	A	2841.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.017;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=261;ExcessHet=3.0103;FS=1.334;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.14;ReadPosRankSum=0.559;SOR=0.842;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:47,208:0.82:255
chr2	99995517	rs11896520	C	T	13634.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.716;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=523;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=177;NR=150;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.193;SC=ATGTAAACACCGAAAAGCTAA;SOR=0.439;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=329;TCF=178;TCR=151;TR=327;WE=99995525;WS=99995507;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,518:0.99:521
chr2	99995804	rs1376443	T	C	14215.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=0.874;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=564;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=153;NR=143;PP=2965;ReadPosRankSum=0.035;SC=ATGTACAAGATGGTGAAGCAG;SOR=0.733;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=298;TCF=154;TCR=144;TR=296;WE=99995812;WS=99995794;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,557:0.99:561
chr2	99998561	rs2290256	C	T	939.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=16;NR=11;PP=515;SC=AAGGATTGTTCTGTAAAGAAG;SOR=1.002;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=16;TCR=11;TR=27;WE=99998569;WS=99998551;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr2	100006620	rs10187843	G	T	5666.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.932;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=113;NR=40;PP=2965;ReadPosRankSum=0.437;SC=TTCTAGTGAGGCACACCTATT;SOR=0.793;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=155;TCF=115;TCR=40;TR=153;WE=100006628;WS=100006610;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,206:1.00:207
chr2	100006890	rs35228031	G	GT	1918.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.084;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.61;MQRankSum=1.420;QD=12.30;ReadPosRankSum=0.316;SOR=0.652;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,123:0.79:156
chr2	100017906	.	CA	C	232.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.526;ClippingRankSum=0.000;DP=86;ExcessHet=3.0103;FS=2.741;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.13;MQRankSum=1.396;QD=3.47;ReadPosRankSum=-0.952;SOR=1.212;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,28:0.42:67
chr2	100019496	rs2305354	A	G	8143.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=301;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=74;NR=118;PP=2965;SC=TTGGTGAACCAATGGTTTTTT;SOR=1.060;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=193;TCF=74;TCR=119;TR=192;WE=100019504;WS=100019486;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,297:1.00:297
chr2	100019612	rs3087397	TG	T	2466.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=1.355;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.784;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=38;PP=1780;ReadPosRankSum=-1.409;SC=AATGATAGTATGGATAGTCTG;SOR=1.785;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=42;TCF=4;TCR=38;TR=42;WE=100019620;WS=100019602;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,69:0.97:71
chr2	100021184	rs2290261	A	G	8016.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-2.069;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=306;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=73;NR=143;PP=2965;ReadPosRankSum=1.883;SC=AAGCATGCTCAGAGATGAGGT;SOR=0.503;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=217;TCF=73;TCR=144;TR=216;WE=100021192;WS=100021162;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,299:1.00:300
chr2	100022270	rs1053544	G	A	609.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=18;NR=1;PP=477;SC=TTGGTTAAACGGATGAAGAAA;SOR=4.615;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=19;TCF=18;TCR=1;TR=19;WE=100022278;WS=100022260;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr2	100022772	rs717454	T	C	8975.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.498;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=350;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.371;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=130;NR=77;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.011;SC=AAGAACCACATTGATGACCAC;SOR=0.801;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=208;TCF=130;TCR=78;TR=207;WE=100022780;WS=100022762;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,339:0.99:342
chr2	100055506	rs3087386	A	G	4973.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=59;NR=67;PP=2965;SC=CTCCTGGGAAAAGGCTGGAGA;SOR=0.819;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=126;TCF=59;TCR=67;TR=126;WE=100055514;WS=100055496;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,166:1.00:166
chr2	100058870	rs3087403	C	T	10280.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.172;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=408;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=1.774;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=113;NR=143;PP=2965;ReadPosRankSum=0.491;SC=CCTTTCTGCACACTGGACTGC;SOR=0.674;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=262;TCF=116;TCR=146;TR=256;WE=100058878;WS=100058860;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:5,391:0.99:396
chr2	100068069	rs4851206	T	C	1093.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=26;PP=754;SC=TTGTTTAACTTCTTTAGGCTT;SOR=3.026;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=29;TCF=3;TCR=26;TR=29;WE=100068077;WS=100068059;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
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chr2	100081561	rs28369942	A	AAAGTC	2701.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=51;PP=2967;SC=CCAACTGATGAAAGTATACAA;SOR=6.837;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=61;TCF=0;TCR=61;TR=51;WE=100081569;WS=100081551;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr2	100210074	rs1047281	G	C	6677.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=254;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=76;NR=78;PP=2694;SC=CCTCCTGCTCGGACTCCAGGT;SOR=0.709;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=154;TCF=76;TCR=78;TR=154;WE=100210082;WS=100210064;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,254:1.00:254
chr2	100210642	rs1047265	T	C	21086.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-1.536;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=791;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=210;NR=268;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.163;SC=GTAGTACTGATTGCTCTCTGA;SOR=0.297;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=479;TCF=210;TCR=269;TR=478;WE=100210650;WS=100210632;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,777:1.00:778
chr2	100265936	rs17782474	A	G	533.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-4.493;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=2;PP=387;ReadPosRankSum=-0.530;SC=TAAACTCCACACATGCATGAT;SOR=0.430;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=31;TCF=29;TCR=2;TR=22;WE=100265944;WS=100265935;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,23:0.72:32
chr2	100343557	rs4851223	C	T	11708.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=463;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=126;NR=154;PP=2965;SC=CGATGTGCCACTGTCTGGACT;SOR=0.814;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=280;TCF=126;TCR=154;TR=280;WE=100343565;WS=100343547;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,452:1.00:452
chr2	100454072	rs5832886	C	CT	16223.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.732;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=423;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.200;NF=21;NR=140;PP=2979;ReadPosRankSum=-0.572;SC=TTAGTCCCCCCCAACAAAAAA;SOR=0.956;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=167;TCF=21;TCR=146;TR=161;WE=100454080;WS=100454062;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,408:1.00:410
chr2	100721050	rs13421952	A	G	116.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.009;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.032;NF=2;NR=5;PP=94;ReadPosRankSum=1.154;SC=CCCACCGCCCACCCCCAGGTC;SOR=0.627;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=11;TCF=4;TCR=7;TR=7;WE=100721058;WS=100721040;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,8:0.62:13
chr2	100910578	rs4850925	C	T	1152.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.365;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=13;PP=557;ReadPosRankSum=-0.263;SC=GACTTTGTTACGTAACGGGAG;SOR=0.687;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=104;TCF=73;TCR=31;TR=43;WE=100910586;WS=100910568;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,57:0.43:132
chr2	100915629	rs4851286	T	C	3238.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.299;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=474;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.545;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=49;PP=1699;ReadPosRankSum=-0.673;SC=TACACTTTGGTATACATTTCA;SOR=0.624;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=285;TCF=173;TCR=112;TR=114;WE=100915637;WS=100915619;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:293,172:0.37:465
chr2	100915772	rs4851287	A	G	1661.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.493;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=358;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.008;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=47;PP=930;ReadPosRankSum=1.259;SC=GCTCCTTTGAAGTGAGAGATC;SOR=0.920;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=238;TCF=83;TCR=155;TR=68;WE=100915780;WS=100915756;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:255,98:0.28:353
chr2	100916051	rs2033749	T	C	154.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-1.203;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.775;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=4;PP=102;ReadPosRankSum=-1.535;SC=CTCTATAATCTTAGAGCTGAT;SOR=0.255;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=23;TCF=15;TCR=8;TR=10;WE=100916059;WS=100916041;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,10:0.38:26
chr2	100916306	rs2033748	A	G	898.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.390;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.887;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=14;PP=356;ReadPosRankSum=0.660;SC=TATCCTCTTCAAAGTGTAGAC;SOR=0.808;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=113;TCF=59;TCR=54;TR=33;WE=100916314;WS=100916296;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:148,60:0.29:208
chr2	100938205	rs184118488	G	A	130.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.497;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=1.388;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.47;ReadPosRankSum=-1.859;SOR=1.101;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:42,11:0.21:53
chr2	100986964	rs1437971	A	C	1287.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=0.564;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.355;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=34;PP=754;ReadPosRankSum=1.294;SC=GCACTGGGCAAACTTCTGAAC;SOR=0.426;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=121;TCF=28;TCR=93;TR=47;WE=100986972;WS=100986954;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:95,60:0.39:155
chr2	101093556	rs6726587	T	C	1216.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=1.964;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.669;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=2;PP=909;ReadPosRankSum=0.293;SC=ACTCATTAAATTTACGTAATA;SOR=2.226;SbPval=0.93;Source=Platypus;TC=73;TCF=66;TCR=7;TR=46;WE=101093564;WS=101093549;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,48:0.63:76
chr2	101095733	rs7561811	A	G	830.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=2.591;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.122;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=3;PP=651;ReadPosRankSum=-2.193;SC=GAGTAGAAAGAAATGCGCATA;SOR=1.536;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=39;TCF=35;TCR=4;TR=29;WE=101095741;WS=101095723;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,30:0.71:42
chr2	101096802	rs7565675	A	G	1350.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.723;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=19;PP=701;ReadPosRankSum=0.465;SC=AGATCACGGCAGTGATCCCAC;SOR=0.653;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=78;TCF=51;TCR=27;TR=53;WE=101096810;WS=101096792;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,65:0.65:100
chr2	101096834	rs13428749	C	A	2160.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-1.225;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.344;HP=1;HapScore=1;MGOF=37;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=31;PP=1190;ReadPosRankSum=0.769;SC=CTCTCCACCTCCTCTTTTGCA;SOR=0.855;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=115;TCF=70;TCR=45;TR=82;WE=101096842;WS=101096824;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,100:0.65:155
chr2	101096860	rs7568519	T	C	2544.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.859;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.862;HP=1;HapScore=1;MGOF=38;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=37;PP=1457;ReadPosRankSum=1.956;SC=CTTCTGACTATCTTAGAAGCA;SOR=0.855;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=132;TCF=77;TCR=55;TR=91;WE=101096868;WS=101096850;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,117:0.62:188
chr2	101096903	rs13393776	T	C	3300.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.328;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=245;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.013;HP=1;HapScore=1;MGOF=40;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=51;PP=1398;ReadPosRankSum=-0.854;SC=GCAAGACAACTGCAAGGTCAT;SOR=0.724;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=154;TCF=79;TCR=75;TR=108;WE=101096911;WS=101096893;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:89,156:0.64:245
chr2	101096960	rs1519654	C	T	4494.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=47;NR=62;PP=2135;SC=CCTTGCAGGGCTCGGGGACTG;SOR=0.897;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=109;TCF=47;TCR=62;TR=109;WE=101096968;WS=101096950;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,170:1.00:170
chr2	101126124	rs1829479	T	A	7576.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=1.034;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=288;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.571;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=67;NR=156;PP=2965;ReadPosRankSum=0.303;SC=TTTCTCCTTATTATGTTACTT;SOR=1.627;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=225;TCF=68;TCR=157;TR=223;WE=101126132;WS=101126114;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,279:0.99:281
chr2	101179341	rs2970988	A	G	1843.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=36.15;SOR=2.004;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr2	101179341	.	AG	GA,GG	493	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.39;FR=0.5000,0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=21,33;NR=3,9;PP=493,260;QD=22.7694947859;SC=CTTCTGTGCCAGTTCCTTGAA;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=42;TCF=33;TCR=9;TR=24,42;WE=101179350;WS=101179331;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.57:42
chr2	101179342	rs2309848	G	A	714.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.305;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=4.655;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.02;ReadPosRankSum=2.117;SOR=1.655;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,29:0.57:51
chr2	101186088	rs1052117	C	T	2383.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-0.704;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.560;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=18;PP=1560;ReadPosRankSum=1.468;SC=AGAATAAATTCGGAGAAGTTT;SOR=0.906;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=126;TCF=96;TCR=30;TR=83;WE=101186096;WS=101186078;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,97:0.66:148
chr2	101188373	rs138885839	C	CCTGTGTATGAGTGA	3548.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=1.563;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.804;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.068;NF=1;NR=32;PP=2897;ReadPosRankSum=0.957;SC=TTCACTTCTGCCTGTGTATGA;SOR=1.100;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=106;TCF=3;TCR=103;TR=33;WE=101188381;WS=101188363;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,90:0.64:140
chr2	101188394	rs189087977	A	G	1376.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.780;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FS=1.036;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.47;ReadPosRankSum=-0.609;SOR=1.004;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,54:0.61:89
chr2	101520972	rs5832941	A	AT	679.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=16;NR=1;PP=815;SC=GCCCAATGAAAGAGTGCCTGT;SOR=4.294;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=19;TCF=17;TCR=2;TR=17;WE=101520980;WS=101520962;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr2	101521173	rs57350721	ATT	A	885.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.130;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.65;ReadPosRankSum=-1.478;SOR=0.752;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,40:0.53:76
chr2	101541798	rs356651	C	T	1996.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=15;NR=41;PP=1164;SC=CACCCTGCCCCGTCCATGTGG;SOR=1.778;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=56;TCF=15;TCR=41;TR=56;WE=101541806;WS=101541788;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr2	101564628	rs10207725	A	C	1157.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-1.573;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.719;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=20;PP=713;ReadPosRankSum=-1.556;SC=TGAATGTTCAATTTTTGTTTT;SOR=0.491;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=176;TCF=124;TCR=52;TR=58;WE=101564636;WS=101564618;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:148,68:0.31:216
chr2	101566070	rs3739005	C	T	262.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.833;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=2.762;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.05;ReadPosRankSum=-0.676;SOR=0.291;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,17:0.33:52
chr2	101581246	rs7581886	C	T	6333.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=241;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.04;QD=26.28;SOR=1.160;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,241:1.00:241
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chr2	101581495	rs60563199	CT	C	1398.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.332;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.05;MQRankSum=1.732;QD=6.92;ReadPosRankSum=0.549;SOR=0.703;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:151,51:0.25:202
chr2	101581508	rs17025086	A	G	795.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.757;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.652;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=23;PP=1663;ReadPosRankSum=-0.294;SC=GTCCATTGAAAGAGGAGGACT;SOR=0.797;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=129;TCF=47;TCR=82;TR=37;WE=101581516;WS=101581485;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:126,47:0.27:173
chr2	101581976	rs4851392	A	G	244.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=1.204;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.392;HP=4;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=3;PP=111;ReadPosRankSum=-0.759;SC=AGCCTCTCTGATTTTGACCAT;SOR=0.050;SbPval=0.07;Source=Platypus;TC=30;TCF=27;TCR=3;TR=10;WE=101581984;WS=101581972;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,12:0.35:34
chr2	101582245	rs3841571	AGCCCAGGCATGGGG	A	2520.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.713;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.240;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=1.342;NF=2;NR=33;PP=2969;ReadPosRankSum=0.583;SC=ACCACTGCCCAGCCCAGGCAT;SOR=0.836;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=104;TCF=5;TCR=99;TR=35;WE=101582266;WS=101582235;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:124,70:0.36:194
chr2	101584737	rs115806641	C	T	6127.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.893;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=451;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=94;NR=61;PP=2339;ReadPosRankSum=-0.183;SC=CATTTTCTACCGACAGTGATG;SOR=0.666;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=271;TCF=165;TCR=106;TR=155;WE=101584745;WS=101584727;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:164,284:0.63:448
chr2	101584895	rs2289950	C	T	1267.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=3.815;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.008;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=44;PP=919;ReadPosRankSum=1.058;SC=GGTCAGGTACCGCGCACGGGC;SOR=1.301;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=124;TCF=28;TCR=96;TR=55;WE=101584903;WS=101584885;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:94,60:0.39:154
chr2	101584951	rs35503589	A	G	491.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=3.075;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.182;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=21;PP=402;ReadPosRankSum=1.140;SC=GGGGTGCAGGATGGCGTGGCC;SOR=1.863;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=46;TCF=3;TCR=43;TR=22;WE=101584959;WS=101584941;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,21:0.40:52
chr2	101587642	rs75107839	A	T	544.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=2.050;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.969;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=17;PP=357;ReadPosRankSum=-0.235;SC=GAAGGGTACAACCAAGCTATT;SOR=0.833;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=54;TCF=8;TCR=46;TR=20;WE=101587650;WS=101587632;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,28:0.33:84
chr2	101591304	rs2305160	A	G	1956.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.456;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=518;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.79;ReadPosRankSum=0.023;SOR=0.688;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:377,139:0.27:516
chr2	101591443	rs2305159	A	C	1007.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.290;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=237;ExcessHet=3.0103;FS=1.192;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.54;ReadPosRankSum=1.765;SOR=0.566;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:160,62:0.28:222
chr2	101606810	rs1053091	G	A	4062.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.238;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=697;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.174;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=79;NR=60;PP=1859;ReadPosRankSum=0.384;SC=CCACAGCTGCGCTCCCGCCAA;SOR=0.810;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=406;TCF=221;TCR=185;TR=139;WE=101606818;WS=101606800;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:456,231:0.34:687
chr2	101612051	rs2305158	G	A	3846.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.947;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.165;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=81;PP=2722;ReadPosRankSum=0.642;SC=ATAATGCCCCGGCACTGAAGT;SOR=0.792;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=191;TCF=81;TCR=110;TR=134;WE=101612059;WS=101612041;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,161:0.72:225
chr2	101619283	rs2278724	C	G	10174.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.666;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=689;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.883;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=156;NR=124;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.875;SC=GAGTATCCCTCTAGCCGCCCT;SOR=0.564;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=425;TCF=242;TCR=183;TR=280;WE=101619291;WS=101619273;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:221,467:0.68:688
chr2	101619321	rs2278723	T	C	12033.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.844;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=809;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=145;NR=153;PP=2962;ReadPosRankSum=1.222;SC=GTCTGGTTGTTACCGAGAGAT;SOR=0.679;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=472;TCF=235;TCR=237;TR=298;WE=101619329;WS=101619311;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:266,542:0.67:808
chr2	101620856	rs34386800	TA	T	3074.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.587;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=366;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.09;MQRankSum=1.291;QD=9.79;ReadPosRankSum=-0.948;SOR=0.667;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:108,206:0.66:314
chr2	101622696	rs34763346	T	TG	3092.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.133;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=41;PP=2099;ReadPosRankSum=0.993;SC=GATCCATATCTGGGATGTAAA;SOR=0.649;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=99;TCF=28;TCR=71;TR=56;WE=101622704;WS=101622686;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,108:0.62:174
chr2	101624471	rs746924	T	C	7796.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=0.965;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=555;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=112;NR=98;PP=2962;ReadPosRankSum=0.827;SC=GTCCAGTCCCTTTCTGCCGCC;SOR=0.697;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=319;TCF=169;TCR=150;TR=210;WE=101624479;WS=101624461;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:193,342:0.64:535
chr2	101627343	rs35511736	CA	C	586.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.218;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FS=1.082;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.82;ReadPosRankSum=-0.447;SOR=0.512;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,56:0.65:86
chr2	101627852	rs1062059	C	T	976.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=2.108;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.344;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=5;PP=615;ReadPosRankSum=-0.310;SC=AGGGCAACCCCGGTGCCTCCC;SOR=1.058;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=55;TCF=44;TCR=11;TR=32;WE=101627860;WS=101627842;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,40:0.59:68
chr2	101638888	rs3739014	A	G	5522.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.564;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=388;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.797;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=87;NR=91;PP=2820;ReadPosRankSum=-0.190;SC=ACTGCCGGGCATCTATGCGGT;SOR=0.683;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=268;TCF=130;TCR=138;TR=178;WE=101638896;WS=101638878;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:124,252:0.67:376
chr2	101646144	rs3739015	G	A	7565.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.028;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=535;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.155;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=104;NR=117;PP=2962;ReadPosRankSum=0.014;SC=AGAGAGAGACGGACGCCAGGG;SOR=0.746;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=341;TCF=168;TCR=173;TR=221;WE=101646152;WS=101646134;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:186,342:0.65:528
chr2	101656726	rs2289953	T	C	6741.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.957;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=489;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.542;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=102;NR=84;PP=2661;ReadPosRankSum=-0.549;SC=ATCCGCCCCGTGGTGTGACAG;SOR=0.751;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=293;TCF=158;TCR=135;TR=186;WE=101656734;WS=101656716;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:178,307:0.63:485
chr2	101870073	rs874272	T	C	2615.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=3.332;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.734;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=68;PP=1738;ReadPosRankSum=-0.828;SC=TCCGCCTCTCTCTGCGTTCCC;SOR=0.855;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=137;TCF=29;TCR=108;TR=85;WE=101870081;WS=101870063;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,102:0.65:158
chr2	101883027	rs3736586	T	C	1916.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-1.617;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.692;HP=2;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=7;PP=1399;ReadPosRankSum=-1.604;SC=TCAATGCAGATAGTTTTGTAG;SOR=0.338;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=92;TCF=83;TCR=9;TR=67;WE=101883035;WS=101883017;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,72:0.73:98
chr2	101883046	rs1660694	A	G	5611.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=112;NR=26;PP=2965;SC=AGCTTTTTGTATAAAATGCTT;SOR=3.010;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=138;TCF=112;TCR=26;TR=138;WE=101883054;WS=101883036;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,149:1.00:149
chr2	101898412	rs13151	G	C	4981.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=69;NR=54;PP=2443;SC=GTGGACTGCTGTCATCACTTC;SOR=0.829;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=125;TCF=69;TCR=56;TR=123;WE=101898420;WS=101898402;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,186:1.00:186
chr2	101925026	rs11123868	T	C	9892.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.732;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=704;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.213;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=120;NR=243;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.137;SC=GCCCCGACGCTGGCTTCGCGC;SOR=0.871;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=544;TCF=183;TCR=361;TR=363;WE=101925034;WS=101925016;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:238,451:0.65:689
chr2	101967346	rs6543032	C	T	11567.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=435;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=184;NR=87;PP=2965;SC=AAAAGGTTTTCATTTAAGTGC;SOR=1.274;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=271;TCF=184;TCR=87;TR=271;WE=101967354;WS=101967336;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,420:1.00:420
chr2	101971618	rs6753727	T	C	1462.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=0.958;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.352;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=5;PP=1050;ReadPosRankSum=-0.514;SC=TGGAGACCAATCACTTATTGC;SOR=1.104;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=100;TCF=88;TCR=12;TR=54;WE=101971626;WS=101971608;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,59:0.55:108
chr2	102000210	rs11694978	G	A	851.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.192;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.710;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=22;PP=510;ReadPosRankSum=0.709;SC=GCTGTGGCTCGACTTGATCTG;SOR=0.591;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=88;TCF=31;TCR=57;TR=36;WE=102000218;WS=102000200;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,46:0.37:125
chr2	102018908	rs2175968	A	G	5063.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=1.165;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=85;NR=31;PP=2443;ReadPosRankSum=2.926;SC=CTTATTGCCCATGGCAGTGTC;SOR=1.549;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=116;TCF=85;TCR=31;TR=116;WE=102018916;WS=102018898;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,194:0.99:196
chr2	102026879	.	A	ACACT,ACACACT	1953.73	.	AC=2,0;AF=1.00,0.00;AN=2;BRF=0.37;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;NF=32,32;NR=7,7;PP=97,626;SC=ACACACACACACTTATGTGAT;SOR=3.442;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=44;TCF=36;TCR=8;TR=39,39;WE=102026887;WS=102026869;set=Intersection	GT:AF:DP	1/1:0.92:60
chr2	102027050	.	C	CT	1749.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.239;ClippingRankSum=0.000;DP=523;ExcessHet=3.0103;FS=1.284;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.12;MQRankSum=2.893;QD=3.64;ReadPosRankSum=0.442;SOR=0.643;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:327,154:0.32:481
chr2	102031176	rs4851434	A	G	3025.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=65;NR=20;PP=1992;SC=TCCTCTGCCAATGGCCAGGCA;SOR=2.165;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=85;TCF=65;TCR=20;TR=85;WE=102031184;WS=102031166;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr2	102031489	rs4851435	C	G	5080.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=42;NR=95;PP=2799;SC=TAAACTGCAACTTCCCCCACC;SOR=1.545;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=137;TCF=42;TCR=95;TR=137;WE=102031497;WS=102031479;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,182:1.00:182
chr2	102035192	rs6709913	C	T	1290.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=33;NR=4;PP=935;SC=TCCATACACCCCACTATTCAC;SOR=3.312;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=37;TCF=33;TCR=4;TR=37;WE=102035200;WS=102035182;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr2	102038849	rs4851436	T	A	22122.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=848;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=215;NR=282;PP=2965;SC=TTTCTTTGCCTGTTCTTGCTC;SOR=0.867;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=498;TCF=216;TCR=282;TR=497;WE=102038857;WS=102038839;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,831:1.00:831
chr2	102045328	rs6543047	C	T	871.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.674;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.896;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=2;PP=579;ReadPosRankSum=-0.707;SC=CAGAAGAGTACGCACAGAAAA;SOR=0.259;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=48;TCF=45;TCR=3;TR=29;WE=102045336;WS=102045318;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,35:0.65:54
chr2	102066878	rs4851448	A	T	455.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.795;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.090;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=2;PP=277;ReadPosRankSum=-1.702;SC=AGAGATGGAGATTTGCCATGT;SOR=1.445;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=17;TCF=14;TCR=3;TR=13;WE=102066886;WS=102066871;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,18:0.75:24
chr2	102066981	rs74263247	C	T	764.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.210;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=13;PP=306;ReadPosRankSum=-1.113;SC=TGAGCCACCACACTTGGCCTG;SOR=0.716;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=107;TCF=65;TCR=42;TR=33;WE=102066989;WS=102066971;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:117,50:0.30:167
chr2	102067083	rs7585228	T	C	3897.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.797;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=239;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.999;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=51;PP=1828;ReadPosRankSum=-0.073;SC=ACCTATCAGGTAGCAATACTG;SOR=0.447;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=133;TCF=60;TCR=73;TR=98;WE=102067091;WS=102067073;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,169:0.72:236
chr2	102083183	rs4851455	T	C	1284.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=0.133;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.861;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=14;PP=820;ReadPosRankSum=-1.216;SC=CTCCAATAACTTGCTTCCCTT;SOR=0.845;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=70;TCF=48;TCR=22;TR=47;WE=102083191;WS=102083173;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,57:0.63:90
chr2	102314391	.	C	CCCG	556.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-1.216;ClippingRankSum=0.000;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.296;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=1;PP=781;ReadPosRankSum=1.939;SC=CGCAGCCGAGCCCGCCGCCGC;SOR=0.178;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=54;TCF=48;TCR=6;TR=20;WE=102314401;WS=102314381;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,17:0.32:53
chr2	102314437	rs13430711	T	C	866.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.406;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FS=1.698;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.47;ReadPosRankSum=-1.972;SOR=0.481;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:88,46:0.34:134
chr2	102450731	rs2301980	C	A	299.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-2.615;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.116;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=1.959;NF=14;NR=7;PP=354;ReadPosRankSum=1.796;SC=TCCGTAAGTTCTACAAATGTG;SOR=0.138;SbPval=0.25;Source=Platypus;TC=46;TCF=35;TCR=11;TR=21;WE=102450739;WS=102450721;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,16:0.36:45
chr2	102472459	rs1139583	A	G	1203.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.722;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=296;ExcessHet=3.0103;FS=1.579;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.12;ReadPosRankSum=-1.613;SOR=0.808;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:212,80:0.27:292
chr2	102501512	rs2072206	G	C	85.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-2.450;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=0;PP=57;ReadPosRankSum=-0.566;SC=CTCTCTCTCTGAATTTTTCCC;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=8;TCR=0;TR=4;WE=102501520;WS=102501505;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,4:0.50:8
chr2	102503486	.	CAAA	C	232.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.333;ClippingRankSum=0.000;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=3.925;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.27;ReadPosRankSum=0.404;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,14:0.44:32
chr2	102785158	rs55639750	G	GT	118.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.522;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FS=3.363;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.20;MQRankSum=3.432;QD=0.97;ReadPosRankSum=-2.031;SOR=0.378;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:99,23:0.19:122
chr2	102817954	rs2302623	A	T	1155.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=2.003;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=15;PP=749;ReadPosRankSum=2.509;SC=TTACCTAAATACTAGGGATCA;SOR=0.739;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=59;TCF=40;TCR=19;TR=44;WE=102817962;WS=102817944;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,48:0.66:73
chr2	102828378	rs138145179	A	ATT	477.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.884;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=6.663;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.21;MQRankSum=0.000;QD=9.75;ReadPosRankSum=0.473;SOR=2.105;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,26:0.53:49
chr2	102828768	rs1922290	G	C	237.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=3.214;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=8;PP=185;ReadPosRankSum=-1.519;SC=TTGGATATACGTGAGCTCATG;SOR=0.275;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=16;TCF=1;TCR=15;TR=9;WE=102828776;WS=102828758;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,9:0.56:16
chr2	102967928	rs4988955	A	G	2815.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=3.673;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.304;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=81;NR=14;PP=2058;ReadPosRankSum=-1.401;SC=AGACTTTTAAATGTTCAGGAT;SOR=0.421;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=133;TCF=116;TCR=17;TR=95;WE=102967936;WS=102967918;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,102:0.71:143
chr2	102968007	rs4988956	G	A	8435.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-5.710;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=542;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.968;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=159;NR=104;PP=2962;ReadPosRankSum=0.617;SC=TGTAGTCACTGCAGTGGAAAC;SOR=0.539;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=390;TCF=240;TCR=150;TR=263;WE=102968015;WS=102967997;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:162,378:0.70:540
chr2	102968075	rs4988957	T	C	13927.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.600;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=902;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=188;NR=178;PP=2962;ReadPosRankSum=-2.109;SC=TCACTCACAATAAGGAGTTTG;SOR=0.696;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=565;TCF=288;TCR=277;TR=366;WE=102968083;WS=102968065;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:275,622:0.69:897
chr2	102968211	rs10192036	CA	AG	11395.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.774;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=456;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=67;NR=120;PP=2944;ReadPosRankSum=-1.882;SC=GGACTCCCTCCAGCATCTTAT;SOR=0.725;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=307;TCF=106;TCR=201;TR=187;WE=102968220;WS=102968201;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:164,287:0.64:451
chr2	102968285	rs4988958	T	C	3031.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=1.931;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.294;HP=3;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=73;PP=2002;ReadPosRankSum=0.744;SC=CCCTGAATTCTAAATTCTGGA;SOR=0.575;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=151;TCF=39;TCR=112;TR=101;WE=102968293;WS=102968275;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,123:0.64:191
chr2	102968356	rs10192157	C	T	1829.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.799;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=26.91;ReadPosRankSum=-2.278;SOR=0.709;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,49:0.72:68
chr2	102968362	rs10206753	T	C	1737.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.005;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=27.58;ReadPosRankSum=-1.722;SOR=0.579;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,44:0.70:63
chr2	102979238	.	G	GT	68.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.470;ClippingRankSum=0.000;DP=127;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.34;MQRankSum=4.056;QD=0.72;ReadPosRankSum=-1.722;SOR=0.536;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:78,18:0.19:96
chr2	102984624	rs1362348	C	G	1441.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.341;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=38;PP=944;ReadPosRankSum=2.433;SC=CAGATAATCACCACATCCTTT;SOR=0.741;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=56;TCF=7;TCR=49;TR=43;WE=102984632;WS=102984614;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,54:0.77:70
chr2	102998279	rs3213732	A	G	303.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.370;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=10;PP=216;ReadPosRankSum=0.071;SC=AAAACTAAGAAAAGAGTGCCA;SOR=1.739;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=0;TCR=16;TR=10;WE=102998287;WS=102998269;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,12:0.71:17
chr2	103006448	rs6749014	C	T	2524.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.885;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=22;PP=1217;ReadPosRankSum=0.848;SC=TGGACAAGCACGTGATGATGG;SOR=0.665;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=132;TCF=88;TCR=44;TR=70;WE=103006456;WS=103006438;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,115:0.57:201
chr2	103010912	rs1420096	C	T	5528.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.224;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=430;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.383;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=111;NR=50;PP=2591;ReadPosRankSum=-1.527;SC=ATTAAAAGAGCCAATCTTACC;SOR=0.954;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=273;TCF=178;TCR=95;TR=161;WE=103010920;WS=103010902;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:170,252:0.60:422
chr2	103013408	rs7570821	C	T	2536.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.910;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.139;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=57;PP=1435;ReadPosRankSum=-0.731;SC=GCATATGAACCTGTTCATAAC;SOR=0.482;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=127;TCF=39;TCR=88;TR=84;WE=103013416;WS=103013398;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,110:0.68:161
chr2	103039584	rs3817465	A	T	1954.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-4.050;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=10;PP=1398;ReadPosRankSum=-1.398;SC=CCTGTGTGAGATGCACTTTGT;SOR=0.622;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=109;TCF=94;TCR=15;TR=70;WE=103039592;WS=103039574;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,77:0.66:117
chr2	103040247	rs11377261	T	TG	2804.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.136;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.916;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=8;PP=2971;ReadPosRankSum=-0.272;SC=TGTTTCCATGTGCTTTGTTTA;SOR=0.586;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=88;TCF=76;TCR=12;TR=46;WE=103040257;WS=103040237;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,69:0.57:121
chr2	103040249	rs2272129	C	T	2812.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-4.835;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=8;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.596;SC=TTTCCATGTGCTTTGTTTATT;SOR=0.647;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=113;TCF=98;TCR=15;TR=56;WE=103040257;WS=103040237;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,73:0.58:125
chr2	103048738	rs62154972	G	A	966.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-2.752;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.723;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=5;PP=791;ReadPosRankSum=0.626;SC=TTGAGTCGCTGGCTGAGCTCT;SOR=1.353;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=58;TCF=50;TCR=8;TR=41;WE=103048746;WS=103048728;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,39:0.67:58
chr2	103057668	rs11465700	G	A	4314.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-2.694;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=298;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=80;NR=43;PP=1970;ReadPosRankSum=-0.245;SC=TGAAGACAGAGCTCCAAGACA;SOR=0.681;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=189;TCF=124;TCR=65;TR=123;WE=103057676;WS=103057658;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:98,194:0.66:292
chr2	103059613	rs1558651	A	G	11736.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=439;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=159;NR=93;PP=2965;SC=AGGACAAAGTATTCTCACCAG;SOR=1.046;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=253;TCF=160;TCR=93;TR=252;WE=103059621;WS=103059603;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,432:1.00:432
chr2	103090127	rs17027255	C	T	1001.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=2.699;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=3;PP=627;ReadPosRankSum=-2.156;SC=ACTTTTGACCCAGGTGGATGC;SOR=0.452;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=48;TCF=44;TCR=4;TR=30;WE=103090135;WS=103090119;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,37:0.67:55
chr2	103120232	rs2075188	G	A	5399.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.058;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=389;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=106;PP=2720;ReadPosRankSum=-1.147;SC=CATCACATGAGCCAGGCATCT;SOR=0.709;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=252;TCF=89;TCR=163;TR=166;WE=103120240;WS=103120222;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:130,244:0.65:374
chr2	103120311	rs2075187	G	A	1403.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=1.392;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.704;HP=3;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=41;PP=1054;ReadPosRankSum=-1.322;SC=AAACTTTTATGAAACCTGATT;SOR=1.253;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=77;TCF=11;TCR=66;TR=46;WE=103120319;WS=103120301;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,53:0.63:84
chr2	103125182	rs6724322	C	T	309.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-1.793;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.969;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=3;PP=155;ReadPosRankSum=-2.255;SC=GCAGCATTTACTCTGTAATAG;SOR=0.086;SbPval=0.26;Source=Platypus;TC=22;TCF=19;TCR=3;TR=13;WE=103125190;WS=103125172;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,14:0.61:23
chr2	103125457	rs6739301	A	G	13345.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.958;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=589;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=22.89;ReadPosRankSum=1.536;SOR=0.679;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:240,343:0.59:583
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chr2	103128866	rs4851609	T	C	1061.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-0.587;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.600;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=33;PP=634;ReadPosRankSum=-0.042;SC=CTACAGGAAGTGGTTGAAATT;SOR=1.176;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=57;TCF=10;TCR=47;TR=39;WE=103128874;WS=103128856;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,49:0.69:71
chr2	103136309	rs1403550	T	C	4183.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.510;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=302;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.470;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=46;PP=1414;ReadPosRankSum=-0.297;SC=TCTCCAATAATGATTCCAGGG;SOR=0.800;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=157;TCF=88;TCR=69;TR=108;WE=103136317;WS=103136299;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:100,198:0.66:298
chr2	103136446	rs1403551	T	G	1447.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-0.462;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=40;PP=953;ReadPosRankSum=-1.352;SC=TGTCCCCATTTTCTGTCCTTG;SOR=0.646;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=77;TCF=21;TCR=56;TR=56;WE=103136454;WS=103136436;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,63:0.68:93
chr2	103141447	rs2015478	A	G	3588.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.638;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=288;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=47;PP=1688;ReadPosRankSum=0.071;SC=TGTATGGAGGAGTCCTTACGT;SOR=0.683;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=173;TCF=97;TCR=76;TR=107;WE=103141455;WS=103141437;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:109,169:0.61:278
chr2	103141651	rs1024798	G	C	1135.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=1.240;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.944;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=30;PP=793;ReadPosRankSum=-0.856;SC=TTCCTTCAGTGTGCAAGTGTT;SOR=0.311;SbPval=0.24;Source=Platypus;TC=68;TCF=15;TCR=53;TR=42;WE=103141659;WS=103141641;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,45:0.60:75
chr2	103149100	rs1014286	G	A	2570.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=2.860;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.199;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=56;PP=1571;ReadPosRankSum=-0.026;SC=CCATGGACACGGCAGGGACCA;SOR=0.813;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=143;TCF=48;TCR=95;TR=82;WE=103149108;WS=103149090;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,106:0.57:186
chr2	103149162	rs2008159	A	G	1220.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=0.278;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.702;HP=1;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=30;PP=735;ReadPosRankSum=0.585;SC=ATTGTCCACAAGATTGTTTTG;SOR=1.037;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=76;TCF=20;TCR=56;TR=39;WE=103149170;WS=103149152;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,54:0.51:106
chr2	103149182	rs2008157	A	G	948.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=0.893;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.907;HP=1;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=23;PP=550;ReadPosRankSum=-0.139;SC=GGTGTTTCTCAAGAGTCTGTC;SOR=0.884;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=66;TCF=17;TCR=49;TR=30;WE=103149190;WS=103149172;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,42:0.51:82
chr2	103300506	rs6757258	A	G	3374.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.910;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=249;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=82;NR=37;PP=1816;ReadPosRankSum=0.088;SC=CTTTGTCCCCATCGCAGAAGC;SOR=0.712;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=183;TCF=126;TCR=57;TR=119;WE=103300514;WS=103300496;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,152:0.64:239
chr2	103334969	rs1052431	G	A	9317.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.691;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=656;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.158;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=125;NR=147;PP=2962;ReadPosRankSum=1.756;SC=CTAACACAGCGCCCAGGCTGG;SOR=0.773;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=400;TCF=191;TCR=209;TR=272;WE=103334977;WS=103334959;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:225,425:0.65:650
chr2	103335441	rs33993717	A	G	9738.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=3.505;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=793;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.521;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=148;NR=132;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.586;SC=CACCAGAAATATGTCCCACAT;SOR=0.658;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=474;TCF=253;TCR=221;TR=280;WE=103335449;WS=103335431;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:347,438:0.56:785
chr2	103343234	rs3796061	G	C	557.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.231;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=1.682;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.94;ReadPosRankSum=-0.589;SOR=1.209;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,26:0.65:40
chr2	103343275	rs34958116	G	GA	267.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.639;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FS=7.441;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.43;MQRankSum=1.939;QD=2.94;ReadPosRankSum=0.431;SOR=0.195;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:58,33:0.36:91
chr2	103375056	rs2732838	T	G	2301.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=2.511;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=363;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.401;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=41;PP=1135;ReadPosRankSum=0.752;SC=GCTTAACAAGTACCAAGCTGG;SOR=0.737;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=202;TCF=97;TCR=105;TR=77;WE=103375064;WS=103375046;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:232,126:0.35:358
chr2	103378581	rs5833037	CT	C	166.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.120;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.27;ReadPosRankSum=0.799;SOR=0.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,23:0.45:51
chr2	103378857	rs2540298	C	G	1815.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.392;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=272;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.522;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=56;PP=1292;ReadPosRankSum=-1.428;SC=TATGAAGATACCCTTATGTAT;SOR=1.043;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=209;TCF=68;TCR=141;TR=76;WE=103378865;WS=103378847;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:175,90:0.34:265
chr2	103380998	rs2540296	C	G	431.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.140;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.113;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=15;PP=288;ReadPosRankSum=-1.358;SC=CCTGTAATTTCAATATTTTTG;SOR=0.941;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=60;TCF=14;TCR=46;TR=18;WE=103381006;WS=103380988;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,22:0.31:71
chr2	103431404	rs887987	T	C	5305.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=53;NR=88;PP=2392;SC=GGTTGTTGGATGGCATATTCA;SOR=1.114;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=141;TCF=53;TCR=88;TR=141;WE=103431412;WS=103431394;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,207:1.00:207
chr2	105472055	rs186512421	T	C	479.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=22.85;SOR=0.784;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr2	105654716	rs3739160	C	T	10718.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=2.369;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=407;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=114;NR=148;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.375;SC=AAGCGGCTTACCTCTGCCGCG;SOR=0.300;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=263;TCF=114;TCR=149;TR=262;WE=105654724;WS=105654706;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,404:1.00:405
chr2	105654830	rs3739159	G	T	1921.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=52;PP=1408;SC=AGGTTGGGGGGGAGGAGGTGG;SOR=3.750;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=57;TCF=5;TCR=52;TR=57;WE=105654838;WS=105654820;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr2	105696591	rs68154520	C	T	518.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=1.640;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=19;PP=401;ReadPosRankSum=-0.094;SC=GGATACTGTTCGCAGCTTCAG;SOR=0.833;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=36;TCF=8;TCR=28;TR=25;WE=105696599;WS=105696581;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,22:0.67:33
chr2	105709023	rs6543282	T	C	7468.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=287;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=74;NR=122;PP=2965;SC=TTAGCAAAAGTGAAGGTAATG;SOR=1.088;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=199;TCF=75;TCR=124;TR=196;WE=105709031;WS=105709013;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,284:1.00:284
chr2	105858993	rs140158310	C	G	5951.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.105;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=891;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=116;NR=102;PP=2917;ReadPosRankSum=0.292;SC=GCAAGAACGCCGTGCGCGTGC;SOR=0.707;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=597;TCF=322;TCR=275;TR=218;WE=105859001;WS=105858983;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:558,325:0.37:883
chr2	105885961	rs2241797	T	C	5409.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=75;NR=65;PP=2856;SC=GGGGCCAGCATGCAGGTAGAT;SOR=0.798;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=140;TCF=75;TCR=65;TR=140;WE=105885969;WS=105885951;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,198:1.00:198
chr2	105889349	rs11676273	G	A	1344.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.995;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=263;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=30;PP=624;ReadPosRankSum=-1.002;SC=CAGATTTCTGGAGCAGCCGCC;SOR=0.697;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=154;TCF=70;TCR=84;TR=55;WE=105889357;WS=105889339;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:174,83:0.32:257
chr2	105897003	rs2241799	G	A	4565.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.426;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=354;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.827;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=67;NR=69;PP=2026;ReadPosRankSum=-1.876;SC=TGCGGACCTCGTTCAGGTAGC;SOR=0.670;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=230;TCF=116;TCR=114;TR=136;WE=105897011;WS=105896993;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:135,216:0.62:351
chr2	105897261	rs2679833	C	T	2091.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=19;NR=40;PP=1182;SC=TGGAGGGGAGCGCACGGTGGC;SOR=1.519;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=59;TCF=19;TCR=40;TR=59;WE=105897269;WS=105897251;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr2	105924510	rs2241801	A	G	5413.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.022;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=369;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.376;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=90;NR=85;PP=2962;ReadPosRankSum=-2.028;SC=CTGAGGCCGCACGCAGCTCGT;SOR=0.696;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=269;TCF=135;TCR=134;TR=175;WE=105924518;WS=105924500;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:122,233:0.66:355
chr2	105953909	rs2033727	G	C	2217.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-2.118;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.701;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=23;PP=1216;ReadPosRankSum=-0.284;SC=ACCCGAACCAGCAGCGAGAGA;SOR=0.369;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=108;TCF=78;TCR=30;TR=72;WE=105953917;WS=105953899;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,96:0.68:142
chr2	105953938	rs3217439	G	GC	5137.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.172;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.524;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=43;PP=2830;ReadPosRankSum=0.349;SC=GGCATGCGGCGACTCAGAGTG;SOR=0.537;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=103;TCF=43;TCR=60;TR=66;WE=105953946;WS=105953928;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,144:0.67:215
chr2	105961703	rs2679842	G	A	1049.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.007;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.090;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=9;PP=612;ReadPosRankSum=-0.174;SC=TTGGTTGTTTGAAATGTTCAT;SOR=0.984;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=49;TCF=35;TCR=14;TR=33;WE=105961711;WS=105961693;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,46:0.64:72
chr2	105979730	rs2278502	C	A	12184.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.493;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=844;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=200;NR=158;PP=2962;ReadPosRankSum=1.176;SC=ATGGGAACCCCGGGACACTCA;SOR=0.629;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=547;TCF=309;TCR=238;TR=358;WE=105979738;WS=105979720;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:295,547:0.65:842
chr2	105994498	rs13386004	C	A	1246.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.756;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=234;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.761;HP=3;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.938;NF=31;NR=16;PP=623;ReadPosRankSum=1.526;SC=AACAGGAAAGCAAAGCCACTA;SOR=0.828;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=163;TCF=104;TCR=59;TR=47;WE=105994506;WS=105994488;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:162,72:0.31:234
chr2	105994564	rs144051497	C	CATCAA	7276.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=2.154;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=299;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.449;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.074;NF=29;NR=54;PP=2962;ReadPosRankSum=1.869;SC=GGAAAGAGCACATCAGCATGC;SOR=0.638;SbPval=0.23;Source=Platypus;TC=142;TCF=41;TCR=101;TR=83;WE=105994572;WS=105994554;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:103,181:0.64:284
chr2	106013147	rs34179780	C	T	15977.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-2.416;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1128;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=188;NR=226;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.316;SC=AGACACAGTTCTCAGCCACTA;SOR=0.687;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=615;TCF=276;TCR=339;TR=414;WE=106013155;WS=106013137;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:373,737:0.66:1110
chr2	106013216	rs11891016	T	C	2624.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.268;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=500;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.935;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=84;PP=1271;ReadPosRankSum=0.503;SC=CTCAGTATAATGCAACTTGAG;SOR=0.828;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=364;TCF=121;TCR=243;TR=125;WE=106013224;WS=106013206;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:337,159:0.32:496
chr2	106015412	rs76810592	G	C	3822.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.374;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=705;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.195;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=74;NR=86;PP=2330;ReadPosRankSum=-2.212;SC=GGCGCAGGGGGTTGGAGGTAC;SOR=0.764;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=523;TCF=258;TCR=265;TR=160;WE=106015420;WS=106015402;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:474,215:0.31:689
chr2	106015482	.	T	C	3280.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.327;ClippingRankSum=0.000;DP=595;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=73;PP=1654;ReadPosRankSum=-2.081;SC=GGGCGGCTGGTGGCTGCGGCT;SOR=0.656;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=427;TCF=186;TCR=241;TR=130;WE=106015490;WS=106015472;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:402,185:0.32:587
chr2	106471393	rs6543345	T	C	2621.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.646;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FS=10.762;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.90;ReadPosRankSum=1.126;SOR=0.247;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:61,115:0.65:176
chr2	106471825	rs3832068	C	CA	311.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.988;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.985;HP=12;HapScore=3;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=20;PP=249;ReadPosRankSum=0.683;SC=TTTGCTGTTTCAAAAAAAAAA;SOR=2.189;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=37;TCF=1;TCR=36;TR=20;WE=106471833;WS=106471815;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,20:0.59:34
chr2	106682226	rs4271786	T	C	1846.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.019;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=2.215;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=26.01;ReadPosRankSum=-0.562;SOR=0.400;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,47:0.66:71
chr2	106682235	rs4266035	C	G	1956.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.182;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FS=2.063;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.77;ReadPosRankSum=-0.234;SOR=0.461;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,52:0.66:79
chr2	106682365	rs4477942	T	G	3428.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-2.250;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.264;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=47;PP=1753;ReadPosRankSum=0.543;SC=GGCGCTTCCATGGTGCCCGGG;SOR=0.819;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=144;TCF=79;TCR=65;TR=107;WE=106682373;WS=106682355;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,152:0.75:203
chr2	106690542	rs35317173	G	A	950.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=1.730;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=22;PP=578;ReadPosRankSum=0.235;SC=CCACAGGGAAGGGTGGCAGGG;SOR=0.716;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=36;TCF=5;TCR=31;TR=26;WE=106690550;WS=106690532;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,36:0.75:48
chr2	106710668	rs11268588	C	CGCAGGAAGGAAGTGCCACCTT,CGCAGGAAGGAAGTGCCACCTTGCAGGAAGGAAGTGCCACCTT	3096.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.997;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.10;MQRankSum=0.000;QD=52.49;ReadPosRankSum=-0.274;SOR=2.985;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:2,40,17:0.68,0.29:59
chr2	106715342	rs3820891	G	A	6348.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=242;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=66;NR=116;PP=2965;SC=ACCTCCCTGCGCTGCTTCAGC;SOR=1.233;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=182;TCF=66;TCR=116;TR=182;WE=106715350;WS=106715332;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,236:1.00:236
chr2	106717274	rs3739136	A	G	685.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=24;NR=2;PP=541;SC=TCTTAGACCCAGGCCCTTCAG;SOR=4.255;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=26;TCF=24;TCR=2;TR=26;WE=106717282;WS=106717264;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr2	106717656	rs10177888	G	A	3202.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=12;NR=75;PP=2212;SC=CCTCCCAGAAGAAAAATTACC;SOR=2.790;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=88;TCF=12;TCR=76;TR=87;WE=106717664;WS=106717646;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr2	106742139	rs4851925	C	T	9912.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=378;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=122;NR=116;PP=2965;SC=GCCAGCCCTACAGAAAGCAAT;SOR=0.742;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=238;TCF=122;TCR=116;TR=238;WE=106742147;WS=106742129;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,375:1.00:375
chr2	106742177	rs3739137	T	A	9557.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=357;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=101;NR=124;PP=2965;SC=TGAATTTACATGTGCAGGCAC;SOR=0.811;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=225;TCF=101;TCR=124;TR=225;WE=106742196;WS=106742167;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,356:1.00:356
chr2	106780015	rs3910716	C	T	1325.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=31;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=24;NR=8;PP=663;SC=AATGCGTATACAGACATTTAT;SOR=1.473;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=24;TCR=8;TR=32;WE=106780023;WS=106780005;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr2	106780055	rs10631203	C	CTG	3067.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=21;NR=13;PP=1741;SC=AGCAAACAAACAGAATTAATT;SOR=1.445;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=34;TCF=21;TCR=13;TR=34;WE=106780063;WS=106780045;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr2	106782398	rs4851115	C	G	2735.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=53;NR=21;PP=1516;SC=CAAGAACCCACTTTTGTTTTA;SOR=1.634;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=74;TCF=53;TCR=21;TR=74;WE=106782406;WS=106782388;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr2	106810727	rs7604916	A	G	9658.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=375;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.46;SOR=1.114;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,365:1.00:365
chr2	106992952	rs4641931	A	G	10403.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=234;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=97;NR=69;PP=2965;SC=CATCTGACCTATGTGGGCAAA;SOR=0.972;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=169;TCF=97;TCR=72;TR=166;WE=106992971;WS=106992942;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,233:1.00:233
chr2	106992963	rs11464214	A	AG	10703.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=240;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=41;NR=74;PP=2966;SC=TGTGGGCAAAATTCCTGTGCT;SOR=0.943;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=115;TCF=41;TCR=74;TR=115;WE=106992971;WS=106992942;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,239:1.00:239
chr2	107007591	rs374831563	C	T	1567.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-0.197;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=11.989;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-1.872;NF=12;NR=52;PP=1176;ReadPosRankSum=0.858;SC=TCTCAAGTCCCTTATGTAAAA;SOR=1.737;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=117;TCF=31;TCR=86;TR=64;WE=107007599;WS=107007581;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,65:0.55:118
chr2	107107567	rs2228021	G	C	7779.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.723;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=622;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.778;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-1.237;NF=116;NR=150;PP=2962;ReadPosRankSum=3.099;SC=GCTGTGTTTCGGGATGCAAGC;SOR=0.876;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=429;TCF=196;TCR=233;TR=266;WE=107107575;WS=107107557;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:253,368:0.59:621
chr2	107107694	rs6543414	A	G	5758.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=68;NR=144;PP=2965;SC=GTGTGGGTAAAAAGCAGGCTC;SOR=1.361;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=213;TCF=69;TCR=144;TR=212;WE=107107702;WS=107107684;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,198:1.00:198
chr2	107107765	rs6543415	C	A	3071.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=21;NR=75;PP=2119;SC=GACCACCAGGCTTCAGTGTGC;SOR=2.153;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=96;TCF=21;TCR=75;TR=96;WE=107107773;WS=107107755;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr2	107118896	rs4340514	T	C	3582.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=69;NR=35;PP=1921;SC=AAAAATGTTCTGTGTTGAACA;SOR=1.376;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=105;TCF=70;TCR=35;TR=104;WE=107118904;WS=107118886;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,134:1.00:134
chr2	107119136	rs4365459	G	C	2585.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=19;NR=51;PP=1703;SC=ATTTGCCTCAGAGAACCTGCG;SOR=1.809;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=70;TCF=19;TCR=51;TR=70;WE=107119144;WS=107119126;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr2	107121040	rs146000492	T	TA	8468.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.589;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=369;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=-1.380;NF=59;NR=91;PP=2242;ReadPosRankSum=2.190;SC=AGACCCCATCTAAAAAAAAAT;SOR=0.881;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=180;TCF=75;TCR=105;TR=150;WE=107121048;WS=107121030;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:9,355:0.98:364
chr2	107123363	rs144897643	A	T	1277.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.076;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.65;MQRankSum=-4.274;QD=6.03;ReadPosRankSum=0.967;SOR=0.731;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:139,73:0.34:212
chr2	107423128	rs3796114	C	T	5330.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=98;NR=43;PP=2827;SC=TCCCAAGAAACCCTTTTTAAG;SOR=1.373;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=142;TCF=98;TCR=44;TR=141;WE=107423136;WS=107423118;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,199:1.00:199
chr2	107429801	rs6739022	C	T	160.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=-2.144;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.860;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=3;PP=30;ReadPosRankSum=-1.985;SC=AGATAATTATCAAACCATTTA;SOR=0.273;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=14;TCF=3;TCR=11;TR=4;WE=107429809;WS=107429791;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,10:0.45:22
chr2	107446396	rs877693	T	C	3859.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=108;NR=22;PP=2923;SC=AAATCAGAAATACTTCTGGTT;SOR=2.956;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=131;TCF=109;TCR=22;TR=130;WE=107446404;WS=107446386;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,135:1.00:135
chr2	107446430	rs935565	T	C	7386.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=272;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=157;NR=63;PP=2965;SC=ATAAGGTATTTTCAACCTGTA;SOR=1.730;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=221;TCF=157;TCR=64;TR=220;WE=107446438;WS=107446420;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,263:1.00:263
chr2	107460474	rs12473361	T	G	422.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.761;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.60;ReadPosRankSum=-0.145;SOR=0.710;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:65,27:0.29:92
chr2	108618540	rs3731683	G	A	2315.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-2.388;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.585;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=45;PP=1163;ReadPosRankSum=-0.345;SC=AATTGTTCCTGAAATCAAATT;SOR=0.431;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=97;TCF=31;TCR=66;TR=68;WE=108618548;WS=108618530;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,104:0.73:142
chr2	108863650	rs9646947	A	C	3320.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.225;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=486;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.153;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=46;PP=1593;ReadPosRankSum=0.020;SC=CCAGATTCCCAATGGCGAAGA;SOR=0.599;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=304;TCF=183;TCR=121;TR=110;WE=108863658;WS=108863640;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:301,178:0.37:479
chr2	108863767	rs9308806	A	C	2813.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.432;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=481;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=59;PP=1280;ReadPosRankSum=-0.088;SC=GGGAAAAAGTATGTAATTTCC;SOR=0.737;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=295;TCF=121;TCR=174;TR=96;WE=108863775;WS=108863757;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:312,161:0.34:473
chr2	108868736	rs13030422	G	A	151.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.072;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.90;ReadPosRankSum=-0.474;SOR=0.283;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,8:0.36:22
chr2	108875464	.	AAAACTTGGTCAGGTGATGTTAT	A	2985.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.903;ClippingRankSum=0.000;DP=828;ExcessHet=3.0103;FS=2.087;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.04;MQRankSum=0.846;QD=3.79;ReadPosRankSum=1.384;SOR=0.890;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:595,192:0.24:787
chr2	108876948	rs4141931	C	T	348.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=2.695;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=1;PP=262;ReadPosRankSum=0.947;SC=GTGGGTAGGCCTAGGAACCAT;SOR=0.437;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=42;TCF=38;TCR=4;TR=14;WE=108876956;WS=108876938;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,16:0.36:45
chr2	108877062	rs4141932	T	A	2193.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.112;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=337;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.869;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=37;PP=1178;ReadPosRankSum=-2.083;SC=TACTGTGGCTTTGAATGAGAA;SOR=0.765;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=251;TCF=147;TCR=104;TR=92;WE=108877070;WS=108877052;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:214,121:0.36:335
chr2	108915008	.	AT	A	49.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.632;ClippingRankSum=0.000;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=4.458;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.51;ReadPosRankSum=1.479;SOR=0.160;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,9:0.27:33
chr2	108915136	rs7590599	T	C	6502.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=259;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=77;NR=54;PP=2439;SC=CTGCCCCTGGTCTTCTTTGCA;SOR=0.902;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=131;TCF=77;TCR=54;TR=131;WE=108915144;WS=108915126;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,250:1.00:250
chr2	108915263	rs4149422	C	T	4897.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=52;NR=74;PP=2254;SC=TTTTCCCTCACTTGTTTTGTA;SOR=0.991;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=126;TCF=52;TCR=74;TR=126;WE=108915271;WS=108915253;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,189:1.00:189
chr2	108999022	.	AAT	A	81.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.017;ClippingRankSum=0.000;DP=228;ExcessHet=3.0103;FS=1.383;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.50;ReadPosRankSum=-0.853;SOR=0.393;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:148,16:0.10:164
chr2	108999483	rs375960129	CA	C	163.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.668;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.72;ReadPosRankSum=2.216;SOR=0.627;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:65,30:0.32:95
chr2	109065858	rs2460947	T	C	3753.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.118;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.284;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=46;PP=2075;ReadPosRankSum=0.995;SC=CCCGCGCTGCTGTCGCCTCCC;SOR=0.657;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=109;TCF=61;TCR=48;TR=106;WE=109065866;WS=109065848;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,140:0.98:143
chr2	109065919	rs3820957	T	C	3356.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.009;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.554;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=34;PP=2170;ReadPosRankSum=-1.424;SC=TAGAGCCCGTTTGTGTACGAA;SOR=1.209;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=101;TCF=65;TCR=36;TR=98;WE=109065927;WS=109065909;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,117:0.98:120
chr2	109067337	rs12468089	C	T	1131.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=0.221;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=1;MGOF=49;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=2;PP=1307;ReadPosRankSum=1.441;SC=GACTCTGTCTCAAAAAAAAAA;SOR=1.828;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=49;TCF=46;TCR=3;TR=44;WE=109067345;WS=109067325;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,53:0.96:55
chr2	109067359	rs13397470	GT	AA	4082.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;JOINED;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=63;NR=8;PP=2947;SC=GTGGAACAAAGTATGCGGTTG;SOR=3.134;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=77;TCF=67;TCR=10;TR=71;WE=109067368;WS=109067349;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr2	109069008	rs2683797	T	C	11089.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=427;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=118;NR=134;PP=2965;SC=GGCTTTCTGTTTCTGTTCTAC;SOR=0.776;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=258;TCF=121;TCR=137;TR=252;WE=109069016;WS=109068998;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,423:1.00:423
chr2	109069147	rs34444254	CTTT	C	367.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=30.64;SOR=3.611;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr2	109085373	rs10179602	A	G	7437.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.845;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=283;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=120;NR=58;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.225;SC=TCAGGAGATAATTACGCATGT;SOR=1.278;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=178;TCF=120;TCR=58;TR=178;WE=109085381;WS=109085363;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,272:0.99:274
chr2	109089404	rs2243888	C	G	1960.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=14;NR=39;PP=1082;SC=ACAGATTCTTCTTAGTGTTAG;SOR=1.745;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=54;TCF=14;TCR=40;TR=53;WE=109089412;WS=109089394;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr2	109092121	rs3213886	G	A	2632.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.11;QD=27.42;SOR=1.378;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr2	109098020	rs75134550	G	A	382.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.053;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=2;PP=192;ReadPosRankSum=1.396;SC=TGCCAGTTAGGTATTCTGTTC;SOR=0.483;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=20;TCF=17;TCR=3;TR=10;WE=109098028;WS=109098010;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,17:0.57:30
chr2	109098994	rs3213887	T	C	676.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=12;PP=393;SC=TTACTAAGAGTAGCATTTATG;SOR=1.426;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=4;TCR=12;TR=16;WE=109099002;WS=109098984;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr2	109099477	rs2577613	A	G	6003.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.596;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=234;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=26.33;ReadPosRankSum=-0.579;SOR=0.241;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,227:1.00:228
chr2	109099572	rs2718698	C	G	4092.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=40;NR=58;PP=2042;SC=ACTTCAAAAGCAAAAGAAACA;SOR=0.974;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=99;TCF=40;TCR=59;TR=98;WE=109099580;WS=109099562;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,151:1.00:151
chr2	109103108	rs3754925	C	T	6696.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=242;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=48;NR=149;PP=2965;SC=TGCCAAGGTGCGTTCTTCAGG;SOR=2.073;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=197;TCF=48;TCR=149;TR=197;WE=109103116;WS=109103098;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,238:1.00:238
chr2	109104356	.	AT	A	46.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.894;ClippingRankSum=0.000;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=1.703;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.42;ReadPosRankSum=0.996;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,13:0.39:33
chr2	109106381	rs12104502	A	G	10119.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=379;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=146;NR=112;PP=2965;SC=CTGAACTTCAAACATTGCAGT;SOR=0.951;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=260;TCF=148;TCR=112;TR=258;WE=109106389;WS=109106371;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,371:1.00:371
chr2	109123988	rs201688853	C	CT	628.70	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.889;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.68;MQRankSum=0.000;QD=15.33;ReadPosRankSum=-0.608;SOR=0.619;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:6,35:0.85:41
chr2	109277239	rs12472770	C	T	7319.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=287;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=71;NR=98;PP=2965;SC=GAAATGCTGACCCCAGGCTAT;SOR=0.897;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=169;TCF=71;TCR=98;TR=169;WE=109277247;WS=109277229;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,278:1.00:278
chr2	109292280	rs7584953	T	C	11509.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=439;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=181;NR=127;PP=2965;SC=CTAGCCCCATTGGTTGGCCAC;SOR=0.990;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=308;TCF=181;TCR=127;TR=308;WE=109292288;WS=109292270;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,435:1.00:435
chr2	109389463	rs826580	G	A	6182.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=240;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=74;NR=101;PP=2965;SC=GAAATGGGGAGGACTTTCAAT;SOR=0.984;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=175;TCF=74;TCR=101;TR=175;WE=109389471;WS=109389453;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,232:1.00:232
chr2	109393522	rs58272304	TG	T	3055.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=47;NR=16;PP=2478;SC=CTCTAGGTCCTGGGGTAAAGC;SOR=2.546;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=72;TCF=55;TCR=17;TR=63;WE=109393530;WS=109393512;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr2	109411248	rs111234702	GAATAT	G	1212.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQ=60.31;NF=0;NR=24;PP=1242;SC=TACGAAATTTGAATATAATAT;SOR=6.736;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=29;TCF=0;TCR=29;TR=24;WE=109411260;WS=109411238;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr2	109429146	rs975597	T	A	3860.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=62;NR=38;PP=1927;SC=GAGTTCAAGCTCGTTTAGATA;SOR=1.155;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=100;TCF=62;TCR=38;TR=100;WE=109429154;WS=109429136;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,144:1.00:144
chr2	109490104	rs6737810	A	G	1718.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=48;PP=1404;SC=TGATCATTTAAACCAGGGGTT;SOR=4.255;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=54;TCF=6;TCR=48;TR=53;WE=109490112;WS=109490094;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr2	109513321	rs7607563	C	A	4541.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=89;NR=36;PP=2623;SC=CCCTCGTTGGCTCCTTGGCTT;SOR=1.685;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=126;TCF=90;TCR=36;TR=125;WE=109513329;WS=109513311;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,159:1.00:159
chr2	109513654	rs12623957	G	A	16993.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=652;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=207;NR=228;PP=2965;SC=TCTTCTCGAGGCAATCAAATG;SOR=0.747;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=436;TCF=207;TCR=229;TR=435;WE=109513662;WS=109513644;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,641:1.00:641
chr2	109513786	rs3789738	A	T	4299.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.56;SOR=1.884;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,156:1.00:156
chr2	109522720	rs260639	G	A	4585.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.52;SOR=1.423;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,195:1.00:195
chr2	109526969	rs260632	G	A	6869.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=263;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=87;NR=76;PP=2965;SC=CATCCTTCTCGGAGAACATCA;SOR=0.788;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=163;TCF=87;TCR=76;TR=163;WE=109526977;WS=109526959;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,262:1.00:262
chr2	109527087	rs260631	G	A	3364.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=38;NR=62;PP=1986;SC=AGAGCTGCCCGGTGTCTGTGT;SOR=1.188;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=100;TCF=38;TCR=62;TR=100;WE=109527095;WS=109527077;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr2	109527373	rs260630	A	G	5804.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=84;NR=64;PP=2965;SC=GAGTCCAGGAAGCAGGGCACC;SOR=0.900;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=148;TCF=84;TCR=64;TR=148;WE=109527381;WS=109527363;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,210:1.00:210
chr2	109539653	rs260643	A	G	1709.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=46;NR=8;PP=1079;SC=TGTGGCAAACATCCCTCCCTT;SOR=2.904;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=54;TCF=46;TCR=8;TR=54;WE=109539661;WS=109539643;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr2	109745782	rs200435574	TGGCCGGTCCCCGCCACGCA	T	4624.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=13;NR=42;PP=2928;SC=CGGGCTCGGCTGGCCGGTCCC;SOR=0.900;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=77;TCF=18;TCR=59;TR=55;WE=109745808;WS=109745772;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr2	109745977	rs117032261	C	T	1098.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.147;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.624;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=19;PP=630;ReadPosRankSum=0.891;SC=CCGCGCGAGACCGCTGCGGGC;SOR=0.800;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=100;TCF=52;TCR=48;TR=40;WE=109745985;WS=109745967;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:92,57:0.38:149
chr2	109929958	rs6748434	A	G	2097.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.106;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.697;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=27;PP=1223;ReadPosRankSum=1.049;SC=TTGCTGGGTGAGCGCTGTACC;SOR=0.621;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=107;TCF=69;TCR=38;TR=73;WE=109929966;WS=109929948;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,91:0.67:135
chr2	109964431	rs6725756	C	T	2350.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=2.238;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.612;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=54;PP=1269;ReadPosRankSum=-0.404;SC=GGGTGGGCCCCGCCAGCCCAT;SOR=0.767;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=127;TCF=40;TCR=87;TR=78;WE=109964439;WS=109964421;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,104:0.63:166
chr2	109988215	rs11680644	C	G	1698.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=8;NR=39;PP=1191;SC=ACCTGACCTTCAAGCCCCTTT;SOR=2.917;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=8;TCR=39;TR=47;WE=109988223;WS=109988205;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr2	110371248	rs6594046	C	A	72.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.566;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=5.20;ReadPosRankSum=1.113;SOR=0.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,6:0.43:14
chr2	110371493	rs3829700	A	T	43.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.569;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=4.38;ReadPosRankSum=-0.136;SOR=1.061;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,3:0.30:10
chr2	110372192	rs6594048	A	G	4396.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=62;NR=44;PP=1928;SC=GGGGCGCCCTAGGCGGCGAAC;SOR=0.934;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=109;TCF=63;TCR=46;TR=106;WE=110372200;WS=110372182;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,164:1.00:164
chr2	110552176	.	CGG	C	49.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.151;ClippingRankSum=0.000;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.79;MQRankSum=-1.842;QD=3.11;ReadPosRankSum=1.089;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,3:0.19:16
chr2	110552183	.	G	C	406.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.231;ClippingRankSum=0.000;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.71;MQRankSum=1.883;QD=27.12;ReadPosRankSum=0.073;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,12:0.80:15
chr2	110552184	rs368194978	GC	G	216.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.588;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=2.515;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.71;MQRankSum=1.635;QD=14.45;ReadPosRankSum=-0.466;SOR=1.802;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,11:0.73:15
chr2	110855123	rs2004273	G	T	17324.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.721;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=664;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=-0.080;NF=242;NR=185;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.933;SC=AGGGGCTGCTGCAGGGGCCGG;SOR=0.883;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=427;TCF=242;TCR=185;TR=427;WE=110855131;WS=110855113;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,651:1.00:653
chr2	110919041	rs3817140	A	G	844.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=21;NR=0;PP=624;SC=AGTTATAAAAATATCGCTATT;SOR=5.136;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=21;TCR=0;TR=21;WE=110919049;WS=110919031;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr2	110922064	rs71793890	C	CA	1606.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.648;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FS=1.752;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.93;ReadPosRankSum=1.311;SOR=0.476;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:57,123:0.68:180
chr2	111397237	rs112515450	CT	C	223.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.289;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.46;ReadPosRankSum=0.509;SOR=0.784;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:114,39:0.25:153
chr2	111406968	.	GA	G	94.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.984;ClippingRankSum=0.000;DP=102;ExcessHet=3.0103;FS=2.264;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.21;MQRankSum=2.275;QD=1.28;ReadPosRankSum=-1.372;SOR=0.378;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:54,20:0.27:74
chr2	111598958	rs1554005	C	T	862.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.140;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.57;ReadPosRankSum=0.132;SOR=0.704;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:103,52:0.34:155
chr2	111644475	rs10188079	C	T	2722.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=3.468;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.457;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.485;NF=23;NR=66;PP=1521;ReadPosRankSum=1.207;SC=TACGCTTGCTCGTGAAATCAG;SOR=1.155;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=146;TCF=41;TCR=105;TR=89;WE=111644483;WS=111644465;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,119:0.58:205
chr2	111644491	rs66815319	TA	T	2619.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.241;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.239;NF=2;NR=47;PP=1742;ReadPosRankSum=2.046;SC=ATCAGCCACTTAACTGTTCTG;SOR=0.760;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=89;TCF=4;TCR=85;TR=49;WE=111644499;WS=111644481;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,84:0.57:147
chr2	111721142	rs200046640	ATGTGTG	A	3356.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.406;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=313;ExcessHet=3.0103;FS=1.149;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.10;MQRankSum=1.937;QD=11.66;ReadPosRankSum=2.310;SOR=0.799;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:170,118:0.41:288
chr2	111753449	rs3761707	G	C	6087.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.890;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=409;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.570;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=110;NR=63;PP=2829;ReadPosRankSum=1.402;SC=AATAATGATGGTCACCGTGAT;SOR=0.785;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=259;TCF=162;TCR=97;TR=173;WE=111753457;WS=111753439;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:128,274:0.68:402
chr2	111789092	rs3789090	G	A	2276.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-3.332;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.742;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=19;PP=1316;ReadPosRankSum=0.326;SC=TCTGCACTGTGTCCATGCTTA;SOR=0.584;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=130;TCF=99;TCR=31;TR=80;WE=111789100;WS=111789082;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,97:0.65:149
chr2	111886180	.	C	CT	585.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.935;ClippingRankSum=0.000;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=3.640;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.76;ReadPosRankSum=2.360;SOR=1.519;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,44:0.73:60
chr2	111886332	rs13429049	C	T	2457.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=20;NR=34;PP=1088;SC=CTCATGATACCTTTTTATAGC;SOR=1.119;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=54;TCF=20;TCR=34;TR=54;WE=111886340;WS=111886322;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr2	111907691	rs724710	T	C	8421.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=322;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=139;NR=86;PP=2965;SC=TGCGGCGTATTGGAGACGAGT;SOR=1.114;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=226;TCF=139;TCR=87;TR=225;WE=111907699;WS=111907681;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,314:1.00:314
chr2	111909247	rs3789068	A	G	1835.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=47;NR=4;PP=1398;SC=GTTCTTCAGTATGGAATTTCT;SOR=4.693;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=51;TCF=47;TCR=4;TR=51;WE=111909255;WS=111909246;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr2	112526866	rs137999262	G	A	2761.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.380;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=46.44;MQRankSum=0.072;QD=23.21;ReadPosRankSum=-0.447;SOR=0.820;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:4,115:0.97:119
chr2	112536264	rs76115652	G	T	1669.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=42.27;QD=30.36;SOR=2.917;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr2	112541644	rs202016623	C	G	39.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=43.10;QD=19.87;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr2	112551673	rs200630962	G	A	851.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=39.74;QD=30.42;SOR=6.736;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr2	112552427	rs190739040	C	T	1730.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=40.46;QD=32.05;SOR=0.931;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr2	112560090	rs142711068	G	A	199.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=40.00;QD=28.54;SOR=4.174;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr2	112582766	rs60136848	CTT	C	12052.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.795;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=284;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=-0.490;NF=10;NR=109;PP=2950;ReadPosRankSum=0.945;SC=CAAAATGAAACTTAATTTTGA;SOR=1.278;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=120;TCF=10;TCR=110;TR=119;WE=112582775;WS=112582756;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,272:0.99:274
chr2	112583476	rs12614297	C	T	4715.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=46;NR=94;PP=2820;SC=TTTTCAGAGACAGCATCTCAC;SOR=1.412;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=140;TCF=46;TCR=94;TR=140;WE=112583484;WS=112583466;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,172:1.00:172
chr2	112590989	rs3761697	A	T	3022.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=24;NR=74;PP=2073;SC=AAAAACTTACATATGAGAAAG;SOR=2.131;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=99;TCF=24;TCR=75;TR=98;WE=112590997;WS=112590979;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr2	112592109	rs375868159	ACAAGGT	A	501.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=42.13;QD=55.75;SOR=2.093;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr2	112592117	rs370010910	CCTAT	C	504.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=42.45;QD=38.83;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr2	112605302	rs4848197	C	T	2777.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.797;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FS=4.375;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=42.11;MQRankSum=-2.773;QD=29.55;ReadPosRankSum=0.514;SOR=2.808;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,92:0.98:94
chr2	112605465	rs4848800	T	C	4337.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=27;NR=72;PP=2309;SC=GTAAATACGATACAAATGAAT;SOR=1.533;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=99;TCF=27;TCR=72;TR=99;WE=112605473;WS=112605455;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,152:1.00:152
chr2	112615933	rs72936244	T	C	274.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.602;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=580;ExcessHet=3.0103;FS=0.777;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.89;MQRankSum=-11.247;QD=0.48;ReadPosRankSum=-2.200;SOR=0.710;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:496,82:0.14:578
chr2	112621498	rs70962959	GA	G	536.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.493;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=7.092;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.37;MQRankSum=-1.162;QD=12.20;ReadPosRankSum=0.365;SOR=2.315;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,35:0.80:44
chr2	112625575	rs6742515	T	C	7999.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=290;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=76;NR=74;PP=2862;SC=AGAGCTTATCTAAAAGAATAT;SOR=0.728;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=150;TCF=76;TCR=74;TR=150;WE=112625583;WS=112625565;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,289:1.00:289
chr2	112630412	rs141064868	A	C	975.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=45.34;QD=30.49;SOR=6.994;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr2	112641111	.	CA	C	914.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.686;ClippingRankSum=0.000;DP=488;ExcessHet=3.0103;FS=3.892;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.04;MQRankSum=2.317;QD=1.98;ReadPosRankSum=-0.269;SOR=0.913;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:333,129:0.28:462
chr2	112641149	rs17835589	G	C	12558.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=472;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=166;NR=167;PP=2965;SC=ACACTAACGGGAGCTTAAGTC;SOR=0.737;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=335;TCF=167;TCR=168;TR=333;WE=112641157;WS=112641139;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,468:1.00:468
chr2	112641256	rs2037198	GA	AG	7366.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;JOINED;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.06;QD=45.47;SOR=2.548;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,162:1.00:162
chr2	112641266	rs71414610	G	C	6856.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.11;SOR=2.743;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,152:1.00:152
chr2	112641283	rs12233011	A	G	5039.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=71;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=87;PP=2544;SC=ATGGGATGCTACGCACAGCTC;SOR=3.912;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=97;TCF=9;TCR=88;TR=96;WE=112641291;WS=112641273;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr2	112687157	rs138909702	A	ATATTTATTTATT	900.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.867;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FS=3.533;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.49;MQRankSum=7.790;QD=9.01;ReadPosRankSum=-1.197;SOR=1.147;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:71,29:0.29:100
chr2	112704862	rs7601798	A	G	149.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.397;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=2.893;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.33;ReadPosRankSum=0.580;SOR=1.112;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,13:0.29:45
chr2	112705157	rs3761701	T	C	726.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-2.294;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.911;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=29;PP=443;ReadPosRankSum=-0.977;SC=AAGTCCGAGCTGTGGGCTTAT;SOR=0.972;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=92;TCF=15;TCR=77;TR=33;WE=112705165;WS=112705147;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,41:0.36:114
chr2	112705185	rs3761700	G	T	427.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-2.160;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=17;PP=305;ReadPosRankSum=2.045;SC=TTCTCTAATAGCGGACAGGAT;SOR=0.720;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=55;TCF=5;TCR=50;TR=19;WE=112705193;WS=112705175;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,20:0.33:61
chr2	112725684	rs113538397	A	ATGTGTG	1795.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.407;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=269;ExcessHet=3.0103;FS=2.868;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.92;MQRankSum=7.878;QD=7.18;ReadPosRankSum=-2.044;SOR=0.470;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:183,67:0.27:250
chr2	112740373	rs1996323	G	A	318.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-1.582;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.433;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=5;PP=224;ReadPosRankSum=1.358;SC=ATACATCTGTGTGTGCTTTGT;SOR=0.340;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=42;TCF=32;TCR=10;TR=16;WE=112740381;WS=112740363;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,16:0.37:43
chr2	112740596	rs57740008	GA	G	2930.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.946;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=292;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.556;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=30;PP=2373;ReadPosRankSum=0.050;SC=AGAAGAGCACGATTAGTCATC;SOR=0.799;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=127;TCF=29;TCR=98;TR=39;WE=112740606;WS=112740586;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:196,85:0.30:281
chr2	112740598	rs57297275	T	G	2939.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.846;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=284;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.564;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=30;PP=2381;ReadPosRankSum=0.006;SC=AAGAGCACGATTAGTCATCTC;SOR=0.810;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=186;TCF=88;TCR=98;TR=55;WE=112740606;WS=112740586;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:195,85:0.30:280
chr2	112751928	rs7604639	G	A	966.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.834;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=262;ExcessHet=3.0103;FS=1.730;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.73;ReadPosRankSum=0.351;SOR=0.549;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:191,68:0.26:259
chr2	112752142	rs7592909	A	C	175.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.579;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=1.479;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.93;ReadPosRankSum=0.371;SOR=0.404;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:47,13:0.22:60
chr2	112752362	rs11287004	GA	G	72.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.322;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.37;MQRankSum=1.373;QD=3.16;ReadPosRankSum=-0.695;SOR=0.569;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,10:0.43:23
chr2	112752880	rs6739294	G	A	2402.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-0.262;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=403;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.984;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=36;PP=1365;ReadPosRankSum=-0.047;SC=AGTGAACCAAGTGCTGTGCTC;SOR=1.065;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=315;TCF=180;TCR=135;TR=98;WE=112752888;WS=112752870;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:268,127:0.32:395
chr2	112753020	rs77702371	A	G	4676.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.829;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=787;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=79;NR=85;PP=2338;ReadPosRankSum=-0.646;SC=GTTTTTGCCAAACATGACCTT;SOR=0.718;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=484;TCF=240;TCR=244;TR=164;WE=112753028;WS=112753010;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:518,259:0.33:777
chr2	112753097	rs6726639	A	C	3448.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=2.640;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=586;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.560;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=76;PP=1715;ReadPosRankSum=-0.004;SC=TCCCAGTGACACTGAAACTTG;SOR=0.756;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=359;TCF=137;TCR=222;TR=121;WE=112753105;WS=112753087;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:392,190:0.33:582
chr2	112753781	rs34346510	TA	T	2716.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.459;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=444;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.261;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=38;PP=1355;ReadPosRankSum=1.671;SC=TTACCACAGTTAAATAACACC;SOR=0.833;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=161;TCF=31;TCR=130;TR=46;WE=112753789;WS=112753771;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:315,116:0.27:431
chr2	112753883	rs10173553	C	T	384.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.303;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.81;ReadPosRankSum=0.211;SOR=0.593;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:76,25:0.25:101
chr2	112754828	rs3811632	G	T	1277.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-1.929;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.414;HP=5;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=21;PP=845;ReadPosRankSum=0.564;SC=TTGACTATTTGTTCTTCCCTG;SOR=0.444;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=172;TCF=122;TCR=50;TR=60;WE=112754836;WS=112754818;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:150,70:0.32:220
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chr2	112761653	rs4848933	C	G	1189.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.248;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.092;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=34;PP=687;ReadPosRankSum=1.080;SC=AATCTCAGTTCCCAGTGGGCC;SOR=0.870;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=130;TCF=37;TCR=93;TR=46;WE=112761661;WS=112761643;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:111,61:0.35:172
chr2	112765973	rs1131244	A	G	1820.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.592;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=320;ExcessHet=3.0103;FS=0.897;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.74;ReadPosRankSum=-0.161;SOR=0.633;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:208,109:0.34:317
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chr2	112766304	rs55766181	G	C	1911.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.961;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=350;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=36;PP=843;ReadPosRankSum=0.325;SC=TTCTAGGAGAGTGTGAATTAA;SOR=0.684;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=218;TCF=104;TCR=114;TR=69;WE=112766312;WS=112766294;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:229,114:0.33:343
chr2	112766319	rs55799805	T	C	1770.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.114;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=341;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.882;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=35;PP=755;ReadPosRankSum=1.522;SC=AATTAAATTGTCCTCAGTTAC;SOR=0.634;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=219;TCF=104;TCR=115;TR=68;WE=112766327;WS=112766309;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:229,108:0.32:337
chr2	112767406	rs11884641	A	G	557.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=4.209;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.899;HP=6;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=8;PP=458;ReadPosRankSum=1.626;SC=GGCGCTCTTGATTTTTTCAAA;SOR=0.924;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=115;TCF=88;TCR=27;TR=33;WE=112767414;WS=112767396;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:97,31:0.24:128
chr2	112767483	rs11884693	A	G	1909.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=2.458;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=420;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=37;PP=1173;ReadPosRankSum=-1.036;SC=TGGTCACAGTAACAAGGACTC;SOR=0.647;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=279;TCF=163;TCR=116;TR=85;WE=112767491;WS=112767473;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:298,114:0.28:412
chr2	112767739	rs75313362	A	G	1848.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.957;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=317;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.444;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=49;PP=1142;ReadPosRankSum=-0.089;SC=TGAAGCCAGGAAGGAGAGGAC;SOR=0.748;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=210;TCF=77;TCR=133;TR=77;WE=112767747;WS=112767729;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:214,102:0.32:316
chr2	112767824	rs77781750	A	G	727.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.678;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.681;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=19;PP=429;ReadPosRankSum=1.106;SC=GGCCTGCTCCAGGTATTATTA;SOR=0.592;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=110;TCF=40;TCR=70;TR=31;WE=112767832;WS=112767814;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:109,43:0.28:152
chr2	112767941	rs77306155	A	G	192.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.118;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.417;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=5;PP=79;ReadPosRankSum=1.154;SC=CACAACCCTCATGGCCGCATA;SOR=0.230;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=29;TCF=7;TCR=22;TR=8;WE=112767949;WS=112767931;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,12:0.31:39
chr2	112770770	rs4374383	A	G	863.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.188;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FS=1.958;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.28;ReadPosRankSum=-0.848;SOR=0.524;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:145,57:0.28:202
chr2	112770798	rs4500955	TG	CA	2065.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.064;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=234;ExcessHet=3.0103;FS=1.156;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.90;ReadPosRankSum=-0.547;SOR=0.591;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:170,62:0.27:232
chr2	112773366	rs6710591	A	G	268.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.510;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.74;ReadPosRankSum=0.057;SOR=0.761;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:78,20:0.20:98
chr2	112773500	rs6710733	A	G	692.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.258;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FS=2.308;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.68;ReadPosRankSum=0.021;SOR=0.930;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:104,44:0.30:148
chr2	112773528	rs111619827	TCTTGTAC	T	735.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.202;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.440;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=13;PP=585;ReadPosRankSum=-0.105;SC=ATTGAGTTGCTCTTGTACCTT;SOR=1.225;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=52;TCF=5;TCR=47;TR=13;WE=112773542;WS=112773518;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,25:0.23:110
chr2	112776913	rs3841094	T	TC	2762.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-1.448;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=605;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.884;HP=8;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=4.632;NF=27;NR=46;PP=1052;ReadPosRankSum=-0.359;SC=AAGCATCCTTTCCCCCCCCGG;SOR=0.832;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=252;TCF=90;TCR=162;TR=73;WE=112776922;WS=112776903;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:431,159:0.27:590
chr2	112776979	rs3811640	C	A	2896.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-2.992;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=641;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.481;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=4.062;NF=62;NR=72;PP=1574;ReadPosRankSum=-0.937;SC=CTTGTTTCCTCTATCATCTAG;SOR=1.014;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=413;TCF=205;TCR=208;TR=134;WE=112776987;WS=112776969;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:448,192:0.30:640
chr2	112779286	rs10667527	A	ATC	1148.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-1.250;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.578;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=2.190;NF=0;NR=25;PP=881;ReadPosRankSum=0.050;SC=GCTTGCTCAGATCTCTTTTAT;SOR=0.362;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=71;TCF=1;TCR=70;TR=25;WE=112779294;WS=112779276;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,35:0.39:89
chr2	112785770	rs6738237	A	G	423.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.312;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.448;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=1;PP=184;ReadPosRankSum=-1.457;SC=CAAAAGTTGTATAAATATTAG;SOR=0.432;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=30;TCF=25;TCR=5;TR=12;WE=112785778;WS=112785760;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,19:0.49:39
chr2	112786523	rs147500027	A	AT	909.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.170;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.721;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=1.940;NF=1;NR=14;PP=462;ReadPosRankSum=-1.693;SC=TGTTTTTGGTATTTGTCTTCC;SOR=0.805;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=56;TCF=2;TCR=54;TR=15;WE=112786531;WS=112786513;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,45:0.35:128
chr2	112813391	rs9308665	C	G	3061.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.769;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.542;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=63;PP=1540;ReadPosRankSum=-0.734;SC=GGCCGTCGTGCGGCTTCGCTT;SOR=0.762;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=152;TCF=57;TCR=95;TR=101;WE=112813399;WS=112813381;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,137:0.66:209
chr2	112821880	rs60348850	A	G	1236.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.678;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.477;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=26;PP=594;ReadPosRankSum=-0.112;SC=AAGGAAAATTATGGGTATAAA;SOR=0.350;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=65;TCF=22;TCR=43;TR=41;WE=112821888;WS=112821870;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,57:0.66:86
chr2	112832684	rs6542026	G	A	1199.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=9;NR=28;PP=799;SC=ATTTAAAACCGTATGTTTTCA;SOR=1.954;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=9;TCR=28;TR=37;WE=112832692;WS=112832674;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr2	112854563	.	G	GT	85.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.604;ClippingRankSum=0.000;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.09;ReadPosRankSum=-0.545;SOR=0.532;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,11:0.27:41
chr2	112865517	rs7562848	G	C	4244.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=48;NR=47;PP=1948;SC=CCTCGTACTTGCATGTACTTG;SOR=0.732;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=95;TCF=48;TCR=47;TR=95;WE=112865525;WS=112865507;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,157:1.00:157
chr2	112896112	rs144500920	C	T	1331.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.409;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.477;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=31;PP=1259;ReadPosRankSum=2.560;SC=CCTGCCCCAGCCGCCCCCCGG;SOR=0.968;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=133;TCF=86;TCR=47;TR=78;WE=112896120;WS=112896102;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,68:0.60:113
chr2	112917102	rs1320360	G	C	1079.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.350;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=5;PP=623;ReadPosRankSum=0.303;SC=TGTACTTGGGGCTGTCCAGCG;SOR=0.797;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=44;TCF=37;TCR=7;TR=30;WE=112917110;WS=112917092;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,43:0.72:60
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chr2	112945220	rs11123130	G	A	1804.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-1.179;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=64;PP=1435;ReadPosRankSum=-0.787;SC=CTAGGGCAGCGTTGCACGGCG;SOR=0.540;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=102;TCF=3;TCR=99;TR=67;WE=112945228;WS=112945210;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,68:0.64:107
chr2	112990804	rs143473380	T	TATAAAGA	382.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-0.410;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=2;PP=457;ReadPosRankSum=-1.151;SC=TGTAAATATTTATAAAGTCAC;SOR=0.465;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=21;TCF=14;TCR=7;TR=8;WE=112990812;WS=112990794;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,11:0.44:25
chr2	112991098	rs11687980	C	A	357.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.825;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.780;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=10;PP=220;ReadPosRankSum=-0.148;SC=TAAATTATAACCACATCACAT;SOR=0.235;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=25;TCF=7;TCR=18;TR=15;WE=112991106;WS=112991088;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,17:0.61:28
chr2	112991609	rs11308292	TA	T	201.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-0.085;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.262;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=3;PP=276;ReadPosRankSum=0.960;SC=GAAACAGCTTTAAAAACCTAA;SOR=0.223;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=21;TCF=17;TCR=4;TR=10;WE=112991617;WS=112991599;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,12:0.55:22
chr2	112995810	rs2254860	A	G	1058.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=4.034;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.536;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=3;PP=782;ReadPosRankSum=0.057;SC=TAAAGTGCAAAGAAAAATCCT;SOR=1.278;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=60;TCF=54;TCR=6;TR=37;WE=112995818;WS=112995800;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,40:0.61:66
chr2	113074775	rs5833444	C	CT	175.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.236;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.11;MQRankSum=1.552;QD=1.93;ReadPosRankSum=0.662;SOR=0.586;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:69,22:0.24:91
chr2	113088520	rs202195299	TAA	T	196.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.335;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=3.424;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=17.88;ReadPosRankSum=0.541;SOR=2.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,6:0.55:11
chr2	113088524	rs201150610	TTTATTA	T	193.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.691;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=14.90;ReadPosRankSum=0.329;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,6:0.46:13
chr2	113089267	rs7601200	T	C	8722.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.896;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=627;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=151;NR=112;PP=2962;ReadPosRankSum=1.631;SC=TTCATCAAAATACAGTGTCCA;SOR=0.701;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=409;TCF=234;TCR=175;TR=263;WE=113089275;WS=113089257;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:225,384:0.63:609
chr2	113090047	rs4578863	T	C	4230.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.591;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=294;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.478;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=89;PP=1904;ReadPosRankSum=1.587;SC=TTGATCCAACTGCTTCACCAT;SOR=0.752;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=201;TCF=77;TCR=124;TR=143;WE=113090055;WS=113090037;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,197:0.69:284
chr2	113191010	rs13021601	A	C	443.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=1.303;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.682;NF=7;NR=7;PP=182;ReadPosRankSum=-1.123;SC=ACCGCTCCACATCGGCCTTGC;SOR=0.693;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=30;TCF=15;TCR=15;TR=14;WE=113191018;WS=113191000;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,23:0.55:42
chr2	113240183	rs3811038	T	C	2351.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=2.183;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.144;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=75;PP=1858;ReadPosRankSum=1.140;SC=ATACATTTTCTCCTCTGTCGC;SOR=0.484;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=128;TCF=20;TCR=108;TR=91;WE=113240191;WS=113240173;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,94:0.69:136
chr2	113258671	rs62157516	G	A	1198.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=5.366;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.253;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-6.097;NF=45;NR=7;PP=1052;ReadPosRankSum=0.572;SC=AAAGGTGAGCGGGACATTGAA;SOR=2.309;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=73;TCF=61;TCR=12;TR=52;WE=113258679;WS=113258661;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,46:0.65:71
chr2	113258916	rs17846193	C	T	1907.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.726;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.498;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-9.322;NF=16;NR=57;PP=1381;ReadPosRankSum=-1.881;SC=AGTTTGACATCCGGTAATGCA;SOR=1.022;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=128;TCF=30;TCR=98;TR=73;WE=113258924;WS=113258906;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,81:0.55:146
chr2	113277707	rs34238996	CA	C	459.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.851;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FS=4.148;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.94;MQRankSum=1.433;QD=4.79;ReadPosRankSum=1.123;SOR=0.296;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:46,50:0.52:96
chr2	113300001	rs138896228	TTCCGGCGTGTACCGAGAGACTGGCG	T	15893.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=5.939;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1001;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.457;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=4.709;NF=46;NR=89;PP=2964;ReadPosRankSum=3.145;SC=CGGCCACTACTTCCGGCGTGT;SOR=1.279;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=380;TCF=116;TCR=264;TR=135;WE=113300033;WS=113299991;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:432,419:0.49:851
chr2	113300283	rs2241804	C	G	3615.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=5.562;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.600;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=106;PP=2569;ReadPosRankSum=0.411;SC=CTTGCCGCGGCGAGGCCAATC;SOR=0.526;SbPval=0.25;Source=Platypus;TC=180;TCF=21;TCR=159;TR=124;WE=113300291;WS=113300273;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,140:0.65:214
chr2	113300330	rs4849071	G	A	2888.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=78;PP=2266;SC=TATGACCCCAGATGCATGTGC;SOR=5.307;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=84;TCF=4;TCR=80;TR=82;WE=113300338;WS=113300320;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr2	113303355	rs60518507	C	A	572.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.64;BaseQRankSum=-0.647;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.547;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=2;PP=103;ReadPosRankSum=1.544;SC=TAGCTGGGACCACAGGCGTGC;SOR=1.101;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=13;TCF=9;TCR=4;TR=9;WE=113303363;WS=113303345;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,27:0.77:35
chr2	113303381	rs62158582	T	C	454.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.64;BaseQRankSum=-0.400;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.737;HP=2;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=4;PP=135;ReadPosRankSum=1.672;SC=TATGCCCGGCTAATTTTTTTA;SOR=0.846;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=16;TCF=9;TCR=7;TR=11;WE=113303389;WS=113303371;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,21:0.75:28
chr2	113303411	rs61669219	C	T	531.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.397;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.11;ReadPosRankSum=1.038;SOR=0.616;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,26:0.79:33
chr2	113303463	rs62158584	T	C	398.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=1.864;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5002;FS=1.775;HP=2;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=7;PP=144;ReadPosRankSum=-1.152;SC=GCTCAAGTAGTCCTCCTCTCT;SOR=1.493;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=13;TCF=4;TCR=9;TR=9;WE=113303471;WS=113303453;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,18:0.69:26
chr2	113305150	rs11123139	G	C	2107.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=3.026;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=409;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=51;PP=1135;ReadPosRankSum=0.140;SC=CAGAGGTAATGACGGGCGTCC;SOR=0.734;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=266;TCF=92;TCR=174;TR=79;WE=113305158;WS=113305140;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:286,116:0.29:402
chr2	113306827	rs62158585	A	G	2809.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.320;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.210;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=36;PP=1652;ReadPosRankSum=-3.359;SC=ACAAGTTGCAATTCATCTTTT;SOR=0.576;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=144;TCF=88;TCR=56;TR=91;WE=113306835;WS=113306817;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,122:0.65:188
chr2	113307023	rs376484413	CT	C	84.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.758;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FS=0.964;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.91;ReadPosRankSum=0.398;SOR=0.870;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:72,21:0.23:93
chr2	113308516	rs2304555	T	A	3592.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.490;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=553;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.539;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=57;PP=1413;ReadPosRankSum=-1.488;SC=AAAATGGCACTGTTATGTTGA;SOR=0.744;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=302;TCF=144;TCR=158;TR=105;WE=113308524;WS=113308506;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:345,202:0.37:547
chr2	113308622	rs3816140	C	T	968.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.427;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.378;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=29;PP=507;ReadPosRankSum=0.305;SC=AAGAAATTCACTGGGGGTAGT;SOR=0.834;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=138;TCF=43;TCR=95;TR=42;WE=113308630;WS=113308612;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:112,54:0.33:166
chr2	113309473	rs1545133	C	T	3410.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.441;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=683;ExcessHet=3.0103;FS=1.203;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.06;ReadPosRankSum=1.778;SOR=0.807;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:468,206:0.31:674
chr2	113310197	rs11351307	CT	C	1863.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.387;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=1.241;HP=12;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=28;PP=773;ReadPosRankSum=0.358;SC=TTGTTTTAAGCTTTTTTTTTT;SOR=0.504;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=75;TCF=43;TCR=32;TR=64;WE=113310206;WS=113310187;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:13,113:0.90:126
chr2	113315735	rs57858974	CT	C	79.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.382;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.539;HP=7;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=4;PP=63;ReadPosRankSum=-0.845;SC=CCTGAGAGTTCTTTTTAAAAG;SOR=0.148;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=0;TCR=18;TR=4;WE=113315743;WS=113315725;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,7:0.30:23
chr2	113321900	rs41280572	T	C	527.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-1.705;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.059;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=4;PP=326;ReadPosRankSum=-0.319;SC=GAATGTTGGATGAAGCATTCT;SOR=0.272;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=76;TCF=67;TCR=9;TR=25;WE=113321908;WS=113321890;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,27:0.34:80
chr2	113326281	rs6746874	C	G	2022.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=46;NR=16;PP=1383;SC=AAATGTGTAACCAGTTGCAGT;SOR=2.015;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=63;TCF=47;TCR=16;TR=62;WE=113326289;WS=113326271;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr2	113326502	rs13010814	C	T	9396.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=364;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=80;NR=123;PP=2965;SC=GATGATGTTACAGTCACAATC;SOR=0.978;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=203;TCF=80;TCR=123;TR=203;WE=113326510;WS=113326492;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,355:1.00:355
chr2	113332421	rs10169344	T	C	2297.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.959;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.200;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=24;PP=1255;ReadPosRankSum=-0.147;SC=TACTTTTTCCTAGGAGTAAAG;SOR=0.521;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=118;TCF=78;TCR=40;TR=72;WE=113332429;WS=113332411;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,104:0.67:156
chr2	113344047	rs752992	T	C	29369.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=1108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=278;NR=319;PP=2965;SC=CCCCACCCCATCACCACACAG;SOR=0.749;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=600;TCF=279;TCR=321;TR=597;WE=113344055;WS=113344037;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,1100:1.00:1100
chr2	113346413	rs3748024	C	G	1196.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.513;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=19;PP=598;ReadPosRankSum=1.825;SC=AGAGGAGGTGCTACTAGATGT;SOR=0.682;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=130;TCF=72;TCR=58;TR=40;WE=113346421;WS=113346403;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:156,69:0.31:225
chr2	113346512	rs1047652	A	C	3679.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.176;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=8.795;HP=6;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=82;PP=2965;ReadPosRankSum=1.824;SC=GACTGCCCCCACGCCCCTCCC;SOR=2.599;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=152;TCF=68;TCR=84;TR=147;WE=113346520;WS=113346501;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:6,152:0.96:158
chr2	113404708	rs4849091	G	A	8945.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.767;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=349;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=93;NR=122;PP=2965;ReadPosRankSum=1.010;SC=CTCAAGGGCTGCTGATGGCCG;SOR=0.920;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=215;TCF=93;TCR=122;TR=215;WE=113404716;WS=113404698;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,339:0.99:341
chr2	113479614	rs13386452	G	A	5605.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=0.239;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=958;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.485;NF=101;NR=80;PP=2402;ReadPosRankSum=-0.723;SC=CTGCTGGAGCGCCTGGTGTGC;SOR=0.728;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=517;TCF=280;TCR=237;TR=181;WE=113479622;WS=113479604;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:630,322:0.34:952
chr2	113479745	rs34781106	AC	A	19761.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=682;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=57;NR=269;PP=2976;SC=GTGCCCCCCGACCCCCCGTCT;SOR=1.257;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=347;TCF=58;TCR=289;TR=326;WE=113479759;WS=113479733;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,629:1.00:629
chr2	113480556	rs34912983	GC	G	2760.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=2.276;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.429;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.530;NF=61;NR=25;PP=2849;ReadPosRankSum=-0.229;SC=CCCAGTGAAGGCCCCAGTGTG;SOR=1.164;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=147;TCF=96;TCR=51;TR=86;WE=113480564;WS=113480546;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,95:0.64:149
chr2	113480938	.	G	GCACA,GCACACACACACA	3895.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.460;ClippingRankSum=0.000;DP=169;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.32;MQRankSum=0.226;QD=34.17;ReadPosRankSum=0.527;SOR=0.291;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:5,38,71:0.33,0.62:114
chr2	113481439	rs13384583	T	A	1865.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.006;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=371;ExcessHet=3.0103;FS=0.871;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.18;ReadPosRankSum=-1.517;SOR=0.617;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:242,118:0.33:360
chr2	113481547	rs2063919	A	G	4242.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=67;NR=90;PP=2965;SC=AGGCCTCAGAAGAATGAGCAA;SOR=1.094;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=157;TCF=67;TCR=90;TR=157;WE=113481555;WS=113481537;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,145:1.00:145
chr2	113482779	rs4849116	A	C	25314.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=3.371;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=961;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=283;NR=291;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.851;SC=GTGGGCACCTACACAGGGCCC;SOR=0.155;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=575;TCF=284;TCR=291;TR=574;WE=113482787;WS=113482769;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,947:1.00:949
chr2	113484319	rs2138604	G	A	12615.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=477;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=122;NR=176;PP=2965;SC=GATCCAGGTGGGAGCTGGGTG;SOR=0.943;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=305;TCF=129;TCR=176;TR=298;WE=113484327;WS=113484309;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,471:1.00:471
chr2	113484353	rs2138605	A	G	8276.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=306;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=80;NR=143;PP=2965;SC=CAGGCCCAGCAGGGGCGGAGC;SOR=1.213;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=223;TCF=80;TCR=143;TR=223;WE=113484361;WS=113484343;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,305:1.00:305
chr2	113484441	rs2138606	T	G	359.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=5.880;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=28;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=13;PP=288;ReadPosRankSum=0.609;SC=CTCCTCAGCCTCGCCTGGGCT;SOR=0.760;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=41;TCF=1;TCR=40;TR=13;WE=113484449;WS=113484431;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,15:0.33:45
chr2	113498566	rs3811040	A	G	3625.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.778;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.167;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=84;PP=2150;ReadPosRankSum=-0.612;SC=TTCAGCAACTAAAGAGTCAGA;SOR=1.077;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=167;TCF=55;TCR=112;TR=121;WE=113498574;WS=113498556;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,151:0.67:227
chr2	113513825	rs6731822	T	C	19781.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.761;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=760;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=267;NR=268;PP=2965;ReadPosRankSum=1.311;SC=CTCTGGCTTATGGCTTTTGAC;SOR=0.240;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=536;TCF=267;TCR=269;TR=535;WE=113513833;WS=113513815;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,748:1.00:749
chr2	113514836	rs143476913	CTTATT	C	1895.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.794;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.743;NF=1;NR=26;PP=1182;ReadPosRankSum=2.660;SC=CTTAACATATCTTATTGTTTT;SOR=0.610;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=38;TCF=1;TCR=37;TR=27;WE=113514848;WS=113514826;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,49:0.66:74
chr2	113514883	rs11311327	AT	A	39.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.363;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.59;ReadPosRankSum=1.668;SOR=0.432;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,5:0.20:25
chr2	113532885	rs3783550	G	T	1183.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=2.049;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.572;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=33;PP=640;ReadPosRankSum=0.785;SC=GAACAAGATGGTAGAAAAAGG;SOR=0.756;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=143;TCF=45;TCR=98;TR=45;WE=113532893;WS=113532875;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:137,66:0.33:203
chr2	113535395	rs2071376	G	T	579.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-3.502;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=4;PP=409;ReadPosRankSum=0.879;SC=TTCTCATAGAGCCTGCCTAGG;SOR=0.566;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=54;TCF=47;TCR=7;TR=25;WE=113535403;WS=113535385;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,27:0.42:64
chr2	113535770	.	G	GGTGT	161.14	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=32.23;SOR=3.611;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr2	113540205	rs1609682	G	T	1684.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.246;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=310;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=23;PP=799;ReadPosRankSum=-1.291;SC=CAAAAGTATTGAAGATTCAAG;SOR=0.698;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=189;TCF=118;TCR=71;TR=61;WE=113540213;WS=113540195;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:199,94:0.32:293
chr2	113670415	rs2708959	T	A	289.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-0.471;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=3;PP=137;ReadPosRankSum=-1.701;SC=CTTGGTGCCTTTCTGGTTGCA;SOR=0.495;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=26;TCR=8;TR=12;WE=113670423;WS=113670405;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,16:0.38:42
chr2	113670437	rs2723170	A	T	302.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=1.753;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=3;PP=198;ReadPosRankSum=0.917;SC=CGAGCATTTCAAACTACAGAG;SOR=0.776;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=37;TCF=29;TCR=8;TR=14;WE=113670445;WS=113670427;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,16:0.33:48
chr2	113670475	rs2708958	A	G	916.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.134;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FS=2.089;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.91;ReadPosRankSum=2.052;SOR=1.011;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:46,25:0.35:71
chr2	113670481	rs2723169	G	C	1045.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.295;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FS=5.928;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.02;ReadPosRankSum=0.139;SOR=1.395;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:55,32:0.37:87
chr2	113670709	rs28947188	G	GT	1217.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.469;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.397;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=22;PP=847;ReadPosRankSum=-1.961;SC=GGGCCAAAGTGTAATTCCTAG;SOR=1.070;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=68;TCF=8;TCR=60;TR=24;WE=113670717;WS=113670699;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:89,45:0.34:134
chr2	113671198	rs2466448	T	C	1106.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-2.700;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.403;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=14;PP=664;ReadPosRankSum=-0.807;SC=ATCCAGTTCATCTCTATTCTA;SOR=0.546;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=145;TCF=111;TCR=34;TR=51;WE=113671206;WS=113671188;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:115,60:0.34:175
chr2	113671303	rs3811045	T	C	11314.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.674;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=803;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.149;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=184;NR=126;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.243;SC=TTAAATGGTCTTTGATACCCC;SOR=0.778;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=482;TCF=281;TCR=201;TR=310;WE=113671311;WS=113671293;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:288,514:0.64:802
chr2	113671378	rs3811046	G	T	12602.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.437;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=900;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=178;NR=193;PP=2962;ReadPosRankSum=1.443;SC=GACCCGGCTGGAAGCCCCCTG;SOR=0.698;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=568;TCF=273;TCR=295;TR=371;WE=113671386;WS=113671368;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:316,583:0.65:899
chr2	113671410	rs3811047	A	G	10820.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=2.048;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=745;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.851;HP=6;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=127;NR=195;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.259;SC=AAGCCTCCCCACCATGAATTT;SOR=0.863;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=496;TCF=201;TCR=295;TR=322;WE=113671418;WS=113671400;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:254,490:0.66:744
chr2	113671518	rs3811048	G	A	2243.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=5.264;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.283;HP=2;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=69;PP=1714;ReadPosRankSum=-0.870;SC=TTACAGGGTGGGAGAATTGTA;SOR=1.082;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=118;TCF=15;TCR=103;TR=77;WE=113671526;WS=113671508;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,82:0.65:126
chr2	113672665	rs2723178	AC	GT	2045.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-3.033;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=13;PP=1102;ReadPosRankSum=-0.431;SC=AAGACCACTCACACCTTCAGA;SOR=0.660;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=133;TCF=95;TCR=38;TR=40;WE=113672674;WS=113672655;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:106,57:0.35:163
chr2	113672890	rs2708940	C	T	861.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-1.546;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.693;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=29;PP=609;ReadPosRankSum=0.729;SC=AGAGCATTTTCCAGTCTCACC;SOR=0.582;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=116;TCF=36;TCR=80;TR=44;WE=113672898;WS=113672880;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:97,48:0.33:145
chr2	113674709	rs2708943	C	G	1035.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.607;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=246;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.464;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=22;PP=1454;ReadPosRankSum=0.832;SC=GATCTAGGTCCAAAGGTGAAG;SOR=0.526;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=153;TCF=88;TCR=65;TR=46;WE=113674729;WS=113674699;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:168,69:0.29:237
chr2	113674721	rs2723183	A	G	1206.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.040;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=265;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.670;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=26;PP=1454;ReadPosRankSum=0.600;SC=AAGGTGAAGAACTTAAACCCG;SOR=0.716;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=165;TCF=86;TCR=79;TR=51;WE=113674729;WS=113674699;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:182,75:0.29:257
chr2	113674887	rs2708944	G	T	676.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-3.239;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.311;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=17;PP=357;ReadPosRankSum=-0.388;SC=CCTCCTGCTAGGTGGGCTCAA;SOR=0.217;SbPval=0.14;Source=Platypus;TC=65;TCF=16;TCR=49;TR=27;WE=113674895;WS=113674877;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,35:0.41:85
chr2	113675269	rs2723187	C	T	924.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=0.394;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=11;PP=286;ReadPosRankSum=0.763;SC=AAAGGAAGTCCGATTCTCCTG;SOR=0.735;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=80;TCF=47;TCR=33;TR=27;WE=113675277;WS=113675259;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:97,52:0.35:149
chr2	113675428	rs2723189	G	A	534.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-1.580;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.012;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=12;PP=236;ReadPosRankSum=1.988;SC=AATGCCTCTCGCTTTCCTGCA;SOR=0.512;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=50;TCF=16;TCR=34;TR=19;WE=113675436;WS=113675418;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,27:0.42:64
chr2	113676219	rs2708947	T	C	1495.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.434;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.319;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=10;PP=689;ReadPosRankSum=0.954;SC=GGTGGGCTCCTGGAACATGCT;SOR=1.017;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=144;TCF=101;TCR=43;TR=48;WE=113676227;WS=113676209;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:133,76:0.36:209
chr2	113676381	rs2723192	G	A	2872.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.195;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=655;ExcessHet=3.0103;FS=1.243;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.42;ReadPosRankSum=0.782;SOR=0.849;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:468,182:0.28:650
chr2	113763463	rs2305152	A	C	7398.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.261;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=575;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=124;NR=94;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.844;SC=AAAAAGGTAAAGATCCTCGTG;SOR=0.711;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=346;TCF=194;TCR=152;TR=218;WE=113763471;WS=113763453;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:222,352:0.61:574
chr2	113763575	rs895497	A	G	11773.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=453;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=128;NR=162;PP=2965;SC=ACACCTCAGCAGGGGAGCATT;SOR=0.930;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=290;TCF=128;TCR=162;TR=290;WE=113763583;WS=113763565;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,448:1.00:448
chr2	113783570	rs13030063	C	T	2176.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=57;NR=8;PP=1556;SC=CTTAGACCTGCCATGGGTGAT;SOR=3.706;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=65;TCF=57;TCR=8;TR=65;WE=113783578;WS=113783560;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr2	113783909	rs6744874	A	T	2638.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=12;NR=68;PP=1936;SC=AAAGGCCTGCATACAGCATGT;SOR=3.109;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=80;TCF=12;TCR=68;TR=80;WE=113783917;WS=113783899;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr2	113785020	rs12711747	A	G	2170.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=1.986;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=5.522;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=7;PP=1623;ReadPosRankSum=2.134;SC=TTAGGATTAGAAAGACATGCA;SOR=3.489;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=62;TCF=55;TCR=7;TR=62;WE=113785028;WS=113785010;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,71:0.97:73
chr2	113785202	rs11673918	G	A	15813.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.782;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=598;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=196;NR=184;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.977;SC=TTGGGGGGTTGACTAAACTGG;SOR=0.724;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=381;TCF=196;TCR=185;TR=380;WE=113785210;WS=113785192;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,587:1.00:589
chr2	113785727	rs1562304	A	G	2605.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.14;SOR=1.378;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr2	113786833	rs3948121	C	G	859.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=23;PP=707;SC=CCCCAGTTGTCACCAGGACAT;SOR=2.910;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=28;TCF=5;TCR=23;TR=28;WE=113786841;WS=113786823;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr2	113789316	rs2305150	C	T	2514.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=26;NR=30;PP=1050;SC=GTGAAGAGAACAAGATAGATC;SOR=0.778;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=56;TCF=26;TCR=30;TR=56;WE=113789324;WS=113789306;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
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chr2	113816940	.	CCA	GCC	2947	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;FR=1.0000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MMLQ=25;MQ=60.0;NF=49;NR=30;PP=2947;QD=20;SC=CAGACCCCAGCCAACTCAGCC;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=82;TCF=50;TCR=32;TR=79;WE=113816950;WS=113816930;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:3,79:0.96:82
chr2	113816942	rs2278717	A	C	6674.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.80;SOR=0.912;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,149:1.00:149
chr2	113818632	rs2251872	G	A	2721.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=21;NR=50;PP=1635;SC=CCCAGGCATTGGGGCAGCACA;SOR=1.489;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=72;TCF=22;TCR=50;TR=71;WE=113818640;WS=113818622;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr2	113818702	rs2515395	G	C	745.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=48;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=23;PP=535;SC=TGAAGACACAGGCTCTGGGGC;SOR=3.258;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=26;TCF=3;TCR=23;TR=26;WE=113818710;WS=113818692;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr2	113819614	rs2252007	T	C	3191.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=63;NR=31;PP=1858;SC=CAGGCCGTCTTACAGCAGTCC;SOR=1.342;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=95;TCF=63;TCR=32;TR=94;WE=113819622;WS=113819604;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr2	113830173	rs3811050	C	T	410.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.250;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.493;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=3;PP=271;ReadPosRankSum=2.439;SC=CAATTATAGACGAATGGCCTG;SOR=0.378;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=87;TCF=78;TCR=9;TR=23;WE=113830181;WS=113830163;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,23:0.25:91
chr2	113830201	rs3811051	T	G	4623.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=112;NR=42;PP=2922;SC=CGTGCAGCCCTTGGCTGAGTG;SOR=1.881;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=154;TCF=112;TCR=42;TR=154;WE=113830209;WS=113830191;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,176:1.00:176
chr2	113830563	rs12469822	G	A	1581.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=10;NR=37;PP=982;SC=CAAAAAGTCTGTAAGTGGAGT;SOR=2.147;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=10;TCR=37;TR=47;WE=113830571;WS=113830553;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr2	113830582	rs4849150	A	C	934.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQ=58.61;NF=3;NR=26;PP=722;SC=GTGTTATTAAACCCATTTTAC;SOR=3.477;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=29;TCF=3;TCR=26;TR=29;WE=113830590;WS=113830572;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr2	113832312	rs6761276	T	C	10345.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.715;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=258;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=91;PP=2965;ReadPosRankSum=1.449;SC=AAGATCTGCATACTTCCTAAC;SOR=0.976;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=154;TCF=61;TCR=93;TR=151;WE=113832320;WS=113832302;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,254:0.99:256
chr2	113832333	rs6743376	C	A	9215.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-2.061;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=86;PP=2523;ReadPosRankSum=1.491;SC=AGAGGCTTGGCCCGCACCAAG;SOR=0.438;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=134;TCF=46;TCR=88;TR=132;WE=113832341;WS=113832323;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,209:1.00:210
chr2	113832981	rs13005572	C	T	2926.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.358;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.580;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=53;PP=1429;ReadPosRankSum=0.451;SC=GCCCCCAAACCAAGCTCATCC;SOR=0.766;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=123;TCF=49;TCR=74;TR=88;WE=113832989;WS=113832971;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,132:0.69:191
chr2	113875509	rs2234677	G	A	758.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-2.823;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.516;HP=3;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=7;PP=420;ReadPosRankSum=-0.627;SC=CCCAGGTACTGCCCGGGTGCT;SOR=0.459;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=43;TCF=34;TCR=9;TR=30;WE=113875517;WS=113875499;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,37:0.77:48
chr2	113875565	rs2234678	A	G	3168.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.019;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=21;PP=849;ReadPosRankSum=0.473;SC=GGAAGACCTCAGAAGACCTCC;SOR=0.643;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=88;TCF=56;TCR=32;TR=57;WE=113875573;WS=113875555;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,80:0.67:119
chr2	113875584	rs2234679	G	C	3459.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.104;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.371;HP=1;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=31;PP=1149;ReadPosRankSum=0.434;SC=CCTGTCCTATGAGGCCCTCCC;SOR=0.560;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=99;TCF=54;TCR=45;TR=64;WE=113875592;WS=113875574;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,96:0.65:147
chr2	113875631	rs16065	T	C	3126.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.692;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.390;HP=5;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=38;PP=1463;ReadPosRankSum=0.661;SC=TCTCATTTTTTCACCTGAGAA;SOR=0.545;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=130;TCF=73;TCR=57;TR=82;WE=113875639;WS=113875621;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,140:0.64:220
chr2	113875753	rs4251969	C	G	2854.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.242;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=36;PP=870;ReadPosRankSum=-0.368;SC=TCTGGGGGATCTGGGCACGGG;SOR=0.689;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=103;TCF=41;TCR=62;TR=60;WE=113875761;WS=113875743;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,86:0.59:146
chr2	113875773	rs4251970	A	G	2430.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.368;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=36;PP=818;ReadPosRankSum=1.087;SC=GGAGGCATCCATGGGAGACCA;SOR=0.641;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=86;TCF=25;TCR=61;TR=52;WE=113875781;WS=113875763;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,63:0.57:110
chr2	113877495	rs928940	G	T	1418.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=31;NR=8;PP=773;SC=GTGCATACTCGGACTGGAAAC;SOR=2.124;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=40;TCF=31;TCR=9;TR=39;WE=113877503;WS=113877485;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr2	113877538	rs4251986	G	C	1034.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-2.862;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.010;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=13;PP=480;ReadPosRankSum=0.231;SC=AAAGGATAGAGATGGAACCAT;SOR=0.435;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=63;TCF=42;TCR=21;TR=35;WE=113877546;WS=113877528;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,50:0.60:84
chr2	113877713	rs878972	A	C	1157.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.214;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=21;PP=611;ReadPosRankSum=-0.125;SC=AGGGTAAATTATTTTTAGGAT;SOR=0.623;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=63;TCF=26;TCR=37;TR=36;WE=113877721;WS=113877703;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,54:0.57:94
chr2	113887207	rs419598	T	C	11725.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-4.284;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=801;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=151;NR=171;PP=2962;ReadPosRankSum=0.704;SC=AACTAGTTGCTGGATACTTGC;SOR=0.735;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=480;TCF=229;TCR=251;TR=322;WE=113887215;WS=113887197;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:251,544:0.68:795
chr2	113887262	rs423904	C	T	7601.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-2.516;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=560;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.540;HP=1;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=95;NR=142;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.988;SC=GCCAGGAAAGCCAATGTATGT;SOR=0.645;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=381;TCF=152;TCR=229;TR=237;WE=113887281;WS=113887252;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:207,349:0.63:556
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chr2	113887294	rs495282	G	C	4995.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.047;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=378;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=39;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=108;PP=2857;ReadPosRankSum=-1.636;SC=CACTTTGCCCGTCTGTCTGCA;SOR=0.688;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=284;TCF=102;TCR=182;TR=167;WE=113887302;WS=113887284;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:153,222:0.59:375
chr2	113887338	rs495410	A	C	2451.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=3.168;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=41;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=70;PP=1766;ReadPosRankSum=-2.036;SC=CCCTAGGTGCAATGTCCTAAT;SOR=0.736;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=156;TCF=31;TCR=125;TR=87;WE=113887346;WS=113887328;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,98:0.56:176
chr2	113888557	rs451578	G	A	4738.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.719;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.587;HP=3;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=22;PP=1132;ReadPosRankSum=-1.229;SC=AAAAATACCCGGGGTCTCTTC;SOR=0.636;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=119;TCF=81;TCR=38;TR=70;WE=113888565;WS=113888547;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,119:0.65:184
chr2	113888579	rs432014	T	C	6021.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-0.292;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=280;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.590;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=33;PP=1679;ReadPosRankSum=-1.889;SC=TTATTGCTGCTTCCTCTTCTA;SOR=0.590;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=153;TCF=101;TCR=52;TR=96;WE=113888587;WS=113888569;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:91,177:0.66:268
chr2	113888793	rs454078	A	T	6671.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.683;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=517;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.150;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=78;NR=121;PP=2913;ReadPosRankSum=0.131;SC=AAACAACCAAAATTTTTTCTT;SOR=0.809;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=313;TCF=128;TCR=185;TR=199;WE=113888801;WS=113888783;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:195,320:0.62:515
chr2	113888900	rs380092	T	A	2638.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=13;NR=67;PP=2003;SC=GCAGAGTGCCTGGCTTGCGCT;SOR=3.180;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=80;TCF=13;TCR=67;TR=80;WE=113888908;WS=113888890;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr2	113940681	rs3748914	T	C	10004.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=363;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=146;NR=102;PP=2965;SC=AAGACAGCAGTGAGCCTGAGG;SOR=0.938;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=248;TCF=146;TCR=102;TR=248;WE=113940689;WS=113940671;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,362:1.00:362
chr2	113940730	rs12472091	T	C	8615.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-3.665;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=506;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=161;NR=93;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.456;SC=AACCCCAGACTCTTCCCCACA;SOR=0.697;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=349;TCF=218;TCR=131;TR=254;WE=113940738;WS=113940720;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:129,370:0.74:499
chr2	113940839	rs4849167	G	C	19533.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.435;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=761;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.98;ReadPosRankSum=-0.547;SOR=0.326;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,751:1.00:752
chr2	113942903	rs1975535	A	C	4529.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=69;NR=55;PP=2886;SC=CTCTCTGTGTATCCAGGGCTC;SOR=0.914;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=124;TCF=69;TCR=55;TR=124;WE=113942911;WS=113942893;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,158:1.00:158
chr2	113943470	rs2241976	A	G	17338.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-1.437;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=664;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=182;NR=171;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.854;SC=GGGAGGGTGGACACCCCCAGG;SOR=0.445;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=358;TCF=183;TCR=175;TR=353;WE=113943478;WS=113943460;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,656:1.00:659
chr2	113953401	rs923693	A	G	22128.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=0.609;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=846;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=208;NR=237;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.483;SC=CTGTCTTTGGACTGTCCTCCC;SOR=0.757;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=445;TCF=208;TCR=237;TR=445;WE=113953409;WS=113953391;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,838:1.00:840
chr2	113955443	rs45555634	C	A	1804.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-2.882;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.659;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=41;PP=1004;ReadPosRankSum=0.586;SC=AGCCGCACGTCTTCCAGCTGC;SOR=0.527;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=86;TCF=23;TCR=63;TR=57;WE=113955451;WS=113955433;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,79:0.67:118
chr2	113977862	rs4849175	T	G	697.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=7;NR=15;PP=391;SC=CAGGAATGGTTGGGGAGACAG;SOR=1.445;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=7;TCR=15;TR=22;WE=113977870;WS=113977852;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr2	113994417	rs1110839	G	T	1328.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.521;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=241;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.460;HP=6;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=36;PP=781;ReadPosRankSum=-0.803;SC=GGTCCTCATCGCCCCCTTCTT;SOR=0.534;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=165;TCF=54;TCR=111;TR=58;WE=113994425;WS=113994407;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:158,76:0.32:234
chr2	113994461	rs3738913	G	A	1451.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.110;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.067;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=40;PP=907;ReadPosRankSum=-0.857;SC=GGCACGTTTCGTTCATGCTCA;SOR=0.548;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=74;TCF=13;TCR=61;TR=49;WE=113994469;WS=113994451;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,60:0.70:86
chr2	113999534	rs4849186	G	C	4237.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-0.688;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=293;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.076;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=62;PP=2022;ReadPosRankSum=0.402;SC=ATCAAAGCCTGAGCAAACTGC;SOR=0.785;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=164;TCF=77;TCR=87;TR=116;WE=113999542;WS=113999524;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:97,190:0.66:287
chr2	113999736	rs13015478	G	T	1463.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.622;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=34;PP=746;ReadPosRankSum=0.643;SC=AGAGGGTCAGGGGTGGGAGTG;SOR=0.700;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=76;TCF=24;TCR=52;TR=51;WE=113999744;WS=113999726;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,67:0.72:93
chr2	114000458	rs902691	C	A	1755.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=10;NR=43;PP=1237;SC=TGGGTATCTCCAAGGCACTTG;SOR=2.546;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=53;TCF=10;TCR=43;TR=53;WE=114000466;WS=114000448;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr2	114035923	rs1867763	A	G	17037.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.61;BaseQRankSum=-0.019;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1172;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=235;NR=175;PP=2962;ReadPosRankSum=3.036;SC=GGGCTCGGGGATCCTGACCAC;SOR=0.671;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=587;TCF=340;TCR=247;TR=410;WE=114035931;WS=114035900;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:397,773:0.66:1170
chr2	114220055	rs1210133	T	C	796.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.003;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.369;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-1.288;NF=14;NR=22;PP=498;ReadPosRankSum=1.066;SC=TGTAAAGAAATTAAGAGCGAC;SOR=0.571;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=112;TCF=41;TCR=71;TR=36;WE=114220063;WS=114220045;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:119,48:0.29:167
chr2	114386172	rs368603894	A	G	92.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.823;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=40.97;MQRankSum=0.967;QD=9.28;ReadPosRankSum=-0.241;SOR=1.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,6:0.60:10
chr2	114386338	rs149500718	G	A	299.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.484;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=16.286;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.03;MQRankSum=-1.502;QD=4.83;ReadPosRankSum=1.052;SOR=2.261;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:44,18:0.29:62
chr2	114387907	rs1964835	C	T	4627.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.864;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=314;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.987;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-7.579;NF=42;NR=114;PP=2783;ReadPosRankSum=1.649;SC=GACTCAAGAACTACTGCCAAT;SOR=0.792;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=236;TCF=64;TCR=172;TR=156;WE=114387915;WS=114387897;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:108,200:0.65:308
chr2	114387950	rs1040646	G	A	2210.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=3.443;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.788;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-5.428;NF=9;NR=63;PP=1610;ReadPosRankSum=-0.524;SC=ATCTAAACTCGGTTGGGCTAA;SOR=1.250;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=103;TCF=14;TCR=89;TR=72;WE=114387958;WS=114387940;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,81:0.69:117
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chr2	114392716	rs146907164	C	T	4322.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.403;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=299;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.503;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-4.021;NF=49;NR=99;PP=2285;ReadPosRankSum=0.332;SC=TGGTACGAGACGGTGGGGAGG;SOR=0.919;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=224;TCF=83;TCR=141;TR=148;WE=114392727;WS=114392706;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:98,200:0.67:298
chr2	114425119	rs148984481	G	A	40.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=41.53;QD=20.37;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr2	114425212	.	AGGTGGG	A	380	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.404;ClippingRankSum=0.000;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.63;MQRankSum=-1.470;QD=34.55;ReadPosRankSum=0.791;SOR=3.442;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,10:0.91:11
chr2	114425263	rs187515355	T	C	105.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.524;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.31;MQRankSum=2.142;QD=3.11;ReadPosRankSum=0.000;SOR=0.078;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,7:0.21:34
chr2	114425425	rs145764632	C	A	1050.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.727;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FS=0.896;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=45.26;MQRankSum=-2.866;QD=8.47;ReadPosRankSum=0.368;SOR=0.503;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:75,49:0.40:124
chr2	114426115	rs80314553	T	C	8659.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.61;BaseQRankSum=1.052;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=333;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=-1.758;NF=136;NR=80;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.590;SC=TGGCTGAACGTGCTCATTGTA;SOR=1.089;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=218;TCF=137;TCR=81;TR=216;WE=114426123;WS=114426105;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,325:0.99:329
chr2	114426219	rs199843032	C	T	1951.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.692;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=341;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-1.304;NF=39;NR=57;PP=1225;ReadPosRankSum=-0.296;SC=TCAGACCACTCGGTGGTCAGT;SOR=0.699;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=253;TCF=106;TCR=147;TR=96;WE=114426227;WS=114426209;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:227,114:0.33:341
chr2	114429573	rs17017000	C	T	7257.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.631;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=514;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.546;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.282;NF=98;NR=107;PP=2962;ReadPosRankSum=0.403;SC=ATGGACAGAGCTCTAGAGCCA;SOR=0.742;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=314;TCF=152;TCR=162;TR=205;WE=114429581;WS=114429563;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:174,338:0.66:512
chr2	114476582	rs6741521	C	A	129.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.404;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=1.640;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.53;MQRankSum=4.077;QD=3.71;ReadPosRankSum=-0.556;SOR=0.280;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,9:0.26:35
chr2	114480812	rs3835109	A	AAAC	535.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.021;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.377;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=9;PP=343;ReadPosRankSum=-0.364;SC=TTAAAAAATTAAACCAAAGAA;SOR=1.061;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=1;TCR=17;TR=9;WE=114480820;WS=114480802;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,15:0.44:34
chr2	114480881	rs73955056	A	G	100.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=1.892;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.424;HP=1;HapScore=2;MGOF=32;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=5;PP=76;ReadPosRankSum=0.098;SC=AGGAGCAAAGATAAGAGGCTA;SOR=2.636;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=5;WE=114480889;WS=114480871;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,5:0.45:11
chr2	114486907	rs4849269	T	C	77.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-0.912;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.556;NF=4;NR=1;PP=38;ReadPosRankSum=0.309;SC=CTATTCCCTCTGAAAAACAAA;SOR=0.527;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=15;TCF=12;TCR=3;TR=5;WE=114486915;WS=114486897;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,5:0.33:15
chr2	114492135	rs2305254	C	T	987.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-2.043;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.612;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=18;PP=392;ReadPosRankSum=0.939;SC=TTAAGCAGAGCAAACTAGCTA;SOR=0.673;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=96;TCF=46;TCR=50;TR=37;WE=114492143;WS=114492125;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:101,57:0.36:158
chr2	114493524	rs10199704	C	T	405.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.461;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.47;ReadPosRankSum=-0.258;SOR=0.631;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:89,28:0.24:117
chr2	114501242	rs3748907	T	C	1649.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=1.759;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=237;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.621;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=19;PP=568;ReadPosRankSum=1.349;SC=AGTTCTGAAGTGGCTTGAATA;SOR=0.817;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=134;TCF=72;TCR=62;TR=44;WE=114501250;WS=114501232;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:145,90:0.38:235
chr2	114513386	rs7578249	C	T	1423.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.165;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=254;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.067;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=19;PP=711;ReadPosRankSum=0.031;SC=AGTTAACTACCAGAAAATAGC;SOR=0.591;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=170;TCF=112;TCR=58;TR=53;WE=114513394;WS=114513376;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:170,81:0.32:251
chr2	114513787	rs4538208	C	G	647.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.369;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FS=2.233;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.56;ReadPosRankSum=-1.931;SOR=0.501;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:137,45:0.25:182
chr2	114514098	rs7592689	A	C	495.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-0.089;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.644;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=11;PP=183;ReadPosRankSum=-1.028;SC=GCTCCTGAAGACGCGGTGCCC;SOR=0.252;SbPval=0.26;Source=Platypus;TC=56;TCF=12;TCR=44;TR=16;WE=114514106;WS=114514088;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,26:0.36:72
chr2	115822241	rs59975834	G	C	2716.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-3.506;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.329;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=28;PP=1571;ReadPosRankSum=0.527;SC=AGAACTGGAAGCATGAGTGAG;SOR=0.306;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=119;TCF=85;TCR=34;TR=88;WE=115822249;WS=115822231;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,115:0.75:154
chr2	115919677	rs7557011	CT	GC	2059.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=16;NR=16;PP=638;SC=CCGCCTCCCGCTTCCCAGGCT;SOR=0.823;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=35;TCF=17;TCR=18;TR=32;WE=115919686;WS=115919667;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr2	116066984	rs975453	G	A	2326.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=45;PP=1282;SC=TGATAATTTCGCATTCAAATG;SOR=1.781;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=60;TCF=15;TCR=45;TR=60;WE=116066992;WS=116066974;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr2	116099725	rs843403	A	T	4878.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=51;NR=73;PP=2368;SC=CAAACTCATTAAGCACTCTCT;SOR=0.990;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=124;TCF=51;TCR=73;TR=124;WE=116099733;WS=116099715;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,182:1.00:182
chr2	116497478	.	C	T	1642.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.930;ClippingRankSum=0.000;DP=277;ExcessHet=3.0103;FS=4.561;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.04;ReadPosRankSum=0.895;SOR=0.988;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:182,90:0.33:272
chr2	116497478	.	CA	TG	786	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;FR=0.5000;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MMLQ=28;MQ=60.0;NF=15;NR=43;PP=786;QD=14.4735840493;SC=AGGTAAGTAACATGGAAGTAC;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=197;TCF=62;TCR=135;TR=58;WE=116497487;WS=116497468;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:139,58:0.29:197
chr2	116497479	rs1550854	A	G	8816.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=270;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=33.15;SOR=1.413;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,266:1.00:266
chr2	116497528	rs1550853	A	G	3247.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=19;NR=76;PP=2182;SC=GTGACTTGACAGATGGTATTC;SOR=2.501;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=95;TCF=19;TCR=76;TR=95;WE=116497536;WS=116497518;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr2	116510817	rs2053724	G	C	3946.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.534;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=304;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=60;PP=1855;ReadPosRankSum=0.134;SC=GTTAAACCGAGCTCAGAACAT;SOR=0.708;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=190;TCF=98;TCR=92;TR=126;WE=116510825;WS=116510807;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:117,187:0.62:304
chr2	116525960	rs1446495	G	A	7425.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=282;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=85;NR=88;PP=2965;SC=ATTTCACCACGTAGCTATGTT;SOR=0.766;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=173;TCF=85;TCR=88;TR=173;WE=116525968;WS=116525950;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,282:1.00:282
chr2	116534922	rs1374271	A	G	1472.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.352;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=298;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.03;ReadPosRankSum=1.680;SOR=0.715;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:209,84:0.29:293
chr2	116539846	rs36082071	GA	G	388.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.694;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FS=3.384;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.42;MQRankSum=3.211;QD=3.85;ReadPosRankSum=0.241;SOR=0.375;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:72,29:0.29:101
chr2	116548526	rs6735355	A	G	1058.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=24;NR=8;PP=755;SC=TAGTAATTCAAAAGAGAAATG;SOR=2.115;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=24;TCR=8;TR=32;WE=116548534;WS=116548516;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr2	116548820	rs3738879	C	T	5186.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=65;NR=68;PP=2477;SC=GTTTTACCTGCAAATGACTCT;SOR=0.703;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=133;TCF=65;TCR=68;TR=133;WE=116548828;WS=116548810;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,197:1.00:197
chr2	116593675	rs10549769	ATG	A	5170.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.447;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FS=1.546;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=30.42;ReadPosRankSum=-1.779;SOR=0.846;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:7,163:0.96:170
chr2	116593695	rs34212292	GAT	G	2409.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.446;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=242;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.99;ReadPosRankSum=0.483;SOR=0.675;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:56,145:0.72:201
chr2	116598546	rs272011	G	A	1024.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=9;NR=25;PP=742;SC=CTCTGTTCCTGATTACACCGA;SOR=2.368;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=34;TCF=9;TCR=25;TR=34;WE=116598554;WS=116598536;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr2	116599659	rs272010	A	T	1953.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=46;NR=10;PP=1319;SC=AACTTAGAGTAGAATTAGGTT;SOR=2.406;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=58;TCF=48;TCR=10;TR=56;WE=116599667;WS=116599649;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr2	116599927	rs272009	T	C	4779.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=40;NR=93;PP=2281;SC=AATAATGGACTGTATTTATAC;SOR=1.485;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=133;TCF=40;TCR=93;TR=133;WE=116599935;WS=116599917;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,186:1.00:186
chr2	118575215	rs1052637	C	G	874.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.206;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FS=0.663;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.39;ReadPosRankSum=0.636;SOR=0.628;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:91,46:0.34:137
chr2	118575468	rs6737733	C	T	176.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=4.055;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=8;PP=130;ReadPosRankSum=-1.336;SC=TTGGCAGAAGCGGGGAGTCCA;SOR=0.446;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=0;TCR=19;TR=8;WE=118575476;WS=118575458;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,8:0.42:19
chr2	118688754	rs971754	T	C	8929.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=360;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=78;NR=134;PP=2965;SC=GAAATGGTGATGAAAAGACAT;SOR=1.093;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=213;TCF=78;TCR=135;TR=212;WE=118688762;WS=118688744;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,352:1.00:352
chr2	118704478	rs7580124	T	G	6933.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=271;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=73;NR=121;PP=2965;SC=TGACATGAACTTTTACAAAAT;SOR=1.148;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=194;TCF=73;TCR=121;TR=194;WE=118704486;WS=118704468;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,262:1.00:262
chr2	118704503	rs2303329	A	G	4922.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=1.321;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.989;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=106;PP=2965;ReadPosRankSum=1.531;SC=ACAAGGAGTAATTAGACGCAA;SOR=1.914;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=142;TCF=36;TCR=106;TR=142;WE=118704511;WS=118704493;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,175:0.99:177
chr2	118705570	rs10186396	A	G	6297.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=254;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=120;NR=64;PP=2965;SC=GCGCCTGGCCAAATCTGCTTT;SOR=1.270;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=186;TCF=120;TCR=66;TR=184;WE=118705578;WS=118705560;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,245:1.00:245
chr2	118706879	rs1035598	A	G	12250.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=483;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=138;NR=123;PP=2965;SC=AAAAATAAGCACATGCTGAAA;SOR=0.745;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=261;TCF=138;TCR=123;TR=261;WE=118706887;WS=118706869;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,474:1.00:474
chr2	118731573	rs748767	G	A	12561.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=478;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=153;NR=137;PP=2965;SC=AGACGGCTCTGCAAGTATATG;SOR=0.727;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=294;TCF=153;TCR=141;TR=290;WE=118731581;WS=118731563;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,476:1.00:476
chr2	118732975	rs6722547	T	C	1260.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=10;NR=32;PP=907;SC=AGCAGCAGCATCCTGAGAGAG;SOR=2.007;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=42;TCF=10;TCR=32;TR=42;WE=118732983;WS=118732965;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr2	118735395	rs889899	G	A	1609.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=38;NR=5;PP=1093;SC=TTGCTCCCCAGTCTGTAGAGG;SOR=3.300;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=43;TCF=38;TCR=5;TR=43;WE=118735403;WS=118735385;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr2	118743736	.	C	CTTT	71.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.774;ClippingRankSum=0.000;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.31;MQRankSum=1.678;QD=4.22;ReadPosRankSum=0.475;SOR=1.302;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,5:0.29:17
chr2	118753148	rs10633675	A	ATC	6607.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=73;PP=2965;SC=CCACTCAGATATGTCTTATAA;SOR=1.609;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=81;TCF=4;TCR=77;TR=77;WE=118753156;WS=118753138;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,150:1.00:150
chr2	118764242	rs34609704	C	CA	6687.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=37;NR=40;PP=2965;SC=ACACAGTAGACACTCAAAAGT;SOR=1.080;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=77;TCF=37;TCR=40;TR=77;WE=118764250;WS=118764232;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,180:1.00:180
chr2	118766024	rs10864966	A	G	5414.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=129;NR=24;PP=2965;SC=CAGACATGGAAGAAGTTAAAA;SOR=2.985;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=154;TCF=129;TCR=25;TR=153;WE=118766032;WS=118766014;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,174:1.00:174
chr2	118771663	rs12477588	A	G	9015.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=333;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=76;NR=129;PP=2965;SC=GGGGTGGAGTACAAAGCGGAA;SOR=1.058;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=206;TCF=76;TCR=130;TR=205;WE=118771671;WS=118771653;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,330:1.00:330
chr2	118854094	rs58018715	A	AT	2047.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.976;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=258;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.04;MQRankSum=0.838;QD=8.32;ReadPosRankSum=-0.074;SOR=0.656;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:110,136:0.55:246
chr2	118866033	rs11407321	G	GA	575.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-1.858;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.498;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=9;PP=304;ReadPosRankSum=-1.422;SC=TGTATATATGGATAAATATAT;SOR=0.384;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=36;TCF=2;TCR=34;TR=10;WE=118866056;WS=118866023;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,21:0.38:55
chr2	119604255	rs79126103	C	T	1231.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.733;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=224;ExcessHet=3.0103;FS=5.149;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.62;ReadPosRankSum=0.721;SOR=0.434;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:149,70:0.32:219
chr2	119700096	rs2077344	T	C	715.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=2.303;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.219;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=29;PP=501;ReadPosRankSum=-2.804;SC=TTGCACGTAATCATCACTAAT;SOR=0.421;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=116;TCF=18;TCR=98;TR=35;WE=119700104;WS=119700086;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,37:0.30:124
chr2	119700125	rs112839786	A	G	1641.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.702;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.387;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=54;PP=1287;ReadPosRankSum=-1.008;SC=GAGTGCTTCAATTTGGAATTT;SOR=0.280;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=74;TCF=4;TCR=70;TR=58;WE=119700133;WS=119700115;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,62:0.79:78
chr2	119727793	rs41279766	C	G	1099.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.718;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=243;ExcessHet=3.0103;FS=1.737;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.70;ReadPosRankSum=0.027;SOR=0.725;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:163,71:0.30:234
chr2	119734894	rs66466905	AAG	A	627.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.869;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=297;ExcessHet=3.0103;FS=4.153;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.07;MQRankSum=3.297;QD=2.24;ReadPosRankSum=-0.593;SOR=0.407;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:232,48:0.17:280
chr2	119739127	rs10623500	C	CATTT	1882.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.976;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.49;MQRankSum=0.000;QD=9.86;ReadPosRankSum=1.148;SOR=0.738;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:118,73:0.38:191
chr2	119748135	rs3835093	TC	T	11712.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=3.026;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=378;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=166.813;HP=12;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=88;PP=2985;ReadPosRankSum=0.030;SC=TATTATCTCCTCCCCCCCCCC;SOR=0.000;SbPval=0.25;Source=Platypus;TC=223;TCF=57;TCR=166;TR=126;WE=119748151;WS=119748125;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,288:0.79:366
chr2	119748143	rs116412702	C	G	6433.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.085;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=399;ExcessHet=3.0103;FS=144.236;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.33;ReadPosRankSum=1.124;SOR=0.007;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:99,295:0.75:394
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chr2	119749611	rs4848530	C	T	643.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-0.969;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.842;HP=4;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=24;PP=444;ReadPosRankSum=-0.274;SC=TGTGCTGGGGCTTGCCCTAGG;SOR=0.868;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=88;TCF=24;TCR=64;TR=32;WE=119749619;WS=119749601;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,36:0.34:105
chr2	119749858	rs3765035	A	G	725.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=23;NR=3;PP=528;SC=CCCGCAGGACATCCCATCCCC;SOR=3.690;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=26;TCF=23;TCR=3;TR=26;WE=119749866;WS=119749851;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr2	119751867	rs11678719	C	T	2889.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.689;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.436;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQ=60.21;MQRankSum=0.447;NF=52;NR=37;PP=1276;ReadPosRankSum=2.202;SC=GTCGGCAGTCCACCTCAGATG;SOR=0.481;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=147;TCF=90;TCR=57;TR=89;WE=119751875;WS=119751857;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,129:0.64:200
chr2	119915132	rs11308896	CG	C	2075.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=42;NR=10;PP=1851;SC=CGAGGGTTTACGGGGGCCGGT;SOR=3.545;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=59;TCF=46;TCR=13;TR=52;WE=119915140;WS=119915122;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr2	119915249	rs7556873	T	C	12311.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=462;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=160;NR=117;PP=2965;SC=AGATGCCGCGTACCTGGCAGC;SOR=0.957;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=277;TCF=160;TCR=117;TR=277;WE=119915257;WS=119915239;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,458:1.00:458
chr2	120003642	rs838083	C	T	1292.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-1.319;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.565;HP=6;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=40;PP=999;ReadPosRankSum=0.991;SC=CCAGCATGCTCTTTTTGATAT;SOR=1.136;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=71;TCF=10;TCR=61;TR=46;WE=120003650;WS=120003632;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,50:0.64:78
chr2	120005838	rs200190146	CCT	C	803.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-1.168;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=307;ExcessHet=3.0103;FS=10.560;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.87;ReadPosRankSum=0.742;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:220,60:0.21:280
chr2	120005839	rs5833785	CT	C	1778.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.693;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=307;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=44.208;HP=1;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=168;PP=2948;ReadPosRankSum=1.875;SC=TGTCCAGCACCTCCCCCCCCC;SOR=3.988;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=236;TCF=30;TCR=206;TR=186;WE=120005848;WS=120005825;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:180,96:0.35:276
chr2	120005840	.	T	TC	1221.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-3.074;ClippingRankSum=0.000;DP=307;ExcessHet=3.0103;FS=1.767;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.29;ReadPosRankSum=-1.218;SOR=0.924;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:210,75:0.26:285
chr2	120005867	rs4592854	G	A	2590.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-3.822;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=247;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.868;HP=2;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=133;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.891;SC=AGGTGCAGCCGATACCCACGG;SOR=1.088;SbPval=0.93;Source=Platypus;TC=254;TCF=54;TCR=200;TR=155;WE=120005875;WS=120005857;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,158:0.64:245
chr2	120014985	rs838072	A	G	1168.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=5.936;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.949;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=5;PP=834;ReadPosRankSum=0.228;SC=GGCTCTGGCAATCTATTTTTG;SOR=0.814;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=142;TCF=124;TCR=18;TR=46;WE=120014993;WS=120014984;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:99,50:0.34:149
chr2	120015376	rs838071	C	T	246.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-2.191;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=10;PP=133;ReadPosRankSum=0.644;SC=ATGGGGACAGCCATGGTTCTT;SOR=0.612;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=43;TCF=6;TCR=37;TR=11;WE=120015384;WS=120015366;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,14:0.27:52
chr2	120059895	rs16744	G	GGAAA	893.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=12;NR=3;PP=631;SC=AAAGAGAGAAGGAAAGACCTG;SOR=3.056;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=17;TCF=13;TCR=4;TR=15;WE=120059903;WS=120059885;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr2	120059921	rs8600	C	A	635.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=1.415;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.285;HP=2;HapScore=2;MGOF=29;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-1.238;NF=21;NR=8;PP=492;ReadPosRankSum=0.047;SC=AAAGAAATAACCAGATTTTAG;SOR=1.048;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=45;TCF=32;TCR=13;TR=29;WE=120059929;WS=120059911;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,28:0.62:45
chr2	120059988	rs1890	T	C	3226.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=58;NR=33;PP=1768;SC=ATTTCAAAAATTCAGCAGTGG;SOR=1.188;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=91;TCF=58;TCR=33;TR=91;WE=120059996;WS=120059978;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr2	120060082	rs1052500	T	C	4151.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=50;NR=59;PP=2039;SC=TTTGTAGTTCTTATAATCTTC;SOR=0.810;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=109;TCF=50;TCR=59;TR=109;WE=120060090;WS=120060072;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,161:1.00:161
chr2	120078689	rs6719102	T	C	537.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-1.898;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=3;PP=327;ReadPosRankSum=-0.129;SC=TAATGCAAAATTGTATTTATA;SOR=1.197;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=23;TCF=19;TCR=4;TR=18;WE=120078697;WS=120078679;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,22:0.81:27
chr2	120078778	rs1132267	T	C	1922.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=29;NR=21;PP=1063;SC=CTTAAAGGGATATCTACAAGA;SOR=0.874;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=50;TCF=29;TCR=21;TR=50;WE=120078786;WS=120078768;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr2	120125029	rs2084202	A	G	9165.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=332;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=158;NR=94;PP=2965;SC=TCCGTGGCCGAGAGCTTGGAG;SOR=1.172;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=252;TCF=158;TCR=94;TR=252;WE=120125037;WS=120125019;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,327:1.00:327
chr2	120125936	rs2244135	T	C	3246.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=36;NR=43;PP=1542;SC=GCTCAGCAGCTCAGACTGGAA;SOR=0.888;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=79;TCF=36;TCR=43;TR=79;WE=120125944;WS=120125926;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr2	120125973	rs3091407	G	C	595.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=1.571;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.972;HP=2;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=14;PP=348;ReadPosRankSum=0.413;SC=CTCTCAAACTGCCTGAGGCCC;SOR=0.969;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=57;TCF=23;TCR=34;TR=21;WE=120125981;WS=120125963;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,29:0.39:74
chr2	120187344	rs11123523	A	G	1330.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=27;NR=8;PP=718;SC=CCTCCTTATTATTCTTAAGTC;SOR=1.659;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=35;TCF=27;TCR=8;TR=35;WE=120187352;WS=120187334;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr2	120187694	.	G	C	704.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=1.597;ClippingRankSum=0.000;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.614;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=14;PP=488;ReadPosRankSum=0.291;SC=CAGAGCTGCGGAGAGTCTGGC;SOR=0.109;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=31;TCF=9;TCR=22;TR=22;WE=120187702;WS=120187684;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,25:0.71:35
chr2	120189404	rs4340531	A	G	466.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=9;PP=288;SC=CCTGCGGAGAAGTCCCGGGCT;SOR=1.609;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=14;TCF=5;TCR=9;TR=14;WE=120189412;WS=120189394;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr2	120189433	rs4599130	G	C	383.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=6;PP=180;SC=CGGCCACAGCGGAGCAGCTGG;SOR=0.693;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=12;TCF=6;TCR=6;TR=12;WE=120189441;WS=120189423;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr2	120194651	rs3217464	A	AGTGTGC	34952.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=813;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=82;NR=187;PP=2957;SC=CACCAACCAGACGATCTGCTT;SOR=0.755;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=305;TCF=83;TCR=222;TR=269;WE=120194659;WS=120194641;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,771:1.00:771
chr2	120197670	rs1042656	G	A	3872.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=53;NR=37;PP=1663;SC=GTCTCTGTCCGTGGGTGACCC;SOR=0.945;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=90;TCF=53;TCR=37;TR=90;WE=120197678;WS=120197660;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,149:1.00:149
chr2	120199140	rs1126839	A	G	25557.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-2.015;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=974;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=246;NR=330;PP=2965;ReadPosRankSum=0.310;SC=TCACCTCCCCATTGAGGAAGC;SOR=0.523;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=578;TCF=247;TCR=331;TR=576;WE=120199148;WS=120199130;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,961:1.00:962
chr2	120209612	rs144810736	G	A	3265.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.413;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=605;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=52;PP=1408;ReadPosRankSum=-0.968;SC=ACAGGACCACGAATGATCCAC;SOR=0.681;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=345;TCF=181;TCR=164;TR=109;WE=120209620;WS=120209602;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:409,193:0.32:602
chr2	120209689	rs2587692	A	G	9985.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-2.164;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=377;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=112;NR=157;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.659;SC=GGTTATGAGCAGGAGCTGTGG;SOR=0.346;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=270;TCF=113;TCR=157;TR=269;WE=120209697;WS=120209679;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,375:1.00:376
chr2	120221585	rs2253870	G	A	2698.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=65;NR=19;PP=1742;SC=TTGGTATTAAGTGCAGCCTCA;SOR=2.229;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=85;TCF=66;TCR=19;TR=84;WE=120221593;WS=120221575;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr2	120221984	rs2579647	A	C	1417.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=18;NR=38;PP=1157;SC=TGAATGAGGAACTGGGTCTCC;SOR=1.390;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=56;TCF=18;TCR=38;TR=56;WE=120221992;WS=120221974;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr2	120230998	rs2579641	G	A	3517.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=62;NR=34;PP=2059;SC=TCCTGTCCCCGGGTTCGTGGG;SOR=1.317;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=96;TCF=62;TCR=34;TR=96;WE=120231006;WS=120230988;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chr2	120231165	rs2587701	T	C	4659.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=43;NR=71;PP=1957;SC=AGGTGAGCCATGGGCCCAGGC;SOR=1.141;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=114;TCF=43;TCR=71;TR=114;WE=120231173;WS=120231155;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,180:1.00:180
chr2	120231303	rs2587702	T	C	795.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=19;PP=456;SC=AGGGGGAAAGTGATTTGAACC;SOR=2.303;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=4;TCR=19;TR=23;WE=120231311;WS=120231293;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr2	120303820	rs2579624	A	T	2951.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-2.295;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.894;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=69;PP=1733;ReadPosRankSum=0.863;SC=AAAAGAAAAGAAGTACCTAAT;SOR=0.501;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=145;TCF=41;TCR=104;TR=98;WE=120303828;WS=120303810;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,129:0.68:191
chr2	120317621	rs35631078	C	CT	425.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.866;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=245;ExcessHet=3.0103;FS=4.522;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.04;MQRankSum=0.000;QD=3.13;ReadPosRankSum=-1.057;SOR=0.579;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:87,49:0.36:136
chr2	120362407	rs1568540	C	T	12522.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=491;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=149;NR=175;PP=2965;SC=GAAAGGGTGACAGAGGGGCAG;SOR=0.817;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=325;TCF=150;TCR=175;TR=324;WE=120362415;WS=120362397;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,478:1.00:478
chr2	120362897	rs1521914	T	A	5945.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=46;NR=122;PP=2965;SC=GTATCAAGTGTCAGTACAGTT;SOR=1.811;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=168;TCF=46;TCR=122;TR=168;WE=120362905;WS=120362887;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,210:1.00:210
chr2	120366057	rs11398750	G	GT	4044.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.810;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=247;ExcessHet=3.0103;FS=0.880;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.13;MQRankSum=0.602;QD=16.58;ReadPosRankSum=-0.730;SOR=0.522;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:26,218:0.89:244
chr2	120369300	rs10864986	T	C	12318.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=480;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=138;NR=143;PP=2965;SC=ATAAACGGGTTGTTCGCAATC;SOR=0.723;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=281;TCF=138;TCR=143;TR=281;WE=120369308;WS=120369290;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,475:1.00:475
chr2	120383138	rs77292092	CATT	C	5010.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.165;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.657;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.868;NF=49;NR=23;PP=2954;ReadPosRankSum=0.389;SC=AATTTGAAATCATTATCCACT;SOR=0.608;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=120;TCF=86;TCR=34;TR=72;WE=120383148;WS=120383128;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,127:0.68:188
chr2	120385094	rs200629080	GATATATAT	G,GAT	3385.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=19;NF=39,39;NR=12,12;PP=211,1965;SC=AGTAAAAGTGGATATATATAT;SOR=2.613;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=58;TCF=40;TCR=18;TR=51,51;WE=120385111;WS=120385084;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.25,0.75:97
chr2	120387637	rs12711931	G	C	1680.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=41;PP=1288;SC=TGGTAGATTAGACTGTGTGGC;SOR=3.342;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=47;TCF=6;TCR=41;TR=46;WE=120387645;WS=120387627;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr2	120388412	rs2272058	G	A	13136.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=501;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=131;NR=209;PP=2965;SC=CAAAACATCAGTCTTGAGCAT;SOR=1.106;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=340;TCF=131;TCR=209;TR=340;WE=120388420;WS=120388402;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,497:1.00:497
chr2	120404629	.	ATT	A,AT	6417.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.455;ClippingRankSum=0.000;DP=534;ExcessHet=3.0103;FS=4.994;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.12;MQRankSum=0.807;QD=14.79;ReadPosRankSum=0.518;SOR=0.304;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:41,95,298:0.22,0.69:434
chr2	120409430	rs1521912	A	G	1163.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=33;NR=3;PP=957;SC=ACAAAAGTAGATGGAACTAAA;SOR=4.294;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=37;TCF=34;TCR=3;TR=36;WE=120409438;WS=120409420;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr2	120414083	rs6761357	C	T	2988.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=23;NR=59;PP=1714;SC=ATTTGCTTTCCGTGGGCCACT;SOR=1.632;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=83;TCF=23;TCR=60;TR=82;WE=120414091;WS=120414073;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr2	120438523	rs13011768	A	G	20035.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=732;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=285;NR=235;PP=2965;SC=TGGAGTTCCAATCTCGTACCA;SOR=0.856;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=522;TCF=287;TCR=235;TR=520;WE=120438531;WS=120438513;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,725:1.00:725
chr2	120438696	rs939777	A	G	31564.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=1157;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=365;NR=399;PP=2965;SC=TCACCTTCCAACCTGTGAGTG;SOR=0.758;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=765;TCF=366;TCR=399;TR=764;WE=120438704;WS=120438686;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,1142:1.00:1142
chr2	120439230	rs1983406	C	G	15540.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=585;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=158;NR=188;PP=2965;SC=TGGGCAAAGACGGGGAGAAGC;SOR=0.814;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=348;TCF=159;TCR=189;TR=346;WE=120439238;WS=120439220;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,577:1.00:577
chr2	120443443	rs939778	A	G	4719.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=33;NR=83;PP=2653;SC=GTTAGAAGTAACTTTTTCAGG;SOR=1.540;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=117;TCF=33;TCR=84;TR=116;WE=120443451;WS=120443433;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,167:1.00:167
chr2	120567392	.	AT	A	208.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.840;ClippingRankSum=0.000;DP=471;ExcessHet=3.0103;FS=1.620;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.09;MQRankSum=4.136;QD=0.45;ReadPosRankSum=-0.150;SOR=0.574;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:380,81:0.18:461
chr2	120620092	.	A	AT	545.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.531;ClippingRankSum=0.000;DP=298;ExcessHet=3.0103;FS=2.792;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.15;MQRankSum=0.000;QD=1.94;ReadPosRankSum=1.883;SOR=0.492;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:213,69:0.24:282
chr2	120635205	rs3768914	G	A	147.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.329;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=6;PP=96;ReadPosRankSum=1.478;SC=AGAAATTACTGTGGTGTAATT;SOR=0.399;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=11;TCF=1;TCR=10;TR=7;WE=120635213;WS=120635195;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,7:0.64:11
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chr2	120658328	rs61748154	T	C	447.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.191;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.03;ReadPosRankSum=0.486;SOR=0.687;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:58,31:0.35:89
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chr2	120704164	rs3214717	A	AT	1293.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.753;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.632;HP=2;HapScore=4;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=17;PP=1151;ReadPosRankSum=-1.043;SC=AGTTATCTAAATGTTTCAAAT;SOR=0.892;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=45;TCF=5;TCR=40;TR=19;WE=120704174;WS=120704154;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,38:0.35:108
chr2	120704166	rs2289580	G	T	1303.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.988;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.632;HP=4;HapScore=4;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=17;PP=1180;ReadPosRankSum=-1.007;SC=TTATCTAAATGTTTCAAATAA;SOR=0.892;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=66;TCF=25;TCR=41;TR=27;WE=120704174;WS=120704154;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,38:0.35:108
chr2	120714401	.	C	CT	162.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.189;ClippingRankSum=0.000;DP=124;ExcessHet=3.0103;FS=3.074;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.49;ReadPosRankSum=0.833;SOR=1.062;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:84,25:0.23:109
chr2	120718322	rs12618050	A	G	327.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.294;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.351;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=2;PP=108;ReadPosRankSum=0.013;SC=TGATTTTCCTATTCCTGATTA;SOR=0.239;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=35;TCF=30;TCR=5;TR=10;WE=120718330;WS=120718312;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,17:0.37:46
chr2	120718672	rs6737776	T	G	658.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=3;NR=19;PP=484;SC=AATCATCATGTTTAAGTGCAT;SOR=3.352;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=3;TCR=19;TR=22;WE=120718680;WS=120718662;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr2	120720133	rs147401949	G	T	306.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-2.580;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=2;PP=239;ReadPosRankSum=0.754;SC=TTTAAAAATTGGAGAACATGA;SOR=0.495;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=28;TCF=24;TCR=4;TR=14;WE=120720141;WS=120720123;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,13:0.45:29
chr2	120725704	rs10194955	A	G	894.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=26;PP=750;SC=ACTACTGCCCACTAGTCAAAT;SOR=5.283;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=27;TCF=1;TCR=26;TR=27;WE=120725712;WS=120725694;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr2	120734737	rs3832049	C	CA	614.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.311;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.108;HP=11;HapScore=3;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=16;PP=229;ReadPosRankSum=0.792;SC=TGGCATTTTACAAAAAAAAAA;SOR=1.473;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=2;TCR=20;TR=16;WE=120734745;WS=120734727;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,35:0.74:47
chr2	120776972	rs3216703	TG	T	327.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=5.364;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=11;PP=353;ReadPosRankSum=-2.495;SC=GATCAGGCACTGTAACATTCA;SOR=1.292;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=33;TCF=0;TCR=33;TR=11;WE=120776980;WS=120776962;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,12:0.32:37
chr2	120799566	rs41279782	T	C	795.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.952;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.848;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=12;PP=533;ReadPosRankSum=-0.873;SC=ATTTACTTATTATCTTGCCAT;SOR=0.819;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=64;TCF=41;TCR=23;TR=33;WE=120799574;WS=120799556;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,37:0.46:81
chr2	120830815	rs3738970	A	G	290.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=0.893;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.653;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=10;PP=153;ReadPosRankSum=0.977;SC=AGACAAAATTATTTGTGGGGG;SOR=1.222;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=41;TCF=14;TCR=27;TR=14;WE=120830823;WS=120830805;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,17:0.33:51
chr2	120831654	.	CT	C	310.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.043;ClippingRankSum=0.000;DP=169;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.95;ReadPosRankSum=0.318;SOR=0.646;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:119,40:0.25:159
chr2	120885310	rs1034489	G	A	3165.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-2.263;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=561;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.842;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=67;NR=48;PP=1435;ReadPosRankSum=0.963;SC=CTTATTGGAAGCAACGATTGG;SOR=0.812;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=330;TCF=187;TCR=143;TR=115;WE=120885318;WS=120885300;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:367,184:0.33:551
chr2	120889173	rs3738968	G	C	1190.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.266;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=268;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.290;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=23;PP=851;ReadPosRankSum=-0.355;SC=GGGTTATTTTGCCTTTTTTTT;SOR=0.532;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=192;TCF=123;TCR=69;TR=60;WE=120889183;WS=120889162;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:184,83:0.31:267
chr2	120900736	rs75582263	T	C	5390.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.122;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=393;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.261;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=69;NR=95;PP=2151;ReadPosRankSum=0.364;SC=ATAGCCCTGGTGAAGTGAAAT;SOR=0.783;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=251;TCF=109;TCR=142;TR=164;WE=120900744;WS=120900726;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:134,254:0.65:388
chr2	120918585	rs12617570	A	C	1938.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.069;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=346;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.460;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=52;PP=1143;ReadPosRankSum=-1.524;SC=ATTTTTGCCAAAGACAGTTTT;SOR=0.600;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=247;TCF=80;TCR=167;TR=80;WE=120918593;WS=120918575;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:225,106:0.32:331
chr2	120980428	rs11550347	G	C	4744.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.721;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=779;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=81;NR=105;PP=2485;ReadPosRankSum=-0.890;SC=GGCAAAGACGGCCCAGTAGCT;SOR=0.688;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=510;TCF=218;TCR=292;TR=186;WE=120980436;WS=120980418;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:507,264:0.34:771
chr2	120997869	rs6746072	A	T	419.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.329;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FS=3.697;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.25;MQRankSum=3.006;QD=2.66;ReadPosRankSum=-0.991;SOR=0.403;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:117,41:0.26:158
chr2	121036385	rs12711939	TT	GA	1622.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.996;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.236;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=15;PP=700;ReadPosRankSum=1.371;SC=ACCACCTTCCTTTGGCATTGG;SOR=0.437;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=102;TCF=38;TCR=64;TR=27;WE=121036394;WS=121036375;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:107,47:0.31:154
chr2	121038290	rs113531689	GA	G	249.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.009;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=1.124;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.04;MQRankSum=0.027;QD=3.67;ReadPosRankSum=-0.858;SOR=0.929;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:44,24:0.35:68
chr2	121043403	rs4091515	G	A	289.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-4.001;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.594;HP=6;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=3;PP=198;ReadPosRankSum=-0.259;SC=GGCAGATTTTGTTCCCCTTAA;SOR=0.405;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=38;TCF=32;TCR=6;TR=15;WE=121043411;WS=121043393;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,15:0.37:41
chr2	121708663	rs10864866	A	G	2125.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=63;NR=9;PP=1544;SC=TGTAATTCACAGATGACCAGG;SOR=3.500;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=72;TCF=63;TCR=9;TR=72;WE=121708671;WS=121708660;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr2	121712729	rs10175446	C	T	4637.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=56.11;QD=28.63;SOR=4.912;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,162:1.00:162
chr2	121713022	rs6718382	C	G	8767.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.15;SOR=2.723;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,208:1.00:208
chr2	121713030	rs12614482	G	A	8236.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.76;SOR=3.362;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,180:1.00:180
chr2	121713041	rs12617878	T	C	4810.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=7;NR=121;PP=2965;SC=AGGATGGGGCTAGCAGATCTC;SOR=4.819;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=128;TCF=7;TCR=121;TR=128;WE=121713049;WS=121713012;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,143:1.00:143
chr2	121726447	rs2592595	G	A	28977.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-1.342;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1097;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=250;NR=409;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.389;SC=GAAGCAGCTCGGCGGCCAGCG;SOR=0.370;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=666;TCF=252;TCR=414;TR=659;WE=121726455;WS=121726437;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,1076:1.00:1077
chr2	121729323	rs2677507	A	G	1101.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=32;NR=2;PP=729;SC=TGGCATGCCCAGGTCTGGGTG;SOR=4.073;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=34;TCF=32;TCR=2;TR=34;WE=121729331;WS=121729316;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr2	121729360	rs2592592	T	C	2179.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=54;NR=14;PP=1424;SC=CATGTGCCCCTGGCAGGACTG;SOR=2.395;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=68;TCF=54;TCR=14;TR=68;WE=121729368;WS=121729350;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr2	121729490	rs2592591	C	T	13393.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.704;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=542;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=183;NR=132;PP=2965;ReadPosRankSum=0.162;SC=CCCTGAGTAACAGACTGTCCT;SOR=0.928;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=319;TCF=185;TCR=134;TR=315;WE=121729498;WS=121729480;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,528:0.99:532
chr2	121729686	rs2592590	T	C	3787.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=30;NR=82;PP=2674;SC=AGGACCAGGCTTGTGGGCTGC;SOR=1.907;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=112;TCF=30;TCR=82;TR=112;WE=121729694;WS=121729676;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
chr2	121730138	rs3106962	C	G	2306.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=53;NR=18;PP=1571;SC=GGGGTCACTTCAGGGCATGTG;SOR=1.996;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=71;TCF=53;TCR=18;TR=71;WE=121730146;WS=121730128;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr2	121740190	rs1968619	C	T	7053.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.93;SOR=2.474;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,157:1.00:157
chr2	121740194	rs1530580	T	G	7182.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.80;SOR=2.332;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,164:1.00:164
chr2	121740505	rs280196	C	T	5412.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=67;NR=88;PP=2527;SC=GCCCCACTGACGCCCCATGGC;SOR=0.918;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=158;TCF=68;TCR=90;TR=155;WE=121740513;WS=121740495;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,214:1.00:214
chr2	121744225	rs2276553	A	G	3096.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-2.328;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.080;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=60;PP=1556;ReadPosRankSum=0.451;SC=GATGGGGCAGAAGAGAGTCTG;SOR=0.464;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=158;TCF=55;TCR=103;TR=94;WE=121744233;WS=121744215;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,143:0.64:222
chr2	121746956	rs3738880	G	T	10134.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.756;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=671;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.841;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=149;NR=142;PP=2962;ReadPosRankSum=1.648;SC=CACCGTAGACGCCCTGGCCAG;SOR=0.677;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=439;TCF=220;TCR=219;TR=291;WE=121746964;WS=121746946;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:225,442:0.66:667
chr2	121747406	rs12711538	G	A	10516.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.995;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=713;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=141;NR=183;PP=2962;ReadPosRankSum=0.135;SC=TGGGGTCCCCGATTCAGCCCT;SOR=0.680;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=493;TCF=213;TCR=280;TR=324;WE=121747414;WS=121747396;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:252,454:0.64:706
chr2	121747429	rs10167980	A	G	9751.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.423;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=661;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.163;HP=4;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=140;NR=152;PP=2962;ReadPosRankSum=0.463;SC=CTGGAGTGCCACCACCTCACC;SOR=0.573;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=443;TCF=205;TCR=238;TR=292;WE=121747437;WS=121747419;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:227,428:0.65:655
chr2	121981950	rs11890430	A	G	647.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=1.865;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=13;PP=339;ReadPosRankSum=-0.024;SC=TGTGGTAGCCATCATTGCTCT;SOR=0.752;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=94;TCF=51;TCR=43;TR=28;WE=121981958;WS=121981940;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,39:0.31:127
chr2	121982011	rs4384798	T	A	2014.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=1.664;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.668;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=34;PP=1132;ReadPosRankSum=-0.415;SC=AAAGGTGCAGTGCCACAGTAT;SOR=0.613;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=103;TCF=53;TCR=50;TR=69;WE=121982019;WS=121981987;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,90:0.66:136
chr2	121989489	rs2304667	G	A	4842.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.397;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=302;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.546;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=81;NR=58;PP=2314;ReadPosRankSum=1.083;SC=ACAGGTTGGCGATCTTCTCAA;SOR=0.814;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=183;TCF=105;TCR=78;TR=139;WE=121989497;WS=121989479;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,217:0.72:302
chr2	121989683	.	T	TTTTTG	45.27	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=22.63;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr2	122007378	rs2119021	A	C	3904.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=33;NR=84;PP=2515;SC=AGCTCAGCTCACTCTCTGGAC;SOR=1.714;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=118;TCF=33;TCR=85;TR=117;WE=122007386;WS=122007368;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,139:1.00:139
chr2	122098360	rs76710566	G	A	242.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.028;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=1;PP=105;ReadPosRankSum=-0.314;SC=CTGGGCAGCCGATGAAGGGGG;SOR=0.839;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=19;TCF=16;TCR=3;TR=8;WE=122098368;WS=122098350;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,13:0.46:28
chr2	122125104	rs2304663	C	T	774.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.812;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=11;PP=444;ReadPosRankSum=1.154;SC=GCTGGCCAGACGGGAGGGAGC;SOR=0.724;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=113;TCF=80;TCR=33;TR=37;WE=122125112;WS=122125094;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:94,47:0.33:141
chr2	122145157	rs2015439	G	A	252.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=3.621;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.702;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=2;PP=196;ReadPosRankSum=-1.230;SC=GAGAAAAAACGGCATACTTAA;SOR=1.368;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=30;TCF=23;TCR=7;TR=12;WE=122145165;WS=122145154;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,12:0.38:32
chr2	122161850	rs9807995	C	T	288.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-2.213;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.025;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=5;PP=139;ReadPosRankSum=-1.791;SC=GTCGGAACTGCACTATCGGGA;SOR=0.263;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=45;TCF=33;TCR=12;TR=15;WE=122161858;WS=122161840;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,17:0.35:48
chr2	122168289	rs74502446	A	G	2298.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=2.417;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.114;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=16;PP=1323;ReadPosRankSum=0.701;SC=GGGGCAAACAATAACAATATA;SOR=1.102;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=93;TCF=69;TCR=24;TR=69;WE=122168297;WS=122168279;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,91:0.76:120
chr2	122184950	rs72967386	C	A	8874.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.191;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=781;ExcessHet=3.0103;FS=1.128;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.72;ReadPosRankSum=1.216;SOR=0.759;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:307,450:0.59:757
chr2	122205778	rs34350940	G	A	624.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.646;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.835;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=6;PP=449;ReadPosRankSum=1.041;SC=TCCTGTGCCTGGGCAGCCTCT;SOR=1.349;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=66;TCF=46;TCR=20;TR=28;WE=122205786;WS=122205768;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,31:0.40:78
chr2	122216419	rs2304560	A	G	2723.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.086;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=383;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=34;PP=1189;ReadPosRankSum=1.582;SC=TACTTACCCGAATAATTAACC;SOR=0.708;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=248;TCF=148;TCR=100;TR=86;WE=122216427;WS=122216409;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:236,143:0.38:379
chr2	122227869	.	CTTTTTTTTTTTT	C	298	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.282;ClippingRankSum=-0.000;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=33.11;ReadPosRankSum=1.593;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,8:0.89:9
chr2	122273187	rs6711830	C	G	5364.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=33.53;SOR=8.764;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,160:1.00:160
chr2	122283313	rs12052948	G	T	6127.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=2.070;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=241;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.210;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=100;NR=46;PP=2965;ReadPosRankSum=1.305;SC=ATAATCATCAGTGTTCTGTGA;SOR=1.087;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=148;TCF=101;TCR=47;TR=146;WE=122283321;WS=122283303;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,231:1.00:232
chr2	122286442	rs934760	A	G	575.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.175;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.834;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=15;PP=298;ReadPosRankSum=0.490;SC=TTATGTGGGAAGACAAACCCC;SOR=0.458;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=82;TCF=23;TCR=59;TR=22;WE=122286450;WS=122286432;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,32:0.30:108
chr2	122340341	rs140976857	TTTTC	T	888.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.675;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.39;MQRankSum=1.171;QD=22.79;ReadPosRankSum=-1.098;SOR=0.566;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,24:0.62:39
chr2	122484976	rs1056014	G	A	11467.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-2.100;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=450;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=126;NR=116;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.555;SC=AAAGGCTGCAGTTTAGTACTT;SOR=0.234;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=243;TCF=127;TCR=116;TR=242;WE=122484984;WS=122484966;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,446:1.00:447
chr2	122485106	rs1056006	A	C	3063.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=20;NR=70;PP=2153;SC=CCACTGCAAGATGGTATGCAC;SOR=2.147;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=90;TCF=20;TCR=70;TR=90;WE=122485114;WS=122485096;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr2	122489374	rs12616209	C	T	14933.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-2.966;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=594;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=201;NR=154;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.777;SC=TCAATGTCAACTATACTTCCT;SOR=0.882;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=358;TCF=203;TCR=155;TR=355;WE=122489382;WS=122489364;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,576:1.00:578
chr2	122489932	rs6726677	C	T	1291.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=37;PP=994;SC=TCACATATTCCGGGGACTGTT;SOR=3.767;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=41;TCF=4;TCR=37;TR=41;WE=122489940;WS=122489922;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr2	122494661	rs28372755	C	CG	2416.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=8;NR=21;PP=1372;SC=TAAATTGCGCCAGGGGCGAGG;SOR=0.822;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=8;TCR=21;TR=29;WE=122494669;WS=122494651;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr2	122494753	.	GGGCGGGGCGTGAGTAGCGCCGAGGCGCGGA	G	125	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=29;MMLQ=22;MQ=60.0;NF=1;NR=9;PP=125;QD=15.4;SC=GAGGAGCGGAGGGCGGGGCGT;SbPval=0.93;Source=Platypus;TC=25;TCF=6;TCR=19;TR=10;WE=122494802;WS=122494743;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:15,10:0.40:25
chr2	122516480	rs57168317	G	T	885.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=4;NR=23;PP=625;SC=CAAACATCCTGTGTAGAAGTA;SOR=2.985;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=27;TCF=4;TCR=23;TR=27;WE=122516488;WS=122516470;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr2	122520713	.	G	GTT	197.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.011;ClippingRankSum=0.000;DP=101;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.21;MQRankSum=1.386;QD=5.07;ReadPosRankSum=2.547;SOR=0.712;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,18:0.46:39
chr2	125192068	rs1425745	T	C	8213.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=322;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=102;NR=84;PP=2965;SC=CAGAATCAGATGTTGCTGACT;SOR=0.814;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=187;TCF=102;TCR=85;TR=186;WE=125192076;WS=125192058;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,314:1.00:314
chr2	125232609	rs4411700	G	T	3215.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=88;PP=2397;SC=GAGAGAAAGAGAATGGCAGAT;SOR=3.696;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=98;TCF=10;TCR=88;TR=98;WE=125232617;WS=125232599;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr2	125405302	rs924802	C	T	3936.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.391;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=308;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=47;PP=1615;ReadPosRankSum=0.840;SC=TTGCTTCTAACGTCTCTTGCT;SOR=0.684;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=188;TCF=111;TCR=77;TR=112;WE=125405310;WS=125405292;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:118,185:0.61:303
chr2	125669260	rs2602655	A	G	436.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-2.997;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=16;PP=329;ReadPosRankSum=0.241;SC=TTTCATGAGTAGTCCTGTGTG;SOR=0.452;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=32;TCF=2;TCR=30;TR=18;WE=125669268;WS=125669250;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,18:0.55:33
chr2	127447763	rs6709803	G	A	883.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-3.175;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.287;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=15;PP=389;ReadPosRankSum=-0.997;SC=GATGCAGCTTGGGCCAAGGTG;SOR=0.426;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=129;TCF=87;TCR=42;TR=39;WE=127447771;WS=127447753;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:100,51:0.34:151
chr2	127453664	rs1050967	A	C	3411.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.330;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=617;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.176;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=69;NR=65;PP=1363;ReadPosRankSum=-0.508;SC=CCCTGCAGGGAGACCCTGCCC;SOR=0.704;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=427;TCF=211;TCR=216;TR=134;WE=127453672;WS=127453654;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:413,197:0.32:610
chr2	127657221	rs3795873	C	T	5509.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-0.280;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=114;NR=59;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.849;SC=GCACACGGCCCAGCCCTCCAC;SOR=0.631;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=175;TCF=115;TCR=60;TR=173;WE=127657229;WS=127657211;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,182:0.99:183
chr2	127807941	rs7568161	C	T	1949.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.879;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.872;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=18;PP=1124;ReadPosRankSum=-0.037;SC=CGGTGCCAGCCGCAGCCAGGA;SOR=0.452;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=97;TCF=71;TCR=26;TR=65;WE=127807949;WS=127807931;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,79:0.69:115
chr2	127808161	rs7558000	G	A	7594.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.074;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=298;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=26.10;ReadPosRankSum=0.387;SOR=0.710;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:95,196:0.67:291
chr2	127808170	rs7558001	G	A	7373.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.035;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=275;ExcessHet=3.0103;FS=1.589;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=27.41;ReadPosRankSum=-0.910;SOR=0.806;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:84,185:0.69:269
chr2	127816743	rs6720741	G	T	3514.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.090;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=271;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.810;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQ=59.94;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=61;PP=1562;ReadPosRankSum=0.054;SC=TGTGGGGGAGGACAAGAAAGG;SOR=0.886;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=154;TCF=61;TCR=93;TR=97;WE=127816751;WS=127816733;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:102,162:0.61:264
chr2	127818406	rs1108031	G	A	1310.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-0.371;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.286;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=40;PP=897;ReadPosRankSum=0.385;SC=GGCCCCTGCTGTGGCCAGGTG;SOR=0.512;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=69;TCF=8;TCR=61;TR=45;WE=127818414;WS=127818396;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,53:0.69:77
chr2	127825968	rs934826	G	A	1412.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.436;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.05;ReadPosRankSum=-1.228;SOR=0.766;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,61:0.69:88
chr2	127826632	rs67327804	A	G	10470.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=383;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=101;NR=185;PP=2965;SC=GGAGGGCACTAAGCGGGGCCT;SOR=1.256;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=286;TCF=101;TCR=185;TR=286;WE=127826640;WS=127826622;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,378:1.00:378
chr2	127944781	rs11384285	A	AC	748.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.513;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=3;PP=596;ReadPosRankSum=0.072;SC=GTGATCAGCGAACACAAATAC;SOR=0.892;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=24;TCF=19;TCR=5;TR=16;WE=127944789;WS=127944771;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,22:0.65:34
chr2	127950904	rs885276	A	T	1565.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.553;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FS=2.003;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.50;ReadPosRankSum=-1.206;SOR=0.490;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,68:0.67:101
chr2	127951458	rs2089109	GC	AT	11601.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-1.556;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=442;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.561;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=76;NR=99;PP=2944;ReadPosRankSum=0.768;SC=AAAAGAGCCAGCGGGGACGGG;SOR=0.773;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=260;TCF=114;TCR=146;TR=175;WE=127951467;WS=127951448;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:142,296:0.68:438
chr2	128015367	rs4662718	C	T	1890.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=13;NR=30;PP=887;SC=TTTTATAATACTTATAATCAC;SOR=1.362;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=43;TCF=13;TCR=30;TR=43;WE=128015375;WS=128015357;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr2	128028792	rs4150499	T	C	3087.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=63;NR=29;PP=1836;SC=TTTGGGATTCTCTCCCTCCAG;SOR=1.528;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=92;TCF=63;TCR=29;TR=92;WE=128028800;WS=128028782;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
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chr2	128076022	rs9636237	T	C	1295.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=9;NR=34;PP=1034;SC=AAAATTATGATTATCCAAATT;SOR=2.356;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=43;TCF=9;TCR=34;TR=43;WE=128076030;WS=128076012;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr2	128079806	rs3732209	A	G	1089.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-1.862;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.058;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=26;PP=571;ReadPosRankSum=-1.698;SC=GGGTCCTTCTAGCTCTTGGAA;SOR=0.381;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=119;TCF=44;TCR=75;TR=46;WE=128079814;WS=128079796;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:96,61:0.39:157
chr2	128081682	rs12622436	C	A	5162.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.010;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=419;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.785;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=100;NR=71;PP=2488;ReadPosRankSum=-0.721;SC=AATCCCCCCTCTCCCTCCCAG;SOR=0.825;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=285;TCF=161;TCR=124;TR=171;WE=128081690;WS=128081672;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:160,250:0.61:410
chr2	128175862	rs1799808	C	T	2368.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.217;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.390;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=15;PP=2962;ReadPosRankSum=0.915;SC=CCCTGCTGGACGGCATCCTTG;SOR=0.888;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=119;TCF=93;TCR=26;TR=73;WE=128175883;WS=128175852;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,103:0.61:168
chr2	128175875	rs1799809	G	A	2674.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-2.795;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.238;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=19;PP=2962;ReadPosRankSum=0.331;SC=CATCCTTGGTGGGCAGAGGTG;SOR=0.807;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=132;TCF=102;TCR=30;TR=83;WE=128175883;WS=128175852;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,119:0.61:195
chr2	128176040	rs1799810	A	T	4272.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-1.369;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=659;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=75;PP=1602;ReadPosRankSum=0.463;SC=CAGGACGGCGAACTTGCAGTA;SOR=0.708;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=372;TCF=162;TCR=210;TR=130;WE=128176048;WS=128176030;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:416,240:0.37:656
chr2	128176195	rs2854700	G	A	1531.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=37;PP=1120;SC=AGCTTGGGGTGAAAGGACACA;SOR=4.362;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=40;TCF=3;TCR=37;TR=40;WE=128176203;WS=128176185;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr2	128177377	rs1158867	C	T	1154.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.524;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.951;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=10;PP=669;ReadPosRankSum=-0.793;SC=GACCCTCAATCCCAGCTTCCG;SOR=0.878;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=56;TCF=39;TCR=17;TR=36;WE=128177385;WS=128177367;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,49:0.65:75
chr2	128180872	rs5936	G	T	5364.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=76;NR=70;PP=2965;SC=TCAATTGCTCGCTGGACAACG;SOR=1.049;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=147;TCF=76;TCR=71;TR=146;WE=128180880;WS=128180862;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,194:1.00:194
chr2	128181028	rs1878844	A	G	7945.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=308;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=115;NR=106;PP=2965;SC=CGCTGGGTGCAGGGTGGGCAG;SOR=0.761;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=222;TCF=115;TCR=107;TR=221;WE=128181036;WS=128181018;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,302:1.00:302
chr2	128181234	rs2069922	GC	G	1841.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=34;PP=1366;SC=TCCTCCGGGCGCCCCCTGCGC;SOR=1.903;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=3;TCR=35;TR=37;WE=128181242;WS=128181224;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr2	128184770	rs5937	T	C	768.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.636;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FS=3.656;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.63;ReadPosRankSum=-0.435;SOR=0.469;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:156,56:0.26:212
chr2	128249441	rs334152	C	T	699.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=7;PP=544;SC=TCCACTTTACCGACTCGTTTA;SOR=1.708;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=14;TCR=7;TR=21;WE=128249449;WS=128249435;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr2	128261245	rs138089460	AAAAT	A	868.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.23;QD=41.37;SOR=6.184;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr2	128271958	rs10432384	C	T	11719.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-1.242;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=443;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=108;NR=161;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.087;SC=CCCTCCCTCCCGCTTACCCAG;SOR=0.353;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=271;TCF=109;TCR=162;TR=269;WE=128271966;WS=128271948;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,440:1.00:441
chr2	128281469	rs2303947	C	T	3152.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=11;NR=78;PP=2322;SC=GCAAAAGTTACCACTGAGGAA;SOR=3.067;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=89;TCF=11;TCR=78;TR=89;WE=128281477;WS=128281459;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr2	128321770	rs2404991	G	A	11063.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.967;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=425;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=98;NR=145;PP=2965;ReadPosRankSum=1.307;SC=CCACAAGACCGGCGTGGCCAT;SOR=0.933;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=247;TCF=100;TCR=147;TR=243;WE=128321778;WS=128321760;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,415:0.99:419
chr2	128338519	rs35136538	T	G	5606.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=1.414;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.506;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=128;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.879;SC=CCAGGGCCTATGCTCAAACCC;SOR=2.254;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=164;TCF=35;TCR=129;TR=162;WE=128338527;WS=128338509;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,194:0.99:196
chr2	128339456	rs4662740	G	T	10111.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.008;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=381;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=177;NR=90;PP=2965;ReadPosRankSum=0.486;SC=GCCCCCACCTGCCTCCCCAGG;SOR=1.293;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=271;TCF=178;TCR=93;TR=267;WE=128339464;WS=128339446;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,363:0.99:365
chr2	128342547	rs4662741	G	A	5153.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=41;NR=107;PP=2965;SC=CAGGGAGACCGTGGAAAGCAG;SOR=1.812;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=148;TCF=41;TCR=107;TR=148;WE=128342555;WS=128342537;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,184:1.00:184
chr2	128345960	rs10928773	T	C	4420.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-2.331;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=38;PP=2193;ReadPosRankSum=-0.878;SC=GCCCTGTGTCTCCACAGGCTT;SOR=1.158;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=106;TCF=67;TCR=39;TR=104;WE=128345968;WS=128345950;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,164:0.99:166
chr2	128346228	rs11673952	A	C	1550.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=36;PP=1036;SC=CTCTGGGTCCACAGCATGCAG;SOR=2.790;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=42;TCF=6;TCR=36;TR=42;WE=128346236;WS=128346218;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr2	128350578	rs58867441	T	TG	7990.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=247;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=158;PP=2936;SC=CCCTCGGCCTTGGCACCTCCA;SOR=2.512;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=178;TCF=6;TCR=172;TR=164;WE=128350597;WS=128350568;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,225:1.00:225
chr2	128363530	rs11382004	G	GC	4276.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=87;PP=2974;SC=GGGCGGCTGGGCCGCGGGACC;SOR=2.929;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=97;TCF=4;TCR=93;TR=90;WE=128363538;WS=128363520;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr2	128400608	rs4662751	C	T	6407.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=247;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=71;NR=89;PP=2934;SC=TGCCCAGGCCCTTGGCCTTCT;SOR=0.850;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=162;TCF=71;TCR=91;TR=160;WE=128400616;WS=128400598;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,244:1.00:244
chr2	128411934	rs6707277	A	G	4213.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=1.028;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=87;NR=40;PP=2626;ReadPosRankSum=-0.954;SC=CACACAGGAGAGGTGGCAGGT;SOR=1.563;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=129;TCF=88;TCR=41;TR=127;WE=128411942;WS=128411924;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,151:0.99:153
chr2	128411950	rs6707282	A	G	5054.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.942;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=107;NR=54;PP=2826;ReadPosRankSum=-0.904;SC=CAGGTGTGCCAGGAAGGGCTG;SOR=1.414;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=163;TCF=108;TCR=55;TR=161;WE=128411958;WS=128411940;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,197:0.99:199
chr2	128421829	rs79110686	G	A	1257.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=14;PP=440;SC=CCCTGCCGCCGCAGCTTTCCG;SOR=0.770;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=28;TCF=14;TCR=14;TR=28;WE=128421837;WS=128421819;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr2	128526579	rs143186338	T	TTAAA	2131.87	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-2.696;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.478;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.396;NF=0;NR=32;PP=1713;ReadPosRankSum=-0.457;SC=TTCTGTTCTGTTAAATAAATA;SOR=0.368;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=44;TCF=2;TCR=42;TR=32;WE=128526587;WS=128526569;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,53:0.95:56
chr2	128608271	rs34858843	GA	G	665.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.627;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=6.788;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.24;ReadPosRankSum=-0.499;SOR=0.866;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,24:0.37:65
chr2	128608290	rs6713679	T	C	299.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.411;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.336;HP=6;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=6;PP=146;ReadPosRankSum=-0.059;SC=AAAATCAAAATAATCAAAAAC;SOR=0.999;SbPval=0.18;Source=Platypus;TC=51;TCF=20;TCR=31;TR=14;WE=128608298;WS=128608280;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,20:0.29:70
chr2	128610648	rs10210695	T	C	874.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.038;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FS=3.805;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.24;ReadPosRankSum=1.380;SOR=0.461;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:111,56:0.34:167
chr2	128610747	rs10171898	G	A	129.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.117;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.461;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=9;PP=110;ReadPosRankSum=-1.132;SC=AATGTTCACTGTGCATTTGAA;SOR=1.609;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=29;TCF=7;TCR=22;TR=11;WE=128610755;WS=128610737;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,11:0.27:41
chr2	128615500	rs116376815	A	G	4427.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.420;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=333;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.447;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=108;NR=47;PP=2352;ReadPosRankSum=1.261;SC=GGGCTTGCCCAAGCCGCCGCT;SOR=0.750;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=256;TCF=175;TCR=81;TR=155;WE=128615508;WS=128615490;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:116,204:0.64:320
chr2	128699833	rs1370229	C	T	906.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.840;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=24;PP=660;ReadPosRankSum=-0.169;SC=CATGTTGAGGCTTCCACAACA;SOR=0.662;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=90;TCF=26;TCR=64;TR=33;WE=128699841;WS=128699823;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,38:0.37:103
chr2	128708063	rs2461463	T	C	2158.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=16;NR=52;PP=1207;SC=CCAACAAAGATGATTAAGAAG;SOR=2.038;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=69;TCF=16;TCR=53;TR=68;WE=128708071;WS=128708053;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr2	128744580	rs2948068	A	G	1618.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.968;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=280;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.84;ReadPosRankSum=0.878;SOR=0.696;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:175,102:0.37:277
chr2	128747023	rs17015839	A	G	1280.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=0.323;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.784;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=14;PP=860;ReadPosRankSum=-0.508;SC=ATTAATACAAAGAAGAAAAGG;SOR=0.227;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=71;TCF=53;TCR=18;TR=47;WE=128747031;WS=128747013;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,51:0.68:75
chr2	128753854	rs1550174	T	C	6445.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=242;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=118;NR=63;PP=2965;SC=TGGGACACTTTGTTTTATGCT;SOR=1.274;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=181;TCF=118;TCR=63;TR=181;WE=128753862;WS=128753844;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,235:1.00:235
chr2	128757804	rs10928793	C	T	1083.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.199;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=224;ExcessHet=3.0103;FS=5.552;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.97;ReadPosRankSum=-2.207;SOR=1.126;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:158,60:0.28:218
chr2	128757995	rs17015864	A	C	3197.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.239;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=262;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.467;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=72;PP=1558;ReadPosRankSum=-0.979;SC=TGATTGCTGCAGATGGAGGAT;SOR=0.748;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=190;TCF=74;TCR=116;TR=117;WE=128758003;WS=128757985;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:106,154:0.59:260
chr2	128772310	rs35312230	C	T	2779.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.929;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.246;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=73;NR=31;PP=1761;ReadPosRankSum=0.887;SC=TTCTGTGTTACGTATTTTACC;SOR=0.912;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=140;TCF=99;TCR=41;TR=104;WE=128772318;WS=128772300;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,119:0.70:170
chr2	128775216	rs369499448	G	C	2993.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.399;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.652;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=67;NR=28;PP=1656;ReadPosRankSum=2.869;SC=CCAGTCTCGAGCTCTGGTTCA;SOR=0.591;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=130;TCF=92;TCR=38;TR=95;WE=128775224;WS=128775206;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,129:0.72:179
chr2	128849114	rs4476299	T	C	9281.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=352;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=95;NR=126;PP=2965;SC=TCTGGTGTCCTATCCCTTCCC;SOR=0.906;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=222;TCF=95;TCR=127;TR=221;WE=128849122;WS=128849104;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,350:1.00:350
chr2	128854948	.	C	CA	46.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.313;ClippingRankSum=0.000;DP=173;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.06;MQRankSum=0.000;QD=0.30;ReadPosRankSum=-1.555;SOR=0.577;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:129,27:0.17:156
chr2	128860835	rs7355336	A	G	2815.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=20;NR=67;PP=1843;SC=CAATTACTACATGCATTTCCT;SOR=2.326;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=87;TCF=20;TCR=67;TR=87;WE=128860843;WS=128860825;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr2	128870808	rs4662775	T	C	6998.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=266;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=67;NR=127;PP=2965;SC=GCAAAATCAATTATGTATTCA;SOR=1.284;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=194;TCF=67;TCR=127;TR=194;WE=128870816;WS=128870798;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,257:1.00:257
chr2	128872595	rs56397917	C	T	780.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.394;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.557;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=8;PP=373;ReadPosRankSum=-1.556;SC=GGGCATAATCCGAGGTAATGG;SOR=0.496;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=101;TCF=73;TCR=28;TR=28;WE=128872603;WS=128872585;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:95,44:0.32:139
chr2	128874061	rs10210598	G	A	2694.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=14;NR=60;PP=1781;SC=CCTACGTGGAGAGTCAACCAC;SOR=2.303;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=75;TCF=14;TCR=61;TR=74;WE=128874069;WS=128874051;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr2	128877837	rs4662593	G	C	2012.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=56;NR=9;PP=1672;SC=AGGGTTGGGAGAGGAAAACCA;SOR=3.545;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=66;TCF=56;TCR=10;TR=65;WE=128877845;WS=128877827;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr2	128878014	rs4662594	G	A	17784.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=683;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=194;NR=220;PP=2965;SC=CACCTTTAAAGGTTTGGCAGT;SOR=0.766;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=415;TCF=195;TCR=220;TR=414;WE=128878022;WS=128878004;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,676:1.00:676
chr2	128878667	rs6430990	T	C	1352.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=35;NR=2;PP=967;SC=CATTCGAAGATATTCTTAATT;SOR=3.516;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=37;TCF=35;TCR=2;TR=37;WE=128878675;WS=128878657;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr2	128878979	rs10636999	C	CT	468.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.241;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FS=2.733;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.22;MQRankSum=1.011;QD=9.37;ReadPosRankSum=2.405;SOR=0.381;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,34:0.68:50
chr2	128879022	rs6430991	G	C	856.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=11;NR=35;PP=1109;SC=TCTTGTTGCCGAGGCTAGAGT;SOR=1.942;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=46;TCF=11;TCR=35;TR=46;WE=128879030;WS=128879012;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr2	128880899	rs4480941	T	A	1161.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=11;NR=23;PP=689;SC=ATCAGCAGCATTTAACAGTGT;SOR=1.179;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=11;TCR=23;TR=34;WE=128880907;WS=128880889;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr2	128880993	rs4633871	A	G	160.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=3;PP=125;SC=CAGTATGCACATAACTGAAAG;SOR=0.693;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=7;TCF=4;TCR=3;TR=6;WE=128881001;WS=128880983;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr2	128890878	rs34066685	T	TG	7329.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.960;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=344;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.404;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.565;NF=15;NR=92;PP=2933;ReadPosRankSum=1.656;SC=GTTTCTCCCTTGCCTAGTCCC;SOR=0.799;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=154;TCF=19;TCR=135;TR=107;WE=128890886;WS=128890868;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:109,226:0.67:335
chr2	128913757	rs3738923	G	A	4052.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.895;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=88;NR=42;PP=2422;ReadPosRankSum=0.292;SC=TTTCTCAGCTGTATGTAAAGT;SOR=1.460;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=134;TCF=89;TCR=45;TR=130;WE=128913765;WS=128913747;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,153:0.99:155
chr2	128934400	rs2290111	T	C	12007.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.707;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=474;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=150;NR=149;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.210;SC=ACGATGGCACTGATTCTCCCC;SOR=0.715;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=299;TCF=150;TCR=149;TR=299;WE=128934408;WS=128934390;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,465:1.00:467
chr2	128936000	rs2290110	T	C	502.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.372;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FS=2.669;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.57;ReadPosRankSum=0.395;SOR=0.685;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:76,34:0.31:110
chr2	128936171	rs3217587	TATG	T	241.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.669;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=1.448;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.76;ReadPosRankSum=0.243;SOR=1.002;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,9:0.21:42
chr2	128939695	rs17793615	A	G	715.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=2.021;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.481;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=10;PP=418;ReadPosRankSum=0.769;SC=GACTTTTTATATTCTCCAGAT;SOR=0.893;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=109;TCF=70;TCR=39;TR=31;WE=128939703;WS=128939685;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:111,42:0.27:153
chr2	128939817	rs1699	G	A	2138.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.104;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=457;ExcessHet=3.0103;FS=1.227;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.72;ReadPosRankSum=-0.687;SOR=0.627;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:321,132:0.29:453
chr2	128941483	.	G	GGT	63.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.036;ClippingRankSum=0.000;DP=112;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.72;ReadPosRankSum=1.989;SOR=0.634;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,7:0.19:37
chr2	128944424	rs744265	T	C	7024.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.898;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=284;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=122;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.911;SC=GATGTGTGAGTGAATCACGAT;SOR=0.506;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=181;TCF=58;TCR=123;TR=180;WE=128944432;WS=128944414;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,276:1.00:277
chr2	128947505	rs11542865	G	A	503.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=0.714;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=18;PP=322;ReadPosRankSum=-1.555;SC=TTAAAGCTCTGTTGGATTTGT;SOR=0.798;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=68;TCF=14;TCR=54;TR=22;WE=128947513;WS=128947495;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,25:0.34:73
chr2	129075961	rs61732881	T	C	309.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.155;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FS=1.469;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.02;MQRankSum=-11.385;QD=1.56;ReadPosRankSum=-0.463;SOR=0.732;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:163,36:0.18:199
chr2	130737578	rs4233601	G	A	1457.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=2.318;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=2.130;NF=65;NR=6;PP=1338;ReadPosRankSum=0.806;SC=TTGCAGGGGCGCAGAGAGCTC;SOR=0.818;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=116;TCF=107;TCR=9;TR=71;WE=130737586;WS=130737568;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,61:0.72:85
chr2	130738163	rs144773989	G	A	19776.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.65;BaseQRankSum=1.123;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=792;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.594;NF=251;NR=391;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.892;SC=TAGGGCAAAAGCTGGATACAA;SOR=1.186;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=648;TCF=253;TCR=395;TR=642;WE=130738171;WS=130738152;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,783:0.99:787
chr2	130750446	rs199529770	C	A	989.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.794;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FS=2.295;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.24;MQRankSum=-1.155;QD=8.05;ReadPosRankSum=1.043;SOR=0.640;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:67,56:0.46:123
chr2	130897055	rs28751929	G	A	1099.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.679;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.549;NF=21;NR=13;PP=501;ReadPosRankSum=1.095;SC=TAGCGGAAGTGTCAGGAAATG;SOR=0.797;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=49;TCF=29;TCR=20;TR=34;WE=130897063;WS=130897045;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,51:0.70:73
chr2	130897234	rs3177472	C	T	2028.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.971;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.500;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.063;NF=29;NR=26;PP=825;ReadPosRankSum=0.607;SC=CAGGATGGCACGCTCCGCCAC;SOR=0.612;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=87;TCF=44;TCR=43;TR=55;WE=130897242;WS=130897224;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,92:0.69:133
chr2	130897620	rs76485676	A	G	472.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=2.233;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=18.192;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-9.233;NF=20;NR=10;PP=461;ReadPosRankSum=-0.128;SC=TTCCTCCGGGACTGCCTGGGG;SOR=1.797;SbPval=0.11;Source=Platypus;TC=94;TCF=46;TCR=48;TR=30;WE=130897628;WS=130897610;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,28:0.26:109
chr2	130899804	rs138331089	T	C	280.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.098;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FS=24.959;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.07;MQRankSum=-8.968;QD=1.74;ReadPosRankSum=-4.257;SOR=2.742;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:132,29:0.18:161
chr2	130900188	rs28743163	A	G	4732.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.328;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=311;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-7.925;NF=83;NR=72;PP=2785;ReadPosRankSum=-0.202;SC=TGCCCCAGCTACGATGTTCCC;SOR=0.694;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=226;TCF=119;TCR=107;TR=155;WE=130900196;WS=130900178;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:101,200:0.66:301
chr2	130902067	rs60089935	C	T	2981.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.519;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=264;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.605;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-13.626;NF=68;NR=63;PP=2122;ReadPosRankSum=1.837;SC=GAGGAGAGGACTGGCGGAGTC;SOR=0.625;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=202;TCF=110;TCR=92;TR=131;WE=130902075;WS=130902057;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:121,143:0.54:264
chr2	130902194	rs60152285	C	T	1608.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.604;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FS=1.503;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.13;MQRankSum=-1.532;QD=13.87;ReadPosRankSum=-0.937;SOR=0.552;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:49,67:0.58:116
chr2	130902549	rs34080706	C	T	874.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.363;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=43.49;MQRankSum=-0.773;QD=16.82;ReadPosRankSum=-0.907;SOR=0.510;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,33:0.63:52
chr2	130910847	rs4511676	G	A	11106.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.166;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=757;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=177;NR=141;PP=2962;ReadPosRankSum=2.268;SC=AGCTGGGGACGGGTCAGGGCC;SOR=0.640;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=499;TCF=278;TCR=221;TR=318;WE=130910855;WS=130910837;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:250,498:0.67:748
chr2	130914797	rs145477722	T	C	358.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.984;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=1.542;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.11;MQRankSum=-0.386;QD=12.81;ReadPosRankSum=-0.088;SOR=1.150;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,17:0.61:28
chr2	130915892	.	C	CT	205.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.530;ClippingRankSum=0.000;DP=245;ExcessHet=3.0103;FS=1.537;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.73;MQRankSum=0.000;QD=1.11;ReadPosRankSum=-0.148;SOR=0.890;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:148,37:0.20:185
chr2	130925088	rs10909567	C	T	2815.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=1.397;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=249;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.827;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-2.738;NF=39;NR=27;PP=986;ReadPosRankSum=0.453;SC=CATTCACAGACGTCTGATGAG;SOR=0.892;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=116;TCF=64;TCR=52;TR=66;WE=130925096;WS=130925078;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:109,138:0.56:247
chr2	130930819	rs60309319	C	T	3434.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.902;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=250;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-2.393;NF=70;NR=41;PP=1835;ReadPosRankSum=1.028;SC=CCCACTGCCCCGAGCACCACT;SOR=0.690;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=182;TCF=115;TCR=67;TR=111;WE=130930827;WS=130930809;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:97,150:0.61:247
chr2	130932371	rs111636541	C	A	297.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-1.056;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.380;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=-0.862;NF=10;NR=3;PP=172;ReadPosRankSum=-0.013;SC=AATGGCCAGGCCTCTGTGCCA;SOR=0.439;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=45;TCF=34;TCR=11;TR=13;WE=130932379;WS=130932361;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,16:0.32:50
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chr2	130941034	rs34409208	T	G	1209.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=4.221;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.026;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-5.607;NF=34;NR=13;PP=996;ReadPosRankSum=1.003;SC=CTGAGGAGATTCTGGGACTGA;SOR=1.150;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=93;TCF=64;TCR=29;TR=47;WE=130941042;WS=130941024;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,48:0.48:101
chr2	130941065	rs6737226	T	C	5351.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-1.877;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=-0.928;NF=98;NR=47;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.737;SC=GTGGAGCCTCTGTCCCTGCTC;SOR=0.577;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=148;TCF=100;TCR=48;TR=145;WE=130941073;WS=130941055;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,189:0.99:190
chr2	130948303	rs12612244	T	C	2172.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.250;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FS=2.795;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.46;MQRankSum=2.471;QD=20.31;ReadPosRankSum=-0.814;SOR=0.439;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,75:0.70:107
chr2	130948327	rs10175962	G	T	1211.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.288;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=1.293;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.88;MQRankSum=1.046;QD=26.93;ReadPosRankSum=-1.325;SOR=0.490;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,31:0.69:45
chr2	130949411	rs10208844	G	T	6467.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=53.01;QD=28.12;SOR=0.802;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,230:1.00:230
chr2	130949491	rs60154251	G	A	4249.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=2.272;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=524;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.422;HP=2;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-13.353;NF=92;NR=124;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.142;SC=CCAGGTCCTCGCGGGCCTCAG;SOR=1.240;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=443;TCF=204;TCR=239;TR=216;WE=130949499;WS=130949481;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:307,217:0.41:524
chr2	130949553	rs1052422	A	G	1502.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=9.518;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=427;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.302;HP=4;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-17.381;NR=87;PP=2687;ReadPosRankSum=0.416;SC=ACAAAGGCCCACTTGGCATAC;SOR=1.147;Source=Platypus;TCR=213;WE=130949561;WS=130949543;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:333,92:0.22:425
chr2	130951548	rs1052319	G	A	11722.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=416;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=31;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=140;NR=163;PP=2965;SC=TGGTGATCTCGGCCACAGACA;SOR=0.848;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=308;TCF=142;TCR=166;TR=303;WE=130951556;WS=130951538;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,414:1.00:414
chr2	130951566	rs7340193	G	A	11562.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.763;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=445;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=36;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.645;NF=144;NR=166;PP=2965;ReadPosRankSum=0.773;SC=ACAGCTGCTCGTGGTAGGCCT;SOR=0.828;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=314;TCF=146;TCR=168;TR=310;WE=130951574;WS=130951556;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,440:1.00:442
chr2	130951581	rs1052312	A	G	9723.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.225;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=457;ExcessHet=3.0103;FS=0.522;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.09;MQRankSum=-13.556;QD=21.28;ReadPosRankSum=0.391;SOR=0.636;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:209,248:0.54:457
chr2	130951584	rs7340507	T	C	9693.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.509;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=466;ExcessHet=3.0103;FS=0.521;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.19;MQRankSum=-13.433;QD=20.85;ReadPosRankSum=0.682;SOR=0.608;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:212,253:0.54:465
chr2	130952540	rs56151061	C	T	1912.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=4.774;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.944;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-1.430;NF=62;NR=7;PP=1517;ReadPosRankSum=0.146;SC=TGTGAGCCACCGCGCCCGGCC;SOR=0.922;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=111;TCF=98;TCR=13;TR=69;WE=130952548;WS=130952530;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,72:0.59:122
chr2	130952718	rs3853852	G	A	5168.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.038;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=446;ExcessHet=3.0103;FS=1.177;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.41;MQRankSum=-17.894;QD=11.96;ReadPosRankSum=-3.493;SOR=0.812;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:284,148:0.34:432
chr2	130952725	rs3863907	C	T	5215.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.519;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=435;ExcessHet=3.0103;FS=1.154;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.83;MQRankSum=-18.026;QD=12.33;ReadPosRankSum=-2.713;SOR=0.792;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:273,150:0.35:423
chr2	130960023	rs4663031	T	C	8413.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=2.977;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=686;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.529;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-6.439;NF=133;NR=173;PP=2962;ReadPosRankSum=3.233;SC=GTAGGCAGTTTGGTTCTGGGT;SOR=0.780;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=475;TCF=214;TCR=261;TR=306;WE=130960031;WS=130960013;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:290,394:0.58:684
chr2	130961729	rs201980950	A	AT	2452.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.082;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.70;MQRankSum=-0.488;QD=13.86;ReadPosRankSum=-0.514;SOR=0.678;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:47,130:0.73:177
chr2	130987792	rs12992461	G	A	7474.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=1.148;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=487;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.181;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=117;NR=140;PP=2962;ReadPosRankSum=1.716;SC=GCACATCAGCGTGCTGGTGCC;SOR=0.787;Source=Platypus;TCR=199;TR=257;WE=130987800;WS=130987782;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:151,325:0.68:476
chr2	130988166	rs201275727	A	G	2785.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.628;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=681;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.710;HP=1;HapScore=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-18.990;NF=91;NR=59;PP=1680;ReadPosRankSum=-1.077;SC=CTGGCAGTACATGCACTGCCT;SOR=1.098;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=455;TCF=246;TCR=209;TR=150;WE=130988174;WS=130988156;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:489,187:0.28:676
chr2	130988203	rs79048658	C	T	3874.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.243;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=695;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-17.268;NF=92;NR=86;PP=2962;ReadPosRankSum=3.112;SC=GTCCTGAGCACTGTGGGCCCC;SOR=0.723;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=492;TCF=254;TCR=238;TR=178;WE=130988224;WS=130988193;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:461,232:0.33:693
chr2	130988216	rs76582648	C	G	4230.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.793;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=674;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-16.419;NF=87;NR=89;PP=2962;ReadPosRankSum=3.185;SC=TGGGCCCCAGCGAAGCCCTCC;SOR=0.680;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=483;TCF=246;TCR=237;TR=176;WE=130988224;WS=130988193;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:436,237:0.35:673
chr2	130988276	rs3894178	C	T	2668.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.688;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=504;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.211;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-9.957;NF=48;NR=71;PP=1643;ReadPosRankSum=1.154;SC=GTATCAAGCTCATCCCCACTG;SOR=0.845;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=378;TCF=167;TCR=211;TR=119;WE=130988284;WS=130988266;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:351,153:0.30:504
chr2	130988410	rs202147725	G	A	1480.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.984;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=358;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.89;MQRankSum=-6.819;QD=4.19;ReadPosRankSum=1.264;SOR=0.704;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:258,95:0.27:353
chr2	130988421	rs200539608	C	T	1571.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.879;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=356;ExcessHet=3.0103;FS=1.410;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.94;MQRankSum=-6.478;QD=4.49;ReadPosRankSum=0.367;SOR=0.800;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:250,100:0.29:350
chr2	131104049	rs11542414	C	T	2215.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.846;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=271;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.946;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=45;PP=1008;ReadPosRankSum=1.106;SC=TGAGCACACTCACCACTCAGT;SOR=0.622;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=187;TCF=74;TCR=113;TR=75;WE=131104057;WS=131104039;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:156,115:0.42:271
chr2	131487673	rs272128	A	C	3577.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=2.948;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=730;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.229;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=83;PP=1847;ReadPosRankSum=-1.471;SC=TGCCATGCTCACATACCTGTA;SOR=0.786;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=472;TCF=198;TCR=274;TR=140;WE=131487681;WS=131487663;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:513,208:0.29:721
chr2	131520663	rs1905235	T	C	5184.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.590;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=757;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.539;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=87;NR=100;PP=2684;ReadPosRankSum=-1.935;SC=CAGGGACCAATCCCGGCTGGA;SOR=0.752;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=502;TCF=247;TCR=255;TR=187;WE=131520671;WS=131520653;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:474,273:0.37:747
chr2	131673577	rs34513288	T	C	10734.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.227;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=679;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.573;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=126;NR=160;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.008;SC=CACCAGCCGGTAATGAGTGTG;SOR=0.591;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=411;TCF=178;TCR=233;TR=286;WE=131673585;WS=131673567;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:201,471:0.70:672
chr2	131673702	rs62178867	G	A	640.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-2.132;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.698;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=21;PP=410;ReadPosRankSum=1.623;SC=GAGACGCCGAGCACAGAGGAG;SOR=0.602;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=110;TCF=34;TCR=76;TR=32;WE=131673720;WS=131673692;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:118,42:0.26:160
chr2	131688587	rs6718816	G	A	1341.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.851;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=247;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.057;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=19;PP=550;ReadPosRankSum=-0.058;SC=GTCAGAAGGCGTTCCACATGG;SOR=0.793;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=156;TCF=90;TCR=66;TR=46;WE=131688595;WS=131688577;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:167,79:0.32:246
chr2	131688783	rs61750360	G	A	1833.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.388;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=390;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.403;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=40;PP=924;ReadPosRankSum=-1.033;SC=GCAGGCCCACGTCGAAAGGAG;SOR=0.648;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=217;TCF=97;TCR=120;TR=78;WE=131688791;WS=131688773;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:272,115:0.30:387
chr2	131703968	rs67022442	G	C	597.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-1.200;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.024;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=5;PP=443;ReadPosRankSum=0.838;SC=TATTTTGGTTGTGTGCTCTGT;SOR=0.888;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=75;TCF=59;TCR=16;TR=26;WE=131703976;WS=131703958;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,29:0.34:85
chr2	131769237	rs13023338	G	A	2950.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=53;NR=19;PP=1578;SC=AGAGCCCATCGGAGCTGATGG;SOR=1.588;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=72;TCF=53;TCR=19;TR=72;WE=131769245;WS=131769227;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr2	131883287	.	TA	T	219.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.258;ClippingRankSum=0.000;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=1.271;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.72;ReadPosRankSum=-0.723;SOR=1.093;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,25:0.42:59
chr2	131888361	.	A	AT	170.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.232;ClippingRankSum=0.000;DP=366;ExcessHet=3.0103;FS=0.657;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.06;MQRankSum=0.000;QD=0.62;ReadPosRankSum=-0.900;SOR=0.760;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:225,50:0.18:275
chr2	132110828	rs373666409	G	T	102.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=40.00;QD=25.51;SOR=3.258;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr2	132111121	rs11895354	G	A	1996.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=46.47;QD=44.37;SOR=1.038;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr2	132111123	rs370814343	T	C	1996.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=46.47;QD=44.37;SOR=1.038;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr2	132111127	rs13410274	G	T	1951.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=46.36;QD=44.36;SOR=0.990;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr2	132111129	.	G	C	510.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.222;ClippingRankSum=0.000;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=2.583;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.34;MQRankSum=0.379;QD=11.10;ReadPosRankSum=0.322;SOR=1.220;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,26:0.57:46
chr2	132111166	.	G	GCC	1932.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=49.63;QD=42.02;SOR=1.203;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr2	132111167	.	G	C	752	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.65;FR=1.0000;HP=1;HapScore=1;MGOF=43;MMLQ=24;MQ=41.5;NF=16;NR=20;PP=752;QD=21.8547559041;SC=GCCGCCGCCGGCGCTGGCCTC;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=36;TCF=16;TCR=20;TR=36;WE=132111175;WS=132111143;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr2	132111167	.	G	GCCGCCGCCGC	1933.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=49.78;QD=42.04;SOR=1.203;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr2	132120501	rs146351322	C	CT	9132.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.038;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=360;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.688;HP=7;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=-0.611;NF=123;NR=84;PP=2979;ReadPosRankSum=0.259;SC=AAGACGCTGACTTTTTTTGTG;SOR=1.706;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=234;TCF=138;TCR=96;TR=207;WE=132120511;WS=132120491;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,356:0.99:358
chr2	132121350	rs371054387	G	C	1069.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.65;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=21;NR=20;PP=832;SC=GACCGATGCTGCTCCAGCCGG;SOR=0.798;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=41;TCF=21;TCR=20;TR=41;WE=132121358;WS=132121340;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr2	132200114	rs76882281	T	C	513.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.587;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.456;HP=1;HapScore=2;MGOF=36;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-3.014;NF=17;NR=1;PP=360;ReadPosRankSum=-1.551;SC=CCCCTGTCTATTGCCTCCCCC;SOR=1.893;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=27;TCF=25;TCR=2;TR=18;WE=132200122;WS=132200113;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,20:0.69:29
chr2	132200136	rs73960420	C	A	663.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=3.681;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.785;HP=1;HapScore=2;MGOF=28;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-2.845;NF=23;NR=2;PP=527;ReadPosRankSum=-0.335;SC=ACTGCATAGACGCCAGCCTCT;SOR=2.633;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=34;TCF=29;TCR=5;TR=25;WE=132200144;WS=132200126;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,25:0.69:36
chr2	132200256	rs71345553	T	C	3290.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-1.844;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.218;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-6.186;NF=75;NR=37;PP=1923;ReadPosRankSum=-0.544;SC=GCTCATCCTCTGGCCCCTGGG;SOR=0.576;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=170;TCF=116;TCR=54;TR=112;WE=132200264;WS=132200246;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,139:0.67:206
chr2	132200307	rs71345554	G	A	6014.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.696;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=395;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.525;HP=1;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-4.960;NF=103;NR=80;PP=2870;ReadPosRankSum=0.542;SC=CCGCCTCTGCGTCTGGGTCTC;SOR=0.525;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=266;TCF=155;TCR=111;TR=183;WE=132200315;WS=132200297;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:123,271:0.69:394
chr2	132200345	rs71428578	C	T	8128.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.390;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=529;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-4.500;NF=123;NR=101;PP=2962;ReadPosRankSum=0.584;SC=CTGTCCTCCTCGCCCTCCTCC;SOR=0.656;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=316;TCF=175;TCR=141;TR=224;WE=132200353;WS=132200335;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:158,364:0.70:522
chr2	132200529	rs71345555	A	G	4237.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.590;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=358;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.387;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=2.832;NF=87;NR=85;PP=2962;ReadPosRankSum=2.249;SC=TGATCTCAGGAAAGTTCAGGT;SOR=0.736;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=279;TCF=144;TCR=135;TR=172;WE=132200537;WS=132200519;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:162,189:0.54:351
chr2	132200935	rs71345556	C	T	876.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.397;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=81.512;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-7.973;NF=1;NR=40;PP=840;ReadPosRankSum=0.061;SC=CAGGTTGACACTGGACAGCTT;SOR=7.094;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=100;TCF=28;TCR=72;TR=41;WE=132200943;WS=132200925;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:94,40:0.30:134
chr2	132200984	rs113036104	G	A	405.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.525;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FS=41.798;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.13;MQRankSum=-7.491;QD=4.14;ReadPosRankSum=-1.801;SOR=4.738;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:75,23:0.23:98
chr2	132200995	rs113518588	C	T	335.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.420;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FS=34.386;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.20;MQRankSum=-6.846;QD=3.86;ReadPosRankSum=-1.332;SOR=4.514;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:68,19:0.22:87
chr2	132201202	rs77064210	G	A	250.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.949;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FS=9.799;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.72;MQRankSum=-12.528;QD=1.39;ReadPosRankSum=-3.974;SOR=1.583;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:151,29:0.16:180
chr2	132201288	rs4337511	A	G	1542.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=3.342;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=254;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=38.801;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-14.065;NF=67;NR=23;PP=1236;ReadPosRankSum=0.867;SC=TGGTCATGGCATTGTGCAGGT;SOR=2.285;SbPval=0.94;Source=Platypus;TC=178;TCF=112;TCR=66;TR=90;WE=132201296;WS=132201278;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:160,87:0.35:247
chr2	132201466	rs112041013	G	A	13369.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.893;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=524;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.44;MQRankSum=-0.952;QD=26.01;ReadPosRankSum=0.289;SOR=0.663;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:182,332:0.65:514
chr2	132201466	.	GGG	AGA	2944	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;FR=0.5000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MMLQ=24;NF=122;NR=108;PP=2944;QD=20;SC=CTTGAGGACGGGGCCAAGGAA;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=351;TCF=193;TCR=158;TR=230;WE=132201476;WS=132201456;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:121,230:0.66:351
chr2	132201468	rs4522649	G	A	13369.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.539;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=527;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.41;MQRankSum=-1.280;QD=25.86;ReadPosRankSum=0.994;SOR=0.670;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:184,333:0.64:517
chr2	132201582	rs1806886	A	G	9167.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=3.020;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=598;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=142;NR=133;PP=2962;ReadPosRankSum=0.128;SC=TAAGCAGCATACGGCACTGCT;SOR=0.671;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=414;TCF=215;TCR=199;TR=275;WE=132201590;WS=132201572;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:211,384:0.65:595
chr2	132201663	rs1317139	T	C	9037.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.349;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=601;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.556;HP=1;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-1.860;NF=132;NR=138;PP=2962;ReadPosRankSum=0.182;SC=CCATCGTCTCTGCCACACAGG;SOR=0.616;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=406;TCF=196;TCR=210;TR=270;WE=132201671;WS=132201653;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:197,402:0.67:599
chr2	132201718	rs2001215	T	C	9677.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-2.689;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=650;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.559;HP=2;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-4.157;NF=148;NR=152;PP=2962;ReadPosRankSum=2.022;SC=GATGTCCACATGGAGCTTCCC;SOR=0.670;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=448;TCF=224;TCR=224;TR=300;WE=132201726;WS=132201708;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:210,435:0.67:645
chr2	132201736	rs2076798	C	G	9751.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-2.883;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=667;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.589;HP=2;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-4.238;NF=140;NR=164;PP=2962;ReadPosRankSum=0.924;SC=CCCCCAGAGCCGGCTGCTGGA;SOR=0.772;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=461;TCF=220;TCR=241;TR=304;WE=132201744;WS=132201726;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:220,438:0.67:658
chr2	132201862	rs1806887	C	G	7147.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.689;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=606;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-6.391;NF=109;NR=131;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.560;SC=AGCACTGTCCCTGACCTGGAA;SOR=0.725;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=422;TCF=195;TCR=227;TR=240;WE=132201870;WS=132201852;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:258,337:0.57:595
chr2	132201889	rs2007096	C	A	5411.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-2.209;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=498;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.744;HP=3;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-8.503;NF=93;NR=103;PP=2922;ReadPosRankSum=0.056;SC=GGCCTCAGCACTTTCCTGGTC;SOR=0.575;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=365;TCF=166;TCR=199;TR=196;WE=132201897;WS=132201879;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:228,261:0.53:489
chr2	132201930	rs13411254	T	C	4523.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.554;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=395;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.810;HP=2;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-9.713;NF=76;NR=84;PP=2230;ReadPosRankSum=-1.420;SC=CTGCTCCGAATGCCTGTACCA;SOR=0.486;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=293;TCF=130;TCR=163;TR=160;WE=132201938;WS=132201920;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:177,214:0.55:391
chr2	132202050	rs13413908	T	C	3124.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.701;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.099;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.437;NF=33;NR=63;PP=1750;ReadPosRankSum=1.965;SC=CTCTGGGGACTCTGTCCCCAT;SOR=0.800;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=146;TCF=53;TCR=93;TR=96;WE=132202058;WS=132202040;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,139:0.63:220
chr2	132229720	rs3101998	T	C	3109.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=5.230;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=368;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=38.219;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-13.974;NF=42;NR=119;PP=2410;ReadPosRankSum=-3.110;SC=GAAATCTTGTTGAGGCGCCGC;SOR=1.958;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=311;TCF=106;TCR=205;TR=161;WE=132229728;WS=132229710;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:194,150:0.44:344
chr2	132237983	rs71347110	A	G	2122.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.271;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.965;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-10.368;NF=78;NR=28;PP=1691;ReadPosRankSum=0.392;SC=CCTCCATCACAGCCTCCCTGC;SOR=1.394;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=168;TCF=121;TCR=47;TR=106;WE=132237991;WS=132237973;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,100:0.54:184
chr2	132248379	rs12469517	T	G	5523.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.317;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=346;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.543;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-2.037;NF=94;NR=72;PP=2894;ReadPosRankSum=1.162;SC=CTGTGGAGCATAACCAGAGAG;SOR=0.841;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=238;TCF=128;TCR=110;TR=166;WE=132248387;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:107,237:0.69:344
chr2	132248584	rs10182785	T	C	9909.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=355;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=149;NR=114;PP=2965;SC=CCCTGGCACTTCCCCCATGAA;SOR=0.910;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=264;TCF=149;TCR=115;TR=263;WE=132248592;WS=132248574;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,353:1.00:353
chr2	132248876	rs6709245	A	G	713.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.016;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.596;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-2.702;NF=3;NR=17;PP=483;ReadPosRankSum=0.560;SC=TTCCGCGTCTAACTCTCTTCC;SOR=0.387;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=29;TCF=3;TCR=26;TR=20;WE=132248884;WS=132248866;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,28:0.68:41
chr2	132249372	rs6706952	C	T	598.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=56.29;QD=26.03;SOR=0.776;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr2	132249600	rs2272357	G	A	1163.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.663;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=1.152;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.13;MQRankSum=-0.568;QD=23.75;ReadPosRankSum=0.426;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,30:0.61:49
chr2	132249605	rs2272358	G	A	1163.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.042;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.51;MQRankSum=-1.010;QD=23.75;ReadPosRankSum=-0.364;SOR=0.719;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,30:0.61:49
chr2	132254681	rs6711982	A	G	1062.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-2.211;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=12;PP=536;ReadPosRankSum=-0.774;SC=GTGCTGCCGCATGCCAGCCTG;SOR=0.695;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=73;TCF=51;TCR=22;TR=41;WE=132254689;WS=132254671;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,51:0.58:88
chr2	132257830	rs13035779	C	T	4981.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.338;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=347;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.703;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-5.075;NF=74;NR=68;PP=2354;ReadPosRankSum=1.287;SC=GCAGCCTAGACGGTGTCCTCG;SOR=0.510;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=223;TCF=123;TCR=100;TR=142;WE=132257838;WS=132257820;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:119,225:0.65:344
chr2	132258031	rs3108473	A	G	4011.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.566;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=308;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-9.587;NF=82;NR=56;PP=2317;ReadPosRankSum=0.352;SC=AAGATAATTCACAGTTCATTT;SOR=0.700;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=223;TCF=131;TCR=92;TR=138;WE=132258039;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:120,184:0.61:304
chr2	132258484	rs139623617	G	A	921.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=3.225;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-3.815;NF=26;NR=6;PP=665;ReadPosRankSum=-0.768;SC=ACTGCGTATCGGGCACTACGC;SOR=0.853;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=46;TCF=37;TCR=9;TR=32;WE=132258492;WS=132258474;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,37:0.66:56
chr2	132258593	rs13415770	A	G	4246.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=4.092;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=280;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.162;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-1.469;NF=85;NR=45;PP=2516;ReadPosRankSum=1.255;SC=CTGTACCACAACAAGGTCCAG;SOR=0.867;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=191;TCF=123;TCR=68;TR=130;WE=132258601;WS=132258583;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:98,177:0.64:275
chr2	132258815	rs12691986	G	A	4757.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.685;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=285;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.039;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.756;NF=61;NR=93;PP=2812;ReadPosRankSum=-0.252;SC=AGGTAAGGAAGGGATGCCTTT;SOR=0.622;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=225;TCF=90;TCR=135;TR=154;WE=132258823;WS=132258805;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,199:0.72:276
chr2	132266015	rs12477848	T	A	3559.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-3.262;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=249;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.082;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-3.105;NF=91;NR=33;PP=2219;ReadPosRankSum=0.780;SC=TGGAATGAGTTCCCAGCTCTG;SOR=0.790;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=201;TCF=146;TCR=55;TR=124;WE=132266023;WS=132266005;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:95,153:0.62:248
chr2	132266142	rs12691988	G	C	9270.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.574;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=666;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.787;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-4.551;NF=143;NR=147;PP=2962;ReadPosRankSum=2.743;SC=ATCACTATTCGTTGGAGATGT;SOR=0.546;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=432;TCF=205;TCR=227;TR=290;WE=132266150;WS=132266132;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:249,415:0.62:664
chr2	132266281	rs35012291	TG	T	3569.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=1.593;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=39;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-1.858;NF=4;NR=69;PP=2581;ReadPosRankSum=-1.488;SC=GGCTGGATGGTGGGAAGCAGA;SOR=0.697;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=109;TCF=4;TCR=105;TR=73;WE=132266289;WS=132266271;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,97:0.68:142
chr2	132272158	rs13031436	T	A	669.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.869;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=1.564;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.10;MQRankSum=-1.806;QD=22.33;ReadPosRankSum=2.194;SOR=1.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,17:0.57:30
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chr2	132272235	rs36013871	GA	G	1320.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.814;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=13;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-2.352;NF=21;NR=23;PP=527;ReadPosRankSum=1.539;SC=CTTGTCTCAAGAAAAAAAAAA;SOR=0.775;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=68;TCF=34;TCR=34;TR=44;WE=132272243;WS=132272225;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,81:0.66:122
chr2	132272326	rs12477742	A	G	3109.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=2.705;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=268;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.945;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-8.448;NF=66;NR=56;PP=1748;ReadPosRankSum=-1.962;SC=AGGAAGTGACACCCGGGGCTT;SOR=0.761;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=192;TCF=102;TCR=90;TR=122;WE=132272334;WS=132272316;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:113,151:0.57:264
chr2	132273092	rs2950565	T	G	469.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.806;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-1.423;NF=12;NR=7;PP=304;ReadPosRankSum=0.233;SC=ACTGGCTCGGTGCGGGATGTG;SOR=0.627;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=29;TCF=19;TCR=10;TR=19;WE=132273100;WS=132273082;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,21:0.60:35
chr2	132273426	rs71934146	GGAGTC	G	85.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.319;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.65;MQRankSum=0.319;QD=21.43;ReadPosRankSum=-1.150;SOR=0.916;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,3:0.75:4
chr2	132273796	.	G	GCA	1618	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;FR=0.5000;HP=2;HapScore=4;MGOF=13;MMLQ=28;MQ=59.92;NF=15;NR=7;PP=1618;QD=76.7231822017;SC=CCACGGTGGAGCCAACCCTCA;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=39;TCF=23;TCR=16;TR=22;WE=132273810;WS=132273786;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:17,22:0.56:39
chr2	132273797	.	C	CA	1716.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=3.885;ClippingRankSum=0.000;DP=76;ExcessHet=3.0103;FS=17.663;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.92;MQRankSum=0.000;QD=22.89;ReadPosRankSum=0.791;SOR=2.584;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,44:0.59:75
chr2	132273798	.	C	CT	1758.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=2.668;ClippingRankSum=0.000;DP=76;ExcessHet=3.0103;FS=17.663;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.92;MQRankSum=0.000;QD=23.45;ReadPosRankSum=0.975;SOR=2.584;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,44:0.59:75
chr2	132273801	.	C	T	1973.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=3.960;ClippingRankSum=0.000;DP=79;ExcessHet=3.0103;FS=17.639;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.93;MQRankSum=0.000;QD=25.30;ReadPosRankSum=1.118;SOR=2.584;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,46:0.59:78
chr2	132273802	rs201262646	C	CATTAG	1964.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=4.893;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=17.639;HP=2;HapScore=4;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQ=59.93;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=7;PP=1600;ReadPosRankSum=1.128;SC=TGGAGCCAACCCTCACTAATG;SOR=2.584;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=38;TCF=23;TCR=15;TR=21;WE=132273810;WS=132273786;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,46:0.59:78
chr2	132274077	rs4309618	A	G	715.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.351;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=18.581;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.88;MQRankSum=-1.408;QD=18.84;ReadPosRankSum=-0.341;SOR=4.029;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,27:0.71:38
chr2	132274113	rs4493309	A	G	290.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-1.515;NF=3;NR=10;PP=213;ReadPosRankSum=-1.890;SC=GGAGGGCCACATTGTTCTTTC;SOR=0.871;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=17;TCF=3;TCR=14;TR=13;WE=132274121;WS=132274103;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,13:0.62:21
chr2	132274474	rs13010688	G	A	1461.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=0.603;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.710;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=16;PP=492;ReadPosRankSum=-0.812;SC=GGCGGTACGCGCCTGACAAGC;SOR=0.741;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=60;TCF=31;TCR=29;TR=35;WE=132274482;WS=132274464;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,71:0.61:116
chr2	132275343	rs12691998	G	T	15770.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.836;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1132;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-3.608;NF=245;NR=194;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.114;SC=CACCAAGTTGGTTGTGGGCTT;SOR=0.708;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=695;TCF=384;TCR=311;TR=439;WE=132275351;WS=132275333;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:403,726:0.64:1129
chr2	132275396	rs2277878	T	C	17196.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.531;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1261;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.546;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-3.433;NF=213;NR=254;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.249;SC=GCCCCAAGCATGCGCTCCTGG;SOR=0.649;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=734;TCF=329;TCR=405;TR=467;WE=132275404;WS=132275386;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:448,811:0.64:1259
chr2	132275838	rs12692001	C	G	197.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.715;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.39;MQRankSum=0.259;QD=10.41;ReadPosRankSum=0.180;SOR=0.473;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,11:0.58:19
chr2	132276039	rs28681469	C	T	2057.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.441;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-1.508;NF=37;NR=21;PP=1003;ReadPosRankSum=-0.512;SC=TACTCTGCCCCGGGGAAGTGG;SOR=0.716;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=92;TCF=57;TCR=35;TR=58;WE=132276047;WS=132276029;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,89:0.64:139
chr2	132276254	rs28621583	A	G	649.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.653;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.356;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-5.967;NF=12;NR=14;PP=420;ReadPosRankSum=0.739;SC=AGTACACCCCAATGTTTGGGC;SOR=0.412;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=46;TCF=19;TCR=27;TR=26;WE=132276262;WS=132276244;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,30:0.58:52
chr2	132276650	rs28712373	G	C	500.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=0.214;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.075;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-6.333;NF=40;NR=11;PP=1047;ReadPosRankSum=1.436;SC=GCTCATCACAGAGGCCAAACA;SOR=0.473;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=86;TCF=65;TCR=21;TR=51;WE=132276658;WS=132276640;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,22:0.34:64
chr2	132277686	rs9287520	C	T	3580.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.433;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=281;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.930;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.745;NF=52;NR=44;PP=1511;ReadPosRankSum=1.892;SC=GGACAGATGGCGGCTCTGTGT;SOR=0.626;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=153;TCF=86;TCR=67;TR=96;WE=132277694;WS=132277676;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:112,167:0.60:279
chr2	132277962	rs7560296	T	C	3571.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=3.134;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=291;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-12.140;NF=45;NR=59;PP=1929;ReadPosRankSum=-0.261;SC=TCTGCCATGATACTGCTGACC;SOR=0.708;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=170;TCF=76;TCR=94;TR=104;WE=132277970;WS=132277952;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:129,162:0.56:291
chr2	132277984	rs10209980	G	A	2451.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.657;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-9.872;NF=30;NR=46;PP=1264;ReadPosRankSum=-0.673;SC=AGCGGGGGAAGCTGCACCAGC;SOR=0.662;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=138;TCF=55;TCR=83;TR=76;WE=132277992;WS=132277974;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:112,119:0.52:231
chr2	132286046	rs3101992	A	G	2321.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=2.100;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=264;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.490;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-13.949;NF=38;NR=40;PP=1276;ReadPosRankSum=1.119;SC=GACTCCGCCAATCCTCTCCTC;SOR=0.655;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=152;TCF=76;TCR=76;TR=78;WE=132286054;WS=132286036;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:150,114:0.43:264
chr2	132286061	rs60469601	A	G	2383.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=0.922;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=273;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.333;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-13.097;NF=38;NR=38;PP=1176;ReadPosRankSum=-0.370;SC=CTCCTCTCCAAGCAGGGTCAG;SOR=0.578;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=147;TCF=71;TCR=76;TR=76;WE=132286069;WS=132286051;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:153,120:0.44:273
chr2	132286155	rs10174409	G	C	1471.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.894;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.764;HP=2;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-5.120;NF=19;NR=34;PP=695;ReadPosRankSum=-0.997;SC=AGGCCGAGACGGGCGGATCAC;SOR=0.600;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=83;TCF=28;TCR=55;TR=53;WE=132286163;WS=132286145;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,70:0.64:109
chr2	132287824	rs10187823	C	T	6348.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.026;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=509;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-5.342;NF=88;NR=110;PP=2962;ReadPosRankSum=1.030;SC=GGATCCTGGGCTGTGGTCTCA;SOR=0.652;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=335;TCF=154;TCR=181;TR=198;WE=132287832;WS=132287814;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:198,302:0.60:500
chr2	132288102	rs116538008	T	C	211.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.933;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FS=29.529;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.50;MQRankSum=-7.043;QD=1.93;ReadPosRankSum=-1.213;SOR=4.070;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:92,18:0.16:110
chr2	132288362	rs201632382	T	C	55.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.840;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FS=7.674;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.89;MQRankSum=-7.295;QD=0.32;ReadPosRankSum=-5.981;SOR=1.256;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:154,22:0.12:176
chr2	132290399	rs57007130	G	A	2648.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.203;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.757;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.466;NF=50;NR=39;PP=1535;ReadPosRankSum=-0.422;SC=GTCTGGCACCGCCACAGGCCC;SOR=0.922;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=146;TCF=79;TCR=67;TR=89;WE=132290407;WS=132290389;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,114:0.65:176
chr2	132290441	rs76069883	G	A	374.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.224;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FS=31.085;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.96;MQRankSum=-13.502;QD=1.67;ReadPosRankSum=-3.581;SOR=2.768;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:189,36:0.16:225
chr2	132290733	rs140316434	A	G	31.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.110;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FS=13.217;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.80;MQRankSum=-3.907;QD=0.33;ReadPosRankSum=-0.912;SOR=0.354;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:84,13:0.13:97
chr2	132491544	rs7599401	C	G	6118.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=237;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=63;NR=78;PP=2519;SC=TTATTTTTCTCTCTGTGTTTT;SOR=0.846;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=143;TCF=63;TCR=80;TR=141;WE=132491552;WS=132491534;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,237:1.00:237
chr2	132494272	rs4850248	A	G	2352.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=22;NR=62;PP=1774;SC=AGTAATAACTATAATTTTATA;SOR=2.219;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=84;TCF=22;TCR=62;TR=84;WE=132494280;WS=132494262;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr2	132558335	rs12992187	G	T	1982.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=51;NR=4;PP=1385;SC=GTCTACTCAGGTTCAGCTGTC;SOR=3.327;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=55;TCF=51;TCR=4;TR=55;WE=132558343;WS=132558325;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr2	133014497	.	G	C	5699.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.313;ClippingRankSum=0.000;DP=423;ExcessHet=3.0103;FS=0.584;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.89;MQRankSum=-5.156;QD=13.57;ReadPosRankSum=0.469;SOR=0.779;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:268,152:0.36:420
chr2	133014504	rs79813268	G	T	5707.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.221;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=484;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.80;MQRankSum=-4.242;QD=11.89;ReadPosRankSum=1.293;SOR=0.691;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:312,168:0.35:480
chr2	133014510	rs9287404	T	C	8100.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.481;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=538;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.66;MQRankSum=-7.602;QD=15.28;ReadPosRankSum=1.681;SOR=0.731;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:302,228:0.43:530
chr2	133014592	.	G	A	2183.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.137;ClippingRankSum=0.000;DP=1527;ExcessHet=3.0103;FS=6.079;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.26;MQRankSum=-28.211;QD=1.43;ReadPosRankSum=-1.810;SOR=1.218;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1271,252:0.17:1523
chr2	133014602	rs75245503	G	C	32761.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.130;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1628;ExcessHet=3.0103;FS=1.746;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.37;MQRankSum=-18.983;QD=20.19;ReadPosRankSum=3.191;SOR=0.884;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:785,838:0.52:1623
chr2	133014612	rs74853538	A	C	34296.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.224;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1690;ExcessHet=3.0103;FS=1.102;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.53;MQRankSum=-18.344;QD=20.33;ReadPosRankSum=4.100;SOR=0.822;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:805,882:0.52:1687
chr2	133014619	rs78327226	C	T	10088.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.412;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1719;ExcessHet=3.0103;FS=5.450;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.57;MQRankSum=-25.948;QD=5.88;ReadPosRankSum=1.958;SOR=1.135;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1378,338:0.20:1716
chr2	133014640	rs78867621	C	T	13058.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.944;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1713;ExcessHet=3.0103;FS=2.963;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.74;MQRankSum=-24.743;QD=7.64;ReadPosRankSum=1.767;SOR=0.948;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1306,403:0.24:1709
chr2	133014651	rs111708138	A	AC	34560.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-1.552;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1661;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.109;HP=3;HapScore=1;MGOF=65;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-13.445;NF=105;NR=301;PP=2966;ReadPosRankSum=-1.756;SC=GGCCCTCGGCACCACCGAGAC;SOR=0.772;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=720;TCF=198;TCR=522;TR=406;WE=133014665;WS=133014630;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:658,976:0.60:1634
chr2	133014657	rs113237573	G	A	13131.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.874;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1677;ExcessHet=3.0103;FS=2.025;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.93;MQRankSum=-21.235;QD=7.85;ReadPosRankSum=2.199;SOR=0.883;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1243,430:0.26:1673
chr2	133014678	rs72869462	A	G	39419.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-2.449;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1651;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=74;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-10.930;NF=322;NR=327;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.502;SC=CATGAGCCCCAGGTCCCGCCA;SOR=0.692;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=1048;TCF=520;TCR=528;TR=649;WE=133014686;WS=133014668;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:619,1029:0.62:1648
chr2	133014703	rs72869464	T	C	40144.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.070;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1525;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=77;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-8.753;NF=282;NR=339;PP=2962;ReadPosRankSum=2.184;SC=GACCCCGAGGTGACCTCAGCC;SOR=0.666;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=987;TCF=446;TCR=541;TR=621;WE=133014711;WS=133014693;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:546,976:0.64:1522
chr2	133014721	rs72869465	T	C	34846.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=2.681;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1361;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=77;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-6.035;NF=245;NR=336;PP=2962;ReadPosRankSum=4.135;SC=GCCACAAACCTAACGCCAGGG;SOR=0.649;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=914;TCF=379;TCR=535;TR=581;WE=133014729;WS=133014711;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:478,880:0.65:1358
chr2	133014751	rs75204936	T	C	11718.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.202;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1018;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=88;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-1.145;NF=95;NR=151;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.680;SC=TCGTTTCTCATCCATCCTCCA;SOR=0.669;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=740;TCF=288;TCR=452;TR=246;WE=133014759;WS=133014741;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:644,370:0.36:1014
chr2	133014776	rs72869466	CA	TG	10325.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-4.469;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=783;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.185;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=84;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.747;NF=75;NR=123;PP=2944;ReadPosRankSum=1.381;SC=GGTCAAGCTCCAGGAGACCGG;SOR=0.609;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=594;TCF=210;TCR=384;TR=198;WE=133014796;WS=133014761;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:502,278:0.36:780
chr2	133014786	rs72869468	G	A	6625.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.117;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=715;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.99;MQRankSum=0.000;QD=9.32;ReadPosRankSum=-1.723;SOR=0.699;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:488,223:0.31:711
chr2	133075726	rs2598810	A	G	3718.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=1.550;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=504;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.822;HP=2;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-4.861;NF=70;NR=85;PP=2534;ReadPosRankSum=-0.542;SC=CACACTGGAGAGAAGCCCTAC;SOR=0.829;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=410;TCF=201;TCR=209;TR=155;WE=133075734;WS=133075716;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:321,180:0.36:501
chr2	133075904	rs113311843	C	CA	9848.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.363;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=987;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.111;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-12.208;NF=72;NR=132;PP=2968;ReadPosRankSum=2.448;SC=AGAAACAATACAATGCAATGT;SOR=0.778;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=483;TCF=159;TCR=324;TR=204;WE=133075912;WS=133075894;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:565,398:0.41:963
chr2	133174764	rs2241764	C	T	2313.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.798;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=449;ExcessHet=3.0103;FS=1.243;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.28;ReadPosRankSum=0.295;SOR=0.556;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:306,132:0.30:438
chr2	133174999	rs2241763	A	G	5142.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.186;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=901;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=92;NR=101;PP=2534;ReadPosRankSum=-1.769;SC=ACGTGCTGACACTCAGCTTTG;SOR=0.661;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=629;TCF=294;TCR=335;TR=193;WE=133175007;WS=133174989;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:594,291:0.33:885
chr2	133402607	rs1131671	C	T	1263.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.826;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.595;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=17;PP=710;ReadPosRankSum=-0.747;SC=TGGTTTTATTCATTTACTGTG;SOR=0.609;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=131;TCF=90;TCR=41;TR=52;WE=133402615;WS=133402597;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:116,66:0.36:182
chr2	133425912	rs2709533	C	T	4843.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=2.770;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=303;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.885;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.667;NF=106;NR=46;PP=2725;ReadPosRankSum=1.299;SC=TTTAATGGCCCCCTCACTCCC;SOR=0.894;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=213;TCF=144;TCR=69;TR=152;WE=133425920;WS=133425902;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,207:0.70:297
chr2	133426183	rs2709532	G	C	1649.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.661;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.610;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=53;PP=1343;ReadPosRankSum=1.486;SC=ACCATCCCACGCCTCAGAGCC;SOR=1.343;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=77;TCF=10;TCR=67;TR=60;WE=133426191;WS=133426173;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,60:0.79:76
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chr2	133472385	.	CAA	C,CA	4284.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.106;ClippingRankSum=0.000;DP=322;ExcessHet=3.0103;FS=0.679;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.11;MQRankSum=0.839;QD=14.98;ReadPosRankSum=-0.048;SOR=0.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:36,170,80:0.59,0.28:286
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chr2	133541107	rs16841277	T	A	7870.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=291;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=106;NR=126;PP=2965;SC=GCGCTATCATTCAATTGTCCT;SOR=0.883;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=232;TCF=106;TCR=126;TR=232;WE=133541115;WS=133541097;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,285:1.00:285
chr2	133541444	rs12691829	T	C	10752.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=243;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.43;SOR=0.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,242:1.00:242
chr2	133541454	rs12691830	A	G	10846.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=247;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.09;SOR=0.831;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,246:1.00:246
chr2	133542014	rs12616282	T	C	15663.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=592;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=224;NR=175;PP=2965;SC=TGCCCATGGGTGCCGAAGACC;SOR=0.850;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=400;TCF=225;TCR=175;TR=399;WE=133542022;WS=133542004;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,587:1.00:587
chr2	133542574	rs61995744	C	T	16812.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.185;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=644;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=223;NR=223;PP=2965;ReadPosRankSum=1.440;SC=GCCAATGACACGTCTGAAGGA;SOR=0.370;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=451;TCF=225;TCR=226;TR=446;WE=133542582;WS=133542564;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,629:1.00:632
chr2	133554288	rs1868076	A	G	12355.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=466;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=116;NR=205;PP=2965;SC=GATCCAAGAGACGTGAGTGAA;SOR=1.176;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=322;TCF=116;TCR=206;TR=321;WE=133554296;WS=133554278;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,450:1.00:450
chr2	133618220	rs1447549	A	G	3642.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=24;NR=87;PP=2711;SC=AAAAGTCCATAACTGAAAGAT;SOR=2.400;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=111;TCF=24;TCR=87;TR=111;WE=133618228;WS=133618210;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr2	133636207	.	ACACACACACACACACACACACG	A	417.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.410;ClippingRankSum=0.000;DP=179;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=65.77;MQRankSum=-1.630;QD=3.80;ReadPosRankSum=1.633;SOR=0.610;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:85,25:0.23:110
chr2	133636209	.	ACACACACACACACACACACG	A	2028.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.988;ClippingRankSum=0.000;DP=179;ExcessHet=3.0103;FS=3.818;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=65.77;MQRankSum=0.544;QD=19.14;ReadPosRankSum=3.577;SOR=0.360;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,71:0.67:106
chr2	133683658	rs2577634	G	T	4077.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=57;NR=36;PP=1759;SC=ACACACTTTAGGTCCATGTGT;SOR=0.984;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=93;TCF=57;TCR=36;TR=93;WE=133683666;WS=133683648;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,154:1.00:154
chr2	133971448	rs13393624	T	A	1990.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.583;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=357;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.879;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=50;PP=955;ReadPosRankSum=-1.876;SC=CTAGAGGAATTCCTTCCTTGG;SOR=0.758;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=237;TCF=87;TCR=150;TR=77;WE=133971456;WS=133971438;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:236,114:0.33:350
chr2	135076111	rs4954134	C	G	983.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=22;NR=5;PP=633;SC=GTTCTTTAGGCCACAGCTTGA;SOR=2.368;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=27;TCF=22;TCR=5;TR=27;WE=135076119;WS=135076101;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr2	135096097	rs7598410	T	C	1526.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=12;NR=37;PP=1086;SC=AATGATATTCTCTCAGGGTGA;SOR=2.024;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=49;TCF=12;TCR=37;TR=49;WE=135096105;WS=135096087;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr2	135214418	rs56024138	AT	A	221.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.033;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=1.184;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.35;ReadPosRankSum=-0.877;SOR=0.888;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,19:0.37:51
chr2	135260665	rs201742966	A	G	42.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.116;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=279;ExcessHet=3.0103;FS=1.919;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.54;MQRankSum=-11.788;QD=0.15;ReadPosRankSum=1.039;SOR=0.466;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:256,21:0.08:277
chr2	135260672	rs199988367	T	C	83.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.622;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=240;ExcessHet=3.0103;FS=2.041;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.65;MQRankSum=-10.354;QD=0.35;ReadPosRankSum=0.420;SOR=0.453;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:219,19:0.08:238
chr2	135602601	rs6430545	T	A	398.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=3.357;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.372;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=3;PP=220;ReadPosRankSum=-1.270;SC=GAGATAACAGTATTTTCTTCT;SOR=1.499;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=68;TCF=47;TCR=21;TR=17;WE=135602609;WS=135602591;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,22:0.28:80
chr2	135625118	rs138317668	CCT	C	184.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.342;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=275;ExcessHet=3.0103;FS=0.776;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.70;ReadPosRankSum=3.028;SOR=0.853;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:238,27:0.10:265
chr2	135629927	rs12469941	C	T	333.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.636;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=5;PP=211;ReadPosRankSum=-0.228;SC=AATAGGTCCTCTGTAATTACT;SOR=0.643;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=65;TCF=45;TCR=20;TR=18;WE=135629935;WS=135629917;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,22:0.28:79
chr2	135677268	rs3769024	G	A	420.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.899;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.29;ReadPosRankSum=-0.578;SOR=0.706;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:69,29:0.30:98
chr2	135677471	rs3841862	A	AGTTT	1176.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.469;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.733;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=16;PP=788;ReadPosRankSum=1.169;SC=TGTAAGTACTAGTTGTCTGTT;SOR=0.813;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=61;TCF=8;TCR=53;TR=18;WE=135677479;WS=135677461;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:96,36:0.27:132
chr2	135694354	rs1823118	G	C	1356.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.675;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FS=3.522;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.99;ReadPosRankSum=-0.872;SOR=0.429;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:109,42:0.28:151
chr2	135694379	rs1374289	C	T	1751.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.210;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FS=4.429;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.86;ReadPosRankSum=-0.586;SOR=0.451;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:158,65:0.29:223
chr2	135700151	rs3816339	A	T	347.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.983;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.04;ReadPosRankSum=-3.046;SOR=0.789;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:62,24:0.28:86
chr2	135703338	rs57267734	CT	C	1164.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.194;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=263;ExcessHet=3.0103;FS=1.775;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.08;MQRankSum=1.919;QD=4.75;ReadPosRankSum=-0.966;SOR=0.824;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:154,91:0.37:245
chr2	135703650	rs201814332	G	GT	394.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.486;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=529;ExcessHet=3.0103;FS=1.465;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.80;ReadPosRankSum=-0.814;SOR=0.898;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:403,90:0.18:493
chr2	135705558	rs1979033	G	A	434.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-0.188;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.218;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=15;PP=304;ReadPosRankSum=-0.932;SC=TACACTATCAGATGAACAGAA;SOR=0.412;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=58;TCF=13;TCR=45;TR=20;WE=135705566;WS=135705548;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,21:0.34:61
chr2	135710322	rs10166142	A	G	800.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.067;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.369;HP=5;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=19;PP=448;ReadPosRankSum=0.266;SC=TCAGTCTTTTATGTAACATTT;SOR=0.832;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=100;TCF=44;TCR=56;TR=31;WE=135710330;WS=135710312;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:106,48:0.31:154
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chr2	135745722	rs10928526	A	G	3443.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.122;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=720;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.82;ReadPosRankSum=-0.764;SOR=0.742;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:507,207:0.29:714
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chr2	135911422	rs17261772	T	C	2166.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.551;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=389;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.047;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=57;PP=997;ReadPosRankSum=-1.221;SC=GGAGACTCTTTGATGATACAC;SOR=1.057;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=232;TCF=89;TCR=143;TR=83;WE=135911430;WS=135911412;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:256,128:0.33:384
chr2	135920091	rs16831377	C	T	762.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.344;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=12;PP=394;ReadPosRankSum=-0.462;SC=TTGACACCTGCGCTGATCATT;SOR=0.657;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=92;TCF=58;TCR=34;TR=31;WE=135920099;WS=135920081;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:97,44:0.31:141
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chr2	135927428	rs16831395	T	C	1733.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.894;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=268;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.992;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=31;PP=713;ReadPosRankSum=1.513;SC=GGTAATCTTATTTTTAGGCCT;SOR=0.783;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=165;TCF=67;TCR=98;TR=49;WE=135927436;WS=135927418;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:167,95:0.36:262
chr2	135960553	rs16831434	T	A	1947.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.122;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=333;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.638;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=57;PP=1117;ReadPosRankSum=-0.615;SC=GAATACAAGATCAGCAATTTT;SOR=0.858;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=229;TCF=77;TCR=152;TR=85;WE=135960561;WS=135960543;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:215,109:0.34:324
chr2	135960616	rs57097780	G	A	628.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=0.911;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.262;HP=4;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=26;PP=475;ReadPosRankSum=0.191;SC=AATCATGTATGTTTATACAGG;SOR=1.129;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=98;TCF=21;TCR=77;TR=32;WE=135960624;WS=135960606;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,34:0.29:117
chr2	135965376	rs7578111	T	C	2072.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.519;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=369;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.850;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=42;PP=752;ReadPosRankSum=0.362;SC=GATTTAGAAATGGGACACAGG;SOR=0.767;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=218;TCF=84;TCR=134;TR=63;WE=135965384;WS=135965366;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:243,122:0.33:365
chr2	135976740	rs16831460	T	C	855.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.340;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.050;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=13;PP=317;ReadPosRankSum=0.930;SC=AGCTCATCTGTTTTCCATCCT;SOR=0.678;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=89;TCF=43;TCR=46;TR=28;WE=135976748;WS=135976730;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:116,54:0.32:170
chr2	135988127	rs59900519	T	A	1716.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-3.619;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=288;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=30;PP=777;ReadPosRankSum=-0.363;SC=ATAAGGTAACTCTGAATTATT;SOR=0.667;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=192;TCF=104;TCR=88;TR=66;WE=135988135;WS=135988117;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:186,97:0.34:283
chr2	135988416	rs935615	C	T	2318.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=1.696;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=375;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=55;PP=1204;ReadPosRankSum=-1.656;SC=CTCTTTGATTCGTCACAGGAG;SOR=0.709;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=251;TCF=91;TCR=160;TR=83;WE=135988424;WS=135988406;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:236,127:0.35:363
chr2	136070923	.	CAA	C	120.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.025;ClippingRankSum=0.000;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=1.883;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.05;ReadPosRankSum=-1.566;SOR=1.402;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:45,14:0.24:59
chr2	136107839	rs10496734	G	A	438.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-1.032;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.542;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=14;PP=273;ReadPosRankSum=0.257;SC=ACGTTATCATGAACAATACAA;SOR=0.394;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=51;TCF=14;TCR=37;TR=21;WE=136107847;WS=136107829;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,21:0.38:56
chr2	136148401	rs2043757	A	T	334.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.759;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=5.797;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.67;ReadPosRankSum=-1.218;SOR=1.519;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,20:0.34:59
chr2	136379194	rs3834114	GT	G	196.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.947;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=3.268;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.84;MQRankSum=2.474;QD=5.18;ReadPosRankSum=-1.483;SOR=0.242;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,16:0.42:38
chr2	136407479	rs1446585	A	G	2214.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.158;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=521;ExcessHet=3.0103;FS=0.573;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.27;ReadPosRankSum=1.129;SOR=0.618;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:369,150:0.29:519
chr2	136466831	rs6735935	C	G	412.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=3.542;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=0;PP=268;ReadPosRankSum=-1.766;SC=TTTTAGTAGACATGGGGTTTC;SOR=0.607;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=45;TCF=41;TCR=4;TR=14;WE=136466839;WS=136466824;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,18:0.35:52
chr2	136467164	rs2304367	C	A	6181.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=224;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=41;NR=133;PP=2965;SC=AGTTCGATTACTTTCCTTAGG;SOR=2.082;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=174;TCF=41;TCR=133;TR=174;WE=136467172;WS=136467154;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,217:1.00:217
chr2	136467559	rs2304368	C	A	651.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-2.765;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.728;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=6;PP=293;ReadPosRankSum=-0.665;SC=CTACTGTTATCCTAGTGTTCA;SOR=0.317;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=89;TCF=69;TCR=20;TR=23;WE=136467567;WS=136467549;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,36:0.31:117
chr2	136499458	rs111798914	G	A	2234.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.162;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=374;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.930;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=35;PP=944;ReadPosRankSum=-1.341;SC=TCGGGACTGCGGAGACTACAC;SOR=0.550;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=252;TCF=148;TCR=104;TR=77;WE=136499466;WS=136499448;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:242,127:0.34:369
chr2	136527443	rs113881162	G	GTGAT	6538.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=1.539;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=293;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.935;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.178;NF=13;NR=44;PP=2901;ReadPosRankSum=0.230;SC=AACTGAGGTTGTGATTGATTA;SOR=0.631;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=97;TCF=19;TCR=78;TR=57;WE=136527451;WS=136527433;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:111,162:0.59:273
chr2	136545844	rs1042712	C	G	1859.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=39;NR=15;PP=1196;SC=GGCCGGTAAACATAGATGAAG;SOR=1.573;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=54;TCF=39;TCR=15;TR=54;WE=136545852;WS=136545834;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr2	136546110	rs2278544	A	G	1344.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=31;PP=935;SC=TGGTGGGTCCAGCATCTAGGA;SOR=1.814;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=43;TCF=12;TCR=31;TR=43;WE=136546118;WS=136546100;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr2	136548169	rs892716	A	G	548.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=37;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=1;PP=422;SC=CACTCCTGCAAATAGCAGATG;SOR=4.294;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=16;TCF=15;TCR=1;TR=16;WE=136548177;WS=136548159;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr2	136548192	rs1808756	G	A	791.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=22;NR=6;PP=598;SC=TCCAACAGGGGAAGGTGCACG;SOR=2.468;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=28;TCF=22;TCR=6;TR=28;WE=136548200;WS=136548182;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr2	136555659	rs2322659	T	C	15109.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=2.004;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=572;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=174;NR=164;PP=2965;ReadPosRankSum=2.111;SC=CATCACCTCATTGTAATCTCC;SOR=0.755;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=338;TCF=174;TCR=164;TR=338;WE=136555667;WS=136555649;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,567:1.00:569
chr2	136558157	rs748841	C	T	706.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-3.559;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.880;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=4;PP=483;ReadPosRankSum=-1.437;SC=TAAGAACAAGCGCCCAGAGGA;SOR=0.305;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=36;TCF=31;TCR=5;TR=25;WE=136558165;WS=136558147;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,28:0.72:39
chr2	136561557	rs2304371	G	A	4093.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.259;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=300;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.438;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=61;PP=1878;ReadPosRankSum=0.197;SC=GGCTCATTCAGCGTGATCCAA;SOR=0.679;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=184;TCF=90;TCR=94;TR=122;WE=136561565;WS=136561547;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:108,190:0.64:298
chr2	136561735	rs2304370	G	A	183.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-2.689;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=9;PP=142;ReadPosRankSum=1.116;SC=CATCAGTCATGCTTTCCATGG;SOR=0.780;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=33;TCF=4;TCR=29;TR=10;WE=136561743;WS=136561725;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,10:0.28:36
chr2	136565028	rs10928549	C	G	3007.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=17;NR=65;PP=2095;SC=CCTCCATGCACCCAACCCACT;SOR=2.326;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=82;TCF=17;TCR=65;TR=82;WE=136565036;WS=136565018;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr2	136569848	rs12988076	C	A	1852.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=3.405;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=8;PP=1314;ReadPosRankSum=-0.036;SC=GTACCACCCACCTTCCAATCA;SOR=0.770;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=105;TCF=91;TCR=14;TR=66;WE=136569856;WS=136569838;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,74:0.64:116
chr2	136574968	rs35093754	G	C	5144.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-2.613;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=722;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=104;NR=67;PP=2466;ReadPosRankSum=2.792;SC=CGGTGCCATAGCCTGCGTAGC;SOR=0.695;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=459;TCF=278;TCR=181;TR=171;WE=136574976;WS=136574958;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:444,273:0.38:717
chr2	136575199	rs6719488	G	T	14507.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.336;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=968;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.558;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=191;NR=228;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.121;SC=AGTAGGCAACGCCTGGGAGGC;SOR=0.621;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=637;TCF=284;TCR=353;TR=419;WE=136575207;WS=136575189;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:311,646:0.68:957
chr2	136575534	rs4954449	T	C	11775.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=449;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=122;NR=139;PP=2965;SC=GCTTCCCAGATTCTCTGATAG;SOR=0.778;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=261;TCF=122;TCR=139;TR=261;WE=136575542;WS=136575524;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,442:1.00:442
chr2	136581685	rs3820791	G	C	1338.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.112;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=248;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=35;PP=759;ReadPosRankSum=-0.071;SC=CTTTGGAAATGACCTCTAAGT;SOR=0.710;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=169;TCF=65;TCR=104;TR=59;WE=136581693;WS=136581675;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:164,77:0.32:241
chr2	136587238	rs3816088	G	C	2393.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.635;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=463;ExcessHet=3.0103;FS=2.804;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.31;ReadPosRankSum=0.350;SOR=0.942;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:319,132:0.29:451
chr2	136594158	rs2236783	G	A	6717.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.420;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=464;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.169;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=130;NR=86;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.298;SC=CATCACTGAGGGTCTGGAGTT;SOR=0.805;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=310;TCF=186;TCR=124;TR=216;WE=136594166;WS=136594148;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:160,292:0.65:452
chr2	136598316	rs3087350	C	T	292.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=2.158;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.583;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=0;PP=221;ReadPosRankSum=0.497;SC=TCCAGAAACACTTCTGTCCCT;SOR=2.712;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=49;TCF=40;TCR=9;TR=14;WE=136598324;WS=136598306;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,16:0.26:61
chr2	136604113	rs4988263	A	G	213.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.064;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=3.163;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.56;ReadPosRankSum=-0.418;SOR=1.431;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:46,14:0.23:60
chr2	136610598	rs4988226	A	G	744.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-2.740;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=27;PP=552;ReadPosRankSum=0.862;SC=TACCACTTAAAGAAGTATTAA;SOR=0.582;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=49;TCF=7;TCR=42;TR=32;WE=136610606;WS=136610588;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,33:0.62:53
chr2	136614255	rs309180	G	A	3092.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.197;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.743;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=42;PP=1541;ReadPosRankSum=1.026;SC=TGTCTCACTCGATTACTCCAA;SOR=0.566;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=154;TCF=93;TCR=61;TR=101;WE=136614263;WS=136614245;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,144:0.65:221
chr2	136622825	rs309177	A	G	7786.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=290;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.81;SOR=1.714;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,280:1.00:280
chr2	136624382	rs4988173	C	T	854.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=2.431;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=21;PP=509;ReadPosRankSum=-1.017;SC=ACCACAAATACGGACGTATTC;SOR=0.627;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=76;TCF=26;TCR=50;TR=31;WE=136624390;WS=136624372;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,42:0.45:94
chr2	136633771	rs191079	T	C	982.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-2.833;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.690;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=9;PP=396;ReadPosRankSum=1.508;SC=CGGCACCGCCTGGCCCAGACG;SOR=0.526;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=82;TCF=61;TCR=21;TR=34;WE=136633779;WS=136633761;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,48:0.44:110
chr2	136664812	.	CTT	C	60.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.823;ClippingRankSum=0.000;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=1.885;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.26;MQRankSum=-0.429;QD=1.74;ReadPosRankSum=0.355;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,7:0.20:35
chr2	136690414	rs34744196	TA	T	1076.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.271;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=361;ExcessHet=3.0103;FS=2.512;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.17;ReadPosRankSum=-1.553;SOR=0.887;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:151,107:0.41:258
chr2	136740900	rs687670	T	C	607.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.113;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FS=2.573;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.79;ReadPosRankSum=-1.922;SOR=0.463;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:91,36:0.28:127
chr2	136743172	rs6738266	C	T	1886.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.294;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=313;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.348;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=49;PP=913;ReadPosRankSum=-1.633;SC=TCGGACTCCGCGTGGAGGTGC;SOR=0.521;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=232;TCF=79;TCR=153;TR=77;WE=136743180;WS=136743162;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:195,110:0.36:305
chr2	136956640	rs61193776	G	GA	257.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.024;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.57;ReadPosRankSum=0.814;SOR=2.200;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,17:0.89:19
chr2	137639616	rs1465612	C	T	1682.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=43;NR=5;PP=1156;SC=TAATGAAAAACTTGCAATACC;SOR=3.219;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=48;TCF=43;TCR=5;TR=48;WE=137639624;WS=137639609;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr2	137640006	rs11298935	CT	C	583.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=22;PP=489;SC=AAAATAGACTCTTTTTTTTAA;SOR=5.211;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=26;TCF=0;TCR=26;TR=22;WE=137640014;WS=137639996;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr2	137814138	rs60939389	T	C	1599.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=1.625;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=349;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.433;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=28;PP=793;ReadPosRankSum=-0.429;SC=GTTTCCGAGTTTGTGACTGGC;SOR=0.659;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=190;TCF=100;TCR=90;TR=56;WE=137814146;WS=137814128;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:250,97:0.28:347
chr2	137814804	rs6727323	G	A	3065.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.134;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=528;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.565;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=77;PP=1700;ReadPosRankSum=-1.739;SC=TGTTAAGGTAGGAGACCTTTG;SOR=0.774;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=340;TCF=125;TCR=215;TR=119;WE=137814812;WS=137814794;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:348,170:0.33:518
chr2	137852698	rs7561482	C	T	883.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.508;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FS=2.002;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.23;ReadPosRankSum=-0.081;SOR=0.860;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:153,56:0.27:209
chr2	137928320	rs61746979	C	T	1648.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.312;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.954;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=22;PP=800;ReadPosRankSum=0.725;SC=GGATTTAGAACGAGGCAGCGC;SOR=0.939;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=88;TCF=49;TCR=39;TR=54;WE=137928328;WS=137928310;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,78:0.55:143
chr2	137990811	rs71419534	A	G	494.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-2.434;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.033;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=18;PP=405;ReadPosRankSum=-0.173;SC=TGATAGAGTAAGAGGGTTTGT;SOR=1.981;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=26;TCF=1;TCR=25;TR=18;WE=137990819;WS=137990801;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,20:0.71:28
chr2	138000078	.	CA	C	1809.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.675;ClippingRankSum=0.000;DP=372;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.854;HP=6;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=2.062;NF=11;NR=37;PP=1053;ReadPosRankSum=1.725;SC=TTCTCCCATGCAAAAAAGACT;SOR=0.626;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=161;TCF=47;TCR=114;TR=48;WE=138000086;WS=138000068;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:245,116:0.32:361
chr2	138000226	rs7605259	T	C	6326.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.10;QD=27.99;SOR=1.038;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,226:1.00:226
chr2	138030271	rs10182152	G	A	3361.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=22;NR=78;PP=2194;SC=TAGACCTACTGTAAATTATAA;SOR=2.167;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=100;TCF=22;TCR=78;TR=100;WE=138030279;WS=138030261;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr2	138163391	rs1551281	T	C	3091.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=14;NR=75;PP=2470;SC=TAGTGTGCATTTTACTCTTTA;SOR=2.954;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=89;TCF=14;TCR=75;TR=89;WE=138163399;WS=138163381;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr2	138169158	rs1463285	T	C	5929.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=109;NR=54;PP=2965;SC=TTTAATATCTTAATGTCTCTT;SOR=1.340;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=164;TCF=109;TCR=55;TR=163;WE=138169166;WS=138169148;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,215:1.00:215
chr2	138208631	rs1453302	G	T	3656.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=19;NR=86;PP=2523;SC=AGCTAAAAAAGCTATCCTCAT;SOR=2.670;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=105;TCF=19;TCR=86;TR=105;WE=138208639;WS=138208621;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr2	138237038	rs1584435	C	T	3279.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=45;NR=28;PP=1543;SC=CTTCAGGTCCCTGTCAGAATG;SOR=0.950;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=74;TCF=45;TCR=29;TR=73;WE=138237046;WS=138237028;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr2	138420996	rs10206850	A	G	3678.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.120;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=32;PP=1496;ReadPosRankSum=0.130;SC=GAGATAATGAAATCAAATGGT;SOR=0.741;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=123;TCF=76;TCR=47;TR=85;WE=138421004;WS=138420986;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,165:0.74:224
chr2	138721942	rs10578652	AT	A	91.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.186;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.95;ReadPosRankSum=1.950;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,17:0.36:47
chr2	139045491	rs189025416	T	C	588.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.012;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.33;MQRankSum=-3.844;QD=4.91;ReadPosRankSum=-1.613;SOR=0.784;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:89,31:0.26:120
chr2	139045855	rs35998722	C	T	2861.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.256;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=645;ExcessHet=3.0103;FS=1.993;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.91;MQRankSum=0.168;QD=4.53;ReadPosRankSum=-1.849;SOR=0.851;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:459,173:0.27:632
chr2	139045972	rs6733578	T	C	2963.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.578;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=670;ExcessHet=3.0103;FS=2.007;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.99;MQRankSum=0.000;QD=4.51;ReadPosRankSum=-1.454;SOR=0.877;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:480,177:0.27:657
chr2	139045987	rs13033503	C	T	3233.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.202;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=710;ExcessHet=3.0103;FS=2.796;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.99;MQRankSum=0.000;QD=4.67;ReadPosRankSum=-1.625;SOR=0.983;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:501,192:0.28:693
chr2	139046301	rs12691943	A	G	6370.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.383;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1308;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.95;MQRankSum=-1.220;QD=4.92;ReadPosRankSum=1.103;SOR=0.699;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:901,393:0.30:1294
chr2	139046385	rs13382964	G	A	2395.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.270;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=512;ExcessHet=3.0103;FS=0.616;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.98;MQRankSum=0.000;QD=4.73;ReadPosRankSum=1.259;SOR=0.803;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:364,142:0.28:506
chr2	139308397	rs148464901	T	TTCTCTC	251.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.801;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=10.170;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.10;MQRankSum=0.000;QD=6.62;ReadPosRankSum=0.860;SOR=0.433;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,10:0.26:38
chr2	139429068	rs10803570	G	A	18413.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-2.025;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=685;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=248;NR=241;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.620;SC=TGCTGTCTGCGTACGCCATGG;SOR=0.159;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=491;TCF=248;TCR=243;TR=489;WE=139429076;WS=139429058;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,676:1.00:678
chr2	140992337	rs13387241	C	A	8950.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=2.358;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=672;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.814;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=133;NR=111;PP=2962;ReadPosRankSum=1.211;SC=CATGAAATAACGAATATTCTT;SOR=0.794;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=390;TCF=204;TCR=186;TR=244;WE=140992345;WS=140992327;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:249,416:0.63:665
chr2	141004513	rs11895946	C	T	605.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=1.007;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.153;HP=4;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=1;PP=395;ReadPosRankSum=0.450;SC=AGTGCTTCCTCTTTCAAAAAC;SOR=1.473;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=31;TCF=29;TCR=2;TR=19;WE=141004521;WS=141004510;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,23:0.64:36
chr2	141004529	rs2129483	A	G	782.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.641;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.071;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=5;PP=443;ReadPosRankSum=0.632;SC=AAAACACCTCAATTGCAGTGG;SOR=1.356;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=39;TCF=30;TCR=9;TR=26;WE=141004537;WS=141004519;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,35:0.70:50
chr2	141032088	rs1386356	C	T	6691.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.775;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=487;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.546;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=101;NR=95;PP=2962;ReadPosRankSum=0.880;SC=CTTCATAGCGCGTTGGACAGA;SOR=0.668;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=294;TCF=146;TCR=148;TR=196;WE=141032096;WS=141032078;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:170,310:0.65:480
chr2	141110704	rs56181620	C	T	678.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-0.443;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=24;PP=429;ReadPosRankSum=-0.956;SC=ATTCTTACCACGTTTCAAAAA;SOR=0.657;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=102;TCF=33;TCR=69;TR=37;WE=141110712;WS=141110694;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,41:0.32:127
chr2	141113798	rs13017246	G	A	1091.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=0.334;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.617;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=10;PP=691;ReadPosRankSum=-0.774;SC=GTATCCCGTAGATACACACCA;SOR=1.473;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=50;TCF=35;TCR=15;TR=38;WE=141113806;WS=141113788;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,45:0.76:59
chr2	141116447	rs35546150	G	T	6251.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.330;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1244;ExcessHet=3.0103;FS=0.568;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.07;ReadPosRankSum=-0.159;SOR=0.794;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:856,378:0.31:1234
chr2	141128977	rs634115	C	T	330.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=10;PP=272;SC=TACTATATAACGACATTTAAT;SOR=3.442;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=11;TCF=1;TCR=10;TR=11;WE=141128985;WS=141128967;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr2	141130501	rs77729177	T	C	2702.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-4.670;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.602;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=70;NR=25;PP=1522;ReadPosRankSum=-2.432;SC=CACTGTTTTCTGCATATTGCT;SOR=0.328;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=152;TCF=115;TCR=37;TR=95;WE=141130509;WS=141130491;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,119:0.65:182
chr2	141260668	rs4444457	A	G	9259.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.432;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=696;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.547;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=116;NR=178;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.961;SC=CACACTGTCGATATCCTAGAG;SOR=0.768;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=458;TCF=183;TCR=275;TR=294;WE=141260676;WS=141260658;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:255,427:0.63:682
chr2	141267573	rs35821928	G	A	970.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=2.344;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.023;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=22;PP=515;ReadPosRankSum=-0.886;SC=GTCGGGGCACGCAGGCACGAG;SOR=1.118;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=91;TCF=41;TCR=50;TR=34;WE=141267581;WS=141267563;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:104,54:0.34:158
chr2	141267744	rs1948051	T	C	625.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=17;PP=397;SC=AGGAGGCGATTGTAGTTATTG;SOR=2.124;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=5;TCR=17;TR=22;WE=141267752;WS=141267734;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr2	141272360	rs199711847	GA	G	100.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.897;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=261;ExcessHet=3.0103;FS=0.776;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.95;MQRankSum=0.000;QD=0.50;ReadPosRankSum=-1.496;SOR=0.552;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:168,35:0.17:203
chr2	141274576	rs4954672	T	C	1296.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.385;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=252;ExcessHet=3.0103;FS=3.101;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.31;ReadPosRankSum=0.258;SOR=0.518;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:167,77:0.32:244
chr2	141283603	rs1352047	T	G	4355.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=23;NR=100;PP=2965;SC=TACCTCATTTTCAAAGATTAT;SOR=2.659;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=124;TCF=23;TCR=101;TR=123;WE=141283611;WS=141283593;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,142:1.00:142
chr2	141284041	rs7562323	A	G	1475.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.537;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=39;PP=1118;ReadPosRankSum=2.174;SC=AACTCTGGGAAGCCAAACTTG;SOR=1.498;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=48;TCF=8;TCR=40;TR=47;WE=141284049;WS=141284031;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,50:0.98:51
chr2	141294285	.	GA	G	38.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.604;ClippingRankSum=0.000;DP=149;ExcessHet=3.0103;FS=1.096;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.07;MQRankSum=2.152;QD=0.32;ReadPosRankSum=-1.349;SOR=0.825;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:99,23:0.19:122
chr2	141298467	rs6729619	A	C	2191.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=2.321;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=15;PP=1535;ReadPosRankSum=-1.224;SC=TCATGAATACACTAACACAAT;SOR=0.665;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=120;TCF=96;TCR=24;TR=79;WE=141298475;WS=141298457;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,90:0.67:135
chr2	141298682	rs11694934	G	C	5345.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=2.337;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=400;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.361;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=97;PP=2819;ReadPosRankSum=-0.648;SC=AATAAAGAGGGTGTATTGGTA;SOR=0.872;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=251;TCF=96;TCR=155;TR=151;WE=141298690;WS=141298672;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:151,238:0.61:389
chr2	141298749	rs11694970	G	C	1783.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=2.736;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=50;PP=1271;ReadPosRankSum=-0.865;SC=TAAACTATTAGACTGCCTCAA;SOR=0.764;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=111;TCF=22;TCR=89;TR=62;WE=141298757;WS=141298739;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,71:0.58:122
chr2	141299317	rs9287535	A	G	2888.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.950;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=28;PP=1529;ReadPosRankSum=-0.839;SC=TATACAATGAAAAAACACATT;SOR=0.668;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=130;TCF=87;TCR=43;TR=83;WE=141299325;WS=141299307;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,122:0.65:187
chr2	141359287	rs1441465	C	T	83.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-1.355;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=4;PP=47;ReadPosRankSum=0.723;SC=GCATTTAAGACATACATGTAT;SOR=0.412;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=5;WE=141359295;WS=141359277;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,5:0.42:12
chr2	141473409	rs10716305	CA	C	554.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.941;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.693;NF=13;NR=1;PP=479;ReadPosRankSum=-1.717;SC=TGAATATAAACATTTTTTTCT;SOR=0.458;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=21;TCF=20;TCR=1;TR=14;WE=141473417;WS=141473399;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,17:0.74:23
chr2	141473505	rs4954852	A	T	2392.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.011;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=21;PP=1347;ReadPosRankSum=2.631;SC=GAAAACTCACATAAAACTTGG;SOR=0.763;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=104;TCF=73;TCR=31;TR=74;WE=141473513;WS=141473495;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,100:0.74:136
chr2	141474402	rs5834770	G	GA	3041.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.044;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=305;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.186;HP=9;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=98;PP=1922;ReadPosRankSum=0.645;SC=ATAAGACACAGAAAAAAAATA;SOR=0.833;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=186;TCF=2;TCR=184;TR=99;WE=141474410;WS=141474392;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,156:0.63:246
chr2	141474456	rs1372255	C	T	1412.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-3.122;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.345;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=49;PP=1103;ReadPosRankSum=2.344;SC=GTGTTAGGATCATATTGCAAC;SOR=1.409;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=82;TCF=7;TCR=75;TR=53;WE=141474464;WS=141474446;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,54:0.63:86
chr2	141527013	rs13002947	A	G	2839.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=73;PP=1989;SC=ATCTTAATTTATGTTAACAAA;SOR=3.056;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=88;TCF=14;TCR=74;TR=87;WE=141527021;WS=141527003;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr2	141528592	rs7599219	T	C	5956.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=240;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=44;NR=105;PP=2452;SC=AGAATGAAAATGAAACAAATT;SOR=1.346;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=149;TCF=44;TCR=105;TR=149;WE=141528600;WS=141528582;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,237:1.00:237
chr2	141533573	rs13009144	A	G	78.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=2.436;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=0;PP=51;ReadPosRankSum=0.738;SC=TAGAAGCAAGAATAGAAACCT;SOR=0.446;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=19;TCR=1;TR=5;WE=141533581;WS=141533563;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,5:0.24:21
chr2	141533662	rs996361	T	C	2486.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=44;NR=24;PP=1442;SC=ATTAGTGTGATTTACCTTGCT;SOR=1.280;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=68;TCF=44;TCR=24;TR=68;WE=141533670;WS=141533652;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr2	141571329	rs3749010	T	C	8843.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=349;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=94;NR=110;PP=2965;SC=TTCCATTCCCTGAACTGATCC;SOR=0.789;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=204;TCF=94;TCR=110;TR=204;WE=141571337;WS=141571319;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,346:1.00:346
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chr2	141571456	rs60071104	G	GA	582.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-0.657;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.455;HP=7;HapScore=2;MGOF=32;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=24;PP=597;ReadPosRankSum=-0.225;SC=GATTTGAGGGGAAAAAAATAA;SOR=1.038;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=50;TCF=1;TCR=49;TR=24;WE=141571464;WS=141571446;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,30:0.57:53
chr2	141571480	rs17575875	A	G	542.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-1.892;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=31;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=19;PP=389;ReadPosRankSum=0.957;SC=GAAAGTTCAGATTTTTGTCTT;SOR=0.627;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=35;TCF=3;TCR=32;TR=21;WE=141571488;WS=141571470;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,22:0.59:37
chr2	141598473	rs35745624	A	AT	13058.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=343;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=112;NR=75;PP=2988;SC=TTTAAAAAAAAAATCATACTT;SOR=1.554;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=196;TCF=119;TCR=77;TR=187;WE=141598481;WS=141598463;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,338:1.00:338
chr2	141625410	rs12987572	A	C	757.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.255;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.479;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=23;PP=485;ReadPosRankSum=0.318;SC=TGACCTACAGAAAGATAAATA;SOR=0.482;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=109;TCF=30;TCR=79;TR=32;WE=141625418;WS=141625400;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:97,43:0.31:140
chr2	141625834	rs34488899	TA	T	1013.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.497;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=382;ExcessHet=3.0103;FS=9.337;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.15;ReadPosRankSum=-1.365;SOR=1.340;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:129,115:0.47:244
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chr2	141709419	rs1429348	T	G	5248.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.876;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=336;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.666;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=77;NR=88;PP=2523;ReadPosRankSum=-0.681;SC=AGTGAGCATTTGGTACTTGCC;SOR=0.687;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=230;TCF=111;TCR=119;TR=165;WE=141709427;WS=141709409;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:92,236:0.72:328
chr2	141747249	rs1429365	A	T	2158.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=2.093;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=347;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.433;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=58;PP=1229;ReadPosRankSum=-0.781;SC=GGGAAGCAAGATTAATTATTT;SOR=0.727;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=241;TCF=72;TCR=169;TR=81;WE=141747257;WS=141747239;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:227,115:0.34:342
chr2	141747293	rs1429366	T	C	1144.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=1.030;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.777;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=37;PP=818;ReadPosRankSum=-0.800;SC=TTTTGAATGATAGTTACAGAA;SOR=0.404;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=124;TCF=24;TCR=100;TR=47;WE=141747301;WS=141747283;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,55:0.39:141
chr2	141751461	rs11678316	C	T	525.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-0.268;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=3;PP=386;ReadPosRankSum=0.890;SC=TAGGTTCAATCTGCATCAAAG;SOR=0.728;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=87;TCF=76;TCR=11;TR=26;WE=141751469;WS=141751451;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,26:0.28:92
chr2	141751592	rs13007735	G	A	3911.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.843;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=721;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.48;ReadPosRankSum=-1.788;SOR=0.727;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:483,231:0.32:714
chr2	141762830	rs13413663	C	T	2595.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.372;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=20;PP=1686;ReadPosRankSum=0.450;SC=CATTTTAATTCCTTTAGTTTC;SOR=0.759;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=116;TCF=88;TCR=28;TR=86;WE=141762838;WS=141762820;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,102:0.73:139
chr2	141771058	rs3791766	T	A	749.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-4.583;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.488;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=3;PP=458;ReadPosRankSum=-1.186;SC=AAGATAAATCTTTTATAACTT;SOR=0.391;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=55;TCF=49;TCR=6;TR=27;WE=141771066;WS=141771048;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,32:0.52:61
chr2	141816621	rs1525579	A	G	1206.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=26;PP=867;SC=AAAGATGTCTAACCTATAAAG;SOR=1.788;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=11;TCR=26;TR=37;WE=141816629;WS=141816611;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr2	141945949	rs1249434	C	T	3499.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=85;NR=19;PP=2321;SC=TCTTTTTAAACGCAAACTTTT;SOR=2.613;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=104;TCF=85;TCR=19;TR=104;WE=141945957;WS=141945939;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr2	142012036	rs9973397	T	G	3793.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=52;NR=29;PP=1698;SC=TGCTTACATTTCTGTTAACTA;SOR=1.105;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=81;TCF=52;TCR=29;TR=81;WE=142012044;WS=142012026;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,136:1.00:136
chr2	142237868	rs4264514	G	A	560.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-2.360;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.971;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=5;PP=370;ReadPosRankSum=-1.714;SC=TGATATGCTTGTAGTTGAAAG;SOR=0.537;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=79;TCF=68;TCR=11;TR=26;WE=142237876;WS=142237858;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,31:0.28:109
chr2	142356571	rs144616947	TAAAAAAATTG	T	1565.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.660;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=28.47;ReadPosRankSum=-0.087;SOR=0.908;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,40:0.73:55
chr2	142356614	.	TCCCCCCCGCCCC	T	2331.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.954;ClippingRankSum=0.000;DP=117;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=27.43;ReadPosRankSum=-0.410;SOR=1.038;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,66:0.78:85
chr2	142356616	.	CCCCCCG	C	129.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-2.062;ClippingRankSum=0.000;DP=109;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.58;ReadPosRankSum=0.314;SOR=0.178;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:68,14:0.17:82
chr2	142356630	rs147283574	C	T	112.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.517;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.20;ReadPosRankSum=1.652;SOR=0.132;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:80,14:0.15:94
chr2	142356635	rs144533069	C	G	148.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.345;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FS=2.735;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.15;ReadPosRankSum=0.009;SOR=0.302;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:107,22:0.17:129
chr2	142356638	rs12052826	C	A	4005.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.389;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=26.01;ReadPosRankSum=-0.345;SOR=0.715;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,124:0.81:154
chr2	142567737	rs4996425	G	A	465.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.100;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FS=4.323;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.76;MQRankSum=-1.839;QD=6.65;ReadPosRankSum=0.205;SOR=0.275;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:45,25:0.36:70
chr2	142567738	rs28529494	G	T	1047.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.365;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FS=4.077;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.77;MQRankSum=1.832;QD=14.16;ReadPosRankSum=0.082;SOR=1.406;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,47:0.64:74
chr2	143713700	rs351674	T	A	196.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-0.726;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=3;PP=164;ReadPosRankSum=0.137;SC=TATAAAATGATAGTGTGACAT;SOR=0.536;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=34;TCF=28;TCR=6;TR=14;WE=143713708;WS=143713690;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,13:0.38:34
chr2	143718459	rs3069632	T	TAAAA	1360.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.949;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FS=2.100;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.06;MQRankSum=0.000;QD=10.55;ReadPosRankSum=0.333;SOR=0.423;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:81,48:0.37:129
chr2	143787161	rs6429999	C	A	2720.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.29;SOR=0.970;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr2	143787274	rs6430000	C	T	2996.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=33;NR=45;PP=1484;SC=TTACCTAATGCCATTTTTATT;SOR=0.903;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=78;TCF=33;TCR=45;TR=78;WE=143787282;WS=143787264;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr2	143913004	rs2580857	T	G	3887.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=89;NR=29;PP=2662;SC=TCATGGAAAATTGTATGTTTA;SOR=2.284;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=118;TCF=89;TCR=29;TR=118;WE=143913012;WS=143912994;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,129:1.00:129
chr2	143973860	rs1451805	G	A	1402.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=32;NR=12;PP=918;SC=GAAAACTTCCGTCACTGCAAT;SOR=1.848;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=44;TCF=32;TCR=12;TR=44;WE=143973868;WS=143973850;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr2	143986002	rs12691671	T	C	1356.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=32;NR=7;PP=929;SC=TCCATACCACTTATAGATTTT;SOR=2.511;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=40;TCF=33;TCR=7;TR=39;WE=143986010;WS=143985992;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr2	144193151	rs11438710	C	CT	576.50	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.20;MQRankSum=0.697;QD=11.09;ReadPosRankSum=-0.861;SOR=0.760;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,40:0.77:52
chr2	144194565	rs17230746	C	T	861.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=1.410;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=21;PP=459;ReadPosRankSum=0.631;SC=TAAGTCACTACGACAGTGATA;SOR=0.684;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=93;TCF=43;TCR=50;TR=40;WE=144194573;WS=144194555;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,49:0.38:129
chr2	144934655	rs5834992	A	AG	1028.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=19;NR=7;PP=911;SC=ACAGCACCAAAGGGGAAATCC;SOR=2.115;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=27;TCF=19;TCR=8;TR=26;WE=144934663;WS=144934645;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr2	144934819	rs5834993	T	TA	133.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.112;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FS=4.291;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.16;ReadPosRankSum=0.527;SOR=0.473;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:45,17:0.27:62
chr2	145121339	rs10206546	G	A	4849.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=29;NR=113;PP=2965;SC=TTGACTGCACGCAGTCTAAGT;SOR=2.389;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=143;TCF=29;TCR=114;TR=142;WE=145121347;WS=145121329;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,168:1.00:168
chr2	145146457	.	GA	G	46.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.788;ClippingRankSum=0.000;DP=162;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.07;MQRankSum=2.012;QD=0.37;ReadPosRankSum=1.321;SOR=0.759;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:100,25:0.20:125
chr2	145255210	rs12691693	T	C	1636.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.812;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=314;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.38;ReadPosRankSum=0.961;SOR=0.661;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:209,95:0.31:304
chr2	145255399	.	TATATATATATATGTCATTCTCAACATATATATATATATGTCATTCTCAAC	T	572.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=107;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.97;QD=52.07;SOR=4.977;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr2	145255431	.	TA	T	134	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.68;FR=1.0000;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MMLQ=26;MQ=59.42;NF=0;NR=2;PP=134;QD=72.5;SC=AACATATATATATATATGTCA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=0;TCR=4;TR=2;WE=145255439;WS=145255421;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:2,2:0.50:4
chr2	147596973	rs4411641	A	G	208.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=2.379;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.255;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=4;PP=201;ReadPosRankSum=0.934;SC=CTAAATTTGAATGATAAAATA;SOR=0.922;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=37;TCF=26;TCR=11;TR=13;WE=147596981;WS=147596963;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,13:0.25:53
chr2	148602544	rs70992177	C	CT	235.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=19.64;SOR=1.445;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr2	148701099	rs66919703	GA	G	356.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.727;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.19;MQRankSum=0.810;QD=8.30;ReadPosRankSum=1.829;SOR=0.877;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,30:0.70:43
chr2	148730367	rs2307397	G	C	3720.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.831;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=285;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=61;PP=1727;ReadPosRankSum=1.344;SC=TCTCCATGGAGAGCAGTTCTT;SOR=0.692;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=178;TCF=76;TCR=102;TR=106;WE=148730375;WS=148730357;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:108,173:0.62:281
chr2	148733548	rs2307399	T	TA	745.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=0.412;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.591;HP=7;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=1.879;NF=0;NR=29;PP=702;ReadPosRankSum=0.990;SC=TCAAATCCTTTAAAAAAATTG;SOR=1.050;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=70;TCF=2;TCR=68;TR=29;WE=148733556;WS=148733538;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,44:0.37:120
chr2	149240657	rs5835195	GT	G	6238.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.852;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=514;ExcessHet=3.0103;FS=0.720;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.17;MQRankSum=1.110;QD=12.60;ReadPosRankSum=1.691;SOR=0.618;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:89,406:0.82:495
chr2	149243260	rs2121344	G	A	1521.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=40;NR=6;PP=1154;SC=GAGAGGCATCGAATCTCCGAA;SOR=3.442;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=46;TCF=40;TCR=6;TR=46;WE=149243268;WS=149243250;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr2	149449185	rs6724787	G	A	22403.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.846;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=862;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=278;NR=240;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.117;SC=ATTTGTTTCTGCCAGGCATTT;SOR=0.422;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=523;TCF=279;TCR=244;TR=518;WE=149449193;WS=149449175;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,856:1.00:859
chr2	149520214	rs10193313	C	A	1150.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=24;NR=6;PP=661;SC=GCAATGTTTTCTTATATTTTT;SOR=1.845;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=30;TCF=24;TCR=6;TR=30;WE=149520222;WS=149520204;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr2	149853960	rs6738277	A	G	1237.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-2.038;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=37;PP=756;ReadPosRankSum=0.795;SC=GTATATGGCAAGGGACAGGGG;SOR=0.717;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=125;TCF=36;TCR=89;TR=53;WE=149853968;WS=149853950;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:91,62:0.41:153
chr2	150062424	rs115669131	T	C	228.78	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.752;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=3;PP=86;ReadPosRankSum=-0.667;SC=AGTTTAAAGATAGGCAAATAT;SOR=0.250;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=10;TCF=7;TCR=3;TR=8;WE=150062432;WS=150062414;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,11:0.85:13
chr2	150320627	rs34341723	TA	T	717.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.225;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FS=1.470;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.15;MQRankSum=1.687;QD=3.62;ReadPosRankSum=-1.506;SOR=0.902;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:126,72:0.36:198
chr2	150427516	rs4500908	C	T	220.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.067;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.734;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=0;PP=170;ReadPosRankSum=-0.750;SC=AAGTCTTAATCTATTACCAAA;SOR=1.850;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=31;TCF=28;TCR=3;TR=10;WE=150427524;WS=150427506;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,10:0.32:31
chr2	150432377	rs12232959	C	G	386.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=0.903;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=6;PP=133;ReadPosRankSum=-1.765;SC=AATAAACATTCCAGGTAGAAA;SOR=0.627;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=38;TCF=12;TCR=26;TR=8;WE=150432385;WS=150432367;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,21:0.31:67
chr2	150432469	rs10932467	G	T	136.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.135;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.282;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=4;PP=58;ReadPosRankSum=0.079;SC=TAAAATTACTGTGGTATTAGT;SOR=0.105;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=5;WE=150432477;WS=150432459;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,7:0.58:12
chr2	150432976	rs11545261	C	T	6005.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=72;NR=57;PP=2636;SC=CTGGACATGTCTGTATTGCAC;SOR=0.834;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=130;TCF=73;TCR=57;TR=129;WE=150432984;WS=150432966;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,225:1.00:225
chr2	150433128	rs11680630	C	G	625.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.371;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.404;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=21;PP=392;ReadPosRankSum=0.114;SC=TGTTATAAACCTGTCTTCCTT;SOR=1.520;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=75;TCF=21;TCR=54;TR=26;WE=150433136;WS=150433118;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,35:0.30:118
chr2	150443689	rs4667420	C	G	12679.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.749;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=490;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=138;NR=139;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.051;SC=ACAAAACAGACGAGTGATCGA;SOR=0.728;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=279;TCF=139;TCR=140;TR=277;WE=150443697;WS=150443679;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,470:1.00:472
chr2	150443813	rs4667419	C	T	5867.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=42;NR=101;PP=2925;SC=CCAGAACTCGCCCCCATGCCA;SOR=1.391;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=144;TCF=43;TCR=101;TR=143;WE=150443821;WS=150443803;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,217:1.00:217
chr2	151328284	rs75449135	GAA	G,GA	6828.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.637;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=360;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.18;MQRankSum=0.556;QD=21.75;ReadPosRankSum=-2.591;SOR=0.722;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:17,206,91:0.66,0.29:314
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chr2	151343988	rs2334309	A	T	3176.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.818;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FS=1.149;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=62.33;MQRankSum=2.797;QD=27.39;ReadPosRankSum=-1.224;SOR=0.561;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,101:0.87:116
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chr2	151900390	rs150701043	TAAAAACAAAAAC	T,TAAAAAC	6932.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=366;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=21;NF=0,0;NR=110,110;PP=1900,2987;SC=ATTGTGAGCTTAAAAACAAAA;SOR=4.394;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=203;TCF=5;TCR=198;TR=110,110;WE=151900409;WS=151900380;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.80,0.20:167
chr2	152108261	rs4665119	T	G	778.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-4.955;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.346;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=20;PP=366;ReadPosRankSum=-1.470;SC=CCACTTTCTTTTCTCTGCAGA;SOR=0.257;SbPval=0.23;Source=Platypus;TC=67;TCF=18;TCR=49;TR=31;WE=152108269;WS=152108251;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,40:0.49:82
chr2	152109159	rs289885	C	T	1872.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=40;NR=14;PP=1238;SC=TTGCATTTTCCTTCCTAGAAG;SOR=1.963;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=55;TCF=40;TCR=15;TR=54;WE=152109167;WS=152109149;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr2	152117780	rs2271811	T	C	2278.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.686;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=372;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.405;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=36;PP=1271;ReadPosRankSum=0.794;SC=ATCGTTCTTATTAGCCCTTTT;SOR=0.724;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=227;TCF=140;TCR=87;TR=93;WE=152117788;WS=152117770;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:234,124:0.35:358
chr2	152118271	rs55775354	G	A	5494.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.305;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=524;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.06;MQRankSum=-1.159;QD=10.49;ReadPosRankSum=-1.039;SOR=0.696;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:362,162:0.31:524
chr2	152118275	rs56376752	A	G	2562.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.848;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=534;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.06;MQRankSum=-1.107;QD=4.80;ReadPosRankSum=0.468;SOR=0.695;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:379,155:0.29:534
chr2	152118338	rs35240993	G	GT	9427.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=399;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=22;NR=113;PP=2974;SC=TTTTGGTTTCGTTTTTTGTTC;SOR=0.943;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=152;TCF=25;TCR=127;TR=135;WE=152118346;WS=152118328;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,361:1.00:361
chr2	152132130	rs289834	A	G	3346.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=4.430;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=244;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.528;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=42;PP=1876;ReadPosRankSum=-0.640;SC=TCTTCACGCAATGTGTCAGGA;SOR=0.758;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=156;TCF=83;TCR=73;TR=96;WE=152132138;WS=152132120;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:94,143:0.60:237
chr2	152135514	rs289831	A	G	2089.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.184;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.508;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=45;PP=1005;ReadPosRankSum=0.094;SC=TCTAATCCAAATGAAAATGTT;SOR=1.022;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=93;TCF=30;TCR=63;TR=65;WE=152135522;WS=152135504;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,95:0.70:136
chr2	152138522	rs3771886	T	C	3356.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=31;NR=44;PP=1561;SC=CCTTCTTTAGTTGAATATTTT;SOR=0.924;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=75;TCF=31;TCR=44;TR=75;WE=152138530;WS=152138512;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr2	152139271	rs10169816	C	T	1052.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=20;NR=9;PP=577;SC=TAAAGCCTAACGGCCTCCCAA;SOR=1.387;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=20;TCR=9;TR=29;WE=152139279;WS=152139261;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr2	152139416	rs1048135	G	A	625.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.688;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.719;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=13;PP=291;ReadPosRankSum=1.587;SC=TTCATCTGGCGAATGCTCCTT;SOR=0.963;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=54;TCF=24;TCR=30;TR=21;WE=152139424;WS=152139406;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,35:0.36:98
chr2	152139493	rs10182245	A	G	1330.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=10;NR=17;PP=523;SC=AATAAATATTATAAGCATAGC;SOR=1.051;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=27;TCF=10;TCR=17;TR=27;WE=152139501;WS=152139483;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr2	152236045	rs35060021	TA	T	272.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.773;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.22;MQRankSum=0.945;QD=7.18;ReadPosRankSum=0.361;SOR=0.616;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,24:0.63:38
chr2	152267672	rs7585604	G	A	497.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=4;PP=334;SC=TTCATTTGCAGGAGTTAGAAA;SOR=1.863;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=11;TCR=4;TR=15;WE=152267680;WS=152267662;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr2	152267897	rs147405197	G	GT	55.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.322;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=4.060;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.59;ReadPosRankSum=-0.208;SOR=0.148;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,9:0.26:35
chr2	152273503	rs6735771	G	A	869.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.18;SOR=0.957;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr2	152293320	.	CT	C	99.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.056;ClippingRankSum=0.000;DP=227;ExcessHet=3.0103;FS=4.546;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.46;ReadPosRankSum=1.953;SOR=0.389;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:179,40:0.18:219
chr2	152295141	rs16830036	A	G	2128.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=44;NR=16;PP=1101;SC=AGTGTTAGTCATAGTACGTAG;SOR=1.554;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=61;TCF=44;TCR=17;TR=60;WE=152295149;WS=152295131;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr2	152298562	rs138147981	T	TTTTTA,TTTTTATTTTA	700.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=20;NF=0,0;NR=11,11;PP=168,200;SC=ATACTTCCCTTTTTTATTTTA;SOR=3.126;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=37;TCF=0;TCR=37;TR=11,11;WE=152298570;WS=152298552;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.60,0.40:15
chr2	152301977	.	A	G	2770.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=0.084;ClippingRankSum=0.000;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.707;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=44;PP=1200;ReadPosRankSum=0.116;SC=ATTGTCAAGTATTGATTTCCG;SOR=0.775;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=94;TCF=39;TCR=55;TR=75;WE=152301985;WS=152301967;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,123:0.78:158
chr2	152303171	rs2432941	G	A	3753.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=28;NR=86;PP=2474;SC=TTTGTGAACTGTCACCTATTA;SOR=2.129;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=114;TCF=28;TCR=86;TR=114;WE=152303179;WS=152303161;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr2	152311570	rs2444263	G	A	17528.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=673;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=172;NR=198;PP=2965;SC=CTCAATCACCGGCATTATTTC;SOR=0.752;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=372;TCF=173;TCR=199;TR=370;WE=152311578;WS=152311560;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,663:1.00:663
chr2	152314385	rs16830047	G	A	6752.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=270;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=74;NR=90;PP=2965;SC=TAATATTTCTGCACAAGAATA;SOR=0.822;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=166;TCF=74;TCR=92;TR=164;WE=152314393;WS=152314375;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,262:1.00:262
chr2	152314547	rs35044903	C	CA	590.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=18;PP=710;SC=TACTTTGATTCAAATAATCTT;SOR=4.712;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=0;TCR=19;TR=18;WE=152314555;WS=152314537;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr2	152315549	rs2444260	G	T	948.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=23;PP=631;SC=CATTGTCAGTGGTGTGGCCTG;SOR=3.126;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=27;TCF=4;TCR=23;TR=27;WE=152315557;WS=152315539;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr2	152317905	.	A	AT	156.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.090;ClippingRankSum=0.000;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.80;ReadPosRankSum=-1.185;SOR=0.551;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,13:0.48:27
chr2	152318713	rs59316798	TATC	T	1112.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=8;PP=659;SC=ATTGTAAGAATATCATCCGGT;SOR=0.846;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=17;TCF=6;TCR=11;TR=12;WE=152318723;WS=152318703;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr2	152320118	rs2123465	G	A	7532.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.834;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=279;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.205;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=106;NR=124;PP=2965;ReadPosRankSum=0.708;SC=AGCAGCAACAGTGGAAAATGC;SOR=0.377;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=233;TCF=107;TCR=126;TR=230;WE=152320126;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,273:1.00:274
chr2	152322095	rs2444257	A	T	13777.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=2.939;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=517;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=196;NR=145;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.044;SC=AATGAAAAATAATGAAGAAAT;SOR=0.157;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=343;TCF=198;TCR=145;TR=341;WE=152322103;WS=152322085;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,504:1.00:506
chr2	152331418	rs1065177	C	G	3020.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=48;NR=31;PP=1429;SC=CAAAAACCTTCTGGCACAGAT;SOR=0.877;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=80;TCF=49;TCR=31;TR=79;WE=152331426;WS=152331408;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr2	152342481	rs16830090	A	G	8469.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=325;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=86;NR=124;PP=2965;SC=GAAATATTATATGTTGGATTT;SOR=0.981;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=211;TCF=86;TCR=125;TR=210;WE=152342489;WS=152342471;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,321:1.00:321
chr2	152349026	rs2288195	G	A	2015.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=7;NR=45;PP=1245;SC=AGGAGAGACCGTGAATGAGTG;SOR=2.551;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=53;TCF=7;TCR=46;TR=52;WE=152349034;WS=152349016;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr2	152350462	rs4664455	T	C	6464.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=239;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=55;NR=116;PP=2965;SC=GGGGGAAATGTTATGTTTAAT;SOR=1.359;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=171;TCF=55;TCR=116;TR=171;WE=152350470;WS=152350440;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,233:1.00:233
chr2	152352843	rs7575451	C	G	17542.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=670;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=183;NR=179;PP=2965;SC=GGAGTGACAGCTAAAGGAGTT;SOR=0.724;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=362;TCF=183;TCR=179;TR=362;WE=152352851;WS=152352833;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,666:1.00:666
chr2	152359276	rs201290038	AT	A	86.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.546;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FS=1.014;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.74;ReadPosRankSum=0.599;SOR=0.471;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:94,23:0.20:117
chr2	152360136	rs3835058	AT	A	274.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=0;NR=8;PP=270;SC=AATAGTAAAAATTTTTACTAC;SOR=2.670;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=8;WE=152360144;WS=152360126;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr2	152369117	rs13023600	T	C	4622.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=106;NR=30;PP=2965;SC=CGTGAGCCACTGCACCTGGTG;SOR=2.444;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=137;TCF=106;TCR=31;TR=136;WE=152369125;WS=152369107;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,155:1.00:155
chr2	152374800	rs16830136	G	A	5208.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.776;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=79;NR=44;PP=2290;ReadPosRankSum=-1.049;SC=ATGAATGTGCGCCAGAGGAAA;SOR=1.106;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=125;TCF=80;TCR=45;TR=123;WE=152374808;WS=152374790;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,199:0.99:201
chr2	152382454	rs6721666	C	G	2913.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=73;NR=20;PP=1848;SC=GCCAAGAGACCGGTGGTTGAT;SOR=2.218;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=93;TCF=73;TCR=20;TR=93;WE=152382462;WS=152382444;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr2	152383913	rs2288198	T	C	2626.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=49;NR=26;PP=1580;SC=ACACTCATGATAGTGGTTATT;SOR=1.378;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=75;TCF=49;TCR=26;TR=75;WE=152383921;WS=152383903;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr2	152387553	rs4664475	T	C	10070.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=396;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=93;NR=114;PP=2965;SC=GCAACATGGGTGTGTCGTGGA;SOR=0.828;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=207;TCF=93;TCR=114;TR=207;WE=152387561;WS=152387543;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,393:1.00:393
chr2	152388228	rs60806638	G	C	19877.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.107;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=744;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=265;NR=197;PP=2965;ReadPosRankSum=1.396;SC=CCCAGACTTTGTGACAATTTA;SOR=0.907;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=467;TCF=267;TCR=200;TR=462;WE=152388245;WS=152388218;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,740:1.00:742
chr2	152388415	rs56026241	AT	A	6010.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=123;PP=2951;SC=TTTGATCTAAATTGTGGAAGA;SOR=2.618;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=131;TCF=4;TCR=127;TR=127;WE=152388423;WS=152388405;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,176:1.00:176
chr2	152394534	rs3732310	T	G	7112.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.779;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=258;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.291;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=103;NR=116;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.673;SC=TTACCCAAAGTTAATGTAAAT;SOR=0.440;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=220;TCF=104;TCR=116;TR=219;WE=152394542;WS=152394524;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,255:1.00:256
chr2	152396726	rs66541369	T	TA	3125.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.967;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.262;NF=53;NR=28;PP=2471;ReadPosRankSum=-1.012;SC=TTTTTCTCTTTAAAAAAATGT;SOR=1.040;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=103;TCF=68;TCR=35;TR=81;WE=152396734;WS=152396716;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,124:0.99:125
chr2	152402515	.	T	TA	1136.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.623;ClippingRankSum=0.000;DP=235;ExcessHet=3.0103;FS=2.958;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.05;MQRankSum=0.775;QD=7.95;ReadPosRankSum=1.035;SOR=1.080;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:50,93:0.65:143
chr2	152403014	rs4664486	C	T	7081.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=278;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.04;QD=25.85;SOR=0.816;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,274:1.00:274
chr2	152403071	rs11436330	C	CT	569.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.474;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FS=5.098;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.12;MQRankSum=0.000;QD=9.34;ReadPosRankSum=-0.026;SOR=0.226;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,44:0.72:61
chr2	152404294	rs2288201	C	T	2624.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=67;PP=1878;SC=TAGTAGGGGACGACGAGGGCA;SOR=2.758;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=76;TCF=9;TCR=67;TR=76;WE=152404302;WS=152404284;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr2	152409329	rs144077905	C	G	9276.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.139;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=644;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.165;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=111;NR=139;PP=2962;ReadPosRankSum=0.085;SC=TTGGACCATTCCTTATGCTTG;SOR=0.798;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=401;TCF=185;TCR=216;TR=250;WE=152409337;WS=152409319;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:216,423:0.66:639
chr2	152409416	rs2288203	C	T	5074.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.199;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.902;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=107;PP=2965;ReadPosRankSum=1.419;SC=CTCAACAGACCGAGATGCATT;SOR=1.855;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=147;TCF=39;TCR=108;TR=144;WE=152409424;WS=152409406;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,184:0.99:186
chr2	152409809	rs4575719	C	A	2813.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=73;NR=17;PP=2108;SC=AGCCACCCCCCAGAGCTGGCC;SOR=2.584;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=90;TCF=73;TCR=17;TR=90;WE=152409817;WS=152409799;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr2	152410640	.	G	T	1185.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-2.947;ClippingRankSum=0.000;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.852;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=32;PP=548;ReadPosRankSum=-0.144;SC=CGAACAGTTGGGGGCAGGGCA;SOR=0.490;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=143;TCF=41;TCR=102;TR=45;WE=152410648;WS=152410630;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:115,67:0.37:182
chr2	152417064	rs2288206	G	A	2496.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=53;NR=24;PP=1549;SC=GCAGGGGAGGGGAGGGAGGGT;SOR=1.559;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=78;TCF=53;TCR=25;TR=77;WE=152417072;WS=152417054;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr2	152420361	rs145252235	C	T	4266.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-2.084;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=301;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.442;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=81;PP=2318;ReadPosRankSum=-0.735;SC=GATCAGCATGCTTGGCTCCAA;SOR=0.735;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=209;TCF=84;TCR=125;TR=135;WE=152420369;WS=152420351;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:108,188:0.64:296
chr2	152422076	rs2288210	C	G	17409.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.946;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=659;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=233;NR=205;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.666;SC=CACCACACTTCTAAAGTTAGG;SOR=0.378;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=440;TCF=233;TCR=207;TR=438;WE=152422095;WS=152422066;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,649:1.00:650
chr2	152422087	rs2288211	A	G	18026.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.419;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=683;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=232;NR=213;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.715;SC=TAAAGTTAGGATAGTTTTCAA;SOR=0.324;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=446;TCF=232;TCR=214;TR=445;WE=152422095;WS=152422066;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,673:1.00:674
chr2	152424933	rs3214503	T	TA	793.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.912;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=3.322;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.01;ReadPosRankSum=0.353;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,49:0.80:61
chr2	152425692	rs3732312	T	C	2738.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=52;NR=17;PP=1521;SC=ATGGTTAAGATTGCTGATATT;SOR=1.708;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=69;TCF=52;TCR=17;TR=69;WE=152425700;WS=152425682;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr2	152426973	.	G	GA	263.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.957;ClippingRankSum=0.000;DP=344;ExcessHet=3.0103;FS=1.825;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.03;MQRankSum=2.132;QD=0.83;ReadPosRankSum=1.348;SOR=0.837;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:263,55:0.17:318
chr2	152427080	rs140688592	C	A	5598.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.995;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=361;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQ=60.03;MQRankSum=0.681;NF=78;NR=94;PP=2962;ReadPosRankSum=1.176;SC=CATCACAGCCCGCCTTCATTT;SOR=0.719;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=238;TCF=109;TCR=129;TR=172;WE=152427088;WS=152427070;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:111,244:0.69:355
chr2	152427249	rs7568873	A	G	2360.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=22;NR=57;PP=1539;SC=AAGAGCATAGATGAGAATCAT;SOR=1.954;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=79;TCF=22;TCR=57;TR=79;WE=152427257;WS=152427239;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr2	152432886	rs61254943	G	A	1721.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-0.089;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=41;PP=1132;ReadPosRankSum=-0.586;SC=AGAAAACACAGGTAGAAGCAG;SOR=1.068;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=54;TCF=12;TCR=42;TR=53;WE=152432894;WS=152432876;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,62:0.98:63
chr2	152472417	rs62174707	C	T	2435.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.892;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=11;PP=1503;ReadPosRankSum=-0.790;SC=GGAATTGAGACTTATAGGGGT;SOR=1.480;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=70;TCF=59;TCR=11;TR=69;WE=152472425;WS=152472407;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,87:0.99:88
chr2	152473986	.	CA	C	81.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.231;ClippingRankSum=0.000;DP=92;ExcessHet=3.0103;FS=1.352;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.17;ReadPosRankSum=-0.659;SOR=1.130;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:53,17:0.24:70
chr2	152474001	rs4303716	A	G	965.37	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.758;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.55;ReadPosRankSum=0.945;SOR=0.752;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,46:0.84:55
chr2	152474842	.	T	C	2763.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-1.342;ClippingRankSum=0.000;DP=465;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.547;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=40;PP=1093;ReadPosRankSum=-1.509;SC=GGAGTGTCCGTTATACTGGTA;SOR=0.749;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=267;TCF=139;TCR=128;TR=85;WE=152474850;WS=152474832;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:295,160:0.35:455
chr2	152481977	rs10186482	A	G	800.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=23;NR=7;PP=526;SC=GATTAATTTCATAATTCTCAC;SOR=2.303;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=23;TCR=7;TR=30;WE=152481985;WS=152481967;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr2	152490219	rs6709886	A	G	12353.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.678;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=493;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=-0.032;NF=163;NR=134;PP=2965;ReadPosRankSum=1.974;SC=CGCTCTGGTCAGGCAGGCATG;SOR=0.811;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=298;TCF=164;TCR=134;TR=297;WE=152490227;WS=152490209;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,481:1.00:483
chr2	152490458	rs6710212	A	G	11149.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=438;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=115;NR=152;PP=2965;SC=AGTTGCTTGCAGTAACCATCT;SOR=0.889;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=267;TCF=115;TCR=152;TR=267;WE=152490466;WS=152490448;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,433:1.00:433
chr2	152496038	rs13032138	G	A	103.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=3.481;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=5;PP=70;ReadPosRankSum=0.464;SC=GCACATCTTCGGGTAATAAGT;SOR=0.307;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=0;TCR=14;TR=5;WE=152496046;WS=152496028;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,5:0.36:14
chr2	152496526	rs6713162	A	G	1905.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.879;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=379;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=49;PP=1028;ReadPosRankSum=2.333;SC=GAGCCAATGGACACCCAGCCA;SOR=0.701;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=254;TCF=92;TCR=162;TR=78;WE=152496534;WS=152496516;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:262,112:0.30:374
chr2	152506990	rs138505318	T	C	1184.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=2.952;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.080;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=31;PP=969;ReadPosRankSum=0.305;SC=TTTTAGATTTTCAATAATAAT;SOR=0.488;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=70;TCF=16;TCR=54;TR=42;WE=152506998;WS=152506980;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,44:0.59:74
chr2	152511778	rs10930723	A	C	543.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.636;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.688;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=4;PP=233;ReadPosRankSum=1.983;SC=TTTTATATAAATTTACCTGAC;SOR=0.930;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=70;TCF=49;TCR=21;TR=19;WE=152511786;WS=152511768;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,34:0.29:117
chr2	152512992	rs10173335	A	T	1785.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=3.362;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=345;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.094;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQ=60.03;MQRankSum=1.502;NF=26;NR=54;PP=1114;ReadPosRankSum=0.707;SC=TGAAGAAAATATGAGTTTTTA;SOR=0.950;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=234;TCF=83;TCR=151;TR=80;WE=152513000;WS=152512982;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:226,101:0.31:327
chr2	152514690	rs67239108	CTT	C	182.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.958;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.527;HP=10;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.835;NF=0;NR=11;PP=96;ReadPosRankSum=-1.101;SC=ACTGTGGCGTCTTTTTTTTTG;SOR=1.508;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=43;TCF=1;TCR=42;TR=11;WE=152514699;WS=152514680;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,11:0.24:46
chr2	152520027	rs12620077	A	G	1684.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-2.637;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=342;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.908;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=24;PP=683;ReadPosRankSum=-2.225;SC=CTTATTATCCAGAGTAAACGC;SOR=0.624;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=217;TCF=139;TCR=78;TR=66;WE=152520035;WS=152520017;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:228,107:0.32:335
chr2	152521096	rs10170273	C	T	2173.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.404;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=410;ExcessHet=3.0103;FS=0.561;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.37;ReadPosRankSum=2.335;SOR=0.750;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:276,129:0.32:405
chr2	152527572	rs7426114	C	T	10275.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.231;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=754;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=134;NR=129;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.147;SC=TGAGCCAACACCATGCCCATG;SOR=0.699;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=434;TCF=219;TCR=215;TR=263;WE=152527580;WS=152527562;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:283,469:0.62:752
chr2	152531077	rs6711382	A	G	16930.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.804;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=631;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=174;NR=232;PP=2965;ReadPosRankSum=1.838;SC=ATTAAGTCATACCAATCCCGT;SOR=0.894;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=408;TCF=176;TCR=232;TR=406;WE=152531085;WS=152531067;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,619:1.00:621
chr2	152536498	rs6735208	T	A	4516.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.596;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=316;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=84;PP=2193;ReadPosRankSum=-0.469;SC=GCAGGTTGTATTTGTGAATAA;SOR=0.679;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=211;TCF=87;TCR=124;TR=143;WE=152536506;WS=152536488;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:105,208:0.66:313
chr2	152537351	rs13427102	C	T	2276.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.261;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=457;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.216;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=59;PP=1156;ReadPosRankSum=0.283;SC=TTCTGTTTGGCAAATCAAAAA;SOR=0.792;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=303;TCF=125;TCR=178;TR=97;WE=152537359;WS=152537341;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:313,137:0.30:450
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chr2	152573902	rs34733773	A	AGGC	11919.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.809;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=422;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.218;HP=5;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=84;PP=2921;ReadPosRankSum=-0.226;SC=TCTTCAAGGGAGGCAATGTCC;SOR=0.830;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=216;TCF=84;TCR=132;TR=136;WE=152573910;WS=152573892;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:128,294:0.70:422
chr2	152573981	rs4611637	A	G	8545.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.323;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=604;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.162;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.023;NF=127;NR=139;PP=2962;ReadPosRankSum=2.652;SC=CTGGAGGATCAGCCAGAGGCG;SOR=0.586;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=392;TCF=184;TCR=208;TR=266;WE=152573989;WS=152573971;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:206,396:0.66:602
chr2	152581866	rs4300824	T	C	20098.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.022;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=763;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=315;NR=188;PP=2965;ReadPosRankSum=0.587;SC=CTCATAGTAATTCAACTGCTC;SOR=0.406;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=506;TCF=318;TCR=188;TR=503;WE=152581874;WS=152581856;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,754:0.99:758
chr2	152584153	rs4664499	A	C	1837.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=34;NR=9;PP=1007;SC=GAGTTGAGATAAGTAATTTCT;SOR=1.758;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=43;TCF=34;TCR=9;TR=43;WE=152584161;WS=152584143;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr2	152670892	rs72866498	T	C	694.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.128;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.709;HP=5;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=17;PP=421;ReadPosRankSum=1.204;SC=TGAACAATTTTTTAATCAAGG;SOR=0.484;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=73;TCF=30;TCR=43;TR=32;WE=152670900;WS=152670882;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,38:0.40:96
chr2	152670968	rs149341234	T	C	255.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-1.872;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=9;PP=116;ReadPosRankSum=-1.350;SC=GTTTACAACATGAGTGAGGGT;SOR=1.009;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=26;TCF=8;TCR=18;TR=12;WE=152670976;WS=152670958;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,14:0.50:28
chr2	152684704	rs150910136	A	AC	6531.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.180;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=534;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.978;HP=9;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.652;NF=12;NR=151;PP=2756;ReadPosRankSum=0.107;SC=CGGGCAGCGGACCCCCCCCCT;SOR=0.844;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=258;TCF=16;TCR=242;TR=163;WE=152684716;WS=152684694;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:148,319:0.68:467
chr2	152709810	rs13397345	A	G	682.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-3.106;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.497;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=3;PP=516;ReadPosRankSum=0.120;SC=TACAAGCAACATAACAGCAGC;SOR=1.877;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=49;TCF=44;TCR=5;TR=33;WE=152709818;WS=152709805;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,31:0.62:50
chr2	152717071	rs12693154	C	T	1341.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-2.291;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=7;PP=888;ReadPosRankSum=-0.990;SC=CAAGACTCTGCTGCCTTCTTG;SOR=0.770;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=72;TCF=61;TCR=11;TR=47;WE=152717079;WS=152717061;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,57:0.67:85
chr2	152725937	rs3768652	C	A	682.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-1.781;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.276;HP=5;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=25;PP=512;ReadPosRankSum=0.439;SC=CTAATTTCCACCCCCCTTGGT;SOR=1.981;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=43;TCF=6;TCR=37;TR=27;WE=152725945;WS=152725927;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,28:0.64:44
chr2	152729138	rs770609	T	C	1279.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=33;PP=952;SC=CTATAAAGAATTTCAAGAATC;SOR=3.664;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=36;TCF=3;TCR=33;TR=36;WE=152729146;WS=152729128;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr2	152827973	rs7567588	A	G	6170.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=107;NR=47;PP=2965;SC=GACTGCAGCTAGCCATCTGAG;SOR=1.333;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=155;TCF=107;TCR=48;TR=154;WE=152827981;WS=152827963;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,217:1.00:217
chr2	152828281	rs7607341	C	G	4134.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=30;NR=82;PP=2461;SC=GAACATCTCTCTCTTCCCCTG;SOR=1.847;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=113;TCF=30;TCR=83;TR=112;WE=152828289;WS=152828271;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,147:1.00:147
chr2	152988610	rs5835408	C	CT	4089.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.315;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=492;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=2.572;NF=8;NR=49;PP=2053;ReadPosRankSum=1.254;SC=CTTTTTATTCCTGCACGAAAA;SOR=0.761;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=185;TCF=29;TCR=156;TR=57;WE=152988618;WS=152988600;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:331,151:0.31:482
chr2	152992237	rs12612031	G	A	324.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.112;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=11;PP=198;ReadPosRankSum=0.827;SC=AGCTATAATTGAGTCATTTTT;SOR=0.521;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=36;TCF=7;TCR=29;TR=13;WE=152992245;WS=152992227;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,16:0.37:43
chr2	153000337	rs12617139	T	A	2879.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=45;NR=24;PP=1270;SC=GATTTAAAACTTACCTGTCAT;SOR=1.159;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=70;TCF=45;TCR=25;TR=69;WE=153000345;WS=153000327;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr2	153001359	rs142275525	GAT	G	1862.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.250;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQ=60.06;MQRankSum=1.496;NF=8;NR=15;PP=852;ReadPosRankSum=-0.982;SC=CCCTGGCAAAGATATTTTAAG;SOR=0.706;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=79;TCF=31;TCR=48;TR=23;WE=153001368;WS=153001349;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:130,59:0.31:189
chr2	153004736	rs72864741	C	T	2991.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-1.658;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.458;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=37;PP=1112;ReadPosRankSum=-0.318;SC=GCCTTGTACTCACAGTTAGTG;SOR=0.527;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=117;TCF=54;TCR=63;TR=74;WE=153004744;WS=153004726;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,140:0.65:215
chr2	153004816	.	T	TA	80.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.254;ClippingRankSum=0.000;DP=121;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.75;ReadPosRankSum=-0.192;SOR=0.688;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:87,20:0.19:107
chr2	153006452	rs13003423	G	C	593.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-4.252;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.302;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=3;PP=456;ReadPosRankSum=0.814;SC=GAAATCATGAGTTGGAGGAAG;SOR=0.936;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=71;TCF=64;TCR=7;TR=28;WE=153006460;WS=153006442;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,28:0.34:82
chr2	153405594	rs1155779	G	A	1309.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.181;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.092;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=20;PP=468;ReadPosRankSum=-0.783;SC=AAATTTCTTTGAGAACTAACC;SOR=0.786;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=124;TCF=60;TCR=64;TR=37;WE=153405602;WS=153405584;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:143,76:0.35:219
chr2	153415170	rs6705427	A	C	652.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-2.300;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.031;HP=5;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=6;PP=419;ReadPosRankSum=1.491;SC=CTGGTGGAAAAAACAAAACTT;SOR=0.520;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=72;TCF=58;TCR=14;TR=28;WE=153415178;WS=153415160;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,32:0.41:78
chr2	153415234	rs200953857	T	TG	1434.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.496;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=255;ExcessHet=3.0103;FS=2.280;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.76;ReadPosRankSum=-1.386;SOR=0.848;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:159,90:0.36:249
chr2	153415244	rs72868279	T	C,TC	8382.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.550;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=290;ExcessHet=3.0103;FS=1.699;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=33.80;ReadPosRankSum=-0.729;SOR=1.307;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:11,139,98:0.56,0.40:248
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chr2	153435434	rs16831399	C	T	3641.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.418;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=267;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=57;PP=1713;ReadPosRankSum=-0.497;SC=CTCATCCACACGCTGTCAATG;SOR=0.686;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=182;TCF=94;TCR=88;TR=119;WE=153435442;WS=153435424;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:94,171:0.65:265
chr2	153463984	rs72210499	TACAC	T	481.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.997;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=40.14;ReadPosRankSum=-2.111;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,11:0.92:12
chr2	153471255	rs70974877	T	TCAAAACAAAACAAAACAAAA	1444.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.280;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=3.897;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.11;MQRankSum=0.024;QD=23.68;ReadPosRankSum=0.168;SOR=1.244;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,27:0.44:61
chr2	153473435	rs7596408	G	A	1696.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=45;NR=8;PP=1302;SC=CCTGGTAGAAGCAAATATGTA;SOR=2.958;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=53;TCF=45;TCR=8;TR=53;WE=153473443;WS=153473425;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr2	153473521	rs12693415	A	C	3970.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=1.102;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.196;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=82;NR=34;PP=2237;ReadPosRankSum=-1.795;SC=GGTCCCTAATAATCTTGGAGC;SOR=0.818;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=161;TCF=112;TCR=49;TR=116;WE=153473529;WS=153473511;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,166:0.72:229
chr2	153473794	rs2304556	T	G	1752.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=2.717;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=51;PP=1252;ReadPosRankSum=1.788;SC=TACCTTCATTTCAGAGGAATG;SOR=0.930;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=83;TCF=11;TCR=72;TR=59;WE=153473802;WS=153473784;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,65:0.71:91
chr2	153476066	rs5835439	G	GCCA	5052.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.61;BaseQRankSum=-1.572;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.973;HP=7;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.610;NF=0;NR=52;PP=1756;ReadPosRankSum=1.536;SC=CGCCGCCGCCGCCCCCTCCTC;SOR=3.164;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=90;TCF=33;TCR=57;TR=52;WE=153476074;WS=153476056;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,119:0.98:121
chr2	153478931	rs7609122	T	C	2745.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=72;NR=5;PP=2105;SC=TGTGCCGCCTTGTGAAATGTG;SOR=4.565;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=78;TCF=72;TCR=6;TR=77;WE=153478939;WS=153478921;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr2	153481943	rs2346532	T	C	5635.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=112;NR=50;PP=2965;SC=TTCTCTTTGATGTCTTTAGCT;SOR=1.486;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=163;TCF=113;TCR=50;TR=162;WE=153481951;WS=153481933;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,206:1.00:206
chr2	153492910	rs1561267	G	T	2906.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-2.186;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=36;PP=1397;ReadPosRankSum=1.260;SC=TCCCCATTGAGTTTCACTGGG;SOR=0.683;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=128;TCF=79;TCR=49;TR=93;WE=153492918;WS=153492900;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,134:0.70:192
chr2	153497168	rs1465818	C	T	1025.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=31;NR=3;PP=822;SC=TTCTCTGCAACTGAGCAGAAT;SOR=3.797;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=35;TCF=32;TCR=3;TR=34;WE=153497176;WS=153497163;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr2	153497193	rs12998222	T	C	444.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.347;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.483;HP=2;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=3;PP=241;ReadPosRankSum=-0.884;SC=GATGTGTGTGTGTTTTTGGCC;SOR=0.256;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=39;TCF=34;TCR=5;TR=17;WE=153497201;WS=153497183;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,21:0.48:44
chr2	153502243	rs71394494	G	GTATT	885.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=0.789;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.153;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=15;PP=754;ReadPosRankSum=0.829;SC=TTGGGCAAGGGTATTTGCTGA;SOR=1.473;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=34;TCF=2;TCR=32;TR=16;WE=153502251;WS=153502233;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,23:0.64:36
chr2	153504552	rs12693429	G	A	4548.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.796;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=303;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.983;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=86;PP=2273;ReadPosRankSum=-1.995;SC=TAGCAAACACGGAAGAATTTT;SOR=0.606;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=199;TCF=71;TCR=128;TR=134;WE=153504560;WS=153504542;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:92,203:0.69:295
chr2	153514583	rs6713779	G	C	1990.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=16;NR=33;PP=1015;SC=AGATACCATTGTTATATAGGT;SOR=1.257;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=49;TCF=16;TCR=33;TR=49;WE=153514591;WS=153514573;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr2	153514610	rs12999331	T	C	649.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=2.626;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.826;HP=1;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=15;PP=352;ReadPosRankSum=0.076;SC=TAAGAACATCTATGTGTAACA;SOR=1.284;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=32;TCF=7;TCR=25;TR=17;WE=153514618;WS=153514600;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,27:0.59:46
chr2	153519524	rs1036526	A	G	3459.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=72;NR=28;PP=2023;SC=GAATTCCATTAGAAAAAAATA;SOR=1.609;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=103;TCF=72;TCR=31;TR=100;WE=153519532;WS=153519514;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
chr2	153520782	rs3762507	A	G	1880.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=46;PP=1386;SC=GAGAAAAATTATATTTGGAAA;SOR=1.946;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=62;TCF=16;TCR=46;TR=62;WE=153520790;WS=153520772;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr2	153520819	rs3762506	C	A	938.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=7;NR=24;PP=697;SC=GAGAAATAAGCGTCTAACATG;SOR=2.165;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=7;TCR=24;TR=31;WE=153520827;WS=153520809;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr2	153529361	rs2304559	T	C	810.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=21;NR=5;PP=552;SC=TTATTAGACATAAAACAACTC;SOR=2.303;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=21;TCR=5;TR=26;WE=153529369;WS=153529351;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr2	153535670	rs10166987	C	T	2748.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=36;NR=34;PP=1326;SC=TTAAAATCTACAGAACTGAGA;SOR=0.815;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=71;TCF=36;TCR=35;TR=70;WE=153535678;WS=153535660;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr2	153549814	rs10172024	G	C	16177.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.136;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=416;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=39.46;ReadPosRankSum=1.071;SOR=0.387;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,409:1.00:410
chr2	153549814	.	GTGTAC	CTGTAC,CTGTAT	2793	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.55;FR=0.5000,0.5000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MMLQ=22;MQ=60.0;NF=150,106;NR=95,66;PP=1060,2793;QD=4.46845392876;SC=TGGTCACCAAGTGTACACAAG;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=246;TCF=151;TCR=95;TR=245,172;WE=153549827;WS=153549804;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:1.00:246
chr2	153549819	rs13003670	C	T	6656.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.786;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=451;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.96;ReadPosRankSum=-0.500;SOR=0.729;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:138,307:0.69:445
chr2	153572438	rs2346548	C	T	5083.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=96;NR=51;PP=2919;SC=GACCTAGATTCTGAAATCTTG;SOR=1.411;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=148;TCF=97;TCR=51;TR=147;WE=153572446;WS=153572428;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,183:1.00:183
chr2	153576548	.	G	GTCAGTCTTAAATGATTGGCTGCCAATGTTTCATTTCTTTATCATTCCCCTCCCCCCTTTTTTACCCTTTTTTGAATGTGCATGGAATGTAAATTA	11095.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=352;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.28;QD=55.76;SOR=1.471;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,199:1.00:199
chr2	153576580	.	A	ATTTC	2970	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.64;FR=0.5000;HP=3;HapScore=1;MGOF=28;MMLQ=28;MQ=59.55;NF=1;NR=78;PP=2970;QD=20;SC=CCAATGTTTCATTTATCATTC;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=133;TCF=4;TCR=129;TR=79;WE=153576588;WS=153576570;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:54,79:0.59:133
chr2	153577013	rs9646744	G	A	14032.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=543;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=160;NR=190;PP=2965;SC=TTATAGTATTGCTTTCCTACC;SOR=0.792;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=350;TCF=160;TCR=190;TR=350;WE=153577021;WS=153577003;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,529:1.00:529
chr2	154801196	rs72865049	A	G	2222.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-0.889;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.920;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=60;PP=1514;ReadPosRankSum=0.282;SC=GAGATGAGAAAAGTGGTGCCT;SOR=0.492;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=107;TCF=22;TCR=85;TR=75;WE=154801204;WS=154801186;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,89:0.72:123
chr2	155099146	rs9288324	G	A	711.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=21;NR=1;PP=600;SC=CATCTTGGTAGTATCTCTGCT;SOR=4.804;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=22;TCF=21;TCR=1;TR=22;WE=155099154;WS=155099143;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr2	155252653	rs13026208	T	C	1793.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=3.915;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=266;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.325;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=45;PP=1113;ReadPosRankSum=-1.253;SC=GTATGAATTATTTATTTTGGT;SOR=1.150;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=172;TCF=60;TCR=112;TR=62;WE=155252661;WS=155252643;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:168,91:0.35:259
chr2	155265623	rs1405936	G	A	1658.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.625;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=301;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.464;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=47;PP=920;ReadPosRankSum=0.322;SC=TCAGCTTCATGTTTTAGAGGG;SOR=0.640;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=208;TCF=71;TCR=137;TR=72;WE=155265631;WS=155265613;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:198,96:0.33:294
chr2	155294364	rs10714112	TA	T	47.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.446;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.78;MQRankSum=-0.000;QD=3.18;ReadPosRankSum=-1.736;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,8:0.53:15
chr2	155306885	rs697648	C	T	4364.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=81;NR=34;PP=2345;SC=AAGCTAAAGACGAAATAAGCT;SOR=1.480;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=115;TCF=81;TCR=34;TR=115;WE=155306893;WS=155306875;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,160:1.00:160
chr2	155555195	rs5835535	T	TC	1568.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.509;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=8.495;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=28.52;ReadPosRankSum=2.272;SOR=5.097;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,53:0.96:55
chr2	155711357	rs17642086	T	C	4648.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.278;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=845;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=90;NR=74;PP=1772;ReadPosRankSum=1.199;SC=CCCAGTTCCATGCAACATTTG;SOR=0.633;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=522;TCF=296;TCR=226;TR=164;WE=155711365;WS=155711347;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:562,275:0.33:837
chr2	157183211	rs35479735	TC	T	2098.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.868;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=292;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.866;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.566;NF=18;NR=20;PP=1185;ReadPosRankSum=1.653;SC=CTGGATTGTCTCCCTCCCTCC;SOR=0.881;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=119;TCF=48;TCR=71;TR=38;WE=157183219;WS=157183201;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:204,84:0.29:288
chr2	157189011	rs834836	G	C	5834.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=224;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=70;NR=75;PP=2965;SC=CTCCGCGTCTGTCTTCATTCA;SOR=0.750;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=147;TCF=70;TCR=77;TR=145;WE=157189019;WS=157189001;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,216:1.00:216
chr2	157352734	rs55843224	CT	C	61.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.627;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.47;ReadPosRankSum=0.328;SOR=0.738;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:107,25:0.19:132
chr2	157406249	rs2116665	G	A	16387.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=624;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=152;NR=251;PP=2965;SC=GGGAAAGTGCGTGTGAGCGGC;SOR=1.096;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=405;TCF=152;TCR=253;TR=403;WE=157406257;WS=157406239;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,613:1.00:613
chr2	157406296	rs2116664	A	C	10297.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=364;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=77;NR=178;PP=2965;SC=TATGCCAGGTATCTGGGAGGG;SOR=1.420;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=257;TCF=78;TCR=179;TR=255;WE=157406304;WS=157406286;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,361:1.00:361
chr2	157425502	rs36082652	C	CT	536.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.024;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.11;MQRankSum=0.000;QD=7.67;ReadPosRankSum=0.494;SOR=0.557;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,41:0.59:70
chr2	157427593	rs1469652	T	C	1842.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=35;NR=19;PP=913;SC=GCTTTATTTCTCATTTTCTAA;SOR=1.195;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=54;TCF=35;TCR=19;TR=54;WE=157427601;WS=157427583;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr2	157427837	rs1469651	C	A	2349.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=23;NR=35;PP=1088;SC=ACCACAATTCCTATTGTAAAC;SOR=0.997;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=58;TCF=23;TCR=35;TR=58;WE=157427858;WS=157427827;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr2	157427850	rs1469650	G	A	1902.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=33;PP=1008;SC=TTGTAAACGCGGAATGGCTTA;SOR=1.445;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=14;TCR=33;TR=47;WE=157427858;WS=157427827;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr2	158115129	rs61748237	A	T	3162.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.948;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=602;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=75;PP=1795;ReadPosRankSum=1.372;SC=AGCAAAAGGAACTCAGGTAGT;SOR=0.718;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=411;TCF=178;TCR=233;TR=131;WE=158115137;WS=158115119;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:411,184:0.31:595
chr2	158152917	rs79766504	T	C	1927.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.752;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=371;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.407;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=32;PP=736;ReadPosRankSum=0.441;SC=TACATGACAGTGGATAACTTT;SOR=0.648;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=190;TCF=105;TCR=85;TR=67;WE=158152925;WS=158152907;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:244,118:0.33:362
chr2	158157361	rs3214040	C	T	8706.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=336;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=99;NR=113;PP=2965;SC=TCTATGGCCACGGAGACCACC;SOR=0.748;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=213;TCF=100;TCR=113;TR=212;WE=158157369;WS=158157351;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,333:1.00:333
chr2	158162475	rs3214039	C	T	2825.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=23;NR=59;PP=1897;SC=AGAGAGTCCACCACTAAACAC;SOR=1.755;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=82;TCF=23;TCR=59;TR=82;WE=158162483;WS=158162465;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr2	158162521	rs3816595	T	G	1261.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=36;PP=1092;SC=GTGTGGGTCCTGCAGTCAACT;SOR=3.664;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=5;TCR=36;TR=41;WE=158162529;WS=158162511;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr2	158165004	rs6728956	C	T	1654.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=46;NR=7;PP=1244;SC=TTAACTGTTGCTAACAAAAAT;SOR=3.383;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=53;TCF=46;TCR=7;TR=53;WE=158165012;WS=158164994;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr2	158180784	.	CA	C	142.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.464;ClippingRankSum=0.000;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=1.051;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.20;ReadPosRankSum=0.190;SOR=0.534;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:44,21:0.32:65
chr2	158275111	rs5835667	T	TA	913.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.320;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FS=0.810;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.49;ReadPosRankSum=2.610;SOR=0.718;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:54,68:0.56:122
chr2	158283710	rs155614	A	G	389.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=8;NR=2;PP=301;SC=TATTCCTCCAAAGGTAATTGT;SOR=2.833;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=8;TCR=2;TR=10;WE=158283718;WS=158283707;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr2	158284056	rs155613	C	T	554.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=1;NR=17;PP=490;SC=AAACGAAATACAAATGTTACA;SOR=3.611;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=18;TCF=1;TCR=17;TR=18;WE=158284064;WS=158284046;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr2	158291107	rs70987792	T	TAG	268.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=1.314;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.098;HP=1;HapScore=2;MGOF=28;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.793;NF=7;NR=4;PP=369;ReadPosRankSum=0.442;SC=TGTGTGTGCGTAGAGAGAGAG;SOR=1.609;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=20;TCF=12;TCR=8;TR=11;WE=158291116;WS=158291097;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,13:0.59:22
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chr2	158626980	rs1146031	C	T	10235.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=404;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=144;NR=113;PP=2965;SC=CGGCAACATTCTCCCCTTGCC;SOR=0.880;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=257;TCF=144;TCR=113;TR=257;WE=158626988;WS=158626970;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,394:1.00:394
chr2	158636910	rs2227861	G	A	7580.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.329;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=552;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=120;NR=85;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.402;SC=AGCACTCCACGGCTTGGCCAG;SOR=0.708;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=344;TCF=199;TCR=145;TR=205;WE=158636918;WS=158636900;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:201,345:0.63:546
chr2	158637137	rs1866885	A	G	2455.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.042;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=293;ExcessHet=3.0103;FS=1.856;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.91;ReadPosRankSum=1.002;SOR=0.564;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:62,163:0.72:225
chr2	158637138	rs35392775	A	G	514.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.118;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=293;ExcessHet=3.0103;FS=1.173;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.25;ReadPosRankSum=-0.454;SOR=0.570;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:166,63:0.28:229
chr2	158655883	rs111834201	C	CAA	1517.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.402;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.17;MQRankSum=0.335;QD=25.72;ReadPosRankSum=1.093;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,57:0.97:59
chr2	159028800	rs2222390	A	G	1101.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=10;NR=24;PP=693;SC=AATTTAAATAACAATTCATTG;SOR=1.609;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=34;TCF=10;TCR=24;TR=34;WE=159028808;WS=159028790;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr2	159035344	rs3836162	A	AT,ATT	7643.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.498;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=343;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=3.119;HP=8;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=66,66;NR=73,73;PP=1452,375;ReadPosRankSum=-1.383;SC=ACTTAGAAACATTTTTTTTAA;SOR=0.352;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=164;TCF=75;TCR=89;TR=139,139;WE=159035352;WS=159035334;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.76,0.22:336
chr2	159077019	rs958671	A	C	3141.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.98;SOR=1.420;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr2	159166069	rs7559772	T	C	8152.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=295;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=59;NR=150;PP=2965;SC=AAAGTCTTTCTTATTTTTATT;SOR=1.593;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=210;TCF=59;TCR=151;TR=209;WE=159166077;WS=159166059;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,287:1.00:287
chr2	159166172	rs200821341	G	A	520.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.009;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=17;PP=361;ReadPosRankSum=1.361;SC=AACAGAGGGTGAATACTTATC;SOR=0.223;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=35;TCF=0;TCR=35;TR=17;WE=159166180;WS=159166162;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,20:0.51:39
chr2	159312733	rs1111212	C	T	1684.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.201;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.714;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=12;PP=994;ReadPosRankSum=2.901;SC=ACCTCGTTCCCTTACCAAAAT;SOR=0.340;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=71;TCF=56;TCR=15;TR=51;WE=159312741;WS=159312723;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,70:0.70:100
chr2	159312776	rs3796107	GA	TT	2409.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.514;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.884;HP=3;HapScore=1;JOINED;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=10;PP=1660;ReadPosRankSum=1.615;SC=GAGTCTTTCAGAAGAGTTATG;SOR=1.232;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=157;TCF=111;TCR=46;TR=47;WE=159312785;WS=159312766;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:145,68:0.32:213
chr2	159434492	rs2356188	G	A	1152.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=36.02;SOR=3.126;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr2	159434492	.	GAATAGTTA	AAATAGTTA,AAATAGTTG	287	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.39;FR=0.5000,0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MMLQ=26;MQ=60.0;NF=24,12;NR=3,2;PP=226,287;QD=9.6581930573;SC=TACATGTTCCGAATAGTTAAA;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=27;TCF=24;TCR=3;TR=27,14;WE=159434508;WS=159434482;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:1.00:27
chr2	159434500	rs2356189	A	G	454.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.761;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.37;ReadPosRankSum=-0.205;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,20:0.50:40
chr2	159434727	rs10933494	T	G	572.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.808;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FS=1.578;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.62;ReadPosRankSum=-0.648;SOR=0.543;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:88,36:0.29:124
chr2	159434802	rs72184107	ATC	A	477.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.809;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.649;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=9;PP=335;ReadPosRankSum=0.825;SC=TGAATTTTTCATCTCTCTTAA;SOR=0.351;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=32;TCF=1;TCR=31;TR=9;WE=159434811;WS=159434792;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,16:0.29:55
chr2	159477439	rs147357610	CTT	C	976.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.776;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FS=1.620;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.74;ReadPosRankSum=1.082;SOR=0.900;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:106,39:0.27:145
chr2	159519368	rs3764835	G	A	56.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.450;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.73;MQRankSum=-0.000;QD=5.68;ReadPosRankSum=-1.255;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,4:0.40:10
chr2	159520085	rs3771679	G	C	512.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=1.324;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=13;PP=331;ReadPosRankSum=0.705;SC=CTTAGCTTGTGTGTGAAGGGG;SOR=0.544;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=23;TCF=3;TCR=20;TR=15;WE=159520093;WS=159520075;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,20:0.71:28
chr2	159522879	rs2248854	C	G	420.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=2.768;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=1;PP=369;ReadPosRankSum=-1.007;SC=ACATATGAGACTGGAACTCTG;SOR=1.609;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=23;TCF=22;TCR=1;TR=17;WE=159522887;WS=159522869;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,16:0.67:24
chr2	159530651	rs2711034	A	T	1908.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.557;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=41;PP=929;ReadPosRankSum=0.674;SC=TTCTGTAGGAATCACACACCA;SOR=0.683;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=109;TCF=32;TCR=77;TR=57;WE=159530659;WS=159530641;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,86:0.59:146
chr2	159534863	rs2356505	A	G	924.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-2.381;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.661;HP=2;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=2;PP=610;ReadPosRankSum=-1.510;SC=GGAAACACACACAGCCTGTTT;SOR=2.124;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=50;TCF=45;TCR=5;TR=35;WE=159534882;WS=159534856;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,41:0.71:58
chr2	159534874	rs2356506	C	T	2057.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=53;NR=4;PP=1652;SC=CAGCCTGTTTCTGCCATAGTT;SOR=4.277;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=57;TCF=53;TCR=4;TR=57;WE=159534882;WS=159534856;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr2	159534889	rs2711040	C	T	1804.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=3.665;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.861;HP=1;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=2;PP=1251;ReadPosRankSum=-1.103;SC=ATAGTTTTGCCATTAGCCCCC;SOR=2.245;SbPval=0.92;Source=Platypus;TC=77;TCF=71;TCR=6;TR=55;WE=159534897;WS=159534879;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,64:0.73:88
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chr2	159992572	rs35935932	C	T	727.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=54;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=26;NR=6;PP=337;SC=CGCGCGCGCGCGTTTAAGGGA;SOR=2.226;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=35;TCF=29;TCR=6;TR=32;WE=159992580;WS=159992561;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr2	160019863	rs12466551	A	G	7759.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=296;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=98;NR=91;PP=2965;SC=AAAGATGGAAACCTAAGATTA;SOR=0.721;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=189;TCF=98;TCR=91;TR=189;WE=160019871;WS=160019853;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,288:1.00:288
chr2	160033174	rs759034	A	G	567.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=14;PP=391;SC=CCAGAGAGCCAGACTTGGGTG;SOR=2.948;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=15;TCF=1;TCR=14;TR=15;WE=160033182;WS=160033164;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr2	160034919	rs4665031	A	G	2415.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=61;NR=2;PP=1805;SC=ACCTTATCCTATTACACGTTT;SOR=4.863;SbPval=0.94;Source=Platypus;TC=66;TCF=61;TCR=5;TR=63;WE=160034927;WS=160034916;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr2	160035195	rs12988603	C	T	4096.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.955;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=838;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.566;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=84;NR=95;PP=2212;ReadPosRankSum=-0.357;SC=TCCTCAGCAACATCTCCCTGA;SOR=0.626;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=543;TCF=249;TCR=294;TR=179;WE=160035215;WS=160035185;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:574,249:0.30:823
chr2	160035207	rs6748288	T	C	20543.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=798;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=241;NR=284;PP=2965;SC=TCTCCCTGAATGGCAAGGCCG;SOR=0.809;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=525;TCF=241;TCR=284;TR=525;WE=160035215;WS=160035185;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,785:1.00:785
chr2	160042430	rs13389867	G	A	12146.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.304;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=877;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.545;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=153;NR=187;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.820;SC=ACACCAACTTGGGGAAGGGTT;SOR=0.730;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=531;TCF=243;TCR=288;TR=340;WE=160042438;WS=160042420;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:308,562:0.65:870
chr2	160055448	rs13430891	T	A	3087.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.184;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=240;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.841;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=68;NR=28;PP=1671;ReadPosRankSum=-0.627;SC=CACCTCTTGCTAAGAGAACTC;SOR=0.977;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=158;TCF=107;TCR=51;TR=96;WE=160055456;WS=160055438;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:97,139:0.59:236
chr2	160073895	rs4665042	G	C	361.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.553;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FS=1.889;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.72;ReadPosRankSum=-0.432;SOR=0.898;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:106,27:0.20:133
chr2	160075886	rs146371641	G	GC	3764.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.160;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=584;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.02;MQRankSum=1.582;QD=6.54;ReadPosRankSum=0.243;SOR=0.725;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:411,165:0.29:576
chr2	160076026	rs2303334	C	G	694.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-2.598;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.710;NF=13;NR=24;PP=536;ReadPosRankSum=0.608;SC=AGCCACATGCCTGGTATTCCT;SOR=0.657;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=129;TCF=41;TCR=88;TR=37;WE=160076034;WS=160076016;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:112,39:0.26:151
chr2	160076077	rs2303335	T	A	680.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=4.276;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.811;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=16;PP=456;ReadPosRankSum=0.142;SC=ATCCGGCCAGTGTCACCCTTC;SOR=0.865;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=91;TCF=41;TCR=50;TR=28;WE=160076085;WS=160076067;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,32:0.32:101
chr2	160082354	rs12692544	C	T	10041.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=313;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=32.19;SOR=0.873;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,312:1.00:312
chr2	160082354	.	CATAATGGCTA	TATAATGGCTA,TATAATGGCTG	1862	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.47;FR=0.5000,0.5000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MMLQ=25;MQ=60.0;NF=91,32;NR=112,35;PP=1862,1094;QD=9.34370055442;SC=TAATTGGGTACATAATGGCTA;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=203;TCF=91;TCR=112;TR=203,67;WE=160082372;WS=160082344;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:1.00:203
chr2	160082364	rs34344829	A	G	3144.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.921;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=303;ExcessHet=3.0103;FS=2.054;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.45;ReadPosRankSum=0.176;SOR=0.571;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:201,100:0.33:301
chr2	160082384	rs13419975	T	A	2823.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.764;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=29;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=37;PP=937;ReadPosRankSum=0.113;SC=TACTGCACAGTCTCCATGTAA;SOR=0.695;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=163;TCF=61;TCR=102;TR=61;WE=160082392;WS=160082374;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:157,80:0.34:237
chr2	160084224	rs2042494	G	A	3173.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=65;NR=34;PP=1909;SC=ATGTTCTGTCGTGGGTTTGCA;SOR=1.278;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=99;TCF=65;TCR=34;TR=99;WE=160084242;WS=160084214;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr2	160084263	rs2042495	A	G	5423.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=83;NR=63;PP=2652;SC=ACGGTGTTCCAGGTGTGGGAG;SOR=0.890;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=146;TCF=83;TCR=63;TR=146;WE=160084271;WS=160084253;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,209:1.00:209
chr2	160084473	rs2288110	A	C	935.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.958;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.260;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=24;PP=691;ReadPosRankSum=0.741;SC=GAAGAAAAACAAATGTAAGCT;SOR=0.172;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=48;TCF=11;TCR=37;TR=34;WE=160084481;WS=160084463;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,36:0.69:52
chr2	160084534	rs2288111	A	G	396.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=12;PP=301;SC=CTTCTCCAGCAGTGAAGGCCA;SOR=2.985;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=14;TCF=2;TCR=12;TR=14;WE=160084542;WS=160084524;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr2	160086653	rs4664276	CA	TG	20548.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.191;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=785;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.847;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=159;NR=170;PP=2944;ReadPosRankSum=0.935;SC=GAATCGCTGCCACTCCTGCTG;SOR=0.650;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=509;TCF=254;TCR=255;TR=329;WE=160086662;WS=160086643;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:271,511:0.65:782
chr2	160086692	rs3821296	A	G	11416.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.906;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=815;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=189;NR=171;PP=2962;ReadPosRankSum=-2.477;SC=TAGAGGGAACAGGTACTTTCA;SOR=0.718;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=537;TCF=281;TCR=256;TR=360;WE=160086700;WS=160086682;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:281,530:0.65:811
chr2	160087535	rs3821301	T	G	10512.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=2.173;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=397;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=97;NR=182;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.591;SC=CCTTAAGAAATCCCCATTTGT;SOR=0.484;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=283;TCF=97;TCR=186;TR=279;WE=160087543;WS=160087525;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,390:1.00:391
chr2	160112881	rs7591849	G	T	1288.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.222;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.537;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=29;PP=618;ReadPosRankSum=-0.075;SC=TGTTCTGTGCGCCTTGCTTAA;SOR=0.645;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=133;TCF=50;TCR=83;TR=47;WE=160112889;WS=160112871;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:136,72:0.35:208
chr2	160114437	rs3213715	G	A	989.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.489;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.005;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=25;PP=570;ReadPosRankSum=-0.829;SC=ATTAATACAAGGTGAGGTTAA;SOR=0.324;SbPval=0.24;Source=Platypus;TC=111;TCF=26;TCR=85;TR=36;WE=160114445;WS=160114427;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:97,50:0.34:147
chr2	160116281	rs4665052	A	G	1225.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.502;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=17;PP=489;ReadPosRankSum=-2.718;SC=TCTAATAAACATAACTTTCAT;SOR=0.738;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=114;TCF=63;TCR=51;TR=39;WE=160116289;WS=160116271;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:102,69:0.40:171
chr2	160132196	rs35620648	A	AC	4384.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.250;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.377;NF=8;NR=58;PP=2009;ReadPosRankSum=-0.269;SC=AAACACTGAAACCCCCCCAAA;SOR=1.119;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=68;TCF=8;TCR=60;TR=66;WE=160132205;WS=160132186;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,149:0.99:151
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chr2	160176943	rs174229	A	C	2851.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=24;NR=47;PP=1589;SC=AAAGAAAACAAATAATTAGAG;SOR=1.306;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=71;TCF=24;TCR=47;TR=71;WE=160176951;WS=160176933;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
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chr2	160203934	rs965163	A	C,T	2608.77	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=24;NF=57,20;NR=6,2;PP=1261,291;SC=ATATTAGGCAAGTAATAAACA;SOR=4.340;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=85;TCF=77;TCR=8;TR=63,22;WE=160203942;WS=160203924;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.76,0.24:95
chr2	160231108	rs6742788	A	G	869.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-1.357;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.714;HP=6;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=11;PP=513;ReadPosRankSum=0.048;SC=CCAAAAGCCTATTTTTGCTTA;SOR=0.324;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=51;TCF=36;TCR=15;TR=35;WE=160231116;WS=160231098;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,39:0.70:56
chr2	160241936	rs1469015	A	G	283.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.859;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=9;PP=171;ReadPosRankSum=-0.564;SC=TACCATAAAAACAATAAGATT;SOR=1.371;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=0;TCR=14;TR=9;WE=160241944;WS=160241926;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,12:0.63:19
chr2	160243183	rs918351	TA	AT	3282.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=1.112;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.808;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=65;PP=2944;ReadPosRankSum=0.269;SC=CATGATTTCGTATCTTCTAAA;SOR=1.297;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=125;TCF=17;TCR=108;TR=72;WE=160243192;WS=160243173;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,84:0.60:139
chr2	160261721	rs35567166	T	C	370.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.289;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.26;ReadPosRankSum=0.830;SOR=0.560;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,16:0.62:26
chr2	160261729	rs74694096	AC	A	283.84	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.601;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=2.754;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.34;ReadPosRankSum=-1.005;SOR=1.863;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,20:0.87:23
chr2	160585740	rs3821299	C	A	325.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-1.921;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.965;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=7;PP=148;ReadPosRankSum=1.867;SC=ATCCCTAGGGCCACTCTTTTG;SOR=0.199;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=16;TCF=4;TCR=12;TR=11;WE=160585748;WS=160585730;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,16:0.64:25
chr2	160602258	rs59109898	A	G	138.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.893;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=3;PP=70;ReadPosRankSum=-1.385;SC=TCTCTGAAATAAAACTTCTTC;SOR=0.911;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=37;TCF=23;TCR=14;TR=9;WE=160602266;WS=160602248;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,11:0.24:46
chr2	160604452	rs11555185	C	T	5364.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.761;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1046;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=104;NR=104;PP=2566;ReadPosRankSum=-1.136;SC=GTTCTAGGGACTCCAGAAATT;SOR=0.694;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=676;TCF=338;TCR=338;TR=208;WE=160604460;WS=160604442;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:712,324:0.31:1036
chr2	160604812	rs1427329	C	T	6869.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.553;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=468;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.544;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=110;NR=109;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.278;SC=CTGAAGTTCCCGATAATAGGG;SOR=0.660;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=335;TCF=166;TCR=169;TR=219;WE=160604820;WS=160604802;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:164,300:0.65:464
chr2	160605268	rs1365803	T	C	8044.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=293;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=84;NR=102;PP=2965;SC=TTGCAGTCCCTCCAGCACTTG;SOR=0.855;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=186;TCF=84;TCR=102;TR=186;WE=160605276;WS=160605258;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,290:1.00:290
chr2	160605489	rs10929950	C	T	724.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=28.99;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr2	160605498	rs4665112	T	C	78.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.109;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=2.187;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=5.25;ReadPosRankSum=0.526;SOR=1.371;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,6:0.40:15
chr2	160621354	rs5835760	G	GT	1268.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.113;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.24;MQRankSum=0.337;QD=18.12;ReadPosRankSum=0.000;SOR=0.917;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:4,66:0.94:70
chr2	160634564	rs5835761	ACC	A	361.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.393;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=30;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=9;PP=2194;ReadPosRankSum=1.909;SC=TTAAAAATAAACCCTTTTATT;SOR=0.307;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=14;TCF=1;TCR=13;TR=10;WE=160634573;WS=160634554;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,10:0.71:14
chr2	160634582	rs148276105	TAATATC	T	283.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.113;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=35;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=9;PP=2296;ReadPosRankSum=2.662;SC=ATTAGTAGCTTAATATCAATA;SOR=1.270;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=14;TCF=1;TCR=13;TR=10;WE=160634595;WS=160634572;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,8:0.62:13
chr2	160637267	rs2303552	C	A	704.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.213;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.846;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=8;PP=438;ReadPosRankSum=-0.103;SC=TAGGTGCACACTGAAAATTTA;SOR=0.559;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=88;TCF=69;TCR=19;TR=32;WE=160637275;WS=160637257;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,37:0.35:107
chr2	160637324	rs2303551	A	G	7809.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=293;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=130;NR=68;PP=2965;SC=GAGAATTGAAAAGCCATCAGT;SOR=1.257;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=201;TCF=133;TCR=68;TR=198;WE=160637332;WS=160637314;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,285:1.00:285
chr2	160639970	rs2114626	T	C	2442.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.189;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=39;PP=930;ReadPosRankSum=-1.215;SC=TCCAAGTAGATGAAGGACAGT;SOR=0.674;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=102;TCF=42;TCR=60;TR=66;WE=160639978;WS=160639960;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,115:0.67:171
chr2	160654524	rs2556106	G	T	615.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=6;PP=358;SC=GGGCGGGATGGCCGGCCGGGT;SOR=1.179;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=11;TCR=6;TR=17;WE=160654532;WS=160654514;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr2	160663435	rs12463589	T	C	1425.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=2.309;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=250;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.136;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=24;PP=996;ReadPosRankSum=-0.132;SC=GTACATTTATTTCCTGACTGT;SOR=0.917;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=171;TCF=107;TCR=64;TR=66;WE=160663443;WS=160663425;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:166,77:0.32:243
chr2	160663678	rs7566887	T	C	2808.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=22;NR=55;PP=1293;SC=AATACAACTATGTCTACTGCC;SOR=1.466;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=77;TCF=22;TCR=55;TR=77;WE=160663686;WS=160663668;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
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chr2	160676427	rs12692566	C	A	1809.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.112;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=292;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.095;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQ=60.07;MQRankSum=1.919;NF=19;NR=43;PP=793;ReadPosRankSum=-1.493;SC=ACATAAGAGACTTATCTAGAG;SOR=0.849;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=196;TCF=70;TCR=126;TR=62;WE=160676435;WS=160676417;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:188,103:0.35:291
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chr2	160729134	rs1397705	A	C	6708.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.975;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=249;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.899;HP=5;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=130;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.760;SC=AATTTGTTTTATGGTATTATC;SOR=1.541;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=176;TCF=46;TCR=130;TR=175;WE=160729142;WS=160729124;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,240:1.00:241
chr2	160729186	rs10168271	T	C	1234.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-5.376;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.779;HP=2;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=42;PP=883;ReadPosRankSum=-1.294;SC=CTGTCACATGTGTGGGCCCCT;SOR=0.169;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=68;TCF=6;TCR=62;TR=47;WE=160729194;WS=160729176;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,53:0.72:74
chr2	160734668	rs17828159	T	C	41.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=0;PP=25;ReadPosRankSum=0.586;SC=AAGGACATAATAGGGAAGACA;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=15;TCR=1;TR=4;WE=160734676;WS=160734665;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,4:0.20:20
chr2	160735083	rs188477931	C	T	4924.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.815;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=353;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.337;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=83;NR=74;PP=2518;ReadPosRankSum=2.903;SC=CTTAGGAAGACTGTTTGGCAA;SOR=0.613;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=231;TCF=127;TCR=104;TR=157;WE=160735091;WS=160735073;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:120,227:0.65:347
chr2	160737495	rs2729712	A	C	1233.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=29;NR=5;PP=834;SC=CTTACCTTTTATTTTCCAGCT;SOR=2.726;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=29;TCR=5;TR=34;WE=160737503;WS=160737485;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr2	160737560	rs2729711	G	T	3538.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=63;NR=24;PP=1734;SC=GGTAAAACAGGAAGAATATAA;SOR=1.537;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=88;TCF=63;TCR=25;TR=87;WE=160737568;WS=160737550;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,129:1.00:129
chr2	160742771	rs2666986	A	G	867.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.520;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.524;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=4;PP=655;ReadPosRankSum=-0.317;SC=CAATAACAGTACCACAATTAA;SOR=0.290;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=39;TCF=35;TCR=4;TR=30;WE=160742779;WS=160742761;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,32:0.78:41
chr2	160743040	rs2271381	T	A	2992.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.573;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=58;PP=1532;ReadPosRankSum=2.441;SC=TGCCTTCTTTTTCTGTAAGAA;SOR=0.725;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=126;TCF=42;TCR=84;TR=86;WE=160743048;WS=160743030;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,133:0.68:196
chr2	160760972	rs1397707	C	T	159.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=4.223;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.455;HP=6;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=0;PP=134;ReadPosRankSum=0.675;SC=GCTCCAGAGCCCCCCCGCCCC;SOR=1.721;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=32;TCF=30;TCR=2;TR=9;WE=160760980;WS=160760962;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,9:0.22:41
chr2	160805993	rs6726923	C	G	1441.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=42;NR=8;PP=1032;SC=CATCACCAACCAGACCAGAGG;SOR=2.876;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=50;TCF=42;TCR=8;TR=50;WE=160806001;WS=160805983;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
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chr2	160808075	rs3828323	C	T	423.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.816;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.894;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=16;PP=260;ReadPosRankSum=0.316;SC=GTATTTACACCGTGTCCAGAA;SOR=0.475;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=83;TCF=28;TCR=55;TR=26;WE=160808083;WS=160808065;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,28:0.27:102
chr2	160833188	rs2715918	A	G	684.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.778;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FS=8.211;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.20;ReadPosRankSum=0.010;SOR=0.628;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:162,52:0.24:214
chr2	160840370	rs5835784	AC	A	93.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=0.781;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.090;HP=5;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=1;PP=65;ReadPosRankSum=0.234;SC=TGGGATACTCACCCCTCAGAA;SOR=0.269;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=18;TCF=14;TCR=4;TR=4;WE=160840378;WS=160840360;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,6:0.25:24
chr2	160872989	rs10563068	GGT	G	1427.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-1.152;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.536;HP=7;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=4;PP=1088;ReadPosRankSum=-0.016;SC=AGAAGGGGGGGGTGCGAGGAG;SOR=0.251;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=105;TCF=90;TCR=15;TR=34;WE=160873005;WS=160872979;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:96,45:0.32:141
chr2	160873021	rs2715939	G	A	1382.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.544;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=281;ExcessHet=3.0103;FS=1.720;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.12;ReadPosRankSum=0.643;SOR=0.570;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:184,86:0.32:270
chr2	160873270	rs2667040	A	G	729.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=6.365;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.995;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=37;PP=719;ReadPosRankSum=-1.717;SC=CTGTGCTGATACCGATGGGCA;SOR=2.053;SbPval=0.95;Source=Platypus;TC=128;TCF=21;TCR=107;TR=40;WE=160873278;WS=160873260;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:96,36:0.27:132
chr2	160873294	rs3833577	T	TA	162.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.866;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.544;HP=9;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=20;PP=265;ReadPosRankSum=-2.357;SC=GCAATTCTTATAAAAAAAATA;SOR=1.674;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=73;TCF=1;TCR=72;TR=20;WE=160873302;WS=160873284;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,17:0.22:76
chr2	160876827	rs1511213	A	G	300.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.332;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=12;PP=189;ReadPosRankSum=0.382;SC=TGCAAAGGAGATAACACCCTG;SOR=0.416;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=41;TCF=5;TCR=36;TR=14;WE=160876835;WS=160876817;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,15:0.35:43
chr2	160885418	rs35771982	G	C	4154.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-2.468;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=656;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=70;NR=50;PP=1476;ReadPosRankSum=-0.887;SC=CAGCCAGCGTGTTCATCCAGC;SOR=0.643;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=391;TCF=222;TCR=169;TR=120;WE=160885426;WS=160885408;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:416,238:0.36:654
chr2	160885442	rs3749117	T	C	4121.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.416;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=733;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=70;NR=59;PP=1480;ReadPosRankSum=0.859;SC=TTGAGGCCCATCCACACCTCC;SOR=0.741;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=431;TCF=221;TCR=210;TR=129;WE=160885450;WS=160885432;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:482,247:0.34:729
chr2	160889673	rs2203053	G	A	2109.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.313;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=314;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.488;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=46;PP=930;ReadPosRankSum=-0.161;SC=AAAACAACCAGGTCTTATTTT;SOR=0.798;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=216;TCF=71;TCR=145;TR=64;WE=160889681;WS=160889663;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:192,110:0.36:302
chr2	160901517	rs4665143	A	G	10951.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.060;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=412;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=130;NR=149;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.968;SC=CCAGGCAACCACTGCCTCCTA;SOR=0.830;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=281;TCF=131;TCR=150;TR=279;WE=160901525;WS=160901507;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,402:1.00:404
chr2	160901682	.	CA	C	1567.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.310;ClippingRankSum=0.000;DP=232;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQ=60.05;MQRankSum=1.536;NF=2;NR=34;PP=1096;ReadPosRankSum=-0.170;SC=AAACAAAAATCAAAGATGTGG;SOR=0.683;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=121;TCF=6;TCR=115;TR=36;WE=160901690;WS=160901672;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:149,64:0.30:213
chr2	160919020	rs3749119	C	T	3462.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=17;NR=55;PP=1549;SC=GAAGCGGATCCGTAGCCTCCT;SOR=2.049;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=74;TCF=17;TCR=57;TR=72;WE=160919028;WS=160919010;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr2	160919040	rs11285500	AC	A	2756.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=41;PP=1486;SC=TCCGCGCCCCACCCCCTCCGG;SOR=2.448;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=43;TCF=0;TCR=43;TR=41;WE=160919048;WS=160919030;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr2	160958145	rs7586751	T	C	52.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.049;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=2.218;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.10;ReadPosRankSum=0.327;SOR=0.250;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,5:0.29:17
chr2	160958349	rs34330288	GA	G	1430.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.025;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=1.817;HP=12;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.483;NF=6;NR=28;PP=544;ReadPosRankSum=0.129;SC=TGGTTCCCTGGAAAAAAAAAA;SOR=0.694;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=41;TCF=7;TCR=34;TR=34;WE=160958358;WS=160958339;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:5,80:0.94:85
chr2	160964057	rs13009231	G	T	4921.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.57;SOR=3.432;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr2	160964057	.	GGA	TGG	2426	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;FR=1.0000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MMLQ=27;MQ=59.81;NF=84;NR=10;PP=2426;QD=26.3773178177;SC=CAAAGCTGTTGGAGTCATGGC;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=98;TCF=85;TCR=13;TR=94;WE=160964067;WS=160964047;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:4,94:0.96:98
chr2	160964059	rs13008664	A	G	4921.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.56;SOR=3.278;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr2	160968743	rs66470452	CA	C	2601.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQ=60.14;NF=1;NR=55;PP=2345;SC=TTAGGTTAAACAAGATTCCAA;SOR=3.737;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=58;TCF=1;TCR=57;TR=56;WE=160968751;WS=160968733;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr2	160983060	rs2305819	G	C	3125.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.001;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=66;PP=1795;ReadPosRankSum=-0.268;SC=TGCAGTACTCGCCAGTCCAGC;SOR=0.728;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=148;TCF=51;TCR=97;TR=103;WE=160983068;WS=160983050;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,140:0.63:221
chr2	161028992	rs1037694	T	C	1016.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=29;NR=3;PP=807;SC=TTTCACCAAGTGTATGTTATT;SOR=4.047;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=32;TCF=29;TCR=3;TR=32;WE=161029000;WS=161028982;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr2	161029218	rs2305818	G	A	12204.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.026;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=501;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=122;NR=145;PP=2965;ReadPosRankSum=1.806;SC=GGTGGAGGGAGTCATTCCGCC;SOR=0.506;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=271;TCF=125;TCR=146;TR=267;WE=161029226;WS=161029208;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,492:0.99:495
chr2	161169828	rs10929977	C	G	4361.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=34;NR=66;PP=1986;SC=AAAAGAACAGCTCTACTTTGT;SOR=1.186;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=100;TCF=34;TCR=66;TR=100;WE=161169836;WS=161169818;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,166:1.00:166
chr2	161174693	rs1430	C	T	1011.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.63;SOR=1.040;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr2	161797329	rs1524626	C	T	2678.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=58;NR=19;PP=1609;SC=AAACCCTGCCCAGGGACTCTC;SOR=2.128;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=78;TCF=58;TCR=20;TR=77;WE=161797337;WS=161797319;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr2	161797513	rs1524625	A	G	10774.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=412;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=124;NR=135;PP=2965;SC=TCATGTTTCAAAACACCAGAG;SOR=0.754;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=260;TCF=124;TCR=136;TR=259;WE=161797521;WS=161797503;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,402:1.00:402
chr2	162059969	rs11884495	A	T	2276.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.874;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=352;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.665;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=36;PP=1224;ReadPosRankSum=2.564;SC=ATCAGTGAATATCAGGCTAAC;SOR=0.530;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=217;TCF=137;TCR=80;TR=86;WE=162059977;WS=162059959;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:225,124:0.36:349
chr2	162072738	rs1267034	A	G	2123.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=3.437;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.478;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=19;PP=1287;ReadPosRankSum=1.454;SC=TATCTTAATAATATTATAGGG;SOR=0.914;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=116;TCF=83;TCR=33;TR=69;WE=162072746;WS=162072728;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,86:0.60:143
chr2	162091836	rs3754970	T	C	634.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=0.062;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=9;PP=398;ReadPosRankSum=-0.310;SC=ACAGATATTTTTGTTTGTTTC;SOR=0.656;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=69;TCF=47;TCR=22;TR=27;WE=162091844;WS=162091826;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,36:0.35:104
chr2	162175290	rs1116165	T	C	5803.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=98;NR=59;PP=2965;SC=TGAATAAACATTTTTGTGCTT;SOR=1.148;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=157;TCF=98;TCR=59;TR=157;WE=162175298;WS=162175280;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,220:1.00:220
chr2	162224193	rs58162668	G	GT	8130.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=320;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=72;NR=90;PP=2969;SC=TATAAAAGGAGTTTTTATTTT;SOR=0.954;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=178;TCF=78;TCR=100;TR=162;WE=162224201;WS=162224183;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,299:1.00:299
chr2	162247772	rs1921674	C	T	1355.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=22;PP=733;SC=GATTTAAATTCGAATTTTTGA;SOR=1.051;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=38;TCF=16;TCR=22;TR=38;WE=162247780;WS=162247762;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr2	162274607	rs200480786	ATGTGTG	A	923.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.054;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=1.142;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.14;ReadPosRankSum=0.932;SOR=1.061;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,27:0.44:61
chr2	162279850	rs139857158	GCT	G	234.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.412;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=708;ExcessHet=3.0103;FS=2.031;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.34;ReadPosRankSum=1.976;SOR=0.466;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:630,64:0.09:694
chr2	162280748	rs890076	G	A	9722.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.167;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=369;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=26.42;ReadPosRankSum=-1.038;SOR=0.404;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,367:1.00:368
chr2	162730312	rs35292746	T	C	282.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-2.405;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=1;PP=226;ReadPosRankSum=0.322;SC=AGAATCCCTCTGACAATGCCT;SOR=0.693;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=25;TCF=23;TCR=2;TR=13;WE=162730320;WS=162730302;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,12:0.50:24
chr2	162757676	rs6754546	A	G	386.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=2.217;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=13;PP=295;ReadPosRankSum=1.359;SC=CTCTGAAGTTACTAATGATTG;SOR=1.022;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=22;TCF=3;TCR=19;TR=15;WE=162757684;WS=162757666;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,15:0.68:22
chr2	162760646	rs61748242	C	A	2496.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-1.199;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=439;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=38;PP=947;ReadPosRankSum=-0.962;SC=CTCCTGTCATCACGTTTGGAG;SOR=0.686;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=227;TCF=112;TCR=115;TR=76;WE=162760654;WS=162760636;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:281,148:0.34:429
chr2	162815262	rs12466127	C	A	601.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-2.949;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.005;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=17;PP=308;ReadPosRankSum=0.933;SC=TCTTATGGTACTTTTCTTTAT;SOR=0.525;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=61;TCF=11;TCR=50;TR=21;WE=162815270;WS=162815252;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,30:0.37:81
chr2	162821515	rs4233647	G	A	927.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.383;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.631;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=10;PP=411;ReadPosRankSum=-0.205;SC=TACACCTCTCGTTTTAATTTT;SOR=0.394;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=104;TCF=77;TCR=27;TR=31;WE=162821523;WS=162821505;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,49:0.36:136
chr2	162873188	rs2970931	T	C	373.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=3.137;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.798;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=0;PP=225;ReadPosRankSum=0.836;SC=TTATATATAATATGAAATACA;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=15;TCR=1;TR=11;WE=162873196;WS=162873178;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,14:0.74:19
chr2	162875477	.	CT	C	61.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.198;ClippingRankSum=0.000;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.37;ReadPosRankSum=1.080;SOR=0.933;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,12:0.27:45
chr2	162890175	rs1558957	T	C	2301.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=1.282;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.825;HP=8;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=61;PP=1588;ReadPosRankSum=1.207;SC=TAGGAAAAAATAATCACAGAA;SOR=1.091;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=112;TCF=33;TCR=79;TR=84;WE=162890183;WS=162890165;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,96:0.73:131
chr2	162890196	.	CA	C	118.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.076;ClippingRankSum=0.000;DP=98;ExcessHet=3.0103;FS=1.226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.41;ReadPosRankSum=-0.413;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:62,22:0.26:84
chr2	162891848	rs6432708	C	T	3162.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-2.737;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.495;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=68;PP=1565;ReadPosRankSum=-1.324;SC=AAAAAAGACACAAATTGTTCT;SOR=0.474;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=153;TCF=47;TCR=106;TR=103;WE=162891856;WS=162891838;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,145:0.68:214
chr2	162930286	rs3216773	CGCCAGGGTCCTAGCAGAA	C	9407.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.242;NF=56;NR=45;PP=2957;SC=CAAAGCTCGACGCCAGGGTCC;SOR=0.820;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=122;TCF=62;TCR=60;TR=101;WE=162930311;WS=162930276;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,216:1.00:217
chr2	163031482	rs76573542	G	A	2440.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.240;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=362;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.819;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=56;PP=1383;ReadPosRankSum=1.131;SC=TAGGACTGTAGAGACATTGTT;SOR=0.796;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=217;TCF=87;TCR=130;TR=91;WE=163031490;WS=163031472;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:221,130:0.37:351
chr2	163051415	rs1468916	C	T	1211.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=10;NR=27;PP=823;SC=AACATCACTTCTAAGTCACAT;SOR=1.775;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=37;TCF=10;TCR=27;TR=37;WE=163051423;WS=163051405;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr2	163124051	rs1990760	C	T	9660.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.726;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=376;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=98;NR=150;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.010;SC=TTTTGCAGTGCTTTGTTTTCT;SOR=1.067;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=250;TCF=99;TCR=151;TR=248;WE=163124059;WS=163124041;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,367:0.99:369
chr2	163124104	rs36070180	C	T	2106.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.270;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.752;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=59;PP=1345;ReadPosRankSum=0.771;SC=GGGAAAGAATCATCATGGAGA;SOR=0.860;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=121;TCF=30;TCR=91;TR=78;WE=163124112;WS=163124094;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,89:0.64:140
chr2	163128824	rs3747517	T	C	8091.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=316;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=125;NR=75;PP=2965;SC=AACTGTCTCATGTTCGATAAC;SOR=1.048;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=200;TCF=125;TCR=75;TR=200;WE=163128832;WS=163128814;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,312:1.00:312
chr2	163208893	rs17783344	T	G	5141.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=57;NR=66;PP=2258;SC=TTTGACACAGTCTGGAATTAA;SOR=0.765;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=123;TCF=57;TCR=66;TR=123;WE=163208901;WS=163208883;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,199:1.00:199
chr2	163217446	rs140404457	G	A	2579.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.923;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=31;PP=1010;ReadPosRankSum=1.341;SC=TTCTCTCTGCGTCCTATTTCA;SOR=0.711;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=114;TCF=63;TCR=51;TR=71;WE=163217454;WS=163217436;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,122:0.64:192
chr2	163694878	rs4667768	C	G	692.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.112;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.77;ReadPosRankSum=-1.262;SOR=0.588;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:57,22:0.28:79
chr2	163694886	rs4667769	G	A	771.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.488;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FS=0.896;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.77;ReadPosRankSum=-2.052;SOR=0.548;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:62,26:0.30:88
chr2	164466039	rs3833554	AT	A	4262.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.297;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=234;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.690;HP=10;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.340;NF=47;NR=59;PP=1806;ReadPosRankSum=-0.739;SC=CATTCATTACATTTTTTTTTT;SOR=0.398;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=120;TCF=55;TCR=65;TR=106;WE=164466048;WS=164466029;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:15,211:0.93:226
chr2	164468360	rs2231899	A	G	336.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-1.087;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=13;PP=208;ReadPosRankSum=-0.360;SC=TTAAATAGGCATCAGAACTCT;SOR=0.327;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=28;TCF=2;TCR=26;TR=14;WE=164468368;WS=164468350;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,15:0.50:30
chr2	165349459	rs1051160	G	A	3071.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-1.902;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=83;NR=13;PP=2319;ReadPosRankSum=-0.783;SC=TTTTCACATGGTAATGTTTTC;SOR=1.923;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=97;TCF=84;TCR=13;TR=96;WE=165349467;WS=165349449;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,103:0.99:104
chr2	165353712	rs8192673	C	T	18588.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=718;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=213;NR=242;PP=2965;SC=TGACTATGAACAGACATACCC;SOR=0.755;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=457;TCF=214;TCR=243;TR=455;WE=165353720;WS=165353702;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,701:1.00:701
chr2	165358672	rs4667463	A	G	1301.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=32;NR=6;PP=790;SC=AGAAAATAACATAAATTATTA;SOR=2.494;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=39;TCF=32;TCR=7;TR=38;WE=165358680;WS=165358662;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr2	165383686	.	AATATATATATATAT	A	329.74	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.551;ClippingRankSum=0.000;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=4.393;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=29.98;ReadPosRankSum=0.475;SOR=1.447;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,10:0.91:11
chr2	165424837	rs17437781	A	G	9958.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=375;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=158;NR=94;PP=2965;SC=TTTTCTGTAGAATTATTGGCG;SOR=1.124;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=253;TCF=158;TCR=95;TR=252;WE=165424845;WS=165424827;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,369:1.00:369
chr2	165476253	rs61748245	A	T	19854.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.898;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=774;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=221;NR=197;PP=2965;ReadPosRankSum=0.656;SC=ACAGATGTAAATGGAGAACAG;SOR=0.422;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=419;TCF=222;TCR=197;TR=418;WE=165476261;WS=165476243;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,764:1.00:767
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chr2	165557318	rs6712203	C	T	423.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.050;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=2.384;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.31;ReadPosRankSum=1.434;SOR=0.403;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,24:0.41:58
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chr2	165584407	rs12692743	C	T	1914.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=52;NR=4;PP=1400;SC=AACACCTTCACACAAACACAA;SOR=3.947;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=56;TCF=52;TCR=4;TR=56;WE=165584415;WS=165584397;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr2	165586466	rs13392281	T	C	681.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.333;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=8;PP=437;ReadPosRankSum=-0.065;SC=CCAACATTTTTGGCTTTAAAA;SOR=0.752;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=59;TCF=43;TCR=16;TR=29;WE=165586474;WS=165586456;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,34:0.40:84
chr2	165586652	rs13432439	C	T	636.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=2.089;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.563;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=17;PP=427;ReadPosRankSum=0.142;SC=TTTCATTACCCGTTATTGTTT;SOR=0.903;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=83;TCF=34;TCR=49;TR=27;WE=165586660;WS=165586642;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:92,38:0.29:130
chr2	165586693	rs61553904	T	C	368.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=2.384;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.683;HP=3;HapScore=3;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=13;PP=710;ReadPosRankSum=-0.237;SC=TTGTCTTCAATAGATAAACAA;SOR=1.264;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=55;TCF=19;TCR=36;TR=17;WE=165586713;WS=165586683;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,21:0.28:75
chr2	165586705	rs13395130	T	G	352.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=2.982;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.079;HP=1;HapScore=3;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=11;PP=710;ReadPosRankSum=-0.521;SC=GATAAACAAGTCTACAAGATA;SOR=0.892;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=54;TCF=20;TCR=34;TR=17;WE=165586713;WS=165586683;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,19:0.29:65
chr2	165630100	rs355862	A	G	299.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=4.854;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=0;PP=228;ReadPosRankSum=1.340;SC=GAGTCCTCAGACATATTAAAA;SOR=0.223;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=40;TCF=40;TCR=0;TR=13;WE=165630108;WS=165630097;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,13:0.32:40
chr2	165630414	rs355864	A	T	1102.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=3.750;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.767;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=37;PP=745;ReadPosRankSum=-0.110;SC=GGGAATAATCATGTTAACATT;SOR=0.843;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=127;TCF=25;TCR=102;TR=45;WE=165630422;WS=165630404;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:95,52:0.35:147
chr2	165630460	rs355865	T	C	1371.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=43;PP=974;SC=ATGTGCTTTATGCAATAAAAA;SOR=4.133;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=46;TCF=3;TCR=43;TR=46;WE=165630468;WS=165630450;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr2	165636332	rs355897	T	C	5442.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-2.096;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=82;PP=2190;ReadPosRankSum=-0.721;SC=GATAGCACTCTGCAAATTTAG;SOR=0.374;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=138;TCF=54;TCR=84;TR=136;WE=165636340;WS=165636322;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,214:1.00:215
chr2	165657118	rs75458208	A	T	2724.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=2.227;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.435;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=25;PP=797;ReadPosRankSum=0.016;SC=AAAATACTGTACTTGAATGTT;SOR=0.484;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=69;TCF=27;TCR=42;TR=43;WE=165657126;WS=165657108;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,81:0.65:124
chr2	165657142	rs7588491	A	C	2223.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=2.327;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=24;PP=696;ReadPosRankSum=0.345;SC=TTCATAATGAACCCAAACTGG;SOR=0.657;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=61;TCF=24;TCR=37;TR=39;WE=165657150;WS=165657132;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,58:0.65:89
chr2	165657185	rs355915	G	A	267.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.815;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.427;HP=1;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=10;PP=174;ReadPosRankSum=0.350;SC=TGGGTGAATGGATAAAGAAAC;SOR=1.112;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=36;TCF=8;TCR=28;TR=12;WE=165657193;WS=165657175;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,14:0.33:43
chr2	165698547	rs2279982	G	A	5363.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=-1.520;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=423;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=70;NR=91;PP=2588;ReadPosRankSum=-0.552;SC=GGACCAGCTCGGCGGCATTGG;SOR=0.712;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=270;TCF=112;TCR=158;TR=161;WE=165698555;WS=165698537;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:147,270:0.65:417
chr2	165698715	rs71028447	A	AG	1955.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=33;PP=1652;SC=TCCCACCGCTAGGCTGCGCTT;SOR=1.919;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=44;TCF=6;TCR=38;TR=39;WE=165698723;WS=165698705;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr2	165809138	rs10544528	ATG	A	953.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-1.950;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.187;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.278;NF=18;NR=2;PP=670;ReadPosRankSum=-0.773;SC=CAGTTGCAGCATGTGTGTGTG;SOR=0.221;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=68;TCF=59;TCR=9;TR=20;WE=165809147;WS=165809128;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,38:0.39:98
chr2	165811554	rs11350253	GA	G	118.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.555;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FS=1.258;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.08;MQRankSum=1.747;QD=0.99;ReadPosRankSum=-0.429;SOR=1.028;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:85,35:0.29:120
chr2	165946774	rs146624492	A	G	1143.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.300;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=246;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.404;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=23;PP=642;ReadPosRankSum=-0.099;SC=GAGAGGTGGTAGAGGAACTCC;SOR=0.547;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=162;TCF=96;TCR=66;TR=53;WE=165946782;WS=165946764;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:173,71:0.29:244
chr2	165987772	rs62174900	T	G	2450.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.486;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=439;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.194;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=38;PP=1282;ReadPosRankSum=1.529;SC=ATGATCGCAGTACAGACAATC;SOR=0.824;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=253;TCF=140;TCR=113;TR=90;WE=165987780;WS=165987762;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:297,141:0.32:438
chr2	165988022	rs78280506	C	A	219.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.637;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=1.370;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.78;ReadPosRankSum=-3.081;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,14:0.30:46
chr2	165996107	rs1946892	T	A	2501.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.512;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=442;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.555;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=46;PP=1273;ReadPosRankSum=0.397;SC=CTTCCGTTTCTGTGGTGGTGC;SOR=0.718;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=264;TCF=129;TCR=135;TR=91;WE=165996115;WS=165996097;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:293,144:0.33:437
chr2	166003479	rs16850131	G	A	5429.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-3.813;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=825;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.138;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=76;NR=86;PP=2011;ReadPosRankSum=-0.568;SC=CTTTCCAACAGCTCTCCTAAC;SOR=0.608;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=488;TCF=216;TCR=272;TR=162;WE=166003487;WS=166003469;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:517,302:0.37:819
chr2	166003573	rs58539679	C	T	1643.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-3.792;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=279;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.575;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=48;PP=930;ReadPosRankSum=0.396;SC=CTATTTAGAACACAGAGCTTT;SOR=0.406;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=219;TCF=64;TCR=155;TR=73;WE=166003581;WS=166003563;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:177,93:0.34:270
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chr2	166164215	rs3214603	CA	C	696.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=16;NR=6;PP=489;SC=ATAGAAATGGCAAAAAAAAGG;SOR=2.165;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=26;TCF=19;TCR=7;TR=22;WE=166164223;WS=166164205;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
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chr2	166170127	rs2121371	T	C	5387.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-1.045;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=331;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.816;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=116;NR=67;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.676;SC=AACCTAATTATAGCCAGTGTC;SOR=0.542;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=248;TCF=159;TCR=89;TR=183;WE=166170135;WS=166170117;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,239:0.73:326
chr2	166172317	rs1838846	A	G	5169.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.187;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=336;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.453;HP=6;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=67;NR=132;PP=2962;ReadPosRankSum=0.242;SC=TTTTTTAAAAAAATATGCCAG;SOR=0.740;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=283;TCF=96;TCR=187;TR=199;WE=166172325;WS=166172307;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:103,220:0.68:323
chr2	166179650	rs1867864	C	T	6138.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.567;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=443;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.545;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=122;NR=66;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.290;SC=TTTGTTTCTTCTCTTGTTATT;SOR=0.659;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=306;TCF=200;TCR=106;TR=188;WE=166179658;WS=166179640;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:169,272:0.62:441
chr2	166221569	rs3835933	TG	T	1251.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.676;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=18.036;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.88;ReadPosRankSum=-0.589;SOR=0.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,53:0.76:70
chr2	166221582	rs3769951	C	T	123.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.070;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FS=20.398;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.42;ReadPosRankSum=0.322;SOR=4.155;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:70,17:0.20:87
chr2	166221883	.	G	GTATC	697.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.846;ClippingRankSum=0.000;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.632;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=16;PP=695;ReadPosRankSum=0.549;SC=CTATCTATCTGTATCTATCTA;SOR=0.350;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=52;TCF=1;TCR=51;TR=16;WE=166221891;WS=166221873;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,20:0.47:43
chr2	166229922	rs6432821	T	C	1085.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=1.440;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.310;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=26;PP=613;ReadPosRankSum=-1.044;SC=CTTTGTACCATGGAAATGTCA;SOR=2.147;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=34;TCF=7;TCR=27;TR=32;WE=166229930;WS=166229912;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,43:0.96:45
chr2	166245230	rs2060198	T	A	3408.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.404;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=568;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.217;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.786;NF=88;NR=51;PP=1772;ReadPosRankSum=-0.604;SC=GAATCCTACGTCTGATCAAAG;SOR=0.555;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=434;TCF=286;TCR=148;TR=139;WE=166245238;WS=166245220;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:375,185:0.33:560
chr2	166621354	rs2113840	T	C	3419.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=81;NR=25;PP=2111;SC=TACCACAATATGGATTTGGGA;SOR=2.061;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=107;TCF=81;TCR=26;TR=106;WE=166621362;WS=166621344;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr2	166626606	rs4667836	G	A	3944.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=77;NR=31;PP=2317;SC=CCTTAGAGTAGCTAAAAAACA;SOR=1.643;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=108;TCF=77;TCR=31;TR=108;WE=166626614;WS=166626596;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,141:1.00:141
chr2	166758447	rs111488473	TA	T	191.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.317;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=258;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.08;MQRankSum=2.667;QD=0.93;ReadPosRankSum=0.666;SOR=0.708;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:166,41:0.20:207
chr2	166770120	rs10176588	A	G	1112.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.450;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=20;PP=524;ReadPosRankSum=0.668;SC=CAAGGAGAAGAAAAGACCGAG;SOR=0.679;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=123;TCF=65;TCR=58;TR=42;WE=166770128;WS=166770110;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:139,68:0.33:207
chr2	166771663	rs7590559	C	T	356.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-1.683;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.519;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=2;PP=266;ReadPosRankSum=-0.474;SC=GGAATTAATACTAGTGGCTAA;SOR=0.180;SbPval=0.2;Source=Platypus;TC=39;TCF=37;TCR=2;TR=16;WE=166771671;WS=166771653;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,17:0.41:41
chr2	166773971	rs6750044	G	A	297.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-0.063;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=12;PP=175;ReadPosRankSum=0.252;SC=TTATCAAATGGTATAAAGGAT;SOR=0.542;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=54;TCF=14;TCR=40;TR=15;WE=166773979;WS=166773961;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,18:0.30:61
chr2	166781242	rs58208220	T	TA	715.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.025;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.855;NF=0;NR=18;PP=554;ReadPosRankSum=0.007;SC=AATATTTACCTAAAATAAACA;SOR=0.689;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=62;TCF=0;TCR=62;TR=18;WE=166781250;WS=166781232;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,37:0.37:99
chr2	166788336	rs7592429	T	C	8796.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=337;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=88;NR=112;PP=2965;SC=GCATCCAATGTATTTCCCAAG;SOR=0.889;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=201;TCF=88;TCR=113;TR=200;WE=166788344;WS=166788326;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,332:1.00:332
chr2	166797646	rs1432273	C	T	9384.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-2.557;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=652;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=130;NR=119;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.332;SC=ATCTGGTTCACAGTCTCCAGG;SOR=0.734;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=382;TCF=200;TCR=182;TR=249;WE=166797654;WS=166797636;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:212,435:0.67:647
chr2	166799596	rs13000534	T	C	2104.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=58;NR=5;PP=1612;SC=AATGCCAGTCTACCTTACAGC;SOR=4.712;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=63;TCF=58;TCR=5;TR=63;WE=166799604;WS=166799587;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr2	166799893	rs10930190	G	A	5905.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=32;NR=127;PP=2965;SC=TTAGAAATGAGAGAAATAAAT;SOR=2.101;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=159;TCF=32;TCR=127;TR=159;WE=166799901;WS=166799883;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,204:1.00:204
chr2	166802306	rs5836067	ACTGT	A	601.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.308;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.56;ReadPosRankSum=-0.840;SOR=0.409;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,18:0.32:57
chr2	166810161	.	G	GCCCGCTCA	7967.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=0.185;ClippingRankSum=0.000;DP=362;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.562;NF=37;NR=90;PP=2990;ReadPosRankSum=1.159;SC=CCGCCCGCCCGCCCGCTCACC;SOR=0.839;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=204;TCF=71;TCR=133;TR=127;WE=166810191;WS=166810151;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,325:0.99:328
chr2	166810373	rs1347041	A	G	4772.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=34;NR=91;PP=2826;SC=TCGGAGGGAGAGGCGGGCCTG;SOR=1.742;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=125;TCF=34;TCR=91;TR=125;WE=166810381;WS=166810363;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,166:1.00:166
chr2	166810433	rs5836068	GT	G	1853.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=34;PP=1509;SC=GGACCCGGAGGTGAGGGCTGC;SOR=2.786;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=35;TCF=1;TCR=34;TR=35;WE=166810441;WS=166810423;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr2	166892444	rs34673057	TAAA	T	511.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=1.473;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=1.445;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.83;ReadPosRankSum=-0.298;SOR=1.200;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,17:0.46:37
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chr2	166895819	rs10168027	A	G	54.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-3.897;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=1;PP=33;ReadPosRankSum=-2.144;SC=CAAATGTTACAGAAAAACTTA;SOR=0.148;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=19;TCF=18;TCR=1;TR=6;WE=166895827;WS=166895809;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,5:0.26:19
chr2	166895913	rs199995171	CTT	C	639.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.375;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FS=2.235;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.11;MQRankSum=1.127;QD=7.35;ReadPosRankSum=-0.080;SOR=1.015;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:50,37:0.43:87
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chr2	166896178	rs490317	C	T	781.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-0.275;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=21;PP=502;ReadPosRankSum=0.403;SC=GCTCTTAGAACATAATGCTTA;SOR=0.735;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=43;TCF=12;TCR=31;TR=30;WE=166896186;WS=166896168;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,35:0.65:54
chr2	166897864	rs6432860	A	G	1076.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.223;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=25;PP=571;ReadPosRankSum=-0.004;SC=GGTCCATCACAACCAGGTTGA;SOR=0.680;SbPval=0.46;Source=Platypus;TCF=55;TR=45;WE=166897872;WS=166897854;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:142,64:0.31:206
chr2	166897989	rs11394960	G	GA	299.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.166;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FS=3.833;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.14;MQRankSum=1.173;QD=4.61;ReadPosRankSum=-1.206;SOR=1.237;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,24:0.37:65
chr2	166898017	rs10198801	G	T	33.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.689;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.22;MQRankSum=-0.350;QD=0.69;ReadPosRankSum=-0.029;SOR=0.834;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:42,7:0.14:49
chr2	166900606	rs6753355	A	C	271.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=5.752;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.466;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=12;PP=199;ReadPosRankSum=0.514;SC=TAATATGGACATTTGAATGTG;SOR=2.368;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=50;TCF=6;TCR=44;TR=12;WE=166900614;WS=166900596;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,13:0.24:55
chr2	166903188	rs538921	A	C	6939.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=2.103;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=260;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=128;NR=57;PP=2965;ReadPosRankSum=1.031;SC=TTCCTCATACAACCACCTGCT;SOR=0.534;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=186;TCF=129;TCR=57;TR=185;WE=166903196;WS=166903178;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,258:1.00:259
chr2	166903228	rs6432861	C	T	2591.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.402;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=417;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=39;PP=1268;ReadPosRankSum=-0.123;SC=TTCAATATTACGTAACAATCA;SOR=0.705;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=268;TCF=164;TCR=104;TR=97;WE=166903236;WS=166903218;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:269,147:0.35:416
chr2	166903445	rs7580482	T	C	2492.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.738;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=501;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=53;PP=1332;ReadPosRankSum=-1.344;SC=AAATGACCAATACAAAAAATA;SOR=0.724;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=290;TCF=121;TCR=169;TR=91;WE=166903453;WS=166903435;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:348,148:0.30:496
chr2	166904346	rs1461193	G	A	1352.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.005;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=286;ExcessHet=3.0103;FS=1.087;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.88;ReadPosRankSum=0.135;SOR=0.779;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:199,78:0.28:277
chr2	166905375	rs1542484	A	G	1255.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.220;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.545;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=18;PP=626;ReadPosRankSum=-1.400;SC=ATACACAGATACACACAAATT;SOR=0.773;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=133;TCF=79;TCR=54;TR=46;WE=166905383;WS=166905365;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:131,71:0.35:202
chr2	166905480	rs994399	G	A	1027.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.389;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.602;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=27;PP=510;ReadPosRankSum=0.770;SC=AAAGAAAGTCGTATGATGAAC;SOR=0.795;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=119;TCF=46;TCR=73;TR=44;WE=166905488;WS=166905470;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:111,59:0.35:170
chr2	166905572	rs1542483	T	A	248.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=1.010;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.890;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=11;PP=178;ReadPosRankSum=-1.068;SC=TTAAATATATTATTCATTCAA;SOR=0.241;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=34;TCF=3;TCR=31;TR=13;WE=166905580;WS=166905562;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,14:0.36:39
chr2	166909544	rs3812718	C	T	2751.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-2.933;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=494;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=75;PP=1356;ReadPosRankSum=1.601;SC=CTAATCACTTCTTACCTGGAA;SOR=0.702;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=345;TCF=105;TCR=240;TR=105;WE=166909552;WS=166909534;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:330,158:0.32:488
chr2	166909559	rs3812719	C	A	2266.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.766;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=368;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.424;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=60;PP=1201;ReadPosRankSum=1.611;SC=CTGGAATTACCGAAATAGTTT;SOR=0.652;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=269;TCF=75;TCR=194;TR=80;WE=166909567;WS=166909549;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:245,121:0.33:366
chr2	166915335	rs10930201	C	A	50.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.319;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.21;ReadPosRankSum=-0.976;SOR=0.330;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,5:0.22:23
chr2	166930214	rs566839	T	A	1803.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=10;NR=42;PP=1239;SC=TTTTAAAGAGTGGACTAAGAG;SOR=2.546;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=52;TCF=10;TCR=42;TR=52;WE=166930222;WS=166930204;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr2	167056337	rs149207258	C	A	1358.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.357;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.891;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=40;PP=896;ReadPosRankSum=-0.110;SC=GGGTAGGGGACACAAAATACG;SOR=0.840;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=167;TCF=46;TCR=121;TR=54;WE=167056345;WS=167056327;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:153,70:0.31:223
chr2	167056428	rs4303728	G	A	839.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.345;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=22;PP=536;ReadPosRankSum=-0.659;SC=TATGCTACCTGAAATGATGAC;SOR=0.763;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=80;TCF=25;TCR=55;TR=33;WE=167056436;WS=167056418;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,40:0.42:95
chr2	167060449	rs10180721	A	T	2181.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=42;NR=16;PP=1171;SC=AAAATCTGAAAAATAAATATT;SOR=1.552;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=58;TCF=42;TCR=16;TR=58;WE=167060457;WS=167060439;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr2	167060980	rs77944059	GAAAC	G	457.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=8;PP=377;SC=CCAAGGTAAAGAAACAAACAA;SOR=2.494;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=8;WE=167060991;WS=167060970;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr2	167085124	rs10199799	T	G	5572.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=29.49;SOR=2.192;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,189:1.00:189
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chr2	167090042	rs722204	G	A	1355.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=10;NR=28;PP=898;SC=AGTCAATTCTGAAACTCACTA;SOR=1.708;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=38;TCF=10;TCR=28;TR=38;WE=167090050;WS=167090032;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr2	167099158	rs6746030	A	G	18215.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-1.890;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=720;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=162;NR=259;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.570;SC=GAGAACCTCCATACACAACCT;SOR=0.377;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=423;TCF=162;TCR=261;TR=421;WE=167099166;WS=167099148;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,699:1.00:700
chr2	167129466	rs35476363	C	T	1392.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=2.299;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.018;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=37;PP=868;ReadPosRankSum=-0.629;SC=TACACTTTTCCGAATATAGGC;SOR=0.497;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=72;TCF=14;TCR=58;TR=48;WE=167129474;WS=167129456;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,58:0.67:87
chr2	167129497	rs13395140	A	T	369.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-3.743;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.778;HP=1;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=12;PP=207;ReadPosRankSum=-0.765;SC=ACCAGCAACGAAGATTTCTGC;SOR=0.223;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=39;TCF=5;TCR=34;TR=14;WE=167129505;WS=167129487;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,18:0.41:44
chr2	167133929	rs71428907	G	T	1571.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=5.259;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.667;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=50;PP=1195;ReadPosRankSum=-1.452;SC=TGTTCAAAGGGTAAAGCAGAC;SOR=2.368;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=67;TCF=1;TCR=66;TR=50;WE=167133937;WS=167133919;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,56:0.76:74
chr2	167134578	rs10930215	T	C	1902.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.773;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.675;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=18;PP=1200;ReadPosRankSum=-1.165;SC=CCAAAAGTTTTTAAAAATAAT;SOR=0.463;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=95;TCF=71;TCR=24;TR=65;WE=167134586;WS=167134568;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,82:0.66:125
chr2	167137119	rs6432893	G	A	5333.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=48;NR=58;PP=2150;SC=GGAGAAAAAAGCAGAGAACAT;SOR=0.775;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=106;TCF=48;TCR=58;TR=106;WE=167137127;WS=167137109;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,202:1.00:202
chr2	167137261	rs13007020	T	C	481.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=-3.480;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.005;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=19;PP=338;ReadPosRankSum=0.100;SC=TAGCCTCTTATGTAAGTCTAT;SOR=0.283;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=37;TCF=5;TCR=32;TR=23;WE=167137269;WS=167137251;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,23:0.62:37
chr2	167138320	rs35888674	T	TA	3280.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.516;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=352;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.938;HP=10;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=91;PP=1261;ReadPosRankSum=0.256;SC=GGTCGTGCCCTAAAAAAAAAA;SOR=0.620;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=176;TCF=13;TCR=163;TR=97;WE=167138328;WS=167138310;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:121,184:0.60:305
chr2	167138389	rs34570325	C	CT	1708.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-0.584;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.493;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=55;PP=2097;ReadPosRankSum=1.117;SC=TAAAATCTTGCTTATATAGCT;SOR=0.375;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=89;TCF=4;TCR=85;TR=58;WE=167138399;WS=167138379;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,65:0.64:102
chr2	167140955	rs7608201	G	A	3584.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.998;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=76;NR=31;PP=1780;ReadPosRankSum=0.361;SC=TATGTAAAACGTCCTTACGCT;SOR=0.691;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=166;TCF=114;TCR=52;TR=107;WE=167140963;WS=167140945;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,156:0.71:219
chr2	167143210	rs9917401	C	T	1095.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-4.248;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=31;PP=716;ReadPosRankSum=-0.734;SC=ACATCTTTCACCTATTAGCAT;SOR=0.574;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=48;TCF=2;TCR=46;TR=33;WE=167143218;WS=167143200;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,42:0.69:61
chr2	167144974	rs6747673	A	T	3984.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=88;NR=19;PP=2455;SC=CTTTTTTAAGACGGTCTAACA;SOR=2.203;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=107;TCF=88;TCR=19;TR=107;WE=167144982;WS=167144964;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,140:1.00:140
chr2	167144995	rs13402180	T	C	1506.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.466;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.200;HP=3;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=10;PP=679;ReadPosRankSum=-0.137;SC=TCTGTTGAAATTCTAATTCTT;SOR=0.568;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=147;TCF=112;TCR=35;TR=47;WE=167145003;WS=167144985;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:131,78:0.37:209
chr2	167145142	rs13414203	A	G	1463.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.662;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=388;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.238;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=45;PP=883;ReadPosRankSum=-0.044;SC=TTTTGCCAGCAGCACGCAGCG;SOR=0.893;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=235;TCF=89;TCR=146;TR=68;WE=167145150;WS=167145132;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:283,97:0.26:380
chr2	167149693	rs7588632	G	A	7901.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.16;SOR=1.258;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,192:1.00:192
chr2	167149693	.	GTACATAT	ATACATAC,ATACATAT	1311	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.45;FR=0.5000,0.5000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=60,88;NR=31,47;PP=1311,557;QD=14.994152471;SC=CATACACCAGGTACATATGCC;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=135;TCF=88;TCR=47;TR=91,135;WE=167149708;WS=167149683;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.67:135
chr2	167149700	rs41268675	T	C	3553.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.853;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FS=0.585;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.45;ReadPosRankSum=-0.387;SOR=0.629;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:56,160:0.74:216
chr2	167151290	rs36090076	A	G	267.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-1.448;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.762;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=7;PP=113;ReadPosRankSum=0.178;SC=GGTCCCAGGCAATATGCATCC;SOR=0.242;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=0;TCR=13;TR=7;WE=167151298;WS=167151280;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,12:0.67:18
chr2	167162277	rs4429487	G	A	10657.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=2.570;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=750;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.547;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=167;NR=135;PP=2962;ReadPosRankSum=0.546;SC=TAAATTTGCCGTTTCAAAAAG;SOR=0.781;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=454;TCF=247;TCR=207;TR=302;WE=167162285;WS=167162267;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:250,486:0.66:736
chr2	167163043	rs9646771	T	C	3376.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.183;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=254;ExcessHet=3.0103;FS=6.349;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.45;ReadPosRankSum=-0.414;SOR=0.407;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:88,163:0.65:251
chr2	167163199	rs9646772	A	T	1235.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-3.441;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.403;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=31;PP=701;ReadPosRankSum=-1.026;SC=AACTTTTCCTAAGAAAAAAAT;SOR=0.207;SbPval=0.25;Source=Platypus;TC=69;TCF=15;TCR=54;TR=43;WE=167163207;WS=167163189;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,55:0.63:87
chr2	167163372	rs4583483	TC	CA	504.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=1.292;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;JOINED;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=3;PP=531;ReadPosRankSum=-0.197;SC=CCAGAGTCTTTCAAGGTGCAA;SOR=1.051;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=25;TCF=19;TCR=6;TR=13;WE=167163381;WS=167163362;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,14:0.50:28
chr2	167163663	rs4447616	C	T	192.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-1.832;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=7;PP=115;ReadPosRankSum=-0.785;SC=GTTTACCTTTCTACATGGCAG;SOR=0.818;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=1;TCR=14;TR=7;WE=167163671;WS=167163653;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,9:0.53:17
chr2	167168093	rs6432901	C	T	3322.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-2.470;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=239;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=83;NR=31;PP=1899;ReadPosRankSum=-0.417;SC=TGAAGGGCAGCTGTTTGCCAG;SOR=0.732;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=168;TCF=123;TCR=45;TR=114;WE=167168101;WS=167168083;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,156:0.67:234
chr2	167313313	rs67265532	AATAT	A	297.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.534;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=37.22;ReadPosRankSum=0.887;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,7:0.88:8
chr2	168986154	rs925846	A	G	4671.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.105;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=334;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.396;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=82;PP=2174;ReadPosRankSum=-0.260;SC=AACATCAAATATGATACACAT;SOR=0.609;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=212;TCF=83;TCR=129;TR=136;WE=168986162;WS=168986144;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:112,217:0.66:329
chr2	168996775	rs2278785	T	C	3611.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.542;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.490;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=82;NR=24;PP=2273;ReadPosRankSum=1.445;SC=TCAACCCCGATGTAGTATTTC;SOR=2.247;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=108;TCF=84;TCR=24;TR=106;WE=168996783;WS=168996765;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,127:0.98:129
chr2	168997097	rs2278784	A	G	8106.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-2.306;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=321;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=152;NR=95;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.047;SC=AAATGTTAGCATATTAATGAT;SOR=1.205;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=250;TCF=154;TCR=96;TR=247;WE=168997105;WS=168997087;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,304:0.99:306
chr2	169103796	.	C	CGCCGGG	237.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.67;BaseQRankSum=-0.664;ClippingRankSum=0.000;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.792;HP=1;HapScore=2;MGOF=47;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.507;NF=6;NR=4;PP=117;ReadPosRankSum=-1.081;SC=CAGCCTGTGCCGCCGGGGCCG;SOR=0.714;SbPval=0.14;Source=Platypus;TC=19;TCF=7;TCR=12;TR=10;WE=169103804;WS=169103786;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,7:0.26:27
chr2	169103871	.	CGCCGCCGCCGCTGTCACCGGG	C	709.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.310;ClippingRankSum=0.000;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.33;MQRankSum=0.891;QD=22.18;ReadPosRankSum=0.517;SOR=0.681;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,19:0.59:32
chr2	169487610	rs11347055	GT	G	391.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-0.084;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5170;FS=0.000;HP=11;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=13;PP=176;ReadPosRankSum=-0.046;SC=CTATATCCTGGTTTTTTTTTT;SOR=0.693;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=21;TCF=1;TCR=20;TR=14;WE=169487618;WS=169487600;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,25:0.78:32
chr2	169487668	rs4667585	A	C	150.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.631;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=4;PP=65;ReadPosRankSum=-0.282;SC=CAGGCTTCCTAAGAATTATTT;SOR=0.368;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=5;WE=169487676;WS=169487658;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,7:0.78:9
chr2	169674655	rs830026	T	C	2025.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=46.04;SOR=1.230;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr2	169674663	rs830025	A	T	2244.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=40.09;SOR=1.302;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr2	169674764	rs830024	C	G	2205.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=28;NR=23;PP=939;SC=CCTGTGCTCGCGAACTCCTCT;SOR=0.741;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=51;TCF=28;TCR=23;TR=51;WE=169674772;WS=169674754;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr2	169681278	rs11374385	T	TTTTGTTTGTTTG	6049.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=258;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.75;QD=44.16;SOR=2.426;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,137:1.00:137
chr2	169690729	rs522893	T	C	6003.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=86;NR=53;PP=2965;SC=GTATGTTTTTTACTCTAGGCC;SOR=1.042;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=139;TCF=86;TCR=53;TR=139;WE=169690737;WS=169690719;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,224:1.00:224
chr2	169707428	rs540652	C	T	9620.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.620;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=705;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=154;NR=156;PP=2962;ReadPosRankSum=0.506;SC=TACCAAGACACATTCCTTCCT;SOR=0.701;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=482;TCF=240;TCR=242;TR=310;WE=169707436;WS=169707418;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:254,441:0.63:695
chr2	169707552	rs488621	A	G	6676.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.529;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=503;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=100;NR=104;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.350;SC=TCCATTTTGCATAACAACTGG;SOR=0.681;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=336;TCF=163;TCR=173;TR=204;WE=169707560;WS=169707542;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:184,306:0.62:490
chr2	169712115	rs58938408	C	CA	520.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.976;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.40;ReadPosRankSum=-3.000;SOR=0.566;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,34:0.55:62
chr2	169712148	.	C	CAA	37.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.471;ClippingRankSum=-0.000;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=5.756;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=2.70;ReadPosRankSum=0.230;SOR=2.584;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,7:0.50:14
chr2	169713084	rs11385898	T	TA	2301.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.167;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=247;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=11;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.815;NF=40;NR=32;PP=877;ReadPosRankSum=2.071;SC=GACTCCGTCTTAAAAAAAAAA;SOR=0.654;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=137;TCF=85;TCR=52;TR=72;WE=169713092;WS=169713074;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:92,143:0.61:235
chr2	169717541	rs2632372	T	C	3058.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-2.812;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.262;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=69;PP=1393;ReadPosRankSum=0.586;SC=ATATTTCCATTGGGACCGATT;SOR=0.850;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=144;TCF=48;TCR=96;TR=102;WE=169717549;WS=169717531;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,143:0.71:201
chr2	169721377	rs479661	G	A	6054.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.281;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=409;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=104;NR=68;PP=2962;ReadPosRankSum=0.379;SC=AAAAAAGAAGGAGGATGGTGG;SOR=0.664;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=257;TCF=158;TCR=99;TR=172;WE=169721385;WS=169721367;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:137,269:0.66:406
chr2	169727879	rs61598834	G	GA	834.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.123;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.146;HP=9;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=8;PP=529;ReadPosRankSum=0.537;SC=ATAAAAACAAGAAAAAAAGAG;SOR=0.924;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=47;TCF=32;TCR=15;TR=24;WE=169727887;WS=169727869;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,40:0.66:61
chr2	169728069	.	GAAA	G	3204.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.397;ClippingRankSum=0.000;DP=247;ExcessHet=3.0103;FS=0.674;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.18;MQRankSum=1.519;QD=16.10;ReadPosRankSum=0.794;SOR=0.814;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:77,122:0.61:199
chr2	169730344	rs16856071	A	G	348.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=1.156;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=13;PP=270;ReadPosRankSum=0.203;SC=GTTTTAAAATATATTATAGTT;SOR=0.776;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=21;TCF=3;TCR=18;TR=15;WE=169730352;WS=169730334;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,15:0.71:21
chr2	169763148	rs560887	T	C	14409.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=569;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=168;NR=156;PP=2965;SC=TTGCTTTTTATGCTTGTATCT;SOR=0.751;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=324;TCF=168;TCR=156;TR=324;WE=169763156;WS=169763138;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,566:1.00:566
chr2	169764176	rs492594	G	C	16775.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=644;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=194;NR=182;PP=2965;SC=CCTGTTTGCAGTTGGCTTTTA;SOR=0.742;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=376;TCF=194;TCR=182;TR=376;WE=169764184;WS=169764166;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,631:1.00:631
chr2	169764220	rs144077223	G	A	2801.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.739;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=609;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.936;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=55;PP=1460;ReadPosRankSum=0.019;SC=TTGACCTGCTGTGGTCCGTGC;SOR=0.758;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=372;TCF=183;TCR=189;TR=119;WE=169764228;WS=169764210;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:429,171:0.28:600
chr2	169780366	rs579275	T	C	471.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-5.163;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=23;PP=314;ReadPosRankSum=0.357;SC=GATGCAAAGATGCATGATTGC;SOR=0.535;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=74;TCF=8;TCR=66;TR=26;WE=169780374;WS=169780356;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,27:0.32:84
chr2	169789016	rs497692	T	C	1741.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.271;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=362;ExcessHet=3.0103;FS=0.877;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.98;ReadPosRankSum=-0.411;SOR=0.623;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:240,110:0.31:350
chr2	169801105	.	C	T	10501.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.528;ClippingRankSum=0.000;DP=694;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=178;NR=105;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.698;SC=TTTCCCCTCCCATAGCTCACC;SOR=0.675;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=433;TCF=270;TCR=163;TR=283;WE=169801113;WS=169801095;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:225,464:0.67:689
chr2	169801488	rs853789	A	G	615.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.124;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.992;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=16;PP=357;ReadPosRankSum=-0.091;SC=AAGATAGTAAACAAGAAAGTA;SOR=0.907;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=49;TCF=16;TCR=33;TR=23;WE=169801496;WS=169801478;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,30:0.47:64
chr2	169814347	rs853773	A	G	253.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-3.563;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=2;PP=150;ReadPosRankSum=0.674;SC=GAAATTTTTCATTCTTTAGAG;SOR=0.420;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=32;TCF=28;TCR=4;TR=13;WE=169814355;WS=169814337;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,13:0.42:31
chr2	169814655	rs853772	G	T	204.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.711;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FS=2.131;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.41;ReadPosRankSum=-0.987;SOR=0.457;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:65,20:0.24:85
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chr2	169824739	rs4148789	T	TA	1762.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=23;NR=4;PP=1212;SC=GATGAGAAGCTAACCAAAAAC;SOR=3.258;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=29;TCF=24;TCR=5;TR=27;WE=169824757;WS=169824729;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
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chr2	169824749	rs28405534	C	A	2113.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.28;SOR=3.171;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr2	169826877	rs2193831	C	T	11799.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=469;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=119;NR=179;PP=2965;SC=CTTCCCCAGACGGGTTATTGT;SOR=0.980;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=298;TCF=119;TCR=179;TR=298;WE=169826885;WS=169826867;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,463:1.00:463
chr2	169828325	rs2241340	A	G	2643.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=67;NR=10;PP=2065;SC=ATGACCTCTTAGTTTCTCCCA;SOR=3.180;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=78;TCF=67;TCR=11;TR=77;WE=169828333;WS=169828315;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr2	169830051	rs2389605	C	T	1271.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=39;NR=0;PP=1028;SC=TGGTTATTCACTGAACACTGT;SOR=7.428;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=39;TCF=39;TCR=0;TR=39;WE=169830059;WS=169830048;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr2	169830155	rs2287623	G	A	9943.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.612;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=398;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=144;NR=78;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.835;SC=ACACCTTTCTGTTTGATCAAT;SOR=1.132;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=225;TCF=145;TCR=80;TR=222;WE=169830163;WS=169830145;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,385:0.99:387
chr2	169830328	rs2287622	A	G	9704.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.882;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=362;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=84;NR=151;PP=2965;ReadPosRankSum=1.026;SC=TGGTTTAATGACCATGTTGAG;SOR=1.201;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=237;TCF=85;TCR=152;TR=235;WE=169830336;WS=169830318;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,354:0.99:356
chr2	169836182	rs368187290	CAAAAAAAAAAA	C	669.94	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=13.554;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.32;MQRankSum=0.133;QD=31.90;SOR=3.086;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,19:0.90:21
chr2	169842809	rs2287618	T	C	1900.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-1.801;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=46;PP=1031;ReadPosRankSum=-0.795;SC=GAAGACAAAATGCTTGAGTCA;SOR=1.280;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=58;TCF=11;TCR=47;TR=57;WE=169842817;WS=169842799;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,74:0.99:75
chr2	169994021	rs369228824	AAG	A	318.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.414;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=406;ExcessHet=3.0103;FS=4.352;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.05;MQRankSum=3.705;QD=1.24;ReadPosRankSum=-0.237;SOR=1.250;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:218,40:0.16:258
chr2	169997051	rs990626	G	A	4566.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=32;NR=87;PP=2668;SC=TAGGCAGTTCGATGGCTGCAG;SOR=1.669;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=119;TCF=32;TCR=87;TR=119;WE=169997059;WS=169997041;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,161:1.00:161
chr2	170002500	rs41265945	C	T	1685.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.805;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=389;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.917;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQ=60.03;MQRankSum=-0.623;NF=23;NR=51;PP=918;ReadPosRankSum=-0.656;SC=TACACCCTACCGCCACTTCTA;SOR=0.822;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=246;TCF=86;TCR=160;TR=74;WE=170002508;WS=170002490;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:273,108:0.28:381
chr2	170003432	rs4667591	T	G	12694.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.881;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=489;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=142;NR=176;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.582;SC=GCAGACTCGATTTTAGGTTCC;SOR=0.849;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=318;TCF=142;TCR=176;TR=318;WE=170003440;WS=170003422;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,468:1.00:470
chr2	170010985	rs2075252	T	C	10634.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=404;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=155;NR=94;PP=2965;SC=CCTATGTCCTTGGGATCCCAA;SOR=1.042;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=252;TCF=155;TCR=97;TR=249;WE=170010993;WS=170010975;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,396:1.00:396
chr2	170025083	rs2229268	A	G	2354.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.180;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=503;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=46;PP=1229;ReadPosRankSum=0.619;SC=AACCATCGCCACAGTCATCAT;SOR=0.682;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=303;TCF=157;TCR=146;TR=94;WE=170025091;WS=170025073;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:350,148:0.30:498
chr2	170029800	rs17848190	T	C	1783.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.296;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=250;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=42;PP=987;ReadPosRankSum=0.282;SC=CATTGTCACATTGAGGTTGTG;SOR=0.728;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=154;TCF=50;TCR=104;TR=62;WE=170029808;WS=170029790;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:154,92:0.37:246
chr2	170030821	rs2075250	T	C	187.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-1.436;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.074;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=9;PP=121;ReadPosRankSum=-0.556;SC=TACTACTACATGGAGCACTTC;SOR=2.007;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=2;TCR=20;TR=9;WE=170030829;WS=170030811;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,10:0.42:24
chr2	170032989	rs2229265	C	T	10439.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-2.862;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=759;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.546;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=191;NR=139;PP=2962;ReadPosRankSum=0.194;SC=TGCCACTCAGCTGAAGGGTGC;SOR=0.749;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=503;TCF=289;TCR=214;TR=330;WE=170032997;WS=170032979;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:264,485:0.65:749
chr2	170050143	rs73033872	G	A	840.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-3.161;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=3;PP=566;ReadPosRankSum=-0.273;SC=AGAAACAAAGGTAACATTCTA;SOR=0.602;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=37;TCF=32;TCR=5;TR=27;WE=170050151;WS=170050133;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,31:0.76:41
chr2	170050472	rs2075248	T	C	2233.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=3.397;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.631;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=54;PP=1547;ReadPosRankSum=0.110;SC=GACAAGCTGGTTGTAGCATGG;SOR=1.131;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=115;TCF=35;TCR=80;TR=74;WE=170050480;WS=170050462;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,88:0.66:133
chr2	170055255	rs16823023	T	C	6835.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.020;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=446;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.646;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=135;NR=75;PP=2962;ReadPosRankSum=-2.357;SC=ACAACATGCATCTCTGGAACG;SOR=0.979;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=301;TCF=187;TCR=114;TR=210;WE=170055263;WS=170055245;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:132,301:0.70:433
chr2	170059190	rs2239599	T	C	3746.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.914;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=262;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=86;NR=48;PP=2259;ReadPosRankSum=-2.493;SC=CATTCACACATAGCAGGATTC;SOR=0.725;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=205;TCF=130;TCR=75;TR=134;WE=170059198;WS=170059180;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:89,165:0.65:254
chr2	170063783	rs13417389	T	C	641.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.281;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.569;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=27;PP=358;ReadPosRankSum=-0.128;SC=TGAAAGTGCATGCTGATCAAT;SOR=0.884;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=124;TCF=36;TCR=88;TR=38;WE=170063791;WS=170063773;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:106,42:0.28:148
chr2	170077165	rs3815572	C	T	432.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-5.755;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.094;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=15;PP=237;ReadPosRankSum=-1.199;SC=AAACAAATTCCAAAGCACGAT;SOR=0.041;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=47;TCF=1;TCR=46;TR=16;WE=170077173;WS=170077155;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,20:0.40:50
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chr2	170088477	rs2302693	T	C	332.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=1.737;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=10;PP=243;ReadPosRankSum=1.265;SC=CGTTGTTACCTCTGTTGTTTT;SOR=0.693;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=9;TCR=24;TR=14;WE=170088485;WS=170088467;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,16:0.42:38
chr2	170088506	rs2302692	T	C	194.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-3.828;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=8;PP=125;ReadPosRankSum=-0.662;SC=TTGTTTTCACTGAACTACTCA;SOR=0.223;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=0;TCR=17;TR=8;WE=170088514;WS=170088496;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,10:0.53:19
chr2	170092395	rs2229267	A	G	2543.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.161;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=535;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=48;PP=1179;ReadPosRankSum=-2.097;SC=CATTATAATCACAAAAGTCCA;SOR=0.661;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=322;TCF=162;TCR=160;TR=94;WE=170092403;WS=170092385;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:368,160:0.30:528
chr2	170093517	rs77595542	A	G	84.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.743;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=2.459;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.77;ReadPosRankSum=-0.189;SOR=1.371;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,9:0.19:48
chr2	170115588	rs2241190	T	C	5974.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.058;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1064;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.548;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=102;NR=97;PP=2034;ReadPosRankSum=0.584;SC=ACTGAACTACTGTGCGTCTCG;SOR=0.679;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=609;TCF=299;TCR=310;TR=199;WE=170115596;WS=170115578;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:693,355:0.34:1048
chr2	170127380	rs145964808	TAC	T	37.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.186;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FS=1.502;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.21;MQRankSum=3.806;QD=0.39;ReadPosRankSum=-0.864;SOR=0.354;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:85,12:0.12:97
chr2	170129528	rs830994	G	A	12270.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=467;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=148;NR=154;PP=2965;SC=TGTGGCTGAGGACACAGACCT;SOR=0.706;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=302;TCF=148;TCR=154;TR=302;WE=170129536;WS=170129518;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,461:1.00:461
chr2	170129636	rs830995	A	G	6233.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=242;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=55;NR=108;PP=2965;SC=TATCCAAGACATGAAGCCACT;SOR=1.342;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=163;TCF=55;TCR=108;TR=163;WE=170129644;WS=170129626;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,234:1.00:234
chr2	170134191	rs831003	G	C	3564.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=90;NR=13;PP=2735;SC=ATATTTCTCTGCAGCCATTTT;SOR=3.298;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=104;TCF=90;TCR=14;TR=103;WE=170134199;WS=170134181;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr2	170139346	rs831010	C	T	9600.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=357;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=150;NR=83;PP=2965;SC=AGAATCTGTTCACTGTTCAGA;SOR=1.182;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=235;TCF=152;TCR=83;TR=233;WE=170139354;WS=170139336;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,351:1.00:351
chr2	170139639	rs831011	A	G	2033.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=8;NR=57;PP=1577;SC=ACCCTCTGGAATTAGGCACAG;SOR=3.393;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=65;TCF=8;TCR=57;TR=65;WE=170139647;WS=170139629;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr2	170149034	rs34980705	G	GAT	186.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.986;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.65;MQRankSum=3.531;QD=4.24;ReadPosRankSum=-0.786;SOR=0.743;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,9:0.20:44
chr2	170150509	.	G	A	475.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.536;ClippingRankSum=0.000;DP=176;ExcessHet=3.0103;FS=3.144;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.75;ReadPosRankSum=1.511;SOR=0.375;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:138,35:0.20:173
chr2	170150671	rs2229266	G	A	6596.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.451;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1218;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.561;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=116;NR=130;PP=2922;ReadPosRankSum=0.846;SC=AAGCATGTTCGTCACTGCCGT;SOR=0.737;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=767;TCF=372;TCR=395;TR=246;WE=170150679;WS=170150661;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:824,387:0.32:1211
chr2	170151227	rs10567789	TAA	T	305.37	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.045;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=1.971;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.54;ReadPosRankSum=0.414;SOR=0.754;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,16:0.76:21
chr2	170218816	rs1559013	T	C	4341.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=75;NR=23;PP=2106;SC=CGAGAGGCTCTGGCTGGGCTC;SOR=1.655;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=98;TCF=75;TCR=23;TR=98;WE=170218824;WS=170218806;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,157:1.00:157
chr2	170218847	rs1559014	C	G	6291.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=109;NR=37;PP=2965;SC=CACTGGCCGGCGCTAGGCAGG;SOR=1.664;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=146;TCF=109;TCR=37;TR=146;WE=170218855;WS=170218837;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,222:1.00:222
chr2	170336024	rs1879466	G	C	13312.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=509;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=166;NR=118;PP=2965;SC=AGCTAGGCCTGCACGGCTGTG;SOR=0.893;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=285;TCF=166;TCR=119;TR=284;WE=170336032;WS=170336014;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,502:1.00:502
chr2	170339003	rs2353187	C	A	907.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=9;NR=18;PP=568;SC=AAACAGAAGACAGGATAGGTA;SOR=1.473;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=27;TCF=9;TCR=18;TR=27;WE=170339011;WS=170338993;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr2	170355944	rs12692909	A	T	601.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-0.589;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=6;PP=416;ReadPosRankSum=2.133;SC=TATACTATAAATACTGTTCTT;SOR=1.022;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=33;TCF=26;TCR=7;TR=25;WE=170355952;WS=170355934;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,26:0.70:37
chr2	170359758	rs56293740	G	C	1170.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.936;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.299;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=32;PP=681;ReadPosRankSum=-1.858;SC=TAAAATAATGGTGTGTGTGAA;SOR=0.935;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=122;TCF=35;TCR=87;TR=42;WE=170359766;WS=170359748;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:95,56:0.37:151
chr2	170393894	.	C	CT	48.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.630;ClippingRankSum=0.000;DP=115;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.09;MQRankSum=2.114;QD=0.55;ReadPosRankSum=1.345;SOR=0.716;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:74,15:0.17:89
chr2	170393925	rs2683423	G	A	846.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.897;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=22;PP=511;ReadPosRankSum=2.448;SC=CGGAGTTTTCGCTCTTGTTGC;SOR=0.568;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=51;TCF=14;TCR=37;TR=31;WE=170393933;WS=170393915;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,38:0.60:63
chr2	170394487	rs2290005	T	A	1503.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.612;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=14;PP=582;ReadPosRankSum=-1.173;SC=TACTTTAGAATCAAACTTTGC;SOR=0.661;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=73;TCF=46;TCR=27;TR=40;WE=170394495;WS=170394477;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,69:0.64:108
chr2	170403030	rs2253680	T	C	7822.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=314;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NR=117;PP=2965;SC=TCCAAATACATGTGATCATGC;SOR=0.826;Source=Platypus;TCR=118;WE=170403038;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,303:1.00:303
chr2	170411485	rs2592823	C	A	521.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-1.738;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=2;PP=400;ReadPosRankSum=0.912;SC=GGCAGAATGGCCACGGAGGGA;SOR=1.453;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=27;TCF=23;TCR=4;TR=19;WE=170411493;WS=170411475;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,20:0.74:27
chr2	170411693	rs2683455	T	C	3529.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.558;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=49;PP=1676;ReadPosRankSum=1.374;SC=GCAGAAAAGTTAATTCTTGAG;SOR=0.864;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=87;TCF=38;TCR=49;TR=87;WE=170411701;WS=170411683;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,137:0.99:139
chr2	170413601	rs2592824	A	T	4811.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.773;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.154;NF=103;NR=31;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.662;SC=CTTCAAAACAACTGGTAGATT;SOR=1.046;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=140;TCF=107;TCR=33;TR=134;WE=170413609;WS=170413591;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,169:0.99:170
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chr2	170531572	rs11682248	T	C	436.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=2.173;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.753;HP=5;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=13;PP=254;ReadPosRankSum=0.032;SC=CAAACACAATTTTTTGTTTTC;SOR=1.266;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=47;TCF=13;TCR=34;TR=16;WE=170531580;WS=170531562;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,23:0.34:68
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chr2	170550839	rs3820952	A	G	2298.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.542;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=388;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.827;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=47;PP=1129;ReadPosRankSum=1.152;SC=GGTGTCCATGATGCTCCTAGA;SOR=0.753;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=232;TCF=95;TCR=137;TR=75;WE=170550847;WS=170550829;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:250,127:0.34:377
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chr2	170550963	rs62621446	G	A	520.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.406;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.47;ReadPosRankSum=1.308;SOR=0.394;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,16:0.29:55
chr2	170592709	rs2288331	A	G	1790.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=1.752;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=340;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.307;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=56;PP=1097;ReadPosRankSum=-2.082;SC=TAAAAGAGAAATGGATTCCTA;SOR=0.887;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=234;TCF=76;TCR=158;TR=83;WE=170592717;WS=170592699;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:231,104:0.31:335
chr2	170597789	rs114814411	C	T	402.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-2.450;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=3;PP=265;ReadPosRankSum=-0.773;SC=CAGTACCTTGCATTTTACCAT;SOR=0.404;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=32;TCF=28;TCR=4;TR=16;WE=170597797;WS=170597779;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,18:0.50:36
chr2	170597835	rs2303556	G	T	602.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.004;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.901;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=7;PP=405;ReadPosRankSum=0.004;SC=TTTAGCCCAGGGTTCACTGCA;SOR=0.969;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=74;TCF=54;TCR=20;TR=27;WE=170597843;WS=170597825;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,33:0.34:96
chr2	170605981	rs4667607	C	T	4266.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=79;NR=36;PP=2249;SC=ATCTAGTCGGCGGACAAACTA;SOR=1.491;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=115;TCF=79;TCR=36;TR=115;WE=170605989;WS=170605971;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,155:1.00:155
chr2	170606293	rs149836052	T	TA	778.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.347;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.613;HP=8;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.572;NF=2;NR=26;PP=459;ReadPosRankSum=0.056;SC=TATAGTTTTATAAAAAAAGAA;SOR=0.759;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=105;TCF=8;TCR=97;TR=28;WE=170606301;WS=170606283;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:129,53:0.29:182
chr2	170606438	rs10611184	TATAC	T	1599.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.799;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=88;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=-0.115;NF=1;NR=17;PP=489;ReadPosRankSum=1.927;SC=TATATATATATATACACACAC;SOR=1.179;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=23;TCF=1;TCR=22;TR=18;WE=170606458;WS=170606428;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,38:0.95:40
chr2	170606450	rs79825047	C	T	1608.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-1.985;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=88;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=17;PP=958;ReadPosRankSum=1.361;SC=TACACACACACATATATGTGT;SOR=0.462;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=28;TCF=11;TCR=17;TR=27;WE=170606458;WS=170606428;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,36:0.97:37
chr2	170606476	.	CAT	C	1263	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;FR=0.5000;HP=2;HapScore=4;MGOF=114;MMLQ=20;MQ=55.8;NF=1;NR=12;PP=1263;QD=99.2307692308;SC=TATATGTATACATATATATGT;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=13;TCF=1;TCR=12;TR=13;WE=170606504;WS=170606457;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:0,13:1.00:13
chr2	170606478	.	T	TATATGTGTATATATACGCATGTATGTATAC	907.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.22;QD=53.40;SOR=1.371;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr2	170606487	.	GTATATATA	G	1431	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;FR=0.5000;HP=2;HapScore=4;MGOF=87;MMLQ=24;MQ=55.45;NF=1;NR=12;PP=1431;QD=111.923076923;SC=ATATATATGTGTATATATACG;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=13;TCF=1;TCR=12;TR=13;WE=170606504;WS=170606457;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:0,13:1.00:13
chr2	170606496	rs144201291	C	CGCAT	362.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=4;MGOF=87;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=2;NR=12;PP=1461;SC=TGTATATATACGTATGTATAC;SOR=4.407;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=14;TCF=2;TCR=12;TR=14;WE=170606504;WS=170606457;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr2	170606609	.	TATAC	T	598	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;FR=0.5000;HP=1;HapScore=4;MGOF=93;MMLQ=21;MQ=57.01;NF=8;NR=2;PP=598;QD=63.3;SC=CATATATGTGTATACATATAT;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=14;TCF=9;TCR=5;TR=10;WE=170606629;WS=170606599;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:4,10:0.71:14
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chr2	170606724	rs10164599	A	G	1504.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=17;NR=22;PP=715;SC=AAGGTAATATAGAATATTTGA;SOR=0.877;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=39;TCF=17;TCR=22;TR=39;WE=170606732;WS=170606714;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr2	170629766	rs78386341	A	C	214.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-0.329;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=3;PP=110;ReadPosRankSum=0.851;SC=TAATACCTTCATAGCATATTT;SOR=0.641;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=36;TCF=26;TCR=10;TR=11;WE=170629774;WS=170629756;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,13:0.33:39
chr2	170632960	rs150673586	C	CA,CAA	5708.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.489;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=283;ExcessHet=3.0103;FS=1.271;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=21.87;ReadPosRankSum=-0.835;SOR=0.576;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:9,197,55:0.75,0.21:261
chr2	170632969	rs55969365	C	A	12280.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=290;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=34;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=99;NR=94;PP=2962;SC=ACAAAAAAAACCACAAGAAGA;SOR=0.700;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=194;TCF=99;TCR=95;TR=193;WE=170632977;WS=170632950;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,289:1.00:289
chr2	170633001	rs79367137	C	T	1574.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.585;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=287;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.478;HP=2;HapScore=1;MGOF=67;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=29;PP=764;ReadPosRankSum=0.051;SC=ATTCCTAGGCCCTGCCGTGCA;SOR=0.717;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=198;TCF=99;TCR=99;TR=63;WE=170633009;WS=170632991;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:192,93:0.33:285
chr2	170633023	rs11422611	T	TA	10245.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=270;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=55;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=29;NR=106;PP=2957;SC=CCACAGAAAATAGGAACCTGC;SOR=0.772;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=135;TCF=29;TCR=106;TR=135;WE=170633031;WS=170633013;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,262:1.00:262
chr2	170633067	rs6745191	G	T	5998.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=75;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=68;NR=93;PP=2965;SC=TTCAAGGCCTGGAACCTGGAT;SOR=0.986;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=163;TCF=68;TCR=95;TR=161;WE=170633075;WS=170633057;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,223:1.00:223
chr2	170633103	rs11325477	GA	G	6039.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=56;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=9;NR=84;PP=2970;SC=GTCTAAGAATGAATCACCTTA;SOR=1.287;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=93;TCF=9;TCR=84;TR=93;WE=170633111;WS=170633093;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,163:1.00:163
chr2	170668106	rs2246149	G	A	1527.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=29;NR=15;PP=881;SC=ATCATTATTAGTAATTGTGCT;SOR=1.302;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=44;TCF=29;TCR=15;TR=44;WE=170668114;WS=170668096;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr2	170668813	rs3731674	C	T	4271.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=102;NR=27;PP=2796;SC=TTCAGTGGGGCAATCTCAGCT;SOR=2.351;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=130;TCF=103;TCR=27;TR=129;WE=170668821;WS=170668803;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,149:1.00:149
chr2	170676227	rs1541776	T	C	1664.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=15;NR=35;PP=1143;SC=GATTTAGAAATATTTTCTTCC;SOR=1.649;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=50;TCF=15;TCR=35;TR=50;WE=170676235;WS=170676217;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr2	170677855	rs34089373	G	GT	1817.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.546;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.50;MQRankSum=0.407;QD=23.30;ReadPosRankSum=0.552;SOR=0.976;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:4,74:0.95:78
chr2	170677870	rs9798444	C	G	158.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.881;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FS=1.082;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.28;MQRankSum=-0.725;QD=2.15;ReadPosRankSum=-0.007;SOR=0.894;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:58,16:0.22:74
chr2	170678397	rs57923052	T	C	4594.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.114;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=723;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=103;NR=64;PP=2115;ReadPosRankSum=-0.874;SC=TTAATCCCATTGATGCTCCTT;SOR=0.708;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=446;TCF=274;TCR=172;TR=167;WE=170678405;WS=170678387;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:460,250:0.35:710
chr2	170678576	rs373745484	TA	T	2884.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.641;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=361;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.270;HP=17;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.766;NF=4;NR=111;PP=1279;ReadPosRankSum=-0.065;SC=TGCTAAAAAATAAAAAAAAAA;SOR=0.549;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=206;TCF=8;TCR=198;TR=115;WE=170678585;WS=170678566;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:112,179:0.62:291
chr2	170684224	rs2303555	C	T	947.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.604;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.324;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=7;PP=620;ReadPosRankSum=-0.495;SC=CCGCGGCTGCCGGCGGCGAGG;SOR=1.054;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=42;TCF=34;TCR=8;TR=33;WE=170684232;WS=170684214;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,41:0.63:65
chr2	170684548	rs79036304	G	A	2737.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.213;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=569;ExcessHet=3.0103;FS=0.573;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.86;ReadPosRankSum=0.592;SOR=0.745;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:396,167:0.30:563
chr2	170762487	rs10171268	C	T	8802.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=328;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=183;NR=72;PP=2965;SC=TGATATTTAACATGAATGTGT;SOR=1.686;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=257;TCF=184;TCR=73;TR=255;WE=170762495;WS=170762477;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,317:1.00:317
chr2	170782037	rs1461958	C	T	627.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=20;NR=0;PP=590;SC=ATACTATGATCACATCATTAA;SOR=5.994;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=20;TCR=0;TR=20;WE=170782045;WS=170782027;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr2	170782338	rs13016918	C	T	1027.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=0.951;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=31;PP=716;ReadPosRankSum=0.032;SC=GAGGTGACTGCGTGATGACAT;SOR=0.739;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=52;TCF=10;TCR=42;TR=39;WE=170782346;WS=170782328;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,42:0.74:57
chr2	170782356	rs61092155	C	T	184.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-2.136;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.788;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=8;PP=86;ReadPosRankSum=-2.367;SC=CATGGAGAGGCCAATGCCATT;SOR=0.252;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=40;TCF=7;TCR=33;TR=10;WE=170782364;WS=170782346;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,12:0.27:44
chr2	170783765	rs6708266	G	A	864.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-2.289;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=11;PP=504;ReadPosRankSum=0.556;SC=AAAAAGTGTGGTAAGTTTTTT;SOR=0.671;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=137;TCF=100;TCR=37;TR=41;WE=170783773;WS=170783755;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:103,48:0.32:151
chr2	170784049	rs898851	G	A	645.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-1.777;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.473;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=23;PP=489;ReadPosRankSum=2.158;SC=AAGAACACCAGTTGTGTGCTC;SOR=3.690;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=31;TCF=2;TCR=29;TR=23;WE=170784057;WS=170784039;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,25:0.78:32
chr2	170850738	rs1461959	T	C	2536.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=71;NR=9;PP=1940;SC=TGAAATAATTTGAGTTGCTTG;SOR=4.228;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=81;TCF=72;TCR=9;TR=80;WE=170850746;WS=170850728;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr2	170858038	rs74735622	G	A	62.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.511;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=5.756;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=4.48;ReadPosRankSum=-0.991;SOR=0.651;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,5:0.36:14
chr2	170863471	rs16857407	C	T	1886.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.125;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=314;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.447;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=27;PP=988;ReadPosRankSum=2.485;SC=GTGTATATCACGCATCTGTAT;SOR=0.732;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=209;TCF=139;TCR=70;TR=75;WE=170863479;WS=170863461;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:202,105:0.34:307
chr2	170865583	rs7567572	T	C	116.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-3.863;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=7;PP=74;ReadPosRankSum=0.918;SC=CTAGTTTTAGTGCCTGCTAGG;SOR=0.368;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=0;TCR=18;TR=7;WE=170865591;WS=170865573;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,7:0.39:18
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chr2	170917983	rs35032863	CT	C	3627.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.145;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=523;ExcessHet=3.0103;FS=0.456;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.08;MQRankSum=1.141;QD=9.42;ReadPosRankSum=0.462;SOR=0.752;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:130,255:0.66:385
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chr2	171056569	rs6756347	T	A	1396.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=39;NR=6;PP=1082;SC=ATAGTACATATGTTTTACTAA;SOR=3.258;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=45;TCF=39;TCR=6;TR=45;WE=171056577;WS=171056563;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr2	171070850	rs13423313	G	T	7934.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=3.436;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=328;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=21.263;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=111;NR=69;PP=2886;ReadPosRankSum=-0.857;SC=TTCACATGTGGTCTCCTGCTC;SOR=0.523;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=185;TCF=111;TCR=74;TR=180;WE=171070858;WS=171070840;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:6,321:0.98:327
chr2	171070912	rs13385825	T	C	8597.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.430;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=343;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.051;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=101;NR=109;PP=2965;ReadPosRankSum=1.408;SC=GCTCAGTCACTGAGCTTGTCA;SOR=0.245;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=211;TCF=101;TCR=110;TR=210;WE=171070920;WS=171070902;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,337:0.99:341
chr2	171071369	rs4667626	C	T	7232.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.899;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=282;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=133;PP=2965;ReadPosRankSum=1.196;SC=GTTTTCTTGACGTGTGCAGTT;SOR=1.506;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=199;TCF=66;TCR=133;TR=198;WE=171071377;WS=171071359;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,271:0.99:273
chr2	171073887	rs2161916	G	A	14591.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=558;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=183;NR=187;PP=2965;SC=TTGGCACCCCGTTCTGGATGG;SOR=0.700;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=370;TCF=183;TCR=187;TR=370;WE=171073895;WS=171073877;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,552:1.00:552
chr2	171092445	rs1035625	A	G	752.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=3.777;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=2;PP=466;ReadPosRankSum=0.900;SC=GGGCCTTTTTAGGACATCTGA;SOR=0.804;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=39;TCF=35;TCR=4;TR=21;WE=171092453;WS=171092435;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,28:0.58:48
chr2	171192084	rs12466203	G	A	8622.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=318;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=89;NR=156;PP=2965;SC=GTTATGACTCGGGGTTTGTTC;SOR=1.223;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=246;TCF=90;TCR=156;TR=245;WE=171192092;WS=171192074;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,314:1.00:314
chr2	171225841	rs4668246	A	G	9941.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.309;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=771;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.121;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=138;NR=147;PP=2962;ReadPosRankSum=0.855;SC=ACAGCTGGCCAAGGTTCTCCA;SOR=0.601;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=459;TCF=219;TCR=240;TR=285;WE=171225849;WS=171225831;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:292,473:0.62:765
chr2	171239560	rs12471568	A	G	753.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.597;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FS=0.740;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.23;ReadPosRankSum=0.094;SOR=0.607;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:76,45:0.37:121
chr2	171240249	rs11675394	C	T	1785.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.869;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=411;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.40;ReadPosRankSum=-0.791;SOR=0.623;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:297,109:0.27:406
chr2	171242865	rs9646733	G	T	738.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.581;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.063;HP=8;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=29;PP=1278;ReadPosRankSum=0.623;SC=GAAGTGCTGGGTTTTTTTTAT;SOR=0.517;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=150;TCF=51;TCR=99;TR=47;WE=171242886;WS=171242855;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:142,57:0.29:199
chr2	171242878	rs9646782	A	G	798.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.669;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.163;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=25;PP=1278;ReadPosRankSum=2.023;SC=TTTTTTATTAAGGCTTACATA;SOR=0.505;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=135;TCF=46;TCR=89;TR=42;WE=171242886;WS=171242855;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:124,51:0.29:175
chr2	171248778	rs62170829	G	A	2313.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-3.821;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.445;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=26;PP=1258;ReadPosRankSum=-0.304;SC=ACTTCAGGCTGGGCAACAGAG;SOR=0.449;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=115;TCF=79;TCR=36;TR=78;WE=171248786;WS=171248768;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,102:0.70:145
chr2	171249093	rs2013102	C	T	222.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-3.879;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.245;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=10;PP=132;ReadPosRankSum=1.200;SC=TGGGATAAGACACTTGCTTTC;SOR=0.178;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=42;TCF=4;TCR=38;TR=12;WE=171249101;WS=171249083;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,14:0.27:51
chr2	171256597	rs7561268	A	C	190.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-2.187;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=1;PP=106;ReadPosRankSum=0.358;SC=AAGAGGGAGAATGGACTTTGG;SOR=0.264;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=39;TCF=36;TCR=3;TR=10;WE=171256605;WS=171256591;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,11:0.26:42
chr2	171256930	rs10676575	T	TA	307.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.503;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.71;ReadPosRankSum=0.247;SOR=0.512;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:54,29:0.35:83
chr2	171257945	rs7568041	A	T	897.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.118;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.10;ReadPosRankSum=-0.378;SOR=0.643;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:122,54:0.31:176
chr2	171260708	rs10930425	C	A	3743.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=68;NR=34;PP=1914;SC=TCCTGGTGGTCCCAAGGCTAG;SOR=1.286;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=102;TCF=68;TCR=34;TR=102;WE=171260716;WS=171260698;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,142:1.00:142
chr2	171260787	rs6736609	G	A	10553.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=328;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=32.47;SOR=0.961;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,325:1.00:325
chr2	171260787	.	GTACCCGTGGA	ATACCCGTGGA,ATACCCGTGGG	2423	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.51;FR=0.5000,0.5000;HP=2;HapScore=1;MGOF=26;MMLQ=28;MQ=60.0;NF=116,33;NR=78,24;PP=2423,954;QD=12.668923776;SC=CATTGATGCTGTACCCGTGGA;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=196;TCF=116;TCR=80;TR=194,57;WE=171260805;WS=171260777;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.99:196
chr2	171260797	rs33962844	A	G	2197.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.015;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=333;ExcessHet=3.0103;FS=1.366;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.64;ReadPosRankSum=0.940;SOR=0.610;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:214,117:0.35:331
chr2	171260820	rs6751520	T	C	9793.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=361;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=113;NR=101;PP=2965;SC=CCGCCCGCTCTTGGACATGTT;SOR=0.780;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=216;TCF=114;TCR=102;TR=214;WE=171260828;WS=171260810;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,359:1.00:359
chr2	171261021	rs6751781	T	G	2685.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=25;NR=57;PP=1628;SC=TATATGGTGGTTTGTAAGAAT;SOR=1.634;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=83;TCF=25;TCR=58;TR=82;WE=171261029;WS=171261011;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr2	171264091	rs138990294	T	TGCTCTGGATATGAAA	4459.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=27;NR=3;PP=2973;SC=CTTTATCTGGTGCTCTGGATA;SOR=3.826;SbPval=0.92;Source=Platypus;TC=52;TCF=42;TCR=10;TR=30;WE=171264099;WS=171264081;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr2	171300575	rs17426211	C	A	4730.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.970;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=329;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.966;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=68;NR=84;PP=2245;ReadPosRankSum=-0.158;SC=CAGATTTGCACCAAATATAGT;SOR=0.776;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=220;TCF=104;TCR=116;TR=152;WE=171300583;WS=171300565;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:102,217:0.68:319
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chr2	171355329	rs6733198	G	C	5701.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=53;NR=95;PP=2965;SC=AGACTCCAACGTAACAATGGT;SOR=1.206;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=148;TCF=53;TCR=95;TR=148;WE=171355337;WS=171355319;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,208:1.00:208
chr2	171356274	rs10185178	G	A	5845.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=70;NR=78;PP=2692;SC=AGATACAAAAGGGTCAGAGAG;SOR=0.785;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=148;TCF=70;TCR=78;TR=148;WE=171356282;WS=171356264;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,226:1.00:226
chr2	171356423	rs9752383	T	C	109.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.189;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.19;MQRankSum=0.429;QD=4.39;ReadPosRankSum=0.605;SOR=1.096;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,7:0.28:25
chr2	171356461	.	TTTCC	T	347.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.808;ClippingRankSum=0.000;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.38;MQRankSum=0.458;QD=26.75;ReadPosRankSum=-1.963;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,10:0.77:13
chr2	171358211	rs7593940	G	A	6219.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=240;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=80;NR=58;PP=2474;SC=CGGGCAATAGGCTGGAGGGGA;SOR=0.885;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=138;TCF=80;TCR=58;TR=138;WE=171358219;WS=171358201;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,237:1.00:237
chr2	171358474	rs7608168	T	A	625.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=14;PP=430;SC=TCAGGAGCACTGGAATGAGTC;SOR=2.200;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=18;TCF=4;TCR=14;TR=17;WE=171358482;WS=171358464;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr2	171508262	rs6724627	G	A	5925.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.523;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=409;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=111;PP=2962;ReadPosRankSum=0.698;SC=CAAAGTGGCCGTAAAGCTGTT;SOR=0.707;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=257;TCF=89;TCR=168;TR=170;WE=171508270;WS=171508252;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:135,264:0.66:399
chr2	171508490	rs10718459	CA	C	3119.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=48;NR=36;PP=1966;SC=GCCCTTTGATCAAAAAAAATT;SOR=2.152;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=108;TCF=62;TCR=46;TR=84;WE=171508498;WS=171508479;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,137:1.00:137
chr2	171509700	rs13382220	G	A	3449.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.777;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=90;PP=2137;ReadPosRankSum=-0.373;SC=CTGTCATTGCGTAAGAAAGCA;SOR=0.716;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=177;TCF=32;TCR=145;TR=110;WE=171509708;WS=171509690;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,140:0.64:219
chr2	171570151	rs72885464	C	T	2488.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.985;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=659;ExcessHet=3.0103;FS=1.281;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.82;ReadPosRankSum=0.802;SOR=0.843;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:484,168:0.26:652
chr2	171570488	rs7563812	C	G	1402.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.133;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=248;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=23;PP=784;ReadPosRankSum=-0.820;SC=GCGATCCCCGCGTCCGCAGTG;SOR=0.693;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=171;TCF=97;TCR=74;TR=53;WE=171570496;WS=171570478;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:165,77:0.32:242
chr2	171573185	rs1134626	G	T	3260.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.925;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=614;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.218;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=78;PP=1745;ReadPosRankSum=-1.139;SC=CCGCGCTGCCGCCAGGCTACT;SOR=0.571;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=445;TCF=176;TCR=269;TR=135;WE=171573193;WS=171573175;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:412,189:0.31:601
chr2	171627676	rs1861462	T	G	12916.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.62;DB;DP=500;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=131;NR=112;PP=2965;SC=TCGGATGGTCTGCTGAAGAGG;SOR=0.713;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=243;TCF=131;TCR=112;TR=243;WE=171627684;WS=171627666;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,495:1.00:495
chr2	171632225	rs17694506	C	T	166.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-0.047;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=2;PP=103;ReadPosRankSum=-0.473;SC=AGACTTTAGTCCTCTGTGAGC;SOR=0.569;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=11;TCR=4;TR=7;WE=171632233;WS=171632215;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,9:0.47:19
chr2	171632385	rs10626619	C	CTT	4673.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=14;NR=25;PP=1993;SC=AAAATAAAAACAATACGAAAT;SOR=0.967;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=42;TCF=16;TCR=26;TR=39;WE=171632393;WS=171632375;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr2	171633554	rs17694562	A	G	213.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.700;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=4;PP=109;ReadPosRankSum=-1.395;SC=AACAAAATACATACTTAATAC;SOR=0.582;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=33;TCF=23;TCR=10;TR=12;WE=171633562;WS=171633544;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,13:0.35:37
chr2	171634104	rs55923006	C	T	495.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.379;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FS=2.651;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.33;ReadPosRankSum=-1.479;SOR=1.017;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:117,32:0.21:149
chr2	171634347	rs11334749	TA	T	4470.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.386;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=428;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.560;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=60;PP=2310;ReadPosRankSum=-0.521;SC=CAATTGTTACTATAGATAGAA;SOR=0.631;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=205;TCF=10;TCR=195;TR=64;WE=171634355;WS=171634337;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:270,145:0.35:415
chr2	171634395	rs1065651	C	T	1025.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-3.309;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.729;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=35;PP=627;ReadPosRankSum=0.030;SC=GATAAAAATGCAGAAGTATAG;SOR=0.771;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=137;TCF=32;TCR=105;TR=44;WE=171634403;WS=171634385;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:104,52:0.33:156
chr2	171636496	rs55693618	C	T	210.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-3.277;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=10;PP=152;ReadPosRankSum=0.000;SC=AGAATTATTTCAGTAGAAGTT;SOR=0.481;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=33;TCF=3;TCR=30;TR=10;WE=171636504;WS=171636486;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,11:0.33:33
chr2	171654663	rs2287111	A	C	1956.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=2.341;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.255;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=49;PP=1383;ReadPosRankSum=0.061;SC=TCATAGAACTATAAGCAGTCA;SOR=0.347;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=102;TCF=23;TCR=79;TR=67;WE=171654671;WS=171654653;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,77:0.65:118
chr2	171678379	rs2241165	C	T	2563.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.557;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=76;NR=4;PP=2173;ReadPosRankSum=-0.752;SC=GACACCGTTCCATATTTGAAG;SOR=4.099;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=82;TCF=77;TCR=5;TR=80;WE=171678387;WS=171678369;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,80:0.99:81
chr2	171678625	rs769404	T	C	10695.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.134;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=738;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.184;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=129;NR=175;PP=2962;ReadPosRankSum=0.439;SC=GCGTGGCCCATGGATGCACCA;SOR=0.815;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=459;TCF=201;TCR=258;TR=304;WE=171678633;WS=171678615;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:237,493:0.68:730
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chr2	171822466	rs4668356	C	T	39728.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=1591;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=449;NR=528;PP=2965;SC=ACGCACCCTCCGACCCTGCCA;SOR=0.817;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=1001;TCF=466;TCR=535;TR=977;WE=171822474;WS=171822456;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,1555:1.00:1555
chr2	171851048	rs11397597	C	CA	689.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.107;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.76;ReadPosRankSum=1.209;SOR=0.669;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:48,54:0.53:102
chr2	171906469	rs3217296	GA	G	5010.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-1.322;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=345;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.429;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.376;NF=16;NR=75;PP=2970;ReadPosRankSum=-1.232;SC=CTCTGAAAAGGAGAAAAAAAA;SOR=0.645;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=130;TCF=23;TCR=107;TR=91;WE=171906477;WS=171906459;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:104,231:0.69:335
chr2	171910313	rs11553951	C	T	2192.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=2.676;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.436;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=47;PP=1230;ReadPosRankSum=0.603;SC=TTTCCAGGTCCTGGATTTTAT;SOR=1.039;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=102;TCF=39;TCR=63;TR=73;WE=171910321;WS=171910303;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,95:0.69:137
chr2	171913207	rs200719254	CAA	C	141.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.261;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=1.773;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.25;MQRankSum=1.451;QD=3.73;ReadPosRankSum=-0.459;SOR=0.330;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,10:0.26:38
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chr2	172016756	rs113416007	G	A	1061.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.411;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.324;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=22;PP=900;ReadPosRankSum=0.897;SC=TCCGCGGCGCGGGAGAGGAGG;SOR=1.120;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=75;TCF=44;TCR=31;TR=53;WE=172016764;WS=172016746;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,50:0.68:74
chr2	172180771	rs10205459	A	G	4961.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=79;NR=58;PP=2324;SC=ATCCACACTCAGTGCATTTTC;SOR=0.903;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=137;TCF=79;TCR=58;TR=137;WE=172180779;WS=172180761;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,197:1.00:197
chr2	172291616	rs6751956	C	T	2387.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-2.777;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.642;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=23;PP=973;ReadPosRankSum=1.109;SC=TTAAGAATGTCTGGACAACTC;SOR=0.601;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=96;TCF=60;TCR=36;TR=62;WE=172291624;WS=172291606;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,108:0.68:158
chr2	172305092	rs17220419	T	C	261.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.613;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.222;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=0;PP=223;ReadPosRankSum=-0.106;SC=GTTTATTTATTTGGCATTTGA;SOR=1.911;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=22;TCR=0;TR=13;WE=172305100;WS=172305082;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,11:0.52:21
chr2	172305175	rs139655160	C	CT	462.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.161;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FS=2.039;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.03;ReadPosRankSum=1.385;SOR=0.411;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:52,40:0.43:92
chr2	172305177	rs192861143	C	T	1868.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.600;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FS=1.855;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=20.31;ReadPosRankSum=0.849;SOR=0.501;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,54:0.59:92
chr2	172309506	rs3731985	T	A	813.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=2.466;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=5;PP=549;ReadPosRankSum=2.086;SC=AGATAGATGGTTGTTTTCATA;SOR=0.869;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=51;TCF=42;TCR=9;TR=31;WE=172309514;WS=172309496;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,33:0.62:53
chr2	172314644	rs58636477	AT	A	595.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.990;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=11;HapScore=3;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=34;PP=395;ReadPosRankSum=0.296;SC=CTAAAGTATGATTTTTTTTTT;SOR=0.515;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=50;TCF=1;TCR=49;TR=35;WE=172314653;WS=172314634;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,39:0.75:52
chr2	172329458	rs36112363	G	T	2155.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.982;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.385;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=35;PP=891;ReadPosRankSum=-0.997;SC=AGTGCTTCTGGATATAAGGTA;SOR=0.575;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=86;TCF=33;TCR=53;TR=58;WE=172329466;WS=172329448;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,100:0.68:148
chr2	172330393	rs3731983	A	G	2944.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=1.159;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=42;PP=1674;ReadPosRankSum=2.453;SC=ATGGGATCCAAGAAATGGATT;SOR=0.699;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=137;TCF=79;TCR=58;TR=100;WE=172330401;WS=172330383;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,128:0.73:176
chr2	172333295	rs4668387	C	T	1180.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.643;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=12;PP=646;ReadPosRankSum=-0.193;SC=TTGAGTTTTACTTCAGTACTT;SOR=0.717;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=49;TCF=35;TCR=14;TR=41;WE=172333303;WS=172333285;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,52:0.81:64
chr2	172336541	rs3731981	C	T	946.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=1.192;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.375;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=7;PP=675;ReadPosRankSum=2.556;SC=ATCTATCTATCCCAAAGACTT;SOR=1.193;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=55;TCF=41;TCR=14;TR=34;WE=172336549;WS=172336531;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,39:0.60:65
chr2	172378818	rs868106	A	G	2223.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.631;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=428;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=56;PP=1075;ReadPosRankSum=1.887;SC=CCACCAGGCAATGAGCGCCCT;SOR=0.708;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=293;TCF=120;TCR=173;TR=95;WE=172378826;WS=172378808;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:287,132:0.32:419
chr2	172378889	rs2356782	C	G	1749.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.950;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FS=9.259;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.22;ReadPosRankSum=-0.041;SOR=0.260;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:103,53:0.34:156
chr2	172378893	rs3731976	G	A	1709.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.506;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FS=4.251;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.39;ReadPosRankSum=0.280;SOR=0.341;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:92,46:0.33:138
chr2	172379686	rs960750	G	A	1820.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.363;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=279;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=23;PP=951;ReadPosRankSum=1.356;SC=GAGCCTGCGCGATCGGGGGCG;SOR=0.721;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=202;TCF=133;TCR=69;TR=69;WE=172379694;WS=172379676;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:176,98:0.36:274
chr2	172379781	rs960749	G	A	4129.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.590;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=719;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=59;PP=1607;ReadPosRankSum=-1.195;SC=AAAGATTGCCGGAGCGAGAAT;SOR=0.680;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=393;TCF=205;TCR=188;TR=121;WE=172379789;WS=172379771;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:473,240:0.34:713
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chr2	172398311	rs7586144	T	C	1452.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=0.882;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.602;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=37;PP=814;ReadPosRankSum=-0.266;SC=CAGGTCAGTATTTCAGTGTAT;SOR=0.608;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=138;TCF=45;TCR=93;TR=59;WE=172398319;WS=172398301;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:91,69:0.43:160
chr2	172411273	rs10455	G	A	838.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-1.059;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=29;PP=470;ReadPosRankSum=-0.874;SC=GAGTTAAACAGTGAAGTAGCA;SOR=0.735;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=141;TCF=45;TCR=96;TR=42;WE=172411281;WS=172411263;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:127,51:0.29:178
chr2	172549248	rs6433311	A	G	242.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.739;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.67;ReadPosRankSum=1.934;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,11:0.85:13
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chr2	172564021	rs312924	A	T	114.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.317;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.05;ReadPosRankSum=0.062;SOR=0.484;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:45,11:0.20:56
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chr2	172582281	rs139032813	A	ATTAC	2616.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=21;PP=1417;SC=GATTCCTTTTATTATGTATTA;SOR=0.871;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=26;TCF=4;TCR=22;TR=25;WE=172582289;WS=172582271;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr2	172600716	rs12619041	C	A	569.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.289;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.047;HP=7;HapScore=4;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=8;PP=209;ReadPosRankSum=1.910;SC=AGGAAAATAACAAAAATTGCA;SOR=0.641;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=34;TCF=17;TCR=17;TR=15;WE=172600724;WS=172600703;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,27:0.51:53
chr2	172644229	rs2292813	T	C	11394.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=408;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=156;NR=147;PP=2965;SC=GTGGTAAAGATAGCCACTGAG;SOR=0.770;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=304;TCF=156;TCR=148;TR=303;WE=172644237;WS=172644219;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,401:1.00:401
chr2	172650382	rs6745143	G	A	416.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=0.668;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.738;HP=6;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=20;PP=404;ReadPosRankSum=0.859;SC=ATCTTGAAAAGAAGGAGGTGA;SOR=1.255;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=68;TCF=19;TCR=49;TR=27;WE=172650390;WS=172650372;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,23:0.28:81
chr2	172690418	rs3736499	C	T	621.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=1.805;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.552;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=3;PP=446;ReadPosRankSum=2.110;SC=ACCACTGCTTCACATTTTAGA;SOR=1.193;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=27;TCF=24;TCR=3;TR=20;WE=172690426;WS=172690408;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,24:0.63:38
chr2	172693780	rs3765166	G	A	9909.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-2.236;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=684;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.563;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=117;NR=154;PP=2962;ReadPosRankSum=1.355;SC=TGCAGCTCCTGTGAGGAAATT;SOR=0.628;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=414;TCF=179;TCR=235;TR=271;WE=172693788;WS=172693770;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:216,457:0.68:673
chr2	172693944	rs3765167	A	G	890.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-0.010;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=27;PP=593;ReadPosRankSum=-2.131;SC=TTCAAAAAGCATGAGCTTTCT;SOR=0.816;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=52;TCF=7;TCR=45;TR=31;WE=172693952;WS=172693934;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,36:0.63:57
chr2	172709215	rs3770444	G	C	3432.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=42;NR=42;PP=1652;SC=AAATAAACTCGAAGTTAATTA;SOR=0.723;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=84;TCF=42;TCR=42;TR=84;WE=172709223;WS=172709205;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr2	172712480	rs2056202	T	C	11966.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=436;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=112;NR=229;PP=2965;SC=ATATAAAACGTCATTGGCTGG;SOR=1.479;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=342;TCF=112;TCR=230;TR=341;WE=172712488;WS=172712470;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,427:1.00:427
chr2	172725301	rs1878583	A	G	19050.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=733;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=187;NR=258;PP=2965;SC=CTGGGGTCATATAACGCTCTC;SOR=0.898;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=445;TCF=187;TCR=258;TR=445;WE=172725309;WS=172725291;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,726:1.00:726
chr2	172864845	rs6730085	C	A	2645.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.214;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=24;PP=1288;ReadPosRankSum=-1.110;SC=GGGCGGCGAGCGAGTGCTCGC;SOR=0.696;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=105;TCF=69;TCR=36;TR=71;WE=172864853;WS=172864835;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,114:0.70:162
chr2	172865009	rs62183782	T	A	6723.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=1.949;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=489;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=91;NR=92;PP=2902;ReadPosRankSum=-0.489;SC=GCGCTCAGACTTCTCGGCGCA;SOR=0.677;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=260;TCF=128;TCR=132;TR=183;WE=172865017;WS=172864999;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:174,313:0.64:487
chr2	172926211	rs62183852	T	G	2283.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-1.317;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.402;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=21;PP=1311;ReadPosRankSum=0.190;SC=AAAATATGTCTGTTTCTGCTC;SOR=0.881;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=137;TCF=101;TCR=36;TR=86;WE=172926219;WS=172926201;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,108:0.65:167
chr2	172942448	rs3796058	A	C	412.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=1.531;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=1;PP=307;ReadPosRankSum=-0.184;SC=AGAATATTTTAAAGTGACTTT;SOR=0.638;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=22;TCF=21;TCR=1;TR=15;WE=172942456;WS=172942438;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,17:0.68:25
chr2	172943886	rs3814049	T	C	5851.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.066;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=878;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.72;ReadPosRankSum=-0.705;SOR=0.682;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:539,332:0.38:871
chr2	173292709	rs6744873	A	G	4863.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.310;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=468;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.55;ReadPosRankSum=-0.101;SOR=0.685;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:320,141:0.31:461
chr2	173292713	rs6716540	C	T	4854.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.787;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=451;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.89;ReadPosRankSum=-0.531;SOR=0.677;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:308,138:0.31:446
chr2	173292728	rs6731763	T	C	1805.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.024;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=363;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.916;HP=4;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=64;PP=936;ReadPosRankSum=-0.745;SC=CCACCCCCACTGGGGCGCCGG;SOR=0.771;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=300;TCF=101;TCR=199;TR=93;WE=173292736;WS=173292718;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:245,110:0.31:355
chr2	173332115	rs2272499	G	A	1889.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.113;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=268;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.005;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=16;PP=815;ReadPosRankSum=-0.634;SC=ACTCAGAGTCGAGGCCATTTG;SOR=0.770;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=163;TCF=111;TCR=52;TR=57;WE=173332123;WS=173332105;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:157,100:0.39:257
chr2	173334161	rs147116420	T	TATGATTTAGTACC	648.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.386;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.48;ReadPosRankSum=-0.472;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,18:0.35:52
chr2	173337495	rs16860497	C	T	2500.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.572;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=590;ExcessHet=3.0103;FS=0.594;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.98;MQRankSum=0.000;QD=4.28;ReadPosRankSum=0.590;SOR=0.780;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:427,157:0.27:584
chr2	173340209	rs55867175	A	C	517.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.504;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FS=24.278;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.19;ReadPosRankSum=-1.045;SOR=0.038;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:46,26:0.36:72
chr2	173344474	rs1920979	A	G	1161.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.601;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.109;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=30;PP=588;ReadPosRankSum=-0.627;SC=TATGGTGAGCATCCCTCTGTC;SOR=0.793;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=145;TCF=63;TCR=82;TR=50;WE=173344482;WS=173344464;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:156,71:0.31:227
chr2	173344680	rs2293647	A	C	1418.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.735;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=306;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.68;ReadPosRankSum=-1.013;SOR=0.666;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:215,88:0.29:303
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chr2	173352824	rs10930559	C	T	1985.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.102;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=341;ExcessHet=3.0103;FS=1.415;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.98;ReadPosRankSum=0.250;SOR=0.806;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:223,109:0.33:332
chr2	173353000	rs138348628	A	AT	2393.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.413;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.439;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=2.993;NF=2;NR=39;PP=1499;ReadPosRankSum=2.199;SC=AAAAGCTGACATATACTAGGT;SOR=0.470;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=108;TCF=6;TCR=102;TR=41;WE=173353008;WS=173352990;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:122,84:0.41:206
chr2	173353060	rs1319059	G	A	630.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.676;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.089;HP=3;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=21;PP=400;ReadPosRankSum=-0.641;SC=AATAAGCATTGTAAGTAAATC;SOR=0.252;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=55;TCF=5;TCR=50;TR=24;WE=173353068;WS=173353050;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,29:0.45:64
chr2	173368989	.	TA	T	132.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.658;ClippingRankSum=0.000;DP=189;ExcessHet=3.0103;FS=2.945;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.86;ReadPosRankSum=-0.853;SOR=0.419;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:123,31:0.20:154
chr2	173428874	rs6433368	C	T	3058.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.480;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=496;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=70;PP=1549;ReadPosRankSum=1.353;SC=TGCTTTGTCTCCTCCTATGCA;SOR=0.736;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=329;TCF=130;TCR=199;TR=114;WE=173428882;WS=173428864;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:318,169:0.35:487
chr2	173429033	rs4972842	T	A	684.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-4.403;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=14;PP=485;ReadPosRankSum=1.659;SC=AAGTTTTATTTTGGAGGTCTG;SOR=0.579;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=36;TCF=15;TCR=21;TR=25;WE=173429041;WS=173429023;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,27:0.71:38
chr2	173429496	rs10531054	TTAGG	T	631.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-0.392;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.135;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=10;PP=402;ReadPosRankSum=-2.253;SC=AAAGTTCCATTTAGGTAGGAA;SOR=0.105;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=28;TCF=1;TCR=27;TR=10;WE=173429507;WS=173429486;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,17:0.53:32
chr2	173435578	.	C	CT	136.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.679;ClippingRankSum=0.000;DP=378;ExcessHet=3.0103;FS=0.697;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.03;MQRankSum=0.000;QD=0.51;ReadPosRankSum=0.314;SOR=0.777;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:219,51:0.19:270
chr2	173435658	rs141130222	CAG	C	1908.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-3.169;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=47;PP=1766;ReadPosRankSum=-2.528;SC=AATCTACTCTCAGGGGAAAAG;SOR=1.135;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=68;TCF=0;TCR=68;TR=47;WE=173435667;WS=173435648;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,49:0.71:69
chr2	173450886	rs373332447	CA	C	66.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.987;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FS=7.880;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.69;MQRankSum=0.000;QD=1.00;ReadPosRankSum=-0.621;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:46,21:0.31:67
chr2	173460803	rs1530864	A	G	237.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.488;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=1.335;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.95;ReadPosRankSum=0.088;SOR=0.418;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,16:0.33:48
chr2	173600783	rs34574292	C	CG	12308.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=355;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=25;NR=97;PP=2957;SC=AAAGGTAGCTCGCCGGGGGCC;SOR=0.787;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=131;TCF=25;TCR=106;TR=122;WE=173600791;WS=173600773;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,331:1.00:331
chr2	173659913	rs7585729	T	C	921.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=26;PP=611;SC=ATGCAACTCTTGTAGTATATT;SOR=2.649;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=32;TCF=6;TCR=26;TR=32;WE=173659921;WS=173659903;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr2	173793096	rs3835838	GA	G	1539.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.552;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.958;NF=1;NR=32;PP=1213;ReadPosRankSum=-2.045;SC=GCATTTTTAGGAATGACGTGT;SOR=0.811;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=51;TCF=1;TCR=50;TR=33;WE=173793104;WS=173793086;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,40:0.70:57
chr2	173831934	rs16861098	C	T	677.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=1.091;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.099;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=10;PP=345;ReadPosRankSum=-0.612;SC=TTCTAGTAAACGGAGCTGTGA;SOR=1.022;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=42;TCF=24;TCR=18;TR=25;WE=173831942;WS=173831924;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,33:0.62:53
chr2	173848200	rs59582070	C	CT	1529.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.903;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=429;ExcessHet=3.0103;FS=1.425;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.05;MQRankSum=0.000;QD=3.93;ReadPosRankSum=0.673;SOR=0.604;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:256,133:0.34:389
chr2	173861105	.	T	TA	37.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.127;ClippingRankSum=0.000;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.45;ReadPosRankSum=-0.964;SOR=0.787;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,7:0.27:26
chr2	173861456	rs5010643	G	C	3245.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=23;NR=63;PP=2110;SC=TCTGACTGTCGTCTTCCCTCC;SOR=1.765;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=86;TCF=23;TCR=63;TR=86;WE=173861464;WS=173861446;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr2	173865976	rs3214814	G	GT	3546.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.459;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=620;ExcessHet=3.0103;FS=0.551;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.02;MQRankSum=1.379;QD=5.81;ReadPosRankSum=-0.310;SOR=0.632;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:399,211:0.35:610
chr2	173866203	rs2028934	C	T	1025.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-3.968;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.740;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=37;PP=639;ReadPosRankSum=0.337;SC=CCTCATCACACTGAAATGTGT;SOR=0.567;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=167;TCF=34;TCR=133;TR=49;WE=173866211;WS=173866193;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:132,54:0.29:186
chr2	173882350	rs2305461	A	G	406.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-1.241;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.390;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=11;PP=203;ReadPosRankSum=-0.413;SC=TGCCCTCCAGATGGTTTGCTT;SOR=0.255;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=31;TCF=8;TCR=23;TR=16;WE=173882358;WS=173882340;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,20:0.57:35
chr2	173883549	rs2242079	A	G	838.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.159;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.921;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=24;PP=457;ReadPosRankSum=-1.281;SC=CTTAATTCATATTTTAGGCTC;SOR=0.470;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=77;TCF=14;TCR=63;TR=31;WE=173883557;WS=173883539;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,41:0.39:104
chr2	174055731	rs2289399	A	G	2332.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.304;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=415;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.935;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=25;PP=1061;ReadPosRankSum=0.176;SC=TAATTAGCCAATAAGTAGAAA;SOR=0.849;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=278;TCF=181;TCR=97;TR=82;WE=174055739;WS=174055721;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:283,131:0.32:414
chr2	174068513	rs11899707	G	C	10942.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=424;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=145;NR=112;PP=2965;SC=GTTTCCCTCTGTCTATTGTAG;SOR=0.864;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=262;TCF=147;TCR=115;TR=257;WE=174068521;WS=174068503;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,415:1.00:415
chr2	174074353	rs2289398	T	G	447.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=12;NR=0;PP=335;SC=TTTATTTTGTTATGGTGGGTT;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=12;TCR=0;TR=12;WE=174074361;WS=174074351;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr2	174074375	rs2289397	T	C	156.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-2.391;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.354;HP=1;HapScore=2;MGOF=34;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=1;PP=76;ReadPosRankSum=-0.391;SC=AGTTTATTACTATGCTTGTAG;SOR=0.200;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=21;TCF=20;TCR=1;TR=7;WE=174074383;WS=174074365;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,9:0.33:27
chr2	174074407	rs2289396	A	G	1577.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=35;NR=9;PP=975;SC=TCTCTTAAATATCTCCTTTCT;SOR=2.024;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=44;TCF=35;TCR=9;TR=44;WE=174074415;WS=174074397;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr2	174094345	rs10193498	A	T	3648.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-1.082;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=263;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.562;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=50;PP=1450;ReadPosRankSum=-0.047;SC=AAAGAGTGAGACAAGAGGATG;SOR=0.803;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=154;TCF=74;TCR=80;TR=94;WE=174094353;WS=174094335;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,171:0.66:261
chr2	174094500	rs16861404	G	A	3304.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.574;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=234;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.510;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=55;PP=1606;ReadPosRankSum=0.426;SC=GACTTGAGCAGGTATTTCATA;SOR=0.764;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=150;TCF=67;TCR=83;TR=100;WE=174094508;WS=174094490;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,153:0.66:231
chr2	174123399	rs820008	A	G	357.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.330;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.274;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=3;PP=145;ReadPosRankSum=-0.048;SC=CACTTTCTCAAATTCTGTAAT;SOR=0.223;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=25;TCF=20;TCR=5;TR=11;WE=174123407;WS=174123389;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,18:0.50:36
chr2	174128513	rs3769148	C	T	3156.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.680;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=520;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.548;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=47;PP=1449;ReadPosRankSum=-0.063;SC=CATGTCCATTCGATTCAGTGG;SOR=0.737;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=314;TCF=185;TCR=129;TR=112;WE=174128521;WS=174128503;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:330,176:0.35:506
chr2	174131511	.	T	TA	379.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.761;ClippingRankSum=0.000;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=2.103;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.99;ReadPosRankSum=1.792;SOR=0.317;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,28:0.74:38
chr2	174223675	rs11675433	C	T	1324.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=4;NR=35;PP=958;SC=TCTATACAGCCGTTATGAAAA;SOR=3.209;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=39;TCF=4;TCR=35;TR=39;WE=174223683;WS=174223665;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr2	174228418	rs4972555	C	T	2392.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=60;NR=5;PP=1625;SC=ATCAGAAACTCTGAATGTGTC;SOR=4.323;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=65;TCF=60;TCR=5;TR=65;WE=174228426;WS=174228408;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr2	174228744	rs1529887	T	C	2294.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=9;NR=54;PP=1682;SC=GAAGGGGACCTAGAGGAAACC;SOR=2.995;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=63;TCF=9;TCR=54;TR=63;WE=174228752;WS=174228734;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr2	174230153	rs2288993	C	G	4081.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=59;NR=34;PP=1909;SC=TTTTGAAGTTCTGTGTTTTGT;SOR=1.076;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=93;TCF=59;TCR=34;TR=93;WE=174230161;WS=174230143;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,151:1.00:151
chr2	174230983	rs35959156	G	GT	1563.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.306;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=21.42;ReadPosRankSum=-0.258;SOR=1.209;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:3,70:0.96:73
chr2	175199895	rs3856434	G	A	10034.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.219;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=731;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.544;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=135;NR=166;PP=2962;ReadPosRankSum=1.561;SC=GTAATTTTTCGTTATGGCTTC;SOR=0.764;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=458;TCF=210;TCR=248;TR=301;WE=175199903;WS=175199885;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:258,466:0.64:724
chr2	175202174	.	GGGCGGCGGCAGCGGC	G	2114.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.789;ClippingRankSum=0.000;DP=397;ExcessHet=3.0103;FS=1.024;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.60;MQRankSum=6.659;QD=6.61;ReadPosRankSum=1.513;SOR=0.652;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:247,73:0.23:320
chr2	175215287	rs67384376	G	A	729.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-1.003;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=5;PP=228;ReadPosRankSum=1.035;SC=GTGATGCATGGTATAAGGACC;SOR=0.569;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=21;TCF=15;TCR=6;TR=16;WE=175215295;WS=175215277;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,34:0.76:45
chr2	175223296	rs4972650	T	A	155.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.250;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=4;PP=75;ReadPosRankSum=1.057;SC=ATGACTTATATGTAATTACTT;SOR=0.495;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=17;TCF=9;TCR=8;TR=8;WE=175223304;WS=175223286;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,10:0.38:26
chr2	175244756	rs2358666	T	C	1783.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=27;NR=20;PP=938;SC=CAGCCTGATTTCTGTCTTTTA;SOR=0.880;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=27;TCR=20;TR=47;WE=175244764;WS=175244746;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr2	175262970	rs41270193	C	T	656.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.435;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.64;ReadPosRankSum=1.868;SOR=0.754;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,30:0.71:42
chr2	175264627	rs142446022	CTTTT	C	2072.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.241;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FS=9.966;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=27.27;ReadPosRankSum=1.237;SOR=1.718;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,61:0.80:76
chr2	175265666	rs13016842	A	G	1266.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.341;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=0.974;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.04;ReadPosRankSum=-0.648;SOR=0.582;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,54:0.68:79
chr2	175268763	rs2358672	A	G	1114.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=3.263;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.101;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=4;PP=819;ReadPosRankSum=-0.647;SC=GAATCATGATATACAGATACA;SOR=0.141;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=50;TCF=46;TCR=4;TR=36;WE=175268771;WS=175268753;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,39:0.74:53
chr2	175287778	rs2290158	G	A	4196.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.490;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=333;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.353;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=70;PP=2022;ReadPosRankSum=1.147;SC=CCTGAGAGGTGAAGCCACAAA;SOR=0.784;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=185;TCF=74;TCR=111;TR=113;WE=175287786;WS=175287768;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:130,192:0.60:322
chr2	175289144	rs3739150	C	A	437.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=2.501;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.900;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=2;PP=248;ReadPosRankSum=0.793;SC=AAGACTTAGACTAACACTGAA;SOR=1.426;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=25;TCF=20;TCR=5;TR=14;WE=175289152;WS=175289134;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,18:0.62:29
chr2	175292364	rs17256082	T	C	319.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=1.049;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=1;PP=229;ReadPosRankSum=-0.428;SC=CAAACCTTATTTGTAGAGATG;SOR=1.179;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=19;TCF=17;TCR=2;TR=11;WE=175292372;WS=175292354;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,12:0.60:20
chr2	175292580	rs145699077	TTCAAATTTATCAG	T	2395.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.657;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.785;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.810;NF=2;NR=22;PP=2970;ReadPosRankSum=0.426;SC=AAAGATGAAATTCAAATTTAT;SOR=0.857;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=50;TCF=4;TCR=46;TR=24;WE=175292600;WS=175292570;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,61:0.62:99
chr2	175300997	rs6757461	G	A	8889.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.037;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=689;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=148;NR=104;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.380;SC=ATTCATACTCGTTGGTAATAT;SOR=0.756;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=411;TCF=236;TCR=175;TR=252;WE=175301005;WS=175300987;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:260,413:0.61:673
chr2	175306645	rs34371550	AT	A	467.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.469;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=1.605;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.14;ReadPosRankSum=1.467;SOR=0.437;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,31:0.74:42
chr2	175306691	rs35594437	G	A	824.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.947;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.012;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=8;PP=485;ReadPosRankSum=-0.592;SC=GCCCAGGCTGGTCTTGAACTC;SOR=0.914;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=47;TCF=34;TCR=13;TR=29;WE=175306699;WS=175306681;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,37:0.58:64
chr2	175309624	rs12993286	C	T	1518.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=0.078;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=9;PP=1095;ReadPosRankSum=-0.255;SC=TATAATAATTCGTCTCTACTA;SOR=0.770;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=82;TCF=69;TCR=13;TR=54;WE=175309632;WS=175309614;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,58:0.65:89
chr2	175309792	rs34291465	T	C	7835.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.766;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=533;ExcessHet=3.0103;FS=0.564;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.84;ReadPosRankSum=0.131;SOR=0.779;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:166,362:0.69:528
chr2	175318387	.	C	CAAA	749.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.335;ClippingRankSum=0.000;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=2.447;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.75;MQRankSum=0.000;QD=49.98;ReadPosRankSum=-0.196;SOR=0.477;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,11:0.73:15
chr2	175318396	rs12614979	G	A	914.78	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.251;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=5.421;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.41;ReadPosRankSum=-2.033;SOR=1.051;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,32:0.89:36
chr2	175326258	rs72910819	G	T	6761.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.630;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=493;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=98;NR=105;PP=2962;ReadPosRankSum=0.548;SC=AAAAAGAAAGGATGAATAGTA;SOR=0.726;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=310;TCF=151;TCR=159;TR=203;WE=175326266;WS=175326248;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:174,305:0.64:479
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chr2	175426750	rs6732100	A	G	636.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.065;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=8;PP=341;ReadPosRankSum=-0.142;SC=TTATATTTCTATTGGACAGCT;SOR=0.632;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=71;TCF=50;TCR=21;TR=25;WE=175426758;WS=175426740;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,35:0.32:110
chr2	175431990	rs143689509	AAGAG	A	2876.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-0.934;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.898;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.736;NF=3;NR=41;PP=2090;ReadPosRankSum=-1.153;SC=CACAGAATGAAAGAGAGAGAG;SOR=0.504;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=81;TCF=5;TCR=76;TR=44;WE=175432001;WS=175431980;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,72:0.66:109
chr2	175436234	rs1044335	C	T	475.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=4.360;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=2;PP=364;ReadPosRankSum=1.878;SC=CCCACTTTCCCCCGGGGTTTA;SOR=0.741;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=83;TCF=74;TCR=9;TR=22;WE=175436242;WS=175436224;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,25:0.25:101
chr2	175436940	rs4972450	G	A	9056.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=342;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=122;NR=107;PP=2965;SC=CCGGTTGTGCGGACTTGATTG;SOR=0.779;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=229;TCF=122;TCR=107;TR=229;WE=175436948;WS=175436930;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,336:1.00:336
chr2	175439512	rs1367218	T	C	12090.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=462;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=180;NR=99;PP=2965;SC=TTCCACAAGATGTGCTCCATC;SOR=1.148;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=279;TCF=180;TCR=99;TR=279;WE=175439520;WS=175439502;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,452:1.00:452
chr2	175439681	rs3049897	T	TAA	1249.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.452;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=282;ExcessHet=3.0103;FS=0.647;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.04;MQRankSum=0.000;QD=5.23;ReadPosRankSum=-0.282;SOR=0.790;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:139,100:0.42:239
chr2	175446270	rs13401162	T	C	399.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.026;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.57;ReadPosRankSum=0.451;SOR=0.678;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:86,26:0.23:112
chr2	175612933	rs146899588	G	A	4948.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.083;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=340;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.421;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=83;PP=2449;ReadPosRankSum=-0.875;SC=TGAAGACTCCGAGGAGTATGT;SOR=0.728;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=205;TCF=82;TCR=123;TR=137;WE=175612941;WS=175612923;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:113,221:0.66:334
chr2	175613059	rs3816448	A	C	354.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=3.011;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.604;HP=1;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=14;PP=235;ReadPosRankSum=2.141;SC=CTTTGCATCAACTATGGGCCC;SOR=1.890;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=56;TCF=17;TCR=39;TR=17;WE=175613067;WS=175613049;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,18:0.31:59
chr2	175613169	rs2305414	A	C	2696.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.177;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.058;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=28;PP=1406;ReadPosRankSum=-0.351;SC=AAGGTGGTCTAGAGGCGGTCA;SOR=0.543;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=137;TCF=93;TCR=44;TR=85;WE=175613177;WS=175613159;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,113:0.65:175
chr2	175613600	rs2646159	T	C	998.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=26;PP=765;SC=GAGGCAAGCATAAAACTCTGT;SOR=3.477;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=29;TCF=3;TCR=26;TR=29;WE=175613608;WS=175613590;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr2	175614908	.	CAAA	C,CA	4531.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.650;ClippingRankSum=0.000;DP=242;ExcessHet=3.0103;FS=2.639;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.18;MQRankSum=0.200;QD=23.98;ReadPosRankSum=-1.052;SOR=0.319;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:17,49,123:0.26,0.65:189
chr2	175622178	rs11327107	TG	T	2160.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=33;NR=10;PP=1714;SC=GCCACCATCCTGGGTGATTTA;SOR=2.303;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=45;TCF=35;TCR=10;TR=43;WE=175622186;WS=175622168;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr2	175622788	rs2646164	G	A	6845.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=270;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=64;NR=85;PP=2709;SC=TAGTGTGAACGTTTTTCTCAA;SOR=0.847;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=151;TCF=64;TCR=87;TR=149;WE=175622796;WS=175622778;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,263:1.00:263
chr2	175622907	rs2600687	T	C	1531.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=31;PP=867;SC=GAGGCTGAGGTGGGTGGATCA;SOR=1.302;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=47;TCF=15;TCR=32;TR=46;WE=175622915;WS=175622897;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr2	175624107	rs34695580	GA	G	2708.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.236;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=253;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.629;HP=9;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=1.495;NF=28;NR=39;PP=983;ReadPosRankSum=-0.165;SC=CTTCATCCTGGAAAAAAAAAT;SOR=0.421;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=125;TCF=59;TCR=66;TR=67;WE=175624115;WS=175624097;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,155:0.65:240
chr2	175629021	rs7560774	C	A	7450.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.544;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=476;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.257;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=122;NR=103;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.337;SC=GATTTGGGGGCCTCCAGCACT;SOR=0.579;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=298;TCF=169;TCR=129;TR=225;WE=175629029;WS=175629011;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:130,338:0.72:468
chr2	175666656	rs2646153	G	A	319.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.405;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=11;PP=207;ReadPosRankSum=2.773;SC=ATGCTTTCTCGTAATTCCTTG;SOR=0.527;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=27;TCF=7;TCR=20;TR=16;WE=175666664;WS=175666646;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,16:0.52:31
chr2	175673870	rs57776382	C	T	186.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.641;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.310;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=7;PP=118;ReadPosRankSum=0.293;SC=TAAAGATTAGCAATTCTTCAG;SOR=2.030;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=1;TCR=13;TR=7;WE=175673878;WS=175673860;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,8:0.53:15
chr2	175676116	rs56694150	T	A	956.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.932;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=10;PP=654;ReadPosRankSum=-0.925;SC=CTAAGTTTTTTAATTTGGTAT;SOR=0.765;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=53;TCF=38;TCR=15;TR=35;WE=175676124;WS=175676106;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,42:0.63:67
chr2	175677022	rs12613075	C	T	1515.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.056;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=273;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.519;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=16;PP=737;ReadPosRankSum=-0.027;SC=GCAACCCGCACTGCAAATGGC;SOR=0.767;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=208;TCF=147;TCR=61;TR=59;WE=175677030;WS=175677012;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:177,84:0.32:261
chr2	175711942	rs14228	C	T	3661.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-2.112;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=96;PP=2293;ReadPosRankSum=1.461;SC=AGCATTCTGCCAGGCAGCACA;SOR=0.693;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=174;TCF=44;TCR=130;TR=131;WE=175711950;WS=175711932;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,153:0.72:213
chr2	175939604	rs2302663	G	A	5457.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=48;NR=103;PP=2965;SC=TCCTAAAATCGGTAAGAATGC;SOR=1.500;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=152;TCF=49;TCR=103;TR=151;WE=175939612;WS=175939594;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,190:1.00:190
chr2	175945338	rs12693057	G	A	5559.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.196;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.679;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=99;NR=42;PP=2874;ReadPosRankSum=-0.928;SC=TCACTCTGACGGTATTTCACT;SOR=0.301;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=144;TCF=102;TCR=42;TR=141;WE=175945346;WS=175945328;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,209:0.99:211
chr2	175945502	rs3217146	GA	G	10540.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.272;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=415;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=-4.868;NF=16;NR=159;PP=2969;ReadPosRankSum=1.645;SC=CTCTGGAGAAGAAACAACTTA;SOR=0.362;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=180;TCF=17;TCR=163;TR=175;WE=175945510;WS=175945492;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,402:0.99:406
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chr2	176804220	.	TAC	T	146.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.311;ClippingRankSum=0.000;DP=217;ExcessHet=3.0103;FS=6.013;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.05;MQRankSum=2.852;QD=0.70;ReadPosRankSum=0.662;SOR=1.403;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:187,22:0.11:209
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chr2	176866967	rs935492	C	T	5234.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-0.392;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=341;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.284;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=67;NR=70;PP=2071;ReadPosRankSum=-1.711;SC=GCCTCCAGAGCAGGCAGCAGC;SOR=0.531;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=194;TCF=92;TCR=102;TR=137;WE=176866975;WS=176866957;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:95,241:0.72:336
chr2	176866989	.	G	A	1364.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.452;ClippingRankSum=0.000;DP=329;ExcessHet=3.0103;FS=0.939;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.19;ReadPosRankSum=0.241;SOR=0.755;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:235,91:0.28:326
chr2	176867131	rs747051	G	A	170.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.411;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.97;ReadPosRankSum=1.027;SOR=0.558;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,11:0.26:43
chr2	176944856	rs201835366	G	C	1788.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=1.862;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.381;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=15;PP=844;ReadPosRankSum=0.892;SC=GCGGAGCCTCGTCCCTCTGGT;SOR=1.257;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=70;TCF=44;TCR=26;TR=47;WE=176944864;WS=176944846;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,79:0.65:122
chr2	176945012	rs1868101	G	A	2711.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.868;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=240;ExcessHet=3.0103;FS=11.131;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.89;MQRankSum=2.208;QD=11.69;ReadPosRankSum=0.980;SOR=1.402;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:68,164:0.71:232
chr2	176947237	rs6758117	C	T	3424.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.506;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=241;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.496;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=73;PP=1859;ReadPosRankSum=-0.390;SC=CCGGCGCTGGCGCTGCGCGCG;SOR=0.651;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=195;TCF=83;TCR=112;TR=127;WE=176947245;WS=176947227;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,154:0.64:239
chr2	176964904	rs847151	G	A	8043.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.093;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=577;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=97;NR=135;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.206;SC=AGTCTAGCCTGGCTCCTGCAG;SOR=0.659;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=387;TCF=160;TCR=227;TR=232;WE=176964912;WS=176964894;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:223,346:0.61:569
chr2	176972912	rs113128957	AG	A	210.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.765;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=23.41;ReadPosRankSum=0.140;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,8:0.89:9
chr2	176972916	.	G	C	219.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.221;ClippingRankSum=-0.000;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=24.42;ReadPosRankSum=0.282;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,8:0.89:9
chr2	176983598	rs143151088	CAAAACCAAAACA	C	4150.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=64.12;QD=41.10;SOR=1.935;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr2	176989020	.	C	CT	79.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.154;ClippingRankSum=0.000;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.35;ReadPosRankSum=0.996;SOR=0.339;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,11:0.32:34
chr2	176989023	rs711822	C	T	605.89	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.320;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.83;ReadPosRankSum=0.277;SOR=1.127;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:6,30:0.83:36
chr2	176996023	rs4972804	C	T	5188.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.931;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=27.60;ReadPosRankSum=2.412;SOR=1.559;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,186:0.99:188
chr2	177016728	rs34727427	T	C	18310.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=688;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=182;NR=167;PP=2965;SC=GCAGCCGCCCTCCGGGACGGC;SOR=0.750;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=349;TCF=182;TCR=167;TR=349;WE=177016736;WS=177016714;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,687:1.00:687
chr2	177033779	rs72927183	C	T	3993.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=95;NR=25;PP=2803;SC=GCCTGGGGGCCGGCCCAGCTC;SOR=2.430;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=120;TCF=95;TCR=25;TR=120;WE=177033787;WS=177033769;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,133:1.00:133
chr2	177034121	rs34729309	G	T	13995.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.937;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=523;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=186;NR=183;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.932;SC=GCATGCGGCCGGGCACTGGGA;SOR=0.249;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=374;TCF=188;TCR=186;TR=369;WE=177034129;WS=177034111;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,500:1.00:501
chr2	177036754	rs1051929	T	C	31314.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=1157;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=376;NR=361;PP=2965;SC=CAGCGCCAACTTGCAGGGCAG;SOR=0.720;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=738;TCF=377;TCR=361;TR=737;WE=177036762;WS=177036744;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,1137:1.00:1137
chr2	177054411	rs13390932	T	C	9325.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=3.084;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=615;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=168;NR=123;PP=2962;ReadPosRankSum=0.890;SC=CTTCTCCTGGTACAAATTCTG;SOR=0.691;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=459;TCF=264;TCR=195;TR=291;WE=177054419;WS=177054401;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:206,393:0.66:599
chr2	177054769	rs6710142	G	A	13711.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-2.049;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=974;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.820;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=205;NR=194;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.435;SC=TCTGGCCACGGCCATTCCTGT;SOR=0.569;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=629;TCF=335;TCR=294;TR=399;WE=177054777;WS=177054759;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:346,618:0.64:964
chr2	177465595	rs17343601	T	C	411.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=6.158;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.660;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=0;PP=272;ReadPosRankSum=0.982;SC=TCATTCAGTGTTTGCAATAGC;SOR=1.347;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=46;TCF=46;TCR=0;TR=15;WE=177465603;WS=177465585;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,17:0.34:50
chr2	178085137	rs9068	G	A	1517.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.014;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.517;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=17;PP=626;ReadPosRankSum=1.308;SC=GAGCAAATTAGTGGGTACCTT;SOR=0.534;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=73;TCF=42;TCR=31;TR=40;WE=178085145;WS=178085127;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,72:0.61:118
chr2	178129390	rs143406266	TGGC	T	2711.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.094;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.670;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.316;NF=4;NR=30;PP=1381;ReadPosRankSum=-1.240;SC=GCGGCTCTGGTGGCGGCGGCG;SOR=0.588;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=77;TCF=7;TCR=70;TR=34;WE=178129400;WS=178129380;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,71:0.54:131
chr2	178301428	rs3754989	C	T	532.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=1;PP=346;SC=GTCATTCTCTCTAACTGAAGT;SOR=3.383;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=13;TCF=12;TCR=1;TR=13;WE=178301436;WS=178301418;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr2	178326838	rs1979059	C	G	2603.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.68;SOR=2.419;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr2	178326847	rs1979058	G	A	2404.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.72;SOR=2.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr2	178358072	rs1348849	C	T	1286.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=8;NR=29;PP=819;SC=TAGACAATTACATAAATGAGT;SOR=1.880;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=8;TCR=29;TR=37;WE=178358080;WS=178358062;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr2	178362572	rs12468046	G	A	1665.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=13;NR=31;PP=990;SC=TGCACCTATTGTAAGGGTGTT;SOR=1.688;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=44;TCF=13;TCR=31;TR=44;WE=178362580;WS=178362562;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr2	178378452	rs2364854	T	A	437.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=11;NR=1;PP=278;SC=TAAGAAAATGTCAGACTTGAA;SOR=3.126;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=12;TCF=11;TCR=1;TR=12;WE=178378460;WS=178378442;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr2	178417142	rs11694988	C	T	15264.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=550;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=141;NR=311;PP=2965;SC=AGCTTGCAGGCGGAGGACCCG;SOR=1.605;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=452;TCF=141;TCR=311;TR=452;WE=178417150;WS=178417132;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,537:1.00:537
chr2	178417225	rs11695035	C	T	8340.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=285;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=134;NR=120;PP=2965;SC=AGGCCTTGTACAGGGCCTGGG;SOR=0.845;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=257;TCF=137;TCR=120;TR=254;WE=178417233;WS=178417223;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,280:1.00:280
chr2	178481818	rs10497497	G	T	16764.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=642;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=220;NR=202;PP=2965;SC=TACATTTTCCGATTTGGGTCA;SOR=0.840;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=424;TCF=220;TCR=204;TR=422;WE=178481826;WS=178481808;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,638:1.00:638
chr2	178482094	rs28630685	C	T	1909.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=39.93;QD=31.31;SOR=5.994;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr2	178494173	rs3830637	G	GGGA	6476.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=61;NR=38;PP=2967;SC=ACACTGGCAGGGGAGGATGAG;SOR=1.052;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=112;TCF=70;TCR=42;TR=99;WE=178494181;WS=178494163;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,147:1.00:147
chr2	178528703	rs13025391	C	T	12301.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=465;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=126;NR=189;PP=2965;SC=GGAAGAACCTCGCTTTATTAC;SOR=1.023;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=319;TCF=129;TCR=190;TR=315;WE=178528711;WS=178528693;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,458:1.00:458
chr2	178528789	rs13025904	G	A	5106.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=38;NR=102;PP=2965;SC=TGAACCCTTCGCAAATCACAA;SOR=1.703;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=140;TCF=38;TCR=102;TR=140;WE=178528797;WS=178528779;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,182:1.00:182
chr2	178534110	rs2222711	G	T	1658.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=43;NR=2;PP=1250;SC=TTTCAGGAGTGCTTCCTTAAA;SOR=4.534;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=45;TCF=43;TCR=2;TR=45;WE=178534118;WS=178534100;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr2	178534324	rs6433687	A	G	8672.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=330;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=87;NR=138;PP=2965;SC=TTAATCTGTGATTATGTGTAG;SOR=1.013;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=225;TCF=87;TCR=138;TR=225;WE=178534332;WS=178534314;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,328:1.00:328
chr2	178540293	rs3770016	A	G	9351.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=372;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=120;NR=126;PP=2965;SC=CTTTTGTTGCATTCCTAAACA;SOR=0.733;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=246;TCF=120;TCR=126;TR=246;WE=178540301;WS=178540283;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,359:1.00:359
chr2	178545713	rs4538242	C	T	2350.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=16;NR=33;PP=1032;SC=ATAAACACATCTATGGGAAAA;SOR=1.218;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=49;TCF=16;TCR=33;TR=49;WE=178545721;WS=178545703;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr2	178561947	rs2886424	G	C	3941.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=90;NR=23;PP=2444;SC=AAGTTTAGCTGGTTTACACAT;SOR=2.251;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=115;TCF=90;TCR=25;TR=113;WE=178561955;WS=178561937;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,135:1.00:135
chr2	178565815	rs10201180	T	C	4879.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.42;SOR=0.872;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,192:1.00:192
chr2	178681716	rs1438059	G	C	4262.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=21;NR=93;PP=2284;SC=TATGAAAGCAGGCAGCCACCA;SOR=2.118;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=114;TCF=21;TCR=93;TR=114;WE=178681724;WS=178681706;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,161:1.00:161
chr2	178764364	rs3037901	A	AAT	886.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-1.297;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=11;PP=429;ReadPosRankSum=0.993;SC=CAGATTCTTAAATATATATAT;SOR=0.407;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=20;TCF=1;TCR=19;TR=12;WE=178764372;WS=178764354;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,27:0.96:28
chr2	178769992	rs2695096	T	C	2067.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=40;PP=1245;SC=TGCACACTTCTTCTATATGCC;SOR=1.897;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=52;TCF=11;TCR=41;TR=51;WE=178770000;WS=178769982;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr2	178936373	rs1435573	T	G	9756.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=361;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=134;NR=120;PP=2965;SC=GCAGCAGAGGTGTTCCTGCAT;SOR=0.794;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=255;TCF=134;TCR=121;TR=254;WE=178936381;WS=178936363;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,353:1.00:353
chr2	178936614	rs6433711	C	T	18814.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.943;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=706;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=220;NR=208;PP=2965;ReadPosRankSum=1.039;SC=AGGGGGATACCGAGGCAGATT;SOR=0.283;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=431;TCF=221;TCR=210;TR=428;WE=178936622;WS=178936604;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,693:1.00:694
chr2	178977620	rs2276622	C	G	705.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-1.701;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.765;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=25;PP=429;ReadPosRankSum=-1.841;SC=GAGTGGGCCTCTTGGACCTCC;SOR=0.800;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=114;TCF=27;TCR=87;TR=32;WE=178977628;WS=178977610;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:99,40:0.29:139
chr2	178986130	rs200040728	TACACAC	T,TAC	2327.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;ALERT;AN=2;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;QD=59.69;SOR=3.797;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:0,27,12:0.69,0.31:39
chr2	178986136	rs200763421	C	T	126.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-1.685;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=2.429;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.25;ReadPosRankSum=2.568;SOR=0.136;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,9:0.23:39
chr2	178986138	rs201783668	C	T	657.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.449;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.994;HP=2;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=22;PP=934;ReadPosRankSum=-0.689;SC=TATACACACACACACACACAC;SOR=2.566;SbPval=0.98;Source=Platypus;TC=60;TCF=10;TCR=50;TR=23;WE=178986148;WS=178986120;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,27:0.69:39
chr2	178990386	rs78473264	G	A	592.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.411;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FS=4.169;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.05;MQRankSum=-0.513;QD=2.98;ReadPosRankSum=-0.719;SOR=1.090;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:156,43:0.22:199
chr2	178990447	rs145771081	GA	G	6457.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.861;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=415;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=1.296;NF=35;NR=82;PP=2966;ReadPosRankSum=-0.927;SC=AAGACAGAGTGAAAAATGGAT;SOR=0.674;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=166;TCF=53;TCR=113;TR=117;WE=178990455;WS=178990437;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:120,289:0.71:409
chr2	178990941	rs56809827	CAT	C	5438.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.659;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.279;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.991;NF=1;NR=76;PP=2962;ReadPosRankSum=-2.151;SC=AATTTTAAAACATATTGAGTA;SOR=0.836;SbPval=0.95;Source=Platypus;TC=120;TCF=5;TCR=115;TR=77;WE=178990950;WS=178990931;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,137:0.67:203
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chr2	179258923	rs919177	C	T	462.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.539;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.617;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=2;PP=261;ReadPosRankSum=-1.140;SC=AGACTCCGTCCGTTACTGTGC;SOR=1.220;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=26;TCF=21;TCR=5;TR=15;WE=179258931;WS=179258920;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,20:0.59:34
chr2	179312440	rs150523431	G	GTAC	1026.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-0.242;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.818;NF=0;NR=22;PP=1103;ReadPosRankSum=2.167;SC=ATAAAAATATGTACGTTATAT;SOR=0.941;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=45;TCF=0;TCR=45;TR=22;WE=179312448;WS=179312430;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,27:0.63:43
chr2	179321039	rs80082011	GA	G	95.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.818;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=7.36;ReadPosRankSum=-0.836;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,8:0.62:13
chr2	179324025	rs7600176	C	T	2286.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.909;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.110;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=43;PP=1168;ReadPosRankSum=-1.997;SC=TAGACCTGTTCTTGTTCATTT;SOR=0.916;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=107;TCF=47;TCR=60;TR=72;WE=179324033;WS=179324015;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,104:0.68:153
chr2	179330468	rs11336824	TA	T	359.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-2.480;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.927;HP=11;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=7;PP=209;ReadPosRankSum=-0.589;SC=AGTAAATAGCTAAAAAAAAAA;SOR=0.249;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=29;TCF=20;TCR=9;TR=18;WE=179330476;WS=179330458;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,23:0.74:31
chr2	179337628	rs202059949	GT	G	209.70	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.319;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=16.13;ReadPosRankSum=0.536;SOR=0.697;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,7:0.54:13
chr2	179337644	rs11678632	T	A	236.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.865;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=5.021;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=14.80;ReadPosRankSum=0.463;SOR=1.198;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,9:0.56:16
chr2	179341953	rs6704545	G	A	6025.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.631;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=446;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.156;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=123;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.279;SC=ATAACAAAAAGCAATACTTAA;SOR=0.795;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=289;TCF=101;TCR=188;TR=186;WE=179341961;WS=179341943;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:165,276:0.63:441
chr2	179358665	rs2303536	A	G	4985.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.631;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=408;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.490;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.926;NF=88;NR=74;PP=2449;ReadPosRankSum=-0.444;SC=AAGTTCATACAATACAGGAAT;SOR=0.792;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=266;TCF=138;TCR=128;TR=162;WE=179358673;WS=179358655;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:162,242:0.60:404
chr2	179363807	rs3214536	A	AT	329.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-1.820;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.927;HP=9;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=1;PP=270;ReadPosRankSum=0.325;SC=GAAAGATTAAATTTTTTTTTG;SOR=0.193;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=34;TCF=32;TCR=2;TR=21;WE=179363815;WS=179363797;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,19:0.61:31
chr2	179363909	.	A	AT	212.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.917;ClippingRankSum=0.000;DP=233;ExcessHet=3.0103;FS=2.497;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.05;MQRankSum=0.000;QD=0.98;ReadPosRankSum=-0.212;SOR=0.967;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:173,44:0.20:217
chr2	179366093	rs2303537	C	T	398.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-2.445;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=14;PP=285;ReadPosRankSum=1.561;SC=AGGTTTGTTACTAACTAAGGA;SOR=0.836;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=28;TCF=2;TCR=26;TR=15;WE=179366101;WS=179366083;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,16:0.53:30
chr2	179366957	.	C	CT	48.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.847;ClippingRankSum=-0.000;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=5.41;ReadPosRankSum=-0.431;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,5:0.56:9
chr2	179367086	rs967507	A	G	2105.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.006;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.76;ReadPosRankSum=2.358;SOR=0.649;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:52,101:0.66:153
chr2	179368380	rs16866352	G	A	1788.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.712;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.374;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=11;PP=1175;ReadPosRankSum=-0.396;SC=TTAGCCAGAAGCTAAAGGAAT;SOR=1.275;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=95;TCF=77;TCR=18;TR=61;WE=179368388;WS=179368370;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,73:0.60:121
chr2	179392080	rs16866373	A	T	5106.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-2.237;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=313;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.428;HP=6;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=89;NR=75;PP=2848;ReadPosRankSum=-1.432;SC=TCACTGAAAAAAATAAAGATT;SOR=0.786;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=235;TCF=123;TCR=112;TR=164;WE=179392088;WS=179392070;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:91,217:0.70:308
chr2	179395958	rs3813250	T	C	7019.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.196;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=503;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.836;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=105;NR=102;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.337;SC=GAATTCTTGCTGCCAAAGTCG;SOR=0.588;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=316;TCF=154;TCR=162;TR=207;WE=179395966;WS=179395948;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:171,318:0.65:489
chr2	179396162	rs56308529	C	G	6978.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.332;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=534;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.535;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=102;NR=113;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.325;SC=CAGCATACGCCTCTGTTCTTG;SOR=0.782;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=341;TCF=165;TCR=176;TR=215;WE=179396170;WS=179396152;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:200,326:0.62:526
chr2	179396354	rs3829748	G	A	3965.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.211;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=301;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.673;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=63;PP=2156;ReadPosRankSum=-1.746;SC=CCAGGGTGAGGACTCCACTCG;SOR=0.640;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=206;TCF=105;TCR=101;TR=122;WE=179396362;WS=179396344;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:120,171:0.59:291
chr2	179397561	rs3829747	C	T	7514.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.718;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=538;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=119;NR=117;PP=2962;ReadPosRankSum=0.463;SC=AAGGCGGATGCGCTTGGGTCG;SOR=0.649;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=362;TCF=187;TCR=175;TR=236;WE=179397569;WS=179397551;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:193,341:0.64:534
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chr2	179400585	rs71979618	G	GA	78.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.466;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FS=4.640;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.07;MQRankSum=2.584;QD=0.66;ReadPosRankSum=-1.208;SOR=1.133;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:96,23:0.19:119
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chr2	179406003	rs3731750	C	A	4142.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.637;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=279;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.994;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=49;PP=1829;ReadPosRankSum=0.754;SC=TACAAAATGTCCTTACCAATT;SOR=0.607;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=176;TCF=102;TCR=74;TR=115;WE=179406011;WS=179405993;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,189:0.68:277
chr2	179406191	rs3731749	C	T	3318.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.681;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=252;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.699;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=47;PP=1284;ReadPosRankSum=-0.113;SC=CACTTCTTTGCGCTCCACAAT;SOR=0.943;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=138;TCF=59;TCR=79;TR=77;WE=179406199;WS=179406181;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:91,153:0.63:244
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chr2	179410282	rs62621206	A	G	5832.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.653;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=891;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.138;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=127;NR=110;PP=2962;ReadPosRankSum=1.017;SC=TGTCCAGCGCAGGCTCTTCTT;SOR=0.606;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=604;TCF=336;TCR=268;TR=237;WE=179410290;WS=179410272;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:557,327:0.37:884
chr2	179411665	rs2288327	A	G	3538.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=3.537;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.629;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=85;NR=32;PP=2348;ReadPosRankSum=0.700;SC=GTTAAAATATACCACTCTGAG;SOR=1.112;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=174;TCF=121;TCR=53;TR=117;WE=179411673;WS=179411655;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,140:0.67:210
chr2	179413110	rs3731748	G	A	13491.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.959;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=959;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=177;NR=199;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.104;SC=GAACACCTTCGGCCAGGTCAT;SOR=0.688;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=576;TCF=274;TCR=302;TR=376;WE=179413118;WS=179413100;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:343,614:0.64:957
chr2	179414633	rs890578	C	A	3537.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-1.356;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=256;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.215;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=57;PP=1978;ReadPosRankSum=0.868;SC=TTTCTTTTTCCTTGTCCATTA;SOR=0.548;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=192;TCF=91;TCR=101;TR=112;WE=179414641;WS=179414623;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:94,154:0.62:248
chr2	179421470	rs16866397	T	G	1901.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=3.125;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.113;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=7;PP=1285;ReadPosRankSum=0.354;SC=AAAACCCCATTAAGGCACAGA;SOR=1.034;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=90;TCF=78;TCR=12;TR=60;WE=179421478;WS=179421460;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,70:0.69:101
chr2	179421694	rs9808377	A	G	9946.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.618;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=692;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.153;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=143;NR=164;PP=2962;ReadPosRankSum=0.271;SC=GCCAGAGATGATGAATTGAGT;SOR=0.783;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=467;TCF=223;TCR=244;TR=307;WE=179421702;WS=179421684;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:235,441:0.65:676
chr2	179427186	rs2366751	A	G	12157.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.490;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1003;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.528;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=187;NR=163;PP=2962;ReadPosRankSum=1.402;SC=TTTTGCTGCCACCATCACTTT;SOR=0.732;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=588;TCF=303;TCR=285;TR=350;WE=179427194;WS=179427176;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:420,578:0.58:998
chr2	179427536	rs3829746	T	C	7238.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.740;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=498;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=129;NR=101;PP=2962;ReadPosRankSum=-2.666;SC=ACTTCTCTTATGGTCAAATTC;SOR=0.667;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=348;TCF=195;TCR=153;TR=230;WE=179427544;WS=179427526;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:165,325:0.66:490
chr2	179430997	rs3731746	G	A	6627.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.827;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=462;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=115;NR=93;PP=2962;ReadPosRankSum=2.149;SC=GATCTCAGGCGTTGGACGACC;SOR=0.746;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=330;TCF=180;TCR=150;TR=208;WE=179431005;WS=179430987;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:160,296:0.65:456
chr2	179436020	rs744426	G	A	10524.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=2.301;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=684;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.201;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=153;NR=162;PP=2962;ReadPosRankSum=0.892;SC=CTTTCCTTGCGTTCTAGATGA;SOR=0.641;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=444;TCF=224;TCR=220;TR=315;WE=179436028;WS=179436010;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:210,466:0.69:676
chr2	179443217	rs3769864	T	G	443.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=4.694;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=0;PP=361;ReadPosRankSum=-0.520;SC=TGTACTGAAATAAAAACACAT;SOR=1.708;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=30;TCF=29;TCR=1;TR=15;WE=179443225;WS=179443208;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,16:0.50:32
chr2	179444137	rs2288571	A	G	2070.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=1.850;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.456;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=38;PP=1400;ReadPosRankSum=-1.030;SC=AATAGCAGAGATAAATTACTG;SOR=0.244;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=99;TCF=38;TCR=61;TR=67;WE=179444145;WS=179444127;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,82:0.68:121
chr2	179444768	rs4145333	C	G	23251.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.793;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=886;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=273;NR=317;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.860;SC=TCCAAATTAGCTACTCTGAAG;SOR=0.807;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=592;TCF=274;TCR=318;TR=590;WE=179444776;WS=179444758;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,867:1.00:869
chr2	179444939	rs2303838	C	T	4043.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.431;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=264;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=82;PP=2424;ReadPosRankSum=-1.268;SC=GTCACATTGACAGGTGGCCCA;SOR=0.675;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=189;TCF=64;TCR=125;TR=127;WE=179444947;WS=179444929;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:89,170:0.66:259
chr2	179447848	rs4894029	T	C	8343.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.649;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=674;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.527;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=123;NR=123;PP=2962;ReadPosRankSum=0.705;SC=TCCAAGAAACTGTTGGCATCG;SOR=0.672;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=398;TCF=199;TCR=199;TR=246;WE=179447856;WS=179447838;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:271,399:0.60:670
chr2	179448911	rs16866400	G	A	1288.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-5.602;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.820;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=5;PP=961;ReadPosRankSum=-0.393;SC=ACTACTCTCTGTGTCTTGGAG;SOR=0.368;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=71;TCF=65;TCR=6;TR=48;WE=179448919;WS=179448901;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,50:0.68:73
chr2	179451420	rs2042996	G	A	6493.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-2.979;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=450;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.189;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=88;NR=127;PP=2962;ReadPosRankSum=0.714;SC=TCTGTAACTAGTGATGTAGCC;SOR=0.619;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=324;TCF=131;TCR=193;TR=215;WE=179451428;WS=179451410;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:142,301:0.68:443
chr2	179454394	rs1560221	A	G	10932.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.091;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=723;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.188;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=163;NR=188;PP=2962;ReadPosRankSum=0.588;SC=GCCACTTTAGATAGACAAATG;SOR=0.566;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=504;TCF=227;TCR=277;TR=351;WE=179454402;WS=179454384;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:231,475:0.67:706
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chr2	179477332	rs34928195	AT	A	745.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-0.407;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.243;HP=11;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=32;PP=454;ReadPosRankSum=0.035;SC=AAACAAATTCATTTTTTTTTT;SOR=1.463;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=69;TCF=14;TCR=55;TR=41;WE=179477341;WS=179477322;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,50:0.66:76
chr2	179511767	rs143515502	G	GTA	407.27	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.249;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.83;MQRankSum=0.923;QD=16.29;ReadPosRankSum=-1.049;SOR=0.603;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,15:0.60:25
chr2	179514433	rs2562845	T	C	2618.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.093;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.182;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=57;PP=1689;ReadPosRankSum=-0.062;SC=TATTCAACACTGTAACATATA;SOR=0.600;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=151;TCF=61;TCR=90;TR=99;WE=179514441;WS=179514423;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,116:0.62:186
chr2	179539903	rs2472751	C	A	1609.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=1.417;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=33;PP=915;ReadPosRankSum=0.131;SC=ATAAAGACCACGTTTCCAGTT;SOR=0.648;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=86;TCF=37;TCR=49;TR=59;WE=179539911;WS=179539893;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,74:0.67:111
chr2	179543217	rs35112591	C	T	3737.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-1.234;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=252;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.307;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=72;PP=1950;ReadPosRankSum=-0.206;SC=TCTTGGGTACCTCTGGCACTT;SOR=0.558;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=179;TCF=73;TCR=106;TR=125;WE=179543225;WS=179543207;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,169:0.68:249
chr2	179547860	rs2303828	A	G	1094.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.125;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.03;ReadPosRankSum=-0.941;SOR=0.648;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,53:0.58:91
chr2	179548954	rs78092378	T	TCAA	7445.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.173;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=366;ExcessHet=3.0103;FS=0.883;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.59;MQRankSum=3.705;QD=24.10;ReadPosRankSum=1.149;SOR=0.668;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:121,188:0.61:309
chr2	179553730	.	ATT	A	747.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.071;ClippingRankSum=0.000;DP=110;ExcessHet=3.0103;FS=3.856;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.22;ReadPosRankSum=1.117;SOR=0.342;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:51,40:0.44:91
chr2	179558282	rs2255167	T	A	911.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=2.439;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.330;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=7;PP=585;ReadPosRankSum=-0.143;SC=TTTACTATGGTATTTGTACTA;SOR=1.132;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=42;TCF=32;TCR=10;TR=31;WE=179558290;WS=179558272;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,37:0.70:53
chr2	179558366	rs2042995	T	C	3002.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.557;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.553;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=38;PP=1227;ReadPosRankSum=2.181;SC=CTTTTGGAAATGGCAACGTGA;SOR=0.759;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=125;TCF=72;TCR=53;TR=93;WE=179558374;WS=179558356;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,139:0.68:204
chr2	179566146	rs2251987	T	G	4720.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=76;NR=46;PP=2530;SC=ACATGGAAGGTTTTGTTCTGA;SOR=1.159;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=122;TCF=76;TCR=46;TR=122;WE=179566154;WS=179566136;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,174:1.00:174
chr2	179575511	rs72648998	C	T	5108.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.113;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=326;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=88;NR=68;PP=2544;ReadPosRankSum=-0.961;SC=TCCGCCACTTCGTATTTCTCT;SOR=0.677;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=217;TCF=123;TCR=94;TR=156;WE=179575519;WS=179575501;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:97,227:0.70:324
chr2	179576596	rs2742331	A	T	1456.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-1.331;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=8;PP=984;ReadPosRankSum=-0.648;SC=TTCCTAAAAAATAGGCCTCCC;SOR=0.882;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=72;TCF=59;TCR=13;TR=51;WE=179576604;WS=179576586;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,60:0.72:83
chr2	179578108	rs71393436	T	TACAAA	758.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.605;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.24;MQRankSum=0.920;QD=22.99;ReadPosRankSum=0.438;SOR=0.829;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,19:0.58:33
chr2	179578730	rs2562839	G	A	9930.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.310;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=709;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.142;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=126;NR=151;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.222;SC=TCTTAAGGCCGGATACTTTGT;SOR=0.622;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=443;TCF=198;TCR=245;TR=277;WE=179578738;WS=179578720;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:255,443:0.63:698
chr2	179579093	rs12693164	T	C	9095.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.101;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=605;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.195;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=142;NR=130;PP=2962;ReadPosRankSum=1.489;SC=TTTTCCAGCATTGGCTGGTTC;SOR=0.587;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=401;TCF=213;TCR=188;TR=272;WE=179579101;WS=179579083;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:185,398:0.68:583
chr2	179579212	rs2562838	T	C	10138.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=2.432;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=695;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.150;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=118;NR=149;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.504;SC=CTGAAATGGGTTCAGCGCCTT;SOR=0.766;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=417;TCF=189;TCR=228;TR=267;WE=179579220;WS=179579202;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:245,444:0.64:689
chr2	179579822	rs2562836	T	A	8384.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.815;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=560;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.868;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=99;NR=126;PP=2962;ReadPosRankSum=0.454;SC=GGATACTGGTTAGGAAGTTCT;SOR=0.836;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=345;TCF=161;TCR=184;TR=225;WE=179579830;WS=179579812;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:180,372:0.67:552
chr2	179580583	rs2562834	T	C	1166.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-2.972;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.102;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=43;PP=776;ReadPosRankSum=0.703;SC=AAATAATCTTTGCTAGAGAGG;SOR=0.995;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=82;TCF=11;TCR=71;TR=49;WE=179580591;WS=179580573;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,54:0.59:92
chr2	179582162	rs62178977	C	T	5647.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.119;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=427;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=75;NR=87;PP=2614;ReadPosRankSum=-0.149;SC=CTCTCACATACAGAGCAGAAA;SOR=0.698;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=262;TCF=124;TCR=138;TR=162;WE=179582170;WS=179582152;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:155,259:0.63:414
chr2	179582327	rs13390491	C	T	5828.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.758;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=374;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.010;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=107;NR=75;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.219;SC=CCCTATGTGGCTCTGGTCAGT;SOR=0.870;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=259;TCF=149;TCR=110;TR=182;WE=179582335;WS=179582317;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:118,249:0.68:367
chr2	179582537	rs2627043	G	T	11286.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=2.867;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=727;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=164;NR=170;PP=2962;ReadPosRankSum=1.650;SC=AAGTTTGCGCGCTGTAAAGAA;SOR=0.685;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=503;TCF=251;TCR=252;TR=334;WE=179582545;WS=179582527;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:247,476:0.66:723
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chr2	179585266	rs2562831	C	T	7571.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=279;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=69;NR=140;PP=2965;SC=TGTTTCTAACCTGCTTTCGAT;SOR=1.391;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=209;TCF=69;TCR=140;TR=209;WE=179585274;WS=179585256;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,269:1.00:269
chr2	179585393	rs2562830	A	G	1806.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.696;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.846;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=25;PP=723;ReadPosRankSum=-1.537;SC=AGGAGGTGCTACCAGAAAAAA;SOR=0.814;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=60;TCF=24;TCR=36;TR=41;WE=179585401;WS=179585383;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,76:0.75:102
chr2	179587130	rs12693166	C	G	9483.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.529;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=644;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.172;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=161;NR=139;PP=2962;ReadPosRankSum=-2.026;SC=AGATTTTCATCGTCTCTTAAA;SOR=0.708;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=463;TCF=241;TCR=222;TR=300;WE=179587138;WS=179587120;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:209,415:0.67:624
chr2	179587687	rs2742327	T	C	12528.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.510;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=826;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.552;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=192;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.094;SC=GGCTCACAGTTAGCAACTGGA;SOR=0.760;Source=Platypus;TCF=288;WE=179587695;WS=179587677;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:272,533:0.66:805
chr2	179590329	rs17355460	C	T	3418.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.385;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=588;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.551;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=69;NR=67;PP=1679;ReadPosRankSum=-2.048;SC=GCAGGCTCTCCGGCTACAACA;SOR=0.658;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=405;TCF=199;TCR=206;TR=136;WE=179590337;WS=179590319;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:387,194:0.33:581
chr2	179591708	rs114742263	C	T	440.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.065;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=3;PP=254;ReadPosRankSum=-1.427;SC=GAAAAATATTCTATGATCTCA;SOR=0.551;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=53;TCF=42;TCR=11;TR=17;WE=179591716;WS=179591698;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,23:0.33:69
chr2	179595117	rs17076	C	G	4780.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.739;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=317;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.423;HP=8;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=87;NR=72;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.824;SC=AAAGAAAAAACAAGCAAAAGA;SOR=0.793;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=247;TCF=132;TCR=115;TR=159;WE=179595125;WS=179595107;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:110,196:0.64:306
chr2	179595588	rs376726021	TA	T	2214.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.216;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=352;ExcessHet=3.0103;FS=0.413;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.19;ReadPosRankSum=3.260;SOR=0.746;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:154,154:0.50:308
chr2	179600563	rs2742348	G	A	17472.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=650;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=183;NR=228;PP=2965;SC=CAAACTTGTTGGAAGCCTTAC;SOR=0.870;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=418;TCF=190;TCR=228;TR=411;WE=179600571;WS=179600553;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,634:1.00:634
chr2	179600648	rs2742347	C	T	7919.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.236;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=573;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=95;NR=122;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.473;SC=GTCGGAAATCCTCCAGTTAGG;SOR=0.725;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=359;TCF=156;TCR=203;TR=217;WE=179600656;WS=179600638;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:209,360:0.63:569
chr2	179604160	rs1883085	T	G	7949.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=2.097;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=583;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.126;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=134;NR=102;PP=2962;ReadPosRankSum=2.671;SC=CCTCTTTGATTAAGCCACCCT;SOR=0.774;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=386;TCF=217;TCR=169;TR=236;WE=179604168;WS=179604150;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:228,349:0.60:577
chr2	179604366	rs2562829	T	G	10922.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.999;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=747;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.836;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=174;NR=185;PP=2962;ReadPosRankSum=1.914;SC=ACCTCTTCAGTTGAGATCAGA;SOR=0.642;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=523;TCF=259;TCR=264;TR=359;WE=179604374;WS=179604356;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:251,478:0.66:729
chr2	179604742	rs1883084	G	A	6431.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=1.682;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=460;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.535;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=101;NR=113;PP=2962;ReadPosRankSum=0.246;SC=CGCTGGCCACGGCTGCTTGCA;SOR=0.746;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=359;TCF=174;TCR=185;TR=214;WE=179604750;WS=179604732;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:171,278:0.62:449
chr2	179605180	rs746578	C	A	5741.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.267;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=387;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.384;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=87;NR=87;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.519;SC=TCAAGATGAGCGCACTTTGTG;SOR=0.653;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=276;TCF=140;TCR=136;TR=174;WE=179605188;WS=179605170;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:138,246:0.64:384
chr2	179605705	rs2742357	A	G	4905.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.528;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=330;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.517;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=72;NR=73;PP=2696;ReadPosRankSum=0.344;SC=TTTCTTCTGTAATTAAAGCAG;SOR=0.551;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=216;TCF=111;TCR=105;TR=145;WE=179605713;WS=179605695;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:114,208:0.65:322
chr2	179606538	rs2627037	G	A	4281.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=4.624;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=299;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.780;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=98;PP=2760;ReadPosRankSum=-1.097;SC=AATTTAGTTGGGTAAACTGGA;SOR=1.157;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=216;TCF=71;TCR=145;TR=138;WE=179606546;WS=179606528;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:111,178:0.62:289
chr2	179611711	rs66677602	C	A	8930.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.589;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=675;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=107;NR=160;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.775;SC=ACCGTCTTCCCTTTCTATTTT;SOR=0.705;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=434;TCF=174;TCR=260;TR=267;WE=179611719;WS=179611701;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:261,408:0.61:669
chr2	179612883	rs139669372	A	G	3398.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.166;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=605;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=52;ReadPosRankSum=0.532;SC=TTTTCTCAGAAAGATCAGTTT;SOR=0.633;Source=Platypus;WE=179612891;WS=179612873;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:401,186:0.32:587
chr2	179614952	rs10803917	A	G	14470.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=542;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=160;NR=180;PP=2965;SC=ACCAATGCTAACTCTTCTTCC;SOR=0.783;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=342;TCF=161;TCR=181;TR=340;WE=179614960;WS=179614942;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,531:1.00:531
chr2	179615887	rs922984	T	C	1538.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=3.035;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=244;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.833;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=33;PP=1041;ReadPosRankSum=1.554;SC=GATTTTCATGTCCTCTCTAGA;SOR=0.488;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=188;TCF=106;TCR=82;TR=66;WE=179615895;WS=179615877;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:163,80:0.33:243
chr2	179615931	rs922985	C	G	7254.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=255;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=102;NR=82;PP=2965;SC=CTTCACTTCTCAAAGTTCTTG;SOR=0.852;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=185;TCF=102;TCR=83;TR=184;WE=179615939;WS=179615921;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,255:1.00:255
chr2	179615994	rs922986	T	C	10396.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=404;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=134;NR=104;PP=2965;SC=TCTCCATTAATGTTTTTCTAG;SOR=0.854;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=238;TCF=134;TCR=104;TR=238;WE=179616002;WS=179615984;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,400:1.00:400
chr2	179616770	rs58651353	GA	G	1009.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.851;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FS=4.089;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.20;MQRankSum=0.945;QD=9.62;ReadPosRankSum=0.920;SOR=0.290;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,76:0.72:105
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chr2	179621477	rs6433728	C	T	8515.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=323;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=79;NR=130;PP=2965;SC=TGGGACTTGGCGGACTCTCTT;SOR=1.136;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=210;TCF=80;TCR=130;TR=209;WE=179621485;WS=179621467;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,317:1.00:317
chr2	179623758	rs2291310	C	T	2954.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.929;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=664;ExcessHet=3.0103;FS=0.592;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.54;ReadPosRankSum=-1.357;SOR=0.770;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:471,180:0.28:651
chr2	179623939	rs6705594	T	C	10767.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=422;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=107;NR=192;PP=2965;SC=ACCACAAAAATGAGTGGATTT;SOR=1.181;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=299;TCF=107;TCR=192;TR=299;WE=179623947;WS=179623929;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,416:1.00:416
chr2	179629363	rs4894043	T	C	9175.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=350;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=114;NR=109;PP=2965;SC=AAAGCGTGTATTCTTGCCCAT;SOR=0.711;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=223;TCF=114;TCR=109;TR=223;WE=179629371;WS=179629353;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,343:1.00:343
chr2	179629461	rs2291311	C	T	826.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.061;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=24;PP=384;ReadPosRankSum=0.039;SC=CCGGATATCACGGCACAGAAG;SOR=0.679;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=141;TCF=49;TCR=92;TR=39;WE=179629469;WS=179629451;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:153,55:0.26:208
chr2	179631214	rs2291312	T	C	5169.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.626;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=379;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.810;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=77;NR=75;PP=2613;ReadPosRankSum=1.084;SC=GGATTCTTCTTTCCACTACAT;SOR=0.638;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=248;TCF=123;TCR=125;TR=152;WE=179631222;WS=179631204;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:138,230:0.62:368
chr2	179631362	rs3816782	A	C	1680.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.944;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FS=5.607;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.91;ReadPosRankSum=-1.215;SOR=1.210;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:79,75:0.49:154
chr2	179632710	rs2291313	T	C	4550.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.397;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=704;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.550;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=96;NR=80;PP=2686;ReadPosRankSum=0.035;SC=AACTGGGAATTACTGGAATGT;SOR=0.773;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=482;TCF=254;TCR=228;TR=176;WE=179632718;WS=179632700;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:459,240:0.34:699
chr2	179633298	rs4471922	G	T	386.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.816;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.652;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=0;PP=291;ReadPosRankSum=-0.372;SC=CCCATCGTATGGCTATCCCAC;SOR=1.969;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=46;TCF=43;TCR=3;TR=16;WE=179633306;WS=179633288;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,17:0.35:48
chr2	179634376	rs72125115	GTA	G	2321.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-0.590;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.401;NF=36;NR=15;PP=1677;ReadPosRankSum=0.054;SC=ATATATATGTGTATATATATA;SOR=0.619;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=80;TCF=55;TCR=25;TR=51;WE=179634401;WS=179634366;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,73:0.97:75
chr2	179634936	rs2306636	C	T	7318.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.624;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=618;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=116;NR=114;PP=2962;ReadPosRankSum=1.041;SC=AATTTCCACACTCTTATGGAA;SOR=0.686;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=406;TCF=204;TCR=202;TR=230;WE=179634944;WS=179634926;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:259,342:0.57:601
chr2	179635882	rs4894047	C	T	1821.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=46;NR=7;PP=1211;SC=TCTTTTAAAACGATAACGATC;SOR=3.021;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=53;TCF=46;TCR=7;TR=53;WE=179635890;WS=179635872;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr2	179636257	rs2291305	T	A	1850.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-1.291;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.423;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=45;PP=977;ReadPosRankSum=-0.016;SC=AATGGGAAAATCTTTGCAGAA;SOR=0.865;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=109;TCF=30;TCR=79;TR=59;WE=179636265;WS=179636247;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,84:0.58:145
chr2	179637861	rs56142888	C	G	1877.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.602;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.391;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=21;PP=940;ReadPosRankSum=-1.333;SC=TTCCAGATGTCATATTTTCTC;SOR=1.026;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=89;TCF=51;TCR=38;TR=57;WE=179637869;WS=179637851;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,84:0.62:136
chr2	179639297	rs3816781	C	T	1079.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=30;PP=826;SC=TTATCTCCCCCATACTATCAG;SOR=4.235;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=32;TCF=2;TCR=30;TR=32;WE=179639305;WS=179639287;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr2	179641975	rs12476289	C	T	6204.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.092;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=456;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.838;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=94;NR=110;PP=2962;ReadPosRankSum=1.534;SC=CATTTCAAGTCGGGAACCTTC;SOR=0.564;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=315;TCF=142;TCR=173;TR=204;WE=179641983;WS=179641965;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:155,285:0.65:440
chr2	179642425	rs719201	G	A	12909.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=501;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=201;NR=139;PP=2965;SC=AACTTATCACGCTTACCATCA;SOR=1.006;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=341;TCF=201;TCR=140;TR=340;WE=179642433;WS=179642415;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,487:1.00:487
chr2	179643886	rs2291302	A	G	6676.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=254;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=80;NR=101;PP=2965;SC=AATTTACATCAAATAGTTATA;SOR=0.858;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=181;TCF=80;TCR=101;TR=181;WE=179643894;WS=179643876;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,247:1.00:247
chr2	179643934	rs2291301	A	G	6231.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=1.133;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=81;NR=82;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.867;SC=GCAAGGAGCTATGATAAATGT;SOR=0.702;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=166;TCF=82;TCR=84;TR=163;WE=179643942;WS=179643924;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,221:0.99:223
chr2	179644035	rs1552280	G	A	6723.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=254;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=76;NR=83;PP=2965;SC=CTTGATTCTTGAATCAAATCC;SOR=0.776;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=161;TCF=76;TCR=85;TR=159;WE=179644043;WS=179644025;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,250:1.00:250
chr2	179644160	rs2291308	T	C	748.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=1.715;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=20;PP=460;ReadPosRankSum=-0.413;SC=CTTTAATAAGTCTCTCTTCAA;SOR=0.804;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=47;TCF=9;TCR=38;TR=23;WE=179644168;WS=179644150;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,32:0.55:58
chr2	179644855	rs10497520	T	C	1770.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.054;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=239;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.025;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=25;PP=796;ReadPosRankSum=0.554;SC=TCTCCAACTTTAGGTTCTTGA;SOR=0.795;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=130;TCF=68;TCR=62;TR=55;WE=179644863;WS=179644845;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:140,94:0.40:234
chr2	179645731	rs12464703	C	A	2410.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=1.879;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.650;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=74;NR=22;PP=1689;ReadPosRankSum=-0.465;SC=GGCAAAGACACTGGGGCAAAG;SOR=1.441;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=148;TCF=111;TCR=37;TR=96;WE=179645739;WS=179645721;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,105:0.62:168
chr2	179647546	rs55863869	A	G	1366.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.846;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.704;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=11;PP=822;ReadPosRankSum=1.947;SC=GCACAGCCAGATAGCAGGATG;SOR=0.899;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=74;TCF=55;TCR=19;TR=45;WE=179647554;WS=179647536;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,60:0.58:104
chr2	179650408	rs35813871	G	A	1035.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-2.071;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.308;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=12;PP=521;ReadPosRankSum=-1.469;SC=AGGGCTAGCTGTGCGGGGGCG;SOR=0.561;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=130;TCF=93;TCR=37;TR=41;WE=179650416;WS=179650398;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:120,59:0.33:179
chr2	179650954	rs6715901	G	A	1298.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=1.223;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.316;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=36;PP=827;ReadPosRankSum=0.291;SC=GGCAGATGGCGTCCACATTAT;SOR=1.179;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=72;TCF=20;TCR=52;TR=48;WE=179650962;WS=179650944;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,56:0.64:87
chr2	179658346	.	A	G	1061.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-1.767;ClippingRankSum=0.000;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.837;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=35;PP=764;ReadPosRankSum=0.007;SC=CCTCGCCAACATGGTGAAATC;SOR=0.498;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=93;TCF=23;TCR=70;TR=48;WE=179658354;WS=179658336;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,51:0.50:103
chr2	179667090	rs3816849	C	T	1907.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.426;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.198;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=43;PP=1015;ReadPosRankSum=0.385;SC=GAACAATTCACCTTTATGTTT;SOR=1.211;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=82;TCF=20;TCR=62;TR=53;WE=179667098;WS=179667080;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,79:0.69:114
chr2	179698844	rs78585114	G	A	577.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=3.084;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.633;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=3;PP=460;ReadPosRankSum=-0.131;SC=GAAGATAAACGGCGGCACTTT;SOR=1.536;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=36;TCF=31;TCR=5;TR=24;WE=179698852;WS=179698834;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,24:0.63:38
chr2	179698945	rs16866554	G	A	1384.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=2.480;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.856;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=15;PP=730;ReadPosRankSum=-0.467;SC=TAACATAGACGACACACAGGG;SOR=0.560;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=142;TCF=101;TCR=41;TR=48;WE=179698953;WS=179698935;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:139,73:0.34:212
chr2	179702268	rs1032283	A	G	13855.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=514;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=168;NR=172;PP=2965;SC=ATGGTGCAAGAGGGGACTCAG;SOR=0.693;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=341;TCF=168;TCR=173;TR=340;WE=179702276;WS=179702258;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,502:1.00:502
chr2	179702577	rs3045731	A	AGG	2518.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=0;NR=40;PP=2029;SC=ACAACCTACAAGGTTAAAATT;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=46;TCF=0;TCR=46;TR=40;WE=179702585;WS=179702567;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr2	179710550	rs17453403	C	G	6858.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-2.043;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=431;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.576;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=82;NR=104;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.769;SC=TGGAAGAAAACATAGACCACT;SOR=0.635;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=269;TCF=115;TCR=154;TR=186;WE=179710558;WS=179710540;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:125,303:0.71:428
chr2	179718133	rs13033688	T	A	1484.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.359;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=224;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.012;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=22;PP=731;ReadPosRankSum=-2.528;SC=ATTTGTTCAATGGCCAATCAC;SOR=0.391;SbPval=0.22;Source=Platypus;TC=146;TCF=95;TCR=51;TR=51;WE=179718141;WS=179718123;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:140,78:0.36:218
chr2	179719966	rs1872203	A	T	758.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-2.278;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.915;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=8;PP=546;ReadPosRankSum=-0.652;SC=AAGGAGCATGATACATGAATA;SOR=0.887;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=98;TCF=76;TCR=22;TR=38;WE=179719974;WS=179719956;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,38:0.37:102
chr2	179721032	rs12464157	C	T	2069.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.765;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.289;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=39;PP=1055;ReadPosRankSum=0.656;SC=GATATTTAAGCGCCTTCAGAT;SOR=0.768;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=105;TCF=50;TCR=55;TR=72;WE=179721040;WS=179721022;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,99:0.63:158
chr2	179732636	rs35755711	T	C	74.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=0.212;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=1;PP=34;ReadPosRankSum=1.043;SC=ACTACCCCAATGGTTTAGTTT;SOR=0.527;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=14;TCF=12;TCR=2;TR=5;WE=179732644;WS=179732626;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,5:0.33:15
chr2	179732845	rs12988301	G	A	444.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.318;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FS=0.708;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.91;ReadPosRankSum=-2.151;SOR=0.617;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:118,35:0.23:153
chr2	179732980	rs10165177	A	G	2246.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=11;NR=33;PP=1056;SC=TATGAAGACAAATTTTTTTTT;SOR=1.522;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=46;TCF=12;TCR=34;TR=44;WE=179732989;WS=179732970;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr2	179733011	rs76209803	A	T	645.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.929;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=18;PP=387;ReadPosRankSum=-0.051;SC=TCTATAGCACATTTTGCTAGC;SOR=0.741;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=30;TCF=5;TCR=25;TR=22;WE=179733019;WS=179733001;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,27:0.73:37
chr2	179737144	rs12693170	C	A	702.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=30;NF=0;NR=19;PP=536;SC=CAACCAAAGCCGAAGATGGTT;SOR=6.184;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=0;TCR=19;TR=19;WE=179737152;WS=179737134;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr2	179753245	rs7573293	C	T	2439.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.442;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=26;PP=1195;ReadPosRankSum=1.956;SC=TTTTAGTTTACGAAACTACCT;SOR=0.705;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=100;TCF=65;TCR=35;TR=74;WE=179753253;WS=179753235;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,109:0.70:156
chr2	179753549	rs1873164	G	A	1605.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=30;NF=9;NR=37;PP=1160;SC=GGCATAGCAGGAAGCAAAAAT;SOR=2.437;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=47;TCF=9;TCR=38;TR=46;WE=179753557;WS=179753539;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr2	179770175	rs34883828	C	A	2932.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.857;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=603;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.912;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=67;PP=1330;ReadPosRankSum=0.405;SC=GACTTAAACCCTCTGATTTAA;SOR=0.553;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=382;TCF=156;TCR=226;TR=124;WE=179770183;WS=179770165;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:414,184:0.31:598
chr2	179809500	rs9677932	C	T	1002.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=19;PP=533;SC=TTATATAAACCATCTCATGTA;SOR=1.609;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=7;TCR=19;TR=26;WE=179809508;WS=179809490;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr2	179825838	rs11303440	TG	T	2782.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=55;NR=14;PP=2828;SC=GAAAGCTTTTTGGACCAAAGA;SOR=2.758;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=72;TCF=57;TCR=15;TR=69;WE=179825846;WS=179825828;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr2	179826241	rs6725028	A	G	1800.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=51;PP=1392;SC=AAAAAGAATAATGATATTAGC;SOR=3.575;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=59;TCF=8;TCR=51;TR=59;WE=179826249;WS=179826231;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr2	179839555	rs13019119	C	A	558.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=17;NR=0;PP=438;SC=TCTAGCACACCAAATAACAGA;SOR=5.892;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=17;TCR=0;TR=17;WE=179839563;WS=179839545;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr2	179974761	rs2305170	A	C	1873.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.076;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=285;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=53;PP=1121;ReadPosRankSum=-0.031;SC=CGGTTCTAAAAATCAAAACAC;SOR=0.724;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=216;TCF=63;TCR=153;TR=73;WE=179974769;WS=179974751;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:178,96:0.35:274
chr2	179979930	rs2289993	T	C	5823.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=2.004;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=427;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=82;PP=2645;ReadPosRankSum=-1.515;SC=AGCGCAAAGATTGGCATAACA;SOR=0.741;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=259;TCF=115;TCR=144;TR=147;WE=179979938;WS=179979920;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:162,261:0.62:423
chr2	179980070	rs2044479	G	A	1844.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=7;NR=40;PP=1132;SC=TGTCGTTACAGTTAAGTGACA;SOR=2.658;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=7;TCR=40;TR=47;WE=179980078;WS=179980060;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
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chr2	179997177	rs3214766	AT	A	1791.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=28;PP=935;SC=TTGAGATAACATTTTTTAAAG;SOR=1.103;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=34;TCF=2;TCR=32;TR=30;WE=179997185;WS=179997167;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr2	180015941	rs148589684	TA	T	569.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=1.299;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.345;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQ=60.14;MQRankSum=1.541;NF=14;NR=4;PP=512;ReadPosRankSum=0.556;SC=ACTAAAATGATAAAGTTATCA;SOR=1.101;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=57;TCF=41;TCR=16;TR=18;WE=180015949;WS=180015931;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,24:0.30:79
chr2	180016141	rs17363449	G	C	1191.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-0.461;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.555;HP=7;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=30;PP=657;ReadPosRankSum=0.068;SC=TAAAAGAAAAGAAACATTTAG;SOR=0.615;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=129;TCF=40;TCR=89;TR=47;WE=180016149;WS=180016131;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:142,69:0.33:211
chr2	180036775	rs10497534	G	A	1116.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=2.718;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.514;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=11;PP=726;ReadPosRankSum=-1.103;SC=AATGCTGAACGGTCAAAAATA;SOR=0.308;SbPval=0.21;Source=Platypus;TC=130;TCF=107;TCR=23;TR=46;WE=180036783;WS=180036765;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:100,56:0.36:156
chr2	180039068	rs13013868	C	T	8462.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.099;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=321;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.733;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=179;NR=68;PP=2965;ReadPosRankSum=1.478;SC=AATCCAAAAGCTGTTAAAATA;SOR=1.737;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=249;TCF=180;TCR=69;TR=247;WE=180039076;WS=180039058;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,308:0.99:310
chr2	180047746	rs1446673	G	C	2869.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.884;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.089;HP=5;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=73;NR=32;PP=1749;ReadPosRankSum=-0.369;SC=ACAATAGAAAGAATCATTAGT;SOR=0.784;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=185;TCF=127;TCR=58;TR=105;WE=180047754;WS=180047736;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:95,130:0.58:225
chr2	180047908	rs6757681	T	C	9487.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.734;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=370;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=93;NR=151;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.965;SC=TCCGTCTGTCTTTTCCTCCTA;SOR=1.078;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=245;TCF=93;TCR=152;TR=244;WE=180047916;WS=180047898;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,352:0.99:354
chr2	180308335	rs10171283	C	G	295.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=9;PP=231;SC=GTCAAGAAATCATTATTTTCA;SOR=3.258;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=1;TCR=9;TR=10;WE=180308343;WS=180308325;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr2	180310560	rs139227051	C	T	518.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-4.139;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.851;HP=6;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=21;PP=389;ReadPosRankSum=-0.101;SC=ATTCCCAATGCTTTTTTAAAA;SOR=1.087;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=59;TCF=4;TCR=55;TR=22;WE=180310568;WS=180310550;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,23:0.34:67
chr2	180383498	rs4567894	C	A	773.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=21;PP=608;SC=AAAGAGTCTCCTTCAACAGTA;SOR=2.670;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=5;TCR=21;TR=26;WE=180383506;WS=180383488;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr2	180725400	rs59293459	C	A	431.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-2.393;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=2;PP=214;ReadPosRankSum=-1.141;SC=CCTCGGTCCCCTAACTACCCA;SOR=0.556;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=43;TCF=35;TCR=8;TR=15;WE=180725408;WS=180725399;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,21:0.43:49
chr2	180725481	rs259816	T	C	5176.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=68;NR=52;PP=2352;SC=CGGCTAAACATAGCGGGGCAC;SOR=0.914;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=120;TCF=68;TCR=52;TR=120;WE=180725489;WS=180725471;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,198:1.00:198
chr2	180810180	rs6433817	C	T	11614.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=419;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=176;NR=112;PP=2965;SC=CTCTGTCATTCGCAACTCTAC;SOR=1.067;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=288;TCF=176;TCR=112;TR=288;WE=180810188;WS=180810170;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,417:1.00:417
chr2	180810264	rs6433818	A	T	20202.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=2.256;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=771;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=241;NR=197;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.754;SC=AATTTGAACCACTTGAATTTT;SOR=0.422;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=440;TCF=241;TCR=199;TR=438;WE=180810272;WS=180810254;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,756:1.00:757
chr2	180815528	rs2304858	A	T	3775.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=46;NR=46;PP=1719;SC=TAATCTGAACATAAATTCTGA;SOR=0.707;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=92;TCF=46;TCR=46;TR=92;WE=180815536;WS=180815518;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,143:1.00:143
chr2	180823590	rs10497553	C	T	647.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=2;PP=432;SC=CTGAAACACCCTAAGCTTTGT;SOR=2.303;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=17;TCF=15;TCR=2;TR=17;WE=180823598;WS=180823580;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr2	180835589	rs4894140	A	G	7687.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=271;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=114;NR=102;PP=2965;SC=TATAGCTAAAAGTTAACAGAA;SOR=0.771;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=218;TCF=114;TCR=104;TR=216;WE=180835597;WS=180835579;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,264:1.00:264
chr2	180835792	rs3768837	T	A	8929.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=341;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=93;NR=150;PP=2965;SC=CTAAGCATAATACTTCGTGTG;SOR=1.124;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=243;TCF=93;TCR=150;TR=243;WE=180835800;WS=180835782;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,330:1.00:330
chr2	180837722	rs6433820	T	C	1166.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=23;NR=5;PP=630;SC=GGCGACAGAGTGAGACTCCAT;SOR=2.613;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=29;TCF=23;TCR=6;TR=28;WE=180837730;WS=180837712;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr2	180837806	rs6433821	T	A	4749.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=70;NR=37;PP=2131;SC=CATCCAACATTTTTATCCCAA;SOR=1.172;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=107;TCF=70;TCR=37;TR=107;WE=180837814;WS=180837796;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,180:1.00:180
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chr2	180846743	rs3738943	G	T	3084.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=27;NR=59;PP=1781;SC=TAAATTTTTTGAAGAGCAGAA;SOR=1.526;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=86;TCF=27;TCR=59;TR=86;WE=180846751;WS=180846733;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
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chr2	181854692	rs61080739	C	T	284.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.157;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=1.052;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.25;ReadPosRankSum=-1.797;SOR=0.512;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:48,19:0.28:67
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chr2	181927360	rs1401134	A	G	363.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-0.539;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=3;PP=146;ReadPosRankSum=-1.382;SC=TAAAATATACATATGATCATG;SOR=0.527;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=34;TCF=28;TCR=6;TR=13;WE=181927368;WS=181927350;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,14:0.40:35
chr2	182340444	rs17224277	G	A	1044.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=2.341;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=9;PP=675;ReadPosRankSum=-0.741;SC=TCTTTCATTCGCACTCACTAT;SOR=0.693;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=140;TCF=111;TCR=29;TR=47;WE=182340452;WS=182340434;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:106,54:0.34:160
chr2	182340714	rs139050637	A	ACT	894.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.349;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.541;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=50;PP=2206;ReadPosRankSum=2.205;SC=AACCACCCTCACTCAAAAAAA;SOR=1.154;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=91;TCF=1;TCR=90;TR=51;WE=182340725;WS=182340704;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,54:0.55:98
chr2	182344846	rs11412304	G	GT	1613.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.05;SOR=0.854;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr2	182346544	rs2305590	T	C	194.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-2.362;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5006;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=8;PP=121;ReadPosRankSum=-0.875;SC=TTACATTTAGTGGAATTGGTG;SOR=2.494;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=0;TCR=10;TR=8;WE=182346552;WS=182346534;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,9:0.82:11
chr2	182347072	rs2305588	T	C	1792.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-2.897;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.248;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=8;PP=1420;ReadPosRankSum=0.454;SC=TTTCTAATTCTTTCCCTAATT;SOR=1.032;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=104;TCF=91;TCR=13;TR=68;WE=182347080;WS=182347062;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,70:0.64:109
chr2	182350447	rs155102	A	G	526.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=2.838;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=3;PP=370;ReadPosRankSum=-1.385;SC=CTCAATAAATATTTATTGAAT;SOR=0.495;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=45;TCF=39;TCR=6;TR=21;WE=182350455;WS=182350443;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,22:0.45:49
chr2	182350489	rs17290693	T	C	1705.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-3.216;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.945;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=9;PP=961;ReadPosRankSum=-2.513;SC=AAGCTCAGTCTGTAGTTTGTC;SOR=0.527;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=91;TCF=75;TCR=16;TR=55;WE=182350497;WS=182350479;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,69:0.64:108
chr2	182350743	rs155103	A	G	7449.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=278;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=59;NR=138;PP=2965;SC=TCAAATTGGTACTTGATTTCT;SOR=1.547;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=199;TCF=60;TCR=139;TR=197;WE=182350751;WS=182350733;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,264:1.00:264
chr2	182359613	rs165419	G	A	1395.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=7;NR=31;PP=829;SC=AGTGAAGTACGTAAAACTGGT;SOR=2.448;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=7;TCR=31;TR=38;WE=182359621;WS=182359603;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr2	182374328	rs3816521	T	A	3397.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-2.064;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=241;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.121;HP=8;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=72;NR=38;PP=1735;ReadPosRankSum=0.003;SC=GGAGTTTTATTTTTTTTTAAT;SOR=0.520;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=166;TCF=112;TCR=54;TR=110;WE=182374336;WS=182374318;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,153:0.65:237
chr2	182374553	rs2305584	A	T	3425.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=2.407;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.633;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=59;PP=2886;ReadPosRankSum=1.189;SC=ATTTTCCTTTATTCAAATTAT;SOR=0.502;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=118;TCF=27;TCR=91;TR=79;WE=182374575;WS=182374543;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,94:0.66:142
chr2	182374567	rs2305583	A	G	3023.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.022;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=53;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.871;SC=AAATTATTGTATGGCATTTAA;SOR=0.797;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=88;TCF=14;TCR=74;TR=63;WE=182374575;WS=182374543;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,76:0.70:108
chr2	182374660	rs2305582	A	T	78.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-2.654;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=5;PP=54;ReadPosRankSum=-0.112;SC=TAAAAACAAAAATAGATTTAT;SOR=0.551;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=1;TCR=16;TR=5;WE=182374668;WS=182374650;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,5:0.26:19
chr2	182376546	rs1466109	T	G	4465.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=51;NR=63;PP=2132;SC=ATCGAGAGGGTGTAATGAGTG;SOR=0.870;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=114;TCF=51;TCR=63;TR=114;WE=182376554;WS=182376536;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,170:1.00:170
chr2	182390107	rs2305580	A	T	159.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=3.091;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.331;HP=7;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=8;PP=116;ReadPosRankSum=-1.472;SC=GTATTCTAGAATTTTTTTAAA;SOR=1.675;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=38;TCF=12;TCR=26;TR=10;WE=182390115;WS=182390097;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,11:0.23:48
chr2	182392143	rs56095368	G	C	4313.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.326;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=301;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.918;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=47;PP=2011;ReadPosRankSum=1.304;SC=GTTAATATTTGTAACAACCTA;SOR=0.759;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=190;TCF=106;TCR=84;TR=113;WE=182392151;WS=182392133;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:106,193:0.65:299
chr2	182395345	rs1143676	G	A	3296.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.797;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=798;ExcessHet=3.0103;FS=0.590;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.16;ReadPosRankSum=1.178;SOR=0.715;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:579,214:0.27:793
chr2	182396568	rs56005177	A	G	920.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.872;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=29;PP=535;ReadPosRankSum=0.405;SC=AAATTCAGTCATATAGGCAGG;SOR=0.629;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=120;TCF=39;TCR=81;TR=43;WE=182396576;WS=182396558;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,52:0.37:142
chr2	182399486	rs7601843	G	T	226.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.406;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=2.551;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.06;ReadPosRankSum=1.312;SOR=0.376;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:60,14:0.19:74
chr2	182399497	rs11418738	A	ATT	117.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.853;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=2.593;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.59;ReadPosRankSum=-0.044;SOR=0.588;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:59,15:0.20:74
chr2	182399514	rs142045243	T	TTGAG	669.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.366;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FS=0.988;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.59;ReadPosRankSum=0.372;SOR=0.512;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:58,20:0.26:78
chr2	182399638	rs2124443	A	G	1865.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=16;NR=29;PP=934;SC=TTGTACTTCTATTGATCTCAT;SOR=1.296;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=45;TCF=16;TCR=29;TR=45;WE=182399646;WS=182399628;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr2	182399685	rs41265949	C	T	434.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-2.376;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=12;PP=227;ReadPosRankSum=0.178;SC=CAATTACCAACATTAGTCTAC;SOR=0.892;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=24;TCF=6;TCR=18;TR=16;WE=182399693;WS=182399675;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,19:0.68:28
chr2	182402790	rs6747500	G	A	117.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=0.052;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.913;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=2;PP=46;ReadPosRankSum=1.309;SC=CCCCATCCACGGAAAAATTGT;SOR=0.330;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=13;TCF=9;TCR=4;TR=5;WE=182402798;WS=182402780;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,7:0.41:17
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chr2	182403851	rs10180793	G	A	19464.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=741;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=247;NR=204;PP=2965;SC=CTTCCATTAAGTCACCATCTA;SOR=0.811;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=451;TCF=247;TCR=204;TR=451;WE=182403859;WS=182403841;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,735:1.00:735
chr2	182412633	rs139036113	G	GACACACACACACAC	1749.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.640;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=617;ExcessHet=3.0103;FS=4.262;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.10;MQRankSum=2.750;QD=3.45;ReadPosRankSum=4.637;SOR=1.071;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:380,127:0.25:507
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chr2	182412723	rs34890422	C	CGT	566.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.590;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FS=6.302;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.11;MQRankSum=2.050;QD=5.56;ReadPosRankSum=-1.322;SOR=1.593;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:82,20:0.20:102
chr2	182413238	rs72883670	C	T	542.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.209;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.846;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=9;PP=288;ReadPosRankSum=-0.184;SC=TTTAAAGATACAGGTTATCTG;SOR=0.548;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=76;TCF=51;TCR=25;TR=24;WE=182413246;WS=182413228;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,31:0.31:99
chr2	182413736	rs55741565	C	T	228.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-2.609;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=9;PP=154;ReadPosRankSum=1.058;SC=TTCCCTTTACCTATAACTACA;SOR=0.519;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=2;TCR=23;TR=10;WE=182413744;WS=182413726;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,11:0.34:32
chr2	182414358	rs12623687	T	C	680.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.151;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.404;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=12;PP=343;ReadPosRankSum=0.758;SC=GAAGAATTCTTACCCATTATA;SOR=0.453;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=91;TCF=53;TCR=38;TR=26;WE=182414366;WS=182414348;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:91,41:0.31:132
chr2	182414522	rs12623737	T	G	269.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=2.844;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.521;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=14;PP=262;ReadPosRankSum=0.585;SC=ATGTCATTCTTCAATGTTCAG;SOR=1.489;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=48;TCF=11;TCR=37;TR=17;WE=182414530;WS=182414512;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,16:0.24:66
chr2	182438716	rs10427195	A	G	145.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.963;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=6;PP=71;ReadPosRankSum=-2.023;SC=ATGCATTTAAATAGTATTTGC;SOR=0.446;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=27;TCF=4;TCR=23;TR=7;WE=182438724;WS=182438706;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,10:0.30:33
chr2	182468803	rs61750041	T	G	388.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.573;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FS=0.857;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.93;ReadPosRankSum=0.330;SOR=0.809;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:72,27:0.27:99
chr2	182521578	rs1473295	G	A	3767.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.340;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=879;ExcessHet=3.0103;FS=1.913;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.36;ReadPosRankSum=-2.947;SOR=0.843;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:604,260:0.30:864
chr2	182543455	rs1801262	T	C	2735.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.231;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=586;ExcessHet=3.0103;FS=0.578;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.72;ReadPosRankSum=0.735;SOR=0.737;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:413,167:0.29:580
chr2	182778704	rs62192080	T	G	1191.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.617;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FS=0.913;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.19;ReadPosRankSum=0.536;SOR=0.505;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,59:0.70:84
chr2	182794534	rs1051085	G	A	691.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=21;PP=552;SC=TTGTATGTCAGTATTTTTCAT;SOR=4.003;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=23;TCF=2;TCR=21;TR=23;WE=182794542;WS=182794524;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr2	182926144	rs3754930	T	C	549.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.205;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.046;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=5;PP=167;ReadPosRankSum=0.161;SC=ACATGCCTAATACATTCTACC;SOR=0.830;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=42;TCF=22;TCR=20;TR=13;WE=182926152;WS=182926134;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,29:0.43:67
chr2	182928555	rs1196161	G	C	14461.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=556;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=155;NR=187;PP=2965;SC=GTCATGAGTGGTGAATCATGG;SOR=0.838;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=343;TCF=156;TCR=187;TR=342;WE=182928563;WS=182928545;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,543:1.00:543
chr2	182981846	rs1882211	G	C	1113.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-6.581;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=11.513;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=6;PP=761;ReadPosRankSum=-0.776;SC=TGAAAACTTTGCACTCTTTTC;SOR=0.064;SbPval=0.24;Source=Platypus;TC=68;TCF=61;TCR=7;TR=40;WE=182981854;WS=182981836;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,44:0.58:76
chr2	183053658	rs3769796	C	G	5087.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.417;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=893;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=94;NR=65;PP=2145;ReadPosRankSum=0.770;SC=CATTTGAAAACTGACAAGCAC;SOR=0.714;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=520;TCF=300;TCR=220;TR=159;WE=183053666;WS=183053648;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:593,290:0.33:883
chr2	183066377	rs56413404	C	CAAA,CAAAAA	5133.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.648;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.27;MQRankSum=0.450;QD=30.20;ReadPosRankSum=-1.715;SOR=0.662;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:10,57,103:0.34,0.61:170
chr2	183070619	rs1344773	A	T	1615.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=2.385;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.079;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=10;PP=980;ReadPosRankSum=0.087;SC=CGCATAATTTATTCCTTTCCT;SOR=0.927;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=72;TCF=57;TCR=15;TR=51;WE=183070627;WS=183070609;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,63:0.75:84
chr2	183070911	rs55747252	G	A	934.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-1.694;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=30;PP=726;ReadPosRankSum=-0.398;SC=TGAACAGTGAGAATTATGGAA;SOR=0.769;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=54;TCF=8;TCR=46;TR=35;WE=183070919;WS=183070901;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,37:0.66:56
chr2	183088584	rs3754929	G	A	1836.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.103;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=289;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=27;PP=987;ReadPosRankSum=0.475;SC=TACTTTTTCAGACTTACCTTG;SOR=0.710;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=191;TCF=119;TCR=72;TR=71;WE=183088592;WS=183088574;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:186,100:0.35:286
chr2	183106758	rs2568667	T	G	814.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.950;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.552;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=19;PP=341;ReadPosRankSum=-1.283;SC=TCAGATACAGTGTAGGTAGAA;SOR=0.868;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=72;TCF=24;TCR=48;TR=26;WE=183106766;WS=183106748;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,44:0.37:118
chr2	183584755	rs6729801	G	A	2762.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.829;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=22;PP=1343;ReadPosRankSum=2.724;SC=TGCACATGGCGATTTTTTAAA;SOR=1.189;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=65;TCF=43;TCR=22;TR=65;WE=183584763;WS=183584745;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,106:0.98:108
chr2	183593451	rs3832045	AT	A	2499.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=19;NR=49;PP=1366;SC=ATATGTTAGAATTTTTTTTTC;SOR=0.862;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=72;TCF=20;TCR=52;TR=68;WE=183593459;WS=183593441;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr2	183593697	rs288280	C	T	11851.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=461;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=116;NR=133;PP=2965;SC=GCTATCCCAGCCTCTTCATTT;SOR=0.790;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=249;TCF=116;TCR=133;TR=249;WE=183593705;WS=183593687;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,453:1.00:453
chr2	183597063	rs288282	T	G	1813.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.471;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.91;ReadPosRankSum=1.404;SOR=1.192;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:5,65:0.93:70
chr2	183597318	rs825660	A	G	9112.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=354;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=84;NR=172;PP=2965;SC=AAAGAAACACATTTAGAAATT;SOR=1.429;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=257;TCF=84;TCR=173;TR=256;WE=183597326;WS=183597308;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,343:1.00:343
chr2	183616592	rs3098359	C	T	7839.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=278;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=67;NR=161;PP=2965;SC=CTAGATAACTCTGAATCATTA;SOR=1.737;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=229;TCF=67;TCR=162;TR=228;WE=183616613;WS=183616582;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,270:1.00:270
chr2	183616748	rs3115425	G	C	7738.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=298;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=106;NR=85;PP=2965;SC=ATGATGGGGGGGTTTTTTGTG;SOR=0.756;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=192;TCF=107;TCR=85;TR=191;WE=183616756;WS=183616738;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,293:1.00:293
chr2	183622319	rs141152570	AATAAT	A	444.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=2;PP=459;SC=GTCACTGATAAATAATATAAT;SOR=2.494;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=12;TCF=9;TCR=3;TR=9;WE=183622331;WS=183622309;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr2	183622547	rs288334	T	G	2463.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=24;NR=39;PP=1067;SC=AAGCTTATCATTATCAGTAAG;SOR=1.076;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=63;TCF=24;TCR=39;TR=63;WE=183622555;WS=183622537;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr2	183627504	rs192618	A	G	11757.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=463;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=107;NR=138;PP=2965;SC=CAACTGTTAAATTTTATTTCT;SOR=0.857;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=246;TCF=107;TCR=139;TR=245;WE=183627512;WS=183627494;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,446:1.00:446
chr2	183627619	rs190830	C	G	2287.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=49;PP=1506;SC=TCTGTTTTCTCATCCTTGTCA;SOR=3.026;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=54;TCF=5;TCR=49;TR=54;WE=183627627;WS=183627609;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr2	183793383	rs9333279	T	C	3226.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=56;NR=6;PP=1635;SC=AACTGCAGTTTAGGAAAAGGG;SOR=3.643;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=63;TCF=57;TCR=6;TR=62;WE=183793391;WS=183793373;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr2	183793398	rs9333280	A	G	3705.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=75;NR=11;PP=1822;SC=AAAGGGAAACAGACTACCCCA;SOR=3.234;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=86;TCF=75;TCR=11;TR=86;WE=183793406;WS=183793388;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr2	183799558	rs9288088	G	C	3517.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=41;NR=44;PP=1594;SC=GGTAGGATAAGACCTAGGCAG;SOR=0.754;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=85;TCF=41;TCR=44;TR=85;WE=183799566;WS=183799548;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,134:1.00:134
chr2	183827018	rs2271671	G	A	2873.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.570;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=1.769;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=61;PP=2177;ReadPosRankSum=1.208;SC=TGTGAAGGCAGAATAATAATA;SOR=1.466;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=101;TCF=36;TCR=65;TR=95;WE=183827026;WS=183827006;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:6,115:0.95:121
chr2	183851058	rs10185562	C	T	1039.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=30;PP=823;SC=ATTATCAATTCAGAAACTGGC;SOR=4.174;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=32;TCF=2;TCR=30;TR=32;WE=183851066;WS=183851048;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr2	183859473	rs16823914	T	C	2134.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.006;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=377;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.302;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=33;PP=874;ReadPosRankSum=1.926;SC=GTTAGCACAATGCTAAGCACA;SOR=0.779;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=241;TCF=135;TCR=106;TR=79;WE=183859481;WS=183859463;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:243,125:0.34:368
chr2	183960522	rs13399265	T	C	316.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=4.780;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.581;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=14;PP=216;ReadPosRankSum=-0.737;SC=GGAGGTCAATTTGATTGTCCT;SOR=1.384;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=50;TCF=2;TCR=48;TR=14;WE=183960530;WS=183960512;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,15:0.28:54
chr2	183988984	rs2705719	C	G	927.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=20;NR=5;PP=530;SC=CTTCCCGGTGCAAAAACCCTT;SOR=2.165;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=20;TCR=5;TR=25;WE=183988992;WS=183988974;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr2	183995115	.	CTTT	C	66.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.285;ClippingRankSum=-0.000;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=6.07;ReadPosRankSum=0.623;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,4:0.36:11
chr2	183995742	rs925803	A	C	2480.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.61;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=19;NR=26;PP=963;SC=CAGGGTCCTGATCAGTTGCCC;SOR=0.901;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=45;TCF=19;TCR=26;TR=45;WE=183995750;WS=183995732;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr2	183998237	rs1980160	C	T	1903.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.329;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.526;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQ=60.05;MQRankSum=1.016;NF=32;NR=35;PP=923;ReadPosRankSum=0.973;SC=AGCCTTTTAACACTTACTGTA;SOR=0.634;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=127;TCF=63;TCR=64;TR=67;WE=183998245;WS=183998227;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:97,96:0.50:193
chr2	183998366	rs34264626	CT	C	155.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.679;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.43;MQRankSum=0.577;QD=11.98;ReadPosRankSum=1.203;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,12:0.92:13
chr2	184022015	rs3791249	G	C	311.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.537;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.47;ReadPosRankSum=-1.081;SOR=0.556;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,18:0.32:57
chr2	185463815	rs147358574	C	CCT	11078.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.333;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=647;ExcessHet=3.0103;FS=1.896;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.17;MQRankSum=-1.785;QD=20.18;ReadPosRankSum=-1.657;SOR=0.820;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:62,487:0.89:549
chr2	185798504	rs4667000	A	C	4539.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.047;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=361;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.777;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=81;PP=2246;ReadPosRankSum=-0.871;SC=AACATGACCAAAAAAGGGGTA;SOR=0.796;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=219;TCF=83;TCR=136;TR=127;WE=185798512;WS=185798494;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:146,210:0.59:356
chr2	185800905	rs12476147	A	T	13294.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=498;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=138;NR=184;PP=2965;SC=CATCTTCAACAATCTTCACCA;SOR=0.878;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=324;TCF=139;TCR=185;TR=322;WE=185800913;WS=185800895;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,492:1.00:492
chr2	185801747	rs4667001	G	A	3779.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.462;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=250;ExcessHet=3.0103;FS=6.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.95;ReadPosRankSum=-0.294;SOR=0.402;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:82,155:0.65:237
chr2	185801755	rs4667002	A	G	8481.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=39.09;SOR=1.391;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,217:1.00:217
chr2	185801917	rs728534	A	G	2521.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.868;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.83;ReadPosRankSum=-0.874;SOR=0.654;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:59,111:0.65:170
chr2	185802211	rs5836928	C	CACA	4771.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=1.689;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.861;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.683;NF=23;NR=41;PP=2964;ReadPosRankSum=0.154;SC=GTAAAAAGAACACAATACTTT;SOR=0.458;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=109;TCF=41;TCR=68;TR=64;WE=185802219;WS=185802201;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,118:0.69:171
chr2	185802243	rs1366842	C	A	2910.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.335;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.561;HP=4;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.749;NF=63;NR=44;PP=1954;ReadPosRankSum=-2.462;SC=TCAAATGCAACAATGATACAT;SOR=0.745;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=161;TCF=95;TCR=66;TR=107;WE=185802251;WS=185802233;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,123:0.65:190
chr2	185802363	rs12477430	A	G	7339.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-1.499;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=282;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=119;NR=86;PP=2965;ReadPosRankSum=0.704;SC=GATATGAAACACATGAGTCAG;SOR=0.338;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=208;TCF=121;TCR=87;TR=205;WE=185802371;WS=185802353;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,277:1.00:278
chr2	185803364	rs3731834	C	G	3957.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.148;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=968;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.12;ReadPosRankSum=0.732;SOR=0.692;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:705,255:0.27:960
chr2	186610344	rs11884004	T	G	7189.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=263;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=42;NR=123;PP=2965;SC=TGGACCCAAATAAGCTGGAAA;SOR=1.554;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=167;TCF=44;TCR=123;TR=165;WE=186610352;WS=186610334;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,253:1.00:253
chr2	186610388	rs17813736	G	A	3471.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=16;NR=67;PP=2099;SC=TTTAAGTACTGGACACCATTC;SOR=2.282;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=83;TCF=16;TCR=67;TR=83;WE=186610396;WS=186610378;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr2	186611566	rs6758484	C	A	10172.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=371;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=72;NR=213;PP=2965;SC=AAAATATTAACAGAAAAATTG;SOR=1.717;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=286;TCF=72;TCR=214;TR=285;WE=186611574;WS=186611556;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,365:1.00:365
chr2	186611938	rs12618129	G	A	1537.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=36;NR=8;PP=963;SC=CCTGATTTCTGTTAGGCCCTG;SOR=2.024;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=45;TCF=36;TCR=9;TR=44;WE=186611946;WS=186611928;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr2	186625670	rs10547921	TA	T	838.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.665;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.468;HP=14;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.807;NF=10;NR=14;PP=254;ReadPosRankSum=1.024;SC=CTAAAGCTGTTAAAAAAAAAA;SOR=1.179;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=31;TCF=12;TCR=19;TR=24;WE=186625678;WS=186625660;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,57:0.78:73
chr2	186625770	rs7562137	A	G	3120.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQ=60.17;NF=40;NR=39;PP=1395;SC=ATTTTACGAAAAAAAACTCAG;SOR=0.709;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=80;TCF=40;TCR=40;TR=79;WE=186625778;WS=186625760;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr2	186627943	rs17228441	T	C	7064.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=276;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=83;NR=80;PP=2965;SC=GGTTCAATTATTTCAGCGCAG;SOR=0.730;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=163;TCF=83;TCR=80;TR=163;WE=186627951;WS=186627933;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,271:1.00:271
chr2	186629349	rs1986166	G	A	3265.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=26;NR=59;PP=1875;SC=TCTTTCAACTGACATTTACTG;SOR=1.397;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=85;TCF=26;TCR=59;TR=85;WE=186629357;WS=186629339;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr2	186654592	rs992822	A	G	6452.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=97;NR=69;PP=2965;SC=GAAGCAATCAATGCTATACTA;SOR=0.958;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=166;TCF=97;TCR=69;TR=166;WE=186654600;WS=186654582;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,227:1.00:227
chr2	186655726	rs10931199	G	A	4699.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=56;NR=63;PP=2617;SC=TCTTCATTACGATCTCAACTT;SOR=0.830;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=119;TCF=56;TCR=63;TR=119;WE=186655734;WS=186655716;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,169:1.00:169
chr2	186656657	rs10173807	C	T	5831.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=80;NR=94;PP=2965;SC=GGTTTGCCAACGGACATTTAG;SOR=0.856;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=174;TCF=80;TCR=94;TR=174;WE=186656665;WS=186656647;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,210:1.00:210
chr2	186656956	rs17229201	T	C	8487.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=337;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=94;NR=99;PP=2965;SC=TTTAATGAAATGGAATCTGAA;SOR=0.724;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=195;TCF=94;TCR=101;TR=193;WE=186656964;WS=186656946;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,329:1.00:329
chr2	186657089	rs17229222	C	A	5664.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=64;NR=78;PP=2779;SC=ATGAGAGATCCCCACAAAGAG;SOR=0.812;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=142;TCF=64;TCR=78;TR=142;WE=186657097;WS=186657079;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,212:1.00:212
chr2	186658056	rs60029104	G	A	6758.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=250;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=89;NR=76;PP=2965;SC=CAAAGAGATCGATTTAGATCA;SOR=0.795;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=165;TCF=89;TCR=76;TR=165;WE=186658064;WS=186658046;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,246:1.00:246
chr2	186658438	rs10490391	C	T	10938.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=419;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=113;NR=120;PP=2965;SC=TTTTGTGATACGTTTCCAAAA;SOR=0.732;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=233;TCF=113;TCR=120;TR=233;WE=186658446;WS=186658428;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,416:1.00:416
chr2	186658565	rs10490392	G	T	4323.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=51;NR=71;PP=2673;SC=CTGTAGTAGAGAAAGAAGACA;SOR=1.031;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=122;TCF=51;TCR=71;TR=122;WE=186658573;WS=186658555;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,155:1.00:155
chr2	186659359	rs2161036	G	T	4726.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=64;NR=43;PP=2223;SC=CAAAGAGTAAGGGAAGTCACA;SOR=1.001;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=107;TCF=64;TCR=43;TR=107;WE=186659367;WS=186659349;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,176:1.00:176
chr2	186661673	rs55938253	A	G	17555.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.397;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=650;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=203;NR=219;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.034;SC=GCAGTTTCTTACAAAAGCTGC;SOR=0.394;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=428;TCF=204;TCR=224;TR=422;WE=186661681;WS=186661663;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,629:1.00:632
chr2	186664473	rs11686997	T	C	3846.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=57;NR=32;PP=1647;SC=GGAAAAAATATGAATCAAAAC;SOR=1.017;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=90;TCF=57;TCR=33;TR=89;WE=186664481;WS=186664463;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,147:1.00:147
chr2	186664963	rs10931200	C	A	6773.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=256;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=74;NR=96;PP=2965;SC=TAGTGTACCCCTTTGCAACAA;SOR=0.873;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=170;TCF=74;TCR=96;TR=170;WE=186664971;WS=186664953;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,251:1.00:251
chr2	186665432	rs36004074	G	A	6218.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=224;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=86;NR=81;PP=2965;SC=GTAGAAGATGGAAAATCTGAT;SOR=0.768;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=167;TCF=86;TCR=81;TR=167;WE=186665440;WS=186665422;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,220:1.00:220
chr2	186665824	rs11695215	A	G	13366.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.672;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=510;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=149;NR=139;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.103;SC=AGCACCATTTAACAAGCATTG;SOR=0.300;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=291;TCF=150;TCR=141;TR=288;WE=186665832;WS=186665814;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,502:1.00:503
chr2	186667121	rs7605884	T	C	6272.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.913;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=236;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.436;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=74;NR=91;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.532;SC=CAGGCTTTCTTTTCTTTCAAT;SOR=0.547;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=172;TCF=75;TCR=97;TR=165;WE=186667129;WS=186667111;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,224:1.00:225
chr2	186668714	rs17826419	A	T	2732.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-1.201;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.825;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=50;PP=1518;ReadPosRankSum=1.384;SC=CCTGTTTCAAAAATAGCGAGT;SOR=0.624;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=137;TCF=68;TCR=69;TR=94;WE=186668722;WS=186668704;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,121:0.69:176
chr2	186670104	rs7576532	A	C	6462.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=242;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=76;NR=73;PP=2965;SC=TTGTATATGAACAGTTCATAG;SOR=0.727;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=149;TCF=76;TCR=73;TR=149;WE=186670112;WS=186670094;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,238:1.00:238
chr2	186670780	rs16827154	T	A	3090.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=46;NR=35;PP=1719;SC=TGATGAGATATACACACATTT;SOR=0.951;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=81;TCF=46;TCR=35;TR=81;WE=186670788;WS=186670770;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr2	186670979	rs4666689	T	C	11243.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=425;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=142;NR=128;PP=2965;SC=GAAATAAGAATTCGAACATCA;SOR=0.761;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=270;TCF=142;TCR=128;TR=270;WE=186670987;WS=186670969;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,424:1.00:424
chr2	186671357	rs17826534	G	A	6608.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=244;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=81;NR=86;PP=2965;SC=CAAAACCAACGAGAAAGTAAA;SOR=0.726;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=167;TCF=81;TCR=86;TR=167;WE=186671365;WS=186671347;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,242:1.00:242
chr2	186671912	rs1862066	G	A	8931.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=345;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=121;NR=117;PP=2965;SC=ATTTTCCAACGTCAGGTTAAC;SOR=0.717;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=238;TCF=121;TCR=117;TR=238;WE=186671920;WS=186671902;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,340:1.00:340
chr2	186678241	rs34138386	A	AT	613.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=4;PP=212;SC=TAGGCATTTGATTTTAATATT;SOR=0.963;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=8;TCF=3;TCR=5;TR=6;WE=186678249;WS=186678231;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr2	186678887	rs2161035	T	C	3701.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=29;NR=78;PP=2015;SC=ATCTCAAGCCTGGTGATATTT;SOR=1.678;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=107;TCF=29;TCR=78;TR=107;WE=186678895;WS=186678877;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,140:1.00:140
chr2	186680041	rs2287606	G	T	1818.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=32;NR=22;PP=970;SC=ATGCCATAAGGTAAGAAAATA;SOR=1.011;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=54;TCF=32;TCR=22;TR=54;WE=186680049;WS=186680031;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr2	186692859	.	CT	C	189.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.442;ClippingRankSum=0.000;DP=93;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.16;ReadPosRankSum=0.742;SOR=0.793;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:64,24:0.27:88
chr2	186696759	rs2302913	C	T	427.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=14;PP=355;SC=TTACTGTTTGCATAAATACCA;SOR=5.421;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=0;TCR=14;TR=14;WE=186696767;WS=186696749;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr2	186697876	rs1468999	A	G	15742.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.645;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=602;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=174;NR=183;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.390;SC=AATGTCTTCAACTTTGTCAAA;SOR=0.738;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=359;TCF=175;TCR=184;TR=357;WE=186697884;WS=186697866;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,595:1.00:597
chr2	187351020	rs112632752	C	T	2219.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=1.316;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.756;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=16;PP=1449;ReadPosRankSum=-0.826;SC=CGAGTGAGGCCCCGGTCTTCC;SOR=0.533;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=104;TCF=82;TCR=22;TR=71;WE=187351028;WS=187351010;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,88:0.69:127
chr2	187364811	rs4144786	G	A	171.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-1.291;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=7;NR=1;PP=110;ReadPosRankSum=-0.837;SC=GGTAAGGACTGTAAATATGCA;SOR=0.836;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=16;TCF=13;TCR=3;TR=8;WE=187364819;WS=187364801;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,8:0.53:15
chr2	187364878	rs4144785	A	G	958.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.576;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.022;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=9;PP=375;ReadPosRankSum=-0.642;SC=TAAACAATCAAATTTACATTT;SOR=0.876;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=42;TCF=25;TCR=17;TR=25;WE=187364886;WS=187364868;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,44:0.69:64
chr2	187455278	rs9333287	C	T	4371.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.900;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=66;PP=2080;ReadPosRankSum=-0.854;SC=GAACTGGAGCCGGCCCCCTCC;SOR=0.408;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=109;TCF=43;TCR=66;TR=109;WE=187455286;WS=187455268;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,165:0.99:166
chr2	187487160	rs9333288	G	A	8840.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=340;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=86;NR=123;PP=2965;SC=AAATTTTGGTGAGTCTTCTGG;SOR=0.946;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=209;TCF=86;TCR=123;TR=209;WE=187487168;WS=187487150;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,334:1.00:334
chr2	187490371	rs2197787	T	G	3799.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=90;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=17;NR=86;PP=2505;SC=CCTAGTTTGTTAAAAATATGT;SOR=2.054;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=109;TCF=18;TCR=91;TR=103;WE=187490379;WS=187490361;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr2	187490389	rs28633327	G	T	2875.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=61.34;QD=46.38;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr2	187498254	rs4667107	T	C	693.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=1;NR=17;PP=554;SC=CAGTGTTTTTTAAAAGAATAT;SOR=3.912;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=18;TCF=1;TCR=17;TR=18;WE=187498262;WS=187498244;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr2	187501682	rs56136540	G	A	6868.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=248;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=158;NR=46;PP=2965;SC=ACAAAATATTGCATAAGTAAA;SOR=2.225;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=204;TCF=158;TCR=46;TR=204;WE=187501690;WS=187501672;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,242:1.00:242
chr2	187503226	rs4667108	T	C	162.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=1;NR=6;PP=149;SC=CCTCTCCCACTATAAAAGCAG;SOR=2.303;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=1;TCR=6;TR=7;WE=187503234;WS=187503216;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr2	187505486	rs3816375	A	G	58.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=0;PP=37;SC=CCTGATTGTCATTGTGTTGGT;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=3;TCR=0;TR=3;WE=187505494;WS=187505480;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr2	187528635	rs3816386	A	G	867.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.913;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.995;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=18;PP=417;ReadPosRankSum=-1.562;SC=TCAAAGGACTAACATATTTTA;SOR=0.330;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=38;TCF=11;TCR=27;TR=26;WE=187528643;WS=187528625;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,39:0.76:51
chr2	187529823	rs35994921	AT	A	1174.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.506;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=295;ExcessHet=3.0103;FS=1.218;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.18;MQRankSum=2.489;QD=4.23;ReadPosRankSum=-0.286;SOR=0.587;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:141,137:0.49:278
chr2	187531856	.	G	GT	126.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.655;ClippingRankSum=0.000;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=7.985;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.27;MQRankSum=2.762;QD=1.58;ReadPosRankSum=-0.259;SOR=0.191;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:63,17:0.21:80
chr2	187532010	rs41265951	G	T	1084.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.198;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=224;ExcessHet=3.0103;FS=2.542;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.02;ReadPosRankSum=1.109;SOR=0.922;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:148,68:0.31:216
chr2	187532417	rs2230616	G	A	10751.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=418;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=144;NR=101;PP=2965;SC=TCCTGATCATGTCTTTCTTCC;SOR=0.942;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=245;TCF=144;TCR=101;TR=245;WE=187532425;WS=187532407;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,410:1.00:410
chr2	187533368	rs11685758	C	T	867.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-0.167;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=6;PP=575;ReadPosRankSum=0.367;SC=TAGAGGTTAACTGTGGAAATT;SOR=0.631;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=49;TCF=41;TCR=8;TR=34;WE=187533376;WS=187533358;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,36:0.67:54
chr2	187540732	rs3213964	G	A	583.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-1.551;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.908;HP=5;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQ=59.97;MQRankSum=-0.569;NF=4;NR=17;PP=376;ReadPosRankSum=0.820;SC=GTTTTTTAAAGAACGACAGCT;SOR=0.283;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=28;TCF=4;TCR=24;TR=21;WE=187540740;WS=187540722;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,25:0.71:35
chr2	187541377	rs35251833	G	A	413.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-1.808;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=1;PP=310;ReadPosRankSum=0.435;SC=TTTCATGTGTGTATGTGCATG;SOR=1.609;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=21;TCF=20;TCR=1;TR=15;WE=187541385;WS=187541375;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,16:0.67:24
chr2	187543374	rs1839123	C	T	2852.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.527;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.524;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=32;PP=1287;ReadPosRankSum=-0.013;SC=TTATATGGCTCTGTAGAGTGG;SOR=0.765;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=126;TCF=73;TCR=53;TR=77;WE=187543382;WS=187543364;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,128:0.62:208
chr2	187558960	rs2276562	G	A	3983.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.101;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=697;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-4.558;NF=78;NR=61;PP=1755;ReadPosRankSum=-1.785;SC=CCGTGGTGCTGCTGAAAGCGC;SOR=0.683;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=422;TCF=239;TCR=183;TR=139;WE=187558968;WS=187558950;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:465,228:0.33:693
chr2	187559029	.	A	ACAG	6625.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.548;ClippingRankSum=0.000;DP=772;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.518;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.639;NF=45;NR=201;PP=2985;ReadPosRankSum=3.234;SC=GCCTCATCCAACAGCAGCAGC;SOR=0.726;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=348;TCF=79;TCR=269;TR=246;WE=187559072;WS=187559019;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:272,324:0.54:596
chr2	187559047	rs144403657	G	GCAA	3687.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.398;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=832;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.69;MQRankSum=-2.205;QD=4.80;ReadPosRankSum=4.437;SOR=0.710;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:504,264:0.34:768
chr2	187559222	rs6705757	T	G	1619.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=4.070;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.222;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=43;PP=1045;ReadPosRankSum=0.050;SC=CCCTTCCCTATCCATTCCTAT;SOR=1.038;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=85;TCF=8;TCR=77;TR=45;WE=187559230;WS=187559212;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,62:0.59:105
chr2	187611748	rs2247924	G	A	3106.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=61;NR=22;PP=1791;SC=TTTAAAGTAAGACATCCTGAC;SOR=1.547;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=83;TCF=61;TCR=22;TR=83;WE=187611756;WS=187611738;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr2	187626338	rs13026081	C	T	3412.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.513;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=268;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.462;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=49;PP=1723;ReadPosRankSum=-0.105;SC=AAGCTGAGGACAAGTCGCAGT;SOR=0.732;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=190;TCF=107;TCR=83;TR=114;WE=187626346;WS=187626328;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:104,157:0.60:261
chr2	187698037	rs7609183	G	A	1788.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=34;PP=998;SC=AGTTGGTTGCGTATCAATAAT;SOR=1.539;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=50;TCF=16;TCR=34;TR=50;WE=187698045;WS=187698027;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr2	187698121	rs66926177	CATATT	C	392.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=8;PP=419;SC=TTATTAGTCTCATATTGTATT;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=8;WE=187698133;WS=187698111;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr2	188216807	rs858745	T	C	6416.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=106;NR=65;PP=2965;SC=AATTCCAAACTTCTCAAGCTG;SOR=1.148;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=171;TCF=106;TCR=65;TR=171;WE=188216815;WS=188216797;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,225:1.00:225
chr2	188243633	rs3771084	A	G	690.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.61;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=8;NR=6;PP=233;SC=CAAGACATCTAGTAATTTTCT;SOR=0.836;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=14;TCF=8;TCR=6;TR=14;WE=188243641;WS=188243623;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr2	188245640	rs1511877	G	A	799.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=7;NR=18;PP=508;SC=GACATTATATGAAAATCTATA;SOR=1.688;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=7;TCR=18;TR=25;WE=188245648;WS=188245630;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr2	188250301	rs698577	T	A	3075.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=31;NR=33;PP=1166;SC=ACCAGAAAATTCAGGGTACAC;SOR=0.746;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=64;TCF=31;TCR=33;TR=64;WE=188250309;WS=188250291;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr2	188348696	rs144825443	TAAAC	T	1357.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=26;NR=2;PP=1423;SC=TTAAATGTCTTAAACAATTTG;SOR=4.615;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=30;TCF=27;TCR=3;TR=28;WE=188348707;WS=188348694;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr2	189448896	rs2048138	A	T	3445.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=85;NR=18;PP=2398;SC=TGCAACTGAAATTGTTGTTTA;SOR=2.613;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=103;TCF=85;TCR=18;TR=103;WE=189448904;WS=189448886;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr2	189454360	rs62181296	T	C	175.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=3.092;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=5;PP=155;ReadPosRankSum=0.883;SC=ATTGGGATGATTGAGTGATGG;SOR=0.627;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=36;TCF=20;TCR=16;TR=11;WE=189454368;WS=189454350;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,11:0.24:45
chr2	189849773	rs3106796	A	G	2840.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.090;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=66;PP=2297;ReadPosRankSum=-0.624;SC=CTAAAAGGGAATGAAAGTCAT;SOR=1.466;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=88;TCF=20;TCR=68;TR=86;WE=189849781;WS=189849763;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,91:0.99:92
chr2	189855674	rs2203601	T	A	1624.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.79;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr2	189861022	.	C	CTA	292	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=25;MMLQ=21;MQ=60.47;NF=8;NR=5;PP=292;QD=24.0769230769;SC=ATATGTATATCTATATATATA;SbPval=0.2;Source=Platypus;TC=18;TCF=8;TCR=10;TR=13;WE=189861030;WS=189861012;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:5,13:0.72:18
chr2	189861031	rs141685938	T	TAC	216.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=1.812;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5044;FS=5.569;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=-0.000;NF=10;NR=4;PP=223;ReadPosRankSum=0.186;SC=TCTATATATATACACACACAC;SOR=1.759;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=17;TCF=10;TCR=7;TR=14;WE=189861039;WS=189861012;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,11:0.65:17
chr2	189862203	rs3134654	C	T	922.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=11;NR=18;PP=688;SC=TCTCTGACACCATGTTGTTAC;SOR=1.284;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=29;TCF=11;TCR=18;TR=29;WE=189862211;WS=189862193;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr2	189866199	rs2271682	T	A	9213.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=366;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=99;NR=95;PP=2965;SC=ACTACCTGGATATAAAAAGAA;SOR=0.739;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=194;TCF=99;TCR=95;TR=194;WE=189866207;WS=189866189;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,358:1.00:358
chr2	189867205	rs3106801	G	A	2336.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=22;NR=42;PP=1276;SC=TAGGATTATTGTACCCCTATT;SOR=1.218;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=64;TCF=22;TCR=42;TR=64;WE=189867213;WS=189867195;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr2	189868535	rs28763878	T	A	1251.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.279;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=266;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.496;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=29;PP=537;ReadPosRankSum=1.538;SC=TTAAAGTCTTTTCTCATCATA;SOR=0.752;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=157;TCF=64;TCR=93;TR=49;WE=189868543;WS=189868525;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:184,78:0.30:262
chr2	189875421	rs1516446	T	G	15321.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=573;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=205;NR=167;PP=2965;SC=TTGATGTGCATCTGGCATTCC;SOR=0.823;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=372;TCF=205;TCR=167;TR=372;WE=189875429;WS=189875411;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,569:1.00:569
chr2	189899541	rs4666770	T	C	2223.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=60;NR=4;PP=1659;SC=TATGCTCATATACAAGGTAAA;SOR=4.863;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=64;TCF=60;TCR=4;TR=64;WE=189899549;WS=189899539;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr2	189899572	rs7420715	T	C	3244.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=81;NR=12;PP=2322;SC=GTTCTAGTGCTGTAATAGTAT;SOR=3.507;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=94;TCF=82;TCR=12;TR=93;WE=189899580;WS=189899562;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr2	189901295	rs12693526	G	A	1986.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=41;NR=16;PP=1192;SC=TATGTAATAAGTAGTAAAAAG;SOR=1.745;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=57;TCF=41;TCR=16;TR=57;WE=189901303;WS=189901285;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr2	189907937	rs6434312	A	G	3608.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=41;NR=46;PP=1662;SC=GACCTCTGTCACCTCGGTCTC;SOR=0.737;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=87;TCF=41;TCR=46;TR=87;WE=189907945;WS=189907927;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,137:1.00:137
chr2	189918337	rs6750027	T	C	1314.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=9;NR=33;PP=1042;SC=TTAAGGAAGGTCCTTAAGGAT;SOR=2.531;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=42;TCF=9;TCR=33;TR=42;WE=189918345;WS=189918327;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr2	189918787	rs6738371	C	T	2705.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=24;NR=46;PP=1819;SC=AATGATCTTGCTCAGATACCA;SOR=1.321;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=71;TCF=24;TCR=47;TR=70;WE=189918795;WS=189918777;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr2	189922016	rs34715449	G	GA	130.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.697;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=1.810;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.90;MQRankSum=0.000;QD=5.23;ReadPosRankSum=-0.361;SOR=1.302;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,10:0.40:25
chr2	189923104	rs7556733	A	G	7187.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=264;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=121;NR=54;PP=2965;SC=TGCGTTTATTAAGCAGTAATT;SOR=1.406;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=176;TCF=122;TCR=54;TR=175;WE=189923112;WS=189923094;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,257:1.00:257
chr2	189923434	rs12989558	A	C	2326.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=55;NR=8;PP=1528;SC=TCATAGCACAAAATATTTCTC;SOR=3.014;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=64;TCF=56;TCR=8;TR=63;WE=189923442;WS=189923424;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr2	189923630	rs5837121	AT	A	8162.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.865;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=663;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=12;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=1.354;NF=40;NR=155;PP=2276;ReadPosRankSum=-0.676;SC=CTATAAACACATTTTTTTTTT;SOR=0.659;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=243;TCF=48;TCR=195;TR=195;WE=189923640;WS=189923620;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:70,508:0.88:578
chr2	189925313	rs6414121	G	C	966.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=25;NR=5;PP=671;SC=TGGAGATAATGATAGTACCTA;SOR=2.649;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=25;TCR=5;TR=30;WE=189925321;WS=189925303;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr2	189925548	rs6414122	T	A	7035.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=265;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=60;NR=104;PP=2965;SC=TGAATCTGTGTAAGTTTAACA;SOR=1.110;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=164;TCF=60;TCR=104;TR=164;WE=189925556;WS=189925538;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,260:1.00:260
chr2	189927506	rs7424947	C	G	1446.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=39;NR=10;PP=909;SC=TGAAACTTACCCATAAGTCTT;SOR=2.428;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=49;TCF=39;TCR=10;TR=49;WE=189927514;WS=189927496;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr2	189932831	rs2229495	T	C	6661.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=265;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=80;NR=84;PP=2685;SC=CAGAGGTACCTGGAGAGCCCT;SOR=0.701;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=164;TCF=80;TCR=84;TR=164;WE=189932839;WS=189932821;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,257:1.00:257
chr2	189936687	rs6434317	T	G	2531.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=41;NR=20;PP=1216;SC=ACTTTTCAATTAATTAAATGT;SOR=1.265;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=61;TCF=41;TCR=20;TR=61;WE=189936695;WS=189936677;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr2	189943121	rs5837122	GA	G	752.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.292;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=2.247;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.51;MQRankSum=0.699;QD=12.34;ReadPosRankSum=-0.776;SOR=1.863;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,51:0.84:61
chr2	189963501	rs148220961	G	A	3012.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.410;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=236;ExcessHet=3.0103;FS=1.044;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.04;ReadPosRankSum=0.814;SOR=0.807;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:90,141:0.61:231
chr2	189974958	rs4128539	G	T	2543.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=61;NR=20;PP=1768;SC=TACCAAAATTGGTATTGCCAC;SOR=1.981;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=81;TCF=61;TCR=20;TR=81;WE=189974966;WS=189974948;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr2	189997838	rs62182417	G	A	360.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.05;SOR=1.112;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr2	190313396	rs6738193	A	G	1959.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=21;NR=37;PP=1407;SC=TGCCTATAGCATATTCTGTGA;SOR=1.376;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=58;TCF=21;TCR=37;TR=58;WE=190313404;WS=190313386;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr2	190313890	rs17271036	C	T	170.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.851;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.28;ReadPosRankSum=1.187;SOR=0.501;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:40,12:0.23:52
chr2	190319966	rs5837143	C	CA	1149.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.174;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=10;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=9;PP=757;ReadPosRankSum=0.047;SC=GACTTTGCCTCAAAAAAAAAA;SOR=0.669;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=80;TCF=61;TCR=19;TR=48;WE=190319974;WS=190319956;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,65:0.71:92
chr2	190319990	rs1224958	A	G	4479.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=98;NR=26;PP=2965;SC=TAAATTCCTTACACATGTTTG;SOR=2.151;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=124;TCF=98;TCR=26;TR=124;WE=190319998;WS=190319980;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,152:1.00:152
chr2	190322196	rs10497700	T	C	501.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=4.521;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.300;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=17;PP=417;ReadPosRankSum=1.407;SC=TCCAAAGCTATTCCTAGTTTT;SOR=4.103;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=25;TCF=2;TCR=23;TR=17;WE=190322204;WS=190322186;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,17:0.68:25
chr2	190323530	rs1157910	A	G	6423.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.913;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=453;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.525;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=115;NR=76;PP=2825;ReadPosRankSum=-0.242;SC=ACAATTTTACATGTGTAGCAT;SOR=0.499;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=291;TCF=182;TCR=109;TR=191;WE=190323538;WS=190323520;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:146,304:0.68:450
chr2	190327076	rs2304703	C	T	695.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-2.193;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.898;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=7;PP=503;ReadPosRankSum=-0.582;SC=TTAAAAGATACGAAGACACTT;SOR=0.078;SbPval=0.26;Source=Platypus;TC=41;TCF=34;TCR=7;TR=30;WE=190327084;WS=190327066;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,29:0.73:40
chr2	190327126	rs2304702	C	G	3119.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=57;NR=33;PP=1836;SC=AGTACGGTAGCAAAAACAAAA;SOR=1.230;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=90;TCF=57;TCR=33;TR=90;WE=190327134;WS=190327116;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr2	190327400	rs2304701	T	C	377.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=4.717;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.206;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=15;PP=307;ReadPosRankSum=-0.072;SC=TGAGGAAATATATAAACACCA;SOR=1.954;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=43;TCF=5;TCR=38;TR=16;WE=190327408;WS=190327390;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,16:0.33:48
chr2	190333132	.	G	C	6120.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.985;ClippingRankSum=0.000;DP=443;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.857;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=119;NR=59;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.151;SC=GCCGCTGGAAGCCTGCAGTTC;SOR=0.879;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=287;TCF=185;TCR=102;TR=178;WE=190333140;WS=190333122;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:162,273:0.63:435
chr2	190430177	rs2304704	A	G	6488.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.476;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=443;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.181;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=97;NR=80;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.173;SC=TCCAGAGCAGAACGTACTCCA;SOR=0.808;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=278;TCF=150;TCR=128;TR=177;WE=190430185;WS=190430167;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:144,292:0.67:436
chr2	190437482	rs35134106	C	CA	127.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.312;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.65;ReadPosRankSum=2.098;SOR=0.706;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,12:0.34:35
chr2	190443304	rs1439815	C	T	4797.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-1.904;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=115;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.011;SC=AGATACTATTCCCATCACATG;SOR=1.634;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=138;TCF=22;TCR=116;TR=137;WE=190443312;WS=190443294;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,160:0.99:161
chr2	190444630	rs1439816	C	G	9651.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=366;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=97;NR=145;PP=2965;SC=GGCGGGGTGACAAAAAGCGAT;SOR=0.947;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=245;TCF=99;TCR=146;TR=242;WE=190444638;WS=190444620;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,359:1.00:359
chr2	190445076	rs4287798	T	G	1145.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=0.852;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=2;PP=844;ReadPosRankSum=0.851;SC=CCAGAACTCGTGTAGAGTTGC;SOR=2.584;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=35;TCF=33;TCR=2;TR=34;WE=190445084;WS=190445066;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,38:0.97:39
chr2	190448047	rs987028	T	C	13685.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=533;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=186;NR=126;PP=2965;SC=TTTTAAGTTGTCTTTTCACTT;SOR=0.955;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=315;TCF=189;TCR=126;TR=312;WE=190448055;WS=190448037;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,521:1.00:521
chr2	190448514	.	T	TACAC	303.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.470;ClippingRankSum=0.000;DP=99;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.23;ReadPosRankSum=-0.502;SOR=0.608;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,11:0.26:42
chr2	190448548	rs142563615	CAT	C	801.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.407;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=1.730;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.55;ReadPosRankSum=1.841;SOR=1.402;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,30:0.73:41
chr2	190448550	rs11887968	T	C	315.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=1.441;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.52;ReadPosRankSum=-1.346;SOR=0.608;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,11:0.26:42
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chr2	190541842	rs67184798	AT	A	353.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.045;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FS=1.438;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.25;MQRankSum=1.171;QD=6.32;ReadPosRankSum=-0.231;SOR=1.161;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,36:0.64:56
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chr2	190593311	rs1225087	C	G	2328.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=41;NR=23;PP=1328;SC=TTACAAGTGTCAGCCACCGTG;SOR=1.065;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=64;TCF=41;TCR=23;TR=64;WE=190593319;WS=190593301;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr2	190595258	rs1225090	G	T	10618.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=2.375;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=412;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=117;NR=110;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.566;SC=GTCAACAATTGGTTGTAGATG;SOR=0.246;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=230;TCF=119;TCR=111;TR=227;WE=190595266;WS=190595248;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,405:1.00:406
chr2	190602513	rs1225099	T	C	2759.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=26;NR=43;PP=1189;SC=TATCTATTTTTGAACGTTTTC;SOR=1.028;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=70;TCF=27;TCR=43;TR=69;WE=190602521;WS=190602503;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr2	190603201	rs56352098	T	TA	647.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.393;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=8.377;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.87;MQRankSum=0.693;QD=18.51;ReadPosRankSum=0.074;SOR=2.541;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:3,32:0.91:35
chr2	190611084	rs13002216	T	C	963.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=25;NR=6;PP=710;SC=AGGAGAGACATTTAATTGTGG;SOR=2.833;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=25;TCR=6;TR=31;WE=190611092;WS=190611074;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr2	190611414	rs2254166	T	C	7760.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=277;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=59;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=55;NR=147;PP=2965;SC=TTATTTTTAATAATGGTAATA;SOR=1.735;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=203;TCF=56;TCR=147;TR=202;WE=190611422;WS=190611404;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,273:1.00:273
chr2	190611459	rs2254167	A	G	3307.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=8;NR=80;PP=2488;SC=TTTTTGAATGAAAGTTCTTGA;SOR=3.675;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=88;TCF=8;TCR=80;TR=88;WE=190611491;WS=190611449;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr2	190611473	rs201037870	CGATACTAAGCA	C	1505.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-1.999;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.604;HP=1;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.213;NF=0;NR=28;PP=2962;ReadPosRankSum=0.427;SC=TTCTTGATCTCGATACTAAGC;SOR=0.368;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=61;TCF=1;TCR=60;TR=28;WE=190611491;WS=190611449;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,40:0.59:68
chr2	190617643	rs2243876	A	G	9460.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=367;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=107;NR=118;PP=2965;SC=ACTGTGTTGCATTTGTTAAAA;SOR=0.749;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=225;TCF=107;TCR=118;TR=225;WE=190617651;WS=190617633;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,364:1.00:364
chr2	190636411	rs6942	C	G	2033.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=48;NR=8;PP=1461;SC=CACATTATCACAGAAACAGTG;SOR=3.293;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=56;TCF=48;TCR=8;TR=56;WE=190636419;WS=190636401;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr2	190640475	rs3816196	A	G	3870.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=27;NR=72;PP=2108;SC=TAAATGATCAATATTAAATAC;SOR=1.643;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=99;TCF=27;TCR=72;TR=99;WE=190640483;WS=190640465;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,141:1.00:141
chr2	190643257	rs7591929	G	A	3465.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=44;NR=44;PP=1490;SC=TGGGAGTTGTGTAGATTCCTG;SOR=0.738;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=88;TCF=44;TCR=44;TR=88;WE=190643265;WS=190643247;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,135:1.00:135
chr2	190647108	rs10168387	T	C	5481.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=112;NR=37;PP=2965;SC=ACCACTAAACTTAAAACTTTT;SOR=1.884;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=149;TCF=112;TCR=37;TR=149;WE=190647116;WS=190647098;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,193:1.00:193
chr2	190729106	rs150179885	G	A	408.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-0.112;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5033;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=10;PP=249;ReadPosRankSum=-0.921;SC=TTTCTAGGCCGGGCGCAGTGG;SOR=0.368;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=22;TCF=10;TCR=12;TR=18;WE=190729114;WS=190729096;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,19:0.83:23
chr2	191073464	.	A	T	243.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.673;ClippingRankSum=0.000;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.58;ReadPosRankSum=-1.092;SOR=0.381;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:53,15:0.22:68
chr2	191159232	rs188339	A	G	2005.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=26;NR=14;PP=964;SC=CAGTTCTAGTAGGGGGAAAGA;SOR=1.042;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=40;TCF=26;TCR=14;TR=40;WE=191159240;WS=191159222;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr2	191161622	rs1058180	T	C	16822.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.615;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=663;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=177;NR=190;PP=2965;ReadPosRankSum=0.019;SC=ATGACTCCCGTGCAACCTTTT;SOR=0.734;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=370;TCF=178;TCR=192;TR=367;WE=191161636;WS=191161612;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,655:1.00:657
chr2	191175639	rs36074132	GT	G	3996.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=31;NR=57;PP=2974;SC=AGAACAAAAAGTTTTAAAAGG;SOR=0.722;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=93;TCF=33;TCR=60;TR=88;WE=191175647;WS=191175629;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,138:1.00:138
chr2	191184475	rs291466	A	G	21309.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.118;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=833;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=234;NR=260;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.747;SC=GCGCTGCCCCATCGCCAAACA;SOR=0.488;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=499;TCF=236;TCR=263;TR=494;WE=191184483;WS=191184465;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:5,825:0.99:830
chr2	191184524	rs3749022	C	T	14144.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.898;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=532;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=156;NR=228;PP=2965;ReadPosRankSum=1.587;SC=TCTCCCGGACCGTTCCAGCGC;SOR=0.177;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=386;TCF=156;TCR=230;TR=384;WE=191184532;WS=191184514;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,529:1.00:531
chr2	191235901	rs1882891	A	C	5512.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.571;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=387;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.274;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=78;NR=92;PP=2591;ReadPosRankSum=-0.317;SC=TGCCATACTGAGGGCCATGGG;SOR=0.585;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=244;TCF=109;TCR=135;TR=170;WE=191235909;WS=191235891;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:132,252:0.66:384
chr2	191301368	rs9646748	A	G	6971.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.230;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1349;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.567;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.655;NF=130;NR=131;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.318;SC=TTTGGAAACAAGGCTCAATGT;SOR=0.631;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=852;TCF=412;TCR=440;TR=261;WE=191301376;WS=191301346;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:932,402:0.30:1334
chr2	191334424	rs10193212	G	A	233.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-3.598;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.049;HP=2;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.227;NF=11;NR=3;PP=212;ReadPosRankSum=0.605;SC=GTATATTAGGGACTCAGTTTA;SOR=0.223;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=35;TCF=30;TCR=5;TR=14;WE=191334432;WS=191334414;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,12:0.43:28
chr2	191334459	rs145257711	A	ATTTTTAT	1364.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.054;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.69;MQRankSum=0.536;QD=24.81;ReadPosRankSum=-0.957;SOR=1.078;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:4,51:0.93:55
chr2	191354491	rs3811609	T	C	1896.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=3.050;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=384;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.357;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=32;PP=1096;ReadPosRankSum=0.062;SC=TTTGTTTTTATAGGGGCTGCT;SOR=0.933;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=224;TCF=119;TCR=105;TR=73;WE=191354499;WS=191354481;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:268,111:0.29:379
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chr2	191373775	rs6707244	C	T	2849.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=60;NR=21;PP=1824;SC=GGGTTGGTTTCCCTTTCCAGA;SOR=2.006;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=81;TCF=60;TCR=21;TR=81;WE=191373783;WS=191373765;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
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chr2	191379268	rs4586658	G	A	9103.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=347;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=118;NR=81;PP=2965;SC=ACTGAGGCACGGCCACACCAG;SOR=0.924;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=199;TCF=118;TCR=81;TR=199;WE=191379276;WS=191379258;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,344:1.00:344
chr2	191390126	rs10931458	G	A	2391.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=58;PP=1634;SC=AAAAGGGAATGCATTTTCTAA;SOR=2.038;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=76;TCF=18;TCR=58;TR=76;WE=191390134;WS=191390116;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr2	191399201	rs12619125	G	A	279.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-4.134;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.885;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=4;PP=157;ReadPosRankSum=-0.581;SC=GTGCCGCCCGGGCCAAAGAGC;SOR=0.070;SbPval=0.07;Source=Platypus;TC=42;TCF=38;TCR=4;TR=16;WE=191399209;WS=191399191;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,16:0.35:46
chr2	191399433	rs12693579	T	C	6116.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=234;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=57;NR=85;PP=2368;SC=CCGGCTCCGCTGCGAGGAGCG;SOR=0.993;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=142;TCF=57;TCR=85;TR=142;WE=191399441;WS=191399423;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,233:1.00:233
chr2	191523862	.	CT	C	135.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.642;ClippingRankSum=0.000;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.94;ReadPosRankSum=0.179;SOR=0.798;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:47,23:0.33:70
chr2	191537793	.	G	GT	382.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.520;ClippingRankSum=0.000;DP=141;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.06;ReadPosRankSum=0.299;SOR=0.668;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:82,43:0.34:125
chr2	191545606	rs13382951	C	A	104.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-1.615;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=0;PP=54;ReadPosRankSum=-2.038;SC=TCCTATGGGCCAGGCACTGTG;SOR=0.399;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=26;TCF=23;TCR=3;TR=6;WE=191545614;WS=191545596;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,7:0.24:29
chr2	191552121	.	C	CA	295.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.349;ClippingRankSum=0.000;DP=223;ExcessHet=3.0103;FS=0.970;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.93;MQRankSum=0.000;QD=3.56;ReadPosRankSum=2.484;SOR=0.512;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:49,34:0.41:83
chr2	191552148	rs6716415	C	T	1192.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.208;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=35;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=119;PP=2760;ReadPosRankSum=-1.222;SC=AAAAAAAAGTCATTACTGACA;SOR=0.630;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=260;TCF=70;TCR=190;TR=162;WE=191552156;WS=191552135;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,60:0.67:89
chr2	191555043	rs369917088	C	T	552.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.279;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=16;PP=369;ReadPosRankSum=-1.286;SC=AAAACAGAGCCTGAAGATTCA;SOR=0.781;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=63;TCF=25;TCR=38;TR=26;WE=191555051;WS=191555033;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,29:0.38:77
chr2	191765206	rs3771313	T	C	406.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=10;NR=4;PP=265;SC=ATTATTTAAATAGTGTCCTAA;SOR=1.609;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=10;TCR=4;TR=14;WE=191765214;WS=191765196;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr2	191777768	rs11363248	AT	A	245.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=11;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=2;PP=128;SC=GCTATTTGTGATTTTTTTTTT;SOR=2.147;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=10;TCF=6;TCR=4;TR=8;WE=191777776;WS=191777758;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr2	191848312	rs12477076	T	C	4247.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=94;NR=26;PP=2556;SC=GATGCAGCAGTGAGAGCGTGG;SOR=2.056;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=120;TCF=94;TCR=26;TR=120;WE=191848320;WS=191848302;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,146:1.00:146
chr2	191922307	rs56816363	CT	C	371.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.687;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=1.524;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.22;MQRankSum=0.710;QD=9.53;ReadPosRankSum=1.875;SOR=1.270;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,29:0.74:39
chr2	191922841	rs3024866	G	A	9533.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=359;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=93;NR=135;PP=2965;SC=TCGGTTGCTGGAGAGGAAATC;SOR=0.946;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=228;TCF=93;TCR=135;TR=228;WE=191922849;WS=191922831;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,352:1.00:352
chr2	191996518	rs1551443	T	C	6955.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=273;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=104;NR=73;PP=2965;SC=TAGTATCATCTGAATGTCCCA;SOR=0.953;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=177;TCF=104;TCR=73;TR=177;WE=191996526;WS=191996508;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,265:1.00:265
chr2	192160839	rs4853574	A	T	2914.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=43;NR=29;PP=1358;SC=TTTTGCAGACATACATTGGAA;SOR=1.008;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=72;TCF=43;TCR=29;TR=72;WE=192160847;WS=192160829;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr2	192160875	rs4853575	C	T	3784.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=56;NR=39;PP=1775;SC=TTAACCCATACCGGTCTTTAC;SOR=0.980;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=95;TCF=56;TCR=39;TR=95;WE=192160883;WS=192160865;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,140:1.00:140
chr2	192161058	rs11397643	G	GT	1443.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=1.148;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.954;HP=8;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.469;NF=1;NR=34;PP=566;ReadPosRankSum=1.479;SC=GTTTTTGTCAGTTTTTTTTAA;SOR=1.903;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=41;TCF=1;TCR=40;TR=35;WE=192161066;WS=192161048;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,64:0.97:66
chr2	192161103	rs10622945	A	ATTCT	1304.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=40.77;SOR=2.448;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr2	192247808	rs34460997	A	G	602.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=14;NR=3;PP=397;SC=GTTTGCTTCAATCAGATTATG;SOR=2.200;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=14;TCR=3;TR=17;WE=192247816;WS=192247804;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr2	192247836	rs4641883	C	T	667.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=17;NR=4;PP=441;SC=TAGGCAGCTGCATTGAGAAAG;SOR=2.494;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=21;TCF=17;TCR=4;TR=21;WE=192247844;WS=192247826;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr2	192248174	rs79897977	T	A	314.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5193;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=85;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=8;PP=186;SC=TCACTGTTTTTTATATATATA;SOR=1.445;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=13;TCF=4;TCR=9;TR=12;WE=192248182;WS=192248164;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr2	192250543	rs13000398	A	G	6991.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=259;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=124;NR=65;PP=2965;SC=TGATGGTGTAATTAGGAATAA;SOR=1.286;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=189;TCF=124;TCR=65;TR=189;WE=192250551;WS=192250533;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,252:1.00:252
chr2	192250568	rs13026888	T	C	9083.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.426;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=356;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=147;NR=86;PP=2965;ReadPosRankSum=1.767;SC=TAAAACAATATAGTGAGGAAG;SOR=0.431;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=235;TCF=148;TCR=87;TR=233;WE=192250576;WS=192250558;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,341:1.00:342
chr2	192250726	rs13018796	G	A	14918.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.244;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=565;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=169;NR=205;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.042;SC=AGCATTTTGAGAGCAGGATGA;SOR=0.831;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=377;TCF=170;TCR=207;TR=374;WE=192250738;WS=192250716;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,556:1.00:558
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chr2	196602582	rs75708451	A	AAAT	2564.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.429;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=10;PP=1734;ReadPosRankSum=0.418;SC=TTAAGTAGTAAAATATGCTTT;SOR=0.714;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=65;TCF=54;TCR=11;TR=57;WE=196602590;WS=196602572;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,62:0.71:87
chr2	196602614	rs147974774	G	GAAAT	1661.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.094;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.268;HP=5;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.604;NF=35;NR=13;PP=997;ReadPosRankSum=1.137;SC=CAGCCAACAAGAAATAGGAAC;SOR=0.906;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=106;TCF=69;TCR=37;TR=48;WE=196602622;WS=196602604;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:129,49:0.28:178
chr2	196636662	rs1145939	C	G	5021.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-1.583;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=328;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.106;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=122;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.025;SC=AAAGGTCTAACAATAGCTGAA;SOR=0.856;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=261;TCF=74;TCR=187;TR=164;WE=196636670;WS=196636652;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:114,209:0.65:323
chr2	196663997	rs7567285	T	C	3563.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.057;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=241;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.722;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=67;NR=40;PP=1842;ReadPosRankSum=2.235;SC=TAATATCCGATAACTTCATCT;SOR=0.576;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=150;TCF=97;TCR=53;TR=107;WE=196664005;WS=196663987;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,162:0.68:238
chr2	196673533	rs13411834	A	G	13393.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.680;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=517;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=156;NR=158;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.925;SC=CCATGTACAAAGGTTGGCATA;SOR=0.701;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=314;TCF=156;TCR=158;TR=314;WE=196673541;WS=196673523;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,504:1.00:506
chr2	196681284	rs2280452	A	T	510.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-1.020;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=3;PP=318;ReadPosRankSum=0.195;SC=ACAACAATAGAGGTCACAAAT;SOR=1.109;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=28;TCF=23;TCR=5;TR=19;WE=196681292;WS=196681274;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,22:0.71:31
chr2	196682630	rs975417	C	A	955.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=0.781;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.662;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=31;PP=755;ReadPosRankSum=0.307;SC=TCAAGTTCTGCCCTTAAAATA;SOR=2.409;SbPval=0.97;Source=Platypus;TC=56;TCF=6;TCR=50;TR=32;WE=196682638;WS=196682620;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,37:0.57:65
chr2	196738263	.	TA	T,TAA	436.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.304;ClippingRankSum=0.000;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=10;HapScore=4;MGOF=3;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=23;MQ=60.31;MQRankSum=0.453;NF=13,13;NR=5,5;PP=192,25;ReadPosRankSum=1.756;SC=ACCTCCTAATTAAAAAAAAAA;SOR=1.092;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=23;TCF=16;TCR=7;TR=18,18;WE=196738271;WS=196738253;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.32,0.59:34
chr2	196756535	rs11292337	GA	G	4128.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.404;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=290;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.705;HP=11;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.866;NF=4;NR=130;PP=2040;ReadPosRankSum=1.063;SC=GCCCCTTAATGAAAAAAAAAA;SOR=1.285;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=169;TCF=4;TCR=165;TR=134;WE=196756554;WS=196756525;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:19,216:0.92:235
chr2	196762491	.	T	TA	327.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.609;ClippingRankSum=0.000;DP=151;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.07;MQRankSum=0.000;QD=2.80;ReadPosRankSum=1.396;SOR=0.795;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:78,39:0.33:117
chr2	196791276	rs1489802	T	G	4675.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.131;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=314;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.630;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=89;PP=2444;ReadPosRankSum=-1.063;SC=AGGCAAAAGTTGCATCTCCAG;SOR=0.385;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=220;TCF=76;TCR=144;TR=144;WE=196791284;WS=196791266;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:103,207:0.67:310
chr2	196822004	rs62623378	A	G	426.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=2.288;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.906;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=7;PP=308;ReadPosRankSum=0.044;SC=ACTTCTCATTATATCTCTCCA;SOR=0.894;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=62;TCF=39;TCR=23;TR=21;WE=196822012;WS=196821994;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,25:0.27:93
chr2	196849453	rs17363011	C	T	434.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=0.378;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.030;HP=4;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=14;PP=242;ReadPosRankSum=0.849;SC=CCAAGTAAAACCAATCTTACA;SOR=1.022;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=52;TCF=16;TCR=36;TR=19;WE=196849461;WS=196849443;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,26:0.30:86
chr2	196849517	rs17363053	T	C	202.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=0.753;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=8;PP=138;ReadPosRankSum=-0.602;SC=GTTTAAATATTCCATTGCATG;SOR=0.941;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=2;TCR=18;TR=8;WE=196849525;WS=196849507;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,10:0.43:23
chr2	196851911	rs10931715	G	A	2953.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.140;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FS=1.173;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.55;ReadPosRankSum=-1.174;SOR=0.606;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:64,139:0.68:203
chr2	196866420	rs6434811	C	T	12177.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=462;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=162;NR=133;PP=2965;SC=CAATTAAGTCCGTGAAATCTT;SOR=0.861;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=298;TCF=162;TCR=136;TR=295;WE=196866428;WS=196866410;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,460:1.00:460
chr2	196891449	rs1072600	T	C	1123.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.326;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.463;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=5;PP=832;ReadPosRankSum=0.375;SC=GAGACACATATTTGAATTAAA;SOR=1.258;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=61;TCF=53;TCR=8;TR=43;WE=196891457;WS=196891439;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,45:0.68:66
chr2	196912067	rs4850381	A	G	1074.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.770;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=12;PP=575;ReadPosRankSum=-3.060;SC=GTTAGCCTATACAACTTACAT;SOR=0.685;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=67;TCF=43;TCR=24;TR=35;WE=196912075;WS=196912057;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,51:0.54:95
chr2	196915991	rs10174065	A	G	1146.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.874;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FS=0.845;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.89;ReadPosRankSum=1.115;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,58:0.65:89
chr2	196933188	rs13028754	T	C	1045.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-2.111;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=12;PP=722;ReadPosRankSum=1.373;SC=GGCGCGCCGCTAGGCGGCTAG;SOR=0.589;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=60;TCF=44;TCR=16;TR=42;WE=196933196;WS=196933178;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,44:0.68:65
chr2	196935811	rs12693777	T	C	2938.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.117;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FS=1.099;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.73;ReadPosRankSum=0.938;SOR=0.745;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:77,137:0.64:214
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chr2	197008529	rs1568368	C	T	130.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-3.268;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=6;PP=93;ReadPosRankSum=-1.691;SC=TTGAGTCATGCATCAAACATT;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=0;TCR=12;TR=6;WE=197008537;WS=197008519;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,6:0.50:12
chr2	197010823	rs2271888	C	T	1283.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.638;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.970;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=24;PP=614;ReadPosRankSum=-0.057;SC=ATTCATTCACCTAAACACTTT;SOR=0.502;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=52;TCF=18;TCR=34;TR=39;WE=197010831;WS=197010813;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,59:0.73:81
chr2	197021141	rs6712829	G	A	949.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-0.210;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.420;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=6;PP=706;ReadPosRankSum=2.808;SC=ACTAAAATAGGTACTATTTAG;SOR=1.204;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=66;TCF=54;TCR=12;TR=37;WE=197021149;WS=197021131;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,39:0.53:74
chr2	197021276	rs10931726	T	C	6492.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.615;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=459;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.554;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=93;NR=83;PP=2801;ReadPosRankSum=0.059;SC=AAATTTCTGCTCGACAATCCT;SOR=0.783;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=272;TCF=141;TCR=131;TR=176;WE=197021284;WS=197021266;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:154,299:0.66:453
chr2	197021372	rs12478353	T	A	3682.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.297;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=253;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.893;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=80;PP=1912;ReadPosRankSum=-0.345;SC=CAGCAAATTTTCCTCTGGGGG;SOR=0.970;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=173;TCF=54;TCR=119;TR=111;WE=197021380;WS=197021362;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,164:0.66:249
chr2	197065889	rs3795921	A	G	2023.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=58;NR=6;PP=1390;SC=ACAACAGCACATAGCTTTATC;SOR=3.581;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=64;TCF=58;TCR=6;TR=64;WE=197065897;WS=197065885;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr2	197065964	rs3820908	C	A	8974.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=338;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=139;NR=71;PP=2965;SC=AGCTTCTGAACCTGCCTGTCC;SOR=1.242;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=210;TCF=139;TCR=71;TR=210;WE=197065972;WS=197065954;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,332:1.00:332
chr2	197066174	.	GT	G	173.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=1.266;ClippingRankSum=0.000;DP=145;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.65;ReadPosRankSum=-1.229;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:91,14:0.13:105
chr2	197066175	rs4566380	T	G	2307.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-1.339;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=21.98;ReadPosRankSum=1.145;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,91:0.87:105
chr2	197106759	rs2045277	T	C	8382.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=326;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=104;NR=75;PP=2965;SC=AACTGTGCCCTCTCCTTTCAC;SOR=0.846;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=180;TCF=104;TCR=76;TR=179;WE=197106767;WS=197106749;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,321:1.00:321
chr2	197118729	rs4850690	C	T	7305.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=286;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=113;NR=96;PP=2965;SC=GAGGCACATACGACATTATCT;SOR=0.878;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=209;TCF=113;TCR=96;TR=209;WE=197118737;WS=197118719;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,280:1.00:280
chr2	197122493	rs6731238	T	G	6694.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=2.096;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=452;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=129;NR=68;PP=2962;ReadPosRankSum=1.269;SC=CAATGTTCCATGATATCTGAT;SOR=0.700;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=297;TCF=197;TCR=100;TR=197;WE=197122501;WS=197122483;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:155,287:0.65:442
chr2	197135806	rs4850693	T	C	207.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-1.114;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5004;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=3;PP=135;ReadPosRankSum=-0.781;SC=CAAGATGTTTTGCAAAGGATG;SOR=1.609;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=12;TCF=8;TCR=4;TR=10;WE=197135814;WS=197135796;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,10:0.83:12
chr2	197138653	rs72923327	GC	AA	1911.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.371;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.184;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=15;PP=1447;ReadPosRankSum=0.405;SC=GCAAAAAGTAGCAGGCTAACA;SOR=0.459;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=105;TCF=72;TCR=33;TR=39;WE=197138662;WS=197138643;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:94,53:0.36:147
chr2	197171104	rs6729640	G	A	1277.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.900;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=6;PP=987;ReadPosRankSum=-0.851;SC=AACACACTAAGTGCTCTGGAA;SOR=1.848;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=42;TCF=36;TCR=6;TR=41;WE=197171112;WS=197171094;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,43:0.98:44
chr2	197171175	rs4241189	C	T	6263.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.020;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FS=4.137;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=44.74;ReadPosRankSum=-0.212;SOR=1.046;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,139:0.99:140
chr2	197171183	rs12468199	C	T	6600.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.096;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FS=3.912;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=41.25;ReadPosRankSum=-0.483;SOR=0.888;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,159:0.99:160
chr2	197172816	rs2305567	G	A	1689.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=42;PP=1231;SC=CAGTCTAAATGGCAGTGAGGC;SOR=2.753;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=51;TCF=9;TCR=42;TR=51;WE=197172824;WS=197172806;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr2	197184321	rs1531111	C	T	9238.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=344;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=116;NR=131;PP=2965;SC=TCGCTGTCCCCGGCCTGGAGT;SOR=0.792;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=247;TCF=116;TCR=131;TR=247;WE=197184329;WS=197184311;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,338:1.00:338
chr2	197298078	.	T	C	1341.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.179;ClippingRankSum=0.000;DP=265;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=29;PP=669;ReadPosRankSum=1.709;SC=TTCTCTGGGCTCAATGTGTAC;SOR=0.705;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=176;TCF=76;TCR=100;TR=52;WE=197298086;WS=197298054;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:183,80:0.30:263
chr2	197504545	rs1879128	C	G	7011.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=270;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=80;NR=82;PP=2914;SC=TGGTCGGAGGCTCGCGAGGCT;SOR=0.723;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=162;TCF=80;TCR=82;TR=162;WE=197504553;WS=197504535;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,266:1.00:266
chr2	197531518	rs376590781	CA	C	61.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.489;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=455;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.15;ReadPosRankSum=2.195;SOR=0.685;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:346,67:0.16:413
chr2	197534692	rs7590083	C	T	6323.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=244;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=49;NR=86;PP=2654;SC=GTGCTTCTTACTCTCATCAAA;SOR=1.072;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=136;TCF=49;TCR=87;TR=135;WE=197534700;WS=197534682;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,239:1.00:239
chr2	197584504	rs2680970	C	T	1383.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=6;NR=29;PP=838;SC=AAAAAAATTGCAAAATGATAT;SOR=3.209;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=35;TCF=6;TCR=29;TR=35;WE=197584512;WS=197584494;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr2	197593787	rs2460436	C	T	1572.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=45;NR=1;PP=1267;SC=CTTAATCAGACATTATTATTG;SOR=5.630;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=46;TCF=45;TCR=1;TR=46;WE=197593795;WS=197593777;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr2	197594203	rs2577580	G	C	6083.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=48;NR=109;PP=2965;SC=TAGAACCCTAGCAGCCCCATG;SOR=1.445;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=157;TCF=48;TCR=109;TR=157;WE=197594211;WS=197594193;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,222:1.00:222
chr2	197595762	rs2680967	G	A	9389.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=356;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=84;NR=151;PP=2965;SC=CTTCATTAACGTAGTTGTCAG;SOR=1.172;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=235;TCF=84;TCR=151;TR=235;WE=197595770;WS=197595752;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,352:1.00:352
chr2	197664437	rs72918690	C	T	747.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-1.699;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=26;PP=487;ReadPosRankSum=0.717;SC=GAGCAAGGAACCGGCGTCCTT;SOR=0.679;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=93;TCF=21;TCR=72;TR=32;WE=197664445;WS=197664427;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,37:0.36:102
chr2	197710787	rs115090953	T	C	1285.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=1.465;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.249;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=35;PP=844;ReadPosRankSum=0.153;SC=AACAAATATTTATATAGTCAC;SOR=1.085;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=56;TCF=10;TCR=46;TR=42;WE=197710795;WS=197710777;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,52:0.73:71
chr2	197758148	rs332299	C	T	278.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=9;PP=207;SC=AATGATTTCGCCTGCATTTGA;SOR=3.258;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=1;TCR=9;TR=10;WE=197758156;WS=197758138;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr2	197777589	rs12693800	C	T	6628.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=131;NR=42;PP=2965;SC=GGTTAATGTTCATGTAACAGT;SOR=1.924;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=174;TCF=131;TCR=43;TR=173;WE=197777597;WS=197777579;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,227:1.00:227
chr2	197792148	rs11421690	A	AC	306.74	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.589;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=5.388;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=64.86;MQRankSum=0.834;QD=11.80;ReadPosRankSum=0.677;SOR=3.442;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,22:0.85:26
chr2	197792152	rs10687155	A	AAC	901.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.964;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=8.451;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=64.07;MQRankSum=0.544;QD=17.68;ReadPosRankSum=2.269;SOR=5.084;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:3,48:0.94:51
chr2	197854233	rs144034091	T	TAC	513.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.084;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.741;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=7;PP=805;ReadPosRankSum=0.488;SC=GCTGATGAACTACACACACAC;SOR=1.148;SbPval=0.94;Source=Platypus;TC=48;TCF=32;TCR=16;TR=35;WE=197854255;WS=197854223;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,25:0.42:59
chr2	197854247	.	C	CACAT	741.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.251;ClippingRankSum=0.000;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.246;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=2.625;NF=29;NR=9;PP=556;ReadPosRankSum=1.816;SC=CACACACACACATATATATAT;SOR=1.116;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=52;TCF=34;TCR=18;TR=38;WE=197854255;WS=197854223;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,33:0.38:88
chr2	197863214	rs1966703	C	T	5202.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-2.046;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=93;PP=2830;ReadPosRankSum=1.195;SC=GAAGTTACTACAAACACAATA;SOR=0.579;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=141;TCF=47;TCR=94;TR=140;WE=197863222;WS=197863204;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,192:0.99:193
chr2	197863851	rs4850742	C	T	1514.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=40;PP=1127;SC=AAGAAACATGCACAAGGTGTT;SOR=3.215;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=46;TCF=6;TCR=40;TR=46;WE=197863859;WS=197863841;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr2	197864996	rs6434897	A	C	1631.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=39;NR=5;PP=1167;SC=AGGGAAATTTATTTTAATTAT;SOR=3.056;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=45;TCF=39;TCR=6;TR=44;WE=197865004;WS=197864986;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr2	197866470	rs12478175	T	A	5929.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=71;NR=69;PP=2822;SC=TCAGCGTTTCTACTTACATTG;SOR=0.720;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=140;TCF=71;TCR=69;TR=140;WE=197866478;WS=197866460;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,223:1.00:223
chr2	197872727	rs57048274	T	TTCTC	6928.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=1;NR=87;PP=2973;SC=GACATTCTCTTTCTCCCATTC;SOR=2.058;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=109;TCF=1;TCR=108;TR=88;WE=197872735;WS=197872717;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,157:1.00:157
chr2	197943382	rs139294990	ATG	A	472.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.211;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=665;ExcessHet=3.0103;FS=0.890;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.76;ReadPosRankSum=1.040;SOR=0.862;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:557,69:0.11:626
chr2	197953372	rs146161383	TAAGTC	T	9559.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.182;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.971;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.238;NF=61;NR=40;PP=2974;ReadPosRankSum=-1.356;SC=ACAGACAACTTAAGTCAAGTC;SOR=1.900;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=123;TCF=73;TCR=50;TR=101;WE=197953384;WS=197953362;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,218:0.99:220
chr2	197954780	rs4300850	A	G	13913.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.683;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=513;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=113;NR=235;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.642;SC=AAACAGAGCAACTCACGGCAA;SOR=1.112;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=349;TCF=113;TCR=236;TR=348;WE=197954788;WS=197954770;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,500:1.00:501
chr2	197986048	rs2697270	T	C	9900.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=374;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=171;NR=94;PP=2965;SC=AGACTAAGAGTGTCATACCTG;SOR=1.191;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=266;TCF=171;TCR=95;TR=265;WE=197986056;WS=197986038;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,370:1.00:370
chr2	197989945	rs2579395	T	C	2813.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=64;NR=22;PP=1844;SC=CCGACTGGAGTGCACTATGCA;SOR=2.030;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=86;TCF=64;TCR=22;TR=86;WE=197989953;WS=197989935;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr2	197990909	rs2918628	G	A	1970.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=55;PP=1532;SC=GTAATATTTGGTAAAGATCAA;SOR=3.511;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=61;TCF=6;TCR=55;TR=61;WE=197990917;WS=197990899;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr2	198001443	rs2579387	C	T	5589.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=43;NR=138;PP=2965;SC=GCCCTGCCGACGTTAAATCAA;SOR=2.208;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=181;TCF=43;TCR=138;TR=181;WE=198001451;WS=198001433;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,198:1.00:198
chr2	198011904	rs2249470	G	A	10790.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.778;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=423;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=100;NR=165;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.718;SC=ATAGTAAGACGTGTCACTCAC;SOR=1.036;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=268;TCF=101;TCR=167;TR=265;WE=198011912;WS=198011894;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,409:1.00:411
chr2	198175297	rs10931780	G	C	15047.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=582;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.49;SOR=0.997;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,568:1.00:568
chr2	198266943	rs788019	C	T	2300.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=52;PP=1418;SC=ATCAACTATTCAGCCAAACTG;SOR=2.613;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=62;TCF=10;TCR=52;TR=62;WE=198266951;WS=198266933;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr2	198267243	.	G	GA	106.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.246;ClippingRankSum=0.000;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.72;ReadPosRankSum=-0.639;SOR=0.914;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:44,18:0.29:62
chr2	198324934	rs56933545	C	CT	92.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.143;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.12;MQRankSum=1.648;QD=1.85;ReadPosRankSum=1.233;SOR=0.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,14:0.28:50
chr2	198338419	.	C	CA	167.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.205;ClippingRankSum=0.000;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.58;ReadPosRankSum=0.333;SOR=0.711;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:45,20:0.31:65
chr2	198351804	rs41265953	C	G	1661.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=2.667;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.945;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-1.179;NF=40;NR=20;PP=1193;ReadPosRankSum=0.953;SC=ACCTCCCATTCCACCCATTGC;SOR=0.888;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=78;TCF=52;TCR=26;TR=60;WE=198351812;WS=198351794;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,65:0.73:89
chr2	198508951	rs10497806	G	A	3267.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.061;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=500;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.137;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=49;PP=1295;ReadPosRankSum=-0.403;SC=CCTCAATCACGAGCCTTGGGC;SOR=0.761;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=304;TCF=154;TCR=150;TR=100;WE=198508959;WS=198508941;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:304,181:0.37:485
chr2	198511086	rs16866970	G	A	914.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-2.004;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.714;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=5;PP=565;ReadPosRankSum=0.359;SC=GCTGGAAAATGTGCTTTAAAC;SOR=0.974;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=133;TCF=107;TCR=26;TR=39;WE=198511094;WS=198511076;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:103,47:0.31:150
chr2	198563642	rs6743671	T	C	139.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.220;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=1.957;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.22;ReadPosRankSum=-1.028;SOR=0.729;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,7:0.41:17
chr2	198643529	.	TAC	T	432.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.164;ClippingRankSum=0.000;DP=182;ExcessHet=3.0103;FS=1.800;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.24;MQRankSum=3.528;QD=2.65;ReadPosRankSum=-0.516;SOR=0.458;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:132,31:0.19:163
chr2	198643631	rs700655	G	A	2509.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.944;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=465;ExcessHet=3.0103;FS=0.557;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.09;MQRankSum=-1.393;QD=5.49;ReadPosRankSum=-2.446;SOR=0.749;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:308,149:0.33:457
chr2	198669754	rs770659	G	C	744.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.554;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.816;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=15;PP=248;ReadPosRankSum=0.831;SC=GGAGCGCACCGGTGCCTAGCG;SOR=0.554;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=65;TCF=25;TCR=40;TR=24;WE=198669762;WS=198669744;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,40:0.45:89
chr2	198669871	rs770658	G	C	306.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.759;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.36;ReadPosRankSum=-1.573;SOR=0.818;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,14:0.52:27
chr2	198950240	rs1064213	G	A	2839.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=-0.018;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=529;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=52;PP=1284;ReadPosRankSum=-0.547;SC=CTGTCAGATTGTAGCAATGAA;SOR=0.701;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=289;TCF=143;TCR=146;TR=103;WE=198950248;WS=198950230;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:351,168:0.32:519
chr2	200173684	rs10153730	T	G	13456.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=500;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=127;NR=189;PP=2965;SC=GCCAGCCCTGTAGAGAGAGGA;SOR=0.992;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=316;TCF=127;TCR=189;TR=316;WE=200173692;WS=200173674;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,493:1.00:493
chr2	200245245	rs1348813	C	G	4115.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=41;NR=64;PP=2204;SC=AATACACAAACCTCAACCAGG;SOR=1.061;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=105;TCF=41;TCR=64;TR=105;WE=200245253;WS=200245235;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,150:1.00:150
chr2	200298313	rs7596597	A	G	7395.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=282;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=66;NR=111;PP=2965;SC=GAAGGGAAGCAACAGTTATAA;SOR=1.027;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=178;TCF=66;TCR=112;TR=177;WE=200298321;WS=200298303;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,281:1.00:281
chr2	200323452	rs114693875	A	G	4228.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.810;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=313;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.486;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=74;NR=85;PP=2719;ReadPosRankSum=0.269;SC=TCGACTTTGGAGATAGGAGGG;SOR=0.638;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=273;TCF=134;TCR=139;TR=159;WE=200323460;WS=200323442;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:118,191:0.62:309
chr2	200677625	rs2030653	C	T	1334.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=40;PP=1065;SC=GGCCTGATGTCTTCCTGACAA;SOR=6.138;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=41;TCF=1;TCR=40;TR=41;WE=200677633;WS=200677615;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr2	200684249	.	TA	T	213.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.459;ClippingRankSum=0.000;DP=237;ExcessHet=3.0103;FS=2.451;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.23;MQRankSum=2.580;QD=0.98;ReadPosRankSum=1.059;SOR=0.951;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:164,55:0.25:219
chr2	200709099	rs55852473	T	C	9020.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.808;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=342;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=131;NR=67;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.864;SC=AAACTTTCTCTTACTTCTGGC;SOR=1.189;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=199;TCF=132;TCR=67;TR=198;WE=200709107;WS=200709089;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,337:0.99:339
chr2	200710706	rs769960	T	G	1223.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=27;NR=10;PP=786;SC=GGAGTATTCATATTTACAGAG;SOR=1.775;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=37;TCF=27;TCR=10;TR=37;WE=200710714;WS=200710696;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr2	200713751	rs4672569	A	C	4019.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=34;NR=90;PP=2804;SC=TTCATGTTTTAACTATAAAAA;SOR=1.841;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=124;TCF=34;TCR=90;TR=124;WE=200713759;WS=200713741;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,140:1.00:140
chr2	200790216	rs12476690	C	T	1820.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=33;NR=20;PP=1332;SC=CACTAAATGACGCATCTTTTA;SOR=1.197;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=53;TCF=33;TCR=20;TR=53;WE=200790224;WS=200790206;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr2	200800493	rs6435039	A	G	230.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=63;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=8;NR=1;PP=140;SC=ACACACATACACACACACGCA;SOR=2.584;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=8;TCR=1;TR=9;WE=200800501;WS=200800491;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr2	200800885	rs79092034	C	T	296.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=9;PP=242;SC=CTTACTGTACCAACACTGTGA;SOR=2.494;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=11;TCF=2;TCR=9;TR=11;WE=200800893;WS=200800875;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr2	200813126	rs10497844	T	C	31930.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.792;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1249;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=377;NR=337;PP=2965;ReadPosRankSum=0.127;SC=CCAACTTGGCTTAGGTAATCC;SOR=0.405;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=720;TCF=380;TCR=340;TR=714;WE=200813134;WS=200813116;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:8,1234:0.99:1242
chr2	200820505	rs281766	T	G	6761.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=267;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=114;NR=61;PP=2965;SC=CAGGCACCGGTGTGAAGGGTC;SOR=1.225;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=175;TCF=114;TCR=61;TR=175;WE=200820513;WS=200820495;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,248:1.00:248
chr2	200873144	rs113489455	AATACAAAAAAAACTTG	A	14289.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=340;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=19;NR=114;PP=2932;SC=AGAATGATGCAATACAAAAAA;SOR=0.883;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=134;TCF=19;TCR=115;TR=133;WE=200873167;WS=200873134;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,320:1.00:320
chr2	201171013	rs185341792	CG	TC	4304.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.298;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=400;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;JOINED;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=39;PP=2710;ReadPosRankSum=1.456;SC=TTCATTTTCTCGGGTAGGAGA;SOR=0.703;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=263;TCF=149;TCR=114;TR=85;WE=201171022;WS=201171003;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:275,124:0.31:399
chr2	201171207	rs12614621	G	C	3122.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.437;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=526;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.174;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=59;PP=1504;ReadPosRankSum=1.643;SC=AGGGCGTGTGGAGGGACGAGA;SOR=0.838;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=293;TCF=130;TCR=163;TR=101;WE=201171215;WS=201171197;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:348,175:0.33:523
chr2	201194279	rs3739119	C	A	698.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.537;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.039;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=26;PP=537;ReadPosRankSum=0.038;SC=CCTGCAGCTGCCTCCTGGGAG;SOR=0.957;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=76;TCF=14;TCR=62;TR=32;WE=201194287;WS=201194269;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,34:0.35:96
chr2	201253956	rs842823	A	G	10541.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=419;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=168;NR=88;PP=2965;SC=GGCCTATTCCACTAGAAGCAA;SOR=1.134;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=258;TCF=168;TCR=90;TR=256;WE=201253964;WS=201253946;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,410:1.00:410
chr2	201254049	rs3820881	G	C	15126.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=618;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=179;NR=177;PP=2965;SC=CTCCAAACTAGGTAATGCAGT;SOR=0.697;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=356;TCF=179;TCR=177;TR=356;WE=201254057;WS=201254039;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,591:1.00:591
chr2	201254171	rs4674015	A	G	4853.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=38;NR=111;PP=2965;SC=CATAAGTAACATTTACTGAAA;SOR=1.981;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=149;TCF=38;TCR=111;TR=149;WE=201254179;WS=201254161;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,173:1.00:173
chr2	201277181	rs6706953	T	C	3986.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.500;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=264;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.024;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=75;PP=2053;ReadPosRankSum=1.486;SC=GATGTTAGACTTAAATATTCC;SOR=0.625;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=179;TCF=62;TCR=117;TR=115;WE=201277189;WS=201277171;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,176:0.67:263
chr2	201280996	rs5837739	CA	C	149.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.163;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.35;ReadPosRankSum=0.370;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,17:0.61:28
chr2	201337806	rs11402412	G	GA	181.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.192;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.36;MQRankSum=2.248;QD=2.93;ReadPosRankSum=0.699;SOR=0.602;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:43,19:0.31:62
chr2	201354935	rs3795969	C	G	2401.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.144;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=374;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=45;PP=1354;ReadPosRankSum=0.569;SC=GGAGGGCAGGCAAGGCGCGGT;SOR=0.716;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=251;TCF=127;TCR=124;TR=91;WE=201354943;WS=201354925;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:231,128:0.36:359
chr2	201371768	rs3739116	G	T	10853.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=409;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=92;NR=130;PP=2965;SC=AATTTTTGCCGCCCAACACTT;SOR=0.921;SbPval=0.52;Source=Platypus;TCF=92;TR=222;WE=201371776;WS=201371749;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,406:1.00:406
chr2	201397569	rs842940	G	A	119.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=0;PP=49;SC=CAGATTTTATGTAAAGTTTAG;SOR=1.981;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=3;TCR=0;TR=3;WE=201397577;WS=201397559;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr2	201397647	rs842939	A	C	742.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.63;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=12;NR=6;PP=288;SC=TATCAGTTATACTTTTTCTTT;SOR=1.329;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=18;TCF=12;TCR=6;TR=18;WE=201397655;WS=201397637;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr2	201399917	rs10497848	G	T	413.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.510;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.669;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=13;PP=299;ReadPosRankSum=0.131;SC=TATTGTTTTTGAATTCTAATT;SOR=0.315;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=51;TCF=16;TCR=35;TR=21;WE=201399925;WS=201399907;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,21:0.41:51
chr2	201400685	rs10497849	A	G	41.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=3.355;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.682;HP=7;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=0;PP=31;ReadPosRankSum=-0.969;SC=GATATCAACTATTTTTTAAGT;SOR=1.863;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=23;TCF=17;TCR=6;TR=4;WE=201400693;WS=201400675;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,4:0.17:24
chr2	201436555	rs17448235	A	G	1075.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.617;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FS=0.546;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.85;ReadPosRankSum=1.515;SOR=0.617;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:158,64:0.29:222
chr2	201437048	rs17532665	A	G	1409.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.975;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=258;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.508;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=25;PP=924;ReadPosRankSum=-0.085;SC=ATCTCTGAAAACATAGAAGTT;SOR=0.767;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=194;TCF=120;TCR=74;TR=65;WE=201437056;WS=201437038;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:176,78:0.31:254
chr2	201437328	rs35987478	C	A	4920.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.641;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=381;ExcessHet=3.0103;FS=1.711;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.09;ReadPosRankSum=-0.711;SOR=0.800;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:154,222:0.59:376
chr2	201437334	rs12052989	T	C	14527.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.798;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=406;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=36.14;ReadPosRankSum=-1.587;SOR=0.854;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,400:1.00:402
chr2	201440299	rs3764778	A	G	213.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.614;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.140;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=7;PP=112;ReadPosRankSum=-2.250;SC=TATTATTGATATGTAACAACC;SOR=0.132;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=15;TCF=1;TCR=14;TR=8;WE=201440307;WS=201440289;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,10:0.59:17
chr2	201440948	rs71749023	TTC	T	195.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.581;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FS=4.452;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.73;MQRankSum=-1.880;QD=2.80;ReadPosRankSum=-0.165;SOR=1.408;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:55,15:0.21:70
chr2	201448283	rs11448587	G	GT	75.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.518;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=1.841;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.23;ReadPosRankSum=-0.021;SOR=0.267;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,9:0.26:34
chr2	201450962	rs148878576	C	G	3868.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.546;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=255;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.294;HP=3;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=53;PP=1553;ReadPosRankSum=0.481;SC=CCCATCCTTTCGTGCCCGCCG;SOR=0.771;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=134;TCF=62;TCR=72;TR=95;WE=201450970;WS=201450952;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,174:0.69:254
chr2	201451006	rs4470327	C	T	5178.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=43;NR=68;PP=2202;SC=GGCTTTCTCCCGTAACAGCGG;SOR=0.981;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=111;TCF=43;TCR=68;TR=111;WE=201451014;WS=201450996;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,195:1.00:195
chr2	201464295	rs10179964	T	C	5089.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=82;NR=43;PP=2388;SC=TCATTAGGCCTGGGATGGGGC;SOR=1.228;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=125;TCF=82;TCR=43;TR=125;WE=201464303;WS=201464285;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,187:1.00:187
chr2	201466954	rs2248130	C	G	1186.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.358;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=350;ExcessHet=3.0103;FS=0.985;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.44;ReadPosRankSum=-0.474;SOR=0.778;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:265,80:0.23:345
chr2	201467231	rs2293524	A	G	1029.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=4.151;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=31;PP=740;ReadPosRankSum=0.965;SC=AGGGCACTTAACCTCATTCAT;SOR=0.693;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=54;TCF=4;TCR=50;TR=33;WE=201467239;WS=201467221;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,38:0.63:60
chr2	201470233	rs35086177	ATTTT	A,AT	2487.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.713;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=15;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.267;NF=13,13;NR=19,19;PP=38,322;ReadPosRankSum=-1.198;SC=AGTCTTATTGATTTTTTTTTT;SOR=1.270;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=36;TCF=15;TCR=21;TR=32,32;WE=201470245;WS=201470223;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.43,0.54:70
chr2	201473674	rs2470902	G	A	1997.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=35;NR=22;PP=1209;SC=AGCAGTGATCGCACTGTGTTA;SOR=1.117;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=57;TCF=35;TCR=22;TR=57;WE=201473682;WS=201473664;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr2	201474179	rs17593811	C	T	1912.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.896;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=330;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.402;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=42;PP=936;ReadPosRankSum=0.652;SC=AGCTGTTTCTCTACCCCTTTT;SOR=0.807;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=191;TCF=81;TCR=110;TR=71;WE=201474187;WS=201474169;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:218,109:0.33:327
chr2	201474237	rs4672858	A	G	2348.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-3.626;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.242;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=43;PP=979;ReadPosRankSum=0.059;SC=ACTTTTCCCTATAATATCAAT;SOR=0.409;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=105;TCF=36;TCR=69;TR=68;WE=201474245;WS=201474227;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,107:0.69:156
chr2	201485572	rs4672865	A	G	2589.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.286;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.360;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=51;PP=1250;ReadPosRankSum=1.318;SC=CTCAATGGGCATAAATGATTG;SOR=0.584;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=119;TCF=44;TCR=75;TR=81;WE=201485580;WS=201485562;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,118:0.71:167
chr2	201485649	rs4672866	T	G	1108.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=4.586;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=25;PP=824;ReadPosRankSum=-0.664;SC=GTTGGTGATATCCAATGCAGA;SOR=0.804;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=58;TCF=20;TCR=38;TR=36;WE=201485657;WS=201485639;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,40:0.61:66
chr2	201488758	rs2348021	A	G	2779.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.807;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=224;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.756;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=52;PP=1342;ReadPosRankSum=-0.146;SC=AACAAATATCAGTTAAAATGC;SOR=1.013;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=133;TCF=55;TCR=78;TR=85;WE=201488766;WS=201488748;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,130:0.59:220
chr2	201515939	rs868810	T	C	2297.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=66;PP=1570;SC=GTTCTCCAAATGCACATGAGG;SOR=2.915;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=79;TCF=13;TCR=66;TR=79;WE=201515947;WS=201515929;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr2	201515992	rs80217116	G	A	590.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.565;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=19;PP=429;ReadPosRankSum=-0.753;SC=AGGTGTTGAGGAAACTTCTCC;SOR=1.473;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=30;TCF=0;TCR=30;TR=19;WE=201516000;WS=201515982;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,21:0.66:32
chr2	201521731	rs4674302	A	G	1820.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.280;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=36;PP=967;ReadPosRankSum=-0.204;SC=AAAACTATGAATGGATATTTT;SOR=0.761;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=67;TCF=15;TCR=52;TR=44;WE=201521739;WS=201521721;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,77:0.72:107
chr2	201523736	rs10931910	A	G	845.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-2.430;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.825;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=10;PP=542;ReadPosRankSum=1.695;SC=TTTTAGAAACAAGAAACTTTT;SOR=0.390;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=44;TCF=33;TCR=11;TR=37;WE=201523744;WS=201523726;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,39:0.85:46
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chr2	201677454	rs2270281	C	T	3364.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=68;NR=30;PP=2178;SC=CAGGCATGACCTAGGGTAGGA;SOR=1.510;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=98;TCF=68;TCR=30;TR=98;WE=201677462;WS=201677444;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr2	201677791	rs2270280	T	C	4596.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=45;NR=87;PP=2965;SC=TTTGTGCCTGTATCGGGTATA;SOR=1.364;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=132;TCF=45;TCR=87;TR=132;WE=201677799;WS=201677781;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,155:1.00:155
chr2	201683695	rs2881880	T	C	6704.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=251;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=71;NR=107;PP=2965;SC=TGTGACTATATTTTTCTAAGA;SOR=1.016;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=180;TCF=72;TCR=108;TR=178;WE=201683703;WS=201683685;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,247:1.00:247
chr2	201686122	rs3815501	T	C	4126.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=40;NR=65;PP=2273;SC=TCTGATGCCATTTTGTACCTG;SOR=1.091;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=105;TCF=40;TCR=65;TR=105;WE=201686130;WS=201686112;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,152:1.00:152
chr2	201686666	rs6705053	C	T	1995.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=42;NR=12;PP=1242;SC=GTGGTGGGCGCCTGTAGTTCC;SOR=2.105;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=54;TCF=42;TCR=12;TR=54;WE=201686674;WS=201686656;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr2	201719258	rs5837758	CA	C	391.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.445;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=3.989;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.15;MQRankSum=1.001;QD=6.22;ReadPosRankSum=-0.590;SOR=1.381;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,36:0.57:63
chr2	201724360	rs12465952	A	G	2311.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.431;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=30;PP=1040;ReadPosRankSum=2.396;SC=AATTACCTGTATTGCCAACTT;SOR=0.721;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=124;TCF=70;TCR=54;TR=70;WE=201724368;WS=201724350;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,109:0.62:177
chr2	201760202	.	T	G	178.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.426;ClippingRankSum=0.000;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=18.631;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.35;ReadPosRankSum=2.135;SOR=3.952;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:52,24:0.32:76
chr2	201768238	rs7917	C	T	3254.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.712;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=666;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.201;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=72;NR=59;PP=1603;ReadPosRankSum=0.141;SC=CATCATGATACTTTGGATGCT;SOR=0.613;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=417;TCF=240;TCR=177;TR=131;WE=201768246;WS=201768228;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:455,198:0.30:653
chr2	201785657	rs2307358	T	C	426.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=2.252;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.882;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=2;PP=335;ReadPosRankSum=0.257;SC=TTTATATTAATAGAATTTGTC;SOR=1.904;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=61;TCF=51;TCR=10;TR=21;WE=201785665;WS=201785647;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,22:0.29:75
chr2	201785837	rs2307362	G	A	1874.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.789;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=320;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=43;PP=966;ReadPosRankSum=0.290;SC=AATTGTGGATGAGAAGGAAGA;SOR=0.677;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=210;TCF=84;TCR=126;TR=71;WE=201785845;WS=201785827;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:209,106:0.34:315
chr2	201881677	rs13405753	A	G	751.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.341;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.597;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=10;PP=436;ReadPosRankSum=-0.228;SC=ACCTTAAAAAATACTTAAAAT;SOR=0.502;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=96;TCF=71;TCR=25;TR=32;WE=201881685;WS=201881667;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:93,42:0.31:135
chr2	201881948	.	G	GT	271.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.047;ClippingRankSum=0.000;DP=212;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.20;MQRankSum=2.718;QD=1.66;ReadPosRankSum=-0.543;SOR=0.749;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:126,38:0.23:164
chr2	201950456	rs150160270	A	AAT	910.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.342;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FS=2.943;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.05;MQRankSum=1.408;QD=5.55;ReadPosRankSum=-1.520;SOR=0.944;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:107,57:0.35:164
chr2	201950491	.	TA	T	43.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.024;ClippingRankSum=0.000;DP=115;ExcessHet=3.0103;FS=4.188;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.09;MQRankSum=-0.505;QD=0.50;ReadPosRankSum=-1.796;SOR=0.286;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:70,17:0.20:87
chr2	202025131	rs2518142	G	A	13256.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=515;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=199;NR=117;PP=2965;SC=GTTGTTTTCCGTGTTTGTTTT;SOR=1.066;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=317;TCF=199;TCR=118;TR=316;WE=202025139;WS=202025121;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,512:1.00:512
chr2	202025621	rs1594	A	G	1709.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.393;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=370;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=51;PP=955;ReadPosRankSum=1.505;SC=ACAGCTCACCATCCCTGTACC;SOR=0.710;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=257;TCF=97;TCR=160;TR=81;WE=202025629;WS=202025611;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:258,106:0.29:364
chr2	202050677	rs3900115	A	G	1219.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.997;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.549;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=29;PP=591;ReadPosRankSum=-0.678;SC=GCTCAGCCTCAGATGTTTTTG;SOR=0.762;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=131;TCF=56;TCR=75;TR=49;WE=202050685;WS=202050667;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:126,70:0.36:196
chr2	202070735	rs6712872	A	T	351.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-0.431;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.373;HP=8;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=15;PP=361;ReadPosRankSum=-0.257;SC=TAATAAAAAAATTTTTTTTCC;SOR=0.146;SbPval=0.17;Source=Platypus;TC=50;TCF=14;TCR=36;TR=25;WE=202070743;WS=202070725;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,22:0.45:49
chr2	202073764	.	C	CT	525.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.393;ClippingRankSum=0.000;DP=119;ExcessHet=3.0103;FS=1.877;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.65;ReadPosRankSum=1.492;SOR=0.454;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:48,45:0.48:93
chr2	202082459	rs13006529	T	A	2972.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.230;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=575;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=68;PP=1616;ReadPosRankSum=0.158;SC=TGCACTTTCATTATAGCAGAG;SOR=0.691;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=373;TCF=175;TCR=198;TR=127;WE=202082467;WS=202082449;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:388,177:0.31:565
chr2	202122995	rs3769823	A	G	1062.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.262;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=338;ExcessHet=3.0103;FS=0.973;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.16;ReadPosRankSum=0.200;SOR=0.762;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:256,80:0.24:336
chr2	202139739	.	CT	C	196.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.388;ClippingRankSum=0.000;DP=134;ExcessHet=3.0103;FS=1.135;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.21;ReadPosRankSum=0.740;SOR=0.454;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:58,31:0.35:89
chr2	202151163	rs3769818	A	G	3250.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=2.465;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=511;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=76;NR=48;PP=1796;ReadPosRankSum=0.619;SC=CAGTCACAATATTATGTGATG;SOR=0.723;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=345;TCF=207;TCR=138;TR=124;WE=202151171;WS=202151153;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:330,174:0.35:504
chr2	202152162	rs13113	T	A	1037.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-2.182;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.946;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.678;NF=30;NR=16;PP=483;ReadPosRankSum=1.342;SC=TTGTTTGAAATCTTTTAAAAA;SOR=0.524;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=146;TCF=99;TCR=47;TR=46;WE=202152170;WS=202152152;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:135,64:0.32:199
chr2	202153225	rs700635	C	A	577.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.029;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FS=2.130;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.28;ReadPosRankSum=-1.565;SOR=0.416;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:61,31:0.34:92
chr2	202153252	rs700636	A	C	938.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.578;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=16;PP=482;ReadPosRankSum=0.543;SC=AGACATTCAGAGAGTCAGAGC;SOR=0.637;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=134;TCF=91;TCR=43;TR=45;WE=202153260;WS=202153242;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:115,53:0.32:168
chr2	202211443	rs1406122	C	T	1812.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.732;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=357;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.423;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=43;PP=870;ReadPosRankSum=-0.312;SC=ACTTGGAGTGCTGAGATTTTT;SOR=0.729;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=225;TCF=87;TCR=138;TR=71;WE=202211451;WS=202211433;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:244,108:0.31:352
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chr2	202252873	rs2540331	A	C	1200.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=1.414;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=27;PP=688;ReadPosRankSum=-0.624;SC=AATAACAACAAACCAAAATCA;SOR=0.801;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=47;TCF=11;TCR=36;TR=35;WE=202252881;WS=202252863;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,49:0.74:66
chr2	202257930	rs3815515	C	A	562.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=6.777;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.402;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=22;PP=447;ReadPosRankSum=-0.619;SC=AAGCAAGAAGCGTATATATAT;SOR=2.318;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=60;TCF=3;TCR=57;TR=22;WE=202257940;WS=202257920;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,22:0.35:63
chr2	202259903	rs144631526	AC	A	706.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.286;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.979;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.153;NF=24;NR=1;PP=920;ReadPosRankSum=0.618;SC=GATGATTAAAACAGCAATCAG;SOR=2.584;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=32;TCF=30;TCR=2;TR=25;WE=202259911;WS=202259893;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,28:0.78:36
chr2	202260049	rs2256584	G	A	11787.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=453;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=173;NR=128;PP=2965;SC=CTTTAAGTTTGTGCTGAAGGT;SOR=0.957;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=301;TCF=173;TCR=128;TR=301;WE=202260057;WS=202260039;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,449:1.00:449
chr2	202264156	rs13022344	C	T	3715.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.515;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=621;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.546;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=63;PP=1454;ReadPosRankSum=-0.010;SC=TCAGATAAGACATGGTTCCGC;SOR=0.657;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=346;TCF=165;TCR=181;TR=121;WE=202264164;WS=202264146;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:403,209:0.34:612
chr2	202264316	rs6732993	C	T	575.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-3.385;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.886;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=17;PP=298;ReadPosRankSum=-0.928;SC=AAAGCAACGTCCTAGAAAGCA;SOR=0.235;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=59;TCF=8;TCR=51;TR=21;WE=202264324;WS=202264306;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,26:0.40:65
chr2	202272032	rs11691865	T	A	219.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.597;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=29;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=2;PP=122;ReadPosRankSum=-0.500;SC=CACTGAACAATGGCTACTAAA;SOR=0.368;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=26;TCF=22;TCR=4;TR=10;WE=202272040;WS=202272022;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,11:0.41:27
chr2	202284236	rs113582398	C	CTTAAT	2565.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.820;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=289;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=1.641;NF=14;NR=27;PP=2170;ReadPosRankSum=2.303;SC=AACAAGCAAACTTAAAGTGGC;SOR=0.662;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=132;TCF=37;TCR=95;TR=41;WE=202284244;WS=202284226;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:200,75:0.27:275
chr2	202285100	rs4507084	A	G	900.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.819;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.506;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=10;PP=464;ReadPosRankSum=-1.319;SC=ATTTTCTCCTATAAGCGATAG;SOR=0.460;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=118;TCF=86;TCR=32;TR=35;WE=202285108;WS=202285090;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:95,47:0.33:142
chr2	202325632	rs57250433	G	GT	267.06	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.096;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=2.508;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.89;ReadPosRankSum=0.890;SOR=0.337;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:4,23:0.85:27
chr2	202337730	rs1019299	A	G	876.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.756;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.281;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-0.496;NF=17;NR=13;PP=329;ReadPosRankSum=0.264;SC=ATACTCCCACAGGAACACTGG;SOR=0.964;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=82;TCF=44;TCR=38;TR=30;WE=202337738;WS=202337720;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,51:0.39:132
chr2	202342402	rs12990557	G	T	841.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-2.274;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.401;NF=30;NR=10;PP=613;ReadPosRankSum=1.052;SC=TCTCTGGCCTGTCCCATCTGC;SOR=0.632;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=110;TCF=87;TCR=23;TR=40;WE=202342410;WS=202342392;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,41:0.34:121
chr2	202342802	rs2243791	T	C	1729.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=2.956;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=13;PP=1170;ReadPosRankSum=0.013;SC=ATTAATTGTGTCCTACAGGAT;SOR=0.845;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=84;TCF=65;TCR=19;TR=58;WE=202342810;WS=202342792;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,67:0.70:96
chr2	202344179	rs34469362	GT	G	1065.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.495;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=12;PP=384;ReadPosRankSum=-0.065;SC=TAATATAAAGGTTTTTTTTTT;SOR=0.425;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=27;TCF=13;TCR=14;TR=22;WE=202344187;WS=202344169;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,52:0.98:53
chr2	202352649	rs2714481	A	G	1231.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=1.081;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.803;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=40;PP=955;ReadPosRankSum=1.335;SC=TAAAAGATCCAATTGGTAAAT;SOR=1.467;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=69;TCF=6;TCR=63;TR=43;WE=202352657;WS=202352639;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,44:0.64:69
chr2	202357949	rs2714482	A	C	6797.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=250;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=111;NR=61;PP=2965;SC=TTGTCTTTACAAAGCCTCTGA;SOR=1.183;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=173;TCF=112;TCR=61;TR=172;WE=202357957;WS=202357939;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,246:1.00:246
chr2	202402250	rs3083390	AAC	A	777.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.657;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=2.227;NF=1;NR=12;PP=451;ReadPosRankSum=-0.013;SC=AAAAACAATAAACACATATGT;SOR=0.749;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=33;TCF=4;TCR=29;TR=13;WE=202402259;WS=202402240;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,26:0.39:67
chr2	202430428	.	A	ATT	597.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.131;ClippingRankSum=0.000;DP=98;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.11;MQRankSum=0.000;QD=7.47;ReadPosRankSum=1.014;SOR=0.512;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,45:0.56:80
chr2	202469361	rs12474206	C	T	10378.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=406;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=126;NR=129;PP=2965;SC=CCAAATTTGGCGTCTCCTGTG;SOR=0.723;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=255;TCF=126;TCR=129;TR=255;WE=202469369;WS=202469351;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,400:1.00:400
chr2	202469472	rs7572583	A	G	2628.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=19;NR=66;PP=1868;SC=ACATAACTAGATGAAACATCA;SOR=2.380;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=85;TCF=19;TCR=66;TR=85;WE=202469480;WS=202469462;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr2	202499683	rs56162425	C	G	5667.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=51;NR=118;PP=2965;SC=AATAGGAGAGCACTAATCTCC;SOR=1.681;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=171;TCF=52;TCR=119;TR=169;WE=202499691;WS=202499673;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,202:1.00:202
chr2	202501448	rs1208081	T	C	4381.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=72;NR=39;PP=2330;SC=CTATCACAACTTAACCTTGGT;SOR=1.157;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=111;TCF=72;TCR=39;TR=111;WE=202501456;WS=202501438;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,159:1.00:159
chr2	202505545	rs56321285	G	A	73.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.900;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.76;ReadPosRankSum=-0.487;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,9:0.21:42
chr2	202505715	rs12470287	C	A	1167.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.549;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.69;ReadPosRankSum=-2.032;SOR=0.654;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,48:0.73:66
chr2	202505719	.	A	AT	117.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.113;ClippingRankSum=0.000;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.35;ReadPosRankSum=0.244;SOR=0.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,15:0.30:50
chr2	202505740	rs2540424	T	A	1800.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=14;NR=25;PP=830;SC=TTTGAGATGGTGTATTGCTGT;SOR=1.230;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=39;TCF=14;TCR=25;TR=39;WE=202505748;WS=202505730;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr2	202507982	rs6723016	T	C	10183.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=0.790;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=664;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.360;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=216;NR=178;PP=2962;ReadPosRankSum=0.112;SC=CCTTAGTGATTCCCAGCTCGT;SOR=0.567;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=606;TCF=342;TCR=264;TR=394;WE=202507990;WS=202507972;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:192,467:0.71:659
chr2	202509814	rs3754932	T	C	432.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.636;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=3;PP=295;ReadPosRankSum=0.180;SC=AATTAATAAATTGCTGCACTT;SOR=1.106;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=27;TCF=21;TCR=6;TR=16;WE=202509822;WS=202509804;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,19:0.63:30
chr2	202528830	rs74887695	A	AT	5487.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.909;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=381;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.863;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.742;NF=66;NR=65;PP=2966;ReadPosRankSum=0.451;SC=TTCATCTATGATTTTTCATGG;SOR=0.581;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=213;TCF=112;TCR=101;TR=131;WE=202528838;WS=202528820;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:130,240:0.65:370
chr2	202534303	rs145833090	TATAGGAAGAGCTTAA	T	416.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=194;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=7;NR=0;PP=187;SC=CTACTAGGTATATAGGAAGAG;SOR=4.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=9;TCR=0;TR=7;WE=202534325;WS=202534301;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr2	202546113	rs1208073	T	C	5283.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=101;NR=43;PP=2965;SC=CAGTCTTGAATCCAGGTCCAA;SOR=1.479;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=146;TCF=103;TCR=43;TR=144;WE=202546121;WS=202546103;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,194:1.00:194
chr2	202547528	rs16838004	A	T	5680.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.137;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=398;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=93;NR=74;PP=2508;ReadPosRankSum=2.450;SC=CCAAGTCATTAACAAAAAGGC;SOR=0.683;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=241;TCF=135;TCR=106;TR=167;WE=202547536;WS=202547518;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:134,260:0.66:394
chr2	202549626	rs1812933	A	G	1267.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=34;NR=7;PP=835;SC=AGCCGAGATCACGCCACTGCA;SOR=2.352;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=43;TCF=35;TCR=8;TR=41;WE=202549634;WS=202549616;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr2	202549666	rs1812932	A	C	1650.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.156;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=22.93;ReadPosRankSum=-0.447;SOR=0.760;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,53:0.74:72
chr2	202549684	rs71025250	GA	G	512.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.077;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FS=5.507;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.94;ReadPosRankSum=2.640;SOR=1.539;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:83,47:0.36:130
chr2	202557702	rs6725443	C	T	6880.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=252;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=68;NR=137;PP=2965;SC=ACATCTCTGCCGTAGAACAGA;SOR=1.443;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=206;TCF=68;TCR=138;TR=205;WE=202557710;WS=202557692;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,247:1.00:247
chr2	202566741	rs7603563	T	C	1187.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=24;PP=717;SC=ACAGATTTAATTGATTTCACT;SOR=2.247;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=30;TCF=6;TCR=24;TR=30;WE=202566749;WS=202566731;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr2	202566764	rs3731707	C	T	165.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-1.233;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.006;HP=2;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=6;PP=115;ReadPosRankSum=0.989;SC=TCCCTGTTCCCTTCTAGTTCC;SOR=0.223;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=20;TCF=4;TCR=16;TR=9;WE=202566772;WS=202566754;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,9:0.36:25
chr2	202569992	rs3219171	A	T	12142.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=464;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=131;NR=193;PP=2965;SC=AATGATACTGATGTCAGAGTG;SOR=1.033;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=324;TCF=131;TCR=193;TR=324;WE=202570000;WS=202569982;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,453:1.00:453
chr2	202570232	rs3219170	A	G	1885.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=18;NR=41;PP=1320;SC=ACTTATGGTAAACAAAATCCC;SOR=1.681;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=60;TCF=19;TCR=41;TR=59;WE=202570240;WS=202570222;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr2	202571562	rs3219169	C	T	2083.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.859;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=404;ExcessHet=3.0103;FS=0.393;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.21;ReadPosRankSum=-0.253;SOR=0.650;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:272,128:0.32:400
chr2	202572806	rs2058662	C	G	171.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.441;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=6;PP=115;ReadPosRankSum=0.876;SC=TGAGAGCAAGCTTTATTATCA;SOR=0.693;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=4;TCR=13;TR=8;WE=202572814;WS=202572796;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,8:0.50:16
chr2	202574825	rs1210940	C	T	1214.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=37;PP=1011;SC=AATCCATCAACAAGAAACAAC;SOR=5.084;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=39;TCF=2;TCR=37;TR=39;WE=202574833;WS=202574815;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr2	202575821	rs3219168	G	A	3167.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=40;NR=42;PP=1521;SC=GAACGACTCAGTATTTCTGGA;SOR=0.726;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=82;TCF=40;TCR=42;TR=82;WE=202575829;WS=202575811;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr2	202575907	rs2882231	A	G	681.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.017;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=16;PP=349;ReadPosRankSum=0.103;SC=CACATGAAACACAATCACTAG;SOR=0.624;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=43;TCF=12;TCR=31;TR=22;WE=202575915;WS=202575897;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,33:0.53:62
chr2	202575942	rs10200479	C	T	258.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.258;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=9;PP=140;ReadPosRankSum=1.163;SC=GAGCATCCAACGTAGTACTAA;SOR=0.573;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=28;TCF=7;TCR=21;TR=13;WE=202575950;WS=202575932;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,14:0.42:33
chr2	202580370	rs3219167	G	A	6616.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=173;NR=25;PP=2965;SC=ATGCTCTGCTGTATGTTGAGC;SOR=3.483;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=198;TCF=173;TCR=25;TR=198;WE=202580378;WS=202580360;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,223:1.00:223
chr2	202587653	rs7572898	C	T	112.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.158;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=0;PP=47;ReadPosRankSum=-0.963;SC=ATCACTGAAACGTGCACTTGA;SOR=0.551;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=9;TCR=0;TR=4;WE=202587661;WS=202587643;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,6:0.46:13
chr2	202589257	rs3219163	T	C	1121.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=3.666;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.424;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=38;PP=812;ReadPosRankSum=-2.757;SC=GTTTAGAAAATCCAAAACCAT;SOR=0.979;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=143;TCF=30;TCR=113;TR=46;WE=202589265;WS=202589247;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:114,55:0.33:169
chr2	202593929	rs113406595	GA	G	74.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.236;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.54;ReadPosRankSum=0.421;SOR=0.687;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:111,28:0.20:139
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chr2	202625615	rs3219156	C	T	2007.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.860;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=495;ExcessHet=3.0103;FS=1.973;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.11;ReadPosRankSum=-2.556;SOR=0.840;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:355,134:0.27:489
chr2	202626625	rs2075194	A	C	361.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=3.193;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=12;PP=220;ReadPosRankSum=-0.776;SC=TTAGTCCCCTATAGATTTAAC;SOR=0.437;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=37;TCF=4;TCR=33;TR=14;WE=202626633;WS=202626615;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,16:0.36:45
chr2	202633582	rs3219153	A	G	2374.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.325;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=303;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.389;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=36;PP=891;ReadPosRankSum=1.503;SC=GGAAGAAATGATTTTACCTTC;SOR=0.716;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=165;TCF=82;TCR=83;TR=68;WE=202633590;WS=202633572;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:176,126:0.42:302
chr2	202633725	rs10655798	T	TA	70.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.209;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=1.970;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.61;ReadPosRankSum=1.096;SOR=0.290;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,12:0.27:44
chr2	202671381	rs2192672	C	G	470.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.364;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.856;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=8;PP=224;ReadPosRankSum=1.391;SC=CTTGAACCTACAAGATTATGG;SOR=0.535;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=63;TCF=38;TCR=25;TR=19;WE=202671389;WS=202671371;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,29:0.31:93
chr2	202672143	rs3214362	G	GA	338.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.862;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=4;PP=261;ReadPosRankSum=1.080;SC=GGCAAATAAAGAAAAAATGGT;SOR=0.734;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=52;TCF=32;TCR=20;TR=13;WE=202672151;WS=202672133;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,23:0.29:80
chr2	202677263	rs55702519	C	G	4004.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.099;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=755;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=70;NR=81;PP=1893;ReadPosRankSum=-0.808;SC=AGGAAGGAGTCCCATTTACAG;SOR=0.700;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=468;TCF=215;TCR=253;TR=151;WE=202677271;WS=202677253;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:502,236:0.32:738
chr2	202688293	rs4675229	A	G	2989.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=61;NR=27;PP=1841;SC=TGTACTTCGTAATACCTTCTG;SOR=1.544;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=88;TCF=61;TCR=27;TR=88;WE=202688301;WS=202688283;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr2	202698422	rs66588345	ATCT	A	348.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.539;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=4.566;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.11;ReadPosRankSum=1.257;SOR=0.514;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,26:0.60:43
chr2	202700368	.	C	T	281.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.772;ClippingRankSum=0.000;DP=146;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.97;ReadPosRankSum=1.335;SOR=0.597;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:115,28:0.20:143
chr2	202712095	rs917958	A	C	6298.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=2.158;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=245;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=90;NR=67;PP=2965;ReadPosRankSum=1.956;SC=CTCTTATTTCATTTGCTAGGG;SOR=0.297;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=160;TCF=93;TCR=67;TR=157;WE=202712103;WS=202712085;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,244:1.00:245
chr2	202737066	.	GAAGGGATCTTT	G	2982	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;FR=0.5000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MMLQ=28;MQ=60.0;NF=4;NR=55;PP=2982;QD=20;SC=ACTACCTCAGGAAGGGATCTT;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=189;TCF=11;TCR=178;TR=59;WE=202737096;WS=202737056;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:130,59:0.31:189
chr2	202737075	rs201971784	TTTAAGGGA	T	4228.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.196;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=394;ExcessHet=3.0103;FS=5.148;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.46;ReadPosRankSum=2.341;SOR=0.955;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:248,121:0.33:369
chr2	202737085	rs374280027	CTTT	C	4304.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.332;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=348;ExcessHet=3.0103;FS=3.168;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.55;ReadPosRankSum=3.431;SOR=0.895;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:221,122:0.36:343
chr2	202737088	.	T	C	2962	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;FR=0.5000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MMLQ=28;MQ=60.0;NF=23;NR=56;PP=2962;QD=20;SC=AAGGGATCTTTAAGCAGGATT;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=219;TCF=68;TCR=151;TR=79;WE=202737096;WS=202737056;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:140,79:0.36:219
chr2	202741064	rs2072504	G	A	1550.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.034;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=9;PP=964;ReadPosRankSum=-0.804;SC=TTGTTTTCCCGGGACTCTTTC;SOR=1.117;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=45;TCF=36;TCR=9;TR=44;WE=202741072;WS=202741054;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,56:0.98:57
chr2	202741118	rs138418630	G	A	800.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.922;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.676;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=10;PP=410;ReadPosRankSum=0.489;SC=GCAAGGCGGCGATTACTGGGG;SOR=0.617;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=109;TCF=77;TCR=32;TR=33;WE=202741126;WS=202741108;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:104,47:0.31:151
chr2	202741256	rs4675235	A	T	13470.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=326;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=90;NR=107;PP=2965;SC=GGAGGAAGAGACTTCACTTGC;SOR=0.799;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=197;TCF=90;TCR=107;TR=197;WE=202741277;WS=202741246;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,316:1.00:316
chr2	202741269	rs4675236	G	A	13033.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=304;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=80;NR=107;PP=2965;SC=TCACTTGCCCGCTTTGCCCTG;SOR=0.885;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=187;TCF=80;TCR=107;TR=187;WE=202741277;WS=202741246;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,294:1.00:294
chr2	202955454	rs1568535	G	C	10660.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=383;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=157;NR=95;PP=2965;SC=TGGCTCAGGGGTCAGCAGCTG;SOR=1.079;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=252;TCF=157;TCR=95;TR=252;WE=202955462;WS=202955444;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,381:1.00:381
chr2	202962310	.	CTT	C,CT	766.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.635;ClippingRankSum=0.000;DP=97;ExcessHet=3.0103;FS=3.685;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.22;MQRankSum=0.652;QD=11.98;ReadPosRankSum=-0.209;SOR=1.721;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:9,19,36:0.30,0.56:64
chr2	202964380	rs2882486	G	A	5119.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.975;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.505;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=72;NR=51;PP=2487;ReadPosRankSum=-0.507;SC=CTTCAAAGGAGAGCTACAATG;SOR=0.599;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=125;TCF=73;TCR=52;TR=123;WE=202964388;WS=202964370;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,194:0.99:195
chr2	202964528	rs2350722	T	C	8435.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=327;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=89;NR=100;PP=2965;SC=CGGTAAGAACTCAAATGTCTT;SOR=0.744;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=189;TCF=89;TCR=100;TR=189;WE=202964536;WS=202964518;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,320:1.00:320
chr2	202964986	rs6755174	C	A	6081.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=112;NR=47;PP=2965;SC=GTTCATCCCCCTACCTGCAAT;SOR=1.459;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=160;TCF=113;TCR=47;TR=159;WE=202964994;WS=202964976;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,229:1.00:229
chr2	202965222	rs6726731	A	G	4217.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=31.24;SOR=2.183;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,135:1.00:135
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chr2	202978198	.	G	GT	503.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.131;ClippingRankSum=0.000;DP=445;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.05;MQRankSum=2.882;QD=1.27;ReadPosRankSum=-1.309;SOR=0.701;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:316,80:0.20:396
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chr2	202990653	rs56293728	G	A	1485.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.07;SOR=0.960;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr2	202990704	rs56046075	T	C	57.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=21;PP=614;SC=TGAGATGGAGTTTCGCTCTTG;SOR=1.179;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=22;TCF=1;TCR=21;TR=22;WE=202990712;WS=202990694;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr2	203000730	rs9679591	A	T	2938.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.33;SOR=0.732;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,115:0.99:116
chr2	203000810	rs35537724	G	A	1526.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=11;NR=28;PP=836;SC=GAATGAAGCCGCAGACCTTCG;SOR=1.487;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=40;TCF=12;TCR=28;TR=39;WE=203000818;WS=203000800;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr2	203003066	rs3043926	G	GGTGT,GGT	8484.73	.	AC=2,0;AF=1.00,0.00;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.028;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=3.560;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=70,70;NR=26,26;PP=244,2986;ReadPosRankSum=-1.028;SC=ATATGAACTAGGTGTGTGTGT;SOR=2.290;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=117;TCF=80;TCR=37;TR=96,96;WE=203003074;WS=203003056;set=Intersection	GT:AF:DP	1/1:0.98:192
chr2	203139738	rs11397579	A	AC	951.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=19;NR=5;PP=708;SC=AATAGCTTCTACACCTTCATT;SOR=3.690;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=27;TCF=22;TCR=5;TR=24;WE=203139747;WS=203139728;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr2	203139844	rs80282360	T	C	3083.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.585;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.180;NF=42;NR=38;PP=1288;ReadPosRankSum=-0.478;SC=AGGTTCTAAATGAGAAGAAAC;SOR=0.257;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=81;TCF=43;TCR=38;TR=80;WE=203139852;WS=203139834;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,123:0.99:124
chr2	203141063	rs57339713	C	CA	123.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=1.433;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.63;ReadPosRankSum=-0.499;SOR=0.340;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,16:0.34:47
chr2	203152355	rs7572505	G	A	11777.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=459;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=176;NR=96;PP=2965;SC=ATGCTATCTTGCTAATTTATT;SOR=1.078;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=280;TCF=176;TCR=104;TR=272;WE=203152363;WS=203152345;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,443:1.00:443
chr2	203154918	rs1474002	A	C	992.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=48;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=18;NR=7;PP=509;SC=ACTTCGTGATATGCCTGTCTG;SOR=1.432;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=26;TCF=18;TCR=8;TR=25;WE=203154926;WS=203154908;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr2	203154953	rs1474001	G	A	1442.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=42;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=25;NR=11;PP=827;SC=ATGAGCCACCGTGCCCAGCCT;SOR=1.358;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=36;TCF=25;TCR=11;TR=36;WE=203154961;WS=203154943;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr2	203155015	rs11310035	GT	G	3025.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=22;NR=29;PP=1943;SC=ATCCCTTTAAGTTTTGTTTGT;SOR=1.146;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=52;TCF=22;TCR=30;TR=51;WE=203155023;WS=203155005;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr2	203155936	rs3731700	A	C	14185.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.902;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=538;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=146;NR=187;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.734;SC=CAGAGATATCAATGGGAACAG;SOR=0.421;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=336;TCF=148;TCR=188;TR=333;WE=203155944;WS=203155926;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,532:1.00:534
chr2	203162791	rs138860976	A	AAATGTGCACATTGAGG	229.82	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=38.30;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr2	203384776	rs11390605	C	CT	2457.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.499;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FS=3.173;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.11;MQRankSum=0.473;QD=14.12;ReadPosRankSum=-0.130;SOR=1.106;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,139:0.80:174
chr2	203421199	rs1061157	G	A	10391.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=394;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=115;NR=156;PP=2965;SC=GAGCACAGAGGCCTAATTCTC;SOR=0.908;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=272;TCF=115;TCR=157;TR=271;WE=203421207;WS=203421189;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,388:1.00:388
chr2	203621800	rs16839308	A	C	157.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=4.245;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=0;PP=120;ReadPosRankSum=1.764;SC=AACGTGCAACATGAAATCCTA;SOR=0.169;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=28;TCF=28;TCR=0;TR=9;WE=203621808;WS=203621794;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,8:0.29:28
chr2	203630102	rs373287818	CT	C	75.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.107;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FS=0.750;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.05;MQRankSum=2.098;QD=0.35;ReadPosRankSum=0.028;SOR=0.763;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:174,41:0.19:215
chr2	203650558	rs145836386	TA	T	261.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.055;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=0;PP=279;ReadPosRankSum=-0.402;SC=GTGAAAACAATATAAAGTGAT;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=30;TCF=28;TCR=2;TR=9;WE=203650566;WS=203650548;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,10:0.31:32
chr2	203651278	rs55689177	CA	C	339.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.585;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.34;MQRankSum=-3.841;QD=4.30;ReadPosRankSum=-0.952;SOR=0.749;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:50,29:0.37:79
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chr2	203661779	rs6704822	A	G	1067.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=23;PP=633;SC=CAAGTGTTCAATTGACCAAAT;SOR=2.073;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=6;TCR=23;TR=29;WE=203661787;WS=203661769;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr2	203676382	rs35916411	C	CA	42.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.248;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=3.88;ReadPosRankSum=-0.000;SOR=0.283;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,4:0.36:11
chr2	203680554	rs374333116	TA	T	383.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.779;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FS=2.397;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.40;ReadPosRankSum=0.183;SOR=0.375;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:70,43:0.38:113
chr2	203690387	rs1344959	G	A	2319.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=38;NR=24;PP=1256;SC=TTTAAATGGGGATTATCAGAT;SOR=1.101;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=62;TCF=38;TCR=24;TR=62;WE=203690395;WS=203690377;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr2	203693559	rs4675296	C	G	10055.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=373;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=126;NR=85;PP=2965;SC=TACATAGAATCCTCAAATTTA;SOR=0.947;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=211;TCF=126;TCR=85;TR=211;WE=203693567;WS=203693549;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,368:1.00:368
chr2	203748544	rs34788166	A	AT	3796.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.506;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=268;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=1.258;HP=10;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=96;PP=1184;ReadPosRankSum=-1.173;SC=ATTTGTAGAAATTTTTTTTTT;SOR=0.999;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=146;TCF=8;TCR=138;TR=102;WE=203748552;WS=203748534;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:13,183:0.93:196
chr2	203748594	rs10196719	A	G	3042.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=16;NR=72;PP=2101;SC=GGAGTGCAGTAGTGCAATCTT;SOR=2.701;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=88;TCF=16;TCR=72;TR=88;WE=203748602;WS=203748584;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr2	203749392	rs3050865	C	CTTT	1112.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=19;PP=728;SC=CTTATTTCTTCCTTTACAATG;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=0;TCR=22;TR=19;WE=203749400;WS=203749382;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr2	203820275	rs3731695	T	C	74.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.401;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=3.655;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.58;ReadPosRankSum=-0.851;SOR=0.096;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,7:0.24:29
chr2	203880992	rs2351524	T	C	1475.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=28;NR=15;PP=875;SC=TTTTGCTTTCTTTACTGCTAT;SOR=1.238;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=43;TCF=28;TCR=15;TR=43;WE=203881000;WS=203880982;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr2	203921270	rs4673241	A	G	4554.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=45;NR=64;PP=2248;SC=TTTACTGAGAACAACTAGGTT;SOR=0.910;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=109;TCF=45;TCR=64;TR=109;WE=203921278;WS=203921260;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,171:1.00:171
chr2	203964456	.	C	CT	487.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.745;ClippingRankSum=0.000;DP=482;ExcessHet=3.0103;FS=1.666;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.02;MQRankSum=1.852;QD=1.28;ReadPosRankSum=0.116;SOR=0.556;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:303,78:0.20:381
chr2	203991488	rs6725469	A	G	2111.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.691;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.709;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=33;PP=1310;ReadPosRankSum=-1.136;SC=TTAGAAATTTATAACTACCTA;SOR=0.781;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=95;TCF=51;TCR=44;TR=72;WE=203991496;WS=203991478;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,88:0.69:127
chr2	203996635	rs9677190	T	G	2580.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.533;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.646;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=19;PP=1594;ReadPosRankSum=-0.010;SC=ACATTTTTAATGTTAAATGAC;SOR=0.548;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=116;TCF=90;TCR=26;TR=83;WE=203996643;WS=203996625;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,106:0.72:147
chr2	203996870	rs6748898	A	G	7065.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=258;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=70;NR=143;PP=2965;SC=GAATAAGGCTAATAAAGCTAA;SOR=1.506;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=214;TCF=70;TCR=144;TR=213;WE=203996878;WS=203996860;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,248:1.00:248
chr2	204002809	rs10180815	A	C	1308.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=31;NR=3;PP=870;SC=CTCTCAAGCTATTTTGTTTTG;SOR=3.767;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=35;TCF=31;TCR=4;TR=34;WE=204002817;WS=204002799;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr2	204036545	rs5837845	C	CT	80.74	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.559;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=2.774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.75;ReadPosRankSum=1.114;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,10:0.59:17
chr2	204054882	rs200397429	TACACACACACACACACAC	T,TAC	3504.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.11;QD=40.75;SOR=2.093;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:0,38,48:0.44,0.56:86
chr2	204062061	rs4675323	A	G	17935.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=713;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=204;NR=201;PP=2965;SC=AAAGGCCACCATCCCCAAAAA;SOR=0.705;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=406;TCF=204;TCR=202;TR=405;WE=204062069;WS=204062051;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,698:1.00:698
chr2	204064267	rs373868583	AT	A	49.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.050;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=3.55;ReadPosRankSum=-2.473;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,7:0.50:14
chr2	204090887	rs2351773	C	G	9027.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=346;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=109;NR=98;PP=2965;SC=TGAACCTTTACCTACTAGCAC;SOR=0.759;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=209;TCF=111;TCR=98;TR=207;WE=204090895;WS=204090877;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,341:1.00:341
chr2	204110748	rs56317341	G	A	65.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.851;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=2.128;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.29;ReadPosRankSum=-1.607;SOR=1.402;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,5:0.25:20
chr2	204111394	rs13015873	T	C	3602.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=62;NR=8;PP=1717;SC=CATTTATTGATACAGTTAATT;SOR=3.528;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=75;TCF=63;TCR=12;TR=70;WE=204111409;WS=204111384;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr2	204111398	rs10586509	GTTAA	G	3677.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=50;NR=9;PP=2942;SC=TATTGATACAGTTAATTCAGA;SOR=3.482;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=63;TCF=51;TCR=12;TR=59;WE=204111409;WS=204111384;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr2	204111443	rs6435176	A	G	5036.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=99;NR=44;PP=2965;SC=TCCAAATTAAATTGATTATTT;SOR=1.518;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=143;TCF=99;TCR=44;TR=143;WE=204111451;WS=204111433;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,177:1.00:177
chr2	204111705	rs6751894	T	C	3001.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=25;NR=61;PP=1617;SC=ATGTTTAGGCTGGGCACGGTG;SOR=1.528;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=86;TCF=25;TCR=61;TR=86;WE=204111713;WS=204111695;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr2	204116660	rs3731694	A	T	977.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-1.061;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=9;PP=403;ReadPosRankSum=-0.502;SC=GATTATTTTGATACAGAAATA;SOR=0.695;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=104;TCF=77;TCR=27;TR=33;WE=204116668;WS=204116650;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:109,55:0.34:164
chr2	204116690	rs2043449	C	T	8500.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=324;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=125;NR=53;PP=2965;SC=TCTGTTTCAGCGGACCCTTTT;SOR=1.264;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=178;TCF=125;TCR=53;TR=178;WE=204116698;WS=204116680;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,317:1.00:317
chr2	204116887	rs2351771	T	G	4256.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=42;NR=89;PP=2475;SC=ATAGTATTTATTTTTTGAGTA;SOR=1.522;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=136;TCF=42;TCR=94;TR=131;WE=204116895;WS=204116877;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,160:1.00:160
chr2	204137574	.	C	CT	82.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.059;ClippingRankSum=0.000;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=3.247;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.97;ReadPosRankSum=-0.077;SOR=0.283;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,13:0.31:42
chr2	204154552	rs1048013	C	T	1515.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.309;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=338;ExcessHet=3.0103;FS=3.257;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.52;ReadPosRankSum=-0.792;SOR=0.817;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:238,97:0.29:335
chr2	204154663	rs150874350	GTA	G	35.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.254;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FS=4.492;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.66;ReadPosRankSum=-0.853;SOR=0.146;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:46,8:0.15:54
chr2	204154686	rs10170454	A	G	1773.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=40;PP=1160;SC=TATTTTAGACAGAGGTTTGCT;SOR=2.564;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=47;TCF=7;TCR=40;TR=46;WE=204154694;WS=204154676;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr2	204206977	rs4675333	C	T	4201.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=39;NR=59;PP=1977;SC=GGACCAAGTCCAGTTCTGTTA;SOR=1.026;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=100;TCF=40;TCR=60;TR=98;WE=204206985;WS=204206967;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,157:1.00:157
chr2	204216255	rs35382487	G	GT	483.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.367;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FS=0.909;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.14;MQRankSum=0.986;QD=6.28;ReadPosRankSum=1.538;SOR=0.754;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,36:0.47:77
chr2	204261723	rs3731652	G	C	2931.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-1.059;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=567;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=67;PP=1426;ReadPosRankSum=4.478;SC=GCAGGCAGATGCAGTCATCTG;SOR=0.692;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=330;TCF=114;TCR=216;TR=104;WE=204261731;WS=204261713;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:386,172:0.31:558
chr2	204305093	rs3814365	T	C	1177.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.180;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=248;ExcessHet=3.0103;FS=4.220;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.08;ReadPosRankSum=1.846;SOR=1.026;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:157,75:0.32:232
chr2	204322298	rs2469953	T	C	2433.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.163;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=513;ExcessHet=3.0103;FS=0.569;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.79;ReadPosRankSum=1.367;SOR=0.617;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:351,157:0.31:508
chr2	204355822	rs2469962	G	A	435.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=3.115;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=3;PP=325;ReadPosRankSum=-0.715;SC=GAACTTGGTCGAGTTATGCAT;SOR=0.534;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=54;TCF=46;TCR=8;TR=20;WE=204355830;WS=204355812;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,21:0.38:56
chr2	204594512	rs3116496	T	C	5264.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.556;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=379;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.369;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=93;PP=2117;ReadPosRankSum=0.453;SC=GAAGCAGCACTGCTTTTATGT;SOR=0.847;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=225;TCF=79;TCR=146;TR=137;WE=204594520;WS=204594502;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:129,245:0.66:374
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chr2	205969220	rs2289025	G	A	6930.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.400;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=479;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=82;NR=126;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.494;SC=ACTTCGCCAAGAACTAAGGAC;SOR=0.714;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=309;TCF=122;TCR=187;TR=208;WE=205969228;WS=205969210;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:166,310:0.65:476
chr2	205969275	rs75265837	T	G	3770.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.394;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=243;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.074;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=91;PP=2151;ReadPosRankSum=0.280;SC=TCTGATTTATTTCAATTTGAT;SOR=1.043;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=182;TCF=56;TCR=126;TR=127;WE=205969283;WS=205969265;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,166:0.69:242
chr2	205978113	rs368750104	CA	C	2103.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.482;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.94;MQRankSum=-0.780;QD=25.04;ReadPosRankSum=1.684;SOR=0.856;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,51:0.61:84
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chr2	205978117	rs71032443	GGTGT	GGTGTGTGT,G	634.73	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;ALERT;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=1.908;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=5.607;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.606;NF=33,33;NR=8,8;PP=2064,1117;ReadPosRankSum=-0.329;SC=CCTGAGCAGGGGTGTGTGTGT;SOR=1.732;SbPval=0.99;Source=Platypus;TC=72;TCF=41;TCR=31;TR=41,41;WE=205978142;WS=205978104;set=Intersection	GT:AF:DP	0/1:0.25:83
chr2	205978118	.	GTGT	G	1418.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-2.263;ClippingRankSum=0.000;DP=112;ExcessHet=3.0103;FS=4.642;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.05;MQRankSum=0.020;QD=16.89;ReadPosRankSum=0.479;SOR=1.648;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,45:0.54:84
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chr2	206036918	rs736320	C	T	1506.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.050;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=337;ExcessHet=3.0103;FS=0.950;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.69;ReadPosRankSum=0.550;SOR=0.627;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:228,93:0.29:321
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chr2	206050355	rs62172732	A	G	2411.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=2.616;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.769;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=22;PP=1530;ReadPosRankSum=-1.244;SC=TCAGTTCTGTATGAGAACTTA;SOR=0.558;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=112;TCF=82;TCR=30;TR=78;WE=206050363;WS=206050345;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,95:0.70:136
chr2	206364737	rs10197347	T	C	1300.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.339;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.608;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=31;PP=596;ReadPosRankSum=-0.910;SC=CAAGGCCATCTGAGTATGACC;SOR=1.003;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=73;TCF=25;TCR=48;TR=45;WE=206364745;WS=206364727;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,63:0.59:107
chr2	206364791	rs11683289	C	G	636.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.014;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.314;HP=5;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=12;PP=242;ReadPosRankSum=-0.103;SC=TTGAATTCATCTTTTCTAAGA;SOR=0.393;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=44;TCF=14;TCR=30;TR=19;WE=206364799;WS=206364781;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,33:0.48:69
chr2	206418032	rs6730102	G	A	6219.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=242;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=79;NR=69;PP=2759;SC=ATCTCTAATTGCTTTTCTCTC;SOR=0.745;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=148;TCF=79;TCR=69;TR=148;WE=206418040;WS=206418022;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,236:1.00:236
chr2	206480054	rs13387277	C	T	109.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.703;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.260;HP=1;HapScore=2;MGOF=57;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=0;PP=59;ReadPosRankSum=-0.489;SC=ATCACTTCTGCTCCCATCCCA;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=8;TCR=1;TR=5;WE=206480062;WS=206480044;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,5:0.62:8
chr2	206481612	rs35710107	TGA	T	2678.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.951;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FS=2.078;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.10;MQRankSum=0.356;QD=27.06;ReadPosRankSum=1.127;SOR=1.674;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,90:0.91:99
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chr2	206581033	rs849541	G	A	6674.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=252;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=56;NR=99;PP=2965;SC=CTCTACATCAGGTTCACCTCC;SOR=1.080;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=156;TCF=57;TCR=99;TR=155;WE=206581041;WS=206581023;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,247:1.00:247
chr2	206590686	rs2228639	T	C	1908.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.184;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=251;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=21;PP=865;ReadPosRankSum=-0.272;SC=GGATTGCTAATGAACAGATCA;SOR=0.700;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=178;TCF=123;TCR=55;TR=69;WE=206590694;WS=206590676;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:146,99:0.40:245
chr2	206592695	rs849526	T	C	7007.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.499;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=479;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=107;NR=98;PP=2735;ReadPosRankSum=0.887;SC=ATGGCTACTATGTCAAATCCT;SOR=0.665;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=280;TCF=147;TCR=133;TR=205;WE=206592703;WS=206592685;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:145,329:0.69:474
chr2	206608039	rs849568	T	C	10210.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=377;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=120;NR=157;PP=2965;SC=CCCGCCTGGTTAGCAGCCGCT;SOR=0.918;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=277;TCF=120;TCR=157;TR=277;WE=206608047;WS=206608029;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,372:1.00:372
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chr2	206632302	.	TA	T	189.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.035;ClippingRankSum=0.000;DP=112;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.21;ReadPosRankSum=-0.293;SOR=0.822;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:56,30:0.35:86
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chr2	207006676	rs1801318	T	C	10240.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.541;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=685;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=172;NR=115;PP=2962;ReadPosRankSum=1.154;SC=TCTTTCGAATTCTAGCATTAA;SOR=0.729;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=414;TCF=245;TCR=169;TR=287;WE=207006684;WS=207006666;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:216,463:0.68:679
chr2	207006825	rs4147718	C	A	4321.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-2.161;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=260;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.562;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=110;PP=2642;ReadPosRankSum=-0.007;SC=TGCAAATTTACTTTAAAATTA;SOR=0.751;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=204;TCF=51;TCR=153;TR=146;WE=207006833;WS=207006815;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,181:0.72:252
chr2	207008675	rs35409448	C	CT	10949.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.246;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=513;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.156;HP=6;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=3.396;NF=77;NR=73;PP=2976;ReadPosRankSum=0.980;SC=TACATCCCCCCCTTCATGGCA;SOR=0.811;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=249;TCF=126;TCR=123;TR=150;WE=207008683;WS=207008665;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:195,315:0.62:510
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chr2	207011836	rs77655991	C	T	992.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-2.066;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.381;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=39;PP=791;ReadPosRankSum=0.824;SC=AATGTGTCATCAATGGTCAAG;SOR=0.911;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=129;TCF=30;TCR=99;TR=51;WE=207011844;WS=207011826;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:105,52:0.33:157
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chr2	207023620	rs4147708	A	G	1569.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=2.103;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=7;PP=744;ReadPosRankSum=1.183;SC=AACAAACAGAAGCGTGAGCCA;SOR=0.818;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=52;TCF=42;TCR=10;TR=37;WE=207023628;WS=207023610;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,44:0.70:63
chr2	207024886	rs113729178	G	GC	1277.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.24;QD=31.94;SOR=1.445;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr2	207025444	rs11689362	T	C	17611.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-2.244;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1215;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.556;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=258;NR=205;PP=2962;ReadPosRankSum=0.527;SC=GGTAAAATCATCTTTGTATAG;SOR=0.599;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=728;TCF=414;TCR=314;TR=463;WE=207025452;WS=207025434;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:401,796:0.66:1197
chr2	207027407	rs35430253	C	CT	3848.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.395;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=31;PP=1599;ReadPosRankSum=3.403;SC=TTCAACCTTTCCTACAAGACT;SOR=0.687;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=75;TCF=24;TCR=51;TR=43;WE=207027415;WS=207027397;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,110:0.59:185
chr2	207041053	rs3732083	T	C	10156.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=369;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=137;NR=122;PP=2965;SC=TTCTTACTAATTAGGACATAA;SOR=0.779;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=259;TCF=137;TCR=122;TR=259;WE=207041061;WS=207041043;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,363:1.00:363
chr2	207041441	rs3732082	G	A	8261.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.862;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=560;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.556;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=117;NR=143;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.486;SC=ACTCCACAGTGTCCCGGAAGT;SOR=0.744;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=374;TCF=170;TCR=204;TR=260;WE=207041449;WS=207041431;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:178,376:0.68:554
chr2	207169731	rs10932150	G	A	3109.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.050;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=619;ExcessHet=3.0103;FS=3.540;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.17;ReadPosRankSum=-1.397;SOR=0.474;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:419,182:0.30:601
chr2	207172627	rs7582864	A	G	1479.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.684;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.449;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=27;PP=843;ReadPosRankSum=1.153;SC=TTTCTGTCCAATCTGTGGCTG;SOR=0.739;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=145;TCF=71;TCR=74;TR=57;WE=207172635;WS=207172617;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:137,76:0.36:213
chr2	207174316	rs3732084	T	C	2740.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.390;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=521;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=40;PP=1374;ReadPosRankSum=-0.641;SC=AAGAAGCCAGTCTTCGGAAGG;SOR=0.686;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=308;TCF=179;TCR=129;TR=95;WE=207174324;WS=207174306;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:355,157:0.31:512
chr2	207395829	rs2269181	A	G	644.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=6.627;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=25;PP=478;ReadPosRankSum=1.745;SC=ATTAAAATATACAAATGTTTG;SOR=0.600;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=71;TCF=2;TCR=69;TR=25;WE=207395837;WS=207395819;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,26:0.37:70
chr2	207452151	rs3832131	GT	G	969.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=2;NR=20;PP=486;SC=TCATTGGAAAGTTTTTTTTTC;SOR=1.414;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=25;TCF=2;TCR=23;TR=22;WE=207452159;WS=207452141;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr2	207472573	rs1991537	A	G	172.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.694;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.50;MQRankSum=-0.749;QD=4.02;ReadPosRankSum=-0.820;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,10:0.23:43
chr2	207472606	rs5838036	G	GT	264.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.737;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FS=3.633;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.27;MQRankSum=-0.872;QD=3.39;ReadPosRankSum=-1.949;SOR=1.266;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:56,22:0.28:78
chr2	207472683	rs78458117	C	CTA	8915.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=28;NR=64;PP=2930;SC=TAATCCTAGCCTGTTTTCTGA;SOR=0.713;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=92;TCF=28;TCR=64;TR=92;WE=207472691;WS=207472673;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,198:1.00:198
chr2	207569715	rs16838626	T	C	2065.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.152;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=383;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.753;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=52;PP=1136;ReadPosRankSum=-0.231;SC=TTGCAATGTATCTTTGAAGAG;SOR=0.524;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=280;TCF=95;TCR=185;TR=84;WE=207569723;WS=207569705;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:254,117:0.32:371
chr2	207569803	rs16838630	A	C	406.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-5.025;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.507;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=21;PP=261;ReadPosRankSum=-1.691;SC=ATTATTGGCTAGCTATTATGA;SOR=0.382;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=82;TCF=7;TCR=75;TR=24;WE=207569811;WS=207569793;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,25:0.28:89
chr2	207570705	rs16838632	A	G	705.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.730;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.939;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=14;PP=280;ReadPosRankSum=0.812;SC=ATATGGTGCTATAAGTTCCAA;SOR=0.446;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=53;TCF=20;TCR=33;TR=25;WE=207570713;WS=207570695;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,35:0.45:77
chr2	207572341	rs16838641	T	G	440.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=2.128;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=14;PP=257;ReadPosRankSum=-0.562;SC=GTCGCTATTTTCTTTTAAGGG;SOR=0.664;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=45;TCF=5;TCR=40;TR=16;WE=207572349;WS=207572331;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,22:0.34:65
chr2	207613980	rs13427620	G	A	435.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=1.411;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=17;PP=307;ReadPosRankSum=-0.128;SC=CCCTGGCTCAGTGGAACTAAG;SOR=0.520;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=70;TCF=11;TCR=59;TR=21;WE=207613988;WS=207613970;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,23:0.29:79
chr2	207621759	rs1990849	A	G	11590.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=431;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=107;NR=186;PP=2965;SC=TGACATCATAATAAAGCTAAA;SOR=1.171;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=294;TCF=107;TCR=187;TR=293;WE=207621767;WS=207621749;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,429:1.00:429
chr2	207621960	rs149410093	C	T	3833.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=1.636;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=615;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=81;NR=57;PP=1952;ReadPosRankSum=0.516;SC=AACTTATATACCTGAGCATGC;SOR=0.655;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=359;TCF=220;TCR=139;TR=138;WE=207621968;WS=207621950;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:396,211:0.35:607
chr2	207629795	rs16838834	T	A	1461.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=3.226;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=32;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=7;PP=1017;ReadPosRankSum=0.690;SC=TTTCCCTCCATTGCATCCCCA;SOR=0.627;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=83;TCF=71;TCR=12;TR=49;WE=207629803;WS=207629785;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,58:0.62:93
chr2	207629821	rs28365798	T	TGCAA	3658.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=3.493;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=13.669;HP=2;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=14;PP=2915;ReadPosRankSum=1.489;SC=CCACAATGCTTGGCGCACCGT;SOR=1.700;SbPval=0.94;Source=Platypus;TC=107;TCF=70;TCR=37;TR=62;WE=207629829;WS=207629811;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,89:0.58:154
chr2	207629846	rs28365797	A	T	3999.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-1.653;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=260;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.010;HP=5;HapScore=1;MGOF=29;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.715;NF=99;NR=36;PP=2255;ReadPosRankSum=-2.528;SC=GTCCAGTAAAAAACTTTGAAT;SOR=0.966;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=210;TCF=150;TCR=60;TR=135;WE=207629854;WS=207629836;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,172:0.67:258
chr2	207629904	rs3828294	G	A	8636.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.895;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=572;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.565;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQ=60.02;MQRankSum=0.689;NF=156;NR=104;PP=2962;ReadPosRankSum=0.996;SC=CTGCCAAGCCGAGCGGCCATG;SOR=0.795;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=398;TCF=233;TCR=165;TR=260;WE=207629912;WS=207629894;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:181,385:0.68:566
chr2	207647981	rs2241347	C	T	526.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.689;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=4.220;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.96;ReadPosRankSum=1.569;SOR=0.178;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,26:0.79:33
chr2	207653455	rs5838043	C	CA	96.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.793;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=9.556;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.09;ReadPosRankSum=-0.044;SOR=3.442;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,11:0.58:19
chr2	207820276	rs13420911	G	A	8834.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=339;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=86;NR=114;PP=2965;SC=CCCACCCCATGTATTATCTGA;SOR=0.886;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=200;TCF=86;TCR=114;TR=200;WE=207820284;WS=207820266;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,338:1.00:338
chr2	207824384	rs11903403	T	G	9495.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=2.141;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=357;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.918;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=154;NR=80;PP=2965;ReadPosRankSum=0.612;SC=ACAACTCAAGTATACGCAAGC;SOR=0.882;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=235;TCF=154;TCR=81;TR=234;WE=207824392;WS=207824374;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,349:1.00:350
chr2	207824548	rs1453168	G	A	5863.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=46;NR=120;PP=2965;SC=TATCCATTCCGGCTCTAAAAA;SOR=1.730;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=167;TCF=47;TCR=120;TR=166;WE=207824556;WS=207824538;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,203:1.00:203
chr2	207824650	rs1453169	A	G	773.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=19;PP=518;SC=GTTTAGGCCTAAGGAAGCCTA;SOR=4.174;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=20;TCF=1;TCR=19;TR=20;WE=207824658;WS=207824640;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr2	207825656	rs13397039	A	T	14587.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=2.088;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=564;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=146;NR=238;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.593;SC=ATTTCAATGCATCTTGGTGTA;SOR=0.815;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=385;TCF=146;TCR=239;TR=384;WE=207825664;WS=207825646;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,542:1.00:543
chr2	207833760	rs73053220	A	T	670.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-3.493;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.206;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=1;PP=493;ReadPosRankSum=-1.349;SC=GAAGAAAGAGAAGACAGCTAT;SOR=1.547;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=36;TCF=33;TCR=3;TR=22;WE=207833768;WS=207833750;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,26:0.65:40
chr2	207833848	rs7582092	A	G	4910.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=74;NR=50;PP=2230;SC=ATAGAAATCCATTCTTCCAAA;SOR=1.053;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=124;TCF=74;TCR=50;TR=124;WE=207833856;WS=207833838;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,192:1.00:192
chr2	207833983	rs7582305	A	G	1161.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.127;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=279;ExcessHet=3.0103;FS=0.491;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.30;ReadPosRankSum=0.910;SOR=0.689;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:193,77:0.29:270
chr2	207946141	rs2287507	A	G	4312.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.651;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=275;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=90;PP=2436;ReadPosRankSum=0.668;SC=AGTTTAAGGGACAAAATGTTT;SOR=0.726;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=193;TCF=63;TCR=130;TR=134;WE=207946149;WS=207946131;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,185:0.69:268
chr2	207946164	rs2287506	T	C	3346.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=2.969;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.661;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=79;PP=2165;ReadPosRankSum=-0.037;SC=GTTTAAATCCTATCTCTTCCA;SOR=0.796;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=148;TCF=38;TCR=110;TR=106;WE=207946172;WS=207946154;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,134:0.72:186
chr2	207974818	rs2244923	C	T	8628.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=329;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=90;NR=144;PP=2965;SC=TTTCTATGCACGTGAATGTAG;SOR=1.089;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=234;TCF=90;TCR=144;TR=234;WE=207974826;WS=207974808;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,325:1.00:325
chr2	207974875	rs2244918	A	G	606.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.156;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FS=2.721;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.97;ReadPosRankSum=0.475;SOR=0.448;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:114,39:0.25:153
chr2	207988613	rs2700166	C	T	3074.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=44;NR=47;PP=2221;SC=CTTCAGCCCCCAGCCCTCCTT;SOR=0.732;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=91;TCF=44;TCR=47;TR=91;WE=207988621;WS=207988603;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr2	207998800	rs2284934	C	T	18008.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=688;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.56;SOR=0.818;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,678:1.00:678
chr2	207998878	rs35538720	A	ATTTT	3805.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.548;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=316;ExcessHet=3.0103;FS=1.805;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=20.03;ReadPosRankSum=3.144;SOR=0.298;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:20,170:0.89:190
chr2	207999021	rs2284933	G	C	2565.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=57;PP=1968;SC=ATTACTTCTTGTACTCCAAAG;SOR=2.570;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=71;TCF=14;TCR=57;TR=71;WE=207999029;WS=207999011;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr2	208031796	rs2037893	C	G	3255.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=75;NR=23;PP=1942;SC=TAGAGGGAGCCTAGGTAGACG;SOR=1.896;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=98;TCF=75;TCR=23;TR=98;WE=208031804;WS=208031786;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr2	208031992	rs1269424	T	A	6495.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=248;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=49;NR=99;PP=2917;SC=CCTGCACAATTCACGTTAGGG;SOR=1.174;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=149;TCF=49;TCR=100;TR=148;WE=208032000;WS=208031982;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,245:1.00:245
chr2	208133995	rs10173558	T	C	281.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-2.184;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=0;PP=183;ReadPosRankSum=0.583;SC=TAAAGGTGCCTGAGAAAATAC;SOR=1.061;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=13;TCR=0;TR=9;WE=208134003;WS=208133985;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,11:0.79:14
chr2	208447642	rs12478868	A	T	4117.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.437;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FS=1.042;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=20.90;ReadPosRankSum=1.303;SOR=0.880;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:14,183:0.93:197
chr2	208477852	rs2551949	G	A	20609.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=794;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=257;NR=219;PP=2965;SC=CTTTCTCACAGTAAATTGCCT;SOR=0.811;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=477;TCF=257;TCR=220;TR=476;WE=208477860;WS=208477842;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,786:1.00:786
chr2	208477956	rs2709416	C	T	15292.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=573;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=162;NR=221;PP=2965;SC=GTTCCAGTGTCTGAAGAAGAT;SOR=0.929;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=384;TCF=163;TCR=221;TR=383;WE=208477964;WS=208477946;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,562:1.00:562
chr2	208611699	.	CA	C	101.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.531;ClippingRankSum=0.000;DP=106;ExcessHet=3.0103;FS=5.709;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.07;ReadPosRankSum=-1.848;SOR=1.518;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:71,24:0.25:95
chr2	208633413	rs4675711	T	C	8968.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=329;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=87;NR=141;PP=2965;SC=CCAGCTGCGCTAGGAGCAGCA;SOR=1.161;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=228;TCF=87;TCR=141;TR=228;WE=208633421;WS=208633403;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,323:1.00:323
chr2	208693261	rs720632	C	G	6767.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=252;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=67;NR=100;PP=2965;SC=AAGACTGAAGCCAGCAAGACA;SOR=0.981;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=167;TCF=67;TCR=100;TR=167;WE=208693269;WS=208693251;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,250:1.00:250
chr2	208693307	rs720631	T	C	3406.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=33;NR=78;PP=2063;SC=GTGCAGCTGGTGGCACAATCT;SOR=1.628;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=111;TCF=33;TCR=78;TR=111;WE=208693315;WS=208693297;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chr2	208717440	rs10932211	A	G	6616.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.743;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=263;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=97;NR=67;PP=2965;ReadPosRankSum=0.731;SC=AGGCAGGGAAAGGCTGAAAAA;SOR=1.004;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=166;TCF=98;TCR=68;TR=164;WE=208717448;WS=208717430;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,248:0.99:250
chr2	208811097	rs10932215	C	T	10973.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=420;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=169;NR=114;PP=2965;SC=CTACCTTATACTTTGAAGTAT;SOR=0.967;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=283;TCF=169;TCR=114;TR=283;WE=208811105;WS=208811087;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,410:1.00:410
chr2	208811284	rs10932216	C	T	1272.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.755;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.601;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=32;PP=569;ReadPosRankSum=-0.638;SC=GTACTTTTAACACTACAGAAC;SOR=0.903;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=138;TCF=42;TCR=96;TR=42;WE=208811292;WS=208811274;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:142,72:0.34:214
chr2	208841964	rs4441448	A	G	2887.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.078;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=425;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.138;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=52;PP=1588;ReadPosRankSum=-0.962;SC=TTGTCAGCTCATTCTGCCGCC;SOR=0.788;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=298;TCF=160;TCR=138;TR=113;WE=208841972;WS=208841954;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:265,154:0.37:419
chr2	208865712	.	G	GA	171.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.197;ClippingRankSum=0.000;DP=124;ExcessHet=3.0103;FS=0.915;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.51;ReadPosRankSum=0.800;SOR=0.562;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:88,26:0.23:114
chr2	208986385	rs2305429	A	G	6894.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=257;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=115;NR=58;PP=2965;SC=AAACAACAAAAGAGGACATAT;SOR=1.342;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=173;TCF=115;TCR=58;TR=173;WE=208986393;WS=208986375;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,250:1.00:250
chr2	208986637	rs2305430	T	C	11375.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=430;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=116;NR=173;PP=2965;SC=TGTAGTCCTCTCTCTCATAGA;SOR=1.072;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=289;TCF=116;TCR=173;TR=289;WE=208986645;WS=208986627;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,418:1.00:418
chr2	208989037	rs2242074	A	G	5876.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=84;NR=67;PP=2660;SC=TGCTGCATTCATAGTGGCGGC;SOR=0.873;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=152;TCF=85;TCR=67;TR=151;WE=208989045;WS=208989027;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,227:1.00:227
chr2	209007559	rs796287	T	G	7552.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=271;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=56;NR=123;PP=2965;SC=TGAACAGAGATACAGTCGTCT;SOR=1.323;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=179;TCF=56;TCR=123;TR=179;WE=209007567;WS=209007549;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,264:1.00:264
chr2	209010558	rs2854723	A	G	5782.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.845;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=98;NR=51;PP=2885;ReadPosRankSum=-0.771;SC=GCTGGTAGTCAGGGTACTCCC;SOR=0.457;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=150;TCF=99;TCR=51;TR=149;WE=209010566;WS=209010548;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,220:1.00:221
chr2	209010777	rs3214759	GC	G	4944.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.679;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=613;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=3.055;NF=24;NR=66;PP=2543;ReadPosRankSum=-0.188;SC=GGAGTGATTGGCCCCCACTGA;SOR=0.686;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=278;TCF=72;TCR=206;TR=90;WE=209010785;WS=209010767;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:389,210:0.35:599
chr2	209010891	rs2289917	G	A	5803.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.894;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=384;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.032;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-2.979;NF=71;NR=107;PP=2937;ReadPosRankSum=1.027;SC=GTGGGACTGCGGGAACGTCAC;SOR=0.540;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=270;TCF=105;TCR=165;TR=178;WE=209010899;WS=209010881;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:117,258:0.69:375
chr2	209030572	rs6721025	A	G	1161.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.742;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.347;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=27;PP=717;ReadPosRankSum=-0.508;SC=GGTATCAAGCACATCAATTTA;SOR=1.091;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=59;TCF=25;TCR=34;TR=44;WE=209030580;WS=209030562;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,52:0.68:77
chr2	209032987	rs62194831	G	A	115.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.343;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.044;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=1;PP=83;ReadPosRankSum=0.248;SC=TGGGACAGGGGTGTGAAGAAG;SOR=1.643;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=18;TCF=14;TCR=4;TR=7;WE=209032995;WS=209032977;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,7:0.29:24
chr2	209033138	rs7589065	C	T	918.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-2.470;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=15;PP=356;ReadPosRankSum=0.923;SC=TGGCTCAAGCCTGTAATCCCA;SOR=0.570;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=39;TCF=16;TCR=23;TR=25;WE=209033146;WS=209033128;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,42:0.72:58
chr2	209033173	rs7562540	A	G	512.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-2.195;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.301;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.908;NF=7;NR=9;PP=187;ReadPosRankSum=0.362;SC=CAAGGCGGGCAGATCGCGAGG;SOR=0.206;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=27;TCF=10;TCR=17;TR=16;WE=209033181;WS=209033163;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,25:0.69:36
chr2	209035485	rs6435420	T	G	1192.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=4.864;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.462;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=5;PP=983;ReadPosRankSum=0.894;SC=ATTTTGCAGATGAGGAAACTA;SOR=1.721;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=77;TCF=66;TCR=11;TR=45;WE=209035493;WS=209035475;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,44:0.56:79
chr2	209035658	rs6748431	C	T	15348.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=581;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=199;NR=176;PP=2965;SC=AATTTACAATCTCACACCTAC;SOR=0.768;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=377;TCF=200;TCR=177;TR=375;WE=209035666;WS=209035648;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,577:1.00:577
chr2	209035849	rs4292037	A	C	1521.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=1.868;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.894;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=45;PP=1139;ReadPosRankSum=0.123;SC=TGTCCATCCAAAGTTTCATTT;SOR=0.836;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=93;TCF=18;TCR=75;TR=55;WE=209035857;WS=209035839;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,60:0.59:102
chr2	209036605	rs10932244	T	C	3802.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.967;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=252;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.418;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=70;NR=44;PP=1926;ReadPosRankSum=0.909;SC=CAACCAGACATAGAAATCTAA;SOR=0.533;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=163;TCF=103;TCR=60;TR=114;WE=209036613;WS=209036595;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,170:0.69:245
chr2	209036712	rs10804166	T	C	7135.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-1.153;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=515;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.166;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=93;NR=85;PP=2767;ReadPosRankSum=0.664;SC=CCAGGCTTACTCTGTTTGCGG;SOR=0.681;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=268;TCF=136;TCR=132;TR=178;WE=209036720;WS=209036702;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:169,339:0.67:508
chr2	209036778	rs6435421	A	G	7787.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-2.210;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=290;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=70;NR=113;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.950;SC=AAGGAGAGGCAGAGAGATGAA;SOR=0.383;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=184;TCF=70;TCR=114;TR=183;WE=209036786;WS=209036768;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,289:1.00:290
chr2	209036888	rs62194836	A	G	198.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=1.715;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=10;PP=146;ReadPosRankSum=1.074;SC=TATTTAATCAACTCAGAATCC;SOR=0.610;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=47;TCF=9;TCR=38;TR=13;WE=209036896;WS=209036878;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,13:0.24:55
chr2	209045657	rs10208685	T	C	429.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=4.540;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=18;PP=350;ReadPosRankSum=0.211;SC=ATCATAAGTATTAAATACAGT;SOR=0.811;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=76;TCF=11;TCR=65;TR=20;WE=209045665;WS=209045647;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,21:0.26:82
chr2	209045839	rs56342568	T	C	134.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.386;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=1;PP=86;ReadPosRankSum=-0.772;SC=CTCCTAAACATTTAGAAACAT;SOR=0.582;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=27;TCF=23;TCR=4;TR=8;WE=209045847;WS=209045829;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,8:0.29:28
chr2	209046162	rs6435425	G	A	340.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.850;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.62;ReadPosRankSum=0.104;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,10:0.37:27
chr2	209046162	.	GTA	ATG	331	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MMLQ=28;MQ=60.0;NF=2;NR=7;PP=331;QD=42.7186527625;SC=AATAAAATTGGTATGATTGTT;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=24;TCF=4;TCR=20;TR=9;WE=209046172;WS=209046152;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:15,9:0.38:24
chr2	209046164	rs6435426	A	G	340.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.003;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.62;ReadPosRankSum=0.286;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,10:0.37:27
chr2	209049840	rs10804167	C	T	10217.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=388;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=98;NR=171;PP=2965;SC=TCCCATCCCTCCCTCCCCCAC;SOR=1.173;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=270;TCF=98;TCR=172;TR=269;WE=209049848;WS=209049830;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,382:1.00:382
chr2	209101905	rs57383668	GA	G	2476.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.714;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.265;NF=8;NR=40;PP=900;ReadPosRankSum=2.308;SC=TAACGGGAAGGAAAAAAAAAA;SOR=0.874;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=53;TCF=10;TCR=43;TR=48;WE=209101914;WS=209101895;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,120:0.98:122
chr2	209138946	rs6705163	C	T	2163.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=8;NR=54;PP=1525;SC=GCTGAATAAGCTGAGCTCCTC;SOR=3.290;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=62;TCF=8;TCR=54;TR=62;WE=209138954;WS=209138936;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr2	209163556	rs7569723	C	T	10819.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.286;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=416;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=93;NR=190;PP=2965;ReadPosRankSum=0.230;SC=AGAGAATGTTCATGTGACTGA;SOR=1.349;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=285;TCF=94;TCR=191;TR=283;WE=209163577;WS=209163546;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,404:0.99:408
chr2	209168853	rs893256	C	T	8780.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=324;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=109;NR=66;PP=2965;SC=ACATTGTTGCCATTGAAGGCC;SOR=1.008;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=176;TCF=110;TCR=66;TR=175;WE=209168861;WS=209168843;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,318:1.00:318
chr2	209176807	rs12624141	T	G	952.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=24;NR=2;PP=773;SC=GAGGCATTTTTACCCAAAGCT;SOR=2.985;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=26;TCF=24;TCR=2;TR=26;WE=209176815;WS=209176797;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr2	209184844	rs934712	A	G	419.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=3;PP=254;SC=CTAAATGAGAATATATTAATA;SOR=1.911;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=10;TCR=3;TR=13;WE=209184852;WS=209184834;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr2	209184980	rs10932258	G	A	2163.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.76;SOR=0.791;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr2	209184999	rs10932259	C	T	2200.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.59;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr2	209189912	rs893255	A	G	2595.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=34;NR=42;PP=2003;SC=TTTTACAGATATTAAGAGAGT;SOR=0.876;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=76;TCF=34;TCR=42;TR=76;WE=209189920;WS=209189902;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr2	209190330	rs2363468	T	C	9865.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=374;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=113;NR=110;PP=2965;SC=TTGCTGGAATTGAGGATTGTG;SOR=0.693;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=223;TCF=113;TCR=110;TR=223;WE=209190338;WS=209190320;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,370:1.00:370
chr2	209190519	rs893254	A	T	23040.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=536;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.89;SOR=0.776;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,525:1.00:525
chr2	209190528	rs893253	C	G	23156.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=539;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.86;SOR=0.755;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,528:1.00:528
chr2	209191082	rs1529979	C	A	8055.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=305;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=81;NR=103;PP=2965;SC=TTCAAGTGGCCAATCAGGAAG;SOR=0.841;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=184;TCF=81;TCR=103;TR=184;WE=209191090;WS=209191072;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,303:1.00:303
chr2	209191099	rs1529978	T	C	6902.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=272;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=70;NR=89;PP=2612;SC=GAAGCAAAAATGAGGGTGATG;SOR=0.834;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=159;TCF=70;TCR=89;TR=159;WE=209191107;WS=209191089;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,270:1.00:270
chr2	209194696	rs1437414	G	C	2316.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=27;NR=28;PP=1202;SC=AAAATTTCAAGCTAAAACGTA;SOR=0.693;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=55;TCF=27;TCR=28;TR=55;WE=209194704;WS=209194686;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr2	209195099	rs1866045	G	A	1660.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=48;NR=5;PP=1296;SC=AACTATCACCGTGCTGTAGCT;SOR=4.255;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=53;TCF=48;TCR=5;TR=53;WE=209195107;WS=209195089;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr2	209195133	rs12694109	T	C	2836.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=72;NR=12;PP=2098;SC=AGCTGCAGGCTCAGAGCAGCA;SOR=3.118;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=84;TCF=72;TCR=12;TR=84;WE=209195141;WS=209195123;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr2	209195491	rs112938452	G	GAGA	668.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=14;PP=644;SC=TTTTCCTGAGGAGGTTTCCTA;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=0;TCR=16;TR=14;WE=209195499;WS=209195481;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr2	209199945	rs2363469	A	G	4733.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=123;NR=21;PP=2965;SC=TGCCTCATAGAATATAGTTGA;SOR=3.049;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=144;TCF=123;TCR=21;TR=144;WE=209199953;WS=209199935;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,157:1.00:157
chr2	209201054	rs6744236	T	C	1059.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=32;PP=726;SC=TTTTGTTTCCTGTCACTCTCC;SOR=4.461;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=34;TCF=2;TCR=32;TR=34;WE=209201062;WS=209201044;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr2	209201739	rs7596571	T	C	751.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=21;PP=527;SC=TAGTTTAATATGTACTTTAGT;SOR=2.468;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=6;TCR=21;TR=27;WE=209201747;WS=209201729;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr2	209203122	rs4675756	C	G	955.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=26;NR=4;PP=745;SC=AATTTTTTAACGGTATAAATG;SOR=3.407;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=31;TCF=27;TCR=4;TR=30;WE=209203130;WS=209203112;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr2	209207518	rs35986928	C	CT	32.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.171;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.61;MQRankSum=-0.000;QD=2.52;ReadPosRankSum=2.083;SOR=0.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,5:0.38:13
chr2	209209827	rs2304544	G	A	9771.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=392;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.45;SOR=1.425;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,384:1.00:384
chr2	209209997	rs2043718	C	T	2249.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=8;NR=60;PP=1552;SC=AGTTTTATTACAGCATTTATC;SOR=3.316;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=69;TCF=8;TCR=61;TR=68;WE=209210005;WS=209209987;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr2	209212707	rs2304545	G	A	6645.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=262;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=74;NR=80;PP=2809;SC=TTGGGCAGACGGGCAAGGAGG;SOR=0.757;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=155;TCF=75;TCR=80;TR=154;WE=209212715;WS=209212697;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,256:1.00:256
chr2	209214770	rs2118297	A	G	6323.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=250;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=88;NR=73;PP=2841;SC=GAGGAGATACACAAAAGAAGC;SOR=0.830;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=162;TCF=88;TCR=74;TR=161;WE=209214778;WS=209214760;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,248:1.00:248
chr2	209215448	rs994696	A	G	1018.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=19;NR=9;PP=591;SC=GAGGAAAGATATTTTCTGAGT;SOR=1.432;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=28;TCF=19;TCR=9;TR=28;WE=209215456;WS=209215438;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr2	209215586	rs994697	A	G	4566.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=56;NR=45;PP=1999;SC=ACAGCAGTGAAGAAGATTTCA;SOR=0.803;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=101;TCF=56;TCR=45;TR=101;WE=209215594;WS=209215576;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,171:1.00:171
chr2	209219190	rs6435453	A	G	2991.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=69;NR=17;PP=2085;SC=AGCACTCAATAAAAGTTAACT;SOR=2.526;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=87;TCF=70;TCR=17;TR=86;WE=209219198;WS=209219180;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr2	209220157	rs10208191	G	T	1862.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=7;NR=50;PP=1400;SC=CAGTTCTGTGGCTGTTTAGAC;SOR=3.611;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=57;TCF=7;TCR=50;TR=57;WE=209220165;WS=209220147;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr2	209224874	rs11357589	CA	C	4484.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=23;NR=35;PP=2320;SC=AGCAGTTTGTCAACCAGCATA;SOR=1.151;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=61;TCF=25;TCR=36;TR=58;WE=209224882;WS=209224864;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr2	209293168	rs962595	C	T	1661.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=41;PP=1143;SC=TGCAGCAGAACAACAACACTC;SOR=3.139;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=46;TCF=5;TCR=41;TR=46;WE=209293176;WS=209293158;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr2	209315573	rs1370371	G	A	4060.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.591;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=298;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.465;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=68;PP=1909;ReadPosRankSum=1.438;SC=AACCTCAGATGTTCTCAAGAC;SOR=0.805;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=194;TCF=91;TCR=103;TR=125;WE=209315581;WS=209315563;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:103,190:0.65:293
chr2	209345944	rs34570534	CT	C	849.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.822;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=344;ExcessHet=3.0103;FS=0.654;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=1.162;QD=3.66;ReadPosRankSum=-1.234;SOR=0.763;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:127,105:0.45:232
chr2	209346020	rs61511423	T	TGCAACCTC	982.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-4.606;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.452;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-1.859;NF=1;NR=36;PP=1435;ReadPosRankSum=2.124;SC=CTCGGCTCACTCGCCTCCCGG;SOR=0.371;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=72;TCF=3;TCR=69;TR=37;WE=209346028;WS=209346010;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,27:0.36:74
chr2	209353607	rs6726003	A	G	223.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=2.309;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.938;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=4;PP=200;ReadPosRankSum=0.254;SC=CCCTGTCTCAAGAAAAGATAA;SOR=0.174;SbPval=0.12;Source=Platypus;TC=31;TCF=26;TCR=5;TR=12;WE=209353615;WS=209353603;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,11:0.30:37
chr2	209353656	rs11335842	GT	G	295.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.084;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.90;ReadPosRankSum=-0.715;SOR=0.700;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:73,29:0.28:102
chr2	209358027	rs3820900	C	T	2788.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.103;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=400;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.729;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=45;PP=1442;ReadPosRankSum=-1.036;SC=GTCGGTGGAACCTCTCCGTGG;SOR=0.838;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=251;TCF=135;TCR=116;TR=104;WE=209358035;WS=209358017;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:242,150:0.38:392
chr2	210517785	rs2254169	C	T	3389.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=83;NR=22;PP=2313;SC=CGGTTTGCTACAAATTTTTCC;SOR=2.282;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=106;TCF=83;TCR=23;TR=105;WE=210517793;WS=210517775;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr2	210518057	rs139310749	G	A	2097.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.402;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=388;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.018;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=53;PP=1165;ReadPosRankSum=1.914;SC=GGAGGATGAAGAGGGTGCCTT;SOR=0.860;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=267;TCF=102;TCR=165;TR=81;WE=210518065;WS=210518047;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:268,116:0.30:384
chr2	210594540	rs4673486	A	G	9573.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=373;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=121;NR=99;PP=2965;SC=CGAATGCAAGATATAGTTAAA;SOR=0.784;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=221;TCF=121;TCR=100;TR=220;WE=210594548;WS=210594530;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,364:1.00:364
chr2	210594717	rs11389149	C	CT	3138.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=5;NR=67;PP=2790;SC=CCAATCTTGTCTTTTTAAAAA;SOR=1.421;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=81;TCF=7;TCR=74;TR=72;WE=210594725;WS=210594707;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr2	210594768	rs7594601	T	C	1734.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=0.777;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=6.021;HP=1;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=39;PP=1346;ReadPosRankSum=-0.189;SC=AGGTCCCAGATTGTAGACCTG;SOR=2.270;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=51;TCF=12;TCR=39;TR=50;WE=210594776;WS=210594758;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,55:0.98:56
chr2	210637670	rs75640079	T	C	115.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.203;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=0;PP=52;ReadPosRankSum=0.949;SC=CATCAGCTGTTCAACACCTGC;SOR=0.368;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=10;TCR=0;TR=4;WE=210637678;WS=210637660;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,6:0.40:15
chr2	210659434	rs7603924	A	G	1012.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.218;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.324;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=17;PP=567;ReadPosRankSum=2.189;SC=CTCGATAGTGAGTAAATCTCA;SOR=0.480;SbPval=0.23;Source=Platypus;TC=95;TCF=65;TCR=30;TR=43;WE=210659442;WS=210659424;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,54:0.40:134
chr2	210678691	rs2159745	T	G	6083.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=1.910;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=134;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.825;SC=TTACACTGTTTCTATTATCTT;SOR=0.929;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=178;TCF=43;TCR=135;TR=177;WE=210678699;WS=210678681;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,210:1.00:211
chr2	210704200	rs9288414	C	A	550.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.827;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=17;PP=356;ReadPosRankSum=0.499;SC=TATTACCAACCATGTCCTCAG;SOR=0.632;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=69;TCF=21;TCR=48;TR=25;WE=210704208;WS=210704190;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,32:0.33:98
chr2	210705348	rs10178675	C	G	2353.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.968;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=462;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=40;PP=1136;ReadPosRankSum=-0.678;SC=TGGACCGACTCTCTTTCATCA;SOR=0.699;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=280;TCF=151;TCR=129;TR=86;WE=210705356;WS=210705338;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:317,140:0.31:457
chr2	210714162	rs2191906	A	G	3238.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.295;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=575;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.607;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=83;NR=53;PP=1748;ReadPosRankSum=0.287;SC=CCACCATGGCACCACCTTTAC;SOR=0.902;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=368;TCF=211;TCR=157;TR=136;WE=210714170;WS=210714152;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:370,193:0.34:563
chr2	210737363	rs16843880	T	A	354.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=2.129;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=2;PP=292;ReadPosRankSum=-0.442;SC=ATATGGCCAATATAAATCAAA;SOR=0.705;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=63;TCF=54;TCR=9;TR=18;WE=210737371;WS=210737353;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,19:0.28:69
chr2	210745681	rs2370838	C	A	13663.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=2.480;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=526;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=152;NR=122;PP=2965;ReadPosRankSum=1.430;SC=CTTTCATTTCCTAGGTACTGT;SOR=0.270;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=274;TCF=152;TCR=122;TR=274;WE=210745689;WS=210745671;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,520:1.00:521
chr2	210745855	rs17748818	C	T	892.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=0.644;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.702;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=31;PP=520;ReadPosRankSum=-1.115;SC=TCAGGTTACTCGGAGAGGCCA;SOR=0.594;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=123;TCF=30;TCR=93;TR=42;WE=210745863;WS=210745845;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:105,51:0.33:156
chr2	210786137	rs9288415	G	A	1547.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=28;NR=16;PP=915;SC=AAACTACTACGTTTGTGTCAT;SOR=1.217;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=44;TCF=28;TCR=16;TR=44;WE=210786145;WS=210786127;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr2	210819095	rs74465551	A	G	184.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.474;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=8;PP=100;ReadPosRankSum=0.908;SC=CTAAAACCCAATCTTTATTTA;SOR=0.813;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=38;TCF=10;TCR=28;TR=12;WE=210819103;WS=210819085;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,13:0.26:50
chr2	210838004	rs141804658	TTC	T	330.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.234;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=300;ExcessHet=3.0103;FS=3.745;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.29;ReadPosRankSum=0.899;SOR=0.380;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:221,35:0.14:256
chr2	210843383	rs2075117	G	A	7472.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.754;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=488;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=91;NR=116;PP=2962;ReadPosRankSum=0.534;SC=AGCCATCCCAGCAGGCTTCGC;SOR=0.704;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=304;TCF=134;TCR=170;TR=207;WE=210843391;WS=210843373;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:151,334:0.69:485
chr2	210843417	.	G	A	2250.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.502;ClippingRankSum=0.000;DP=420;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=53;PP=1064;ReadPosRankSum=1.091;SC=TCGGACTGATGAGGAAGATGA;SOR=0.746;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=259;TCF=99;TCR=160;TR=86;WE=210843425;WS=210843407;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:286,132:0.32:418
chr2	210846867	rs2723222	A	G	4095.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.288;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=71;NR=33;PP=2113;ReadPosRankSum=-1.604;SC=TCAGTGTCATAGTTTTTGTAA;SOR=1.345;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=106;TCF=72;TCR=34;TR=104;WE=210846875;WS=210846857;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,151:0.99:153
chr2	210882171	rs2075116	A	T	919.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.172;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.981;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=14;PP=760;ReadPosRankSum=-1.238;SC=TTTAGGAGTTACTTATTTCCT;SOR=0.498;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=51;TCF=28;TCR=23;TR=32;WE=210882179;WS=210882161;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,42:0.64:66
chr2	210882456	rs2243769	G	T	1042.77	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.44;SOR=2.073;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr2	210882457	.	C	CT	1033.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=32.30;SOR=2.165;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr2	210882677	rs2723213	C	T	575.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=4;PP=288;SC=CTATGTTGGCCAGGCTGGTCT;SOR=1.329;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=11;TCR=4;TR=15;WE=210882685;WS=210882667;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr2	210889961	rs12989455	T	G	2438.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-3.599;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=360;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.101;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=51;PP=1054;ReadPosRankSum=2.860;SC=AAATAAAGATTTTTGTTTTAA;SOR=0.476;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=221;TCF=76;TCR=145;TR=85;WE=210889969;WS=210889951;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:212,135:0.39:347
chr2	210896097	rs13009890	T	A	554.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.648;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FS=3.731;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.02;ReadPosRankSum=0.428;SOR=0.407;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:101,37:0.27:138
chr2	211059792	rs143405144	A	AT	685.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.406;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.755;HP=9;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=8;PP=332;ReadPosRankSum=1.682;SC=ACTTTTTAGCATTTTTTTTTA;SOR=1.106;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=88;TCF=54;TCR=34;TR=27;WE=211059800;WS=211059782;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,48:0.36:134
chr2	211069438	rs263677	G	A	9326.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=352;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=72;NR=153;PP=2965;SC=GTAGAGAATGGTCTCATTTAA;SOR=1.270;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=229;TCF=72;TCR=157;TR=225;WE=211069446;WS=211069428;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,349:1.00:349
chr2	211082924	rs10572520	CTTAAT	C	1167.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=0.706;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.326;NF=0;NR=29;PP=966;ReadPosRankSum=-0.414;SC=GAAATGCATTCTTAATTTAAG;SOR=0.653;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=80;TCF=1;TCR=79;TR=29;WE=211082936;WS=211082914;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,33:0.37:89
chr2	211158855	rs71350737	T	C	492.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.751;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.368;HP=8;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=4;PP=307;ReadPosRankSum=1.424;SC=CTATTTTTTTTTCCCATTTTC;SOR=1.022;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=70;TCF=54;TCR=16;TR=22;WE=211158863;WS=211158845;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,24:0.34:71
chr2	211162998	rs7592060	G	A	553.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=21;NR=2;PP=555;SC=GCCCTATTATGTGAAACATTT;SOR=3.056;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=23;TCF=21;TCR=2;TR=23;WE=211163006;WS=211162993;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr2	211163063	rs112894708	T	TACACACAC	1381.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.669;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FS=1.090;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.99;MQRankSum=3.572;QD=17.71;ReadPosRankSum=-0.921;SOR=0.998;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,43:0.55:78
chr2	211167076	.	G	C	3251.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=2.876;ClippingRankSum=0.000;DP=242;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=45;PP=1928;ReadPosRankSum=3.576;SC=TAGAGTGATCGAGAGCAATTT;SOR=0.674;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=156;TCF=95;TCR=61;TR=110;WE=211167084;WS=211167066;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:93,146:0.61:239
chr2	211167132	rs2292300	A	T	4923.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=3.283;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=379;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.380;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=77;NR=70;PP=2397;ReadPosRankSum=1.192;SC=GAAGAGCTAAACTCATCCCAA;SOR=0.720;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=227;TCF=118;TCR=109;TR=147;WE=211167140;WS=211167122;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:150,225:0.60:375
chr2	211168181	rs35179660	T	TC	762.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.958;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.100;HP=4;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=4;PP=512;ReadPosRankSum=1.951;SC=TCAGTTCCATTTTTGCCTATC;SOR=1.382;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=24;TCF=18;TCR=6;TR=16;WE=211168189;WS=211168171;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,24:0.60:40
chr2	211168202	rs13025700	A	G	531.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=1.335;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=1;PP=200;ReadPosRankSum=-0.670;SC=TTTCTTCTCAATAAGATCATA;SOR=0.673;SbPval=0.93;Source=Platypus;TC=44;TCF=36;TCR=8;TR=14;WE=211168210;WS=211168192;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,26:0.40:65
chr2	211168346	rs12469767	A	C	5120.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.757;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=59;PP=2226;ReadPosRankSum=-0.802;SC=GAGTGGGGTCATCCCTGGCTG;SOR=0.703;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=118;TCF=57;TCR=61;TR=115;WE=211168354;WS=211168336;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,193:0.99:195
chr2	211302685	rs13420747	T	C	1012.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.873;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.523;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=28;PP=695;ReadPosRankSum=0.263;SC=AAAGCATGGCTAAGGGGAAAT;SOR=0.285;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=56;TCF=11;TCR=45;TR=36;WE=211302693;WS=211302675;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,41:0.67:61
chr2	211319824	rs2287432	T	C	3103.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.028;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=28;PP=1285;ReadPosRankSum=0.592;SC=TATAGAAACATGATTACCGTG;SOR=0.681;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=136;TCF=91;TCR=45;TR=85;WE=211319832;WS=211319814;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,142:0.63:224
chr2	211320041	rs10691255	G	GAA	914.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.765;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.53;ReadPosRankSum=-0.036;SOR=0.557;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,46:0.63:73
chr2	211340937	rs3214410	A	AT	926.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.556;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=10;PP=490;ReadPosRankSum=0.629;SC=CGAATCATGTATTTTTTTAAA;SOR=0.759;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=36;TCF=22;TCR=14;TR=21;WE=211340945;WS=211340927;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,44:0.65:68
chr2	211341204	rs56033100	G	GC	1222.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=25;PP=1173;SC=GAGGGCGGCGGCGGCGCCCAG;SOR=2.584;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=28;TCF=1;TCR=27;TR=26;WE=211341212;WS=211341194;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr2	211421452	rs3835047	A	ATCT	3247.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.337;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=371;ExcessHet=3.0103;FS=4.704;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.03;MQRankSum=1.671;QD=8.87;ReadPosRankSum=1.662;SOR=0.966;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:269,97:0.27:366
chr2	211444533	rs35833900	G	GGT	1997.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.245;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=248;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.220;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=41;PP=1887;ReadPosRankSum=-0.499;SC=TGTTTCTTCGGGTGTGTGTGT;SOR=0.599;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=102;TCF=11;TCR=91;TR=48;WE=211444542;WS=211444523;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,100:0.53:190
chr2	211456637	rs1047883	A	G	18200.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.556;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=407;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=44.83;ReadPosRankSum=1.271;SOR=0.713;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,404:1.00:406
chr2	211456637	.	ACC	GCT	2947	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;FR=1.0000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=109;NR=113;PP=2947;QD=20;SC=CTTGGACAACACCCTCCCTGC;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=227;TCF=112;TCR=115;TR=222;WE=211456647;WS=211456627;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:5,222:0.98:227
chr2	211456639	rs2229589	C	T	18200.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.613;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=416;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=43.86;ReadPosRankSum=1.285;SOR=0.727;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,413:1.00:415
chr2	211470086	rs2277909	T	C	813.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.202;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.057;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=28;PP=488;ReadPosRankSum=-0.232;SC=GACAGACTAGTGATAACATTT;SOR=1.399;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=74;TCF=20;TCR=54;TR=36;WE=211470094;WS=211470076;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,41:0.45:91
chr2	211473070	rs2287600	G	T	8920.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.659;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=350;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=142;NR=85;PP=2965;ReadPosRankSum=1.318;SC=AAATAAATTTGTCTTCTTTTT;SOR=1.093;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=227;TCF=142;TCR=85;TR=227;WE=211473078;WS=211473060;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,340:0.99:342
chr2	211481257	rs2287599	C	G	14778.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=554;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=183;NR=172;PP=2965;SC=CACTGAAAGGCCTCAACAGGT;SOR=0.737;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=356;TCF=184;TCR=172;TR=355;WE=211481265;WS=211481247;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,552:1.00:552
chr2	211481423	.	G	GT	67.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.273;ClippingRankSum=0.000;DP=84;ExcessHet=3.0103;FS=4.993;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.13;MQRankSum=0.000;QD=1.23;ReadPosRankSum=0.295;SOR=0.132;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,14:0.25:55
chr2	211503856	rs116664530	A	G	1385.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=2.208;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.558;HP=7;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=19;PP=770;ReadPosRankSum=-1.083;SC=TGTTTATTTTATTTGTTTTCT;SOR=0.912;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=132;TCF=79;TCR=53;TR=51;WE=211503864;WS=211503846;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:125,74:0.37:199
chr2	211507042	rs114814055	A	G	208.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=3.199;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.833;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=1;PP=126;ReadPosRankSum=-0.549;SC=TACTACTAATACAGTATGCAT;SOR=0.173;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=29;TCF=28;TCR=1;TR=9;WE=211507050;WS=211507035;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,10:0.30:33
chr2	211513118	rs4673540	C	T	3413.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=81;NR=17;PP=2301;SC=GGCTACCACTCGAGCTAATGA;SOR=2.657;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=98;TCF=81;TCR=17;TR=98;WE=211513126;WS=211513108;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr2	211521227	rs58225253	CT	C	1145.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.100;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=254;ExcessHet=3.0103;FS=2.759;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.13;MQRankSum=1.918;QD=4.71;ReadPosRankSum=-1.197;SOR=0.923;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:123,120:0.49:243
chr2	211521422	rs114543766	T	C	297.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.503;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.66;ReadPosRankSum=0.709;SOR=0.746;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:79,33:0.29:112
chr2	211527827	rs5838215	GT	G	6299.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.477;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=453;ExcessHet=3.0103;FS=2.827;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.14;MQRankSum=0.889;QD=14.16;ReadPosRankSum=1.379;SOR=0.490;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:57,388:0.87:445
chr2	211528001	rs7567836	T	C	3329.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.376;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=84;PP=2534;ReadPosRankSum=-0.786;SC=TACAGTAAAATAAAGGGAATA;SOR=1.646;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=102;TCF=16;TCR=86;TR=100;WE=211528009;WS=211527991;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,110:0.99:111
chr2	211532800	rs3217217	A	ATG,ATGTGTG	989.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-0.707;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=18,18;NR=6,6;PP=739,344;ReadPosRankSum=1.125;SC=TTGTGCGTGCATGTGTGTGTG;SOR=1.911;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=34;TCF=25;TCR=9;TR=24,24;WE=211532808;WS=211532796;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.65,0.32:31
chr2	211533070	rs10932347	A	G	6697.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=249;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=58;NR=112;PP=2965;SC=GAGGGGCAGGATAGAATGTTA;SOR=1.260;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=170;TCF=58;TCR=112;TR=170;WE=211533078;WS=211533060;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,244:1.00:244
chr2	212251864	rs3748962	T	C	5691.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.114;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=76;PP=2558;ReadPosRankSum=1.675;SC=CATCTCGGTATACAAACTGGT;SOR=0.371;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=124;TCF=47;TCR=77;TR=123;WE=212251872;WS=212251854;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,211:1.00:212
chr2	212252809	rs934607	G	A	10969.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.964;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=407;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=101;NR=214;PP=2965;ReadPosRankSum=-2.161;SC=AAGCCACATGGGTCGTATGAA;SOR=1.375;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=320;TCF=105;TCR=215;TR=315;WE=212252817;WS=212252799;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,395:0.99:397
chr2	212285103	rs2289086	T	C	101.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.117;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=5.077;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.63;ReadPosRankSum=1.403;SOR=0.105;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,8:0.29:28
chr2	212286934	rs3791709	A	T	565.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=4.398;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.635;HP=1;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=24;PP=444;ReadPosRankSum=-1.118;SC=TGTTGTTTTAATCGTAATGAT;SOR=2.085;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=71;TCF=5;TCR=66;TR=25;WE=212286942;WS=212286924;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,23:0.43:53
chr2	212295875	rs6710946	C	T	1097.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.309;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.767;HP=4;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=33;PP=729;ReadPosRankSum=-2.960;SC=CCCAGGTTTTCCCATTTTTCT;SOR=1.041;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=102;TCF=23;TCR=79;TR=39;WE=212295883;WS=212295865;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,51:0.41:123
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chr2	212569983	rs6723705	G	A	2134.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-3.182;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.436;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=24;PP=1125;ReadPosRankSum=0.994;SC=AGTCAATCTTGTGTAATTTTT;SOR=0.460;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=106;TCF=73;TCR=33;TR=72;WE=212569991;WS=212569973;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,96:0.69:140
chr2	212576980	rs12994961	T	C	3997.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.581;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=288;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.968;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=87;PP=2277;ReadPosRankSum=1.987;SC=CATTATAAAATAGCAGAGTAT;SOR=0.631;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=211;TCF=65;TCR=146;TR=126;WE=212576988;WS=212576970;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:108,174:0.62:282
chr2	212587321	rs13002712	G	A	5686.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=40;NR=113;PP=2965;SC=TTAATGAAACGCTGCCAAAAC;SOR=1.802;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=153;TCF=40;TCR=113;TR=153;WE=212587329;WS=212587311;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,206:1.00:206
chr2	212652612	rs150248787	G	A	487.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-3.037;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.601;HP=5;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=1;PP=328;ReadPosRankSum=-1.052;SC=TCAGCCATTTGTTCTGCCATA;SOR=1.460;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=39;TCF=35;TCR=4;TR=18;WE=212652620;WS=212652602;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,21:0.45:47
chr2	213403091	rs73989053	G	A	817.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-2.225;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=5;PP=576;ReadPosRankSum=-0.662;SC=TCCCGGGATGGGTGAAGAGGG;SOR=0.821;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=95;TCF=80;TCR=15;TR=34;WE=213403099;WS=213403081;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,36:0.37:97
chr2	213790978	rs62186510	C	T	1342.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.503;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.58;ReadPosRankSum=-0.718;SOR=0.711;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:129,75:0.37:204
chr2	213872836	rs369935563	TA	T	479.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.404;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FS=3.003;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.08;MQRankSum=1.115;QD=4.57;ReadPosRankSum=0.157;SOR=1.060;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:57,48:0.46:105
chr2	213886454	rs2291241	A	T	5425.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=60;NR=72;PP=2561;SC=TCTGGTTAGAAAAATGAAAAA;SOR=0.861;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=132;TCF=60;TCR=72;TR=132;WE=213886462;WS=213886444;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,204:1.00:204
chr2	213886647	rs141472671	A	ATTTTATCT	4572.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.059;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=5.418;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.207;NF=34;NR=12;PP=2966;ReadPosRankSum=0.498;SC=ACAGCATAAGATTTTATCTTC;SOR=1.886;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=59;TCF=42;TCR=17;TR=46;WE=213886655;WS=213886637;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,93:0.99:94
chr2	213886918	.	GC	G	2012.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.062;ClippingRankSum=0.000;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.936;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=23;PP=1501;ReadPosRankSum=-0.414;SC=AAAATCAATAGCTAACTTTTG;SOR=0.938;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=83;TCF=7;TCR=76;TR=24;WE=213886929;WS=213886908;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:110,58:0.35:168
chr2	213886921	.	A	T	2021.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.110;ClippingRankSum=0.000;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.333;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=23;PP=1509;ReadPosRankSum=-0.600;SC=ATCAATAGCTAACTTTTGATA;SOR=0.854;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=108;TCF=35;TCR=73;TR=33;WE=213886929;WS=213886908;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:108,57:0.35:165
chr2	213914343	rs2165444	C	T	1054.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=25;NR=9;PP=726;SC=TGGTCATTACCGACTACATAA;SOR=1.949;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=34;TCF=25;TCR=9;TR=34;WE=213914351;WS=213914333;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr2	214012405	rs6738070	A	C	12945.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.054;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=608;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.20;ReadPosRankSum=0.006;SOR=0.585;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:22,513:0.96:535
chr2	214228792	rs12469417	C	T	1386.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=19;NR=7;PP=555;SC=TTGAATTTTACTTTTTAGATT;SOR=1.287;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=19;TCR=7;TR=26;WE=214228800;WS=214228782;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr2	214228959	rs4146048	G	A	1957.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=34;NR=24;PP=1431;SC=GATATTTAAAGGTGAGTAAGT;SOR=1.214;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=58;TCF=34;TCR=24;TR=58;WE=214228967;WS=214228949;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr2	214233812	rs6752347	C	A	2957.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.72;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr2	214727150	rs2042790	T	C	6143.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.478;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=100;NR=54;PP=2965;ReadPosRankSum=0.791;SC=CATTTATTCATATTCTGAAAA;SOR=0.449;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=155;TCF=101;TCR=54;TR=154;WE=214727158;WS=214727140;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,231:1.00:232
chr2	214727221	rs2042791	A	C	10276.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=399;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=124;NR=112;PP=2965;SC=TCTCCATGCAACCCCACAAAG;SOR=0.794;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=237;TCF=125;TCR=112;TR=236;WE=214727229;WS=214727211;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,393:1.00:393
chr2	214727367	rs2042792	C	G	4092.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=24;NR=65;PP=2053;SC=GTGCACAGGACCCCTAGAAAT;SOR=1.438;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=89;TCF=24;TCR=65;TR=89;WE=214727375;WS=214727357;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,146:1.00:146
chr2	215013777	rs5838412	GTA	G	230.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.307;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.05;MQRankSum=-1.448;QD=5.02;ReadPosRankSum=1.708;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,13:0.28:46
chr2	215013787	.	A	G	330	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MMLQ=21;MQ=60.63;NF=15;NR=2;PP=330;QD=21.4571301498;SC=GTATATATATATGTGTGTGTG;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=65;TCF=54;TCR=11;TR=17;WE=215013809;WS=215013765;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:48,17:0.26:65
chr2	215013801	.	GT	AT	330	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;FR=0.5000,0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MMLQ=25;MQ=61.29;NF=16,27;NR=3,17;PP=330,280;QD=19.1984848709;SC=GTGTGTGTGTGTATATATATA;SbPval=0.92;Source=Platypus;TC=78;TCF=56;TCR=22;TR=19,44;WE=215013809;WS=215013765;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:59,19:0.24:78
chr2	215013801	.	GT	GTATAT,GTGTATAT	1673.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=0.630;ClippingRankSum=0.000;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=4.042;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.658;NF=16,27;NR=3,17;PP=330,280;ReadPosRankSum=0.768;SC=GTGTGTGTGTGTATATATATA;SOR=1.695;SbPval=0.92;Source=Platypus;TC=78;TCF=56;TCR=22;TR=19,44;WE=215013809;WS=215013765;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.38,0.45:53
chr2	215102929	rs1912207	T	A	11406.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=438;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=154;NR=109;PP=2965;SC=TGTTACCTCATATTGAAGTTG;SOR=0.923;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=264;TCF=154;TCR=110;TR=263;WE=215102937;WS=215102919;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,431:1.00:431
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chr2	215595645	rs16852600	C	T	3609.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.347;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=257;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.014;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=72;NR=44;PP=1858;ReadPosRankSum=-1.303;SC=CTATACTGCTCATTTTGACAG;SOR=0.799;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=174;TCF=105;TCR=69;TR=116;WE=215595653;WS=215595635;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:91,162:0.64:253
chr2	215595765	rs6435849	C	G	8306.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=321;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=82;NR=126;PP=2965;SC=AACAGCGCTTCCTAAAATAAA;SOR=1.001;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=208;TCF=82;TCR=126;TR=208;WE=215595773;WS=215595755;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,317:1.00:317
chr2	215595861	rs34664471	G	GA,GAA	860.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=0.806;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.052;HP=10;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=36;PP=513;ReadPosRankSum=-0.825;SC=GGCTTTGCAGGAAAAAAAAAA;SOR=2.093;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=55;TCF=0;TCR=55;TR=36;WE=215595880;WS=215595850;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.61,0.27:51
chr2	215595872	rs28685662	G	A	2183.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.41;QD=42.00;SOR=3.830;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
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chr2	215610638	rs4986842	A	G	2015.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.153;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=253;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.613;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=62;PP=1364;ReadPosRankSum=1.320;SC=CAAAGACATTAAACAGACTGT;SOR=0.516;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=202;TCF=42;TCR=160;TR=80;WE=215610646;WS=215610628;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:150,94:0.39:244
chr2	215632124	rs5031008	ATT	A	2071.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=2.483;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.064;HP=5;HapScore=2;MGOF=30;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.382;NF=28;NR=13;PP=1463;ReadPosRankSum=0.774;SC=CAACTTGACTATTTTAAAGTC;SOR=1.133;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=88;TCF=57;TCR=31;TR=41;WE=215632133;WS=215632114;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,55:0.52:106
chr2	215632155	rs5031009	T	C	2440.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.466;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=39;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.264;NF=56;NR=22;PP=1460;ReadPosRankSum=-2.013;SC=CACACCTTGATTCAAGAATAT;SOR=0.672;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=143;TCF=102;TCR=41;TR=78;WE=215632163;WS=215632145;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,107:0.56:191
chr2	215632192	rs5031011	G	A	4249.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.943;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=328;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.916;HP=2;HapScore=1;MGOF=34;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=1.168;NF=82;NR=37;PP=2150;ReadPosRankSum=-2.168;SC=TAATTTTTACGTTGAACTACT;SOR=0.820;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=212;TCF=140;TCR=72;TR=119;WE=215632200;WS=215632182;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:131,194:0.60:325
chr2	215632255	rs2070094	C	T	7425.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.410;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=564;ExcessHet=3.0103;FS=1.814;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.04;MQRankSum=1.105;QD=13.28;ReadPosRankSum=1.149;SOR=0.844;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:211,348:0.62:559
chr2	215632255	.	CA	TG	2944	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;FR=0.5000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MMLQ=22;MQ=60.03;NF=119;NR=86;PP=2944;QD=20;SC=ACTATATCCACATGCCCATTC;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=356;TCF=196;TCR=160;TR=205;WE=215632264;WS=215632245;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:151,205:0.58:356
chr2	215632256	rs2070093	A	G	21067.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.656;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=566;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.04;MQRankSum=0.090;QD=37.49;ReadPosRankSum=-0.974;SOR=0.439;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,561:1.00:562
chr2	215634055	rs6704780	C	T	2114.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.237;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.438;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=47;PP=1201;ReadPosRankSum=-1.146;SC=ATGAACAAAACGGAAATTAAA;SOR=0.849;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=105;TCF=40;TCR=65;TR=76;WE=215634063;WS=215634045;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,95:0.67:141
chr2	215645464	rs2229571	C	G	8970.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.897;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=616;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.548;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=121;NR=137;PP=2962;ReadPosRankSum=0.439;SC=TACTGTTTTTCCTCCCTGATG;SOR=0.785;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=397;TCF=190;TCR=207;TR=258;WE=215645472;WS=215645454;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:212,391:0.65:603
chr2	215657182	rs56130510	TA	T	83.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.756;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FS=0.967;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.71;ReadPosRankSum=-0.411;SOR=0.744;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:88,30:0.25:118
chr2	215674090	rs35933323	T	G	20995.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=774;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=249;NR=192;PP=2965;SC=CCAGAAACTGTGCGACCCGTG;SOR=0.879;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=441;TCF=249;TCR=192;TR=441;WE=215674098;WS=215674080;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,772:1.00:772
chr2	215674224	rs1048108	G	A	5203.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-2.762;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=356;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.554;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=114;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.657;SC=TCCATGGCGGGCGCGGAACGA;SOR=0.493;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=273;TCF=92;TCR=181;TR=176;WE=215674232;WS=215674214;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:118,229:0.66:347
chr2	215674323	rs1129804	C	G	3616.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=38;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=18;NR=54;PP=1690;SC=AGGCTCCTCGCAGAGCGGGAA;SOR=1.609;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=73;TCF=18;TCR=55;TR=72;WE=215674331;WS=215674313;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr2	215674341	rs17489363	A	G	3090.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=48;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=16;NR=37;PP=1052;SC=GAAGCAAGGAAGCCTCGGGAA;SOR=1.284;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=58;TCF=16;TCR=42;TR=53;WE=215674349;WS=215674331;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr2	215674371	rs34732883	C	T	1369.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.34;SOR=1.358;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr2	215797332	rs17426207	C	T	4220.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=72;NR=42;PP=2112;SC=ATTGGTCACACGCTGAGATTG;SOR=1.136;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=115;TCF=72;TCR=43;TR=114;WE=215797340;WS=215797322;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,160:1.00:160
chr2	215797527	rs10532785	AATTC	A	2196.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=1;NR=33;PP=1667;SC=AAATAAAGTTAATTCATTCTC;SOR=2.494;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=37;TCF=1;TCR=36;TR=34;WE=215797538;WS=215797517;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr2	215802112	rs3738884	G	A	1452.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=38;NR=8;PP=1061;SC=TTGTAGAGACGGGGTTTCACC;SOR=2.701;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=46;TCF=38;TCR=8;TR=46;WE=215802120;WS=215802102;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr2	215812297	rs2274412	G	A	4434.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=43;NR=60;PP=2021;SC=GCAATAAAAGGGGAGTTAGGT;SOR=0.900;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=103;TCF=43;TCR=60;TR=103;WE=215812305;WS=215812287;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,168:1.00:168
chr2	215820013	rs10498027	G	A	10749.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=421;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=119;NR=132;PP=2965;SC=TGACACAGACGTAAGTGATGA;SOR=0.752;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=253;TCF=121;TCR=132;TR=251;WE=215820021;WS=215820003;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,416:1.00:416
chr2	215821549	rs373508320	CA	C	101.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.347;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FS=5.870;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.78;ReadPosRankSum=-2.236;SOR=0.136;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,16:0.28:57
chr2	215821580	rs17492577	T	C	1396.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=35;PP=1099;SC=CCCATCTAGTTTAAAACTGCA;SOR=4.125;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=38;TCF=3;TCR=35;TR=38;WE=215821588;WS=215821570;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr2	215833415	rs4673925	A	G	1992.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=37;NR=16;PP=1087;SC=TCATTTGTATAACATTCCAGA;SOR=1.308;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=53;TCF=37;TCR=16;TR=53;WE=215833423;WS=215833405;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr2	215833622	rs6756540	G	T	1077.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=23;PP=712;SC=TCAACTTTTTGTTTCTGTTAG;SOR=2.368;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=28;TCF=5;TCR=23;TR=28;WE=215833630;WS=215833606;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr2	215840414	rs17493319	C	A	799.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=22;NR=4;PP=575;SC=CTTCTAAGTACTTTATTCTCC;SOR=2.833;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=22;TCR=4;TR=26;WE=215840422;WS=215840404;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr2	215840829	rs7594021	A	G	716.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=17;PP=470;SC=AACTTCAGAAACTATATATAA;SOR=2.066;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=21;TCF=4;TCR=17;TR=21;WE=215840837;WS=215840819;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr2	215848034	rs7608150	T	C	177.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=4;PP=89;SC=ATCACCCTGGTTGCTCTTTGA;SOR=1.609;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=5;TCF=1;TCR=4;TR=5;WE=215848042;WS=215848024;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr2	215851246	rs7559069	A	G	2333.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=54;NR=17;PP=1638;SC=ATGGCAATAAATGTCAAAAAG;SOR=2.303;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=71;TCF=54;TCR=17;TR=71;WE=215851254;WS=215851236;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr2	215855780	rs4533467	G	A	5245.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=44;NR=86;PP=2518;SC=AATGTGAGGCGCTTGTTATGC;SOR=1.317;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=131;TCF=45;TCR=86;TR=130;WE=215855788;WS=215855770;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,197:1.00:197
chr2	215862383	rs1980844	G	A	2555.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=57;NR=23;PP=1678;SC=TCTATGAACAGGACTTATTCA;SOR=1.688;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=80;TCF=57;TCR=23;TR=80;WE=215862391;WS=215862373;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr2	215862633	rs1326748	C	G	1908.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=51;PP=1397;SC=TTACATTGAACTTATGATCGT;SOR=3.716;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=54;TCF=3;TCR=51;TR=54;WE=215862641;WS=215862623;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr2	215872334	rs940279	G	A	4708.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=85;NR=39;PP=2480;SC=CTGGAAGAGAGGCAATTTAAT;SOR=1.356;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=124;TCF=85;TCR=39;TR=124;WE=215872342;WS=215872324;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,176:1.00:176
chr2	215874965	rs6733264	G	T	1331.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=33;NR=5;PP=855;SC=AAGATAGAAAGAAATCAGTCA;SOR=3.516;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=33;TCR=5;TR=38;WE=215874973;WS=215874955;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr2	215875251	rs1409607	A	T	2641.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=18;NR=64;PP=1791;SC=ATCCATTTCCACATGGCAAAT;SOR=2.435;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=82;TCF=18;TCR=64;TR=82;WE=215875259;WS=215875241;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr2	215876166	rs7560008	A	T	1359.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=33;NR=8;PP=909;SC=TACTCACTGGAATTTATGGGA;SOR=2.786;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=33;TCR=8;TR=41;WE=215876174;WS=215876156;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr2	215876589	.	GT	G	103.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.348;ClippingRankSum=0.000;DP=105;ExcessHet=3.0103;FS=0.987;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.04;ReadPosRankSum=0.664;SOR=0.862;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:78,22:0.22:100
chr2	215878240	rs7594353	G	A	5075.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.52;SOR=1.528;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr2	215878246	rs10192100	C	T	5132.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.50;SOR=1.382;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr2	215880108	rs6753310	C	T	902.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=24;NR=2;PP=696;SC=TTCCAAAAGCCGAATAAATGG;SOR=3.407;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=26;TCF=24;TCR=2;TR=26;WE=215880116;WS=215880098;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr2	215890312	rs2177423	A	G	834.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.74;SOR=1.402;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr2	215890324	rs5838479	G	GT	873.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=37.99;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr2	215890352	rs5838480	GTT	G	1048.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.571;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=3.641;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=28.34;ReadPosRankSum=0.611;SOR=0.761;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,36:0.97:37
chr2	215928677	rs12694351	G	C	2676.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=1.387;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.351;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=17;PP=1851;ReadPosRankSum=1.950;SC=CACATTTATAGACAGAGAAAA;SOR=2.160;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=79;TCF=62;TCR=17;TR=79;WE=215928685;WS=215928667;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,96:0.98:98
chr2	215928972	rs1523721	G	C	2714.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=11;NR=65;PP=2095;SC=CATTACATCAGTATGGCACAT;SOR=3.180;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=76;TCF=11;TCR=65;TR=76;WE=215928980;WS=215928962;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr2	215976231	rs2948978	A	T	469.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=0;PP=404;SC=ACAAAAAAAAATTTTTGAAAT;SOR=5.283;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=16;TCR=0;TR=16;WE=215976239;WS=215976221;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr2	216176780	rs28366034	C	T	712.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.279;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.400;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=11;PP=396;ReadPosRankSum=-1.288;SC=GCTTCCTGAGCCGCCACATCC;SOR=1.119;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=82;TCF=47;TCR=35;TR=32;WE=216176788;WS=216176770;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:98,44:0.31:142
chr2	216176824	rs28366035	C	T	900.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.821;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.346;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=18;PP=410;ReadPosRankSum=0.725;SC=GTGGTGCCGCCGCTGCTGCCT;SOR=0.543;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=96;TCF=45;TCR=51;TR=37;WE=216176832;WS=216176814;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:101,54:0.35:155
chr2	216182769	rs4672766	A	T	3012.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=63;NR=19;PP=1945;SC=CAGAATTTTCACGTTGAATTC;SOR=2.189;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=82;TCF=63;TCR=19;TR=82;WE=216182777;WS=216182759;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr2	216190654	rs7563206	C	T	3235.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=65;NR=29;PP=1941;SC=TATTTAAAAGCGGTTCATAAG;SOR=1.453;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=95;TCF=65;TCR=30;TR=94;WE=216190662;WS=216190644;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr2	216190691	rs2177737	A	C	5129.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=82;NR=47;PP=2289;SC=AAAATCAATAAGTCTTTTGTT;SOR=1.115;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=129;TCF=82;TCR=47;TR=129;WE=216190699;WS=216190681;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,195:1.00:195
chr2	216191515	rs6751557	C	T	1842.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=47;NR=9;PP=1341;SC=AAGTGCTGCTCGTGTCTCACA;SOR=2.797;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=57;TCF=48;TCR=9;TR=56;WE=216191523;WS=216191505;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr2	216198049	rs10179873	A	G	2214.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.692;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=19;PP=1352;ReadPosRankSum=-0.752;SC=TTCTTTGTTTATGATTTTACT;SOR=0.683;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=101;TCF=75;TCR=26;TR=75;WE=216198057;WS=216198039;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,89:0.72:123
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chr2	216212279	rs4673992	G	C	10928.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.673;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=425;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=157;NR=124;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.802;SC=AAAACAGAAGGCTGCTAATCA;SOR=0.882;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=283;TCF=158;TCR=125;TR=281;WE=216212287;WS=216212269;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,414:1.00:416
chr2	216213678	.	TA	T	72.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.778;ClippingRankSum=0.000;DP=110;ExcessHet=3.0103;FS=1.160;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.71;ReadPosRankSum=1.448;SOR=0.468;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:81,22:0.21:103
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chr2	216226642	rs13394662	A	C	781.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.478;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.518;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=10;PP=487;ReadPosRankSum=0.527;SC=TACCTGTAGAAAGAGACTGTC;SOR=0.400;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=36;TCF=25;TCR=11;TR=28;WE=216226650;WS=216226632;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,37:0.82:45
chr2	216229850	rs7579867	C	T	3885.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.664;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=295;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=88;PP=2121;ReadPosRankSum=1.226;SC=TCCCTAAGAGCAGTACTGCTA;SOR=0.672;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=223;TCF=80;TCR=143;TR=139;WE=216229858;WS=216229840;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:111,177:0.61:288
chr2	216232556	rs7568287	C	T	2471.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.647;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=20;PP=1460;ReadPosRankSum=-0.447;SC=GAGACAAACACGGAAGTGGAT;SOR=0.683;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=135;TCF=99;TCR=36;TR=83;WE=216232564;WS=216232546;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,105:0.63:167
chr2	216235089	rs1250209	C	T	14129.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=557;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=149;NR=160;PP=2965;SC=TCCACTATGACGTTGTAGGTG;SOR=0.760;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=309;TCF=149;TCR=160;TR=309;WE=216235097;WS=216235079;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,552:1.00:552
chr2	216235277	.	CA	C	127.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.621;ClippingRankSum=0.000;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=2.959;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.19;MQRankSum=1.437;QD=2.72;ReadPosRankSum=-0.641;SOR=0.298;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,16:0.34:47
chr2	216236532	rs10804241	G	A	655.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.135;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.933;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=6;PP=285;ReadPosRankSum=-0.178;SC=CATCACACCCGGCCATGAAGC;SOR=0.468;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=54;TCF=39;TCR=15;TR=20;WE=216236540;WS=216236522;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,33:0.41:81
chr2	216237929	rs2289199	A	T	263.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=3.563;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=0;PP=177;ReadPosRankSum=2.081;SC=GCTGTTAGATAAAAAAAATCA;SOR=0.814;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=39;TCF=37;TCR=2;TR=11;WE=216237937;WS=216237920;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,13:0.29:45
chr2	216240126	rs3214672	AAC	A	1718.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.602;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.579;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=1.940;NF=7;NR=18;PP=911;ReadPosRankSum=2.051;SC=GCTGAAAGAAAACAAAATTAA;SOR=0.770;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=86;TCF=24;TCR=62;TR=25;WE=216240135;WS=216240116;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:115,62:0.35:177
chr2	216242917	rs1132741	T	A	2253.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-1.220;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=398;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=26;PP=834;ReadPosRankSum=0.509;SC=TGGTGACAACTCCCTGAGCTG;SOR=0.678;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=236;TCF=151;TCR=85;TR=70;WE=216242925;WS=216242907;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:264,131:0.33:395
chr2	216243832	rs1250204	T	C	10777.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=418;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=161;NR=92;PP=2965;SC=TTTATTCCAATGAACAACGGT;SOR=1.091;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=253;TCF=161;TCR=92;TR=253;WE=216243840;WS=216243822;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,407:1.00:407
chr2	216248305	rs1250203	G	T	1801.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=50;PP=1381;SC=TCGAATGATCGCTTACATGAG;SOR=3.538;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=56;TCF=6;TCR=50;TR=56;WE=216248313;WS=216248295;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr2	216248707	rs35639338	TAA	T	714.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.314;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.983;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=3;PP=188;ReadPosRankSum=0.307;SC=TCTGAATAAGTAAAAGCTGGT;SOR=0.548;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=37;TCF=22;TCR=15;TR=8;WE=216248716;WS=216248697;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,22:0.28:79
chr2	216249587	rs13652	C	T	3800.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=56;NR=37;PP=1751;SC=CTGTACCTGTCTCTCCGTAAG;SOR=1.006;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=93;TCF=56;TCR=37;TR=93;WE=216249595;WS=216249577;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,144:1.00:144
chr2	216249819	rs1250201	C	T	513.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=8;PP=274;SC=GTAAATACTACGTGTAATTAG;SOR=1.493;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=4;TCR=8;TR=12;WE=216249827;WS=216249809;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr2	216251697	rs35343655	G	A	228.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.737;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=9;PP=172;ReadPosRankSum=2.214;SC=TTTCCCACCCGGGGGAGGAAG;SOR=0.888;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=35;TCF=7;TCR=28;TR=11;WE=216251705;WS=216251687;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,13:0.30:44
chr2	216253039	rs1250215	G	C	3477.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.363;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=291;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=61;PP=1275;ReadPosRankSum=1.419;SC=AGGGGCAAATGGGGCTTATTT;SOR=0.697;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=192;TCF=85;TCR=107;TR=109;WE=216253047;WS=216253029;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:116,171:0.60:287
chr2	216262621	rs6725958	A	C	1770.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.365;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=234;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.638;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=37;PP=878;ReadPosRankSum=0.083;SC=TTTCCAGAGGACTGTTACTGC;SOR=0.817;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=136;TCF=54;TCR=82;TR=59;WE=216262629;WS=216262611;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:140,92:0.40:232
chr2	216263926	rs2692224	C	A	697.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.100;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=8;PP=1300;ReadPosRankSum=-0.568;SC=TACATGGGAACCACAAGGACA;SOR=0.650;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=74;TCF=50;TCR=24;TR=24;WE=216263946;WS=216263916;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,36:0.36:101
chr2	216263938	rs3832178	C	CT	1100.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.231;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.715;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=9;PP=1292;ReadPosRankSum=0.929;SC=ACAAGGACAGCTCAGGGCTGT;SOR=0.778;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=67;TCF=36;TCR=31;TR=21;WE=216263946;WS=216263916;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,41:0.31:131
chr2	216269030	.	T	TTTTTTG	1280.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.127;ClippingRankSum=0.000;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=1.092;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.66;MQRankSum=1.543;QD=20.01;ReadPosRankSum=1.068;SOR=0.536;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,37:0.58:64
chr2	216269031	rs7575551	G	T	999.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.579;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FS=2.090;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.34;MQRankSum=-2.562;QD=14.08;ReadPosRankSum=-1.095;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:43,28:0.39:71
chr2	216269033	rs72943909	T	G	996.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.500;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FS=2.077;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.45;MQRankSum=-2.657;QD=13.65;ReadPosRankSum=-0.579;SOR=1.044;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:45,28:0.38:73
chr2	216269046	rs56380797	G	T	2085.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.126;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FS=4.096;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.11;MQRankSum=2.413;QD=21.73;ReadPosRankSum=-1.721;SOR=0.389;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,63:0.66:96
chr2	216269095	rs13306359	C	T	2515.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.938;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.723;HP=2;HapScore=1;MGOF=33;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=2.360;NF=41;NR=34;PP=1271;ReadPosRankSum=0.779;SC=AGAAAAGGCACTTAATTTTCA;SOR=0.444;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=118;TCF=68;TCR=50;TR=75;WE=216269103;WS=216269085;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,114:0.66:174
chr2	216269209	rs1053238	T	G	3616.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.620;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=242;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.135;HP=4;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=49;PP=1708;ReadPosRankSum=0.485;SC=GATTCCTCAGTGGGTACTTGG;SOR=0.523;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=152;TCF=79;TCR=73;TR=98;WE=216269217;WS=216269199;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,159:0.68:235
chr2	216269254	rs7589580	T	G	3863.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.417;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=268;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=56;PP=1870;ReadPosRankSum=-0.730;SC=GCCTGGGCTGTCCTCTTCGGG;SOR=0.677;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=165;TCF=80;TCR=85;TR=107;WE=216269262;WS=216269244;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:92,172:0.65:264
chr2	216271812	rs7592898	A	T	1329.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-3.102;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=6;PP=1018;ReadPosRankSum=0.691;SC=AACAATCCTGATAAGATAACA;SOR=0.924;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=64;TCF=56;TCR=8;TR=49;WE=216271820;WS=216271802;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,51:0.75:68
chr2	216272819	rs7570208	C	G	1115.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=5.571;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.029;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=6;PP=759;ReadPosRankSum=-1.071;SC=AAGAGGGGGACGCTTAGCTGA;SOR=1.426;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=95;TCF=77;TCR=18;TR=39;WE=216272827;WS=216272809;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,44:0.42:104
chr2	216272900	rs2577301	T	G	12349.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.039;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=380;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=32.50;ReadPosRankSum=1.259;SOR=0.344;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,379:1.00:380
chr2	216272900	.	TGTCAGGA	GGTCAGGA,GGTCAGGT	2830	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.51;FR=0.5000,0.5000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=141,47;NR=99,36;PP=2830,1099;QD=20;SC=TCCACAGTCGTGTCAGGAGGG;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=241;TCF=142;TCR=99;TR=240,83;WE=216272915;WS=216272890;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:1.00:241
chr2	216272907	rs7596677	A	T	2445.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.090;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=418;ExcessHet=3.0103;FS=0.555;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.85;ReadPosRankSum=1.384;SOR=0.643;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:279,139:0.33:418
chr2	216273212	rs78210391	C	A	3337.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-0.962;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.603;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=75;PP=1859;ReadPosRankSum=0.827;SC=GACTCTACAGCTTATAAGAAG;SOR=0.637;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=153;TCF=48;TCR=105;TR=108;WE=216273220;WS=216273202;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,146:0.72:202
chr2	216274853	rs5838511	AAC	A,AACAC	3389.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=2.151;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.754;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.805;NF=12,12;NR=61,61;PP=2135,1503;ReadPosRankSum=0.645;SC=AATTTAAATTAACACACACAC;SOR=0.789;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=96;TCF=14;TCR=82;TR=73,73;WE=216274864;WS=216274843;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.44,0.40:177
chr2	216283958	rs3796123	T	A	2454.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.091;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=454;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=38;PP=1325;ReadPosRankSum=-0.116;SC=GTAATAGAGCTACTTACTTGG;SOR=0.707;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=300;TCF=176;TCR=124;TR=96;WE=216283966;WS=216283948;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:307,141:0.31:448
chr2	216288841	rs56137176	T	C	1745.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.235;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=19;PP=1138;ReadPosRankSum=1.310;SC=TTTTTCTCACTTCTGTGGCTC;SOR=0.780;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=84;TCF=60;TCR=24;TR=62;WE=216288849;WS=216288831;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,74:0.69:108
chr2	216295312	rs1250241	T	A	1901.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=49;NR=9;PP=1320;SC=TTTTCTTGACTTCCAGAAGTT;SOR=2.799;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=58;TCF=49;TCR=9;TR=58;WE=216295320;WS=216295302;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr2	216296730	.	AT	A	48.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.176;ClippingRankSum=0.000;DP=512;ExcessHet=3.0103;FS=2.546;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.11;ReadPosRankSum=-0.076;SOR=0.530;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:390,69:0.15:459
chr2	216299281	rs1250246	A	C	284.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.968;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=2;PP=200;ReadPosRankSum=-0.951;SC=AAATATAAGCAGTTTTTAAAC;SOR=0.353;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=61;TCF=53;TCR=8;TR=17;WE=216299289;WS=216299280;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,17:0.28:61
chr2	216299550	rs2577290	GC	AA	3338.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.380;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=575;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.929;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=2.485;NF=38;NR=79;PP=2944;ReadPosRankSum=0.936;SC=ACAACCGGCTGCAAATAATTG;SOR=0.852;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=377;TCF=130;TCR=247;TR=117;WE=216299559;WS=216299540;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:383,187:0.33:570
chr2	216299571	rs10648691	T	TTAC	4256.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=2.657;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=405;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.048;HP=1;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=2.519;NF=3;NR=67;PP=2921;ReadPosRankSum=1.452;SC=AAGGAAAACGTTACATTTGCA;SOR=1.008;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=210;TCF=6;TCR=204;TR=70;WE=216299579;WS=216299561;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:256,122:0.32:378
chr2	216299629	rs1250247	C	G	3465.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=93;PP=2564;SC=TGAATATTGACGTACATATTT;SOR=3.836;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=106;TCF=13;TCR=93;TR=106;WE=216299637;WS=216299619;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr2	216300482	rs1250259	T	A	5140.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=46;NR=75;PP=2512;SC=CCCCAGGCACTGGACGGCCAG;SOR=1.057;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=121;TCF=46;TCR=75;TR=121;WE=216300490;WS=216300472;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,190:1.00:190
chr2	216808152	rs6435927	C	A	1126.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.858;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=257;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.506;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=23;PP=514;ReadPosRankSum=-1.265;SC=ATGTGCAAGTCTGCATGAGAG;SOR=0.689;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=161;TCF=82;TCR=79;TR=46;WE=216808160;WS=216808142;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:181,73:0.29:254
chr2	216808354	rs150285041	G	A	671.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.771;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.922;NF=2;NR=13;PP=292;ReadPosRankSum=-0.563;SC=GACGAGGTCAGGAGATCGAGA;SOR=0.602;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=25;TCF=4;TCR=21;TR=15;WE=216808362;WS=216808344;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,29:0.69:42
chr2	216810468	rs62183184	A	C	7164.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.072;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=480;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=75;NR=114;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.931;SC=CTAAGGTAGAAAAATGGACCA;SOR=0.699;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=295;TCF=118;TCR=177;TR=189;WE=216810476;WS=216810458;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:158,319:0.67:477
chr2	216810612	rs74371935	C	T	184.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.365;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.85;ReadPosRankSum=-0.806;SOR=0.522;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,12:0.25:48
chr2	216811707	rs1344695	G	T	4970.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=87;NR=36;PP=2491;SC=TGATCACAACGAGTTATTTTT;SOR=1.445;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=124;TCF=87;TCR=37;TR=123;WE=216811715;WS=216811697;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,180:1.00:180
chr2	216861273	rs2303845	T	C	821.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=1.671;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=23;PP=625;ReadPosRankSum=-0.112;SC=ACAATATCAATTAAAACTTAT;SOR=0.655;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=45;TCF=10;TCR=35;TR=30;WE=216861281;WS=216861263;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,33:0.67:49
chr2	216878008	rs1864253	C	G	9817.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=2.193;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=709;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=108;NR=183;PP=2962;ReadPosRankSum=-3.252;SC=CACTCGCACCCGCAGCAGCAG;SOR=0.718;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=458;TCF=171;TCR=287;TR=291;WE=216878016;WS=216877998;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:252,438:0.63:690
chr2	216965010	rs61732363	C	T	4093.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.562;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=680;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=77;NR=68;PP=1988;ReadPosRankSum=0.260;SC=TCGTTCTCTTCTATCCAGTGC;SOR=0.741;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=407;TCF=215;TCR=192;TR=145;WE=216965018;WS=216965000;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:445,227:0.34:672
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chr2	217012901	rs207906	A	G	5793.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.162;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=377;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.448;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=73;NR=84;PP=2522;ReadPosRankSum=0.336;SC=AGGTGACAACAAAAAGTCAGA;SOR=0.565;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=227;TCF=101;TCR=126;TR=157;WE=217012909;WS=217012891;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:109,263:0.71:372
chr2	217024697	rs58550995	CT	C	98.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.486;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.15;ReadPosRankSum=0.551;SOR=0.752;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,13:0.28:46
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chr2	217055171	rs12470053	A	G	3477.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=20;NR=82;PP=2386;SC=CATTCTCAATATGAATAGCAG;SOR=2.507;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=102;TCF=20;TCR=82;TR=102;WE=217055179;WS=217055161;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr2	217057484	rs1805381	T	A	683.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.863;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FS=1.574;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.03;ReadPosRankSum=-0.544;SOR=0.529;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:94,42:0.31:136
chr2	217069151	rs1438162	A	G	5678.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.728;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=377;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.024;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=112;PP=2838;ReadPosRankSum=0.572;SC=CTGGTGTTCTATGATTGAAGT;SOR=0.875;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=271;TCF=99;TCR=172;TR=173;WE=217069159;WS=217069141;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:120,252:0.68:372
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chr2	217123958	rs169616	T	C	724.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-1.854;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.099;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=8;PP=354;ReadPosRankSum=0.770;SC=CTGTTGGCTCTGGGGGTGCCA;SOR=0.402;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=74;TCF=54;TCR=20;TR=26;WE=217123966;WS=217123948;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,36:0.40:89
chr2	217148417	rs876771	C	A	1591.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.120;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=302;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.463;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=44;PP=928;ReadPosRankSum=1.921;SC=TGCACTTGACCGAGCCATCAC;SOR=0.727;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=202;TCF=73;TCR=129;TR=71;WE=217148425;WS=217148407;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:199,93:0.32:292
chr2	217280261	rs10582846	GTT	G	122.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.273;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.73;ReadPosRankSum=0.466;SOR=0.404;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,10:0.22:45
chr2	217280876	rs71577872	T	C	1000.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.140;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FS=0.614;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.70;ReadPosRankSum=-0.786;SOR=0.787;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:154,59:0.28:213
chr2	217281150	rs3214962	AC	A	342.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=0.534;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.123;HP=9;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=13;PP=149;ReadPosRankSum=-0.609;SC=CTTTCAGGGCACCCCCCCCAA;SOR=0.479;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=58;TCF=3;TCR=55;TR=14;WE=217281158;WS=217281140;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,20:0.27:74
chr2	217311315	rs72948623	A	G	2533.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=2.655;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=459;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.692;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=31;PP=1204;ReadPosRankSum=0.551;SC=TTCCTGTCCAATGCTGGATTC;SOR=0.938;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=283;TCF=166;TCR=117;TR=88;WE=217311323;WS=217311305;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:309,141:0.31:450
chr2	217315787	rs2066527	T	C	1695.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.356;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=271;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=41;PP=799;ReadPosRankSum=1.073;SC=AGGACAAAACTGTGAGTCCAG;SOR=0.663;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=185;TCF=73;TCR=112;TR=67;WE=217315795;WS=217315777;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:169,96:0.36:265
chr2	217329432	rs34170201	C	CA	216.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.179;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=289;ExcessHet=3.0103;FS=0.702;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.07;MQRankSum=0.000;QD=1.01;ReadPosRankSum=0.480;SOR=0.708;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:171,44:0.20:215
chr2	217342000	rs284523	T	C	671.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=2.498;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.657;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=16;PP=451;ReadPosRankSum=1.175;SC=TATGTTTACTTTGCTCCCAAA;SOR=0.966;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=69;TCF=25;TCR=44;TR=24;WE=217342008;WS=217341990;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,36:0.33:109
chr2	217342063	rs205980	A	G	356.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.343;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=1.306;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.30;ReadPosRankSum=0.129;SOR=0.381;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,20:0.47:43
chr2	217343136	rs5838586	G	GC	502.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=1.260;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=14;PP=500;ReadPosRankSum=1.063;SC=ACCTCCCCCAGCCTAGAGCTG;SOR=0.813;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=32;TCF=1;TCR=31;TR=15;WE=217343144;WS=217343126;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,19:0.43:44
chr2	217347428	rs71579835	C	T	1386.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.148;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.541;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=10;PP=552;ReadPosRankSum=-0.541;SC=CTGGGCTCTTCCTTTTATCTT;SOR=0.754;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=145;TCF=103;TCR=42;TR=41;WE=217347436;WS=217347418;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:149,75:0.33:224
chr2	217364452	rs284573	C	G	729.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=2.323;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=3;PP=554;ReadPosRankSum=-2.202;SC=GTCTGTGCATCTAATACCATT;SOR=0.760;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=40;TCF=35;TCR=5;TR=25;WE=217364460;WS=217364442;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,28:0.62:45
chr2	217364539	rs284572	C	T	5689.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=70;NR=57;PP=2450;SC=ACAGCAATCCCTGTTTTGTTT;SOR=0.861;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=127;TCF=70;TCR=57;TR=127;WE=217364547;WS=217364529;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,217:1.00:217
chr2	217498290	rs5838590	C	CGCCGCTGCT	1796.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=2;NR=17;PP=2982;SC=CTGCCGCCGCCGCCGCTGCTG;SOR=1.203;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=24;TCF=2;TCR=22;TR=19;WE=217498298;WS=217498280;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr2	217525243	rs9341201	T	C	4485.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.389;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=266;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.520;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=80;NR=45;PP=1957;ReadPosRankSum=-0.210;SC=TCTGGGAAACTGGACCTGGAG;SOR=0.656;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=180;TCF=115;TCR=65;TR=125;WE=217525251;WS=217525233;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,196:0.74:264
chr2	217526521	rs9341206	C	T	3387.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=1.030;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.988;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=89;NR=35;PP=2159;ReadPosRankSum=2.817;SC=TTGCGTCTGGCGCGTGCTTCG;SOR=1.112;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=189;TCF=131;TCR=58;TR=124;WE=217526529;WS=217526511;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,144:0.62:232
chr2	217528609	rs9341218	A	G	3314.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.142;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=268;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.151;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=81;NR=41;PP=1797;ReadPosRankSum=1.017;SC=GTTGAGGGACAGAAGGAAAGT;SOR=0.994;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=204;TCF=131;TCR=73;TR=122;WE=217528617;WS=217528599;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:106,158:0.60:264
chr2	217541426	rs11575205	C	T	2540.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.872;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=91;NR=0;PP=2962;ReadPosRankSum=0.605;SC=TGGCTGGAGTCGGGGCTGGGG;SOR=1.126;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=175;TCF=134;TCR=41;TR=91;WE=217541445;WS=217541416;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,104:0.66:158
chr2	217541437	rs11575204	G	A	2451.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.436;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.32;ReadPosRankSum=0.983;SOR=1.058;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:65,119:0.65:184
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chr2	218577575	rs1835333	T	A	597.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=16;NR=3;PP=380;SC=AGTTTGCATCTGTCACCCACC;SOR=3.160;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=19;TCF=16;TCR=3;TR=19;WE=218577583;WS=218577565;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr2	218577819	rs1430120	C	G	2977.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.588;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=51;PP=1390;ReadPosRankSum=0.397;SC=CTTCACCCCCCCTCACCTGGG;SOR=0.705;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=136;TCF=55;TCR=81;TR=85;WE=218577827;WS=218577809;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,138:0.63:219
chr2	218604247	rs4672848	A	C	5799.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.62;SOR=1.467;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,210:1.00:210
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chr2	218672657	rs2241451	C	T	264.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=0.767;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=3;PP=142;ReadPosRankSum=-0.461;SC=AAGCTTCACTCGGAAGCTGAG;SOR=0.804;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=23;TCF=15;TCR=8;TR=10;WE=218672665;WS=218672647;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,14:0.38:37
chr2	218674697	rs918949	C	T	6433.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=247;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=55;NR=111;PP=2965;SC=ACAGAGTTGACGAAGAGCACA;SOR=1.217;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=166;TCF=55;TCR=111;TR=166;WE=218674705;WS=218674687;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,242:1.00:242
chr2	218675144	rs918950	G	A	5700.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=63;NR=87;PP=2775;SC=CAGAAGGAACGCTGCTTTTCA;SOR=0.987;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=150;TCF=63;TCR=87;TR=150;WE=218675152;WS=218675134;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,214:1.00:214
chr2	218675199	rs1035672	G	A	2541.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=16;NR=54;PP=1524;SC=CAGTCTGAACGTTTGATGATT;SOR=2.007;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=70;TCF=16;TCR=54;TR=70;WE=218675207;WS=218675189;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr2	218679599	rs2059408	T	C	631.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.755;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.800;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=9;PP=411;ReadPosRankSum=-0.705;SC=CTCAGCCAGCTATGGCCTCTG;SOR=0.856;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=85;TCF=56;TCR=29;TR=29;WE=218679607;WS=218679589;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,35:0.32:108
chr2	218682474	rs12694422	A	G	5724.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.531;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=446;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.803;HP=6;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=108;NR=80;PP=2760;ReadPosRankSum=0.772;SC=TGCTGCCCCCACTGGGACTGG;SOR=0.880;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=288;TCF=159;TCR=129;TR=188;WE=218682482;WS=218682464;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:166,275:0.62:441
chr2	218682771	rs3796026	A	G	8824.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.314;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=677;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.537;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=137;NR=106;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.269;SC=TAGAATAGCCACCATAGGCCA;SOR=0.782;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=389;TCF=214;TCR=175;TR=243;WE=218682779;WS=218682761;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:259,415:0.62:674
chr2	218683154	rs2571445	A	G	8391.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=322;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=105;NR=97;PP=2965;SC=ATGGCCCGCCAGCCGAAGCCA;SOR=0.712;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=203;TCF=105;TCR=98;TR=202;WE=218683162;WS=218683144;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,313:1.00:313
chr2	218683257	rs2571442	A	G	6124.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=2.041;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=506;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.750;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=91;NR=76;PP=2962;ReadPosRankSum=-2.141;SC=ACTGAGCTCGAGCCTGGCTTT;SOR=0.730;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=285;TCF=147;TCR=138;TR=167;WE=218683265;WS=218683247;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:226,277:0.55:503
chr2	218683368	rs34144104	C	T	5100.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.578;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=328;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.682;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=89;PP=2403;ReadPosRankSum=2.818;SC=TCTGGGCAGACGGGCTGGGCT;SOR=0.546;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=222;TCF=88;TCR=134;TR=151;WE=218683376;WS=218683358;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:96,227:0.70:323
chr2	218694510	rs55877504	CT	C	4952.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.885;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.809;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=35;PP=2948;ReadPosRankSum=0.946;SC=TCAAGCCCTGCTTTGAAAAGC;SOR=0.406;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=91;TCF=42;TCR=49;TR=58;WE=218694520;WS=218694500;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,123:0.68:181
chr2	218694512	rs55694913	T	G	4961.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.553;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.809;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=35;PP=2962;ReadPosRankSum=1.206;SC=AAGCCCTGCTTTGAAAAGCCA;SOR=0.406;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=122;TCF=75;TCR=47;TR=81;WE=218694520;WS=218694500;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,123:0.68:181
chr2	218694551	rs16858298	A	G	3801.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.312;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=265;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.204;HP=1;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=47;PP=1601;ReadPosRankSum=0.119;SC=AGGAAGTCACAGCAAATGCTA;SOR=0.566;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=156;TCF=86;TCR=70;TR=101;WE=218694559;WS=218694541;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,176:0.67:263
chr2	218694842	rs4674219	C	A	461.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-3.011;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.092;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=11;PP=296;ReadPosRankSum=-0.885;SC=CTGCAAAGGACCCCAAGGCTC;SOR=0.090;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=28;TCF=5;TCR=23;TR=15;WE=218694850;WS=218694832;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,19:0.59:32
chr2	218694962	rs10165160	C	G	794.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.679;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=3;PP=439;ReadPosRankSum=-0.953;SC=TGGTGAGAGGCAGCCCCCAGC;SOR=0.953;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=32;TCF=26;TCR=6;TR=21;WE=218694970;WS=218694952;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,32:0.70:46
chr2	218713469	rs3815849	G	A	9558.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=2.216;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=636;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.545;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=136;NR=145;PP=2962;ReadPosRankSum=0.067;SC=CCTGCTGGGCGGGACCTGAGG;SOR=0.737;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=432;TCF=212;TCR=220;TR=281;WE=218713477;WS=218713459;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:220,415:0.65:635
chr2	218750453	rs35040165	A	AG	4417.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.332;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.051;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=41;PP=2264;ReadPosRankSum=1.088;SC=CTTGACACAGAGGACAGCACT;SOR=0.612;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=96;TCF=33;TCR=63;TR=60;WE=218750461;WS=218750443;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,145:0.63:230
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chr2	218758123	rs141673800	G	GCA	1399.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.527;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FS=0.742;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.65;ReadPosRankSum=1.447;SOR=0.796;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:78,67:0.46:145
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chr2	218940259	rs7423696	C	T	2250.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.001;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=321;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.422;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=43;PP=1108;ReadPosRankSum=-0.884;SC=TGCTGATGCCCAGCCCCAGAG;SOR=0.725;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=198;TCF=89;TCR=109;TR=76;WE=218940267;WS=218940249;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:194,118:0.38:312
chr2	218940418	rs4674246	C	T	2281.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=0.427;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.554;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=36;PP=944;ReadPosRankSum=-0.315;SC=CCCTTGTGGCCAGAAGGGAGG;SOR=0.780;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=98;TCF=39;TCR=59;TR=59;WE=218940426;WS=218940408;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,106:0.58:183
chr2	219000310	rs2230054	C	T	5545.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.384;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=861;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.549;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-4.210;NF=117;NR=109;PP=2962;ReadPosRankSum=2.478;SC=TCTTCCTGCTCTGCTGGCTGC;SOR=0.650;SbPval=0.48;Source=Platypus;TCF=342;TR=226;WE=219000318;WS=219000300;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:558,286:0.34:844
chr2	219029108	rs2234671	C	G	3107.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.137;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=603;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-2.166;NF=70;NR=67;ReadPosRankSum=-0.671;SC=GCGCTCACAGCTCTCCTGGAT;SOR=0.698;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=440;TR=137;WE=219029116;WS=219029098;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:406,173:0.30:579
chr2	219082119	rs2271541	G	T	5407.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.953;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=390;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.397;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=86;NR=73;PP=2962;ReadPosRankSum=3.481;SC=CAGCAGGGCCGCTCCCTCCGT;SOR=0.653;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=257;TCF=142;TCR=115;TR=159;WE=219082127;WS=219082109;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:121,265:0.69:386
chr2	219082330	rs12694432	A	G	5710.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=2.312;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=394;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.404;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=69;NR=108;PP=2962;ReadPosRankSum=0.450;SC=CTAATCCCCAATGTTGTCCAG;SOR=0.878;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=268;TCF=108;TCR=160;TR=177;WE=219082338;WS=219082320;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:141,250:0.64:391
chr2	219093278	rs60528331	A	G	701.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=21;NR=2;PP=474;SC=GCAAAGAAACAAGTGCTCAGC;SOR=3.611;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=23;TCF=21;TCR=2;TR=23;WE=219093286;WS=219093274;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr2	219099260	rs1018288	G	C	1604.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=43;PP=1298;SC=TTTCAACTCCGTCCATAAAAA;SOR=3.745;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=49;TCF=6;TCR=43;TR=49;WE=219099268;WS=219099250;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr2	219099484	rs10932765	T	C	1813.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=0.231;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.706;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=23;PP=1392;ReadPosRankSum=1.372;SC=TAATTCTGCATACTACATATT;SOR=0.605;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=118;TCF=83;TCR=35;TR=75;WE=219099492;WS=219099474;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,80:0.60:133
chr2	219103313	.	CTTTT	C	1440.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.314;ClippingRankSum=0.000;DP=95;ExcessHet=3.0103;FS=7.607;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.90;MQRankSum=0.000;QD=18.71;ReadPosRankSum=1.702;SOR=1.472;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,52:0.68:77
chr2	219103580	rs10169718	A	G	3395.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.223;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=85;PP=2070;ReadPosRankSum=0.138;SC=CCATGTGAGTATAGAATTTGG;SOR=0.699;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=172;TCF=45;TCR=127;TR=117;WE=219103588;WS=219103570;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,145:0.68:213
chr2	219104316	rs34974153	AT	A	563.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.021;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FS=2.378;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.41;ReadPosRankSum=0.535;SOR=1.080;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,51:0.58:88
chr2	219117482	rs35271699	G	A	41.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.184;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=3.48;ReadPosRankSum=-0.129;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,4:0.33:12
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chr2	219138940	rs4791	C	T	3530.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.352;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=258;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=75;NR=41;PP=1958;ReadPosRankSum=-1.409;SC=TAGACATAAACTTTATTACAT;SOR=0.724;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=190;TCF=121;TCR=69;TR=116;WE=219138948;WS=219138930;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:95,154:0.62:249
chr2	219139573	rs6734242	G	A	938.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=25;PP=692;SC=TGCTCGTTCTGTTATCTGTCC;SOR=2.448;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=6;TCR=25;TR=31;WE=219139581;WS=219139563;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr2	219140288	rs2292550	G	C	1154.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.999;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=24;PP=436;ReadPosRankSum=1.453;SC=TGTAGTCCTCGGGGCTGATGG;SOR=0.728;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=123;TCF=45;TCR=78;TR=37;WE=219140296;WS=219140278;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:140,68:0.33:208
chr2	219142023	rs2168703	G	A	1938.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=47;NR=17;PP=1366;SC=TCCCTAGTGTGCCGGGGTCCG;SOR=1.931;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=64;TCF=47;TCR=17;TR=64;WE=219142031;WS=219142013;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr2	219142491	rs2271543	C	T	1180.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.650;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=234;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.399;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=17;PP=2046;ReadPosRankSum=0.829;SC=AGCTGGGGAACGCCACCAAGT;SOR=0.953;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=193;TCF=122;TCR=71;TR=55;WE=219142500;WS=219142481;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:162,67:0.29:229
chr2	219142492	rs2168704	G	A	3843.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.589;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.616;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=82;NR=54;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.762;SC=GCTGGGGAACGCCACCAAGTT;SOR=0.519;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=190;TCF=119;TCR=71;TR=136;WE=219142500;WS=219142481;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,159:0.71:224
chr2	219142594	rs3817266	C	T	3703.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.919;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=602;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.550;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=68;NR=57;PP=1685;ReadPosRankSum=1.149;SC=GGTCCCCATCCCTTCCCTGGG;SOR=0.787;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=358;TCF=187;TCR=171;TR=125;WE=219142602;WS=219142584;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:393,206:0.34:599
chr2	219142773	rs6707559	C	T	1658.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=2.836;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.870;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=50;PP=1141;ReadPosRankSum=0.393;SC=CAGAAGGAAGCGCTTGGCTCC;SOR=0.443;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=112;TCF=22;TCR=90;TR=64;WE=219142781;WS=219142763;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,71:0.57:125
chr2	219143229	rs2292551	G	A	4301.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.655;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=833;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.557;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=85;NR=72;PP=1804;ReadPosRankSum=-0.417;SC=TTAAGTCTCTGGGACTCACCT;SOR=0.630;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=510;TCF=273;TCR=237;TR=157;WE=219143237;WS=219143219;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:559,258:0.32:817
chr2	219143327	rs2292552	T	C	2991.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.240;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=619;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=77;PP=1572;ReadPosRankSum=0.591;SC=CAGGCCCAAATCTGCCCCGCT;SOR=0.710;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=386;TCF=147;TCR=239;TR=128;WE=219143335;WS=219143317;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:424,182:0.30:606
chr2	219144089	rs12987180	G	A	1518.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.203;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=318;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.428;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=38;PP=803;ReadPosRankSum=1.302;SC=GGACACAGACGGCCGGGCATG;SOR=0.900;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=197;TCF=82;TCR=115;TR=59;WE=219144097;WS=219144079;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:220,91:0.29:311
chr2	219144149	rs12987219	G	A	508.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-1.130;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.850;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=20;PP=305;ReadPosRankSum=-1.913;SC=CCAGCCCCCAGTACTTTCCTC;SOR=0.574;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=95;TCF=27;TCR=68;TR=28;WE=219144157;WS=219144139;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,32:0.29:111
chr2	219144815	rs2045435	T	C	29343.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=1143;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=333;NR=367;PP=2965;SC=TATCACTCACTGCTCTCTCCT;SOR=0.760;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=700;TCF=333;TCR=367;TR=700;WE=219144823;WS=219144805;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,1135:1.00:1135
chr2	219146607	rs7585702	T	C	511.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.154;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FS=0.768;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.30;ReadPosRankSum=-1.537;SOR=0.802;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:85,34:0.29:119
chr2	219146803	rs2292553	G	A	855.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.037;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.752;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=25;PP=537;ReadPosRankSum=1.387;SC=CCCAGGGGGCGGAGGGCCTGG;SOR=1.501;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=48;TCF=18;TCR=30;TR=38;WE=219146811;WS=219146793;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,41:0.77:53
chr2	219146868	rs2292554	T	C	91.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.365;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.59;ReadPosRankSum=0.455;SOR=0.963;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,4:0.20:20
chr2	219146882	rs2292555	G	C	100.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-0.193;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=4;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=3;PP=59;ReadPosRankSum=-0.597;SC=CACGGGCTGAGGGGGAACCCC;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=3;TCR=12;TR=3;WE=219146890;WS=219146858;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,4:0.24:17
chr2	219153982	rs34353396	T	C	161.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.602;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.721;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.593;NF=3;NR=5;PP=71;ReadPosRankSum=0.784;SC=GGTGGGGACCTGAAGTTCTTG;SOR=0.336;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=25;TCF=6;TCR=19;TR=8;WE=219153991;WS=219153972;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,10:0.30:33
chr2	219153983	rs10707182	GA	G	1248.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=19;PP=875;SC=GTGGGGACCTGAAGTTCTTGT;SOR=2.235;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=23;TCF=4;TCR=19;TR=22;WE=219153991;WS=219153972;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr2	219187901	rs1870125	C	T	913.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-4.180;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.408;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=0;PP=729;ReadPosRankSum=0.121;SC=ACGTCCAGAGCCGGCAGGCAG;SOR=2.206;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=48;TCF=48;TCR=0;TR=33;WE=219187909;WS=219187891;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,36:0.64:56
chr2	219204728	rs73088163	C	T	3620.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-2.991;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=651;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.574;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=90;PP=1994;ReadPosRankSum=2.233;SC=TGTTACCCCGCCCACAGCCCA;SOR=0.753;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=394;TCF=126;TCR=268;TR=125;WE=219204736;WS=219204718;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:432,212:0.33:644
chr2	219206738	rs34745867	C	A	2739.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.322;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=452;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=40;PP=1093;ReadPosRankSum=1.334;SC=CAGCGTGGGACGGCTTCAGAT;SOR=0.693;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=256;TCF=136;TCR=120;TR=86;WE=219206746;WS=219206728;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:287,156:0.35:443
chr2	219206919	rs3816562	C	T	1471.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-2.530;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.924;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=32;PP=769;ReadPosRankSum=0.432;SC=GAGACAGAAGCCAGGGCAGCC;SOR=0.425;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=74;TCF=22;TCR=52;TR=47;WE=219206927;WS=219206909;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,66:0.65:101
chr2	219209393	rs1350336	A	G	7863.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=257;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=168;NR=56;PP=2965;SC=CCTCCCCAAAACTCTGACCTC;SOR=2.138;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=224;TCF=168;TCR=56;TR=224;WE=219209401;WS=219209383;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,252:1.00:252
chr2	219221982	rs144807145	G	GTC	518.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.127;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.949;HP=1;HapScore=3;MGOF=29;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=22;PP=289;ReadPosRankSum=-0.265;SC=AGAAAGTCCAGTCTCTCTCTC;SOR=0.048;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=88;TCF=2;TCR=86;TR=23;WE=219221990;WS=219221972;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,24:0.67:36
chr2	219225450	rs116779205	G	C	959.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=1.405;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=17;PP=370;ReadPosRankSum=2.023;SC=GACAGGTCCAGATCAATTTAG;SOR=0.668;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=70;TCF=23;TCR=47;TR=26;WE=219225458;WS=219225440;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,48:0.43:112
chr2	219227756	rs6723716	T	C	1388.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-3.006;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.844;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=40;PP=785;ReadPosRankSum=-0.776;SC=CAGGTGGGAATGGGGCTTTCA;SOR=0.600;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=90;TCF=23;TCR=67;TR=55;WE=219227764;WS=219227746;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,64:0.62:103
chr2	219231807	rs3845833	C	T	7724.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=295;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=80;NR=111;PP=2965;SC=CCAAGATGCCCATCTTGAGGG;SOR=0.904;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=191;TCF=80;TCR=111;TR=191;WE=219231815;WS=219231797;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,290:1.00:290
chr2	219232354	rs7608923	C	A	4498.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=2.187;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=235;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.532;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=69;PP=2940;ReadPosRankSum=-0.360;SC=AAGGCTCCAGCGCCCCTTAGC;SOR=0.578;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=193;TCF=99;TCR=94;TR=135;WE=219232362;WS=219232344;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,170:0.73:233
chr2	219254622	rs2695342	A	G	15595.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=610;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=174;NR=176;PP=2965;SC=CCCGCCGAGCAGACATCAGAG;SOR=0.696;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=352;TCF=176;TCR=176;TR=350;WE=219254630;WS=219254612;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,601:1.00:601
chr2	219257688	rs2045433	T	C	11521.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=423;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=145;NR=129;PP=2965;SC=CACCAAGGAGTTCACCCCCAC;SOR=0.782;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=274;TCF=145;TCR=129;TR=274;WE=219257696;WS=219257678;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,420:1.00:420
chr2	219263277	rs2695344	A	G	1003.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=25;PP=699;SC=CTTCTGGCAGACGCCGCTCCC;SOR=3.675;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=6;TCR=25;TR=31;WE=219263285;WS=219263267;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr2	219265094	rs2579958	T	C	10254.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=386;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=124;NR=105;PP=2965;SC=GCGCTCCTGTTCGCTCGAGGT;SOR=0.791;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=231;TCF=124;TCR=107;TR=229;WE=219265102;WS=219265084;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,384:1.00:384
chr2	219265136	rs11463820	T	TC	14994.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=423;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=30;NR=124;PP=2965;SC=GAGAGGGAACTCTTCGGGGGT;SOR=0.757;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=158;TCF=30;TCR=128;TR=154;WE=219265144;WS=219265126;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,417:1.00:417
chr2	219266204	rs2252235	T	C	9139.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=346;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=177;NR=80;PP=2965;SC=TCCTCCTGGCTCAGGGGTTCA;SOR=1.497;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=257;TCF=177;TCR=80;TR=257;WE=219266212;WS=219266194;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,330:1.00:330
chr2	219267781	rs2227255	C	T	12857.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.470;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=526;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=193;NR=156;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.577;SC=AGCGTCCTCACGTGGATGAGT;SOR=0.231;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=364;TCF=206;TCR=158;TR=349;WE=219267789;WS=219267771;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,503:1.00:504
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chr2	219288382	rs4672893	A	G	5742.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=126;NR=22;PP=2965;SC=TGCTCCCCCAAGCCCCTGAGC;SOR=2.796;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=148;TCF=126;TCR=22;TR=148;WE=219288390;WS=219288372;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,185:1.00:185
chr2	219295835	rs4674307	G	A	4085.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.136;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.684;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=85;PP=2458;ReadPosRankSum=2.229;SC=ACTTTGGGAGGCTGAGGCGGG;SOR=1.708;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=122;TCF=36;TCR=86;TR=121;WE=219295843;WS=219295825;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,148:0.99:150
chr2	219305404	rs2305833	G	C	6299.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=96;NR=58;PP=2965;SC=AGGTAGCTGTGCACCAGCTAA;SOR=1.105;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=154;TCF=96;TCR=58;TR=154;WE=219305412;WS=219305394;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,228:1.00:228
chr2	219319657	rs6436058	A	G	6583.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=258;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=104;NR=81;PP=2965;SC=TGTTCCTCACAAGGCCTGACG;SOR=0.844;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=186;TCF=105;TCR=81;TR=185;WE=219319665;WS=219319647;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,254:1.00:254
chr2	219320207	rs3932856	C	A	3033.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=2.231;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=12.878;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=-9.696;NF=120;NR=6;PP=2965;ReadPosRankSum=1.216;SC=AACCAATCAACTGATGGAAAC;SOR=5.847;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=131;TCF=121;TCR=10;TR=126;WE=219320215;WS=219320197;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,96:0.99:97
chr2	219320233	.	GAAAA	G,GA	4819.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.816;ClippingRankSum=0.000;DP=186;ExcessHet=3.0103;FS=13.042;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.41;MQRankSum=0.372;QD=30.70;ReadPosRankSum=0.987;SOR=3.784;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:3,40,114:0.25,0.73:157
chr2	219321692	rs5838699	CA	C	1360.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.796;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.115;HP=11;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.410;NF=38;NR=11;PP=905;ReadPosRankSum=1.234;SC=GACTGGATCTCAAAAAAAAAA;SOR=2.093;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=78;TCF=58;TCR=20;TR=49;WE=219321701;WS=219321682;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,73:0.96:76
chr2	219327898	.	AAC	A	170.14	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.290;ClippingRankSum=0.000;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=2.963;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.04;MQRankSum=0.000;QD=12.15;ReadPosRankSum=1.018;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,12:0.86:14
chr2	219339238	rs113268774	C	G	1141.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=1.781;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.200;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=7;PP=855;ReadPosRankSum=-0.073;SC=TCACACACCACCATGCTCAGC;SOR=0.280;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=55;TCF=47;TCR=8;TR=40;WE=219339246;WS=219339235;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,44:0.69:64
chr2	219339283	rs549026	T	C	4113.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=89;NR=28;PP=2744;SC=ATTTGGAGGTTATTTGTCACT;SOR=2.269;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=118;TCF=89;TCR=29;TR=117;WE=219339291;WS=219339273;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,140:1.00:140
chr2	219350358	.	CAAAA	C,CA	5746.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.982;ClippingRankSum=0.000;DP=281;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.08;MQRankSum=0.000;QD=25.20;ReadPosRankSum=-0.741;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:13,119,96:0.52,0.42:228
chr2	219353195	rs10932782	C	T	3949.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=28;NR=78;PP=2209;SC=ACACAAGAAACACAAATATAC;SOR=1.691;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=108;TCF=30;TCR=78;TR=106;WE=219353203;WS=219353185;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,147:1.00:147
chr2	219433597	rs526897	G	A	4781.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=120;NR=11;PP=2965;SC=GCGGCTCATTGTTTTCCGCTG;SOR=4.379;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=134;TCF=123;TCR=11;TR=131;WE=219433605;WS=219433587;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,156:1.00:156
chr2	219433888	rs689116	C	A	7445.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=253;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=36;NR=163;PP=2965;SC=CCTTGCCGGACGCCTCTCGCG;SOR=2.450;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=201;TCF=38;TCR=163;TR=199;WE=219433896;WS=219433878;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,249:1.00:249
chr2	219445860	rs34214861	GAA	G	5307.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=66;PP=2950;SC=CTATGGAAAAGAAATGGGTTT;SOR=1.285;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=72;TCF=5;TCR=67;TR=71;WE=219445883;WS=219445850;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr2	219447912	rs2952825	A	G	5802.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.547;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FS=1.107;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=61.88;MQRankSum=1.785;QD=27.50;ReadPosRankSum=-0.059;SOR=0.532;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:14,197:0.93:211
chr2	219447950	.	GTGTGTGTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTC	G	1165	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;FR=0.5000;HP=2;HapScore=1;MGOF=59;MMLQ=25;MQ=59.0;NF=2;NR=86;PP=1165;QD=13.2727272727;SC=GTGTGTGTGTGTGTGTGTCTC;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=95;TCF=2;TCR=93;TR=88;WE=219447987;WS=219447938;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:7,88:0.93:95
chr2	219480804	rs485765	G	C	7451.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=299;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=84;NR=131;PP=2965;SC=CCTGGATAGTGGGGGGTGGAT;SOR=1.082;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=215;TCF=84;TCR=131;TR=215;WE=219480812;WS=219480794;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,288:1.00:288
chr2	219487299	rs1850169	A	T	2795.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.780;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FS=5.131;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=31.77;ReadPosRankSum=-0.692;SOR=1.709;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,87:0.99:88
chr2	219487306	.	T	A	836.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.561;ClippingRankSum=0.000;DP=105;ExcessHet=3.0103;FS=5.441;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.45;ReadPosRankSum=-2.098;SOR=1.257;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:57,42:0.42:99
chr2	219492924	rs612874	T	C	18832.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.633;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=748;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=203;NR=277;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.186;SC=ACCAGCTTTGTGGCCAGAGCA;SOR=0.519;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=482;TCF=204;TCR=278;TR=480;WE=219492932;WS=219492914;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,732:1.00:735
chr2	219498759	rs7574429	T	G	7513.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.968;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=273;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.757;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=112;NR=77;PP=2965;ReadPosRankSum=1.935;SC=AGAGTAGGCATGGTCCTTGGG;SOR=0.773;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=190;TCF=112;TCR=78;TR=189;WE=219498767;WS=219498749;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,265:1.00:266
chr2	219501133	rs2278530	G	A	20842.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.028;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=809;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=249;NR=234;PP=2965;ReadPosRankSum=1.632;SC=AGCCCCTTTGGCCCCTGGCCA;SOR=0.729;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=483;TCF=249;TCR=234;TR=483;WE=219501141;WS=219501123;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,790:0.99:794
chr2	219501328	rs1055816	G	A	5330.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=41;NR=111;PP=2965;SC=AAGGGTTGGTGTGCTGGCTTT;SOR=1.723;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=152;TCF=41;TCR=111;TR=152;WE=219501336;WS=219501318;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,193:1.00:193
chr2	219505653	rs34502703	AT	A	82.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.505;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=4.87;ReadPosRankSum=-2.362;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,9:0.53:17
chr2	219508988	rs3770214	T	C	10187.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=372;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=109;NR=134;PP=2965;SC=TCTTCAGCACTCAAGTCAGAA;SOR=0.838;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=243;TCF=109;TCR=134;TR=243;WE=219508996;WS=219508978;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,367:1.00:367
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chr2	219517088	rs4674323	T	C	4273.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=43;NR=68;PP=2349;SC=TAGGAGTTAGTTACTAGTAGA;SOR=1.065;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=111;TCF=43;TCR=68;TR=111;WE=219517096;WS=219517078;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,155:1.00:155
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chr2	219677690	rs61733619	A	G	4617.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.023;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=321;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.208;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=55;PP=1851;ReadPosRankSum=0.175;SC=TGGAGGCCCAACTGCAGGCAG;SOR=0.527;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=176;TCF=83;TCR=93;TR=111;WE=219677698;WS=219677680;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:108,210:0.66:318
chr2	219691566	rs1467320	A	G	1389.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=1.931;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=10;PP=1111;ReadPosRankSum=-0.353;SC=GGATGGCATGAGAAACCCTGC;SOR=0.631;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=80;TCF=67;TCR=13;TR=55;WE=219691574;WS=219691556;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,55:0.66:83
chr2	219692527	rs11385903	G	GC	12610.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=380;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=50;NR=100;PP=2936;SC=ATCACCAACAGCCCTTTCCGG;SOR=0.859;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=156;TCF=53;TCR=103;TR=150;WE=219692535;WS=219692517;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,375:1.00:375
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chr2	219692790	rs5838710	A	AG	8043.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=273;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=10;NR=86;PP=2975;SC=GCATCCCTGCAGGGAGGGGCG;SOR=1.016;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=105;TCF=10;TCR=95;TR=96;WE=219692798;WS=219692780;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,247:1.00:247
chr2	219695487	rs692243	G	C	648.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.139;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FS=5.301;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.19;ReadPosRankSum=-3.045;SOR=1.254;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:90,35:0.28:125
chr2	219696014	rs650898	G	A	6592.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=265;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=115;NR=68;PP=2965;SC=GGGACAAGGAGGTGGGGGAAG;SOR=1.094;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=184;TCF=115;TCR=69;TR=183;WE=219696022;WS=219696004;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,263:1.00:263
chr2	219746827	rs10180544	T	C	6645.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.759;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=490;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=131;NR=79;PP=2962;ReadPosRankSum=0.413;SC=TGTTGTTAGATGGGGCTCTCC;SOR=0.701;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=318;TCF=198;TCR=120;TR=210;WE=219746835;WS=219746817;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:167,306:0.65:473
chr2	219824731	rs78141300	G	C	7289.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.036;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=541;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.319;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=122;NR=91;PP=2962;ReadPosRankSum=0.463;SC=TCATCTCGGCGCTCACCTGGA;SOR=0.491;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=358;TCF=215;TCR=143;TR=213;WE=219824739;WS=219824721;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:207,328:0.61:535
chr2	219824992	rs75803206	G	T	2188.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-1.644;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.017;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=46;PP=1401;ReadPosRankSum=-2.709;SC=CGCCGGGCTCGGGCGGGGGAA;SOR=0.390;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=108;TCF=35;TCR=73;TR=70;WE=219825000;WS=219824982;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,86:0.70:122
chr2	219825661	rs34430748	C	T	12607.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=1.432;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=821;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.920;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=158;NR=181;PP=2962;ReadPosRankSum=0.780;SC=ACCCAGGGGCCGCGCCCATCC;SOR=0.562;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=510;TCF=237;TCR=273;TR=339;WE=219825669;WS=219825651;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:250,554:0.69:804
chr2	219903258	rs6736922	T	G	9808.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=369;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=94;NR=119;PP=2965;SC=GTGAGCATCATGTCCTTGGGA;SOR=0.819;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=213;TCF=94;TCR=119;TR=213;WE=219903266;WS=219903248;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,368:1.00:368
chr2	219903723	rs4674354	C	T	3282.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=38;NR=54;PP=1559;SC=ATGGATTCTCCACCTTCTGGG;SOR=0.954;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=93;TCF=38;TCR=55;TR=92;WE=219903731;WS=219903713;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
chr2	219903787	rs4672910	T	C	1960.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=20;NR=38;PP=1094;SC=AATAAATCAATCAAAGCATAA;SOR=1.240;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=58;TCF=20;TCR=38;TR=58;WE=219903795;WS=219903777;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr2	219906066	rs11674400	C	A	2123.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=2.067;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=7;PP=1571;ReadPosRankSum=-0.788;SC=AAGACTCAGTCCCATGGGGCT;SOR=2.584;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=67;TCF=60;TCR=7;TR=65;WE=219906074;WS=219906065;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,70:0.99:71
chr2	219920037	rs394452	A	G	14658.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=527;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=201;NR=148;PP=2965;SC=CCTCCCCCGGAGTCCAGCTGC;SOR=0.907;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=350;TCF=201;TCR=149;TR=349;WE=219920045;WS=219920027;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,523:1.00:523
chr2	219920412	rs3731881	A	G	12809.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.802;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=480;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=143;NR=147;PP=2965;ReadPosRankSum=2.114;SC=TCAGCCTGTGAGGCTCGCGGT;SOR=0.706;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=290;TCF=143;TCR=147;TR=290;WE=219920420;WS=219920402;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,475:1.00:477
chr2	219922073	rs34694069	G	GC	5507.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=69;NR=27;PP=2972;SC=CCCCGGGCGGGCTCTTCACCT;SOR=2.179;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=97;TCF=69;TCR=28;TR=96;WE=219922081;WS=219922063;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,150:1.00:150
chr2	219923410	rs71974827	G	GAGA	17410.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=399;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=65;NR=83;PP=2971;SC=AGCTGACTCTGAGAAGAAGCT;SOR=1.061;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=164;TCF=72;TCR=92;TR=148;WE=219923419;WS=219923400;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,385:1.00:385
chr2	219941063	rs897477	G	A	4753.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=54;NR=44;PP=1871;SC=CTTGGAAGCTGTTCTCCAAGT;SOR=0.796;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=99;TCF=54;TCR=45;TR=98;WE=219941071;WS=219941053;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,181:1.00:181
chr2	220011537	rs139194189	A	T	1853.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.487;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.142;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=40;PP=1033;ReadPosRankSum=1.514;SC=AGGGAACAGAACAGGGCTACT;SOR=1.020;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=104;TCF=42;TCR=62;TR=63;WE=220011545;WS=220011527;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,84:0.60:140
chr2	220012576	rs7585742	G	C	3554.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=25;NR=65;PP=2146;SC=TTCCAATTCAGTATTAGGTAC;SOR=1.730;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=91;TCF=25;TCR=66;TR=90;WE=220012584;WS=220012566;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr2	220022176	rs6436120	C	T	949.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=21;NR=6;PP=532;SC=CCCAACCCCACATTCGAATTA;SOR=1.739;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=21;TCR=6;TR=27;WE=220022184;WS=220022166;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr2	220022435	rs2030452	G	C	2670.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=32;NR=55;PP=1418;SC=TACAGAGTAAGGGTGCTAAAA;SOR=1.257;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=87;TCF=32;TCR=55;TR=87;WE=220022443;WS=220022425;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr2	220023196	rs2293069	A	C	1051.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=4;NR=27;PP=800;SC=CTCCCTGATAAAATAGAAGGC;SOR=2.899;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=4;TCR=27;TR=31;WE=220023204;WS=220023186;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr2	220028900	rs6753739	A	G	4394.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=64;NR=34;PP=1943;SC=AGAACTGATCAGGCCACACTG;SOR=1.159;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=98;TCF=64;TCR=34;TR=98;WE=220028908;WS=220028890;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,169:1.00:169
chr2	220033830	rs3795986	A	G	7381.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=274;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=64;NR=123;PP=2965;SC=GGAGGCTAGGAAAAGTTTGGG;SOR=1.217;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=187;TCF=64;TCR=123;TR=187;WE=220033838;WS=220033820;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,270:1.00:270
chr2	220033956	rs6436121	T	C	2545.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=42;NR=26;PP=1499;SC=ATCTCAATTCTGCACCCACCT;SOR=1.204;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=68;TCF=42;TCR=26;TR=68;WE=220033964;WS=220033946;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr2	220037393	rs4674361	A	G	9840.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=376;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=109;NR=112;PP=2965;SC=AAGTGAAAGGAGCACCGGGCT;SOR=0.709;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=222;TCF=110;TCR=112;TR=221;WE=220037401;WS=220037383;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,371:1.00:371
chr2	220037666	rs1127102	A	G	10494.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=395;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=142;NR=113;PP=2965;SC=GACATTAGCGAGAGACGGCAG;SOR=0.858;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=257;TCF=143;TCR=114;TR=255;WE=220037674;WS=220037656;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,390:1.00:390
chr2	220037756	rs1043160	A	G	12842.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=477;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=131;NR=164;PP=2965;SC=AGGTGTAGGGATGCAGGACAG;SOR=0.855;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=295;TCF=131;TCR=164;TR=295;WE=220037764;WS=220037746;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,476:1.00:476
chr2	220040216	rs368784782	CA	C	127.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.726;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FS=0.808;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.11;MQRankSum=0.000;QD=0.72;ReadPosRankSum=2.283;SOR=0.806;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:136,41:0.23:177
chr2	220040330	rs1127101	A	G	12451.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=500;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=131;NR=137;PP=2965;SC=CATGAGCTACATATTTCTTCT;SOR=0.751;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=269;TCF=132;TCR=137;TR=268;WE=220040338;WS=220040320;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,492:1.00:492
chr2	220041091	rs6436123	G	A	4735.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=26;NR=95;PP=2826;SC=TGAAGGGCACGGAAAGGTATG;SOR=2.093;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=121;TCF=26;TCR=95;TR=121;WE=220041099;WS=220041081;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,163:1.00:163
chr2	220041433	rs6436124	C	A	3445.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=1.755;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=5.295;HP=3;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=78;NR=28;PP=2153;ReadPosRankSum=1.385;SC=CCGCTCAGGCCGGGAGGGGCG;SOR=1.802;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=109;TCF=78;TCR=31;TR=106;WE=220041441;WS=220041423;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,131:0.99:132
chr2	220041455	rs6436125	C	T	5527.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=101;NR=45;PP=2857;SC=GCCGGGAGGCCGGGGAGGGGG;SOR=1.473;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=151;TCF=101;TCR=50;TR=146;WE=220041463;WS=220041445;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,202:1.00:202
chr2	220043394	.	G	C	464.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-1.445;ClippingRankSum=0.000;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.298;HP=4;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=5;PP=189;ReadPosRankSum=-1.219;SC=CGGGATGAGCGGGGGAGGGAG;SOR=0.169;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=24;TCF=16;TCR=8;TR=15;WE=220043402;WS=220043384;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,23:0.77:30
chr2	220046349	rs2272017	G	C	9655.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=368;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=136;NR=111;PP=2965;SC=GTTCATCCTGGTTCTCCTGCC;SOR=0.852;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=248;TCF=137;TCR=111;TR=247;WE=220046357;WS=220046339;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,363:1.00:363
chr2	220046975	rs3731900	C	A	18459.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.141;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=708;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=232;NR=253;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.889;SC=GGGTCCCCCCCAGATGGAGTG;SOR=0.445;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=489;TCF=233;TCR=256;TR=485;WE=220046983;WS=220046965;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,693:1.00:696
chr2	220047393	rs3731901	C	T	3209.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=17;NR=70;PP=2079;SC=GTAGGGCTTCCTGGCTAGGAG;SOR=2.079;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=87;TCF=17;TCR=70;TR=87;WE=220047401;WS=220047383;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr2	220071803	rs6714820	C	G	5653.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=29.60;SOR=1.126;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,191:1.00:191
chr2	220071879	rs66491679	TG	T	1250.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.22;QD=27.79;SOR=7.658;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr2	220072766	rs4674366	G	T	4398.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=48;NR=83;PP=2965;SC=GCAGGGTAATGGCAGCCAAGT;SOR=1.209;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=131;TCF=48;TCR=83;TR=131;WE=220072774;WS=220072756;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,150:1.00:150
chr2	220072852	rs4674367	C	T	5628.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=102;NR=50;PP=2965;SC=AGCTTCAACCCTACCCTGTCG;SOR=1.523;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=152;TCF=102;TCR=50;TR=152;WE=220072860;WS=220072842;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,189:1.00:189
chr2	220078496	rs2139823	T	C	8381.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=310;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=145;NR=88;PP=2965;SC=GACACAGGCCTCAGGCCCCCT;SOR=1.164;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=234;TCF=145;TCR=89;TR=233;WE=220078504;WS=220078486;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,306:1.00:306
chr2	220081416	rs57467915	G	A	1483.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.051;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=323;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.448;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=27;PP=708;ReadPosRankSum=0.606;SC=TTGAGTGCCCGTTCCAAACCC;SOR=0.643;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=175;TCF=95;TCR=80;TR=57;WE=220081424;WS=220081406;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:228,93:0.29:321
chr2	220083279	rs1109866	C	T	7939.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.826;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=299;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=74;NR=121;PP=2965;ReadPosRankSum=0.498;SC=CCAGAGTCCCCAGAGCCATCC;SOR=1.121;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=197;TCF=75;TCR=122;TR=195;WE=220083287;WS=220083269;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,293:0.99:295
chr2	220083453	rs1109867	G	T	1165.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=28;PP=804;SC=GGCCGGGACTGGTCACTCGGA;SOR=2.476;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=32;TCF=4;TCR=28;TR=32;WE=220083461;WS=220083443;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr2	220085845	rs2276633	A	G	22219.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=836;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQ=60.01;NF=227;NR=253;PP=2965;SC=CATGCAGGGCAGTGGTCTCAG;SOR=0.760;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=480;TCF=227;TCR=253;TR=480;WE=220085853;WS=220085835;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,833:1.00:833
chr2	220088248	rs908196	A	G	1881.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=38;NR=16;PP=1149;SC=CGGTTTTCCCAAAGACACTGT;SOR=1.545;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=54;TCF=38;TCR=16;TR=54;WE=220088256;WS=220088238;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr2	220089590	rs3216709	T	TG	7121.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=235;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=88;PP=2770;SC=CGGGGTGGGGTGGGGAAGAGA;SOR=1.089;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=104;TCF=11;TCR=93;TR=99;WE=220089602;WS=220089580;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,224:1.00:224
chr2	220089685	rs2276637	G	C	2357.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=32;NR=34;PP=1593;SC=TTAAGAGACAGTTCCTGATTT;SOR=0.770;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=67;TCF=32;TCR=35;TR=66;WE=220089693;WS=220089675;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr2	220113242	rs7601549	T	G	21889.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=2.088;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=796;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=191;NR=319;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.652;SC=TGGAGGCGCTTCAGCCCCCAG;SOR=0.396;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=519;TCF=193;TCR=326;TR=510;WE=220113250;WS=220113232;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,788:1.00:789
chr2	220113384	rs8447	G	A	3101.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=83;PP=2585;SC=CTTACACTTGGGGGTAGCGGG;SOR=5.046;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=88;TCF=5;TCR=83;TR=88;WE=220113392;WS=220113374;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr2	220118076	rs60456844	CG	C	220.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.617;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=244;ExcessHet=3.0103;FS=15.010;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.96;ReadPosRankSum=2.263;SOR=0.181;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:196,34:0.15:230
chr2	220118531	rs939574	G	C	7631.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=297;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.96;SOR=0.721;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,294:1.00:294
chr2	220135208	rs2891733	C	T	2601.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=13;NR=67;PP=1898;SC=GCACTCTGATCGGGGGGCCAA;SOR=3.083;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=80;TCF=13;TCR=67;TR=80;WE=220135216;WS=220135198;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr2	220136155	rs7594971	T	C	35648.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.915;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1354;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=-2.392;NF=529;NR=431;PP=2965;ReadPosRankSum=2.011;SC=CATCTGCCACTGCAACCTAGA;SOR=0.616;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=964;TCF=531;TCR=433;TR=960;WE=220136163;WS=220136145;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,1347:1.00:1350
chr2	220136351	rs3731892	G	A	5740.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.046;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1003;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.005;NF=96;NR=127;PP=2962;ReadPosRankSum=2.364;SC=CTGCAGAAAAGGTATACCACG;SOR=0.740;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=685;TCF=300;TCR=385;TR=223;WE=220136359;WS=220136341;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:681,317:0.32:998
chr2	220136371	rs3731894	T	C	25599.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=946;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=290;NR=355;PP=2965;SC=GAGCAGCTGTTGGTGGCAGAG;SOR=0.829;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=646;TCF=291;TCR=355;TR=645;WE=220136379;WS=220136361;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,942:1.00:942
chr2	220146609	rs3832110	C	CG	1934.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.716;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.294;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.388;NF=29;NR=14;PP=1722;ReadPosRankSum=-0.801;SC=TGAGGTCCCCCGCTCAGGGCA;SOR=1.666;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=65;TCF=39;TCR=26;TR=43;WE=220146617;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,61:0.77:79
chr2	220147847	rs3821039	G	A	6482.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.857;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=438;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.186;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=99;NR=87;PP=2899;ReadPosRankSum=-0.927;SC=CCCTTGTCCCGATGCCAGATT;SOR=0.564;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=272;TCF=150;TCR=122;TR=186;WE=220147855;WS=220147837;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:138,295:0.68:433
chr2	220155459	rs137994137	C	A	1341.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.292;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=250;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.513;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=21;PP=706;ReadPosRankSum=1.268;SC=GGTTGACAACCTGCTCCTTCT;SOR=0.642;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=197;TCF=123;TCR=74;TR=58;WE=220155467;WS=220155449;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:169,76:0.31:245
chr2	220156146	rs1983297	G	A	2874.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.309;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.906;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=40;PP=1497;ReadPosRankSum=1.195;SC=CACAGGAGACGCACACAGGGA;SOR=0.878;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=141;TCF=82;TCR=59;TR=98;WE=220156154;WS=220156136;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,129:0.67:193
chr2	220165527	rs79047930	C	T	363.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-2.218;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=3;PP=202;ReadPosRankSum=-0.741;SC=CAATAACTTGCGGTCTCTGGG;SOR=0.503;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=52;TCF=41;TCR=11;TR=16;WE=220165535;WS=220165517;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,20:0.33:61
chr2	220168607	rs2271593	C	T	8083.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.838;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=337;ExcessHet=3.0103;FS=3.932;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.42;ReadPosRankSum=0.583;SOR=0.920;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:116,215:0.65:331
chr2	220168616	rs2271594	C	T	7591.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.510;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=291;ExcessHet=3.0103;FS=1.558;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=26.18;ReadPosRankSum=0.689;SOR=0.805;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:100,190:0.66:290
chr2	220194247	rs3832109	A	AATT	1185.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-0.252;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.065;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=15;PP=887;ReadPosRankSum=-0.104;SC=AGGACCTCTGAATTCTCACAG;SOR=0.523;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=45;TCF=12;TCR=33;TR=20;WE=220194255;WS=220194237;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,31:0.54:57
chr2	220195446	rs6707009	C	G	934.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.429;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.657;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=4;PP=633;ReadPosRankSum=0.623;SC=TTCCCCCCTCCCCATCTCTAA;SOR=1.609;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=54;TCF=46;TCR=8;TR=36;WE=220195454;WS=220195436;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,43:0.58:74
chr2	220197207	rs2048737	T	C	1293.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.849;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=8;PP=726;ReadPosRankSum=0.918;SC=CAGGATCGCTTTCTTGGCCCT;SOR=0.776;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=59;TCF=46;TCR=13;TR=38;WE=220197215;WS=220197197;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,53:0.69:77
chr2	220197321	rs2385405	C	T	3628.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.059;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=254;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.484;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=38;PP=1546;ReadPosRankSum=-0.026;SC=TGGAGCCCCTCGGAGCTCCCA;SOR=0.731;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=155;TCF=93;TCR=62;TR=98;WE=220197329;WS=220197311;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,163:0.65:251
chr2	220197388	rs2385404	C	A	2970.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.049;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=259;ExcessHet=3.0103;FS=12.778;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.56;ReadPosRankSum=-0.726;SOR=1.333;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:111,146:0.57:257
chr2	220197424	rs2385403	C	T	2008.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.886;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FS=40.376;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.85;ReadPosRankSum=-4.556;SOR=2.308;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:106,121:0.53:227
chr2	220197492	rs2385402	C	G	1572.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.219;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=40.311;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=55;PP=1479;ReadPosRankSum=1.950;SC=TTCAGCCAATCGTGAGCGGGC;SOR=1.770;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=155;TCF=60;TCR=95;TR=92;WE=220197500;WS=220197482;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:100,81:0.45:181
chr2	220197835	rs139479208	ATAATATTATATATTAT	A	2958.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.127;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FS=3.288;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.29;MQRankSum=0.734;QD=20.98;ReadPosRankSum=1.677;SOR=0.433;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:50,91:0.65:141
chr2	220197929	.	CTT	C	1084.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.902;ClippingRankSum=0.000;DP=137;ExcessHet=3.0103;FS=2.834;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.08;MQRankSum=-1.570;QD=11.42;ReadPosRankSum=-0.476;SOR=1.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,56:0.59:95
chr2	220239534	rs3731904	G	A	2695.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=49;NR=24;PP=1490;SC=GCACTAGAGGGGAAGCAGCCC;SOR=1.514;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=73;TCF=49;TCR=24;TR=73;WE=220239542;WS=220239524;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr2	220239561	rs3731905	C	G	4239.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=68;NR=34;PP=2094;SC=CAGAGAGGGTCTGGGGTGGGT;SOR=1.386;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=102;TCF=68;TCR=34;TR=102;WE=220239569;WS=220239551;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,151:1.00:151
chr2	220246218	rs6436148	T	C	15065.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.666;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=575;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=179;NR=171;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.210;SC=GAGTCGGCGCTCGGAACAGCC;SOR=0.725;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=352;TCF=180;TCR=172;TR=350;WE=220246226;WS=220246208;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,571:1.00:573
chr2	220249299	rs5838737	C	CT	4529.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.236;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=292;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=1.811;HP=14;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=126;PP=2086;ReadPosRankSum=-0.997;SC=TTTGTTTTTTCTTTTTTTTGA;SOR=1.306;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=179;TCF=4;TCR=175;TR=129;WE=220249307;WS=220249289;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:6,195:0.97:201
chr2	220249329	rs2002892	C	T	3815.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=21;NR=99;PP=2808;SC=TCGCTCTTGTCGCCCAGTCTG;SOR=2.798;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=121;TCF=21;TCR=100;TR=120;WE=220249337;WS=220249319;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr2	220250147	rs907679	A	G	7016.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=268;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=107;NR=66;PP=2965;SC=AGTCCTCACCACAGGCTGGGT;SOR=1.027;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=173;TCF=107;TCR=66;TR=173;WE=220250155;WS=220250137;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,267:1.00:267
chr2	220250322	rs878437	C	A	9814.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=366;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=92;NR=131;PP=2965;SC=GGGACTCTGCCGCCCTCCCCA;SOR=0.939;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=223;TCF=92;TCR=131;TR=223;WE=220250330;WS=220250312;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,360:1.00:360
chr2	220250432	rs72963541	T	G	1549.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=1.437;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.631;HP=5;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=35;PP=980;ReadPosRankSum=0.313;SC=GGGGACTCTGTGGGGAGACGT;SOR=0.300;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=82;TCF=22;TCR=60;TR=50;WE=220250440;WS=220250422;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,66:0.63:105
chr2	220250826	rs2271456	G	A	5637.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=58;NR=107;PP=2965;SC=GGGCACTGCAGCCAGCCAGGC;SOR=1.234;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=165;TCF=58;TCR=107;TR=165;WE=220250834;WS=220250816;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,208:1.00:208
chr2	220250897	rs11352428	AG	A	2494.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=14;NR=49;PP=2561;SC=CAGACTAAGCAGGGTGGTCCT;SOR=1.810;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=64;TCF=14;TCR=50;TR=63;WE=220250905;WS=220250887;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr2	220251178	rs2271457	T	C	9206.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.539;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=371;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=90;NR=130;PP=2965;ReadPosRankSum=1.312;SC=CATGACGATATGTGGAGATGA;SOR=0.526;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=225;TCF=91;TCR=134;TR=220;WE=220251186;WS=220251168;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,360:0.99:363
chr2	220251208	rs1040009	T	C	1545.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.005;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=266;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.607;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=38;PP=826;ReadPosRankSum=0.960;SC=TACTCATAAGTAACAGACAGC;SOR=0.810;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=174;TCF=66;TCR=108;TR=60;WE=220251216;WS=220251198;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:177,86:0.33:263
chr2	220252287	rs138394024	CTCG	C	10452.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=239;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=46;NR=55;PP=2969;SC=TGACTCCTCTCTCGCACCCAC;SOR=1.150;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=108;TCF=52;TCR=56;TR=101;WE=220252297;WS=220252277;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,235:1.00:235
chr2	220264412	rs13018645	A	G	865.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.342;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.450;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.974;NF=16;NR=16;PP=534;ReadPosRankSum=-0.048;SC=GATGAGTATTATTCTGTTAAG;SOR=0.564;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=97;TCF=45;TCR=52;TR=32;WE=220264420;WS=220264402;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,41:0.33:126
chr2	220264543	rs58721028	C	CAT	12275.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=278;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=42;NR=81;PP=2965;SC=TGCCTAGGAACGTGTCTGCAC;SOR=0.840;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=126;TCF=42;TCR=84;TR=123;WE=220264551;WS=220264533;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,275:1.00:275
chr2	220283259	rs1318299	A	G	10914.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.61;DB;DP=424;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=113;NR=94;PP=2965;SC=CGGGCTTCCCACTCGGCTCCC;SOR=0.787;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=209;TCF=115;TCR=94;TR=207;WE=220283267;WS=220283249;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,421:1.00:421
chr2	220283277	rs2017800	T	C	12303.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.61;DB;DP=461;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=126;NR=99;PP=2965;SC=CCCCGCTGAGTTCGCCCGTGT;SOR=0.822;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=226;TCF=127;TCR=99;TR=225;WE=220283285;WS=220283267;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,458:1.00:458
chr2	220283826	rs907677	T	G	7393.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=286;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=79;NR=101;PP=2965;SC=AGGCCTGGGGTCTGGGGTCCC;SOR=0.862;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=180;TCF=79;TCR=101;TR=180;WE=220283834;WS=220283816;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,280:1.00:280
chr2	220284779	rs12991025	C	T	856.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.234;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.671;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=11;PP=425;ReadPosRankSum=-1.007;SC=CCAGCTTTATCACCCGCAACT;SOR=0.606;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=105;TCF=70;TCR=35;TR=35;WE=220284787;WS=220284769;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,49:0.36:135
chr2	220285182	rs41272701	C	A	1797.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.632;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=262;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.004;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=30;PP=941;ReadPosRankSum=0.716;SC=TGTGTGGGCCCTGAGAGGGGA;SOR=0.602;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=194;TCF=118;TCR=76;TR=74;WE=220285190;WS=220285172;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:160,95:0.37:255
chr2	220285309	rs1058261	C	T	8121.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.650;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=617;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.529;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=116;NR=111;PP=2962;ReadPosRankSum=1.025;SC=CCCTCAGGGACATCCGGGCTC;SOR=0.661;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=366;TCF=190;TCR=176;TR=227;WE=220285317;WS=220285299;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:237,376:0.61:613
chr2	220285666	rs12920	G	C	11139.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.933;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=726;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=122;NR=206;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.977;SC=TTGACGCCCTGAAGGGCACTG;SOR=0.737;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=508;TCF=193;TCR=315;TR=328;WE=220285674;WS=220285656;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:238,483:0.67:721
chr2	220286142	rs1058284	G	A	6467.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-0.724;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=457;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=72;NR=66;PP=2223;ReadPosRankSum=-0.470;SC=ACAACATTGCGCGCCTGGAGG;SOR=0.727;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=236;TCF=122;TCR=114;TR=138;WE=220286150;WS=220286132;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:152,301:0.66:453
chr2	220306413	rs4674398	G	T	3406.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=32;NR=58;PP=1797;SC=CATGTGCCTAGGGCTCCGGAG;SOR=1.188;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=90;TCF=32;TCR=58;TR=90;WE=220306421;WS=220306403;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr2	220308581	rs10932805	A	C	3203.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=83;NR=15;PP=2273;SC=GGGGGTCCCCAGTGCTGGGCA;SOR=3.090;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=98;TCF=83;TCR=15;TR=98;WE=220308589;WS=220308571;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr2	220315970	rs10932806	G	A	9864.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=373;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=86;NR=170;PP=2965;SC=TGCTGCTCAAGTGTATCATCA;SOR=1.316;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=256;TCF=86;TCR=170;TR=256;WE=220315978;WS=220315960;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,364:1.00:364
chr2	220316579	rs4674399	C	T	3802.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.23;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,145:1.00:145
chr2	220330646	rs1976618	C	T	5731.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-1.693;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=118;NR=40;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.684;SC=TGTGTGTGTGCGCGCGTGTGC;SOR=0.872;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=165;TCF=123;TCR=42;TR=158;WE=220330654;WS=220330634;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:5,156:0.97:161
chr2	220330661	rs1976617	A	G	9753.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=249;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=31;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=145;NR=73;PP=2965;SC=GTGTGCGTGCACGTGTGCGTG;SOR=1.462;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=218;TCF=145;TCR=73;TR=218;WE=220330669;WS=220330651;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,249:1.00:249
chr2	220330724	rs1567488	C	T	14299.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.703;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=539;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=182;NR=161;PP=2965;ReadPosRankSum=1.037;SC=CGCGTGCGTGCGCGTATGCTG;SOR=0.758;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=345;TCF=183;TCR=162;TR=343;WE=220330732;WS=220330714;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,537:1.00:539
chr2	220330804	rs1567487	T	C	16051.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=0.720;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=620;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=143;NR=191;PP=2965;ReadPosRankSum=1.440;SC=GGGCCACCTGTGCTCCCCCCG;SOR=0.883;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=335;TCF=143;TCR=192;TR=334;WE=220330812;WS=220330794;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,618:1.00:620
chr2	220333950	rs10167209	T	C	14100.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=544;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=209;NR=171;PP=2965;SC=TGTCCATTCCTGACTTCCTGC;SOR=0.865;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=381;TCF=210;TCR=171;TR=380;WE=220333958;WS=220333940;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,528:1.00:528
chr2	220337196	rs1039897	G	A	800.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-1.065;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.896;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=27;PP=593;ReadPosRankSum=0.489;SC=AGCTTTGCCCGTCTTCTCTCC;SOR=0.382;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=47;TCF=5;TCR=42;TR=31;WE=220337204;WS=220337186;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,32:0.65:49
chr2	220341935	rs201853159	A	AG	1042.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.34;SOR=2.400;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr2	220341937	.	G	GGCGGGGCCTGGTACAGCGGC	2973	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;FR=1.0000;HP=3;HapScore=4;MGOF=6;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=12;NR=1;PP=2973;QD=20;SC=AGGAGATGAGGCCCTGGCCCC;SbPval=0.95;Source=Platypus;TC=18;TCF=14;TCR=4;TR=13;WE=220341946;WS=220341927;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:5,13:0.72:18
chr2	220341938	.	C	T	284	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;FR=1.0000;HP=2;HapScore=4;MGOF=6;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=10;NR=1;PP=284;QD=28.9792011407;SC=GGAGATGAGGCCCTGGCCCCA;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=30;TCF=28;TCR=2;TR=11;WE=220341946;WS=220341927;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:19,11:0.37:30
chr2	220341938	.	C	CGGGGCCTGGTACAGCGGCT	1516.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=60.67;SOR=2.584;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr2	220342004	rs45519033	G	A	270.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-1.982;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=71;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=3;PP=196;ReadPosRankSum=0.536;SC=TGCAGGACGAGGTGCTGCTGA;SOR=0.791;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=59;TCF=47;TCR=12;TR=16;WE=220342012;WS=220341994;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,18:0.25:72
chr2	220346596	rs3731906	C	T	909.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-4.678;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.542;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=25;PP=557;ReadPosRankSum=-0.527;SC=GAAACAGGCTCTAATCAGTGA;SOR=0.363;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=45;TCF=6;TCR=39;TR=30;WE=220346604;WS=220346586;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,36:0.67:54
chr2	220353104	rs875097	A	G	4613.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.718;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=295;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.294;HP=2;HapScore=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=2.322;NR=73;PP=2933;ReadPosRankSum=-0.069;SC=GGGAGGGGCTAGGCCGGAGTG;SOR=0.703;Source=Platypus;TCR=124;WE=220353112;WS=220353094;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:107,184:0.63:291
chr2	220353130	rs139823554	TA	T	6741.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.586;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=326;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.506;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=2.477;NF=51;NR=74;PP=2948;ReadPosRankSum=0.358;SC=TGAGCACGGTTAGGGGGGATG;SOR=0.940;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=204;TCF=78;TCR=126;TR=125;WE=220353138;WS=220353120;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:119,200:0.63:319
chr2	220353161	rs11892048	G	C	2804.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.986;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=438;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.545;HP=4;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.738;NF=58;NR=56;PP=1304;ReadPosRankSum=-0.194;SC=GAGTGAGTGAGGGGGCCTGGA;SOR=0.613;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=324;TCF=171;TCR=153;TR=114;WE=220353169;WS=220353151;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:279,154:0.36:433
chr2	220353440	rs62191888	G	T	1479.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-3.043;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=269;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.012;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=31;PP=716;ReadPosRankSum=-2.504;SC=GTGGGACAGGGCTTGAGGGGT;SOR=0.618;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=188;TCF=84;TCR=104;TR=56;WE=220353448;WS=220353430;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:182,84:0.32:266
chr2	220354108	rs55760516	A	G	2739.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.203;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=531;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.238;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=75;NR=71;PP=2056;ReadPosRankSum=-0.293;SC=TGTCACCTCAAGGCCAGCCAG;SOR=0.562;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=453;TCF=229;TCR=224;TR=146;WE=220354116;WS=220354098;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:365,162:0.31:527
chr2	220354542	rs55969678	G	A	3118.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=2.583;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=527;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.940;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=88;PP=2051;ReadPosRankSum=0.797;SC=GCCTCAGCCCGGCCAAGGAGG;SOR=0.876;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=399;TCF=154;TCR=245;TR=140;WE=220354550;WS=220354532;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:351,168:0.32:519
chr2	220354757	rs6742231	G	C	553.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.465;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=18;PP=260;ReadPosRankSum=-1.012;SC=TCCTGGCTGGGGTGGGGGGAG;SOR=0.656;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=84;TCF=32;TCR=52;TR=29;WE=220354765;WS=220354747;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,34:0.30:113
chr2	220355529	rs12464085	A	G	4979.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.643;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=930;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=83;NR=87;PP=2160;ReadPosRankSum=1.194;SC=CTCCACGGCCACCACGTGCTC;SOR=0.688;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=522;TCF=254;TCR=268;TR=170;WE=220355537;WS=220355519;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:622,298:0.32:920
chr2	220356449	rs6747041	G	C	1459.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=1.472;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=251;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.499;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=17;PP=1006;ReadPosRankSum=1.405;SC=AGCACCCAGGGACCTCCCCCG;SOR=0.898;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=198;TCF=136;TCR=62;TR=62;WE=220356457;WS=220356439;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:169,76:0.31:245
chr2	220356632	rs6747090	C	T	4538.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-1.316;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=843;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=76;NR=72;PP=1824;ReadPosRankSum=0.806;SC=TCTGCCCATACAGTGAGCTCC;SOR=0.700;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=471;TCF=244;TCR=227;TR=148;WE=220356640;WS=220356622;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:569,267:0.32:836
chr2	220356806	rs907146	C	T	20708.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=782;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=264;NR=226;PP=2965;SC=GGTCTGCATACGTCAATCAAG;SOR=0.805;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=492;TCF=265;TCR=227;TR=490;WE=220356814;WS=220356796;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,773:1.00:773
chr2	220357594	rs1078212	C	A	402.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=3.948;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=13;PP=305;ReadPosRankSum=-1.224;SC=CTGAGCCAGGCGGGCCTGGGG;SOR=0.546;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=38;TCF=7;TCR=31;TR=17;WE=220357602;WS=220357590;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,17:0.38:45
chr2	220358198	rs1050816	C	T	1330.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-2.232;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=252;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.719;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=23;PP=737;ReadPosRankSum=-1.622;SC=TCCATGGCCTCTGGCCTTCTT;SOR=0.548;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=185;TCF=123;TCR=62;TR=64;WE=220358206;WS=220358188;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:165,80:0.33:245
chr2	220361070	rs5838740	TC	T	5410.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.055;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=784;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.01;MQRankSum=1.538;QD=7.17;ReadPosRankSum=-0.446;SOR=0.690;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:530,225:0.30:755
chr2	220361265	rs2385541	A	G	1237.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=26;PP=759;SC=ACTCTTGAGTAGGGTTTGAGT;SOR=2.356;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=5;TCR=26;TR=31;WE=220361273;WS=220361255;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr2	220361486	rs2010592	G	A	905.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=7.679;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.929;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=0;PP=602;ReadPosRankSum=0.327;SC=GGCTGTGGCCGGGCCTGTCTT;SOR=2.489;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=114;TCF=104;TCR=10;TR=35;WE=220361494;WS=220361479;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,41:0.33:125
chr2	220361590	rs11437065	T	TA	6798.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-1.014;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=751;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.571;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=68;PP=2964;ReadPosRankSum=1.768;SC=CTGAAGGACGTGGTGCTGATC;SOR=0.634;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=345;TCF=144;TCR=201;TR=103;WE=220361598;WS=220361580;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:518,225:0.30:743
chr2	220362283	rs2010528	C	G	500.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=2.441;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.165;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=4;PP=355;ReadPosRankSum=-0.607;SC=GTCCCTTTAACAGCCAAGGAG;SOR=1.044;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=54;TCF=41;TCR=13;TR=21;WE=220362291;WS=220362273;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,23:0.38:61
chr2	220362557	rs12474050	C	T	2812.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.406;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=403;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.779;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=58;PP=1305;ReadPosRankSum=0.459;SC=GGACCAAGGACGGGGAGGACA;SOR=0.646;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=259;TCF=104;TCR=155;TR=97;WE=220362565;WS=220362547;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:247,152:0.38:399
chr2	220362899	rs2029251	C	G	19417.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=727;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=174;NR=259;PP=2965;SC=TCGCTCGCGTCGACGTGGCCT;SOR=0.958;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=433;TCF=174;TCR=259;TR=433;WE=220362907;WS=220362889;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,719:1.00:719
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chr2	220370599	rs62193808	G	T	878.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.415;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.966;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=14;PP=489;ReadPosRankSum=-2.152;SC=CCTATTGTGTGTCCTCGAGCA;SOR=0.884;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=121;TCF=64;TCR=57;TR=33;WE=220370607;WS=220370589;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:126,49:0.28:175
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chr2	220371181	rs10932808	T	A	6742.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=258;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=58;NR=126;PP=2965;SC=GGGGAACCCCTCAGCTGATGG;SOR=1.426;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=184;TCF=58;TCR=126;TR=184;WE=220371189;WS=220371171;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,248:1.00:248
chr2	220379560	rs3731909	C	G	16909.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.014;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1207;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.553;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=251;NR=255;PP=2962;ReadPosRankSum=1.311;SC=CTGGAGCAGCCCCCCGAGACC;SOR=0.627;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=770;TCF=391;TCR=379;TR=506;WE=220379568;WS=220379550;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:409,788:0.66:1197
chr2	220380125	rs1872858	G	A	1325.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=2.401;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=35;PP=880;ReadPosRankSum=-1.275;SC=TCCTCAACAGGGCTTCCCTTC;SOR=0.807;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=66;TCF=11;TCR=55;TR=41;WE=220380133;WS=220380115;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,51:0.64:80
chr2	220397811	rs6731344	T	C	3848.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=24;NR=98;PP=2588;SC=TCAGTGGGGTTGGGGAGAGGT;SOR=2.456;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=122;TCF=24;TCR=98;TR=122;WE=220397833;WS=220397801;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,143:1.00:143
chr2	220397825	rs6716083	C	T	1758.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=1.911;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.787;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=51;PP=1140;ReadPosRankSum=0.399;SC=GAGAGGTCTGCGGACCTCTGC;SOR=0.143;SbPval=0.2;Source=Platypus;TC=101;TCF=14;TCR=87;TR=63;WE=220397833;WS=220397801;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,72:0.65:111
chr2	220399951	rs2276643	A	G	1098.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=1.369;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.476;NF=22;NR=16;PP=445;ReadPosRankSum=0.044;SC=GCAACCTGACACGCTATGGGA;SOR=0.674;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=119;TCF=68;TCR=51;TR=38;WE=220399959;WS=220399941;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:144,67:0.32:211
chr2	220400063	rs141949099	GT	G	628.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.552;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FS=5.019;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.08;MQRankSum=0.000;QD=5.20;ReadPosRankSum=-1.171;SOR=0.802;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:87,34:0.28:121
chr2	220400159	rs150579390	TTGTG	T	133.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-0.746;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=10;PP=331;ReadPosRankSum=-1.425;SC=GTGTATGTGTTTGTGTGTATG;SOR=0.941;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=25;TCF=1;TCR=24;TR=10;WE=220400170;WS=220400149;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,5:0.28:18
chr2	220401732	rs3770237	G	A	2524.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.071;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=379;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.356;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=70;NR=37;PP=1455;ReadPosRankSum=0.159;SC=GGATGCCCCTGCCAGCCTTCT;SOR=0.844;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=258;TCF=163;TCR=95;TR=107;WE=220401740;WS=220401722;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:241,133:0.36:374
chr2	220401751	rs2385538	G	A	3220.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.335;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=501;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.546;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=76;NR=52;PP=1797;ReadPosRankSum=-0.281;SC=CTCAGGAAGAGAGGCCCACAC;SOR=0.762;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=307;TCF=182;TCR=125;TR=128;WE=220401759;WS=220401741;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:315,178:0.36:493
chr2	220402665	rs6436153	C	A	523.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.351;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.205;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=18;PP=1827;ReadPosRankSum=0.378;SC=AGTCCCTGCCCGAGCCGGGGC;SOR=1.026;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=134;TCF=73;TCR=61;TR=37;WE=220402688;WS=220402655;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:138,42:0.23:180
chr2	220402671	rs11689281	G	T	5897.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.086;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FS=1.314;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=29.94;ReadPosRankSum=0.354;SOR=0.554;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:48,149:0.76:197
chr2	220402680	rs11695248	T	C	6110.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.105;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=239;ExcessHet=3.0103;FS=1.754;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=26.00;ReadPosRankSum=3.123;SOR=0.567;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:69,166:0.71:235
chr2	220404381	rs1976616	A	G	10289.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=402;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=117;NR=145;PP=2965;SC=GGGCTGCCACATAGTCGGAGT;SOR=0.828;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=262;TCF=117;TCR=145;TR=262;WE=220404389;WS=220404371;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,393:1.00:393
chr2	220404648	rs1043833	C	T	2445.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-2.316;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=374;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.431;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=49;PP=1117;ReadPosRankSum=-1.245;SC=CCATGAGGCGCAGTGGTGAGG;SOR=0.599;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=258;TCF=122;TCR=136;TR=100;WE=220404656;WS=220404638;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:234,138:0.37:372
chr2	220404726	rs1043832	G	A	2096.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.212;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=282;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.929;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=43;PP=1166;ReadPosRankSum=3.426;SC=GCTCTGCCACGTGGGCCTTGA;SOR=0.726;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=207;TCF=101;TCR=106;TR=88;WE=220404734;WS=220404716;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:170,111:0.40:281
chr2	220405230	rs6436154	G	A	3631.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.709;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=506;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=74;PP=1958;ReadPosRankSum=1.507;SC=AGGAGAAAGCGTGCTGCTCCG;SOR=0.709;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=333;TCF=145;TCR=188;TR=129;WE=220405238;WS=220405220;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:312,188:0.38:500
chr2	220405321	rs6436155	T	C	12834.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=496;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=149;NR=162;PP=2965;SC=AGCAGCTGCCTGGTCCCCATC;SOR=0.743;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=311;TCF=149;TCR=162;TR=311;WE=220405329;WS=220405311;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,490:1.00:490
chr2	220406239	rs13004994	T	G	2512.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.951;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.857;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=29;PP=1190;ReadPosRankSum=-1.127;SC=ATGTCCGAATTGGCATGGAAA;SOR=0.448;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=111;TCF=69;TCR=42;TR=70;WE=220406247;WS=220406229;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,114:0.67:170
chr2	220406722	rs3731912	T	C	13884.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=523;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=151;NR=137;PP=2965;SC=GCTCCTCGCCTAGCGTCACCA;SOR=0.769;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=290;TCF=153;TCR=137;TR=288;WE=220406730;WS=220406712;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,517:1.00:517
chr2	220406944	rs7581251	G	A	3988.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.67;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=27;NR=28;PP=2591;SC=CTTATCAAAAGGACAACGGGG;SOR=1.609;SbPval=0.07;Source=Platypus;TC=88;TCF=30;TCR=58;TR=55;WE=220406952;WS=220406934;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,133:1.00:133
chr2	220407918	rs10932810	G	T	525.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.62;BaseQRankSum=-0.410;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=7;PP=210;ReadPosRankSum=-0.905;SC=CGCTGCCCAGGGGGTAGAGCG;SOR=0.693;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=54;TCF=36;TCR=18;TR=19;WE=220407926;WS=220407908;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,31:0.33:95
chr2	220409701	rs10932811	C	T	1593.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-2.066;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=280;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.489;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=44;PP=911;ReadPosRankSum=0.317;SC=CTCTGAATCCCTCTACCATCA;SOR=0.647;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=179;TCF=52;TCR=127;TR=63;WE=220409709;WS=220409691;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:184,91:0.33:275
chr2	220412256	rs8179770	T	C	11687.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=441;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=129;NR=126;PP=2965;SC=CAGTGCTCTTTCTCACTGGGT;SOR=0.698;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=257;TCF=129;TCR=128;TR=255;WE=220412264;WS=220412246;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,439:1.00:439
chr2	220413661	rs12996466	C	T	2408.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=58;NR=19;PP=1640;SC=AGCCTAGCAACCTTCCATAAA;SOR=2.066;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=77;TCF=58;TCR=19;TR=77;WE=220413669;WS=220413651;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr2	220414016	rs6436156	C	T	8906.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=275;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=32.99;SOR=1.400;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,270:1.00:270
chr2	220414016	.	CCCT	TCCC,TCCT	1919	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.52;FR=0.5000,0.5000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=16,55;NR=42,121;PP=625,1919;QD=11.6977219804;SC=GGCCACCAGACCCTGCTTATC;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=176;TCF=55;TCR=121;TR=58,176;WE=220414027;WS=220414006;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.33:176
chr2	220414019	rs13023533	T	C	1598.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.178;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=271;ExcessHet=3.0103;FS=2.995;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.01;ReadPosRankSum=-1.655;SOR=0.908;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:176,90:0.34:266
chr2	220415595	rs146790993	GGA	G	3449.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=0.853;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=311;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.449;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.368;NF=8;NR=26;PP=1272;ReadPosRankSum=-2.635;SC=ATGGGGCTGGGGAGAGAAGGG;SOR=0.645;SbPval=0.13;Source=Platypus;TC=104;TCF=15;TCR=89;TR=34;WE=220415604;WS=220415585;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:189,102:0.35:291
chr2	220415646	rs1043582	T	C	960.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.261;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.634;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.441;NF=17;NR=24;PP=547;ReadPosRankSum=1.216;SC=TGGACACCAGTACACAAAGAG;SOR=0.586;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=108;TCF=41;TCR=67;TR=41;WE=220415654;WS=220415636;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:108,53:0.33:161
chr2	220415717	rs3731918	G	A	467.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=0.292;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.372;HP=1;HapScore=2;MGOF=32;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-1.119;NF=4;NR=11;PP=253;ReadPosRankSum=1.065;SC=CTTGGCGGCAGGAAGGTGGGG;SOR=0.465;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=32;TCF=8;TCR=24;TR=15;WE=220415725;WS=220415707;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,22:0.58:38
chr2	220415752	rs6745782	C	T	694.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=31;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=17;PP=482;SC=GGGCACAGCGCGGCACCTGAA;SOR=1.893;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=5;TCR=17;TR=22;WE=220415760;WS=220415742;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr2	220416164	rs6761575	T	C	824.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=15;NR=7;PP=529;SC=CACCCCAAGTTCTGGAAAGCC;SOR=0.826;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=23;TCF=16;TCR=7;TR=22;WE=220416172;WS=220416163;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr2	220416570	rs4672931	C	T	4115.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=34;NR=75;PP=2411;SC=GCATGGCCCCCAGGAGGAGAG;SOR=1.406;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=110;TCF=35;TCR=75;TR=109;WE=220416578;WS=220416560;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,144:1.00:144
chr2	220416591	rs4672932	C	T	2948.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=26;NR=56;PP=1911;SC=ATGCATCTTCCCTCCCTGAAG;SOR=1.368;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=82;TCF=26;TCR=56;TR=82;WE=220416599;WS=220416581;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr2	220416803	rs4672933	A	T	11585.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=444;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=164;NR=132;PP=2965;SC=CAGGATGTACACTCTCTGTCG;SOR=0.809;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=297;TCF=165;TCR=132;TR=296;WE=220416811;WS=220416793;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,436:1.00:436
chr2	220416942	rs34490902	G	C	2946.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.576;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=354;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.764;HP=4;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=50;PP=997;ReadPosRankSum=0.631;SC=TTCTTCCCTGGGGGTGAGGGG;SOR=0.595;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=224;TCF=92;TCR=132;TR=87;WE=220416950;WS=220416932;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:193,158:0.45:351
chr2	220416967	rs4672934	C	T	2425.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.459;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.797;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=62;PP=1436;ReadPosRankSum=-0.539;SC=CTAGCGAGGCCGGAGCCACCT;SOR=0.851;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=154;TCF=52;TCR=102;TR=93;WE=220416975;WS=220416957;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,113:0.56:201
chr2	220417228	rs60549465	G	T	1502.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-1.180;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=240;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.781;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=23;PP=591;ReadPosRankSum=-1.274;SC=GGGCAGCGAGGGGCCCGAAAG;SOR=0.492;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=147;TCF=84;TCR=63;TR=49;WE=220417236;WS=220417218;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:153,86:0.36:239
chr2	220417266	rs59332477	C	T	1824.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=-0.853;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=303;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.442;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=29;PP=706;ReadPosRankSum=1.499;SC=ACCTTCCTGTCGGATGCGGAC;SOR=0.665;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=171;TCF=87;TCR=84;TR=56;WE=220417274;WS=220417256;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:195,106:0.35:301
chr2	220419236	rs10932813	T	C	8191.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=319;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=104;NR=94;PP=2965;SC=GGGAATCCGCTGTGAAGGAGA;SOR=0.773;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=198;TCF=104;TCR=94;TR=198;WE=220419244;WS=220419226;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,312:1.00:312
chr2	220419339	rs10932814	T	C	10165.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=398;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=118;NR=126;PP=2965;SC=TGGATACAGCTGTACTCCACC;SOR=0.740;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=244;TCF=118;TCR=126;TR=244;WE=220419347;WS=220419329;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,393:1.00:393
chr2	220420956	rs10932816	A	G	7537.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=283;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=79;NR=98;PP=2965;SC=CGAGACACACATCCTGGCCTT;SOR=0.869;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=177;TCF=79;TCR=98;TR=177;WE=220420964;WS=220420946;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,281:1.00:281
chr2	220421417	rs1983210	C	G	14461.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=528;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=108;NR=239;PP=2965;SC=GTGGTGTCAGCTCCGAGACCA;SOR=1.352;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=348;TCF=108;TCR=240;TR=347;WE=220421425;WS=220421407;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,523:1.00:523
chr2	220421456	rs1983211	C	A	2084.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=2.759;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=344;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=59;PP=1273;ReadPosRankSum=1.147;SC=CTAAGGGGCACGGTAAGGCAG;SOR=0.696;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=242;TCF=71;TCR=171;TR=85;WE=220421464;WS=220421446;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:232,111:0.32:343
chr2	220422029	rs55873563	G	A	1047.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-2.401;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.158;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=17;PP=507;ReadPosRankSum=0.987;SC=TCCTTGGGGTGCCACAGCCCA;SOR=0.802;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=136;TCF=83;TCR=53;TR=45;WE=220422037;WS=220422019;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:149,66:0.31:215
chr2	220422400	rs2278200	C	G	698.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=3.435;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.816;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=15;PP=420;ReadPosRankSum=-0.554;SC=GAGGAGGGCACGGGGAGGCAT;SOR=0.415;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=99;TCF=38;TCR=61;TR=28;WE=220422408;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,33:0.31:108
chr2	220422774	rs2278201	A	G	3106.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.345;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=612;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.566;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=56;PP=1414;ReadPosRankSum=1.395;SC=CTGGCTCCCCAGGGGCCACAC;SOR=0.760;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=369;TCF=187;TCR=182;TR=117;WE=220422782;WS=220422764;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:418,190:0.31:608
chr2	220427996	rs11904583	T	C	2971.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-1.794;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=77;NR=12;PP=2136;ReadPosRankSum=-0.843;SC=AACAGTGGCCTGGGAGTGAAG;SOR=1.981;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=90;TCF=78;TCR=12;TR=89;WE=220428004;WS=220427992;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,100:0.99:101
chr2	220428381	rs2303543	A	T	20182.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=760;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=194;NR=288;PP=2965;SC=CATTGCACAGACACCCCCGCA;SOR=0.969;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=483;TCF=195;TCR=288;TR=482;WE=220428389;WS=220428371;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,750:1.00:750
chr2	220430203	rs1039898	C	T	23759.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.039;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=909;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=228;NR=376;PP=2965;ReadPosRankSum=1.640;SC=CAACGACACCCTGTCCTGGGG;SOR=0.758;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=610;TCF=232;TCR=378;TR=604;WE=220430217;WS=220430193;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:5,891:0.99:896
chr2	220431458	rs62191614	A	C	628.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=2.976;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=3;PP=500;ReadPosRankSum=0.942;SC=CCTGGCCCAGATACAAGAAAT;SOR=0.593;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=34;TCF=30;TCR=4;TR=23;WE=220431466;WS=220431454;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,24:0.62:39
chr2	220431631	rs1043537	G	T	4648.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=3.045;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=359;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.819;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=86;NR=58;PP=2427;ReadPosRankSum=2.832;SC=GGTGCTTGACGGCATGCAGGA;SOR=0.933;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=238;TCF=136;TCR=102;TR=144;WE=220431639;WS=220431621;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:146,206:0.59:352
chr2	220431919	rs4674412	A	G	3055.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=52;NR=39;PP=2484;SC=GCGGATGGCAAGCCTGTGAGA;SOR=0.896;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=91;TCF=52;TCR=39;TR=91;WE=220431927;WS=220431909;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr2	220432014	rs61732787	G	A	3311.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-4.008;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.151;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=40;PP=1837;ReadPosRankSum=1.867;SC=CAGAACCGTGGAACACCACGT;SOR=0.590;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=169;TCF=105;TCR=64;TR=105;WE=220432022;WS=220432004;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,142:0.67:213
chr2	220432709	rs2292360	A	T	5968.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.406;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1078;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=106;NR=130;PP=2962;ReadPosRankSum=0.113;SC=GCGGACAGGAATCCATCAACC;SOR=0.732;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=671;TCF=309;TCR=362;TR=236;WE=220432717;WS=220432699;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:698,353:0.34:1051
chr2	220433113	rs12623922	T	C	1564.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=2.553;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.988;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=36;PP=948;ReadPosRankSum=0.408;SC=GTAGGATACCTAGAAGCGCAT;SOR=0.995;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=68;TCF=16;TCR=52;TR=45;WE=220433121;WS=220433103;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,63:0.67:94
chr2	220435034	rs10180675	A	G	40630.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=1487;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=448;NR=413;PP=2965;SC=CCTGGCAGTAAAGCACCTTGA;SOR=0.743;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=863;TCF=450;TCR=413;TR=861;WE=220435042;WS=220435024;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,1482:1.00:1482
chr2	220435375	rs1061399	G	A	2822.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-3.035;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=429;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=67;NR=49;PP=1470;ReadPosRankSum=-1.601;SC=AGGATGCGCAGTGCCAGGCTC;SOR=0.689;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=316;TCF=186;TCR=130;TR=116;WE=220435383;WS=220435365;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:274,151:0.36:425
chr2	220435995	.	CA	C	93.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.397;ClippingRankSum=0.000;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=20.154;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.04;ReadPosRankSum=-0.107;SOR=4.168;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,7:0.15:46
chr2	220436005	.	T	G	152.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.091;ClippingRankSum=0.000;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=19.227;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.02;ReadPosRankSum=-1.738;SOR=4.404;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,8:0.21:38
chr2	220439330	rs116399602	G	A	424.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-2.223;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=2;PP=281;ReadPosRankSum=-1.379;SC=CTCATGACTGGTGGCCACATC;SOR=0.880;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=48;TCF=41;TCR=7;TR=17;WE=220439338;WS=220439320;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,21:0.33:64
chr2	220462640	rs681747	G	T	13404.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=509;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=186;NR=136;PP=2965;SC=CAGACGGGGAGGTTCGGTATG;SOR=0.932;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=322;TCF=186;TCR=136;TR=322;WE=220462648;WS=220462630;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,500:1.00:500
chr2	220466199	rs620698	G	T	7263.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=273;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=104;NR=103;PP=2965;SC=TGTGCAAGGAGCCCAAGAGAA;SOR=0.731;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=208;TCF=104;TCR=104;TR=207;WE=220466207;WS=220466189;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,267:1.00:267
chr2	220466344	rs11405075	G	GT,GTT	2258.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.077;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.73;ReadPosRankSum=0.158;SOR=0.660;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:18,65,52:0.48,0.39:135
chr2	220471116	rs633200	C	G	20337.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=765;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=207;NR=285;PP=2965;SC=GGACCTGGACCCTGCTTACTG;SOR=0.937;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=493;TCF=207;TCR=286;TR=492;WE=220471124;WS=220471106;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,757:1.00:757
chr2	220473355	rs673951	G	A	2327.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.747;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=350;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.404;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=31;PP=911;ReadPosRankSum=0.494;SC=GCCTGAGGGCGTACGGGGCAG;SOR=0.691;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=204;TCF=101;TCR=103;TR=64;WE=220473363;WS=220473345;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:216,127:0.37:343
chr2	220476443	rs627530	C	T	20526.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=800;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=275;NR=219;PP=2965;SC=CCTTCTCCGTCTGCCAGCCCT;SOR=0.853;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=495;TCF=275;TCR=220;TR=494;WE=220476451;WS=220476433;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,780:1.00:780
chr2	220476645	rs581547	T	C	12182.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=468;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=150;NR=195;PP=2965;SC=GGGGCTGCCATGGGCAGGCTG;SOR=0.909;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=345;TCF=150;TCR=195;TR=345;WE=220476653;WS=220476635;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,457:1.00:457
chr2	220479055	rs2305052	C	A	548.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-1.153;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.442;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=10;PP=348;ReadPosRankSum=0.348;SC=AGGTCCTGGGCAGCCACCTGT;SOR=0.270;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=38;TCF=14;TCR=24;TR=19;WE=220479063;WS=220479045;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,23:0.52:44
chr2	220479312	rs624773	T	C	10539.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=410;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=132;NR=119;PP=2965;SC=CTCTGTACCCTACCTTGTCAC;SOR=0.744;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=253;TCF=133;TCR=120;TR=251;WE=220479320;WS=220479302;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,398:1.00:398
chr2	220480639	rs640807	T	C	4551.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=53;NR=74;PP=2288;SC=GGGAGTGACATGGGCCTGGGG;SOR=0.967;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=127;TCF=53;TCR=74;TR=127;WE=220480647;WS=220480629;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,171:1.00:171
chr2	220480693	rs665845	G	C	3434.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=50;NR=46;PP=2389;SC=TGAGGCCTTCGCAGAGACCTC;SOR=0.844;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=96;TCF=50;TCR=46;TR=96;WE=220480701;WS=220480683;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr2	220493959	rs139947594	G	A	5616.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.621;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=435;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=71;NR=72;PP=2237;ReadPosRankSum=0.205;SC=ACCTCTGCCCGGCACACCAGG;SOR=0.693;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=235;TCF=118;TCR=117;TR=143;WE=220493967;WS=220493949;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:152,266:0.64:418
chr2	220494118	rs597306	A	C	3690.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.631;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=59;PP=1936;ReadPosRankSum=-0.492;SC=GAGCCCCCCCACTCAGGGACC;SOR=0.631;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=109;TCF=48;TCR=61;TR=106;WE=220494126;WS=220494100;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:5,142:0.97:147
chr2	220495167	rs612078	A	C	2719.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=16;NR=57;PP=1755;SC=GTCCCCTGCTAAGGGCTGAGT;SOR=2.154;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=73;TCF=16;TCR=57;TR=73;WE=220495175;WS=220495157;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr2	220496640	rs143617757	C	T	1176.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=4.440;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.781;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=2;PP=835;ReadPosRankSum=-0.508;SC=GCCGTGACCCCGAGGGCCCCA;SOR=1.392;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=60;TCF=56;TCR=4;TR=37;WE=220496648;WS=220496630;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,42:0.63:67
chr2	220500423	rs589767	A	G	16934.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=380;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.92;SOR=0.742;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,377:1.00:377
chr2	220500426	rs639214	A	G	16917.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=385;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.29;SOR=0.747;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,382:1.00:382
chr2	220502137	rs621515	C	T	2437.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=58;NR=13;PP=1695;SC=TGTGTGTGTTCTGTGTGTTCT;SOR=2.642;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=74;TCF=60;TCR=14;TR=71;WE=220502145;WS=220502127;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr2	220502367	rs635311	A	C	23804.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=871;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=276;NR=304;PP=2965;SC=GGGTCCCTGGATGCTGGTCTG;SOR=0.757;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=580;TCF=276;TCR=304;TR=580;WE=220502375;WS=220502357;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,865:1.00:865
chr2	220505265	rs684428	T	C	28081.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=1051;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=308;NR=301;PP=2965;SC=GTCCCAGCGTTTGTTGCTCAT;SOR=0.701;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=610;TCF=309;TCR=301;TR=609;WE=220505273;WS=220505255;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,1048:1.00:1048
chr2	220586231	rs9288551	C	G	454.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=0;PP=382;SC=AGGCTATGCGCTTTATCTGCA;SOR=5.421;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=14;TCR=0;TR=14;WE=220586239;WS=220586221;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr2	220586367	rs368069746	AAG	A	602.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.133;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.16;MQRankSum=2.447;QD=4.78;ReadPosRankSum=-0.154;SOR=0.686;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:94,32:0.25:126
chr2	220771223	rs4674470	C	T	6251.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-2.610;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=478;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.144;HP=4;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=76;NR=102;PP=2649;ReadPosRankSum=0.369;SC=AAGATGCCCCCAGGTGACATC;SOR=0.611;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=284;TCF=118;TCR=166;TR=178;WE=220771231;WS=220771213;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:176,294:0.63:470
chr2	220771290	rs4674471	G	A	3143.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-2.164;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.249;HP=4;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=74;PP=1765;ReadPosRankSum=0.091;SC=TGTGCATTTTGCCAGGGAAAC;SOR=0.857;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=154;TCF=40;TCR=114;TR=96;WE=220771298;WS=220771280;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,137:0.67:205
chr2	220771310	rs4674472	A	G	2507.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=2.247;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.680;HP=2;HapScore=1;MGOF=31;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=60;PP=1548;ReadPosRankSum=-0.174;SC=CCAGAGTTGCACGATTTCTAT;SOR=1.110;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=115;TCF=24;TCR=91;TR=72;WE=220771318;WS=220771300;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,101:0.67:150
chr2	220771378	rs4674473	A	G	755.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=0.769;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.502;HP=2;HapScore=2;MGOF=27;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=22;PP=517;ReadPosRankSum=1.254;SC=GCATATGTGTATGGCATGCCT;SOR=1.179;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=41;TCF=5;TCR=36;TR=24;WE=220771386;WS=220771368;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,31:0.63:49
chr2	222301357	rs3213844	T	C	2511.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.481;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=411;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=61;PP=1324;ReadPosRankSum=-4.283;SC=AGGAACAATCTCATTAGCATT;SOR=0.698;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=277;TCF=95;TCR=182;TR=91;WE=222301365;WS=222301347;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:263,136:0.34:399
chr2	222320427	rs2288627	G	A	1429.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.906;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=287;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.883;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=39;PP=752;ReadPosRankSum=0.376;SC=GTCTTAGGAGGTAGAACTTCT;SOR=0.883;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=206;TCF=83;TCR=123;TR=59;WE=222320435;WS=222320417;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:198,85:0.30:283
chr2	222321225	rs6718949	C	T	233.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-0.408;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.370;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=1;PP=121;ReadPosRankSum=-0.740;SC=AGCAAAATGTCTGCTGAACCA;SOR=0.941;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=35;TCF=29;TCR=6;TR=10;WE=222321233;WS=222321215;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,14:0.30:46
chr2	222434898	rs11687492	T	C	1910.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.179;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.316;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=34;PP=865;ReadPosRankSum=0.983;SC=GGAAACGTGATGGGAATAGAA;SOR=0.490;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=112;TCF=43;TCR=69;TR=61;WE=222434906;WS=222434888;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,89:0.66:135
chr2	222435035	rs373916144	TCC	TC,T	522.73	.	AC=2,0;AF=1.00,0.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=12;HapScore=4;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;NF=0,0;NR=20,20;PP=27,424;SC=CAAGTTTTTCTCCCCCCCCCC;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=23;TCF=0;TCR=23;TR=20,20;WE=222435056;WS=222435025;set=Intersection	GT:AF:DP	1/1:1.00:18
chr2	222435048	rs2710504	A	G	38.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.237;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.45;MQRankSum=-0.258;QD=1.69;ReadPosRankSum=-0.140;SOR=0.336;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,3:0.13:23
chr2	222437136	rs11381414	A	AG	441.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=11;PP=521;SC=AGGGCGGCCGAGCCCCGCCTT;SOR=2.833;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=16;TCF=1;TCR=15;TR=12;WE=222437144;WS=222437126;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr2	223065753	.	TAC	T	478.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.896;ClippingRankSum=0.000;DP=444;ExcessHet=3.0103;FS=1.977;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.05;MQRankSum=3.781;QD=1.22;ReadPosRankSum=0.130;SOR=0.537;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:340,53:0.13:393
chr2	223066919	rs2855268	C	G	589.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-3.077;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.233;HP=8;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=15;PP=266;ReadPosRankSum=-0.348;SC=CCTAAAAAAACAGCCAGATTG;SOR=0.228;SbPval=0.12;Source=Platypus;TC=80;TCF=15;TCR=65;TR=22;WE=223066927;WS=223066909;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,32:0.31:104
chr2	223161624	rs12694578	A	G	1856.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=3.821;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.739;HP=6;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=12;PP=1275;ReadPosRankSum=0.999;SC=GTCAGCCGTTACCCCCCGCCC;SOR=1.274;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=94;TCF=72;TCR=22;TR=60;WE=223161632;WS=223161614;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,70:0.68:103
chr2	223161889	rs12623857	A	G	2973.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=1.125;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=246;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.483;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=51;PP=1396;ReadPosRankSum=-0.946;SC=TGATAAAAACACCGCCGAGCT;SOR=0.657;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=138;TCF=47;TCR=91;TR=77;WE=223161897;WS=223161879;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:103,135:0.57:238
chr2	223162024	rs6754024	T	G	1068.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.540;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.306;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=22;PP=550;ReadPosRankSum=-1.286;SC=CAGTCTTCTGTCCTATCCTCA;SOR=0.145;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=46;TCF=13;TCR=33;TR=33;WE=223162032;WS=223162014;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,47:0.78:60
chr2	223339533	rs199525854	CTTT	C	140.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.830;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=3.310;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=9.38;ReadPosRankSum=-1.265;SOR=0.141;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,7:0.47:15
chr2	223423362	rs4674664	A	G	17498.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=673;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=189;NR=223;PP=2965;SC=ACATCCCACCACTCACCACCT;SOR=0.808;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=414;TCF=190;TCR=224;TR=412;WE=223423370;WS=223423352;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,660:1.00:660
chr2	223436428	rs3211018	T	C	250.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.526;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=0;PP=95;ReadPosRankSum=1.063;SC=GCTGGCCTAATATGCAGGGAA;SOR=0.269;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=11;TCR=0;TR=6;WE=223436436;WS=223436422;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,11:0.69:16
chr2	223436607	rs7185	C	T	4032.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=58;NR=51;PP=1942;SC=AAGGGTCCAACATTGATTTCT;SOR=0.745;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=109;TCF=58;TCR=51;TR=109;WE=223436615;WS=223436597;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,156:1.00:156
chr2	223489249	rs3214770	GT	G	1095.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-0.756;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.014;HP=4;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQ=60.17;MQRankSum=0.762;NF=6;NR=20;PP=870;ReadPosRankSum=1.160;SC=TTTTTTTAATGTTTACATTGT;SOR=0.330;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=44;TCF=9;TCR=35;TR=26;WE=223489257;WS=223489239;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,38:0.66:58
chr2	223489293	rs2290031	C	T	885.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.055;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.423;HP=3;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.597;NF=14;NR=12;PP=582;ReadPosRankSum=-0.519;SC=AAACAGTAACCTTTCTTTTTG;SOR=0.405;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=37;TCF=17;TCR=20;TR=26;WE=223489301;WS=223489283;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,34:0.77:44
chr2	223493435	rs2019357	G	A	3415.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.137;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.560;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=38;PP=1462;ReadPosRankSum=-0.950;SC=TGCACATAGTGTAGCGCCTGG;SOR=0.637;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=138;TCF=84;TCR=54;TR=97;WE=223493443;WS=223493425;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,155:0.72:216
chr2	223498173	.	C	A	277.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.677;ClippingRankSum=0.000;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=10.161;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.71;MQRankSum=-3.941;QD=8.68;ReadPosRankSum=-1.365;SOR=1.745;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,8:0.25:32
chr2	223498189	.	G	A	364.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.043;ClippingRankSum=0.000;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=3.120;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.28;MQRankSum=-3.894;QD=11.05;ReadPosRankSum=-0.492;SOR=0.627;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,11:0.33:33
chr2	223498191	.	T	C	367.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.645;ClippingRankSum=0.000;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=1.451;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.21;MQRankSum=-3.695;QD=11.86;ReadPosRankSum=-1.009;SOR=0.721;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,11:0.35:31
chr2	223520905	rs2166652	G	C	4709.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.820;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=332;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=88;PP=2536;ReadPosRankSum=-0.450;SC=CATTCTGCTGGCAACAGTTCC;SOR=0.719;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=225;TCF=89;TCR=136;TR=146;WE=223520913;WS=223520895;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:122,210:0.63:332
chr2	223520978	rs2044537	A	G	1519.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=1.351;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.370;HP=4;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=47;PP=1092;ReadPosRankSum=0.890;SC=ATGTATCTTTATGAGACTAAT;SOR=1.230;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=97;TCF=23;TCR=74;TR=60;WE=223520986;WS=223520968;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,63:0.60:105
chr2	223780921	rs12623448	G	A	513.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=16;NR=1;PP=418;SC=TTATTAAAAAGATAATTCTAT;SOR=4.294;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=17;TCF=16;TCR=1;TR=17;WE=223780929;WS=223780911;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr2	223781017	rs60362808	AT	A	561.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-2.385;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.042;HP=9;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=7;PP=324;ReadPosRankSum=0.538;SC=CATTAAAAAAATTTTTTTTTG;SOR=0.416;SbPval=0.23;Source=Platypus;TC=65;TCF=47;TCR=18;TR=18;WE=223781026;WS=223781007;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,39:0.46:85
chr2	223781018	rs35780866	T	A	688.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=4.147;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FS=3.361;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.30;ReadPosRankSum=-0.169;SOR=1.158;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,44:0.53:83
chr2	223785504	rs6739824	T	C	2761.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=77;NR=4;PP=2170;SC=GCCACTTGACTATTGTTTCTT;SOR=4.688;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=81;TCF=77;TCR=4;TR=81;WE=223785512;WS=223785494;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr2	223785740	rs6756323	A	G	5350.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.446;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=893;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=86;NR=114;PP=2547;ReadPosRankSum=0.068;SC=TCCAAATAGCATCTATTGTCA;SOR=0.724;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=547;TCF=240;TCR=307;TR=200;WE=223785748;WS=223785730;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:582,307:0.35:889
chr2	223785816	rs140575771	A	G	1847.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=3.065;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=323;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=61;PP=1401;ReadPosRankSum=0.041;SC=TCAATAGAATATATCTCCCAT;SOR=0.711;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=264;TCF=87;TCR=177;TR=91;WE=223785824;WS=223785806;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:226,96:0.30:322
chr2	223785846	rs6728234	G	A	5921.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=56;NR=120;PP=2965;SC=GACTTGATCTGTTTTGTTGAT;SOR=1.597;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=177;TCF=57;TCR=120;TR=176;WE=223785854;WS=223785836;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,195:1.00:195
chr2	223787559	rs11891410	G	A	3307.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=26;NR=51;PP=1522;SC=GGTAAGTTCAGTGTCTGTGAC;SOR=1.151;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=77;TCF=26;TCR=51;TR=77;WE=223787567;WS=223787549;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr2	223787691	rs10932978	G	A	1569.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=41;NR=8;PP=1243;SC=TTCTTAGACTGTAAGTACATT;SOR=2.970;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=49;TCF=41;TCR=8;TR=49;WE=223787699;WS=223787681;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr2	223793471	rs1550419	C	T	263.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.248;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.76;ReadPosRankSum=0.709;SOR=0.509;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,15:0.38:39
chr2	223793480	rs1550420	C	T	1376.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=32.02;SOR=1.455;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr2	223798141	rs6726737	A	C	827.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-2.244;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=29;PP=489;ReadPosRankSum=0.080;SC=TTCTCATTGCAGCCATTAGCT;SOR=0.653;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=52;TCF=10;TCR=42;TR=37;WE=223798149;WS=223798131;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,40:0.62:64
chr2	223799207	rs935030	C	T	1438.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=31;NR=8;PP=884;SC=CAACACAGTTCACCATTTTGT;SOR=2.208;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=40;TCF=31;TCR=9;TR=39;WE=223799215;WS=223799197;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr2	223806189	rs35090606	C	CT	554.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.464;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FS=3.435;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.65;ReadPosRankSum=1.995;SOR=1.008;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:98,54:0.36:152
chr2	223806194	rs1550426	C	T	3165.87	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.265;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FS=1.882;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=20.56;ReadPosRankSum=-0.289;SOR=0.945;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:24,130:0.84:154
chr2	223917629	rs3795886	C	T	9123.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.286;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=354;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.280;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=121;NR=104;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.636;SC=GTGCGGCCGGCGGCGGCAGCG;SOR=0.429;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=227;TCF=122;TCR=105;TR=225;WE=223917637;WS=223917619;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,348:1.00:349
chr2	223917812	rs10201907	T	C	7110.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=264;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=107;NR=98;PP=2965;SC=AGCCGCTGCCTGTGGTGTCGG;SOR=0.780;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=205;TCF=107;TCR=98;TR=205;WE=223917820;WS=223917802;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,263:1.00:263
chr2	223917983	rs12621643	T	G	17611.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.884;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=670;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=216;NR=197;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.441;SC=GGGCAGACGATGAGCTGGAGG;SOR=0.253;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=419;TCF=219;TCR=200;TR=413;WE=223917991;WS=223917973;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,659:0.99:663
chr2	223918080	rs10189762	C	G	17683.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=673;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=174;NR=221;PP=2965;SC=GGACCCCTGCCGGTGGCTCCA;SOR=0.862;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=397;TCF=175;TCR=222;TR=395;WE=223918088;WS=223918070;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,662:1.00:662
chr2	224463164	rs16864975	G	A	4777.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.382;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=899;ExcessHet=3.0103;FS=0.565;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.42;ReadPosRankSum=-1.445;SOR=0.626;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:610,272:0.31:882
chr2	224640803	rs59118867	C	CAA	42584.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-1.073;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=999;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.102;NF=67;NR=307;PP=2957;ReadPosRankSum=1.632;SC=CACGAATATGCAGTCACCTCC;SOR=0.294;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=400;TCF=68;TCR=332;TR=374;WE=224640811;WS=224640792;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,976:1.00:980
chr2	224702305	rs3738961	G	C	848.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.173;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.922;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=17;PP=391;ReadPosRankSum=1.090;SC=ACAATGCCCTGGCACTGAAAG;SOR=0.579;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=45;TCF=19;TCR=26;TR=30;WE=224702313;WS=224702295;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,39:0.58:67
chr2	224743373	rs571111	C	T	7662.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.039;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=490;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.584;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=147;NR=73;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.454;SC=GTGTGGACGCCGCCCAGCTCT;SOR=0.662;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=328;TCF=219;TCR=109;TR=220;WE=224743381;WS=224743363;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:147,332:0.69:479
chr2	224743591	rs602675	C	T	6417.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=237;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=47;NR=135;PP=2965;SC=CATAACACCTCCTTAAGATTT;SOR=1.867;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=182;TCF=47;TCR=135;TR=182;WE=224743599;WS=224743581;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,225:1.00:225
chr2	224743652	rs547234	A	G	2595.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=10;NR=61;PP=1818;SC=TGTAATCCCAACACTTTGGGA;SOR=2.861;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=71;TCF=10;TCR=61;TR=71;WE=224743660;WS=224743642;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr2	224744701	rs516849	A	G	3803.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=76;NR=37;PP=2332;SC=GAGGCAAGCAATTTGTTACTC;SOR=1.473;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=113;TCF=76;TCR=37;TR=113;WE=224744709;WS=224744691;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,134:1.00:134
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chr2	224749578	rs60759568	T	TCTTC	275.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.440;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=63.75;MQRankSum=0.791;QD=6.57;ReadPosRankSum=0.139;SOR=0.484;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,19:0.45:42
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chr2	224760494	rs597349	G	A	1509.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=36;PP=1041;SC=GGTGTACAACGGGTCATTCAA;SOR=2.540;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=43;TCF=7;TCR=36;TR=43;WE=224760502;WS=224760484;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr2	224763816	rs530065	C	T	8136.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=318;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=74;NR=139;PP=2965;SC=GGATGTAGAACAGAAATCACC;SOR=1.221;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=213;TCF=74;TCR=139;TR=213;WE=224763824;WS=224763806;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,301:1.00:301
chr2	224765894	rs604990	G	A	5426.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=98;NR=49;PP=2965;SC=TGGCTCTGAAGGATACTGCAG;SOR=1.345;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=147;TCF=98;TCR=49;TR=147;WE=224765902;WS=224765884;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,194:1.00:194
chr2	224770780	rs622896	C	T	1004.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=9;NR=26;PP=760;SC=ACAACAGAAACTTGACTTTCA;SOR=2.115;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=35;TCF=9;TCR=26;TR=35;WE=224770788;WS=224770770;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr2	224777094	rs541712	T	C	14536.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=382;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=88;NR=144;PP=2965;SC=CACTTTAAGTTGTTCTTCAAA;SOR=1.101;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=234;TCF=88;TCR=146;TR=232;WE=224777113;WS=224777084;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,375:1.00:375
chr2	224777105	rs113054269	G	GTGAT	13060.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.994;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=310;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.065;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.219;NF=6;NR=116;PP=2957;ReadPosRankSum=1.449;SC=GTTCTTCAAAGTGATTAAGAA;SOR=0.985;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=143;TCF=8;TCR=135;TR=122;WE=224777113;WS=224777084;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,305:1.00:306
chr2	224822043	rs3738960	C	G	143.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.640;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.55;ReadPosRankSum=1.244;SOR=0.801;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:77,16:0.17:93
chr2	224824617	rs11546405	A	G	2007.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-1.884;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=304;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=56;PP=1227;ReadPosRankSum=0.711;SC=CACTGAGTGAAGAATTCCCAG;SOR=0.678;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=244;TCF=82;TCR=162;TR=83;WE=224824625;WS=224824607;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:191,102:0.35:293
chr2	224844919	rs729631	C	G	1631.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=40;NR=5;PP=1219;SC=CCCACACACACTGCCTGGCTG;SOR=3.486;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=45;TCF=40;TCR=5;TR=45;WE=224844927;WS=224844909;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr2	224862821	rs3795879	C	T	11610.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.869;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=877;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=182;NR=154;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.801;SC=TGACATACTGCGGCCACTCAC;SOR=0.710;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=543;TCF=296;TCR=247;TR=336;WE=224862829;WS=224862811;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:335,539:0.62:874
chr2	224862842	rs12457	A	G	11373.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.409;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=906;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=181;NR=174;PP=2962;ReadPosRankSum=0.742;SC=CCCTGGTTTCATTTTTAACCC;SOR=0.654;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=576;TCF=300;TCR=276;TR=355;WE=224862850;WS=224862832;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:362,541:0.60:903
chr2	224863090	rs10170379	C	T	2735.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-2.733;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.748;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=70;PP=1782;ReadPosRankSum=-1.284;SC=TACAGCAATACTTCCATAAGA;SOR=0.587;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=128;TCF=29;TCR=99;TR=91;WE=224863098;WS=224863080;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,111:0.72:155
chr2	224866694	rs10706128	CT	C	75.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.231;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FS=6.250;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.48;ReadPosRankSum=0.488;SOR=0.148;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,14:0.27:51
chr2	225244235	rs16865905	A	C	358.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=0.445;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=2;PP=171;ReadPosRankSum=-0.434;SC=TCAGTACTCCATTTCTAGAAC;SOR=0.475;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=22;TCF=18;TCR=4;TR=11;WE=225244243;WS=225244225;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,16:0.59:27
chr2	225244888	rs3738954	A	G	2152.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.543;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.254;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=44;PP=1152;ReadPosRankSum=0.044;SC=AGCTCCCAAGATGCCATTCTT;SOR=0.842;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=104;TCF=43;TCR=61;TR=73;WE=225244896;WS=225244878;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,100:0.60:166
chr2	225244923	rs3738953	A	G	1855.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.871;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.347;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=40;PP=1062;ReadPosRankSum=0.413;SC=GATTCAGCTGAACCTACAGGA;SOR=0.826;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=88;TCF=29;TCR=59;TR=60;WE=225244931;WS=225244913;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,83:0.57:145
chr2	225368321	rs3738951	A	G	1670.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.612;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=17;PP=1035;ReadPosRankSum=-1.299;SC=ACACAATCATAATAAACCTCA;SOR=0.715;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=77;TCF=55;TCR=22;TR=57;WE=225368329;WS=225368311;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,69:0.68:102
chr2	225434445	rs10498163	A	G	1025.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=1.051;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.870;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=13;PP=424;ReadPosRankSum=-0.243;SC=GAACTACATCATGAGACAAAT;SOR=0.859;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=43;TCF=23;TCR=20;TR=30;WE=225434453;WS=225434435;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,50:0.62:80
chr2	225449893	.	GGGCGGC	G	1762.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.188;ClippingRankSum=0.000;DP=94;ExcessHet=3.0103;FS=1.051;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.48;MQRankSum=2.043;QD=22.03;ReadPosRankSum=-2.213;SOR=0.775;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,63:0.79:80
chr2	225665074	rs1560859	G	A	1641.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=40;PP=1110;SC=TTCAAAGTTTGCTGGCATTTT;SOR=3.098;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=7;TCR=40;TR=47;WE=225665082;WS=225665064;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr2	225668717	rs141021252	ATG	A	489.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.054;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FS=2.744;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.05;MQRankSum=2.056;QD=2.72;ReadPosRankSum=-0.967;SOR=1.019;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:140,40:0.22:180
chr2	225688041	rs13405571	A	G	598.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=2.256;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=3;PP=335;ReadPosRankSum=-0.917;SC=CTTCAAATTGAAAAAAAAAAT;SOR=0.479;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=36;TCF=30;TCR=6;TR=17;WE=225688049;WS=225688033;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,24:0.56:43
chr2	225688100	rs13431331	G	A	2206.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.766;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=16;PP=1119;ReadPosRankSum=-1.234;SC=GTTTTCATCTGACAGTGCTAG;SOR=0.752;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=116;TCF=80;TCR=36;TR=64;WE=225688108;WS=225688090;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,97:0.63:155
chr2	225702565	rs6724332	G	A	7006.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.252;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=522;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=90;NR=125;PP=2962;ReadPosRankSum=0.514;SC=AAGCAAAGCTGTTCAGTGGCC;SOR=0.705;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=331;TCF=140;TCR=191;TR=215;WE=225702573;WS=225702555;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:186,323:0.63:509
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chr2	225719571	rs72305904	GCCAACCAA	G	5748.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.212;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=301;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.57;MQRankSum=3.736;QD=20.46;ReadPosRankSum=-1.087;SOR=0.665;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:127,154:0.55:281
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chr2	227973095	rs7600536	A	T	373.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-2.321;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.108;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=1;PP=258;ReadPosRankSum=0.736;SC=TTAACCCGAAAGTAGTGTTAA;SOR=1.670;SbPval=0.92;Source=Platypus;TC=47;TCF=40;TCR=7;TR=17;WE=227973103;WS=227973085;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,18:0.38:48
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chr2	227974191	rs6436655	A	G	2044.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=0.783;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=413;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.582;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQ=59.98;MQRankSum=0.657;NF=29;NR=53;PP=998;ReadPosRankSum=1.003;SC=CAGTCCGGGCACGGTGGTTCA;SOR=0.755;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=269;TCF=97;TCR=172;TR=82;WE=227974199;WS=227974181;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:290,123:0.30:413
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chr2	228102892	rs35499269	T	TA	180.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.924;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=12.155;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.42;MQRankSum=0.764;QD=9.04;ReadPosRankSum=2.346;SOR=3.912;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,14:0.70:20
chr2	228104760	rs7579991	C	T	6492.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=244;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=117;NR=42;PP=2965;SC=CAAAGAGTCACCATGAAGTCA;SOR=1.522;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=160;TCF=118;TCR=42;TR=159;WE=228104768;WS=228104750;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,241:1.00:241
chr2	228109626	rs113428834	T	TG	2982.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.119;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FS=0.686;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.20;MQRankSum=0.781;QD=14.48;ReadPosRankSum=-0.112;SOR=0.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,172:0.83:206
chr2	228109784	rs6750210	C	T	2127.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=21;NR=45;PP=1341;SC=TTAAAACAGTCGTGCAAGAAA;SOR=1.609;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=66;TCF=21;TCR=45;TR=66;WE=228109792;WS=228109774;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr2	228111435	rs10178458	T	C	9911.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.735;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=382;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=158;NR=98;PP=2965;ReadPosRankSum=2.298;SC=CCAGGGACACTGGGCTACCCA;SOR=1.033;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=256;TCF=158;TCR=98;TR=256;WE=228111443;WS=228111425;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,378:0.99:380
chr2	228111600	rs10168566	G	T	7571.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.876;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FS=4.894;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=42.30;ReadPosRankSum=-1.053;SOR=1.542;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,178:0.99:179
chr2	228111604	rs10168567	G	T	7239.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.920;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FS=5.374;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=44.69;ReadPosRankSum=-1.109;SOR=1.847;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,161:0.99:162
chr2	228111651	rs10192026	A	G	2024.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=2.206;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=5.980;HP=4;HapScore=1;MGOF=44;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=57;PP=1720;ReadPosRankSum=1.127;SC=GCTTTGTTTTACTTTTGAGAC;SOR=3.750;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=67;TCF=9;TCR=58;TR=65;WE=228111659;WS=228111641;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,65:0.97:67
chr2	228112186	rs4321358	A	G	7063.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=269;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=103;NR=73;PP=2965;SC=GGGAGAGGATACACAATAGCA;SOR=0.956;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=178;TCF=104;TCR=74;TR=176;WE=228112194;WS=228112176;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,263:1.00:263
chr2	228113175	rs6436669	A	G	7023.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=268;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=96;NR=74;PP=2965;SC=CCTGCTAAAGAAGAAGATATA;SOR=0.907;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=172;TCF=97;TCR=75;TR=170;WE=228113183;WS=228113165;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,266:1.00:266
chr2	228118403	rs12621551	T	G	5456.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=40;NR=102;PP=2965;SC=GTGTCTAGGATGAAGTCCTTG;SOR=1.609;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=142;TCF=40;TCR=102;TR=142;WE=228118411;WS=228118393;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,196:1.00:196
chr2	228121101	rs55703767	G	T	4356.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.132;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=323;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.003;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=78;NR=63;PP=2105;ReadPosRankSum=-0.518;SC=AATGGGTGAAGATGGCATTAA;SOR=0.751;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=189;TCF=101;TCR=88;TR=141;WE=228121109;WS=228121091;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:104,203:0.66:307
chr2	228124702	rs4332918	A	G	989.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.866;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.075;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=25;PP=574;ReadPosRankSum=1.580;SC=GAAAGGGAACAGAGATCTCTT;SOR=0.922;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=122;TCF=58;TCR=64;TR=45;WE=228124710;WS=228124692;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:106,56:0.35:162
chr2	228128540	rs10205042	C	T	7794.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=298;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=109;NR=84;PP=2965;SC=ATGGCCAGGCCTGAAAGGAAG;SOR=0.899;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=195;TCF=110;TCR=85;TR=193;WE=228128548;WS=228128530;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,296:1.00:296
chr2	228131912	rs10933174	C	A	760.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.952;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.415;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=23;PP=387;ReadPosRankSum=-0.492;SC=TTTAGATGAACTTGGAGGGAG;SOR=0.871;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=101;TCF=38;TCR=63;TR=35;WE=228131920;WS=228131902;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:100,49:0.33:149
chr2	228135426	rs73993878	G	A	903.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=1.003;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.776;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=5;PP=645;ReadPosRankSum=0.015;SC=CTGTTTTTAAGATTGACAGAA;SOR=1.532;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=44;TCF=36;TCR=8;TR=32;WE=228135434;WS=228135416;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,35:0.76:46
chr2	228135631	rs28381984	C	T	1159.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.647;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=268;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.39;ReadPosRankSum=-0.488;SOR=0.684;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:190,74:0.28:264
chr2	228142038	rs59353048	GAA	G	1086.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.133;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=2.717;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.33;MQRankSum=0.521;QD=19.41;ReadPosRankSum=-0.578;SOR=0.175;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:10,46:0.82:56
chr2	228144706	rs6729152	G	T	3339.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=25;NR=49;PP=1378;SC=ATGTAGAAATGATCAATATAT;SOR=1.206;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=74;TCF=25;TCR=49;TR=74;WE=228144714;WS=228144696;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
chr2	228145543	rs6436671	C	T	6237.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=241;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=87;NR=64;PP=2788;SC=AGAAGAATGACTGGTACAGCA;SOR=0.934;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=151;TCF=87;TCR=64;TR=151;WE=228145551;WS=228145533;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,238:1.00:238
chr2	228146991	rs111486503	AATAT	A	1384.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.135;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FS=3.373;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=28.85;ReadPosRankSum=1.625;SOR=2.191;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:5,43:0.90:48
chr2	228149107	rs6436672	A	G	2322.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=22;NR=42;PP=1236;SC=GCTGATTCTCAGGCTAATAAA;SOR=1.286;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=64;TCF=22;TCR=42;TR=64;WE=228149115;WS=228149097;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr2	228154095	rs7593281	C	T	1190.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=32;PP=886;SC=CAGAAATTTGCTACTAAATTA;SOR=3.556;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=36;TCF=4;TCR=32;TR=36;WE=228154103;WS=228154085;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr2	228158418	rs7569636	T	C	4430.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=77;NR=47;PP=2110;SC=GGCTGAGAAGTGATTAGGTGG;SOR=1.172;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=124;TCF=77;TCR=47;TR=124;WE=228158426;WS=228158408;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,165:1.00:165
chr2	228158648	rs7608999	G	C	1514.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=7;NR=38;PP=1156;SC=TTAATTACCTGTTTACCAGCC;SOR=2.833;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=45;TCF=7;TCR=38;TR=45;WE=228158656;WS=228158638;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr2	228159063	rs6436675	T	C	1041.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=29;NR=5;PP=800;SC=CTGGACAAAATCATGGGGTGA;SOR=3.321;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=29;TCR=5;TR=34;WE=228159071;WS=228159053;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr2	228159641	rs4675163	C	T	1616.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=1.157;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=11;PP=1153;ReadPosRankSum=-0.543;SC=TTTTGTATACCATAGTTTGGG;SOR=0.609;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=101;TCF=78;TCR=23;TR=64;WE=228159649;WS=228159631;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,67:0.70:96
chr2	228159660	.	GTTT	G,GTT	2954.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.467;ClippingRankSum=0.000;DP=163;ExcessHet=3.0103;FS=2.559;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.07;MQRankSum=0.426;QD=19.96;ReadPosRankSum=2.209;SOR=1.215;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:18,83,47:0.56,0.32:148
chr2	228163660	rs11677093	T	C	131.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=1.643;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.949;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=4;PP=104;ReadPosRankSum=-0.936;SC=AATAAAGACATACCCGAGACT;SOR=0.280;SbPval=0.18;Source=Platypus;TC=14;TCF=3;TCR=11;TR=7;WE=228163668;WS=228163650;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,7:0.33:21
chr2	228169632	rs11680670	C	T	303.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=0.211;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=3;PP=150;ReadPosRankSum=0.024;SC=CCTGGGTTAACGGGATGGTTG;SOR=0.542;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=39;TCF=30;TCR=9;TR=13;WE=228169640;WS=228169622;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,17:0.36:47
chr2	228174175	rs34134749	TACAA	T	238.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=1.545;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=4;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=8;PP=262;ReadPosRankSum=-0.346;SC=CTTGAAAATCTACAAACAGAC;SOR=0.223;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=15;TCF=1;TCR=14;TR=9;WE=228174193;WS=228174165;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,7:0.54:13
chr2	228194480	rs3211097	AG	TT	3157.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.357;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=246;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.487;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=22;PP=1510;ReadPosRankSum=-0.458;SC=AGGAACAAGCAGTGACACATC;SOR=0.655;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=143;TCF=80;TCR=63;TR=48;WE=228194489;WS=228194470;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:158,86:0.35:244
chr2	228194570	rs6706656	G	A	5117.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=58;NR=80;PP=2329;SC=GCTTACTGCCGTAGGCTAACC;SOR=0.875;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=139;TCF=58;TCR=81;TR=138;WE=228194578;WS=228194560;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,201:1.00:201
chr2	228194639	rs11384091	T	TA,TAA	867.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.324;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=2.625;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.38;MQRankSum=0.449;QD=22.84;ReadPosRankSum=-0.363;SOR=1.802;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:4,20,14:0.53,0.37:38
chr2	228194653	rs34828267	C	T	571.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.383;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=7.454;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.28;MQRankSum=1.081;QD=15.45;ReadPosRankSum=-0.427;SOR=0.095;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,18:0.49:37
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chr2	228204929	rs4420693	C	T	6140.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=94;NR=62;PP=2965;SC=AGCCTTGTATCGAGGTTCTTT;SOR=0.955;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=156;TCF=94;TCR=62;TR=156;WE=228204937;WS=228204919;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,229:1.00:229
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chr2	228356364	rs11289047	GT	G	719.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.252;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.34;MQRankSum=0.783;QD=10.58;ReadPosRankSum=0.962;SOR=0.841;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,53:0.78:68
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chr2	228399781	rs202054394	C	CT	598.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.094;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.468;HP=9;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.650;NF=0;NR=18;PP=355;ReadPosRankSum=-0.100;SC=TGTGTTTTATCTTTTTTTTCC;SOR=1.121;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=33;TCF=1;TCR=32;TR=18;WE=228399789;WS=228399771;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,31:0.74:42
chr2	228416498	rs7598597	C	T	295.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=0.368;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=0;PP=254;ReadPosRankSum=-0.516;SC=CTACAAGTTACGTTAAACTGT;SOR=0.728;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=40;TCF=39;TCR=1;TR=13;WE=228416506;WS=228416496;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,14:0.33:43
chr2	228416712	rs13426457	A	G	6610.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-3.375;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1292;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=148;NR=113;PP=2804;ReadPosRankSum=-0.173;SC=GCATGCCCACAGGATTCGGCA;SOR=0.694;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=833;TCF=475;TCR=358;TR=261;WE=228416720;WS=228416702;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:868,410:0.32:1278
chr2	228476140	rs2176186	C	T	4091.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.077;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=268;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.777;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=81;NR=53;PP=2238;ReadPosRankSum=0.751;SC=TAGAATGGCTCCAGAGCACCG;SOR=0.971;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=186;TCF=109;TCR=77;TR=134;WE=228476148;WS=228476130;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,181:0.69:262
chr2	228476253	rs2138402	C	G	7938.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=300;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=82;NR=117;PP=2965;SC=GCTGAAGCCTCTGCAGTTGGA;SOR=0.965;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=199;TCF=82;TCR=117;TR=199;WE=228476261;WS=228476243;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,296:1.00:296
chr2	228493211	rs28739019	G	A	2172.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.642;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=414;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=29;PP=827;ReadPosRankSum=1.307;SC=GGCTTTTGGCGAGGGCTTTGC;SOR=0.730;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=231;TCF=131;TCR=100;TR=72;WE=228493219;WS=228493201;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:278,133:0.32:411
chr2	228560800	rs11334205	GA	G	12009.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=565;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=26;NR=173;PP=2983;SC=CACAGCCCCTGAAAAAAAACA;SOR=0.916;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=213;TCF=27;TCR=186;TR=199;WE=228560808;WS=228560790;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,523:1.00:523
chr2	228565656	rs11694828	G	A	3869.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=71;NR=34;PP=2131;SC=TGAGGTTGCTGGAGAAAGCAG;SOR=1.345;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=107;TCF=72;TCR=35;TR=105;WE=228565664;WS=228565646;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,143:1.00:143
chr2	228567111	rs71039629	AT	A	491.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.439;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=3.302;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.04;ReadPosRankSum=0.692;SOR=1.503;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,38:0.78:49
chr2	228680153	rs34834265	CT	C	296.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.786;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FS=3.317;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.43;ReadPosRankSum=1.342;SOR=1.021;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:154,54:0.26:208
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chr2	228736527	rs12470042	A	G	6910.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=260;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=77;NR=127;PP=2965;SC=AGGAGGGCGCAGCCACTGAAA;SOR=1.165;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=205;TCF=77;TCR=128;TR=204;WE=228736535;WS=228736517;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,254:1.00:254
chr2	228736608	rs10933219	C	T	2209.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=7;NR=57;PP=1656;SC=CCTTCAGATGCTGGACTCTTC;SOR=3.489;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=64;TCF=7;TCR=57;TR=64;WE=228736616;WS=228736598;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr2	228740927	rs4972994	G	A	1875.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=44;NR=7;PP=1213;SC=TAGTAGAGACGGGGTTTCACC;SOR=2.566;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=51;TCF=44;TCR=7;TR=51;WE=228740935;WS=228740921;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr2	228741250	rs7571353	T	A	2452.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=16;NR=49;PP=1581;SC=TAGGAAAAATTATTCCACTGA;SOR=1.666;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=65;TCF=16;TCR=49;TR=65;WE=228741258;WS=228741240;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr2	228750239	rs4973445	G	T	5850.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=62;NR=94;PP=2879;SC=AATACATTATGTTTTAAAAAT;SOR=1.012;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=156;TCF=62;TCR=94;TR=156;WE=228750247;WS=228750229;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,221:1.00:221
chr2	228758456	rs35758334	C	A	10173.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=395;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=136;NR=87;PP=2965;SC=AACATGAAGTCTTTATTAACA;SOR=0.993;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=224;TCF=136;TCR=88;TR=223;WE=228758464;WS=228758446;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,385:1.00:385
chr2	228767618	rs2949014	T	C	3024.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=84;NR=5;PP=2205;SC=AAGAATTAGATGGAATCTGGT;SOR=5.486;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=89;TCF=84;TCR=5;TR=89;WE=228767626;WS=228767608;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr2	228771819	rs370563385	CT	C	42.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.962;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FS=2.943;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.24;ReadPosRankSum=0.475;SOR=1.106;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:149,29:0.16:178
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chr2	228883029	rs3811515	A	C	2361.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.255;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=333;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.358;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=43;PP=1315;ReadPosRankSum=1.894;SC=TCTCACTGTGATGAGGGCTTT;SOR=0.614;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=237;TCF=113;TCR=124;TR=86;WE=228883037;WS=228883019;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:206,120:0.37:326
chr2	228883721	rs3811514	T	C	2586.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.080;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=413;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.398;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=54;PP=1236;ReadPosRankSum=0.459;SC=AGCAATCCCTTGGCAATGGCT;SOR=0.686;SbPval=0.23;Source=Platypus;TC=304;TCF=156;TCR=148;TR=96;WE=228883729;WS=228883711;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:264,137:0.34:401
chr2	228886413	rs11292511	TG	T	1079.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=1.356;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.511;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=2.802;NF=20;NR=10;PP=892;ReadPosRankSum=0.544;SC=AGGCACTAATTGGAAAGTTCT;SOR=0.865;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=90;TCF=58;TCR=32;TR=30;WE=228886421;WS=228886403;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:113,44:0.28:157
chr2	229035351	rs12618108	T	G	1329.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.470;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FS=0.862;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.61;ReadPosRankSum=-1.305;SOR=0.896;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,62:0.68:91
chr2	229035427	rs11685283	T	C	217.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=3.613;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=12.085;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=10;PP=201;ReadPosRankSum=1.473;SC=TGCTATAAAGTACACATAACT;SOR=3.586;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=25;TCF=5;TCR=20;TR=10;WE=229035435;WS=229035417;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,10:0.36:28
chr2	229890660	rs34351298	A	G	2917.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.570;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=606;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.222;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=62;PP=1435;ReadPosRankSum=0.695;SC=TGTGGTCGAGATGATGGAGCC;SOR=0.811;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=391;TCF=194;TCR=197;TR=115;WE=229890668;WS=229890650;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:424,173:0.29:597
chr2	230092889	rs1419944	C	T	1828.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.661;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=285;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.953;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=36;PP=822;ReadPosRankSum=1.048;SC=CAAATAAAACCGATACAAGCA;SOR=0.428;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=192;TCF=72;TCR=120;TR=64;WE=230092897;WS=230092879;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:180,100:0.36:280
chr2	230092950	rs1419945	C	T	687.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-2.463;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.054;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=21;PP=415;ReadPosRankSum=-0.742;SC=CCTACTTGTTCATATGACTAT;SOR=0.405;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=84;TCF=22;TCR=62;TR=31;WE=230092958;WS=230092940;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,36:0.36:101
chr2	230096587	rs1226982	C	T	233.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.037;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FS=2.377;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.12;ReadPosRankSum=0.068;SOR=0.376;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:57,18:0.24:75
chr2	230096837	rs6743582	C	T	1967.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.380;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.741;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=42;PP=1060;ReadPosRankSum=1.060;SC=ATGACTTAACCACCTCTTAAA;SOR=0.957;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=78;TCF=22;TCR=56;TR=58;WE=230096845;WS=230096827;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,85:0.72:118
chr2	230135527	rs1227013	C	T	1180.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=23;NR=10;PP=599;SC=AACGCCTGAACCCGTGCGTTT;SOR=1.662;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=23;TCR=10;TR=33;WE=230135535;WS=230135517;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr2	230135711	rs67686611	G	GC	7246.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=18;NR=62;PP=2973;SC=CTGGCCCCCGGCTCCCGGGTG;SOR=0.724;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=82;TCF=19;TCR=63;TR=80;WE=230135719;WS=230135701;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,197:1.00:197
chr2	230223451	rs57056068	G	A	824.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-1.374;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.627;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=28;PP=455;ReadPosRankSum=1.126;SC=TAATTTATATGCATGAATTAA;SOR=1.146;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=117;TCF=30;TCR=87;TR=35;WE=230223459;WS=230223441;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:103,46:0.31:149
chr2	230231889	rs2302769	A	T	964.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.793;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.638;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=23;PP=408;ReadPosRankSum=-2.390;SC=TTTGAGAATGAGAAGGCCTTT;SOR=0.622;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=106;TCF=31;TCR=75;TR=31;WE=230231897;WS=230231879;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:107,54:0.34:161
chr2	230271780	rs7562609	A	G	615.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.884;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=11.958;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=2;PP=419;ReadPosRankSum=-0.966;SC=AGGCTCACACAATGGGTTGTT;SOR=2.424;SbPval=0.98;Source=Platypus;TC=62;TCF=49;TCR=13;TR=28;WE=230271788;WS=230271770;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,30:0.48:63
chr2	230282624	rs6760224	G	A	719.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=15;NR=1;PP=421;SC=GACAGGAAAGGGGGTTGTTTC;SOR=2.584;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=16;TCF=15;TCR=1;TR=16;WE=230282632;WS=230282623;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr2	230341979	rs146727100	AC	A	8874.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.570;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=367;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.236;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.240;NF=54;NR=111;PP=2966;ReadPosRankSum=0.449;SC=CCTGAATAAAACAAAATGTAC;SOR=0.597;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=166;TCF=54;TCR=112;TR=165;WE=230341987;WS=230341969;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,352:0.99:355
chr2	230453214	rs11458391	G	GA	2234.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.857;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FS=4.140;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.60;ReadPosRankSum=-1.099;SOR=1.333;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:15,112:0.88:127
chr2	230655733	rs722268	C	T	3446.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=83;NR=20;PP=2299;SC=TATTTCTCAACTATATTCAAA;SOR=2.423;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=103;TCF=83;TCR=20;TR=103;WE=230655741;WS=230655723;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr2	230656987	rs374041177	TA	T	156.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.335;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.41;ReadPosRankSum=0.792;SOR=0.569;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:45,20:0.31:65
chr2	230666898	rs10432554	A	G	904.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=18;NR=9;PP=553;SC=TTTACTCCCTATATGATTCTT;SOR=1.352;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=28;TCF=19;TCR=9;TR=27;WE=230666906;WS=230666888;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr2	230668968	rs4972915	G	A	5281.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=50;NR=97;PP=2847;SC=AAAAATATATGTGCAATCCTG;SOR=1.361;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=147;TCF=50;TCR=97;TR=147;WE=230668976;WS=230668958;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,198:1.00:198
chr2	230705516	rs11373804	T	TA	314.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.228;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=247;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.33;ReadPosRankSum=-0.029;SOR=0.688;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:184,53:0.22:237
chr2	230744570	rs479492	C	T	563.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=12;NR=2;PP=352;SC=TTTTAAGTACCTGGCTCACAA;SOR=2.093;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=14;TCF=12;TCR=2;TR=14;WE=230744578;WS=230744560;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr2	230875311	rs11675143	G	A	5245.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-2.037;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=91;NR=39;PP=2742;ReadPosRankSum=0.000;SC=ACCTGTGTCTGGCACAGGTAG;SOR=0.548;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=133;TCF=92;TCR=41;TR=130;WE=230875319;WS=230875301;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,193:0.99:194
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chr2	230923648	rs9750739	C	G	366.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.490;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.447;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=6;PP=198;ReadPosRankSum=-0.490;SC=CGTGCCTGGCCTAAAATGGTA;SOR=0.460;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=19;TCF=12;TCR=7;TR=14;WE=230923656;WS=230923638;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,18:0.62:29
chr2	231025209	rs13400142	G	C	617.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.878;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=7;PP=225;ReadPosRankSum=0.842;SC=CCCGCCACAGGCTCAAGCGAT;SOR=0.760;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=30;TCF=16;TCR=14;TR=16;WE=231025217;WS=231025199;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,29:0.67:43
chr2	231042802	rs2241525	C	T	5380.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.104;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=426;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=97;NR=51;PP=2364;ReadPosRankSum=1.701;SC=ATTACACACACGGGTATTTTC;SOR=0.692;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=252;TCF=164;TCR=88;TR=148;WE=231042810;WS=231042792;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:171,251:0.59:422
chr2	231050569	rs2114591	G	A	2195.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=64;NR=7;PP=1678;SC=CAACAGATCCGTGCTCTGTCT;SOR=4.265;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=71;TCF=64;TCR=7;TR=71;WE=231050577;WS=231050559;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr2	231050715	rs3948464	A	G	19744.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=790;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=246;NR=199;PP=2965;SC=CTTACCTTTCAATCTGGACTT;SOR=0.817;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=452;TCF=246;TCR=206;TR=445;WE=231050723;WS=231050705;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,769:1.00:769
chr2	231072709	rs1365776	C	T	9789.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=386;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=95;NR=132;PP=2965;SC=ATCTTACCTCCTGGGAGGCTT;SOR=0.944;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=227;TCF=95;TCR=132;TR=227;WE=231072717;WS=231072699;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,372:1.00:372
chr2	231076032	rs3769837	G	T	733.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=19;NR=3;PP=552;SC=TCTCCTGCCTGTTCAAGCTCC;SOR=2.925;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=19;TCR=3;TR=22;WE=231076040;WS=231076028;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr2	231076289	rs3820974	T	G	9542.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.831;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=367;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=109;NR=116;PP=2965;ReadPosRankSum=0.700;SC=GAAGAAAAAGTTTTAGATCTC;SOR=0.371;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=228;TCF=110;TCR=118;TR=225;WE=231076297;WS=231076279;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,363:0.99:366
chr2	231077112	rs28930679	G	A	1252.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.664;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=272;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.031;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=21;PP=531;ReadPosRankSum=-0.777;SC=GTCTTCTTCCGCATTCATTTT;SOR=0.602;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=172;TCF=100;TCR=72;TR=49;WE=231077120;WS=231077102;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:189,80:0.30:269
chr2	231077154	rs41309096	G	A	1584.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.441;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=375;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.26;ReadPosRankSum=-1.461;SOR=0.688;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:270,102:0.27:372
chr2	231077725	rs1129411	A	G	4441.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=36;NR=65;PP=1880;SC=CTGCTCTGCCATTCATAGGAA;SOR=1.126;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=101;TCF=36;TCR=65;TR=101;WE=231077733;WS=231077715;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,169:1.00:169
chr2	231077911	rs7601190	A	C	214.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=6;PP=175;SC=GTGGCCCCTTAATATTTTATT;SOR=2.584;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=1;TCR=6;TR=7;WE=231077919;WS=231077901;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr2	231103185	rs2278197	A	G	684.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-0.534;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.942;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=25;PP=434;ReadPosRankSum=1.080;SC=TTTGACAAATATTTGACTGAG;SOR=0.538;SbPval=0.26;Source=Platypus;TC=94;TCF=17;TCR=77;TR=33;WE=231103193;WS=231103175;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,35:0.32:108
chr2	231110737	rs3813464	C	T	553.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-4.478;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.744;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=15;PP=268;ReadPosRankSum=-0.032;SC=CCCATTCCCCCATCTATTCAT;SOR=0.133;SbPval=0.16;Source=Platypus;TC=58;TCF=10;TCR=48;TR=21;WE=231110745;WS=231110727;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,29:0.40:73
chr2	231115603	rs9989792	T	C	2712.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.961;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=588;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=47;PP=1003;ReadPosRankSum=-0.378;SC=GCCTGGGTGATGGACAGCCCC;SOR=0.717;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=324;TCF=168;TCR=156;TR=96;WE=231115611;WS=231115593;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:415,173:0.29:588
chr2	231118041	rs3820975	A	C	856.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=3.571;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.683;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=12;PP=629;ReadPosRankSum=0.198;SC=TTTCTTGTTTATCTGCAGAGA;SOR=0.752;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=136;TCF=98;TCR=38;TR=41;WE=231118049;WS=231118031;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:118,46:0.28:164
chr2	231120255	rs55829350	CG	C	227.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.198;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=4.481;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.39;ReadPosRankSum=-0.235;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,12:0.60:20
chr2	231149097	rs4972945	T	C	1237.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-2.152;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=15;PP=593;ReadPosRankSum=-0.034;SC=AGAATGAGAATGAGAAGGCAG;SOR=0.711;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=79;TCF=31;TCR=48;TR=24;WE=231149116;WS=231149087;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:95,40:0.30:135
chr2	231149108	rs4972946	G	A	1174.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.130;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.768;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=15;PP=593;ReadPosRankSum=-0.441;SC=GAGAAGGCAGGAAAACAGCCA;SOR=0.802;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=75;TCF=27;TCR=48;TR=23;WE=231149116;WS=231149087;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,34:0.29:119
chr2	231175763	rs78116662	G	A	1317.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.272;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=289;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.695;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-2.337;NF=44;NR=24;PP=838;ReadPosRankSum=0.021;SC=AGCCACACATGTTAGAGAAAC;SOR=0.935;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=215;TCF=134;TCR=81;TR=68;WE=231175771;WS=231175753;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:207,82:0.28:289
chr2	231176040	rs139570354	G	A	508.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.715;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FS=3.616;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.85;MQRankSum=-4.548;QD=3.91;ReadPosRankSum=2.140;SOR=0.835;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:94,36:0.28:130
chr2	231176196	rs201144938	G	A	98.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.947;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=2.171;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=43.16;MQRankSum=-2.475;QD=6.17;ReadPosRankSum=0.894;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,6:0.38:16
chr2	231222499	rs4973317	T	C	3012.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.179;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=562;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.571;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=86;NR=44;PP=1680;ReadPosRankSum=-0.412;SC=ACCATTTTCATTTGGTGTCCT;SOR=0.729;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=390;TCF=254;TCR=136;TR=130;WE=231222507;WS=231222489;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:375,179:0.32:554
chr2	231222655	rs10498250	G	T	2791.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.201;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=454;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.199;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=69;PP=1389;ReadPosRankSum=-0.994;SC=TCCGCGATCGGGAACTCATCA;SOR=0.587;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=307;TCF=100;TCR=207;TR=105;WE=231222663;WS=231222645;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:284,153:0.35:437
chr2	231222675	rs4973318	T	C	1780.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.181;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=326;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=58;PP=880;ReadPosRankSum=0.676;SC=ACAAATAAAATGTTTGAAGTA;SOR=0.707;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=241;TCF=68;TCR=173;TR=80;WE=231222683;WS=231222665;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:213,105:0.33:318
chr2	231223994	rs4972951	A	G	118.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.071;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=7;PP=132;ReadPosRankSum=1.673;SC=AGTCTTCTTGAAGCCCATGGT;SOR=0.301;SbPval=0.23;Source=Platypus;TC=31;TCF=1;TCR=30;TR=8;WE=231224002;WS=231223984;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,8:0.22:37
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chr2	231248261	rs28497362	C	T	533.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.590;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.920;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=11;PP=191;ReadPosRankSum=0.475;SC=AGAATGGGAACGAGAACGCAG;SOR=1.040;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=55;TCF=21;TCR=34;TR=16;WE=231248269;WS=231248251;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,31:0.34:91
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chr2	231258218	rs7563909	A	T	2884.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.887;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.932;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=48;PP=1453;ReadPosRankSum=-1.708;SC=GTCACACAACAGATTTAACAT;SOR=0.533;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=137;TCF=61;TCR=76;TR=88;WE=231258226;WS=231258208;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,127:0.67:189
chr2	231258309	rs72495174	T	A	1778.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.782;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.94;ReadPosRankSum=-0.493;SOR=0.689;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,79:0.75:105
chr2	231258322	rs72996292	A	G	1576.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.608;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=37;PP=1932;ReadPosRankSum=1.225;SC=TTTAATATACACTTTCAGAGT;SOR=0.812;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=70;TCF=18;TCR=52;TR=49;WE=231258330;WS=231258299;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,66:0.75:88
chr2	231261620	rs6732940	G	A	6907.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.012;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=465;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.414;NF=83;NR=168;PP=2962;ReadPosRankSum=0.819;SC=AGTCTCAGTTGGAGTATGTGG;SOR=0.673;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=371;TCF=124;TCR=247;TR=251;WE=231261628;WS=231261610;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:153,304:0.67:457
chr2	231266252	rs371373398	G	A	82.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.291;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=40.00;MQRankSum=-0.000;QD=11.82;ReadPosRankSum=-1.579;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,4:0.57:7
chr2	231266526	rs149348058	G	A	417.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.080;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=45.61;MQRankSum=-3.330;QD=9.95;ReadPosRankSum=-0.861;SOR=0.648;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,23:0.55:42
chr2	231282534	rs35969967	C	CT	190.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.415;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.959;NF=1;NR=9;PP=228;ReadPosRankSum=1.730;SC=GGTGTTTGTCCTTTTTTTCGT;SOR=1.112;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=18;TCF=2;TCR=16;TR=10;WE=231282542;WS=231282524;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,11:0.58:19
chr2	231309139	rs55637456	A	T	2006.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.150;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.750;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=53;PP=1236;ReadPosRankSum=-1.408;SC=TCCTACCATGAGTGACATGTT;SOR=0.820;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=110;TCF=29;TCR=81;TR=71;WE=231309147;WS=231309129;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,85:0.65:131
chr2	231327291	rs1649863	A	G	1794.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.075;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=365;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.867;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=38;PP=893;ReadPosRankSum=-1.198;SC=AAGAGCTACTATTTCCTGAGG;SOR=0.634;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=208;TCF=92;TCR=116;TR=70;WE=231327299;WS=231327281;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:249,110:0.31:359
chr2	231327430	rs17333468	G	A	236.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.952;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=10;PP=190;ReadPosRankSum=1.645;SC=TTATTTTTGAGAATTAGCCTT;SOR=0.984;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=30;TCF=4;TCR=26;TR=11;WE=231327438;WS=231327420;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,11:0.37:30
chr2	231328696	rs2306274	C	T	1513.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.317;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.393;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=10;PP=757;ReadPosRankSum=-0.081;SC=CAAGGTTTTCCAGGTTTTCTT;SOR=0.538;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=124;TCF=97;TCR=27;TR=48;WE=231328704;WS=231328686;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:94,70:0.43:164
chr2	231328720	rs2306275	C	T	3645.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.443;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FS=0.503;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.51;ReadPosRankSum=0.186;SOR=0.736;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:137,98:0.42:235
chr2	231328728	rs2306276	C	T	3771.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.646;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=278;ExcessHet=3.0103;FS=1.529;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.87;ReadPosRankSum=1.116;SOR=0.599;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:164,108:0.40:272
chr2	231330826	rs113262860	G	A	64.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=8.10;ReadPosRankSum=0.366;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,4:0.50:8
chr2	231331694	rs1678159	A	G	1219.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=25;NR=1;PP=828;SC=CAGATCATGGAGGTTTGAGGC;SOR=5.283;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=27;TCF=26;TCR=1;TR=26;WE=231331714;WS=231331684;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr2	231331701	rs3214547	A	AG	1361.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=28;NR=0;PP=1250;SC=TGGAGGTTTGAGGCACGGACA;SOR=6.932;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=29;TCF=29;TCR=0;TR=28;WE=231331714;WS=231331684;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr2	231331706	rs2303609	C	T	136.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.726;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=0;PP=64;ReadPosRankSum=-0.349;SC=GTTTGAGGCACGGACATTCTT;SOR=0.122;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=30;TCF=30;TCR=0;TR=7;WE=231331714;WS=231331684;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,8:0.25:32
chr2	231331799	rs1649869	T	C	7067.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=275;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=116;NR=64;PP=2965;SC=TTATCATACATTGAGAGCTCC;SOR=1.187;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=181;TCF=117;TCR=64;TR=180;WE=231331807;WS=231331789;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,264:1.00:264
chr2	231331896	rs1050224	G	A	13512.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.664;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=517;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=141;NR=150;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.376;SC=CAGAAGCCTCGAGCGGGGCAC;SOR=0.717;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=292;TCF=141;TCR=151;TR=291;WE=231331904;WS=231331886;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,514:1.00:516
chr2	231333763	rs12724	A	G	601.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.051;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.824;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=6;PP=227;ReadPosRankSum=1.354;SC=TCTAGCTCCTATGACTTCTAG;SOR=0.859;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=54;TCF=32;TCR=22;TR=17;WE=231333771;WS=231333753;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,33:0.36:91
chr2	231333834	rs1649873	G	A	453.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.318;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FS=1.893;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.28;ReadPosRankSum=-3.587;SOR=0.728;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:58,28:0.33:86
chr2	231333852	rs1649874	A	C	314.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.336;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.09;ReadPosRankSum=-3.445;SOR=0.617;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:55,22:0.29:77
chr2	231333890	rs1649875	C	T	136.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.231;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=5.562;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.91;ReadPosRankSum=0.251;SOR=1.751;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,9:0.19:47
chr2	231334010	rs1649877	CA	TG	1245.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=2.233;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.779;HP=3;HapScore=1;JOINED;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=7;PP=843;ReadPosRankSum=-0.653;SC=ACAAGTGCAACATAAGTTTAT;SOR=1.002;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=76;TCF=52;TCR=24;TR=22;WE=231334019;WS=231334000;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,35:0.32:108
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chr2	231334299	rs1051580	G	A	202.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=1.012;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.706;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=6;PP=101;ReadPosRankSum=0.611;SC=AGGAGAAAACGATGGAAGGAT;SOR=1.981;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=3;TCR=13;TR=6;WE=231334307;WS=231334289;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,9:0.43:21
chr2	231334421	rs1051581	A	C	380.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.044;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=4;PP=240;ReadPosRankSum=-0.169;SC=TATGACAAGCATATATTGCTT;SOR=0.512;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=42;TCF=32;TCR=10;TR=16;WE=231334429;WS=231334411;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,19:0.40:48
chr2	231334504	rs139756804	AAAAG	A	522.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.856;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.908;HP=11;HapScore=3;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=1.548;NF=20;NR=22;PP=1138;ReadPosRankSum=0.638;SC=TTAAAAAAAAAAAAGAAGAAG;SOR=0.928;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=82;TCF=39;TCR=43;TR=42;WE=231334515;WS=231334485;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:125,53:0.30:178
chr2	231334679	rs1678162	A	G	1152.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.591;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=25;PP=691;ReadPosRankSum=0.946;SC=TTCCCTGCTGATTCCTAAGAC;SOR=0.641;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=111;TCF=46;TCR=65;TR=44;WE=231334687;WS=231334669;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:101,58:0.36:159
chr2	231337960	rs1615190	C	T	5896.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=135;NR=42;PP=2965;SC=GGGGAGTGGGCAGTCACTAAT;SOR=1.998;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=177;TCF=135;TCR=42;TR=177;WE=231337968;WS=231337950;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,213:1.00:213
chr2	231338211	rs1678169	T	G	1530.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=0.549;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.595;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=55;PP=1103;ReadPosRankSum=-0.189;SC=TCACAGACACTGGGTAGGGAT;SOR=0.606;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=188;TCF=49;TCR=139;TR=76;WE=231338219;WS=231338201;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:128,78:0.38:206
chr2	231363252	rs34979917	TA	T	1128.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.011;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FS=1.488;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.46;MQRankSum=0.758;QD=14.29;ReadPosRankSum=-2.346;SOR=1.143;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:8,71:0.90:79
chr2	231405572	rs4973329	T	G	1292.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.470;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=239;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.077;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=22;PP=538;ReadPosRankSum=-0.007;SC=CATTGCTCACTTTATGCCCCA;SOR=0.584;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=144;TCF=83;TCR=61;TR=48;WE=231405580;WS=231405562;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:157,78:0.33:235
chr2	231406194	rs866270	G	A	714.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-2.064;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.782;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=28;PP=522;ReadPosRankSum=-1.966;SC=TGAGTTTTTAGTTCAGGCTAC;SOR=0.317;SbPval=0.26;Source=Platypus;TC=96;TCF=16;TCR=80;TR=36;WE=231406202;WS=231406184;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,37:0.35:106
chr2	231406680	rs836237	T	C	9520.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=370;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=132;NR=116;PP=2965;SC=AATGAGCAGATGTACACCCGA;SOR=0.796;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=249;TCF=132;TCR=117;TR=248;WE=231406688;WS=231406670;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,364:1.00:364
chr2	231406846	rs10199013	G	A	1267.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-4.018;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.091;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=33;PP=756;ReadPosRankSum=-0.405;SC=TGTTACAATCGCCCTTATCAT;SOR=0.300;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=57;TCF=9;TCR=48;TR=39;WE=231406854;WS=231406836;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,52:0.75:69
chr2	231407519	rs6717269	C	T	3923.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=83;NR=41;PP=2460;SC=CATTGCATAACTGCTATATTG;SOR=1.497;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=124;TCF=83;TCR=41;TR=124;WE=231407527;WS=231407509;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,144:1.00:144
chr2	231407663	rs9288668	C	T	6861.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.854;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=474;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=90;NR=91;PP=2898;ReadPosRankSum=0.282;SC=TTTATTTAGCCATTCTTATCT;SOR=0.656;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=271;TCF=135;TCR=136;TR=181;WE=231407671;WS=231407653;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:156,314:0.67:470
chr2	231740276	rs2289231	A	G	629.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=5.305;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=2;PP=477;ReadPosRankSum=-0.650;SC=AGGGGGCCTTACGGAGTGCGT;SOR=0.512;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=65;TCF=59;TCR=6;TR=24;WE=231740284;WS=231740266;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,26:0.35:74
chr2	231742711	rs60237566	T	G	6795.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.633;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=473;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=93;NR=87;PP=2700;ReadPosRankSum=1.399;SC=GGGTTTTTCTTTTTCCTCCCA;SOR=0.674;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=275;TCF=140;TCR=135;TR=180;WE=231742719;WS=231742701;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:156,311:0.67:467
chr2	231775297	rs1992186	T	G	7158.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=3.526;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=468;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.555;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=116;NR=91;PP=2962;ReadPosRankSum=-3.006;SC=GGCTCACCAGTAGCGGGTAAC;SOR=0.632;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=312;TCF=178;TCR=134;TR=207;WE=231775305;WS=231775287;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:154,308:0.67:462
chr2	231860838	rs2271369	C	T	2231.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=46.50;SOR=4.407;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr2	231860848	rs6722863	A	G	2516.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=39.95;SOR=3.947;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr2	231861032	rs72362780	TCAGCAGCCTAGCCCTGAATCCACACCA	T	42060.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=0.492;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1686;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=-0.280;NF=103;NR=261;PP=2969;ReadPosRankSum=1.134;SC=ATTCCACCTCTCAGCAGCCTA;SOR=0.757;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=671;TCF=231;TCR=440;TR=364;WE=231861079;WS=231861020;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:8,1623:1.00:1631
chr2	231864289	rs2136474	A	C	210.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.660;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.312;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=1;PP=102;ReadPosRankSum=-1.092;SC=TGTCAAGAAGACGCAGGGCTA;SOR=0.184;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=23;TCF=20;TCR=3;TR=7;WE=231864297;WS=231864279;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,11:0.41:27
chr2	231864529	rs6436986	A	G	1599.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=1.059;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=343;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.437;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=27;PP=737;ReadPosRankSum=-0.073;SC=TCCTGAGGTGAGCAGTCACCT;SOR=0.682;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=176;TCF=88;TCR=88;TR=52;WE=231864537;WS=231864519;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:243,96:0.28:339
chr2	231864600	rs7573039	T	C	1647.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=1.110;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=292;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.456;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=26;PP=642;ReadPosRankSum=-1.088;SC=CCAACTTCTGTAATCTACTCC;SOR=0.732;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=151;TCF=64;TCR=87;TR=46;WE=231864608;WS=231864590;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:197,94:0.32:291
chr2	231864646	rs11684067	A	G	798.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.471;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=22;PP=432;ReadPosRankSum=0.950;SC=GCTGAGCCTCAGTTTCCTTAT;SOR=0.650;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=99;TCF=33;TCR=66;TR=35;WE=231864654;WS=231864636;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:104,47:0.31:151
chr2	231865018	rs13406394	A	G	909.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.833;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.743;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=11;PP=585;ReadPosRankSum=1.173;SC=TGTGTTCCAGACTCCCCCGCC;SOR=0.773;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=95;TCF=66;TCR=29;TR=37;WE=231865026;WS=231865008;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,43:0.36:118
chr2	231865047	rs3817173	T	C	1174.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.626;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.966;HP=3;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=16;PP=631;ReadPosRankSum=1.449;SC=CCAGGGCAGGTGCCTCCCTCA;SOR=0.875;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=129;TCF=84;TCR=45;TR=48;WE=231865055;WS=231865037;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:122,64:0.34:186
chr2	231865090	rs2271376	T	C	1964.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.815;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=332;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.406;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=28;PP=1066;ReadPosRankSum=0.806;SC=GGGCCTCTGATTCGCGCCGGC;SOR=0.795;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=202;TCF=123;TCR=79;TR=76;WE=231865098;WS=231865080;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:214,111:0.34:325
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chr2	231865269	rs2271375	G	T	2550.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.983;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=377;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.816;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=57;PP=1295;ReadPosRankSum=-3.252;SC=AGCGCGAGGGGCTGGAGCCTC;SOR=0.627;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=241;TCF=94;TCR=147;TR=95;WE=231865277;WS=231865259;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:236,139:0.37:375
chr2	231867220	rs10933364	A	G	2297.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=67;NR=6;PP=1625;SC=GGGGTCTTTCAGTAGGGACTT;SOR=4.047;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=73;TCF=67;TCR=6;TR=73;WE=231867228;WS=231867213;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr2	231902316	rs186173488	T	C	268.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.533;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.84;ReadPosRankSum=-0.086;SOR=0.735;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,17:0.37:46
chr2	231902471	rs190787545	C	G	88.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.64;BaseQRankSum=-0.264;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=3;PP=31;ReadPosRankSum=0.889;SC=CCAGGCGCGGCCAAGCCGGGC;SOR=0.569;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=11;TCF=4;TCR=7;TR=6;WE=231902479;WS=231902461;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,7:0.32:22
chr2	231902926	rs116101137	C	A	121.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-1.353;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=2;PP=21;ReadPosRankSum=-0.573;SC=TGAGACTGCGCGGGGCCCGGC;SOR=0.551;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=13;TCF=6;TCR=7;TR=4;WE=231902934;WS=231902916;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,8:0.42:19
chr2	232087474	rs1626450	AT	GA	3763.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=32;NR=25;PP=2225;SC=GTTGAAGTTGATAAAGTTTCT;SOR=0.979;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=62;TCF=35;TCR=27;TR=57;WE=232087483;WS=232087464;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr2	232196472	rs1729082	T	A	4117.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.078;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=293;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=90;NR=40;PP=2142;ReadPosRankSum=-1.161;SC=TGTCAGGGTGTCCATGGCATT;SOR=0.699;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=216;TCF=148;TCR=68;TR=130;WE=232196480;WS=232196462;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:103,181:0.64:284
chr2	232196564	rs1669083	C	T	8440.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.079;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=619;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=115;NR=113;PP=2962;ReadPosRankSum=0.940;SC=AGCCCCAGCTCGGAGAACTCT;SOR=0.689;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=369;TCF=188;TCR=181;TR=228;WE=232196572;WS=232196554;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:219,393:0.64:612
chr2	232196597	rs1669084	G	A	7345.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.192;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=542;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=99;NR=115;PP=2962;ReadPosRankSum=0.172;SC=TTCTGACCACGGAGTACCTGG;SOR=0.750;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=333;TCF=156;TCR=177;TR=214;WE=232196605;WS=232196587;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:192,340:0.64:532
chr2	232225535	rs35889244	C	CG	14327.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=446;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=35;NR=133;PP=2974;SC=CCAGCCCCCACGGGACCCCCC;SOR=0.765;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=174;TCF=37;TCR=137;TR=168;WE=232225543;WS=232225525;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,431:1.00:431
chr2	232260537	rs4972989	T	G	479.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.544;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=2.527;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.00;ReadPosRankSum=-0.349;SOR=1.242;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,25:0.52:48
chr2	232262419	rs10445829	G	A	8478.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-3.120;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=614;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=123;NR=78;PP=2949;ReadPosRankSum=0.621;SC=TCTCTCCTCTGTACTGTCCGC;SOR=0.656;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=325;TCF=197;TCR=128;TR=201;WE=232262427;WS=232262409;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:212,399:0.65:611
chr2	232263127	rs2290130	G	A	13486.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.940;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=998;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=222;NR=220;PP=2962;ReadPosRankSum=1.004;SC=CTGCCCCCACGTCCCCTTCAT;SOR=0.653;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=638;TCF=325;TCR=313;TR=442;WE=232263135;WS=232263117;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:337,648:0.66:985
chr2	232320581	rs13019380	T	G	6625.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.723;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=462;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=124;NR=83;PP=2962;ReadPosRankSum=1.021;SC=TTCTGTGAATTCTCTCTTCTT;SOR=0.664;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=312;TCF=189;TCR=123;TR=207;WE=232320589;WS=232320571;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:157,292:0.65:449
chr2	232321956	rs7598759	C	T	5706.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.201;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=373;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.447;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=92;NR=100;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.764;SC=ATACTCATGACGTAAGCTAAA;SOR=0.781;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=286;TCF=141;TCR=145;TR=192;WE=232321964;WS=232321946;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:112,248:0.69:360
chr2	232325692	rs12996154	A	C	1446.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-4.535;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.223;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=38;PP=704;ReadPosRankSum=-0.249;SC=AGTCATGGCAAGAATAGATCA;SOR=0.351;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=81;TCF=16;TCR=65;TR=49;WE=232325700;WS=232325682;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,68:0.61:112
chr2	232326801	rs2595514	A	T	15868.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.583;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=621;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=161;NR=222;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.834;SC=TCCCAATGAGATGTTAGACTC;SOR=0.951;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=387;TCF=163;TCR=224;TR=383;WE=232326809;WS=232326791;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,615:1.00:617
chr2	232327362	rs13004971	G	A	692.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-2.532;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.356;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=16;PP=324;ReadPosRankSum=1.197;SC=CGAGAAACCTGAGCACAATTC;SOR=0.391;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=45;TCF=12;TCR=33;TR=22;WE=232327370;WS=232327352;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,35:0.58:60
chr2	232378231	rs6750795	T	C	7724.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.684;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=496;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.813;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=104;NR=91;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.138;SC=TCTGTACATATAATTACCTCA;SOR=0.481;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=284;TCF=159;TCR=125;TR=195;WE=232378239;WS=232378221;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:136,353:0.72:489
chr2	232458443	rs10933378	T	C	18755.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=692;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=187;NR=232;PP=2965;SC=GCCCCTGGACTCCAGCCTGTA;SOR=0.848;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=419;TCF=187;TCR=232;TR=419;WE=232458451;WS=232458433;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,679:1.00:679
chr2	232653481	rs3830626	A	ACT	3143.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.492;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.261;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.805;NF=8;NR=33;PP=1901;ReadPosRankSum=-0.718;SC=TTATTCTAAGACTCTGTAATT;SOR=0.819;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=75;TCF=13;TCR=62;TR=41;WE=232653489;WS=232653471;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,87:0.56:156
chr2	232790053	rs5268	C	T	804.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=2.920;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.010;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=4;PP=477;ReadPosRankSum=2.254;SC=CTCCGAAGGCCGGCTGGGCGG;SOR=0.466;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=103;TCF=93;TCR=10;TR=31;WE=232790061;WS=232790043;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,39:0.31:126
chr2	232790491	rs11900720	C	T	399.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-2.231;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.448;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=14;PP=258;ReadPosRankSum=-0.720;SC=TCTGATGCTCCAGCCCCACGC;SOR=1.172;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=38;TCF=10;TCR=28;TR=18;WE=232790499;WS=232790481;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,19:0.49:39
chr2	232888856	rs896990	T	G	105.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=1.135;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=34;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=1;PP=37;ReadPosRankSum=-0.772;SC=TTAATGAATATTTCTTATACA;SOR=0.368;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=16;TCF=12;TCR=4;TR=4;WE=232888864;WS=232888846;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,6:0.33:18
chr2	233028070	rs3116181	A	G	765.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=2.275;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.843;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=8;PP=516;ReadPosRankSum=0.249;SC=AGGGCAGGAGATTTTAAACTT;SOR=0.584;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=84;TCF=63;TCR=21;TR=31;WE=233028078;WS=233028060;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,37:0.36:102
chr2	233201328	rs3811578	A	G	4358.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.137;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=327;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=66;PP=1798;ReadPosRankSum=-0.217;SC=CCGAGGACTCAAGCACCAGCT;SOR=0.712;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=191;TCF=79;TCR=112;TR=111;WE=233201336;WS=233201318;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:123,201:0.62:324
chr2	233243660	rs2014448	T	C	13899.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=498;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=155;NR=156;PP=2965;SC=CTGACCTGATTTTTGCTCTCC;SOR=0.709;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=313;TCF=155;TCR=158;TR=311;WE=233243668;WS=233243650;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,496:1.00:496
chr2	233243981	rs13026692	A	T	7962.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-2.451;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=623;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-1.627;NF=120;NR=119;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.221;SC=GGGGCCTGAGATACCCCTGGC;SOR=0.704;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=401;TCF=201;TCR=200;TR=239;WE=233243989;WS=233243971;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:246,373:0.60:619
chr2	233244586	rs2853374	C	G	5961.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=64;NR=102;PP=2965;SC=TGCCTGCCTCCGCCCGCCAGG;SOR=1.109;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=166;TCF=64;TCR=102;TR=166;WE=233244594;WS=233244576;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,209:1.00:209
chr2	233244930	rs1048988	G	C	4294.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=4.031;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=627;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.638;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=-14.590;NF=103;NR=67;PP=2559;ReadPosRankSum=-2.080;SC=TACATGTTTCGCATGGGAACC;SOR=0.921;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=407;TCF=232;TCR=175;TR=170;WE=233244938;WS=233244920;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:420,206:0.33:626
chr2	233245090	rs2260307	A	G	4200.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.785;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=266;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.058;HP=3;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-5.926;NF=93;NR=94;PP=2962;ReadPosRankSum=2.161;SC=TGTGGGGCTCAGGGCTGTGGG;SOR=0.684;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=264;TCF=125;TCR=139;TR=187;WE=233245098;WS=233245080;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:89,176:0.66:265
chr2	233245141	rs2260309	T	C	5104.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.682;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=367;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.766;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-13.010;NF=139;NR=96;PP=2962;ReadPosRankSum=0.762;SC=GTGCCCGGTATGTGTGGAACC;SOR=0.801;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=328;TCF=191;TCR=137;TR=235;WE=233245149;WS=233245131;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:140,227:0.62:367
chr2	233245210	rs13034594	C	T	1986.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.610;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=745;ExcessHet=3.0103;FS=0.650;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.85;MQRankSum=-6.210;QD=2.68;ReadPosRankSum=1.346;SOR=0.799;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:584,158:0.21:742
chr2	233271697	rs369374441	TAC	T	4817.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.933;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=519;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.134;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-3.521;NF=34;NR=50;PP=2963;ReadPosRankSum=-1.098;SC=CAGCTGCCCCTACACACACAC;SOR=0.801;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=205;TCF=72;TCR=133;TR=84;WE=233271708;WS=233271687;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:287,197:0.41:484
chr2	233272162	rs2678517	G	A	2129.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.567;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=397;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.393;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=-0.414;NF=54;NR=44;PP=1147;ReadPosRankSum=-0.664;SC=GGGAATCCTGGCTATGGAGTG;SOR=0.728;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=321;TCF=172;TCR=149;TR=98;WE=233272170;WS=233272152;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:271,123:0.31:394
chr2	233272925	rs2678518	A	G	2025.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.143;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=313;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-6.203;NF=56;NR=30;PP=1234;ReadPosRankSum=-1.321;SC=TGAGGAGGGGACACGGGGCCA;SOR=0.716;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=244;TCF=156;TCR=88;TR=86;WE=233272933;WS=233272915;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:198,106:0.35:304
chr2	233273107	rs1130346	A	G	150.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.628;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=276;ExcessHet=3.0103;FS=19.372;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.63;MQRankSum=-15.705;QD=0.56;ReadPosRankSum=-6.588;SOR=2.211;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:237,31:0.12:268
chr2	233273504	rs183793479	T	G	473.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=38.88;QD=31.58;SOR=5.549;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr2	233274145	rs2090543	G	C	5978.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=155;NR=53;PP=2965;SC=CGGATGTTACGGAGAGCGAGA;SOR=2.704;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=214;TCF=156;TCR=58;TR=208;WE=233274153;WS=233274135;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,211:1.00:211
chr2	233274169	rs2091555	T	C	1287.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.496;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=329;ExcessHet=3.0103;FS=5.825;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.67;MQRankSum=-0.917;QD=4.04;ReadPosRankSum=-0.279;SOR=0.421;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:237,82:0.26:319
chr2	233310297	rs796887	T	C	616.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.769;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.388;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-5.627;NF=18;NR=26;PP=631;ReadPosRankSum=-0.551;SC=TGCAGGAGAGTGGCCCCCTGG;SOR=1.681;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=70;TCF=29;TCR=41;TR=44;WE=233310305;WS=233310287;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,31:0.44:71
chr2	233310369	rs790045	T	C	607.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=2.037;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=11.234;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-8.510;NF=15;NR=29;PP=587;ReadPosRankSum=2.057;SC=TGCTGCGCTATGGCGTGCAGA;SOR=1.474;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=73;TCF=30;TCR=43;TR=44;WE=233310377;WS=233310359;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,33:0.38:86
chr2	233310423	rs814220	C	T	515.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.320;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.929;HP=8;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-7.200;NF=13;NR=22;PP=483;ReadPosRankSum=-1.713;SC=AGCCCGGGGGCGGGCGGGGCA;SOR=0.846;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=59;TCF=24;TCR=35;TR=35;WE=233310431;WS=233310413;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,29:0.44:66
chr2	233310491	rs809327	C	T	105.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.040;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-2.683;NF=3;NR=7;PP=137;ReadPosRankSum=2.011;SC=CTCCACCCCTCGCTCCCCCAG;SOR=0.892;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=22;TCF=7;TCR=15;TR=10;WE=233310499;WS=233310481;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,7:0.33:21
chr2	233320885	rs3762519	G	A	2818.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.203;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.254;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=72;NR=23;PP=1661;ReadPosRankSum=0.959;SC=TCCCCACTTCGCCTCCCTCCT;SOR=0.390;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=156;TCF=120;TCR=36;TR=95;WE=233320893;WS=233320875;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,120:0.64:187
chr2	233321641	rs61732032	C	T	9199.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.217;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=631;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.347;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQ=59.99;MQRankSum=0.000;NF=137;PP=2962;ReadPosRankSum=0.906;SC=TGCCAGACAGCGCAGCCACAG;SOR=0.553;Source=Platypus;TCF=209;WE=233321649;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:211,417:0.66:628
chr2	233321836	rs2272422	G	A	7367.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.588;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=572;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.780;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=105;NR=128;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.863;SC=CTCGGTCACCGATCCTGACCT;SOR=0.829;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=391;TCF=182;TCR=209;TR=233;WE=233321844;WS=233321826;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:219,347:0.61:566
chr2	233322424	rs2246004	T	C	5124.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.022;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=341;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=74;NR=73;PP=2327;ReadPosRankSum=-1.302;SC=TGGGGGCTGGTGGGTGTGGGA;SOR=0.711;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=223;TCF=113;TCR=110;TR=147;WE=233322432;WS=233322414;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:108,228:0.68:336
chr2	233322958	rs41265121	T	C	8451.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-0.566;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=619;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.543;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=104;NR=115;PP=2962;ReadPosRankSum=0.701;SC=ATCATGAGGGTGTGGCTTACC;SOR=0.625;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=342;TCF=158;TCR=184;TR=219;WE=233322966;WS=233322948;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:220,395:0.64:615
chr2	233323177	rs2003780	T	C	3562.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=48;NR=46;PP=2239;SC=AAGTTTGAGCTTCAGTTTCCT;SOR=0.709;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=94;TCF=48;TCR=46;TR=94;WE=233323185;WS=233323167;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr2	233323205	rs2741269	C	T	1885.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.676;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=22;PP=1171;ReadPosRankSum=0.387;SC=CAAAAGTGTGCAATGCTGGCA;SOR=0.707;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=89;TCF=55;TCR=34;TR=58;WE=233323213;WS=233323195;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,77:0.68:113
chr2	233344991	rs2741279	T	G	6693.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=-0.067;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=455;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.555;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=71;NR=82;PP=2633;ReadPosRankSum=1.038;SC=CACACAGTGTTGGGCCCTGCA;SOR=0.735;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=245;TCF=119;TCR=126;TR=153;WE=233344999;WS=233344981;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:145,300:0.67:445
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chr2	233346662	rs909432	A	C	3462.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=19;NR=75;PP=2249;SC=AGGAGGTGGCACAGGGAGGCC;SOR=2.584;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=94;TCF=19;TCR=75;TR=94;WE=233346670;WS=233346652;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr2	233347919	rs6750085	C	G	1890.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.371;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=359;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.992;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.665;NF=44;NR=51;PP=1313;ReadPosRankSum=0.159;SC=GAAGGTGGCACCAGGCCTCGG;SOR=0.764;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=325;TCF=149;TCR=176;TR=95;WE=233347927;WS=233347909;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:244,110:0.31:354
chr2	233348647	rs2241755	G	A	7535.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.693;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=539;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.827;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=139;NR=83;PP=2962;ReadPosRankSum=0.794;SC=TTAGGACCATGGCCTCGGGAG;SOR=0.835;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=350;TCF=211;TCR=139;TR=222;WE=233348655;WS=233348637;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:193,342:0.64:535
chr2	233349588	rs1529874	G	A	22228.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=823;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=307;NR=211;PP=2965;SC=AGGTCGTCATGCTCTGACACA;SOR=0.959;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=519;TCF=307;TCR=212;TR=518;WE=233349596;WS=233349578;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,817:1.00:817
chr2	233350000	rs2573246	C	G	669.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.102;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.520;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=26;PP=523;ReadPosRankSum=0.750;SC=ACAGGGGCCACAGGTCAGAGG;SOR=1.326;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=110;TCF=32;TCR=78;TR=33;WE=233350008;WS=233349990;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,35:0.29:122
chr2	233350548	rs113660447	G	A	3403.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.091;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=251;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.678;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=82;NR=35;PP=1917;ReadPosRankSum=0.069;SC=ATCCGCGGCCGCTGGCAGGGC;SOR=0.821;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=177;TCF=122;TCR=55;TR=117;WE=233350556;WS=233350538;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,159:0.65:246
chr2	233385202	rs2741294	C	T	2705.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.798;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.519;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=21;PP=1565;ReadPosRankSum=-0.490;SC=ATTCAGTGCCCGGGGGCCGAA;SOR=0.866;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=111;TCF=80;TCR=31;TR=79;WE=233385210;WS=233385192;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,111:0.73:153
chr2	233385396	rs1550094	G	A	11192.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=416;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=106;NR=150;PP=2965;SC=GCCCCCCAGCGCCCTGCAAGG;SOR=0.905;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=257;TCF=106;TCR=151;TR=256;WE=233385404;WS=233385386;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,414:1.00:414
chr2	233386229	rs2853444	T	C	10069.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=379;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=90;NR=147;PP=2965;SC=GTCTTCACTCTCCTCTTGGGG;SOR=1.041;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=237;TCF=90;TCR=147;TR=237;WE=233386237;WS=233386219;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,377:1.00:377
chr2	233386328	rs2741295	C	T	1096.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-4.013;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.122;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=26;PP=701;ReadPosRankSum=0.325;SC=TGGGGCATGGCCTGTGCAAAG;SOR=1.002;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=56;TCF=15;TCR=41;TR=35;WE=233386336;WS=233386318;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,43:0.67:64
chr2	233386583	rs2853445	T	C	6997.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.268;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=490;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=114;NR=88;PP=2962;ReadPosRankSum=0.069;SC=CCAGGTGAGGTTGAAAAGGCT;SOR=0.670;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=316;TCF=179;TCR=137;TR=202;WE=233386591;WS=233386573;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:171,309:0.64:480
chr2	233387635	rs733603	A	G	5309.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=72;NR=39;PP=2660;SC=AATAGAGTGTAGGGAGGCCGG;SOR=1.265;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=134;TCF=72;TCR=62;TR=111;WE=233387643;WS=233387625;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,177:1.00:177
chr2	233388311	rs733602	C	T	185.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.964;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.229;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=7;PP=137;ReadPosRankSum=-0.521;SC=TTTCCAATGCCCCGTCCCCAG;SOR=1.002;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=35;TCF=14;TCR=21;TR=11;WE=233388319;WS=233388301;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,13:0.23:56
chr2	233388813	rs2741299	T	G	6853.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=258;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=109;NR=78;PP=2965;SC=TGCTCGGGCCTCGTCCGGGAC;SOR=0.978;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=188;TCF=110;TCR=78;TR=187;WE=233388821;WS=233388803;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,252:1.00:252
chr2	233389167	rs58091792	G	C	369.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-1.468;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=16;PP=199;ReadPosRankSum=-0.294;SC=CTCCGGAAAGGGCTTACCCCA;SOR=0.598;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=74;TCF=16;TCR=58;TR=20;WE=233389175;WS=233389157;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,24:0.28:86
chr2	233389918	rs2853447	A	G	9220.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.716;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=364;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=107;NR=90;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.756;SC=CCACTCCTCCATCTGTAGGTC;SOR=0.786;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=199;TCF=108;TCR=91;TR=197;WE=233389926;WS=233389908;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,360:0.99:362
chr2	233390199	rs61744404	C	G	799.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=-0.692;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.990;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=12;PP=291;ReadPosRankSum=0.251;SC=TCAGGTACCCCCCGCCAGGCA;SOR=0.667;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=84;TCF=39;TCR=45;TR=25;WE=233390207;WS=233390189;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:108,51:0.32:159
chr2	233390937	rs2245601	A	G	5596.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=41;NR=118;PP=2965;SC=TGGAGGGGCCAGTGCTGACAC;SOR=1.824;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=160;TCF=42;TCR=118;TR=159;WE=233390945;WS=233390927;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,221:1.00:221
chr2	233391463	rs2278478	A	G	861.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.115;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.618;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=24;PP=457;ReadPosRankSum=0.124;SC=GGAGGAAGCTAGAAGCCCCCA;SOR=0.593;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=127;TCF=43;TCR=84;TR=39;WE=233391471;WS=233391453;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:134,53:0.28:187
chr2	233391965	rs4973537	A	G	130.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.723;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=5.049;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.29;ReadPosRankSum=0.067;SOR=1.557;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:44,13:0.23:57
chr2	233392020	rs113930536	A	AAAAG	419.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.913;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FS=1.980;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.51;MQRankSum=2.590;QD=3.53;ReadPosRankSum=0.138;SOR=0.947;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:93,26:0.22:119
chr2	233400074	rs2767	A	G	1031.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.007;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=30;PP=533;ReadPosRankSum=0.923;SC=GAGGAGCCACAGTCCCTAATG;SOR=0.679;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=155;TCF=53;TCR=102;TR=45;WE=233400082;WS=233400064;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:146,62:0.30:208
chr2	233404294	rs11674608	C	G	722.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=1.181;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=86;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=13;PP=399;ReadPosRankSum=-1.010;SC=CAGCTGACAACGCTGTGGTCA;SOR=0.686;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=88;TCF=58;TCR=30;TR=39;WE=233404302;WS=233404284;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,36:0.38:94
chr2	233404334	rs140146282	C	CGGGCTGGCT	1747.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.997;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=3.624;NF=11;NR=19;PP=2979;ReadPosRankSum=1.547;SC=CCAGGCTGGCCGGGCTGGCTG;SOR=0.725;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=82;TCF=29;TCR=53;TR=30;WE=233404342;WS=233404324;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:99,47:0.32:146
chr2	233404590	rs12996322	G	C	1036.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.493;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.596;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=14;PP=630;ReadPosRankSum=0.165;SC=GGTCTGAGGGGTATTGGGGCC;SOR=0.394;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=90;TCF=58;TCR=32;TR=35;WE=233404598;WS=233404580;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,47:0.40:118
chr2	233407120	rs2853462	C	T	7224.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.840;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=488;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.905;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=125;NR=87;PP=2962;ReadPosRankSum=0.321;SC=CCTCTTTCCTCGGTGACTCCC;SOR=0.567;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=319;TCF=194;TCR=125;TR=212;WE=233407128;WS=233407110;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:156,329:0.68:485
chr2	233408190	rs34697564	A	AC	1910.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.933;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=353;ExcessHet=3.0103;FS=3.396;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.03;MQRankSum=-0.670;QD=5.92;ReadPosRankSum=-1.921;SOR=0.506;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:220,103:0.32:323
chr2	233408220	rs10714586	AG	A	12313.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=412;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=107;NR=137;PP=2979;SC=AGGAGGCCTGAGGGGGGGCAG;SOR=1.093;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=277;TCF=116;TCR=161;TR=244;WE=233408228;WS=233408210;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,393:1.00:393
chr2	233408239	rs2573206	C	G	14126.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=490;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=228;NR=157;PP=2965;SC=AGCCACTAAGCGTGGGGGTGG;SOR=1.059;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=385;TCF=228;TCR=157;TR=385;WE=233408247;WS=233408229;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,489:1.00:489
chr2	233408283	rs13018423	C	T	4992.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.619;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=854;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.885;HP=3;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.529;NF=108;NR=68;PP=2428;ReadPosRankSum=1.537;SC=CCTGCCCACCCCACCCTGACA;SOR=0.863;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=544;TCF=310;TCR=234;TR=176;WE=233408291;WS=233408273;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:572,276:0.33:848
chr2	233409013	rs2250451	G	A	1625.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=1.657;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=10;PP=959;ReadPosRankSum=0.658;SC=AGCCCTTCACGCCAACCTCTG;SOR=0.618;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=81;TCF=65;TCR=16;TR=53;WE=233409021;WS=233409003;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,68:0.69:99
chr2	233414341	rs4973540	C	T	408.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.781;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.177;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=6;PP=194;ReadPosRankSum=1.112;SC=CCACTAAAACCTTCTCCATAT;SOR=0.829;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=34;TCF=18;TCR=16;TR=14;WE=233414349;WS=233414331;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,20:0.47:43
chr2	233415978	rs11899983	T	C	3520.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.608;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=566;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.150;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=54;PP=1536;ReadPosRankSum=-1.180;SC=TTAGGAATTATCTTCCTGAGA;SOR=0.601;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=329;TCF=177;TCR=152;TR=112;WE=233415986;WS=233415968;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:352,195:0.36:547
chr2	233421284	rs3830645	CT	C	9593.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=356;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=17;NR=131;PP=2966;SC=GAACTTGAGACTTTTATTATC;SOR=1.035;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=156;TCF=17;TCR=139;TR=148;WE=233421292;WS=233421274;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,329:1.00:329
chr2	233428927	rs1656397	G	C	1569.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-3.624;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.272;HP=7;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=12;PP=1099;ReadPosRankSum=0.503;SC=AAAGACACATGTTTTTTACTC;SOR=0.388;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=87;TCF=70;TCR=17;TR=55;WE=233428935;WS=233428917;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,64:0.63:101
chr2	233429144	rs111584120	GTATTTTATTT	G,GTATTT	4970.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=247;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=24;NF=4,4;NR=54,54;PP=2511,954;SC=AAGGTTAAAAGTATTTTATTT;SOR=1.923;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=105;TCF=7;TCR=98;TR=58,58;WE=233429166;WS=233429134;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.81,0.19:121
chr2	233429185	rs1656396	G	A	4260.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.678;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=179;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQ=60.01;MQRankSum=-0.273;NF=14;NR=49;PP=1571;ReadPosRankSum=0.256;SC=TATTTGAGACGGAGTGTCGCT;SOR=0.619;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=82;TCF=19;TCR=63;TR=63;WE=233429204;WS=233429175;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,96:0.81:119
chr2	233429196	rs1729255	C	G	3403.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-2.851;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=179;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQ=60.01;MQRankSum=-0.275;NF=14;NR=51;PP=1905;ReadPosRankSum=0.192;SC=GAGTGTCGCTCTGTCACCCAG;SOR=0.615;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=84;TCF=19;TCR=65;TR=65;WE=233429204;WS=233429175;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,81:0.80:101
chr2	233641010	rs41266951	A	T	1297.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=3.104;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.098;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=9;PP=852;ReadPosRankSum=1.562;SC=AAAAGAATATAGAAACCTTAC;SOR=1.053;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=69;TCF=53;TCR=16;TR=43;WE=233641018;WS=233641000;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,52:0.62:84
chr2	233641083	rs737027	G	C	4150.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.513;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=282;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.911;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=87;NR=43;PP=2103;ReadPosRankSum=0.176;SC=TAGCTCTGTTGCTATTTGCCA;SOR=0.918;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=191;TCF=123;TCR=68;TR=130;WE=233641091;WS=233641073;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,188:0.68:276
chr2	233652137	rs3217559	T	TG	1367.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-0.142;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.700;NF=0;NR=27;PP=1108;ReadPosRankSum=1.253;SC=GCTTAAAAAATGTGGGGGTGG;SOR=0.787;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=42;TCF=0;TCR=42;TR=27;WE=233652145;WS=233652127;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,43:0.69:62
chr2	233660704	rs2305139	T	G	1646.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-3.383;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.970;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=11;PP=1074;ReadPosRankSum=1.453;SC=GGGCAGGCACTGTTATTATGT;SOR=0.869;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=93;TCF=78;TCR=15;TR=66;WE=233660712;WS=233660694;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,75:0.71:105
chr2	233677041	.	CT	C	100.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.066;ClippingRankSum=0.000;DP=106;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.00;ReadPosRankSum=0.287;SOR=0.593;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:76,25:0.25:101
chr2	233681512	rs1078323	T	G	331.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-1.711;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=1;PP=155;ReadPosRankSum=-0.690;SC=CGAATACTACTGGTCAGTGCT;SOR=0.719;SbPval=0.96;Source=Platypus;TC=58;TCF=46;TCR=12;TR=15;WE=233681520;WS=233681502;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,22:0.31:71
chr2	233684833	rs11689661	C	T	440.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.686;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.832;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=15;PP=349;ReadPosRankSum=-0.062;SC=CTAACTGGCTCTTATTACTTC;SOR=3.202;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=24;TCF=3;TCR=21;TR=15;WE=233684841;WS=233684823;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,17:0.65:26
chr2	233708806	rs3816334	A	G	8602.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.767;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=396;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=165;NR=86;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.089;SC=AGCAGCAGCAACAGCAACAGC;SOR=0.703;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=259;TCF=171;TCR=88;TR=251;WE=233708814;WS=233708793;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:11,325:0.97:336
chr2	233710713	rs4973054	G	C	966.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=24;PP=656;SC=GAGGTCAACTGCTGCACCTGC;SOR=3.545;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=26;TCF=2;TCR=24;TR=26;WE=233710721;WS=233710703;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr2	233711987	rs12328140	G	A	295.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.237;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.108;HP=3;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=0;PP=249;ReadPosRankSum=-1.416;SC=ATTAAAAATGGAAACTGATTT;SOR=3.767;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=16;TCR=1;TR=13;WE=233711995;WS=233711977;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,12:0.63:19
chr2	233712049	rs2305137	G	A	2560.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=44;NR=20;PP=1195;SC=CTCCCCTCCCGTTTTGCAGTT;SOR=1.313;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=65;TCF=44;TCR=21;TR=64;WE=233712057;WS=233712039;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr2	233712209	.	TCAGCAGCAGCAGCTGCCACAG	T	1782.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.573;ClippingRankSum=0.000;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.614;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-3.508;NF=7;NR=57;PP=2973;ReadPosRankSum=-0.018;SC=ACCAGCAGCGTCAGCAGCAGC;SOR=0.775;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=75;TCF=9;TCR=66;TR=64;WE=233712237;WS=233712199;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:114,53:0.32:167
chr2	233712226	rs10555297	CACA	C	4023.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.607;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.28;MQRankSum=3.620;QD=24.99;ReadPosRankSum=-2.342;SOR=0.657;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:53,108:0.67:161
chr2	233712248	rs12328151	G	A	2085.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.048;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=106;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.558;NF=20;NR=35;PP=1286;ReadPosRankSum=-1.283;SC=AGCAGCAGCCGCCACAGCAGC;SOR=0.728;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=99;TCF=37;TCR=62;TR=55;WE=233712256;WS=233712238;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,95:0.63:151
chr2	233721455	rs1947105	G	A	8086.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=313;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=112;NR=76;PP=2965;SC=AATTTGAGCCGCTTGGTTGCC;SOR=0.977;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=189;TCF=112;TCR=77;TR=188;WE=233721463;WS=233721445;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,309:1.00:309
chr2	233723182	rs1284	G	A	5195.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.35;SOR=0.723;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,205:1.00:205
chr2	233740055	rs35523521	AAGAG	A	9264.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.237;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=403;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.381;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=1.383;NF=24;NR=74;PP=2987;ReadPosRankSum=1.135;SC=CTGTTTCAAAAAGAGAGAGAG;SOR=0.541;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=161;TCF=47;TCR=114;TR=98;WE=233740066;WS=233740045;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:153,233:0.60:386
chr2	233740227	rs778338	A	G	5691.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=49;NR=93;PP=2965;SC=CCAGGGTTGGAGTGGTGGTCA;SOR=1.223;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=142;TCF=49;TCR=93;TR=142;WE=233740235;WS=233740217;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,207:1.00:207
chr2	233744130	rs67252740	GCCC	G,GC	3897.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;ALERT;AN=2;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.20;QD=38.59;SOR=3.660;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:0,72,29:0.71,0.29:101
chr2	233744133	.	C	G	373.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=1.306;ClippingRankSum=0.000;DP=106;ExcessHet=3.0103;FS=4.608;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.20;MQRankSum=0.000;QD=3.59;ReadPosRankSum=-0.591;SOR=1.417;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:78,26:0.25:104
chr2	233747015	rs72997493	A	G	2568.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.678;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=423;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.556;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=57;PP=1436;ReadPosRankSum=0.225;SC=CTGCAGATCAACGGCAGCCCC;SOR=0.769;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=262;TCF=106;TCR=156;TR=94;WE=233747023;WS=233747005;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:273,139:0.34:412
chr2	233750074	rs2292725	C	T	5646.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.654;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=415;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.550;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=68;NR=100;PP=2631;ReadPosRankSum=-0.233;SC=TGCATGCCTTCACCACCTGGG;SOR=0.766;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=256;TCF=106;TCR=150;TR=168;WE=233750082;WS=233750064;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:141,261:0.65:402
chr2	233750118	rs2292726	G	A	3529.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=2.457;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=245;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.066;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=76;PP=2062;ReadPosRankSum=0.943;SC=CACCAAAGCCGGCTGTCCCGG;SOR=0.801;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=174;TCF=54;TCR=120;TR=108;WE=233750126;WS=233750108;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:92,150:0.62:242
chr2	233752639	rs2250665	A	T	1398.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=37;NR=1;PP=1124;SC=AAATTTGCATATTCTAAAAAG;SOR=5.235;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=38;TCF=37;TCR=1;TR=38;WE=233752647;WS=233752635;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr2	233752944	rs72427034	ACACG	A	1947.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.041;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=321;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.098;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=3.465;NF=4;NR=64;PP=2134;ReadPosRankSum=0.118;SC=ACACACACACACACGCACGCA;SOR=0.594;SbPval=0.23;Source=Platypus;TC=168;TCF=6;TCR=162;TR=68;WE=233752955;WS=233752922;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:184,78:0.30:262
chr2	233757679	rs748002	G	A	2737.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.125;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=523;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.24;ReadPosRankSum=-2.429;SOR=0.678;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:355,167:0.32:522
chr2	233757697	rs895432	A	G	13973.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=538;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=148;NR=164;PP=2965;SC=AACGGTACACAATGTCACACA;SOR=0.774;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=312;TCF=148;TCR=164;TR=312;WE=233757705;WS=233757687;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,537:1.00:537
chr2	233757860	rs6721903	T	C	1075.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=3.336;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.541;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=34;PP=866;ReadPosRankSum=1.291;SC=ACATTGGACATAGCAGTGTGC;SOR=1.565;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=54;TCF=8;TCR=46;TR=39;WE=233757868;WS=233757850;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,39:0.68:57
chr2	233759695	rs938569	G	C	2096.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.985;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=325;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=57;PP=1294;ReadPosRankSum=-0.397;SC=CCTTGGCTGAGACAGAGGAGC;SOR=0.691;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=245;TCF=83;TCR=162;TR=85;WE=233759703;WS=233759685;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:207,109:0.34:316
chr2	233785015	rs778354	G	A	2617.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=63;NR=15;PP=1720;SC=TAATCTCCTCGGGCTGTAGGA;SOR=2.571;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=78;TCF=63;TCR=15;TR=78;WE=233785023;WS=233785005;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr2	233791608	rs1878289	C	G	1385.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.975;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.400;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=14;PP=879;ReadPosRankSum=-0.290;SC=CCATTTAGAGCCAAACATGTC;SOR=0.531;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=156;TCF=123;TCR=33;TR=57;WE=233791616;WS=233791598;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:120,68:0.36:188
chr2	233791648	rs2592127	G	T	2228.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.974;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=406;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=36;PP=1101;ReadPosRankSum=0.136;SC=GTCAGACGCAGTCCTTCGTAT;SOR=0.694;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=273;TCF=167;TCR=106;TR=94;WE=233791656;WS=233791638;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:259,131:0.34:390
chr2	233792565	rs2921705	G	A	245.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.314;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FS=1.008;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.03;ReadPosRankSum=0.385;SOR=0.878;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:62,19:0.23:81
chr2	233834975	rs4973588	A	G	5021.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=99;NR=43;PP=2701;SC=GCAAGGAGGCATTCTGCTCCA;SOR=1.489;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=142;TCF=99;TCR=43;TR=142;WE=233834983;WS=233834965;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,192:1.00:192
chr2	233880271	rs60652209	A	G	3871.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-2.893;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=276;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=104;NR=35;PP=2165;ReadPosRankSum=0.105;SC=CCACCCAGCCATCCACCCATT;SOR=0.674;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=210;TCF=158;TCR=52;TR=139;WE=233880279;WS=233880261;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:93,179:0.66:272
chr2	233899377	rs2233394	C	T	8561.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=2.277;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=612;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.541;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=115;NR=145;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.037;SC=GCACCAATGACGGGCTTGATT;SOR=0.631;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=409;TCF=174;TCR=235;TR=260;WE=233899385;WS=233899367;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:224,377:0.63:601
chr2	233925166	rs1141328	G	A	1392.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.572;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.576;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=8;PP=549;ReadPosRankSum=-2.591;SC=CTGCCGGCCCGGCCGAGGAGG;SOR=0.635;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=135;TCF=100;TCR=35;TR=41;WE=233925174;WS=233925156;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:118,73:0.38:191
chr2	233925406	rs34218488	T	G	1826.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=3.356;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=262;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.630;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=49;PP=1131;ReadPosRankSum=-0.003;SC=GTTGTTCTTATGTCACAGGAC;SOR=0.806;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=179;TCF=55;TCR=124;TR=69;WE=233925414;WS=233925396;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:163,92:0.36:255
chr2	233925491	rs4246649	A	G	1152.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=31;PP=873;SC=AGCTGGTCTCATGGCAGGTTT;SOR=3.500;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=35;TCF=4;TCR=31;TR=35;WE=233925499;WS=233925481;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr2	233997595	.	AT	A	266.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.591;ClippingRankSum=0.000;DP=72;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.15;MQRankSum=1.215;QD=4.45;ReadPosRankSum=-0.885;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,34:0.57:60
chr2	233998646	rs6738961	C	T	1502.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=0.390;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.404;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=18;PP=645;ReadPosRankSum=-0.294;SC=CTGGCACATGCGGCTCAACAG;SOR=0.546;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=71;TCF=42;TCR=29;TR=40;WE=233998654;WS=233998636;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,71:0.55:130
chr2	234053816	rs144181925	T	C	3333.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=0.899;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.124;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=24;PP=1576;ReadPosRankSum=1.603;SC=TAACATAGAATAGATGCTTTG;SOR=0.792;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=130;TCF=92;TCR=38;TR=87;WE=234053824;WS=234053806;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,147:0.67:219
chr2	234054237	rs140053128	T	G	3442.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.977;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FS=3.380;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.79;ReadPosRankSum=1.013;SOR=0.478;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:67,151:0.69:218
chr2	234054407	rs145555157	C	T	518.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-2.008;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.062;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=7;PP=296;ReadPosRankSum=-0.959;SC=ATTTTCTCCTCTACGTGGAGA;SOR=1.002;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=40;TCF=20;TCR=20;TR=18;WE=234054415;WS=234054397;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,23:0.48:48
chr2	234054515	rs147786898	G	A	987.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.672;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=12;PP=532;ReadPosRankSum=0.502;SC=AAGGTAACATGCAAGGACAGT;SOR=0.672;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=111;TCF=76;TCR=35;TR=36;WE=234054523;WS=234054505;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:102,52:0.34:154
chr2	234054899	rs36137020	G	A	6284.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=2.816;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1161;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.567;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=109;NR=113;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.542;SC=GTACGTGTGGGGCTCCTGCGG;SOR=0.598;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=740;TCF=350;TCR=390;TR=222;WE=234054907;WS=234054889;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:788,357:0.31:1145
chr2	234054989	rs36180605	T	G	7903.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=2.344;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=589;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.546;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=75;NR=158;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.897;SC=CTTGACCCTCTGTCTCTAACG;SOR=0.757;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=384;TCF=128;TCR=256;TR=233;WE=234054997;WS=234054979;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:225,353:0.61:578
chr2	234055004	rs36189208	T	C	12033.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.962;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=471;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=96;NR=213;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.866;SC=CTAACGCTGCTGCCCACAGGT;SOR=1.380;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=310;TCF=96;TCR=214;TR=309;WE=234055012;WS=234054994;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,464:1.00:466
chr2	234066969	rs36127492	C	G	7532.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=290;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=95;NR=89;PP=2965;SC=TCCTGCAGCTCATTAAGTCAC;SOR=0.759;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=186;TCF=96;TCR=90;TR=184;WE=234066977;WS=234066959;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,279:1.00:279
chr2	234067017	rs148118779	A	G	4039.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-2.079;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=290;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.202;HP=1;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=68;PP=1869;ReadPosRankSum=-0.428;SC=TGGTGGAAACAGAGAAGGAGA;SOR=0.925;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=169;TCF=73;TCR=96;TR=115;WE=234067025;WS=234067007;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:97,187:0.66:284
chr2	234067089	rs36165346	A	G	4241.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=38;NR=73;PP=2149;SC=AACTTCTAAAATGGGCTGTGA;SOR=1.238;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=111;TCF=38;TCR=73;TR=111;WE=234067097;WS=234067079;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,157:1.00:157
chr2	234072626	rs141642539	T	C	1636.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=48;PP=1097;SC=GAGGCAAGGGTGGGCTCAGCC;SOR=4.479;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=49;TCF=1;TCR=48;TR=49;WE=234072634;WS=234072616;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr2	234073243	rs6715810	C	T	5905.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=41;NR=145;PP=2965;SC=GGCTGAAACTCACTCAGGGTC;SOR=2.361;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=186;TCF=41;TCR=145;TR=186;WE=234073251;WS=234073233;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,207:1.00:207
chr2	234079536	rs80235307	A	G	438.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.416;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.78;ReadPosRankSum=-1.370;SOR=0.743;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,21:0.42:50
chr2	234079551	.	CAA	C,CA	678.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.227;ClippingRankSum=0.000;DP=78;ExcessHet=3.0103;FS=1.464;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.13;ReadPosRankSum=0.631;SOR=0.488;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:11,32,24:0.48,0.36:67
chr2	234091158	rs4571051	T	C	12819.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=498;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=138;NR=158;PP=2965;SC=AAGCAAAGGATGGTGTCTGTT;SOR=0.795;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=299;TCF=139;TCR=160;TR=296;WE=234091166;WS=234091148;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,494:1.00:494
chr2	234094360	rs34533084	T	TA	63.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.961;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.54;ReadPosRankSum=1.309;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,7:0.39:18
chr2	234098384	rs74554801	T	G	7919.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.936;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=574;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=147;NR=74;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.801;SC=AGCAGAGATTTAGATCTGATT;SOR=0.659;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=354;TCF=236;TCR=118;TR=221;WE=234098392;WS=234098374;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:210,349:0.62:559
chr2	234104029	rs6706611	G	A	16241.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.973;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=629;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=218;NR=170;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.985;SC=GCTCTTTCCCGTCCCTTTCCT;SOR=0.875;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=392;TCF=219;TCR=173;TR=388;WE=234104037;WS=234104019;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,620:0.99:624
chr2	234107070	rs7569827	G	A	8409.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.108;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=308;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.734;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=68;NR=175;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.073;SC=TTATGAAAGCGCCCTGGGCTT;SOR=1.738;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=245;TCF=69;TCR=176;TR=243;WE=234107078;WS=234107060;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,305:0.99:307
chr2	234112649	rs7609436	T	C	2314.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=47;NR=17;PP=1330;SC=CAATGTTACATGTCTCTATCT;SOR=1.694;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=65;TCF=47;TCR=18;TR=64;WE=234112657;WS=234112639;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr2	234115337	rs3792117	G	A	16843.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-1.367;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1219;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=232;NR=220;PP=2962;ReadPosRankSum=0.376;SC=CAGCCCTTCTGTTCTTGTCCC;SOR=0.660;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=717;TCF=368;TCR=349;TR=452;WE=234115345;WS=234115327;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:420,785:0.65:1205
chr2	234160345	rs2289477	T	G	1334.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.150;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.758;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=17;PP=620;ReadPosRankSum=-1.295;SC=CCTCGGGGACTGCCAGTGTGT;SOR=0.416;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=74;TCF=45;TCR=29;TR=42;WE=234160353;WS=234160335;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,63:0.61:103
chr2	234160669	rs10199278	C	G	780.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.798;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.495;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=22;PP=493;ReadPosRankSum=1.076;SC=AACCTGAGGCCGAGTCCCTGG;SOR=1.144;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=44;TCF=11;TCR=33;TR=28;WE=234160677;WS=234160659;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,34:0.60:57
chr2	234173503	rs12994997	G	A	722.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=4.086;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.333;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=2;PP=522;ReadPosRankSum=2.928;SC=GGGCTCTGGCGAGGTACTATT;SOR=1.474;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=42;TCF=37;TCR=5;TR=25;WE=234173511;WS=234173493;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,29:0.58:50
chr2	234178624	rs35705047	CT	C	1279.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.366;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=284;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.78;ReadPosRankSum=-0.316;SOR=0.678;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:138,130:0.49:268
chr2	234178781	rs72400208	A	AT	835.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.279;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FS=1.641;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.69;ReadPosRankSum=1.061;SOR=0.895;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:67,58:0.46:125
chr2	234181593	rs2289475	G	C	14414.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.687;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=555;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=158;NR=186;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.988;SC=ATCAAAGAATGTCTTGCCTTT;SOR=0.524;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=347;TCF=160;TCR=187;TR=344;WE=234181601;WS=234181583;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,546:0.99:549
chr2	234182240	rs2289472	C	T	3307.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.297;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=256;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=75;NR=39;PP=1858;ReadPosRankSum=-0.873;SC=TTGGGTTTCTCTTGGCTGGGG;SOR=0.730;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=205;TCF=130;TCR=75;TR=114;WE=234182248;WS=234182230;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:101,152:0.60:253
chr2	234183368	rs2241880	A	G	5250.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=2.339;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=377;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.804;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=85;PP=2528;ReadPosRankSum=0.672;SC=CAATGTGGATACTCATCCTGG;SOR=0.646;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=242;TCF=105;TCR=137;TR=150;WE=234183376;WS=234183358;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:141,233:0.62:374
chr2	234183468	rs2241879	G	A	1632.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.798;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=42;PP=1100;ReadPosRankSum=1.244;SC=TTGATATGGTGACAGAGCCTG;SOR=0.542;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=83;TCF=20;TCR=63;TR=57;WE=234183476;WS=234183458;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,64:0.70:91
chr2	234184417	rs3792109	G	A	10073.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.096;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=696;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.551;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=140;NR=136;PP=2962;ReadPosRankSum=1.289;SC=TGAATGTCACGGTCCCTTTGT;SOR=0.628;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=405;TCF=201;TCR=204;TR=276;WE=234184425;WS=234184407;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:231,460:0.67:691
chr2	234197717	rs4663136	C	G	1434.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=7;NR=33;PP=982;SC=AGCAGCATGGCGCAACATCGA;SOR=2.833;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=41;TCF=7;TCR=34;TR=40;WE=234197725;WS=234197707;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr2	234201700	rs4663421	G	C	149.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.580;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=1;PP=92;ReadPosRankSum=-0.426;SC=TGATGCCACTGTTCATTAGCC;SOR=0.602;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=29;TCF=25;TCR=4;TR=7;WE=234201708;WS=234201697;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,8:0.24:33
chr2	234224681	rs55895356	C	T	989.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-2.492;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.760;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=7;PP=622;ReadPosRankSum=-0.567;SC=CTTAGCTTAGCATTCTTTGGC;SOR=0.818;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=107;TCF=86;TCR=21;TR=41;WE=234224689;WS=234224671;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,50:0.37:136
chr2	234227523	rs2304777	A	G	11660.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=458;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=145;NR=139;PP=2965;SC=GGGCATTTACATGGAAGGAGA;SOR=0.716;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=284;TCF=145;TCR=139;TR=284;WE=234227531;WS=234227513;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,447:1.00:447
chr2	234227693	rs2304776	C	T	1884.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=2.048;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=52;PP=2696;ReadPosRankSum=0.401;SC=AGATGGTAGACGGAGCCCAGG;SOR=0.742;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=116;TCF=30;TCR=86;TR=68;WE=234227707;WS=234227683;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,82:0.62:132
chr2	234227699	rs2304775	C	T	890.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-1.451;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=31;PP=1514;ReadPosRankSum=0.709;SC=TAGACGGAGCCCAGGTCTGTG;SOR=0.668;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=104;TCF=25;TCR=79;TR=43;WE=234227707;WS=234227683;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,43:0.37:115
chr2	234229320	rs7565275	A	G	4448.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=933;ExcessHet=3.0103;FS=1.197;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.79;ReadPosRankSum=1.246;SOR=0.792;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:646,282:0.30:928
chr2	234235749	rs2304774	G	C	4044.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.185;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=303;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=80;NR=54;PP=2148;ReadPosRankSum=0.610;SC=CTGCCTGTCTGCTCTCTCTCC;SOR=0.665;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=216;TCF=128;TCR=88;TR=134;WE=234235758;WS=234235739;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:109,184:0.63:293
chr2	234236986	rs72978317	G	C	485.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.625;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FS=4.078;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.81;ReadPosRankSum=0.631;SOR=1.246;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:75,26:0.26:101
chr2	234238254	rs745498	T	G	6213.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=2.250;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=235;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=79;PP=2803;ReadPosRankSum=1.385;SC=GTAGAGGGCATAGTCTTCTAG;SOR=0.320;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=142;TCF=61;TCR=81;TR=140;WE=234238262;WS=234238244;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,232:1.00:233
chr2	234247627	rs2241874	T	C	1050.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=29;PP=874;SC=AATGTGTGCATTCTTAGCGCC;SOR=4.047;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=32;TCF=3;TCR=29;TR=32;WE=234247635;WS=234247617;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr2	234255547	rs1046974	G	A	9628.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=383;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=123;NR=118;PP=2965;SC=CAAGAATGACGTTGATGAGTG;SOR=0.747;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=241;TCF=123;TCR=118;TR=241;WE=234255555;WS=234255537;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,378:1.00:378
chr2	234294561	rs3075537	T	TTC	5747.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.057;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=636;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.10;MQRankSum=3.974;QD=9.15;ReadPosRankSum=1.212;SOR=0.723;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:454,174:0.28:628
chr2	234294791	rs838716	G	C	570.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.412;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=1.044;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.15;ReadPosRankSum=-0.060;SOR=0.937;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,29:0.41:70
chr2	234344820	rs115773423	C	G	1016.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.253;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FS=1.585;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.05;ReadPosRankSum=-0.330;SOR=0.520;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:118,50:0.30:168
chr2	234368715	.	TA	T	30.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.462;ClippingRankSum=0.000;DP=129;ExcessHet=3.0103;FS=1.037;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.25;MQRankSum=3.813;QD=0.25;ReadPosRankSum=0.104;SOR=0.906;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:96,26:0.21:122
chr2	234375944	rs2305540	C	T	947.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-3.880;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.476;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=27;PP=484;ReadPosRankSum=-0.357;SC=GGCCTTGCAGCTCCTCCCTCT;SOR=0.278;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=51;TCF=10;TCR=41;TR=35;WE=234375952;WS=234375934;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,47:0.72:65
chr2	234438246	rs56828432	C	CT	10171.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=288;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=12;NR=106;PP=2974;SC=AAGGACTGTCCTAGGAGCTAG;SOR=1.022;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=124;TCF=12;TCR=112;TR=118;WE=234438254;WS=234438236;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,278:1.00:278
chr2	234438354	rs12692193	C	T	1318.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=32;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=6;NR=31;PP=923;SC=GAAAAGTAAACATTTCTTTAA;SOR=2.885;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=6;TCR=31;TR=37;WE=234438362;WS=234438344;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr2	234442437	rs11332355	CA	C	877.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-1.111;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.866;HP=14;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.369;NF=1;NR=43;PP=642;ReadPosRankSum=0.234;SC=TACACAGAAACAAAAAAAAAA;SOR=2.584;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=59;TCF=2;TCR=57;TR=44;WE=234442446;WS=234442427;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,49:0.92:53
chr2	234449316	rs2167884	G	A	12371.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=495;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=148;NR=130;PP=2965;SC=ACCTTCCGCAGTGGTCCATGC;SOR=0.739;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=282;TCF=150;TCR=132;TR=278;WE=234449324;WS=234449306;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,485:1.00:485
chr2	234449462	rs1545525	T	C	3246.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=23;NR=75;PP=2230;SC=TGAGAAATAATTGCATACTTA;SOR=2.024;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=99;TCF=23;TCR=76;TR=98;WE=234449470;WS=234449452;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr2	234450822	rs1901812	T	C	659.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=18;NR=3;PP=473;SC=CACCTAGCAATTAAACCGCAT;SOR=2.833;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=18;TCR=3;TR=21;WE=234450830;WS=234450821;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr2	234457900	rs3965793	T	A	892.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=6;NR=26;PP=669;SC=AACAAAAATATTGATATAGTT;SOR=2.584;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=33;TCF=6;TCR=27;TR=32;WE=234457908;WS=234457890;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr2	234469664	rs6753062	T	C	3090.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=50;NR=31;PP=1484;SC=CCATAGGGTATAGGCCAAGTC;SOR=1.040;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=81;TCF=50;TCR=31;TR=81;WE=234469672;WS=234469654;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr2	234526223	.	AT	A	241.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.126;ClippingRankSum=0.000;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.64;MQRankSum=-4.230;QD=5.26;ReadPosRankSum=-1.144;SOR=0.541;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,21:0.46:46
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chr2	234590970	rs17868323	T	G	6176.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.653;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.72;MQRankSum=-0.195;QD=43.50;ReadPosRankSum=1.509;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,141:0.99:142
chr2	234590974	rs17863778	CG	AA	6124.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.616;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;JOINED;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.71;MQRankSum=-0.198;QD=44.38;ReadPosRankSum=1.903;SOR=0.438;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,137:0.99:138
chr2	234591205	rs11692021	T	C	7714.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-2.285;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1351;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-9.198;NF=142;NR=118;PP=2679;ReadPosRankSum=0.238;SC=GGAGAGAGTATGGAACCACAT;SOR=0.714;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=812;TCF=438;TCR=374;TR=260;WE=234591213;WS=234591195;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:890,450:0.34:1340
chr2	234591339	rs17864686	G	A	15244.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-2.677;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1038;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.855;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.707;NR=284;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.564;SC=CAATTTGGTTGTTGCGAACTG;SOR=0.865;Source=Platypus;TCR=418;WE=234591347;WS=234591329;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:340,676:0.67:1016
chr2	234598991	rs7563561	T	G	2613.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=3.315;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=375;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.876;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=20;PP=1418;ReadPosRankSum=-0.982;SC=CTGAAAGAGTTAGCACCTTAG;SOR=0.755;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=267;TCF=192;TCR=75;TR=83;WE=234598999;WS=234598981;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:238,129:0.35:367
chr2	234599089	rs7608175	C	G	5838.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.951;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1047;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.560;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=112;NR=94;PP=2621;ReadPosRankSum=-0.730;SC=GGTCTCTCCTCTATTCAAAAT;SOR=0.623;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=644;TCF=353;TCR=291;TR=206;WE=234599101;WS=234599079;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:694,336:0.33:1030
chr2	234599234	rs144486213	GA	G	4568.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.788;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=606;ExcessHet=3.0103;FS=3.437;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.14;MQRankSum=2.261;QD=9.21;ReadPosRankSum=-0.367;SOR=0.969;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:197,299:0.60:496
chr2	234599296	rs45615240	T	C	2009.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.110;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.937;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-1.183;NF=20;NR=45;PP=1037;ReadPosRankSum=-0.218;SC=CCTTGACTCCTACAGCACCAA;SOR=0.320;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=190;TCF=50;TCR=140;TR=65;WE=234599304;WS=234599286;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:132,93:0.41:225
chr2	234601669	rs6759892	T	G	1455.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.279;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=246;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=22;PP=723;ReadPosRankSum=-1.167;SC=CCTCCTTCGCTCATTTCAGAG;SOR=0.715;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=150;TCF=87;TCR=63;TR=54;WE=234601677;WS=234601659;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:159,84:0.35:243
chr2	234601965	rs1105880	A	G	2179.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.518;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=413;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.198;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=36;PP=1179;ReadPosRankSum=0.365;SC=GATCATTCCTAACTGCTCCTC;SOR=0.720;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=252;TCF=127;TCR=125;TR=78;WE=234601973;WS=234601955;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:284,124:0.30:408
chr2	234602191	rs2070959	A	G	3538.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.476;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=544;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=82;NR=65;PP=2962;ReadPosRankSum=0.608;SC=CCTGGAGCATACATTCAGCAG;SOR=0.669;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=396;TCF=227;TCR=169;TR=147;WE=234602210;WS=234602181;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:352,186:0.35:538
chr2	234602202	rs1105879	A	C	3901.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.499;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=581;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=84;NR=71;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.715;SC=CATTCAGCAGAAGCCCAGACC;SOR=0.649;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=417;TCF=233;TCR=184;TR=155;WE=234602210;WS=234602181;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:367,204:0.36:571
chr2	234626287	rs869283	G	A	423.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.538;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.934;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=6;PP=188;ReadPosRankSum=0.150;SC=ATCCTGGGGCGACCAGGACAA;SOR=0.896;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=56;TCF=33;TCR=23;TR=16;WE=234626295;WS=234626277;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,25:0.33:76
chr2	234627937	rs2011404	T	C	18986.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.430;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=722;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=-0.147;NF=267;NR=202;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.960;SC=TTAACCTCTGTGGGGCGGTGC;SOR=0.296;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=472;TCF=269;TCR=203;TR=469;WE=234627945;WS=234627927;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,713:1.00:714
chr2	234637803	rs3821242	T	C	392.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.295;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FS=4.777;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.45;MQRankSum=-4.316;QD=4.32;ReadPosRankSum=-0.081;SOR=0.315;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:65,26:0.29:91
chr2	234637853	rs6706232	G	A	912.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.730;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.443;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQ=59.37;MQRankSum=-4.731;NF=21;NR=10;PP=418;ReadPosRankSum=-0.910;SC=CCTGGGCTGAGAGTGGAAAGG;SOR=0.558;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=94;TCF=65;TCR=29;TR=31;WE=234637861;WS=234637843;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:93,49:0.35:142
chr2	234637912	rs6431625	T	C	1419.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=2.873;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.159;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-4.815;NF=35;NR=16;PP=808;ReadPosRankSum=-0.358;SC=ATGCGGGAGGTCTTGCGGGAG;SOR=0.797;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=151;TCF=105;TCR=46;TR=51;WE=234637920;WS=234637902;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:145,72:0.33:217
chr2	234638249	rs7574296	A	G	5191.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-2.730;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=787;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-7.497;NF=75;NR=75;PP=1850;ReadPosRankSum=-0.671;SC=TCTGCGCGGCAGTGCTGGCTA;SOR=0.703;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=453;TCF=228;TCR=225;TR=150;WE=234638257;WS=234638239;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:499,286:0.36:785
chr2	234652347	rs13009407	C	G	3943.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.151;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=544;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.538;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQ=59.98;MQRankSum=0.763;NF=73;NR=83;PP=2513;ReadPosRankSum=-0.613;SC=CGCCCTCCGCCCCCGCCTCGC;SOR=0.649;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=427;TCF=193;TCR=234;TR=156;WE=234652355;WS=234652337;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:338,195:0.37:533
chr2	234663649	rs10929301	C	G	3460.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.351;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=660;ExcessHet=3.0103;FS=1.223;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.99;MQRankSum=0.000;QD=5.36;ReadPosRankSum=-1.409;SOR=0.578;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:444,202:0.31:646
chr2	234678110	rs145239529	CGT	C	93.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.378;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.54;ReadPosRankSum=-0.094;SOR=0.621;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:154,19:0.11:173
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chr2	234698126	rs17862888	C	G	4353.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.333;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=290;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.505;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=41;PP=1999;ReadPosRankSum=-0.703;SC=ATTCCACCCACCATACTTGTT;SOR=0.809;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=159;TCF=96;TCR=63;TR=106;WE=234698134;WS=234698116;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:97,190:0.66:287
chr2	234702212	rs6738710	G	C	766.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.503;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FS=0.802;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.82;ReadPosRankSum=0.254;SOR=0.567;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:116,43:0.27:159
chr2	234702459	rs1500481	T	C	1464.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.096;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=352;ExcessHet=3.0103;FS=7.107;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.30;ReadPosRankSum=0.918;SOR=1.113;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:256,85:0.25:341
chr2	234702905	rs10169532	C	T	599.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-2.896;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.165;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=6;PP=349;ReadPosRankSum=-1.605;SC=GCTTCTGAGGCGCCTTCTGTC;SOR=0.434;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=79;TCF=64;TCR=15;TR=26;WE=234702913;WS=234702895;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,30:0.32:95
chr2	234703136	rs6431634	T	C	1270.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.239;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=329;ExcessHet=3.0103;FS=0.453;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.91;ReadPosRankSum=0.487;SOR=0.659;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:235,90:0.28:325
chr2	234704150	rs2885297	T	C	5252.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=133;NR=20;PP=2965;SC=TCAGCAGGACTGGGGTAGGGC;SOR=3.572;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=153;TCF=133;TCR=20;TR=153;WE=234704158;WS=234704140;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,170:1.00:170
chr2	234704318	rs2361503	A	G	10270.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=2.728;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1889;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=177;NR=173;PP=2962;ReadPosRankSum=0.144;SC=CAGATCCTGGAACTGTCAGTC;SOR=0.655;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=1053;TCF=548;TCR=505;TR=350;WE=234704326;WS=234704308;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1285,592:0.32:1877
chr2	234704495	rs11563248	T	G	3104.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.632;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=458;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.875;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=64;PP=1874;ReadPosRankSum=0.419;SC=CGTGCTTCCTTTATCCTGATG;SOR=0.545;SbPval=0.33;Source=Platypus;TCF=148;TR=120;WE=234704503;WS=234704485;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:302,151:0.33:453
chr2	234704574	rs147958047	C	G	4191.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-3.069;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=568;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.118;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=77;NR=64;PP=1819;ReadPosRankSum=0.682;SC=ACCTGTGTCCCTGTGATCTCC;SOR=0.800;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=367;TCF=197;TCR=170;TR=141;WE=234704582;WS=234704564;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:344,224:0.39:568
chr2	234704607	rs1076454	C	T	9166.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-1.098;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=642;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.544;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=114;NR=120;PP=2962;ReadPosRankSum=-3.788;SC=GCACGTCCCTCACCAGGTGTG;SOR=0.716;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=383;TCF=188;TCR=195;TR=234;WE=234704615;WS=234704597;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:232,409:0.64:641
chr2	234704690	rs759173	T	C	14588.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.147;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=538;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=193;PP=2965;ReadPosRankSum=-2.204;SC=TCGTAGCCCTTGGTGAGGCTC;SOR=0.490;Source=Platypus;TCF=194;WE=234704698;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,533:0.99:536
chr2	234704746	rs759172	G	C	13586.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.113;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=483;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=202;NR=170;PP=2965;ReadPosRankSum=0.044;SC=CAGGAGGCCTGTAGGAGTCCC;SOR=0.862;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=377;TCF=203;TCR=174;TR=372;WE=234704754;WS=234704736;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,471:1.00:473
chr2	234707341	rs1500479	T	C	5920.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=79;NR=50;PP=2289;SC=AGACAGAACGTGAGGCCCTGA;SOR=1.018;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=129;TCF=79;TCR=50;TR=129;WE=234707349;WS=234707331;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,224:1.00:224
chr2	234708428	rs13013882	G	A	3735.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=68;NR=30;PP=2047;SC=CCCCTCAGGTGAGGATGGCTA;SOR=1.493;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=98;TCF=68;TCR=30;TR=98;WE=234708436;WS=234708418;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,138:1.00:138
chr2	234708570	rs11563069	G	A	6669.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=257;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=71;NR=95;PP=2965;SC=TACGCAGACCGCAGAGCAGCT;SOR=0.882;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=166;TCF=71;TCR=95;TR=166;WE=234708578;WS=234708560;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,252:1.00:252
chr2	234708629	rs13018934	G	A	3690.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=37;NR=69;PP=2168;SC=GCCACTCAGCGTACCTGTGTT;SOR=1.294;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=106;TCF=37;TCR=69;TR=106;WE=234708637;WS=234708619;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr2	234708720	rs2041652	T	G	2898.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=48;NR=36;PP=1954;SC=CCTAGATATATGCACAGCTCT;SOR=0.992;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=84;TCF=48;TCR=36;TR=84;WE=234708728;WS=234708710;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr2	234713812	rs2041651	G	T	6395.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=2.161;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=252;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.593;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=69;NR=101;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.568;SC=CCAGGGGTGAGGGAGTGGAGA;SOR=0.658;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=172;TCF=70;TCR=102;TR=170;WE=234713820;WS=234713802;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,246:1.00:247
chr2	234717669	rs10803663	A	G	4131.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=121;NR=17;PP=2904;SC=AAGCACCGCCAGCTGACTCAA;SOR=3.611;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=138;TCF=121;TCR=17;TR=138;WE=234717677;WS=234717659;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,152:1.00:152
chr2	234720734	rs988344	A	C	1978.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-1.644;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=54;PP=1312;ReadPosRankSum=1.806;SC=TCTCACTTGGAGGCTCCCCAG;SOR=1.109;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=72;TCF=17;TCR=55;TR=70;WE=234720742;WS=234720724;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,75:0.99:76
chr2	234725502	rs726016	T	C	4489.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=52;NR=59;PP=1710;SC=CTATCTCATGTGGATTTATGT;SOR=0.764;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=111;TCF=52;TCR=59;TR=111;WE=234725510;WS=234725492;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,174:1.00:174
chr2	234727250	rs719419	T	G	3941.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-2.098;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=74;NR=47;PP=2083;ReadPosRankSum=-0.583;SC=GGGGGGTGGCTGGGCCTTTTG;SOR=0.399;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=122;TCF=75;TCR=47;TR=121;WE=234727258;WS=234727228;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,154:0.99:155
chr2	234727986	rs6754859	C	T	8503.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=326;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=111;NR=103;PP=2965;SC=AGTTTAGCTGCGATGAGGTGG;SOR=0.756;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=215;TCF=112;TCR=103;TR=214;WE=234727994;WS=234727976;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,324:1.00:324
chr2	234728078	rs1500480	T	C	8475.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=317;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=82;NR=113;PP=2965;SC=TGGATAGCCTTCTTCCTCCAG;SOR=0.917;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=195;TCF=82;TCR=113;TR=195;WE=234728086;WS=234728068;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,314:1.00:314
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chr2	234738175	rs502059	A	G	684.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=4.986;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.476;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=2;PP=507;ReadPosRankSum=2.411;SC=CTCTGCAGGGACCAAGGCATT;SOR=1.584;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=56;TCF=50;TCR=6;TR=26;WE=234738183;WS=234738165;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,28:0.43:65
chr2	234740991	.	C	T	3775.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.034;ClippingRankSum=0.000;DP=252;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.758;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=67;PP=1954;ReadPosRankSum=-0.849;SC=CCCCGGCACTCGGGGGAAGGG;SOR=0.551;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=176;TCF=69;TCR=107;TR=113;WE=234740999;WS=234740981;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,169:0.70:241
chr2	234750542	rs3732215	G	C	3091.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.943;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=447;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.802;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=50;PP=1368;ReadPosRankSum=0.925;SC=CCTCCTCCTGGAGTTCCAGTT;SOR=0.825;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=259;TCF=121;TCR=138;TR=90;WE=234750550;WS=234750532;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:277,161:0.37:438
chr2	234750831	rs3806589	T	C	1357.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.410;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=239;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.507;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=35;PP=626;ReadPosRankSum=0.103;SC=GGACTCTTTCTGGAGATACGA;SOR=0.749;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=160;TCF=64;TCR=96;TR=59;WE=234750839;WS=234750821;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:152,81:0.35:233
chr2	234752638	rs7583713	C	T	178.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-0.846;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.670;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=2;PP=123;ReadPosRankSum=-0.759;SC=AGCTAGTAAACTGGAATAAAG;SOR=1.140;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=31;TCF=23;TCR=8;TR=11;WE=234752646;WS=234752628;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,11:0.34:32
chr2	234753008	rs169925	G	A	746.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.641;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.989;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=25;PP=528;ReadPosRankSum=0.634;SC=CTCCCCTGACGATGCGGACTG;SOR=0.950;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=76;TCF=16;TCR=60;TR=31;WE=234753016;WS=234752998;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,35:0.38:92
chr2	234754273	rs2302156	T	C	732.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-0.096;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=3;PP=548;ReadPosRankSum=0.106;SC=ATGCTCTTTATGGGTTCTGTA;SOR=0.876;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=68;TCF=60;TCR=8;TR=31;WE=234754281;WS=234754263;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,32:0.43:74
chr2	234754506	rs2302155	G	A	3673.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.528;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=607;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.157;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=69;PP=1618;ReadPosRankSum=0.179;SC=AAGAGCTTCTGAGTATAGCTG;SOR=0.812;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=352;TCF=158;TCR=194;TR=117;WE=234754514;WS=234754496;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:384,203:0.35:587
chr2	234756240	rs2286431	G	A	1987.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.829;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=239;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=53;PP=1257;ReadPosRankSum=1.108;SC=TGCACCCACTGGAGCCATCTA;SOR=0.684;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=171;TCF=50;TCR=121;TR=75;WE=234756248;WS=234756230;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:136,98:0.42:234
chr2	234761225	rs2286430	C	T	4017.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.682;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=775;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.190;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=89;NR=82;PP=2015;ReadPosRankSum=0.761;SC=ATCTCTCCTTCGTTTCTTTCC;SOR=0.613;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=512;TCF=275;TCR=237;TR=171;WE=234761233;WS=234761215;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:523,236:0.31:759
chr2	234761355	rs554699	G	A	2877.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.111;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=568;ExcessHet=3.0103;FS=0.580;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.10;ReadPosRankSum=-0.927;SOR=0.597;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:393,171:0.30:564
chr2	234762480	rs626110	A	T	2533.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.014;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=496;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=40;PP=1024;ReadPosRankSum=-1.181;SC=AAGGTGGGGAAGACCCTTACC;SOR=0.720;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=283;TCF=148;TCR=135;TR=85;WE=234762488;WS=234762470;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:341,150:0.31:491
chr2	234763226	rs503913	C	T	3316.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.666;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=619;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.43;ReadPosRankSum=1.072;SOR=0.677;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:422,189:0.31:611
chr2	234846198	rs1019103	G	A	1837.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=8;NR=47;PP=1282;SC=ATAGGCCAAAGTGACCTGGGC;SOR=2.694;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=55;TCF=8;TCR=47;TR=55;WE=234846206;WS=234846188;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr2	234847573	rs9646720	A	G	5939.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.244;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=426;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.558;HP=6;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=118;NR=74;PP=2962;ReadPosRankSum=1.810;SC=GGAAGTTGGGAGGGAATGCTA;SOR=0.646;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=315;TCF=196;TCR=119;TR=192;WE=234847581;WS=234847559;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:134,276:0.67:410
chr2	234847823	rs2302153	A	C	3017.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-2.458;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=246;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=84;PP=1614;ReadPosRankSum=-1.388;SC=TCCAAAGGTGAGGGTGGGAGC;SOR=0.726;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=183;TCF=52;TCR=131;TR=115;WE=234847831;WS=234847813;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,144:0.62:234
chr2	234854550	rs11562975	G	C	4726.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.362;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=340;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.062;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=70;NR=64;PP=2167;ReadPosRankSum=0.168;SC=GAGATCCACTGTATATCCTGG;SOR=0.549;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=208;TCF=112;TCR=96;TR=134;WE=234854558;WS=234854540;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:117,219:0.65:336
chr2	234856421	rs10170647	T	G	3678.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=3.474;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.794;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=100;PP=2636;ReadPosRankSum=-0.665;SC=TGTTTGATAATCCACTTGAAT;SOR=1.027;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=191;TCF=44;TCR=147;TR=128;WE=234856429;WS=234856411;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,147:0.67:220
chr2	234869358	rs11563212	T	C	1431.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.611;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.475;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=13;PP=958;ReadPosRankSum=-0.778;SC=GAAAAATGCCTAGTGCTTTCC;SOR=1.280;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=78;TCF=56;TCR=22;TR=52;WE=234869366;WS=234869348;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,60:0.63:95
chr2	234873123	rs28953468	G	A	445.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-1.599;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.278;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=1;PP=305;ReadPosRankSum=0.191;SC=TTGAACCCGGGAGGTGGAGGT;SOR=2.200;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=22;TCF=19;TCR=3;TR=16;WE=234873131;WS=234873113;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,18:0.82:22
chr2	234888643	rs6745987	T	C	972.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.545;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.367;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=10;PP=768;ReadPosRankSum=0.701;SC=GCCAGTGTGCTACCTACTTTC;SOR=1.420;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=63;TCF=45;TCR=18;TR=41;WE=234888651;WS=234888633;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,39:0.66:59
chr2	234888721	rs6736916	C	T	2491.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.847;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.69;ReadPosRankSum=-0.801;SOR=0.704;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:66,116:0.64:182
chr2	234890391	rs6708995	G	T	1236.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.759;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=12;PP=655;ReadPosRankSum=-1.257;SC=AATATCTCATGAATTCTGTTC;SOR=0.629;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=65;TCF=45;TCR=20;TR=37;WE=234890399;WS=234890381;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,54:0.60:90
chr2	234892127	rs4663995	T	C	636.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.168;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.617;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=24;PP=479;ReadPosRankSum=1.158;SC=CAATTAACAATGTGGCAATTG;SOR=2.694;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=32;TCF=3;TCR=29;TR=26;WE=234892135;WS=234892117;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,27:0.77:35
chr2	234916771	rs11450151	A	AT	143.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.090;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.03;ReadPosRankSum=-0.044;SOR=0.789;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:109,31:0.22:140
chr2	234916831	rs6734618	A	G	1239.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.276;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.277;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=34;PP=772;ReadPosRankSum=0.060;SC=AGTAGTTGTGATAATAAAAGA;SOR=0.443;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=67;TCF=20;TCR=47;TR=48;WE=234916839;WS=234916821;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,55:0.76:72
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chr2	234967539	rs593668	T	A	4643.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.770;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=333;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.420;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=76;NR=65;PP=2216;ReadPosRankSum=-0.512;SC=TCCGGGAGACTACATGCAGGA;SOR=0.664;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=212;TCF=115;TCR=97;TR=141;WE=234967547;WS=234967529;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:113,214:0.65:327
chr2	234969154	rs17869099	C	T	2656.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.058;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.406;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=57;PP=1414;ReadPosRankSum=0.843;SC=CCTCCCAGACCGCACCTCTTA;SOR=0.537;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=122;TCF=37;TCR=85;TR=85;WE=234969162;WS=234969144;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,115:0.69:166
chr2	235404859	.	G	T	294.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.306;ClippingRankSum=0.000;DP=499;ExcessHet=3.0103;FS=0.788;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.60;ReadPosRankSum=0.400;SOR=0.838;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:426,67:0.14:493
chr2	235950187	rs1469375	T	C	7685.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-1.761;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1314;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.552;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=127;NR=143;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.092;SC=CCAAGTCCGATGCTCCCACAT;SOR=0.626;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=800;TCF=359;TCR=441;TR=270;WE=235950195;WS=235950177;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:856,445:0.34:1301
chr2	235951819	rs3795962	A	G	1427.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.785;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=308;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.193;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=37;PP=814;ReadPosRankSum=-1.312;SC=CGTCCGTCCTAGAAAAGCTGA;SOR=0.852;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=200;TCF=83;TCR=117;TR=59;WE=235951827;WS=235951809;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:221,82:0.27:303
chr2	235961953	rs28403580	G	A	2410.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-2.888;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=348;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.836;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=46;PP=1218;ReadPosRankSum=-0.323;SC=AAATGGCACAGAGAGAAAGTG;SOR=0.582;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=258;TCF=144;TCR=114;TR=98;WE=235961961;WS=235961943;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:209,132:0.39:341
chr2	236403462	rs8178993	C	T	5456.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-0.402;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=443;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.117;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=71;NR=74;PP=2183;ReadPosRankSum=-0.324;SC=TGCTGCAGAACCAGATCCGGG;SOR=0.650;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=243;TCF=124;TCR=119;TR=145;WE=236403470;WS=236403452;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:173,260:0.60:433
chr2	236403607	rs3738998	C	A	1958.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=52;PP=1438;SC=CACGCGGCTGCTCCGCCGAGG;SOR=2.636;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=65;TCF=13;TCR=52;TR=65;WE=236403615;WS=236403597;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr2	236433161	rs62191529	G	A	16628.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=644;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=192;NR=181;PP=2965;SC=GACAGGCCACGGGGCTGCACC;SOR=0.735;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=374;TCF=193;TCR=181;TR=373;WE=236433169;WS=236433151;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,627:1.00:627
chr2	236433331	rs11689907	T	C	4318.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=37;NR=100;PP=2566;SC=GAAGGGACCCTGTGTCCAAGA;SOR=1.938;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=137;TCF=37;TCR=100;TR=137;WE=236433339;WS=236433321;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,163:1.00:163
chr2	236433390	rs10207027	G	A	1758.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=50;PP=1357;SC=TAGGGACCTCGTCCCTTTCTT;SOR=5.247;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=51;TCF=1;TCR=50;TR=51;WE=236433398;WS=236433380;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr2	236578649	rs10201486	C	T	2055.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-1.853;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=11;PP=1395;ReadPosRankSum=-0.902;SC=GGGGCGTGGGCCACACTCCCG;SOR=1.481;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=65;TCF=54;TCR=11;TR=64;WE=236578657;WS=236578640;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,73:0.99:74
chr2	236817336	rs57795387	CT	C	721.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.986;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=398;ExcessHet=3.0103;FS=2.949;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.05;MQRankSum=2.350;QD=1.90;ReadPosRankSum=1.451;SOR=0.508;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:272,108:0.28:380
chr2	236923361	rs35361765	C	CT	927.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-1.131;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.662;HP=9;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=19;PP=335;ReadPosRankSum=0.369;SC=CTACTTTGACCTTTTTTTTTC;SOR=0.508;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=107;TCF=52;TCR=55;TR=32;WE=236923369;WS=236923351;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:149,69:0.32:218
chr2	236957822	rs2034648	G	A	11813.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.791;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=860;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.547;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-1.047;NF=137;NR=187;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.454;SC=TGACTGGCCAGTCGAGCTCAT;SOR=0.656;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=507;TCF=213;TCR=294;TR=324;WE=236957830;WS=236957812;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:301,548:0.65:849
chr2	237146290	rs11680052	C	T	355.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.439;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.86;ReadPosRankSum=-0.800;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,20:0.67:30
chr2	237146643	rs72060634	TGTG	T	970.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=-0.121;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=8;PP=339;ReadPosRankSum=0.775;SC=GGAGGTTAGTTGTGGTGGTGG;SOR=0.765;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=28;TCF=4;TCR=24;TR=9;WE=237146653;WS=237146633;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,27:0.39:69
chr2	237149941	rs6756597	C	T	835.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.741;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FS=1.299;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.40;ReadPosRankSum=-0.074;SOR=0.837;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:138,52:0.27:190
chr2	237150166	rs2015983	A	C	4900.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=2.186;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.035;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=83;PP=2054;ReadPosRankSum=1.846;SC=CTCTCCATTGAGATGCCGTCG;SOR=0.970;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=126;TCF=42;TCR=84;TR=124;WE=237150174;WS=237150156;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,194:0.99:195
chr2	237150311	rs6431443	T	C	63.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.645;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=3;PP=40;ReadPosRankSum=0.842;SC=TCCGATGTGATAATGGTTACT;SOR=1.022;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=0;TCR=4;TR=3;WE=237150319;WS=237150301;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,3:0.60:5
chr2	237247036	rs111440161	G	GA	2207.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.370;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.785;HP=10;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.751;NF=7;NR=51;PP=997;ReadPosRankSum=0.931;SC=CTGGGAGAGAGAAAAAAAAAT;SOR=0.402;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=98;TCF=9;TCR=89;TR=58;WE=237247044;WS=237247026;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,117:0.66:177
chr2	237255303	rs62192371	A	G	2261.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=-0.237;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.075;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=21;PP=698;ReadPosRankSum=-1.247;SC=GGGCAGGAGAAGGCTCCTTCC;SOR=0.507;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=72;TCF=38;TCR=34;TR=41;WE=237255311;WS=237255293;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,106:0.65:162
chr2	237255484	rs73132718	G	A	387.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=1.010;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.048;HP=3;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=11;PP=305;ReadPosRankSum=0.000;SC=AAGATCTCAGGGGTTGGGCGA;SOR=0.047;SbPval=0.24;Source=Platypus;TC=24;TCF=4;TCR=20;TR=15;WE=237255492;WS=237255474;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,15:0.60:25
chr2	237285889	rs6431458	G	A	5675.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.328;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=369;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.420;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=68;NR=87;PP=2470;ReadPosRankSum=0.073;SC=CGGTATTTCTGTTAATGATCA;SOR=0.664;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=219;TCF=95;TCR=124;TR=155;WE=237285897;WS=237285879;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:104,261:0.72:365
chr2	237307967	rs6719078	G	A	2726.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.333;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.617;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=23;PP=1500;ReadPosRankSum=0.588;SC=AGAATGTCTCGGTTGTGAGTG;SOR=0.631;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=139;TCF=102;TCR=37;TR=86;WE=237307975;WS=237307957;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,118:0.65:182
chr2	237349813	.	CTT	C	1201.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.257;ClippingRankSum=0.000;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.525;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=2.817;NF=2;NR=11;PP=385;ReadPosRankSum=0.051;SC=GAAGTCCTCTCTTGTTATATA;SOR=0.539;SbPval=0.25;Source=Platypus;TC=55;TCF=4;TCR=51;TR=13;WE=237349822;WS=237349803;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:101,39:0.28:140
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chr2	238234285	rs112290343	A	G	12767.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.731;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=925;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=166;NR=198;PP=2962;ReadPosRankSum=1.270;SC=AGAATCTTGCACAGCTTTTGG;SOR=0.671;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=544;TCF=244;TCR=300;TR=364;WE=238234293;WS=238234275;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:324,595:0.65:919
chr2	238243292	rs1131296	G	A	3329.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=43;NR=31;PP=1363;SC=TCCGTGGTAGGTGGCTCTGAC;SOR=0.920;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=74;TCF=43;TCR=31;TR=74;WE=238243300;WS=238243282;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr2	238243464	rs2270669	C	G	5490.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=65;NR=64;PP=2605;SC=GGGGGCTCAGCCCTCTCCCAG;SOR=0.703;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=129;TCF=65;TCR=64;TR=129;WE=238243472;WS=238243454;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,201:1.00:201
chr2	238244963	rs6728818	A	G	11295.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=439;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=192;NR=125;PP=2965;SC=AACAGTGGCCATCTTTGTGGC;SOR=1.029;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=317;TCF=192;TCR=125;TR=317;WE=238244971;WS=238244953;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,431:1.00:431
chr2	238249630	rs4433949	C	T	15546.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.486;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=579;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=170;NR=209;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.076;SC=TGACCAGGTACGCTATGTACT;SOR=0.457;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=380;TCF=171;TCR=209;TR=379;WE=238249638;WS=238249620;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,575:1.00:576
chr2	238258814	rs3790993	C	G	20070.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=2.060;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=739;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=232;NR=204;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.376;SC=GGCCCCGGTTCCCGATTCCTC;SOR=0.767;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=440;TCF=234;TCR=206;TR=436;WE=238258822;WS=238258795;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:6,732:0.99:738
chr2	238259675	rs3790995	G	A	4360.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-1.941;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=88;NR=34;PP=2536;ReadPosRankSum=1.432;SC=CAGTAGTACTGAAGAGGAGGG;SOR=0.781;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=123;TCF=89;TCR=34;TR=122;WE=238259683;WS=238259665;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,160:0.99:161
chr2	238261112	rs4663726	GC	AA	15040.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=346;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=135;NR=83;PP=2947;SC=AGCCTGCTTGGCAATGTGCCC;SOR=1.118;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=229;TCF=142;TCR=87;TR=218;WE=238261121;WS=238261102;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,334:1.00:334
chr2	238266248	rs7577192	G	C	670.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=2.023;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=5;PP=359;ReadPosRankSum=0.816;SC=AAATATCTAAGAGGCACAGAT;SOR=1.179;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=18;TCF=12;TCR=6;TR=16;WE=238266256;WS=238266238;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,23:0.92:25
chr2	238266633	rs4663730	G	A	1182.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=11;NR=27;PP=792;SC=GCAAGGCTTCGAGGGACAAGC;SOR=1.721;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=38;TCF=11;TCR=27;TR=38;WE=238266641;WS=238266623;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr2	238267058	rs4663731	G	A	7208.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=278;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=126;NR=60;PP=2965;SC=TTTTATCAACGTGTTTTAAAG;SOR=1.385;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=187;TCF=126;TCR=61;TR=186;WE=238267066;WS=238267048;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,271:1.00:271
chr2	238296355	rs114750216	G	A	10403.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.905;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=701;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=178;NR=145;PP=2962;ReadPosRankSum=0.793;SC=AGTTGTCATCGGTAGCTATGT;SOR=0.677;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=483;TCF=267;TCR=216;TR=323;WE=238296363;WS=238296345;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:234,455:0.66:689
chr2	238305211	rs1553032	C	T	885.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=24;NR=1;PP=691;SC=TCTGAAAAGGCCTATAAATCC;SOR=5.283;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=26;TCF=25;TCR=1;TR=25;WE=238305219;WS=238305210;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr2	238419543	rs145305319	C	CGTGT	1375.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=1.961;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=11.140;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=17;PP=1528;ReadPosRankSum=1.176;SC=TGCACACACTCGTGTGTGTGT;SOR=1.671;SbPval=0.12;Source=Platypus;TC=95;TCF=40;TCR=55;TR=39;WE=238419552;WS=238419533;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,68:0.54:126
chr2	238419561	.	T	TGTGC	663	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;FR=0.5000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MMLQ=28;MQ=59.89;NF=23;NR=17;PP=663;QD=16.675;SC=TGTGTGTGTGTGTGTGTGAGA;SbPval=0.08;Source=Platypus;TC=127;TCF=52;TCR=75;TR=40;WE=238419569;WS=238419551;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:87,40:0.31:127
chr2	238419611	rs2292879	A	G	5007.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.191;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=367;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.783;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.763;NF=94;NR=84;PP=2833;ReadPosRankSum=1.403;SC=CAGTGCCATGAGCCTGTGCTT;SOR=0.587;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=260;TCF=145;TCR=115;TR=178;WE=238419619;WS=238419601;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:133,232:0.64:365
chr2	238427142	rs3751110	T	C	1632.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.237;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=437;ExcessHet=3.0103;FS=0.591;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.75;ReadPosRankSum=1.019;SOR=0.643;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:320,115:0.26:435
chr2	238427194	rs3751109	T	C	1661.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.435;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=413;ExcessHet=3.0103;FS=0.591;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.02;ReadPosRankSum=-3.854;SOR=0.699;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:302,111:0.27:413
chr2	238427251	rs3751107	G	A	1138.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.730;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=286;ExcessHet=3.0103;FS=2.299;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.98;ReadPosRankSum=1.130;SOR=0.542;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:209,77:0.27:286
chr2	238428418	rs3751106	G	A	1699.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-2.762;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=254;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=16;PP=1114;ReadPosRankSum=-0.108;SC=CTAGTGGAGGGGGTGGATGTG;SOR=0.694;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=211;TCF=165;TCR=46;TR=72;WE=238428426;WS=238428408;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:164,85:0.34:249
chr2	238428454	.	T	G	4677.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.073;ClippingRankSum=0.000;DP=433;ExcessHet=3.0103;FS=4.819;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.06;ReadPosRankSum=1.020;SOR=1.105;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:291,132:0.31:423
chr2	238428455	rs115859206	C	A	4708.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.650;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=435;ExcessHet=3.0103;FS=5.989;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.08;ReadPosRankSum=0.920;SOR=1.112;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:292,133:0.31:425
chr2	238428459	rs3751105	G	A	4708.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.734;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=464;ExcessHet=3.0103;FS=6.002;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.44;ReadPosRankSum=0.919;SOR=1.221;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:311,140:0.31:451
chr2	238434249	rs2292881	C	T	5205.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.150;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=373;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.152;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=83;NR=65;PP=2229;ReadPosRankSum=0.230;SC=CTTAGTCCCTCACAGATGAGT;SOR=0.861;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=238;TCF=126;TCR=112;TR=148;WE=238434257;WS=238434239;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:132,237:0.64:369
chr2	238434434	rs11883500	C	T	1043.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-3.360;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.965;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=26;PP=562;ReadPosRankSum=-1.399;SC=GCCCTGGGGACTGCTGCTGCA;SOR=0.257;SbPval=0.16;Source=Platypus;TC=102;TCF=31;TCR=71;TR=44;WE=238434442;WS=238434424;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,58:0.40:144
chr2	238443226	rs2292884	A	G	6963.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.806;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=269;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.363;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=87;NR=66;PP=2872;ReadPosRankSum=1.720;SC=CTGAATAAGCATATTTCAGCT;SOR=0.492;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=155;TCF=88;TCR=67;TR=153;WE=238443234;WS=238443216;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,268:1.00:269
chr2	238443407	rs2292885	G	C	2966.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=9;NR=53;PP=1597;SC=TGTTTGTAAGGTTAAGTTCTG;SOR=1.981;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=62;TCF=9;TCR=53;TR=62;WE=238443415;WS=238443397;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr2	238443509	rs12471827	A	G	153.94	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-1.465;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.5165;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=27;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=5;PP=89;ReadPosRankSum=-0.180;SC=TCTCATGCCCAGAGCTTGAAT;SOR=2.584;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=5;WE=238443517;WS=238443499;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,6:0.86:7
chr2	238449007	rs3817362	T	C	5126.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=45;NR=44;PP=1396;SC=GGTGCTGGAGTGCGCACGGAG;SOR=0.737;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=89;TCF=45;TCR=44;TR=89;WE=238449015;WS=238448997;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,139:1.00:139
chr2	238449023	rs3817363	T	C	1977.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.179;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=36;PP=891;ReadPosRankSum=0.096;SC=CGGAGGCCGATGTAGAGGAGG;SOR=0.743;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=105;TCF=53;TCR=52;TR=74;WE=238449031;WS=238449013;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,96:0.62:155
chr2	238449107	rs2271809	A	G	4579.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=32.48;SOR=0.960;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,141:1.00:141
chr2	238449107	.	AG	GG,GT	1131	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.42;FR=0.5000,0.5000;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MMLQ=28;MQ=60.0;NF=37,12;NR=53,15;PP=1131,348;QD=12.9530134727;SC=AGGAGGAGGAAGCCAAGGACG;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=90;TCF=37;TCR=53;TR=90,27;WE=238449116;WS=238449097;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:1.00:90
chr2	238449108	rs61737681	G	T	782.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.284;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FS=1.454;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.55;ReadPosRankSum=0.126;SOR=0.556;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:98,43:0.30:141
chr2	238457684	rs10173589	A	G	504.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-3.121;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.047;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=6;PP=277;ReadPosRankSum=1.497;SC=CAGGCATTTCATGCTTAATTT;SOR=0.467;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=66;TCF=53;TCR=13;TR=25;WE=238457692;WS=238457674;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,29:0.38:77
chr2	238461773	rs60687800	G	A	719.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-2.742;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.914;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=15;PP=248;ReadPosRankSum=0.385;SC=GTGATCAGTCGCAGGAGGCAA;SOR=0.366;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=75;TCF=27;TCR=48;TR=26;WE=238461781;WS=238461763;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,43:0.39:109
chr2	238461855	rs67525826	C	A	176.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=1.067;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.501;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=4;PP=92;ReadPosRankSum=1.499;SC=TGGTTGGTTGCGGGAGGGGAC;SOR=0.086;SbPval=0.23;Source=Platypus;TC=17;TCF=4;TCR=13;TR=7;WE=238461863;WS=238461845;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,9:0.41:22
chr2	238462324	rs8260	A	G	1169.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=3.701;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.494;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=26;PP=680;ReadPosRankSum=0.087;SC=GCTTTCCACTATACACAGTCA;SOR=0.976;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=119;TCF=50;TCR=69;TR=42;WE=238462332;WS=238462314;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:136,64:0.32:200
chr2	238483306	rs141693773	G	A	924.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=2.496;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.914;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=32;PP=625;ReadPosRankSum=0.342;SC=TCAGACGTAAGGCATCTTCCC;SOR=0.512;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=108;TCF=15;TCR=93;TR=37;WE=238483314;WS=238483296;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,44:0.36:123
chr2	238499863	rs146534321	A	AAATTCTTCAGGAGACTCT	3553.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=0.720;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=14;PP=2897;ReadPosRankSum=-0.066;SC=TGGTCTTCCCAAGCCATGAAA;SOR=1.179;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=8;TCR=19;TR=20;WE=238499874;WS=238499853;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,73:0.97:75
chr2	238499866	rs114742872	C	T	3421.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.939;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=39.33;ReadPosRankSum=-0.071;SOR=1.375;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,85:0.98:87
chr2	238500487	rs139154033	T	TA	11463.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.405;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=315;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=92;PP=2957;ReadPosRankSum=2.414;SC=AATGTGGAAATACATGAATGT;SOR=0.829;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=125;TCF=33;TCR=92;TR=122;WE=238500495;WS=238500477;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,312:0.99:314
chr2	238536255	rs10170083	C	G	1377.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=20;NR=11;PP=653;SC=GCTGGAGCAACGGGCCCCGCG;SOR=1.112;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=20;TCR=11;TR=31;WE=238536263;WS=238536245;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr2	238536392	rs10184871	T	G	1842.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=16;NR=23;PP=710;SC=AGGTGAGCGCTCCGGGAGGGC;SOR=0.840;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=39;TCF=16;TCR=23;TR=39;WE=238536400;WS=238536382;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr2	238658030	rs200556733	TA	T	168.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.744;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FS=2.155;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.92;ReadPosRankSum=-0.430;SOR=0.454;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:65,23:0.26:88
chr2	238688244	rs1151798	A	G	1733.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=15;NR=38;PP=1061;SC=TCTCTGTCCTATCTGGGAGCG;SOR=1.685;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=53;TCF=15;TCR=38;TR=53;WE=238688252;WS=238688234;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr2	238894784	rs66771814	CT	C	332.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;QD=16.64;SOR=1.112;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr2	238894953	rs12473327	C	T	70.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.704;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.28;ReadPosRankSum=0.559;SOR=0.871;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,8:0.26:31
chr2	238896494	rs59213280	C	CA	441.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.554;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.60;ReadPosRankSum=0.476;SOR=0.948;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,34:0.74:46
chr2	238899045	.	CT	C	37.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.914;ClippingRankSum=0.000;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.69;ReadPosRankSum=0.733;SOR=0.641;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,14:0.25:55
chr2	238903310	rs10203101	C	T	4283.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=70;NR=47;PP=2040;SC=TAACTTTACACGTGTTCAAAG;SOR=0.964;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=117;TCF=70;TCR=47;TR=117;WE=238903318;WS=238903300;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,164:1.00:164
chr2	238903399	rs12615308	G	A	1454.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-2.026;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.067;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=30;PP=620;ReadPosRankSum=0.476;SC=CATGTAAAGTGCATTTTCCTG;SOR=0.774;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=139;TCF=62;TCR=77;TR=52;WE=238903407;WS=238903389;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:136,83:0.38:219
chr2	238912120	rs10929262	A	C	5293.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.675;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=413;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.147;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=72;NR=64;PP=2280;ReadPosRankSum=-0.961;SC=CCCCTGCCTTAAATGTAACTC;SOR=0.533;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=233;TCF=111;TCR=122;TR=136;WE=238912128;WS=238912110;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:166,245:0.60:411
chr2	238939370	rs11679080	C	T	3323.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=2.609;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=265;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.465;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=73;PP=1797;ReadPosRankSum=1.349;SC=CACCAGTGGCCGGACACACCC;SOR=0.738;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=196;TCF=67;TCR=129;TR=113;WE=238939378;WS=238939360;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:114,149:0.57:263
chr2	238969964	rs2250185	T	C	2481.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.031;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=489;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.903;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=53;PP=1095;ReadPosRankSum=-0.215;SC=GGGTGCGAGCTGTGGCCCCGC;SOR=0.611;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=314;TCF=149;TCR=165;TR=107;WE=238969972;WS=238969954;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:334,150:0.31:484
chr2	238972827	rs821480	T	C	2029.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=0.809;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=5;PP=1563;ReadPosRankSum=1.032;SC=ATAAGTAGTGTAGATCTGTAG;SOR=2.432;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=60;TCF=55;TCR=5;TR=59;WE=238972835;WS=238972823;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,65:0.98:66
chr2	238990388	rs3210400	G	A	9571.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-2.245;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=673;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=145;NR=147;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.034;SC=GAGCGGGCAGGCAGAGGTGGA;SOR=0.707;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=459;TCF=230;TCR=229;TR=292;WE=238990396;WS=238990378;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:225,433:0.66:658
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chr2	239007806	rs1054640	A	G	3039.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.256;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=239;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.635;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.794;NF=64;NR=38;PP=1457;ReadPosRankSum=0.415;SC=GTGCAGCTCCAGGTCATTCCT;SOR=0.845;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=166;TCF=101;TCR=65;TR=102;WE=239007814;WS=239007796;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:92,146:0.61:238
chr2	239007850	rs1054641	T	A	5018.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.667;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=376;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=1.706;NF=81;NR=62;PP=2102;ReadPosRankSum=-0.270;SC=GACTCAGCTTTTACCTTAATT;SOR=0.678;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=232;TCF=131;TCR=101;TR=143;WE=239007858;WS=239007840;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:136,237:0.64:373
chr2	239007991	rs15787	T	A	2938.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.930;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.569;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=68;PP=1581;ReadPosRankSum=-0.252;SC=AAGGAACTACTTGATGATTTT;SOR=0.786;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=156;TCF=54;TCR=102;TR=102;WE=239007999;WS=239007981;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,133:0.67:200
chr2	239009336	rs61744770	G	A	1233.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=1.416;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=27;PP=748;ReadPosRankSum=2.148;SC=TGGTCCGCGAGGGGGGCTGCG;SOR=0.807;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=57;TCF=17;TCR=40;TR=38;WE=239009344;WS=239009326;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,54:0.63:86
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chr2	239010455	rs5839683	GGAA	G	684.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=3.585;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=21.944;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=0;PP=685;ReadPosRankSum=1.070;SC=GAGGGAAGGAGGAAGGAGCTG;SOR=5.186;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=27;TCF=21;TCR=6;TR=13;WE=239010465;WS=239010454;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,19:0.59:32
chr2	239010577	rs1562333	G	C	4490.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-0.323;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=322;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.407;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=47;PP=1547;ReadPosRankSum=0.405;SC=CCCGGGGCTTGGTAGGACCAA;SOR=0.609;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=174;TCF=104;TCR=70;TR=113;WE=239010585;WS=239010567;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:110,207:0.65:317
chr2	239010719	rs36066915	T	C	3202.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.712;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=60;PP=1416;ReadPosRankSum=-0.576;SC=TGCACCACGCTGCCGTCAGTG;SOR=0.722;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=140;TCF=54;TCR=86;TR=98;WE=239010727;WS=239010709;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,145:0.70:207
chr2	239016539	rs935415	C	G	12590.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=1.142;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=920;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.535;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=165;NR=190;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.280;SC=GACTCCTGCTCATGGGTACCC;SOR=0.762;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=543;TCF=258;TCR=285;TR=355;WE=239016547;WS=239016529;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:345,568:0.62:913
chr2	239025523	rs11903074	T	C	5264.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.948;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=420;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.537;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=88;NR=69;PP=2028;ReadPosRankSum=-0.479;SC=GTGGGTCACATGTGTGCCCTC;SOR=0.765;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=249;TCF=135;TCR=114;TR=157;WE=239025531;WS=239025513;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:157,255:0.62:412
chr2	239036416	rs12692214	T	C	14394.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.603;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=535;ExcessHet=3.0103;FS=1.227;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=27.21;ReadPosRankSum=1.827;SOR=0.590;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:160,369:0.70:529
chr2	239036423	rs62197371	C	A	7590.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.932;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=493;ExcessHet=3.0103;FS=0.571;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.52;ReadPosRankSum=1.731;SOR=0.634;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:152,337:0.69:489
chr2	239039057	rs13033248	A	G	3610.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.141;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=352;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.928;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=35;PP=1065;ReadPosRankSum=0.894;SC=GGAGGCCTCAATCCCAGCGGC;SOR=0.951;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=231;TCF=119;TCR=112;TR=83;WE=239039065;WS=239039047;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:235,108:0.31:343
chr2	239039075	rs13006204	G	T	3780.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.072;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=341;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.489;HP=4;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=44;PP=1174;ReadPosRankSum=1.051;SC=GGCTGAGCCCGCAGGGTCTGC;SOR=0.601;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=231;TCF=107;TCR=124;TR=87;WE=239039083;WS=239039065;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:217,113:0.34:330
chr2	239039637	rs4663845	T	C	1047.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=1.063;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=22;PP=598;ReadPosRankSum=0.227;SC=CTCAAGACAGTGGCCTGCAGG;SOR=0.653;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=154;TCF=88;TCR=66;TR=50;WE=239039645;WS=239039627;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:147,62:0.30:209
chr2	239039841	rs10172220	A	G	2937.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.585;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=518;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.464;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=78;NR=47;PP=1528;ReadPosRankSum=0.884;SC=CTGAGCCGGCAGCCCCGCGGG;SOR=0.932;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=372;TCF=216;TCR=156;TR=125;WE=239039849;WS=239039831;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:342,169:0.33:511
chr2	239039896	rs10182906	G	C	4089.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.803;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=744;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.178;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=93;NR=71;PP=1933;ReadPosRankSum=0.793;SC=ACGGGGCTCCGGTGCCCTACA;SOR=0.823;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=479;TCF=258;TCR=221;TR=164;WE=239039904;WS=239039886;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:502,235:0.32:737
chr2	239040187	rs12692215	T	C	3169.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.870;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=567;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=68;PP=1724;ReadPosRankSum=1.748;SC=GCAAGTCAGGTCTGACCCTGC;SOR=0.718;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=339;TCF=158;TCR=181;TR=125;WE=239040195;WS=239040177;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:380,182:0.32:562
chr2	239049540	rs2241985	G	A	6440.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.044;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1005;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=113;NR=110;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.649;SC=ATGCCACCGCGGCCTCCTGGC;SOR=0.665;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=586;TCF=292;TCR=294;TR=223;WE=239049548;WS=239049530;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:641,357:0.36:998
chr2	239050033	rs12692216	C	T	1648.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.424;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=387;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.32;ReadPosRankSum=-0.380;SOR=0.684;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:280,102:0.27:382
chr2	239051550	rs935411	T	C	4291.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=34;NR=30;PP=995;SC=TTGGGAACTTTGCCTTCTACA;SOR=0.729;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=64;TCF=34;TCR=30;TR=64;WE=239051558;WS=239051540;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr2	239051575	rs76664545	G	A	1720.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=1.180;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=20;PP=720;ReadPosRankSum=1.305;SC=CAAGGCCAGTGAGTACCCCTC;SOR=0.656;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=71;TCF=37;TCR=34;TR=42;WE=239051583;WS=239051565;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,80:0.61:131
chr2	239053436	rs12623661	G	C	1045.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-0.635;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.351;HP=5;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=9;PP=751;ReadPosRankSum=0.327;SC=CAGTGAGGGGGGCATTTCTGC;SOR=0.360;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=111;TCF=93;TCR=18;TR=45;WE=239053444;WS=239053426;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,47:0.39:120
chr2	239053685	rs13013945	A	C	2043.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-3.333;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=345;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.882;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=51;PP=784;ReadPosRankSum=-1.619;SC=CACTGGGCTCAGTGCAACTCC;SOR=0.502;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=261;TCF=89;TCR=172;TR=80;WE=239053693;WS=239053675;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:218,119:0.35:337
chr2	239054504	rs11674140	G	T	3453.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.287;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=549;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=60;PP=1488;ReadPosRankSum=1.050;SC=CTTCCCTGGGGCCTGGTTCTA;SOR=0.670;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=328;TCF=149;TCR=179;TR=112;WE=239054512;WS=239054494;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:355,189:0.35:544
chr2	239056746	rs11674655	T	G	447.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=2.629;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=13;PP=304;ReadPosRankSum=1.476;SC=TGGTGAGGATTGGGGCTCCTG;SOR=0.728;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=4;TCR=29;TR=15;WE=239056754;WS=239056736;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,20:0.42:48
chr2	239059484	rs7605194	T	C	8718.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=344;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=118;NR=94;PP=2965;SC=TGCATGAGAATGGCGCGCTGG;SOR=0.853;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=212;TCF=118;TCR=94;TR=212;WE=239059492;WS=239059474;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,335:1.00:335
chr2	239067746	rs190953105	G	C	135.79	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.812;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=15.09;ReadPosRankSum=-0.282;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,7:0.78:9
chr2	239070534	rs12618914	G	A	1985.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=3.240;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=321;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.493;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=66;PP=1344;ReadPosRankSum=0.515;SC=TTAGGGGCCTGGTCCCAACCA;SOR=0.750;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=287;TCF=78;TCR=209;TR=88;WE=239070542;WS=239070524;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:213,99:0.32:312
chr2	239075935	rs3820817	A	G	13157.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=480;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=161;NR=169;PP=2965;SC=CTTATCCAGGAAAGAAAGAGT;SOR=0.710;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=330;TCF=161;TCR=169;TR=330;WE=239075943;WS=239075925;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,476:1.00:476
chr2	239082166	rs3832064	G	GC	11197.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=323;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=80;NR=76;PP=2936;SC=CTCTTATAGGGCCTTTTACCT;SOR=1.193;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=160;TCF=84;TCR=76;TR=156;WE=239082174;WS=239082156;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,320:1.00:320
chr2	239090959	rs35468889	G	A	475.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-3.378;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.617;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=23;PP=356;ReadPosRankSum=0.984;SC=TCAGCCTCCTGCTGATAAACG;SOR=1.731;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=83;TCF=8;TCR=75;TR=24;WE=239090967;WS=239090949;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,25:0.27:91
chr2	239092474	rs2305173	C	T	2409.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.380;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=46;PP=1416;ReadPosRankSum=-0.152;SC=TCTTATATTTCAAAATGAACC;SOR=0.714;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=104;TCF=43;TCR=61;TR=80;WE=239092482;WS=239092464;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,103:0.67:154
chr2	239092544	rs74653364	G	A	2615.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-3.104;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=22;PP=1875;ReadPosRankSum=0.395;SC=TAAAAGCTGAGTGCTACGCAC;SOR=0.769;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=106;TCF=79;TCR=27;TR=86;WE=239092552;WS=239092534;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,94:0.79:119
chr2	239093788	rs6431588	T	C	2552.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=50;NR=21;PP=1435;SC=CAATAACCAATTTGAGTATCA;SOR=1.609;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=72;TCF=50;TCR=22;TR=71;WE=239093796;WS=239093778;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr2	239168596	rs201686364	AT	A	38.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.316;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=320;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.07;MQRankSum=3.350;QD=0.14;ReadPosRankSum=-1.261;SOR=0.690;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:238,48:0.17:286
chr2	239184581	rs10462023	G	A	6202.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=62;NR=84;PP=2965;SC=TAGCTTCCTAGGTGTCCTTTC;SOR=0.927;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=148;TCF=63;TCR=85;TR=146;WE=239184589;WS=239184571;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,226:1.00:226
chr2	239185588	rs73088947	C	T	345.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.894;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.444;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=4;PP=284;ReadPosRankSum=1.149;SC=GGGCTCTGGACGGTGAGGGGA;SOR=0.399;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=45;TCF=38;TCR=7;TR=18;WE=239185596;WS=239185583;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,17:0.34:50
chr2	239229372	rs13398676	C	A	6785.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=1.727;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=475;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=86;NR=71;PP=2678;ReadPosRankSum=1.508;SC=CGCCGCTGACCGAGAAGCTGC;SOR=0.665;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=231;TCF=127;TCR=104;TR=157;WE=239229380;WS=239229362;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:160,313:0.66:473
chr2	239241445	.	AT	A	53.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.215;ClippingRankSum=0.000;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.42;MQRankSum=2.477;QD=1.05;ReadPosRankSum=0.098;SOR=0.619;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,12:0.24:51
chr2	239242719	rs5839695	G	GT	294.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.169;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FS=2.670;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.83;ReadPosRankSum=1.702;SOR=1.165;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,29:0.48:61
chr2	239261866	rs3213874	G	A	3058.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.010;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=251;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.999;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=61;PP=1579;ReadPosRankSum=0.329;SC=TCCTGGGCACGAGTGTGCATG;SOR=0.622;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=177;TCF=70;TCR=107;TR=102;WE=239261874;WS=239261856;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:102,144:0.59:246
chr2	239307245	rs571820	A	G	442.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=2.764;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.485;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=2;PP=262;ReadPosRankSum=-1.056;SC=TTTTGGTTGTAGCAGGGGTTG;SOR=1.688;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=26;TCF=19;TCR=7;TR=13;WE=239307253;WS=239307235;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,18:0.55:33
chr2	239976697	rs113824469	T	TTATTA	1728.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.127;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.245;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.857;NF=0;NR=33;PP=1880;ReadPosRankSum=0.355;SC=GCCGTGGTATTTATAATTTTT;SOR=0.960;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=67;TCF=0;TCR=67;TR=33;WE=239976705;WS=239976687;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,45:0.59:76
chr2	239990003	rs62189533	C	T	935.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-5.166;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.939;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=2;PP=614;ReadPosRankSum=-1.242;SC=GCTCCCGCTGCCTGCTCTGGG;SOR=0.273;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=58;TCF=55;TCR=3;TR=33;WE=239990011;WS=239989993;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,38:0.60:63
chr2	240003870	rs1063639	G	A	10583.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.711;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=414;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=111;NR=127;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.833;SC=ACAGGACGCTGGGGTCGCTGT;SOR=0.798;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=242;TCF=113;TCR=129;TR=238;WE=240003878;WS=240003860;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,398:1.00:400
chr2	240016824	rs2279274	A	G	1879.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=7.483;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.381;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=60;PP=1340;ReadPosRankSum=-1.288;SC=CCCTGGGCGCACTCCGGGGTC;SOR=1.450;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=154;TCF=20;TCR=134;TR=65;WE=240016832;WS=240016814;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:95,74:0.44:169
chr2	240029736	rs7585225	T	C	368.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.080;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=7;PP=241;ReadPosRankSum=0.687;SC=CCTGCCCCGGTCGGCGTTACC;SOR=0.809;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=69;TCF=49;TCR=20;TR=22;WE=240029744;WS=240029726;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,23:0.28:82
chr2	240055901	rs2278778	G	A	1106.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.699;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.046;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=12;PP=756;ReadPosRankSum=0.061;SC=AGCGTGGGCAGCCTCAGAGCC;SOR=1.109;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=67;TCF=49;TCR=18;TR=45;WE=240055909;WS=240055891;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,52:0.58:90
chr2	240066417	rs2290087	A	G	11515.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=453;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=138;NR=150;PP=2965;SC=GAAGCTGCACAAAAAGGAGAT;SOR=0.753;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=290;TCF=139;TCR=151;TR=288;WE=240066425;WS=240066407;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,443:1.00:443
chr2	240066526	rs2290088	T	C	4399.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=42;NR=91;PP=2199;SC=TCAACACTGCTGTGTTGCTGC;SOR=1.388;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=133;TCF=42;TCR=91;TR=133;WE=240066534;WS=240066516;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,173:1.00:173
chr2	240078587	rs5839723	GAC	G	4619.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=0.020;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.607;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=1.161;NF=4;NR=84;PP=2966;ReadPosRankSum=-2.400;SC=CACCTCAACAGACACACCTTT;SOR=0.541;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=135;TCF=5;TCR=130;TR=88;WE=240078596;WS=240078577;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,123:0.69:177
chr2	240083528	rs3791515	G	A	12728.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=-3.249;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=977;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.150;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=129;NR=178;PP=2962;ReadPosRankSum=0.224;SC=CTCCTCCCTGGAAGCCCCCCA;SOR=0.595;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=521;TCF=205;TCR=316;TR=307;WE=240083536;WS=240083518;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:367,605:0.62:972
chr2	240083731	rs3828216	C	T	3838.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.994;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=236;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.834;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=85;NR=36;PP=2049;ReadPosRankSum=0.842;SC=GACTCCTGGGCGAGGGGGCGC;SOR=0.877;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=175;TCF=121;TCR=54;TR=121;WE=240083739;WS=240083721;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,164:0.70:234
chr2	240085403	rs11124182	C	A	1251.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=33;NR=6;PP=944;SC=TCCCTGCCTCCGGTGAAGAGC;SOR=3.003;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=40;TCF=34;TCR=6;TR=39;WE=240085411;WS=240085393;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr2	240085674	rs13010577	C	T	1490.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.974;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.862;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=31;PP=798;ReadPosRankSum=-1.709;SC=CCTACAGCAGCAATGCAGGGC;SOR=0.509;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=71;TCF=26;TCR=45;TR=51;WE=240085682;WS=240085664;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,68:0.72:95
chr2	240111477	rs531993	A	T	2611.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=51;NR=23;PP=1448;SC=AGTCACCGGGAGTTGAGGGTG;SOR=1.402;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=74;TCF=51;TCR=23;TR=74;WE=240111485;WS=240111467;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr2	240111870	rs74761897	CG	C	179.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.176;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=1.674;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.81;ReadPosRankSum=1.149;SOR=1.003;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,10:0.43:23
chr2	240273360	rs62182143	C	T	3341.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.356;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=711;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.71;ReadPosRankSum=-0.611;SOR=0.667;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:501,208:0.29:709
chr2	240323661	rs1709851	C	A	5436.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.240;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=361;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.862;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=112;NR=68;PP=2962;ReadPosRankSum=1.131;SC=TGTTGAGTTACAGGTCGGCCC;SOR=0.774;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=252;TCF=155;TCR=97;TR=180;WE=240323669;WS=240323651;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:119,239:0.67:358
chr2	240323905	rs3215239	T	TG	9730.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=2.710;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=562;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.523;NF=36;NR=123;PP=2964;ReadPosRankSum=0.082;SC=CTGGCGGAGATGCGCGTTCGC;SOR=0.677;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=271;TCF=55;TCR=216;TR=159;WE=240323913;WS=240323895;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:235,306:0.57:541
chr2	240500170	rs35846411	G	A	2458.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=2.817;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=351;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.422;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=28;PP=2962;ReadPosRankSum=0.348;SC=ACACCCTGTCGTCTGCAAGCT;SOR=0.734;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=244;TCF=165;TCR=79;TR=92;WE=240500181;WS=240500160;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:214,127:0.37:341
chr2	240500173	rs10187580	T	C	4956.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-2.412;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=360;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.866;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=100;NR=54;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.703;SC=CCCTGTCGTCTGCAAGCTGGA;SOR=0.632;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=246;TCF=164;TCR=82;TR=154;WE=240500181;WS=240500160;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:131,219:0.63:350
chr2	240500294	rs11683242	A	C	5801.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.195;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=995;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=109;NR=107;PP=2718;ReadPosRankSum=1.737;SC=TCAGTGTTCCAGCTCCAGCAG;SOR=0.675;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=587;TCF=304;TCR=283;TR=216;WE=240500311;WS=240500284;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:658,335:0.34:993
chr2	240500413	rs6543554	A	G	18308.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=692;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=199;NR=245;PP=2965;SC=TGAATCCACCATCGTACCTGC;SOR=0.848;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=444;TCF=199;TCR=245;TR=444;WE=240500421;WS=240500403;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,679:1.00:679
chr2	240500437	rs10180205	C	T	9718.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.996;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=652;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.163;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NR=147;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.284;SC=TCTTGGATGCCGTCCGATTGC;SOR=0.570;Source=Platypus;TCR=231;WE=240500445;WS=240500427;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:221,420:0.66:641
chr2	240504878	rs6719279	C	T	10076.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=369;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=92;NR=159;PP=2965;SC=GGTAGCCATTCTAGTCATAGT;SOR=1.179;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=253;TCF=92;TCR=161;TR=251;WE=240504886;WS=240504868;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,368:1.00:368
chr2	240504931	rs13021357	A	G	1482.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-3.817;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.897;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=41;PP=872;ReadPosRankSum=-0.471;SC=CAAGTAGACCAGCATGACTAT;SOR=0.444;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=142;TCF=40;TCR=102;TR=60;WE=240504939;WS=240504921;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:96,73:0.43:169
chr2	240702216	rs11884577	C	G	321.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.208;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FS=0.996;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.64;ReadPosRankSum=0.804;SOR=0.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:98,24:0.20:122
chr2	240721384	rs2898872	C	A	5173.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=100;NR=42;PP=2826;SC=TGAATTGACTCCTGCTTGGCC;SOR=1.477;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=142;TCF=100;TCR=42;TR=142;WE=240721392;WS=240721374;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,191:1.00:191
chr2	240721598	rs12613844	T	G	5290.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=1.284;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=376;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.393;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=77;PP=2066;ReadPosRankSum=-2.099;SC=GACACAGTGATGATTCATACA;SOR=0.724;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=203;TCF=78;TCR=125;TR=123;WE=240721606;WS=240721588;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:135,235:0.64:370
chr2	240834669	rs62181292	G	A	14460.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-2.336;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1017;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.547;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=185;NR=207;PP=2962;ReadPosRankSum=0.404;SC=ACCATTCTGAGAACAGGGAGC;SOR=0.623;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=603;TCF=280;TCR=323;TR=392;WE=240834677;WS=240834659;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:351,659:0.65:1010
chr2	240834768	rs72992001	A	G	6671.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.329;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=429;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.233;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=68;NR=149;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.065;SC=AGAGCATATGAGTGAGGAGGG;SOR=0.801;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=302;TCF=95;TCR=207;TR=217;WE=240834776;WS=240834758;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:137,289:0.68:426
chr2	240882476	rs78832554	G	A	1619.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.736;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=374;ExcessHet=3.0103;FS=0.429;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.40;ReadPosRankSum=0.500;SOR=0.729;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:267,101:0.27:368
chr2	240882699	rs74833011	G	A	1010.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-5.430;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=38;PP=757;ReadPosRankSum=0.571;SC=ACACGAATCTGCCTTCTGCTC;SOR=0.798;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=116;TCF=15;TCR=101;TR=43;WE=240882707;WS=240882689;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,45:0.37:122
chr2	240900795	rs4077388	C	T	1267.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-3.395;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=36;PP=869;ReadPosRankSum=2.211;SC=ACAACCCAGCCCTGCCTGCCA;SOR=0.665;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=63;TCF=12;TCR=51;TR=45;WE=240900803;WS=240900785;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,51:0.69:74
chr2	240912983	rs73105362	G	T	3622.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.603;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=242;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.460;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=31;PP=1527;ReadPosRankSum=-0.017;SC=CAGCTTCAAGGAGGGAACGAT;SOR=0.910;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=145;TCF=91;TCR=54;TR=94;WE=240912991;WS=240912973;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,161:0.69:234
chr2	240922822	rs958960	C	A	689.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-3.228;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.986;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=7;PP=429;ReadPosRankSum=1.081;SC=CTATGAATTTCCAGAAATGGT;SOR=0.180;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=37;TCF=29;TCR=8;TR=26;WE=240922830;WS=240922812;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,29:0.73:40
chr2	240958129	rs4149540	C	T	1872.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=9;NR=42;PP=1199;SC=TCACTGCATTCCAGAGAAAAG;SOR=2.376;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=51;TCF=9;TCR=42;TR=51;WE=240958137;WS=240958119;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr2	240961728	rs2083411	T	C	22437.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.240;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=857;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=286;NR=282;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.336;SC=CATAGCGCAGTTTGCACTGCA;SOR=0.483;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=572;TCF=287;TCR=285;TR=568;WE=240961736;WS=240961718;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:5,842:0.99:847
chr2	240961852	rs7596788	A	G	9383.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.909;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=359;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=80;NR=164;PP=2965;ReadPosRankSum=0.796;SC=GAAACCTCTTAGTGATAAAAA;SOR=0.545;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=248;TCF=80;TCR=168;TR=244;WE=240961860;WS=240961842;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,352:1.00:353
chr2	240964590	.	CGCCACCCCGCCACCCT	C	803.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.038;ClippingRankSum=0.000;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.589;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=8;PP=2980;ReadPosRankSum=-1.217;SC=CTCCCCACCCCGCCACCCCGC;SOR=1.112;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=24;TCF=7;TCR=17;TR=8;WE=240964613;WS=240964580;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,26:0.74:35
chr2	240969791	rs201754577	G	A	5592.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.784;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=339;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.467;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.303;NF=51;NR=106;PP=2687;ReadPosRankSum=0.662;SC=CCCTGGGGCCGTGGGGAGGCC;SOR=0.660;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=238;TCF=77;TCR=161;TR=157;WE=240969799;WS=240969781;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,241:0.73:329
chr2	240981179	rs6731916	T	C	1564.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=3.278;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.933;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=10;PP=1087;ReadPosRankSum=-0.798;SC=TTGTCTCTGGTTCAAAAATGT;SOR=1.050;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=85;TCF=66;TCR=19;TR=54;WE=240981187;WS=240981169;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,63:0.61:104
chr2	240981262	rs6728493	A	C	5433.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.658;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=360;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.180;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=105;NR=45;PP=2784;ReadPosRankSum=1.419;SC=TACATGTTAGAAACAAGAAGA;SOR=0.974;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=226;TCF=151;TCR=75;TR=150;WE=240981270;WS=240981252;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:121,233:0.66:354
chr2	240981375	rs6732185	T	A	10180.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.978;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=776;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.542;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-1.012;NF=145;NR=140;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.282;SC=ATGAAGAGACTTGGATGAAGA;SOR=0.616;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=465;TCF=240;TCR=225;TR=285;WE=240981383;WS=240981365;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:282,488:0.63:770
chr2	240981487	rs60617721	A	G	2919.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-1.393;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.694;HP=1;HapScore=2;MGOF=27;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=1.772;NF=37;NR=58;PP=1371;ReadPosRankSum=-0.579;SC=GTGAAGAGGCATGGACGAAGG;SOR=0.311;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=183;TCF=66;TCR=117;TR=95;WE=240981495;WS=240981477;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,136:0.62:218
chr2	240982171	.	ACA	CCG	1162	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.63;FR=0.5000;HP=3;HapScore=2;MGOF=68;MMLQ=24;MQ=43.7;NF=13;NR=13;PP=1162;QD=46.7487644178;SC=GGATGAAGGGACATGGGTGAA;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=68;TCF=34;TCR=34;TR=26;WE=240982181;WS=240982161;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:42,26:0.38:68
chr2	240982201	.	A	G	820	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=76;MMLQ=22;MQ=47.56;NF=25;NR=22;PP=820;QD=18.1866215436;SC=GTGAAGGGACATGGGTGAAGA;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=84;TCF=46;TCR=38;TR=47;WE=240982209;WS=240982191;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:37,47:0.56:84
chr2	240982443	rs34596708	C	T	4364.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.028;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FS=0.676;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=27.80;ReadPosRankSum=1.486;SOR=0.595;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:45,112:0.71:157
chr2	240982449	rs35318485	C	T	4238.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.437;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FS=1.629;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=31.17;ReadPosRankSum=-1.859;SOR=0.528;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,102:0.75:136
chr2	240984789	rs12465491	C	T	3927.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.898;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=261;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.592;HP=1;HapScore=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.048;NF=70;NR=57;PP=2434;ReadPosRankSum=2.439;SC=GGCTCTCCAGCAGCCGGTGGC;SOR=0.826;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=189;TCF=104;TCR=85;TR=127;WE=240984797;WS=240984779;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:89,166:0.65:255
chr2	240985099	rs150098707	G	A	329.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.431;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=29.194;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=40.00;MQRankSum=0.000;QD=12.68;ReadPosRankSum=1.939;SOR=5.419;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,14:0.54:26
chr2	240985347	rs13030992	G	A	1465.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=2.536;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=322;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=25.867;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-10.113;NF=52;NR=63;PP=1864;ReadPosRankSum=-1.098;SC=GCTCCAGACGGTGAGGATGAT;SOR=1.449;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=277;TCF=128;TCR=149;TR=115;WE=240985355;WS=240985337;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:230,87:0.27:317
chr2	240985511	rs10933560	A	G	1350.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-3.614;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.092;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.851;NF=11;NR=34;PP=791;ReadPosRankSum=-0.392;SC=TGGGAGCTGCAGGCCTACAAA;SOR=0.229;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=62;TCF=12;TCR=50;TR=45;WE=240985519;WS=240985501;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,56:0.73:77
chr2	241066280	rs4292120	C	T	14521.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=557;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=131;NR=245;PP=2965;SC=ACATTAGCGCCTCCGCCCCCT;SOR=1.219;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=380;TCF=131;TCR=249;TR=376;WE=241066288;WS=241066270;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,550:1.00:550
chr2	241066325	rs12614632	A	C	7948.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=306;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=70;NR=170;PP=2965;SC=CTCTGTCCAAAGCTGCCACTT;SOR=1.594;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=240;TCF=70;TCR=170;TR=240;WE=241066333;WS=241066315;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,305:1.00:305
chr2	241075809	rs13406410	C	T	4982.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=39;NR=112;PP=2965;SC=GGTGCCCGCCCGCTGGGGTGC;SOR=1.777;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=154;TCF=42;TCR=112;TR=151;WE=241075817;WS=241075799;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,191:1.00:191
chr2	241078784	rs2279690	A	T	5830.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.992;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=415;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.827;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=100;PP=2501;ReadPosRankSum=-3.387;SC=GAAAGACACAAGACACCTGCC;SOR=0.848;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=266;TCF=106;TCR=160;TR=156;WE=241078792;WS=241078774;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:148,266:0.64:414
chr2	241389219	rs13421123	G	A	676.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=2.947;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.824;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=7;PP=415;ReadPosRankSum=1.292;SC=GAGTCTTGCCGTATCTGTCCT;SOR=0.907;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=67;TCF=49;TCR=18;TR=28;WE=241389227;WS=241389209;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,35:0.39:90
chr2	241390002	rs3828334	A	G	2924.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.914;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=821;ExcessHet=3.0103;FS=0.604;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.67;ReadPosRankSum=1.240;SOR=0.745;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:600,197:0.25:797
chr2	241392491	rs4268920	A	G	5185.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=53;NR=60;PP=2101;SC=CCTCTCCCGCAGCGCCACCGT;SOR=0.799;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=114;TCF=53;TCR=61;TR=113;WE=241392499;WS=241392481;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,196:1.00:196
chr2	241392568	rs4423588	C	T	836.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.946;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.64;ReadPosRankSum=2.318;SOR=0.748;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:77,49:0.39:126
chr2	241395353	rs12695019	A	G	1519.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=27;NR=12;PP=746;SC=GGCCGCCTCGATCCAGCCTGC;SOR=1.329;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=39;TCF=27;TCR=12;TR=39;WE=241395361;WS=241395343;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
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chr2	241396969	rs11680576	T	C	759.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.159;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.755;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=23;PP=427;ReadPosRankSum=0.443;SC=AGGGGTGACTTCTCTTGCAGT;SOR=0.805;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=93;TCF=27;TCR=66;TR=31;WE=241396977;WS=241396959;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,41:0.34:122
chr2	241397326	rs13430967	G	C	691.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.274;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=1.289;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.09;ReadPosRankSum=-0.681;SOR=1.012;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,19:0.44:43
chr2	241397331	rs13390118	C	G	709.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.025;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=1.253;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.43;ReadPosRankSum=-0.967;SOR=0.954;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,20:0.43:46
chr2	241401566	rs35971355	G	A	1700.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=1.008;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.207;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=16;PP=983;ReadPosRankSum=0.865;SC=CTGCCACGGCGGGGGAAACAT;SOR=1.134;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=66;TCF=45;TCR=21;TR=53;WE=241401574;WS=241401556;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,74:0.75:99
chr2	241401741	rs1042829	C	T	1806.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-1.394;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=350;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.419;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=31;PP=770;ReadPosRankSum=-1.069;SC=TGTACTACCGCGGTGCCAACC;SOR=0.734;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=221;TCF=115;TCR=106;TR=66;WE=241401749;WS=241401731;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:238,109:0.31:347
chr2	241403014	rs881029	T	C	753.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=3.368;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.016;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=22;PP=515;ReadPosRankSum=1.975;SC=GTCCCTAGCTTAGAGCTTGGA;SOR=1.185;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=81;TCF=25;TCR=56;TR=28;WE=241403022;WS=241403004;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,37:0.33:113
chr2	241403955	rs3830536	GTGACGCCTGCGTGTGCGTGTCAACGCCTGTGTGCGCGCGT	G	10913.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=4.425;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=550;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=12.966;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=5.900;NF=40;NR=53;PP=2964;ReadPosRankSum=0.936;SC=TGCACACGTGGTGACGCCTGC;SOR=1.459;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=209;TCF=95;TCR=114;TR=93;WE=241404002;WS=241403945;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:261,283:0.52:544
chr2	241404213	rs41266965	T	C	6565.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=2.104;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=485;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.541;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=86;NR=121;PP=2962;ReadPosRankSum=1.448;SC=GTCCTGGATGTGGCCCCATTG;SOR=0.639;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=326;TCF=132;TCR=194;TR=207;WE=241404221;WS=241404203;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:183,299:0.62:482
chr2	241404317	rs2229458	C	T	4490.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.556;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=292;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.079;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=83;PP=2210;ReadPosRankSum=-0.044;SC=CCCAGGGCCCCGGGCCTGAGG;SOR=1.051;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=193;TCF=78;TCR=115;TR=132;WE=241404325;WS=241404307;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:89,197:0.69:286
chr2	241405400	rs10700206	C	CGTG	1311.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=0.625;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.137;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=4;PP=1044;ReadPosRankSum=0.485;SC=TCACCTGGCACGGGCCCTTAC;SOR=1.364;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=42;TCF=33;TCR=9;TR=24;WE=241405408;WS=241405399;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,33:0.61:54
chr2	241405485	rs2228330	C	T	3084.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-2.453;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.778;NF=57;NR=29;PP=1283;ReadPosRankSum=1.480;SC=GTGACGACGGCAGCGGCTCGG;SOR=0.691;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=147;TCF=96;TCR=51;TR=86;WE=241405493;WS=241405475;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,142:0.63:226
chr2	241405528	rs2228331	A	G	4641.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.588;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=345;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.838;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQ=60.03;MQRankSum=0.785;NF=74;NR=49;PP=2003;ReadPosRankSum=-0.590;SC=TGACCTCTGCAGCCGGAAGGT;SOR=0.821;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=198;TCF=114;TCR=84;TR=123;WE=241405536;WS=241405518;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:130,214:0.62:344
chr2	241439326	rs12994525	G	C	2042.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.187;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FS=2.118;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.88;ReadPosRankSum=-0.732;SOR=0.872;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:114,58:0.34:172
chr2	241439329	rs12994526	G	T	2022.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.815;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FS=2.951;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.18;ReadPosRankSum=0.164;SOR=0.947;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:123,58:0.32:181
chr2	241439337	rs12994534	G	A	2059.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.271;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FS=1.955;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.00;ReadPosRankSum=1.345;SOR=0.880;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:144,62:0.30:206
chr2	241440020	rs12986801	T	C	4153.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.151;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=751;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.562;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=91;PP=1949;ReadPosRankSum=0.087;SC=CGCAAGGACATCCCGGCTACT;SOR=0.757;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=468;TCF=189;TCR=279;TR=146;WE=241440028;WS=241440010;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:506,240:0.32:746
chr2	241448660	rs59967171	G	GGATA	483.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.067;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.305;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=4.319;NF=13;NR=1;PP=433;ReadPosRankSum=-1.705;SC=ATGGATGGATGGATAAATGGC;SOR=2.240;SbPval=0.95;Source=Platypus;TC=45;TCF=36;TCR=9;TR=14;WE=241448668;WS=241448650;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,14:0.26:53
chr2	241452198	rs12695025	T	C	2712.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.998;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=571;ExcessHet=3.0103;FS=1.220;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.82;ReadPosRankSum=-0.138;SOR=0.790;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:398,165:0.29:563
chr2	241452212	rs12695026	T	C	3347.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.482;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=672;ExcessHet=3.0103;FS=1.217;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.07;ReadPosRankSum=-0.228;SOR=0.835;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:463,197:0.30:660
chr2	241492255	rs4676428	G	T	4410.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.071;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=797;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=77;NR=58;PP=1693;ReadPosRankSum=1.365;SC=CCCCAGGACCGAAATATCTTT;SOR=0.681;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=444;TCF=252;TCR=192;TR=135;WE=241492263;WS=241492245;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:537,255:0.32:792
chr2	241500508	rs10933615	T	C	165.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.481;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=2;PP=36;ReadPosRankSum=-0.431;SC=GGCGGGCCTTTAGGGGGGCGG;SOR=0.693;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=8;TCF=4;TCR=4;TR=4;WE=241500516;WS=241500498;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,8:0.67:12
chr2	241512049	rs2975769	C	A	1886.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-2.348;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=283;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.303;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=70;PP=1329;ReadPosRankSum=-0.916;SC=GCCGCCTCCCCCTTGCTCCTA;SOR=1.167;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=239;TCF=51;TCR=188;TR=84;WE=241512057;WS=241512039;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:188,94:0.33:282
chr2	241516094	rs34344571	G	C	3542.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=1.097;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=676;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.564;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=61;PP=1391;ReadPosRankSum=-1.583;SC=CAGCTGCCTCGGCCAGCGCCA;SOR=0.623;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=389;TCF=205;TCR=184;TR=125;WE=241516102;WS=241516084;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:459,211:0.31:670
chr2	241516241	rs76791955	C	T	2852.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.123;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=465;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.156;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=60;PP=1476;ReadPosRankSum=1.148;SC=GCGGCCCAGCCCTGACCTGCC;SOR=0.596;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=327;TCF=147;TCR=180;TR=113;WE=241516249;WS=241516231;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:299,156:0.34:455
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chr2	241528927	rs55893551	G	A	642.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=3.574;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.400;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=27;PP=487;ReadPosRankSum=-1.082;SC=TCCTGGAGCCGGTTTCTTTTT;SOR=1.041;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=89;TCF=11;TCR=78;TR=29;WE=241528935;WS=241528917;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,32:0.31:104
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chr2	241531479	rs3792269	A	G	1322.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-1.321;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=237;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.095;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=25;PP=528;ReadPosRankSum=0.887;SC=AGGACAGGCCAGGCCGCTGGG;SOR=0.499;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=126;TCF=55;TCR=71;TR=48;WE=241531487;WS=241531469;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:155,80:0.34:235
chr2	241531575	rs3792270	A	G	387.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=2.831;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.697;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=13;PP=294;ReadPosRankSum=0.437;SC=CAGGTGAGGCACGTGGCCAGC;SOR=1.223;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=59;TCF=21;TCR=38;TR=19;WE=241531583;WS=241531565;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,21:0.30:71
chr2	241531737	rs2975762	A	G	1215.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=2.561;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=9;PP=792;ReadPosRankSum=0.819;SC=ACCTTCCCCTACTGTCCTCTT;SOR=0.789;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=75;TCF=57;TCR=18;TR=41;WE=241531745;WS=241531727;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,48:0.59:81
chr2	241531954	rs56027088	G	A	1012.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.526;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.364;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=26;PP=596;ReadPosRankSum=-0.815;SC=GGCCAGGTGTGGTGGCTCACA;SOR=1.086;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=91;TCF=35;TCR=56;TR=38;WE=241531962;WS=241531944;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,51:0.39:131
chr2	241533845	rs2975763	T	C	2049.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.436;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=19;PP=980;ReadPosRankSum=0.246;SC=GGCACGGGGTTGCTGGCAGGA;SOR=0.539;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=56;TCF=37;TCR=19;TR=55;WE=241533853;WS=241533835;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,76:0.99:77
chr2	241533934	rs17846973	T	C	1323.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.953;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=256;ExcessHet=3.0103;FS=2.326;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.25;ReadPosRankSum=-2.765;SOR=0.871;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:172,80:0.32:252
chr2	241534163	rs17846975	G	A	481.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-1.840;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.986;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=15;PP=253;ReadPosRankSum=-1.617;SC=CACGTGCTCTGCCTGCCGAAG;SOR=0.538;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=64;TCF=14;TCR=50;TR=19;WE=241534171;WS=241534153;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,26:0.32:80
chr2	241536053	rs2953171	C	T	911.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=3.653;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.511;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=21;PP=650;ReadPosRankSum=1.823;SC=CTGAGGCCACCGGGAACCTGC;SOR=0.845;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=113;TCF=50;TCR=63;TR=37;WE=241536061;WS=241536043;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,41:0.33:125
chr2	241536126	rs7607759	A	G	1418.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.357;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=288;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.583;HP=7;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=25;PP=656;ReadPosRankSum=-0.310;SC=CAAGAACACCACCCCCGGGGC;SOR=0.578;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=194;TCF=117;TCR=77;TR=58;WE=241536134;WS=241536116;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:194,86:0.31:280
chr2	241537421	rs3749166	G	A	6218.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=1.978;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=445;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.159;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=90;NR=72;PP=2662;ReadPosRankSum=0.582;SC=TCCTGCCTGCGGGCACCTACA;SOR=0.796;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=250;TCF=137;TCR=113;TR=162;WE=241537429;WS=241537411;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:158,287:0.64:445
chr2	241537569	rs17846981	T	C	1255.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.655;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=224;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.253;HP=2;HapScore=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.700;NF=26;NR=31;ReadPosRankSum=0.656;SC=AGTGCTCGCCTGTCCCCCCAC;SOR=0.505;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=172;TCF=71;TCR=101;TR=57;WE=241537577;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:145,73:0.33:218
chr2	241537617	rs58715822	TC	T	3436.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-1.653;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.408;HP=2;HapScore=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQ=60.07;MQRankSum=0.641;NF=21;NR=57;ReadPosRankSum=0.104;SC=CCCCTATCTGTCCTGGCAGAC;SOR=1.087;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=113;TCF=36;TCR=77;TR=78;WE=241537625;WS=241537607;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,107:0.72:149
chr2	241538061	rs55878652	T	C	3327.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.954;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=496;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.802;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=45;PP=1520;ReadPosRankSum=0.090;SC=CCCATCTGTCTTTGCAGGTCT;SOR=0.849;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=287;TCF=152;TCR=135;TR=106;WE=241538082;WS=241538037;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:315,181:0.36:496
chr2	241538074	rs2975766	A	G	12037.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=467;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=146;NR=137;PP=2965;SC=GCAGGTCTCCATCATGGCAGT;SOR=0.719;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=284;TCF=146;TCR=138;TR=283;WE=241538082;WS=241538037;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,466:1.00:466
chr2	241538229	rs2975767	A	G	2187.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=53;PP=1520;SC=CCCTGCCAGGAGGCTGCGGCC;SOR=3.706;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=57;TCF=4;TCR=53;TR=57;WE=241538237;WS=241538219;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr2	241556158	.	TA	T	101.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.022;ClippingRankSum=0.000;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.54;ReadPosRankSum=0.733;SOR=0.776;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,17:0.43:40
chr2	241569329	rs2975785	A	G	2653.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-1.510;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=427;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=35;PP=1174;ReadPosRankSum=-0.422;SC=CCCCCTGCTCACTCTCTGCTG;SOR=0.632;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=280;TCF=182;TCR=98;TR=97;WE=241569337;WS=241569319;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:269,152:0.36:421
chr2	241570249	rs3749172	A	C	4382.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.919;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=757;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=68;NR=113;PP=1908;ReadPosRankSum=-1.809;SC=CGTGGCTCCCAGTGCTAAGGC;SOR=0.699;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=520;TCF=195;TCR=325;TR=181;WE=241570257;WS=241570239;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:493,256:0.34:749
chr2	241570391	rs2975786	A	G	370.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-3.802;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=15;PP=243;ReadPosRankSum=1.026;SC=AAGGAGCCCGAGATCAGCCCT;SOR=0.572;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=50;TCF=1;TCR=49;TR=16;WE=241570399;WS=241570381;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,18:0.30:61
chr2	241619708	rs138708092	G	A	84.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.087;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.30;MQRankSum=-1.049;QD=4.99;ReadPosRankSum=0.956;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,7:0.41:17
chr2	241621869	rs74882485	G	A	752.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.460;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.688;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-2.531;NF=19;NR=9;PP=426;ReadPosRankSum=0.492;SC=GCAGAGGCGCGTCAGGGTGCA;SOR=1.236;SbPval=0.92;Source=Platypus;TC=59;TCF=31;TCR=28;TR=28;WE=241621877;WS=241621859;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,35:0.57:61
chr2	241621908	rs190367401	G	A	583.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.493;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.002;HP=4;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=2.781;NF=11;NR=11;PP=316;ReadPosRankSum=-0.094;SC=CCCCTGTGCCGCCAGCTTCAG;SOR=0.235;SbPval=0.21;Source=Platypus;TC=62;TCF=39;TCR=23;TR=22;WE=241621916;WS=241621898;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,31:0.39:79
chr2	241622209	rs4081908	T	C	3379.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=2.008;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=269;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.959;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-4.590;NF=50;NR=61;PP=1564;ReadPosRankSum=-1.032;SC=TCACAGAGGGTGAAGGTGGCA;SOR=0.841;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=177;TCF=85;TCR=92;TR=111;WE=241622217;WS=241622199;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:108,159:0.60:267
chr2	241627928	rs1560619	A	G	5433.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-1.571;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=422;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.540;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=68;NR=74;PP=2056;ReadPosRankSum=0.154;SC=TGCACAGGACAGGTAGGCAGA;SOR=0.712;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=244;TCF=121;TCR=123;TR=142;WE=241627936;WS=241627918;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:153,261:0.63:414
chr2	241631267	rs71428453	A	G	1431.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-2.837;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-4.868;NF=42;NR=14;PP=827;ReadPosRankSum=0.809;SC=TGTGGGAACCAGCCAGCTCCT;SOR=0.700;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=97;TCF=72;TCR=25;TR=56;WE=241631275;WS=241631257;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,66:0.61:108
chr2	241631413	rs71428454	T	G	3824.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-2.029;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=285;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.039;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-1.093;NF=62;NR=58;PP=1873;ReadPosRankSum=1.887;SC=TCCAAGGCCCTGCTCCCAGTG;SOR=0.594;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=199;TCF=96;TCR=103;TR=120;WE=241631421;WS=241631403;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:107,178:0.62:285
chr2	241631476	rs4328629	C	G	3162.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.032;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.868;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-2.650;NF=54;NR=53;PP=1802;ReadPosRankSum=-1.698;SC=GCAGCTCGGGCCCTGCTGCCT;SOR=0.509;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=160;TCF=76;TCR=84;TR=107;WE=241631484;WS=241631466;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,140:0.64:218
chr2	241631839	rs202017172	G	A	308.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.374;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=42.60;MQRankSum=-0.611;QD=14.03;ReadPosRankSum=-0.136;SOR=1.127;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,13:0.59:22
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chr2	241631901	rs372417168	C	T	77.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.645;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=40.00;MQRankSum=-0.000;QD=15.55;ReadPosRankSum=0.524;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,2:0.40:5
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chr2	241661112	rs11886385	A	G	1694.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=2.620;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=281;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.667;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=25;PP=1017;ReadPosRankSum=0.448;SC=ACGTGTTCCTAGGAAACTCTT;SOR=0.501;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=201;TCF=135;TCR=66;TR=69;WE=241661120;WS=241661102;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:189,89:0.32:278
chr2	241661192	rs11901423	G	A	3591.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.693;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=646;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.556;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=73;NR=59;PP=1708;ReadPosRankSum=1.200;SC=CGAGCCCTGCGGGGCAGCCTG;SOR=0.639;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=421;TCF=237;TCR=184;TR=132;WE=241661200;WS=241661182;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:433,208:0.32:641
chr2	241662983	rs1529663	G	A	282.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.434;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=2.609;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.28;ReadPosRankSum=-2.526;SOR=1.204;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:49,17:0.26:66
chr2	241666418	rs2060194	G	A	938.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.515;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=24;PP=598;ReadPosRankSum=-0.549;SC=CAGCCAGGCCGGGGACATGCA;SOR=0.841;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=49;TCF=14;TCR=35;TR=34;WE=241666426;WS=241666408;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,39:0.65:60
chr2	241674222	rs3755533	T	C	1698.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=20.97;SOR=0.995;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr2	241680633	rs4414678	G	T	397.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.830;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FS=3.167;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.98;ReadPosRankSum=0.194;SOR=1.106;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:75,25:0.25:100
chr2	241684660	rs1529665	T	C	559.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-0.305;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.104;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=4;PP=303;ReadPosRankSum=0.498;SC=CAGCTGTAAATCCATCAAGGG;SOR=0.946;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=50;TCF=37;TCR=13;TR=21;WE=241684668;WS=241684650;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,27:0.46:59
chr2	241686636	rs116040950	G	A	1072.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.021;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=19;PP=519;ReadPosRankSum=-1.724;SC=TCTGGGACTCGGGAGGGAGCT;SOR=0.737;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=105;TCF=58;TCR=47;TR=42;WE=241686644;WS=241686626;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:104,60:0.37:164
chr2	241689958	rs190534883	G	A	2996.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.253;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=663;ExcessHet=3.0103;FS=0.573;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.59;ReadPosRankSum=1.337;SOR=0.761;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:460,193:0.30:653
chr2	241696840	rs10594016	ATCC	A	3284.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.415;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=639;ExcessHet=3.0103;FS=0.536;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.20;MQRankSum=4.931;QD=10.53;ReadPosRankSum=0.079;SOR=0.627;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:205,107:0.34:312
chr2	241702561	rs11688298	T	A	1373.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=2.035;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.879;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=18;PP=701;ReadPosRankSum=-1.730;SC=CAGCAGGCAGTTGGGGGTGGC;SOR=0.545;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=138;TCF=93;TCR=45;TR=50;WE=241702569;WS=241702551;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:126,72:0.36:198
chr2	241706160	.	T	TCACACA	882	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;FR=0.5000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MMLQ=28;MQ=58.16;NF=18;NR=5;PP=882;QD=38.4782608696;SC=TCTCTCTCTCTCTCTCTCACA;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=55;TCF=41;TCR=14;TR=23;WE=241706174;WS=241706148;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:32,23:0.42:55
chr2	241708675	rs2288753	C	T	882.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-2.940;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.854;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=28;PP=550;ReadPosRankSum=-0.865;SC=GCTTCCAGCACTGGCCTCAGC;SOR=0.573;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=90;TCF=20;TCR=70;TR=35;WE=241708683;WS=241708665;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,43:0.40:107
chr2	241713429	rs2288751	T	C	498.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-2.666;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=2;PP=238;ReadPosRankSum=-0.178;SC=GAACAGGGCCTATGCAGGCCC;SOR=0.470;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=46;TCF=41;TCR=5;TR=16;WE=241713437;WS=241713419;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,23:0.40:58
chr2	241713646	rs1063353	A	G	3627.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.096;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=637;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.188;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=74;PP=1639;ReadPosRankSum=-0.505;SC=GCAGGACTCAAGGCTGCCACC;SOR=0.819;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=397;TCF=176;TCR=221;TR=124;WE=241713654;WS=241713636;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:426,207:0.33:633
chr2	241722613	rs2288749	A	G	559.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-1.069;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.820;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=20;PP=310;ReadPosRankSum=-0.301;SC=GGACCTGTGCAGTGTGGAGTG;SOR=0.829;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=93;TCF=28;TCR=65;TR=27;WE=241722621;WS=241722603;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,34:0.29:116
chr2	241725637	rs74002922	G	A	218.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=2.287;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=2;PP=98;ReadPosRankSum=-0.998;SC=CCACACCTCCGCGGGGGCACA;SOR=0.693;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=35;TCF=26;TCR=9;TR=9;WE=241725645;WS=241725627;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,12:0.32:38
chr2	241726646	rs2288746	A	G	5669.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-3.073;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=958;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=85;NR=85;PP=1975;ReadPosRankSum=0.096;SC=CCCAGCGGCCAACGGCAGGCG;SOR=0.674;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=537;TCF=264;TCR=273;TR=170;WE=241726654;WS=241726636;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:624,330:0.35:954
chr2	241728843	rs2288745	C	T	412.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.561;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FS=2.899;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.50;ReadPosRankSum=0.199;SOR=0.408;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:88,30:0.25:118
chr2	241737017	rs10167412	C	A	1991.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-2.231;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=313;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.010;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=36;PP=882;ReadPosRankSum=-1.010;SC=GACCATGGCCCCCAGCAACCC;SOR=0.499;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=230;TCF=139;TCR=91;TR=80;WE=241737025;WS=241737007;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:193,111:0.37:304
chr2	241808825	rs140694338	AGGCCTCCCT	A	2472.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=40;PP=2979;SC=CCATCCTTCAAGGCCTCCCTG;SOR=4.332;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=44;TCF=1;TCR=43;TR=41;WE=241808841;WS=241808815;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr2	241810936	.	G	T	1680.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.356;ClippingRankSum=0.000;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.759;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=41;PP=939;ReadPosRankSum=1.197;SC=GGTGGGCACTGGTCCCTCTGG;SOR=0.836;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=82;TCF=24;TCR=58;TR=58;WE=241810944;WS=241810926;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,76:0.64:118
chr2	241810957	rs10196315	C	T	2483.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=16;NR=48;PP=1354;SC=TCCTTCTGCCCCTGGTCCCCA;SOR=1.836;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=64;TCF=16;TCR=48;TR=64;WE=241810965;WS=241810947;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr2	241812566	rs12997245	G	A	4561.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=29;NR=94;PP=2795;SC=CCGATGCTGCGGATTCGGCCC;SOR=1.966;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=123;TCF=29;TCR=94;TR=123;WE=241812574;WS=241812556;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,158:1.00:158
chr2	241815307	rs12478859	C	T	3487.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.625;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=531;ExcessHet=3.0103;FS=0.550;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.73;ReadPosRankSum=-0.476;SOR=0.736;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:332,186:0.36:518
chr2	241815307	.	CA	TG	1429	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;FR=0.5000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MMLQ=28;MQ=60.0;NF=68;NR=42;PP=1429;QD=13.4769806806;SC=CATCTGCCCCCAACCCTGCCC;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=346;TCF=212;TCR=134;TR=110;WE=241815316;WS=241815297;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:236,110:0.32:346
chr2	241815308	rs12464426	A	G	16745.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=540;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=209;NR=134;PP=2962;SC=ATCTGCCCCCAACCCTGCCCA;SOR=1.049;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=350;TCF=214;TCR=136;TR=343;WE=241815316;WS=241815297;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,527:1.00:527
chr2	241815473	rs12695032	G	A	9771.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=354;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=80;NR=186;PP=2965;SC=CTGGATTGTCGAGGGCGCGGC;SOR=1.470;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=266;TCF=80;TCR=186;TR=266;WE=241815481;WS=241815463;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,349:1.00:349
chr2	241816545	rs6732985	C	T	11635.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=435;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=221;NR=90;PP=2965;SC=AGCAGTGCTGCGGAGGATGCC;SOR=1.609;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=312;TCF=222;TCR=90;TR=311;WE=241816553;WS=241816535;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,415:1.00:415
chr2	241818279	rs4273214	C	A	19763.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-3.435;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=767;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=208;NR=234;PP=2965;ReadPosRankSum=0.388;SC=ACACACCTGTCCCATGCCCAC;SOR=0.122;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=446;TCF=208;TCR=238;TR=442;WE=241818287;WS=241818269;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,756:1.00:758
chr2	241827618	rs6707763	T	C	642.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=7;PP=365;SC=GCTGCTGACCTGGGAGAGAAT;SOR=1.270;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=13;TCR=7;TR=20;WE=241827626;WS=241827608;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr2	241827696	rs4675869	A	G	1496.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=19;NR=14;PP=614;SC=AGGCCCCCGCAGCCAGCACCC;SOR=1.009;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=19;TCR=14;TR=33;WE=241827704;WS=241827686;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr2	241828012	rs6708304	T	C	17052.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=411;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=119;NR=136;PP=2965;SC=CGCCCTGCAGTTCTGCCCAGT;SOR=0.892;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=257;TCF=120;TCR=137;TR=255;WE=241828020;WS=241828002;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,405:1.00:405
chr2	241828034	rs6707568	A	G	15842.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=365;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=105;NR=137;PP=2965;SC=CTCGGGCGCCAGGAAGAGCAC;SOR=1.047;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=243;TCF=105;TCR=138;TR=242;WE=241828042;WS=241828024;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,359:1.00:359
chr2	241830944	rs10171053	G	T	15848.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=362;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=167;NR=74;PP=2965;SC=TGACCAGGAGGGTGCGCCTAC;SOR=1.425;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=242;TCF=168;TCR=74;TR=241;WE=241830952;WS=241830934;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,359:1.00:359
chr2	241830969	rs10171067	G	A	18642.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=475;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=195;NR=110;PP=2965;SC=AGAGCTGGGCGCTGGCCGGCA;SOR=1.176;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=306;TCF=196;TCR=110;TR=305;WE=241830977;WS=241830959;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,470:1.00:470
chr2	241831005	rs10195453	C	T	17023.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=627;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=236;NR=160;PP=2965;SC=GGCTGAGGATCCTTCTCAAGC;SOR=1.019;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=397;TCF=236;TCR=161;TR=396;WE=241831013;WS=241830995;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,618:1.00:618
chr2	241831264	rs6737320	G	A	28272.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.659;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1079;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=314;NR=344;PP=2965;ReadPosRankSum=0.776;SC=CTGCCAACTTGGCCCCTGCCC;SOR=0.761;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=662;TCF=316;TCR=346;TR=658;WE=241831272;WS=241831254;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,1069:1.00:1071
chr2	241831296	rs6709469	C	G	25947.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=977;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=265;NR=334;PP=2965;SC=TCACCTGCAGCCCTCTCTGCT;SOR=0.853;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=602;TCF=266;TCR=336;TR=599;WE=241831304;WS=241831286;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,968:1.00:968
chr2	241831471	rs6709742	CA	TG	4627.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=13;NR=63;PP=1759;SC=CAGCGTCCTACATGAGGTTTT;SOR=2.371;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=79;TCF=13;TCR=66;TR=76;WE=241831480;WS=241831461;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr2	241834770	rs4293565	A	G	1024.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=24;NR=5;PP=817;SC=CACACACAGAAGACAGTCGCC;SOR=3.056;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=24;TCR=5;TR=29;WE=241834778;WS=241834760;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr2	241834944	rs4468809	T	C	11661.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=441;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=178;NR=113;PP=2965;SC=CGATGGCTGCTACCAGCAGGT;SOR=1.067;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=292;TCF=179;TCR=113;TR=291;WE=241834952;WS=241834934;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,429:1.00:429
chr2	241835379	rs12105122	G	A	2817.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=15;NR=41;PP=1327;SC=GCACCTGCACGGCCATGGCTG;SOR=1.368;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=56;TCF=15;TCR=41;TR=56;WE=241835387;WS=241835369;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr2	241835421	rs13426919	A	G	2762.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=24;PP=701;SC=GCATCCCTTCAACAGTGGCAG;SOR=1.306;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=9;TCR=24;TR=33;WE=241835440;WS=241835411;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr2	241835432	rs10933514	G	A	2585.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=9;NR=22;PP=605;SC=ACAGTGGCAGGTGAGGGCCAG;SOR=1.316;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=9;TCR=22;TR=31;WE=241835440;WS=241835411;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr2	241861904	rs4514870	G	C	2830.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=37;NR=32;PP=1400;SC=CCCAGCCCCTGCCTGGCGGGT;SOR=0.813;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=69;TCF=37;TCR=32;TR=69;WE=241861912;WS=241861882;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr2	241865156	rs4675847	T	C	8490.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=328;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=108;NR=82;PP=2965;SC=CCGGCCTCTGTCAGGTGAACG;SOR=0.866;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=191;TCF=108;TCR=83;TR=190;WE=241865164;WS=241865146;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,324:1.00:324
chr2	241868956	rs4407242	G	A	1525.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=46;NR=12;PP=1204;SC=ACTCCGCTCCGTTACAGCCTA;SOR=2.179;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=63;TCF=51;TCR=12;TR=58;WE=241868964;WS=241868946;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr2	241869378	rs6756731	A	T	1777.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-1.679;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=12;PP=1352;ReadPosRankSum=-0.671;SC=ACGTCCCCAGATCATCTCCTG;SOR=1.329;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=59;TCF=47;TCR=12;TR=59;WE=241869386;WS=241869373;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,63:0.98:64
chr2	241871956	rs12472087	G	T	3875.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=33;NR=77;PP=2945;SC=GGTCCCTGCAGTGCACTTTGA;SOR=2.010;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=110;TCF=33;TCR=77;TR=110;WE=241871964;WS=241871946;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr2	241872597	rs4441463	A	G	7436.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=290;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=79;NR=87;PP=2965;SC=GCCAGTCTCCAGGAGCAGCTG;SOR=0.743;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=166;TCF=79;TCR=87;TR=166;WE=241872605;WS=241872587;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,285:1.00:285
chr2	241889171	rs12479396	G	A	822.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=17;PP=494;SC=ACCAGGTCCCGGGGAATGGCA;SOR=3.611;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=18;TCF=1;TCR=17;TR=18;WE=241889179;WS=241889161;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
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chr2	241898824	rs10169006	A	G	5527.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=60;NR=58;PP=2167;SC=GAGAGCCTCCAGGACCTAGCG;SOR=0.721;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=119;TCF=60;TCR=59;TR=118;WE=241898832;WS=241898814;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,215:1.00:215
chr2	241898947	rs10179839	G	T	1827.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=10;NR=35;PP=992;SC=GAGTGGGGGTGCCAGGAGGAA;SOR=1.609;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=45;TCF=10;TCR=35;TR=45;WE=241898955;WS=241898937;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr2	241904001	rs11688859	G	C	3016.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=30;NR=32;PP=865;SC=GGAGCAGGCAGGGGGGGACGC;SOR=0.726;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=62;TCF=30;TCR=32;TR=62;WE=241904009;WS=241903991;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr2	241904781	rs12467536	C	T	6455.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.812;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=247;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=80;NR=64;PP=2715;ReadPosRankSum=0.734;SC=CCTGTCCGTGCGGCCCCACGC;SOR=0.805;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=147;TCF=81;TCR=66;TR=144;WE=241904789;WS=241904771;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,243:0.99:245
chr2	241905779	rs12466789	A	G	12456.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=469;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.02;SOR=0.982;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,461:1.00:461
chr2	241922430	rs4577273	T	C	1772.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.507;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=243;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.478;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=33;PP=665;ReadPosRankSum=-0.332;SC=GAGGTATCGCTGGAGCCCCTG;SOR=0.746;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=158;TCF=73;TCR=85;TR=60;WE=241922438;WS=241922420;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:143,98:0.41:241
chr2	241925343	rs4675835	T	C	3035.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.177;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=578;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.571;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=79;NR=48;PP=1253;ReadPosRankSum=-0.013;SC=AGTGGGCACATGGCCCCAGCC;SOR=0.782;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=399;TCF=241;TCR=158;TR=127;WE=241925351;WS=241925333;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:389,179:0.32:568
chr2	241929228	rs10200024	A	G	682.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=1.789;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.239;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=22;PP=454;ReadPosRankSum=0.862;SC=CACCAGCAGCAGGTAAAGGTG;SOR=0.807;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=128;TCF=50;TCR=78;TR=36;WE=241929236;WS=241929218;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:186,51:0.22:237
chr2	241932361	rs57109098	A	T	277.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-1.024;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=3;PP=167;ReadPosRankSum=0.088;SC=GAGGAACAGAAGTTCAAGGTT;SOR=0.754;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=53;TCF=39;TCR=14;TR=15;WE=241932369;WS=241932351;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,18:0.28:64
chr2	241932596	rs79030630	A	G	2567.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.190;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=687;ExcessHet=3.0103;FS=0.602;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.78;ReadPosRankSum=2.087;SOR=0.775;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:504,175:0.26:679
chr2	241974289	rs2074822	G	A	590.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-0.215;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=17;PP=337;ReadPosRankSum=-0.349;SC=CACCTCAGGCGTGTGAAACTA;SOR=0.557;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=31;TCF=5;TCR=26;TR=21;WE=241974297;WS=241974279;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,23:0.66:35
chr2	241976615	rs34203344	CG	C	11299.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.386;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=570;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=2.094;NF=66;NR=110;PP=2948;ReadPosRankSum=0.568;SC=ACTCCTCATCCGGGTTCCCGC;SOR=0.652;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=280;TCF=113;TCR=167;TR=176;WE=241976626;WS=241976605;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:199,368:0.65:567
chr2	241979550	rs7571117	T	C	7639.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.926;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=519;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQ=60.02;MQRankSum=0.705;NF=96;NR=120;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.309;SC=AGGTGGAGAATGGCTCTGCGG;SOR=0.752;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=325;TCF=146;TCR=179;TR=216;WE=241979567;WS=241979540;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:169,344:0.67:513
chr2	241987554	rs7590504	G	A	1444.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-2.258;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=11;PP=1014;ReadPosRankSum=0.323;SC=GGGAGATGCTGAGCTCCATGG;SOR=0.796;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=66;TCF=51;TCR=15;TR=51;WE=241987562;WS=241987544;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,56:0.78:72
chr2	241991029	rs10206324	A	G	1829.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.507;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=16;PP=904;ReadPosRankSum=0.528;SC=CCCCTGCTGCAGCCAGGCCCC;SOR=0.730;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=104;TCF=73;TCR=31;TR=59;WE=241991037;WS=241991019;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,88:0.59:150
chr2	242002828	rs7581709	C	T	1462.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-0.833;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.071;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=19;PP=910;ReadPosRankSum=-0.376;SC=GGAGGTGGCACGCCTCCCGAG;SOR=0.473;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=72;TCF=49;TCR=23;TR=54;WE=242002836;WS=242002818;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,64:0.73:88
chr2	242003558	rs34771867	T	C	4078.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-3.143;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=302;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.664;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=68;PP=1509;ReadPosRankSum=0.997;SC=GCGGCAGGCCTGCCTGCTCCC;SOR=0.401;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=178;TCF=70;TCR=108;TR=120;WE=242003566;WS=242003548;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:99,195:0.66:294
chr2	242004199	rs2286319	G	C	11745.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=1.940;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=749;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.229;HP=3;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.132;NF=209;NR=117;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.676;SC=GAGCAAGGGCGGGGCTGGAGC;SOR=0.855;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=474;TCF=294;TCR=180;TR=326;WE=242004207;WS=242004189;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:222,523:0.70:745
chr2	242004219	rs11464431	T	TG	25312.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=0.571;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=949;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.095;NF=139;NR=240;PP=2957;ReadPosRankSum=0.015;SC=CAGGGACCCCTGCCACGCCCC;SOR=0.915;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=395;TCF=146;TCR=249;TR=379;WE=242004227;WS=242004209;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,936:1.00:938
chr2	242007465	rs5839780	AC	A	1949.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=1.931;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.649;HP=2;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.360;NF=1;NR=49;PP=1803;ReadPosRankSum=-0.667;SC=TGTGGACTGTACCACCTGCCG;SOR=1.262;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=81;TCF=1;TCR=80;TR=50;WE=242007473;WS=242007455;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,64:0.63:102
chr2	242009273	rs13000549	G	T	2246.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=4.952;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=70;NR=10;PP=1671;ReadPosRankSum=-0.478;SC=TTCTCAAACCGTGTTCTTGCC;SOR=0.886;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=112;TCF=98;TCR=14;TR=80;WE=242009281;WS=242009266;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,84:0.71:119
chr2	242011151	rs6760731	A	G	11112.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=585;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=71;NR=280;PP=2965;SC=TGCCCCACCCATCGGCCCCAT;SOR=2.457;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=360;TCF=80;TCR=280;TR=351;WE=242011159;WS=242011141;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,574:1.00:574
chr2	242011330	rs6746124	C	A	17807.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-2.302;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1219;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.507;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=253;NR=267;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.161;SC=CTTGGTGGCCCACCCTCGTCC;SOR=0.469;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=815;TCF=397;TCR=418;TR=520;WE=242011338;WS=242011320;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:389,817:0.68:1206
chr2	242028741	rs1062748	A	G	3483.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=3.564;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.750;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=79;NR=32;PP=2204;ReadPosRankSum=-1.064;SC=ACCCTTGGGTAACAAGCCACT;SOR=1.127;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=175;TCF=119;TCR=56;TR=111;WE=242028749;WS=242028731;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:91,145:0.61:236
chr2	242029737	rs61234509	G	A	4478.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=-0.269;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=320;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.434;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=50;PP=1524;ReadPosRankSum=0.116;SC=CTTCCACATCGTGTCCCAGTA;SOR=0.741;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=154;TCF=82;TCR=72;TR=109;WE=242029745;WS=242029727;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:104,213:0.67:317
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chr2	242072280	rs11684830	G	A	8345.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.084;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=568;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=171;NR=96;PP=2962;ReadPosRankSum=0.036;SC=CTCCCACCAAGGGACTTACCC;SOR=0.667;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=397;TCF=257;TCR=140;TR=267;WE=242072288;WS=242072270;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:186,368:0.66:554
chr2	242077496	rs1470414	C	T	6380.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.632;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=475;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=80;NR=95;PP=2649;ReadPosRankSum=-0.065;SC=CATGACGTGACGGTGCCCTGG;SOR=0.693;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=288;TCF=131;TCR=157;TR=175;WE=242077504;WS=242077486;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:170,298:0.64:468
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chr2	242082222	rs2074834	C	A	456.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-0.611;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=3;PP=290;ReadPosRankSum=0.454;SC=TTTCCACGCGCTAAGGCCTGC;SOR=0.836;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=28;TCF=23;TCR=5;TR=16;WE=242082230;WS=242082212;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,20:0.53:38
chr2	242082262	rs6709462	T	C	1034.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.702;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=10;PP=683;ReadPosRankSum=-1.550;SC=CAGAGAGCGCTGTCCTGCTCT;SOR=0.641;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=56;TCF=41;TCR=15;TR=37;WE=242082270;WS=242082252;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,45:0.65:69
chr2	242082480	rs758068	A	C	2648.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.824;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.397;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=52;PP=1314;ReadPosRankSum=-0.538;SC=CAAGCTTCCAACTCTAACAAC;SOR=0.866;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=108;TCF=36;TCR=72;TR=76;WE=242082488;WS=242082470;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,116:0.71:163
chr2	242082559	rs2066941	T	C	717.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.506;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.284;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=18;PP=403;ReadPosRankSum=-1.372;SC=CCAACTAATTTATAATGCTGA;SOR=0.968;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=32;TCF=5;TCR=27;TR=20;WE=242082567;WS=242082549;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,30:0.65:46
chr2	242088921	rs3806599	A	C	1422.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=1.558;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.604;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=18;PP=904;ReadPosRankSum=0.297;SC=CACAGCGACTAGCACCGATTG;SOR=0.920;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=94;TCF=66;TCR=28;TR=57;WE=242088929;WS=242088911;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,61:0.54:114
chr2	242099961	rs2017989	C	T	3055.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=29;NR=47;PP=1405;SC=AGCTAGCGGGCTGTGTGTGGA;SOR=1.093;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=76;TCF=29;TCR=47;TR=76;WE=242099969;WS=242099951;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr2	242121959	rs34186191	G	A	1737.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=4.173;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=7;PP=1058;ReadPosRankSum=1.428;SC=ACACCTGCTCGCCATCTTCTG;SOR=0.774;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=92;TCF=79;TCR=13;TR=54;WE=242121967;WS=242121949;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,71:0.60:118
chr2	242122602	rs1974555	T	G	153.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=2.515;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=0;PP=115;ReadPosRankSum=0.090;SC=GGCATTCACGTGCTGTCCGAG;SOR=1.402;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=9;TCR=0;TR=6;WE=242122610;WS=242122601;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,6:0.67:9
chr2	242139491	rs2013250	C	T	6180.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.108;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=425;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.241;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=135;NR=57;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.372;SC=GAGCCACTGACGTTTCCTTCC;SOR=0.602;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=301;TCF=213;TCR=88;TR=192;WE=242139499;WS=242139481;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:139,277:0.67:416
chr2	242141719	rs2074840	C	T	4593.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=2.836;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=324;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.181;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=101;PP=2550;ReadPosRankSum=0.031;SC=CCCTGCATGACGTGAGCTCGG;SOR=0.968;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=215;TCF=68;TCR=147;TR=141;WE=242141727;WS=242141709;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:105,204:0.66:309
chr2	242142737	rs1179530	T	C	3037.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=61;NR=30;PP=1897;SC=CCACAGGCCGTTCGCCCCCAG;SOR=1.423;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=91;TCF=61;TCR=30;TR=91;WE=242142745;WS=242142727;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr2	242149073	rs10192730	G	A	129.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.081;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=2.363;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=6;PP=98;ReadPosRankSum=-0.009;SC=CCTGCCCTCCGCTCACGCCTC;SOR=1.863;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=12;TCF=4;TCR=8;TR=8;WE=242149081;WS=242149063;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,8:0.57:14
chr2	242157087	rs111770284	C	T	4344.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.063;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=318;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.482;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=97;NR=46;PP=2355;ReadPosRankSum=-0.068;SC=CCGGCCGTGACCCCCTCCCCG;SOR=0.584;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=222;TCF=154;TCR=68;TR=143;WE=242157095;WS=242157077;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:113,195:0.63:308
chr2	242157241	rs76832527	G	A	8527.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.61;BaseQRankSum=-0.147;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=619;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.153;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=122;PP=2962;ReadPosRankSum=1.167;SC=GGCCGAGCGCGCCCAGGACAT;SOR=0.594;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=297;TCF=102;TCR=195;TR=188;WE=242157249;WS=242157231;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:224,392:0.64:616
chr2	242157353	.	CG	C	606.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=58.61;QD=30.34;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr2	242157573	.	C	CAGCGGGGGCGCGCAGGGGCGG	213.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.362;ClippingRankSum=-0.000;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=17.81;ReadPosRankSum=0.618;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,3:0.25:12
chr2	242176019	rs2305073	T	C	2113.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.850;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=333;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=20;PP=976;ReadPosRankSum=-1.052;SC=GGGGGGCACATGGACACATAC;SOR=0.679;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=245;TCF=168;TCR=77;TR=75;WE=242176027;WS=242176009;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:215,113:0.34:328
chr2	242176188	rs2305071	G	C	7336.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.261;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=498;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.878;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=95;NR=135;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.710;SC=CTGTGAACTAGAGAGAAAGGG;SOR=0.541;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=339;TCF=133;TCR=206;TR=230;WE=242176196;WS=242176178;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:163,325:0.67:488
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chr2	242206956	rs35334418	C	T	9204.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-1.078;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=658;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=155;NR=114;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.659;SC=CTCCTAACAGCGACCTTGGTT;SOR=0.724;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=404;TCF=231;TCR=173;TR=269;WE=242206964;WS=242206946;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:221,427:0.66:648
chr2	242259614	rs6745662	G	A	3628.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.270;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=266;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=76;NR=39;PP=1704;ReadPosRankSum=2.239;SC=CCTTTTCTCTGTAGAGGCTTG;SOR=0.695;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=176;TCF=116;TCR=60;TR=115;WE=242259622;WS=242259604;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:94,170:0.64:264
chr2	242263803	rs148452385	CTT	C	319.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.32;ReadPosRankSum=-0.337;SOR=0.551;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,16:0.67:24
chr2	242275579	rs41266959	G	A	1242.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-1.573;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.085;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=32;PP=681;ReadPosRankSum=-0.588;SC=TTTATAGATAGTGTTAATGAG;SOR=0.464;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=61;TCF=12;TCR=49;TR=40;WE=242275587;WS=242275569;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,55:0.70:79
chr2	242283071	rs6750169	C	T	775.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=1.673;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.930;HP=3;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=0;PP=584;ReadPosRankSum=-1.076;SC=TTGTAGTCAACAGCAATGTGT;SOR=2.596;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=50;TCF=48;TCR=2;TR=28;WE=242283079;WS=242283061;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,31:0.55:56
chr2	242283094	rs6707518	A	G	1449.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=4.444;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.014;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=9;PP=988;ReadPosRankSum=-0.449;SC=AGTCTGTGCTAATGTTCTCGT;SOR=1.143;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=78;TCF=61;TCR=17;TR=44;WE=242283102;WS=242283084;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,57:0.55:103
chr2	242289663	rs3217007	C	CATT	1632.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=1.383;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.334;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=25;PP=1274;ReadPosRankSum=1.988;SC=CAGTTACTAACATTGTGTCAG;SOR=1.159;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=57;TCF=3;TCR=54;TR=26;WE=242289671;WS=242289653;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,42:0.58:73
chr2	242396033	rs2074775	A	G	4985.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-2.338;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=342;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.566;HP=4;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=138;NR=36;PP=2815;ReadPosRankSum=0.323;SC=GTACATACACATTTTACAGGA;SOR=0.820;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=276;TCF=213;TCR=63;TR=174;WE=242396041;WS=242396023;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:113,226:0.67:339
chr2	242396087	rs2074774	A	T	11486.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.950;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=832;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.551;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=226;NR=146;PP=2962;ReadPosRankSum=1.210;SC=TGGTCAGGAGAGTAGTAGCGG;SOR=0.671;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=570;TCF=349;TCR=221;TR=372;WE=242396095;WS=242396077;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:285,529:0.65:814
chr2	242402062	rs4675811	A	T	6120.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.064;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=428;ExcessHet=3.0103;FS=0.571;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.78;ReadPosRankSum=1.224;SOR=0.788;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:134,280:0.68:414
chr2	242407467	rs55764424	C	T	3561.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=3.596;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.557;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=88;NR=32;PP=2149;ReadPosRankSum=1.760;SC=GATTTCCAGCCGGCACCTGCC;SOR=1.004;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=174;TCF=124;TCR=50;TR=120;WE=242407475;WS=242407457;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,146:0.67:218
chr2	242430501	rs150786024	A	T	1967.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.639;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=368;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.423;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=30;PP=978;ReadPosRankSum=-1.029;SC=AGAGAAGTGGATGCTGGACCT;SOR=0.652;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=271;TCF=175;TCR=96;TR=84;WE=242430509;WS=242430491;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:244,114:0.32:358
chr2	242432704	rs2271030	G	C	1570.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.994;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=17;PP=1087;ReadPosRankSum=-0.163;SC=ATGCTGTCTTGCAGGATGACT;SOR=0.775;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=87;TCF=59;TCR=28;TR=54;WE=242432712;WS=242432694;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,63:0.61:104
chr2	242433348	rs2018761	A	G	2414.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.968;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.380;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=27;PP=1068;ReadPosRankSum=0.403;SC=TGCTTGTCCCATATCCTGGGT;SOR=0.502;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=94;TCF=58;TCR=36;TR=69;WE=242433356;WS=242433338;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,109:0.73:149
chr2	242439708	rs35269447	G	A	2846.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.353;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.699;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=70;PP=1801;ReadPosRankSum=1.398;SC=TGGAGAGGAAGGTGCGACAGC;SOR=0.618;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=129;TCF=29;TCR=100;TR=92;WE=242439716;WS=242439698;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,116:0.69:167
chr2	242590237	rs4464318	T	C	1260.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=1.324;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=5;PP=839;ReadPosRankSum=-0.472;SC=AGGGCCTCCTTCTCTTTCCTA;SOR=0.929;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=54;TCF=47;TCR=7;TR=39;WE=242590245;WS=242590236;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,46:0.74:62
chr2	242594622	rs6712888	C	T	2922.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.160;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.537;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=33;PP=1371;ReadPosRankSum=-1.630;SC=CCTGGCACCACGTGCCACCAG;SOR=0.645;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=157;TCF=101;TCR=56;TR=91;WE=242594630;WS=242594612;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,135:0.64:210
chr2	242605962	rs4675930	C	T	8381.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.110;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=611;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.540;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=155;NR=107;PP=2962;ReadPosRankSum=0.782;SC=GGCTTTGTACCGCCCTTTTTC;SOR=0.735;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=408;TCF=239;TCR=169;TR=262;WE=242605970;WS=242605952;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:224,381:0.63:605
chr2	242607451	rs62190299	T	C	1261.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=4.158;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.995;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=4;PP=915;ReadPosRankSum=-0.266;SC=TCCCCTCTTGTGTCACCCAGT;SOR=0.078;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=60;TCF=56;TCR=4;TR=39;WE=242607459;WS=242607447;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,45:0.66:68
chr2	242607807	rs35275267	G	C	3697.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.069;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=243;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.731;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=64;PP=2390;ReadPosRankSum=-1.214;SC=CCCTTTCCCTGATGGTCTGGT;SOR=0.606;SbPval=0.25;Source=Platypus;TC=200;TCF=100;TCR=100;TR=113;WE=242607815;WS=242607797;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:91,146:0.62:237
chr2	242607924	rs62190301	A	G	9338.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-1.130;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=730;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.127;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=154;NR=98;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.793;SC=CGGCTCGGCCACCCACCTGCC;SOR=0.789;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=430;TCF=253;TCR=177;TR=252;WE=242607932;WS=242607914;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:274,446:0.62:720
chr2	242609436	rs78151009	C	T	3689.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.192;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.101;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=91;NR=30;PP=2295;ReadPosRankSum=-0.170;SC=TGTCCTCACCCGTGAGGAGGA;SOR=0.438;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=172;TCF=134;TCR=38;TR=121;WE=242609444;WS=242609426;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,149:0.71:210
chr2	242609504	rs111275706	T	C	8542.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.476;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=635;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.545;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=144;NR=114;PP=2962;ReadPosRankSum=2.107;SC=GGCGGCAGAATGGTGTCTTCA;SOR=0.633;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=382;TCF=219;TCR=163;TR=258;WE=242609512;WS=242609494;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:232,401:0.63:633
chr2	242609554	rs77157539	C	T	10914.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=2.029;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=810;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=142;NR=148;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.174;SC=CCCCCCATTTCGTTTCTTTTT;SOR=0.720;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=443;TCF=218;TCR=225;TR=290;WE=242609562;WS=242609544;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:299,503:0.63:802
chr2	242609647	rs76692745	G	C	4650.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.303;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=346;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.419;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=100;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.668;SC=TGTGATTGCCGGTGACCCTTG;SOR=0.662;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=237;TCF=86;TCR=151;TR=161;WE=242609668;WS=242609637;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:120,220:0.65:340
chr2	242609660	rs62190307	C	G	3723.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=2.665;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=270;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=85;PP=2962;ReadPosRankSum=2.191;SC=GACCCTTGGCCGGTCCCCTGT;SOR=0.693;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=198;TCF=67;TCR=131;TR=131;WE=242609668;WS=242609637;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:102,166:0.62:268
chr2	242609987	rs34509415	G	A	1863.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.678;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=30.06;ReadPosRankSum=-1.322;SOR=0.566;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,45:0.73:62
chr2	242609992	rs35803955	T	C	1899.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.162;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=29.23;ReadPosRankSum=-1.605;SOR=0.622;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,49:0.75:65
chr2	242610253	rs35454903	T	C	2275.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.815;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.558;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=52;PP=1087;ReadPosRankSum=-0.140;SC=AGACAGGCAGTGGGGCGTGCA;SOR=0.529;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=117;TCF=42;TCR=75;TR=82;WE=242610261;WS=242610243;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,105:0.73:144
chr2	242610738	rs11538896	T	C	6937.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.490;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=451;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.206;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=145;NR=75;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.430;SC=TGTCTCTGCTTGGAGGTGCCC;SOR=0.845;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=323;TCF=208;TCR=115;TR=220;WE=242610746;WS=242610728;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:151,297:0.66:448
chr2	242610773	rs7601000	T	A	9686.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.136;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=616;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=176;NR=117;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.545;SC=CTGGTGGAGCTGCAGCCTTCA;SOR=0.680;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=423;TCF=252;TCR=171;TR=293;WE=242610781;WS=242610763;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:188,420:0.69:608
chr2	242611547	rs34859751	G	A	3579.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-2.361;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=265;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.479;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=67;NR=39;PP=1664;ReadPosRankSum=1.306;SC=AAGGGCCCTTGACTCACACCC;SOR=0.761;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=166;TCF=102;TCR=64;TR=106;WE=242611555;WS=242611537;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:92,167:0.64:259
chr2	242612909	rs1130906	A	G	976.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.778;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=28;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=9;PP=505;ReadPosRankSum=-2.158;SC=TCGGGGAGCCAGAGATCCCCG;SOR=0.730;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=38;TCF=27;TCR=11;TR=29;WE=242612917;WS=242612904;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,44:0.71:62
chr2	242613089	rs7943	A	G	2032.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.697;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.647;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=33;PP=998;ReadPosRankSum=0.114;SC=CTTGGGCTCCACGTCCGAGTT;SOR=0.761;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=88;TCF=40;TCR=48;TR=60;WE=242613097;WS=242613079;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,93:0.65:142
chr2	242613133	rs7740	T	G	1579.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.450;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.783;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=30;PP=830;ReadPosRankSum=2.503;SC=GCTGCAGTGGTAATGTGTGGG;SOR=0.567;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=73;TCF=28;TCR=45;TR=51;WE=242613141;WS=242613123;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,71:0.67:106
chr2	242615462	rs5860	T	C	1788.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.645;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=6.508;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=28.39;ReadPosRankSum=-0.989;SOR=0.180;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,46:0.73:63
chr2	242615472	rs3209844	G	A	1157.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.520;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=3.913;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.54;ReadPosRankSum=-1.603;SOR=0.307;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,50:0.71:70
chr2	242615528	rs34706919	TG	T	3007.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=0.340;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.257;HP=4;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=31;PP=1439;ReadPosRankSum=2.244;SC=GCGTCTCCAGTGGGCAGCCTT;SOR=0.560;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=65;TCF=18;TCR=47;TR=41;WE=242615536;WS=242615518;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,100:0.61:164
chr2	242617792	rs4076640	A	G	1184.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-3.061;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.660;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=3;PP=759;ReadPosRankSum=0.487;SC=TTGCTGACACAACTGTGCCAG;SOR=1.371;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=60;TCF=54;TCR=6;TR=44;WE=242617800;WS=242617784;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,50:0.75:67
chr2	242617851	rs4076639	A	G	4131.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.883;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=280;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.651;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=84;NR=40;PP=2156;ReadPosRankSum=0.510;SC=CTAGTGTGCAATTCTGGGATT;SOR=0.493;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=188;TCF=132;TCR=56;TR=124;WE=242617859;WS=242617841;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:96,178:0.65:274
chr2	242618171	rs4675905	T	C	950.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-3.415;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.970;HP=1;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.175;NF=11;NR=28;PP=502;ReadPosRankSum=-0.061;SC=GGTACCAAGATGTGAGACTGT;SOR=0.544;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=67;TCF=17;TCR=50;TR=39;WE=242618179;WS=242618161;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,47:0.60:78
chr2	242618195	rs10663952	C	CTT	1387.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.639;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.172;HP=1;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.090;NF=2;NR=21;PP=985;ReadPosRankSum=-0.891;SC=TATTGTGGCTCGTTTAATTTT;SOR=0.507;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=41;TCF=4;TCR=37;TR=23;WE=242618203;WS=242618185;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,36:0.64:56
chr2	242618218	rs4675904	C	T	936.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.959;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=21.79;ReadPosRankSum=-0.378;SOR=0.668;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,26:0.60:43
chr2	242622370	rs35815994	A	C	1253.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.155;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.264;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=21;PP=632;ReadPosRankSum=1.781;SC=AAAACTTAGCATGGTGGCATG;SOR=0.408;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=47;TCF=19;TCR=28;TR=38;WE=242622378;WS=242622360;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,54:0.74:73
chr2	242625413	rs62191287	A	T	2198.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=2.732;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.914;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=66;PP=1504;ReadPosRankSum=-0.595;SC=ACTTTACTAAATCTCTAGACA;SOR=0.557;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=124;TCF=18;TCR=106;TR=78;WE=242625421;WS=242625403;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,90:0.64:140
chr2	242648545	rs7595652	C	T	7134.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.012;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=282;ExcessHet=3.0103;FS=2.175;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.94;ReadPosRankSum=0.467;SOR=0.852;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:99,176:0.64:275
chr2	242648549	rs7568408	G	A	7182.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.288;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=291;ExcessHet=3.0103;FS=2.138;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.29;ReadPosRankSum=-0.088;SOR=0.848;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:102,182:0.64:284
chr2	242658779	rs71351113	A	T	249.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.674;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FS=8.405;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.57;ReadPosRankSum=0.864;SOR=0.219;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:72,25:0.26:97
chr2	242659554	rs34766121	C	T	393.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.610;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.090;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=15;PP=241;ReadPosRankSum=0.091;SC=GTCGGTTGGACCCAAAGCCTG;SOR=1.006;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=69;TCF=20;TCR=49;TR=20;WE=242659562;WS=242659544;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,24:0.28:87
chr2	242662761	rs7572153	T	C	832.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-1.801;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=29;PP=405;ReadPosRankSum=0.395;SC=CAGGAGAAGGTGCTCCATGGC;SOR=0.692;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=130;TCF=40;TCR=90;TR=42;WE=242662769;WS=242662751;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:110,51:0.32:161
chr2	242664362	rs142081672	G	A	2330.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.417;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.398;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=15;PP=1164;ReadPosRankSum=1.973;SC=GCGCGCTGGCGGAAATGGCGC;SOR=0.945;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=105;TCF=76;TCR=29;TR=65;WE=242664370;WS=242664352;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,100:0.68:146
chr2	242680355	.	C	CA	659.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.263;ClippingRankSum=0.000;DP=374;ExcessHet=3.0103;FS=0.497;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.09;MQRankSum=2.716;QD=1.83;ReadPosRankSum=1.111;SOR=0.628;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:282,79:0.22:361
chr2	242684394	rs4675884	G	C	3948.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=30;NF=22;NR=87;PP=2054;SC=GGGACCCCCCGCCAAGGACAG;SOR=2.448;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=113;TCF=22;TCR=91;TR=109;WE=242684402;WS=242684377;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,134:1.00:134
chr2	242694638	.	GTGTCCTTCCCTCCCCCGTGGCCCACCCACCA	G	5937.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.019;ClippingRankSum=0.000;DP=666;ExcessHet=3.0103;FS=8.039;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=62.19;MQRankSum=18.929;QD=10.76;ReadPosRankSum=-1.134;SOR=0.249;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:365,187:0.34:552
chr2	242750231	rs35392728	T	G	1501.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-4.478;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.838;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=11;PP=996;ReadPosRankSum=-2.067;SC=AGGGTTGGACTCAGTGGCCGC;SOR=0.352;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=87;TCF=73;TCR=14;TR=60;WE=242750239;WS=242750221;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,66:0.70:94
chr2	242750460	rs34748986	T	C	11556.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.999;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=465;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=123;NR=162;PP=2965;ReadPosRankSum=0.484;SC=ACAGCCTGTCTGGGCTGTGCA;SOR=0.295;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=288;TCF=125;TCR=163;TR=285;WE=242750468;WS=242750450;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,454:1.00:455
chr2	242755100	.	G	A	121	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;FR=0.5000;HP=4;HapScore=2;MGOF=15;MMLQ=24;MQ=55.76;NF=8;NR=1;PP=121;QD=17.3079125052;SC=AGAGAGCCCCGTGACTCCCCC;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=25;TCF=21;TCR=4;TR=9;WE=242755108;WS=242755090;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:16,9:0.36:25
chr2	242755465	rs34241734	C	G	1010.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=12;NR=24;PP=911;SC=ATTTGGGGTGCAGTGGGTGCG;SOR=1.044;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=44;TCF=12;TCR=32;TR=36;WE=242755473;WS=242755455;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr2	242755599	rs66482163	G	A	2865.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.775;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.938;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=30;PP=1572;ReadPosRankSum=1.349;SC=TCCTGAGCGCGTTCCCCAGTC;SOR=0.559;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=146;TCF=102;TCR=44;TR=94;WE=242755607;WS=242755589;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,126:0.64:196
chr2	242756247	rs146496787	C	T	1659.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.295;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=397;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.948;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=28;PP=835;ReadPosRankSum=-1.906;SC=CGGGAAGGAACGCCGCGCGCC;SOR=0.790;SbPval=0.25;Source=Platypus;TC=221;TCF=106;TCR=115;TR=64;WE=242756255;WS=242756237;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:288,105:0.27:393
chr2	242757334	rs3749152	G	A	2146.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=3.836;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.760;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=70;NR=15;PP=1586;ReadPosRankSum=-1.608;SC=CCCCGACCTCGGGGACCCAGC;SOR=0.560;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=140;TCF=117;TCR=23;TR=85;WE=242757342;WS=242757324;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,89:0.59:150
chr2	242757820	rs11545301	G	A	3678.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.408;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=601;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=67;PP=1929;ReadPosRankSum=0.420;SC=AGTGGGCCCCGGGAGTCCCCT;SOR=0.681;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=346;TCF=169;TCR=177;TR=132;WE=242757828;WS=242757810;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:382,205:0.35:587
chr2	242758179	rs2293764	C	T	7424.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=2.644;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=529;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.545;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=114;NR=104;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.860;SC=GCGGCTACTCCGACCTGGCGT;SOR=0.616;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=349;TCF=184;TCR=165;TR=218;WE=242758187;WS=242758169;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:190,335:0.64:525
chr2	242758203	rs2293763	T	C	8659.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.918;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=620;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=119;NR=105;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.615;SC=TCGGGCCGGCTCCTGAGGGGG;SOR=0.723;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=355;TCF=187;TCR=168;TR=224;WE=242758211;WS=242758193;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:217,397:0.65:614
chr2	242758326	rs2293761	G	A	5972.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-2.543;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=419;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.560;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=73;NR=92;PP=2456;ReadPosRankSum=-1.399;SC=CCAGCCCCAAGCCGCCCAACC;SOR=0.638;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=260;TCF=113;TCR=147;TR=165;WE=242758334;WS=242758316;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:133,275:0.67:408
chr2	242758447	rs2293760	G	A	833.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.589;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.687;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=25;PP=538;ReadPosRankSum=-0.466;SC=GGTGCCCCACGATAGCTGTGG;SOR=0.820;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=104;TCF=30;TCR=74;TR=34;WE=242758455;WS=242758437;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:109,46:0.30:155
chr2	242758475	rs2293759	A	G	1737.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.393;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.917;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=33;PP=980;ReadPosRankSum=-0.329;SC=TCTTAGTGCAAGATCCTGTGG;SOR=0.532;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=67;TCF=19;TCR=48;TR=47;WE=242758483;WS=242758465;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,70:0.73:96
chr2	242793273	rs2227981	A	G	1212.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.095;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=283;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.752;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=20;PP=835;ReadPosRankSum=0.747;SC=GAGGGCCGTCAGCTGAGCCCC;SOR=1.015;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=203;TCF=135;TCR=68;TR=65;WE=242793281;WS=242793263;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:206,77:0.27:283
chr2	242793559	rs6705653	T	C	508.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-5.357;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.676;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=27;PP=354;ReadPosRankSum=1.879;SC=CCCCCCACTATGAGCTGCTTA;SOR=1.504;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=94;TCF=7;TCR=87;TR=28;WE=242793567;WS=242793549;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,29:0.30:97
chr2	242812080	rs4973697	T	C	3222.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.308;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.235;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=49;PP=1517;ReadPosRankSum=0.978;SC=CGGCCAGAGGTTGGGGACCCT;SOR=0.841;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=126;TCF=53;TCR=73;TR=84;WE=242812088;WS=242812070;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,138:0.71:195
chr2	242813124	rs13016102	T	C	11341.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=429;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=127;NR=125;PP=2965;SC=AACTGAATCATAGCCTCTCAC;SOR=0.717;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=252;TCF=127;TCR=125;TR=252;WE=242813132;WS=242813114;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,425:1.00:425
chr2	242813202	rs28512331	G	A	7715.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.106;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=250;ExcessHet=3.0103;FS=1.208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=31.11;ReadPosRankSum=0.571;SOR=0.583;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:56,192:0.77:248
chr2	242813205	rs28380696	A	G	7721.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.501;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=240;ExcessHet=3.0103;FS=0.588;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=32.44;ReadPosRankSum=0.054;SOR=0.631;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:52,186:0.78:238
chr2	242813241	rs28392509	C	T	3506.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=48;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=29;NR=75;PP=2351;SC=TCTCCCCAAACCTCTCCTCGC;SOR=1.727;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=105;TCF=30;TCR=75;TR=104;WE=242813249;WS=242813231;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr2	242813276	rs62193136	C	T	164.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.888;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.70;ReadPosRankSum=1.598;SOR=0.648;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:49,12:0.20:61
chr2	242814027	rs76439282	C	T	5560.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.409;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=352;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.880;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=77;NR=90;PP=2872;ReadPosRankSum=-0.604;SC=CAGGTGAGGCCCCCGGGCGAG;SOR=0.760;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=234;TCF=110;TCR=124;TR=167;WE=242814035;WS=242814017;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:107,240:0.69:347
chr2	242814268	rs114620732	G	T	8021.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-1.007;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=342;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.313;HP=3;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=58;PP=1948;ReadPosRankSum=0.608;SC=GGGGCAAACCGCTGTCCACCC;SOR=0.611;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=218;TCF=115;TCR=103;TR=121;WE=242814276;WS=242814258;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:133,207:0.61:340
chr2	242814283	rs28499542	C	T	8342.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-2.522;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=370;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.047;HP=3;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=70;NR=66;PP=2092;ReadPosRankSum=0.369;SC=CCACCCCTGGCGACGACCTTG;SOR=0.523;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=236;TCF=128;TCR=108;TR=136;WE=242814291;WS=242814273;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:145,223:0.61:368
chr2	242814360	rs28378061	T	C	5807.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.926;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=490;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.106;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=75;NR=85;PP=2664;ReadPosRankSum=-0.949;SC=CAGGTGCCCATCGCTGAGGGC;SOR=0.696;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=299;TCF=148;TCR=151;TR=160;WE=242814368;WS=242814350;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:218,269:0.55:487
chr2	242814463	rs28523279	A	T	5616.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-2.050;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=388;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=14.173;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=80;NR=78;PP=2600;ReadPosRankSum=-0.966;SC=CTGGGGATTCAGTGGCCATGC;SOR=0.331;SbPval=0.24;Source=Platypus;TC=260;TCF=115;TCR=145;TR=158;WE=242814471;WS=242814453;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:129,250:0.66:379
chr2	242815509	.	G	A	1984.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-4.487;ClippingRankSum=0.000;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.447;HP=7;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.623;NF=4;NR=63;PP=1420;ReadPosRankSum=-1.757;SC=TGAGATGCCCGCCCCGCCTCC;SOR=0.127;SbPval=0.93;Source=Platypus;TC=104;TCF=12;TCR=92;TR=67;WE=242815517;WS=242815499;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,85:0.73:116
chr2	242836535	rs28559662	A	G	2502.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=1.302;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=464;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.561;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=49;PP=1124;ReadPosRankSum=0.159;SC=AAGCTCTCGGAACTTAGTGAC;SOR=0.745;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=263;TCF=108;TCR=155;TR=79;WE=242836543;WS=242836525;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:315,145:0.32:460
chr2	242839363	rs4973668	G	C	8229.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.086;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=517;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=155;NR=90;PP=2962;ReadPosRankSum=0.474;SC=TGCGAACCCTGATGTCCTCGT;SOR=0.659;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=349;TCF=220;TCR=129;TR=245;WE=242839371;WS=242839353;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:152,349:0.70:501
chr2	242839614	rs13025557	T	G	3771.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=25;NR=95;PP=2956;SC=CCTTCCTGGTTCGTGGGGGAT;SOR=2.457;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=120;TCF=25;TCR=95;TR=120;WE=242839622;WS=242839604;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr2	242946658	.	T	C	2907.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.273;ClippingRankSum=0.000;DP=420;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=71;PP=1643;ReadPosRankSum=0.098;SC=AGTCACTCAATAGGTTTTATT;SOR=0.650;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=283;TCF=97;TCR=186;TR=111;WE=242946666;WS=242946648;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:265,153:0.37:418
chr2	243037004	rs141745632	A	G	972.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=3.394;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.924;NF=25;NR=7;PP=614;ReadPosRankSum=0.817;SC=TATGAATTATATATACTTTTT;SOR=0.687;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=75;TCF=58;TCR=17;TR=32;WE=243037012;WS=243036994;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,41:0.44:93
chr3	239313	rs35603824	C	CG	645.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-2.132;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.544;HP=8;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=10;PP=269;ReadPosRankSum=1.184;SC=GATCCCAGCCCGGGGGGGGTT;SOR=0.244;SbPval=0.24;Source=Platypus;TC=46;TCF=24;TCR=22;TR=16;WE=239321;WS=239303;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,30:0.48:62
chr3	239555	rs58240971	C	CT,CTTT	1857.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.315;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.21;MQRankSum=0.651;QD=11.61;ReadPosRankSum=0.759;SOR=0.793;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:41,71,48:0.44,0.30:160
chr3	367757	rs162734	G	C	3563.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.355;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=314;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.417;HP=5;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=45;PP=1507;ReadPosRankSum=-1.551;SC=CGTGAGTATTGTTTCAAACGA;SOR=0.574;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=196;TCF=106;TCR=90;TR=95;WE=367765;WS=367747;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:146,167:0.53:313
chr3	367898	rs9843977	A	T	1499.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-3.019;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.073;HP=9;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=34;PP=799;ReadPosRankSum=-1.597;SC=CAAACAAAAAAAAAATTTGGT;SOR=0.422;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=114;TCF=38;TCR=76;TR=54;WE=367906;WS=367882;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,73:0.50:145
chr3	386247	rs3736632	C	T	980.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.473;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.055;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=8;PP=475;ReadPosRankSum=0.126;SC=TGAAAAAATTCTGACTTTTCT;SOR=0.358;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=72;TCF=55;TCR=17;TR=29;WE=386255;WS=386237;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,47:0.46:103
chr3	386520	rs1499046	C	T	812.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=2.468;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=25;PP=591;ReadPosRankSum=-0.334;SC=TAAATTCTGCCGGGCACTGCA;SOR=0.775;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=57;TCF=12;TCR=45;TR=32;WE=386528;WS=386510;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,35:0.55:64
chr3	391001	rs2272524	G	A	462.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=5.259;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=0;PP=371;ReadPosRankSum=0.699;SC=TTTACTTTCCGCTTTTAAAAA;SOR=0.957;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=31;TCF=31;TCR=0;TR=18;WE=391009;WS=390991;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,18:0.56:32
chr3	391100	rs13060847	A	G	6513.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=245;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.48;SOR=1.319;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,237:1.00:237
chr3	402273	rs5845966	C	CT	229.14	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=1.727;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=15;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=17;PP=204;ReadPosRankSum=-0.719;SC=ATTGTACTTTCTTTTTTTTTT;SOR=2.531;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=24;TCF=0;TCR=24;TR=17;WE=402281;WS=402263;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,16:0.80:20
chr3	403288	rs9824311	G	A	2895.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.25;SOR=3.477;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr3	403297	rs9839027	C	A	3095.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.41;SOR=3.167;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr3	403308	rs9824442	G	A	2710.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=68;NR=17;PP=1851;SC=GTATGACTAGGACATAGAAAA;SOR=2.597;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=86;TCF=68;TCR=18;TR=85;WE=403316;WS=403278;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr3	403345	rs9846775	A	G	4971.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=32;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=100;NR=46;PP=2635;SC=TTTCTTCCACAAAAGTTTAAA;SOR=1.467;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=146;TCF=100;TCR=46;TR=146;WE=403353;WS=403335;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,193:1.00:193
chr3	404771	rs4684390	C	T	2251.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=49;NR=12;PP=1357;SC=ATGAAACCCACTGGAACATTT;SOR=2.084;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=61;TCF=49;TCR=12;TR=61;WE=404779;WS=404761;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr3	417994	rs930237	A	G	4225.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=84;NR=44;PP=2405;SC=TGATTTTGACATGTGACAGAA;SOR=1.310;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=129;TCF=85;TCR=44;TR=128;WE=418002;WS=417984;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,162:1.00:162
chr3	439963	rs6442827	A	G	5995.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=77;NR=64;PP=2641;SC=GACTCACCCAATAGAGGTATT;SOR=0.795;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=141;TCF=77;TCR=64;TR=141;WE=439971;WS=439953;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,225:1.00:225
chr3	440028	rs6771714	T	C	5254.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=53;NR=70;PP=2053;SC=GGGGCGATAATGATAGCATTT;SOR=0.873;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=123;TCF=53;TCR=70;TR=123;WE=440036;WS=440018;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,203:1.00:203
chr3	440088	rs6771803	T	A	2973.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=23;NR=58;PP=1634;SC=GAGATTATATTTGGGGAAGTC;SOR=1.588;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=81;TCF=23;TCR=58;TR=81;WE=440096;WS=440078;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr3	443252	.	AAAATGTCTTTT	A	2387.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.305;ClippingRankSum=0.000;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.941;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.567;NF=2;NR=23;PP=2971;ReadPosRankSum=1.321;SC=CAGCACTGGTAAAATGTCTTT;SOR=1.192;SbPval=0.99;Source=Platypus;TC=52;TCF=13;TCR=39;TR=25;WE=443270;WS=443242;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,63:0.56:113
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chr3	1320271	rs3732517	G	A	2785.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=24;NR=50;PP=1552;SC=CTTAGGCTCAGTGATCACCTT;SOR=1.368;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=74;TCF=24;TCR=50;TR=74;WE=1320279;WS=1320247;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr3	1320386	rs6805735	A	G	350.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=11;PP=292;SC=AAGCAGCCACACAGCAAATAT;SOR=4.977;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=0;TCR=11;TR=11;WE=1320394;WS=1320376;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
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chr3	1363480	rs41293401	G	A	2986.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.601;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=300;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.168;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=58;PP=1566;ReadPosRankSum=1.991;SC=AGCAACCTTCGAGGAAGAAAC;SOR=0.892;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=178;TCF=72;TCR=106;TR=91;WE=1363488;WS=1363470;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:154,142:0.48:296
chr3	1413903	rs3852033	T	A	712.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=3.487;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.455;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=5;PP=563;ReadPosRankSum=1.827;SC=AAATGAATGATAAAGTATTCA;SOR=0.454;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=50;TCF=42;TCR=8;TR=29;WE=1413911;WS=1413893;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,29:0.55:53
chr3	1415195	rs3765098	C	T	225.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=0.480;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=2;PP=139;ReadPosRankSum=-0.098;SC=TATTTTACTTCCTAAGCACAA;SOR=0.540;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=39;TCF=31;TCR=8;TR=11;WE=1415203;WS=1415185;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,13:0.29:45
chr3	1415811	rs138076631	TAAAAC	T	1392.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.280;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=23;PP=987;ReadPosRankSum=1.128;SC=ATACAGTTCTTAAAACAAAAC;SOR=0.753;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=61;TCF=0;TCR=61;TR=23;WE=1415823;WS=1415801;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,38:0.44:87
chr3	1424718	rs2291101	G	A	2233.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.087;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=266;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=32;PP=1116;ReadPosRankSum=1.404;SC=AGGAGAAAGTGTCATCTGTGG;SOR=0.699;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=170;TCF=101;TCR=69;TR=78;WE=1424726;WS=1424708;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:152,111:0.42:263
chr3	1444243	rs13326014	A	G	890.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.792;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.011;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=22;PP=548;ReadPosRankSum=-0.549;SC=GCTCCATGAAACCTTCCAGTT;SOR=1.128;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=62;TCF=23;TCR=39;TR=33;WE=1444251;WS=1444233;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,42:0.51:82
chr3	2671119	rs1351277	A	T	2163.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.267;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=21;PP=1057;ReadPosRankSum=0.799;SC=CAAATATTCAATTTTCCCAAG;SOR=0.700;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=127;TCF=90;TCR=37;TR=71;WE=2671127;WS=2671109;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:95,101:0.52:196
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chr3	2908694	rs6789163	A	G	1082.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.028;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.770;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=22;PP=505;ReadPosRankSum=-0.266;SC=ATGTGGAGGTATGTTATGTTG;SOR=0.415;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=73;TCF=23;TCR=50;TR=35;WE=2908702;WS=2908684;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,51:0.52:99
chr3	3030223	rs13068264	C	A	1280.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=2.205;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.692;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=33;PP=794;ReadPosRankSum=-0.696;SC=TGTAATCTACCGAAGTGGCAT;SOR=0.783;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=101;TCF=30;TCR=71;TR=46;WE=3030231;WS=3030213;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,59:0.46:129
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chr3	3076284	rs6765545	G	C	7470.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.660;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=284;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.871;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=118;NR=62;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.389;SC=TGAATACACTGCTCCAATTCT;SOR=0.852;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=183;TCF=118;TCR=65;TR=180;WE=3076292;WS=3076274;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,277:1.00:278
chr3	3076401	rs6790908	C	T	12967.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.710;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=498;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=142;NR=159;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.009;SC=GGCCTGACAACCACAGCCCCA;SOR=0.375;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=302;TCF=143;TCR=159;TR=301;WE=3076409;WS=3076391;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,493:1.00:494
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chr3	3080509	rs7648232	C	T	289.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-0.792;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=2;PP=227;ReadPosRankSum=1.215;SC=GACAAAGGGGCGTGCCTCAGA;SOR=0.760;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=25;TCF=22;TCR=3;TR=13;WE=3080517;WS=3080499;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,13:0.43:30
chr3	3080527	rs163543	C	T	1019.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=27;NR=3;PP=737;SC=AGAGTACTCACTGAAAGTGAG;SOR=3.321;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=30;TCF=27;TCR=3;TR=30;WE=3080535;WS=3080517;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr3	3081825	rs339285	T	C	8812.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=340;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=112;NR=135;PP=2965;SC=CCTCAGCTGATGCCTCTAGAT;SOR=0.819;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=247;TCF=112;TCR=135;TR=247;WE=3081833;WS=3081815;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,334:1.00:334
chr3	3081959	rs339284	T	C	1435.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.617;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.228;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=37;PP=863;ReadPosRankSum=1.133;SC=GAAGAAGGTATCGTTTATGCT;SOR=0.899;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=104;TCF=29;TCR=75;TR=49;WE=3081967;WS=3081949;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,67:0.46:146
chr3	3082003	rs339283	T	A	974.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.593;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=26;PP=577;ReadPosRankSum=-0.458;SC=TTTCTTCAATTCTAAAATGTG;SOR=0.656;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=59;TCF=13;TCR=46;TR=34;WE=3082011;WS=3081993;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,44:0.54:82
chr3	3084147	rs163560	A	G	1242.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.366;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.605;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=31;PP=727;ReadPosRankSum=1.565;SC=AAGAGAGTCTATGCCCCTTGA;SOR=0.423;SbPval=0.21;Source=Platypus;TC=76;TCF=21;TCR=55;TR=48;WE=3084155;WS=3084137;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,59:0.51:116
chr3	3084896	rs148360634	CCCAAGTTTATT	C	5398.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.717;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=357;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.418;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=2.248;NF=3;NR=64;PP=2935;ReadPosRankSum=-0.773;SC=TCACACATATCCCAAGTTTAT;SOR=0.665;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=179;TCF=14;TCR=165;TR=67;WE=3084914;WS=3084886;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:181,145:0.44:326
chr3	3085004	rs163562	C	T	739.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=4.285;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=103;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=25;PP=579;ReadPosRankSum=0.547;SC=CCGTATACCACGCAAAATTCA;SOR=0.569;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=52;TCF=5;TCR=47;TR=28;WE=3085012;WS=3084994;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,30:0.55:55
chr3	3115478	rs163897	T	C	5415.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=56;NR=74;PP=1967;SC=AATTGTCAGCTGAATCTAAGA;SOR=0.851;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=130;TCF=56;TCR=74;TR=130;WE=3115486;WS=3115455;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,216:1.00:216
chr3	3115514	rs340807	C	A	3853.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=35;NR=65;PP=1911;SC=AGAGGACCTACAATAACCAAA;SOR=1.226;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=100;TCF=35;TCR=65;TR=100;WE=3115522;WS=3115504;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,146:1.00:146
chr3	3137155	rs11389765	A	AT	552.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-0.220;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=10;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=9;PP=144;ReadPosRankSum=0.371;SC=AAGATCAGTGATTTTTTTTTT;SOR=0.643;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=29;TCF=3;TCR=26;TR=11;WE=3137163;WS=3137145;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,36:0.51:71
chr3	3139383	rs334802	C	A	86.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=2.017;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=0;PP=57;ReadPosRankSum=0.674;SC=TCCAGCAAAACTCACTGGTGG;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=10;TCR=0;TR=5;WE=3139391;WS=3139375;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,5:0.50:10
chr3	3139957	rs2290610	T	C	1777.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.174;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.526;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=33;PP=882;ReadPosRankSum=-0.578;SC=AAATTCACAATTGAGGTTCCA;SOR=0.644;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=128;TCF=50;TCR=78;TR=54;WE=3139965;WS=3139947;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:108,89:0.45:197
chr3	3143267	rs6771148	G	C	359.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.082;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.666;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=2;PP=224;ReadPosRankSum=0.178;SC=GAGTACTTGAGAAGAACGGGT;SOR=1.179;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=33;TCF=25;TCR=8;TR=14;WE=3143275;WS=3143257;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,19:0.39:49
chr3	3170792	rs334773	C	T	2623.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=26;NR=45;PP=1386;SC=CTGTGCCTTCCGAAGCAGTAT;SOR=1.132;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=71;TCF=26;TCR=45;TR=71;WE=3170800;WS=3170782;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr3	3170910	rs334772	A	G	798.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=3;NR=17;PP=431;SC=TTGGAAACCTATATAAATGGA;SOR=2.226;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=3;TCR=17;TR=20;WE=3170918;WS=3170900;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr3	3171460	rs334769	C	T	2374.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=55;NR=17;PP=1402;SC=TGACCTGTTACGTGAAAAAGG;SOR=1.900;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=72;TCF=55;TCR=17;TR=72;WE=3171468;WS=3171450;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr3	3171502	rs334768	C	A	4205.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=79;NR=43;PP=2257;SC=AAGTGCTTTGCCTGTGTTTCT;SOR=1.276;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=123;TCF=79;TCR=44;TR=122;WE=3171510;WS=3171492;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,157:1.00:157
chr3	3171713	rs113671187	G	GCCTGACT	5854.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=56;PP=1770;SC=TTAGCTAAGTGCCAGTAGCTT;SOR=1.816;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=68;TCF=2;TCR=66;TR=58;WE=3171721;WS=3171701;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,134:1.00:134
chr3	3179262	rs334767	A	T	976.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=29;PP=798;SC=TATGCCCGTCATAAACCCTGC;SOR=6.869;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=29;TCF=0;TCR=29;TR=29;WE=3179270;WS=3179252;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr3	3189059	rs1621648	T	C	70.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=0;PP=49;SC=GATACTAAAATGGTGGCAAGG;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=3;TCR=0;TR=3;WE=3189067;WS=3189057;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr3	3189279	rs1705805	A	G	2026.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=26;NR=28;PP=1013;SC=TGAAGATCGCAAAAGAGGAGA;SOR=0.719;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=54;TCF=26;TCR=28;TR=54;WE=3189287;WS=3189269;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr3	3189398	rs1669348	A	G	1707.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=16;NR=21;PP=838;SC=GTAAGTATATACTAGGCTTGG;SOR=0.899;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=16;TCR=21;TR=37;WE=3189406;WS=3189388;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr3	3192524	rs4183	A	ATAAC	3645.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=24;NR=14;PP=2058;SC=AATTTGTTAGATAACTTTATC;SOR=1.966;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=42;TCF=26;TCR=16;TR=38;WE=3192532;WS=3192514;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr3	3193957	rs1705800	A	C	1085.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=27;NR=2;PP=738;SC=GTGCCTCAGCATCCCGAGCAG;SOR=3.026;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=29;TCF=27;TCR=2;TR=29;WE=3193965;WS=3193955;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr3	3196273	rs11300080	AT	A	500.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=1;PP=305;SC=TAAAATACTCATTTTTTTTCA;SOR=2.833;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=16;TCF=14;TCR=2;TR=14;WE=3196281;WS=3196263;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr3	3197871	rs1705789	T	C	1340.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=21;NR=10;PP=604;SC=TGGCCTACCATATATAAAGTA;SOR=1.201;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=31;TCF=21;TCR=10;TR=31;WE=3197879;WS=3197861;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr3	3215954	rs1669321	A	G	5779.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=50;NR=110;PP=2965;SC=TACTATATAAAAACATATATA;SOR=1.498;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=160;TCF=50;TCR=110;TR=160;WE=3215962;WS=3215944;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,207:1.00:207
chr3	3217128	rs11332452	AT	A	44	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=13;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=3;PP=43;SC=GTCAGTAGCTATTTTTTTTTT;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=3;WE=3217136;WS=3217118;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr3	3221430	rs1672753	C	T	6177.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=58;NR=102;PP=2965;SC=CGAGGGAGGGCCCGTGTCGCG;SOR=1.174;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=160;TCF=58;TCR=102;TR=160;WE=3221438;WS=3221420;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,225:1.00:225
chr3	3886580	rs4685689	A	G	11645.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=434;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=143;NR=150;PP=2965;SC=ATAACATCGCAAAGACTGTGG;SOR=0.731;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=293;TCF=143;TCR=150;TR=293;WE=3886588;WS=3886570;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,428:1.00:428
chr3	3886721	rs3749350	C	A	13590.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.168;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=510;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=178;NR=152;PP=2965;ReadPosRankSum=0.865;SC=ATCAGATTACCGAGATGACTG;SOR=0.442;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=333;TCF=181;TCR=152;TR=330;WE=3886729;WS=3886711;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,500:0.99:503
chr3	3886847	rs3749349	G	C	17625.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=636;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=235;NR=210;PP=2965;SC=GGCTCCACCTGAACTCCAACA;SOR=0.785;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=449;TCF=236;TCR=213;TR=445;WE=3886855;WS=3886837;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,634:1.00:634
chr3	3886919	rs3749348	C	T	19108.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.936;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=718;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=230;NR=234;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.399;SC=TTCTCATGATCGGAGAAAACC;SOR=0.238;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=465;TCF=230;TCR=235;TR=464;WE=3886927;WS=3886909;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,711:1.00:712
chr3	3887972	rs114810202	C	T	6480.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.887;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=635;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.102;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=98;NR=93;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.754;SC=ATTCCAATGTCATGACGTCAA;SOR=0.590;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=419;TCF=225;TCR=194;TR=191;WE=3887980;WS=3887962;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:321,309:0.49:630
chr3	4354697	rs6801634	G	A	4091.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.371;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=361;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.824;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=62;PP=1878;ReadPosRankSum=0.339;SC=TCCTGTCTCCGCCATGGAGAG;SOR=0.589;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=226;TCF=121;TCR=105;TR=125;WE=4354705;WS=4354687;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:159,196:0.55:355
chr3	4358210	rs7647539	A	G	2066.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.316;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.065;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=25;PP=1113;ReadPosRankSum=-1.106;SC=CGGTCGTTCGACATTTGAAGC;SOR=0.535;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=124;TCF=79;TCR=45;TR=68;WE=4358218;WS=4358200;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,91:0.58:157
chr3	4403767	rs2819561	A	G	157.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.31;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
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chr3	4403817	.	TT	AC	225	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.61;FR=1.0000;HP=2;HapScore=2;MGOF=31;MMLQ=22;MQ=60.0;NF=5;NR=2;PP=225;QD=39.7811249803;SC=GGGGAAGACTTTCCTTGGTTG;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=14;TCF=9;TCR=5;TR=7;WE=4403826;WS=4403807;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:7,7:0.50:14
chr3	4403818	rs35083095	T	C	275.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.430;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=1.485;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.19;ReadPosRankSum=2.163;SOR=1.296;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,15:0.50:30
chr3	4403837	rs2633852	A	G	1010.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.63;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=13;NR=5;PP=353;SC=GTCAGTCCATAGTGGGCAGGC;SOR=1.236;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=18;TCF=13;TCR=5;TR=18;WE=4403845;WS=4403827;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr3	4404087	rs2819560	A	G	600.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=6;NR=12;PP=377;SC=TAAAAAGGGCAGCACATTCAA;SOR=1.329;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=18;TCF=6;TCR=12;TR=18;WE=4404095;WS=4404077;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr3	4452737	rs813811	G	A	3602.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-1.876;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.175;NF=24;NR=87;PP=2412;ReadPosRankSum=-0.884;SC=CAGAAATGCAGCAAGAGCTTT;SOR=1.124;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=112;TCF=24;TCR=88;TR=111;WE=4452745;WS=4452727;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,130:0.99:131
chr3	4461569	rs711667	G	A	974.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=22;NR=7;PP=560;SC=TGAGCAAGGTGCAGTGTTTGG;SOR=1.949;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=22;TCR=7;TR=29;WE=4461577;WS=4461559;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr3	4461698	rs711666	C	T	5056.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.760;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=47;PP=2065;ReadPosRankSum=0.023;SC=GCAAAGGGTACCTATTTTGCA;SOR=0.921;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=112;TCF=64;TCR=48;TR=110;WE=4461706;WS=4461688;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,192:0.99:194
chr3	4562667	rs1038639	T	G	3878.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=78;NR=34;PP=2502;SC=AGAGTTTCATTTTCATACACT;SOR=1.574;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=113;TCF=78;TCR=35;TR=112;WE=4562675;WS=4562657;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr3	4687470	rs5846330	G	GCT	2333.74	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.354;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=44;PP=2139;ReadPosRankSum=1.285;SC=CTGTATATAGGCTCTCTCTCT;SOR=1.075;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=68;TCF=3;TCR=65;TR=47;WE=4687478;WS=4687460;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,74:0.91:81
chr3	4687548	rs4271897	A	G	598.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=29.94;SOR=3.056;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr3	4687577	rs4303850	A	G	280.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=49;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=0;NR=8;PP=187;SC=ATGTGTGTGTATATATATAAG;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=8;WE=4687585;WS=4687567;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr3	4693656	rs6442894	C	T	3290.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=72;NR=21;PP=2032;SC=GGATGCTACACGTGACACTGG;SOR=1.981;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=93;TCF=72;TCR=21;TR=93;WE=4693664;WS=4693646;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr3	4693937	rs6442895	G	C	3187.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.354;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.509;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=67;PP=1983;ReadPosRankSum=-1.018;SC=CTCTTTCAAGGCTGACGCACC;SOR=2.261;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=82;TCF=14;TCR=68;TR=80;WE=4693945;WS=4693927;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,112:0.98:114
chr3	4694010	rs6442896	A	C	801.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=37;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=21;PP=518;SC=AAATACACTCAGTCACCTTGC;SOR=2.985;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=22;TCF=1;TCR=21;TR=22;WE=4694018;WS=4694000;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr3	4703657	rs6801737	T	A	487.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.971;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=5;PP=220;ReadPosRankSum=-0.515;SC=AACTGCAAGATAGCTCTAGTA;SOR=0.657;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=49;TCF=35;TCR=14;TR=17;WE=4703665;WS=4703647;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,26:0.39:67
chr3	4712413	rs2306875	G	A	920.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.695;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=14;PP=557;ReadPosRankSum=-1.672;SC=TGTTTTCTAGGTTGGTTCTTT;SOR=0.753;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=83;TCF=53;TCR=30;TR=38;WE=4712421;WS=4712403;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,46:0.44:105
chr3	4716811	rs2306877	A	C	2491.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=1.662;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=269;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.950;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=29;PP=1091;ReadPosRankSum=-2.005;SC=CTGACCTTCTACGATTAACTA;SOR=0.626;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=152;TCF=90;TCR=62;TR=67;WE=4716819;WS=4716801;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:137,123:0.47:260
chr3	4722532	rs9866640	A	G	269.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.351;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=8;PP=143;ReadPosRankSum=0.225;SC=TGAGCAAGTGAATAATTGATA;SOR=0.646;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=22;TCF=3;TCR=19;TR=9;WE=4722540;WS=4722522;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,11:0.41:27
chr3	4725619	rs3215005	CA	C	2484.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=0;NR=45;PP=1868;SC=ACCAAGATCACAAGCTGTTTG;SOR=2.235;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=48;TCF=0;TCR=48;TR=45;WE=4725627;WS=4725609;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr3	4726947	rs733018	T	G	533.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=3.826;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.236;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=16;PP=357;ReadPosRankSum=3.456;SC=TCCCTGGGTTTCCCCAAACTC;SOR=2.252;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=31;TCF=4;TCR=27;TR=17;WE=4726955;WS=4726937;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,21:0.50:42
chr3	4732670	rs4685801	G	A	311.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-2.185;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.142;HP=8;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=0;PP=233;ReadPosRankSum=0.437;SC=TACTAAAAAAGAAGGTAGTAC;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=29;TCF=27;TCR=2;TR=12;WE=4732678;WS=4732664;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,14:0.47:30
chr3	4738774	rs3749382	A	G	832.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=1.569;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=8;PP=602;ReadPosRankSum=-0.259;SC=TGAGGCAGCTAATGAGTTCCA;SOR=0.564;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=70;TCF=55;TCR=15;TR=35;WE=4738782;WS=4738764;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,37:0.50:74
chr3	4748193	rs34548572	G	A	350.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=0.211;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=14;PP=259;ReadPosRankSum=-0.585;SC=AGGGCCAGGAGTGGGAAGTTA;SOR=1.201;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=30;TCF=0;TCR=30;TR=14;WE=4748201;WS=4748183;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,15:0.42:36
chr3	4767262	rs7613447	T	C	4013.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.646;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=411;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=66;PP=1431;ReadPosRankSum=0.426;SC=AGAACGCCACTGAGGTGTGTT;SOR=0.741;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=222;TCF=98;TCR=124;TR=115;WE=4767270;WS=4767252;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:202,205:0.50:407
chr3	4776784	rs11920001	A	G	688.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=2.627;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.086;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=4;PP=418;ReadPosRankSum=-0.265;SC=GGTGCGTAGTAAGTATGCAGC;SOR=1.027;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=44;TCF=33;TCR=11;TR=22;WE=4776792;WS=4776774;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,30:0.50:60
chr3	4817057	rs6442905	T	C	4026.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.076;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=437;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.525;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=76;PP=1509;ReadPosRankSum=-0.503;SC=ATGAAAAGAATGTAGCGCTTA;SOR=0.765;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=261;TCF=110;TCR=151;TR=128;WE=4817065;WS=4817047;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:223,207:0.48:430
chr3	4856180	rs711631	T	C	859.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.661;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.585;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=15;PP=301;ReadPosRankSum=0.555;SC=GCATTGTCACTGTGCTGAGTC;SOR=0.976;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=62;TCF=28;TCR=34;TR=27;WE=4856188;WS=4856170;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,46:0.46:100
chr3	4856234	rs901854	G	A	544.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-3.717;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=10;PP=200;ReadPosRankSum=-0.973;SC=TACTCAGGAAGCCGTCCAAAG;SOR=0.765;SbPval=0.22;Source=Platypus;TC=56;TCF=21;TCR=35;TR=20;WE=4856242;WS=4856224;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,27:0.44:61
chr3	4856993	rs6442911	C	G	841.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=20;PP=554;SC=GGCGGGGTGCCTGCCCAGTTA;SOR=2.303;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=4;TCR=20;TR=24;WE=4857001;WS=4856983;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr3	4859725	rs9844268	G	A	2467.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=45;NR=15;PP=1263;SC=CTTTACCAAGGCTGCTCAGCT;SOR=1.559;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=60;TCF=45;TCR=15;TR=60;WE=4859733;WS=4859715;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr3	4872813	rs5018278	T	A	968.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.147;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=4.771;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=34.60;ReadPosRankSum=0.000;SOR=1.549;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,26:0.93:28
chr3	4872815	rs5018277	T	A	1449.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=40.27;SOR=1.863;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr3	4878419	rs201029025	CTTTTTTTTTTT	C	1265.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.572;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=4.561;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.18;MQRankSum=0.526;QD=23.01;ReadPosRankSum=2.097;SOR=1.336;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,38:0.69:55
chr3	4927281	rs4685841	T	C	2205.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.884;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=14;PP=1473;ReadPosRankSum=-0.681;SC=ACCATCACAATTTAAAAGGCC;SOR=1.251;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=69;TCF=55;TCR=14;TR=69;WE=4927289;WS=4927271;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,77:0.99:78
chr3	4927308	rs6794077	A	G	3561.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=68;NR=32;PP=1689;SC=GGTTGCTCACAGAACAAAACA;SOR=1.448;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=101;TCF=69;TCR=32;TR=100;WE=4927316;WS=4927298;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,141:1.00:141
chr3	4940658	.	C	CAGAGAGAGAGAGAG	889.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.90;QD=44.49;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr3	4942300	rs3762783	T	C	8565.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.617;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=329;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=98;NR=96;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.826;SC=GTGAACTTTTTTTGCAAAGGA;SOR=0.226;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=195;TCF=99;TCR=96;TR=194;WE=4942308;WS=4942290;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,321:1.00:322
chr3	4942430	rs3762784	G	A	3039.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=27;NR=62;PP=1751;SC=ATCAGCTGGGGCCTGGATTTC;SOR=1.588;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=90;TCF=27;TCR=63;TR=89;WE=4942438;WS=4942420;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr3	5021403	rs2271566	C	T	1567.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-0.609;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.967;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=22;PP=913;ReadPosRankSum=0.027;SC=CTCGCCGCGCCATGGAGCGGA;SOR=0.532;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=150;TCF=103;TCR=47;TR=64;WE=5021411;WS=5021393;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:105,77:0.42:182
chr3	5022961	rs13076468	A	C	729.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=4.987;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.409;HP=2;HapScore=2;MGOF=54;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=3;PP=484;ReadPosRankSum=-0.802;SC=TAAAACAGCCAACCAGGAAAC;SOR=1.092;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=53;TCF=44;TCR=9;TR=23;WE=5022969;WS=5022951;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,21:0.39:54
chr3	5022981	rs34085319	CT	C	461.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.793;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.980;HP=10;HapScore=3;MGOF=38;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=1.188;NF=22;NR=6;PP=309;ReadPosRankSum=-1.835;SC=CACTATTCCACTTTTTTTTTT;SOR=0.927;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=61;TCF=43;TCR=18;TR=28;WE=5022989;WS=5022971;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,34:0.40:85
chr3	5024415	rs11398309	A	AT	257.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=1.454;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5010;FS=1.893;HP=11;HapScore=3;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.733;NF=6;NR=4;PP=112;ReadPosRankSum=0.555;SC=CAGTAAATGCATTTTTTTTTT;SOR=1.387;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=17;TCF=8;TCR=9;TR=10;WE=5024423;WS=5024406;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,17:0.71:24
chr3	5024771	rs908078	T	C	6368.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.499;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=759;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.525;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=90;NR=81;PP=2680;ReadPosRankSum=-1.567;SC=CGGCCAAAGGTTCGGAAGGTC;SOR=0.613;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=445;TCF=241;TCR=204;TR=171;WE=5024779;WS=5024761;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:427,325:0.43:752
chr3	5214034	rs62255884	C	G	777.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=22;PP=637;SC=TAGCTAATATCCTAGTGTAAT;SOR=4.977;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=23;TCF=1;TCR=22;TR=23;WE=5214042;WS=5214024;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr3	5214126	rs2270750	G	A	192.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=3;PP=126;SC=GCTAAGGGGTGTACATGTTTT;SOR=0.941;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=7;TCF=4;TCR=3;TR=6;WE=5214134;WS=5214116;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr3	5241223	rs377120	C	T	6437.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=253;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=117;NR=64;PP=2965;SC=TGTGATGATACAGCCTCAGTT;SOR=1.202;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=182;TCF=118;TCR=64;TR=181;WE=5241231;WS=5241213;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,243:1.00:243
chr3	5241309	rs410509	C	A	11576.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=440;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=125;NR=146;PP=2965;SC=TCCAGAAAGCCGTCAAGTTAG;SOR=0.790;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=272;TCF=126;TCR=146;TR=271;WE=5241317;WS=5241299;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,432:1.00:432
chr3	5249962	.	G	GT	191.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.032;ClippingRankSum=0.000;DP=208;ExcessHet=3.0103;FS=2.915;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.21;ReadPosRankSum=0.891;SOR=0.419;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:124,35:0.22:159
chr3	6903601	rs342034	A	G	5120.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=42;NR=98;PP=2877;SC=CCAGGTAGGGATGCGCTCCCT;SOR=1.597;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=140;TCF=42;TCR=98;TR=140;WE=6903609;WS=6903591;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,186:1.00:186
chr3	6904812	.	G	GTT	2382.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.170;ClippingRankSum=0.000;DP=361;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.109;HP=11;HapScore=4;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.911;NF=4;NR=79;PP=1052;ReadPosRankSum=1.944;SC=TCTCCTTGCTGTTTTTTTTTT;SOR=0.588;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=179;TCF=7;TCR=172;TR=83;WE=6904830;WS=6904802;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:125,161:0.56:286
chr3	7188116	rs3749448	G	A	387.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=2.418;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.035;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=2;PP=214;ReadPosRankSum=0.870;SC=GCACTCTCACGTGGTGCTTTC;SOR=1.270;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=30;TCF=23;TCR=7;TR=13;WE=7188124;WS=7188106;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,18:0.46:39
chr3	7456675	rs712774	C	T	2159.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=53;NR=15;PP=1611;SC=AGCAGTGCCCCGCAAGCAATG;SOR=2.400;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=68;TCF=53;TCR=15;TR=68;WE=7456683;WS=7456665;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr3	7494245	rs111752136	TTG	T	627.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.123;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.602;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=4;PP=491;ReadPosRankSum=0.387;SC=CAATGCCAATTTGTGTGTGTG;SOR=1.276;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=22;TCF=14;TCR=8;TR=12;WE=7494254;WS=7494235;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,25:0.69:36
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chr3	7620382	rs7614915	C	T	3878.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.686;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=347;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.475;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=53;PP=1799;ReadPosRankSum=-1.123;SC=TCCTGTCTTCCTGGCAATGTT;SOR=0.652;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=239;TCF=118;TCR=121;TR=112;WE=7620390;WS=7620372;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:161,179:0.53:340
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chr3	7620828	rs1485174	G	A	3984.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.487;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=318;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=15.512;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=68;PP=2234;ReadPosRankSum=-0.097;SC=AAGCCAGAGGGGTTCTCAAGT;SOR=0.306;SbPval=0.24;Source=Platypus;TC=236;TCF=91;TCR=145;TR=124;WE=7620836;WS=7620818;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:138,174:0.56:312
chr3	7621093	rs1485173	T	A	458.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-2.423;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.372;HP=4;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=16;PP=327;ReadPosRankSum=0.630;SC=TGTGTTCATTTTTGTAAGTAC;SOR=0.465;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=39;TCF=11;TCR=28;TR=23;WE=7621101;WS=7621083;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,22:0.58:38
chr3	7649591	rs2139187	C	A	1509.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-1.857;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.495;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=20;PP=727;ReadPosRankSum=0.228;SC=CCCAAGTAGGCCCCAGTGTCT;SOR=0.481;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=85;TCF=55;TCR=30;TR=52;WE=7649599;WS=7649581;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,72:0.62:117
chr3	7649747	rs146667493	A	AT	2764.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.725;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=35;PP=1690;ReadPosRankSum=-0.184;SC=AAAAGACATGACTCATGCTTT;SOR=0.692;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=79;TCF=10;TCR=69;TR=42;WE=7649755;WS=7649737;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:92,83:0.47:175
chr3	7649815	rs114582026	G	T	675.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.146;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=1.380;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.51;ReadPosRankSum=1.367;SOR=0.976;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,20:0.37:54
chr3	7649819	rs115155482	C	T	654.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.554;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.10;ReadPosRankSum=1.401;SOR=0.455;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,19:0.38:50
chr3	7678010	rs7611935	G	A	2680.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=1.130;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=333;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.003;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=56;PP=1431;ReadPosRankSum=-1.213;SC=TATCCTCCCCGACCGGACTAA;SOR=0.870;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=201;TCF=83;TCR=118;TR=94;WE=7678018;WS=7678000;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:189,139:0.42:328
chr3	7678090	rs7612048	G	A	1397.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=2.142;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.646;HP=5;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=40;PP=997;ReadPosRankSum=1.283;SC=CACTGTCATTGTTTGAAAAAT;SOR=1.203;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=104;TCF=25;TCR=79;TR=52;WE=7678098;WS=7678080;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,62:0.42:146
chr3	7732726	rs5846531	AT	A	653.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.452;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=11;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.354;NF=28;NR=1;PP=486;ReadPosRankSum=-0.631;SC=AACTTTGCAGATTTTTTTTTT;SOR=4.174;SbPval=0.93;Source=Platypus;TC=32;TCF=29;TCR=3;TR=29;WE=7732734;WS=7732716;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,34:0.97:35
chr3	8299404	rs145434533	AGAAGGAAGGAAGGAAGGAAGGAAG	A,AGAAGGAAGGAAGGAAGGAAG	1030.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;QD=38.18;SOR=0.922;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:0,17,10:0.63,0.37:27
chr3	8299606	rs201757824	AAAGGAAGGAAGG	A	434.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=4.867;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.43;MQRankSum=0.873;QD=22.88;SOR=1.930;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,12:0.63:19
chr3	8299641	rs4990797	G	C	271.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.655;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=4.291;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.21;MQRankSum=-0.720;QD=5.55;ReadPosRankSum=-1.754;SOR=0.650;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,18:0.37:49
chr3	8543713	rs5846598	G	GT	7062.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=11;NR=84;PP=2973;SC=ACTTTTTCTTGTTCCCCTTCC;SOR=1.089;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=97;TCF=11;TCR=86;TR=95;WE=8543721;WS=8543703;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,224:1.00:224
chr3	8543757	rs2324625	A	C	1376.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.965;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=31;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=36;PP=661;ReadPosRankSum=2.150;SC=AAAGGTAATGAGAAGGGAACT;SOR=0.715;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=97;TCF=29;TCR=68;TR=53;WE=8543765;WS=8543747;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,70:0.50:139
chr3	8556617	rs12715649	A	G	3097.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=1.154;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=270;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=33;PP=1266;ReadPosRankSum=1.850;SC=CTAGATGGTGATCACATGGGA;SOR=0.719;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=144;TCF=85;TCR=59;TR=80;WE=8556625;WS=8556607;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:123,147:0.54:270
chr3	8556671	rs60137047	T	G	2489.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.364;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=280;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.912;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=30;PP=913;ReadPosRankSum=-0.515;SC=ATTGGTGCATTTCGACCGCAT;SOR=0.729;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=154;TCF=77;TCR=77;TR=62;WE=8556679;WS=8556661;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:153,125:0.45:278
chr3	8556784	rs12715650	A	C	866.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-2.390;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.221;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=27;PP=454;ReadPosRankSum=0.470;SC=GTGAGGCCAAAGCATGGAAAG;SOR=1.154;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=62;TCF=13;TCR=49;TR=32;WE=8556792;WS=8556774;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,43:0.51:84
chr3	8609071	rs3774212	G	A	2378.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=2.107;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.054;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=31;PP=1240;ReadPosRankSum=-1.274;SC=TAGATATACCGTCTCTACCTA;SOR=0.926;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=150;TCF=93;TCR=57;TR=84;WE=8609079;WS=8609061;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:106,115:0.52:221
chr3	8667896	rs355058	T	C	28592.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=1086;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=278;NR=296;PP=2965;SC=TGCCACAGCATTGAGACACTG;SOR=0.712;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=575;TCF=279;TCR=296;TR=574;WE=8667904;WS=8667886;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,1080:1.00:1080
chr3	8669361	rs1533001	C	A	3388.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=0.405;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=343;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.968;NF=51;NR=47;PP=1555;ReadPosRankSum=0.841;SC=CACTTCACCGCGGTGCTGGGG;SOR=0.685;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=192;TCF=102;TCR=90;TR=98;WE=8669375;WS=8669351;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:175,166:0.49:341
chr3	8669367	rs5846608	TG	T	12378.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=0.635;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=325;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.120;NF=33;NR=85;PP=2963;ReadPosRankSum=-1.829;SC=ACCGCGGTGCTGGGGAGATGC;SOR=0.772;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=127;TCF=35;TCR=92;TR=118;WE=8669375;WS=8669351;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,314:0.99:316
chr3	8671319	rs142926392	C	CTGACTCACCAGTGGTTCACAGA	3008.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.567;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FS=8.829;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.29;ReadPosRankSum=0.805;SOR=1.370;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:105,69:0.40:174
chr3	8675539	rs2276800	G	A	2008.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-1.211;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.257;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=22;PP=735;ReadPosRankSum=-0.932;SC=GGACTCACGCGGGCCAGCCAG;SOR=0.780;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=104;TCF=53;TCR=51;TR=53;WE=8675547;WS=8675529;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,99:0.55:181
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chr3	8677144	rs150771837	C	T	970.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-2.524;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.755;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=26;PP=501;ReadPosRankSum=-0.930;SC=GAAGGAAAGACTGATTGAATG;SOR=0.464;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=75;TCF=19;TCR=56;TR=36;WE=8677152;WS=8677134;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,48:0.48:99
chr3	8686368	rs241051	T	C	4027.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=2.541;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=440;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.523;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=60;PP=1967;ReadPosRankSum=1.990;SC=AAATGCAGGCTAAAATATCTC;SOR=0.618;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=277;TCF=144;TCR=133;TR=119;WE=8686376;WS=8686358;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:237,197:0.45:434
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chr3	8701430	rs371133	T	C	4476.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=397;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.366;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=76;NR=65;PP=2230;ReadPosRankSum=1.057;SC=TATGTATTCATTCATTCAATG;SOR=0.717;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=256;TCF=136;TCR=120;TR=141;WE=8701438;WS=8701420;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:178,212:0.54:390
chr3	8705277	rs12634985	G	A	817.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-3.342;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.520;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-1.082;NF=21;NR=8;PP=422;ReadPosRankSum=0.083;SC=CTGGCTGGGTGTGATATCTCC;SOR=0.327;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=75;TCF=58;TCR=17;TR=29;WE=8705285;WS=8705267;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,41:0.45:91
chr3	8712799	rs62244201	G	A	2556.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-1.960;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=268;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=39;PP=1003;ReadPosRankSum=0.610;SC=GAATTTGATGGCAGGGTCTAC;SOR=0.698;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=144;TCF=66;TCR=78;TR=71;WE=8712807;WS=8712789;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:136,130:0.49:266
chr3	8712913	rs137979773	C	G	333.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-3.357;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=13;PP=267;ReadPosRankSum=-0.295;SC=TAGAACATTGCACGTAACATC;SOR=0.569;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=38;TCF=3;TCR=35;TR=14;WE=8712921;WS=8712903;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,14:0.36:39
chr3	8757377	rs62242588	A	G	1166.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=-1.318;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.037;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=11;PP=330;ReadPosRankSum=0.865;SC=GAGCCCGTGCATTCAACAAAG;SOR=0.777;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=74;TCF=37;TCR=37;TR=27;WE=8757385;WS=8757367;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,63:0.45:139
chr3	8757547	rs62242589	G	A	215.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=0.911;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.935;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=9;PP=145;ReadPosRankSum=1.084;SC=CAAGACCAGCGTCAGTGAGCA;SOR=1.488;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=21;TCF=5;TCR=16;TR=11;WE=8757555;WS=8757537;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,11:0.48:23
chr3	8775457	rs2072583	G	A	345.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-5.333;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=22.529;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=2;PP=139;ReadPosRankSum=-1.678;SC=TAGCTGGCAGGGACATAAGTC;SOR=0.006;SbPval=0.13;Source=Platypus;TC=41;TCF=39;TCR=2;TR=13;WE=8775465;WS=8775455;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,18:0.38:47
chr3	8775661	rs1008642	C	T	6918.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.135;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=727;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=102;NR=104;PP=2774;ReadPosRankSum=2.909;SC=AGAACATTAACGAGGACATAG;SOR=0.699;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=428;TCF=211;TCR=217;TR=206;WE=8775669;WS=8775651;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:371,352:0.49:723
chr3	8784046	rs34044666	C	CA,CAAA	1064.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.704;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=20.88;ReadPosRankSum=0.061;SOR=0.544;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:4,18,29:0.35,0.57:51
chr3	8809222	rs4686302	C	T	7816.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.227;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=826;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.091;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=119;NR=134;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.136;SC=CCGTAGCAGGCAGCGAGCACG;SOR=0.766;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=520;TCF=252;TCR=268;TR=253;WE=8809230;WS=8809212;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:430,383:0.47:813
chr3	8931984	rs656626	A	C	404.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.264;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.106;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=6;PP=272;ReadPosRankSum=0.227;SC=CCAGAAAGCAAAAATATAATT;SOR=1.022;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=58;TCF=37;TCR=21;TR=19;WE=8931992;WS=8931974;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,23:0.30:77
chr3	8932189	rs607531	C	T	499.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.190;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.94;ReadPosRankSum=-3.391;SOR=0.699;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:44,28:0.39:72
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chr3	8955240	rs430781	T	C	675.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=2.184;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.406;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=6;PP=385;ReadPosRankSum=0.736;SC=AGTAAATGAATAAATTTAATA;SOR=1.242;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=55;TCF=38;TCR=17;TR=24;WE=8955248;WS=8955230;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,32:0.44:73
chr3	8955389	rs373572	C	T	1781.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-2.065;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.841;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=35;PP=759;ReadPosRankSum=-2.349;SC=TTCGATTTCTCGAACTATTTC;SOR=0.941;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=112;TCF=51;TCR=61;TR=61;WE=8955397;WS=8955379;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,88:0.56:156
chr3	8988809	rs689296	C	T	295.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.449;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.684;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=1;PP=202;ReadPosRankSum=-1.075;SC=AAATATGCAACCCTGCATTCC;SOR=2.448;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=18;TCF=16;TCR=2;TR=12;WE=8988817;WS=8988799;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,13:0.65:20
chr3	9005078	rs615967	C	T	4202.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=2.818;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=395;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.188;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=64;PP=2058;ReadPosRankSum=0.010;SC=ATGGTCGCTCCCGAGGATGCT;SOR=0.630;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=251;TCF=131;TCR=120;TR=129;WE=9005086;WS=9005068;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:188,198:0.51:386
chr3	9027704	rs341785	A	G	1498.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-2.076;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.981;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=32;PP=755;ReadPosRankSum=-0.604;SC=CTTCGTAGGCAGGTTCCCCAG;SOR=0.478;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=67;TCF=16;TCR=51;TR=42;WE=9027712;WS=9027694;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,61:0.67:91
chr3	9034558	rs511815	C	T	4562.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.610;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=485;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=77;NR=62;PP=2033;ReadPosRankSum=-0.926;SC=GGATTGACACCAGCAGGGAAA;SOR=0.667;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=280;TCF=154;TCR=126;TR=139;WE=9034566;WS=9034548;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:252,227:0.47:479
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chr3	9066853	rs421041	T	C	4735.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.086;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=459;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.434;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=88;NR=55;PP=2104;ReadPosRankSum=0.363;SC=CACTGCAGGCTGGCTTCTGCA;SOR=0.900;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=290;TCF=168;TCR=122;TR=143;WE=9066861;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:231,226:0.49:457
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chr3	9079896	rs884237	T	C	125.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=2.187;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=6;PP=89;ReadPosRankSum=-0.709;SC=GAAATCTAATTATGCCTAAGG;SOR=0.627;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=22;TCF=3;TCR=19;TR=7;WE=9079904;WS=9079886;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,7:0.29:24
chr3	9089254	rs2244864	C	G	3511.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=27;NR=65;PP=2104;SC=GGAAGCCGAACAGAGATCACG;SOR=1.498;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=96;TCF=31;TCR=65;TR=92;WE=9089262;WS=9089244;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr3	9090944	rs111520352	C	G	165.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=2.207;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=1;PP=112;ReadPosRankSum=-1.349;SC=CACTGGCCCACCTTGATGGGT;SOR=0.250;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=23;TCF=21;TCR=2;TR=8;WE=9090952;WS=9090934;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,8:0.35:23
chr3	9091151	rs610457	C	G	4779.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=47;NR=53;PP=1779;SC=CATCAGGCCCCTTCTACCCAG;SOR=0.759;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=101;TCF=47;TCR=54;TR=100;WE=9091159;WS=9091141;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,186:1.00:186
chr3	9122948	rs2664089	A	G	5379.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=57;NR=55;PP=2131;SC=ACCATTGCCTAGATCCTGACA;SOR=0.723;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=112;TCF=57;TCR=55;TR=112;WE=9122956;WS=9122938;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,205:1.00:205
chr3	9166281	rs735253	G	C	356.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-3.735;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.207;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=3;PP=249;ReadPosRankSum=-1.267;SC=AACCTGCAGAGCCAGGGCCCT;SOR=0.223;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=30;TCF=26;TCR=4;TR=16;WE=9166289;WS=9166277;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,16:0.53:30
chr3	9406661	rs2728949	G	A	632.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-1.996;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=4;PP=375;ReadPosRankSum=-0.807;SC=TGAAATATGAGATGATAATAT;SOR=0.591;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=43;TCF=36;TCR=7;TR=22;WE=9406669;WS=9406651;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,27:0.52:52
chr3	9406836	rs1054975	T	C	3811.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.227;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=346;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.761;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=51;PP=1602;ReadPosRankSum=0.003;SC=TGACAGAAAGTGACCTCGGAA;SOR=0.791;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=223;TCF=119;TCR=104;TR=116;WE=9406844;WS=9406826;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:161,182:0.53:343
chr3	9407022	rs2648536	T	C	2318.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.036;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.173;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=48;PP=1274;ReadPosRankSum=1.412;SC=TGGAGCAATATTTAAAATAGT;SOR=0.603;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=130;TCF=44;TCR=86;TR=73;WE=9407030;WS=9407012;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,104:0.56:187
chr3	9408443	rs2648535	A	C	335.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.044;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=3;PP=156;ReadPosRankSum=1.056;SC=AGAGATGAGAAACTAGGGAGA;SOR=1.123;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=17;TCF=12;TCR=5;TR=11;WE=9408451;WS=9408433;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,15:0.71:21
chr3	9422210	rs2596916	T	C	613.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.174;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.041;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=8;PP=301;ReadPosRankSum=1.528;SC=GGTCTGACTGTTTCCATATTG;SOR=0.525;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=32;TCF=18;TCR=14;TR=18;WE=9422218;WS=9422200;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,30:0.56:54
chr3	9425911	rs1129170	G	A	1140.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.491;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.679;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=8;PP=587;ReadPosRankSum=1.518;SC=GATCCAAGAAGAGAAACTGGA;SOR=0.941;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=69;TCF=48;TCR=21;TR=33;WE=9425919;WS=9425901;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,52:0.51:102
chr3	9425944	rs1046788	G	C	1364.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.202;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.030;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=20;PP=610;ReadPosRankSum=1.754;SC=CTTGCCTACGGGAGATGAGCC;SOR=0.514;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=108;TCF=68;TCR=40;TR=47;WE=9425952;WS=9425934;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:94,69:0.42:163
chr3	9426224	rs1129174	G	A	1011.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.714;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.790;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=21;PP=574;ReadPosRankSum=-0.389;SC=TCTGGAATGCGACACGTATGG;SOR=0.800;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=59;TCF=25;TCR=34;TR=36;WE=9426232;WS=9426214;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,48:0.54:89
chr3	9489767	rs2258735	T	C	4261.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=29;NR=78;PP=2639;SC=CTATAATCCCTAGAAGAAACT;SOR=1.609;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=107;TCF=29;TCR=78;TR=107;WE=9489775;WS=9489757;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,148:1.00:148
chr3	9495385	rs2648580	A	G	6683.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=256;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=131;NR=54;PP=2965;SC=ATAGTTTTAGATAATTATTGA;SOR=1.514;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=185;TCF=131;TCR=54;TR=185;WE=9495393;WS=9495375;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,243:1.00:243
chr3	9517577	rs17747739	C	T	6453.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.224;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=633;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.105;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=98;NR=120;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.368;SC=TTCCTCAGAACTCTAGGTCGT;SOR=0.576;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=429;TCF=184;TCR=245;TR=218;WE=9517585;WS=9517567;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:315,309:0.50:624
chr3	9543998	rs376667655	AAG	A	628.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.233;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=738;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.03;MQRankSum=3.829;QD=1.08;ReadPosRankSum=0.362;SOR=0.680;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:509,71:0.12:580
chr3	9547950	rs2625890	G	C	3245.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.060;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FS=3.431;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.64;ReadPosRankSum=-3.163;SOR=0.980;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:102,93:0.48:195
chr3	9547959	rs2625889	C	T	2885.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.676;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FS=4.969;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.92;ReadPosRankSum=-3.166;SOR=1.080;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:88,73:0.45:161
chr3	9691548	rs62245609	A	G	256.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.358;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=7.952;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.88;ReadPosRankSum=0.000;SOR=0.052;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,13:0.50:26
chr3	9730529	.	G	GT	695.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.823;ClippingRankSum=0.000;DP=392;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.00;ReadPosRankSum=1.265;SOR=0.709;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:265,83:0.24:348
chr3	9743398	rs144534173	TGGAG	T	7774.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=27;NR=49;PP=2979;SC=ACAGGTGGTATGGAGGGAGGG;SOR=1.159;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=90;TCF=36;TCR=54;TR=76;WE=9743409;WS=9743388;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,174:1.00:174
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chr3	9754334	rs187310	C	T	3788.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.924;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=438;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=71;PP=1818;ReadPosRankSum=1.086;SC=CTTCTCTCCCCGTAAACCCTT;SOR=0.669;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=267;TCF=121;TCR=146;TR=131;WE=9754342;WS=9754324;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:238,193:0.45:431
chr3	9757582	rs369700748	CCCTATGGGCCTCACT	CATGGGCCTCACT,C	463.73	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;ALERT;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=1.694;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.268;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=3;PP=2189;ReadPosRankSum=0.000;SC=CTTTCCAAGCCCCTATGGGCC;SOR=0.481;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=20;TCF=9;TCR=11;TR=5;WE=9757606;WS=9757572;set=Intersection	GT:AF:DP	0/1:0.34:41
chr3	9757586	rs372750511	ATGGGCCTCACTT	A	457.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=1.380;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.17;ReadPosRankSum=0.055;SOR=0.530;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,14:0.31:45
chr3	9757598	.	T	A	379	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MMLQ=21;MQ=60.0;NF=6;NR=3;PP=379;QD=45.9745791719;SC=GGGCCTCACTTCCTTCTGCCA;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=36;TCF=22;TCR=14;TR=9;WE=9757606;WS=9757572;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:27,9:0.25:36
chr3	9768336	rs3868893	C	G	3273.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.62;BaseQRankSum=0.652;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=349;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.280;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=54;PP=1449;ReadPosRankSum=0.823;SC=AGTTCACCCTCTTTCCCCTAC;SOR=0.789;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=190;TCF=84;TCR=106;TR=96;WE=9768344;WS=9768326;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:179,162:0.48:341
chr3	9769008	rs3891072	A	T	4356.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.974;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=484;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.745;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=67;PP=1618;ReadPosRankSum=-0.114;SC=TCATTCATTGAATACATCCTT;SOR=0.856;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=275;TCF=127;TCR=148;TR=116;WE=9769024;WS=9768998;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:257,223:0.46:480
chr3	9782917	rs17050540	C	T	1621.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-0.610;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.486;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=23;PP=958;ReadPosRankSum=0.898;SC=ACCTGAGTTTCCTGGGCTCTC;SOR=0.561;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=104;TCF=69;TCR=35;TR=63;WE=9782925;WS=9782907;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,72:0.58:125
chr3	9783147	rs696513	A	G	984.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.812;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.019;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=27;PP=612;ReadPosRankSum=1.347;SC=GGCCAGCCCTATTTTATAAAA;SOR=0.237;SbPval=0.26;Source=Platypus;TC=63;TCF=12;TCR=51;TR=36;WE=9783155;WS=9783137;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,43:0.55:78
chr3	9787527	rs17050543	C	T	3620.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.527;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=401;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.369;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=60;PP=1577;ReadPosRankSum=-0.103;SC=GGGGAGCTGGCTGGCTGTCAG;SOR=0.664;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=252;TCF=124;TCR=128;TR=118;WE=9787535;WS=9787517;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:195,186:0.49:381
chr3	9803126	rs17252807	A	G	1249.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=28;NR=11;PP=745;SC=ACAGCCTACCATGGCCAAGCC;SOR=1.659;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=39;TCF=28;TCR=11;TR=39;WE=9803134;WS=9803116;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr3	9822275	rs3868897	C	T	1467.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=35;PP=1004;SC=CAGCCCACCTCCAGAGAACAA;SOR=4.317;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=39;TCF=4;TCR=35;TR=39;WE=9822283;WS=9822265;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr3	9829171	rs2290309	G	A	1498.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=31;NR=14;PP=1112;SC=AAAGTACAACGAAGATAAAAC;SOR=1.702;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=45;TCF=31;TCR=14;TR=45;WE=9829179;WS=9829161;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr3	9829226	rs293786	A	C	2241.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=46;NR=23;PP=1685;SC=AAAAAGAACTAAGACACACAC;SOR=1.432;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=70;TCF=46;TCR=24;TR=69;WE=9829234;WS=9829216;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr3	9841989	rs6443266	A	G	2002.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=18;NR=39;PP=1240;SC=AGGTAAGTTCACCATGGAGGA;SOR=1.426;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=57;TCF=18;TCR=39;TR=57;WE=9841997;WS=9841979;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr3	9852059	rs34761997	C	CGAT	3067.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=32;PP=2123;SC=CCCCGGTCCTCGACCCCTCTC;SOR=1.478;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=42;TCF=6;TCR=36;TR=38;WE=9852067;WS=9852038;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr3	9852148	rs9827444	G	A	882.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=11;NR=15;PP=589;SC=TGGGGTGGAGGGACTGGGGGT;SOR=0.892;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=11;TCR=15;TR=26;WE=9852156;WS=9852138;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr3	9859456	rs3806672	C	G	3790.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=43;NR=52;PP=1737;SC=AAGGAGACCCCCAGCCCTATG;SOR=0.869;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=95;TCF=43;TCR=52;TR=95;WE=9859464;WS=9859446;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,146:1.00:146
chr3	9867625	rs3732527	C	T	14885.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.234;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=578;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=154;NR=192;PP=2965;ReadPosRankSum=1.844;SC=CCAAGTCCCGCGGACGAGGTG;SOR=0.288;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=348;TCF=154;TCR=194;TR=346;WE=9867633;WS=9867615;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,565:1.00:566
chr3	9868577	rs12490900	A	G	856.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=28;NR=2;PP=684;SC=AGCCTTACCCACTCAGCCCTA;SOR=4.680;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=30;TCF=28;TCR=2;TR=30;WE=9868585;WS=9868576;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr3	9870857	rs2290303	G	A	12876.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.884;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=511;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=111;NR=169;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.322;SC=ACACCGTGCAGTGTCGGAAGG;SOR=0.952;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=282;TCF=112;TCR=170;TR=280;WE=9870865;WS=9870847;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,500:0.99:504
chr3	9871030	rs2290305	T	G	4125.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=35;NR=63;PP=2017;SC=ATTGACCGGATGCTGGACCGC;SOR=1.142;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=98;TCF=35;TCR=63;TR=98;WE=9871038;WS=9871020;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,153:1.00:153
chr3	9874670	rs7622954	G	A	1495.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=2.159;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=5.579;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=3;PP=1119;ReadPosRankSum=0.687;SC=GCTCAGAAACGCCTCTTTGAC;SOR=3.528;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=46;TCF=43;TCR=3;TR=45;WE=9874678;WS=9874660;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,52:0.96:54
chr3	9876301	rs13088594	G	T	8951.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.912;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=333;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=154;NR=91;PP=2965;ReadPosRankSum=1.256;SC=ACACGTACCTGTTAGGGCAGC;SOR=0.457;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=248;TCF=156;TCR=92;TR=245;WE=9876309;WS=9876291;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,326:1.00:327
chr3	9885022	rs3846165	T	C	1933.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=50;NR=4;PP=1480;SC=TTAGGTGGCTTGTCCCAGCTC;SOR=4.443;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=54;TCF=50;TCR=4;TR=54;WE=9885030;WS=9885016;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr3	9896259	rs4686378	T	A	3512.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=0.274;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=377;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.185;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=46;PP=1456;ReadPosRankSum=-0.850;SC=GCTCCTAACATGCAGGTGTCA;SOR=0.581;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=199;TCF=107;TCR=92;TR=95;WE=9896267;WS=9896249;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:197,177:0.47:374
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chr3	9932337	rs279558	G	C	2565.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=60;NR=18;PP=1737;SC=AATAGGGTCAGTGGGCCGCTT;SOR=2.250;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=78;TCF=60;TCR=18;TR=78;WE=9932345;WS=9932327;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
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chr3	9944937	rs279588	G	T	1862.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=2.038;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=21;PP=1331;ReadPosRankSum=-0.928;SC=GAGCTGGGAAGATAAGAGCCA;SOR=1.127;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=53;TCF=32;TCR=21;TR=53;WE=9944945;WS=9944927;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,64:0.97:66
chr3	9947864	rs279583	T	C	478.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=8;PP=308;SC=ACTTGGGAGGTGGAGGCTGCA;SOR=0.914;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=18;TCF=10;TCR=8;TR=18;WE=9947872;WS=9947854;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr3	9947898	rs279582	T	A	674.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=12;NR=10;PP=381;SC=GCGCCATTGCTCTCCAGCCTG;SOR=0.846;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=22;TCF=12;TCR=10;TR=22;WE=9947906;WS=9947888;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr3	9947997	rs279581	C	T	2642.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=39;NR=30;PP=1286;SC=CATCTCCAGGCAGGGGAGGGG;SOR=0.925;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=69;TCF=39;TCR=30;TR=69;WE=9948005;WS=9947987;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr3	9949821	rs114381599	A	G	2102.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.208;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.148;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=31;PP=1009;ReadPosRankSum=-1.096;SC=TAGAGGAAAAACAGGGTGTGT;SOR=0.500;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=126;TCF=71;TCR=55;TR=63;WE=9949829;WS=9949811;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:101,104:0.51:205
chr3	9951038	rs142612801	TAC	T	582.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.339;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=373;ExcessHet=3.0103;FS=2.183;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.06;MQRankSum=3.390;QD=2.11;ReadPosRankSum=0.036;SOR=0.898;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:228,48:0.17:276
chr3	9952706	rs279572	A	G	8233.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=313;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.48;SOR=1.317;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,311:1.00:311
chr3	9952788	rs279571	T	C	10639.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=400;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=162;NR=138;PP=2965;SC=TTCTCCCTGATGAACTCTCCT;SOR=0.970;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=300;TCF=162;TCR=138;TR=300;WE=9952796;WS=9952778;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,397:1.00:397
chr3	9956279	rs455863	G	A	7882.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=297;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=81;NR=87;PP=2965;SC=TCTTGTGTCCGGATGGTGAGT;SOR=0.707;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=172;TCF=83;TCR=89;TR=168;WE=9956287;WS=9956269;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,296:1.00:296
chr3	9956894	rs693802	C	T	341.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=7;NR=5;PP=256;SC=CTGAGCAGTCCCTCAGCCGCC;SOR=1.022;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=12;TCF=7;TCR=5;TR=12;WE=9956902;WS=9956884;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr3	9957455	rs1056286	C	T	6431.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=251;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=73;NR=72;PP=2627;SC=GCAGCCGGCTCGAACGAGAGG;SOR=0.701;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=145;TCF=73;TCR=72;TR=145;WE=9957463;WS=9957445;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,245:1.00:245
chr3	9958947	rs34605147	T	TG	1362.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.045;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=2.629;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.57;MQRankSum=0.508;QD=24.33;ReadPosRankSum=-0.363;SOR=0.250;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:3,53:0.95:56
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chr3	9960070	rs708567	C	T	3585.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.486;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=30;PP=1948;ReadPosRankSum=1.674;SC=GCAGCTGACTCAGGGGTGGAG;SOR=0.474;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=90;TCF=60;TCR=30;TR=89;WE=9960078;WS=9960060;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,131:0.99:132
chr3	9962157	rs783494	T	C	6941.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-2.174;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=267;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.839;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=107;NR=61;PP=2965;ReadPosRankSum=1.341;SC=CCAGCCTTCCTCACCCCTCTC;SOR=0.831;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=169;TCF=107;TCR=62;TR=168;WE=9962165;WS=9962147;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,258:1.00:259
chr3	9962767	rs34198416	TATTC	T	2381.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=2;NR=22;PP=1193;SC=TCACAGAACATATTCATTCAT;SOR=1.371;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=30;TCF=2;TCR=28;TR=24;WE=9962778;WS=9962757;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr3	9965745	rs13097123	C	T	4226.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=1.689;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=485;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=45;PP=1453;ReadPosRankSum=0.122;SC=CACTGTAGGCCGATGCCTGTG;SOR=0.698;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=254;TCF=137;TCR=117;TR=101;WE=9965753;WS=9965735;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:268,212:0.44:480
chr3	9970031	rs279549	A	G	13904.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=534;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQ=60.02;NF=161;NR=169;PP=2965;SC=GCCCGACTGCAACTGCTGACC;SOR=0.716;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=330;TCF=161;TCR=169;TR=330;WE=9970039;WS=9970021;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,532:1.00:532
chr3	9970442	rs279547	C	T	453.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-5.052;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=17;PP=367;ReadPosRankSum=-1.295;SC=GTTCCACTGCCTACTTTAGTA;SOR=1.071;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=29;TCF=0;TCR=29;TR=17;WE=9970450;WS=9970432;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,17:0.59:29
chr3	9972493	rs279545	G	A	3513.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=61;NR=28;PP=1900;SC=TTGATGCTGGGAATTTGGAGA;SOR=1.347;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=89;TCF=61;TCR=28;TR=89;WE=9972501;WS=9972483;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
chr3	9975247	rs183956	C	G	8322.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=298;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=58;NR=158;PP=2965;SC=TGGGACCAGGCGCGGGACCTG;SOR=1.650;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=216;TCF=58;TCR=158;TR=216;WE=9975255;WS=9975237;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,297:1.00:297
chr3	9976159	rs279552	A	G	8962.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=341;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=126;NR=91;PP=2965;SC=AGTCCCAGCTATGCTCTGGGG;SOR=0.966;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=219;TCF=128;TCR=91;TR=217;WE=9976167;WS=9976149;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,328:1.00:328
chr3	9991388	rs279601	G	C	11901.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=447;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=155;NR=140;PP=2965;SC=GCTTCTTGCTGCAGAAGCTCT;SOR=0.784;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=297;TCF=155;TCR=142;TR=295;WE=9991396;WS=9991378;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,437:1.00:437
chr3	10030236	rs496181	T	C	780.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=3.636;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.274;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-7.724;NF=22;NR=11;PP=700;ReadPosRankSum=-1.191;SC=CTGAGGTAGATTGAAATAAAA;SOR=1.214;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=68;TCF=42;TCR=26;TR=33;WE=10030244;WS=10030226;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,31:0.41:75
chr3	10049882	.	G	A	722.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-2.653;ClippingRankSum=0.000;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.421;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=3;PP=542;ReadPosRankSum=1.923;SC=CTGTGAGAGGGCACATTCCCC;SOR=1.165;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=64;TCF=55;TCR=9;TR=29;WE=10049890;WS=10049872;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,30:0.44:68
chr3	10083526	.	CT	C	217.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.171;ClippingRankSum=0.000;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=3.254;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.15;MQRankSum=1.307;QD=4.11;ReadPosRankSum=-0.905;SOR=0.277;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,26:0.49:53
chr3	10085035	rs803335	G	T	820.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=21;NR=5;PP=610;SC=CCAGACAGACGACAGTGCAAG;SOR=2.387;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=21;TCR=5;TR=26;WE=10085043;WS=10085025;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr3	10088223	rs200221245	T	G	427.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=5.147;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=35;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-4.419;NF=17;NR=1;PP=474;ReadPosRankSum=-2.644;SC=TGTACTGATTTGTTAACTGTT;SOR=0.619;SbPval=0.99;Source=Platypus;TC=66;TCF=51;TCR=15;TR=18;WE=10088231;WS=10088213;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,22:0.24:90
chr3	10088239	rs201770712	G	A	1445.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.197;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FS=3.545;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.66;MQRankSum=-4.736;QD=11.12;ReadPosRankSum=-3.030;SOR=0.423;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:88,42:0.32:130
chr3	10088242	rs199726231	G	A	1455.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.537;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FS=4.500;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.71;MQRankSum=-5.150;QD=10.18;ReadPosRankSum=-1.855;SOR=0.388;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:99,44:0.31:143
chr3	10088266	rs72492997	G	T	1488.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.594;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.050;HP=4;HapScore=2;MGOF=45;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-6.343;NF=32;NR=16;PP=909;ReadPosRankSum=-0.348;SC=GACAATAGGTGTTTGACCTGG;SOR=0.401;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=133;TCF=90;TCR=43;TR=48;WE=10088274;WS=10088256;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:135,77:0.36:212
chr3	10088299	rs112887807	C	T	3627.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.432;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=267;ExcessHet=3.0103;FS=2.787;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.92;MQRankSum=-4.108;QD=13.64;ReadPosRankSum=2.205;SOR=0.533;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:166,100:0.38:266
chr3	10088308	rs72492998	T	C	3830.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.383;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=286;ExcessHet=3.0103;FS=2.032;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.26;MQRankSum=-3.887;QD=13.39;ReadPosRankSum=1.729;SOR=0.559;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:176,110:0.38:286
chr3	10088343	rs73126218	A	G	2351.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.685;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=295;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.971;HP=2;HapScore=1;MGOF=46;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-3.789;NF=32;NR=31;PP=1002;ReadPosRankSum=-0.331;SC=GTGCTAAGAAATAAGATTCGA;SOR=0.833;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=174;TCF=88;TCR=86;TR=63;WE=10088351;WS=10088333;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:174,120:0.41:294
chr3	10088404	.	C	T	2011.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.035;ClippingRankSum=0.000;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.082;HP=2;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-3.943;NF=10;NR=22;PP=1864;ReadPosRankSum=-0.015;SC=CTGTTCATTACTTAGTAAGTG;SOR=0.958;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=116;TCF=38;TCR=78;TR=32;WE=10088430;WS=10088394;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:98,58:0.37:156
chr3	10088406	.	TAGTA	T	2627	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;FR=0.5000;HP=1;HapScore=1;MGOF=28;MMLQ=28;MQ=43.3;NF=0;NR=21;PP=2627;QD=20;SC=GTTCATTACTTAGTAAGTGTC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=79;TCF=2;TCR=77;TR=21;WE=10088430;WS=10088394;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:58,21:0.27:79
chr3	10088407	.	AG	A	1958.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.487;ClippingRankSum=0.000;DP=148;ExcessHet=3.0103;FS=4.318;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.73;MQRankSum=-4.300;QD=13.23;ReadPosRankSum=0.582;SOR=1.062;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:95,53:0.36:148
chr3	10088409	rs375350046	TAAG	T	1901.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=1.735;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FS=4.350;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.63;MQRankSum=-4.192;QD=13.12;ReadPosRankSum=0.444;SOR=1.067;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:92,53:0.37:145
chr3	10088422	rs144167368	C	T	1479.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.001;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FS=1.785;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.20;MQRankSum=-5.265;QD=13.33;ReadPosRankSum=1.389;SOR=0.986;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:71,40:0.36:111
chr3	10088443	rs145517746	C	A	1041.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.051;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FS=2.404;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.05;MQRankSum=-4.297;QD=13.36;ReadPosRankSum=1.992;SOR=1.109;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:49,29:0.37:78
chr3	10088443	.	CA	AG	1049	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;FR=0.5000;HP=5;HapScore=1;MGOF=48;MMLQ=29;MQ=40.83;NF=5;NR=22;PP=1049;QD=40.8321435134;SC=TAATCTAAAACAGAAAGCTTT;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=81;TCF=20;TCR=61;TR=27;WE=10088452;WS=10088433;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:54,27:0.33:81
chr3	10088444	rs142624538	A	G	1041.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.218;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FS=2.404;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.05;MQRankSum=-4.297;QD=13.36;ReadPosRankSum=2.023;SOR=1.109;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:49,29:0.37:78
chr3	10088461	rs150415982	T	C	609.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.234;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=45.72;MQRankSum=-2.644;QD=10.70;ReadPosRankSum=-0.348;SOR=0.715;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,26:0.46:57
chr3	10089723	rs12330369	G	A	2999.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.982;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=263;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.452;HP=1;HapScore=2;MGOF=50;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-4.137;NF=36;NR=29;PP=857;ReadPosRankSum=2.130;SC=TTTTTGACACGTACTGCCAGC;SOR=0.742;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=148;TCF=80;TCR=68;TR=65;WE=10089731;WS=10089713;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:146,116:0.44:262
chr3	10089738	rs62245508	A	G	3142.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.342;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=282;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=3;MGOF=50;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-4.949;NF=35;NR=33;PP=2205;ReadPosRankSum=2.959;SC=GCCAGCAGGTATGTTGAAACA;SOR=0.685;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=156;TCF=80;TCR=76;TR=68;WE=10089757;WS=10089728;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:162,119:0.42:281
chr3	10089749	rs12330599	T	C	3386.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.418;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=285;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=3;MGOF=50;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-5.788;NF=33;NR=33;PP=2205;ReadPosRankSum=2.701;SC=TGTTGAAACATTTATTTTGGC;SOR=0.673;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=154;TCF=76;TCR=78;TR=66;WE=10089757;WS=10089728;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:163,121:0.43:284
chr3	10089772	rs79830642	CA	GG	4349.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.190;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=275;ExcessHet=3.0103;FS=0.444;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.39;MQRankSum=-6.028;QD=15.82;ReadPosRankSum=1.109;SOR=0.659;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:160,115:0.42:275
chr3	10089775	rs75389047	A	G	4358.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.185;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=273;ExcessHet=3.0103;FS=0.934;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.38;MQRankSum=-5.947;QD=15.97;ReadPosRankSum=0.367;SOR=0.633;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:157,116:0.42:273
chr3	10089812	.	G	A	282.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.701;ClippingRankSum=0.000;DP=161;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.69;MQRankSum=-4.257;QD=1.76;ReadPosRankSum=-1.895;SOR=0.657;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:131,30:0.19:161
chr3	10089815	rs77169020	A	C	2272.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.311;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FS=0.614;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.63;MQRankSum=-6.997;QD=14.76;ReadPosRankSum=-1.367;SOR=0.774;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:93,61:0.40:154
chr3	10089818	rs78988497	C	T	2168.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.245;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FS=2.140;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.60;MQRankSum=-7.188;QD=14.36;ReadPosRankSum=-0.903;SOR=0.913;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:93,58:0.38:151
chr3	10089828	rs77263972	G	A	1926.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.669;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FS=4.245;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.36;MQRankSum=-7.566;QD=13.86;ReadPosRankSum=-0.015;SOR=1.059;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:87,52:0.37:139
chr3	10089834	rs74351786	A	T	1872.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.362;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FS=1.515;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.17;MQRankSum=-7.248;QD=14.98;ReadPosRankSum=-0.890;SOR=0.898;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:75,50:0.40:125
chr3	10089841	rs74509181	C	A	1686.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.993;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FS=5.111;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.15;MQRankSum=-7.168;QD=15.20;ReadPosRankSum=0.012;SOR=1.227;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:69,42:0.38:111
chr3	10089852	rs75274508	A	G	1255.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.531;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.260;HP=1;HapScore=2;MGOF=54;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=-7.374;NF=6;NR=21;PP=1765;ReadPosRankSum=0.894;SC=CTGGGTCTCAAGAAAGCTCAA;SOR=1.180;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=62;TCF=15;TCR=47;TR=27;WE=10089860;WS=10089802;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,32:0.37:87
chr3	10089886	rs73811818	G	T	581.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-1.337;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.239;HP=3;HapScore=2;MGOF=96;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-4.764;NF=4;NR=16;PP=311;ReadPosRankSum=1.719;SC=CTTGATGAAAGGAAGAGACTT;SOR=1.436;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=37;TCF=7;TCR=30;TR=20;WE=10089894;WS=10089876;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,19:0.43:44
chr3	10091252	rs77076948	A	C	293.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.447;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FS=11.506;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.07;MQRankSum=-3.016;QD=3.82;ReadPosRankSum=-0.901;SOR=0.084;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:62,15:0.19:77
chr3	10091261	rs80128604	G	A	215.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.042;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=11.307;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.43;MQRankSum=-3.904;QD=3.85;ReadPosRankSum=0.132;SOR=0.039;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:47,9:0.16:56
chr3	10103931	.	C	CT	148.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=4.534;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.52;ReadPosRankSum=-0.321;SOR=1.076;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:40,19:0.32:59
chr3	10105661	rs369470214	CT	C	172.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.776;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=425;ExcessHet=3.0103;FS=44.693;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.78;MQRankSum=-17.172;QD=0.44;ReadPosRankSum=-2.159;SOR=3.250;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:353,40:0.10:393
chr3	10142949	rs3172417	C	T	4133.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.781;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=459;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.728;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=71;NR=74;PP=2009;ReadPosRankSum=2.370;SC=CTGATTAGACCCCAGATAAAT;SOR=0.574;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=311;TCF=154;TCR=157;TR=145;WE=10142957;WS=10142939;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:244,206:0.46:450
chr3	10144526	.	CA	C	76.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.799;ClippingRankSum=0.000;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=2.162;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.54;MQRankSum=1.006;QD=4.26;ReadPosRankSum=0.496;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,10:0.56:18
chr3	10144778	rs111889470	TA	T	86.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.846;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FS=1.338;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.14;MQRankSum=0.000;QD=1.33;ReadPosRankSum=-1.274;SOR=0.404;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:48,17:0.26:65
chr3	10186447	rs1678593	A	T	325.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.15;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr3	10186514	rs779811	T	A	145.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=3;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=6;PP=57;SC=TACATATGTATACATGTGCCA;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=6;WE=10186522;WS=10186495;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr3	10188428	rs1678607	T	G	1873.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=50;PP=1424;SC=GTCAGGCACGTTATCCAATCT;SOR=2.566;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=62;TCF=12;TCR=50;TR=62;WE=10188436;WS=10188418;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr3	10189929	rs1681660	T	C	2031.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.39;SOR=0.772;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr3	10219508	rs2306696	T	C	4067.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-0.232;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=420;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.521;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=51;PP=1622;ReadPosRankSum=0.542;SC=CAGAGTTCTCTCCGTCCCTTC;SOR=0.633;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=225;TCF=118;TCR=107;TR=105;WE=10219516;WS=10219498;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:215,202:0.48:417
chr3	10219729	rs1681663	A	G	1281.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=13;NR=27;PP=980;SC=GCCCTCCTTGAGTGGGGCCCA;SOR=1.556;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=13;TCR=27;TR=40;WE=10219737;WS=10219719;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr3	10241987	rs263410	A	C	711.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=17;NR=9;PP=460;SC=GACTTCCAGAACCAGTCTCTC;SOR=1.528;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=17;TCR=9;TR=26;WE=10241995;WS=10241977;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr3	10242243	rs263411	G	A	708.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=8;NR=13;PP=468;SC=TTTTATTTAAGGAAATGAAGA;SOR=1.136;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=8;TCR=13;TR=21;WE=10242251;WS=10242233;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr3	10251196	rs459864	A	G	2996.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=69;NR=7;PP=2078;SC=AGACTGGCATAGTCTGAGGAC;SOR=3.540;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=76;TCF=69;TCR=7;TR=76;WE=10251204;WS=10251186;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr3	10251340	rs464286	C	G	6525.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=1.027;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=687;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=101;NR=104;PP=2840;ReadPosRankSum=0.436;SC=CCCCTCATTCCTTGAGAAGCG;SOR=0.682;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=387;TCF=195;TCR=192;TR=205;WE=10251348;WS=10251330;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:349,333:0.49:682
chr3	10258493	rs2302862	T	C	1047.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=3.391;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=7;PP=758;ReadPosRankSum=0.044;SC=GGGGTCAGAGTATGTGGTACC;SOR=0.558;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=82;TCF=68;TCR=14;TR=40;WE=10258501;WS=10258483;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,43:0.50:86
chr3	10258514	rs2302861	T	C	1148.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.884;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.816;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=10;PP=720;ReadPosRankSum=-0.438;SC=TGGGAGGTTATTGGTGGCGTT;SOR=0.502;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=97;TCF=74;TCR=23;TR=45;WE=10258522;WS=10258504;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,54:0.50:109
chr3	10258762	rs2302860	G	C	1234.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.889;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.363;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=33;PP=654;ReadPosRankSum=-1.775;SC=TCAGAGAATGGGACCAGGCTG;SOR=0.557;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=109;TCF=33;TCR=76;TR=48;WE=10258770;WS=10258752;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,64:0.43:149
chr3	10261237	rs3895949	A	C	409.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=2.253;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.949;HP=1;HapScore=4;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=4;PP=641;ReadPosRankSum=0.975;SC=CTCCTGAACTAGTGATCTGCC;SOR=1.270;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=37;TCF=28;TCR=9;TR=17;WE=10261256;WS=10261227;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,19:0.43:44
chr3	10261248	rs3895948	T	C	515.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-1.107;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=8;PP=641;ReadPosRankSum=0.318;SC=GTGATCTGCCTGCCTGGGCCT;SOR=0.741;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=44;TCF=30;TCR=14;TR=23;WE=10261256;WS=10261227;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,25:0.45:55
chr3	10261294	rs3895947	A	G	930.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-2.177;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=16;PP=539;ReadPosRankSum=1.030;SC=GAGCCACCGCACCTGGCTGCC;SOR=0.613;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=77;TCF=48;TCR=29;TR=40;WE=10261302;WS=10261284;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,48:0.50:96
chr3	10261594	rs11465911	C	T	372.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.176;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.54;ReadPosRankSum=-1.683;SOR=0.536;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,20:0.35:57
chr3	10264480	rs3844283	C	G	2870.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.819;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=245;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.366;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=75;PP=1751;ReadPosRankSum=-0.664;SC=GGTGGGGCAGCTGACAAAGCG;SOR=0.878;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=191;TCF=54;TCR=137;TR=103;WE=10264488;WS=10264470;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:111,128:0.54:239
chr3	10276163	rs708035	T	A	11807.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-1.697;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=461;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=132;NR=110;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.768;SC=TCCTCAGTGATATTCCAAGCA;SOR=0.263;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=243;TCF=133;TCR=110;TR=242;WE=10276171;WS=10276153;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,457:1.00:458
chr3	10280753	rs11465932	G	A	2162.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=8;NR=54;PP=1590;SC=GCATTTGGATGCTCATGTGTG;SOR=3.706;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=62;TCF=8;TCR=54;TR=62;WE=10280761;WS=10280743;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr3	10283716	rs796552	A	G	1599.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=44;NR=8;PP=1171;SC=CCTGATTCAGAAACCTGATTT;SOR=2.564;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=52;TCF=44;TCR=8;TR=52;WE=10283724;WS=10283706;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr3	10290839	rs2072577	G	A	1995.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.061;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.738;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=23;PP=1083;ReadPosRankSum=-0.626;SC=GGGTCGCCAGGAAGGGTGGTG;SOR=0.843;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=153;TCF=101;TCR=52;TR=71;WE=10290847;WS=10290829;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:114,97:0.46:211
chr3	10302172	rs394558	G	A	3337.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.556;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=380;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=60;PP=1803;ReadPosRankSum=-0.830;SC=AACCCCAGAGGTCAGCATGGA;SOR=0.699;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=244;TCF=118;TCR=126;TR=114;WE=10302180;WS=10302162;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:214,161:0.43:375
chr3	10302369	rs451952	T	C	2388.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.251;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.049;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=50;PP=1410;ReadPosRankSum=2.225;SC=GTAAAGCTTGTACCAGGCATC;SOR=0.776;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=141;TCF=56;TCR=85;TR=82;WE=10302377;WS=10302359;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:106,111:0.51:217
chr3	10302395	rs439483	G	C	1679.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.243;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.112;HP=3;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=36;PP=928;ReadPosRankSum=2.100;SC=TTTTAGTTCTGTTGATGAAAT;SOR=0.501;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=108;TCF=40;TCR=68;TR=60;WE=10302403;WS=10302385;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,79:0.53:148
chr3	10302479	rs402330	G	A	1168.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=31;PP=868;SC=GGCCTCCAGGGAACAAACTGA;SOR=3.500;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=37;TCF=5;TCR=32;TR=36;WE=10302487;WS=10302469;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr3	10311773	rs715827	A	G	219.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-2.656;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=1;PP=164;ReadPosRankSum=1.021;SC=CCATCTTCACATCGGAAGGCT;SOR=0.580;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=34;TCF=31;TCR=3;TR=13;WE=10311781;WS=10311771;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,13:0.36:36
chr3	10312633	rs115984909	G	A	4769.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.233;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=510;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=85;PP=2527;ReadPosRankSum=-0.288;SC=CTAAGGCTGTGGCATTTGGAG;SOR=0.679;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=316;TCF=136;TCR=180;TR=150;WE=10312641;WS=10312623;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:275,227:0.45:502
chr3	10318230	rs3217211	A	AT	3921.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-2.450;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.654;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=59;PP=2203;ReadPosRankSum=0.219;SC=TGTCAAGTTGATGAGGACAGC;SOR=0.448;SbPval=0.26;Source=Platypus;TC=120;TCF=16;TCR=104;TR=71;WE=10318238;WS=10318220;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:99,124:0.56:223
chr3	10318275	.	C	CT	155.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.477;ClippingRankSum=0.000;DP=116;ExcessHet=3.0103;FS=5.596;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.81;ReadPosRankSum=0.385;SOR=0.257;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:65,21:0.24:86
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chr3	10328250	rs35683	A	C	2044.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=45;NR=12;PP=1382;SC=GCCAACCACTATCCTGCAGAT;SOR=2.269;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=57;TCF=45;TCR=12;TR=57;WE=10328258;WS=10328240;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
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chr3	10342876	rs696221	C	T	3803.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.232;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=390;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.801;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-1.516;NF=93;NR=43;PP=2359;ReadPosRankSum=-1.824;SC=TCCCAGTTGTCTGGTTAGTTG;SOR=0.745;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=274;TCF=186;TCR=88;TR=136;WE=10342884;WS=10342866;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:205,178:0.46:383
chr3	10346996	rs200033116	T	TA	975.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=1.582;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=35;PP=587;ReadPosRankSum=1.443;SC=ACCCCAGCTGTAAAAAAAACC;SOR=2.252;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=40;TCF=0;TCR=40;TR=35;WE=10347004;WS=10346986;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,42:0.98:43
chr3	10353550	rs35670	T	C	2290.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.596;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.012;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=39;PP=1361;ReadPosRankSum=-0.637;SC=CGGCCCACTGTCCAGCGGGGA;SOR=0.774;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=162;TCF=91;TCR=71;TR=91;WE=10353558;WS=10353540;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:118,112:0.49:230
chr3	10353626	rs35671	C	T	2498.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.454;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=250;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.136;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=42;PP=1316;ReadPosRankSum=1.423;SC=TCTCACTGCACGAAAGGCAGG;SOR=0.594;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=153;TCF=80;TCR=73;TR=84;WE=10353634;WS=10353616;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:126,121:0.49:247
chr3	10370486	rs4327369	G	C	2954.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-3.049;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=287;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.467;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=69;NR=41;PP=1778;ReadPosRankSum=0.106;SC=GGGCAGGCGAGAGGGTCCTCA;SOR=0.598;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=210;TCF=136;TCR=74;TR=110;WE=10370494;WS=10370476;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:141,140:0.50:281
chr3	10379923	rs35678	C	T	4983.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.437;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=512;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=81;NR=75;PP=2372;ReadPosRankSum=-1.278;SC=GCTCCCGCTCCGCGTGGTCGA;SOR=0.674;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=316;TCF=165;TCR=151;TR=156;WE=10379931;WS=10379913;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:263,244:0.48:507
chr3	10382111	rs171337	T	C	7258.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=254;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=106;NR=72;PP=2965;SC=GCTCTCAGGGTCCTGCCCAGG;SOR=1.107;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=178;TCF=106;TCR=72;TR=178;WE=10382119;WS=10382101;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,250:1.00:250
chr3	10382148	rs154242	G	A	8066.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=296;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=125;NR=82;PP=2965;SC=TGCCCACCCCGGGCCTGGTTA;SOR=1.090;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=207;TCF=125;TCR=82;TR=207;WE=10382156;WS=10382138;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,289:1.00:289
chr3	10387059	rs241509	C	A	3377.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.203;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=339;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.840;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=69;NR=36;PP=1703;ReadPosRankSum=-0.240;SC=TGGTCTCCTGCGGACCCACCT;SOR=0.763;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=227;TCF=145;TCR=82;TR=105;WE=10387067;WS=10387049;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:172,164:0.49:336
chr3	10400643	rs28113	G	A	1272.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.803;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=32;PP=795;ReadPosRankSum=0.997;SC=GGGGAGCCCAGGGAATGCTCC;SOR=0.688;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=90;TCF=24;TCR=66;TR=46;WE=10400651;WS=10400633;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,60:0.43:138
chr3	10401856	rs2278554	G	T	659.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.652;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.011;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=20;PP=410;ReadPosRankSum=2.573;SC=CCTGTGTCGGGAGCCTCTGCC;SOR=1.303;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=46;TCF=8;TCR=38;TR=23;WE=10401864;WS=10401846;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,30:0.48:63
chr3	10420087	rs751122	T	C	2248.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.075;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.683;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=36;PP=1122;ReadPosRankSum=0.409;SC=CCCCGTCCTGTTGTTTGGCTG;SOR=0.528;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=123;TCF=66;TCR=57;TR=68;WE=10420095;WS=10420077;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:102,109:0.52:211
chr3	10420113	rs41293347	G	A	2164.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.174;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.873;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=36;PP=901;ReadPosRankSum=-0.103;SC=GGCAGATCACGCACGTGCATA;SOR=0.847;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=121;TCF=57;TCR=64;TR=61;WE=10420121;WS=10420103;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:103,108:0.51:211
chr3	10421107	rs7616000	A	G	3262.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=4.760;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=323;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=84;PP=2143;ReadPosRankSum=1.001;SC=GTGTGGGGATACGGGTTGGGG;SOR=0.705;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=274;TCF=84;TCR=190;TR=122;WE=10421115;WS=10421097;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:176,144:0.45:320
chr3	10427116	rs113091828	T	TA	551.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.381;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.20;ReadPosRankSum=0.537;SOR=0.691;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:53,36:0.40:89
chr3	10428339	rs41293351	C	T	867.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=0.894;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.694;HP=5;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=28;PP=564;ReadPosRankSum=-0.082;SC=GGACATGTGGCGGGCTCTAAG;SOR=0.942;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=83;TCF=26;TCR=57;TR=41;WE=10428347;WS=10428329;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,44:0.43:103
chr3	10429908	rs45596135	A	T	2414.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-2.147;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=252;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.548;HP=9;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=26;PP=1065;ReadPosRankSum=-0.050;SC=TAAACAAAAAAAAAATGTGGC;SOR=0.825;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=163;TCF=102;TCR=61;TR=76;WE=10429916;WS=10429892;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:130,120:0.48:250
chr3	10436054	rs73814209	C	G	189.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.384;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=3;PP=82;ReadPosRankSum=-0.881;SC=CAACAGCCCCCTGAGGTAGGT;SOR=0.892;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=21;TCF=13;TCR=8;TR=9;WE=10436062;WS=10436044;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,11:0.48:23
chr3	10436303	rs73016624	A	G	1093.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.097;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.755;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=17;PP=413;ReadPosRankSum=-0.599;SC=CTCCCTGGAGACGGTGGCAGT;SOR=0.782;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=56;TCF=22;TCR=34;TR=27;WE=10436311;WS=10436293;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,52:0.54:97
chr3	10442779	rs26797	C	T	2520.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.729;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.500;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=66;PP=1464;ReadPosRankSum=-0.417;SC=AGAGGAAGGGCAGGGGAGTCA;SOR=0.900;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=175;TCF=50;TCR=125;TR=89;WE=10442787;WS=10442769;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:105,113:0.52:218
chr3	10452231	rs34907	G	A	658.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=1.214;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.098;HP=2;HapScore=4;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=3;PP=654;ReadPosRankSum=0.022;SC=TGTGTGAGCCGTGAGTGCCCC;SOR=0.892;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=31;TCF=24;TCR=7;TR=17;WE=10452251;WS=10452221;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,31:0.58:53
chr3	10452243	rs113931421	C	A	703.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-0.829;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=4;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=4;PP=654;ReadPosRankSum=1.483;SC=GAGTGCCCCCCAGCGTGGATG;SOR=0.630;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=34;TCF=26;TCR=8;TR=18;WE=10452251;WS=10452221;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,34:0.59:58
chr3	10885920	rs2304725	T	C	1755.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.996;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=13;PP=411;ReadPosRankSum=-1.923;SC=TGGCCATCTCTGACGGGATCG;SOR=0.714;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=101;TCF=61;TCR=40;TR=36;WE=10885928;WS=10885910;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,85:0.50:169
chr3	10975745	rs2272399	C	T	4766.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.129;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=492;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=76;NR=60;PP=1940;ReadPosRankSum=-1.338;SC=TGATTTATTCCGGACAGGAAG;SOR=0.675;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=287;TCF=160;TCR=127;TR=136;WE=10975753;WS=10975735;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:250,235:0.48:485
chr3	11076400	rs35957531	C	G	10025.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.664;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=391;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=97;NR=137;PP=2965;ReadPosRankSum=1.117;SC=CCCTTCCCCACCCTTCAAATT;SOR=0.958;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=238;TCF=99;TCR=139;TR=234;WE=11076408;WS=11076390;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,379:0.99:381
chr3	11300707	rs901865	T	C	4911.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=95;NR=41;PP=2756;SC=CCATAACTGGTGGCTGCTCTT;SOR=1.569;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=136;TCF=95;TCR=41;TR=136;WE=11300715;WS=11300697;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,175:1.00:175
chr3	11350553	rs2305686	C	T	3709.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.255;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=370;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.789;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=68;PP=1622;ReadPosRankSum=1.953;SC=AATGGGCTCTCGGTTGCACCG;SOR=0.639;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=237;TCF=99;TCR=138;TR=119;WE=11350561;WS=11350543;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:183,184:0.50:367
chr3	11487891	rs2442798	G	A	269.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=2.235;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=1;PP=173;ReadPosRankSum=1.080;SC=TTGTAAATGCGTTATATAAAG;SOR=0.941;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=25;TCF=23;TCR=2;TR=11;WE=11487899;WS=11487881;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,13:0.41:32
chr3	11518755	rs4684782	T	C	1291.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.019;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.574;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=40;PP=744;ReadPosRankSum=-1.689;SC=AGATGAACAATGATGATAAAA;SOR=0.937;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=97;TCF=23;TCR=74;TR=51;WE=11518763;WS=11518745;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,63:0.50:126
chr3	11551856	rs369095431	TA	T	197.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.794;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FS=5.770;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.12;MQRankSum=1.286;QD=2.82;ReadPosRankSum=-0.295;SOR=0.252;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:47,23:0.33:70
chr3	11596302	rs8154	T	C	6657.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=0.011;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=802;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.441;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=105;NR=88;PP=2315;ReadPosRankSum=-0.115;SC=ACATGAGCGATGATGAGACCA;SOR=0.761;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=433;TCF=220;TCR=213;TR=193;WE=11596310;WS=11596292;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:444,350:0.44:794
chr3	11596348	rs14016	C	T	5291.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=2.289;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=640;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=74;NR=94;PP=2429;ReadPosRankSum=1.385;SC=GACTTCTCCCCGGCCGCCTGC;SOR=0.734;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=399;TCF=179;TCR=220;TR=168;WE=11596356;WS=11596338;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:365,271:0.43:636
chr3	11643465	rs2276749	T	C	1210.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=10;NR=27;PP=868;SC=GCAGGGTCTGTATTCTGGGTT;SOR=1.845;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=37;TCF=10;TCR=27;TR=37;WE=11643473;WS=11643455;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr3	11667714	rs3856802	C	T	891.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.550;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=5;PP=520;ReadPosRankSum=0.387;SC=TAACCAAATACGGAAGCTGAA;SOR=0.743;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=69;TCF=57;TCR=12;TR=31;WE=11667722;WS=11667704;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,42:0.45:94
chr3	11685143	rs34152653	T	TA	438.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.316;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FS=3.850;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.36;ReadPosRankSum=-0.922;SOR=1.355;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,30:0.43:69
chr3	11744544	rs11411195	G	GA	2706.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=49;PP=1777;SC=AATAAAAGGGGAAAAAATAAT;SOR=1.609;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=56;TCF=3;TCR=53;TR=52;WE=11744552;WS=11744534;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr3	11744584	rs6781438	C	T	1313.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=8;NR=33;PP=956;SC=CTCTTAGAATCCTAGTCATTA;SOR=2.687;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=8;TCR=33;TR=41;WE=11744592;WS=11744574;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr3	11831953	rs9267	C	T	1919.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.867;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=17;PP=910;ReadPosRankSum=-0.347;SC=TTCATCTACACATAACATATA;SOR=0.747;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=110;TCF=76;TCR=34;TR=59;WE=11831961;WS=11831943;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,88:0.57:154
chr3	11874762	rs12494203	G	A	2432.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-3.210;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.059;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=55;PP=1162;ReadPosRankSum=-0.911;SC=AGGGGCATTGGCTTAAAGGGA;SOR=0.613;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=172;TCF=59;TCR=113;TR=84;WE=11874770;WS=11874752;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:107,117:0.52:224
chr3	11880816	rs303862	C	A	692.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=2.705;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.055;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=22;PP=505;ReadPosRankSum=2.155;SC=TGGCACAAAACGGAGTAAAAT;SOR=0.878;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=59;TCF=12;TCR=47;TR=28;WE=11880824;WS=11880806;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,31:0.45:69
chr3	11912681	rs28417897	A	T	660.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-2.388;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.046;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-3.074;NF=22;NR=9;PP=435;ReadPosRankSum=-0.065;SC=TTTAACAAAGAAGAGATTGGA;SOR=0.549;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=61;TCF=46;TCR=15;TR=31;WE=11912689;WS=11912671;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,32:0.52:61
chr3	11912797	rs62246062	C	T	824.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=4.529;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.343;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-6.538;NF=44;NR=29;PP=1166;ReadPosRankSum=-3.083;SC=TAGTGACCCACATCTGCAGTG;SOR=0.770;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=147;TCF=77;TCR=70;TR=73;WE=11912805;WS=11912787;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:121,47:0.28:168
chr3	11912866	rs73813067	T	C	951.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.007;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FS=4.625;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.44;MQRankSum=-3.067;QD=8.00;ReadPosRankSum=-1.788;SOR=1.154;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:74,45:0.38:119
chr3	11912965	rs2287437	A	C	300.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.325;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=3.869;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.27;MQRankSum=1.370;QD=7.16;ReadPosRankSum=0.197;SOR=0.170;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,11:0.26:42
chr3	11912974	rs2287436	G	A	265.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.300;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=2.285;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.42;MQRankSum=2.189;QD=7.82;ReadPosRankSum=1.444;SOR=0.195;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,9:0.26:34
chr3	11924613	rs369394286	AG	A	2541.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=42.94;QD=29.90;SOR=3.030;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr3	11925136	rs423051	T	G	168.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=41.25;QD=28.14;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr3	11925489	rs2470561	C	T	2507.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=56;NR=43;PP=1843;SC=AGGATGGGATCGCCATAAACC;SOR=0.990;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=99;TCF=56;TCR=43;TR=99;WE=11925497;WS=11925479;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr3	11925610	rs421090	C	T	1831.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=18;NR=35;PP=1020;SC=TGTTAGTGTTCTGAATGTTCA;SOR=1.410;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=53;TCF=18;TCR=35;TR=53;WE=11925618;WS=11925600;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr3	12045891	rs79624759	T	C	1895.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=49.89;SOR=3.145;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr3	12045899	rs77368781	C	T	2020.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.91;SOR=2.935;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr3	12045923	rs73135622	A	C	3179.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=47;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=60;NR=17;PP=1837;SC=GGCTAAGCCGACGCCTCAGCC;SOR=2.359;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=77;TCF=60;TCR=17;TR=77;WE=12045931;WS=12045913;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr3	12045986	rs67270413	G	A	7762.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=307;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=54;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=97;NR=88;PP=2965;SC=CCGCGCCACCGGACCCCGTAG;SOR=0.767;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=186;TCF=98;TCR=88;TR=185;WE=12045994;WS=12045976;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,305:1.00:305
chr3	12046013	rs72624441	A	C	10078.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.62;DB;DP=394;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=51;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=102;NR=100;PP=2965;SC=GCGCCCCCAGACCTTTAAGCC;SOR=0.714;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=203;TCF=103;TCR=100;TR=202;WE=12046021;WS=12046003;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,388:1.00:388
chr3	12046076	rs2618395	T	C	11306.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.67;DB;DP=439;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=76;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=74;NR=128;PP=2965;SC=TCATCGCCAATCTGCCCAACG;SOR=1.077;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=203;TCF=74;TCR=129;TR=202;WE=12046084;WS=12046066;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,438:1.00:438
chr3	12046124	rs76272937	AG	GC	6762.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.440;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;JOINED;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=42.00;ReadPosRankSum=2.161;SOR=1.551;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,159:0.99:161
chr3	12046131	rs74213196	A	C	9061.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=48.98;SOR=1.509;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,185:1.00:185
chr3	12046148	rs2623874	C	T	6397.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=47.04;SOR=1.716;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,136:1.00:136
chr3	12046168	rs2623875	A	C	3696.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.64;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=134;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=10;NR=42;PP=909;SC=GCCTCGGCCTAGGCGGCGCCC;SOR=2.777;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=52;TCF=10;TCR=42;TR=52;WE=12046176;WS=12046158;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr3	12046196	rs2600233	A	C	1766.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=29;PP=933;SC=CCTCGCCGGGACCGGAGCGGA;SOR=3.209;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=35;TCF=6;TCR=29;TR=35;WS=12046186;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr3	12046207	rs2600234	C	G	1436.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=47.89;SOR=2.621;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr3	12046215	rs2623876	G	C	1006.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=52.99;SOR=1.292;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr3	12046222	rs71624921	A	C	691.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.24;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr3	12046235	.	GTAAGACGCGCCGAAGACCGCGCCCCC	GCGCGCCGAAGACCGCGCCCCC,G	502.73	.	AC=2,0;AF=1.00,0.00;ALERT;AN=2;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=1;SC=CGCCCGCGCCGTAAGACGCGC;SOR=3.442;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=2;TCF=1;TCR=1;TR=2;WS=12046186;set=Intersection	GT:AF:DP	1/1:1.00:11
chr3	12046241	.	CGCGCCGA	C	547.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.64;SOR=3.611;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr3	12046251	.	A	C	646.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.12;SOR=3.126;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr3	12046256	.	GCCCCCCCCC	G	637.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.52;SOR=3.126;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr3	12046268	.	GCGCGA	G	682.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.67;SOR=3.258;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr3	12046276	rs71624922	A	G	961.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=56.57;SOR=3.383;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr3	12046297	rs71624923	A	C	1546.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=146;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=5;PP=392;SC=GCAGCAGCTTATTCAGCTCGC;SOR=1.418;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=15;TCR=5;TR=20;WE=12046305;WS=12046287;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr3	12046318	rs2923854	G	C	1996.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.37;SOR=1.154;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr3	12046321	rs2923855	A	G	1996.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.37;SOR=1.154;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr3	12046362	rs2923856	G	C	1996.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.37;SOR=0.829;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr3	12046364	rs2923857	G	C	2021.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.93;SOR=0.829;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr3	12046372	rs2623877	G	C	2000.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.49;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr3	12046445	rs2600235	TT	GC	995.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=34;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=14;PP=876;SC=GCCGGGCGCCTTCGCCCTCGG;SOR=1.426;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=22;TCF=8;TCR=14;TR=22;WE=12046454;WS=12046435;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr3	12202866	rs308950	C	G	1390.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=36;NR=7;PP=1091;SC=CTAATATGCTCTGTGACCCTG;SOR=3.109;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=43;TCF=36;TCR=7;TR=43;WE=12202874;WS=12202856;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr3	12208652	rs795008	A	G	2171.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=42;NR=14;PP=1340;SC=GCAACAGTGAACTAAAATTCT;SOR=1.739;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=56;TCF=42;TCR=14;TR=56;WE=12208660;WS=12208642;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr3	12208671	rs795009	G	T	2869.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=50;NR=24;PP=1584;SC=CTGGAAAGTTGCATGCCCTCC;SOR=1.314;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=76;TCF=52;TCR=24;TR=74;WE=12208679;WS=12208661;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr3	12229015	rs794999	A	G	20466.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=772;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=242;NR=231;PP=2965;SC=CGGCCCCACCACCCACGGAGA;SOR=0.717;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=474;TCF=242;TCR=232;TR=473;WE=12229023;WS=12229005;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,765:1.00:765
chr3	12232074	rs310764	A	G	6478.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=259;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=73;NR=84;PP=2659;SC=AAGCCAAAGCAGAGACCATCC;SOR=0.791;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=157;TCF=73;TCR=84;TR=157;WE=12232082;WS=12232064;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,256:1.00:256
chr3	12232208	rs310765	T	G	1253.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=12;NR=27;PP=775;SC=GCTTGGTGGTTATGTCCCATG;SOR=1.609;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=39;TCF=12;TCR=27;TR=39;WE=12232216;WS=12232198;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr3	12317739	rs151229409	GAAGGGAGGAAGGA	G	5420.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.958;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=270;ExcessHet=3.0103;FS=1.533;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.27;MQRankSum=5.734;QD=20.30;ReadPosRankSum=2.025;SOR=0.820;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:127,140:0.52:267
chr3	12393125	rs1801282	C	G	3717.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.381;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=381;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.370;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=55;PP=1598;ReadPosRankSum=1.598;SC=TCCTATTGACCCAGAAAGCGA;SOR=0.724;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=220;TCF=114;TCR=106;TR=115;WE=12393133;WS=12393115;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:186,193:0.51:379
chr3	12413339	rs2120825	T	G	3076.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-1.837;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=276;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.633;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=44;PP=1260;ReadPosRankSum=2.681;SC=AAACAGCCTTTTCTGCTGTAG;SOR=0.549;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=150;TCF=71;TCR=79;TR=88;WE=12413347;WS=12413329;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:126,148:0.54:274
chr3	12475557	rs3856806	C	T	1907.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.219;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=33;PP=978;ReadPosRankSum=0.022;SC=TCACGGAACACGTGCAGCTAC;SOR=0.720;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=141;TCF=74;TCR=67;TR=69;WE=12475565;WS=12475547;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:107,96:0.47:203
chr3	12531421	rs12495784	G	A	1646.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.733;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.174;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-1.509;NF=27;NR=15;PP=592;ReadPosRankSum=-1.314;SC=AAGATATTCCGTGCTGAAATG;SOR=0.816;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=100;TCF=58;TCR=42;TR=42;WE=12531429;WS=12531411;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:95,83:0.47:178
chr3	12531461	rs78685815	G	A	1491.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.441;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.562;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-1.602;NF=22;NR=19;PP=598;ReadPosRankSum=-0.762;SC=TGAGGAATGCGGAGGACATTG;SOR=0.709;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=105;TCF=53;TCR=52;TR=41;WE=12531469;WS=12531451;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:98,76:0.44:174
chr3	12533505	rs74685105	C	A	434.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.453;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.533;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=3;PP=169;ReadPosRankSum=2.150;SC=GACCATCTGCCGATTTTGGTA;SOR=0.399;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=21;TCF=16;TCR=5;TR=11;WE=12533513;WS=12533495;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,20:0.62:32
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chr3	12537924	rs17036841	T	C	562.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.942;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=6;PP=280;ReadPosRankSum=1.644;SC=TGTGATTTTGTGAATCTTAAA;SOR=0.773;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=37;TCF=25;TCR=12;TR=20;WE=12537932;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,29:0.45:64
chr3	12538111	rs41293387	A	G	867.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.821;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=15;PP=409;ReadPosRankSum=-1.120;SC=AGATGTTTTTAGGTAGTCTTG;SOR=0.652;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=50;TCF=21;TCR=29;TR=27;WE=12538119;WS=12538101;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,45:0.44:102
chr3	12544779	rs77899976	G	A	956.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.479;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=14;PP=571;ReadPosRankSum=-0.784;SC=ATAGTGTTGAGTGGGCAGCAG;SOR=0.689;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=82;TCF=51;TCR=31;TR=36;WE=12544787;WS=12544769;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,48:0.40:120
chr3	12545091	rs3796329	T	C	5395.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.531;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=533;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=71;NR=66;PP=1858;ReadPosRankSum=-0.034;SC=TGCGAGAGGATGCCTCACCTC;SOR=0.684;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=274;TCF=141;TCR=133;TR=137;WE=12545099;WS=12545081;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:259,268:0.51:527
chr3	12558068	rs12491241	A	G	1444.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.897;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=28;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=21;PP=796;ReadPosRankSum=0.928;SC=CAAGAATGTGAAACTATTTGT;SOR=0.651;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=77;TCF=47;TCR=30;TR=50;WE=12558076;WS=12558058;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,69:0.59:117
chr3	12560560	rs17036879	G	A	1920.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-3.077;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.005;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=22;PP=1081;ReadPosRankSum=1.685;SC=AACTTTAGGAGCCTTTAACGA;SOR=0.537;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=134;TCF=97;TCR=37;TR=71;WE=12560568;WS=12560550;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,90:0.51:178
chr3	12571420	.	G	GT	173.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.878;ClippingRankSum=0.000;DP=163;ExcessHet=3.0103;FS=7.029;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.34;ReadPosRankSum=-1.043;SOR=1.408;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:100,30:0.23:130
chr3	12574137	rs79692336	G	T	2235.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=1.890;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.664;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=27;PP=802;ReadPosRankSum=-1.495;SC=TTTAAGAAATGGTCTTTTTTT;SOR=0.609;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=121;TCF=60;TCR=61;TR=55;WE=12574148;WS=12574127;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:106,107:0.50:213
chr3	12584635	rs12493091	T	C	949.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=2.297;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=11;PP=428;ReadPosRankSum=-0.785;SC=TGCTTTCCTTTTGCTGGGTAG;SOR=0.758;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=71;TCF=42;TCR=29;TR=28;WE=12584643;WS=12584625;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,49:0.40:122
chr3	12584699	rs12496109	A	G	1513.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.564;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.728;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=18;PP=523;ReadPosRankSum=-1.651;SC=AGTTATTCCAACATGAAGATC;SOR=0.625;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=83;TCF=40;TCR=43;TR=39;WE=12584707;WS=12584689;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,76:0.49:155
chr3	12598839	rs2255655	C	G	1489.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-3.996;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=40;PP=1031;ReadPosRankSum=-0.292;SC=GCTGCCGCCACAGCCGGGGAT;SOR=0.683;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=88;TCF=14;TCR=74;TR=47;WE=12598847;WS=12598829;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,58:0.58:100
chr3	12610552	rs114800154	A	G	3293.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.886;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=293;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.889;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=50;PP=1386;ReadPosRankSum=-0.741;SC=TCATTTGGAGAATGGGTCTTG;SOR=0.753;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=175;TCF=77;TCR=98;TR=87;WE=12610560;WS=12610542;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:136,156:0.53:292
chr3	12613866	rs2648307	T	C	1675.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.186;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=247;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.482;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=28;PP=720;ReadPosRankSum=0.578;SC=GGAAGGCTCATGAAAAGGTAA;SOR=0.630;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=137;TCF=61;TCR=76;TR=52;WE=12613874;WS=12613856;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:151,93:0.38:244
chr3	12616533	rs3773341	G	A	733.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=2.324;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.680;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=17;PP=389;ReadPosRankSum=1.573;SC=TCTTAGCTGTGGGAGCTAGGA;SOR=1.634;SbPval=0.93;Source=Platypus;TC=45;TCF=13;TCR=32;TR=20;WE=12616541;WS=12616523;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,31:0.50:62
chr3	12626516	rs3729931	G	A	2195.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-2.360;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.497;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=43;PP=1360;ReadPosRankSum=1.324;SC=AATGGGGGGTGAATGAACAAC;SOR=0.736;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=170;TCF=81;TCR=89;TR=82;WE=12626524;WS=12626506;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:112,102:0.48:214
chr3	12633168	rs2290161	A	G	1824.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.767;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.275;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=23;PP=1060;ReadPosRankSum=0.362;SC=TCCCCACTCCAGCACTCCAGA;SOR=0.826;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=127;TCF=85;TCR=42;TR=74;WE=12633176;WS=12633158;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,90:0.55:165
chr3	12633424	.	AT	A	82.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.257;ClippingRankSum=0.000;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.19;MQRankSum=1.246;QD=2.18;ReadPosRankSum=0.416;SOR=0.392;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,14:0.37:38
chr3	12644881	rs5746212	A	T	1945.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.800;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.618;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=20;PP=1218;ReadPosRankSum=0.017;SC=TATAAATTTAACTTAGCAACT;SOR=0.794;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=140;TCF=101;TCR=39;TR=75;WE=12644889;WS=12644871;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,90:0.54:168
chr3	12647547	rs3214791	T	TG	597.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=0.911;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.316;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.193;NF=15;NR=2;PP=624;ReadPosRankSum=-1.165;SC=TTCTACCTTTTCTGTACCACC;SOR=1.734;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=38;TCF=33;TCR=5;TR=17;WE=12647555;WS=12647542;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,19:0.43:44
chr3	12650482	rs2454440	T	A	4973.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=45;NR=100;PP=2878;SC=AAAAGACAACTTCATTTCTTG;SOR=1.434;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=145;TCF=45;TCR=100;TR=145;WE=12650490;WS=12650472;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,182:1.00:182
chr3	12660291	rs3729926	C	T	3731.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-2.099;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=65;PP=2054;ReadPosRankSum=-0.585;SC=CAAAAGTATTCAACCCAAGAA;SOR=0.477;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=103;TCF=37;TCR=66;TR=102;WE=12660299;WS=12660281;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,139:0.99:140
chr3	12776428	rs3732687	A	C	5342.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=52;NR=91;PP=2903;SC=GTCTCAATGAACCACAGTCAT;SOR=1.167;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=143;TCF=52;TCR=91;TR=143;WE=12776436;WS=12776418;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,197:1.00:197
chr3	12779409	rs2271209	A	G	2792.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=21;NR=48;PP=1664;SC=AGATGGGGGTACTGTCCTTGG;SOR=1.514;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=69;TCF=21;TCR=48;TR=69;WE=12779429;WS=12779399;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr3	12791172	rs937915	T	C	1919.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=36;NR=12;PP=1136;SC=GCAACGTGAGTTGAGCAGGGT;SOR=1.574;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=48;TCF=36;TCR=12;TR=48;WE=12791180;WS=12791162;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr3	12810629	rs112818257	CCGGGACTGG	C	2843.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=21;PP=2941;SC=CCCTCACTGCCCGGGACTGGC;SOR=0.892;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=29;TCF=8;TCR=21;TR=28;WE=12810645;WS=12810619;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr3	12810755	rs7641959	G	C	1398.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=82;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=15;NR=19;PP=520;SC=CATACCTCCCGGAAGGCTGAG;SOR=0.846;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=15;TCR=19;TR=34;WE=12810763;WS=12810745;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr3	12810783	rs61606491	C	T	1130.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=15;PP=451;SC=GCTCCGGCCTCGGCCATCCCA;SOR=0.941;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=11;TCR=15;TR=26;WE=12810791;WS=12810773;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr3	12838293	rs12631514	G	C	10431.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.720;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=401;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=126;NR=129;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.484;SC=TTCAGGTGCAGCCCGCCGCCG;SOR=0.745;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=256;TCF=127;TCR=129;TR=255;WE=12838301;WS=12838283;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,394:0.99:396
chr3	12845158	rs9835677	G	A	2490.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=23;NR=44;PP=1396;SC=TGGAGCAGGAGAGGGGGCCCT;SOR=1.280;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=67;TCF=23;TCR=44;TR=67;WE=12845166;WS=12845148;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr3	12848822	rs11718898	T	C	7245.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=283;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=95;NR=67;PP=2965;SC=CCTCTGGTGGTCAAAGTGAAG;SOR=0.916;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=163;TCF=96;TCR=67;TR=162;WE=12848830;WS=12848812;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,276:1.00:276
chr3	12849011	rs34529773	TA	T	2001.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=3;NR=55;PP=1630;SC=TAGTTTATGGTAAAAAAACAA;SOR=2.038;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=63;TCF=3;TCR=60;TR=58;WE=12849019;WS=12848998;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr3	12849031	rs59302336	C	CA	857.74	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.475;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=3.730;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.16;MQRankSum=-2.109;QD=15.32;ReadPosRankSum=-0.989;SOR=1.563;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,47:0.84:56
chr3	12856856	rs2305398	A	G	6983.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=271;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=76;NR=100;PP=2965;SC=CGGCAAACACAGCCCCCGAAG;SOR=0.913;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=176;TCF=76;TCR=100;TR=176;WE=12856864;WS=12856846;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,269:1.00:269
chr3	12857493	rs2305397	C	T	7978.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=315;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=100;NR=92;PP=2965;SC=GAGCATATGCCTGTGCTGGTA;SOR=0.746;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=193;TCF=101;TCR=92;TR=192;WE=12857501;WS=12857483;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,310:1.00:310
chr3	12857823	rs731646	C	T	3550.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=50;NR=26;PP=1695;SC=CAGGGAGGGCCGTGTTGCATC;SOR=1.206;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=76;TCF=50;TCR=26;TR=76;WE=12857831;WS=12857813;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
chr3	12858028	rs3732675	T	C	6821.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=249;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=91;NR=57;PP=2965;SC=TGTGGCTGACTCTTTCTACAA;SOR=1.040;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=148;TCF=91;TCR=57;TR=148;WE=12858036;WS=12858018;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,245:1.00:245
chr3	12859004	rs3732678	A	C	7895.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=295;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=106;NR=89;PP=2965;SC=GGGCCAGGCCACCAGCGGGAG;SOR=0.831;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=195;TCF=106;TCR=89;TR=195;WE=12859012;WS=12858994;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,291:1.00:291
chr3	12861586	rs4684883	T	C	15909.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=1.490;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=850;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQ=60.01;MQRankSum=1.019;NF=144;NR=103;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.102;SC=GTCCTGCAGGTCGGCCACACA;SOR=0.672;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=510;TCF=295;TCR=215;TR=247;WE=12861594;WS=12861576;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:430,416:0.49:846
chr3	12861608	rs3817121	G	A	17012.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=1.690;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1002;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.521;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQ=60.01;MQRankSum=1.035;NF=141;NR=127;PP=2962;ReadPosRankSum=0.235;SC=CCGGAGCACCGTCATCACAGC;SOR=0.636;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=569;TCF=302;TCR=267;TR=268;WE=12861616;WS=12861598;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:513,481:0.48:994
chr3	12875443	rs12629133	G	A	12966.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.086;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=492;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=124;NR=177;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.623;SC=GAAGGATTCCGCTTCAGCCCC;SOR=0.615;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=302;TCF=125;TCR=177;TR=301;WE=12875451;WS=12875433;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,485:1.00:486
chr3	12942850	rs56387830	GC	G	4123.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=50;NR=25;PP=2048;SC=TGGGGGGGTGGCCAGGGCTGG;SOR=2.366;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=86;TCF=56;TCR=30;TR=75;WE=12942860;WS=12942840;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr3	12944143	.	C	CA	62.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.634;ClippingRankSum=-0.000;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.88;MQRankSum=-0.000;QD=3.69;ReadPosRankSum=-1.030;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,7:0.41:17
chr3	12944170	rs6791577	C	A	82.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.860;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=2.271;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.68;MQRankSum=0.000;QD=2.95;ReadPosRankSum=2.061;SOR=0.735;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,12:0.43:28
chr3	12954868	rs2600322	A	G	6374.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=250;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=106;NR=69;PP=2965;SC=ACAGCCAGACATGGACCCTGG;SOR=1.049;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=175;TCF=106;TCR=69;TR=175;WE=12954876;WS=12954858;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,246:1.00:246
chr3	12956531	rs2255964	G	A	2350.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=57;NR=14;PP=1558;SC=CTGGGGAGCCGGCGGACTGGC;SOR=2.359;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=71;TCF=57;TCR=14;TR=71;WE=12956539;WS=12956521;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr3	12976863	rs2600206	T	C	1668.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=37;NR=9;PP=1013;SC=TCAAGCTCCGTGCTTGGAAGG;SOR=2.564;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=47;TCF=38;TCR=9;TR=46;WE=12976871;WS=12976853;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr3	13114408	rs463268	A	C	1282.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=2.108;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=7;PP=798;ReadPosRankSum=1.724;SC=CCCCTCCCCCAACGATGCCCC;SOR=0.616;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=76;TCF=65;TCR=11;TR=43;WE=13114416;WS=13114398;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,53:0.55:96
chr3	13361391	rs354479	A	G	7185.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=274;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=77;NR=87;PP=2965;SC=CGCGGGGTCCAAGACGCCGAC;SOR=0.768;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=164;TCF=77;TCR=87;TR=164;WE=13361399;WS=13361381;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,274:1.00:274
chr3	13368892	rs2271509	G	A	3116.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=2.027;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.128;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=56;PP=1628;ReadPosRankSum=1.795;SC=TGCGGACAACGCAGGTGTTGT;SOR=1.043;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=86;TCF=30;TCR=56;TR=86;WE=13368900;WS=13368882;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,118:0.99:119
chr3	13379400	rs3773302	C	T	10005.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.555;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=390;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=129;NR=120;PP=2965;ReadPosRankSum=1.470;SC=GCAGCAGCACCTCCACCTGCA;SOR=0.240;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=252;TCF=130;TCR=122;TR=249;WE=13379408;WS=13379390;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,386:1.00:387
chr3	13379452	rs3773301	G	A	9044.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.392;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=366;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=104;NR=124;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.095;SC=GTGTGGGGATGCAGTGCTGGC;SOR=0.834;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=232;TCF=106;TCR=126;TR=228;WE=13379460;WS=13379442;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,362:0.99:364
chr3	13383540	rs2271504	A	G	14265.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.235;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=545;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=164;NR=174;PP=2965;ReadPosRankSum=0.408;SC=TCAGGTCCATAAAGGGGAAGT;SOR=0.747;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=343;TCF=167;TCR=176;TR=338;WE=13383548;WS=13383530;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:6,532:0.99:538
chr3	13383649	rs74442162	G	A	3449.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.903;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=300;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.431;HP=3;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=74;PP=1970;ReadPosRankSum=-0.426;SC=AGAGGTTCAGGGGCAGCCTCC;SOR=0.656;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=221;TCF=81;TCR=140;TR=117;WE=13383657;WS=13383639;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:140,157:0.53:297
chr3	13393166	rs11292029	CT	C	604.06	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-0.551;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.9994;FS=0.000;HP=16;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQ=60.23;MQRankSum=0.476;NF=19;NR=6;PP=333;ReadPosRankSum=1.098;SC=TTTGATTTTTCTTTTTTTTTT;SOR=0.767;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=34;TCF=27;TCR=7;TR=25;WE=13393174;WS=13393157;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,36:0.86:42
chr3	13395475	rs2280085	G	C	7442.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.419;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=286;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=101;NR=83;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.954;SC=GGCAGCTCAGGCTCGATGCTG;SOR=0.481;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=187;TCF=103;TCR=84;TR=184;WE=13395483;WS=13395465;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,279:0.99:282
chr3	13395579	rs2280084	C	A	7635.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=286;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=66;NR=96;PP=2965;SC=CAGGTCCAGCCGGGGGTTGCG;SOR=0.951;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=163;TCF=66;TCR=97;TR=162;WE=13395587;WS=13395569;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,285:1.00:285
chr3	13407556	rs3732671	T	C	5855.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=53;NR=77;PP=1967;SC=TTTACCCGGATGCCGCTGCAG;SOR=0.943;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=130;TCF=53;TCR=77;TR=130;WE=13407564;WS=13407546;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,230:1.00:230
chr3	13415146	rs6810356	G	T	5875.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-2.616;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=133;NR=35;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.153;SC=TGAAGTCGAGGCTTGCTCAGA;SOR=0.706;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=169;TCF=134;TCR=35;TR=168;WE=13415154;WS=13415136;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,204:0.99:206
chr3	13418086	rs6442377	C	A	2093.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=8;NR=51;PP=1481;SC=GACGGGTGGGCTGGGCCCTGG;SOR=2.964;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=59;TCF=8;TCR=51;TR=59;WE=13418094;WS=13418076;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr3	13420624	rs6442378	G	A	5211.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=34;NR=106;PP=2948;SC=CTTAGGCCACGTAGAGCAAAG;SOR=1.780;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=141;TCF=34;TCR=107;TR=140;WE=13420632;WS=13420614;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,188:1.00:188
chr3	13421024	rs56356701	C	T	694.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=1.786;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=3;PP=408;ReadPosRankSum=0.461;SC=ACAGCAGCTCCGCCATGCCTA;SOR=0.892;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=44;TCF=35;TCR=9;TR=22;WE=13421032;WS=13421014;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,29:0.54:54
chr3	13421150	rs7628051	C	T	7303.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=283;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=85;NR=74;PP=2965;SC=ACCGGCCGGGCTGGGTCTCCT;SOR=0.768;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=159;TCF=85;TCR=74;TR=159;WE=13421158;WS=13421140;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,276:1.00:276
chr3	13421320	rs7625586	T	C	2322.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=20;NR=49;PP=1546;SC=ATCTCTGCACTCTGCTCTCAG;SOR=1.609;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=69;TCF=20;TCR=49;TR=69;WE=13421328;WS=13421310;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr3	13438830	rs13066607	A	G	2125.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=42;NR=12;PP=1321;SC=GGGCTGCAGAAGACAAACAGG;SOR=1.885;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=54;TCF=42;TCR=12;TR=54;WE=13438838;WS=13438820;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr3	13522973	rs2675232	C	T	1949.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.411;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=224;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.496;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=37;PP=853;ReadPosRankSum=-0.013;SC=CAACATAAGCCTCAGGCTCTC;SOR=0.631;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=151;TCF=60;TCR=91;TR=63;WE=13522981;WS=13522963;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:121,101:0.45:222
chr3	13523010	rs2655218	T	C	1441.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.015;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.129;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=34;PP=621;ReadPosRankSum=-2.342;SC=AGCCCTCGGATGGCCTTCCAC;SOR=0.909;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=109;TCF=34;TCR=75;TR=45;WE=13523018;WS=13523000;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,73:0.49:150
chr3	13538079	rs2290195	C	G	1314.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=3.817;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=5;PP=1049;ReadPosRankSum=-0.193;SC=GGTTGTGGCTCTGGCTCTCAT;SOR=0.839;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=70;TCF=63;TCR=7;TR=47;WE=13538087;WS=13538069;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,47:0.64:74
chr3	13538363	rs149010803	T	TG	1476.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.420;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=224;ExcessHet=3.0103;FS=3.666;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.25;ReadPosRankSum=-1.248;SOR=0.455;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:111,68:0.38:179
chr3	13539850	rs75944917	C	G	1153.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-1.249;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.887;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=14;PP=593;ReadPosRankSum=-0.814;SC=TGGACTGTTGCTTGGGGTAGG;SOR=0.282;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=66;TCF=44;TCR=22;TR=37;WE=13539858;WS=13539840;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,52:0.60:87
chr3	13612936	rs3732666	A	G	5339.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.141;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=595;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.482;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=101;NR=88;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.469;SC=GCATGCACCGAGCCTGGGCAA;SOR=0.512;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=422;TCF=241;TCR=181;TR=189;WE=13612944;WS=13612926;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:330,251:0.43:581
chr3	13649762	rs2276747	G	A	493.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=3.878;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=30;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=19;PP=389;ReadPosRankSum=-1.147;SC=CAGGCAGCCCGGAGAGAGTGC;SOR=0.846;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=46;TCF=2;TCR=44;TR=20;WE=13649770;WS=13649752;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,20:0.43:47
chr3	13659897	rs4596126	A	C	677.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-3.231;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.224;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=27;PP=522;ReadPosRankSum=0.462;SC=TTACCCCACAAGTTGGAACCC;SOR=2.179;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=39;TCF=3;TCR=36;TR=29;WE=13659905;WS=13659887;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,29:0.73:40
chr3	13669537	rs1966825	T	G	2981.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=21;NR=60;PP=1905;SC=TGGGGGCTTTTAGGGCTTTAG;SOR=1.832;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=81;TCF=21;TCR=60;TR=81;WE=13669545;WS=13669527;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr3	13670481	rs2242023	A	G	10470.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.118;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=411;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=129;NR=114;PP=2965;ReadPosRankSum=0.447;SC=GCTCCTACACATGCCAGAGGA;SOR=0.367;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=245;TCF=129;TCR=116;TR=243;WE=13670489;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,406:1.00:407
chr3	13670536	rs9843344	A	G	9797.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.196;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=368;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=123;NR=127;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.414;SC=CGATGATGGGACCAAGTGTGT;SOR=0.371;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=251;TCF=124;TCR=127;TR=250;WE=13670544;WS=13670526;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,359:0.99:362
chr3	13670776	rs4684968	T	C	2877.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=24;NR=61;PP=1542;SC=GGGATGCCTTTGGCCGGGGCT;SOR=1.631;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=85;TCF=24;TCR=61;TR=85;WE=13670784;WS=13670766;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr3	13670837	rs4684969	T	G	1203.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=30;PP=870;SC=ACCTGGCTGGTCCCCTGCCCT;SOR=3.500;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=32;TCF=2;TCR=30;TR=32;WE=13670845;WS=13670827;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr3	13678173	rs2290188	G	T	1857.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.379;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.211;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=53;PP=1163;ReadPosRankSum=0.649;SC=CCTCCCTCTCGTCCCAGCCCC;SOR=0.912;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=127;TCF=35;TCR=92;TR=71;WE=13678181;WS=13678163;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,84:0.55:154
chr3	13679044	rs4684148	G	A	2975.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.712;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=290;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.032;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=40;PP=1551;ReadPosRankSum=-0.361;SC=TGGGTGACCCGGCCTATCCTC;SOR=0.564;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=185;TCF=115;TCR=70;TR=98;WE=13679052;WS=13679034;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:137,140:0.51:277
chr3	13679203	rs1061375	G	A	4547.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.088;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=422;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.518;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=71;PP=2138;ReadPosRankSum=-1.037;SC=CAGCCTTCACGGGGGACACCA;SOR=0.659;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=268;TCF=126;TCR=142;TR=135;WE=13679211;WS=13679193;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:196,215:0.52:411
chr3	13679335	rs1061376	C	T	2858.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.586;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=262;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=50;PP=1295;ReadPosRankSum=-0.158;SC=TTGCCCTGGACGTGGAGATGA;SOR=0.693;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=158;TCF=68;TCR=90;TR=88;WE=13679343;WS=13679325;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:117,139:0.54:256
chr3	13679688	rs1061390	T	A	2796.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.241;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FS=1.119;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.71;ReadPosRankSum=1.158;SOR=0.730;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:127,77:0.38:204
chr3	13679695	rs1061398	C	A	2847.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.243;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FS=1.716;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.25;ReadPosRankSum=0.420;SOR=0.648;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:133,82:0.38:215
chr3	13679708	rs12968	C	A	1571.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.766;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=241;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.004;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=24;PP=2549;ReadPosRankSum=0.973;SC=AGACACGCGACCATGTTGGGG;SOR=0.562;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=130;TCF=59;TCR=71;TR=48;WE=13679716;WS=13679678;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:149,87:0.37:236
chr3	13679829	rs7820	C	T	1832.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=36;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=19;NR=40;PP=1137;SC=TTTTGTTTAACTATAAAGTAG;SOR=1.263;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=60;TCF=19;TCR=41;TR=59;WE=13679837;WS=13679819;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr3	13679850	rs71773469	TTA	T	474.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.526;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=3;MGOF=37;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=17;PP=220;ReadPosRankSum=0.602;SC=TACATGTACATTATATAAAAA;SOR=0.829;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=33;TCF=1;TCR=32;TR=17;WE=13679863;WS=13679840;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,19:0.58:33
chr3	13679855	rs7596	T	A	256.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.891;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.78;ReadPosRankSum=-0.384;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,14:0.42:33
chr3	13860957	rs79020924	A	G	1675.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=3.473;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=51;PP=1197;ReadPosRankSum=-1.368;SC=AGCACAGGTCACTGCACGCCA;SOR=0.664;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=131;TCF=24;TCR=107;TR=65;WE=13860965;WS=13860947;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,70:0.48:147
chr3	13916407	rs3749319	G	T	2104.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=2.251;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=18;PP=1342;ReadPosRankSum=1.741;SC=CCCTAGAGCCGGTAAGACTCT;SOR=0.658;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=109;TCF=82;TCR=27;TR=70;WE=13916415;WS=13916397;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,90:0.59:152
chr3	14105882	rs4684179	C	A	2669.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=399;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.934;HP=3;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=59;PP=1700;ReadPosRankSum=3.150;SC=AGCAGCAGCCCCAGCAGCAGC;SOR=0.414;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=244;TCF=123;TCR=121;TR=117;WE=14105891;WS=14105871;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:170,140:0.45:310
chr3	14106310	.	T	TCCAGCACCAGCAGTC	4675.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.786;ClippingRankSum=0.000;DP=435;ExcessHet=3.0103;FS=1.527;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.55;ReadPosRankSum=1.851;SOR=0.586;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:211,134:0.39:345
chr3	14106499	rs2607779	G	A	2458.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.114;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.494;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=44;PP=1299;ReadPosRankSum=1.578;SC=GAGAGGCCCCGTGGGTATTCT;SOR=0.430;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=155;TCF=63;TCR=92;TR=82;WE=14106507;WS=14106489;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:108,118:0.52:226
chr3	14197987	rs2958057	A	T	7925.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=299;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=94;NR=102;PP=2965;SC=CCATGTGTTTAGCCTGAAACT;SOR=0.763;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=196;TCF=94;TCR=102;TR=196;WE=14197995;WS=14197977;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,296:1.00:296
chr3	14485484	rs36107877	C	A	5400.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.737;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=618;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.748;HP=8;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=82;NR=79;PP=2165;ReadPosRankSum=0.061;SC=CTGGCCCCCCCCCTTGACCTC;SOR=0.619;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=377;TCF=189;TCR=188;TR=161;WE=14485492;WS=14485467;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:335,278:0.45:613
chr3	14486392	rs3773189	A	G	312.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.193;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=11;PP=202;ReadPosRankSum=-1.230;SC=CCCCTGCCCCAATGCTTTGCC;SOR=0.287;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=43;TCF=8;TCR=35;TR=12;WE=14486400;WS=14486382;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,15:0.37:41
chr3	14489370	rs2304511	G	T	1852.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.556;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=279;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.493;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=51;PP=1043;ReadPosRankSum=-1.788;SC=GGGTGGGGCAGAGAGGATGGC;SOR=0.988;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=190;TCF=61;TCR=129;TR=70;WE=14489378;WS=14489360;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:174,96:0.36:270
chr3	14526538	rs1062540	G	A	1652.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.778;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.338;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=25;PP=701;ReadPosRankSum=-0.348;SC=CGACGGGGCCGGCGGCTTTCC;SOR=0.584;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=88;TCF=42;TCR=46;TR=50;WE=14526546;WS=14526528;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,80:0.58:139
chr3	14526612	rs35363110	AT	A	477.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.727;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FS=0.941;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.64;ReadPosRankSum=0.026;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,38:0.53:72
chr3	14526656	rs1126666	A	G	1386.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.19;SOR=1.436;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr3	14526667	rs138405130	C	CGTGT	490.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.264;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=6.956;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.18;ReadPosRankSum=0.136;SOR=0.093;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,15:0.56:27
chr3	14537867	rs11918344	A	G	572.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-1.157;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=8;PP=284;ReadPosRankSum=-0.149;SC=GTCCCACGACAGTGCTCATGG;SOR=0.620;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=62;TCF=43;TCR=19;TR=24;WE=14537875;WS=14537857;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,31:0.38:81
chr3	14538072	rs11333211	CA	C	4496.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.740;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=407;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.673;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQ=60.05;MQRankSum=1.775;NF=16;NR=43;PP=2063;ReadPosRankSum=2.148;SC=TGGATGCCTGCAAGGAACACG;SOR=0.792;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=161;TCF=40;TCR=121;TR=59;WE=14538080;WS=14538062;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:241,154:0.39:395
chr3	14548494	rs2276755	A	G	2974.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-2.053;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=281;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=58;PP=1385;ReadPosRankSum=-1.219;SC=GGGACCTGGGAGGAGAGAGGG;SOR=0.686;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=176;TCF=58;TCR=118;TR=85;WE=14548502;WS=14548484;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:138,140:0.50:278
chr3	14551444	rs9845816	A	G	2317.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.098;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=414;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.554;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=36;PP=919;ReadPosRankSum=-2.795;SC=CCACTGTGTAACTGACGGCAC;SOR=0.644;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=233;TCF=127;TCR=106;TR=77;WE=14551452;WS=14551434;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:275,137:0.33:412
chr3	14552994	rs4685168	A	G	2881.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=27;NR=49;PP=1503;SC=GCCGCTGGAGAAAAAGAGGCC;SOR=1.232;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=76;TCF=27;TCR=49;TR=76;WE=14553002;WS=14552984;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr3	14554476	rs4516597	T	C	1492.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=2.465;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.107;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=30;PP=751;ReadPosRankSum=1.376;SC=AAGTCACAGTTCTAATCTCAT;SOR=0.998;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=77;TCF=26;TCR=51;TR=42;WE=14554484;WS=14554466;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,69:0.50:139
chr3	14555009	rs4685170	C	T	411.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=3.460;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.781;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=1;PP=318;ReadPosRankSum=0.951;SC=TTCTCCCTCCCGTGCCAAGGC;SOR=1.954;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=29;TCF=26;TCR=3;TR=16;WE=14555017;WS=14554999;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,16:0.52:31
chr3	14555216	rs4685171	T	C	5418.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.522;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=506;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=73;NR=81;PP=1967;ReadPosRankSum=-1.839;SC=TGTGGGCCAGTGCGGCGTCCC;SOR=0.737;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=287;TCF=137;TCR=150;TR=154;WE=14555224;WS=14555206;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:236,268:0.53:504
chr3	14555367	rs4685172	T	C	915.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=3.109;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=25;PP=616;ReadPosRankSum=-0.164;SC=GACAGGTCCATTGGGAGACAA;SOR=0.551;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=54;TCF=7;TCR=47;TR=29;WE=14555375;WS=14555357;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,35:0.56:63
chr3	14555739	rs4361268	G	A	1666.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.774;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.600;HP=1;HapScore=2;MGOF=32;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=27;PP=808;ReadPosRankSum=-0.628;SC=AGGGCTTGGTGCTGTGACTCA;SOR=0.628;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=110;TCF=63;TCR=47;TR=62;WE=14555747;WS=14555729;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,86:0.56:153
chr3	14555758	rs138623401	C	CAGTT	3742.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.818;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=30;PP=2222;ReadPosRankSum=1.343;SC=CAGTTTCTCTCAGAGAGTGGC;SOR=0.691;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=82;TCF=27;TCR=55;TR=41;WE=14555766;WS=14555748;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:93,95:0.51:188
chr3	14555811	rs4613440	A	G	2118.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=1.916;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.051;HP=2;HapScore=2;MGOF=29;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.048;NF=29;NR=34;PP=1055;ReadPosRankSum=-0.182;SC=TCTCAGCCGGACTGTCAGGCT;SOR=0.773;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=120;TCF=58;TCR=62;TR=63;WE=14555819;WS=14555801;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:110,102:0.48:212
chr3	14561627	rs5846840	A	AG	2618.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=19;NR=18;PP=1542;SC=CCTGCCTCTGAGGCCTCAGTG;SOR=1.288;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=40;TCF=20;TCR=20;TR=37;WE=14561635;WS=14561617;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr3	14563258	rs4234526	A	G	1980.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.457;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.833;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=41;PP=1038;ReadPosRankSum=0.765;SC=TTCCATCGACACTGAGCAGCC;SOR=0.495;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=117;TCF=36;TCR=81;TR=61;WE=14563266;WS=14563248;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,89:0.53:168
chr3	14565017	rs4685173	G	A	2722.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-1.589;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=281;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.674;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=32;PP=1270;ReadPosRankSum=-0.942;SC=AGTCAGAACTGAGATACACAT;SOR=0.544;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=173;TCF=109;TCR=64;TR=83;WE=14565025;WS=14565007;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:140,134:0.49:274
chr3	14567627	rs7613925	G	C	245.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.209;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=8;PP=146;ReadPosRankSum=0.537;SC=CCTGGCCCCTGCTCTTGGGGC;SOR=0.313;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=20;TCF=2;TCR=18;TR=9;WE=14567635;WS=14567617;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,11:0.50:22
chr3	14702982	rs2276754	C	A	2295.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.128;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=277;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.087;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.846;NF=50;NR=35;PP=1269;ReadPosRankSum=0.687;SC=GCTTCTTGTCCATTCCATGTG;SOR=0.564;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=186;TCF=118;TCR=68;TR=85;WE=14702990;WS=14702972;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:158,115:0.42:273
chr3	14703297	rs9840626	C	G	2764.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.395;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=294;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=53;PP=1213;ReadPosRankSum=1.415;SC=GGGTTGTTATCGAGCCATTTC;SOR=0.685;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=178;TCF=66;TCR=112;TR=82;WE=14703305;WS=14703287;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:151,136:0.47:287
chr3	14706745	rs142447115	T	TATTG	666.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.844;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=10;PP=541;ReadPosRankSum=0.848;SC=AGTAAGGAGATATTGATTGAT;SOR=1.501;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=0;TCR=20;TR=10;WE=14706753;WS=14706735;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,17:0.85:20
chr3	14708918	rs2280383	A	G	2508.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-2.452;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=237;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.033;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=31;PP=1092;ReadPosRankSum=1.002;SC=TGGGTAATTCATACTTCTTTC;SOR=0.602;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=163;TCF=101;TCR=62;TR=80;WE=14708926;WS=14708908;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:105,125:0.54:230
chr3	14712473	rs1901	G	A	2885.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.577;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=295;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.445;HP=6;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=69;NR=28;PP=1464;ReadPosRankSum=-0.637;SC=AGTTTGCCCCGCCGTCAGATT;SOR=0.801;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=206;TCF=140;TCR=66;TR=97;WE=14712481;WS=14712463;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:157,137:0.47:294
chr3	14724413	rs9821143	G	A	8760.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=2.503;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=859;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.738;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=163;NR=114;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.473;SC=TACCCCGTCCGACATCTTGGG;SOR=0.858;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=544;TCF=307;TCR=237;TR=277;WE=14724421;WS=14724403;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:439,413:0.48:852
chr3	14725668	rs12488352	G	A	1071.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-2.092;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.889;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=9;PP=506;ReadPosRankSum=0.987;SC=CTTCTTTCCTGGGCCATTTAC;SOR=0.588;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=51;TCF=37;TCR=14;TR=31;WE=14725676;WS=14725658;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,51:0.62:82
chr3	14756730	rs9869372	A	G	712.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.084;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=9;PP=312;ReadPosRankSum=-1.565;SC=TCTGCCCATAACCTGCGGTGA;SOR=0.620;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=50;TCF=31;TCR=19;TR=22;WE=14756738;WS=14756720;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,36:0.47:76
chr3	14768534	rs7636830	A	G	1392.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.247;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.984;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=26;PP=607;ReadPosRankSum=0.172;SC=GGCCGCAGGTAAGGAGGCTGA;SOR=0.881;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=101;TCF=41;TCR=60;TR=40;WE=14768542;WS=14768524;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:89,72:0.45:161
chr3	14813825	rs294624	G	C	368.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=2.315;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.532;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=11;PP=224;ReadPosRankSum=-0.027;SC=TCCAACCATCGCTGACATCTA;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=23;TCF=2;TCR=21;TR=11;WE=14813833;WS=14813815;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,14:0.50:28
chr3	14905513	rs172429	T	G	1595.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=30;NR=9;PP=891;SC=GAAGTAGGAATTTTGTGCCTG;SOR=1.877;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=39;TCF=30;TCR=9;TR=39;WE=14905521;WS=14905503;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr3	14939198	rs2117775	G	A	1342.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=22;PP=650;SC=CTGGACCCCCGGGTTCCACTT;SOR=1.270;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=10;TCR=22;TR=32;WE=14939206;WS=14939188;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr3	14939364	rs2117774	G	A	1216.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=30;NR=3;PP=824;SC=ACCCAGGGATGTGACTCCAGG;SOR=3.556;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=33;TCF=30;TCR=3;TR=33;WE=14939372;WS=14939354;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr3	14939479	rs2164356	G	T	6017.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=81;NR=59;PP=2523;SC=ACGTCTTCCTGGCCCGGGAGC;SOR=0.870;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=141;TCF=82;TCR=59;TR=140;WE=14939487;WS=14939469;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,231:1.00:231
chr3	14939679	rs2307090	G	A	2139.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=14;NR=48;PP=1319;SC=ATGCAAATCAGTGGGACATCT;SOR=2.012;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=63;TCF=14;TCR=49;TR=62;WE=14939687;WS=14939669;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr3	14942024	rs2307088	T	C	1263.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=25;PP=568;SC=CGCCAAAGCCTGGACCCTGCC;SOR=1.390;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=39;TCF=14;TCR=25;TR=39;WE=14942032;WS=14942014;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr3	14942675	rs293906	G	A	1785.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=11;NR=46;PP=1330;SC=GCAGGCAACCGTCTCTCTTGT;SOR=2.722;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=57;TCF=11;TCR=46;TR=57;WE=14942683;WS=14942665;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr3	14949268	rs9818644	C	T	1740.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=16;NR=35;PP=1019;SC=GGCGAGGCTCCGATAAGCCCC;SOR=1.467;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=52;TCF=16;TCR=36;TR=51;WE=14949276;WS=14949258;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr3	14960170	rs293916	T	C	380.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=1;PP=212;SC=TAGGTGGACATGGTCCCTCTG;SOR=2.303;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=9;TCR=1;TR=10;WE=14960178;WS=14960160;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr3	14965466	rs4685234	C	T	2612.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=63;NR=20;PP=1731;SC=AAAGACAAGCCGCAGGCACGC;SOR=2.128;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=83;TCF=63;TCR=20;TR=83;WE=14965474;WS=14965456;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr3	14965507	rs4685235	A	G	5020.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=87;NR=53;PP=2523;SC=GGCTTCTTTCAGTTACAGAGC;SOR=1.127;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=140;TCF=87;TCR=53;TR=140;WE=14965515;WS=14965497;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,196:1.00:196
chr3	15311325	rs1287467	A	G	2377.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=24;NR=40;PP=1196;SC=CCTTGGCGGCACGGAGCACCT;SOR=1.071;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=64;TCF=24;TCR=40;TR=64;WE=15311333;WS=15311315;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr3	15311464	rs1287468	G	T	222.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=6;PP=196;SC=CAAAAAATAAGCATCCCAAGG;SOR=1.863;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=2;TCR=6;TR=8;WE=15311472;WS=15311454;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr3	15345924	rs9828229	G	A	774.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=19;PP=537;SC=CGGCGGAAACGTCCTGTGCTC;SOR=3.180;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=4;TCR=19;TR=23;WE=15345932;WS=15345914;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr3	15371819	rs3773464	C	A	199.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=7;NR=0;PP=162;SC=ACAACATGTGCAATTGGATCC;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=7;TCR=0;TR=7;WE=15371827;WS=15371818;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr3	15455717	rs2290537	A	G	2691.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.794;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=45;PP=1329;ReadPosRankSum=0.418;SC=ACCCTGTCAAAATAAAACCTG;SOR=1.270;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=71;TCF=25;TCR=46;TR=68;WE=15455725;WS=15455707;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,102:0.98:104
chr3	15456550	rs148072600	A	AAAAC	1535.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.88;SOR=1.148;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr3	15498261	rs11128745	T	C	384.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=4;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=6;PP=146;SC=GATTCCCTCATCTTCTCAATC;SOR=2.303;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=7;WE=15498280;WS=15498251;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr3	15498272	rs12494919	G	A	409.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=4;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=6;PP=146;SC=CTTCTCAATCGAGTTCCTAAT;SOR=2.494;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=7;WE=15498280;WS=15498251;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr3	15507761	rs3732722	G	A	1468.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=28;NR=8;PP=763;SC=GAAACACAAGGCATCTCTGCT;SOR=2.049;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=36;TCF=28;TCR=8;TR=36;WE=15507769;WS=15507751;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr3	15509212	rs878946	T	C	705.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=16;NR=1;PP=464;SC=GAGCAGTGATTGACACTTGCC;SOR=3.912;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=17;TCF=16;TCR=1;TR=17;WE=15509220;WS=15509202;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr3	15509327	rs878945	C	G	3703.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=49;NR=41;PP=1511;SC=CTTGGGACTCCTTTCCAGCCA;SOR=0.749;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=90;TCF=49;TCR=41;TR=90;WE=15509335;WS=15509317;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,144:1.00:144
chr3	15515695	rs2305616	C	T	1887.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=16;NR=32;PP=1052;SC=GCTACTTGCACTGACATTTAT;SOR=1.211;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=48;TCF=16;TCR=32;TR=48;WE=15515703;WS=15515685;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr3	15515918	rs28632773	C	G	200.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=7;PP=161;SC=CAGGTGACTTCTCCAGGGAAG;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=7;WE=15515926;WS=15515908;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr3	15516481	rs924812	T	C	4639.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.600;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=49;PP=1987;ReadPosRankSum=-1.303;SC=AGAAGGTACATTTACAATCAG;SOR=0.410;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=105;TCF=56;TCR=49;TR=104;WE=15516489;WS=15516471;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,182:0.98:185
chr3	15516910	rs3816526	T	C	752.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=9;PP=320;SC=TCTGGGAACGTCCATTTGGAC;SOR=0.826;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=11;TCR=9;TR=20;WE=15516918;WS=15516900;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr3	15517025	rs2305615	G	A	1355.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=17;NR=17;PP=632;SC=AAAGACCCACGGTGATATTTT;SOR=0.693;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=34;TCF=17;TCR=17;TR=34;WE=15517033;WS=15517015;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr3	15518731	rs2305612	G	C	4036.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=45;NR=53;PP=1581;SC=CAAAAGTCAGGGCAACTGGGT;SOR=0.811;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=100;TCF=46;TCR=54;TR=98;WE=15518739;WS=15518721;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,159:1.00:159
chr3	15518841	rs13095087	G	A	1433.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=30;PP=898;SC=CCCACTCTCCGAAGACTGATG;SOR=1.565;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=11;TCR=30;TR=41;WE=15518849;WS=15518831;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr3	15518889	rs13074638	T	C	643.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=6;NR=15;PP=422;SC=TATCATCAAATAAGACCTTAT;SOR=1.519;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=21;TCF=6;TCR=15;TR=21;WE=15518897;WS=15518879;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr3	15520639	rs2290538	T	G	1160.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=22;PP=808;SC=TCACGGCCCCTCTGCCATGTC;SOR=1.075;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=35;TCF=13;TCR=22;TR=35;WE=15520647;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr3	15520677	rs2255897	G	T	856.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=12;NR=13;PP=544;SC=TACACCAGTGGTATCCCATAT;SOR=0.693;Source=Platypus;TCF=12;TR=25;WE=15520685;WS=15520667;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr3	15529543	rs1983085	T	C	339.56	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.671;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=2;PP=257;ReadPosRankSum=-0.466;SC=AGAATTTACCTAGCAAAGAGT;SOR=1.609;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=14;TCF=12;TCR=2;TR=13;WE=15529551;WS=15529533;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,13:0.93:14
chr3	15643043	rs2019160	A	G	12577.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=471;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=135;NR=160;PP=2965;SC=CAAACGCGAAATCGGCAGCAC;SOR=0.816;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=295;TCF=135;TCR=160;TR=295;WE=15643051;WS=15643033;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,463:1.00:463
chr3	15736385	rs2455814	A	T	7768.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=298;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=73;NR=96;PP=2965;SC=TCTCCCACCCACCCAGTTCAA;SOR=0.892;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=170;TCF=74;TCR=96;TR=169;WE=15736393;WS=15736375;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,295:1.00:295
chr3	15901012	rs368466520	C	T	2674.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=26;NR=50;PP=1646;SC=TTGGCCGCTGCCCGGGACCAG;SOR=1.237;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=76;TCF=26;TCR=50;TR=76;WE=15901020;WS=15901002;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr3	15901053	rs71064238	CT	C	1932.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=3;NR=34;PP=1598;SC=CTGAGAAGACCTGCGGGCAGG;SOR=1.755;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=37;TCF=3;TCR=34;TR=37;WE=15901061;WS=15901043;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr3	15901087	.	CCCG	C	37.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.707;ClippingRankSum=0.000;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.08;ReadPosRankSum=-3.260;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,4:0.11:35
chr3	16242101	rs3796301	C	T	1387.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=22;NR=10;PP=591;SC=TGTCATTCCACTGACCACAAC;SOR=1.244;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=22;TCR=10;TR=32;WE=16242109;WS=16242091;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr3	16249998	rs1505609	A	T	1189.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=25;NR=11;PP=682;SC=TTAATTCCACAATTCTTTCCA;SOR=1.609;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=36;TCF=25;TCR=11;TR=36;WE=16250006;WS=16249988;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr3	16261420	rs2271077	C	T	2860.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.035;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=29;PP=1215;ReadPosRankSum=0.520;SC=CTTTCAGCTCCACAACACTGG;SOR=0.884;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=74;TCF=41;TCR=33;TR=68;WE=16261428;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,112:0.97:116
chr3	16268974	rs15767	T	A	3770.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.61;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=19;NR=21;PP=733;SC=AGCAGTGGCGTTTTGACCAGA;SOR=0.740;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=42;TCF=20;TCR=22;TR=40;WE=16268994;WS=16268964;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr3	16268986	rs14576	C	A	3841.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.61;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=21;NR=22;PP=904;SC=TTGACCAGATCAATGCTGTGG;SOR=0.715;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=45;TCF=22;TCR=23;TR=43;WE=16268994;WS=16268964;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr3	16269066	rs14210	T	G	1610.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.62;BaseQRankSum=0.630;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=40;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=19;PP=538;ReadPosRankSum=-0.505;SC=CCAAGTGAACTTAAAGAGCTT;SOR=0.822;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=35;TCF=15;TCR=20;TR=34;WE=16269074;WS=16269056;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,64:0.97:66
chr3	16269117	rs1048619	G	T	715.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=39;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=10;PP=276;SC=GTGTGCTCCTGGTGTTAGGAG;SOR=1.101;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=16;TCF=5;TCR=11;TR=15;WE=16269125;WS=16269107;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr3	16305674	rs14080	C	G	9994.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-1.638;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=386;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.092;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=122;NR=123;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.938;SC=TGTCATAAATCACTTTTATAA;SOR=0.291;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=248;TCF=123;TCR=125;TR=245;WE=16305682;WS=16305664;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,376:1.00:377
chr3	16312564	rs842259	C	T	2618.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=29;NR=32;PP=1117;SC=CTTTGCGCCACCTTACTCTAA;SOR=0.754;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=62;TCF=29;TCR=33;TR=61;WE=16312572;WS=16312554;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr3	16312716	rs11284055	GT	G	169.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=9;PP=190;SC=GTTGTTAACCGTTTTTTTTGT;SOR=4.615;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=0;TCR=10;TR=9;WE=16312724;WS=16312706;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr3	16313597	.	CT	C	158.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.099;ClippingRankSum=0.000;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=1.283;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.21;MQRankSum=1.415;QD=3.53;ReadPosRankSum=0.234;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,19:0.42:45
chr3	16313878	rs842260	G	T	438.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=10;PP=254;SC=ATTTGATTTTGCTTTTTTGAA;SOR=1.739;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=3;TCR=10;TR=13;WE=16313886;WS=16313868;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr3	16327855	rs842274	T	G	4377.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.065;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=58;PP=1857;ReadPosRankSum=-0.473;SC=TTAGATTGTGTCAGCAGCTAA;SOR=0.584;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=105;TCF=45;TCR=60;TR=102;WE=16327863;WS=16327845;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:5,173:0.97:178
chr3	16343092	rs842283	T	G	840.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=18;NR=5;PP=532;SC=TTTAAGACCTTTGCTACAAAA;SOR=1.765;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=24;TCF=18;TCR=6;TR=23;WE=16343100;WS=16343082;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr3	16475256	rs2303851	A	G	544.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-1.636;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=4;PP=345;ReadPosRankSum=-0.814;SC=TGAGGACAGCATGCAAATTTC;SOR=1.528;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=21;TCF=17;TCR=4;TR=20;WE=16475264;WS=16475248;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,22:0.96:23
chr3	16635866	rs13067997	C	G	79.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=0;PP=37;SC=ACTGTTGCTCCCATGGGAGTT;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=3;TCR=0;TR=3;WE=16635874;WS=16635856;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr3	16639754	rs3773827	G	T	1990.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-2.109;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.550;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=19;PP=883;ReadPosRankSum=-0.574;SC=ACTAAAAGAAGGTTCGATGAT;SOR=0.655;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=48;TCF=28;TCR=20;TR=47;WE=16639762;WS=16639744;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,76:0.99:77
chr3	16646745	rs9847342	C	G	3223.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=36;NR=35;PP=1403;SC=CGACCGGCTCCAGGAGGAGCA;SOR=0.709;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=72;TCF=37;TCR=35;TR=71;WE=16646753;WS=16646735;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr3	16926445	rs138820460	A	AG	141.87	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.63;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=1;NR=1;PP=73;SC=GGAGGAGAGGAGAGGGGCCGC;SOR=1.022;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=2;TCF=1;TCR=1;TR=2;WE=16926453;WS=16926435;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr3	16926521	rs200478663	CT	C	187.87	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.67;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=0.9999;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=176;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=0;PP=61;SC=GCAGGCGGGTCTGCTGGGGCG;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=2;TCF=2;TCR=0;TR=2;WE=16926532;WS=16926511;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr3	16926524	.	CT	C	187.87	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.67;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=0.9999;FS=0.000;HP=1;HapScore=4;MGOF=176;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=0;PP=61;SC=GGCGGGTCTGCTGGGGCGCCC;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=2;TCF=2;TCR=0;TR=2;WE=16926532;WS=16926511;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr3	16926539	.	CT	C	322.75	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=46.11;SOR=4.174;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr3	16926544	rs368284573	T	G	376.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.86;SOR=4.615;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr3	16926548	.	GT	G	457.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.61;SOR=4.977;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr3	16926551	.	CG	C	457.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.61;SOR=4.977;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr3	16926553	.	T	C	466.77	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.43;SOR=4.977;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr3	16926557	rs372006934	T	G	511.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=46.52;SOR=4.977;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr3	16926561	.	CT	C	502.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.89;SOR=5.136;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr3	16926567	rs373958057	T	C	595.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.55;SOR=3.912;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr3	16926599	rs7626446	T	G	1347.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.48;SOR=1.839;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr3	16926607	rs7626448	T	C	1339.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.87;SOR=1.681;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr3	16926642	rs6442655	A	G	2387.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=47.76;SOR=1.390;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr3	16926648	rs6442656	T	G	2540.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.37;SOR=1.199;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr3	16926666	rs7626542	T	G	2644.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=49;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=22;NR=12;PP=591;SC=GGTCGCCTCGTCCACGGGCGG;SOR=1.057;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=22;TCR=12;TR=34;WE=16926674;WS=16926656;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr3	16974610	rs9880307	C	A	1966.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.588;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=17;PP=941;ReadPosRankSum=0.289;SC=ATTGGACAGCCGGAGTATTTT;SOR=0.454;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=56;TCF=39;TCR=17;TR=54;WE=16974618;WS=16974600;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,81:0.95:85
chr3	17051081	rs28498854	T	A	496.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=3;PP=363;SC=GATTTTTTTCTAGGAAATTAA;SOR=2.303;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=16;TCF=13;TCR=3;TR=16;WE=17051089;WS=17051078;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr3	17053499	rs4602367	A	G	4080.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=48;NR=58;PP=2140;SC=GAGGAGGAGGAAAGCCTCATA;SOR=0.864;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=106;TCF=48;TCR=58;TR=106;WE=17053507;WS=17053489;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,150:1.00:150
chr3	17077268	rs17272796	C	T	4061.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.427;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.62;ReadPosRankSum=-0.907;SOR=0.730;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,163:0.99:165
chr3	17131421	rs35185988	C	T	2596.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.977;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=50;PP=1380;ReadPosRankSum=1.272;SC=TTACAATAAACCATTATGGAG;SOR=0.724;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=69;TCF=18;TCR=51;TR=68;WE=17131429;WS=17131411;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,96:0.99:97
chr3	17131501	rs11549706	C	T	510.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=28.38;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr3	17275173	rs2060628	G	C	4506.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=53;NR=58;PP=2131;SC=TATGGTAACTGTACCTTGGAG;SOR=0.753;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=111;TCF=53;TCR=58;TR=111;WE=17275181;WS=17275163;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,171:1.00:171
chr3	17279526	rs2060629	T	C	199.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=0;PP=156;SC=TCCAACTTTATATAACATATT;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=6;WE=17279534;WS=17279517;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr3	17300133	rs2596647	A	C	465.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=13;PP=334;SC=TTAATCCATTAACATATAAGA;SOR=1.609;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=6;TCR=13;TR=19;WE=17300141;WS=17300123;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr3	17413531	rs11272495	A	AAAACAAACAAACAAAC	2195.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=9;NR=5;PP=2985;SC=TCTGTCTCAAAAAACAAACAA;SOR=2.948;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=26;TCF=19;TCR=7;TR=14;WE=17413539;WS=17413521;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr3	17469887	.	ATG	A	26	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;FR=0.9998;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MMLQ=28;MQ=60.0;NF=2;NR=0;PP=26;QD=17.5;SC=ATAATATTATATGTGTGTGTG;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=2;TCR=2;TR=2;WE=17469896;WS=17469877;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:2,2:0.50:4
chr3	17470114	rs2121262	C	T	522.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.76;SOR=1.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr3	18055231	rs61978649	A	C	2522.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=25;NR=46;PP=1140;SC=AGACAGTCACAGTAGTCCAGA;SOR=1.237;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=71;TCF=25;TCR=46;TR=71;WE=18055239;WS=18055221;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr3	18057982	rs9310538	A	G	263.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=2;PP=203;SC=GAGGGACCTAATGGGAGGGCG;SOR=2.093;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=7;TCR=2;TR=9;WE=18057990;WS=18057972;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr3	18058059	rs9310539	A	G	969.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=17;NR=11;PP=449;SC=CTGAGATCTGATTGTTTAAAC;SOR=0.984;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=29;TCF=17;TCR=12;TR=28;WE=18058067;WS=18058049;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr3	18419553	rs9310557	C	T	1628.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=35;NR=12;PP=911;SC=ATCCTAGACACAGAGGCCTCT;SOR=1.688;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=35;TCR=12;TR=47;WE=18419561;WS=18419543;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr3	18419859	rs10460976	G	A	1076.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=29;PP=820;SC=TTCATTGGCTGAATTGTTTTG;SOR=3.675;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=32;TCF=3;TCR=29;TR=32;WE=18419867;WS=18419849;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr3	18427924	rs2229261	G	T	973.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.146;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.879;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=7;PP=562;ReadPosRankSum=-0.417;SC=TGCTGATGAGGGGGGCAGGAC;SOR=1.863;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=31;TCF=23;TCR=8;TR=29;WE=18427932;WS=18427914;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,38:0.95:40
chr3	19436587	rs10470642	T	C	291.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=9;NR=1;PP=228;SC=GCTCTGTCTCTTACCACAGGT;SOR=3.258;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=9;TCR=1;TR=10;WE=19436595;WS=19436577;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr3	19491459	rs78346521	T	C	942.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=2.494;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=0;PP=833;ReadPosRankSum=1.044;SC=AAAATGCTTGTACCAAAATAG;SOR=5.421;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=31;TCF=31;TCR=0;TR=30;WE=19491467;WS=19491449;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,29:0.97:30
chr3	19554848	rs114214436	G	A	1543.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=17;NR=33;PP=957;SC=ACTTTCTCACGTGAACGTGGC;SOR=1.382;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=50;TCF=17;TCR=33;TR=50;WE=19554856;WS=19554838;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr3	19556990	rs56353870	AT	A	208.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=13;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=9;PP=134;SC=TGTTATGGGCATTTTTTTTTT;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=0;TCR=12;TR=9;WE=19556998;WS=19556980;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr3	19946992	rs2931394	G	A	305.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=2;PP=252;SC=TTTTTTTCTAGTCATCTTGTT;SOR=2.494;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=10;TCR=2;TR=12;WE=19947000;WS=19946982;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr3	19959756	rs2929366	G	A	5679.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=63;NR=71;PP=2410;SC=TGTCGTATTGGTTGTGTCCAT;SOR=0.782;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=137;TCF=66;TCR=71;TR=134;WE=19959764;WS=19959746;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,234:1.00:234
chr3	19961330	rs2931403	C	T	1258.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.22;SOR=1.067;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr3	19962044	rs13078867	G	A	4846.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.222;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=56;PP=2171;ReadPosRankSum=-0.732;SC=TAACCAACTGGAATAACTTTT;SOR=0.715;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=119;TCF=62;TCR=57;TR=116;WE=19962052;WS=19962034;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,186:0.99:188
chr3	19962223	rs13079262	G	A	383.94	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=1.823;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=12;PP=275;ReadPosRankSum=2.228;SC=ATCTTCATACGTAACAAACAT;SOR=2.584;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=0;TCR=13;TR=12;WE=19962231;WS=19962213;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,14:0.93:15
chr3	20025665	rs34961993	G	GA	259.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.68;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;NF=2;NR=1;PP=52;SC=AGTCACCTGTGAAAAAAAAAT;SOR=1.270;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=6;TCF=5;TCR=1;TR=3;WE=20025673;WS=20025655;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr3	20113830	rs3021408	G	A	4763.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=59;NR=43;PP=1988;SC=TTTAGGCCGAGGAGTCTTGTA;SOR=0.869;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=102;TCF=59;TCR=43;TR=102;WE=20113838;WS=20113820;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,183:1.00:183
chr3	20113989	rs3749180	C	A	2501.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=23;NR=51;PP=1460;SC=ATAACGAGTTCATTGTAGCGT;SOR=1.559;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=74;TCF=23;TCR=51;TR=74;WE=20113997;WS=20113979;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr3	20114044	rs3828349	T	C	1514.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.28;SOR=3.321;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr3	20114048	rs3828348	G	A	1450.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.96;SOR=3.193;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr3	20136611	rs2293140	C	T	181.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=35;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=1;PP=78;SC=TTCAGTCCTACAGGAGTTCAG;SOR=2.584;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=5;TCF=4;TCR=1;TR=5;WE=20136619;WS=20136601;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr3	20136645	rs2293141	A	T	411.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=8;NR=3;PP=186;SC=TTACCAGTGAACTTAAAGGAT;SOR=1.609;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=8;TCR=3;TR=11;WE=20136653;WS=20136635;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr3	20136683	rs2293142	T	G	770.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=14;NR=7;PP=332;SC=AAAGAGGACCTTCCACTTAAA;SOR=1.402;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=14;TCR=7;TR=21;WE=20136691;WS=20136673;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr3	20141301	rs11128939	T	G	404.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=10;NR=0;PP=252;SC=GAGAGAGAGATAGACATACCA;SOR=2.985;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=10;TCR=0;TR=10;WE=20141309;WS=20141291;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr3	20141522	rs13323791	A	G	1253.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=17;NR=24;PP=709;SC=TTATATCTCTATCTACGGCTT;SOR=1.067;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=17;TCR=24;TR=41;WE=20141530;WS=20141512;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr3	20142360	rs4858764	T	C	497.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=13;NR=1;PP=338;SC=TGATAGCAGGTTTTTGATTAG;SOR=3.383;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=14;TCF=13;TCR=1;TR=14;WE=20142368;WS=20142350;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr3	20143020	rs4858155	G	C	2440.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=1.959;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=46;PP=1443;ReadPosRankSum=-1.011;SC=ACCTAAAATTGTACTTGACTC;SOR=0.760;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=73;TCF=25;TCR=48;TR=71;WE=20143028;WS=20143010;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,89:0.97:92
chr3	20156302	rs2365794	T	C	346.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=8;NR=1;PP=204;SC=AAGGTGATTGTCACAGATAAT;SOR=2.670;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=8;TCR=1;TR=9;WE=20156310;WS=20156292;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr3	20179033	rs200097819	C	CT	1574.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.240;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.80;ReadPosRankSum=-0.196;SOR=0.796;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,94:0.76:123
chr3	20179097	rs6787734	C	T	1994.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=21;NR=40;PP=1147;SC=GGTGCAATCTCAGTTCACTGC;SOR=1.516;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=63;TCF=21;TCR=42;TR=61;WE=20179105;WS=20179087;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr3	20181615	rs3762632	G	T	70.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=0;PP=49;SC=CTTCAAAGAAGCTTGTCTTGA;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=3;TCR=0;TR=3;WE=20181623;WS=20181605;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr3	20181676	rs3762633	T	C	295.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=5;NR=2;PP=148;SC=ATATTTGGTGTATGGTGTTCA;SOR=1.270;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=7;TCF=5;TCR=2;TR=7;WE=20181684;WS=20181666;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr3	20188074	rs2686314	C	T	645.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=15;PP=426;SC=GCAAATGTTACCCTTTTATGT;SOR=2.030;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=5;TCR=15;TR=20;WE=20188082;WS=20188064;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr3	20189528	.	AT	A	211.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.265;ClippingRankSum=0.000;DP=298;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.07;MQRankSum=2.842;QD=0.80;ReadPosRankSum=0.393;SOR=0.651;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:214,52:0.20:266
chr3	20212189	rs1052930	A	G	786.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=19;NR=4;PP=461;SC=AATATCCAACAAAACCTTCAT;SOR=2.303;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=19;TCR=4;TR=23;WE=20212197;WS=20212179;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr3	20219694	rs6550401	T	G	494.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=11;NR=6;PP=281;SC=CACATTTCCTTTCATAAATGA;SOR=1.292;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=11;TCR=6;TR=17;WE=20219702;WS=20219684;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr3	20219885	rs6550402	C	T	1080.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=8;NR=13;PP=340;SC=GAAGTATTCACAAGAAAGCAT;SOR=0.941;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=8;TCR=13;TR=21;WE=20219893;WS=20219875;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr3	20225071	rs17006703	A	G	809.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.698;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=6;PP=313;ReadPosRankSum=0.259;SC=TAACTAAACTAAGAAATTCGG;SOR=1.352;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=21;TCF=14;TCR=7;TR=19;WE=20225079;WS=20225061;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,33:0.94:35
chr3	21462754	rs451242	A	G	2343.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=40;NR=29;PP=1233;SC=GAATGGGTCCAGGAGCTGGCC;SOR=1.095;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=69;TCF=40;TCR=29;TR=69;WE=21462762;WS=21462744;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr3	21462787	rs427233	G	A	3217.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=46;NR=38;PP=1635;SC=GAGGAAGCGCGGAAGTCTGGA;SOR=0.868;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=84;TCF=46;TCR=38;TR=84;WE=21462795;WS=21462777;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr3	21553315	.	A	AT	55.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.093;ClippingRankSum=0.000;DP=90;ExcessHet=3.0103;FS=1.372;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.76;ReadPosRankSum=0.179;SOR=0.418;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:58,15:0.21:73
chr3	21606027	rs201219856	A	AT	401.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.036;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=3.902;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.48;ReadPosRankSum=-0.501;SOR=1.721;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,25:0.71:35
chr3	23364883	rs9844558	G	A	1639.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=32;NR=15;PP=920;SC=TATTCTAGACGATTTAAGAAG;SOR=1.355;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=47;TCF=32;TCR=15;TR=47;WE=23364891;WS=23364873;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr3	23942552	rs188700767	A	G	7019.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.138;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=271;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.340;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=69;NR=104;PP=2965;ReadPosRankSum=2.064;SC=TGGGATTAAGAAAACAAATTA;SOR=0.747;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=181;TCF=71;TCR=110;TR=173;WE=23942573;WS=23942542;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,266:0.99:269
chr3	23987002	.	A	AGGC	1160.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=6;PP=631;SC=CGCGGCGCTGAGGCGGCGGCG;SOR=1.302;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=13;TCF=6;TCR=7;TR=12;WE=23987010;WS=23986992;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr3	23996371	rs4858095	T	G	817.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=19;PP=563;SC=TTCATTTAGGTGGCCATTATG;SOR=1.942;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=6;TCR=19;TR=25;WE=23996379;WS=23996361;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr3	24006477	rs4858097	T	A	1726.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=31;NR=11;PP=950;SC=GGTTTGTCCATTGAGTAAGTC;SOR=1.573;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=42;TCF=31;TCR=11;TR=42;WE=24006485;WS=24006467;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr3	24009279	rs67657770	A	C	644.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=15;NR=4;PP=393;SC=GACTTCTCCAAATACATTTCT;SOR=2.400;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=15;TCR=4;TR=19;WE=24009287;WS=24009269;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr3	24562877	rs11714172	G	T	4804.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=49;NR=56;PP=1919;SC=GGCCCCACCCGCCCTGTTCTT;SOR=0.807;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=108;TCF=50;TCR=58;TR=105;WE=24562885;WS=24562867;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,184:1.00:184
chr3	24563021	rs74928881	G	C	826.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.686;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=24;PP=600;ReadPosRankSum=0.442;SC=GGCTCAGGGAGCTTCAGAGCA;SOR=0.929;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=30;TCF=4;TCR=26;TR=28;WE=24563029;WS=24563011;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,31:0.94:33
chr3	25502869	rs2067964	T	G	2051.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=19;NR=38;PP=1121;SC=TGAACTCTCATTCTCCATGTA;SOR=1.349;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=57;TCF=19;TCR=38;TR=57;WE=25502877;WS=25502859;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr3	25611472	rs67669779	GAC	G	343.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;QD=31.25;SOR=2.584;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr3	25639849	rs11548723	A	G	2723.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.675;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=29;PP=1173;ReadPosRankSum=-0.892;SC=CAGACTCTGCAAAATATTTTA;SOR=0.912;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=69;TCF=40;TCR=29;TR=69;WE=25639857;WS=25639839;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,109:0.98:111
chr3	25775253	rs1488992	T	C	359.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=0;PP=274;SC=AATATTCTTGTTTATAAAACA;SOR=5.136;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=11;TCR=0;TR=11;WE=25775261;WS=25775249;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
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chr3	25792762	.	G	GA	37.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.164;ClippingRankSum=0.000;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.69;ReadPosRankSum=-0.831;SOR=0.906;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:45,10:0.18:55
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chr3	25836023	rs9831075	C	T	378.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=11;PP=279;SC=TTTTTAAATGCTATATGTGAA;SOR=3.767;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=12;TCF=1;TCR=11;TR=12;WE=25836031;WS=25836013;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr3	25902401	rs4681082	G	C	93.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.26;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr3	25904394	rs6550999	T	C	406.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=10;NR=4;PP=204;SC=TATAGACTACTCTAGACATTA;SOR=1.371;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=10;TCR=4;TR=14;WE=25904402;WS=25904384;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr3	27233716	rs34344159	G	A	952.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=22;PP=577;SC=ACGAGCTTCCGCATCAGGAGT;SOR=2.833;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=24;TCF=2;TCR=22;TR=24;WE=27233724;WS=27233706;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr3	27387462	rs56104872	G	GGTAA	1447.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=67.94;QD=46.70;SOR=2.694;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr3	27387463	rs2370957	C	A	1456.77	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=67.50;QD=44.14;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr3	27387463	.	CT	GT	889	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;FR=1.0000,1.0000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MMLQ=24;MQ=68.12;NF=13,16;NR=2,2;PP=889,431;QD=62.1333333333;SC=TTAAGAATCGCTATGGTAAAT;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=13;TCR=2;TR=15,18;WE=27387471;WS=27387453;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:7,18:0.72:25
chr3	27387463	.	CT	CTAAAT	889	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;FR=1.0000,1.0000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MMLQ=24;MQ=68.12;NF=13,16;NR=2,2;PP=889,431;QD=62.1333333333;SC=TTAAGAATCGCTATGGTAAAT;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=13;TCR=2;TR=15,18;WE=27387471;WS=27387453;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:0,15:1.00:15
chr3	27424718	rs1472256	A	G	5828.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=61;NR=68;PP=2224;SC=TATCATCATCATCTTGAAGCA;SOR=0.756;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=129;TCF=61;TCR=68;TR=129;WE=27424726;WS=27424708;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,229:1.00:229
chr3	27424799	rs17019721	A	G	2523.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.985;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=48;PP=1477;ReadPosRankSum=-1.560;SC=AAGAGAATTGACTAATTTATA;SOR=1.440;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=68;TCF=20;TCR=48;TR=68;WE=27424807;WS=27424789;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,93:0.98:95
chr3	27427601	rs34916422	TA	T	978.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=16;PP=487;SC=TTAAATCTTATAAAAAATGCT;SOR=1.981;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=1;TCR=16;TR=16;WE=27427609;WS=27427591;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr3	27427618	rs13075550	A	G	860.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=14;PP=344;SC=TGCTTCATATAGTTTAAAAAT;SOR=2.531;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=18;TCF=3;TCR=15;TR=17;WE=27427626;WS=27427608;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr3	27442336	rs3736312	G	A	1244.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=12;NR=17;PP=551;SC=CATTGCTGGGGTTTGGAGGTT;SOR=1.085;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=12;TCR=17;TR=29;WE=27442344;WS=27442326;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr3	27446285	rs13063291	T	A	704.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-0.918;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.9999;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=7;PP=434;ReadPosRankSum=1.656;SC=ATTTCATATATAACACATGTG;SOR=0.399;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=26;TCF=19;TCR=7;TR=24;WE=27446293;WS=27446275;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,29:0.94:31
chr3	27472936	rs3755652	C	T	2366.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.59;SOR=0.809;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr3	27473066	rs13077400	A	G	2086.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=21;NR=32;PP=1175;SC=GAAGATGACCAAGAAGAAGAG;SOR=1.051;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=53;TCF=21;TCR=32;TR=53;WE=27473074;WS=27473056;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr3	27478129	.	GA	G	39.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.690;ClippingRankSum=0.000;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.59;ReadPosRankSum=-0.608;SOR=0.569;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,7:0.28:25
chr3	27490194	rs13096477	T	C	6265.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=249;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=71;NR=57;PP=2390;SC=TATCTTTTCTTCTCCGGTGGT;SOR=0.815;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=130;TCF=71;TCR=59;TR=128;WE=27490202;WS=27490184;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,242:1.00:242
chr3	27494589	rs2371065	A	C	302.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=6;NR=3;PP=161;SC=TCCCACCTTCATAATTTTGTT;SOR=1.022;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=6;TCR=3;TR=9;WE=27494597;WS=27494579;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr3	27759322	rs34777083	TA	T	430.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.254;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.25;MQRankSum=0.571;QD=11.34;ReadPosRankSum=0.103;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,31:0.82:38
chr3	27759404	rs2581183	C	T	432.56	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=2.039;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.135;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=13;PP=333;ReadPosRankSum=2.330;SC=TTATCTACACCGAAAGTGCTG;SOR=2.712;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=17;TCF=3;TCR=14;TR=15;WE=27759412;WS=27759394;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,17:0.89:19
chr3	28520417	rs1563656	T	A	1138.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.67;BaseQRankSum=0.577;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=10;PP=321;ReadPosRankSum=1.492;SC=CTATCAAAACTACAAGGTGTA;SOR=0.735;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=20;TCF=10;TCR=10;TR=19;WE=28520425;WS=28520407;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,47:0.96:49
chr3	28533458	rs13099814	A	G	160.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=2;PP=112;SC=TAAACAATGGACAGCTCAGTT;SOR=1.329;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=6;TCF=4;TCR=2;TR=6;WE=28533466;WS=28533448;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr3	28533658	rs13100556	G	A	1200.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=13;NR=13;PP=439;SC=CACTGGTCAAGAAAAGGGTAA;SOR=0.735;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=13;TCR=13;TR=26;WE=28533666;WS=28533648;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr3	28552644	rs4680751	G	T	465.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=12;PP=302;SC=TCTGGAAGATGAATTGAATTT;SOR=2.179;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=3;TCR=12;TR=15;WE=28552652;WS=28552634;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr3	28557206	rs139024624	CTGTG	C	622.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=1;NR=10;PP=594;SC=AAAAGATTTCCTGTGTGTGTG;SOR=2.584;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=1;TCR=11;TR=11;WE=28557217;WS=28557196;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr3	28557236	rs7617655	G	A	630.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=46;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=10;PP=272;SC=GTGTGTGTGTGTATACACATA;SOR=2.584;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=11;TCF=1;TCR=10;TR=11;WE=28557244;WS=28557226;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr3	29224786	rs11919232	T	C	312.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=6;PP=147;SC=TAAAAAGTCTTTTAAGTGTTT;SOR=1.802;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=1;TCR=6;TR=7;WE=29224794;WS=29224776;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr3	29804300	rs7340719	C	A	325.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=9;NR=3;PP=191;SC=GGGTACAATTCTCAAATCAAG;SOR=2.147;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=12;TCF=9;TCR=3;TR=12;WE=29804308;WS=29804290;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr3	29804487	rs1371839	A	T	3201.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=43;NR=31;PP=1329;SC=CCAGGTAAGAAATTCACTAAT;SOR=0.848;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=74;TCF=43;TCR=31;TR=74;WE=29804495;WS=29804477;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr3	29804509	rs1371840	T	C	3264.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=45;NR=33;PP=1294;SC=AGTGACTGAATGATGCCGAGG;SOR=0.843;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=78;TCF=45;TCR=33;TR=78;WE=29804517;WS=29804499;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
chr3	29977739	rs1449287	T	C	2658.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=21;NR=46;PP=1556;SC=TCAGATGTGATATTCTCCATT;SOR=1.440;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=67;TCF=21;TCR=46;TR=67;WE=29977747;WS=29977729;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr3	30713643	.	T	G	5257.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-2.898;ClippingRankSum=0.000;DP=210;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.995;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=76;NR=59;PP=2435;ReadPosRankSum=0.380;SC=CAATACTGGCTGATCACCGCC;SOR=0.144;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=137;TCF=78;TCR=59;TR=135;WE=30713651;WS=30713633;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,205:0.99:207
chr3	30819861	rs71323027	T	G	188.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=6;PP=138;SC=AGAGTTATCATGTGTATAAAA;SOR=2.584;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=1;TCR=6;TR=7;WE=30819869;WS=30819851;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr3	30842298	rs71773602	GACACAC	G	277.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=45;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=7;NR=4;PP=1250;SC=GACACAGATAGACACACACAC;SOR=2.584;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=12;TCF=8;TCR=4;TR=11;WE=30842311;WS=30842288;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr3	30842346	rs10553550	AAGAG	A	670	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.142;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.98;MQRankSum=0.514;QD=35.26;ReadPosRankSum=-0.823;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,18:0.95:19
chr3	30842597	rs59931065	A	AT	471.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=6;PP=288;SC=AAAAGAAAAGATTACAAGACT;SOR=0.941;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=9;TCF=2;TCR=7;TR=8;WE=30842605;WS=30842587;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr3	30885806	rs1494738	T	C	4874.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=64;NR=63;PP=2523;SC=AATTAACAGATAATGATACTG;SOR=0.749;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=127;TCF=64;TCR=63;TR=127;WE=30885814;WS=30885796;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,181:1.00:181
chr3	30896104	rs35173001	TTAAA	T	2829.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.265;NF=24;NR=14;PP=1774;SC=AAAGAAACCATTAAATAGAGA;SOR=0.867;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=44;TCF=28;TCR=16;TR=38;WE=30896115;WS=30896094;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,65:0.98:66
chr3	30896319	rs200976363	T	TA	132.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.357;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=3.318;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.16;ReadPosRankSum=-0.776;SOR=1.302;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,13:0.31:42
chr3	31621228	rs58289734	T	TAAA	1137.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=15;NR=3;PP=965;SC=AATGTAATGATGAAGAGTACA;SOR=3.442;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=20;TCF=16;TCR=4;TR=18;WE=31621236;WS=31621218;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr3	31638394	rs9867914	G	C	1154.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.968;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=19;PP=553;ReadPosRankSum=-0.511;SC=AGTCTAGTAGGTCTCTGGAGG;SOR=0.409;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=30;TCF=10;TCR=20;TR=29;WE=31638402;WS=31638384;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,44:0.98:45
chr3	31642037	rs11713598	A	T	649.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=4;NR=13;PP=332;SC=TATTTGGTCAATATTATGCAT;SOR=1.802;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=4;TCR=13;TR=17;WE=31642045;WS=31642027;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr3	31658678	.	C	CTTT	148	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.967;ClippingRankSum=-0.000;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=16.44;ReadPosRankSum=-0.000;SOR=3.056;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,8:0.89:9
chr3	31663515	rs10662891	A	AGTGTG	862.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=10;NR=4;PP=823;SC=TTGGTTTTATAGTTTTAAGTA;SOR=2.093;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=10;TCR=4;TR=14;WE=31663523;WS=31663505;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr3	31677395	rs11129457	T	G	359.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=8;NR=1;PP=239;SC=TCATCATAGTTCAGTAAACCA;SOR=3.442;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=8;TCR=1;TR=9;WE=31677403;WS=31677385;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr3	31725316	rs2278959	G	A	4570.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.841;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=59;PP=2120;ReadPosRankSum=2.137;SC=TTGGGTGTTCGTGACAGCTGG;SOR=0.291;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=105;TCF=45;TCR=60;TR=104;WE=31725324;WS=31725306;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,171:0.99:172
chr3	31725691	rs2278960	T	C	825.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=7;NR=18;PP=633;SC=CAACCACTGTTAAGCAAATTC;SOR=1.609;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=7;TCR=18;TR=25;WE=31725699;WS=31725681;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr3	31839135	rs7653447	A	G	490.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=98;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=16;NR=3;PP=373;SC=GCAAAAGGTCACAGCTATTTT;SOR=2.948;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=19;TCF=16;TCR=3;TR=19;WE=31839143;WS=31839125;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr3	31839242	rs7643025	T	C	4382.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=61;NR=34;PP=1741;SC=CACAATACAATGTACCAGAAA;SOR=1.151;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=95;TCF=61;TCR=34;TR=95;WE=31839250;WS=31839232;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,166:1.00:166
chr3	32022333	.	GCACACA	G	34	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;FR=0.5000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=1;NR=2;PP=34;QD=13.0;SC=ACACACGCACGCACACACACA;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=16;TCF=9;TCR=7;TR=3;WE=32022346;WS=32022323;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:13,3:0.19:16
chr3	32200233	rs2305362	G	A	529.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=17;NR=3;PP=442;SC=CAAGAGCAGAGCCCGGCATTG;SOR=2.948;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=17;TCR=3;TR=20;WE=32200241;WS=32200223;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr3	32200322	rs2305361	T	C	2351.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=37;NR=19;PP=1120;SC=TCCATACCCGTGGTGGGTGCT;SOR=1.259;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=57;TCF=37;TCR=20;TR=56;WE=32200330;WS=32200312;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr3	32207606	rs6799559	A	G	759.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=21;PP=552;SC=ACATGCAAACATGTGAATGGT;SOR=2.753;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=4;TCR=21;TR=25;WE=32207614;WS=32207596;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr3	32490894	rs2304594	G	A	2643.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.662;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=26;PP=1408;ReadPosRankSum=2.868;SC=TGCTCTTCCCGGACCAGAAAT;SOR=0.792;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=77;TCF=50;TCR=27;TR=74;WE=32490902;WS=32490884;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:5,104:0.95:109
chr3	32491084	rs2304593	T	C	1290.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.754;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=25;PP=685;ReadPosRankSum=-0.687;SC=TGAATTCTTATTTAAAATGCT;SOR=1.230;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=34;TCF=7;TCR=27;TR=31;WE=32491092;WS=32491074;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,48:0.94:51
chr3	32493682	rs342745	A	G	3475.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=30;NR=69;PP=2153;SC=CCCAACCTGGAGGACTGGGGC;SOR=1.553;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=100;TCF=30;TCR=70;TR=99;WE=32493690;WS=32493672;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr3	32568145	rs3836420	C	CCA	1020.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.499;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=8;PP=806;ReadPosRankSum=1.599;SC=AAATGGGTAACCACACACACA;SOR=0.829;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=28;TCF=18;TCR=10;TR=20;WE=32568153;WS=32568135;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,34:0.77:44
chr3	32746288	.	GT	G	59.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.228;ClippingRankSum=0.000;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.19;ReadPosRankSum=0.830;SOR=0.810;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,13:0.26:50
chr3	32758761	rs201528016	TTG	T	1418.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=11;PP=543;SC=GTTTTTCAATTTGTGTCTTTC;SOR=1.002;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=12;TCF=1;TCR=11;TR=12;WE=32758770;WS=32758751;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr3	32761749	rs60731094	CT	C	7674.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.519;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=354;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.137;NF=37;NR=103;PP=2983;ReadPosRankSum=2.436;SC=GAAATTTTAACTTTTTTTTGC;SOR=0.742;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=148;TCF=41;TCR=107;TR=140;WE=32761757;WS=32761739;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,336:0.99:338
chr3	32776232	rs55889827	A	G	2163.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=48;NR=21;PP=1423;SC=TCCTCATAATAAAAGAGCCTT;SOR=1.550;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=69;TCF=48;TCR=21;TR=69;WE=32776240;WS=32776222;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr3	32805843	rs7430248	G	T	2493.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=30.41;SOR=1.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr3	32815231	rs2396631	A	T	601.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=14;PP=357;SC=TACCCCTGACATTTGGCCAAA;SOR=2.737;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=15;TCF=1;TCR=14;TR=15;WE=32815239;WS=32815221;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr3	32915214	rs6799979	C	G	5300.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=95;NR=52;PP=2936;SC=GGAAGCTGGTCGTTCGGTTGT;SOR=1.329;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=147;TCF=95;TCR=52;TR=147;WE=32915222;WS=32915204;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,190:1.00:190
chr3	32927400	rs36019845	G	A	3758.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.116;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=422;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=61;PP=1842;ReadPosRankSum=1.114;SC=CTAATGCCTCGAAGTTGTTTC;SOR=0.682;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=263;TCF=136;TCR=127;TR=124;WE=32927418;WS=32927390;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:231,189:0.45:420
chr3	32927509	rs6774703	G	T	5547.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=53;NR=107;PP=2965;SC=AAGCCGTGACGGCGAGGCATA;SOR=1.399;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=161;TCF=54;TCR=107;TR=160;WE=32927517;WS=32927499;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,204:1.00:204
chr3	32933036	rs13096271	G	A	5896.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.922;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=465;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.532;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=104;NR=83;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.251;SC=ACTGCCAGTCGGCACGCTTTC;SOR=0.770;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=321;TCF=175;TCR=146;TR=187;WE=32933044;WS=32933026;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:185,269:0.59:454
chr3	32933360	.	C	CTT	979.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.809;ClippingRankSum=0.000;DP=125;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.26;ReadPosRankSum=1.504;SOR=0.701;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:48,39:0.45:87
chr3	32995928	rs2228428	C	T	1710.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.821;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.675;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=31;PP=789;ReadPosRankSum=1.175;SC=TCCAAATTTACTCTGCTGACA;SOR=0.829;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=128;TCF=61;TCR=67;TR=56;WE=32995936;WS=32995918;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:127,90:0.41:217
chr3	33055688	rs73826339	T	C	1570.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.332;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.595;HP=1;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=27;PP=774;ReadPosRankSum=-2.646;SC=TGGTGGCCACTGTCACGGTGT;SOR=0.648;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=107;TCF=52;TCR=55;TR=54;WE=33055696;WS=33055678;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,77:0.50:154
chr3	33055721	rs4302331	A	G	5591.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=62;NR=65;PP=2531;SC=AGGTGGCTGCACACTGCATCC;SOR=0.721;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=127;TCF=62;TCR=65;TR=127;WE=33055729;WS=33055711;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,215:1.00:215
chr3	33055876	rs73826340	G	C	699.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=0.537;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=19;PP=428;ReadPosRankSum=-0.655;SC=GCATTCCAGGGAAATGGGAAA;SOR=0.687;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=49;TCF=12;TCR=37;TR=25;WE=33055884;WS=33055866;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,30:0.57:53
chr3	33063050	rs13093698	A	G	1234.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=1.203;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.782;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=13;PP=816;ReadPosRankSum=-0.188;SC=TTACCTTTGAAGGCCTACCTG;SOR=0.577;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=91;TCF=68;TCR=23;TR=45;WE=33063058;WS=33063040;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,53:0.48:111
chr3	33093190	rs12632196	T	C	3190.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=1.049;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=83;NR=34;PP=2335;ReadPosRankSum=-0.830;SC=ACACCCCTCCTCAAATTAATC;SOR=1.550;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=121;TCF=84;TCR=37;TR=117;WE=33093198;WS=33093180;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,118:0.98:120
chr3	33099880	rs7637435	T	C	1742.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=17;NR=39;PP=999;SC=TAATGACTGCTGGAAAAATTT;SOR=1.609;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=56;TCF=17;TCR=39;TR=56;WE=33099888;WS=33099870;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr3	33138544	rs7614776	A	G	32518.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=730;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.73;SOR=0.752;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,727:1.00:727
chr3	33138549	rs7637099	G	A	32509.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=738;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.23;SOR=0.718;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,735:1.00:735
chr3	33161729	rs4074416	A	G	827.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=1.702;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=7;PP=527;ReadPosRankSum=0.261;SC=TTAGCTGGAAAAGTTATAGCA;SOR=0.787;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=69;TCF=51;TCR=18;TR=31;WE=33161737;WS=33161719;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,38:0.46:83
chr3	33161745	rs4074415	A	G	1071.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.122;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=11;PP=571;ReadPosRankSum=0.018;SC=TAGCAACACAAAGTTTCTGAA;SOR=0.703;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=85;TCF=57;TCR=28;TR=36;WE=33161753;WS=33161735;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,51:0.46:110
chr3	33161898	rs4076086	C	T	3254.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.662;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=348;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=53;PP=1347;ReadPosRankSum=0.013;SC=ATCCTGATGACGAAATGATGA;SOR=0.674;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=205;TCF=100;TCR=105;TR=102;WE=33161906;WS=33161888;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:176,168:0.49:344
chr3	33165303	rs4320036	C	G	204.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=0.084;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=1;PP=123;ReadPosRankSum=-0.728;SC=ATTTTTAGTACAGATGGGGTT;SOR=1.863;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=8;TCF=6;TCR=2;TR=6;WE=33165311;WS=33165299;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,8:0.80:10
chr3	33165436	rs6777433	T	A	2045.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=27;NR=24;PP=929;SC=ATTGAGGTACTATTTATATAC;SOR=0.824;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=51;TCF=27;TCR=24;TR=51;WE=33165444;WS=33165426;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr3	33171659	rs4392367	A	G	497.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=1.383;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.719;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=18;PP=423;ReadPosRankSum=-1.394;SC=AGAGTTCATCAAGGTCCACTG;SOR=1.143;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=50;TCF=9;TCR=41;TR=22;WE=33171667;WS=33171649;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,22:0.39:56
chr3	33175793	rs4234239	C	A	3904.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=38;NR=60;PP=2051;SC=CTGGTGGCTACGAGAAAATAT;SOR=1.085;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=99;TCF=39;TCR=60;TR=98;WE=33175801;WS=33175783;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,142:1.00:142
chr3	33194990	rs6810039	C	A	22503.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.023;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=865;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=267;NR=227;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.237;SC=TCCAAGCCCCCTCTGTCACAG;SOR=0.124;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=497;TCF=270;TCR=227;TR=494;WE=33194998;WS=33194980;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,854:1.00:856
chr3	33195284	rs61743511	G	A	6773.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.169;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=651;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.740;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=111;NR=98;PP=2962;ReadPosRankSum=0.905;SC=GTGAATCTGCGGGGACACTGC;SOR=0.751;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=418;TCF=214;TCR=204;TR=209;WE=33195292;WS=33195274;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:316,326:0.51:642
chr3	33195309	rs61743461	A	G	7550.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-2.429;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=688;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.727;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=119;NR=114;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.904;SC=AGCACCAGGCAAGCCTGTGGT;SOR=0.652;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=451;TCF=223;TCR=228;TR=233;WE=33195317;WS=33195299;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:317,364:0.53:681
chr3	33216350	rs4257493	G	A	2328.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.204;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.827;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=27;PP=1304;ReadPosRankSum=0.305;SC=GTGGGCACGCGAAGGTGGCCC;SOR=0.426;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=167;TCF=118;TCR=49;TR=82;WE=33216358;WS=33216340;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:113,110:0.49:223
chr3	33255592	rs9637517	A	G	3939.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=44;NR=51;PP=1973;SC=AGCACAAAGAACTTTCCTGTG;SOR=0.776;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=95;TCF=44;TCR=51;TR=95;WE=33255600;WS=33255582;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,148:1.00:148
chr3	33260422	rs6764459	C	T	197.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=2.656;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.392;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=6;PP=97;ReadPosRankSum=-0.726;SC=GGCTTCGCGCCGGGCGCGCCG;SOR=2.030;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=2;TCR=11;TR=6;WE=33260430;WS=33260412;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,9:0.50:18
chr3	33414923	rs2291898	G	A	1231.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-0.633;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.951;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=33;PP=796;ReadPosRankSum=1.021;SC=TAATGGTCACGTTGGATCCAG;SOR=0.545;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=76;TCF=22;TCR=54;TR=46;WE=33414931;WS=33414913;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,52:0.63:82
chr3	33418734	rs76423340	G	T	4103.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.158;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=454;ExcessHet=3.0103;FS=2.462;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.12;ReadPosRankSum=-0.102;SOR=0.881;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:243,207:0.46:450
chr3	33426883	rs17030546	C	G	669.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=2.923;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.486;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=2;PP=499;ReadPosRankSum=-1.746;SC=AATTCTACTTCAACTAAGGTG;SOR=1.524;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=42;TCF=37;TCR=5;TR=23;WE=33426891;WS=33426873;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,26:0.53:49
chr3	33434831	rs2293250	G	A	1587.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=2.578;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.442;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=18;PP=760;ReadPosRankSum=1.349;SC=TGTGAATACCGGTGGGACCCT;SOR=0.971;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=106;TCF=61;TCR=45;TR=49;WE=33434839;WS=33434821;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:100,81:0.45:181
chr3	33434954	.	TA	T	85.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.680;ClippingRankSum=0.000;DP=103;ExcessHet=3.0103;FS=1.152;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.09;ReadPosRankSum=0.881;SOR=0.493;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:59,20:0.25:79
chr3	33444286	rs623244	T	G	830.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.450;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.699;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=10;PP=302;ReadPosRankSum=-0.817;SC=TCACACAAACTAGATACCTGT;SOR=0.769;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=52;TCF=27;TCR=25;TR=23;WE=33444294;WS=33444276;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,43:0.47:91
chr3	33452945	rs142112653	T	TATA	595.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.020;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=1;PP=518;ReadPosRankSum=-0.074;SC=TAACTATGTATATAGAAAGAC;SOR=0.836;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=42;TCF=37;TCR=5;TR=12;WE=33452953;WS=33452935;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,16:0.42:38
chr3	33454073	rs35702863	CA	C	470.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.819;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.14;MQRankSum=0.867;QD=6.28;ReadPosRankSum=1.644;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,45:0.60:75
chr3	33458266	rs3736563	T	C	2173.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.522;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.059;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=33;PP=1005;ReadPosRankSum=0.510;SC=TAATTTTCCATTGATCTCAGG;SOR=0.700;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=125;TCF=61;TCR=64;TR=60;WE=33458274;WS=33458256;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:107,105:0.50:212
chr3	33467364	rs61620772	T	TTTTAA	493.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-0.174;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.174;HP=9;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.071;NF=0;NR=12;PP=529;ReadPosRankSum=-0.530;SC=ATAGTTTTTTTTTTAAGATCA;SOR=0.080;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=28;TCF=0;TCR=28;TR=12;WE=33467372;WS=33467354;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,14:0.50:28
chr3	33481063	rs76342361	G	A	262.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.834;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.702;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=1;PP=100;ReadPosRankSum=0.870;SC=GCGAGCAGAGGCCTTTGGGGT;SOR=0.387;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=22;TCF=20;TCR=2;TR=8;WE=33481071;WS=33481053;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,13:0.42:31
chr3	33543195	rs111990025	C	T	3358.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.636;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=355;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.824;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=48;PP=1683;ReadPosRankSum=0.549;SC=CACCAATTACCGCATGAACAG;SOR=0.843;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=208;TCF=111;TCR=97;TR=108;WE=33543203;WS=33543185;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:188,163:0.46:351
chr3	33552004	rs2049281	T	C	1642.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.334;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.638;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=13;PP=775;ReadPosRankSum=-2.771;SC=AATAACTGTATCCCAAATGTA;SOR=0.974;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=118;TCF=80;TCR=38;TR=51;WE=33552012;WS=33551994;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:92,79:0.46:171
chr3	33557718	rs112733751	T	C	136.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.219;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=3;PP=71;ReadPosRankSum=0.571;SC=TTTTGTAACTTAAGGGTCTTA;SOR=0.631;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=10;TCF=4;TCR=6;TR=5;WE=33557726;WS=33557708;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,7:0.58:12
chr3	33586388	rs76877738	C	A	323.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=2.827;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.862;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=11;PP=225;ReadPosRankSum=0.000;SC=CAAACAAGACCGTTTTCTTCC;SOR=1.449;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=23;TCF=3;TCR=20;TR=12;WE=33586396;WS=33586378;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,14:0.48:29
chr3	33592978	rs34937822	A	AT	169.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.856;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=11;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.916;NF=1;NR=13;PP=144;ReadPosRankSum=-0.303;SC=GATGATGATGATTTTTTTTTT;SOR=0.725;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=43;TCF=1;TCR=42;TR=14;WE=33592986;WS=33592968;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,14:0.37:38
chr3	33600582	rs4504126	A	C	2275.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.757;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=244;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.478;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=32;PP=1117;ReadPosRankSum=-0.311;SC=AGTTAAGAAAAGAAATAATGC;SOR=0.734;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=165;TCF=105;TCR=60;TR=87;WE=33600590;WS=33600572;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:126,114:0.47:240
chr3	33605300	rs7643855	G	A	4166.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-3.760;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=393;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.458;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=99;NR=42;PP=2112;ReadPosRankSum=-1.828;SC=TTCACTGTCTGTAAGATAATG;SOR=0.539;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=286;TCF=203;TCR=83;TR=141;WE=33605308;WS=33605290;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:190,195:0.51:385
chr3	33612083	rs74422963	A	C	149.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=0.457;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=1;PP=99;ReadPosRankSum=-0.549;SC=GTATGATACCAAACAATTTTA;SOR=0.293;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=12;TCF=11;TCR=1;TR=7;WE=33612091;WS=33612073;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,7:0.58:12
chr3	33612364	rs67476972	TA	T	161.82	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.531;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.04;ReadPosRankSum=2.219;SOR=0.399;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,17:0.74:23
chr3	33618551	rs11391504	G	GA	945.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.831;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.24;MQRankSum=0.320;QD=21.49;ReadPosRankSum=-1.226;SOR=1.225;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,43:0.98:44
chr3	33626219	rs371484858	TA	T	87.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.134;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=1.273;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.39;ReadPosRankSum=-1.442;SOR=0.935;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:44,19:0.30:63
chr3	33725814	rs111738010	GA	G	148.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.412;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FS=0.802;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.06;MQRankSum=1.941;QD=0.84;ReadPosRankSum=-0.270;SOR=0.865;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:138,40:0.22:178
chr3	33840114	rs1141054	T	C	631.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.773;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.079;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=3;PP=431;ReadPosRankSum=-0.505;SC=AGCGCAAGTCTGTCAGCCAGT;SOR=1.341;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=44;TCF=36;TCR=8;TR=24;WE=33840122;WS=33840104;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,27:0.52:52
chr3	33853747	rs9851801	C	T	326.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-0.588;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.581;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=9;PP=142;ReadPosRankSum=-1.555;SC=CTGTCTAATGCGAATATATGT;SOR=0.190;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=30;TCF=7;TCR=23;TR=13;WE=33853755;WS=33853737;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,17:0.50:34
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chr3	33866929	rs12495243	G	T	309.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=2.781;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=12;PP=240;ReadPosRankSum=-1.427;SC=ATGTCGAGCTGTCCTTCTTGA;SOR=1.127;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=0;TCR=21;TR=12;WE=33866937;WS=33866919;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,12:0.60:20
chr3	33877500	.	CT	C	308.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.102;ClippingRankSum=0.000;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=0.947;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.81;ReadPosRankSum=2.115;SOR=0.566;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:52,29:0.36:81
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chr3	33879602	rs78289090	CTA	C	569.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-1.047;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.222;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.033;NF=7;NR=3;PP=365;ReadPosRankSum=-0.751;SC=TATTTATAGACTATGTGAATA;SOR=0.197;SbPval=0.25;Source=Platypus;TC=23;TCF=19;TCR=4;TR=10;WE=33879611;WS=33879592;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,16:0.52:31
chr3	33879770	rs3203777	G	A	1640.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.695;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-2.003;NF=18;NR=27;PP=649;ReadPosRankSum=-1.877;SC=AGCCGATTTGGTTAACAGATC;SOR=0.693;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=95;TCF=38;TCR=57;TR=45;WE=33879778;WS=33879760;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,82:0.50:164
chr3	33887008	rs112754416	G	A	5294.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.670;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=555;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-3.960;NF=80;NR=79;PP=2207;ReadPosRankSum=-0.386;SC=TCGTGCTTTTGTGTAAGCCAG;SOR=0.708;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=310;TCF=156;TCR=154;TR=159;WE=33887016;WS=33886998;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:278,268:0.49:546
chr3	33887102	rs11928792	A	G	3465.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.182;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=321;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-6.471;NF=40;NR=74;PP=1840;ReadPosRankSum=1.646;SC=ACTTTGATGTAGGTTGTCATC;SOR=0.687;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=201;TCF=66;TCR=135;TR=114;WE=33887110;WS=33887092;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:156,163:0.51:319
chr3	33895391	rs3183982	A	G	1568.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-1.927;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.635;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=27;PP=967;ReadPosRankSum=1.362;SC=AGGAATTTTCAAAAATGAAAC;SOR=0.924;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=137;TCF=78;TCR=59;TR=68;WE=33895399;WS=33895381;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:94,84:0.47:178
chr3	33905566	rs1127732	C	T	5114.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.537;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=512;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.740;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=68;NR=79;PP=2077;ReadPosRankSum=-1.270;SC=TATCAGTCCTCACCAGCAGGA;SOR=0.673;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=310;TCF=155;TCR=155;TR=147;WE=33905574;WS=33905556;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:252,256:0.50:508
chr3	33905781	rs9848414	A	G	235.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.669;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.388;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=10;PP=165;ReadPosRankSum=-0.537;SC=ACACAGCATCATTCAAGAATT;SOR=0.144;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=24;TCF=1;TCR=23;TR=11;WE=33905789;WS=33905771;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,11:0.46:24
chr3	33907835	rs5847794	T	TCTCC	1451.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.369;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.125;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=6;PP=810;ReadPosRankSum=0.542;SC=TCTGTTTTCTTCTATCAGGTA;SOR=1.101;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=33;TCF=18;TCR=15;TR=16;WE=33907843;WS=33907825;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,36:0.54:67
chr3	33907945	rs3183987	A	G	2199.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.214;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.506;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.878;NF=35;NR=36;PP=930;ReadPosRankSum=1.519;SC=GACAGGCTCCATACCCGGGAC;SOR=0.535;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=116;TCF=61;TCR=55;TR=71;WE=33907953;WS=33907935;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,109:0.57:191
chr3	35723124	rs73059215	T	C	209.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-0.723;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=8;NR=1;PP=154;ReadPosRankSum=0.009;SC=TGGATTTGAATATGAAAGGAG;SOR=0.593;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=13;TCF=12;TCR=1;TR=9;WE=35723132;WS=35723114;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,9:0.69:13
chr3	35778773	rs2278757	A	G	3268.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.082;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=318;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.860;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=57;PP=1499;ReadPosRankSum=-1.008;SC=AACAGCAGCCACCACAGCAGC;SOR=0.770;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=201;TCF=89;TCR=112;TR=99;WE=35778781;WS=35778763;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:155,157:0.50:312
chr3	35779750	rs2012153	A	G	2148.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.823;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=29;PP=856;ReadPosRankSum=0.085;SC=TGCAATATCCAGCAGTCTCTT;SOR=0.700;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=138;TCF=73;TCR=65;TR=62;WE=35779758;WS=35779740;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:120,108:0.47:228
chr3	35780735	rs35497369	T	C	1298.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=1.100;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.739;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=13;PP=660;ReadPosRankSum=0.549;SC=ATGTGTCCTGTGTCTGCCTCA;SOR=0.784;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=92;TCF=63;TCR=29;TR=45;WE=35780743;WS=35780725;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,60:0.54:111
chr3	35785296	rs6550367	T	C	1985.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.768;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.532;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=21;PP=1004;ReadPosRankSum=-0.685;SC=TATCTACATTTTCATTCTCTG;SOR=0.624;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=147;TCF=103;TCR=44;TR=68;WE=35785304;WS=35785286;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:112,96:0.46:208
chr3	35785608	rs2305234	G	A	182.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.669;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=8;PP=140;ReadPosRankSum=0.723;SC=TTGACTCTGTGTGGAAAAGTA;SOR=0.489;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=25;TCF=2;TCR=23;TR=9;WE=35785616;WS=35785598;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,9:0.33:27
chr3	36422064	rs59881573	G	A	1020.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=2.680;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.647;HP=1;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=6;PP=699;ReadPosRankSum=1.502;SC=CCTGGCGCGCGGCGGGCAGGG;SOR=0.132;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=67;TCF=59;TCR=8;TR=38;WE=36422072;WS=36422054;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,43:0.57:76
chr3	36422126	rs113135397	C	T	6312.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.753;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=301;ExcessHet=3.0103;FS=1.457;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=20.97;ReadPosRankSum=-0.006;SOR=0.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:138,163:0.54:301
chr3	36422135	rs112766131	G	A	3819.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.302;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=342;ExcessHet=3.0103;FS=0.409;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.17;ReadPosRankSum=0.638;SOR=0.657;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:166,176:0.51:342
chr3	36422216	rs73052248	T	C	8578.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-1.280;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=873;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=125;NR=110;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.365;SC=AACCGCCCTCTCCTGCATCCA;SOR=0.656;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=473;TCF=254;TCR=219;TR=235;WE=36422224;WS=36422206;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:442,425:0.49:867
chr3	36422392	.	G	GGACCCGCCGAGACTTGAACGTCCGGTAA	2463.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.624;ClippingRankSum=0.000;DP=154;ExcessHet=3.0103;FS=6.365;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.56;MQRankSum=2.826;QD=20.19;ReadPosRankSum=-1.418;SOR=1.490;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:59,63:0.52:122
chr3	36484823	rs3749279	C	T	462.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=0.148;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=4;PP=299;ReadPosRankSum=-1.267;SC=ATCCATTGATCGTAAGAGAGA;SOR=0.685;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=41;TCF=32;TCR=9;TR=19;WE=36484831;WS=36484813;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,21:0.46:46
chr3	36527872	rs11926471	A	G	235.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-0.224;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=9;PP=148;ReadPosRankSum=-2.219;SC=GGCACCTGCCAAAGAGAAACC;SOR=0.610;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=30;TCF=3;TCR=27;TR=10;WE=36527880;WS=36527862;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,12:0.34:35
chr3	36547133	rs11711733	A	G	209.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-2.010;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=2;PP=117;ReadPosRankSum=0.115;SC=CGATCCATACACTGAAATTAC;SOR=0.804;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=21;TCF=16;TCR=5;TR=10;WE=36547141;WS=36547126;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,11:0.52:21
chr3	36587541	rs9878872	C	G	622.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-1.793;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.638;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=6;PP=384;ReadPosRankSum=1.691;SC=TCTCACTGTGCTGGTTTCCCA;SOR=0.338;SbPval=0.23;Source=Platypus;TC=49;TCF=41;TCR=8;TR=25;WE=36587549;WS=36587531;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,29:0.48:61
chr3	36779707	rs3796187	G	A	7879.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-3.728;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=749;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.521;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=128;NR=115;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.253;SC=GGCTCTGCTGGAGCTCCCTCT;SOR=0.757;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=476;TCF=246;TCR=230;TR=243;WE=36779715;WS=36779697;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:356,380:0.52:736
chr3	36876154	rs3796186	C	T	659.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-0.301;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.103;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=8;PP=370;ReadPosRankSum=2.387;SC=TGTGGTCAAACCATGTCAGAA;SOR=0.518;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=50;TCF=34;TCR=16;TR=26;WE=36876162;WS=36876144;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,31:0.57:54
chr3	36884315	rs76226662	C	T	1574.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.684;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.324;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=36;PP=902;ReadPosRankSum=-0.375;SC=TTGTTAAAGTCCTAACTCCCG;SOR=0.835;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=104;TCF=38;TCR=66;TR=55;WE=36884323;WS=36884305;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,74:0.50:147
chr3	36896653	rs9818599	G	C	4664.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=81;NR=42;PP=2417;SC=AAACCCAAGAGCTGGACTTAC;SOR=1.267;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=123;TCF=81;TCR=42;TR=123;WE=36896661;WS=36896643;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,172:1.00:172
chr3	36898036	rs62245253	G	A	2354.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.514;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=251;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=40;PP=1317;ReadPosRankSum=1.607;SC=CGATCACCGCGTACTCAAGCT;SOR=0.706;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=178;TCF=93;TCR=85;TR=83;WE=36898044;WS=36898026;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:133,113:0.46:246
chr3	36934343	rs5847939	CAT	C	307.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.109;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.060;HP=5;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=8;PP=255;ReadPosRankSum=0.320;SC=CAAAACAAAACATATATATAT;SOR=0.446;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=69;TCF=32;TCR=37;TR=17;WE=36934355;WS=36934333;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:93,20:0.18:113
chr3	37034946	rs1800734	G	A	356.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-1.132;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.946;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=2;PP=281;ReadPosRankSum=0.063;SC=AGCTACAGCTGAAGGAAGAAC;SOR=1.214;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=45;TCF=36;TCR=9;TR=17;WE=37034954;WS=37034936;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,18:0.35:52
chr3	37067075	.	CTATA	C	35.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=11.91;ReadPosRankSum=0.967;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,2:0.67:3
chr3	37089237	.	T	C	485.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.195;ClippingRankSum=0.000;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.977;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=18;PP=253;ReadPosRankSum=-0.144;SC=CCGGGTGCGGTGGCTCATGGC;SOR=0.943;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=66;TCF=19;TCR=47;TR=24;WE=37089245;WS=37089227;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,28:0.31:89
chr3	37096024	rs749072	T	C	4579.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.089;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=408;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=83;PP=2336;ReadPosRankSum=0.051;SC=TATGAGAACATAGGCCTCTAG;SOR=0.682;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=270;TCF=115;TCR=155;TR=142;WE=37096032;WS=37096014;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:190,216:0.53:406
chr3	37149447	rs17810754	C	T	1652.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.165;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.690;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=21;PP=959;ReadPosRankSum=-1.505;SC=TAAGGGAACACCTAATCCATG;SOR=0.414;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=140;TCF=102;TCR=38;TR=65;WE=37149455;WS=37149437;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:104,80:0.43:184
chr3	37163039	rs336595	G	A	3160.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=44;NR=39;PP=1545;SC=TGATAAAAATGAAAATAAACA;SOR=0.796;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=83;TCF=44;TCR=39;TR=83;WE=37163047;WS=37163029;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr3	37367989	rs138450063	A	G	878.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.518;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.597;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=15;PP=633;ReadPosRankSum=0.487;SC=TACCCAGAAAACTATTGAAAT;SOR=1.015;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=56;TCF=30;TCR=26;TR=38;WE=37367997;WS=37367979;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,40:0.52:77
chr3	37512646	rs11713408	TG	CC	6548.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=2.955;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=339;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.352;HP=3;HapScore=2;JOINED;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=61;PP=2944;ReadPosRankSum=0.181;SC=ATTACTGCTGTGGTGGAAATG;SOR=0.838;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=203;TCF=82;TCR=121;TR=98;WE=37512655;WS=37512636;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:164,170:0.51:334
chr3	37522831	rs17036403	A	C	99.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-0.783;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=2;PP=67;ReadPosRankSum=0.983;SC=ATGCCCAGAAAAGTGCCTGTT;SOR=0.627;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=31;TCF=23;TCR=8;TR=8;WE=37522839;WS=37522821;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,8:0.24:34
chr3	37522875	rs73055204	C	T	1041.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=3.645;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=22.113;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=4;PP=765;ReadPosRankSum=0.312;SC=CTCTGCTCCTCTCTTCTCCCA;SOR=2.654;SbPval=0.98;Source=Platypus;TC=72;TCF=54;TCR=18;TR=37;WE=37522883;WS=37522865;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,43:0.47:91
chr3	37523079	rs17227748	G	A	3106.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.667;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=293;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.334;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=56;PP=1376;ReadPosRankSum=-1.754;SC=AAGGCAGGACGCTGATCCCTT;SOR=0.973;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=172;TCF=72;TCR=100;TR=89;WE=37523087;WS=37523069;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:143,150:0.51:293
chr3	37567762	rs79181427	A	G	292.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=2.043;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.862;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=9;PP=188;ReadPosRankSum=1.615;SC=GCTTGCAGGTATGAGATGATA;SOR=1.659;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=24;TCF=6;TCR=18;TR=12;WE=37567770;WS=37567752;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,13:0.52:25
chr3	37627112	rs1155741	T	C	5799.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=224;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=63;NR=72;PP=2554;SC=CCATATTACATTCCAAGAAGG;SOR=0.786;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=135;TCF=63;TCR=72;TR=135;WE=37627120;WS=37627102;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,222:1.00:222
chr3	37627149	rs1155742	G	A	1720.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.171;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.773;HP=5;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=37;PP=943;ReadPosRankSum=2.259;SC=TGTGGCTAAAGAAGTCTCAAC;SOR=1.208;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=111;TCF=43;TCR=68;TR=54;WE=37627157;WS=37627139;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,81:0.49:167
chr3	37627286	rs140414819	G	GCC	56.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.026;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.72;ReadPosRankSum=-0.934;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,6:0.18:33
chr3	37627287	rs2364183	G	C,GC	772.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=1.340;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=2.833;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=23.42;ReadPosRankSum=0.038;SOR=1.839;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:2,6,25:0.18,0.76:33
chr3	37695260	rs57547208	A	G	2029.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-3.076;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.258;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=26;PP=660;ReadPosRankSum=0.524;SC=CTGCAGCTTCAGGGTAAACTG;SOR=0.561;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=135;TCF=78;TCR=57;TR=58;WE=37695268;WS=37695250;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:117,108:0.48:225
chr3	37774304	rs58228096	C	T	2760.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.61;BaseQRankSum=0.434;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=302;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=40;PP=1205;ReadPosRankSum=1.707;SC=GGGACACAGACGGGACCCTTC;SOR=0.687;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=147;TCF=72;TCR=75;TR=80;WE=37774312;WS=37774294;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:159,140:0.47:299
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chr3	38348686	rs753330	T	G	2442.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.372;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=32;PP=1216;ReadPosRankSum=-0.704;SC=CTGGGATGAGTCTCAGTCTCT;SOR=0.700;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=151;TCF=89;TCR=62;TR=77;WE=38348694;WS=38348676;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:102,116:0.53:218
chr3	38350479	rs818819	T	C	3150.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.090;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=303;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.874;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=43;PP=1317;ReadPosRankSum=0.096;SC=ACCGGGCCCATGCCATTATCC;SOR=0.748;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=207;TCF=120;TCR=87;TR=106;WE=38350487;WS=38350469;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:146,155:0.51:301
chr3	38350519	rs818818	G	A	4033.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.305;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=399;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.171;HP=2;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=70;NR=64;PP=1844;ReadPosRankSum=2.782;SC=TGTTGGGGCCGTGTTGCTGAC;SOR=0.676;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=249;TCF=126;TCR=123;TR=134;WE=38350527;WS=38350509;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:199,199:0.50:398
chr3	38350543	rs818817	A	G	4430.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.046;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=431;ExcessHet=3.0103;FS=0.518;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.38;ReadPosRankSum=0.148;SOR=0.720;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:204,223:0.52:427
chr3	38350630	rs704929	C	A	3286.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=2.646;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=355;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.745;HP=3;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=59;PP=1617;ReadPosRankSum=1.656;SC=AAGCGAGTACCGGGCATGTAC;SOR=0.808;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=218;TCF=100;TCR=118;TR=105;WE=38350638;WS=38350620;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:193,161:0.45:354
chr3	38354390	rs695939	A	G	1241.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-0.915;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.878;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=18;PP=673;ReadPosRankSum=1.925;SC=GAATCACCTCATGCTGGCACA;SOR=0.485;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=73;TCF=49;TCR=24;TR=50;WE=38354398;WS=38354380;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,59:0.65:91
chr3	38354485	.	C	T	2462.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.382;ClippingRankSum=0.000;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.177;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=43;PP=1185;ReadPosRankSum=-1.451;SC=GGGCTGGCCACGCAGGATTCT;SOR=0.828;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=116;TCF=54;TCR=62;TR=79;WE=38354493;WS=38354475;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,115:0.62:186
chr3	38355176	rs11268633	T	TGTGTGTGTGTGTGCGCGCGC,TGTGTGTGTGTGTGTGCGCGCGCGC	2981.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=3;MGOF=2;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=26;NF=25,25;NR=8,8;PP=554,377;SC=TCCGTGTGTGTGCGCGCGTGT;SOR=1.730;SbPval=0.93;Source=Platypus;TC=42;TCF=26;TCR=16;TR=33,33;WE=38355184;WS=38355166;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.62,0.37:63
chr3	38355509	rs696253	C	T	1297.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=28;PP=859;SC=CCGCCTGCCACGGCCGGCCAC;SOR=1.609;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=41;TCF=13;TCR=28;TR=41;WE=38355517;WS=38355499;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr3	38357961	rs240033	C	G	4789.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=1.513;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=542;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.519;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=75;NR=75;PP=2133;ReadPosRankSum=0.520;SC=TCCCTGCTGCCGGAAACGCGA;SOR=0.646;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=312;TCF=153;TCR=159;TR=150;WE=38357969;WS=38357951;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:291,248:0.46:539
chr3	38390020	rs2615631	C	A	10377.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=402;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=143;NR=113;PP=2965;SC=TCTACACTTCCTTTTTTAAAA;SOR=0.829;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=256;TCF=143;TCR=113;TR=256;WE=38390028;WS=38390010;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,389:1.00:389
chr3	38401677	rs818851	C	T	1523.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=30;NR=7;PP=845;SC=TTGCAGCCCTCGTGCCTGTTC;SOR=1.835;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=38;TCF=30;TCR=8;TR=37;WE=38401685;WS=38401667;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr3	38401839	rs818850	T	C	5232.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=61;NR=68;PP=2094;SC=GGACTCAGGGTGGTGTTCATG;SOR=0.776;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=129;TCF=61;TCR=68;TR=129;WE=38401847;WS=38401829;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,200:1.00:200
chr3	38401918	rs818849	A	G	2559.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=20;NR=52;PP=1573;SC=AGGGATTCCTATTCTCCTTCT;SOR=1.661;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=72;TCF=20;TCR=52;TR=72;WE=38401926;WS=38401908;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr3	38402007	rs818848	T	A	545.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=36;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=16;PP=413;SC=GCATCTGTTGTCACCAGGTCC;SOR=2.948;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=19;TCF=3;TCR=16;TR=19;WE=38402015;WS=38401997;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr3	38404472	rs17118	C	A	1321.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.687;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=27;PP=670;ReadPosRankSum=1.372;SC=CGGGCTTCGACTTCTCTCAAG;SOR=0.649;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=88;TCF=38;TCR=50;TR=50;WE=38404480;WS=38404462;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,69:0.45:153
chr3	38406498	rs116006476	G	A	373.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-2.553;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=2;PP=259;ReadPosRankSum=0.668;SC=GGGTAGACAGGGCAGAGTTCC;SOR=0.368;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=27;TCF=25;TCR=2;TR=14;WE=38406506;WS=38406493;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,15:0.52:29
chr3	38406648	rs704942	T	C	4294.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=58;NR=50;PP=1984;SC=GCTGTGACACTGGTGTGTGGT;SOR=0.756;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=109;TCF=59;TCR=50;TR=108;WE=38406656;WS=38406638;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,163:1.00:163
chr3	38406773	rs704943	G	T	3865.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=31;NR=55;PP=1868;SC=ACCAGCAGCTGCAGGTAACTG;SOR=1.108;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=87;TCF=32;TCR=55;TR=86;WE=38406781;WS=38406763;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,141:1.00:141
chr3	38406793	rs2234608	T	G	3146.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.771;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=45;PP=1491;ReadPosRankSum=-0.830;SC=GTGGCTACGTTGTGTGAGTGT;SOR=0.426;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=70;TCF=24;TCR=46;TR=69;WE=38406801;WS=38406783;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,116:0.99:117
chr3	38408248	rs704946	G	A	4337.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=83;NR=32;PP=2356;SC=GGAGGTAATTGTTCATTCTGT;SOR=1.580;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=115;TCF=83;TCR=32;TR=115;WE=38408256;WS=38408238;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,158:1.00:158
chr3	38408361	rs843890	G	A	11853.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=476;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=128;NR=138;PP=2965;SC=ACTCACATACGGAGGTTGGTT;SOR=0.714;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=269;TCF=130;TCR=139;TR=266;WE=38408369;WS=38408351;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,475:1.00:475
chr3	38408459	rs2234617	A	G	3318.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=27;NR=74;PP=2061;SC=GACTGAAAACATTGATAAGCA;SOR=1.773;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=101;TCF=27;TCR=74;TR=101;WE=38408467;WS=38408449;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr3	38409600	rs704947	T	G	6335.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=2.119;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.131;NF=96;NR=55;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.064;SC=TTTTCATGCTTTGTGTGTGTC;SOR=0.393;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=154;TCF=97;TCR=57;TR=151;WE=38409608;WS=38409590;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,232:1.00:233
chr3	38411731	rs150130857	G	GCACACACACA	1078.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.40;QD=44.95;SOR=2.494;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr3	38418295	rs148432400	AGAGCCAGGG	A	1971.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=1.748;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.470;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.149;NF=12;NR=14;PP=2962;ReadPosRankSum=2.379;SC=GGGGGATGAAAGAGCCAGGGG;SOR=0.838;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=61;TCF=27;TCR=34;TR=26;WE=38418311;WS=38418285;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,53:0.44:121
chr3	38538466	rs1984312	G	T	1516.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=7;NR=32;PP=874;SC=TTTAGTAGATGAGTTAACTGC;SOR=2.259;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=40;TCF=7;TCR=33;TR=39;WE=38538474;WS=38538456;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr3	38539095	rs376690919	CTT	C	1781.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.686;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FS=1.905;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.11;MQRankSum=0.333;QD=20.48;ReadPosRankSum=-0.856;SOR=0.917;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:14,73:0.84:87
chr3	38540541	rs2300668	A	G	1248.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.773;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=34;PP=914;ReadPosRankSum=-0.511;SC=TTGATTATCAATGAGGGTTAA;SOR=1.445;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=42;TCF=7;TCR=35;TR=41;WE=38540549;WS=38540531;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,44:0.98:45
chr3	38541318	rs2300669	C	A	3267.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=34;NR=37;PP=1442;SC=AGCATAGTGGCGAATTGCTAG;SOR=0.760;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=74;TCF=37;TCR=37;TR=71;WE=38541326;WS=38541308;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr3	38541452	rs9877282	A	G	520.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=16;PP=439;SC=AAGACCTAAGACTCACCCAAG;SOR=5.670;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=0;TCR=16;TR=16;WE=38541460;WS=38541442;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr3	38545349	rs6599206	C	T	656.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=17;PP=457;SC=GGGAGTACAGCCTTCTACAGA;SOR=2.400;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=21;TCF=4;TCR=17;TR=21;WE=38545357;WS=38545339;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr3	38593128	.	TG	T	91.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.431;ClippingRankSum=0.000;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=22.999;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.13;ReadPosRankSum=-0.598;SOR=1.133;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,9:0.21:43
chr3	38622467	rs7430407	T	C	11987.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=452;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=150;NR=116;PP=2965;SC=TCTCCTCATCTTCTTCTTGGT;SOR=0.866;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=266;TCF=150;TCR=116;TR=266;WE=38622475;WS=38622457;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,448:1.00:448
chr3	38627629	rs7645173	A	G	3366.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=8;NR=90;PP=2532;SC=TGAAAGCCCAAGGAGCCCTTG;SOR=4.215;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=98;TCF=8;TCR=90;TR=98;WE=38627637;WS=38627619;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr3	38627658	rs112524625	T	TC	1348.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-0.974;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.482;NF=1;NR=47;PP=1083;ReadPosRankSum=-0.086;SC=TGACACCTATTCCCCCCCCGC;SOR=1.048;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=60;TCF=1;TCR=59;TR=48;WE=38627666;WS=38627648;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:5,53:0.91:58
chr3	38645420	rs1805124	T	C	5048.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.344;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=513;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=85;NR=101;PP=2375;ReadPosRankSum=0.414;SC=CAGTGATGTGTGGTGGCTCTC;SOR=0.701;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=362;TCF=170;TCR=192;TR=186;WE=38645428;WS=38645410;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:248,249:0.50:497
chr3	38646423	rs7428779	C	T	1289.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=2.519;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=34;PP=775;ReadPosRankSum=2.282;SC=GAGGAACGGACGTTTCCATCA;SOR=0.768;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=83;TCF=21;TCR=62;TR=47;WE=38646431;WS=38646413;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,61:0.51:119
chr3	38647642	rs41312433	G	T	1207.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-2.069;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.421;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=26;PP=583;ReadPosRankSum=-0.280;SC=CTGAGGGTCTGGGGGAGCAAG;SOR=0.357;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=62;TCF=17;TCR=45;TR=38;WE=38647650;WS=38647632;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,54:0.66:82
chr3	38648062	rs6599222	C	T	900.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=2.273;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.182;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=6;PP=612;ReadPosRankSum=-0.662;SC=TCCAAAGCTCCCACCAGTGGG;SOR=1.051;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=64;TCF=49;TCR=15;TR=34;WE=38648070;WS=38648052;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,36:0.56:64
chr3	38655643	rs9856587	C	T	553.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-1.267;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=17;PP=334;ReadPosRankSum=0.295;SC=TTGGCCCCCTCCCACGGGGGT;SOR=0.587;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=43;TCF=12;TCR=31;TR=24;WE=38655651;WS=38655633;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,27:0.54:50
chr3	38674712	rs6599230	T	C	4773.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=67;NR=63;PP=2257;SC=CTTGCTTCTCTGCCATGCGCT;SOR=0.715;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=132;TCF=67;TCR=65;TR=130;WE=38674720;WS=38674702;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,182:1.00:182
chr3	38739574	rs6599241	T	C	11082.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=421;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=143;NR=115;PP=2965;SC=ATGTTGACCATGATGAGGAAG;SOR=0.819;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=258;TCF=143;TCR=115;TR=258;WE=38739582;WS=38739564;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,419:1.00:419
chr3	38739845	rs6599242	A	G	10772.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=403;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=102;NR=128;PP=2965;SC=TACCGAAGATAGAGTAGATGA;SOR=0.825;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=231;TCF=102;TCR=129;TR=230;WE=38739853;WS=38739835;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,401:1.00:401
chr3	38749026	rs6599248	T	A	2251.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=50;PP=1401;SC=TCTTGCCACATCCAGTGTCGG;SOR=1.788;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=67;TCF=17;TCR=50;TR=67;WE=38749034;WS=38749016;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr3	38753977	rs6781740	C	T	773.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-3.136;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.913;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=24;PP=455;ReadPosRankSum=-0.111;SC=TCCCAATGCCCCACCCCCTCT;SOR=1.359;SbPval=0.95;Source=Platypus;TC=68;TCF=8;TCR=60;TR=25;WE=38753985;WS=38753967;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,33:0.41:81
chr3	38755450	rs138832868	C	T	578.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=1.076;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=8;PP=341;ReadPosRankSum=-0.229;SC=CAGACTTACCCGCATGCCTTC;SOR=0.515;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=46;TCF=28;TCR=18;TR=19;WE=38755458;WS=38755440;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,27:0.45:60
chr3	38763863	rs6771157	G	C	6790.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-2.449;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=703;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.521;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=106;NR=109;PP=2544;ReadPosRankSum=0.780;SC=ATGGACTCTTGGTGGTATCCA;SOR=0.633;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=448;TCF=217;TCR=231;TR=215;WE=38763871;WS=38763853;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:352,345:0.49:697
chr3	38764071	rs61487238	C	T	504.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-4.721;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.721;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=16;PP=332;ReadPosRankSum=-0.729;SC=GGGAGTCCCTCAATCCAGACC;SOR=0.368;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=41;TCF=7;TCR=34;TR=20;WE=38764079;WS=38764061;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,23:0.55:42
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chr3	38764998	rs12632942	A	G	5768.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.823;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=572;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=84;NR=107;PP=2794;ReadPosRankSum=2.987;SC=CTCAGGATCTAGGCAGTCCAC;SOR=0.670;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=352;TCF=153;TCR=199;TR=191;WE=38765006;WS=38764988;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:281,286:0.50:567
chr3	38766675	rs6795970	A	G	5388.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=74;NR=43;PP=2584;SC=CTCAGCAGGGACCTGAGGAAC;SOR=1.087;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=117;TCF=74;TCR=43;TR=117;WE=38766683;WS=38766665;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,195:1.00:195
chr3	38768247	rs59468016	G	A	3966.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.982;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=376;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.227;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=65;PP=2085;ReadPosRankSum=0.026;SC=CATCCCTGGGGCCTCTGGGAG;SOR=0.695;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=226;TCF=113;TCR=113;TR=127;WE=38768255;WS=38768237;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:180,186:0.51:366
chr3	38768300	rs57326399	T	C	3351.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.742;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=301;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.084;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=58;PP=1777;ReadPosRankSum=1.115;SC=TTGGCAGCAATGTGGTTCTCA;SOR=0.455;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=217;TCF=121;TCR=96;TR=122;WE=38768308;WS=38768290;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:140,159:0.53:299
chr3	38780971	rs9830687	G	A	430.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-0.264;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.898;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=3;PP=333;ReadPosRankSum=-0.610;SC=AATCTGGGTGGGAGTTTCCCC;SOR=1.802;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=48;TCF=37;TCR=11;TR=20;WE=38780979;WS=38780961;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,20:0.39:51
chr3	38784029	rs6599250	T	C	5832.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=45;NR=89;PP=2965;SC=TTCTGCATTATAGTGTGGTCA;SOR=1.223;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=134;TCF=45;TCR=89;TR=134;WE=38784037;WS=38784019;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,207:1.00:207
chr3	38793989	rs7617919	G	A	2255.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.529;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.041;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=46;PP=1262;ReadPosRankSum=-0.210;SC=TTCCAGAGGCGAGGCCTAGAA;SOR=0.807;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=147;TCF=57;TCR=90;TR=75;WE=38793997;WS=38793979;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:112,112:0.50:224
chr3	38798171	rs62244070	C	T	866.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-3.465;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.163;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=12;PP=456;ReadPosRankSum=-0.259;SC=AAACCTCCTGCTCCTTCCGGA;SOR=0.268;SbPval=0.22;Source=Platypus;TC=75;TCF=58;TCR=17;TR=40;WE=38798179;WS=38798161;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,44:0.53:83
chr3	38802251	rs7641844	A	G	970.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.769;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.25;ReadPosRankSum=-0.946;SOR=0.766;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:57,48:0.46:105
chr3	38812708	rs4420804	C	T	1569.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.461;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.629;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=18;PP=794;ReadPosRankSum=-2.791;SC=AGCCCTGTCTCCTACCCACCA;SOR=0.782;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=102;TCF=62;TCR=40;TR=51;WE=38812716;WS=38812698;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,74:0.52:142
chr3	38813009	rs62244081	T	C	430.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.620;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.584;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=15;PP=237;ReadPosRankSum=-0.024;SC=AGAAAAAACATGCAAAGAATA;SOR=1.168;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=46;TCF=14;TCR=32;TR=20;WE=38813017;WS=38812999;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,23:0.45:51
chr3	38938299	rs5848481	C	CT	479.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.654;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.19;MQRankSum=0.588;QD=9.59;ReadPosRankSum=-0.724;SOR=0.730;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,35:0.70:50
chr3	38945560	rs4073113	A	G	5464.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.894;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.695;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=98;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.907;SC=GGTTTTCTCCACAAGGGAGAC;SOR=0.293;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=147;TCF=47;TCR=100;TR=145;WE=38945568;WS=38945550;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,196:0.99:198
chr3	38946872	rs4514993	A	T	1794.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=17;NR=31;PP=961;SC=TCAAAACTTAACAAACTACTT;SOR=1.418;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=48;TCF=17;TCR=31;TR=48;WE=38946880;WS=38946862;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr3	38949363	rs6599267	A	C	3662.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=68;NR=27;PP=2142;SC=TAAATGAATTATTTCAATTTG;SOR=1.609;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=96;TCF=68;TCR=28;TR=95;WE=38949371;WS=38949353;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chr3	38951753	rs7429404	T	C	1028.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.72;SOR=2.670;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr3	38961537	rs6779297	T	C	1634.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=39;PP=964;SC=AAAAAAACATTGAAAGGAAAG;SOR=2.019;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=50;TCF=11;TCR=39;TR=50;WE=38961545;WS=38961527;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr3	38967103	rs4676474	C	T	2165.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=10;NR=59;PP=1720;SC=GGCCTGTGACCTCCAAGGTGA;SOR=3.352;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=69;TCF=10;TCR=59;TR=69;WE=38967111;WS=38967093;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr3	39149092	rs6786764	A	G	10478.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=387;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=137;NR=119;PP=2965;SC=GACCGACCCGACGCCAGTAGC;SOR=0.791;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=256;TCF=137;TCR=119;TR=256;WE=39149100;WS=39149082;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,382:1.00:382
chr3	39166484	rs784508	C	T	2527.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=45;NR=21;PP=1323;SC=TTATCCATGCCCCTTGACCTG;SOR=1.389;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=67;TCF=45;TCR=22;TR=66;WE=39166492;WS=39166474;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr3	39166509	rs784507	A	G	3030.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=48;NR=30;PP=1541;SC=GCTGCTGGCTATGCTTCAGTG;SOR=1.061;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=79;TCF=48;TCR=31;TR=78;WE=39166517;WS=39166499;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr3	39166743	rs2669852	T	C	1002.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=17;NR=14;PP=830;SC=TGCAAGGTGGTCTGGACCTTC;SOR=0.756;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=32;TCF=17;TCR=15;TR=31;WE=39166751;WS=39166733;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr3	39167905	rs784506	G	A	3880.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=33;NR=69;PP=2160;SC=CCTGACAGCCGGGTGGGGCCT;SOR=1.101;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=104;TCF=34;TCR=70;TR=102;WE=39167913;WS=39167895;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,143:1.00:143
chr3	39169693	rs1298712	A	G	1456.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=29;NR=11;PP=914;SC=AGCAGAACAAAACTGGCTAAA;SOR=1.747;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=41;TCF=30;TCR=11;TR=40;WE=39169701;WS=39169683;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr3	39169712	rs1274969	T	C	1944.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=37;NR=13;PP=1024;SC=AAATACTCAATTTTGTATATT;SOR=1.609;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=50;TCF=37;TCR=13;TR=50;WE=39169720;WS=39169702;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr3	39175576	rs784492	G	T	1100.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=23;NR=5;PP=633;SC=GGACGTTCACGTGGGGAATTC;SOR=2.303;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=28;TCF=23;TCR=5;TR=28;WE=39175584;WS=39175566;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr3	39178899	rs784495	C	T	6773.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.726;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=253;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=76;NR=91;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.852;SC=TGGGGACTGGCGGGCATGGGC;SOR=0.803;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=169;TCF=77;TCR=92;TR=167;WE=39178907;WS=39178889;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,247:0.99:249
chr3	39179909	rs784497	G	A	4365.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=47;NR=72;PP=2862;SC=GCACGTGAATGGACGTGGGAG;SOR=1.061;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=121;TCF=49;TCR=72;TR=119;WE=39179917;WS=39179899;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,150:1.00:150
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chr3	39180162	rs811969	A	C	13362.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.811;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=504;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=151;NR=162;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.514;SC=TGGTGGGGAAACCTGCATGAT;SOR=0.326;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=314;TCF=152;TCR=162;TR=313;WE=39180170;WS=39180152;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,500:1.00:501
chr3	39180263	rs704959	G	A	5711.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.008;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=96;PP=2881;ReadPosRankSum=-0.663;SC=AAGGCCCGAAGGTCCCTGAGG;SOR=0.536;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=141;TCF=43;TCR=98;TR=139;WE=39180271;WS=39180253;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,210:1.00:211
chr3	39184959	rs1274958	C	T	9162.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=336;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=147;NR=97;PP=2965;SC=TCATCCAGGACGCCTGATGTG;SOR=1.046;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=244;TCF=147;TCR=97;TR=244;WE=39184967;WS=39184949;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,333:1.00:333
chr3	39185077	rs1274957	G	A	14332.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=547;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=187;NR=171;PP=2965;SC=GGTTCCCCACGCTCCCTTCCT;SOR=0.758;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=358;TCF=187;TCR=171;TR=358;WE=39185085;WS=39185067;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,535:1.00:535
chr3	39185248	rs784519	A	G	8669.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=310;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=97;NR=125;PP=2965;SC=AAGATGCTGTAGAAGAATCAG;SOR=0.899;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=222;TCF=97;TCR=125;TR=222;WE=39185256;WS=39185238;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,307:1.00:307
chr3	39185968	rs810743	A	G	1455.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=9;NR=31;PP=923;SC=AGAGGGATGTAAGAAGCACAG;SOR=2.256;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=9;TCR=31;TR=40;WE=39185976;WS=39185958;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr3	39186728	rs784517	C	T	4647.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.271;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=74;PP=2337;ReadPosRankSum=-0.777;SC=CCCGGCGAGCCCGCTTCAGGA;SOR=1.034;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=125;TCF=49;TCR=76;TR=121;WE=39186736;WS=39186718;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,174:0.98:178
chr3	39229900	rs6805248	T	C	7801.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=301;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=106;NR=108;PP=2965;SC=AAACAGATGCTGCTGCTGCTG;SOR=0.693;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=214;TCF=106;TCR=108;TR=214;WE=39229908;WS=39229890;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,296:1.00:296
chr3	39307256	rs3732379	C	T	4455.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=2.688;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=423;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.521;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=73;NR=73;PP=2325;ReadPosRankSum=-1.296;SC=AAAATCATAACGTTGTAGGGT;SOR=0.629;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=275;TCF=140;TCR=135;TR=146;WE=39307264;WS=39307246;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:209,212:0.50:421
chr3	39308293	rs4271863	A	T	222.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.351;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=7.062;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.65;ReadPosRankSum=0.088;SOR=1.840;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:43,18:0.30:61
chr3	39323163	rs11715522	A	C	2990.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=2.196;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=293;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=65;PP=1808;ReadPosRankSum=-1.087;SC=CTGCCAACTTAAACGCCTCCA;SOR=0.713;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=219;TCF=85;TCR=134;TR=103;WE=39323171;WS=39323153;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:152,137:0.47:289
chr3	39373902	rs2853699	C	G	11026.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.042;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=426;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=141;NR=119;PP=2965;ReadPosRankSum=1.943;SC=CCCTGTGATGCGGAACTTATT;SOR=0.535;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=263;TCF=143;TCR=120;TR=260;WE=39373910;WS=39373892;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:5,418:0.99:423
chr3	39431081	rs2270770	G	A	2787.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.320;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=302;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.879;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=44;PP=1390;ReadPosRankSum=0.071;SC=AAACACGCCTGCAAACCCTCC;SOR=0.725;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=197;TCF=99;TCR=98;TR=90;WE=39431089;WS=39431071;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:159,137:0.46:296
chr3	39433147	rs1995236	G	A	9102.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=346;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=83;NR=124;PP=2965;SC=AGGATAGTTCGGCTTAGCCAC;SOR=0.993;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=210;TCF=86;TCR=124;TR=207;WE=39433155;WS=39433137;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,339:1.00:339
chr3	39437714	rs73058289	A	T	301.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.016;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=1.199;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.03;ReadPosRankSum=0.198;SOR=0.467;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,23:0.38:60
chr3	39437800	rs9877539	A	G	7246.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=287;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=104;NR=70;PP=2965;SC=TAAACATGGGATAACAGAGAC;SOR=1.014;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=177;TCF=107;TCR=70;TR=174;WE=39437808;WS=39437780;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,277:1.00:277
chr3	39448581	rs3772143	T	G	1788.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.877;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.538;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=37;PP=893;ReadPosRankSum=1.366;SC=GCGGTGAGTCTAGGCCCAGGC;SOR=0.615;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=125;TCF=39;TCR=86;TR=57;WE=39448589;WS=39448571;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:111,88:0.44:199
chr3	39448620	rs11706951	T	C	1195.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.657;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=30;PP=678;ReadPosRankSum=-0.322;SC=CTTGGGCTGGTCGGGTTTTCC;SOR=0.750;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=81;TCF=22;TCR=59;TR=42;WE=39448632;WS=39448610;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,53:0.51:104
chr3	39449137	rs1803893	T	C	568.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.589;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.361;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-1.065;NF=16;NR=5;PP=307;ReadPosRankSum=1.308;SC=TAAAGGGAAATTTTCACAATG;SOR=1.002;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=34;TCF=27;TCR=7;TR=21;WE=39449145;WS=39449127;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,25:0.56:45
chr3	39452123	rs2077797	G	A	2071.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.761;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FS=0.678;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.49;ReadPosRankSum=0.904;SOR=0.583;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:90,53:0.37:143
chr3	39452129	rs2077799	G	T	2249.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.729;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FS=4.896;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.63;ReadPosRankSum=-0.987;SOR=0.401;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:96,69:0.42:165
chr3	39453610	rs2723	C	T	2069.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.141;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=31;PP=1145;ReadPosRankSum=-0.209;SC=CAGTTTTATTCTAACTTTAAT;SOR=0.696;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=130;TCF=71;TCR=59;TR=69;WE=39453618;WS=39453600;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,96:0.53:181
chr3	39541386	rs1708057	T	C	589.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-0.317;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=6;PP=351;ReadPosRankSum=-0.343;SC=CCCTCATCTTTGGCCAGATGA;SOR=0.693;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=71;TCF=50;TCR=21;TR=24;WE=39541394;WS=39541376;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,31:0.37:83
chr3	39541478	rs1768241	A	G	1821.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.223;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=236;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=34;PP=802;ReadPosRankSum=-1.069;SC=ATGCCATTGCACCAGCACATT;SOR=0.700;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=158;TCF=80;TCR=78;TR=68;WE=39541486;WS=39541468;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:139,97:0.41:236
chr3	39541550	rs1708059	A	G	1639.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.732;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.711;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=34;PP=796;ReadPosRankSum=0.089;SC=ACATTCCTCTACCTACAAGGT;SOR=0.581;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=128;TCF=51;TCR=77;TR=59;WE=39541558;WS=39541540;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:120,88:0.42:208
chr3	39541713	rs1768242	T	A	136.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=1.097;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=3;PP=55;ReadPosRankSum=-2.341;SC=CACTGGTGGATAAGTTTCTTG;SOR=0.446;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=3;WE=39541721;WS=39541703;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,7:0.44:16
chr3	39543487	rs1612165	A	T	194.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.233;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=1;PP=99;ReadPosRankSum=-1.581;SC=GGGGGCTTCCAGAGTAGAGGG;SOR=0.105;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=14;TCF=13;TCR=1;TR=7;WE=39543495;WS=39543486;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,9:0.56:16
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chr3	40231883	rs1317317	C	T	8695.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=325;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=107;NR=132;PP=2965;SC=AAGAGCCCGACTGGGCTCAGA;SOR=0.875;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=240;TCF=108;TCR=132;TR=239;WE=40231891;WS=40231873;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,321:1.00:321
chr3	40251282	rs2679798	G	A	2393.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-2.022;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=28;PP=1223;ReadPosRankSum=0.446;SC=GGGTTATTGGGAACAAGAAGC;SOR=0.686;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=160;TCF=102;TCR=58;TR=78;WE=40251290;WS=40251272;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:111,113:0.50:224
chr3	40251392	rs1799418	T	C	2976.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.594;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=319;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=56;PP=1608;ReadPosRankSum=-0.360;SC=AGGCTCGGGATCCCCAGACTC;SOR=0.674;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=223;TCF=106;TCR=117;TR=108;WE=40251400;WS=40251382;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:165,147:0.47:312
chr3	40251628	rs1799419	G	A	110.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=1.071;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=5;PP=57;ReadPosRankSum=1.312;SC=AGCTTCTGCAGTGGGGTGTTG;SOR=0.770;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=1;TCR=15;TR=5;WE=40251636;WS=40251618;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,6:0.32:19
chr3	40286017	rs4618168	T	C	2415.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-2.332;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=246;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.540;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=36;PP=746;ReadPosRankSum=-0.066;SC=GCATCCACAGTGGCACTGATG;SOR=0.597;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=150;TCF=64;TCR=86;TR=63;WE=40286025;WS=40286007;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:121,123:0.50:244
chr3	40299465	rs73071731	C	T	553.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-1.256;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.451;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=2;PP=400;ReadPosRankSum=1.218;SC=AAGAAGCATGCATTTAAAAAT;SOR=1.161;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=42;TCF=39;TCR=3;TR=23;WE=40299473;WS=40299455;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,24:0.44:55
chr3	40351484	rs11709089	C	T	6479.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.445;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=615;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=96;NR=116;PP=2962;ReadPosRankSum=2.056;SC=GTCGCCGCCGCCTCCCTCCCT;SOR=0.671;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=401;TCF=180;TCR=221;TR=212;WE=40351492;WS=40351474;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:294,314:0.52:608
chr3	40352355	rs35523102	AT	A	1090.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.439;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FS=1.432;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.53;ReadPosRankSum=0.019;SOR=0.866;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:71,96:0.57:167
chr3	40352884	rs1454492	C	T	727.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-2.431;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=3;PP=468;ReadPosRankSum=-1.883;SC=ACTGAAATGGCTAATTCTGTT;SOR=0.558;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=65;TCF=57;TCR=8;TR=27;WE=40352892;WS=40352874;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,33:0.43:76
chr3	40353259	rs1470937	T	G	787.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=8;NR=16;PP=593;SC=GATCATTTCTTTATATACACA;SOR=1.445;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=24;TCF=8;TCR=16;TR=24;WE=40353267;WS=40353249;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr3	40353425	rs34544743	CAG	C	707.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.723;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.150;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=1.205;NF=2;NR=7;PP=305;ReadPosRankSum=-1.227;SC=TTATATTTCTCAGAGTTATTT;SOR=1.036;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=24;TCF=5;TCR=19;TR=9;WE=40353434;WS=40353415;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,20:0.43:47
chr3	40435890	rs72861689	A	G	1745.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.579;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.576;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=21;PP=878;ReadPosRankSum=-0.785;SC=TGGGATTATAAGCATGAGCCA;SOR=0.763;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=122;TCF=78;TCR=44;TR=58;WE=40435898;WS=40435880;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,83:0.49:170
chr3	40442280	rs9875245	G	T	471.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=4.356;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.846;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=1;PP=332;ReadPosRankSum=0.869;SC=TTCCCTAAGCGAAGCAGTGTG;SOR=2.564;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=28;TCF=25;TCR=3;TR=16;WE=40442288;WS=40442270;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,18:0.53:34
chr3	40442574	rs112091498	AGAGGTCC	A	646.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-3.091;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.518;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=10;PP=573;ReadPosRankSum=-0.127;SC=GGAGGCCTGGAGAGGTCCTGA;SOR=0.179;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=30;TCF=1;TCR=29;TR=11;WE=40442588;WS=40442564;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,18:0.43:42
chr3	40468896	rs1047855	C	T	4531.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.846;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=448;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.102;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=70;PP=2063;ReadPosRankSum=-0.945;SC=TTCTTCACAGCGGCAGCCTTG;SOR=0.576;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=283;TCF=129;TCR=154;TR=135;WE=40468904;WS=40468886;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:220,214:0.49:434
chr3	40498720	rs17524303	TACGC	T	840.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.370;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.119;NF=10;NR=4;PP=1244;ReadPosRankSum=0.473;SC=AGCGCGTGCGTACGCACGCAC;SOR=0.680;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=31;TCF=18;TCR=13;TR=14;WE=40498731;WS=40498710;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,24:0.46:52
chr3	40498845	rs2276868	C	T	2137.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=-0.107;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.495;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.977;NF=25;NR=28;PP=749;ReadPosRankSum=-1.231;SC=CGCCTAACGCCGCCAACATGG;SOR=0.677;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=107;TCF=54;TCR=53;TR=53;WE=40498853;WS=40498835;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:110,107:0.49:217
chr3	40498933	rs4973904	A	G	3510.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=31;NR=49;PP=1536;SC=CTGAGGCGCCAAACGGCTCCC;SOR=1.016;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=80;TCF=31;TCR=49;TR=80;WE=40498941;WS=40498923;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,133:1.00:133
chr3	40503506	rs148931839	C	T	2169.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.502;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.678;HP=1;HapScore=3;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.574;NF=52;NR=29;PP=2962;ReadPosRankSum=1.144;SC=AAAAAAGCACCTGGTACTAAG;SOR=0.835;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=171;TCF=107;TCR=64;TR=81;WE=40503528;WS=40503496;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:115,104:0.47:219
chr3	40503520	.	A	ACTGCTG,ACTGCTGCTG	7972.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.621;ClippingRankSum=0.000;DP=238;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=3;MGOF=3;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.755;NF=36,36;NR=50,50;PP=2992,2992;ReadPosRankSum=0.765;SC=TACTAAGGGTACTGCTGCTGC;SOR=1.154;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=115;TCF=47;TCR=68;TR=86,86;WE=40503528;WS=40503496;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.48,0.51:183
chr3	40503809	rs11539046	G	A	1763.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.641;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.231;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=49;PP=1080;ReadPosRankSum=0.520;SC=TGTTGAGGCTGGAGTTAGGAG;SOR=0.958;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=141;TCF=36;TCR=105;TR=63;WE=40503817;WS=40503799;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,77:0.52:148
chr3	40503864	rs143811581	CTT	C	75.27	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.674;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=12.54;ReadPosRankSum=-0.431;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,5:0.83:6
chr3	40505886	rs11129881	C	G	1899.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=35;NR=8;PP=1128;SC=TGGATGATTTCGGATTACCTG;SOR=1.926;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=43;TCF=35;TCR=8;TR=43;WE=40505894;WS=40505876;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr3	40519429	rs4553952	T	C	1326.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=19;NR=13;PP=606;SC=TCTTACTTTTTCAAACCTAGA;SOR=0.900;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=19;TCR=13;TR=32;WE=40519437;WS=40519419;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr3	40519532	rs4128740	C	A	898.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=0.056;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=12;PP=273;ReadPosRankSum=0.470;SC=ATACTCAGAACAGATATGGAA;SOR=0.740;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=49;TCF=21;TCR=28;TR=20;WE=40519540;WS=40519522;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,47:0.48:97
chr3	40528191	rs59042901	C	CA	209.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.590;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.74;MQRankSum=0.000;QD=6.55;ReadPosRankSum=-2.323;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,18:0.56:32
chr3	40557271	rs199636366	TTGTGTGTGTG	T	882.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.362;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FS=11.409;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.79;MQRankSum=0.000;QD=11.17;ReadPosRankSum=0.111;SOR=2.030;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:44,35:0.44:79
chr3	40557312	rs6804333	A	G	286.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.265;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FS=0.845;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.84;MQRankSum=0.000;QD=3.08;ReadPosRankSum=2.643;SOR=0.591;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:66,27:0.29:93
chr3	40573511	.	CTTTGGTCAGGTGGTGAG	C	700.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.898;ClippingRankSum=0.000;DP=191;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.71;ReadPosRankSum=1.067;SOR=0.754;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:160,29:0.15:189
chr3	41274764	rs2691680	C	A	1327.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=37;NR=3;PP=1034;SC=AAGGCTAGAACAGATATTTAG;SOR=3.716;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=40;TCF=37;TCR=3;TR=40;WE=41274772;WS=41274754;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr3	41279440	rs4135385	A	G	3536.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=69;NR=23;PP=2004;SC=TTTAAAAAAAATTAGTGTACT;SOR=1.746;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=93;TCF=70;TCR=23;TR=92;WE=41279448;WS=41279430;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr3	41607701	rs1565957	C	G	2199.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=48;PP=1459;SC=CAAATGATGTCCACTGCTTCA;SOR=2.093;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=64;TCF=16;TCR=48;TR=64;WE=41607709;WS=41607691;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr3	41841716	rs4973986	A	C	4367.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=40;NR=53;PP=1911;SC=AAGCCCTGGGACTGAGCAGAA;SOR=0.796;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=94;TCF=41;TCR=53;TR=93;WE=41841724;WS=41841706;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,162:1.00:162
chr3	41923513	rs59960840	GAGGCC	GGGCC,G	2527.73	.	AC=2,0;AF=1.00,0.00;ALERT;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=28;NR=7;PP=1988;SC=CCAGTAGAATGAGGCCATCAC;SOR=2.998;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=36;TCF=29;TCR=7;TR=35;WE=41923527;WS=41923503;set=Intersection	GT:AF:DP	1/1:1.00:57
chr3	41923515	rs61575884	GGCCA	G	2528.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.36;SOR=2.998;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr3	41923519	.	A	G	1033	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;FR=1.0000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MMLQ=28;MQ=60.0;NF=35;NR=7;PP=1033;QD=25.4231241083;SC=GAATGAGGCCATCACATCACC;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=51;TCF=42;TCR=9;TR=42;WE=41923527;WS=41923503;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:9,42:0.82:51
chr3	41925260	rs113374533	CAGAGAAAAAACAAGTGA	C	1839.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=25;NR=0;PP=2973;SC=CACAATCCCACAGAGAAAAAA;SOR=7.523;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=29;TCF=28;TCR=1;TR=25;WE=41925284;WS=41925257;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr3	41925301	rs1716685	T	C	2038.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=177;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=50;NR=8;PP=1192;SC=CTGCAGGTTCTAAATTACAGA;SOR=3.126;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=58;TCF=50;TCR=8;TR=58;WE=41925309;WS=41925291;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr3	41925398	rs1052501	C	T	8625.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=332;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=35;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQ=60.03;NF=97;NR=86;PP=2965;SC=TGGAGCTCAGCTGTGTGCGAA;SOR=0.787;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=183;TCF=97;TCR=86;TR=183;WE=41925406;WS=41925388;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,331:1.00:331
chr3	41925423	rs1716687	T	C	9643.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=364;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=93;NR=98;PP=2965;SC=GTAAACCAATTACGTGAGCAA;SOR=0.693;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=191;TCF=93;TCR=98;TR=191;WE=41925431;WS=41925413;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,364:1.00:364
chr3	41937000	rs1717003	C	T	522.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=12;NR=5;PP=298;SC=AAAATATAAACGTTACTTACA;SOR=1.508;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=17;TCF=12;TCR=5;TR=17;WE=41937008;WS=41936990;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr3	41938500	rs1717005	G	C	2982.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.16;SOR=1.149;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr3	41939993	rs1625226	T	A	3051.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.724;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=56;PP=1875;ReadPosRankSum=1.201;SC=ATCTGTGGTTTAAAAAAAAAG;SOR=1.057;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=91;TCF=35;TCR=56;TR=91;WE=41940001;WS=41939982;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,126:0.98:128
chr3	41942199	rs1717007	T	C	8957.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=342;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=105;NR=94;PP=2965;SC=ACTCAGTTGTTAGAGTGTCTT;SOR=0.779;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=199;TCF=105;TCR=94;TR=199;WE=41942207;WS=41942189;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,338:1.00:338
chr3	41949348	rs184541140	G	A	1144.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.286;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.439;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=16;PP=492;ReadPosRankSum=-2.270;SC=TTGGTCAGAGGAGAAGTCTTC;SOR=0.525;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=72;TCF=40;TCR=32;TR=30;WE=41949356;WS=41949338;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,56:0.47:120
chr3	41952781	rs1716991	C	T	6444.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=247;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=108;NR=66;PP=2965;SC=TTGTCTTGCACTGATCCCTCT;SOR=1.106;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=175;TCF=108;TCR=67;TR=174;WE=41952789;WS=41952771;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,245:1.00:245
chr3	41957466	rs1716698	T	G	2392.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.92;SOR=0.823;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr3	41960006	rs1716975	T	C	993.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.48;SOR=0.968;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr3	41961168	rs1716979	T	C	2369.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=52;NR=14;PP=1566;SC=ACCTGGTTTTTAGTCCAGCTC;SOR=2.245;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=66;TCF=52;TCR=14;TR=66;WE=41961176;WS=41961158;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr3	41977214	rs3934103	C	T	916.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=24;NR=2;PP=677;SC=AAATTTTATCCAAAAATAACA;SOR=4.407;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=27;TCF=24;TCR=3;TR=26;WE=41977222;WS=41977204;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr3	41977488	rs58069203	CCT	C	13465.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.689;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=330;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.276;NF=17;NR=110;PP=2966;ReadPosRankSum=-2.178;SC=ACAGAGTGCCCCTGAGAGGTT;SOR=0.616;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=129;TCF=17;TCR=112;TR=127;WE=41977497;WS=41977478;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,308:0.99:311
chr3	41996136	rs2272007	T	C	19320.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=736;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=219;NR=196;PP=2965;SC=TTCAGGCCTTTTGCACTTATC;SOR=0.752;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=419;TCF=219;TCR=200;TR=415;WE=41996144;WS=41996126;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,729:1.00:729
chr3	41996275	rs7651623	A	G	7801.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.829;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=302;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=126;PP=2965;ReadPosRankSum=0.294;SC=TCTCACATACAATAGAATAAC;SOR=1.227;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=191;TCF=64;TCR=127;TR=189;WE=41996283;WS=41996265;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,289:0.99:291
chr3	42133149	rs4974011	C	G	3227.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=24;NR=58;PP=1868;SC=TCTCTTGCTCCGTGCTGCTTG;SOR=1.510;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=83;TCF=24;TCR=59;TR=82;WE=42133157;WS=42133139;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr3	42202055	.	G	GT	141.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.422;ClippingRankSum=0.000;DP=142;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.27;ReadPosRankSum=0.350;SOR=0.627;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:84,28:0.25:112
chr3	42202060	rs201440342	TG	T	40.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-1.936;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FS=0.906;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.36;ReadPosRankSum=-1.194;SOR=0.498;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:91,23:0.20:114
chr3	42202061	rs4974003	G	T	1803.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=2.013;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FS=0.906;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.82;ReadPosRankSum=1.173;SOR=0.935;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,91:0.80:114
chr3	42218095	rs1010987	G	C	338.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=1.165;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=1;PP=298;ReadPosRankSum=1.319;SC=CAGGGGTTACGAGTCCCCCTA;SOR=0.656;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=25;TCF=23;TCR=2;TR=15;WE=42218103;WS=42218085;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,14:0.61:23
chr3	42226151	rs4234445	T	C	2690.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-2.163;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=267;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.698;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=34;PP=875;ReadPosRankSum=-0.702;SC=CTTTTGAATCTCTGTTCTCCC;SOR=0.512;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=149;TCF=80;TCR=69;TR=64;WE=42226159;WS=42226141;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:128,136:0.52:264
chr3	42230395	rs3816396	C	T	455.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=0.582;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=3;PP=162;ReadPosRankSum=0.439;SC=TTGGGAGAGCCGTCTGGTGGG;SOR=0.474;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=26;TCF=20;TCR=6;TR=12;WE=42230403;WS=42230385;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,20:0.61:33
chr3	42234758	rs3816397	C	A	1967.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-2.980;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=240;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.180;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=34;PP=852;ReadPosRankSum=-1.696;SC=GGGGAAGGGACATTTACTCCA;SOR=0.566;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=139;TCF=62;TCR=77;TR=65;WE=42234766;WS=42234748;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:132,108:0.45:240
chr3	42236415	rs9851455	A	G	4132.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=0.932;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=381;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.204;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=58;PP=1730;ReadPosRankSum=0.233;SC=GCTACCACTCACTGGGCCTGT;SOR=0.646;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=202;TCF=100;TCR=102;TR=113;WE=42236423;WS=42236405;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:167,201:0.55:368
chr3	42244321	rs9311309	G	A	2911.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=2.302;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=385;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.704;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=45;PP=1396;ReadPosRankSum=0.009;SC=TGCGGAAGGCGGGGCACCTCT;SOR=0.625;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=214;TCF=104;TCR=110;TR=93;WE=42244329;WS=42244311;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:230,151:0.40:381
chr3	42251263	rs2290134	C	T	2145.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=1.780;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.591;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=18;PP=1308;ReadPosRankSum=1.313;SC=TGCAAGGTTCCGCCACACTTC;SOR=0.746;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=159;TCF=123;TCR=36;TR=77;WE=42251271;WS=42251253;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:103,92:0.47:195
chr3	42251329	rs2290133	C	T	4620.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.593;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=501;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.533;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=97;NR=57;PP=2244;ReadPosRankSum=-1.585;SC=ACCCCCGGCCCGGTGTGGTCA;SOR=0.781;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=339;TCF=206;TCR=133;TR=154;WE=42251337;WS=42251319;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:264,223:0.46:487
chr3	42251577	.	C	CGGAGGA	5763.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.169;ClippingRankSum=0.000;DP=528;ExcessHet=3.0103;FS=17.597;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.08;MQRankSum=0.000;QD=17.52;ReadPosRankSum=0.713;SOR=1.026;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:174,155:0.47:329
chr3	42251868	rs3836496	CT	C	1899.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.366;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.15;MQRankSum=1.461;QD=13.87;ReadPosRankSum=0.401;SOR=0.739;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:70,67:0.49:137
chr3	42305131	rs754635	C	G	1991.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=15;NR=45;PP=1358;SC=ATGGCTGTAGCGAGCAAAGGA;SOR=2.015;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=60;TCF=15;TCR=45;TR=60;WE=42305139;WS=42305121;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr3	42568929	rs2229722	T	C	5743.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.363;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=585;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.527;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=67;NR=110;PP=2486;ReadPosRankSum=0.523;SC=GCTACACCATTGGCTACGGCC;SOR=0.747;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=347;TCF=139;TCR=208;TR=177;WE=42568937;WS=42568919;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:285,289:0.50:574
chr3	42576449	rs202040820	T	A	2613.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=2.592;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=18;PP=1325;ReadPosRankSum=0.594;SC=CCATGGCCTGTCCCTCCCCTG;SOR=0.728;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=133;TCF=98;TCR=35;TR=74;WE=42576457;WS=42576439;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,115:0.57:201
chr3	42598980	rs2271181	C	T	783.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=31;NR=3;PP=830;SC=ATTATAAAACCTCAGTTTTAT;SOR=2.670;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=34;TCF=31;TCR=3;TR=34;WE=42598988;WS=42598970;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr3	42599049	rs35532938	T	TTA	350.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.173;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FS=2.157;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.47;MQRankSum=0.000;QD=3.13;ReadPosRankSum=-0.463;SOR=0.408;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:71,41:0.37:112
chr3	42599091	rs2271184	G	A	2416.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=2.212;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=247;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-2.008;NF=53;NR=40;PP=1476;ReadPosRankSum=-0.477;SC=GTTCTGCAAGGTGAACTCCTC;SOR=0.661;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=165;TCF=97;TCR=68;TR=93;WE=42599099;WS=42599081;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:121,121:0.50:242
chr3	42599234	rs2271185	C	T	3400.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=31;NR=67;PP=2015;SC=GTAATTTCTACATGAAAGAAA;SOR=1.517;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=98;TCF=31;TCR=67;TR=98;WE=42599242;WS=42599224;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr3	42605402	rs9311324	A	C	4642.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.050;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=498;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=88;PP=2294;ReadPosRankSum=-1.075;SC=ACAGCCTGTGATCACTCTTAT;SOR=0.706;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=307;TCF=106;TCR=201;TR=136;WE=42605410;WS=42605392;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:266,221:0.45:487
chr3	42610374	rs2271186	A	G	4395.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=59;NR=45;PP=2058;SC=TAAAGTCACAACCTTCTGCAG;SOR=0.905;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=104;TCF=59;TCR=45;TR=104;WE=42610382;WS=42610364;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,164:1.00:164
chr3	42610515	rs2271187	G	A	1176.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-0.526;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=16;PP=391;ReadPosRankSum=1.432;SC=CCCGTACCACGCAGGCAAAAA;SOR=0.672;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=71;TCF=30;TCR=41;TR=30;WE=42610523;WS=42610505;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,62:0.44:142
chr3	42632217	rs68004576	G	A	1855.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.225;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.744;HP=4;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=12;PP=608;ReadPosRankSum=0.326;SC=CCGGCGTTCTGGGGGCTGGGA;SOR=0.850;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=76;TCF=51;TCR=25;TR=37;WE=42632225;WS=42632207;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,50:0.46:108
chr3	42632238	rs17030458	C	G	2025.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.096;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.640;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=14;PP=705;ReadPosRankSum=0.994;SC=CCGAGGAAAGCGCTGAGTATA;SOR=0.755;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=88;TCF=57;TCR=31;TR=41;WE=42632246;WS=42632228;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,60:0.44:137
chr3	42642634	rs57577390	T	TC	676.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-2.073;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=10;PP=360;ReadPosRankSum=0.440;SC=TCAGCAACCCTCCCCCGGCCT;SOR=0.595;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=23;TCF=4;TCR=19;TR=12;WE=42642642;WS=42642624;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,27:0.63:43
chr3	42659266	rs58694012	T	TA	689.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.839;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.461;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=18;PP=557;ReadPosRankSum=-0.159;SC=AAAAAAGAGTTACTTATACTG;SOR=1.214;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=28;TCF=1;TCR=27;TR=19;WE=42659274;WS=42659256;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,24:0.59:41
chr3	42674028	rs11385188	A	AT	151.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=0.742;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.752;HP=6;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=1;PP=160;ReadPosRankSum=-1.786;SC=CAGTAATCACATTTTTTACTC;SOR=1.179;SbPval=0.92;Source=Platypus;TC=16;TCF=11;TCR=5;TR=7;WE=42674036;WS=42674018;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,10:0.38:26
chr3	42676265	rs13093680	G	T	121.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.913;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.102;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=6;PP=89;ReadPosRankSum=-1.030;SC=AAGTCCTAGCGTTAATTTTAG;SOR=0.082;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=17;TCF=1;TCR=16;TR=7;WE=42676273;WS=42676255;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,7:0.39:18
chr3	42676925	rs17074693	C	A	140.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-0.508;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=6;PP=106;ReadPosRankSum=2.319;SC=GGATTGGATACAATTCTGGAC;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=1;TCR=12;TR=6;WE=42676933;WS=42676915;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,6:0.46:13
chr3	42679497	rs35890296	C	T	2410.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.588;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=247;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.481;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=32;PP=1440;ReadPosRankSum=1.313;SC=AAAAAAATAGCGTTTCACATA;SOR=0.753;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=175;TCF=109;TCR=66;TR=87;WE=42679505;WS=42679475;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:126,113:0.47:239
chr3	42679777	rs33969824	T	G	2868.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.630;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=282;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.433;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=45;PP=1477;ReadPosRankSum=-0.713;SC=AAAAAGAACTTTGAAAGAGAA;SOR=0.730;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=197;TCF=102;TCR=95;TR=92;WE=42679785;WS=42679753;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:146,134:0.48:280
chr3	42684133	rs2302352	A	G	669.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.716;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.804;HP=3;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=14;PP=401;ReadPosRankSum=-0.761;SC=CATCATGTCCACTTTTTAAGG;SOR=0.375;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=71;TCF=29;TCR=42;TR=28;WE=42684141;WS=42684123;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,38:0.35:108
chr3	42684787	rs13072295	G	A	1135.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-2.739;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.739;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=23;PP=541;ReadPosRankSum=0.519;SC=AGCCTGTCCTGCCCTGATCTA;SOR=0.351;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=89;TCF=51;TCR=38;TR=48;WE=42684795;WS=42684777;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,58:0.50:117
chr3	42700456	rs339724	C	T	2182.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=0.267;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=239;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.585;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=41;PP=1272;ReadPosRankSum=0.440;SC=CCGGTGGGCCCCCAGCCAGCT;SOR=0.731;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=186;TCF=94;TCR=92;TR=80;WE=42700464;WS=42700446;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:131,104:0.44:235
chr3	42700630	rs339723	A	G	3977.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=39;NR=67;PP=2063;SC=GGCCAAGCCCAGCCACCGTGG;SOR=1.156;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=106;TCF=39;TCR=67;TR=106;WE=42700638;WS=42700620;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,149:1.00:149
chr3	42700717	rs72864072	A	G	903.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.574;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=9.681;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.90;ReadPosRankSum=1.020;SOR=1.938;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,38:0.58:65
chr3	42728144	rs6805421	A	G	8653.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=325;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=98;NR=104;PP=2965;SC=TCCCTCTCCAACCAGGTCCCC;SOR=0.764;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=203;TCF=99;TCR=104;TR=202;WE=42728152;WS=42728134;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,321:1.00:321
chr3	42733341	rs4533620	T	C	5876.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.116;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=545;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.728;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=103;NR=72;PP=2715;ReadPosRankSum=-0.449;SC=GACCAAGCTCTCCATCCTTGT;SOR=0.842;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=334;TCF=188;TCR=146;TR=175;WE=42733349;WS=42733331;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:259,284:0.52:543
chr3	42733468	rs123509	T	C	3869.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.532;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=360;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.293;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=79;PP=1756;ReadPosRankSum=0.124;SC=CAATGTGCTGTGCCTGACTAA;SOR=0.833;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=224;TCF=89;TCR=135;TR=129;WE=42733476;WS=42733458;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:167,185:0.53:352
chr3	42735150	rs11079	T	C	3927.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.177;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=405;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.101;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.975;NF=63;NR=51;PP=1755;ReadPosRankSum=1.304;SC=AGTTTTTGCATCCAGAGCTCA;SOR=0.820;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=245;TCF=129;TCR=116;TR=114;WE=42735158;WS=42735140;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:206,198:0.49:404
chr3	42735274	rs339697	A	G	1927.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-1.400;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.674;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-1.006;NF=22;NR=48;PP=1092;ReadPosRankSum=-0.328;SC=CTGGGATCACAGCGGAATGCT;SOR=0.474;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=146;TCF=44;TCR=102;TR=70;WE=42735282;WS=42735264;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,90:0.51:177
chr3	42738297	rs2290973	G	A	2525.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.199;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.454;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQ=59.99;MQRankSum=1.244;NF=54;NR=22;PP=1311;ReadPosRankSum=0.968;SC=ACACCTGGCAGGATGGCTGTG;SOR=1.129;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=124;TCF=83;TCR=41;TR=76;WE=42738305;WS=42738287;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,114:0.60:189
chr3	42754912	rs3895740	A	G	558.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-3.118;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.740;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=18;PP=406;ReadPosRankSum=1.476;SC=TTACATTGGTAGTGATGGGAC;SOR=0.105;SbPval=0.26;Source=Platypus;TC=36;TCF=3;TCR=33;TR=21;WE=42754920;WS=42754902;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,22:0.61:36
chr3	42772180	rs10865921	C	T	2113.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.225;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.532;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=40;PP=1013;ReadPosRankSum=-1.383;SC=ACATTCAGGGCGAATGTCAGC;SOR=0.420;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=121;TCF=46;TCR=75;TR=70;WE=42772188;WS=42772170;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,100:0.57:174
chr3	42774475	rs17074778	G	A	1552.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=2.135;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=31;PP=778;ReadPosRankSum=-0.519;SC=GTGTAAAGGCGGAAGGGGCCC;SOR=0.700;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=128;TCF=49;TCR=79;TR=49;WE=42774483;WS=42774465;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:124,80:0.39:204
chr3	42781276	rs62246603	G	T	2628.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.069;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=250;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.473;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=51;PP=1240;ReadPosRankSum=-1.014;SC=GCTCTCTCTGGAGGACATCCC;SOR=0.747;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=159;TCF=64;TCR=95;TR=85;WE=42781284;WS=42781266;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:115,128:0.53:243
chr3	42781316	rs11709500	G	A	1499.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.553;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.204;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=40;PP=884;ReadPosRankSum=-1.124;SC=TAATTAGAAAGTGAGGGCATG;SOR=0.950;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=110;TCF=37;TCR=73;TR=57;WE=42781324;WS=42781306;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,71:0.49:145
chr3	42784630	rs12635736	A	G	984.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-0.769;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.840;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=28;PP=645;ReadPosRankSum=-0.879;SC=GAGACCCCACAGACTGAAGAT;SOR=0.551;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=78;TCF=21;TCR=57;TR=40;WE=42784638;WS=42784620;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,46:0.49:94
chr3	42787469	rs2240859	A	G	1073.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.313;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.717;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=21;PP=518;ReadPosRankSum=-0.187;SC=TCCCTGGCGAAGATAGGAGCT;SOR=0.818;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=70;TCF=30;TCR=40;TR=35;WE=42787477;WS=42787459;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,53:0.49:109
chr3	42793337	rs11929390	T	C	932.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-2.294;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.328;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=13;PP=562;ReadPosRankSum=1.130;SC=GGGGTGGACCTCGGGTAGAGG;SOR=0.386;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=66;TCF=46;TCR=20;TR=37;WE=42793345;WS=42793327;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,43:0.57:75
chr3	42794333	rs55904344	G	C	847.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-1.449;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=30;PP=513;ReadPosRankSum=0.201;SC=CTCATAAAGGGGCACTAACTT;SOR=0.797;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=80;TCF=16;TCR=64;TR=37;WE=42794354;WS=42794323;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,43:0.44:98
chr3	42799554	.	TAC	T,TACACACAC	289.73	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-2.102;ClippingRankSum=0.000;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.583;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=5;PP=190;ReadPosRankSum=1.111;SC=GCTCCGGTGGTACACACACAC;SOR=0.223;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=31;TCF=21;TCR=10;TR=11;WE=42799565;WS=42799544;set=Intersection	GT:AF:DP	0/1:0.41:41
chr3	42799765	rs17238798	G	A	1195.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.561;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.598;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=20;PP=446;ReadPosRankSum=-0.768;SC=TTCTGTAACCGTTTGTGCTGC;SOR=0.627;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=86;TCF=34;TCR=52;TR=33;WE=42799773;WS=42799755;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:94,64:0.41:158
chr3	42799858	rs339678	T	A	1216.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=10;NR=25;PP=713;SC=GCATCAGAAATGAAGCCTCAG;SOR=1.559;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=36;TCF=11;TCR=25;TR=35;WE=42799866;WS=42799848;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr3	42835889	rs6764909	A	G	1027.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=12;NR=22;PP=680;SC=CCATAATCCTAAAGTTAAAAA;SOR=1.432;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=12;TCR=22;TR=34;WE=42835897;WS=42835879;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
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chr3	42915878	rs735320	C	T	1927.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-1.187;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.854;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=25;PP=949;ReadPosRankSum=-0.366;SC=CCCAGCGCTGCGGGTCAACAT;SOR=0.869;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=138;TCF=83;TCR=55;TR=67;WE=42915886;WS=42915868;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:89,93:0.51:182
chr3	42917047	rs9865715	A	G	8036.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=300;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=102;NR=100;PP=2965;SC=TTGAGGATGGAGCCAAAGGAG;SOR=0.700;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=203;TCF=103;TCR=100;TR=202;WE=42917055;WS=42917037;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,291:1.00:291
chr3	42947776	rs6789928	T	C	121.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.38;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
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chr3	42950181	rs7617715	C	T	654.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=2.383;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=3;PP=397;ReadPosRankSum=1.132;SC=TAGTTATTTCCGTTTTTTTCC;SOR=0.892;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=49;TCF=41;TCR=8;TR=22;WE=42950189;WS=42950171;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,27:0.49:55
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chr3	42956273	rs1427801	T	C	4191.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=55;NR=50;PP=1922;SC=CACATTGCATTGCACATCAGA;SOR=0.744;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=105;TCF=55;TCR=50;TR=105;WE=42956281;WS=42956263;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,158:1.00:158
chr3	42956984	rs834579	A	G	422.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=0.676;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.594;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=14;PP=278;ReadPosRankSum=0.352;SC=AACATTTACCATGTACTCTAG;SOR=1.101;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=32;TCF=6;TCR=26;TR=17;WE=42956992;WS=42956974;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,19:0.51:37
chr3	43021007	rs6773223	C	G	90.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-1.484;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.884;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=1;PP=25;ReadPosRankSum=0.412;SC=GAAACCCGCCCCAGCCGAGTA;SOR=0.088;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=13;TCF=12;TCR=1;TR=4;WE=43021015;WS=43020997;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,6:0.35:17
chr3	43021088	rs6763762	G	A	331.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-0.242;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=4;PP=193;ReadPosRankSum=0.606;SC=ATGAGTCTGCGAGCCGGCTGA;SOR=0.671;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=45;TCF=34;TCR=11;TR=17;WE=43021096;WS=43021078;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,19:0.39:49
chr3	43021383	rs6775999	C	T	66.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.677;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=1.883;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.76;ReadPosRankSum=0.857;SOR=1.402;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,7:0.18:38
chr3	43074871	rs588335	A	G	11706.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=449;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=119;NR=149;PP=2965;SC=TCTGGTGGGCACCCGATGTGC;SOR=0.847;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=268;TCF=119;TCR=149;TR=268;WE=43074879;WS=43074861;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,444:1.00:444
chr3	43095101	rs536119	A	G	4059.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.090;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=466;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=55;PP=1724;ReadPosRankSum=-1.041;SC=GAGAAATGCCAGAACCCAGCC;SOR=0.659;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=280;TCF=153;TCR=127;TR=120;WE=43095109;WS=43095091;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:249,209:0.46:458
chr3	43095245	rs2280565	A	G	4266.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=2.795;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=434;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.754;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=71;PP=1855;ReadPosRankSum=-0.813;SC=GGGGTTTCCCAGTCTTGTTCT;SOR=0.869;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=255;TCF=110;TCR=145;TR=120;WE=43095253;WS=43095235;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:224,206:0.48:430
chr3	43414318	rs6441771	A	G	3081.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=38;NR=41;PP=1458;SC=CGTGGAAGAGAGACCAGCTTG;SOR=0.762;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=79;TCF=38;TCR=41;TR=79;WE=43414326;WS=43414308;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr3	43591142	rs12638282	G	A	1807.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=45;NR=4;PP=1270;SC=GACAGCCCGAGACAGCACTGC;SOR=3.804;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=49;TCF=45;TCR=4;TR=49;WE=43591150;WS=43591132;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr3	43592906	rs9829081	T	C	9018.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.702;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=345;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=177;NR=78;PP=2965;ReadPosRankSum=2.063;SC=AATTTACATATAATAAACTGC;SOR=0.680;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=258;TCF=178;TCR=80;TR=255;WE=43592914;WS=43592896;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,334:1.00:335
chr3	43602803	rs3772165	C	T	7117.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.331;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=274;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.206;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=88;NR=77;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.561;SC=CCTCTTCACCCGCACACCATG;SOR=0.378;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=166;TCF=88;TCR=78;TR=165;WE=43602811;WS=43602793;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,271:1.00:272
chr3	43607119	rs143897042	G	A	251.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.025;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.44;ReadPosRankSum=1.539;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,13:0.59:22
chr3	43607136	rs7616708	T	C	952.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=34.03;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr3	43618558	rs41289586	C	T	1990.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.888;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.509;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=34;PP=1027;ReadPosRankSum=-0.393;SC=GGCACAGCCACGCTTCCACAG;SOR=0.625;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=142;TCF=70;TCR=72;TR=68;WE=43618566;WS=43618548;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:112,96:0.46:208
chr3	43642126	rs6441785	C	A	3608.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=34;NR=74;PP=2147;SC=AGTTTCAAAACTAAAAACTTT;SOR=1.739;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=109;TCF=34;TCR=75;TR=108;WE=43642134;WS=43642116;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr3	43756577	.	CTG	C,CTGTGTG	3481.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.028;ClippingRankSum=0.000;DP=371;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=1.403;HP=2;HapScore=3;MGOF=14;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.762;NF=7,7;NR=112,112;PP=2997,2997;ReadPosRankSum=-0.075;SC=TCAATTCACTCTGTGTGTGTG;SOR=0.533;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=180;TCF=12;TCR=168;TR=119,119;WE=43756590;WS=43756567;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.52,0.37:188
chr3	44283525	rs9850927	A	G	314.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=4;PP=153;SC=GAGGGGCCCCAGCGGGCCGGC;SOR=1.179;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=9;TCF=5;TCR=4;TR=9;WE=44283533;WS=44283515;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr3	44283672	rs9833423	T	C	2448.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=41;NR=18;PP=1041;SC=GGCCGGGGGGTGCCGGGAAAA;SOR=2.076;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=60;TCF=41;TCR=19;TR=59;WE=44283680;WS=44283662;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr3	44283808	rs7645375	C	A	5797.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=78;NR=66;PP=2891;SC=CGCAGGGGCCCGGTGAGCCCG;SOR=0.854;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=146;TCF=78;TCR=68;TR=144;WE=44283816;WS=44283798;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,212:1.00:212
chr3	44284584	rs9284879	G	A	1424.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=1.954;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=26;PP=819;ReadPosRankSum=-0.187;SC=AAATATTAAGGTTGAATTCCA;SOR=0.726;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=86;TCF=36;TCR=50;TR=43;WE=44284592;WS=44284574;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,63:0.50:127
chr3	44286015	rs17646517	C	G	1509.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.260;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.614;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=25;PP=906;ReadPosRankSum=-0.268;SC=ATTTATAGTTCCAGACTTGGT;SOR=0.611;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=101;TCF=55;TCR=46;TR=51;WE=44286023;WS=44286005;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,68:0.47:146
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chr3	44310592	rs5004668	T	C	428.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=10;NR=0;PP=243;SC=GTGAACTGAATATGAATATTT;SOR=3.126;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=10;TCR=0;TR=10;WE=44310600;WS=44310582;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr3	44329394	rs11294162	TG	T	975.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.551;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.679;HP=7;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.124;NF=4;NR=14;PP=372;ReadPosRankSum=0.402;SC=ATTGTTTCCATGGGGGGGTAC;SOR=0.887;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=37;TCF=7;TCR=30;TR=18;WE=44329402;WS=44329384;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,42:0.45:93
chr3	44332131	rs11927593	T	A	971.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.686;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.050;HP=6;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=5;PP=677;ReadPosRankSum=0.592;SC=TCAATTTTTTTAAATGAGTTT;SOR=0.990;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=68;TCF=56;TCR=12;TR=35;WE=44332139;WS=44332121;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,43:0.48:89
chr3	44332176	rs1488637	T	C	5957.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=98;NR=52;PP=2965;SC=CTTCTTCCATTAGTGTCTTAG;SOR=1.255;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=152;TCF=100;TCR=52;TR=150;WE=44332184;WS=44332166;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,215:1.00:215
chr3	44345646	rs1488639	A	T	304.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.513;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.492;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=6;PP=100;ReadPosRankSum=-0.599;SC=GGTTTGAATAATAACCCCATT;SOR=0.269;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=18;TCF=6;TCR=12;TR=10;WE=44345654;WS=44345636;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,16:0.59:27
chr3	44362408	rs9857957	G	A	461.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=15;NR=0;PP=384;SC=GAGTACATATGTTTAAGTTTT;SOR=5.549;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=15;TCR=0;TR=15;WE=44362416;WS=44362406;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr3	44399668	rs4682970	T	C	2856.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=28.01;SOR=1.958;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr3	44408864	rs372993721	G	GT	829.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=22;NR=4;PP=1002;SC=GTAATAGAATGTTTAAAAGAT;SOR=3.334;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=28;TCF=24;TCR=4;TR=26;WE=44408872;WS=44408854;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr3	44437870	rs6441838	A	C	4212.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=50;NR=61;PP=1797;SC=TGTTAACATGAGTGTGTGCTC;SOR=0.823;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=111;TCF=50;TCR=61;TR=111;WE=44437878;WS=44437860;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,162:1.00:162
chr3	44540791	rs36046723	TTC	T	16101.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=427;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=45;NR=138;PP=2969;SC=CATAAGGTTTTTCTCTCCAGT;SOR=0.744;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=199;TCF=52;TCR=147;TR=183;WE=44540800;WS=44540781;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,402:1.00:402
chr3	44599103	rs2293600	T	G	347.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.597;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.643;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=11;PP=243;ReadPosRankSum=1.539;SC=AGAGGGAAAATAGTTTTGTGC;SOR=0.283;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=32;TCF=8;TCR=24;TR=16;WE=44599111;WS=44599093;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,16:0.50:32
chr3	44607013	rs13081859	T	C	7071.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.309;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=646;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.522;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=116;NR=94;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.290;SC=GAAATGCATTTTGAGGAGACA;SOR=0.773;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=397;TCF=211;TCR=186;TR=210;WE=44607021;WS=44607003;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:297,335:0.53:632
chr3	44609626	rs6765468	G	A	527.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.971;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.085;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.352;NF=7;NR=15;PP=381;ReadPosRankSum=-1.012;SC=TACTTCCCCTGGAGGTAATGG;SOR=0.458;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=50;TCF=14;TCR=36;TR=22;WE=44609634;WS=44609616;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,25:0.45:55
chr3	44610046	rs78534520	T	C	697.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=3.080;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.210;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=20;PP=462;ReadPosRankSum=-0.120;SC=CTAGAGTGAATAATATAGGGA;SOR=0.495;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=55;TCF=9;TCR=46;TR=24;WE=44610054;WS=44610036;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,29:0.45:64
chr3	44611896	rs9835485	A	G	3894.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.226;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=402;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.361;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.991;NF=68;NR=57;PP=2036;ReadPosRankSum=-2.215;SC=TCATCTCAGAACCCACACAGG;SOR=0.716;SbPval=0.6;Source=Platypus;TCF=148;TR=125;WE=44611904;WS=44611886;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:217,182:0.46:399
chr3	44612050	rs9873604	C	T	13088.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.903;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=497;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQ=59.97;MQRankSum=0.000;NF=183;NR=151;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.858;SC=TCCCGACTCACTGACCACCAG;SOR=0.866;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=334;TCF=183;TCR=151;TR=334;WE=44612058;WS=44612040;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,485:1.00:487
chr3	44612895	rs2034476	C	G	3103.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.751;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=286;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=68;PP=1717;ReadPosRankSum=-0.539;SC=CAGAGAGCAACGACCTTTGAG;SOR=0.670;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=202;TCF=73;TCR=129;TR=107;WE=44612903;WS=44612885;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:137,145:0.51:282
chr3	44635461	rs13319803	G	A	928.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.421;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.754;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=10;PP=594;ReadPosRankSum=1.205;SC=CCTTCCTCTGGTACAGAGAAT;SOR=0.894;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=77;TCF=54;TCR=23;TR=34;WE=44635469;WS=44635451;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,43:0.45:95
chr3	44673430	rs28699350	G	C	647.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.957;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=6;PP=310;ReadPosRankSum=0.255;SC=CTTGACCTTGGGAGCCACCCA;SOR=0.549;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=38;TCF=28;TCR=10;TR=21;WE=44673438;WS=44673420;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,29:0.56:52
chr3	44692564	rs2272044	C	G	979.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=5.062;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.323;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=2;PP=711;ReadPosRankSum=0.237;SC=GAGAAGATGACTGCAGAATTG;SOR=1.708;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=63;TCF=56;TCR=7;TR=32;WE=44692572;WS=44692557;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,36:0.52:69
chr3	44763037	rs7640654	A	C	1580.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.818;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=23;PP=907;ReadPosRankSum=-1.111;SC=AAATGCAATGAATGTGGGAAT;SOR=0.688;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=101;TCF=57;TCR=44;TR=52;WE=44763045;WS=44763027;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,71:0.51:140
chr3	44775962	rs4682752	A	G	3248.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.265;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=322;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.861;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=77;NR=56;PP=1740;ReadPosRankSum=1.196;SC=GAGAGTTAACATGCAGAAGAA;SOR=0.626;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=229;TCF=136;TCR=93;TR=133;WE=44775970;WS=44775952;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:153,163:0.52:316
chr3	44803108	rs56236286	AAAGACAG	A	10839.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.229;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=688;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.440;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.911;NF=24;NR=92;PP=2971;ReadPosRankSum=2.139;SC=AGCTCTGGGTAAAGACAGAAG;SOR=0.866;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=254;TCF=54;TCR=200;TR=116;WE=44803122;WS=44803098;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:345,285:0.45:630
chr3	44816952	rs10574346	CTT	C	573.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.619;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FS=1.364;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.25;ReadPosRankSum=-0.412;SOR=0.401;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,26:0.42:62
chr3	44826315	rs56895721	G	GT	422.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.413;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.12;ReadPosRankSum=-0.088;SOR=0.725;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,28:0.74:38
chr3	44827793	rs7642843	T	C	510.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-2.039;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.934;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=4;PP=320;ReadPosRankSum=-0.383;SC=ATAGGAAATTTACATCTTGTG;SOR=0.096;SbPval=0.26;Source=Platypus;TC=44;TCF=38;TCR=6;TR=19;WE=44827801;WS=44827783;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,22:0.48:46
chr3	44840612	rs5848711	A	AT	971.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-0.245;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=6;PP=949;ReadPosRankSum=0.628;SC=GTCTTTGGAGATATAGAACTG;SOR=0.773;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=49;TCF=36;TCR=13;TR=23;WE=44840620;WS=44840602;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,32:0.52:62
chr3	44846477	.	GA	G	36.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.251;ClippingRankSum=0.000;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=5.158;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.24;MQRankSum=1.733;QD=0.87;ReadPosRankSum=-1.362;SOR=0.523;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,11:0.26:42
chr3	44854563	rs3762636	A	G	1260.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-2.440;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.595;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.188;NF=35;NR=16;PP=592;ReadPosRankSum=0.876;SC=CTTTTTTCCCAAAGCTTTTCT;SOR=0.750;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=110;TCF=74;TCR=36;TR=51;WE=44854571;WS=44854553;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,70:0.44:160
chr3	44868381	rs9849390	G	T	790.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.816;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=7;PP=403;ReadPosRankSum=0.745;SC=TAGTCTCAGTGAATCTTTGGG;SOR=0.760;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=63;TCF=45;TCR=18;TR=26;WE=44868389;WS=44868371;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,37:0.46:81
chr3	44869026	rs4682999	A	T	7450.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=289;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=83;NR=98;PP=2965;SC=AGCAGGTAAAATTCCTGTTAC;SOR=0.788;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=182;TCF=83;TCR=99;TR=181;WE=44869034;WS=44869016;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,285:1.00:285
chr3	44882784	rs6766221	C	T	85.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=0.378;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=4;PP=49;ReadPosRankSum=0.389;SC=GACCAAGTCTCGCTATGTTGC;SOR=1.179;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=10;TCF=3;TCR=7;TR=5;WE=44882792;WS=44882774;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,5:0.45:11
chr3	44884647	rs3804583	C	A	2538.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.090;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=307;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.423;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=44;PP=1427;ReadPosRankSum=0.432;SC=AAACCTACGCCTGGAAAGTCA;SOR=0.658;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=188;TCF=100;TCR=88;TR=92;WE=44884655;WS=44884637;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:169,129:0.43:298
chr3	44906746	rs10429	A	G	2357.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.111;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=236;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=56;PP=1274;ReadPosRankSum=1.048;SC=GTGGGACTGTATCCTAGGGCG;SOR=0.680;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=165;TCF=60;TCR=105;TR=88;WE=44906754;WS=44906736;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:107,114:0.52:221
chr3	44915992	rs7621143	T	G	296.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=2.752;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=1;PP=235;ReadPosRankSum=-2.698;SC=TTCCGGGATTTTATTATTTCT;SOR=0.874;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=32;TCF=30;TCR=2;TR=13;WE=44916000;WS=44915982;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,13:0.35:37
chr3	44929287	rs2271087	G	C	6580.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.519;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=664;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=102;NR=104;PP=2687;ReadPosRankSum=0.078;SC=CTGGCAAAGAGGTGAGCACCC;SOR=0.711;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=407;TCF=203;TCR=204;TR=206;WE=44929295;WS=44929277;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:328,329:0.50:657
chr3	44932270	rs937837	C	T	1298.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-2.425;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.485;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=34;PP=746;ReadPosRankSum=0.334;SC=GTGACCCCGGCAAAACCTGCT;SOR=0.529;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=99;TCF=30;TCR=69;TR=50;WE=44932278;WS=44932260;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,63:0.49:128
chr3	44935019	rs62242575	C	T	191.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=0.521;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.629;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=2;PP=123;ReadPosRankSum=1.386;SC=CAAGCCTGCTCCTGTCCCAGG;SOR=0.165;SbPval=0.22;Source=Platypus;TC=16;TCF=14;TCR=2;TR=7;WE=44935027;WS=44935009;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,8:0.42:19
chr3	44943069	rs1995640	C	T	8138.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=310;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=114;NR=83;PP=2965;SC=CTGGGGACTACGAAGGTGGCA;SOR=0.925;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=197;TCF=114;TCR=83;TR=197;WE=44943077;WS=44943059;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,304:1.00:304
chr3	44943389	rs1995641	G	A	7079.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=256;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.76;SOR=1.004;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,255:1.00:255
chr3	44948479	rs3749195	C	T	4992.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=84;NR=36;PP=2592;SC=GACCGCCATCCGCAAAGGTGA;SOR=1.395;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=121;TCF=84;TCR=37;TR=120;WE=44948487;WS=44948469;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,179:1.00:179
chr3	44948590	rs9876921	G	A	8812.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=333;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=111;NR=116;PP=2965;SC=GGAGTTACACGTAATTTCAAT;SOR=0.699;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=227;TCF=111;TCR=116;TR=227;WE=44948598;WS=44948580;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,333:1.00:333
chr3	44948674	rs1395388	G	C	2627.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.994;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.702;HP=1;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=46;PP=1269;ReadPosRankSum=0.885;SC=TATCACCTATGAGTACAAGTA;SOR=0.580;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=144;TCF=53;TCR=91;TR=74;WE=44948682;WS=44948664;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:94,118:0.56:212
chr3	44948770	rs4622937	G	A	1697.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=15;NR=32;PP=928;SC=TTGGGGGTGGGCCTGGGCAAC;SOR=1.022;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=50;TCF=15;TCR=35;TR=47;WE=44948778;WS=44948760;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr3	44952407	rs1520082	G	C	2616.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=51;NR=24;PP=1490;SC=TACTGGGGGGGTATGATGAAT;SOR=1.378;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=75;TCF=51;TCR=24;TR=75;WE=44952415;WS=44952397;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr3	44952942	rs6777798	A	C	1203.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.240;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=32;PP=956;ReadPosRankSum=0.747;SC=TTCTGGACATATATCTTGCAC;SOR=2.200;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=37;TCF=4;TCR=33;TR=36;WE=44952950;WS=44952932;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,38:0.97:39
chr3	45017904	rs6441873	AG	TT	10117.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.503;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=68;NR=63;PP=2947;ReadPosRankSum=1.055;SC=TGGGTTTGCCAGTGAGGAGGC;SOR=0.737;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=134;TCF=70;TCR=64;TR=131;WE=45017913;WS=45017894;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,231:0.99:233
chr3	45048807	rs59756259	T	C	383.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.378;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.728;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=5;PP=201;ReadPosRankSum=-1.035;SC=GAATGACCAGTGCAAATACTT;SOR=0.180;SbPval=0.22;Source=Platypus;TC=35;TCF=28;TCR=7;TR=16;WE=45048815;WS=45048802;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,18:0.44:41
chr3	45049186	rs11130040	A	G	1276.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=35;PP=1013;SC=AAACTTGGAGATTTGGGAACA;SOR=3.109;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=42;TCF=7;TCR=35;TR=42;WE=45049194;WS=45049176;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr3	45052775	rs6794	G	C	5678.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=86;NR=53;PP=2965;SC=GCAGAGTGTTGTGCACAAGGA;SOR=1.083;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=139;TCF=86;TCR=53;TR=139;WE=45052783;WS=45052765;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,209:1.00:209
chr3	45068074	rs2301282	A	G	2088.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=12;NR=47;PP=1423;SC=TCATCTAGGGAACTTGAGTAA;SOR=2.303;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=59;TCF=12;TCR=47;TR=59;WE=45068082;WS=45068064;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr3	45077119	rs11545365	C	T	4214.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.063;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=408;ExcessHet=3.0103;FS=4.888;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.36;ReadPosRankSum=0.752;SOR=0.760;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:206,201:0.49:407
chr3	45077123	rs13963	G	A	14152.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.117;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=398;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=35.65;ReadPosRankSum=0.157;SOR=0.374;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:3,394:0.99:397
chr3	45077458	rs8318	G	A	1405.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.268;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.653;HP=3;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=37;PP=978;ReadPosRankSum=0.103;SC=GGAGGGCAGGGGCCGCGGGAG;SOR=1.702;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=55;TCF=9;TCR=46;TR=45;WE=45077466;WS=45077448;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,51:0.96:53
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chr3	45130609	rs35428731	G	A	3089.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-3.125;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=277;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.494;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=61;PP=1347;ReadPosRankSum=-0.553;SC=ACCTCCCACCGCTGCGATGAG;SOR=0.601;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=191;TCF=72;TCR=119;TR=101;WE=45130617;WS=45130599;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:119,151:0.56:270
chr3	45130679	rs79885994	G	T	1017.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-3.969;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=29;PP=579;ReadPosRankSum=-0.710;SC=CAGCTGGGGTGAGCTCTGCAA;SOR=0.656;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=73;TCF=14;TCR=59;TR=36;WE=45130687;WS=45130669;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,45:0.52:87
chr3	45130725	rs7618923	C	T	243.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-1.568;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=10;PP=174;ReadPosRankSum=-0.773;SC=GCTGCCATCTCTCCAAAGGTG;SOR=0.610;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=25;TCF=3;TCR=22;TR=11;WE=45130733;WS=45130715;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,12:0.40:30
chr3	45132637	rs1879240	T	C	545.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-3.061;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.498;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=3;PP=251;ReadPosRankSum=0.548;SC=TGTTCATCACTGTCCCCAAAG;SOR=0.379;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=34;TCF=29;TCR=5;TR=18;WE=45132645;WS=45132627;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,24:0.57:42
chr3	45134822	rs3749191	T	C	5179.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.796;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=51;PP=1975;ReadPosRankSum=1.090;SC=GGCCTCTTGTTGGAAGCTGGG;SOR=0.713;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=111;TCF=59;TCR=52;TR=109;WE=45134830;WS=45134812;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,198:0.99:200
chr3	45187671	rs1863837	C	T	15969.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=612;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=232;NR=154;PP=2965;SC=CACTCCACGCCATCCGCCTCC;SOR=1.019;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=388;TCF=232;TCR=156;TR=386;WE=45187679;WS=45187661;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,597:1.00:597
chr3	45267058	rs33750	G	A	445.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.810;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=5;PP=238;ReadPosRankSum=-0.530;SC=GGAGGCGGCCGGTGCGGCGAC;SOR=0.593;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=27;TCF=15;TCR=12;TR=12;WE=45267066;WS=45267048;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,19:0.51:37
chr3	45267310	rs41118	C	T	711.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.319;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=1.113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.47;ReadPosRankSum=0.279;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,20:0.43:46
chr3	45267321	rs395917	C	T	711.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.64;BaseQRankSum=1.079;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.113;HP=1;HapScore=4;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=7;PP=344;ReadPosRankSum=-0.466;SC=GCCGCCGCCGCCTCCTCCGGG;SOR=0.892;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=22;TCF=10;TCR=12;TR=12;WE=45267329;WS=45267300;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,20:0.43:46
chr3	45461102	rs11383389	G	GT	4140.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.179;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=350;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.824;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=44;PP=2614;ReadPosRankSum=-1.075;SC=TCAAAGTGTAGTTGTGTATGG;SOR=0.632;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=170;TCF=69;TCR=101;TR=71;WE=45461110;WS=45461092;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:184,161:0.47:345
chr3	45500174	rs745551	C	A	4529.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=65;NR=40;PP=2154;SC=GCGACACTCCCTGTCAAAAAA;SOR=1.082;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=105;TCF=65;TCR=40;TR=105;WE=45500187;WS=45500164;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,149:1.00:149
chr3	45515648	rs11919039	T	C	1431.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=32;NR=13;PP=972;SC=GTCCCTGCTTTTCCTACCTTA;SOR=1.519;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=45;TCF=32;TCR=13;TR=45;WE=45515656;WS=45515638;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr3	45517799	rs3733117	T	C	871.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.840;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=2;PP=504;ReadPosRankSum=-0.777;SC=CTTCTCAGCTTCTTCCAGGCA;SOR=1.236;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=24;TCF=21;TCR=3;TR=22;WE=45517807;WS=45517789;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,31:0.97:32
chr3	45518073	rs71645922	C	A	3466.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.327;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=325;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.404;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=61;PP=1669;ReadPosRankSum=-1.025;SC=TACATGGGCACAGCTCTCTGA;SOR=0.731;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=213;TCF=94;TCR=119;TR=107;WE=45518081;WS=45518063;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:154,168:0.52:322
chr3	45527099	rs7640603	C	G	4282.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=63;NR=36;PP=2011;SC=CTAGTGCTTACTTTTCTCACT;SOR=1.129;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=99;TCF=63;TCR=36;TR=99;WE=45527107;WS=45527089;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,157:1.00:157
chr3	45527218	rs7610357	T	C	8045.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=317;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=98;NR=105;PP=2965;SC=TGAACATGCTTACCCAGCAGG;SOR=0.741;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=203;TCF=98;TCR=105;TR=203;WE=45527226;WS=45527208;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,299:1.00:299
chr3	45530401	rs3733116	G	A	3900.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=33;NR=71;PP=2060;SC=TCCTTCACTCGTCCCCATACC;SOR=1.394;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=104;TCF=33;TCR=71;TR=104;WE=45530409;WS=45530391;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,146:1.00:146
chr3	45533224	rs2128361	G	A	11138.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=418;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=89;NR=139;PP=2965;SC=CCAACATCGCGTCTTTCACTG;SOR=0.957;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=228;TCF=89;TCR=139;TR=228;WE=45533232;WS=45533214;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,415:1.00:415
chr3	45541785	rs140846169	C	T	470.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-1.527;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=2;PP=289;ReadPosRankSum=-1.689;SC=TGAGCCACCGCGCCCGGCCTT;SOR=0.693;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=34;TCF=28;TCR=6;TR=15;WE=45541793;WS=45541778;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,21:0.50:42
chr3	45542083	rs2306522	T	C	3183.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=15;NR=69;PP=2092;SC=TAAGCACTTATACTGCTTTGC;SOR=2.325;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=84;TCF=15;TCR=69;TR=84;WE=45542091;WS=45542073;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr3	45559519	rs2170549	T	C	5979.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=237;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=71;NR=91;PP=2653;SC=AGGAGAAAGCTGAGGCCAGGA;SOR=0.888;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=163;TCF=72;TCR=91;TR=162;WE=45559527;WS=45559509;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,233:1.00:233
chr3	45565554	rs267220	A	G	5315.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=63;NR=67;PP=2582;SC=CCCTGATGGTAATGGCTGCTC;SOR=0.734;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=131;TCF=64;TCR=67;TR=130;WE=45565562;WS=45565544;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,198:1.00:198
chr3	45636335	rs267238	A	G	407.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=58.60;QD=22.65;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr3	45637253	rs267237	C	T	9751.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=354;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=114;NR=121;PP=2965;SC=AGCCCAGGACCCCTTCTGTGT;SOR=0.699;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=236;TCF=114;TCR=122;TR=235;WE=45637261;WS=45637243;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,349:1.00:349
chr3	45637439	rs267236	T	C	10590.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=398;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=122;NR=136;PP=2965;SC=CGCCAGCTGGTCTGGACGGTT;SOR=0.762;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=258;TCF=122;TCR=136;TR=258;WE=45637447;WS=45637429;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,389:1.00:389
chr3	45677635	rs11379880	C	CT	17716.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=402;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.08;SOR=0.708;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,393:1.00:393
chr3	45677637	.	GCA	TGC	2937	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;FR=1.0000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MMLQ=28;MQ=60.0;NF=119;NR=118;PP=2937;QD=20;SC=CTCTTGTCCTGCAAGGAGCCT;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=251;TCF=124;TCR=127;TR=237;WE=45677647;WS=45677627;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:14,237:0.94:251
chr3	45677638	rs5848762	CA	C	17797.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=400;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.72;SOR=0.713;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,398:1.00:398
chr3	45677782	rs36136468	G	A	3108.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=27;NR=60;PP=1856;SC=TGGGGGATGCGTAAGGAACAT;SOR=1.652;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=89;TCF=27;TCR=62;TR=87;WE=45677790;WS=45677772;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr3	45677815	rs10662872	G	GAGA	2333.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQ=60.18;NF=1;NR=37;PP=2167;SC=AGGGAGGAGAGAGATCATCTT;SOR=3.300;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=44;TCF=1;TCR=43;TR=38;WE=45677823;WS=45677805;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
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chr3	45748429	rs2742441	G	A	4745.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.006;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=254;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.76;ReadPosRankSum=-1.715;SOR=0.679;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:129,124:0.49:253
chr3	45748435	rs2673039	A	G	4786.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.563;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=258;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.55;ReadPosRankSum=-1.526;SOR=0.665;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:132,126:0.49:258
chr3	45754487	rs2742369	C	A	147.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.732;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=0;PP=109;ReadPosRankSum=1.732;SC=TACAGATTTGCGGGGGAGATG;SOR=1.402;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=9;TCR=0;TR=6;WE=45754495;WS=45754477;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,6:0.67:9
chr3	45754685	rs2271619	A	G	1513.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.120;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.642;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=19;PP=528;ReadPosRankSum=0.322;SC=CTGCACAGCCAGAGGTAATGT;SOR=0.600;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=75;TCF=38;TCR=37;TR=43;WE=45754693;WS=45754675;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,76:0.56:135
chr3	45754749	rs2248991	G	A	602.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.179;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.371;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=14;PP=337;ReadPosRankSum=-1.330;SC=TTCAATGCATGCTATAAAGTG;SOR=1.143;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=53;TCF=25;TCR=28;TR=23;WE=45754757;WS=45754739;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,30:0.47:64
chr3	45755636	rs6764981	G	C	268.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.355;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=2.654;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.72;ReadPosRankSum=1.493;SOR=0.532;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,17:0.36:47
chr3	45755730	rs5019353	T	G	285.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.611;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=6.264;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=23.81;ReadPosRankSum=1.691;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,8:0.67:12
chr3	45755731	rs200685145	TTG	T	276.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.238;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=8.195;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=25.16;ReadPosRankSum=1.184;SOR=2.800;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,8:0.73:11
chr3	45761115	rs2064062	G	C	5101.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=3.249;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=63;PP=2179;ReadPosRankSum=0.552;SC=GTCAGCATGGGTCATATCTGT;SOR=0.440;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=114;TCF=51;TCR=63;TR=114;WE=45761123;WS=45761105;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,199:0.99:202
chr3	45763635	rs2673062	A	G	8696.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=329;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=89;NR=134;PP=2965;SC=TTGGATTATAATTTTCTGTCA;SOR=1.006;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=224;TCF=89;TCR=135;TR=223;WE=45763643;WS=45763625;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,327:1.00:327
chr3	45764246	rs2742448	A	G	1055.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.230;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=3;PP=793;ReadPosRankSum=-0.810;SC=TTGTCGGTAGATTGTATTAGT;SOR=2.362;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=29;TCR=3;TR=31;WE=45764254;WS=45764236;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,34:0.97:35
chr3	45764544	rs2742449	T	C	1883.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.099;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.250;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=52;PP=1141;ReadPosRankSum=0.507;SC=CATAAATCAATGTTCAACATC;SOR=2.179;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=63;TCF=10;TCR=53;TR=61;WE=45764552;WS=45764534;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,76:0.96:79
chr3	45765132	rs73058498	T	G	229.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.403;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=8;PP=165;ReadPosRankSum=-0.124;SC=TACAGTTCAGTGGCATTAAGT;SOR=1.038;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=21;TCF=6;TCR=15;TR=11;WE=45765140;WS=45765122;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,11:0.44:25
chr3	45772742	rs2531755	T	C	3689.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.047;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=34.16;ReadPosRankSum=-1.190;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,106:0.98:108
chr3	45772742	.	TTC	CTC,CTT	887	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.52;FR=0.5000,0.5000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MMLQ=25;MQ=60.0;NF=51,18;NR=19,7;PP=887,349;QD=13.1681601792;SC=TCTGATACCATTCTCTCCTTT;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=73;TCF=54;TCR=19;TR=70,25;WE=45772752;WS=45772732;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.96:73
chr3	45772744	rs11708140	C	T	937.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.073;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FS=1.608;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.37;ReadPosRankSum=-1.609;SOR=0.536;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:65,47:0.42:112
chr3	45772772	rs2673055	G	A	4610.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.744;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=78;NR=39;PP=2289;ReadPosRankSum=-0.915;SC=TGGAAACTATGGTGTTTGAAA;SOR=1.265;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=117;TCF=78;TCR=39;TR=117;WE=45772780;WS=45772762;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,177:0.99:179
chr3	45773732	rs11709306	G	A	918.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=17;PP=484;SC=AGACTTACAAGTACAGTTCAC;SOR=1.308;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=8;TCR=17;TR=25;WE=45773740;WS=45773722;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr3	45776875	rs35082575	C	CT	995.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.886;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FS=0.623;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.15;MQRankSum=1.922;QD=5.38;ReadPosRankSum=0.354;SOR=0.761;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:110,75:0.41:185
chr3	45776900	rs1468543	A	G	1871.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-3.106;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.994;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-1.966;NF=26;NR=40;PP=1010;ReadPosRankSum=-0.767;SC=ATTGAAAAACAACACAGCAAA;SOR=0.362;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=122;TCF=42;TCR=80;TR=66;WE=45776908;WS=45776890;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,91:0.56:162
chr3	45779136	rs1468542	A	T	1659.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.93;SOR=0.966;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr3	45781188	rs3821890	T	G	879.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.284;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.681;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=17;PP=464;ReadPosRankSum=-1.033;SC=ACCTTTCTTTTACAACATCTT;SOR=0.533;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=69;TCF=26;TCR=43;TR=28;WE=45781196;WS=45781178;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,44:0.47:93
chr3	45784963	rs9821974	T	C	838.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-2.748;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.313;HP=1;HapScore=4;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=3;PP=1010;ReadPosRankSum=-0.049;SC=GCTAAACAGCTGAAAACTGGG;SOR=0.169;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=29;TCF=26;TCR=3;TR=18;WE=45784981;WS=45784953;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,22:0.61:36
chr3	45784972	rs10575376	GGT	G	944.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-1.561;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.565;HP=2;HapScore=4;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.408;NF=11;NR=5;PP=994;ReadPosRankSum=-1.105;SC=CTGAAAACTGGGTCTGATATC;SOR=0.230;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=27;TCF=21;TCR=6;TR=16;WE=45784981;WS=45784953;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,25:0.62:40
chr3	45799871	rs2251347	C	T	2396.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=32;NR=31;PP=1048;SC=CTGGACCCACCGTCAGAGACC;SOR=0.736;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=63;TCF=32;TCR=31;TR=63;WE=45799879;WS=45799861;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr3	45812650	rs3733104	C	T	834.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.114;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.157;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=7;PP=560;ReadPosRankSum=0.519;SC=CTTGCCCAGGCGACCCTTCAG;SOR=1.082;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=60;TCF=45;TCR=15;TR=31;WE=45812658;WS=45812640;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,37:0.49:75
chr3	45814094	rs17279437	G	A	3778.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.622;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=338;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.321;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=72;PP=1792;ReadPosRankSum=-0.173;SC=CAGTGACGCCGTGAAATACAC;SOR=0.615;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=225;TCF=93;TCR=132;TR=127;WE=45814102;WS=45814084;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:145,183:0.56:328
chr3	45817418	rs758386	A	G	15420.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=593;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=189;NR=198;PP=2965;SC=ACGCCTTCTCACACTCCTCAT;SOR=0.786;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=393;TCF=189;TCR=204;TR=387;WE=45817426;WS=45817408;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,584:1.00:584
chr3	45977866	rs4535265	C	T	1949.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=53;NR=12;PP=1361;SC=TGGTCCCCAGCGCCGGCACTG;SOR=2.899;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=66;TCF=53;TCR=13;TR=65;WE=45977874;WS=45977856;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr3	45977899	rs1873002	T	C	3211.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=66;NR=33;PP=1768;SC=CTCCTCCCAATGCCACACCTG;SOR=1.493;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=100;TCF=67;TCR=33;TR=99;WE=45977907;WS=45977889;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr3	45979877	rs9875616	G	A	964.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=23;PP=665;SC=CTGTGAATCAGTTTAGGAGGT;SOR=2.899;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=27;TCF=4;TCR=23;TR=27;WE=45979885;WS=45979867;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr3	45989044	rs2234358	T	G	1645.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=0.335;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=43;PP=1245;ReadPosRankSum=-1.038;SC=AATTTGCAAGTCATGGCTGTG;SOR=1.542;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=53;TCF=9;TCR=44;TR=52;WE=45989052;WS=45989034;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,56:0.98:57
chr3	45996761	rs1463680	G	A	2681.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=37;NR=21;PP=1231;SC=CATTTGGGTCGAGAGAATCAG;SOR=1.122;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=58;TCF=37;TCR=21;TR=58;WE=45996769;WS=45996751;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr3	46001063	rs1532071	G	A	9190.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.442;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=352;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=81;NR=141;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.147;SC=GGAAGAAAAGGAGAGAGAATC;SOR=0.658;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=225;TCF=82;TCR=143;TR=222;WE=46001071;WS=46001053;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,343:0.99:346
chr3	46007702	rs1994490	T	C	2204.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=0.453;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=6.688;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=14;PP=1349;ReadPosRankSum=0.583;SC=AAGGTGCATCTTCCCATGGAC;SOR=1.838;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=65;TCF=49;TCR=16;TR=62;WE=46007710;WS=46007692;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,80:0.96:83
chr3	46008790	rs3796375	G	A	9056.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=332;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=101;NR=112;PP=2965;SC=CAGCAAGCTCGCCTCCATCTG;SOR=0.794;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=213;TCF=101;TCR=112;TR=213;WE=46008798;WS=46008780;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,330:1.00:330
chr3	46009864	rs3733100	C	G	8003.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.407;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=292;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=106;NR=88;PP=2965;ReadPosRankSum=0.950;SC=TAGCTCCAGGCCCTGCAGGCA;SOR=0.804;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=197;TCF=108;TCR=89;TR=194;WE=46009872;WS=46009854;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,283:0.99:287
chr3	46010077	rs4683158	C	T	18137.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.162;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=692;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=211;NR=230;PP=2965;ReadPosRankSum=1.236;SC=CATGCGCTCCCGTAGCTGCTT;SOR=0.446;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=445;TCF=213;TCR=232;TR=441;WE=46010085;WS=46010067;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,683:1.00:686
chr3	46016599	rs3821884	T	G	938.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=24;NR=9;PP=687;SC=GACAATGATATATGTGGAAGG;SOR=2.165;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=24;TCR=9;TR=33;WE=46016607;WS=46016589;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr3	46016851	rs751552	A	T	4889.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.882;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=74;PP=2289;ReadPosRankSum=0.376;SC=GAAAAAGCAGATTACATAGAG;SOR=1.185;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=116;TCF=41;TCR=75;TR=114;WE=46016859;WS=46016841;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,181:0.99:183
chr3	46016944	rs751553	C	T	1601.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-1.851;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=38;PP=1010;ReadPosRankSum=-0.735;SC=CAAAAAATGTCACCCAATTTT;SOR=1.061;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=50;TCF=11;TCR=39;TR=49;WE=46016952;WS=46016934;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,58:0.98:59
chr3	46021218	rs4682801	G	T	3127.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=49;NR=32;PP=1602;SC=ACTTGACAAAGCGGATCCCAT;SOR=1.093;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=81;TCF=49;TCR=32;TR=81;WE=46021226;WS=46021208;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr3	46026209	rs11338292	CA	C	2963.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=44;NR=10;PP=2236;SC=CCAAATATTTCAATATGATGT;SOR=2.513;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=57;TCF=47;TCR=10;TR=54;WE=46026217;WS=46026199;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr3	46026259	rs3733097	G	A	5828.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=106;NR=48;PP=2965;SC=GAACAAAAATGAAAGGGTTGA;SOR=1.369;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=154;TCF=106;TCR=48;TR=154;WE=46026267;WS=46026249;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,215:1.00:215
chr3	46062670	.	C	T	5054.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=2.328;ClippingRankSum=0.000;DP=526;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=85;NR=90;PP=2711;ReadPosRankSum=1.650;SC=CTCGCAGCTCCGGATGATCTG;SOR=0.712;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=360;TCF=174;TCR=186;TR=175;WE=46062678;WS=46062660;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:282,240:0.46:522
chr3	46245824	rs371736049	TA	T	104.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.837;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FS=3.132;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.33;ReadPosRankSum=0.121;SOR=1.305;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:57,22:0.28:79
chr3	46400062	rs3092960	G	A	5661.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-2.898;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.720;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=101;PP=2956;ReadPosRankSum=0.928;SC=CAACAAACACGCCTTCCACTG;SOR=0.281;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=148;TCF=45;TCR=103;TR=146;WE=46400070;WS=46400052;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,212:0.99:214
chr3	46414943	.	TACAGTCAGTATCAATTCTGGAAGAATTTCCAG	T	16877.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=433;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=61;NR=118;PP=2957;SC=TCATTTTCCATACAGTCAGTA;SOR=0.724;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=192;TCF=67;TCR=125;TR=179;WE=46414982;WS=46414933;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,390:1.00:390
chr3	46449864	rs6808835	G	T	9774.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=373;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=108;NR=136;PP=2965;SC=CTCATGCTGGGGGCGATCCCA;SOR=0.821;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=245;TCF=108;TCR=137;TR=244;WE=46449872;WS=46449854;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,362:1.00:362
chr3	46450072	rs6441977	G	A	14186.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=540;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=202;NR=164;PP=2965;SC=GCCTGAATTCGTGGTTTATAA;SOR=0.859;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=366;TCF=202;TCR=164;TR=366;WE=46450080;WS=46450062;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,531:1.00:531
chr3	46477826	rs56063910	C	T	4755.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.46;SOR=1.015;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr3	46477830	rs75094754	C	T	4621.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.31;SOR=1.051;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr3	46482980	rs17285324	A	T	10430.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.177;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=406;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.936;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=86;NR=163;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.059;SC=GGCACCTAAAATGTTCCAGAA;SOR=1.021;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=252;TCF=88;TCR=164;TR=249;WE=46482988;WS=46482970;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:5,396:0.99:401
chr3	46484898	rs7615975	T	G	1691.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=2.281;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=7.324;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=10;PP=1120;ReadPosRankSum=3.751;SC=ATGAGGTAAGTCCCCATCCTG;SOR=2.080;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=50;TCF=39;TCR=11;TR=47;WE=46484906;WS=46484888;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,58:0.95:61
chr3	46487775	rs4682816	C	G	2465.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=55;NR=11;PP=1396;SC=AGAACTATTCCTCTGTGAATT;SOR=3.636;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=66;TCF=55;TCR=11;TR=66;WE=46487811;WS=46487765;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr3	46487787	rs201856214	TTTGCACCCTTAAAATTA	T	4647.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=37;NR=11;PP=2967;SC=CTGTGAATTATTTGCACCCTT;SOR=3.549;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=54;TCF=39;TCR=15;TR=48;WE=46487811;WS=46487765;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr3	46501284	rs10662431	C	CCTT	3558.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=39;PP=1149;SC=ACTGAACACTCCTCCTACGGC;SOR=1.854;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=49;TCF=3;TCR=46;TR=42;WE=46501292;WS=46501274;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr3	46539523	rs2037391	G	A	2407.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=43;NR=19;PP=1206;SC=AGGAGAGCTCGACCCACCCAG;SOR=1.338;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=63;TCF=44;TCR=19;TR=62;WE=46539531;WS=46539513;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr3	46539864	rs11130092	C	T	264.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=1;NR=6;PP=131;SC=CATTAAAGATCGTTTTTTCAC;SOR=1.609;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=1;TCR=6;TR=7;WE=46539872;WS=46539854;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr3	46560721	rs35989475	TTAAG	T	380.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=0;NR=7;PP=307;SC=TTTGTCACCATTAAGTAAGTC;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=7;WE=46560732;WS=46560711;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr3	46654132	rs2139637	G	A	6435.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=239;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=103;NR=50;PP=2965;SC=GGTCAAGTGCGACACATTTGG;SOR=1.306;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=154;TCF=104;TCR=50;TR=153;WE=46654140;WS=46654122;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,233:1.00:233
chr3	46658737	rs9832679	A	G	9605.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.606;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=384;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=99;NR=121;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.060;SC=GATCTCAAGCATTTCTGGGAA;SOR=0.799;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=222;TCF=100;TCR=122;TR=220;WE=46658745;WS=46658727;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,375:0.99:377
chr3	46658872	rs9870935	G	T	2747.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=21;NR=47;PP=1452;SC=AAAATACATCGTATAATTTAG;SOR=1.493;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=69;TCF=21;TCR=48;TR=68;WE=46658880;WS=46658862;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr3	46717931	rs6808525	T	C	5039.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.688;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.483;HP=4;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=81;PP=2452;ReadPosRankSum=1.906;SC=GACTAAGCACTGGGGTCTGGA;SOR=0.583;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=141;TCF=60;TCR=81;TR=140;WE=46717939;WS=46717921;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,193:0.99:194
chr3	46717957	rs9876451	A	G	3773.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=46;NR=66;PP=2616;SC=GCATGCCCACACCAGCCTCCC;SOR=1.061;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=112;TCF=46;TCR=66;TR=112;WE=46717965;WS=46717947;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr3	46718298	rs6806400	A	G	5173.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=299;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=24;NR=175;PP=2965;SC=AGCCCTCCCCAGCCCACCCTA;SOR=3.811;SbPval=0.97;Source=Platypus;TC=221;TCF=46;TCR=175;TR=199;WE=46718306;WS=46718288;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,281:1.00:281
chr3	46722692	rs13080080	G	T	11840.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=1.736;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=470;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.376;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=157;NR=117;PP=2965;ReadPosRankSum=1.579;SC=GTGAGGGCCCGGTCCACCCCT;SOR=0.689;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=278;TCF=159;TCR=119;TR=274;WE=46722700;WS=46722682;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:5,459:0.99:464
chr3	46723551	rs4683310	G	A	19223.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.310;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=781;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=232;NR=191;PP=2965;ReadPosRankSum=1.638;SC=AATTCCCCACGTGATTCCGCC;SOR=0.444;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=432;TCF=235;TCR=197;TR=423;WE=46723559;WS=46723541;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:8,766:0.99:774
chr3	46723663	rs4683311	C	T	9114.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.454;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=417;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=101;NR=200;PP=2965;ReadPosRankSum=0.010;SC=CTCAGACGCCCTCCCTTCCTC;SOR=0.956;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=318;TCF=115;TCR=203;TR=301;WE=46723671;WS=46723653;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:6,399:0.99:405
chr3	46724569	rs9847407	C	T	1012.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=23;NR=4;PP=583;SC=CTCTCTGCCCCGCAGACCCCC;SOR=2.303;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=28;TCF=23;TCR=5;TR=27;WE=46724577;WS=46724559;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr3	46742749	rs7430680	A	T	2934.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=76;NR=12;PP=1849;SC=AGGTGGGGGCAGGGAGGGGGA;SOR=3.398;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=99;TCF=79;TCR=20;TR=88;WE=46742757;WS=46742739;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr3	46750553	rs11130106	G	A	3150.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=80;NR=22;PP=2329;SC=GAAGGAAGGCGGATGCCATTC;SOR=2.368;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=102;TCF=80;TCR=22;TR=102;WE=46750561;WS=46750543;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr3	46751073	.	TAAGAAG	T,TAAG	11596.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.46;DP=324;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=23;NF=28,28;NR=83,83;PP=2990,230;SC=CCACAGAGGATAAGAAGAAGA;SOR=0.813;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=133;TCF=32;TCR=101;TR=111,111;WE=46751086;WS=46751063;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.13,0.87:280
chr3	46753976	rs9815362	T	C	11857.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.845;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=501;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.342;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=116;NR=173;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.246;SC=TTAGCTCCTGTGGGAAGGGTT;SOR=0.718;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=293;TCF=119;TCR=174;TR=289;WE=46753984;WS=46753966;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:11,474:0.98:485
chr3	46933960	rs1001284	C	G	13643.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=517;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=144;NR=180;PP=2965;SC=TGCGCTGCCACTCGCGCGCGC;SOR=0.836;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=325;TCF=144;TCR=181;TR=324;WE=46933968;WS=46933950;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,506:1.00:506
chr3	46943028	rs1531137	T	C	2922.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=39;NR=47;PP=1919;SC=CTGCGTCCCCTGGAACCAGCC;SOR=0.946;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=86;TCF=39;TCR=47;TR=86;WE=46943036;WS=46943018;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr3	46944274	rs1138518	T	C	11443.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=444;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=141;NR=150;PP=2965;SC=GTTTCTGCAATGGCGAGGTAA;SOR=0.744;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=291;TCF=141;TCR=150;TR=291;WE=46944282;WS=46944264;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,441:1.00:441
chr3	46963502	rs4587	T	C	2102.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=41;NR=12;PP=1262;SC=AAGACCATCCTCTGCAGGACA;SOR=1.778;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=53;TCF=41;TCR=12;TR=53;WE=46963510;WS=46963492;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr3	46965197	rs2290546	C	G	3159.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=2.057;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.321;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=52;PP=1547;ReadPosRankSum=-0.651;SC=CTGTGGAAAACGCGCTGCCAC;SOR=1.174;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=76;TCF=24;TCR=52;TR=75;WE=46965205;WS=46965187;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,118:0.99:119
chr3	46967040	rs2290545	G	A	3147.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=28;NR=56;PP=1808;SC=AAGAATAGAGGGAACAAGCAG;SOR=1.371;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=84;TCF=28;TCR=56;TR=84;WE=46967048;WS=46967030;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr3	46982365	rs6804732	T	C	2204.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.909;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=19;PP=965;ReadPosRankSum=0.559;SC=AGGACAGCCATGGGCAGAAAG;SOR=1.165;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=57;TCF=37;TCR=20;TR=55;WE=46982373;WS=46982355;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,85:0.98:87
chr3	47018214	rs936181	T	C	19687.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=749;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=212;NR=231;PP=2965;SC=CAGCCGTAGTTGCCTCCATCT;SOR=0.759;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=443;TCF=212;TCR=231;TR=443;WE=47018222;WS=47018204;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,746:1.00:746
chr3	47021509	rs113932344	CGCGCGCGCGG	C	573.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=61.88;QD=40.98;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr3	47029661	rs12152493	G	A	3353.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=34;NR=49;PP=1583;SC=AATGGTACACGTGTGTCCTGG;SOR=1.010;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=84;TCF=34;TCR=50;TR=83;WE=47029669;WS=47029651;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chr3	47033937	rs13066214	C	T	4674.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.800;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FS=2.892;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.87;ReadPosRankSum=0.472;SOR=0.200;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,186:0.99:188
chr3	47035625	rs936185	G	A	5018.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=32;NR=108;PP=2965;SC=GAGCAAAGCAGGCGAGCTGGG;SOR=2.144;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=142;TCF=34;TCR=108;TR=140;WE=47035633;WS=47035615;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,174:1.00:174
chr3	47038135	rs11396344	C	CA	7441.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=45;NR=57;PP=2975;SC=GCTAGGGGTCCGGGGGGAGAA;SOR=0.836;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=103;TCF=45;TCR=58;TR=102;WE=47038143;WS=47038125;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,193:1.00:193
chr3	47043538	rs2305634	C	T	10000.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-1.411;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=379;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=124;NR=106;PP=2965;ReadPosRankSum=0.015;SC=ACACCTCTTCCTTGGAGTCAG;SOR=0.265;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=231;TCF=125;TCR=106;TR=230;WE=47043546;WS=47043528;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,374:1.00:375
chr3	47044122	rs11928558	A	T	13268.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=499;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=132;NR=162;PP=2965;SC=CTGACCTATTACCCCCACCCC;SOR=0.850;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=294;TCF=132;TCR=162;TR=294;WE=47044130;WS=47044112;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,490:1.00:490
chr3	47045643	rs368356989	A	G	7825.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-1.498;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=827;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=142;NR=96;PP=2962;ReadPosRankSum=1.177;SC=TGCGCCGTTCAGCACTTGAGC;SOR=0.737;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=501;TCF=290;TCR=211;TR=238;WE=47045651;WS=47045633;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:425,397:0.48:822
chr3	47045739	rs1079276	C	G	26585.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.773;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1011;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=307;NR=330;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.409;SC=GCCAGACTCCCAGACCCCAGC;SOR=0.778;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=637;TCF=307;TCR=330;TR=637;WE=47045747;WS=47045719;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,1003:1.00:1005
chr3	47046842	rs2305638	G	C	5457.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=48;NR=117;PP=2965;SC=GGCAGACTAGGGGGCAGATAA;SOR=1.609;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=166;TCF=48;TCR=118;TR=165;WE=47046850;WS=47046832;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,205:1.00:205
chr3	47047176	rs5848810	A	AG	6915.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.257;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=236;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.156;NF=24;NR=85;PP=2969;ReadPosRankSum=-0.711;SC=TGGAGTGGCCAGGGGGCAGTC;SOR=0.234;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=120;TCF=26;TCR=94;TR=109;WE=47047184;WS=47047166;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,221:1.00:222
chr3	47047358	rs13081418	A	C	10451.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.158;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=391;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=147;NR=111;PP=2965;ReadPosRankSum=0.479;SC=AACCACAGGCAAACGGCAGGC;SOR=0.886;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=262;TCF=149;TCR=113;TR=258;WE=47047366;WS=47047348;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,382:0.99:384
chr3	47050908	rs3214838	AG	A	3682.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=81;PP=2649;SC=TGGGCAGCCCAGGGGGGTGAG;SOR=2.488;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=95;TCF=4;TCR=91;TR=84;WE=47050916;WS=47050898;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr3	47059323	rs2385867	C	T	786.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=7;NR=18;PP=582;SC=GTGAGTAAAGCCAGCCAATCC;SOR=1.863;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=7;TCR=18;TR=25;WE=47059331;WS=47059313;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr3	47079112	rs6768722	G	A	2073.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.235;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=15;PP=1056;ReadPosRankSum=1.192;SC=GGTCTTGGACGGACTCCCAAA;SOR=0.933;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=57;TCF=42;TCR=15;TR=56;WE=47079120;WS=47079102;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,81:0.96:84
chr3	47087837	rs13063578	T	A	591.41	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.801;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=10.745;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.56;ReadPosRankSum=0.622;SOR=0.047;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,31:0.82:38
chr3	47103861	rs10589946	GTT	G	1670.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.282;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.10;MQRankSum=0.331;QD=20.63;ReadPosRankSum=0.117;SOR=0.478;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:15,66:0.81:81
chr3	47125385	rs4082155	G	A	12302.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.932;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=454;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=171;NR=140;PP=2965;ReadPosRankSum=0.503;SC=GCTCTCTTTGGGCTCTATTTC;SOR=0.846;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=311;TCF=171;TCR=140;TR=311;WE=47125393;WS=47125375;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,446:1.00:448
chr3	47125916	rs5848822	CT	C	114.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.345;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.04;ReadPosRankSum=-0.043;SOR=0.412;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,12:0.63:19
chr3	47129781	.	C	CA	140.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.046;ClippingRankSum=0.000;DP=193;ExcessHet=3.0103;FS=5.454;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.89;ReadPosRankSum=-0.330;SOR=0.313;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:129,30:0.19:159
chr3	47142907	rs60548476	TCC	T	8247.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=57;NR=43;PP=2966;SC=ACAGCCTATTTCCCCATCAGA;SOR=1.720;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=106;TCF=59;TCR=47;TR=100;WE=47142916;WS=47142897;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,199:1.00:199
chr3	47143087	rs72231601	AGTGT	A,AGT	2772.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.312;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=282;ExcessHet=3.0103;FS=5.569;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.01;MQRankSum=0.334;QD=25.67;ReadPosRankSum=0.413;SOR=2.252;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:4,31,73:0.29,0.68:108
chr3	47147393	.	CAAA	C,CA	2053.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.940;ClippingRankSum=0.000;DP=142;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.08;MQRankSum=0.365;QD=16.17;ReadPosRankSum=1.532;SOR=0.883;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:31,53,43:0.42,0.34:127
chr3	47161214	rs11923706	T	C	2935.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=40;NR=30;PP=1262;SC=CAGTCTCGGGTATGTCTTTAT;SOR=0.841;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=71;TCF=40;TCR=31;TR=70;WE=47161222;WS=47161204;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr3	47162661	rs6767907	A	G	10116.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=385;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=114;NR=140;PP=2965;SC=CAGGCAGGCGATTATCTATTT;SOR=0.881;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=256;TCF=114;TCR=142;TR=254;WE=47162669;WS=47162651;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,381:1.00:381
chr3	47187075	rs6442059	C	G	3865.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-2.287;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=49;PP=1737;ReadPosRankSum=-0.430;SC=CCCCTCACATCAGGTCATGTG;SOR=0.290;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=87;TCF=37;TCR=50;TR=86;WE=47187083;WS=47187065;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,147:0.99:148
chr3	47198826	rs11708451	G	A	938.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=23;NR=6;PP=718;SC=TTGAGCCCAGGAGTTCAGTTA;SOR=2.448;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=23;TCR=6;TR=29;WE=47198834;WS=47198816;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr3	47205502	.	CGCGGCGGCG	C	2252.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=33;PP=2995;SC=CAGGTCCGACCGCGGCGGCGG;SOR=2.584;SbPval=0.96;Source=Platypus;TC=50;TCF=5;TCR=45;TR=34;WE=47205518;WS=47205492;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr3	47276968	rs2276854	C	T	3509.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.867;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=34;PP=1658;ReadPosRankSum=-0.991;SC=TCACTGAGGCCCCCATCCTCC;SOR=0.945;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=80;TCF=46;TCR=34;TR=80;WE=47276976;WS=47276958;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,131:0.98:133
chr3	47277458	rs1874264	A	G	971.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=22;NR=6;PP=561;SC=GAGAACAGACATCAAGGGGCA;SOR=1.802;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=28;TCF=22;TCR=6;TR=28;WE=47277466;WS=47277448;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr3	47277885	rs13094438	G	A	888.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=17;NR=6;PP=540;SC=GCCTCTCCCTGAGTCTCCTTG;SOR=1.839;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=17;TCR=6;TR=23;WE=47277893;WS=47277875;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
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chr3	47287603	rs35871850	A	AT	2457.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=20;NR=16;PP=1696;SC=CAAGAAGAGGAGCTCTTGGAG;SOR=1.727;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=38;TCF=21;TCR=17;TR=36;WE=47287611;WS=47287593;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
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chr3	47316725	rs903538	G	A	1455.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=37;NR=5;PP=969;SC=AAATGATAGTGAGTGAGCTTT;SOR=2.925;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=42;TCF=37;TCR=5;TR=42;WE=47316733;WS=47316715;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr3	47318747	rs924009	T	G	11169.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=430;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=140;NR=109;PP=2965;SC=GCCCAGTCAGTTGAAGGCAAA;SOR=0.855;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=250;TCF=141;TCR=109;TR=249;WE=47318755;WS=47318737;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,424:1.00:424
chr3	47322496	rs807936	C	T	10994.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.944;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=420;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=153;NR=125;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.642;SC=GGTTTCAGTTCCCAAAATTAA;SOR=0.453;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=280;TCF=153;TCR=127;TR=278;WE=47322504;WS=47322486;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,413:1.00:414
chr3	47376095	rs295450	A	G	4901.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=84;NR=45;PP=2607;SC=TTGGCAGTGGAGAGCCAGGCT;SOR=1.286;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=129;TCF=84;TCR=45;TR=129;WE=47376103;WS=47376085;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,176:1.00:176
chr3	47449058	rs900688	T	C	17736.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=661;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=193;NR=246;PP=2965;SC=CATTGGACACTCTTCAGCCTG;SOR=0.812;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=439;TCF=193;TCR=246;TR=439;WE=47449066;WS=47449048;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,655:1.00:655
chr3	47452087	rs900689	G	A	22730.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=870;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=216;NR=280;PP=2965;SC=AACCCATCCCGGCACAGCACC;SOR=0.892;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=498;TCF=217;TCR=281;TR=496;WE=47452095;WS=47452077;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,856:1.00:856
chr3	47452786	rs1531875	G	A	6809.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.588;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=266;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=87;NR=104;PP=2965;ReadPosRankSum=1.718;SC=ACCCCTATGAGCATCCTGAGA;SOR=0.601;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=192;TCF=88;TCR=104;TR=191;WE=47452794;WS=47452776;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,257:1.00:258
chr3	47454399	rs6789730	G	A	4345.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=235;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.93;QD=19.49;SOR=4.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,223:1.00:223
chr3	47455419	rs112830289	G	A	2882.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.419;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=305;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.939;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=40;PP=1336;ReadPosRankSum=1.370;SC=CAATGGCAGCGTTGTCCAGCA;SOR=0.571;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=194;TCF=114;TCR=80;TR=93;WE=47455427;WS=47455409;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:154,143:0.48:297
chr3	47456225	rs6442066	T	C	3615.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=48;NR=52;PP=2281;SC=CTGTTCTTCATCAGGACTCTT;SOR=0.810;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=100;TCF=48;TCR=52;TR=100;WE=47456233;WS=47456215;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr3	47459679	rs12487736	C	T	10592.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=0.642;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=422;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=147;NR=84;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.032;SC=CACACGCAGACGTGGCCTGCC;SOR=1.051;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=236;TCF=150;TCR=86;TR=231;WE=47459687;WS=47459669;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,407:1.00:409
chr3	47462200	rs900690	T	C	1043.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=12;PP=527;SC=GCGTTGGCTGTCCCACTGGCT;SOR=0.693;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=24;TCF=12;TCR=12;TR=24;WE=47462208;WS=47462190;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr3	47462587	rs900691	A	G	8467.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=317;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=77;NR=154;PP=2965;SC=GAGGAGCAGTACCCGGACTGC;SOR=1.347;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=231;TCF=77;TCR=154;TR=231;WE=47462595;WS=47462577;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,307:1.00:307
chr3	47464122	rs1038394	A	G	6017.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.770;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=245;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=91;PP=2743;ReadPosRankSum=-1.004;SC=GAGGCATGGCAAGGCCCCCCA;SOR=0.540;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=156;TCF=62;TCR=94;TR=152;WE=47464130;WS=47464112;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,234:0.99:237
chr3	47539751	rs2170814	T	C	8341.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=315;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=111;NR=98;PP=2965;SC=GCAAGAAGCCTGTTGCCCAGG;SOR=0.807;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=209;TCF=111;TCR=98;TR=209;WE=47539759;WS=47539741;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,313:1.00:313
chr3	47539969	rs13059519	C	T	4829.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.638;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=83;PP=2547;ReadPosRankSum=-1.055;SC=GGAAAGGACACCCAGAGTCAG;SOR=0.577;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=142;TCF=57;TCR=85;TR=139;WE=47539977;WS=47539959;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,184:0.98:187
chr3	47543389	rs3816779	G	A	7916.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=298;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=74;NR=132;PP=2965;SC=CTCTACAGATGTTTATCAAGG;SOR=1.167;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=207;TCF=74;TCR=133;TR=206;WE=47543397;WS=47543379;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,294:1.00:294
chr3	47555142	rs2291298	C	A	15564.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.699;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=605;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=153;NR=210;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.055;SC=ACGACGGAGGCTGGAGAGCAA;SOR=0.904;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=363;TCF=153;TCR=210;TR=363;WE=47555150;WS=47555132;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,593:1.00:595
chr3	47603926	rs11456803	A	AT	1387.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=30;NR=8;PP=1144;SC=TATTTTAAGTATTTTTTTGCC;SOR=3.139;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=49;TCF=35;TCR=14;TR=38;WE=47603934;WS=47603916;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr3	47604299	rs4858839	C	T	492.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=32;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=21;PP=567;SC=CATACAGCAACCAAATAATAA;SOR=4.174;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=22;TCF=1;TCR=21;TR=22;WE=47604307;WS=47604289;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr3	47614413	rs2280567	G	A	1052.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=27;PP=748;SC=GGCAGCCACGGCCACAGTAAG;SOR=4.174;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=30;TCF=3;TCR=27;TR=30;WE=47614421;WS=47614403;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr3	47618953	rs3732530	C	A	13093.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-2.014;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=509;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=177;NR=179;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.651;SC=CAGCTCTGGCCCTTGAGGGTC;SOR=0.322;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=366;TCF=177;TCR=189;TR=356;WE=47618961;WS=47618943;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,489:1.00:490
chr3	47645933	rs62262079	A	T	7054.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-1.388;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=270;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.337;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=136;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.720;SC=CTCCCAATGTAAGCTGTGGCC;SOR=1.171;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=202;TCF=66;TCR=136;TR=201;WE=47645941;WS=47645923;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,265:1.00:266
chr3	47676902	rs3216712	C	CA	299.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=8;PP=345;SC=TCCTTACCTCCACCACTATAA;SOR=4.615;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=8;WE=47676910;WS=47676892;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr3	47680066	rs12633923	C	T	2211.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=51;NR=13;PP=1571;SC=ATATTATATCCTGTGAGAACT;SOR=2.400;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=64;TCF=51;TCR=13;TR=64;WE=47680074;WS=47680056;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr3	47680119	rs12636863	T	C	4500.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=87;NR=38;PP=2736;SC=TAGAATTATTTAGAGTCCCCT;SOR=1.552;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=125;TCF=87;TCR=38;TR=125;WE=47680127;WS=47680109;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,162:1.00:162
chr3	47722034	rs34432748	C	CTT	194.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.998;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.67;MQRankSum=-0.524;QD=10.82;ReadPosRankSum=-0.516;SOR=0.418;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,12:0.67:18
chr3	47762030	rs12495204	A	G	2344.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=63;NR=21;PP=1543;SC=AAAAGACTCCATAAGTGAGAA;SOR=2.174;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=84;TCF=63;TCR=21;TR=84;WE=47762038;WS=47762020;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr3	47770380	rs6442081	G	A	1490.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=35;NR=6;PP=1005;SC=CAGCCTGGGCGACAGACTCCA;SOR=2.746;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=42;TCF=36;TCR=6;TR=41;WE=47770388;WS=47770370;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr3	47963443	.	C	CT	93.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.252;ClippingRankSum=0.000;DP=83;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.49;ReadPosRankSum=0.720;SOR=0.518;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:48,15:0.24:63
chr3	48019232	rs6770467	A	G	1263.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=27;NR=8;PP=835;SC=CTCCAACAAGAACACTACCAC;SOR=1.954;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=35;TCF=27;TCR=8;TR=35;WE=48019240;WS=48019222;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr3	48019258	rs6770477	A	G	1805.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=42;NR=14;PP=1067;SC=GAAATAATTCATATGCTTCCA;SOR=1.819;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=57;TCF=43;TCR=14;TR=56;WE=48019266;WS=48019248;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr3	48200738	rs148622727	C	T	1476.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=1.282;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=24;PP=841;ReadPosRankSum=-1.652;SC=CCTTGTCCCCCGACCCCTGGA;SOR=0.718;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=101;TCF=54;TCR=47;TR=51;WE=48200746;WS=48200728;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,68:0.51:133
chr3	48209486	rs3731539	C	T	3478.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=41;NR=54;PP=1845;SC=ATGGAACTTCCGAAAACATTC;SOR=0.988;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=95;TCF=41;TCR=54;TR=95;WE=48209494;WS=48209476;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,129:1.00:129
chr3	48219320	.	AACAC	A,AAC	22073.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.645;ClippingRankSum=0.000;DP=724;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.13;MQRankSum=0.276;QD=32.90;ReadPosRankSum=2.787;SOR=0.389;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:6,76,589:0.11,0.88:671
chr3	48225509	rs3731503	T	C	698.22	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=1.266;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=15;PP=452;ReadPosRankSum=0.212;SC=AACACTAGACTTCTAGGTGAA;SOR=1.329;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=19;TCF=3;TCR=16;TR=18;WE=48225517;WS=48225499;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,26:0.90:29
chr3	48414197	rs9852211	A	T	3455.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=55;NR=28;PP=1748;SC=GGCAAAGCCTATAAATTCAGA;SOR=1.252;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=83;TCF=55;TCR=28;TR=83;WE=48414205;WS=48414187;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
chr3	48415007	rs4858793	C	G	2435.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=53;NR=21;PP=1702;SC=TGACTGAGAACAGCCTGATGG;SOR=1.816;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=74;TCF=53;TCR=21;TR=74;WE=48415015;WS=48414997;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr3	48416756	rs4858817	A	G	312.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=8;NR=1;PP=231;SC=CCTTCCTAAGAGGGTACAGAA;SOR=3.258;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=10;TCF=9;TCR=1;TR=9;WE=48416764;WS=48416754;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr3	48419897	rs6442117	C	T	3393.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.873;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=40;PP=1442;ReadPosRankSum=0.489;SC=CACTATGGATCGGAAAAAAAC;SOR=0.801;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=92;TCF=50;TCR=42;TR=87;WE=48419905;WS=48419887;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,135:0.97:139
chr3	48422512	rs11378351	G	GT	445.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.961;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=2.178;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.14;ReadPosRankSum=0.868;SOR=1.552;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,32:0.80:40
chr3	48476431	rs13062723	C	G	10136.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=362;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=98;NR=142;PP=2965;SC=CTGGGCTGCACAGAGTCCTGG;SOR=0.964;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=241;TCF=99;TCR=142;TR=240;WE=48476439;WS=48476421;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,355:1.00:355
chr3	48488192	rs72622933	G	C	1030.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=1.486;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.289;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=2;PP=599;ReadPosRankSum=-0.432;SC=CAGTTCTCCGGCCTGGCGGCA;SOR=2.774;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=27;TCF=24;TCR=3;TR=25;WE=48488200;WS=48488182;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,37:0.95:39
chr3	48491995	rs11289308	AT	A	183.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.213;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FS=3.433;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.93;ReadPosRankSum=-0.739;SOR=0.378;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:61,34:0.36:95
chr3	48515079	rs4858795	C	T	1276.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=6;NR=26;PP=832;SC=GCTATGGCTCCTGTAGCTCTT;SOR=2.531;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=32;TCF=6;TCR=26;TR=32;WE=48515087;WS=48515069;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr3	48576483	rs7615170	C	G	1222.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=29;NR=8;PP=789;SC=GGTTACGAGGCGGAGGTGGGG;SOR=2.147;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=29;TCR=8;TR=37;WE=48576491;WS=48576473;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr3	48587408	rs35452137	A	C	8615.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.063;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=323;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=137;NR=90;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.605;SC=AGGGAAGGAGAGGCTCAGCTT;SOR=1.048;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=229;TCF=138;TCR=91;TR=227;WE=48587416;WS=48587398;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,312:0.99:314
chr3	48593341	.	T	TA	70.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.918;ClippingRankSum=0.000;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.77;ReadPosRankSum=-0.551;SOR=0.809;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,12:0.30:40
chr3	48602523	rs138595277	G	GGGC	13243.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=301;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=29;NR=90;PP=2924;SC=AGACCCCGCTGGCAGCCCCCC;SOR=0.838;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=129;TCF=31;TCR=98;TR=119;WE=48602531;WS=48602512;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,294:1.00:294
chr3	48624611	rs2255532	C	T	14411.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=556;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=164;NR=171;PP=2965;SC=CTTCCCACTACGCCCACTATA;SOR=0.723;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=335;TCF=164;TCR=171;TR=335;WE=48624619;WS=48624601;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,542:1.00:542
chr3	48625266	rs1264194	T	C	9733.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=375;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=98;NR=99;PP=2965;SC=CTTCTCCAGCTGGCCCTAGGA;SOR=0.715;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=197;TCF=98;TCR=99;TR=197;WE=48625274;WS=48625256;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,372:1.00:372
chr3	48628014	rs2228561	G	A	29381.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.116;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1091;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=301;NR=361;PP=2965;ReadPosRankSum=1.400;SC=TGGAGTTTCCGGCTCTAGGAG;SOR=0.445;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=669;TCF=306;TCR=363;TR=662;WE=48628022;WS=48628004;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,1074:1.00:1077
chr3	48658467	rs3895736	C	A	2360.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=15;NR=57;PP=1616;SC=GATGCTGAGACCAGGACCAAG;SOR=2.274;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=72;TCF=15;TCR=57;TR=72;WE=48658475;WS=48658457;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr3	48681765	rs147930066	CAG	C	131.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.066;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FS=1.637;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.00;ReadPosRankSum=-1.593;SOR=0.319;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:52,14:0.21:66
chr3	48719638	rs7633840	T	C	2164.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=42;PP=1385;SC=ATCTAGAGCGTCAGCGAGGCT;SOR=1.997;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=56;TCF=14;TCR=42;TR=56;WE=48719646;WS=48719628;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr3	48723302	rs6792510	G	C	1956.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=16;NR=56;PP=1201;SC=ACGCCAGGCCGGGAGCGCCGA;SOR=2.425;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=72;TCF=16;TCR=56;TR=72;WE=48723310;WS=48723292;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr3	48727112	rs4858798	G	A	6731.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=252;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=72;NR=91;PP=2965;SC=AAGGCACCTCGTAGCGGGAAG;SOR=0.865;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=163;TCF=72;TCR=91;TR=163;WE=48727120;WS=48727102;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,250:1.00:250
chr3	48728949	.	T	A	560.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-2.255;ClippingRankSum=0.000;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.511;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=13;PP=367;ReadPosRankSum=-0.575;SC=AATCAGTATGTCTTATCAGAA;SOR=0.346;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=33;TCF=6;TCR=27;TR=17;WE=48728957;WS=48728939;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,23:0.56:41
chr3	48845251	rs9311430	C	T	6788.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=261;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=69;NR=97;PP=2965;SC=CATAGTCTTCCACACTCAATC;SOR=0.976;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=166;TCF=69;TCR=97;TR=166;WE=48845259;WS=48845241;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,254:1.00:254
chr3	48897078	rs6414612	A	G	4976.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=50;NR=79;PP=2656;SC=TGGCAAGAAAAAGGTGAATTA;SOR=1.075;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=130;TCF=51;TCR=79;TR=129;WE=48897086;WS=48897068;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,182:1.00:182
chr3	48982732	rs9864243	G	A	626.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=15;PP=406;SC=GAGAGCTTCAGCCAGCTAGAG;SOR=2.303;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=4;TCR=15;TR=19;WE=48982740;WS=48982722;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr3	48986399	rs13315711	A	T	12018.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=464;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=153;NR=130;PP=2965;SC=GTTGAGGGACATTGGGTTGTT;SOR=0.788;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=287;TCF=155;TCR=132;TR=283;WE=48986407;WS=48986389;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,463:1.00:463
chr3	48986546	rs371516194	CATTTATTT	C	3153.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=47;PP=2986;SC=GTATGTTTAACATTTATTTAT;SOR=3.321;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=65;TCF=2;TCR=63;TR=49;WE=48986561;WS=48986536;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr3	49004723	rs6446196	A	G	6176.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=237;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=58;NR=85;PP=2913;SC=GTCTGCCACAAAACTTATAAA;SOR=0.977;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=144;TCF=59;TCR=85;TR=143;WE=49004731;WS=49004713;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,229:1.00:229
chr3	49044767	rs6781790	C	T	2375.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=46;NR=20;PP=1166;SC=TAGCTGAGGGCGCTGTTGATG;SOR=1.531;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=66;TCF=46;TCR=20;TR=66;WE=49044775;WS=49044757;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr3	49048827	.	CT	C	162.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.310;ClippingRankSum=0.000;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=10.226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.46;ReadPosRankSum=-0.491;SOR=0.092;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,17:0.36:47
chr3	49053219	rs7100	A	G	12140.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=476;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=151;NR=142;PP=2965;SC=GTCCCACCCCATTTTGCTGTG;SOR=0.746;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=293;TCF=151;TCR=142;TR=293;WE=49053227;WS=49053209;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,466:1.00:466
chr3	49054692	rs3087866	T	C	4732.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=66;NR=49;PP=2111;SC=AACCAACTTCTGCCAAAGCAG;SOR=0.944;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=115;TCF=66;TCR=49;TR=115;WE=49054700;WS=49054682;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,176:1.00:176
chr3	49070499	rs4974081	C	T	2072.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=26;NR=25;PP=998;SC=TCTTGGATAGCTTCCACACTC;SOR=0.798;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=51;TCF=26;TCR=25;TR=51;WE=49070507;WS=49070489;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr3	49114544	rs7626445	C	T	529.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=13;PP=305;SC=TACCCTTGCACAAGAGTGGAA;SOR=2.093;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=16;TCF=3;TCR=13;TR=16;WE=49114552;WS=49114534;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr3	49133310	rs9840050	A	G	2007.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=30;NR=19;PP=907;SC=TACCACCACCACCAGCATGTC;SOR=1.096;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=49;TCF=30;TCR=19;TR=49;WE=49133318;WS=49133300;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr3	49135961	rs13064784	C	G	14634.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-2.270;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=563;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQ=60.02;MQRankSum=0.085;NF=150;NR=181;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.969;SC=GAACCACAACCAGGACTGCAG;SOR=0.273;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=332;TCF=150;TCR=182;TR=331;WE=49135969;WS=49135951;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,556:1.00:557
chr3	49137904	rs4521268	G	T	14281.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.787;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=540;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=168;NR=163;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.852;SC=GGGGCAAAATGAAACAAAGTA;SOR=0.720;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=335;TCF=171;TCR=164;TR=331;WE=49137912;WS=49137894;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,531:1.00:533
chr3	49138810	rs11539148	T	C	2909.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=38;NR=30;PP=1263;SC=AAAGTTGAAATTGATGGCTTT;SOR=0.808;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=70;TCF=39;TCR=31;TR=68;WE=49138818;WS=49138800;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr3	49139966	rs4513485	G	A	7011.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=268;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=99;NR=100;PP=2965;SC=GCCCCTGACTGATCCTACCCA;SOR=0.709;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=201;TCF=99;TCR=102;TR=199;WE=49139974;WS=49139956;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,260:1.00:260
chr3	49145741	rs3212	T	C	3750.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=54;NR=42;PP=1884;SC=CAGCTTCCCATTGACAGAGCC;SOR=0.945;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=96;TCF=54;TCR=42;TR=96;WE=49145749;WS=49145731;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,140:1.00:140
chr3	49148890	rs4292260	T	C	34027.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=1288;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=330;NR=386;PP=2965;SC=CCATCCTCCCTTATCCTCCTC;SOR=0.791;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=717;TCF=330;TCR=387;TR=716;WE=49148904;WS=49148880;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,1280:1.00:1280
chr3	49153700	rs140057720	G	A	2683.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.279;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.160;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=45;PP=1689;ReadPosRankSum=2.293;SC=TGGTGGGGCCGGGCACCACCC;SOR=0.563;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=171;TCF=83;TCR=88;TR=91;WE=49153708;WS=49153690;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:93,112:0.55:205
chr3	49166069	rs9865051	C	T	8852.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=335;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=111;NR=111;PP=2965;SC=GAGGTTCAGCCCCAGATTAGA;SOR=0.705;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=224;TCF=111;TCR=113;TR=222;WE=49166077;WS=49166059;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,326:1.00:326
chr3	49200627	rs4955418	A	G	32271.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=1236;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=428;NR=360;PP=2965;SC=GCCTTGGCCCATGCTGCCATG;SOR=0.842;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=789;TCF=428;TCR=361;TR=788;WE=49200635;WS=49200617;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,1225:1.00:1225
chr3	49200692	rs4955419	T	A	37291.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-2.831;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1404;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=380;NR=459;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.551;SC=AGCCTTGACCTGTGCTGCCTT;SOR=0.307;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=847;TCF=386;TCR=461;TR=839;WE=49200700;WS=49200682;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,1391:1.00:1393
chr3	49210732	rs7617480	A	C	490.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=1;NR=13;PP=359;SC=TCCAACCTAGATTTGAGCTGC;SOR=3.258;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=14;TCF=1;TCR=13;TR=14;WE=49210740;WS=49210722;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr3	49211989	rs10865954	T	C	595.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=14;PP=416;SC=CTCTGACCCCTGGTGGTCTTG;SOR=1.609;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=6;TCR=14;TR=20;WE=49211997;WS=49211979;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr3	49249381	rs9867285	A	G	890.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=14;PP=383;SC=AGATCACAAGATCAGGAGATC;SOR=1.244;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=22;TCF=8;TCR=14;TR=22;WE=49249389;WS=49249371;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr3	49269758	rs2099526	G	T	2910.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=31;NR=52;PP=1526;SC=AATCTAGCATGATTGACTTTA;SOR=1.129;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=83;TCF=31;TCR=52;TR=83;WE=49269766;WS=49269748;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr3	49273996	rs12631989	C	T	5071.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=91;NR=43;PP=2706;SC=AGAAGTCATCCAACTGGAATA;SOR=1.458;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=136;TCF=92;TCR=44;TR=134;WE=49274004;WS=49273986;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,181:1.00:181
chr3	49292991	rs11344456	CT	C	236.79	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.713;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.10;MQRankSum=0.062;QD=7.40;ReadPosRankSum=-1.690;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,24:0.75:32
chr3	49298139	rs7626076	G	A	8295.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=307;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=138;NR=84;PP=2965;SC=CGGGACACCTGTGGCAGGGCT;SOR=1.091;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=223;TCF=138;TCR=85;TR=222;WE=49298147;WS=49298129;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,306:1.00:306
chr3	49298205	rs4955417	T	C	12276.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=466;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=164;NR=146;PP=2965;SC=GGGCCTCTGGTGGCCTGTAGG;SOR=0.764;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=310;TCF=164;TCR=146;TR=310;WE=49298213;WS=49298195;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,464:1.00:464
chr3	49354975	rs71077785	GT	G	397.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.466;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.47;ReadPosRankSum=0.683;SOR=1.061;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,32:0.76:42
chr3	49365269	rs6795772	C	T	4160.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=36;NR=74;PP=2134;SC=GAAAAGAGCACATAAGTCACT;SOR=1.300;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=110;TCF=36;TCR=74;TR=110;WE=49365277;WS=49365259;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,156:1.00:156
chr3	49395673	rs17838762	GGCCGCC	G	1338.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=2;NR=14;PP=871;SC=ACACCGACTGGGCCGCCGCCG;SOR=1.402;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=22;TCF=4;TCR=18;TR=16;WE=49395686;WS=49395663;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr3	49406080	rs2878298	T	C	7947.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.795;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=297;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=26.94;ReadPosRankSum=2.145;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,293:0.99:295
chr3	49406140	rs374609508	CT	C	171.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.345;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FS=2.072;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.15;MQRankSum=0.833;QD=5.05;ReadPosRankSum=-1.729;SOR=0.288;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,20:0.59:34
chr3	49459114	rs4855873	A	C	1212.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=7;NR=23;PP=697;SC=AGCCCACCCAAAGTGACTAAC;SOR=1.900;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=7;TCR=23;TR=30;WE=49459122;WS=49459104;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr3	49459376	rs1464566	T	C	6093.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.336;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=240;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.030;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=110;NR=53;PP=2965;ReadPosRankSum=1.836;SC=TGAGCTCATTTCCTTGGGGCC;SOR=1.378;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=165;TCF=111;TCR=54;TR=163;WE=49459384;WS=49459366;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,224:0.98:228
chr3	49463926	rs6762593	A	G	6130.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.87;SOR=1.009;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,237:1.00:237
chr3	49548008	rs2131107	C	G	4399.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=82;NR=22;PP=2546;SC=CTGCCCCTCTCGGGGAGGACC;SOR=1.973;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=104;TCF=82;TCR=22;TR=104;WE=49548016;WS=49547998;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,148:1.00:148
chr3	49548294	rs2329024	T	C	5632.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=40;NR=105;PP=2965;SC=GAGTTCTCATTTTCCATTTTA;SOR=1.622;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=146;TCF=40;TCR=106;TR=145;WE=49548302;WS=49548284;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,197:1.00:197
chr3	49568095	rs2311801	G	A	238.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=7;NR=0;PP=166;SC=TCTCTAGGGGGGAGGAATCAG;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=7;TCR=0;TR=7;WE=49568103;WS=49568085;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr3	49570882	rs1050088	T	C	6224.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=234;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=69;NR=73;PP=2914;SC=TCATAGAGAATTCTTCGCTTC;SOR=0.746;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=142;TCF=69;TCR=73;TR=142;WE=49570890;WS=49570872;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,230:1.00:230
chr3	49690199	rs4855885	G	A	9155.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=340;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=132;NR=99;PP=2965;SC=TCCGCAGCACGGCCCGCAAGA;SOR=0.918;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=232;TCF=133;TCR=99;TR=231;WE=49690207;WS=49690189;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,332:1.00:332
chr3	49701298	rs2005557	G	A	6299.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.947;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=239;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.680;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=70;NR=103;PP=2965;ReadPosRankSum=0.287;SC=GGCCCAGCCAGCACCAGGACC;SOR=0.720;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=175;TCF=72;TCR=103;TR=173;WE=49701306;WS=49701288;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,237:1.00:238
chr3	49713753	rs6778597	T	C	4139.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=70;NR=43;PP=2875;SC=GCACTAGCTTTTAGGAAGCAG;SOR=1.239;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=115;TCF=70;TCR=45;TR=113;WE=49713761;WS=49713743;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,134:1.00:134
chr3	49717795	rs41290716	C	A	757.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=0.131;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=4;PP=570;ReadPosRankSum=-0.736;SC=AGATGAACAACAGACTGAGAG;SOR=1.308;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=27;TCF=23;TCR=4;TR=26;WE=49717803;WS=49717785;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,28:0.97:29
chr3	49720393	rs2960548	C	G	18076.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.817;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=674;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=219;NR=185;PP=2965;ReadPosRankSum=0.225;SC=GCAGCCCCCTCCTTGCCCTGT;SOR=0.838;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=406;TCF=219;TCR=187;TR=404;WE=49720401;WS=49720383;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,661:1.00:663
chr3	49722761	rs62262682	C	A	8933.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=331;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NR=93;PP=2965;SC=CAGCTTGGAACGCCGCTGATC;SOR=0.883;Source=Platypus;TCR=93;WE=49722769;WS=49722751;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,331:1.00:331
chr3	49723147	rs62262683	T	C	13049.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.328;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=502;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.145;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=13.239;NF=137;NR=159;PP=2965;ReadPosRankSum=0.853;SC=GTGCATGCGGTTCGGAGGTAA;SOR=0.414;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=306;TCF=145;TCR=161;TR=296;WE=49723155;WS=49723137;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:9,491:0.98:500
chr3	49723726	rs3038471	GC	G	42.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.592;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.44;MQRankSum=0.693;QD=1.19;ReadPosRankSum=0.267;SOR=0.092;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,8:0.22:36
chr3	49723784	rs9713651	C	A	2357.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.450;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.280;HP=4;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=4.302;NF=22;NR=69;PP=2962;ReadPosRankSum=0.674;SC=GGTGCTGATGCGGGATTTGCG;SOR=0.464;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=108;TCF=30;TCR=78;TR=91;WE=49723792;WS=49723774;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:8,92:0.92:100
chr3	49724014	rs62262684	G	A	168.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.316;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-5.348;NF=7;NR=7;PP=168;ReadPosRankSum=1.118;SC=ACTCCACGGGGTATGCTCTCA;SOR=0.608;SbPval=0.25;Source=Platypus;TC=27;TCF=10;TCR=17;TR=14;WE=49724022;WS=49724004;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,11:0.35:31
chr3	49724048	rs10711993	TC	T	225.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.037;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.603;HP=6;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-3.992;NF=1;NR=8;PP=251;ReadPosRankSum=-2.918;SC=CCCTCTTACCTCCCCGGCCAA;SOR=1.085;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=17;TCF=3;TCR=14;TR=9;WE=49724056;WS=49724038;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,10:0.40:25
chr3	49724808	rs3020779	T	C	11346.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=429;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=126;NR=155;PP=2965;SC=TGTGATCATTTGGGAACTTGT;SOR=0.832;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=281;TCF=126;TCR=155;TR=281;WE=49724816;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,428:1.00:428
chr3	49725432	rs11309936	AG	A	784.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=12;PP=497;SC=CAAAGCTACAAGGCTTCTGGG;SOR=1.708;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=17;TCF=1;TCR=16;TR=13;WE=49725440;WS=49725422;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr3	49725948	rs141881740	C	T	492.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-0.558;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.306;HP=3;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-6.110;NF=20;NR=8;PP=373;ReadPosRankSum=-0.432;SC=TCTGGCTCCCCGACTTTTTTC;SOR=0.446;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=50;TCF=36;TCR=14;TR=28;WE=49725956;WS=49725938;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,23:0.52:44
chr3	49726028	rs62262685	T	C	876.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.654;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FS=4.321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.08;MQRankSum=-8.003;QD=6.96;ReadPosRankSum=4.924;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:75,51:0.40:126
chr3	49726070	rs62262686	G	A	747.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=0.095;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.976;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-5.804;NF=11;NR=24;PP=526;ReadPosRankSum=-1.437;SC=AGCAGGAGTGGGAGCCACCCC;SOR=1.246;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=85;TCF=36;TCR=49;TR=35;WE=49726078;WS=49726060;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,42:0.34:123
chr3	49736172	rs11130216	C	A	6237.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=89;NR=73;PP=2965;SC=TCTGGTGAGGCCTCCTCTCAT;SOR=0.832;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=162;TCF=89;TCR=73;TR=162;WE=49736180;WS=49736162;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,229:1.00:229
chr3	49738945	rs6804655	C	T	8509.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=330;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=105;NR=91;PP=2965;SC=TCCGCTCCGTCGTCTTCTTTT;SOR=0.783;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=198;TCF=106;TCR=92;TR=196;WE=49738953;WS=49738935;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,324:1.00:324
chr3	49739507	rs1491985	G	C	7441.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=280;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=86;NR=78;PP=2965;SC=TTCCTCACCTGACCTCCAGTG;SOR=0.737;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=166;TCF=86;TCR=80;TR=164;WE=49739515;WS=49739497;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,276:1.00:276
chr3	49751585	rs2291542	C	T	5245.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=44;NR=63;PP=2094;SC=AACTTGAGGACGCCAATTTGC;SOR=0.922;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=107;TCF=44;TCR=63;TR=107;WE=49751593;WS=49751575;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,201:1.00:201
chr3	49753788	rs11720705	A	G	10258.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=394;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=155;NR=122;PP=2965;SC=AAGCAGGAGCATGTGGGTGGC;SOR=0.894;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=278;TCF=155;TCR=123;TR=277;WE=49753796;WS=49753778;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,390:1.00:390
chr3	49758764	rs4768	A	G	23736.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-1.071;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=875;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=320;NR=249;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.934;SC=CCATCCTGGAACCTCCACCTT;SOR=0.304;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=572;TCF=322;TCR=250;TR=569;WE=49758772;WS=49758754;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,866:1.00:867
chr3	49760039	rs1466685	T	C	11982.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=458;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=145;NR=141;PP=2965;SC=CTGGATGCGCTGCAGCACTGC;SOR=0.693;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=286;TCF=145;TCR=141;TR=286;WE=49760047;WS=49760029;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,448:1.00:448
chr3	49765483	rs2307021	C	G	1140.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=29;NR=3;PP=850;SC=GGTATGAGCACAACCCAAATC;SOR=3.797;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=32;TCF=29;TCR=3;TR=32;WE=49765491;WS=49765480;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr3	49828911	.	GA	G	97.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.397;ClippingRankSum=0.000;DP=83;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.30;ReadPosRankSum=0.933;SOR=0.723;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:57,18:0.24:75
chr3	49829326	rs62260715	G	A	4485.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=45;NR=58;PP=1993;SC=AGTATGCAAAGGAGACTGACC;SOR=0.882;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=106;TCF=48;TCR=58;TR=103;WE=49829334;WS=49829316;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,171:1.00:171
chr3	49832261	rs6802890	A	G	3495.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=53;NR=41;PP=1987;SC=ACTGCAACACAGGTTGGCTCG;SOR=0.859;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=94;TCF=53;TCR=41;TR=94;WE=49832269;WS=49832251;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chr3	49833029	rs62260717	A	G	2517.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=29;PP=1528;ReadPosRankSum=2.567;SC=GAGGCATCCCAGTACCTGCCC;SOR=0.798;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=83;TCF=54;TCR=29;TR=82;WE=49833037;WS=49833019;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,99:0.97:102
chr3	49842625	rs2234391	A	G	2056.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=44;NR=17;PP=1274;SC=TCTATCGTCCATCCTCTCTGC;SOR=1.704;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=61;TCF=44;TCR=17;TR=61;WE=49842633;WS=49842615;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr3	49842881	rs11400401	T	TG	5927.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=0.114;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.694;NF=3;NR=76;PP=2970;ReadPosRankSum=0.614;SC=CTGGTAGGGGTGGGTTTAGGG;SOR=0.944;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=83;TCF=5;TCR=78;TR=79;WE=49842889;WS=49842871;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:5,185:0.97:190
chr3	49843723	rs3819325	T	C	519.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.308;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.99;ReadPosRankSum=-0.685;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,25:0.96:26
chr3	49846041	rs2234385	G	A	1599.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=15;NR=36;PP=1002;SC=CTTAATTAATGCTACAATCTC;SOR=1.649;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=51;TCF=15;TCR=36;TR=51;WE=49846049;WS=49846031;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr3	49847623	rs1799845	A	G	9638.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.348;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=356;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=152;NR=100;PP=2965;ReadPosRankSum=2.934;SC=CGCCCTGGCAAGGGAGCAGTG;SOR=1.048;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=254;TCF=153;TCR=101;TR=252;WE=49847631;WS=49847613;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,345:0.99:349
chr3	49849723	rs1799843	G	A	7945.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.434;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=290;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.071;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=80;NR=138;PP=2965;ReadPosRankSum=1.854;SC=CTGTGTCCCAGACCTTGCTGC;SOR=0.990;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=219;TCF=81;TCR=138;TR=218;WE=49849731;WS=49849713;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,285:1.00:286
chr3	49881134	rs2246832	A	T	4426.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=80;NR=40;PP=2377;SC=AACCAAGGTGATGACTGGAGC;SOR=1.315;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=120;TCF=80;TCR=40;TR=120;WE=49881142;WS=49881124;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,165:1.00:165
chr3	49884913	rs13316065	C	T	4679.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.74;SOR=1.342;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,175:1.00:175
chr3	49894030	rs2276864	T	C	1028.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=2;NR=27;PP=798;SC=AACACAAAACTTTGGGCGGAG;SOR=4.047;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=29;TCF=2;TCR=27;TR=29;WE=49894038;WS=49894020;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr3	49897830	rs2681780	C	T	2201.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=41;NR=19;PP=1519;SC=GCACCCCTTCCAGGCCTCAAA;SOR=1.516;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=60;TCF=41;TCR=19;TR=60;WE=49897838;WS=49897820;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr3	49898000	rs2777888	A	G	9422.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=356;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=99;NR=121;PP=2965;SC=CAAAACCAAGAAGGGGATAGT;SOR=0.845;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=220;TCF=99;TCR=121;TR=220;WE=49898008;WS=49897990;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,351:1.00:351
chr3	49898273	rs2681781	A	G	10544.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.260;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=403;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=152;NR=107;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.692;SC=AGAAAGGTGGATTGCCTGAAA;SOR=0.338;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=260;TCF=153;TCR=107;TR=259;WE=49898281;WS=49898263;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,388:1.00:389
chr3	49924940	rs1062633	T	C	9833.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.642;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=388;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=119;NR=122;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.054;SC=ACTAGTACTCTGAAGGTGGGT;SOR=0.225;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=242;TCF=119;TCR=123;TR=241;WE=49924948;WS=49924930;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,377:1.00:378
chr3	49927503	rs12489386	G	T	2338.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=16;NR=52;PP=1490;SC=ACTGTGGAAAGGGGGAGGTGA;SOR=1.911;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=68;TCF=16;TCR=52;TR=68;WE=49927511;WS=49927493;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr3	49928691	rs7433231	T	C	8755.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=331;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=96;NR=94;PP=2965;SC=TACTCCATGCTGCGGGCTACC;SOR=0.705;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=190;TCF=96;TCR=94;TR=190;WE=49928699;WS=49928681;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,330:1.00:330
chr3	49929025	rs55643042	C	A	2057.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=27;NR=30;PP=1550;SC=TGCAGAGCAGCGCAAGTCAGG;SOR=0.787;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=57;TCF=27;TCR=30;TR=57;WE=49929033;WS=49929015;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr3	49929348	.	C	T	970.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-1.405;ClippingRankSum=0.000;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.026;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=32;PP=744;ReadPosRankSum=-0.011;SC=TCATTGGCAACCAGACCTCAG;SOR=0.991;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=76;TCF=14;TCR=62;TR=38;WE=49929356;WS=49929338;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,40:0.50:80
chr3	49936102	rs2230590	T	C	7818.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.933;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=308;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=80;NR=116;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.937;SC=GCCAGGGCCTTGGATAGGTAC;SOR=0.963;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=199;TCF=81;TCR=118;TR=196;WE=49936110;WS=49936092;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,298:0.99:300
chr3	49936715	rs41291716	G	A	2939.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.806;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=52;PP=1499;ReadPosRankSum=-0.652;SC=GGTCAGGGAAGGGAAGGAGTC;SOR=0.641;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=74;TCF=21;TCR=53;TR=73;WE=49936723;WS=49936705;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,108:0.99:109
chr3	49946812	rs61729114	G	A	2866.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=28;NR=51;PP=1462;SC=CTTCACTGGTGTATGGGGCCT;SOR=1.209;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=79;TCF=28;TCR=51;TR=79;WE=49946820;WS=49946802;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr3	49978069	rs6772095	C	T	12302.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=476;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=126;NR=192;PP=2965;SC=TAGCACGTAGCCTCGTCCTCA;SOR=1.030;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=319;TCF=127;TCR=192;TR=318;WE=49978077;WS=49978059;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,457:1.00:457
chr3	50091941	rs373305597	CT	C	83.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.201;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FS=2.527;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.89;ReadPosRankSum=0.325;SOR=0.382;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:70,24:0.26:94
chr3	50095103	.	CTT	C,CT	1121.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.235;ClippingRankSum=0.000;DP=94;ExcessHet=3.0103;FS=1.212;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.46;MQRankSum=0.882;QD=12.60;ReadPosRankSum=0.311;SOR=0.996;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:13,25,51:0.28,0.57:89
chr3	50095691	rs62263584	A	G	883.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=32;NR=2;PP=705;SC=AAAAGTATGCAGTATTTATTT;SOR=4.743;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=34;TCF=32;TCR=2;TR=34;WE=50095699;WS=50095681;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr3	50098993	rs55703509	CT	C	1116.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.710;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=253;ExcessHet=3.0103;FS=12.126;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.92;MQRankSum=0.000;QD=13.62;ReadPosRankSum=1.035;SOR=3.176;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:11,71:0.87:82
chr3	50108188	rs2023951	C	T	836.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=20;PP=594;SC=TGGCTGGCAGCTTCGCCTTCC;SOR=2.833;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=4;TCR=20;TR=24;WE=50108196;WS=50108178;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr3	50112585	rs12632751	G	A	2178.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=29.85;SOR=1.340;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr3	50112589	rs376657561	CA	C	64.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.226;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FS=3.640;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.78;ReadPosRankSum=-0.925;SOR=1.289;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:63,20:0.24:83
chr3	50114515	rs7061	C	T	2415.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=0.884;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=38;PP=1279;ReadPosRankSum=1.722;SC=ACGAGACTTACCGAGATGCTG;SOR=0.929;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=69;TCF=30;TCR=39;TR=67;WE=50114523;WS=50114505;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,92:0.98:94
chr3	50128005	rs35333166	C	T	3353.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.930;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=57;PP=1823;ReadPosRankSum=-0.767;SC=TAACGAACACCTTTATGATCC;SOR=1.215;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=88;TCF=31;TCR=57;TR=88;WE=50128013;WS=50127995;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,125:0.98:127
chr3	50129374	rs5848907	T	TA	848.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=13;NR=3;PP=640;SC=ACTATTTGGATTATCTTATAA;SOR=3.258;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=16;TCF=13;TCR=3;TR=16;WE=50129382;WS=50129364;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr3	50137307	rs148796424	TA	T	389.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.830;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=3.292;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.43;MQRankSum=1.013;QD=8.66;ReadPosRankSum=-0.196;SOR=1.473;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,30:0.67:45
chr3	50144951	rs1061474	T	C	8182.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=307;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=89;NR=109;PP=2965;SC=GCGTCAGCGCTTTCTCTGTAG;SOR=0.811;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=199;TCF=89;TCR=110;TR=198;WE=50144959;WS=50144941;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,303:1.00:303
chr3	50145370	rs140724462	C	T	1341.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=33;NR=3;PP=979;SC=CCACCCACGTCAGCCTCCCAA;SOR=3.109;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=36;TCF=33;TCR=3;TR=36;WE=50145378;WS=50145361;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr3	50153356	rs1138536	T	C	7648.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=295;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=90;NR=92;PP=2965;SC=TGGACATCTATCGACGATCCA;SOR=0.728;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=184;TCF=90;TCR=94;TR=182;WE=50153364;WS=50153346;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,293:1.00:293
chr3	50155887	rs112672304	TGA	T	545.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.053;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=283;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.69;ReadPosRankSum=-0.185;SOR=0.627;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:165,38:0.19:203
chr3	50222926	rs1046956	T	A	4491.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=60;NR=43;PP=2034;SC=TGACCAGGAGTTGGAGGAGCT;SOR=0.887;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=104;TCF=61;TCR=43;TR=103;WE=50222934;WS=50222916;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,167:1.00:167
chr3	50223593	rs2073726	T	A	6716.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=251;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=83;NR=90;PP=2965;SC=CCTAGGGGAGTCTTATGGGTA;SOR=0.726;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=173;TCF=83;TCR=90;TR=173;WE=50223601;WS=50223583;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,248:1.00:248
chr3	50223977	rs11717349	C	T	3054.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=54;NR=36;PP=1745;SC=CCCTCGGTGCCTGCCCCGAAG;SOR=1.149;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=90;TCF=54;TCR=36;TR=90;WE=50223985;WS=50223967;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr3	50224225	rs12632110	A	G	5644.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=58;NR=67;PP=2509;SC=GAGTCCTTGCACAGTGGTGAA;SOR=0.822;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=125;TCF=58;TCR=67;TR=125;WE=50224233;WS=50224215;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,213:1.00:213
chr3	50225029	rs11711407	A	G	5695.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=103;NR=53;PP=2965;SC=TGGAAATCCCACATGGGTGCC;SOR=1.362;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=157;TCF=104;TCR=53;TR=156;WE=50225037;WS=50225019;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,217:1.00:217
chr3	50225607	.	G	GATAT	421.90	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.744;ClippingRankSum=0.000;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.42;MQRankSum=0.603;QD=35.16;ReadPosRankSum=0.452;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,11:0.92:12
chr3	50251833	rs5848902	A	AG	10010.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=295;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=45;NR=105;PP=2936;SC=CTGTGCCTACAGGTCGAGGAC;SOR=0.714;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=158;TCF=46;TCR=112;TR=150;WE=50251841;WS=50251823;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,283:1.00:283
chr3	50306752	rs67324803	G	GC	3122.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=44;PP=2041;SC=GCCGCCCCCAGCCCCCACGCC;SOR=1.202;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=57;TCF=5;TCR=52;TR=49;WE=50306760;WS=50306742;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr3	50308718	rs4688739	A	G	3845.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=73;NR=37;PP=2188;SC=AACCTCACTCACTCCCAGAGC;SOR=1.195;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=110;TCF=73;TCR=37;TR=110;WE=50308726;WS=50308708;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,144:1.00:144
chr3	50312465	.	T	A	1423.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=1.286;ClippingRankSum=0.000;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.229;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=22;PP=572;ReadPosRankSum=1.403;SC=GTCACCAGCATGCAAATTTCT;SOR=0.290;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=70;TCF=23;TCR=47;TR=36;WE=50312473;WS=50312455;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,73:0.54:134
chr3	50597092	rs1034405	G	A	12258.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=463;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=131;NR=151;PP=2965;SC=GGCCACTCACGCATGGATGGC;SOR=0.803;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=284;TCF=132;TCR=152;TR=282;WE=50597100;WS=50597082;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,460:1.00:460
chr3	50609123	rs636168	T	C	8700.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=326;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=146;NR=77;PP=2965;SC=CAGCCACTTATATTCTCTGTG;SOR=1.290;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=223;TCF=146;TCR=77;TR=223;WE=50609131;WS=50609113;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,318:1.00:318
chr3	50609624	rs2232248	T	G	7216.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=2.156;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=274;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.616;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=102;PP=2965;ReadPosRankSum=1.421;SC=TGTTTATTCCTCGGCCAGAAA;SOR=0.673;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=166;TCF=64;TCR=102;TR=165;WE=50609632;WS=50609614;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,268:1.00:269
chr3	50645635	rs621975	T	G	8778.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=326;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=104;NR=124;PP=2965;SC=ACCAATCCAGTGCAAGTCAAG;SOR=0.860;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=228;TCF=104;TCR=124;TR=228;WE=50645643;WS=50645625;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,321:1.00:321
chr3	50645793	rs622502	C	G	10827.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=421;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=154;NR=119;PP=2965;SC=TGCCTCCCCCCTCAGACTCAC;SOR=0.928;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=275;TCF=155;TCR=120;TR=273;WE=50645801;WS=50645783;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,414:1.00:414
chr3	50678001	rs608961	C	T	1816.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=13;NR=36;PP=1074;SC=CTCCCTGCCACGCTTCTAGGG;SOR=1.758;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=49;TCF=13;TCR=36;TR=49;WE=50678009;WS=50677991;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr3	50683809	rs876105	T	C	3048.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=28;NR=54;PP=1668;SC=TCCCCCTCTTTCCAGCTATGG;SOR=1.466;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=84;TCF=28;TCR=56;TR=82;WE=50683817;WS=50683799;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr3	50684489	rs4468971	A	G	4843.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=67;NR=55;PP=2610;SC=AGGATGGAGTAGGGGGAACCA;SOR=0.837;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=122;TCF=67;TCR=55;TR=122;WE=50684497;WS=50684479;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,176:1.00:176
chr3	51246360	rs4301044	A	G	3599.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=35;NR=71;PP=2061;SC=CAGCACTTAGATTGGTTGGTG;SOR=1.406;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=106;TCF=35;TCR=71;TR=106;WE=51246368;WS=51246350;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,133:1.00:133
chr3	51266880	rs113104131	TA	T	170.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.374;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.09;ReadPosRankSum=1.693;SOR=0.701;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:117,39:0.25:156
chr3	51273711	rs1480362	A	G	4413.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=78;NR=38;PP=2369;SC=AAATTCATTGATTTATGGAAG;SOR=1.373;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=116;TCF=78;TCR=38;TR=116;WE=51273719;WS=51273701;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,161:1.00:161
chr3	51273773	rs1480361	T	C	9434.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=364;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=99;NR=87;PP=2965;SC=TATGTTGTTTTAGTTTCTGCA;SOR=0.798;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=188;TCF=101;TCR=87;TR=186;WE=51273781;WS=51273763;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,360:1.00:360
chr3	51393706	rs35251332	C	CAG	3506.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=24;NR=33;PP=2908;SC=TCTAGGAAAACGGGCAGTACA;SOR=0.768;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=60;TCF=25;TCR=35;TR=57;WE=51393714;WS=51393696;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr3	51395571	rs1542574	C	T	1334.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=31;PP=859;SC=TCCAGACCTACGCCACAAACC;SOR=2.352;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=7;TCR=31;TR=38;WE=51395579;WS=51395561;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr3	51418348	rs2241784	G	A	1895.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=40;NR=10;PP=1083;SC=GGAGCTTGCTGCTGAAGAAAC;SOR=2.200;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=51;TCF=40;TCR=11;TR=50;WE=51418356;WS=51418338;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr3	51422766	rs13091931	G	T	1530.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.786;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FS=4.202;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.09;ReadPosRankSum=0.245;SOR=1.127;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,60:0.98:61
chr3	51460010	rs62257541	G	A	1720.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-2.035;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=7.368;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.260;NF=6;NR=42;PP=1163;ReadPosRankSum=-0.702;SC=CACTACCAGTGTGGCTCTATC;SOR=3.040;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=49;TCF=7;TCR=42;TR=48;WE=51460018;WS=51460000;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,59:0.98:60
chr3	51468970	.	C	CAAA	33.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.301;ClippingRankSum=0.000;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.30;ReadPosRankSum=-0.463;SOR=0.330;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,7:0.27:26
chr3	51469107	rs4611808	C	T	2379.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=23;NR=30;PP=1025;SC=TTTGTTAATACAAAACAAGCA;SOR=0.929;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=56;TCF=25;TCR=31;TR=53;WE=51469115;WS=51469097;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr3	51474927	rs138532978	T	TA	4027.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=46;NR=44;PP=1233;SC=ATCTTAAATTTAAAAAAAAAC;SOR=1.409;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=108;TCF=58;TCR=50;TR=90;WE=51474935;WS=51474917;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,171:1.00:171
chr3	51505205	rs201168888	CT	C	94.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.143;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.78;MQRankSum=0.000;QD=3.95;ReadPosRankSum=-2.087;SOR=0.387;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,13:0.54:24
chr3	51517625	.	T	TTGTGTG	459.84	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.130;ClippingRankSum=0.000;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.86;ReadPosRankSum=-0.614;SOR=0.818;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,13:0.45:29
chr3	51697493	rs904145	A	G	6737.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=244;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=65;NR=94;PP=2965;SC=CACCAAGCTGAAAGGCAGTGA;SOR=1.000;Source=Platypus;TCF=65;TR=159;WE=51697501;WS=51697483;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,243:1.00:243
chr3	51697610	.	CAAAA	C	210.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.604;ClippingRankSum=-0.000;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=14.05;ReadPosRankSum=-0.626;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,8:0.53:15
chr3	51895850	rs986539	C	T	2412.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=31;NR=34;PP=1392;SC=CATTTATGTACTTCCCATTTA;SOR=0.763;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=65;TCF=31;TCR=34;TR=65;WE=51895858;WS=51895840;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr3	51907736	rs7635409	A	G	6192.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=93;NR=49;PP=2965;SC=GGACACAGATATAGCAGACCT;SOR=1.133;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=143;TCF=93;TCR=50;TR=142;WE=51907744;WS=51907726;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,221:1.00:221
chr3	51908226	rs1505403	T	C	6020.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=74;NR=88;PP=2965;SC=CAGGGTATGCTAGGAAGGGGC;SOR=0.927;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=162;TCF=74;TCR=88;TR=162;WE=51908234;WS=51908216;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,197:1.00:197
chr3	51908430	rs6794320	T	C	14694.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=552;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=155;NR=188;PP=2965;SC=GCTACCTCATTCCATTTTCCA;SOR=0.820;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=343;TCF=155;TCR=188;TR=343;WE=51908438;WS=51908420;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,549:1.00:549
chr3	51911103	rs201734789	TTTTTC	T	255.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.185;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FS=14.564;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.98;ReadPosRankSum=1.362;SOR=2.209;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,10:0.62:16
chr3	51911118	rs3036712	C	T	43.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.550;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=14.564;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.74;ReadPosRankSum=-2.079;SOR=2.209;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,6:0.38:16
chr3	51929360	rs34574240	GA	G	2191.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=74;PP=2107;SC=GGGCTTTCAAGAAAAAAAGAG;SOR=4.011;SbPval=0.92;Source=Platypus;TC=85;TCF=3;TCR=82;TR=75;WE=51929368;WS=51929350;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr3	51936949	rs7635125	T	C	15276.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.205;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=594;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=216;NR=143;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.510;SC=AGACACTAGCTACTAGCACTA;SOR=0.660;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=361;TCF=217;TCR=144;TR=359;WE=51936957;WS=51936939;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:5,584:0.99:589
chr3	51978220	rs28547534	A	G	14826.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.688;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=573;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=150;NR=196;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.570;SC=TGCTGGAACCACTGGGGCCGT;SOR=0.887;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=346;TCF=150;TCR=196;TR=346;WE=51978228;WS=51978210;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,562:1.00:564
chr3	51990119	rs28587738	A	C	2219.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=39;NR=25;PP=1326;SC=CCTGCTCGGCACGCCGCCCGC;SOR=1.031;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=64;TCF=39;TCR=25;TR=64;WE=51990127;WS=51990109;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr3	51990315	rs28651222	A	G	7960.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=0.730;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=310;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=76;NR=82;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.874;SC=TCCCGACTCCACTCGGACTCT;SOR=0.760;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=158;TCF=76;TCR=82;TR=158;WE=51990323;WS=51990305;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,306:0.99:308
chr3	52272945	rs11441245	C	CG	844.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.134;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.241;HP=9;HapScore=3;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.777;NF=15;NR=10;PP=317;ReadPosRankSum=-0.018;SC=GGCCGAGAGCCGGGGGGGGGC;SOR=1.746;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=38;TCF=21;TCR=17;TR=25;WE=52272956;WS=52272935;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,38:0.86:44
chr3	52415865	rs770284	A	G	1500.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=38;PP=1111;SC=GAGCGCCTCCAGGGCGTGCTG;SOR=3.126;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=42;TCF=4;TCR=38;TR=42;WE=52415873;WS=52415855;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr3	52430698	rs365048	A	G	13437.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.699;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=523;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=179;NR=182;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.646;SC=CTGGAGCGCCATAAGTTTGGG;SOR=0.256;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=362;TCF=179;TCR=183;TR=361;WE=52430706;WS=52430688;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,512:1.00:513
chr3	52453893	rs498778	C	T	2097.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=38;NR=20;PP=1171;SC=CCAACAGAGGCTTCCATGGAT;SOR=1.252;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=58;TCF=38;TCR=20;TR=58;WE=52453901;WS=52453883;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr3	52471942	rs82825	G	A	2300.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=46;NR=18;PP=1331;SC=GGCCACAGGGGTGAGTTCCAG;SOR=1.725;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=65;TCF=47;TCR=18;TR=64;WE=52471950;WS=52471932;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr3	52477080	rs2016575	T	C	8296.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=327;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=89;NR=100;PP=2965;SC=TTTCGGACCATGGCTCCTGGG;SOR=0.769;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=189;TCF=89;TCR=100;TR=189;WE=52477088;WS=52477070;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,326:1.00:326
chr3	52478750	.	G	GCACC	738	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;FR=0.5000;HP=2;HapScore=1;MGOF=76;MMLQ=22;MQ=58.17;NF=17;NR=10;PP=738;QD=28.3333333333;SC=CACGGCACACGCAAACTCGGC;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=35;TCF=22;TCR=13;TR=27;WE=52478758;WS=52478740;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:8,27:0.77:35
chr3	52478783	.	CGCACACAAACACTGCACAT	C	2972	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;FR=1.0000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MMLQ=22;MQ=63.18;NF=17;NR=23;PP=2972;QD=20;SC=ACTCGGCACACGCACACAAAC;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=45;TCF=20;TCR=25;TR=40;WE=52478809;WS=52478773;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:5,40:0.89:45
chr3	52488202	rs1035002	C	T	1797.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=62;PP=1654;SC=TGAGTCCCCACGTCCTCTGCC;SOR=6.184;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=64;TCF=2;TCR=62;TR=63;WE=52488210;WS=52488192;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr3	52489564	rs968588	A	T	1342.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.97;SOR=4.407;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr3	52492085	rs4687614	G	A	1146.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=11;NR=25;PP=714;SC=ATATAACTGCGTTCATTAATA;SOR=1.556;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=37;TCF=11;TCR=26;TR=36;WE=52492093;WS=52492075;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr3	52492601	rs62257617	C	T	3305.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.633;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=34;PP=1446;ReadPosRankSum=-1.377;SC=AGCGCCTGCCCTCAAGCTTCT;SOR=0.879;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=79;TCF=45;TCR=34;TR=79;WE=52492609;WS=52492591;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,127:0.98:129
chr3	52492707	rs1541495	T	C	4566.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=56;NR=62;PP=2332;SC=TTGATAAAAATCTGCTTCCGC;SOR=0.789;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=118;TCF=56;TCR=62;TR=118;WE=52492715;WS=52492697;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,172:1.00:172
chr3	52505758	rs3065763	G	GAT	4507.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=33;NR=28;PP=2809;SC=TGACAGAAAAGGTGGAAATCC;SOR=1.633;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=61;TCF=33;TCR=28;TR=61;WE=52505766;WS=52505748;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr3	52506282	rs4312651	A	G	2523.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=35;NR=27;PP=1258;SC=TGGGCATGCGACACTGTTCCC;SOR=0.953;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=62;TCF=35;TCR=27;TR=62;WE=52506290;WS=52506272;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr3	52506426	rs6784615	C	T	3016.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=35;NR=41;PP=1382;SC=TAAGGCCCAGCGCTGCACAGC;SOR=0.841;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=76;TCF=35;TCR=41;TR=76;WE=52506434;WS=52506416;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr3	52506491	rs6445486	A	G	1980.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=17;NR=32;PP=1017;SC=TGGGTGTCCTAATTTAATCAT;SOR=1.276;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=50;TCF=17;TCR=33;TR=49;WE=52506499;WS=52506481;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr3	52510592	rs9856575	G	A	11308.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=429;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=97;NR=177;PP=2965;SC=CCACAACAGCGTCTCCGAGAT;SOR=1.192;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=274;TCF=97;TCR=177;TR=274;WE=52510600;WS=52510582;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,423:1.00:423
chr3	52512318	rs2109559	A	G	3586.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=48;NR=47;PP=1885;SC=AGGACCTCACAGTTTTGGGAT;SOR=0.738;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=96;TCF=48;TCR=48;TR=95;WE=52512326;WS=52512308;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,135:1.00:135
chr3	52513940	rs4687618	T	C	1759.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=36;PP=849;SC=GGAGCCAGTTTGGGGGGCTTG;SOR=1.644;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=49;TCF=13;TCR=36;TR=49;WE=52513948;WS=52513930;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr3	52518786	rs4687619	T	C	2083.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=17;NR=49;PP=1252;SC=CTCTGCTTTGTGCCACGGTCT;SOR=1.996;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=66;TCF=17;TCR=49;TR=66;WE=52518794;WS=52518776;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr3	52523405	rs887515	C	T	4506.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-2.017;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=46;PP=2231;ReadPosRankSum=-0.696;SC=CCGGCCCCAGCGGAAGTCCCA;SOR=0.307;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=110;TCF=64;TCR=46;TR=110;WE=52523413;WS=52523395;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,163:0.99:164
chr3	52524974	rs4687621	A	C	929.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=25;PP=705;SC=CCACTTCTTAACCGGGGTGGG;SOR=4.479;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=27;TCF=2;TCR=25;TR=27;WE=52524982;WS=52524964;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr3	52536308	rs758801	A	C	1885.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=12;NR=33;PP=1071;SC=CAGATGCAGTACCTACAACCA;SOR=1.646;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=45;TCF=12;TCR=33;TR=45;WE=52536316;WS=52536298;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr3	52537969	rs4687545	T	C	7256.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=279;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.58;SOR=0.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,273:1.00:273
chr3	52540773	rs1010553	T	C	12508.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=475;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=163;NR=115;PP=2965;SC=CCGCCAATGGTGTGATCCACA;SOR=0.911;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=278;TCF=163;TCR=115;TR=278;WE=52540781;WS=52540763;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,473:1.00:473
chr3	52544470	rs9835659	A	G	8165.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=310;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=72;NR=118;PP=2965;SC=TGAGCTGGACATGAGAGGTGG;SOR=1.053;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=191;TCF=73;TCR=118;TR=190;WE=52544478;WS=52544460;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,308:1.00:308
chr3	52546487	rs7644763	C	T	8286.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=319;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=92;NR=99;PP=2965;SC=CTGTCTTCCCCGTGCTTGGGA;SOR=0.786;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=191;TCF=92;TCR=99;TR=191;WE=52546495;WS=52546477;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,314:1.00:314
chr3	52548818	rs740903	C	T	6440.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.051;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=243;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=81;NR=101;PP=2965;ReadPosRankSum=2.039;SC=CAAGTCGCTGCCTGCATAGCC;SOR=0.898;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=182;TCF=81;TCR=101;TR=182;WE=52548826;WS=52548808;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,234:0.99:236
chr3	52559167	.	CG	GG	1128	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;FR=0.5000,0.5000;HP=18;HapScore=4;MGOF=14;MMLQ=9;MQ=59.65;NF=34,0;NR=23,31;PP=416,1128;QD=7.38596491228;SC=TTGCTGGGGGCGGGGGGGGGG;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=100;TCF=57;TCR=43;TR=57,31;WE=52559188;WS=52559157;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:143,31:0.18:174
chr3	52559167	rs58050076	CGG	C,CG	1306.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=1.083;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=12.632;HP=18;HapScore=4;MGOF=14;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=9;MQRankSum=0.000;NF=34,0;NR=23,31;PP=416,1128;ReadPosRankSum=0.983;SC=TTGCTGGGGGCGGGGGGGGGG;SOR=7.130;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=100;TCF=57;TCR=43;TR=57,31;WE=52559188;WS=52559157;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.45,0.49:55
chr3	52597342	.	G	C	1785.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.033;ClippingRankSum=0.000;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=20;PP=1053;ReadPosRankSum=0.870;SC=ACTGGCCAGGGGGGTCTGAAG;SOR=0.657;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=135;TCF=94;TCR=41;TR=66;WE=52597350;WS=52597332;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,80:0.50:159
chr3	52620764	rs200031540	CA	C	63.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.833;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=10.020;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.77;ReadPosRankSum=-0.308;SOR=1.001;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,11:0.48:23
chr3	52692428	rs200866604	C	CT	86.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.668;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=2.521;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.33;MQRankSum=1.228;QD=3.34;ReadPosRankSum=-1.276;SOR=0.193;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,10:0.38:26
chr3	52814256	rs2302417	T	A	714.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.084;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.03;ReadPosRankSum=-0.846;SOR=0.608;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:51,38:0.43:89
chr3	52833881	rs35271262	C	T	2756.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=25;NR=38;PP=1149;SC=GTCCAGGCCACGCCCGAGAAC;SOR=0.961;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=63;TCF=25;TCR=38;TR=63;WE=52833889;WS=52833871;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr3	52840853	rs62255418	C	T	1311.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=26;NR=11;PP=822;SC=AAGGCACACCCCTAAAGGCAA;SOR=1.714;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=26;TCR=11;TR=37;WE=52840861;WS=52840843;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr3	52853340	rs7620907	G	C	2516.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=48;NR=18;PP=1393;SC=ACCCCACCCCGCTCTATGGGG;SOR=1.635;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=66;TCF=48;TCR=18;TR=66;WE=52853348;WS=52853330;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr3	52867288	rs4687661	A	T	12383.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=476;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=131;NR=140;PP=2965;SC=AGTTCCTGGGAAAGGCTCCTG;SOR=0.710;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=272;TCF=132;TCR=140;TR=271;WE=52867296;WS=52867278;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,472:1.00:472
chr3	52867595	rs60332615	C	A	6871.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.737;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=269;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=115;NR=68;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.863;SC=CACACCTGCACCCCCATCCCC;SOR=1.127;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=183;TCF=115;TCR=68;TR=183;WE=52867603;WS=52867585;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,262:0.99:264
chr3	52867715	rs6787916	G	C	9462.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=337;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=120;NR=127;PP=2965;SC=TCAGGTCCTCGTCCTTCACAG;SOR=0.748;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=248;TCF=120;TCR=128;TR=247;WE=52867732;WS=52867705;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,337:1.00:337
chr3	52867811	rs6776876	A	T	9111.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=342;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=92;NR=116;PP=2965;SC=GCCTCGGTAGAAAGGCACACC;SOR=0.863;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=208;TCF=92;TCR=116;TR=208;WE=52867819;WS=52867801;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,341:1.00:341
chr3	52868610	rs11922961	T	C	1949.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=1.204;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=6.347;HP=2;HapScore=1;MGOF=35;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=83;NR=12;PP=2217;ReadPosRankSum=1.750;SC=GCCGGGCCCATAGCTACAAAT;SOR=2.455;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=97;TCF=83;TCR=14;TR=95;WE=52868618;WS=52868600;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,68:0.99:69
chr3	52868668	rs142854055	G	GCACA,GCACACA	4598.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=29;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=48,48;NR=59,59;PP=2864,719;ReadPosRankSum=-1.103;SC=ACACACAGATGCGCACACACA;SOR=0.806;SbPval=0.26;Source=Platypus;TC=121;TCF=62;TCR=59;TR=107,107;WE=52868678;WS=52868657;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.19,0.80:109
chr3	52868670	rs62255421	G	A	6232.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.96;QD=42.40;SOR=1.052;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,147:1.00:147
chr3	52868716	rs77032405	GC	G	12469.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=0.138;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=445;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=37;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.250;NF=80;NR=151;PP=2983;ReadPosRankSum=1.688;SC=ATCTATCTAGGCCCCCCCCAC;SOR=0.432;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=258;TCF=93;TCR=165;TR=231;WE=52868732;WS=52868706;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,423:0.99:427
chr3	52870729	rs11431693	C	CA	8305.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=235;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.18;QD=36.91;SOR=1.052;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,225:1.00:225
chr3	52874446	rs6769789	C	T	1619.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=37;NR=14;PP=1056;SC=AACGATGCTGCGGGATGACCT;SOR=1.733;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=51;TCF=37;TCR=14;TR=51;WE=52874454;WS=52874436;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr3	52874716	rs374916394	GTT	G,GT	623.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.034;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.41;ReadPosRankSum=-1.410;SOR=0.600;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:3,23,12:0.61,0.32:38
chr3	52874753	rs56019197	T	C	1049.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=31;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=27;PP=829;SC=TCTCACCCTGTCACCCAGGCT;SOR=2.899;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=30;TCF=3;TCR=27;TR=30;WE=52874761;WS=52874743;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr3	52874779	rs7638431	G	A	712.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=46;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=16;PP=498;SC=GCAATGGCACGATCTCGCCTC;SOR=2.833;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=18;TCF=2;TCR=16;TR=18;WE=52874787;WS=52874769;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr3	52877647	rs55829187	C	CA	7164.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=30;NR=39;PP=2957;SC=CTGAGGGCTACAGGTGAGCTT;SOR=1.135;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=72;TCF=31;TCR=41;TR=69;WE=52877657;WS=52877637;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,155:1.00:155
chr3	52877649	rs56008508	G	A	7173.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=67;NR=41;PP=2096;SC=GAGGGCTACAGGTGAGCTTTC;SOR=1.096;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=117;TCF=71;TCR=46;TR=108;WE=52877657;WS=52877637;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,162:1.00:162
chr3	52877720	rs4687668	T	C	5850.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=71;NR=81;PP=2483;SC=GGGATAAAAATGCAACATGGC;SOR=0.785;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=152;TCF=71;TCR=81;TR=152;WE=52877728;WS=52877710;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,226:1.00:226
chr3	52878721	rs7650966	G	C	952.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=33;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=27;NR=3;PP=777;SC=CAGACCAAATGCAGGACACAT;SOR=3.981;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=30;TCF=27;TCR=3;TR=30;WE=52878729;WS=52878711;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr3	52878746	rs10663469	C	CAG	2526.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=28;NR=12;PP=1870;SC=AGAGTTAAAACAAGTTTGGTT;SOR=2.794;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=41;TCF=29;TCR=12;TR=40;WE=52878754;WS=52878736;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr3	52878825	rs7629528	C	A	5691.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=83;NR=59;PP=2676;SC=AGGAGCTGCTCATGCAGGGAC;SOR=0.971;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=143;TCF=83;TCR=60;TR=142;WE=52878833;WS=52878815;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,217:1.00:217
chr3	52881634	rs5848962	T	TG	5003.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=13;NR=47;PP=2605;SC=AAGAGAGCTGTGGTACCTCTT;SOR=0.794;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=62;TCF=13;TCR=49;TR=60;WE=52881642;WS=52881624;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,143:1.00:143
chr3	52883654	rs3216716	CT	C	2420.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=36;NR=9;PP=2054;SC=GGAGGGTGTGCTCAAACCCAG;SOR=2.760;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=46;TCF=37;TCR=9;TR=45;WE=52883662;WS=52883644;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr3	52886914	rs4687675	A	T	2431.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=8;NR=64;PP=1849;SC=GCCTTTGAAAACCCTAAAAGG;SOR=3.698;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=72;TCF=8;TCR=64;TR=72;WE=52886922;WS=52886904;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr3	52960013	rs11360013	GC	G	5110.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=42;NR=30;PP=2974;SC=CTGCAGCCCTGCCATAGTGGC;SOR=1.428;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=73;TCF=43;TCR=30;TR=72;WE=52960021;WS=52960003;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,137:1.00:137
chr3	52960256	rs34584015	AG	A	3227.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-1.068;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.961;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=39;PP=2494;ReadPosRankSum=-0.019;SC=ATCATTTTAGAGGGGCGAAAA;SOR=0.542;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=101;TCF=4;TCR=97;TR=39;WE=52960269;WS=52960246;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:95,85:0.47:180
chr3	52960261	rs34585187	C	A	3255.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.294;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.970;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=39;PP=2493;ReadPosRankSum=-0.290;SC=TTTAGAGGGGCGAAAAGCATT;SOR=0.542;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=130;TCF=36;TCR=94;TR=58;WE=52960269;WS=52960246;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:93,86:0.48:179
chr3	52968726	rs2257216	T	C	1517.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-2.440;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.067;HP=4;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=12;PP=646;ReadPosRankSum=0.608;SC=TCTCTAATAATAACGTTTATT;SOR=0.337;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=74;TCF=56;TCR=18;TR=42;WE=52968734;WS=52968716;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,71:0.62:115
chr3	52968801	rs2710315	T	C	6125.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=240;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=81;NR=59;PP=2285;SC=GGGTTTTCCATGCTGATGTGG;SOR=0.905;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=140;TCF=81;TCR=59;TR=140;WE=52968809;WS=52968791;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,237:1.00:237
chr3	53003021	rs2245424	G	C	1061.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-1.321;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.894;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=7;PP=687;ReadPosRankSum=-0.831;SC=ACTTCAAAGAGCTTCCAGTTC;SOR=0.891;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=77;TCF=61;TCR=16;TR=38;WE=53003029;WS=53003011;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,47:0.49:95
chr3	53125922	rs11242	T	C	3368.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=57;NR=31;PP=1597;SC=CCTGAAGTCATGTCATTTTGT;SOR=1.206;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=88;TCF=57;TCR=31;TR=88;WE=53125930;WS=53125912;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
chr3	53126143	rs2581786	G	A	4194.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=39;NR=63;PP=2135;SC=CCTTCCTCTGGGACCAGCCAG;SOR=1.127;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=103;TCF=40;TCR=63;TR=102;WE=53126151;WS=53126133;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,152:1.00:152
chr3	53133526	rs2581829	A	G	4330.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=30;NR=70;PP=2276;SC=ACTCACTGAGACTCCAGAGCC;SOR=1.390;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=100;TCF=30;TCR=70;TR=100;WE=53133534;WS=53133516;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,154:1.00:154
chr3	53139506	rs2564942	CA	TG	1126.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=23;NR=0;PP=569;SC=AAGAGCAAAGCAAGAAGGCCA;SOR=6.518;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=25;TCF=25;TCR=0;TR=23;WE=53139515;WS=53139504;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr3	53212383	rs2306570	C	T	739.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=4.197;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.430;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=7;PP=470;ReadPosRankSum=0.052;SC=CCGCTGGTCCCGCCCGGCCGC;SOR=1.697;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=43;TCF=26;TCR=17;TR=26;WE=53212391;WS=53212373;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,30:0.57:53
chr3	53212574	rs2306571	C	G	497.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=0.798;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.923;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=11;PP=265;ReadPosRankSum=0.595;SC=AGGCTGGACCCTGGAGAGGGG;SOR=0.821;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=49;TCF=25;TCR=24;TR=20;WE=53212582;WS=53212564;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,29:0.36:80
chr3	53212716	rs17052826	C	T	244.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.751;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=8;PP=174;ReadPosRankSum=-0.672;SC=GCCACTGAGTCGCTATAGGGC;SOR=1.609;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=14;TCF=3;TCR=11;TR=10;WE=53212724;WS=53212706;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,10:0.77:13
chr3	53213538	rs2035451	C	G	8119.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=291;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=137;NR=74;PP=2965;SC=TGGAGGTCTACGAGGGAGGGA;SOR=1.268;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=212;TCF=137;TCR=75;TR=211;WE=53213546;WS=53213528;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,289:1.00:289
chr3	53213657	rs2230493	T	C	5876.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-1.442;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=611;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.521;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=81;NR=79;PP=1994;ReadPosRankSum=0.760;SC=CGACGTTCGATGCCCACATCT;SOR=0.645;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=324;TCF=158;TCR=166;TR=160;WE=53213665;WS=53213647;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:306,296:0.49:602
chr3	53213815	rs3830263	C	CGTGT	779.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=0.683;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=3;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.399;NF=0;NR=24;PP=800;ReadPosRankSum=0.694;SC=CGAGCCGTGCCGTGTGTGTGT;SOR=0.818;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=66;TCF=1;TCR=65;TR=24;WE=53213824;WS=53213805;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,22:0.50:44
chr3	53215875	rs11130350	A	C	3425.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.888;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=338;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.915;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=54;PP=1436;ReadPosRankSum=0.092;SC=CCCAGTGTAGATACAGCAGCT;SOR=0.558;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=207;TCF=87;TCR=120;TR=95;WE=53215883;WS=53215865;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:166,168:0.50:334
chr3	53216051	rs6445568	T	C	887.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=23;PP=645;SC=CCTCTTTTCCTCGGAGAGGCA;SOR=3.334;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=26;TCF=3;TCR=23;TR=26;WE=53216059;WS=53216041;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr3	53217413	rs2306572	A	G	3900.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.896;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=373;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.218;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=73;NR=54;PP=1932;ReadPosRankSum=2.233;SC=CTAGGGGTTGAAGAAGAGGCT;SOR=0.576;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=263;TCF=159;TCR=104;TR=127;WE=53217421;WS=53217403;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:184,187:0.50:371
chr3	53220215	rs2230494	G	A	5859.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.813;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=552;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.102;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=104;NR=94;PP=2941;ReadPosRankSum=-1.437;SC=GCAGAGGAGAGTACTTTGCCA;SOR=0.751;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=373;TCF=193;TCR=180;TR=198;WE=53220223;WS=53220205;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:253,285:0.53:538
chr3	53220444	rs6793352	T	C	3213.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=39;NR=50;PP=2562;SC=GTGTCTCCCCTTCAGGCCACT;SOR=0.992;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=89;TCF=39;TCR=50;TR=89;WE=53220452;WS=53220434;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr3	53220569	rs45596236	G	A	5877.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-2.051;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=548;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.525;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-1.068;NF=120;NR=80;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.212;SC=CCCTCAGTGAGGGAGCCTCCT;SOR=0.628;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=382;TCF=232;TCR=150;TR=200;WE=53220577;WS=53220559;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:250,287:0.53:537
chr3	53220763	rs3830265	GCTCAGAGC	G	5644.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.461;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=325;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.228;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.491;NF=7;NR=67;PP=2939;ReadPosRankSum=0.739;SC=AGGGCTACTGGCTCAGAGCCC;SOR=0.534;SbPval=0.07;Source=Platypus;TC=172;TCF=8;TCR=164;TR=74;WE=53220778;WS=53220753;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:163,148:0.48:311
chr3	53222761	rs2306574	C	T	4515.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-2.228;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=462;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=66;PP=1756;ReadPosRankSum=0.190;SC=CAATGTGCTGCTGGACCGGGA;SOR=0.662;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=259;TCF=118;TCR=141;TR=125;WE=53222769;WS=53222751;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:235,225:0.49:460
chr3	53223286	rs67531107	GCTGGT	G	1688.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.031;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FS=9.359;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.41;ReadPosRankSum=0.434;SOR=0.216;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:42,45:0.52:87
chr3	53223291	rs7630600	T	G	878.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=1.780;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FS=9.359;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.10;ReadPosRankSum=-0.697;SOR=1.638;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:45,42:0.48:87
chr3	53223927	rs1075865	C	G	8228.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=327;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=109;NR=89;PP=2965;SC=TGGGAGTGACCGGAAACATCA;SOR=0.837;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=200;TCF=109;TCR=91;TR=198;WE=53223935;WS=53223917;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,324:1.00:324
chr3	53224002	rs900495	T	C	7534.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=291;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=81;NR=103;PP=2965;SC=TGGAGCCACCTTTCAGGCCCA;SOR=0.843;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=188;TCF=83;TCR=105;TR=184;WE=53224010;WS=53223992;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,284:1.00:284
chr3	53259996	rs3816767	G	A	463.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-1.581;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.305;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=14;PP=287;ReadPosRankSum=-0.360;SC=AGGGTGAGCAGTGGTGGGCCC;SOR=0.133;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=24;TCF=2;TCR=22;TR=16;WE=53260004;WS=53259986;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,20:0.71:28
chr3	53260716	rs2279322	C	T	559.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-0.492;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=3;PP=336;ReadPosRankSum=0.671;SC=GCACGTCCAACGCTCGGCTCT;SOR=0.602;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=50;TCF=39;TCR=11;TR=20;WE=53260724;WS=53260706;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,26:0.48:54
chr3	53263279	rs3736156	A	G	5004.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=0.780;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=493;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.116;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=89;NR=94;PP=2781;ReadPosRankSum=1.241;SC=AGGTGTAAACACCCTGGCTAA;SOR=0.576;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=328;TCF=158;TCR=170;TR=183;WE=53263287;WS=53263269;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:225,257:0.53:482
chr3	53265581	rs17234092	C	T	1522.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.142;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.557;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=27;PP=569;ReadPosRankSum=-0.312;SC=AGACCCAACACGGGAGGACAG;SOR=0.782;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=103;TCF=41;TCR=62;TR=43;WE=53265589;WS=53265571;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:98,80:0.45:178
chr3	53267133	rs6445573	G	C	5901.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=100;NR=61;PP=2965;SC=GTGTCTGGGCGAGGGGTGAAG;SOR=1.122;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=161;TCF=100;TCR=61;TR=161;WE=53267141;WS=53267123;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,220:1.00:220
chr3	53267155	rs2242301	G	A	2797.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.143;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=270;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.939;HP=1;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=37;PP=1326;ReadPosRankSum=-1.373;SC=TGGGGAGGGCGGCTTGTGCAT;SOR=0.631;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=190;TCF=113;TCR=77;TR=90;WE=53267163;WS=53267145;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:132,134:0.50:266
chr3	53274986	rs62255989	C	T	304.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.487;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.019;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=1;PP=232;ReadPosRankSum=0.141;SC=GGGTTGAATACGTGTCCCCAA;SOR=1.480;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=36;TCF=30;TCR=6;TR=14;WE=53274994;WS=53274981;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,14:0.39:36
chr3	53321631	rs9628	A	C	3545.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.825;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=349;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.391;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=65;PP=1944;ReadPosRankSum=0.599;SC=TCTTGGTCAGAACCTGCAAGT;SOR=0.664;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=209;TCF=90;TCR=119;TR=118;WE=53321639;WS=53321621;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:174,169:0.49:343
chr3	53324819	rs201612547	ATGGCAC	A	4494.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=25;NR=51;PP=2978;SC=CCTTACCGGGATGGCACTGGC;SOR=0.905;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=82;TCF=29;TCR=53;TR=76;WE=53324832;WS=53324809;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr3	53324915	rs3732834	A	G	1344.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.737;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=27;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.785;NF=21;NR=30;PP=709;ReadPosRankSum=1.798;SC=AAAGACAGACAGATATAAGAA;SOR=0.685;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=116;TCF=49;TCR=67;TR=51;WE=53324923;WS=53324905;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,69:0.45:155
chr3	53326534	rs34366563	A	G	2703.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.752;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=282;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=47;PP=1302;ReadPosRankSum=-0.048;SC=GACTGAGAACAGGGCTCAACG;SOR=0.717;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=198;TCF=94;TCR=104;TR=87;WE=53326542;WS=53326524;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:148,133:0.47:281
chr3	53346525	.	CT	C	157.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.055;ClippingRankSum=0.000;DP=101;ExcessHet=3.0103;FS=3.030;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.09;ReadPosRankSum=-1.224;SOR=1.284;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,22:0.43:51
chr3	53529013	rs312479	T	A	89.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=3;PP=399;SC=GTTTTTTTTTTAAATCAATTA;SOR=1.981;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=18;TCF=15;TCR=3;TR=17;WE=53529021;WS=53529003;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr3	53529140	rs312480	T	C	3234.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=45;NR=47;PP=2277;SC=CGCCCCCGCCTCAACGCCCAG;SOR=1.727;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=94;TCF=45;TCR=49;TR=92;WE=53529148;WS=53529130;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr3	53685039	rs2276836	T	C	656.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.212;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=0.924;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.66;ReadPosRankSum=-1.653;SOR=0.705;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,36:0.53:68
chr3	53700550	rs2250736	T	C	2653.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.065;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=286;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.439;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=56;PP=1130;ReadPosRankSum=-0.990;SC=GCTGGACAGATGTGCTCTACT;SOR=0.742;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=198;TCF=84;TCR=114;TR=96;WE=53700558;WS=53700540;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:140,137:0.49:277
chr3	53707589	rs10707009	GA	G	332.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.841;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=3.010;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.39;MQRankSum=1.063;QD=6.40;ReadPosRankSum=-0.831;SOR=0.349;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,29:0.56:52
chr3	53744327	rs3774546	C	G	837.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=2.377;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=8;PP=581;ReadPosRankSum=-0.453;SC=CGTGAGGCAACCTGGCTGGCA;SOR=0.665;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=58;TCF=44;TCR=14;TR=31;WE=53744335;WS=53744317;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,35:0.52:67
chr3	53766026	rs2612033	T	C	7198.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=284;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=84;NR=69;PP=2510;SC=CCTCCCAAGATGTCTTTGTCA;SOR=0.789;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=153;TCF=84;TCR=69;TR=153;WE=53766034;WS=53766016;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,281:1.00:281
chr3	53766212	rs2306866	A	T	337.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=0.968;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=10;PP=192;ReadPosRankSum=-0.668;SC=CAGCGTGCACATGAGCTGCTG;SOR=0.507;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=23;TCF=3;TCR=20;TR=12;WE=53766220;WS=53766202;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,15:0.54:28
chr3	53769479	rs1045958	C	T	7315.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.776;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=710;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.521;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=99;NR=114;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.307;SC=TGCTGAGCAGCGCTGCCCTGG;SOR=0.616;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=441;TCF=202;TCR=239;TR=213;WE=53769487;WS=53769469;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:350,354:0.50:704
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chr3	53778875	rs2253795	G	T	1025.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-1.340;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.748;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=31;PP=642;ReadPosRankSum=-0.065;SC=CTCTCCTCCCGGCTGGGCTGG;SOR=0.821;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=87;TCF=26;TCR=61;TR=43;WE=53778883;WS=53778865;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,52:0.47:111
chr3	53779825	rs3821860	A	G	3143.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=2.769;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=307;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.922;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=56;PP=1689;ReadPosRankSum=0.231;SC=GCATTTACTTAACTGCCTGTC;SOR=0.814;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=183;TCF=72;TCR=111;TR=90;WE=53779833;WS=53779815;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:156,145:0.48:301
chr3	53796744	rs3774567	T	C	711.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=5.129;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.028;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=24;PP=496;ReadPosRankSum=0.981;SC=TGCCCTTAAATCTCCACACAC;SOR=1.666;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=68;TCF=7;TCR=61;TR=26;WE=53796752;WS=53796734;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,29:0.39:75
chr3	53806803	rs2278517	G	C	6388.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=108;NR=46;PP=2962;SC=TCAGGCTGTGGCGGGCCGTCA;SOR=1.704;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=155;TCF=109;TCR=46;TR=154;WE=53806825;WS=53806793;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,179:1.00:179
chr3	53806817	rs35146621	G	A	2444.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.803;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=234;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=25;PP=1241;ReadPosRankSum=-1.599;SC=GCCGTCACGGGGACAGCCGGC;SOR=0.673;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=179;TCF=121;TCR=58;TR=77;WE=53806825;WS=53806793;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:119,112:0.48:231
chr3	53814197	rs1829423	G	A	3165.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=27;NR=56;PP=1844;SC=CAGGAAAGGAGAGAGACATCA;SOR=1.371;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=83;TCF=27;TCR=56;TR=83;WE=53814205;WS=53814187;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr3	53856653	rs2241808	C	T	4035.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.822;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=354;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.975;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=87;PP=2102;ReadPosRankSum=1.711;SC=AGGCACAGGCCGCGCTCCACC;SOR=0.550;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=240;TCF=82;TCR=158;TR=138;WE=53856661;WS=53856643;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:156,190:0.55:346
chr3	53857676	rs17053532	C	T	2161.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-2.719;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.673;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=35;PP=876;ReadPosRankSum=0.833;SC=GTGGCCAGTACAGCACGCGGC;SOR=0.576;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=129;TCF=67;TCR=62;TR=71;WE=53857684;WS=53857666;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:97,115:0.54:212
chr3	53857803	rs12676	A	C	2972.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=-1.085;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=304;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.920;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=43;PP=1174;ReadPosRankSum=-0.558;SC=GCTCCCCGCGAGCACGTCCTT;SOR=0.826;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=190;TCF=107;TCR=83;TR=102;WE=53857811;WS=53857793;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:152,147:0.49:299
chr3	53880789	rs2232332	A	G	7924.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=290;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=73;NR=134;PP=2965;SC=CTGCCGGCTCAAGGGGCATGC;SOR=1.244;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=207;TCF=73;TCR=134;TR=207;WE=53880797;WS=53880779;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,286:1.00:286
chr3	53882661	rs2232333	A	G	3764.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.752;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=379;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=4;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.075;NF=70;NR=60;PP=2962;ReadPosRankSum=1.136;SC=GCCGGCTTCAACGTGACGCTT;SOR=0.695;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=259;TCF=141;TCR=118;TR=130;WE=53882681;WS=53882651;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:198,179:0.47:377
chr3	53882663	rs1025690	G	A	4080.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.665;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=385;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.370;HP=1;HapScore=4;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.059;NF=74;NR=57;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.954;SC=CGGCTTCAACGTGACGCTTGG;SOR=0.734;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=261;TCF=144;TCR=117;TR=131;WE=53882681;WS=53882651;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:183,200:0.52:383
chr3	53882673	rs5849009	G	GT	9705.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=392;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=4;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=53;NR=119;PP=2975;SC=GTGACGCTTGGTTTTTTCTCT;SOR=0.807;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=185;TCF=59;TCR=126;TR=172;WE=53882681;WS=53882651;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,373:1.00:373
chr3	53883722	rs1025689	C	G	877.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=-1.036;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=10;PP=280;ReadPosRankSum=-1.667;SC=ATCTAATCCCCGGAGACTTGA;SOR=0.719;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=60;TCF=33;TCR=27;TR=24;WE=53883730;WS=53883712;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,49:0.44:112
chr3	53883910	rs4687751	C	T	456.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-0.277;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=14;PP=242;ReadPosRankSum=-1.525;SC=TCCCCTTCTACGCATAACCAA;SOR=0.531;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=44;TCF=15;TCR=29;TR=22;WE=53883918;WS=53883900;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,23:0.50:46
chr3	53886912	rs3733075	C	T	3999.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.046;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=445;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.522;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=53;PP=1597;ReadPosRankSum=-1.543;SC=CATTTTCCTACATCGGCTTCC;SOR=0.631;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=256;TCF=140;TCR=116;TR=115;WE=53886920;WS=53886902;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:236,203:0.46:439
chr3	53890787	rs3821867	G	A	496.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-1.724;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=4;PP=303;ReadPosRankSum=-0.515;SC=GAGAACTTGGGTTTGTTTCCA;SOR=0.752;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=40;TCF=31;TCR=9;TR=19;WE=53890795;WS=53890777;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,23:0.51:45
chr3	53891097	rs2276840	C	G	183.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.386;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.963;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=6;PP=102;ReadPosRankSum=0.346;SC=GTTGTCCAAACGTGCTGGGCT;SOR=0.180;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=13;TCF=1;TCR=12;TR=7;WE=53891105;WS=53891087;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,9:0.64:14
chr3	53892553	rs13315972	C	T	288.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.468;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=1;PP=251;ReadPosRankSum=-0.367;SC=GTCTTGGGCACGTGGGTCTCG;SOR=0.627;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=28;TCF=27;TCR=1;TR=14;WE=53892561;WS=53892552;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,13:0.48:27
chr3	53892641	rs9840079	T	G	1883.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.887;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=24;PP=1087;ReadPosRankSum=0.749;SC=ACTAGAGGTATGGGCGAAGCC;SOR=0.747;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=112;TCF=70;TCR=42;TR=64;WE=53892649;WS=53892631;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,85:0.56:151
chr3	53905308	rs1046677	T	C	3220.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-2.407;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=303;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=11.214;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=45;PP=1441;ReadPosRankSum=-0.886;SC=CCAGGGCTTTTCCTTCAAACA;SOR=0.347;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=194;TCF=113;TCR=81;TR=93;WE=53905316;WS=53905294;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:138,152:0.52:290
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chr3	53906663	rs2289203	T	C	320.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=3.006;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.946;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=9;PP=192;ReadPosRankSum=0.175;SC=TTCCCTAAGTTAGACTGGGCA;SOR=0.298;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=26;TCF=4;TCR=22;TR=11;WE=53906671;WS=53906653;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,13:0.46:28
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chr3	53912341	rs3733081	C	A	1557.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.825;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.276;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=27;PP=990;ReadPosRankSum=0.476;SC=ATTATGATACCAATAGTGGTG;SOR=0.565;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=135;TCF=85;TCR=50;TR=69;WE=53912349;WS=53912331;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,74:0.46:160
chr3	53915930	rs2276843	C	T	1190.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.209;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=4.399;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.26;ReadPosRankSum=-0.597;SOR=1.877;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,32:0.46:69
chr3	53915937	rs2276844	T	A	1204.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-6.381;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=2.050;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.28;ReadPosRankSum=0.105;SOR=1.352;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,33:0.45:74
chr3	53916130	rs2276845	A	G	7404.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=2.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=864;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=107;NR=113;PP=2962;ReadPosRankSum=2.236;SC=CTGGGTCATTATGGCCGGAGA;SOR=0.684;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=496;TCF=241;TCR=255;TR=220;WE=53916138;WS=53916120;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:486,372:0.43:858
chr3	53921022	rs1020082	T	C	1179.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.222;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FS=2.110;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.31;ReadPosRankSum=-0.343;SOR=0.895;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:76,66:0.46:142
chr3	53921028	rs10440151	T	G	2478.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.739;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FS=1.337;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.58;ReadPosRankSum=0.975;SOR=0.862;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:74,67:0.48:141
chr3	53922620	rs3816144	A	G	2654.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.483;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=302;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.929;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=60;PP=1395;ReadPosRankSum=-1.035;SC=CTTGCCCATTATTCCAAATGG;SOR=0.762;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=211;TCF=75;TCR=136;TR=90;WE=53922628;WS=53922610;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:154,129:0.46:283
chr3	54156724	rs115882849	G	A	195.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=2.198;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=9;NR=1;PP=187;ReadPosRankSum=-0.722;SC=CAGCGGGCGCGTCGGAGGGAG;SOR=0.818;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=18;TCF=16;TCR=2;TR=10;WE=54156732;WS=54156714;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,9:0.53:17
chr3	54157710	rs2290132	A	T	790.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-1.158;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.872;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=23;PP=462;ReadPosRankSum=-1.008;SC=GTGAGCCCCGAGCAGCATCAG;SOR=0.570;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=76;TCF=23;TCR=53;TR=33;WE=54157718;WS=54157700;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,39:0.46:85
chr3	54354510	rs9879885	T	C	6763.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.776;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=271;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=73;NR=86;PP=2935;ReadPosRankSum=-0.911;SC=TAGAAGAAATTGATGGCCTCC;SOR=0.797;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=161;TCF=74;TCR=87;TR=159;WE=54354518;WS=54354500;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,261:0.99:263
chr3	54420721	rs3028846	GT	G	479.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.456;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FS=2.708;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.04;ReadPosRankSum=1.734;SOR=0.558;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:90,68:0.43:158
chr3	54596815	rs9814659	T	C	4064.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.828;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=417;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.738;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=73;NR=54;PP=2061;ReadPosRankSum=0.032;SC=TCTCTCTCTTTCTTTTTTACA;SOR=0.862;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=274;TCF=150;TCR=124;TR=127;WE=54596823;WS=54596805;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:214,195:0.48:409
chr3	54604188	rs2251788	T	C	2988.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=21;NR=76;PP=1883;SC=CTTTTGGTAGTGACTGGTTAA;SOR=2.411;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=97;TCF=21;TCR=76;TR=97;WE=54604196;WS=54604178;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr3	54615971	rs6782115	A	G	1012.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=1.308;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.349;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=19;PP=427;ReadPosRankSum=-0.491;SC=TGATTGTTTCACAATAAATCT;SOR=0.959;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=88;TCF=37;TCR=51;TR=30;WE=54615979;WS=54615961;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,52:0.42:123
chr3	54676441	rs3832224	CA	C	1364.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=0;NR=37;PP=1136;SC=TTCTTGTTTTCAAAAAATGAA;SOR=2.345;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=41;TCF=0;TCR=41;TR=37;WE=54676449;WS=54676431;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr3	54786803	rs73074112	A	G	1154.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-0.076;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.551;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=-1.058;NF=22;NR=27;PP=683;ReadPosRankSum=0.201;SC=TAATTCTAAGATAAAGTCTGG;SOR=0.532;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=102;TCF=40;TCR=62;TR=49;WE=54786811;WS=54786793;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,58:0.54:108
chr3	54786864	rs34310780	G	GT	445.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.28;QD=20.26;SOR=1.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr3	54798258	rs3732748	G	A	12050.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.607;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=471;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=158;NR=135;PP=2965;ReadPosRankSum=0.432;SC=TTTTTACCCAGATCTCCACCT;SOR=0.807;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=297;TCF=159;TCR=138;TR=293;WE=54798266;WS=54798248;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,463:1.00:465
chr3	54913354	rs35536476	CT	C	861.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.692;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FS=2.201;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.57;ReadPosRankSum=1.182;SOR=0.394;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,67:0.74:90
chr3	54919272	rs1405330	A	G	5883.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=99;NR=57;PP=2965;SC=TGGGGGAGTGATACTTATTCA;SOR=1.173;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=156;TCF=99;TCR=57;TR=156;WE=54919280;WS=54919262;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,215:1.00:215
chr3	54919351	rs10510774	A	G	4531.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.599;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=419;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=72;NR=61;PP=2100;ReadPosRankSum=-2.239;SC=TGGCAGATGAATGGTAAGAAT;SOR=0.689;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=258;TCF=141;TCR=117;TR=133;WE=54919359;WS=54919341;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:203,211:0.51:414
chr3	54928487	rs58625954	G	A	4274.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.761;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FS=1.846;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=22.38;ReadPosRankSum=-1.228;SOR=0.552;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:82,109:0.57:191
chr3	54928489	rs58346602	A	T	4274.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.605;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FS=1.172;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=22.62;ReadPosRankSum=-1.778;SOR=0.583;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:79,110:0.58:189
chr3	54928496	rs1526595	T	C	7649.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=85;NR=45;PP=2286;SC=TGAATGTCACTGCCTTAAGTG;SOR=1.135;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=130;TCF=85;TCR=45;TR=130;WE=54928504;WS=54928477;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,209:1.00:209
chr3	54930640	rs79621910	C	G	490.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-2.441;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=3;PP=360;ReadPosRankSum=0.919;SC=AGTGAGGCCCCCTCTATACTG;SOR=1.002;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=35;TCF=30;TCR=5;TR=23;WE=54930648;WS=54930630;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,23:0.64:36
chr3	54930773	rs17253119	A	G	2454.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.665;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=284;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.308;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=42;PP=1306;ReadPosRankSum=0.036;SC=TTTCCACTTCAAGGGACTTCC;SOR=0.524;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=164;TCF=94;TCR=70;TR=88;WE=54930781;WS=54930763;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:149,126:0.46:275
chr3	54934054	rs17253231	A	C	804.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.231;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.996;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=21;PP=458;ReadPosRankSum=-3.070;SC=CATCTCCTTCAAACCAAGACT;SOR=0.527;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=60;TCF=15;TCR=45;TR=27;WE=54934062;WS=54934044;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,37:0.51:72
chr3	54961949	rs4245920	C	T	8399.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=318;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=84;NR=106;PP=2965;SC=GACTGAGTCTCCTTGGGCGTC;SOR=0.864;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=192;TCF=84;TCR=108;TR=190;WE=54961957;WS=54961939;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,315:1.00:315
chr3	54962013	rs56327704	A	C	1655.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.040;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=41;PP=1036;ReadPosRankSum=-1.354;SC=CACGAAGGGCATGGCAGACTC;SOR=0.673;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=104;TCF=31;TCR=73;TR=59;WE=54962021;WS=54962003;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,72:0.57:127
chr3	55003733	rs881820	G	T	5438.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=0.674;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=67;NR=41;PP=2049;ReadPosRankSum=-1.425;SC=GACTTGGATAGCTTGTCCTTA;SOR=0.970;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=110;TCF=68;TCR=42;TR=108;WE=55003741;WS=55003723;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,210:0.99:212
chr3	55003992	rs113492437	T	TA	290.75	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-1.889;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.6745;FS=0.000;HP=13;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=19;PP=221;ReadPosRankSum=0.188;SC=TGGGCCAATCTAAAAAAAAAA;SOR=1.179;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=27;TCF=0;TCR=27;TR=19;WE=55004000;WS=55003982;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,18:0.78:23
chr3	55038898	rs4955827	A	G	6276.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=242;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=58;NR=95;PP=2965;SC=GAAAACAGCCACACATTTCTG;SOR=1.015;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=154;TCF=58;TCR=96;TR=153;WE=55038906;WS=55038888;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,233:1.00:233
chr3	55108055	rs358076	G	A	1008.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.340;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.811;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=16;PP=707;ReadPosRankSum=0.313;SC=TCGTTCTTACGTTAGAGAGGG;SOR=0.547;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=87;TCF=55;TCR=32;TR=40;WE=55108063;WS=55108045;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,44:0.46:96
chr3	55733390	rs4955865	C	T	1454.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-2.949;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=12;PP=754;ReadPosRankSum=-0.155;SC=TGGAGGTAAGCAGCGATGAAA;SOR=0.754;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=87;TCF=61;TCR=26;TR=45;WE=55733398;WS=55733386;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,63:0.55:115
chr3	55989276	.	TTGTGTGTGTGTGTG	T,TTG	6264.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=290;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.30;QD=39.65;SOR=2.531;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:0,39,119:0.25,0.75:158
chr3	56037241	rs35658351	CA	C	4197.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=1.270;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.552;HP=6;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=89;PP=2967;ReadPosRankSum=-0.075;SC=ATTAGCTCAACAAAATCCATG;SOR=2.286;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=93;TCF=2;TCR=91;TR=91;WE=56037257;WS=56037231;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,145:0.99:147
chr3	56037249	rs34984094	A	AG	6506.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=2;NR=90;PP=2957;SC=AACAAAATCCATGCATTCGCA;SOR=2.439;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=92;TCF=2;TCR=90;TR=92;WE=56037257;WS=56037231;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,142:1.00:142
chr3	56469007	rs201465789	T	C	2351.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.552;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.538;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=51;PP=1294;ReadPosRankSum=-0.303;SC=ACCTTCCAGATTGGTGATTGT;SOR=0.642;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=135;TCF=37;TCR=98;TR=71;WE=56469015;WS=56468997;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:98,106:0.52:204
chr3	56591178	rs73079891	A	G	1246.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=2.703;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.977;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-2.134;NF=27;NR=11;PP=675;ReadPosRankSum=1.751;SC=CGGCACCCCTATATCCAATTG;SOR=0.487;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=69;TCF=50;TCR=19;TR=38;WE=56591186;WS=56591168;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,50:0.60:84
chr3	56591278	rs150150392	T	TGGGGTAAGCA	8537.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=20;NR=48;PP=2979;SC=GCCATGAACTTGGGGTAAGCA;SOR=0.766;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=75;TCF=21;TCR=54;TR=68;WE=56591286;WS=56591268;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,199:1.00:199
chr3	56593543	rs12486047	C	A	1377.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=27;NR=14;PP=834;SC=TCTTGCATTACCACCTTAGTA;SOR=1.390;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=27;TCR=14;TR=41;WE=56593551;WS=56593533;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr3	56593680	rs11130525	T	C	2702.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=35;NR=44;PP=1447;SC=GTTTTATTTATAGTGGTTAGA;SOR=0.876;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=79;TCF=35;TCR=44;TR=79;WE=56593688;WS=56593670;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr3	56595153	rs17825529	T	C	708.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=1.610;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.601;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=16;PP=468;ReadPosRankSum=2.665;SC=GATTGTATGTTATTCCTACCC;SOR=0.951;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=57;TCF=26;TCR=31;TR=27;WE=56595161;WS=56595143;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,31:0.44:70
chr3	56597688	rs6781293	A	G	541.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.329;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=4;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=4;PP=658;ReadPosRankSum=-0.405;SC=AGTTATAAAGAATAAGCTTCT;SOR=0.818;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=31;TCF=22;TCR=9;TR=15;WE=56597701;WS=56597678;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,26:0.52:50
chr3	56597693	rs71309962	G	C	521.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.596;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=5;PP=577;ReadPosRankSum=0.336;SC=TAAAGAATAAGCTTCTGGTGT;SOR=0.693;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=31;TCF=21;TCR=10;TR=16;WE=56597701;WS=56597678;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,26:0.50:52
chr3	56597954	rs6769055	C	T	9116.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=337;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=143;NR=85;PP=2965;SC=CACCTGCAACCCCTAATATGC;SOR=1.154;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=231;TCF=144;TCR=87;TR=228;WE=56597962;WS=56597944;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,327:1.00:327
chr3	56599159	rs73081810	T	C	5011.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.513;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;MQRankSum=0.152;NF=47;NR=60;PP=2045;ReadPosRankSum=0.261;SC=TTTGATATTATAGCTGGGCAT;SOR=0.799;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=109;TCF=48;TCR=61;TR=107;WE=56599167;WS=56599149;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,196:0.99:198
chr3	56599208	rs55831745	G	C	2724.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=0.906;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=41;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.210;NF=18;NR=39;PP=1201;ReadPosRankSum=0.284;SC=TGATTTCACAGCTAAATAAGA;SOR=1.212;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=60;TCF=19;TCR=41;TR=57;WE=56599216;WS=56599198;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,102:0.98:104
chr3	56599258	rs10687224	G	GTATT	1385.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.456;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=40;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.348;NF=1;NR=22;PP=1232;ReadPosRankSum=-0.459;SC=CAAGATATTTGTATTCCCCTT;SOR=1.127;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=30;TCF=3;TCR=27;TR=23;WE=56599266;WS=56599248;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,33:0.97:34
chr3	56600608	rs78488477	A	G	379.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=0.962;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=3;PP=242;ReadPosRankSum=1.139;SC=TAAAACATGTATTTTACCTCC;SOR=0.483;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=23;TCF=19;TCR=4;TR=15;WE=56600616;WS=56600598;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,17:0.57:30
chr3	56601175	rs112310084	T	C	1050.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=7;NR=18;PP=560;SC=ATACCAGCACTTTGGGAAGCC;SOR=1.493;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=7;TCR=18;TR=25;WE=56601183;WS=56601165;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr3	56605404	rs139586078	TA	T	79.79	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.469;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5082;FS=0.000;HP=11;HapScore=4;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=7;PP=81;ReadPosRankSum=0.035;SC=TAAAGCTTATTAAAAAAAAAA;SOR=0.368;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=14;TCF=1;TCR=13;TR=8;WE=56605424;WS=56605394;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,7:0.78:9
chr3	56627048	rs1388256	A	G	1853.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.87;SOR=0.910;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr3	56627598	rs1491170	A	G	8329.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=328;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=122;NR=87;PP=2965;SC=CTGTTCTCTCAGTCAACACAC;SOR=0.924;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=209;TCF=122;TCR=87;TR=209;WE=56627606;WS=56627588;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,324:1.00:324
chr3	56628031	rs7637449	G	A	18030.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.645;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=694;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=181;NR=237;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.345;SC=CGAGACAGACGACGACAAAAA;SOR=0.883;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=420;TCF=182;TCR=238;TR=418;WE=56628039;WS=56628021;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,686:1.00:688
chr3	56674190	rs1489949	A	C	2249.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=21;NR=45;PP=1349;SC=GAATAGCTTTATTTCCAATTC;SOR=1.497;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=67;TCF=21;TCR=46;TR=66;WE=56674198;WS=56674180;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr3	56700180	rs34101168	TA	T	80.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.351;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.19;MQRankSum=1.642;QD=1.47;ReadPosRankSum=0.501;SOR=0.874;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:40,15:0.27:55
chr3	56763316	rs1565376	G	A	2574.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.863;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=224;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.230;HP=2;HapScore=4;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=26;PP=2962;ReadPosRankSum=0.897;SC=TACTTTCACCGTGCCTGCTGT;SOR=0.444;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=169;TCF=126;TCR=43;TR=91;WE=56763336;WS=56763306;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:100,120:0.55:220
chr3	56763328	rs1565377	T	C	3045.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.268;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=274;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.198;HP=2;HapScore=4;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=73;NR=30;PP=2962;ReadPosRankSum=1.734;SC=GCCTGCTGTTTCCACAGGAAG;SOR=0.557;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=202;TCF=147;TCR=55;TR=103;WE=56763336;WS=56763306;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:130,138:0.51:268
chr3	56771251	rs3772219	A	C	1417.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.018;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FS=0.546;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.71;ReadPosRankSum=0.077;SOR=0.634;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:106,78:0.42:184
chr3	56785556	rs6792241	C	T	1009.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.004;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.807;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=27;PP=621;ReadPosRankSum=2.511;SC=TCCCATAAAGCTGCAGAAACA;SOR=0.558;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=76;TCF=22;TCR=54;TR=40;WE=56785564;WS=56785546;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,47:0.47:99
chr3	56787451	rs3821412	C	T	2988.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.015;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=275;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.029;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=42;PP=1299;ReadPosRankSum=0.357;SC=ACAGTTCTCACGAAGCACCAC;SOR=0.722;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=153;TCF=77;TCR=76;TR=89;WE=56787459;WS=56787441;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:126,146:0.54:272
chr3	56787692	rs2276720	A	G	233.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=1.216;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.8374;FS=3.736;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=8;PP=151;ReadPosRankSum=-1.351;SC=CCAAATTTACATATTTAAGTA;SOR=2.494;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=8;WE=56787700;WS=56787682;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,10:0.77:13
chr3	56807854	rs374677472	TA	T	158.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.141;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FS=2.134;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.08;MQRankSum=1.826;QD=1.38;ReadPosRankSum=0.817;SOR=1.091;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:83,32:0.28:115
chr3	56835761	rs3732508	G	A	9307.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.488;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=348;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=146;NR=93;PP=2965;ReadPosRankSum=0.494;SC=CGCTGGCCGGGGGTAGCTCCA;SOR=0.610;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=242;TCF=148;TCR=94;TR=239;WE=56835769;WS=56835751;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,340:0.99:343
chr3	56932708	rs7633179	G	A	1896.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=40;PP=1257;SC=AAGGAGGGAAGCCAATAAAGA;SOR=1.644;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=57;TCF=17;TCR=40;TR=57;WE=56932716;WS=56932698;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr3	56993031	rs4626067	C	T	1359.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.101;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.813;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=37;PP=841;ReadPosRankSum=0.512;SC=ATGGCCCAAACAAGGTGGATG;SOR=1.079;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=116;TCF=47;TCR=69;TR=58;WE=56993039;WS=56993021;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,68:0.44:156
chr3	57011234	rs13080107	T	C	2698.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.854;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=321;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.731;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=37;PP=1092;ReadPosRankSum=0.889;SC=TTTTTCTGGCTGCCTAATCCA;SOR=0.520;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=211;TCF=128;TCR=83;TR=87;WE=57011242;WS=57011224;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:179,138:0.44:317
chr3	57131529	rs6764188	A	C	15570.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=583;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=195;NR=161;PP=2965;SC=ATTGCCCAATAAGTTGGCACC;SOR=0.806;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=357;TCF=196;TCR=161;TR=356;WE=57131537;WS=57131519;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,579:1.00:579
chr3	57132200	rs2291462	A	G	10228.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=381;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=107;NR=138;PP=2965;SC=CGGGAGTGCAAGTGGGAACAG;SOR=0.860;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=245;TCF=107;TCR=138;TR=245;WE=57132208;WS=57132190;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,373:1.00:373
chr3	57137090	rs2247656	A	G	9435.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=370;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=133;NR=92;PP=2965;SC=AGTAGTCTAGAGCCAAATTTC;SOR=0.960;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=228;TCF=133;TCR=95;TR=225;WE=57137098;WS=57137080;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,352:1.00:352
chr3	57138419	rs6780995	G	A	7164.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=274;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=95;NR=82;PP=2965;SC=GCAGCTGGTCGTCTCTGTAGT;SOR=0.801;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=177;TCF=95;TCR=82;TR=177;WE=57138427;WS=57138409;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,270:1.00:270
chr3	57139833	rs1545982	G	A	1044.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=18;NR=9;PP=574;SC=CCAGTGGCCTGGGGGTCGCTT;SOR=1.329;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=27;TCF=18;TCR=9;TR=27;WE=57139841;WS=57139823;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr3	57139972	rs1545981	A	G	4547.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=86;NR=45;PP=2341;SC=TGTGCGGTGCATGGTCGAAGG;SOR=1.342;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=132;TCF=87;TCR=45;TR=131;WE=57139980;WS=57139962;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,175:1.00:175
chr3	57140108	rs2035654	G	A	12382.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=473;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=131;NR=129;PP=2965;SC=GATACTTTGAGACTTGATAGA;SOR=0.723;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=261;TCF=132;TCR=129;TR=260;WE=57140116;WS=57140098;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,469:1.00:469
chr3	57148968	rs11916303	C	A	627.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=16;PP=441;SC=AAAGATGTGTCCCTCAAAAGC;SOR=2.303;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=4;TCR=16;TR=20;WE=57148976;WS=57148958;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr3	57203398	rs4299455	C	A	1692.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=7;NR=44;PP=1170;SC=GAGACTGTCACCACCTCCCCC;SOR=2.872;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=51;TCF=7;TCR=44;TR=51;WE=57203406;WS=57203388;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr3	57314594	rs62251997	A	G	655.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=18;PP=464;SC=CCAAAAAGCAATTAGTGAGCA;SOR=2.833;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=3;TCR=18;TR=21;WE=57314602;WS=57314584;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr3	57327763	.	G	GT	955.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.009;ClippingRankSum=0.000;DP=159;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.07;MQRankSum=1.147;QD=6.50;ReadPosRankSum=-0.298;SOR=0.746;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:78,69:0.47:147
chr3	57335705	rs6147834	TACACAC	T,TACAC	2036.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;QD=30.86;SOR=2.215;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:0,43,23:0.65,0.35:66
chr3	57414097	rs17793014	T	A	1301.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=26;NR=13;PP=748;SC=GAGGCACATATTTAAAATAAT;SOR=1.298;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=39;TCF=26;TCR=13;TR=39;WE=57414105;WS=57414087;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr3	57414330	rs11915740	C	A	1871.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=35;NR=21;PP=1245;SC=AACAAAGAAACTTGAATAGGT;SOR=1.196;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=57;TCF=36;TCR=21;TR=56;WE=57414338;WS=57414320;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr3	57419497	rs6773904	C	T	8638.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=328;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=80;NR=100;PP=2965;SC=GTTAGCGTATCCGCCAGCACA;SOR=0.823;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=180;TCF=80;TCR=100;TR=180;WE=57419505;WS=57419487;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,326:1.00:326
chr3	57422824	rs4234394	A	G	1962.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.16;SOR=0.914;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr3	57430988	rs6768943	G	A	5263.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=67;NR=43;PP=2128;SC=TTCCATAGTCGTAATGAAATT;SOR=0.941;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=110;TCF=67;TCR=43;TR=110;WE=57430996;WS=57430978;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,196:1.00:196
chr3	57431740	rs139063171	ATAAATAAATAAT	A	7411.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=63.54;QD=39.85;SOR=1.380;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,186:1.00:186
chr3	57431985	rs2121743	G	A	11922.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.346;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=467;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=91;NR=168;PP=2965;ReadPosRankSum=0.879;SC=GAAGAAGCCAGTCCTTTAAAA;SOR=0.652;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=260;TCF=91;TCR=169;TR=259;WE=57431993;WS=57431975;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,454:0.99:457
chr3	57432064	rs2121742	C	T	3541.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=27;NR=81;PP=2454;SC=AAAACAAATACCTAATATTTT;SOR=2.061;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=108;TCF=27;TCR=81;TR=108;WE=57432072;WS=57432054;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr3	57443817	rs6768661	T	C	2426.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=21;NR=31;PP=1140;SC=AATTGATTATTTATCATACCG;SOR=0.917;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=52;TCF=21;TCR=31;TR=52;WE=57443825;WS=57443807;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr3	57456093	rs35152693	C	CA	566.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.891;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=20.24;ReadPosRankSum=-0.868;SOR=1.244;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,27:0.96:28
chr3	57456371	rs9871422	T	C	2163.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=31;PP=1085;SC=ATACTGAAAGTAAATAAGTTT;SOR=1.270;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=43;TCF=12;TCR=31;TR=43;WE=57456379;WS=57456361;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr3	57457123	rs6445886	C	T	2369.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=50;NR=18;PP=1434;SC=TTTTTCTATACTTTTAAATTT;SOR=1.721;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=68;TCF=50;TCR=18;TR=68;WE=57457131;WS=57457113;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr3	57469053	rs9826084	A	C	1541.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=37;NR=13;PP=1047;SC=CCATGAAAATAATATTTCACA;SOR=1.981;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=50;TCF=37;TCR=13;TR=50;WE=57469061;WS=57469043;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr3	57469097	rs9863860	C	T	3040.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=45;NR=29;PP=1467;SC=AATTAAAATTCCTTACCTGGA;SOR=1.035;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=74;TCF=45;TCR=29;TR=74;WE=57469105;WS=57469087;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr3	57469272	rs9864150	C	T	1941.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=21;NR=39;PP=1181;SC=AGACTTATGGCAATTAATGTT;SOR=1.418;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=60;TCF=21;TCR=39;TR=60;WE=57469280;WS=57469262;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr3	57475351	rs6806444	T	G	3486.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=3.825;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FS=1.668;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=23.25;ReadPosRankSum=-0.413;SOR=0.348;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:6,144:0.96:150
chr3	57488279	rs10662782	T	TTTC	4274.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=66;PP=1385;SC=ATGTAGATCTTTTTTTTTTTC;SOR=2.016;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=76;TCF=5;TCR=71;TR=71;WE=57488288;WS=57488269;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr3	57494915	rs115576589	G	T	1623.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.273;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.988;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=21;PP=744;ReadPosRankSum=-1.331;SC=CGATTTAACTGGTGGTTTCAC;SOR=0.634;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=72;TCF=35;TCR=37;TR=46;WE=57494923;WS=57494905;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,76:0.54:141
chr3	57509103	rs6768974	T	C	355.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.41;SOR=0.976;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr3	57542173	rs2241988	C	T	5524.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.971;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=87;NR=47;PP=2667;ReadPosRankSum=-0.019;SC=GAAGCTGAGCCGGGCTGAAGC;SOR=1.231;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=135;TCF=87;TCR=48;TR=134;WE=57542181;WS=57542163;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,200:0.99:202
chr3	57558077	rs188349645	C	T	593.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=0.712;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.347;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=15;PP=329;ReadPosRankSum=-1.233;SC=ATATATAACACCAGTGTTTAA;SOR=1.194;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=38;TCF=10;TCR=28;TR=19;WE=57558085;WS=57558067;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,28:0.47:59
chr3	57569580	rs199895622	T	C	51.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.674;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=50;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=0;PP=25;ReadPosRankSum=-0.598;SC=CTTTAGAGCATGAAACCCACA;SOR=2.093;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=5;TCR=1;TR=3;WE=57569588;WS=57569572;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,3:0.50:6
chr3	57582718	rs57877028	GAAA	G	11088.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=258;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=56;NR=57;PP=2979;SC=GCGGGCGGAGGAAAAAAACAG;SOR=1.326;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=126;TCF=59;TCR=67;TR=113;WE=57582728;WS=57582708;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,251:1.00:251
chr3	57627500	rs9873675	T	C	3637.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=25;NR=65;PP=2065;SC=CAAAACAAAATAAAAAAGGTG;SOR=1.485;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=90;TCF=25;TCR=65;TR=90;WE=57627508;WS=57627490;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,129:1.00:129
chr3	57627580	rs9816093	A	C	714.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=3;NR=19;PP=587;SC=ACACAGATTGATTTTTCCTTT;SOR=3.352;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=3;TCR=19;TR=22;WE=57627588;WS=57627570;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr3	57827265	rs116002844	A	G	361.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.135;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.341;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=14;PP=284;ReadPosRankSum=-0.278;SC=TTCAGTTTAAATTGCTTCTTT;SOR=1.508;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=25;TCF=2;TCR=23;TR=15;WE=57827273;WS=57827255;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,15:0.54:28
chr3	57882601	rs17058639	C	T	5184.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=69;NR=57;PP=2368;SC=TCTCTGTAGACGCCCAAATGG;SOR=0.833;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=126;TCF=69;TCR=57;TR=126;WE=57882609;WS=57882591;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,197:1.00:197
chr3	57912865	rs75226124	C	CA	815.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=2;PP=709;SC=TGCACTCCCTCACTTTTTTTT;SOR=3.258;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=13;TCR=2;TR=15;WE=57912873;WS=57912855;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr3	57994719	rs1658338	T	A	5048.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=16;NR=132;PP=2965;SC=CAGGGGTGGGTTATAGGGGGC;SOR=3.794;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=148;TCF=16;TCR=132;TR=148;WE=57994727;WS=57994709;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,165:1.00:165
chr3	58062611	rs75423436	C	A	617.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-4.058;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.747;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=3;PP=475;ReadPosRankSum=0.101;SC=CTGTTTTTGTCCTCAAATGTT;SOR=0.392;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=52;TCF=47;TCR=5;TR=26;WE=58062619;WS=58062601;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,26:0.49:53
chr3	58063123	rs115199080	G	A	1004.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-0.496;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.109;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=36;PP=815;ReadPosRankSum=-0.711;SC=TTTGATTAGCGTATTTCTCCA;SOR=0.213;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=79;TCF=4;TCR=75;TR=39;WE=58063131;WS=58063113;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,40:0.51:79
chr3	58080505	rs7644723	G	T	882.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.841;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.826;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=10;PP=519;ReadPosRankSum=0.977;SC=TGCAGTGGGCGATGGCTCATG;SOR=0.473;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=71;TCF=53;TCR=18;TR=34;WE=58080513;WS=58080495;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,42:0.46:92
chr3	58081888	rs1522384	T	C	2629.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-0.736;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=245;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=28;PP=748;ReadPosRankSum=2.404;SC=CCCCTGACAGTGACAAGAACA;SOR=0.718;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=118;TCF=63;TCR=55;TR=60;WE=58081896;WS=58081878;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:112,132:0.54:244
chr3	58083446	rs939882	G	A	803.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.453;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=8;PP=399;ReadPosRankSum=-1.989;SC=ATCATGGGAGGGTAGGAGAGG;SOR=0.593;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=38;TCF=27;TCR=11;TR=25;WE=58083454;WS=58083436;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,37:0.62:60
chr3	58089516	rs6445945	A	G	316.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=3.195;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.740;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=0;PP=230;ReadPosRankSum=2.332;SC=TAGCTTTGAAATAATCTCCCA;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=13;TCR=1;TR=10;WE=58089524;WS=58089508;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,11:0.73:15
chr3	58089594	rs3215311	GT	G	1249.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.503;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.163;HP=6;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.964;NF=11;NR=13;PP=805;ReadPosRankSum=0.461;SC=TTTATGTTTTGTTCAGTGTGG;SOR=0.404;SbPval=0.22;Source=Platypus;TC=47;TCF=27;TCR=20;TR=24;WE=58089602;WS=58089584;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,42:0.53:79
chr3	58089877	rs1522386	A	G	457.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.186;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=1.106;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.16;ReadPosRankSum=-0.840;SOR=0.483;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,22:0.44:50
chr3	58090735	rs79200672	A	G	3041.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=5.212;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=332;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.426;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=34;PP=1639;ReadPosRankSum=1.110;SC=GTGCAAAGGAACTGCAGCTTA;SOR=0.937;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=213;TCF=132;TCR=81;TR=97;WE=58090743;WS=58090725;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:171,144:0.46:315
chr3	58179028	rs3732630	T	C	3792.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.317;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=351;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=73;NR=39;PP=1982;ReadPosRankSum=-0.552;SC=CTAACTCATCTTTCCAGGACA;SOR=0.713;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=206;TCF=135;TCR=71;TR=112;WE=58179036;WS=58179018;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:170,177:0.51:347
chr3	58179318	rs9812109	C	T	432.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-3.355;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.719;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=17;PP=310;ReadPosRankSum=-0.835;SC=CCTGTGACCCCAAAGGACAGT;SOR=1.186;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=44;TCF=7;TCR=37;TR=19;WE=58179326;WS=58179308;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,20:0.45:44
chr3	58186911	rs4234389	A	G	1019.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.181;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.576;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=28;PP=664;ReadPosRankSum=0.312;SC=GAGGGAAACCAGCTGTCCCCT;SOR=1.016;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=83;TCF=32;TCR=51;TR=43;WE=58186919;WS=58186901;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,49:0.46:106
chr3	58191266	rs2070117	C	T	3314.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.773;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=363;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.742;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=49;PP=1589;ReadPosRankSum=-0.773;SC=CATAGTTGTACGTTATGCCTC;SOR=0.805;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=244;TCF=132;TCR=112;TR=111;WE=58191274;WS=58191256;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:190,164:0.46:354
chr3	58191433	rs9311671	G	A	2127.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.608;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.856;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=50;PP=1264;ReadPosRankSum=0.249;SC=TCCAATGAGAGGAGCCACCAT;SOR=0.847;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=146;TCF=49;TCR=97;TR=75;WE=58191441;WS=58191423;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:91,97:0.52:188
chr3	58270963	rs6774235	T	C	1148.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.276;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.466;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=22;PP=865;ReadPosRankSum=-0.397;SC=TGAATGTCTCTTTGGGCCCCT;SOR=0.853;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=105;TCF=54;TCR=51;TR=48;WE=58270971;WS=58270953;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,52:0.44:118
chr3	58296208	rs28502788	A	T	1069.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-1.760;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.60;ReadPosRankSum=1.709;SOR=0.707;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:119,72:0.38:191
chr3	58296209	rs59232688	CT	C	939.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-1.063;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.50;ReadPosRankSum=0.108;SOR=0.687;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:100,71:0.42:171
chr3	58302404	rs2292674	A	T	1030.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=1.855;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.194;HP=6;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=26;PP=648;ReadPosRankSum=0.632;SC=ATGAGAATAAATTTTTTGTTG;SOR=0.409;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=67;TCF=14;TCR=53;TR=35;WE=58302412;WS=58302394;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,44:0.52:85
chr3	58302586	rs17059171	A	G	2143.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.438;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=21;PP=1080;ReadPosRankSum=-2.203;SC=CCTTAGTTGAAGTTCATTTTG;SOR=0.712;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=141;TCF=93;TCR=48;TR=67;WE=58302594;WS=58302576;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:92,101:0.52:193
chr3	58318570	rs78578590	A	C	248.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-1.742;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=2;PP=125;ReadPosRankSum=1.998;SC=GGCCGTGGGAAGGGCGGCGCT;SOR=0.631;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=19;TCF=15;TCR=4;TR=10;WE=58318578;WS=58318562;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,12:0.57:21
chr3	58318677	rs77825960	A	G	1180.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.368;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FS=2.684;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.05;ReadPosRankSum=2.365;SOR=0.441;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,57:0.58:98
chr3	58319152	rs71311853	C	T	1681.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.063;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FS=3.906;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.34;ReadPosRankSum=-1.731;SOR=1.121;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:52,45:0.46:97
chr3	58319159	rs71311854	G	A	1802.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.325;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FS=2.561;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.17;ReadPosRankSum=-2.655;SOR=0.999;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:53,52:0.50:105
chr3	58351660	rs111264652	C	CT	277.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.551;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=1.387;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.39;MQRankSum=1.146;QD=6.46;ReadPosRankSum=0.034;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,22:0.51:43
chr3	58355273	rs9867320	G	C	2516.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=25;NR=35;PP=997;SC=GGCTGGAGTCGGGGCACGGTG;SOR=0.963;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=60;TCF=25;TCR=35;TR=60;WE=58355281;WS=58355263;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr3	58368449	rs11917591	T	C	2317.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.747;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=267;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.700;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=40;PP=1227;ReadPosRankSum=0.349;SC=AATCTGTGAATTATGGTCACA;SOR=0.547;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=147;TCF=66;TCR=81;TR=78;WE=58368457;WS=58368439;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:147,117:0.44:264
chr3	58376992	rs11923253	G	A	2491.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.483;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=267;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.937;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=41;PP=1125;ReadPosRankSum=1.625;SC=ACTTTAGATGGGTTAATGAAA;SOR=0.634;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=160;TCF=70;TCR=90;TR=76;WE=58377000;WS=58376982;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:138,125:0.48:263
chr3	58381287	rs13315871	G	A	1689.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=3.719;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=14;PP=1074;ReadPosRankSum=0.079;SC=CATCTCTGGCGCCCCTAGCCT;SOR=0.708;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=136;TCF=106;TCR=30;TR=66;WE=58381295;WS=58381277;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,76:0.49:155
chr3	58382846	rs3191903	C	T	2123.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.032;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=283;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.444;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=35;PP=999;ReadPosRankSum=0.570;SC=GGGACACTTGCCGGCTGCTGG;SOR=0.747;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=158;TCF=79;TCR=79;TR=67;WE=58382854;WS=58382836;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:164,113:0.41:277
chr3	58383048	rs11710058	G	A	237.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.761;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=9;PP=145;ReadPosRankSum=-1.042;SC=GGCCTTGCCCGTCAGCCCTTG;SOR=0.437;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=20;TCF=3;TCR=17;TR=11;WE=58383056;WS=58383038;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,11:0.55:20
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chr3	58394835	rs9864824	C	T	1188.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-2.578;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.893;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=31;PP=713;ReadPosRankSum=0.872;SC=TTTAAGCATACTTACTCTCAG;SOR=0.511;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=73;TCF=16;TCR=57;TR=41;WE=58394843;WS=58394825;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,52:0.56:93
chr3	58394850	rs56232415	C	T	682.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.043;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.029;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=24;PP=499;ReadPosRankSum=-0.579;SC=TCTCAGCCAGCCTTTAGGCTA;SOR=1.813;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=62;TCF=12;TCR=50;TR=27;WE=58394858;WS=58394840;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,30:0.42:72
chr3	58395490	rs140856155	G	GT	2583.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.681;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=5.673;HP=7;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.235;NF=4;NR=83;PP=1322;ReadPosRankSum=0.638;SC=CTGGGGTGCAGTTTTTTTGGG;SOR=2.282;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=100;TCF=4;TCR=96;TR=87;WE=58395509;WS=58395480;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,113:0.97:117
chr3	58395501	rs34734687	G	GA	2079.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.697;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=79;PP=1173;ReadPosRankSum=1.680;SC=TTTTTTTGGGGAAAAAAAAAG;SOR=1.154;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=86;TCF=5;TCR=81;TR=83;WE=58395509;WS=58395480;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:5,94:0.95:99
chr3	58395863	rs56384862	A	G	4649.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.015;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=492;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=72;NR=93;PP=2498;ReadPosRankSum=0.730;SC=CATTCAGCGAAGTACAGCAAC;SOR=0.655;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=321;TCF=138;TCR=183;TR=165;WE=58395871;WS=58395853;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:249,230:0.48:479
chr3	58398447	rs62258134	C	T	303.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=1.334;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=4;PP=199;ReadPosRankSum=1.369;SC=GGACCCTGCACCAGAGTAAAA;SOR=0.763;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=21;TCF=15;TCR=6;TR=13;WE=58398455;WS=58398437;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,15:0.47:32
chr3	58398466	rs12635366	C	T	942.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=16;NR=7;PP=428;SC=AAGCCTGTCACTGGGTCCGGT;SOR=1.432;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=24;TCF=17;TCR=7;TR=23;WE=58398474;WS=58398456;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr3	58398730	rs13071688	G	A	1089.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-1.262;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=28;PP=635;ReadPosRankSum=-1.318;SC=CTTCCTGTCCGCCAACAGGAG;SOR=0.624;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=85;TCF=28;TCR=57;TR=43;WE=58398738;WS=58398720;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,53:0.46:114
chr3	58398813	rs13071422	A	G	774.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=22;PP=603;SC=TCTCAAGAGAAATCAGTGGGA;SOR=3.528;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=26;TCF=4;TCR=22;TR=24;WE=58398821;WS=58398803;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr3	58409126	rs6767498	C	A	1841.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=40;NR=14;PP=1190;SC=GTATTGCTATCTTTGAGCATT;SOR=1.758;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=54;TCF=40;TCR=14;TR=54;WE=58409134;WS=58409116;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr3	58409258	.	C	T	3508.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.504;ClippingRankSum=0.000;DP=355;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.983;HP=1;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=53;PP=1493;ReadPosRankSum=-1.046;SC=TAACCCATACCTGTCACACTT;SOR=0.556;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=209;TCF=112;TCR=97;TR=101;WE=58409266;WS=58409248;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:177,175:0.50:352
chr3	58409300	rs35853090	G	GTT	6398.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.075;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=394;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.149;HP=3;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQ=60.03;MQRankSum=1.037;NF=18;NR=53;PP=2964;ReadPosRankSum=-0.638;SC=TGAGTATTGTGTTGGTGATTC;SOR=0.663;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=145;TCF=32;TCR=113;TR=71;WE=58409308;WS=58409290;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:198,186:0.48:384
chr3	58409361	rs3196769	A	T	2176.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.336;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.086;HP=3;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQ=60.05;MQRankSum=-1.005;NF=25;NR=45;PP=1161;ReadPosRankSum=-0.693;SC=CCTGTTACTTATCACAACTCA;SOR=0.785;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=137;TCF=51;TCR=86;TR=70;WE=58409369;WS=58409351;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:102,105:0.51:207
chr3	58410554	rs34579268	C	T	2718.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.743;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=306;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.431;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=32;PP=1314;ReadPosRankSum=0.582;SC=AGCACCGAGGCACCTGCCCAG;SOR=0.736;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=200;TCF=130;TCR=70;TR=95;WE=58410562;WS=58410544;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:158,139:0.47:297
chr3	58415567	rs4585221	C	T	2854.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.519;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=321;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.877;HP=3;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=49;PP=1376;ReadPosRankSum=0.990;SC=CAGGTTGAAACTGAAGATGCT;SOR=0.587;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=203;TCF=93;TCR=110;TR=95;WE=58415575;WS=58415557;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:167,143:0.46:310
chr3	58415590	rs2070662	C	A	8066.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.245;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=308;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=84;NR=109;PP=2965;ReadPosRankSum=0.782;SC=ACCACTGTGCCGCCAGCTGTG;SOR=0.489;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=196;TCF=85;TCR=111;TR=193;WE=58415598;WS=58415580;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,296:0.99:299
chr3	58416535	rs1126551	C	T	2764.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.309;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=263;ExcessHet=3.0103;FS=1.496;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.72;ReadPosRankSum=0.172;SOR=0.601;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:128,130:0.50:258
chr3	58416538	rs4264746	T	C	9423.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=270;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=35.56;SOR=0.953;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,265:1.00:265
chr3	58416770	rs138623728	T	TTTA	930.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.763;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=3.675;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.99;MQRankSum=2.170;QD=19.39;ReadPosRankSum=1.203;SOR=0.242;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,26:0.54:48
chr3	58417416	rs62259772	C	T	1059.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.164;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.637;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=9;PP=464;ReadPosRankSum=-0.241;SC=TGGACACTAACAGACATGCCC;SOR=1.058;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=78;TCF=52;TCR=26;TR=34;WE=58417424;WS=58417406;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,52:0.48:109
chr3	58484521	rs9853873	T	C	4877.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.454;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=433;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.742;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=71;PP=1939;ReadPosRankSum=-1.254;SC=TGAGTGCTTCTTGGAGATGCA;SOR=0.795;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=243;TCF=103;TCR=140;TR=118;WE=58484529;WS=58484511;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:192,234:0.55:426
chr3	58494546	rs11716125	G	C	1027.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=0.241;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=8;PP=646;ReadPosRankSum=-0.701;SC=AATTAAAATGGGAGAACATGA;SOR=0.822;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=69;TCF=55;TCR=14;TR=39;WE=58494554;WS=58494536;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,44:0.52:84
chr3	58512237	rs1127745	A	G	2705.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=3.095;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=306;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.875;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=35;PP=1262;ReadPosRankSum=1.064;SC=CCTCGTAGGTACAGGAGGCCG;SOR=0.756;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=173;TCF=95;TCR=78;TR=82;WE=58512245;WS=58512227;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:168,135:0.45:303
chr3	58512375	rs1127743	T	C	1219.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.057;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=32;PP=603;ReadPosRankSum=1.787;SC=CCGTGCTCAGTGCGTGGAGCT;SOR=0.660;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=89;TCF=32;TCR=57;TR=51;WE=58512383;WS=58512365;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,61:0.54:113
chr3	58516383	rs4387990	G	A	4973.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.383;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=450;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.755;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=90;PP=2412;ReadPosRankSum=1.168;SC=GAACAAGGACGGGCACAAGTT;SOR=0.573;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=304;TCF=116;TCR=188;TR=148;WE=58516391;WS=58516373;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:205,236:0.54:441
chr3	58516464	rs9844590	G	A	1162.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-2.811;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.164;HP=5;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=42;PP=862;ReadPosRankSum=-0.350;SC=AGGGCACCTCGCCCCTCAACC;SOR=1.156;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=102;TCF=14;TCR=88;TR=47;WE=58516472;WS=58516454;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,51:0.43:118
chr3	58520306	rs7611026	G	C	8034.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=304;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=92;NR=110;PP=2965;SC=CTGGCACCTTGAAATCTTCTC;SOR=0.828;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=202;TCF=92;TCR=110;TR=202;WE=58520314;WS=58520296;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,299:1.00:299
chr3	58520859	rs4681862	A	G	3329.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=30;NR=68;PP=1986;SC=TCTGGTGACTATGGAGAGACA;SOR=1.571;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=98;TCF=30;TCR=68;TR=98;WE=58520867;WS=58520849;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr3	58552997	rs1043942	C	A	3004.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.066;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=249;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.467;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=48;PP=1265;ReadPosRankSum=-1.393;SC=AGCCGCTTGGCTTCCAGCTCC;SOR=0.740;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=158;TCF=71;TCR=87;TR=85;WE=58553019;WS=58552987;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:109,138:0.56:247
chr3	58555343	rs7632668	C	T	864.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=0.554;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.023;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=8;PP=535;ReadPosRankSum=0.358;SC=GCTCTGCTTTCCTCCAGGGTC;SOR=0.963;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=59;TCF=43;TCR=16;TR=32;WE=58555351;WS=58555333;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,37:0.54:68
chr3	58555386	rs7609991	G	T	1471.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-2.433;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.544;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=19;PP=793;ReadPosRankSum=1.325;SC=CCAGGTGCTTGCGGGGCCCAG;SOR=0.537;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=95;TCF=63;TCR=32;TR=54;WE=58555394;WS=58555376;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,68:0.58:118
chr3	58575110	rs6445991	A	G	2649.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=26;NR=47;PP=1495;SC=GACTGGTCAGAGTCAAAGTCC;SOR=1.099;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=73;TCF=26;TCR=47;TR=73;WE=58575118;WS=58575100;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr3	58612485	rs11708352	G	A	495.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=3.033;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=2;PP=352;ReadPosRankSum=0.377;SC=GGCTGCCCCCGAGTCTGTCCT;SOR=1.214;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=33;TCF=29;TCR=4;TR=20;WE=58612493;WS=58612483;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,21:0.60:35
chr3	58612598	rs11708342	C	T	3266.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.126;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=302;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.982;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=67;NR=42;PP=1594;ReadPosRankSum=-0.448;SC=TGGGCACTGCCGGCTGAAGCT;SOR=0.818;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=195;TCF=119;TCR=76;TR=109;WE=58612606;WS=58612588;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:133,158:0.54:291
chr3	58621935	rs6791782	C	T	709.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=19;NR=0;PP=529;SC=TTTAAGGCCCCTGGGAGGTGA;SOR=4.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=19;TCR=0;TR=19;WE=58621943;WS=58621933;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr3	58625813	rs143691300	G	A	1578.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.499;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=26;PP=869;ReadPosRankSum=-0.915;SC=CCTCTGCACCGCACCCCCGAC;SOR=0.724;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=95;TCF=55;TCR=40;TR=62;WE=58625821;WS=58625803;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,75:0.61:122
chr3	58625975	rs3749287	C	G	3234.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=33;NR=50;PP=1662;SC=GCTGAAAATGCCTAATCTGTA;SOR=1.078;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=83;TCF=33;TCR=50;TR=83;WE=58625983;WS=58625965;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr3	58631184	rs111621495	G	GAAATA	1363.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.481;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.958;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.654;NF=12;NR=7;PP=986;ReadPosRankSum=1.265;SC=ATGAATGAATGAAATAAAATA;SOR=1.429;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=45;TCF=23;TCR=22;TR=19;WE=58631192;WS=58631174;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,37:0.43:86
chr3	58631419	rs200028657	GAGGGCCAGGGCT	G	1278.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.960;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=14.736;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=21;PP=2972;ReadPosRankSum=1.738;SC=AGAAGGAGGGGAGGGCCAGGG;SOR=2.494;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=46;TCF=6;TCR=40;TR=21;WE=58631438;WS=58631409;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,34:0.47:72
chr3	58635197	rs9811989	G	A	3586.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=35;NR=40;PP=1411;SC=AACTAAAAATGCCTTGCCACT;SOR=0.799;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=75;TCF=35;TCR=40;TR=75;WE=58635205;WS=58635187;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,137:1.00:137
chr3	58639465	rs35045921	T	G	1690.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.496;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=25;PP=662;ReadPosRankSum=-0.447;SC=TAAACATCCATGTCGTGACTA;SOR=0.692;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=117;TCF=54;TCR=63;TR=46;WE=58639473;WS=58639455;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:107,86:0.45:193
chr3	58641352	rs57504511	C	T	3047.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=33;NR=38;PP=1319;SC=AAAATCCAGTCGGAAACTGGC;SOR=0.781;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=71;TCF=33;TCR=38;TR=71;WE=58641360;WS=58641342;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr3	58703383	.	G	GA	32.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.607;ClippingRankSum=0.000;DP=149;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.29;ReadPosRankSum=0.033;SOR=0.653;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:94,20:0.18:114
chr3	59996927	rs4679626	T	C	683.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.506;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=2;PP=536;ReadPosRankSum=0.416;SC=GGAAACATATTGTTTGGCAGA;SOR=0.929;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=54;TCF=51;TCR=3;TR=27;WE=59996935;WS=59996917;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,27:0.47:57
chr3	59996969	rs4679627	C	T	1545.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-1.008;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=17;PP=948;ReadPosRankSum=-1.360;SC=GGCTCTAACACTGAGGGTCTC;SOR=0.733;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=126;TCF=94;TCR=32;TR=65;WE=59996977;WS=59996959;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,71:0.51:140
chr3	59997112	rs1130972	G	A	3922.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=2.610;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=459;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.754;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=65;PP=1807;ReadPosRankSum=0.549;SC=CAGTCTGTCCGGCTTCGGGGC;SOR=0.843;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=268;TCF=117;TCR=151;TR=109;WE=59997120;WS=59997102;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:255,194:0.43:449
chr3	59999690	rs13067835	T	C	994.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.200;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=8;PP=456;ReadPosRankSum=-1.697;SC=TGCCGGGATATGAAAGGGAAG;SOR=0.780;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=57;TCF=40;TCR=17;TR=28;WE=59999698;WS=59999680;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,49:0.50:98
chr3	59999902	rs192667507	C	A	1039.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-1.817;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.878;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=26;PP=625;ReadPosRankSum=-0.287;SC=TGTTAAGGCCCATGCTGCTGG;SOR=0.582;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=67;TCF=21;TCR=46;TR=39;WE=59999910;WS=59999892;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,48:0.59:82
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chr3	61911417	rs35919403	T	TA	451.92	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.439;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.17;MQRankSum=1.532;QD=10.76;ReadPosRankSum=-1.323;SOR=0.492;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,33:0.79:42
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chr3	62268313	rs114941739	C	T	974.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=0.548;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.252;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=4;PP=643;ReadPosRankSum=-2.847;SC=ACCTATAACACATGGCTTTCT;SOR=1.002;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=71;TCF=62;TCR=9;TR=35;WE=62268321;WS=62268303;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,40:0.52:77
chr3	62431415	rs6791296	T	C	3631.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.23;QD=26.32;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,138:1.00:138
chr3	62477211	rs34655412	AAC	A	265.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.110;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FS=1.893;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.40;MQRankSum=0.539;QD=5.91;ReadPosRankSum=0.867;SOR=1.385;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,15:0.33:45
chr3	62477233	rs35911391	A	AACAC	190.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.889;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.35;MQRankSum=-0.568;QD=4.54;ReadPosRankSum=1.239;SOR=0.641;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,8:0.19:42
chr3	62483906	rs62243490	C	T	2661.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.117;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=281;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=47;PP=1183;ReadPosRankSum=1.870;SC=AGGCATTAGTCGGGACGGCTG;SOR=0.665;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=181;TCF=79;TCR=102;TR=84;WE=62483914;WS=62483896;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:143,132:0.48:275
chr3	62484015	rs62243491	G	T	787.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.954;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.770;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=23;PP=553;ReadPosRankSum=-1.475;SC=TTTAGGAAATGTCATTTTTCC;SOR=0.360;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=53;TCF=12;TCR=41;TR=31;WE=62484023;WS=62484005;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,33:0.60:55
chr3	62498378	rs1376917	G	A	3775.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=64;NR=41;PP=1899;SC=AAAACTGAATGTAACTCAACA;SOR=1.094;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=105;TCF=64;TCR=41;TR=105;WE=62498386;WS=62498368;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,145:1.00:145
chr3	62501634	rs9863956	C	T	871.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=1.607;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.207;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=6;PP=669;ReadPosRankSum=-0.068;SC=TATACTCAGACGGACCACTGT;SOR=1.022;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=72;TCF=59;TCR=13;TR=36;WE=62501642;WS=62501624;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,38:0.45:84
chr3	62556622	rs833663	A	G	4122.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.022;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=428;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.730;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=58;PP=1906;ReadPosRankSum=-1.640;SC=ACCTAAGGGAAAGGAGAAAGA;SOR=0.602;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=255;TCF=135;TCR=120;TR=118;WE=62556630;WS=62556612;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:222,203:0.48:425
chr3	62612013	rs2248008	C	T	1418.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=43;NR=2;PP=1156;SC=CAAGCTGGCACGGATTTACTA;SOR=5.421;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=45;TCF=43;TCR=2;TR=45;WE=62612021;WS=62612003;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr3	62612139	rs9854038	A	T	6965.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.347;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=480;ExcessHet=3.0103;FS=0.532;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.73;ReadPosRankSum=-2.133;SOR=0.662;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:284,189:0.40:473
chr3	62612145	rs2248013	C	A	7297.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.980;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=520;ExcessHet=3.0103;FS=1.118;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.31;ReadPosRankSum=-2.164;SOR=0.597;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:305,205:0.40:510
chr3	62612280	rs2367310	C	T	8872.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=342;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=32;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=86;NR=135;PP=2965;SC=GAAGGAAGAACGTCTTAAATT;SOR=1.073;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=221;TCF=86;TCR=135;TR=221;WE=62612302;WS=62612270;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,337:1.00:337
chr3	62612294	rs2367311	T	C	6739.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=252;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=32;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=66;NR=114;PP=2965;SC=TTAAATTTGCTAAGCCTTTTT;SOR=1.207;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=181;TCF=67;TCR=114;TR=180;WE=62612302;WS=62612270;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,246:1.00:246
chr3	62612309	rs2367312	G	C	5207.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=58;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=54;NR=96;PP=2965;SC=CTTTTTTGTTGTACAAAGAAG;SOR=1.277;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=150;TCF=54;TCR=96;TR=150;WE=62612317;WS=62612299;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,191:1.00:191
chr3	62612342	rs2248023	T	C	2970.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=78;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=70;PP=2163;SC=ACGTTTGGAGTTCCTTCTGCA;SOR=2.985;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=82;TCF=12;TCR=70;TR=82;WE=62612350;WS=62612332;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr3	62612385	rs1349591	G	T	1428.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=94;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=2;NR=43;PP=1130;SC=TTACTAACATGGTTTTTACTG;SOR=4.849;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=45;TCF=2;TCR=43;TR=45;WE=62612393;WS=62612375;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr3	62631553	rs4588354	G	T	1836.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.107;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.172;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=47;PP=1134;ReadPosRankSum=-1.078;SC=GAGGTTATTGGCAAGGCCCCT;SOR=0.797;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=135;TCF=45;TCR=90;TR=71;WE=62631561;WS=62631543;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:98,88:0.47:186
chr3	62636826	rs4688302	C	T	1935.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=13;NR=44;PP=1266;SC=GGTCTTTGTCCCATGGCCCAG;SOR=2.070;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=58;TCF=13;TCR=45;TR=57;WE=62636834;WS=62636816;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr3	62647904	rs11712073	T	C	635.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-0.890;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.670;HP=2;HapScore=2;MGOF=28;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=4;PP=400;ReadPosRankSum=-0.727;SC=CTCAGCTTTATCCTTTAGAGG;SOR=0.242;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=45;TCF=39;TCR=6;TR=22;WE=62647912;WS=62647894;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,27:0.54:50
chr3	62647928	rs6770658	A	G	2153.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=46;NR=14;PP=1673;SC=TCAATAATCAATGTGCTTCCT;SOR=2.239;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=60;TCF=46;TCR=14;TR=60;WE=62647950;WS=62647918;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr3	62647942	rs13093807	T	A	1068.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=1.610;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.087;HP=4;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=9;PP=604;ReadPosRankSum=0.655;SC=GCTTCCTGAGTGGGACTTTGG;SOR=0.414;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=81;TCF=62;TCR=19;TR=34;WE=62647950;WS=62647918;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,47:0.49:95
chr3	62739092	rs478123	A	G	2492.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=30;NR=26;PP=1122;SC=CCACAGCTCTAGGCCCAGGCG;SOR=0.855;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=56;TCF=30;TCR=26;TR=56;WE=62739100;WS=62739082;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr3	63437977	rs6793874	C	G	748.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.362;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=23;PP=495;ReadPosRankSum=-1.189;SC=TTTAAAAATCCCTCAAAAGTG;SOR=0.850;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=58;TCF=10;TCR=48;TR=27;WE=63437985;WS=63437967;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,32:0.46:69
chr3	63596277	rs6445369	A	C	1518.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.402;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.259;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=31;PP=773;ReadPosRankSum=-1.693;SC=GTCTCACAATAATTTTTATTC;SOR=0.592;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=111;TCF=40;TCR=71;TR=50;WE=63596285;WS=63596267;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,74:0.47:158
chr3	63640534	rs5849568	TA	T	3061.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-0.726;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=458;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.640;HP=9;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.489;NF=5;NR=60;PP=860;ReadPosRankSum=-1.264;SC=TGCCAAGTGTTAAAAAAAAAT;SOR=0.608;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=160;TCF=12;TCR=148;TR=65;WE=63640543;WS=63640524;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:211,197:0.48:408
chr3	63640601	rs1565983	T	C	1761.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-1.262;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.943;HP=4;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=36;PP=933;ReadPosRankSum=-0.726;SC=AATCATCAAATATTCATGATG;SOR=0.361;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=121;TCF=39;TCR=82;TR=57;WE=63640609;WS=63640591;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,85:0.51:168
chr3	63645231	rs4688176	G	C	31.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.782;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.27;ReadPosRankSum=1.640;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,3:0.21:14
chr3	63645252	rs4688419	T	C	179.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-0.775;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=1;PP=86;ReadPosRankSum=-2.266;SC=GATGCAGGATTGGAAACTCCC;SOR=0.425;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=20;TCF=17;TCR=3;TR=8;WE=63645260;WS=63645242;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,9:0.43:21
chr3	63645575	rs34568643	T	C	954.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=2.409;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=29;PP=677;ReadPosRankSum=0.855;SC=AAACAGAAACTACACCCTCAT;SOR=0.725;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=69;TCF=12;TCR=57;TR=35;WE=63645583;WS=63645565;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,39:0.51:77
chr3	63649259	rs7612738	G	T	1852.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=30;NR=14;PP=851;SC=CTTGGGGGTGGTGAGTGAGTT;SOR=1.244;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=44;TCF=30;TCR=14;TR=44;WE=63649267;WS=63649249;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr3	63649492	rs7634688	A	G	864.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.114;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=16;PP=417;ReadPosRankSum=-1.112;SC=TTTCTTTATAAATCACTCAGT;SOR=0.637;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=80;TCF=37;TCR=43;TR=29;WE=63649500;WS=63649482;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,44:0.40:111
chr3	63817430	rs2291533	G	C	4575.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-1.080;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=488;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=69;PP=1978;ReadPosRankSum=-0.287;SC=AGCTTCAACAGTGTGAGTTTC;SOR=0.657;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=269;TCF=126;TCR=143;TR=131;WE=63817438;WS=63817420;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:246,233:0.49:479
chr3	63821914	rs2637982	C	G	2800.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=44;NR=25;PP=1388;SC=GAAATGCCTACGGTAGTTTTC;SOR=1.179;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=69;TCF=44;TCR=25;TR=69;WE=63821922;WS=63821904;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr3	63825249	rs138554894	TTTGA	T	98.25	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=0;PP=49;SC=TGAGTGAAAATTTGATCTACT;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=2;TCF=2;TCR=0;TR=2;WE=63825260;WS=63825239;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr3	63898360	.	G	GGCAGCAGCA	1122.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.824;ClippingRankSum=0.000;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.425;HP=3;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=1.040;NF=2;NR=8;PP=2992;ReadPosRankSum=0.136;SC=GCGGCCGCCCGGCAGCAGCAG;SOR=0.790;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=39;TCF=11;TCR=28;TR=10;WE=63898368;WS=63898350;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,25:0.50:50
chr3	63967900	rs1053338	A	G	2830.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=2.239;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=287;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.589;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=32;PP=1335;ReadPosRankSum=1.189;SC=ATTCATCCGAAAATGGATGGC;SOR=0.868;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=180;TCF=100;TCR=80;TR=81;WE=63967908;WS=63967890;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:152,132:0.46:284
chr3	63968469	rs142586136	CGTT	C	223.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=1.812;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.358;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.674;NF=7;NR=0;PP=244;ReadPosRankSum=0.154;SC=AGCACTCACACGTTGTATATT;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=12;TCR=1;TR=7;WE=63968479;WS=63968459;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,7:0.50:14
chr3	63976145	rs2241821	G	A	513.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=3.220;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=13.530;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=19;PP=385;ReadPosRankSum=0.656;SC=ATGCCCGTATGTGTGGGACGC;SOR=2.522;SbPval=0.94;Source=Platypus;TC=43;TCF=9;TCR=34;TR=21;WE=63976153;WS=63976135;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,24:0.38:64
chr3	63981676	rs61736567	T	C	3874.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.311;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=407;ExcessHet=3.0103;FS=2.450;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.59;ReadPosRankSum=-1.470;SOR=0.534;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:220,184:0.46:404
chr3	63982082	rs3774729	G	A	2936.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.839;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=347;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.812;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=51;PP=1269;ReadPosRankSum=-0.650;SC=AGTGCCAGCCGTGAACAATGT;SOR=0.595;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=221;TCF=86;TCR=135;TR=84;WE=63982090;WS=63982072;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:192,147:0.43:339
chr3	63996262	rs1046025	C	T	152.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-0.023;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.310;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=7;NR=0;PP=144;ReadPosRankSum=-1.192;SC=TTTTATACAGCTGACCTGGGC;SOR=2.546;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=12;TCR=1;TR=7;WE=63996270;WS=63996252;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,7:0.47:15
chr3	64005226	rs2888013	A	G	1131.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-2.450;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.208;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=31;PP=664;ReadPosRankSum=0.492;SC=TAGGAGTAGAAGTACAACAAG;SOR=0.346;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=86;TCF=18;TCR=68;TR=42;WE=64005234;WS=64005216;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,52:0.49:107
chr3	64008510	rs3846221	T	C	880.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=1.420;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.493;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=21;PP=453;ReadPosRankSum=0.624;SC=TATACACACATACTCACATAC;SOR=0.368;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=62;TCF=12;TCR=50;TR=27;WE=64008518;WS=64008500;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,38:0.47:81
chr3	64009432	rs3836531	AT	A	520.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.106;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.593;NF=16;NR=6;PP=539;ReadPosRankSum=1.012;SC=GGAGCTTAAAATTTTTTGAAA;SOR=0.807;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=50;TCF=36;TCR=14;TR=22;WE=64009440;WS=64009422;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,32:0.45:71
chr3	64133350	rs27673	A	G	8342.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.828;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=321;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=-0.040;NF=88;NR=119;PP=2965;ReadPosRankSum=1.020;SC=AGTGTTGGCCATCATAGGTCA;SOR=0.339;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=208;TCF=88;TCR=120;TR=207;WE=64133358;WS=64133340;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,318:1.00:319
chr3	64145759	rs2306380	T	C	2063.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-0.775;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.671;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=22;PP=688;ReadPosRankSum=-0.082;SC=CGAACCTGAATAGACACAGAC;SOR=0.532;SbPval=0.26;Source=Platypus;TC=115;TCF=52;TCR=63;TR=47;WE=64145767;WS=64145749;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:109,103:0.49:212
chr3	64145913	rs26942	T	A	395.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-3.132;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.345;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=11;PP=238;ReadPosRankSum=0.634;SC=TTAAGGTGAGTCTCTACTAAG;SOR=0.105;SbPval=0.25;Source=Platypus;TC=33;TCF=7;TCR=26;TR=16;WE=64145921;WS=64145903;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,19:0.50:38
chr3	64184397	rs696017	G	T	445.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.094;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.763;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=2;PP=278;ReadPosRankSum=-1.283;SC=CTGGAATGAGGAAGGACCAGT;SOR=1.220;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=29;TCF=24;TCR=5;TR=16;WE=64184405;WS=64184392;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,19:0.59:32
chr3	64184676	rs695937	G	A	2796.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=45;PP=1281;SC=GTGAGAAAGAGGAAAAAACCT;SOR=1.635;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=62;TCF=17;TCR=45;TR=61;WE=64184693;WS=64184666;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr3	64518994	rs1017537	T	C	13378.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.120;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=507;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=106;NR=207;PP=2965;ReadPosRankSum=1.277;SC=TGTGATGTCCTCAAAAAAGCA;SOR=0.471;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=315;TCF=106;TCR=209;TR=313;WE=64519002;WS=64518984;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,498:1.00:499
chr3	64525171	rs11130968	G	A	508.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.40;SOR=3.611;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr3	64525177	rs11130969	C	T	508.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.40;SOR=3.611;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr3	64526610	rs11130970	G	A	332.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=39;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=11;NR=2;PP=298;SC=GACTATCCTCGCTGCACTGTA;SOR=2.670;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=11;TCR=2;TR=13;WE=64526618;WS=64526604;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr3	64526651	rs3841969	CCAATGTG	C	1061.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=5;PP=815;SC=TCCATACTAGCCAATGTGCAA;SOR=2.215;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=14;TCF=9;TCR=5;TR=12;WE=64526665;WS=64526641;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr3	64526717	rs3796384	G	C	1733.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=36;NR=17;PP=1099;SC=CATGCTTGCTGTCTGAATGGA;SOR=1.573;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=54;TCF=36;TCR=18;TR=53;WE=64526725;WS=64526707;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr3	64526942	rs3796383	A	C	3461.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=1.129;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=42;PP=1723;ReadPosRankSum=1.030;SC=AGGATGGGAAAGCATTTCCAG;SOR=0.724;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=88;TCF=45;TCR=43;TR=87;WE=64526950;WS=64526932;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,130:0.98:132
chr3	64527321	rs1373163	T	C	2745.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=32;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=23;NR=53;PP=1849;SC=TCACAAAAAATAGGGTGTGAT;SOR=1.464;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=76;TCF=23;TCR=53;TR=76;WE=64527329;WS=64527311;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr3	64527336	rs1036919	C	T	2505.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=39;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=25;NR=50;PP=1782;SC=TGTGATGATCCGAGATGTGAA;SOR=1.347;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=76;TCF=25;TCR=51;TR=75;WE=64527344;WS=64527326;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr3	64527378	rs1036918	G	A	2255.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=41;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=36;NR=35;PP=1780;SC=GACATTGTTCGCACTAAAACT;SOR=0.747;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=72;TCF=36;TCR=36;TR=71;WE=64527386;WS=64527368;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr3	64527465	rs1036917	C	T	5364.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=92;NR=50;PP=2887;SC=TGAACAAAGACATCCTGTTCT;SOR=1.196;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=144;TCF=93;TCR=51;TR=142;WE=64527473;WS=64527455;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,197:1.00:197
chr3	64554254	rs7635677	T	C	3964.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.225;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=434;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=82;PP=2077;ReadPosRankSum=0.660;SC=GTTTTTTAATTACACGGAGTT;SOR=0.655;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=291;TCF=113;TCR=178;TR=136;WE=64554262;WS=64554244;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:227,196:0.46:423
chr3	64580169	rs13320542	C	T	1698.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.687;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=40;PP=939;ReadPosRankSum=-0.360;SC=TGACAAATTTCCTTTCTCCCT;SOR=0.735;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=112;TCF=40;TCR=72;TR=62;WE=64580177;WS=64580159;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,82:0.52:157
chr3	64587818	rs6771712	G	A	2329.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.389;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=239;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.996;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=41;PP=1157;ReadPosRankSum=-1.025;SC=CACTCCGATCGATCACGTGGT;SOR=0.625;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=153;TCF=65;TCR=88;TR=73;WE=64587826;WS=64587808;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:122,115:0.49:237
chr3	64599279	rs6806842	T	C	132.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-0.753;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.990;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=5;PP=83;ReadPosRankSum=0.045;SC=AGGTGTGTCCTTTTCCCACAG;SOR=0.048;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=12;TCF=2;TCR=10;TR=7;WE=64599287;WS=64599269;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,7:0.47:15
chr3	64617042	rs6768487	G	C	785.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-1.514;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.045;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=5;PP=475;ReadPosRankSum=-1.876;SC=TGAAAGCTCTGCCTCTGCATG;SOR=0.914;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=57;TCF=45;TCR=12;TR=27;WE=64617050;WS=64617032;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,33:0.49:68
chr3	64617070	rs6445420	C	T	1305.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-2.810;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.794;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=11;PP=756;ReadPosRankSum=-1.017;SC=AGGAAGGAAGCAGTATCTGGC;SOR=0.547;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=91;TCF=70;TCR=21;TR=44;WE=64617078;WS=64617060;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,58:0.52:112
chr3	64617371	rs13079218	T	C	1124.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.319;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.213;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=14;PP=772;ReadPosRankSum=1.430;SC=TAATCCACCATAACGAGACTG;SOR=0.267;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=96;TCF=65;TCR=31;TR=35;WE=64617379;WS=64617361;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,45:0.41:109
chr3	64617423	rs9882622	G	C	2195.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.518;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=247;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.519;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=18;PP=1424;ReadPosRankSum=0.161;SC=ATTACATGTGGTTAACAATTT;SOR=0.747;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=190;TCF=133;TCR=57;TR=69;WE=64617431;WS=64617413;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:138,98:0.42:236
chr3	64617690	rs35122501	A	G	1227.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.351;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.59;ReadPosRankSum=-0.471;SOR=0.540;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:40,34:0.46:74
chr3	64617699	rs7640062	A	G	1152.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.562;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.73;ReadPosRankSum=-0.803;SOR=0.602;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,31:0.48:65
chr3	64619048	rs11717158	C	T	721.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-1.180;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.795;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=8;PP=455;ReadPosRankSum=0.976;SC=GCCCTGGCAACAGTGCACAGA;SOR=0.363;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=53;TCF=42;TCR=11;TR=31;WE=64619056;WS=64619038;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,32:0.57:56
chr3	64633504	rs12715589	A	T	1316.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=25;NR=12;PP=759;SC=ATATTATGCAAGCTAAAACAG;SOR=1.562;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=37;TCF=25;TCR=12;TR=37;WE=64633512;WS=64633494;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr3	64640206	rs11326156	TA	T	11646.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=266;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=44;NR=82;PP=2967;SC=AAACATGTAGTAAAACGGTTT;SOR=0.817;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=134;TCF=48;TCR=86;TR=126;WE=64640220;WS=64640196;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,255:1.00:255
chr3	64640212	rs59517147	G	T	11960.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=278;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=104;NR=85;PP=2965;SC=GTAGTAAAACGGTTTTAGCCA;SOR=0.832;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=194;TCF=104;TCR=90;TR=189;WE=64640220;WS=64640196;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,274:1.00:274
chr3	65353448	rs7634490	G	A	4398.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=45;NR=44;PP=1552;SC=TTTGGTTTACGTAGGAATCAT;SOR=0.716;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=89;TCF=45;TCR=44;TR=89;WE=65353456;WS=65353438;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,172:1.00:172
chr3	65361383	.	AAG	A	108.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.313;ClippingRankSum=0.000;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.94;ReadPosRankSum=0.743;SOR=0.869;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:47,9:0.16:56
chr3	65415836	rs184433347	G	A	508.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.811;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.421;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=12;PP=389;ReadPosRankSum=-0.037;SC=CAAGAGTGTGGGGGTTAAGAA;SOR=0.351;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=27;TCF=8;TCR=19;TR=18;WE=65415844;WS=65415826;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,21:0.58:36
chr3	65416648	rs4688566	C	A	3009.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=18;NR=64;PP=1953;SC=TAATTCTTCACGCTTATGCCC;SOR=1.981;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=82;TCF=18;TCR=64;TR=82;WE=65416656;WS=65416638;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr3	65425560	.	TCTG	T	98.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.449;ClippingRankSum=0.000;DP=330;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.07;MQRankSum=4.720;QD=0.39;ReadPosRankSum=-0.364;SOR=0.738;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:232,21:0.08:253
chr3	65456198	rs57455654	G	GA	611.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.666;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=5.282;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.91;MQRankSum=1.099;QD=11.76;ReadPosRankSum=0.873;SOR=1.751;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,37:0.71:52
chr3	65464625	rs7636096	G	A	227.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=8;PP=181;SC=TGGGTTAGAAGAGATATCTTT;SOR=2.833;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=9;WE=65464633;WS=65464615;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr3	65583600	.	TGG	T	869.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.599;ClippingRankSum=0.000;DP=101;ExcessHet=3.0103;FS=5.948;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.50;ReadPosRankSum=-2.234;SOR=0.170;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,29:0.48:60
chr3	65595659	.	A	AATAGACCATTCTGAGGTAGAAGGAAAGGAAGGAAAGAGAGAAGGGGAAGGAACTGGGAGAAGAGAAGGGGAGAGGGAGAGAGGAAGGGAAAGAG	1087.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=3.597;ClippingRankSum=0.000;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=37.816;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=40.29;ReadPosRankSum=-1.310;SOR=4.282;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:10,17:0.63:27
chr3	65607592	rs112243102	T	TCA,TCACACACACACA	315.73	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.676;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=29;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=2;PP=477;ReadPosRankSum=0.406;SC=CCTGGACTTTTCACACACACA;SOR=0.976;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=19;TCF=13;TCR=6;TR=6;WE=65607600;WS=65607582;set=Intersection	GT:AF:DP	0/1:0.55:22
chr3	65607637	rs3749455	A	G	1544.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=34;NR=10;PP=824;SC=GCCAAAGTCCAACTACTTACA;SOR=1.727;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=44;TCF=34;TCR=10;TR=44;WE=65607645;WS=65607627;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr3	66023592	rs28696109	A	G	4005.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=99;NR=23;PP=2500;SC=GGAGGGAAGCAGGAAATCGAG;SOR=2.624;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=122;TCF=99;TCR=23;TR=122;WE=66023600;WS=66023582;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,149:1.00:149
chr3	66434372	rs3830215	T	TCACA	1004.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-2.078;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.137;HP=2;HapScore=3;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=7;PP=560;ReadPosRankSum=0.434;SC=TCTCTCTCGCTCACACACACA;SOR=0.301;SbPval=0.24;Source=Platypus;TC=30;TCF=20;TCR=10;TR=15;WE=66434381;WS=66434362;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,27:0.55:49
chr3	66463251	rs4856924	G	A	2329.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=57;NR=8;PP=1551;SC=ACACCACACCGCACAGCAATC;SOR=3.174;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=65;TCF=57;TCR=8;TR=65;WE=66463259;WS=66463241;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr3	66465259	rs4856928	T	C	754.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=18;NR=4;PP=507;SC=AAGGAAAGGGTGGCGTTTGGT;SOR=2.303;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=22;TCF=18;TCR=4;TR=22;WE=66465267;WS=66465249;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr3	66550756	rs1403625	G	C	10786.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=246;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.39;SOR=0.823;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,243:1.00:243
chr3	66550762	rs1403626	G	C	11053.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=256;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.69;SOR=0.766;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,253:1.00:253
chr3	67048762	rs4856833	T	C	1608.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=23;NR=20;PP=830;SC=ATAGCTGGAGTCGGGGCCCCA;SOR=0.950;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=47;TCF=23;TCR=24;TR=43;WE=67048770;WS=67048752;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr3	67054649	rs13096789	T	C	3842.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.181;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=415;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.619;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=63;PP=1559;ReadPosRankSum=-0.375;SC=TAGAGAGAATTGTTGGACGAC;SOR=0.787;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=257;TCF=118;TCR=139;TR=113;WE=67054657;WS=67054639;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:209,191:0.48:400
chr3	67276059	rs9868022	G	T	496.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=14;PP=357;SC=GGGAAATGGAGAGTAACCACT;SOR=3.383;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=16;TCF=2;TCR=14;TR=16;WE=67276067;WS=67276049;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr3	67426125	rs1065399	C	T	183.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.393;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.447;NF=4;NR=1;PP=54;ReadPosRankSum=0.943;SC=TCCCTTTTTACGGAAAAATGG;SOR=0.293;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=7;TCF=6;TCR=1;TR=5;WE=67426133;WS=67426123;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,9:0.82:11
chr3	67459492	rs9824745	G	T	3526.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=32;NR=63;PP=1883;SC=AAGATATCTTGTATAGGTTTG;SOR=1.277;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=95;TCF=32;TCR=63;TR=95;WE=67459500;WS=67459482;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr3	67548852	rs7630024	G	A	605.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=16;PP=469;SC=AGGCAGGAGAGGCTGCTTTGG;SOR=3.611;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=17;TCF=1;TCR=16;TR=17;WE=67548860;WS=67548842;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr3	67559216	rs375093108	CT	C	41.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.624;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.51;MQRankSum=1.468;QD=2.09;ReadPosRankSum=-0.834;SOR=0.922;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,7:0.35:20
chr3	67570892	rs149709855	G	A	2107.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.950;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.746;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=23;PP=1001;ReadPosRankSum=-1.240;SC=AGGTAGCCCGGAATTTAAACA;SOR=0.859;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=135;TCF=81;TCR=54;TR=64;WE=67570900;WS=67570882;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:99,101:0.50:200
chr3	67660040	rs2290174	G	A	2401.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.112;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.07;MQRankSum=1.123;QD=15.60;ReadPosRankSum=-0.797;SOR=0.673;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:85,69:0.45:154
chr3	67660049	rs2290175	A	G	2257.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.143;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FS=0.619;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.07;MQRankSum=1.197;QD=15.68;ReadPosRankSum=0.127;SOR=0.637;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:84,60:0.42:144
chr3	67660149	rs11286754	GA	G	185.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.456;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.30;MQRankSum=1.104;QD=6.40;ReadPosRankSum=1.772;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,14:0.48:29
chr3	68587884	rs3828366	A	C	1853.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=1.365;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=239;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=29;PP=946;ReadPosRankSum=1.059;SC=TTGCAAACACAGTTGTTTCCT;SOR=0.722;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=178;TCF=112;TCR=66;TR=75;WE=68587892;WS=68587874;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:141,95:0.40:236
chr3	68606548	rs7616164	G	T	4004.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-2.107;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=533;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.477;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=92;PP=2149;ReadPosRankSum=0.140;SC=TATTGTGCCTGTTGAGAACCA;SOR=0.879;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=369;TCF=162;TCR=207;TR=152;WE=68606556;WS=68606538;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:297,220:0.43:517
chr3	68782213	rs6549143	A	G	1898.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=2.542;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.192;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=24;PP=1214;ReadPosRankSum=1.082;SC=ATTTTCTGCAAAGGGGCCATG;SOR=0.585;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=135;TCF=86;TCR=49;TR=65;WE=68782221;WS=68782203;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:94,83:0.47:177
chr3	68788363	rs1504301	G	T	3090.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-2.651;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=384;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.368;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=62;PP=1621;ReadPosRankSum=0.390;SC=GGAAAACAAAGGCCAAATAAT;SOR=0.488;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=252;TCF=100;TCR=152;TR=110;WE=68788371;WS=68788353;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:213,160:0.43:373
chr3	68788465	rs1504300	G	T	475.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-4.481;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=19;PP=338;ReadPosRankSum=1.112;SC=TTAAATTTACGGTTGGTAAAT;SOR=0.399;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=49;TCF=2;TCR=47;TR=20;WE=68788473;WS=68788455;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,21:0.41:51
chr3	68801921	rs9835691	T	C	795.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=2.587;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.629;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=5;PP=494;ReadPosRankSum=0.147;SC=CAACCCTAGGTTTCTTTGGGT;SOR=0.368;SbPval=0.21;Source=Platypus;TC=47;TCF=42;TCR=5;TR=29;WE=68801929;WS=68801911;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,32:0.59:54
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chr3	69037633	rs9310136	G	C	781.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.702;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.818;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=15;PP=394;ReadPosRankSum=-0.654;SC=AAATATGAATGCTAATGGTAG;SOR=1.145;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=39;TCF=17;TCR=22;TR=23;WE=69037641;WS=69037623;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,36:0.53:68
chr3	69038217	rs4855543	A	G	1067.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.747;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.585;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=21;PP=460;ReadPosRankSum=1.522;SC=AGGATATAACATGACTTTTCA;SOR=0.534;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=71;TCF=28;TCR=43;TR=36;WE=69038225;WS=69038207;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,54:0.52:104
chr3	69047141	rs4855544	G	A	4778.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.814;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=403;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.524;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=74;NR=69;PP=2324;ReadPosRankSum=-1.400;SC=GTACTGAAGCGGAGAGCACAT;SOR=0.644;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=237;TCF=127;TCR=110;TR=143;WE=69047149;WS=69047131;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:176,225:0.56:401
chr3	69053447	rs9860095	A	T	855.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.863;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FS=0.836;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.72;ReadPosRankSum=-0.015;SOR=0.524;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:44,44:0.50:88
chr3	69054212	rs375408376	CAA	C,CA	614.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.352;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.18;ReadPosRankSum=-0.208;SOR=0.781;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:8,23,24:0.42,0.44:55
chr3	69054266	rs11417320	A	AT	2454.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.798;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.608;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=24;PP=2416;ReadPosRankSum=0.641;SC=TTTATACTAGATGTTAACATT;SOR=1.192;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=121;TCF=70;TCR=51;TR=67;WE=69054274;WS=69054256;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:108,82:0.43:190
chr3	69054341	rs6781612	T	C	4377.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.301;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=463;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.763;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=93;NR=56;PP=2381;ReadPosRankSum=0.185;SC=GATTGGTTGCTCTGCAGTACT;SOR=0.867;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=310;TCF=184;TCR=126;TR=149;WE=69054349;WS=69054331;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:242,214:0.47:456
chr3	69058783	rs56761230	C	T	1043.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.028;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.658;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=14;PP=457;ReadPosRankSum=0.619;SC=AGAAATAATACCTACCTTATA;SOR=0.621;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=97;TCF=63;TCR=34;TR=37;WE=69058791;WS=69058773;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,55:0.40:136
chr3	69073410	rs3772976	G	A	34.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.791;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=6.498;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.42;MQRankSum=-0.542;QD=0.71;ReadPosRankSum=1.360;SOR=2.089;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:42,7:0.14:49
chr3	69073419	.	GT	G	265.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.845;ClippingRankSum=0.000;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=2.199;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.51;MQRankSum=0.645;QD=11.07;ReadPosRankSum=1.054;SOR=1.473;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,20:0.83:24
chr3	69074878	rs41291189	A	G	1274.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.754;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.826;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=22;PP=582;ReadPosRankSum=2.350;SC=GTTAATTAAGAAAGTTCACAC;SOR=0.859;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=53;TCF=18;TCR=35;TR=33;WE=69074886;WS=69074868;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,57:0.63:91
chr3	69082657	rs937859	T	C	2004.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.616;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=27;PP=954;ReadPosRankSum=-1.151;SC=ATAAACAAGATGGAAGAGCTT;SOR=0.661;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=146;TCF=94;TCR=52;TR=73;WE=69082665;WS=69082647;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:101,99:0.50:200
chr3	69082873	rs937858	G	T	2012.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-1.351;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=56;PP=1230;ReadPosRankSum=-1.661;SC=ATGAAATTCTGAAGTCATTAC;SOR=0.695;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=138;TCF=44;TCR=94;TR=83;WE=69082881;WS=69082863;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,93:0.58:160
chr3	69084062	rs2055685	G	C	922.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-2.785;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=10;PP=525;ReadPosRankSum=-0.546;SC=GCAAATGCTAGGTGTGACAGT;SOR=0.776;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=72;TCF=54;TCR=18;TR=37;WE=69084070;WS=69084052;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,42:0.49:85
chr3	69084161	rs2271121	C	A	3909.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.475;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=398;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=70;NR=52;PP=1794;ReadPosRankSum=-0.038;SC=GTTTTGGAAACCTGTGACAGT;SOR=0.693;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=230;TCF=132;TCR=98;TR=122;WE=69084169;WS=69084151;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:194,194:0.50:388
chr3	69088918	rs146136734	T	TC	200.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.668;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.310;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=5;PP=150;ReadPosRankSum=0.569;SC=TTTTATCTAATAGTAACATAA;SOR=0.141;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=0;TCR=13;TR=5;WE=69088926;WS=69088908;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,7:0.47:15
chr3	69091640	rs9985501	C	T	2152.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=33;NR=22;PP=1143;SC=CCCAGAGTTACACACTTTGAA;SOR=1.068;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=55;TCF=33;TCR=22;TR=55;WE=69091648;WS=69091630;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr3	69093598	rs2271118	T	C	804.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=20;NR=6;PP=597;SC=AGTATACAGGTTTCCAGAAAA;SOR=2.147;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=20;TCR=6;TR=26;WE=69093606;WS=69093588;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr3	69096614	rs2292199	G	A	11384.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.719;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=442;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=135;NR=130;PP=2965;ReadPosRankSum=1.753;SC=TTATTGGTGTGGAAGAAACCA;SOR=0.721;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=269;TCF=139;TCR=130;TR=265;WE=69096622;WS=69096604;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,428:1.00:430
chr3	69104695	rs6549179	T	A	2083.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=20;NR=39;PP=1180;SC=GAAAAAATATTATTAATACAA;SOR=1.252;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=59;TCF=20;TCR=39;TR=59;WE=69104703;WS=69104685;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr3	69104752	rs6549180	C	T	662.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=17;PP=545;SC=AAACAAACTACAGAGTATTAC;SOR=1.802;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=7;TCR=17;TR=24;WE=69104760;WS=69104742;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr3	69106304	rs59405823	CC	TG	3590.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.014;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.229;HP=2;HapScore=2;JOINED;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=19;PP=2652;ReadPosRankSum=0.263;SC=AGTTACACAACCCATCCAAGA;SOR=0.847;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=139;TCF=102;TCR=37;TR=72;WE=69106313;WS=69106294;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:91,94:0.51:185
chr3	69112049	rs2289245	C	T	949.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.330;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.015;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=6;PP=613;ReadPosRankSum=0.191;SC=AATTAACAATCCTAAATATTA;SOR=0.914;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=74;TCF=59;TCR=15;TR=34;WE=69112057;WS=69112039;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,40:0.49:82
chr3	69112658	.	CA	C	169.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.795;ClippingRankSum=0.000;DP=178;ExcessHet=3.0103;FS=3.543;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.94;MQRankSum=0.000;QD=1.37;ReadPosRankSum=2.247;SOR=0.343;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:91,33:0.27:124
chr3	69137539	rs3853159	T	C	313.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.304;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=10;PP=140;ReadPosRankSum=-1.167;SC=TGTTCAACAATGGTTCCATCC;SOR=0.776;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=28;TCF=8;TCR=20;TR=14;WE=69137547;WS=69137529;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,17:0.47:36
chr3	69138788	rs35599045	T	TA	254.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.332;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.18;MQRankSum=0.000;QD=4.39;ReadPosRankSum=0.170;SOR=0.596;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,24:0.41:58
chr3	69225588	rs11128118	T	G	2450.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=44;NR=23;PP=1249;SC=ACCCCTGAACTAGATTATCTG;SOR=1.203;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=67;TCF=44;TCR=23;TR=67;WE=69225596;WS=69225578;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr3	69225875	rs9872199	T	A	1443.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=14;NR=29;PP=829;SC=TTAAGGTCATTCAGAGGTACA;SOR=1.445;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=43;TCF=14;TCR=29;TR=43;WE=69225883;WS=69225865;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr3	69225911	rs9868107	A	G	733.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=18;PP=516;SC=TCAGAGGAGAAATTTAAGAGG;SOR=2.584;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=24;TCF=6;TCR=18;TR=22;WE=69225919;WS=69225901;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr3	69229976	rs12054011	G	C	1543.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=35;NR=15;PP=1151;SC=CATGATCCGTGAGGCGGTTTT;SOR=1.747;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=50;TCF=35;TCR=15;TR=50;WE=69229984;WS=69229966;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr3	69230026	rs9818314	T	C	3135.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=65;NR=28;PP=1848;SC=ATCCAGGTGTTGCGTGTTTTT;SOR=1.609;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=93;TCF=65;TCR=28;TR=93;WE=69230034;WS=69230016;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr3	69230061	rs9831516	G	A	4765.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=87;NR=43;PP=2733;SC=TGAAGAGTACGAGGATGCACG;SOR=1.375;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=130;TCF=87;TCR=43;TR=130;WE=69230069;WS=69230051;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,172:1.00:172
chr3	69230407	rs199706552	G	C	3570.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.797;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=333;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.844;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=68;PP=1979;ReadPosRankSum=-0.611;SC=ACACTATACTGTCCCTCGGTG;SOR=0.825;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=233;TCF=97;TCR=136;TR=113;WE=69230415;WS=69230397;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:162,162:0.50:324
chr3	69230801	rs9836305	G	A	3904.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.957;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=76;PP=2157;ReadPosRankSum=1.718;SC=CGGAGAGCAGGTGGGACTGGG;SOR=1.394;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=118;TCF=40;TCR=78;TR=114;WE=69230809;WS=69230791;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,146:0.99:148
chr3	69242770	rs11310698	CA	C	1512.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.167;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FS=3.908;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.11;MQRankSum=1.141;QD=8.00;ReadPosRankSum=2.890;SOR=0.455;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:86,103:0.54:189
chr3	69244162	rs9853587	G	A	3603.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.572;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=24;PP=1922;ReadPosRankSum=1.038;SC=GCTCAGAGGCGTTGTTCATAC;SOR=0.600;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=92;TCF=68;TCR=24;TR=90;WE=69244170;WS=69244152;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,133:0.99:134
chr3	69245454	rs9310141	T	C	11193.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=438;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=131;NR=155;PP=2965;SC=TGACTTTTCGTCTCCAGTGTC;SOR=0.817;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=286;TCF=131;TCR=155;TR=286;WE=69245462;WS=69245444;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,427:1.00:427
chr3	69245623	rs73095903	A	G	808.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-3.452;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.073;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=20;PP=415;ReadPosRankSum=-0.354;SC=GTTAACATACAATAAAAATAG;SOR=0.284;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=49;TCF=14;TCR=35;TR=30;WE=69245631;WS=69245613;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,40:0.66:61
chr3	69245949	rs9860235	G	C	537.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-5.201;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.915;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=2;PP=404;ReadPosRankSum=-1.071;SC=AAATCTCAGAGAGCAAAAATA;SOR=0.264;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=51;TCF=48;TCR=3;TR=23;WE=69245957;WS=69245947;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,24:0.44:55
chr3	69246152	rs13059488	A	G	5229.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.814;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=556;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.102;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=86;NR=84;PP=2514;ReadPosRankSum=0.109;SC=TGCACAAACAAGCCACTTTGC;SOR=0.620;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=360;TCF=174;TCR=186;TR=170;WE=69246160;WS=69246142;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:285,255:0.47:540
chr3	69246274	rs13059687	A	G	3506.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.086;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=343;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.377;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=67;PP=1710;ReadPosRankSum=0.800;SC=ATTGTAACAAAGCATGTTCCT;SOR=0.850;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=219;TCF=86;TCR=133;TR=105;WE=69246282;WS=69246264;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:166,166:0.50:332
chr3	69265291	rs7643175	T	C	1800.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=49;NR=12;PP=1363;SC=GGCGACAAAGTGAGACTCCAT;SOR=2.683;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=62;TCF=50;TCR=12;TR=61;WE=69265312;WS=69265281;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr3	69265304	rs77475566	C	CA	1959.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=49;NR=13;PP=962;SC=GACTCCATCTCAAAAAAAACC;SOR=3.070;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=85;TCF=60;TCR=25;TR=62;WE=69265312;WS=69265281;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr3	69265371	rs62254460	G	C	10131.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-2.196;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=377;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.026;NF=165;NR=91;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.315;SC=TGATTAACATGTTTTGAACAG;SOR=0.426;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=260;TCF=166;TCR=94;TR=256;WE=69265379;WS=69265361;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,374:1.00:375
chr3	69265580	.	C	CT	60.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.905;ClippingRankSum=0.000;DP=78;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.28;MQRankSum=2.037;QD=2.09;ReadPosRankSum=-0.023;SOR=0.631;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,10:0.34:29
chr3	69267578	rs4855301	A	T	876.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=21;PP=622;SC=TAGTTAGAGGACCCTTTTGGG;SOR=2.546;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=4;TCR=21;TR=25;WE=69267586;WS=69267568;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr3	69271206	rs6549189	T	C	2813.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=24;NR=44;PP=1381;SC=GTAGATAGAGTTTGGCTTTTG;SOR=1.189;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=69;TCF=25;TCR=44;TR=68;WE=69271214;WS=69271196;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr3	69273656	rs9848940	G	T	7903.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=294;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=127;NR=55;PP=2965;SC=GATTGGCAATGTGATATTTTT;SOR=1.418;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=182;TCF=127;TCR=55;TR=182;WE=69273664;WS=69273646;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,286:1.00:286
chr3	69336695	rs4855380	G	A	1863.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=56;NR=8;PP=1491;SC=CAGGATTCCCGTGCAGATGGT;SOR=3.877;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=64;TCF=56;TCR=8;TR=64;WE=69336703;WS=69336685;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr3	69336740	rs4855381	A	G	3466.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=89;NR=34;PP=2239;SC=AAAAGATACCATTTGTGTATG;SOR=1.834;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=126;TCF=89;TCR=37;TR=123;WE=69336748;WS=69336730;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,133:1.00:133
chr3	69351460	rs34523072	AAG	A	4671.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.229;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=312;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.911;HP=6;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=3.067;NF=30;NR=36;PP=2583;ReadPosRankSum=-0.696;SC=ACAGCAAAAAAAGAGGGATGC;SOR=0.832;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=147;TCF=58;TCR=89;TR=66;WE=69351469;WS=69351450;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:164,143:0.47:307
chr3	69359730	rs142506790	CACAGAGAGAGAGAG	C	355.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.681;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.296;HP=2;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=2.194;NF=3;NR=72;PP=2234;ReadPosRankSum=2.791;SC=CACACACACACACAGAGAGAG;SOR=1.688;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=86;TCF=4;TCR=82;TR=75;WE=69359755;WS=69359716;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,24:0.27:89
chr3	69359738	rs62254068	G	C	226.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=3.175;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FS=4.780;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.95;MQRankSum=-2.112;QD=2.39;ReadPosRankSum=2.813;SOR=1.524;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:82,13:0.14:95
chr3	69359740	rs62254069	G	C	439.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.837;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FS=4.223;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.95;MQRankSum=-2.653;QD=4.83;ReadPosRankSum=3.032;SOR=1.418;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:73,18:0.20:91
chr3	69362706	rs1483895	C	T	7668.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=294;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=74;NR=134;PP=2965;SC=GTCAGGGCCACGGCTGGCAAG;SOR=1.215;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=208;TCF=74;TCR=134;TR=208;WE=69362714;WS=69362696;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,285:1.00:285
chr3	69985687	.	A	G	318.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-1.676;ClippingRankSum=0.000;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.736;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=2;PP=167;ReadPosRankSum=0.167;SC=TTTTTTTTACATGCATAACTA;SOR=1.362;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=28;TCF=22;TCR=6;TR=14;WE=69985695;WS=69985677;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,17:0.55:31
chr3	69988437	.	G	GT	271.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.378;ClippingRankSum=0.000;DP=141;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.56;ReadPosRankSum=-1.144;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:77,29:0.27:106
chr3	71007272	.	CT	C	101.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.637;ClippingRankSum=0.000;DP=73;ExcessHet=3.0103;FS=12.486;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.41;ReadPosRankSum=1.728;SOR=2.636;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:54,18:0.25:72
chr3	71007347	.	C	CA	323.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.635;ClippingRankSum=0.000;DP=601;ExcessHet=3.0103;FS=0.696;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.02;MQRankSum=0.000;QD=0.58;ReadPosRankSum=-0.319;SOR=0.751;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:464,93:0.17:557
chr3	71007361	rs1053797	G	T	21033.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=703;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.02;QD=30.40;SOR=0.796;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,692:1.00:692
chr3	71015021	rs7638391	G	T	1966.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=47;NR=14;PP=1341;SC=GCAAAGACCTGTTGGGTGGAC;SOR=2.070;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=62;TCF=47;TCR=15;TR=61;WE=71015029;WS=71015011;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr3	71019750	rs9874207	T	C	793.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=16;NR=7;PP=413;SC=CCAGGGAGTATGATGCTTTGT;SOR=1.536;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=16;TCR=7;TR=23;WE=71019758;WS=71019740;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr3	71021128	.	G	GA	250.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.681;ClippingRankSum=0.000;DP=337;ExcessHet=3.0103;FS=1.209;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.06;MQRankSum=3.275;QD=0.78;ReadPosRankSum=0.084;SOR=0.809;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:266,57:0.18:323
chr3	71036994	rs6802472	A	G	77.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=2.965;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=0;PP=55;ReadPosRankSum=2.166;SC=ATCATAAAGGATAACCAGAAA;SOR=1.112;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=9;TCR=0;TR=4;WE=71037002;WS=71036984;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,4:0.36:11
chr3	71247572	rs56850311	A	T	188.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.337;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.74;ReadPosRankSum=0.338;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,10:0.36:28
chr3	71247576	rs9855825	A	T	110.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.054;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=1.957;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=6.52;ReadPosRankSum=1.367;SOR=0.283;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,8:0.47:17
chr3	71739332	.	G	GA	99.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.289;ClippingRankSum=0.000;DP=170;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.67;ReadPosRankSum=1.212;SOR=0.699;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:123,25:0.17:148
chr3	71745688	rs9877458	C	T	1972.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.034;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.405;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=38;PP=1019;ReadPosRankSum=-1.486;SC=CAAAGACCAACGTTTAAAGTT;SOR=0.540;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=131;TCF=56;TCR=75;TR=70;WE=71745696;WS=71745678;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:104,99:0.49:203
chr3	71745812	rs12107018	T	A	318.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-0.125;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.005;HP=5;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.003;NF=0;NR=14;PP=264;ReadPosRankSum=0.902;SC=CTTATTTTTGTTTTTTATTTT;SOR=2.925;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=24;TCF=2;TCR=22;TR=14;WE=71745820;WS=71745802;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,13:0.54:24
chr3	71803174	rs3732739	C	A	624.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.471;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.315;HP=6;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=2;PP=309;ReadPosRankSum=-0.391;SC=GGCCCCGGGGCGGAGCGCACG;SOR=1.099;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=28;TCF=21;TCR=7;TR=14;WE=71803182;WS=71803164;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,27:0.63:43
chr3	71823582	rs3796224	C	T	2603.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.272;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=317;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.409;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=45;PP=1183;ReadPosRankSum=-1.280;SC=GTACCACATTCGCATTCTTCT;SOR=0.661;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=192;TCF=96;TCR=96;TR=91;WE=71823590;WS=71823572;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:179,138:0.44:317
chr3	72495593	rs11460842	T	TA	440.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.229;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FS=8.910;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.04;ReadPosRankSum=0.602;SOR=1.801;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:64,45:0.41:109
chr3	72495777	rs13066407	C	G	10465.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=396;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=143;NR=138;PP=2965;SC=TTTGGCCTTCCGAGGAGTGGA;SOR=0.719;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=283;TCF=144;TCR=139;TR=281;WE=72495785;WS=72495767;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,391:1.00:391
chr3	72495945	rs13088771	A	G	13144.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=495;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=117;NR=165;PP=2965;SC=ACTGGAAGAGAGAGCGAGGAA;SOR=0.911;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=283;TCF=117;TCR=166;TR=282;WE=72495953;WS=72495935;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,493:1.00:493
chr3	72799703	rs35178407	C	T	2026.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.075;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=282;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.464;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=30;PP=832;ReadPosRankSum=-0.515;SC=TTGCAAAGAACTGACTGTCTC;SOR=0.764;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=156;TCF=78;TCR=78;TR=63;WE=72799711;WS=72799693;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:168,111:0.40:279
chr3	72873809	rs6786469	A	G	593.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.823;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.366;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=1.072;NF=6;NR=16;PP=369;ReadPosRankSum=-1.671;SC=ATTTTAATTCAAAGTACATTT;SOR=1.089;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=46;TCF=16;TCR=30;TR=22;WE=72873817;WS=72873799;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,27:0.48:56
chr3	72891736	rs2036446	A	T	113.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.352;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=8.13;ReadPosRankSum=-1.696;SOR=0.412;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,6:0.43:14
chr3	72895345	rs1502754	G	T	1166.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.399;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FS=2.010;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.34;ReadPosRankSum=0.498;SOR=0.861;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:96,63:0.40:159
chr3	72895449	.	CT	C	210.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.808;ClippingRankSum=0.000;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.40;ReadPosRankSum=-0.108;SOR=0.610;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,22:0.56:39
chr3	72957734	rs11283456	C	CAGTGTTTA	4606.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=0.504;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=265;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.399;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.975;NF=3;NR=44;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.535;SC=AATCATGGCACAGTGTTTACT;SOR=1.123;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=101;TCF=11;TCR=90;TR=47;WE=72957742;WS=72957724;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:111,119:0.52:230
chr3	72971341	rs1502755	C	T	5749.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.187;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=555;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=101;NR=76;PP=2787;ReadPosRankSum=1.076;SC=TCCCTTGCTTCCCATGTTTTT;SOR=0.724;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=335;TCF=191;TCR=144;TR=177;WE=72971349;WS=72971331;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:270,279:0.51:549
chr3	73004157	rs1532190	T	G	990.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.489;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=10;PP=638;ReadPosRankSum=0.212;SC=GTAGCATTATTTACCTATCAG;SOR=0.682;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=78;TCF=58;TCR=20;TR=36;WE=73004165;WS=73004147;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,45:0.44:103
chr3	73004580	rs17742733	T	A	450.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=2.958;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=11;PP=250;ReadPosRankSum=0.349;SC=AGTGTCAATATGCTGATTTTG;SOR=0.760;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=23;TCF=3;TCR=20;TR=13;WE=73004588;WS=73004570;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,17:0.63:27
chr3	73016640	rs3732441	T	C	313.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.752;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.30;ReadPosRankSum=-1.263;SOR=0.846;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,15:0.35:43
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chr3	73024350	rs1052278	C	A	2442.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.220;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=328;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.356;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=53;PP=1182;ReadPosRankSum=-0.945;SC=TGTCTTGTGACCAAGGAAATA;SOR=0.787;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=209;TCF=86;TCR=123;TR=87;WE=73024358;WS=73024340;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:188,132:0.41:320
chr3	73046508	rs9834246	G	C	1113.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.009;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.016;HP=1;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=22;PP=478;ReadPosRankSum=0.454;SC=GGGGACGAGTGGCGGACCCGC;SOR=0.978;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=91;TCF=41;TCR=50;TR=36;WE=73046516;WS=73046498;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:94,59:0.39:153
chr3	73046544	rs9310254	T	C	1168.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=1.188;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=19;PP=467;ReadPosRankSum=-1.218;SC=AGATATCCTCTTTTCTCCACC;SOR=0.645;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=100;TCF=42;TCR=58;TR=33;WE=73046552;WS=73046534;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:93,59:0.39:152
chr3	73046561	rs9873229	C	T	983.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.790;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FS=0.661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.40;ReadPosRankSum=-1.586;SOR=0.785;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:79,54:0.41:133
chr3	73096591	rs71277513	A	ATAAT	743.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=2.600;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.686;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=2.680;NF=0;NR=14;PP=704;ReadPosRankSum=-0.602;SC=TGTCTGGTTGATGATTGATTA;SOR=2.294;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=29;TCF=1;TCR=28;TR=14;WE=73096599;WS=73096581;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,22:0.49:45
chr3	73110076	rs726029	G	A	1098.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.556;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.690;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=15;PP=559;ReadPosRankSum=1.623;SC=GAATCAATGGGAATTTAACCC;SOR=0.813;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=74;TCF=41;TCR=33;TR=37;WE=73110084;WS=73110066;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,55:0.47:117
chr3	73111368	rs2231924	T	C	2096.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.394;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.769;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=23;PP=1036;ReadPosRankSum=1.266;SC=GAACCAATTTTCCACAATGTC;SOR=0.570;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=130;TCF=86;TCR=44;TR=63;WE=73111376;WS=73111358;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:101,98:0.49:199
chr3	73111809	rs2231926	A	G	2780.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-1.335;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=305;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=53;PP=1563;ReadPosRankSum=-0.574;SC=TTTGATAGGCATTGCGGCTGG;SOR=0.710;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=225;TCF=111;TCR=114;TR=103;WE=73111817;WS=73111799;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:163,136:0.45:299
chr3	73111973	rs2231928	A	G	2423.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.066;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=333;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.372;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=51;PP=1119;ReadPosRankSum=0.785;SC=GCTCAAGACCATGGGTTGGAG;SOR=0.926;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=212;TCF=94;TCR=118;TR=83;WE=73111981;WS=73111963;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:197,129:0.40:326
chr3	73111998	rs1060584	C	T	2844.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.591;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=340;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.830;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=49;PP=1254;ReadPosRankSum=-0.120;SC=AATGTTCACACTTCTATTTGG;SOR=0.744;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=214;TCF=97;TCR=117;TR=87;WE=73112006;WS=73111988;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:189,145:0.43:334
chr3	73112919	rs3841614	T	TA	1859.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=1.849;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=20;PP=1254;ReadPosRankSum=-0.533;SC=AGATTTTTAATACCTACAGAG;SOR=0.752;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=53;TCF=19;TCR=34;TR=31;WE=73112927;WS=73112909;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,61:0.51:120
chr3	73112974	rs11708712	A	T	1246.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=1.657;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.560;HP=5;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=28;PP=678;ReadPosRankSum=0.085;SC=TGTACTTTTTAAAAATTGGGC;SOR=0.926;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=86;TCF=37;TCR=49;TR=47;WE=73112982;WS=73112964;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,59:0.54:109
chr3	73433369	rs3205537	G	A	2379.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.167;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.502;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=41;PP=1175;ReadPosRankSum=0.552;SC=GATGCCCTCCGCCGCTCTCCT;SOR=0.631;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=150;TCF=72;TCR=78;TR=79;WE=73433377;WS=73433359;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:99,114:0.54:213
chr3	73433494	rs13091636	T	C	4764.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=62;NR=60;PP=2259;SC=CGGTGATATCTGAGAGCTCGT;SOR=0.715;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=122;TCF=62;TCR=60;TR=122;WE=73433502;WS=73433484;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,180:1.00:180
chr3	73434086	rs6787588	A	G	2493.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-2.238;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=252;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.554;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=54;PP=1270;ReadPosRankSum=-1.008;SC=CTTCTTCTGCATAAACACAAG;SOR=0.506;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=181;TCF=68;TCR=113;TR=94;WE=73434094;WS=73434076;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:129,123:0.49:252
chr3	73437112	rs6549532	A	G	6570.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-1.959;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=261;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.291;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;MQRankSum=0.202;NF=96;NR=79;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.461;SC=GTAGGAAGCCAATTTACCTGG;SOR=0.440;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=185;TCF=97;TCR=88;TR=175;WE=73437120;WS=73437102;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,255:1.00:256
chr3	73437225	rs3830251	T	TA	393.75	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.680;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=61.91;MQRankSum=1.099;QD=17.12;ReadPosRankSum=-0.120;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,21:0.91:23
chr3	73438828	rs2306507	C	G	738.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=1.132;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.429;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=9;PP=508;ReadPosRankSum=0.775;SC=TTTAACTTGTCTGGCCTCACT;SOR=1.421;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=48;TCF=30;TCR=18;TR=28;WE=73438836;WS=73438818;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,30:0.55:55
chr3	73440108	rs35427155	G	GA	1920.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.686;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=0.9941;FS=2.613;HP=10;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=16;PP=443;ReadPosRankSum=-0.316;SC=TGGTGAACATGAAAAAAAAAA;SOR=0.231;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=57;TCF=36;TCR=21;TR=43;WE=73440116;WS=73440098;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,89:0.97:92
chr3	73453201	rs2291464	C	T	958.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=21;NR=6;PP=572;SC=TGGAGGAAAACTATAGGGTGC;SOR=1.949;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=21;TCR=6;TR=27;WE=73453209;WS=73453191;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr3	73453325	rs2291463	C	T	6104.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=92;NR=61;PP=2953;SC=AGGGATCCAGCACGGGTGGGC;SOR=1.051;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=155;TCF=94;TCR=61;TR=153;WE=73453333;WS=73453315;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,232:1.00:232
chr3	73453463	rs150891989	C	T	1818.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-2.202;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.191;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=39;PP=820;ReadPosRankSum=-0.559;SC=TTCTCAACACCTGCACCACTA;SOR=0.917;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=119;TCF=45;TCR=74;TR=59;WE=73453471;WS=73453453;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:105,98:0.48:203
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chr3	73651469	rs6797804	C	T	8752.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=339;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=108;NR=97;PP=2965;SC=GGATGGCATTCAGCCTATTCA;SOR=0.787;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=206;TCF=108;TCR=98;TR=205;WE=73651477;WS=73651459;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,333:1.00:333
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chr3	75786586	rs201915219	G	T	62.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=40.11;QD=31.37;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr3	75786593	.	C	A	107.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=40.07;QD=35.76;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
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chr3	75786620	rs144106206	G	A	273.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=40.87;QD=39.11;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr3	75786662	rs202184453	A	T	646.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=44.29;QD=43.12;SOR=1.911;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr3	75786672	rs200017345	C	T	1051.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=44.78;QD=50.08;SOR=1.508;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr3	75786681	rs111677009	G	A	1096.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=45.97;QD=43.87;SOR=1.358;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
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chr3	75786737	rs78297221	A	T	2215.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=66;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=24;NR=17;PP=874;SC=GTTTTTCCACATTCATTACAT;SOR=0.994;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=24;TCR=17;TR=41;WE=75786768;WS=75786727;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr3	75786748	rs112332186	C	T	2290.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=66;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=23;NR=18;PP=831;SC=TTCATTACATCCATACGGTTT;SOR=0.952;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=41;TCF=23;TCR=18;TR=41;WE=75786768;WS=75786727;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr3	75786760	rs145576551	TC	T	2373.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=66;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=20;PP=1112;SC=ATACGGTTTTTCCCCGTGTGA;SOR=0.841;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=30;TCF=9;TCR=21;TR=29;WE=75786768;WS=75786727;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr3	75786833	rs139448820	G	A	2602.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=58;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=24;NR=20;PP=911;SC=CATTACATACGTAAGGTTTCT;SOR=0.831;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=46;TCF=25;TCR=21;TR=44;WE=75786853;WS=75786823;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr3	75786845	rs62250105	T	C	2650.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=58;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=24;NR=23;PP=971;SC=AAGGTTTCTCTCCTGTGTGAG;SOR=0.693;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=48;TCF=24;TCR=24;TR=47;WE=75786853;WS=75786823;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr3	75786888	rs1615736	C	T	2518.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=29;NR=23;PP=1018;SC=TGACTTCTGACGAAAGGTTTT;SOR=0.728;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=53;TCF=29;TCR=24;TR=52;WE=75786902;WS=75786878;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr3	75786894	rs144168413	GT	G	2531.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=19;NR=26;PP=1580;SC=CTGACGAAAGGTTTTTCCACA;SOR=0.726;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=45;TCF=19;TCR=26;TR=45;WE=75786902;WS=75786878;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr3	75787049	rs201485350	C	A	415.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=44.89;QD=37.80;SOR=3.442;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr3	75787057	rs145650973	G	A	328.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=44.05;QD=41.10;SOR=4.407;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr3	75788040	rs144355457	G	A	156.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=41.98;QD=26.14;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr3	75788076	rs146581110	A	C	1221.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=41.05;QD=46.99;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr3	75788085	rs201605431	A	G	1311.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=41.29;QD=45.23;SOR=0.760;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr3	75788105	.	C	T	1276.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=41.29;QD=44.03;SOR=0.760;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr3	75788109	.	G	A	1276.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=41.29;QD=44.03;SOR=0.760;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr3	75788114	rs375615433	C	T	1276.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=41.29;QD=44.03;SOR=0.760;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr3	75788130	.	C	T	1276.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=41.29;QD=44.03;SOR=0.760;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr3	75788137	rs199883677	C	T	1276.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=41.29;QD=44.03;SOR=0.760;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr3	75788152	rs148372120	T	C	1276.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=41.29;QD=44.03;SOR=0.760;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr3	75788192	.	T	C	695.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=42.03;QD=40.93;SOR=1.061;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr3	75788195	.	A	T	695.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=41.97;QD=46.38;SOR=1.112;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr3	75788200	.	G	A	556.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=41.96;QD=42.83;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr3	75788211	rs141743055	C	T	152.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=44.01;QD=38.01;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr3	75790427	rs199946555	C	T	62.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=47.00;QD=31.37;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr3	75790448	rs141704469	T	C	62.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=47.00;QD=31.37;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr3	75790783	.	G	GGTCTCCAGCATCATGTCCCTGTACAGGTTTCTTCTGAGCATCATCCAGGTCCTGCTACTCCTCCCAGGTGAAGTGCATAGCTACCTCCTCAAAGGATGCCAACTCCTGTAATGATAGCAGGCTGTTATAA	4057.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=45.61;QD=73.78;SOR=0.970;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr3	75790798	.	G	A	1366.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=43.37;QD=45.56;SOR=1.143;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr3	75790824	rs146969485	C	T	871.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=42.22;QD=45.88;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr3	75790864	.	T	A	152.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=44.50;QD=38.01;SOR=3.258;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr3	75790867	.	C	A	152.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=44.50;QD=38.01;SOR=3.258;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr3	75986663	rs12171318	C	A	3638.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.339;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.670;HP=2;HapScore=1;MGOF=36;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-8.703;NF=71;NR=28;PP=1779;ReadPosRankSum=-0.598;SC=AAGACATGAACGTGTCACTAG;SOR=0.297;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=126;TCF=96;TCR=30;TR=99;WE=75986671;WS=75986653;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,91:0.72:127
chr3	75986686	rs62269817	A	G	3681.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-3.991;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.753;HP=1;HapScore=1;MGOF=50;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-9.292;NF=73;NR=46;PP=1700;ReadPosRankSum=2.213;SC=GGATGTGGACATGGGCTCCGG;SOR=0.277;SbPval=0.25;Source=Platypus;TC=158;TCF=106;TCR=52;TR=119;WE=75986703;WS=75986676;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,96:0.66:146
chr3	75986695	rs79015247	G	A	346.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.231;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FS=4.972;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.61;MQRankSum=-2.228;QD=2.08;ReadPosRankSum=-0.095;SOR=0.345;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:132,35:0.21:167
chr3	75986717	rs78834776	G	A	690.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.123;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.51;MQRankSum=-4.962;QD=3.67;ReadPosRankSum=3.053;SOR=0.728;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:138,50:0.27:188
chr3	75986717	.	GTG	ATC	1006	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;FR=0.5000;HP=1;HapScore=1;MGOF=47;MMLQ=21;MQ=47.53;NF=40;NR=37;PP=1006;QD=13.7593230502;SC=GATGACTGTGGTGTTTTGGGG;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=200;TCF=107;TCR=93;TR=77;WE=75986727;WS=75986707;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:123,77:0.38:200
chr3	75986719	rs62269818	G	C	4038.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.741;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.63;MQRankSum=-9.884;QD=20.93;ReadPosRankSum=4.827;SOR=0.653;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:80,113:0.59:193
chr3	75986794	.	G	A	1589	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=49;MMLQ=26;MQ=50.01;NF=35;NR=67;PP=1589;QD=15.9193256132;SC=AGTTGGATGCGAATTTCACTT;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=214;TCF=90;TCR=124;TR=102;WE=75986802;WS=75986784;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:112,102:0.48:214
chr3	75986813	.	T	A	1288	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=46;MMLQ=28;MQ=50.15;NF=11;NR=56;PP=1288;QD=19.7428539186;SC=TTTATGATGATATTATGTGAG;SbPval=0.99;Source=Platypus;TC=180;TCF=63;TCR=117;TR=67;WE=75986821;WS=75986803;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:113,67:0.37:180
chr3	75986833	.	C	T	785	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;FR=0.5000;HP=2;HapScore=1;MGOF=42;MMLQ=24;MQ=51.28;NF=3;NR=42;PP=785;QD=18.2171380566;SC=GTCTTTGGTTCGACGTTTAAG;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=156;TCF=48;TCR=108;TR=45;WE=75986841;WS=75986823;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:111,45:0.29:156
chr3	75986874	rs7610755	G	C	2901.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=29;NR=53;PP=2962;SC=CCAGGTTTTTGTTACACGGTA;SOR=1.179;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=87;TCF=29;TCR=58;TR=82;WE=75986882;WS=75986848;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
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chr3	77147039	rs9873691	C	A	512.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=3.544;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.482;HP=4;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=0;PP=260;ReadPosRankSum=0.167;SC=ATACACAAAACGAAACATAAA;SOR=2.494;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=26;TCF=23;TCR=3;TR=13;WE=77147047;WS=77147029;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,20:0.59:34
chr3	77147112	rs9874095	G	A	1447.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.684;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=7;PP=541;ReadPosRankSum=-0.735;SC=GTGAAACCGAGGGTTTAGATA;SOR=0.694;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=88;TCF=64;TCR=24;TR=35;WE=77147120;WS=77147102;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,69:0.51:135
chr3	77600273	rs3796291	C	A	423.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=12;PP=303;SC=GAATCCAGGTCACATTCTTTT;SOR=3.126;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=14;TCF=2;TCR=12;TR=14;WE=77600281;WS=77600263;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr3	77607070	rs5850333	A	AC	6206.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.947;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=235;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.140;NF=55;NR=52;PP=2936;ReadPosRankSum=-1.228;SC=ATGTTAAAATACCTGAAAAGA;SOR=1.312;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=116;TCF=61;TCR=55;TR=107;WE=77607078;WS=77607060;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,231:0.99:233
chr3	77613740	.	GTA	G	58	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=0;NR=2;PP=58;QD=34.5;SC=TCTTTTCAAGGTATATATATA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=2;WE=77613749;WS=77613730;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:7,2:0.22:9
chr3	77645946	rs35328861	CT	C	1331.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.923;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FS=2.253;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.44;MQRankSum=0.497;QD=16.44;ReadPosRankSum=-0.959;SOR=1.649;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:4,77:0.95:81
chr3	77645984	rs775718	A	G	1449.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=33;PP=953;SC=TTTTTAAAGAAACATATCAGA;SOR=2.170;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=42;TCF=9;TCR=33;TR=42;WE=77645992;WS=77645974;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr3	77671721	rs2272163	C	A	239.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-3.719;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=9;PP=187;ReadPosRankSum=-0.524;SC=ATATTAAATACAAAATTCAAA;SOR=1.112;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=0;TCR=15;TR=9;WE=77671729;WS=77671711;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,9:0.60:15
chr3	77681865	rs1451617	T	A	675.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=18;PP=469;SC=TTGGACACTGTCCTCTTTTCT;SOR=4.804;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=19;TCF=1;TCR=18;TR=19;WE=77681873;WS=77681855;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr3	78663958	.	G	GA	196.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.374;ClippingRankSum=0.000;DP=264;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.20;MQRankSum=4.391;QD=0.92;ReadPosRankSum=0.058;SOR=0.749;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:173,40:0.19:213
chr3	78666765	rs9839790	T	C	1149.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.526;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.701;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=14;PP=659;ReadPosRankSum=-0.066;SC=CCCAGCTTGGTGAAAAGTGTT;SOR=0.571;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=94;TCF=66;TCR=28;TR=46;WE=78666773;WS=78666755;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,57:0.46:125
chr3	78676405	rs7625555	T	C	712.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.098;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=4;PP=378;ReadPosRankSum=1.377;SC=GGATAGCATTTGGTAACTTCC;SOR=0.619;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=50;TCF=41;TCR=9;TR=23;WE=78676413;WS=78676395;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,32:0.46:70
chr3	78676467	rs7636043	A	G	4831.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=73;NR=41;PP=2013;SC=TAGTGACAACATACCTCCTGT;SOR=1.057;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=114;TCF=73;TCR=41;TR=114;WE=78676475;WS=78676457;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,190:1.00:190
chr3	78680578	rs6548592	T	C	324.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-1.105;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=13;PP=180;ReadPosRankSum=0.547;SC=GAGATAAACATGCTTTTTCAT;SOR=0.725;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=50;TCF=15;TCR=35;TR=19;WE=78680586;WS=78680568;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,20:0.34:58
chr3	78700779	rs3925684	C	A	1570.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=39;NR=7;PP=1142;SC=TATATTAAAACAAGTTTTAGA;SOR=3.258;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=46;TCF=39;TCR=7;TR=46;WE=78700787;WS=78700764;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr3	78700838	rs58872086	G	A	1542.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.256;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=12;PP=972;ReadPosRankSum=0.590;SC=AAAATCAAGAGTTTTATAAAC;SOR=0.731;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=114;TCF=87;TCR=27;TR=53;WE=78700846;WS=78700828;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,68:0.48:141
chr3	78700901	rs6795556	G	T	4227.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.702;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=461;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.524;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=78;NR=53;PP=1849;ReadPosRankSum=-0.875;SC=TACCCGCGTAGGTACTAGTAA;SOR=0.633;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=266;TCF=159;TCR=107;TR=131;WE=78700909;WS=78700891;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:238,212:0.47:450
chr3	78706519	rs9818170	C	T	808.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-2.372;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.206;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=24;PP=550;ReadPosRankSum=-0.721;SC=GAGTACTAAACTGTCATGCAC;SOR=0.478;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=54;TCF=9;TCR=45;TR=29;WE=78706527;WS=78706509;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,34:0.56:61
chr3	78706553	rs3832208	AT	A	241.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=1.772;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=14;PP=359;ReadPosRankSum=-1.548;SC=TTCCAAAGTCATTTTTTCCCT;SOR=0.634;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=34;TCF=0;TCR=34;TR=14;WE=78706561;WS=78706543;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,15:0.48:31
chr3	78708810	rs10662787	A	AATAT	1373.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.579;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=11;PP=911;ReadPosRankSum=1.095;SC=TCAGGACATTAATATATATAT;SOR=0.604;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=49;TCF=24;TCR=25;TR=20;WE=78708819;WS=78708800;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,38:0.43:88
chr3	78709044	rs9829907	G	A	349.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.395;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=2.611;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.22;MQRankSum=0.000;QD=7.44;ReadPosRankSum=-1.237;SOR=0.373;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,18:0.38:47
chr3	78709068	rs76880412	CTTTT	C	482.50	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.147;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=5.119;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.78;MQRankSum=0.577;QD=24.12;ReadPosRankSum=0.401;SOR=1.872;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,16:0.80:20
chr3	78717343	rs2271151	C	T	3948.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.664;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=488;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=53;PP=1684;ReadPosRankSum=2.284;SC=TTGGTTGCCACGATAATGTGA;SOR=0.711;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=279;TCF=146;TCR=133;TR=114;WE=78717351;WS=78717333;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:283,204:0.42:487
chr3	78719577	rs9309810	C	G	608.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-1.639;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=18;PP=400;ReadPosRankSum=1.815;SC=ATTAAAGTAGCAGACATGCAT;SOR=0.582;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=53;TCF=9;TCR=44;TR=22;WE=78719585;WS=78719567;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,26:0.44:59
chr3	78742377	.	C	T	1407.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.697;ClippingRankSum=0.000;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.381;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=13;PP=820;ReadPosRankSum=-1.587;SC=TGGCCAATGACAAGTGAAACA;SOR=0.944;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=99;TCF=72;TCR=27;TR=51;WE=78742385;WS=78742367;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,65:0.49:132
chr3	78796078	rs2304503	C	A	1030.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.305;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.493;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=17;PP=371;ReadPosRankSum=-2.048;SC=AATCATTATACCCAAAAGTGA;SOR=0.842;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=68;TCF=28;TCR=40;TR=27;WE=78796086;WS=78796068;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,52:0.46:113
chr3	80491425	.	G	A	51.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=40.00;MQRankSum=-0.000;QD=8.63;ReadPosRankSum=0.674;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,3:0.50:6
chr3	81548209	rs34988523	T	TAAG	5663.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-1.342;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.180;NF=34;NR=39;PP=2969;ReadPosRankSum=0.293;SC=AACATTACTATAATAAAAGAG;SOR=0.647;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=79;TCF=40;TCR=39;TR=73;WE=81548217;WS=81548199;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,123:0.99:124
chr3	81584268	.	CTT	C,CT	1843.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.334;ClippingRankSum=0.000;DP=148;ExcessHet=3.0103;FS=3.760;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.07;MQRankSum=0.448;QD=13.26;ReadPosRankSum=1.266;SOR=1.251;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:19,45,75:0.32,0.54:139
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chr3	81643167	rs2172397	T	C	9455.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=350;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=84;NR=147;PP=2965;SC=AATCTTAAAATTTCCCAGCTA;SOR=1.117;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=231;TCF=84;TCR=147;TR=231;WE=81643175;WS=81643157;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,346:1.00:346
chr3	81643227	.	TA	T	1755.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.595;ClippingRankSum=0.000;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.044;HP=2;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=30;PP=976;ReadPosRankSum=-1.536;SC=GCATTTTCCTTAACTGTTATA;SOR=0.343;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=78;TCF=0;TCR=78;TR=30;WE=81643235;WS=81643217;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,58:0.48:122
chr3	81698130	rs2229519	T	C	871.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.405;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.735;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=16;PP=329;ReadPosRankSum=-0.978;SC=TTCTTTGGTCTGGAATGCTTA;SOR=0.842;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=57;TCF=25;TCR=32;TR=27;WE=81698138;WS=81698120;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,48:0.46:105
chr3	81720221	rs9863136	T	C	224.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-3.662;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=11;PP=174;ReadPosRankSum=0.746;SC=CTAAAATAATTGTTTTCTGAA;SOR=0.387;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=18;TCF=1;TCR=17;TR=12;WE=81720229;WS=81720211;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,11:0.61:18
chr3	81792592	rs3772889	T	C	4061.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=1.356;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.150;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=95;NR=27;PP=2762;ReadPosRankSum=0.211;SC=TGAACACACATACACCCCCAC;SOR=2.023;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=122;TCF=95;TCR=27;TR=122;WE=81792600;WS=81792574;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,144:0.99:146
chr3	81810516	rs9820490	C	A	2088.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-1.842;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.389;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=29;PP=845;ReadPosRankSum=0.083;SC=TGGTGGGATTCCGGCGGTACC;SOR=0.816;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=125;TCF=65;TCR=60;TR=65;WE=81810524;WS=81810506;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:98,108:0.52:206
chr3	81810702	rs11391701	A	AG	2492.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=36;PP=1811;SC=GAGGCCCGAGAGGTCGAGTGG;SOR=1.681;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=42;TCF=2;TCR=40;TR=38;WE=81810710;WS=81810692;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr3	81810725	rs2290081	C	T	432.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.359;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=41;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=12;PP=279;ReadPosRankSum=0.910;SC=CCTGAGCGGGCGCTGGAGCTC;SOR=0.836;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=35;TCF=8;TCR=27;TR=15;WE=81810733;WS=81810715;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,21:0.43:49
chr3	81810770	rs78982329	G	A	322.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=0.699;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.550;HP=2;HapScore=2;MGOF=42;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=9;PP=178;ReadPosRankSum=-0.066;SC=GGAGCCGGAGGGCGCCTAGGC;SOR=1.123;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=20;TCF=5;TCR=15;TR=11;WE=81810778;WS=81810760;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,15:0.52:29
chr3	85434950	rs3086134	C	CTT	505.52	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.291;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.85;ReadPosRankSum=-0.252;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:3,27:0.90:30
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chr3	87100309	rs2575753	T	C	18405.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=0.567;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=709;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=-2.064;NF=243;NR=182;PP=2965;ReadPosRankSum=1.078;SC=ACCACCTTTCTATCTTGAAAC;SOR=0.835;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=426;TCF=243;TCR=183;TR=425;WE=87100317;WS=87100299;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,707:1.00:709
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chr3	88040682	rs6301	T	A	5519.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.510;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=538;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.515;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=79;NR=90;PP=2821;ReadPosRankSum=-0.037;SC=TTGATAAAATTCATAGCACAG;SOR=0.732;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=334;TCF=161;TCR=173;TR=169;WE=88040690;WS=88040672;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:264,263:0.50:527
chr3	88188420	rs9813894	G	A	906.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-1.928;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=12;PP=543;ReadPosRankSum=-0.499;SC=ACAGCTCTCAGTACTTCCAAA;SOR=0.693;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=68;TCF=47;TCR=21;TR=37;WE=88188428;WS=88188410;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,43:0.50:86
chr3	88189341	rs7653652	T	C	1864.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.783;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.287;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=41;PP=1279;ReadPosRankSum=0.157;SC=AGTCACAGGATATTTCAGGCT;SOR=0.376;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=206;TCF=95;TCR=111;TR=87;WE=88189349;WS=88189331;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:129,95:0.42:224
chr3	88190768	rs7432826	C	A	2537.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.053;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=270;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=41;PP=1194;ReadPosRankSum=-2.015;SC=ATAAAACTTGCATTAACAGAT;SOR=0.695;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=175;TCF=87;TCR=88;TR=83;WE=88190776;WS=88190758;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:143,127:0.47:270
chr3	88190809	rs7432838	C	T	2468.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.510;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=252;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=41;PP=1089;ReadPosRankSum=1.825;SC=CTGATGAAAACGGTTCAGAAA;SOR=0.667;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=162;TCF=76;TCR=86;TR=78;WE=88190817;WS=88190799;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:130,122:0.48:252
chr3	88199179	rs6551277	T	C	4427.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-3.246;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=444;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.770;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=2.014;NF=84;NR=60;PP=2962;ReadPosRankSum=0.786;SC=TTGTTGCCGTTGTCTTTCCCC;SOR=0.534;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=299;TCF=183;TCR=116;TR=144;WE=88199193;WS=88199169;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:221,220:0.50:441
chr3	88199185	rs11374933	T	TC	5215.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.467;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=463;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.472;HP=7;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.469;NF=29;NR=65;PP=2976;ReadPosRankSum=0.813;SC=CCGTTGTCTTTCCCCCCCAGT;SOR=0.534;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=225;TCF=89;TCR=136;TR=94;WE=88199193;WS=88199169;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:229,221:0.49:450
chr3	88199298	rs6551278	T	C	5910.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-2.157;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=622;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.099;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=2.481;NF=83;NR=103;PP=2179;ReadPosRankSum=0.966;SC=TATGCGACACTGTCACCAACC;SOR=0.615;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=374;TCF=160;TCR=214;TR=186;WE=88199306;WS=88199288;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:311,306:0.50:617
chr3	89456555	rs3792572	T	A	7293.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=281;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=67;NR=118;PP=2965;SC=ATTCACTTTCTTTGTTGCTTT;SOR=1.162;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=185;TCF=67;TCR=118;TR=185;WE=89456563;WS=89456545;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,271:1.00:271
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chr3	89498619	rs1028011	A	G	823.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=6;NR=22;PP=572;SC=CTCCTGGTTTATAACACTGAA;SOR=2.303;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=28;TCF=6;TCR=22;TR=28;WE=89498627;WS=89498609;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
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chr3	89521693	rs35124509	T	C	5614.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.661;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=31;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.193;NF=65;NR=79;PP=2257;ReadPosRankSum=0.672;SC=TAATGGTGTCTGGACAGCACA;SOR=0.846;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=147;TCF=66;TCR=81;TR=144;WE=89521701;WS=89521683;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,222:0.99:224
chr3	89521725	rs1054750	T	C	4496.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.738;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=53;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.216;NF=49;NR=70;PP=2022;ReadPosRankSum=-0.904;SC=TCTTCACGGGTGTGGAGTACA;SOR=0.956;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=121;TCF=50;TCR=71;TR=119;WE=89521733;WS=89521715;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,177:0.99:179
chr3	89521820	.	TTG	T	1580.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-1.748;ClippingRankSum=0.000;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5171;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=32;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=16;PP=893;ReadPosRankSum=0.978;SC=TTGAACTTTCTTGGCTTGACA;SOR=1.880;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=0;TCR=19;TR=16;WE=89521849;WS=89521810;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,38:0.97:39
chr3	89521824	rs371736339	CT	C	1579.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.419;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=43.88;ReadPosRankSum=1.493;SOR=2.038;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,35:0.97:36
chr3	89521825	.	TTGACATGAAA	T	2937	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;FR=0.5171;HP=1;HapScore=1;MGOF=32;MMLQ=28;MQ=60.0;NF=0;NR=16;PP=2937;QD=20;SC=CTTTCTTGGCTTGACATGAAA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=0;TCR=17;TR=16;WE=89521849;WS=89521810;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:1,16:0.94:17
chr3	89521828	rs376317195	AC	A	1492.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=46.65;SOR=3.126;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr3	89521831	rs369749467	TGAAAG	T	1357.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.26;SOR=2.985;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr3	89521838	rs200459033	TTTG	T	1312.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.76;SOR=2.985;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr3	89528461	rs12631313	A	T	1760.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.359;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=18;PP=744;ReadPosRankSum=1.813;SC=CTAGAATATAACATCGTGCAA;SOR=0.344;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=44;TCF=26;TCR=18;TR=44;WE=89528469;WS=89528451;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,71:0.99:72
chr3	89528477	rs12636710	G	A	2180.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=2.561;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=20;PP=852;ReadPosRankSum=-0.534;SC=TGCAAATTGTGCTAATTGAAA;SOR=0.321;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=48;TCF=28;TCR=20;TR=48;WE=89528485;WS=89528467;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,85:0.99:86
chr3	90264768	rs6803112	A	G	4043.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=53;NR=39;PP=1701;SC=TTCACTTTCCACTTTCTGAGG;SOR=0.868;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=93;TCF=54;TCR=39;TR=92;WE=90264776;WS=90264758;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,159:1.00:159
chr3	90276701	rs150608014	GCA	G	334.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.266;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FS=4.009;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.94;ReadPosRankSum=-5.114;SOR=0.313;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:65,20:0.24:85
chr3	93605126	rs8178649	A	G	996.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=3.048;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.930;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.952;NF=25;NR=6;PP=586;ReadPosRankSum=1.019;SC=ATTCAAATCTATTACAGACAA;SOR=0.887;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=65;TCF=49;TCR=16;TR=31;WE=93605134;WS=93605116;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,42:0.51:82
chr3	93754286	.	G	GT	77.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.250;ClippingRankSum=0.000;DP=80;ExcessHet=3.0103;FS=5.256;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.23;ReadPosRankSum=-2.424;SOR=1.107;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:46,17:0.27:63
chr3	93768268	rs33944211	C	G	1764.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.374;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.236;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=13;PP=695;ReadPosRankSum=-0.164;SC=AAAAAGAAAACTAAGAAACTA;SOR=0.838;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=110;TCF=71;TCR=39;TR=47;WE=93768276;WS=93768258;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,85:0.51:168
chr3	93779860	rs17855824	C	T	2838.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.634;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=382;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.695;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=1.164;NF=46;NR=36;PP=1079;ReadPosRankSum=-1.499;SC=TCAGAGAGAACACCTGGGTAT;SOR=0.787;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=227;TCF=122;TCR=105;TR=82;WE=93779868;WS=93779850;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:228,153:0.40:381
chr3	93780109	rs61739170	G	C	2834.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.147;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=307;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=50;ReadPosRankSum=2.127;SC=CCTTGTGGAGGTTCCTTGAGT;SOR=0.698;Source=Platypus;TCF=108;WE=93780117;WS=93780099;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:164,134:0.45:298
chr3	93813171	rs10934676	C	G	3343.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.336;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=362;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.387;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=65;PP=1590;ReadPosRankSum=-1.838;SC=AACTGATGGACGCCCAGTAAT;SOR=0.730;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=232;TCF=93;TCR=139;TR=107;WE=93813179;WS=93813161;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:190,166:0.47:356
chr3	94225786	rs1906643	G	T	626.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.485;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.254;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-1.250;NF=21;NR=6;PP=381;ReadPosRankSum=-0.530;SC=TTCTTTATATGCTGAAATAGC;SOR=1.074;SbPval=0.94;Source=Platypus;TC=71;TCF=45;TCR=26;TR=27;WE=94225794;WS=94225776;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,29:0.41:70
chr3	96728829	.	G	GT	39.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.614;ClippingRankSum=0.000;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=1.773;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.37;ReadPosRankSum=0.997;SOR=0.330;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,7:0.24:29
chr3	97194422	rs7624823	T	G	663.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=19;PP=511;SC=AGGGATCCCATAAGAATCCAC;SOR=3.912;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=20;TCF=1;TCR=19;TR=20;WE=97194430;WS=97194412;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr3	97198112	.	G	GT	169.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.745;ClippingRankSum=0.000;DP=108;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.62;ReadPosRankSum=0.855;SOR=0.776;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:82,23:0.22:105
chr3	97365038	rs301948	G	A	942.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.263;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.850;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=18;PP=579;ReadPosRankSum=1.175;SC=TGAGCAGTGCGAGTCCAGCTC;SOR=0.446;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=61;TCF=34;TCR=27;TR=36;WE=97365046;WS=97365028;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,44:0.52:84
chr3	97365074	rs301949	A	G	948.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.507;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.576;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=20;PP=494;ReadPosRankSum=1.011;SC=ACTGGTCCTCATGTGGAAGAG;SOR=0.543;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=73;TCF=40;TCR=33;TR=40;WE=97365082;WS=97365064;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,49:0.49:101
chr3	97365250	rs71311330	G	T	162.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-1.279;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=8;PP=117;ReadPosRankSum=0.829;SC=AATGAAGAATGAGATTTACAC;SOR=0.892;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=20;TCF=4;TCR=16;TR=10;WE=97365258;WS=97365240;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,10:0.45:22
chr3	97367230	rs3214668	C	CA	2868.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.487;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.798;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQ=60.06;MQRankSum=1.088;NF=8;NR=24;PP=1232;ReadPosRankSum=-0.260;SC=CTACACCCAACTGGAGATAAT;SOR=0.592;SbPval=0.19;Source=Platypus;TC=77;TCF=13;TCR=64;TR=32;WE=97367238;WS=97367220;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:101,87:0.46:188
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chr3	97499654	rs10935082	T	A	444.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=3;NR=13;PP=326;SC=ACATTTCCTATTTTAAAAAAT;SOR=2.584;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=16;TCF=3;TCR=13;TR=16;WE=97499662;WS=97499644;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
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chr3	97660198	rs832089	A	G	1735.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=14;NR=33;PP=981;SC=TCTGTTTTTTATTTTGAAAAC;SOR=1.467;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=14;TCR=33;TR=47;WE=97660206;WS=97660188;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr3	97664725	rs2172257	C	T	12176.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-2.431;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=477;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQ=60.02;MQRankSum=0.125;NF=142;NR=160;PP=2965;ReadPosRankSum=1.978;SC=TTTTCTTGAGCTTCATCCTTT;SOR=0.498;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=307;TCF=144;TCR=163;TR=302;WE=97664733;WS=97664715;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:5,460:0.99:465
chr3	97669543	rs55835605	G	A	359.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-4.812;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.087;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=1;PP=329;ReadPosRankSum=-1.226;SC=CATGTTGGAAGAAGTATCCTG;SOR=0.090;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=42;TCF=41;TCR=1;TR=18;WE=97669551;WS=97669533;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,16:0.39:41
chr3	97673268	rs832079	A	C	5108.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=63;NR=59;PP=1875;SC=TCACGTGAGTAGAGTGGGCCA;SOR=0.754;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=123;TCF=63;TCR=60;TR=122;WE=97673276;WS=97673258;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,200:1.00:200
chr3	97726747	rs832032	T	A	3276.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=15;NR=67;PP=1942;SC=CATTGTAGGCTTCTAAAACAT;SOR=2.163;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=83;TCF=15;TCR=68;TR=82;WE=97726755;WS=97726737;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr3	97727727	rs832030	G	C	3493.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=76;NR=31;PP=2358;SC=TTAAGAGCATGCTTATTTACA;SOR=1.554;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=108;TCF=77;TCR=31;TR=107;WE=97727735;WS=97727717;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
chr3	97727753	rs832029	G	A	5450.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=91;NR=57;PP=2932;SC=GTATGTGATGGTGTGTTCAAA;SOR=1.103;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=150;TCF=93;TCR=57;TR=148;WE=97727761;WS=97727743;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,206:1.00:206
chr3	97731434	rs11426005	C	CA	446.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-0.263;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.380;HP=7;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=1.081;NF=0;NR=20;PP=450;ReadPosRankSum=-1.448;SC=AAAAAGAGACCAAAAAAACCA;SOR=1.085;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=41;TCF=1;TCR=40;TR=20;WE=97731442;WS=97731424;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,24:0.48:50
chr3	97744611	rs832041	A	G	582.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.256;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.214;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=20;PP=417;ReadPosRankSum=0.841;SC=GCTCAACATAACATGTTCTGA;SOR=0.066;SbPval=0.18;Source=Platypus;TC=44;TCF=4;TCR=40;TR=24;WE=97744619;WS=97744601;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,25:0.54:46
chr3	97753931	rs832070	T	C	970.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=1.390;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=28;PP=602;ReadPosRankSum=-0.100;SC=AAACAGCATGTCAGGGGAAAT;SOR=0.636;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=74;TCF=16;TCR=58;TR=36;WE=97753939;WS=97753921;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,43:0.49:88
chr3	97805954	rs13082722	T	C	466.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-3.358;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.726;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=4;PP=293;ReadPosRankSum=-1.683;SC=AATAAAATGCTACCGCTTTGT;SOR=0.215;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=33;TCF=27;TCR=6;TR=18;WE=97805962;WS=97805944;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,21:0.58:36
chr3	97806616	rs4518168	G	A	2266.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.478;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.808;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=29;PP=1157;ReadPosRankSum=0.972;SC=ACGCACTAATGATATTTATTT;SOR=1.010;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=151;TCF=83;TCR=68;TR=73;WE=97806624;WS=97806606;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:101,106:0.51:207
chr3	97806999	rs6439602	T	C	2611.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=0.342;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=60;PP=1834;ReadPosRankSum=1.755;SC=TTTGCATAAATAAGTCAACAA;SOR=1.287;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=75;TCF=14;TCR=61;TR=74;WE=97807007;WS=97806989;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,87:0.99:88
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chr3	97852083	rs9826076	C	T	2177.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=52;NR=15;PP=1555;SC=TACTGTGACACTATCCCATTG;SOR=2.271;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=67;TCF=52;TCR=15;TR=67;WE=97852091;WS=97852073;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr3	97868419	rs4241468	G	A	10106.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.939;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=381;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=-0.552;NF=133;NR=117;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.826;SC=CTTACTCCTTGGGAATTTAGC;SOR=0.825;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=253;TCF=135;TCR=118;TR=250;WE=97868427;WS=97868409;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,369:0.99:371
chr3	97868795	rs4857076	A	G	3667.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=51;NR=37;PP=1765;SC=AAGATTTCTTATACTGATTCC;SOR=0.886;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=88;TCF=51;TCR=37;TR=88;WE=97868803;WS=97868785;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,134:1.00:134
chr3	97868970	rs12639519	T	A	1596.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=23;NR=23;PP=1144;SC=ATCTCTTATCTGTATCTTTAT;SOR=0.732;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=24;TCR=23;TR=46;WE=97868978;WS=97868960;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr3	97887865	rs4133320	G	A	17781.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=679;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=189;NR=220;PP=2965;SC=TGCAATTGGCGTAACCACAGA;SOR=0.786;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=409;TCF=189;TCR=220;TR=409;WE=97887873;WS=97887855;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,676:1.00:676
chr3	97887985	rs4133321	T	A	4110.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NR=94;PP=2965;SC=ATTAATCTTGTCATATATAGC;SOR=2.015;SbPval=0.51;Source=Platypus;TCR=94;WE=97887993;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,140:1.00:140
chr3	97888042	rs4133322	A	T	2184.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=27;NR=41;PP=1750;SC=ATTCAGACTAACCTTCTGTAA;SOR=1.296;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=68;TCF=27;TCR=41;TR=68;WE=97888050;WS=97888032;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr3	97888197	rs7623031	C	T	5383.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=54;NR=60;PP=2142;SC=TTATATCTTACACATTTGTTC;SOR=0.785;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=115;TCF=54;TCR=61;TR=114;WE=97888205;WS=97888187;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,203:1.00:203
chr3	97888337	rs13082608	C	T	1102.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.162;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=23;PP=718;ReadPosRankSum=-0.687;SC=CCTGCATCTCCGCAAGCAGAT;SOR=0.728;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=87;TCF=46;TCR=41;TR=48;WE=97888345;WS=97888327;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,49:0.52:95
chr3	97983257	rs2132894	C	G	16386.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.438;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=611;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=197;NR=183;PP=2965;ReadPosRankSum=2.376;SC=AAATACCGCTCTTCCTGGCAT;SOR=0.400;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=384;TCF=198;TCR=186;TR=380;WE=97983265;WS=97983247;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,605:1.00:608
chr3	97983391	rs2173236	C	T	14264.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.019;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=523;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=61;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=-0.149;NF=185;NR=187;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.158;SC=GTGGATGCTTCGTTATCATCC;SOR=0.693;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=376;TCF=187;TCR=189;TR=372;WE=97983399;WS=97983381;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,514:1.00:516
chr3	97983487	rs74203917	TTGTAACCAC	T	25760.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=649;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=66;NR=198;PP=2979;SC=TTTTTTTCCCTTGTAACCACT;SOR=0.728;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=292;TCF=72;TCR=220;TR=264;WE=97983503;WS=97983477;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,576:1.00:576
chr3	97983561	rs9289564	G	C	16453.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.784;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=620;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=160;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=-0.017;NF=220;NR=235;PP=2965;ReadPosRankSum=1.472;SC=CATTTGCAAAGCTTTACTTTA;SOR=0.760;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=456;TCF=220;TCR=236;TR=455;WE=97983569;WS=97983551;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,612:1.00:614
chr3	97983711	rs9853887	T	C	5333.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=60;NR=120;PP=2965;SC=ACACTTTTACTGTGACATTAT;SOR=1.598;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=180;TCF=60;TCR=120;TR=180;WE=97983719;WS=97983701;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,204:1.00:204
chr3	97983942	rs9853906	A	G	1996.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=41;NR=21;PP=1499;SC=TGGCCCCCTCACCTTCAAATA;SOR=1.576;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=62;TCF=41;TCR=21;TR=62;WE=97983950;WS=97983932;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr3	97983981	rs9871143	G	A	2992.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=56;NR=28;PP=1965;SC=GCAAGCAGATGACCAAGATAT;SOR=1.586;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=84;TCF=56;TCR=28;TR=84;WE=97983989;WS=97983971;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr3	98073591	rs11288615	TA	T	2426.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=6;NR=51;PP=1574;SC=TAAATGTTCTTAAAAAAATTA;SOR=1.519;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=64;TCF=6;TCR=58;TR=57;WE=98073599;WS=98073581;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr3	98110406	rs144759043	G	GA	861.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.62;SOR=1.148;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr3	98217178	rs55639376	T	A	1367.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.912;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=1.409;NF=19;NR=33;PP=828;ReadPosRankSum=1.777;SC=TAATATCTTATCTCTATATTC;SOR=0.706;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=100;TCF=35;TCR=65;TR=52;WE=98217186;WS=98217168;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,64:0.49:130
chr3	98220243	rs73140298	C	A	1428.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-0.290;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.877;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=23;PP=568;ReadPosRankSum=0.720;SC=AAGGTTCTTCCCAAATCCCTA;SOR=0.701;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=92;TCF=44;TCR=48;TR=46;WE=98220251;WS=98220233;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:98,77:0.44:175
chr3	98220492	rs143567740	AAG	A	32.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=0.431;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=2;PP=54;ReadPosRankSum=0.431;SC=TTAACAAAAAAAGAGATAAAA;SOR=0.307;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=2;WE=98220501;WS=98220482;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,2:0.33:6
chr3	98225441	rs1132750	A	C	125.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=0.903;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=1;PP=50;ReadPosRankSum=0.816;SC=GGCTGAAGTCATCTGAAGGCT;SOR=0.307;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=9;TCF=8;TCR=1;TR=5;WE=98225449;WS=98225440;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,6:0.60:10
chr3	98252027	rs1529047	G	A	490.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=1.582;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=13;PP=300;ReadPosRankSum=-0.166;SC=CAACAAAGAAGGAAGTGTTAA;SOR=0.504;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=32;TCF=6;TCR=26;TR=16;WE=98252035;WS=98252017;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,21:0.57:37
chr3	98281349	rs9850648	G	T	4841.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=48;NR=67;PP=2115;SC=TCTAATAGCTGGTATCAAAAT;SOR=0.920;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=115;TCF=48;TCR=67;TR=115;WE=98281357;WS=98281339;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,183:1.00:183
chr3	98299707	rs374091299	TA	T	204.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.739;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.06;ReadPosRankSum=1.055;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:45,22:0.33:67
chr3	98304467	rs1729995	T	C	3917.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=44;NR=52;PP=1874;SC=TGCCCCGCCGTTCTCCACGAT;SOR=0.776;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=96;TCF=44;TCR=52;TR=96;WE=98304475;WS=98304457;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,148:1.00:148
chr3	98307696	rs1131857	T	G	4540.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.977;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=463;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.094;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=71;PP=1851;ReadPosRankSum=-1.950;SC=CACTGCTTGTTGCCTACCAAA;SOR=0.789;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=279;TCF=125;TCR=154;TR=123;WE=98307704;WS=98307686;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:232,224:0.49:456
chr3	98490141	rs844160	A	T	1578.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=14;NR=32;PP=918;SC=ACCCTTATTAATTTGTGGCTT;SOR=1.609;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=46;TCF=14;TCR=32;TR=46;WE=98490149;WS=98490131;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr3	98503683	rs704585	C	T	4477.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=76;NR=37;PP=2160;SC=TTTCTACTTGCGCAACAAGTG;SOR=1.391;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=113;TCF=76;TCR=37;TR=113;WE=98503691;WS=98503673;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,165:1.00:165
chr3	98518160	rs62821060	T	TA	2038.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.843;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FS=1.398;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.27;MQRankSum=0.599;QD=17.88;ReadPosRankSum=0.586;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:10,104:0.91:114
chr3	98540982	rs852701	A	G	3162.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=68;NR=18;PP=2041;SC=TAACAGTGATACTGCTGAGAT;SOR=2.193;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=86;TCF=68;TCR=18;TR=86;WE=98540990;WS=98540972;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr3	98541012	rs866873	G	A	4440.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=87;NR=41;PP=2491;SC=TCTTAGCCCAGTGCTACCCAG;SOR=1.416;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=128;TCF=87;TCR=41;TR=128;WE=98541020;WS=98541002;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,164:1.00:164
chr3	98541116	rs828616	G	A	13945.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=532;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=158;NR=147;PP=2965;SC=CATAATAGGGGATACCTTTAC;SOR=0.739;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=307;TCF=158;TCR=149;TR=305;WE=98541124;WS=98541106;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,528:1.00:528
chr3	98541422	rs828617	G	T	1614.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=40;NR=2;PP=1166;SC=CAAAAGATAAGGATATATGAT;SOR=5.018;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=43;TCF=40;TCR=3;TR=42;WE=98541430;WS=98541412;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr3	98541633	rs828618	G	A	8189.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.690;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=322;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=85;NR=108;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.795;SC=GTATTTTACAGGGAAAAAAGC;SOR=0.889;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=196;TCF=87;TCR=109;TR=193;WE=98541641;WS=98541623;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,310:0.99:312
chr3	98542485	rs142035943	G	GAAGAA	2017.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=23;PP=1475;SC=ATTCTGCTATGAAGTCATGCT;SOR=2.110;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=30;TCF=2;TCR=28;TR=25;WE=98542493;WS=98542475;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr3	98544123	.	CAA	C	108.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.246;ClippingRankSum=-0.000;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=7.77;ReadPosRankSum=-0.496;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,7:0.50:14
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chr3	99536937	rs1718240	C	T	6278.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-0.354;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=136;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.389;SC=GGAGCCCTTCCGTGCGCCTCA;SOR=0.406;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=196;TCF=57;TCR=139;TR=193;WE=99536945;WS=99536927;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,226:0.99:228
chr3	99904783	rs12629505	G	A	391.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=11;PP=267;SC=GGCACCATACGTGAGAATGGT;SOR=2.985;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=12;TCF=1;TCR=11;TR=12;WE=99904791;WS=99904773;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr3	100015146	rs3772698	G	T	6417.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=41;NR=57;PP=1802;SC=GACCAACTATGTTGTATTTCA;SOR=0.921;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=98;TCF=41;TCR=57;TR=98;WE=100015154;WS=100015136;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,163:1.00:163
chr3	100015166	rs3772697	C	T	5557.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=33;NR=54;PP=1638;SC=ATATTTTGTACATTGTTTTAT;SOR=1.107;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=87;TCF=33;TCR=54;TR=87;WE=100015174;WS=100015156;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr3	100015249	rs5851199	AT	A	301	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.970;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=7.312;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.33;ReadPosRankSum=0.120;SOR=4.514;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,19:0.90:21
chr3	100016726	rs3832199	A	AT	1191.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=23;NR=6;PP=341;SC=AGAAAGTTTGATTTTTTTTTT;SOR=1.911;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=32;TCF=24;TCR=8;TR=29;WE=100016734;WS=100016716;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr3	100029173	rs4928168	A	G	539.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=12;NR=5;PP=296;SC=AGTCTATAACATGTAGATAAC;SOR=1.828;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=17;TCF=12;TCR=5;TR=17;WE=100029181;WS=100029163;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr3	100030628	rs3217495	A	AT	5688.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.036;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=241;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=52;PP=2027;ReadPosRankSum=-1.321;SC=AAGCTGTTGCATTTTTTTTAT;SOR=0.857;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=133;TCF=72;TCR=61;TR=116;WE=100030636;WS=100030618;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,235:0.99:238
chr3	100034849	rs4928169	A	T	1075.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=29;NR=4;PP=802;SC=GTAAGGAATAATTACATTTTG;SOR=3.086;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=33;TCF=29;TCR=4;TR=33;WE=100034857;WS=100034839;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr3	100053684	rs3830303	C	CG	168.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=0.860;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=2;PP=137;ReadPosRankSum=0.338;SC=GTTCGGGCCGCGGGGGAGGCT;SOR=0.892;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=9;TCF=5;TCR=4;TR=5;WE=100053692;WS=100053674;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,8:0.53:15
chr3	100064829	rs2289505	C	G	434.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=2.890;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=2;PP=331;ReadPosRankSum=-0.750;SC=CTCATCTTTACTCCGCTGATG;SOR=0.368;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=32;TCF=29;TCR=3;TR=17;WE=100064837;WS=100064819;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,17:0.52:33
chr3	100064902	rs2289506	C	T	1912.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.458;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.567;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=20;PP=989;ReadPosRankSum=-0.443;SC=TCTCTGTCCTCAGGTCCTGTG;SOR=0.772;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=134;TCF=90;TCR=44;TR=64;WE=100064910;WS=100064892;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:91,90:0.50:181
chr3	100067468	rs277649	C	T	609.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-1.849;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.077;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=6;PP=257;ReadPosRankSum=-1.694;SC=CTTACGTGTTCGTATTAAAGG;SOR=0.192;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=37;TCF=27;TCR=10;TR=19;WE=100067476;WS=100067458;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,28:0.62:45
chr3	100277476	rs7645690	G	C	997.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.018;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.858;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=21;PP=520;ReadPosRankSum=-1.478;SC=CTCTTTGCCTGTAACTTCTCT;SOR=0.855;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=60;TCF=23;TCR=37;TR=34;WE=100277484;WS=100277466;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,46:0.57:81
chr3	100277514	rs7645700	G	A	436.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=1.759;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.888;HP=3;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=13;PP=271;ReadPosRankSum=0.353;SC=GTTTGCTCCCGGAGACTTCCC;SOR=1.270;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=35;TCF=10;TCR=25;TR=17;WE=100277522;WS=100277504;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,20:0.48:42
chr3	100295733	rs7427360	A	G	3806.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.781;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=343;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.804;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=53;PP=1754;ReadPosRankSum=0.922;SC=CTATTTTAAAAACCGTCTAAC;SOR=0.588;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=209;TCF=116;TCR=93;TR=112;WE=100295741;WS=100295723;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:153,182:0.54:335
chr3	100352043	rs610854	C	T	619.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=0.072;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.446;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=5;PP=308;ReadPosRankSum=-1.776;SC=TAGTTATTGCCTAAAAATAAT;SOR=0.384;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=35;TCF=27;TCR=8;TR=20;WE=100352051;WS=100352033;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,27:0.64:42
chr3	100354524	rs1144122	A	G	2204.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.452;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=252;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.468;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=29;PP=1126;ReadPosRankSum=2.415;SC=AAAACAGGTAAAGGATGTCAC;SOR=0.745;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=153;TCF=91;TCR=62;TR=71;WE=100354532;WS=100354514;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:137,111:0.45:248
chr3	100354683	rs1520652	G	A	1436.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=2.008;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.018;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=39;PP=860;ReadPosRankSum=0.690;SC=AAAACTCACAGAGCTTTAAAA;SOR=1.112;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=122;TCF=37;TCR=85;TR=50;WE=100354706;WS=100354673;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:89,68:0.43:157
chr3	100354698	rs1718281	T	A	1808.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.851;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.88;ReadPosRankSum=1.357;SOR=0.348;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,89:0.98:91
chr3	100365064	rs112398501	G	T	1179.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-2.092;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.9973;FS=14.361;HP=6;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=25;PP=587;ReadPosRankSum=4.397;SC=AGGAGGGCGGGGGGGAGGGTT;SOR=0.984;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=66;TCF=20;TCR=46;TR=38;WE=100365072;WS=100365054;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,52:0.79:66
chr3	100368425	rs7622958	A	G	384.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=2.354;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.123;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=0;PP=263;ReadPosRankSum=0.591;SC=TACAAAAGGAAGATATATCTG;SOR=0.121;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=24;TCF=24;TCR=0;TR=12;WE=100368433;WS=100368415;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,15:0.56:27
chr3	100368475	rs41272975	G	A	464.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-2.530;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=4;PP=338;ReadPosRankSum=0.635;SC=ACTCTGTGATGTTGACTTTCA;SOR=0.570;SbPval=0.25;Source=Platypus;TC=44;TCF=39;TCR=5;TR=22;WE=100368483;WS=100368465;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,22:0.42:52
chr3	100368692	rs1144118	A	G	4564.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=41;NR=78;PP=2367;SC=AGAAATTGCTATCTTGATATA;SOR=1.206;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=119;TCF=41;TCR=78;TR=119;WE=100368700;WS=100368682;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,170:1.00:170
chr3	100374740	rs9866111	T	C	1772.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.226;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.982;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=21;PP=895;ReadPosRankSum=0.444;SC=CTTTATCACATAGGAGTCCCA;SOR=0.870;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=106;TCF=66;TCR=40;TR=59;WE=100374748;WS=100374730;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,85:0.52:162
chr3	100432752	rs9824942	A	T	57.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.006;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=4.81;ReadPosRankSum=-0.355;SOR=0.760;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,5:0.42:12
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chr3	100463651	rs377381727	TTG	T	196.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.059;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=406;ExcessHet=3.0103;FS=0.628;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.03;MQRankSum=2.922;QD=0.50;ReadPosRankSum=0.257;SOR=0.806;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:345,45:0.12:390
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chr3	100558416	rs9841585	T	C	2644.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.442;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=34;PP=1315;ReadPosRankSum=0.660;SC=GAATTACCAGTTGTGGGCACC;SOR=0.684;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=140;TCF=83;TCR=57;TR=82;WE=100558424;WS=100558406;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:96,125:0.57:221
chr3	100558905	rs1354374	A	G	1303.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=1.245;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.897;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=4;PP=514;ReadPosRankSum=1.323;SC=GAACCTGAATATCACATTTAC;SOR=0.426;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=86;TCF=51;TCR=35;TR=28;WE=100558913;WS=100558895;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,55:0.51:108
chr3	100560745	rs66923918	GA	G	89.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.512;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=6.803;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=4.49;ReadPosRankSum=1.404;SOR=0.045;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,11:0.55:20
chr3	100565031	rs6774830	G	C	260.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-3.796;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.388;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=0;PP=137;ReadPosRankSum=-0.434;SC=GAACATTGCTGAGAGCAATGC;SOR=0.144;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=21;TCR=0;TR=8;WE=100565039;WS=100565030;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,11:0.46:24
chr3	100566555	rs3821728	G	C	2244.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.994;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.181;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=58;PP=1514;ReadPosRankSum=0.019;SC=AAATATCCTAGAGACAATAAA;SOR=0.825;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=159;TCF=52;TCR=107;TR=85;WE=100566563;WS=100566545;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:93,98:0.51:191
chr3	100570787	.	TA	T	142.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.537;ClippingRankSum=0.000;DP=117;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.52;ReadPosRankSum=0.234;SOR=0.628;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:70,24:0.26:94
chr3	100581261	rs10567225	AT	A	124.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.366;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.36;ReadPosRankSum=0.271;SOR=0.659;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:70,22:0.24:92
chr3	100583651	rs10711419	GA	G	1064.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.305;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=12;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.275;NF=1;NR=29;PP=465;ReadPosRankSum=-1.541;SC=TGTTTTTTTAGAAAAAAAAAA;SOR=0.641;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=32;TCF=1;TCR=31;TR=30;WE=100583659;WS=100583641;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,53:0.98:54
chr3	100585694	rs3732899	C	G	2731.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.651;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=258;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.532;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=32;PP=1414;ReadPosRankSum=-1.110;SC=TTTCTTTTCTCAAGGTCAACA;SOR=0.574;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=167;TCF=107;TCR=60;TR=84;WE=100585702;WS=100585684;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:128,128:0.50:256
chr3	100605206	rs1987384	A	G	1680.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=7;NR=41;PP=1170;SC=AAAATCACAGAGGGATTCAGA;SOR=2.644;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=48;TCF=7;TCR=41;TR=48;WE=100605214;WS=100605196;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr3	100621426	rs2576365	C	A	6041.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=86;NR=64;PP=2965;SC=GTTCAAAGTTCATAAAAGAAA;SOR=0.900;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=150;TCF=86;TCR=64;TR=150;WE=100621434;WS=100621416;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,221:1.00:221
chr3	100712059	rs3732896	G	A	719.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=17;NR=7;PP=455;SC=TATTCCCCCCGTATGGTAAAG;SOR=1.981;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=17;TCR=7;TR=24;WE=100712067;WS=100712049;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr3	100712249	rs3732895	T	C	4714.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=50;NR=61;PP=1946;SC=CCACCTCGCATGGGGAATGAT;SOR=0.857;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=111;TCF=50;TCR=61;TR=111;WE=100712257;WS=100712239;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,182:1.00:182
chr3	100945069	.	TTATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATA	T,TTATATA	729.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;QD=40.54;SOR=4.407;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:0,12,6:0.67,0.33:18
chr3	100946742	rs521661	T	G	1854.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=1.675;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.106;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=32;PP=832;ReadPosRankSum=1.390;SC=AAGGGGCAGGTGTTCCACTCA;SOR=0.819;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=110;TCF=45;TCR=65;TR=53;WE=100946750;WS=100946732;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:109,91:0.46:200
chr3	100949842	rs348867	G	A	1140.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.339;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=13;PP=516;ReadPosRankSum=-0.203;SC=GGTGTGCTTGGAGAGTCCTGA;SOR=0.675;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=80;TCF=52;TCR=28;TR=37;WE=100949850;WS=100949832;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,59:0.45:131
chr3	100963154	rs571391	G	A	3241.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-2.464;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=286;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.458;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=47;PP=1835;ReadPosRankSum=0.129;SC=TGGAAAGTGTGTGGATCTGTC;SOR=0.595;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=215;TCF=121;TCR=94;TR=108;WE=100963162;WS=100963144;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:125,148:0.54:273
chr3	100976755	rs7613046	G	C	594.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.812;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.324;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=18;PP=381;ReadPosRankSum=0.657;SC=TCTCTGAAAAGCCTGGACAAC;SOR=1.093;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=45;TCF=6;TCR=39;TR=20;WE=100976763;WS=100976745;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,25:0.45:56
chr3	100992385	rs348866	C	T	962.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-2.686;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.691;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=6;PP=436;ReadPosRankSum=-2.068;SC=ACTAACATAGCAGGCATACTG;SOR=0.511;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=76;TCF=60;TCR=16;TR=29;WE=100992393;WS=100992375;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,47:0.42:112
chr3	100994497	rs533852	C	T	1570.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.103;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.845;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=20;PP=732;ReadPosRankSum=-0.323;SC=CAAAACAGAGCATCACTCACA;SOR=0.840;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=129;TCF=76;TCR=53;TR=53;WE=100994505;WS=100994487;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:99,81:0.45:180
chr3	101038339	rs546090	G	A	2662.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=70;NR=15;PP=1904;SC=CTAAATTATCGTAAATTTTGA;SOR=2.808;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=85;TCF=70;TCR=15;TR=85;WE=101038347;WS=101038329;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr3	101039107	rs573908	A	C	1183.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=25;NR=5;PP=755;SC=TGGAAAGATAAAAACAAATGT;SOR=2.247;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=25;TCR=5;TR=30;WE=101039115;WS=101039097;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr3	101046671	rs9849770	C	A	1166.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.480;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.425;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=25;PP=600;ReadPosRankSum=-1.294;SC=CTGAAATAATCAACAAATAAG;SOR=0.889;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=74;TCF=24;TCR=50;TR=36;WE=101046679;WS=101046661;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,58:0.44:131
chr3	101051794	rs2068494	C	T	207.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=0.735;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.197;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=8;PP=173;ReadPosRankSum=2.077;SC=ATTGAAATATCTTAAATTTAG;SOR=1.445;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=16;TCF=2;TCR=14;TR=9;WE=101051802;WS=101051784;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,9:0.43:21
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chr3	101066717	rs2433031	T	A	605.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=3.065;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=5;PP=348;ReadPosRankSum=0.788;SC=TATACTCACATTGCTGGCTTA;SOR=0.698;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=36;TCF=25;TCR=11;TR=17;WE=101066725;WS=101066707;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,26:0.46:57
chr3	101066964	rs7636229	T	C	213.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.198;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=1.377;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.29;ReadPosRankSum=-0.595;SOR=0.432;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,14:0.41:34
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chr3	101080694	rs7616677	T	C	1078.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.052;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.576;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=17;PP=446;ReadPosRankSum=1.306;SC=ATGGGCATAATTCAGATGACA;SOR=0.911;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=59;TCF=26;TCR=33;TR=28;WE=101080702;WS=101080684;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,52:0.51:101
chr3	101085413	rs939443	G	A	4801.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.259;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=468;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.101;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=80;NR=79;PP=2528;ReadPosRankSum=-0.589;SC=AGTTCTCAACGGTTTCAGTGG;SOR=0.594;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=309;TCF=150;TCR=159;TR=159;WE=101085421;WS=101085403;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:228,234:0.51:462
chr3	101085683	rs58636547	TAAAAA	T	109.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.875;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=4;PP=90;ReadPosRankSum=1.675;SC=TTTAAATTCCTAAAAAAAAGT;SOR=1.112;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=0;TCR=12;TR=4;WE=101085695;WS=101085673;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,4:0.36:11
chr3	101091102	.	T	TA	672.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.173;ClippingRankSum=0.000;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=31;PP=541;ReadPosRankSum=1.543;SC=ATCTGGGTAGTAAAAAAAATA;SOR=0.757;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=78;TCF=1;TCR=77;TR=31;WE=101091110;WS=101091092;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,40:0.42:95
chr3	101136385	rs4482646	C	A	937.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-0.828;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.712;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=5;PP=714;ReadPosRankSum=-1.370;SC=GTACGGGATTCATATTATTTC;SOR=1.566;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=83;TCF=68;TCR=15;TR=39;WE=101136393;WS=101136375;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,40:0.46:87
chr3	101177644	rs12496159	A	C	1597.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=4.187;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.893;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=5;PP=1143;ReadPosRankSum=-1.148;SC=AAAATCACAGAAAGTTAGAGA;SOR=1.355;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=108;TCF=95;TCR=13;TR=55;WE=101177652;WS=101177634;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,62:0.53:118
chr3	101212889	rs3846088	C	T	102.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-2.734;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.021;HP=1;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=4;PP=39;ReadPosRankSum=-0.477;SC=AACCACTATACTACCCTGCAT;SOR=0.061;SbPval=0.19;Source=Platypus;TC=15;TCF=2;TCR=13;TR=6;WE=101212897;WS=101212879;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,7:0.41:17
chr3	101219818	rs7619540	G	A	117.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.234;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=0;PP=57;ReadPosRankSum=1.285;SC=GTTTTATACTGTTTTCTTTAA;SOR=0.954;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=23;TCF=21;TCR=2;TR=6;WE=101219826;WS=101219808;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,8:0.26:31
chr3	101219889	rs7621830	G	C	1106.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.385;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=8;PP=426;ReadPosRankSum=-0.234;SC=AAAGATAATAGGTTAAAAGCA;SOR=0.772;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=65;TCF=45;TCR=20;TR=31;WE=101219897;WS=101219879;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,54:0.50:108
chr3	101231863	rs71625584	GCTGCCGC	G	2786.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=0.327;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.890;NF=9;NR=23;PP=1881;ReadPosRankSum=0.005;SC=CGCAACCCCAGCTGCCGCCTG;SOR=0.752;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=55;TCF=18;TCR=37;TR=32;WE=101231879;WS=101231852;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,72:0.57:127
chr3	101231871	rs9681493	C	T	935.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-1.508;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.660;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.852;NF=17;NR=14;PP=1464;ReadPosRankSum=0.775;SC=CAGCTGCCGCCTGCGCCTCCC;SOR=0.615;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=83;TCF=45;TCR=38;TR=31;WE=101231879;WS=101231852;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,55:0.43:128
chr3	101231921	rs9682313	T	C	1842.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.031;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.069;HP=1;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=27;PP=615;ReadPosRankSum=-0.938;SC=AGCCCTTCTCTGACCCTTTCT;SOR=0.474;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=113;TCF=51;TCR=62;TR=54;WE=101231929;WS=101231911;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:101,96:0.49:197
chr3	101232093	.	C	A	346	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MMLQ=17;MQ=56.45;NF=1;NR=15;PP=346;QD=23.7982007842;SC=AAAAAAAGCCCGCAAAGTGCG;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=21;TCF=2;TCR=19;TR=16;WE=101232101;WS=101232083;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:5,16:0.76:21
chr3	101241272	rs148462617	T	C	4620.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=2.461;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=456;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.117;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=91;NR=52;PP=2510;ReadPosRankSum=0.134;SC=AAATATTGAGTCATCTTCTCT;SOR=0.818;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=311;TCF=190;TCR=121;TR=143;WE=101241280;WS=101241262;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:238,213:0.47:451
chr3	101283792	rs3762735	C	G	8289.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.227;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=330;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=1.798;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=131;NR=99;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.280;SC=GAGAGTACACCCCCTTCTGAA;SOR=0.727;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=235;TCF=133;TCR=102;TR=230;WE=101283800;WS=101283782;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:5,321:0.98:326
chr3	101308846	rs6441614	G	A	165.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=1;PP=92;SC=TTTTTCAGCAGTTTTTTTTCT;SOR=1.609;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=5;TCF=4;TCR=1;TR=4;WE=101308854;WS=101308843;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr3	101370529	rs56200814	TA	T	728.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.182;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FS=4.945;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.06;MQRankSum=0.000;QD=5.83;ReadPosRankSum=-1.474;SOR=0.545;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:58,67:0.54:125
chr3	101371899	rs2303474	G	T	785.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-4.838;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=28;PP=589;ReadPosRankSum=-0.737;SC=CAACTTAAAAGAATTCCCTAA;SOR=0.869;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=47;TCF=3;TCR=44;TR=30;WE=101371907;WS=101371889;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,31:0.65:48
chr3	101373480	rs34508490	A	G	949.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=3.405;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.114;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=2;PP=644;ReadPosRankSum=-0.964;SC=TTATCTTCAAATATTTTTTTG;SOR=0.884;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=53;TCF=47;TCR=6;TR=27;WE=101373488;WS=101373470;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,37:0.54:69
chr3	101383321	rs13081846	T	C	1253.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=4.367;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=5;PP=948;ReadPosRankSum=-1.141;SC=AACCATGCAGTAAGTTGGATT;SOR=0.774;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=79;TCF=69;TCR=10;TR=44;WE=101383329;WS=101383311;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,48:0.55:87
chr3	101383562	rs11712748	G	A	3247.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.191;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=305;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=66;PP=1689;ReadPosRankSum=-0.164;SC=GAGCCACCTAGTAAGGGATAG;SOR=0.667;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=212;TCF=85;TCR=127;TR=109;WE=101383570;WS=101383552;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:141,155:0.52:296
chr3	101384382	rs33957144	G	T	3497.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-2.464;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=344;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.927;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=59;PP=1831;ReadPosRankSum=-0.639;SC=ACTTGTTGTGGTTCCCTCACT;SOR=0.554;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=255;TCF=134;TCR=121;TR=121;WE=101384390;WS=101384372;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:160,170:0.52:330
chr3	101389864	rs9837549	T	C	6279.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=116;NR=48;PP=2965;SC=CTACTGTTGTTAGTGGGCTTC;SOR=1.631;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=164;TCF=116;TCR=48;TR=164;WE=101389872;WS=101389854;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,222:1.00:222
chr3	101400167	rs3094296	T	C	1704.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=2.513;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.250;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=33;PP=911;ReadPosRankSum=-0.489;SC=TCTTAGTAATTTAACTGCATT;SOR=0.838;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=109;TCF=43;TCR=66;TR=51;WE=101400175;WS=101400157;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,79:0.49:161
chr3	101404892	rs2303471	G	A	584.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.958;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.051;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=10;PP=218;ReadPosRankSum=0.908;SC=ACAAAACTGAGGCCCACAAGG;SOR=0.892;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=36;TCF=14;TCR=22;TR=15;WE=101404900;WS=101404882;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,28:0.53:53
chr3	101443461	rs994573	T	C	2129.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=50;NR=17;PP=1458;SC=CTCCTTCAGATTACAAGCTCC;SOR=2.211;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=68;TCF=51;TCR=17;TR=67;WE=101443469;WS=101443451;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr3	101446207	rs3070526	AAT	A	2601.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.763;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.986;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=10;PP=1327;ReadPosRankSum=-1.102;SC=TAAAAATAACAATATGTTTCC;SOR=1.326;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=73;TCF=44;TCR=29;TR=32;WE=101446216;WS=101446197;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,69:0.48:143
chr3	101484335	rs2625282	G	A	7892.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=287;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=77;NR=108;PP=2965;SC=CAGAAGTTCAGGGGCAGCAGC;SOR=0.941;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=186;TCF=78;TCR=108;TR=185;WE=101484343;WS=101484325;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,286:1.00:286
chr3	101504624	rs2625289	A	C	958.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=21;PP=608;SC=TTATCGGAAGATTATCGTAGT;SOR=2.235;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=5;TCR=21;TR=26;WE=101504632;WS=101504614;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr3	101575877	.	AT	A	210.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.154;ClippingRankSum=0.000;DP=149;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.48;ReadPosRankSum=-1.348;SOR=0.710;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:104,38:0.27:142
chr3	101575902	rs7628891	C	T	2370.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.341;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.961;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=20;PP=1201;ReadPosRankSum=1.325;SC=TTTCCTCCCTCTTGCCTTTGA;SOR=0.987;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=154;TCF=108;TCR=46;TR=71;WE=101575910;WS=101575892;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:114,103:0.47:217
chr3	105238890	rs11291806	CT	C	4775.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.060;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=475;ExcessHet=3.0103;FS=1.160;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.09;MQRankSum=1.499;QD=10.23;ReadPosRankSum=1.229;SOR=0.607;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:170,297:0.64:467
chr3	105238901	rs2291376	T	C	5792.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.449;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=532;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.531;HP=10;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.258;NF=115;NR=82;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.211;SC=TTTTTTTTTTTCCCCCAAAGG;SOR=0.632;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=364;TCF=219;TCR=145;TR=197;WE=105238909;WS=105238880;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:227,294:0.56:521
chr3	105252377	rs2171146	G	C	1245.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.517;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.593;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=11;PP=708;ReadPosRankSum=0.062;SC=CATTGCCTGAGTTTCTGGAGT;SOR=0.888;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=93;TCF=67;TCR=26;TR=45;WE=105252385;WS=105252367;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,57:0.49:116
chr3	105260596	rs599278	T	C	7783.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=296;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=88;NR=117;PP=2965;SC=CTTCAACAGCTATCACAGTTC;SOR=0.910;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=205;TCF=88;TCR=117;TR=205;WE=105260604;WS=105260586;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,293:1.00:293
chr3	105264176	rs34926152	G	T	4381.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-1.427;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=489;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.113;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=86;PP=1940;ReadPosRankSum=0.353;SC=TGGTATGGATGAAAGTAAGTA;SOR=0.786;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=285;TCF=106;TCR=179;TR=136;WE=105264184;WS=105264166;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:261,221:0.46:482
chr3	105404031	rs16851440	T	C	357.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=2.598;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.259;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=0;PP=294;ReadPosRankSum=1.257;SC=GGAAATGGTATAATAGGAAGA;SOR=3.142;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=30;TCF=28;TCR=2;TR=15;WE=105404039;WS=105404021;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,15:0.43:35
chr3	105412286	rs10635036	C	CTT	2404.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=10;NR=11;PP=1107;SC=CAAAACCACTCTACCATATCT;SOR=1.009;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=22;TCF=10;TCR=12;TR=21;WE=105412294;WS=105412276;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr3	105422844	rs2305037	C	T	3945.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=66;NR=34;PP=1852;SC=TTGGTGAACCCGTTGGGCTGC;SOR=1.179;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=101;TCF=66;TCR=35;TR=100;WE=105422852;WS=105422834;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,148:1.00:148
chr3	105438806	rs7624400	G	A	1406.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.066;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.699;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=18;PP=726;ReadPosRankSum=-0.459;SC=ACTCAAATACGCTGAGTCATA;SOR=0.769;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=86;TCF=50;TCR=36;TR=44;WE=105438814;WS=105438796;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,64:0.56:114
chr3	105452751	rs1992520	C	T	1483.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=39;NR=11;PP=1039;SC=TCATTTCAAACAAAGCACTTA;SOR=2.701;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=50;TCF=39;TCR=11;TR=50;WE=105452759;WS=105452741;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr3	105453034	rs6768096	A	G	1662.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=38;PP=1141;SC=TTTCCAGCACAAATTGTTAGT;SOR=2.712;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=45;TCF=7;TCR=38;TR=45;WE=105453042;WS=105453024;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr3	105455955	rs2289746	T	C	545.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=1.059;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.961;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=6;PP=358;ReadPosRankSum=-1.125;SC=GAGAGTCTTATTTATTTCAAG;SOR=0.831;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=44;TCF=29;TCR=15;TR=20;WE=105455963;WS=105455945;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,27:0.42:64
chr3	105468330	rs1443098	C	T	298.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=9;NR=2;PP=214;SC=TGTCCACATACTAAATAGCAG;SOR=2.494;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=11;TCF=9;TCR=2;TR=11;WE=105468338;WS=105468329;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr3	105495175	rs3836269	CT	C	608.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.930;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=4;PP=401;ReadPosRankSum=1.526;SC=CCATATCCAACTGGAGGGAGG;SOR=0.636;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=33;TCF=24;TCR=9;TR=13;WE=105495183;WS=105495165;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,20:0.37:54
chr3	105495432	rs9809911	G	T	4053.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=28;NR=75;PP=2205;SC=TAAACACCTAGATGCATGCAA;SOR=1.625;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=103;TCF=28;TCR=75;TR=103;WE=105495440;WS=105495422;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,149:1.00:149
chr3	105586538	rs2221379	G	A	1105.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=31;PP=897;SC=TTCCTCCATCGATTAGAGCAA;SOR=4.863;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=33;TCF=2;TCR=31;TR=33;WE=105586546;WS=105586528;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr3	105588069	rs11711088	G	A	715.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-0.121;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.897;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=7;PP=334;ReadPosRankSum=-0.701;SC=CTCGCAGCACGTCAGAAAGGA;SOR=0.582;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=58;TCF=41;TCR=17;TR=25;WE=105588077;WS=105588059;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,36:0.48:75
chr3	107096561	.	A	C	5564.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.354;ClippingRankSum=0.000;DP=507;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=79;NR=79;PP=2392;ReadPosRankSum=-1.659;SC=CCAAGATTCAACTGGATATCC;SOR=0.676;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=307;TCF=156;TCR=151;TR=158;WE=107096569;WS=107096551;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:232,270:0.54:502
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chr3	107510197	rs150873331	A	ATAAG	3983.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-1.425;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.136;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQ=60.05;MQRankSum=0.965;NF=1;NR=38;PP=2064;ReadPosRankSum=1.824;SC=TGGAAATGACATAAGTTGTAT;SOR=1.057;SbPval=0.98;Source=Platypus;TC=89;TCF=9;TCR=80;TR=39;WE=107510205;WS=107510187;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:96,103:0.52:199
chr3	107519843	rs1532325	T	C	2795.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=69;NR=9;PP=1814;SC=TGGTAGAGAATGTTAGCTCTT;SOR=3.306;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=79;TCF=70;TCR=9;TR=78;WE=107519851;WS=107519833;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr3	107524097	rs9842741	A	C	420.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=2.247;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=3;PP=310;ReadPosRankSum=-0.365;SC=TCATTAAATGATGTAAGTAAC;SOR=0.869;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=38;TCF=31;TCR=7;TR=18;WE=107524105;WS=107524087;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,18:0.47:38
chr3	107646728	rs4855779	G	A	460.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-1.227;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=4;PP=318;ReadPosRankSum=0.704;SC=AGGACGCAGAGATCCATTACT;SOR=0.826;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=27;TCR=7;TR=19;WE=107646736;WS=107646718;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,20:0.53:38
chr3	107646807	rs9837335	G	T	2038.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.112;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.441;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=19;PP=1065;ReadPosRankSum=-0.113;SC=CGGGCTGCCCGGGACTTCATC;SOR=0.538;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=115;TCF=82;TCR=33;TR=67;WE=107646815;WS=107646797;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,90:0.62:146
chr3	107646895	rs9861097	T	C	5736.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.289;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=486;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.884;NF=89;NR=63;PP=2450;ReadPosRankSum=1.131;SC=CAGCCGCTCTTCCGGGAGCGC;SOR=0.671;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=267;TCF=154;TCR=113;TR=152;WE=107646903;WS=107646885;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:209,270:0.56:479
chr3	107647001	rs35976982	CA	C	3366.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.326;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=490;ExcessHet=3.0103;FS=0.522;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.09;MQRankSum=1.949;QD=7.38;ReadPosRankSum=0.793;SOR=0.793;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:236,220:0.48:456
chr3	107776511	rs709436	C	T	397.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=12;PP=300;SC=GTTATTCTAACGATCAAAAAA;SOR=2.985;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=14;TCF=2;TCR=12;TR=14;WE=107776519;WS=107776501;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr3	107777051	rs3762679	C	A	352.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-5.146;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=0;PP=263;ReadPosRankSum=-1.081;SC=TCAATTTTGCCATGAACCAAA;SOR=0.223;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=28;TCF=28;TCR=0;TR=14;WE=107777059;WS=107777041;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,16:0.52:31
chr3	107777070	.	TA	T	38.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.640;ClippingRankSum=0.000;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=5.068;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.76;ReadPosRankSum=2.257;SOR=2.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:40,11:0.22:51
chr3	107809688	rs139496085	C	T	661.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.751;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=8;PP=277;ReadPosRankSum=0.038;SC=AGCCGCAGGGCTGGGAGCGAG;SOR=0.584;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=42;TCF=25;TCR=17;TR=19;WE=107809696;WS=107809678;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,33:0.50:66
chr3	107809798	rs445541	C	T	1093.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=12;NR=17;PP=560;SC=CGCAGGTGTCCGGAGCAGCAG;SOR=0.892;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=12;TCR=17;TR=29;WE=107809806;WS=107809788;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr3	107882643	rs327168	G	A	751.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=18;PP=507;SC=TGAATTATGTGTTAAGAAAAT;SOR=2.066;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=24;TCF=6;TCR=18;TR=24;WE=107882651;WS=107882633;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr3	107884211	rs327167	T	C	1307.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=24;NR=2;PP=713;SC=GTTAAACCATTTGTAGGTTCT;SOR=3.056;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=26;TCF=24;TCR=2;TR=26;WE=107884219;WS=107884201;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr3	107932639	.	A	G	53.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.155;ClippingRankSum=0.000;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=2.456;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.24;ReadPosRankSum=-0.875;SOR=0.160;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,6:0.25:24
chr3	107937231	rs1289761	T	C	925.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=21;NR=5;PP=593;SC=TCTAATTTTGTCTATACTGGC;SOR=2.448;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=21;TCR=5;TR=26;WE=107937239;WS=107937221;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr3	107937286	rs1289760	A	G	2319.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=38;NR=22;PP=1169;SC=ATAGTCAAAAAGAATAATTCT;SOR=1.204;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=60;TCF=38;TCR=22;TR=60;WE=107937294;WS=107937276;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr3	107937544	rs2305447	C	T	183.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.578;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=7;PP=87;ReadPosRankSum=-0.137;SC=GTTAGTTATACTCCAAATGTC;SOR=0.446;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=26;TCF=6;TCR=20;TR=9;WE=107937552;WS=107937534;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,11:0.38:29
chr3	107937571	rs1289759	G	A	481.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=12;PP=334;SC=TTTAAGCAAAGAACTGCTGAA;SOR=2.179;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=4;TCR=12;TR=16;WE=107937579;WS=107937561;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr3	107937602	rs1289758	C	T	250.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=35;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=7;PP=161;SC=ACTTTTCTTTCAAATGATTTA;SOR=3.056;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=8;WE=107937610;WS=107937592;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr3	107938240	rs1289754	G	C	1822.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=45;NR=17;PP=1245;SC=GGAAAAAGAAGGGTCGTTTAC;SOR=1.574;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=62;TCF=45;TCR=17;TR=62;WE=107938248;WS=107938230;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr3	108070556	rs9846218	T	C	1297.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=0.459;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=14;PP=891;ReadPosRankSum=1.550;SC=AACAATTATTTGTATGAATGT;SOR=0.680;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=92;TCF=70;TCR=22;TR=54;WE=108070564;WS=108070546;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,54:0.53:101
chr3	108072243	rs6766283	C	T	574.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-0.040;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=5;PP=320;ReadPosRankSum=-0.488;SC=GGCATTAATTCTCTTTATAAC;SOR=0.689;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=47;TCF=32;TCR=15;TR=18;WE=108072251;WS=108072233;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,27:0.44:62
chr3	108072298	rs6779254	T	C	1157.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.527;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=10;PP=602;ReadPosRankSum=-0.690;SC=GCTTTCTTCATTTATGTTCCT;SOR=0.693;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=72;TCF=48;TCR=24;TR=32;WE=108072306;WS=108072288;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,52:0.50:104
chr3	108072704	rs6779650	T	C	830.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.941;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.446;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=28;PP=508;ReadPosRankSum=-1.123;SC=TTTCCTAATATGCCATGAGCT;SOR=1.111;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=59;TCF=10;TCR=49;TR=32;WE=108072712;WS=108072694;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,39:0.54:72
chr3	108081277	rs6779094	C	A	3289.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.920;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=405;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.686;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.226;NF=47;NR=69;PP=1828;ReadPosRankSum=0.680;SC=TGATTTGGAGCGTAAAATGTT;SOR=0.829;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=255;TCF=108;TCR=147;TR=116;WE=108081285;WS=108081267;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:227,166:0.42:393
chr3	108095365	rs2124736	G	A	3353.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-2.088;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=320;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.340;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=44;PP=1220;ReadPosRankSum=1.853;SC=CTCCTGGTGAGCGCTGTCCCA;SOR=0.693;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=170;TCF=88;TCR=82;TR=89;WE=108095373;WS=108095355;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:148,166:0.53:314
chr3	108096098	rs1463426	C	G	8725.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=336;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=124;NR=75;PP=2965;SC=ATTTTTCTTGCTTCTAGCCTC;SOR=1.077;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=200;TCF=124;TCR=76;TR=199;WE=108096106;WS=108096088;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,328:1.00:328
chr3	108096227	rs1463425	G	C	8225.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=311;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=83;NR=129;PP=2965;SC=GCCTGTCGGAGCAGACAATTC;SOR=1.073;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=212;TCF=83;TCR=129;TR=212;WE=108096235;WS=108096217;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,306:1.00:306
chr3	108102586	rs34041576	T	TA	212.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.846;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.83;ReadPosRankSum=-0.127;SOR=0.665;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,18:0.41:44
chr3	108102629	rs56252170	GT	G	251.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=11;HapScore=3;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;NF=0;NR=16;PP=153;SC=ATAGTCAGGTGTTTTTTTTTT;SOR=2.494;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=0;TCR=20;TR=16;WE=108102637;WS=108102619;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,11:0.73:15
chr3	108107704	rs1463431	C	T	1659.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=43;NR=2;PP=1144;SC=TGAAGGAGAACAAAGATGAAG;SOR=3.690;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=46;TCF=43;TCR=3;TR=45;WE=108107712;WS=108107694;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr3	108110570	rs74660263	G	A	1986.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.918;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=21;PP=1061;ReadPosRankSum=-1.337;SC=TCTTGAATTGGGGACTGTCAA;SOR=0.659;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=159;TCF=111;TCR=48;TR=71;WE=108110578;WS=108110560;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:113,96:0.46:209
chr3	108117716	rs116045645	C	T	588.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-1.634;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.993;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=13;PP=297;ReadPosRankSum=-1.130;SC=GTCTGGAGTACAGATCCCTCT;SOR=0.512;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=49;TCF=18;TCR=31;TR=21;WE=108117724;WS=108117706;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,29:0.47:62
chr3	108129885	rs115872140	G	A	310.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-0.229;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=9;PP=138;ReadPosRankSum=-0.362;SC=GTAAGATGGCGCCTCTGCAGT;SOR=0.848;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=33;TCF=8;TCR=25;TR=11;WE=108129893;WS=108129875;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,16:0.40:40
chr3	108135606	rs56933265	TAA	T	5491.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=11;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=39;NR=26;PP=2172;SC=CACTATTTTTTAAAAAAAAAA;SOR=1.896;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=78;TCF=45;TCR=33;TR=65;WE=108135617;WS=108135596;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr3	108135609	rs116262927	A	T	5500.77	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.09;QD=44.36;SOR=1.915;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr3	108140148	rs4593038	A	G	963.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=27;PP=735;SC=GAGTGGCTCCAGGGATCCGCA;SOR=4.615;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=28;TCF=1;TCR=27;TR=28;WE=108140156;WS=108140138;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr3	108147295	rs1350235	C	A	737.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=20;NR=3;PP=593;SC=CCCCTCCCTACTTCCATGTTC;SOR=3.014;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=23;TCF=20;TCR=3;TR=23;WE=108147303;WS=108147285;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr3	108147680	rs61744539	G	A	2984.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.059;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=293;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.428;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=51;PP=1241;ReadPosRankSum=-0.598;SC=ATCTTGGCTCGAGTGGTCCTT;SOR=0.662;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=176;TCF=67;TCR=109;TR=82;WE=108147688;WS=108147670;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:148,143:0.49:291
chr3	108156633	rs113832514	A	AAAAG	3061.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=48;PP=2771;SC=ACCTTCTGGAAAAAGAAAGAC;SOR=2.439;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=55;TCF=0;TCR=55;TR=48;WE=108156641;WS=108156623;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr3	108158574	rs3996040	C	T	4561.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=81;NR=44;PP=2405;SC=CCAGATACACCGTTACTGACC;SOR=1.256;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=127;TCF=82;TCR=45;TR=125;WE=108158582;WS=108158564;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,166:1.00:166
chr3	108172817	rs6437783	C	T	6327.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=240;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=89;NR=56;PP=2965;SC=CACACTATTACCCTAGCAGTT;SOR=1.000;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=145;TCF=89;TCR=56;TR=145;WE=108172825;WS=108172807;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,236:1.00:236
chr3	108174537	rs3957557	T	C	2643.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.086;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.490;HP=6;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=29;PP=1340;ReadPosRankSum=-0.436;SC=TACACAGTCTTCCCCCCATTC;SOR=0.633;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=147;TCF=96;TCR=51;TR=79;WE=108174545;WS=108174527;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:109,122:0.53:231
chr3	108179165	rs61739469	C	T	1232.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.350;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FS=1.356;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.87;ReadPosRankSum=-0.123;SOR=0.549;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:76,63:0.45:139
chr3	108179219	rs11303627	CA	C	2008.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.881;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.57;ReadPosRankSum=-0.556;SOR=0.543;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:9,120:0.93:129
chr3	108182154	.	G	A	1009.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-3.884;ClippingRankSum=0.000;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.036;HP=1;HapScore=4;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=27;PP=553;ReadPosRankSum=2.063;SC=AACATGGAAGGCTGTGCATTA;SOR=0.221;SbPval=0.18;Source=Platypus;TC=91;TCF=24;TCR=67;TR=42;WE=108182176;WS=108182144;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,51:0.46:110
chr3	108188993	rs9868484	G	A	7538.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=288;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=75;NR=117;PP=2965;SC=ACAAACATGTGCCAATTGAAG;SOR=1.088;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=192;TCF=75;TCR=117;TR=192;WE=108189001;WS=108188983;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,284:1.00:284
chr3	108189627	rs4299484	C	T	4487.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.903;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=391;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.667;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=69;PP=1952;ReadPosRankSum=-1.166;SC=CCTGTTGATCCGTGCCACTAG;SOR=0.597;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=256;TCF=121;TCR=135;TR=135;WE=108189635;WS=108189617;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:172,212:0.55:384
chr3	108189735	rs73850899	T	C	1114.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.672;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.634;HP=2;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=28;PP=469;ReadPosRankSum=2.320;SC=CTGACTGAAGTGTTCATTTTA;SOR=0.585;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=105;TCF=32;TCR=73;TR=41;WE=108189743;WS=108189725;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:94,61:0.39:155
chr3	108189750	rs12495639	C	T	4464.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=22;NR=64;PP=2001;SC=ATTTTAATCCCGGGCATTCTC;SOR=1.572;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=87;TCF=22;TCR=65;TR=86;WE=108189758;WS=108189740;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr3	108211869	rs140450152	A	AAAGG,AAAGGAAGG	2693.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;QD=49.88;SOR=3.342;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:0,35,19:0.65,0.35:54
chr3	108214537	rs2603140	T	G	1333.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=37;NR=3;PP=1106;SC=TGGTGTTCTATAATTTTTTCA;SOR=4.073;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=40;TCF=37;TCR=3;TR=40;WE=108214545;WS=108214528;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr3	108216807	rs17539094	G	A	1776.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-2.012;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.705;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=13;PP=995;ReadPosRankSum=-0.553;SC=GGTGCTTGTGGCCTCACTTCC;SOR=0.986;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=137;TCF=100;TCR=37;TR=60;WE=108216815;WS=108216797;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:96,84:0.47:180
chr3	108224685	.	CA	C	474.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.905;ClippingRankSum=0.000;DP=387;ExcessHet=3.0103;FS=0.603;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.58;ReadPosRankSum=0.861;SOR=0.615;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:207,93:0.31:300
chr3	108229171	rs2249886	T	C	889.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=22;NR=9;PP=655;SC=AGGCTGATCATACCCTAAGCA;SOR=1.542;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=22;TCR=9;TR=31;WE=108229179;WS=108229161;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr3	108272588	rs72470117	T	TA	949.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.387;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.623;HP=8;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=31;PP=598;ReadPosRankSum=-1.510;SC=CTGAAGTTATTAAAAAAAATA;SOR=0.884;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=63;TCF=0;TCR=63;TR=31;WE=108272596;WS=108272578;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,54:0.48:112
chr3	108285518	rs2603121	T	A	323.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=1.408;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.114;HP=7;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=12;PP=240;ReadPosRankSum=0.760;SC=AACAAAAAAATTCTCACTTTA;SOR=1.739;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=23;TCF=4;TCR=19;TR=14;WE=108285526;WS=108285508;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,14:0.58:24
chr3	108298108	rs78023488	T	C	909.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.579;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=9;PP=498;ReadPosRankSum=-0.221;SC=AGTTCTAAAATTGACTGAAGT;SOR=0.710;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=53;TCF=35;TCR=18;TR=27;WE=108298116;WS=108298098;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,42:0.49:86
chr3	108300856	rs73850559	G	A	127.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-0.763;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=1;PP=80;ReadPosRankSum=0.992;SC=CAGTTTATATGTTAGAAAATG;SOR=1.402;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=12;TCF=9;TCR=3;TR=7;WE=108300864;WS=108300846;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,7:0.64:11
chr3	108303958	rs79888562	T	G	1278.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=1.578;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.263;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=21;PP=554;ReadPosRankSum=-0.291;SC=GTGAAGCACTTATGTTGGGGT;SOR=0.764;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=90;TCF=43;TCR=47;TR=40;WE=108303966;WS=108303948;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,67:0.44:154
chr3	108304752	rs150987122	TAC	T	40.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-0.987;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=6;PP=106;ReadPosRankSum=-1.520;SC=GACACATACATACACACACAC;SOR=0.399;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=28;TCF=0;TCR=28;TR=6;WE=108304761;WS=108304742;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,5:0.14:35
chr3	108327050	rs10684119	T	TAAC	1509.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.57;QD=43.14;SOR=1.675;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr3	108344636	rs5851600	TA	T	137.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=14;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=7;NR=0;PP=67;ReadPosRankSum=1.534;SC=TTGTTTATTGTAAAAAAAAAA;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=10;TCR=1;TR=7;WE=108344644;WS=108344626;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,10:0.91:11
chr3	108347811	rs969256	C	A	463.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.375;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=3.688;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.60;ReadPosRankSum=0.826;SOR=0.343;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,26:0.43:61
chr3	108355423	rs10711079	AT	A	1014.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=17;NR=8;PP=759;SC=CACATCAGTGATTTTTTTCTA;SOR=2.147;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=29;TCF=19;TCR=10;TR=25;WE=108355431;WS=108355413;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr3	108355575	rs10711080	CT	C	1260.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.131;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.444;HP=12;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=30;PP=418;ReadPosRankSum=2.988;SC=TTGTTTTGTCCTTTTTTTTTT;SOR=1.091;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=43;TCF=3;TCR=40;TR=32;WE=108355583;WS=108355565;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,77:0.85:91
chr3	108356501	rs143129590	T	TTTAAGGTAGTA	628.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=8;PP=2966;SC=TGCATTAAATTTTAAGGTATG;SOR=4.047;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=0;TCR=14;TR=8;WE=108356509;WS=108356491;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr3	108369954	rs2969900	T	C	536.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=9;NR=6;PP=287;SC=ATAGTTGATATAGATTACTAA;SOR=0.990;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=15;TCF=9;TCR=6;TR=15;WE=108369962;WS=108369944;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr3	108373022	rs2969901	G	A	7418.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=283;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=110;NR=58;PP=2965;SC=AAGAGCAGTTGAGGAAAGAAC;SOR=1.179;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=168;TCF=110;TCR=58;TR=168;WE=108373030;WS=108373012;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,278:1.00:278
chr3	108403086	rs9856097	T	C	8058.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=316;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=101;NR=72;PP=2965;SC=TAGGAAGACCTCTTGTGAAAG;SOR=0.852;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=173;TCF=101;TCR=72;TR=173;WE=108403094;WS=108403076;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,309:1.00:309
chr3	108474524	rs9878093	A	C	1446.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-1.170;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.734;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=19;PP=869;ReadPosRankSum=0.994;SC=AGAATCAGGAATGGAACAAAT;SOR=0.580;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=87;TCF=57;TCR=30;TR=51;WE=108474532;WS=108474514;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,65:0.58:113
chr3	108475974	rs11708527	G	A	949.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.560;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-1.137;NF=14;NR=24;PP=554;ReadPosRankSum=-0.584;SC=AGTACTCCCCGGGTTGATCAG;SOR=0.735;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=89;TCF=34;TCR=55;TR=38;WE=108475982;WS=108475964;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,51:0.40:129
chr3	108475993	rs5851607	G	GGGGGATTA	2174.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.915;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.804;HP=4;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.156;NF=5;NR=22;PP=1730;ReadPosRankSum=0.560;SC=AGCTGGAGAAGGGGGATTAGG;SOR=0.800;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=54;TCF=7;TCR=47;TR=27;WE=108476001;WS=108475983;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,56:0.61:92
chr3	108541761	rs9879812	T	C	2040.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=23;NR=26;PP=845;SC=AAGATTTCTCTGAAAAAAAGA;SOR=0.796;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=51;TCF=24;TCR=27;TR=49;WE=108541769;WS=108541751;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr3	108541931	rs5851618	CAT	C	558.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=11;PP=463;SC=TATTTTGAAACATGTTAATGA;SOR=2.985;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=0;TCR=11;TR=11;WE=108541940;WS=108541921;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr3	108557820	rs7651205	T	C	1532.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.045;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.231;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=23;PP=656;ReadPosRankSum=-0.057;SC=ACCAGGTATGTTGTGATTCAG;SOR=0.730;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=86;TCF=42;TCR=44;TR=43;WE=108557828;WS=108557810;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,77:0.48:161
chr3	108565815	rs2593831	T	C	1390.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=28;NR=15;PP=831;SC=TAACCAAGAATAGGCAATAGT;SOR=1.329;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=43;TCF=28;TCR=15;TR=43;WE=108565823;WS=108565805;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr3	108567923	rs2715716	G	A	734.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-6.446;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.348;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=4;PP=495;ReadPosRankSum=-1.670;SC=GTTTATATTTGCAGCCAAATG;SOR=0.065;SbPval=0.13;Source=Platypus;TC=59;TCF=55;TCR=4;TR=28;WE=108567931;WS=108567913;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,32:0.47:68
chr3	108635099	rs9845098	T	C	3290.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-3.134;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=308;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.487;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=54;PP=1129;ReadPosRankSum=-1.814;SC=TCAACTTTTCTGGAAGCAAAT;SOR=0.549;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=198;TCF=81;TCR=117;TR=95;WE=108635107;WS=108635089;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:142,165:0.54:307
chr3	108639119	rs2715688	A	G	61.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.287;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.43;ReadPosRankSum=0.624;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,5:0.28:18
chr3	108639423	rs2715687	C	T	621.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.743;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.988;HP=5;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=11;PP=180;ReadPosRankSum=2.175;SC=AAAAAGTCAACAAATCCATCC;SOR=0.917;SbPval=0.92;Source=Platypus;TC=37;TCF=11;TCR=26;TR=13;WE=108639431;WS=108639413;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,31:0.49:63
chr3	108677821	rs2197737	C	A	193.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.166;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=2;PP=74;ReadPosRankSum=1.848;SC=CTTAATTTTCCGAAGTCTTTT;SOR=0.653;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=11;TCR=4;TR=7;WE=108677829;WS=108677811;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,11:0.44:25
chr3	108678002	rs2197738	G	A	337.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.132;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=7;PP=119;ReadPosRankSum=0.187;SC=ACCAGGGAAAGAAGCTGCAGA;SOR=0.848;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=22;TCF=8;TCR=14;TR=10;WE=108678010;WS=108677992;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,19:0.42:45
chr3	108682218	rs2715755	A	G	1589.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=1.038;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.550;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=17;PP=749;ReadPosRankSum=1.353;SC=TTCTCGTTCCATAGAGTCTAC;SOR=0.750;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=109;TCF=72;TCR=37;TR=52;WE=108682226;WS=108682208;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:102,83:0.45:185
chr3	108690221	rs2593943	G	A	4092.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-2.937;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=419;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=70;NR=50;PP=1670;ReadPosRankSum=-1.916;SC=GGTAGCTGATGCTCAGGAAAA;SOR=0.708;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=256;TCF=148;TCR=108;TR=120;WE=108690229;WS=108690211;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:210,205:0.49:415
chr3	108698627	rs2953338	G	A	424.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-0.736;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.884;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=16;PP=328;ReadPosRankSum=0.456;SC=ACAAGAACATGCGTGTAATGC;SOR=1.287;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=31;TCF=3;TCR=28;TR=18;WE=108698635;WS=108698617;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,18:0.53:34
chr3	108703422	rs1868195	A	G	658.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=20;NR=5;PP=461;SC=ATTCTTTCACATCTCTGTTGT;SOR=2.584;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=20;TCR=5;TR=25;WE=108703430;WS=108703412;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr3	108703518	rs2593958	G	T	1105.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=0.095;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.174;HP=1;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=8;PP=433;ReadPosRankSum=-0.751;SC=TTTTCAGCAGGATAATTGCAC;SOR=1.111;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=76;TCF=47;TCR=29;TR=30;WE=108703526;WS=108703508;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,59:0.42:139
chr3	108703548	rs2593959	C	T	1533.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.217;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.857;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=16;PP=591;ReadPosRankSum=-2.104;SC=ATTTGTATAACTGTAGTACAC;SOR=0.874;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=95;TCF=53;TCR=42;TR=41;WE=108703556;WS=108703538;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:100,80:0.44:180
chr3	108703587	rs2290057	C	T	2084.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-1.964;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.789;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=29;PP=792;ReadPosRankSum=-0.421;SC=TAATGAAGAGCTTCTTTTCAT;SOR=0.566;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=109;TCF=56;TCR=53;TR=56;WE=108703595;WS=108703577;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,102:0.54:188
chr3	108703702	rs2593960	A	T	761.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-1.974;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.024;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=23;PP=538;ReadPosRankSum=-0.036;SC=AAATGTTAGCAGTTCATTAAC;SOR=0.551;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=53;TCF=16;TCR=37;TR=35;WE=108703710;WS=108703692;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,36:0.59:61
chr3	108705715	rs11433147	A	AT	281.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=1.142;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5041;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=7;PP=164;ReadPosRankSum=0.741;SC=ACATGAGCTGATTTTTTTTTA;SOR=0.765;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=19;TCF=8;TCR=11;TR=10;WE=108705723;WS=108705705;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,16:0.59:27
chr3	108719470	rs3762698	C	G	3798.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.070;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=407;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=58;PP=1876;ReadPosRankSum=0.037;SC=CTACAAAGTTCAGACTCTGCT;SOR=0.693;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=247;TCF=132;TCR=115;TR=122;WE=108719478;WS=108719460;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:213,190:0.47:403
chr3	108724279	rs2290058	T	A	550.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=4.253;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=18;PP=408;ReadPosRankSum=-2.352;SC=AAAAAGTTTTTAAATCAGAAG;SOR=0.358;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=33;TCF=1;TCR=32;TR=19;WE=108724287;WS=108724269;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,21:0.58:36
chr3	108725694	rs2044586	C	T	706.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=19;NR=3;PP=557;SC=TTATATTTTACTTTCTAACTT;SOR=3.352;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=23;TCF=20;TCR=3;TR=22;WE=108725702;WS=108725693;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr3	108725759	rs2044587	C	T	1067.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=1.589;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.082;NF=29;NR=8;PP=661;ReadPosRankSum=0.243;SC=TTAAAATCTACTAGTGCTTCA;SOR=0.631;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=81;TCF=63;TCR=18;TR=37;WE=108725767;WS=108725749;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,47:0.47:100
chr3	108725848	rs5851630	ATTGC	A	5726.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.416;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=283;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.995;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=1.397;NF=15;NR=48;PP=2944;ReadPosRankSum=1.830;SC=CATGACACAAATTGCTTAATC;SOR=0.570;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=132;TCF=43;TCR=89;TR=63;WE=108725870;WS=108725838;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:137,142:0.51:279
chr3	108725862	rs2044589	T	C	5856.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.003;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=301;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.419;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.955;NF=59;NR=51;PP=2962;ReadPosRankSum=1.687;SC=CTTAATCCTATATTAATTACT;SOR=0.658;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=203;TCF=109;TCR=94;TR=110;WE=108725870;WS=108725838;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:142,158:0.53:300
chr3	108725984	rs2044590	G	C	2395.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.555;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=256;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.465;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQ=60.04;MQRankSum=1.081;NF=29;NR=48;PP=1159;ReadPosRankSum=-2.188;SC=GTAAAAATAAGCTTCAACTGG;SOR=0.744;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=160;TCF=60;TCR=100;TR=77;WE=108725992;WS=108725974;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:136,118:0.46:254
chr3	108746836	rs17665933	T	C	430.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=1.557;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.410;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=13;PP=243;ReadPosRankSum=-0.461;SC=ACTCTTTATGTCATATATCCA;SOR=0.048;SbPval=0.24;Source=Platypus;TC=32;TCF=2;TCR=30;TR=15;WE=108746844;WS=108746826;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,18:0.51:35
chr3	108754146	rs9821261	G	A	900.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.252;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.785;HP=3;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=11;PP=563;ReadPosRankSum=-1.721;SC=ATATTTAAGAGCCCTTAACAT;SOR=0.984;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=69;TCF=45;TCR=24;TR=36;WE=108754154;WS=108754136;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,43:0.48:89
chr3	108754238	rs4855576	A	T	3504.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.58;SOR=0.864;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,137:1.00:137
chr3	108754260	rs3762696	A	G	1070.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.360;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FS=1.488;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.23;ReadPosRankSum=-0.417;SOR=0.516;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:59,57:0.49:116
chr3	108754320	rs11438791	T	TAA	754.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.726;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=4.197;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=23.59;ReadPosRankSum=1.203;SOR=2.737;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,30:0.94:32
chr3	108754346	rs35736028	CA	C	100.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.860;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=3.310;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=6.72;ReadPosRankSum=0.057;SOR=0.082;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,8:0.53:15
chr3	108773772	rs7653625	A	G	158.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=1.036;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.416;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=4;PP=84;ReadPosRankSum=0.845;SC=AATTTGGCTAAAGAAAAAAAT;SOR=0.169;SbPval=0.25;Source=Platypus;TC=24;TCF=6;TCR=18;TR=7;WE=108773780;WS=108773762;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,8:0.33:24
chr3	108776343	rs1031252	C	T	3871.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=27;NR=84;PP=2457;SC=TCTAGAGTTACATTTAAAAAG;SOR=1.921;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=111;TCF=27;TCR=84;TR=111;WE=108776351;WS=108776333;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,138:1.00:138
chr3	108780831	rs7653651	G	A	1396.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.709;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.654;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=17;PP=582;ReadPosRankSum=-1.341;SC=TTTACATGTCGTACCTTGGCA;SOR=0.617;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=73;TCF=43;TCR=30;TR=40;WE=108780839;WS=108780821;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,68:0.53:128
chr3	108782160	rs895738	T	C	207.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-4.461;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.291;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=8;PP=118;ReadPosRankSum=-0.279;SC=TAAGACTATATGCTCCAGAGA;SOR=0.269;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=19;TCF=1;TCR=18;TR=9;WE=108782168;WS=108782150;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,11:0.48:23
chr3	108788461	rs2305238	T	C	1253.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-1.904;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.705;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=18;PP=573;ReadPosRankSum=-0.708;SC=TGAAGATAACTGAAGAAAGAT;SOR=0.623;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=84;TCF=54;TCR=30;TR=48;WE=108788469;WS=108788451;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,62:0.54:114
chr3	108812154	rs9821382	A	G	615.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=2.912;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=4;PP=372;ReadPosRankSum=-0.465;SC=CAACTTTACTAGTAACTAGGG;SOR=0.693;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=43;TCF=35;TCR=8;TR=22;WE=108812162;WS=108812144;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,25:0.50:50
chr3	108829765	rs6437822	C	T	193.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=5;PP=105;SC=AACGTTTCACCGTGCTATTAT;SOR=1.863;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=7;TCF=2;TCR=5;TR=7;WE=108829773;WS=108829755;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr3	108855774	rs1356071	A	G	1693.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=21;NR=30;PP=841;SC=TATTTATCATATCTCCTACAG;SOR=1.022;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=51;TCF=21;TCR=30;TR=51;WE=108855782;WS=108855764;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr3	108855801	rs1356072	T	A	1230.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=11;NR=24;PP=680;SC=GGTTGATAATTCCTTTTGTCT;SOR=1.559;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=35;TCF=11;TCR=24;TR=35;WE=108855809;WS=108855791;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr3	108867128	rs4855697	A	G	2244.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.202;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=272;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=34;PP=1015;ReadPosRankSum=-0.069;SC=TTTTGTTGGAAGACCCTGCAA;SOR=0.706;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=154;TCF=81;TCR=73;TR=71;WE=108867136;WS=108867118;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:155,115:0.43:270
chr3	109019435	rs9865540	G	A	503.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.227;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.331;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=14;PP=302;ReadPosRankSum=1.685;SC=GTGGGAGGCTGAGGAGGGCAG;SOR=1.002;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=30;TCF=5;TCR=25;TR=16;WE=109019443;WS=109019425;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,22:0.51:43
chr3	109027157	rs7611135	C	T	3995.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.815;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=351;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.396;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=78;PP=1956;ReadPosRankSum=-0.113;SC=ATGAAATTCACGATGAGTATT;SOR=0.726;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=230;TCF=86;TCR=144;TR=124;WE=109027165;WS=109027147;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:155,189:0.55:344
chr3	109027820	rs7611871	G	A	626.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-3.079;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.887;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=2;PP=436;ReadPosRankSum=1.402;SC=GTAGGGACCGGACGAATCATG;SOR=1.345;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=40;TCF=36;TCR=4;TR=22;WE=109027828;WS=109027810;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,25:0.54:46
chr3	109033556	.	T	C	1736.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.172;ClippingRankSum=0.000;DP=192;ExcessHet=3.0103;FS=1.842;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.29;ReadPosRankSum=0.217;SOR=0.863;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:94,93:0.50:187
chr3	109049147	rs376934388	CAAAAAAAAAAAAAAAAAA	C	248.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.150;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=11.761;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=24.87;ReadPosRankSum=0.489;SOR=4.166;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,7:0.70:10
chr3	109049384	rs13059848	T	C	2107.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.970;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FS=3.077;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.94;ReadPosRankSum=0.727;SOR=0.910;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:109,103:0.49:212
chr3	109049720	rs112463757	C	CTAAGGGT	327.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.729;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.70;ReadPosRankSum=-1.274;SOR=0.551;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,10:0.36:28
chr3	109050980	rs1163438	T	C	719.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=19;PP=445;SC=GACAGAATCTTGCTCTGTCGC;SOR=1.688;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=27;TCF=8;TCR=19;TR=26;WE=109050988;WS=109050970;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr3	109052732	rs3762648	T	C	2877.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.028;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=282;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=41;PP=1419;ReadPosRankSum=0.435;SC=CTGCCTTTGATAGACATTTTT;SOR=0.702;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=172;TCF=92;TCR=80;TR=89;WE=109052740;WS=109052722;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:133,140:0.51:273
chr3	109052934	rs7642495	G	A	825.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-2.734;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=25;PP=560;ReadPosRankSum=0.770;SC=AGGCACCAACGCAGTTACTGG;SOR=0.569;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=45;TCF=7;TCR=38;TR=31;WE=109052942;WS=109052924;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,34:0.65:52
chr3	109056183	rs9836011	A	T	2226.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.086;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FS=6.438;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.84;ReadPosRankSum=0.109;SOR=1.124;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:87,101:0.54:188
chr3	109178707	rs769534	C	G	1455.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.117;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=24;PP=648;ReadPosRankSum=0.413;SC=TTCCCTAATTCCATCCTTTTT;SOR=0.705;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=98;TCF=46;TCR=52;TR=45;WE=109178715;WS=109178697;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,75:0.47:158
chr3	109178758	rs769533	C	T	2788.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=28;NR=49;PP=1397;SC=GTTTTCTTCACAATTTCACCA;SOR=1.211;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=77;TCF=28;TCR=49;TR=77;WE=109178766;WS=109178748;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr3	110611137	rs1381838	G	A	6987.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=267;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=98;NR=76;PP=2965;SC=AAGCTCTATCGATTTCAAGTG;SOR=0.856;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=174;TCF=98;TCR=76;TR=174;WE=110611145;WS=110611127;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,262:1.00:262
chr3	110791113	rs4682228	A	G	1692.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=17;NR=34;PP=1274;SC=CGTTCTCTGGAGCAGCGAGGC;SOR=1.487;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=51;TCF=17;TCR=34;TR=51;WE=110791121;WS=110791103;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr3	110792906	rs2399372	G	A	1126.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=28;NR=5;PP=699;SC=GGTAGACACTGGTTTTGTATT;SOR=2.191;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=34;TCF=28;TCR=6;TR=33;WE=110792914;WS=110792896;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr3	110793050	rs2399373	G	A	4518.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=43;NR=49;PP=1768;SC=GGGCACAGATGTTGTGACTTA;SOR=0.765;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=92;TCF=43;TCR=49;TR=92;WE=110793058;WS=110793040;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,170:1.00:170
chr3	110796191	.	T	TAAAAAAAAAAAA	277.76	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=55.55;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr3	110830746	rs113902748	ATGTGTGTG	A,ATG	761.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.42;QD=38.09;SOR=2.093;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:0,8,12:0.40,0.60:20
chr3	110866195	.	CT	C	306.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.406;ClippingRankSum=0.000;DP=336;ExcessHet=3.0103;FS=0.573;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.03;MQRankSum=0.000;QD=1.00;ReadPosRankSum=-2.224;SOR=0.746;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:238,69:0.22:307
chr3	110866437	rs62273799	G	A	2635.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=11;NR=67;PP=1890;SC=TATGCATTAAGTGTTGTTTAG;SOR=3.258;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=79;TCF=11;TCR=68;TR=78;WE=110866445;WS=110866427;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr3	111260975	rs2276873	C	T	4250.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=73;NR=33;PP=2197;SC=ATAAACAGACCCAGGCGTGTG;SOR=1.324;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=106;TCF=73;TCR=33;TR=106;WE=111260983;WS=111260965;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,155:1.00:155
chr3	111261242	rs3832264	G	GCTGCTGAAATTGATCACCA	2554.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=0;NR=20;PP=2973;SC=CCTTGTGACTGCTGCTGAAAT;SOR=3.767;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=48;TCF=1;TCR=47;TR=20;WE=111261250;WS=111261232;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr3	111356058	.	C	T	809.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.666;ClippingRankSum=0.000;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.831;HP=1;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=11;PP=437;ReadPosRankSum=0.746;SC=TCACGGATACCTAGTGAAACA;SOR=0.452;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=65;TCF=42;TCR=23;TR=29;WE=111356066;WS=111356048;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,40:0.47:85
chr3	111356083	rs1533270	G	C	2780.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=46;NR=26;PP=1545;SC=GTTCATCCCCGTCAGGTGCAG;SOR=1.125;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=72;TCF=46;TCR=26;TR=72;WE=111356091;WS=111356073;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr3	111451603	rs3821919	G	C	2340.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=16;NR=42;PP=1382;SC=AAAATGAGCAGCATATACAGC;SOR=1.525;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=58;TCF=16;TCR=42;TR=58;WE=111451611;WS=111451593;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr3	111604541	rs1283007	G	C	3548.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=25;NR=71;PP=1847;SC=AGAGGAGTTGGGAATTTTATG;SOR=1.699;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=96;TCF=25;TCR=71;TR=96;WE=111604549;WS=111604531;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,135:1.00:135
chr3	111637816	rs16858868	A	G	805.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.559;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.518;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=3;PP=492;ReadPosRankSum=0.422;SC=CTACATGGGCATGGAGACTGT;SOR=1.469;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=45;TCF=40;TCR=5;TR=30;WE=111637824;WS=111637806;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,37:0.59:63
chr3	111637904	rs2399399	G	A	6214.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=243;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=89;NR=56;PP=2602;SC=CCATTTCTGTGTTGATTAATC;SOR=1.025;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=145;TCF=89;TCR=56;TR=145;WE=111637912;WS=111637894;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,241:1.00:241
chr3	111638132	rs951660	A	C	689.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=16;PP=458;SC=CTTATTCAGGAATAGGCTTTG;SOR=3.258;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=17;TCF=1;TCR=16;TR=17;WE=111638140;WS=111638122;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr3	111638952	rs6779756	C	T	1004.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=24;NR=5;PP=713;SC=CTCTCTAGCTCGCTTATATGG;SOR=2.368;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=24;TCR=5;TR=29;WE=111638960;WS=111638943;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr3	111639353	rs937551	G	T	510.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=0;NR=14;PP=380;SC=TGCATTACTGGGGTTTTGGAT;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=1;TCR=14;TR=14;WE=111639361;WS=111639343;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr3	111651285	rs754914	G	A	2306.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.054;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=251;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.825;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=47;PP=1022;ReadPosRankSum=-0.571;SC=TTTGCTTTTCGTTTTTGTTTT;SOR=0.885;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=165;TCF=64;TCR=101;TR=72;WE=111651293;WS=111651275;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:134,116:0.46:250
chr3	111658290	rs712509	T	G	865.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.299;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.895;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=9;PP=462;ReadPosRankSum=-0.299;SC=GTTATCTCAGTGTGTCTTGTT;SOR=0.532;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=63;TCF=49;TCR=14;TR=33;WE=111658298;WS=111658280;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,42:0.51:83
chr3	111658486	rs712510	T	G	4846.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=51;NR=84;PP=2547;SC=AGGTACTTTTTCCAGGTGTCA;SOR=1.123;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=135;TCF=51;TCR=84;TR=135;WE=111658494;WS=111658476;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,181:1.00:181
chr3	111659377	rs698358	T	C	6295.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=243;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=79;NR=64;PP=2778;SC=TCTCTTTTCCTCCAGGAAAAA;SOR=0.824;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=144;TCF=80;TCR=64;TR=143;WE=111659385;WS=111659367;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,241:1.00:241
chr3	111677505	rs62277620	T	C	1936.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.412;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=244;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.604;HP=1;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=29;PP=1028;ReadPosRankSum=2.010;SC=TTATACACCTTATAAACTACC;SOR=0.771;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=137;TCF=70;TCR=67;TR=64;WE=111677513;WS=111677495;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:134,99:0.42:233
chr3	111677526	rs11713044	G	A	7231.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.608;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=32.72;ReadPosRankSum=-0.770;SOR=0.721;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,219:0.99:221
chr3	111685328	rs774859	T	C	2114.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=37;NR=4;PP=1123;SC=TGGATTTTGTTATGCACCTCC;SOR=3.564;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=42;TCF=38;TCR=4;TR=41;WE=111685336;WS=111685322;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr3	111685347	rs67645066	CAT	C	116.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.531;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.74;ReadPosRankSum=-0.377;SOR=0.919;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:54,13:0.19:67
chr3	111685348	rs774858	A	G	1441.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-0.518;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.576;HP=4;HapScore=1;MGOF=44;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=8;PP=1524;ReadPosRankSum=-0.131;SC=CCTTGACCCCATGTGTGTGTG;SOR=0.309;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=64;TCF=54;TCR=10;TR=48;WE=111685358;WS=111685337;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,52:0.80:65
chr3	111685374	.	GGT	G	1291.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.948;ClippingRankSum=0.000;DP=105;ExcessHet=3.0103;FS=0.942;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.41;MQRankSum=1.811;QD=14.19;ReadPosRankSum=-0.563;SOR=0.567;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:40,51:0.56:91
chr3	111686738	rs799570	G	A	566.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.578;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.271;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=22;PP=425;ReadPosRankSum=0.203;SC=GAAGACAGCTGTTCTGTGTCT;SOR=1.066;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=58;TCF=9;TCR=49;TR=25;WE=111686746;WS=111686728;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,26:0.41:63
chr3	111692829	rs774852	C	T	313.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=9;PP=224;SC=TGGCCGTTCTCTTTGAGGAAA;SOR=3.442;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=1;TCR=9;TR=10;WE=111692837;WS=111692819;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr3	111693554	rs13077	T	C	310.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=2.089;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=12;PP=260;ReadPosRankSum=1.149;SC=TCAAGACAAGTTATTTGTAAA;SOR=0.368;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=24;TCF=2;TCR=22;TR=14;WE=111693562;WS=111693544;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,13:0.52:25
chr3	111705275	rs150902974	G	GTTTGT	1604.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.182;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.459;NF=1;NR=20;PP=949;ReadPosRankSum=-4.384;SC=TATTTAAGCTGTTTGTTTTGT;SOR=0.599;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=72;TCF=3;TCR=69;TR=21;WE=111705283;WS=111705265;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,43:0.60:72
chr3	111705992	rs3804765	A	G	231.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.985;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.935;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=8;PP=132;ReadPosRankSum=-0.399;SC=ACAGAAAACAATAATTCCTTT;SOR=0.256;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=22;TCF=5;TCR=17;TR=11;WE=111706000;WS=111705982;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,12:0.52:23
chr3	111710201	rs71773737	AT	A	821.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.381;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.665;NF=22;NR=6;PP=863;ReadPosRankSum=0.021;SC=AAATACTTTTATTTTTCTTTC;SOR=0.799;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=69;TCF=55;TCR=14;TR=28;WE=111710209;WS=111710191;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,43:0.43:101
chr3	111730546	rs3749310	G	A	806.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=5;PP=458;SC=GTGTCCAGCCGTATCCTTCCA;SOR=1.839;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=17;TCR=5;TR=22;WE=111730554;WS=111730536;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr3	111730591	rs3749311	G	T	1820.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=33;NR=15;PP=985;SC=TTGGCTTTAAGCTCTTTGTTG;SOR=1.410;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=48;TCF=33;TCR=15;TR=48;WE=111730599;WS=111730581;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr3	111730766	rs3828394	G	A	1304.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.338;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.314;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=29;PP=718;ReadPosRankSum=0.329;SC=ACCAGAGGGAGGGTCTGAAGC;SOR=0.948;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=83;TCF=34;TCR=49;TR=46;WE=111730774;WS=111730756;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,65:0.52:124
chr3	111732608	rs8070	G	A	876.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.077;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.282;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=28;PP=599;ReadPosRankSum=1.044;SC=CTCCGCTTCCGTTTTCCTGAG;SOR=1.022;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=53;TCF=9;TCR=44;TR=32;WE=111732616;WS=111732598;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,38:0.63:60
chr3	111757212	rs7625876	A	G	282.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.438;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.439;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=9;PP=199;ReadPosRankSum=1.072;SC=GGCTTATGGTATGAGTCCAGC;SOR=0.132;SbPval=0.2;Source=Platypus;TC=28;TCF=5;TCR=23;TR=13;WE=111757220;WS=111757202;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,13:0.43:30
chr3	111760771	rs774774	A	G	10605.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=396;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=139;NR=116;PP=2965;SC=TTACAGGTAAAACAGAAAGCA;SOR=0.799;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=256;TCF=140;TCR=116;TR=255;WE=111760779;WS=111760761;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,394:1.00:394
chr3	111763085	rs4682350	C	T	3897.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=71;NR=26;PP=2208;SC=TCAGATACCTCAACTATTCTT;SOR=1.527;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=98;TCF=72;TCR=26;TR=97;WE=111763093;WS=111763075;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,140:1.00:140
chr3	111763278	rs7650559	G	T	6716.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=254;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=60;NR=105;PP=2965;SC=CTTGGAAGTGGTTGGGGATTC;SOR=1.129;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=166;TCF=60;TCR=106;TR=165;WE=111763286;WS=111763268;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,250:1.00:250
chr3	111765834	rs1561911	G	A	15392.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=592;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=180;NR=134;PP=2965;SC=GGCTTCGGTCGGATTACTCGT;SOR=0.862;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=316;TCF=182;TCR=134;TR=314;WE=111765842;WS=111765824;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,586:1.00:586
chr3	111766124	rs9811691	G	T	887.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-3.397;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.062;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=14;PP=623;ReadPosRankSum=2.051;SC=CTTCTATGGAGCCTTCTTTAT;SOR=0.293;SbPval=0.23;Source=Platypus;TC=70;TCF=46;TCR=24;TR=32;WE=111766132;WS=111766114;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,37:0.46:80
chr3	111766215	rs1318554	A	G	10130.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=381;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=143;NR=86;PP=2965;SC=CTAAACCATGATGAAAACCAC;SOR=1.047;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=229;TCF=143;TCR=86;TR=229;WE=111766223;WS=111766205;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,378:1.00:378
chr3	111766559	rs1688304	T	G	2854.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=39;NR=29;PP=1497;SC=AAAAAGAAAATAAAGGAAAAT;SOR=0.905;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=69;TCF=39;TCR=30;TR=68;WE=111766567;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr3	111769417	rs7625159	G	A	949.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=5.444;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.518;HP=1;HapScore=1;MGOF=31;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=6;PP=902;ReadPosRankSum=0.917;SC=AAAGCTTGTCGATCAAGGAAG;SOR=1.469;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=77;TCF=65;TCR=12;TR=40;WE=111769425;WS=111769407;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,37:0.59:63
chr3	111776135	rs55971748	T	A	219.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.836;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=8;PP=164;ReadPosRankSum=-0.041;SC=ATGCAGCTCATGAGTGATGGA;SOR=1.179;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=15;TCF=2;TCR=13;TR=9;WE=111776143;WS=111776125;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,10:0.50:20
chr3	111785208	rs11715561	G	A	2015.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.294;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.414;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=28;PP=830;ReadPosRankSum=0.881;SC=TCTCAGGCTCGTGAACTTTCT;SOR=0.652;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=119;TCF=60;TCR=59;TR=61;WE=111785216;WS=111785198;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:102,99:0.49:201
chr3	111793316	rs191454	G	T	952.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.767;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=19;PP=441;ReadPosRankSum=-0.738;SC=TTACCTGTTTGTTATATTTTC;SOR=0.815;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=55;TCF=18;TCR=37;TR=27;WE=111793324;WS=111793306;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,43:0.57:75
chr3	111794365	rs1907639	A	G	309.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=3.020;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.092;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=11;PP=222;ReadPosRankSum=-0.420;SC=CCTTACTTTCAAGTGGCACTC;SOR=2.448;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=31;TCF=6;TCR=25;TR=12;WE=111794373;WS=111794355;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,13:0.41:32
chr3	111799845	rs340151	A	T	3122.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.764;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=421;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=61;PP=1400;ReadPosRankSum=-1.044;SC=GGGACATGGAAGTGGACGACC;SOR=0.695;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=278;TCF=127;TCR=151;TR=109;WE=111799853;WS=111799835;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:249,169:0.40:418
chr3	111828384	rs5851818	G	GT	8022.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.764;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=280;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.174;NF=35;NR=93;PP=2972;ReadPosRankSum=-1.585;SC=GCTTCTGTTTGTTTAGCTCAC;SOR=0.945;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=137;TCF=39;TCR=98;TR=128;WE=111828392;WS=111828374;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,273:0.99:275
chr3	111828423	rs340167	G	A	6205.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=36;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=83;NR=100;PP=2965;SC=GCCCTCTCTGGGTCGTTATTT;SOR=1.374;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=184;TCF=83;TCR=101;TR=183;WE=111828431;WS=111828413;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,229:1.00:229
chr3	111828476	rs2120095	A	G	4562.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=37;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=51;NR=85;PP=2758;SC=AGTGTGGAACATTACATTTTG;SOR=1.737;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=136;TCF=51;TCR=85;TR=136;WE=111828484;WS=111828466;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,172:1.00:172
chr3	111832120	rs340165	A	G	836.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=19;PP=532;SC=TCATTTATTCACTCATCCCCT;SOR=2.226;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=4;TCR=19;TR=23;WE=111832128;WS=111832110;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr3	111842710	rs144228314	G	C	505.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=1.935;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=12;PP=242;ReadPosRankSum=-1.373;SC=CCTTGGTCAAGTCTGTCTTCT;SOR=0.536;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=44;TCF=15;TCR=29;TR=19;WE=111842718;WS=111842700;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,23:0.47:49
chr3	111849497	rs78709683	T	G	596.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=2.199;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=16;PP=371;ReadPosRankSum=0.744;SC=TCACACATGTTAATACTGTTT;SOR=0.804;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=47;TCF=14;TCR=33;TR=22;WE=111849505;WS=111849487;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,27:0.47:58
chr3	111854002	rs150803637	C	T	448.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=2.908;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=18;PP=345;ReadPosRankSum=-0.128;SC=AAAGAAATCTCGGGACAGGAA;SOR=0.726;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=43;TCF=5;TCR=38;TR=21;WE=111854010;WS=111853992;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,21:0.45:47
chr3	111873902	rs11369523	T	TA	755.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.581;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FS=1.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.57;ReadPosRankSum=0.551;SOR=0.850;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,51:0.65:79
chr3	111873996	rs7622733	C	T	1134.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.247;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=22;PP=520;ReadPosRankSum=0.612;SC=AAATCACACTCAGGACCTGTG;SOR=0.801;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=62;TCF=24;TCR=38;TR=37;WE=111874004;WS=111873986;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,53:0.64:83
chr3	111885896	rs4682084	A	G	425.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=11;NR=2;PP=304;SC=TAATTTAAAAATGTAACTTCA;SOR=2.985;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=11;TCR=2;TR=13;WE=111885904;WS=111885886;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr3	111918215	rs28516377	CA	TG	1426.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.727;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.717;HP=4;HapScore=1;JOINED;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=13;PP=750;ReadPosRankSum=2.039;SC=CCTTTTAAGCCAAAAGCCTTA;SOR=0.595;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=85;TCF=46;TCR=39;TR=27;WE=111918224;WS=111918205;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,41:0.34:119
chr3	111921010	rs9821935	A	G	75.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-0.184;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.682;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=0;PP=32;ReadPosRankSum=0.086;SC=AGTCAAAGACATCTGCATATA;SOR=1.981;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=17;TCR=3;TR=5;WE=111921018;WS=111921000;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,6:0.26:23
chr3	111921116	rs9288938	C	A	484.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.416;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=8;PP=166;ReadPosRankSum=-0.142;SC=CTGTTTAGAACTTGTAATCTG;SOR=0.674;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=43;TCF=23;TCR=20;TR=16;WE=111921124;WS=111921106;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,26:0.43:61
chr3	111921225	rs6781844	G	T	490.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.135;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.059;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=7;PP=132;ReadPosRankSum=0.820;SC=TCTATTATTTGCAGCAACTTT;SOR=0.465;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=31;TCF=12;TCR=19;TR=13;WE=111921233;WS=111921215;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,26:0.48:54
chr3	111923047	rs4422273	G	A	220.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.064;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=2;PP=151;ReadPosRankSum=-0.332;SC=GAAATTGCACGATTTACTGGT;SOR=0.892;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=15;TCF=12;TCR=3;TR=10;WE=111923055;WS=111923037;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,10:0.67:15
chr3	111923123	rs4434123	G	A	549.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.335;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.029;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=9;PP=371;ReadPosRankSum=-0.541;SC=TATTACTTCAGTCTCATTAAA;SOR=0.894;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=45;TCF=27;TCR=18;TR=23;WE=111923131;WS=111923113;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,26:0.46:56
chr3	111926950	rs17505536	G	A	335.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=2.092;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.278;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=4;PP=246;ReadPosRankSum=-0.290;SC=TCTGTTGCTGGTGTTGAAAAA;SOR=1.709;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=30;TCF=20;TCR=10;TR=16;WE=111926958;WS=111926940;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,16:0.47:34
chr3	111936118	rs11921877	A	G	109.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-1.559;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.310;HP=1;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=1;PP=26;ReadPosRankSum=-0.210;SC=GAGTTAATGAATGAAGCACAC;SOR=0.105;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=9;TCF=8;TCR=1;TR=4;WE=111936126;WS=111936109;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,6:0.60:10
chr3	111936200	rs1388857	C	A	376.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=2.274;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.824;HP=8;HapScore=4;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=4;PP=577;ReadPosRankSum=0.491;SC=AGTATAATAACAAAAAATTCA;SOR=1.375;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=36;TCF=25;TCR=11;TR=16;WE=111936215;WS=111936190;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,19:0.43:44
chr3	111936207	rs6779306	T	A	593.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.397;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=2.390;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.00;ReadPosRankSum=-0.135;SOR=0.381;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,30:0.56:54
chr3	111950367	rs55735606	C	G	416.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-1.579;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.227;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=14;PP=287;ReadPosRankSum=1.410;SC=ACAAAAAATACATGAATATTA;SOR=0.495;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=50;TCF=10;TCR=40;TR=19;WE=111950375;WS=111950357;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,20:0.35:57
chr3	111962851	rs6768523	T	C	1153.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.955;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.349;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=21;PP=618;ReadPosRankSum=-0.294;SC=CCTAGTATAGTAACTGCCACT;SOR=0.922;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=72;TCF=34;TCR=38;TR=38;WE=111962859;WS=111962841;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,56:0.48:116
chr3	111981696	rs5851826	CA	C	357.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.986;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=8;HapScore=4;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=0;PP=492;ReadPosRankSum=0.126;SC=TACCTCACTACAAAAAAACAT;SOR=1.148;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=33;TCF=33;TCR=0;TR=9;WE=111981712;WS=111981691;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,10:0.40:25
chr3	111981704	rs5003791	C	T	436.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.448;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=8;HapScore=4;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=0;PP=478;ReadPosRankSum=0.628;SC=TACAAAAAAACATATATTTTA;SOR=0.994;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=32;TCF=32;TCR=0;TR=13;WE=111981712;WS=111981691;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,14:0.38:37
chr3	111981849	rs9860819	C	T	5000.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.647;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=526;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.521;HP=3;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=76;NR=61;PP=1895;ReadPosRankSum=0.714;SC=TAGGCATCCCCTTCATTTCAC;SOR=0.655;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=293;TCF=165;TCR=128;TR=137;WE=111981857;WS=111981839;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:268,256:0.49:524
chr3	111981878	rs9809384	T	C	5975.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.494;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=611;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=80;NR=70;PP=2276;ReadPosRankSum=0.013;SC=ATTATGAATATCCAGCGCCAA;SOR=0.706;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=311;TCF=163;TCR=148;TR=150;WE=111981886;WS=111981868;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:304,304:0.50:608
chr3	111981924	rs9809404	T	C	5111.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.358;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=512;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.517;HP=1;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=75;PP=2117;ReadPosRankSum=-0.934;SC=AAACAGGGCTTATTAAAAGAA;SOR=0.753;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=268;TCF=113;TCR=155;TR=129;WE=111981932;WS=111981914;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:257,252:0.50:509
chr3	111983157	rs62276974	G	A	330.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.778;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.19;ReadPosRankSum=2.839;SOR=0.587;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,19:0.41:46
chr3	111983197	rs6788397	C	T	97.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.341;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.07;ReadPosRankSum=-1.476;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,7:0.29:24
chr3	111984970	rs4682098	T	C	179.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=0;PP=144;SC=TTTAGTTGGGTAGTTTTCAAG;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=6;WE=111984978;WS=111984969;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr3	111985107	rs9872691	T	C	941.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.013;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=14;PP=429;ReadPosRankSum=1.903;SC=GTTTCTTCAATTGCTGCTTTA;SOR=0.755;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=58;TCF=32;TCR=26;TR=32;WE=111985115;WS=111985097;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,48:0.56:86
chr3	111993691	rs11324928	TC	T	78.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.842;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=1;PP=71;ReadPosRankSum=0.253;SC=ACATCAGCTTTCAGAAAATAC;SOR=1.609;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=4;TCF=2;TCR=2;TR=3;WE=111993699;WS=111993681;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,4:0.67:6
chr3	111993716	rs6805112	G	A	90.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.272;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=2;PP=53;ReadPosRankSum=0.414;SC=TTCTGATGTTGAGAAAAATTT;SOR=0.582;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=8;TCF=5;TCR=3;TR=5;WE=111993724;WS=111993706;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,5:0.62:8
chr3	111996554	rs9828502	T	C	2039.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.556;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.658;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=33;PP=1110;ReadPosRankSum=0.873;SC=AGGTCTCTTATAGCAGCTGCG;SOR=0.580;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=141;TCF=80;TCR=61;TR=70;WE=111996562;WS=111996544;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:116,100:0.46:216
chr3	111996730	rs9809174	G	A	447.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-1.296;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.938;HP=6;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=12;PP=240;ReadPosRankSum=-1.511;SC=TTTACAATTAGAAAAATCAGA;SOR=0.277;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=56;TCF=14;TCR=42;TR=18;WE=111996738;WS=111996720;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,24:0.35:68
chr3	111997510	rs12632408	T	A	414.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.737;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=6.245;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.38;ReadPosRankSum=-1.598;SOR=0.132;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,18:0.58:31
chr3	111997791	rs13314977	G	A	157.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.461;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=6;PP=93;ReadPosRankSum=0.345;SC=TCTAACAGTAGAGAAAGACAA;SOR=1.136;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=3;TCR=14;TR=6;WE=111997799;WS=111997781;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,8:0.38:21
chr3	111999736	rs147052896	A	ACTTGTTTTCT	132.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.230;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.37;ReadPosRankSum=-0.694;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,5:0.28:18
chr3	112005423	rs7621431	T	C	124.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-1.182;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.987;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=2;PP=88;ReadPosRankSum=1.454;SC=ATTGAAAATATTGAGCTAAAG;SOR=0.301;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=27;TCF=22;TCR=5;TR=9;WE=112005431;WS=112005413;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,9:0.31:29
chr3	112052103	rs2276772	G	T	951.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.682;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.657;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=17;PP=489;ReadPosRankSum=1.404;SC=GAAGGAGGGCGCAGGGCAGGC;SOR=0.513;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=58;TCF=31;TCR=27;TR=34;WE=112052111;WS=112052093;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,47:0.49:95
chr3	112052173	rs9883527	T	C	2903.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=25;NR=35;PP=953;SC=CTTCGGCTCTTGCCACAATCT;SOR=0.881;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=60;TCF=25;TCR=35;TR=60;WE=112052181;WS=112052163;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr3	112059768	rs1131199	C	G	1759.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.753;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.185;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=20;PP=907;ReadPosRankSum=1.686;SC=ATGCCCTTCTCTCATCTGTCT;SOR=0.821;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=113;TCF=72;TCR=41;TR=59;WE=112059776;WS=112059758;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:93,85:0.48:178
chr3	112063850	rs2272022	C	A	1536.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.233;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.740;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=20;PP=853;ReadPosRankSum=-0.822;SC=GCTGTACACACCTGCTTCCTT;SOR=0.915;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=112;TCF=68;TCR=44;TR=55;WE=112063858;WS=112063840;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:92,74:0.45:166
chr3	112184927	rs2171513	A	G	5797.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=101;NR=58;PP=2965;SC=TGATCATTCAATGGTCCCTGT;SOR=1.217;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=159;TCF=101;TCR=58;TR=159;WE=112184935;WS=112184917;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,209:1.00:209
chr3	112185025	rs9288952	G	A	11416.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.749;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=434;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=126;NR=119;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.194;SC=TCTTGAGTTCGGTCCAATGAC;SOR=0.721;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=252;TCF=130;TCR=122;TR=245;WE=112185033;WS=112185015;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,430:1.00:432
chr3	112190137	rs2931761	G	T	8002.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=303;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=105;NR=83;PP=2965;SC=GGAAGTAAACGATACAGGAGC;SOR=0.850;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=191;TCF=106;TCR=85;TR=188;WE=112190145;WS=112190127;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,300:1.00:300
chr3	112253058	rs35560667	C	CA	4133.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.603;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=1.040;HP=10;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.307;NF=42;NR=55;PP=1310;ReadPosRankSum=-0.381;SC=CTAAATTTCTCAAAAAAAAAA;SOR=0.554;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=115;TCF=53;TCR=62;TR=97;WE=112253066;WS=112253048;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:15,197:0.93:212
chr3	112253193	rs11381118	C	CA	2176.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.103;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=300;ExcessHet=3.0103;FS=1.227;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.04;MQRankSum=0.000;QD=8.74;ReadPosRankSum=-1.401;SOR=0.817;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:83,166:0.67:249
chr3	112267523	rs9809247	G	A	7225.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=266;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=68;NR=147;PP=2965;SC=TAACTAGCACGTAATCTGCTA;SOR=1.537;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=215;TCF=68;TCR=147;TR=215;WE=112267531;WS=112267513;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,260:1.00:260
chr3	112280218	rs2279532	G	A	2607.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=43;NR=20;PP=1346;SC=TTGCCCCGCCGGAGAAAGCGG;SOR=1.274;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=63;TCF=43;TCR=20;TR=63;WE=112280226;WS=112280208;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr3	112289320	rs9869455	G	A	1248.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.086;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=11;PP=771;ReadPosRankSum=-1.050;SC=GTAATCAAGTGCAGTGTAATT;SOR=1.426;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=36;TCF=25;TCR=11;TR=36;WE=112289328;WS=112289310;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,48:0.96:50
chr3	112289372	rs9869579	G	A	2505.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.745;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=23;PP=1138;ReadPosRankSum=-0.814;SC=CATTTACACCGTGTTTCTTTC;SOR=0.963;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=59;TCF=36;TCR=23;TR=59;WE=112289380;WS=112289362;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,98:0.98:100
chr3	112301458	rs5851844	C	CCTTAGTAAT	4548.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=27;NR=14;PP=2900;SC=TAAGGTTTTCCCTTTAAAAAT;SOR=1.880;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=46;TCF=31;TCR=15;TR=41;WE=112301466;WS=112301448;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr3	112329033	.	G	GA	180.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.531;ClippingRankSum=0.000;DP=323;ExcessHet=3.0103;FS=5.324;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.03;MQRankSum=2.164;QD=0.68;ReadPosRankSum=0.900;SOR=0.372;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:222,45:0.17:267
chr3	112338027	rs13084615	T	C	1897.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=16;NR=37;PP=1140;SC=GGTGAAGGCTTTGGGCCTAAT;SOR=1.793;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=54;TCF=16;TCR=38;TR=53;WE=112338035;WS=112338017;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr3	112415652	rs10934180	G	C	862.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=22;NR=5;PP=657;SC=ATCAGGAGCTGAAAGAGGACA;SOR=2.468;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=27;TCF=22;TCR=5;TR=27;WE=112415660;WS=112415642;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr3	112538571	rs35585943	CT	C	327.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=2.009;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.939;HP=10;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=2;PP=155;ReadPosRankSum=1.497;SC=TACAATGATACTTTTTTTTTT;SOR=1.329;SbPval=0.95;Source=Platypus;TC=38;TCF=26;TCR=12;TR=14;WE=112538579;WS=112538561;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,25:0.41:61
chr3	112545910	rs58161637	GT	G	1129.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.146;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQ=60.11;MQRankSum=1.346;NF=6;NR=8;PP=493;ReadPosRankSum=-0.017;SC=CAGTAGACTTGTGGCCCTCCC;SOR=0.760;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=42;TCF=15;TCR=27;TR=14;WE=112545918;WS=112545900;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,37:0.36:102
chr3	112546306	rs4682119	C	A	3533.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.135;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=400;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.364;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=52;PP=1444;ReadPosRankSum=-0.720;SC=GTCCACCGGACGAATCTGAAG;SOR=0.729;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=223;TCF=108;TCR=115;TR=99;WE=112546314;WS=112546296;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:212,183:0.46:395
chr3	112556904	rs6795521	C	G	328.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.588;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=1.657;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.64;ReadPosRankSum=-0.826;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,15:0.58:26
chr3	112556946	rs6770923	A	G	180.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.385;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=8;PP=161;ReadPosRankSum=-0.308;SC=CATATAAGATAATCACAGAAA;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=0;TCR=11;TR=8;WE=112556954;WS=112556936;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,7:0.70:10
chr3	112642568	rs9865242	C	G	1539.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.098;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=21;PP=634;ReadPosRankSum=0.324;SC=TGTAATGCCTCAGATGCCTTC;SOR=0.727;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=103;TCF=54;TCR=49;TR=45;WE=112642576;WS=112642558;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:96,79:0.45:175
chr3	112647613	rs1466872	T	C	330.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.747;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=1;PP=258;ReadPosRankSum=0.433;SC=TTCTTAACTCTTTTAAAAGAA;SOR=0.990;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=23;TCF=19;TCR=4;TR=13;WE=112647621;WS=112647603;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,14:0.56:25
chr3	112647832	rs9826308	A	C	1480.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.592;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.574;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=25;PP=765;ReadPosRankSum=0.499;SC=TCCAGGAGATATGCGCAGCTG;SOR=0.636;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=110;TCF=50;TCR=60;TR=47;WE=112647840;WS=112647822;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:94,72:0.43:166
chr3	112647988	rs9868053	C	T	1453.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.020;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.220;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=22;PP=866;ReadPosRankSum=-0.727;SC=CATTTGTTTCCGTCACAAATC;SOR=0.498;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=132;TCF=86;TCR=46;TR=58;WE=112647996;WS=112647978;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,65:0.45:143
chr3	112648125	rs6438117	G	T	4851.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.884;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=531;ExcessHet=3.0103;FS=1.100;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.87;MQRankSum=-3.261;QD=9.22;ReadPosRankSum=-0.068;SOR=0.616;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:283,243:0.46:526
chr3	112648125	.	GGT	TGG	2944	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;FR=0.5000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MMLQ=23;MQ=59.85;NF=67;NR=70;PP=2944;QD=20;SC=TGATGGCCACGGTACGAATCT;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=306;TCF=145;TCR=161;TR=137;WE=112648135;WS=112648115;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:169,137:0.45:306
chr3	112648127	rs4596117	T	G	9489.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.267;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=530;ExcessHet=3.0103;FS=1.093;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.86;MQRankSum=-3.868;QD=18.01;ReadPosRankSum=-0.641;SOR=0.608;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:278,249:0.47:527
chr3	112648222	rs2171509	T	C	1756.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.535;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.520;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-2.550;NF=35;NR=46;PP=1311;ReadPosRankSum=2.467;SC=TGTTTCTTTCTTGTAGGCTTT;SOR=0.463;SbPval=0.25;Source=Platypus;TC=162;TCF=60;TCR=102;TR=81;WE=112648230;WS=112648212;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:101,83:0.45:184
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chr3	112693753	rs62263759	A	T	308.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.676;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=10;PP=207;ReadPosRankSum=-0.142;SC=TCCTCCACACAGGTACAGAAG;SOR=0.836;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=51;TCF=19;TCR=32;TR=16;WE=112693761;WS=112693743;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,19:0.30:63
chr3	112709828	rs2272393	C	G	309.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-2.514;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.959;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=4;PP=154;ReadPosRankSum=0.012;SC=TCTCTCTGCCCGTCTTCTGGG;SOR=0.315;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=40;TCF=32;TCR=8;TR=16;WE=112709836;WS=112709818;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,19:0.40:47
chr3	112710133	rs114429530	T	A	9624.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.657;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=952;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.521;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.369;SC=ATCGACTACGTCAGCTCCGCC;SOR=0.725;Source=Platypus;WE=112710141;WS=112710123;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:466,469:0.50:935
chr3	112710242	rs2248029	T	C	6387.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-2.435;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=527;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.528;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=93;NR=132;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.048;SC=ACCGCTTCCCTGGCCGTCCGG;SOR=0.749;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=409;TCF=169;TCR=240;TR=225;WE=112710250;WS=112710232;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:228,294:0.56:522
chr3	112718281	rs140186998	GT	G	575.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.080;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.441;HP=7;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=9;PP=464;ReadPosRankSum=0.126;SC=ATAAAAATTTGTTTTCTTATA;SOR=0.404;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=29;TCF=14;TCR=15;TR=15;WE=112718289;WS=112718271;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,26:0.52:50
chr3	112719791	rs200301737	CA	C	776.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.222;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FS=2.240;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.83;ReadPosRankSum=1.462;SOR=0.928;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,67:0.76:88
chr3	112727184	rs2306857	A	T	4604.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-2.644;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=452;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.534;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=91;PP=2304;ReadPosRankSum=-2.357;SC=CTTTGCACAAAACTTTTGGCA;SOR=0.601;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=300;TCF=103;TCR=197;TR=142;WE=112727192;WS=112727174;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:225,222:0.50:447
chr3	112731511	rs116167241	A	G	2225.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.219;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.144;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=28;PP=1313;ReadPosRankSum=-1.434;SC=AAGTTTGAAAACTACTAATAA;SOR=0.789;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=141;TCF=90;TCR=51;TR=79;WE=112731519;WS=112731501;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:89,102:0.53:191
chr3	112732298	rs374552357	GTTTTTTTTTTGT	G	118.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.333;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FS=5.912;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.37;ReadPosRankSum=-0.258;SOR=0.148;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,16:0.32:50
chr3	112732309	rs5851869	GT	G	74.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-1.461;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FS=6.523;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.87;ReadPosRankSum=1.609;SOR=2.165;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,14:0.35:40
chr3	112732785	rs16860357	G	C	7034.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.309;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=744;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=116;NR=110;PP=2827;ReadPosRankSum=0.385;SC=CAAAGCAACTGGACCACTTAC;SOR=0.667;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=453;TCF=237;TCR=216;TR=226;WE=112732793;WS=112732775;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:381,355:0.48:736
chr3	112738318	rs2293560	C	T	3222.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=-0.395;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=336;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.398;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=69;NR=39;PP=1516;ReadPosRankSum=2.100;SC=CACCCCCGCCCACATGCGCCG;SOR=0.850;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=219;TCF=140;TCR=79;TR=108;WE=112738326;WS=112738308;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:166,161:0.49:327
chr3	112738625	rs7633507	C	T	727.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.992;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.569;NF=10;NR=21;PP=483;ReadPosRankSum=0.868;SC=AGGAGCCCGGCGGGAGGCTGC;SOR=0.578;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=66;TCF=20;TCR=46;TR=31;WE=112738633;WS=112738615;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,34:0.50:68
chr3	112935138	rs4682130	C	G	3960.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.102;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=362;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.388;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=69;PP=1858;ReadPosRankSum=-0.988;SC=GAGGTTTTCTCTTCAGTCTGA;SOR=0.649;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=241;TCF=108;TCR=133;TR=128;WE=112935146;WS=112935128;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:165,187:0.53:352
chr3	112991312	rs3814398	C	T	3346.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.255;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=340;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=80;NR=38;PP=1836;ReadPosRankSum=-0.028;SC=AAACCATCATCGTCACCAAAG;SOR=0.706;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=229;TCF=155;TCR=74;TR=118;WE=112991320;WS=112991302;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:173,161:0.48:334
chr3	112991842	rs11717833	A	G	439.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=3.228;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.944;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=1;PP=249;ReadPosRankSum=2.732;SC=GCTCCTAACTACATCCCTCCC;SOR=0.188;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=21;TCF=20;TCR=1;TR=12;WE=112991850;WS=112991832;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,16:0.62:26
chr3	112991959	rs11710894	C	T	1630.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.324;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.846;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=19;PP=679;ReadPosRankSum=0.447;SC=TGGTCATCCCCTGGGGCCAGA;SOR=0.547;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=111;TCF=69;TCR=42;TR=47;WE=112991967;WS=112991949;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:102,82:0.45:184
chr3	112993367	rs13094203	G	A	4511.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.284;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=424;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=69;NR=102;PP=2427;ReadPosRankSum=0.344;SC=CTGCTTCCCCGCAGTGTCCAG;SOR=0.676;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=301;TCF=116;TCR=185;TR=171;WE=112993375;WS=112993357;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:199,221:0.53:420
chr3	112997554	rs775228	A	G	13309.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=1.140;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=516;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=130;NR=158;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.301;SC=TGGCCAGCAAAGAGCAGCAGA;SOR=0.818;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=293;TCF=132;TCR=161;TR=288;WE=112997562;WS=112997536;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:6,508:0.99:514
chr3	112998090	rs3856720	T	C	921.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.129;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=8;PP=485;ReadPosRankSum=-0.887;SC=ATACGGTCTTTCCCAGCCCCA;SOR=0.678;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=79;TCF=58;TCR=21;TR=32;WE=112998098;WS=112998080;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,45:0.45:100
chr3	112998265	rs2649878	A	G	2231.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.487;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=328;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=42;PP=2226;ReadPosRankSum=-0.494;SC=CCATCCCCCCATCGCGGCTGT;SOR=0.698;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=210;TCF=93;TCR=117;TR=73;WE=112998276;WS=112998248;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:202,122:0.38:324
chr3	112998268	rs2650100	G	A	4306.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.421;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=322;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.420;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=73;PP=2962;ReadPosRankSum=0.212;SC=TCCCCCCATCGCGGCTGTCCG;SOR=0.727;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=206;TCF=93;TCR=113;TR=134;WE=112998276;WS=112998248;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:119,199:0.63:318
chr3	112999611	rs775229	A	G	4011.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=27;NR=92;PP=2661;SC=ATAAACCTGCATCTGGTGTGA;SOR=2.252;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=119;TCF=27;TCR=92;TR=119;WE=112999619;WS=112999601;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,139:1.00:139
chr3	113003595	rs775222	G	C	2824.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.985;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=301;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.416;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=34;PP=1533;ReadPosRankSum=0.677;SC=GGACTCCCCGGCGTGGCCGTC;SOR=0.806;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=184;TCF=114;TCR=70;TR=94;WE=113003603;WS=113003585;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:159,133:0.46:292
chr3	113004155	rs41271355	G	A	748.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-3.095;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.542;HP=4;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=9;PP=544;ReadPosRankSum=-0.332;SC=CAGCCAGCAGGGGGATGGGGC;SOR=0.174;SbPval=0.23;Source=Platypus;TC=58;TCF=46;TCR=12;TR=32;WE=113004163;WS=113004145;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,33:0.54:61
chr3	113005743	rs146459508	G	GT	480.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.185;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.53;ReadPosRankSum=0.395;SOR=0.619;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:50,37:0.43:87
chr3	113005754	rs5022662	A	T	2531.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.459;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FS=1.816;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=28.45;ReadPosRankSum=1.667;SOR=0.701;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:5,84:0.94:89
chr3	113010303	rs17321330	G	A	286.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=2.713;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.906;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=1;PP=168;ReadPosRankSum=0.410;SC=ACTTTCAGGCGAGTTCAGTTT;SOR=1.609;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=19;TCF=16;TCR=3;TR=10;WE=113010311;WS=113010293;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,13:0.50:26
chr3	113010466	rs2291905	T	C	2670.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=28;NR=35;PP=1012;SC=AGGATAAGACTGCCTTTCCTA;SOR=0.900;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=64;TCF=29;TCR=35;TR=63;WE=113010474;WS=113010456;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr3	113012797	rs810209	G	A	4863.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=75;NR=45;PP=2284;SC=CTTAGCACCTGCATTTTAAAC;SOR=1.093;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=120;TCF=75;TCR=45;TR=120;WE=113012805;WS=113012787;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,181:1.00:181
chr3	113012974	rs775217	A	G	2823.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=20;NR=55;PP=1708;SC=TAGAGTTTGGAATATGCTATA;SOR=1.609;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=76;TCF=20;TCR=56;TR=75;WE=113012982;WS=113012964;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr3	113013848	rs11398178	A	AT	1197.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=28;PP=1319;SC=TTGATTAAAGATAAGAATATA;SOR=3.675;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=30;TCF=1;TCR=29;TR=29;WE=113013856;WS=113013838;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr3	113015436	rs808949	G	C	4182.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=104;NR=22;PP=2965;SC=CAAGGCCTAAGATCCTGGGGC;SOR=3.131;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=126;TCF=104;TCR=22;TR=126;WE=113015444;WS=113015427;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,140:1.00:140
chr3	113015553	rs808950	A	C	21831.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-1.372;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=834;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=274;NR=204;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.569;SC=CCAAAGATCAACCCCCTTCTC;SOR=0.302;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=480;TCF=276;TCR=204;TR=478;WE=113015561;WS=113015543;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,827:1.00:828
chr3	113015660	rs2270781	G	A	6067.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=2.328;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=618;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.097;HP=3;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=94;NR=116;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.419;SC=AACAGAAAGCGTTTGAAGGGC;SOR=0.766;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=434;TCF=195;TCR=239;TR=210;WE=113015668;WS=113015650;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:315,292:0.48:607
chr3	113015802	rs112007652	A	G	1238.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=0.263;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.079;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=41;PP=892;ReadPosRankSum=1.251;SC=ACCAGGAACAATAACATTCTA;SOR=1.066;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=103;TCF=18;TCR=85;TR=47;WE=113015810;WS=113015792;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,54:0.46:117
chr3	113022870	rs4682484	T	C	7554.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=306;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=93;NR=95;PP=2719;SC=CTGGAGCTCATGGATTCGTTC;SOR=0.706;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=189;TCF=93;TCR=96;TR=188;WE=113022878;WS=113022860;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,300:1.00:300
chr3	113022996	rs2270782	G	A	2235.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=14;NR=41;PP=1229;SC=AAAGAAAATAGACAAAAACAC;SOR=1.700;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=55;TCF=14;TCR=41;TR=55;WE=113023004;WS=113022986;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr3	113027214	rs775231	A	C	859.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=19;PP=560;SC=TAGTCACTAGAAAAATAACTC;SOR=1.765;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=7;TCR=19;TR=26;WE=113027222;WS=113027204;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr3	113092197	rs1463640	A	G	669.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=3.232;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.838;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=6;PP=492;ReadPosRankSum=0.663;SC=ATCCATGATGAACAAAAGCAT;SOR=1.270;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=39;TCF=28;TCR=11;TR=25;WE=113092205;WS=113092187;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,26:0.55:47
chr3	113119301	rs7647220	C	T	405.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.453;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=3;PP=259;ReadPosRankSum=-0.801;SC=GGAAAATCCCCAAATGCTCTT;SOR=0.990;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=18;TCF=14;TCR=4;TR=14;WE=113119309;WS=113119291;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,16:0.80:20
chr3	113125966	rs73237123	A	G	1189.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=1.033;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=36;PP=785;ReadPosRankSum=2.066;SC=AAACATTTACATATTTCATAG;SOR=0.633;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=112;TCF=26;TCR=86;TR=47;WE=113125974;WS=113125956;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,56:0.41:136
chr3	113135345	rs12635786	A	C	1016.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.742;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.154;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=16;PP=629;ReadPosRankSum=-0.561;SC=TTGAACATGAAATATTTAAAT;SOR=1.046;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=88;TCF=49;TCR=39;TR=41;WE=113135353;WS=113135335;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,53:0.39:136
chr3	113135543	rs12630518	G	A	247.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.826;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.291;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=8;PP=135;ReadPosRankSum=0.000;SC=GATTAATGCAGTATTTAGCAT;SOR=0.188;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=18;TCF=2;TCR=16;TR=10;WE=113135551;WS=113135533;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,12:0.52:23
chr3	113145006	rs73239107	C	T	2120.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.637;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=224;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.492;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=29;PP=873;ReadPosRankSum=-0.085;SC=TGTTTGAATCCAGAGTCACAA;SOR=0.632;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=138;TCF=77;TCR=61;TR=65;WE=113145014;WS=113144996;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:114,108:0.49:222
chr3	113146130	rs59722850	T	C	1562.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.084;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.877;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=34;PP=632;ReadPosRankSum=0.836;SC=CCTTCCCCTTTGGTAAATGTT;SOR=0.555;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=112;TCF=42;TCR=70;TR=59;WE=113146138;WS=113146111;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:93,83:0.47:176
chr3	113152596	rs2291413	T	A	1076.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.832;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.757;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=27;PP=590;ReadPosRankSum=0.111;SC=CATATTTCATTAGCACCAAAC;SOR=0.463;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=83;TCF=22;TCR=61;TR=38;WE=113152604;WS=113152586;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,51:0.50:102
chr3	113164109	rs2054823	A	G	717.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.222;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=3.700;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.77;ReadPosRankSum=-0.497;SOR=0.323;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,36:0.59:61
chr3	113207758	rs7625841	G	A	1602.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.795;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=16;PP=803;ReadPosRankSum=-0.341;SC=GAAAAAACCTGAGAGTTGTAA;SOR=0.711;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=80;TCF=54;TCR=26;TR=48;WE=113207766;WS=113207748;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,76:0.59:128
chr3	113211953	rs3732804	C	T	106.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=1.125;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=0;PP=81;ReadPosRankSum=-1.016;SC=ACAACTAGCACTTGTTGATAT;SOR=1.284;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=16;TCR=0;TR=6;WE=113211961;WS=113211950;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,6:0.30:20
chr3	113233563	rs2306069	C	T	1966.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.660;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.922;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=49;PP=1177;ReadPosRankSum=-0.845;SC=CGCTCCCGGTCCCAAAGCACC;SOR=0.880;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=135;TCF=48;TCR=87;TR=74;WE=113233571;WS=113233553;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,92:0.52:177
chr3	113285423	rs2271495	T	C	3328.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.175;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=271;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.426;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=61;PP=1672;ReadPosRankSum=0.153;SC=CTTCACTATGTTTAGTTTTCT;SOR=0.514;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=182;TCF=74;TCR=108;TR=107;WE=113285431;WS=113285413;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:110,159:0.59:269
chr3	113286295	rs28539944	G	A	699.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-3.154;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.031;HP=3;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=10;PP=445;ReadPosRankSum=0.119;SC=AATTTGGAGAGAAGCAAAATG;SOR=0.316;SbPval=0.26;Source=Platypus;TC=58;TCF=43;TCR=15;TR=30;WE=113286303;WS=113286285;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,32:0.52:61
chr3	113286405	rs2292511	C	T	5701.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=85;NR=74;PP=2965;SC=GGAGCTACAACTATCAAGAAG;SOR=0.798;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=161;TCF=86;TCR=75;TR=159;WE=113286413;WS=113286395;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,219:1.00:219
chr3	113299644	rs28614095	C	T	1744.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.391;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.989;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=42;PP=1027;ReadPosRankSum=0.893;SC=GCATGCCATCCTCTTACTGTG;SOR=0.868;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=128;TCF=37;TCR=91;TR=58;WE=113299652;WS=113299634;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:96,79:0.45:175
chr3	113300183	rs2271494	A	T	5920.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=90;NR=62;PP=2906;SC=GATGCTTTCCATTTTATTCCT;SOR=0.953;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=152;TCF=90;TCR=62;TR=152;WE=113300191;WS=113300173;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,222:1.00:222
chr3	113300351	rs9863703	T	G	3424.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=30;NR=58;PP=1853;SC=ATAGTGTACTTACTGGGCCAG;SOR=1.407;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=88;TCF=30;TCR=58;TR=88;WE=113300359;WS=113300341;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr3	113300390	rs62265520	T	C	682.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-0.922;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=19;PP=306;ReadPosRankSum=-0.574;SC=ATCCATGATGTGCCTAGGATC;SOR=0.735;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=63;TCF=19;TCR=44;TR=26;WE=113300398;WS=113300380;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,35:0.45:78
chr3	113302118	rs62265521	C	T	613.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-1.717;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.436;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=5;PP=346;ReadPosRankSum=1.193;SC=ATGTGAAAGTCCTTTCCAAGG;SOR=0.204;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=35;TCF=29;TCR=6;TR=21;WE=113302126;WS=113302108;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,27:0.64:42
chr3	113302425	rs2271493	G	A	1121.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=28;PP=745;SC=CTCCTTTCTAGTTCCCACTAA;SOR=2.613;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=34;TCF=6;TCR=28;TR=34;WE=113302433;WS=113302415;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr3	113304171	rs41271363	G	A	6518.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=2.010;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=254;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=1.953;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=107;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.358;SC=TCTGTGTAACGCTTGCAGCAC;SOR=1.291;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=158;TCF=51;TCR=107;TR=158;WE=113304179;WS=113304161;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,242:0.98:246
chr3	113322066	.	T	C	2358.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=3.911;ClippingRankSum=0.000;DP=232;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.286;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=43;PP=1276;ReadPosRankSum=-0.153;SC=ACTTCAGCAATACCTCAGTTT;SOR=0.557;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=149;TCF=53;TCR=96;TR=71;WE=113322074;WS=113322056;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:118,108:0.48:226
chr3	113373930	rs930818	A	G	10628.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=416;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=150;NR=136;PP=2965;SC=ATCAGGAAGCACTGTGGCTAT;SOR=0.749;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=286;TCF=150;TCR=136;TR=286;WE=113373938;WS=113373920;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,401:1.00:401
chr3	113376110	rs10606566	TTGC	T	6597.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=266;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQ=60.16;NF=13;NR=72;PP=2997;SC=GTTGTTGCTGTTGCTGCTGCT;SOR=1.114;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=115;TCF=17;TCR=98;TR=85;WE=113376123;WS=113376100;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,160:1.00:160
chr3	113377481	.	G	GT	387.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.039;ClippingRankSum=0.000;DP=220;ExcessHet=3.0103;FS=4.292;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.05;MQRankSum=0.000;QD=1.91;ReadPosRankSum=-0.203;SOR=0.409;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:157,46:0.23:203
chr3	113499458	rs1430944	G	A	1118.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=11;PP=413;SC=CTTTAGGTCTGTCTCTCAAAG;SOR=0.874;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=15;TCR=11;TR=26;WE=113499466;WS=113499448;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr3	113557690	rs9990079	G	A	2623.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-0.827;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.211;NF=61;NR=13;PP=1757;ReadPosRankSum=1.496;SC=GCGCGCGCTGGAGGTGGGCGC;SOR=1.350;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=75;TCF=62;TCR=13;TR=74;WE=113557698;WS=113557680;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,90:0.99:91
chr3	113557787	rs66781755	AGCC	A	16697.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=380;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=59;NR=100;PP=2948;SC=CCGTCAGGTAAGCCGCGGGCC;SOR=0.948;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=165;TCF=64;TCR=101;TR=159;WE=113557797;WS=113557777;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,375:1.00:375
chr3	113594377	rs13079383	A	G	4132.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-1.692;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=407;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=60;PP=1486;ReadPosRankSum=3.037;SC=AGGGACGACTATACCTTTCAG;SOR=0.742;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=222;TCF=107;TCR=115;TR=111;WE=113594385;WS=113594367;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:199,206:0.51:405
chr3	113595156	rs2712350	C	G	1991.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=33;PP=1054;SC=AAGAAAATCTCCCTCATACTC;SOR=1.362;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=51;TCF=18;TCR=33;TR=51;WE=113595164;WS=113595146;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr3	113619872	rs2632244	C	T	3584.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=57;NR=28;PP=1712;SC=TTTTCTGTCACTTTAGAGCCT;SOR=1.187;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=86;TCF=57;TCR=29;TR=85;WE=113619880;WS=113619862;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,136:1.00:136
chr3	113631884	rs2712341	A	C	2140.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.977;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.896;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=27;PP=1252;ReadPosRankSum=-0.704;SC=TAACATAGAGACTGCTTTATT;SOR=0.863;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=127;TCF=80;TCR=47;TR=75;WE=113631892;WS=113631874;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,97:0.54:178
chr3	113655207	rs3765114	C	T	8285.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.417;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=326;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=99;NR=91;PP=2965;ReadPosRankSum=2.005;SC=GAACCTTCAACCGAACAGCAG;SOR=0.375;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=192;TCF=101;TCR=91;TR=190;WE=113655215;WS=113655197;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,322:0.99:325
chr3	113656833	rs1963015	C	G	676.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=29;NR=5;PP=723;SC=GCCTGGGCAACAAGAGCGAAA;SOR=2.925;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=37;TCF=29;TCR=8;TR=34;WE=113656841;WS=113656823;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr3	113659308	rs2029228	G	C	3794.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=27;NR=77;PP=2408;SC=CCCCCTGCTAGAGCCAACTAC;SOR=1.857;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=104;TCF=27;TCR=77;TR=104;WE=113659316;WS=113659298;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr3	113664183	rs68028538	CAG	C	2306.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=35;NR=5;PP=1885;SC=GCATAAAAAACAGAAATTTTC;SOR=3.570;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=41;TCF=35;TCR=6;TR=40;WE=113664192;WS=113664173;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr3	113673125	rs11921691	A	G	8757.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=322;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=106;NR=116;PP=2965;SC=GGCTCTTCCAAGATGCCAGCT;SOR=0.758;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=222;TCF=106;TCR=116;TR=222;WE=113673133;WS=113673115;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,318:1.00:318
chr3	113679725	rs3732785	C	T	3252.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=43;NR=63;PP=1987;SC=GATGAGTGATCTTGTGTGGGA;SOR=1.071;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=106;TCF=43;TCR=63;TR=106;WE=113679733;WS=113679715;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr3	113720624	rs6438178	C	T	6778.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=250;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=41;NR=149;PP=2965;SC=GATAGTCAAGCGTCTACCAAA;SOR=2.137;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=190;TCF=41;TCR=149;TR=190;WE=113720632;WS=113720614;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,237:1.00:237
chr3	113737568	rs17603649	G	A	2908.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=2.666;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=330;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.968;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=47;PP=1653;ReadPosRankSum=1.225;SC=TGAGTCTCCCGCTCCAACTTC;SOR=0.555;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=225;TCF=132;TCR=93;TR=106;WE=113737576;WS=113737558;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:183,145:0.44:328
chr3	113784007	rs34428541	A	AT	513.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-0.555;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5461;FS=0.000;HP=12;HapScore=3;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=7;PP=225;ReadPosRankSum=-0.208;SC=TTTCCTGAAGATTTTTTTTTT;SOR=0.487;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=28;TCF=17;TCR=11;TR=18;WE=113784015;WS=113783997;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,33:0.79:42
chr3	113795834	rs7631864	G	A	1284.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=3;NR=31;PP=889;SC=GGGATGCAGGGAAGGAGTGCT;SOR=3.365;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=35;TCF=3;TCR=32;TR=34;WE=113795842;WS=113795824;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr3	113801826	rs13086657	C	T	1534.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=18;NR=18;PP=637;SC=TTGTAGACTTCGTCTTGTCAG;SOR=0.793;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=36;TCF=18;TCR=18;TR=36;WE=113801834;WS=113801816;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr3	113801965	rs13071100	T	C	732.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=10;NR=14;PP=538;SC=AAGTTTTAAATTGTAGGGTGC;SOR=1.022;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=24;TCF=10;TCR=14;TR=24;WE=113801973;WS=113801955;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr3	113858350	rs2251177	C	T	1157.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.92;SOR=1.775;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr3	113890815	rs6280	C	T	2730.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=32;NR=39;PP=1322;SC=TTCAGGTGGCCACTCAGCTGG;SOR=0.880;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=71;TCF=32;TCR=39;TR=71;WE=113890823;WS=113890805;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr3	113955055	rs11316836	GA	G	1123.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.732;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.29;MQRankSum=2.110;QD=6.21;ReadPosRankSum=0.285;SOR=0.744;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:93,88:0.49:181
chr3	113955164	rs3732782	T	G	2083.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.498;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=267;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.239;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.672;NF=31;NR=44;PP=1301;ReadPosRankSum=0.387;SC=GTAGCCAAAGTCCTTTCTATG;SOR=0.942;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=165;TCF=73;TCR=92;TR=75;WE=113955172;WS=113955154;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:148,107:0.42:255
chr3	113955265	rs6438190	G	A	1359.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.059;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.767;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=28;PP=803;ReadPosRankSum=0.127;SC=CACATTCTTTGCACTCGTAGG;SOR=0.799;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=117;TCF=57;TCR=60;TR=51;WE=113955273;WS=113955255;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:97,67:0.41:164
chr3	113955320	rs6438191	C	T	1710.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-1.207;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.210;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=29;PP=780;ReadPosRankSum=-0.820;SC=GAAAACAGAGCGGTAGGTGAA;SOR=0.581;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=123;TCF=68;TCR=55;TR=61;WE=113955328;WS=113955310;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,84:0.50:167
chr3	114026673	rs11714612	A	G	1403.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=1.895;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=15;PP=858;ReadPosRankSum=0.547;SC=GAAGAGAGAGATGTCATATTG;SOR=0.693;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=108;TCF=74;TCR=34;TR=53;WE=114026681;WS=114026663;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,63:0.50:126
chr3	114027065	rs35641088	C	CGTGT	243.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.348;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.670;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=8;PP=449;ReadPosRankSum=2.645;SC=ATCAGTGCTGCGTGTGTGTGT;SOR=1.179;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=37;TCF=3;TCR=34;TR=9;WE=114027073;WS=114027055;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,10:0.31:32
chr3	114832216	rs76869289	T	G	1170.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.294;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.727;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=13;PP=544;ReadPosRankSum=0.151;SC=ACTCTTTCTATGGTAGAAGTT;SOR=0.465;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=70;TCF=49;TCR=21;TR=38;WE=114832224;WS=114832206;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,55:0.56:99
chr3	115529068	.	ATC	A	148	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;FR=0.5000;HP=5;HapScore=2;MGOF=37;MMLQ=20;MQ=59.02;NF=3;NR=2;PP=148;QD=30.6;SC=GGTCTCCCCCATCTCTCTCTC;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=21;TCF=16;TCR=5;TR=5;WE=115529077;WS=115529058;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:16,5:0.24:21
chr3	116163634	rs138580275	GAC	G	1411.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.098;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.748;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=1.391;NF=39;NR=27;PP=2224;ReadPosRankSum=-2.077;SC=AAGGAGATCAGACACACACAC;SOR=0.612;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=107;TCF=61;TCR=46;TR=66;WE=116163668;WS=116163624;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,72:0.61:119
chr3	116163655	.	AC	A	56.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.036;ClippingRankSum=0.000;DP=207;ExcessHet=3.0103;FS=0.856;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.21;MQRankSum=-0.690;QD=0.33;ReadPosRankSum=2.796;SOR=0.838;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:149,24:0.14:173
chr3	116728295	rs11381408	G	GA	664.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-0.876;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.660;HP=9;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQ=60.13;MQRankSum=1.044;NF=2;NR=28;PP=799;ReadPosRankSum=-0.234;SC=CTTAATTAAAGAAAAAATACC;SOR=0.262;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=70;TCF=3;TCR=67;TR=30;WE=116728303;WS=116728285;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,34:0.49:69
chr3	118269774	rs9816586	A	G	6022.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.840;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.141;NF=53;NR=97;PP=2829;ReadPosRankSum=-0.424;SC=CAGGATGGCTATAAAAGAGAA;SOR=1.245;Source=Platypus;TCF=54;TR=150;WE=118269782;WS=118269764;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,227:0.99:229
chr3	118269825	rs57227846	GT	G	1553.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.427;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FS=1.805;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.10;MQRankSum=0.000;QD=17.66;ReadPosRankSum=-2.178;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:6,82:0.93:88
chr3	118624631	rs6782002	G	A	890.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.051;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=24;PP=546;ReadPosRankSum=1.960;SC=AGAAATCAGCGGAAGACCATA;SOR=0.713;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=76;TCF=25;TCR=51;TR=35;WE=118624639;WS=118624621;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,43:0.47:91
chr3	118649060	rs2903250	G	T	5283.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=55;NR=77;PP=2447;SC=AGGACTGCTGGCTGACCCCGG;SOR=0.922;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=132;TCF=55;TCR=77;TR=132;WE=118649068;WS=118649050;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,201:1.00:201
chr3	118865801	rs4077931	C	T	2226.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=1.063;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=251;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.163;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=41;PP=1255;ReadPosRankSum=-1.678;SC=AAAGACCTTCCGTACAGATTG;SOR=0.626;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=180;TCF=88;TCR=92;TR=85;WE=118865809;WS=118865791;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:138,108:0.44:246
chr3	118866515	rs9864127	C	T	830.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=3.098;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.097;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=30;PP=559;ReadPosRankSum=-0.920;SC=AGGGGTACAACGGAAGGGCAC;SOR=0.469;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=90;TCF=13;TCR=77;TR=35;WE=118866523;WS=118866505;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,39:0.41:94
chr3	118867047	rs9289122	C	G	903.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.643;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=9;PP=264;ReadPosRankSum=-0.408;SC=CAGAAATTGACCAAGGAAAGG;SOR=0.735;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=51;TCF=26;TCR=25;TR=20;WE=118867055;WS=118867037;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,46:0.51:91
chr3	118870025	rs11373158	A	AC	4654.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.126;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=320;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.099;NF=19;NR=30;PP=1918;ReadPosRankSum=1.566;SC=TGACCACATAATTTTGCTCAG;SOR=0.703;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=128;TCF=47;TCR=81;TR=49;WE=118870033;WS=118870015;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:173,145:0.46:318
chr3	118909159	rs9840317	A	G	2555.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.30;SOR=0.713;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr3	118909962	rs3796356	T	C	2410.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=20;NR=55;PP=1412;SC=GTAAGACCTGTGGTCTTGGGG;SOR=1.916;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=75;TCF=20;TCR=55;TR=75;WE=118909970;WS=118909952;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr3	118909987	rs3796357	C	T	1522.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=9;NR=36;PP=1081;SC=GCCATTTTTACTTACTGGTGG;SOR=2.540;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=45;TCF=9;TCR=36;TR=45;WE=118909995;WS=118909977;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
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chr3	118913261	rs36002465	T	TC	2495.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.269;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.599;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.863;NF=1;NR=47;PP=1811;ReadPosRankSum=1.042;SC=TCCTCTCTCCTCCCAAGACTT;SOR=0.799;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=89;TCF=4;TCR=85;TR=48;WE=118913269;WS=118913251;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,91:0.54:168
chr3	118913337	rs7628485	A	G	324.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=2.586;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.828;HP=1;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=13;PP=265;ReadPosRankSum=1.583;SC=GTCTTTCAGTAAGGAATTCTA;SOR=2.368;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=30;TCF=2;TCR=28;TR=13;WE=118913345;WS=118913327;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,13:0.39:33
chr3	118922650	rs55795433	C	CA	100.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=0.531;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.688;HP=10;HapScore=4;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=0;PP=615;ReadPosRankSum=0.594;SC=AACAAACAAACAAAAAAATCT;SOR=1.414;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=32;TCF=30;TCR=2;TR=9;WE=118922662;WS=118922645;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,9:0.33:27
chr3	118922654	rs12186112	A	C	457.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-2.217;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.927;HP=6;HapScore=4;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=1;PP=605;ReadPosRankSum=-0.791;SC=AACAAACAAAAAAATCTGTTG;SOR=0.193;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=29;TCF=28;TCR=1;TR=17;WE=118922662;WS=118922645;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,19:0.61:31
chr3	118930791	rs5868	G	C	2474.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=61;NR=13;PP=1718;SC=GCTATCAGCAGCTGCAACCAG;SOR=2.861;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=74;TCF=61;TCR=13;TR=74;WE=118930799;WS=118930781;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr3	118931389	rs6784208	C	T	12297.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=471;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=157;NR=126;PP=2965;SC=CACCAAAAGACCCAGGGTCAT;SOR=0.849;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=283;TCF=157;TCR=126;TR=283;WE=118931397;WS=118931379;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,466:1.00:466
chr3	118935284	rs68075325	CACGCACAT	C	354.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.466;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=23.65;ReadPosRankSum=1.019;SOR=0.610;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,12:0.80:15
chr3	118935300	rs73187814	C	T	363.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.166;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.98;ReadPosRankSum=1.381;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,11:0.79:14
chr3	118948618	rs4422293	G	C	984.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.712;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.985;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=9;PP=628;ReadPosRankSum=1.651;SC=GAGATGTTTTGATACAGGCAA;SOR=0.479;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=66;TCF=50;TCR=16;TR=34;WE=118948626;WS=118948608;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,44:0.54:82
chr3	118948716	rs4422294	G	A	3361.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.906;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=379;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.378;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=41;PP=1545;ReadPosRankSum=-2.315;SC=ACACAGAAGGGCAGTTGTCAA;SOR=0.659;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=216;TCF=131;TCR=85;TR=102;WE=118948724;WS=118948706;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:206,168:0.45:374
chr3	119013928	rs3732412	A	T	1421.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=1.112;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=44;PP=1034;ReadPosRankSum=-0.122;SC=TCGAGTTGTGATAGAGTCGGT;SOR=0.732;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=117;TCF=37;TCR=80;TR=64;WE=119013936;WS=119013918;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,67:0.51:132
chr3	119112559	rs935616	A	G	418.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-4.239;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.259;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=14;PP=275;ReadPosRankSum=0.266;SC=TAAATTAACTAGGGGAAGAGG;SOR=0.166;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=28;TCF=0;TCR=28;TR=14;WE=119112567;WS=119112549;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,17:0.47:36
chr3	119118104	rs4688001	A	G	8633.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=323;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=97;NR=88;PP=2965;SC=CAGTGCCTGTAGAAGGTAAGA;SOR=0.764;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=185;TCF=97;TCR=88;TR=185;WE=119118112;WS=119118094;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,321:1.00:321
chr3	119128398	rs2305249	G	A	1275.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.579;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=25;PP=721;ReadPosRankSum=-2.341;SC=CTGAAGCACCGGGGACAGTGG;SOR=0.687;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=83;TCF=40;TCR=43;TR=49;WE=119128406;WS=119128388;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,61:0.54:112
chr3	119133183	rs3732413	G	A	4058.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.776;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=356;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.389;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=68;PP=2156;ReadPosRankSum=0.936;SC=TTCAAAGGGCGGCCCGGAAAG;SOR=0.736;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=245;TCF=118;TCR=127;TR=130;WE=119133191;WS=119133173;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:159,190:0.54:349
chr3	119150836	rs1132200	C	T	1742.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.010;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.994;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=13;PP=924;ReadPosRankSum=-1.637;SC=GCTTAGTTTGCCTTGAGTTCA;SOR=1.102;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=93;TCF=66;TCR=27;TR=51;WE=119150844;WS=119150826;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,77:0.50:153
chr3	119170218	rs2178318	A	G	693.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.142;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.894;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=18;PP=400;ReadPosRankSum=0.061;SC=TTGTGATTATAGTAACTATTC;SOR=0.843;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=56;TCF=16;TCR=40;TR=24;WE=119170226;WS=119170208;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,33:0.42:79
chr3	119171280	rs1919586	C	G	3628.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.873;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=422;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.752;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=55;PP=1477;ReadPosRankSum=0.288;SC=AGAATATAGTCAATGAACTGT;SOR=0.736;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=251;TCF=122;TCR=129;TR=102;WE=119171288;WS=119171270;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:230,186:0.45:416
chr3	119188895	rs6438531	C	G	841.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=2.219;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=16;PP=406;ReadPosRankSum=0.202;SC=AAAATGCTCTCGCATGGGAAA;SOR=0.714;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=48;TCF=16;TCR=32;TR=25;WE=119188903;WS=119188885;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,37:0.54:68
chr3	119196334	rs3732419	G	T	645.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-1.301;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.957;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=17;PP=300;ReadPosRankSum=0.394;SC=ATGGAGAGTGGTCCTCTAGGA;SOR=0.087;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=40;TCF=6;TCR=34;TR=21;WE=119196342;WS=119196324;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,30:0.64:47
chr3	119197285	rs4688005	A	G	4225.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.267;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=476;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.517;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=75;PP=1833;ReadPosRankSum=-0.275;SC=ATTGTTTGTCATGAAACTCAC;SOR=0.735;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=287;TCF=126;TCR=161;TR=133;WE=119197293;WS=119197275;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:249,217:0.47:466
chr3	119198873	rs4688007	G	A	4945.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.733;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=505;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.521;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=67;NR=65;PP=2128;ReadPosRankSum=-0.279;SC=ACTGATTTAGGACGACCTGTC;SOR=0.612;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=295;TCF=155;TCR=140;TR=132;WE=119198881;WS=119198863;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:258,243:0.49:501
chr3	119199099	rs199681244	C	CT	107.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.734;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=1.524;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.57;ReadPosRankSum=-0.053;SOR=0.404;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,13:0.31:42
chr3	119222456	rs1131265	G	C	1682.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.817;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=31;PP=805;ReadPosRankSum=-1.555;SC=CAGTGTTTGTGACTATATTCA;SOR=0.730;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=89;TCF=33;TCR=56;TR=47;WE=119222464;WS=119222446;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,77:0.58:133
chr3	119222585	rs11358423	CT	C	93.74	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=0.632;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=2.817;HP=13;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=4;PP=95;ReadPosRankSum=0.086;SC=TTAATAATGCCTTTTTTTTTT;SOR=1.255;SbPval=0.25;Source=Platypus;TC=14;TCF=6;TCR=8;TR=10;WE=119222593;WS=119222575;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,9:0.64:14
chr3	119276377	rs66604554	A	G	903.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.982;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.514;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=9;PP=404;ReadPosRankSum=-0.182;SC=GGTTCCTTCCAGCTTATAGGA;SOR=0.850;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=83;TCF=56;TCR=27;TR=34;WE=119276385;WS=119276367;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,50:0.42:118
chr3	119305379	rs25676	T	A	3180.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.168;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=363;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.385;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=70;PP=1851;ReadPosRankSum=0.452;SC=CAGCCTATGCTGTGAATAGCA;SOR=0.727;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=257;TCF=111;TCR=146;TR=123;WE=119305387;WS=119305369;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:200,159:0.44:359
chr3	119334986	rs2247660	G	A	2362.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.459;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=241;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=34;PP=909;ReadPosRankSum=-0.824;SC=TGGCAACCCCGGAGATTGAAA;SOR=0.694;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=138;TCF=70;TCR=68;TR=67;WE=119334994;WS=119334976;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:121,117:0.49:238
chr3	119336728	rs4688020	C	T	425.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-2.393;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.994;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=4;PP=296;ReadPosRankSum=-0.074;SC=CACTAATATTCTGAAAAAGTG;SOR=0.037;SbPval=0.23;Source=Platypus;TC=28;TCF=24;TCR=4;TR=17;WE=119336736;WS=119336718;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,18:0.62:29
chr3	119338287	rs115833860	C	T	869.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.302;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.843;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=8;PP=532;ReadPosRankSum=-0.452;SC=GCACATAGTGCGTGTATGGTG;SOR=0.917;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=65;TCF=48;TCR=17;TR=33;WE=119338295;WS=119338277;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,41:0.47:88
chr3	119338863	rs199555688	CA	C	1271.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.637;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.297;NF=12;NR=11;PP=767;ReadPosRankSum=2.258;SC=TGGCAGCCTCCAAGGTTGGGG;SOR=0.667;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=42;TCF=26;TCR=16;TR=23;WE=119338871;WS=119338853;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,41:0.55:74
chr3	119338956	rs2280669	A	G	1748.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.274;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.139;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.623;NF=25;NR=28;PP=695;ReadPosRankSum=-1.287;SC=GCTCCTAACCATGGCATTTCC;SOR=0.683;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=126;TCF=65;TCR=61;TR=53;WE=119338964;WS=119338946;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:117,90:0.43:207
chr3	119339010	rs1877595	G	A	1317.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.699;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.562;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.749;NF=21;NR=28;PP=672;ReadPosRankSum=-0.272;SC=TAAATGTGAAGTAAAAATGTG;SOR=0.759;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=120;TCF=54;TCR=66;TR=49;WE=119339018;WS=119339000;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:107,71:0.40:178
chr3	119339054	rs1877594	C	T	955.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=2.966;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.767;HP=1;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=25;PP=613;ReadPosRankSum=1.094;SC=CAAGCTAAACCGTCATCCTTC;SOR=0.818;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=81;TCF=25;TCR=56;TR=35;WE=119339062;WS=119339044;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,44:0.42:106
chr3	119339138	rs115355284	C	A	204.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-2.449;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=8;PP=133;ReadPosRankSum=-0.041;SC=GTCCTGTTTGCTTTATCATGT;SOR=0.368;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=19;TCF=3;TCR=16;TR=10;WE=119339146;WS=119339128;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,10:0.53:19
chr3	119348345	.	A	ATATTT	1556.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.068;ClippingRankSum=0.000;DP=305;ExcessHet=3.0103;FS=3.567;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.95;MQRankSum=3.720;QD=5.94;ReadPosRankSum=-0.984;SOR=1.096;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:173,89:0.34:262
chr3	119361250	rs8007	A	G	146.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-2.695;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=1;PP=56;ReadPosRankSum=-0.168;SC=GAAAAGAGGCATGCCTATCAG;SOR=0.484;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=29;TCF=24;TCR=5;TR=7;WE=119361258;WS=119361240;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,10:0.31:32
chr3	119367390	rs2688643	T	C	4421.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=53;NR=55;PP=1759;SC=AGAGCTTCTCTGAGATGTCAT;SOR=0.753;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=110;TCF=53;TCR=57;TR=108;WE=119367398;WS=119367380;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,171:1.00:171
chr3	119373301	rs2688630	G	A	285.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.61;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=2;PP=167;SC=GGATATTGCTGGGCTACAGTG;SOR=1.270;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=6;TCR=2;TR=8;WE=119373323;WS=119373291;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr3	119373315	rs2688629	T	C	331.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.61;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=4;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=1;PP=156;SC=TACAGTGGGATGGGGTGAGGC;SOR=1.609;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=7;TCR=1;TR=8;WE=119373323;WS=119373291;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr3	119378872	rs1880040	G	A	5409.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.699;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=485;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=91;NR=76;PP=2344;ReadPosRankSum=-0.179;SC=CCTGCTCCTCGCAGCAGTGAA;SOR=0.700;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=301;TCF=163;TCR=138;TR=167;WE=119378880;WS=119378862;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:219,262:0.54:481
chr3	119378977	rs2873788	G	A	4246.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-2.758;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=362;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.805;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=70;NR=66;PP=2296;ReadPosRankSum=-0.107;SC=CCTCACGCAGGCGGTATACCA;SOR=0.754;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=262;TCF=133;TCR=129;TR=136;WE=119378985;WS=119378967;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:162,190:0.54:352
chr3	119379186	rs4688023	C	T	3353.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-1.371;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=375;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.385;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=66;PP=1396;ReadPosRankSum=1.119;SC=AGGTGGTAGACAGCCCCTTCC;SOR=0.652;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=219;TCF=82;TCR=137;TR=106;WE=119379194;WS=119379176;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:192,171:0.47:363
chr3	119394168	rs2293235	C	T	631.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.908;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.989;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=13;PP=298;ReadPosRankSum=-0.302;SC=AGACAAAACACGGGTATAATG;SOR=0.880;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=42;TCF=18;TCR=24;TR=22;WE=119394176;WS=119394158;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,31:0.53:59
chr3	119395662	rs523476	C	G	1082.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.417;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.712;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=15;PP=553;ReadPosRankSum=0.865;SC=ATGTCTACATCTTCGGACCTA;SOR=0.780;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=77;TCF=48;TCR=29;TR=39;WE=119395670;WS=119395652;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,54:0.49:110
chr3	119395865	rs368987137	CGGGGCGG	C	219.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-1.111;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=3.310;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=14.65;ReadPosRankSum=-0.963;SOR=0.141;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,7:0.47:15
chr3	119395870	.	CGG	C	151.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=3.440;ClippingRankSum=-0.000;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=11.67;ReadPosRankSum=1.485;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,6:0.46:13
chr3	119422204	rs7624672	T	C	915.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=25;PP=761;SC=ACGGTTGTCCTTGGTCGGGTG;SOR=3.767;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=27;TCF=2;TCR=25;TR=27;WE=119422212;WS=119422194;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr3	119426307	rs9848716	T	C	3415.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=46;NR=35;PP=1643;SC=ATCCAAGATATTCTCTATATT;SOR=0.859;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=81;TCF=46;TCR=35;TR=81;WE=119426315;WS=119426297;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chr3	119434527	rs6438544	G	C	6310.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.285;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=245;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.073;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=78;NR=78;PP=2932;ReadPosRankSum=0.521;SC=TCCATACTCTGCAGAATATGT;SOR=0.402;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=162;TCF=80;TCR=82;TR=156;WE=119434535;WS=119434517;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,241:0.99:244
chr3	119501580	rs3841391	G	GC	1025.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=2.375;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.856;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=10;PP=801;ReadPosRankSum=0.803;SC=AGTGCTGGCAGCCCCCTGAGG;SOR=1.429;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=54;TCF=29;TCR=25;TR=26;WE=119501588;WS=119501570;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,41:0.47:88
chr3	119501780	rs2472668	G	A	4853.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=53;NR=80;PP=2822;SC=AGTGCCACCAGGTCCTTCTTC;SOR=1.103;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=135;TCF=54;TCR=81;TR=133;WE=119501788;WS=119501770;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,177:1.00:177
chr3	119501798	rs2461831	T	A	3775.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=40;NR=73;PP=2330;SC=TTCTCTCCACTTTACAGCCCA;SOR=1.296;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=114;TCF=40;TCR=74;TR=113;WE=119501806;WS=119501788;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,140:1.00:140
chr3	119526203	rs12721607	G	A	1603.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=2.033;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.599;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=31;PP=777;ReadPosRankSum=-0.178;SC=TGAGGAAGTCGGAGGTCCCCA;SOR=0.786;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=98;TCF=31;TCR=67;TR=42;WE=119526211;WS=119526193;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,75:0.47:161
chr3	119529113	rs3732356	G	T	3350.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=21;NR=76;PP=2182;SC=CGTGGGTGTGGGCATGCTTGT;SOR=2.224;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=97;TCF=21;TCR=76;TR=97;WE=119529121;WS=119529103;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr3	119533773	rs6797879	T	C	3308.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=60;NR=22;PP=1904;SC=CTGGTGCCGGTCTGTGGGCTG;SOR=1.630;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=82;TCF=60;TCR=22;TR=82;WE=119533781;WS=119533763;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr3	119533910	rs4058490	T	C	9147.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=360;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=102;NR=99;PP=2965;SC=CAGTGTTCAATGCGGAGACTG;SOR=0.716;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=201;TCF=102;TCR=99;TR=201;WE=119533918;WS=119533900;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,356:1.00:356
chr3	119534153	rs2276707	C	T	544.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=1.880;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=9;PP=241;ReadPosRankSum=0.825;SC=GCCCCTCCATCCTGTTACCAT;SOR=0.673;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=35;TCF=15;TCR=20;TR=16;WE=119534161;WS=119534143;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,28:0.43:65
chr3	119535780	rs28365102	C	T	610.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.144;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=0;PP=349;ReadPosRankSum=0.210;SC=GAGAAGCTTACGGAATTCAGC;SOR=0.432;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=52;TCF=49;TCR=3;TR=20;WE=119535788;WS=119535770;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,27:0.43:63
chr3	119535795	rs11929668	C	G	1141.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.490;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.797;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=5;PP=754;ReadPosRankSum=0.245;SC=TTCAGCCAAGCCTTGTCTCTT;SOR=1.375;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=67;TCF=57;TCR=10;TR=37;WE=119535803;WS=119535785;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,46:0.53:87
chr3	119595503	rs1719895	A	G	106.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=3;PP=80;SC=CATGATTTGAATATGTCCCCC;SOR=1.609;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=1;TCR=3;TR=4;WE=119595511;WS=119595493;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr3	119721171	rs12108149	T	C	153.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.955;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.364;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=8;PP=108;ReadPosRankSum=-0.179;SC=AGGTAAACTATATTCTTTATT;SOR=0.393;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=38;TCF=11;TCR=27;TR=11;WE=119721179;WS=119721161;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,12:0.25:48
chr3	119721191	rs200371314	A	AT	244.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.993;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.74;ReadPosRankSum=0.685;SOR=1.061;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,17:0.61:28
chr3	119886548	rs9858566	G	C	13584.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=501;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=166;NR=166;PP=2965;SC=GGCTAAAGCCGAGCTCCTTGG;SOR=0.748;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=332;TCF=166;TCR=166;TR=332;WE=119886556;WS=119886538;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,485:1.00:485
chr3	119886776	rs902790	T	A	7471.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=282;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=75;NR=136;PP=2965;SC=AGCCGCCTCTTTCTGGTAGGA;SOR=1.290;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=211;TCF=75;TCR=136;TR=211;WE=119886784;WS=119886766;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,276:1.00:276
chr3	119900212	rs1488765	G	C	1015.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-2.359;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.888;HP=5;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=29;PP=523;ReadPosRankSum=0.670;SC=GCAGACCCTGGGGGGTGAAGA;SOR=0.468;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=71;TCF=18;TCR=53;TR=41;WE=119900220;WS=119900202;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,50:0.54:92
chr3	119900260	rs1488764	T	C	783.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=25;PP=546;SC=AAGAGGTCAATGAGCAGTAGG;SOR=3.407;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=28;TCF=3;TCR=25;TR=28;WE=119900268;WS=119900250;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr3	119904125	rs902791	A	G	10911.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-2.107;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=427;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=145;NR=114;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.483;SC=GACAGAGACCATATCAGATGT;SOR=0.306;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=260;TCF=146;TCR=114;TR=259;WE=119904133;WS=119904115;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,422:1.00:423
chr3	119904315	rs902792	G	C	2592.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQ=60.23;NF=21;NR=44;PP=1440;SC=TTGTGAACATGCTGGAGCATG;SOR=1.371;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=65;TCF=21;TCR=44;TR=65;WE=119904323;WS=119904305;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr3	119904366	rs5852234	A	ACTG	504.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=1.808;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.837;HP=4;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.618;NF=0;NR=11;PP=495;ReadPosRankSum=0.145;SC=GTATGTAAAAACTGCAGCATT;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=24;TCF=0;TCR=24;TR=11;WE=119904374;WS=119904356;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,15:0.45:33
chr3	119905641	rs2319542	G	A	3959.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=37;NR=56;PP=1721;SC=CTGCAAAAGAGTCAAGGTCAA;SOR=0.970;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=93;TCF=37;TCR=56;TR=93;WE=119905649;WS=119905631;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,153:1.00:153
chr3	119911667	rs2319543	G	A	1601.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=38;NR=12;PP=1067;SC=ATGAGAAACAGGAACTTTGGA;SOR=2.107;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=50;TCF=38;TCR=12;TR=50;WE=119911675;WS=119911657;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr3	119912297	rs902793	C	A	2310.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-3.310;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.585;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=58;PP=1321;ReadPosRankSum=-1.440;SC=AAGAAAGACACTTACAGCCAT;SOR=0.528;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=165;TCF=48;TCR=117;TR=82;WE=119912305;WS=119912287;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:98,107:0.52:205
chr3	120123953	rs1147701	T	A	2332.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=11;NR=58;PP=1638;SC=TCAGAGGGCCTTGGCAACAAA;SOR=2.862;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=70;TCF=11;TCR=59;TR=69;WE=120123961;WS=120123943;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr3	120130899	rs1259326	T	C	656.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=2.662;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=16;PP=394;ReadPosRankSum=0.241;SC=CACACACACATACATGCACAC;SOR=0.662;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=67;TCF=22;TCR=45;TR=24;WE=120130913;WS=120130889;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,32:0.37:86
chr3	120169641	rs1147708	T	C	6624.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=259;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=108;NR=113;PP=2965;SC=GGCCCCGCGCTGACCTGGGAA;SOR=1.724;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=221;TCF=108;TCR=113;TR=221;WE=120169649;WS=120169631;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,256:1.00:256
chr3	120320939	rs12762	C	T	148.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.276;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.13;ReadPosRankSum=-1.102;SOR=0.602;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,10:0.34:29
chr3	120365010	rs1862942	G	A	449.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.655;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.888;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=4;PP=294;ReadPosRankSum=-0.474;SC=GAGAAAAGTGGAAGTTTGAGT;SOR=1.270;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=31;TCF=22;TCR=9;TR=16;WE=120365018;WS=120365000;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,20:0.48:42
chr3	120371414	rs2551607	G	A	1533.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.536;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.834;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=25;PP=600;ReadPosRankSum=0.690;SC=GAGCAGTAGGGAGGGTGTGGA;SOR=0.860;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=107;TCF=49;TCR=58;TR=42;WE=120371422;WS=120371404;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:105,79:0.43:184
chr3	120389316	rs2255543	T	A	5402.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.608;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=69;NR=74;PP=2420;ReadPosRankSum=-0.768;SC=TGTGAGTGACTTGGCCTTCGT;SOR=0.703;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=143;TCF=69;TCR=74;TR=143;WE=120389324;WS=120389306;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,211:0.99:213
chr3	120389491	rs17140269	A	G	522.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=15;PP=395;SC=AACGACCTGTAGGCTCTAATG;SOR=4.294;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=16;TCF=1;TCR=15;TR=16;WE=120389499;WS=120389481;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr3	120394521	rs17140396	T	C	299.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-3.853;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=1;PP=192;ReadPosRankSum=-0.069;SC=TTGGGAAACCTCTAGACAGTT;SOR=0.507;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=25;TCR=2;TR=11;WE=120394529;WS=120394511;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,13:0.45:29
chr3	120394604	rs2733825	T	A	1726.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.314;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=21;PP=1095;ReadPosRankSum=1.057;SC=AGGAATAGGATTCAGAGCTCT;SOR=0.715;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=112;TCF=79;TCR=33;TR=67;WE=120394612;WS=120394594;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,81:0.51:158
chr3	120409526	rs2288096	C	T	137.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.356;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=4;PP=45;ReadPosRankSum=2.182;SC=TCCATAAAAGCCTGCCTCATT;SOR=0.693;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=14;TCF=4;TCR=10;TR=6;WE=120409534;WS=120409516;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,7:0.41:17
chr3	120413158	rs7612975	G	A	1598.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=18;NR=30;PP=915;SC=GCATATTTCTGTAGGCATAAT;SOR=1.217;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=48;TCF=18;TCR=30;TR=48;WE=120413166;WS=120413148;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr3	120833994	rs17195251	G	A	1163.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=13;NR=26;PP=750;SC=TATTTGATACGTCTATTACTA;SOR=1.455;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=40;TCF=14;TCR=26;TR=39;WE=120834002;WS=120833984;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr3	121100116	rs35624942	GT	G	1893.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=41;NR=17;PP=1166;SC=AATTTGTGTGGTTTTTTTTTA;SOR=2.168;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=61;TCF=42;TCR=19;TR=58;WE=121100124;WS=121100106;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr3	121137976	rs6782025	C	T	2237.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=26;NR=26;PP=971;SC=CTTTGAGAAACCATATTCAGG;SOR=0.740;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=53;TCF=26;TCR=27;TR=52;WE=121137984;WS=121137966;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr3	121138015	rs6782033	C	T	1618.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=21;NR=29;PP=904;SC=AGCATCACTACTCAACTGCTA;SOR=0.933;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=50;TCF=21;TCR=29;TR=50;WE=121138023;WS=121138005;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr3	121154974	rs1381057	T	C	7464.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=286;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=108;NR=65;PP=2965;SC=CAAACCTGTTTGGTCACTTTG;SOR=1.102;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=173;TCF=108;TCR=65;TR=173;WE=121154982;WS=121154964;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,276:1.00:276
chr3	121155198	rs2030531	C	T	4923.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=39;NR=77;PP=2213;SC=GTCCACAGTTCAGTGCTCACA;SOR=1.209;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=116;TCF=39;TCR=77;TR=116;WE=121155206;WS=121155188;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,188:1.00:188
chr3	121168344	rs3218650	G	A	1010.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.178;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.631;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=31;PP=627;ReadPosRankSum=1.681;SC=TCATTAGGATGCGAATTTCGG;SOR=0.793;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=120;TCF=41;TCR=79;TR=46;WE=121168352;WS=121168334;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:108,55:0.34:163
chr3	121186543	rs1381058	A	G	5033.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=34;NR=87;PP=2599;SC=ATATATGAAAAAGGTCTGATT;SOR=1.483;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=122;TCF=35;TCR=87;TR=121;WE=121186551;WS=121186533;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,183:1.00:183
chr3	121195302	.	TACACAC	T,TAC	3748.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.965;ClippingRankSum=0.000;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=2.692;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.152;NF=35,35;NR=29,29;PP=322,2659;ReadPosRankSum=-0.270;SC=TTCAGGTAAATACACACACAC;SOR=1.714;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=77;TCF=41;TCR=36;TR=64,64;WE=121195317;WS=121195292;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.22,0.76:145
chr3	121208833	rs3218649	G	C	5660.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=62;NR=64;PP=2696;SC=AATGGAACATGTCTGATGTTC;SOR=0.752;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=128;TCF=62;TCR=66;TR=126;WE=121208841;WS=121208823;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,208:1.00:208
chr3	121212277	rs11351457	AT	A	3874.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.440;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=44;PP=1517;ReadPosRankSum=-1.129;SC=TAAAATTGACATTTTTTTTTT;SOR=0.638;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=101;TCF=48;TCR=53;TR=86;WE=121212285;WS=121212267;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:9,189:0.95:198
chr3	121228833	rs3732406	A	C	4365.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=92;NR=28;PP=2641;SC=CAGTCATACAACCTCACTAAA;SOR=2.068;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=120;TCF=92;TCR=28;TR=120;WE=121228841;WS=121228823;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,154:1.00:154
chr3	121238749	rs702018	G	A	8961.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=339;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=102;NR=103;PP=2965;SC=TGCCAGCACGGCCAACCATCT;SOR=0.699;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=205;TCF=102;TCR=103;TR=205;WE=121238757;WS=121238739;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,337:1.00:337
chr3	121241058	rs13059229	C	G	3040.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=23;NR=58;PP=1662;SC=GTGTATCTGTCTAAATCATAA;SOR=1.546;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=84;TCF=23;TCR=61;TR=81;WE=121241066;WS=121241048;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr3	121263720	rs702017	C	A	13876.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=534;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=130;NR=178;PP=2965;SC=TAGCTTGTCTCTTTCGTAGTC;SOR=0.896;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=313;TCF=130;TCR=183;TR=308;WE=121263728;WS=121263710;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,527:1.00:527
chr3	121265176	rs3806614	G	A	3207.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=61;NR=27;PP=1933;SC=AGATTGAGAAGCATTATGCAA;SOR=1.528;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=88;TCF=61;TCR=27;TR=88;WE=121265184;WS=121265166;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr3	121265522	rs11714774	A	C	5296.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=51;NR=88;PP=2680;SC=ACCAAGCAAAACTAGTAGGCC;SOR=1.133;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=141;TCF=51;TCR=90;TR=139;WE=121265530;WS=121265512;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,199:1.00:199
chr3	121339354	rs7640859	T	C	3752.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=71;NR=24;PP=2144;SC=AACCTAACTGTTTTTCTTACT;SOR=1.839;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=95;TCF=71;TCR=24;TR=95;WE=121339362;WS=121339344;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chr3	121339520	rs35295338	A	C	3068.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.322;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=291;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=57;PP=1532;ReadPosRankSum=0.070;SC=ACTTGCTCTTATGGTTTGATG;SOR=0.697;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=192;TCF=80;TCR=112;TR=99;WE=121339528;WS=121339510;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:139,146:0.51:285
chr3	121340536	rs4676684	T	C	5199.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-3.057;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=512;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=79;NR=95;PP=2258;ReadPosRankSum=0.401;SC=CACCTGCAGGTGTGCCCCGCC;SOR=0.725;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=328;TCF=149;TCR=179;TR=174;WE=121340544;WS=121340526;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:236,255:0.52:491
chr3	121350583	rs1128159	C	T	62.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.595;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=5.71;ReadPosRankSum=-0.301;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,3:0.27:11
chr3	121350966	rs9869984	C	G	6139.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=66;NR=76;PP=2965;SC=TAATCATATACAGCCACAGCT;SOR=0.774;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=142;TCF=66;TCR=76;TR=142;WE=121350974;WS=121350956;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,229:1.00:229
chr3	121351315	rs150627065	G	GGGCTCAGGCTCA	9154.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.275;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=667;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.530;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=5.749;NF=24;NR=67;PP=2978;ReadPosRankSum=4.034;SC=GCTCAGGCTCGGGCTCAGGCT;SOR=0.770;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=257;TCF=59;TCR=198;TR=91;WE=121351323;WS=121351305;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:310,252:0.45:562
chr3	121351480	rs9815500	T	C	1118.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=5.044;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.036;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=36;PP=870;ReadPosRankSum=-0.082;SC=ACTGATAAGATCCCCCGCCCT;SOR=0.243;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=67;TCF=4;TCR=63;TR=39;WE=121351488;WS=121351470;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,41:0.59:70
chr3	121353254	rs2070179	T	C	3270.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.559;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=354;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.388;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=58;PP=1700;ReadPosRankSum=0.875;SC=AGCCCACGGGTACCACTAGAA;SOR=0.721;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=233;TCF=103;TCR=130;TR=104;WE=121353262;WS=121353244;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:190,160:0.46:350
chr3	121354381	rs7620842	A	T	210.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=2.285;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.315;HP=4;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=7;NR=0;PP=124;ReadPosRankSum=0.559;SC=CACTTTAGCCACCAAAGTGCT;SOR=2.712;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=12;TCR=3;TR=7;WE=121354389;WS=121354373;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,9:0.50:18
chr3	121354583	rs3772126	G	A	2276.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=3.791;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=254;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.981;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=40;PP=1303;ReadPosRankSum=-0.805;SC=AAGCCTCACCGGCTTCTATGG;SOR=0.610;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=168;TCF=88;TCR=80;TR=79;WE=121354591;WS=121354573;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:136,110:0.45:246
chr3	121363649	rs138536890	G	C	4783.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.162;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=470;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.522;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=75;NR=60;PP=2441;ReadPosRankSum=1.187;SC=GGTTGGGAGAGAGAGTGGTCA;SOR=0.625;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=279;TCF=156;TCR=123;TR=135;WE=121363657;WS=121363639;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:237,226:0.49:463
chr3	121383297	rs7153	G	A	694.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.488;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.984;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=8;PP=330;ReadPosRankSum=-1.313;SC=CAAGTTTTGAGGGGAGTGGTC;SOR=0.894;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=41;TCF=25;TCR=16;TR=21;WE=121383305;WS=121383287;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,34:0.55:62
chr3	121388362	rs11363204	AT	A	225.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=0;NR=10;PP=186;SC=AAAAAGCATAATTTTTTTTTG;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=0;TCR=12;TR=10;WE=121388370;WS=121388352;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr3	121400725	rs1463736	G	A	989.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=1.277;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=29;PP=725;ReadPosRankSum=0.757;SC=TTAACCAAAGGGAAAGTAAAA;SOR=0.877;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=51;TCF=9;TCR=42;TR=35;WE=121400733;WS=121400715;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,39:0.68:57
chr3	121413637	rs34833153	G	A	2760.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-2.151;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=311;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.501;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=38;PP=1305;ReadPosRankSum=0.495;SC=TGGTAACTCTGGAGAGTTCTT;SOR=0.630;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=176;TCF=88;TCR=88;TR=85;WE=121413645;WS=121413627;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:153,145:0.49:298
chr3	121414061	rs1127412	C	T	2246.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.143;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.530;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=51;PP=1306;ReadPosRankSum=-1.052;SC=AGATACATTACCTTCTATCTG;SOR=0.745;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=151;TCF=47;TCR=104;TR=74;WE=121414069;WS=121414051;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:106,101:0.49:207
chr3	121415714	rs144385283	C	G	5377.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.044;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=516;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.100;HP=2;HapScore=4;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=86;NR=73;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.540;SC=TTCTTGCAAGCGATTATAGTC;SOR=0.832;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=307;TCF=160;TCR=147;TR=159;WE=121415728;WS=121415704;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:254,259:0.50:513
chr3	121415720	rs3732410	T	C	5204.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.788;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=522;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.094;HP=2;HapScore=4;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=74;NR=72;PP=2962;ReadPosRankSum=0.505;SC=CAAGCGATTATAGTCATCTTT;SOR=0.595;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=310;TCF=162;TCR=148;TR=146;WE=121415728;WS=121415704;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:266,254:0.49:520
chr3	121416623	rs3732407	G	C	4110.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.477;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=420;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.521;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=74;NR=54;PP=2048;ReadPosRankSum=1.470;SC=CATTTTCTCAGTCATACTAAA;SOR=0.765;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=269;TCF=151;TCR=118;TR=128;WE=121416631;WS=121416613;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:215,201:0.48:416
chr3	121416813	rs114420009	G	A	4280.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-2.813;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=524;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=72;PP=2027;ReadPosRankSum=-0.247;SC=GCCCCCTCAAGCACTTCACTT;SOR=0.728;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=300;TCF=136;TCR=164;TR=131;WE=121416821;WS=121416803;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:291,227:0.44:518
chr3	121433926	rs9854052	T	A	163.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-2.618;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=7;PP=121;ReadPosRankSum=0.651;SC=TAGTTTAGTTTCCTTAGTTAA;SOR=1.022;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=0;TCR=12;TR=7;WE=121433934;WS=121433916;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,7:0.58:12
chr3	121435621	rs9832267	T	C	5104.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.059;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=300;ExcessHet=3.0103;FS=1.394;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.30;ReadPosRankSum=-0.048;SOR=0.793;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:162,133:0.45:295
chr3	121435624	rs9812411	C	T	5135.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.886;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=301;ExcessHet=3.0103;FS=1.933;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.35;ReadPosRankSum=-0.530;SOR=0.826;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:159,137:0.46:296
chr3	121447904	.	G	GA	143.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.334;ClippingRankSum=0.000;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.59;ReadPosRankSum=0.087;SOR=0.415;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,13:0.32:40
chr3	121489439	rs148949254	TA	T	4652.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.517;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=323;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.880;HP=7;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.609;NF=11;NR=69;PP=2802;ReadPosRankSum=-0.215;SC=GGACAGAAAATAAACAGATGA;SOR=0.640;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=154;TCF=20;TCR=134;TR=80;WE=121489447;WS=121489429;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:140,164:0.54:304
chr3	121500479	.	TACACACACACACACACAC	T,TACAC	2269.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.25;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=20;NF=26,26;NR=3,3;PP=730,1184;SC=GCAATAAATGTACACACACAC;SOR=4.654;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=35;TCF=30;TCR=5;TR=29,29;WE=121500504;WS=121500469;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.52,0.48:54
chr3	121500699	rs17849995	C	T	1685.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.828;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.259;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=34;PP=776;ReadPosRankSum=2.110;SC=TTTCTTACGGCACTTCGCTAG;SOR=0.592;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=111;TCF=43;TCR=68;TR=56;WE=121500707;WS=121500689;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,82:0.52:157
chr3	121507415	rs4073474	C	T	960.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-4.452;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=34;PP=737;ReadPosRankSum=0.663;SC=CCCAATTCTACTATTTTACCA;SOR=0.686;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=64;TCF=5;TCR=59;TR=37;WE=121507423;WS=121507405;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,39:0.56:70
chr3	121508830	rs6802815	A	T	799.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.396;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=15;PP=793;ReadPosRankSum=0.240;SC=GTCCAAATTTAAAAAAAAATC;SOR=0.665;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=79;TCF=56;TCR=23;TR=48;WE=121508838;WS=121508820;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,49:0.57:86
chr3	121514458	rs141330650	TA	T	290.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.649;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=1.047;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.16;MQRankSum=1.057;QD=4.61;ReadPosRankSum=0.116;SOR=0.790;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,26:0.41:63
chr3	121526099	rs4582090	A	G	143.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.536;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.158;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=3;PP=77;ReadPosRankSum=-0.684;SC=TTATATACAAATCATATGCGG;SOR=0.169;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=13;TCF=9;TCR=4;TR=7;WE=121526107;WS=121526089;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,8:0.50:16
chr3	121526204	rs4543051	G	A	536.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.255;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.990;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=7;PP=89;ReadPosRankSum=-0.550;SC=TTGATCTGTAGTATATTCTGT;SOR=0.906;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=34;TCF=15;TCR=19;TR=11;WE=121526212;WS=121526194;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,29:0.49:59
chr3	121613205	rs4603998	G	C	1219.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=30;NR=6;PP=952;SC=GAGTTAAACTGAGTTGCTGAA;SOR=2.613;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=36;TCF=30;TCR=6;TR=36;WE=121613213;WS=121613195;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr3	121631841	rs1523519	G	A	2559.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.438;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=287;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.989;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=33;PP=1164;ReadPosRankSum=0.034;SC=TATCAACATGGTTGGCATTCT;SOR=0.829;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=181;TCF=102;TCR=79;TR=80;WE=121631849;WS=121631831;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:154,129:0.46:283
chr3	121643163	rs2293611	G	C	1906.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.060;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.188;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=14;PP=1116;ReadPosRankSum=0.688;SC=CTTTTCTTCAGACATCAACTA;SOR=0.793;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=138;TCF=102;TCR=36;TR=59;WE=121643171;WS=121643153;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:104,89:0.46:193
chr3	121659197	rs3817599	G	A	808.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.141;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.917;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=7;PP=434;ReadPosRankSum=0.170;SC=CAGTGAAGGGGGTTTGTTTAC;SOR=0.446;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=58;TCF=41;TCR=17;TR=24;WE=121659205;WS=121659187;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,38:0.47:81
chr3	121712051	rs2877561	A	C	3589.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.754;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=351;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.806;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=46;PP=1683;ReadPosRankSum=0.886;SC=GAGTGATATCAAGTGAGCGGT;SOR=0.641;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=210;TCF=115;TCR=95;TR=101;WE=121712059;WS=121712041;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:177,172:0.49:349
chr3	121712805	rs3915061	G	C	1558.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.161;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.632;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=21;PP=531;ReadPosRankSum=-0.150;SC=GAGGCTGGACGGCAGGGACAA;SOR=0.454;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=102;TCF=57;TCR=45;TR=43;WE=121712813;WS=121712795;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,79:0.48:164
chr3	121712980	rs3915060	C	T	5697.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.531;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=516;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.216;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=83;NR=60;PP=2335;ReadPosRankSum=0.167;SC=CCCATGTTCCCGCCCTTGCCC;SOR=0.832;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=285;TCF=151;TCR=134;TR=143;WE=121712988;WS=121712970;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:245,269:0.52:514
chr3	121720494	rs62269207	C	T	427.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=1.994;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=8;PP=379;ReadPosRankSum=0.587;SC=ATGACAAGAACTTAGGCTTGC;SOR=0.904;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=40;TCF=23;TCR=17;TR=20;WE=121720502;WS=121720484;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,19:0.50:38
chr3	121724038	rs3942629	G	A	1750.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.795;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-2.012;NF=52;NR=23;PP=1149;ReadPosRankSum=-0.054;SC=GCCAGGCCTGGTGTCTGCACC;SOR=0.668;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=169;TCF=118;TCR=51;TR=75;WE=121724057;WS=121724028;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:113,85:0.43:198
chr3	121810427	rs57304749	CT	C	6607.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=1.765;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=350;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.203;NF=38;NR=102;PP=2741;ReadPosRankSum=0.521;SC=CAAGTTTTACCTTTTTTTTTC;SOR=0.813;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=155;TCF=42;TCR=113;TR=140;WE=121810436;WS=121810417;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,299:0.99:301
chr3	121825197	rs2681417	G	A	9201.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.756;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=373;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=135;NR=81;PP=2965;ReadPosRankSum=2.752;SC=GTATGATGGTGTTATGCAGAA;SOR=1.080;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=218;TCF=135;TCR=83;TR=216;WE=121825205;WS=121825187;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,350:0.99:352
chr3	121836966	rs10580127	TGA	T	7438.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=14;NR=56;PP=2974;SC=GAGACATTGATGAGAGAGAGG;SOR=0.738;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=72;TCF=15;TCR=57;TR=70;WE=121836975;WS=121836956;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,182:1.00:182
chr3	121976253	rs9869985	G	A	1766.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=37;PP=1083;SC=GCCTTCTCAGGCGGGGCACTG;SOR=2.381;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=44;TCF=7;TCR=37;TR=44;WE=121976261;WS=121976243;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr3	122000871	rs4678174	C	T	5132.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.923;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=70;NR=50;PP=2280;ReadPosRankSum=1.693;SC=TGCCCAAACTCCTCCCTCTTA;SOR=0.318;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=122;TCF=71;TCR=51;TR=120;WE=122000879;WS=122000861;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,196:0.99:197
chr3	122003045	rs2036400	G	C	20813.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=763;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=227;NR=239;PP=2965;SC=CCGCGCCCCCGTCAAGCTACC;SOR=0.725;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=469;TCF=229;TCR=240;TR=466;WE=122003053;WS=122003034;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,762:1.00:762
chr3	122003757	rs1801725	G	T	21791.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=2.179;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=821;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=247;NR=268;PP=2965;ReadPosRankSum=1.913;SC=TCAGAAGAACGCCATGGCCCA;SOR=0.566;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=524;TCF=249;TCR=275;TR=515;WE=122003765;WS=122003747;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:7,807:0.99:814
chr3	122003832	rs1801726	G	C	16258.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=585;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=175;PP=2965;SC=GACCCGACACGAGCCATTACT;SOR=0.933;SbPval=0.53;Source=Platypus;TCF=175;WE=122003840;WS=122003822;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,581:1.00:581
chr3	122004098	rs4677948	A	T	1713.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=13;NR=37;PP=1018;SC=GTCCCAGGGAAGAGGAATCGC;SOR=1.888;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=50;TCF=13;TCR=37;TR=50;WE=122004106;WS=122004088;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr3	122060404	rs34173813	C	T	10698.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.620;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=413;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=110;NR=114;PP=2965;ReadPosRankSum=2.374;SC=GACGAGCTGACGGGCTTTTAG;SOR=0.698;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=224;TCF=110;TCR=114;TR=224;WE=122060412;WS=122060394;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,409:1.00:411
chr3	122078677	.	TAAAAAAAAAAA	T	1491.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;ClippingRankSum=0.000;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=6.410;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.23;MQRankSum=0.343;QD=38.25;SOR=2.526;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,38:0.97:39
chr3	122081659	rs9857709	AA	GC	3622.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;JOINED;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=46.45;SOR=0.976;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr3	122081881	.	G	GA	39.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.988;ClippingRankSum=0.000;DP=202;ExcessHet=3.0103;FS=1.570;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.25;ReadPosRankSum=2.125;SOR=1.097;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:135,23:0.15:158
chr3	122121563	rs3838601	T	TTTTC	2406.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.501;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.609;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=2;PP=1014;ReadPosRankSum=-0.426;SC=AAACATCACATTTTCTTTCTT;SOR=2.958;SbPval=0.92;Source=Platypus;TC=29;TCF=23;TCR=6;TR=20;WE=122121571;WS=122121553;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,56:0.97:58
chr3	122145810	rs4677950	T	A	1456.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=32;NR=8;PP=903;SC=CTGACACAGGTACGTGAAAGC;SOR=2.170;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=40;TCF=32;TCR=8;TR=40;WE=122145818;WS=122145800;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr3	122146660	rs57966074	T	TA	150.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.180;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=15.07;ReadPosRankSum=0.366;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,9:0.90:10
chr3	122168341	rs3749209	C	A	3079.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=1.276;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.037;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=70;NR=23;PP=1991;ReadPosRankSum=-0.965;SC=ATGTACAATCCATTAATATTT;SOR=1.949;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=95;TCF=71;TCR=24;TR=93;WE=122168349;WS=122168331;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,112:0.98:114
chr3	122186188	rs4678193	C	T	8547.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=334;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=98;NR=78;PP=2965;SC=CTCCATGTTACTAATCTGAGC;SOR=0.814;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=178;TCF=100;TCR=78;TR=176;WE=122186196;WS=122186178;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,331:1.00:331
chr3	122215166	rs10625209	A	AAC	623.74	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.693;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.311;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=1.126;NF=21;NR=1;PP=752;ReadPosRankSum=-1.295;SC=AGAAGGGGAAAACACACACAC;SOR=2.833;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=31;TCF=29;TCR=2;TR=22;WE=122215174;WS=122215164;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,25:0.78:32
chr3	122255708	rs2270859	G	A	2097.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=34;NR=23;PP=1034;SC=CAGCAGGTGAGCTTTTCCTTT;SOR=0.968;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=57;TCF=34;TCR=23;TR=57;WE=122255716;WS=122255698;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr3	122259606	rs9851180	T	C	11730.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.742;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=445;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQ=60.02;MQRankSum=0.101;NF=159;NR=148;PP=2965;ReadPosRankSum=0.305;SC=GTGGGCCTCATACATCTCTTC;SOR=0.744;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=311;TCF=160;TCR=151;TR=307;WE=122259614;WS=122259596;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,439:1.00:441
chr3	122259640	rs28365795	T	C	11837.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.751;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=475;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.133;NF=142;NR=164;PP=2965;ReadPosRankSum=0.440;SC=ATCAGATTGATGGCAGGAGAT;SOR=0.421;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=312;TCF=144;TCR=168;TR=306;WE=122259648;WS=122259630;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,465:0.99:468
chr3	122259745	rs200685111	G	GT	3031.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.508;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.05;MQRankSum=0.000;QD=19.43;ReadPosRankSum=-0.957;SOR=0.932;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:8,148:0.95:156
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chr3	122269380	rs1979853	A	G	462.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=12;NR=2;PP=361;SC=ATGTTGCTGAATGAATGAATG;SOR=3.126;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=15;TCF=13;TCR=2;TR=14;WE=122269388;WS=122269376;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr3	122277268	rs34006803	G	A	8399.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.785;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=327;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=93;NR=91;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.920;SC=GAGTGAGAGCGAGGTAATCCT;SOR=0.732;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=184;TCF=93;TCR=91;TR=184;WE=122277276;WS=122277258;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,316:0.99:318
chr3	122285005	rs12485294	G	A	1848.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=9;NR=43;PP=1278;SC=CCCATGTGCTGGGCACGTACA;SOR=2.910;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=52;TCF=9;TCR=43;TR=52;WE=122285013;WS=122284995;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr3	122288210	rs2332285	G	A	9130.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=345;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=106;NR=105;PP=2965;SC=TCCAAGGACAGGCAGGTAGAT;SOR=0.699;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=212;TCF=107;TCR=105;TR=211;WE=122288218;WS=122288200;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,339:1.00:339
chr3	122289005	rs55797836	A	G	5966.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.160;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=117;PP=2965;ReadPosRankSum=0.039;SC=AGGGACTGAAATAGTGGTAAA;SOR=0.922;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=180;TCF=60;TCR=120;TR=175;WE=122289013;WS=122288995;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,220:0.99:223
chr3	122290579	rs2036342	C	T	1517.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.274;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.127;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=24;PP=660;ReadPosRankSum=1.396;SC=AGCTGAAAGCCAAAGGAATTG;SOR=0.786;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=119;TCF=57;TCR=62;TR=45;WE=122290587;WS=122290569;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:114,79:0.41:193
chr3	122418750	rs11719086	G	A	2948.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.409;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=262;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.403;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=47;PP=1499;ReadPosRankSum=0.611;SC=GTACAAGTCAGGGAGTTAATA;SOR=0.815;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=180;TCF=88;TCR=92;TR=86;WE=122418758;WS=122418740;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:127,132:0.51:259
chr3	122419292	rs7632072	A	G	3531.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.958;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=397;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.799;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=70;PP=1908;ReadPosRankSum=-2.609;SC=CTCCCCAAACACTGTAATCAT;SOR=0.874;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=238;TCF=105;TCR=133;TR=121;WE=122419300;WS=122419282;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:213,177:0.45:390
chr3	122432171	rs6770902	G	A	1746.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.784;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FS=6.007;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.34;ReadPosRankSum=-0.265;SOR=1.160;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:74,80:0.52:154
chr3	122437321	rs7645033	T	C	15549.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=613;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=181;NR=190;PP=2965;SC=GTGTGGAATATGCTATCTCCT;SOR=0.733;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=371;TCF=181;TCR=190;TR=371;WE=122437329;WS=122437311;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,606:1.00:606
chr3	122437834	rs3821688	A	G	2682.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.622;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=340;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.477;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=59;PP=1358;ReadPosRankSum=0.295;SC=CTTGTCATCCACTATTTCACA;SOR=0.565;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=222;TCF=78;TCR=144;TR=94;WE=122437842;WS=122437824;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:185,138:0.43:323
chr3	122437901	rs115027980	A	G	1047.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.706;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.145;HP=5;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=34;PP=722;ReadPosRankSum=-1.896;SC=ATTGGAAAAAATTCATGTGAC;SOR=1.055;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=84;TCF=14;TCR=70;TR=39;WE=122437909;WS=122437891;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,46:0.49:94
chr3	122439062	rs73856279	C	T	650.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.922;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.885;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=7;PP=327;ReadPosRankSum=0.379;SC=CAGAGTGTACCGGGGATGTAT;SOR=0.928;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=60;TCF=40;TCR=20;TR=24;WE=122439070;WS=122439052;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,33:0.40:82
chr3	122439371	rs60507179	T	C	515.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=2.500;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.331;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=8;PP=384;ReadPosRankSum=0.888;SC=TAATTAGTAGTTCTAGATTCT;SOR=0.908;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=27;TCF=15;TCR=12;TR=20;WE=122439379;WS=122439361;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,21:0.58:36
chr3	122439511	rs78443051	A	G	1564.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.047;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=21;PP=904;ReadPosRankSum=-0.627;SC=ATTCAAAGATATGGCTTTAAA;SOR=0.638;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=109;TCF=72;TCR=37;TR=58;WE=122439519;WS=122439501;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,73:0.50:146
chr3	122439629	rs16833452	T	A	3186.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.918;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=335;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.177;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=47;PP=1258;ReadPosRankSum=0.148;SC=GCTTCCTTGATAAAGCCAGCA;SOR=0.840;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=188;TCF=90;TCR=98;TR=83;WE=122439637;WS=122439619;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:175,159:0.48:334
chr3	122439754	rs12492888	C	G	399.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.571;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.431;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=15;PP=263;ReadPosRankSum=-1.775;SC=AGGAGTTTGACGCCAGTCTGG;SOR=0.426;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=46;TCF=7;TCR=39;TR=18;WE=122439762;WS=122439744;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,20:0.38:52
chr3	122446642	rs2303883	C	T	2268.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-1.678;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=20;PP=936;ReadPosRankSum=-1.238;SC=AGAATATTATCCTTTATTAAT;SOR=0.675;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=131;TCF=86;TCR=45;TR=62;WE=122446650;WS=122446632;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,103:0.58:178
chr3	122459290	rs16338	G	GAGA	3326.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.594;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.609;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=19;PP=2119;ReadPosRankSum=1.132;SC=ATGAATGTTTGAGGAGTCGTA;SOR=1.055;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=93;TCF=49;TCR=44;TR=46;WE=122459298;WS=122459280;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:91,84:0.48:175
chr3	122459732	rs35887395	G	A	2460.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-3.061;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=277;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.515;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=37;PP=1415;ReadPosRankSum=-0.822;SC=CCTAAGGGAAGAGAAAAACCT;SOR=0.812;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=193;TCF=104;TCR=89;TR=84;WE=122459740;WS=122459722;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:138,116:0.46:254
chr3	122471407	rs72280610	TA	T	1288.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.469;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FS=0.775;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.14;MQRankSum=0.703;QD=8.65;ReadPosRankSum=0.188;SOR=0.810;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:46,103:0.69:149
chr3	122474284	rs11437723	T	TA	60.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.851;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=1.987;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.64;ReadPosRankSum=-1.061;SOR=0.200;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,10:0.27:37
chr3	122474305	rs6794019	C	A	324.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-2.789;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.251;HP=3;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=20;PP=474;ReadPosRankSum=0.070;SC=AAAAAAGATACAAGTTAGTAC;SOR=0.169;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=39;TCF=4;TCR=35;TR=23;WE=122474313;WS=122474295;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,14:0.50:28
chr3	122477767	rs76020932	C	A	970.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.796;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=1.142;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.82;MQRankSum=0.000;QD=17.65;ReadPosRankSum=0.631;SOR=0.508;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,39:0.71:55
chr3	122477795	rs2137210	G	A	231.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=0.937;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.705;HP=2;HapScore=2;MGOF=37;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=24;PP=701;ReadPosRankSum=0.640;SC=GCTGACCTGGGAGTGGAATCT;SOR=1.179;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=73;TCF=24;TCR=49;TR=33;WE=122477803;WS=122477785;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,16:0.29:55
chr3	122478032	rs66939946	CCA	C	961.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.158;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.31;ReadPosRankSum=1.343;SOR=2.494;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,27:0.71:38
chr3	122512631	rs3806643	G	A	862.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=1;NR=22;PP=620;SC=CCACAGGAAGGAGCCCCGGCG;SOR=4.332;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=23;TCF=1;TCR=22;TR=23;WE=122512639;WS=122512621;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr3	122513964	rs891406	A	C	328.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=4;PP=144;SC=CCTGCTGCTCAGGACTATTCT;SOR=0.836;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=9;TCF=5;TCR=4;TR=9;WE=122513972;WS=122513954;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr3	122525555	rs35035359	G	GT	156.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.381;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.60;ReadPosRankSum=-0.952;SOR=0.743;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,13:0.46:28
chr3	122591230	rs147365074	G	A	2749.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.034;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=326;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=32;PP=1360;ReadPosRankSum=2.803;SC=TGCCGCTAGTGTGAAACTAAA;SOR=0.711;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=195;TCF=123;TCR=72;TR=88;WE=122591238;WS=122591220;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:179,140:0.44:319
chr3	122598291	rs2288677	A	G	538.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-1.375;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.317;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=17;PP=329;ReadPosRankSum=-0.043;SC=ACATTTGCTCAGAATTGCACA;SOR=1.032;SbPval=0.94;Source=Platypus;TC=46;TCF=7;TCR=39;TR=18;WE=122598299;WS=122598281;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,24:0.44:55
chr3	122605544	rs9864868	G	A	2331.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-1.364;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=274;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=25;PP=843;ReadPosRankSum=-0.263;SC=AAACTGTGCAGATATTTTACA;SOR=0.668;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=150;TCF=88;TCR=62;TR=60;WE=122605552;WS=122605534;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:151,120:0.44:271
chr3	122629589	rs7622250	A	G	366.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=9;NR=4;PP=181;SC=CCCGGGAGGCAGAGCTTGCAA;SOR=2.448;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=13;TCF=9;TCR=4;TR=13;WE=122629597;WS=122629579;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr3	122630323	rs2303982	T	G	5209.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=34;NR=58;PP=1923;SC=ATGAGGTAGGTCCGGTTTCTT;SOR=1.144;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=92;TCF=34;TCR=58;TR=92;WE=122630331;WS=122630313;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr3	122630346	rs2303983	T	C	4262.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=24;NR=53;PP=1630;SC=ACCTGCACAGTCGGTGGCCTC;SOR=1.516;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=77;TCF=24;TCR=53;TR=77;WE=122630354;WS=122630336;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr3	122631896	rs2276782	A	T	3529.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=26;NR=62;PP=1940;SC=GCGCAGGAGGACCTCCACCAG;SOR=1.479;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=88;TCF=26;TCR=62;TR=88;WE=122631904;WS=122631886;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr3	122642294	rs7619187	T	C	462.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=0.019;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=2;PP=235;ReadPosRankSum=0.467;SC=CCCTCACAGTTGTAGAGGCTA;SOR=0.997;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=30;TCF=25;TCR=5;TR=15;WE=122642302;WS=122642284;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,19:0.56:34
chr3	122642401	rs2276780	G	A	1434.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.846;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=4;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=20;PP=1745;ReadPosRankSum=-0.879;SC=GAATCAGCTTGTGGCTGGTAA;SOR=0.718;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=97;TCF=58;TCR=39;TR=51;WE=122642423;WS=122642391;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,71:0.50:141
chr3	122642415	rs2276779	G	C	1735.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.876;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.592;HP=4;HapScore=4;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=20;PP=1745;ReadPosRankSum=-1.910;SC=CTGGTAATCTGGGGGTAAGGC;SOR=0.760;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=106;TCF=65;TCR=41;TR=55;WE=122642423;WS=122642391;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,80:0.51:157
chr3	122642590	rs2276778	G	A	1112.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.365;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.662;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=27;PP=707;ReadPosRankSum=-0.287;SC=CAGAAGCCGCGATGCTGTTTC;SOR=0.964;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=76;TCF=27;TCR=49;TR=40;WE=122642598;WS=122642580;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,50:0.50:100
chr3	122645277	rs2276777	C	T	4129.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.588;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=425;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.522;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=78;NR=51;PP=1993;ReadPosRankSum=-0.394;SC=GGTCCTGCTCCGGCAAGTGGA;SOR=0.745;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=272;TCF=161;TCR=111;TR=129;WE=122645285;WS=122645267;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:221,197:0.47:418
chr3	122645606	rs79543585	G	A	692.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=2.639;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.338;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=22;PP=496;ReadPosRankSum=-0.867;SC=CAACTACTTCGGTTTTCCCAG;SOR=1.036;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=53;TCF=8;TCR=45;TR=26;WE=122645614;WS=122645596;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,29:0.48:61
chr3	122646591	rs73856750	C	A	700.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.728;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.942;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=10;PP=395;ReadPosRankSum=2.047;SC=GGCTGGTGGGCTCAAAACCAG;SOR=0.489;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=57;TCF=38;TCR=19;TR=28;WE=122646599;WS=122646581;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,35:0.50:70
chr3	122646828	rs2276774	A	G	1521.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.522;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=33;PP=721;ReadPosRankSum=0.752;SC=GATCTTCTCAATAGTCCGGCT;SOR=0.728;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=98;TCF=41;TCR=57;TR=56;WE=122646836;WS=122646818;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,76:0.55:137
chr3	122646929	rs79679922	C	T	273.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.996;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=9;PP=171;ReadPosRankSum=-1.616;SC=GTTTTGTTTCCTCCTGTGCCC;SOR=0.941;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=18;TCF=2;TCR=16;TR=10;WE=122646937;WS=122646919;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,10:0.56:18
chr3	122647610	rs76653630	C	T	1094.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.072;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.960;NF=11;NR=23;PP=497;ReadPosRankSum=1.349;SC=GTCCGGGTCACGTCTGTGGAC;SOR=0.707;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=73;TCF=24;TCR=49;TR=34;WE=122647618;WS=122647600;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,51:0.53:96
chr3	122680171	rs4677985	A	G	2370.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.580;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=236;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.011;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=41;PP=1093;ReadPosRankSum=1.399;SC=AATTTTGGGTAAGTCATGGAT;SOR=0.801;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=144;TCF=64;TCR=80;TR=71;WE=122680179;WS=122680161;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:116,116:0.50:232
chr3	122807995	rs836860	G	A	738.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.987;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=12.470;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=10;PP=324;ReadPosRankSum=0.377;SC=ACTCACAGTCGTTGGCTCCTT;SOR=0.103;SbPval=0.11;Source=Platypus;TC=57;TCF=43;TCR=14;TR=26;WE=122808003;WS=122807985;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,36:0.53:68
chr3	122811042	rs836863	A	G	1495.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=33;NR=13;PP=969;SC=CACAGGCCCTAGCACTGTTGA;SOR=1.654;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=47;TCF=33;TCR=14;TR=46;WE=122811050;WS=122811032;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr3	122811187	.	G	GT	129.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.579;ClippingRankSum=0.000;DP=215;ExcessHet=3.0103;FS=2.492;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.63;ReadPosRankSum=0.651;SOR=0.939;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:170,35:0.17:205
chr3	122821108	rs2717233	C	T	2003.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=50;NR=13;PP=1439;SC=CACCCTCTAGCTCTCACAGCC;SOR=2.670;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=63;TCF=50;TCR=13;TR=63;WE=122821116;WS=122821098;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr3	122821385	rs2241961	T	C	7348.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=283;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=75;NR=127;PP=2965;SC=AAGTGCCAAATGCTTTCATTG;SOR=1.171;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=203;TCF=75;TCR=128;TR=202;WE=122821393;WS=122821375;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,282:1.00:282
chr3	122821478	rs2241962	T	A	1838.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.380;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FS=2.513;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=22.15;ReadPosRankSum=-0.177;SOR=1.044;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:3,80:0.96:83
chr3	122821671	rs2241963	AT	GA	12698.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=288;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=75;NR=82;PP=2947;SC=GTTCTCAGCAATGGTGGAGTC;SOR=0.827;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=162;TCF=77;TCR=85;TR=157;WE=122821680;WS=122821661;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,284:1.00:284
chr3	122834887	rs836839	A	T	1469.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=38;NR=4;PP=1004;SC=CCACTGATACAGTAAGCTCTT;SOR=3.352;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=43;TCF=38;TCR=5;TR=42;WE=122834895;WS=122834877;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr3	122835210	rs836840	A	G	1544.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.222;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=2.643;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=26.18;ReadPosRankSum=2.694;SOR=1.692;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,57:0.97:59
chr3	122835232	rs2278668	T	C	263.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.882;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=65;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=10;PP=173;ReadPosRankSum=-0.117;SC=GGGACAGGTTTTGAAATGGTG;SOR=0.460;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=32;TCF=2;TCR=30;TR=11;WE=122835240;WS=122835222;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,13:0.38:34
chr3	122843020	rs836854	T	C	7527.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.534;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=737;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.516;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=112;NR=96;PP=2962;ReadPosRankSum=0.491;SC=TCCCCCACTTTCCTTCTAAAG;SOR=0.733;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=399;TCF=214;TCR=185;TR=208;WE=122843028;WS=122843010;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:370,365:0.50:735
chr3	122843110	rs861375	G	T	15167.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.801;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=577;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=158;NR=188;PP=2965;ReadPosRankSum=2.076;SC=GTTTCTCCACGTTTCACAGGA;SOR=0.805;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=349;TCF=158;TCR=191;TR=346;WE=122843118;WS=122843100;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,564:1.00:566
chr3	122843212	rs2305051	C	T	2712.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.402;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=270;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.455;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=62;PP=1695;ReadPosRankSum=2.550;SC=GTGTGTGTGTCAGTGGGCGTG;SOR=0.643;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=201;TCF=81;TCR=120;TR=102;WE=122843220;WS=122843189;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:133,129:0.49:262
chr3	122873923	rs2717225	G	C	4982.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.723;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=70;PP=2436;ReadPosRankSum=-0.791;SC=TGATCTGCCTGCAGCTAATTC;SOR=0.887;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=121;TCF=51;TCR=70;TR=121;WE=122873931;WS=122873913;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,189:0.99:191
chr3	122880118	rs3828393	G	A	598.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-3.911;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.295;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=3;PP=374;ReadPosRankSum=-0.593;SC=TGGGGTCCAGGCCTCAGCCTG;SOR=0.210;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=46;TCF=42;TCR=4;TR=22;WE=122880126;WS=122880108;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,27:0.49:55
chr3	122942358	rs1546605	A	G	2599.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=59;NR=26;PP=1840;SC=GCAGTGAATTACCTTGATTTA;SOR=1.662;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=85;TCF=59;TCR=26;TR=85;WE=122942366;WS=122942348;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr3	122942402	rs1546604	G	A	5522.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=100;NR=54;PP=2898;SC=TTTTTACACTGTAGTTTTATT;SOR=1.310;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=154;TCF=100;TCR=54;TR=154;WE=122942410;WS=122942392;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,207:1.00:207
chr3	122964900	rs12493729	C	G	5547.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=44;NR=90;PP=2725;SC=GACTGTGCCTCTTCATTCTAC;SOR=1.288;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=134;TCF=44;TCR=90;TR=134;WE=122964908;WS=122964890;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,205:1.00:205
chr3	122978486	rs9289216	G	A	1418.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=15;NR=25;PP=778;SC=TGTTTACTTCGGGTATCAGTT;SOR=1.136;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=41;TCF=16;TCR=25;TR=40;WE=122978494;WS=122978476;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr3	122990291	rs9860349	C	T	1630.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=42;NR=8;PP=1210;SC=ACTCTCTGACCTGTTACAATT;SOR=3.056;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=50;TCF=42;TCR=8;TR=50;WE=122990299;WS=122990281;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr3	123008519	rs4677881	T	G	1210.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=26;NR=9;PP=770;SC=GCGGATGCGGTATGGGGTATG;SOR=1.775;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=35;TCF=26;TCR=9;TR=35;WE=123008527;WS=123008516;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr3	123010363	rs56066738	C	T	3195.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=19;NR=83;PP=2285;SC=TGGCAAGTACCGCTGTCTCTC;SOR=2.771;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=102;TCF=19;TCR=83;TR=102;WE=123010371;WS=123010353;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr3	123014904	rs56407630	C	T	2755.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=58;NR=23;PP=1773;SC=TGCCTCCCTCCCCAGGTCCAG;SOR=1.906;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=84;TCF=58;TCR=26;TR=81;WE=123014926;WS=123014894;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr3	123015094	rs9882534	G	C	5529.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=61;NR=80;PP=2302;SC=GGCCTGAGACGGCCGTGGCTC;SOR=0.964;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=141;TCF=61;TCR=80;TR=141;WE=123015102;WS=123015084;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,214:1.00:214
chr3	123021838	rs9877581	A	G	1350.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=35;NR=8;PP=846;SC=GAGCAGCTGCAGTGACAGTGG;SOR=2.540;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=43;TCF=35;TCR=8;TR=43;WE=123021846;WS=123021828;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr3	123021870	rs9844212	G	C	2599.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=48;NR=27;PP=1435;SC=GGACTCTTCAGCACTCCCTTC;SOR=1.274;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=76;TCF=49;TCR=27;TR=75;WE=123021878;WS=123021860;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr3	123036874	rs147630334	C	T	2312.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-0.654;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.627;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=21;PP=546;ReadPosRankSum=-2.279;SC=CACTGGGGCACGATGGTGATC;SOR=0.570;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=114;TCF=54;TCR=60;TR=43;WE=123036882;WS=123036864;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:106,117:0.52:223
chr3	123037047	rs4327330	A	C	378.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=0;NR=10;PP=275;SC=ACACCCAGGGAAGCCACTCAT;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=0;TCR=10;TR=10;WE=123037055;WS=123037037;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr3	123066555	rs112525497	A	AAAGG	5978.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.060;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=55;PP=2918;ReadPosRankSum=1.433;SC=TGCCCACTTGAAAGGAAGTGG;SOR=1.419;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=131;TCF=70;TCR=61;TR=111;WE=123066563;WS=123066545;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,203:0.99:205
chr3	123086587	rs62263808	G	A	2912.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=69;NR=29;PP=2172;SC=GTGAAGTGCAGCTTCCCTCGT;SOR=1.925;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=100;TCF=70;TCR=30;TR=98;WE=123086595;WS=123086577;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr3	123086698	.	G	GA	91.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.546;ClippingRankSum=0.000;DP=518;ExcessHet=3.0103;FS=0.776;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.04;MQRankSum=3.567;QD=0.18;ReadPosRankSum=0.015;SOR=0.856;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:421,75:0.15:496
chr3	123167249	rs4678027	G	A	1124.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=11;NR=20;PP=555;SC=CGCGGGCAGAGCCCCCGGGGG;SOR=1.179;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=11;TCR=20;TR=31;WE=123167257;WS=123167239;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr3	123332875	rs11399895	G	GT	773.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.863;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FS=1.418;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.21;MQRankSum=1.339;QD=3.97;ReadPosRankSum=-0.079;SOR=0.555;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:122,73:0.37:195
chr3	123378534	rs39639	C	G	2615.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.900;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=47;PP=1312;ReadPosRankSum=-0.896;SC=GATGAAAACTCTCAGAAAAGA;SOR=1.361;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=70;TCF=23;TCR=47;TR=70;WE=123378542;WS=123378524;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,98:0.98:100
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chr3	123418913	rs865358	G	A	20472.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=783;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=203;NR=252;PP=2965;SC=GGGTCTTTCCGTTCAGCGTCC;SOR=0.842;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=457;TCF=204;TCR=253;TR=455;WE=123418921;WS=123418903;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,776:1.00:776
chr3	123440967	rs820355	G	A	13364.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=516;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=146;NR=136;PP=2965;SC=GTGCCCAGAGGCTCCTACCAT;SOR=0.737;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=283;TCF=146;TCR=137;TR=282;WE=123440975;WS=123440957;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,515:1.00:515
chr3	123444785	rs820329	A	T	2691.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=2.171;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=263;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.512;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=40;PP=1433;ReadPosRankSum=0.298;SC=GGCAGGGGGAACTCACCATTC;SOR=0.584;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=177;TCF=107;TCR=70;TR=93;WE=123444793;WS=123444775;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:131,127:0.49:258
chr3	123451773	rs9833275	G	C	2596.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=42;NR=21;PP=1324;SC=CTACAGGACAGCTGGCCTTGG;SOR=1.214;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=65;TCF=44;TCR=21;TR=63;WE=123451781;WS=123451763;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr3	123452838	rs4678047	G	A	5639.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.085;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.908;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=85;PP=2965;ReadPosRankSum=1.883;SC=GAAGGACCGGGGTCTGCGGGG;SOR=0.192;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=139;TCF=53;TCR=86;TR=137;WE=123452846;WS=123452828;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,205:0.99:207
chr3	123456432	rs2168439	C	T	5222.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=40;NR=101;PP=2685;SC=CAAATCTGCTCACCTTCTGGC;SOR=1.622;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=142;TCF=40;TCR=102;TR=141;WE=123456440;WS=123456422;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,197:1.00:197
chr3	123457711	rs2198766	C	A	2786.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=66;NR=19;PP=1865;SC=CTAATACAGGCTGGATCAGGG;SOR=2.352;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=85;TCF=66;TCR=19;TR=85;WE=123457719;WS=123457701;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr3	123457893	rs9840993	G	A	11678.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=447;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=135;NR=148;PP=2965;SC=TCCACTGCTGGAGCTGAAAAT;SOR=0.744;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=284;TCF=135;TCR=149;TR=283;WE=123457901;WS=123457883;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,443:1.00:443
chr3	123458693	rs55956729	G	A	1301.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.252;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.430;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=13;PP=809;ReadPosRankSum=1.901;SC=CCCGCCCTTTGGTTATTATAA;SOR=0.843;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=98;TCF=68;TCR=30;TR=43;WE=123458701;WS=123458683;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,59:0.44:134
chr3	123550111	rs2605418	A	C	2948.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.498;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=260;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=33;PP=1542;ReadPosRankSum=1.547;SC=AGCCAGGGCAACCCGCAGGCC;SOR=0.678;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=171;TCF=114;TCR=57;TR=98;WE=123550119;WS=123550101;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:120,139:0.54:259
chr3	123550170	rs2700350	G	A	5369.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=0.257;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=507;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.097;HP=3;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=88;NR=74;PP=2337;ReadPosRankSum=0.929;SC=CACCACCTTCGCCAGTTCAAG;SOR=0.585;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=272;TCF=155;TCR=117;TR=162;WE=123550178;WS=123550160;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:242,263:0.52:505
chr3	123550202	rs2682213	A	G	5421.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=2.080;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=541;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.722;HP=3;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=76;NR=86;PP=2620;ReadPosRankSum=1.068;SC=GCTAAGCCAAAATCAACAGAC;SOR=0.782;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=293;TCF=143;TCR=150;TR=162;WE=123550210;WS=123550192;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:274,265:0.49:539
chr3	123633612	rs11551801	G	A	470.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.907;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.892;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=2;PP=248;ReadPosRankSum=-1.015;SC=CACCTGATGAGTTTTCTTCTG;SOR=1.193;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=39;TCF=31;TCR=8;TR=17;WE=123633620;WS=123633602;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,21:0.46:46
chr3	123634046	rs2700373	G	A	2584.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.354;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.495;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=32;PP=1213;ReadPosRankSum=-0.289;SC=CAGCAAGTCCGCTGTTGCTGA;SOR=0.750;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=143;TCF=81;TCR=62;TR=76;WE=123634054;WS=123634036;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:99,122:0.55:221
chr3	123650432	rs2271969	A	G	273.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.040;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=3.744;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.44;ReadPosRankSum=-1.441;SOR=0.204;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,12:0.41:29
chr3	123650447	rs35352118	TA	T	186.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.262;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.89;ReadPosRankSum=1.037;SOR=0.412;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,5:0.24:21
chr3	123650452	rs200913670	A	C	133.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.374;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=3.096;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.43;ReadPosRankSum=0.609;SOR=0.138;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,5:0.28:18
chr3	123652476	rs6784695	G	A	1015.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=2.368;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.568;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=9;PP=609;ReadPosRankSum=0.995;SC=CAACATTTCCGGAGCCACAAA;SOR=0.864;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=89;TCF=65;TCR=24;TR=38;WE=123652484;WS=123652466;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,50:0.41:121
chr3	123665902	rs17310144	T	G	4102.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.654;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=407;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.415;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=65;PP=1935;ReadPosRankSum=1.745;SC=TCCAGATGCGTTTCTTTTCCA;SOR=0.749;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=244;TCF=123;TCR=121;TR=123;WE=123665910;WS=123665892;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:206,196:0.49:402
chr3	123666192	rs17375977	C	T	958.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-3.466;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.042;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=27;PP=606;ReadPosRankSum=0.124;SC=AACAAGTCTTCAGAAGTATGA;SOR=0.274;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=67;TCF=18;TCR=49;TR=39;WE=123666200;WS=123666182;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,46:0.59:78
chr3	123674879	.	T	TA	121.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.148;ClippingRankSum=0.000;DP=158;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.81;ReadPosRankSum=2.606;SOR=0.776;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:121,29:0.19:150
chr3	123688760	rs34337446	C	G	1752.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=4.134;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.907;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=16;PP=1336;ReadPosRankSum=-0.754;SC=TTCAGATCATCCATATTTCAT;SOR=1.003;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=166;TCF=125;TCR=41;TR=71;WE=123688768;WS=123688750;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:109,76:0.41:185
chr3	123694595	rs138944419	C	G	57.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=44.93;QD=19.09;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr3	123851972	rs7627646	G	A	522.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=14;PP=383;SC=CTGATGGTGCGGGGTTACTTT;SOR=5.670;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=1;TCR=14;TR=14;WE=123851980;WS=123851962;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr3	123988039	rs2272486	T	C	5963.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=236;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=58;NR=78;PP=2234;SC=AGATGTGGCATGTGCGCAAGC;SOR=0.962;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=136;TCF=58;TCR=78;TR=136;WE=123988047;WS=123988029;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,232:1.00:232
chr3	124044949	rs2289778	C	T	12159.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=464;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=125;NR=162;PP=2965;SC=GGAAGAGCTTCGCTGCTGCCC;SOR=0.861;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=288;TCF=125;TCR=163;TR=287;WE=124044957;WS=124044939;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,462:1.00:462
chr3	124066121	rs67454662	CTGTGTGTG	C	407.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.173;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.21;MQRankSum=1.142;QD=20.39;ReadPosRankSum=-1.914;SOR=1.493;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,13:0.65:20
chr3	124113929	rs482285	A	T	2478.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=43;NR=15;PP=1238;SC=CCCTCACCCCAGCCCTGGCCT;SOR=1.749;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=58;TCF=43;TCR=15;TR=58;WE=124113937;WS=124113919;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
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chr3	124132263	rs2289846	A	T	1185.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-1.398;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=13;PP=654;ReadPosRankSum=-0.922;SC=CCTTAACCTAACAATCTCTCG;SOR=0.669;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=83;TCF=59;TCR=24;TR=44;WE=124132271;WS=124132253;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,56:0.51:110
chr3	124165217	rs624450	G	A	1712.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-2.492;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.875;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=38;PP=882;ReadPosRankSum=-0.180;SC=CACAGCAGCAGATTGGGGATG;SOR=0.456;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=117;TCF=28;TCR=89;TR=53;WE=124165225;WS=124165207;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,83:0.48:173
chr3	124195987	rs572145	T	C	1386.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=39;NR=2;PP=1102;SC=TAGACACTGGTGTCTGAGGGT;SOR=4.664;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=41;TCF=39;TCR=2;TR=41;WE=124195995;WS=124195978;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr3	124210344	rs10755077	C	A	1348.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-1.408;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.685;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=33;PP=800;ReadPosRankSum=-1.873;SC=AGTGACACCTCAAAGCTAAGG;SOR=0.616;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=108;TCF=40;TCR=68;TR=53;WE=124210352;WS=124210334;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,64:0.53:121
chr3	124377432	rs73193757	A	T	2699.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-1.862;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=253;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.460;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=48;PP=1158;ReadPosRankSum=-0.262;SC=CACTTTCAGAAATACCAGACG;SOR=0.645;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=167;TCF=74;TCR=93;TR=89;WE=124377440;WS=124377422;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:118,134:0.53:252
chr3	124397249	rs35286809	AT	A	94.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.319;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.51;ReadPosRankSum=1.869;SOR=0.569;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,10:0.48:21
chr3	124449252	rs2279199	T	C	582.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=2.990;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.478;HP=4;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=0;PP=409;ReadPosRankSum=0.536;SC=ACTTCGCGGGTGACGTCATCG;SOR=1.863;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=33;TCF=30;TCR=3;TR=19;WE=124449260;WS=124449246;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,22:0.61:36
chr3	124449291	rs1139538	A	G	1521.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.624;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.609;HP=3;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=11;PP=751;ReadPosRankSum=-0.021;SC=GCGCCTGGGAATTTGAAGCAA;SOR=0.930;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=77;TCF=56;TCR=21;TR=44;WE=124449299;WS=124449281;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,66:0.58:113
chr3	124450258	rs4678146	T	C	547.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.244;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.707;HP=4;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=6;PP=347;ReadPosRankSum=-0.019;SC=TAGCTGCCTCTCCCATTATCT;SOR=1.255;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=39;TCF=25;TCR=14;TR=21;WE=124450266;WS=124450248;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,27:0.47:58
chr3	124450321	rs10934681	T	C	575.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.683;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=12;PP=400;ReadPosRankSum=-0.220;SC=AATCAATCGCTTGTGTTATTA;SOR=0.756;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=49;TCF=25;TCR=24;TR=25;WE=124450329;WS=124450311;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,31:0.39:79
chr3	124451284	rs16835925	T	C	3133.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.481;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=349;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.403;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=73;NR=36;PP=1667;ReadPosRankSum=-0.154;SC=ATGAATTACCTGGGAATTTTG;SOR=0.722;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=232;TCF=155;TCR=77;TR=109;WE=124451292;WS=124451274;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:189,153:0.45:342
chr3	124454174	rs3772804	A	G	727.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-1.060;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.258;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=20;PP=508;ReadPosRankSum=0.363;SC=TCTGTGCACTAATGTTTTACC;SOR=0.090;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=35;TCF=4;TCR=31;TR=24;WE=124454182;WS=124454164;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,28:0.70:40
chr3	124458816	rs694897	C	G	1165.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-0.647;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.427;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=22;PP=719;ReadPosRankSum=-1.568;SC=TTGGACAAGACGTTAGAGGTT;SOR=0.456;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=99;TCF=61;TCR=38;TR=51;WE=124458824;WS=124458806;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,58:0.50:116
chr3	124462710	rs3772807	G	C	2321.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-2.825;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=254;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=23;PP=1020;ReadPosRankSum=0.789;SC=TCATGTGACAGGTTTTCTGAT;SOR=0.672;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=156;TCF=111;TCR=45;TR=77;WE=124462718;WS=124462700;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:129,116:0.47:245
chr3	124605736	rs6438861	T	C	879.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=10;PP=295;SC=CGGCTGAGTGTGCGACAAAGT;SOR=0.749;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=19;TCF=9;TCR=10;TR=19;WE=124605744;WS=124605726;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr3	124629222	rs34208404	TA	T	1827.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.202;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=262;ExcessHet=3.0103;FS=2.298;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.17;MQRankSum=1.823;QD=7.28;ReadPosRankSum=-0.386;SOR=0.546;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:120,131:0.52:251
chr3	124646705	rs10630030	A	AAAG	8446.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=11;NR=75;PP=2924;SC=AGCTGTTGGGAAAGGTGTATT;SOR=1.305;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=94;TCF=11;TCR=83;TR=86;WE=124646713;WS=124646695;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,188:1.00:188
chr3	124653710	rs10934701	A	G	2992.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=26;NR=66;PP=1930;SC=AATACCATAGATCTCTTCCGA;SOR=1.743;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=92;TCF=26;TCR=66;TR=92;WE=124653718;WS=124653700;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr3	124692689	rs2270778	C	T	4167.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-0.765;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=383;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.208;HP=4;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=53;PP=1342;ReadPosRankSum=1.391;SC=ATTCAGCATACGGGGACATTT;SOR=0.623;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=198;TCF=86;TCR=112;TR=98;WE=124692697;WS=124692679;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:174,205:0.54:379
chr3	124692785	rs2270779	C	T	963.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.887;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.778;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=28;PP=642;ReadPosRankSum=-1.132;SC=AGCTCAATTCCGTAAAGAAGT;SOR=0.850;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=83;TCF=26;TCR=57;TR=42;WE=124692793;WS=124692775;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,46:0.44:104
chr3	124696807	rs61603696	CA	C	444.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.974;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.607;HP=9;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=12;PP=306;ReadPosRankSum=0.909;SC=GTAAAACAAACAAAAAAGCAT;SOR=1.193;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=31;TCF=4;TCR=27;TR=13;WE=124696815;WS=124696797;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,26:0.44:59
chr3	124728472	rs6438868	C	G	2206.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=44;NR=18;PP=1317;SC=TTTTGGTTAGCAAGAAAAATA;SOR=1.700;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=63;TCF=45;TCR=18;TR=62;WE=124728480;WS=124728462;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr3	124728626	rs6438869	A	G	8896.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=351;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=120;NR=120;PP=2965;SC=ATTGTTGCACATGGCTGTGGA;SOR=0.734;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=240;TCF=120;TCR=120;TR=240;WE=124728634;WS=124728616;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,347:1.00:347
chr3	124729193	rs6784454	T	G	1415.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=27;NR=11;PP=824;SC=AAACAGTGTATTTGTCCACAT;SOR=1.863;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=38;TCF=27;TCR=11;TR=38;WE=124729201;WS=124729183;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr3	124731485	rs10804567	C	G	5529.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=72;NR=66;PP=2822;SC=GAAGAGGACACTGTTGTTGGT;SOR=0.774;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=139;TCF=72;TCR=67;TR=138;WE=124731493;WS=124731475;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,204:1.00:204
chr3	124732618	rs6790837	A	G	7725.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=282;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=111;NR=92;PP=2965;SC=CTGAGCATGAAAAAAGGAGGA;SOR=0.839;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=203;TCF=111;TCR=92;TR=203;WE=124732626;WS=124732608;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,277:1.00:277
chr3	124732842	rs6438871	C	A	3537.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=24;NR=84;PP=2504;SC=CGACTGTAAACGGAAAAGCCA;SOR=2.283;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=109;TCF=24;TCR=85;TR=108;WE=124732850;WS=124732832;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr3	124733649	rs6438873	T	G	5736.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=72;NR=54;PP=2625;SC=TGTTTCTTGGTGCATGGCCGC;SOR=0.874;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=126;TCF=72;TCR=54;TR=126;WE=124733657;WS=124733639;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,214:1.00:214
chr3	124738107	rs59232004	C	T	7054.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.866;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=266;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=110;NR=74;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.715;SC=AAAACTCACTCGAACGTTCTC;SOR=0.996;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=186;TCF=111;TCR=75;TR=184;WE=124738115;WS=124738097;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,261:0.99:263
chr3	124739892	rs6438874	G	A	9741.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.773;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=366;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=89;NR=132;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.079;SC=TGAACACGGTGGCAACATGCA;SOR=1.007;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=223;TCF=90;TCR=133;TR=221;WE=124739900;WS=124739882;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,362:0.99:364
chr3	124746049	rs2981546	A	G	728.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=5;PP=343;SC=TGGCACTCACATGAGGAAAGG;SOR=1.863;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=19;TCF=14;TCR=5;TR=19;WE=124746057;WS=124746039;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr3	124746182	rs2333041	C	A	6071.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=2.115;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=234;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=99;NR=49;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.585;SC=GAAGAAAGGACGGGCTCCAAG;SOR=0.488;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=151;TCF=101;TCR=50;TR=148;WE=124746190;WS=124746172;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,223:1.00:224
chr3	124746347	rs4404487	T	C	7558.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=304;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=68;NR=115;PP=2965;SC=GAAGACTTTCTGAGGCTGAAA;SOR=1.085;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=184;TCF=69;TCR=115;TR=183;WE=124746355;WS=124746337;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,298:1.00:298
chr3	124748226	rs2860440	G	A	4943.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.866;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=72;NR=69;PP=2580;ReadPosRankSum=-1.181;SC=GAACCATCACGCCCTCTTTGG;SOR=0.747;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=142;TCF=72;TCR=70;TR=141;WE=124748234;WS=124748216;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,187:0.99:189
chr3	124774779	rs200147885	A	AGGGCAGC	539.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=61.86;QD=41.52;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr3	124826408	rs6773138	T	C	3419.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.043;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=371;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.791;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=56;PP=1628;ReadPosRankSum=0.113;SC=CCCTTCGCTCTTGGAAGTCTG;SOR=0.753;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=237;TCF=117;TCR=120;TR=108;WE=124826416;WS=124826398;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:194,169:0.47:363
chr3	124828995	rs11710815	T	C	4269.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.424;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=441;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=70;NR=53;PP=1572;ReadPosRankSum=1.580;SC=CAGCAAAACATGTTTCAAAAA;SOR=0.683;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=262;TCF=149;TCR=113;TR=123;WE=124829003;WS=124828985;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:225,215:0.49:440
chr3	124829057	rs11714448	A	G	4355.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.784;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=447;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.432;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=83;NR=65;PP=2114;ReadPosRankSum=-0.184;SC=AGGCAAGTGCAGGGATCACTT;SOR=0.859;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=287;TCF=151;TCR=136;TR=148;WE=124829065;WS=124829047;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:225,219:0.49:444
chr3	124829235	rs200697032	A	AC	1222.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.671;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=22.084;HP=7;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=1.886;NF=4;NR=42;PP=1148;ReadPosRankSum=1.025;SC=GTGCCTTTCTACCCCCCCAGC;SOR=2.115;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=104;TCF=10;TCR=94;TR=46;WE=124829243;WS=124829225;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:114,65:0.36:179
chr3	124837684	rs621383	T	C	4364.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=46;NR=49;PP=1653;SC=AAGACGAAGATGATGTACAGA;SOR=0.741;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=95;TCF=46;TCR=49;TR=95;WE=124837692;WS=124837674;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,168:1.00:168
chr3	124839470	rs863642	G	A	15102.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=576;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=166;NR=187;PP=2965;SC=CAGGGAGCCCGGGGGAATGCT;SOR=0.754;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=356;TCF=169;TCR=187;TR=353;WE=124839478;WS=124839460;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,571:1.00:571
chr3	124854425	rs702048	T	C	1270.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=29;NR=5;PP=888;SC=ATACCAAGAGTACCTGCAGGC;SOR=2.726;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=29;TCR=5;TR=34;WE=124854433;WS=124854415;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr3	124870376	rs11713052	C	G	858.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-2.920;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.541;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=21;PP=470;ReadPosRankSum=-2.160;SC=TCCCCACTGGCTTTGGCATCT;SOR=0.340;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=57;TCF=17;TCR=40;TR=32;WE=124870384;WS=124870366;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,40:0.57:70
chr3	124870413	rs596950	A	G	444.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-1.247;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.433;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=13;PP=292;ReadPosRankSum=0.426;SC=GGGGTGCGGTAGGTCTCAAGA;SOR=0.412;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=32;TCF=7;TCR=25;TR=18;WE=124870421;WS=124870403;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,20:0.53:38
chr3	124896861	rs545103	C	G	2648.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=14;NR=59;PP=1804;SC=GGACAGAAAGCCATGGGCCCA;SOR=2.557;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=73;TCF=14;TCR=59;TR=73;WE=124896869;WS=124896851;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr3	124906348	rs185803387	A	G	2687.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=2.146;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.298;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=75;PP=1839;ReadPosRankSum=0.541;SC=GGCATTGACCACCTCCCCTCC;SOR=0.584;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=175;TCF=40;TCR=135;TR=99;WE=124906356;WS=124906338;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,112:0.57:197
chr3	124912207	rs13322132	C	T	988.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=2.245;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.721;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQ=59.95;MQRankSum=1.250;NF=16;NR=13;PP=574;ReadPosRankSum=-0.518;SC=GAGTGAGACCCTGTCTCAAAA;SOR=0.823;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=67;TCF=35;TCR=32;TR=29;WE=124912221;WS=124912197;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,47:0.43:109
chr3	124930044	rs673881	A	G	235.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-3.061;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=0;PP=138;ReadPosRankSum=-1.828;SC=AGTTAATTACATCTAAAGGGT;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=21;TCR=1;TR=10;WE=124930052;WS=124930034;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,12:0.50:24
chr3	124930408	rs686088	A	G	213.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-2.785;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.593;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=8;PP=134;ReadPosRankSum=0.523;SC=TTTGGTACCCAGGTAGATCCC;SOR=0.169;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=22;TCF=2;TCR=20;TR=9;WE=124930416;WS=124930398;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,10:0.42:24
chr3	124951171	rs35950048	CT	C	1014.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.106;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FS=8.247;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.76;ReadPosRankSum=1.760;SOR=0.262;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:55,95:0.63:150
chr3	124951821	rs1053738	C	T	3424.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.759;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=375;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=58;PP=1534;ReadPosRankSum=-0.136;SC=CATTCTCTGACGGGGTGACCT;SOR=0.710;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=250;TCF=111;TCR=139;TR=107;WE=124951829;WS=124951811;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:200,169:0.46:369
chr3	124998098	rs10665336	C	CAAA	963.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.540;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FS=2.604;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.12;MQRankSum=0.000;QD=12.20;ReadPosRankSum=0.577;SOR=0.327;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,41:0.52:79
chr3	125270985	.	G	GTA	56.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.322;ClippingRankSum=0.000;DP=121;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.50;ReadPosRankSum=1.039;SOR=0.850;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:100,13:0.12:113
chr3	125701099	rs2270986	T	C	1565.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.908;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-0.586;NF=32;NR=18;PP=668;ReadPosRankSum=1.184;SC=CCTCATTTTATGTAACTTTTA;SOR=0.666;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=113;TCF=73;TCR=40;TR=50;WE=125701107;WS=125701089;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:91,79:0.46:170
chr3	125725268	rs111477552	TAACA	T	5130.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.740;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=304;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.972;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.105;NF=34;NR=28;PP=2675;ReadPosRankSum=-0.322;SC=AGGTTTTTGCTAACAAACAAA;SOR=0.840;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=140;TCF=72;TCR=68;TR=62;WE=125725279;WS=125725258;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:164,136:0.45:300
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chr3	125726048	rs2279819	G	C	1139.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=2.199;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.566;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=31;PP=730;ReadPosRankSum=-1.740;SC=TCACTTCTGCGAGGTACAGCA;SOR=0.977;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=130;TCF=48;TCR=82;TR=46;WE=125726056;WS=125726038;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:138,62:0.31:200
chr3	125734308	rs2279821	G	A	2468.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.417;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=234;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.667;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=30;PP=1325;ReadPosRankSum=-0.102;SC=CCAACCCAGGGACCACATGGG;SOR=0.407;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=146;TCF=96;TCR=50;TR=76;WE=125734316;WS=125734298;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:105,115:0.52:220
chr3	125734559	rs41265739	G	A	1066.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=3.103;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.985;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=29;PP=649;ReadPosRankSum=-0.133;SC=TATCTGCTGCGGCCAAACTGG;SOR=0.998;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=78;TCF=18;TCR=60;TR=35;WE=125734567;WS=125734549;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,45:0.49:92
chr3	125769757	rs4077563	C	T	2329.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.658;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.536;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=25;PP=1336;ReadPosRankSum=0.463;SC=CACGTTGTGGCCGCCTCGAAT;SOR=0.616;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=166;TCF=117;TCR=49;TR=83;WE=125769765;WS=125769747;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:100,109:0.52:209
chr3	125775228	rs7613944	T	C	5802.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=88;NR=64;PP=2609;SC=CCAGGCCGGCTGTCATCATGC;SOR=0.936;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=152;TCF=88;TCR=64;TR=152;WE=125775236;WS=125775218;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,218:1.00:218
chr3	125775428	rs6438964	G	A	1674.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=10;NR=36;PP=1114;SC=CCAGGAGCACGAAGTCAGAGC;SOR=2.107;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=46;TCF=10;TCR=36;TR=46;WE=125775436;WS=125775418;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr3	125786695	rs4308225	G	A	2314.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.202;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=14;PP=1245;ReadPosRankSum=0.000;SC=AGGACTGCCCGACAACCTTTA;SOR=0.627;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=54;TCF=40;TCR=14;TR=53;WE=125786703;WS=125786685;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,84:0.99:85
chr3	125786760	rs4308226	G	A	5213.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.780;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=71;NR=41;PP=2237;ReadPosRankSum=-0.386;SC=GCAGTGCCCCGCTCCCTGTCC;SOR=1.025;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=114;TCF=72;TCR=42;TR=112;WE=125786768;WS=125786750;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,199:0.99:201
chr3	125786879	rs4234270	T	C	7367.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=289;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=84;NR=99;PP=2913;SC=ATGGACCAGGTGGTCTCCCTG;SOR=0.811;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=183;TCF=84;TCR=99;TR=183;WE=125786887;WS=125786869;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,284:1.00:284
chr3	125826059	rs1127717	T	C	2731.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.881;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=312;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.536;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=57;PP=1421;ReadPosRankSum=0.180;SC=GTCTTCCACGTCTGTGAAAAC;SOR=0.560;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=221;TCF=84;TCR=137;TR=97;WE=125826067;WS=125826049;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:169,134:0.44:303
chr3	125831572	rs4646744	GGC	G	1320.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=2.422;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.726;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=5;PP=877;ReadPosRankSum=2.652;SC=CCTCCAGCCAGGCGCTGCTGT;SOR=1.280;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=49;TCF=34;TCR=15;TR=22;WE=125831581;WS=125831562;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,36:0.42:85
chr3	125843400	rs3217578	A	AG	360.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=2.296;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.363;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=13;PP=517;ReadPosRankSum=-0.925;SC=GCAAGCTGGGAGAGTAGCTGC;SOR=2.742;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=36;TCF=0;TCR=36;TR=13;WE=125843408;WS=125843390;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,15:0.38:39
chr3	125844718	rs2278756	G	A	1000.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-5.721;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.259;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=33;PP=669;ReadPosRankSum=-1.158;SC=GGCAGCTCACGCCTGCTGTTT;SOR=0.222;SbPval=0.22;Source=Platypus;TC=91;TCF=17;TCR=74;TR=44;WE=125844726;WS=125844708;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,45:0.49:91
chr3	125848911	rs1868125	A	G	159.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.176;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.952;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=2;PP=98;ReadPosRankSum=-0.530;SC=CCTTACAACAATGCCTGGCAT;SOR=1.329;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=16;TCF=11;TCR=5;TR=8;WE=125848919;WS=125848901;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,8:0.44:18
chr3	125848945	rs2365002	T	C	354.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-2.086;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=5;PP=101;ReadPosRankSum=-0.519;SC=AAGAAGCACATGGATGGCTGT;SOR=0.582;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=29;TCF=18;TCR=11;TR=13;WE=125848953;WS=125848935;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,19:0.51:37
chr3	125849031	rs873696	C	T	1014.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.077;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.736;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=13;PP=401;ReadPosRankSum=2.331;SC=TGGAAAGCACCGCGAGGCTGC;SOR=0.815;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=61;TCF=33;TCR=28;TR=30;WE=125849039;WS=125849021;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,51:0.50:103
chr3	125849238	rs2002287	G	A	1587.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=1.916;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=22;PP=660;ReadPosRankSum=-1.966;SC=AAGTCAAAGCGACCAGCTTAG;SOR=0.722;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=74;TCF=32;TCR=42;TR=39;WE=125849246;WS=125849228;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,75:0.57:132
chr3	125850101	rs4646733	CA	TG	593.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-1.213;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=1;PP=541;ReadPosRankSum=-0.462;SC=AAACAGGTGTCATTCCAAGCC;SOR=0.547;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=40;TCF=37;TCR=3;TR=14;WE=125850110;WS=125850091;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,17:0.39:44
chr3	125850169	rs3821451	T	C	1373.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-2.993;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.397;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=24;PP=614;ReadPosRankSum=-0.588;SC=CTTGGAGTTCTCCTATATGGC;SOR=0.434;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=137;TCF=82;TCR=55;TR=52;WE=125850177;WS=125850159;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:110,75:0.41:185
chr3	125850193	rs3816366	A	G	1847.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-2.055;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=266;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.766;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=28;PP=685;ReadPosRankSum=0.136;SC=GCCAGTCTGCATGTGCTCACA;SOR=0.545;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=165;TCF=95;TCR=70;TR=61;WE=125850201;WS=125850183;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:156,105:0.40:261
chr3	125850381	rs2305228	A	G	1693.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.378;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.957;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=37;PP=889;ReadPosRankSum=1.018;SC=TGCCAACCTGACCAGGGTGAG;SOR=0.491;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=114;TCF=39;TCR=75;TR=58;WE=125850389;WS=125850371;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,79:0.52:153
chr3	125850434	rs2305227	C	T	619.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-3.739;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=27;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=22;PP=477;ReadPosRankSum=-0.824;SC=GCCTCATCTGCCCTCACAAGG;SOR=0.651;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=42;TCF=5;TCR=37;TR=25;WE=125850442;WS=125850424;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,25:0.57:44
chr3	125854311	rs3216713	TC	T	4980.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.274;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=425;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.044;NF=48;NR=56;PP=2274;ReadPosRankSum=1.322;SC=TCCACAGAAGTCCCCCCCGTG;SOR=0.693;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=251;TCF=124;TCR=127;TR=104;WE=125854319;WS=125854301;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:217,201:0.48:418
chr3	125856916	rs6799991	A	G	385.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-4.153;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.793;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=12;PP=247;ReadPosRankSum=-0.740;SC=CCCAGCACCGAGAGGTAGCCA;SOR=0.141;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=22;TCF=2;TCR=20;TR=14;WE=125856924;WS=125856906;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,16:0.67:24
chr3	125874388	rs2276731	C	T	2259.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=21;NR=48;PP=1429;SC=CAATAGGACCCTGCCTCCTTC;SOR=1.730;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=70;TCF=21;TCR=49;TR=69;WE=125874396;WS=125874378;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr3	126133239	rs6775131	C	T	591.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.161;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.032;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=18;PP=402;ReadPosRankSum=-0.055;SC=TGTCACCACTCTTCTTGGGTC;SOR=0.859;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=51;TCF=17;TCR=34;TR=26;WE=126133247;WS=126133229;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,30:0.53:57
chr3	126138778	rs2271630	T	C	3112.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=50;NR=36;PP=1627;SC=TGCTGAAGCTTGGCTGCAGCT;SOR=0.984;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=86;TCF=50;TCR=36;TR=86;WE=126138786;WS=126138768;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr3	126142433	rs140223152	CGGA	C	16799.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=396;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=32;NR=133;PP=2973;SC=AGCCAGGAGACGGAGAAGACC;SOR=0.838;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=172;TCF=37;TCR=135;TR=165;WE=126142443;WS=126142423;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,382:1.00:382
chr3	126160884	rs63288960	CATTA	C	2764.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=42;PP=2096;SC=ACAGCCTTCCCATTAATTGTC;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=46;TCF=0;TCR=46;TR=42;WE=126160895;WS=126160874;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr3	126169091	rs777493	T	C	7943.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-1.758;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=304;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.777;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=120;NR=54;PP=2965;ReadPosRankSum=0.499;SC=CAACCTTGGATGCGTAAGGGT;SOR=0.254;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=176;TCF=122;TCR=54;TR=174;WE=126169099;WS=126169081;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,296:0.99:298
chr3	126169230	rs777494	C	T	14491.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.062;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=560;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=181;NR=188;PP=2965;ReadPosRankSum=0.781;SC=TAGAGATCCACGCACCCTCCC;SOR=0.377;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=372;TCF=182;TCR=190;TR=369;WE=126169238;WS=126169220;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,546:0.99:549
chr3	126169472	rs777495	T	C	1624.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=40;PP=1134;SC=CCTACCCGCATCTCCCTTCCT;SOR=3.300;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=45;TCF=5;TCR=40;TR=45;WE=126169480;WS=126169462;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr3	126184941	rs1799389	C	T	1247.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.706;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=11;PP=734;ReadPosRankSum=-0.728;SC=GGCACTGGCACTGTTCCCGTT;SOR=0.662;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=38;TCF=26;TCR=12;TR=36;WE=126184949;WS=126184938;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,45:0.98:46
chr3	126185238	rs1687463	C	T	4292.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=3.211;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=61;PP=2059;ReadPosRankSum=0.566;SC=TGACACTTCCCCATCAGATCA;SOR=0.955;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=104;TCF=43;TCR=61;TR=104;WE=126185246;WS=126185228;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,161:0.99:163
chr3	126185265	rs3830336	A	AT	1023.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.324;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.637;HP=4;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=23;PP=854;ReadPosRankSum=0.668;SC=CCAGACCTGCATTTTGCACCC;SOR=0.500;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=59;TCF=5;TCR=54;TR=26;WE=126185273;WS=126185255;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,48:0.47:103
chr3	126189919	rs777499	A	G	4667.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.653;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.664;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=76;PP=2458;ReadPosRankSum=-0.811;SC=AACTCACCATAATTCTTTAAA;SOR=0.307;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=112;TCF=34;TCR=78;TR=110;WE=126189927;WS=126189909;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,166:0.99:168
chr3	126193731	rs186680124	T	C	384.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=2.060;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.075;HP=5;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=1;PP=239;ReadPosRankSum=2.136;SC=GGCCCCTCTGTGGGGCGGACG;SOR=1.755;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=18;TCF=15;TCR=3;TR=13;WE=126193739;WS=126193721;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,16:0.59:27
chr3	126194076	rs812367	T	C	12421.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=477;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=129;NR=162;PP=2965;SC=AGCCCTCCAGTGGGCACTTGA;SOR=0.876;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=291;TCF=129;TCR=162;TR=291;WE=126194084;WS=126194066;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,474:1.00:474
chr3	126194357	rs7624748	G	C	3960.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.94;SOR=1.282;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,147:1.00:147
chr3	126202257	rs1687477	G	A	5555.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=1.983;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=577;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=85;NR=85;PP=2720;ReadPosRankSum=1.392;SC=CTCTCCCCTCGGCCTCCGGGG;SOR=0.673;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=326;TCF=160;TCR=166;TR=170;WE=126202265;WS=126202247;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:287,274:0.49:561
chr3	126207222	rs777483	A	G	1588.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=36;PP=1006;SC=CTGCTAGGCCAGAAGGATGGG;SOR=2.670;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=44;TCF=8;TCR=36;TR=44;WE=126207230;WS=126207212;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr3	126208249	rs777479	A	C	4281.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=1.152;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.658;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=94;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.038;SC=GCTGTCAGCCAACAGTGTCCA;SOR=1.690;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=132;TCF=38;TCR=94;TR=132;WE=126208257;WS=126208239;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,150:0.99:152
chr3	126211479	rs2307882	C	CCTCT	3202.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=47;PP=2791;SC=AGCCTGAGCGCCTAACAAGGT;SOR=2.802;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=52;TCF=1;TCR=51;TR=48;WE=126211487;WS=126211469;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr3	126215130	rs6797423	G	A	1605.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=54;PP=1604;SC=AGCAGTGCCAGTGGCCCCATG;SOR=8.015;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=54;TCF=0;TCR=54;TR=54;WE=126215138;WS=126215120;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr3	126218159	rs6771670	T	A	1669.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=3.796;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=234;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.933;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=16;PP=2219;ReadPosRankSum=-2.107;SC=ACACTAGATGTGGCAGCCGCC;SOR=1.045;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=161;TCF=109;TCR=52;TR=59;WE=126218175;WS=126218149;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:147,84:0.36:231
chr3	126218167	rs1168595	G	A	3786.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.331;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=271;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.324;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=71;NR=39;PP=2962;ReadPosRankSum=1.119;SC=TGTGGCAGCCGCCCATCACTC;SOR=0.443;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=177;TCF=119;TCR=58;TR=110;WE=126218175;WS=126218149;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:96,171:0.64:267
chr3	126218769	rs35907154	T	C	565.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=3.567;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=1;PP=223;ReadPosRankSum=0.855;SC=AGAGGCACAGTGAAGCCTCGG;SOR=0.743;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=32;TCF=29;TCR=3;TR=13;WE=126218777;WS=126218765;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,14:0.40:35
chr3	126218788	rs6774768	T	C	799.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.264;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=1;PP=399;ReadPosRankSum=0.088;SC=GGTCAGGATTTGCTGGGCCAC;SOR=0.941;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=48;TCF=44;TCR=4;TR=21;WE=126218796;WS=126218778;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,27:0.44:61
chr3	126219030	rs13072404	T	C	3044.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-1.521;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=308;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.877;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=52;PP=1085;ReadPosRankSum=-0.414;SC=ACCACCGCTGTGAGGCCCTGG;SOR=0.760;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=188;TCF=74;TCR=114;TR=80;WE=126219038;WS=126219020;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:151,152:0.50:303
chr3	126219086	rs13092625	A	G	1504.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.720;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=34;PP=780;ReadPosRankSum=-0.544;SC=CATGCTCCCCACCAACTTCCA;SOR=0.660;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=114;TCF=35;TCR=79;TR=50;WE=126219094;WS=126219076;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,73:0.46:159
chr3	126219627	rs34025926	G	A	3867.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.706;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=405;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.625;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=77;PP=1808;ReadPosRankSum=-0.346;SC=GGTAGTAGCCGCCATTGAACG;SOR=0.781;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=264;TCF=109;TCR=155;TR=130;WE=126219635;WS=126219617;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:206,193:0.48:399
chr3	126219750	rs201018413	A	C	611.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=4.105;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=10;PP=847;ReadPosRankSum=-1.115;SC=AGTGCAAGCCACACACAGCCT;SOR=0.756;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=33;TCF=2;TCR=31;TR=10;WE=126219771;WS=126219740;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,17:0.40:42
chr3	126219752	rs139417364	ACACAGCCTGGGC	A	601.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.189;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=11;PP=2970;ReadPosRankSum=-1.141;SC=TGCAAGCCACACACAGCCTGG;SOR=0.756;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=31;TCF=0;TCR=31;TR=11;WE=126219771;WS=126219740;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,17:0.40:42
chr3	126219973	rs1177565	T	C	5980.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=127;NR=47;PP=2965;SC=CTTTGTGTCCTGGCAGCTCCT;SOR=1.822;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=175;TCF=128;TCR=47;TR=174;WE=126219981;WS=126219963;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,211:1.00:211
chr3	126220539	rs9844797	A	G	880.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.168;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=0.976;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.34;ReadPosRankSum=1.657;SOR=0.857;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,40:0.61:66
chr3	126220845	rs7643584	G	A	814.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-0.057;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.424;HP=4;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=23;PP=537;ReadPosRankSum=0.625;SC=TCCTCAGCTCGGGGGTTGCGG;SOR=0.275;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=53;TCF=12;TCR=41;TR=31;WE=126220853;WS=126220835;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,35:0.59:59
chr3	126224504	.	G	GAGGC	4649.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=2.362;ClippingRankSum=0.000;DP=391;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=48.936;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=5.592;NF=49;NR=31;PP=2597;ReadPosRankSum=2.503;SC=GGGAGGGAGGGAGGCAGGCAG;SOR=5.519;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=233;TCF=121;TCR=112;TR=80;WE=126224512;WS=126224494;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:213,159:0.43:372
chr3	126226518	rs9784244	C	T	7042.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=282;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=111;NR=65;PP=2965;SC=AATATCACCACTTTGCTTTAT;SOR=1.162;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=176;TCF=111;TCR=65;TR=176;WE=126226526;WS=126226508;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,271:1.00:271
chr3	126227185	rs16837531	G	A	1987.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.617;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=30;PP=1055;ReadPosRankSum=-1.200;SC=CTGTGGGTTTGTAAGCTCCTA;SOR=0.719;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=121;TCF=72;TCR=49;TR=75;WE=126227193;WS=126227175;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,96:0.59:163
chr3	126228410	rs729456	G	A	1121.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=1.468;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=19;PP=588;ReadPosRankSum=1.161;SC=GCTGGGCCTCGGTTTCCCTGG;SOR=0.645;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=91;TCF=47;TCR=44;TR=38;WE=126228418;WS=126228400;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:96,59:0.38:155
chr3	126236348	rs1687480	T	C	3103.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=48;NR=36;PP=1632;SC=CAGCTCCCACTAAGAGGGCAG;SOR=0.856;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=84;TCF=48;TCR=36;TR=84;WE=126236356;WS=126236338;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr3	126243419	rs7613347	A	C	470.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-0.724;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.159;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=12;PP=201;ReadPosRankSum=-0.759;SC=GGCGCTGGTGAGGCACAGAAA;SOR=0.991;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=45;TCF=20;TCR=25;TR=19;WE=126243427;WS=126243409;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,26:0.44:59
chr3	126260608	rs6766712	G	T	3482.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=0.223;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=323;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.855;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=30;PP=1468;ReadPosRankSum=-1.107;SC=AGGTGCACCGGCAGCGGCGCG;SOR=0.771;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=177;TCF=112;TCR=65;TR=86;WE=126260616;WS=126260598;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:157,164:0.51:321
chr3	126261202	rs1056524	G	A	7913.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.959;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=404;ExcessHet=3.0103;FS=3.208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.74;ReadPosRankSum=1.102;SOR=0.932;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:192,209:0.52:401
chr3	126261207	rs1056523	C	T	7880.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.694;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=396;ExcessHet=3.0103;FS=6.490;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=20.05;ReadPosRankSum=1.326;SOR=0.990;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:189,204:0.52:393
chr3	126261345	rs1056522	G	A	6162.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.894;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=599;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.415;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=90;NR=95;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.802;SC=TTCTACCAGCGGCGCCTCTTC;SOR=0.623;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=356;TCF=183;TCR=173;TR=185;WE=126261353;WS=126261335;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:293,295:0.50:588
chr3	126268918	rs869463	G	A	1681.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-0.966;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.503;HP=4;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=31;PP=724;ReadPosRankSum=1.994;SC=CTGGAGCCCCGAGCCTAGAGA;SOR=0.763;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=125;TCF=56;TCR=69;TR=54;WE=126268926;WS=126268908;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:129,90:0.41:219
chr3	126268953	rs869464	T	G	1969.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.502;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.290;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=38;PP=857;ReadPosRankSum=-1.511;SC=ACGCCTGGCCTTCAGGACCCC;SOR=0.858;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=100;TCF=35;TCR=65;TR=57;WE=126268961;WS=126268943;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,93:0.58:159
chr3	126270735	rs2291509	G	A	405.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=1.880;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=2;PP=233;ReadPosRankSum=1.009;SC=AAAGTGGCGCGTGCTGGGAGG;SOR=0.478;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=51;TCF=45;TCR=6;TR=18;WE=126270743;WS=126270725;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,22:0.36:61
chr3	126270757	rs13071443	G	T	2985.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=65;NR=17;PP=1938;SC=TAACATGAACGTCTGCATGCA;SOR=2.165;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=83;TCF=66;TCR=17;TR=82;WE=126270765;WS=126270747;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr3	126326685	rs150097097	C	T	1734.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.753;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.97;ReadPosRankSum=0.171;SOR=0.700;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:88,86:0.49:174
chr3	126328101	rs9856833	A	G	6536.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=259;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=76;NR=91;PP=2951;SC=CAGTAAAAGCATACAATAGAT;SOR=0.852;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=167;TCF=76;TCR=91;TR=167;WE=126328109;WS=126328091;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,255:1.00:255
chr3	126329791	.	T	TA	33.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.010;ClippingRankSum=0.000;DP=87;ExcessHet=3.0103;FS=1.196;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.25;MQRankSum=3.044;QD=0.41;ReadPosRankSum=-0.275;SOR=0.978;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:66,16:0.20:82
chr3	126329910	rs777241	A	G	8518.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=347;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQ=60.06;NF=111;NR=94;PP=2965;SC=TTATCTTTGCATAACAAGTGT;SOR=0.792;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=205;TCF=111;TCR=94;TR=205;WE=126329918;WS=126329900;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,338:1.00:338
chr3	126340553	rs3732534	G	A	4425.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=87;NR=40;PP=2611;SC=ATCTTGATCAGGACATTATCT;SOR=1.565;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=127;TCF=87;TCR=40;TR=127;WE=126340561;WS=126340543;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,157:1.00:157
chr3	126365127	rs11453652	C	CT	4911.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=72;PP=2936;SC=GTGAGTTAAACAAAGTGTTAC;SOR=1.727;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=77;TCF=3;TCR=74;TR=75;WE=126365135;WS=126365117;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr3	126373994	rs3108755	A	G	8752.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.521;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=345;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=113;NR=106;PP=2965;ReadPosRankSum=1.210;SC=CCGCCCCCCAACACCGCCCCG;SOR=0.761;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=221;TCF=115;TCR=106;TR=219;WE=126374002;WS=126373984;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,333:0.99:335
chr3	126633419	rs2303994	C	G	3704.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=74;NR=28;PP=1937;SC=CTTTGATGCCCGTCAAGAAAT;SOR=1.577;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=103;TCF=74;TCR=29;TR=102;WE=126633427;WS=126633409;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,143:1.00:143
chr3	126644974	rs732462	G	C	1822.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-1.798;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=5;PP=1147;ReadPosRankSum=-0.656;SC=CTGAAAGGCTGTCTAAAATCC;SOR=1.300;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=45;TCF=40;TCR=5;TR=44;WE=126644982;WS=126644964;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,62:0.98:63
chr3	126724881	rs12489348	G	C	4038.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.400;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=41;PP=1800;ReadPosRankSum=-0.590;SC=TGGGAGTCCTGGGCAAGCAGT;SOR=0.384;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=107;TCF=65;TCR=42;TR=105;WE=126724889;WS=126724871;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,152:0.99:153
chr3	126737268	rs4679323	C	A	7219.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=276;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=89;NR=74;PP=2965;SC=TGGCTGTGCTCATCGCCTACA;SOR=0.785;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=163;TCF=89;TCR=74;TR=163;WE=126737276;WS=126737258;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,272:1.00:272
chr3	126739012	rs891762	G	T	4626.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=89;NR=45;PP=2690;SC=GGCCACCAGGGCATGCTGCCC;SOR=1.334;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=134;TCF=89;TCR=45;TR=134;WE=126739020;WS=126739002;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,169:1.00:169
chr3	126739291	rs6439030	T	C	2642.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=21;NR=55;PP=1464;SC=GCAGCCTGTGTGGCCTGGGGG;SOR=1.760;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=76;TCF=21;TCR=55;TR=76;WE=126739299;WS=126739281;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr3	126751689	rs6439031	G	A	10217.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=388;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=104;NR=171;PP=2965;SC=GGTGAACACCGTGGGAGCCCA;SOR=1.137;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=276;TCF=104;TCR=172;TR=275;WE=126751697;WS=126751679;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,381:1.00:381
chr3	126752622	rs145282616	G	A	580.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.954;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=7;PP=278;ReadPosRankSum=1.004;SC=GTCCTGGAGGGTCCAGGCTCA;SOR=0.656;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=36;TCF=24;TCR=12;TR=19;WE=126752630;WS=126752612;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,27:0.52:52
chr3	126880488	rs7625800	T	C	5240.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=118;NR=30;PP=2965;SC=CCTGCCCCTCTCTCTGCCTGG;SOR=2.412;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=148;TCF=118;TCR=30;TR=148;WE=126880496;WS=126880478;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,178:1.00:178
chr3	127105975	rs11407470	T	TA	1230.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.279;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FS=3.312;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.16;ReadPosRankSum=-0.456;SOR=0.451;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:75,97:0.56:172
chr3	127323830	rs893293	C	T	3031.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.025;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=341;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.511;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=43;PP=1303;ReadPosRankSum=0.838;SC=AGGAGATGATCGAGAGCATCG;SOR=0.874;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=207;TCF=112;TCR=95;TR=100;WE=127323838;WS=127323820;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:179,156:0.47:335
chr3	127329929	rs17497006	G	A	725.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=2.168;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.218;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=25;PP=594;ReadPosRankSum=-0.426;SC=TTTTACATGCGAGGAAGACAG;SOR=1.739;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=55;TCF=8;TCR=47;TR=28;WE=127329937;WS=127329919;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,28:0.48:58
chr3	127336934	rs782427	A	G	3916.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.121;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=542;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.123;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=66;PP=1738;ReadPosRankSum=2.642;SC=GGTATAGCTCACATGTGCCCG;SOR=0.611;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=324;TCF=152;TCR=172;TR=131;WE=127336942;WS=127336924;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:325,212:0.39:537
chr3	127391018	rs813633	A	G	465.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=3.272;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.529;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=2;PP=333;ReadPosRankSum=-2.198;SC=GTGCCGCGGGAACCCCCTGGG;SOR=1.101;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=40;TCF=33;TCR=7;TR=17;WE=127391026;WS=127391008;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,19:0.46:41
chr3	127396220	rs1658037	T	C	1223.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=1.835;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=12.505;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=17;PP=776;ReadPosRankSum=-1.816;SC=CCTTGTGTGGTCCTGGACCAG;SOR=0.797;SbPval=0.25;Source=Platypus;TC=77;TCF=37;TCR=40;TR=40;WE=127396238;WS=127396210;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,50:0.57:88
chr3	127410959	rs814130	G	T	275.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.632;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.51;ReadPosRankSum=0.943;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,14:0.74:19
chr3	127429567	rs1010174	C	G	1621.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.318;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=34;PP=991;ReadPosRankSum=1.223;SC=CCCGGCTCTTCCGCAGTGACA;SOR=0.572;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=108;TCF=45;TCR=63;TR=62;WE=127429575;WS=127429557;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,75:0.52:144
chr3	127434580	rs627498	G	A	2778.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.920;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=284;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=33;PP=1166;ReadPosRankSum=-1.430;SC=GGCAGGTCCCGCACCCAGATG;SOR=0.707;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=195;TCF=120;TCR=75;TR=89;WE=127434588;WS=127434570;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:143,137:0.49:280
chr3	127434856	rs477554	C	T	795.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=2.242;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.717;HP=5;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=24;PP=481;ReadPosRankSum=0.604;SC=TGAGACCCCCCGCACCTGCCC;SOR=1.270;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=61;TCF=14;TCR=47;TR=29;WE=127434864;WS=127434846;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,37:0.46:80
chr3	127440083	rs13088071	A	C	801.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-5.601;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.710;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=33;PP=593;ReadPosRankSum=-0.483;SC=TGACCAATGCAGTCCTCTTAA;SOR=0.307;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=71;TCF=6;TCR=65;TR=37;WE=127440091;WS=127440073;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,37:0.51:72
chr3	127641968	rs4141499	C	A	3316.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=63;NR=21;PP=1843;SC=GAATAAAATTCAGAACATGAA;SOR=1.649;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=84;TCF=63;TCR=21;TR=84;WE=127641976;WS=127641958;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr3	127642814	rs61268888	G	C	3767.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.766;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=441;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.120;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=77;PP=2116;ReadPosRankSum=1.457;SC=TTATGATCCTGTATCACGGAA;SOR=0.817;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=295;TCF=122;TCR=173;TR=127;WE=127642822;WS=127642804;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:248,187:0.43:435
chr3	127703085	rs13100951	G	A	2024.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-3.321;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.857;HP=8;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=52;PP=1172;ReadPosRankSum=-0.550;SC=TCATCCCCCCGCCTTCAGATT;SOR=0.501;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=136;TCF=38;TCR=98;TR=75;WE=127703093;WS=127703075;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,96:0.55:174
chr3	127774722	rs6802633	AA	GC	786.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=0.334;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;JOINED;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=11;PP=546;ReadPosRankSum=0.680;SC=AAGAATGTTAAAGTGCTGTGT;SOR=0.846;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=10;TCR=23;TR=16;WE=127774731;WS=127774712;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,20:0.53:38
chr3	127775480	rs9827668	G	T	1166.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.183;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.636;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=9;PP=426;ReadPosRankSum=0.032;SC=CAAATTTTGCGTATTCATTTT;SOR=0.896;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=64;TCF=44;TCR=20;TR=32;WE=127775488;WS=127775470;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,57:0.56:101
chr3	127775499	rs9827421	C	T	1357.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.175;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=13;PP=473;ReadPosRankSum=1.056;SC=TTTAAAATAACGTACTACGTT;SOR=0.661;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=82;TCF=53;TCR=29;TR=36;WE=127775507;WS=127775489;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,68:0.50:135
chr3	127775788	rs9847934	T	A	300.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.053;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.71;ReadPosRankSum=0.839;SOR=1.270;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,13:0.72:18
chr3	127779220	rs9848345	C	T	970.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=1.161;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.985;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=17;PP=709;ReadPosRankSum=1.172;SC=CTTTACTGACCGCTCTCTGGG;SOR=0.486;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=65;TCF=37;TCR=28;TR=37;WE=127779228;WS=127779210;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,38:0.59:64
chr3	127779306	rs2304018	G	A	2062.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=1.742;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.194;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=27;PP=1168;ReadPosRankSum=0.995;SC=AACCATGTCCGTGGGGAGCAG;SOR=0.512;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=170;TCF=112;TCR=58;TR=75;WE=127779314;WS=127779296;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:113,97:0.46:210
chr3	127783698	rs1044843	A	T	818.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.727;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=9;PP=549;ReadPosRankSum=0.839;SC=TCCTTCATATATGTCTCCTCC;SOR=0.683;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=62;TCF=45;TCR=17;TR=33;WE=127783706;WS=127783688;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,37:0.52:71
chr3	127784118	rs13070488	T	C	1159.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.999;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=28;PP=668;ReadPosRankSum=2.959;SC=AATCATGTTCTTCTGGGTTGG;SOR=0.793;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=69;TCF=13;TCR=56;TR=33;WE=127784126;WS=127784108;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,51:0.50:102
chr3	127785876	.	C	T	5080.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.888;ClippingRankSum=0.000;DP=537;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=90;NR=73;PP=2121;ReadPosRankSum=-0.042;SC=CTCTTCTATACGTCCAACATC;SOR=0.701;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=329;TCF=182;TCR=147;TR=163;WE=127785884;WS=127785866;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:274,260:0.49:534
chr3	127786551	rs9858267	G	A	562.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.279;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.383;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=12;PP=265;ReadPosRankSum=-0.153;SC=GGTCTGTGACGTGTGCAGATA;SOR=0.357;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=48;TCF=14;TCR=34;TR=19;WE=127786559;WS=127786541;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,27:0.45:60
chr3	127786675	rs2276867	T	G	511.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=1.669;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=2;PP=227;ReadPosRankSum=-0.345;SC=GTTAGACTTTTTCATATGACT;SOR=0.836;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=26;TCF=20;TCR=6;TR=12;WE=127786683;WS=127786665;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,21:0.57:37
chr3	127799983	rs1057220	A	C	373.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.767;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.738;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=2;PP=220;ReadPosRankSum=-0.641;SC=AGCGCTGCAGACCACGCCTGA;SOR=0.129;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=24;TCF=22;TCR=2;TR=12;WE=127799991;WS=127799973;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,16:0.53:30
chr3	127800071	rs1057156	A	G	1092.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.594;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FS=1.588;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.31;ReadPosRankSum=0.262;SOR=0.538;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:52,54:0.51:106
chr3	127816433	rs34228187	T	C	686.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-3.882;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.053;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=23;PP=377;ReadPosRankSum=-1.428;SC=TCCAAACCCATGCTAGGAGCC;SOR=0.288;SbPval=0.26;Source=Platypus;TC=52;TCF=10;TCR=42;TR=31;WE=127816441;WS=127816423;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,33:0.60:55
chr3	127817955	rs11720239	A	G	1304.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-0.073;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=37;PP=950;ReadPosRankSum=0.385;SC=AGGTTCCCCTAACCTGTAAGA;SOR=0.669;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=91;TCF=21;TCR=70;TR=50;WE=127817963;WS=127817945;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,53:0.54:99
chr3	127872506	rs11711710	C	T	4247.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-2.204;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=411;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.170;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=67;NR=58;PP=1755;ReadPosRankSum=-0.900;SC=TCGATCTGGGCTTCTCGTGCT;SOR=0.625;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=232;TCF=125;TCR=107;TR=125;WE=127872514;WS=127872496;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:190,210:0.52:400
chr3	127872602	rs11719546	A	G	3455.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.822;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=299;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.953;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=58;PP=1596;ReadPosRankSum=0.564;SC=CCGGCGAGCCACTGCTTCAGG;SOR=0.576;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=178;TCF=71;TCR=107;TR=101;WE=127872610;WS=127872592;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:134,163:0.55:297
chr3	127983495	rs2811544	T	C	2908.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.402;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=314;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.414;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=34;PP=1230;ReadPosRankSum=0.422;SC=CAACGAGAGATCCCTCGGGAC;SOR=0.644;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=184;TCF=112;TCR=72;TR=84;WE=127983503;WS=127983485;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:165,147:0.47:312
chr3	128081260	rs1735545	G	C	926.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=23;PP=646;SC=GCACACATGTGCCCGTGATCT;SOR=2.694;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=27;TCF=4;TCR=23;TR=27;WE=128081268;WS=128081250;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr3	128181777	rs2659690	A	G	6477.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.109;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=586;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.104;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=103;NR=90;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.668;SC=CCAGGCCACCAAAAAACTCCC;SOR=0.605;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=375;TCF=207;TCR=168;TR=193;WE=128181785;WS=128181767;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:268,308:0.53:576
chr3	128200806	rs11708606	G	A	3238.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.493;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=314;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.855;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=57;PP=1396;ReadPosRankSum=-0.400;SC=GCAAGGCAGCGTCAGCAGGCT;SOR=0.770;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=201;TCF=95;TCR=106;TR=105;WE=128200814;WS=128200796;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:155,159:0.51:314
chr3	128204877	rs34870876	C	G	1957.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.607;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FS=3.342;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.20;ReadPosRankSum=1.844;SOR=0.483;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:98,94:0.49:192
chr3	128292060	rs2734045	G	A	1074.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.073;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FS=1.462;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.08;ReadPosRankSum=0.578;SOR=0.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:83,50:0.38:133
chr3	128292062	rs200346912	CT	C	295.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.256;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FS=0.832;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.17;ReadPosRankSum=0.577;SOR=0.588;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:93,43:0.32:136
chr3	128292213	rs2734046	A	G	9759.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=378;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=147;NR=115;PP=2965;SC=GCTGGAAACCAGAGCTTGATG;SOR=0.869;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=262;TCF=147;TCR=115;TR=262;WE=128292221;WS=128292203;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,368:1.00:368
chr3	128344786	rs1126828	G	A	2628.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.512;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=272;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.445;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=40;PP=1258;ReadPosRankSum=1.024;SC=GGCCAAATGTGTCCAGATAGG;SOR=0.742;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=174;TCF=95;TCR=79;TR=89;WE=128344794;WS=128344776;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:135,132:0.49:267
chr3	128348735	rs11453536	G	GA	560.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.239;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=10;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=7;PP=282;ReadPosRankSum=1.573;SC=ATAATTGAAAGAAAAAAATTC;SOR=0.644;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=41;TCF=22;TCR=19;TR=14;WE=128348743;WS=128348725;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,32:0.45:71
chr3	128356852	rs1697	C	T	2281.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=2.021;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.085;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=37;PP=1025;ReadPosRankSum=-1.074;SC=GGGTTGGATACGGATGAAGCA;SOR=0.799;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=127;TCF=58;TCR=69;TR=66;WE=128356860;WS=128356842;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:96,108:0.53:204
chr3	128363332	rs2811497	C	T	187.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.469;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.808;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=1;PP=66;ReadPosRankSum=-0.953;SC=ACTAAAAATACATACATATAC;SOR=1.371;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=15;TCF=10;TCR=5;TR=6;WE=128363340;WS=128363322;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,10:0.48:21
chr3	128614029	.	A	AT	57.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.497;ClippingRankSum=0.000;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.07;ReadPosRankSum=-0.204;SOR=0.512;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:43,11:0.20:54
chr3	128618366	.	G	GGT	176	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;FR=0.5000;HP=1;HapScore=3;MGOF=8;MMLQ=20;MQ=60.23;NF=0;NR=8;PP=176;QD=22.375;SC=GGCCTTTGACGGTGTGTGTGT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=31;TCF=0;TCR=31;TR=8;WE=128618375;WS=128618356;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:23,8:0.26:31
chr3	128720487	rs1871951	A	G	582.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-2.363;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.218;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=7;PP=294;ReadPosRankSum=-2.636;SC=GCCGGTCAGCACGGGCGCGGA;SOR=0.411;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=54;TCF=38;TCR=16;TR=23;WE=128720495;WS=128720477;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,31:0.46:67
chr3	128722958	rs73210697	A	G	422.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.474;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.742;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=6;PP=146;ReadPosRankSum=-2.206;SC=AAGTTCCCCAATTCGGCTCCC;SOR=0.542;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=22;TCF=13;TCR=9;TR=12;WE=128722966;WS=128722948;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,21:0.55:38
chr3	128752986	rs62265318	G	A	2182.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=2.256;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=259;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.467;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=33;PP=1113;ReadPosRankSum=-0.306;SC=CCTGCAATGCGGGCCCTCTCC;SOR=0.637;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=142;TCF=76;TCR=66;TR=70;WE=128752994;WS=128752976;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:137,110:0.45:247
chr3	128755814	rs3732429	T	C	3225.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.135;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=320;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.853;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=56;PP=1567;ReadPosRankSum=2.599;SC=CCCCTTCTCTTCCCAGGCAGA;SOR=0.700;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=206;TCF=102;TCR=104;TR=106;WE=128755822;WS=128755804;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:157,159:0.50:316
chr3	128755953	rs3732430	G	A	714.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=1.385;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.984;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=19;PP=399;ReadPosRankSum=-0.395;SC=CAGAGGCTCCGGGACCTGGTA;SOR=0.512;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=57;TCF=11;TCR=46;TR=23;WE=128755961;WS=128755943;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,33:0.44:75
chr3	128755971	rs3732431	G	A	477.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=2.156;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=14;PP=275;ReadPosRankSum=-0.098;SC=GTAGGCTCACGGGAGAGCTGC;SOR=0.638;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=37;TCF=6;TCR=31;TR=16;WE=128755979;WS=128755961;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,21:0.45:47
chr3	128757560	rs2306529	C	G	344.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-1.133;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.207;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=7;PP=167;ReadPosRankSum=-1.436;SC=GGGGGAGGAGCTTTATCTGTC;SOR=0.437;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=41;TCF=25;TCR=16;TR=16;WE=128757568;WS=128757550;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,19:0.42:45
chr3	128853622	rs7646403	C	G	4982.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=89;NR=46;PP=2932;SC=TTTCAAAGGACACAACAGAAA;SOR=1.338;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=135;TCF=89;TCR=46;TR=135;WE=128853630;WS=128853612;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,180:1.00:180
chr3	128859202	rs10664499	C	CTTAG	13183.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=291;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=77;NR=65;PP=2974;SC=CTGTCACAAACTTACTTACGT;SOR=1.626;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=159;TCF=86;TCR=73;TR=142;WE=128859211;WS=128859192;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,285:1.00:285
chr3	128864520	rs9842978	C	G	6208.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=56;NR=36;PP=1738;SC=CTGTATCAAGCGACTACTATG;SOR=0.991;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=92;TCF=56;TCR=36;TR=92;WE=128864528;WS=128864510;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,143:1.00:143
chr3	128864540	rs9880527	A	G	6605.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=58;NR=39;PP=1903;SC=GGCAAGAATGAGCTGGGAACT;SOR=0.962;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=97;TCF=58;TCR=39;TR=97;WE=128864548;WS=128864530;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,157:1.00:157
chr3	128877521	rs4452346	C	T	2058.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=7;NR=58;PP=1567;SC=CATTCATATACAAATATTGTA;SOR=3.643;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=65;TCF=7;TCR=58;TR=65;WE=128877529;WS=128877511;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr3	128890350	rs4303883	G	A	13520.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=522;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=160;NR=161;PP=2965;SC=GATAACAAATGTCTGGAAGAG;SOR=0.701;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=322;TCF=160;TCR=162;TR=321;WE=128890358;WS=128890340;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,514:1.00:514
chr3	128982673	.	G	C	2009.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.074;ClippingRankSum=0.000;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.103;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=16;PP=869;ReadPosRankSum=0.948;SC=GAAGGACTCAGTGGGCACTCA;SOR=0.990;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=93;TCF=59;TCR=34;TR=51;WE=128982681;WS=128982663;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,89:0.61:145
chr3	129020778	rs6765930	A	G	4581.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.95;SOR=1.275;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,170:1.00:170
chr3	129100228	rs113169163	T	C	2717.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.605;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=370;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.387;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-1.314;NF=35;NR=51;PP=1009;ReadPosRankSum=-0.117;SC=AGACACTGATTGGCGTGCACT;SOR=0.734;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=219;TCF=91;TCR=128;TR=86;WE=129100236;WS=129100218;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:221,147:0.40:368
chr3	129100288	rs62266952	A	G	2548.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.589;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.076;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.070;NF=30;NR=46;PP=1114;ReadPosRankSum=1.308;SC=GAAGGTAAGCATCTAGCCAGC;SOR=0.796;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=128;TCF=52;TCR=76;TR=76;WE=129100296;WS=129100278;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:92,121:0.57:213
chr3	129120743	rs6764765	A	G	1371.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-1.493;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.189;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=33;PP=763;ReadPosRankSum=0.444;SC=GACAGGCCAGAGCTGAGGCTT;SOR=0.491;SbPval=0.21;Source=Platypus;TC=91;TCF=24;TCR=67;TR=50;WE=129120751;WS=129120733;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,68:0.46:147
chr3	129130018	rs73202271	G	A	1201.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.760;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=16;PP=640;ReadPosRankSum=0.710;SC=TGTCGCTGCCGCTCGCGGTAC;SOR=0.682;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=72;TCF=47;TCR=25;TR=45;WE=129130026;WS=129130008;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,54:0.58:93
chr3	129137025	rs56323212	G	A	1243.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-0.633;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.085;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=9;PP=854;ReadPosRankSum=0.199;SC=GGGAGGGGCGGGGGTGGCAAA;SOR=0.442;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=90;TCF=73;TCR=17;TR=46;WE=129137033;WS=129137015;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,53:0.54:99
chr3	129137188	rs62266958	C	T	3866.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.607;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=426;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=69;PP=1697;ReadPosRankSum=-1.925;SC=CTTGATCTTGCGGCTATGCAG;SOR=0.702;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=259;TCF=115;TCR=144;TR=123;WE=129137196;WS=129137178;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:225,196:0.47:421
chr3	129140489	rs3774788	T	C	2463.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=1.198;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=37;PP=1298;ReadPosRankSum=-1.056;SC=GATTAAGGGGTGTCTGATCCT;SOR=0.693;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=164;TCF=92;TCR=72;TR=85;WE=129140497;WS=129140479;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:100,113:0.53:213
chr3	129140738	rs60414131	A	T	885.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=1.901;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.261;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=27;PP=594;ReadPosRankSum=-1.445;SC=AGGCTGGGCAACAGGGCCCTG;SOR=0.510;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=58;TCF=9;TCR=49;TR=33;WE=129140746;WS=129140728;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,36:0.58:62
chr3	129151927	rs140697	G	A	2721.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.302;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=298;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.916;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=25;PP=1131;ReadPosRankSum=-1.395;SC=TCCTTTGGGTGTATAGGAAAA;SOR=0.918;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=187;TCF=121;TCR=66;TR=81;WE=129151935;WS=129151917;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:156,137:0.47:293
chr3	129152089	rs140696	G	A	2927.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.650;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=260;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQ=60.04;MQRankSum=-1.078;NF=34;NR=60;PP=1361;ReadPosRankSum=0.592;SC=TTGCCATTTTGCCTGGGAAGT;SOR=0.718;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=165;TCF=59;TCR=106;TR=94;WE=129152097;WS=129152079;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:117,138:0.54:255
chr3	129152144	rs140695	T	C	1147.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.603;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.278;HP=1;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-1.137;NF=9;NR=37;PP=675;ReadPosRankSum=0.422;SC=GCTGATTTCATGTTCAAGTAG;SOR=1.179;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=79;TCF=17;TCR=62;TR=46;WE=129152152;WS=129152134;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,55:0.57:96
chr3	129153036	rs140694	G	C	508.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.493;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.212;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=13;PP=286;ReadPosRankSum=-0.634;SC=AAGCAATATTGAGGGATGCAA;SOR=0.201;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=30;TCF=5;TCR=25;TR=16;WE=129153044;WS=129153026;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,21:0.64:33
chr3	129155670	rs10342	C	T	4319.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.211;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=462;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.729;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=77;PP=1924;ReadPosRankSum=-2.138;SC=TCACTTTCAGCATCTGCTTTA;SOR=0.810;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=268;TCF=125;TCR=143;TR=142;WE=129155678;WS=129155660;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:237,219:0.48:456
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chr3	129168854	rs370254601	CTT	C	1038.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.679;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FS=14.714;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.12;MQRankSum=1.699;QD=8.24;ReadPosRankSum=0.410;SOR=1.999;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:73,53:0.42:126
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chr3	129179623	rs113240923	C	CTG	1392.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=0.306;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=9;PP=1132;ReadPosRankSum=1.311;SC=AGGACTAAAACGGGTTGAGAC;SOR=0.580;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=71;TCF=52;TCR=19;TR=29;WE=129179631;WS=129179613;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,38:0.41:93
chr3	129182588	rs55860024	T	C	1233.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-0.191;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.153;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=32;PP=783;ReadPosRankSum=-1.170;SC=TAGGCCCCTGTATTTCCTTTT;SOR=0.340;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=92;TCF=23;TCR=69;TR=46;WE=129182596;WS=129182578;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,57:0.49:116
chr3	129185641	rs6770233	T	C	282.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-1.253;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.377;HP=2;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=5;PP=127;ReadPosRankSum=-1.358;SC=TCACTGCACCTGGCCCCCAGG;SOR=0.392;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=27;TCF=17;TCR=10;TR=11;WE=129185649;WS=129185631;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,15:0.44:34
chr3	129185661	rs6805886	C	A	1181.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=23;NR=11;PP=727;SC=GGGCTCCTTGCCAGGATTTTA;SOR=1.312;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=35;TCF=23;TCR=12;TR=34;WE=129185669;WS=129185651;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr3	129185924	rs56379561	G	A	384.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-0.228;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=13;PP=248;ReadPosRankSum=0.827;SC=GTGTGTCCCAGTGAGTGGGAA;SOR=0.498;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=31;TCF=5;TCR=26;TR=16;WE=129185932;WS=129185914;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,17:0.53:32
chr3	129188023	rs2285350	T	G	568.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.723;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=5;PP=337;ReadPosRankSum=0.762;SC=GTAAGACTGATTGATGGGTTG;SOR=0.598;SbPval=0.23;Source=Platypus;TC=32;TCF=27;TCR=5;TR=21;WE=129188031;WS=129188013;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,24:0.57:42
chr3	129188325	rs7612530	G	A	373.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=2.868;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.169;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=15;PP=323;ReadPosRankSum=0.797;SC=CTGAGATTCTGTTACTATTAA;SOR=2.194;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=35;TCF=7;TCR=28;TR=17;WE=129188333;WS=129188315;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,17:0.41:41
chr3	129197108	rs58550262	TC	T	1130.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=1.406;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.178;HP=9;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.228;NF=1;NR=30;PP=528;ReadPosRankSum=0.211;SC=CCATTTGTGCTCCCCCCCCAG;SOR=1.017;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=65;TCF=2;TCR=63;TR=31;WE=129197116;WS=129197098;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,47:0.58:81
chr3	129202316	rs112066509	C	T	3526.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.201;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=358;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.837;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.967;NF=69;NR=40;PP=1599;ReadPosRankSum=1.406;SC=CCCCACTGTCCCTGTTCCCCA;SOR=0.864;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=216;TCF=130;TCR=86;TR=109;WE=129202324;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:185,171:0.48:356
chr3	129202644	rs7610149	G	T	397.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-4.195;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.683;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-3.635;NF=4;NR=15;PP=282;ReadPosRankSum=-0.691;SC=GCAGCTGTGAGGTCGTGGGAG;SOR=0.132;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=35;TCF=5;TCR=30;TR=19;WE=129202652;WS=129202634;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,18:0.53:34
chr3	129207309	rs55991801	C	G	882.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=0.862;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.857;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-3.802;NF=8;NR=31;PP=668;ReadPosRankSum=-0.621;SC=AGATGGGGACCCAGGTGGCAC;SOR=0.904;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=94;TCF=20;TCR=74;TR=39;WE=129207317;WS=129207299;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,41:0.39:106
chr3	129210977	rs2285354	G	C	8008.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.616;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=802;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.10;ReadPosRankSum=1.100;SOR=0.718;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:388,405:0.51:793
chr3	129214302	rs111401191	G	A	2168.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=2.376;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.078;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.824;NF=46;NR=23;PP=1125;ReadPosRankSum=0.745;SC=AGGAAGAAGCGGGGAGAGACC;SOR=0.805;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=131;TCF=85;TCR=46;TR=69;WE=129214310;WS=129214292;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:108,105:0.49:213
chr3	129214511	rs66556397	G	A	802.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=3.507;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.976;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=22;PP=498;ReadPosRankSum=0.260;SC=TCTCACGTGCGGTGTCCAAGT;SOR=1.828;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=50;TCF=11;TCR=39;TR=25;WE=129214519;WS=129214501;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,33:0.52:64
chr3	129218944	rs6799876	G	T	2264.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.466;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.787;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=49;PP=1239;ReadPosRankSum=1.804;SC=AGAAGCATTTGGCAGCATGTC;SOR=0.456;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=165;TCF=63;TCR=102;TR=86;WE=129218952;WS=129218934;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:106,108:0.50:214
chr3	129247551	rs7984	A	G	1352.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.569;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.695;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=13;PP=696;ReadPosRankSum=-1.067;SC=GGGAGCAGCCACGGGTCAGCC;SOR=0.783;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=87;TCF=62;TCR=25;TR=48;WE=129247559;WS=129247541;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,66:0.54:123
chr3	129251263	rs56340615	C	T	4876.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.398;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=465;ExcessHet=3.0103;FS=1.733;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.69;ReadPosRankSum=-0.018;SOR=0.678;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:215,241:0.53:456
chr3	129252604	rs2071093	C	A	1622.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-3.882;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.189;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.013;NF=17;NR=44;PP=862;ReadPosRankSum=0.468;SC=CGTCTCCCATCCCCTACACCT;SOR=0.488;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=133;TCF=36;TCR=97;TR=61;WE=129252612;WS=129252594;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,79:0.50:158
chr3	129262290	.	T	TCACCCAGCACC	2001.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.297;ClippingRankSum=0.000;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.085;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=3.218;NF=2;NR=30;PP=2985;ReadPosRankSum=-0.399;SC=CACCCAGCACTCACCCAGCAC;SOR=1.099;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=86;TCF=6;TCR=80;TR=32;WE=129262298;WS=129262280;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,55:0.53:103
chr3	129266162	rs2713617	C	G	2226.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.172;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.081;HP=5;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=23;PP=1169;ReadPosRankSum=0.585;SC=TCACCCACCCCCCACGGGCCA;SOR=0.907;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=136;TCF=88;TCR=48;TR=73;WE=129266170;WS=129266152;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:108,111:0.51:219
chr3	129274363	rs1052910	G	A	959.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.767;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.421;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=17;PP=592;ReadPosRankSum=0.670;SC=GTTGGTGCATGATACGTTTTT;SOR=0.435;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=79;TCF=47;TCR=32;TR=36;WE=129274371;WS=129274353;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,48:0.40:120
chr3	129274456	rs2824	C	T	1004.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.434;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=19;PP=421;ReadPosRankSum=1.262;SC=GCTACAGCCTCGGTGCATCTT;SOR=0.654;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=96;TCF=46;TCR=50;TR=36;WE=129274464;WS=129274446;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:106,57:0.35:163
chr3	129275206	rs11920311	C	T	5491.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-1.793;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=619;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.450;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=74;NR=80;PP=2098;ReadPosRankSum=2.531;SC=AAGCCACCACCTGCTCAAACT;SOR=0.540;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=335;TCF=146;TCR=189;TR=154;WE=129275214;WS=129275196;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:330,283:0.46:613
chr3	129275403	rs11920368	C	A	1129.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-2.100;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.782;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=18;PP=605;ReadPosRankSum=0.053;SC=AGATGTGTGTCCTTGAGTAGG;SOR=0.354;SbPval=0.2;Source=Platypus;TC=79;TCF=47;TCR=32;TR=35;WE=129275411;WS=129275393;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,51:0.50:103
chr3	129275619	rs6801699	T	C	1409.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.524;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.766;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=35;PP=888;ReadPosRankSum=-0.676;SC=TTGCACACAATCCCCAACTCC;SOR=0.854;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=86;TCF=26;TCR=60;TR=49;WE=129275627;WS=129275609;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,61:0.56:108
chr3	129277146	rs2285358	A	C	216.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=2.365;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=-0.000;NF=8;NR=1;PP=162;ReadPosRankSum=-0.491;SC=TAGACCTGAGATCTTTTGGTT;SOR=0.976;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=16;TCF=14;TCR=2;TR=9;WE=129277154;WS=129277141;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,9:0.56:16
chr3	129277481	rs61109754	T	C	586.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.492;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.928;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=15;PP=293;ReadPosRankSum=0.017;SC=CGAGGGACAGTTGTGGAGGAG;SOR=0.921;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=54;TCF=14;TCR=40;TR=19;WE=129277489;WS=129277471;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,30:0.37:81
chr3	129278446	rs60442867	GC	G	2190.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.486;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.465;HP=7;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=18;PP=831;ReadPosRankSum=0.132;SC=AGTCCACACGGCCCCCCCACC;SOR=0.956;SbPval=0.17;Source=Platypus;TC=99;TCF=43;TCR=56;TR=40;WE=129278454;WS=129278436;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:95,89:0.48:184
chr3	129279570	rs2170774	T	C	2612.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.076;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=308;ExcessHet=3.0103;FS=2.566;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.68;ReadPosRankSum=1.243;SOR=0.558;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:165,136:0.45:301
chr3	129279597	rs2713627	C	T	9398.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=387;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.06;SOR=1.072;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,375:1.00:375
chr3	129281866	rs2713626	G	C	3495.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=43;NR=52;PP=2139;SC=AGGCCCTGCAGAGGAAGGCTG;SOR=0.853;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=96;TCF=43;TCR=53;TR=95;WE=129281874;WS=129281856;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr3	129281980	rs2713625	C	T	4840.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=61;NR=53;PP=2249;SC=CCACTCCTCACTGAGTGTGTA;SOR=0.780;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=116;TCF=63;TCR=53;TR=114;WE=129281988;WS=129281970;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,190:1.00:190
chr3	129282137	rs2713624	TG	CA	4518.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=23;NR=45;PP=1244;SC=CCAGCCCCCATGCTTTGGGCC;SOR=1.565;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=73;TCF=26;TCR=47;TR=68;WE=129282146;WS=129282127;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr3	129284415	rs2625972	G	T	3039.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=23;NR=54;PP=1647;SC=ACTGCACCTTGAGGCCCTAGG;SOR=1.407;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=77;TCF=23;TCR=54;TR=77;WE=129284423;WS=129284405;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr3	129284637	rs2245469	A	G	1405.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=34;NR=11;PP=999;SC=GGGGGTGTCAAGAGCCCCAGA;SOR=2.160;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=45;TCF=34;TCR=11;TR=45;WE=129284645;WS=129284627;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr3	129284818	rs2625973	A	C	5494.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=61;NR=64;PP=2035;SC=GAGGAGAACAAGCTAATTCCC;SOR=0.731;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=126;TCF=62;TCR=64;TR=125;WE=129284826;WS=129284808;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,212:1.00:212
chr3	129286413	rs2245285	G	C	8362.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.905;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=309;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=139;NR=81;PP=2965;ReadPosRankSum=1.322;SC=GCTCCTTGGTGAGATCTGTCA;SOR=1.160;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=222;TCF=140;TCR=82;TR=220;WE=129286421;WS=129286403;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,303:0.99:305
chr3	129286531	rs2245281	C	A	13086.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.562;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=499;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=165;NR=174;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.549;SC=GCAGGGTCCCCGCCCACTACC;SOR=0.303;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=340;TCF=166;TCR=174;TR=339;WE=129286539;WS=129286521;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,484:1.00:485
chr3	129286635	rs2245278	G	A	9017.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.243;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=362;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=82;NR=155;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.991;SC=TCTTGGTACAGAAGACGAACA;SOR=0.763;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=240;TCF=84;TCR=156;TR=237;WE=129286643;WS=129286625;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,334:0.99:337
chr3	129289831	rs2244962	A	G	14701.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=555;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=172;NR=237;PP=2965;SC=CGAGGCCCACAGCTGAGGCTG;SOR=0.992;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=409;TCF=172;TCR=237;TR=409;WE=129289839;WS=129289821;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,546:1.00:546
chr3	129290187	rs2285367	T	C	2749.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=46;NR=36;PP=1724;SC=GGATGCAGGATGGACAGATGG;SOR=0.963;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=82;TCF=46;TCR=36;TR=82;WE=129290195;WS=129290177;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr3	129291751	rs2244708	T	C	11871.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.61;DB;DP=465;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=116;NR=115;PP=2965;SC=CACCTGAGAGTGGTCCTGGGG;SOR=0.706;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=231;TCF=116;TCR=115;TR=231;WE=129291759;WS=129291741;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,463:1.00:463
chr3	129293146	rs62267570	C	T	665.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-2.851;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=5;PP=396;ReadPosRankSum=-0.257;SC=TGCCGGAGTGCGGGTGCCACG;SOR=0.622;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=55;TCF=45;TCR=10;TR=27;WE=129293154;WS=129293136;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,31:0.48:64
chr3	129293183	rs2625962	T	C	3752.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=77;NR=29;PP=2103;SC=GCTTACCGCGTGGATCTCGGG;SOR=1.875;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=106;TCF=77;TCR=29;TR=106;WE=129293191;WS=129293173;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr3	129293256	rs2255703	T	C	8552.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.646;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=329;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=137;NR=83;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.050;SC=TCACTCCACATGCACAGGTGA;SOR=0.423;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=221;TCF=138;TCR=83;TR=220;WE=129293264;WS=129293246;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,324:1.00:325
chr3	129294456	rs2255508	C	T	1755.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.058;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FS=1.169;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.86;ReadPosRankSum=-3.864;SOR=0.798;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:91,87:0.49:178
chr3	129294568	rs746210	G	A	2746.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.125;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=261;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.802;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=32;PP=1462;ReadPosRankSum=0.887;SC=TGGACTTAACGCAGGCCCGCC;SOR=0.872;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=175;TCF=103;TCR=72;TR=84;WE=129294576;WS=129294558;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:125,123:0.50:248
chr3	129297223	rs1110168	C	G	988.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.892;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=18;PP=537;ReadPosRankSum=0.451;SC=GGGAGCCACCCGTAGGCACGG;SOR=0.693;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=62;TCF=32;TCR=30;TR=37;WE=129297231;WS=129297213;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,51:0.50:102
chr3	129297478	rs11708809	C	T	273.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-0.132;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=9;PP=167;ReadPosRankSum=0.742;SC=CGCATTGGCCCTGTTTAAAGA;SOR=0.877;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=24;TCF=6;TCR=18;TR=12;WE=129297486;WS=129297468;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,14:0.44:32
chr3	129303197	rs2811463	T	C	5278.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=55;NR=109;PP=2965;SC=TCTGCCCCTCTGGGGCTGTGC;SOR=1.511;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=164;TCF=55;TCR=109;TR=164;WE=129303205;WS=129303187;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,188:1.00:188
chr3	129303436	rs2811462	T	G	5564.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-1.294;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=90;PP=2820;ReadPosRankSum=-1.186;SC=GCTCTGGGGGTCCAGGCTATG;SOR=0.413;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=144;TCF=53;TCR=91;TR=143;WE=129303444;WS=129303426;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,207:1.00:208
chr3	129303488	rs58763722	C	G	969.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-3.055;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.962;HP=2;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=31;PP=669;ReadPosRankSum=1.909;SC=AACCCAAGGTCTGGCACTGCC;SOR=0.553;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=77;TCF=16;TCR=61;TR=41;WE=129303496;WS=129303478;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,43:0.52:83
chr3	129308209	rs2285373	G	A	859.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-0.214;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.939;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=11;PP=383;ReadPosRankSum=2.419;SC=GAAGCCTCCCGTTGACCGTGC;SOR=0.541;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=47;TCF=14;TCR=33;TR=18;WE=129308217;WS=129308199;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,39:0.57:69
chr3	129324127	.	C	CCCG	418.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.288;ClippingRankSum=0.000;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=8.916;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.98;MQRankSum=3.081;QD=15.51;ReadPosRankSum=-0.905;SOR=1.263;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,12:0.44:27
chr3	129324193	rs7619850	A	G	1336.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.93;QD=26.74;SOR=1.051;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr3	129546729	rs784689	T	C	10126.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-2.053;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=388;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=157;NR=109;PP=2965;ReadPosRankSum=1.558;SC=ATAGCAGAGCTGGTAGGTGCA;SOR=0.344;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=266;TCF=157;TCR=109;TR=266;WE=129546737;WS=129546719;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,379:1.00:380
chr3	129694934	rs784705	C	A	2085.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=19;NR=40;PP=1287;SC=GGAAACCTGCCGGCAAAGGGG;SOR=1.319;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=61;TCF=20;TCR=41;TR=59;WE=129694942;WS=129694924;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr3	129695440	rs13097335	G	T	248.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-0.398;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=1;PP=168;ReadPosRankSum=-0.952;SC=AGTGGGAGCTGCAGGAAATGT;SOR=1.179;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=21;TCF=18;TCR=3;TR=9;WE=129695448;WS=129695430;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,10:0.48:21
chr3	129695538	rs784704	C	T	3965.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=83;NR=25;PP=2496;SC=CTTTCCTTCCCCAGCGTCCCA;SOR=2.070;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=109;TCF=83;TCR=26;TR=108;WE=129695546;WS=129695528;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,136:1.00:136
chr3	129695954	rs5662	T	C	4319.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=51;NR=72;PP=2357;SC=AAGCGGGCCTTCTGCTGGGGC;SOR=1.036;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=124;TCF=51;TCR=73;TR=123;WE=129695962;WS=129695944;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,160:1.00:160
chr3	129696041	rs5663	A	G	2705.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=23;NR=47;PP=1472;SC=CCTGGGTCAGAGAGCCCCTGG;SOR=1.402;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=71;TCF=23;TCR=48;TR=70;WE=129696049;WS=129696031;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr3	129811073	rs13066399	T	C	599.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-3.154;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.675;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=12;PP=186;ReadPosRankSum=0.821;SC=CAGGTCTGCATGACCACTGGG;SOR=0.237;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=40;TCF=11;TCR=29;TR=19;WE=129811081;WS=129811063;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,31:0.53:58
chr3	130114408	rs5852594	AC	A	5055.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQ=60.07;NF=6;NR=67;PP=2951;SC=TATATTTAGAACCATATATTT;SOR=1.368;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=76;TCF=6;TCR=70;TR=73;WE=130114416;WS=130114398;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,139:1.00:139
chr3	130116696	rs12488457	A	C	10266.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=384;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=136;NR=96;PP=2965;SC=CAGTGGGCCAACTCATCTGAA;SOR=0.962;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=232;TCF=136;TCR=96;TR=232;WE=130116704;WS=130116686;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,375:1.00:375
chr3	130120457	rs79091684	C	T	200.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=1.699;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=0;PP=163;ReadPosRankSum=0.550;SC=GTGTTAAATTCAGAAAGCACC;SOR=1.329;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=25;TCF=23;TCR=2;TR=9;WE=130120465;WS=130120454;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,9:0.32:28
chr3	130122409	rs5852595	TG	T	6422.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=242;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=14;NR=83;PP=2046;SC=TTGACTTTATTGGGGGGGGGT;SOR=0.882;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=100;TCF=14;TCR=86;TR=97;WE=130122418;WS=130122399;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,220:1.00:220
chr3	130124270	rs1497313	A	G	2429.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=53;NR=22;PP=1336;SC=AAAAACAGACATAAATGAGTG;SOR=1.968;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=75;TCF=53;TCR=22;TR=75;WE=130124278;WS=130124260;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr3	130124491	rs10934940	G	A	3341.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=31;NR=65;PP=2027;SC=GTCCAGGGGCGTGGGGTCAGA;SOR=1.460;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=97;TCF=31;TCR=66;TR=96;WE=130124499;WS=130124481;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr3	130124989	rs4688761	C	T	6998.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=270;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=65;NR=104;PP=2965;SC=GTCATGGAGACGATGGGATTG;SOR=1.011;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=169;TCF=65;TCR=104;TR=169;WE=130124997;WS=130124979;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,265:1.00:265
chr3	130125116	rs1497312	G	C	1858.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=21;NR=33;PP=1324;SC=TTTTAGGGCTGTCATGGATTT;SOR=1.127;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=54;TCF=21;TCR=33;TR=54;WE=130125124;WS=130125106;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr3	130132302	rs11717623	T	A	12197.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.080;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=280;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=44.52;ReadPosRankSum=-0.643;SOR=0.323;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,273:1.00:274
chr3	130132302	.	TAG	AAT	2947	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;FR=1.0000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MMLQ=25;MQ=60.0;NF=92;NR=69;PP=2947;QD=20;SC=TACTTATGTCTAGCAGAGAAT;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=168;TCF=97;TCR=71;TR=161;WE=130132312;WS=130132292;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:7,161:0.96:168
chr3	130132304	rs11713542	G	T	12197.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.279;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=282;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=44.19;ReadPosRankSum=-0.567;SOR=0.323;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,275:1.00:276
chr3	130132509	rs2219026	A	G	1271.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.727;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=27;PP=780;ReadPosRankSum=1.088;SC=AATCATATCAATGAGCATTTT;SOR=0.997;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=33;TCF=5;TCR=28;TR=32;WE=130132517;WS=130132499;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,45:0.98:46
chr3	130132851	rs10512767	A	G	5247.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.009;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=91;NR=45;PP=2767;ReadPosRankSum=0.907;SC=ATAGTATGAAAAGAAAATCTA;SOR=0.519;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=137;TCF=92;TCR=45;TR=136;WE=130132859;WS=130132841;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,194:0.99:195
chr3	130134492	rs16827497	T	C	4116.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=60;NR=43;PP=2059;SC=ACTAAAGGGGTCACAGGGAAA;SOR=0.934;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=103;TCF=60;TCR=43;TR=103;WE=130134500;WS=130134482;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,155:1.00:155
chr3	130134563	rs7628563	G	A	4056.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=42;NR=52;PP=1870;SC=TGAGTGACTCGGAGACATTAG;SOR=0.816;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=96;TCF=43;TCR=53;TR=94;WE=130134571;WS=130134553;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,153:1.00:153
chr3	130135456	rs6439233	T	C	2629.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=45;NR=28;PP=1523;SC=TGCCATCTGCTTCTCTCCTCC;SOR=1.076;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=73;TCF=45;TCR=28;TR=73;WE=130135464;WS=130135446;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr3	130135575	rs4688798	A	T	4314.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=50;NR=58;PP=1884;SC=CGGTGCCAACATTTTAGTCTC;SOR=0.766;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=108;TCF=50;TCR=58;TR=108;WE=130135596;WS=130135565;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,168:1.00:168
chr3	130137866	rs13062453	G	A	575.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=17;PP=457;SC=CCCAATTATGGGGGGCATGAA;SOR=3.056;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=3;TCR=17;TR=20;WE=130137874;WS=130137856;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr3	130142587	rs35980322	AT	A	720.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.31;QD=21.84;SOR=1.542;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr3	130144984	rs1874599	G	C	428.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=10;NR=3;PP=292;SC=TTTTTGTTTTGTCTTGTTTTA;SOR=1.911;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=10;TCR=3;TR=13;WE=130144992;WS=130144974;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr3	130158343	rs2403340	C	T	6424.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=250;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=103;NR=64;PP=2965;SC=AGCAAACATGCGTTCACTTCT;SOR=1.109;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=167;TCF=103;TCR=64;TR=167;WE=130158351;WS=130158333;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,243:1.00:243
chr3	130162395	rs9883988	A	G	7530.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=282;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=71;NR=125;PP=2965;SC=GAGAATATTCAAAATGATGGT;SOR=1.166;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=197;TCF=71;TCR=126;TR=196;WE=130162403;WS=130162385;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,279:1.00:279
chr3	130174334	rs819085	G	A	2674.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=35;NR=29;PP=1095;SC=TTTTTGGGAGGTAATGGCTTC;SOR=0.856;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=64;TCF=35;TCR=29;TR=64;WE=130174342;WS=130174324;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr3	130187817	rs322113	T	C	11495.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=431;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=163;NR=119;PP=2965;SC=ACTTTCACATTGCCCCCACTC;SOR=0.942;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=282;TCF=163;TCR=119;TR=282;WE=130187825;WS=130187807;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,428:1.00:428
chr3	130189918	rs10668406	T	TTG	861.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.126;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FS=12.111;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.44;MQRankSum=0.601;QD=21.02;ReadPosRankSum=0.533;SOR=3.611;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,33:0.80:41
chr3	130190630	rs322117	G	A	7697.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=294;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=92;NR=80;PP=2965;SC=AATCATAGTAGTGGTTCTGAG;SOR=0.779;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=172;TCF=92;TCR=80;TR=172;WE=130190638;WS=130190620;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,290:1.00:290
chr3	130190720	rs11355796	AT	A	8312.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=251;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=25;NR=89;PP=2965;SC=GAAAAAGCACATTTAGAAGAA;SOR=0.923;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=117;TCF=28;TCR=89;TR=114;WE=130190728;WS=130190710;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,239:1.00:239
chr3	130190777	rs322118	G	A	5100.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=52;NR=78;PP=2583;SC=GAAGGTAATCGTGAGTACCAT;SOR=1.022;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=131;TCF=52;TCR=79;TR=130;WE=130190785;WS=130190767;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,187:1.00:187
chr3	130284284	rs9830253	G	A	15589.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=590;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=173;NR=195;PP=2965;SC=CATAGAGGGCGCCAGCGACAC;SOR=0.760;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=369;TCF=173;TCR=196;TR=368;WE=130284292;WS=130284274;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,585:1.00:585
chr3	130286886	rs9836961	T	C	2898.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=61;NR=16;PP=1611;SC=GTTTTTCCTATGCAGCTTGCA;SOR=2.004;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=77;TCF=61;TCR=16;TR=77;WE=130286894;WS=130286876;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr3	130289617	rs10934949	T	C	9753.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=351;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=162;NR=84;PP=2965;SC=TCCCATGCTGTCCAAAGCTAA;SOR=1.283;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=248;TCF=164;TCR=84;TR=246;WE=130289625;WS=130289607;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,351:1.00:351
chr3	130300650	rs6439249	T	C	7928.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.817;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=304;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=84;NR=99;PP=2965;ReadPosRankSum=1.454;SC=ACTGAATAGCTTGAAGGATAT;SOR=0.808;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=183;TCF=84;TCR=99;TR=183;WE=130300658;WS=130300640;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,292:0.99:294
chr3	130308702	rs4515022	A	G	838.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=14;NR=8;PP=333;SC=GTTTGTTTACATGTGTTTTAT;SOR=1.418;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=22;TCF=14;TCR=8;TR=22;WE=130308710;WS=130308692;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr3	130313017	rs1467015	T	G	95.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=19.18;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr3	130313219	rs77967786	G	A	1372.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-2.188;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=25;PP=565;ReadPosRankSum=-1.180;SC=TGGAGTTAGGGCTTGATTCCC;SOR=0.722;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=78;TCF=38;TCR=40;TR=48;WE=130313227;WS=130313209;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,69:0.62:111
chr3	130317341	rs4336088	G	A	6751.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=258;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=70;NR=97;PP=2965;SC=TTGGTAGAATGTGAAATGCTT;SOR=0.924;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=167;TCF=70;TCR=97;TR=167;WE=130317349;WS=130317331;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,257:1.00:257
chr3	130367860	.	CT	C	136.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.919;ClippingRankSum=0.000;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.19;MQRankSum=0.000;QD=2.44;ReadPosRankSum=-1.183;SOR=0.582;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,18:0.32:56
chr3	130368069	rs7614116	A	G	3397.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-1.272;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=350;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.799;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=67;NR=36;PP=1654;ReadPosRankSum=-0.668;SC=GTGGGAGCGCACATCGCCATC;SOR=0.812;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=219;TCF=138;TCR=81;TR=103;WE=130368077;WS=130368059;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:176,168:0.49:344
chr3	130383973	rs59386806	G	A	10269.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-0.736;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1013;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.094;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=130;NR=165;PP=2962;ReadPosRankSum=0.866;SC=TGATAAATGAGAATGCCCCCT;SOR=0.806;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=571;TCF=264;TCR=307;TR=295;WE=130383981;WS=130383963;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:495,500:0.50:995
chr3	130398468	rs12495186	T	C	162.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.204;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=6;PP=117;ReadPosRankSum=-0.830;SC=CACGAATACATTGAGCAAAAG;SOR=0.293;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=11;TCF=1;TCR=10;TR=7;WE=130398476;WS=130398458;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,7:0.58:12
chr3	130424390	rs75791598	C	A	6181.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.158;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=324;ExcessHet=3.0103;FS=5.914;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.32;ReadPosRankSum=1.195;SOR=1.003;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:164,156:0.49:320
chr3	130424393	rs7652761	C	T	6213.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.918;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=340;ExcessHet=3.0103;FS=4.246;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.49;ReadPosRankSum=1.044;SOR=0.921;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:171,165:0.49:336
chr3	130425653	rs2306688	C	T	278.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=0.566;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.808;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=3;PP=182;ReadPosRankSum=1.282;SC=ATAAACCTGTCTTAGAAAGAA;SOR=0.375;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=17;TCF=13;TCR=4;TR=10;WE=130425661;WS=130425643;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,12:0.57:21
chr3	130449222	rs2170990	A	G	1099.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=1.486;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.811;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=1.197;NF=17;NR=23;PP=646;ReadPosRankSum=2.445;SC=TTTCCATATTAAGATTTTTTA;SOR=0.841;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=62;TCF=28;TCR=34;TR=40;WE=130449230;WS=130449212;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,51:0.58:88
chr3	130454884	rs111464199	T	TA	465.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.282;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.202;HP=7;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=14;PP=340;ReadPosRankSum=-0.391;SC=AGAAAAGAGATAAAAAATATC;SOR=1.008;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=37;TCF=2;TCR=35;TR=14;WE=130454892;WS=130454874;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,26:0.41:63
chr3	130569557	rs1316658	T	G	3016.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=47;NR=26;PP=1415;SC=GGAGGGAAGTTGTCGAGCTAC;SOR=1.189;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=73;TCF=47;TCR=26;TR=73;WE=130569565;WS=130569547;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr3	130653386	rs34266677	G	GT	123.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.019;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FS=1.239;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.74;ReadPosRankSum=0.969;SOR=0.467;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:51,20:0.28:71
chr3	130674022	rs218494	A	G	427.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=11;PP=298;SC=ATTGAGAGCAATATTTTATTC;SOR=2.448;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=2;TCR=11;TR=13;WE=130674030;WS=130674012;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr3	130711966	.	G	GT	160.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.206;ClippingRankSum=0.000;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.28;ReadPosRankSum=0.288;SOR=0.741;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,16:0.33:49
chr3	130719948	.	G	GAA	165.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.394;ClippingRankSum=0.000;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.08;MQRankSum=0.000;QD=11.84;ReadPosRankSum=-0.427;SOR=1.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,10:0.71:14
chr3	130748733	rs9864242	A	G	2393.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.253;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.533;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=59;PP=1369;ReadPosRankSum=2.733;SC=GTAAGTAAAAATGCTTCCTAT;SOR=0.639;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=160;TCF=56;TCR=104;TR=93;WE=130748741;WS=130748723;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,113:0.56:203
chr3	130828790	rs9850655	G	A	1841.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=17;NR=32;PP=883;SC=TACTGGGGGAGCATGATATAT;SOR=1.148;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=49;TCF=17;TCR=32;TR=49;WE=130828798;WS=130828780;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr3	130851101	rs4974466	A	G	555.79	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=1.375;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=1;PP=424;ReadPosRankSum=-0.471;SC=GTTCTTTATAATTCCATAAAA;SOR=3.056;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=19;TCF=18;TCR=1;TR=17;WE=130851109;WS=130851091;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,18:0.95:19
chr3	130852185	rs2674613	T	C	2978.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=28;NR=33;PP=1068;SC=GGAATAAAAGTGTGCAACTAG;SOR=0.784;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=61;TCF=28;TCR=33;TR=61;WE=130852193;WS=130852175;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr3	130873723	rs1400013	T	G	3595.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=60;NR=40;PP=1937;SC=AAGCTACATGTAATTTTACAT;SOR=1.162;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=100;TCF=60;TCR=40;TR=100;WE=130873731;WS=130873713;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr3	130881409	rs1913898	T	C	3714.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.272;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.827;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=54;PP=1781;ReadPosRankSum=-0.564;SC=TGCTCGGGACTACTTCTCAGG;SOR=0.832;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=86;TCF=32;TCR=54;TR=85;WE=130881417;WS=130881399;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,139:0.99:140
chr3	130947435	rs3738000	A	T	1236.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.099;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.256;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=16;PP=495;ReadPosRankSum=-0.670;SC=TCCTATTGTGAAGAGAGTGAT;SOR=0.823;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=98;TCF=56;TCR=42;TR=40;WE=130947443;WS=130947425;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:91,68:0.43:159
chr3	131186893	rs56928817	CA	C	168.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.083;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.37;MQRankSum=-0.964;QD=6.25;ReadPosRankSum=0.534;SOR=0.793;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,14:0.52:27
chr3	131186907	rs374998359	GA	G	261.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.566;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=1.475;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.33;MQRankSum=0.945;QD=8.18;ReadPosRankSum=-0.704;SOR=0.382;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,18:0.56:32
chr3	131188377	rs3830301	TAC	T	847.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-1.857;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.830;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=9;PP=509;ReadPosRankSum=1.047;SC=AACTAGAGTGTACACACACAC;SOR=0.247;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=26;TCF=12;TCR=14;TR=13;WE=131188388;WS=131188367;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,32:0.59:54
chr3	131188528	rs2291382	T	G	1138.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.845;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=15;PP=583;ReadPosRankSum=0.743;SC=AAGAACCACTTGTAACACTTA;SOR=0.711;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=82;TCF=44;TCR=38;TR=33;WE=131188536;WS=131188518;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,56:0.42:132
chr3	131217208	rs17277864	T	C	226.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=2.225;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=8;PP=172;ReadPosRankSum=-1.424;SC=TTAGGACAAATAGGAATTCCC;SOR=0.392;SbPval=0.23;Source=Platypus;TC=22;TCF=2;TCR=20;TR=10;WE=131217216;WS=131217198;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,10:0.42:24
chr3	131261662	rs10716194	TG	T	9274.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.217;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=364;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=136;PP=2986;ReadPosRankSum=1.733;SC=CCCATGATGATGGGGGGGGGT;SOR=1.055;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=169;TCF=22;TCR=147;TR=158;WE=131261671;WS=131261652;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,322:0.99:324
chr3	131268824	rs11915192	T	C	1348.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.124;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.605;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=16;PP=514;ReadPosRankSum=-0.329;SC=CCTCTGACGCTGACTTGGCAA;SOR=0.634;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=87;TCF=54;TCR=33;TR=40;WE=131268832;WS=131268814;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,69:0.46:150
chr3	131271164	rs3817076	G	A	2248.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-2.286;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.885;HP=4;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=27;PP=1045;ReadPosRankSum=1.074;SC=TGTTGATACAGAAAGCAGAGA;SOR=0.414;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=150;TCF=98;TCR=52;TR=71;WE=131271172;WS=131271154;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:100,109:0.52:209
chr3	131271180	rs994967	TG	CA	4765.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.765;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=248;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.203;HP=3;HapScore=2;JOINED;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=29;PP=2740;ReadPosRankSum=0.539;SC=AGAGATTCTGTGGACAATCGT;SOR=0.551;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=168;TCF=106;TCR=62;TR=74;WE=131271189;WS=131271170;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:121,122:0.50:243
chr3	131271439	rs2251178	T	C	581.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=3.122;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.750;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=18;PP=453;ReadPosRankSum=-0.595;SC=ATGCCCATTATATTCATTATG;SOR=2.165;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=33;TCF=7;TCR=26;TR=21;WE=131271447;WS=131271429;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,22:0.65:34
chr3	131404572	rs6439314	A	C	3444.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=71;NR=16;PP=2148;SC=TTGCAGTGAGACGAGACTGCG;SOR=2.204;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=88;TCF=72;TCR=16;TR=87;WE=131404580;WS=131404562;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr3	131404625	rs113276957	A	AAC	4046.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-1.516;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=327;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.879;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=1.556;NF=20;NR=38;PP=2989;ReadPosRankSum=1.330;SC=ACTCCACCTCAACACACACAC;SOR=0.623;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=148;TCF=65;TCR=83;TR=58;WE=131404649;WS=131404615;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:168,140:0.45:308
chr3	131404641	rs6439315	C	A	2986.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=0.415;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=388;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.394;HP=6;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-1.259;NF=63;NR=39;PP=2962;ReadPosRankSum=2.276;SC=CACACACACACAAAAAGGAGT;SOR=0.740;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=212;TCF=130;TCR=82;TR=102;WE=131404649;WS=131404615;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:195,155:0.44:350
chr3	131415340	rs2369134	C	T	1911.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.291;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.372;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=16;PP=1113;ReadPosRankSum=0.434;SC=AAACTGTGTGCTAGCTTTGTT;SOR=0.874;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=120;TCF=90;TCR=30;TR=68;WE=131415348;WS=131415330;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,88:0.55:160
chr3	131418966	rs3883881	T	C	121.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=1.260;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=15;PP=330;ReadPosRankSum=-0.293;SC=ATTTCAGGGTTTGTCAATGAG;SOR=0.446;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=36;TCF=5;TCR=31;TR=18;WE=131418974;WS=131418956;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,6:0.43:14
chr3	131624097	rs3749262	G	A	2690.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.871;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=19;PP=1192;ReadPosRankSum=-0.893;SC=CATTTCATTGGACATGCCTAC;SOR=1.157;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=59;TCF=40;TCR=19;TR=59;WE=131624105;WS=131624087;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,102:0.98:104
chr3	131756241	rs2141570	T	C	6470.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=139;NR=48;PP=2965;SC=AGAATTTACTTCCACCTCTTA;SOR=1.976;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=188;TCF=139;TCR=49;TR=187;WE=131756249;WS=131756231;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,225:1.00:225
chr3	131756348	rs9859988	C	T	6774.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.133;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=802;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.524;HP=1;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=108;NR=90;PP=2789;ReadPosRankSum=0.253;SC=GCCCGCCAGCCACAGTCCCCT;SOR=0.774;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=446;TCF=234;TCR=212;TR=198;WE=131756356;WS=131756338;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:451,347:0.43:798
chr3	131756375	rs1569281	A	G	19782.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=1.253;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=782;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=198;NR=222;PP=2965;ReadPosRankSum=0.553;SC=TTGTAACATCAAAATCCCCTT;SOR=0.755;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=420;TCF=198;TCR=222;TR=420;WE=131756383;WS=131756365;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:8,769:0.99:777
chr3	132047029	.	G	GA	224.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.013;ClippingRankSum=0.000;DP=435;ExcessHet=3.0103;FS=3.167;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.54;ReadPosRankSum=0.677;SOR=0.919;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:346,68:0.16:414
chr3	132063914	rs972774	A	T	7367.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=286;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=70;NR=109;PP=2965;SC=GTAAGTATTAAAAAATGAGAG;SOR=1.038;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=180;TCF=71;TCR=109;TR=179;WE=132063922;WS=132063904;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,280:1.00:280
chr3	132063977	rs972773	T	C	1302.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.321;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.495;HP=2;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=31;PP=759;ReadPosRankSum=0.877;SC=TTCCCTCCACTAATCAACTGT;SOR=0.449;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=94;TCF=28;TCR=66;TR=46;WE=132063985;WS=132063967;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,61:0.51:119
chr3	132068831	rs2228402	C	T	3242.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=37;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=39;NR=40;PP=1470;SC=ACAAAAAACTCATCATGTATT;SOR=0.693;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=79;TCF=39;TCR=40;TR=79;WE=132068839;WS=132068821;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr3	132068876	rs2290542	G	A	3739.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=39;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=43;NR=47;PP=1796;SC=TTTAACATATGTTTGTTCAAG;SOR=0.736;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=90;TCF=43;TCR=47;TR=90;WE=132068884;WS=132068866;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,141:1.00:141
chr3	132068925	rs2290541	A	T	3251.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.728;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=46;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.216;NF=38;NR=46;PP=1592;ReadPosRankSum=-1.519;SC=ATCTTTTTTTAATCTTCATTT;SOR=0.801;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=86;TCF=39;TCR=47;TR=84;WE=132068933;WS=132068914;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,135:0.99:137
chr3	132069028	rs3217658	CAAG	C	1176.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=18;PP=833;SC=TCTAAACTAACAAGAAGACAA;SOR=2.147;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=0;TCR=22;TR=18;WE=132069038;WS=132069018;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr3	132071452	rs17242113	G	T	862.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-1.135;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.093;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=5;PP=619;ReadPosRankSum=0.854;SC=AAGTCATTGTGGGCGTATGGG;SOR=1.027;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=62;TCF=51;TCR=11;TR=33;WE=132071460;WS=132071442;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,36:0.50:72
chr3	132075554	rs3181784	T	C	739.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.875;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.862;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=8;PP=360;ReadPosRankSum=-0.558;SC=AGATGTACTATCGGAATGAGA;SOR=0.498;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=67;TCF=49;TCR=18;TR=26;WE=132075562;WS=132075544;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,38:0.43:89
chr3	132075707	rs2071505	A	G	7274.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=281;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=86;NR=98;PP=2965;SC=AAGGTACTGAAGACAGTACAG;SOR=0.768;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=186;TCF=86;TCR=100;TR=184;WE=132075715;WS=132075697;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,276:1.00:276
chr3	132075743	rs7625966	G	C	1918.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.574;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FS=0.537;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.10;ReadPosRankSum=-1.826;SOR=0.739;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:101,89:0.47:190
chr3	132075746	rs1042330	G	A	6562.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=53;NR=88;PP=2657;SC=CTCTGTAGAAGGAGTAGCTGC;SOR=1.160;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=145;TCF=56;TCR=89;TR=141;WE=132075767;WS=132075733;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,184:1.00:184
chr3	132075759	rs73215937	T	C	1568.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.791;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=4;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=35;PP=2289;ReadPosRankSum=-1.434;SC=GTAGCTGCCCTTTCTCAGGGC;SOR=0.688;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=130;TCF=48;TCR=82;TR=56;WE=132075767;WS=132075733;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:92,74:0.45:166
chr3	132107747	rs10935007	G	A	1060.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-3.762;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.422;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=17;PP=500;ReadPosRankSum=-0.154;SC=GGATTTTCCTGTTGGAAACAA;SOR=0.330;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=75;TCF=48;TCR=27;TR=40;WE=132107755;WS=132107729;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,52:0.57:92
chr3	132153243	rs78423188	C	A	412.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.750;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.153;HP=18;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.121;NF=20;NR=13;PP=593;ReadPosRankSum=-2.311;SC=AAAAAAAAAACAAAACCTTAT;SOR=1.044;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=66;TCF=43;TCR=23;TR=33;WE=132153251;WS=132153233;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,26:0.37:70
chr3	132176310	rs75854838	G	C	868.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=4.272;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.582;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=26;PP=630;ReadPosRankSum=-0.113;SC=ATAAGTTCTTGTTTCTGTTTC;SOR=1.135;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=66;TCF=10;TCR=56;TR=29;WE=132176318;WS=132176300;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,35:0.47:74
chr3	132179072	rs57140786	GT	G	550.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.970;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FS=0.864;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.11;MQRankSum=1.026;QD=5.62;ReadPosRankSum=1.692;SOR=0.911;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:52,46:0.47:98
chr3	132179280	.	AT	A	73.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.009;ClippingRankSum=0.000;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=11.635;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.10;ReadPosRankSum=-0.401;SOR=0.018;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,8:0.44:18
chr3	132196816	rs2369796	A	T	940.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.867;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FS=0.593;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.84;ReadPosRankSum=-0.152;SOR=0.751;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:100,61:0.38:161
chr3	132218196	rs2088712	C	T	1437.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-2.273;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.620;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=31;PP=723;ReadPosRankSum=-0.886;SC=CCAGTTTACACACATTATATG;SOR=0.422;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=83;TCF=22;TCR=61;TR=44;WE=132218204;WS=132218186;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,66:0.56:118
chr3	132218621	rs61748103	G	A	3748.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=0.385;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=341;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.292;HP=1;HapScore=4;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=37;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.654;SC=GTCTTGACTCGTGCTAGTAAA;SOR=0.791;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=175;TCF=95;TCR=80;TR=88;WE=132218631;WS=132218611;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:154,183:0.54:337
chr3	132218623	rs3762672	G	T	3052.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=-0.259;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=345;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.770;HP=1;HapScore=4;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=43;PP=2812;ReadPosRankSum=0.991;SC=CTTGACTCGTGCTAGTAAACC;SOR=0.604;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=175;TCF=94;TCR=81;TR=86;WE=132218631;WS=132218611;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:186,155:0.45:341
chr3	132221076	rs11293788	CT	C	1118.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.332;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FS=5.029;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.06;MQRankSum=0.933;QD=7.04;ReadPosRankSum=0.586;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:52,107:0.67:159
chr3	132226317	rs55927833	C	CT	50.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.465;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.83;MQRankSum=0.524;QD=5.07;ReadPosRankSum=-0.411;SOR=0.307;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,6:0.60:10
chr3	132235077	rs3762677	C	T	383.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=2.114;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=32;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=2;PP=213;ReadPosRankSum=2.612;SC=GACCTTGGGCCGGTTAAACTG;SOR=1.085;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=19;TCR=3;TR=14;WE=132235085;WS=132235067;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,16:0.57:28
chr3	132235344	rs80120242	A	T	3223.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.706;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=331;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.824;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=58;PP=1442;ReadPosRankSum=0.977;SC=GCAAAGGGTAATGTATAGAGT;SOR=0.579;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=214;TCF=90;TCR=124;TR=101;WE=132235352;WS=132235334;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:164,164:0.50:328
chr3	132244406	rs754993	G	A	1756.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.650;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=19;PP=991;ReadPosRankSum=-0.543;SC=GATATTTAGGGCTGTATGAGT;SOR=0.735;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=88;TCF=61;TCR=27;TR=60;WE=132244414;WS=132244396;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,78:0.66:119
chr3	132322262	rs2305623	T	G	451.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-3.867;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=15;PP=272;ReadPosRankSum=0.064;SC=CAAAGACATCTTTATCTTTTT;SOR=0.392;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=30;TCF=2;TCR=28;TR=16;WE=132322270;WS=132322252;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,20:0.61:33
chr3	132338177	rs10935022	T	C	112.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=0.679;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=2;PP=95;ReadPosRankSum=0.441;SC=ATTCTATTTATTAACTTTCTT;SOR=0.327;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=23;TCF=19;TCR=4;TR=8;WE=132338185;WS=132338167;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,8:0.32:25
chr3	132347311	rs61650247	A	G	1350.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.918;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.790;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=35;PP=791;ReadPosRankSum=-1.120;SC=ACATAGAACAATTAAAATTCA;SOR=0.501;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=78;TCF=20;TCR=58;TR=50;WE=132347319;WS=132347301;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,61:0.59:103
chr3	132360883	rs821572	C	T	6867.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=276;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=82;NR=66;PP=2676;SC=ATTCAAGGAACGTAACTGAGC;SOR=0.795;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=148;TCF=82;TCR=66;TR=148;WE=132360891;WS=132360873;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,265:1.00:265
chr3	132363527	rs1079367	T	C	264.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.770;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.03;ReadPosRankSum=-0.717;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,11:0.50:22
chr3	132363752	.	TA	T	330.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.804;ClippingRankSum=0.000;DP=281;ExcessHet=3.0103;FS=1.295;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.04;MQRankSum=1.796;QD=1.41;ReadPosRankSum=0.665;SOR=0.829;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:181,53:0.23:234
chr3	132363786	rs72628560	T	A	1907.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.511;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.549;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.027;NF=22;NR=48;PP=1049;ReadPosRankSum=-0.663;SC=AAGATATGTTTTCCGTCATCC;SOR=0.776;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=142;TCF=48;TCR=94;TR=70;WE=132363794;WS=132363776;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:96,93:0.49:189
chr3	132394556	rs2305629	T	C	376.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.474;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.690;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=5;PP=126;ReadPosRankSum=-1.119;SC=GAAATGGCAGTATAAAACAAA;SOR=0.503;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=18;TCF=9;TCR=9;TR=12;WE=132394564;WS=132394546;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,19:0.70:27
chr3	132394784	rs12635575	A	T	450.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.367;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=1.157;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.24;ReadPosRankSum=-0.210;SOR=0.502;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,24:0.55:44
chr3	132395811	rs1058331	G	T	1290.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.493;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.638;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=29;PP=661;ReadPosRankSum=1.184;SC=GCAAGCATCTGCTCATTATGT;SOR=0.797;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=97;TCF=36;TCR=61;TR=46;WE=132395819;WS=132395801;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,64:0.45:141
chr3	132401421	rs6792074	G	A	302.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.866;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.700;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=1;PP=183;ReadPosRankSum=-0.801;SC=CTTGAAGTCAGTCAGCAAAAA;SOR=1.206;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=27;TCF=24;TCR=3;TR=12;WE=132401429;WS=132401411;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,14:0.40:35
chr3	132401600	rs6794496	C	T	1901.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.340;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.501;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=34;PP=809;ReadPosRankSum=0.411;SC=GCATCCGACCCAGGCTATCTT;SOR=0.653;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=126;TCF=60;TCR=66;TR=65;WE=132401608;WS=132401590;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:112,99:0.47:211
chr3	132407481	rs11396595	T	TA	1460.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.031;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.300;HP=6;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=21;PP=1181;ReadPosRankSum=0.662;SC=ATTACTGATCTAAAAAATCTT;SOR=0.554;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=97;TCF=53;TCR=44;TR=42;WE=132407489;WS=132407471;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:89,75:0.46:164
chr3	132413887	rs79047540	C	T	711.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.144;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=20;PP=431;ReadPosRankSum=-1.163;SC=TTAAAAACAACGTGAACTCTA;SOR=0.615;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=83;TCF=30;TCR=53;TR=32;WE=132413895;WS=132413877;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,39:0.39:99
chr3	132413941	rs10804612	A	C	264.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.965;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.852;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=8;PP=163;ReadPosRankSum=-0.038;SC=AAACATGATAAAGGAAAGTGG;SOR=0.289;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=29;TCF=4;TCR=25;TR=10;WE=132413949;WS=132413931;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,13:0.38:34
chr3	132419191	.	C	T	576.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.943;ClippingRankSum=0.000;DP=230;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.55;ReadPosRankSum=-1.364;SOR=0.654;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:176,50:0.22:226
chr3	132436901	rs35348816	AT	A	321.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.63;BaseQRankSum=-0.116;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.120;HP=8;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=6;PP=141;ReadPosRankSum=-0.892;SC=CCCGGCCTTCATTTTTTTTCC;SOR=1.051;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=24;TCF=10;TCR=14;TR=10;WE=132436909;WS=132436891;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,24:0.35:68
chr3	133099245	rs1197314	G	A	6185.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.612;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=605;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.740;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=89;NR=100;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.340;SC=CTGTGGAACCGGAGCCCTCTA;SOR=0.707;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=402;TCF=202;TCR=200;TR=189;WE=133099253;WS=133099235;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:302,296:0.49:598
chr3	133108978	rs1197296	A	G	1180.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-3.980;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.109;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=11;PP=605;ReadPosRankSum=-1.162;SC=CCCAGGCACCATCCTTGCTGC;SOR=0.381;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=82;TCF=65;TCR=17;TR=44;WE=133108986;WS=133108968;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,58:0.55:106
chr3	133114513	rs1197301	A	C	384.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=3.110;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.684;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=0;PP=244;ReadPosRankSum=0.465;SC=AAATATACACATACACACACA;SOR=1.270;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=34;TCF=30;TCR=4;TR=13;WE=133114521;WS=133114506;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,17:0.41:41
chr3	133114893	rs1197300	C	T	1266.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=12;NR=25;PP=729;SC=TATACAAATACATATATTATA;SOR=1.514;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=37;TCF=12;TCR=25;TR=37;WE=133114901;WS=133114883;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr3	133166403	rs7644197	A	G	976.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=23;PP=683;SC=CCTCCTTGTAAACATAAAGTA;SOR=2.235;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=6;TCR=23;TR=29;WE=133166411;WS=133166393;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr3	133167363	rs2276737	G	A	2127.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=32;NR=25;PP=1019;SC=TTCGAAAGGCGGCAGAAGAGG;SOR=0.902;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=58;TCF=32;TCR=26;TR=57;WE=133167371;WS=133167353;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr3	133191093	rs899458	A	G	2497.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=58;NR=25;PP=1548;SC=GGAATAGTCCAGGCTACCACC;SOR=1.686;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=83;TCF=58;TCR=25;TR=83;WE=133191101;WS=133191083;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr3	133305622	.	G	A	770.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.384;ClippingRankSum=0.000;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=19;PP=422;ReadPosRankSum=1.046;SC=AGGCCAGGGAGTGGGATATAG;SOR=0.653;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=54;TCF=14;TCR=40;TR=26;WE=133305630;WS=133305612;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,37:0.51:72
chr3	133329943	rs1444601	G	A	3834.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.430;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=380;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.545;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=63;PP=1940;ReadPosRankSum=0.192;SC=ATTCCAGTCAGAACATCAAGT;SOR=0.512;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=234;TCF=108;TCR=126;TR=122;WE=133329951;WS=133329933;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:187,186:0.50:373
chr3	133335787	rs3732574	C	T	494.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.030;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.323;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=10;PP=250;ReadPosRankSum=-0.627;SC=GAAAGTTTTACTTTAGAAAAA;SOR=0.845;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=36;TCF=17;TCR=19;TR=17;WE=133335795;WS=133335777;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,25:0.47:53
chr3	133341988	rs10935070	T	C	598.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.482;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.481;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=5;PP=298;ReadPosRankSum=1.843;SC=CTCTTTATTATTGGTGGCCAT;SOR=0.363;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=40;TCF=31;TCR=9;TR=20;WE=133341996;WS=133341978;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,29:0.51:57
chr3	133368362	rs3192149	T	G	4968.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.752;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=504;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.518;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=78;NR=68;PP=2141;ReadPosRankSum=-1.412;SC=CTTTCAGGCTTATGTGAAACT;SOR=0.753;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=323;TCF=165;TCR=158;TR=146;WE=133368370;WS=133368352;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:248,241:0.49:489
chr3	133372473	rs11437609	A	AT	211.06	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.641;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=5.630;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.83;MQRankSum=0.844;QD=5.55;ReadPosRankSum=1.152;SOR=0.110;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,17:0.45:38
chr3	133374030	rs7639941	T	C	853.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=22;NR=3;PP=608;SC=GCCTGGGCAATAGAGCAAGAC;SOR=2.910;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=25;TCF=22;TCR=3;TR=25;WE=133374038;WS=133374020;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr3	133375785	rs2718801	G	A	5092.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=37;NR=109;PP=2965;SC=AATACATTTTGCTGTTGACAG;SOR=1.898;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=146;TCF=37;TCR=109;TR=146;WE=133375793;WS=133375775;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,184:1.00:184
chr3	133377782	rs2718804	G	A	832.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=1.804;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.850;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=11;PP=485;ReadPosRankSum=-0.552;SC=TTTATAATCCGCAAAGAATGT;SOR=0.850;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=73;TCF=48;TCR=25;TR=34;WE=133377790;WS=133377772;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,40:0.48:84
chr3	133380130	rs2718805	T	C	1039.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=26;PP=716;SC=TTCTAAGAAATCCTGGAACTT;SOR=2.242;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=32;TCF=6;TCR=26;TR=32;WE=133380138;WS=133380120;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr3	133465283	rs1130459	A	G	4124.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=39;NR=49;PP=1869;SC=CGCACCCGGAAGATGAGGCTC;SOR=0.864;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=88;TCF=39;TCR=49;TR=88;WE=133465291;WS=133465273;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,150:1.00:150
chr3	133474147	rs8177225	T	G	858.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=3.121;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.380;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=7;PP=693;ReadPosRankSum=2.048;SC=GGTGGGGTGATGCCATTGGCT;SOR=1.210;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=62;TCF=49;TCR=13;TR=34;WE=133474155;WS=133474137;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,35:0.50:70
chr3	133485133	rs2692696	A	G	7378.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=287;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=99;NR=69;PP=2965;SC=GTATTTTGCTATAGCAGTGGT;SOR=0.912;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=168;TCF=99;TCR=69;TR=168;WE=133485141;WS=133485123;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,280:1.00:280
chr3	133493705	rs35736766	GT	G	1717.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.550;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.13;MQRankSum=0.891;QD=10.29;ReadPosRankSum=1.225;SOR=0.730;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:45,122:0.73:167
chr3	133494354	rs1049296	C	T	1642.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.094;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=27;PP=695;ReadPosRankSum=0.238;SC=TACCAGGAAACCTGTGGAGGA;SOR=0.655;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=118;TCF=53;TCR=65;TR=50;WE=133494362;WS=133494344;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:110,84:0.43:194
chr3	133524717	rs1107413	G	C	14130.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=525;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=184;NR=146;PP=2965;SC=CTCGCGCCGGGTGGCAGATGG;SOR=0.840;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=330;TCF=184;TCR=146;TR=330;WE=133524725;WS=133524707;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,522:1.00:522
chr3	133546599	.	C	CCG	165	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;FR=0.5000;HP=14;HapScore=2;MGOF=10;MMLQ=24;MQ=57.62;NF=2;NR=7;PP=165;QD=18.6666666667;SC=CACCCCCCCCCCCCCCCGCCT;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=14;TCF=4;TCR=10;TR=9;WE=133546607;WS=133546589;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:5,9:0.64:14
chr3	133553272	rs6793673	C	T	1405.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=3.029;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.817;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=8;PP=808;ReadPosRankSum=-0.025;SC=CAGCTGCATCCCGCCTAGAGG;SOR=1.015;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=84;TCF=65;TCR=19;TR=45;WE=133553280;WS=133553262;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,59:0.54:110
chr3	133553527	rs2280672	C	T	1526.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=0.236;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.488;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=41;PP=984;ReadPosRankSum=-0.242;SC=CAACCCTGGCCCTCCCCTCTG;SOR=0.850;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=109;TCF=35;TCR=74;TR=58;WE=133553535;WS=133553517;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,67:0.54:125
chr3	133556964	rs139009223	ACCGTGCCGGGCC	A	2796.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.393;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.268;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.535;NF=10;NR=24;PP=2962;ReadPosRankSum=2.838;SC=ACAGGGCTACACCGTGCCGGG;SOR=0.829;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=90;TCF=38;TCR=52;TR=34;WE=133556983;WS=133556954;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,76:0.46:164
chr3	133560005	rs201380383	CGCACACACATGCGTGT	C	2484.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.400;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=283;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.086;NF=12;NR=42;PP=2954;ReadPosRankSum=2.987;SC=AGGGAGCAATCGCACACACAT;SOR=0.698;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=125;TCF=39;TCR=86;TR=54;WE=133560028;WS=133559995;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:143,123:0.46:266
chr3	133560423	rs41272335	G	A	2382.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-2.099;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=252;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=42;PP=1434;ReadPosRankSum=0.618;SC=AACCCTCCCTGCCCCTCCCAG;SOR=0.670;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=190;TCF=113;TCR=77;TR=100;WE=133560431;WS=133560413;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:129,118:0.48:247
chr3	133583476	rs61748111	C	T	3153.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.121;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=412;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=43;PP=1164;ReadPosRankSum=-1.433;SC=TAATCAGAGACGTCTTCCCGA;SOR=0.727;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=235;TCF=125;TCR=110;TR=91;WE=133583484;WS=133583466;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:238,170:0.42:408
chr3	133583647	rs3811645	G	A	1507.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=41;PP=1153;SC=TAGGGACCCCGTGGTGAGGCC;SOR=3.014;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=50;TCF=8;TCR=42;TR=49;WE=133583655;WS=133583637;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr3	133666209	rs34550074	C	T	1823.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.809;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.184;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=32;PP=727;ReadPosRankSum=0.819;SC=CGGGGAATGGCTTGTAGAGAG;SOR=0.582;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=114;TCF=48;TCR=66;TR=57;WE=133666217;WS=133666199;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,93:0.53:176
chr3	133667646	rs55943046	C	T	343.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=1.352;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.873;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=9;PP=275;ReadPosRankSum=1.931;SC=TGTCCCTTACCGCACACAACA;SOR=1.058;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=32;TCF=14;TCR=18;TR=15;WE=133667654;WS=133667636;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,15:0.42:36
chr3	133670073	rs6767412	T	C	3909.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-1.211;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=435;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.462;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=65;PP=1684;ReadPosRankSum=-0.199;SC=TGGGCATTGCTCGAGGGAAGA;SOR=0.519;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=261;TCF=109;TCR=152;TR=120;WE=133670090;WS=133670063;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:229,201:0.47:430
chr3	133670225	rs6767522	T	C	321.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-3.682;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.080;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=11;PP=166;ReadPosRankSum=-0.521;SC=GTTTGTTGAATGCATGATCTC;SOR=0.138;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=23;TCF=1;TCR=22;TR=12;WE=133670233;WS=133670215;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,16:0.57:28
chr3	133692497	rs4634113	A	G	1361.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=26;NR=8;PP=745;SC=AGGGGTTGGAAGCCACTCACC;SOR=1.981;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=26;TCR=8;TR=34;WE=133692505;WS=133692487;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr3	133692743	rs4241362	C	T	4705.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=45;NR=64;PP=2115;SC=GACCCGATCACACTTCATCCA;SOR=0.997;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=110;TCF=46;TCR=64;TR=109;WE=133692751;WS=133692733;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,178:1.00:178
chr3	133698280	rs4640563	C	G	6982.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=262;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=119;NR=73;PP=2965;SC=TTGTGGTCAGCGTGGTGCACA;SOR=1.117;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=192;TCF=119;TCR=73;TR=192;WE=133698288;WS=133698270;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,256:1.00:256
chr3	133877113	rs56088702	A	G	2964.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.342;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=346;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=60;PP=1509;ReadPosRankSum=-0.829;SC=GCAAATCTGCAGAGTGACAAA;SOR=0.670;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=213;TCF=82;TCR=131;TR=101;WE=133877121;WS=133877103;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:194,150:0.44:344
chr3	133901733	rs9829505	A	C	451.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.043;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=8;PP=263;ReadPosRankSum=-2.138;SC=AAAAAAATTAAGCTATTCCAC;SOR=0.693;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=36;TCF=23;TCR=13;TR=20;WE=133901741;WS=133901723;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,23:0.56:41
chr3	133907893	rs141548287	C	T	139.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.381;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.424;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=5;PP=82;ReadPosRankSum=-0.510;SC=TTACTGTAGCCCTAGAGTAAA;SOR=2.179;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=5;WE=133907901;WS=133907883;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,6:0.55:11
chr3	133941504	rs9865808	G	A	57.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.645;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=3;PP=36;ReadPosRankSum=0.189;SC=CATCACAAATGGCCCTAACAT;SOR=2.093;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=1;TCR=5;TR=3;WE=133941512;WS=133941494;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,3:0.50:6
chr3	133969437	.	A	AG	958.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=9;PP=333;SC=CGGGGCCCTCAGCCGCGGGCC;SOR=1.101;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=0;TCR=11;TR=9;WE=133969445;WS=133969427;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr3	133969487	.	G	GC	734.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=6;PP=397;SC=CAGCCGCGCCGCCCACGCATG;SOR=0.963;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=10;TCF=4;TCR=6;TR=10;WE=133969495;WS=133969477;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr3	134077470	rs1353776	C	G	1245.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.438;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.620;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=20;PP=634;ReadPosRankSum=1.728;SC=CTGGGGGGCCCTCAGTCTGGG;SOR=0.783;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=96;TCF=54;TCR=42;TR=46;WE=134077478;WS=134077460;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,65:0.45:144
chr3	134080661	rs1077718	A	G	4891.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=37;NR=63;PP=2155;SC=TGTAGGGAGAAAGAGGCTTGA;SOR=1.038;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=101;TCF=38;TCR=63;TR=100;WE=134080669;WS=134080651;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,179:1.00:179
chr3	134085070	rs67655717	GAAGT	G	3352.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.198;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.050;NF=17;NR=28;PP=1955;ReadPosRankSum=-0.882;SC=TAGAACAAAAGAAGTAAGTCC;SOR=0.698;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=105;TCF=43;TCR=62;TR=45;WE=134085081;WS=134085060;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:95,88:0.48:183
chr3	134214042	rs62269547	T	C	778.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=22;NR=4;PP=628;SC=TTTTTCATTATTATGTATGCT;SOR=3.180;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=22;TCR=4;TR=26;WE=134214050;WS=134214032;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr3	134225969	rs9827878	T	C	2320.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.322;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=262;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.03;ReadPosRankSum=0.573;SOR=0.686;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:139,118:0.46:257
chr3	134226159	rs6766818	C	T	3870.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=35;NR=82;PP=2289;SC=TTCTTTTTGACATTTTTATCT;SOR=1.626;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=117;TCF=35;TCR=82;TR=117;WE=134226167;WS=134226149;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,143:1.00:143
chr3	134256159	rs12634127	A	G	708.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-1.048;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.985;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=19;PP=397;ReadPosRankSum=-0.852;SC=GGTTTTGATCAAGTTTGAACT;SOR=0.437;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=63;TCF=20;TCR=43;TR=30;WE=134256167;WS=134256149;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,36:0.47:77
chr3	134264859	rs1357762	A	C	372.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=2;PP=335;SC=CGTAACTTATAGTCTGACTTC;SOR=2.833;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=14;TCF=12;TCR=2;TR=14;WE=134264867;WS=134264849;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr3	134266148	rs12632372	G	C	3512.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=51;NR=34;PP=1695;SC=AGATAAAGGCGTTAACAATCA;SOR=0.983;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=85;TCF=51;TCR=34;TR=85;WE=134266156;WS=134266138;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr3	134270582	rs143913453	TATATATATATATATAC	T	199.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=65.19;QD=33.30;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr3	134270886	rs9821505	A	C	472.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.125;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.195;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=9;PP=286;ReadPosRankSum=0.980;SC=TTTTTCTACTATCCAAGCCTT;SOR=0.162;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=33;TCF=13;TCR=20;TR=18;WE=134270894;WS=134270876;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,21:0.57:37
chr3	134278270	rs1127826	C	T	1485.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=2.179;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.639;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=35;PP=802;ReadPosRankSum=-0.829;SC=TTTATATCTTCGGTATGGAAA;SOR=0.587;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=121;TCF=36;TCR=85;TR=52;WE=134278278;WS=134278260;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,71:0.46:154
chr3	134280395	rs6777283	T	A	3297.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.951;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=67;PP=1981;ReadPosRankSum=-0.663;SC=AAAAAATCACTATCTTGGAAA;SOR=0.732;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=94;TCF=27;TCR=67;TR=94;WE=134280403;WS=134280385;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,118:0.99:119
chr3	134293619	rs4586863	A	G	592.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.94;SOR=0.874;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr3	134322742	rs2293293	A	G	9869.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-2.260;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=375;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.954;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=95;NR=136;PP=2965;ReadPosRankSum=0.078;SC=CACAGCATACAAGGTAATTAA;SOR=0.166;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=233;TCF=95;TCR=138;TR=231;WE=134322750;WS=134322732;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,364:0.99:366
chr3	134323156	rs4955535	A	G	8061.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=307;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=78;NR=90;PP=2965;SC=TGCCCTTGGCAAAGATCTGCA;SOR=0.753;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=168;TCF=78;TCR=90;TR=168;WE=134323164;WS=134323146;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,307:1.00:307
chr3	134331874	rs7626611	T	C	2558.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=49;NR=26;PP=1318;SC=CTGCCTAGAATGTCTGTGCAT;SOR=1.354;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=75;TCF=49;TCR=26;TR=75;WE=134331882;WS=134331864;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr3	134331980	rs9838119	C	T	4685.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=59;NR=58;PP=1921;SC=ACTGATTTAGCGGCGCTGTGG;SOR=0.737;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=117;TCF=59;TCR=58;TR=117;WE=134331988;WS=134331970;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,184:1.00:184
chr3	134514579	rs9852662	T	C	21367.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=833;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=211;NR=308;PP=2965;SC=CCGGCCGCCTTGGGACTGCTG;SOR=0.999;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=519;TCF=211;TCR=308;TR=519;WE=134514587;WS=134514569;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,818:1.00:818
chr3	134644517	rs36187	A	G	138.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.643;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.398;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=1;PP=28;ReadPosRankSum=1.290;SC=TCACAGAGAGACCTGGGCTTG;SOR=0.223;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=8;TCF=6;TCR=2;TR=3;WE=134644525;WS=134644515;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,7:0.58:12
chr3	134644636	rs635721	G	T	913.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.019;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=9;PP=471;ReadPosRankSum=-1.097;SC=TTGTTTATTCGTTTTTTCTTT;SOR=0.686;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=44;TCF=30;TCR=14;TR=28;WE=134644644;WS=134644626;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,41:0.62:66
chr3	134670524	rs7644369	C	T	3932.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.784;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=434;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.103;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=75;NR=65;PP=2099;ReadPosRankSum=-0.666;SC=CAGATGAGAGCTTCTCCCAGG;SOR=0.602;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=304;TCF=167;TCR=137;TR=140;WE=134670532;WS=134670514;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:232,193:0.45:425
chr3	134697009	rs373709784	A	AC	633.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=0.143;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.042;NF=1;NR=11;PP=441;ReadPosRankSum=0.529;SC=CCACTGAGTTACAAGTCCTAT;SOR=0.631;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=19;TCF=1;TCR=18;TR=12;WE=134697017;WS=134696999;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,21:0.68:31
chr3	134825512	rs3732567	G	C	4961.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.817;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=101;PP=2519;ReadPosRankSum=-0.545;SC=GGTGGGTCTGGGGCAAGGAAG;SOR=1.306;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=159;TCF=56;TCR=103;TR=156;WE=134825520;WS=134825502;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,196:0.99:198
chr3	134880745	rs2270882	G	T	1092.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=28;NR=5;PP=778;SC=GATGACAACTGCTAGCAGATA;SOR=3.026;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=34;TCF=28;TCR=6;TR=33;WE=134880753;WS=134880735;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr3	134898742	rs1042787	C	T	5250.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=63;NR=49;PP=2179;SC=CCTTCACTTACGAGGATCCCA;SOR=0.854;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=112;TCF=63;TCR=49;TR=112;WE=134898750;WS=134898732;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,199:1.00:199
chr3	134967368	rs11717042	G	A	2706.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=4.267;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=278;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.501;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=57;PP=1594;ReadPosRankSum=1.644;SC=CTAGTGAAACGGTGATCCCTA;SOR=1.081;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=176;TCF=68;TCR=108;TR=85;WE=134967376;WS=134967358;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:146,127:0.47:273
chr3	134968465	rs4243397	T	C	1065.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=30;PP=735;SC=CAGGCCTGGATGGGGAGCACC;SOR=2.476;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=36;TCF=6;TCR=30;TR=36;WE=134968473;WS=134968455;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr3	135720540	rs9814557	A	G	3401.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.090;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=321;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.424;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=53;PP=1856;ReadPosRankSum=-0.934;SC=AAAGATGCAGATCTGAACTCT;SOR=0.565;SbPval=0.42;Source=Platypus;TCR=105;TR=109;WE=135720548;WS=135720530;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:158,155:0.50:313
chr3	135720673	rs9872542	T	C	3916.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.572;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=356;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=63;PP=1945;ReadPosRankSum=0.097;SC=ACTTAAAGGATATTGCAGGAG;SOR=0.686;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=232;TCF=106;TCR=126;TR=115;WE=135720681;WS=135720663;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:172,182:0.51:354
chr3	135721781	rs34901937	C	G	1174.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.016;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=11;PP=558;ReadPosRankSum=-0.385;SC=TGTTAATCTACCTAAGGAAGA;SOR=0.770;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=78;TCF=46;TCR=32;TR=33;WE=135721789;WS=135721771;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,53:0.50:106
chr3	135722264	rs17197552	A	G	4408.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.066;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=467;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.112;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=68;NR=83;PP=2438;ReadPosRankSum=0.518;SC=AGTCTGTAGAAGTCCTGTTGG;SOR=0.591;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=317;TCF=136;TCR=181;TR=151;WE=135722272;WS=135722254;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:246,210:0.46:456
chr3	135768232	rs67039922	T	A	3540.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.221;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=360;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.823;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=67;PP=1533;ReadPosRankSum=-0.177;SC=TGAAAATGGGTTCTAATTTTG;SOR=0.751;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=216;TCF=75;TCR=141;TR=100;WE=135768240;WS=135768222;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:176,172:0.49:348
chr3	135789212	rs75125767	T	C	296.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.177;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.939;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=0;PP=208;ReadPosRankSum=-0.267;SC=TTATTCATTATTGTAAAATAG;SOR=3.003;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=32;TCF=28;TCR=4;TR=13;WE=135789220;WS=135789202;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,13:0.41:32
chr3	135913665	rs1992952	A	G	1581.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=52;NR=2;PP=1166;SC=AAAGTCCCTCAGCAAGTTTCA;SOR=5.247;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=55;TCF=52;TCR=3;TR=54;WE=135913673;WS=135913660;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr3	135980673	rs2290131	C	T	508.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-1.819;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.121;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=10;PP=375;ReadPosRankSum=-0.385;SC=ACCAGTGTTACTGCCTCCTGT;SOR=0.440;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=57;TCF=40;TCR=17;TR=31;WE=135980681;WS=135980663;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,27:0.47:57
chr3	136059537	rs503973	G	C	4874.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=41;NR=88;PP=2926;SC=TTCTAACCAAGTGAAGTATAC;SOR=1.426;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=129;TCF=41;TCR=88;TR=129;WE=136059545;WS=136059527;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,173:1.00:173
chr3	136170901	rs34807246	G	A	4670.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.826;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=435;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=88;NR=63;PP=2215;ReadPosRankSum=2.697;SC=AAAAGAACCAGCATCCTAATG;SOR=0.720;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=261;TCF=153;TCR=108;TR=151;WE=136170909;WS=136170891;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:204,227:0.53:431
chr3	136196071	rs1394092	C	T	2252.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.965;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=26;PP=1332;ReadPosRankSum=2.034;SC=TTTTGATTCCCAGCATTTTAG;SOR=1.139;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=70;TCF=43;TCR=27;TR=69;WE=136196079;WS=136196061;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,84:0.98:86
chr3	136218930	rs900048	C	T	200.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=0;PP=133;SC=TAGTGTGACACTGACAGCCAA;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=6;WE=136218938;WS=136218926;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr3	136573289	rs9865545	G	A	4561.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=85;NR=48;PP=2631;SC=AAATAGAATTGATTATCTGAA;SOR=1.213;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=133;TCF=85;TCR=48;TR=133;WE=136573297;WS=136573279;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,168:1.00:168
chr3	136573440	rs9827648	A	G	12551.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=482;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=192;NR=141;PP=2965;SC=AAGGCTATGGAAATTTTATGG;SOR=0.995;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=338;TCF=192;TCR=146;TR=333;WE=136573448;WS=136573430;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,466:1.00:466
chr3	136574501	rs1052618	A	G	3869.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=17;NR=81;PP=2253;SC=AATTTAAGAAAGCAGGACTAC;SOR=2.105;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=98;TCF=17;TCR=81;TR=98;WE=136574509;WS=136574491;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,138:1.00:138
chr3	136574578	rs3076229	T	TTAA	1011.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=19;PP=995;SC=TGTTCAGTTATTATGTATACT;SOR=4.977;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=23;TCF=0;TCR=23;TR=19;WE=136574586;WS=136574568;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr3	136649463	rs7648817	C	T	1492.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=12;NR=31;PP=877;SC=ATTAAATCCACTGTTTTCTTG;SOR=1.651;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=43;TCF=12;TCR=31;TR=43;WE=136649471;WS=136649453;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr3	136664807	rs61731511	A	T	4473.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.950;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=423;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.516;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=67;PP=2011;ReadPosRankSum=0.067;SC=CATTCAGCTCATCTAATGATG;SOR=0.663;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=261;TCF=128;TCR=133;TR=133;WE=136664815;WS=136664797;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:204,213:0.51:417
chr3	136699133	rs5852860	CT	C	450.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.485;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.54;ReadPosRankSum=1.209;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,27:0.93:29
chr3	136701295	rs361239	G	T	564.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=16;PP=446;SC=GAATAGTCCTGCAAAGCCAGA;SOR=2.948;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=19;TCF=3;TCR=16;TR=19;WE=136701303;WS=136701285;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr3	136728886	rs361235	G	T	1861.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=39;NR=17;PP=1146;SC=AGTTAAAAATGTAATAATATT;SOR=1.508;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=56;TCF=39;TCR=17;TR=56;WE=136728894;WS=136728876;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr3	136739387	rs63332362	CT	C	6874.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=22;NR=51;PP=2967;SC=GATGCCAGGGCTCTCAAACTG;SOR=0.855;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=73;TCF=22;TCR=51;TR=73;WE=136739395;WS=136739377;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,171:1.00:171
chr3	136739406	rs1385306	C	G	5485.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.00;SOR=0.781;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,211:1.00:211
chr3	137781923	rs329388	A	C	574.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.893;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.973;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=12;PP=330;ReadPosRankSum=1.100;SC=AAATGGGGACAAATGCAGACT;SOR=1.700;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=16;TCF=4;TCR=12;TR=15;WE=137781931;WS=137781913;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,21:0.95:22
chr3	137783700	rs179282	T	C	674.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=1.727;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.230;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=18;PP=446;ReadPosRankSum=0.159;SC=CCAGTGTGGATAGAGGGAATG;SOR=0.947;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=43;TCF=13;TCR=30;TR=26;WE=137783708;WS=137783690;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,28:0.61:46
chr3	137786442	rs442800	T	C	1993.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.300;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=27;PP=722;ReadPosRankSum=-0.199;SC=CAGTCATCCTTGGGCCGGGGC;SOR=0.657;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=125;TCF=70;TCR=55;TR=60;WE=137786455;WS=137786432;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:99,97:0.49:196
chr3	137786696	rs3856632	G	A	69.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=0.103;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.090;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=4;PP=44;ReadPosRankSum=0.473;SC=CCCCTGGAGTGCAGCAGCCAC;SOR=1.981;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=2;TCR=9;TR=4;WE=137786704;WS=137786686;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,4:0.36:11
chr3	137787047	rs374045	C	T	2115.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=40;NR=17;PP=1119;SC=CAGTCCGGGGCGTGGAGCGGG;SOR=1.468;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=58;TCF=40;TCR=18;TR=57;WE=137787055;WS=137787037;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr3	137787192	rs446644	T	C	5056.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=62;NR=60;PP=2052;SC=GTGACCAGTGTGCTCTGCTGG;SOR=0.767;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=122;TCF=62;TCR=60;TR=122;WE=137787200;WS=137787182;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,195:1.00:195
chr3	137787282	rs419075	T	C	3434.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.759;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.07;ReadPosRankSum=1.338;SOR=1.089;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,135:0.99:137
chr3	137787355	rs446847	T	C	1146.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=27;PP=801;SC=TTCATGACTGTTGCCAAATCA;SOR=3.383;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=30;TCF=3;TCR=27;TR=30;WE=137787363;WS=137787345;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr3	137787916	rs114886022	G	A	1042.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-2.364;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=12;PP=569;ReadPosRankSum=0.607;SC=GGGTTGAACAGCCATGGGTCC;SOR=0.605;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=59;TCF=42;TCR=17;TR=37;WE=137787924;WS=137787906;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,46:0.57:80
chr3	137787935	rs382629	G	A	3891.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=47;NR=30;PP=1343;SC=CCACTTATACGTGGATTTTCT;SOR=1.059;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=78;TCF=47;TCR=31;TR=77;WE=137787943;WS=137787925;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr3	137787963	rs445025	T	G	4214.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=54;NR=42;PP=1837;SC=CTGCCACCCGTGAGACAGCAA;SOR=0.868;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=96;TCF=54;TCR=42;TR=96;WE=137787971;WS=137787953;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,159:1.00:159
chr3	137788123	rs425938	T	G	1213.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=28;PP=784;SC=TTCTTTTCTCTAGCTTACTTT;SOR=2.356;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=35;TCF=7;TCR=28;TR=35;WE=137788131;WS=137788113;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr3	137788141	rs407009	T	A	411.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=1.452;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=12;PP=250;ReadPosRankSum=0.144;SC=TTTATTGTAATAATACAGCTT;SOR=0.495;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=28;TCF=4;TCR=24;TR=14;WE=137788149;WS=137788131;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,18:0.51:35
chr3	137799291	rs384828	A	T	632.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-2.188;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=9;PP=298;ReadPosRankSum=1.698;SC=ATGTCCTTAGATCCCTCCACT;SOR=0.674;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=49;TCF=33;TCR=16;TR=25;WE=137799299;WS=137799281;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,38:0.48:79
chr3	137799498	rs405602	T	C	231.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-0.146;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=7;PP=133;ReadPosRankSum=0.221;SC=GCACCAGTGCTCTGGACCCCA;SOR=0.538;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=29;TCF=9;TCR=20;TR=11;WE=137799506;WS=137799488;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,13:0.36:36
chr3	137800656	rs2622711	A	G	873.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.247;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=14;PP=410;ReadPosRankSum=-0.170;SC=GAACATTGTGAGAACTCTGCT;SOR=0.788;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=45;TCF=22;TCR=23;TR=26;WE=137800664;WS=137800646;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,42:0.52:80
chr3	137807259	rs2724693	G	A	999.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.861;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FS=0.772;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.87;ReadPosRankSum=0.427;SOR=0.603;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:44,48:0.52:92
chr3	137816817	rs7629243	A	C	921.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.059;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.483;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=24;PP=533;ReadPosRankSum=0.078;SC=AATTTAATTTACTGAGCAAGG;SOR=0.392;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=52;TCF=11;TCR=41;TR=31;WE=137816825;WS=137816807;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,41:0.63:65
chr3	137843018	rs1564496	G	C	1318.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=0.017;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.424;HP=6;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=22;PP=800;ReadPosRankSum=0.513;SC=TGCCCACCCCGCCAAGAGACA;SOR=0.466;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=94;TCF=59;TCR=35;TR=53;WE=137843026;WS=137843008;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,63:0.53:118
chr3	137843106	rs2170309	T	C	2637.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.136;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=289;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.183;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=44;PP=1540;ReadPosRankSum=1.074;SC=AGTGTTAGCTTTATTTGTTAC;SOR=0.487;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=195;TCF=113;TCR=82;TR=97;WE=137843114;WS=137843096;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:147,135:0.48:282
chr3	137843476	rs2246945	G	T	4662.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-1.280;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=443;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=60;PP=1775;ReadPosRankSum=-1.611;SC=GCCCCAAATGGCTGAATTATA;SOR=0.681;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=248;TCF=126;TCR=122;TR=121;WE=137843484;WS=137843466;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:204,227:0.53:431
chr3	137850003	rs2724691	A	G	2509.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.559;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=335;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.333;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=43;PP=1164;ReadPosRankSum=-0.914;SC=AAGAAGGCAAACAGAAGAGGC;SOR=0.606;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=197;TCF=87;TCR=110;TR=80;WE=137850011;WS=137849993;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:197,132:0.40:329
chr3	137880695	rs9851548	A	G	1461.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=2.595;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.738;HP=6;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=14;PP=1041;ReadPosRankSum=-2.849;SC=TCTCAAAAAAACAAAACAAAC;SOR=0.850;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=92;TCF=65;TCR=27;TR=51;WE=137880703;WS=137880685;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,62:0.53:118
chr3	137880743	rs2622736	G	A	3034.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.656;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=305;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.910;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=68;NR=35;PP=1684;ReadPosRankSum=1.830;SC=AAGCTGCATCGTCATCATCAT;SOR=0.628;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=197;TCF=133;TCR=64;TR=103;WE=137880751;WS=137880730;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:148,147:0.50:295
chr3	137881265	rs3732839	T	A	4506.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.612;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=416;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.523;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=81;PP=2151;ReadPosRankSum=-2.151;SC=AAAATTCAGTTGTCTGAGGAT;SOR=0.771;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=277;TCF=114;TCR=163;TR=132;WE=137881273;WS=137881255;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:194,214:0.52:408
chr3	137882377	rs2622734	G	T	831.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=2.663;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.531;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=27;PP=601;ReadPosRankSum=-1.802;SC=ATATATATTTGTAACAGTCTA;SOR=1.280;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=46;TCF=6;TCR=40;TR=30;WE=137882385;WS=137882367;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,33:0.65:51
chr3	137882752	rs2622733	A	G	1326.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.052;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.612;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=35;PP=819;ReadPosRankSum=-0.915;SC=AACCACAGGTAATTCTTCATA;SOR=0.776;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=119;TCF=42;TCR=77;TR=53;WE=137882760;WS=137882742;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:89,67:0.43:156
chr3	137907220	.	G	GT	71.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.066;ClippingRankSum=0.000;DP=154;ExcessHet=3.0103;FS=0.897;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.21;MQRankSum=3.421;QD=0.48;ReadPosRankSum=0.672;SOR=0.843;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:121,27:0.18:148
chr3	137958438	rs6778511	C	T	242.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.195;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.71;ReadPosRankSum=0.712;SOR=0.818;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,13:0.52:25
chr3	137981439	.	TA	T	97.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.653;ClippingRankSum=0.000;DP=253;ExcessHet=3.0103;FS=0.713;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.04;MQRankSum=0.000;QD=0.43;ReadPosRankSum=1.192;SOR=0.564;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:177,50:0.22:227
chr3	137982718	rs939453	T	G	1362.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-2.122;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.246;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=24;PP=561;ReadPosRankSum=1.290;SC=TTAACCTGTTTCCTTTCTGGT;SOR=0.487;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=88;TCF=35;TCR=53;TR=42;WE=137982726;WS=137982708;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,68:0.52:131
chr3	138020275	rs7637162	A	G	1212.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=28;NR=6;PP=815;SC=TCAAACTCCTAATCTCAGGTG;SOR=2.476;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=34;TCF=28;TCR=6;TR=34;WE=138020283;WS=138020265;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr3	138020677	rs6801411	C	T	1723.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=7;NR=44;PP=1223;SC=AGTCCTGATACGTGTTAGGGA;SOR=2.872;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=51;TCF=7;TCR=44;TR=51;WE=138020685;WS=138020667;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr3	138025136	rs3856636	T	G	3306.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=63;NR=25;PP=1986;SC=CCCCTTAGAATTCATCTTTCT;SOR=1.510;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=88;TCF=63;TCR=25;TR=88;WE=138025144;WS=138025126;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr3	138025396	rs9846480	A	G	1253.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.498;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.303;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=32;PP=742;ReadPosRankSum=3.402;SC=AAACAATGCAACCTCTACACA;SOR=0.510;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=101;TCF=29;TCR=72;TR=48;WE=138025404;WS=138025386;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,60:0.44:135
chr3	138033181	rs9289556	C	T	10084.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=385;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=117;NR=104;PP=2965;SC=CACCCATGTCCTCATCTTCAC;SOR=0.786;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=222;TCF=117;TCR=105;TR=221;WE=138033189;WS=138033171;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,381:1.00:381
chr3	138043535	.	TACACACACACAC	T,TACAC	861.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.637;ClippingRankSum=0.000;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=4.559;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=43.09;ReadPosRankSum=0.000;SOR=1.447;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:1,4,15:0.20,0.75:20
chr3	138091701	rs1199333	G	T	791.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-1.176;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.233;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=4;PP=531;ReadPosRankSum=-0.350;SC=ATGTCTTGCTGCCGCAGGTCT;SOR=1.002;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=44;TCF=36;TCR=8;TR=27;WE=138091709;WS=138091691;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,33:0.59:56
chr3	138170788	rs13095961	T	G	6857.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.564;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=253;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=124;NR=74;PP=2965;ReadPosRankSum=1.781;SC=AGGGTTGAGGTGCAGCGCGTG;SOR=0.451;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=199;TCF=125;TCR=74;TR=198;WE=138170796;WS=138170778;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,244:1.00:245
chr3	138171042	rs4678418	C	T	808.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=3.814;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=31;PP=611;ReadPosRankSum=-1.422;SC=CCTTGCCTGACGCGGGCAGGG;SOR=0.588;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=67;TCF=3;TCR=64;TR=33;WE=138171050;WS=138171032;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,35:0.47:74
chr3	138173905	rs56236670	G	A	555.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-4.206;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.072;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=1;PP=461;ReadPosRankSum=-1.592;SC=AGGCAAGCAGGTGAGTGCTGC;SOR=1.362;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=53;TCF=49;TCR=4;TR=23;WE=138173913;WS=138173895;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,23:0.44:52
chr3	138176533	rs66644444	A	T	1641.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.345;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=29;PP=637;ReadPosRankSum=3.833;SC=CAGGGGACACAGTGGGAACAG;SOR=0.737;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=99;TCF=40;TCR=59;TR=49;WE=138176541;WS=138176523;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,82:0.51:162
chr3	138179308	rs67037472	G	A	1303.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-2.060;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.737;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=14;PP=851;ReadPosRankSum=-0.776;SC=CACCCTGGCAGAGGGTGCTCT;SOR=0.853;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=95;TCF=69;TCR=26;TR=50;WE=138179316;WS=138179298;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,59:0.50:118
chr3	138179328	rs6763380	C	T	1741.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-2.975;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=22;PP=983;ReadPosRankSum=-0.054;SC=TGCCTGCTTTCCTCCGAACCC;SOR=0.687;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=124;TCF=84;TCR=40;TR=66;WE=138179336;WS=138179318;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,81:0.53:154
chr3	138187568	rs1679167	C	T	4533.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.214;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=467;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.095;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=78;NR=64;PP=2050;ReadPosRankSum=1.949;SC=CGGTGAGTGGCGACATGTCCA;SOR=0.608;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=289;TCF=164;TCR=125;TR=142;WE=138187576;WS=138187558;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:239,223:0.48:462
chr3	138188485	rs13316499	C	T	273.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-2.620;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.639;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=10;PP=154;ReadPosRankSum=0.385;SC=TCAGAATAACCTCACAAAATA;SOR=0.382;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=36;TCF=6;TCR=30;TR=13;WE=138188493;WS=138188475;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,14:0.36:39
chr3	138189031	rs2347469	T	C	2700.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.166;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=53;PP=1669;ReadPosRankSum=2.142;SC=TAAGAGGTTTTTAAGCCAGGC;SOR=0.776;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=73;TCF=19;TCR=54;TR=72;WE=138189039;WS=138189021;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,93:0.99:94
chr3	138189658	rs3813264	A	G	3534.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.172;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=35;PP=2076;ReadPosRankSum=0.547;SC=GGGCTCAGATACTAGTAGTGG;SOR=0.836;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=101;TCF=66;TCR=35;TR=101;WE=138189666;WS=138189648;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,131:0.98:134
chr3	138191232	rs10935282	G	A	4199.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-1.082;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=447;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.549;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=94;NR=43;PP=2306;ReadPosRankSum=0.174;SC=ACGAGAGCTGGGGAGCCCATA;SOR=0.635;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=298;TCF=209;TCR=89;TR=137;WE=138191240;WS=138191222;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:235,195:0.45:430
chr3	138195529	rs1679169	C	T	1172.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-2.516;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.626;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=12;PP=634;ReadPosRankSum=-1.884;SC=TGAACCCTGGCTGGCCAACTT;SOR=0.544;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=86;TCF=61;TCR=25;TR=40;WE=138195537;WS=138195519;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,56:0.51:109
chr3	138244400	rs9878436	C	T	1155.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=1.447;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=18;PP=437;ReadPosRankSum=0.716;SC=ATTCATGCTGCGTAGGCCTGT;SOR=0.656;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=75;TCF=34;TCR=41;TR=33;WE=138244408;WS=138244390;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,60:0.46:130
chr3	138251302	rs7643973	G	T	535.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.018;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.908;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=6;PP=289;ReadPosRankSum=1.402;SC=AGAAACTTCTGGTGTGAATAC;SOR=1.230;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=28;TCF=19;TCR=9;TR=20;WE=138251310;WS=138251292;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,25:0.64:39
chr3	138251447	rs10549552	CGGTAT	C	1516.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.959;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.497;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=13;PP=808;ReadPosRankSum=1.461;SC=TTTCAAAATGCGGTATGGTAT;SOR=0.648;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=45;TCF=13;TCR=32;TR=18;WE=138251459;WS=138251437;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,43:0.36:121
chr3	138256252	rs542010	G	A	408.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=2.015;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.145;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=16;PP=327;ReadPosRankSum=-0.908;SC=TATCCTAACAGTATTGTACAC;SOR=2.636;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=38;TCF=3;TCR=35;TR=16;WE=138256260;WS=138256242;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,17:0.44:39
chr3	138289163	rs1673608	T	C	1088.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.895;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.806;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=11;PP=601;ReadPosRankSum=0.140;SC=TCAGTACCTGTAAAGTTTTCT;SOR=0.591;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=79;TCF=59;TCR=20;TR=38;WE=138289171;WS=138289153;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,49:0.48:102
chr3	138289221	rs1673607	C	T	2095.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.163;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=26;PP=906;ReadPosRankSum=1.517;SC=GCAAGCCCTACTTAGTGATTC;SOR=0.674;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=148;TCF=88;TCR=60;TR=65;WE=138289229;WS=138289211;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:114,106:0.48:220
chr3	138329862	rs811322	G	A	2720.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.134;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=276;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.442;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=32;PP=941;ReadPosRankSum=1.872;SC=TGGTATCTCCGGACTCTGCCA;SOR=0.650;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=149;TCF=73;TCR=76;TR=66;WE=138329870;WS=138329852;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:134,135:0.50:269
chr3	138341284	rs11303336	CT	C	204.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.759;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=1.342;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.18;MQRankSum=0.953;QD=5.39;ReadPosRankSum=-0.264;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,21:0.55:38
chr3	138348081	rs470678	C	T	1310.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-2.230;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=21;PP=521;ReadPosRankSum=0.903;SC=TTATAGAGATCTTATAATGAA;SOR=0.698;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=70;TCF=32;TCR=38;TR=38;WE=138348089;WS=138348071;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,66:0.56:117
chr3	138417989	rs361080	G	A	275.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=0.353;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=10;PP=218;ReadPosRankSum=-1.726;SC=ACACCACAGCGAACTTTCAGT;SOR=0.481;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=39;TCF=8;TCR=31;TR=13;WE=138417997;WS=138417979;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,13:0.34:38
chr3	138433568	rs497900	C	T	2913.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=0.206;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=378;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=45;PP=1169;ReadPosRankSum=-1.686;SC=GAACCTGTAACGAAGCAGACA;SOR=0.680;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=189;TCF=87;TCR=102;TR=83;WE=138433576;WS=138433558;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:215,154:0.42:369
chr3	138452067	rs181921279	T	C	285.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=0.559;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.390;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=4;PP=229;ReadPosRankSum=0.276;SC=AGTCTTATAATAAATTACCAT;SOR=1.493;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=32;TCF=23;TCR=9;TR=16;WE=138452075;WS=138452057;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,15:0.43:35
chr3	138453782	rs370111010	TA	T	45.94	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.309;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=62.45;MQRankSum=1.068;QD=6.56;ReadPosRankSum=1.668;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,5:0.71:7
chr3	138456486	.	A	AAT	202.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.119;ClippingRankSum=0.000;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=3.144;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.16;MQRankSum=1.922;QD=3.12;ReadPosRankSum=-1.522;SOR=0.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:52,13:0.20:65
chr3	138724757	rs11924188	C	G	5077.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.439;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=552;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.448;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=72;NR=87;PP=2401;ReadPosRankSum=-0.488;SC=GCCCAGCAGACGAGTCGTCCT;SOR=0.713;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=330;TCF=165;TCR=165;TR=159;WE=138724765;WS=138724747;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:287,256:0.47:543
chr3	138739617	rs1720230	A	G	254.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=4;PP=141;SC=GCTGGTTGGGACGAGCGGGGC;SOR=0.693;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=7;TCF=3;TCR=4;TR=7;WE=138739625;WS=138739607;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr3	138882076	rs9843067	C	T	635.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-1.569;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=16;PP=751;ReadPosRankSum=-0.176;SC=ACGGCTGTGACAGTCTTCCCG;SOR=0.610;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=57;TCF=17;TCR=40;TR=23;WE=138882094;WS=138882066;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,32:0.44:72
chr3	138882086	rs13097893	G	A	717.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=1.312;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.061;HP=3;HapScore=4;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=21;PP=1231;ReadPosRankSum=3.096;SC=CAGTCTTCCCGGTGAATGGCA;SOR=0.892;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=49;TCF=13;TCR=36;TR=28;WE=138882094;WS=138882066;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,32:0.53:60
chr3	139065988	rs1610195	C	T	1922.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=52;PP=1456;SC=TCCATAGGCACTAGTGAAAGG;SOR=4.514;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=56;TCF=4;TCR=52;TR=56;WE=139065996;WS=139065978;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr3	139066902	rs10755092	A	T	1082.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=27;NR=4;PP=791;SC=CTTCTTTTCTATGCAGGTTTT;SOR=2.964;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=27;TCR=4;TR=31;WE=139066910;WS=139066892;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr3	139068008	rs11706615	T	A	1477.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=25;NR=9;PP=695;SC=TGTTTTGTGATGCTTTAATAT;SOR=1.412;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=34;TCF=25;TCR=9;TR=34;WE=139068016;WS=139067998;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr3	139068277	rs10935321	G	A	581.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-0.894;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.256;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=14;PP=294;ReadPosRankSum=-0.284;SC=CATTAATCAGGTGTGTATCAA;SOR=0.456;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=37;TCF=11;TCR=26;TR=21;WE=139068285;WS=139068267;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,27:0.59:46
chr3	139075644	rs9878548	C	A	243.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=2;PP=178;SC=AATCTGAAAGCCCTTTTTAAG;SOR=2.093;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=7;TCR=2;TR=9;WE=139075652;WS=139075634;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr3	139075938	rs7833	C	T	72.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-2.260;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=4;PP=38;ReadPosRankSum=-0.000;SC=AAAAAATGGCCAGATTAAAAG;SOR=0.527;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=0;TCR=11;TR=4;WE=139075946;WS=139075928;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,4:0.44:9
chr3	139076974	rs7616756	G	A	1311.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.173;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.875;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=16;PP=568;ReadPosRankSum=1.410;SC=AGAGGCCTACGTATCCTCCAG;SOR=0.413;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=90;TCF=59;TCR=31;TR=39;WE=139076982;WS=139076964;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,67:0.44:154
chr3	139077527	.	G	GA	297.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.024;ClippingRankSum=0.000;DP=207;ExcessHet=3.0103;FS=0.652;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.05;MQRankSum=1.765;QD=1.51;ReadPosRankSum=2.853;SOR=0.619;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:154,43:0.22:197
chr3	139081416	rs57549985	TTA	T	242.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=1.346;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.688;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=2.332;NF=2;NR=9;PP=343;ReadPosRankSum=-0.554;SC=TATGTATGTTTTATATATATA;SOR=0.132;SbPval=0.2;Source=Platypus;TC=27;TCF=2;TCR=25;TR=11;WE=139081427;WS=139081406;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,10:0.38:26
chr3	139090736	rs7373116	G	A	3194.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-1.695;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=269;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.432;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=80;PP=1977;ReadPosRankSum=1.848;SC=AGAAGTTAAGGAACAATAATT;SOR=0.414;SbPval=0.25;Source=Platypus;TC=212;TCF=58;TCR=154;TR=118;WE=139090744;WS=139090726;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:115,142:0.55:257
chr3	139098357	rs9831108	A	C	661.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.528;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=15;PP=329;ReadPosRankSum=-0.363;SC=GAAAATAACCACAAAATCTAC;SOR=0.549;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=35;TCF=7;TCR=28;TR=19;WE=139098365;WS=139098347;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,30:0.57:53
chr3	139102120	rs7373302	C	A	8357.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-2.411;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=336;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=5.764;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=124;NR=80;PP=2965;ReadPosRankSum=0.405;SC=ATTTCTAATACAGTCCTGAAA;SOR=0.106;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=206;TCF=126;TCR=80;TR=204;WE=139102128;WS=139102110;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,318:0.99:321
chr3	139108250	rs3215032	C	CTG	2514.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=44;NR=2;PP=2405;SC=TGGAATCAAACGACCAAGACC;SOR=5.136;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=46;TCF=44;TCR=2;TR=46;WE=139108258;WS=139108245;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr3	139195177	rs2233815	C	T	2667.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=1.109;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=279;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=36;PP=1060;ReadPosRankSum=-0.330;SC=GAGGGCCAGACCACAGTACTC;SOR=0.697;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=164;TCF=87;TCR=77;TR=76;WE=139195185;WS=139195167;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:144,134:0.48:278
chr3	139236683	rs2071388	C	T	1297.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.636;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.011;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=42;PP=964;ReadPosRankSum=1.397;SC=CTCTGCAGCACCCTACAGACA;SOR=1.772;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=94;TCF=21;TCR=73;TR=50;WE=139236691;WS=139236673;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,53:0.51:104
chr3	139246382	rs295493	A	G	678.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=16;PP=413;SC=GACCTTCCCCATGAAGGCTGA;SOR=1.893;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=22;TCF=6;TCR=16;TR=22;WE=139246390;WS=139246372;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr3	139257545	rs34662123	GC	G	1260.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=2.423;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.410;HP=5;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.569;NF=31;NR=6;PP=1099;ReadPosRankSum=1.163;SC=TCAGGCCCTTGCCCCCTCTCG;SOR=1.258;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=81;TCF=63;TCR=18;TR=37;WE=139257553;WS=139257535;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,50:0.45:110
chr3	139257603	rs2071387	A	G	2770.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.498;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=298;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.537;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-1.365;NF=57;NR=32;PP=1140;ReadPosRankSum=1.730;SC=AGGAGACACCAGGTGGACGCG;SOR=0.859;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=189;TCF=113;TCR=76;TR=89;WE=139257611;WS=139257593;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:153,143:0.48:296
chr3	139258411	rs11549984	G	A	3005.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.448;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=370;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.807;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=60;PP=1447;ReadPosRankSum=-0.673;SC=CCACAAGCGGGCGGGACGGCT;SOR=0.751;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=221;TCF=93;TCR=128;TR=101;WE=139258419;WS=139258401;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:204,154:0.43:358
chr3	139280328	rs35898558	G	GA	2464.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=37;PP=1722;SC=GCTTTTCTTGGATGTATCGAG;SOR=1.946;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=40;TCF=1;TCR=39;TR=38;WE=139280336;WS=139280318;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr3	139297655	rs10513083	A	G	892.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=3.165;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.986;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=4;PP=636;ReadPosRankSum=-0.738;SC=TTACCCTGTAAGCTCTGCAGA;SOR=1.312;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=68;TCF=55;TCR=13;TR=31;WE=139297663;WS=139297645;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,38:0.45:84
chr3	139318241	rs1846021	A	T	3166.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.336;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=364;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.347;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=45;PP=1394;ReadPosRankSum=-2.462;SC=ACTTTTGCCCATTTTCTTCTT;SOR=0.712;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=228;TCF=112;TCR=116;TR=100;WE=139318249;WS=139318231;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:202,161:0.44:363
chr3	139654444	rs9821708	T	C	804.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=7;NR=12;PP=399;SC=CGCAGCTTCTTTGGCCTCTGT;SOR=1.044;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=7;TCR=12;TR=19;WE=139654452;WS=139654434;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr3	139654466	rs9821843	T	C	675.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.943;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=10;PP=266;ReadPosRankSum=-0.597;SC=CGCCCTGGATTCCCGAAGTCA;SOR=0.407;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=16;TCF=5;TCR=11;TR=15;WE=139654474;WS=139654456;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,27:0.96:28
chr3	139894697	rs4305391	T	C	1061.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=3.229;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.507;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=5;PP=756;ReadPosRankSum=0.525;SC=TGGATGAGAGTCTATGATTGG;SOR=1.174;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=80;TCF=65;TCR=15;TR=39;WE=139894705;WS=139894687;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,44:0.51:87
chr3	140122341	rs4683494	G	A	325.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.509;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=1;PP=194;ReadPosRankSum=1.745;SC=CTGCTGGCTCGTGGACCACAC;SOR=1.127;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=18;TCF=16;TCR=2;TR=11;WE=140122349;WS=140122331;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,14:0.58:24
chr3	140167536	rs2081803	A	G	6046.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=43;NR=105;PP=2965;SC=AATCCCTTCAAAAGTTATGTG;SOR=1.391;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=150;TCF=44;TCR=106;TR=148;WE=140167544;WS=140167526;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,217:1.00:217
chr3	140178279	rs9836487	G	A	2190.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.222;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.268;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=25;PP=1392;ReadPosRankSum=-0.052;SC=AGTACACTGAGTAGTTCACCT;SOR=0.927;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=157;TCF=106;TCR=51;TR=80;WE=140178287;WS=140178269;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:107,99:0.48:206
chr3	140178485	rs7632885	G	A	5073.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.665;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=460;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.729;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=90;NR=75;PP=2610;ReadPosRankSum=-1.492;SC=GGGTGCCAAAGTCCCCGATGG;SOR=0.818;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=306;TCF=161;TCR=145;TR=165;WE=140178493;WS=140178475;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:218,236:0.52:454
chr3	140178638	rs10590825	CCCT	C	4736.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.242;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=244;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.360;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.316;NF=4;NR=54;PP=2483;ReadPosRankSum=-0.539;SC=GCCCTTCCACCCCTCCTACCC;SOR=0.877;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=118;TCF=8;TCR=110;TR=58;WE=140178648;WS=140178628;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:105,123:0.54:228
chr3	140281723	rs11714465	C	T	6863.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=253;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=91;NR=65;PP=2965;SC=GTCCGGCTTCCCTTGAGGCCC;SOR=0.901;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=159;TCF=91;TCR=68;TR=156;WE=140281731;WS=140281713;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,252:1.00:252
chr3	140282084	rs4683509	C	G	2450.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=51;PP=1515;SC=GGACACAGGTCGTCATTGTGA;SOR=1.809;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=67;TCF=16;TCR=51;TR=67;WE=140282092;WS=140282074;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr3	140282861	rs10804675	C	T	10854.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.617;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=434;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=144;NR=131;PP=2965;ReadPosRankSum=0.984;SC=TTGTGTTTGTCGTGGCCATGG;SOR=0.576;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=285;TCF=150;TCR=135;TR=275;WE=140282869;WS=140282851;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:9,420:0.98:429
chr3	140285115	rs4683510	T	C	414.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=10;PP=235;SC=GTCTGCTGCCTGGCCCACATG;SOR=3.126;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=11;TCF=1;TCR=10;TR=11;WE=140285123;WS=140285105;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr3	140401693	rs698673	A	G	15355.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=544;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=180;NR=171;PP=2965;SC=TGCCGCAACAAGCGCATCGCT;SOR=0.735;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=351;TCF=180;TCR=171;TR=351;WE=140401701;WS=140401683;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,531:1.00:531
chr3	140678384	.	TA	T	347.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.323;ClippingRankSum=0.000;DP=131;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.17;MQRankSum=1.995;QD=2.87;ReadPosRankSum=-2.367;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:78,43:0.36:121
chr3	140682087	.	T	TA	176.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.672;ClippingRankSum=0.000;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=2.528;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.15;MQRankSum=1.355;QD=3.10;ReadPosRankSum=-0.156;SOR=0.397;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,18:0.32:57
chr3	140685360	.	G	GT	47	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;FR=0.5335;HP=13;HapScore=3;MGOF=20;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=0;NR=4;PP=47;QD=13.0;SC=TATTCTGTTGGTTTTTTTTTT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=4;WE=140685368;WS=140685350;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:2,4:0.67:6
chr3	140692486	rs2555707	G	T	399.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=9;NR=5;PP=239;SC=TTTATTATTAGAATGACATAT;SOR=1.244;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=14;TCF=9;TCR=5;TR=14;WE=140692494;WS=140692476;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr3	140851016	.	G	GT	78.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.100;ClippingRankSum=0.000;DP=82;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.11;ReadPosRankSum=-0.166;SOR=0.526;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:57,14:0.20:71
chr3	140979184	rs1511378	T	C	541.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=16;PP=376;SC=TATAAATGAATGATGAGGCTG;SOR=3.716;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=18;TCF=2;TCR=16;TR=18;WE=140979192;WS=140979174;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr3	140998214	rs13087169	G	A	5846.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=81;NR=58;PP=2388;SC=TGCTTCTCTCGCGCAGGTCAT;SOR=0.980;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=141;TCF=81;TCR=60;TR=139;WE=140998222;WS=140998204;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,227:1.00:227
chr3	141230886	.	G	GT	66.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.757;ClippingRankSum=0.000;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=6.505;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.80;ReadPosRankSum=0.965;SOR=2.336;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,11:0.30:37
chr3	141535558	rs36009541	A	G	2031.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.458;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.555;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=18;PP=1097;ReadPosRankSum=-1.560;SC=CTTCACAGAGAAAAGTCTGAT;SOR=0.763;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=118;TCF=80;TCR=38;TR=60;WE=141535566;WS=141535548;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:91,95:0.51:186
chr3	141535608	rs33928105	C	A	3396.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.123;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=329;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=42;PP=1690;ReadPosRankSum=0.112;SC=GATCAACTTTCCTCGCCTGGA;SOR=0.685;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=208;TCF=129;TCR=79;TR=108;WE=141535616;WS=141535598;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:160,164:0.51:324
chr3	141595527	rs11539489	C	G	993.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.153;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.810;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=5;PP=651;ReadPosRankSum=-0.060;SC=TGTTCTCGGCCGTCCCACCCT;SOR=1.603;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=109;TCF=87;TCR=22;TR=42;WE=141595535;WS=141595517;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,51:0.41:125
chr3	141595883	rs7616510	G	C	446.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-1.958;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.808;HP=2;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=11;PP=238;ReadPosRankSum=-1.473;SC=CCTAACCCGGGCGGCGGCGGC;SOR=0.120;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=27;TCF=3;TCR=24;TR=13;WE=141595891;WS=141595873;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,19:0.58:33
chr3	141621075	rs5853057	TG	T	1338.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.087;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=29;PP=698;ReadPosRankSum=1.504;SC=ACCTGGTAATTGGGGGGGAGG;SOR=0.731;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=75;TCF=3;TCR=72;TR=31;WE=141621084;WS=141621065;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,57:0.49:116
chr3	141622630	.	G	GT	31.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.706;ClippingRankSum=0.000;DP=176;ExcessHet=3.0103;FS=0.986;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.06;MQRankSum=0.000;QD=0.25;ReadPosRankSum=-1.202;SOR=0.530;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:110,19:0.15:129
chr3	141622695	rs11710245	G	A	552.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-1.748;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.023;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=17;PP=344;ReadPosRankSum=0.773;SC=ATGATCTTGGGTCACTGCAAC;SOR=0.326;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=44;TCF=7;TCR=37;TR=22;WE=141622703;WS=141622685;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,25:0.49:51
chr3	141625999	rs7622417	G	C	1577.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=16;NR=13;PP=724;SC=TCCCTTTTATGTCTTTATAGG;SOR=0.800;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=29;TCF=16;TCR=13;TR=29;WE=141626007;WS=141625989;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr3	141626123	rs3792411	A	G	319.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=1.367;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.592;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=9;PP=163;ReadPosRankSum=2.335;SC=AAACGTGAGTATGTTTTCTTA;SOR=1.510;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=21;TCF=6;TCR=15;TR=11;WE=141626131;WS=141626113;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,17:0.40:43
chr3	141626189	rs3838612	C	CGGTA	427.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.419;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=3;PP=115;ReadPosRankSum=1.362;SC=GGGCCGGGCACGGTAGCTCAC;SOR=0.582;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=15;TCF=3;TCR=12;TR=4;WE=141626197;WS=141626179;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,12:0.48:25
chr3	141644274	rs1131029	G	C	696.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=8;PP=484;SC=CTGGGCAACAGTCTCAAAAAG;SOR=1.609;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=24;TCF=16;TCR=8;TR=24;WE=141644282;WS=141644264;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr3	141709083	rs6440055	A	G	391.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.782;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.933;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=6;PP=137;ReadPosRankSum=2.106;SC=CTTAGCAGTGAGCATGAGGGA;SOR=0.527;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=45;TCF=25;TCR=20;TR=14;WE=141709091;WS=141709073;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,24:0.31:77
chr3	141812759	rs9877817	G	A	3258.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=37;NR=29;PP=1417;SC=ATATAGCACAGGATTTGGCAC;SOR=0.902;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=67;TCF=38;TCR=29;TR=66;WE=141812767;WS=141812749;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr3	141904474	rs6785098	C	T	629.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=14;NR=6;PP=426;SC=AACTAAATACCACTCAGAATT;SOR=1.609;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=21;TCF=14;TCR=7;TR=20;WE=141904482;WS=141904464;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr3	141904977	rs6440065	G	A	4425.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=75;NR=40;PP=2272;SC=TTTTCCCCACGAAACAAAATG;SOR=1.278;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=115;TCF=75;TCR=40;TR=115;WE=141904985;WS=141904967;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,165:1.00:165
chr3	141905253	rs9837628	C	A	845.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.819;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.63;ReadPosRankSum=0.059;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,21:0.64:33
chr3	141905259	rs9857725	T	G	866.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.919;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=26.27;ReadPosRankSum=0.138;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,21:0.64:33
chr3	141905261	rs9857726	T	G	838.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.422;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.67;ReadPosRankSum=-0.057;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,22:0.65:34
chr3	141906446	rs57206350	CA	C	77.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.430;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.47;MQRankSum=0.959;QD=3.53;ReadPosRankSum=-2.043;SOR=1.061;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,11:0.50:22
chr3	141917810	rs74836705	T	C	1194.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=2.428;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=29;PP=801;ReadPosRankSum=1.364;SC=GGAAAATGCATTTAGTAGTGT;SOR=0.641;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=100;TCF=31;TCR=69;TR=40;WE=141917818;WS=141917800;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,53:0.45:117
chr3	141923506	rs9830411	C	T	675.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.051;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=1.962;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.15;MQRankSum=1.014;QD=9.52;ReadPosRankSum=-1.360;SOR=0.458;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,36:0.51:71
chr3	141932356	rs6440072	G	A	4795.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.572;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=510;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=78;NR=75;PP=2248;ReadPosRankSum=0.119;SC=GCTTATCACAGAATGTACTTA;SOR=0.678;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=311;TCF=157;TCR=154;TR=153;WE=141932364;WS=141932346;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:262,240:0.48:502
chr3	141932531	rs11926898	T	C	701.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=2.521;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.290;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=24;PP=528;ReadPosRankSum=0.789;SC=AAATCCAATATAATCTTTAAG;SOR=0.483;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=60;TCF=8;TCR=52;TR=29;WE=141932539;WS=141932521;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,30:0.45:67
chr3	142051147	rs4608715	T	C	138.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-0.615;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.981;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=1;PP=46;ReadPosRankSum=1.208;SC=TAAAAGTACATGATTAAAAAG;SOR=1.643;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=20;TCF=13;TCR=7;TR=6;WE=142051155;WS=142051137;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,8:0.38:21
chr3	142076059	rs3816805	A	G	451.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.260;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.034;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=14;PP=306;ReadPosRankSum=0.368;SC=CATCATCAGCATTAGTAAATA;SOR=0.292;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=27;TCF=4;TCR=23;TR=18;WE=142076067;WS=142076049;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,19:0.63:30
chr3	142083776	rs3214978	T	TTA	224.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.616;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=0;PP=291;ReadPosRankSum=0.049;SC=ATAAAAAGATTGTTTGTTCCT;SOR=1.270;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=15;TCR=2;TR=8;WE=142083784;WS=142083766;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,7:0.41:17
chr3	142094816	rs113527448	G	GCACA	1404.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.098;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.78;ReadPosRankSum=2.181;SOR=0.722;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,37:0.52:71
chr3	142122451	rs2306699	T	A	643.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=0.231;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=4;PP=242;ReadPosRankSum=-1.160;SC=CTGGTAAACATCCCAGCAGCT;SOR=0.734;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=27;TCF=20;TCR=7;TR=16;WE=142122459;WS=142122441;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,30:0.67:45
chr3	142145480	rs114962950	A	G	281.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-0.488;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.246;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=3;PP=187;ReadPosRankSum=-0.449;SC=AGTAAATGGAACCCTAAGGCC;SOR=0.223;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=24;TCF=20;TCR=4;TR=13;WE=142145488;WS=142145470;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,13:0.54:24
chr3	142168331	rs1802904	C	T	11014.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=422;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=131;NR=110;PP=2965;SC=CAGTAGCTTCCTGTATAAGGT;SOR=0.797;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=249;TCF=131;TCR=118;TR=241;WE=142168339;WS=142168321;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,421:1.00:421
chr3	142215178	rs7620648	A	C	852.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=54;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=14;NR=7;PP=340;SC=ATATATATATATGATGACATT;SOR=1.214;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=14;TCR=7;TR=21;WE=142215186;WS=142215168;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr3	142215233	rs112018640	G	A	467.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.404;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.670;HP=1;HapScore=2;MGOF=27;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=2;PP=135;ReadPosRankSum=0.000;SC=CCCTTTCCACGTACAGTTCAG;SOR=1.356;SbPval=0.99;Source=Platypus;TC=52;TCF=31;TCR=21;TR=14;WE=142215241;WS=142215223;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,31:0.33:94
chr3	142215365	.	AAAGGAAGT	A	2939	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MMLQ=28;MQ=60.0;NF=2;NR=9;PP=2939;QD=20;SC=AATCTGGTCTAAAGGAAGTAA;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=27;TCF=4;TCR=23;TR=11;WE=142215384;WS=142215355;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:16,11:0.41:27
chr3	142215367	rs72371423	AGG	A	646.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.112;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.98;ReadPosRankSum=-1.133;SOR=0.682;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,19:0.35:54
chr3	142215370	rs72272981	AAGTAAC	A	646.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.264;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.98;ReadPosRankSum=-1.069;SOR=0.682;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,19:0.35:54
chr3	142215376	.	C	A	1018	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;FR=0.5000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MMLQ=28;MQ=60.0;NF=3;NR=9;PP=1018;QD=87.7309343789;SC=AAGGAAGTAACAACACATTGG;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=27;TCF=7;TCR=20;TR=12;WE=142215384;WS=142215355;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:15,12:0.44:27
chr3	142217727	.	C	CT	126.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.865;ClippingRankSum=0.000;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.70;ReadPosRankSum=-0.984;SOR=0.674;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,14:0.30:47
chr3	142218046	rs115556969	C	T	652.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.273;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=10;PP=262;ReadPosRankSum=-0.316;SC=CTTTGAACAACTAAACAAGGC;SOR=0.674;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=39;TCF=19;TCR=20;TR=20;WE=142218054;WS=142218036;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,33:0.40:83
chr3	142218137	.	CT	C	190.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.337;ClippingRankSum=0.000;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.15;ReadPosRankSum=-2.027;SOR=0.678;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,17:0.55:31
chr3	142222284	rs2227931	A	G	1522.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.421;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FS=3.548;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.01;ReadPosRankSum=0.118;SOR=0.474;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:86,83:0.49:169
chr3	142231062	.	T	TA	180.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.041;ClippingRankSum=0.000;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.23;ReadPosRankSum=2.285;SOR=0.616;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,20:0.36:56
chr3	142243089	rs112226233	G	T	1409.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=3.082;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=45;PP=947;ReadPosRankSum=-1.102;SC=CTACAAACTAGTATGTTTTCC;SOR=0.723;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=118;TCF=18;TCR=100;TR=53;WE=142243097;WS=142243079;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,60:0.44:135
chr3	142259691	rs112212979	T	C	566.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=0.810;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.159;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=8;PP=452;ReadPosRankSum=-0.313;SC=TTCAAGTTAGTGCTACTGGAA;SOR=0.192;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=67;TCF=52;TCR=15;TR=30;WE=142259699;WS=142259681;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,27:0.41:66
chr3	142266778	rs76852171	A	T	657.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=2.297;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=30;PP=662;ReadPosRankSum=-0.818;SC=GTTAAAAAAAATTTTTTTCTT;SOR=0.811;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=60;TCF=8;TCR=52;TR=35;WE=142266786;WS=142266768;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,36:0.55:65
chr3	142268277	rs34213965	C	T	94.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.150;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=23.69;ReadPosRankSum=-0.319;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,3:0.75:4
chr3	142268372	rs28910272	C	T	523.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.571;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.079;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=6;PP=329;ReadPosRankSum=0.273;SC=AAGAACAGACCAAATGAGAAA;SOR=0.210;SbPval=0.23;Source=Platypus;TC=39;TCF=31;TCR=8;TR=20;WE=142268380;WS=142268362;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,23:0.48:48
chr3	142268612	rs34678750	A	G	633.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-3.209;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.480;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=16;PP=287;ReadPosRankSum=0.391;SC=AATGCCACACATATTTGGAGT;SOR=0.197;SbPval=0.14;Source=Platypus;TC=48;TCF=10;TCR=38;TR=24;WE=142268620;WS=142268602;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,33:0.49:68
chr3	142269075	rs28910271	C	T	3992.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=0.645;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=504;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=62;PP=1640;ReadPosRankSum=-3.006;SC=TGTTTTCGCACGTCAGCATTC;SOR=0.664;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=273;TCF=134;TCR=139;TR=125;WE=142269083;WS=142269065;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:285,212:0.43:497
chr3	142272275	rs142950892	A	AAC	946.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.810;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.429;HP=2;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=2.138;NF=3;NR=38;PP=1201;ReadPosRankSum=-0.652;SC=TGAATACACAAACACACACAC;SOR=0.350;SbPval=0.22;Source=Platypus;TC=103;TCF=4;TCR=99;TR=41;WE=142272284;WS=142272265;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,41:0.36:113
chr3	142272314	rs9869842	G	A	2750.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=24;NR=67;PP=2091;SC=ACACACATATGTATCTCCAAT;SOR=1.872;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=92;TCF=24;TCR=68;TR=91;WE=142272322;WS=142272304;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr3	142274770	rs77208665	T	C	2022.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-2.794;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.546;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=25;PP=780;ReadPosRankSum=0.813;SC=AGGAATGGCTTGCAGACAGAA;SOR=0.399;SbPval=0.23;Source=Platypus;TC=122;TCF=82;TCR=40;TR=62;WE=142274778;WS=142274760;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,98:0.55:177
chr3	142275353	rs28910270	C	T	3381.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.047;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=342;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.292;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=55;PP=1491;ReadPosRankSum=-0.029;SC=CTGTTCTCCACTCAAGGAATA;SOR=0.783;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=204;TCF=90;TCR=114;TR=96;WE=142275361;WS=142275343;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:169,166:0.50:335
chr3	142277365	rs199661872	AAAAT	A	1890.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.599;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.164;HP=4;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=5;PP=2482;ReadPosRankSum=1.039;SC=CTCCGTCTCAAAAATAAATAA;SOR=0.286;SbPval=0.99;Source=Platypus;TC=126;TCF=101;TCR=25;TR=69;WE=142277380;WS=142277355;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,77:0.50:155
chr3	142277398	.	A	AG	974.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=1.552;ClippingRankSum=0.000;DP=322;ExcessHet=3.0103;FS=37.686;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.35;ReadPosRankSum=5.366;SOR=3.430;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:168,56:0.25:224
chr3	142277399	.	A	G	2962	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;FR=0.5000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MMLQ=25;MQ=59.92;NF=99;NR=26;PP=2962;QD=20;SC=TAAATAAATAAATAGATAGAT;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=270;TCF=202;TCR=68;TR=125;WE=142277407;WS=142277385;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:145,125:0.46:270
chr3	142277399	.	A	ATAG	4827.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=1.732;ClippingRankSum=0.000;DP=326;ExcessHet=3.0103;FS=40.333;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.88;ReadPosRankSum=5.607;SOR=3.512;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:165,139:0.46:304
chr3	142277536	rs2227929	A	G	16839.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.63;BaseQRankSum=-0.429;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1684;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.515;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=229;NR=223;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.220;SC=TTAAACAGCCATCATCAGAAT;SOR=0.674;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=880;TCF=446;TCR=434;TR=452;WE=142277544;WS=142277526;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:828,846:0.51:1674
chr3	142277575	rs2227930	A	T	38598.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.62;BaseQRankSum=2.503;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1462;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=363;NR=442;PP=2965;ReadPosRankSum=1.653;SC=GTGAGAGCATACCACATAAAT;SOR=0.400;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=806;TCF=363;TCR=443;TR=805;WE=142277583;WS=142277565;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,1455:1.00:1456
chr3	142280108	rs28897765	T	C	4885.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.314;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=456;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.524;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=86;NR=53;PP=2362;ReadPosRankSum=0.442;SC=TTGGTGCTCTTTTAGAAGGGT;SOR=0.762;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=282;TCF=167;TCR=115;TR=139;WE=142280116;WS=142280098;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:220,233:0.51:453
chr3	142280990	rs200229507	CTTA	C	820.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-0.634;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.925;HP=6;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.955;NF=12;NR=2;PP=541;ReadPosRankSum=1.177;SC=ATTCTATTTTCTTATTATTAC;SOR=1.402;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=33;TCF=27;TCR=6;TR=14;WE=142281000;WS=142280980;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,22:0.55:40
chr3	142281298	rs28897764	C	T	2271.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-2.686;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=255;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.467;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=51;PP=1142;ReadPosRankSum=0.486;SC=TTTAAATAGACAGGTTCAATA;SOR=0.758;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=173;TCF=68;TCR=105;TR=81;WE=142281306;WS=142281288;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:135,116:0.46:251
chr3	142281612	rs2227928	A	G	6953.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=275;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=124;NR=90;PP=2965;SC=AGTAAGAACCATTAATAAAGT;SOR=1.036;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=217;TCF=124;TCR=93;TR=214;WE=142281620;WS=142281602;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,268:1.00:268
chr3	142281994	rs112718453	C	T	171.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=4.203;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=8;PP=124;ReadPosRankSum=1.015;SC=CAAGTATATCCGAAGTGCTAA;SOR=0.392;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=0;TCR=20;TR=8;WE=142282002;WS=142281984;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,8:0.40:20
chr3	142388513	rs3836386	AATG	A	250.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.338;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.111;NF=0;NR=6;PP=256;ReadPosRankSum=-1.535;SC=ACTGCTTTAAAATGATGATGA;SOR=0.836;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=0;TCR=16;TR=6;WE=142388523;WS=142388503;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,8:0.53:15
chr3	142408606	rs6793735	G	A	2249.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=25;NR=28;PP=956;SC=ACACATACCCGTGCCTGCACA;SOR=0.740;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=53;TCF=25;TCR=28;TR=53;WE=142408614;WS=142408596;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr3	142413407	rs6789958	C	T	3133.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-1.920;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=40;PP=1427;ReadPosRankSum=1.844;SC=TTTTATTGTGCTTCAGCTTTA;SOR=0.258;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=74;TCF=33;TCR=41;TR=73;WE=142413415;WS=142413397;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,119:0.99:120
chr3	142417056	rs78432147	G	T	86.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-2.260;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=4;PP=45;ReadPosRankSum=-0.475;SC=TTACAAGTTTGCTTTAATAAA;SOR=0.223;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=5;WE=142417064;WS=142417046;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,5:0.56:9
chr3	142503605	rs7621642	G	A	3914.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=0.127;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=439;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.732;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=50;PP=1657;ReadPosRankSum=1.312;SC=GACAGATGTCGGGTTACCGAC;SOR=0.786;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=239;TCF=124;TCR=115;TR=110;WE=142503613;WS=142503595;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:233,199:0.46:432
chr3	142516826	rs16852615	G	A	1714.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.539;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.434;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=11;PP=720;ReadPosRankSum=-0.597;SC=GCTGTTTCAGGTGTTTTGCAT;SOR=0.856;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=89;TCF=61;TCR=28;TR=42;WE=142516834;WS=142516816;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,77:0.57:134
chr3	142521224	rs11382953	C	CT	86.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.286;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.19;MQRankSum=0.000;QD=1.89;ReadPosRankSum=1.490;SOR=0.497;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,13:0.28:46
chr3	142523349	rs3821647	G	A	4527.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.040;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=464;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.521;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=79;NR=68;PP=2119;ReadPosRankSum=-2.032;SC=ACAAATGTACGTTACCTCCAC;SOR=0.645;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=294;TCF=161;TCR=133;TR=147;WE=142523357;WS=142523339;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:230,224:0.49:454
chr3	142523555	rs4259003	G	A	821.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=3.388;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.203;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=28;PP=702;ReadPosRankSum=-0.398;SC=TAAGTATGCAGGTTCCCTAAG;SOR=1.026;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=73;TCF=15;TCR=58;TR=33;WE=142523563;WS=142523545;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,34:0.43:79
chr3	142524858	rs1132030	G	A	1493.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.535;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.200;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=20;PP=729;ReadPosRankSum=0.338;SC=AGGAATGGAGGAATTTGAAAC;SOR=0.499;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=88;TCF=54;TCR=34;TR=49;WE=142524866;WS=142524848;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,73:0.54:136
chr3	142537071	rs7772	C	G	846.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=2.363;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.333;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=6;PP=695;ReadPosRankSum=0.308;SC=CTTTCGGAATCCTCTTTCAGA;SOR=1.106;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=67;TCF=53;TCR=14;TR=33;WE=142537079;WS=142537061;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,36:0.49:74
chr3	142548560	rs35692900	A	G	3402.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.096;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=295;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.890;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=50;PP=1530;ReadPosRankSum=-0.269;SC=TGTGGTGGTGACAGGCTGTTC;SOR=0.729;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=179;TCF=91;TCR=88;TR=104;WE=142548568;WS=142548550;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:131,162:0.55:293
chr3	142567327	rs893883	G	A	2391.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.297;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=288;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.651;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=51;PP=1173;ReadPosRankSum=-0.047;SC=GCCAAGAAAAGCGCCAATTAG;SOR=0.874;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=180;TCF=68;TCR=112;TR=80;WE=142567335;WS=142567317;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:162,121:0.43:283
chr3	142720348	rs766360	G	A	537.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=0.269;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=3;PP=357;ReadPosRankSum=1.923;SC=CCCTAAGGTCGCTATCTCGAC;SOR=1.358;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=18;TCF=15;TCR=3;TR=17;WE=142720356;WS=142720346;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,20:0.95:21
chr3	142729433	rs2173599	T	C	293.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=6;NR=2;PP=178;SC=CACTAGTGTTTATTATATTTT;SOR=1.802;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=6;TCR=2;TR=8;WE=142729441;WS=142729423;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr3	142730774	rs2124541	T	G	9897.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-2.490;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=396;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=111;NR=105;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.545;SC=TGAATCAGACTTGGGGATTTT;SOR=0.225;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=218;TCF=112;TCR=106;TR=216;WE=142730782;WS=142730764;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,387:1.00:388
chr3	142752293	rs1449869	G	A	232.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=8;PP=188;SC=AGAATAAGAAGTACAGTCAGC;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=8;WE=142752301;WS=142752283;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr3	142756907	rs11929440	A	G	661.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=11;NR=11;PP=356;SC=ACTTCGGGTCATCCACTAGTA;SOR=0.765;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=22;TCF=11;TCR=11;TR=22;WE=142756915;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr3	142772377	rs11441481	A	AT	49.86	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.431;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=8.31;ReadPosRankSum=-0.000;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,5:0.83:6
chr3	142773738	rs10935479	C	T	1195.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.61;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=20;NR=7;PP=579;SC=AATGAATACCCGATCCTTTGC;SOR=1.364;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=20;TCR=7;TR=27;WE=142773746;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr3	143214114	rs838598	T	C	1540.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.141;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.759;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=13;PP=944;ReadPosRankSum=-0.087;SC=ACAGAATAATTCGTAAAAGTA;SOR=0.616;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=89;TCF=65;TCR=24;TR=49;WE=143214122;WS=143214104;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,66:0.58:113
chr3	143412268	rs12488981	T	C	927.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=3.146;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.811;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=28;PP=587;ReadPosRankSum=-0.925;SC=ATTGCCACCATCCTGCCAAAT;SOR=1.648;SbPval=0.92;Source=Platypus;TC=90;TCF=29;TCR=61;TR=35;WE=143412276;WS=143412258;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,46:0.37:125
chr3	143530497	rs72993346	A	G	389.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.971;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=1.515;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.57;ReadPosRankSum=0.430;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,20:0.65:31
chr3	143567207	rs11714060	A	G	7240.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=270;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=66;NR=134;PP=2965;SC=ACCTGGATAAAGGCTATTTTA;SOR=1.395;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=201;TCF=66;TCR=135;TR=200;WE=143567215;WS=143567197;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,264:1.00:264
chr3	143704516	rs9847681	C	T	5942.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.209;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=686;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=91;NR=91;PP=2569;ReadPosRankSum=0.523;SC=GAGTTGACCTCGCTTGGCAAT;SOR=0.688;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=411;TCF=204;TCR=207;TR=182;WE=143704524;WS=143704506;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:367,306:0.45:673
chr3	145788467	rs6710	T	C	4959.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=99;NR=42;PP=2956;SC=CAGTCATTCATCCAAAATAAA;SOR=1.596;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=142;TCF=100;TCR=42;TR=141;WE=145788475;WS=145788457;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,177:1.00:177
chr3	145788803	rs2305274	T	C	2207.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=34;NR=31;PP=1501;SC=TTTTGAAAAATCTAAAAACAC;SOR=0.693;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=65;TCF=34;TCR=31;TR=65;WE=145788811;WS=145788793;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr3	145790948	rs7639592	A	G	677.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=14;NR=4;PP=415;SC=CAGTAATTGAATCAAATAAAT;SOR=2.030;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=14;TCR=4;TR=18;WE=145790956;WS=145790938;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr3	145794776	rs142623177	CTTTA	C	1268.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=18;PP=924;SC=TAATTTCTATCTTTATATTTC;SOR=2.546;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=19;TCF=1;TCR=18;TR=19;WE=145794787;WS=145794766;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr3	145795559	rs9874388	A	G	1265.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=30;NR=8;PP=839;SC=CTAAATGCAAATAAGGCCCTT;SOR=2.584;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=38;TCF=30;TCR=8;TR=38;WE=145795567;WS=145795549;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr3	145803138	rs1375583	T	C	3767.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.33;SOR=1.270;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr3	145803142	rs1375582	T	A	3645.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.57;SOR=1.468;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr3	145804524	rs3804668	C	A	917.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=22;NR=6;PP=560;SC=TTTTTCTTAACGTTTCCTTAG;SOR=2.235;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=29;TCF=23;TCR=6;TR=28;WE=145804532;WS=145804514;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr3	145809750	rs3792341	T	C	2596.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=20;NR=43;PP=1342;SC=GGTTTCATTCTATAATCATCT;SOR=1.420;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=63;TCF=20;TCR=43;TR=63;WE=145809758;WS=145809740;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr3	145820684	rs3762691	G	A	3010.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=32;NR=47;PP=1386;SC=TAAAATACGTGTGTGTGTGTC;SOR=1.003;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=79;TCF=32;TCR=47;TR=79;WE=145820692;WS=145820674;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr3	145824478	rs9289716	A	G	5977.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=55;NR=108;PP=2965;SC=TTCAAAGACCAAAACTGGTGT;SOR=1.315;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=163;TCF=55;TCR=108;TR=163;WE=145824486;WS=145824468;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,218:1.00:218
chr3	145824504	rs7614409	G	A	4059.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=31;NR=83;PP=2565;SC=TAATTTCACTGACCAGTTGAA;SOR=1.802;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=114;TCF=31;TCR=83;TR=114;WE=145824512;WS=145824494;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,141:1.00:141
chr3	145828256	rs3842573	G	GT	8697.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.987;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=254;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.164;NF=5;NR=149;PP=2967;ReadPosRankSum=-1.396;SC=AGGAAAAAATGTGTTTTAAAA;SOR=1.133;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=163;TCF=5;TCR=158;TR=154;WE=145828264;WS=145828246;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,236:1.00:237
chr3	145838895	rs4681297	C	T	21361.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=800;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=328;NR=177;PP=2965;SC=GGTGTTTCTCCTACCATTCAG;SOR=1.230;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=516;TCF=328;TCR=188;TR=505;WE=145838903;WS=145838885;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,780:1.00:780
chr3	145841294	rs10663012	A	AAAAC	2259.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-1.608;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.204;NF=2;NR=35;PP=1538;ReadPosRankSum=-1.520;SC=CCTCTAAATGAAAACAAACAA;SOR=0.548;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=45;TCF=5;TCR=40;TR=37;WE=145841302;WS=145841284;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,55:0.96:57
chr3	145841854	rs6802384	T	C	2810.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=49;NR=29;PP=1600;SC=TTACAGATTGTACTGCTGTTA;SOR=1.125;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=78;TCF=49;TCR=29;TR=78;WE=145841862;WS=145841844;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr3	145912177	rs9815240	T	G	1112.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.645;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.576;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=18;PP=448;ReadPosRankSum=-3.110;SC=TTAACCATAGTTGATGGCTTG;SOR=0.742;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=104;TCF=51;TCR=53;TR=32;WE=145912185;WS=145912167;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:119,62:0.34:181
chr3	146113576	rs11340803	CT	C	1049.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=3.504;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.717;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=15;PP=914;ReadPosRankSum=-0.468;SC=AGCATCAATGCTTTAATTTTA;SOR=0.608;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=53;TCF=18;TCR=35;TR=25;WE=146113584;WS=146113566;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,41:0.35:118
chr3	146167163	.	C	CA	632.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.322;ClippingRankSum=0.000;DP=269;ExcessHet=3.0103;FS=2.225;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.07;ReadPosRankSum=-1.859;SOR=0.504;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:142,64:0.31:206
chr3	146176075	rs12494007	C	T	591.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.863;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.16;ReadPosRankSum=0.240;SOR=0.631;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:60,36:0.38:96
chr3	146176126	.	G	C	1168.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.150;ClippingRankSum=0.000;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=19;PP=583;ReadPosRankSum=0.399;SC=TATATTTATAGTTTTTGATGT;SOR=0.728;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=59;TCF=30;TCR=29;TR=38;WE=146176134;WS=146176116;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,57:0.59:97
chr3	146177594	.	G	GT	211.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.532;ClippingRankSum=0.000;DP=129;ExcessHet=3.0103;FS=5.943;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.72;ReadPosRankSum=-0.792;SOR=1.402;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:95,28:0.23:123
chr3	146177815	rs6806535	C	T	1922.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.398;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=354;ExcessHet=3.0103;FS=0.878;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.61;ReadPosRankSum=-0.963;SOR=0.636;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:235,108:0.31:343
chr3	146251430	rs2738905	A	G	1718.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.842;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FS=2.344;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.76;ReadPosRankSum=-0.757;SOR=0.436;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,46:0.53:87
chr3	146251433	rs2587024	T	G	1640.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.790;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FS=1.119;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.77;ReadPosRankSum=-1.068;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:40,43:0.52:83
chr3	146303750	rs342902	G	A	268.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-1.582;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.804;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=4;PP=195;ReadPosRankSum=-0.483;SC=ATGAAAAAGAGTTAGATAGCG;SOR=0.368;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=22;TCF=17;TCR=5;TR=14;WE=146303758;WS=146303740;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,13:0.57:23
chr3	146307339	rs56763997	T	A	2842.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-3.441;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.327;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=75;NR=22;PP=1700;ReadPosRankSum=-1.806;SC=TAAAATATACTCTTTGGGGGT;SOR=0.504;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=147;TCF=115;TCR=32;TR=97;WE=146307347;WS=146307329;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,122:0.69:178
chr3	146307635	rs343289	C	A	1700.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-6.986;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=17.801;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=44;PP=1025;ReadPosRankSum=-1.241;SC=TTAAATTTGACAGTGAAAAAA;SOR=0.059;SbPval=0.19;Source=Platypus;TC=90;TCF=14;TCR=76;TR=56;WE=146307643;WS=146307625;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,70:0.67:105
chr3	146311589	rs12107668	C	T	1811.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.928;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.403;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=7;PP=1180;ReadPosRankSum=1.146;SC=GAGCAACATACTATTAATAAT;SOR=1.098;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=91;TCF=79;TCR=12;TR=61;WE=146311597;WS=146311579;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,73:0.70:104
chr3	146311937	rs147223969	CA	C	1050.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.571;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=12;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.005;NF=2;NR=40;PP=606;ReadPosRankSum=-0.069;SC=ACTAATGGAACAAAAAAAAAA;SOR=0.592;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=68;TCF=2;TCR=66;TR=42;WE=146311945;WS=146311927;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,60:0.76:79
chr3	146312941	rs6787813	G	T	880.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-0.163;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.916;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=15;PP=314;ReadPosRankSum=-2.188;SC=GATACTACTAGTACCCTATTT;SOR=1.030;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=39;TCF=15;TCR=24;TR=22;WE=146312949;WS=146312931;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,44:0.57:77
chr3	146313036	rs6787741	C	T	214.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=6;PP=109;ReadPosRankSum=0.089;SC=TGCAAAAGAACGTAATTTTTT;SOR=0.693;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=20;TCF=8;TCR=12;TR=10;WE=146313044;WS=146313026;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,12:0.50:24
chr3	146322901	rs61435584	A	G	1046.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=3.555;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=3;PP=807;ReadPosRankSum=-0.903;SC=TAAAGTACCAATCTAACTGGT;SOR=0.452;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=52;TCF=49;TCR=3;TR=37;WE=146322909;WS=146322891;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,37:0.67:55
chr3	147111779	rs62273364	T	C	1723.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.151;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=314;ExcessHet=3.0103;FS=5.607;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.61;ReadPosRankSum=-1.304;SOR=0.993;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:205,102:0.33:307
chr3	147111904	rs113382372	C	CCT	79.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.511;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=14.194;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.67;MQRankSum=3.198;QD=3.32;ReadPosRankSum=0.000;SOR=1.044;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,6:0.25:24
chr3	147120444	.	T	TA	408.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.572;ClippingRankSum=0.000;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=9.375;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.13;MQRankSum=1.102;QD=5.52;ReadPosRankSum=-0.849;SOR=2.120;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:40,34:0.46:74
chr3	147121751	rs6766244	C	T	3958.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.383;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=278;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.380;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=82;NR=45;PP=2139;ReadPosRankSum=-0.200;SC=GTAGACTCACCTTTTCCCAGA;SOR=0.989;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=188;TCF=117;TCR=71;TR=127;WE=147121759;WS=147121741;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:95,175:0.65:270
chr3	148459395	rs5182	C	T	8128.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.721;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=559;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.549;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=100;NR=125;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.692;SC=ATTCAACCCTCCCGATAGGGC;SOR=0.754;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=350;TCF=158;TCR=192;TR=225;WE=148459403;WS=148459385;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:195,357:0.65:552
chr3	148562425	rs9835098	C	G	5127.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.832;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=703;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=104;NR=88;PP=2714;ReadPosRankSum=1.438;SC=ACCAACGCCTCTCTATTATAT;SOR=0.683;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=484;TCF=266;TCR=218;TR=192;WE=148562433;WS=148562415;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:425,264:0.38:689
chr3	148562620	rs9873003	A	G	1565.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.846;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=274;ExcessHet=3.0103;FS=3.873;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.04;MQRankSum=-0.703;QD=5.98;ReadPosRankSum=-0.361;SOR=0.468;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:174,88:0.34:262
chr3	148575156	rs2331407	C	T	2414.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=55;NR=17;PP=1538;SC=TACTTACATGCTTTGAATGCC;SOR=2.093;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=73;TCF=56;TCR=17;TR=72;WE=148575164;WS=148575146;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr3	148575441	rs1356259	C	T	3316.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.09;QD=27.64;SOR=1.266;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr3	148575476	rs3044024	C	CAA	916.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.842;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=8.671;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.18;MQRankSum=0.000;QD=20.37;ReadPosRankSum=1.156;SOR=2.258;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:5,40:0.89:45
chr3	148597482	rs1032465	T	G	1577.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=43;NR=5;PP=1313;SC=ACAGGGGAAATAATTGCTTTG;SOR=3.398;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=49;TCF=44;TCR=5;TR=48;WE=148597490;WS=148597472;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr3	148597612	rs12489516	C	T	10808.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=418;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=152;NR=111;PP=2965;SC=GCTATTTTTACGGATTGTGGC;SOR=0.969;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=264;TCF=153;TCR=111;TR=263;WE=148597620;WS=148597602;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,415:1.00:415
chr3	148714841	rs140818906	TTGTG	T,TTG	974.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.134;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=30.46;ReadPosRankSum=-1.633;SOR=1.493;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:1,12,19:0.38,0.59:32
chr3	148727133	rs4938	G	A	2955.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=1.557;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=533;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.876;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.705;NF=68;NR=38;PP=1345;ReadPosRankSum=-0.476;SC=AACACCTGCCGTTTATTTATA;SOR=0.810;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=336;TCF=205;TCR=131;TR=106;WE=148727141;WS=148727123;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:346,170:0.33:516
chr3	148756825	rs6764352	G	A	4077.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=82;NR=38;PP=2540;SC=AAAATTTACAGAACTACTTAC;SOR=1.561;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=120;TCF=82;TCR=38;TR=120;WE=148756833;WS=148756815;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,145:1.00:145
chr3	148759325	rs2290725	T	C	2213.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.344;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=297;ExcessHet=3.0103;FS=2.563;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.58;ReadPosRankSum=0.028;SOR=0.844;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:172,120:0.41:292
chr3	148764090	rs1017489	C	T	89.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.565;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.673;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=6;PP=67;ReadPosRankSum=-1.215;SC=TTAATTTCTACATAAATTGAT;SOR=1.755;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=23;TCF=3;TCR=20;TR=6;WE=148764098;WS=148764080;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,6:0.24:25
chr3	148786108	rs812249	C	T	5083.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=51;NR=75;PP=2388;SC=CTGCAATGGCCGTAAGAGTTT;SOR=0.947;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=127;TCF=51;TCR=76;TR=126;WE=148786116;WS=148786098;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,192:1.00:192
chr3	148788941	rs4974388	G	C	139.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.795;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.129;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.650;NF=5;NR=2;PP=102;ReadPosRankSum=0.173;SC=TCCCAAACTGGTACCAACATA;SOR=0.054;SbPval=0.13;Source=Platypus;TC=22;TCF=20;TCR=2;TR=7;WE=148788949;WS=148788931;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,7:0.29:24
chr3	148858987	rs111598115	C	CTTT	1965.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.270;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=416;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.80;ReadPosRankSum=0.821;SOR=0.688;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:230,109:0.32:339
chr3	148863151	rs11718908	A	G	828.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.693;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.582;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=9;PP=515;ReadPosRankSum=-1.621;SC=GTTCTCTTACATCTGATGGAA;SOR=0.864;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=115;TCF=89;TCR=26;TR=41;WE=148863159;WS=148863141;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:94,48:0.34:142
chr3	148863395	rs11715291	T	G	1609.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=2.639;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=249;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.952;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=39;PP=793;ReadPosRankSum=-0.297;SC=TTGAGGTACTTCCTAAATCTG;SOR=0.960;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=179;TCF=57;TCR=122;TR=52;WE=148863403;WS=148863385;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:162,83:0.34:245
chr3	148868478	.	G	A	3369.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.213;ClippingRankSum=0.000;DP=274;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=54;PP=1414;ReadPosRankSum=-1.848;SC=GTAAGAACTGGCTTATGAAGA;SOR=0.714;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=160;TCF=71;TCR=89;TR=97;WE=148868486;WS=148868468;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:109,162:0.60:271
chr3	148885851	rs2681096	G	A	81.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=0.154;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.880;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=5;PP=63;ReadPosRankSum=-0.070;SC=GTATTTTCATGTGATTCTCAA;SOR=2.546;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=3;TCR=11;TR=5;WE=148885859;WS=148885841;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,5:0.36:14
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chr3	149050925	rs1526786	T	C	2074.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.505;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=346;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.680;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=69;NR=26;PP=1369;ReadPosRankSum=1.417;SC=TCATTACTTCTACTAGTTACA;SOR=0.866;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=256;TCF=183;TCR=73;TR=95;WE=149050933;WS=149050915;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:227,111:0.33:338
chr3	149087404	rs8479	T	C	218.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=2;PP=112;SC=AGTCTGTAAATTACCCCCAGA;SOR=1.402;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=7;TCF=5;TCR=2;TR=7;WE=149087412;WS=149087394;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr3	149087714	rs6776940	T	C	351.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=5;NR=8;PP=191;SC=GGATAAATAATGATGACATTT;SOR=1.112;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=13;TCF=5;TCR=8;TR=13;WE=149087722;WS=149087704;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr3	149093238	rs4771	A	G	4889.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=99;NR=36;PP=2790;SC=ACTGGCCCTCAGTGCTGGCAA;SOR=1.649;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=136;TCF=99;TCR=37;TR=135;WE=149093246;WS=149093228;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,181:1.00:181
chr3	149192851	rs143312618	G	GC	11544.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=335;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=11;NR=132;PP=2957;SC=GAGTAGGGAAGCTTAAAATCC;SOR=1.121;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=150;TCF=12;TCR=138;TR=143;WE=149192859;WS=149192838;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,312:1.00:312
chr3	149192906	rs74723974	G	A	2426.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.454;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.621;HP=1;HapScore=1;MGOF=33;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=65;PP=1574;ReadPosRankSum=0.354;SC=TTTAAATCAGGTACTTATTGA;SOR=0.529;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=128;TCF=37;TCR=91;TR=93;WE=149192914;WS=149192896;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,103:0.72:143
chr3	149193684	rs1802837	T	C	12105.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.920;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=490;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=141;NR=150;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.267;SC=ACGAGGGCTGTGGGAAGCGAT;SOR=0.727;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=292;TCF=142;TCR=150;TR=291;WE=149193692;WS=149193674;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,472:0.99:476
chr3	149243638	rs28763912	G	A	341.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=1.826;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.39;ReadPosRankSum=0.369;SOR=0.307;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,16:0.53:30
chr3	149243694	rs9854499	G	C	2724.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.25;SOR=1.473;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr3	149258970	rs5853413	CA	C	391.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-2.262;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.141;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=1.155;NF=2;NR=9;PP=291;ReadPosRankSum=0.482;SC=CTTTTCTCCCCAAAAATGTAG;SOR=0.124;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=27;TCF=3;TCR=24;TR=11;WE=149258978;WS=149258960;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,21:0.45:47
chr3	149374572	rs113228569	T	A	679.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.86;QD=42.49;SOR=2.049;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr3	149374574	rs142250733	T	A	680.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.86;QD=42.55;SOR=2.049;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr3	149374576	rs145173717	T	A	681.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.87;QD=42.61;SOR=2.049;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr3	149374578	rs151019600	T	A	1619.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.88;QD=41.53;SOR=2.049;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr3	149459341	rs7633238	A	G	5217.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.866;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=96;NR=48;PP=2915;ReadPosRankSum=-0.690;SC=TCCTACAGTGATTTGTCTTCA;SOR=0.521;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=145;TCF=97;TCR=48;TR=144;WE=149459349;WS=149459331;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,189:0.99:190
chr3	149468530	rs9843784	T	G	8888.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.290;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=340;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=95;NR=95;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.520;SC=TCACTCAGAATCGTTCTGATC;SOR=0.236;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=192;TCF=96;TCR=96;TR=190;WE=149468538;WS=149468520;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,329:1.00:330
chr3	149479301	rs954714	C	T	17204.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=663;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=189;NR=182;PP=2965;SC=AGTTTTCACACGCTGTCAGAC;SOR=0.718;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=372;TCF=190;TCR=182;TR=371;WE=149479309;WS=149479291;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,656:1.00:656
chr3	149481974	rs4681189	G	A	2535.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=10;NR=62;PP=1907;SC=GTCATTTAGAGGGGTGCTCAG;SOR=3.230;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=72;TCF=10;TCR=62;TR=72;WE=149481982;WS=149481964;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr3	149485293	rs7610425	T	C	20725.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.376;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=770;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=256;NR=252;PP=2965;ReadPosRankSum=0.312;SC=GGTTTGCTGCTTGCAGTTTGT;SOR=0.244;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=511;TCF=257;TCR=254;TR=508;WE=149485301;WS=149485283;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,763:1.00:764
chr3	149564075	rs6440641	A	G	591.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-0.380;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.202;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=16;PP=439;ReadPosRankSum=0.813;SC=CTTGACATTGAGGTACCTTAT;SOR=0.483;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=44;TCF=14;TCR=30;TR=23;WE=149564083;WS=149564065;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,26:0.55:47
chr3	149613232	rs143625944	ATT	A	758.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.181;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=10.836;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.67;MQRankSum=0.864;QD=17.64;ReadPosRankSum=0.631;SOR=2.153;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:8,35:0.81:43
chr3	149629884	rs73157016	C	T	1582.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.510;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=31;PP=803;ReadPosRankSum=-0.675;SC=GGTACATTAACTTTTAATAAT;SOR=0.668;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=79;TCF=38;TCR=41;TR=60;WE=149629892;WS=149629874;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,75:0.67:112
chr3	149678534	rs6768054	C	T	8863.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.956;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=673;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQ=59.97;MQRankSum=0.481;NF=172;NR=109;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.218;SC=CAGCTTATCACTGCAAGTGTG;SOR=0.659;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=450;TCF=278;TCR=172;TR=281;WE=149678542;WS=149678524;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:255,412:0.62:667
chr3	149679148	rs61689176	T	TA	2285.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.621;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=311;ExcessHet=3.0103;FS=4.338;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.96;MQRankSum=0.000;QD=7.85;ReadPosRankSum=0.020;SOR=0.610;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:132,159:0.55:291
chr3	149679172	rs150234231	A	G	1569.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.297;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=279;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=34;PP=720;ReadPosRankSum=0.296;SC=TCCTCAGTATAGCTTGCAATT;SOR=0.712;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=195;TCF=87;TCR=108;TR=62;WE=149679180;WS=149679162;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:184,93:0.34:277
chr3	149686367	rs61268501	AC	A	3144.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=1.481;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=343;ExcessHet=3.0103;FS=0.422;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.98;MQRankSum=1.352;QD=9.56;ReadPosRankSum=2.018;SOR=0.654;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:117,212:0.64:329
chr3	149686368	rs68033203	C	A	862.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.234;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=341;ExcessHet=3.0103;FS=0.481;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.98;MQRankSum=-1.817;QD=2.62;ReadPosRankSum=-2.077;SOR=0.644;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:253,76:0.23:329
chr3	149700519	rs7630407	T	C	10493.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.414;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=707;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.318;NF=155;NR=151;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.345;SC=AGCTTCTCCATTGACTCTGGT;SOR=0.661;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=466;TCF=237;TCR=229;TR=306;WE=149700527;WS=149700509;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:237,468:0.66:705
chr3	149701113	rs34404328	CG	C	1314.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-0.701;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.277;NF=1;NR=36;PP=1291;ReadPosRankSum=0.348;SC=GCCAGAGAGCCGGCCCCGGTA;SOR=1.068;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=46;TCF=2;TCR=44;TR=37;WE=149701121;WS=149701103;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,41:0.79:52
chr3	150128154	rs61734437	T	C	13312.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.452;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=962;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.534;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=229;NR=161;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.172;SC=TGTCCCTGCCTCCGCAGCCGG;SOR=0.900;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=625;TCF=353;TCR=272;TR=390;WE=150128162;WS=150128144;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:354,598:0.63:952
chr3	150128484	rs3749400	C	A	5164.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.868;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=326;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.435;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=79;NR=68;PP=2604;ReadPosRankSum=-0.254;SC=GCGGGCAGGTCGCGCCTTGTC;SOR=0.742;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=213;TCF=113;TCR=100;TR=147;WE=150128492;WS=150128474;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:101,224:0.69:325
chr3	150128994	rs34647320	T	G	15036.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.380;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=207;NR=236;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.324;SC=TGAAGCCGCCTGTTGCAGATT;SOR=0.666;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=696;TCF=324;TCR=372;TR=443;WE=150129002;WS=150128984;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:393,695:0.64:1088
chr3	150129171	rs3840253	A	AT	4968.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQ=60.13;NF=5;NR=115;PP=2969;SC=ACTTTGGGAGATTGTTGTCAA;SOR=2.893;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=124;TCF=5;TCR=119;TR=120;WE=150129179;WS=150129161;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,157:1.00:157
chr3	150155875	rs141976953	T	TA	153.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.493;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.431;NF=5;NR=1;PP=148;ReadPosRankSum=-0.420;SC=TTTCATTTTTTAAAGTACAAA;SOR=0.495;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=10;TCF=9;TCR=1;TR=6;WE=150155883;WS=150155865;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,8:0.67:12
chr3	150262318	rs1533816	C	T	3995.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=41;NR=58;PP=1763;SC=TTAAAATAAGCTTTGAATAAA;SOR=0.952;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=100;TCF=42;TCR=58;TR=99;WE=150262326;WS=150262308;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,154:1.00:154
chr3	150263656	rs149995172	C	A	1582.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.046;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.807;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=28;PP=1158;ReadPosRankSum=1.563;SC=GGCCCCCTCACCTCACAGGTC;SOR=0.562;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=86;TCF=42;TCR=44;TR=56;WE=150263664;WS=150263646;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,63:0.66:96
chr3	150263783	rs145182128	G	A	2777.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-2.148;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=397;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.414;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=77;NR=30;PP=1614;ReadPosRankSum=0.082;SC=GCGGCCCCAGGGACCCGGACT;SOR=0.739;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=324;TCF=228;TCR=96;TR=107;WE=150263791;WS=150263773;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:255,137:0.35:392
chr3	150282061	rs147595145	CT	C	40.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.602;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.19;MQRankSum=1.980;QD=0.71;ReadPosRankSum=-0.431;SOR=0.598;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:45,12:0.21:57
chr3	150332195	.	T	TG	67.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.033;ClippingRankSum=0.000;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=9.188;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.12;ReadPosRankSum=-1.134;SOR=0.055;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,9:0.28:32
chr3	150332199	rs1568586	T	G	205.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.530;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=7.574;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.24;ReadPosRankSum=1.244;SOR=2.459;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,17:0.52:33
chr3	150384807	rs6440691	T	G	9042.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=334;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=75;NR=159;PP=2965;SC=TATACCCTGGTCAGGAAGGAA;SOR=1.322;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=235;TCF=76;TCR=159;TR=234;WE=150384815;WS=150384797;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,325:1.00:325
chr3	150387059	rs17215176	A	G	1850.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-1.140;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.490;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=23;PP=993;ReadPosRankSum=-0.816;SC=ACAAAATGGCAGCAGCAGGAA;SOR=0.878;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=105;TCF=68;TCR=37;TR=67;WE=150387067;WS=150387049;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,85:0.64:132
chr3	150391810	rs73003074	A	C	9398.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-1.330;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=653;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.193;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=116;NR=142;PP=2962;ReadPosRankSum=0.348;SC=TGCTTCTCTAAGAGCTCATTC;SOR=0.812;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=369;TCF=171;TCR=198;TR=258;WE=150391818;WS=150391800;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:204,443:0.68:647
chr3	150400135	rs146020271	T	TCCCCACA	10494.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.410;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=430;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.218;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQ=60.03;MQRankSum=0.653;NF=6;NR=104;PP=2963;ReadPosRankSum=-0.005;SC=ATTAAAGAAGTCCCCACAAAG;SOR=1.011;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=186;TCF=14;TCR=172;TR=110;WE=150400143;WS=150400125;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:107,256:0.71:363
chr3	150403749	rs4680107	T	C	1791.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=2.153;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.555;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=43;PP=1110;ReadPosRankSum=-1.953;SC=TAAACATTTCTTACCTCCAGC;SOR=0.930;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=103;TCF=27;TCR=76;TR=56;WE=150403757;WS=150403739;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,75:0.59:128
chr3	150420588	rs10663389	G	GTTAAA	12139.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.476;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=455;ExcessHet=3.0103;FS=18.695;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.973;QD=28.70;ReadPosRankSum=1.681;SOR=0.183;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:135,288:0.68:423
chr3	150420606	rs9824030	T	G	4443.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-1.917;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=434;ExcessHet=3.0103;FS=23.668;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.95;MQRankSum=0.000;QD=11.66;ReadPosRankSum=0.181;SOR=0.256;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:158,223:0.59:381
chr3	150420607	rs201626113	TG	T	2101.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.683;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=437;ExcessHet=3.0103;FS=12.421;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.95;MQRankSum=0.000;QD=5.55;ReadPosRankSum=0.729;SOR=0.362;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:214,165:0.44:379
chr3	150420676	.	AGT	A,AGTGTGT	2786.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=2;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=23;NF=10,10;NR=117,117;SC=AAATAATATGAGTGTGTGTGT;SOR=1.644;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=147;TCF=10;TCR=137;TR=127,127;WE=150420687;WS=150420664;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.32,0.67:82
chr3	150420701	.	GTC	G	992	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MMLQ=28;NF=11;NR=82;SC=GTGTGTGTGTGTCTGTGAGAG;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=100;TCF=11;TCR=89;TR=93;WE=150420715;WS=150420691;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:7,93:0.93:100
chr3	150420781	rs71676608	CAG	C	445.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.042;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.14;ReadPosRankSum=1.881;SOR=0.741;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,17:0.65:26
chr3	150480100	rs146383533	T	TTTTC	234.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-0.817;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.799;HP=5;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=7;PP=302;ReadPosRankSum=0.709;SC=TGTAAACATTTTTTCTTTTTT;SOR=0.191;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=80;TCF=65;TCR=15;TR=31;WE=150480113;WS=150480090;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,23:0.26:87
chr3	150603248	rs57919280	G	GAAAAGC	17725.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=0.103;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=837;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=2.996;NF=53;NR=119;PP=2977;ReadPosRankSum=3.209;SC=GAAAAGAAAAGCATGTTGGTC;SOR=0.720;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=314;TCF=84;TCR=230;TR=172;WE=150603256;WS=150603238;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:361,454:0.56:815
chr3	150690566	rs3796240	T	C	490.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=3.057;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.580;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=18;PP=350;ReadPosRankSum=1.657;SC=AGGGACTGCCTCTTTGACTGC;SOR=0.233;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=61;TCF=6;TCR=55;TR=21;WE=150690574;WS=150690556;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,23:0.35:65
chr3	150804616	rs140379134	A	G	2841.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.709;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FS=18.371;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.07;ReadPosRankSum=-0.950;SOR=1.789;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:76,126:0.62:202
chr3	150834015	rs4680158	G	A	1900.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=45;NR=11;PP=1278;SC=CCTTTCAAGAGTTCTCCTCTA;SOR=2.412;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=56;TCF=45;TCR=11;TR=56;WE=150834023;WS=150834005;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr3	150883600	rs2567322	C	T	10057.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=371;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=179;NR=89;PP=2965;SC=TATTTTTGGCCTCATTAACCA;SOR=1.360;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=269;TCF=179;TCR=90;TR=268;WE=150883608;WS=150883590;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,360:1.00:360
chr3	150910640	rs1231520	G	C	2178.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=67;PP=1605;SC=TCTGTAAATTGGAACACTCCT;SOR=5.421;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=69;TCF=2;TCR=67;TR=69;WE=150910648;WS=150910630;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr3	150931072	rs1220995	G	A	3368.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.899;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=34;PP=1718;ReadPosRankSum=0.512;SC=GTCTTTCTTTGGAAGAGGGTA;SOR=0.715;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=145;TCF=95;TCR=50;TR=100;WE=150931080;WS=150931062;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,149:0.70:213
chr3	151011944	rs12492699	A	C	5006.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=72;NR=31;PP=2186;SC=GATTCCAACAAACAATAAAAG;SOR=1.228;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=103;TCF=72;TCR=31;TR=103;WE=151011952;WS=151011934;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,187:1.00:187
chr3	151011969	rs1048408	G	A	5826.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=76;NR=53;PP=2438;SC=ACACATCAGTGTAATCATAAT;SOR=0.941;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=129;TCF=76;TCR=53;TR=129;WE=151011977;WS=151011959;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,223:1.00:223
chr3	151012497	rs2242353	T	C	28404.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=1039;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=361;NR=318;PP=2965;SC=GACCATTTGTTAGGATGATGT;SOR=0.775;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=683;TCF=362;TCR=321;TR=679;WE=151012505;WS=151012487;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,1012:1.00:1012
chr3	151017912	rs148518207	G	A	9352.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.135;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=731;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.127;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=112;NR=143;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.334;SC=TGCACTGTAAGCAAAGATGCG;SOR=0.834;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=424;TCF=194;TCR=230;TR=255;WE=151017920;WS=151017902;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:292,437:0.60:729
chr3	151045661	rs1491980	G	C	1908.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=53;NR=3;PP=1465;SC=TTCTGTACACGAGGATAATAA;SOR=5.353;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=56;TCF=53;TCR=3;TR=56;WE=151045669;WS=151045658;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr3	151046308	rs1466684	G	A	8327.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=302;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NR=99;PP=2965;SC=GCTCAAGATCGTATTTGGCAG;SOR=0.875;Source=Platypus;TCR=99;WE=151046316;WS=151046298;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,297:1.00:297
chr3	151056598	rs6809699	A	C	8891.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=344;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=89;NR=119;PP=2965;SC=GACTGGTGTTACCAGGCGCAG;SOR=0.897;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=208;TCF=89;TCR=119;TR=208;WE=151056606;WS=151056588;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,331:1.00:331
chr3	151067730	rs1565574	C	T	1827.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-2.787;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=5;PP=1464;ReadPosRankSum=0.319;SC=GAAGGGAGGGCGGGATGCCAC;SOR=2.155;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=65;TCF=59;TCR=6;TR=61;WE=151067738;WS=151067720;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,63:0.97:65
chr3	151073033	rs7615865	T	C	7990.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=1.518;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=290;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.208;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=160;PP=2965;ReadPosRankSum=0.435;SC=CTCAGGTAGCTATTTAAAGCT;SOR=1.635;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=228;TCF=66;TCR=162;TR=225;WE=151073041;WS=151073023;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,283:0.99:287
chr3	151073937	rs1994730	T	C	4871.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=44;NR=108;PP=2699;SC=CTTGTAATCCTGGCACTTTGG;SOR=1.674;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=153;TCF=45;TCR=108;TR=152;WE=151073945;WS=151073927;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,186:1.00:186
chr3	151085578	rs3732764	C	A	11206.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.658;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=433;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=129;NR=144;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.243;SC=CATGAACATCCGTTGCTCTTT;SOR=0.786;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=277;TCF=132;TCR=145;TR=273;WE=151085586;WS=151085568;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,427:1.00:429
chr3	151090424	rs3732765	G	A	15133.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.560;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=596;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=181;NR=166;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.789;SC=AGAGGTTTGCGATGTGATGGG;SOR=0.771;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=349;TCF=182;TCR=167;TR=347;WE=151090432;WS=151090414;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,586:1.00:588
chr3	151096112	rs12497065	T	C	948.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=25;PP=731;SC=CAAGGCTGTCTTATTCCTAAA;SOR=3.407;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=28;TCF=3;TCR=25;TR=28;WE=151096120;WS=151096102;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr3	151100677	rs3821663	T	G	3555.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=16;NR=81;PP=2460;SC=CTTCCCTGTTTCTAAAGCCTT;SOR=2.774;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=97;TCF=16;TCR=81;TR=97;WE=151100685;WS=151100667;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr3	151101691	rs10935841	C	T	8903.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.155;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=340;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.728;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=94;NR=144;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.362;SC=GTTTTTATCACTTCACATTGA;SOR=0.750;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=239;TCF=95;TCR=144;TR=238;WE=151101699;WS=151101681;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,334:1.00:335
chr3	151101746	rs12485508	C	T	4386.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=1.425;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=89;PP=2965;ReadPosRankSum=0.292;SC=ATACTGATGGCGATTTCTGCC;SOR=1.285;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=146;TCF=56;TCR=90;TR=144;WE=151101754;WS=151101736;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,155:0.99:157
chr3	151108070	rs56194873	GT	G	853.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=0;NR=29;PP=934;SC=ACACAGAAATGTTTTTTGTTT;SOR=4.294;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=33;TCF=0;TCR=33;TR=29;WE=151108078;WS=151108060;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr3	151131183	rs2276764	G	A	2160.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=5;NR=54;PP=1547;SC=TCAATTGCCAGATTCCAAGGA;SOR=3.881;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=59;TCF=5;TCR=54;TR=59;WE=151131191;WS=151131173;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr3	151143354	rs10653830	T	TTG	2618.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.358;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.20;MQRankSum=0.617;QD=26.19;ReadPosRankSum=-0.348;SOR=0.904;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,85:0.85:100
chr3	151143447	rs6440742	G	T	8892.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=355;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=123;NR=89;PP=2965;SC=ATACCTGACAGTAGTAAGCTG;SOR=0.910;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=213;TCF=124;TCR=89;TR=212;WE=151143455;WS=151143437;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,344:1.00:344
chr3	151154666	rs2172250	T	C	6161.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=235;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=96;NR=64;PP=2965;SC=GCATCTCCCATGTGATTTCTG;SOR=1.074;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=161;TCF=97;TCR=64;TR=160;WE=151154674;WS=151154656;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,232:1.00:232
chr3	151155620	rs6781302	G	A	17065.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=635;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=214;NR=218;PP=2965;SC=TAACAGTTCTGTTTGTATACA;SOR=0.742;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=437;TCF=214;TCR=223;TR=432;WE=151155628;WS=151155610;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,627:1.00:627
chr3	151158184	rs937126	A	T	1454.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-2.742;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=6;PP=1405;ReadPosRankSum=0.508;SC=ATTAGAGAAAATTTTTTTTTC;SOR=1.923;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=60;TCF=54;TCR=6;TR=58;WE=151158192;WS=151158174;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,64:0.97:66
chr3	151158265	rs937125	G	A	8705.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=325;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=169;NR=86;PP=2965;SC=CTAAAGGAAGGGAAACTGCCA;SOR=1.398;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=257;TCF=170;TCR=87;TR=255;WE=151158273;WS=151158255;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,322:1.00:322
chr3	151158502	rs10663807	T	TAG	3259.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQ=60.14;NF=0;NR=55;PP=2793;SC=ATAATAATGATGTCTGAGTCT;SOR=5.311;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=65;TCF=0;TCR=65;TR=55;WE=151158510;WS=151158492;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr3	151165678	rs9871952	T	C	6325.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=89;NR=87;PP=2965;SC=ATGTACGGAGTTGTGCACCTG;SOR=0.739;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=176;TCF=89;TCR=87;TR=176;WE=151165686;WS=151165668;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,221:1.00:221
chr3	151166422	rs6798252	C	T	18916.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=728;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=208;NR=247;PP=2965;SC=AGTACTGGATCTGTAATGTAC;SOR=0.817;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=456;TCF=209;TCR=247;TR=455;WE=151166430;WS=151166412;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,701:1.00:701
chr3	151171439	rs7619322	A	C	14952.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=570;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=172;NR=173;PP=2965;SC=TTGAGCCCATAAAAAACCTCT;SOR=0.711;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=345;TCF=172;TCR=173;TR=345;WE=151171447;WS=151171429;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,559:1.00:559
chr3	151171542	rs7621591	A	G	6405.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=245;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=53;NR=115;PP=2965;SC=TTCGGACTTTATTATAGCTCA;SOR=1.417;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=168;TCF=53;TCR=115;TR=168;WE=151171550;WS=151171532;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,236:1.00:236
chr3	151283646	rs7631281	T	C	188.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=5;NR=0;PP=109;SC=ATTCCTGTATTAATTAATGCA;SOR=2.584;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=5;TCR=0;TR=5;WE=151283654;WS=151283636;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr3	151283691	rs9842591	C	A	290.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-3.128;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.909;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=3;PP=128;ReadPosRankSum=-2.402;SC=ATGACCCTCTCACCTGATTTC;SOR=0.074;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=15;TCF=12;TCR=3;TR=10;WE=151283699;WS=151283681;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,14:0.74:19
chr3	151463421	rs1972977	G	T	12690.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=479;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=157;NR=131;PP=2965;SC=AATCTGCATTGCGGGAGACAG;SOR=0.786;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=288;TCF=157;TCR=131;TR=288;WE=151463429;WS=151463411;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,473:1.00:473
chr3	151542408	rs148745568	AAAAC	A	694.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.087;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.41;ReadPosRankSum=-0.125;SOR=0.653;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,20:0.36:56
chr3	151542737	rs13098550	G	A	452.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=1.449;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.864;HP=2;HapScore=4;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=18;PP=1068;ReadPosRankSum=-1.088;SC=AGGAGATATTGATTTTTTGAA;SOR=1.638;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=45;TCF=2;TCR=43;TR=18;WE=151542760;WS=151542727;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,18:0.38:47
chr3	151542749	rs151253803	CTATT	C	433.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=1.734;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.695;HP=3;HapScore=4;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=13;PP=1060;ReadPosRankSum=0.047;SC=TTTTTTGAAACTATTAAAGAG;SOR=1.402;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=35;TCF=0;TCR=35;TR=13;WE=151542760;WS=151542727;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,13:0.34:38
chr3	151545318	rs2410837	A	T	511.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.376;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.63;ReadPosRankSum=-1.041;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,15:0.34:44
chr3	151545321	rs11306821	GT	G	499.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.661;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.86;ReadPosRankSum=-0.680;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,15:0.33:46
chr3	151545323	rs62272918	T	G	508.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=1.306;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.06;ReadPosRankSum=-0.868;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,15:0.33:46
chr3	151545601	rs1803155	G	A	3919.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.789;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=693;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=67;NR=69;PP=1728;ReadPosRankSum=1.336;SC=CTTCAAATTTGTTAATTGGAG;SOR=0.720;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=418;TCF=207;TCR=211;TR=136;WE=151545609;WS=151545591;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:458,224:0.33:682
chr3	151546041	rs1042201	G	A	175.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.247;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=6;PP=206;ReadPosRankSum=-0.557;SC=GTCTTTCTTAGAATGGTCTAG;SOR=1.022;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=2;TCR=15;TR=6;WE=151546049;WS=151546031;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,8:0.44:18
chr3	152554357	rs701265	A	G	4035.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.596;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=708;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.561;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=76;NR=78;PP=2231;ReadPosRankSum=1.532;SC=TTTACCTGGTAATCATTGTAC;SOR=0.745;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=500;TCF=248;TCR=252;TR=154;WE=152554365;WS=152554347;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:475,220:0.32:695
chr3	153839866	rs12493885	G	C	17314.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.010;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=665;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=241;NR=189;PP=2965;ReadPosRankSum=3.049;SC=GCCCCACCAGGTTCTGGGCCG;SOR=0.862;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=430;TCF=241;TCR=189;TR=430;WE=153839874;WS=153839856;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,649:0.99:653
chr3	153839959	rs59508481	CT	TC	16792.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.500;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=649;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=187;NR=199;PP=2947;ReadPosRankSum=-0.393;SC=AGGGACGCTCCTCGCAGCGCA;SOR=0.696;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=404;TCF=201;TCR=203;TR=386;WE=153839968;WS=153839949;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,623:0.99:627
chr3	153842382	rs140681121	A	G	339.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=2.148;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=12;PP=252;ReadPosRankSum=0.238;SC=AAAGCTTCTCACTAAGCTAAA;SOR=0.941;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=28;TCF=5;TCR=23;TR=14;WE=153842390;WS=153842372;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,15:0.48:31
chr3	153847582	rs1626280	T	A	3976.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=27;NR=89;PP=2608;SC=GATTTGGCTTTTGTTCTTTTC;SOR=2.303;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=116;TCF=27;TCR=89;TR=116;WE=153847590;WS=153847572;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,138:1.00:138
chr3	153870511	rs1727956	G	A	842.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=25;NR=0;PP=683;SC=GCTATATTTAGTTCTTTAATT;SOR=6.593;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=25;TCF=25;TCR=0;TR=25;WE=153870519;WS=153870501;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr3	153970704	rs2307750	CTT	C	3189.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQ=60.15;NF=51;NR=9;PP=2472;SC=CATTCAGACTCTTTTGACAAT;SOR=3.521;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=62;TCF=53;TCR=9;TR=60;WE=153970713;WS=153970694;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr3	153970796	rs355752	A	G	10242.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=376;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=166;NR=81;PP=2965;SC=ATACCTCTCTAGAGAATCTCT;SOR=1.323;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=249;TCF=167;TCR=82;TR=247;WE=153970804;WS=153970786;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,365:1.00:365
chr3	153972500	rs355749	T	C	11754.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=463;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=131;NR=124;PP=2965;SC=TGTCCTCTTTTGGCCTCAGCA;SOR=0.720;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=257;TCF=132;TCR=125;TR=255;WE=153972508;WS=153972490;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,454:1.00:454
chr3	153994502	rs355787	T	C	5266.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=102;NR=49;PP=2894;SC=CTGACTTACATGTAGATTTAA;SOR=1.479;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=151;TCF=102;TCR=49;TR=151;WE=153994510;WS=153994492;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,194:1.00:194
chr3	153995307	rs73160598	A	G	696.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=1.423;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.322;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=6;PP=501;ReadPosRankSum=-0.229;SC=AATTTTGTATATAATTGTTAA;SOR=0.265;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=85;TCF=74;TCR=11;TR=33;WE=153995315;WS=153995297;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,33:0.38:88
chr3	154002597	rs62276969	T	C	6742.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.355;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=463;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.179;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=129;NR=77;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.878;SC=TTTCCATTTTTCTTACCAGTG;SOR=0.830;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=311;TCF=191;TCR=120;TR=206;WE=154002605;WS=154002587;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:156,294:0.65:450
chr3	154007682	rs355758	G	C	3681.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=37;NR=65;PP=2121;SC=TAGAACTGCAGAGAAAATACT;SOR=1.246;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=103;TCF=38;TCR=65;TR=102;WE=154007690;WS=154007672;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,137:1.00:137
chr3	154010515	rs149798542	AAC	A	311.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.748;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.06;MQRankSum=1.958;QD=3.28;ReadPosRankSum=-3.182;SOR=0.279;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:72,23:0.24:95
chr3	154018887	rs9438	G	C	8184.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=298;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=64;NR=159;PP=2965;SC=CTTAAACTGGGATCTGTGTTC;SOR=1.553;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=223;TCF=64;TCR=159;TR=223;WE=154018895;WS=154018877;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,291:1.00:291
chr3	154021063	rs355756	G	A	672.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=5;PP=434;SC=TTTGACATGAGAAAAGTGATA;SOR=1.802;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=21;TCF=16;TCR=5;TR=20;WE=154021071;WS=154021053;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr3	154024165	rs355754	T	C	1115.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=7;NR=28;PP=844;SC=TCTAGGACTGTTGAAAAATTG;SOR=2.494;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=35;TCF=7;TCR=28;TR=35;WE=154024173;WS=154024155;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr3	154834379	.	GTA	G	600.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.395;ClippingRankSum=0.000;DP=225;ExcessHet=3.0103;FS=1.540;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.05;MQRankSum=2.196;QD=2.89;ReadPosRankSum=1.420;SOR=0.515;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:174,34:0.16:208
chr3	154858158	rs28758831	C	T	1586.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.594;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.819;HP=2;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=43;PP=1095;ReadPosRankSum=-0.328;SC=TTCTAAAATTCGTCAAGTTTT;SOR=0.488;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=97;TCF=21;TCR=76;TR=58;WE=154858166;WS=154858148;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,67:0.66:102
chr3	154890512	.	CT	C	156.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.701;ClippingRankSum=0.000;DP=151;ExcessHet=3.0103;FS=2.977;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.42;ReadPosRankSum=1.411;SOR=0.269;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:80,30:0.27:110
chr3	155205993	rs368444721	C	CT	116.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.282;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FS=2.826;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.83;ReadPosRankSum=-1.425;SOR=1.136;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:115,25:0.18:140
chr3	155212325	rs3214639	G	GA	3825.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.766;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=288;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.500;HP=7;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.195;NF=8;NR=87;PP=2790;ReadPosRankSum=-0.391;SC=TTTTAATCGAGAAAAAAGGAA;SOR=0.757;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=145;TCF=14;TCR=131;TR=95;WE=155212333;WS=155212315;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,175:0.68:257
chr3	155241593	rs9840061	A	G	4790.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-3.535;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=367;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=149;NR=45;PP=2962;ReadPosRankSum=1.265;SC=CACAGCCACCATAATTGTGAG;SOR=0.708;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=310;TCF=239;TCR=71;TR=194;WE=155241601;WS=155241583;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:134,218:0.62:352
chr3	155241740	rs9840234	A	G	19898.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-3.221;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1433;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=239;NR=293;PP=2962;ReadPosRankSum=1.880;SC=TGTCCTCATCAGAAACTTCCC;SOR=0.730;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=822;TCF=375;TCR=447;TR=532;WE=155241748;WS=155241730;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:498,930:0.65:1428
chr3	155481609	rs7653384	G	A	1694.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.858;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.115;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=26;PP=683;ReadPosRankSum=-0.188;SC=GAACTGTCCAGTAGATTTTAG;SOR=0.561;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=137;TCF=64;TCR=73;TR=52;WE=155481617;WS=155481599;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:125,87:0.41:212
chr3	155485302	rs358733	C	T	967.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-1.503;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.466;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=13;PP=474;ReadPosRankSum=0.119;SC=GCTTACCTTACTCACCAGAAG;SOR=0.406;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=129;TCF=96;TCR=33;TR=41;WE=155485310;WS=155485292;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:101,53:0.34:154
chr3	155522044	rs63242260	ATAT	A	421.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-2.211;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.204;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=4;PP=90;ReadPosRankSum=0.492;SC=ATTATTTGTAATATTATAACT;SOR=0.428;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=24;TCF=2;TCR=22;TR=4;WE=155522054;WS=155522034;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,14:0.25:57
chr3	155523375	rs10563990	GCGCA	G	605.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=1.336;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.355;NF=6;NR=5;PP=452;ReadPosRankSum=1.117;SC=CGATGGGGTAGCGCACGCAAC;SOR=0.798;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=29;TCF=13;TCR=16;TR=11;WE=155523386;WS=155523365;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,18:0.37:49
chr3	155551206	rs7649631	C	T	1417.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.849;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=262;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.518;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=14;PP=605;ReadPosRankSum=-0.949;SC=AGCTGTCTTCCTTATTTTACA;SOR=0.749;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=166;TCF=114;TCR=52;TR=51;WE=155551214;WS=155551196;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:168,79:0.32:247
chr3	155551894	rs422497	A	G	409.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-1.274;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.980;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=13;PP=208;ReadPosRankSum=-2.183;SC=CTCCATGCATATGTAAGTTCT;SOR=0.239;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=69;TCF=20;TCR=49;TR=21;WE=155551902;WS=155551884;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,25:0.31:80
chr3	155611557	rs6441026	T	G	1087.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=27;PP=771;SC=TTATTAATTTTCTTGAGCACT;SOR=2.073;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=34;TCF=7;TCR=27;TR=34;WE=155611565;WS=155611547;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr3	155628877	rs10936021	T	G	2942.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=4.289;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=24;PP=1870;ReadPosRankSum=-2.736;SC=GTTTTGCTCATTTTGATTTTT;SOR=0.650;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=147;TCF=105;TCR=42;TR=90;WE=155628885;WS=155628867;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,118:0.64:184
chr3	155637190	rs1356252	A	G	2277.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.801;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.409;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=52;PP=1269;ReadPosRankSum=-0.247;SC=AGAAAAATCAATTCAGACAAT;SOR=0.354;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=124;TCF=39;TCR=85;TR=80;WE=155637198;WS=155637180;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,105:0.65:162
chr3	155639959	rs3772117	A	G	1081.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.453;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.799;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=12;PP=426;ReadPosRankSum=-1.976;SC=AAATACTATTATTACTCCTAC;SOR=0.579;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=58;TCF=36;TCR=22;TR=30;WE=155639967;WS=155639949;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,52:0.57:91
chr3	155643189	.	C	CT	107.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.157;ClippingRankSum=0.000;DP=113;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.35;ReadPosRankSum=1.796;SOR=0.740;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:62,18:0.22:80
chr3	155652860	rs75672038	C	T	5227.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-1.034;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=777;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=75;NR=86;PP=2067;ReadPosRankSum=1.350;SC=TTTTTGATTACTACCCTCTGA;SOR=0.693;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=420;TCF=198;TCR=222;TR=161;WE=155652868;WS=155652850;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:478,291:0.38:769
chr3	155654432	rs3772113	T	A	423.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=14;PP=384;SC=CTTTTTTTTTTAAATTTTCAC;SOR=3.383;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=16;TCF=2;TCR=14;TR=16;WE=155654440;WS=155654422;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr3	155836231	rs13093154	C	T	2423.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=28;NR=46;PP=1346;SC=ACTTCCACCACGTTTTACATT;SOR=1.154;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=74;TCF=28;TCR=46;TR=74;WE=155836239;WS=155836221;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr3	155991348	rs1160221	G	T	16730.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.906;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=648;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=146;NR=203;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.632;SC=GCACACAGATGCTCTTTCCAT;SOR=0.496;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=353;TCF=148;TCR=205;TR=349;WE=155991356;WS=155991338;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,641:1.00:644
chr3	156009925	rs1551066	C	T	4176.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.308;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=303;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.024;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=74;PP=2042;ReadPosRankSum=0.082;SC=TAGGTATGCACGTAAGATTCC;SOR=0.570;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=209;TCF=84;TCR=125;TR=127;WE=156009933;WS=156009915;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:109,190:0.64:299
chr3	156175109	rs34093583	C	CTT	1502.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.364;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=2.274;NF=13;NR=10;PP=887;ReadPosRankSum=-0.256;SC=CTTTCCCTCTCCACTAAAACT;SOR=0.688;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=84;TCF=44;TCR=40;TR=23;WE=156175117;WS=156175099;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:112,44:0.28:156
chr3	156175167	rs2293194	GG	AA	2925.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.203;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=309;ExcessHet=3.0103;FS=0.963;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.11;MQRankSum=2.780;QD=9.47;ReadPosRankSum=-0.596;SOR=0.629;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:222,87:0.28:309
chr3	156232303	rs72554024	A	T	1136.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=4.310;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.325;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=33;PP=656;ReadPosRankSum=0.330;SC=GATGCCATGCATAAATTGCAA;SOR=0.848;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=156;TCF=44;TCR=112;TR=44;WE=156232311;WS=156232293;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:136,59:0.30:195
chr3	156234268	rs4295133	A	G	204.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.793;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.839;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=9;PP=124;ReadPosRankSum=-2.495;SC=TGTGTTGTCCAGGCCAGTGGC;SOR=1.061;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=36;TCF=4;TCR=32;TR=9;WE=156234276;WS=156234258;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,11:0.28:39
chr3	156249407	rs2280030	G	C	1167.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=31;PP=746;SC=GGGGAACAAAGGCAACAGAAC;SOR=2.200;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=41;TCF=10;TCR=31;TR=41;WE=156249415;WS=156249397;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr3	156262396	rs35584247	G	GA	259.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=8;PP=208;SC=TTCTTCCACTGAAAAAAAATA;SOR=2.670;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=0;TCR=11;TR=8;WE=156262404;WS=156262386;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr3	156266642	rs6809188	C	T	5819.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.015;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=81;NR=65;PP=2882;ReadPosRankSum=-1.138;SC=TCAAAAAATTCTCTTCAAAGT;SOR=0.878;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=146;TCF=81;TCR=65;TR=146;WE=156266650;WS=156266632;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,221:0.98:225
chr3	156266880	rs3773716	C	T	594.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=15;PP=384;SC=ACTCATATTTCGTACTGGCAA;SOR=1.931;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=5;TCR=15;TR=20;WE=156266888;WS=156266870;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr3	156399180	rs3851992	G	A	189.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-2.438;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=10;PP=130;ReadPosRankSum=0.147;SC=AGTTTATATGGCTTGGTAAAT;SOR=0.481;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=43;TCF=9;TCR=34;TR=13;WE=156399188;WS=156399170;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,13:0.28:47
chr3	156413615	.	CT	C,CTTT	2310.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.147;ClippingRankSum=0.000;DP=114;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=23.11;ReadPosRankSum=-0.586;SOR=1.009;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:6,15,79:0.15,0.79:100
chr3	156413633	rs112709851	G	C	1261.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-1.314;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.054;HP=19;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=52;PP=1675;ReadPosRankSum=0.053;SC=TTTTTTTTTTGTTCTGTTTTC;SOR=0.906;SbPval=0.01;Source=Platypus;TC=184;TCF=98;TCR=86;TR=75;WE=156413641;WS=156413622;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,90:0.55:164
chr3	156421525	rs34277251	G	T	131.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.445;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=5;PP=61;ReadPosRankSum=0.467;SC=CAAGACGGCCGGGCGCAGTGG;SOR=0.483;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=20;TCF=6;TCR=14;TR=8;WE=156421533;WS=156421515;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,10:0.30:33
chr3	156431750	rs61733487	A	G	5720.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=98;NR=71;PP=2965;SC=TGTGGACTAAATACCTTCTTG;SOR=0.962;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=169;TCF=98;TCR=71;TR=169;WE=156431758;WS=156431740;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,207:1.00:207
chr3	156544584	rs344071	C	T	13885.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.444;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=527;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=143;NR=188;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.052;SC=GATGTGAACTCCCGCCTTCAC;SOR=0.628;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=338;TCF=146;TCR=192;TR=331;WE=156544597;WS=156544574;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,514:0.99:517
chr3	156645196	.	AT	A	176.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.931;ClippingRankSum=0.000;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=6.107;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.84;ReadPosRankSum=0.234;SOR=2.636;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,14:0.70:20
chr3	156697097	rs6780427	G	A	3321.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=38;NR=58;PP=1755;SC=ACTTATAACAGTGCTCTGTAG;SOR=1.092;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=96;TCF=38;TCR=58;TR=96;WE=156697105;WS=156697087;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chr3	156864398	.	TA	T	164.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.912;ClippingRankSum=0.000;DP=74;ExcessHet=3.0103;FS=2.699;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.50;ReadPosRankSum=-0.492;SOR=0.346;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,25:0.38:66
chr3	156870948	rs144776694	A	G	6352.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.796;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=396;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.889;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=140;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.383;SC=TTGGAGTCCTATAGTTTGTAA;SOR=0.638;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=279;TCF=83;TCR=196;TR=201;WE=156870956;WS=156870938;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:112,274:0.71:386
chr3	157004323	rs4680353	A	C	2093.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.832;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=284;ExcessHet=3.0103;FS=7.414;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.53;ReadPosRankSum=-0.358;SOR=0.489;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:164,114:0.41:278
chr3	157082082	rs3833585	C	CAA	222.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.446;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FS=2.805;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.86;ReadPosRankSum=0.172;SOR=1.129;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:67,11:0.14:78
chr3	157146005	rs9289983	G	A	1263.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=37;NR=2;PP=1004;SC=AAAAAAATGGGCATTTGTAAA;SOR=4.514;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=39;TCF=37;TCR=2;TR=39;WE=157146013;WS=157146000;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr3	157146273	rs140995851	G	A	1500.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.907;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=284;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.822;HP=3;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=31;PP=682;ReadPosRankSum=1.501;SC=ACAACATGGTGTTACCTGTTG;SOR=0.885;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=183;TCF=83;TCR=100;TR=52;WE=157146281;WS=157146263;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:188,90:0.32:278
chr3	157146307	rs1456099	A	T	6222.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=234;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=57;NR=89;PP=2965;SC=GGGAATGATGACTTTATCAGG;SOR=1.009;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=146;TCF=57;TCR=89;TR=146;WE=157146315;WS=157146297;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,230:1.00:230
chr3	157154861	rs2305619	A	G	9269.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.466;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=635;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.189;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=105;NR=163;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.077;SC=CCGTAAGTTCACTTTAACTGT;SOR=0.820;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=404;TCF=166;TCR=238;TR=268;WE=157154869;WS=157154851;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:206,417:0.67:623
chr3	157155314	rs3816527	C	A	5278.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.048;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=366;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.836;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=73;NR=68;PP=2355;ReadPosRankSum=-2.238;SC=ACGCCGTGCGCCTGCGGTCAG;SOR=0.635;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=198;TCF=106;TCR=92;TR=141;WE=157155322;WS=157155304;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:124,238:0.66:362
chr3	157188045	rs1456113	A	G	1943.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=50;NR=17;PP=1195;SC=CAGACATCACAGGTTCACCTA;SOR=1.802;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=69;TCF=52;TCR=17;TR=67;WE=157188053;WS=157188035;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr3	157296325	rs60530908	C	CATAT	524.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;QD=40.36;SOR=3.912;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr3	157817517	rs9833383	A	G	270.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=4.889;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.844;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=0;PP=221;ReadPosRankSum=-0.778;SC=GGTCCACTATATCATCTCAAA;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=27;TCF=26;TCR=1;TR=11;WE=157817525;WS=157817507;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,11:0.37:30
chr3	157820423	rs4462902	C	T	424.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-2.565;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.053;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=5;PP=180;ReadPosRankSum=-0.935;SC=CAACCCCAGGCTCTCTCTGCT;SOR=0.461;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=78;TCF=60;TCR=18;TR=21;WE=157820431;WS=157820413;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,26:0.30:88
chr3	157841531	rs6789448	G	A	418.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-5.519;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.541;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=2;PP=328;ReadPosRankSum=0.952;SC=ATTTATCTCTGTTTGCTTCCA;SOR=0.169;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=47;TCF=44;TCR=3;TR=19;WE=157841539;WS=157841521;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,19:0.40:47
chr3	157849957	rs1609526	C	T	89.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.283;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=1.477;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.09;ReadPosRankSum=-1.574;SOR=1.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,9:0.21:43
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chr3	158072776	rs5853823	TA	T	711.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.109;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FS=3.256;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.87;ReadPosRankSum=0.420;SOR=1.008;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:90,56:0.38:146
chr3	158300732	rs2566341	A	G	194.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.296;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=1.289;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.13;ReadPosRankSum=-0.283;SOR=0.824;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,16:0.42:38
chr3	158306627	rs1075551	A	G	2515.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.227;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=576;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=43;PP=1061;ReadPosRankSum=0.521;SC=TCATTTGAGGATGTTGTTTCT;SOR=0.713;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=346;TCF=195;TCR=151;TR=101;WE=158306635;WS=158306617;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:396,162:0.29:558
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chr3	158308948	.	CTT	C	63.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.424;ClippingRankSum=0.000;DP=95;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.14;ReadPosRankSum=1.141;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:44,12:0.21:56
chr3	158310153	rs6771248	A	G	673.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.023;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.934;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=9;PP=393;ReadPosRankSum=0.651;SC=ATTATTTGTAATATTTACCTG;SOR=0.422;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=96;TCF=72;TCR=24;TR=31;WE=158310161;WS=158310143;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,37:0.32:114
chr3	158310483	rs6780477	G	T	172.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-1.755;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.793;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=11;PP=130;ReadPosRankSum=0.725;SC=TCTTGTTCTAGAAATCACTAT;SOR=1.136;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=45;TCF=6;TCR=39;TR=12;WE=158310491;WS=158310473;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,12:0.24:51
chr3	158314810	rs45471897	C	G	276.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-2.473;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.746;HP=6;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=8;PP=150;ReadPosRankSum=1.277;SC=CTTTCAAACACTTTTTTAACC;SOR=0.237;SbPval=0.14;Source=Platypus;TC=25;TCF=3;TCR=22;TR=11;WE=158314818;WS=158314800;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,14:0.42:33
chr3	158314846	rs55999561	A	G	200.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-1.107;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.690;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=7;PP=100;ReadPosRankSum=0.783;SC=GATACCTTACATGATTAACCC;SOR=0.061;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=19;TCF=1;TCR=18;TR=8;WE=158314854;WS=158314836;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,10:0.48:21
chr3	158318015	rs2639656	C	T	114.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.048;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.38;ReadPosRankSum=-0.299;SOR=0.307;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,7:0.39:18
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chr3	158320703	rs15967	C	A	497.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.349;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.21;ReadPosRankSum=1.593;SOR=0.635;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:40,29:0.42:69
chr3	158362391	rs28372852	C	T	571.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.825;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=5;PP=253;ReadPosRankSum=0.279;SC=CCACCCGGCGCCACGGGACTT;SOR=0.741;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=67;TCF=51;TCR=16;TR=23;WE=158362399;WS=158362381;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,30:0.33:90
chr3	158362441	rs1864507	T	C	667.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.947;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FS=0.690;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.07;ReadPosRankSum=2.568;SOR=0.571;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:124,40:0.24:164
chr3	158362526	rs1864506	A	G	1062.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.625;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=349;ExcessHet=3.0103;FS=2.179;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.07;ReadPosRankSum=0.284;SOR=0.604;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:269,77:0.22:346
chr3	158362588	rs1864505	C	G	746.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.874;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=334;ExcessHet=3.0103;FS=3.061;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.25;ReadPosRankSum=0.261;SOR=0.903;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:266,66:0.20:332
chr3	158366900	rs2303909	G	A	822.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.511;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FS=0.638;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.67;ReadPosRankSum=0.814;SOR=0.633;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:95,50:0.34:145
chr3	158367837	rs56167308	C	T	346.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.013;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.91;ReadPosRankSum=1.973;SOR=0.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:91,28:0.24:119
chr3	158369789	rs56362855	T	A	647.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.756;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=4.276;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.28;ReadPosRankSum=0.278;SOR=0.284;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:44,19:0.30:63
chr3	158369798	rs9810874	A	G	703.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.086;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=2.285;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.64;ReadPosRankSum=0.760;SOR=0.418;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:50,23:0.32:73
chr3	158372477	rs62286656	C	T	597.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.482;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.684;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=17;PP=367;ReadPosRankSum=1.510;SC=TACTTCTAGGCTTTATTCCTA;SOR=0.778;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=92;TCF=42;TCR=50;TR=30;WE=158372485;WS=158372467;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:108,40:0.27:148
chr3	158372502	rs9884039	T	C	441.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.973;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=14;PP=257;ReadPosRankSum=-1.622;SC=AGAATGACTCTGACTTTTATG;SOR=0.718;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=64;TCF=23;TCR=41;TR=22;WE=158372510;WS=158372492;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,28:0.29:95
chr3	158384068	rs7628497	A	G	1129.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.103;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FS=0.538;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.11;ReadPosRankSum=1.090;SOR=0.751;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:152,69:0.31:221
chr3	158384920	rs9875895	C	T	163.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.861;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.304;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=6;PP=113;ReadPosRankSum=3.768;SC=GCAAAAATTACATTTAATTTT;SOR=1.609;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=16;TCF=3;TCR=13;TR=7;WE=158384928;WS=158384910;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,8:0.44:18
chr3	158386737	rs1492909	C	T	319.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.145;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.259;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=1;PP=113;ReadPosRankSum=-1.652;SC=ACAATACTTTCGATAAATATT;SOR=0.469;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=43;TCF=35;TCR=8;TR=10;WE=158386745;WS=158386727;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,17:0.32:53
chr3	158387487	rs6441215	T	C	627.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=2.208;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.001;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=19;PP=385;ReadPosRankSum=-0.672;SC=AAGCATAGGCTCCTAATGGTG;SOR=0.321;SbPval=0.24;Source=Platypus;TC=65;TCF=9;TCR=56;TR=24;WE=158387495;WS=158387477;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,28:0.39:71
chr3	158388721	rs56093991	C	CAAAGAAA	492.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.218;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=4.847;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.71;ReadPosRankSum=1.282;SOR=0.242;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,13:0.28:46
chr3	158388780	rs8455	T	C	601.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.449;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FS=2.424;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.42;ReadPosRankSum=-0.177;SOR=0.486;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:96,40:0.29:136
chr3	158390136	rs112809766	C	T	11794.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-2.527;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=893;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=168;NR=138;PP=2962;ReadPosRankSum=0.120;SC=CTGCTAAACTCACCTCCATGC;SOR=0.677;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=482;TCF=266;TCR=216;TR=306;WE=158390144;WS=158390126;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:332,554:0.63:886
chr3	158390395	rs9841	A	T	315.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-1.991;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=14;PP=231;ReadPosRankSum=1.407;SC=TCCTTCAGTCAGTCTTCTTCC;SOR=0.765;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=44;TCF=4;TCR=40;TR=15;WE=158390403;WS=158390385;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,16:0.33:48
chr3	158399757	rs11436468	A	AT	886.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.164;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=10;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=12;PP=351;ReadPosRankSum=0.303;SC=ATAATGCTCCATTTTTTTTTT;SOR=0.732;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=102;TCF=58;TCR=44;TR=33;WE=158399765;WS=158399747;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:122,62:0.34:184
chr3	158409093	rs145803239	C	CA	1069.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.348;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=242;ExcessHet=3.0103;FS=0.534;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.98;ReadPosRankSum=0.539;SOR=0.742;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:147,68:0.32:215
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chr3	158422506	rs4680457	G	A	290.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.790;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.85;ReadPosRankSum=1.373;SOR=0.675;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:80,22:0.22:102
chr3	158428642	rs2307064	G	A	3915.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.284;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=775;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.204;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=81;NR=73;PP=1997;ReadPosRankSum=2.182;SC=TTACATTGATGGTTGGTCTGG;SOR=0.577;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=472;TCF=269;TCR=203;TR=154;WE=158428650;WS=158428632;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:533,241:0.31:774
chr3	158431508	rs2279562	A	G	1475.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.928;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=266;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.659;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=19;PP=832;ReadPosRankSum=1.822;SC=ATCACTATATATTAAGATTCT;SOR=0.811;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=176;TCF=116;TCR=60;TR=60;WE=158431516;WS=158431498;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:175,82:0.32:257
chr3	158431702	rs2279561	A	T	1416.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=3.160;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=253;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.271;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=40;PP=681;ReadPosRankSum=0.536;SC=AAACATCCTCATATCCAGGAA;SOR=1.105;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=170;TCF=44;TCR=126;TR=48;WE=158431710;WS=158431692;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:161,76:0.32:237
chr3	158449965	rs6441223	T	C	341.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.61;BaseQRankSum=-0.085;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=4;PP=132;ReadPosRankSum=-0.406;SC=CCAGCACTCGTAGCGCGCTGG;SOR=0.614;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=41;TCF=29;TCR=12;TR=12;WE=158449973;WS=158449955;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,24:0.27:89
chr3	158450178	rs6786423	A	G	1186.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.325;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=276;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.637;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=23;PP=617;ReadPosRankSum=1.813;SC=ACCAGGGAGCAGGCAGCCGTT;SOR=0.827;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=170;TCF=90;TCR=80;TR=53;WE=158450186;WS=158450168;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:191,77:0.29:268
chr3	158450417	rs6441224	T	C	134.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=2.018;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=5;PP=106;ReadPosRankSum=-2.385;SC=GGCTTAGTGCTAGGATGCGGC;SOR=0.791;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=27;TCF=8;TCR=19;TR=7;WE=158450425;WS=158450407;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,8:0.26:31
chr3	158520011	rs28364680	C	T	2219.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.689;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=325;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.387;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=52;PP=1275;ReadPosRankSum=-0.137;SC=CAGAGGTGCCCCGGCCGCCCC;SOR=0.781;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=251;TCF=109;TCR=142;TR=90;WE=158520019;WS=158520001;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:205,116:0.36:321
chr3	158520483	rs2713736	A	G	6446.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=239;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=60;NR=113;PP=2965;SC=GTTCCTAAACAACTTTTGTTT;SOR=1.296;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=174;TCF=61;TCR=113;TR=173;WE=158520491;WS=158520473;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,232:1.00:232
chr3	158522960	rs1381463	C	T	66.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.311;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=0;PP=48;ReadPosRankSum=-0.094;SC=TGACCATTTTCCTGGGCCAGG;SOR=0.941;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=10;TCR=0;TR=4;WE=158522968;WS=158522954;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,4:0.33:12
chr3	158526942	.	G	GT	187.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.797;ClippingRankSum=0.000;DP=98;ExcessHet=3.0103;FS=0.963;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.35;ReadPosRankSum=-0.677;SOR=0.915;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:57,23:0.29:80
chr3	158531974	rs41272621	A	T	917.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=0.573;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.576;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=23;PP=516;ReadPosRankSum=-0.014;SC=TGTTGTCTCCATGGTTCTAAT;SOR=0.517;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=97;TCF=33;TCR=64;TR=38;WE=158531982;WS=158531964;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,47:0.40:118
chr3	158537415	rs146160361	CTTTTT	C	7289.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=21;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;NF=72;NR=38;PP=1193;SC=GTCTGTTTTTCTTTTTTTTTT;SOR=2.430;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=136;TCF=83;TCR=53;TR=110;WE=158537429;WS=158537405;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,181:1.00:181
chr3	158537443	rs3765083	A	G	11245.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=296;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=173;NR=84;PP=2965;SC=TTTAGGGGGTATAACGTGTAT;SOR=1.459;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=258;TCF=173;TCR=85;TR=257;WE=158537451;WS=158537433;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,291:1.00:291
chr3	158541077	rs41272627	C	T	501.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=0.008;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.969;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=6;PP=250;ReadPosRankSum=-0.633;SC=ATTTTGAATACGAATTTTAGC;SOR=0.551;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=92;TCF=71;TCR=21;TR=24;WE=158541085;WS=158541067;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,29:0.29:101
chr3	158546552	rs75704067	ATATT	A	727.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=7;NR=3;PP=534;SC=AAACCTCAGAATATTAATTAA;SOR=2.179;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=7;TCR=3;TR=10;WE=158546563;WS=158546542;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr3	158546849	rs78482130	G	GT	803.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=0.193;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.946;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=15;PP=557;ReadPosRankSum=-0.006;SC=AAAATTTAGAGTTTAGTCATT;SOR=0.548;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=48;TCF=2;TCR=46;TR=16;WE=158546857;WS=158546839;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,36:0.49:73
chr3	158787632	.	TTGTGTG	T	536.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.335;ClippingRankSum=0.000;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.493;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=1.128;NF=0;NR=16;PP=841;ReadPosRankSum=-2.711;SC=CCCTCCTTTCTTGTGTGTGTG;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=38;TCF=2;TCR=36;TR=16;WE=158787649;WS=158787622;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,15:0.65:23
chr3	158991724	rs2621285	A	T	579.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-3.711;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.507;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=14;PP=242;ReadPosRankSum=-0.736;SC=TATTTTTACAAATGAAGAGAG;SOR=0.260;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=72;TCF=22;TCR=50;TR=23;WE=158991732;WS=158991714;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,33:0.35:93
chr3	159733600	rs589545	G	A	1516.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=36;NR=4;PP=921;SC=TTCTAAATCTGAAAAATTGCT;SOR=2.437;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=41;TCF=36;TCR=5;TR=40;WE=159733608;WS=159733597;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr3	159733692	rs491966	T	C	3619.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=63;NR=39;PP=2065;SC=CTACACTTGATCCTGAGATCT;SOR=1.112;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=102;TCF=63;TCR=39;TR=102;WE=159733700;WS=159733682;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,134:1.00:134
chr3	159736893	rs2647930	T	C	13075.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-1.769;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=490;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=184;NR=120;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.141;SC=TTAAACATCCTAAGTGGTCAA;SOR=0.360;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=305;TCF=185;TCR=120;TR=304;WE=159736901;WS=159736883;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,482:1.00:483
chr3	159737076	rs2647931	G	A	10059.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-2.883;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=379;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.674;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=83;NR=184;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.885;SC=TCCTCTCGCCGCAAGCACATG;SOR=0.304;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=269;TCF=83;TCR=186;TR=267;WE=159737084;WS=159737066;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,366:0.99:368
chr3	159744277	rs2936300	C	T	1267.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=38;NR=2;PP=972;SC=TCCACCACAGCGAAACCAGTT;SOR=4.712;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=40;TCF=38;TCR=2;TR=40;WE=159744285;WS=159744267;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr3	159744352	rs2279742	C	T	4572.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=72;NR=45;PP=2008;SC=CGAGACCTGACGGGAAGCGGG;SOR=1.127;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=117;TCF=72;TCR=45;TR=117;WE=159744360;WS=159744342;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,174:1.00:174
chr3	159744438	rs2914119	C	T	14900.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=334;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.02;SOR=0.711;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,331:1.00:331
chr3	159744438	.	CTC	TTT	2947	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;FR=1.0000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MMLQ=26;MQ=60.0;NF=89;NR=89;PP=2947;QD=20;SC=AGGACAGGCACTCGCATGGGT;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=179;TCF=89;TCR=90;TR=178;WE=159744448;WS=159744428;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:1,178:0.99:179
chr3	159744440	rs2936301	C	T	14900.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=337;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.61;SOR=0.705;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,334:1.00:334
chr3	160003677	rs2275151	T	C	1740.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=17;NR=28;PP=915;SC=AGTAGAACATTAATTAATGTG;SOR=1.249;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=45;TCF=17;TCR=28;TR=45;WE=160003685;WS=160003667;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr3	160021681	rs4680576	G	A	4504.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=54;NR=51;PP=1906;SC=CCCAGATCCAGTAGTTAAACA;SOR=0.751;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=106;TCF=54;TCR=52;TR=105;WE=160021689;WS=160021671;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,175:1.00:175
chr3	160130110	rs2305407	G	A	2414.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=2.440;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=28;PP=1061;ReadPosRankSum=-0.473;SC=TTTAATTTCTGTAGTTAAACA;SOR=0.290;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=66;TCF=37;TCR=29;TR=64;WE=160130118;WS=160130100;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,93:0.99:94
chr3	160135428	rs1451760	C	T	1311.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=37;NR=2;PP=986;SC=TTTCTTAAATCGAATATAAAA;SOR=4.223;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=39;TCF=37;TCR=2;TR=39;WE=160135436;WS=160135418;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr3	160137363	rs142795307	C	CT	1391.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.211;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=11;HapScore=3;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=34;PP=479;ReadPosRankSum=-0.463;SC=CATGGCTTTACTTTTTTTTTT;SOR=0.922;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=43;TCF=3;TCR=40;TR=37;WE=160137371;WS=160137353;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:7,71:0.91:78
chr3	160142618	rs11718121	A	C	1298.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.459;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=13.361;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.05;ReadPosRankSum=2.518;SOR=2.734;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,52:0.96:54
chr3	160142810	rs139267592	A	ATGTGTGTGTGTG,ATGTGTGTGTGTGTG	1452.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.15;QD=55.87;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:0,10,16:0.38,0.62:26
chr3	160148756	rs7631792	C	T	2262.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=37;NR=20;PP=1164;SC=TCCTTCATCTCTGTAATGTGA;SOR=1.165;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=58;TCF=37;TCR=21;TR=57;WE=160148764;WS=160148746;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr3	160223032	rs721022	C	T	462.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=15;PP=385;SC=ATCTTAAAATCAACAACCTGA;SOR=5.549;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=0;TCR=15;TR=15;WE=160223040;WS=160223022;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr3	160233406	.	C	CT	220.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.445;ClippingRankSum=0.000;DP=194;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.46;ReadPosRankSum=0.288;SOR=0.645;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:119,32:0.21:151
chr3	160243743	.	TTGG	T	64.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.867;ClippingRankSum=0.000;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.49;ReadPosRankSum=-1.181;SOR=0.540;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,4:0.15:26
chr3	160243777	rs147427898	G	T	110.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.485;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.26;ReadPosRankSum=-0.113;SOR=0.512;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,8:0.31:26
chr3	160245948	rs1551190	A	G	105.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=3;PP=56;SC=TTAAAATATAACCTCATTAAA;SOR=1.022;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=5;TCF=2;TCR=3;TR=5;WE=160245956;WS=160245938;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr3	160245980	rs4679890	C	T	54.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=2;PP=21;SC=GGAATAGCATCATTGGAAGAA;SOR=1.179;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=3;TCF=1;TCR=2;TR=3;WE=160245988;WS=160245970;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr3	160283126	rs4621370	A	C	10877.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.480;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=393;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=80;NR=207;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.101;SC=GCCCCAACCAACGCGCCGCAC;SOR=0.713;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=288;TCF=80;TCR=208;TR=287;WE=160283134;WS=160283116;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,381:1.00:382
chr3	160395093	rs1879797	A	G	2788.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.047;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FS=2.964;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=26.56;ReadPosRankSum=0.364;SOR=1.902;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,103:0.98:105
chr3	160474540	rs71302254	C	CGTGTGTGT	565.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.297;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.07;MQRankSum=0.000;QD=12.30;ReadPosRankSum=1.023;SOR=0.610;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,17:0.37:46
chr3	160679422	rs7616249	T	C	851.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.047;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=2;PP=555;ReadPosRankSum=0.150;SC=AGGGTTGGTTTCACAGTGCTT;SOR=0.610;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=84;TCF=76;TCR=8;TR=29;WE=160679430;WS=160679412;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,37:0.38:98
chr3	160679744	rs7629001	A	T	3687.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=17;NR=89;PP=2592;SC=TGCAAAAAAAATTCATTATAA;SOR=3.029;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=106;TCF=17;TCR=89;TR=106;WE=160679752;WS=160679734;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr3	160739920	.	AT	A	375.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.182;ClippingRankSum=0.000;DP=140;ExcessHet=3.0103;FS=8.946;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.85;ReadPosRankSum=0.086;SOR=1.524;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:82,50:0.38:132
chr3	160939746	.	C	CT	36.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.210;ClippingRankSum=-0.000;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=2.632;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=3.34;ReadPosRankSum=2.088;SOR=0.148;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,6:0.55:11
chr3	160945225	rs55825529	AT	A,ATT	224.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.637;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.02;ReadPosRankSum=-1.183;SOR=0.498;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:5,15,12:0.47,0.38:32
chr3	160955882	rs11344126	CT	C	154.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.185;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.12;MQRankSum=1.681;QD=1.89;ReadPosRankSum=0.256;SOR=0.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:55,27:0.33:82
chr3	161216812	rs1506481	G	A	130.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-1.373;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=50;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=0;PP=73;ReadPosRankSum=-0.832;SC=TTGCCCTTAGGACTCTGTGTG;SOR=1.402;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=12;TCR=1;TR=5;WE=161216820;WS=161216805;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,6:0.43:14
chr3	161216845	rs1506482	C	T	204.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=1.780;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=38;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=0;PP=129;ReadPosRankSum=0.239;SC=TCAGATTTTACCATTAGGTCA;SOR=1.112;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=23;TCF=21;TCR=2;TR=8;WE=161216853;WS=161216835;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,10:0.38:26
chr3	161216860	rs1506483	T	C	373.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.608;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=1;PP=224;ReadPosRankSum=0.071;SC=AGGTCATTGATACTTATTGAT;SOR=0.446;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=35;TCF=32;TCR=3;TR=14;WE=161216868;WS=161216850;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,17:0.44:39
chr3	161216912	rs1506484	T	C	1149.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.985;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.714;HP=4;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=5;PP=661;ReadPosRankSum=-0.929;SC=TAATGAACTTTAAAAGAGAAA;SOR=1.013;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=92;TCF=74;TCR=18;TR=37;WE=161216920;WS=161216902;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,52:0.43:121
chr3	161217218	rs41386047	A	G	166.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.597;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=8;PP=117;ReadPosRankSum=-0.562;SC=TAAACAGCCAATTGAGAAATT;SOR=0.446;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=23;TCF=2;TCR=21;TR=9;WE=161217226;WS=161217208;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,9:0.32:28
chr3	161221705	rs3921595	A	C	1095.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.528;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.161;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=29;PP=473;ReadPosRankSum=-0.767;SC=TTGTACCCAGAGGAAACTTCT;SOR=0.593;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=143;TCF=56;TCR=87;TR=49;WE=161221713;WS=161221695;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:142,68:0.32:210
chr3	164714532	rs4855271	C	T	2196.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=55;PP=1492;SC=TTACATATGACATTCCAAACA;SOR=3.198;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=63;TCF=8;TCR=55;TR=63;WE=164714540;WS=164714522;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
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chr3	164758630	rs13099130	G	A	746.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-4.104;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.574;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=6;PP=565;ReadPosRankSum=1.449;SC=AGCAGCAGAAGTTTAATTGAT;SOR=0.370;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=45;TCF=36;TCR=9;TR=29;WE=164758638;WS=164758620;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,31:0.67:46
chr3	164760771	rs12381230	T	C	703.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=0.825;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=6;PP=426;ReadPosRankSum=-0.033;SC=ATATACTCTATAGATTTAATT;SOR=0.843;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=36;TCF=27;TCR=9;TR=24;WE=164760779;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,31:0.66:47
chr3	164764719	rs9838509	C	A	12840.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-1.162;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=932;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.546;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=159;NR=168;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.149;SC=CTAACCAATGCGCAGCATGTC;SOR=0.668;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=513;TCF=255;TCR=258;TR=327;WE=164764727;WS=164764709;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:325,596:0.65:921
chr3	164766807	rs200218470	T	TAA	1216.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=2.024;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=10.378;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=26.45;ReadPosRankSum=0.694;SOR=2.812;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,31:0.67:46
chr3	164766808	rs67477789	TC	T	1293.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.800;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=9.977;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=27.53;ReadPosRankSum=0.915;SOR=2.649;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,31:0.66:47
chr3	164766816	rs9821196	C	A	1328.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.313;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=2.807;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=22.52;ReadPosRankSum=1.655;SOR=1.266;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,37:0.63:59
chr3	164766835	rs9841237	T	C	1685.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.093;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=12;PP=1058;ReadPosRankSum=-0.137;SC=TATTTCCTAATTATGAATACA;SOR=0.744;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=79;TCF=62;TCR=17;TR=56;WE=164766843;WS=164766825;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,68:0.71:96
chr3	164772957	rs9290256	C	T	2326.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.953;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.654;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=26;PP=1159;ReadPosRankSum=0.693;SC=TTGACCAAAACCATTGGTTTA;SOR=0.626;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=119;TCF=77;TCR=42;TR=76;WE=164772965;WS=164772947;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,106:0.68:155
chr3	164773057	rs9290257	G	A	4767.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-2.100;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=347;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.355;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=65;PP=1881;ReadPosRankSum=-0.178;SC=TGCAGTTTGGGTTAGTGAAAT;SOR=0.681;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=196;TCF=97;TCR=99;TR=131;WE=164773065;WS=164773047;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:115,226:0.66:341
chr3	164776913	rs60170840	C	CAT	11761.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.688;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=483;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.835;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=2.895;NF=42;NR=112;PP=2962;ReadPosRankSum=0.016;SC=TTAACTTACACGTGTAAACAC;SOR=0.536;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=245;TCF=61;TCR=184;TR=154;WE=164776921;WS=164776903;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:163,301:0.65:464
chr3	164777677	rs9290259	T	G	3524.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.678;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=253;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.610;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=44;PP=1728;ReadPosRankSum=-0.438;SC=CACGGACCCTTTATTCTACTT;SOR=0.570;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=146;TCF=86;TCR=60;TR=101;WE=164777685;WS=164777667;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,158:0.64:248
chr3	164781368	rs11718901	G	A	376.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-0.127;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.210;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=11;PP=215;ReadPosRankSum=-2.558;SC=TTTCAAATATGTTTAAAACAC;SOR=0.460;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=38;TCF=13;TCR=25;TR=18;WE=164781376;WS=164781358;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,20:0.45:44
chr3	164783165	rs9283633	T	C	1381.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.051;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=30;PP=747;ReadPosRankSum=-0.133;SC=GGAAGACGGGTTGAGATCTGT;SOR=0.629;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=82;TCF=27;TCR=55;TR=45;WE=164783173;WS=164783155;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,65:0.57:114
chr3	164783260	rs9681508	T	G	133.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=22.31;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr3	164785338	rs9865476	G	A	380.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-1.495;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.021;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=12;PP=235;ReadPosRankSum=0.955;SC=TAATATTCCAGTTCTGAATTA;SOR=0.327;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=22;TCF=3;TCR=19;TR=15;WE=164785346;WS=164785328;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,17:0.65:26
chr3	164786382	rs9758479	C	A	1786.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-2.647;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-1.425;NF=32;NR=9;PP=1989;ReadPosRankSum=-0.299;SC=AGGATGGTCTCCATCTCCTGA;SOR=0.599;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=68;TCF=55;TCR=13;TR=41;WE=164786404;WS=164786372;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,46:0.60:77
chr3	164786396	rs9754967	T	C	2542.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=1.395;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.911;HP=1;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-1.321;NF=43;NR=14;PP=1989;ReadPosRankSum=-1.143;SC=CTCCTGACCTTGTGATCCGCC;SOR=0.914;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=88;TCF=66;TCR=22;TR=57;WE=164786404;WS=164786372;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,62:0.63:98
chr3	164786413	rs9756068	A	G	3016.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-1.143;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.686;HP=1;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-1.273;NF=59;NR=20;PP=1350;ReadPosRankSum=-1.258;SC=CGCCCACGTCAGCTTCCCAAA;SOR=1.121;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=117;TCF=86;TCR=31;TR=79;WE=164786421;WS=164786403;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,89:0.65:137
chr3	164786629	rs11313475	TA	T	2147.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-2.681;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.003;HP=10;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=51;PP=989;ReadPosRankSum=0.966;SC=CCTTAAAGAATAAAAAAAAGC;SOR=0.327;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=97;TCF=7;TCR=90;TR=55;WE=164786637;WS=164786619;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,114:0.71:161
chr3	164792451	rs146222650	A	G	2002.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.636;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.533;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=38;PP=981;ReadPosRankSum=-0.218;SC=TAGAATCACTAATTTCTGGGG;SOR=0.550;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=90;TCF=39;TCR=51;TR=68;WE=164792459;WS=164792441;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,93:0.71:131
chr3	164793541	rs7432386	G	T	455.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-1.962;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=3;PP=256;ReadPosRankSum=0.800;SC=TAGAAAAAGTGGAAGTAATTG;SOR=0.527;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=21;TCF=17;TCR=4;TR=15;WE=164793549;WS=164793531;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,19:0.76:25
chr3	164793758	rs9290264	C	A	961.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.336;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=22;PP=538;ReadPosRankSum=2.518;SC=ACAAAAAGGACAATCAGAGAG;SOR=0.725;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=98;TCF=43;TCR=55;TR=39;WE=164793766;WS=164793748;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:114,57:0.33:171
chr3	165495400	rs2686409	G	A	9318.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=104;NR=48;PP=2965;SC=TCTGTGTGCAGGGGCAAAGCA;SOR=1.477;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=152;TCF=104;TCR=48;TR=152;WE=165495408;WS=165495390;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,208:1.00:208
chr3	165495420	rs2686410	G	C	11297.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=295;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=121;NR=75;PP=2965;SC=AAATTTGCAAGTACAAATGTT;SOR=1.074;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=196;TCF=121;TCR=75;TR=196;WE=165495428;WS=165495410;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,287:1.00:287
chr3	165496622	rs2686411	A	T	490.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=15;PP=408;SC=TAAGATGTCCAGAAAACATTC;SOR=2.712;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=3;TCR=15;TR=18;WE=165496630;WS=165496612;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr3	166966436	rs60512741	C	T	1276.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.105;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=258;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=23;PP=659;ReadPosRankSum=-0.626;SC=CAGGCTGAGGCCCTAGAAAGA;SOR=0.700;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=156;TCF=84;TCR=72;TR=51;WE=166966444;WS=166966426;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:176,76:0.30:252
chr3	167000256	rs12638625	G	C	2229.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.730;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=384;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.400;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=49;PP=1044;ReadPosRankSum=-0.041;SC=TGGAAAATTTGCTGTTGAAGG;SOR=0.721;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=247;TCF=94;TCR=153;TR=79;WE=167000264;WS=167000246;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:248,125:0.34:373
chr3	167006568	rs7625639	G	T	2002.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-2.576;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=261;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.526;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=17;PP=1107;ReadPosRankSum=-1.036;SC=AAACTAAATTGCAGGTGCCTA;SOR=0.739;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=211;TCF=160;TCR=51;TR=76;WE=167006576;WS=167006558;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:158,95:0.38:253
chr3	167006612	rs7625651	G	T	3277.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.902;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=571;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.197;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=82;NR=53;PP=1791;ReadPosRankSum=1.173;SC=ACTAAAGGAAGTAAGCTGCCA;SOR=0.575;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=396;TCF=247;TCR=149;TR=135;WE=167006620;WS=167006602;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:368,185:0.33:553
chr3	167023493	rs35864545	C	T	517.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.358;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.95;ReadPosRankSum=0.841;SOR=0.768;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:97,34:0.26:131
chr3	167023624	rs35190925	A	G	948.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.332;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.224;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=17;PP=374;ReadPosRankSum=0.487;SC=TTCTAAACCTATATTTTTCTC;SOR=0.509;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=89;TCF=39;TCR=50;TR=33;WE=167023632;WS=167023614;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:89,51:0.36:140
chr3	167035501	rs4580553	G	A	274.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-1.600;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.175;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=11;PP=166;ReadPosRankSum=0.655;SC=TGATGAAACCGTAACTGTACC;SOR=0.084;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=32;TCF=0;TCR=32;TR=11;WE=167035509;WS=167035491;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,13:0.38:34
chr3	167040185	rs12632964	A	C	98.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.896;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=4;PP=25;ReadPosRankSum=-0.650;SC=AAAGTATTAAATATTGGTAAT;SOR=0.941;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=2;TCR=13;TR=4;WE=167040193;WS=167040175;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,6:0.29:21
chr3	167045701	.	CA	C,CAA	341.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.402;ClippingRankSum=0.000;DP=97;ExcessHet=3.0103;FS=5.037;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=59.96;MQRankSum=0.000;QD=5.60;ReadPosRankSum=-0.254;SOR=0.116;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:9,31,21:0.51,0.34:61
chr3	167051726	rs10936530	A	G	270.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.763;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.47;ReadPosRankSum=-2.135;SOR=0.591;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:58,20:0.26:78
chr3	167077691	rs4257551	T	A	4543.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=55;NR=55;PP=2088;SC=ACTGTCCACATACTTTCCCAT;SOR=0.752;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=110;TCF=55;TCR=55;TR=110;WE=167077699;WS=167077681;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,173:1.00:173
chr3	167078544	rs9834845	T	C	769.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=1.625;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.571;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=22;PP=516;ReadPosRankSum=-0.819;SC=ATTTGTCAGGTATATATTATC;SOR=1.250;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=63;TCF=19;TCR=44;TR=29;WE=167078552;WS=167078534;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,36:0.45:80
chr3	167084628	rs186526066	C	T	4135.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.675;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=338;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.328;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=73;NR=60;PP=2123;ReadPosRankSum=0.427;SC=ATTTAGAAGTCCAAACTAAGT;SOR=0.617;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=206;TCF=117;TCR=89;TR=133;WE=167084636;WS=167084618;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:137,190:0.58:327
chr3	167167186	rs6770577	T	A	11421.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=1.292;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=749;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=100;NR=194;PP=2962;ReadPosRankSum=0.298;SC=ACACTTCAGATGAATCTGGTT;SOR=0.684;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=422;TCF=141;TCR=281;TR=294;WE=167167204;WS=167167176;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:242,498:0.67:740
chr3	167184878	rs9841174	T	C	6127.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.701;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=444;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=106;NR=69;PP=2848;ReadPosRankSum=-1.792;SC=ACTTATCATCTCTGCACAAGC;SOR=0.705;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=280;TCF=167;TCR=113;TR=175;WE=167184886;WS=167184868;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:157,281:0.64:438
chr3	167191652	rs4129073	C	T	1119.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.017;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.077;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=21;PP=482;ReadPosRankSum=-0.072;SC=AGAATAAAAGCGATATGTTAA;SOR=0.515;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=44;TCF=13;TCR=31;TR=30;WE=167191660;WS=167191642;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,51:0.74:69
chr3	167218163	rs78968180	C	T	1944.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.737;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.108;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=38;PP=963;ReadPosRankSum=-1.479;SC=AAAGAGCCAGCACATTTCCAA;SOR=0.505;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=111;TCF=42;TCR=69;TR=66;WE=167218171;WS=167218153;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,91:0.59:154
chr3	167351418	rs9845725	T	C	2431.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.801;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=65;PP=1723;ReadPosRankSum=0.637;SC=TTGCTACAAATTCTTAGTTTT;SOR=0.744;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=116;TCF=26;TCR=90;TR=83;WE=167351426;WS=167351408;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,96:0.72:134
chr3	167422534	rs192920686	T	C	1686.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.741;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.139;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=12;PP=859;ReadPosRankSum=0.027;SC=CTAAAAAGGCTTTCCCTTAAA;SOR=1.179;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=66;TCF=48;TCR=18;TR=49;WE=167422542;WS=167422524;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,73:0.69:106
chr3	167747949	rs6798995	C	T	420.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.062;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=15;PP=322;ReadPosRankSum=-1.041;SC=GTCAGGTGAACTGTGATTATA;SOR=1.270;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=28;TCF=4;TCR=24;TR=17;WE=167747957;WS=167747939;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,17:0.61:28
chr3	167754573	rs6786410	A	G	793.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=2.459;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=0;PP=492;ReadPosRankSum=-1.041;SC=CCTCTTGGCAACTTGACAGAG;SOR=0.937;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=35;TCF=33;TCR=2;TR=20;WE=167754581;WS=167754563;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,30:0.68:44
chr3	167754852	.	A	ATCTATGAATGCCCATTCATAGATGGGCATTTGT	1425.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.573;ClippingRankSum=0.000;DP=80;ExcessHet=3.0103;FS=12.614;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.40;MQRankSum=1.677;QD=20.37;ReadPosRankSum=-1.166;SOR=2.584;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,37:0.53:70
chr3	167758964	rs62273305	T	C	218.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.253;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5003;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=7;NR=1;PP=135;ReadPosRankSum=-0.660;SC=AGCATGAGAATAATTTCAGTA;SOR=1.179;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=11;TCF=10;TCR=1;TR=8;WE=167758972;WS=167758961;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,9:0.82:11
chr3	167762678	rs57702503	C	CA	1343.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.435;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.617;HP=12;HapScore=4;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=1.256;NF=6;NR=43;PP=485;ReadPosRankSum=-0.047;SC=TGCTGTAAATCAAAAAAAAAA;SOR=0.531;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=76;TCF=12;TCR=64;TR=49;WE=167762686;WS=167762668;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,89:0.62:143
chr3	167764820	rs77249029	A	G	894.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.415;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.009;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-1.315;NF=11;NR=21;PP=535;ReadPosRankSum=1.153;SC=AAACAGTGATAATTCACTACA;SOR=0.853;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=40;TCF=13;TCR=27;TR=32;WE=167764828;WS=167764810;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,40:0.65:62
chr3	168538993	rs603638	A	G	4925.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=73;NR=48;PP=2416;SC=TGTCTCGAGGATGCCTACGGA;SOR=0.990;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=122;TCF=73;TCR=49;TR=121;WE=168539001;WS=168538983;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,182:1.00:182
chr3	168542454	rs145528794	T	TCA,TCACACA	2211.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.723;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=5.579;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=19,19;NR=14,14;PP=458,959;ReadPosRankSum=-1.412;SC=TGCAGCTCTGTCACACACACA;SOR=1.937;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=52;TCF=29;TCR=23;TR=33,33;WE=168542463;WS=168542444;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.54,0.31:85
chr3	168546914	rs678690	C	T	3853.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=1.273;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=695;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=73;NR=63;PP=1755;ReadPosRankSum=0.533;SC=CGGTCCAGCCCGATGAAGTAT;SOR=0.707;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=404;TCF=214;TCR=190;TR=136;WE=168546922;WS=168546904;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:455,225:0.33:680
chr3	168806987	rs1981745	G	A	786.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.145;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=30;PP=611;ReadPosRankSum=0.900;SC=ATGAACCAACGAAAAACACAG;SOR=0.588;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=87;TCF=7;TCR=80;TR=33;WE=168806995;WS=168806977;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,33:0.37:89
chr3	168810874	rs17466625	C	T	3137.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.639;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=629;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.208;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=71;PP=1588;ReadPosRankSum=-1.070;SC=CAGAATGAGGCGACGATGTTG;SOR=0.808;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=394;TCF=173;TCR=221;TR=122;WE=168810882;WS=168810864;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:435,188:0.30:623
chr3	168810980	rs12634348	C	T	718.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-1.688;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.997;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=28;PP=525;ReadPosRankSum=0.265;SC=TTGATCAGTGCTGTTTCTTAA;SOR=0.995;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=115;TCF=19;TCR=96;TR=32;WE=168810988;WS=168810970;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:97,37:0.28:134
chr3	168818560	rs9857376	C	T	752.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=22;NR=0;PP=574;SC=TATTCAGACACGCATAAAATT;SOR=6.439;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=22;TCR=0;TR=22;WE=168818568;WS=168818550;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr3	168819788	rs9290358	A	G	452.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=11;NR=1;PP=295;SC=AAACAGCAAGACCTTTTGAAA;SOR=3.126;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=12;TCF=11;TCR=1;TR=12;WE=168819796;WS=168819787;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr3	168840571	rs3851380	A	T	4450.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=27;NR=101;PP=2860;SC=AAACGGAACAACATTTTATTG;SOR=2.213;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=128;TCF=27;TCR=101;TR=128;WE=168840579;WS=168840561;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,156:1.00:156
chr3	168840607	rs3851381	C	T	2206.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=61;PP=1718;SC=ATTAAAGAAACAAGAAGGAAA;SOR=4.205;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=66;TCF=5;TCR=61;TR=66;WE=168840615;WS=168840597;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr3	168862931	rs72000698	AACACAC	A	158.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.811;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FS=2.237;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.11;MQRankSum=-1.048;QD=3.69;ReadPosRankSum=0.686;SOR=0.207;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,12:0.28:43
chr3	168862967	rs151149708	CACACACACACAGAG	C	1159.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.657;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=5.500;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.75;MQRankSum=2.703;QD=22.30;ReadPosRankSum=-2.610;SOR=1.946;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,31:0.60:52
chr3	169098861	rs988398	C	T	893.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-0.853;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.951;HP=5;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=6;PP=567;ReadPosRankSum=0.118;SC=TTCTTAAAAACCTGTTGAAAA;SOR=0.208;SbPval=0.22;Source=Platypus;TC=51;TCF=45;TCR=6;TR=34;WE=169098869;WS=169098851;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,37:0.66:56
chr3	169381024	rs140833063	C	A	1035.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-2.043;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.253;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=18;PP=576;ReadPosRankSum=-0.251;SC=GGGGCCCCGGCGCAAGAGGCA;SOR=0.514;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=111;TCF=70;TCR=41;TR=45;WE=169381032;WS=169381014;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,53:0.39:136
chr3	169486144	rs9822885	A	G	942.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.502;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.568;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=27;PP=467;ReadPosRankSum=1.466;SC=GGTAACTGTAAGGAAAGCAAT;SOR=0.753;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=144;TCF=52;TCR=92;TR=41;WE=169486152;WS=169486134;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:160,59:0.27:219
chr3	169492016	rs34847803	T	TA	1650.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.130;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.601;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=2.199;NF=26;NR=13;PP=1384;ReadPosRankSum=1.007;SC=GATGAGAACTTACGGTTACTG;SOR=0.770;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=141;TCF=91;TCR=50;TR=39;WE=169492024;WS=169492006;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:153,64:0.29:217
chr3	169492101	rs10936599	C	T	3662.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.188;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=776;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=2.198;NF=83;NR=49;PP=1640;ReadPosRankSum=-1.604;SC=ATTCGCACCACTGTGAGCACC;SOR=0.682;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=449;TCF=273;TCR=176;TR=132;WE=169492119;WS=169492091;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:544,226:0.29:770
chr3	169500487	rs3772190	G	A	513.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=2.211;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=14;PP=245;ReadPosRankSum=-0.418;SC=AAGAAAAAGGGGACTTGGGCC;SOR=0.551;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=67;TCF=14;TCR=53;TR=17;WE=169500495;WS=169500477;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,25:0.33:75
chr3	169514585	rs10936600	A	T	2924.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.445;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=419;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=38;PP=1259;ReadPosRankSum=-1.090;SC=GCATCACATAACTGTTGTATA;SOR=0.664;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=249;TCF=143;TCR=106;TR=92;WE=169514593;WS=169514575;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:250,159:0.39:409
chr3	169518455	rs6793295	T	C	793.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.475;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.314;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=20;PP=502;ReadPosRankSum=1.292;SC=ACCTGTTCACTGTACAGTATA;SOR=0.837;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=100;TCF=50;TCR=50;TR=42;WE=169518463;WS=169518445;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,46:0.35:132
chr3	169526272	rs28626343	T	C	337.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.892;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.319;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=4;PP=183;ReadPosRankSum=-0.768;SC=GTGTTGCTCGTGTACTTACTT;SOR=0.382;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=55;TCF=44;TCR=11;TR=18;WE=169526280;WS=169526262;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,19:0.32:59
chr3	169540397	rs1920119	T	C	4506.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.401;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=970;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.71;ReadPosRankSum=-0.875;SOR=0.667;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:681,275:0.29:956
chr3	169550759	rs12486767	G	A	1033.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.041;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FS=0.576;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.76;ReadPosRankSum=-0.332;SOR=0.633;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:154,63:0.29:217
chr3	169555162	rs66506858	TTC	T	1668.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.068;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.721;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=2.121;NF=23;NR=7;PP=1111;ReadPosRankSum=-0.129;SC=TCACATCCCATTCTCTCCACG;SOR=0.779;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=112;TCF=82;TCR=30;TR=30;WE=169555171;WS=169555152;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:113,51:0.31:164
chr3	169555396	rs78013694	C	T	3194.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.109;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=250;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.904;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=86;PP=2062;ReadPosRankSum=-0.331;SC=AAAAGGAAAACCAGGAAAGGG;SOR=0.977;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=193;TCF=53;TCR=140;TR=113;WE=169555404;WS=169555386;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:104,140:0.57:244
chr3	169558025	rs3732451	C	T	1364.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.143;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=312;ExcessHet=3.0103;FS=4.354;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.56;ReadPosRankSum=0.563;SOR=0.866;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:217,82:0.27:299
chr3	169566090	rs9290375	A	G	1819.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.150;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=358;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.374;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=43;PP=973;ReadPosRankSum=-0.147;SC=AAGTGATAACAATACGAACAG;SOR=0.610;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=228;TCF=94;TCR=134;TR=75;WE=169566098;WS=169566080;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:245,109:0.31:354
chr3	169574465	rs11919269	T	G	2475.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.641;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=458;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=10;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=47;PP=1370;ReadPosRankSum=0.530;SC=ATCTTCACTTTTTTTTTTTCT;SOR=0.724;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=279;TCF=160;TCR=119;TR=105;WE=169574473;WS=169574452;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:314,141:0.31:455
chr3	169643757	rs1290671	G	T	556.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-3.553;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.356;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=1;PP=413;ReadPosRankSum=0.280;SC=TTCAGCTATAGTACCCAGGAG;SOR=1.542;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=40;TCF=36;TCR=4;TR=21;WE=169643765;WS=169643747;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,23:0.55:42
chr3	169643861	rs77312716	G	A	4339.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.869;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=312;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.441;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=76;NR=45;PP=2050;ReadPosRankSum=-0.681;SC=GTCCAATTGAGGACCAAAAAG;SOR=0.739;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=187;TCF=116;TCR=71;TR=121;WE=169643869;WS=169643851;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:108,195:0.64:303
chr3	169643955	rs1290670	C	T	6260.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.261;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=451;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.852;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=95;NR=96;PP=2820;ReadPosRankSum=0.195;SC=TTGAGACTTGCAATGTCTAAT;SOR=0.625;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=296;TCF=145;TCR=151;TR=191;WE=169643963;WS=169643945;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:145,289:0.67:434
chr3	169644710	rs10513680	G	C	12986.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-3.627;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=878;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.568;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=192;NR=184;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.320;SC=CCTATGAAGAGGATCATTATG;SOR=0.629;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=535;TCF=276;TCR=259;TR=376;WE=169644718;WS=169644700;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:266,602:0.69:868
chr3	169654216	rs9836170	G	A	3940.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=2.757;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=300;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.730;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=81;PP=2245;ReadPosRankSum=1.588;SC=AGCTAGGGCCGGCACTAAAAA;SOR=0.982;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=199;TCF=83;TCR=116;TR=131;WE=169654224;WS=169654206;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:117,176:0.60:293
chr3	169684687	rs2072576	G	C	6940.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.975;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=265;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=96;NR=75;PP=2855;ReadPosRankSum=-1.295;SC=TCGGCGCGCTGGATAGTGGAA;SOR=0.870;SbPval=0.09;Source=Platypus;TC=217;TCF=96;TCR=121;TR=171;WE=169684695;WS=169684677;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,255:0.99:257
chr3	169703671	rs2287486	A	C	3804.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=28;NR=56;PP=1800;SC=GTGAGATGTTAATAGCTATAA;SOR=1.219;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=84;TCF=28;TCR=56;TR=84;WE=169703679;WS=169703661;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,143:1.00:143
chr3	169710363	rs2160898	G	T	5155.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=105;NR=35;PP=2965;SC=CTCAATTAGAGAAATTTTTCT;SOR=1.825;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=141;TCF=106;TCR=35;TR=140;WE=169710371;WS=169710353;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,185:1.00:185
chr3	169801658	rs6444895	G	A	753.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=20;NR=3;PP=534;SC=TTCAAAATAGGTAACATTAAG;SOR=3.528;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=23;TCF=20;TCR=3;TR=23;WE=169801666;WS=169801648;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr3	169889331	rs3772186	T	A	2464.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.392;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.680;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=65;PP=1531;ReadPosRankSum=1.133;SC=ACAATAAATGTCAAAAGGCCT;SOR=0.832;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=118;TCF=23;TCR=95;TR=82;WE=169889339;WS=169889321;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,104:0.63:164
chr3	169894680	rs1386333	G	A	3600.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=38;NR=37;PP=1401;SC=GAGGCTCAAGGGGATTATGTC;SOR=0.693;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=75;TCF=38;TCR=37;TR=75;WE=169894688;WS=169894670;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,136:1.00:136
chr3	169980956	rs10592710	CAA	C	441.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.44;QD=21.03;SOR=2.147;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:5,16:0.76:21
chr3	169988286	rs56257047	C	T	1933.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.490;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=2.238;QD=16.11;ReadPosRankSum=1.034;SOR=0.630;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,87:0.73:120
chr3	169988364	.	CT	C	236.80	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.271;ClippingRankSum=0.000;DP=107;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.10;MQRankSum=1.038;QD=2.85;ReadPosRankSum=0.531;SOR=0.556;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:50,33:0.40:83
chr3	169999216	rs71277158	T	G	654.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=0.683;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.883;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=20;PP=447;ReadPosRankSum=-0.952;SC=GATATCAGTTTGATATTAGAT;SOR=0.283;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=36;TCF=6;TCR=30;TR=25;WE=169999224;WS=169999206;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,27:0.71:38
chr3	170078232	rs3772173	C	T	20854.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=793;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=251;NR=258;PP=2965;SC=GACATTCATGCAAATGGAAAA;SOR=0.701;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=509;TCF=251;TCR=258;TR=509;WE=170078240;WS=170078222;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,783:1.00:783
chr3	170105233	rs6786374	C	T	3086.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=58;NR=34;PP=1878;SC=TGTGGCTTTTCATGTCTGGTC;SOR=1.169;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=92;TCF=58;TCR=34;TR=92;WE=170105241;WS=170105223;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr3	170105309	rs77658498	ACTT	A	7669.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.685;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=297;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQ=60.04;MQRankSum=0.736;NF=12;NR=51;PP=2858;ReadPosRankSum=1.673;SC=ATGTACCAGTACTTCTTTTTA;SOR=0.717;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=106;TCF=23;TCR=83;TR=63;WE=170105319;WS=170105299;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:102,192:0.65:294
chr3	170105378	rs6786542	C	T	5954.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=234;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=58;NR=78;PP=2539;SC=CTTCGTCAGTCGGACATTTGC;SOR=0.901;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=136;TCF=58;TCR=78;TR=136;WE=170105386;WS=170105368;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,230:1.00:230
chr3	170110147	rs61761943	T	A	3758.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=2.258;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=585;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.547;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=79;PP=1932;ReadPosRankSum=-0.788;SC=AAGTTAGAGATGATGATAAAA;SOR=0.648;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=387;TCF=158;TCR=229;TR=135;WE=170110155;WS=170110137;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:372,205:0.36:577
chr3	170197954	rs989997	T	G	2684.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=63;NR=13;PP=1852;SC=AACACAAGGGTCCATAGAACC;SOR=2.833;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=76;TCF=63;TCR=13;TR=76;WE=170197962;WS=170197944;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr3	170198967	rs1861939	G	A	4392.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.668;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=84;PP=2568;ReadPosRankSum=-1.042;SC=TGGAGGGGCCGGGCAAGCAGA;SOR=0.684;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=121;TCF=35;TCR=86;TR=118;WE=170198975;WS=170198957;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,156:0.99:157
chr3	170204206	rs74330815	T	A	4141.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.799;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=69;PP=2183;ReadPosRankSum=-0.631;SC=GGGTGGCACCTGGGTCTTAAA;SOR=0.513;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=106;TCF=36;TCR=70;TR=104;WE=170204214;WS=170204196;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,151:0.99:152
chr3	170425809	rs58704061	T	C	3324.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-1.143;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=503;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=48;PP=1386;ReadPosRankSum=0.838;SC=TGTTAAAGGTTTTCATGCCTT;SOR=0.644;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=269;TCF=142;TCR=127;TR=97;WE=170425817;WS=170425799;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:319,184:0.37:503
chr3	170584064	rs35192046	A	C	736.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.34;SOR=3.383;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr3	170584074	rs35683888	A	G	873.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.61;SOR=3.816;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr3	170586057	rs3732927	C	T	1043.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=11;NR=15;PP=576;SC=ACTCTGATTACAAAAATAAGC;SOR=0.968;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=11;TCR=15;TR=26;WE=170586065;WS=170586047;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr3	170611304	rs3215293	GT	G	3010.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=41;PP=1892;SC=TGGATATTTTGTACATATGGA;SOR=1.270;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=44;TCF=2;TCR=42;TR=43;WE=170611312;WS=170611294;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr3	170715830	rs5398	G	A	22496.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=835;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQ=60.03;NF=283;NR=295;PP=2965;SC=TAAAAAATGTGAACAGGGTAA;SOR=0.700;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=579;TCF=284;TCR=295;TR=578;WE=170715838;WS=170715820;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,825:1.00:825
chr3	170724883	rs8192675	T	C	3907.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=68;NR=28;PP=1842;SC=GTAGTGGTACTGTAGAGGATG;SOR=1.481;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=96;TCF=68;TCR=28;TR=96;WE=170724891;WS=170724873;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,143:1.00:143
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chr3	170732599	rs7356034	G	A	1661.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=5;NR=45;PP=1303;SC=TGTTTGTTACGTGTTTAAATA;SOR=3.651;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=50;TCF=5;TCR=45;TR=50;WE=170732607;WS=170732589;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
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chr3	170801912	rs371989911	TA	T	914.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.576;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=259;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.08;MQRankSum=1.749;QD=3.96;ReadPosRankSum=1.089;SOR=0.740;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:125,106:0.46:231
chr3	170825905	rs6444960	C	G	5823.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=64;NR=72;PP=2726;SC=GTTTCACCTTCGCAGGCTCAT;SOR=0.769;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=136;TCF=64;TCR=72;TR=136;WE=170825913;WS=170825895;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,218:1.00:218
chr3	170857167	.	G	GCACACACACA	156.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.549;ClippingRankSum=-0.000;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.36;MQRankSum=-0.000;QD=17.41;ReadPosRankSum=0.140;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,7:0.78:9
chr3	170857203	.	A	AC	184.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.835;ClippingRankSum=0.000;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=1.549;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.06;MQRankSum=-0.808;QD=3.77;ReadPosRankSum=-1.073;SOR=0.307;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:40,9:0.18:49
chr3	170857204	.	A	C	274	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=67;MMLQ=24;MQ=60.58;NF=11;NR=6;PP=274;QD=18.1630125028;SC=CACACACACAAACACTTGCAA;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=48;TCF=35;TCR=13;TR=17;WE=170857212;WS=170857194;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:31,17:0.35:48
chr3	170857204	.	A	ACACACACAC	184.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.356;ClippingRankSum=0.000;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=1.549;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.29;MQRankSum=-0.808;QD=3.77;ReadPosRankSum=-0.969;SOR=0.307;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:40,9:0.18:49
chr3	170857240	rs6444965	T	C	2860.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=34;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=49;NR=20;PP=1690;SC=GGTCAGCTGGTTCTTGGCTTT;SOR=1.168;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=69;TCF=49;TCR=20;TR=69;WE=170857248;WS=170857230;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr3	170858406	rs2292006	T	G	7206.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=269;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=57;NR=120;PP=2965;SC=TTTAATGAGATATGCCTAAAT;SOR=1.300;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=179;TCF=59;TCR=120;TR=177;WE=170858414;WS=170858396;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,264:1.00:264
chr3	170928797	rs6444972	T	C	296.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-1.474;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=4;PP=190;ReadPosRankSum=-1.326;SC=TGGGGGCTAATGGTTAAAGAA;SOR=0.651;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=38;TCF=28;TCR=10;TR=16;WE=170928805;WS=170928787;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,16:0.40:40
chr3	171065010	rs3082367	G	GA	1961.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.558;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=382;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.96;ReadPosRankSum=1.900;SOR=0.676;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:138,144:0.51:282
chr3	171065031	rs1389047	G	C	9492.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=272;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=72;NR=170;PP=2965;SC=AAAAAGAAAAGAAAAATGACA;SOR=0.912;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=257;TCF=82;TCR=175;TR=242;WE=171065039;WS=171065013;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,260:1.00:260
chr3	171087469	rs3796295	G	A	14409.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.029;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=547;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=135;NR=229;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.757;SC=AGATCCCTGCGGGGTCCTGAA;SOR=0.866;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=368;TCF=139;TCR=229;TR=364;WE=171087477;WS=171087459;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,529:1.00:530
chr3	171323305	rs2287578	T	C	974.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.996;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=29;PP=562;ReadPosRankSum=-1.134;SC=CAAATATATATATGCAAATTA;SOR=0.704;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=132;TCF=40;TCR=92;TR=39;WE=171323313;WS=171323295;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:113,53:0.32:166
chr3	171338237	rs9881788	T	G	583.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.617;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.32;ReadPosRankSum=-1.006;SOR=0.686;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:99,36:0.27:135
chr3	171395468	rs2124147	A	G	1197.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.686;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=313;ExcessHet=3.0103;FS=2.218;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.90;ReadPosRankSum=-1.202;SOR=0.644;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:229,78:0.25:307
chr3	171404478	rs2290480	C	A	1851.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.345;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=484;ExcessHet=3.0103;FS=2.032;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.87;ReadPosRankSum=-1.088;SOR=0.876;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:356,123:0.26:479
chr3	171405384	rs2305547	A	T	329.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=1.098;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=20;PP=411;ReadPosRankSum=-0.601;SC=GCTGAGAAAAATTTTTTTTTA;SOR=0.545;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=59;TCF=12;TCR=47;TR=26;WE=171405392;WS=171405374;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,25:0.39:64
chr3	171427466	.	A	C	6817.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=1.257;ClippingRankSum=0.000;DP=1248;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.559;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=103;NR=103;PP=2691;ReadPosRankSum=0.453;SC=ACCACCGAGCATGTCTATAGC;SOR=0.631;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=653;TCF=309;TCR=344;TR=206;WE=171427474;WS=171427456;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:837,404:0.33:1241
chr3	171442635	rs7647840	C	T	5741.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.303;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1016;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQ=60.02;MQRankSum=2.019;NF=95;NR=125;PP=2957;ReadPosRankSum=1.814;SC=CCACTTAGCTCGTACAGCCTC;SOR=0.748;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=623;TCF=279;TCR=344;TR=220;WE=171442643;WS=171442625;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:673,331:0.33:1004
chr3	171442750	rs10710862	AG	A	1697.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.634;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.580;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=2.277;NF=0;NR=48;PP=1704;ReadPosRankSum=-0.268;SC=CGGGTACCCTAGAGGCGAACC;SOR=1.168;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=161;TCF=2;TCR=159;TR=48;WE=171442758;WS=171442740;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:159,62:0.28:221
chr3	171443607	rs4131284	C	G	135.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=4.457;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=0;PP=68;ReadPosRankSum=0.789;SC=GTGACAAAGACAGTGGAGCAG;SOR=0.114;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=27;TCF=27;TCR=0;TR=6;WE=171443615;WS=171443603;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,7:0.24:29
chr3	171443955	rs4131283	T	A	171.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=3.078;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=6;PP=77;ReadPosRankSum=-0.504;SC=GCTGTGTGTATATACTGTTTG;SOR=0.818;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=34;TCF=7;TCR=27;TR=8;WE=171443963;WS=171443945;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,10:0.24:41
chr3	171510238	rs3934620	C	T	1485.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=2.032;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=273;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.484;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=19;PP=740;ReadPosRankSum=0.108;SC=ATCAGGGGCCCCTGGCCATCC;SOR=0.733;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=175;TCF=107;TCR=68;TR=52;WE=171510246;WS=171510228;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:185,83:0.31:268
chr3	171844787	rs4894810	A	T	16301.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.649;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=632;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=203;NR=196;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.353;SC=ATGTGAATGCATTGGGAGGTG;SOR=0.703;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=400;TCF=203;TCR=197;TR=399;WE=171844795;WS=171844777;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,617:1.00:619
chr3	171969077	rs7652177	C	G	9469.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=360;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=145;NR=77;PP=2965;SC=GGAATGTCAACCTACATCACC;SOR=1.162;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=223;TCF=146;TCR=77;TR=222;WE=171969085;WS=171969067;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,353:1.00:353
chr3	172003831	rs67373503	CT	C	615.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.014;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.12;MQRankSum=0.742;QD=9.33;ReadPosRankSum=1.930;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,46:0.70:66
chr3	172016725	rs16845307	A	G	3517.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.380;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=240;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=80;PP=2085;ReadPosRankSum=-1.346;SC=TTGACTCTCAAGAGCATCGTA;SOR=0.658;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=182;TCF=61;TCR=121;TR=118;WE=172016733;WS=172016715;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,153:0.66:233
chr3	172028460	rs10936720	A	T	1713.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.235;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.776;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=22;PP=999;ReadPosRankSum=0.109;SC=AAGTTAGTGTATGATGATGAT;SOR=0.564;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=90;TCF=60;TCR=30;TR=62;WE=172028468;WS=172028450;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,73:0.65:112
chr3	172028521	rs12636516	C	A	2897.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.093;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.126;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=39;PP=1488;ReadPosRankSum=0.862;SC=GGGGAGAGCACAGGACTATCA;SOR=0.908;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=155;TCF=87;TCR=68;TR=94;WE=172028529;WS=172028511;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,134:0.62:217
chr3	172034271	rs9837821	T	C	2054.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-2.226;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.650;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=34;PP=655;ReadPosRankSum=-0.841;SC=TCTGTTTTAATGTTCCTAAAC;SOR=0.600;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=89;TCF=32;TCR=57;TR=54;WE=172034279;WS=172034261;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,98:0.66:149
chr3	172034979	.	C	CT	203.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.299;ClippingRankSum=0.000;DP=362;ExcessHet=3.0103;FS=1.273;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.06;MQRankSum=2.914;QD=0.73;ReadPosRankSum=-0.575;SOR=0.831;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:233,48:0.17:281
chr3	172046695	rs201161345	G	GT	33.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.593;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FS=5.464;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.31;ReadPosRankSum=-0.095;SOR=1.453;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:91,18:0.17:109
chr3	172046861	rs2270568	T	C	6708.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=2.224;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=452;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.160;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=89;NR=99;PP=2962;ReadPosRankSum=0.533;SC=ACGACATTGGTACCAGGTATG;SOR=0.770;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=283;TCF=137;TCR=146;TR=188;WE=172046869;WS=172046851;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:149,295:0.66:444
chr3	172046933	rs6799133	A	G	3552.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.522;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=247;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=69;PP=1893;ReadPosRankSum=-0.037;SC=TCTTTTACATAGCTGGAAGGC;SOR=0.689;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=167;TCF=60;TCR=107;TR=108;WE=172046941;WS=172046923;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,156:0.63:246
chr3	172052897	rs71300460	G	GT	697.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.437;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=242;ExcessHet=3.0103;FS=1.488;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.03;ReadPosRankSum=0.361;SOR=0.841;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:106,67:0.39:173
chr3	172059121	rs570549	G	A	876.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.655;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.064;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=23;PP=475;ReadPosRankSum=-1.415;SC=ATGTATCTTGGTAATGCAACC;SOR=0.919;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=52;TCF=11;TCR=41;TR=27;WE=172059129;WS=172059111;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,39:0.59:66
chr3	172060700	rs606797	C	T	1435.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-0.306;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=16;PP=897;ReadPosRankSum=-0.653;SC=AACCCCTTTTCGGTAACATTT;SOR=0.651;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=89;TCF=64;TCR=25;TR=54;WE=172060708;WS=172060690;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,61:0.61:100
chr3	172064091	rs583550	G	A	3531.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.514;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=274;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.573;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=35;PP=1729;ReadPosRankSum=-0.480;SC=ATATACATACGTGTGTGTGCG;SOR=0.589;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=171;TCF=114;TCR=57;TR=100;WE=172064099;WS=172064081;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:100,161:0.62:261
chr3	172064335	rs55676402	A	ATTTT	701.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.271;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=2.336;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.12;ReadPosRankSum=0.749;SOR=1.697;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,29:0.71:41
chr3	172099011	rs9853174	A	G	985.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=1.909;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.858;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=29;PP=776;ReadPosRankSum=-0.264;SC=CCTAACTTGTACTTATTGTAT;SOR=0.200;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=49;TCF=6;TCR=43;TR=35;WE=172099019;WS=172099001;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,38:0.69:55
chr3	172162829	rs482204	G	A	2106.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.80;SOR=2.511;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr3	172162837	rs477251	T	C	2270.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.05;SOR=2.137;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr3	172165727	rs572169	C	T	18262.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.430;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=683;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=218;NR=198;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.845;SC=CCAGCTTCACCCGCCCCTTGG;SOR=0.447;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=420;TCF=219;TCR=201;TR=416;WE=172165735;WS=172165717;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,671:1.00:674
chr3	172166033	rs495225	G	A	16598.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=639;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=170;NR=202;PP=2965;SC=TGCCAGCGATGCCCACCACGA;SOR=0.772;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=372;TCF=170;TCR=202;TR=372;WE=172166041;WS=172166023;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,632:1.00:632
chr3	172224303	rs1131532	A	G	5033.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=86;NR=42;PP=2551;SC=AAAAGGCCCCAAAAAAACTGG;SOR=1.282;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=128;TCF=86;TCR=42;TR=128;WE=172224311;WS=172224293;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,194:1.00:194
chr3	172224769	rs111284464	GC	G	8094.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=113;PP=2957;SC=AAAGCAAGGAGCTTTTTTGCA;SOR=2.515;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=128;TCF=4;TCR=124;TR=117;WE=172224779;WS=172224759;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,186:1.00:186
chr3	172224771	rs17848019	T	A	8103.77	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=24;NR=113;PP=2965;SC=AGCAAGGAGCTTTTTTGCAGC;SOR=2.515;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=152;TCF=28;TCR=124;TR=137;WE=172224779;WS=172224759;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,186:1.00:186
chr3	172227199	rs3815496	C	T	3142.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=0.017;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=75;PP=2142;ReadPosRankSum=0.544;SC=AATCAGCCATCGTAAGCATAC;SOR=1.054;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=99;TCF=23;TCR=76;TR=98;WE=172227207;WS=172227189;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,110:0.99:111
chr3	172365619	rs9865941	G	A	3936.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=3.191;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=261;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.155;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=100;NR=28;PP=2393;ReadPosRankSum=-0.408;SC=ACTCAGTTACGCATCTCCCCC;SOR=0.829;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=195;TCF=150;TCR=45;TR=128;WE=172365627;WS=172365609;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:89,167:0.65:256
chr3	172428508	rs7629698	C	T	2868.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=63;NR=20;PP=1810;SC=TGGACCACCTCAAAAAGCGAC;SOR=2.165;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=86;TCF=65;TCR=21;TR=83;WE=172428516;WS=172428498;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr3	172428782	rs2276805	T	C	14074.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=548;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=162;NR=173;PP=2965;SC=CATCTTGCCCTGGCTCGGCTC;SOR=0.742;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=335;TCF=162;TCR=173;TR=335;WE=172428790;WS=172428772;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,539:1.00:539
chr3	172473484	rs1403088	A	G	241.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-2.050;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.769;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=9;PP=156;ReadPosRankSum=1.354;SC=AGCTTAATGAATAGAAACTGT;SOR=0.223;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=15;TCF=3;TCR=12;TR=12;WE=172473492;WS=172473474;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,12:0.75:16
chr3	172480173	rs10654513	A	ATT	358.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.664;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.375;HP=2;HapScore=4;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=0;PP=402;ReadPosRankSum=0.046;SC=ATTTAAGTTAAACTGGTTTTG;SOR=3.145;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=9;TCR=1;TR=5;WE=172480182;WS=172480170;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,10:0.56:18
chr3	172480174	rs11313111	AC	A	358.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.051;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.375;HP=2;HapScore=4;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=0;PP=423;ReadPosRankSum=0.762;SC=TTTAAGTTAAACTGGTTTTGG;SOR=3.145;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=9;TCR=1;TR=5;WE=172480182;WS=172480170;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,10:0.56:18
chr3	172501443	rs7649589	A	C	122.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.832;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=0;PP=63;ReadPosRankSum=0.617;SC=TTATAAAATAAGTTTGTTCTC;SOR=1.230;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=13;TCR=1;TR=5;WE=172501451;WS=172501433;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,6:0.40:15
chr3	172520818	rs7644191	G	C	1855.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=14;NR=44;PP=1332;SC=ATTTTTGTAAGTTCCCTGAAT;SOR=2.194;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=58;TCF=14;TCR=44;TR=58;WE=172520826;WS=172520808;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
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chr3	172634363	rs111569973	T	C	521.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=2.207;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.641;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=16;PP=334;ReadPosRankSum=1.681;SC=ATAACGTATTTACATCTTTTG;SOR=0.315;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=46;TCF=6;TCR=40;TR=19;WE=172634371;WS=172634353;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,22:0.45:49
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chr3	173322277	rs11718812	G	A	2255.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-1.851;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=23;PP=1188;ReadPosRankSum=0.589;SC=TTCTCGACAAGCTCCCCTGTA;SOR=0.698;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=135;TCF=93;TCR=42;TR=73;WE=173322285;WS=173322267;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,102:0.58:177
chr3	173323278	rs3853390	A	G	4612.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.666;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=306;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.374;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=81;NR=65;PP=2194;ReadPosRankSum=0.398;SC=CCGGCGGTCTATGATGGAGCG;SOR=0.521;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=215;TCF=122;TCR=93;TR=146;WE=173323286;WS=173323268;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:97,206:0.68:303
chr3	173507395	rs4499633	T	C	731.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=20;NR=1;PP=533;SC=GAGTTCAAACTAGAACCCAAG;SOR=4.091;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=21;TCF=20;TCR=1;TR=21;WE=173507403;WS=173507392;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr3	173997153	rs7646919	G	A	3397.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-2.145;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=730;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=72;NR=64;PP=1761;ReadPosRankSum=0.254;SC=CCAGAAGAAAGACATTACTGG;SOR=0.661;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=441;TCF=239;TCR=202;TR=136;WE=173997161;WS=173997143;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:510,211:0.29:721
chr3	174581888	rs6445184	T	C	12009.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=469;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=160;NR=137;PP=2965;SC=AAGGTGAGTCTGACCTAAATG;SOR=0.782;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=301;TCF=162;TCR=139;TR=297;WE=174581896;WS=174581878;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,466:1.00:466
chr3	174814738	rs9823911	G	A	2168.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=3.065;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=346;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.912;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=38;PP=1356;ReadPosRankSum=1.681;SC=CCAGCTAGACGGTGCTGAGAA;SOR=0.576;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=238;TCF=141;TCR=97;TR=87;WE=174814746;WS=174814728;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:228,114:0.33:342
chr3	174814920	rs9836841	A	G	4179.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=2.592;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=645;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.547;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=80;NR=76;PP=2364;ReadPosRankSum=0.371;SC=TCTTAAAAATACTTTGCACAG;SOR=0.684;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=423;TCF=206;TCR=217;TR=156;WE=174814928;WS=174814910;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:416,222:0.35:638
chr3	174951756	rs4371530	T	C	2921.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.219;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.966;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=24;PP=1339;ReadPosRankSum=0.695;SC=GAAGATGACATGGAAATTTCA;SOR=1.089;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=138;TCF=92;TCR=46;TR=84;WE=174951764;WS=174951746;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,133:0.62:215
chr3	174974177	rs13072102	C	G	1773.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.148;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.527;HP=8;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=17;PP=846;ReadPosRankSum=0.779;SC=CTTTATTTTTCTTTGTTTTTT;SOR=0.353;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=61;TCF=41;TCR=20;TR=47;WE=174974185;WS=174974167;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,77:0.79:97
chr3	175087275	rs9869507	A	G	384.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-1.685;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.860;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=6;PP=236;ReadPosRankSum=3.166;SC=GTATACATATATAGGTAACAA;SOR=0.045;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=23;TCF=17;TCR=6;TR=17;WE=175087283;WS=175087265;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,18:0.75:24
chr3	175165079	rs6802937	C	T	17634.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=679;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=197;NR=183;PP=2965;SC=CATCTCTGCACCCCTCGTTGC;SOR=0.726;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=381;TCF=198;TCR=183;TR=380;WE=175165087;WS=175165069;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,675:1.00:675
chr3	175165201	rs2161041	T	G	3374.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-1.919;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.559;HP=6;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=93;PP=2160;ReadPosRankSum=0.592;SC=TACAGTTTTTTTAAAGACCAT;SOR=0.915;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=161;TCF=35;TCR=126;TR=119;WE=175165209;WS=175165191;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,139:0.74:187
chr3	175189406	rs35213579	CT	C	4436.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.663;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.240;HP=10;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.199;NF=81;NR=50;PP=2985;ReadPosRankSum=1.022;SC=CAGATAGATCCTTTTTTTTTT;SOR=1.814;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=148;TCF=91;TCR=57;TR=131;WE=175189425;WS=175189396;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:6,211:0.97:217
chr3	175189417	rs79264590	G	A	4096.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.454;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=249;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.620;HP=12;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.647;NF=104;NR=42;PP=2587;ReadPosRankSum=-1.440;SC=TTTTTTTTTTGTTATTTCAGG;SOR=0.915;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=202;TCF=143;TCR=59;TR=146;WE=175189425;WS=175189396;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,172:0.71:242
chr3	175189447	rs9290555	G	A	6582.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.365;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=431;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.664;NF=141;NR=81;PP=2962;ReadPosRankSum=0.235;SC=AGGTTCTTCAGAAAAATGTTG;SOR=0.725;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=313;TCF=200;TCR=113;TR=222;WE=175189455;WS=175189437;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:127,293:0.70:420
chr3	175205148	rs7646041	C	T	2371.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=61;NR=10;PP=1679;SC=CAGGAGGACACTGAGGCATAG;SOR=3.014;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=71;TCF=61;TCR=10;TR=71;WE=175205156;WS=175205138;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr3	175205221	rs62287072	T	G	1401.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.245;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=275;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.017;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=21;PP=634;ReadPosRankSum=1.329;SC=CTTAGTGGGTTCTAAAGTAAT;SOR=0.765;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=186;TCF=113;TCR=73;TR=55;WE=175205229;WS=175205211;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:187,83:0.31:270
chr3	175345143	rs9866564	C	G	2295.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=29;NR=35;PP=1141;SC=GAAATGGATCCCTCTTTCAAC;SOR=0.883;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=64;TCF=29;TCR=35;TR=64;WE=175345151;WS=175345133;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr3	175473047	rs9826737	T	C	2810.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=49;NR=22;PP=1543;SC=GCCATGGCGTTACGCCTGCGG;SOR=1.449;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=72;TCF=50;TCR=22;TR=71;WE=175473055;WS=175473037;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr3	176765253	rs1201300	G	A	2349.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=29;NR=37;PP=1388;SC=AACAAAGTAAGAAGGAAAATG;SOR=0.954;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=66;TCF=29;TCR=37;TR=66;WE=176765261;WS=176765243;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr3	176771833	rs377384632	CGT	C	284.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.766;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=1.902;NF=0;NR=11;PP=213;ReadPosRankSum=-1.726;SC=AGACGAAGGTCGTGTGTGTGT;SOR=0.616;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=35;TCF=4;TCR=31;TR=11;WE=176771846;WS=176771823;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,16:0.44:36
chr3	178785549	rs6772028	G	A	1888.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=0.387;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.732;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=49;PP=1239;ReadPosRankSum=-0.685;SC=ATTGGGTAGGGAAGCCTGGGG;SOR=0.789;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=107;TCF=30;TCR=77;TR=68;WE=178785557;WS=178785539;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,81:0.64:127
chr3	178921639	rs2699895	C	A	313.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=10;PP=259;SC=CTTTTTCTTGCACTATACAGT;SOR=4.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=0;TCR=10;TR=10;WE=178921647;WS=178921629;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr3	178922274	rs2699896	C	A	3528.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=59;NR=39;PP=1622;SC=TAGTATATACCTACTTTTTTC;SOR=1.022;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=98;TCF=59;TCR=39;TR=98;WE=178922282;WS=178922264;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,138:1.00:138
chr3	178922430	rs3729679	A	G	2112.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=21;NR=38;PP=1168;SC=GTTTAGCAGTATGATCCATAA;SOR=1.252;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=59;TCF=21;TCR=38;TR=59;WE=178922438;WS=178922420;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr3	178942431	rs2699889	C	G	2894.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=60;NR=22;PP=1849;SC=AAATAAATTTCAGGGTAAAAT;SOR=1.755;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=83;TCF=61;TCR=22;TR=82;WE=178942439;WS=178942421;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr3	178943901	rs1356413	C	G	790.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-1.935;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=17;PP=355;ReadPosRankSum=-2.413;SC=ATTATAGAAGCATATAGAGGC;SOR=0.646;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=41;TCF=13;TCR=28;TR=24;WE=178943909;WS=178943891;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,38:0.66:58
chr3	178976591	rs56400023	T	A	1891.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-3.303;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.603;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.757;NF=52;NR=21;PP=1246;ReadPosRankSum=1.251;SC=GAATGTACACTGATAACAAAT;SOR=0.459;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=113;TCF=84;TCR=29;TR=73;WE=178976599;WS=178976581;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,82:0.63:131
chr3	178976777	rs11720871	C	T	6182.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-2.066;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=430;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.559;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQ=59.99;MQRankSum=0.000;NF=76;NR=105;PP=2911;ReadPosRankSum=3.024;SC=CTCAGACTTCCTGTGCACCAC;SOR=0.665;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=258;TCF=105;TCR=153;TR=181;WE=178976785;WS=178976767;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:134,286:0.68:420
chr3	178976821	rs11720935	G	A	3972.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.224;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=237;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.804;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQ=59.98;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=80;PP=2381;ReadPosRankSum=1.152;SC=GACATGGTACGGTCTTCTTTG;SOR=0.870;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=176;TCF=66;TCR=110;TR=125;WE=178976829;WS=178976811;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,165:0.71:234
chr3	179085630	rs147084232	G	A	202.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.07;MQRankSum=-1.304;QD=15.60;ReadPosRankSum=1.703;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,6:0.46:13
chr3	179085654	rs138496759	C	T	199.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.020;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.28;MQRankSum=-1.389;QD=14.27;ReadPosRankSum=1.142;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,6:0.43:14
chr3	179085779	rs115622374	T	C	395.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.245;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=1.422;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.37;ReadPosRankSum=-0.960;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,19:0.59:32
chr3	179096006	rs35435588	C	CA	448.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.121;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FS=1.356;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.15;MQRankSum=0.914;QD=6.80;ReadPosRankSum=2.149;SOR=1.143;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,40:0.61:66
chr3	179096508	rs7637065	C	G	6964.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=277;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=100;NR=75;PP=2965;SC=ATTGTATTTCCTTTTTCCCTG;SOR=0.892;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=175;TCF=100;TCR=75;TR=175;WE=179096516;WS=179096498;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,273:1.00:273
chr3	179103342	rs200984893	C	CTT	401.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.563;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.07;ReadPosRankSum=-1.028;SOR=0.929;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,18:0.72:25
chr3	179143941	rs1078749	A	G	3716.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.098;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=262;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.011;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=53;PP=1690;ReadPosRankSum=-0.859;SC=CCTGAATCTGATTCCGCAGTT;SOR=0.626;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=176;TCF=96;TCR=80;TR=115;WE=179143949;WS=179143931;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,172:0.67:257
chr3	179291308	rs71907893	CT	C,TT	4628.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=2.190;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=300;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.25;MQRankSum=0.449;QD=19.70;ReadPosRankSum=-2.089;SOR=1.032;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:7,180,48:0.77,0.20:235
chr3	179291309	rs6443658	T	C	39.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-1.487;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=296;ExcessHet=3.0103;FS=2.451;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.26;MQRankSum=-1.069;QD=0.14;ReadPosRankSum=-1.154;SOR=0.469;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:241,48:0.17:289
chr3	179298999	rs1132429	C	T	14484.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=562;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=146;NR=185;PP=2965;SC=GTGATATTGACATCAGACCAG;SOR=0.857;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=331;TCF=146;TCR=185;TR=331;WE=179299007;WS=179298989;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,552:1.00:552
chr3	179304255	rs9818068	G	A	228.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.049;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.89;ReadPosRankSum=-2.262;SOR=0.963;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,16:0.55:29
chr3	179305654	rs6443659	A	T	1092.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=11;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=34;NR=4;PP=885;SC=AAAAAAAAAAATTTTTTAAGC;SOR=3.500;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=40;TCF=35;TCR=5;TR=38;WE=179305662;WS=179305644;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr3	179399570	rs13080037	C	T	6337.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=236;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=119;NR=59;PP=2965;SC=TGCCAGGCCTCGTCTTCAGCG;SOR=1.359;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=178;TCF=119;TCR=59;TR=178;WE=179399578;WS=179399560;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,233:1.00:233
chr3	179448066	rs11309768	AT	A	2267.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-1.406;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=12;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=67;PP=953;ReadPosRankSum=0.515;SC=CCAGATTTGTATTTTTTTTTT;SOR=0.615;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=87;TCF=4;TCR=83;TR=70;WE=179448074;WS=179448056;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:14,124:0.90:138
chr3	179448383	rs3213761	C	T	5600.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.838;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=90;NR=61;PP=2889;ReadPosRankSum=-0.753;SC=CTTTTTGTTTCTGTTTCTCTG;SOR=0.359;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=152;TCF=91;TCR=61;TR=151;WE=179448391;WS=179448373;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,211:1.00:212
chr3	179462795	rs73174412	G	A	999.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.802;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.252;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=15;PP=537;ReadPosRankSum=0.300;SC=CAGGGTAAGAGCGATTGCAAG;SOR=0.452;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=98;TCF=62;TCR=36;TR=37;WE=179462803;WS=179462785;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,53:0.39:135
chr3	179463076	rs58527921	A	G	3469.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.25;QD=42.31;SOR=1.151;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr3	179463081	rs59131484	G	A	3356.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.59;QD=46.62;SOR=1.308;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr3	179469995	rs2239639	A	G	3619.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=86;NR=22;PP=2184;SC=TGCCTCAGACAAAGTTGATAT;SOR=2.444;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=108;TCF=86;TCR=22;TR=108;WE=179470003;WS=179469985;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,138:1.00:138
chr3	179472674	rs2287240	C	T	11712.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-2.192;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=449;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=109;NR=173;PP=2965;ReadPosRankSum=1.082;SC=ATATGCGCTACCCTCCCACCC;SOR=0.364;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=284;TCF=109;TCR=175;TR=282;WE=179472682;WS=179472664;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,442:1.00:443
chr3	179481738	rs11369640	C	CA	198.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.162;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FS=2.515;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.17;MQRankSum=0.000;QD=2.37;ReadPosRankSum=-0.332;SOR=0.370;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:56,28:0.33:84
chr3	179481971	rs3222346	CTGTG	C,CTG	4409.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.269;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=260;ExcessHet=3.0103;FS=4.567;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.12;MQRankSum=0.344;QD=28.27;ReadPosRankSum=-1.124;SOR=1.379;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:5,32,119:0.21,0.76:156
chr3	179501981	rs201974472	C	CA	31.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.656;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FS=3.765;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.16;MQRankSum=3.212;QD=0.26;ReadPosRankSum=0.053;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:103,18:0.15:121
chr3	179527459	rs111620765	G	GA	619.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.135;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.26;MQRankSum=0.359;QD=19.37;ReadPosRankSum=1.138;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,31:0.97:32
chr3	179592053	rs1609981	G	A	2468.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=64;NR=17;PP=1700;SC=TGAAAATAAAGCATTTATGCT;SOR=2.610;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=81;TCF=64;TCR=17;TR=81;WE=179592061;WS=179592043;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr3	179592240	rs2339914	C	T	6136.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=234;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=63;NR=99;PP=2965;SC=GGAAATTAAACGTACACTAGA;SOR=1.077;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=162;TCF=63;TCR=99;TR=162;WE=179592248;WS=179592230;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,230:1.00:230
chr3	179593072	rs55664665	T	A	2102.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=55;NR=5;PP=1476;SC=GACTTAACTCTTTGGCTATTT;SOR=3.643;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=60;TCF=55;TCR=5;TR=60;WE=179593080;WS=179593062;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr3	179593352	rs2302743	C	T	5098.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=31;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=32;NR=113;PP=2965;SC=GAGGGTGGAGCGTGTGGTGCA;SOR=1.955;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=145;TCF=32;TCR=113;TR=145;WE=179593360;WS=179593342;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,185:1.00:185
chr3	179597979	rs13067789	G	A	659.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.158;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=17;PP=378;ReadPosRankSum=-2.183;SC=ATAGGTTTCAGTTGGGTACAG;SOR=0.804;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=34;TCF=8;TCR=26;TR=22;WE=179597987;WS=179597969;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,29:0.67:43
chr3	180319981	rs1532485	G	T	3467.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.400;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=621;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.922;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=88;NR=55;PP=1781;ReadPosRankSum=2.097;SC=TGTACCACCCGGCTCAAGTAG;SOR=0.557;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=425;TCF=276;TCR=149;TR=143;WE=180319989;WS=180319971;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:417,197:0.32:614
chr3	180325487	rs9858483	T	C	641.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.677;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.747;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=16;PP=429;ReadPosRankSum=0.114;SC=ATAAGAAAGCTTTGGCTTTGG;SOR=0.697;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=72;TCF=36;TCR=36;TR=32;WE=180325495;WS=180325477;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,37:0.33:111
chr3	180334623	rs7612917	C	T	1070.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.131;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=18;PP=379;ReadPosRankSum=-1.313;SC=CCTGTTTGGTCACTCTTTCTA;SOR=0.694;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=125;TCF=65;TCR=60;TR=37;WE=180334631;WS=180334613;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:130,63:0.33:193
chr3	180365043	rs34160752	T	TA	315.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.507;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.05;ReadPosRankSum=-0.169;SOR=0.711;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:53,25:0.32:78
chr3	180365956	rs6769457	G	A	529.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=1.173;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.058;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=8;PP=383;ReadPosRankSum=2.079;SC=CATCTACCTGGCTGTACATAA;SOR=1.609;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=61;TCF=36;TCR=25;TR=24;WE=180365964;WS=180365946;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,27:0.33:82
chr3	180650416	rs7646441	A	G	331.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.194;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=13;PP=224;ReadPosRankSum=0.156;SC=ATGACCGCCAATTGTTATTGA;SOR=0.495;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=44;TCF=7;TCR=37;TR=16;WE=180650424;WS=180650406;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,18:0.33:54
chr3	180679156	rs7428473	G	A	363.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=22.74;SOR=1.244;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr3	180679235	rs368132860	CT	C	149.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.356;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FS=2.396;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.14;ReadPosRankSum=2.655;SOR=0.783;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:48,22:0.31:70
chr3	180693215	rs34318725	G	GT	52.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.300;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FS=4.009;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.21;MQRankSum=2.728;QD=0.64;ReadPosRankSum=-0.437;SOR=0.560;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:67,15:0.18:82
chr3	182546017	rs9814205	C	A	3131.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=43;NR=33;PP=1429;SC=ATTACTCAATCTTAAGTTTGT;SOR=0.853;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=76;TCF=43;TCR=33;TR=76;WE=182546025;WS=182546007;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr3	182575631	rs661774	G	T	776.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=19;NR=4;PP=529;SC=TAATACATGAGTTGTATGTTT;SOR=2.387;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=19;TCR=4;TR=23;WE=182575639;WS=182575621;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr3	182576923	rs645597	T	A	808.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=19;NR=7;PP=496;SC=ATTTTTTCTTTTCAAACAATT;SOR=1.765;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=19;TCR=7;TR=26;WE=182576931;WS=182576913;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr3	182590354	rs771156	C	T	2635.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=17;NR=58;PP=1662;SC=AAAAATATTACTTTTCTCTCA;SOR=1.872;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=76;TCF=17;TCR=59;TR=75;WE=182590362;WS=182590344;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr3	182598863	rs796406	A	G	1549.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=23;NR=26;PP=944;SC=ATTAAAGTACAGTATCAAATT;SOR=0.836;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=49;TCF=23;TCR=26;TR=49;WE=182598871;WS=182598853;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr3	182681740	rs4859146	C	T	3189.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=48;NR=21;PP=1353;SC=TGAACTTCCACGCAATAATCA;SOR=1.247;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=69;TCF=48;TCR=21;TR=69;WE=182681748;WS=182681730;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr3	182681853	rs4859147	T	C	3855.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=42;NR=54;PP=1528;SC=AAAATAACAATGCAATATTAA;SOR=0.878;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=96;TCF=42;TCR=54;TR=96;WE=182681861;WS=182681843;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,151:1.00:151
chr3	182735182	rs6786878	C	A	8285.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=313;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=68;NR=153;PP=2965;SC=TAGATATGTTCATCTGCTTCA;SOR=1.454;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=224;TCF=68;TCR=156;TR=221;WE=182735190;WS=182735172;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,296:1.00:296
chr3	182755209	rs2270968	T	G	5649.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=55;NR=88;PP=2734;SC=AATGTTGGTGTGCAGTCCAAC;SOR=1.050;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=143;TCF=55;TCR=88;TR=143;WE=182755217;WS=182755199;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,213:1.00:213
chr3	182757013	rs140957052	G	A	1784.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.321;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=300;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.490;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=51;PP=1044;ReadPosRankSum=-0.392;SC=TACATTTCACGCTTAATCCTC;SOR=0.633;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=220;TCF=64;TCR=156;TR=73;WE=182757021;WS=182757003;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:186,94:0.34:280
chr3	182757084	rs2270967	G	A	2641.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=12;NR=66;PP=1998;SC=GAGGTTCAGAGGGCTTTGAAA;SOR=2.915;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=78;TCF=12;TCR=66;TR=78;WE=182757092;WS=182757074;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr3	182790249	rs7622479	G	A	8385.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=317;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=98;NR=96;PP=2965;SC=TGTTTTCTGAGAGAAAACCGC;SOR=0.693;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=194;TCF=98;TCR=96;TR=194;WE=182790257;WS=182790239;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,310:1.00:310
chr3	182804385	rs6806083	G	A	5694.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=113;NR=44;PP=2965;SC=TAAAGATCTTGGGAAAGGCTA;SOR=1.609;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=162;TCF=113;TCR=49;TR=157;WE=182804393;WS=182804375;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,205:1.00:205
chr3	182810144	rs3732604	T	G	6610.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-2.075;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=266;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=118;NR=56;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.673;SC=ACGAAAATACTGACACAGTAA;SOR=0.534;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=175;TCF=119;TCR=56;TR=174;WE=182810152;WS=182810134;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,258:1.00:259
chr3	182817039	.	C	T	2409.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.871;ClippingRankSum=0.000;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.334;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=21;PP=1364;ReadPosRankSum=-0.367;SC=ACCGTCCTCCCCACACCGACC;SOR=0.443;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=125;TCF=92;TCR=33;TR=76;WE=182817047;WS=182817029;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,100:0.65:155
chr3	182817328	rs937652	C	G	27888.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-1.426;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1071;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=270;NR=390;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.658;SC=TGACCCCCGCCGGCCACCGTC;SOR=0.628;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=666;TCF=274;TCR=392;TR=660;WE=182817336;WS=182817318;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,1060:1.00:1064
chr3	182853670	rs482912	T	C	7310.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=276;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=77;NR=92;PP=2965;SC=CCTTGGTAAATTGTCTCTGAA;SOR=0.817;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=169;TCF=77;TCR=92;TR=169;WE=182853678;WS=182853660;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,272:1.00:272
chr3	182858287	rs522235	C	T	16471.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=649;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=206;NR=205;PP=2965;SC=ACAGAAACAGCGTCATGGCTG;SOR=0.825;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=414;TCF=209;TCR=205;TR=411;WE=182858295;WS=182858277;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,629:1.00:629
chr3	182858461	rs831256	A	G	4513.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=25;NR=111;PP=2965;SC=ACTTTGTTTAAGATTCCAGCT;SOR=2.758;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=139;TCF=26;TCR=113;TR=136;WE=182858469;WS=182858451;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,153:1.00:153
chr3	182870082	rs682396	G	A	1063.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=21;NR=6;PP=607;SC=CTGAAGTGTGGGGTTGCACCA;SOR=1.739;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=21;TCR=6;TR=27;WE=182870090;WS=182870072;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr3	182870436	rs514636	G	A	511.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=15;PP=440;SC=AACACCTCTCGTTTTCAAACT;SOR=3.383;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=17;TCF=2;TCR=15;TR=17;WE=182870444;WS=182870426;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr3	182871962	rs653316	C	T	10037.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=369;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=146;NR=111;PP=2965;SC=TTTTTGTAGTCGCTGGGGTAG;SOR=0.897;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=259;TCF=147;TCR=112;TR=257;WE=182871970;WS=182871952;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,364:1.00:364
chr3	182880629	rs602762	A	C	3522.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=31.45;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr3	182880629	.	AG	CA,CG	933	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.4;FR=0.5000,0.5000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MMLQ=26;MQ=60.0;NF=7,31;NR=27,68;PP=543,933;QD=17.5431727901;SC=CCTACGGAGCAGGGAGGGGCG;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=99;TCF=31;TCR=68;TR=34,99;WE=182880638;WS=182880619;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.34:99
chr3	182880630	rs3811731	G	A	704.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.226;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FS=12.902;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.65;ReadPosRankSum=0.365;SOR=1.895;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:69,37:0.35:106
chr3	182925404	rs6804951	T	C	4554.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=74;NR=37;PP=2364;SC=ACCTTCATGGTCTTCTTGAAG;SOR=1.367;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=111;TCF=74;TCR=37;TR=111;WE=182925412;WS=182925394;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,166:1.00:166
chr3	182946002	rs6803121	A	G	12035.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=458;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=169;NR=109;PP=2965;SC=TAGACCATTGATGTTTCCATT;SOR=1.002;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=279;TCF=170;TCR=109;TR=278;WE=182946010;WS=182945992;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,449:1.00:449
chr3	182987515	rs3811732	G	A	903.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=26;NR=2;PP=694;SC=TACGAAACACGAAGTTCTATG;SOR=3.912;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=28;TCF=26;TCR=2;TR=28;WE=182987523;WS=182987505;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr3	183027542	rs7639705	T	G	7043.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.283;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=483;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.553;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=96;NR=119;PP=2962;ReadPosRankSum=2.014;SC=TCCTTAAGAATCTGCTCCACG;SOR=0.776;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=316;TCF=145;TCR=171;TR=215;WE=183027550;WS=183027532;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:163,314:0.66:477
chr3	183028303	rs57067370	C	T	622.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=0.980;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.539;HP=1;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=6;PP=520;ReadPosRankSum=2.052;SC=AAAAAAATTACCGGGTGTGAT;SOR=1.698;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=48;TCF=35;TCR=13;TR=28;WE=183028311;WS=183028293;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,28:0.57:49
chr3	183028331	rs56662557	A	G	1157.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=2.049;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.566;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.966;NF=28;NR=12;PP=745;ReadPosRankSum=-0.011;SC=CATGCCTGTAATTCCAGCTAC;SOR=1.230;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=65;TCF=42;TCR=23;TR=40;WE=183028339;WS=183028321;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,50:0.63:79
chr3	183028450	rs60284418	CA	C	2002.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.208;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=10;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.298;NF=15;NR=38;PP=756;ReadPosRankSum=0.440;SC=GACCCTGTTTCAAAAAAAAAA;SOR=0.700;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=86;TCF=22;TCR=64;TR=53;WE=183028458;WS=183028439;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,122:0.65:188
chr3	183028600	rs1105132	A	T	2766.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.229;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.594;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.686;NF=48;NR=43;PP=1526;ReadPosRankSum=-0.514;SC=AGAAAGCTGGATTAGGGAAAA;SOR=0.638;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=140;TCF=74;TCR=66;TR=91;WE=183028608;WS=183028590;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,121:0.69:176
chr3	183029331	rs3732595	C	T	2227.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=0.896;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.657;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=20;PP=1428;ReadPosRankSum=0.601;SC=TCCTTGGCCCCACCAAGACCC;SOR=0.293;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=113;TCF=86;TCR=27;TR=78;WE=183029339;WS=183029321;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,90:0.70:129
chr3	183211906	rs1520101	A	G	8909.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.231;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=595;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=155;NR=123;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.699;SC=AGGTCTCCACATTGTTGATTC;SOR=0.627;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=392;TCF=221;TCR=171;TR=278;WE=183211914;WS=183211896;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:167,419:0.72:586
chr3	183439972	rs3841649	A	AG	3538.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=42;PP=2223;SC=GAAGGGAACTATATTTACTAA;SOR=1.460;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=48;TCF=5;TCR=43;TR=47;WE=183439980;WS=183439962;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr3	183476685	rs262993	G	A	15175.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=576;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=179;NR=170;PP=2965;SC=GGCTTCTCAGGTCTCCCAAGG;SOR=0.721;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=354;TCF=184;TCR=170;TR=349;WE=183476693;WS=183476675;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,576:1.00:576
chr3	183480108	rs3830564	ATGT	A	2502.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=6;NR=33;PP=1928;SC=CATGTAAATGATGTTGTTTGC;SOR=1.569;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=42;TCF=6;TCR=36;TR=39;WE=183480118;WS=183480098;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr3	183491340	rs262961	T	C	2941.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=69;NR=14;PP=1878;SC=AAAATAAGAATTTATTGCCTT;SOR=2.540;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=84;TCF=70;TCR=14;TR=83;WE=183491348;WS=183491330;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr3	183491720	rs262960	T	C	2229.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=7;NR=60;PP=1765;SC=TAGCATTTGCTCAGATGGATT;SOR=3.737;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=67;TCF=7;TCR=60;TR=67;WE=183491728;WS=183491710;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr3	183493743	rs146705467	CGGA	C	4149.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=23;NR=26;PP=2386;SC=GGAGTGGTGCCGGAGGAGGAG;SOR=1.354;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=62;TCF=29;TCR=33;TR=49;WE=183493756;WS=183493733;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr3	183493991	rs2606220	G	A	2001.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=17;NR=39;PP=1298;SC=TTACCTTTACGGCTCTGGGAT;SOR=1.478;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=57;TCF=18;TCR=39;TR=56;WE=183493999;WS=183493981;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr3	183510782	rs263022	T	A	1871.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=2.465;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=2;PP=1565;ReadPosRankSum=-0.537;SC=AACTTGAAAGTTCAGTTTTGT;SOR=4.514;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=55;TCF=53;TCR=2;TR=54;WE=183510790;WS=183510772;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,58:0.98:59
chr3	183521133	rs263042	A	G	4711.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=54;NR=45;PP=1835;SC=GGTAACCCACATCTGCCTGTC;SOR=0.807;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=99;TCF=54;TCR=45;TR=99;WE=183521141;WS=183521123;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,184:1.00:184
chr3	183524193	rs263034	T	C	7682.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=290;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=97;NR=99;PP=2965;SC=CCTGATTAGGTTTTGTATAAA;SOR=0.714;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=198;TCF=97;TCR=101;TR=196;WE=183524201;WS=183524183;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,285:1.00:285
chr3	183524349	rs263033	C	G	1452.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=8;NR=36;PP=1091;SC=AAAATCAGGTCAGTCCTTAAT;SOR=2.608;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=44;TCF=8;TCR=36;TR=44;WE=183524357;WS=183524339;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr3	183524379	rs263032	A	G	1058.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=31;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=25;PP=775;SC=GAGGGGGATGACCTGGTTTTT;SOR=3.193;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=27;TCF=2;TCR=25;TR=27;WE=183524387;WS=183524369;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr3	183524948	rs263031	T	C	1600.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=12;NR=31;PP=947;SC=GACGTTCAGCTTCACAGACCC;SOR=1.569;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=43;TCF=12;TCR=31;TR=43;WE=183524956;WS=183524938;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr3	183528442	rs263024	C	T	4997.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.053;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=103;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.078;SC=CCCTGCTGCTCGGGAAGGAGG;SOR=0.859;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=142;TCF=37;TCR=105;TR=140;WE=183528450;WS=183528432;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,178:0.99:179
chr3	183535094	rs2582091	C	T	1760.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=38;NR=18;PP=1134;SC=GTCCTGAGGCCGCTCCCCAGC;SOR=1.571;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=56;TCF=38;TCR=18;TR=56;WE=183535102;WS=183535084;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr3	183535763	rs897604	A	G	5558.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=129;NR=32;PP=2965;SC=CACCCCTGCTACACCAGCTTC;SOR=2.341;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=165;TCF=129;TCR=36;TR=161;WE=183535771;WS=183535753;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,185:1.00:185
chr3	183536063	rs894000	T	C	2267.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-2.881;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=71;PP=1619;ReadPosRankSum=1.050;SC=GCAAGGCAAGTGCACTCCCGT;SOR=1.675;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=82;TCF=9;TCR=73;TR=80;WE=183536071;WS=183536053;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,85:0.98:87
chr3	183543291	rs263006	G	A	482.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.867;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.49;ReadPosRankSum=1.175;SOR=0.639;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:57,31:0.35:88
chr3	183551733	rs2305666	A	C	1360.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=1.998;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.098;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=38;PP=963;ReadPosRankSum=0.690;SC=CTAGGTGAGCACAAAGCTTCA;SOR=0.927;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=66;TCF=14;TCR=52;TR=48;WE=183551741;WS=183551723;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,54:0.71:76
chr3	183558402	rs3732581	C	G	943.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.321;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=269;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.04;MQRankSum=-0.577;QD=3.55;ReadPosRankSum=-0.959;SOR=0.705;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:198,68:0.26:266
chr3	183558497	rs34558001	C	CT	459.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.138;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FS=1.505;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.11;MQRankSum=0.000;QD=7.42;ReadPosRankSum=-0.260;SOR=0.385;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,37:0.60:62
chr3	183560195	rs13091	A	G	449.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.062;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.522;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=1.095;NF=15;NR=11;PP=245;ReadPosRankSum=-0.531;SC=ATAAGGAGAAATGACTGAATG;SOR=0.903;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=95;TCF=52;TCR=43;TR=26;WE=183560203;WS=183560185;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:124,36:0.22:160
chr3	183560292	rs7652031	A	T	580.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.551;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.635;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=10;PP=229;ReadPosRankSum=-0.437;SC=AATAAAAATTATCCATTTTAA;SOR=0.647;SbPval=0.2;Source=Platypus;TC=89;TCF=40;TCR=49;TR=24;WE=183560300;WS=183560282;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:104,41:0.28:145
chr3	183562276	rs3811725	A	C	174.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.721;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=8;PP=141;ReadPosRankSum=0.957;SC=GAATGCTTTTAAAGTATCAGC;SOR=0.892;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=26;TCF=4;TCR=22;TR=10;WE=183562284;WS=183562266;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,10:0.28:36
chr3	183584702	rs59742348	C	CTT	367.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.909;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5417;FS=2.187;HP=10;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=8;PP=151;ReadPosRankSum=-0.182;SC=GTGAAAAGGGCTTTTTTTTTT;SOR=1.445;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=1;TCR=13;TR=8;WE=183584710;WS=183584692;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,15:0.79:19
chr3	183585883	rs953419	A	G	5372.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.144;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=363;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.875;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=111;PP=2936;ReadPosRankSum=-0.343;SC=GAAACACAGTAGCGTCTTGCA;SOR=0.762;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=257;TCF=89;TCR=168;TR=168;WE=183585891;WS=183585873;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:117,238:0.67:355
chr3	183604723	rs1829515	A	G	7162.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=0.669;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=281;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=85;PP=2636;ReadPosRankSum=-0.825;SC=TAGCGGTAGCATGTCAAGGAA;SOR=0.941;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=141;TCF=56;TCR=85;TR=141;WE=183604731;WS=183604713;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,277:0.99:279
chr3	183604801	rs4420923	G	T	497.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.452;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=17;PP=328;ReadPosRankSum=-0.220;SC=CTCTTGTGGAGGGCCTGACAT;SOR=0.580;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=67;TCF=22;TCR=45;TR=26;WE=183604809;WS=183604791;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,28:0.34:82
chr3	183669932	.	C	CT	77.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.522;ClippingRankSum=0.000;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.43;ReadPosRankSum=3.720;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,12:0.38:32
chr3	183706945	rs139139685	CAA	C	78.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.457;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=2.185;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.02;ReadPosRankSum=1.455;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,10:0.26:39
chr3	183750907	.	A	AT	453.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.061;ClippingRankSum=0.000;DP=133;ExcessHet=3.0103;FS=1.060;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.67;ReadPosRankSum=0.071;SOR=0.479;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:42,38:0.47:80
chr3	183756808	rs6789882	G	A	22055.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-2.372;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=843;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=210;NR=311;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.868;SC=CTTTTTGCCAGAGAACTCCAG;SOR=0.672;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=522;TCF=211;TCR=311;TR=521;WE=183756816;WS=183756798;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,833:1.00:834
chr3	183774762	rs6766410	C	A	8283.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.695;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=618;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQ=60.04;MQRankSum=1.069;NF=117;NR=93;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.045;SC=GCATCTGTAACCTGGACATCT;SOR=0.707;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=343;TCF=189;TCR=154;TR=210;WE=183774770;WS=183774752;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:219,386:0.64:605
chr3	183774872	rs11432832	G	GA	6161.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.223;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=347;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.986;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.395;NF=3;NR=96;PP=2933;ReadPosRankSum=2.344;SC=AAGATTCAGGGAAGACATTTG;SOR=0.830;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=156;TCF=8;TCR=148;TR=99;WE=183774880;WS=183774862;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:107,223:0.68:330
chr3	183776469	rs7617316	C	T	2418.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.933;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.753;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=51;PP=1334;ReadPosRankSum=-0.377;SC=AAAGAAGCTCCAGGCCGGGTG;SOR=0.601;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=101;TCF=32;TCR=69;TR=75;WE=183776477;WS=183776459;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,105:0.75:140
chr3	183777919	rs6807271	G	A	8557.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.715;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=588;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.161;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.547;NF=137;NR=99;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.872;SC=CCATGACTGAGCCTCTGTCCT;SOR=0.784;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=374;TCF=213;TCR=161;TR=236;WE=183777927;WS=183777909;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:201,381:0.65:582
chr3	183778010	rs6807362	G	C	13075.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.061;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=786;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.237;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQ=59.97;MQRankSum=0.000;NF=264;NR=149;PP=2962;ReadPosRankSum=0.140;SC=GGGGGCTCAGGATGGACAAAG;SOR=0.806;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=601;TCF=378;TCR=223;TR=413;WE=183778018;WS=183778000;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:232,537:0.70:769
chr3	183818416	rs7627615	G	A	4031.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.568;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=594;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.139;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=74;PP=1751;ReadPosRankSum=0.424;SC=CATCTCCTTCGCGATGTCTGC;SOR=0.812;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=331;TCF=142;TCR=189;TR=123;WE=183818424;WS=183818406;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:372,219:0.37:591
chr3	183818511	rs55683908	A	G	2293.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=1.382;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.334;HP=6;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=62;PP=1636;ReadPosRankSum=-0.018;SC=GTGGCCCCCCAAAGCCCTTAT;SOR=1.028;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=134;TCF=41;TCR=93;TR=85;WE=183818519;WS=183818501;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,95:0.64:148
chr3	183819155	rs7432211	T	C	6838.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=241;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=132;NR=52;PP=2965;SC=GAGCTTTTGTTCTGGATCACA;SOR=1.590;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=184;TCF=132;TCR=52;TR=184;WE=183819163;WS=183819145;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,239:1.00:239
chr3	183822504	rs66667882	CAAAA	C	916.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.022;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.63;MQRankSum=0.545;QD=33.95;ReadPosRankSum=-0.419;SOR=0.957;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,25:0.93:27
chr3	183823576	rs4912524	T	C	8206.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=293;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=150;NR=55;PP=2965;SC=GCAGGCCCAGTCTCTATGTCA;SOR=1.660;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=205;TCF=150;TCR=55;TR=205;WE=183823584;WS=183823566;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,286:1.00:286
chr3	183823863	rs150341032	G	GAAGA	9969.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=264;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=30;PP=2971;SC=GATTGGAAGAGAAGAAATTCT;SOR=1.933;SbPval=0.33;Source=Platypus;TCF=34;WE=183823871;WS=183823853;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,221:1.00:221
chr3	183856549	rs6787322	A	G	757.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-1.514;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.055;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQ=59.94;MQRankSum=-0.698;NF=19;NR=12;PP=410;ReadPosRankSum=-0.862;SC=TCAGCCTCCCAGGTTCAAGGG;SOR=0.890;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=45;TCF=27;TCR=18;TR=31;WE=183856557;WS=183856543;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,37:0.65:57
chr3	183861243	rs843358	A	G	4365.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.432;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=816;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=84;NR=64;PP=1598;ReadPosRankSum=-1.224;SC=TGCCTATAACATAAGTCTAAA;SOR=0.676;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=483;TCF=276;TCR=207;TR=148;WE=183861251;WS=183861233;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:541,267:0.33:808
chr3	183861750	rs843357	A	C	458.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.643;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.202;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=2;PP=247;ReadPosRankSum=-0.500;SC=ACAACTCCCAAGTCCCTCTGA;SOR=1.061;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=42;TCF=33;TCR=9;TR=16;WE=183861758;WS=183861740;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,22:0.40:55
chr3	183884895	rs1709638	C	T	1752.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-6.105;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.565;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=63;PP=1219;ReadPosRankSum=-0.630;SC=TCCAGCAACCCCACACTGCAA;SOR=0.967;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=189;TCF=22;TCR=167;TR=69;WE=183884903;WS=183884885;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:134,78:0.37:212
chr3	183896641	rs2231216	T	C	1042.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.469;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.680;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=12;PP=596;ReadPosRankSum=1.275;SC=CTCTTTTCCCTCAGGAGGAAC;SOR=0.786;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=90;TCF=59;TCR=31;TR=37;WE=183896649;WS=183896631;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,52:0.41:128
chr3	183900680	rs843366	G	C	1420.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.687;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=260;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.044;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=23;PP=760;ReadPosRankSum=-0.598;SC=GGGGCCTAGAGTCATGCCAGG;SOR=0.788;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=178;TCF=97;TCR=81;TR=53;WE=183900688;WS=183900670;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:180,78:0.30:258
chr3	183900729	rs843365	T	C	1256.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.337;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=278;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.696;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=27;PP=547;ReadPosRankSum=-0.545;SC=TCCGATAAACTGCTGCACCTT;SOR=0.692;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=186;TCF=90;TCR=96;TR=56;WE=183900737;WS=183900719;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:194,80:0.29:274
chr3	183900836	rs843364	G	A	616.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=2.837;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.373;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=21;PP=442;ReadPosRankSum=0.022;SC=TACTATTTGTGATGAGGCAAA;SOR=1.500;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=92;TCF=28;TCR=64;TR=26;WE=183900844;WS=183900826;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,32:0.28:115
chr3	183903935	rs16833781	C	CG	903.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.234;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FS=23.930;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.18;ReadPosRankSum=0.635;SOR=3.361;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:164,52:0.24:216
chr3	183904232	rs1709624	T	A	687.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.711;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.732;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=22;PP=474;ReadPosRankSum=-1.920;SC=CTGTCTGGGGTCTGAAACTGC;SOR=0.777;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=119;TCF=46;TCR=73;TR=35;WE=183904240;WS=183904222;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:97,36:0.27:133
chr3	183905103	rs2942056	G	C	492.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.456;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.897;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=8;PP=244;ReadPosRankSum=-0.958;SC=ATCTGTGTCTGTGCCTGGTTC;SOR=0.925;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=73;TCF=45;TCR=28;TR=24;WE=183905111;WS=183905093;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,28:0.33:86
chr3	183906515	rs843345	T	C	1414.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-2.185;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=258;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.433;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=16;PP=563;ReadPosRankSum=0.506;SC=AGACTGCCCCTGCTTAGGCCA;SOR=0.539;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=182;TCF=130;TCR=52;TR=52;WE=183906523;WS=183906505;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:175,80:0.31:255
chr3	183907032	rs843344	G	C	1457.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.556;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=269;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.488;HP=7;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=36;PP=896;ReadPosRankSum=0.840;SC=GCCATGTATTGTTTTTCATAG;SOR=0.748;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=186;TCF=83;TCR=103;TR=65;WE=183907040;WS=183907022;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:174,83:0.32:257
chr3	183948663	rs1687225	G	A	390.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.891;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=8;PP=601;ReadPosRankSum=0.082;SC=CCGCGCTCTGGGCCCGGGGCT;SOR=0.610;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=29;TCF=14;TCR=15;TR=15;WE=183948679;WS=183948653;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,19:0.49:39
chr3	183948671	.	G	A	331.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-1.771;ClippingRankSum=0.000;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=4;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=8;PP=400;ReadPosRankSum=1.247;SC=TGGGCCCGGGGCTGGGGACCC;SOR=0.657;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=31;TCF=12;TCR=19;TR=14;WE=183948679;WS=183948653;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,18:0.46:39
chr3	183951135	rs729377	C	T	11094.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=2.138;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=690;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.202;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=179;NR=145;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.001;SC=CCCCGCTGGCCCCGCCAGGCC;SOR=0.797;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=471;TCF=256;TCR=215;TR=324;WE=183951143;WS=183951125;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:209,471:0.69:680
chr3	183951431	rs902417	C	T	1656.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.134;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=27;PP=712;ReadPosRankSum=-0.237;SC=GCTGGCTGCCCCTCGGGACGT;SOR=0.720;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=64;TCF=18;TCR=46;TR=39;WE=183951439;WS=183951421;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,74:0.61:121
chr3	183952773	rs9853525	C	T	2062.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.201;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.603;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=22;PP=1413;ReadPosRankSum=-0.126;SC=CTGATATAAACAGAAGACAGC;SOR=0.459;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=114;TCF=83;TCR=31;TR=71;WE=183952781;WS=183952763;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,82:0.63:131
chr3	183953972	rs1709657	G	A	3307.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.464;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.474;HP=7;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=69;NR=40;PP=1734;ReadPosRankSum=0.079;SC=AGTCCCTCCCGCCCCAGACGC;SOR=0.538;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=161;TCF=105;TCR=56;TR=109;WE=183953980;WS=183953954;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,151:0.67:227
chr3	183955109	rs843334	C	T	9788.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.436;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=638;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=131;NR=156;PP=2962;ReadPosRankSum=1.330;SC=TGCTGACCCCCCGGGAGATCC;SOR=0.767;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=394;TCF=183;TCR=211;TR=287;WE=183955117;WS=183955099;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:195,433:0.69:628
chr3	183957095	rs843333	A	C	442.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.650;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.494;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=2;PP=283;ReadPosRankSum=-0.541;SC=GGGTTTCAGAAAAGGGGCATG;SOR=1.139;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=32;TCF=26;TCR=6;TR=16;WE=183957103;WS=183957085;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,20:0.53:38
chr3	183957467	rs843332	G	T	6534.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.168;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=483;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=98;NR=91;PP=2962;ReadPosRankSum=-3.145;SC=CTGCTGTCTTGCCTCCCCAGG;SOR=0.655;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=290;TCF=149;TCR=141;TR=189;WE=183957475;WS=183957457;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:174,295:0.63:469
chr3	183959508	rs28606531	A	C	3235.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.831;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=237;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.502;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=64;PP=1899;ReadPosRankSum=-0.228;SC=CTGAGGGGCCAGGCCAGGTGG;SOR=0.794;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=173;TCF=83;TCR=90;TR=115;WE=183959516;WS=183959498;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:89,142:0.61:231
chr3	183959959	rs79886161	C	T	870.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-3.283;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.973;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=25;PP=1359;ReadPosRankSum=-1.203;SC=TACTCCCTCCCTAGAGCCCTC;SOR=0.435;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=90;TCF=18;TCR=72;TR=32;WE=183959969;WS=183959949;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,41:0.40:102
chr3	183959961	rs2668195	A	G	1491.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-1.496;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.963;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=47;PP=2651;ReadPosRankSum=0.661;SC=CTCCCTCCCTAGAGCCCTCTT;SOR=0.947;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=88;TCF=16;TCR=72;TR=57;WE=183959969;WS=183959949;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,60:0.61:98
chr3	183960252	rs706584	A	C	988.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=0.065;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.621;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=8;PP=619;ReadPosRankSum=1.907;SC=GAGTCCAACCAACCCCAGGTC;SOR=0.230;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=56;TCF=46;TCR=10;TR=35;WE=183960260;WS=183960242;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,42:0.65:65
chr3	183975365	rs7633387	C	T	12347.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=474;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=145;NR=169;PP=2965;SC=GCAGGCTCGCCATGCCCATGT;SOR=0.821;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=319;TCF=145;TCR=174;TR=314;WE=183975373;WS=183975355;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,464:1.00:464
chr3	183976108	rs902415	T	C	4404.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.786;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=322;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=85;NR=46;PP=2263;ReadPosRankSum=-1.640;SC=GAGGCCGGTTTATCTCAATGA;SOR=0.705;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=216;TCF=138;TCR=78;TR=131;WE=183976116;WS=183976098;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:119,197:0.62:316
chr3	183976241	rs6767237	A	G	8090.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=2.344;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=593;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=130;NR=111;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.942;SC=CAAGGGCGGGAAGCTCAGTGT;SOR=0.667;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=388;TCF=209;TCR=179;TR=241;WE=183976249;WS=183976231;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:221,354:0.62:575
chr3	183978846	rs843352	G	A	1063.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-2.611;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.341;HP=5;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=8;PP=715;ReadPosRankSum=2.512;SC=ACGGCAGCCGGGGGGCGCCCG;SOR=1.440;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=52;TCF=40;TCR=12;TR=38;WE=183978854;WS=183978836;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,45:0.70:64
chr3	183994536	rs843371	A	G	7909.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.804;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=303;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=87;NR=107;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.855;SC=AACAGACTCAAGGCTCAACTC;SOR=0.860;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=197;TCF=89;TCR=108;TR=194;WE=183994544;WS=183994526;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,295:0.99:297
chr3	183995341	rs1001817	C	T	1000.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-4.808;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.613;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=36;PP=674;ReadPosRankSum=2.275;SC=AGGCAGTGTCCATGAATGAGG;SOR=1.196;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=109;TCF=15;TCR=94;TR=39;WE=183995349;WS=183995331;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,45:0.38:120
chr3	183995854	rs2272471	G	A	1450.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.806;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=267;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.275;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=23;PP=696;ReadPosRankSum=0.025;SC=CCACTGAGCCGGTTGAGGGCA;SOR=0.531;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=187;TCF=119;TCR=68;TR=58;WE=183995862;WS=183995844;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:178,86:0.33:264
chr3	183996068	rs3752904	C	T	2044.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.277;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=371;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.849;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=40;PP=820;ReadPosRankSum=0.479;SC=ACATCAGTGCCGACTCTAAGA;SOR=0.748;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=221;TCF=91;TCR=130;TR=66;WE=183996076;WS=183996058;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:249,117:0.32:366
chr3	183996213	rs843372	C	T	2777.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=54;NR=35;PP=1913;SC=CCCCTACCCCCGCTCGGGAAT;SOR=1.106;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=96;TCF=60;TCR=36;TR=89;WE=183996221;WS=183996203;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr3	183996484	rs140658066	CTTTCTTCT	C	1516.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.725;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.26;MQRankSum=2.144;QD=14.18;ReadPosRankSum=-0.351;SOR=0.602;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:64,43:0.40:107
chr3	183996511	rs1387976	C	T	1380.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.293;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.64;ReadPosRankSum=-1.326;SOR=0.655;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:47,36:0.43:83
chr3	184003194	rs1687230	C	T	533.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.415;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.117;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=4;PP=285;ReadPosRankSum=1.166;SC=CTTGCATGTTCCTGGGGGCTG;SOR=0.901;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=48;TCF=38;TCR=10;TR=20;WE=184003202;WS=184003184;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,25:0.42:60
chr3	184010048	rs3914188	G	C	13885.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=511;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=126;NR=238;PP=2965;SC=GGGAGAAATGGCCAGCTGTCA;SOR=1.288;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=364;TCF=126;TCR=238;TR=364;WE=184010056;WS=184010038;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,501:1.00:501
chr3	184016991	rs2272475	T	G	155.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.765;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.23;ReadPosRankSum=-0.815;SOR=0.719;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,6:0.24:25
chr3	184016991	.	TT	GC	24	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=3;NR=1;PP=24;QD=19.3669687156;SC=CGCGCGCGAGTTGGTCTGGGA;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=20;TCF=13;TCR=7;TR=4;WE=184017000;WS=184016981;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:16,4:0.20:20
chr3	184016992	rs2272474	T	C	155.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.217;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.23;ReadPosRankSum=-0.815;SOR=0.719;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,6:0.24:25
chr3	184017841	rs144161168	G	T	1982.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=0.583;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.542;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=56;PP=1317;ReadPosRankSum=0.903;SC=GTTACAAAGGGTATTTGTACA;SOR=0.197;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=98;TCF=14;TCR=84;TR=68;WE=184017849;WS=184017831;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,79:0.71:111
chr3	184019681	rs11545172	G	A	2266.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.063;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=388;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.131;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=46;PP=1222;ReadPosRankSum=-1.247;SC=GCTGGATGACGCAGAGAAGGT;SOR=0.517;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=269;TCF=147;TCR=122;TR=94;WE=184019689;WS=184019671;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:255,128:0.33:383
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chr3	184021628	rs9883929	A	C	968.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-0.959;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.583;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=27;PP=565;ReadPosRankSum=0.465;SC=AGGTCTGCCCAGTTTTTAACT;SOR=0.767;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=159;TCF=76;TCR=83;TR=51;WE=184021636;WS=184021618;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:130,57:0.30:187
chr3	184033408	rs73187631	A	T	5890.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.191;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=384;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.408;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=126;NR=80;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.658;SC=GTTGGTGGGGACAGGCTGTAT;SOR=0.654;Source=Platypus;TCF=193;TR=206;WE=184033416;WS=184033398;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:122,250:0.67:372
chr3	184037533	rs13319149	A	G	12706.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=494;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=155;NR=127;PP=2965;SC=CGTGGCCCCCACCCCAGTTTT;SOR=0.809;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=282;TCF=155;TCR=127;TR=282;WE=184037541;WS=184037523;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,491:1.00:491
chr3	184039666	rs2178403	A	G	15970.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=587;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=159;NR=295;PP=2965;SC=GACAGCATCAATGGCGCCCCC;SOR=1.325;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=455;TCF=159;TCR=296;TR=454;WE=184039674;WS=184039656;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,573:1.00:573
chr3	184045799	rs939317	A	G	7613.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-2.089;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=290;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=67;NR=120;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.625;SC=GGGTATGACCAGCTTCTCTGG;SOR=0.414;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=189;TCF=67;TCR=122;TR=187;WE=184045807;WS=184045789;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,285:1.00:286
chr3	184046355	rs1879244	C	T	4704.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=78;NR=52;PP=2375;SC=AGCCATGCCACGTTGCCCCAG;SOR=0.990;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=131;TCF=79;TCR=52;TR=130;WE=184046363;WS=184046345;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,182:1.00:182
chr3	184046470	rs2230571	C	T	4315.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.761;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=334;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.418;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=70;PP=1861;ReadPosRankSum=1.574;SC=ACATCCCCCACGTGTGGCTCT;SOR=0.656;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=201;TCF=92;TCR=109;TR=130;WE=184046478;WS=184046460;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:117,210:0.64:327
chr3	184056101	rs1881973	G	C	1277.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.866;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.137;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=14;PP=630;ReadPosRankSum=-0.606;SC=GAAATGATACGGCAATACTGG;SOR=0.529;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=122;TCF=88;TCR=34;TR=50;WE=184056109;WS=184056091;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:100,65:0.39:165
chr3	184072787	rs202059491	C	T	2898.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=1.340;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.518;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=57;PP=1358;ReadPosRankSum=-1.619;SC=GGTTCAAAGGCGAAGAGGCTC;SOR=0.746;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=153;TCF=58;TCR=95;TR=91;WE=184072795;WS=184072777;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,131:0.61:215
chr3	184090266	rs6141	C	T	474.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.170;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.935;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=7;PP=272;ReadPosRankSum=2.240;SC=GAGCTGTACACGAGACAATGC;SOR=0.901;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=63;TCF=42;TCR=21;TR=22;WE=184090274;WS=184090256;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,27:0.34:79
chr3	184091149	rs6142	G	T	862.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.965;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=16;PP=477;ReadPosRankSum=1.842;SC=GGTCTTCTAGGGGGACTGAGT;SOR=0.726;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=145;TCF=84;TCR=61;TR=41;WE=184091157;WS=184091139;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:140,54:0.28:194
chr3	184094183	rs956732	A	G	988.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-3.730;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.092;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=35;PP=793;ReadPosRankSum=-0.441;SC=CCAAGGGTGAAGAATCTATCC;SOR=0.476;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=94;TCF=13;TCR=81;TR=41;WE=184094191;WS=184094173;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,40:0.42:96
chr3	184098193	rs1920128	A	C	444.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.562;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.49;ReadPosRankSum=0.094;SOR=0.665;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:69,30:0.30:99
chr3	184098647	rs885650	C	T	1342.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=4.664;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=237;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.756;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=47;PP=904;ReadPosRankSum=-1.219;SC=GCGCGGGCGTCGGAGTGGACT;SOR=0.939;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=206;TCF=55;TCR=151;TR=61;WE=184098655;WS=184098637;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:163,70:0.30:233
chr3	184099378	rs35929225	C	A	4064.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=1.852;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=793;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=83;NR=83;PP=2376;ReadPosRankSum=-0.918;SC=GGGAGCCAGGCGCTGAGGAGC;SOR=0.682;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=517;TCF=259;TCR=258;TR=166;WE=184099386;WS=184099368;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:539,234:0.30:773
chr3	184100961	rs3833587	G	GT	725.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.886;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FS=0.982;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.94;ReadPosRankSum=1.053;SOR=0.917;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:48,25:0.34:73
chr3	184106217	rs1881972	A	G	1799.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=67;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=43;NR=12;PP=879;SC=CCATCCATCCATCCGTCCCTT;SOR=2.015;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=55;TCF=43;TCR=12;TR=55;WE=184106225;WS=184106207;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr3	184144585	rs62287529	A	G	4091.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.875;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=752;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.182;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=72;NR=65;PP=1712;ReadPosRankSum=-0.872;SC=ACCTCTCAACACCTTCCTGTG;SOR=0.584;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=463;TCF=258;TCR=205;TR=137;WE=184144593;WS=184144575;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:502,236:0.32:738
chr3	184402122	rs9290796	G	A	739.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-3.218;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.073;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=6;PP=476;ReadPosRankSum=0.205;SC=ACCTGACTCTGGTGGCTCCTG;SOR=0.301;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=44;TCF=36;TCR=8;TR=26;WE=184402130;WS=184402112;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,31:0.61:51
chr3	184542693	rs71298576	A	AT	876.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.701;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=239;ExcessHet=3.0103;FS=0.673;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.05;MQRankSum=0.000;QD=4.64;ReadPosRankSum=-0.272;SOR=0.810;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:107,82:0.43:189
chr3	184550501	rs9830734	A	G	1704.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.465;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=29;PP=794;ReadPosRankSum=1.655;SC=TGAGTCTTTTATTCTTGAGGA;SOR=0.697;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=105;TCF=56;TCR=49;TR=59;WE=184550509;WS=184550491;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,83:0.55:151
chr3	184560969	rs16859344	T	C	821.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=0.365;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.067;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=11;PP=466;ReadPosRankSum=-0.747;SC=CTTCGAACTTTTGAACTGATT;SOR=0.478;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=51;TCF=32;TCR=19;TR=28;WE=184560977;WS=184560959;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,38:0.58:66
chr3	184561140	rs11384502	G	GA	644.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-1.059;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=13;PP=387;ReadPosRankSum=0.072;SC=AATGCTTATTGAAAAAAACCC;SOR=0.804;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=27;TCF=4;TCR=23;TR=16;WE=184561148;WS=184561130;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,32:0.70:46
chr3	184567039	rs2305240	C	A	2094.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-2.934;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.908;HP=6;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=58;PP=1410;ReadPosRankSum=-0.509;SC=GATGAATTTACAAAAACTTAC;SOR=0.558;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=96;TCF=15;TCR=81;TR=69;WE=184567047;WS=184567029;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,85:0.70:122
chr3	184573555	rs6443999	C	T	5465.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.491;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=418;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.807;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.779;NF=78;NR=79;PP=2230;ReadPosRankSum=-0.567;SC=TACAAAATTACGTGAATCCCA;SOR=0.547;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=270;TCF=131;TCR=139;TR=157;WE=184573563;WS=184573545;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:155,259:0.63:414
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chr3	184580917	rs3733165	A	G	586.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-0.788;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.955;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=21;PP=473;ReadPosRankSum=-0.179;SC=GTATTTTGTTATAGTTGTTTT;SOR=0.387;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=37;TCF=4;TCR=33;TR=24;WE=184580925;WS=184580907;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,24:0.60:40
chr3	184588420	rs2305239	A	C	1885.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=2.038;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.971;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=9;PP=1161;ReadPosRankSum=-0.957;SC=AATTCTAATTATGTATTATTT;SOR=0.319;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=88;TCF=75;TCR=13;TR=57;WE=184588428;WS=184588410;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,74:0.66:112
chr3	184616504	rs9845800	C	T	132.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=1.334;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.936;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=7;PP=148;ReadPosRankSum=-0.762;SC=TTCTCCTATTCTCCATTTGCT;SOR=1.532;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=31;TCF=7;TCR=24;TR=8;WE=184616512;WS=184616494;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,8:0.22:37
chr3	184631103	rs9821657	G	A	101.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=1.111;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=2;PP=82;ReadPosRankSum=0.212;SC=TCTATCTTAGGGTAGCTTATA;SOR=1.022;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=24;TCF=16;TCR=8;TR=7;WE=184631111;WS=184631093;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,7:0.23:30
chr3	184633247	rs4686879	A	C	451.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.498;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FS=0.815;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.22;ReadPosRankSum=-1.267;SOR=0.550;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:77,30:0.28:107
chr3	184642587	rs11391596	A	AT	2110.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.173;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FS=2.276;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.95;ReadPosRankSum=-1.726;SOR=0.455;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,125:0.77:163
chr3	184647413	rs4643688	T	C	5766.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=52;NR=87;PP=2854;SC=ACCAATATGATAAAATTATTG;SOR=1.036;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=139;TCF=52;TCR=87;TR=139;WE=184647421;WS=184647403;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,214:1.00:214
chr3	184654166	rs6444004	A	G	4287.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=38;NR=75;PP=2406;SC=ATCTAGTGGAAAGACAATTAT;SOR=1.390;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=113;TCF=38;TCR=75;TR=113;WE=184654174;WS=184654156;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,154:1.00:154
chr3	184658058	rs142586532	T	TTATATA,TTATA	465.73	.	AC=2,0;AF=1.00,0.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=4;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;NF=0,0;NR=8,8;PP=173,111;SC=TAGTCTTTCATTATATATATA;SOR=1.863;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=0;TCR=11;TR=8,8;WE=184658066;WS=184658048;set=Intersection	GT:AF:DP	1/1:1.00:12
chr3	184675095	rs3732934	C	T	1453.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-4.781;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.340;HP=4;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.719;NF=48;NR=12;PP=1131;ReadPosRankSum=0.027;SC=TTACTGGTAGCTTTTAATTAT;SOR=0.271;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=86;TCF=72;TCR=14;TR=60;WE=184675103;WS=184675085;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,60:0.67:89
chr3	184675147	rs3832240	CTTTTA	C	5325.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.637;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=1.444;NF=43;NR=30;PP=2970;ReadPosRankSum=0.498;SC=TTCTCTTTATCTTTTATGTTT;SOR=0.697;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=133;TCF=81;TCR=52;TR=73;WE=184675159;WS=184675137;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:93,136:0.59:229
chr3	184675359	rs4501092	T	C	7484.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=278;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=55;NR=157;PP=2965;SC=CTTAACATTCTCCATTTGACA;SOR=1.813;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=214;TCF=57;TCR=157;TR=212;WE=184675367;WS=184675349;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,269:1.00:269
chr3	184682214	rs6799328	T	C	243.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.841;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=1;PP=125;ReadPosRankSum=0.352;SC=ACTCCACAAATAAGATTGGTG;SOR=0.895;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=24;TCF=20;TCR=4;TR=9;WE=184682222;WS=184682204;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,13:0.38:34
chr3	184684313	rs4470487	G	A	639.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=16;NR=2;PP=454;SC=AAACAGAAGAGTTTACTTCTG;SOR=3.160;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=18;TCF=16;TCR=2;TR=18;WE=184684321;WS=184684303;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr3	184689554	rs9831190	T	A	3559.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.604;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=740;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.94;ReadPosRankSum=0.603;SOR=0.731;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:503,217:0.30:720
chr3	184700356	rs4572747	A	C	10504.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=408;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=148;NR=112;PP=2965;SC=CATTATAGGCACTTTGGTTTC;SOR=0.887;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=260;TCF=148;TCR=112;TR=260;WE=184700364;WS=184700346;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,404:1.00:404
chr3	184700426	rs11555405	C	T	5802.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-2.776;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=420;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.547;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=79;NR=94;PP=2521;ReadPosRankSum=0.931;SC=TCCTCATCTACACTCTGAAGG;SOR=0.651;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=259;TCF=117;TCR=142;TR=173;WE=184700434;WS=184700416;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:142,273:0.66:415
chr3	184714014	rs9860814	C	T	3084.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=83;NR=6;PP=2246;SC=TCAATTTTAGCTGTTGGTAGT;SOR=4.283;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=89;TCF=83;TCR=6;TR=89;WE=184714022;WS=184714004;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr3	184717703	rs2291737	T	C	1592.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=2.126;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=41;PP=1242;ReadPosRankSum=-0.725;SC=CCAATGTCATTTGGGCCTGGT;SOR=3.056;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=45;TCF=3;TCR=42;TR=44;WE=184717711;WS=184717693;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,48:0.98:49
chr3	184766148	rs3821748	A	G	3420.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.115;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=247;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.029;HP=1;HapScore=1;MGOF=30;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=70;NR=39;PP=1763;ReadPosRankSum=0.763;SC=AGCTGGTAGCATGGATTGTTT;SOR=0.625;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=164;TCF=108;TCR=56;TR=109;WE=184766156;WS=184766138;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:89,158:0.64:247
chr3	184766186	rs3821749	A	C	5185.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=2.544;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=348;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=36;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NR=57;PP=2631;ReadPosRankSum=-0.506;SC=GCACCATGTTATGCTTCAGCA;SOR=0.703;Source=Platypus;TCR=85;WE=184766194;WS=184766176;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:119,228:0.66:347
chr3	184766203	rs77649285	A	G	5323.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=2.170;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=377;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.254;HP=1;HapScore=1;MGOF=33;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=86;NR=62;PP=2728;ReadPosRankSum=2.315;SC=AGCATCGTGTAGAGCAAGTTG;SOR=0.765;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=228;TCF=131;TCR=97;TR=148;WE=184766211;WS=184766193;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:139,236:0.63:375
chr3	184766249	rs6779564	TC	CT	11465.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.714;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=443;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=94;NR=84;PP=2944;ReadPosRankSum=-1.242;SC=GTTAATCGTATCGGTTTTTAT;SOR=0.718;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=277;TCF=148;TCR=129;TR=178;WE=184766258;WS=184766239;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:151,287:0.66:438
chr3	184766392	rs3821751	G	A	3428.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.104;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.484;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=58;PP=1650;ReadPosRankSum=-1.235;SC=CCTATTTATAGTTTACTGCTT;SOR=0.522;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=153;TCF=59;TCR=94;TR=96;WE=184766400;WS=184766382;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,153:0.68:226
chr3	184769911	rs2271257	C	T	690.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=1.744;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=20;PP=442;ReadPosRankSum=0.319;SC=CCACCTCCCACGCTTCTGAGA;SOR=0.582;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=4;TCR=28;TR=23;WE=184769919;WS=184769901;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,28:0.76:37
chr3	184801494	rs9845482	G	A	788.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=21;PP=613;SC=ATTCAACATTGGTATAGTCAA;SOR=3.528;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=23;TCF=2;TCR=21;TR=23;WE=184801502;WS=184801484;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
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chr3	184935807	rs35531967	A	C	3612.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=0.048;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=-0.269;NF=73;NR=19;PP=2321;ReadPosRankSum=-0.652;SC=CCCACCTCGGACTCCCAGAGT;SOR=0.998;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=93;TCF=74;TCR=19;TR=92;WE=184935815;WS=184935797;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,121:0.99:122
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chr3	184971549	.	TA	T	48.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.052;ClippingRankSum=0.000;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=5.201;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.19;ReadPosRankSum=-0.149;SOR=2.076;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,12:0.29:41
chr3	185046909	rs34308085	AT	A	3221.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.370;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=13;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.178;NF=44;NR=35;PP=1587;ReadPosRankSum=-0.132;SC=CAGTAGTTTTATTTTTTTTTA;SOR=0.561;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=84;TCF=48;TCR=36;TR=79;WE=185046918;WS=185046899;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,147:0.99:148
chr3	185046975	rs9863304	T	C	8105.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=310;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=107;NR=77;PP=2965;SC=ACAGGTCCCGTGTGCACGAAA;SOR=0.898;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=184;TCF=107;TCR=77;TR=184;WE=185046983;WS=185046965;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,309:1.00:309
chr3	185155430	rs113427759	C	CT	1569.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.367;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=11;HapScore=4;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.308;NF=0;NR=41;PP=410;ReadPosRankSum=1.038;SC=TAGGTCAAGGCTTTTTTTTTT;SOR=0.610;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=57;TCF=1;TCR=56;TR=41;WE=185155438;WS=185155420;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,78:0.95:82
chr3	185226492	rs55854644	C	T	5698.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=1.519;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=117;NR=56;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.486;SC=CTTTTTCTGCCTTGCAGAAAG;SOR=1.083;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=176;TCF=119;TCR=57;TR=173;WE=185226500;WS=185226482;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:5,207:0.98:212
chr3	185300395	rs7651346	G	A	6499.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=1.079;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=242;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=102;NR=66;PP=2965;ReadPosRankSum=0.375;SC=CAAGCCAAGGGCAGAAATCTC;SOR=1.103;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=170;TCF=103;TCR=67;TR=168;WE=185300403;WS=185300385;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,235:0.99:237
chr3	185304018	rs17523471	T	C	12488.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-1.253;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=482;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=226;NR=121;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.465;SC=ACGTCAGGAGTGGTGGCGGGC;SOR=0.275;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=355;TCF=228;TCR=127;TR=347;WE=185304026;WS=185304008;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,471:1.00:473
chr3	185307879	rs11924016	A	T	1199.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.08;SOR=1.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr3	185308069	rs11916386	G	T	603.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=9;PP=285;SC=TTGGCCGGGCGCAGTGGCTGT;SOR=1.179;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=13;TCF=4;TCR=9;TR=13;WE=185308077;WS=185308059;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr3	185318804	rs13100034	G	A	1081.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=4;NR=30;PP=848;SC=TGAACTTAGGGGTGTGTTATA;SOR=3.026;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=34;TCF=4;TCR=30;TR=34;WE=185318812;WS=185318794;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr3	185330304	rs62877061	TTGA	T	3677.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=30;NR=22;PP=2628;SC=GAGGAATGTCTTGATGTTGTG;SOR=1.473;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=54;TCF=31;TCR=23;TR=52;WE=185330314;WS=185330294;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr3	185331165	rs6762208	C	A	3097.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=30;NR=34;PP=1260;SC=GATACAGAGACGATGGTCGGA;SOR=0.762;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=64;TCF=30;TCR=34;TR=64;WE=185331173;WS=185331155;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr3	185335156	rs34765114	T	A	1898.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=51;NR=8;PP=1406;SC=TATATTTTTCTCAAGAGTCAG;SOR=3.912;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=59;TCF=51;TCR=8;TR=59;WE=185335164;WS=185335146;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr3	185339575	rs13076556	A	G	4568.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-1.651;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=109;NR=40;PP=2872;ReadPosRankSum=1.774;SC=CTCCTCTTACATTTAAGATGT;SOR=0.822;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=151;TCF=111;TCR=40;TR=149;WE=185339583;WS=185339565;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,174:0.99:175
chr3	185341970	rs1823238	G	A	13371.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=523;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=121;NR=169;PP=2965;SC=CTCCCTGCATGCTTTTAAAGT;SOR=0.886;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=291;TCF=121;TCR=170;TR=290;WE=185341978;WS=185341960;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,518:1.00:518
chr3	185347459	rs6774871	A	G	6795.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=277;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=121;NR=63;PP=2965;SC=AAATGTCAACACTTAGAAAAA;SOR=1.196;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=185;TCF=122;TCR=63;TR=184;WE=185347467;WS=185347449;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,265:1.00:265
chr3	185635685	rs16860328	A	G	1103.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.177;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=21;PP=532;ReadPosRankSum=-0.578;SC=GAAATGAGATAGCAATCTTAA;SOR=0.693;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=100;TCF=39;TCR=61;TR=34;WE=185635693;WS=185635675;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:103,61:0.37:164
chr3	185643454	rs2551372	A	G	2667.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=1.804;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.791;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=66;PP=1753;ReadPosRankSum=-0.167;SC=ACTGAAAACAAATATTGTCTT;SOR=1.124;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=114;TCF=27;TCR=87;TR=86;WE=185643462;WS=185643444;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,105:0.72:146
chr3	185655454	rs1862904	A	G	3601.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=83;NR=22;PP=2478;SC=CTATCCACAAAGGCTTTTTTT;SOR=2.488;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=106;TCF=84;TCR=22;TR=105;WE=185655462;WS=185655445;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr3	185798025	rs77805826	C	T	39.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=2.638;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=3;PP=25;ReadPosRankSum=0.308;SC=TTAAATCGCTCGTAGCCCCGA;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=3;WE=185798033;WS=185798015;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,3:0.30:10
chr3	185802071	rs373161638	TAA	T	504.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.244;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FS=2.987;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.41;ReadPosRankSum=-1.147;SOR=0.714;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,30:0.50:60
chr3	185867773	rs112047120	ATG	A	76.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.323;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FS=6.067;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.60;ReadPosRankSum=-0.229;SOR=0.235;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:114,14:0.11:128
chr3	185879296	rs13073156	T	C	3347.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=64;NR=27;PP=1689;SC=ACAGTCCCTGTGACTCTGAGA;SOR=1.571;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=91;TCF=64;TCR=27;TR=91;WE=185879304;WS=185879286;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr3	185882643	rs4686741	C	G	5929.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=105;NR=45;PP=2965;SC=AATGTGTACGCAGGCGGGGAG;SOR=1.410;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=151;TCF=105;TCR=46;TR=150;WE=185882651;WS=185882633;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,216:1.00:216
chr3	185905876	rs13087397	G	A	2064.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=47;NR=11;PP=1284;SC=CAGCATATCCGCAGAGCATGG;SOR=2.239;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=58;TCF=47;TCR=11;TR=58;WE=185905884;WS=185905866;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr3	185960192	rs6799929	A	G	739.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=18;NR=5;PP=471;SC=CCAAGTCCCCAGCGGCCCTGG;SOR=2.387;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=23;TCF=18;TCR=5;TR=23;WE=185960200;WS=185960182;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr3	185960414	rs12489063	G	A	8960.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=346;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=93;NR=95;PP=2965;SC=AGTGCAGTGCGGAGGGAAGGG;SOR=0.717;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=188;TCF=93;TCR=95;TR=188;WE=185960422;WS=185960404;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,344:1.00:344
chr3	185975470	.	C	CTT	474.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.062;ClippingRankSum=0.000;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.48;ReadPosRankSum=-0.701;SOR=0.481;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,31:0.55:56
chr3	185975789	rs13315397	A	G	3830.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.751;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=242;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.206;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=94;PP=2246;ReadPosRankSum=-0.892;SC=ACATTGATACATGTTGAGTCA;SOR=0.576;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=178;TCF=37;TCR=141;TR=121;WE=185975797;WS=185975779;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,161:0.68:237
chr3	185982955	rs3815620	G	A	1732.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.747;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.196;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=10;PP=1193;ReadPosRankSum=0.180;SC=ATGCTTTTCTGTAGAACCCAA;SOR=1.393;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=88;TCF=71;TCR=17;TR=60;WE=185982963;WS=185982945;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,72:0.67:107
chr3	185982972	rs3815619	T	C	3111.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=3.469;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.395;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=79;NR=19;PP=2046;ReadPosRankSum=-0.865;SC=CCAAACCCCGTCTTGCCCGCC;SOR=1.091;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=134;TCF=107;TCR=27;TR=98;WE=185982980;WS=185982962;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,125:0.70:179
chr3	185985706	rs145318120	CGT	C	111.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.530;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FS=2.276;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.75;ReadPosRankSum=0.039;SOR=0.423;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:132,16:0.11:148
chr3	185990096	rs2193587	C	T	6801.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-2.310;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=530;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=95;NR=86;PP=2954;ReadPosRankSum=0.164;SC=AGGAATGTTTCTGGACACACA;SOR=0.710;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=295;TCF=155;TCR=140;TR=181;WE=185990104;WS=185990086;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:191,332:0.63:523
chr3	185997532	.	G	A	1204.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.399;ClippingRankSum=0.000;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.106;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=9;PP=652;ReadPosRankSum=0.125;SC=GTCATGGCACGTCTGTTGGGC;SOR=0.903;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=53;TCF=40;TCR=13;TR=38;WE=185997540;WS=185997522;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,50:0.74:68
chr3	186006566	rs710443	T	C	18834.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=713;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=197;NR=188;PP=2965;SC=CCTTCAGGTATACCACTGGGG;SOR=0.727;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=386;TCF=197;TCR=189;TR=385;WE=186006574;WS=186006556;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,710:1.00:710
chr3	186006618	rs1004588	G	C	7365.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=3.049;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=508;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.847;HP=5;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=88;NR=130;PP=2962;ReadPosRankSum=-2.964;SC=TTCCAGGGGGGTCGCAGCCAC;SOR=0.832;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=341;TCF=142;TCR=199;TR=218;WE=186006626;WS=186006608;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:176,327:0.65:503
chr3	186015283	rs3819860	A	G	924.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.889;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.585;HP=7;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=20;PP=526;ReadPosRankSum=-0.837;SC=CTGAGGAAAAAAAAGAAGATT;SOR=0.610;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=123;TCF=60;TCR=63;TR=41;WE=186015291;WS=186015273;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:136,56:0.29:192
chr3	186015303	rs3819859	A	G	745.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.837;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.304;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=18;PP=1018;ReadPosRankSum=0.431;SC=TTAAAGACCAACCCAGGCCCT;SOR=0.562;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=109;TCF=48;TCR=61;TR=34;WE=186015323;WS=186015293;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:143,49:0.26:192
chr3	186015315	rs3819858	T	C	705.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.190;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.624;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=16;PP=1018;ReadPosRankSum=0.945;SC=CCAGGCCCTCTAGCTTCTTGG;SOR=0.618;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=105;TCF=46;TCR=59;TR=30;WE=186015323;WS=186015293;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:138,47:0.25:185
chr3	186015438	rs3819857	C	T	180.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-2.627;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=7;PP=84;ReadPosRankSum=0.631;SC=GCTGTGTCTCCCCCATTATAG;SOR=0.483;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=32;TCF=7;TCR=25;TR=9;WE=186015446;WS=186015428;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,11:0.31:36
chr3	186276393	rs9854418	C	T	1200.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=2.353;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.890;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=26;PP=666;ReadPosRankSum=-0.488;SC=GATGAATAGACGTTTTAAAAC;SOR=1.086;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=60;TCF=24;TCR=36;TR=41;WE=186276401;WS=186276383;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,55:0.61:90
chr3	186287777	rs2889755	T	C	806.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.522;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=9;PP=441;ReadPosRankSum=0.276;SC=ATACGCCCGATGATTTACCGA;SOR=0.551;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=54;TCF=39;TCR=15;TR=33;WE=186287785;WS=186287767;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,35:0.61:57
chr3	186288565	rs3806714	A	G	1707.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=3.763;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.470;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=6;PP=1287;ReadPosRankSum=-2.183;SC=CTGCGGACCAAGGAGACCCCC;SOR=0.411;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=90;TCF=79;TCR=11;TR=57;WE=186288586;WS=186288555;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,63:0.67:94
chr3	186293820	rs2280390	T	G	2817.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.244;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.577;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=67;PP=1608;ReadPosRankSum=-0.383;SC=CAGAAACTTTTGATGAACAGT;SOR=0.646;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=147;TCF=40;TCR=107;TR=94;WE=186293828;WS=186293810;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,122:0.63:195
chr3	186295417	rs11386781	A	AT	807.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.200;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FS=1.927;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.41;ReadPosRankSum=0.140;SOR=0.983;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,55:0.57:96
chr3	186302391	rs140269415	A	AGTGTGTGTGTGT,ATTGTGTGTGTGTGT	5018.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=25;NF=3,3;NR=90,90;PP=1212,1208;SC=ATGGCATATTAGTGTGTGTGT;SOR=2.437;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=125;TCF=4;TCR=121;TR=93,93;WE=186302399;WS=186302381;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.31,0.69:163
chr3	186358366	rs1047115	A	C	3708.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.130;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=773;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.568;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=81;PP=1678;ReadPosRankSum=1.863;SC=GCAATGACTCAGATGTGCTGG;SOR=0.777;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=480;TCF=228;TCR=252;TR=146;WE=186358374;WS=186358356;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:529,228:0.30:757
chr3	186386664	rs5855108	T	TA	1027.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-0.404;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=0;PP=621;ReadPosRankSum=-0.272;SC=CTTTAATACATAAAAAAAAAC;SOR=4.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=55;TCF=53;TCR=2;TR=44;WE=186386672;WS=186386654;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,48:0.98:49
chr3	186388028	rs2555515	T	C	129.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=1.892;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5130;FS=2.632;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=4;PP=70;ReadPosRankSum=-1.097;SC=CTGGTACTGGTACACCTTCTT;SOR=1.802;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=4;WE=186388036;WS=186388018;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,6:0.55:11
chr3	186393073	rs370566711	GGT	G	471.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.668;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FS=6.688;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.46;ReadPosRankSum=-0.647;SOR=0.189;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:44,29:0.40:73
chr3	186393093	.	T	TGA	303.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=0.049;ClippingRankSum=0.000;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.161;HP=2;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=62;PP=1149;ReadPosRankSum=2.754;SC=TGTGTGTGTGTGTGTGAGAGA;SOR=1.588;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=88;TCF=4;TCR=84;TR=65;WE=186393106;WS=186393083;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,23:0.26:88
chr3	186393095	rs2378122	T	A	1340.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.148;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FS=1.111;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.76;ReadPosRankSum=1.564;SOR=0.936;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,42:0.52:80
chr3	186393095	.	TGT	AGA	1581	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;FR=1.0000;HP=2;HapScore=1;MGOF=22;MMLQ=28;MQ=59.52;NF=5;NR=31;PP=1581;QD=45.4018854128;SC=TGTGTGTGTGTGTGAGAGAGA;SbPval=0.95;Source=Platypus;TC=106;TCF=28;TCR=78;TR=36;WE=186393106;WS=186393083;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:70,36:0.34:106
chr3	186393097	rs7428891	T	A	2320.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.831;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FS=1.420;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=28.30;ReadPosRankSum=0.438;SOR=0.483;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,70:0.85:82
chr3	186395180	rs7629680	T	C	41116.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=1561;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=546;NR=459;PP=2965;SC=AGCATCCCCATGGACACCATC;SOR=0.860;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=1010;TCF=546;TCR=464;TR=1005;WE=186395188;WS=186395170;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,1550:1.00:1550
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chr3	186509258	.	C	CA	324.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.890;ClippingRankSum=0.000;DP=126;ExcessHet=3.0103;FS=13.093;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.95;MQRankSum=-1.439;QD=2.90;ReadPosRankSum=-1.444;SOR=0.105;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:78,34:0.30:112
chr3	186509517	rs187868	G	A	12125.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.078;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=912;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=149;NR=179;PP=2962;ReadPosRankSum=0.807;SC=CTCTTACCCCGGCAATGTCTG;SOR=0.681;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=514;TCF=236;TCR=278;TR=328;WE=186509525;WS=186509507;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:329,560:0.63:889
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chr3	186519141	rs1656941	A	C	1516.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.978;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=29.17;ReadPosRankSum=0.546;SOR=2.215;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,39:0.75:52
chr3	186522293	rs113205972	TA	T	227.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.941;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FS=2.427;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.08;MQRankSum=1.683;QD=1.75;ReadPosRankSum=0.329;SOR=1.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:89,41:0.32:130
chr3	186522633	rs710450	A	C	570.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=1.539;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=18;PP=469;ReadPosRankSum=2.201;SC=CCCGAAAATAAACTTAGCCTT;SOR=0.749;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=37;TCF=7;TCR=30;TR=23;WE=186522641;WS=186522623;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,23:0.56:41
chr3	186571123	rs1501299	G	T	738.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.981;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.730;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=17;PP=354;ReadPosRankSum=0.112;SC=CTATATGAAGGCATTCATTAT;SOR=0.571;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=71;TCF=22;TCR=49;TR=27;WE=186571131;WS=186571113;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,42:0.34:122
chr3	186917751	rs6764714	C	G	15427.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=598;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=217;NR=196;PP=2965;SC=GTCGCAGGACCAGACGGGCTC;SOR=0.774;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=413;TCF=217;TCR=196;TR=413;WE=186917759;WS=186917741;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,591:1.00:591
chr3	186947410	rs850318	C	T	1423.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=31;NR=13;PP=896;SC=TCCAGTCTAGCCGAGAACTCT;SOR=1.791;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=44;TCF=31;TCR=13;TR=44;WE=186947418;WS=186947400;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr3	186953808	rs850312	C	T	4955.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-4.209;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=927;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=101;NR=101;PP=2391;ReadPosRankSum=-0.607;SC=TGACATACTGCAGGACATCTG;SOR=0.691;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=640;TCF=316;TCR=324;TR=202;WE=186953816;WS=186953798;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:621,291:0.32:912
chr3	186954285	rs710452	A	G	29639.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=1124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=321;NR=353;PP=2965;SC=GGAAGAGGCCAGGCTCAGCAT;SOR=0.758;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=677;TCF=321;TCR=356;TR=674;WE=186954293;WS=186954275;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,1119:1.00:1119
chr3	186954324	rs3774268	G	A	12978.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-3.473;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=948;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.546;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=155;NR=213;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.398;SC=TCTTGACCAGGCTTGGCAGGG;SOR=0.605;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=585;TCF=243;TCR=342;TR=368;WE=186954332;WS=186954314;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:343,600:0.64:943
chr3	186961478	rs710460	A	G	1130.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=27;PP=772;SC=TGATGGATCTATCTCATGCAG;SOR=3.145;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=30;TCF=2;TCR=28;TR=29;WE=186961486;WS=186961468;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr3	186965268	rs3774275	A	G	1141.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-1.699;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=31;PP=666;ReadPosRankSum=-1.081;SC=CAAGCAAAGCAGAAACAGTTT;SOR=0.753;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=74;TCF=21;TCR=53;TR=42;WE=186965276;WS=186965258;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,51:0.61:84
chr3	186969371	rs3214401	C	CG	1721.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.284;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=13;PP=1201;ReadPosRankSum=0.784;SC=GGGCAGGTTTCGAGAGTTTCT;SOR=0.702;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=50;TCF=29;TCR=21;TR=31;WE=186969379;WS=186969361;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,55:0.63:87
chr3	186969634	rs698092	A	G	869.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.627;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.437;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=23;PP=578;ReadPosRankSum=-0.028;SC=ATGAAGGTGAATAAAACATGG;SOR=0.361;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=53;TCF=19;TCR=34;TR=38;WE=186969642;WS=186969624;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,39:0.66:59
chr3	187003495	rs698105	A	G	864.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=27;NR=2;PP=601;SC=AATTCATACCATTGTGATGTT;SOR=3.611;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=29;TCF=27;TCR=2;TR=29;WE=187003503;WS=187003485;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr3	187086081	rs5855133	TCAGA	T	852.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.293;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=5;PP=721;ReadPosRankSum=0.043;SC=TTCTGTGTACTCAGACAGTCT;SOR=0.765;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=54;TCF=40;TCR=14;TR=17;WE=187086092;WS=187086071;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,25:0.32:78
chr3	187088612	rs33927333	C	T	6040.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=2.527;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=410;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.552;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=101;NR=82;PP=2962;ReadPosRankSum=2.169;SC=GTTGGGCTTCCGCCCAAGTGC;SOR=0.619;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=269;TCF=152;TCR=117;TR=183;WE=187088620;WS=187088602;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:140,266:0.66:406
chr3	187088812	rs3821812	C	T	2430.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.536;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=354;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.843;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=48;PP=1380;ReadPosRankSum=0.751;SC=GGAAATGGCACGAGGAAGTCT;SOR=0.629;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=249;TCF=129;TCR=120;TR=99;WE=187088820;WS=187088802;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:219,127:0.37:346
chr3	187088903	rs1533595	C	A	3126.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.533;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=405;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.475;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=60;PP=1641;ReadPosRankSum=-1.114;SC=CTTTGGGCATCTGTGGACAGG;SOR=0.631;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=282;TCF=145;TCR=137;TR=117;WE=187088911;WS=187088893;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:237,164:0.41:401
chr3	187088926	rs1533594	G	A	3026.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.957;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=437;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.790;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=58;PP=1474;ReadPosRankSum=1.774;SC=TTAAAAAGCTGCATGACAAAG;SOR=0.709;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=282;TCF=141;TCR=141;TR=111;WE=187088934;WS=187088916;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:269,164:0.38:433
chr3	187089031	rs1003995	C	A	1811.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.124;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=345;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.958;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=45;PP=1083;ReadPosRankSum=1.236;SC=AACCAGTCAGCTGAGGCAAAA;SOR=0.579;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=222;TCF=91;TCR=131;TR=81;WE=187089039;WS=187089021;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:229,106:0.32:335
chr3	187416253	rs1523468	C	T	599.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=0.848;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=6;PP=362;ReadPosRankSum=1.838;SC=ACTCTCAAGCCCATGTGCCCT;SOR=0.658;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=82;TCF=62;TCR=20;TR=25;WE=187416261;WS=187416243;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,33:0.31:106
chr3	187416634	rs1973791	C	A	1997.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.903;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=274;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.240;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=2.493;NF=32;NR=48;PP=1230;ReadPosRankSum=-1.285;SC=TGTTCTCCTCCAGCATGCTGG;SOR=0.963;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=219;TCF=100;TCR=119;TR=80;WE=187416642;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:169,100:0.37:269
chr3	187416666	rs11927120	C	T	3952.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.405;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=249;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.682;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-2.099;NF=78;NR=57;PP=2553;ReadPosRankSum=0.987;SC=CGCGCCGTGCCGCACTCATAG;SOR=0.846;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=211;TCF=112;TCR=99;TR=135;WE=187416674;WS=187416656;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,160:0.66:244
chr3	187416719	rs11707167	T	C	1962.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.492;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=396;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.407;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.874;NF=43;NR=34;PP=903;ReadPosRankSum=0.435;SC=GCCCGCCCGCTGGGCGCGGTC;SOR=0.740;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=254;TCF=140;TCR=114;TR=77;WE=187416727;WS=187416709;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:265,114:0.30:379
chr3	187419661	rs113681515	G	GCCTGCC	6391.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=50;NR=23;PP=2906;SC=ACCAGAATAAGCCCGCGACTG;SOR=2.081;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=82;TCF=57;TCR=25;TR=73;WE=187419669;WS=187419651;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,133:1.00:133
chr3	187419816	rs61754877	T	C	6146.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.246;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=469;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=82;NR=101;PP=2962;ReadPosRankSum=1.806;SC=GGGCTTGAGGTTGGGGTCTAT;SOR=0.676;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=296;TCF=130;TCR=166;TR=183;WE=187419824;WS=187419806;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:185,277:0.60:462
chr3	187420445	rs4389470	C	T	4743.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=34;NR=95;PP=2723;SC=TAGCACAAACCGCTTGACCTG;SOR=1.709;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=129;TCF=34;TCR=95;TR=129;WE=187420453;WS=187420435;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,170:1.00:170
chr3	187440506	rs1005099	C	A	624.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.577;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=17;PP=295;ReadPosRankSum=-1.355;SC=TCTTGCCTCTCCAAGGCCAGG;SOR=0.731;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=65;TCF=21;TCR=44;TR=26;WE=187440514;WS=187440496;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,35:0.37:95
chr3	187443213	rs9755700	T	C	1116.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.944;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.988;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=2.906;NF=26;NR=7;PP=2455;ReadPosRankSum=-1.371;SC=CTCCTCCGCTTGCCTGCCCAC;SOR=1.004;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=61;TCF=46;TCR=15;TR=33;WE=187443249;WS=187443208;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,48:0.60:80
chr3	187443225	.	CCTCCGCTCGCCTGCCCG	C	2966	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;FR=0.5000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MMLQ=17;MQ=60.26;NF=13;NR=6;PP=2966;QD=20;SC=CCTGCCCACTCCTCCGCTCGC;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=52;TCF=33;TCR=19;TR=19;WE=187443249;WS=187443208;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:33,19:0.37:52
chr3	187443249	.	TCGCC	T	2680.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=1.484;ClippingRankSum=0.000;DP=130;ExcessHet=3.0103;FS=6.240;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.91;MQRankSum=2.772;QD=20.94;ReadPosRankSum=0.466;SOR=1.286;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:50,78:0.61:128
chr3	187443254	.	TGCCCGCTCCGCTC	T	2675.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=1.402;ClippingRankSum=0.000;DP=141;ExcessHet=3.0103;FS=4.633;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.84;MQRankSum=2.913;QD=19.53;ReadPosRankSum=1.301;SOR=1.185;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:57,80:0.58:137
chr3	187443267	.	C	T	1251	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=39;MMLQ=24;MQ=60.3;NF=47;NR=12;PP=1251;QD=21.7927324161;SC=CCGCTCCGCTCGCCTGCCCAC;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=105;TCF=79;TCR=26;TR=59;WE=187443275;WS=187443257;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:46,59:0.56:105
chr3	187447032	rs1056932	G	A	3012.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.083;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=512;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.552;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=47;PP=1483;ReadPosRankSum=-1.799;SC=TGGCATTCTGGTTGAGGCTGT;SOR=0.763;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=318;TCF=180;TCR=138;TR=111;WE=187447040;WS=187447022;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:331,173:0.34:504
chr3	187447837	rs73184659	C	T	1205.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.147;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=282;ExcessHet=3.0103;FS=2.294;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.34;ReadPosRankSum=-1.994;SOR=0.862;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:201,77:0.28:278
chr3	187447926	rs1491997	C	T	314.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.693;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FS=0.975;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.35;ReadPosRankSum=0.495;SOR=0.512;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:71,23:0.24:94
chr3	187450128	rs4417855	C	T	1816.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.652;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.974;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=9;PP=1116;ReadPosRankSum=0.328;SC=ATTGCATTTACACTTATTTTT;SOR=0.548;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=81;TCF=70;TCR=11;TR=58;WE=187450136;WS=187450118;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,75:0.71:105
chr3	187451609	rs1880101	A	G	6064.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=56;NR=105;PP=2965;SC=GGTCCCTTGTATTTGATCTTT;SOR=1.251;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=161;TCF=56;TCR=105;TR=161;WE=187451617;WS=187451599;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,225:1.00:225
chr3	187451701	rs1880100	T	C	635.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.915;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.72;ReadPosRankSum=1.659;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,19:0.38:50
chr3	187451709	rs1880099	C	T	598.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.082;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.02;ReadPosRankSum=3.213;SOR=0.593;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,17:0.37:46
chr3	187896912	rs13096262	G	A	751.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-2.815;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=36;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-2.891;NF=27;NR=7;PP=553;ReadPosRankSum=-0.453;SC=GAGGTTTTGAGAGCATTGATA;SOR=0.581;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=77;TCF=64;TCR=13;TR=34;WE=187896920;WS=187896904;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,36:0.41:88
chr3	187897059	rs13096615	G	A	3989.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.544;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=672;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=86;NR=63;PP=1997;ReadPosRankSum=-1.747;SC=CCCTGTCTTCGCAGCGGAGCT;SOR=0.715;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=429;TCF=245;TCR=184;TR=149;WE=187897067;WS=187897049;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:445,223:0.33:668
chr3	187897283	rs13096994	G	A	3262.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.690;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=509;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.551;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=69;PP=1589;ReadPosRankSum=0.411;SC=TCTGCGACACGCTTGTTTGCC;SOR=0.633;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=342;TCF=137;TCR=205;TR=117;WE=187897291;WS=187897273;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:326,178:0.35:504
chr3	188202550	rs2067078	A	T	5363.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=25;NR=99;PP=2714;SC=TCATGTTTATAAGCCATCCTA;SOR=2.423;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=124;TCF=25;TCR=99;TR=124;WE=188202558;WS=188202540;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,141:1.00:141
chr3	188202582	rs1559814	G	T	3754.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=64;PP=1820;SC=AATTTCATGAGTGTTTCTGTG;SOR=3.206;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=73;TCF=9;TCR=64;TR=73;WE=188202590;WS=188202572;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr3	188242669	rs200398269	TTCCTTCCTTCCGTCCG	T	1033.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.555;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FS=1.345;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.96;MQRankSum=-0.669;QD=25.21;ReadPosRankSum=-0.759;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,27:0.66:41
chr3	188242673	.	TTCCTTCCGTCCG	T	367.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.688;ClippingRankSum=0.000;DP=154;ExcessHet=3.0103;FS=1.399;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.96;MQRankSum=0.709;QD=9.19;ReadPosRankSum=1.437;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,12:0.30:40
chr3	188242697	rs369579197	T	G	359.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.517;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FS=1.395;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.91;MQRankSum=0.872;QD=7.65;ReadPosRankSum=2.040;SOR=1.042;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,12:0.26:47
chr3	188242701	rs138209867	T	G	1969.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.751;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FS=4.960;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.90;MQRankSum=-0.105;QD=41.91;ReadPosRankSum=1.228;SOR=1.627;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,46:0.98:47
chr3	188242705	rs144299808	T	G	1300.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.090;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.89;MQRankSum=-0.871;QD=26.55;ReadPosRankSum=-0.928;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,35:0.71:49
chr3	188326926	rs148971918	C	CT	1291.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.441;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=258;ExcessHet=3.0103;FS=2.509;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.04;MQRankSum=1.466;QD=5.13;ReadPosRankSum=-0.422;SOR=0.508;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:170,82:0.33:252
chr3	188327461	rs1059380	C	T	4777.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.483;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=336;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.187;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=82;PP=2538;ReadPosRankSum=-0.255;SC=ATGACTCTGACCCTACCTATG;SOR=0.908;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=228;TCF=105;TCR=123;TR=142;WE=188327469;WS=188327451;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:120,211:0.64:331
chr3	188464248	rs3830584	G	GT	9318.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=1.118;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=258;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.133;NF=93;NR=64;PP=2969;ReadPosRankSum=0.801;SC=TGTATTTGTTGTAACTATCTC;SOR=1.563;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=162;TCF=98;TCR=64;TR=157;WE=188464256;WS=188464238;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,254:0.99:256
chr3	188478197	rs3841956	G	GGTGTGT	912.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.220;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FS=18.583;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.83;ReadPosRankSum=0.451;SOR=4.275;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,34:0.52:66
chr3	188478235	rs9844854	T	C	742.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-3.758;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.699;HP=1;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=28;PP=469;ReadPosRankSum=1.181;SC=CGTGCGCGCATGTAAATTAGC;SOR=1.581;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=48;TCF=1;TCR=47;TR=28;WE=188478243;WS=188478225;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,35:0.59:59
chr3	188590358	rs4687001	C	T	9699.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=363;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=153;NR=86;PP=2965;SC=GTTTCCACCTCTTCCTTTTAC;SOR=1.128;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=241;TCF=155;TCR=86;TR=239;WE=188590366;WS=188590348;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,360:1.00:360
chr3	188590446	rs1136644	A	G	14395.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=541;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.76;SOR=0.701;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,538:1.00:538
chr3	188937307	.	GAA	G	328.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.515;ClippingRankSum=0.000;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=1.550;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.16;MQRankSum=1.246;QD=5.14;ReadPosRankSum=-0.978;SOR=0.356;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:44,20:0.31:64
chr3	189028090	rs71308955	T	C	1007.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-1.212;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=14;PP=582;ReadPosRankSum=-1.093;SC=GGAGTTAATATGAAGGCTGAC;SOR=0.600;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=64;TCF=42;TCR=22;TR=40;WE=189028098;WS=189028080;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,48:0.65:74
chr3	189028117	rs11425320	A	AT	952.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.765;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.19;MQRankSum=1.281;QD=8.58;ReadPosRankSum=0.202;SOR=0.751;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:46,65:0.59:111
chr3	189028413	rs202013476	CAAAATAAAAT	C	248.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.431;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=24.87;ReadPosRankSum=-1.440;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,7:0.70:10
chr3	189033292	rs6773831	C	G	6270.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.645;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=484;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=107;NR=72;PP=2845;ReadPosRankSum=-0.097;SC=TATGCAGAGACTACTGCTGGG;SOR=0.745;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=315;TCF=185;TCR=130;TR=179;WE=189033300;WS=189033282;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:190,285:0.60:475
chr3	189507490	rs77388546	C	T	2413.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.700;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FS=1.265;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.09;ReadPosRankSum=1.189;SOR=0.479;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:53,97:0.65:150
chr3	189547652	rs1515491	A	G	132.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=0.939;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=1;PP=86;ReadPosRankSum=0.601;SC=CCAGACCAATATAACCTTAAT;SOR=0.307;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=9;TCF=8;TCR=1;TR=6;WE=189547660;WS=189547642;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,6:0.60:10
chr3	189547697	rs73199745	A	G	297.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.122;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.882;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=3;PP=176;ReadPosRankSum=1.330;SC=TTTCTGCAGTAAATTTGTATT;SOR=0.229;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=24;TCF=19;TCR=5;TR=12;WE=189547705;WS=189547687;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,14:0.50:28
chr3	189582241	rs17514215	T	G	1621.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=3.774;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=53;PP=1306;ReadPosRankSum=0.430;SC=CTGTTCAACCTCCTTGAAGGT;SOR=1.179;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=78;TCF=6;TCR=72;TR=58;WE=189582249;WS=189582231;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,58:0.75:77
chr3	189584563	rs33979049	C	T	3479.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.272;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=607;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.182;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=77;NR=57;PP=1710;ReadPosRankSum=-1.704;SC=ACAGAGTGTGCTGGTACCTTA;SOR=0.825;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=385;TCF=213;TCR=172;TR=134;WE=189584571;WS=189584553;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:397,199:0.33:596
chr3	189587274	rs6790167	A	G	2687.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-0.710;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=77;PP=1806;ReadPosRankSum=-1.202;SC=TCATCATCTCATTATCTGTGA;SOR=0.749;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=153;TCF=30;TCR=123;TR=96;WE=189587282;WS=189587264;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,111:0.64:174
chr3	189590824	rs9840359	G	C	2033.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-2.983;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.644;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=46;PP=981;ReadPosRankSum=-0.441;SC=GCATGAGTGAGGGTGACTTTA;SOR=0.631;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=112;TCF=33;TCR=79;TR=64;WE=189590832;WS=189590814;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,97:0.63:154
chr3	189604149	rs1554131	T	G	12628.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.979;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=496;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=211;NR=114;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.034;SC=TCAGTGTCCCTTGCTCACCAT;SOR=1.198;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=328;TCF=213;TCR=115;TR=325;WE=189604168;WS=189604139;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,487:0.99:491
chr3	189604160	rs1345186	T	C	14903.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.814;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=555;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=229;NR=132;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.924;SC=TGCTCACCATTATTTCCATGT;SOR=1.123;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=364;TCF=231;TCR=133;TR=361;WE=189604168;WS=189604139;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,547:1.00:549
chr3	189688569	rs3732920	C	A	311.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=2.213;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=5;PP=200;ReadPosRankSum=0.283;SC=TGAGCTAAAACATACTAAATA;SOR=0.732;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=26;TCF=16;TCR=10;TR=13;WE=189688577;WS=189688559;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,15:0.47:32
chr3	189689904	rs710543	A	G	2730.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=27;NR=47;PP=1345;SC=GCAAATGGGCAGAGGCAGACA;SOR=1.115;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=74;TCF=27;TCR=47;TR=74;WE=189689912;WS=189689894;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr3	189690861	rs710545	T	A	2184.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=62;PP=1727;SC=TCATTGGAGGTCGTAAGAAAA;SOR=2.630;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=75;TCF=13;TCR=62;TR=75;WE=189690869;WS=189690851;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr3	189702200	rs710558	T	C	471.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=2.509;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.300;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.216;NF=17;NR=4;PP=362;ReadPosRankSum=-0.026;SC=GACCTGGATGTAGAGCTCCTA;SOR=0.943;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=48;TCF=38;TCR=10;TR=21;WE=189702208;WS=189702190;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,21:0.42:50
chr3	189702395	rs11311050	TA	T	810.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.036;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.44;ReadPosRankSum=-0.158;SOR=0.744;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:86,63:0.42:149
chr3	189705268	rs11354217	TA	T	272.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.178;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.18;MQRankSum=2.032;QD=2.48;ReadPosRankSum=-1.055;SOR=0.752;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:67,43:0.39:110
chr3	189705542	rs3114672	A	G	884.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=0.397;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.805;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=38;PP=737;ReadPosRankSum=1.310;SC=CGTGTCTACAAAGGTCAGCAT;SOR=0.770;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=136;TCF=27;TCR=109;TR=46;WE=189705550;WS=189705532;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:100,45:0.31:145
chr3	189712010	rs1719600	G	A	2025.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.042;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=460;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.02;MQRankSum=1.602;QD=4.42;ReadPosRankSum=0.711;SOR=0.679;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:329,129:0.28:458
chr3	189712089	rs1719599	GG	AA	1805.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.715;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FS=1.985;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.05;MQRankSum=1.642;QD=8.81;ReadPosRankSum=0.838;SOR=0.854;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:149,56:0.27:205
chr3	189712094	rs139834656	A	AAAAC	968.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.505;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FS=0.942;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.06;MQRankSum=1.554;QD=9.99;ReadPosRankSum=0.607;SOR=0.843;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:68,29:0.30:97
chr3	189713345	rs10645374	G	GT	80.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.193;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.88;ReadPosRankSum=-0.993;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,10:0.36:28
chr3	189837993	rs710596	G	A	1368.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.043;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=17;PP=646;ReadPosRankSum=-0.122;SC=TCAAGAGAGCGTGTGAGAGCC;SOR=0.725;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=73;TCF=45;TCR=28;TR=45;WE=189838001;WS=189837983;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,64:0.65:98
chr3	190026383	rs12629166	C	T	934.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=25;PP=662;SC=TCTGAACATACACGCCAAAGA;SOR=3.545;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=26;TCF=1;TCR=25;TR=26;WE=190026391;WS=190026373;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr3	190030680	rs9869263	A	G	8664.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=336;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=133;NR=86;PP=2965;SC=GAAATATCGCACCCCCAATGA;SOR=1.022;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=219;TCF=133;TCR=86;TR=219;WE=190030688;WS=190030670;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,334:1.00:334
chr3	190106071	rs368234054	AG	A	13967.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.374;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=540;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.547;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=132;PP=2948;ReadPosRankSum=-0.085;SC=AAGTGGGGCCAGGGCTGGTGT;SOR=0.656;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=278;TCF=76;TCR=202;TR=179;WE=190106082;WS=190106061;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:182,345:0.65:527
chr3	190106074	rs3214506	G	C	13976.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.041;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=537;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.551;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=120;NR=133;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.257;SC=TGGGGCCAGGGCTGGTGTCTG;SOR=0.625;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=384;TCF=181;TCR=203;TR=253;WE=190106082;WS=190106061;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:181,349:0.66:530
chr3	190106242	rs1491994	T	C	3655.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.485;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=254;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.008;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=73;PP=1871;ReadPosRankSum=-0.468;SC=GGTAAGAAGATAGCAGCTTCT;SOR=0.908;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=168;TCF=51;TCR=117;TR=101;WE=190106250;WS=190106232;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:93,159:0.63:252
chr3	190106332	rs1491993	T	A	351.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=4.477;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.120;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=14;PP=290;ReadPosRankSum=0.850;SC=CTAAGGCTAATGATACCAAAA;SOR=2.599;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=31;TCF=2;TCR=29;TR=14;WE=190106340;WS=190106322;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,14:0.42:33
chr3	190157898	rs6767754	G	A	3501.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=92;NR=17;PP=2613;SC=ACTCTCCTCAGTGCAGGCCTT;SOR=3.056;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=109;TCF=92;TCR=17;TR=109;WE=190157906;WS=190157888;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr3	190165800	rs1346016	T	G	671.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=2.380;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.114;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=19;PP=491;ReadPosRankSum=-0.256;SC=GGTGGATTCTTAAGCTCAGCA;SOR=0.214;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=37;TCF=5;TCR=32;TR=23;WE=190165808;WS=190165790;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,26:0.63:41
chr3	190167647	rs113512055	T	A	1597.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.279;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=314;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=39;PP=703;ReadPosRankSum=0.026;SC=CTGTGTTTATTTCCTTCTTTC;SOR=0.698;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=194;TCF=71;TCR=123;TR=62;WE=190167655;WS=190167637;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:212,98:0.32:310
chr3	190333162	rs35429399	TG	T	7080.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.542;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.198;NF=12;NR=75;PP=2974;ReadPosRankSum=-1.384;SC=GTCCTTTTGTTGTTGCTTTTG;SOR=0.866;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=88;TCF=12;TCR=76;TR=87;WE=190333170;WS=190333152;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,211:0.99:213
chr3	190338039	rs11368884	C	CT,CTT	412.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.458;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=2.437;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.76;ReadPosRankSum=0.986;SOR=1.995;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:6,13,11:0.43,0.37:30
chr3	190341241	rs4687160	C	A	7290.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=275;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=57;NR=130;PP=2965;SC=CACTTAGATTCTCTTAATTAC;SOR=1.446;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=187;TCF=57;TCR=130;TR=187;WE=190341249;WS=190341231;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,267:1.00:267
chr3	190341292	rs4687161	C	T	2640.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=17;NR=64;PP=1777;SC=AGAAAATAGACGACTGTTGTA;SOR=2.486;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=81;TCF=17;TCR=64;TR=81;WE=190341300;WS=190341282;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr3	190345098	rs34908328	GT	G	2537.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.485;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FS=2.090;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.20;MQRankSum=1.242;QD=11.91;ReadPosRankSum=-0.721;SOR=0.521;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:67,146:0.69:213
chr3	190347391	rs7611887	C	T	2011.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.686;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.842;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=46;PP=1099;ReadPosRankSum=-1.173;SC=GCACCTAGCCCGACGGCATCT;SOR=0.452;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=93;TCF=24;TCR=69;TR=64;WE=190347399;WS=190347381;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,87:0.72:121
chr3	190576593	rs1393055	A	T	1849.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=2.581;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.399;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=11;PP=1408;ReadPosRankSum=0.524;SC=CTTTGGACACACCAGTCACTT;SOR=0.368;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=96;TCF=81;TCR=15;TR=65;WE=190576601;WS=190576583;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,71:0.69:103
chr3	190577535	rs9855583	A	G	2695.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.829;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.490;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=34;PP=1151;ReadPosRankSum=0.539;SC=CATACTAACCAGGTCTACTTT;SOR=0.695;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=127;TCF=66;TCR=61;TR=78;WE=190577543;WS=190577525;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,130:0.67:193
chr3	190577763	rs7640070	G	A	451.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.247;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=12;PP=268;ReadPosRankSum=-0.231;SC=ATTTAAGTGTGCTTTTAATAT;SOR=0.859;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=28;TCF=10;TCR=18;TR=19;WE=190577771;WS=190577753;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,22:0.59:37
chr3	190578566	rs13075089	A	G	1038.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.540;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FS=1.152;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.81;ReadPosRankSum=-2.930;SOR=0.602;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:152,64:0.30:216
chr3	190580150	rs10630111	A	AG	755.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=1.695;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=3.055;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.82;ReadPosRankSum=1.195;SOR=1.255;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,21:0.41:51
chr3	190580151	.	A	G	262	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=21;MMLQ=26;MQ=60.0;NF=15;NR=3;PP=262;QD=16.487289586;SC=TAATAACAGAAAGAGAGAGAG;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=48;TCF=38;TCR=10;TR=18;WE=190580159;WS=190580147;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:30,18:0.38:48
chr3	190580151	rs371567527	A	AGAG	611.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=1.131;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.99;ReadPosRankSum=3.170;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,21:0.41:51
chr3	190580209	.	AAG	A	175.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.150;ClippingRankSum=0.000;DP=164;ExcessHet=3.0103;FS=0.928;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.13;MQRankSum=3.632;QD=1.12;ReadPosRankSum=0.075;SOR=0.546;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:137,20:0.13:157
chr3	190936482	rs9290979	A	C	9748.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=2.716;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=365;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=180;NR=79;PP=2965;ReadPosRankSum=0.802;SC=GCATATGTACATACTTGGAGT;SOR=0.919;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=263;TCF=182;TCR=81;TR=259;WE=190936490;WS=190936472;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,356:0.99:359
chr3	190967718	rs34754526	TA	T	1100.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-2.512;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.753;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.007;NF=26;NR=7;PP=1241;ReadPosRankSum=-1.134;SC=CTATCATGTTTATTCCAACTC;SOR=0.242;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=43;TCF=36;TCR=7;TR=33;WE=190967726;WS=190967708;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,42:0.76:55
chr3	190980797	rs7644510	A	G	1964.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=47;PP=1262;SC=ATCACATTACAGCATTGTTAC;SOR=2.303;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=59;TCF=12;TCR=47;TR=59;WE=190980805;WS=190980787;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr3	190986110	rs10804933	C	T	298.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=11;NR=0;PP=272;SC=TTTTATTCCACAGCAATAGTT;SOR=4.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=11;TCR=0;TR=11;WE=190986118;WS=190986100;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr3	190986388	rs6794154	C	T	166.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=0;NR=6;PP=131;SC=TTAAGTTAATCACAATTAAAT;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=6;WE=190986396;WS=190986378;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
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chr3	190991439	rs9877400	T	C	6683.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=243;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=63;NR=118;PP=2965;SC=AGATTTAGATTACAACTGTTA;SOR=1.287;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=181;TCF=63;TCR=118;TR=181;WE=190991447;WS=190991429;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,239:1.00:239
chr3	190995847	rs3214008	T	C	2723.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=45;NR=29;PP=1453;SC=AGCTTGACTTTATGTTTAACT;SOR=1.022;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=74;TCF=45;TCR=29;TR=74;WE=190995855;WS=190995837;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr3	190999790	rs6444533	A	G	2220.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.175;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=14;PP=1652;ReadPosRankSum=0.580;SC=CATTATTTCAACAATGGCAGA;SOR=1.280;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=69;TCF=55;TCR=14;TR=68;WE=190999798;WS=190999780;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,74:0.99:75
chr3	190999872	rs6444534	G	A	8355.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.290;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=321;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=124;NR=74;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.855;SC=TGATATGCACGTACCTTGGGT;SOR=0.398;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=200;TCF=125;TCR=75;TR=198;WE=190999880;WS=190999862;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,317:1.00:318
chr3	190999917	rs6788319	C	A	10973.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-2.222;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=422;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=133;NR=110;PP=2965;ReadPosRankSum=1.410;SC=TTGTAAAAAACTCAACACGGA;SOR=0.283;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=244;TCF=134;TCR=110;TR=243;WE=190999925;WS=190999907;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,418:1.00:419
chr3	190999990	rs6444535	C	T	8252.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-1.324;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=312;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=73;NR=110;PP=2965;ReadPosRankSum=0.637;SC=TTAAAAAAAACCTTCTGGACT;SOR=0.347;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=184;TCF=73;TCR=111;TR=183;WE=190999998;WS=190999980;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,307:1.00:308
chr3	191047532	rs9847278	A	G	1797.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-1.825;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=295;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.935;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=28;PP=518;ReadPosRankSum=0.936;SC=CCGGAGGGAGAGCGCGCGGGA;SOR=0.627;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=172;TCF=74;TCR=98;TR=50;WE=191047540;WS=191047522;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:187,103:0.36:290
chr3	191074796	.	TA	T	55.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.928;ClippingRankSum=0.000;DP=133;ExcessHet=3.0103;FS=3.252;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.08;MQRankSum=2.149;QD=0.43;ReadPosRankSum=1.798;SOR=0.401;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:104,26:0.20:130
chr3	191074873	rs188384	C	G	1378.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.980;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=303;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=26;PP=672;ReadPosRankSum=-0.941;SC=TCCATCTACTCTAGTATGCCG;SOR=0.664;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=194;TCF=110;TCR=84;TR=59;WE=191074881;WS=191074863;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:212,87:0.29:299
chr3	191087551	rs697905	G	A	971.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-3.070;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.910;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=13;PP=647;ReadPosRankSum=-0.553;SC=CTGTTAAGCAGTCATCTGGCA;SOR=0.384;SbPval=0.26;Source=Platypus;TC=107;TCF=83;TCR=24;TR=46;WE=191087559;WS=191087541;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,48:0.39:124
chr3	191093434	rs293806	A	G	403.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-2.597;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.891;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=11;PP=155;ReadPosRankSum=0.858;SC=ACTACAAACCAATGAATTTAA;SOR=0.214;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=47;TCF=9;TCR=38;TR=15;WE=191093442;WS=191093424;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,24:0.35:69
chr3	191093468	rs79835547	TTC	T	476.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.960;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.496;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=7;PP=244;ReadPosRankSum=0.096;SC=CAACCTTTCTTTCTCTCTAGT;SOR=0.350;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=1;TCR=20;TR=7;WE=191093477;WS=191093458;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,15:0.42:36
chr3	191097908	rs293812	C	T	186.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.332;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.114;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.076;NF=18;NR=2;PP=261;ReadPosRankSum=1.044;SC=AAAACATCCTCGGTTGTTTTA;SOR=0.941;SbPval=0.96;Source=Platypus;TC=75;TCF=57;TCR=18;TR=20;WE=191097916;WS=191097898;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,16:0.20:79
chr3	191097928	rs34031057	G	GT	357.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.131;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FS=0.897;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.17;MQRankSum=1.569;QD=3.03;ReadPosRankSum=-0.457;SOR=0.894;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:77,41:0.35:118
chr3	191097966	rs293813	T	C	1139.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.718;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.718;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-0.673;NF=32;NR=24;PP=591;ReadPosRankSum=-0.746;SC=CCAAGAGTGATGAAAGAAGCT;SOR=0.568;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=167;TCF=99;TCR=68;TR=56;WE=191097974;WS=191097956;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:159,74:0.32:233
chr3	191098121	rs293814	C	T	1071.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-1.031;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.376;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=27;PP=575;ReadPosRankSum=-0.416;SC=TTTTGTGAATCTAGTCCATCT;SOR=0.574;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=115;TCF=34;TCR=81;TR=38;WE=191098129;WS=191098111;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:100,56:0.36:156
chr3	191098731	rs211043	G	A	1087.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=0.477;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=261;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.428;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=30;PP=529;ReadPosRankSum=-0.499;SC=GGTAGAGTGTGTTTTGTTTGT;SOR=0.897;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=133;TCF=49;TCR=84;TR=44;WE=191098739;WS=191098721;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:181,71:0.28:252
chr3	191100448	rs383529	G	T	246.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=5.251;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.832;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=0;PP=229;ReadPosRankSum=0.882;SC=ATAAACATACGTTAAACTTAA;SOR=2.694;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=42;TCF=37;TCR=5;TR=12;WE=191100456;WS=191100438;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,12:0.26:46
chr3	191100561	rs364519	C	A	2170.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.697;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=386;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.963;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=28;PP=951;ReadPosRankSum=0.130;SC=CAGCAAATTCCAAGTCAAAAG;SOR=0.864;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=263;TCF=158;TCR=105;TR=79;WE=191100569;WS=191100551;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:256,122:0.32:378
chr3	191107192	rs436393	A	G	3147.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-2.352;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=235;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.706;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=86;NR=23;PP=1778;ReadPosRankSum=1.468;SC=TTCATTTCACAAGAAAATGTT;SOR=0.954;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=177;TCF=135;TCR=42;TR=109;WE=191107200;WS=191107182;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,145:0.64:226
chr3	191179193	rs293833	A	G	6966.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.883;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=511;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=94;NR=127;PP=2962;ReadPosRankSum=1.471;SC=AAGATGAATCAAACGCATCTG;SOR=0.691;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=325;TCF=138;TCR=187;TR=221;WE=191179201;WS=191179183;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:177,318:0.64:495
chr3	191179303	rs176823	C	T	3012.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-3.018;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.461;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=59;PP=1482;ReadPosRankSum=-1.333;SC=CTTGGTTCTGCCTCCATTTTA;SOR=0.321;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=135;TCF=41;TCR=94;TR=90;WE=191179311;WS=191179293;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,135:0.71:189
chr3	191888452	rs34265167	GA	G	293.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.758;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=380;ExcessHet=3.0103;FS=2.823;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.98;ReadPosRankSum=1.424;SOR=0.960;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:231,68:0.23:299
chr3	192053274	rs4571187	G	A	628.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.530;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.084;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=25;PP=387;ReadPosRankSum=-0.814;SC=AAAAAGAAGGGCGGAAAGGAT;SOR=1.217;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=108;TCF=26;TCR=82;TR=30;WE=192053282;WS=192053264;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:107,38:0.26:145
chr3	192125768	rs2249551	A	G	3434.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.048;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=236;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.515;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=35;PP=1754;ReadPosRankSum=0.714;SC=GGAGGGAGAAAGAGGGCGTCC;SOR=0.761;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=157;TCF=100;TCR=57;TR=100;WE=192125776;WS=192125758;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,151:0.65:231
chr3	192635348	rs9819230	C	G	1725.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=36;NR=11;PP=1017;SC=CGAGAAGCGGCAATGGGTTTT;SOR=1.609;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=36;TCR=11;TR=47;WE=192635356;WS=192635338;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
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chr3	192994757	rs11927848	A	G	487.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=13;PP=338;SC=TTTACAGATAATACAACTGAA;SOR=2.303;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=16;TCF=3;TCR=13;TR=16;WE=192994765;WS=192994747;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr3	193007560	rs12152269	G	A	970.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=27;NR=4;PP=841;SC=GTTTTGCAGCGACACAATTTG;SOR=2.833;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=27;TCR=4;TR=31;WE=193007568;WS=193007550;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr3	193016895	rs1878716	T	C	2109.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=35;NR=21;PP=1033;SC=AAAAACAATATAGTTTTCTTT;SOR=1.193;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=56;TCF=35;TCR=21;TR=56;WE=193016903;WS=193016885;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
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chr3	193023255	rs10937578	C	T	429.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.569;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=4;PP=263;ReadPosRankSum=0.208;SC=TCTGTTGCAGCATTTATCACT;SOR=0.824;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=60;TCF=48;TCR=12;TR=21;WE=193023263;WS=193023245;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,21:0.32:65
chr3	193023585	rs5855481	TA	T	1844.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.058;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.902;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=33;PP=1246;ReadPosRankSum=1.874;SC=GGTCTCTGTTTAATGCTGTCC;SOR=0.483;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=56;TCF=2;TCR=54;TR=34;WE=193023593;WS=193023575;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,62:0.65:96
chr3	193024928	rs10804952	C	T	79.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.791;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=2.128;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.99;ReadPosRankSum=-0.669;SOR=0.269;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,6:0.30:20
chr3	193031875	rs78188075	C	T	1913.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.669;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.623;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=22;PP=1025;ReadPosRankSum=-0.644;SC=GTCACAGAGGCAGGAACAAAT;SOR=0.789;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=121;TCF=81;TCR=40;TR=68;WE=193031883;WS=193031865;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,88:0.57:155
chr3	193031926	rs2280268	C	T	8701.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=327;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=131;NR=87;PP=2965;SC=ACTTGGCTGCCTGGAGGGATC;SOR=1.010;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=221;TCF=133;TCR=88;TR=218;WE=193031934;WS=193031916;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,323:1.00:323
chr3	193036794	rs6788770	G	C	4754.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=71;NR=49;PP=2438;SC=CTAAGTGCTCGACTTCTGAAA;SOR=1.005;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=120;TCF=71;TCR=49;TR=120;WE=193036802;WS=193036784;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,174:1.00:174
chr3	193042776	rs11926955	T	C	9056.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.579;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=365;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=104;NR=119;PP=2965;ReadPosRankSum=1.647;SC=CAGCCTGGCCTGAGGCAAAGC;SOR=0.768;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=223;TCF=104;TCR=119;TR=223;WE=193042784;WS=193042766;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,357:0.99:359
chr3	193042964	rs11715170	G	A	99.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.211;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.93;ReadPosRankSum=-1.140;SOR=0.627;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,8:0.24:34
chr3	193044923	rs1387700	T	C	2617.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=0.889;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=8.399;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=67;PP=2015;ReadPosRankSum=-0.617;SC=AAAACCCAAGTTTCTAAGATA;SOR=3.590;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=77;TCF=10;TCR=67;TR=76;WE=193044931;WS=193044913;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,82:0.99:83
chr3	193062906	rs6444706	G	A	6022.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=36;NR=136;PP=2965;SC=GATAGTTCATGTTCTGAAAAC;SOR=2.291;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=172;TCF=36;TCR=136;TR=172;WE=193062914;WS=193062896;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,209:1.00:209
chr3	193069125	rs55658952	G	C	3510.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=16;NR=82;PP=2537;SC=AATTCACTTAGATCTCTATTG;SOR=2.854;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=98;TCF=16;TCR=82;TR=98;WE=193069133;WS=193069115;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr3	193080344	rs12636830	C	T	16186.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=626;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=155;NR=204;PP=2965;SC=GGTGACAAAACATTGTACTTA;SOR=0.881;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=362;TCF=157;TCR=205;TR=359;WE=193080352;WS=193080334;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,613:1.00:613
chr3	193081122	rs12637558	G	T	8643.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=330;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=85;NR=130;PP=2965;SC=CTTCAGTGTGGATAAGTAGAG;SOR=1.015;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=216;TCF=85;TCR=131;TR=215;WE=193081130;WS=193081112;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,326:1.00:326
chr3	193081830	rs923496	A	G	3616.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=84;NR=19;PP=2485;SC=CCACAGAGTTATGCCACAGAG;SOR=2.574;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=103;TCF=84;TCR=19;TR=103;WE=193081838;WS=193081820;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr3	193081864	rs923495	G	A	1459.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.044;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.951;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=11;PP=2412;ReadPosRankSum=-0.475;SC=CACGATCATGGCTTTCAAAAT;SOR=0.938;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=159;TCF=122;TCR=37;TR=57;WE=193081874;WS=193081854;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:124,70:0.36:194
chr3	193081866	rs4386441	T	A	3067.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-5.358;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.814;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=77;NR=29;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.613;SC=CGATCATGGCTTTCAAAATAG;SOR=0.415;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=164;TCF=123;TCR=41;TR=106;WE=193081874;WS=193081854;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,132:0.65:203
chr3	193090101	rs57458521	A	AGG	3363.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=64.21;QD=40.04;SOR=1.075;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr3	193090255	rs2171848	C	T	7327.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.06;QD=42.60;SOR=1.450;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,172:1.00:172
chr3	193090260	rs6444712	T	C	7085.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.07;QD=46.01;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,154:1.00:154
chr3	193096529	rs4687419	C	T	3010.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.441;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.579;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=69;PP=1734;ReadPosRankSum=-0.891;SC=ACTCAACCGGCGAGGATCTCT;SOR=0.628;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=150;TCF=51;TCR=99;TR=105;WE=193096537;WS=193096519;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,133:0.68:196
chr3	193151468	rs62285712	T	G	131.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.631;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.29;ReadPosRankSum=-0.632;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,11:0.28:40
chr3	193153562	rs1996735	T	C	1277.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.243;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=243;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.576;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=47;PP=721;ReadPosRankSum=0.165;SC=GATAAAGACATGAAAGTAATG;SOR=0.888;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=183;TCF=47;TCR=136;TR=63;WE=193153570;WS=193153552;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:160,76:0.32:236
chr3	193156966	rs62285717	G	C	1131.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-3.677;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=45;PP=623;ReadPosRankSum=0.497;SC=ATTATTTAAGGGAATTTTCCT;SOR=0.613;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=166;TCF=29;TCR=137;TR=55;WE=193156974;WS=193156956;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:121,63:0.34:184
chr3	193158479	rs2171847	G	A	1143.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.428;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=37;PP=748;ReadPosRankSum=-0.443;SC=GGTTGTACATGAAATAATTAC;SOR=0.677;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=168;TCF=55;TCR=113;TR=55;WE=193158487;WS=193158469;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:143,64:0.31:207
chr3	193159419	rs12497847	C	T	1030.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-1.292;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.603;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=36;PP=744;ReadPosRankSum=1.957;SC=TTTCATTTGACAGAGTGGTTA;SOR=0.864;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=111;TCF=23;TCR=88;TR=44;WE=193159427;WS=193159409;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,50:0.36:137
chr3	193159449	rs12497916	G	A	827.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=1.187;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.641;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=30;PP=680;ReadPosRankSum=-0.137;SC=GCATATCTGAGAGAAGTTAAT;SOR=1.190;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=75;TCF=9;TCR=66;TR=34;WE=193159457;WS=193159439;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,34:0.41:83
chr3	193180400	rs56312820	A	C	3163.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=1.789;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.276;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=75;NR=15;PP=2307;ReadPosRankSum=-1.284;SC=TTGAAGAATTAAAGATGAGAA;SOR=2.746;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=92;TCF=76;TCR=16;TR=90;WE=193180408;WS=193180390;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,104:0.98:106
chr3	193180510	rs62285744	G	T	15088.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.003;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=581;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=26.06;ReadPosRankSum=0.963;SOR=0.467;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,577:1.00:579
chr3	193180592	rs59451116	G	A	13893.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=532;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=136;NR=198;PP=2965;SC=GGTCCAAGCCGTCCCTTGTTA;SOR=0.949;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=336;TCF=137;TCR=199;TR=334;WE=193180600;WS=193180582;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,531:1.00:531
chr3	193180661	rs60585505	C	T	5135.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQ=59.97;NF=33;NR=110;PP=2965;SC=AGGCAAGGAGCGGTGGCTCAT;SOR=2.015;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=143;TCF=33;TCR=110;TR=143;WE=193180669;WS=193180651;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,179:1.00:179
chr3	193183039	rs7617230	T	C	714.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=16;PP=432;SC=TACAGTGGTGTGATCTCAGCT;SOR=1.528;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=7;TCR=16;TR=23;WE=193183047;WS=193183029;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr3	193183817	rs3796181	A	G	5155.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=67;NR=46;PP=1961;SC=AGCTTACCCCACTAAGCACAT;SOR=0.907;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=113;TCF=67;TCR=46;TR=113;WE=193183825;WS=193183807;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,204:1.00:204
chr3	193201582	rs9842836	C	A	852.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.834;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=11;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=6;PP=358;ReadPosRankSum=0.722;SC=AAAAAAAAAACTTAAGTTCCT;SOR=1.112;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=32;TCF=25;TCR=7;TR=29;WE=193201590;WS=193201576;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,42:0.93:45
chr3	193209018	rs5015036	G	A	2693.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-2.039;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.278;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=34;PP=1422;ReadPosRankSum=-0.207;SC=TATACTCTATGTGAAGTTACT;SOR=0.463;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=150;TCF=98;TCR=52;TR=90;WE=193209026;WS=193209008;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,121:0.60:201
chr3	193209178	rs6788448	T	C	9282.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.653;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=366;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=104;NR=137;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.820;SC=TAGGCCCACATATTAACCTCC;SOR=0.961;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=243;TCF=105;TCR=138;TR=241;WE=193209186;WS=193209168;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,350:0.99:352
chr3	193210768	rs2130407	A	G	2159.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=29;NR=15;PP=1007;SC=TGGCAGAACTAAGCCAGTCTT;SOR=1.108;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=46;TCF=29;TCR=17;TR=44;WE=193210776;WS=193210758;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr3	193220219	rs66855900	A	T	1128.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=1.465;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.142;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=6;PP=786;ReadPosRankSum=-0.092;SC=ACATTTAACTATATACTTGAG;SOR=0.963;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=53;TCF=45;TCR=8;TR=38;WE=193220227;WS=193220209;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,47:0.66:71
chr3	193272442	rs58073069	CGTGTGT	C,CGT	1497.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=3;MGOF=32;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=17;NF=6,6;NR=4,4;PP=55,398;SC=GTGATGCGTGCGTGTGTGTGT;SOR=1.670;SbPval=0.25;Source=Platypus;TC=14;TCF=6;TCR=8;TR=10,10;WE=193272455;WS=193272432;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.29,0.71:38
chr3	193355074	rs166850	T	C	4832.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=55;NR=60;PP=1644;SC=GCCACGGGTATGTGAAAAATT;SOR=0.735;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=115;TCF=55;TCR=60;TR=115;WE=193355082;WS=193355064;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,194:1.00:194
chr3	193854148	.	T	TA	1241.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.412;ClippingRankSum=0.000;DP=305;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.07;MQRankSum=0.000;QD=4.45;ReadPosRankSum=-0.757;SOR=0.692;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:163,116:0.42:279
chr3	194061826	rs11711157	C	T	1364.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.522;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=253;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.490;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=19;PP=528;ReadPosRankSum=-0.704;SC=TCGATAGACACGGTGAGCCGC;SOR=0.651;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=154;TCF=86;TCR=68;TR=44;WE=194061834;WS=194061816;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:170,82:0.33:252
chr3	194061906	rs4974538	T	C	10997.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=288;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=38.32;SOR=0.757;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,287:1.00:287
chr3	194061906	.	TG	CA,CG	2114	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.48;FR=0.5000,0.5000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MMLQ=28;MQ=60.0;NF=59,88;NR=65,87;PP=2114,651;QD=17.479579636;SC=GGAGCCCTGCTGAGGAGAGAG;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=180;TCF=90;TCR=90;TR=124,175;WE=194061915;WS=194061896;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.69:180
chr3	194061907	rs4974539	G	A	4254.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.362;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=288;ExcessHet=3.0103;FS=2.723;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.82;ReadPosRankSum=-0.122;SOR=0.545;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:97,190:0.66:287
chr3	194062519	rs3732477	C	T	3466.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.155;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=521;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.542;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=83;NR=54;PP=1935;ReadPosRankSum=1.770;SC=GTGCCCTCAGCGACAGTCTCC;SOR=0.749;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=376;TCF=220;TCR=156;TR=137;WE=194062527;WS=194062509;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:330,184:0.36:514
chr3	194062565	rs3732476	C	T	16581.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=632;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=220;NR=198;PP=2965;SC=CAACCAGGCACGGGGTGTGGG;SOR=0.736;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=421;TCF=222;TCR=199;TR=418;WE=194062573;WS=194062555;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,623:1.00:623
chr3	194063153	rs3732474	G	A	9213.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.170;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=607;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=140;NR=131;PP=2962;ReadPosRankSum=0.047;SC=GCAGCCCCCCGAAGGCATCCG;SOR=0.718;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=388;TCF=198;TCR=190;TR=271;WE=194063161;WS=194063143;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:192,411:0.68:603
chr3	194063300	rs62288099	T	C	12653.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=475;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=145;NR=153;PP=2965;SC=GGATGTCCAGTGGGACGGTGG;SOR=0.715;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=298;TCF=145;TCR=153;TR=298;WE=194063308;WS=194063290;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,471:1.00:471
chr3	194079943	rs73081777	A	C	461.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=2.434;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.973;HP=2;HapScore=2;MGOF=34;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=2;PP=287;ReadPosRankSum=0.443;SC=GGAAAGCTCCATGGACCCAGG;SOR=0.323;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=49;TCF=43;TCR=6;TR=15;WE=194079951;WS=194079933;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,22:0.36:61
chr3	194080033	rs73081778	C	T	1441.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-1.387;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=313;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.961;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=19;PP=590;ReadPosRankSum=1.645;SC=CTCTTTAACACTCATTGGGTG;SOR=0.619;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=175;TCF=115;TCR=60;TR=51;WE=194080041;WS=194080023;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:214,94:0.31:308
chr3	194080336	rs4974533	G	A	13288.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.056;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=496;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=156;NR=186;PP=2965;ReadPosRankSum=0.111;SC=TAGGCACCTCGGGGACATGGA;SOR=0.451;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=344;TCF=157;TCR=187;TR=342;WE=194080344;WS=194080326;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,484:0.99:487
chr3	194080648	rs9682540	G	A	9638.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.956;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=358;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=121;NR=129;PP=2965;ReadPosRankSum=2.178;SC=GTCTGAGGCGGTTGTTCTGCA;SOR=0.745;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=250;TCF=121;TCR=129;TR=250;WE=194080656;WS=194080638;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,355:0.99:357
chr3	194080696	rs9682541	G	A	5358.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.788;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=387;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.796;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=86;NR=73;PP=2615;ReadPosRankSum=0.351;SC=TGCGGAAGACGTTCCCGTCCA;SOR=0.740;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=246;TCF=132;TCR=114;TR=159;WE=194080704;WS=194080686;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:139,246:0.64:385
chr3	194080916	rs13070515	G	A	5649.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=2.015;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=433;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.104;HP=4;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=92;NR=91;PP=2962;ReadPosRankSum=1.017;SC=GAAGATCCCCGGAGAGAGCTC;SOR=0.565;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=298;TCF=141;TCR=157;TR=183;WE=194080924;WS=194080906;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:180,251:0.58:431
chr3	194080983	rs13060627	C	T	10186.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.965;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=380;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=118;NR=129;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.291;SC=TGCATGAAGACGCTGGGTGGC;SOR=0.725;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=248;TCF=118;TCR=130;TR=247;WE=194080991;WS=194080973;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,376:0.99:378
chr3	194081089	rs11713861	C	T	10325.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.985;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=392;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=138;NR=129;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.204;SC=GGTTCTGCTGCAGAGCCAGTT;SOR=0.741;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=269;TCF=139;TCR=130;TR=267;WE=194081097;WS=194081079;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,381:0.99:383
chr3	194081179	rs11715737	G	A	8430.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.430;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=571;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.172;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=129;NR=117;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.039;SC=GGACCTGGAGGTTGCCCAGGT;SOR=0.707;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=354;TCF=179;TCR=175;TR=246;WE=194081187;WS=194081169;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:188,379:0.67:567
chr3	194081392	rs923936	G	A	8702.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.640;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=611;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.567;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=157;NR=130;PP=2962;ReadPosRankSum=0.806;SC=GGAGAGACTCGAGGCTGTCCA;SOR=0.800;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=415;TCF=217;TCR=198;TR=287;WE=194081400;WS=194081382;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:210,388:0.65:598
chr3	194081635	rs923935	T	C	12481.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=482;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=160;NR=219;PP=2965;SC=GGGTGGGCACTGCCACAATGC;SOR=0.993;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=380;TCF=161;TCR=219;TR=379;WE=194081643;WS=194081625;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,468:1.00:468
chr3	194084001	rs11925637	T	C	1693.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.838;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=381;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.887;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQ=59.99;MQRankSum=-2.249;NF=40;NR=28;PP=710;ReadPosRankSum=0.376;SC=TCACAGCCCATGGAAGCCCTG;SOR=0.815;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=224;TCF=125;TCR=99;TR=68;WE=194084009;WS=194083991;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:271,107:0.28:378
chr3	194084153	rs11925692	T	A	2008.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.527;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=302;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.431;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=43;PP=1020;ReadPosRankSum=0.146;SC=TGAAAAAAAGTAAAAACTTAT;SOR=0.783;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=201;TCF=85;TCR=116;TR=71;WE=194084161;WS=194084143;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:192,109:0.36:301
chr3	194118874	rs1223989	T	C	12694.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=468;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=166;NR=110;PP=2965;SC=TGGGCAGGCCTAGCGCGGAGA;SOR=0.987;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=276;TCF=166;TCR=110;TR=276;WE=194118882;WS=194118864;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,462:1.00:462
chr3	194124624	rs14414	C	T	43.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.887;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=0;PP=20;ReadPosRankSum=-1.534;SC=AAAACCCTTACTAACTCTAAA;SOR=0.368;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=8;TCR=0;TR=3;WE=194124632;WS=194124614;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,3:0.38:8
chr3	194133121	rs9855721	G	C	218.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=0.381;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.268;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=9;PP=151;ReadPosRankSum=0.753;SC=TGATGAAAAGGATATTTTGAT;SOR=0.223;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=31;TCF=3;TCR=28;TR=11;WE=194133129;WS=194133111;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,11:0.34:32
chr3	194149700	rs13064289	G	A	383.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=2.002;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.223;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=15;PP=265;ReadPosRankSum=-1.100;SC=TTTTTATAGCGTCCCCAGGTT;SOR=1.653;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=59;TCF=23;TCR=36;TR=20;WE=194149708;WS=194149690;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,22:0.32:68
chr3	194168500	rs9861816	G	C	291.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-4.080;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.575;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=1;PP=152;ReadPosRankSum=-0.152;SC=CTCATTCTCAGTAGCCACATT;SOR=0.358;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=53;TCF=47;TCR=6;TR=13;WE=194168508;WS=194168490;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,17:0.27:62
chr3	194168811	.	C	CT	42.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.146;ClippingRankSum=0.000;DP=95;ExcessHet=3.0103;FS=5.777;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.94;MQRankSum=0.000;QD=0.68;ReadPosRankSum=1.913;SOR=2.049;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:49,14:0.22:63
chr3	194176712	rs4974520	C	A	769.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-1.365;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.423;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=18;PP=391;ReadPosRankSum=-1.617;SC=AAAATACATTCATAGTATTAC;SOR=0.708;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=104;TCF=51;TCR=53;TR=33;WE=194176720;WS=194176702;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:96,46:0.32:142
chr3	194180743	rs4974521	G	T	216.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.435;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=10;PP=127;ReadPosRankSum=0.274;SC=CAATTTTATAGAAAACTGCCT;SOR=0.675;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=62;TCF=20;TCR=42;TR=15;WE=194180751;WS=194180733;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,19:0.20:94
chr3	194309528	rs789837	G	A	1251.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=1.999;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.015;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=33;PP=797;ReadPosRankSum=0.182;SC=CTGTGTTTCTGGGACCTAAGG;SOR=1.011;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=74;TCF=20;TCR=54;TR=43;WE=194309536;WS=194309518;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,51:0.61:84
chr3	194313832	rs1773184	T	C	2873.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.498;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.175;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=55;PP=1150;ReadPosRankSum=-0.173;SC=ACAGAAAAAGTGTTGGACAGA;SOR=0.795;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=124;TCF=44;TCR=80;TR=85;WE=194313840;WS=194313822;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,137:0.67:203
chr3	194325325	rs708632	C	T	947.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-5.364;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=29;PP=684;ReadPosRankSum=0.447;SC=GGCCATCCAGCTCTCCCCAGG;SOR=0.663;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=45;TCF=6;TCR=39;TR=34;WE=194325333;WS=194325315;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,36:0.77:47
chr3	194337901	rs922282	T	C	1601.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.249;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.015;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=16;PP=634;ReadPosRankSum=-0.664;SC=CTCAGGGTGCTGGTCGTGGGC;SOR=0.503;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=54;TCF=31;TCR=23;TR=39;WE=194337909;WS=194337891;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,71:0.80:89
chr3	194346544	rs1773191	T	A	8611.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.651;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=344;ExcessHet=3.0103;FS=0.416;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.63;ReadPosRankSum=-1.657;SOR=0.655;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:120,216:0.64:336
chr3	194346553	rs1773190	T	C	8930.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.078;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=382;ExcessHet=3.0103;FS=2.314;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.01;ReadPosRankSum=-1.285;SOR=0.578;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:134,238:0.64:372
chr3	194346803	rs1773189	A	G	1664.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=0.725;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.391;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=47;PP=1197;ReadPosRankSum=-1.322;SC=ACCCTGTATCACATGGGTTAC;SOR=0.374;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=88;TCF=20;TCR=68;TR=63;WE=194346811;WS=194346793;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,68:0.69:99
chr3	194346822	rs1572979	G	A	1288.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=1.976;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.099;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=38;PP=955;ReadPosRankSum=1.561;SC=ACACTGATGCGGTGCTTTCTT;SOR=0.533;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=69;TCF=13;TCR=56;TR=47;WE=194346830;WS=194346812;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,51:0.66:77
chr3	194349027	rs1318216	A	G	1192.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=3.499;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.073;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=5;PP=957;ReadPosRankSum=1.063;SC=CAACAAGACAAAAGCCACCAC;SOR=2.348;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=58;TCF=49;TCR=9;TR=43;WE=194349035;WS=194349017;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,44:0.72:61
chr3	194349178	rs1563970	C	T	6619.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.921;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=443;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.559;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=104;NR=95;PP=2962;ReadPosRankSum=0.799;SC=GGAGGCAGCACGCAGCACACA;SOR=0.637;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=281;TCF=151;TCR=130;TR=199;WE=194349186;WS=194349168;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:135,297:0.69:432
chr3	194353772	rs11273892	C	CCCGCCCGACAG	1465.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.61;BaseQRankSum=0.400;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.727;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.304;NF=9;NR=4;PP=2967;ReadPosRankSum=1.219;SC=CGCCCGTTTCCCCGCCCGACA;SOR=1.516;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=28;TCF=15;TCR=13;TR=13;WE=194353780;WS=194353762;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,30:0.56:54
chr3	194362721	rs1060827	G	A	641.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=13;NR=4;PP=413;SC=GTCTTGGGACGGTTCCACAGG;SOR=1.931;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=13;TCR=4;TR=17;WE=194362729;WS=194362712;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr3	194369352	rs58416334	T	G	3410.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=76;NR=21;PP=2268;SC=TATTCTTATTTCTATTCATTA;SOR=2.387;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=97;TCF=76;TCR=21;TR=97;WE=194369360;WS=194369342;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr3	194381530	rs1705969	A	G	1586.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=26;NR=17;PP=796;SC=CGTATAAGAAAGTACAGCAAT;SOR=1.034;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=43;TCF=26;TCR=17;TR=43;WE=194381538;WS=194381520;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr3	194386771	rs73890198	C	A	1225.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=36;NR=4;PP=992;SC=TTGCACCTAGCAATCTTGTTT;SOR=4.021;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=40;TCF=36;TCR=4;TR=40;WE=194386779;WS=194386761;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr3	194386881	rs1675944	A	G	8142.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=302;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=121;NR=76;PP=2965;SC=CATGCCAAATATCTGAACTCA;SOR=1.064;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=198;TCF=122;TCR=76;TR=197;WE=194386889;WS=194386871;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,300:1.00:300
chr3	194387186	rs35670721	C	T	18254.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.788;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=720;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=196;NR=186;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.165;SC=CTCACCTCCTCGGTATACACA;SOR=0.725;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=388;TCF=197;TCR=191;TR=382;WE=194387194;WS=194387176;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,707:0.99:711
chr3	194387253	rs34423045	A	G	12892.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.692;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=499;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=128;NR=179;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.187;SC=CTCGAAAGACAGTAGTCCAGT;SOR=0.941;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=309;TCF=129;TCR=180;TR=307;WE=194387261;WS=194387243;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,493:1.00:495
chr3	194390713	rs1675926	C	A	16498.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.526;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=633;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=223;NR=169;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.282;SC=ACAGTCTCACCTGCACTCAGC;SOR=0.536;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=393;TCF=223;TCR=170;TR=392;WE=194390721;WS=194390703;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,625:1.00:626
chr3	194392683	rs1773231	A	C	7000.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.878;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=266;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=134;NR=50;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.757;SC=TCATCCTTCAAAACCCGGCTG;SOR=0.705;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=186;TCF=135;TCR=51;TR=184;WE=194392691;WS=194392673;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,252:1.00:253
chr3	194408704	rs4677673	A	G	11287.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=438;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=119;NR=142;PP=2965;SC=GCCTGCTGTCAGGCGACAGCA;SOR=0.784;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=261;TCF=119;TCR=142;TR=261;WE=194408712;WS=194408694;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,433:1.00:433
chr3	194408821	rs79296405	G	C	2927.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=20;NR=66;PP=1715;SC=AGCCCCACTCGGGCTGAGCTC;SOR=1.907;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=86;TCF=20;TCR=66;TR=86;WE=194408829;WS=194408811;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr3	194790422	rs3796158	G	A	1782.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.174;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=279;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.804;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=25;PP=2631;ReadPosRankSum=0.102;SC=TGGAGGCCCCGGGGGCAAGGC;SOR=0.481;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=209;TCF=151;TCR=58;TR=77;WE=194790442;WS=194790412;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:179,96:0.35:275
chr3	194790434	rs3796159	C	G	2007.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.268;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=315;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.872;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=30;PP=2631;ReadPosRankSum=0.661;SC=GGGCAAGGCACGGGGAGCGCC;SOR=0.416;SbPval=0.2;Source=Platypus;TC=232;TCF=164;TCR=68;TR=83;WE=194790442;WS=194790412;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:201,107:0.35:308
chr3	194842785	rs60922537	C	G	1482.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.187;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=520;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.90;ReadPosRankSum=0.154;SOR=0.723;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:396,115:0.23:511
chr3	194842877	rs58370605	A	G	1643.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-1.533;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=396;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.345;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=36;PP=641;ReadPosRankSum=0.683;SC=AAGGGGTGACAGAGCTCTTCA;SOR=0.600;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=218;TCF=85;TCR=133;TR=62;WE=194842885;WS=194842867;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:271,111:0.29:382
chr3	194842911	rs12634646	A	G	1101.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.071;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=31;PP=543;ReadPosRankSum=-0.662;SC=CAGGACACTCATCCCATTCAT;SOR=0.679;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=159;TCF=58;TCR=101;TR=49;WE=194842919;WS=194842901;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:156,69:0.31:225
chr3	194968671	rs146611852	C	T	132.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.012;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.95;ReadPosRankSum=1.710;SOR=0.730;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:54,14:0.21:68
chr3	194991022	rs62285259	G	C	698.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=1.267;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.139;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=20;PP=384;ReadPosRankSum=0.277;SC=ACTCTCCTGGGGGCTGCGCTT;SOR=0.976;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=43;TCF=16;TCR=27;TR=31;WE=194991030;WS=194991012;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,34:0.65:52
chr3	194991220	rs7640099	AA	GC	1480.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=26;NR=1;PP=1337;SC=CCGGGAGCGCAAACTGACCTC;SOR=3.675;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=30;TCF=29;TCR=1;TR=27;WE=194991229;WS=194991210;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr3	194999996	rs7610022	T	A	1545.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=28;NR=14;PP=825;SC=AAAATTGTGATTTTTTAGCTG;SOR=1.278;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=42;TCF=28;TCR=14;TR=42;WE=195000004;WS=194999986;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr3	195010023	rs200221117	T	TA	238.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.722;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FS=1.772;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.48;ReadPosRankSum=0.042;SOR=0.469;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:129,32:0.20:161
chr3	195015334	.	AAAATT	A	117.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.334;ClippingRankSum=0.000;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=8.945;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.17;MQRankSum=0.000;QD=2.40;ReadPosRankSum=0.759;SOR=2.461;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,16:0.33:49
chr3	195022428	rs41266997	G	A	6940.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.771;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=493;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=102;NR=108;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.029;SC=GCGTATTTGCGCAAGTTCTGT;SOR=0.730;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=313;TCF=151;TCR=162;TR=210;WE=195022436;WS=195022418;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:160,324:0.67:484
chr3	195022534	rs2275519	G	T	2273.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-4.104;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.287;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=59;PP=1556;ReadPosRankSum=-0.400;SC=GTCCTCAACAGCTTTTACAAA;SOR=0.361;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=109;TCF=20;TCR=89;TR=75;WE=195022542;WS=195022524;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,91:0.70:130
chr3	195028183	rs13059843	G	A	381.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=3.688;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=13;PP=204;ReadPosRankSum=-0.468;SC=TTAGAAACAGGGGTTATCAAT;SOR=0.212;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=49;TCF=1;TCR=48;TR=13;WE=195028191;WS=195028173;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,17:0.33:52
chr3	195029738	rs10636354	G	GAAAGT	1029.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=21;PP=1200;SC=GAAAACTACTGAAAGAACAAA;SOR=4.892;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=23;TCF=0;TCR=23;TR=21;WE=195029746;WS=195029728;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr3	195053916	rs62287109	C	T	1011.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.763;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.966;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=30;PP=658;ReadPosRankSum=0.578;SC=TGAAATATTACATATATATAT;SOR=0.849;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=71;TCF=23;TCR=48;TR=44;WE=195053924;WS=195053904;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,46:0.61:75
chr3	195076877	rs6437374	C	G	19768.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.846;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=760;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=26.05;ReadPosRankSum=-0.747;SOR=0.382;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:3,756:1.00:759
chr3	195102787	rs2275518	T	C	1302.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=1.481;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.408;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=34;PP=988;ReadPosRankSum=-0.648;SC=AGGTTGAAGATAGTTTTACAA;SOR=0.364;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=72;TCF=23;TCR=49;TR=54;WE=195102795;WS=195102777;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,55:0.63:87
chr3	195133474	rs57063250	G	A	3779.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=5.622;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.655;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=12;PP=2962;ReadPosRankSum=1.045;SC=AATTAAAACCGTAACTGCCTT;SOR=1.390;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=135;TCF=108;TCR=27;TR=69;WE=195133483;WS=195133464;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,90:0.59:152
chr3	195133475	rs10645683	T	TAAC	3770.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=1.215;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.557;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=12;PP=2921;ReadPosRankSum=1.224;SC=ATTAAAACCGTAACTGCCTTT;SOR=1.357;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=105;TCF=77;TCR=28;TR=59;WE=195133483;WS=195133464;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,90:0.59:153
chr3	195245805	rs17847362	G	A	1666.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.934;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=378;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.417;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.635;NF=46;NR=27;PP=866;ReadPosRankSum=3.076;SC=ACATTTTCCAGACATCTAACC;SOR=0.719;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=241;TCF=151;TCR=90;TR=73;WE=195245813;WS=195245795;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:270,107:0.28:377
chr3	195295661	rs7659	C	T	560.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-1.151;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.053;HP=2;HapScore=2;MGOF=32;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.302;NF=26;NR=0;PP=429;ReadPosRankSum=0.174;SC=GTTACATGTTCAGGTCAACTT;SOR=0.139;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=67;TCF=63;TCR=4;TR=26;WE=195295669;WS=195295651;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,23:0.56:41
chr3	195295702	.	T	TGGCG	898	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;FR=0.5000;HP=10;HapScore=3;MGOF=20;MMLQ=24;MQ=60.1;NF=50;NR=5;PP=898;QD=16.5454545455;SC=TTTGTCTTTATGGGGGGGGGG;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=61;TCF=55;TCR=6;TR=55;WE=195295716;WS=195295692;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:6,55:0.90:61
chr3	195295704	.	G	GC	756.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.084;ClippingRankSum=0.000;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=12.481;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.32;MQRankSum=1.339;QD=12.01;ReadPosRankSum=0.262;SOR=0.027;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,34:0.54:63
chr3	195295708	rs142189206	G	GGGT,GGGGGT	2624.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.31;QD=41.66;SOR=4.370;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:0,34,29:0.54,0.46:63
chr3	195300676	rs1568566	A	G	3349.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=79;NR=28;PP=2008;SC=GTCACTCTGCATCAGCACTCC;SOR=2.019;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=107;TCF=79;TCR=28;TR=107;WE=195300684;WS=195300666;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr3	195306055	rs4677691	A	G	3805.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=88;NR=25;PP=2580;SC=TGCAGTCTTTATCTCAGCAGA;SOR=2.321;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=113;TCF=88;TCR=25;TR=113;WE=195306063;WS=195306045;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
chr3	195345828	rs148520845	AG	GA	36340.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.61;BaseQRankSum=1.710;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1459;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;JOINED;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=-2.035;NF=656;NR=581;PP=2947;ReadPosRankSum=0.563;SC=CAGTGATCCCAGGGAAGCCAT;SOR=0.990;SbPval=0.53;Source=Platypus;TCF=699;TR=1237;WE=195345837;WS=195345817;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:10,1424:0.99:1434
chr3	195345953	rs145174488	C	T	28935.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.65;BaseQRankSum=-2.883;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1358;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.290;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=5.953;NF=385;NR=549;PP=2962;ReadPosRankSum=14.677;SC=CAGAGAGCAGCGCCTCTTCCG;SOR=0.394;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=1079;TCF=409;TCR=670;TR=934;WE=195345975;WS=195345943;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:108,1231:0.92:1339
chr3	195346255	rs368910411	T	C	835.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=39.94;QD=49.16;SOR=5.784;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr3	195346331	rs142792605	C	G	1237.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-7.129;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=13.810;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=42.09;MQRankSum=1.481;QD=18.20;ReadPosRankSum=2.065;SOR=0.031;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,43:0.63:68
chr3	195346477	rs7631117	C	T	7702.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.63;BaseQRankSum=-1.044;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=625;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.546;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=3.138;NF=184;NR=104;PP=2962;ReadPosRankSum=0.194;SC=CTCATCCCCACGGAAGGGGTG;SOR=0.579;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=522;TCF=340;TCR=182;TR=288;WE=195346485;WS=195346467;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:278,347:0.56:625
chr3	195346533	.	A	G	2824.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=9.252;ClippingRankSum=0.000;DP=1136;ExcessHet=3.0103;FS=9.758;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.08;MQRankSum=-23.195;QD=2.51;ReadPosRankSum=-6.122;SOR=1.801;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:997,128:0.11:1125
chr3	195346535	.	CA	AG	2878.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.819;ClippingRankSum=0.000;DP=1182;ExcessHet=3.0103;FS=9.128;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.18;MQRankSum=-23.372;QD=2.46;ReadPosRankSum=-6.001;SOR=1.611;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1028,142:0.12:1170
chr3	195346680	.	G	T	2705.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-7.506;ClippingRankSum=0.000;DP=3253;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.77;MQRankSum=-3.407;QD=0.84;ReadPosRankSum=-0.141;SOR=0.692;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2714,496:0.15:3210
chr3	195346906	rs62286967	C	T	24701.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.180;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1532;ExcessHet=3.0103;FS=2.473;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.58;MQRankSum=-13.554;QD=16.19;ReadPosRankSum=-0.026;SOR=0.902;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:862,664:0.44:1526
chr3	195346914	rs62286968	G	A	11354.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.143;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1540;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.78;MQRankSum=-5.329;QD=7.40;ReadPosRankSum=1.470;SOR=0.675;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:937,597:0.39:1534
chr3	195346945	rs116044101	C	A	485.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.204;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1700;ExcessHet=3.0103;FS=2.810;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.00;MQRankSum=-21.394;QD=0.29;ReadPosRankSum=-1.190;SOR=1.000;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1473,207:0.12:1680
chr3	195347059	rs2410778	C	T	9315.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=2.751;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1391;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.579;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.524;NF=113;NR=201;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.601;SC=ACAGCCACGCCCACCACTGCT;SOR=0.859;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=828;TCF=323;TCR=505;TR=314;WE=195347067;WS=195347049;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:892,489:0.35:1381
chr3	195377629	rs138964810	C	T	4479.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.664;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1123;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.25;MQRankSum=-17.761;QD=4.00;ReadPosRankSum=-1.649;SOR=0.801;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:931,190:0.17:1121
chr3	195377651	rs139047772	T	C	4207.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.183;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1022;ExcessHet=3.0103;FS=1.531;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.61;MQRankSum=-23.147;QD=4.13;ReadPosRankSum=-0.224;SOR=0.850;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:849,170:0.17:1019
chr3	195395289	rs79370883	A	T	1354.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-2.818;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=38;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-4.337;NF=36;NR=14;PP=667;ReadPosRankSum=1.622;SC=CACTGAGAAGATGGTGCCCGG;SOR=0.700;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=136;TCF=97;TCR=39;TR=50;WE=195395297;WS=195395279;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:101,68:0.40:169
chr3	195395314	rs79206144	G	A	2369.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.733;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=281;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-8.020;NF=59;NR=21;PP=2962;ReadPosRankSum=0.623;SC=TGCCCTGTCCGTTCTGTGATC;SOR=0.708;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=204;TCF=145;TCR=59;TR=80;WE=195395362;WS=195395304;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:161,120:0.43:281
chr3	195395328	rs62287989	T	C	5571.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.597;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=334;ExcessHet=3.0103;FS=0.410;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.23;MQRankSum=-9.068;QD=16.68;ReadPosRankSum=-0.042;SOR=0.647;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:191,143:0.43:334
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chr3	195395347	rs78747381	G	A	6701.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.804;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=418;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.93;MQRankSum=-9.474;QD=16.03;ReadPosRankSum=0.020;SOR=0.680;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:241,177:0.42:418
chr3	195395354	rs80181010	A	G	7006.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.996;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=467;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.14;MQRankSum=-9.417;QD=15.00;ReadPosRankSum=0.022;SOR=0.694;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:271,196:0.42:467
chr3	195395379	rs73216381	T	G	8477.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=2.954;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=615;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-6.818;NF=152;NR=83;PP=2962;ReadPosRankSum=0.771;SC=TGCTCTCTGTTGTTTCCATAG;SOR=0.737;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=395;TCF=251;TCR=144;TR=235;WE=195395387;WS=195395369;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:239,376:0.61:615
chr3	195395533	rs9847770	C	T	9270.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=3.006;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=895;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.104;HP=2;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.365;NF=122;NR=174;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.395;SC=ACGCCTTGCCCGGAAGGCGTT;SOR=0.602;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=584;TCF=237;TCR=347;TR=296;WE=195395541;WS=195395523;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:437,452:0.51:889
chr3	195395549	rs58717446	C	CAT	21858.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=7.251;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=739;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.170;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-5.937;NF=27;NR=249;PP=2966;ReadPosRankSum=0.847;SC=GCGTTCGGCTCGTGTGTCTTG;SOR=1.129;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=330;TCF=28;TCR=302;TR=276;WE=195395557;WS=195395539;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:164,552:0.77:716
chr3	195395624	rs74539433	A	G	205.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.079;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FS=16.751;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.31;MQRankSum=-6.489;QD=1.62;ReadPosRankSum=-0.344;SOR=3.689;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:112,15:0.12:127
chr3	195395631	rs201911835	A	T	165.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.934;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FS=9.555;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.99;MQRankSum=-6.378;QD=1.66;ReadPosRankSum=0.718;SOR=2.777;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:90,10:0.10:100
chr3	195395663	rs78122231	C	T	42.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-0.872;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.416;HP=3;HapScore=1;MGOF=42;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-4.586;NF=2;NR=22;PP=424;ReadPosRankSum=-0.454;SC=AATGTCATTTCCTTAAGGAGA;SOR=1.165;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=69;TCF=10;TCR=59;TR=24;WE=195395671;WS=195395653;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,6:0.14:44
chr3	195398250	rs80193871	C	A	1913.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.855;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.302;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-7.344;NF=25;NR=105;PP=2347;ReadPosRankSum=1.221;SC=GCACCGCTCGCCCTCACCTTC;SOR=0.821;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=243;TCF=44;TCR=199;TR=130;WE=195398258;WS=195398240;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,88:0.53:166
chr3	195398271	rs142433257	A	G	1576.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=3.480;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.226;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-5.698;NF=12;NR=73;PP=1745;ReadPosRankSum=0.551;SC=GTGTGCAGGCACATGTGCACA;SOR=0.433;SbPval=0.26;Source=Platypus;TC=154;TCF=17;TCR=137;TR=85;WE=195398279;WS=195398261;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,63:0.57:110
chr3	195408621	rs142895621	AT	A	38.82	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.319;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=37.75;MQRankSum=1.150;QD=9.70;ReadPosRankSum=0.319;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,3:0.75:4
chr3	195408646	rs149717045	T	A	134.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=38.21;QD=26.98;SOR=3.611;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr3	195408669	rs199871610	T	C	140.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=38.21;QD=28.18;SOR=3.611;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr3	195412876	rs11185503	T	C	1791.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-2.425;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.6282;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=-1.286;NF=10;NR=59;PP=1142;ReadPosRankSum=-0.858;SC=TTCTGCACTCTGGGGAAGAAG;SOR=0.477;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=74;TCF=10;TCR=64;TR=69;WE=195412884;WS=195412866;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:5,72:0.94:77
chr3	195415423	rs150892404	A	G	61.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.58;MQRankSum=-2.216;QD=1.72;ReadPosRankSum=-0.357;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,8:0.22:36
chr3	195426490	rs3107775	A	G	10812.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.498;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=838;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=125;NR=213;PP=2962;ReadPosRankSum=0.067;SC=TTTTTTCAATAAGTCAGCCTT;SOR=0.662;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=579;TCF=213;TCR=366;TR=338;WE=195426498;WS=195426480;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:331,487:0.60:818
chr3	195447795	rs147994480	CCCT	C	91.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.081;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.16;MQRankSum=2.125;QD=1.70;ReadPosRankSum=0.523;SOR=0.910;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:47,7:0.13:54
chr3	195447805	.	T	C	50	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;FR=0.5000;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MMLQ=24;MQ=57.74;NF=6;NR=2;PP=50;QD=10.5964015684;SC=CCCTCCTCCCTGGTTTGAGGA;SbPval=0.92;Source=Platypus;TC=34;TCF=19;TCR=15;TR=8;WE=195447813;WS=195447785;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:26,8:0.24:34
chr3	195447886	rs7627924	G	C	866.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=0.635;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.307;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-3.333;NF=21;NR=14;PP=636;ReadPosRankSum=2.800;SC=AGGATGGGCTGTCTCTGGGGT;SOR=0.590;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=71;TCF=43;TCR=28;TR=35;WE=195447894;WS=195447876;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,47:0.36:130
chr3	195451880	rs142096782	AG	GA	18737.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.149;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=763;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;JOINED;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=47.35;MQRankSum=-1.483;QD=24.65;ReadPosRankSum=-0.570;SOR=0.758;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,758:1.00:760
chr3	195452005	rs145612981	C	T	3843.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.780;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=349;ExcessHet=3.0103;FS=31.836;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.23;MQRankSum=-8.717;QD=11.24;ReadPosRankSum=-15.967;SOR=1.694;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:179,163:0.48:342
chr3	195452018	rs2688539	A	G	1125.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.565;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FS=13.162;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.01;MQRankSum=-8.500;QD=5.39;ReadPosRankSum=-8.566;SOR=1.761;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:179,30:0.14:209
chr3	195452770	rs2550231	G	A	4070.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.372;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=412;ExcessHet=3.0103;FS=1.816;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.85;MQRankSum=3.271;QD=9.88;ReadPosRankSum=-1.211;SOR=0.860;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:221,191:0.46:412
chr3	195452799	rs2550232	C	T	4899.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.562;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=490;ExcessHet=3.0103;FS=5.029;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.39;MQRankSum=4.004;QD=10.00;ReadPosRankSum=-1.216;SOR=1.012;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:258,232:0.47:490
chr3	195452805	rs138659995	T	C	5704.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.431;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=504;ExcessHet=3.0103;FS=4.172;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.67;MQRankSum=-3.925;QD=11.32;ReadPosRankSum=0.408;SOR=0.463;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:242,262:0.52:504
chr3	195452951	rs2688542	G	C	22299.31	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-5.625;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1010;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=15.951;HP=1;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=23.748;NF=321;NR=250;PP=2962;ReadPosRankSum=2.219;SC=AGCTGCACCTGATGCCACGGT;SOR=0.368;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=657;TCF=346;TCR=311;TR=571;WS=195452941;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:74,931:0.93:1005
chr3	195453064	rs2550233	T	G	20322.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=779;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NR=278;PP=2965;SC=GGAATCCCCTTGAAGAAACCT;SOR=0.878;Source=Platypus;TCR=279;WE=195453072;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,752:1.00:752
chr3	195453243	rs3828408	C	T	5291.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.150;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1045;ExcessHet=3.0103;FS=13.991;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.23;MQRankSum=-10.274;QD=5.07;ReadPosRankSum=-1.046;SOR=1.828;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:859,184:0.18:1043
chr3	195453249	rs3828407	T	C	2391.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.391;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1069;ExcessHet=3.0103;FS=9.924;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.38;MQRankSum=-10.677;QD=2.24;ReadPosRankSum=-1.004;SOR=1.567;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:863,204:0.19:1067
chr3	195453310	rs9758494	G	A	6426.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-1.241;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1182;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.182;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-4.400;NF=137;NR=127;PP=2962;ReadPosRankSum=4.953;SC=CTGTCCCTCCGACTACAACCA;SOR=0.706;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=748;TCF=364;TCR=384;TR=264;WE=195453318;WS=195453300;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:794,381:0.32:1175
chr3	195453434	rs113099255	G	A	3143.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.462;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=518;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-8.468;NF=47;NR=86;PP=1718;ReadPosRankSum=0.383;SC=GACCACAGACGTGAGTGCAGG;SOR=0.687;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=362;TCF=127;TCR=235;TR=133;WE=195453442;WS=195453424;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:337,177:0.34:514
chr3	195456478	rs111854338	C	T	684.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.160;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.798;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=7;PP=330;ReadPosRankSum=1.062;SC=TGAGCCACTGCGCCCAGCCCT;SOR=0.809;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=70;TCF=48;TCR=22;TR=26;WE=195456486;WS=195456468;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,37:0.37:100
chr3	195460236	rs712011	G	A	1406.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.208;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=38;PP=934;ReadPosRankSum=1.330;SC=CCAAGCCCCTGACCCCAGATG;SOR=0.715;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=88;TCF=23;TCR=65;TR=52;WE=195460244;WS=195460226;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,60:0.58:103
chr3	195466662	rs3844569	T	G	758.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-0.274;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.287;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=11;PP=460;ReadPosRankSum=0.229;SC=TTTGGGGCGGTTCTGCTCCCC;SOR=0.391;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=69;TCF=50;TCR=19;TR=34;WE=195466670;WS=195466652;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,37:0.47:78
chr3	195467837	rs56381108	A	G	1593.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.078;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=18;PP=449;ReadPosRankSum=-0.202;SC=TGGCTGTGTAATTCATTTCAT;SOR=0.684;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=65;TCF=28;TCR=37;TR=31;WE=195467845;WS=195467827;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,45:0.51:88
chr3	195467853	rs56050330	C	T	1475.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.021;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=17;PP=408;ReadPosRankSum=-1.422;SC=TTCATTTTAGCACTGAATAAT;SOR=0.606;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=59;TCF=25;TCR=34;TR=29;WE=195467861;WS=195467843;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,39:0.53:73
chr3	195475799	rs3205933	C	T	528.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.960;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.248;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=6;PP=329;ReadPosRankSum=3.059;SC=TGGGCAGGTGCTGGCACTGGC;SOR=0.441;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=50;TCF=38;TCR=12;TR=21;WE=195475807;WS=195475789;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,26:0.40:65
chr3	195476084	rs55798120	C	T	475.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.441;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.15;MQRankSum=0.078;QD=7.80;ReadPosRankSum=0.655;SOR=0.629;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,24:0.39:61
chr3	195476084	.	CA	TG	311	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MMLQ=28;MQ=59.11;NF=3;NR=16;PP=311;QD=19.1825197296;SC=TTCAGATCAGCATGGTGGATA;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=55;TCF=11;TCR=44;TR=19;WE=195476093;WS=195476074;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:36,19:0.35:55
chr3	195476085	rs2688497	A	G	2098.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.14;QD=34.98;SOR=2.226;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr3	195477713	rs2291654	G	A	923.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.617;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FS=4.419;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.56;MQRankSum=-1.549;QD=11.69;ReadPosRankSum=1.539;SOR=1.493;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:53,26:0.33:79
chr3	195477713	.	GCC	ACA	783	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;FR=0.5000;HP=9;HapScore=1;MGOF=6;MMLQ=28;MQ=55.91;NF=17;NR=2;PP=783;QD=44.0246249927;SC=CTGTTTGCCCGCCCCCCGCAG;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=69;TCF=57;TCR=12;TR=19;WE=195477723;WS=195477703;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:50,19:0.28:69
chr3	195477715	rs2291653	C	A	923.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.069;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FS=4.382;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.68;MQRankSum=-1.576;QD=11.13;ReadPosRankSum=1.483;SOR=1.449;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:56,27:0.33:83
chr3	195477786	rs6808605	C	T	1795.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=2.710;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=309;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.979;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.337;NF=41;NR=17;PP=898;ReadPosRankSum=0.567;SC=CACGTCTTCCCCGGAGATGGG;SOR=0.766;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=193;TCF=129;TCR=64;TR=58;WE=195477794;WS=195477776;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:196,96:0.33:292
chr3	195478012	rs2291651	G	C	1370.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.446;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=271;ExcessHet=3.0103;FS=4.924;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.17;ReadPosRankSum=1.496;SOR=0.296;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:127,95:0.43:222
chr3	195479226	rs6792437	G	A	1153.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.234;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.567;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=16;PP=556;ReadPosRankSum=-0.585;SC=CACCCAGAGCGCGGCCTGCAG;SOR=0.628;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=151;TCF=105;TCR=46;TR=48;WE=195479234;WS=195479216;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:145,67:0.32:212
chr3	195479256	rs2258447	T	C	1639.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.286;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=321;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.493;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=27;PP=833;ReadPosRankSum=1.216;SC=AGGCGTTGACTTCTGCCATGG;SOR=0.583;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=212;TCF=136;TCR=76;TR=67;WE=195479264;WS=195479246;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:215,98:0.31:313
chr3	195484244	rs2550270	G	A	650.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.099;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FS=1.522;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.78;ReadPosRankSum=-0.760;SOR=0.884;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:130,42:0.24:172
chr3	195490284	rs2550261	T	C	1144.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-0.278;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=9;PP=824;ReadPosRankSum=0.850;SC=GCAGGGAGGTTCCCGGCACCC;SOR=0.907;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=51;TCF=40;TCR=11;TR=42;WE=195490292;WS=195490274;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,45:0.75:60
chr3	195492027	rs11926236	T	C	10720.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.761;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=427;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=109;NR=154;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.809;SC=AGGCCCAGGCTGGGGCTGCCA;SOR=0.578;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=285;TCF=110;TCR=175;TR=263;WE=195492035;WS=195492017;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,421:1.00:422
chr3	195496129	rs2688492	C	T	454.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.549;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=15;PP=430;ReadPosRankSum=-0.190;SC=ACGCACAGCACCTGTTCCTGG;SOR=0.631;SbPval=0.25;Source=Platypus;TC=48;TCF=11;TCR=37;TR=22;WE=195496137;WS=195496119;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,23:0.33:70
chr3	195497143	rs2293232	C	T	3576.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.256;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=275;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.221;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=45;PP=1534;ReadPosRankSum=0.441;SC=ACCTTTAGGGCCCACCTGGCC;SOR=0.485;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=161;TCF=96;TCR=65;TR=101;WE=195497151;WS=195497133;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:103,167:0.62:270
chr3	195497174	rs2259102	C	G	2257.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.192;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=345;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.857;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=29;PP=941;ReadPosRankSum=0.362;SC=CGTTGTTTGTCATCTTTCTAA;SOR=0.823;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=197;TCF=108;TCR=89;TR=71;WE=195497182;WS=195497164;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:211,126:0.37:337
chr3	195497809	rs2259153	T	C	1172.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=0.984;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=28;PP=572;ReadPosRankSum=0.027;SC=CCGTCACCTGTAGGTCTTCTC;SOR=0.693;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=133;TCF=44;TCR=89;TR=41;WE=195497817;WS=195497799;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:132,65:0.33:197
chr3	195501149	rs2259292	C	T	691.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=0.543;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.669;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=17;PP=359;ReadPosRankSum=1.221;SC=GTCCCCGGCGCCTGCCCCATA;SOR=0.765;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=80;TCF=34;TCR=46;TR=30;WE=195501157;WS=195501139;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:102,43:0.30:145
chr3	195501258	rs2259331	T	C	217.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.204;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.345;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=10;PP=151;ReadPosRankSum=-1.128;SC=GAGCGCTCCCTGCAGGCTGCC;SOR=1.032;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=34;TCF=11;TCR=23;TR=14;WE=195501266;WS=195501248;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,14:0.34:41
chr3	195505417	rs2259419	G	A	468.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.051;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=12;PP=245;ReadPosRankSum=-0.123;SC=GCTGGAAGAGGGAGCTGGAAA;SOR=0.659;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=51;TCF=17;TCR=34;TR=18;WE=195505425;WS=195505407;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,26:0.34:76
chr3	195505664	rs2688513	G	A	954.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.731;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=245;ExcessHet=3.0103;FS=0.535;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.96;ReadPosRankSum=1.046;SOR=0.754;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:177,64:0.27:241
chr3	195512004	rs148317288	T	G	3699.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=35;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=42;NR=36;PP=1430;SC=CTGAGGAAGTTTCGGTGACAG;SOR=0.739;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=78;TCF=42;TCR=36;TR=78;WE=195512012;WS=195511994;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr3	195512042	rs6805660	T	C	4783.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=35;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=41;NR=47;PP=1804;SC=CCTGTGGATGTTGAGGAAGGG;SOR=0.770;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=90;TCF=43;TCR=47;TR=88;WE=195512050;WS=195512032;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,133:1.00:133
chr3	195512107	rs374495657	T	A	4686.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.67;QD=39.38;SOR=0.710;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr3	195512181	rs202182738	G	A	319.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.425;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.21;MQRankSum=-1.961;QD=3.05;ReadPosRankSum=2.571;SOR=0.638;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:90,15:0.14:105
chr3	195512186	rs202060675	T	C	2274.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=44;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=21;NR=31;PP=1690;SC=CCTGTGGATATTGAGGAAGCG;SOR=0.839;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=52;TCF=21;TCR=31;TR=52;WE=195512214;WS=195512171;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr3	195512195	rs71617308	C	T	341.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.707;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.70;MQRankSum=-1.500;QD=4.02;ReadPosRankSum=-0.264;SOR=0.799;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:73,12:0.14:85
chr3	195512206	rs201070566	A	G	152.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.663;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=5.690;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.55;MQRankSum=-0.087;QD=2.35;ReadPosRankSum=-0.076;SOR=1.806;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:57,8:0.12:65
chr3	195515568	rs62282504	C	T	826.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.265;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FS=2.935;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.42;ReadPosRankSum=0.724;SOR=0.723;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:138,49:0.26:187
chr3	195515594	rs13095016	C	G	6195.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=67;NR=61;PP=2634;SC=GTGTGGGTCTCGGTTTGTGGA;SOR=0.756;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=132;TCF=68;TCR=64;TR=128;WE=195515602;WS=195515584;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,196:1.00:196
chr3	195515617	rs2641776	G	C	906.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.736;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FS=1.230;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.47;ReadPosRankSum=-2.047;SOR=0.655;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:148,55:0.27:203
chr3	195516630	rs3103954	G	T	1850.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.601;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=417;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.50;ReadPosRankSum=1.378;SOR=0.718;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:296,115:0.28:411
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chr3	195517258	rs1106502	G	A	2853.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.218;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=423;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.156;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=55;PP=1598;ReadPosRankSum=-0.156;SC=GTCTCTGGAGGTTGGCATTCT;SOR=0.594;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=298;TCF=144;TCR=154;TR=111;WE=195517266;WS=195517248;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:270,149:0.36:419
chr3	195517321	rs1104760	G	A	2535.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.425;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=393;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.447;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=48;PP=1490;ReadPosRankSum=0.917;SC=AGGGGATGAGGTGGTTGTTTC;SOR=0.753;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=259;TCF=134;TCR=125;TR=92;WE=195517329;WS=195517311;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:260,129:0.33:389
chr3	195517553	rs882605	A	C	2806.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=2.034;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=467;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=57;PP=1494;ReadPosRankSum=-0.115;SC=TCTGGATCAAATGTTACTAAG;SOR=0.723;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=285;TCF=118;TCR=167;TR=99;WE=195517561;WS=195517543;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:301,152:0.34:453
chr3	195518112	rs142781032	T	TGTCTCCTGCGTAACA	1710.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.864;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=268;ExcessHet=3.0103;FS=3.615;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.04;MQRankSum=1.941;QD=6.95;ReadPosRankSum=1.580;SOR=0.971;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:194,52:0.21:246
chr3	195518330	rs3107764	C	G	1191.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-2.439;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.889;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=27;PP=519;ReadPosRankSum=0.144;SC=ACTGGGGCAGCAGTTTTACTT;SOR=0.532;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=137;TCF=51;TCR=86;TR=45;WE=195518338;WS=195518320;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:125,69:0.36:194
chr3	195538501	rs143120396	TTC	T	2217.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.168;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=583;ExcessHet=3.0103;FS=0.663;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.02;MQRankSum=2.040;QD=3.94;ReadPosRankSum=-0.625;SOR=0.640;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:433,130:0.23:563
chr3	195595632	rs13087251	A	G	2851.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.009;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=51;PP=1397;ReadPosRankSum=-0.229;SC=AGGGTCTGGGACACGAGGGGA;SOR=0.653;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=132;TCF=48;TCR=84;TR=80;WE=195595640;WS=195595622;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,128:0.64:200
chr3	195596636	rs13084875	C	T	331.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-2.013;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.828;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=10;PP=220;ReadPosRankSum=-0.963;SC=TGGAGGAGGCCCCAGGCAGAG;SOR=1.508;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=22;TCF=5;TCR=17;TR=12;WE=195596644;WS=195596626;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,14:0.56:25
chr3	195599085	rs2241413	T	C	3606.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.263;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=239;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.768;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=77;NR=37;PP=1783;ReadPosRankSum=0.698;SC=ACGCGTGCCGTGCTGAGGGCC;SOR=0.852;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=171;TCF=114;TCR=57;TR=114;WE=195599093;WS=195599075;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,158:0.68:234
chr3	195603634	rs11185487	G	A	356.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.138;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=13;PP=292;ReadPosRankSum=-1.165;SC=AGGGCGGGGCGGGGCACACCC;SOR=0.454;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=45;TCF=12;TCR=33;TR=18;WE=195603642;WS=195603624;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,17:0.40:43
chr3	195603652	rs9815549	T	G	538.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=1.414;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=17;PP=430;ReadPosRankSum=1.629;SC=CCCACAACCCTCCCAGGAGCA;SOR=0.941;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=37;TCF=9;TCR=28;TR=22;WE=195603660;WS=195603642;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,22:0.59:37
chr3	195605392	rs142476959	G	A	7038.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.714;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=530;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.544;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=83;NR=128;PP=2962;ReadPosRankSum=0.427;SC=GGACCATGACGTTGTAGATGT;SOR=0.749;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=335;TCF=134;TCR=201;TR=211;WE=195605400;WS=195605382;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:192,330:0.63:522
chr3	195686891	rs201127123	T	C	299.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.215;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=1.009;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.58;MQRankSum=-4.244;QD=4.34;ReadPosRankSum=-0.654;SOR=0.879;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:49,20:0.29:69
chr3	195690216	rs189732960	T	C	348.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.889;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=617;ExcessHet=3.0103;FS=2.642;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.04;MQRankSum=-19.856;QD=0.57;ReadPosRankSum=3.296;SOR=0.465;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:527,90:0.15:617
chr3	195690251	rs200738162	A	G	107.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.081;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=768;ExcessHet=3.0103;FS=1.780;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.20;MQRankSum=-25.456;QD=0.14;ReadPosRankSum=6.987;SOR=0.751;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:673,95:0.12:768
chr3	195692311	rs62282793	T	C	50.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.880;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FS=4.626;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.03;MQRankSum=-9.511;QD=0.50;ReadPosRankSum=-0.274;SOR=0.262;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:87,14:0.14:101
chr3	195692347	rs62282794	G	A	379.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.176;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FS=0.664;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.42;MQRankSum=-11.349;QD=1.81;ReadPosRankSum=-1.134;SOR=0.587;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:170,40:0.19:210
chr3	195692419	rs77887672	C	G	79.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.814;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=419;ExcessHet=3.0103;FS=0.805;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.66;MQRankSum=-15.322;QD=0.19;ReadPosRankSum=4.149;SOR=0.725;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:363,55:0.13:418
chr3	195702704	rs199557292	T	C	1139.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-6.575;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FS=2.626;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=39.82;MQRankSum=-1.653;QD=9.91;ReadPosRankSum=0.585;SOR=0.436;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:65,50:0.43:115
chr3	195706589	rs146645407	T	C	645.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=7.496;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=12.529;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-7.915;NF=64;NR=17;PP=1759;ReadPosRankSum=-5.073;SC=AGCCGAACGCTTTCCGGGCAA;SOR=1.583;SbPval=0.93;Source=Platypus;TC=194;TCF=133;TCR=61;TR=81;WE=195706597;WS=195706579;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:190,41:0.18:231
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chr3	195710989	rs2620604	G	A	5127.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.947;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=441;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.88;MQRankSum=-14.843;QD=11.63;ReadPosRankSum=1.164;SOR=0.722;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:296,145:0.33:441
chr3	195710993	rs4927692	A	G	5075.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.337;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=443;ExcessHet=3.0103;FS=0.556;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.86;MQRankSum=-14.854;QD=11.46;ReadPosRankSum=1.363;SOR=0.764;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:298,145:0.33:443
chr3	195779155	rs41298097	C	T	325.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.042;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=4.889;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.93;ReadPosRankSum=-0.738;SOR=0.219;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,19:0.40:47
chr3	195779163	.	CTTTT	C	221.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.876;ClippingRankSum=-0.000;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=13.86;ReadPosRankSum=0.000;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,8:0.50:16
chr3	195782176	rs419068	CA	TG	4012.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.249;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=442;ExcessHet=3.0103;FS=2.856;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.18;ReadPosRankSum=-0.454;SOR=0.940;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:318,119:0.27:437
chr3	195782184	rs419059	C	T	3755.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.357;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=408;ExcessHet=3.0103;FS=3.773;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.32;ReadPosRankSum=0.704;SOR=0.989;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:293,110:0.27:403
chr3	195784997	rs3933	G	A	529.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=3.553;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=4;PP=393;ReadPosRankSum=0.509;SC=TGTAATCCTCGTCATTTGTCC;SOR=0.525;SbPval=0.26;Source=Platypus;TC=73;TCF=66;TCR=7;TR=27;WE=195785005;WS=195784987;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,27:0.31:86
chr3	195785328	rs13088791	C	T	2761.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-4.385;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.875;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=45;PP=2069;ReadPosRankSum=0.149;SC=AATTCTTTAGCTGAATATCTT;SOR=0.428;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=153;TCF=84;TCR=69;TR=96;WE=195785336;WS=195785318;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,104:0.64:163
chr3	195787306	rs13071789	T	C	1142.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.409;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=27.87;ReadPosRankSum=-1.158;SOR=1.058;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,29:0.71:41
chr3	195787306	.	TTC	CTG	953	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MMLQ=28;MQ=60.0;NF=4;NR=18;PP=953;QD=45.7485397665;SC=CTAAGCTAACTTCACTCAAGT;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=34;TCF=7;TCR=27;TR=22;WE=195787316;WS=195787296;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:12,22:0.65:34
chr3	195789376	rs526860	C	T	190.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.829;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.466;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=6;PP=103;ReadPosRankSum=1.632;SC=TGCACTCCAGCCTGGGCGACA;SOR=0.405;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=50;TCF=31;TCR=19;TR=12;WE=195789384;WS=195789366;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,15:0.21:70
chr3	195789414	rs2239641	T	C	2299.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=0.657;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.749;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=27;PP=1012;ReadPosRankSum=1.836;SC=CAAAAAAGTTTACCTGAATTC;SOR=0.818;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=76;TCF=40;TCR=36;TR=59;WE=195789436;WS=195789404;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,101:0.75:134
chr3	195789428	rs507131	C	A	4188.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=45;NR=37;PP=1773;SC=TGAATTCATACACAGCTAATG;SOR=0.884;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=83;TCF=45;TCR=38;TR=82;WE=195789436;WS=195789404;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,158:1.00:158
chr3	195789708	rs2239640	G	T	7222.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.003;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=538;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=116;NR=104;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.243;SC=AATATGGGAAGGGATGATAAA;SOR=0.682;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=329;TCF=176;TCR=153;TR=220;WE=195789716;WS=195789698;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:195,337:0.63:532
chr3	195792288	rs55639089	CGGG	C	1188.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.151;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=40.99;ReadPosRankSum=1.196;SOR=5.353;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,28:0.97:29
chr3	195792301	rs41295873	G	T	1269.84	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.034;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=11.403;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=32.56;ReadPosRankSum=2.649;SOR=4.235;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,34:0.87:39
chr3	195798258	rs480760	T	C	27538.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-2.194;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1052;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=370;NR=280;PP=2965;ReadPosRankSum=1.106;SC=ACTGTTTTGCTTTACTTACAG;SOR=0.515;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=654;TCF=372;TCR=282;TR=650;WE=195798266;WS=195798248;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,1044:1.00:1045
chr3	195801917	rs56119775	C	CA	57.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.845;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=9.132;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.30;MQRankSum=1.461;QD=1.86;ReadPosRankSum=-1.122;SOR=3.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,11:0.35:31
chr3	195804021	rs41300435	G	A	998.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=1.093;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.584;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=20;PP=482;ReadPosRankSum=-0.600;SC=GAATTATTGAGAAAGATACTA;SOR=0.640;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=111;TCF=46;TCR=65;TR=36;WE=195804029;WS=195804011;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:124,58:0.32:182
chr3	195926234	rs939892	T	C	1266.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=30;NR=3;PP=776;SC=CAAGAGCCTTTGCTGTCATGT;SOR=3.312;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=33;TCF=30;TCR=3;TR=33;WE=195926242;WS=195926232;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr3	195937410	rs6795707	G	T	4789.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=95;NR=46;PP=2757;SC=TCAGTAGGAAGAGCACTTTAG;SOR=1.516;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=141;TCF=95;TCR=46;TR=141;WE=195937418;WS=195937400;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,174:1.00:174
chr3	195937659	rs6795963	G	A	2251.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=30;NF=13;NR=51;PP=1536;SC=CAAAGCCCCCGGCCCAAGGCC;SOR=2.681;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=64;TCF=13;TCR=51;TR=64;WE=195937667;WS=195937649;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr3	195941216	rs7642243	C	G	4058.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=73;NR=40;PP=1988;SC=TTCCGGCTTCCTGCACACAAA;SOR=1.215;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=113;TCF=73;TCR=40;TR=113;WE=195941224;WS=195941206;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,158:1.00:158
chr3	195943481	rs56030157	C	T	9650.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=378;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=168;NR=123;PP=2965;SC=GCTTGCCCCCCACCCCGGCCC;SOR=0.826;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=296;TCF=172;TCR=124;TR=291;WE=195943489;WS=195943471;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,367:1.00:367
chr3	195953775	rs68119320	C	T	413.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-1.873;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=2;PP=255;ReadPosRankSum=-1.396;SC=ATCCGAGGAACAAGCCCAGGC;SOR=0.429;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=65;TCF=59;TCR=6;TR=20;WE=195953783;WS=195953765;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,22:0.33:67
chr3	195954069	rs147316733	A	ACGTCACTTC	2365.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.677;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=253;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.009;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=65;PP=961;ReadPosRankSum=1.081;SC=TAAACTCAGCACGTCACTTCG;SOR=0.528;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=97;TCF=9;TCR=88;TR=72;WE=195954086;WS=195954059;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,112:0.64:175
chr3	195954078	rs57985677	C	CCGTCACTTT	1148.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.362;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FS=1.269;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.16;MQRankSum=0.000;QD=6.56;ReadPosRankSum=-0.504;SOR=0.845;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:113,62:0.35:175
chr3	195954299	rs73212134	G	A	2659.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-2.107;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.541;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=23;PP=1737;ReadPosRankSum=0.274;SC=AGAGTGTGGGGGAAAGTCTCA;SOR=0.452;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=123;TCF=93;TCR=30;TR=87;WE=195954307;WS=195954289;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,108:0.71:152
chr3	195955178	rs72611184	C	T	704.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=3.385;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=30;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=27;PP=495;ReadPosRankSum=-0.316;SC=CCCCAGGAGCCGGGGAGCCTC;SOR=0.616;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=89;TCF=16;TCR=73;TR=34;WE=195955186;WS=195955168;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,35:0.34:102
chr3	195955203	rs78736929	T	C	1296.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.142;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.76;ReadPosRankSum=-0.455;SOR=0.824;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,51:0.70:73
chr3	195955762	rs939885	G	A	9192.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-0.306;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=361;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=109;NR=98;PP=2965;ReadPosRankSum=0.574;SC=CCTGTTTCTCGTCCCCGACGG;SOR=0.400;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=208;TCF=110;TCR=98;TR=207;WE=195955770;WS=195955752;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,355:0.99:358
chr3	195956675	rs60276076	C	G	1392.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=28;NR=13;PP=943;SC=AGTGAGCTATCATTGCACCTC;SOR=1.562;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=41;TCF=28;TCR=13;TR=41;WE=195956683;WS=195956665;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr3	195956726	rs144375332	AAG	A	80.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.014;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.11;MQRankSum=2.517;QD=0.88;ReadPosRankSum=0.898;SOR=0.612;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:80,12:0.13:92
chr3	195956827	rs17852687	T	C	6078.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=234;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=85;NR=69;PP=2600;SC=ACACTTTCCTTGGCGTGTCCA;SOR=0.821;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=158;TCF=85;TCR=73;TR=154;WE=195956835;WS=195956817;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,230:1.00:230
chr3	195956970	rs67261052	C	T	2599.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.982;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=51;PP=1422;ReadPosRankSum=-0.977;SC=GTTTCATAACCGAGCTACAGA;SOR=1.562;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=71;TCF=20;TCR=51;TR=71;WE=195956978;WS=195956960;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,98:0.98:100
chr3	195959859	rs56867360	C	T	1142.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=30;NR=5;PP=883;SC=GCTCAACTCCCGTGCCCGGGC;SOR=3.086;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=35;TCF=30;TCR=5;TR=35;WE=195959867;WS=195959854;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr3	195959924	rs1476331	T	C	4680.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=102;NR=30;PP=2965;SC=TATTTCACCCTACACTGCAGT;SOR=2.026;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=132;TCF=102;TCR=30;TR=132;WE=195959932;WS=195959914;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,162:1.00:162
chr3	195960225	rs9343	A	G	2900.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=17;NR=65;PP=2018;SC=ACAATGTTAGAATAAAATTGC;SOR=2.303;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=82;TCF=17;TCR=65;TR=82;WE=195960233;WS=195960215;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr3	195965509	rs3184886	T	C	1291.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-1.028;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=17;PP=645;ReadPosRankSum=0.258;SC=ACAGAGAGCTTCTGAAGGTAA;SOR=0.795;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=55;TCF=32;TCR=23;TR=42;WE=195965517;WS=195965499;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,59:0.82:72
chr3	195968281	rs57987393	A	G	309.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=1.974;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.231;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=2;PP=165;ReadPosRankSum=-0.691;SC=CTGGTCTCAAACTCCTGGCCT;SOR=1.323;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=42;TCF=30;TCR=12;TR=12;WE=195968289;WS=195968273;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,17:0.29:58
chr3	195968643	rs1045075	G	A	765.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.012;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FS=3.278;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.48;ReadPosRankSum=0.900;SOR=1.039;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:127,44:0.26:171
chr3	195975284	rs3772107	C	G	497.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-1.659;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.161;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=16;PP=281;ReadPosRankSum=-0.133;SC=ACTCTGTCACCCAGGCTGGAG;SOR=0.284;SbPval=0.26;Source=Platypus;TC=68;TCF=11;TCR=57;TR=21;WE=195975292;WS=195975274;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,26:0.31:83
chr3	195994049	.	C	CA	623.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.253;ClippingRankSum=0.000;DP=82;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.01;MQRankSum=0.789;QD=9.04;ReadPosRankSum=0.169;SOR=0.660;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,44:0.64:69
chr3	196022961	rs75016149	G	T	3422.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.416;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=781;ExcessHet=3.0103;FS=1.234;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.43;ReadPosRankSum=-1.333;SOR=0.806;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:551,222:0.29:773
chr3	196050834	rs35643777	C	T	5661.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=2.251;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=434;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.790;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=84;NR=95;PP=2922;ReadPosRankSum=1.017;SC=TCCAGGCAGACGGAGTTCCAG;SOR=0.549;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=295;TCF=130;TCR=165;TR=179;WE=196050842;WS=196050824;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:170,256:0.60:426
chr3	196051087	rs147354585	GTC	G	861.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.780;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=711;ExcessHet=3.0103;FS=1.802;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.03;MQRankSum=3.866;QD=1.28;ReadPosRankSum=-0.374;SOR=0.864;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:585,87:0.13:672
chr3	196051131	rs57405871	C	T	10968.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.136;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=793;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.541;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.765;NF=178;NR=145;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.029;SC=CCCAAGCCTCCACCCATTTAC;SOR=0.766;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=530;TCF=286;TCR=244;TR=323;WE=196051139;WS=196051121;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:288,496:0.63:784
chr3	196054439	rs6785339	T	G	2264.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=3.211;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.080;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=57;PP=1429;ReadPosRankSum=0.335;SC=TGAGCTTGCCTGCGTGCAGGG;SOR=0.962;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=123;TCF=34;TCR=89;TR=76;WE=196054447;WS=196054429;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,96:0.61:158
chr3	196054488	rs6782336	A	G	898.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-0.935;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.752;HP=1;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=28;PP=612;ReadPosRankSum=-0.568;SC=AGGGAGTCGCAGCAGCTCTGC;SOR=1.347;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=52;TCF=9;TCR=43;TR=33;WE=196054496;WS=196054478;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,36:0.57:63
chr3	196088809	.	T	TA	320.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.554;ClippingRankSum=0.000;DP=177;ExcessHet=3.0103;FS=2.879;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.21;ReadPosRankSum=0.736;SOR=0.442;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:102,43:0.30:145
chr3	196096400	rs144406807	T	TA	1310.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.563;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.729;HP=11;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=1.181;NF=2;NR=35;PP=475;ReadPosRankSum=-0.517;SC=ATCATTGATATAAAAAAAAAA;SOR=0.830;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=68;TCF=7;TCR=61;TR=37;WE=196096408;WS=196096390;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,76:0.60:127
chr3	196096451	rs9860931	C	T	1063.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-3.140;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.337;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.723;NF=8;NR=29;PP=638;ReadPosRankSum=-1.398;SC=CCTTCTTATACACCAACATCA;SOR=0.212;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=61;TCF=13;TCR=48;TR=37;WE=196096459;WS=196096441;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,46:0.68:68
chr3	196118621	rs6583305	A	T	3093.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=2.964;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=285;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.079;HP=6;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=95;NR=38;PP=2338;ReadPosRankSum=0.810;SC=GTAATTTTTTAAAAAAAGGCA;SOR=0.933;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=197;TCF=138;TCR=59;TR=133;WE=196118629;WS=196118611;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:92,165:0.64:257
chr3	196118908	rs73213958	C	A	1088.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-6.903;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=50;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=39;PP=873;ReadPosRankSum=0.939;SC=TGTCAATATGCTTGACCTCAA;SOR=0.646;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=66;TCF=6;TCR=60;TR=43;WE=196118916;WS=196118898;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,42:0.67:63
chr3	196134294	.	TA	T	625.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.835;ClippingRankSum=0.000;DP=261;ExcessHet=3.0103;FS=5.820;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.08;MQRankSum=1.600;QD=3.66;ReadPosRankSum=2.045;SOR=1.228;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:99,72:0.42:171
chr3	196158550	.	C	T	2500.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.867;ClippingRankSum=0.000;DP=599;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.24;ReadPosRankSum=0.596;SOR=0.657;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:434,156:0.26:590
chr3	196158773	rs6583309	G	A	966.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.166;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FS=2.759;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.63;ReadPosRankSum=-0.659;SOR=0.502;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:153,56:0.27:209
chr3	196215451	.	C	CA	61.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.224;ClippingRankSum=0.000;DP=137;ExcessHet=3.0103;FS=1.995;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.47;ReadPosRankSum=-0.598;SOR=0.986;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:109,21:0.16:130
chr3	196281208	rs9311	T	C	8869.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.084;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=675;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=138;NR=112;PP=2962;ReadPosRankSum=0.441;SC=TATTTAGCTTTGGTAAAATGT;SOR=0.740;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=393;TCF=215;TCR=178;TR=250;WE=196281216;WS=196281198;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:253,412:0.62:665
chr3	196294104	rs9842616	C	G	12329.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=475;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=116;NR=158;PP=2965;SC=CTACAGGCTTCGGGTTTCTGA;SOR=0.889;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=275;TCF=116;TCR=159;TR=274;WE=196294112;WS=196294094;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,466:1.00:466
chr3	196386964	rs1798631	C	G	13347.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=509;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=188;NR=171;PP=2965;SC=ACATGGCAGCCCTCATGCTCC;SOR=0.759;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=361;TCF=189;TCR=172;TR=359;WE=196386972;WS=196386954;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,498:1.00:498
chr3	196443803	rs1906044	T	C	3188.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.11;SOR=0.774;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
chr3	196443947	rs35314545	G	A	681.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.972;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.900;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=17;PP=492;ReadPosRankSum=-0.615;SC=CGAGGCAGGCGGATCACAAGG;SOR=1.893;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=25;TCF=7;TCR=18;TR=23;WE=196443955;WS=196443937;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,25:0.93:27
chr3	196455682	rs71323744	G	A	6249.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.416;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=243;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=112;PP=2965;ReadPosRankSum=1.627;SC=CATGTACTATGTGTTTCTTTT;SOR=0.539;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=173;TCF=59;TCR=114;TR=171;WE=196455690;WS=196455672;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,232:1.00:233
chr3	196458052	.	AT	A	47.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.570;ClippingRankSum=0.000;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=5.204;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.22;ReadPosRankSum=-1.198;SOR=2.055;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,12:0.31:39
chr3	196460680	rs34830136	C	T	8661.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.657;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=343;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=117;NR=100;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.797;SC=CTGTACATACCTCTCTAGTAT;SOR=0.788;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=220;TCF=118;TCR=102;TR=217;WE=196460688;WS=196460670;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,329:0.99:331
chr3	196532148	rs368708603	CT	C	509.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.237;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=11;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=5;PP=166;ReadPosRankSum=-0.361;SC=ACTTTCTCTGCTTTTTTTTTT;SOR=0.734;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=31;TCF=18;TCR=13;TR=16;WE=196532156;WS=196532138;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,34:0.58:59
chr3	196533671	rs35013100	G	A	2891.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.903;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.579;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=79;PP=1839;ReadPosRankSum=0.309;SC=GTTTAAAATCGTTTAGTATGG;SOR=0.765;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=169;TCF=41;TCR=128;TR=105;WE=196533679;WS=196533661;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,123:0.60:206
chr3	196534903	rs76207769	T	A	1411.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=1.019;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.927;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=38;PP=877;ReadPosRankSum=-0.306;SC=AATAAATTGTTTCCTTATAGC;SOR=1.144;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=80;TCF=28;TCR=52;TR=57;WE=196534911;WS=196534893;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,64:0.62:103
chr3	196539314	rs57409172	A	G	506.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-1.082;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=15;PP=296;ReadPosRankSum=-1.546;SC=TATGAGTTCAATGTCATAAAT;SOR=1.109;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=26;TCF=2;TCR=24;TR=15;WE=196539322;WS=196539304;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,21:0.66:32
chr3	196541580	rs11185455	G	A	5202.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=50;NR=107;PP=2965;SC=CTCCATCTCCGTGCCATTTCA;SOR=1.560;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=157;TCF=50;TCR=107;TR=157;WE=196541588;WS=196541570;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,189:1.00:189
chr3	196547538	rs2166799	G	A	661.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.523;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=20;PP=450;ReadPosRankSum=-0.910;SC=TAAAGTAGAAGGTTGATAAAA;SOR=0.693;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=32;TCF=2;TCR=30;TR=21;WE=196547546;WS=196547528;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,26:0.68:38
chr3	196612959	rs151102982	C	T	5694.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-3.890;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=893;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.542;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=99;NR=120;PP=2910;ReadPosRankSum=-1.180;SC=TTCTTGTCGGCATCAGCCGTA;SOR=0.751;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=586;TCF=270;TCR=316;TR=219;WE=196612967;WS=196612949;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:572,315:0.36:887
chr3	196627088	rs9825635	A	G	671.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=-1.033;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.372;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=20;PP=505;ReadPosRankSum=-1.683;SC=TTTGATTACTATTGGCAGTAA;SOR=1.085;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=40;TCF=12;TCR=28;TR=28;WE=196627096;WS=196627078;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,28:0.67:42
chr3	196627335	rs6764463	T	C	1062.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.645;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.927;HP=4;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=18;PP=378;ReadPosRankSum=-1.413;SC=TGTATTAAAATGAGTAGTTTT;SOR=0.454;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=54;TCF=21;TCR=33;TR=31;WE=196627343;WS=196627325;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,53:0.65:82
chr3	196627361	rs6772870	G	A	612.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.463;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=16;PP=446;ReadPosRankSum=0.029;SC=TTTTACATTTGATGTAATTAT;SOR=0.711;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=40;TCF=14;TCR=26;TR=25;WE=196627369;WS=196627351;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,29:0.58:50
chr3	196650187	rs62411765	C	T	2526.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.431;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=29;PP=1274;ReadPosRankSum=-0.655;SC=CTTTTTTGCCCTTGTGCAGGT;SOR=0.650;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=121;TCF=76;TCR=45;TR=78;WE=196650195;WS=196650167;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,111:0.66:167
chr3	196656772	rs1602	G	A	1151.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=26;PP=710;SC=AAGTGTGGGTGTCATCCATGT;SOR=2.419;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=32;TCF=5;TCR=27;TR=31;WE=196656780;WS=196656762;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr3	196657670	rs63736860	CT	C	4451.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=50;NR=41;PP=1944;SC=TTTCTGGGACCTTTTTTTTTG;SOR=1.244;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=99;TCF=54;TCR=45;TR=91;WE=196657679;WS=196657660;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,204:1.00:204
chr3	196666059	rs553783	A	G	7126.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=265;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=108;NR=73;PP=2965;SC=AGGGACGCTTATGAGCTACCA;SOR=1.024;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=182;TCF=108;TCR=74;TR=181;WE=196666067;WS=196666049;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,262:1.00:262
chr3	196666214	rs62636582	G	A	4464.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.484;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=292;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.014;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=89;PP=2352;ReadPosRankSum=-0.360;SC=AGAGTTCATAGATTTGTTCTT;SOR=0.601;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=208;TCF=80;TCR=128;TR=146;WE=196666222;WS=196666204;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,201:0.71:285
chr3	196669488	rs3214858	C	CA	5672.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=37;NR=64;PP=2969;SC=CCGAGGGCGGCGTGTCGTCAT;SOR=0.842;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=105;TCF=38;TCR=67;TR=101;WE=196669496;WS=196669478;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,142:1.00:142
chr3	196669912	rs335824	C	T	857.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.339;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.731;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=25;PP=408;ReadPosRankSum=1.795;SC=GGGCCGAGGCCGCTTGCTTTT;SOR=0.570;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=113;TCF=23;TCR=90;TR=33;WE=196669920;WS=196669902;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:102,47:0.32:149
chr3	196674518	rs1147238	A	G	2083.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=2.248;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=373;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.405;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=32;PP=1002;ReadPosRankSum=0.349;SC=GTTGAAGAGGACCACAGTGCC;SOR=0.663;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=224;TCF=123;TCR=101;TR=69;WE=196674526;WS=196674508;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:255,116:0.31:371
chr3	196674916	rs1147240	A	C	4608.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.608;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=788;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.554;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=80;NR=111;PP=2301;ReadPosRankSum=1.234;SC=TCCTGGATGTAGCGGGGCTGG;SOR=0.793;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=520;TCF=232;TCR=288;TR=191;WE=196674924;WS=196674906;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:519,260:0.33:779
chr3	196674972	rs574365	CT	TC	7324.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.804;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=616;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.551;HP=3;HapScore=1;JOINED;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=76;NR=71;PP=2944;ReadPosRankSum=-0.369;SC=GCTGTGAGGGCTGCCCCAGGG;SOR=0.641;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=433;TCF=214;TCR=219;TR=147;WE=196674981;WS=196674962;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:403,205:0.34:608
chr3	196749798	rs2288766	T	G	2058.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=-1.118;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=15;PP=903;ReadPosRankSum=1.210;SC=CTCCCTGCCCTCGGCCCCTCC;SOR=0.706;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=94;TCF=68;TCR=26;TR=59;WE=196749806;WS=196749788;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,98:0.67:147
chr3	196750016	rs2288765	A	G	3330.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-2.155;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=60;PP=1551;ReadPosRankSum=-0.209;SC=GTCACTCAGCAGAACTTTCTT;SOR=0.693;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=148;TCF=63;TCR=85;TR=103;WE=196750024;WS=196750006;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,155:0.68:227
chr3	196750841	rs2280294	C	A	3249.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-2.660;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=236;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.572;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=42;PP=1336;ReadPosRankSum=-1.157;SC=ACACAGTGACCTGCGCCCGGT;SOR=0.516;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=152;TCF=72;TCR=80;TR=87;WE=196750849;WS=196750831;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,151:0.65:234
chr3	196751474	rs2280296	C	T	911.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=5.245;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.369;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=31;PP=672;ReadPosRankSum=-2.211;SC=GCTGTACACACGGATGTGTGC;SOR=2.390;SbPval=0.95;Source=Platypus;TC=53;TCF=5;TCR=48;TR=32;WE=196751482;WS=196751464;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,35:0.62:56
chr3	196754819	rs2276788	C	G	3758.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=27;NR=66;PP=1888;SC=CTCCCCCGCCCTGCCCAGCCC;SOR=1.542;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=93;TCF=27;TCR=66;TR=93;WE=196754827;WS=196754809;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,138:1.00:138
chr3	196754856	rs12637442	C	A	2020.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=40;PP=1207;SC=GTGGCTCCAGCAGTTCTGTGT;SOR=2.636;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=46;TCF=6;TCR=40;TR=46;WE=196754864;WS=196754846;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr3	196795720	rs6804448	T	C	2761.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=30;NR=27;PP=967;SC=ATAAAGCTAATGATAATTTAG;SOR=0.769;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=57;TCF=30;TCR=27;TR=57;WE=196795728;WS=196795710;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr3	196795879	rs57032552	A	ACT	2495.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=24;PP=1859;SC=CACAAATAATATTTTTATTTT;SOR=0.726;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=37;TCF=13;TCR=24;TR=37;WE=196795887;WS=196795869;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr3	196803647	rs12632559	T	C	481.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=2.388;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.496;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=17;PP=357;ReadPosRankSum=-0.268;SC=AGCTGACTCCTATGACCACAG;SOR=0.337;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=59;TCF=9;TCR=50;TR=21;WE=196803655;WS=196803637;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,22:0.35:62
chr3	196846437	rs6776073	C	T	3106.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.034;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=244;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=65;PP=1487;ReadPosRankSum=-0.730;SC=ACTTCAAACACGAAACAAGCC;SOR=0.680;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=161;TCF=56;TCR=105;TR=101;WE=196846445;WS=196846427;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:89,145:0.62:234
chr3	196869688	rs7628652	A	G	4664.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.35;SOR=0.737;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,184:1.00:184
chr3	196876600	rs73210523	G	A	4478.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.513;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=334;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=51;PP=1792;ReadPosRankSum=0.275;SC=ATGTGGGGAGGAAATGGAACT;SOR=0.715;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=172;TCF=88;TCR=84;TR=105;WE=196876608;WS=196876590;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:121,208:0.63:329
chr3	196876775	rs149672384	T	TTA	720.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-0.270;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.271;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=15;PP=633;ReadPosRankSum=1.578;SC=AGTTATAATCTTATATGAGCT;SOR=3.706;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=28;TCF=0;TCR=28;TR=15;WE=196876783;WS=196876765;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,20:0.65:31
chr3	196910315	rs36054755	GA	G	499.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=1.981;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.722;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=0;PP=545;ReadPosRankSum=2.586;SC=CGGATGGACAGAAAACATACA;SOR=1.765;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=27;TCF=26;TCR=1;TR=17;WE=196910323;WS=196910307;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,22:0.69:32
chr3	197020630	rs364644	G	A	1277.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.355;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=16;PP=435;ReadPosRankSum=-2.695;SC=ATAACTCACTGCGGCCTAAAC;SOR=0.725;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=141;TCF=80;TCR=61;TR=40;WE=197020638;WS=197020620;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:132,74:0.36:206
chr3	197020718	rs434681	T	C	1577.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.601;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=313;ExcessHet=3.0103;FS=0.446;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.04;ReadPosRankSum=0.908;SOR=0.729;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:218,95:0.30:313
chr3	197020780	rs3836429	G	GA	373.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.567;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.669;HP=7;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=17;PP=412;ReadPosRankSum=-0.858;SC=CTTACTGAGAGAAAAAACCTT;SOR=1.360;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=71;TCF=9;TCR=62;TR=19;WE=197020788;WS=197020770;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,28:0.25:113
chr3	197020871	rs450891	G	A	214.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.070;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=8;PP=120;ReadPosRankSum=-1.830;SC=GCTTAGGGCAGTTTACAAGCT;SOR=0.641;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=25;TCF=5;TCR=20;TR=10;WE=197020879;WS=197020861;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,13:0.33:39
chr3	197023445	rs3852013	C	A	1141.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=3.217;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.166;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=34;PP=826;ReadPosRankSum=1.584;SC=TAAATAGTTCCGCAAATCCTT;SOR=1.487;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=59;TCF=12;TCR=47;TR=40;WE=197023453;WS=197023435;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,45:0.64:70
chr3	197239266	rs9325394	C	G	3596.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.338;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.563;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=76;PP=2096;ReadPosRankSum=0.820;SC=ACCTGCTAAGCCGTTACTGCC;SOR=0.749;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=158;TCF=51;TCR=107;TR=112;WE=197239274;WS=197239256;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,154:0.71:217
chr3	197432063	rs58507505	T	C	22474.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.118;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=866;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=240;NR=283;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.318;SC=AGGGAACACATACAATGAGCA;SOR=0.794;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=525;TCF=241;TCR=284;TR=523;WE=197432071;WS=197432053;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:6,853:0.99:859
chr3	197482760	rs13068986	C	G	5215.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=60;NR=62;PP=2376;SC=GGAAAATGGACGCTTCTGCGA;SOR=0.767;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=122;TCF=60;TCR=62;TR=122;WE=197482768;WS=197482750;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,195:1.00:195
chr3	197483279	rs6794391	A	G	5365.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=110;NR=41;PP=2965;SC=AAAATAATTGACATTTCCTCT;SOR=1.711;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=151;TCF=110;TCR=41;TR=151;WE=197483287;WS=197483269;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,192:1.00:192
chr3	197490285	.	C	CA	110.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.201;ClippingRankSum=0.000;DP=244;ExcessHet=3.0103;FS=10.766;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.04;MQRankSum=0.000;QD=0.52;ReadPosRankSum=-2.264;SOR=1.640;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:175,38:0.18:213
chr3	197495334	rs3205525	G	A	4447.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=60;NR=40;PP=1807;SC=AGTCTGAATCGTAGAGGAAGA;SOR=0.996;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=100;TCF=60;TCR=40;TR=100;WE=197495342;WS=197495324;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,171:1.00:171
chr3	197496984	rs1708460	A	G	2297.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=51;NR=17;PP=1414;SC=GATTAACATAATTTCTTGCCT;SOR=1.996;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=69;TCF=51;TCR=18;TR=68;WE=197496992;WS=197496974;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr3	197500394	rs3830497	T	TTTTG	14810.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.203;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=381;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=1.267;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.337;NF=24;NR=98;PP=2985;ReadPosRankSum=-0.005;SC=TTGGCAGTGTTTTTGTTTGTT;SOR=0.577;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=154;TCF=31;TCR=123;TR=122;WE=197500402;WS=197500384;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:9,337:0.97:346
chr3	197544200	rs55896070	C	CGTGTGTGTGTGT	1632.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=61.34;QD=37.97;SOR=2.584;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
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chr3	197544201	.	A	ATTTTGTGTGTGTGTGCG	1637.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=62.13;QD=54.59;SOR=3.912;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr3	197544211	.	G	GTATTT	465	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;FR=0.9998;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MMLQ=28;MQ=60.76;NF=0;NR=9;PP=465;QD=52.7777777778;SC=ATGTGTGTGTGTGTGTCTGTG;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=25;TCF=0;TCR=25;TR=9;WE=197544225;WS=197544191;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:16,9:0.36:25
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chr3	197544235	.	A	G	62.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=31.37;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr3	197557635	rs501101	C	T	12637.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.572;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=491;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=165;NR=108;PP=2965;ReadPosRankSum=2.403;SC=AGTCTCTTTTCGGCAGCCATG;SOR=0.528;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=276;TCF=168;TCR=108;TR=273;WE=197557643;WS=197557625;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,482:0.99:485
chr3	197574936	rs2306439	G	C	1379.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=1.512;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.257;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=38;PP=1054;ReadPosRankSum=1.285;SC=GACTGGCTAAGTGCTTATTTG;SOR=1.105;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=77;TCF=24;TCR=53;TR=54;WE=197574944;WS=197574926;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,58:0.69:84
chr3	197581147	rs9863587	A	G	7542.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=274;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=139;NR=72;PP=2965;SC=CTCTATGTCAACGTCTTCAAA;SOR=1.320;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=211;TCF=139;TCR=72;TR=211;WE=197581155;WS=197581137;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,269:1.00:269
chr3	197585598	rs59909069	C	T	1255.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.236;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=256;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.96;ReadPosRankSum=0.340;SOR=0.717;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:182,71:0.28:253
chr3	197597044	rs77281724	C	T	1461.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.557;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=342;ExcessHet=3.0103;FS=0.440;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.31;ReadPosRankSum=0.555;SOR=0.741;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:244,95:0.28:339
chr3	197602505	rs9758121	G	A	364.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.654;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.831;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-1.748;NF=6;NR=8;PP=107;ReadPosRankSum=1.238;SC=AGCCTGGGTGGCAGTGAGACC;SOR=0.645;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=36;TCF=19;TCR=17;TR=14;WE=197602513;WS=197602495;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,22:0.39:56
chr3	197639381	rs9809736	A	G	276.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=5.026;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.905;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=0;PP=190;ReadPosRankSum=0.073;SC=TTACAGCTATATAAGATATCT;SOR=1.702;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=28;TCF=25;TCR=3;TR=10;WE=197639389;WS=197639380;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,11:0.38:29
chr3	197658990	rs77745626	A	G	1798.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.897;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=275;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.540;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=15;PP=1196;ReadPosRankSum=0.640;SC=TTCCAGTAAGAGTGTTTTAGC;SOR=0.644;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=219;TCF=171;TCR=48;TR=71;WE=197658998;WS=197658980;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:168,89:0.35:257
chr3	197687433	rs113060473	G	GA	891.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.035;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.062;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=21;PP=787;ReadPosRankSum=0.720;SC=GGCAGAGCCTGACTCTTACAG;SOR=0.538;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=54;TCF=1;TCR=53;TR=21;WE=197687441;WS=197687423;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,31:0.41:76
chr3	197710959	rs77196201	T	C	3232.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.003;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=590;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.557;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=63;PP=1416;ReadPosRankSum=-2.115;SC=CATGCCTTGATTTTCTGCTTA;SOR=0.765;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=318;TCF=127;TCR=191;TR=100;WE=197710967;WS=197710949;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:388,188:0.33:576
chr3	197717568	rs74683446	T	C	3000.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.664;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=618;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.02;MQRankSum=1.479;QD=4.94;ReadPosRankSum=-0.561;SOR=0.712;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:416,191:0.31:607
chr3	197717643	rs150387425	A	ATATT	1347.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=2.448;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.483;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQ=60.07;MQRankSum=1.616;NF=2;NR=29;PP=1422;ReadPosRankSum=0.490;SC=AGAACTTATAATTAGAGCCTA;SOR=1.294;SbPval=0.12;Source=Platypus;TC=107;TCF=2;TCR=105;TR=31;WE=197717651;WS=197717633;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:105,41:0.28:146
chr4	53428	rs2859214	G	A	20062.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=678;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=148;NR=357;PP=2962;SC=GGGAGGCCTCGTCGGAACCGG;SOR=1.495;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=505;TCF=148;TCR=357;TR=505;WE=53454;WS=53418;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,673:1.00:673
chr4	53446	rs4970290	T	C	1040.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.411;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=509;ExcessHet=3.0103;FS=0.739;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.05;ReadPosRankSum=-0.453;SOR=0.760;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:410,97:0.19:507
chr4	59566	rs6856925	C	A	860.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.315;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=310;ExcessHet=3.0103;FS=0.793;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.95;MQRankSum=0.415;QD=2.83;ReadPosRankSum=-0.145;SOR=0.779;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:261,43:0.14:304
chr4	59571	rs6835149	A	T	773.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.665;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=265;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.94;MQRankSum=0.412;QD=2.98;ReadPosRankSum=0.578;SOR=0.542;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:224,36:0.14:260
chr4	60335	rs2780400	A	T	3696.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.705;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=317;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.859;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=62;PP=1692;ReadPosRankSum=0.148;SC=TTGCTTTTAGAGACATAGGAG;SOR=0.769;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=191;TCF=87;TCR=104;TR=112;WE=60343;WS=60325;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:140,176:0.56:316
chr4	60400	rs3864128	G	A	389.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.766;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.07;MQRankSum=-0.504;QD=2.51;ReadPosRankSum=0.717;SOR=0.747;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:122,33:0.21:155
chr4	60442	.	G	T	159.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.814;ClippingRankSum=0.000;DP=72;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.15;MQRankSum=2.688;QD=2.22;ReadPosRankSum=0.741;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:63,9:0.12:72
chr4	60448	rs2780399	G	T	180.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.572;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=1.898;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.17;MQRankSum=2.517;QD=2.82;ReadPosRankSum=0.077;SOR=0.279;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:55,9:0.14:64
chr4	60503	rs4021995	AT	A	62.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.126;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.42;MQRankSum=1.461;QD=2.73;ReadPosRankSum=-0.848;SOR=0.250;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,8:0.35:23
chr4	67596	rs10428293	G	A	55.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.620;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.01;ReadPosRankSum=-0.102;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:47,8:0.15:55
chr4	67846	rs7437270	C	A	418.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.506;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FS=0.866;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.49;ReadPosRankSum=-0.313;SOR=0.518;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:91,29:0.24:120
chr4	85995	rs61336127	C	CA	16416.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.62;DB;DP=407;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=101;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=31;NR=112;PP=2974;SC=AGAAACCCTACAATGTGAAAA;SOR=0.779;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=148;TCF=31;TCR=117;TR=143;WE=86003;WS=85985;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,388:1.00:388
chr4	86016	rs57253237	G	GC	12506.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.64;BaseQRankSum=1.038;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=427;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=34;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=-0.835;NF=23;NR=98;PP=2957;ReadPosRankSum=-0.163;SC=ATGTGGCAAAGCTTTACAGGG;SOR=0.881;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=121;TCF=23;TCR=98;TR=121;WE=86052;WS=86006;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,276:0.99:278
chr4	86022	rs74490941	C	A	13713.77	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=1.432;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=406;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=57.65;MQRankSum=-0.785;QD=44.82;ReadPosRankSum=-0.534;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,304:0.99:306
chr4	86022	.	CAG	ATA	2937	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.64;FR=1.0000;HP=2;HapScore=1;MGOF=34;MMLQ=28;MQ=50.36;NF=24;NR=51;PP=2937;QD=20;SC=CAAAGCTTTACAGGGTCCACA;SbPval=0.97;Source=Platypus;TC=132;TCF=64;TCR=68;TR=75;WE=86052;WS=86006;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:57,75:0.57:132
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chr4	86024	rs77715101	G	A	13938.77	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=1.420;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=406;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=57.65;MQRankSum=-0.785;QD=45.55;ReadPosRankSum=-0.596;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,304:0.99:306
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chr4	124375	rs3747693	T	G	4254.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=3.219;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=254;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.126;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=100;NR=39;PP=2702;ReadPosRankSum=-1.481;SC=GCATCCGGGATCTGGCGCGGC;SOR=0.817;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=194;TCF=139;TCR=55;TR=139;WE=124383;WS=124365;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,168:0.67:249
chr4	135694	rs12504142	G	A	1385.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=38;NR=5;PP=1078;SC=GTTATTTTCAGTGCATGTTTT;SOR=3.516;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=43;TCF=38;TCR=5;TR=43;WE=135702;WS=135684;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr4	135738	rs57013142	T	A	1543.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-1.137;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=16;PP=1029;ReadPosRankSum=0.492;SC=GCAAGGAGGCTGAGATTATTA;SOR=0.683;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=94;TCF=70;TCR=24;TR=59;WE=135746;WS=135728;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,69:0.58:119
chr4	155713	rs7440274	A	G	3133.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-2.506;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=259;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.515;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=54;PP=1431;ReadPosRankSum=0.459;SC=CTGCATAATCATAAGAAAATT;SOR=0.805;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=157;TCF=70;TCR=87;TR=92;WE=155721;WS=155703;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:109,148:0.58:257
chr4	264941	rs11731285	A	G	3626.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.376;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=277;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.504;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=46;PP=1795;ReadPosRankSum=-2.568;SC=TATGAGGACCACTTAAAGGCT;SOR=0.579;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=180;TCF=107;TCR=73;TR=111;WE=264949;WS=264931;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:105,169:0.62:274
chr4	299261	rs79657896	G	A	1744.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=1.916;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=44;PP=1145;ReadPosRankSum=0.940;SC=TGGCGCAAAAGGCAAAAGCCG;SOR=0.723;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=97;TCF=27;TCR=70;TR=62;WE=299269;WS=299251;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,71:0.66:108
chr4	331693	rs5855672	G	GC	19604.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=530;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=90;NR=160;PP=2957;SC=TTCGGCCACAGCTCAGCCTCC;SOR=0.852;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=254;TCF=93;TCR=161;TR=250;WE=331701;WS=331683;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,525:1.00:525
chr4	338031	.	A	C	153.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.511;ClippingRankSum=0.000;DP=103;ExcessHet=3.0103;FS=8.224;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.39;MQRankSum=6.062;QD=1.49;ReadPosRankSum=-1.449;SOR=0.133;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:93,10:0.10:103
chr4	338036	.	A	T	180.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.969;ClippingRankSum=0.000;DP=110;ExcessHet=3.0103;FS=9.844;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.12;MQRankSum=3.482;QD=1.64;ReadPosRankSum=-1.726;SOR=0.128;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:98,12:0.11:110
chr4	338047	.	G	A	342.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.111;ClippingRankSum=0.000;DP=130;ExcessHet=3.0103;FS=8.124;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.24;MQRankSum=4.650;QD=2.66;ReadPosRankSum=-1.825;SOR=0.172;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:112,17:0.13:129
chr4	338054	.	G	A	555.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.245;ClippingRankSum=0.000;DP=146;ExcessHet=3.0103;FS=10.029;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.18;MQRankSum=3.994;QD=3.83;ReadPosRankSum=-0.714;SOR=0.150;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:127,18:0.12:145
chr4	338078	.	A	T	467.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.511;ClippingRankSum=0.000;DP=200;ExcessHet=3.0103;FS=1.819;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.12;MQRankSum=2.816;QD=2.34;ReadPosRankSum=1.910;SOR=0.479;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:175,25:0.12:200
chr4	338086	.	T	G	473.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.756;ClippingRankSum=0.000;DP=220;ExcessHet=3.0103;FS=0.816;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.11;MQRankSum=2.956;QD=2.15;ReadPosRankSum=2.872;SOR=0.569;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:195,25:0.11:220
chr4	338100	.	ATT	A	643.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.277;ClippingRankSum=0.000;DP=276;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.99;MQRankSum=0.002;QD=2.33;ReadPosRankSum=2.074;SOR=0.633;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:242,34:0.12:276
chr4	338112	.	A	T	601.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.431;ClippingRankSum=0.000;DP=298;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.95;MQRankSum=0.002;QD=2.05;ReadPosRankSum=2.944;SOR=0.691;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:260,34:0.12:294
chr4	338113	.	A	T	604.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.798;ClippingRankSum=0.000;DP=302;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.96;MQRankSum=0.002;QD=2.04;ReadPosRankSum=3.018;SOR=0.687;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:263,34:0.11:297
chr4	338129	rs75245145	G	A	1061.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.181;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=396;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.61;MQRankSum=-2.107;QD=2.73;ReadPosRankSum=-1.453;SOR=0.656;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:327,62:0.16:389
chr4	338156	rs79227679	T	A	1035.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.697;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=516;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.21;MQRankSum=-6.575;QD=2.06;ReadPosRankSum=-1.787;SOR=0.673;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:404,100:0.20:504
chr4	338186	rs78725891	G	T	1262.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.563;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=565;ExcessHet=3.0103;FS=1.390;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.29;MQRankSum=-6.565;QD=2.29;ReadPosRankSum=0.286;SOR=0.789;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:436,115:0.21:551
chr4	338197	.	T	TGA	3747.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.312;ClippingRankSum=0.000;DP=582;ExcessHet=3.0103;FS=2.211;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.33;MQRankSum=-6.189;QD=6.73;ReadPosRankSum=1.696;SOR=0.797;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:440,117:0.21:557
chr4	338200	.	G	C	3913.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-1.326;ClippingRankSum=0.000;DP=580;ExcessHet=3.0103;FS=2.195;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.34;MQRankSum=-6.831;QD=6.98;ReadPosRankSum=1.480;SOR=0.698;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:439,122:0.22:561
chr4	338201	.	ATC	A	3916.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-1.005;ClippingRankSum=0.000;DP=586;ExcessHet=3.0103;FS=3.066;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.34;MQRankSum=-6.956;QD=6.91;ReadPosRankSum=0.960;SOR=0.733;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:441,126:0.22:567
chr4	338205	rs80052234	T	C	3901.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.501;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=578;ExcessHet=3.0103;FS=3.049;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.36;MQRankSum=-7.050;QD=6.98;ReadPosRankSum=1.100;SOR=0.763;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:434,125:0.22:559
chr4	338246	rs79348421	G	A	4290.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.314;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=502;ExcessHet=3.0103;FS=2.013;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.30;MQRankSum=-6.420;QD=8.88;ReadPosRankSum=1.158;SOR=0.549;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:353,130:0.27:483
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chr4	338258	rs80241916	G	A	4014.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.046;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=446;ExcessHet=3.0103;FS=2.006;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.24;MQRankSum=-6.225;QD=9.40;ReadPosRankSum=-0.015;SOR=0.554;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:309,118:0.28:427
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chr4	338322	rs78396627	T	C	279.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.434;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FS=8.329;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.95;MQRankSum=-2.669;QD=2.12;ReadPosRankSum=-2.824;SOR=2.025;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:116,16:0.12:132
chr4	338334	rs75796306	A	C	54.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.530;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FS=5.626;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.98;MQRankSum=-3.266;QD=0.51;ReadPosRankSum=-2.154;SOR=1.702;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:98,9:0.08:107
chr4	338337	rs75299168	G	C	69.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.065;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FS=3.563;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.98;MQRankSum=-3.162;QD=0.69;ReadPosRankSum=-2.857;SOR=1.616;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:92,9:0.09:101
chr4	438302	.	G	A	1813.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.185;ClippingRankSum=0.000;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.344;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=38;PP=1006;ReadPosRankSum=-2.207;SC=ATTATACAAAGTACGCTAGTA;SOR=0.542;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=101;TCF=38;TCR=63;TR=64;WE=438310;WS=438292;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,85:0.58:146
chr4	466346	.	C	CAT	138.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.090;ClippingRankSum=0.000;DP=525;ExcessHet=3.0103;FS=1.134;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.95;MQRankSum=-20.843;QD=0.26;ReadPosRankSum=-5.549;SOR=0.403;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:486,38:0.07:524
chr4	466361	.	C	T	81.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.758;ClippingRankSum=0.000;DP=638;ExcessHet=3.0103;FS=2.419;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.84;MQRankSum=-21.935;QD=0.13;ReadPosRankSum=-2.522;SOR=0.412;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:587,49:0.08:636
chr4	466365	.	T	C	191.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.357;ClippingRankSum=0.000;DP=669;ExcessHet=3.0103;FS=3.549;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.69;MQRankSum=-22.293;QD=0.29;ReadPosRankSum=-3.040;SOR=0.424;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:611,55:0.08:666
chr4	500631	rs4690182	A	G	5758.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=78;NR=68;PP=2597;SC=CAGCTTCATCATCCTGCTGGT;SOR=0.776;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=146;TCF=78;TCR=68;TR=146;WE=500639;WS=500621;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,223:1.00:223
chr4	648643	rs10902758	G	A	9250.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=355;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=86;NR=116;PP=2965;SC=GATCGACTACGTCCTCCACGG;SOR=0.892;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=203;TCF=86;TCR=117;TR=202;WE=648651;WS=648633;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,350:1.00:350
chr4	663908	rs28675771	A	G	7729.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=313;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=102;NR=94;PP=2965;SC=CACTGGTCCCATGGGGACCCT;SOR=0.767;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=200;TCF=103;TCR=97;TR=196;WE=663916;WS=663898;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,307:1.00:307
chr4	664028	.	A	AT	71.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.279;ClippingRankSum=0.000;DP=80;ExcessHet=3.0103;FS=2.114;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.14;MQRankSum=0.000;QD=2.31;ReadPosRankSum=0.149;SOR=0.283;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,11:0.35:31
chr4	673872	rs73219286	T	C	2897.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.725;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.725;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=58;PP=1541;ReadPosRankSum=-1.467;SC=ATCCGGACATTTCACGTAAAA;SOR=0.567;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=144;TCF=43;TCR=101;TR=85;WE=673880;WS=673862;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:91,130:0.59:221
chr4	738512	.	T	C	2070	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;FR=1.0000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MMLQ=24;MQ=59.23;NF=13;NR=66;PP=2070;QD=26.6426735765;SC=AGTGTTAGTGTTCGCCGTGGA;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=79;TCF=13;TCR=66;TR=79;WE=738520;WS=738502;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr4	755025	rs2242233	G	A	1285.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-2.898;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.404;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=15;PP=829;ReadPosRankSum=-0.627;SC=ACCGTCCGGGGGAACCCTCCT;SOR=0.406;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=133;TCF=102;TCR=31;TR=52;WE=755033;WS=755015;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:99,61:0.38:160
chr4	759709	rs6810428	A	G	1520.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-2.603;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.952;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=16;PP=794;ReadPosRankSum=-1.425;SC=GCAGCCCTGCATGTGGACTGT;SOR=0.875;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=156;TCF=113;TCR=43;TR=65;WE=759717;WS=759699;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:115,81:0.41:196
chr4	759733	rs6816483	T	C	2334.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.047;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=279;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=28;PP=1041;ReadPosRankSum=-2.722;SC=TCACGGGACGTGATTCCTCAG;SOR=0.693;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=201;TCF=132;TCR=69;TR=85;WE=759741;WS=759723;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:158,116:0.42:274
chr4	780286	rs10794536	C	G	5869.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=2.104;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=224;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=87;NR=45;PP=2753;ReadPosRankSum=1.545;SC=GTCCCGCGCGCGGCTACTTCT;SOR=0.492;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=134;TCF=88;TCR=46;TR=132;WE=780294;WS=780276;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,216:1.00:217
chr4	786401	rs2306251	T	C	5544.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=2.795;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=681;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.112;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=68;NR=99;PP=2808;ReadPosRankSum=0.148;SC=TGGCCCCTGGTACAGAAGTTG;SOR=0.782;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=396;TCF=169;TCR=227;TR=167;WE=786409;WS=786391;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:398,279:0.41:677
chr4	786508	rs2306250	T	C	1307.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=4.415;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.974;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=45;PP=1067;ReadPosRankSum=-1.348;SC=CTCCATCCACTCGACCCTCTG;SOR=1.301;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=112;TCF=27;TCR=85;TR=55;WE=786516;WS=786498;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,56:0.48:117
chr4	818440	rs2276906	G	A	8386.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-1.425;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1009;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.525;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=125;NR=134;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.535;SC=CCCCTGCCTGGCCTTCCCCAG;SOR=0.763;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=599;TCF=293;TCR=306;TR=259;WE=818448;WS=818430;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:575,425:0.43:1000
chr4	843508	rs1134921	C	T	9466.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.229;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=751;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=126;NR=115;PP=2962;ReadPosRankSum=-2.896;SC=GACCAGGCGTCATTCAGCTCC;SOR=0.709;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=418;TCF=216;TCR=202;TR=241;WE=843516;WS=843498;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:308,436:0.59:744
chr4	843622	rs33919242	AC	A	124.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.125;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.09;ReadPosRankSum=1.507;SOR=0.296;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:96,18:0.16:114
chr4	845772	rs10031922	T	C	4383.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=25;NR=83;PP=2061;SC=CCTGTGGAGATGGAGATCGGA;SOR=1.667;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=108;TCF=25;TCR=83;TR=108;WE=845780;WS=845762;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,167:1.00:167
chr4	858941	rs1026738	T	C	4066.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=52;NR=60;PP=1984;SC=CCACTGCCGATGCTGCAGTCT;SOR=0.774;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=112;TCF=52;TCR=60;TR=112;WE=858949;WS=858931;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,152:1.00:152
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chr4	954275	rs3733346	T	C	1963.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.661;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.53;ReadPosRankSum=-0.057;SOR=0.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:56,50:0.47:106
chr4	954275	.	TGT	CGC	1360	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=18;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=27;NR=10;PP=1360;QD=38.2018344557;SC=GGGAAGATGCTGTGGTCAGGG;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=89;TCF=59;TCR=30;TR=37;WE=954285;WS=954265;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:52,37:0.42:89
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chr4	960713	rs4690196	G	A	1785.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.275;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.523;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=42;PP=1133;ReadPosRankSum=1.225;SC=ACCCCCCACCGAGTCTGGCCG;SOR=0.646;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=163;TCF=64;TCR=99;TR=73;WE=960721;WS=960703;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:116,87:0.43:203
chr4	961191	rs1377587	A	G	908.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=1.526;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.063;HP=2;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=17;PP=535;ReadPosRankSum=0.787;SC=GTGGGGGGTCAGGCGGGGTTC;SOR=0.283;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=96;TCF=35;TCR=61;TR=31;WE=961199;WS=961181;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,40:0.53:76
chr4	961373	rs1377586	G	A	2672.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-2.160;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=324;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.407;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=41;PP=1237;ReadPosRankSum=-0.087;SC=GGGACACCGTGACGAGGCGGA;SOR=0.719;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=204;TCF=112;TCR=92;TR=91;WE=961381;WS=961363;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:182,139:0.43:321
chr4	962053	rs62294487	G	C	109.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.697;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=8.44;ReadPosRankSum=0.584;SOR=1.508;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,4:0.31:13
chr4	962056	rs62294488	T	C	109.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.941;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=2.963;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.84;ReadPosRankSum=0.072;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,4:0.29:14
chr4	962067	.	C	T	58.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.963;ClippingRankSum=0.000;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=2.963;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.92;ReadPosRankSum=-1.695;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,3:0.20:15
chr4	962068	.	A	C	58.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.431;ClippingRankSum=0.000;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=6.021;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.67;ReadPosRankSum=-1.663;SOR=2.584;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,3:0.19:16
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chr4	980464	rs4690220	A	G	753.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=2.853;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=5;PP=463;ReadPosRankSum=0.983;SC=AAAATCGCTGAAGCCCCGGAG;SOR=0.473;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=85;TCF=70;TCR=15;TR=28;WE=980472;WS=980454;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,35:0.36:98
chr4	980932	rs10902762	G	A	215.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-0.770;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=1;PP=33;ReadPosRankSum=-1.533;SC=TCCTGGCCGCGCCCCCGGTGG;SOR=0.732;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=16;TCF=11;TCR=5;TR=5;WE=980940;WS=980922;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,13:0.39:33
chr4	980971	rs10794537	T	G	354.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.024;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=4;PP=107;ReadPosRankSum=1.204;SC=ACCTGGTGCATGTGGACGCGG;SOR=0.580;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=33;TCF=21;TCR=12;TR=11;WE=980979;WS=980961;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,21:0.38:56
chr4	982852	rs3796621	G	A	2561.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=2.298;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=332;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.410;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=36;PP=1253;ReadPosRankSum=-1.456;SC=TGCTCACACCGGCTGCGTCTA;SOR=0.647;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=205;TCF=111;TCR=94;TR=77;WE=982860;WS=982842;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:201,128:0.39:329
chr4	983060	rs3796622	T	C	5165.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-2.492;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=769;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.137;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=94;NR=98;PP=2224;ReadPosRankSum=0.667;SC=GTAGAGTGACTGCAGGAAGAA;SOR=0.711;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=482;TCF=247;TCR=235;TR=192;WE=983068;WS=983050;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:474,288:0.38:762
chr4	983809	rs4690221	C	T	2796.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.043;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=584;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.87;ReadPosRankSum=-1.149;SOR=0.739;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:407,167:0.29:574
chr4	985727	rs3822020	A	G	3134.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.010;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=421;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.536;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=52;PP=1376;ReadPosRankSum=0.056;SC=ATCCATCGTGAGGTGAGATGG;SOR=0.772;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=243;TCF=117;TCR=126;TR=97;WE=985735;WS=985717;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:255,165:0.39:420
chr4	994452	rs3755954	C	T	2951.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.207;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.338;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=45;PP=1283;ReadPosRankSum=0.708;SC=GGACGGGTACCTGGACCTTCT;SOR=0.549;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=128;TCF=56;TCR=72;TR=85;WE=994460;WS=994442;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,137:0.61:223
chr4	1006333	rs4647942	G	A	5748.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=0.416;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=519;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.522;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=77;NR=99;PP=2560;ReadPosRankSum=-0.850;SC=GGGCCTTCCCGCCGGCCGCCG;SOR=0.643;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=318;TCF=136;TCR=182;TR=176;WE=1006341;WS=1006323;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:231,279:0.55:510
chr4	1019054	rs145808953	CCA	C	525.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.514;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=576;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.02;MQRankSum=2.711;QD=1.05;ReadPosRankSum=-1.374;SOR=0.669;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:428,74:0.15:502
chr4	1050437	rs7680608	C	G	441.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=11;PP=314;SC=TCATAATTTTCGAAATTCACA;SOR=2.448;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=2;TCR=11;TR=13;WE=1050445;WS=1050427;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr4	1050653	rs3816474	G	A	3044.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=56;NR=29;PP=1712;SC=AGCAGGCTGGGGATGCTGATG;SOR=1.315;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=85;TCF=56;TCR=29;TR=85;WE=1050661;WS=1050643;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr4	1050849	rs10003009	GT	AC	4833.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=26;NR=44;PP=2926;SC=TGGTGACACGGTAGTTACAGC;SOR=1.168;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=71;TCF=26;TCR=45;TR=70;WE=1050858;WS=1050839;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr4	1050909	rs9992925	A	T	1333.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=39;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=7;NR=31;PP=812;SC=CATCTCTGAGAACCTCGGAGC;SOR=2.400;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=7;TCR=31;TR=38;WE=1050917;WS=1050899;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr4	1052009	rs13114658	A	G	431.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.228;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.435;HP=3;HapScore=2;MGOF=62;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=2;PP=382;ReadPosRankSum=1.028;SC=TTTCCTTTAAAACGCTGTGAA;SOR=1.247;SbPval=0.93;Source=Platypus;TC=35;TCF=26;TCR=9;TR=16;WE=1052017;WS=1052002;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,21:0.50:42
chr4	1052067	.	GGTT	G	1691.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.878;ClippingRankSum=0.000;DP=125;ExcessHet=3.0103;FS=1.501;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.87;ReadPosRankSum=0.878;SOR=0.555;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:57,65:0.53:122
chr4	1052071	.	AGAACGCAGTGAAGAAGGTGCTTGCGGGGG	A	1597.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=1.406;ClippingRankSum=0.000;DP=155;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.37;ReadPosRankSum=0.915;SOR=0.668;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:87,67:0.44:154
chr4	1052078	rs2290410	A	T	1672.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.968;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.663;HP=1;HapScore=1;MGOF=41;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=26;PP=1290;ReadPosRankSum=-1.668;SC=GTTAGAACGCAGTGAAGAAGG;SOR=0.805;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=81;TCF=48;TCR=33;TR=70;WE=1052086;WS=1052036;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,69:0.51:136
chr4	1052100	.	G	A	799	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;FR=0.5000;HP=6;HapScore=2;MGOF=67;MMLQ=24;MQ=59.87;NF=26;NR=15;PP=799;QD=20.3358832329;SC=GCTTGCGGGGGGGCACTACCT;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=103;TCF=61;TCR=42;TR=41;WE=1052108;WS=1052090;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:62,41:0.40:103
chr4	1052125	rs11724371	T	C	9775.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=63;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=72;NR=61;PP=2466;SC=GGCTTTCCCATGCTCCTCTGA;SOR=0.991;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=133;TCF=72;TCR=61;TR=133;WE=1052133;WS=1052115;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,212:1.00:212
chr4	1052166	rs2248083	A	C	12391.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=275;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=57;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=81;NR=80;PP=2637;SC=CTCGGGGCCCAGGGAGGAGAC;SOR=0.768;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=162;TCF=81;TCR=81;TR=161;WE=1052174;WS=1052156;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,274:1.00:274
chr4	1052206	rs2045069	T	C	12445.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=270;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=46.44;SOR=0.739;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,268:1.00:268
chr4	1052212	rs2045068	G	A	11713.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=265;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.54;SOR=0.796;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,263:1.00:263
chr4	1052355	rs2045067	C	T	957.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=24;PP=622;SC=AGGTTGCGGGCAGCCCTGGTG;SOR=2.584;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=27;TCF=3;TCR=24;TR=27;WE=1052363;WS=1052345;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr4	1067267	rs2290408	G	T	1064.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=32;NR=0;PP=873;SC=CCCATGCACCGGGTGGAAGGA;SOR=4.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=33;TCF=33;TCR=0;TR=32;WE=1067275;WS=1067262;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr4	1067638	rs6852155	T	G	5751.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=47;NR=130;PP=2965;SC=GTGGTAGAGGTGGTGTGGGTG;SOR=2.117;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=177;TCF=47;TCR=130;TR=177;WE=1067646;WS=1067628;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,198:1.00:198
chr4	1084723	rs658846	G	C	1540.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=11;NR=22;PP=873;SC=ACTCTCAGGAGAGCTCACAGT;SOR=1.262;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=33;TCF=11;TCR=22;TR=33;WE=1084731;WS=1084713;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr4	1087168	rs61648964	A	AAT	9727.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQ=60.05;NF=40;NR=51;PP=2930;SC=TATTGTAACAAATGCCAATAT;SOR=1.190;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=94;TCF=42;TCR=52;TR=91;WE=1087179;WS=1087158;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,209:1.00:209
chr4	1087171	rs59985183	G	T	9735.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=88;NR=52;PP=2725;SC=TGTAACAAATGCCAATATTTA;SOR=1.259;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=156;TCF=97;TCR=59;TR=140;WE=1087179;WS=1087158;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,218:1.00:218
chr4	1087265	rs1670534	T	C	13134.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.63;BaseQRankSum=-2.128;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=509;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=127;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.120;NF=138;NR=98;PP=2965;ReadPosRankSum=0.092;SC=GCGTTTGTGATGCTCACCTCC;SOR=0.297;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=238;TCF=140;TCR=98;TR=236;WE=1087273;WS=1087255;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,507:1.00:508
chr4	1087327	rs138488801	G	GCTGCCCAGGCTGGAGCCAGCC	15206.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=366;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=22;NR=57;PP=2965;SC=CAGAGCCTGTGACCTCCACGG;SOR=1.097;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=126;TCF=36;TCR=90;TR=79;WE=1087346;WS=1087317;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,302:1.00:302
chr4	1087329	rs118112880	C	T	15591.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=275;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=56.90;SOR=0.784;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,274:1.00:274
chr4	1087338	rs11725984	C	T	12063.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=279;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.55;SOR=0.923;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,277:1.00:277
chr4	1087487	rs60035268	G	A	4570.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.902;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=340;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.856;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=68;NR=79;PP=2426;ReadPosRankSum=0.610;SC=CTGTGGCTCTGATGTCTGTGA;SOR=0.751;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=228;TCF=108;TCR=120;TR=147;WE=1087495;WS=1087477;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:125,206:0.62:331
chr4	1087901	rs13106356	A	G	522.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-1.407;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.357;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=16;PP=377;ReadPosRankSum=1.595;SC=AAGCCCATGAAGGAGAGTGCC;SOR=2.655;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=26;TCF=1;TCR=25;TR=16;WE=1087909;WS=1087891;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,19:0.63:30
chr4	1090625	rs4045481	G	A	7854.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=301;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=65;NR=85;PP=2965;SC=TATCTGCGTCGGTCTGAAAGA;SOR=0.828;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=151;TCF=66;TCR=85;TR=150;WE=1090633;WS=1090615;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,297:1.00:297
chr4	1102005	rs56287616	A	G	488.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.109;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.233;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=4;PP=258;ReadPosRankSum=0.565;SC=GATTACTCAGATATCTTTGTT;SOR=1.092;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=41;TCF=29;TCR=12;TR=18;WE=1102013;WS=1101995;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,26:0.41:64
chr4	1102050	rs4974644	C	T	2202.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=28;NR=22;PP=939;SC=TTAGACACCACAAATGACTAA;SOR=0.922;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=50;TCF=28;TCR=22;TR=50;WE=1102058;WS=1102040;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr4	1164277	rs2279279	C	G	6174.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=95;NR=80;PP=2965;SC=CGCAGCCGCACCAGTGTCACC;SOR=0.833;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=176;TCF=95;TCR=81;TR=175;WE=1164285;WS=1164267;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,212:1.00:212
chr4	1164508	rs13140868	C	T	6439.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.058;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=524;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.528;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=90;NR=119;PP=2962;ReadPosRankSum=2.194;SC=CTCCTCTCAGCCATCCCACGG;SOR=0.783;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=363;TCF=163;TCR=200;TR=209;WE=1164516;WS=1164498;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:219,297:0.58:516
chr4	1164552	rs13115935	A	G	12434.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=464;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=145;NR=183;PP=2965;SC=AGGAAGGGGCAGCCTCCTCGG;SOR=0.871;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=328;TCF=145;TCR=183;TR=328;WE=1164560;WS=1164542;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,462:1.00:462
chr4	1165130	rs11247975	G	T	10123.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.718;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=374;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.046;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=117;NR=113;PP=2965;ReadPosRankSum=0.403;SC=CGAAAACACCGCGTGCACGCT;SOR=0.258;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=232;TCF=117;TCR=115;TR=230;WE=1165138;WS=1165120;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,370:1.00:371
chr4	1165587	rs2242279	C	G	3359.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=75;NR=25;PP=1846;SC=CGGGGGGCTCCGGCGCCGCAG;SOR=1.821;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=100;TCF=75;TCR=25;TR=100;WE=1165595;WS=1165577;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,129:1.00:129
chr4	1165741	rs922697	A	G	12314.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=476;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=126;NR=150;PP=2965;SC=GTATTTGGCCAGGGCTCTGGC;SOR=0.786;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=276;TCF=126;TCR=150;TR=276;WE=1165749;WS=1165731;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,471:1.00:471
chr4	1194630	rs56401136	T	C	15735.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=1.290;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=580;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=197;NR=142;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.173;SC=TGGGGCCAAGTCTGCAGTGTC;SOR=0.916;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=341;TCF=198;TCR=143;TR=339;WE=1194638;WS=1194620;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,572:0.99:576
chr4	1207517	rs11247979	T	C	882.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=27;PP=700;SC=CCCACGGCCCTGCTCTGCTCG;SOR=3.126;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=30;TCF=3;TCR=27;TR=30;WE=1207525;WS=1207507;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr4	1215585	rs1250088	T	C	10592.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=416;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=115;NR=113;PP=2965;SC=AACGTGCTGGTGGGTTCATGG;SOR=0.703;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=228;TCF=115;TCR=113;TR=228;WE=1215593;WS=1215575;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,412:1.00:412
chr4	1217056	rs2004531	G	A	3306.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=93;NR=19;PP=2365;SC=GGGCAGAGGTGTGAGGAACAG;SOR=2.644;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=114;TCF=94;TCR=20;TR=112;WE=1217064;WS=1217046;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr4	1243329	rs79746330	C	G	3635.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=71;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=68;NR=38;PP=1813;SC=AGCTGCCGCCCTCCCGCGCTC;SOR=1.270;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=106;TCF=68;TCR=38;TR=106;WE=1243337;WS=1243319;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,141:1.00:141
chr4	1243404	rs1680033	C	T	8070.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.939;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=305;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQ=59.98;MQRankSum=0.029;NF=117;NR=74;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.674;SC=AGGCCGCGGGCCCCCCATCGC;SOR=1.075;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=191;TCF=117;TCR=74;TR=191;WE=1243412;WS=1243394;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,299:0.99:301
chr4	1243573	rs1680032	T	C	13393.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.325;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=497;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=119;NR=172;PP=2965;ReadPosRankSum=1.386;SC=GGAGAACCCCTTCCCCGACCC;SOR=0.353;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=293;TCF=119;TCR=174;TR=291;WE=1243581;WS=1243563;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,493:1.00:494
chr4	1243681	.	C	T	1038.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-2.857;ClippingRankSum=0.000;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.050;HP=1;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=27;PP=639;ReadPosRankSum=1.327;SC=GCCCTGCCTGCTACCGGTGAA;SOR=0.297;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=68;TCF=17;TCR=51;TR=39;WE=1243689;WS=1243671;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,45:0.56:80
chr4	1244416	rs1732115	A	G	4478.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=77;NR=46;PP=2157;SC=CTGTCTGCTCAGCATGGACAG;SOR=1.127;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=123;TCF=77;TCR=46;TR=123;WE=1244424;WS=1244406;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,174:1.00:174
chr4	1399897	rs141872547	C	A	3481.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.566;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=265;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=49;PP=1705;ReadPosRankSum=0.917;SC=GCGCAAGGGGCGCACGCAGCG;SOR=0.706;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=158;TCF=79;TCR=79;TR=97;WE=1399905;WS=1399887;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:102,155:0.60:257
chr4	1698183	rs798719	C	T	3359.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=17;NR=81;PP=2281;SC=TTAAATATTACAGATCACCAG;SOR=2.624;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=98;TCF=17;TCR=81;TR=98;WE=1698191;WS=1698173;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr4	1701317	rs2247341	G	A	24975.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=1.076;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=980;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=282;NR=268;PP=2965;ReadPosRankSum=1.193;SC=TATAACGATCGTAGGCAATTG;SOR=0.718;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=556;TCF=284;TCR=272;TR=550;WE=1701325;WS=1701307;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:6,966:0.99:972
chr4	1714161	rs812821	T	C	661.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=6;NR=11;PP=253;SC=CACTCAGCTGTGCGCGCCTCG;SOR=1.136;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=6;TCR=11;TR=17;WE=1714169;WS=1714151;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr4	1718883	rs2236787	A	T	1016.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=13;NR=6;PP=479;SC=GGAGACACAGAGTCACCTCAA;SOR=1.179;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=13;TCR=6;TR=19;WE=1718891;WS=1718873;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr4	1719572	rs798751	A	G	1062.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=23;PP=650;SC=TGGGCACGGGACGGACCTAGG;SOR=1.863;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=7;TCR=23;TR=30;WE=1719580;WS=1719562;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr4	1720757	rs798754	A	G	682.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=51;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=20;NR=0;PP=642;SC=CCAGAGCTGAAAAGTTATGTG;SOR=6.091;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=20;TCR=0;TR=20;WE=1720765;WS=1720750;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr4	1720793	rs148117097	A	AG	2161.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=17;NR=7;PP=1085;SC=GTCTCAAAGAATGATGGGACA;SOR=2.208;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=26;TCF=19;TCR=7;TR=24;WE=1720802;WS=1720783;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr4	1720794	rs61675353	T	G	2170.77	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=30;NR=7;PP=682;SC=TCTCAAAGAATGATGGGACAT;SOR=2.303;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=51;TCF=37;TCR=14;TR=37;WE=1720802;WS=1720783;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr4	1720824	rs798755	A	G	2650.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=51;NR=30;PP=1447;SC=ACACGGAGCCAGCTTCAGGGC;SOR=1.234;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=81;TCF=51;TCR=30;TR=81;WE=1720832;WS=1720814;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr4	1725651	rs3099555	T	C	3675.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=31;NR=83;PP=2650;SC=TGTCCGATGGTTCTTGCAGGA;SOR=1.981;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=114;TCF=31;TCR=83;TR=114;WE=1725659;WS=1725641;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr4	1737108	rs3752747	C	T	5586.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=52;NR=91;PP=2776;SC=AGAGCAGCCACGGCAGGTCTT;SOR=1.184;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=143;TCF=52;TCR=91;TR=143;WE=1737116;WS=1737098;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,206:1.00:206
chr4	1737404	rs34859791	C	CCT	17388.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.533;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=396;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.378;HP=4;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.219;NF=60;NR=108;PP=2973;ReadPosRankSum=0.022;SC=CCTTAGCCCCCGTGTGTGTTA;SOR=0.499;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=172;TCF=60;TCR=112;TR=168;WE=1737412;WS=1737394;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,393:1.00:394
chr4	1737502	rs11248073	C	T	10523.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=404;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=110;NR=134;PP=2965;SC=ACCTCAAGTTCGACCCCCTCC;SOR=0.808;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=244;TCF=110;TCR=134;TR=244;WE=1737510;WS=1737492;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,402:1.00:402
chr4	1737585	rs11729657	T	C	3310.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=20;NR=75;PP=1876;SC=CCCTCCCTCATGCATGAAGCC;SOR=2.191;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=95;TCF=20;TCR=75;TR=95;WE=1737593;WS=1737575;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr4	1739518	rs140693140	CGCCATCCCT	C	9613.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.365;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=411;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQ=60.24;MQRankSum=0.399;NF=21;NR=135;PP=2982;ReadPosRankSum=1.520;SC=CAGCCTGACCCGCCATCCCTG;SOR=0.847;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=186;TCF=26;TCR=160;TR=156;WE=1739534;WS=1739508;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:6,360:0.98:366
chr4	1739549	.	TG	T	2963	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;FR=0.5000;HP=4;HapScore=1;MGOF=168;MMLQ=28;MQ=60.25;NF=29;NR=134;PP=2963;QD=20;SC=CCCTGCTGGTTGGGGTGGAAT;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=206;TCF=43;TCR=163;TR=163;WE=1739557;WS=1739539;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:43,163:0.79:206
chr4	1739592	rs2305188	A	G	10944.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.714;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=411;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=178;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.200;NF=97;NR=139;PP=2965;ReadPosRankSum=-2.075;SC=GCCTGTCACTACTGCCCAGGT;SOR=0.956;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=237;TCF=97;TCR=140;TR=236;WE=1739600;WS=1739582;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,408:1.00:410
chr4	1742400	rs4865463	T	C	579.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=10;NR=5;PP=246;SC=TAGAAGATCCTGGGTGGAGGG;SOR=0.963;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=10;TCR=5;TR=15;WE=1742408;WS=1742394;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr4	1742779	rs1530588	G	A	1080.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=24;PP=710;SC=AAGCCAGCGGGGCTACAAGCT;SOR=2.964;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=27;TCF=3;TCR=24;TR=27;WE=1742787;WS=1742769;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
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chr4	1795321	rs4450996	C	A	390.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.224;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=1.257;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.56;ReadPosRankSum=1.242;SOR=0.936;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,21:0.57:37
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chr4	1806012	rs377096563	TG	T	161.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.258;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FS=2.926;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.95;ReadPosRankSum=1.683;SOR=1.075;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:146,25:0.15:171
chr4	1806834	rs4865476	G	C	912.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=18;PP=572;SC=GTTCTGTGGAGATGCTCCTGG;SOR=1.839;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=23;TCF=5;TCR=18;TR=23;WE=1806842;WS=1806824;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr4	1807894	rs7688609	G	A	22218.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=846;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=214;NR=266;PP=2965;SC=ACAAGAAGACGACCAACGTGA;SOR=0.830;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=480;TCF=214;TCR=266;TR=480;WE=1807902;WS=1807884;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,838:1.00:838
chr4	1809127	rs34562534	CGT	C	1477.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.830;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FS=1.540;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=21.11;ReadPosRankSum=1.803;SOR=0.639;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,61:0.87:70
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chr4	1851062	rs142695756	G	A	308.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=0.263;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=10;PP=245;ReadPosRankSum=-0.588;SC=CGTGATCTCGGCTCACTGCAA;SOR=0.671;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=21;TCF=5;TCR=16;TR=14;WE=1851070;WS=1851052;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,14:0.56:25
chr4	1954945	rs489550	A	G	13329.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=515;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=189;NR=158;PP=2965;SC=CTTTAGCAGCATGGCTGCCTC;SOR=0.842;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=348;TCF=190;TCR=158;TR=347;WE=1954953;WS=1954935;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,501:1.00:501
chr4	1961137	rs474235	G	A	3378.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=72;NR=21;PP=1885;SC=AGTGGTGGGTGTGCAAGGGTA;SOR=1.953;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=94;TCF=73;TCR=21;TR=93;WE=1961145;WS=1961127;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr4	1985756	rs375949981	G	A	2046.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.329;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=36;PP=1037;ReadPosRankSum=0.882;SC=GTACATGGGCGCCCGCTGCTT;SOR=0.673;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=89;TCF=37;TCR=52;TR=62;WE=1985764;WS=1985746;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,91:0.71:128
chr4	2044128	rs570712	C	T	2431.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=25;NR=29;PP=959;SC=CCGCCGCCGCCGCTGCTGCTG;SOR=0.741;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=55;TCF=25;TCR=30;TR=54;WE=2044136;WS=2044104;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr4	2130744	.	T	C	555.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-0.597;ClippingRankSum=0.000;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=5;PP=670;ReadPosRankSum=0.375;SC=ATCATGCCACTGCACTCCAGC;SOR=0.760;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=58;TCF=48;TCR=10;TR=36;WE=2130752;WS=2130734;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,23:0.57:40
chr4	2158102	rs200091082	CTT	C,CT	1807.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.500;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FS=1.922;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.97;ReadPosRankSum=0.174;SOR=1.035;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:24,40,87:0.26,0.58:151
chr4	2158273	rs3216822	GGA	G	5643.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.993;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.265;NF=10;NR=105;PP=2950;ReadPosRankSum=-0.504;SC=CCTGCACACTGGAGTGCATGG;SOR=1.442;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=120;TCF=13;TCR=107;TR=115;WE=2158282;WS=2158263;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,205:0.99:207
chr4	2158408	rs428361	C	T	3650.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=69;NR=28;PP=2516;SC=AGTATGAAGTCCCCTCTTGGA;SOR=1.757;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=98;TCF=70;TCR=28;TR=97;WE=2158416;WS=2158398;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr4	2306053	rs661301	A	G	9262.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.447;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=389;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=130;NR=121;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.514;SC=TCGTGAGCCGAGGGGCTCCCA;SOR=0.756;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=257;TCF=133;TCR=124;TR=251;WE=2306061;WS=2306042;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:6,359:0.98:365
chr4	2322039	rs113929105	G	GC	4597.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=1.283;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=362;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.769;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.614;NF=2;NR=83;PP=2800;ReadPosRankSum=0.021;SC=AGGCCCTGTGGCCCCCTGGGT;SOR=1.087;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=165;TCF=7;TCR=158;TR=85;WE=2322047;WS=2322029;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:153,178:0.54:331
chr4	2332799	rs1887364	C	T	207.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=2.500;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=11.349;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=9;PP=139;ReadPosRankSum=-0.512;SC=CAGGGGTAGACGCTGGGATGG;SOR=2.475;SbPval=0.96;Source=Platypus;TC=40;TCF=12;TCR=28;TR=10;WE=2332807;WS=2332789;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,11:0.28:39
chr4	2337603	rs599642	GC	TT	3452.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.349;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.411;HP=1;HapScore=2;JOINED;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=45;PP=2461;ReadPosRankSum=0.731;SC=GACAGGCAGTGCGCTCAATCT;SOR=1.033;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=128;TCF=42;TCR=86;TR=62;WE=2337612;WS=2337593;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:95,91:0.49:186
chr4	2339330	rs73203396	G	A	1548.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.063;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.673;HP=4;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=34;PP=825;ReadPosRankSum=0.458;SC=GGGCAAGGTGGGGGCGGGGGG;SOR=0.950;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=84;TCF=24;TCR=60;TR=46;WE=2339338;WS=2339320;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,67:0.61:109
chr4	2341137	rs2071681	C	T	3252.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.161;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=388;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=69;NR=35;PP=1553;ReadPosRankSum=-0.266;SC=ACAACCGTCCCCCAGCTCATA;SOR=0.681;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=261;TCF=171;TCR=90;TR=104;WE=2341145;WS=2341127;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:225,160:0.42:385
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chr4	2343181	rs2071679	C	T	698.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=1.016;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.605;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=4;PP=402;ReadPosRankSum=-1.161;SC=TCAGGACCTCCGAACCCGGGT;SOR=0.347;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=56;TCF=46;TCR=10;TR=24;WE=2343189;WS=2343171;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,31:0.48:65
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chr4	2439756	rs5855731	C	CT	11773.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=2.274;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=945;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=3.108;NF=55;NR=103;PP=2933;ReadPosRankSum=1.350;SC=CCTGGTGCCCCGTGACGTCCC;SOR=0.676;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=409;TCF=141;TCR=268;TR=158;WE=2439764;WS=2439746;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:578,362:0.39:940
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chr4	2452791	rs5855732	AC	A	15049.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.786;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=472;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.224;NF=33;NR=179;PP=2972;ReadPosRankSum=-0.109;SC=CTGGGCACCCACCCCTCCAGA;SOR=0.951;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=220;TCF=34;TCR=186;TR=212;WE=2452799;WS=2452781;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,450:1.00:452
chr4	2452933	rs3888113	T	C	8080.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.974;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=303;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.143;HP=2;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.134;NF=108;NR=95;PP=2965;ReadPosRankSum=1.688;SC=AGGATGGGCATTTGCTGCTCC;SOR=0.331;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=205;TCF=108;TCR=97;TR=203;WE=2452941;WS=2452923;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,298:1.00:299
chr4	2460803	rs704346	A	G	5521.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=121;NR=50;PP=2965;SC=GCCACCCACCAGCCACCTCAG;SOR=1.564;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=172;TCF=121;TCR=51;TR=171;WE=2460811;WS=2460793;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,207:1.00:207
chr4	2461888	rs3135152	A	G	13206.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-2.038;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=519;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=145;NR=157;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.779;SC=CAGGGCAAGCACACCAAGAGC;SOR=0.239;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=303;TCF=145;TCR=158;TR=302;WE=2461896;WS=2461878;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,516:1.00:517
chr4	2464179	rs3135150	A	G	71.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.296;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.56;ReadPosRankSum=-0.620;SOR=0.839;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,7:0.25:28
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chr4	2513620	rs3128839	G	A	2903.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.060;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.92;MQRankSum=0.000;QD=13.70;ReadPosRankSum=-1.969;SOR=0.655;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:130,82:0.39:212
chr4	2513624	rs4974709	A	G	2930.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.265;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FS=0.521;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.92;MQRankSum=0.000;QD=14.23;ReadPosRankSum=-2.672;SOR=0.738;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:125,81:0.39:206
chr4	2513842	rs2269490	A	G	110.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.694;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.913;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=3;PP=58;ReadPosRankSum=0.743;SC=GGTCAGACCCACACAGCCAGT;SOR=0.330;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=16;TCF=6;TCR=10;TR=6;WE=2513850;WS=2513832;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,6:0.35:17
chr4	2698364	rs3733215	C	T	1107.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-2.706;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.836;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=21;PP=433;ReadPosRankSum=0.349;SC=GGTCTGAGGGCATTTGAAGGT;SOR=0.330;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=99;TCF=31;TCR=68;TR=34;WE=2698372;WS=2698354;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,58:0.42:137
chr4	2717690	rs2295499	C	T	905.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=1.672;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.832;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=8;PP=513;ReadPosRankSum=-2.140;SC=TGATTTCTTCCGTTCTGATAA;SOR=0.498;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=93;TCF=72;TCR=21;TR=35;WE=2717698;WS=2717680;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,43:0.41:106
chr4	2743999	rs232712	A	G	887.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=30;NR=2;PP=730;SC=GGCAGCACTCAGCCACATGCC;SOR=4.743;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=32;TCF=30;TCR=2;TR=32;WE=2744007;WS=2743989;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr4	2744087	rs2269495	G	A	4272.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=86;NR=26;PP=2428;SC=GCCTCTCTGGGCCGCGCCAGG;SOR=1.911;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=112;TCF=86;TCR=26;TR=112;WE=2744095;WS=2744077;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,151:1.00:151
chr4	2746285	rs13145281	A	C	14089.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=530;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=210;NR=249;PP=2965;SC=GAAGCGCCCCACCAGGCTTCT;SOR=1.817;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=460;TCF=210;TCR=250;TR=459;WE=2746293;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,518:1.00:518
chr4	2746307	rs11728346	A	C	11250.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=438;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=139;NR=229;PP=2965;SC=CCACCCCCACAGTGACCACTG;SOR=2.247;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=369;TCF=139;TCR=230;TR=368;WE=2746315;WS=2746297;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,428:1.00:428
chr4	2747194	rs61734614	C	T	1757.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.569;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.353;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=27;PP=825;ReadPosRankSum=0.175;SC=TCTGTTTTAACAGTCGATTTT;SOR=0.584;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=105;TCF=62;TCR=43;TR=62;WE=2747202;WS=2747184;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,87:0.61:142
chr4	2822289	rs2239727	C	A	2676.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.224;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=329;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.368;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=30;PP=1380;ReadPosRankSum=0.365;SC=CCTGGCTCAGCCATCTCCTGC;SOR=0.787;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=218;TCF=145;TCR=73;TR=94;WE=2822297;WS=2822279;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:190,135:0.42:325
chr4	2826218	rs34274570	C	CA	1185.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-0.443;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.621;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=4;PP=1018;ReadPosRankSum=-1.704;SC=AGGGCCCACCCGATCTGCCCT;SOR=0.388;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=74;TCF=66;TCR=8;TR=28;WE=2826226;WS=2826208;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,36:0.42:86
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chr4	2828527	rs62637096	G	C	2218.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.428;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.738;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=18;PP=991;ReadPosRankSum=0.538;SC=GTGTGAACATGTGTGCTTGTC;SOR=1.090;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=101;TCF=62;TCR=39;TR=57;WE=2828535;WS=2828517;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,102:0.61:167
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chr4	2928413	rs4964	T	C	4559.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=55;NR=69;PP=1947;SC=GTAAGTACCGTGCTGCCTCCG;SOR=0.847;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=124;TCF=55;TCR=69;TR=124;WE=2928421;WS=2928403;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,179:1.00:179
chr4	2928577	rs16843603	T	C	237.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.489;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=8;PP=145;ReadPosRankSum=-0.651;SC=GTCACCTGAGTGCTGTGCTGC;SOR=1.022;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=15;TCF=3;TCR=12;TR=10;WE=2928585;WS=2928567;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,11:0.69:16
chr4	2933031	rs55754437	C	T	5053.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.405;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=376;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.805;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=93;NR=76;PP=2962;ReadPosRankSum=0.446;SC=AGGTGCCCGTCAGCCCAGGGG;SOR=0.746;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=254;TCF=139;TCR=115;TR=169;WE=2933039;WS=2933021;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:144,222:0.61:366
chr4	2933271	rs1263348	G	A	3656.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.711;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=535;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.539;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=64;PP=1778;ReadPosRankSum=0.123;SC=GCTTTGGAGGGAGCCCCCTAC;SOR=0.756;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=347;TCF=170;TCR=177;TR=124;WE=2933279;WS=2933261;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:334,194:0.37:528
chr4	2934308	rs1263349	G	A	23048.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=881;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=255;NR=272;PP=2965;SC=GACCCCAAAGGCCCAGCCTGT;SOR=0.738;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=530;TCF=255;TCR=275;TR=527;WE=2934316;WS=2934298;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,873:1.00:873
chr4	2935251	rs2301374	T	A	13506.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=535;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=176;NR=142;PP=2965;SC=CCACCAAACATAGGACCGTAG;SOR=0.852;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=320;TCF=176;TCR=144;TR=318;WE=2935259;WS=2935241;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,525:1.00:525
chr4	2941317	rs13106867	G	A	3746.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.239;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=503;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.122;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=72;NR=57;PP=1814;ReadPosRankSum=-0.269;SC=ACAGGTCAGCGGCCGGCAGAG;SOR=0.623;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=347;TCF=198;TCR=149;TR=129;WE=2941325;WS=2941307;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:298,196:0.40:494
chr4	2943361	rs1054090	T	C	3212.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=39;NR=25;PP=1128;SC=GAGGAGGGCTTGGAGAGGCCC;SOR=0.981;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=65;TCF=39;TCR=26;TR=64;WE=2943369;WS=2943351;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr4	2946802	rs28474697	C	T	332.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=2.520;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=1;PP=202;ReadPosRankSum=-1.668;SC=GCTGTGGCTCCGGCCACCCGT;SOR=0.693;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=44;TCF=40;TCR=4;TR=14;WE=2946810;WS=2946792;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,16:0.32:50
chr4	2951804	rs2515960	A	G	20480.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.687;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=794;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=254;NR=247;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.318;SC=TTCCAGGTCCAAGTGGCTATC;SOR=0.696;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=503;TCF=255;TCR=248;TR=501;WE=2951812;WS=2951794;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,789:1.00:791
chr4	2953026	rs35037838	G	A	2213.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=2.706;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=313;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.843;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=55;PP=1263;ReadPosRankSum=-0.441;SC=CATATGGTGAGGGGGCCGTGC;SOR=0.987;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=212;TCF=72;TCR=140;TR=78;WE=2953034;WS=2953016;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:195,111:0.36:306
chr4	2955145	rs1475977	T	C	1991.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=39;NR=14;PP=1173;SC=AGGAGACAGGTAGAAGAGCCG;SOR=1.643;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=53;TCF=39;TCR=14;TR=53;WE=2955153;WS=2955135;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr4	2955192	rs1475976	C	G	3906.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=69;NR=30;PP=2221;SC=AAGTCGGTCACCCAAGCTCAG;SOR=1.476;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=99;TCF=69;TCR=30;TR=99;WE=2955200;WS=2955182;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,137:1.00:137
chr4	2955465	rs1475975	T	C	3123.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=28;NR=57;PP=1895;SC=CACACAGTGATCACTCAGTTG;SOR=1.315;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=85;TCF=28;TCR=57;TR=85;WE=2955473;WS=2955455;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr4	2965611	rs13120295	G	C	2417.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=45;NR=13;PP=1420;SC=AGGGCCTGCGGAGGCGGCGGC;SOR=1.694;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=59;TCF=46;TCR=13;TR=58;WE=2965619;WS=2965601;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
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chr4	2965695	rs10021191	G	A	11193.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.508;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=282;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=105;NR=75;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.662;SC=AGGAGAGGGTGGTGCCCGGCG;SOR=0.917;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=182;TCF=106;TCR=76;TR=180;WE=2965703;WS=2965685;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,274:0.99:276
chr4	2965874	rs142156088	A	AC	271.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.134;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.11;MQRankSum=0.000;QD=1.78;ReadPosRankSum=1.736;SOR=0.754;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:117,36:0.24:153
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chr4	2988636	rs2488815	C	T	3110.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.023;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.607;HP=6;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=27;PP=2091;ReadPosRankSum=-0.590;SC=TTGTTGTAACCCCCCCATTGT;SOR=1.367;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=86;TCF=58;TCR=28;TR=85;WE=2988644;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,103:0.99:104
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chr4	2993980	rs2515941	T	C	5928.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=42;NR=78;PP=2475;SC=ACCGAAGTGATTGTGGACTGT;SOR=1.093;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=121;TCF=42;TCR=79;TR=120;WE=2993988;WS=2993970;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,222:1.00:222
chr4	2994107	rs2471338	T	G	441.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=11;PP=313;SC=ACGTAACATATGTTAAAAGCT;SOR=2.448;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=14;TCF=3;TCR=11;TR=13;WE=2994115;WS=2994097;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr4	3006043	rs1024323	C	T	5213.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.418;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=455;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.524;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=73;NR=74;PP=2339;ReadPosRankSum=-0.739;SC=TCCAAAAAAGCCTTTGAGGAA;SOR=0.678;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=263;TCF=129;TCR=134;TR=147;WE=3006051;WS=3006033;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:195,246:0.56:441
chr4	3024044	rs2471325	C	T	2738.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.208;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.748;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=25;PP=1610;ReadPosRankSum=0.749;SC=TGTTTTGCCGCGCTAGCCCTT;SOR=1.755;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=85;TCF=59;TCR=26;TR=83;WE=3024052;WS=3024034;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,100:0.98:102
chr4	3029588	rs2857844	G	A	1583.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.007;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.796;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=22;PP=794;ReadPosRankSum=0.859;SC=TTGTTGTTACGGTGTCATTAC;SOR=0.565;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=147;TCF=95;TCR=52;TR=57;WE=3029596;WS=3029578;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:119,81:0.41:200
chr4	3039150	rs1801058	T	C	1642.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.169;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=262;ExcessHet=3.0103;FS=3.548;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.37;ReadPosRankSum=-0.003;SOR=0.673;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:162,96:0.37:258
chr4	3039310	rs113383212	C	CTG	428.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.658;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.038;HP=1;HapScore=4;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=2.815;NF=2;NR=10;PP=633;ReadPosRankSum=2.198;SC=GTGTGTGTGTCCGTGTGTGTG;SOR=0.869;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=38;TCF=5;TCR=33;TR=12;WE=3039319;WS=3039287;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,19:0.28:67
chr4	3039311	rs2071689	C	T	666.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=1.763;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.546;HP=1;HapScore=4;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=2.253;NF=7;NR=13;PP=668;ReadPosRankSum=0.118;SC=TGTGTGTGTCCGTGTGTGTGT;SOR=1.274;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=50;TCF=18;TCR=32;TR=20;WE=3039319;WS=3039287;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,26:0.38:68
chr4	3040012	rs3021124	G	A	1528.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=3.058;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.872;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=15;PP=838;ReadPosRankSum=-1.218;SC=TGCCCCGCACGGGGCTGGGCA;SOR=0.836;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=175;TCF=122;TCR=53;TR=57;WE=3040020;WS=3040002;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:128,77:0.38:205
chr4	3076603	.	CCAGCAGCAGCAG	C,CCAGCAGCAG	1486	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.54;FR=0.5000,0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=40;MMLQ=24;MQ=58.05;NF=6,6;NR=39,39;PP=1244,1486;QD=27.7111111111;SC=TCAAGTCCTTCCAGCAGCAGC;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=58;TCF=7;TCR=51;TR=45,45;WE=3076622;WS=3076593;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.78:58
chr4	3076650	.	AGC	A	887.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.173;ClippingRankSum=0.000;DP=219;ExcessHet=3.0103;FS=5.413;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.83;MQRankSum=0.976;QD=8.30;ReadPosRankSum=5.054;SOR=1.284;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:71,36:0.34:107
chr4	3076653	.	AG	A	861.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.371;ClippingRankSum=0.000;DP=217;ExcessHet=3.0103;FS=5.463;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.83;MQRankSum=1.005;QD=8.05;ReadPosRankSum=4.132;SOR=1.284;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:75,32:0.30:107
chr4	3076654	.	GCAGCAGCAACAGCCGCCAC	ACAGCCGCCACCGCCGCCGC	672	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;FR=0.5000,0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=19;MMLQ=24;MQ=58.98;NF=8,16;NR=14,56;PP=456,672;QD=24.5212670392;SC=AGCAGCAGCAGCAGCAGCAAC;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=117;TCF=54;TCR=63;TR=22,72;WE=3076680;WS=3076644;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:95,22:0.19:117
chr4	3076654	.	GCAGCAGCAACAGCCGCCAC	GCAACAGCAGCAACAGCCGCCAC	346.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.726;ClippingRankSum=0.000;DP=217;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=1.009;HP=1;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8,16;NR=14,56;PP=456,672;ReadPosRankSum=3.855;SC=AGCAGCAGCAGCAGCAGCAAC;SOR=0.740;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=117;TCF=54;TCR=63;TR=22,72;WE=3076680;WS=3076644;set=Intersection	GT:AF:DP	0/1:0.15:112
chr4	3076659	.	A	C	2171.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.162;ClippingRankSum=0.000;DP=229;ExcessHet=3.0103;FS=4.094;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.84;MQRankSum=0.000;QD=35.03;ReadPosRankSum=1.788;SOR=0.862;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,56:0.90:62
chr4	3076662	rs61792465	A	C	2252.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.218;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.83;MQRankSum=0.000;QD=30.04;ReadPosRankSum=1.928;SOR=0.724;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,58:0.77:75
chr4	3076665	rs61792466	A	C	2099.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.343;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FS=4.071;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.83;MQRankSum=0.000;QD=29.16;ReadPosRankSum=1.382;SOR=0.811;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,55:0.76:72
chr4	3076672	rs76533208	A	G	6493.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.605;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.82;MQRankSum=0.000;QD=41.90;ReadPosRankSum=1.864;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,153:0.99:155
chr4	3117168	rs1936032	C	G	2629.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.592;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.293;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=56;PP=1382;ReadPosRankSum=-0.456;SC=TAAATGTGCTCTTAGGTAAGG;SOR=1.064;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=127;TCF=37;TCR=90;TR=75;WE=3117176;WS=3117158;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,116:0.59:198
chr4	3118116	rs2071655	T	G	948.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-1.802;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=23;PP=574;ReadPosRankSum=1.164;SC=GCGCTGCTCGTTTCCAACCCT;SOR=1.230;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=28;TCF=4;TCR=24;TR=27;WE=3118124;WS=3118106;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,35:0.97:36
chr4	3142528	rs363072	A	T	752.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=19;PP=536;SC=CTTTGATAGGATATTATCATT;SOR=3.014;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=3;TCR=19;TR=22;WE=3142536;WS=3142518;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr4	3155974	rs41264729	A	T	682.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=2.615;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.868;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=7;PP=443;ReadPosRankSum=0.496;SC=TACTTCCATCACATGTTTTTG;SOR=1.356;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=37;TCF=25;TCR=12;TR=25;WE=3155982;WS=3155964;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,28:0.62:45
chr4	3161846	rs363141	T	C	279.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-0.337;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=3;PP=177;ReadPosRankSum=0.312;SC=AAAATATTTTTCCAGTGCTGA;SOR=0.527;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=20;TCF=15;TCR=5;TR=11;WE=3161854;WS=3161836;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,12:0.55:22
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chr4	3180021	rs363096	T	C	2644.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=59;NR=21;PP=1680;SC=GTTTTTGTTTTTAGGGAATCA;SOR=1.847;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=82;TCF=59;TCR=23;TR=80;WE=3180029;WS=3180011;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
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chr4	3221872	rs362276	C	G	1951.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.483;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.363;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=25;PP=1135;ReadPosRankSum=0.607;SC=TGTCCTGACTCAACTCGGATG;SOR=0.574;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=103;TCF=65;TCR=38;TR=64;WE=3221880;WS=3221862;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,86:0.60:143
chr4	3225389	rs82333	A	G	4222.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=29;NR=101;PP=2883;SC=GTTTTCCTTCATTGCTAGAAT;SOR=2.419;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=130;TCF=29;TCR=101;TR=130;WE=3225397;WS=3225379;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,145:1.00:145
chr4	3227483	rs78971974	C	A	1513.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.519;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=235;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.506;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=28;PP=713;ReadPosRankSum=0.372;SC=CAGTCTCGCGCCCCCGCCGCC;SOR=0.760;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=138;TCF=67;TCR=71;TR=53;WE=3227491;WS=3227473;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:138,84:0.38:222
chr4	3227592	rs2276882	T	A	3018.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.945;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=49;PP=1586;ReadPosRankSum=1.360;SC=TCCTTTTTTTTAAAAAAAAAT;SOR=1.282;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=72;TCF=23;TCR=49;TR=72;WE=3227600;WS=3227581;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,113:0.98:115
chr4	3227645	rs75782188	A	G	359.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.524;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.327;HP=1;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=10;PP=246;ReadPosRankSum=-0.199;SC=TAGGTCCCGCAAGCAGAGGAA;SOR=0.281;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=35;TCF=7;TCR=28;TR=13;WE=3227653;WS=3227635;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,17:0.44:39
chr4	3230804	rs2530598	A	C	669.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.767;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FS=0.781;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.88;ReadPosRankSum=-2.652;SOR=0.791;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:77,37:0.32:114
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chr4	3235241	rs362314	A	G	2539.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=33;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=70;PP=2013;SC=GAGACGCAAGAGCACAGGTGC;SOR=4.461;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=75;TCF=5;TCR=70;TR=75;WE=3235249;WS=3235231;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr4	3240159	rs2071704	C	T	2573.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-2.230;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.934;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=28;PP=1575;ReadPosRankSum=0.378;SC=CTCTGACCTGCGTCCCTCCTC;SOR=0.479;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=142;TCF=103;TCR=39;TR=93;WE=3240167;WS=3240149;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,112:0.62:181
chr4	3240526	rs2858081	A	G	3147.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.119;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=39;PP=2308;ReadPosRankSum=0.445;SC=ACACTCAGGCACCTGCTTGCT;SOR=0.299;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=90;TCF=51;TCR=39;TR=89;WE=3240534;WS=3240516;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,118:0.99:119
chr4	3417845	rs3213507	G	C	12268.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=-0.865;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=480;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=129;NR=133;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.859;SC=AGCAGCAGCTGCAGGTAACCG;SOR=0.410;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=263;TCF=130;TCR=133;TR=262;WE=3417853;WS=3417835;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,461:0.99:464
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chr4	3443931	rs13108218	A	G	1439.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.242;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.126;HP=3;HapScore=3;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=18;PP=969;ReadPosRankSum=0.050;SC=GAGGGTCGCCACAGAGCGTGG;SOR=1.175;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=81;TCF=32;TCR=49;TR=26;WE=3443939;WS=3443907;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,41:0.36:115
chr4	3444503	rs2073505	G	A	5434.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.401;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=389;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.268;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=78;NR=67;PP=2199;ReadPosRankSum=1.172;SC=CGACCCCTGCGATCCCCACTA;SOR=0.820;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=233;TCF=122;TCR=111;TR=145;WE=3444511;WS=3444493;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:134,249:0.65:383
chr4	3445633	rs73195105	G	T	2159.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.542;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.585;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=28;PP=1234;ReadPosRankSum=0.665;SC=CACCCCGAGGGGCGTAGAGAG;SOR=0.775;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=133;TCF=86;TCR=47;TR=79;WE=3445641;WS=3445623;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,101:0.59:172
chr4	3445745	rs4690097	C	T	4841.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.703;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=423;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.524;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=68;NR=69;PP=1916;ReadPosRankSum=0.892;SC=GCCCCTCACACCCCCTCCCGC;SOR=0.643;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=226;TCF=110;TCR=116;TR=137;WE=3445753;WS=3445735;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:181,235:0.56:416
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chr4	3446754	rs3752440	G	A	1803.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.205;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.976;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=30;PP=945;ReadPosRankSum=-0.295;SC=CGCCGCATGCGGGGCAGGCAG;SOR=0.330;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=92;TCF=33;TCR=59;TR=50;WE=3446762;WS=3446744;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,79:0.62:128
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chr4	3449886	rs28468427	G	A	2897.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.435;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.794;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=46;PP=1277;ReadPosRankSum=-0.819;SC=CCCTGCGGGAGGCCCTGGTCC;SOR=0.574;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=116;TCF=42;TCR=74;TR=73;WE=3449894;WS=3449876;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,132:0.64:206
chr4	3465177	rs71180187	CGG	C	46.90	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.150;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.97;MQRankSum=-0.000;QD=11.73;ReadPosRankSum=1.150;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,3:0.75:4
chr4	3475252	rs4325970	T	C	2842.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=35;NR=36;PP=1480;SC=CTACGAGGGCTTGGTCCACAC;SOR=0.712;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=72;TCF=36;TCR=36;TR=71;WE=3475260;WS=3475242;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr4	3478019	.	TCCTCTCACCCTGCCCGCCCGTGATGC	ACCTCTCACCCTGCCCGCCCGTGATGC	2962	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;FR=0.5000,0.5000;HP=2;HapScore=1;MGOF=24;MMLQ=28;MQ=63.69;NF=31,11;NR=26,26;PP=2962,2917;QD=20;SC=GCCCGTGATGTCCTCTCACCC;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=87;TCF=46;TCR=41;TR=57,37;WE=3478053;WS=3478009;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:30,57:0.66:87
chr4	3478019	.	TCCTCTCACCCTGCCCGCCCGTGATGC	T	2962	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;FR=0.5000,0.5000;HP=2;HapScore=1;MGOF=24;MMLQ=28;MQ=63.69;NF=31,11;NR=26,26;PP=2962,2917;QD=20;SC=GCCCGTGATGTCCTCTCACCC;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=87;TCF=46;TCR=41;TR=57,37;WE=3478053;WS=3478009;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:59,37:0.39:96
chr4	3478323	rs2699426	T	C	1642.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.512;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.527;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=33;PP=664;ReadPosRankSum=-0.484;SC=CCACTTCCCCTGAGAACTGCT;SOR=0.485;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=80;TCF=24;TCR=56;TR=47;WE=3478331;WS=3478313;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,78:0.64:121
chr4	3487151	rs916189	A	G	3527.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.689;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=282;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.527;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=84;NR=47;PP=2064;ReadPosRankSum=2.526;SC=GGGGCCAGGCAGGGTGTCATT;SOR=0.814;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=211;TCF=134;TCR=77;TR=131;WE=3487159;WS=3487141;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:106,165:0.61:271
chr4	3487237	rs2006791	A	G	5784.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.498;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=491;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.441;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=85;NR=95;PP=2955;ReadPosRankSum=0.905;SC=CTCGGGCCAGACTGACCTGTC;SOR=0.671;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=306;TCF=154;TCR=152;TR=180;WE=3487245;WS=3487227;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:213,271:0.56:484
chr4	3494379	.	G	A	755.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-3.178;ClippingRankSum=0.000;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=3;PP=496;ReadPosRankSum=0.442;SC=GGAAGGGGTGGGGCGAGACCA;SOR=0.593;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=69;TCF=59;TCR=10;TR=25;WE=3494387;WS=3494369;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,33:0.41:80
chr4	3498448	rs3135164	T	C	4891.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=2.082;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=426;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.226;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=98;NR=57;PP=2479;ReadPosRankSum=0.032;SC=CCAGCCTGTGTCACTCTTGGG;SOR=0.911;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=281;TCF=168;TCR=113;TR=155;WE=3498456;WS=3498438;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:185,229:0.55:414
chr4	3501802	rs10805009	G	C	704.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-1.501;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.990;HP=3;HapScore=2;MGOF=47;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=4;PP=516;ReadPosRankSum=-3.194;SC=CTCAGGATGGGGCAGCGCTGG;SOR=0.242;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=38;TCF=33;TCR=5;TR=24;WE=3501810;WS=3501800;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,26:0.65:40
chr4	3501835	rs2858035	C	A	1265.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=3.603;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=31;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=8;PP=2064;ReadPosRankSum=-1.748;SC=CGGTCAGGAACATGGAGCGGG;SOR=0.693;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=68;TCF=54;TCR=14;TR=43;WE=3501857;WS=3501825;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,50:0.68:74
chr4	3501849	rs2699409	T	C	1791.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-1.950;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.736;HP=1;HapScore=1;MGOF=31;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=12;PP=2064;ReadPosRankSum=-0.830;SC=GAGCGGGAACTTCCAAGGTGC;SOR=0.316;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=88;TCF=69;TCR=19;TR=54;WE=3501857;WS=3501825;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,72:0.68:106
chr4	3501873	rs2699408	T	C	2477.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.262;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.318;HP=5;HapScore=1;MGOF=32;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=23;PP=1208;ReadPosRankSum=0.757;SC=AGAGGCGGAGTGGGGAGGAGG;SOR=0.383;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=129;TCF=90;TCR=39;TR=74;WE=3501881;WS=3501863;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,108:0.66:163
chr4	3501924	rs2858036	A	G	4193.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.776;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=323;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.419;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=78;NR=53;PP=1927;ReadPosRankSum=0.186;SC=ACAATCTTTGAGATCTGTGCC;SOR=0.661;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=223;TCF=133;TCR=90;TR=131;WE=3501932;WS=3501914;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:124,195:0.61:319
chr4	3502163	rs2858037	A	G	1789.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.437;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=45;PP=1075;ReadPosRankSum=-1.481;SC=GGCACTGACAATTGGGGGCTG;SOR=0.724;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=115;TCF=40;TCR=75;TR=70;WE=3502171;WS=3502153;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,81:0.60:136
chr4	3502303	rs2071700	G	C	699.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.634;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.310;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=4;PP=515;ReadPosRankSum=1.294;SC=CATCCCCTGAGGGTGTCCCCA;SOR=1.371;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=45;TCF=35;TCR=10;TR=25;WE=3502311;WS=3502293;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,29:0.54:54
chr4	3514938	rs1741553	A	G	558.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=3.356;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.852;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=17;PP=414;ReadPosRankSum=-0.602;SC=GCAGCTCAGTACTAACTAGAA;SOR=1.382;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=30;TCF=4;TCR=26;TR=19;WE=3514946;WS=3514928;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,21:0.62:34
chr4	3516689	rs2515967	T	C	12150.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=448;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=111;NR=197;PP=2965;SC=AGTGTTCCCTTCCCGTGCTCG;SOR=1.224;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=308;TCF=111;TCR=197;TR=308;WE=3516697;WS=3516679;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,434:1.00:434
chr4	3516742	rs1794442	A	G	2758.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-3.656;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=80;PP=1984;ReadPosRankSum=-0.564;SC=AGGACGCCAAAGGACGGCGCC;SOR=0.728;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=153;TCF=26;TCR=127;TR=97;WE=3516750;WS=3516732;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,106:0.63:167
chr4	3519762	rs13325	A	G	3260.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-3.465;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=253;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.753;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=80;NR=39;PP=1621;ReadPosRankSum=-0.535;SC=GGCACTCACCAGCCTCAGTGC;SOR=0.457;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=199;TCF=135;TCR=64;TR=119;WE=3519770;WS=3519752;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:92,155:0.63:247
chr4	3520734	rs73197134	G	A	3017.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.138;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=247;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.253;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=58;PP=1564;ReadPosRankSum=1.155;SC=AGGGAAACAAGGCCTGGAGTG;SOR=0.555;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=164;TCF=63;TCR=101;TR=98;WE=3520742;WS=3520724;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:97,141:0.59:238
chr4	3526642	rs2228158	T	C	5363.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=4.014;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=429;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.782;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=98;NR=57;PP=2619;ReadPosRankSum=0.077;SC=ACCATTGAGGTTGCGTATGAG;SOR=0.867;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=269;TCF=163;TCR=106;TR=155;WE=3526650;WS=3526632;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:185,242:0.57:427
chr4	3589623	rs10937959	G	A	1203.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-2.877;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=2.328;NF=36;NR=7;PP=545;ReadPosRankSum=-1.106;SC=TGGTGCACCTGCACTTCCACA;SOR=0.671;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=149;TCF=115;TCR=34;TR=43;WE=3589631;WS=3589613;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:110,62:0.36:172
chr4	3589689	rs7657417	C	A	5753.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.750;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=478;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=73;NR=42;PP=1480;ReadPosRankSum=1.410;SC=TGCACCTGCACTTCCTGGTGC;SOR=0.678;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=346;TCF=214;TCR=132;TR=115;WE=3589697;WS=3589679;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:318,159:0.33:477
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chr4	3590537	rs73199384	G	C	373.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=2.242;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.601;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=3;PP=676;ReadPosRankSum=0.845;SC=GGAGACCCTCGCTGGGGAGGG;SOR=0.356;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=61;TCF=53;TCR=8;TR=19;WE=3590557;WS=3590533;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,19:0.31:62
chr4	3590549	rs73793633	G	A	370.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.763;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=3;PP=676;ReadPosRankSum=0.801;SC=TGGGGAGGGCGCCAAGCAGTG;SOR=0.643;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=72;TCF=61;TCR=11;TR=21;WE=3590557;WS=3590533;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,21:0.29:73
chr4	3590577	rs73793634	G	A	696.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=2.389;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.668;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=8;PP=1280;ReadPosRankSum=-0.187;SC=GGGTTGGGGCGTCAGCCAAGC;SOR=0.973;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=120;TCF=88;TCR=32;TR=36;WE=3590596;WS=3590567;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:96,41:0.30:137
chr4	3590588	rs73199385	A	C	891.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=2.873;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.362;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=8;PP=1280;ReadPosRankSum=0.192;SC=TCAGCCAAGCATCAGCCCCTA;SOR=0.963;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=134;TCF=98;TCR=36;TR=38;WE=3590596;WS=3590567;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:118,49:0.29:167
chr4	3590683	rs62272966	T	G	6688.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.659;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=656;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.24;ReadPosRankSum=-0.949;SOR=0.662;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:460,193:0.30:653
chr4	3590711	rs62272967	G	T	7179.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.392;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=692;ExcessHet=3.0103;FS=0.572;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.42;ReadPosRankSum=0.632;SOR=0.784;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:483,206:0.30:689
chr4	3590730	rs62272968	G	A	6435.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.713;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=638;ExcessHet=3.0103;FS=0.575;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.14;ReadPosRankSum=1.845;SOR=0.793;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:450,185:0.29:635
chr4	3590817	rs62272969	T	C	2305.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.210;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=386;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.515;HP=1;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=41;PP=2962;ReadPosRankSum=1.200;SC=CACACACACATGCACAGACAC;SOR=1.007;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=340;TCF=183;TCR=157;TR=100;WE=3590836;WS=3590807;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:264,118:0.31:382
chr4	3590823	rs72180705	GACAC	G,GAC	5824.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.626;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=397;ExcessHet=3.0103;FS=0.484;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.19;MQRankSum=1.556;QD=18.26;ReadPosRankSum=0.310;SOR=0.657;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:79,127,113:0.40,0.35:319
chr4	3590878	rs62272970	C	T	7614.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-2.216;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=679;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.894;HP=2;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=2.372;NF=82;NR=68;PP=2086;ReadPosRankSum=1.869;SC=CACAGACACACACACACAGAG;SOR=0.515;SbPval=0.26;Source=Platypus;TC=455;TCF=275;TCR=180;TR=150;WE=3590886;WS=3590862;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:452,226:0.33:678
chr4	3590911	rs34447251	A	C	8410.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.213;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=826;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.564;HP=1;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=3.826;NF=110;NR=75;PP=2522;ReadPosRankSum=0.618;SC=GCTCACAAGTAGAGCTCTTCG;SOR=0.603;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=568;TCF=352;TCR=216;TR=185;WE=3590919;WS=3590901;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:554,267:0.33:821
chr4	3591015	rs62272971	A	C	8455.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-3.204;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1739;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=187;NR=166;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.547;SC=CTGTGTATAAATTCTTTCCTT;SOR=0.657;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=1140;TCF=617;TCR=523;TR=353;WE=3591023;WS=3591005;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1190,527:0.31:1717
chr4	3591049	rs62272972	C	T	20656.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.112;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=2082;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=195;NR=197;PP=2962;ReadPosRankSum=1.076;SC=TAGATGATTTCCCCCAGCTTA;SOR=0.699;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=1235;TCF=615;TCR=620;TR=392;WE=3591057;WS=3591038;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1445,617:0.30:2062
chr4	3591069	rs62272973	C	T	20831.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.536;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=2050;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.570;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=180;NR=215;PP=2962;ReadPosRankSum=0.138;SC=ACCTTGAGGACTTTCGAGCAA;SOR=0.781;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=1237;TCF=584;TCR=653;TR=395;WE=3591077;WS=3591059;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1409,624:0.31:2033
chr4	3769789	rs11269124	G	GGGGGAGCTTTCCCAGAGACCC	5389.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=37;PP=2969;SC=CGGCCCGGACGGGGGAGCTTT;SOR=2.522;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=116;TCF=11;TCR=105;TR=42;WE=3769797;WS=3769779;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr4	4190792	rs2920255	A	C	827.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=4.517;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=26;PP=597;ReadPosRankSum=-1.152;SC=TGGGAGCTGAACCTAATGCAC;SOR=0.469;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=60;TCF=5;TCR=55;TR=29;WE=4190800;WS=4190782;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,32:0.50:64
chr4	4199634	rs2916414	A	T	2952.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.725;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=432;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.533;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=62;PP=1379;ReadPosRankSum=2.965;SC=CCATGACCCCATCAGACTTGA;SOR=0.646;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=279;TCF=121;TCR=158;TR=112;WE=4199642;WS=4199624;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:262,165:0.39:427
chr4	4204299	rs2920182	T	C	2189.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-1.013;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=251;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.002;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-3.806;NF=32;NR=50;PP=1234;ReadPosRankSum=1.515;SC=AGTGGATCACTCCAAACCTGA;SOR=0.608;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=180;TCF=65;TCR=115;TR=82;WE=4204307;WS=4204289;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:138,109:0.44:247
chr4	4239516	rs62286913	C	T	868.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.467;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.743;HP=3;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-11.223;NF=31;NR=13;PP=436;ReadPosRankSum=2.817;SC=ATTTTTCAAACGAGTTCATTT;SOR=0.587;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=156;TCF=104;TCR=52;TR=44;WE=4239524;WS=4239506;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:153,34:0.18:187
chr4	4239539	rs62286914	C	T	678.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.489;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FS=0.760;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.18;MQRankSum=-11.049;QD=3.09;ReadPosRankSum=-0.241;SOR=0.551;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:190,30:0.14:220
chr4	4241953	rs3817719	T	A	496.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-1.367;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=2;PP=325;ReadPosRankSum=1.395;SC=CTGTTTTAACTTTTTTTCTTT;SOR=0.883;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=40;TCF=36;TCR=4;TR=19;WE=4241961;WS=4241943;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,22:0.48:46
chr4	4249297	rs2916469	C	T	7643.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.258;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=530;ExcessHet=3.0103;FS=2.554;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.73;ReadPosRankSum=0.739;SOR=0.918;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:316,203:0.39:519
chr4	4249300	rs2916468	T	C	7821.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.399;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=559;ExcessHet=3.0103;FS=1.144;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.27;ReadPosRankSum=0.113;SOR=0.829;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:329,219:0.40:548
chr4	4249414	rs2980101	AT	GC	13177.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=1.844;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=842;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.755;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=77;NR=119;PP=2944;ReadPosRankSum=-0.195;SC=AGTCGACCTGATGTGTCAGGT;SOR=0.815;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=475;TCF=207;TCR=268;TR=196;WE=4249423;WS=4249404;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:483,351:0.42:834
chr4	4249483	rs2916466	C	T	13122.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=381;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=34.53;SOR=1.470;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,380:1.00:380
chr4	4249483	.	CA	TA,TC	2758	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.48;FR=0.5000,0.5000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=84,29;NR=181,78;PP=2758,1279;QD=20;SC=CAGATATTTCCAGTAATTCGC;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=266;TCF=84;TCR=182;TR=265,107;WE=4249492;WS=4249473;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:1.00:266
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chr4	4285221	rs2980214	A	C	1583.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.367;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=6;PP=888;ReadPosRankSum=-4.014;SC=AATCAATGGAACATACCAGTT;SOR=0.700;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=78;TCF=66;TCR=12;TR=45;WE=4285229;WS=4285211;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,65:0.63:103
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chr4	4301537	rs60953649	T	A	839.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.423;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=5.055;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=26.24;ReadPosRankSum=1.114;SOR=2.215;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,23:0.72:32
chr4	4304337	rs2916382	C	T	6966.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.264;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=544;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.528;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=110;NR=110;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.107;SC=AGCCTTGTGCCGTCAGTCATT;SOR=0.630;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=376;TCF=193;TCR=183;TR=220;WE=4304345;WS=4304327;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:220,315:0.59:535
chr4	4322275	rs873923	A	G	360.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=0.487;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=6;PP=224;ReadPosRankSum=1.146;SC=GCTGAGGAAGAAGGATTGTTT;SOR=0.530;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=43;TCF=30;TCR=13;TR=17;WE=4322283;WS=4322265;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,18:0.40:45
chr4	4393068	rs3792686	T	C	779.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.814;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=5;PP=514;ReadPosRankSum=-0.287;SC=TTCCAAAAAGTAGTGGCTGTT;SOR=0.735;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=36;TCF=29;TCR=7;TR=25;WE=4393076;WS=4393058;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,31:0.69:45
chr4	4425422	rs10675705	C	CAG	551.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.397;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.138;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.528;NF=1;NR=11;PP=362;ReadPosRankSum=0.042;SC=GTGGGAGAGACAGGGGGCACA;SOR=0.859;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=37;TCF=5;TCR=32;TR=12;WE=4425430;WS=4425412;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,18:0.31:58
chr4	4458863	rs187576032	C	A	1031.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-4.215;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.589;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=16;PP=449;ReadPosRankSum=1.082;SC=ACTTTAACTGCTATTATTAGT;SOR=0.312;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=61;TCF=36;TCR=25;TR=34;WE=4458871;WS=4458853;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,50:0.57:87
chr4	4861745	rs36059701	C	G	882.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.394;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.686;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=12;PP=481;ReadPosRankSum=1.462;SC=GCGGCCACGGCAGCCGCCATG;SOR=0.762;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=95;TCF=59;TCR=36;TR=33;WE=4861753;WS=4861735;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,46:0.36:129
chr4	4862125	rs149370601	AGGGGGCCGGGT	A	4839.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=3;NR=66;PP=1890;SC=GCGCAGAGGGAGGGGGCCGGG;SOR=1.835;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=88;TCF=4;TCR=84;TR=69;WE=4862143;WS=4862111;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr4	4864301	rs33946149	C	A	4553.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-4.255;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=539;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQ=60.06;MQRankSum=2.092;NF=105;NR=61;PP=2582;ReadPosRankSum=0.822;SC=TGCGCGATGCCCGGCACCGAG;SOR=0.671;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=398;TCF=252;TCR=146;TR=166;WE=4864309;WS=4864291;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:319,220:0.41:539
chr4	4864381	rs1042484	A	G	7799.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.662;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=987;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.118;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=2.352;NF=141;NR=118;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.953;SC=ATCATGCTCCAATGCTTCTCT;SOR=0.616;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=635;TCF=353;TCR=282;TR=259;WE=4864389;WS=4864371;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:569,413:0.42:982
chr4	4864404	rs33929633	CT	C	6345.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.998;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1108;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.530;HP=9;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=2.666;NF=50;NR=129;PP=2147;ReadPosRankSum=0.706;SC=TAACCCCTTGCTTTTTTTTTC;SOR=0.617;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=467;TCF=142;TCR=325;TR=179;WE=4864412;WS=4864394;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:629,424:0.40:1053
chr4	4864876	rs8670	C	T	3872.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=-0.231;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=356;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=59;PP=1546;ReadPosRankSum=-0.886;SC=CATAGAGGGTCCCAGGTCGCC;SOR=0.706;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=190;TCF=73;TCR=117;TR=94;WE=4864884;WS=4864866;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:163,185:0.53:348
chr4	5016841	rs6847131	G	T	1555.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=33;NR=12;PP=879;SC=TGACATAACTGTAGTTCTCTT;SOR=1.571;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=46;TCF=33;TCR=13;TR=45;WE=5016849;WS=5016831;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr4	5017146	rs67449859	A	AT	1180.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.69;QD=45.41;SOR=2.670;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr4	5017149	.	T	TTCATTTC	781	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;FR=1.0000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MMLQ=28;MQ=60.35;NF=0;NR=14;PP=781;QD=57.8571428571;SC=AAATTTCATTTCCATAATTTT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=0;TCR=20;TR=14;WE=5017158;WS=5017138;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:6,14:0.70:20
chr4	5017150	.	C	A	365	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;FR=1.0000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MMLQ=28;MQ=60.0;NF=0;NR=14;PP=365;QD=28.5550866105;SC=AATTTCATTTCCATAATTTTC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=0;TCR=14;TR=14;WE=5017158;WS=5017138;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr4	5017150	rs34659865	C	CATTTCA	1180.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.74;QD=42.17;SOR=2.468;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
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chr4	5448293	.	C	CA	498.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.792;ClippingRankSum=0.000;DP=265;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.08;MQRankSum=2.257;QD=1.99;ReadPosRankSum=-0.593;SOR=0.657;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:192,59:0.24:251
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chr4	5500511	rs13116133	A	C	2129.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=44;NR=13;PP=1356;SC=CCATCTGGCTACAGTGCACAG;SOR=1.917;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=57;TCF=44;TCR=13;TR=57;WE=5500519;WS=5500501;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr4	5528115	rs71674563	AT	A,ATT	937.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.260;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FS=3.542;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.05;MQRankSum=0.680;QD=5.97;ReadPosRankSum=2.492;SOR=1.056;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:40,61,56:0.39,0.36:157
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chr4	5642161	rs751841	A	G	649.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=4.971;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.966;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=0;PP=355;ReadPosRankSum=1.263;SC=AGGCAAATGGACAGATGAGTG;SOR=1.488;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=42;TCF=39;TCR=3;TR=17;WE=5642169;WS=5642155;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,20:0.40:50
chr4	5686924	rs957727	G	A	2904.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=63;NR=17;PP=1919;SC=ATTACTAAGGGAGCCCAGTTC;SOR=2.400;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=80;TCF=63;TCR=17;TR=80;WE=5686932;WS=5686914;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr4	5686967	rs957726	C	T	6224.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=109;NR=52;PP=2965;SC=AGGGCCTATGCCCTTATCTGC;SOR=1.378;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=161;TCF=109;TCR=52;TR=161;WE=5686975;WS=5686957;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,224:1.00:224
chr4	5687263	rs998092	A	G	2540.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=0.653;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.993;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=68;PP=1965;ReadPosRankSum=0.238;SC=CCCCGGCTGCACCCCACCACA;SOR=3.180;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=79;TCF=10;TCR=69;TR=77;WE=5687271;WS=5687253;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,85:0.98:87
chr4	5690902	rs4689278	T	C	13714.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-1.864;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=511;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=156;NR=135;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.189;SC=AACTTCTTGCTAAAAGCCTGG;SOR=0.257;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=292;TCF=157;TCR=135;TR=291;WE=5690910;WS=5690892;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,506:1.00:507
chr4	5693112	rs35705473	C	T	601.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.873;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=14;PP=311;ReadPosRankSum=1.282;SC=TCATGCTATACATATTTAATA;SOR=0.803;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=37;TCF=11;TCR=26;TR=20;WE=5693120;WS=5693102;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,28:0.57:49
chr4	5710255	rs76269601	C	T	85.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.324;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=1.760;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.73;ReadPosRankSum=-0.825;SOR=0.790;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,7:0.30:23
chr4	5733068	rs1871586	G	T	1941.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=1.364;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.549;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=22;PP=1295;ReadPosRankSum=-0.933;SC=AGCGGCTAGCGTGAATCACTG;SOR=0.542;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=117;TCF=85;TCR=32;TR=75;WE=5733076;WS=5733058;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,83:0.62:134
chr4	5743509	rs6446393	C	T	589.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.502;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.858;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=10;PP=226;ReadPosRankSum=0.201;SC=AGATGATGAACTATACCAGAA;SOR=0.554;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=49;TCF=20;TCR=29;TR=18;WE=5743517;WS=5743499;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,33:0.41:81
chr4	5746916	rs4689313	C	T	1938.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.320;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.36;ReadPosRankSum=0.939;SOR=0.670;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:53,82:0.61:135
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chr4	5747078	rs2286342	A	G	3837.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.591;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=308;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.427;HP=2;HapScore=3;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=58;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.379;SC=TGTGCGTGCCAGACTTTCTTT;SOR=0.654;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=190;TCF=81;TCR=109;TR=101;WE=5747086;WS=5747062;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:122,181:0.60:303
chr4	5747131	rs13145958	C	A	1911.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.400;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.603;HP=2;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=41;PP=986;ReadPosRankSum=3.007;SC=AAATTGGCTACATTAGAGAGA;SOR=0.760;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=112;TCF=38;TCR=74;TR=63;WE=5747139;WS=5747121;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,89:0.56:159
chr4	5749784	rs4689312	G	A	2364.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.517;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.978;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=12;PP=793;ReadPosRankSum=-0.950;SC=GTTTGTGATAGGGAGTGAATT;SOR=1.022;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=132;TCF=98;TCR=34;TR=50;WE=5749792;WS=5749774;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:112,64:0.36:176
chr4	5749804	rs4689311	G	A	3610.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.633;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=241;ExcessHet=3.0103;FS=1.049;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.98;ReadPosRankSum=-1.820;SOR=0.803;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:146,95:0.39:241
chr4	5749814	rs4688964	C	T	3830.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.375;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=286;ExcessHet=3.0103;FS=0.945;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.54;ReadPosRankSum=-1.051;SOR=0.628;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:171,112:0.40:283
chr4	5749904	rs4688963	T	C	4610.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.183;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=610;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=70;NR=73;PP=2045;ReadPosRankSum=2.029;SC=AGATGGCAAATATCCAGCACT;SOR=0.726;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=346;TCF=171;TCR=175;TR=143;WE=5749912;WS=5749894;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:358,246:0.41:604
chr4	5749961	rs4688962	G	C	3049.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.027;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=461;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.547;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=63;PP=1622;ReadPosRankSum=-0.482;SC=CCCGACAGCTGATGATGACTC;SOR=0.767;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=296;TCF=124;TCR=172;TR=107;WE=5749969;WS=5749951;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:291,164:0.36:455
chr4	5750003	rs33929747	A	G	4174.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.586;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=291;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.752;HP=3;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=83;PP=2096;ReadPosRankSum=0.334;SC=CCGAAGGGCTATTGTGCGATT;SOR=0.540;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=208;TCF=72;TCR=136;TR=129;WE=5750011;WS=5749993;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:102,186:0.65:288
chr4	5750084	rs4688961	A	T	618.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=2.777;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.430;HP=2;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=19;PP=408;ReadPosRankSum=2.712;SC=GACTAGAGATATGGAATCCTG;SOR=0.408;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=63;TCF=12;TCR=51;TR=25;WE=5750092;WS=5750074;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,27:0.38:72
chr4	5754544	rs899691	T	C	3795.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.281;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=301;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.915;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=78;NR=44;PP=1889;ReadPosRankSum=-0.618;SC=GCTATGGTCCTGTGTGTTTCT;SOR=0.776;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=203;TCF=129;TCR=74;TR=122;WE=5754552;WS=5754534;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:122,173:0.59:295
chr4	5755373	rs7660793	G	C	299.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.064;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.853;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=7;PP=215;ReadPosRankSum=-1.066;SC=AAACCCAGGTGTGTCACCAGC;SOR=0.378;SbPval=0.22;Source=Platypus;TC=54;TCF=35;TCR=19;TR=14;WE=5755381;WS=5755363;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,19:0.31:62
chr4	5755542	rs2302075	C	A	6336.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=243;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=68;NR=76;PP=2759;SC=GACCTGGTCACGGCGTCTCTG;SOR=0.788;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=145;TCF=68;TCR=77;TR=144;WE=5755550;WS=5755532;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,241:1.00:241
chr4	5757932	.	G	GA	447.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.187;ClippingRankSum=0.000;DP=335;ExcessHet=3.0103;FS=0.567;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.13;MQRankSum=3.574;QD=1.49;ReadPosRankSum=-0.047;SOR=0.749;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:233,68:0.23:301
chr4	5795412	rs11737221	C	T	1263.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=22.17;SOR=1.692;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr4	5803633	rs2306400	C	T	1079.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=22;NR=8;PP=646;SC=GTGGCTCCCACGTGTGACTTC;SOR=1.730;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=22;TCR=8;TR=30;WE=5803641;WS=5803623;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr4	5803669	rs1031919	T	C	2242.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=42;NR=17;PP=1250;SC=CTTCCTTTCTTCCCTCAGAGG;SOR=1.552;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=59;TCF=42;TCR=17;TR=59;WE=5803677;WS=5803659;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr4	5803829	rs3214940	AC	A	7867.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=260;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=16;NR=83;PP=2749;SC=AGGGTACGGGACCCCCCCTCA;SOR=0.800;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=103;TCF=16;TCR=87;TR=99;WE=5803837;WS=5803819;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,255:1.00:255
chr4	5803903	rs2306399	A	G	5509.77	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.09;QD=43.73;SOR=1.705;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr4	5803903	.	AC	GT	2947	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;FR=1.0000;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MMLQ=28;MQ=60.08;NF=21;NR=60;PP=2947;QD=20;SC=GATGTCAGATACTGTGAATTT;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=83;TCF=21;TCR=62;TR=81;WE=5803912;WS=5803893;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:2,81:0.98:83
chr4	5803904	rs1031918	C	T	5509.77	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.09;QD=44.79;SOR=1.708;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr4	5806366	rs1552057	T	C	3812.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=71;NR=35;PP=2155;SC=CTGGTGTGTCTCACTCACCCT;SOR=1.340;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=106;TCF=71;TCR=35;TR=106;WE=5806374;WS=5806356;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,140:1.00:140
chr4	5812195	rs2279250	A	G	5153.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=42;NR=104;PP=2965;SC=TGGGCCCCGGACCTGTTGCCT;SOR=1.664;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=147;TCF=42;TCR=105;TR=146;WE=5812203;WS=5812185;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,176:1.00:176
chr4	5812778	rs2291151	G	A	1083.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.864;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.684;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=29;PP=664;ReadPosRankSum=1.834;SC=AAGACCAGTCGGTGGGACAAG;SOR=0.609;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=103;TCF=29;TCR=74;TR=42;WE=5812786;WS=5812768;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,53:0.38:140
chr4	5827503	rs10605297	GCA	G	608.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=1.257;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.135;NF=1;NR=16;PP=631;ReadPosRankSum=-1.218;SC=AAATGTGCATGCACACACACA;SOR=0.773;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=42;TCF=1;TCR=41;TR=17;WE=5827512;WS=5827493;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,21:0.46:46
chr4	5830414	rs6818391	T	C	13328.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.688;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=541;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=122;NR=218;PP=2965;ReadPosRankSum=0.933;SC=ACAGCCTCAGTGTTACTTCCC;SOR=0.668;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=345;TCF=123;TCR=222;TR=340;WE=5830422;WS=5830404;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,525:0.99:528
chr4	5837871	rs3815264	A	G	3207.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=76;PP=2221;SC=GAGGAGGGGCAGCTGGGCACA;SOR=3.014;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=91;TCF=15;TCR=76;TR=91;WE=5837879;WS=5837861;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr4	5838347	rs2240494	G	A	1095.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=31;NR=4;PP=793;SC=CAAGTTATGCGTTCCCTCCTG;SOR=3.912;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=35;TCF=31;TCR=4;TR=35;WE=5838355;WS=5838346;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr4	5838513	rs12331	C	G	10120.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=396;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=128;NR=90;PP=2965;SC=CCCAGACGACCGTCATCCGCT;SOR=0.926;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=221;TCF=130;TCR=91;TR=218;WE=5838521;WS=5838503;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,389:1.00:389
chr4	5841423	rs71640227	T	TAAAC	3584.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.681;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.183;NF=10;NR=45;PP=1487;ReadPosRankSum=-0.153;SC=GGGGAAAACATAAGCCTGGTT;SOR=0.937;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=63;TCF=10;TCR=53;TR=55;WE=5841433;WS=5841413;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,135:0.99:137
chr4	5843196	rs2286283	T	G	3255.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=2.597;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=248;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.301;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=74;PP=1884;ReadPosRankSum=-0.335;SC=GGAAGGCTGGTGTAACAGCTA;SOR=0.885;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=179;TCF=56;TCR=123;TR=105;WE=5843204;WS=5843186;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:103,142:0.58:245
chr4	5843266	rs2286282	T	C	1235.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.717;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.743;HP=2;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=31;PP=582;ReadPosRankSum=-0.273;SC=CTCCATTGAATGAGAAGGACA;SOR=0.829;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=84;TCF=27;TCR=57;TR=44;WE=5843274;WS=5843256;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,60:0.55:110
chr4	5843318	rs2286281	G	T	754.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.568;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=5.189;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.15;ReadPosRankSum=0.077;SOR=0.199;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,21:0.48:44
chr4	5843328	rs2286280	T	C	712.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.664;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=5.701;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.26;ReadPosRankSum=-0.564;SOR=0.153;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,19:0.51:37
chr4	5845068	rs116314406	A	G	465.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.664;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=16;PP=340;ReadPosRankSum=-1.603;SC=CTACACACCCATCCACCTTCC;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=23;TCF=0;TCR=23;TR=16;WE=5845076;WS=5845058;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,18:0.69:26
chr4	5851234	.	TA	T	122.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.290;ClippingRankSum=0.000;DP=106;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.53;ReadPosRankSum=-0.535;SOR=0.597;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:57,23:0.29:80
chr4	5925186	rs4348041	G	A	604.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.293;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=16;PP=359;ReadPosRankSum=-0.094;SC=CTTTTGTGGCGGGGGCGGCTG;SOR=0.960;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=4;TCR=22;TR=19;WE=5925194;WS=5925176;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,25:0.69:36
chr4	5966574	rs4996083	T	C	241.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.143;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.57;MQRankSum=0.873;QD=12.72;ReadPosRankSum=-0.205;SOR=1.123;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,12:0.63:19
chr4	5966618	rs6828891	A	G	629.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=1.302;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.157;HP=2;HapScore=2;MGOF=39;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=8;PP=358;ReadPosRankSum=0.548;SC=TCGGGAGTCGATTGTGTTCTA;SOR=0.592;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=45;TCF=29;TCR=16;TR=23;WE=5966626;WS=5966608;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,29:0.62:47
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chr4	5967001	rs11415729	C	CG	101.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=2.014;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=6;PP=227;ReadPosRankSum=1.552;SC=TTCCATGCCCCGGGGCAGAGG;SOR=0.437;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=22;TCF=3;TCR=19;TR=8;WE=5967009;WS=5966991;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,5:0.29:17
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chr4	5969235	rs7690750	A	G	2730.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.582;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.515;HP=2;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=42;PP=1303;ReadPosRankSum=0.262;SC=GGCACTGGAGAGACAGCCTTG;SOR=0.620;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=149;TCF=71;TCR=78;TR=80;WE=5969243;WS=5969225;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,121:0.58:208
chr4	5969252	rs7690889	A	G	2420.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.305;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=38;PP=1239;ReadPosRankSum=-0.959;SC=CTTGCACAGAAGACTGCAATT;SOR=0.716;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=130;TCF=61;TCR=69;TR=71;WE=5969260;WS=5969242;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,103:0.60:173
chr4	5969292	rs6446420	C	A	1340.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-1.312;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.723;HP=6;HapScore=4;MGOF=35;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=32;PP=1646;ReadPosRankSum=-0.712;SC=CCCCTCCCCGCAAAAAACCGC;SOR=1.025;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=95;TCF=36;TCR=59;TR=49;WE=5969311;WS=5969282;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,56:0.56:100
chr4	5969303	rs6446421	T	A	1159.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-2.842;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=35;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=29;PP=1646;ReadPosRankSum=-1.534;SC=AAAAAACCGCTTTCTGTGTAG;SOR=0.787;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=85;TCF=32;TCR=53;TR=46;WE=5969311;WS=5969282;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,53:0.59:90
chr4	5969364	rs6446422	T	C	558.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.061;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.517;HP=1;HapScore=2;MGOF=51;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=19;PP=334;ReadPosRankSum=4.540;SC=CTCTCCAGGATGCTCAAAGGA;SOR=1.839;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=43;TCF=9;TCR=34;TR=22;WE=5969372;WS=5969354;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,26:0.58:45
chr4	5975538	rs16837960	G	A	2379.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.914;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=331;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.987;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=54;PP=1117;ReadPosRankSum=-1.197;SC=TTCCTCTCCCGGCACTTCCGG;SOR=0.813;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=217;TCF=69;TCR=148;TR=75;WE=5975546;WS=5975528;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:196,120:0.38:316
chr4	5977462	rs4689291	C	T	934.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.917;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.515;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=16;PP=578;ReadPosRankSum=0.820;SC=GCAATCCACCCGCCTCAGCCT;SOR=0.454;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=86;TCF=53;TCR=33;TR=39;WE=5977470;WS=5977452;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,48:0.42:113
chr4	5977553	rs4689290	T	C	1727.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.875;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=262;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.476;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=24;PP=2223;ReadPosRankSum=-1.055;SC=GGATTACATGTCTAACAGGAA;SOR=0.653;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=173;TCF=103;TCR=70;TR=60;WE=5977574;WS=5977543;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:167,92:0.36:259
chr4	5977566	rs4689289	C	A	1825.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.498;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=280;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.57;ReadPosRankSum=-1.769;SOR=0.701;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:178,100:0.36:278
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chr4	5990110	rs4689287	C	A	5762.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-3.011;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=721;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=102;NR=100;PP=2695;ReadPosRankSum=0.593;SC=GAGCTTGCCCCTGAGCCACAG;SOR=0.682;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=444;TCF=223;TCR=221;TR=202;WE=5990118;WS=5990100;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:405,303:0.43:708
chr4	5990339	rs6845455	G	A	3826.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.318;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=458;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=67;PP=2170;ReadPosRankSum=0.648;SC=ACAGGCTCTTGAAAGCAGCTG;SOR=0.655;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=328;TCF=159;TCR=169;TR=133;WE=5990347;WS=5990329;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:264,184:0.41:448
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chr4	5990599	rs751240	T	C	13751.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=508;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=182;NR=169;PP=2965;SC=CCGAGATCAGTGTCTGGAGCT;SOR=0.754;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=353;TCF=182;TCR=171;TR=351;WE=5990607;WS=5990589;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,505:1.00:505
chr4	5990791	rs2016083	A	G	6617.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.434;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=891;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQ=60.06;MQRankSum=0.052;NF=120;NR=112;PP=2962;ReadPosRankSum=0.079;SC=GTAAATATTGATCCAGTTCTT;SOR=0.711;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=591;TCF=301;TCR=290;TR=232;WE=5990799;WS=5990781;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:539,343:0.39:882
chr4	5990868	rs143859826	CCT	C	180.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.622;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=831;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.07;MQRankSum=5.987;QD=0.26;ReadPosRankSum=-0.966;SOR=0.667;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:586,102:0.15:688
chr4	5991384	rs4234711	T	C	5793.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.576;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=803;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.536;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=91;NR=127;PP=2516;ReadPosRankSum=2.196;SC=GCACACCTGTTGTGTCCTTTG;SOR=0.763;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=535;TCF=231;TCR=304;TR=218;WE=5991392;WS=5991374;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:486,310:0.39:796
chr4	5991476	rs4266238	G	A	3276.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.113;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=548;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.641;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=81;PP=1825;ReadPosRankSum=-2.594;SC=TGGCAAACCTGTCTCTCCTGC;SOR=0.902;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=350;TCF=136;TCR=214;TR=126;WE=5991484;WS=5991466;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:359,182:0.34:541
chr4	6031632	rs10461053	T	G	923.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=2.037;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=27;PP=648;ReadPosRankSum=-1.173;SC=GGCAGCCTGATGAGCTCTGAT;SOR=0.804;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=49;TCF=9;TCR=40;TR=33;WE=6031640;WS=6031622;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,37:0.67:55
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chr4	6058391	.	G	A	2275.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.029;ClippingRankSum=0.000;DP=307;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.437;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=29;PP=1154;ReadPosRankSum=1.595;SC=ACTGCCCTGCGGCTGTGTGCT;SOR=0.749;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=232;TCF=144;TCR=88;TR=83;WE=6058399;WS=6058381;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:181,119:0.40:300
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chr4	6293802	rs7655482	T	C	693.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=0.073;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.308;HP=3;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=19;PP=395;ReadPosRankSum=-0.761;SC=CCTGTGCGACTCCATCCTGGC;SOR=0.133;SbPval=0.21;Source=Platypus;TC=60;TCF=11;TCR=49;TR=26;WE=6293810;WS=6293792;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,32:0.45:71
chr4	6302519	rs1801212	G	A	7982.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=2.854;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1158;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=141;NR=139;PP=2962;ReadPosRankSum=0.183;SC=CTTCTTCATCGTCAGCAACCT;SOR=0.648;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=732;TCF=382;TCR=350;TR=280;WE=6302527;WS=6302509;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:716,428:0.37:1144
chr4	6302545	rs56072215	C	T	8157.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.848;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1165;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=153;NR=123;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.620;SC=TCGACTTCTTCGCCTTCTTCA;SOR=0.742;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=744;TCF=400;TCR=344;TR=276;WE=6302553;WS=6302535;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:725,429:0.37:1154
chr4	6303247	rs2230719	C	T	6076.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.003;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=759;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=93;NR=92;PP=2636;ReadPosRankSum=0.584;SC=TCCTGGTGGCCGGCCTGGCCC;SOR=0.682;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=446;TCF=218;TCR=228;TR=185;WE=6303255;WS=6303237;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:444,311:0.41:755
chr4	6303844	rs2230721	G	A	8691.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.806;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1113;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=133;NR=152;PP=2962;ReadPosRankSum=1.375;SC=ACCGCTACAAGTTTGAGATTA;SOR=0.711;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=668;TCF=315;TCR=353;TR=285;WE=6303852;WS=6303834;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:648,459:0.41:1107
chr4	6304087	rs1046316	A	G	2333.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.249;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=372;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.395;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=48;PP=1192;ReadPosRankSum=-0.860;SC=CCCAGCTCTCACCCACCAGGC;SOR=0.666;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=228;TCF=96;TCR=132;TR=86;WE=6304095;WS=6304077;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:237,130:0.35:367
chr4	6304242	rs1046317	T	C	421.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=2.011;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.233;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=16;PP=312;ReadPosRankSum=0.731;SC=CCATGAGGCCTTTCCCCAGTG;SOR=0.968;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=51;TCF=9;TCR=42;TR=19;WE=6304250;WS=6304232;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,21:0.34:61
chr4	6304285	rs1802453	G	A	146.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.256;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.63;ReadPosRankSum=0.062;SOR=1.302;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,5:0.29:17
chr4	6304285	.	GC	AT	127	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;FR=0.5000;HP=4;HapScore=2;MGOF=16;MMLQ=28;MQ=60.0;NF=0;NR=4;PP=127;QD=45.1169687156;SC=CACCAGTGCCGCCTGTGCCCA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=1;TCR=14;TR=4;WE=6304294;WS=6304275;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:11,4:0.27:15
chr4	6325018	rs3796402	A	T	1023.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-1.212;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.758;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=10;PP=569;ReadPosRankSum=1.463;SC=GGGGCCGGGAACTGCACATAC;SOR=1.038;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=88;TCF=62;TCR=26;TR=39;WE=6325026;WS=6325008;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,48:0.45:107
chr4	6325086	rs3796403	G	A	2311.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.144;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=269;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.085;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=36;PP=1201;ReadPosRankSum=-0.521;SC=TGGTGGCGGCGATGGCAATGA;SOR=0.571;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=184;TCF=110;TCR=74;TR=83;WE=6325094;WS=6325076;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:149,116:0.44:265
chr4	6330911	rs112236175	G	A	484.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=5.477;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.420;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=2;PP=359;ReadPosRankSum=-0.664;SC=GCGGGTCACCGGAATCCCAGC;SOR=1.383;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=47;TCF=41;TCR=6;TR=20;WE=6330919;WS=6330901;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,21:0.40:53
chr4	6330938	rs6829844	C	G	819.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=2.190;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.034;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=4;PP=538;ReadPosRankSum=0.206;SC=CCCTGCAGGGCAGAAACCCTC;SOR=1.641;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=67;TCF=53;TCR=14;TR=29;WE=6330946;WS=6330928;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,37:0.40:93
chr4	6335186	rs4689405	C	T	3218.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=68;NR=24;PP=1999;SC=ACCTACATACCGGGCATATGA;SOR=1.928;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=94;TCF=70;TCR=24;TR=92;WE=6335194;WS=6335176;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr4	6335203	rs10937722	C	T	1754.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=2.332;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.679;HP=1;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=12;PP=1088;ReadPosRankSum=1.452;SC=ATGAAAGCCACGCCTGGCTAG;SOR=1.235;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=116;TCF=86;TCR=30;TR=60;WE=6335211;WS=6335193;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,77:0.52:147
chr4	6374189	rs6837903	A	G	3859.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.08;SOR=1.708;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,148:1.00:148
chr4	6374230	rs35520578	C	CA	10255.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=280;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=70;NR=67;PP=2971;SC=AGGCACTGGCCAGGCCACAGT;SOR=1.195;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=142;TCF=71;TCR=71;TR=137;WE=6374239;WS=6374220;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,275:1.00:275
chr4	6374493	rs34231840	G	A	1390.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-0.515;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.348;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=37;PP=900;ReadPosRankSum=0.186;SC=ATAGCATGCCGTGAGCATGTG;SOR=0.261;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=69;TCF=13;TCR=56;TR=48;WE=6374501;WS=6374483;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,56:0.71:79
chr4	6377530	rs4688997	C	G	4195.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.12;SOR=1.061;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr4	6377534	rs4688998	A	G	4350.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.08;SOR=0.979;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr4	6377713	rs4234738	G	C	2336.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=29;NR=36;PP=1347;SC=CCGGATGGAAGAGAAGATCCA;SOR=0.839;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=65;TCF=29;TCR=36;TR=65;WE=6377721;WS=6377703;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr4	6384349	.	TTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTC	T	39.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.623;ClippingRankSum=-0.000;DP=134;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=4.97;ReadPosRankSum=-0.000;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,4:0.50:8
chr4	6415585	rs10213664	T	C	5656.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.928;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=461;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.132;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=106;NR=56;PP=2264;ReadPosRankSum=0.860;SC=AGCTCCACGATGGGGACCCTC;SOR=0.811;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=282;TCF=180;TCR=102;TR=162;WE=6415593;WS=6415575;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:189,265:0.58:454
chr4	6415797	.	CTGTGTATGTG	C,CTG	909.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.402;ClippingRankSum=0.000;DP=113;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=31.37;ReadPosRankSum=0.753;SOR=0.843;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:3,14,12:0.48,0.41:29
chr4	6536979	rs13141184	G	A	4222.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=76;NR=44;PP=2314;SC=CTGCCCGGCTGTGAGAACGGG;SOR=1.207;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=120;TCF=76;TCR=44;TR=120;WE=6536987;WS=6536969;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,160:1.00:160
chr4	6578487	rs4689485	A	G	2563.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=2.493;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=374;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=49;PP=1343;ReadPosRankSum=0.555;SC=TTGGCCCAGTATCCTGGCAAA;SOR=0.689;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=210;TCF=88;TCR=122;TR=85;WE=6578495;WS=6578477;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:231,134:0.37:365
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chr4	6602516	rs12639813	A	G	1674.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.836;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.090;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=44;PP=1057;ReadPosRankSum=-0.739;SC=GAGGGGCCTTAGCTGCTTGCT;SOR=1.165;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=86;TCF=24;TCR=62;TR=57;WE=6602524;WS=6602506;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,71:0.65:109
chr4	6606864	rs2301788	A	G	9959.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.376;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=801;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.528;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=129;NR=147;PP=2962;ReadPosRankSum=0.599;SC=CGGCACTACAACATCAGACCC;SOR=0.636;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=479;TCF=222;TCR=257;TR=276;WE=6606872;WS=6606854;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:334,460:0.58:794
chr4	6611813	rs4689487	T	C	7452.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.241;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=303;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=153;PP=2965;ReadPosRankSum=1.273;SC=ACGCTCCCAATGGCGCCTTTC;SOR=0.658;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=218;TCF=63;TCR=155;TR=216;WE=6611821;WS=6611803;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,291:0.99:295
chr4	6616056	rs61729241	C	T	2359.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=3.543;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=328;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=47;PP=1132;ReadPosRankSum=0.761;SC=TCCAACCACACGGAGCACTCT;SOR=0.683;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=186;TCF=70;TCR=116;TR=76;WE=6616064;WS=6616046;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:202,123:0.38:325
chr4	6619052	rs4689488	A	G	1829.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=46;NR=4;PP=1400;SC=TAGACCAGGGACATTGGGGTT;SOR=4.332;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=50;TCF=46;TCR=4;TR=50;WE=6619060;WS=6619044;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr4	6619165	rs4689489	A	G	11296.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=414;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=161;NR=111;PP=2965;SC=TCTACCACCTATATGAAGTGG;SOR=1.047;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=272;TCF=161;TCR=111;TR=272;WE=6619173;WS=6619155;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,411:1.00:411
chr4	6619204	rs4689490	G	A	15346.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.954;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=590;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=182;NR=154;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.944;SC=CTCAGCCAGTGACAGTGAATC;SOR=0.836;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=338;TCF=183;TCR=155;TR=336;WE=6619212;WS=6619194;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,583:0.99:587
chr4	6623032	rs4234768	G	T	18568.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=724;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=189;NR=225;PP=2965;SC=AGATGCCCCGGCCCCAGGGCT;SOR=0.809;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=415;TCF=190;TCR=225;TR=414;WE=6623040;WS=6623022;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,711:1.00:711
chr4	6698500	rs113431497	C	CTGAGCCTGAA	952.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=13;NR=1;PP=2978;SC=GGCCCTGGCCCTGACAGCAAA;SOR=4.514;SbPval=0.94;Source=Platypus;TC=16;TCF=13;TCR=3;TR=14;WE=6698508;WS=6698492;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr4	6698667	rs11734898	T	C	5954.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=82;NR=61;PP=2553;SC=AGGACCTGGATGCCAATGGAG;SOR=0.896;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=143;TCF=82;TCR=61;TR=143;WE=6698675;WS=6698657;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,225:1.00:225
chr4	6698706	rs11733989	A	C	6510.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=249;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=69;NR=66;PP=2412;SC=GTGAGTTCATAGTGTTCGTGG;SOR=0.709;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=135;TCF=69;TCR=66;TR=135;WE=6698714;WS=6698696;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,246:1.00:246
chr4	6718775	rs3172604	G	T	702.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=2.416;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.906;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.629;NF=4;NR=23;PP=496;ReadPosRankSum=0.685;SC=TGTCTTCCAAGTTTAAAAAAA;SOR=0.321;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=41;TCF=6;TCR=35;TR=27;WE=6718783;WS=6718765;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,28:0.68:41
chr4	6925009	rs41516949	A	C	1224.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-1.082;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.647;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=6;PP=820;ReadPosRankSum=0.882;SC=TTCTCCCTTAAGTGAGATCAG;SOR=1.314;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=70;TCF=58;TCR=12;TR=42;WE=6925017;WS=6924999;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,50:0.57:87
chr4	6925237	rs34860182	C	G	6076.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-2.025;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=800;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.525;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=92;NR=92;PP=2511;ReadPosRankSum=-0.516;SC=GCCCCGACTCCTCTCCGCGCC;SOR=0.653;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=471;TCF=229;TCR=242;TR=184;WE=6925245;WS=6925227;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:463,325:0.41:788
chr4	6956059	rs11732887	T	C	12631.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.648;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=489;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=175;NR=142;PP=2965;ReadPosRankSum=0.393;SC=CTCCTGTTCATGGACAGGTTT;SOR=0.447;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=317;TCF=175;TCR=142;TR=317;WE=6956067;WS=6956049;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,485:0.99:488
chr4	6956134	rs11732898	T	C	13732.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.746;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=534;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=151;NR=181;PP=2965;ReadPosRankSum=1.171;SC=GAGTCTTTCCTGCGTGTAGCT;SOR=0.833;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=336;TCF=152;TCR=184;TR=332;WE=6956142;WS=6956124;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,531:1.00:533
chr4	6968942	rs9291126	C	T	3322.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=91;NR=15;PP=2546;SC=CAGAGGAAAGCTGACTTGTTT;SOR=3.362;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=107;TCF=92;TCR=15;TR=106;WE=6968950;WS=6968932;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr4	6998262	.	TA	T	106.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.327;ClippingRankSum=0.000;DP=84;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.55;ReadPosRankSum=1.224;SOR=0.597;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:48,21:0.30:69
chr4	7002803	rs2301817	C	T	2437.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=51;NR=20;PP=1396;SC=TGGTTCGGGGCTAGGCACGCA;SOR=1.584;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=71;TCF=51;TCR=20;TR=71;WE=7002811;WS=7002793;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr4	7012609	rs79707230	C	G	1518.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-2.999;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.849;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=44;PP=1040;ReadPosRankSum=-1.274;SC=TACATTTTCTCTCTGTGAAGA;SOR=0.574;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=98;TCF=23;TCR=75;TR=60;WE=7012617;WS=7012599;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,65:0.60:108
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chr4	7044357	rs871133	A	G	3021.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=37;NR=39;PP=1835;SC=CCTCAGCCCCAACCTCGGCCG;SOR=0.839;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=76;TCF=37;TCR=39;TR=76;WE=7044365;WS=7044347;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
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chr4	7064243	rs6812318	C	T	3519.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.089;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=265;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=64.45;MQRankSum=6.334;QD=17.87;ReadPosRankSum=-0.777;SOR=0.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:26,171:0.87:197
chr4	7064277	rs4689585	C	T	3412.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=96;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=16;NR=97;PP=2766;SC=CTCTGTATGTCGCTCAGGCTG;SOR=3.338;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=114;TCF=17;TCR=97;TR=113;WE=7064285;WS=7064267;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr4	7066052	rs2359011	TA	GC	3898.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=17;NR=49;PP=2947;SC=AACTATTTACTATTACTTGGG;SOR=1.691;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=66;TCF=17;TCR=49;TR=66;WE=7066061;WS=7066042;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
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chr4	7069804	rs3822270	C	A	24173.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=909;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=248;NR=281;PP=2965;SC=ACCAAGCGTGCGTGCAGGCAG;SOR=0.743;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=534;TCF=251;TCR=283;TR=529;WE=7069812;WS=7069794;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,900:1.00:900
chr4	7069901	rs3822269	T	C	13733.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.630;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=503;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=27.63;ReadPosRankSum=-1.426;SOR=0.460;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,496:1.00:497
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chr4	7398194	rs9991834	A	G	374.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-2.661;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=14;PP=291;ReadPosRankSum=-0.254;SC=CCTGTGAGTCAGTGGCCTCGC;SOR=0.330;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=24;TCF=1;TCR=23;TR=15;WE=7398202;WS=7398184;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,15:0.58:26
chr4	7434988	rs4318651	A	G	1619.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.542;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.539;HP=2;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=16;PP=727;ReadPosRankSum=-0.728;SC=GGATGGGGAAAGCACCCACCT;SOR=0.615;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=144;TCF=95;TCR=49;TR=48;WE=7434996;WS=7434978;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:120,82:0.41:202
chr4	7435010	rs78599329	C	G	3198.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.424;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=260;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.50;ReadPosRankSum=0.663;SOR=0.669;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:111,145:0.57:256
chr4	7435013	rs11721763	G	A	5862.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.354;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=272;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=21.88;ReadPosRankSum=0.728;SOR=0.665;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:115,153:0.57:268
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chr4	7435379	rs4689746	A	G	13280.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=481;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=153;NR=171;PP=2965;SC=TTGCTCTCCAAGTTGTGGGAG;SOR=0.749;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=324;TCF=153;TCR=171;TR=324;WE=7435387;WS=7435369;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,475:1.00:475
chr4	7435443	rs6843370	G	A	7461.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.339;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=496;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.871;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=125;NR=122;PP=2962;ReadPosRankSum=0.245;SC=GGTTCTCCGCGTCCCACTCTG;SOR=0.556;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=365;TCF=190;TCR=175;TR=247;WE=7435451;WS=7435433;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:161,326:0.67:487
chr4	7461661	rs73212545	G	A	517.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.627;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.941;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=6;PP=249;ReadPosRankSum=-0.191;SC=GGGAGCATTGGCAGAGTGGGT;SOR=0.544;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=60;TCF=47;TCR=13;TR=22;WE=7461669;WS=7461651;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,29:0.34:86
chr4	7461705	rs28636063	G	T	2466.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.731;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.337;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=21;PP=1237;ReadPosRankSum=-0.628;SC=TGTCATCCAGGGCCACCCCTG;SOR=0.555;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=116;TCF=85;TCR=31;TR=74;WE=7461713;WS=7461695;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,108:0.64:170
chr4	7461826	rs10655902	C	CCCA	6988.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-1.785;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=514;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=55;PP=2967;ReadPosRankSum=1.985;SC=CCCAGCAGTCCCTCCCCCTGC;SOR=0.677;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=210;TCF=63;TCR=147;TR=74;WE=7461834;WS=7461816;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:319,189:0.37:508
chr4	7461915	rs12498272	T	A	2970.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.993;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=413;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.277;NF=40;NR=61;PP=1585;ReadPosRankSum=1.282;SC=GCGTGCCAGCTAGTAGAATCC;SOR=0.747;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=254;TCF=105;TCR=149;TR=101;WE=7461923;WS=7461905;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:254,157:0.38:411
chr4	7533234	rs10007474	C	T	4767.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.117;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=576;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.128;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=108;NR=69;PP=2380;ReadPosRankSum=2.325;SC=ACATGGCTGACGGCTGTCCCC;SOR=0.637;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=422;TCF=261;TCR=161;TR=177;WE=7533242;WS=7533224;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:328,242:0.42:570
chr4	7655693	rs6826370	G	A	321.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=2.015;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=2;PP=189;ReadPosRankSum=0.020;SC=TCCTGGAGGCGGTGGGGTTTG;SOR=0.730;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=30;TCF=27;TCR=3;TR=14;WE=7655701;WS=7655683;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,15:0.43:35
chr4	7655759	rs76144997	T	A	1577.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.813;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.633;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=18;PP=805;ReadPosRankSum=-0.042;SC=CAAGGATGACTTCTCCTGGGG;SOR=0.608;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=104;TCF=73;TCR=31;TR=55;WE=7655767;WS=7655749;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,76:0.51:148
chr4	7655855	rs2285789	C	T	3912.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-1.320;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=398;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.395;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=49;PP=1426;ReadPosRankSum=0.373;SC=TTTTTCTGCCCTAAAGCTCTA;SOR=0.520;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=221;TCF=123;TCR=98;TR=106;WE=7655863;WS=7655845;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:197,196:0.50:393
chr4	7663167	rs2285788	A	T	7131.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=266;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=128;NR=65;PP=2965;SC=TGTGGGGAGCAGCTGGGGGAC;SOR=1.341;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=198;TCF=128;TCR=70;TR=193;WE=7663175;WS=7663157;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,258:1.00:258
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chr4	7684641	rs4689820	C	A	1483.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=12;NR=32;PP=912;SC=TCACATCACACACCATCCTTG;SOR=1.791;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=44;TCF=12;TCR=32;TR=44;WE=7684649;WS=7684631;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
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chr4	7714490	rs4689833	T	C	11459.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=435;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=127;NR=130;PP=2965;SC=TCCGCTCCGATTGGGAGCTGG;SOR=0.717;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=257;TCF=127;TCR=130;TR=257;WE=7714498;WS=7714480;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,431:1.00:431
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chr4	7717012	rs2285781	G	A	26749.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.805;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1021;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=299;NR=385;PP=2965;ReadPosRankSum=0.153;SC=ACTGTGCCCTGGGCCAGACCT;SOR=0.621;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=692;TCF=304;TCR=388;TR=684;WE=7717020;WS=7717002;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,1012:1.00:1015
chr4	7726847	rs2285777	A	G	9982.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.134;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=809;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.522;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=151;NR=130;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.525;SC=ATGCCCTGATATCATCTAACC;SOR=0.656;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=492;TCF=268;TCR=224;TR=281;WE=7726855;WS=7726837;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:350,456:0.57:806
chr4	7728472	rs2301746	C	T	2529.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-1.420;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=28;PP=1136;ReadPosRankSum=-0.561;SC=CTGCCTCACTCGGCCAGGCCC;SOR=0.690;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=122;TCF=80;TCR=42;TR=77;WE=7728480;WS=7728462;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,114:0.66:174
chr4	7728658	rs2301745	C	T	4290.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.272;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=350;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.684;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=81;NR=75;PP=1964;ReadPosRankSum=-0.299;SC=TCTGGCAGCACGGCCTCTGCA;SOR=0.712;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=260;TCF=122;TCR=138;TR=156;WE=7728666;WS=7728648;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:137,202:0.60:339
chr4	7728759	rs2301744	G	A	1073.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-1.661;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.424;HP=3;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=27;PP=496;ReadPosRankSum=-2.065;SC=TGGGGAGGGAGGGGCTGGATA;SOR=1.062;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=114;TCF=33;TCR=81;TR=37;WE=7728767;WS=7728749;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,55:0.45:121
chr4	7731310	rs1544402	G	A	1575.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.373;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.559;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=16;PP=698;ReadPosRankSum=0.414;SC=AACTCTCCCCGCAGGAGACCA;SOR=0.608;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=125;TCF=84;TCR=41;TR=47;WE=7731318;WS=7731300;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:109,80:0.42:189
chr4	7731560	rs1076226	T	A	1027.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-1.619;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.429;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=33;PP=647;ReadPosRankSum=-0.443;SC=TCGCTGCATCTCAGTCTGACT;SOR=1.013;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=107;TCF=32;TCR=75;TR=44;WE=7731568;WS=7731550;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,52:0.40:131
chr4	7736128	rs13105903	C	T	2535.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.724;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=36;PP=1175;ReadPosRankSum=0.020;SC=CCCTCCTCTGCGGGGCTCTGA;SOR=0.697;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=104;TCF=50;TCR=54;TR=70;WE=7736136;WS=7736118;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,114:0.64:177
chr4	7736448	rs185261622	G	C	6952.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.555;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=539;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.12;ReadPosRankSum=-1.335;SOR=0.680;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:206,324:0.61:530
chr4	7736455	rs6843811	G	A	18851.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=505;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=37.78;SOR=0.871;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,499:1.00:499
chr4	7738730	rs6840685	A	C	3761.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=86;NR=35;PP=2376;SC=GGCCAGCGGAAGGCTCCAGGG;SOR=1.793;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=121;TCF=86;TCR=35;TR=121;WE=7738738;WS=7738720;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,134:1.00:134
chr4	7742056	rs184162099	G	T	2948.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.237;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.115;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=61;PP=1615;ReadPosRankSum=-0.728;SC=GCCGGCGGCTGGACTGGCGCC;SOR=0.979;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=146;TCF=60;TCR=86;TR=100;WE=7742064;WS=7742046;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,131:0.63:208
chr4	7765495	rs2240053	G	T	1256.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.192;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.534;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=17;PP=418;ReadPosRankSum=0.765;SC=CTGTCCCCTAGGTCCCGTTCT;SOR=0.635;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=114;TCF=65;TCR=49;TR=38;WE=7765503;WS=7765485;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:133,73:0.35:206
chr4	7765617	rs55817815	C	T	627.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.726;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=16;PP=268;ReadPosRankSum=2.044;SC=GGTGGGTGCTCGGCTACTGCA;SOR=0.661;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=81;TCF=28;TCR=53;TR=23;WE=7765625;WS=7765607;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,37:0.32:117
chr4	7770723	rs2285761	G	T	3049.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=2.259;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=420;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.538;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=55;PP=1373;ReadPosRankSum=0.197;SC=GTCCGGTGCCGGAACACTGGA;SOR=0.791;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=226;TCF=98;TCR=128;TR=94;WE=7770731;WS=7770713;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:257,161:0.39:418
chr4	7774610	rs2276967	C	T	2607.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.495;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=378;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.100;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=38;PP=1392;ReadPosRankSum=-0.312;SC=CGCCCGCCAGCGCTTTCTTCA;SOR=0.907;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=245;TCF=143;TCR=102;TR=100;WE=7774618;WS=7774600;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:236,138:0.37:374
chr4	7783163	rs28542374	G	A	1533.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.478;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.803;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=26;PP=835;ReadPosRankSum=0.730;SC=CAGACTGAGCGGAGGCAGGGT;SOR=0.565;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=135;TCF=81;TCR=54;TR=59;WE=7783171;WS=7783153;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:113,80:0.41:193
chr4	7783286	rs10516189	G	A	2529.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.205;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=332;ExcessHet=3.0103;FS=5.047;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.67;ReadPosRankSum=0.967;SOR=0.890;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:196,134:0.41:330
chr4	7787899	rs16841246	A	G	809.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=0.860;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.968;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=10;PP=561;ReadPosRankSum=-0.456;SC=ACCAACCATTACTCCAAAAAA;SOR=0.473;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=86;TCF=65;TCR=21;TR=36;WE=7787907;WS=7787889;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,38:0.41:92
chr4	7817698	.	G	GT	386.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.957;ClippingRankSum=0.000;DP=372;ExcessHet=3.0103;FS=0.530;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.03;MQRankSum=0.000;QD=1.12;ReadPosRankSum=1.926;SOR=0.644;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:280,66:0.19:346
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chr4	7857230	rs61742221	C	T	3273.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.656;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=274;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.691;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=39;PP=1547;ReadPosRankSum=0.977;SC=CGGGGCTCAGCGGCACAGCTT;SOR=0.859;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=182;TCF=109;TCR=73;TR=104;WE=7857238;WS=7857220;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:116,156:0.57:272
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chr4	7994460	rs35219850	T	C	183.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.948;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=3.520;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.68;ReadPosRankSum=1.747;SOR=0.236;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,13:0.26:50
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chr4	8031590	rs11942146	T	G	883.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-2.037;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.213;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=22;PP=357;ReadPosRankSum=0.552;SC=CATTTGGTGTTTGCCCTCCTG;SOR=0.435;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=119;TCF=39;TCR=80;TR=35;WE=8031598;WS=8031580;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:102,52:0.34:154
chr4	8034497	rs13151663	G	A	4360.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.529;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=342;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=64;PP=1624;ReadPosRankSum=-1.097;SC=CAACACAGGCGCAAACACCCA;SOR=0.704;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=194;TCF=86;TCR=108;TR=113;WE=8034505;WS=8034487;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:133,208:0.61:341
chr4	8062638	rs6853485	A	C	5212.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=74;NR=47;PP=2477;SC=GTGTGTGGACATCGAAGAGGG;SOR=0.969;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=121;TCF=74;TCR=47;TR=121;WE=8062646;WS=8062628;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,194:1.00:194
chr4	8062689	rs6811028	T	C	7810.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=34.56;SOR=0.711;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,226:1.00:226
chr4	8062689	.	TG	CA,CG	940	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.43;FR=0.5000,0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MMLQ=8;MQ=60.0;NF=37,78;NR=36,68;PP=861,940;QD=12.5269571899;SC=CATTTTAATTTGTACCTTGAA;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=150;TCF=80;TCR=70;TR=73,146;WE=8062698;WS=8062679;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.49:150
chr4	8062690	rs10938683	G	A	2185.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.191;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FS=1.629;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.89;ReadPosRankSum=1.639;SOR=0.685;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:112,109:0.49:221
chr4	8062830	rs16841624	C	T	559.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=1.864;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.007;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=15;PP=261;ReadPosRankSum=-2.562;SC=CCAGAAAGGTCGGCTGGGTCC;SOR=0.551;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=54;TCF=15;TCR=39;TR=21;WE=8062838;WS=8062820;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,28:0.42:66
chr4	8062871	rs6853901	A	C	176.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-1.278;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.630;HP=2;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=10;PP=153;ReadPosRankSum=-0.054;SC=GCATGCCCTGAGCACAGGTAC;SOR=2.262;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=25;TCF=2;TCR=23;TR=10;WE=8062879;WS=8062861;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,10:0.37:27
chr4	8090028	rs11722016	C	T	5773.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.325;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=526;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.522;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=74;NR=105;PP=2866;ReadPosRankSum=0.153;SC=CAAGAGAGCTCGTTACCAGCC;SOR=0.745;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=331;TCF=139;TCR=192;TR=179;WE=8090036;WS=8090018;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:240,274:0.53:514
chr4	8207083	rs2677605	A	G	1136.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=0.685;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.077;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=28;PP=803;ReadPosRankSum=0.571;SC=CCAAGGCGCCAGTGAGAGGCG;SOR=0.988;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=72;TCF=33;TCR=39;TR=47;WE=8207091;WS=8207073;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,48:0.64:75
chr4	8211624	rs1712316	C	T	717.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.703;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=16;PP=368;ReadPosRankSum=-1.011;SC=TCCAAGAGTCCAACCCAGGGC;SOR=0.634;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=42;TCF=12;TCR=30;TR=23;WE=8211632;WS=8211614;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,31:0.57:54
chr4	8214545	rs200305611	G	A	1007.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.215;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.649;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=26;PP=546;ReadPosRankSum=1.374;SC=GAGATGGCCCGCGTGCTTGGG;SOR=0.628;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=95;TCF=36;TCR=59;TR=43;WE=8214553;WS=8214535;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,55:0.40:137
chr4	8214636	rs1712287	T	C	379.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-1.645;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.524;HP=4;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=13;PP=194;ReadPosRankSum=-0.185;SC=TGTCTGAGACTGGGGACACAG;SOR=1.426;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=35;TCF=10;TCR=25;TR=16;WE=8214644;WS=8214626;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,20:0.47:43
chr4	8216099	rs2291069	G	A	1681.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=42;NR=7;PP=1216;SC=GTCCCCCGCCGGGGCCACATC;SOR=3.422;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=49;TCF=42;TCR=7;TR=49;WE=8216107;WS=8216089;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr4	8216391	rs1618403	C	T	1486.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.530;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.782;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=37;PP=864;ReadPosRankSum=0.856;SC=AGATTACAAACTGGTGCTTTG;SOR=0.871;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=83;TCF=21;TCR=62;TR=49;WE=8216399;WS=8216381;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,66:0.57:115
chr4	8217046	rs76974855	C	T	296.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=5.490;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=13;PP=203;ReadPosRankSum=-0.806;SC=GGGGATCTTGCGACACCACCC;SOR=0.765;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=51;TCF=4;TCR=47;TR=14;WE=8217054;WS=8217036;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,15:0.28:53
chr4	8221058	rs4696782	G	A	11561.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.531;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=463;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=166;NR=139;PP=2965;ReadPosRankSum=1.577;SC=GCTTTCTTCCGCAGCTGTGGG;SOR=0.804;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=305;TCF=166;TCR=139;TR=305;WE=8221066;WS=8221048;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,454:1.00:456
chr4	8224414	rs113477900	T	TGTC	1744.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=61.74;QD=42.55;SOR=0.954;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr4	8228627	rs1678299	G	C	3122.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=46.61;SOR=2.973;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr4	8228632	rs1678300	A	C	3214.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.44;SOR=3.026;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
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chr4	8228894	rs1292647	T	C	7273.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=281;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=79;NR=97;PP=2965;SC=AAGCCGAGGATGACTGGGAGG;SOR=0.815;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=176;TCF=79;TCR=97;TR=176;WE=8228902;WS=8228884;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,276:1.00:276
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chr4	8230235	rs1281151	T	C	6220.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=2.279;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=243;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.177;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=68;PP=2108;ReadPosRankSum=-1.001;SC=GGCTGCCCCTTGGGGAGTGTG;SOR=0.359;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=129;TCF=60;TCR=69;TR=127;WE=8230243;WS=8230225;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,238:1.00:239
chr4	8233943	rs2276947	G	A	545.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.647;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=13.979;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=21.83;ReadPosRankSum=1.451;SOR=6.438;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,24:0.96:25
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chr4	8237096	rs1678260	G	C	2746.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=51;NR=27;PP=1542;SC=GGGGGAGTCCGACCTGGGTGG;SOR=1.368;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=78;TCF=51;TCR=27;TR=78;WE=8237104;WS=8237086;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr4	8238151	rs11603	C	T	11769.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=0.624;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=452;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=115;NR=114;PP=2965;ReadPosRankSum=-2.158;SC=TCAGCATCACCCTGGGTAAGC;SOR=0.698;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=231;TCF=116;TCR=115;TR=229;WE=8238168;WS=8238141;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,449:1.00:451
chr4	8242466	rs1281103	A	G	15614.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=604;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=231;NR=175;PP=2965;SC=TGGCGCTGGCAGCCGCCGTGG;SOR=0.901;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=406;TCF=231;TCR=175;TR=406;WE=8242474;WS=8242456;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,599:1.00:599
chr4	8242740	rs8153	G	C	378.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-3.276;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.942;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=19;PP=253;ReadPosRankSum=-0.412;SC=TGCCTCTCCTGGTGTCGCCGG;SOR=1.837;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=54;TCF=5;TCR=49;TR=19;WE=8242748;WS=8242730;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,21:0.36:58
chr4	8284084	rs4696789	T	C	1424.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-2.789;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.028;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=14;PP=776;ReadPosRankSum=0.489;SC=GCCTCCTCCTTCTGCCCACTG;SOR=0.328;SbPval=0.16;Source=Platypus;TC=105;TCF=84;TCR=21;TR=50;WE=8284092;WS=8284074;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,66:0.48:138
chr4	8288521	rs7692567	G	A	1880.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=0.015;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=256;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.602;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=46;PP=972;ReadPosRankSum=0.987;SC=GTGGGTGGGCGTGGGTGGAGG;SOR=0.837;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=150;TCF=53;TCR=97;TR=69;WE=8288529;WS=8288511;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:144,100:0.41:244
chr4	8288581	rs7678398	A	C	692.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.685;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.896;HP=3;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=21;PP=436;ReadPosRankSum=0.544;SC=AGACGCCGGAACCCAGAGGCA;SOR=0.861;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=67;TCF=17;TCR=50;TR=28;WE=8288589;WS=8288571;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,34:0.40:85
chr4	8288612	rs7678420	A	G	523.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.433;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.132;HP=1;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=15;PP=313;ReadPosRankSum=-1.118;SC=ACCTTCCATCAGCCAGGGGGA;SOR=0.872;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=43;TCF=8;TCR=35;TR=18;WE=8288620;WS=8288602;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,24:0.44:55
chr4	8293974	rs4235258	C	T	2152.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=48;NR=19;PP=1348;SC=TGGTTAGAGGCAGATCTGGAG;SOR=1.765;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=69;TCF=50;TCR=19;TR=67;WE=8293982;WS=8293964;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr4	8294196	rs13130633	C	T	851.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.674;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.083;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=20;PP=288;ReadPosRankSum=-2.521;SC=TTTACACCAACAGTCGGGAGT;SOR=0.899;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=108;TCF=46;TCR=62;TR=31;WE=8294204;WS=8294186;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:114,54:0.32:168
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chr4	8304097	rs4696798	G	T	3423.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-2.879;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=224;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.579;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=94;NR=26;PP=2302;ReadPosRankSum=0.327;SC=TCCTGGTCCTGCAGGGGAACT;SOR=0.758;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=183;TCF=145;TCR=38;TR=120;WE=8304105;WS=8304087;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,139:0.62:223
chr4	8304137	rs13144236	G	A	3213.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.523;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=456;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.829;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=83;NR=39;PP=1634;ReadPosRankSum=0.890;SC=CTGAGGGAGCGTGGTGGCTTT;SOR=0.817;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=326;TCF=211;TCR=115;TR=122;WE=8304145;WS=8304127;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:276,174:0.39:450
chr4	8306028	rs4696801	C	T	4363.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.031;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=332;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.870;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=78;PP=2035;ReadPosRankSum=1.202;SC=CAGAGGAGATCGCTCGAGGCA;SOR=0.764;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=203;TCF=86;TCR=117;TR=133;WE=8306036;WS=8306018;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:123,203:0.62:326
chr4	8306091	rs4696802	T	C	1914.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=2.848;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.930;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=45;PP=1168;ReadPosRankSum=-0.813;SC=TCATGTGACCTTGAGCTTCCC;SOR=1.152;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=94;TCF=25;TCR=69;TR=59;WE=8306099;WS=8306081;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,75:0.62:120
chr4	8358192	rs7657076	A	T	5665.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.053;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=462;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.814;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=121;NR=57;PP=2791;ReadPosRankSum=-1.480;SC=AGTTTGCTAAACTTGTACATT;SOR=0.861;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=328;TCF=209;TCR=119;TR=178;WE=8358200;WS=8358182;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:195,258:0.57:453
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chr4	8368869	rs827000	C	T	995.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=1.650;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.939;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=24;PP=621;ReadPosRankSum=-0.325;SC=GATTCCTAGACGGCTGAGTGT;SOR=0.944;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=58;TCF=22;TCR=36;TR=37;WE=8368877;WS=8368859;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,45:0.60:75
chr4	8375342	rs2280571	G	A	5642.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.956;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=456;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=85;NR=81;PP=2619;ReadPosRankSum=-0.071;SC=CCTGCTCACCGGAGAAGTATC;SOR=0.639;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=253;TCF=132;TCR=121;TR=166;WE=8375350;WS=8375332;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:184,266:0.59:450
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chr4	8390859	rs13136987	G	A	1730.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.209;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.431;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=14;PP=1067;ReadPosRankSum=0.526;SC=GGAATGACAGGAAATCAGGAG;SOR=0.891;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=111;TCF=81;TCR=30;TR=58;WE=8390867;WS=8390849;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,75:0.52:144
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chr4	8394376	rs11934603	C	T	584.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=3.524;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.902;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=18;PP=401;ReadPosRankSum=0.236;SC=CACTGTGGTACGCTCATACCA;SOR=1.536;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=34;TCF=5;TCR=29;TR=20;WE=8394384;WS=8394366;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,23:0.64:36
chr4	8443041	rs3806811	C	T	6788.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-2.119;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=502;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.543;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=100;NR=110;PP=2962;ReadPosRankSum=1.671;SC=TGGCCTTCCTCACCAGCTCCG;SOR=0.752;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=314;TCF=152;TCR=162;TR=210;WE=8443049;WS=8443031;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:171,317:0.65:488
chr4	8451676	.	CTTTTTTTTTTT	C	347.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.387;ClippingRankSum=0.000;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.32;ReadPosRankSum=-1.443;SOR=3.442;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,10:0.56:18
chr4	8454469	rs113210446	G	GA	53.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.139;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=7.298;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.87;ReadPosRankSum=0.156;SOR=1.931;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:49,13:0.21:62
chr4	8454639	rs1880024	A	G	3955.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=0.512;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=344;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.822;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=57;PP=1502;ReadPosRankSum=-1.872;SC=GGCTGAGAGGAGACTAACTGC;SOR=0.762;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=178;TCF=78;TCR=100;TR=99;WE=8454647;WS=8454629;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:153,189:0.55:342
chr4	8456701	rs2002860	C	G	3108.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=12;NR=73;PP=2226;SC=GAAAAAGAGACATGAAACTAG;SOR=3.235;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=86;TCF=12;TCR=74;TR=85;WE=8456709;WS=8456691;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr4	8473050	rs2631768	G	A	758.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.808;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=24;PP=532;ReadPosRankSum=2.418;SC=AGCAAGTTCCGCGGTGCCCCA;SOR=0.625;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=54;TCF=12;TCR=42;TR=32;WE=8473058;WS=8473040;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,35:0.57:61
chr4	8582742	rs17844776	C	T	1357.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.265;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.020;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=18;PP=839;ReadPosRankSum=-0.554;SC=TGGCGGGTCTCCTGGTGATGG;SOR=0.868;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=127;TCF=80;TCR=47;TR=53;WE=8582750;WS=8582732;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:99,66:0.40:165
chr4	8582856	rs17844777	T	G	3042.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.792;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=367;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.384;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=44;PP=1391;ReadPosRankSum=2.129;SC=TGAATCTGTCTCTGGGCCACC;SOR=0.650;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=207;TCF=113;TCR=94;TR=95;WE=8582864;WS=8582846;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:203,157:0.44:360
chr4	8583312	rs17844778	A	C	4704.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.61;BaseQRankSum=1.552;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=650;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.534;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=73;NR=60;PP=2088;ReadPosRankSum=0.330;SC=TGGCACGCAGACACTGCCAGC;SOR=0.647;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=337;TCF=191;TCR=146;TR=133;WE=8583320;WS=8583302;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:404,244:0.38:648
chr4	8584448	rs6824455	T	C	4611.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=3.798;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=489;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=102;PP=2746;ReadPosRankSum=-0.069;SC=CCTCTGAGGTTTCCCAGCAAG;SOR=0.701;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=352;TCF=131;TCR=221;TR=161;WE=8584456;WS=8584438;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:261,214:0.45:475
chr4	8584493	rs6857501	C	T	2137.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-5.385;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=241;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=67;PP=1222;ReadPosRankSum=0.169;SC=GAGGACCCTCCTCCACACCTG;SOR=0.655;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=189;TCF=38;TCR=151;TR=83;WE=8584501;WS=8584483;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:131,107:0.45:238
chr4	8584511	rs6857510	C	A	1616.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-4.894;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.826;HP=1;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=50;PP=1103;ReadPosRankSum=0.513;SC=CTGACGGGCTCAGGGCTGTGC;SOR=0.791;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=128;TCF=18;TCR=110;TR=57;WE=8584519;WS=8584501;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,67:0.44:152
chr4	8594574	rs2302583	T	C	10245.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.14;SOR=1.169;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,227:1.00:227
chr4	8594577	rs34964084	C	T	10326.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=237;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.94;SOR=1.174;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,235:1.00:235
chr4	8594815	rs4411969	T	G	3957.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=1.953;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=86;PP=2450;ReadPosRankSum=1.275;SC=GGACTGGTAGTGTGACCTCTC;SOR=0.747;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=120;TCF=33;TCR=87;TR=119;WE=8594823;WS=8594805;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,141:0.99:142
chr4	8601298	rs11723641	G	A	14174.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.527;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=551;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=166;NR=159;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.442;SC=AGCTGAATCCGTGATTTCAGA;SOR=0.409;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=328;TCF=167;TCR=161;TR=325;WE=8601306;WS=8601288;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,544:0.99:547
chr4	8601381	rs7671320	A	G	9775.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.609;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=387;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=97;NR=140;PP=2965;ReadPosRankSum=0.595;SC=AAAATTAGACATAACAAAAAA;SOR=0.963;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=238;TCF=97;TCR=141;TR=237;WE=8601389;WS=8601371;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,382:0.99:384
chr4	8602793	rs4299567	T	C	2317.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=34;NR=7;PP=998;SC=AAATGTCTGATGCGTGACGGT;SOR=2.701;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=34;TCR=7;TR=41;WE=8602801;WS=8602783;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr4	8602816	rs4594711	A	G	2955.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=53;NR=13;PP=1367;SC=GGGCCACTGCAGGAGGGACTG;SOR=2.484;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=67;TCF=54;TCR=13;TR=66;WE=8602824;WS=8602806;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr4	8602884	rs4301095	T	C	6919.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=258;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=114;NR=68;PP=2965;SC=GGACCTGCAGTGATGCCGCCT;SOR=1.148;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=183;TCF=115;TCR=68;TR=182;WE=8602892;WS=8602874;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,257:1.00:257
chr4	8602935	rs4431213	A	G	11850.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=462;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=148;NR=115;PP=2965;SC=AGCACCGGTCATGGGAGGTGG;SOR=0.877;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=263;TCF=148;TCR=115;TR=263;WE=8602943;WS=8602925;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,459:1.00:459
chr4	8605818	rs6852001	C	T	11308.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=452;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=104;NR=154;PP=2965;SC=CCTCCCGCTGCGCCCACGTGG;SOR=0.983;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=258;TCF=104;TCR=154;TR=258;WE=8605826;WS=8605808;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,436:1.00:436
chr4	8607587	rs4696703	G	A	3742.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=99;NR=8;PP=2774;SC=ATATACAGAGGTTCTTGAGTC;SOR=4.230;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=107;TCF=99;TCR=8;TR=107;WE=8607595;WS=8607577;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr4	8608444	rs201336324	G	T	5317.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.299;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=441;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.789;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=102;NR=60;PP=2487;ReadPosRankSum=-0.971;SC=CACCCAGTCGGGGGTTGGCCA;SOR=0.863;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=298;TCF=176;TCR=122;TR=162;WE=8608452;WS=8608434;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:175,251:0.59:426
chr4	8612722	rs72237922	TTCACTCATTCAC	T	2531.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.861;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5011;FS=5.373;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.369;NF=20;NR=4;PP=2974;ReadPosRankSum=0.892;SC=CACTCACTCTTTCACTCATTC;SOR=3.407;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=35;TCF=25;TCR=10;TR=24;WE=8612741;WS=8612712;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,62:0.97:64
chr4	8612911	rs41266535	A	C	3263.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.047;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=466;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=66;PP=1423;ReadPosRankSum=0.067;SC=TCCTCAGCACAGACCTGTCCT;SOR=0.696;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=302;TCF=140;TCR=162;TR=122;WE=8612919;WS=8612901;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:278,180:0.39:458
chr4	8613026	rs3796727	G	A	7431.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=33.78;SOR=1.280;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,220:1.00:220
chr4	8613026	.	GCCCCCACAA	ACCCCCACAA,ACCCCCACAT	1255	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.5;FR=0.5000,0.5000;HP=5;HapScore=1;MMLQ=28;MQ=60.0;NF=39,12;NR=90,36;SC=ACGGCCCAGAGCCCCCACAAA;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=129;TCF=39;TCR=90;TR=129,48;WE=8613043;WS=8613016;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:1.00:129
chr4	8613035	rs41266537	A	T	1549.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.539;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FS=5.056;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.45;ReadPosRankSum=-0.123;SOR=1.027;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:125,83:0.40:208
chr4	8613152	rs3796726	G	A	980.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=22;PP=670;SC=AACATGTCAAGGGTGGCAGAT;SOR=2.049;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=7;TCR=22;TR=29;WE=8613160;WS=8613142;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr4	8613908	rs34978619	G	A	1997.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=40.77;SOR=1.345;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr4	8613917	rs12511563	CG	GT	1768.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;JOINED;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=46.55;SOR=2.073;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr4	8613961	rs13120023	G	A	614.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=12;NR=37;PP=1144;SC=GGGGCAAGGCGTAACTCCACG;SOR=2.215;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=49;TCF=12;TCR=37;TR=49;WE=8613969;WS=8613951;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr4	8616008	.	T	C	622	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;FR=0.5000;HP=2;HapScore=3;MGOF=7;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=6;NR=2;PP=622;QD=82.0964015684;SC=GCTGTCTCTGTGCGGCTGACA;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=30;TCF=24;TCR=6;TR=8;WE=8616033;WS=8615998;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:22,8:0.27:30
chr4	8616022	.	CT	C	1168	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;FR=0.5000;HP=3;HapScore=3;MGOF=7;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=10;NR=4;PP=1168;QD=85.2857142857;SC=GCTGACACCCCTGACGTCCCG;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=40;TCF=30;TCR=10;TR=14;WE=8616033;WS=8615998;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:26,14:0.35:40
chr4	8616025	.	A	G	1159	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;FR=0.5000;HP=1;HapScore=3;MGOF=7;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=14;NR=6;PP=1159;QD=59.6885606274;SC=GACACCCCTGACGTCCCGGCT;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=52;TCF=40;TCR=12;TR=20;WE=8616033;WS=8615998;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:32,20:0.38:52
chr4	8616179	rs7378066	T	C	12844.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=486;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=169;NR=133;PP=2965;SC=GCCCTGTACATACTCTGGCAG;SOR=0.843;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=302;TCF=169;TCR=133;TR=302;WE=8616187;WS=8616169;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,484:1.00:484
chr4	8620023	rs6447885	G	A	2612.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=57;NR=16;PP=1735;SC=GCGAGGGCTGGCAGAGTGGGG;SOR=2.330;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=73;TCF=57;TCR=16;TR=73;WE=8620031;WS=8620017;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr4	8620045	rs4444816	A	G	3544.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=79;NR=16;PP=2636;SC=TCTGTGGGGTAGTTCCCCCTA;SOR=2.876;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=95;TCF=79;TCR=16;TR=95;WE=8620053;WS=8620035;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr4	8620103	rs7670383	C	T	7057.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=273;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=146;NR=62;PP=2965;SC=ACGGCCTCCACGCTCAGCAGG;SOR=1.904;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=212;TCF=146;TCR=66;TR=208;WE=8620111;WS=8620093;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,259:1.00:259
chr4	8620325	rs4696872	A	G	6812.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=249;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=71;NR=144;PP=2965;SC=GGCAGCCGGCACCCTCAGGCA;SOR=1.561;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=215;TCF=71;TCR=144;TR=215;WE=8620333;WS=8620315;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,242:1.00:242
chr4	8621194	rs28514374	A	G	12523.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=478;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=138;NR=190;PP=2965;SC=CCCACGACCCACTGGGAGGTG;SOR=0.948;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=328;TCF=138;TCR=190;TR=328;WE=8621202;WS=8621184;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,472:1.00:472
chr4	8621392	rs1050465	G	A	2051.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=17;NR=44;PP=1162;SC=GCCCATCTCCGCATCCCGGGC;SOR=1.640;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=61;TCF=17;TCR=44;TR=61;WE=8621400;WS=8621382;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr4	9370646	rs200900174	G	T	167.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.892;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FS=31.461;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=40.29;MQRankSum=1.016;QD=2.33;ReadPosRankSum=0.797;SOR=5.134;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:60,12:0.17:72
chr4	9370690	rs10032245	G	C	1282.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.760;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FS=5.617;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.25;MQRankSum=-2.170;QD=15.09;ReadPosRankSum=0.753;SOR=0.699;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,49:0.58:85
chr4	9370897	rs6857841	C	T	430.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-2.862;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.298;HP=1;HapScore=4;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=12;PP=496;ReadPosRankSum=-0.841;SC=AATATCAGTGCCTAGTGCCTA;SOR=0.188;SbPval=0.23;Source=Platypus;TC=26;TCF=4;TCR=22;TR=16;WE=9370916;WS=9370887;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,19:0.63:30
chr4	9370908	rs11938651	C	T	176.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.702;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=4;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=8;PP=414;ReadPosRankSum=-0.232;SC=CTAGTGCCTACCCCCCAAAGA;SOR=1.302;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=0;TCR=17;TR=8;WE=9370916;WS=9370887;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,8:0.42:19
chr4	9785134	rs1967551	T	C	1391.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=1.194;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.628;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.876;NF=13;NR=34;PP=869;ReadPosRankSum=1.224;SC=CGCACAGACATTGACAAGCAC;SOR=0.874;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=88;TCF=27;TCR=61;TR=47;WE=9785142;WS=9785124;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,60:0.56:108
chr4	9836366	rs3775950	T	C	328.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=0.868;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=3;PP=225;ReadPosRankSum=-0.085;SC=GCCCAAAGCATAGTTTCTTCC;SOR=0.704;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=31;TCF=25;TCR=6;TR=14;WE=9836374;WS=9836356;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,16:0.41:39
chr4	9889487	rs56399359	G	A	363.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-1.128;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=12;PP=240;ReadPosRankSum=-1.666;SC=TGAAGCCTGTGATGAGTTTGA;SOR=0.770;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=26;TCF=4;TCR=22;TR=14;WE=9889495;WS=9889477;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,16:0.52:31
chr4	9892102	rs10939602	T	C	790.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=2.044;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.912;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=8;PP=483;ReadPosRankSum=0.040;SC=AGATGAGATGTCCCCGGGGAG;SOR=0.560;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=73;TCF=54;TCR=19;TR=29;WE=9892110;WS=9892092;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,36:0.43:83
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chr4	9909923	rs2280205	G	A	3542.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=-1.951;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=352;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=44;PP=1403;ReadPosRankSum=1.763;SC=GATCTTTGCCGGAGGGATCCC;SOR=0.689;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=166;TCF=90;TCR=76;TR=94;WE=9909931;WS=9909913;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:160,189:0.54:349
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chr4	9998605	rs28592748	T	C	2299.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.146;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.477;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=51;PP=1355;ReadPosRankSum=-1.068;SC=CCTTCTGTTCTCTCCTGCTGC;SOR=0.893;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=105;TCF=32;TCR=73;TR=72;WE=9998613;WS=9998595;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,100:0.68:146
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chr4	10022981	rs2276961	C	T	2188.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=1.482;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.379;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=18;PP=797;ReadPosRankSum=1.230;SC=CCTGGAGGCCCGGCGTGGCTG;SOR=0.836;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=87;TCF=50;TCR=37;TR=48;WE=10022989;WS=10022971;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,96:0.66:146
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chr4	10090178	rs4235349	T	C	15819.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=603;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=235;NR=175;PP=2965;SC=GGGAGGGCGATGTCTAAGTTC;SOR=0.926;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=411;TCF=235;TCR=176;TR=410;WE=10090186;WS=10090168;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,597:1.00:597
chr4	10094671	rs3822247	G	A	4764.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-1.250;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=750;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.130;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=101;NR=84;PP=2381;ReadPosRankSum=-0.007;SC=TCTCACCACCGAGGAAACCGA;SOR=0.791;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=453;TCF=237;TCR=216;TR=185;WE=10094679;WS=10094661;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:459,284:0.38:743
chr4	10094783	rs3822245	T	C	3831.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.255;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=524;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.543;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=96;PP=1874;ReadPosRankSum=1.105;SC=AGCACACACATGCTCACTACC;SOR=0.757;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=345;TCF=125;TCR=220;TR=149;WE=10094791;WS=10094773;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:313,205:0.40:518
chr4	10099340	rs13441	T	C	1133.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.209;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.324;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=13;PP=452;ReadPosRankSum=-2.084;SC=CTTACGCCAATTGTGAACTTG;SOR=0.448;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=82;TCF=51;TCR=31;TR=32;WE=10099348;WS=10099330;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,57:0.47:122
chr4	10100801	rs2241484	T	C	155.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.296;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.78;ReadPosRankSum=1.463;SOR=0.213;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,18:0.32:56
chr4	10100812	rs2241485	A	G	294.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.982;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.90;ReadPosRankSum=1.388;SOR=0.247;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,17:0.34:50
chr4	10105739	rs3756224	C	T	1753.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=41;PP=1228;SC=GTGAAGAAAACCGCAGAAGCA;SOR=2.080;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=55;TCF=14;TCR=41;TR=55;WE=10105747;WS=10105729;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr4	10105797	rs3756223	T	C	204.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=4.101;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.864;HP=2;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=8;PP=163;ReadPosRankSum=-0.417;SC=CTCTGGGTGATAGAATTTCAT;SOR=3.312;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=3;TCR=14;TR=8;WE=10105805;WS=10105787;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,8:0.47:17
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chr4	10118377	rs11557743	C	G	1991.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=1.330;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=271;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.495;HP=4;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=38;PP=861;ReadPosRankSum=1.766;SC=AGGCCGAGCCCGGGGACTGGA;SOR=0.807;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=160;TCF=74;TCR=86;TR=67;WE=10118385;WS=10118367;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:160,108:0.40:268
chr4	10446385	rs9291410	C	T	16565.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=639;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=198;NR=186;PP=2965;SC=CTGCTGTGAGCTACTGTGTAA;SOR=0.735;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=386;TCF=200;TCR=186;TR=384;WE=10446393;WS=10446375;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,627:1.00:627
chr4	10446906	rs10016022	A	G	5716.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-3.548;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=790;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.122;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=97;NR=109;PP=2518;ReadPosRankSum=0.100;SC=CAACCTTCACATCTATCAACT;SOR=0.594;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=535;TCF=235;TCR=300;TR=206;WE=10446914;WS=10446896;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:463,310:0.40:773
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chr4	10447168	rs66538112	C	G	5492.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.374;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=466;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.478;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=104;NR=59;PP=2962;ReadPosRankSum=2.428;SC=GAGAGAGAAACCTGACAGTTG;SOR=0.932;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=307;TCF=182;TCR=125;TR=163;WE=10447176;WS=10447145;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:212,247:0.54:459
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chr4	10515142	rs114623663	C	T	195.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.498;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FS=0.875;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.65;ReadPosRankSum=-2.669;SOR=0.705;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:96,23:0.19:119
chr4	10525711	rs148908322	A	AGAG,AGAGGAG	947.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.165;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=2.386;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.17;MQRankSum=0.000;QD=30.57;ReadPosRankSum=2.301;SOR=1.781;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:4,17,10:0.55,0.32:31
chr4	10527342	rs2108878	C	T	684.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.292;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.967;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=8;PP=350;ReadPosRankSum=-0.274;SC=TCTTGAGCCTCATTATTGGGC;SOR=0.441;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=74;TCF=53;TCR=21;TR=26;WE=10527350;WS=10527332;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,34:0.40:86
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chr4	11401012	rs1047385	A	G	8839.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.964;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=327;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=131;NR=100;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.973;SC=GCAGCGGGAAAAAGCGCAGCC;SOR=0.877;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=233;TCF=132;TCR=101;TR=231;WE=11401020;WS=11401002;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,317:0.99:319
chr4	11401087	rs1047389	A	G	12813.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=490;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=155;NR=147;PP=2965;SC=TGAGCCTGCCATCGCGCACCA;SOR=0.727;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=303;TCF=156;TCR=147;TR=302;WE=11401095;WS=11401077;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,484:1.00:484
chr4	13475825	rs116326180	C	T	1487.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.393;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=258;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=18;PP=555;ReadPosRankSum=1.793;SC=ATTCTCTCTACGTATCAGATA;SOR=0.695;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=139;TCF=79;TCR=60;TR=45;WE=13475833;WS=13475815;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:165,87:0.35:252
chr4	13545792	rs9684692	G	T	10236.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=377;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=130;NR=113;PP=2965;SC=TCCGCAGTCCGCCCCGCAGCT;SOR=0.794;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=245;TCF=130;TCR=115;TR=243;WE=13545800;WS=13545782;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,374:1.00:374
chr4	13548796	rs2080023	T	G	15956.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=598;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=150;NR=192;PP=2965;SC=GAGGTGGTTGTATGCCCAGAG;SOR=0.833;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=343;TCF=150;TCR=193;TR=342;WE=13548804;WS=13548786;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,593:1.00:593
chr4	13578405	rs2052159	A	G	1033.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=24;NR=5;PP=691;SC=ACCCAGAGCAATTTTCAGATG;SOR=2.584;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=24;TCR=5;TR=29;WE=13578413;WS=13578395;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr4	13589495	rs13104252	G	A	2135.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=20;NR=36;PP=1180;SC=GGAATAAGTTGATATATAAAT;SOR=1.252;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=56;TCF=20;TCR=36;TR=56;WE=13589503;WS=13589485;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr4	13593336	rs758975	A	G	339.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=9;NR=0;PP=241;SC=AAAGTTCTTTATCAGTGGGTA;SOR=3.442;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=9;TCR=0;TR=9;WE=13593344;WS=13593326;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr4	13601337	rs3733557	G	A	7427.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.024;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=550;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.775;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=105;NR=106;PP=2962;ReadPosRankSum=0.831;SC=CACGGGACCCGGTTCTTTGCC;SOR=0.586;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=357;TCF=185;TCR=172;TR=211;WE=13601345;WS=13601327;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:215,333:0.61:548
chr4	13606576	rs1971278	A	T	11933.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.194;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=467;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=142;NR=163;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.245;SC=TCTCTTTCTAATTTGGATTCA;SOR=0.233;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=309;TCF=144;TCR=165;TR=305;WE=13606584;WS=13606566;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,452:1.00:454
chr4	13615293	rs2109917	C	A	8339.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=314;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=66;NR=147;PP=2965;SC=AATCTTCAAGCGGAAAATAAA;SOR=1.371;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=220;TCF=70;TCR=150;TR=213;WE=13615301;WS=13615283;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,302:1.00:302
chr4	13617012	rs56295497	C	T	6707.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.340;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=556;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.527;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=98;NR=100;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.825;SC=TGTGATTTAGCGTGGCCAAAA;SOR=0.690;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=348;TCF=176;TCR=172;TR=198;WE=13617026;WS=13617002;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:234,319:0.58:553
chr4	13629721	rs12499127	G	A	2513.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=19;NR=45;PP=1247;SC=ATAGACATTTGTAATGCGAAC;SOR=1.396;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=64;TCF=19;TCR=45;TR=64;WE=13629729;WS=13629711;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr4	15004655	rs7435318	G	A	26969.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=0.368;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=342;NR=340;PP=2965;ReadPosRankSum=1.415;SC=GAAACTCCCCGACCACCACCC;SOR=0.724;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=694;TCF=352;TCR=342;TR=682;WE=15004663;WS=15004645;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,1068:1.00:1070
chr4	15005604	rs112476821	G	A	14286.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.790;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=574;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=212;NR=162;PP=2965;ReadPosRankSum=1.131;SC=GGCTCGCTCAGCGCCATGCCG;SOR=0.844;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=380;TCF=215;TCR=165;TR=374;WE=15005612;WS=15005594;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,551:0.99:555
chr4	15009232	rs1874207	C	T	3134.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=21;NR=68;PP=2070;SC=ATGTAAATGACCTTATCTCTA;SOR=1.981;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=89;TCF=21;TCR=68;TR=89;WE=15009240;WS=15009222;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr4	15059987	rs987399	AA	GG	4761.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=70;NR=17;PP=2947;SC=ATAGTACTGAAATTTGGAGTA;SOR=2.371;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=92;TCF=74;TCR=18;TR=87;WE=15059996;WS=15059977;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr4	15443685	rs13108125	T	G	603.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=13;NR=2;PP=395;SC=CACTGTTAAATGTTGCCTGAA;SOR=2.948;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=13;TCR=2;TR=15;WE=15443693;WS=15443675;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr4	15480225	rs9993580	A	C	1697.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=41;NR=7;PP=1242;SC=ACTGTCCCCCAACTCACACTC;SOR=2.753;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=48;TCF=41;TCR=7;TR=48;WE=15480233;WS=15480215;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr4	15482477	rs10000250	A	G	6717.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=243;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=69;NR=116;PP=2965;SC=CCATTCAGCTACTGCTTGTTA;SOR=1.174;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=185;TCF=69;TCR=116;TR=185;WE=15482485;WS=15482467;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,235:1.00:235
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chr4	15513004	rs112367037	GGAA	G	3340.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.200;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=253;ExcessHet=3.0103;FS=4.584;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.04;MQRankSum=1.254;QD=14.40;ReadPosRankSum=1.994;SOR=0.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:141,91:0.39:232
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chr4	15530124	rs4698395	C	A	1405.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=0.307;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=8;PP=983;ReadPosRankSum=0.991;SC=GATGCTTGAACATCCGTTCCA;SOR=1.498;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=45;TCF=37;TCR=8;TR=44;WE=15530132;WS=15530114;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,50:0.98:51
chr4	15538744	rs1558572	T	G	1562.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=11;NR=34;PP=942;SC=GGCCAGGAAGTGTCTGGGAGG;SOR=2.179;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=46;TCF=11;TCR=35;TR=45;WE=15538752;WS=15538734;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr4	15539498	rs1861044	A	G	11519.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=431;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=155;NR=120;PP=2965;SC=CCTGTTTGATATCATGTTGCC;SOR=0.918;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=276;TCF=155;TCR=121;TR=275;WE=15539506;WS=15539488;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,430:1.00:430
chr4	15568992	rs13121363	T	C	2519.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.295;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.107;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=28;PP=1383;ReadPosRankSum=-0.035;SC=ATACATTTTCTCTCCTAGCAA;SOR=0.927;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=135;TCF=86;TCR=49;TR=80;WE=15569000;WS=15568982;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:100,116:0.54:216
chr4	15569018	rs73125627	G	A	2555.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.995;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=271;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.871;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=32;PP=1040;ReadPosRankSum=-2.303;SC=AGCAGCCGTCGAGGTCTTCAA;SOR=0.477;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=157;TCF=94;TCR=63;TR=72;WE=15569026;WS=15569008;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:136,131:0.49:267
chr4	15569146	rs13116304	A	C	3463.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.324;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=276;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=55;PP=1641;ReadPosRankSum=0.092;SC=TTGCCCCTTAAGTTTTTAAGA;SOR=0.695;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=185;TCF=92;TCR=93;TR=111;WE=15569154;WS=15569136;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:112,161:0.59:273
chr4	15575718	rs4280723	C	G	307.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=4.104;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.757;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=0;PP=252;ReadPosRankSum=2.490;SC=ACTTGCCTCTCAACTTCTGTT;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=17;TCR=0;TR=11;WE=15575726;WS=15575708;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,11:0.58:19
chr4	15575751	rs4280724	C	T	271.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.534;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=1;PP=145;ReadPosRankSum=1.525;SC=AGGATGTTTACCAAGTCATAT;SOR=0.656;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=38;TCF=33;TCR=5;TR=11;WE=15575759;WS=15575741;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,15:0.31:48
chr4	15587897	rs6832789	A	T	11554.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=438;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=119;NR=193;PP=2965;SC=ACAGATTTAGAAACTTGAGCT;SOR=1.126;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=312;TCF=119;TCR=193;TR=312;WE=15587905;WS=15587887;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,433:1.00:433
chr4	15589345	rs28419165	C	T	430.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=1.172;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.686;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=2;PP=336;ReadPosRankSum=0.323;SC=CACTTCAAGACACTAACCTCT;SOR=1.112;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=37;TCF=32;TCR=5;TR=17;WE=15589353;WS=15589335;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,19:0.44:43
chr4	15602773	rs80080596	C	CTTA	1717.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=17;NR=9;PP=1303;SC=ATCCAGAACACTTATCTTAAT;SOR=2.362;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=33;TCF=20;TCR=13;TR=26;WE=15602781;WS=15602763;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr4	15603069	rs1134634	G	C	283.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=3.681;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.702;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=10;PP=229;ReadPosRankSum=1.380;SC=TGTACTTTCTGTATCATGTAA;SOR=1.148;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=29;TCF=6;TCR=23;TR=12;WE=15603077;WS=15603059;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,12:0.39:31
chr4	15632228	rs3775956	A	G	1624.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=2.564;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.913;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=11;PP=1171;ReadPosRankSum=0.466;SC=TAATAATTATAAGTACTTAAT;SOR=0.842;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=91;TCF=73;TCR=18;TR=58;WE=15632236;WS=15632218;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,63:0.63:100
chr4	15689632	rs11729955	G	A	1444.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-1.572;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.600;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=18;PP=798;ReadPosRankSum=0.576;SC=ATCTCATGGAGGTATTGAAAA;SOR=1.001;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=86;TCF=48;TCR=38;TR=48;WE=15689640;WS=15689622;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,69:0.59:117
chr4	15689928	rs4235380	G	A	1364.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.325;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=27;PP=552;ReadPosRankSum=0.455;SC=AATGAACTGAGTTTAAAACTA;SOR=0.683;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=124;TCF=56;TCR=68;TR=50;WE=15689936;WS=15689918;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:105,74:0.41:179
chr4	15690233	rs6449160	C	A	7952.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=306;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=123;NR=71;PP=2965;SC=TGCTTTTCGACACCCTGAATC;SOR=1.163;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=194;TCF=123;TCR=71;TR=194;WE=15690241;WS=15690223;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,296:1.00:296
chr4	15706466	rs3756247	T	C	3687.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=3.681;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=273;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.594;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.862;NF=91;NR=36;PP=2325;ReadPosRankSum=0.832;SC=CTGATTTTTGTTCCTTCTGTG;SOR=0.927;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=215;TCF=148;TCR=67;TR=127;WE=15706474;WS=15706456;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:114,156:0.58:270
chr4	15706502	rs35181008	G	GTC	9403.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.239;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=435;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.767;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.867;NF=37;NR=73;PP=2967;ReadPosRankSum=0.605;SC=TGTTTGTGATGTCTTTCTTGT;SOR=0.837;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=207;TCF=68;TCR=139;TR=110;WE=15706510;WS=15706492;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:183,246:0.57:429
chr4	15717226	rs4301112	T	C	236.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.641;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.017;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=3;PP=129;ReadPosRankSum=-1.867;SC=GAAGAAAAACTTCTAAAAGCT;SOR=0.243;SbPval=0.21;Source=Platypus;TC=13;TCF=10;TCR=3;TR=7;WE=15717234;WS=15717216;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,10:0.53:19
chr4	15717321	rs3213710	G	A	436.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.189;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.50;ReadPosRankSum=-2.054;SOR=0.732;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:68,29:0.30:97
chr4	15737559	rs33936701	GA	G	321.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.586;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=0;PP=349;ReadPosRankSum=1.164;SC=CTCTTTACTTGAAAAAAATCT;SOR=0.643;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=27;TCF=27;TCR=0;TR=16;WE=15737567;WS=15737554;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,19:0.68:28
chr4	15737722	rs28641514	C	T	8826.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.518;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=393;ExcessHet=3.0103;FS=2.716;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=22.81;ReadPosRankSum=-1.303;SOR=0.844;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:162,225:0.58:387
chr4	15737732	rs28404156	G	A	9136.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.062;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=425;ExcessHet=3.0103;FS=1.117;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=21.81;ReadPosRankSum=-1.093;SOR=0.794;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:174,245:0.58:419
chr4	15737882	rs4698413	C	T	1588.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.560;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=241;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=44;PP=2216;ReadPosRankSum=0.978;SC=CTGAGTGCATCGTCCTCTTGC;SOR=0.687;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=178;TCF=62;TCR=116;TR=70;WE=15737898;WS=15737872;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:147,85:0.37:232
chr4	15737890	rs4613561	T	C	2820.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.455;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.800;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=65;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.233;SC=ATCGTCCTCTTGCTCAAAATC;SOR=0.562;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=168;TCF=58;TCR=110;TR=99;WE=15737898;WS=15737872;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,131:0.62:210
chr4	15739276	rs12646913	A	G	985.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-1.623;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.909;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=10;PP=629;ReadPosRankSum=1.785;SC=ACCCCTGAGCACAAGGACTGG;SOR=0.468;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=73;TCF=57;TCR=16;TR=41;WE=15739284;WS=15739266;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,48:0.53:91
chr4	15739390	rs4263397	T	G	3536.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.663;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=288;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.432;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=56;PP=1504;ReadPosRankSum=-0.539;SC=GGTAACAAGGTACTTTCTGAA;SOR=0.750;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=177;TCF=86;TCR=91;TR=107;WE=15739398;WS=15739380;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:115,170:0.60:285
chr4	15739488	rs4283655	A	G	3589.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=35.19;SOR=1.212;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr4	15739488	.	AAGGAAGCCGA	GAGGAAGCCGA,GAGGAAGCCGG	586	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.45;FR=0.5000,0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=30,16;NR=51,20;PP=586,508;QD=7.66384213021;SC=CTCCCACAGCAAGGAAGCCGA;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=81;TCF=30;TCR=51;TR=81,36;WE=15739506;WS=15739478;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:1.00:81
chr4	15739498	rs997250	A	G	997.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.650;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FS=7.433;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.47;ReadPosRankSum=0.425;SOR=0.245;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,48:0.55:87
chr4	15937526	rs1042510	G	A	6365.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=240;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=116;NR=59;PP=2965;SC=CATCTCTTAAGGGAACCCGTT;SOR=1.268;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=176;TCF=117;TCR=59;TR=175;WE=15937534;WS=15937516;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,237:1.00:237
chr4	15937731	rs2072313	T	C	12793.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=455;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=168;NR=156;PP=2965;SC=TCTCTTTGCCTTTGATGTGCT;SOR=0.744;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=325;TCF=168;TCR=157;TR=324;WE=15937739;WS=15937721;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,445:1.00:445
chr4	15964040	rs2286460	G	A	1060.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.997;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.472;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=12;PP=496;ReadPosRankSum=0.244;SC=CTCTGTATATGAGTAAAGGAA;SOR=0.476;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=72;TCF=49;TCR=23;TR=33;WE=15964048;WS=15964030;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,53:0.46:115
chr4	15964485	rs758329	G	A	4211.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.937;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=295;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=51;PP=2069;ReadPosRankSum=0.803;SC=TTCCAGTAAGGTTTGGGGTCA;SOR=0.708;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=181;TCF=98;TCR=83;TR=114;WE=15964493;WS=15964475;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:110,184:0.63:294
chr4	15964501	rs2286459	G	A	2283.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.396;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=307;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=30;PP=1116;ReadPosRankSum=0.426;SC=GGTCAGCAGCGAAAGCCTGGC;SOR=0.715;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=189;TCF=108;TCR=81;TR=68;WE=15964509;WS=15964491;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:190,115:0.38:305
chr4	15964573	rs758328	A	G	16846.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=454;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=37.77;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,446:1.00:446
chr4	15964573	.	AC	GC,GT	2849	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.55;FR=0.5000,0.5000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=167,99;NR=108,72;PP=1345,2849;QD=5.01734986381;SC=GGCAGTCGACACGAAGCCAGA;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=282;TCF=170;TCR=112;TR=275,171;WE=15964582;WS=15964563;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.98:282
chr4	15964574	rs62617788	C	T	5989.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.530;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=458;ExcessHet=3.0103;FS=1.802;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.34;ReadPosRankSum=1.269;SOR=0.562;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:180,269:0.60:449
chr4	15964763	rs4698432	C	T	1363.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=3.749;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.234;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=40;PP=844;ReadPosRankSum=-0.074;SC=GGCGATACTCCGATAAACTTG;SOR=0.794;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=156;TCF=46;TCR=110;TR=56;WE=15964771;WS=15964753;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:131,69:0.34:200
chr4	15977572	rs11734657	T	C	1675.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=43;NR=6;PP=1242;SC=ACCCTTGGAGTTCTACTATAG;SOR=3.342;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=49;TCF=43;TCR=6;TR=49;WE=15977580;WS=15977562;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr4	15981885	rs3841512	G	GA	1387.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=1.791;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=6.547;HP=11;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=89;NR=21;PP=1227;ReadPosRankSum=-0.144;SC=TCAGTACCAAGAAAAAAAAAT;SOR=4.066;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=115;TCF=93;TCR=22;TR=110;WE=15981893;WS=15981874;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,60:0.97:62
chr4	15981926	rs58036643	TA	T	1060.70	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.004;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.99;MQRankSum=0.850;QD=5.10;ReadPosRankSum=1.000;SOR=0.735;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:90,118:0.57:208
chr4	15982163	rs34269395	A	AG	2684.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.366;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.899;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=2.206;NF=1;NR=79;PP=2483;ReadPosRankSum=0.112;SC=AACAAATTCTAGGAAAAAAAA;SOR=0.418;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=113;TCF=2;TCR=111;TR=80;WE=15982173;WS=15982153;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,93:0.69:135
chr4	15985984	rs3815344	G	C	3196.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.293;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=292;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.423;HP=5;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=54;PP=1247;ReadPosRankSum=0.620;SC=CTGATCTAGGGGGGTGGAAAC;SOR=0.601;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=180;TCF=77;TCR=103;TR=99;WE=15985992;WS=15985974;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:127,159:0.56:286
chr4	15986042	rs7675574	G	A	4502.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=34;NR=75;PP=2272;SC=GGAATGAGACGTGCCATTTAC;SOR=1.343;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=109;TCF=34;TCR=75;TR=109;WE=15986050;WS=15986032;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,167:1.00:167
chr4	15986113	rs7659341	T	C	1354.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=25;PP=682;SC=CCCCAACTCCTGGGTCACAGA;SOR=1.436;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=37;TCF=11;TCR=26;TR=36;WE=15986121;WS=15986103;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr4	15987509	.	T	TTTAAG	806.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.40;QD=44.82;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr4	15987512	.	T	TGCTTATTTAATCTGTATTAAATATTTAATACAGATAA	1756.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=92.46;SOR=2.948;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr4	15989191	rs2191004	C	T	3714.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.466;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FS=3.498;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=22.24;ReadPosRankSum=-1.183;SOR=0.280;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:9,158:0.95:167
chr4	15991275	rs2240685	G	A	2856.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=3.160;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=308;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.422;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=37;PP=1496;ReadPosRankSum=0.818;SC=AGCATGTGTCGTGAGGCTAAA;SOR=0.601;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=211;TCF=135;TCR=76;TR=97;WE=15991283;WS=15991265;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:160,136:0.46:296
chr4	15992783	rs17387037	A	C	4318.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.851;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=490;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=72;NR=52;PP=1961;ReadPosRankSum=-1.534;SC=CTTCCCTAAGAATGGTACTGA;SOR=0.731;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=281;TCF=159;TCR=122;TR=124;WE=15992791;WS=15992773;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:263,213:0.45:476
chr4	16002050	rs6449212	T	C	2467.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=61;NR=13;PP=1680;SC=CTTAAAGTAATGCACAATATA;SOR=2.861;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=74;TCF=61;TCR=13;TR=74;WE=16002058;WS=16002040;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr4	16024885	rs2013854	A	G	6603.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=258;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=127;NR=62;PP=2965;SC=AAGAGTGAGCAAGCCTGCCAA;SOR=1.354;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=189;TCF=127;TCR=62;TR=189;WE=16024893;WS=16024875;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,254:1.00:254
chr4	16025837	rs17478336	C	T	3741.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=81;NR=28;PP=2393;SC=CTTTCACGTACGTCATTTCTT;SOR=1.875;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=109;TCF=81;TCR=28;TR=109;WE=16025845;WS=16025827;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr4	16035209	.	C	CTTT	72.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.331;ClippingRankSum=0.000;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=2.187;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.55;ReadPosRankSum=1.796;SOR=0.269;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,6:0.38:16
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chr4	16192413	rs7666361	C	T	2113.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=1.187;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.322;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=35;PP=1158;ReadPosRankSum=1.564;SC=GATTTTCATACGCTGAATGCT;SOR=0.549;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=112;TCF=61;TCR=51;TR=73;WE=16192421;WS=16192403;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,96:0.63:153
chr4	16227781	rs3749543	A	G	323.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=9;NR=4;PP=201;SC=AGGCAACGGCAGCCGCGCGGC;SOR=2.147;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=13;TCF=9;TCR=4;TR=13;WE=16227789;WS=16227771;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr4	16228538	rs13136055	C	T	912.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=1.802;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.288;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=7;PP=462;ReadPosRankSum=-1.818;SC=TCCGGCGGTCCGCTCAGGGCC;SOR=1.161;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=43;TCF=29;TCR=14;TR=27;WE=16228546;WS=16228528;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,42:0.66:64
chr4	16507644	rs56328578	C	T	5530.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.368;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=266;ExcessHet=3.0103;FS=0.969;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=21.11;ReadPosRankSum=2.170;SOR=0.790;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:114,148:0.56:262
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chr4	16513748	rs6824949	T	C	731.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.080;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.836;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=16;PP=344;ReadPosRankSum=0.939;SC=TTCAAAGACATTGGCATTTCA;SOR=0.799;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=54;TCF=17;TCR=37;TR=22;WE=16513756;WS=16513738;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,36:0.42:85
chr4	16590588	rs11945652	G	A	1741.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=0.317;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.088;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=49;PP=1109;ReadPosRankSum=-0.801;SC=GATGTGACACGAGTGATGTGT;SOR=0.911;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=163;TCF=46;TCR=117;TR=66;WE=16590596;WS=16590578;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:105,79:0.43:184
chr4	16597280	rs1506462	T	A	648.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=17;NR=3;PP=420;SC=TCTTTAATGCTCTCAGAGTAG;SOR=2.833;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=17;TCR=3;TR=20;WE=16597288;WS=16597270;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr4	16675898	rs4698505	C	A	9313.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=361;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=85;NR=93;PP=2965;SC=TCCGAATCCCCGAGCTGGTTG;SOR=0.750;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=180;TCF=87;TCR=93;TR=178;WE=16675906;WS=16675888;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,358:1.00:358
chr4	16676046	rs7699941	A	C	513.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-1.193;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.688;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=18;PP=323;ReadPosRankSum=-0.632;SC=GTGATAATTCAGGAGCACCCA;SOR=1.204;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=27;TCF=2;TCR=25;TR=20;WE=16676054;WS=16676036;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,24:0.65:37
chr4	16753863	rs283027	A	C	184.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=1;PP=157;SC=TCAGTGAACAAGATACAGAGC;SOR=2.584;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=6;TCR=1;TR=7;WE=16753871;WS=16753853;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr4	17489003	rs2597767	T	C	806.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.687;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.451;HP=2;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=23;PP=392;ReadPosRankSum=1.099;SC=CTGGGCGCCATGGCTCACACC;SOR=0.846;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=106;TCF=41;TCR=65;TR=35;WE=17489011;WS=17488993;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,47:0.35:135
chr4	17492145	rs731437	T	C	1727.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=34;NR=15;PP=872;SC=TGATGTGCAATGCATCCTCAG;SOR=1.573;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=49;TCF=34;TCR=15;TR=49;WE=17492153;WS=17492135;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr4	17494054	rs2597772	A	G	3782.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=31;NR=77;PP=2419;SC=TCTATTCCCTAAAAACTTTAT;SOR=1.574;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=108;TCF=31;TCR=77;TR=108;WE=17494062;WS=17494044;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,134:1.00:134
chr4	17503382	rs2597775	C	T	898.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.599;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.362;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=13;PP=468;ReadPosRankSum=-1.787;SC=CAGCCAAGGTCAGGAGGCCTC;SOR=0.933;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=91;TCF=56;TCR=35;TR=35;WE=17503390;WS=17503372;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,48:0.38:127
chr4	17503544	rs2597776	C	T	721.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.408;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.498;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=19;PP=328;ReadPosRankSum=0.661;SC=GTGAGCTCAACTCATGCAGCC;SOR=1.092;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=87;TCF=37;TCR=50;TR=29;WE=17503552;WS=17503534;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,43:0.33:130
chr4	17503561	rs3733573	T	C	1398.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.440;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.114;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=28;PP=730;ReadPosRankSum=1.911;SC=AGCCCCACACTCAGGGAGGCC;SOR=0.354;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=73;TCF=27;TCR=46;TR=48;WE=17503569;WS=17503551;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,64:0.65:99
chr4	17511595	rs10020171	A	T	4905.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.520;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.688;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=71;PP=2191;ReadPosRankSum=-0.900;SC=GTTGTTACTCAAATCTGCAAT;SOR=0.729;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=115;TCF=44;TCR=71;TR=115;WE=17511603;WS=17511585;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,186:0.99:187
chr4	17511634	rs10030250	G	A	2729.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.016;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=59;PP=2046;ReadPosRankSum=0.436;SC=TAAATAGGGGGAAAAAATAAG;SOR=1.350;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=90;TCF=31;TCR=59;TR=90;WE=17511642;WS=17511624;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,112:0.98:114
chr4	17513458	rs2244804	A	G	7064.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=255;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=130;NR=49;PP=2965;SC=AAGCAACACGAGTCAGGGGGT;SOR=1.658;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=179;TCF=130;TCR=49;TR=179;WE=17513466;WS=17513448;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,249:1.00:249
chr4	17513724	rs2244788	G	C	4402.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=41;NR=102;PP=2542;SC=GCCTCGAGCCGGAGCGCCGCG;SOR=1.711;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=143;TCF=41;TCR=102;TR=143;WE=17513732;WS=17513714;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,167:1.00:167
chr4	17513757	rs67496406	CG	C	2994.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=1;NR=62;PP=2734;SC=CGGCCAACCCCGCCAAGAGGG;SOR=2.891;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=63;TCF=1;TCR=62;TR=63;WE=17513765;WS=17513747;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr4	17517099	rs1551091	A	G	6251.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=235;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=69;NR=95;PP=2965;SC=GAGGGTGTAAAGTGCGGCAGT;SOR=0.955;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=164;TCF=69;TCR=95;TR=164;WE=17517107;WS=17517089;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,229:1.00:229
chr4	17517242	rs28382333	C	T	921.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=7;NR=19;PP=542;SC=GCTGCCTCAACGTCAGGCATA;SOR=1.751;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=7;TCR=19;TR=26;WE=17517250;WS=17517232;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr4	17581617	rs10939736	T	A	6929.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=267;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=59;NR=109;PP=2965;SC=CGAAACAGTATTTTTTCTTTC;SOR=1.157;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=168;TCF=59;TCR=109;TR=168;WE=17581625;WS=17581607;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,263:1.00:263
chr4	17581643	rs35153429	CAG	C	6892.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=82;PP=2965;SC=TTTTTTGAAACAGAGTCTTGC;SOR=1.534;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=87;TCF=0;TCR=87;TR=82;WE=17581652;WS=17581633;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,155:1.00:155
chr4	17583200	rs5856433	TAA	T	1181.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.702;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.534;HP=14;HapScore=4;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQRankSum=0.540;NF=17;NR=8;PP=296;ReadPosRankSum=0.406;SC=TGTCTCTATTTAAAAAAAAAA;SOR=1.714;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=32;TCF=21;TCR=11;TR=25;WE=17583210;WS=17583190;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,43:0.93:46
chr4	17586703	rs3733576	T	C	6392.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=252;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=85;NR=74;PP=2690;SC=CCAGATTTGCTGAAATTATTG;SOR=0.769;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=161;TCF=85;TCR=76;TR=159;WE=17586711;WS=17586693;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,245:1.00:245
chr4	17590671	rs17499929	G	A	6967.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=260;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=52;NR=124;PP=2965;SC=CTTGGTTATAGGGTTTTTTGG;SOR=1.411;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=180;TCF=54;TCR=126;TR=176;WE=17590679;WS=17590661;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,252:1.00:252
chr4	17590686	rs35467396	AT	A	1373.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.431;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.06;MQRankSum=0.402;QD=12.27;ReadPosRankSum=-0.066;SOR=0.704;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:16,96:0.86:112
chr4	17590734	rs11737120	A	T	1654.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=45;PP=1243;SC=CCCAGGCTAGAGTGCAGTGGC;SOR=4.294;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=50;TCF=5;TCR=45;TR=50;WE=17590742;WS=17590724;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr4	17599894	rs3775927	G	T	1470.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=39;NR=3;PP=1036;SC=GGTGCTGGGGGATTATTAAAT;SOR=3.442;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=42;TCF=39;TCR=3;TR=42;WE=17599902;WS=17599891;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr4	17608620	rs4698628	A	G	3536.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=40;NR=46;PP=1557;SC=CAAAATAGCTATTTTCAATTT;SOR=0.851;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=87;TCF=40;TCR=47;TR=86;WE=17608628;WS=17608610;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,134:1.00:134
chr4	17608884	rs4698629	C	G	2504.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=65;NR=7;PP=1879;SC=TATTCTGAAACTGATATGTGG;SOR=3.698;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=72;TCF=65;TCR=7;TR=72;WE=17608892;WS=17608874;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr4	17625209	rs11733730	G	C	2947.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=72;NR=11;PP=2139;SC=CTTAGTCCATGACTTTCATCT;SOR=3.383;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=83;TCF=72;TCR=11;TR=83;WE=17625217;WS=17625207;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr4	17627294	rs2315552	A	G	7165.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=270;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=100;NR=65;PP=2965;SC=TTACTGGGTGATGAATAATCC;SOR=1.016;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=165;TCF=100;TCR=65;TR=165;WE=17627302;WS=17627284;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,268:1.00:268
chr4	17627332	rs2315553	T	C	9682.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=363;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=111;NR=91;PP=2965;SC=GCTGCTAACTTTTTCAGGGAG;SOR=0.828;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=204;TCF=111;TCR=93;TR=202;WE=17627340;WS=17627322;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,361:1.00:361
chr4	17634213	rs6825562	A	G	7231.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=272;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=74;NR=85;PP=2965;SC=TTTCTGCTGGACTTCTTTGGC;SOR=0.818;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=160;TCF=75;TCR=85;TR=159;WE=17634221;WS=17634203;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,270:1.00:270
chr4	17634255	rs6847966	G	A	6323.77	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.801;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=235;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=70;NR=81;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.309;SC=GGTCCTAAAAGCAAAAAAAGG;SOR=0.865;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=162;TCF=76;TCR=86;TR=151;WE=17634264;WS=17634244;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,224:0.99:226
chr4	17634256	rs142873186	C	CAA	9482.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=17;NR=71;PP=1434;SC=GTCCTAAAAGCAAAAAAAGGT;SOR=0.857;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=109;TCF=21;TCR=88;TR=88;WE=17634264;WS=17634244;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,229:1.00:229
chr4	17635556	rs140729140	CAAAAT	C	2262.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=20;PP=1190;SC=ATGCAAAAAACAAAATAAAGC;SOR=1.358;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=4;TCR=20;TR=24;WE=17635568;WS=17635546;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr4	17636507	rs3214318	G	GT,GTT	767.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.67;QD=24.77;SOR=2.093;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:0,15,16:0.48,0.52:31
chr4	17638395	rs62298071	G	A	1309.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.855;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.869;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=39;PP=726;ReadPosRankSum=0.869;SC=GATAGCAGCAGCGGCTTGCCC;SOR=1.024;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=133;TCF=35;TCR=98;TR=49;WE=17638403;WS=17638385;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:110,68:0.38:178
chr4	17640858	rs6811887	C	T	10739.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=411;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=117;NR=109;PP=2965;SC=CCCTGGGGCCCGAGGCCTCAC;SOR=0.738;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=226;TCF=117;TCR=109;TR=226;WE=17640866;WS=17640848;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,409:1.00:409
chr4	17643620	rs28501187	G	A	995.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=36;NR=4;PP=701;SC=TAGGGGGAGGGGGGGTGGCGG;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=56;TCF=36;TCR=20;TR=40;WE=17643628;WS=17643610;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr4	17643848	rs2286771	G	A	4389.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=49;NR=65;PP=2001;SC=GGGCCGCCCCGCTCCTGAGGA;SOR=0.928;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=114;TCF=49;TCR=65;TR=114;WE=17643856;WS=17643838;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,168:1.00:168
chr4	17649233	rs3733577	T	G	2511.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=44;NR=23;PP=1404;SC=GGAGGGGTATTGCTGGTGCAA;SOR=1.230;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=67;TCF=44;TCR=23;TR=67;WE=17649241;WS=17649223;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr4	17649494	rs6813374	T	C	3192.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=36.70;SOR=0.763;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr4	17649499	rs6813375	T	G	3097.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=38.24;SOR=0.821;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr4	17654648	rs3815413	T	C	4398.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.636;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=56;PP=1636;ReadPosRankSum=-0.772;SC=AAAGTGGGCATGAGGGTGGGA;SOR=0.825;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=103;TCF=47;TCR=56;TR=103;WE=17654656;WS=17654638;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,175:0.99:177
chr4	17659936	rs10939742	G	T	4958.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=76;NR=42;PP=2382;SC=CCTAGCAGGTGCCCGGCACAG;SOR=1.166;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=119;TCF=77;TCR=42;TR=118;WE=17659944;WS=17659926;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,182:1.00:182
chr4	17660082	rs1860596	C	T	5789.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=50;NR=81;PP=2446;SC=CTGGAGCTCACGCTGCAGCTT;SOR=1.049;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=132;TCF=51;TCR=81;TR=131;WE=17660090;WS=17660072;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,220:1.00:220
chr4	17660237	rs2302391	T	C	646.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=17;PP=392;SC=TTTCCTGGGATGTTTTCTTCA;SOR=2.215;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=21;TCF=4;TCR=17;TR=21;WE=17660245;WS=17660227;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr4	17666303	rs113417391	G	GA	122.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.935;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FS=5.586;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.06;MQRankSum=1.753;QD=0.86;ReadPosRankSum=1.675;SOR=0.743;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:115,27:0.19:142
chr4	17689901	rs11306510	AT	A	492.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=18.25;SOR=1.708;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,25:0.93:27
chr4	17689974	rs4698646	T	C	2471.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=39;NR=16;PP=1305;SC=CAGCATGTGTTACTGGGGACA;SOR=1.477;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=55;TCF=39;TCR=16;TR=55;WE=17689982;WS=17689964;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr4	17694880	rs6449324	G	C	3932.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=86;NR=27;PP=2438;SC=AAGCTCCCAGGGACCAGAAAC;SOR=1.964;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=113;TCF=86;TCR=27;TR=113;WE=17694888;WS=17694870;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,137:1.00:137
chr4	17694916	rs3822235	A	G	6988.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=268;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=142;NR=68;PP=2965;SC=GCATTTGGTCAGGGCTCACCT;SOR=1.397;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=210;TCF=142;TCR=68;TR=210;WE=17694924;WS=17694906;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,267:1.00:267
chr4	17694943	rs3733579	A	G	10228.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=371;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=166;NR=99;PP=2965;SC=GAGAATTCTGAAGCTTCACAT;SOR=1.111;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=266;TCF=167;TCR=99;TR=265;WE=17694951;WS=17694933;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,367:1.00:367
chr4	17707301	rs72619125	C	T	794.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=5.043;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=0;PP=564;ReadPosRankSum=-0.827;SC=GGGGACTGGCCTCTACCTGAC;SOR=0.569;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=40;TCF=40;TCR=0;TR=25;WE=17707309;WS=17707291;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,28:0.65:43
chr4	17707361	rs57570581	G	A	1331.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.613;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=15;PP=858;ReadPosRankSum=0.318;SC=CCCCAGGGCTGGGTCAGACAC;SOR=0.710;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=124;TCF=92;TCR=32;TR=56;WE=17707369;WS=17707351;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:94,65:0.41:159
chr4	17707627	rs62295656	C	A	712.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-1.465;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=25;PP=516;ReadPosRankSum=1.530;SC=TCCAACATCCCCTGTGTAATT;SOR=0.668;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=68;TCF=16;TCR=52;TR=33;WE=17707635;WS=17707617;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,35:0.43:82
chr4	17711076	rs3733583	T	C	2388.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.993;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=354;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=33;PP=956;ReadPosRankSum=-0.290;SC=TCAGCCTCTTTTGCAGCTCCA;SOR=0.698;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=214;TCF=113;TCR=101;TR=71;WE=17711084;WS=17711066;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:222,129:0.37:351
chr4	17782705	rs35662238	G	A	520.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=3.484;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=3;PP=327;ReadPosRankSum=-0.631;SC=CGGGCCTCCCGGGAGGCGCAT;SOR=0.758;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=49;TCF=43;TCR=6;TR=21;WE=17782713;WS=17782696;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,24:0.41:59
chr4	17812615	rs2074974	A	C	1789.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=31;NR=16;PP=960;SC=ATAGAAGACTACTCGGAGAGC;SOR=1.249;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=47;TCF=31;TCR=16;TR=47;WE=17812623;WS=17812605;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr4	17818885	rs2302212	T	C	4260.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.167;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=362;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.812;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=76;NR=56;PP=1798;ReadPosRankSum=-0.057;SC=ACTCAATAGATGCTGTGAAAC;SOR=0.758;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=213;TCF=120;TCR=93;TR=132;WE=17818893;WS=17818875;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:149,207:0.58:356
chr4	17826860	rs2286538	C	G	138.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-3.623;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=4;PP=43;ReadPosRankSum=-1.930;SC=ATGCAGATCTCTGTGTCAGGA;SOR=0.175;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=12;TCF=1;TCR=11;TR=5;WE=17826868;WS=17826850;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,7:0.50:14
chr4	17829990	rs3795243	G	C	2501.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=0.022;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=335;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.847;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=37;PP=935;ReadPosRankSum=1.544;SC=GTGCAACCATGAATGGAATCA;SOR=0.767;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=173;TCF=78;TCR=95;TR=65;WE=17829998;WS=17829980;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:196,135:0.41:331
chr4	17841620	rs2286536	A	G	229.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.895;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=2.688;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.96;ReadPosRankSum=0.493;SOR=0.361;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:42,16:0.28:58
chr4	17841848	rs2286535	A	C	1525.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=1.794;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.534;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=32;PP=738;ReadPosRankSum=0.693;SC=CACATACTGAACAGAATATTT;SOR=0.744;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=110;TCF=38;TCR=72;TR=51;WE=17841856;WS=17841838;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:122,79:0.39:201
chr4	17841948	rs2286534	T	A	818.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=24;PP=656;SC=ATGAATGAAATTTTTTTTCTA;SOR=3.767;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=26;TCF=2;TCR=24;TR=26;WE=17841956;WS=17841938;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr4	17844029	rs17585261	G	A	2778.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.097;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=446;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.553;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=62;PP=1356;ReadPosRankSum=-0.696;SC=TAGAATATATGGAGGCCTATC;SOR=0.777;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=302;TCF=124;TCR=178;TR=99;WE=17844037;WS=17844019;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:283,153:0.35:436
chr4	17847281	rs16895878	A	C	374.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-1.281;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=2;PP=258;ReadPosRankSum=1.298;SC=CAATTGATAAATGCTTATTGT;SOR=0.909;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=40;TCF=34;TCR=6;TR=16;WE=17847289;WS=17847271;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,18:0.39:46
chr4	17876551	rs11728692	G	A	2249.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=0.763;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=45;PP=1233;ReadPosRankSum=0.272;SC=GGAGCAGAGCGTTTCTATAAA;SOR=0.668;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=133;TCF=59;TCR=74;TR=81;WE=17876559;WS=17876541;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,103:0.60:172
chr4	17885296	rs139656197	A	AAC	258.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.604;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.19;MQRankSum=0.000;QD=5.50;ReadPosRankSum=-0.648;SOR=0.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,14:0.30:47
chr4	20256722	rs1323066	G	A	4575.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=37;NR=90;PP=2619;SC=TCGCGGTTGCGTGTGGGCCGG;SOR=1.638;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=127;TCF=37;TCR=90;TR=127;WE=20256730;WS=20256712;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,165:1.00:165
chr4	20270600	rs2196476	G	A	3739.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=23;NR=88;PP=2694;SC=CCTGGAATCTGTTCATCAATA;SOR=2.575;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=112;TCF=23;TCR=89;TR=111;WE=20270608;WS=20270590;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chr4	20492380	rs485909	A	G	517.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.925;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.670;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=10;PP=271;ReadPosRankSum=1.062;SC=ACAGTTCGTTACTAACCACTT;SOR=0.483;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=94;TCF=62;TCR=32;TR=25;WE=20492388;WS=20492370;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:98,34:0.26:132
chr4	20520993	rs519813	T	C	2352.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=36;NR=18;PP=1051;SC=TCATTTAAAATATTTTTTTCA;SOR=1.179;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=55;TCF=36;TCR=19;TR=54;WE=20521001;WS=20520983;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr4	20526985	rs146437952	C	CAT	865.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=21;PP=1033;SC=TGATGTTAAACATATATTATT;SOR=6.273;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=23;TCF=0;TCR=23;TR=21;WE=20526993;WS=20526975;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr4	20533700	rs3215198	A	AT	519.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.241;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.098;HP=9;HapScore=3;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=13;PP=243;ReadPosRankSum=-0.529;SC=CTTGTTAGCTATTTTTTTTAT;SOR=0.419;SbPval=0.12;Source=Platypus;TC=45;TCF=5;TCR=40;TR=17;WE=20533708;WS=20533690;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,33:0.42:78
chr4	20535460	rs74466092	T	TTC	435.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=0.631;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.226;NF=1;NR=12;PP=428;ReadPosRankSum=0.384;SC=CTCTTTCACATTCTCTGTTAC;SOR=0.892;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=28;TCF=4;TCR=24;TR=13;WE=20535468;WS=20535450;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,14:0.42:33
chr4	20541005	rs35993588	AG	A	4367.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.420;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=224;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.676;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=29;PP=2948;ReadPosRankSum=-1.627;SC=ATCCTCAGATAGGCAAAATTG;SOR=0.845;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=117;TCF=58;TCR=59;TR=60;WE=20541016;WS=20540995;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:112,109:0.49:221
chr4	20541008	rs3842004	C	A	4376.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.277;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.643;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=31;PP=2962;ReadPosRankSum=-2.155;SC=CTCAGATAGGCAAAATTGATT;SOR=0.831;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=166;TCF=107;TCR=59;TR=89;WE=20541016;WS=20540995;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:112,116:0.51:228
chr4	20547578	rs12501870	G	C	775.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-0.462;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.269;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=11;PP=473;ReadPosRankSum=1.155;SC=TCAGTTAAGAGTGAAGTACTG;SOR=1.030;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=42;TCF=28;TCR=14;TR=33;WE=20547586;WS=20547568;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,36:0.73:49
chr4	20555358	.	TTG	T	31.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.626;ClippingRankSum=0.000;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.68;ReadPosRankSum=1.762;SOR=0.499;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,6:0.13:47
chr4	20569099	rs2290750	A	G	5733.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.361;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=487;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.103;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=78;NR=97;PP=2962;ReadPosRankSum=1.855;SC=TGTATGTGCCAAGAACTACTT;SOR=0.777;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=306;TCF=138;TCR=168;TR=175;WE=20569107;WS=20569089;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:212,263:0.55:475
chr4	20569254	rs12506323	A	G	2961.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.883;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FS=1.472;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=21.01;ReadPosRankSum=-0.626;SOR=0.875;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:63,78:0.55:141
chr4	20569259	rs2290751	C	T	2835.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.167;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FS=0.718;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=21.98;ReadPosRankSum=-1.221;SOR=0.816;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:57,72:0.56:129
chr4	20570787	rs17620615	G	A	237.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.639;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=9;PP=166;ReadPosRankSum=1.839;SC=CTTAAAGATAGTTTCAGCTAA;SOR=0.804;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=19;TCF=3;TCR=16;TR=11;WE=20570795;WS=20570777;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,11:0.52:21
chr4	20599758	rs3775833	C	T	310.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=0.404;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.643;HP=1;HapScore=2;MGOF=40;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=1;PP=212;ReadPosRankSum=-0.170;SC=ATTTCAGCATCGTTTTCTCAT;SOR=1.938;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=15;TCF=14;TCR=1;TR=11;WE=20599766;WS=20599752;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,13:0.59:22
chr4	20599783	rs67622693	CAT	C	1156.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.982;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.172;HP=5;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.176;NF=18;NR=4;PP=1427;ReadPosRankSum=0.319;SC=ATCAGGAAAACATAAACCATA;SOR=1.688;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=33;TCF=26;TCR=7;TR=22;WE=20599804;WS=20599773;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,31:0.61:51
chr4	20599796	rs12507257	A	G	1118.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=3.584;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.452;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.055;NF=27;NR=6;PP=1661;ReadPosRankSum=-1.118;SC=AAACCATAGTAAAACCTGTTC;SOR=1.863;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=45;TCF=36;TCR=9;TR=33;WE=20599804;WS=20599773;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,42:0.66:64
chr4	20611818	rs35891001	C	T	691.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.352;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=19;PP=433;ReadPosRankSum=0.979;SC=TTCAGGTGGTCCTGAAACCCT;SOR=0.651;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=58;TCF=18;TCR=40;TR=29;WE=20611826;WS=20611808;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,33:0.43:76
chr4	20620683	rs1379659	G	A	1197.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.267;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=24;PP=447;ReadPosRankSum=2.387;SC=CTTCTTGACCGTGTGGGACTA;SOR=0.725;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=96;TCF=36;TCR=60;TR=38;WE=20620691;WS=20620673;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,64:0.43:150
chr4	20706067	.	CT	C	144.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.448;ClippingRankSum=0.000;DP=218;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.68;ReadPosRankSum=1.411;SOR=0.723;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:173,40:0.19:213
chr4	20709238	rs35495469	G	GA	481.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-1.219;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.028;HP=5;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.177;NF=7;NR=8;PP=430;ReadPosRankSum=1.523;SC=ATCGTTAGGGGAAAAAGAGAT;SOR=0.307;SbPval=0.13;Source=Platypus;TC=41;TCF=27;TCR=14;TR=15;WE=20709246;WS=20709228;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,26:0.43:60
chr4	20709303	rs73805127	A	C	1270.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.490;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.587;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.197;NF=26;NR=17;PP=597;ReadPosRankSum=0.548;SC=GTTTTTCTCAACTGTGTTGCT;SOR=0.748;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=92;TCF=54;TCR=38;TR=43;WE=20709311;WS=20709293;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:94,67:0.42:161
chr4	20714642	rs3764964	T	G	377.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-1.100;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.956;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=16;PP=307;ReadPosRankSum=-0.899;SC=TCCCTCCATATTATATGCAAA;SOR=1.519;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=44;TCF=4;TCR=40;TR=17;WE=20714650;WS=20714632;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,17:0.35:48
chr4	20714924	rs12331966	A	G	1110.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=2.916;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.027;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=12;PP=838;ReadPosRankSum=0.756;SC=TTTGTTGACTATCTTCTGATT;SOR=0.410;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=117;TCF=94;TCR=23;TR=50;WE=20714932;WS=20714914;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,50:0.41:121
chr4	20726537	rs10654905	C	CTT	284.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.116;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=1.253;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.48;ReadPosRankSum=1.026;SOR=0.412;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,15:0.29:52
chr4	20733708	rs111474115	C	CA	1032.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=2.084;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.789;HP=9;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQ=60.06;MQRankSum=1.408;NF=3;NR=23;PP=772;ReadPosRankSum=-0.746;SC=AGGAAGAAAACAAAAATTGTA;SOR=1.016;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=71;TCF=11;TCR=60;TR=26;WE=20733716;WS=20733698;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:113,58:0.34:171
chr4	20734171	rs6812257	G	A	1428.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.647;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FS=2.025;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.42;ReadPosRankSum=-0.388;SOR=1.017;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:48,39:0.45:87
chr4	20734176	rs6811933	C	G	1456.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.550;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FS=1.798;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.57;ReadPosRankSum=-0.012;SOR=0.899;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:57,43:0.43:100
chr4	20736416	rs112956417	A	AAAAC	1090.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=0.151;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=2.736;NF=0;NR=23;PP=1031;ReadPosRankSum=-1.293;SC=AAAAACAAAAAAAACAAATGA;SOR=0.607;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=69;TCF=2;TCR=67;TR=23;WE=20736424;WS=20736406;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,32:0.42:77
chr4	20751278	rs2322688	A	G	783.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.899;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=11;PP=445;ReadPosRankSum=-0.706;SC=AATAATCCAGAGCTTACCTCG;SOR=0.631;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=68;TCF=47;TCR=21;TR=31;WE=20751286;WS=20751268;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,43:0.36:119
chr4	20760644	rs57740160	A	G	728.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.005;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FS=1.747;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.23;ReadPosRankSum=-1.526;SOR=0.511;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:78,39:0.33:117
chr4	20760683	rs17623902	A	G	156.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-2.797;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.077;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=8;PP=80;ReadPosRankSum=1.021;SC=TGTTTGTTCCAGTTCTCACAA;SOR=0.196;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=42;TCF=6;TCR=36;TR=10;WE=20760691;WS=20760673;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,11:0.25:44
chr4	20852166	rs3765121	A	G	673.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.160;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.227;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=5;PP=229;ReadPosRankSum=-0.693;SC=AAGTTCTTACATTCTTAAATC;SOR=1.121;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=37;TCF=25;TCR=12;TR=19;WE=20852174;WS=20852156;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,34:0.56:61
chr4	20852244	rs3765122	A	G	628.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.466;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.954;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=11;PP=284;ReadPosRankSum=1.050;SC=CAAGGGCTTCAGGCCGATGCC;SOR=0.766;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=48;TCF=25;TCR=23;TR=23;WE=20852252;WS=20852234;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,32:0.51:63
chr4	20884202	.	G	GA	262.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.545;ClippingRankSum=0.000;DP=195;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.06;MQRankSum=1.959;QD=1.40;ReadPosRankSum=-0.258;SOR=0.668;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:151,37:0.20:188
chr4	20884482	rs57696441	G	GA,GAA	902.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;QD=25.08;SOR=2.712;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:0,18,18:0.50,0.50:36
chr4	21698939	.	TAAA	T	468.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.804;ClippingRankSum=0.000;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=8.607;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.55;MQRankSum=1.191;QD=15.12;ReadPosRankSum=-0.499;SOR=0.662;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,19:0.61:31
chr4	21764577	rs35733545	T	A	906.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=2.920;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.505;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=10;PP=634;ReadPosRankSum=-0.478;SC=ACTTCCGAAGTCTCCCTCTGG;SOR=0.861;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=135;TCF=100;TCR=35;TR=43;WE=21764585;WS=21764567;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:110,48:0.30:158
chr4	21764761	rs717531	C	T	12248.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-2.552;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=482;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=132;NR=188;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.813;SC=AATTCCTTCACTGTGGTTGAA;SOR=0.966;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=322;TCF=133;TCR=189;TR=320;WE=21764769;WS=21764751;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,469:1.00:471
chr4	21950259	rs6448102	A	G	14946.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=575;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=154;NR=145;PP=2965;SC=ATTCATGTCTAGGGACGCAGG;SOR=0.707;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=302;TCF=154;TCR=148;TR=299;WE=21950267;WS=21950249;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,572:1.00:572
chr4	22390167	rs9002	C	T	4193.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=2.273;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=623;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.539;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=80;NR=69;PP=2077;ReadPosRankSum=-0.193;SC=TGGTGGACCACGAAGAACGCA;SOR=0.660;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=401;TCF=216;TCR=185;TR=149;WE=22390175;WS=22390153;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:389,225:0.37:614
chr4	22416133	rs7658234	C	G	1521.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-1.718;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=15;PP=871;ReadPosRankSum=-0.802;SC=AACAATTAACCATCTAAAAAC;SOR=0.768;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=51;TCF=36;TCR=15;TR=50;WE=22416141;WS=22416123;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,61:0.98:62
chr4	22416195	rs13106386	C	G	4112.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.859;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=41;PP=2045;ReadPosRankSum=-0.831;SC=CTTCTAACCTCTCTTCTTCTA;SOR=1.022;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=101;TCF=59;TCR=42;TR=99;WE=22416203;WS=22416185;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,152:0.99:154
chr4	22439914	rs6823735	A	C	633.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=8;PP=305;SC=CCCTCTCTGGAGGACAGTACT;SOR=0.859;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=19;TCF=11;TCR=8;TR=19;WE=22439922;WS=22439904;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr4	22444251	rs374500461	CA	C	383.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.898;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.04;ReadPosRankSum=0.077;SOR=0.700;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:130,58:0.31:188
chr4	22444692	rs10018144	C	T	3602.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=39;NR=46;PP=1683;SC=AATTTCATAACCAGTTCTGAC;SOR=0.801;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=85;TCF=39;TCR=46;TR=85;WE=22444700;WS=22444682;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,135:1.00:135
chr4	22457478	rs16872669	C	T	12353.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.731;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=472;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=121;NR=168;PP=2965;ReadPosRankSum=0.720;SC=GGACTTAGCCCTATGCAAGAA;SOR=0.942;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=291;TCF=121;TCR=170;TR=289;WE=22457486;WS=22457468;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,464:1.00:466
chr4	22749783	.	GTA	G,GTATA	37.73	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.129;ClippingRankSum=-0.000;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=7;PP=96;ReadPosRankSum=-0.333;SC=ACAGGCATATGTATATATATA;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=1;TCR=19;TR=7;WE=22749792;WS=22749773;set=Intersection	GT:AF:DP	0/1:0.27:11
chr4	22820504	rs358231	A	T	6834.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=272;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=66;NR=103;PP=2965;SC=CCAAGGAATAAGCCAAGATCA;SOR=1.071;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=169;TCF=66;TCR=103;TR=169;WE=22820512;WS=22820494;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,258:1.00:258
chr4	23815522	rs3755863	C	T	5917.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.603;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=514;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.450;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=112;NR=82;PP=2962;ReadPosRankSum=2.000;SC=AATAGGATTGCGTGCCATCCC;SOR=0.900;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=344;TCF=191;TCR=153;TR=194;WE=23815530;WS=23815512;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:237,272:0.53:509
chr4	23815662	rs8192678	C	T	6678.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=2.021;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=607;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.426;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=78;NR=113;PP=2962;ReadPosRankSum=2.227;SC=CTCAGTTCACCGGTCTTGTCT;SOR=0.873;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=374;TCF=165;TCR=209;TR=191;WE=23815670;WS=23815652;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:285,314:0.52:599
chr4	23815681	rs17574213	G	A	4951.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.822;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=531;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=72;NR=88;PP=2502;ReadPosRankSum=-1.432;SC=CTGCTTCGTCGTCAAAAACAG;SOR=0.647;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=347;TCF=155;TCR=192;TR=160;WE=23815689;WS=23815671;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:282,243:0.46:525
chr4	23815924	rs2970847	T	C	3944.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-2.595;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=315;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.312;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=53;PP=1542;ReadPosRankSum=-1.952;SC=TGAGTATTTCTGTTTTGGAAT;SOR=0.639;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=198;TCF=100;TCR=98;TR=116;WE=23815932;WS=23815914;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:118,192:0.62:310
chr4	23816242	rs11290186	TA	T	166.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.725;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=4.545;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.58;ReadPosRankSum=-0.332;SOR=0.160;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,16:0.73:22
chr4	23886323	rs2946385	G	T	1191.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.321;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.793;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=8;PP=511;ReadPosRankSum=-0.735;SC=CATGTTAGTCGGGCCCAAGCC;SOR=0.602;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=71;TCF=54;TCR=17;TR=35;WE=23886331;WS=23886313;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,55:0.54:101
chr4	24550431	rs35768649	T	A	1167.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=0.490;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.310;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=11;PP=771;ReadPosRankSum=-0.436;SC=TTATATCTCATAAATCATTAT;SOR=0.390;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=82;TCF=64;TCR=18;TR=47;WE=24550439;WS=24550421;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,51:0.56:91
chr4	24801315	rs2536512	G	A	6852.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.378;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=511;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.130;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=101;NR=105;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.457;SC=CGACGACGGCGCGCTCCACGC;SOR=0.604;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=347;TCF=177;TCR=170;TR=206;WE=24801323;WS=24801305;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:199,302:0.60:501
chr4	24801949	rs2695232	C	T	224.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.185;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.242;HP=2;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=8;PP=130;ReadPosRankSum=0.579;SC=AACAGACACCCTCCACTCTGA;SOR=1.802;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=18;TCF=6;TCR=12;TR=11;WE=24801957;WS=24801939;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,11:0.58:19
chr4	24809884	rs1019229	T	C	1914.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=54;NR=3;PP=1500;SC=ACAGGATCAGTGCGTTTTCTC;SOR=4.479;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=57;TCF=54;TCR=3;TR=57;WE=24809892;WS=24809875;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr4	24810347	rs61734397	T	C	5631.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-2.286;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=426;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.141;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=96;NR=91;PP=2650;ReadPosRankSum=-0.016;SC=TCTGATTTGCTGGGGAGTTGA;SOR=0.588;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=310;TCF=163;TCR=147;TR=187;WE=24810355;WS=24810337;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:160,258:0.62:418
chr4	24824076	.	G	GA	171.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.983;ClippingRankSum=0.000;DP=98;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.33;MQRankSum=2.912;QD=1.81;ReadPosRankSum=-2.190;SOR=0.793;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:73,22:0.23:95
chr4	25001439	rs7689760	T	C	2953.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.690;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=510;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.549;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=46;PP=1407;ReadPosRankSum=-0.651;SC=CCAGTGTGCTTCCTGAAGGCT;SOR=0.761;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=302;TCF=167;TCR=135;TR=107;WE=25001447;WS=25001429;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:326,169:0.34:495
chr4	25001576	rs7665497	C	T	5019.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.618;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=402;ExcessHet=3.0103;FS=2.244;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.77;ReadPosRankSum=-0.712;SOR=0.570;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:252,141:0.36:393
chr4	25001576	.	CTC	TTT	2944	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;FR=0.5000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=37;NR=52;PP=2944;QD=20;SC=CCTCAACATCCTCCCCATAGC;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=249;TCF=99;TCR=150;TR=89;WE=25001586;WS=25001566;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:160,89:0.36:249
chr4	25001578	rs7665498	C	T	5019.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.146;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=393;ExcessHet=3.0103;FS=2.844;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.00;ReadPosRankSum=-0.293;SOR=0.547;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:250,136:0.35:386
chr4	25001632	rs7690185	T	A	1460.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=2.502;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=38;PP=876;ReadPosRankSum=-0.132;SC=TCCTCCTTAGTACAACAGAAA;SOR=0.678;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=151;TCF=46;TCR=105;TR=54;WE=25001640;WS=25001622;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:127,73:0.37:200
chr4	25001685	rs7670138	A	C	648.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=2.732;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.222;HP=1;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=22;PP=497;ReadPosRankSum=0.103;SC=TGGGGCCTTGAATGTAAAAAG;SOR=0.409;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=67;TCF=11;TCR=56;TR=27;WE=25001693;WS=25001675;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,28:0.39:71
chr4	25005023	rs2232029	C	T	449.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.055;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.648;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=1;PP=324;ReadPosRankSum=-1.619;SC=TCTTGGTCCTCTTTTGTGAGA;SOR=1.051;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=39;TCF=34;TCR=5;TR=17;WE=25005031;WS=25005013;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,19:0.43:44
chr4	25005193	rs2232028	G	A	1924.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.048;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=325;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=32;PP=938;ReadPosRankSum=-1.042;SC=GCGCCTGCACGTAAATCTCCT;SOR=0.673;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=195;TCF=102;TCR=93;TR=68;WE=25005201;WS=25005183;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:206,111:0.35:317
chr4	25160490	rs73252530	A	C	1691.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-3.210;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.423;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=9;PP=1128;ReadPosRankSum=-0.236;SC=ACATTTGATAATCTAATAAGA;SOR=1.108;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=164;TCF=138;TCR=26;TR=69;WE=25160498;WS=25160480;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:114,81:0.42:195
chr4	25160732	rs34423002	T	TA	862.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.634;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=388;ExcessHet=3.0103;FS=1.953;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.03;MQRankSum=0.000;QD=3.22;ReadPosRankSum=-1.132;SOR=0.877;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:177,91:0.34:268
chr4	25236017	rs313549	T	C	273.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=4;PP=115;SC=CCGGAGTTCGTCCGCCGAGCT;SOR=0.859;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=7;TCF=3;TCR=4;TR=7;WE=25236025;WS=25236007;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr4	25253928	rs34253230	T	C	5084.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=3.198;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=380;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.990;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=98;NR=55;PP=2798;ReadPosRankSum=0.356;SC=TAGCTGGTATTTCTTCTTAAT;SOR=0.902;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=264;TCF=160;TCR=104;TR=153;WE=25253936;WS=25253918;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:156,223:0.59:379
chr4	25253995	rs313567	C	T	14196.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=534;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=157;NR=167;PP=2965;SC=CAGAATTTGCCGATATTATGC;SOR=0.743;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=329;TCF=157;TCR=172;TR=324;WE=25254003;WS=25253985;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,533:1.00:533
chr4	25262232	.	TTATATATATATA	T	165.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;QD=33.15;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,4:0.80:5
chr4	25270011	rs3115232	A	G	449.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.302;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.976;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=7;PP=286;ReadPosRankSum=-2.186;SC=GAAAAATGTAAGTCTAAATAA;SOR=0.862;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=43;TCF=28;TCR=15;TR=20;WE=25270019;WS=25270001;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,24:0.36:67
chr4	25314668	rs146332542	T	G	431.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.696;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.545;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=9;PP=200;ReadPosRankSum=0.762;SC=CCCTCACCAGTGTGCTGCCTA;SOR=0.340;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=36;TCF=11;TCR=25;TR=14;WE=25314676;WS=25314658;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,22:0.42:52
chr4	25315637	.	C	CTTT	1466.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.270;ClippingRankSum=0.000;DP=149;ExcessHet=3.0103;FS=1.873;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.15;MQRankSum=0.000;QD=10.71;ReadPosRankSum=0.215;SOR=1.011;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:77,60:0.44:137
chr4	25316815	rs12508686	T	C	714.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-2.983;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=2;PP=570;ReadPosRankSum=2.019;SC=TTTTGTTTTCTCCTGAAATGA;SOR=1.022;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=39;TCF=36;TCR=3;TR=27;WE=25316823;WS=25316805;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,27:0.68:40
chr4	25363901	rs315675	T	A	4621.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.345;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=425;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=72;PP=2023;ReadPosRankSum=0.063;SC=CACTGTGAGCTCTGTAATTCT;SOR=0.682;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=243;TCF=104;TCR=139;TR=123;WE=25363909;WS=25363891;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:197,220:0.53:417
chr4	25370962	rs315689	A	T	627.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=3.516;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.645;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=21;PP=479;ReadPosRankSum=1.876;SC=CTCTGGAGACATGGGGAGTTG;SOR=2.557;SbPval=0.96;Source=Platypus;TC=34;TCF=5;TCR=29;TR=22;WE=25370970;WS=25370952;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,25:0.64:39
chr4	25382216	rs315676	C	G	288.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-3.446;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=9;PP=164;ReadPosRankSum=-1.365;SC=ATAAATATCACTTTGGGAACT;SOR=1.371;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=1;TCR=15;TR=9;WE=25382224;WS=25382206;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,12:0.63:19
chr4	25391584	rs186408	G	A	166.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-2.965;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=7;NR=0;PP=124;ReadPosRankSum=1.200;SC=AAAAAGGAATGAGCCTGATGT;SOR=1.270;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=11;TCR=0;TR=7;WE=25391592;WS=25391574;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,7:0.64:11
chr4	25393889	rs2292407	C	T	1706.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.808;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.582;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=16;PP=721;ReadPosRankSum=0.786;SC=TAGTTTGACCCACACTCTAAA;SOR=1.003;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=115;TCF=69;TCR=46;TR=48;WE=25393897;WS=25393879;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,82:0.49:169
chr4	25394078	rs2292408	A	G	658.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=1.711;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.080;HP=5;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=20;PP=422;ReadPosRankSum=-0.793;SC=GTGAATATTTATTATCGGCTT;SOR=1.308;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=39;TCF=8;TCR=31;TR=24;WE=25394086;WS=25394068;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,28:0.64:44
chr4	25395674	rs17605267	C	A	579.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-3.146;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.233;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=21;PP=479;ReadPosRankSum=-0.286;SC=TCAGATTTGCCAAAAGGGCTC;SOR=1.850;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=38;TCF=1;TCR=37;TR=21;WE=25395682;WS=25395664;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,21:0.52:40
chr4	25404553	rs10023139	C	T	1250.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=-0.172;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.404;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=18;PP=469;ReadPosRankSum=-0.538;SC=ATCCCCCACACACTAATCTTA;SOR=0.770;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=62;TCF=29;TCR=33;TR=32;WE=25404561;WS=25404543;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,64:0.50:128
chr4	25408516	rs3214034	T	A	1639.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.083;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.255;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=24;PP=637;ReadPosRankSum=-0.309;SC=AGGTAAGAAGTTGATATTTCT;SOR=0.512;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=86;TCF=37;TCR=49;TR=43;WE=25408524;WS=25408506;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,80:0.61:132
chr4	25408724	rs28616687	A	G	267.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-2.642;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=2;PP=162;ReadPosRankSum=0.136;SC=ACTGCCACTCACAGCTCTCTT;SOR=1.244;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=18;TCF=14;TCR=4;TR=11;WE=25408732;WS=25408714;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,12:0.60:20
chr4	25417244	rs3816587	C	T	429.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=2.103;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=16;PP=324;ReadPosRankSum=0.256;SC=GACTCAGTTACGGTGGTAATA;SOR=1.287;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=23;TCF=2;TCR=21;TR=18;WE=25417252;WS=25417234;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,18:0.72:25
chr4	25419283	rs9174	T	C	6067.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-2.206;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=514;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.774;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=85;NR=82;PP=2136;ReadPosRankSum=1.351;SC=CCATGCATTTTGAGAAGCACT;SOR=0.533;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=292;TCF=157;TCR=135;TR=167;WE=25419291;WS=25419273;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:207,297:0.59:504
chr4	25674905	.	TCACA	T	1824.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=22;PP=1153;SC=CTTGTAGGCCTCACATGTAGT;SOR=3.056;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=23;TCF=1;TCR=22;TR=23;WE=25674921;WS=25674894;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr4	25674911	.	G	GAGGGA	1824.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=20;PP=1380;SC=GGCCTCACATGTAGTCACTGC;SOR=2.948;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=21;TCF=1;TCR=20;TR=21;WE=25674921;WS=25674894;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr4	25674913	rs62409436	A	G	1771.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=20;PP=570;SC=CCTCACATGTAGTCACTGCAT;SOR=3.026;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=2;TCR=21;TR=22;WE=25674921;WS=25674894;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr4	25678199	rs6448389	A	G	10863.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=391;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=139;NR=146;PP=2965;SC=TTGCTGTGTGACTGCCCCAAG;SOR=0.709;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=285;TCF=139;TCR=146;TR=285;WE=25678207;WS=25678189;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,387:1.00:387
chr4	25758580	rs4401441	G	A	1579.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=2.406;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.162;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=41;PP=1042;ReadPosRankSum=0.661;SC=CAGTTTCTTAGGCTTTTTAAA;SOR=0.506;SbPval=0.26;Source=Platypus;TC=137;TCF=34;TCR=103;TR=59;WE=25758588;WS=25758570;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:101,71:0.41:172
chr4	25759109	rs11352729	CT	C	484.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.140;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FS=3.358;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.21;ReadPosRankSum=1.968;SOR=1.139;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:40,38:0.49:78
chr4	25767133	rs6823220	A	T	490.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.233;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=16;PP=314;ReadPosRankSum=0.234;SC=TGGCGCATTCACATGAATGCA;SOR=0.758;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=47;TCF=11;TCR=36;TR=21;WE=25767141;WS=25767123;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,25:0.38:65
chr4	25767183	rs4697616	G	A	105.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.222;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.788;HP=4;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=6;PP=80;ReadPosRankSum=1.728;SC=ACATCTTTATGTTTCCCTGAT;SOR=1.730;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=2;TCR=16;TR=6;WE=25767191;WS=25767173;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,6:0.29:21
chr4	25769135	rs2290577	T	C	3813.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.179;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=412;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=79;NR=41;PP=2003;ReadPosRankSum=-0.897;SC=TGCACCGTTTTTCTATACATA;SOR=0.717;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=279;TCF=179;TCR=100;TR=120;WE=25769143;WS=25769125;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:219,184:0.46:403
chr4	25806319	rs34954596	C	T	2156.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.449;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.891;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=38;PP=966;ReadPosRankSum=0.026;SC=TCTTTACAGCCTTCTCAAATA;SOR=0.562;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=112;TCF=41;TCR=71;TR=64;WE=25806327;WS=25806309;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,101:0.57:176
chr4	25915648	rs2305669	G	A	3991.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-2.064;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=527;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=74;NR=46;PP=1658;ReadPosRankSum=-0.444;SC=TCCAACGCCAGCGCCCGGCCC;SOR=0.708;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=340;TCF=201;TCR=139;TR=120;WE=25915656;WS=25915638;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:310,207:0.40:517
chr4	26097298	rs139788486	GAAGGAAGGAAGGA	G	834.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.016;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FS=0.994;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.44;MQRankSum=2.376;QD=11.92;ReadPosRankSum=-0.244;SOR=0.933;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:45,25:0.36:70
chr4	26122858	rs6825116	G	T	817.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=26;PP=693;SC=AAGCCAGTGGGCTGCCCTGCT;SOR=4.332;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=28;TCF=2;TCR=26;TR=28;WE=26122866;WS=26122848;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr4	26241366	rs200509512	G	GGGAGA	1301.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.190;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FS=0.941;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=62.65;MQRankSum=5.050;QD=16.27;ReadPosRankSum=-1.957;SOR=0.507;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,42:0.52:80
chr4	26274274	rs7680528	T	A	2264.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-2.739;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=292;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.509;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=25;PP=1181;ReadPosRankSum=-0.286;SC=GCATTTTGTCTTCATTTTTTC;SOR=0.585;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=178;TCF=125;TCR=53;TR=79;WE=26274282;WS=26274264;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:162,117:0.42:279
chr4	26322759	rs113697915	C	A	633.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=1.073;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.980;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=11;PP=277;ReadPosRankSum=0.784;SC=GGGGCCGCGGCGCGCTTGGCG;SOR=0.312;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=34;TCF=11;TCR=23;TR=18;WE=26322767;WS=26322749;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,30:0.57:53
chr4	26364300	rs13116873	C	G	872.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=2.412;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.784;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=23;PP=574;ReadPosRankSum=-0.598;SC=ATAGAATGAACACTCATGATT;SOR=1.258;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=83;TCF=35;TCR=48;TR=36;WE=26364308;WS=26364290;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,46:0.37:126
chr4	26387959	rs56122711	AT	A	388.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.973;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FS=2.021;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.40;ReadPosRankSum=0.566;SOR=0.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:40,32:0.44:72
chr4	26407681	rs3109839	A	G	386.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.566;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.45;ReadPosRankSum=1.377;SOR=0.770;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,19:0.51:37
chr4	26417136	rs2270226	T	C	1400.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.842;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.843;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=-0.785;NF=36;NR=22;PP=759;ReadPosRankSum=0.102;SC=TTATGGGCAGTGGATGGAAGA;SOR=0.548;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=139;TCF=91;TCR=48;TR=58;WE=26417153;WS=26417126;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:120,76:0.39:196
chr4	26491156	rs6850415	G	A	2837.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-1.078;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=60;PP=1629;ReadPosRankSum=-1.681;SC=GATGACAGCAGAATGCTAAAA;SOR=0.734;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=144;TCF=49;TCR=95;TR=90;WE=26491164;WS=26491146;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,122:0.64:191
chr4	26491974	rs6448456	G	C	430.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=1.288;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.675;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=11;PP=218;ReadPosRankSum=0.901;SC=GAAGCGTCTCGCAGATGCAAC;SOR=1.609;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=29;TCF=7;TCR=22;TR=13;WE=26491982;WS=26491964;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,18:0.53:34
chr4	26615982	rs260954	C	T	631.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=12;NR=6;PP=336;SC=TGTATGTTTACTTAAAAACTA;SOR=1.270;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=18;TCF=12;TCR=6;TR=18;WE=26615990;WS=26615972;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr4	26616004	rs76113874	T	G	213.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=2.749;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=4;PP=175;ReadPosRankSum=-1.426;SC=TATGTTCATATATTTTATTCT;SOR=0.541;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=25;TCF=18;TCR=7;TR=11;WE=26616012;WS=26615994;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,11:0.31:35
chr4	26673761	rs9997999	T	A	1167.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.16;SOR=1.055;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr4	26673787	rs7691219	A	G	1581.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=27;NR=19;PP=926;SC=TTGAAAATGAACATGTACGTA;SOR=1.061;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=46;TCF=27;TCR=19;TR=46;WE=26673795;WS=26673777;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr4	26737063	rs33992685	C	CT	995.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.872;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.17;MQRankSum=0.514;QD=15.56;ReadPosRankSum=0.593;SOR=0.601;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:9,55:0.86:64
chr4	26862546	.	CTT	C,CT	3760.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.527;ClippingRankSum=0.000;DP=299;ExcessHet=3.0103;FS=0.843;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.04;MQRankSum=0.374;QD=14.03;ReadPosRankSum=0.541;SOR=0.579;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:23,178,67:0.66,0.25:268
chr4	27000995	rs6822297	A	G	3000.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.917;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=283;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.011;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=66;PP=1528;ReadPosRankSum=-0.372;SC=CACTCAGAGGATGATGTAAAA;SOR=0.833;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=196;TCF=81;TCR=115;TR=109;WE=27001003;WS=27000985;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:132,147:0.53:279
chr4	27004011	rs10028164	G	A	1171.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=8;NR=24;PP=712;SC=TGGACTTACAGGAGAGGTAAG;SOR=1.721;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=33;TCF=9;TCR=24;TR=32;WE=27004019;WS=27004001;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr4	27004490	rs5856961	T	TA	244.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.492;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=3;PP=157;ReadPosRankSum=-0.981;SC=CATTATTTTGTAAAAAAAAAT;SOR=0.818;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=38;TCF=30;TCR=8;TR=12;WE=27004498;WS=27004480;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,17:0.41:41
chr4	27022455	rs16878701	G	A	607.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-2.587;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.826;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=3;PP=441;ReadPosRankSum=2.000;SC=CAAGACAAGTGAGACAAGGAC;SOR=1.144;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=73;TCF=62;TCR=11;TR=27;WE=27022463;WS=27022445;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,28:0.37:75
chr4	27022800	rs10031905	A	G	1310.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=36;PP=1134;SC=CCTACCGTAAACTTGCCACTC;SOR=3.716;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=5;TCR=36;TR=41;WE=27022808;WS=27022790;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr4	28372419	rs73117862	T	C	3056.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.472;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FS=3.099;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.59;ReadPosRankSum=1.300;SOR=0.916;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:84,141:0.63:225
chr4	28383260	rs7677693	A	G	722.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=4.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.762;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=3;PP=577;ReadPosRankSum=1.164;SC=GTTGTGTCTGAGGAAAAGGAC;SOR=1.270;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=39;TCF=34;TCR=5;TR=25;WE=28383268;WS=28383258;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,26:0.60:43
chr4	28395047	rs113791016	C	T	1102.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.827;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQ=59.93;MQRankSum=-0.406;NF=15;NR=22;PP=607;ReadPosRankSum=-0.209;SC=GGCACGGTGGCTCAAGCCTGT;SOR=0.716;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=58;TCF=23;TCR=35;TR=37;WE=28395055;WS=28395037;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,50:0.66:76
chr4	30132766	rs34540632	ATG	A	160.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.438;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FS=1.015;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.14;MQRankSum=3.529;QD=1.15;ReadPosRankSum=-0.343;SOR=0.908;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:115,25:0.18:140
chr4	30222301	.	AGT	A	67.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.324;ClippingRankSum=0.000;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=11.389;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.39;ReadPosRankSum=0.615;SOR=0.601;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,5:0.25:20
chr4	30222329	.	T	TGTGTATAG	419	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;FR=0.5000;HP=1;HapScore=3;MGOF=18;MMLQ=28;MQ=61.23;NF=12;NR=3;PP=419;QD=28.1333333333;SC=TGTGTGTGTGTAGACATATAT;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=23;TCF=18;TCR=5;TR=15;WE=30222341;WS=30222319;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:8,15:0.65:23
chr4	30279716	rs73223753	T	C	1734.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.236;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.59;MQRankSum=-0.454;QD=38.55;ReadPosRankSum=2.654;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,43:0.96:45
chr4	30279742	rs199704978	T	C	1845.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=57.80;QD=43.95;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr4	30279789	rs61794115	A	C	1134.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=55.96;QD=42.03;SOR=0.922;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr4	30341486	.	G	GGTGTGTGT	573	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;FR=0.5000;HP=3;HapScore=3;MGOF=33;MMLQ=24;MQ=59.75;NF=15;NR=9;PP=573;QD=24.125;SC=TGGAAACAGGGGTGTGTGTGT;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=36;TCF=22;TCR=14;TR=24;WE=30341494;WS=30341476;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:12,24:0.67:36
chr4	30341506	.	TGA	T	479.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.081;ClippingRankSum=0.000;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=17.003;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=17;PP=2992;ReadPosRankSum=2.220;SC=TGTGTGTGTGTGAGTGTGCGT;SOR=3.045;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=62;TCF=40;TCR=22;TR=44;WE=30341528;WS=30341496;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,27:0.38:72
chr4	30341514	rs28434177	C	T	480.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.168;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FS=19.920;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.10;MQRankSum=0.000;QD=6.59;ReadPosRankSum=3.381;SOR=3.172;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:46,27:0.37:73
chr4	30341520	.	A	AGTGTGCGT	461.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-2.632;ClippingRankSum=0.000;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=19.141;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=20;PP=2970;ReadPosRankSum=3.959;SC=TGTGCGTGTGAGTGTGTGCGT;SOR=3.041;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=70;TCF=41;TCR=29;TR=44;WE=30341528;WS=30341496;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,27:0.35:78
chr4	30480934	rs7655003	A	G	733.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.869;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.616;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.321;NF=20;NR=11;PP=317;ReadPosRankSum=0.552;SC=ACATATGTGCATATGTGTATA;SOR=0.446;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=90;TCF=63;TCR=27;TR=31;WE=30480942;WS=30480924;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,43:0.37:116
chr4	30481010	.	CAG	C	283.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.792;ClippingRankSum=0.000;DP=314;ExcessHet=3.0103;FS=1.497;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.03;MQRankSum=2.750;QD=0.97;ReadPosRankSum=-0.525;SOR=0.775;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:257,36:0.12:293
chr4	30725696	rs1047012	G	A	3665.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.333;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=575;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.544;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQ=60.02;MQRankSum=-0.728;NF=72;NR=71;PP=2087;ReadPosRankSum=-0.024;SC=TCATTGGCGTGGTTGCTGGCA;SOR=0.704;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=395;TCF=202;TCR=193;TR=143;WE=30725704;WS=30725686;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:366,196:0.35:562
chr4	30725987	rs977931	G	A	2695.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-1.158;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=359;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.802;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=45;PP=1542;ReadPosRankSum=-0.064;SC=GGCGATACAGGTCCGTTAATG;SOR=0.808;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=282;TCF=151;TCR=131;TR=102;WE=30725995;WS=30725977;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:220,133:0.38:353
chr4	30732274	rs3756025	G	T	987.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=2.942;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.004;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=11;PP=777;ReadPosRankSum=1.043;SC=TCTTAGCTCCGAAATCTCTAC;SOR=0.463;SbPval=0.23;Source=Platypus;TC=89;TCF=73;TCR=16;TR=46;WE=30732282;WS=30732264;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,43:0.45:96
chr4	30976765	.	TTG	T	176.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.898;ClippingRankSum=0.000;DP=84;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.13;MQRankSum=1.121;QD=4.91;ReadPosRankSum=-0.572;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,12:0.33:36
chr4	31107644	rs36105849	A	AT	149.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=1.131;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=1.603;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.99;ReadPosRankSum=2.638;SOR=1.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,9:0.36:25
chr4	31107645	rs34357233	A	AT	316.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=1.262;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.77;ReadPosRankSum=2.517;SOR=0.787;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,12:0.52:23
chr4	31107765	rs4580617	G	C	1150.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=2.075;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.699;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=15;PP=509;ReadPosRankSum=-3.264;SC=AAAATTCAAAGTATGTTTAAG;SOR=0.793;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=57;TCF=32;TCR=25;TR=34;WE=31107773;WS=31107755;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,58:0.51:113
chr4	31116254	rs34203962	AAC	A	446.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.222;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.42;ReadPosRankSum=0.757;SOR=0.976;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,19:0.83:23
chr4	31116375	rs10006845	A	G	561.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.297;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=9;PP=186;ReadPosRankSum=0.000;SC=AGAGAGGTGAACATATACAGC;SOR=0.604;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=29;TCF=10;TCR=19;TR=14;WE=31116383;WS=31116365;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,29:0.60:48
chr4	36069478	.	G	A	577.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-4.764;ClippingRankSum=0.000;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=0;PP=393;ReadPosRankSum=1.594;SC=TACACATAAAGATTGCATACA;SOR=0.340;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=29;TCF=29;TCR=0;TR=18;WE=36069486;WS=36069468;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,22:0.69:32
chr4	36081878	rs4833069	C	T	15514.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=597;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=178;NR=183;PP=2965;SC=CGTCTGAGTTCGTGAACTATC;SOR=0.710;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=361;TCF=178;TCR=183;TR=361;WE=36081886;WS=36081868;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,589:1.00:589
chr4	36109409	rs7688562	C	G	697.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=21;PP=616;SC=CATTTGAAAACATCTGTAGGC;SOR=4.804;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=23;TCF=2;TCR=21;TR=23;WE=36109417;WS=36109399;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr4	36121140	rs143366422	G	GT	570.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.910;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.41;ReadPosRankSum=-0.628;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,29:0.94:31
chr4	36122737	rs4832795	A	T	1042.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=30;NR=0;PP=782;SC=CTACAACATAAATATTTGTTG;SOR=7.054;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=32;TCF=31;TCR=1;TR=30;WE=36122745;WS=36122729;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr4	36126393	rs2271331	G	A	3463.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.486;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=71;NR=32;PP=1978;ReadPosRankSum=-1.079;SC=GAGTTCTTATGATACGTAGAA;SOR=1.537;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=106;TCF=73;TCR=33;TR=103;WE=36126401;WS=36126383;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,129:0.98:131
chr4	36126696	rs3817165	G	A	717.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=18;PP=506;SC=CATTTTAATAGGTGATACAAT;SOR=4.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=0;TCR=18;TR=18;WE=36126704;WS=36126686;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr4	36130099	rs6148397	T	TACACACACACACAC,TACACACACACACACAC	2219.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=3;MGOF=22;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=23;NF=18,18;NR=0,0;PP=406,54;SC=GTCTATATTATACACACACAC;SOR=5.486;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=28;TCF=27;TCR=1;TR=18,18;WE=36130107;WS=36130089;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.29,0.71:31
chr4	36130127	rs5009416	T	C	3689.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=49;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=77;NR=19;PP=2124;SC=CACACACACATATCTACAAAT;SOR=2.131;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=98;TCF=79;TCR=19;TR=96;WE=36130135;WS=36130117;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr4	36130375	rs5857473	TA	T	1716.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.130;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=11;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.603;NF=1;NR=73;PP=1065;ReadPosRankSum=1.018;SC=AACCTTTGTTTAAAAAAAAAA;SOR=0.693;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=96;TCF=2;TCR=94;TR=74;WE=36130384;WS=36130365;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:10,95:0.90:105
chr4	36130393	rs1397419	C	T	4059.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=18;NR=73;PP=2026;SC=AAAAGTTATACTTTAAAAGTC;SOR=2.833;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=91;TCF=18;TCR=73;TR=91;WE=36130401;WS=36130383;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr4	36148837	rs73225587	T	C	4935.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=95;NR=44;PP=2759;SC=TATTGTTTTCTCCCTCAAGAT;SOR=1.437;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=139;TCF=95;TCR=44;TR=139;WE=36148845;WS=36148827;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,185:1.00:185
chr4	36149025	rs1567483	G	A	5560.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=67;NR=83;PP=2965;SC=TTAAAACACTGTAATAAACAC;SOR=0.905;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=150;TCF=67;TCR=83;TR=150;WE=36149033;WS=36149015;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,206:1.00:206
chr4	36149113	rs1567484	C	T	4586.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=82;NR=54;PP=2965;SC=AAGGCTATCACTATTGTATGC;SOR=1.186;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=136;TCF=82;TCR=54;TR=136;WE=36149121;WS=36149103;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,156:1.00:156
chr4	36160340	rs1546495	G	T	4689.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=85;NR=42;PP=2344;SC=CTAAAAAGAAGAGAAAAAATA;SOR=1.402;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=127;TCF=85;TCR=42;TR=127;WE=36160348;WS=36160330;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,174:1.00:174
chr4	36162273	rs11431961	C	CA	1232.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.961;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.15;MQRankSum=0.283;QD=20.55;ReadPosRankSum=-1.498;SOR=0.293;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,59:0.98:60
chr4	36162923	rs2271330	G	A	893.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=24;NR=2;PP=623;SC=TTCTCAAAGAGTTACTACTAT;SOR=4.407;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=26;TCF=24;TCR=2;TR=26;WE=36162931;WS=36162918;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr4	36168706	rs3055951	CAAAA	C	1312.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.63;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=12;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=0;NR=15;PP=450;SC=TATAAAGAAACAAAAAAAAAG;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=0;TCR=15;TR=15;WE=36168717;WS=36168696;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr4	36211914	rs4394022	C	A	1065.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=30;NR=4;PP=839;SC=GTGTGTGTGGCGGTGGAGTGG;SOR=3.675;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=35;TCF=31;TCR=4;TR=34;WE=36211922;WS=36211904;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr4	36258197	rs7686575	T	C	3326.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=42;NR=34;PP=1399;SC=CTCACTTCCTTGCTTGTTCGC;SOR=0.810;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=76;TCF=42;TCR=34;TR=76;WE=36258205;WS=36258187;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr4	36261377	rs6833722	T	A	273.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=1.047;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.036;HP=6;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=2;PP=260;ReadPosRankSum=1.729;SC=CTTCATTTTTTAAAAAATATT;SOR=1.954;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=26;TCF=20;TCR=6;TR=13;WE=36261385;WS=36261367;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,17:0.47:36
chr4	36283313	rs7695130	A	C	1175.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=1.066;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.100;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=9;PP=795;ReadPosRankSum=-2.164;SC=TAACAATCACAAAGTTTGAAT;SOR=1.011;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=69;TCF=54;TCR=15;TR=45;WE=36283321;WS=36283303;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,49:0.64:77
chr4	36285929	rs6824507	A	C	3008.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=2.908;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.104;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=38;PP=1757;ReadPosRankSum=1.078;SC=ATGGACGTGTACTGGGGCAAG;SOR=0.797;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=148;TCF=82;TCR=66;TR=88;WE=36285937;WS=36285919;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,126:0.61:207
chr4	36292018	rs1995319	T	A	8870.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=2.356;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=341;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=115;NR=81;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.531;SC=CTGAGTGATGTTACTGGCCCC;SOR=0.318;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=196;TCF=115;TCR=81;TR=196;WE=36292026;WS=36292008;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,336:1.00:337
chr4	36317970	rs9995922	T	C	1846.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=2.893;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=308;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.349;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=33;PP=927;ReadPosRankSum=-0.004;SC=GAAACTATAGTTGCCCTCATT;SOR=0.896;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=186;TCF=86;TCR=100;TR=57;WE=36317978;WS=36317960;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:197,100:0.34:297
chr4	36340891	rs56246836	T	C	1597.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=2.145;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.204;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=45;PP=1074;ReadPosRankSum=1.609;SC=AGAAAGTGACTTTCCAATCAA;SOR=0.831;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=155;TCF=47;TCR=108;TR=66;WE=36340899;WS=36340881;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:118,77:0.39:195
chr4	37247021	rs892825	C	T	733.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-1.702;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.290;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=18;PP=473;ReadPosRankSum=0.498;SC=CCCTCGCTGGCCGGTTTTGCC;SOR=1.061;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=40;TCF=11;TCR=29;TR=24;WE=37247029;WS=37247011;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,28:0.60:47
chr4	37327583	rs73130327	A	C	2166.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.048;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=316;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.941;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=45;PP=1177;ReadPosRankSum=-0.251;SC=GACAGGCGCTAAGAGAAAATG;SOR=0.833;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=188;TCF=89;TCR=99;TR=79;WE=37327591;WS=37327573;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:194,117:0.38:311
chr4	37432416	rs2973217	A	C	2988.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=2.300;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=263;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=54;PP=1629;ReadPosRankSum=0.164;SC=CCTTTCCCTCAAGCCTATGGA;SOR=0.699;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=154;TCF=61;TCR=93;TR=91;WE=37432424;WS=37432406;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:125,137:0.52:262
chr4	37445315	rs4634233	C	A	3951.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.270;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=600;ExcessHet=3.0103;FS=0.541;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.64;ReadPosRankSum=2.597;SOR=0.600;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:374,221:0.37:595
chr4	37448377	rs375977707	G	A	1862.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.715;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=256;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=38;PP=1102;ReadPosRankSum=-2.137;SC=ATGGGGAGGAGGAGGATGAAA;SOR=0.700;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=188;TCF=89;TCR=99;TR=73;WE=37448385;WS=37448367;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:158,96:0.38:254
chr4	37590570	rs2279994	G	A	1861.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=4.297;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=368;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.892;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=45;PP=1214;ReadPosRankSum=-0.687;SC=TGTGATGAGCGTGGGGTCACT;SOR=0.610;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=242;TCF=114;TCR=128;TR=89;WE=37590578;WS=37590560;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:254,109:0.30:363
chr4	37592128	rs2973275	G	A	3325.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.096;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=416;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=61;PP=1621;ReadPosRankSum=2.443;SC=TGTGCTGCTGGCCTCAGAAGG;SOR=0.670;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=261;TCF=116;TCR=145;TR=112;WE=37592136;WS=37592118;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:234,170:0.42:404
chr4	37592674	rs937941	T	C	1864.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=17;NR=30;PP=690;SC=AGCATGCAGATGCATTTGCTC;SOR=1.091;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=17;TCR=30;TR=47;WE=37592682;WS=37592664;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
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chr4	37857166	rs6842360	A	G	860.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=2.325;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.126;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=7;PP=478;ReadPosRankSum=-1.448;SC=CTTATGCAAGAGAAGATATTG;SOR=1.191;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=72;TCF=51;TCR=21;TR=30;WE=37857174;WS=37857156;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,40:0.40:99
chr4	37863013	rs28402184	C	T	778.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=3.235;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=4;PP=532;ReadPosRankSum=0.379;SC=CTTTTTTTTCCTATTTAGTCC;SOR=0.618;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=84;TCF=73;TCR=11;TR=31;WE=37863021;WS=37863003;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,35:0.37:95
chr4	37863045	rs3832307	AT	A	2300.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.168;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.555;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.768;NF=28;NR=14;PP=1301;ReadPosRankSum=0.091;SC=TTATATTTTCATTGTCACTTG;SOR=0.755;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=123;TCF=72;TCR=51;TR=42;WE=37863053;WS=37863035;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:125,81:0.39:206
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chr4	37904228	rs11931763	T	A	622.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=3.457;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.620;HP=4;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=21;PP=418;ReadPosRankSum=0.526;SC=CTGAAATGAATAAGGAATTAA;SOR=1.166;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=67;TCF=12;TCR=55;TR=25;WE=37904236;WS=37904218;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,28:0.38:74
chr4	37922416	rs60244784	A	T	1172.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.977;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FS=2.810;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.34;ReadPosRankSum=-1.297;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:58,37:0.39:95
chr4	37922423	rs36075899	A	G	1044.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.497;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FS=0.869;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.01;ReadPosRankSum=0.020;SOR=0.563;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:57,30:0.34:87
chr4	37962186	rs6811863	G	C	14587.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.740;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=530;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NR=152;PP=2965;ReadPosRankSum=1.148;SC=GTTTTAACACGACGTTTTGGC;SOR=0.842;Source=Platypus;TCR=154;WE=37962194;WS=37962176;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,520:1.00:521
chr4	38016395	rs10501	T	G	8567.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=306;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=34;NR=214;PP=2965;SC=CAGGAGCCTGTGCGCAGGCCC;SOR=3.559;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=248;TCF=34;TCR=214;TR=248;WE=38016403;WS=38016385;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,299:1.00:299
chr4	38019867	rs74971654	G	A	264.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=3.796;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=2;PP=128;ReadPosRankSum=1.063;SC=TGATTTCTACGATGATAGAGT;SOR=0.569;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=35;TCF=27;TCR=8;TR=9;WE=38019875;WS=38019857;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,13:0.32:40
chr4	38022087	rs10015663	A	G	1516.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=2.238;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.275;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=12;PP=882;ReadPosRankSum=1.233;SC=CAACAAGAGTAAAATTCCATC;SOR=0.994;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=96;TCF=66;TCR=30;TR=47;WE=38022095;WS=38022077;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,66:0.51:129
chr4	38023279	rs61731607	G	C	3881.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.048;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.375;HP=3;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=34;PP=1132;ReadPosRankSum=2.146;SC=TAAGGCGCCAGCCCAGCTGTG;SOR=0.681;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=101;TCF=51;TCR=50;TR=73;WE=38023287;WS=38023269;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,99:0.71:140
chr4	38023294	rs61731610	G	A	4115.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.559;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.393;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=37;PP=1178;ReadPosRankSum=0.408;SC=GCTGTGTGAGGGCTGCCCCCT;SOR=0.534;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=104;TCF=51;TCR=53;TR=76;WE=38023302;WS=38023284;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,109:0.74:147
chr4	38053788	.	CTG	C,CTGTGTGTGTGTG	2119.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=0.754;ClippingRankSum=0.000;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=7.211;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.777;NF=1,1;NR=54,54;PP=2670,2274;ReadPosRankSum=0.689;SC=AGCAGAGCCACTGTGTGTGTG;SOR=2.833;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=103;TCF=4;TCR=99;TR=55,55;WE=38053799;WS=38053778;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.52,0.43:86
chr4	38053825	rs73810093	T	C	539.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-2.001;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.547;HP=2;HapScore=2;MGOF=85;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-1.380;NF=2;NR=34;PP=584;ReadPosRankSum=-1.482;SC=TGCGCGCGCGTGTGTGTCTTT;SOR=1.604;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=78;TCF=7;TCR=71;TR=36;WE=38053833;WS=38053815;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,31:0.39:80
chr4	38056022	rs190231459	C	T	296.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-3.332;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.979;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=10;PP=157;ReadPosRankSum=-0.512;SC=CCTGGGAGCCCCATCATATTG;SOR=0.324;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=34;TCF=4;TCR=30;TR=12;WE=38056030;WS=38056012;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,14:0.39:36
chr4	38062233	rs1364953	T	A	3268.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.586;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=262;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=43;PP=1410;ReadPosRankSum=0.720;SC=GCCTTCTCTCTTTTTCAGAAC;SOR=0.667;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=152;TCF=82;TCR=70;TR=93;WE=38062241;WS=38062223;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:100,151:0.60:251
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chr4	38138856	rs13110318	G	A	331.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.861;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.18;ReadPosRankSum=0.545;SOR=0.678;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:42,22:0.34:64
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chr4	38698924	rs36023504	C	T	8266.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-2.050;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=660;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.134;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=96;NR=137;PP=2962;ReadPosRankSum=0.322;SC=CCCCACTCACCTGGCTCTCTC;SOR=0.618;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=383;TCF=149;TCR=234;TR=233;WE=38698932;WS=38698914;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:258,387:0.60:645
chr4	38774785	rs10776482	A	G	2899.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.364;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=357;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.791;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=35;PP=1352;ReadPosRankSum=-2.599;SC=TTTATAGACAATCTGTTCTCA;SOR=0.593;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=213;TCF=129;TCR=84;TR=86;WE=38774793;WS=38774775;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:207,145:0.41:352
chr4	38774889	rs4129009	T	C	3281.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.896;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=528;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=51;PP=1392;ReadPosRankSum=-0.263;SC=TTAACATTAATAGCAGCTCGA;SOR=0.715;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=326;TCF=165;TCR=161;TR=104;WE=38774897;WS=38774879;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:332,184:0.36:516
chr4	38775040	rs10776483	A	G	1980.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.149;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=262;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.994;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.270;NF=35;NR=40;PP=1130;ReadPosRankSum=-0.210;SC=TAAGAATTATATGATCAGAAT;SOR=0.603;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=200;TCF=88;TCR=112;TR=75;WE=38775048;WS=38775030;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:156,98:0.39:254
chr4	38776107	rs11096955	T	G	1494.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=2.873;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.118;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=27;PP=896;ReadPosRankSum=-0.249;SC=GGCAGTTGGATAGTTCTTTTA;SOR=0.694;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=134;TCF=65;TCR=69;TR=55;WE=38776115;WS=38776097;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:136,74:0.35:210
chr4	38776180	rs11096956	C	A	1081.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.282;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.236;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=26;PP=659;ReadPosRankSum=1.342;SC=TAGGATAATTCGGGAAAAGCA;SOR=0.749;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=119;TCF=58;TCR=61;TR=48;WE=38776188;WS=38776170;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:117,61:0.34:178
chr4	38776491	rs11096957	T	G	1277.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.784;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.691;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=26;PP=725;ReadPosRankSum=-1.964;SC=GTCTTAGCATTTTCTAAACTA;SOR=1.077;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=114;TCF=52;TCR=62;TR=43;WE=38776499;WS=38776481;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:104,64:0.38:168
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chr4	38798935	rs5743614	C	T	2555.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.336;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=406;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.00;MQRankSum=-5.128;QD=6.44;ReadPosRankSum=0.067;SOR=0.716;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:265,132:0.33:397
chr4	38799710	rs4833095	T	C	1444.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.295;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.810;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=34;PP=943;ReadPosRankSum=0.021;SC=TAAGGTAAGATTTGATAACTT;SOR=0.569;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=167;TCF=67;TCR=100;TR=58;WE=38799718;WS=38799700;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:136,71:0.34:207
chr4	38829163	rs5743818	A	C	3577.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-1.835;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=280;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=58;PP=1597;ReadPosRankSum=-0.004;SC=ATGAAATAAAAGCATGAAACT;SOR=0.716;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=187;TCF=91;TCR=96;TR=110;WE=38829171;WS=38829153;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:108,167:0.61:275
chr4	38829832	rs3775073	T	C	7372.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.997;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=608;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.523;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=110;NR=113;PP=2962;ReadPosRankSum=1.562;SC=TGCAGTTTTCTTTATGTCTAC;SOR=0.660;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=377;TCF=189;TCR=188;TR=223;WE=38829840;WS=38829822;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:256,348:0.58:604
chr4	38830012	rs3821985	G	C	1639.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-2.832;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=36;PP=833;ReadPosRankSum=-1.618;SC=AAACGTTCTGGGTAAAGTTCA;SOR=0.686;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=107;TCF=41;TCR=66;TR=59;WE=38830020;WS=38830002;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,77:0.56:137
chr4	38830350	rs5743810	A	G	4355.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=67;NR=65;PP=2533;SC=AGTAAGGTTGAACCTCTGGTG;SOR=0.808;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=132;TCF=67;TCR=65;TR=132;WE=38830358;WS=38830340;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,163:1.00:163
chr4	38869562	rs75372916	G	A	134.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.062;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=1;PP=49;ReadPosRankSum=0.741;SC=CGCCTCGTCCGGGACCCACGA;SOR=0.941;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=13;TCF=8;TCR=5;TR=4;WE=38869570;WS=38869553;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,8:0.47:17
chr4	38879655	rs73236661	C	T	880.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.819;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.876;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=10;PP=573;ReadPosRankSum=0.847;SC=CTTAACAATTCGATGAAAGCA;SOR=0.893;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=59;TCF=38;TCR=21;TR=31;WE=38879663;WS=38879645;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,40:0.51:78
chr4	38879949	rs11096964	G	A	7257.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.003;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=652;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=108;NR=111;PP=2962;ReadPosRankSum=1.337;SC=CCCTCTCAATGGAGACGTGAC;SOR=0.705;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=400;TCF=202;TCR=198;TR=219;WE=38879957;WS=38879939;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:300,348:0.54:648
chr4	38880046	rs11555334	T	C	3659.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.828;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=321;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.178;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.527;NF=39;NR=73;PP=1465;ReadPosRankSum=-1.551;SC=CAGAATTATCTGGTAAGAATG;SOR=0.531;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=221;TCF=74;TCR=147;TR=112;WE=38880054;WS=38880036;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:136,177:0.57:313
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chr4	38880167	rs11938589	C	T	557.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-3.749;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=48;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.335;NF=1;NR=20;PP=443;ReadPosRankSum=3.550;SC=GTGACATCCCCTCTGTCATCA;SOR=0.569;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=31;TCF=1;TCR=30;TR=21;WE=38880175;WS=38880157;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,21:0.66:32
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chr4	38933726	rs4833106	A	G	615.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-1.882;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.083;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=1;PP=453;ReadPosRankSum=0.201;SC=GCTTGTAATCATCAGGTTAAC;SOR=2.679;SbPval=0.94;Source=Platypus;TC=49;TCF=44;TCR=5;TR=27;WE=38933734;WS=38933716;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,28:0.56:50
chr4	38937372	rs2271031	T	C	2006.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=2.094;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.467;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=26;PP=1026;ReadPosRankSum=-0.140;SC=AAGTGGCCTCTTTATCAAAGA;SOR=0.883;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=94;TCF=49;TCR=45;TR=59;WE=38937380;WS=38937362;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,90:0.67:134
chr4	38942697	rs11398065	C	CT	455.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.569;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FS=2.162;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.07;MQRankSum=1.108;QD=4.26;ReadPosRankSum=0.812;SOR=1.030;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:64,43:0.40:107
chr4	38944976	rs34903665	A	AT	1942.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.200;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=16;PP=1015;ReadPosRankSum=1.477;SC=ATAATCCAATATGGGGGGTGG;SOR=0.705;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=52;TCF=19;TCR=33;TR=27;WE=38944984;WS=38944966;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,64:0.56:114
chr4	38990334	rs3821986	C	T	1247.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.189;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.721;NF=36;NR=7;PP=745;ReadPosRankSum=2.134;SC=GTTTTATCTACGTTTTTATTC;SOR=0.797;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=68;TCF=55;TCR=13;TR=43;WE=38990342;WS=38990324;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,52:0.68:77
chr4	38995310	rs11721954	A	G	1562.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=1.867;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.855;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=7;PP=992;ReadPosRankSum=-0.858;SC=AATTTTACATATCTATATCGG;SOR=0.188;SbPval=0.22;Source=Platypus;TC=80;TCF=72;TCR=8;TR=48;WE=38995318;WS=38995300;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,59:0.66:90
chr4	38995374	rs10212770	T	C	4406.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-2.121;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=335;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=99;NR=37;PP=2330;ReadPosRankSum=0.307;SC=TATCCATCTCTAGGTGCAAAG;SOR=0.701;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=237;TCF=169;TCR=68;TR=136;WE=38995382;WS=38995364;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:132,200:0.60:332
chr4	39046586	rs111344840	CA	C	1272.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=19;NR=5;PP=1085;SC=GCTGCCCGGACAGGGTCTAGG;SOR=2.235;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=19;TCR=5;TR=24;WE=39046594;WS=39046576;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr4	39046651	rs76308346	C	G	1033.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.106;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.886;NF=25;NR=16;PP=579;ReadPosRankSum=0.790;SC=CCCCCGCCTCCCCCGCTCCTC;SOR=0.633;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=72;TCF=46;TCR=26;TR=41;WE=39046659;WS=39046641;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,51:0.57:89
chr4	39064126	rs2711942	G	C	1935.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=2.061;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.485;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=20;PP=1212;ReadPosRankSum=-1.529;SC=AGTAATTGTAGATATATATAT;SOR=1.088;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=108;TCF=74;TCR=34;TR=69;WE=39064134;WS=39064116;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,86:0.65:133
chr4	39064162	rs2711941	A	C	3557.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=3.318;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=251;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.505;HP=6;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=77;NR=42;PP=2109;ReadPosRankSum=-0.134;SC=TCCTTTACATATTTTTGTTGT;SOR=0.980;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=184;TCF=115;TCR=69;TR=119;WE=39064170;WS=39064152;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:94,156:0.62:250
chr4	39065091	rs2711940	G	A	448.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-1.418;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=4;PP=300;ReadPosRankSum=1.688;SC=GAAAGGTTTTGCAAAGAGATG;SOR=0.826;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=33;TCF=27;TCR=6;TR=19;WE=39065099;WS=39065081;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,20:0.53:38
chr4	39094738	rs2566149	G	A	5219.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.653;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=418;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.472;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=74;NR=74;PP=2295;ReadPosRankSum=0.474;SC=CCATCAACTGGTGAATGGATA;SOR=0.640;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=242;TCF=116;TCR=126;TR=148;WE=39094746;WS=39094728;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:171,245:0.59:416
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chr4	39109399	rs12508577	A	G	884.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.229;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=23;PP=505;ReadPosRankSum=-1.426;SC=CACCAAATTTATTAAGCTATA;SOR=0.715;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=70;TCF=24;TCR=46;TR=35;WE=39109407;WS=39109389;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,43:0.49:88
chr4	39114929	rs3796510	G	A	346.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.677;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.934;NF=4;NR=11;PP=257;ReadPosRankSum=1.432;SC=TTTGGAGAACGTGTTGGAGAA;SOR=0.760;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=25;TCF=7;TCR=18;TR=15;WE=39114937;WS=39114919;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,15:0.58:26
chr4	39114945	rs3839126	A	AG	358.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.755;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.808;NF=1;NR=11;PP=379;ReadPosRankSum=0.261;SC=GAGAATTGGAAGGGAAAGTCG;SOR=0.551;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=18;TCF=1;TCR=17;TR=12;WE=39114953;WS=39114935;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,14:0.67:21
chr4	39116775	rs10026775	A	T	2256.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=2.079;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.749;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=20;PP=1196;ReadPosRankSum=0.214;SC=AAATTTTCTTACAGATATGAT;SOR=0.920;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=119;TCF=81;TCR=38;TR=69;WE=39116783;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,101:0.58:175
chr4	39116911	rs3733276	T	C	4382.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.174;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=368;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=71;NR=69;PP=1993;ReadPosRankSum=-1.018;SC=ACCTTAATACTGTGGAGGCTT;SOR=0.679;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=245;TCF=126;TCR=119;TR=140;WE=39116919;WS=39116901;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:152,208:0.58:360
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chr4	39122577	rs3733274	A	G	1470.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-1.204;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.599;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=20;PP=573;ReadPosRankSum=0.428;SC=CTGGCATAGTAGTGTTGACAT;SOR=0.598;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=81;TCF=41;TCR=40;TR=39;WE=39122585;WS=39122567;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,74:0.49:152
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chr4	39217352	rs3733287	A	G	574.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=2.278;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.650;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=4;PP=447;ReadPosRankSum=0.876;SC=CTAGTAAGGAAAATATTTGAA;SOR=1.286;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=42;TCF=35;TCR=7;TR=24;WE=39217360;WS=39217342;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,24:0.55:44
chr4	39226486	.	AT	A	262.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.888;ClippingRankSum=0.000;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=1.177;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.87;ReadPosRankSum=0.304;SOR=0.465;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,25:0.46:54
chr4	39233719	rs113407055	T	TA	91.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.043;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=1.197;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.16;MQRankSum=1.562;QD=1.48;ReadPosRankSum=-1.193;SOR=0.481;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:46,16:0.26:62
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chr4	39242111	rs9998591	C	A	169.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-3.137;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.310;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=5;PP=92;ReadPosRankSum=-1.280;SC=TAGTTAAATCCTTTTAAAACA;SOR=0.082;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=12;TCF=1;TCR=11;TR=6;WE=39242119;WS=39242101;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,8:0.53:15
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chr4	39271541	rs3733280	A	G	2408.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.668;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=291;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.479;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=68;NR=23;PP=1360;ReadPosRankSum=0.615;SC=GGGTCCATAGAATGTCCTCAG;SOR=0.758;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=236;TCF=166;TCR=70;TR=91;WE=39271549;WS=39271531;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:169,116:0.41:285
chr4	39276623	rs11096989	A	AG	1582.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.397;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.181;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=19;PP=862;ReadPosRankSum=0.343;SC=TATTTCTCAAAGTATTTCCAA;SOR=0.521;SbPval=0.14;Source=Platypus;TC=72;TCF=10;TCR=62;TR=25;WE=39276631;WS=39276613;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,56:0.40:140
chr4	39279671	rs56151655	C	CA	371.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.460;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.04;ReadPosRankSum=0.508;SOR=0.675;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:56,36:0.39:92
chr4	39279724	rs12648082	T	C	2594.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.639;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=301;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.921;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=68;NR=33;PP=1577;ReadPosRankSum=-0.337;SC=TAAAGATGAATTTAACTCTTA;SOR=0.618;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=230;TCF=155;TCR=75;TR=101;WE=39279732;WS=39279714;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:165,131:0.44:296
chr4	39279907	rs2276888	A	G	5531.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.432;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=433;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=97;PP=2411;ReadPosRankSum=0.113;SC=CTTCCGAAGCATTCTTCTATT;SOR=0.712;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=282;TCF=112;TCR=170;TR=160;WE=39279915;WS=39279897;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:167,259:0.61:426
chr4	39301605	rs2066788	G	C	715.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-3.058;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.534;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=4;PP=476;ReadPosRankSum=0.282;SC=CTTAGTAAAAGCAGAGCCTGC;SOR=1.132;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=95;TCF=79;TCR=16;TR=31;WE=39301613;WS=39301595;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,35:0.33:106
chr4	39302029	rs2066786	T	C	2151.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.379;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.322;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=46;PP=897;ReadPosRankSum=-0.251;SC=CAACATCAAATGGGCCCTGAA;SOR=0.848;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=113;TCF=38;TCR=75;TR=68;WE=39302037;WS=39302019;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,101:0.63:161
chr4	39308187	rs2066789	G	A	748.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=2.834;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=4;PP=402;ReadPosRankSum=0.547;SC=TTATCTGTCCGACCACACTGT;SOR=0.822;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=42;TCF=32;TCR=10;TR=21;WE=39308195;WS=39308177;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,32:0.58:55
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chr4	39318706	rs2066790	A	G	807.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=0.464;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=21;PP=446;ReadPosRankSum=-0.992;SC=TTTAAAATACATATCTAGAAA;SOR=0.748;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=65;TCF=22;TCR=43;TR=31;WE=39318714;WS=39318696;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,41:0.53:78
chr4	39329102	rs11096992	G	A	561.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.756;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FS=1.738;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.68;ReadPosRankSum=-0.476;SOR=0.512;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:87,33:0.28:120
chr4	39343940	rs2306596	C	A	4425.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-2.818;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=377;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.265;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=82;NR=46;PP=2006;ReadPosRankSum=-0.458;SC=CACACGGCATCTCATATACCA;SOR=0.613;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=235;TCF=151;TCR=84;TR=128;WE=39343948;WS=39343930;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:161,204:0.56:365
chr4	39353122	rs4975007	C	T	3302.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=36;NR=37;PP=1307;SC=AGGAGATTCACGAATAAACAT;SOR=0.724;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=73;TCF=36;TCR=37;TR=73;WE=39353130;WS=39353112;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
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chr4	39439264	rs4975015	T	C	1502.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=2.348;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.961;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=15;PP=1111;ReadPosRankSum=-0.489;SC=CAATATGCTGTCCTCTGGCAT;SOR=0.286;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=79;TCF=61;TCR=18;TR=55;WE=39439272;WS=39439254;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,58:0.70:83
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chr4	39464993	rs139913111	C	A	190.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-1.679;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.951;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=2;PP=108;ReadPosRankSum=-1.238;SC=CATGAGCCAGCGCACTTGGTC;SOR=0.250;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=21;TCF=18;TCR=3;TR=8;WE=39465001;WS=39464986;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,10:0.37:27
chr4	39472946	.	C	CT	797.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.484;ClippingRankSum=0.000;DP=243;ExcessHet=3.0103;FS=4.737;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.61;ReadPosRankSum=1.206;SOR=1.211;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:97,76:0.44:173
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chr4	39501647	rs58175625	C	CA	190.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.361;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.47;MQRankSum=-0.655;QD=10.04;ReadPosRankSum=-1.060;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,12:0.63:19
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chr4	39505927	.	C	CA	275.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.374;ClippingRankSum=0.000;DP=192;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.60;ReadPosRankSum=-2.093;SOR=0.726;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:132,40:0.23:172
chr4	39511530	rs71645104	T	TA	175.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.112;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=242;ExcessHet=3.0103;FS=0.768;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.87;ReadPosRankSum=-0.204;SOR=0.553;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:163,38:0.19:201
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chr4	39606533	rs73240622	A	T	715.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=4.008;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.274;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=4;PP=503;ReadPosRankSum=-0.840;SC=GCCCGGTCACATTTTAATCAT;SOR=1.090;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=69;TCF=55;TCR=14;TR=27;WE=39606541;WS=39606525;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,31:0.39:80
chr4	39827204	rs200023345	CT	C	85.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.619;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=1.574;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.82;ReadPosRankSum=2.363;SOR=1.132;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,16:0.34:47
chr4	39827804	rs34109809	GT	G	997.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.554;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.19;MQRankSum=1.277;QD=6.48;ReadPosRankSum=-0.755;SOR=0.637;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:66,88:0.57:154
chr4	39851058	.	C	CAAAA	647.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.717;ClippingRankSum=0.000;DP=84;ExcessHet=3.0103;FS=1.585;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.26;MQRankSum=0.000;QD=8.52;ReadPosRankSum=1.194;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:44,32:0.42:76
chr4	39891783	.	T	G	458.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=2.186;ClippingRankSum=0.000;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=40.290;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=0;PP=336;ReadPosRankSum=1.444;SC=GGTTTTCAGGTATCTTTAGGA;SOR=6.322;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=42;TCF=37;TCR=5;TR=25;WE=39891791;WS=39891773;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,32:0.59:54
chr4	39900183	.	G	GA	58.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.036;ClippingRankSum=0.000;DP=169;ExcessHet=3.0103;FS=0.950;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.13;MQRankSum=2.967;QD=0.48;ReadPosRankSum=0.007;SOR=0.515;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:101,22:0.18:123
chr4	39910172	rs35396203	GA	G	2151.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.035;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.652;HP=9;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=67;PP=1239;ReadPosRankSum=0.117;SC=TGTAATAAGAGAAAAAAAACT;SOR=0.634;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=131;TCF=3;TCR=128;TR=69;WE=39910180;WS=39910162;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,115:0.65:176
chr4	39918635	rs71194939	T	TA	57.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.305;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.89;ReadPosRankSum=1.153;SOR=0.680;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:51,14:0.22:65
chr4	39921942	rs28449663	A	G	997.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.465;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FS=0.901;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.13;ReadPosRankSum=-0.485;SOR=0.879;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,45:0.59:76
chr4	39924372	.	TA	T	96.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.414;ClippingRankSum=0.000;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=1.342;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.55;ReadPosRankSum=-0.123;SOR=1.078;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,13:0.34:38
chr4	39929853	rs149442914	TA	T	658.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-0.994;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.059;HP=12;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=1.009;NF=18;NR=22;PP=394;ReadPosRankSum=-0.908;SC=GGATGTGATTTAAAAAAAAAA;SOR=0.519;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=70;TCF=31;TCR=39;TR=40;WE=39929862;WS=39929843;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,46:0.71:65
chr4	39930196	rs28643320	T	C	513.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=3.077;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.663;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=17;PP=340;ReadPosRankSum=-0.951;SC=AAAATTGCTATTTCATTTCAT;SOR=1.497;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=58;TCF=12;TCR=46;TR=19;WE=39930204;WS=39930186;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,23:0.37:63
chr4	40045687	rs17585937	C	T	2823.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.877;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=51;PP=1470;ReadPosRankSum=-0.077;SC=ACATTGCGGGCCACATTAGCG;SOR=0.682;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=129;TCF=49;TCR=80;TR=83;WE=40045695;WS=40045677;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,126:0.61:206
chr4	40045727	rs1704151	T	G	1873.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.449;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.668;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=38;PP=988;ReadPosRankSum=-1.933;SC=CTGGATGGCGTTCGGCGTCTT;SOR=0.614;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=96;TCF=36;TCR=60;TR=62;WE=40045735;WS=40045717;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,86:0.64:135
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chr4	40350763	rs10029872	T	C	467.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=2.522;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.761;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=1;PP=329;ReadPosRankSum=0.761;SC=ATTCCAGACTTCCGAGCCACA;SOR=2.400;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=40;TCF=35;TCR=5;TR=18;WE=40350771;WS=40350753;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,19:0.42:45
chr4	40356422	rs10009228	A	G	2688.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.017;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=293;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.426;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=47;PP=1196;ReadPosRankSum=-0.250;SC=AAGGCCACCAATTCCAAGGGG;SOR=0.742;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=190;TCF=90;TCR=100;TR=86;WE=40356430;WS=40356412;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:156,135:0.46:291
chr4	40428010	rs278981	T	C	1681.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.353;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=234;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.490;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=20;PP=588;ReadPosRankSum=-0.575;SC=CCTCCATACATGGCGGCCGCG;SOR=0.732;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=131;TCF=76;TCR=55;TR=51;WE=40428018;WS=40428000;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:139,91:0.40:230
chr4	40438576	rs2307046	A	G	12000.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=463;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=128;NR=157;PP=2965;SC=ATATACCACGACCAGCAGAAT;SOR=0.838;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=285;TCF=128;TCR=157;TR=285;WE=40438584;WS=40438566;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,455:1.00:455
chr4	40438931	rs12503550	T	C	1336.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=0.290;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.555;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=1.077;NF=25;NR=27;PP=740;ReadPosRankSum=1.317;SC=AAAACATTCATAGACTACCCA;SOR=0.532;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=144;TCF=65;TCR=79;TR=52;WE=40438939;WS=40438921;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:130,74:0.36:204
chr4	40440215	rs2291580	T	C	27400.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.940;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1035;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=299;NR=320;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.175;SC=CGATCTCAGGTTCGGCCCAGT;SOR=0.727;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=626;TCF=301;TCR=325;TR=619;WE=40440223;WS=40440205;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,1025:1.00:1029
chr4	40440854	rs1052153	G	C	10494.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=416;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=86;NR=176;PP=2965;SC=GCACCTTGGCGGAGGACCCGG;SOR=1.279;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=262;TCF=86;TCR=176;TR=262;WE=40440862;WS=40440844;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,400:1.00:400
chr4	40777961	rs2465571	C	A	180.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-2.287;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=7;NR=0;PP=116;ReadPosRankSum=0.524;SC=TTGGTTAGGTCTCTAATATTA;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=9;TCR=0;TR=7;WE=40777969;WS=40777957;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,8:0.80:10
chr4	40778146	rs2465570	C	T	4592.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=56;NR=51;PP=1931;SC=TCAATACAGGCTCATGGTACA;SOR=0.774;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=107;TCF=56;TCR=51;TR=107;WE=40778154;WS=40778136;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,177:1.00:177
chr4	40778162	rs2437323	T	G	4565.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=54;NR=53;PP=2063;SC=GTACACAGTTTCCCACATGTC;SOR=0.716;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=107;TCF=54;TCR=53;TR=107;WE=40778170;WS=40778152;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,174:1.00:174
chr4	40788210	rs2437314	T	C	5743.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.907;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=420;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.538;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.368;NF=70;NR=96;PP=2653;ReadPosRankSum=-1.188;SC=TATTCTGGGTTTGGACTGTGC;SOR=0.655;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=278;TCF=116;TCR=162;TR=166;WE=40788218;WS=40788200;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:160,260:0.62:420
chr4	40788544	rs2953325	A	G	2507.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=59;NR=16;PP=1850;SC=CAAGATTTGAAGAACTCATTG;SOR=2.331;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=75;TCF=59;TCR=16;TR=75;WE=40788552;WS=40788534;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr4	40809207	rs113167696	GA	G	815.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.994;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.192;HP=8;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=1.177;NF=1;NR=29;PP=503;ReadPosRankSum=1.327;SC=GGGAGGTAAGGAAAAAAAATC;SOR=1.311;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=62;TCF=4;TCR=58;TR=30;WE=40809215;WS=40809197;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,52:0.43:122
chr4	40810747	rs2261167	A	G	15141.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=568;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=188;NR=170;PP=2965;SC=GAAACCCATCAAGATTGTTCT;SOR=0.778;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=359;TCF=188;TCR=171;TR=358;WE=40810755;WS=40810737;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,561:1.00:561
chr4	40825819	rs3841555	TA	T	1713.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=1.823;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.583;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=33;PP=1313;ReadPosRankSum=-0.353;SC=TAAAGCCACTTACCACACTCA;SOR=1.106;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=79;TCF=9;TCR=70;TR=36;WE=40825827;WS=40825809;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,53:0.43:123
chr4	40832363	rs2437343	C	T	544.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=2.158;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=1;PP=232;ReadPosRankSum=-1.484;SC=AACAATCTGCCTACTTCTCCC;SOR=0.484;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=34;TCF=31;TCR=3;TR=15;WE=40832371;WS=40832357;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,22:0.52:42
chr4	40844199	rs1865605	T	C	2152.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.292;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=326;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.006;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=28;PP=1011;ReadPosRankSum=1.475;SC=GGAACGCAGATGCAATTCCAG;SOR=0.581;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=248;TCF=162;TCR=86;TR=85;WE=40844207;WS=40844189;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:197,116:0.37:313
chr4	40937219	rs5857759	GA	G	950.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.857;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FS=4.560;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.16;MQRankSum=0.928;QD=7.99;ReadPosRankSum=0.267;SOR=1.127;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:54,65:0.55:119
chr4	40946750	rs4327523	A	T	194.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=0.185;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=1;PP=56;ReadPosRankSum=0.310;SC=CATTACTGAGATTTCAAATGC;SOR=1.022;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=9;TCF=7;TCR=2;TR=5;WE=40946758;WS=40946742;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,9:0.69:13
chr4	40947139	rs12649306	A	G	490.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.646;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=1.203;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.74;MQRankSum=-0.906;QD=11.68;ReadPosRankSum=-2.295;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,22:0.52:42
chr4	41015823	rs2292234	G	A	4128.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=2.054;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=598;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.542;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=79;PP=2144;ReadPosRankSum=1.126;SC=GCAGCAAATCGCCATTCCCAA;SOR=0.769;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=358;TCF=164;TCR=194;TR=142;WE=41015831;WS=41015813;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:369,215:0.37:584
chr4	41015899	rs4861358	C	T	11698.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=436;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=124;NR=164;PP=2965;SC=GTGATTGCCTCGGTTCTGCTC;SOR=0.935;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=289;TCF=124;TCR=165;TR=288;WE=41015907;WS=41015889;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,431:1.00:431
chr4	41526250	rs10014221	G	A	1274.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-4.103;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=5;PP=933;ReadPosRankSum=-1.217;SC=CCAACTTGATGTTGGCAAAGC;SOR=0.682;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=80;TCF=72;TCR=8;TR=47;WE=41526258;WS=41526240;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,50:0.60:83
chr4	41526503	rs4266323	C	T	6576.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.184;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=525;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.152;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=73;NR=132;PP=2962;ReadPosRankSum=0.072;SC=CTGGTGAGTACGTGGAATTGA;SOR=0.584;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=349;TCF=119;TCR=230;TR=205;WE=41526511;WS=41526493;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:210,308:0.59:518
chr4	41607754	rs11943304	T	C	355.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=0.633;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.869;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=0;PP=219;ReadPosRankSum=0.491;SC=TTAAAGTGATTTTACATTTAA;SOR=2.012;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=27;TCF=24;TCR=3;TR=12;WE=41607762;WS=41607747;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,14:0.52:27
chr4	41611575	rs1105886	A	G	2517.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.297;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=378;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.837;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=38;PP=1029;ReadPosRankSum=-0.119;SC=AATGTTGAGCAGTAAAAGAGA;SOR=0.844;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=218;TCF=114;TCR=104;TR=86;WE=41611583;WS=41611565;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:226,140:0.38:366
chr4	41615249	rs66955637	A	AT	108.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.882;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.256;HP=7;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=7;PP=162;ReadPosRankSum=2.262;SC=TTATTTGGGGATTTTTTTAAA;SOR=0.097;SbPval=0.21;Source=Platypus;TC=37;TCF=8;TCR=29;TR=11;WE=41615257;WS=41615239;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,9:0.35:26
chr4	41615690	rs13146318	T	A	1178.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-5.248;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.347;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=40;PP=761;ReadPosRankSum=-0.872;SC=TAGGTTGGAGTCTTAATAAAC;SOR=0.258;SbPval=0.09;Source=Platypus;TC=133;TCF=22;TCR=111;TR=54;WE=41615698;WS=41615680;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:99,61:0.38:160
chr4	41629036	rs5857808	G	GGTGT	574.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=1.301;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.774;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=1.284;NF=1;NR=27;PP=604;ReadPosRankSum=-0.050;SC=AGGTGTGCATGGTGTGTGTGT;SOR=0.354;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=63;TCF=3;TCR=60;TR=28;WE=41629047;WS=41629026;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,17:0.33:51
chr4	41663621	rs17528897	G	A	2036.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=7;NR=45;PP=1374;SC=TGAGCCACAGGAAAGTAGTAA;SOR=2.636;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=52;TCF=7;TCR=45;TR=52;WE=41663629;WS=41663611;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr4	41663798	rs28510221	T	C	520.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=10;NR=6;PP=371;SC=ATAAAGAATATTGTGTTCTTC;SOR=1.179;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=10;TCR=6;TR=16;WE=41663806;WS=41663793;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr4	41663935	rs78605481	TAAA	T	5129.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=27;NR=32;PP=2591;SC=TAAAAATGAATAAAATAGTGC;SOR=1.188;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=63;TCF=30;TCR=33;TR=59;WE=41663945;WS=41663925;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr4	41668465	rs17444537	C	A	3251.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=86;NR=9;PP=2330;SC=TAAATGTTAACTGTTTGAACT;SOR=3.851;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=96;TCF=86;TCR=10;TR=95;WE=41668473;WS=41668455;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr4	41673604	rs11734372	T	C	3355.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=37;NR=40;PP=1154;SC=TCACCTGTTATGACACCTGTA;SOR=0.801;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=77;TCF=37;TCR=40;TR=77;WE=41673612;WS=41673594;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,135:1.00:135
chr4	41984118	rs2660320	C	T	18991.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=707;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=251;NR=227;PP=2965;SC=GCATCATCAGCCTGCGAACTC;SOR=0.757;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=478;TCF=251;TCR=227;TR=478;WE=41984126;WS=41984108;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,704:1.00:704
chr4	41985101	rs2660332	A	G	2107.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=56;PP=1578;SC=CGTGTTGTATATAGATCGCAT;SOR=3.258;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=62;TCF=6;TCR=56;TR=62;WE=41985109;WS=41985091;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr4	41992677	rs2581434	C	G	4632.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=55;NR=59;PP=2147;SC=GGATGTTACCCGGCTTGGCCG;SOR=0.727;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=114;TCF=55;TCR=59;TR=114;WE=41992685;WS=41992667;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,177:1.00:177
chr4	42003671	rs1047626	A	G	10902.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=436;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=127;NR=125;PP=2965;SC=CTTTTCAAACATGGTTCCCTG;SOR=0.736;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=254;TCF=129;TCR=125;TR=252;WE=42003679;WS=42003661;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,429:1.00:429
chr4	42003835	rs2581453	C	G	1988.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=15;NR=42;PP=1208;SC=TTTCTGTATACTGGAATAGTT;SOR=1.965;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=57;TCF=15;TCR=42;TR=57;WE=42003843;WS=42003825;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr4	42020142	rs2581423	A	G	1469.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=21;NR=17;PP=641;SC=AGGTATAGGCACAGAACTCAA;SOR=0.796;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=38;TCF=21;TCR=17;TR=38;WE=42020150;WS=42020132;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr4	42020347	rs2581422	A	G	1019.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=21;NR=9;PP=511;SC=ATTCTCTTACATATAAACTAA;SOR=1.556;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=21;TCR=9;TR=30;WE=42020355;WS=42020337;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr4	42022464	rs15857	C	A	2019.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=17;NR=27;PP=862;SC=GGGAGTATGGCTCAAAGTACA;SOR=0.948;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=44;TCF=17;TCR=27;TR=44;WE=42022472;WS=42022454;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr4	42024982	rs13107768	A	G	2564.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=20;NR=45;PP=1393;SC=AAAAGTGCAAACCAAATTTTG;SOR=1.464;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=66;TCF=20;TCR=46;TR=65;WE=42024990;WS=42024972;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr4	42025049	rs3213766	A	G	774.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=20;PP=610;SC=CTTTTTAAAAACAATATTTTT;SOR=2.670;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=5;TCR=20;TR=25;WE=42025057;WS=42025039;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr4	42025207	rs3213767	A	G	1875.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=46;NR=11;PP=1157;SC=ATGTTTCTCCAAAAGCACCTT;SOR=2.368;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=57;TCF=46;TCR=11;TR=57;WE=42025215;WS=42025197;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr4	42040947	rs12641900	C	T	8515.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=326;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=118;NR=93;PP=2965;SC=CCACCAGTTACAGTGCTTCTC;SOR=0.873;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=211;TCF=118;TCR=93;TR=211;WE=42040955;WS=42040937;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,323:1.00:323
chr4	42051257	rs7684837	A	G	772.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=12;NR=5;PP=437;SC=TGTTGGCATTATAGGTGTGAG;SOR=1.445;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=17;TCF=12;TCR=5;TR=17;WE=42051265;WS=42051247;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr4	42051608	rs4241696	T	G	459.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=14;PP=388;SC=GCTTGTGGGATAAAATAAAAG;SOR=4.047;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=16;TCF=1;TCR=15;TR=15;WE=42051616;WS=42051598;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr4	42065269	rs3804190	A	G	872.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=27;PP=707;SC=GTAGGGTTATATATCTATAGT;SOR=4.479;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=29;TCF=2;TCR=27;TR=29;WE=42065277;WS=42065259;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr4	42069029	rs12643893	T	C	3087.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=69;NR=25;PP=1956;SC=TGGATACTTATTAAAATGTTA;SOR=1.807;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=95;TCF=70;TCR=25;TR=94;WE=42069037;WS=42069019;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
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chr4	42127762	.	G	GT	86.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.948;ClippingRankSum=0.000;DP=90;ExcessHet=3.0103;FS=4.803;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.12;MQRankSum=0.000;QD=1.55;ReadPosRankSum=-0.227;SOR=0.245;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:43,13:0.23:56
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chr4	42403561	rs55934419	T	C	1717.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=52;PP=1240;SC=AAATTTCCCTTGTAACTGATC;SOR=4.943;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=54;TCF=2;TCR=52;TR=54;WE=42403569;WS=42403551;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr4	42457545	rs61735691	G	A	4926.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.987;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=360;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.037;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=113;PP=2693;ReadPosRankSum=-1.351;SC=AACTTACCACGTTATAGAGAC;SOR=0.862;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=258;TCF=85;TCR=173;TR=166;WE=42457553;WS=42457535;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:132,221:0.63:353
chr4	42466641	rs12647640	C	T	86.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=1.463;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=1;PP=62;ReadPosRankSum=0.052;SC=GAAAACGTCTCCATAAAGAAA;SOR=0.527;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=18;TCF=13;TCR=5;TR=5;WE=42466649;WS=42466631;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,5:0.26:19
chr4	42557859	rs145505019	C	CTAAA	85.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-0.188;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.222;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.809;NF=2;NR=0;PP=34;ReadPosRankSum=-0.856;SC=AACTAACTAACTAAATAAATA;SOR=0.124;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=11;TCR=1;TR=2;WE=42557867;WS=42557849;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,4:0.27:15
chr4	42571074	rs6845603	A	T	2978.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=30.40;SOR=2.608;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
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chr4	42582047	rs6447171	A	C	388.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.314;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.648;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=11;PP=210;ReadPosRankSum=-1.219;SC=ATGATTTAGCAATCTATACTT;SOR=0.150;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=40;TCF=3;TCR=37;TR=12;WE=42582055;WS=42582037;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,17:0.37:46
chr4	42592935	rs3833615	C	CA	2715.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.746;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FS=1.841;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.11;MQRankSum=0.441;QD=16.17;ReadPosRankSum=-1.359;SOR=0.508;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:23,145:0.86:168
chr4	42596461	rs77305935	TAC	T	251.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.389;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=8;PP=291;ReadPosRankSum=0.592;SC=AAGCATAGAATACACAGTAAA;SOR=1.179;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=0;TCR=19;TR=8;WE=42596470;WS=42596451;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,8:0.40:20
chr4	42602606	rs6819419	A	C	1243.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=10;NR=21;PP=641;SC=ATGAAATAATAATTTTAAACG;SOR=1.251;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=32;TCF=11;TCR=21;TR=31;WE=42602614;WS=42602596;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr4	42618234	rs9991435	T	C	123.78	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.921;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5130;FS=3.332;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=4;PP=69;ReadPosRankSum=-0.135;SC=TGTTAAAGTATACATTGATGG;SOR=2.303;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=7;TCF=2;TCR=5;TR=5;WE=42618242;WS=42618224;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,6:0.75:8
chr4	42626659	rs11306052	GA	G	947.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.516;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.25;MQRankSum=0.771;QD=12.15;ReadPosRankSum=-3.305;SOR=0.569;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,65:0.83:78
chr4	42627805	rs1460358	A	C	645.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=16;PP=436;SC=TCTGTTACTAACATATAAAAA;SOR=2.737;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=18;TCF=2;TCR=16;TR=18;WE=42627813;WS=42627795;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr4	42627836	rs2306004	C	T	73.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=2.655;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=31;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=4;PP=51;ReadPosRankSum=-0.040;SC=GAACATTTGCCGGCTGTTTCA;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=4;WE=42627844;WS=42627826;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,4:0.44:9
chr4	42629038	rs16854624	C	T	3454.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.486;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=285;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.324;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=52;PP=1521;ReadPosRankSum=0.639;SC=AGAATTTTGTCAGCTGGGGCT;SOR=0.634;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=184;TCF=90;TCR=94;TR=108;WE=42629046;WS=42629028;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:114,165:0.59:279
chr4	42659028	rs12503784	T	C	775.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-0.407;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=24;PP=466;ReadPosRankSum=1.354;SC=AGGGCAGAGCTGCCGCCGGGC;SOR=0.725;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=47;TCF=8;TCR=39;TR=30;WE=42659036;WS=42659018;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,36:0.60:60
chr4	42895308	rs78136490	G	A	2075.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-3.689;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.394;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=23;PP=1111;ReadPosRankSum=0.179;SC=GATGAAGCCAGAAAGTGACAG;SOR=0.361;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=112;TCF=79;TCR=33;TR=68;WE=42895316;WS=42895298;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,94:0.62:152
chr4	42895715	rs41493449	A	G	2883.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.112;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=234;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.085;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=52;PP=1294;ReadPosRankSum=-0.959;SC=CTAACTCACCATCTGAACACC;SOR=0.912;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=144;TCF=52;TCR=92;TR=78;WE=42895723;WS=42895705;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,134:0.60:224
chr4	42965159	rs10213360	A	C	7793.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-2.109;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=632;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.129;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=95;NR=136;PP=2962;ReadPosRankSum=0.305;SC=GGGGTAAGTAAGCTGCCCAGG;SOR=0.622;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=381;TCF=154;TCR=227;TR=231;WE=42965167;WS=42965149;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:246,375:0.60:621
chr4	43032612	rs4861050	G	A	1905.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.796;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.500;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=54;PP=1172;ReadPosRankSum=0.634;SC=CAATACTTTGGTTTATATATA;SOR=0.878;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=113;TCF=32;TCR=81;TR=74;WE=43032620;WS=43032602;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,84:0.62:136
chr4	44295839	rs13117500	G	A	1080.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.304;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FS=1.278;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.06;ReadPosRankSum=0.229;SOR=0.591;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:91,62:0.41:153
chr4	44295943	rs13145563	A	G	227.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=2.173;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=8;PP=148;ReadPosRankSum=0.751;SC=CATTTGTTTAACAATTTTCTT;SOR=0.631;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=22;TCF=4;TCR=18;TR=10;WE=44295951;WS=44295933;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,11:0.42:26
chr4	44626641	rs60959366	A	G	2126.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.812;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=7;PP=1615;ReadPosRankSum=0.218;SC=ACATGGCGCAACCAGACAGGA;SOR=2.073;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=61;TCF=54;TCR=7;TR=60;WE=44626649;WS=44626631;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,67:0.99:68
chr4	44626806	rs17600797	C	A	2856.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.132;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=442;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.145;HP=3;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=50;PP=1249;ReadPosRankSum=1.809;SC=CTGCCTGAAACGACGTGAAGA;SOR=0.789;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=262;TCF=126;TCR=136;TR=91;WE=44626814;WS=44626796;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:279,160:0.36:439
chr4	44626846	rs6838327	G	A	9852.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=373;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=90;NR=133;PP=2965;SC=AATGGACACCGAGAGGAAATC;SOR=0.932;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=223;TCF=90;TCR=133;TR=223;WE=44626854;WS=44626836;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,370:1.00:370
chr4	44631587	rs6813809	A	G	3563.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=21;NR=57;PP=1659;SC=AAAAAAGATAAATAATATGAT;SOR=1.410;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=79;TCF=22;TCR=57;TR=78;WE=44631595;WS=44631577;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,136:1.00:136
chr4	44651968	.	C	CA	285.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.118;ClippingRankSum=0.000;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=5.222;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.93;ReadPosRankSum=-0.362;SOR=1.668;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,28:0.48:58
chr4	44652187	rs1113098	C	G	426.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-0.562;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=12;PP=258;ReadPosRankSum=1.333;SC=TATTTACAAACATCAAATGAC;SOR=0.593;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=24;TCF=4;TCR=20;TR=15;WE=44652195;WS=44652177;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,18:0.62:29
chr4	44684438	rs2306993	A	G	1444.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.368;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.731;HP=1;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=28;PP=616;ReadPosRankSum=-0.610;SC=GGTAATTACAATGAGACAACA;SOR=0.604;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=76;TCF=28;TCR=48;TR=45;WE=44684446;WS=44684428;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,69:0.62:112
chr4	44684455	rs13117025	C	T	2398.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=21;NR=45;PP=1307;SC=AACAGTGTTGCTATTTCACTT;SOR=1.408;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=66;TCF=21;TCR=45;TR=66;WE=44684463;WS=44684445;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr4	44684507	rs9291245	C	T	834.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=32;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=23;PP=607;SC=TTGTACTATTCATTATATGAG;SOR=2.910;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=27;TCF=4;TCR=23;TR=27;WE=44684515;WS=44684497;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr4	44685224	rs112232487	T	TA	1509.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=4;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=10;NR=7;PP=741;SC=TTTATTATACTTCACATAATG;SOR=1.911;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=18;TCF=11;TCR=7;TR=17;WE=44685244;WS=44685214;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr4	44685225	rs58659516	T	A	1518.77	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=4;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=19;NR=7;PP=436;SC=TTATTATACTTCACATAATGG;SOR=1.675;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=28;TCF=19;TCR=9;TR=26;WE=44685244;WS=44685214;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr4	44685480	rs115479010	C	G	49.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.586;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=4;PP=33;ReadPosRankSum=0.084;SC=TTCCTTTGATCCTTATCAAAA;SOR=1.112;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=1;TCR=10;TR=4;WE=44685488;WS=44685470;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,4:0.36:11
chr4	44691795	rs11373408	T	TA	3180.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.477;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=339;ExcessHet=3.0103;FS=1.076;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.97;ReadPosRankSum=-0.160;SOR=0.789;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:101,218:0.68:319
chr4	44696538	rs12641137	C	G	2051.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=13;NR=29;PP=891;SC=CAAGTAAGTTCAATAGAAACT;SOR=1.194;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=42;TCF=13;TCR=29;TR=42;WE=44696546;WS=44696528;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr4	44699585	rs73815518	G	T	638.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-0.707;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=17;PP=353;ReadPosRankSum=0.205;SC=TTCCCTTTTTGAATAGGTAAA;SOR=0.709;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=57;TCF=20;TCR=37;TR=26;WE=44699593;WS=44699575;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,33:0.46:71
chr4	44709695	rs1491302	C	T	1007.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=28;NR=3;PP=810;SC=GAGATTTAACCCCACAGTCAC;SOR=4.047;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=31;TCF=28;TCR=3;TR=31;WE=44709703;WS=44709688;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr4	46042945	rs6447493	C	T	727.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-1.230;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.218;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=6;PP=481;ReadPosRankSum=2.146;SC=GTTACTGAAGCACAAAAGATT;SOR=0.929;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=50;TCF=40;TCR=10;TR=29;WE=46042953;WS=46042935;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,31:0.54:57
chr4	46066356	rs6838525	C	T	77.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-0.563;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.128;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=2;PP=56;ReadPosRankSum=-0.669;SC=GAACATAACTCACACTTTTGA;SOR=0.269;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=17;TCF=12;TCR=5;TR=5;WE=46066364;WS=46066346;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,5:0.25:20
chr4	46086060	rs976156	T	C	679.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.313;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FS=3.346;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.27;ReadPosRankSum=-1.864;SOR=0.726;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:86,43:0.33:129
chr4	46263862	rs35496835	A	AG	1680.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.230;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.052;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=7;PP=1604;ReadPosRankSum=0.673;SC=CTTTAATGTCAGTTTTTAGAA;SOR=0.418;SbPval=0.17;Source=Platypus;TC=91;TCF=77;TCR=14;TR=29;WE=46263872;WS=46263852;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,44:0.35:126
chr4	46263864	rs10938435	T	A	1689.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.893;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.029;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=7;PP=1612;ReadPosRankSum=0.413;SC=TTAATGTCAGTTTTTAGAAAC;SOR=0.401;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=110;TCF=94;TCR=16;TR=38;WE=46263872;WS=46263852;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,49:0.36:137
chr4	46314593	rs279858	T	C	3078.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.454;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FS=0.536;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.19;ReadPosRankSum=-1.946;SOR=0.757;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:68,149:0.69:217
chr4	46334702	rs279827	A	G	739.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.107;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.900;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=14;PP=358;ReadPosRankSum=-0.805;SC=AATACTGTCTAATATGAGAAA;SOR=0.436;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=43;TCF=19;TCR=24;TR=28;WE=46334710;WS=46334692;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,38:0.50:76
chr4	46334810	rs279828	A	C	184.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=2.638;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5094;FS=5.229;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=6;PP=119;ReadPosRankSum=1.019;SC=ATTCGGGAGTACTGGGTTTTA;SOR=3.383;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=6;WE=46334818;WS=46334800;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,7:0.70:10
chr4	46388044	rs11503015	A	G	1404.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.384;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.918;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=22;PP=821;ReadPosRankSum=1.088;SC=CTTAACTTTTAAAGGCATTAT;SOR=0.433;SbPval=0.25;Source=Platypus;TC=123;TCF=81;TCR=42;TR=53;WE=46388052;WS=46388034;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,67:0.43:157
chr4	46967279	rs2055943	C	A	2661.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.875;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=412;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.882;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=63;PP=1276;ReadPosRankSum=0.232;SC=GACAAAACACCTTACCATCAT;SOR=0.818;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=284;TCF=96;TCR=188;TR=91;WE=46967287;WS=46967269;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:266,142:0.35:408
chr4	46994972	rs3215202	GA	G,GAA	2937.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.842;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=317;ExcessHet=3.0103;FS=4.667;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.31;MQRankSum=1.486;QD=10.76;ReadPosRankSum=1.935;SOR=0.516;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:49,167,57:0.61,0.21:273
chr4	46995366	rs2229940	G	T	1989.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.622;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=364;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=34;PP=966;ReadPosRankSum=1.083;SC=CAAACCGCCAGGCACAGGAAG;SOR=0.702;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=227;TCF=133;TCR=94;TR=81;WE=46995374;WS=46995356;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:241,119:0.33:360
chr4	47033770	rs72416056	TCG	T	1881.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.898;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=423;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.891;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=2.094;NF=24;NR=90;PP=2962;ReadPosRankSum=3.906;SC=TTGTTGAATCTCGCTCTCTCT;SOR=0.618;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=241;TCF=62;TCR=179;TR=114;WE=47033781;WS=47033758;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:235,108:0.31:343
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chr4	47034103	rs67779259	AG	A	168.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.958;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FS=10.912;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.69;ReadPosRankSum=1.400;SOR=1.209;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:70,30:0.30:100
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chr4	47408838	rs6290	C	T	4187.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.519;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=501;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.525;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=75;PP=2112;ReadPosRankSum=0.731;SC=TGGAGTATGCCTTTGTAAATT;SOR=0.743;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=323;TCF=142;TCR=181;TR=134;WE=47408846;WS=47408828;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:287,209:0.42:496
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chr4	47524932	rs4475121	T	A	1035.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=24;NR=4;PP=748;SC=ACTTAATATATACTTTAAATT;SOR=3.056;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=28;TCF=24;TCR=4;TR=28;WE=47524940;WS=47524922;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr4	47524949	.	T	TA	35.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.515;ClippingRankSum=0.000;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.81;ReadPosRankSum=-0.351;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,8:0.18:44
chr4	47524997	rs11368204	CT	C	1941.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.241;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=14;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.363;NF=32;NR=26;PP=946;ReadPosRankSum=2.640;SC=ACTTGATATTCTTTTTTTTTT;SOR=0.774;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=79;TCF=47;TCR=32;TR=58;WE=47525017;WS=47524987;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:12,111:0.90:123
chr4	47525009	rs5858076	T	A	5755.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.07;QD=38.63;SOR=1.550;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,149:1.00:149
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chr4	47538360	rs13152689	T	C	1850.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=49;NR=4;PP=1316;SC=CCAACCAAAATGAATACTCTC;SOR=4.209;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=53;TCF=49;TCR=4;TR=53;WE=47538368;WS=47538351;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr4	47560859	rs79884646	A	C	571.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=16;NR=0;PP=439;SC=TTTAGTGTGGATAAAACTACT;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=16;TCR=0;TR=16;WE=47560867;WS=47560849;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr4	47582387	rs2351791	A	C	40037.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=0.825;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1540;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=421;NR=416;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.830;SC=TAATCTTACTACCTCCCCGTT;SOR=0.701;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=840;TCF=423;TCR=417;TR=837;WE=47582395;WS=47582377;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,1528:1.00:1532
chr4	47628448	rs61759683	G	A	3903.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.318;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=310;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.419;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=58;PP=1886;ReadPosRankSum=-0.928;SC=CATGTAAAGTGGTCCCATTGA;SOR=0.729;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=207;TCF=110;TCR=97;TR=123;WE=47628456;WS=47628438;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:126,183:0.59:309
chr4	47666981	rs17462881	A	G	2566.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=51;NR=21;PP=1573;SC=TCCAAACTCAACTAAGTCTTC;SOR=1.508;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=72;TCF=51;TCR=21;TR=72;WE=47666989;WS=47666971;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr4	47667064	rs11934749	T	C	6418.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.854;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=251;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=102;NR=58;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.194;SC=AGGAGGGATATGCTCGCCTGT;SOR=1.109;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=161;TCF=102;TCR=59;TR=160;WE=47667072;WS=47667054;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,243:0.99:245
chr4	47682174	rs10517195	A	G	21132.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=824;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=286;NR=246;PP=2965;SC=TGACCTCGTCAGACTTATCCA;SOR=0.820;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=533;TCF=286;TCR=247;TR=532;WE=47682182;WS=47682164;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,819:1.00:819
chr4	47839929	rs2289433	C	T	1705.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.091;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.140;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=25;PP=834;ReadPosRankSum=-0.839;SC=GGCTCTGCGGCAGCGCTCTTC;SOR=0.416;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=97;TCF=55;TCR=42;TR=54;WE=47839937;WS=47839919;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,79:0.58:137
chr4	47853843	rs6822668	T	C	3622.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=2.646;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=291;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.456;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=76;NR=33;PP=1854;ReadPosRankSum=-0.537;SC=AGGCCACTAGTCTTTAAAATG;SOR=0.744;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=198;TCF=133;TCR=65;TR=109;WE=47853851;WS=47853833;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:116,163:0.58:279
chr4	47880494	rs2289435	G	A	1850.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=3.331;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.976;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=13;PP=1189;ReadPosRankSum=0.444;SC=TTGAAAAAACGTTTCAAGAAT;SOR=0.569;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=102;TCF=83;TCR=19;TR=66;WE=47880502;WS=47880484;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,74:0.68:109
chr4	47881191	rs9997555	C	T	620.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.746;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=13;PP=294;ReadPosRankSum=0.759;SC=AAAATAATACCTAAAGATGCT;SOR=0.731;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=42;TCF=17;TCR=25;TR=21;WE=47881199;WS=47881181;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,31:0.53:59
chr4	47886319	rs12510002	A	C	1567.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.355;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FS=1.423;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.08;MQRankSum=-1.145;QD=11.53;ReadPosRankSum=0.672;SOR=0.847;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:58,78:0.57:136
chr4	47887536	rs2053404	T	C	7084.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-2.126;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=549;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.134;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=122;NR=99;PP=2880;ReadPosRankSum=0.235;SC=GCTTTATTAATGCTTGATCAT;SOR=0.588;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=354;TCF=202;TCR=152;TR=221;WE=47887544;WS=47887526;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:210,336:0.62:546
chr4	47887991	rs6818556	G	A	3199.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.495;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=265;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.501;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=61;PP=1665;ReadPosRankSum=0.086;SC=TCACATCTACGGTTTCTGGGC;SOR=0.600;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=190;TCF=81;TCR=109;TR=109;WE=47887999;WS=47887981;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:112,150:0.57:262
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chr4	47900186	rs145577149	CAAAT	C	1289.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-0.280;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=2.337;NF=0;NR=29;PP=1175;ReadPosRankSum=0.639;SC=TTTTCAATCACAAATAAACAA;SOR=0.840;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=54;TCF=1;TCR=53;TR=29;WE=47900197;WS=47900176;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,36:0.59:61
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chr4	47916346	rs6826122	C	G	552.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=13;PP=338;SC=TGCAGGGCGGCGACCGGGTTT;SOR=2.948;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=14;TCF=1;TCR=13;TR=14;WE=47916354;WS=47916336;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
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chr4	47945455	rs6819506	C	G	399.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.528;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.238;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=12;PP=267;ReadPosRankSum=-0.158;SC=ATATATCTGTCACATAATCAC;SOR=1.027;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=37;TCF=12;TCR=25;TR=17;WE=47945463;WS=47945445;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,20:0.45:44
chr4	47951945	rs1972883	G	A	4576.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.175;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=391;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.224;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=62;PP=1674;ReadPosRankSum=-0.646;SC=TGAAATCACAGTAGTCACCAT;SOR=0.487;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=235;TCF=104;TCR=131;TR=117;WE=47951953;WS=47951935;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:162,223:0.58:385
chr4	47953515	rs3845160	A	T	1496.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.347;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.225;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=33;PP=877;ReadPosRankSum=-0.900;SC=CAGAGAGAGAAGAGTTAATGT;SOR=0.981;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=83;TCF=33;TCR=50;TR=52;WE=47953523;WS=47953505;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,70:0.56:126
chr4	47973031	rs28475840	G	A	351.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.62;BaseQRankSum=-0.349;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.317;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=4;PP=127;ReadPosRankSum=-0.466;SC=AAATTAGCTGGAAATCGCTTG;SOR=0.473;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=19;TCF=13;TCR=6;TR=11;WE=47973039;WS=47973021;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,18:0.53:34
chr4	47973185	rs35234474	TTGTG	T,TTG	611.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.43;QD=33.99;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:0,13,5:0.72,0.28:18
chr4	48027311	.	G	A	1554.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.248;ClippingRankSum=0.000;DP=261;ExcessHet=3.0103;FS=1.024;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.07;ReadPosRankSum=0.896;SOR=0.784;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:170,86:0.34:256
chr4	48037926	rs13116684	A	G	18229.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.965;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=714;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=228;NR=221;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.808;SC=TTGCTCTGCCATCTTATTCCA;SOR=0.234;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=450;TCF=229;TCR=221;TR=449;WE=48037934;WS=48037916;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,701:1.00:702
chr4	48073501	rs906486	G	T	10810.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=408;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=139;NR=102;PP=2965;SC=TGCTGGGACTGCCAACCTTCA;SOR=0.888;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=242;TCF=140;TCR=102;TR=241;WE=48073509;WS=48073491;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,402:1.00:402
chr4	48076094	rs41265725	T	G	3488.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.676;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=287;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.055;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=61;PP=1722;ReadPosRankSum=-0.896;SC=ATTCAAAGCATATTGTGTTAA;SOR=0.568;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=180;TCF=59;TCR=121;TR=92;WE=48076102;WS=48076084;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:126,156:0.55:282
chr4	48078593	rs6850108	C	A	2545.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.445;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=341;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.280;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=53;PP=1233;ReadPosRankSum=-1.402;SC=TCTGTGTGTACCGCCAAGTCA;SOR=1.036;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=220;TCF=102;TCR=118;TR=91;WE=48078611;WS=48078583;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:202,135:0.40:337
chr4	48081896	rs11358014	CA	C	4355.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=1.388;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=237;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.230;HP=12;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.356;NF=76;NR=57;PP=2173;ReadPosRankSum=1.716;SC=AGGTATGATACAAAAAAAAAA;SOR=1.667;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=162;TCF=94;TCR=68;TR=133;WE=48081905;WS=48081886;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,220:0.98:224
chr4	48082208	rs2352590	T	C	5385.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=32;NR=105;PP=2965;SC=TGTTTGAACATAACTGGTAGT;SOR=1.838;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=137;TCF=32;TCR=105;TR=137;WE=48082216;WS=48082198;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,186:1.00:186
chr4	48088446	rs6858664	A	G	7328.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=283;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=155;NR=66;PP=2965;SC=ACACCAGGGCATGGTATGATA;SOR=1.576;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=222;TCF=155;TCR=67;TR=221;WE=48088454;WS=48088436;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,282:1.00:282
chr4	48107096	rs6825925	T	A	137.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=3.588;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=6;PP=125;ReadPosRankSum=0.522;SC=AGTGTTTTTTTAAATTCAGAT;SOR=0.473;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=0;TCR=14;TR=6;WE=48107104;WS=48107086;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,6:0.43:14
chr4	48139565	rs2661529	C	A	3609.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.251;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=273;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.461;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=60;PP=1647;ReadPosRankSum=-0.274;SC=ATCCATTCCACAAAACCTCTC;SOR=0.638;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=170;TCF=67;TCR=103;TR=100;WE=48139573;WS=48139555;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:105,165:0.61:270
chr4	48147612	rs2661547	T	G	2825.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.317;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.942;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=66;PP=1488;ReadPosRankSum=-0.380;SC=GGACAGAAAGTGAAAGTGTTC;SOR=0.532;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=152;TCF=40;TCR=112;TR=92;WE=48147620;WS=48147602;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,127:0.63:201
chr4	48148435	rs3749503	G	A	6057.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.287;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=468;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.531;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=81;NR=91;PP=2630;ReadPosRankSum=-0.479;SC=CAAAGAAAGCGTTGCAGTCAA;SOR=0.669;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=298;TCF=138;TCR=160;TR=172;WE=48148443;WS=48148425;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:182,284:0.61:466
chr4	48158524	rs882715	G	A	520.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-3.771;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=2;PP=418;ReadPosRankSum=-0.561;SC=CTAGAAACTGGATTTGTCAGC;SOR=0.538;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=30;TCR=3;TR=20;WE=48158532;WS=48158514;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,20:0.57:35
chr4	48165757	rs16861083	G	A	1836.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.839;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.242;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=28;PP=863;ReadPosRankSum=-2.230;SC=TTCCCGTTACGTAATTACTTG;SOR=0.639;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=83;TCF=42;TCR=41;TR=53;WE=48165765;WS=48165747;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,83:0.61:135
chr4	48165888	rs139950746	CTTA	C	1302.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.680;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.846;NF=1;NR=12;PP=561;ReadPosRankSum=-1.624;SC=TTGCTTAAAGCTTATTATAAG;SOR=0.671;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=30;TCF=1;TCR=29;TR=13;WE=48165898;WS=48165878;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,35:0.60:58
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chr4	48424058	rs17609614	C	T	7236.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.343;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=623;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.523;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=118;NR=80;PP=2943;ReadPosRankSum=-1.200;SC=CCTATGGTAGCATGAAAGATG;SOR=0.736;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=368;TCF=216;TCR=152;TR=198;WE=48424066;WS=48424048;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:274,346:0.56:620
chr4	48486193	rs6845250	C	G	4605.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=733;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=70;NR=97;PP=2376;ReadPosRankSum=1.652;SC=ATTCCTTGGGCATCTGTCTCA;SOR=0.688;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=436;TCF=181;TCR=255;TR=167;WE=48486201;WS=48486183;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:466,256:0.35:722
chr4	48487297	rs7676578	T	A	193.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.018;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.24;ReadPosRankSum=1.318;SOR=0.430;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,13:0.35:37
chr4	48491010	rs3811759	A	G	76.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.090;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=3;PP=28;ReadPosRankSum=1.803;SC=TCATATTTATAGCCTGTGGTA;SOR=1.329;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=3;WE=48491018;WS=48491000;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,4:0.40:10
chr4	48492434	rs10008444	G	C	6140.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=235;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=76;NR=83;PP=2965;SC=GCTGGCAGCAGCGCGGCAGGG;SOR=0.728;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=160;TCF=76;TCR=84;TR=159;WE=48492442;WS=48492424;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,230:1.00:230
chr4	48492722	rs117545505	C	T	1266.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.569;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.708;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=19;PP=493;ReadPosRankSum=-0.890;SC=AGTCCCCGGCCGGCCCCGGGG;SOR=0.611;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=81;TCF=42;TCR=39;TR=38;WE=48492730;WS=48492712;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,61:0.55:110
chr4	48493388	rs7340880	T	C	71.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=17.76;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
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chr4	48494924	rs17609740	G	A	5660.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.439;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=440;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=99;NR=96;PP=2962;ReadPosRankSum=1.758;SC=GTGTCAAGGCGATTTTAAGTT;SOR=0.716;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=318;TCF=160;TCR=158;TR=195;WE=48494932;WS=48494914;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:176,259:0.60:435
chr4	48496368	rs17472127	A	G	482.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.02;BaseQRankSum=1.212;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.129;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=19;PP=385;ReadPosRankSum=-1.586;SC=AAGGCAGTGTATTCTGAAAAA;SOR=1.781;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=37;TCF=1;TCR=36;TR=19;WE=48496376;WS=48496358;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,19:0.51:37
chr4	48516970	rs7434721	C	T	1295.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=27;NR=9;PP=727;SC=TAAACTGAAACAGAGGGGCAC;SOR=1.708;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=36;TCF=27;TCR=9;TR=36;WE=48516978;WS=48516960;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr4	48517352	rs7661515	C	A	354.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.643;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=10;PP=203;ReadPosRankSum=-0.231;SC=TTTTACAACACAATAAATAAG;SOR=0.616;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=22;TCF=3;TCR=19;TR=12;WE=48517360;WS=48517342;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,15:0.48:31
chr4	48529683	rs11356838	TA	T	1136.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.499;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FS=4.430;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.43;ReadPosRankSum=-3.653;SOR=1.211;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,83:0.76:109
chr4	48529733	rs4695385	G	A	1721.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=23;NR=35;PP=992;SC=TGCGTATGAGGTATCAGTACC;SOR=1.196;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=58;TCF=23;TCR=35;TR=58;WE=48529741;WS=48529723;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr4	48530069	.	G	GA	769.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.093;ClippingRankSum=0.000;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.600;HP=11;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.442;NF=24;NR=6;PP=361;ReadPosRankSum=-2.008;SC=TTCGCTAAAGGAAAAAAAAAA;SOR=1.593;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=55;TCF=41;TCR=14;TR=30;WE=48530077;WS=48530059;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,49:0.60:82
chr4	48537603	rs3838234	T	TAC,TACAC	614.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.754;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=2.509;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.37;ReadPosRankSum=0.930;SOR=0.275;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:7,10,23:0.25,0.57:40
chr4	48545814	rs10517225	A	T	1921.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=1.133;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=18;PP=945;ReadPosRankSum=0.002;SC=GAAAGAATATAAGGAAATACC;SOR=0.715;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=114;TCF=78;TCR=36;TR=58;WE=48545822;WS=48545804;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,88:0.54:164
chr4	48547041	rs952289	A	C	1327.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=3.247;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=39;PP=938;ReadPosRankSum=-0.570;SC=TAAATAGGTCACAGTCTACTA;SOR=0.709;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=85;TCF=15;TCR=70;TR=49;WE=48547049;WS=48547031;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,55:0.52:105
chr4	48558882	rs4694898	C	T	2223.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=59;NR=10;PP=1714;SC=GTCTTCATCCCGGCCCTTGCC;SOR=3.675;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=69;TCF=59;TCR=10;TR=69;WE=48558890;WS=48558874;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr4	48565101	rs13138269	A	T	226.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=2.384;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.803;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=10;PP=166;ReadPosRankSum=-1.495;SC=GCTTATAGGCATCTATCTTCT;SOR=1.995;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=38;TCF=12;TCR=26;TR=12;WE=48565109;WS=48565091;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,12:0.32:37
chr4	48577121	rs28558226	C	T	14562.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=563;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=174;NR=171;PP=2965;SC=AAAAAATGTACGAACATAGTT;SOR=0.708;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=345;TCF=174;TCR=171;TR=345;WE=48577129;WS=48577111;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,554:1.00:554
chr4	48578321	rs11414284	C	CT	55.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.393;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=2.522;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=4.29;ReadPosRankSum=-2.214;SOR=0.160;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,7:0.54:13
chr4	48582836	rs4695390	A	T	7025.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=266;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=107;NR=62;PP=2965;SC=TGTGTCTGTCATAAGTCTCAA;SOR=1.126;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=175;TCF=107;TCR=68;TR=169;WE=48582844;WS=48582826;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,257:1.00:257
chr4	48588742	rs34558821	C	T	2040.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.476;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=429;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=52;PP=1140;ReadPosRankSum=1.713;SC=GTTTTCTTTCCCCCCTGAAAA;SOR=0.669;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=260;TCF=110;TCR=150;TR=92;WE=48588750;WS=48588732;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:297,126:0.30:423
chr4	48591650	rs17656255	T	C	1051.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.511;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.838;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=3;PP=833;ReadPosRankSum=0.390;SC=CTGCAGCAGATAGAAACATGG;SOR=1.384;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=82;TCF=73;TCR=9;TR=41;WE=48591658;WS=48591640;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,43:0.50:86
chr4	48607938	rs2940319	T	C	440.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=6;NR=6;PP=205;SC=GAACACTCTGTCATTTTACCA;SOR=0.804;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=12;TCF=6;TCR=6;TR=12;WE=48607946;WS=48607928;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr4	48611149	rs2354348	A	G	227.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.733;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.16;ReadPosRankSum=0.950;SOR=0.569;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,12:0.32:37
chr4	48611153	rs776603	A	T	1174.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=26;PP=424;SC=CCTAATACATATGAAAATTCC;SOR=2.517;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=8;TCR=26;TR=34;WE=48611161;WS=48611139;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr4	48611639	rs5858122	G	GA	731.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.097;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.63;MQRankSum=0.634;QD=16.63;ReadPosRankSum=1.695;SOR=1.002;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:5,39:0.89:44
chr4	48625204	.	T	TA	73.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.972;ClippingRankSum=0.000;DP=106;ExcessHet=3.0103;FS=1.054;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.86;ReadPosRankSum=-0.337;SOR=0.463;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:69,17:0.20:86
chr4	48625212	.	AC	A	478	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;FR=1.0000;HP=7;HapScore=4;MGOF=9;MMLQ=28;MQ=59.85;NF=2;NR=12;PP=478;QD=35.3571428571;SC=ATTAAAAAAAACAAACATTAA;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=47;TCF=5;TCR=42;TR=14;WE=48625221;WS=48625194;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:33,14:0.30:47
chr4	48625213	rs776579	C	A	1601.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.492;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FS=2.621;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.63;ReadPosRankSum=-2.101;SOR=1.134;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:12,74:0.86:86
chr4	48655635	rs776580	T	A	3313.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=52;NR=32;PP=1706;SC=AACAGCTTTTTATCTATTTGG;SOR=1.133;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=84;TCF=52;TCR=32;TR=84;WE=48655643;WS=48655625;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr4	48655824	rs141132438	AAGCAGC	A	502.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.191;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FS=1.030;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.98;ReadPosRankSum=0.716;SOR=0.843;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:54,18:0.25:72
chr4	48851937	rs3761729	C	T	5484.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=121;NR=39;PP=2965;SC=CATTCAGTTACACTTTTTGTT;SOR=1.867;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=161;TCF=121;TCR=40;TR=160;WE=48851945;WS=48851927;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,195:1.00:195
chr4	48988450	rs3747690	C	A	3419.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-1.382;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=251;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.481;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=34;PP=1466;ReadPosRankSum=-0.901;SC=CGCGGCGATGCCCTCGCTGTG;SOR=0.742;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=159;TCF=98;TCR=61;TR=92;WE=48988458;WS=48988440;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:94,153:0.62:247
chr4	48988705	rs2572344	G	A	1085.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=25;PP=662;SC=TCTGCGAGGCGCCCGCGAGAG;SOR=1.981;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=7;TCR=25;TR=32;WE=48988713;WS=48988695;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr4	48990476	rs10537617	CT	C	3528.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.205;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=301;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.14;MQRankSum=1.011;QD=12.51;ReadPosRankSum=0.896;SOR=0.687;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:50,232:0.82:282
chr4	48994138	rs28678278	G	T	4730.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=42;NR=86;PP=2560;SC=TTTTCTCTTTGCAGAGCTTAC;SOR=1.272;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=128;TCF=42;TCR=86;TR=128;WE=48994146;WS=48994128;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,175:1.00:175
chr4	49019232	rs28610228	T	A	356.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.100;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.080;HP=7;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=9;PP=173;ReadPosRankSum=2.088;SC=TTATTTATTTTAAAAAAACCC;SOR=0.990;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=42;TCF=18;TCR=24;TR=14;WE=49019240;WS=49019222;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,20:0.36:56
chr4	49063872	rs1051447	C	A	1824.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=27;NR=21;PP=928;SC=AAACAACCATCATTTTCATAT;SOR=0.917;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=49;TCF=27;TCR=22;TR=48;WE=49063880;WS=49063862;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr4	52753273	.	CT	C	79.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.157;ClippingRankSum=0.000;DP=146;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.15;MQRankSum=1.798;QD=0.64;ReadPosRankSum=-0.252;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:98,26:0.21:124
chr4	52927229	rs784944	A	G	408.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=12;PP=313;SC=TTGAACAGGTAGAGATCAGAC;SOR=2.985;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=14;TCF=2;TCR=12;TR=14;WE=52927237;WS=52927219;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr4	52928352	rs34989037	GT	G	486.90	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.474;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=1.321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.48;MQRankSum=0.995;QD=8.25;ReadPosRankSum=0.100;SOR=1.071;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,46:0.78:59
chr4	52936206	rs201895827	TTA	T	70.25	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.42;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr4	52943176	rs375992709	C	T	7402.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=1.050;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=288;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=69;NR=92;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.403;SC=AGGCTGAGACCGTTCAGCGGA;SOR=0.868;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=164;TCF=71;TCR=93;TR=161;WE=52943184;WS=52943166;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,283:0.99:287
chr4	52945799	rs7689145	C	T	1238.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=33;NR=4;PP=914;SC=CTTTAACTTGCTTTGGCTCAC;SOR=3.664;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=37;TCF=33;TCR=4;TR=37;WE=52945807;WS=52945789;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr4	52946161	rs7657148	A	G	1925.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=47;PP=1294;SC=AAACAATTTAAGGAAAAGAAC;SOR=3.293;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=55;TCF=7;TCR=48;TR=54;WE=52946169;WS=52946151;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr4	52948834	rs35414474	C	G	421.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=9;PP=217;SC=AGAACTGATTCTTTTCTTTGA;SOR=3.126;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=9;WE=52948842;WS=52948824;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr4	52951213	rs147423128	CTT	C	2241.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=0.7273;FS=0.000;HP=14;HapScore=4;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;NF=1;NR=53;PP=575;SC=CTATGGTTGGCTTTTTTTTTT;SOR=2.215;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=61;TCF=1;TCR=60;TR=54;WE=52951224;WS=52951201;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,82:0.96:85
chr4	54011424	rs4864727	C	T	2614.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.215;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.100;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=20;PP=1505;ReadPosRankSum=-1.098;SC=CCTCCTCTTCCCAAAACAGTA;SOR=1.994;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=78;TCF=57;TCR=21;TR=75;WE=54011432;WS=54011414;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,93:0.98:95
chr4	54245476	rs1471596	A	T	445.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=12;PP=300;SC=GGTTGTGTGAAACAATGGTTC;SOR=4.047;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=0;TCR=12;TR=12;WE=54245484;WS=54245466;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr4	54248418	rs56007140	A	G	1639.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=27;NR=17;PP=775;SC=AATGCCTGACATGTATACTTA;SOR=1.127;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=44;TCF=27;TCR=17;TR=44;WE=54248426;WS=54248408;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr4	54250189	rs10012853	T	G	446.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=13;PP=332;SC=TCATCATGAATATACTTCTTT;SOR=4.047;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=14;TCF=1;TCR=13;TR=14;WE=54250197;WS=54250179;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
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chr4	54364673	rs2292578	T	C	1024.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.405;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=5;PP=761;ReadPosRankSum=-0.590;SC=CAGAGAGTCATAAAATGATAG;SOR=1.721;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=33;TCF=28;TCR=5;TR=32;WE=54364681;WS=54364663;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,35:0.97:36
chr4	54852693	rs149656971	CTTTTATTTTATTTTATTTTATTTTA	C	1623.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=10;PP=2992;SC=AGCCAGAGGTCTTTTATTTTA;SOR=1.270;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=5;TCR=10;TR=15;WE=54852725;WS=54852683;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr4	54876131	rs68107873	AC	A	703.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.399;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FS=2.756;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.84;MQRankSum=1.586;QD=7.04;ReadPosRankSum=1.244;SOR=0.442;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:45,55:0.55:100
chr4	54876132	rs4437313	C	A	344.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.075;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FS=1.869;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.84;MQRankSum=-2.208;QD=3.45;ReadPosRankSum=-0.920;SOR=0.924;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:71,29:0.29:100
chr4	54966667	rs3194383	C	T	14438.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=3.192;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=547;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=135;NR=184;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.456;SC=GCTGCCCGTCCCGCAAGAGCG;SOR=0.878;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=326;TCF=136;TCR=190;TR=319;WE=54966675;WS=54966657;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,540:1.00:542
chr4	54966830	rs13144341	G	A	5959.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=74;NR=74;PP=2965;SC=TCTGCTTAAGGGCCAGTTCTC;SOR=0.712;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=148;TCF=74;TCR=74;TR=148;WE=54966838;WS=54966812;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,212:1.00:212
chr4	54966919	rs1132998	T	C	9396.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.956;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=349;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=135;NR=87;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.821;SC=AGCACCACCATCACCATCATC;SOR=0.996;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=222;TCF=135;TCR=87;TR=222;WE=54966927;WS=54966909;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,344:0.99:346
chr4	54967214	rs6554148	C	T	1565.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=43;PP=1185;SC=TTAGTGTAACCGTAGAGTCAG;SOR=4.977;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=44;TCF=1;TCR=43;TR=44;WE=54967222;WS=54967204;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr4	54967709	rs2278142	C	A	2153.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=37;NR=20;PP=1031;SC=AGCACCTTGCCCGAGCCTTAC;SOR=1.236;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=57;TCF=37;TCR=20;TR=57;WE=54967717;WS=54967699;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr4	55125058	rs2303430	A	T	2328.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=1.719;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=5.482;HP=5;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=54;PP=1446;ReadPosRankSum=2.733;SC=GCATGGGTTTATTACCAGTAC;SOR=2.223;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=70;TCF=15;TCR=55;TR=68;WE=55125066;WS=55125048;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,87:0.96:91
chr4	55131001	.	T	TA	138.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.376;ClippingRankSum=0.000;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.67;ReadPosRankSum=-1.466;SOR=0.475;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,16:0.31:52
chr4	55141055	rs1873778	A	G	9752.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=0.630;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=388;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=102;NR=101;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.362;SC=CAATCAGCCCAGATGGACATG;SOR=0.725;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=203;TCF=102;TCR=101;TR=203;WE=55141063;WS=55141045;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,382:0.99:384
chr4	55146406	rs6148442	T	TTGTAGGTCCCCCAG	1005.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=12;NR=1;PP=2900;SC=ACCTGGCACATAATCATCATC;SOR=4.407;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=13;TCF=12;TCR=1;TR=13;WE=55146414;WS=55146405;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr4	55151711	rs2412559	C	A	5808.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=49;NR=103;PP=2965;SC=GGAGTGTGGACGGAGATGCTA;SOR=1.355;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=153;TCF=50;TCR=103;TR=152;WE=55151719;WS=55151701;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,211:1.00:211
chr4	55151958	rs3830355	T	TA	1699.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=18;NR=8;PP=1135;SC=GGTGATGCTATTCAGCTACAG;SOR=2.303;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=27;TCF=19;TCR=8;TR=26;WE=55151966;WS=55151948;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr4	55152284	rs4864872	T	G	755.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=20;PP=553;SC=TTGCCCAGGTTTGAGTGCCAG;SOR=3.528;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=22;TCF=2;TCR=20;TR=22;WE=55152292;WS=55152274;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr4	55153837	rs7695657	A	G	1617.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=34;PP=986;SC=TGCTGCAGCCACCTCAAACCA;SOR=2.221;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=45;TCF=11;TCR=34;TR=45;WE=55153845;WS=55153827;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr4	55156380	rs4864506	G	A	1487.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=40;NR=6;PP=1043;SC=GTAGTTTGGAGATATGTACAG;SOR=3.486;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=46;TCF=40;TCR=6;TR=46;WE=55156388;WS=55156370;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr4	55156400	rs2276948	A	G	2583.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=56;NR=14;PP=1617;SC=GTTAAATAATAGTAAGTTCTG;SOR=2.356;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=70;TCF=56;TCR=14;TR=70;WE=55156408;WS=55156390;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr4	55161254	rs3733540	C	T	3609.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=58;NR=38;PP=1765;SC=TAGTTCTGTGCAGGAGTTGTA;SOR=1.092;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=96;TCF=58;TCR=38;TR=96;WE=55161262;WS=55161244;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,140:1.00:140
chr4	55161391	rs7685117	T	C	4498.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=50;NR=68;PP=1862;SC=ACATGATGGATGACATCGGCA;SOR=0.917;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=118;TCF=50;TCR=68;TR=118;WE=55161399;WS=55161381;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,176:1.00:176
chr4	55599436	rs1008658	T	C	2577.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=17;NR=60;PP=1802;SC=TTTCCTGTGATTTTCATAATG;SOR=2.223;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=77;TCF=17;TCR=60;TR=77;WE=55599444;WS=55599426;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr4	55946081	rs4421048	A	G	1196.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=26;NR=12;PP=647;SC=TGTGATGTCCAGGAGTTGGGG;SOR=1.514;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=26;TCR=12;TR=38;WE=55946089;WS=55946071;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr4	55948108	rs2412617	A	G	2832.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=52;NR=24;PP=1602;SC=TCTTTTTAATATGGCTGAGTC;SOR=1.431;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=76;TCF=52;TCR=24;TR=76;WE=55948116;WS=55948098;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr4	55976947	rs5858314	T	TA	312.79	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.796;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.64;ReadPosRankSum=-1.074;SOR=1.519;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,18:0.90:20
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chr4	56447146	rs34437483	GA	G	159.75	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQ=61.34;NF=1;NR=5;PP=147;SC=TCAATGTCTAGAAAAAAACCG;SOR=1.863;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=1;TCR=5;TR=6;WE=56447154;WS=56447136;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr4	56447215	rs6817663	A	G	126.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=2;PP=56;SC=GAATCCCAGTACTTTGATAGG;SOR=1.022;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=5;TCF=2;TCR=3;TR=4;WE=56447223;WS=56447205;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr4	56465418	rs1387198	T	C	1836.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=22;NR=29;PP=827;SC=AGAAACAGATTGATGATTTAG;SOR=0.971;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=51;TCF=22;TCR=29;TR=51;WE=56465426;WS=56465408;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr4	56763170	rs10014018	A	G	178.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=1;NR=6;PP=127;SC=ATATCTTATAATCTTTTTTAG;SOR=2.584;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=1;TCR=6;TR=7;WE=56763178;WS=56763160;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr4	56877725	.	G	GT	78.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.114;ClippingRankSum=0.000;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.25;ReadPosRankSum=-0.827;SOR=0.582;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,12:0.34:35
chr4	57176964	rs371414283	CT	C	154.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.041;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FS=3.265;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.02;ReadPosRankSum=0.098;SOR=0.131;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:115,37:0.24:152
chr4	57181632	rs7672073	G	C	9915.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=367;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=122;NR=115;PP=2965;SC=GCTAAGCCCCGCCAGGAGTCT;SOR=0.749;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=238;TCF=122;TCR=116;TR=237;WE=57181640;WS=57181622;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,366:1.00:366
chr4	57182901	rs73159954	A	G	1410.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=14;NR=32;PP=901;SC=GAGGTGTCAGAGCCAGGGCAT;SOR=1.524;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=46;TCF=14;TCR=32;TR=46;WE=57182909;WS=57182891;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr4	57193762	rs6826795	G	A	784.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=22;NR=3;PP=544;SC=AAAATTTGTAGTGTGGCTGTG;SOR=2.753;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=25;TCF=22;TCR=3;TR=25;WE=57193770;WS=57193752;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr4	57208955	rs9996468	A	T	600.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=28.61;SOR=2.200;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr4	57215969	rs61978622	C	T	9627.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.838;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=359;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=114;NR=131;PP=2965;ReadPosRankSum=0.301;SC=TGATTAATGTCGCTGAGTTTC;SOR=0.780;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=247;TCF=115;TCR=132;TR=245;WE=57215977;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,357:0.99:359
chr4	57237689	rs145821547	T	C	10534.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.917;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=429;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=128;NR=117;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.501;SC=TGACGGAAGTTGGTACAATAA;SOR=0.783;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=245;TCF=128;TCR=117;TR=245;WE=57237697;WS=57237679;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:6,418:0.99:424
chr4	57248577	rs76949390	G	A	447.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=11;NR=0;PP=274;SC=GATGGGAGAAGGAAGGAATGT;SOR=4.047;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=11;TCR=0;TR=11;WE=57248585;WS=57248567;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr4	57248856	rs77837182	T	C	525.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=7;PP=171;SC=ATTTATTTTTTGTAGCAGCAT;SOR=0.874;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=4;TCR=7;TR=11;WE=57248864;WS=57248846;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr4	57261372	rs34605681	G	GA	1164.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=1.800;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=7.411;HP=13;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=5;PP=517;ReadPosRankSum=-1.023;SC=ATCCTTTTCAGAAAAAAAAAA;SOR=2.891;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=78;TCF=66;TCR=12;TR=52;WE=57261380;WS=57261362;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:11,65:0.86:76
chr4	57269646	rs112538106	A	AAAAG	3845.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=3;NR=47;PP=2683;SC=AACCATAATGAAAATAAGGCA;SOR=1.775;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=57;TCF=3;TCR=54;TR=50;WE=57269654;WS=57269636;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr4	57270197	rs7661712	T	C	596.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.87;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr4	57276619	rs2139512	G	C	244.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=0;PP=115;SC=AACCAGCCATGTGGTTTCCTA;SOR=2.093;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=5;TCR=0;TR=5;WE=57276627;WS=57276609;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr4	57312387	rs6816268	T	C	2692.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=46;NR=23;PP=1507;SC=ATGTTGTACATTCATCCCATT;SOR=1.313;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=69;TCF=46;TCR=23;TR=69;WE=57312395;WS=57312377;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr4	57325476	rs58975286	A	G	2194.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=40;NR=13;PP=1226;SC=AATTTTTTGTAAGGTTGTATT;SOR=1.670;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=54;TCF=40;TCR=14;TR=53;WE=57325484;WS=57325466;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr4	57333822	rs12513091	G	T	6717.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-0.566;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=269;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.102;HP=6;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=97;NR=107;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.025;SC=GCGGCAGCGGGGGGGTGTCAG;SOR=0.433;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=218;TCF=98;TCR=120;TR=204;WE=57333830;WS=57333812;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,256:0.99:259
chr4	57336054	rs33985780	C	CT	780.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.58;QD=23.66;SOR=3.193;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr4	57338188	rs4340842	A	G	1238.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=35;PP=924;SC=ACAGTTGCATATATAATGTGC;SOR=3.417;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=6;TCR=35;TR=41;WE=57338196;WS=57338178;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr4	57340109	rs4615235	T	C	1453.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=28;NR=12;PP=721;SC=TGATTGTTCATGTTATGCTGA;SOR=1.371;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=28;TCR=12;TR=40;WE=57340117;WS=57340099;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr4	57340592	rs11610	C	T	538.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=1.498;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=16;PP=406;ReadPosRankSum=0.665;SC=GTAAATATAACGTGCATATAA;SOR=2.303;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=2;TCR=17;TR=18;WE=57340600;WS=57340582;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,19:0.95:20
chr4	57356972	rs17086883	C	T	1597.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=1.591;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.693;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=41;PP=1044;ReadPosRankSum=0.310;SC=ATCAGTGTGACTGAAAAATGC;SOR=2.457;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=53;TCF=10;TCR=43;TR=50;WE=57356980;WS=57356962;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,57:0.95:60
chr4	57368200	rs10051	T	C	1049.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=20;PP=477;SC=TAGTGAGATATGGCCTACTGG;SOR=1.259;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=30;TCF=10;TCR=20;TR=30;WE=57368208;WS=57368190;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr4	57415157	.	C	CTT	788.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.570;ClippingRankSum=0.000;DP=85;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.43;ReadPosRankSum=-0.325;SOR=1.002;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,38:0.79:48
chr4	57418642	rs141216801	A	ATGGGATTTGTT	997.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.63;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=1;PP=2111;SC=CCCCCCTCCTATGAGCAGGAG;SOR=1.508;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=5;TCF=4;TCR=1;TR=4;WE=57418650;WS=57418632;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr4	57425520	rs76480778	A	AT	1916.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.335;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.365;HP=9;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=22;PP=1010;ReadPosRankSum=1.114;SC=CTAGCAATCAATTTTTTTTTA;SOR=1.227;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=75;TCF=50;TCR=25;TR=68;WE=57425528;WS=57425510;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:5,86:0.95:91
chr4	57686807	.	G	GT	210.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.152;ClippingRankSum=0.000;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=5.131;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.18;MQRankSum=1.180;QD=4.79;ReadPosRankSum=-0.644;SOR=0.202;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,18:0.41:44
chr4	57797414	rs3796529	C	T	4196.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.956;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.578;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=46;PP=2245;ReadPosRankSum=-0.426;SC=CAGAGGGAGCCACCTCCTCCC;SOR=0.655;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=112;TCF=64;TCR=48;TR=110;WE=57797422;WS=57797404;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,154:0.99:155
chr4	57798189	rs2227901	G	A	7034.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=268;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=79;NR=88;PP=2965;SC=CAGTCAAAGCGGCTAAGGGAG;SOR=0.771;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=171;TCF=81;TCR=90;TR=167;WE=57798197;WS=57798179;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,266:1.00:266
chr4	57830501	rs9996331	G	A	2790.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=63;NR=22;PP=1819;SC=ACAAAGTGCTGGGATTACAGG;SOR=1.832;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=85;TCF=63;TCR=22;TR=85;WE=57830509;WS=57830491;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr4	57839280	rs57265257	A	T	2489.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=54;NR=11;PP=1528;SC=AAGAAAAAGAAAGTAAATGTT;SOR=2.330;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=65;TCF=54;TCR=11;TR=65;WE=57839288;WS=57839270;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr4	57843320	rs4865167	A	G	4150.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=58;NR=50;PP=2153;SC=GCTCTGCCCCACAGCCCGAGC;SOR=0.785;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=108;TCF=58;TCR=50;TR=108;WE=57843328;WS=57843310;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,157:1.00:157
chr4	57857188	rs3733309	A	G	1228.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=31;PP=908;SC=TACTTACAGCACCGTCAATCA;SOR=2.948;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=6;TCR=31;TR=37;WE=57857196;WS=57857178;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr4	57861117	.	G	A	157	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;FR=1.0000;HP=6;HapScore=2;MGOF=48;MMLQ=26;MQ=60.33;NF=1;NR=7;PP=157;QD=23.9714015684;SC=AAAAAAGAAAGAAAGATTTTC;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=8;WE=57861125;WS=57861107;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr4	57871748	rs71657247	C	CTT	1943.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.913;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FS=5.996;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.44;ReadPosRankSum=0.780;SOR=1.739;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:9,91:0.91:100
chr4	57883175	rs1718866	G	C	1224.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=23;NR=4;PP=689;SC=TAAAATACTTGAGGAAGTAGA;SOR=1.828;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=27;TCF=23;TCR=4;TR=27;WE=57883183;WS=57883165;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr4	57889332	rs1718862	G	A	480.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=15;NR=0;PP=402;SC=TTCTGTGTGGGCTGTAGTATT;SOR=5.670;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=15;TCR=0;TR=15;WE=57889340;WS=57889331;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr4	57889677	rs1056364	C	T	5222.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.065;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=69;PP=2216;ReadPosRankSum=2.124;SC=TCAGAACTAGCGAGACGGGCA;SOR=0.499;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=116;TCF=46;TCR=70;TR=115;WE=57889685;WS=57889667;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,201:0.99:204
chr4	57898852	.	G	T	372.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=9;PP=252;SC=TAGAAGCAGTGCAAGTCCTGT;SOR=1.609;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=12;TCF=3;TCR=9;TR=12;WE=57898860;WS=57898842;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr4	57906986	rs3755906	A	T	2143.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=34;NR=20;PP=1084;SC=TCTGTGCCACAGACCTTGTTC;SOR=1.031;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=54;TCF=34;TCR=20;TR=54;WE=57906994;WS=57906976;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr4	62382943	rs335311	A	G	1419.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=32;NR=14;PP=916;SC=GGCGGCAGAGAGCAGCCTTGG;SOR=1.702;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=46;TCF=32;TCR=14;TR=46;WE=62382951;WS=62382933;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr4	62383315	rs335312	G	C	578.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=16;PP=470;SC=GGAAATGCCCGAAATGTGTCT;SOR=2.419;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=19;TCF=3;TCR=16;TR=19;WE=62383323;WS=62383305;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr4	62542879	rs1391319	G	C	438.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=10;NR=5;PP=266;SC=ATATGAATACGTGTTCTAACA;SOR=1.371;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=10;TCR=5;TR=15;WE=62542887;WS=62542869;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr4	62775479	.	ATG	A	997.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.26;SOR=2.073;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr4	62775485	rs201167151	G	A	999.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5282;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=3;NR=3;PP=332;SC=AATTATGTGTGTGTGTGTGTG;SOR=2.073;SbPval=0.04;Source=Platypus;TC=30;TCF=4;TCR=26;TR=6;WE=62775493;WS=62775469;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr4	62800554	rs2305339	G	A	2653.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=35;NR=23;PP=1057;SC=TCATCCTCTTGTAGGCAATGG;SOR=0.905;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=58;TCF=35;TCR=23;TR=58;WE=62800562;WS=62800544;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr4	62800624	rs61747658	A	G	3121.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.424;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=37;PP=1378;ReadPosRankSum=1.795;SC=AGACCTGACTACGAGTGATCA;SOR=0.420;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=75;TCF=37;TCR=38;TR=74;WE=62800632;WS=62800614;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,123:0.98:126
chr4	62800728	rs734644	T	C	1769.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=10;NR=24;PP=730;SC=TCAGGGAGAATACAGACAATA;SOR=1.196;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=34;TCF=10;TCR=24;TR=34;WE=62800736;WS=62800718;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr4	62845388	rs1397547	G	C	5104.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=85;NR=56;PP=2688;SC=GCTTTTTCCGGGGGCTCCAGA;SOR=1.066;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=141;TCF=85;TCR=56;TR=141;WE=62845396;WS=62845378;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,186:1.00:186
chr4	62845490	rs1397548	A	G	8373.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=325;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=85;NR=97;PP=2965;SC=CTGACCAACCAGTAAGCAACC;SOR=0.777;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=185;TCF=87;TCR=98;TR=182;WE=62845498;WS=62845480;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,321:1.00:321
chr4	62929182	.	CT	C	46.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.137;ClippingRankSum=0.000;DP=102;ExcessHet=3.0103;FS=2.282;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.11;MQRankSum=1.844;QD=0.47;ReadPosRankSum=0.987;SOR=0.390;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:79,20:0.20:99
chr4	62937355	.	G	GA	56.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.641;ClippingRankSum=0.000;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.18;MQRankSum=2.023;QD=1.05;ReadPosRankSum=-0.441;SOR=0.546;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:43,11:0.20:54
chr4	65145955	rs1483711	T	G	647.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=3;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=10;PP=247;SC=TTCTTTCTTATTTCTATGAAA;SOR=1.061;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=6;TCR=10;TR=16;WE=65145974;WS=65145945;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr4	65145966	rs5858871	T	TAA	551.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=3;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=7;PP=312;SC=TTCTATGAAATGTTATATTAG;SOR=0.836;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=7;WE=65145974;WS=65145945;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr4	65146700	rs10012755	A	G	1152.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=19;NR=13;PP=602;SC=TTTTCTCAGAAACCATTTATC;SOR=1.055;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=19;TCR=13;TR=32;WE=65146719;WS=65146690;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr4	65146711	rs1483709	T	C	1377.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=19;NR=16;PP=625;SC=ACCATTTATCTTAAAGATGCA;SOR=0.846;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=36;TCF=20;TCR=16;TR=35;WE=65146719;WS=65146690;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr4	65147404	rs10001161	T	C	128.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=31;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=4;PP=89;SC=GTATTTATAGTAACCTATTTT;SOR=1.981;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=0;TCR=4;TR=4;WE=65147412;WS=65147394;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
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chr4	65180308	.	GGTGTGTGTGT	G,GGT	2028.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.19;QD=40.57;SOR=1.519;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:0,11,39:0.22,0.78:50
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chr4	68416393	rs11436062	T	TA	192.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.237;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.22;ReadPosRankSum=1.142;SOR=0.593;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,17:0.55:31
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chr4	68436883	rs13111555	T	C	2230.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.35;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr4	68441091	rs2306810	T	C	4903.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.068;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=89;NR=39;PP=2766;ReadPosRankSum=0.672;SC=TGATCTTCCTTTATCTTTGCA;SOR=1.453;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=133;TCF=90;TCR=43;TR=128;WE=68441099;WS=68441081;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,175:0.99:177
chr4	68442968	rs11556614	A	G	2304.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=22;NR=29;PP=837;SC=TCATTCTTACAGTAACAGAGG;SOR=0.807;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=52;TCF=23;TCR=29;TR=51;WE=68442976;WS=68442958;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr4	68447200	rs2242331	A	G	7530.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.686;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=296;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=74;NR=112;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.954;SC=GTAAGTGCACAATGAACTGCA;SOR=1.037;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=188;TCF=75;TCR=113;TR=186;WE=68447208;WS=68447190;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,287:0.99:289
chr4	68496080	rs354866	G	A	1019.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=23;NR=5;PP=618;SC=ATCAAAAAGAGTGATTCTTAT;SOR=1.949;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=28;TCF=23;TCR=5;TR=28;WE=68496088;WS=68496070;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr4	68543221	rs75698186	T	G	382.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=29.44;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
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chr4	68777054	rs12646286	C	T	4902.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.868;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=79;NR=40;PP=2339;ReadPosRankSum=0.340;SC=TAACTTTTATCGTGAATTAGA;SOR=1.198;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=122;TCF=81;TCR=41;TR=119;WE=68777062;WS=68777044;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,182:0.99:184
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chr4	68780512	rs10025303	C	A	2681.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=15;NR=60;PP=1760;SC=GTGAAGTGAGCAGACTTTCCT;SOR=2.383;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=75;TCF=15;TCR=60;TR=75;WE=68780520;WS=68780502;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr4	68784774	rs353163	T	C	6683.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.755;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=263;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=80;NR=99;PP=2965;ReadPosRankSum=2.483;SC=CAAACAAATCTGGCGTATGTC;SOR=0.858;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=179;TCF=80;TCR=99;TR=179;WE=68784782;WS=68784764;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,260:0.99:262
chr4	68788694	rs353159	G	A	1606.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=9;NR=31;PP=993;SC=TGTAATTACAGGAAATGACCC;SOR=1.877;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=9;TCR=31;TR=40;WE=68788702;WS=68788684;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr4	68788719	rs2119382	T	C	859.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=21;PP=479;SC=CTTACTTGCCTGAAGACATTT;SOR=1.819;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=8;TCR=21;TR=29;WE=68788727;WS=68788709;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr4	68789693	rs149179048	GT	G	449.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=9;NR=2;PP=413;SC=CAGTCCATGAGTTAGAAAAAA;SOR=2.833;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=12;TCF=10;TCR=2;TR=11;WE=68789701;WS=68789683;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr4	68789778	rs6839279	G	T	1682.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.75;SOR=0.752;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr4	68810346	rs139010197	T	C	1487.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.488;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=27;PP=769;ReadPosRankSum=-0.142;SC=ATAGTACTCCTTTTTTTGGTC;SOR=1.162;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=43;TCF=13;TCR=30;TR=37;WE=68810354;WS=68810336;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,56:0.95:59
chr4	68812283	rs11930532	C	T	6062.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=234;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=60;NR=73;PP=2436;SC=TGCCAAATCCCACTGTCCTGA;SOR=0.802;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=133;TCF=60;TCR=73;TR=133;WE=68812291;WS=68812273;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,230:1.00:230
chr4	68812444	rs34591422	T	TAA	243.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;QD=22.16;SOR=3.912;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr4	68829207	rs6552134	G	A	3218.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=13;NR=69;PP=2020;SC=AGAAGTCTACGGCTCAAAGAA;SOR=2.707;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=82;TCF=13;TCR=69;TR=82;WE=68829215;WS=68829197;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr4	68904637	rs6552141	A	C	5594.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=86;NR=90;PP=2965;SC=GTCATCTCAAACCTCACAAAA;SOR=0.723;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=177;TCF=86;TCR=91;TR=176;WE=68904645;WS=68904627;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,199:1.00:199
chr4	68904834	rs9999589	T	G	2377.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=31;NR=38;PP=1589;SC=TTGACAACCTTTTTATTGACA;SOR=0.928;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=71;TCF=32;TCR=39;TR=69;WE=68904842;WS=68904824;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr4	68919617	rs10018943	G	A	3220.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=53;NR=33;PP=1582;SC=TAACTCATGGGCAATCCACAC;SOR=1.096;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=86;TCF=53;TCR=33;TR=86;WE=68919625;WS=68919607;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr4	68928740	rs1837215	G	A	3905.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.880;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=72;PP=2106;ReadPosRankSum=-0.873;SC=TTTCTGACACGCTCATTTGGG;SOR=1.218;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=116;TCF=42;TCR=74;TR=113;WE=68928748;WS=68928730;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,148:0.99:150
chr4	68934306	rs10004522	G	A	851.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=25;NR=2;PP=663;SC=ACTGTGAAAAGAAGGCTCACA;SOR=4.407;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=27;TCF=25;TCR=2;TR=27;WE=68934314;WS=68934296;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr4	68937917	.	T	TTA	41	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;FR=0.9990;HP=3;HapScore=2;MGOF=15;MMLQ=21;MQ=60.0;NF=1;NR=0;PP=41;QD=50.0;SC=TGCTGAGATTTTATATATATA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=2;TCF=2;TCR=0;TR=1;WE=68937925;WS=68937907;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:1,1:0.50:2
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chr4	69078113	rs4463136	T	C	6795.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.126;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=259;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=100;NR=66;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.053;SC=AGACCAATAGTTATTCCAAAG;SOR=0.351;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=168;TCF=102;TCR=66;TR=166;WE=69078121;WS=69078103;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,253:1.00:254
chr4	69083563	rs10008636	C	T	1449.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=25;NR=18;PP=821;SC=GGGAGTCATACTGGGGAGATA;SOR=0.846;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=43;TCF=25;TCR=18;TR=43;WE=69083571;WS=69083553;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr4	69094507	rs2319797	T	A	3614.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-1.494;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=44;PP=1501;ReadPosRankSum=-0.524;SC=CATAACATTGTATCAGTCACA;SOR=0.287;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=79;TCF=34;TCR=45;TR=78;WE=69094515;WS=69094497;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,138:0.99:139
chr4	69094575	rs2319796	T	G	1739.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=16;NR=27;PP=826;SC=CTTCAAAAAGTCTTCTTGAAG;SOR=1.112;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=43;TCF=16;TCR=27;TR=43;WE=69094583;WS=69094565;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr4	69094926	rs63181060	TTAAA	T	740.27	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.697;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5747;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.459;NF=10;NR=3;PP=650;ReadPosRankSum=1.704;SC=GATTGATTGATTAAATAGTTA;SOR=1.708;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=18;TCF=12;TCR=6;TR=13;WE=69094937;WS=69094916;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,19:0.95:20
chr4	69095197	rs12331141	T	C	1901.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=1.264;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=1.935;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=36;PP=1171;ReadPosRankSum=-1.366;SC=TTTACTACAATTCCAAAGTTG;SOR=1.257;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=57;TCF=19;TCR=38;TR=54;WE=69095205;WS=69095187;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,73:0.95:77
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chr4	69097150	rs5859125	TA	T	903.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=17;PP=483;SC=TTACGCATTATAAAAAAATAT;SOR=0.968;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=22;TCF=1;TCR=21;TR=18;WE=69097158;WS=69097140;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
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chr4	69972779	rs4257713	G	A	623.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=16;NR=4;PP=427;SC=TAGTCTTTGAGTAGTTCTTAT;SOR=2.303;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=16;TCR=4;TR=20;WE=69972787;WS=69972769;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
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chr4	70146704	rs7689398	G	A	8887.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.858;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=337;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=116;NR=90;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.132;SC=TGCTGGCTGCGCTACTTAACA;SOR=0.874;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=206;TCF=116;TCR=90;TR=206;WE=70146712;WS=70146694;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,334:0.99:336
chr4	70283908	rs2642841	T	A	1619.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=22;NR=33;PP=945;SC=AGCTTATTGATTATTTGTTAT;SOR=1.143;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=55;TCF=22;TCR=33;TR=55;WE=70283916;WS=70283898;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr4	70288954	rs2736507	C	T	1103.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=46.66;QD=25.67;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
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chr4	70346564	rs13142440	GA	TT	10598.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=58;NR=89;PP=2947;SC=AAGACTGCTCGATCAAGGGGC;SOR=0.976;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=153;TCF=60;TCR=93;TR=147;WE=70346573;WS=70346554;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,238:1.00:238
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chr4	70346711	rs28679647	G	C	3422.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=16;NR=36;PP=1143;SC=AATCCCAGCAGTTTCCGAGGT;SOR=1.516;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=53;TCF=16;TCR=37;TR=52;WE=70346719;WS=70346701;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr4	70352164	rs41297427	A	AATTATC	847.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=13;NR=3;PP=946;SC=AAATGCCAACAATTTATTCTT;SOR=2.419;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=16;TCF=13;TCR=3;TR=16;WE=70352172;WS=70352154;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr4	70352212	rs146944026	ATTTTAT	A	2059.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=16;NR=12;PP=1338;SC=AAGAAGTTTCATTTTATTTTT;SOR=1.814;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=32;TCF=20;TCR=12;TR=28;WE=70352225;WS=70352202;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr4	70355211	rs1845555	T	C	1436.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=18;NR=15;PP=525;SC=TTTCTTCTGATGTGTTACTGA;SOR=0.841;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=33;TCF=18;TCR=15;TR=33;WE=70355219;WS=70355201;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr4	70360752	rs13104687	C	T	5430.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=86;NR=38;PP=2619;SC=TTGATAAATTCATTACAAAAA;SOR=1.310;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=125;TCF=87;TCR=38;TR=124;WE=70360760;WS=70360742;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,199:1.00:199
chr4	70455478	rs2288741	G	T	867.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=22;PP=559;SC=ATAGTTACGTGGAGAAAATAT;SOR=2.165;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=28;TCF=6;TCR=22;TR=28;WE=70455486;WS=70455468;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr4	70462250	rs1967984	T	C	450.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=4;NR=10;PP=301;SC=CTAGTTTCTATATTTTTTTTT;SOR=1.609;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=4;TCR=10;TR=14;WE=70462258;WS=70462240;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr4	70465153	rs3775782	A	T	7484.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.724;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=287;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=78;NR=115;PP=2965;ReadPosRankSum=-2.085;SC=AAATTAGCTTATATGTTTGCT;SOR=1.032;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=195;TCF=79;TCR=116;TR=193;WE=70465161;WS=70465143;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,284:0.99:286
chr4	70501545	rs28560191	C	A	88.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=56.31;QD=22.01;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
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chr4	70592790	rs2292092	G	T	4328.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=1.726;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=54;PP=2148;ReadPosRankSum=1.592;SC=TTCTTCAGATGTGTGATTTAG;SOR=0.438;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=122;TCF=67;TCR=55;TR=119;WE=70592798;WS=70592780;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,167:0.98:170
chr4	70592915	rs11569729	G	A	3117.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.920;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=54;PP=1635;ReadPosRankSum=0.438;SC=GTCACCAGCCGTCCCTAAAGG;SOR=1.290;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=83;TCF=27;TCR=56;TR=80;WE=70592923;WS=70592905;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,116:0.98:118
chr4	70599073	rs1847366	C	T	2418.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=30;NR=31;PP=1169;SC=CAAATATCAACCCTTTTACAG;SOR=0.715;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=61;TCF=30;TCR=31;TR=61;WE=70599081;WS=70599063;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr4	70615308	rs1503723	G	A	726.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=19;NR=5;PP=484;SC=TACGTACAACGTGAGTGGGTA;SOR=2.303;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=19;TCR=5;TR=24;WE=70615316;WS=70615298;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr4	70620708	rs2134668	G	A	1537.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=34;NR=12;PP=1029;SC=ATTTAGAATGGTAATGATTTT;SOR=1.835;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=46;TCF=34;TCR=12;TR=46;WE=70620716;WS=70620698;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr4	70707945	rs1220724	A	G	428.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=10;PP=273;SC=CTCAATTTTAAGAATCAAATG;SOR=2.049;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=2;TCR=10;TR=12;WE=70707953;WS=70707935;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr4	70802218	rs962689	T	C	1462.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=24;NR=13;PP=695;SC=TCAATGAAATTTAAATTATGT;SOR=1.140;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=39;TCF=24;TCR=15;TR=37;WE=70802226;WS=70802208;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr4	70805829	.	TCACA	T	247.76	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.45;QD=35.39;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr4	70807747	rs62305467	T	C	1486.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-1.950;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=18;PP=522;ReadPosRankSum=-0.647;SC=TAAAACAGAATGTTTTCTCCT;SOR=0.223;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=36;TCF=17;TCR=19;TR=35;WE=70807755;WS=70807737;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,60:0.98:61
chr4	70807771	rs10030475	C	T	1353.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-1.914;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=18;PP=619;ReadPosRankSum=-0.751;SC=TAGCAAGCTGCCCATGCCCAG;SOR=0.311;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=32;TCF=13;TCR=19;TR=31;WE=70807779;WS=70807761;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,51:0.98:52
chr4	70808097	rs3775766	T	C	209.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=7;NR=0;PP=142;SC=CATTAGAAAATAAAAAGTGTT;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=7;TCR=0;TR=7;WE=70808105;WS=70808087;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr4	70826810	.	C	T	1196.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.534;ClippingRankSum=0.000;DP=79;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=20.63;ReadPosRankSum=0.252;SOR=0.560;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,56:0.97:58
chr4	70865621	rs17698678	G	A	386.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=3;NR=12;PP=296;SC=TCTCAAATATGTGTAGTAGTT;SOR=2.985;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=3;TCR=12;TR=15;WE=70865629;WS=70865611;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr4	70934964	rs4694266	A	G	469.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=11;PP=292;SC=CTTTTAGTCTATGATCAATGA;SOR=2.712;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=2;TCR=11;TR=13;WE=70934972;WS=70934954;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr4	70936305	rs17644242	C	T	1058.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=18;PP=465;SC=ATTGCTTGAACGTATGGGGAG;SOR=0.892;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=32;TCF=14;TCR=18;TR=32;WE=70936313;WS=70936295;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr4	70944452	rs1399812	G	A	1907.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=19;NR=24;PP=774;SC=AAGATGTCTTGTCTTTTCTTT;SOR=0.836;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=44;TCF=19;TCR=25;TR=43;WE=70944460;WS=70944442;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr4	70947318	rs2063819	C	T	6279.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=244;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=57;NR=106;PP=2965;SC=GTTTGCCCTTCTAAAAATATA;SOR=1.193;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=163;TCF=57;TCR=106;TR=163;WE=70947326;WS=70947308;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,237:1.00:237
chr4	70947376	rs2063820	T	A	2243.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=11;NR=56;PP=1635;SC=AAATGAAATTTAAAAAAGAAT;SOR=2.743;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=67;TCF=11;TCR=56;TR=67;WE=70947384;WS=70947366;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr4	70948533	rs7675265	T	C	1050.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.955;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.770;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=25;PP=721;ReadPosRankSum=-1.000;SC=TTAAATACTTTAGATAAATTC;SOR=1.788;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=38;TCF=12;TCR=26;TR=36;WE=70948541;WS=70948523;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,40:0.95:42
chr4	71008313	rs777398	G	T	1529.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=19;PP=646;SC=ATAGTTATCTGTTGTGCTAAA;SOR=1.140;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=30;TCF=10;TCR=20;TR=29;WE=71008321;WS=71008303;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr4	71008375	rs777399	T	C	880.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=22;PP=666;SC=CAAGTAGAAGTTGAAACAAAT;SOR=3.690;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=24;TCF=2;TCR=22;TR=24;WE=71008383;WS=71008365;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr4	71009033	rs777400	A	G	466.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=5;NR=14;PP=337;SC=TCATATTTTCATTTATAAAGT;SOR=1.981;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=19;TCF=5;TCR=14;TR=19;WE=71009041;WS=71009023;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr4	71020205	rs1709273	C	G	853.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.87;SOR=0.880;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr4	71021888	rs1709274	C	T	236.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=5;PP=110;SC=TACAGTGAAACTTAATGACTG;SOR=1.085;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=3;TCR=5;TR=8;WE=71021896;WS=71021878;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr4	71024010	rs111347259	T	TACAA	1788.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=18;NR=5;PP=1242;SC=ACAGGACAAATACAATCAACT;SOR=2.774;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=27;TCF=21;TCR=6;TR=23;WE=71024018;WS=71024000;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr4	71024425	.	CCCTGTTGCAGCTGAGCCTGCTGCAGAGGCACCTGTTGGAGCTGAGCCTGCTGCAGAGGCA	C	4118.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;ClippingRankSum=0.000;DP=178;ExcessHet=3.0103;FS=3.102;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.89;MQRankSum=0.000;QD=42.90;SOR=0.323;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,95:0.99:96
chr4	71065943	rs34093806	GA	G	548.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.149;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=2.764;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.26;MQRankSum=0.433;QD=16.14;ReadPosRankSum=-0.193;SOR=0.250;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,32:0.94:34
chr4	71067317	rs4694273	C	A	1010.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.64;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=8;NR=10;PP=319;SC=TGACCAGGAGCGCACCTCTAA;SOR=0.850;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=18;TCF=8;TCR=10;TR=18;WE=71067325;WS=71067307;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr4	71069004	rs3775757	G	T	3636.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-2.141;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.808;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=60;PP=1922;ReadPosRankSum=-0.750;SC=AAAAAAGTTGGCAGAGGAGCT;SOR=0.820;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=95;TCF=35;TCR=60;TR=94;WE=71069012;WS=71068994;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,136:0.99:137
chr4	71110639	rs13103289	G	A	2002.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.63;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=20;PP=571;SC=AGAAAATTTTGTTTAAGGGCT;SOR=0.850;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=14;TCR=20;TR=34;WE=71110647;WS=71110629;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr4	71115053	rs3775740	T	A	13050.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=2.257;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=505;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=143;NR=159;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.017;SC=CTGTTGAACCTACACCAGCTC;SOR=0.590;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=306;TCF=144;TCR=162;TR=302;WE=71115061;WS=71115043;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:9,492:0.98:501
chr4	71115152	rs3775738	T	C	9176.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-2.073;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=360;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=84;NR=143;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.178;SC=CAACCACAGTTGCAGTTACTC;SOR=0.397;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=228;TCF=84;TCR=144;TR=227;WE=71115160;WS=71115142;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,355:1.00:356
chr4	71115243	rs3775737	G	A	2815.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=13;NR=53;PP=1545;SC=GAGTAATTCCGACAAGAAGCA;SOR=1.969;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=66;TCF=13;TCR=53;TR=66;WE=71115251;WS=71115233;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr4	71201388	rs1351419	C	T	7366.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=279;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=105;NR=91;PP=2965;SC=ACTGATTCCACTATTCCTGAG;SOR=0.778;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=199;TCF=107;TCR=92;TR=196;WE=71201396;WS=71201378;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,267:1.00:267
chr4	71227802	rs1842478	A	G	2928.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=1.348;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=1.925;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=2.593;NF=54;NR=30;PP=1642;ReadPosRankSum=2.110;SC=CTGATCACCTATTGTGCTTAC;SOR=1.253;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=87;TCF=56;TCR=31;TR=84;WE=71227810;WS=71227792;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,109:0.96:113
chr4	71227998	rs1842477	A	T	2084.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.43;SOR=2.208;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr4	71228001	rs1842476	G	A	2059.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.78;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr4	71232388	rs10031844	G	A	12686.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-4.197;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=462;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.647;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=225;NR=101;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.348;SC=AGGCCCCAGGGGACCATATCC;SOR=0.089;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=332;TCF=230;TCR=102;TR=326;WE=71232396;WS=71232370;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:5,456:0.99:461
chr4	71232430	rs10024123	T	C	22535.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=871;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=321;NR=210;PP=2965;SC=TCCTCCACCATGTTTTCCTTT;SOR=1.006;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=534;TCF=321;TCR=213;TR=531;WE=71232438;WS=71232420;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,860:1.00:860
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chr4	71384488	rs28674149	C	T	4439.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=88;NR=31;PP=2558;SC=AGGTAGCAATCTGAAACATGA;SOR=1.750;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=119;TCF=88;TCR=31;TR=119;WE=71384496;WS=71384478;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,157:1.00:157
chr4	71388394	rs4123809	T	G	4558.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.549;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.541;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=85;NR=37;PP=2634;ReadPosRankSum=-0.589;SC=TTTGCATTGGTGGCAACCTGG;SOR=1.313;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=123;TCF=85;TCR=38;TR=122;WE=71388402;WS=71388384;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,164:0.99:165
chr4	71389497	rs3912756	C	G	3141.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.323;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=31;PP=1619;ReadPosRankSum=-0.675;SC=TCTGACAGGACTGTCAATTAC;SOR=0.399;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=85;TCF=54;TCR=31;TR=84;WE=71389505;WS=71389487;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,118:0.99:119
chr4	71389669	rs3912755	T	C	3252.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.369;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=1.882;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=53;PP=1645;ReadPosRankSum=1.234;SC=TTGTTTATATTATTTTAATAC;SOR=0.423;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=89;TCF=32;TCR=57;TR=84;WE=71389677;WS=71389659;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,123:0.97:127
chr4	71459248	rs3924573	A	G	3900.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=27;NR=85;PP=2588;SC=TATTGAGTCAAAAGCCATAGT;SOR=2.035;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=112;TCF=27;TCR=85;TR=112;WE=71459256;WS=71459238;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,134:1.00:134
chr4	71472164	rs72654387	T	C	17037.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.075;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=657;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=243;NR=184;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.193;SC=GCAGGGCTCCTTGCTCTCCCT;SOR=0.888;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=429;TCF=244;TCR=185;TR=427;WE=71472172;WS=71472154;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,637:0.99:641
chr4	71521931	.	CA	C	43.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.834;ClippingRankSum=0.000;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=1.859;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.34;MQRankSum=1.518;QD=1.41;ReadPosRankSum=-0.042;SOR=0.269;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,10:0.32:31
chr4	71570582	.	T	A	250.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=3;PP=77;SC=CGGCGGCTCCTCGCCCTGACC;SOR=0.859;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=7;TCF=4;TCR=3;TR=7;WE=71570590;WS=71570572;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr4	71691743	rs6814981	C	T	1385.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=30;NR=11;PP=836;SC=AACGCAGAAACACTATATTTT;SOR=1.848;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=30;TCR=11;TR=41;WE=71691751;WS=71691733;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr4	71691975	rs12508115	A	G	5431.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=51;NR=78;PP=2628;SC=GAGAGGTGGAACAGAAAGCAC;SOR=1.033;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=129;TCF=51;TCR=78;TR=129;WE=71691983;WS=71691965;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,202:1.00:202
chr4	71693494	.	CA	C	95.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.863;ClippingRankSum=0.000;DP=76;ExcessHet=3.0103;FS=1.151;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.33;ReadPosRankSum=0.122;SOR=0.487;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:53,19:0.26:72
chr4	71698183	rs4694081	C	A	9537.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=375;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=99;NR=154;PP=2965;SC=AAGAAAAAACCCAACAGGGAT;SOR=1.063;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=253;TCF=99;TCR=154;TR=253;WE=71698191;WS=71698173;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,364:1.00:364
chr4	71704965	rs3775728	C	T	10353.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=391;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=109;NR=97;PP=2965;SC=CGACCAGAGACTCGAGGCGAG;SOR=0.768;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=207;TCF=110;TCR=97;TR=206;WE=71704973;WS=71704955;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,388:1.00:388
chr4	71705262	rs6813092	A	G	1180.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=18;NR=13;PP=595;SC=CGGAGGGCAGAGTAGGACGCG;SOR=0.883;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=32;TCF=18;TCR=14;TR=31;WE=71705270;WS=71705252;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr4	71768079	rs1871048	C	G	3100.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=57;NR=29;PP=1515;SC=CGCCCCCTCCCCCTGCCATTG;SOR=1.304;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=86;TCF=57;TCR=29;TR=86;WE=71768087;WS=71768069;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr4	71864013	rs6446988	A	G	233.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=8;PP=189;SC=CTTTAGGTATATATCTTCATC;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=8;WE=71864021;WS=71864003;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr4	71892513	rs1486271	A	T	1226.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=15;NR=15;PP=619;SC=TGTTTTTTCTAAAAAAGTGTA;SOR=0.737;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=30;TCF=15;TCR=15;TR=30;WE=71892521;WS=71892503;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr4	71894563	rs12513202	C	T	667.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.74;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr4	71895260	rs4643786	C	T	236.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=9;PP=221;SC=AACTTTTTGACCAGTTTCTTT;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=9;WE=71895268;WS=71895250;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr4	72316822	rs10022349	C	T	839.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=21;NR=5;PP=580;SC=ACTCCATCTCCCCATTAGCCA;SOR=2.468;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=27;TCF=21;TCR=6;TR=26;WE=72316830;WS=72316812;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr4	72411967	rs4694097	A	G	383.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=4;PP=253;SC=CAAGCAAAGCAAGTCAGTTTC;SOR=1.911;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=10;TCR=4;TR=14;WE=72411975;WS=72411957;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr4	72413281	rs2278893	T	C	2062.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.343;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.811;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=14;PP=1176;ReadPosRankSum=2.883;SC=ATTTTGTCAATGTGTAGTTTT;SOR=1.802;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=56;TCF=42;TCR=14;TR=55;WE=72413289;WS=72413271;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,76:0.97:78
chr4	72423624	rs1453474	C	T	3642.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=30;NR=50;PP=1600;SC=TTTAATTGAACGTACCTGTGA;SOR=1.105;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=80;TCF=30;TCR=50;TR=80;WE=72423632;WS=72423614;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,136:1.00:136
chr4	72425863	rs1453458	C	T	5970.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=236;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=64;NR=80;PP=2656;SC=TCTCCCAGCACGACCTCAGCT;SOR=0.862;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=145;TCF=64;TCR=81;TR=144;WE=72425871;WS=72425853;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,228:1.00:228
chr4	72429433	rs6812916	G	A	1211.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=44;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=36;NR=2;PP=971;SC=TATAGAAAACGGTTTGATCGA;SOR=5.084;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=38;TCF=36;TCR=2;TR=38;WE=72429441;WS=72429423;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr4	72429452	rs2290397	G	A	2012.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=31;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=54;NR=9;PP=1518;SC=GATGCTAGGAGATAGGAAGGG;SOR=3.327;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=64;TCF=54;TCR=10;TR=63;WE=72429460;WS=72429442;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr4	72432991	rs965606	A	C	656.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=18;PP=546;SC=CCTAGTTACTATTACAAATAA;SOR=3.716;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=20;TCF=2;TCR=18;TR=20;WE=72432999;WS=72432981;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr4	72433545	rs1062677	A	C	696.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=9;NR=5;PP=232;SC=TCAAATTAGAATAGAACTTGA;SOR=0.997;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=14;TCF=9;TCR=5;TR=14;WE=72433553;WS=72433535;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr4	72433759	rs1453453	C	T	201.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=6;PP=133;SC=CTTGCATAGACACAATCAAGA;SOR=1.863;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=1;TCR=6;TR=7;WE=72433767;WS=72433749;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr4	72618296	rs9016	T	C	3717.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=47;NR=44;PP=1461;SC=AAAGTCTGAGTGCTTGTTAAC;SOR=0.721;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=92;TCF=48;TCR=44;TR=91;WE=72618304;WS=72618286;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,144:1.00:144
chr4	72618334	rs7041	A	C	4080.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=46;NR=52;PP=1964;SC=TGGGTGTGGCATCAGGCAATT;SOR=0.774;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=98;TCF=46;TCR=52;TR=98;WE=72618342;WS=72618324;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,152:1.00:152
chr4	72620865	.	C	CTATTTATTTATT	2219.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=0;NR=24;PP=949;SC=TATATATTTCCTATTTATTTA;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=61;TCF=0;TCR=61;TR=24;WE=72620873;WS=72620855;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr4	72622403	rs222033	A	C	5271.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=96;NR=50;PP=2914;SC=AAAATGGGAAAACGTTTTCAC;SOR=1.313;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=147;TCF=96;TCR=51;TR=146;WE=72622411;WS=72622393;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,194:1.00:194
chr4	72634975	rs222016	G	A	4515.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=54;NR=35;PP=1776;SC=TCCATGCTGAGTCAAAGTTAC;SOR=0.938;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=89;TCF=54;TCR=35;TR=89;WE=72634983;WS=72634965;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,171:1.00:171
chr4	72934539	rs9884712	A	C	398.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=33;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=12;NR=3;PP=283;SC=TAGAATATGAATGCCTGAGGT;SOR=1.911;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=16;TCF=12;TCR=4;TR=15;WE=72934547;WS=72934529;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr4	72934578	rs11444220	C	CT	547.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.49;QD=24.90;SOR=1.931;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr4	72934632	rs9884478	C	T	1252.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.22;QD=26.10;SOR=0.866;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr4	73175093	rs10024487	C	T	4233.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=76;NR=30;PP=2289;SC=AATACTAAATCCATGAGAGAC;SOR=1.533;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=107;TCF=77;TCR=30;TR=106;WE=73175101;WS=73175083;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,152:1.00:152
chr4	73433315	rs6830556	G	C	1011.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=7;NR=24;PP=793;SC=TTGGGGAAGGGAGTTGTTTGC;SOR=2.235;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=7;TCR=24;TR=31;WE=73433323;WS=73433305;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr4	73434379	rs5859330	GT	G	2835.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=26;NR=37;PP=1266;SC=TTGGGTTTGAGTTTTTTTTTA;SOR=1.075;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=65;TCF=26;TCR=39;TR=63;WE=73434387;WS=73434369;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
chr4	73615956	rs1350836	C	T	8530.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.708;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=333;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=106;NR=113;PP=2965;ReadPosRankSum=1.823;SC=GGGATATTAACCAAGACCCAG;SOR=0.705;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=219;TCF=106;TCR=113;TR=219;WE=73615964;WS=73615946;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,326:0.99:328
chr4	73930889	rs71215480	CT	C	82.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.295;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=8.268;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.18;ReadPosRankSum=1.562;SOR=0.507;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,7:0.27:26
chr4	73930892	.	T	TG	81.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.191;ClippingRankSum=0.000;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=3.495;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.64;ReadPosRankSum=0.244;SOR=0.250;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,12:0.39:31
chr4	73930894	rs201334203	T	G	89.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.265;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=11.417;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.81;ReadPosRankSum=1.830;SOR=0.850;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,8:0.25:32
chr4	73933671	rs68113340	ATGTGTG	A,ATG	4158.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.96;QD=36.16;SOR=1.632;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:1,32,82:0.28,0.71:115
chr4	73935320	rs200667988	A	G	12170.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.587;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=481;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=177;NR=147;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.479;SC=CCAAAGCTGCAGGGCAGGGAG;SOR=0.863;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=328;TCF=179;TCR=149;TR=324;WE=73935328;WS=73935310;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,469:0.99:473
chr4	73944261	.	G	GA	103.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.588;ClippingRankSum=0.000;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=1.657;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.32;MQRankSum=1.551;QD=3.24;ReadPosRankSum=0.469;SOR=0.287;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,10:0.31:32
chr4	73991006	rs6822576	T	C	4956.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=42;NR=71;PP=1768;SC=CAAGTGTTAGTGCCGTGTCAT;SOR=0.977;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=115;TCF=43;TCR=72;TR=113;WE=73991014;WS=73990996;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,197:1.00:197
chr4	74014809	rs1534450	A	C	2685.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=19;NR=54;PP=1614;SC=AGCACCATTAAAAAAATCTTG;SOR=1.609;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=73;TCF=19;TCR=54;TR=73;WE=74014817;WS=74014799;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr4	74274864	.	GCA	G	51	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;FR=0.5000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=1;NR=3;PP=51;QD=13.75;SC=AACCATTTATGCACACACACA;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=23;TCF=9;TCR=14;TR=4;WE=74274873;WS=74274854;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:19,4:0.17:23
chr4	74281012	rs6832260	T	A	524.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=16;PP=409;SC=TGGTTTCAATTCTGGAATCTT;SOR=5.784;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=0;TCR=16;TR=16;WE=74281020;WS=74281002;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr4	74285191	rs11351486	GT	G	297.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.226;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.13;MQRankSum=1.150;QD=3.82;ReadPosRankSum=0.706;SOR=0.653;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:50,28:0.36:78
chr4	74285239	rs962004	C	T	4337.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=68;NR=47;PP=2204;SC=TTGTTGAGCTCGTGAAACACA;SOR=0.951;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=117;TCF=69;TCR=48;TR=115;WE=74285247;WS=74285229;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,163:1.00:163
chr4	74302071	rs3796678	T	A	743.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=6;NR=17;PP=494;SC=ATAGGTGAGATATTTTGTGTT;SOR=1.781;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=6;TCR=17;TR=23;WE=74302079;WS=74302061;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr4	74302151	rs3796677	A	T	296.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=7;PP=195;SC=TTGATTTATTATTCATATTTA;SOR=1.445;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=3;TCR=7;TR=10;WE=74302159;WS=74302141;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr4	74304118	rs6446932	T	A	508.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=15;PP=391;SC=AATGCATTTATATATTTGAAG;SOR=4.294;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=0;TCR=15;TR=15;WE=74304126;WS=74304108;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr4	74310844	rs2298839	A	G	4261.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.670;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=66;PP=2066;ReadPosRankSum=2.344;SC=GATGGGGTGAAGAGTCTTGCT;SOR=1.026;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=109;TCF=43;TCR=66;TR=109;WE=74310852;WS=74310834;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,164:0.99:166
chr4	74313169	rs7667494	T	C	807.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=13;NR=9;PP=519;SC=CTTTATTTTCTCTGTTGCAGG;SOR=0.997;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=22;TCF=13;TCR=9;TR=22;WE=74313177;WS=74313159;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr4	74318330	rs4235117	A	G	943.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=24;PP=710;SC=CGCTGCAAACAATGAAGCAAG;SOR=3.056;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=27;TCF=3;TCR=24;TR=27;WE=74318338;WS=74318320;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr4	74349867	rs11939341	A	G	697.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=14;NR=5;PP=477;SC=TATAGCCATTACAATAGATAA;SOR=1.931;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=20;TCF=15;TCR=5;TR=19;WE=74349875;WS=74349866;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr4	74357851	rs11733262	A	G	1579.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=11;NR=36;PP=975;SC=AAAGAAACTTATAAGATTTGA;SOR=1.961;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=11;TCR=36;TR=47;WE=74357859;WS=74357841;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr4	74361254	rs10212657	T	C	3012.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.006;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=49;PP=1598;ReadPosRankSum=1.237;SC=GAAAATGTGATTGGCTAATCT;SOR=0.468;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=81;TCF=30;TCR=51;TR=79;WE=74361262;WS=74361244;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,110:0.99:111
chr4	74364992	.	C	CT	113.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.888;ClippingRankSum=0.000;DP=118;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.27;MQRankSum=3.101;QD=1.29;ReadPosRankSum=0.000;SOR=0.551;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:67,21:0.24:88
chr4	74447452	rs1247670	C	T	3850.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=47;NR=35;PP=1524;SC=CAGAATGAGGCAAACTGTTCT;SOR=0.881;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=82;TCF=47;TCR=35;TR=82;WE=74447460;WS=74447442;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,149:1.00:149
chr4	74447510	rs1247671	A	C	5062.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=43;NR=48;PP=1749;SC=GAGTCAGGTAAAAAGTGTGAT;SOR=0.787;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=91;TCF=43;TCR=48;TR=91;WE=74447518;WS=74447500;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,199:1.00:199
chr4	74453782	rs10009048	A	G	1817.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=51;PP=1453;SC=CAAAGTTATAACAATTTTATG;SOR=4.407;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=56;TCF=5;TCR=51;TR=56;WE=74453790;WS=74453772;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr4	74464285	rs10632092	T	TTG	1913.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.018;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=13;PP=882;ReadPosRankSum=-0.457;SC=TCTTCCAGAATTGTGTGTGTG;SOR=0.512;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=24;TCF=10;TCR=14;TR=21;WE=74464293;WS=74464275;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,56:0.98:57
chr4	74464443	rs11368217	TA	T	653.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=14;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=16;PP=346;SC=TCCCTAAAAATAAAAAAAAAT;SOR=1.765;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=0;TCR=20;TR=16;WE=74464451;WS=74464433;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr4	74486052	rs1247591	C	G	940.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=17;NR=9;PP=530;SC=CATCGTTGTTCGGCTGAACTT;SOR=1.418;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=27;TCF=18;TCR=9;TR=26;WE=74486060;WS=74486042;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr4	74486264	rs1247590	G	A	5300.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=54;NR=61;PP=2310;SC=CAGCGATCCTGGAGCCCCAGG;SOR=0.787;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=118;TCF=55;TCR=63;TR=115;WE=74486272;WS=74486254;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,199:1.00:199
chr4	74607868	.	TA	T	26	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;FR=0.9998;HP=10;HapScore=2;MGOF=41;MMLQ=23;MQ=60.0;NF=0;NR=2;PP=26;QD=19.0;SC=CCTTTTTGGTTAAAAAAAAAA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=2;TCF=0;TCR=2;TR=2;WE=74607876;WS=74607858;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr4	74714003	rs6815457	A	G	6261.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=99;NR=49;PP=2965;SC=GCCACTAATAAATCACATTTT;SOR=1.274;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=149;TCF=99;TCR=50;TR=148;WE=74714011;WS=74713993;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,222:1.00:222
chr4	74714084	rs16850078	T	C	12112.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=0.685;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=486;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=121;NR=124;PP=2965;ReadPosRankSum=1.192;SC=AGTCAGCCTCTGGAATTCATC;SOR=0.701;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=246;TCF=121;TCR=125;TR=245;WE=74714092;WS=74714074;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,480:0.99:484
chr4	74719624	rs34446485	C	G	296.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.981;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=10.212;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-2.552;NF=0;NR=14;PP=340;ReadPosRankSum=-1.188;SC=CTGCCCAACTCATGTGAGTCC;SOR=4.235;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=0;TCR=15;TR=14;WE=74719632;WS=74719614;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,10:0.67:15
chr4	74719636	rs2233650	C	T	88.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.960;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.02;MQRankSum=-1.960;QD=14.79;ReadPosRankSum=-1.960;SOR=2.093;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,3:0.50:6
chr4	74719681	rs2233653	T	A	759.79	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=1.212;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=5.832;HP=3;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=-1.754;NF=26;NR=3;PP=629;ReadPosRankSum=-0.172;SC=CCTCTGCCCATCCCTCCCCCT;SOR=3.690;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=31;TCF=27;TCR=4;TR=29;WE=74719689;WS=74719671;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,27:0.93:29
chr4	74719729	rs2233654	G	A	3073.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.526;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.825;HP=1;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=-0.787;NF=56;NR=21;PP=1818;ReadPosRankSum=-0.197;SC=TGAAAGTCACGTCTCTTCTCT;SOR=0.232;Source=Platypus;TCF=57;TR=77;WE=74719737;WS=74719719;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,112:0.98:114
chr4	74719925	rs11723868	G	A	2859.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=47;PP=1492;SC=TTATATTAACGAAATAAATCA;SOR=1.565;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=63;TCF=16;TCR=47;TR=63;WE=74719933;WS=74719915;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr4	74735108	rs115711101	C	T	2777.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=43;NR=26;PP=1288;SC=TCTCGGAGAGCCACAGAGCCC;SOR=1.179;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=69;TCF=43;TCR=26;TR=69;WE=74735116;WS=74735098;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr4	74735244	rs2071425	A	G	5164.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=53;NR=49;PP=2047;SC=TGCGAGTGGCACTGCTGCTCC;SOR=0.734;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=102;TCF=53;TCR=49;TR=102;WE=74735252;WS=74735234;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,196:1.00:196
chr4	74847292	rs352007	G	C	1945.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.79;QD=26.29;SOR=1.641;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr4	74863997	rs425535	T	C	12354.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=446;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=142;NR=153;PP=2965;SC=GATGAACTCCTTGCGTGGTCT;SOR=0.725;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=295;TCF=142;TCR=153;TR=295;WE=74864005;WS=74863987;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,441:1.00:441
chr4	74904296	rs182216932	G	T	2841.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=28;NR=39;PP=1420;SC=GCCGGGGATTGCTGGGGGCGG;SOR=0.925;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=67;TCF=28;TCR=39;TR=67;WE=74904304;WS=74904286;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr4	75023609	rs6840665	T	C	12985.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=495;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=176;NR=140;PP=2965;SC=CACTGCACGCTTCCACATCCT;SOR=0.879;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=316;TCF=176;TCR=140;TR=316;WE=75023617;WS=75023599;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,477:1.00:477
chr4	75046372	rs561583	A	G	3208.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=47;NR=27;PP=1449;SC=TGGTACTGGGACTGTCACAAG;SOR=1.078;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=75;TCF=47;TCR=28;TR=74;WE=75046380;WS=75046362;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr4	75046465	rs561844	C	G	5640.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=60;NR=61;PP=2321;SC=CAGGCTTGCTCTTTGTCCAGT;SOR=0.712;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=122;TCF=60;TCR=62;TR=121;WE=75046473;WS=75046455;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,214:1.00:214
chr4	75107397	rs1246578	A	G	1016.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-0.798;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=26;PP=686;ReadPosRankSum=-0.724;SC=ACCCGGCACTATATAAGTATT;SOR=1.132;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=36;TCF=9;TCR=27;TR=35;WE=75107405;WS=75107387;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,37:0.97:38
chr4	75147041	rs146639756	C	CGTGTGTGTGTGT,CGTGTGTGTGTGTGT	594.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=24;NF=4;NR=1;PP=2233;SC=ATTACACATACGTGTGTGTGT;SOR=2.985;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=7;TCF=6;TCR=1;TR=5;WE=75147049;WS=75147031;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.43,0.57:14
chr4	75231244	rs1460006	C	G	561.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=28.09;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr4	75245343	rs7660209	T	A	867.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=7;NR=24;PP=682;SC=GATAATTTTTTAAAAAAGGGT;SOR=2.621;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=7;TCR=24;TR=31;WE=75245351;WS=75245333;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr4	75246617	rs4694187	A	T	1573.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=41;NR=5;PP=1132;SC=TCTCCTTGACAGATTGGCATC;SOR=3.215;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=46;TCF=41;TCR=5;TR=46;WE=75246625;WS=75246610;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr4	75248434	rs2367707	A	G	5190.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=58;NR=65;PP=2454;SC=TAAGCAAAGAATATGTGGCTT;SOR=0.811;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=123;TCF=58;TCR=65;TR=123;WE=75248442;WS=75248424;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,195:1.00:195
chr4	75248505	rs78803121	G	T	2602.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=34;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=22;NR=43;PP=1414;SC=TATTATTTCTGCAGATGGTAA;SOR=1.337;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=65;TCF=22;TCR=43;TR=65;WE=75248513;WS=75248495;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr4	75248544	rs2367708	C	T	1366.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=40;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=32;PP=885;SC=TCTGCTTTTACAAATTACTTT;SOR=2.608;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=6;TCR=32;TR=38;WE=75248552;WS=75248534;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr4	75673363	rs4585380	G	A	3271.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.997;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=38;PP=1373;ReadPosRankSum=-0.540;SC=AAGAGGGCTTGGAAAATACGT;SOR=0.229;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=74;TCF=35;TCR=39;TR=73;WE=75673371;WS=75673353;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,127:0.99:128
chr4	75673455	rs7699847	T	A	1639.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.79;SOR=1.649;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr4	75673533	rs62316277	T	C	663.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=14;PP=385;SC=CCGAGGCAGGTGGATCACAAG;SOR=1.802;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=4;TCR=14;TR=18;WE=75673541;WS=75673523;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr4	75675706	rs35926103	A	G	1694.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=44;NR=8;PP=1298;SC=GAGAATGTAAAGAGGAAGAAA;SOR=3.342;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=52;TCF=44;TCR=8;TR=52;WE=75675714;WS=75675696;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr4	75675841	rs11938093	A	T	10985.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.903;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=432;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=127;NR=106;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.361;SC=ACTGCTATCAAACAAATCACC;SOR=0.446;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=238;TCF=130;TCR=108;TR=233;WE=75675849;WS=75675831;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,425:0.99:428
chr4	75680978	rs72660311	C	T	1412.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=37;NR=6;PP=988;SC=GGACAGATGGCATGGTTAGCT;SOR=3.126;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=44;TCF=38;TCR=6;TR=43;WE=75680986;WS=75680968;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr4	75719761	rs2278862	T	C	700.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=15;PP=473;SC=GCCTCCTATTTATCCCCCCTC;SOR=2.833;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=3;TCR=15;TR=18;WE=75719769;WS=75719751;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr4	76415985	rs6833496	G	A	1644.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=43;PP=1244;SC=AGAAGATGCAGGCTAACTGCC;SOR=3.830;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=48;TCF=5;TCR=43;TR=47;WE=76415993;WS=76415975;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr4	76416779	rs2045863	G	A	4771.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=57;NR=42;PP=1731;SC=ACACAAAAAAGTCAAACATCT;SOR=0.842;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=100;TCF=57;TCR=43;TR=99;WE=76416787;WS=76416769;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,185:1.00:185
chr4	76446921	rs112121251	G	GATT	4912.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=26;NR=25;PP=2563;SC=CTCACTTGATGATTATTATTA;SOR=1.547;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=61;TCF=30;TCR=31;TR=51;WE=76446929;WS=76446911;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr4	76474792	rs11322239	CT	C	48.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.442;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=4.87;ReadPosRankSum=-1.001;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,7:0.70:10
chr4	76525648	rs67518748	AT	A	224.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=1.711;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.6737;FS=2.199;HP=11;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.645;NF=1;NR=9;PP=138;ReadPosRankSum=1.711;SC=ATAGTCAACGATTTTTTTTTT;SOR=1.473;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=16;TCF=1;TCR=15;TR=10;WE=76525656;WS=76525638;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,15:0.79:19
chr4	76528896	rs11427723	C	CA	34.19	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=6.84;ReadPosRankSum=-0.524;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,4:0.80:5
chr4	76649924	rs2280095	C	G	2045.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=36;NR=14;PP=1316;SC=GGGATTGGGGCCCAGGCCCTG;SOR=1.478;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=50;TCF=36;TCR=14;TR=50;WE=76649932;WS=76649914;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr4	76650176	rs7657871	C	G	614.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=14;PP=399;SC=ATGGAGGGGGCATCCACATGC;SOR=2.636;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=3;TCR=14;TR=17;WE=76650184;WS=76650166;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr4	76670180	rs3853184	T	C	16350.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=623;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=147;NR=152;PP=2965;SC=CTCTTAAATTTAGGTCTTTCC;SOR=0.723;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=299;TCF=147;TCR=152;TR=299;WE=76670188;WS=76670170;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,619:1.00:619
chr4	76678576	rs4859552	A	G	1568.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=26;NR=10;PP=845;SC=TAAAATTGCTAAATAACTAAA;SOR=1.609;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=36;TCF=26;TCR=10;TR=36;WE=76678584;WS=76678566;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr4	76691828	rs324715	G	C	961.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=9;NR=23;PP=764;SC=GATCCACATGGATGTTTCAAG;SOR=1.911;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=9;TCR=23;TR=32;WE=76691836;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr4	76695810	rs10588680	TTCTC	T	2573.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=12;PP=1492;SC=CCACTAAACATTCTCTTTCTT;SOR=1.863;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=30;TCF=17;TCR=13;TR=28;WE=76695821;WS=76695800;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr4	76711200	rs67037358	TA	T	448.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.460;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=2.530;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.20;ReadPosRankSum=-0.523;SOR=0.283;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,28:0.82:34
chr4	76720885	rs13119659	T	C	2396.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=24;NR=30;PP=940;SC=ATGTTCCATTTGTATCCTTTA;SOR=0.901;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=54;TCF=24;TCR=30;TR=54;WE=76720893;WS=76720875;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr4	76721414	rs13145290	C	G	2120.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=37;NR=16;PP=1111;SC=CTTATGGGAACTCTTATGTGA;SOR=1.463;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=55;TCF=39;TCR=16;TR=53;WE=76721422;WS=76721404;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr4	76721459	rs4859409	G	A	3937.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=61;NR=34;PP=1939;SC=ATTGCAAAATGTACTAGATAT;SOR=1.163;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=96;TCF=62;TCR=34;TR=95;WE=76721467;WS=76721449;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,147:1.00:147
chr4	76721705	rs2271472	C	G	1560.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.312;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.409;HP=1;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=38;PP=1834;ReadPosRankSum=-1.642;SC=ATTATGTAGACCAAGCTTTTA;SOR=0.568;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=76;TCF=37;TCR=39;TR=73;WE=76721713;WS=76721695;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,56:0.98:57
chr4	76722041	rs324727	G	A	1292.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=35;PP=938;SC=AGGTTATATGGTAACTCTAAA;SOR=4.615;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=36;TCF=1;TCR=35;TR=36;WE=76722049;WS=76722031;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr4	76722353	rs324726	G	A	2670.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=29;NR=32;PP=1102;SC=TTCGAGAGCAGGTAAGTACTA;SOR=0.791;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=62;TCF=30;TCR=32;TR=61;WE=76722361;WS=76722343;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr4	76722422	rs13133472	T	C	1373.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=11;NR=24;PP=750;SC=GGGAGCCTTTTTTTCTGACAT;SOR=1.390;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=35;TCF=11;TCR=24;TR=35;WE=76722430;WS=76722412;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr4	76725245	rs381067	G	T	2864.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=64;NR=19;PP=1755;SC=TAATGCTAACGAGTATGACTT;SOR=2.278;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=83;TCF=64;TCR=19;TR=83;WE=76725253;WS=76725235;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr4	76726528	rs11733253	T	C	601.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=11;HapScore=3;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=12;PP=337;SC=TTTTTTTTTTTCCTTGGATCT;SOR=1.911;SbPval=0.93;Source=Platypus;TC=15;TCF=3;TCR=12;TR=13;WE=76726547;WS=76726518;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr4	76726539	rs11728073	C	T	566.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=3;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=11;PP=343;SC=CCTTGGATCTCTTAAGCCAGA;SOR=1.765;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=3;TCR=11;TR=14;WE=76726547;WS=76726518;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr4	76727576	rs11312984	GT	G	833.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=10;NR=11;PP=426;SC=GTACAGTTCTGTTTTTTTTTC;SOR=1.236;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=24;TCF=10;TCR=14;TR=21;WE=76727584;WS=76727566;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr4	76730004	rs324687	G	C	160.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=1;PP=137;SC=GATTTTAAAAGTAGGAGGTTG;SOR=2.303;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=6;TCR=1;TR=7;WE=76730012;WS=76729994;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr4	76730061	rs324688	T	A	650.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=15;NR=7;PP=416;SC=CCTTGATGAATTTAATACCAT;SOR=1.519;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=15;TCR=7;TR=22;WE=76730069;WS=76730051;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr4	76730258	rs324690	T	C	1577.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=168;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=23;PP=703;SC=GTTGATGTATTATTTCTTAGC;SOR=1.057;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=38;TCF=15;TCR=23;TR=38;WE=76730266;WS=76730248;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr4	76730309	rs145662788	CTTTAGATTACTTACTAGCCGG	C	859.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=40;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=13;PP=2967;SC=AGCACCTTCTCTTTAGATTAC;SOR=3.056;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=14;TCF=1;TCR=13;TR=14;WE=76730337;WS=76730299;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr4	76734343	rs17284996	C	T	2455.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=28;NR=23;PP=931;SC=ATATTAAATACGTCTTTTTCC;SOR=0.778;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=51;TCF=28;TCR=23;TR=51;WE=76734351;WS=76734333;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr4	76785716	rs1394913	C	T	1517.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.02;SOR=2.012;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr4	76785723	rs1394914	A	G	1354.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.70;SOR=2.093;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr4	76785736	rs1394915	T	C	684.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=3;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=14;PP=399;SC=TGTTCCAATATATAATTAACA;SOR=2.400;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=3;TCR=14;TR=17;WE=76785744;WS=76785706;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr4	76787673	rs7654738	T	C	1901.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=14;NR=37;PP=1220;SC=GAAGCTAGGCTTGCCAGATAA;SOR=1.646;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=51;TCF=14;TCR=37;TR=51;WE=76787681;WS=76787663;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr4	76788692	rs2135234	C	T	1021.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=31;PP=833;SC=GCTCAGTTTTCGAGGGAGAGC;SOR=4.174;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=34;TCF=3;TCR=31;TR=34;WE=76788700;WS=76788682;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr4	76793228	rs1394916	A	G	3805.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.71;SOR=0.898;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,148:1.00:148
chr4	76794345	rs6858658	T	G	10388.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=2.379;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=395;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.112;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=133;NR=118;PP=2965;ReadPosRankSum=1.194;SC=AGGAATTGCATGTTGTATTTT;SOR=0.306;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=252;TCF=133;TCR=119;TR=251;WE=76794353;WS=76794335;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,388:1.00:389
chr4	76800729	rs13130621	A	G	786.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=18;NR=4;PP=463;SC=TTTTTTTGTCAGATTCTTCTG;SOR=2.303;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=22;TCF=18;TCR=4;TR=22;WE=76800737;WS=76800719;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr4	76800991	rs68095351	A	AT	242.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.18;ReadPosRankSum=-0.138;SOR=1.473;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,14:0.93:15
chr4	76804067	rs4859564	A	G	6916.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=274;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=119;NR=62;PP=2965;SC=GTATTATTTCATTAACCACTA;SOR=1.261;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=181;TCF=119;TCR=62;TR=181;WE=76804075;WS=76804057;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,270:1.00:270
chr4	76805902	rs1976518	C	T	4145.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=44;NR=47;PP=1540;SC=GTTCTGGCGACGGGAGGCCAT;SOR=0.756;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=91;TCF=44;TCR=47;TR=91;WE=76805910;WS=76805892;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,161:1.00:161
chr4	76805962	rs1976517	G	A	2516.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=32;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=26;NR=37;PP=1220;SC=GAAGGAAATAGGAAATCAGGT;SOR=1.006;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=64;TCF=27;TCR=37;TR=63;WE=76805970;WS=76805952;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr4	76805978	rs1566975	C	T	1930.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=33;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=20;NR=34;PP=1030;SC=CAGGTTAAAACCAATAGGCAT;SOR=1.179;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=54;TCF=20;TCR=34;TR=54;WE=76805986;WS=76805968;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr4	76809319	rs7691712	A	G	1806.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=38;NR=20;PP=1003;SC=CAGGTAGAGCATTCTTCTTTG;SOR=1.244;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=58;TCF=38;TCR=20;TR=58;WE=76809327;WS=76809309;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr4	76809386	rs7691755	A	G	3697.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=55;NR=40;PP=1774;SC=TGATCTCCTCACTGTAACAGG;SOR=0.904;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=95;TCF=55;TCR=40;TR=95;WE=76809394;WS=76809376;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,144:1.00:144
chr4	76812673	rs13116688	C	G	847.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=21;NR=4;PP=588;SC=GCCATTTACTCCTCAGCCCCT;SOR=2.833;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=26;TCF=22;TCR=4;TR=25;WE=76812681;WS=76812663;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr4	76836137	rs6823734	A	G	2715.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.650;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.093;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=33;PP=1137;ReadPosRankSum=-0.826;SC=TAAATTGTGAAGCTGAAAATT;SOR=0.314;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=63;TCF=30;TCR=33;TR=62;WE=76836145;WS=76836127;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,105:0.99:106
chr4	76838929	rs34444403	TA	T	351.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.349;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.12;MQRankSum=1.531;QD=2.23;ReadPosRankSum=-0.947;SOR=0.724;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:102,56:0.35:158
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chr4	76841748	rs2280101	A	G	1271.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=33;NR=10;PP=879;SC=CTCCCTTCCCAGCCAAGGCAC;SOR=2.160;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=43;TCF=33;TCR=10;TR=43;WE=76841756;WS=76841738;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr4	76846755	rs937788	T	C	1645.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=38;NR=14;PP=1015;SC=AAGATTTATATGCACTTTGCA;SOR=1.812;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=52;TCF=38;TCR=14;TR=52;WE=76846763;WS=76846745;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr4	76861137	rs6847716	G	C	2342.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=44;NR=14;PP=1188;SC=TACTCCGCGCGGGCTTGGGGC;SOR=1.725;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=58;TCF=44;TCR=14;TR=58;WE=76861145;WS=76861127;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr4	76861859	rs2292533	C	T	5546.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=78;NR=52;PP=2449;SC=CCCGCAGGGCCGGTGTCCCCG;SOR=0.997;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=130;TCF=78;TCR=52;TR=130;WE=76861867;WS=76861849;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,208:1.00:208
chr4	76877402	rs9790644	G	A	1395.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=31;PP=940;SC=CAAGGGCACAGAATGGACAGG;SOR=1.802;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=42;TCF=11;TCR=31;TR=42;WE=76877410;WS=76877392;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr4	76881392	rs67906710	C	T	1038.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-2.378;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=14;PP=387;ReadPosRankSum=-0.416;SC=GATCATAAAACCTTAATCATG;SOR=0.360;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=27;TCF=12;TCR=15;TR=26;WE=76881400;WS=76881382;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,42:0.98:43
chr4	76885423	rs2271527	T	C	3601.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=39;NR=34;PP=1443;SC=CACAAACACATAAGAATGAAA;SOR=0.784;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=73;TCF=39;TCR=34;TR=73;WE=76885431;WS=76885413;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,136:1.00:136
chr4	76888235	rs12648437	A	G	613.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=13;NR=3;PP=402;SC=TGTTGTTTTAAAAAAACAATA;SOR=2.531;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=16;TCF=13;TCR=3;TR=16;WE=76888243;WS=76888225;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr4	76928729	rs2276885	A	G	1384.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=38;PP=1049;SC=CTGATTGGCTAGTATCTTTAG;SOR=6.138;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=38;TCF=0;TCR=38;TR=38;WE=76928737;WS=76928719;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr4	76942943	rs3921	C	G	3672.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=66;NR=30;PP=2047;SC=TGGTGACCATCATTGGTCACC;SOR=1.470;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=96;TCF=66;TCR=30;TR=96;WE=76942951;WS=76942933;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr4	76943137	rs4859584	G	C	3740.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=29;NR=57;PP=1869;SC=AAGTGTGATAGTCTGACTCTG;SOR=1.196;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=87;TCF=30;TCR=57;TR=86;WE=76943145;WS=76943127;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,134:1.00:134
chr4	76943235	rs4859586	T	C	807.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=18;PP=655;SC=TTATGGATTATAGGGGTTGCT;SOR=2.494;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=23;TCF=5;TCR=18;TR=23;WE=76943243;WS=76943225;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr4	76943677	rs4859588	G	A	2145.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=55;PP=1549;SC=GGCATACGCAGTTCTGAAGTC;SOR=2.712;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=67;TCF=12;TCR=55;TR=67;WE=76943685;WS=76943667;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr4	76943764	rs11298565	CT	C	301.76	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=0.707;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=8;PP=281;ReadPosRankSum=0.109;SC=CTTTACTGATCTTTTTTTATT;SOR=0.416;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=14;TCF=6;TCR=8;TR=12;WE=76943772;WS=76943754;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,15:0.94:16
chr4	76944491	rs4241578	T	C	2794.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=48;NR=22;PP=1510;SC=TATTTCTCATTTTACAAATTA;SOR=1.516;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=71;TCF=48;TCR=23;TR=70;WE=76944499;WS=76944481;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr4	76955914	rs6532111	T	C	1367.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=35;NR=7;PP=956;SC=TTTCAGATGCTCTTTTCCAGG;SOR=2.560;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=42;TCF=35;TCR=7;TR=42;WE=76955922;WS=76955904;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr4	76956188	rs4241580	T	C	1790.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=0.298;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=31;PP=1360;ReadPosRankSum=-0.670;SC=TGGGAGTAATTTGGTAACTTA;SOR=0.437;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=54;TCF=20;TCR=34;TR=51;WE=76956196;WS=76956178;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,60:0.98:61
chr4	76956289	rs5859488	C	CAA	4734.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=40;NR=21;PP=2926;SC=AAAGAACATACAAGAGTCTTA;SOR=1.736;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=68;TCF=45;TCR=23;TR=61;WE=76956297;WS=76956279;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr4	76956528	rs4859415	A	G	5512.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=45;NR=95;PP=2827;SC=TTAGTAATGCATCTGATTGCA;SOR=1.428;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=140;TCF=45;TCR=95;TR=140;WE=76956536;WS=76956518;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,201:1.00:201
chr4	76957043	rs6817952	G	A	3697.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.792;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=36;PP=2027;ReadPosRankSum=0.145;SC=CATTAGAAAAGGAACTTATAG;SOR=1.187;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=104;TCF=67;TCR=37;TR=102;WE=76957051;WS=76957033;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,141:0.99:143
chr4	76957171	rs6819597	C	T	4945.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.196;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=73;PP=2462;ReadPosRankSum=1.816;SC=GCTGGTGCTGCTGCTGCTACT;SOR=0.605;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=127;TCF=53;TCR=74;TR=126;WE=76957179;WS=76957161;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:5,204:0.98:209
chr4	76996958	rs6532172	G	A	2881.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.672;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=18;PP=1971;ReadPosRankSum=0.640;SC=GAAAAAATACGCAGTGTCATC;SOR=0.776;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=85;TCF=67;TCR=18;TR=84;WE=76996966;WS=76996948;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,100:0.98:102
chr4	76997157	rs10674212	G	GT	371.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.673;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FS=4.243;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.96;MQRankSum=0.000;QD=2.71;ReadPosRankSum=-0.489;SOR=1.196;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:94,43:0.31:137
chr4	77002905	rs150056837	TAATA	T	1862.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.463;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQ=60.23;MQRankSum=0.302;NF=31;NR=7;PP=2002;ReadPosRankSum=-0.195;SC=AAGGTGGGGGTAATAATGTGA;SOR=1.893;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=40;TCF=33;TCR=7;TR=38;WE=77002916;WS=77002895;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,44:0.98:45
chr4	77002934	rs61693363	G	A	2398.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=0.123;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.248;NF=63;NR=21;PP=1831;ReadPosRankSum=0.259;SC=GATATTCACTGAATTTCTTAT;SOR=1.539;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=87;TCF=65;TCR=22;TR=84;WE=77002942;WS=77002924;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,87:0.97:90
chr4	77021288	rs7654988	G	C	435.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=10;NR=1;PP=293;SC=CATTTAGACTGTGACCGACAA;SOR=2.985;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=11;TCF=10;TCR=1;TR=11;WE=77021296;WS=77021278;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr4	77025273	rs7682766	C	T	3333.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=17;NR=78;PP=2227;SC=GCTGGGGAAGCGTAGAGAAGT;SOR=2.564;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=95;TCF=17;TCR=78;TR=95;WE=77025281;WS=77025263;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr4	77025810	rs17224545	G	A	3606.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=29;NR=36;PP=1355;SC=ATGCCAGAGGGGAACATGCCA;SOR=0.818;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=66;TCF=30;TCR=36;TR=65;WE=77025818;WS=77025800;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,134:1.00:134
chr4	77033721	rs62318929	G	A	1409.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=8;NR=31;PP=880;SC=ATAACTATAGGGATCCACAGG;SOR=2.078;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=39;TCF=8;TCR=31;TR=39;WE=77033729;WS=77033711;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr4	77036369	rs1127695	G	A	698.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=21;NR=3;PP=544;SC=CAGATTTGATGAACAGTAATT;SOR=3.442;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=24;TCF=21;TCR=3;TR=24;WE=77036377;WS=77036359;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr4	77036406	rs17001433	T	G	1378.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=33;NR=6;PP=957;SC=AAAAAACCAATCCAAGAAAGA;SOR=2.935;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=39;TCF=33;TCR=6;TR=39;WE=77036414;WS=77036396;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr4	77038662	rs11726372	G	C	532.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=17;NR=0;PP=417;SC=GTTTTCCATAGAGGCTGAACC;SOR=5.892;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=17;TCR=0;TR=17;WE=77038670;WS=77038661;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr4	77038807	rs7657846	C	T	4600.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.543;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=74;NR=41;PP=2257;ReadPosRankSum=0.291;SC=CAGCCTCATGCAACACTTACC;SOR=0.834;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=118;TCF=76;TCR=42;TR=115;WE=77038815;WS=77038797;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:7,180:0.96:187
chr4	77038974	rs6532201	T	A	3641.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=35;NR=68;SC=CGAAGACTTGTAAAAGACAAT;SOR=1.420;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=104;TCF=35;TCR=69;TR=103;WE=77038982;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr4	77039174	rs6813732	G	C	4867.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.980;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=73;NR=43;PP=2577;ReadPosRankSum=-0.839;SC=ATAACTTTTTGTCTGCAGATC;SOR=1.090;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=119;TCF=75;TCR=44;TR=116;WE=77039182;WS=77039164;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,176:0.99:178
chr4	77039193	rs6840007	A	T	5987.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.642;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=239;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=83;NR=57;PP=2528;ReadPosRankSum=0.663;SC=TCCACCTGAAACAAATTTTAG;SOR=0.521;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=143;TCF=85;TCR=58;TR=140;WE=77039201;WS=77039183;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,231:0.99:234
chr4	77045728	rs7692789	A	T	502.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=4;MGOF=44;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=16;NR=6;PP=522;SC=TTTCTATTTTAAAAATCTATA;SOR=1.609;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=22;TCF=16;TCR=6;TR=22;WE=77045748;WS=77045718;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr4	77045736	rs142448247	ATATT	A	817.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=44;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=10;NR=8;PP=346;SC=TTAAAAATCTATATTTAGTAC;SOR=1.609;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=18;TCF=10;TCR=8;TR=18;WE=77045748;WS=77045718;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr4	77045762	rs7697701	T	G	821.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=64;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=19;NR=11;PP=627;SC=TTCACACACATAGTCTTATAA;SOR=1.044;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=31;TCF=20;TCR=11;TR=30;WE=77045770;WS=77045752;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr4	77045777	rs10567711	TGG	T	1540.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=57;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=8;NR=12;PP=661;SC=TTATAAACACTGGGGGGGAAA;SOR=0.914;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=23;TCF=10;TCR=13;TR=20;WE=77045786;WS=77045767;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr4	77045985	rs10567712	TTCTAA	T	295.80	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=0.589;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5033;FS=6.532;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=11;PP=654;ReadPosRankSum=-0.589;SC=TGTATGGAAATTCTAATCTTG;SOR=2.788;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=15;TCF=3;TCR=12;TR=14;WE=77045997;WS=77045975;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,8:0.89:9
chr4	77051703	rs57765272	G	T	1747.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-2.041;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=5;PP=1390;ReadPosRankSum=0.611;SC=ATGCTACATTGTTTCCTGATT;SOR=2.376;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=54;TCF=49;TCR=5;TR=53;WE=77051711;WS=77051693;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,56:0.98:57
chr4	77052031	rs62300572	A	G	1067.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.201;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=34;PP=888;ReadPosRankSum=-0.463;SC=ATCTATGACTATGAGATAACC;SOR=4.351;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=36;TCF=1;TCR=35;TR=35;WE=77052039;WS=77052021;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,35:0.97:36
chr4	77052288	rs60523248	T	C	596.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=3;PP=305;SC=AATAAACTTGTCTCATATGTA;SOR=1.708;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=12;TCR=3;TR=15;WE=77052296;WS=77052278;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr4	77052530	rs13126384	T	C	242.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=2;NR=7;PP=206;SC=ACCCTATACCTAGAAGCTATA;SOR=2.093;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=2;TCR=7;TR=9;WE=77052538;WS=77052520;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr4	77053558	rs7698392	A	G	1622.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.08;SOR=3.797;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr4	77053562	rs4859619	C	T	1646.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.34;SOR=3.500;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr4	77055474	rs11097244	A	G	3692.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=41;NR=57;PP=1689;SC=CCACTAGCCCATCTTCATCTT;SOR=0.937;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=98;TCF=41;TCR=57;TR=98;WE=77055482;WS=77055464;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,144:1.00:144
chr4	77057501	rs11558468	A	G	6447.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=254;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=74;NR=96;PP=2965;SC=GAGCACTCGCAGTATTTATCA;SOR=0.945;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=171;TCF=74;TCR=97;TR=170;WE=77057509;WS=77057491;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,246:1.00:246
chr4	77060903	rs58695482	C	T	566.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.64;SOR=0.963;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr4	77061130	rs60913446	G	A	1179.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=14;NR=17;PP=587;SC=CCAGATTGGCGAATAGTTTGT;SOR=0.780;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=14;TCR=17;TR=31;WE=77061138;WS=77061120;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr4	77061266	rs62300624	G	A	261.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=6;PP=143;SC=GGTGAAGACTGGGGAACGGAG;SOR=3.056;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=1;TCR=6;TR=6;WE=77061274;WS=77061256;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr4	77065223	rs11724260	A	G	2154.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=2.066;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.068;HP=2;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.404;NF=55;NR=5;PP=1597;ReadPosRankSum=0.097;SC=AAAGTCCACTAAAGTATTCTG;SOR=2.686;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=64;TCF=58;TCR=6;TR=60;WE=77065231;WS=77065213;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,70:0.96:73
chr4	77065264	rs11736522	C	T	4804.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.319;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=31;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.177;NF=98;NR=34;PP=2831;ReadPosRankSum=-1.056;SC=CTAGTATCATCACGGTTTTGT;SOR=0.756;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=133;TCF=99;TCR=34;TR=132;WE=77065272;WS=77065254;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,173:0.99:174
chr4	77065318	rs36024409	C	CTGT	11584.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-1.357;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=461;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.534;NF=86;NR=94;PP=2982;ReadPosRankSum=0.630;SC=GCTGCTGCTGCTGTGTATTAA;SOR=0.836;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=208;TCF=91;TCR=117;TR=180;WE=77065326;WS=77065308;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:9,444:0.98:453
chr4	77065476	.	TAAAA	T,TA	8198.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=322;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.03;QD=33.06;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:4,53,191:0.21,0.77:248
chr4	77065518	rs11946345	T	C	5505.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=53;NR=104;PP=2809;SC=TTTACTTCTATGAATGACTTA;SOR=1.261;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=159;TCF=54;TCR=105;TR=157;WE=77065526;WS=77065508;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,213:1.00:213
chr4	77065580	rs11558469	T	C	4246.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=39;NR=71;PP=1967;SC=AAAAGCTGAATGCAGAACCTG;SOR=1.236;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=111;TCF=39;TCR=72;TR=110;WE=77065588;WS=77065570;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,162:1.00:162
chr4	77066887	rs61102074	G	T	574.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=5;NR=13;PP=365;SC=GAATTATATTGCAGATTTTTT;SOR=1.508;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=18;TCF=5;TCR=13;TR=18;WE=77066895;WS=77066877;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr4	77067133	rs735696	C	T	1398.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.12;SOR=1.214;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr4	77067133	.	CAC	TAA	907	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;FR=1.0000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MMLQ=27;MQ=59.59;NF=13;NR=8;PP=907;QD=45.7365654696;SC=AAAAGTCACCCACAGTACTAA;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=13;TCR=8;TR=21;WE=77067143;WS=77067123;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr4	77067135	rs60015167	C	A	1398.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.71;SOR=1.284;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr4	77067330	rs62300636	T	C	1186.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=16;PP=511;SC=TATCAGCCCTTTGCTGAAGGT;SOR=1.312;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=7;TCR=16;TR=23;WE=77067338;WS=77067320;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr4	77067368	rs735697	A	G	647.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=4;NR=10;PP=245;SC=GTTAAAACATATTACATTATC;SOR=1.220;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=4;TCR=10;TR=14;WE=77067376;WS=77067358;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr4	77069679	rs3806733	G	T	7199.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.601;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=287;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=70;NR=111;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.200;SC=GGCGTAGGAGGTGGGTGGTTG;SOR=1.087;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=181;TCF=70;TCR=111;TR=181;WE=77069687;WS=77069669;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,279:0.99:281
chr4	77069733	rs3806732	T	A	3016.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=32;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=11;NR=75;PP=2199;SC=GGGCTTCACATGCTGTGGGGT;SOR=3.477;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=86;TCF=11;TCR=75;TR=86;WE=77069741;WS=77069723;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr4	77083070	rs3836573	TCAG	T	1507.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=22;PP=1116;SC=TCTTGAAGATTCAGCAGGCCT;SOR=2.964;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=26;TCF=1;TCR=25;TR=23;WE=77083080;WS=77083060;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr4	77091006	rs35369082	A	T	4180.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=57;NR=36;PP=1824;SC=TACCAGGAGGAAGTATGTACT;SOR=0.998;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=95;TCF=59;TCR=36;TR=93;WE=77091014;WS=77090996;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,155:1.00:155
chr4	77091186	rs113848239	AAGCTG	A	1551.87	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.404;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.175;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.310;NF=4;NR=35;PP=2131;ReadPosRankSum=0.193;SC=TTTAAAATCTAAGCTGAGCTG;SOR=1.539;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=45;TCF=4;TCR=41;TR=39;WE=77091198;WS=77091176;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,65:0.94:69
chr4	77095271	rs3821981	A	G	835.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=22;NR=4;PP=609;SC=TGACACCCCTATCATGTCCCC;SOR=3.258;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=22;TCR=4;TR=26;WE=77095279;WS=77095261;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr4	77095574	rs3733257	C	T	926.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-1.802;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=22;PP=587;ReadPosRankSum=0.635;SC=CAAAAGCTCACAGGGTAAGTA;SOR=0.874;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=30;TCF=7;TCR=23;TR=29;WE=77095582;WS=77095564;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,35:0.97:36
chr4	77095589	rs3733258	G	A	696.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=0.143;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=17;PP=466;ReadPosRankSum=1.981;SC=TAAGTAGAAAGGAATGTTTGG;SOR=1.112;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=23;TCF=5;TCR=18;TR=22;WE=77095597;WS=77095579;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,25:0.96:26
chr4	77097137	rs2289512	T	C	852.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=17;PP=492;SC=GGTCAGGACTTTGCAAGATTT;SOR=2.226;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=21;TCF=4;TCR=17;TR=21;WE=77097145;WS=77097127;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr4	77097758	rs6532232	T	C	557.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=15;PP=452;SC=TGGTGCCCAGTTGTTTGGTCA;SOR=2.419;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=4;TCR=15;TR=19;WE=77097766;WS=77097748;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr4	77105938	rs35947779	CA	C	2187.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.348;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.17;MQRankSum=0.793;QD=12.50;ReadPosRankSum=-1.080;SOR=0.726;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,150:0.86:175
chr4	77105952	rs59335499	A	T	5388.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.338;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.15;MQRankSum=-2.167;QD=24.61;ReadPosRankSum=0.063;SOR=0.828;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:9,210:0.96:219
chr4	77117096	rs3733259	G	A	466.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=12;PP=301;SC=AGGAAGGGACGCCCCCTATTC;SOR=2.179;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=3;TCR=12;TR=15;WE=77117104;WS=77117086;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr4	77189984	rs1876538	T	C	1707.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=7;NR=33;PP=964;SC=AGTGGTAATATTTAAACCTAC;SOR=1.942;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=7;TCR=33;TR=40;WE=77189992;WS=77189974;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr4	77190069	rs1876539	C	T	182.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=0;NR=5;PP=103;SC=TCCTCAAAGTCGTAAAGGAAT;SOR=2.584;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=5;WE=77190077;WS=77190059;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr4	77192688	rs3733253	G	T	2444.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=49;NR=18;PP=1426;SC=TTCACCGATTGCCCTCAATTC;SOR=1.664;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=67;TCF=49;TCR=18;TR=67;WE=77192696;WS=77192678;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr4	77192868	rs3733250	G	A	4506.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=52;NR=87;PP=2677;SC=TAAACTGCAGGAGACAGAGTT;SOR=1.220;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=140;TCF=52;TCR=88;TR=139;WE=77192876;WS=77192858;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,166:1.00:166
chr4	77199414	rs964051	C	A	1495.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=39;PP=1109;SC=ATCTGAGCTTCAGATGATCAC;SOR=3.306;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=44;TCF=5;TCR=39;TR=44;WE=77199422;WS=77199404;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr4	77201332	rs1036787	G	A	678.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=10;NR=4;PP=278;SC=TACTTTATAAGGAACTAAATG;SOR=1.022;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=10;TCR=4;TR=14;WE=77201340;WS=77201322;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr4	77201487	rs1036788	C	T	2204.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=36;NR=22;PP=1139;SC=GGCTACAGGACGCCACGTGTG;SOR=1.058;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=58;TCF=36;TCR=22;TR=58;WE=77201495;WS=77201477;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr4	77204500	rs1542096	C	T	1327.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=16;NR=11;PP=536;SC=GTTTTGTTTGCCAATCTAATG;SOR=0.952;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=16;TCR=11;TR=27;WE=77204508;WS=77204490;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr4	77274242	rs12504985	T	C	5500.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=104;NR=45;PP=2965;SC=ACTATTTAGTTGATAATTACT;SOR=1.550;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=150;TCF=105;TCR=45;TR=149;WE=77274250;WS=77274232;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,197:1.00:197
chr4	77289047	rs5859510	CT	C	183.70	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.686;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.19;ReadPosRankSum=0.663;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:4,16:0.80:20
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chr4	77303898	rs6844174	C	T	1830.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=11;NR=31;PP=893;SC=TGGTGATTGTCATTTGATACA;SOR=1.508;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=42;TCF=11;TCR=31;TR=42;WE=77303906;WS=77303888;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
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chr4	77652219	rs344135	T	C	1341.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-1.880;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=42;PP=941;ReadPosRankSum=1.639;SC=CTCTATCCACTGCTTTTCTCA;SOR=1.765;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=52;TCF=9;TCR=43;TR=51;WE=77652227;WS=77652209;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,52:0.98:53
chr4	77660162	rs344140	G	C	9209.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.845;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=351;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=101;NR=138;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.016;SC=GGCATCTCTGGCCGGGAGCGT;SOR=0.900;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=241;TCF=102;TCR=139;TR=239;WE=77660170;WS=77660152;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,338:0.99:340
chr4	77660731	rs344141	C	G	7447.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=283;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=85;NR=102;PP=2965;SC=CAGCATCTACCCGGTACCTTC;SOR=0.806;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=187;TCF=85;TCR=102;TR=187;WE=77660739;WS=77660721;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,279:1.00:279
chr4	77662248	rs344142	G	A	4878.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=66;NR=73;PP=2965;SC=CCGAGGCGTCGGCCTCCGCCT;SOR=0.816;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=140;TCF=67;TCR=73;TR=139;WE=77662256;WS=77662238;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,170:1.00:170
chr4	77662309	rs344143	C	T	4716.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=60;NR=60;PP=2558;SC=TGAGGGCGACCTGGCCAGGCC;SOR=0.705;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=121;TCF=61;TCR=60;TR=120;WE=77662317;WS=77662299;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,169:1.00:169
chr4	77663262	rs344144	T	C	7399.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=270;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=59;NR=125;PP=2965;SC=GGTTTCCTTATAAAGATATAG;SOR=1.347;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=185;TCF=59;TCR=126;TR=184;WE=77663270;WS=77663243;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,264:1.00:264
chr4	77663305	rs77384874	CTCTA	C	3927.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=2;NR=67;PP=2977;SC=TATACAGATTCTCTATCTATC;SOR=2.520;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=78;TCF=2;TCR=76;TR=69;WE=77663316;WS=77663295;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr4	77675505	rs3733242	C	T	11873.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=444;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=147;NR=136;PP=2965;SC=GAGATGCTGCCGCTCTTCCAC;SOR=0.721;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=284;TCF=147;TCR=137;TR=283;WE=77675513;WS=77675495;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,442:1.00:442
chr4	77677557	rs11383067	T	TC	159.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.075;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.41;ReadPosRankSum=1.346;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,10:0.71:14
chr4	77871016	rs873090	T	G	1131.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.69;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=9;PP=350;SC=GGAGTCGGCGTAAAGCACCCG;SOR=0.836;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=17;TCF=7;TCR=10;TR=16;WE=77871024;WS=77871006;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr4	77916865	rs6532758	G	A	641.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=16;NR=2;PP=422;SC=AAATCACCCAGTGATTTTACT;SOR=2.737;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=18;TCF=16;TCR=2;TR=18;WE=77916873;WS=77916855;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr4	77917194	rs7356354	A	G	476.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=14;PP=353;SC=TTTTTTCACTATGAGTTGACA;SOR=2.712;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=3;TCR=14;TR=17;WE=77917202;WS=77917184;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr4	77917458	rs7685131	A	G	2158.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=45;NR=17;PP=1325;SC=GCAGCTGTGGAGGGTCTCCTT;SOR=1.640;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=62;TCF=45;TCR=17;TR=62;WE=77917466;WS=77917448;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr4	77957813	rs1127583	T	A	4490.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.052;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FS=5.705;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=23.51;ReadPosRankSum=-0.592;SOR=1.459;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:3,188:0.98:191
chr4	77958121	.	T	TA	35.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.512;ClippingRankSum=0.000;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=2.706;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.12;ReadPosRankSum=2.339;SOR=0.175;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,7:0.22:32
chr4	77969959	rs4252946	T	C	504.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=12;PP=427;SC=TCCAACTCATTTATTTATCCA;SOR=2.712;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=16;TCF=3;TCR=13;TR=15;WE=77969967;WS=77969949;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr4	77977571	rs4252894	G	C	380.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=8;PP=210;SC=ATGCAGATGAGACAGGTATAC;SOR=1.765;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=2;TCR=8;TR=10;WE=77977579;WS=77977561;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr4	77977612	rs4252892	C	T	140.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=5;PP=110;SC=ATTAATGTGACTGCCACTCAT;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=5;WE=77977620;WS=77977602;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr4	77987351	rs4241602	A	G	1134.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=21;NR=8;PP=634;SC=GTATGGCAGTAGTATGTTTAT;SOR=1.923;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=21;TCR=8;TR=29;WE=77987359;WS=77987341;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr4	77996521	rs4252767	A	C	1038.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=26;NR=4;PP=636;SC=CGCGCGGCCAAGGGCGCTGCC;SOR=3.321;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=26;TCR=4;TR=30;WE=77996529;WS=77996517;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr4	77996795	rs147494324	GGGGCGC	G	4180.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=47;PP=2884;SC=AGCGGATCGGGGGGCGCGGGC;SOR=1.037;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=59;TCF=8;TCR=51;TR=54;WE=77996808;WS=77996785;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr4	78669454	rs6855336	A	G	1169.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=11;NR=14;PP=511;SC=AAGGAAGAATAAGAAAAACTA;SOR=0.784;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=11;TCR=14;TR=25;WE=78669462;WS=78669444;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr4	78697552	rs34417165	T	TA	568.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.655;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.73;ReadPosRankSum=-2.225;SOR=0.963;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:4,30:0.88:34
chr4	78740066	rs6811439	T	C	1187.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.69;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=8;PP=303;SC=CCAGCCCCGCTGCCGCGCGTG;SOR=0.823;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=12;TCR=8;TR=20;WE=78740074;WS=78740056;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr4	78740132	rs6828302	G	C	1605.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.69;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=69;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=14;PP=561;SC=TCTCACCTGCGAGGCTCGGGA;SOR=0.725;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=12;TCR=14;TR=26;WE=78740140;WS=78740122;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr4	78740203	.	G	GACACACACACAC	1547.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;QD=46.90;SOR=3.383;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr4	78830272	rs10551874	AAC	A	533.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=8;NR=1;PP=376;SC=AATGAATGTGAACACCAGGAA;SOR=3.767;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=8;TCR=1;TR=9;WE=78830281;WS=78830262;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr4	78870940	rs4859513	T	A	4514.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=72;NR=40;PP=2077;SC=ATGTATATTATTTTCTTTCAG;SOR=1.185;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=112;TCF=72;TCR=40;TR=112;WE=78870948;WS=78870930;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,171:1.00:171
chr4	78882331	rs57716781	C	CA	154.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.900;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=6.321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.16;MQRankSum=1.329;QD=2.92;ReadPosRankSum=0.469;SOR=0.848;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,17:0.32:53
chr4	78979141	rs34237418	C	T	4456.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=68;NR=45;PP=2030;SC=CTGGGCTCCTCCATCGTGGGT;SOR=1.000;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=115;TCF=69;TCR=46;TR=113;WE=78979149;WS=78979131;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,169:1.00:169
chr4	78979257	rs71661147	C	CGTGT,CGT	1669.73	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.580;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=2.412;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=5,5;NR=47,47;PP=172,1755;ReadPosRankSum=0.551;SC=AGCGGTGCCGCGTGTGTGTGT;SOR=1.095;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=72;TCF=5;TCR=67;TR=52,52;WE=78979290;WS=78979247;set=Intersection	GT:AF:DP	0/1:0.78:97
chr4	78987157	rs4859905	A	G	6930.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=262;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=83;NR=104;PP=2965;SC=GTCTATCAGGATTCCTTGTTG;SOR=0.892;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=187;TCF=83;TCR=104;TR=187;WE=78987165;WS=78987147;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,262:1.00:262
chr4	79158843	rs10011303	G	T	1400.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=9;NR=28;PP=805;SC=GATCATTTCAGACATCTGTTT;SOR=1.802;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=9;TCR=28;TR=37;WE=79158851;WS=79158833;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr4	79173515	rs34015316	C	CT,CTT	3449.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.947;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FS=0.924;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.05;MQRankSum=0.344;QD=16.83;ReadPosRankSum=4.361;SOR=0.555;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:27,136,42:0.66,0.20:205
chr4	79176325	rs1017647	C	T	1244.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=26;NR=8;PP=707;SC=ACTGGCTGCACGCCCATGCAG;SOR=1.880;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=26;TCR=8;TR=34;WE=79176333;WS=79176315;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr4	79176361	rs1017646	T	C	2038.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=30;NR=18;PP=1033;SC=ACAAATGCCATCCCCCTAGTA;SOR=1.091;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=48;TCF=30;TCR=18;TR=48;WE=79176369;WS=79176351;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr4	79186171	rs2867014	G	A	5310.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=49;NR=65;PP=2288;SC=CCTGTTCTGCGTGTTAAGGAT;SOR=0.886;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=115;TCF=49;TCR=66;TR=114;WE=79186179;WS=79186161;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,202:1.00:202
chr4	79187832	rs2008587	G	A	784.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=19;NR=9;PP=583;SC=TTTTCATAGAGGCTATTCCTA;SOR=1.609;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=29;TCF=20;TCR=9;TR=28;WE=79187840;WS=79187822;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr4	79187900	rs7694740	T	G	2928.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.952;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=19;PP=1583;ReadPosRankSum=-1.353;SC=ACAAATGTAATGAAAATTGGG;SOR=1.522;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=74;TCF=54;TCR=20;TR=72;WE=79187908;WS=79187890;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,105:0.98:107
chr4	79188160	rs2008786	C	T	1785.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=10;NR=32;PP=978;SC=CTTCTTATTCCGGTGTGTCCT;SOR=1.573;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=42;TCF=10;TCR=32;TR=42;WE=79188168;WS=79188150;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr4	79204209	rs1378236	C	T	1054.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=18;PP=494;SC=TGCTTCTTTTCATTTTTATTT;SOR=1.609;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=7;TCR=18;TR=25;WE=79204217;WS=79204199;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr4	79284694	rs6835769	C	T	4709.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=75;NR=43;PP=2005;SC=CAGCACTGTGCAGCTGATCTC;SOR=1.110;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=118;TCF=75;TCR=43;TR=118;WE=79284702;WS=79284684;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,180:1.00:180
chr4	79300899	rs35774552	T	C	1408.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=22;NR=11;PP=679;SC=ACACCCCTAGTCTTCATGTGA;SOR=1.179;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=33;TCF=22;TCR=11;TR=33;WE=79300907;WS=79300889;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr4	79300993	rs12512164	G	A	2218.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=30;NR=28;PP=1209;SC=GGGTAGGGTCGAAGATCTCCT;SOR=0.742;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=58;TCF=30;TCR=28;TR=58;WE=79301001;WS=79300983;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr4	79305148	rs7694602	C	G	1434.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.954;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=10;PP=685;ReadPosRankSum=-0.694;SC=GTTTTTAAGCCTTTTCTGTGT;SOR=0.832;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=46;TCF=36;TCR=10;TR=44;WE=79305156;WS=79305138;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,57:0.98:58
chr4	79305177	rs7677133	T	G	2556.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.077;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.519;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=23;PP=1203;ReadPosRankSum=0.403;SC=ATGTAATGATTGTATTTTCTT;SOR=1.078;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=71;TCF=46;TCR=25;TR=67;WE=79305185;WS=79305167;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,96:0.97:99
chr4	79321770	rs144058401	A	ATC	735.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=14;NR=2;PP=803;SC=GAAGCTGTGAATCTCTCTGTC;SOR=3.716;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=20;TCF=17;TCR=3;TR=16;WE=79321778;WS=79321760;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr4	79339950	rs12649596	G	C	777.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=21;NR=2;PP=579;SC=CAATGCAAGAGACCAGATCCT;SOR=4.255;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=23;TCF=21;TCR=2;TR=23;WE=79339958;WS=79339940;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr4	79345650	rs1471752	A	G	1303.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=30;PP=800;SC=TGTTCCCATCATCATTATTTT;SOR=1.863;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=40;TCF=10;TCR=30;TR=40;WE=79345658;WS=79345640;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr4	79350200	rs112867538	C	CTG,CTGTG	3260.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=27;NF=20,20;NR=18,18;PP=74,1567;SC=GTGCGTGTCTCTGTGTGTGTG;SOR=1.905;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=50;TCF=25;TCR=25;TR=38,38;WE=79350208;WS=79350190;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.14,0.84:87
chr4	79359885	rs2170899	T	G	1882.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=1.912;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=7.056;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=48;PP=1341;ReadPosRankSum=-0.546;SC=ACATAATCACTTTGTATTATT;SOR=2.862;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=58;TCF=10;TCR=48;TR=58;WE=79359893;WS=79359875;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,65:0.98:66
chr4	79365479	rs7678731	C	T	40.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=2;PP=23;SC=CCTCTCTCAGCTTCTGTTGCC;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=2;TCF=0;TCR=2;TR=2;WE=79365487;WS=79365469;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr4	79366655	rs3749489	G	C	7227.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=272;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=112;NR=71;PP=2965;SC=AGGTAAAAATGCTCTCTTGAT;SOR=1.100;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=185;TCF=114;TCR=71;TR=183;WE=79366663;WS=79366645;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,271:1.00:271
chr4	79369576	rs72659006	A	G	156.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=5;PP=110;SC=TGCATCTTAAAGTACCTGTTC;SOR=2.303;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=1;TCR=5;TR=6;WE=79369584;WS=79369566;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr4	79372856	rs10026662	A	C	4761.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=2.148;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=71;NR=41;PP=2309;ReadPosRankSum=-1.461;SC=AATTGAATTCACACCTCTTGC;SOR=0.386;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=113;TCF=72;TCR=41;TR=112;WE=79372864;WS=79372846;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,176:0.99:177
chr4	79372930	rs753752	C	T	8008.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=312;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=88;NR=85;PP=2965;SC=TTATAGGCCACGTAGAATATA;SOR=0.726;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=174;TCF=89;TCR=85;TR=173;WE=79372938;WS=79372920;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,311:1.00:311
chr4	79373254	rs753751	T	C	439.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=12;NR=2;PP=367;SC=ACCTTACTTCTTGGCACCAGG;SOR=2.985;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=14;TCF=12;TCR=2;TR=14;WE=79373262;WS=79373244;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr4	79385719	rs6851427	G	A	3151.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=32;NR=49;PP=1675;SC=AGCTTAAGGCGGTGGATGCTG;SOR=1.101;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=82;TCF=32;TCR=50;TR=81;WE=79385727;WS=79385709;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr4	79387464	rs7684722	A	G	13965.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=537;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=134;NR=177;PP=2965;SC=CTTCACCATGAAAGATATCTA;SOR=0.846;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=312;TCF=134;TCR=178;TR=311;WE=79387472;WS=79387454;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,532:1.00:532
chr4	79391020	rs7681619	C	T	2574.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=36;NR=11;PP=1001;SC=TTGCCCATCCCTCATCTCTGA;SOR=2.147;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=36;TCR=11;TR=47;WE=79391028;WS=79391010;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr4	79391036	rs1496602	T	C	3000.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=44;NR=15;PP=1298;SC=TCTGAAGTGTTAGCAGACTTC;SOR=1.949;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=59;TCF=44;TCR=15;TR=59;WE=79391044;WS=79391026;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr4	79391256	rs7664505	T	C	5349.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=52;NR=80;PP=2557;SC=GTAAGGCCTGTCCCTCTGTCA;SOR=0.985;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=132;TCF=52;TCR=80;TR=132;WE=79391264;WS=79391246;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,200:1.00:200
chr4	79391424	rs6533688	C	T	395.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=0;NR=10;PP=243;SC=TGTGTAGGATCGGTTACGATT;SOR=5.283;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=0;TCR=10;TR=10;WE=79391432;WS=79391414;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr4	79400868	rs11098194	C	T	1579.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=14;NR=30;PP=858;SC=TCAGTGAGGACGCAGGTAATG;SOR=1.493;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=44;TCF=14;TCR=30;TR=44;WE=79400876;WS=79400858;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr4	79403146	rs34505482	A	T	2746.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=13;NR=64;PP=1831;SC=GAGACTCCACAAAGTTGACAG;SOR=2.621;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=78;TCF=13;TCR=65;TR=77;WE=79403154;WS=79403136;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr4	79409997	rs1496603	T	C	473.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=5;PP=248;SC=CTTCCACTAATGGTGCGTCTG;SOR=1.179;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=10;TCR=5;TR=15;WE=79410005;WS=79409987;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr4	79443774	rs931604	T	A	2674.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=57;NR=24;PP=1663;SC=CACAAGTACATTAAATGCATG;SOR=1.711;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=81;TCF=57;TCR=24;TR=81;WE=79443782;WS=79443764;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr4	79455858	rs4975140	T	A	923.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=24;PP=681;SC=TCTGCTCATATGCTCTCAGTC;SOR=2.694;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=30;TCF=6;TCR=24;TR=29;WE=79455866;WS=79455848;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr4	79503230	rs1472365	T	C	927.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=26;NR=4;PP=741;SC=GATGGACATGTTTTGTCTGAT;SOR=2.985;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=26;TCR=4;TR=30;WE=79503238;WS=79503220;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr4	79512800	rs10003947	T	A	3869.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=44;NR=51;PP=1811;SC=TTTTTATTTTTTAACTCCCCA;SOR=0.809;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=95;TCF=44;TCR=51;TR=95;WE=79512808;WS=79512790;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,144:1.00:144
chr4	79516694	.	C	CT	154.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.522;ClippingRankSum=0.000;DP=88;ExcessHet=3.0103;FS=1.114;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.15;ReadPosRankSum=1.111;SOR=0.501;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:53,19:0.26:72
chr4	79531186	rs5944	C	T	2055.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=32;NR=22;PP=1001;SC=TGTATTTGTTCTTCATTGATT;SOR=1.012;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=54;TCF=32;TCR=22;TR=54;WE=79531194;WS=79531176;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr4	79531308	rs4612	C	T	3855.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.704;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=46;PP=1757;ReadPosRankSum=-0.825;SC=GATGGGCTTTCCCAACAGCTC;SOR=0.693;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=91;TCF=44;TCR=47;TR=89;WE=79531316;WS=79531298;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,146:0.99:148
chr4	79845007	rs13108247	C	A	2622.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=47;NR=30;PP=1406;SC=AAAGAGATACCTACCTGGAAA;SOR=1.090;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=77;TCF=47;TCR=30;TR=77;WE=79845015;WS=79844997;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr4	79854436	rs10857059	T	C	2798.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=19;NR=63;PP=1491;SC=TGAATGTAAATGGATCAAATC;SOR=1.959;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=82;TCF=19;TCR=63;TR=82;WE=79854444;WS=79854426;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr4	80828555	rs61048419	G	A	6534.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.932;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=261;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=78;NR=71;PP=2677;ReadPosRankSum=0.082;SC=TGCCATCTTCGTACCTTCTTG;SOR=0.782;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=153;TCF=80;TCR=73;TR=149;WE=80828563;WS=80828545;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,255:0.98:259
chr4	80828740	rs6819294	T	A	769.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=21;PP=578;SC=CCATGTTAACTTGAGACATGA;SOR=5.058;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=0;TCR=21;TR=21;WE=80828748;WS=80828730;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr4	80905930	.	G	GA	208.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.577;ClippingRankSum=0.000;DP=191;ExcessHet=3.0103;FS=0.718;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.13;ReadPosRankSum=0.234;SOR=0.615;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:149,35:0.19:184
chr4	80957195	.	G	GA	82.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.113;ClippingRankSum=0.000;DP=95;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.11;MQRankSum=1.921;QD=0.98;ReadPosRankSum=0.280;SOR=0.748;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:68,16:0.19:84
chr4	81123013	rs141824276	CGT	C	64.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.208;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=4.232;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.14;MQRankSum=2.604;QD=0.87;ReadPosRankSum=-0.209;SOR=0.169;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:65,9:0.12:74
chr4	81341255	rs73829280	G	A	2144.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=38;NR=24;PP=1141;SC=ATCATGGGAGGGGGAGAAGAG;SOR=1.085;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=62;TCF=38;TCR=24;TR=62;WE=81341263;WS=81341245;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr4	81341413	rs73829281	G	A	3994.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.807;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=49;PP=1767;ReadPosRankSum=-1.192;SC=ACAAAGAAAAGCCTCAAAGAA;SOR=0.375;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=103;TCF=53;TCR=50;TR=100;WE=81341421;WS=81341403;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,159:0.98:162
chr4	81529380	rs2903671	T	C	2440.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=46;NR=25;PP=1190;SC=AATAGATAACTGATTCCAACA;SOR=1.305;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=71;TCF=46;TCR=25;TR=71;WE=81529388;WS=81529370;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr4	81529518	rs2867782	T	C	5031.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=52;NR=56;PP=2177;SC=GCTGCTCATATCTTGAAGAAG;SOR=0.758;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=109;TCF=53;TCR=56;TR=108;WE=81529526;WS=81529508;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,188:1.00:188
chr4	81884569	.	G	GT	35.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.428;ClippingRankSum=0.000;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=2.162;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.02;ReadPosRankSum=0.289;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,7:0.20:35
chr4	81884610	rs11452353	A	AT	1799.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=61.55;QD=24.65;SOR=1.733;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr4	81884722	rs1052325	G	A	6129.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.645;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=241;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQ=60.36;MQRankSum=0.280;NF=71;NR=76;PP=2661;ReadPosRankSum=-1.154;SC=AGAACTCTACGTACAAGCTGT;SOR=0.727;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=147;TCF=71;TCR=76;TR=147;WE=81884730;WS=81884712;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,238:0.99:240
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chr4	81973224	rs12647814	A	T	3143.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.20;SOR=0.761;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr4	81973260	rs1390318	C	T	3230.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=27;NR=44;PP=1317;SC=ATGCTGGGAGCTTTAGGAGTT;SOR=1.057;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=71;TCF=27;TCR=44;TR=71;WE=81973268;WS=81973250;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr4	82065566	rs7687935	A	T	2060.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=56;PP=1565;SC=CATAAAACACAAGCTGGTTAT;SOR=4.375;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=60;TCF=4;TCR=56;TR=60;WE=82065574;WS=82065556;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr4	82073295	rs3733550	C	T	1002.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.960;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=18;PP=464;ReadPosRankSum=1.051;SC=ACCCTCTAGACCTATATAAAC;SOR=0.507;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=28;TCF=9;TCR=19;TR=27;WE=82073303;WS=82073285;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,40:0.98:41
chr4	82092870	rs17005080	A	G	8298.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.785;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=324;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=109;NR=82;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.789;SC=TCCTTGTACAATTGTATAAAA;SOR=0.312;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=192;TCF=110;TCR=82;TR=191;WE=82092878;WS=82092860;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,312:1.00:313
chr4	82092967	rs9992933	C	T	7804.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=304;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=62;NR=105;PP=2965;SC=CTCTATCAAGCAGAATTTTAA;SOR=0.995;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=167;TCF=62;TCR=105;TR=167;WE=82092975;WS=82092957;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,300:1.00:300
chr4	83276386	rs34411705	G	A	460.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=12;NR=0;PP=299;SC=ATTAAGCATTGTTTTATGAAC;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=13;TCR=0;TR=12;WE=83276394;WS=83276377;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr4	83276430	rs3838641	C	CA	816.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=1.537;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.004;HP=10;HapScore=3;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=7;PP=237;ReadPosRankSum=-1.080;SC=TTGTAAATGACAAAAAAAAAC;SOR=1.949;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=28;TCF=15;TCR=13;TR=19;WE=83276438;WS=83276420;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,36:0.95:38
chr4	83350954	rs2516817	C	T	141.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=4;PP=111;SC=GGTCAGCAGTCCCGAGCAGAG;SOR=1.981;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=5;TCF=1;TCR=4;TR=5;WE=83350962;WS=83350944;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr4	83352177	rs10646358	C	CTT	3244.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=54;PP=2770;SC=GGCGGTGTGGCTGCCTCTTGT;SOR=3.471;SbPval=0.96;Source=Platypus;TC=65;TCF=4;TCR=61;TR=55;WE=83352185;WS=83352167;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr4	83552809	rs3857138	A	C	1312.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=9;NR=30;PP=889;SC=TTGGTTACTGACTCCAAAGGC;SOR=2.409;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=39;TCF=9;TCR=30;TR=39;WE=83552817;WS=83552799;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr4	83582064	rs3733228	G	T	5074.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=50;NR=47;PP=1772;SC=AGAGCACGCAGCATCAAGCAG;SOR=0.714;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=98;TCF=50;TCR=48;TR=97;WE=83582072;WS=83582054;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,196:1.00:196
chr4	83582211	rs3733227	C	G	1684.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=11;NR=26;PP=718;SC=GCTCTTCCTTCTTTCTGGATG;SOR=1.366;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=11;TCR=26;TR=37;WE=83582219;WS=83582201;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr4	83626382	rs1876218	C	A	2383.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=52;NR=17;PP=1525;SC=CCCCTCCTCCCATACTGCCAT;SOR=1.809;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=69;TCF=52;TCR=17;TR=69;WE=83626390;WS=83626372;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr4	83626674	rs6853042	G	A	4050.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=30;NR=62;PP=2108;SC=GTGTCAGGGGGGAAAGCTGCA;SOR=1.260;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=93;TCF=31;TCR=62;TR=92;WE=83626682;WS=83626664;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,143:1.00:143
chr4	83742336	rs4634209	C	T	1676.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=15;NR=29;PP=881;SC=TCTCATTGCACTAAACCTTAT;SOR=1.234;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=45;TCF=16;TCR=29;TR=44;WE=83742344;WS=83742326;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr4	83778378	rs4235054	A	T	1530.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=11;NR=32;PP=925;SC=ATATATATACATGAATGGAGA;SOR=2.049;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=43;TCF=11;TCR=32;TR=43;WE=83778386;WS=83778368;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr4	83784337	rs7666917	G	A	221.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=7;NR=1;PP=199;SC=AAGAAAAAGGGAAAAAACGCT;SOR=2.833;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=7;TCR=1;TR=8;WE=83784345;WS=83784327;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr4	83787845	rs7356522	G	A	1011.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=23;NR=6;PP=643;SC=ATACCCACAAGTACATCTCAA;SOR=2.368;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=23;TCR=6;TR=29;WE=83787853;WS=83787835;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr4	83788139	rs2290739	C	A	1429.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=29;PP=1002;SC=ATAACATAAGCATCCGACCAT;SOR=1.863;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=11;TCR=29;TR=40;WE=83788147;WS=83788129;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr4	83788344	rs2045478	A	T	7559.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=287;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=115;NR=62;PP=2965;SC=CATCTGTGCTACCTCCCATGA;SOR=1.175;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=179;TCF=115;TCR=64;TR=177;WE=83788352;WS=83788334;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,280:1.00:280
chr4	83788562	rs2045479	T	C	1978.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=12;NR=50;PP=1588;SC=ACAAGTATAGTTAAATTGAAT;SOR=2.658;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=62;TCF=12;TCR=50;TR=62;WE=83788570;WS=83788552;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr4	83791373	rs10015419	C	T	1854.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-0.871;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=12;PP=1281;ReadPosRankSum=-0.731;SC=TCCACATACTCTTCACATAGT;SOR=1.358;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=59;TCF=47;TCR=12;TR=58;WE=83791381;WS=83791363;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,64:0.98:65
chr4	83791649	rs3762902	G	T	1994.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=17;NR=46;PP=1208;SC=TTCTGCCTAGGTTTTGTAGAT;SOR=1.704;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=63;TCF=17;TCR=46;TR=63;WE=83791657;WS=83791639;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr4	83792464	rs35679019	TAC	T	682.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=3;NR=5;PP=384;SC=TATACATGCATACACACACAC;SOR=0.941;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=9;TCF=3;TCR=6;TR=8;WE=83792473;WS=83792454;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr4	83792498	rs7685043	G	T	831.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=31;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=10;NR=7;PP=303;SC=CACAAGTAACGTAGGTACAGT;SOR=0.990;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=10;TCR=7;TR=17;WE=83792506;WS=83792488;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr4	83792555	rs7686508	C	A	567.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=32;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=11;NR=9;PP=346;SC=TGCAGTAAGTCGTTACTTAAT;SOR=0.874;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=11;TCR=9;TR=20;WE=83792563;WS=83792545;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr4	83793243	rs4693525	A	C	3265.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQ=60.09;NF=24;NR=57;PP=1774;SC=AATGCATCTGAAGATAGTTAA;SOR=1.377;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=81;TCF=24;TCR=57;TR=81;WE=83793251;WS=83793233;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr4	83793354	rs143845447	A	ATTTTG	488.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=8;PP=433;SC=GCTGTGGCTTATTTTATTTAT;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=0;TCR=11;TR=8;WE=83793376;WS=83793344;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr4	83793368	rs11942312	C	T	289.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=7;PP=167;SC=TATTTATGATCTATTTATTGT;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=7;WE=83793376;WS=83793344;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr4	83795806	rs10025654	T	C	4486.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=53;NR=55;PP=2187;SC=GCTCATTTTTTCTAAGATCCC;SOR=0.729;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=108;TCF=53;TCR=55;TR=108;WE=83795814;WS=83795796;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,169:1.00:169
chr4	83838217	rs1031639	G	A	8119.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=309;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=105;NR=73;PP=2965;SC=TAAAAAGTATGCCTCTCAAGC;SOR=0.916;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=178;TCF=105;TCR=73;TR=178;WE=83838225;WS=83838207;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,305:1.00:305
chr4	83838262	rs897945	G	T	10534.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.723;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=407;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=121;NR=101;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.523;SC=GTCACAGTTTGCAGGGGTTTA;SOR=0.523;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=225;TCF=123;TCR=102;TR=222;WE=83838270;WS=83838252;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:5,396:0.99:401
chr4	83839799	rs6535411	A	G	3062.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=37;NR=52;PP=1781;SC=TGGGCATATTAATCTTTTTGT;SOR=0.951;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=89;TCF=37;TCR=52;TR=89;WE=83839807;WS=83839789;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr4	83852065	rs985899	G	A	3251.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=69;NR=27;PP=2063;SC=TATTTGGGAAGTACTATAAAA;SOR=1.898;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=96;TCF=69;TCR=27;TR=96;WE=83852073;WS=83852055;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr4	83857402	rs6535415	T	C	1688.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=43;PP=1221;SC=TGGATATTTCTGTCAGTTAAA;SOR=2.457;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=55;TCF=12;TCR=43;TR=55;WE=83857410;WS=83857392;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr4	83900043	rs6535422	A	G	5253.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=72;NR=41;PP=2294;SC=AACCTGCAATAACTGGTGGTG;SOR=1.104;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=113;TCF=72;TCR=41;TR=113;WE=83900051;WS=83900033;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,194:1.00:194
chr4	83900260	rs7674484	A	G	955.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=22;PP=594;SC=ATGTAAAACCAGCTCACTTAA;SOR=2.517;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=25;TCF=3;TCR=22;TR=25;WE=83900268;WS=83900250;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr4	83905258	rs9994716	C	G	1895.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=41;NR=14;PP=1157;SC=AACTATGAATCAGTTAAATTT;SOR=1.863;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=56;TCF=41;TCR=15;TR=55;WE=83905266;WS=83905248;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr4	83970297	rs3081902	CT	C	138.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.435;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.17;MQRankSum=2.513;QD=1.20;ReadPosRankSum=0.392;SOR=0.627;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:88,28:0.24:116
chr4	83977975	rs6535432	C	T	624.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=16;NR=1;PP=409;SC=GATTCCCTTACGGTACCAGAA;SOR=3.816;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=17;TCF=16;TCR=1;TR=17;WE=83977983;WS=83977969;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr4	83989516	rs2868747	T	C	695.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=15;NR=6;PP=393;SC=AACCAGAAGCTTTCTGTTCTC;SOR=1.697;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=21;TCF=15;TCR=6;TR=21;WE=83989524;WS=83989506;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr4	84189012	rs11448409	G	GT	399.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=1;NR=14;PP=426;SC=CAGATTTAGTGTTTTTTTGTA;SOR=2.712;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=16;TCF=1;TCR=15;TR=15;WE=84189020;WS=84189002;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr4	84191031	rs6535454	A	G	8219.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=321;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=119;NR=68;PP=2965;SC=CATAAATAGTATCATATATTA;SOR=1.071;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=188;TCF=119;TCR=69;TR=187;WE=84191039;WS=84191021;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,308:1.00:308
chr4	84193366	rs6841889	C	T	2141.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=17;NR=36;PP=1139;SC=ATTACCACTACCTCTTAGAAA;SOR=1.300;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=53;TCF=17;TCR=36;TR=53;WE=84193374;WS=84193356;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr4	84205618	rs13113787	A	C	1597.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=31;NR=18;PP=827;SC=GCCGACTCGGAGGCTGCTACT;SOR=1.160;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=49;TCF=31;TCR=18;TR=49;WE=84205626;WS=84205608;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr4	84205872	rs6818847	C	A	2872.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=53;NR=33;PP=1696;SC=GCCAGTGCCACAGCCCGCAGG;SOR=1.168;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=86;TCF=53;TCR=33;TR=86;WE=84205880;WS=84205862;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr4	84223461	rs4285078	G	C	4060.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=30;NR=76;PP=2474;SC=AAAAATAGATGTTTACTTATG;SOR=1.543;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=109;TCF=30;TCR=79;TR=106;WE=84223469;WS=84223451;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,141:1.00:141
chr4	84230619	rs11099592	T	C	2843.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=37;NR=26;PP=1229;SC=AAAATCTTCCTTGGTAGCAGT;SOR=0.849;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=63;TCF=37;TCR=26;TR=63;WE=84230627;WS=84230609;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr4	84232104	rs6535455	T	C	636.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=15;PP=455;SC=AGCAAACATATAGCAGTATTT;SOR=3.056;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=16;TCF=1;TCR=15;TR=16;WE=84232112;WS=84232094;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr4	84234190	rs6818355	A	G	1061.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=29.49;SOR=3.797;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr4	84234229	rs6840520	G	A	3229.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=61;NR=23;PP=1781;SC=GCTAGTGGGGGATCTCCTTAT;SOR=1.609;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=84;TCF=61;TCR=23;TR=84;WE=84234237;WS=84234219;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr4	84240654	rs12501123	G	A	937.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=22;PP=579;SC=TAGAAGGTCTGTTTTCACAGT;SOR=2.517;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=28;TCF=6;TCR=22;TR=28;WE=84240662;WS=84240644;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr4	84240680	rs12501124	G	T	536.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=4;NR=13;PP=339;SC=GACTGAAATCGCATATATTTA;SOR=2.419;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=4;TCR=13;TR=17;WE=84240688;WS=84240670;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr4	84347363	rs4693624	A	G	1337.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.537;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=40;PP=1023;ReadPosRankSum=-0.633;SC=CAAGATAAATATATTTGTAAA;SOR=4.003;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=42;TCF=1;TCR=41;TR=41;WE=84347371;WS=84347353;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,45:0.98:46
chr4	84352750	rs12645412	T	C	629.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.186;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=5;PP=396;ReadPosRankSum=-0.388;SC=TATAAAGTTATTGCATAACTT;SOR=0.693;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=21;TCF=16;TCR=5;TR=20;WE=84352758;WS=84352740;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,25:0.96:26
chr4	84353154	rs2047210	T	C	587.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=17;NR=1;PP=481;SC=TTCTTAATCATATAGGAAAGA;SOR=4.615;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=18;TCF=17;TCR=1;TR=18;WE=84353162;WS=84353144;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr4	84362443	rs4693088	T	G	2087.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=32;NR=23;PP=1022;SC=GGAATTTAAATGTTATCAATG;SOR=0.914;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=55;TCF=32;TCR=23;TR=55;WE=84362451;WS=84362433;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr4	84364751	rs7665103	A	G	1682.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=20;NR=23;PP=710;SC=CACTCATACCAATAATTTGAG;SOR=0.917;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=43;TCF=20;TCR=23;TR=43;WE=84364759;WS=84364741;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr4	84364808	rs6535473	T	C	1111.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=8;NR=21;PP=635;SC=TTAAGGAAAATATGTTATTTA;SOR=1.788;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=8;TCR=21;TR=29;WE=84364816;WS=84364798;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr4	84367050	rs11099599	G	A	371.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=11;NR=1;PP=308;SC=TAAAACAAAGGCAAAAAGCTT;SOR=3.611;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=12;TCF=11;TCR=1;TR=12;WE=84367058;WS=84367040;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr4	84367286	rs11099600	G	A	1649.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=19;NR=25;PP=746;SC=TCTTCATATAGTGCTCATATA;SOR=1.000;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=46;TCF=19;TCR=27;TR=44;WE=84367294;WS=84367276;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr4	84368225	rs11272773	GCATTGTGGCCAATGCCTGTAATCC	G	819.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=2;NR=10;PP=2922;SC=AATTGGCCAGGCATTGTGGCC;SOR=2.948;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=14;TCF=2;TCR=12;TR=12;WE=84368256;WS=84368215;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr4	84370091	rs13141136	A	G	4960.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-0.971;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.160;NF=34;NR=110;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.557;SC=ACAGAATTCAATGTTAAACAA;SOR=0.970;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=145;TCF=34;TCR=111;TR=144;WE=84370099;WS=84370081;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,176:0.99:177
chr4	84370124	rs10718573	TA	T	1634.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-1.208;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=11;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.289;NF=1;NR=58;PP=1005;ReadPosRankSum=-1.297;SC=TCTGTGGAATTAAAAAAAAAA;SOR=0.981;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=77;TCF=1;TCR=76;TR=59;WE=84370133;WS=84370114;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,84:0.98:86
chr4	84374480	rs1494961	C	T	2727.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=40;NR=30;PP=1375;SC=GATGACTCAACTGTTTTCTTA;SOR=0.863;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=70;TCF=40;TCR=30;TR=70;WE=84374488;WS=84374470;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr4	84376743	rs6831595	A	T	11195.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=418;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=120;NR=152;PP=2965;SC=ATCTCCGGGCACGAGCTCGGC;SOR=0.903;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=273;TCF=120;TCR=153;TR=272;WE=84376751;WS=84376733;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,416:1.00:416
chr4	84377497	rs2279658	A	G	591.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=15;PP=415;SC=AGTGTCGTCTAATCCACTCCT;SOR=3.611;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=17;TCF=1;TCR=16;TR=16;WE=84377505;WS=84377487;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr4	84380955	rs12505955	G	T	1086.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-0.524;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQ=60.25;MQRankSum=0.312;NF=13;NR=20;PP=637;ReadPosRankSum=-1.075;SC=TTACAGGTATGTTCTTTTTTA;SOR=0.394;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=34;TCF=13;TCR=21;TR=33;WE=84380963;WS=84380945;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,41:0.98:42
chr4	84381035	rs34365268	CA	C	347.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=7;PP=250;SC=CTCAAATTTTCAAATTGTGCT;SOR=1.270;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=7;WE=84381043;WS=84381025;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr4	84382058	rs34734728	CA	C	441.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=11;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=10;NR=3;PP=197;SC=GACTCCATCTCAAAAAAAAAA;SOR=2.124;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=17;TCF=13;TCR=4;TR=13;WE=84382066;WS=84382048;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr4	84383810	rs12642536	C	T	970.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=25;PP=717;SC=AAGTCTAAGGCTTTATGCTTA;SOR=2.303;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=8;TCR=25;TR=33;WE=84383818;WS=84383800;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr4	84390469	rs148107040	G	GT	70.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.324;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=2.158;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=4.72;ReadPosRankSum=1.508;SOR=0.252;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,7:0.47:15
chr4	84393475	rs6535478	C	T	249.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=6;PP=189;SC=ATTTCAAATACGCTAAAAATA;SOR=1.402;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=3;TCR=6;TR=9;WE=84393483;WS=84393465;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr4	84397590	rs17352803	A	C	347.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=9;NR=5;PP=218;SC=GAAGATCAGCATTAAGTAATA;SOR=1.473;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=14;TCF=9;TCR=5;TR=14;WE=84397598;WS=84397580;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr4	84397620	rs17352824	G	A	456.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=10;NR=6;PP=245;SC=AGAAAGAACTGCTAGGGTTGA;SOR=1.179;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=10;TCR=6;TR=16;WE=84397628;WS=84397610;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr4	84401623	rs6838354	T	C	164.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=0;NR=4;PP=89;SC=ATCCATGAAATAGTAGTTGCC;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=0;TCR=4;TR=4;WE=84401631;WS=84401613;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr4	84403491	rs35608460	A	AG	389.74	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.68;BaseQRankSum=0.140;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5003;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.577;NF=0;NR=4;PP=144;ReadPosRankSum=1.470;SC=TATGTATACAATATGTGCTAC;SOR=0.593;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=4;WE=84403499;WS=84403481;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,12:0.92:13
chr4	84509465	rs11394944	T	TG	9370.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=234;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=30;NR=77;PP=2936;SC=GAGTATCTGCTCCAATGTGCC;SOR=0.829;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=107;TCF=30;TCR=77;TR=107;WE=84509473;WS=84509455;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,233:1.00:233
chr4	84519775	rs71668661	AT	A	1514.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.783;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.804;HP=14;HapScore=4;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.807;NF=13;NR=34;PP=485;ReadPosRankSum=1.397;SC=TATTCTTGCAATTTTTTTTTT;SOR=0.875;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=56;TCF=18;TCR=38;TR=47;WE=84519797;WS=84519765;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,104:0.78:133
chr4	85465390	rs3835099	AT	A	1164.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.695;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=1.992;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.15;MQRankSum=0.323;QD=17.65;ReadPosRankSum=-0.166;SOR=0.351;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:4,62:0.94:66
chr4	85625701	rs1838039	A	G	481.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=11;PP=294;SC=TGATAACTGTAACACTAAATG;SOR=2.179;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=3;TCR=11;TR=14;WE=85625709;WS=85625691;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr4	85662975	.	T	C	4949.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=87;NR=32;PP=2501;SC=GAACATGCCTTGCCAAAGCTT;SOR=1.493;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=119;TCF=87;TCR=32;TR=119;WE=85662983;WS=85662965;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,178:1.00:178
chr4	85678426	.	CA	C	2014.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=1.740;ClippingRankSum=0.000;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.401;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.291;NF=1;NR=41;PP=1784;ReadPosRankSum=0.113;SC=CCAGAACATTCATACTACTAT;SOR=2.833;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=44;TCF=1;TCR=43;TR=42;WE=85678434;WS=85678416;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,53:0.96:55
chr4	85710785	.	A	AAC	341	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=28;MMLQ=21;MQ=59.75;NF=13;NR=0;PP=341;QD=26.4615384615;SC=ATATCCCTGTAACACACACAC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=29;TCF=29;TCR=0;TR=13;WE=85710793;WS=85710784;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:16,13:0.45:29
chr4	85710823	.	C	CA	374.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.636;ClippingRankSum=0.000;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.19;MQRankSum=0.625;QD=18.74;ReadPosRankSum=1.139;SOR=2.531;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,16:0.80:20
chr4	85710824	.	C	CA	1764.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.18;QD=30.43;SOR=5.283;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr4	85723103	rs202037676	A	AT	54.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.040;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FS=3.393;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.97;MQRankSum=1.680;QD=1.12;ReadPosRankSum=0.582;SOR=1.515;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,11:0.22:49
chr4	85765541	rs2869216	T	C	1460.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=33;NR=9;PP=1030;SC=AAAACAATATTAGAACTCACA;SOR=2.124;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=43;TCF=33;TCR=10;TR=42;WE=85765549;WS=85765531;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr4	86851884	rs13126782	T	G	375.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=1;PP=199;SC=GAAAAGGAAGTTTTTTTTTGC;SOR=2.147;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=8;TCR=1;TR=9;WE=86851892;WS=86851876;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr4	86921609	rs144475387	A	AC	601.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.112;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.41;ReadPosRankSum=-0.027;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,26:0.84:31
chr4	86952590	rs13103861	G	A	3747.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=42;NR=48;PP=1768;SC=GGAGGCTGCCGAATAAAAACA;SOR=0.829;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=90;TCF=42;TCR=48;TR=90;WE=86952598;WS=86952580;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,139:1.00:139
chr4	86952648	rs10025882	T	C	2748.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=33;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=24;NR=41;PP=1106;SC=ACTCTTACAATGCACGAGAAT;SOR=1.106;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=65;TCF=24;TCR=41;TR=65;WE=86952656;WS=86952638;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr4	86952687	rs9307014	C	G	2062.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=37;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=32;PP=1036;SC=TCGGTGATTTCAACCGTATAT;SOR=1.426;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=44;TCF=12;TCR=32;TR=44;WE=86952695;WS=86952677;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr4	86952751	rs10516763	T	C	706.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=6;NR=18;PP=389;SC=TGTAAACTTATGGAGGATTCA;SOR=1.863;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=24;TCF=6;TCR=18;TR=24;WE=86952759;WS=86952741;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr4	87019904	rs4133139	G	A	614.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-1.846;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=21;PP=467;ReadPosRankSum=1.079;SC=TCAAACCAGCGCTATGCTATT;SOR=2.066;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=25;TCF=3;TCR=22;TR=24;WE=87019912;WS=87019894;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,23:0.96:24
chr4	87024228	.	C	CTGTG,CTGTGTGTG	1655.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=59.91;QD=48.70;SOR=1.418;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:0,7,27:0.21,0.79:34
chr4	87463813	rs4529013	G	A	2366.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=0.821;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=31;PP=1148;ReadPosRankSum=-0.668;SC=CCTGTCAACCGTACCCTAGCT;SOR=0.737;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=68;TCF=35;TCR=33;TR=65;WE=87463821;WS=87463803;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,92:0.98:94
chr4	87463933	rs72665744	C	T	656.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=17;PP=481;SC=ACAGACACTGCTTGCTTTGCT;SOR=2.030;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=6;TCR=17;TR=23;WE=87463941;WS=87463923;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr4	87637658	rs181468750	A	G	1707.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=23;NR=14;PP=730;SC=TTTGCTTTCTAATCTTTTTGT;SOR=1.000;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=37;TCF=23;TCR=14;TR=37;WE=87637666;WS=87637648;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr4	87638342	rs35080587	A	AT	536.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.210;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.493;HP=17;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=11;PP=110;ReadPosRankSum=2.148;SC=ATTAAATGGAATTTTTTTTTT;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=0;TCR=20;TR=11;WE=87638350;WS=87638332;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,18:0.90:20
chr4	87638364	rs4263359	C	T	533.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=12;PP=300;SC=TTTTTTGAGACGGAGTCTTGC;SOR=2.584;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=14;TCF=2;TCR=12;TR=14;WE=87638372;WS=87638354;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr4	87679642	rs1420624	A	C	3864.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=39;NR=82;PP=2446;SC=AAGCCCATCAACCTACCCGCC;SOR=1.527;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=121;TCF=39;TCR=82;TR=121;WE=87679650;WS=87679632;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,140:1.00:140
chr4	87684031	rs710832	A	G	4549.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=77;NR=50;PP=2402;SC=CCTTTGGGCCATCTGGGGGCC;SOR=1.009;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=127;TCF=77;TCR=50;TR=127;WE=87684039;WS=87684021;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,172:1.00:172
chr4	87690998	rs2230600	A	G	5559.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.752;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=96;NR=40;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.838;SC=ATAATCTTATACCGGAGCAAA;SOR=1.437;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=138;TCF=97;TCR=41;TR=136;WE=87691006;WS=87690988;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,199:0.99:201
chr4	87706506	rs989902	T	G	3180.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.07;SOR=0.906;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr4	87720470	rs11358237	CT	C	140.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.67;QD=14.07;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr4	87728676	rs17694112	A	C	1503.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=30;NR=18;PP=895;SC=AAAATGCATGATATGGATGGC;SOR=1.101;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=49;TCF=31;TCR=18;TR=48;WE=87728684;WS=87728666;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr4	87731238	rs11930396	G	A	605.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.578;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=18;PP=425;ReadPosRankSum=-0.603;SC=TAACTTATGAGTTTATATGAC;SOR=1.609;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=22;TCF=3;TCR=19;TR=21;WE=87731246;WS=87731228;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,23:0.96:24
chr4	87754419	rs10050311	C	T	2611.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.125;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=12;PP=1339;ReadPosRankSum=-0.682;SC=AGTATCATCACCATTACTGTT;SOR=0.758;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=61;TCF=49;TCR=12;TR=60;WE=87754427;WS=87754409;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,95:0.99:96
chr4	87754713	rs7678571	G	A	513.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=10;PP=273;SC=TTTCTCTCCCGTTGTTTAACA;SOR=1.609;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=14;TCF=3;TCR=11;TR=13;WE=87754721;WS=87754703;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr4	87809387	rs1550931	G	T	9578.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=365;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=106;NR=124;PP=2965;SC=TAGGTTTGTGGACCAGGTCTT;SOR=0.784;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=230;TCF=106;TCR=124;TR=230;WE=87809395;WS=87809377;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,364:1.00:364
chr4	87812564	rs10011798	G	C	4332.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.697;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=70;NR=43;PP=2240;ReadPosRankSum=-0.828;SC=ACTCCCCACCGCAGTCAATGC;SOR=0.991;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=114;TCF=70;TCR=44;TR=113;WE=87812572;WS=87812554;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,166:0.99:168
chr4	87812586	rs55723875	TA	T	3882.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.170;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=242;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=12;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.701;NF=40;NR=52;PP=1431;ReadPosRankSum=0.827;SC=TACCCTGATTTAAAAAAAAAA;SOR=0.569;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=111;TCF=52;TCR=59;TR=92;WE=87812606;WS=87812576;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:11,221:0.95:232
chr4	87812810	rs35305216	G	GA	1285.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=1;NR=39;PP=1209;SC=CCAAATAATAGAAAAAAATTC;SOR=2.540;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=48;TCF=1;TCR=47;TR=40;WE=87812818;WS=87812800;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr4	87957989	rs340629	T	C	5349.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.466;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=379;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.99;MQRankSum=-0.108;QD=19.24;ReadPosRankSum=-1.258;SOR=3.731;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:5,273:0.98:278
chr4	87968798	rs6854749	A	T	6313.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.080;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=252;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=73;NR=93;PP=2965;ReadPosRankSum=2.376;SC=CGGATTTGAGATGAAAATGTC;SOR=0.901;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=167;TCF=73;TCR=94;TR=166;WE=87968806;WS=87968788;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,241:0.98:245
chr4	87968979	rs58633957	G	T	1542.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=16;NR=27;PP=894;SC=ACCTTTTTATGGAGCCAAAAT;SOR=1.101;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=43;TCF=16;TCR=27;TR=43;WE=87968987;WS=87968969;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr4	88029482	rs3733377	C	G	1119.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=23;PP=632;SC=CGTGTTCCCCCTCGAGATGGC;SOR=2.038;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=7;TCR=23;TR=30;WE=88029490;WS=88029472;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr4	88048315	rs112686186	GC	G	1793.84	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.119;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.73;MQRankSum=0.000;QD=30.93;ReadPosRankSum=-1.654;SOR=1.501;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,55:0.95:58
chr4	88048318	.	T	TCC	339.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.038;ClippingRankSum=0.000;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=4.102;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.66;MQRankSum=0.000;QD=18.87;ReadPosRankSum=1.136;SOR=2.546;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,11:0.61:18
chr4	88048328	rs112453934	A	C	957.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.017;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=4.568;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.45;MQRankSum=0.000;QD=30.90;ReadPosRankSum=-0.268;SOR=2.985;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,28:0.90:31
chr4	88052219	rs342467	T	C	3081.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=38;NR=48;PP=1330;SC=ACAATGACCATGTTCTTCTCC;SOR=0.910;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=87;TCF=38;TCR=49;TR=86;WE=88052227;WS=88052209;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr4	88053085	rs342466	C	T	1197.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=13;NR=20;PP=573;SC=CAAAAAGATTCTGAAATTTGT;SOR=1.085;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=33;TCF=13;TCR=20;TR=33;WE=88053093;WS=88053075;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr4	88056719	rs56703224	GT	G	2687.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.550;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.09;MQRankSum=0.184;QD=22.59;ReadPosRankSum=-0.131;SOR=0.472;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,118:0.99:119
chr4	88056925	rs342464	A	G	3811.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=27;NR=69;PP=1976;SC=CAGTCCAGACATTTGTTTCAT;SOR=1.560;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=96;TCF=27;TCR=69;TR=96;WE=88056933;WS=88056915;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,142:1.00:142
chr4	88226231	rs11735092	T	C	358.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=9;NR=4;PP=227;SC=TTAATCTTGTTCGTTTGACTG;SOR=1.765;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=14;TCF=10;TCR=4;TR=13;WE=88226239;WS=88226221;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr4	88226480	rs6850131	A	C	893.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=20;PP=581;SC=AAAGAAAAAAAAATTGAAAAA;SOR=2.910;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=22;TCF=2;TCR=20;TR=22;WE=88226488;WS=88226470;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr4	88231392	rs72613567	T	TA	1479.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=19;PP=1123;SC=GTGCTGTACTTACTTCTGTAG;SOR=0.843;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=26;TCF=7;TCR=19;TR=25;WE=88231400;WS=88231382;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr4	88234874	rs7698974	C	T	740.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=19;NR=2;PP=498;SC=ATTTTTCCTTCTTCATTTTCT;SOR=3.442;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=21;TCF=19;TCR=2;TR=21;WE=88234882;WS=88234864;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr4	88238448	rs6531975	A	G	1867.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=14;NR=44;PP=1336;SC=ATATAATCCAAAGATGAGAGT;SOR=1.911;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=59;TCF=15;TCR=44;TR=58;WE=88238456;WS=88238438;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr4	88239609	rs13118664	A	T	1650.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=16;NR=28;PP=801;SC=GAAGAAACAAATTCCGAAAAA;SOR=1.234;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=44;TCF=16;TCR=28;TR=44;WE=88239617;WS=88239599;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr4	88258483	rs9991501	T	C	1609.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=21;NR=31;PP=735;SC=ACTGATTTTTTGTTTTAAAAC;SOR=1.044;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=52;TCF=21;TCR=31;TR=52;WE=88258491;WS=88258473;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr4	88261828	rs7679024	A	C	4305.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.429;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=68;PP=2266;ReadPosRankSum=-0.260;SC=GGTGCTAACCAACAGCTTTAG;SOR=1.031;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=119;TCF=49;TCR=70;TR=115;WE=88261836;WS=88261818;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:6,162:0.96:168
chr4	88312293	rs28654511	A	T	1010.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=27;PP=731;SC=TTTAGAGGGTAGCTCGATCTA;SOR=1.949;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=35;TCF=8;TCR=27;TR=35;WE=88312301;WS=88312283;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr4	88356111	rs28736552	T	C	1575.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=-1.555;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=13;PP=645;ReadPosRankSum=0.638;SC=TTATGTAAAATGTTTTTCTTT;SOR=0.527;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=42;TCF=29;TCR=13;TR=41;WE=88356119;WS=88356101;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,62:0.98:63
chr4	88362904	rs13104303	C	T	2841.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=52;NR=25;PP=1568;SC=CTTATGTTCTCTTCTTTTGGG;SOR=1.413;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=77;TCF=52;TCR=25;TR=77;WE=88362912;WS=88362894;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr4	88363217	rs35607673	C	T	445.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=8;PP=246;SC=TCATGCATTGCTTAACAATGA;SOR=1.061;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=13;TCF=5;TCR=8;TR=13;WE=88363225;WS=88363207;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr4	88401616	rs9933	A	G	5700.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=62;NR=61;PP=2319;SC=TTAAGAGAAGATCAATGGGAT;SOR=0.702;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=124;TCF=63;TCR=61;TR=123;WE=88401624;WS=88401606;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,217:1.00:217
chr4	88416223	rs8342	A	G	3500.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=30;NR=41;PP=1372;SC=CAGTGTTGTCAGGTGCTACCG;SOR=0.849;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=71;TCF=30;TCR=41;TR=71;WE=88416231;WS=88416213;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,136:1.00:136
chr4	88532182	rs142413098	A	AGT,AGTGT	932.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.009;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=32.16;ReadPosRankSum=-0.217;SOR=0.582;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:3,7,19:0.24,0.66:29
chr4	88533163	.	TTG	T	95.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.756;ClippingRankSum=-0.000;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=6.38;ReadPosRankSum=1.780;SOR=0.818;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,6:0.40:15
chr4	88537737	rs2615489	G	A	4718.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=33;NR=96;PP=2815;SC=AGAAAAACCCGTAAGATTCCT;SOR=1.785;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=129;TCF=33;TCR=96;TR=129;WE=88537745;WS=88537727;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,169:1.00:169
chr4	88577573	rs2615480	A	G	4000.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=64;NR=43;PP=2275;SC=AAAAGTTGAAACTACTTTATT;SOR=1.052;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=107;TCF=64;TCR=43;TR=107;WE=88577581;WS=88577563;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,147:1.00:147
chr4	88578310	rs2615479	A	G	432.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=10;PP=246;SC=CATTGCAAATATTGAAACTGC;SOR=1.371;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=5;TCR=10;TR=15;WE=88578318;WS=88578300;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr4	88584148	rs2615498	C	T	11854.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.173;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=279;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=95;NR=91;PP=2965;ReadPosRankSum=1.215;SC=AAGCAGACAGCGAATCCAGTG;SOR=0.257;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=187;TCF=96;TCR=91;TR=186;WE=88584168;WS=88584138;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,273:1.00:274
chr4	88584160	rs2615497	G	A	11757.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.150;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=273;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=93;NR=88;PP=2965;ReadPosRankSum=0.423;SC=AATCCAGTGAGAGCCTCAACT;SOR=0.258;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=182;TCF=94;TCR=88;TR=181;WE=88584168;WS=88584138;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,267:1.00:268
chr4	88584507	rs2627724	G	A	3068.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.122;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=67;PP=1954;ReadPosRankSum=1.347;SC=GTCACATAAAGGAGTCTTAGG;SOR=1.323;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=81;TCF=13;TCR=68;TR=79;WE=88584515;WS=88584497;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,106:0.99:107
chr4	88755828	rs7698623	T	C	4432.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=55;NR=40;PP=1651;SC=CAATGCTTTGTGGTAAGATAT;SOR=0.897;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=96;TCF=55;TCR=41;TR=95;WE=88755836;WS=88755818;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,170:1.00:170
chr4	88759690	rs6835632	T	C	543.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=3;PP=298;SC=ATAATACAACTCAGTGAGAGA;SOR=1.721;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=11;TCR=3;TR=14;WE=88759698;WS=88759680;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr4	88767008	rs17013285	G	A	5232.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-1.305;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=81;PP=2919;ReadPosRankSum=-0.642;SC=GGCAGATGCTGTTGATGTCAG;SOR=0.312;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=148;TCF=66;TCR=82;TR=146;WE=88767016;WS=88766998;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,197:0.99:198
chr4	88812956	rs72490258	A	ACATTGCTC	1709.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=20;NR=3;PP=1751;SC=AAGCAAGCTCACATTGCTCTC;SOR=3.145;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=28;TCF=24;TCR=4;TR=23;WE=88812964;WS=88812946;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr4	88813100	rs3811816	G	A	9234.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.784;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=358;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=-0.409;NF=145;NR=86;PP=2965;ReadPosRankSum=1.560;SC=CTATTCCAACGAGGAGATTTT;SOR=0.410;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=234;TCF=146;TCR=88;TR=231;WE=88813108;WS=88813090;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,352:1.00:353
chr4	88813126	rs3811817	C	A	11444.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-2.115;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=434;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=-0.334;NF=182;NR=109;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.062;SC=AGGAGTTGATCTCTAATGCTT;SOR=0.422;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=292;TCF=183;TCR=109;TR=291;WE=88813134;WS=88813116;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,429:1.00:430
chr4	88813503	rs6532031	T	C	7892.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=284;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=89;NR=110;PP=2965;SC=TGCATGCTGATCATGGTGAGC;SOR=0.853;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=199;TCF=89;TCR=110;TR=199;WE=88813511;WS=88813493;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,281:1.00:281
chr4	88813583	rs3828551	G	A	7106.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.401;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=265;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=-0.321;NF=85;NR=95;PP=2965;ReadPosRankSum=0.921;SC=GAAGAGAGGCGGGTCAAAGAA;SOR=0.781;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=186;TCF=87;TCR=99;TR=180;WE=88813591;WS=88813573;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,259:0.98:263
chr4	88813659	rs3828552	C	G	8475.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.368;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=326;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=90;NR=105;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.516;SC=AGGAACAAGACAAGGAAATTA;SOR=0.778;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=199;TCF=92;TCR=107;TR=195;WE=88813667;WS=88813649;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:6,317:0.98:323
chr4	88813872	rs3828553	T	A	10568.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=2.778;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=416;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=-0.296;NF=143;NR=113;PP=2965;ReadPosRankSum=0.233;SC=CCAGAAACCATGATGACATCA;SOR=0.638;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=264;TCF=148;TCR=116;TR=256;WE=88813880;WS=88813862;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,399:0.99:402
chr4	88814048	rs3811818	A	C	9051.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=336;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=107;NR=135;PP=2965;SC=AAAAAGAACAACATCAAACTG;SOR=0.875;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=242;TCF=107;TCR=135;TR=242;WE=88814056;WS=88814038;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,332:1.00:332
chr4	88814125	rs3811819	C	G	7036.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=261;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=71;NR=96;PP=2965;SC=CAATTTTATCCATGGTGTGGT;SOR=0.939;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=168;TCF=71;TCR=97;TR=167;WE=88814133;WS=88814115;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,261:1.00:261
chr4	88814207	rs62315861	G	A	2908.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=28;NR=53;PP=1622;SC=AAAGTCATTCGCAAAAACATT;SOR=1.436;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=82;TCF=28;TCR=54;TR=81;WE=88814215;WS=88814197;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr4	88814362	rs3811821	G	A	1460.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=29;NR=13;PP=1063;SC=CTGCTGCGCTGTCACACCTCC;SOR=1.755;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=42;TCF=29;TCR=13;TR=42;WE=88814370;WS=88814352;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr4	88814665	rs17008718	A	C	4837.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.858;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=-0.241;NF=69;NR=55;PP=2659;ReadPosRankSum=-0.813;SC=GAAAGCAAGGAAAAGTTTGAG;SOR=0.861;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=126;TCF=70;TCR=56;TR=124;WE=88814673;WS=88814655;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,178:0.99:180
chr4	88814683	rs55724168	G	T	5489.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.897;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=-0.226;NF=76;NR=58;PP=2760;ReadPosRankSum=-1.708;SC=GAGAACCTCTGCAAGCTCATG;SOR=0.873;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=136;TCF=77;TCR=59;TR=134;WE=88814691;WS=88814673;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,203:0.99:205
chr4	88814989	rs2904176	C	T	14584.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-3.018;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=555;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=-0.294;NF=178;NR=137;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.228;SC=CTGCTATCTTCGGGCTTTTCC;SOR=0.467;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=321;TCF=180;TCR=141;TR=315;WE=88814997;WS=88814979;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,548:0.99:551
chr4	88815148	rs56105763	G	A	9588.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.371;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=362;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=1.581;HP=2;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=-0.899;NF=125;NR=149;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.183;SC=GATGCGTCTCGCATGGAAGAA;SOR=0.428;SbPval=0.5;Source=Platypus;TCR=154;TR=274;WE=88815156;WS=88815138;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:6,353:0.98:359
chr4	88815163	rs3061166	A	ATTAGG	14768.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.115;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=359;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.045;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=-2.087;NF=55;NR=116;PP=2912;ReadPosRankSum=-0.068;SC=GAAGAAGTCGATTAGGAGTTC;SOR=0.259;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=215;TCF=65;TCR=150;TR=171;WE=88815171;WS=88815153;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,328:0.99:332
chr4	88815439	.	CAAAAAA	C,CA	942.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.798;ClippingRankSum=0.000;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=3.655;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.28;MQRankSum=0.408;QD=32.51;ReadPosRankSum=1.551;SOR=2.387;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:2,10,17:0.34,0.59:29
chr4	88898941	rs11728697	C	T	7717.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.887;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=293;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=78;NR=119;PP=2965;ReadPosRankSum=2.370;SC=AGAATAAAGGCCAAAATAGAG;SOR=1.056;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=198;TCF=78;TCR=120;TR=197;WE=88898949;WS=88898917;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,287:0.99:289
chr4	88902692	rs4754	T	C	7011.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=278;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.16;SOR=1.834;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,268:1.00:268
chr4	88903853	rs1126616	C	T	9236.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.987;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=345;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=125;NR=106;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.464;SC=AGCGGAAAGCCAATGATGAGA;SOR=0.813;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=235;TCF=125;TCR=110;TR=231;WE=88903861;WS=88903843;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,333:0.99:335
chr4	88929173	.	CGAG	C	61.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.379;ClippingRankSum=0.000;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.20;MQRankSum=2.770;QD=1.23;ReadPosRankSum=0.671;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:44,6:0.12:50
chr4	88986745	rs111465406	CT	C	87.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.924;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.15;MQRankSum=1.415;QD=2.19;ReadPosRankSum=1.100;SOR=0.631;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,13:0.32:40
chr4	89015857	rs2231164	C	T	2339.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=20;NR=44;PP=1235;SC=TTTTAAATTTCAAGAAGTTTC;SOR=1.408;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=64;TCF=20;TCR=44;TR=64;WE=89015865;WS=89015847;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr4	89016782	rs2231162	A	G	1823.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=13;NR=33;PP=991;SC=CAAATACTAAAAGTCAGGCCT;SOR=1.609;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=47;TCF=14;TCR=33;TR=46;WE=89016790;WS=89016772;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr4	89018565	rs2231157	A	G	3929.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=61;NR=33;PP=1842;SC=ATGAAGGAAAAAAACAATTCC;SOR=1.226;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=94;TCF=61;TCR=33;TR=94;WE=89018573;WS=89018555;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,146:1.00:146
chr4	89022362	rs2231153	C	T	1979.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=40;NR=16;PP=1082;SC=GCCCCGTTCCCAGAACAAAGA;SOR=1.641;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=56;TCF=40;TCR=16;TR=56;WE=89022370;WS=89022352;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr4	89036353	rs2725261	C	T	1351.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=5;NR=29;PP=771;SC=CTTCTTCCCACGTAATTTTAC;SOR=2.256;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=5;TCR=29;TR=34;WE=89036361;WS=89036343;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr4	89360994	.	CTTTTT	C	58.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.193;ClippingRankSum=0.000;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=3.041;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.67;MQRankSum=2.008;QD=4.52;ReadPosRankSum=-1.188;SOR=2.215;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,3:0.23:13
chr4	89415396	rs6857425	T	C	13188.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=501;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=150;NR=108;PP=2965;SC=TTGCCAACCTTCCTTTCCCAC;SOR=0.877;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=261;TCF=150;TCR=111;TR=258;WE=89415404;WS=89415386;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,494:1.00:494
chr4	89427070	.	CGTT	C	56	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=0;NR=2;PP=56;QD=32.0;SC=TTGTTGTTATCGTTGTTGTTG;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=2;TCR=13;TR=2;WE=89427080;WS=89427060;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:13,2:0.13:15
chr4	89599421	rs2604227	A	C	537.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=15;PP=410;SC=TTAATCACCTACTTTTGTCAA;SOR=4.294;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=16;TCF=1;TCR=15;TR=16;WE=89599429;WS=89599411;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr4	89689354	rs3756049	A	G	1371.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=8;NR=32;PP=859;SC=TGTTTAAACTAGTAAAATTAT;SOR=2.256;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=42;TCF=8;TCR=34;TR=40;WE=89689362;WS=89689344;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr4	89702564	rs2290784	C	G	1063.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=28;PP=773;SC=GAATGATACTCTAACTACATC;SOR=4.804;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=30;TCF=2;TCR=28;TR=30;WE=89702572;WS=89702554;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr4	89708850	rs11725153	A	G	4753.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=76;NR=53;PP=2440;SC=TTGGGTGTATATTTCTTTTAA;SOR=0.929;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=129;TCF=76;TCR=53;TR=129;WE=89708858;WS=89708840;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,177:1.00:177
chr4	89711690	rs112676553	T	TA	154.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.160;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FS=1.753;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.07;MQRankSum=1.955;QD=1.07;ReadPosRankSum=-0.627;SOR=0.507;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:116,28:0.19:144
chr4	89772301	rs7680970	C	A	1717.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.867;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.26;ReadPosRankSum=-0.813;SOR=0.473;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,67:0.99:68
chr4	90743331	rs10005233	C	T	2276.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=40;NR=16;PP=1244;SC=GCCTCCAGGCCTCACATGAAA;SOR=1.581;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=56;TCF=40;TCR=16;TR=56;WE=90743339;WS=90743321;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr4	90756550	rs7681440	C	G	951.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=30;NR=3;PP=660;SC=ATTCACCTACCTACACATACC;SOR=3.737;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=33;TCF=30;TCR=3;TR=33;WE=90756558;WS=90756540;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr4	90816023	rs1442140	A	G	364.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=11;NR=0;PP=306;SC=AACTGGCAAAACTCAGTCTTA;SOR=4.977;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=11;TCR=0;TR=11;WE=90816031;WS=90816022;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr4	90816294	rs1442138	A	G	5176.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=69;NR=55;PP=2487;SC=ACTGCCAACCACTCGGGTCAT;SOR=0.789;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=126;TCF=70;TCR=56;TR=124;WE=90816302;WS=90816284;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,195:1.00:195
chr4	90830603	rs41284763	G	T	1257.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.919;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.19;ReadPosRankSum=-0.614;SOR=0.403;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,51:0.98:52
chr4	90833306	rs75943295	G	A	414.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=11;PP=273;SC=TTAACATGTAGCCAAACTCCT;SOR=3.912;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=12;TCF=1;TCR=11;TR=12;WE=90833314;WS=90833296;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr4	90857479	rs12646270	G	A	2879.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=32;NR=44;PP=1689;SC=GTTAAAAAAGGCAGTGTAGTT;SOR=0.967;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=76;TCF=32;TCR=44;TR=76;WE=90857487;WS=90857469;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr4	90874095	rs3832297	A	AC	1229.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=10;NR=6;PP=598;SC=ATAAGGAAAGAAAAATAAGAT;SOR=1.473;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=17;TCF=11;TCR=6;TR=16;WE=90874103;WS=90874085;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr4	91230579	rs12647859	G	A	4519.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.961;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=63;PP=2415;ReadPosRankSum=-1.412;SC=GTTACAAAATGGTGAAACAAT;SOR=0.948;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=111;TCF=47;TCR=64;TR=109;WE=91230587;WS=91230569;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,165:0.99:167
chr4	91234250	rs1466391	A	G	927.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=26;PP=736;SC=TCTATATCCGACATGTTCATG;SOR=3.056;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=32;TCF=5;TCR=27;TR=31;WE=91234258;WS=91234240;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr4	91246656	rs1870795	C	T	2026.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=36;NR=13;PP=1102;SC=CTTAATTTTCCGTGAGAGGAC;SOR=1.577;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=49;TCF=36;TCR=13;TR=49;WE=91246664;WS=91246646;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr4	91246905	rs9284586	C	G	1021.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=3;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=15;PP=384;SC=TTATTTTATACTTATTTTATG;SOR=1.387;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=7;TCR=15;TR=22;WE=91246924;WS=91246895;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr4	91246916	rs9284587	G	A	827.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=3;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=6;NR=12;PP=300;SC=TTATTTTATGGTGTTGAAATT;SOR=1.284;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=18;TCF=6;TCR=12;TR=18;WE=91246924;WS=91246895;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr4	91584811	rs6842658	A	T	509.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=10;PP=387;SC=ATACTTTATTATTCTTCACAA;SOR=0.793;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=19;TCF=9;TCR=10;TR=19;WE=91584819;WS=91584801;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr4	91584992	rs6842926	A	G	1745.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.57;SOR=0.788;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr4	91585003	rs62314392	T	C	1754.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=3;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=11;PP=347;SC=TAGGTTCACTTGTCAAGGATG;SOR=0.693;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=21;TCF=10;TCR=11;TR=21;WE=91585011;WS=91584982;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr4	91701720	rs2271592	C	T	2034.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=19;NR=39;PP=1099;SC=AAGACTCTTTCCATCCAGTTC;SOR=1.349;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=58;TCF=19;TCR=39;TR=58;WE=91701728;WS=91701710;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr4	91737018	rs3796673	C	T	6456.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=246;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=69;NR=69;PP=2562;SC=CAATGCTTGGCCCACGAGTGT;SOR=0.701;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=140;TCF=70;TCR=70;TR=138;WE=91737026;WS=91737008;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,245:1.00:245
chr4	91832609	rs6855137	G	C	3939.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.903;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=57;PP=2042;ReadPosRankSum=0.857;SC=GATTCTCTCTGTGTCTCTCTT;SOR=1.079;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=89;TCF=32;TCR=57;TR=89;WE=91832617;WS=91832599;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,144:0.99:146
chr4	92240031	rs9999729	C	G	1183.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=27;NR=9;PP=782;SC=TGTGCATATTCCCTCATTAGT;SOR=1.900;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=36;TCF=27;TCR=9;TR=36;WE=92240039;WS=92240021;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr4	92240080	rs9999885	G	A	1920.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=38;NR=15;PP=1130;SC=ATTTCATGGAGAGGAAAAAAA;SOR=1.394;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=53;TCF=38;TCR=15;TR=53;WE=92240088;WS=92240070;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr4	92240278	rs7653977	A	T	968.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=25;PP=723;SC=CTTCTGGATAATTTTTTCTAA;SOR=2.899;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=32;TCF=5;TCR=27;TR=30;WE=92240286;WS=92240268;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr4	92240317	rs7683541	T	C	512.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=13;PP=402;SC=AGATGATGCATAAGTTTACAT;SOR=2.303;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=17;TCF=3;TCR=14;TR=16;WE=92240325;WS=92240307;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr4	92240802	rs6532289	C	T	2155.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.964;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=17;PP=1057;ReadPosRankSum=-0.766;SC=CTACCTAATACAAAACCCAGT;SOR=1.367;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=57;TCF=40;TCR=17;TR=56;WE=92240810;WS=92240792;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,82:0.98:84
chr4	92240892	rs6816636	C	A	4595.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.663;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=50;PP=2011;ReadPosRankSum=2.253;SC=GAGGCAGAAGCACCATTTGTT;SOR=0.751;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=103;TCF=53;TCR=50;TR=103;WE=92240900;WS=92240882;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,177:0.99:179
chr4	92240925	rs6532290	T	G	4506.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=55;NR=52;PP=1901;SC=GCTGCTTCTCTTATGCTCTAA;SOR=0.751;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=108;TCF=56;TCR=52;TR=107;WE=92240933;WS=92240915;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,177:1.00:177
chr4	92241031	rs6817404	G	T	2113.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=25;NR=41;PP=1312;SC=CTTACTTGTGGTCACCCACAA;SOR=1.252;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=66;TCF=25;TCR=41;TR=66;WE=92241039;WS=92241021;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr4	92241071	rs6816883	A	G	1006.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=27;PP=757;SC=AATTCCAGAAACAAACCAATC;SOR=2.899;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=6;TCR=27;TR=33;WE=92241079;WS=92241061;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr4	92246344	rs3762827	G	A	4553.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=55;NR=50;PP=2003;SC=AGCATAGTAGGTGGCTCTTGC;SOR=0.765;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=105;TCF=55;TCR=50;TR=105;WE=92246352;WS=92246334;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,170:1.00:170
chr4	92246541	rs1528572	T	A	593.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=15;PP=440;SC=CATCTATAGATGAAAGGGAGC;SOR=5.892;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=0;TCR=15;TR=15;WE=92246549;WS=92246531;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr4	93225752	.	G	GA	231.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.050;ClippingRankSum=0.000;DP=83;ExcessHet=3.0103;FS=0.954;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.93;ReadPosRankSum=0.390;SOR=0.542;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:56,23:0.29:79
chr4	94032125	rs2271385	G	C	3914.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=37;NR=52;PP=1434;SC=ATTGTCTTGGGGTGAGAGTTG;SOR=0.937;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=89;TCF=37;TCR=52;TR=89;WE=94032133;WS=94032115;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,153:1.00:153
chr4	94159770	rs13142615	A	G	553.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.79;QD=25.17;SOR=3.258;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr4	94180159	rs7687990	A	G	2753.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=23;NR=39;PP=1221;SC=AAGTCAGGAAAATGAGTCTTC;SOR=1.094;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=64;TCF=25;TCR=39;TR=62;WE=94180167;WS=94180149;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr4	94316763	rs1385405	T	G	6955.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.714;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=270;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=97;NR=71;PP=2965;ReadPosRankSum=1.369;SC=TTCAGCTTGGTTGCTGGAATC;SOR=0.890;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=168;TCF=97;TCR=71;TR=168;WE=94316771;WS=94316753;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,264:0.99:266
chr4	94376675	rs6819866	A	T	877.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=24;NR=1;PP=678;SC=TAAGAAGTCTATGCAGTGTTT;SOR=3.767;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=25;TCF=24;TCR=1;TR=25;WE=94376683;WS=94376665;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr4	95129540	rs41275676	A	G	2251.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=41;NR=10;PP=1210;SC=GGTGCTTTCTACCAATATGAA;SOR=1.700;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=52;TCF=41;TCR=11;TR=51;WE=95129548;WS=95129530;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr4	95134348	rs75021203	A	G	428.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=9;PP=215;SC=ATAAAACCATATAATAGGGCA;SOR=2.049;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=11;TCF=2;TCR=9;TR=11;WE=95134356;WS=95134338;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr4	95147553	.	C	CTT	70.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.738;ClippingRankSum=-0.000;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=7.86;ReadPosRankSum=0.010;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,5:0.56:9
chr4	95255637	rs2289186	T	G	1735.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=32;NR=14;PP=1029;SC=TTTATTATTTTTGCTACTTAC;SOR=1.460;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=46;TCF=32;TCR=14;TR=46;WE=95255645;WS=95255627;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr4	95498617	.	G	GAT	91	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;FR=0.5000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MMLQ=21;MQ=60.0;NF=0;NR=6;PP=91;QD=16.5;SC=CTAAAGTTCTGATATATATAT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=26;TCF=0;TCR=26;TR=6;WE=95498626;WS=95498607;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:20,6:0.23:26
chr4	95503670	rs3857212	G	T	715.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=22;NR=1;PP=580;SC=TTCATTTTTTGGTCTGTGTTT;SOR=4.892;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=23;TCF=22;TCR=1;TR=23;WE=95503678;WS=95503664;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr4	95503902	rs5013417	T	C	5119.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.722;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=74;PP=2597;ReadPosRankSum=1.105;SC=TAACCAATGATTCACTTTGTA;SOR=0.984;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=130;TCF=54;TCR=76;TR=127;WE=95503910;WS=95503892;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,193:0.99:195
chr4	95505975	rs12639887	C	T	153.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=4;NR=1;PP=77;SC=ATCTGTGTTTCGTATGGCATA;SOR=2.303;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=5;TCF=4;TCR=1;TR=5;WE=95505983;WS=95505967;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr4	95508108	.	CTT	C,CT	1488.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.922;ClippingRankSum=0.000;DP=120;ExcessHet=3.0103;FS=4.740;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.31;ReadPosRankSum=0.741;SOR=0.621;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:11,55,38:0.53,0.37:104
chr4	95529430	rs10033359	C	T	556.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=3;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=1;NR=16;PP=382;SC=GATTACAGAACGGACATCATT;SOR=3.716;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=17;TCF=1;TCR=16;TR=17;WE=95529452;WS=95529420;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr4	95529444	rs9307146	C	A	473.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=3;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=14;PP=344;SC=CATCATTAACCTATAGACAAG;SOR=3.383;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=15;TCF=1;TCR=14;TR=15;WE=95529452;WS=95529420;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr4	95531417	rs10017461	A	G	4441.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=51;NR=59;PP=2095;SC=TGAGCAGCGCAGCTGCTACTG;SOR=0.830;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=110;TCF=51;TCR=59;TR=110;WE=95531425;WS=95531407;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,169:1.00:169
chr4	95531562	rs10007050	T	C	589.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=20;PP=441;SC=ATAGCTCTATTGTGAGCTCTT;SOR=4.804;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=21;TCF=1;TCR=20;TR=21;WE=95531570;WS=95531552;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr4	95539267	rs966845	G	A	6084.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=236;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=58;NR=87;PP=2728;SC=CAGCCTCACAGCTGCAGCTGC;SOR=1.012;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=146;TCF=58;TCR=88;TR=145;WE=95539275;WS=95539257;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,235:1.00:235
chr4	95561651	.	G	GT	106.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.134;ClippingRankSum=0.000;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.13;ReadPosRankSum=-2.162;SOR=0.728;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,16:0.32:50
chr4	95575601	rs2280003	C	T	5321.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=69;NR=43;PP=2206;SC=GCCTCTTTTTCTTCTGTCAGA;SOR=1.029;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=113;TCF=70;TCR=43;TR=112;WE=95575609;WS=95575585;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,197:1.00:197
chr4	95578588	rs13107595	G	A	8749.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=335;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=107;NR=73;PP=2965;SC=GAAGTCATCAGTGCGTTGAAA;SOR=0.946;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=180;TCF=107;TCR=73;TR=180;WE=95578596;WS=95578578;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,334:1.00:334
chr4	95583827	rs10031423	C	T	791.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.866;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=24;PP=626;ReadPosRankSum=-0.635;SC=TTGTAAATTTCGAAAGTTGTT;SOR=2.448;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=29;TCF=4;TCR=25;TR=28;WE=95583835;WS=95583817;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,28:0.97:29
chr4	95585038	rs56921499	G	A	1623.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-1.828;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.265;NF=37;NR=10;PP=1040;ReadPosRankSum=-0.670;SC=CCATTGGGGGGAAAAATCACT;SOR=1.032;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=48;TCF=38;TCR=10;TR=47;WE=95585046;WS=95585028;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,57:0.98:58
chr4	96035796	.	GAC	G	48.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.616;ClippingRankSum=0.000;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=1;PP=127;ReadPosRankSum=-0.263;SC=TTTTCCCCTAGACACACACAC;SOR=0.737;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=21;TCF=16;TCR=5;TR=4;WE=96035805;WS=96035786;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,6:0.17:35
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chr4	98902278	rs35146453	A	G	852.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=21;NR=5;PP=500;SC=TTATAAAGCCAAAGAGTAGAC;SOR=2.235;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=21;TCR=5;TR=26;WE=98902286;WS=98902268;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr4	99027137	rs2865979	T	C	1852.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=22;NR=30;PP=1032;SC=TTATTTCATATAGTCGTGGGA;SOR=1.032;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=53;TCF=23;TCR=30;TR=52;WE=99027145;WS=99027127;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr4	99027184	rs2903150	T	C	880.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=36;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=25;PP=647;SC=TCTCTCTTGATGTTAACATTT;SOR=2.115;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=34;TCF=9;TCR=25;TR=34;WE=99027192;WS=99027174;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr4	99027218	rs2903151	T	C	587.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=46;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=2;NR=16;PP=465;SC=TCTTTTTCCTTCAGAAAATTC;SOR=3.611;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=18;TCF=2;TCR=16;TR=18;WE=99027226;WS=99027208;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr4	99030211	rs10019087	C	T	217.88	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=1.602;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.7362;FS=3.090;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=7;NR=2;PP=161;ReadPosRankSum=0.718;SC=ATATACATTACACCAAAATGT;SOR=2.093;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=11;TCF=8;TCR=3;TR=9;WE=99030219;WS=99030201;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,9:0.82:11
chr4	99049593	rs17558193	A	G	1253.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=24;NR=14;PP=675;SC=TGAGGTTTGTAGTATGCTGGA;SOR=1.132;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=24;TCR=14;TR=38;WE=99049601;WS=99049583;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr4	99055406	rs13328042	A	G	409.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=11;NR=1;PP=300;SC=AAGACAATATAAGCAGAAAAT;SOR=3.767;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=12;TCF=11;TCR=1;TR=12;WE=99055414;WS=99055396;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr4	99055480	rs13328005	T	C	1336.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=23;NR=11;PP=577;SC=AAGTCAATTATAGTAACTATA;SOR=1.314;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=23;TCR=11;TR=34;WE=99055488;WS=99055470;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr4	99055730	rs35399947	C	CTAA	277.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=39.68;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr4	99064379	rs4699605	A	G	814.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=7;NR=16;PP=475;SC=AAGTGTGGAGAAAAAGGAAGC;SOR=1.329;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=24;TCF=7;TCR=17;TR=23;WE=99064387;WS=99064369;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr4	99339794	.	G	GT	61.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.033;ClippingRankSum=0.000;DP=102;ExcessHet=3.0103;FS=1.122;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.11;MQRankSum=2.183;QD=0.62;ReadPosRankSum=0.346;SOR=0.502;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:82,17:0.17:99
chr4	99408106	rs6838913	T	C	1652.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=38;PP=939;SC=TAAAGATTATTGCATTTGTCC;SOR=2.157;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=50;TCF=11;TCR=39;TR=49;WE=99408114;WS=99408096;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr4	99802300	.	G	GA	43.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.543;ClippingRankSum=0.000;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.68;ReadPosRankSum=1.097;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,6:0.23:26
chr4	99802395	rs11729285	C	T	397.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;MQ=60.67;NF=6;NR=7;PP=246;SC=TATTAAAAAACATAGACTTGA;SOR=0.818;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=6;TCR=7;TR=13;WE=99802403;WS=99802385;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr4	99808254	rs62323192	G	A	1079.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=28.41;SOR=2.073;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr4	99823225	.	AT	A	31.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.817;ClippingRankSum=0.000;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.99;ReadPosRankSum=1.723;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,9:0.28:32
chr4	99824665	rs34445885	T	C	2089.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=2.115;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.233;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=29;PP=1113;ReadPosRankSum=-0.977;SC=GCTAATTCTTTTTTATTTTTA;SOR=0.426;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=54;TCF=25;TCR=29;TR=54;WE=99824673;WS=99824655;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,79:0.99:80
chr4	99850126	rs11723037	A	G	2457.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.31;SOR=1.166;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr4	100047812	rs1126672	G	A	4129.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=43;NR=44;PP=1740;SC=TGGGTCACCAGTGCATCCAGA;SOR=0.719;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=87;TCF=43;TCR=44;TR=87;WE=100047820;WS=100047802;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,156:1.00:156
chr4	100048327	rs9307234	G	A	2999.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.78;SOR=1.588;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr4	100048506	rs6836440	G	A	10144.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.49;SOR=1.105;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,228:1.00:228
chr4	100048509	rs6813415	T	C	10038.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.42;SOR=1.114;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,226:1.00:226
chr4	100052963	rs35019093	C	CT	2168.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.566;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.674;HP=7;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.214;NF=4;NR=47;PP=1509;ReadPosRankSum=-1.044;SC=GCCAGTCCCACTTTTTTTCTT;SOR=1.415;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=64;TCF=4;TCR=60;TR=51;WE=100052971;WS=100052953;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,87:0.99:88
chr4	100053025	rs13129488	G	T	1057.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-1.835;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=28;PP=713;ReadPosRankSum=-1.278;SC=AAGACAGCCTGCTATTAAACT;SOR=1.828;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=34;TCF=5;TCR=29;TR=33;WE=100053033;WS=100053015;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,37:0.97:38
chr4	100057858	rs55878268	T	TA	1595.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.739;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.421;HP=8;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=49;PP=1134;ReadPosRankSum=-0.099;SC=ACTAGAAAATTAAAAAAAAGA;SOR=2.287;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=59;TCF=0;TCR=59;TR=49;WE=100057866;WS=100057848;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,69:0.96:72
chr4	100062675	rs13138294	T	G	2828.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.841;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.527;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=23;PP=1316;ReadPosRankSum=0.679;SC=CCATTTTTTCTGAATAAAATA;SOR=1.115;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=78;TCF=53;TCR=25;TR=75;WE=100062683;WS=100062665;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,113:0.97:116
chr4	100062819	rs2032349	A	G	6439.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=252;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=66;NR=82;PP=2606;SC=TATGGCACAGAGAGGTAGCAA;SOR=0.830;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=148;TCF=66;TCR=82;TR=148;WE=100062827;WS=100062809;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,248:1.00:248
chr4	100064233	rs2213035	G	A	1003.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=25;NR=3;PP=687;SC=CTATAACAGAGAGAATAGATT;SOR=2.368;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=28;TCF=25;TCR=3;TR=28;WE=100064241;WS=100064223;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr4	100064305	rs4699715	C	G	6291.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=44;NR=33;PP=1528;SC=TTTGAAATCACCTCTGAATTA;SOR=0.842;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=77;TCF=44;TCR=33;TR=77;WE=100064313;WS=100064295;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,142:1.00:142
chr4	100064326	rs3919370	A	T	7087.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=54;NR=42;PP=1806;SC=CCTGAGTCAGATAATTGCTGG;SOR=0.837;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=96;TCF=54;TCR=42;TR=96;WE=100064334;WS=100064316;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,176:1.00:176
chr4	100128530	rs7661441	G	A	1623.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=45;NR=3;PP=1281;SC=TTTCTTAAGCGTTTATGGTAC;SOR=4.215;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=48;TCF=45;TCR=3;TR=48;WE=100128538;WS=100128520;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr4	100131163	rs6833176	G	C	4016.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=79;NR=43;PP=2458;SC=TATGATAAGAGATGACAAAGA;SOR=1.394;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=122;TCF=79;TCR=43;TR=122;WE=100131171;WS=100131153;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,146:1.00:146
chr4	100131746	rs17219837	C	G	209.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=6;PP=145;SC=AGCAAGGCACCCAAGAAGAAA;SOR=1.863;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=2;TCR=6;TR=8;WE=100131754;WS=100131736;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr4	100134713	rs5860571	A	AT	8096.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.535;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=44;PP=2974;ReadPosRankSum=-0.961;SC=CATTTTCTCGAGTTGGTTCCA;SOR=0.565;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=99;TCF=54;TCR=45;TR=97;WE=100134721;WS=100134703;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,201:1.00:202
chr4	100140306	rs4699735	A	T	4762.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=62;NR=49;PP=2234;SC=CCTGTAGTACACATGCTGATT;SOR=0.875;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=112;TCF=62;TCR=50;TR=111;WE=100140314;WS=100140296;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,177:1.00:177
chr4	100205819	rs28364312	C	A	4940.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.992;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=42.59;ReadPosRankSum=-0.638;SOR=0.245;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,115:0.99:116
chr4	100205829	rs28364311	T	G	5136.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.992;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=41.76;ReadPosRankSum=-0.905;SOR=0.236;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,122:0.99:123
chr4	100212173	rs13134764	A	T	2673.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.873;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FS=0.852;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.36;ReadPosRankSum=-0.183;SOR=0.850;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,131:0.85:154
chr4	100212197	rs4147531	G	A	5588.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.627;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=66;PP=2012;ReadPosRankSum=-1.341;SC=AATAACACCCGATTCCAGTTC;SOR=1.099;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=104;TCF=38;TCR=66;TR=104;WE=100212205;WS=100212187;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,126:0.98:128
chr4	100231602	rs28914783	C	T	519.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=4;NR=11;PP=310;SC=ATAATTATGGCTGTTTAAATA;SOR=1.609;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=4;TCR=11;TR=15;WE=100231610;WS=100231592;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr4	100235053	rs1789882	A	G	18346.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.900;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=681;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=-0.055;NF=282;NR=239;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.857;SC=GCACTTCCTGAATGGGTTTCT;SOR=0.840;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=521;TCF=282;TCR=239;TR=521;WE=100235061;WS=100235043;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,668:1.00:670
chr4	100239319	rs1229984	T	C	8455.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=334;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=102;NR=96;PP=2965;SC=GTCATCTGTGTGACAGATTCC;SOR=0.743;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=198;TCF=102;TCR=96;TR=198;WE=100239327;WS=100239309;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,328:1.00:328
chr4	100258054	rs1693453	C	A	15836.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=606;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=155;NR=219;PP=2965;SC=CAGCCACTCCCTTCCCATCCC;SOR=0.939;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=374;TCF=155;TCR=219;TR=374;WE=100258062;WS=100258044;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,605:1.00:605
chr4	100258155	rs1614972	C	T	3329.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=14;NR=81;PP=2365;SC=TCAAAACCTCCTGAGTATGCC;SOR=3.342;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=95;TCF=14;TCR=81;TR=95;WE=100258163;WS=100258145;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr4	100265957	rs283411	C	A	6721.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.797;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=271;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=111;NR=61;PP=2965;ReadPosRankSum=0.915;SC=CAAGAAATTGCTTCCCTTTTG;SOR=0.635;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=176;TCF=114;TCR=62;TR=172;WE=100265965;WS=100265947;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:6,255:0.98:261
chr4	100268190	rs283413	A	C	3562.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=71;NR=32;PP=2107;SC=ACCCCTTCTCAAACACTTTCC;SOR=1.609;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=104;TCF=71;TCR=33;TR=103;WE=100268198;WS=100268180;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chr4	100348837	rs11480228	G	GT	1437.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.503;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=2.484;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.28;MQRankSum=0.418;QD=19.17;ReadPosRankSum=-1.865;SOR=0.275;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:4,71:0.95:75
chr4	100350594	rs35006747	A	ATC	2753.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=28;NR=14;PP=2004;SC=CATGGGAAGCATCTCCTTATT;SOR=2.035;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=45;TCF=31;TCR=14;TR=42;WE=100350602;WS=100350584;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr4	100356466	rs17537595	A	G	5595.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=58;NR=87;PP=2834;SC=TCTGTTGTATATAACAGCAGC;SOR=1.047;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=145;TCF=58;TCR=87;TR=145;WE=100356474;WS=100356456;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,208:1.00:208
chr4	100512350	rs11734413	C	T	6952.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.736;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=275;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=103;NR=66;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.267;SC=TCAAATGGCCCACAAGGAATC;SOR=0.697;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=173;TCF=106;TCR=67;TR=169;WE=100512358;WS=100512340;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:5,267:0.98:272
chr4	100571805	.	C	T	14226.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.148;ClippingRankSum=0.000;DP=535;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=188;NR=148;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.912;SC=TATGGGGGCCCCTCGCAGGAC;SOR=0.896;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=339;TCF=189;TCR=150;TR=336;WE=100571813;WS=100571795;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,527:0.99:531
chr4	100575422	rs150080186	G	A	11187.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.208;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=430;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=116;NR=139;PP=2965;ReadPosRankSum=1.394;SC=AATGGTGATCGCTGGGGAAGT;SOR=0.269;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=256;TCF=116;TCR=140;TR=255;WE=100575430;WS=100575412;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,412:1.00:413
chr4	100738035	rs715239	G	T	1571.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=33;NR=13;PP=855;SC=GAGCAGCCCAGTTGTGTCTCT;SOR=1.609;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=46;TCF=33;TCR=13;TR=46;WE=100738043;WS=100738025;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr4	100774532	rs144829888	GCT	G	5764.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.212;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.170;NF=9;NR=64;PP=2971;ReadPosRankSum=-0.848;SC=GTGACCACAAGCTCTCTCCCT;SOR=0.468;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=76;TCF=9;TCR=67;TR=73;WE=100774541;WS=100774522;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,138:0.99:139
chr4	100784875	rs61359294	G	GT	172.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.158;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.94;ReadPosRankSum=1.248;SOR=0.722;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,12:0.34:35
chr4	100789416	rs4699768	G	A	3829.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.590;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=67;PP=1999;ReadPosRankSum=-0.131;SC=TCTGCAGCAGGCTTCAAATGA;SOR=0.682;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=108;TCF=40;TCR=68;TR=107;WE=100789424;WS=100789406;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,147:0.98:150
chr4	100805207	rs6532835	C	A	746.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=14;NR=8;PP=430;SC=TATTTAAGGTCATTAAACACA;SOR=1.179;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=22;TCF=14;TCR=8;TR=22;WE=100805215;WS=100805197;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr4	101337130	rs13122163	A	T	2030.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=26;NR=23;PP=773;SC=TTTGAAAAAAAAAACATGAAA;SOR=0.743;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=49;TCF=26;TCR=23;TR=49;WE=101337138;WS=101337120;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr4	101337215	rs371001814	CAT	C	72.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.609;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.60;ReadPosRankSum=-1.502;SOR=0.332;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,5:0.18:28
chr4	101337270	rs35553330	C	CAT	141.87	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=6;PP=291;SC=TGTATACATACATATATATAT;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=6;WE=101337278;WS=101337260;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr4	101343980	.	T	TTTTC	255.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.598;ClippingRankSum=0.000;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.79;ReadPosRankSum=1.506;SOR=1.721;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,14:0.70:20
chr4	101368559	rs13111099	T	C	1626.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=26;NR=18;PP=855;SC=TTTCTAAACATTTTATTTGTG;SOR=0.976;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=44;TCF=26;TCR=18;TR=44;WE=101368567;WS=101368549;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr4	101368633	rs34694128	T	G	2674.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.853;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=35;PP=1418;ReadPosRankSum=-0.696;SC=ATTTGTTTTATTCTTGAGATT;SOR=0.713;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=74;TCF=38;TCR=36;TR=72;WE=101368641;WS=101368623;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,101:0.98:103
chr4	101953322	rs2851060	C	T	2584.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=57;NR=23;PP=1622;SC=GAAGAAGAACCGAAGACCAAG;SOR=1.796;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=80;TCF=57;TCR=23;TR=80;WE=101953330;WS=101953312;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr4	102171591	rs2583404	T	G	927.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=25;PP=692;SC=ATTTAATAGATTATTGTTATG;SOR=2.049;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=34;TCF=9;TCR=25;TR=34;WE=102171599;WS=102171581;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr4	102171606	rs2850958	A	G	763.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=21;PP=598;SC=GTTATGTTACATAGAAAGGAT;SOR=2.387;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=6;TCR=21;TR=27;WE=102171614;WS=102171596;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr4	102267821	rs2850327	AA	CG	7871.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=103;NR=38;PP=2947;SC=GGAGGGGAGGAAAGGCGAGGC;SOR=2.444;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=162;TCF=113;TCR=49;TR=141;WE=102267830;WS=102267811;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,172:1.00:172
chr4	102642453	rs10856962	T	C	1743.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=40;NR=6;PP=1146;SC=TTGAATTTTTTAATTGTCTTA;SOR=2.833;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=46;TCF=40;TCR=6;TR=46;WE=102642461;WS=102642443;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr4	102642526	rs12506517	T	C	5826.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=86;NR=58;PP=2763;SC=TACAGTAGTCTCTGCTTATCC;SOR=0.963;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=145;TCF=87;TCR=58;TR=144;WE=102642534;WS=102642516;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,223:1.00:223
chr4	102751401	.	G	GT	133.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.061;ClippingRankSum=0.000;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=4.796;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.52;ReadPosRankSum=-0.272;SOR=0.219;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,15:0.28:53
chr4	102839362	rs3733198	A	T	1429.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.83;SOR=2.080;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr4	102965043	rs3113676	T	C	1230.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=17;NR=18;PP=529;SC=TGACAAGTTCTGTGGTCTTCC;SOR=0.733;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=35;TCF=17;TCR=18;TR=35;WE=102965051;WS=102965033;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr4	103174491	rs151370	A	G	6710.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=255;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=76;NR=71;PP=2871;SC=GGTCATAACTATGTCATATGC;SOR=0.750;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=149;TCF=76;TCR=73;TR=147;WE=103174499;WS=103174481;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,251:1.00:251
chr4	103228545	rs1462947	G	A	1388.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=32;NR=13;PP=898;SC=GTGCTAAAACGTTCAAAAGAA;SOR=1.802;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=45;TCF=32;TCR=13;TR=45;WE=103228553;WS=103228535;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr4	103458888	rs3830689	TCA	T	462.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=1;PP=357;SC=GAGCCCTCTTTCACAGTTTCA;SOR=2.833;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=9;TCF=8;TCR=1;TR=8;WE=103458897;WS=103458880;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr4	103514658	rs1609993	T	C	2507.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=32;NR=33;PP=1023;SC=GTAGTGGTGCTGGAGCTGGAG;SOR=0.713;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=65;TCF=32;TCR=33;TR=65;WE=103514666;WS=103514648;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr4	103533821	rs4648110	T	A	1215.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=12;NR=31;PP=749;SC=TGTTAACATCTCTGGCCAGGG;SOR=1.755;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=43;TCF=12;TCR=31;TR=43;WE=103533829;WS=103533811;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr4	103553447	rs5860729	GA	G	1180.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-0.840;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5048;FS=3.510;HP=16;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.367;NF=6;NR=18;PP=310;ReadPosRankSum=-1.978;SC=GCCTGAAAAAGAAAAAAAAAA;SOR=0.273;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=32;TCF=6;TCR=26;TR=24;WE=103553456;WS=103553437;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:7,68:0.91:75
chr4	103553543	rs735403	C	T	357.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=7;PP=182;SC=AAGGAGTCCACTTCCCACAAC;SOR=2.147;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=2;TCR=7;TR=9;WE=103553551;WS=103553533;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr4	103555992	rs2272697	A	G	2912.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=52;NR=21;PP=1702;SC=GGTGAGGACAAGAAGTGGTAG;SOR=1.609;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=73;TCF=52;TCR=21;TR=73;WE=103556000;WS=103555982;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr4	103556316	rs909349	T	C	1093.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=1.158;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=26;PP=671;ReadPosRankSum=1.698;SC=TAAGAGACTATGAAACCTGAG;SOR=1.662;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=38;TCF=11;TCR=27;TR=36;WE=103556324;WS=103556306;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,44:0.96:46
chr4	103556367	rs11436517	G	GT	438.25	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.331;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.9993;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=13;PP=573;ReadPosRankSum=0.966;SC=ATGTGACTAAGTAACTTCTCA;SOR=2.584;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=0;TCR=14;TR=13;WE=103556375;WS=103556357;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,14:0.93:15
chr4	103557077	rs2866413	G	A	5774.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=84;NR=60;PP=2621;SC=GATATAGAACGTGTTTTCATT;SOR=0.953;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=144;TCF=84;TCR=60;TR=144;WE=103557085;WS=103557067;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,222:1.00:222
chr4	103557192	rs4547797	C	T	5647.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=33;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=60;NR=70;PP=2399;SC=TGTCAGGAGACGGCAAGGTCA;SOR=0.790;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=130;TCF=60;TCR=70;TR=130;WE=103557200;WS=103557182;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,214:1.00:214
chr4	103557219	rs2866414	C	T	4226.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=39;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=38;NR=64;PP=2067;SC=CAGAGAGGCACTGTCCAATGG;SOR=1.114;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=103;TCF=38;TCR=65;TR=102;WE=103557227;WS=103557209;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,156:1.00:156
chr4	103557251	rs10027437	G	A	2695.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=49;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=17;NR=56;PP=1772;SC=GTGGCTCATCGGGGTTCTAAG;SOR=2.007;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=73;TCF=17;TCR=56;TR=73;WE=103557259;WS=103557241;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr4	103557311	rs4496586	G	C	1171.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=48;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=26;PP=798;SC=CCATGTTTGTGAAGCGCTCTG;SOR=3.321;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=29;TCF=3;TCR=26;TR=29;WE=103557319;WS=103557301;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr4	103560801	rs76778895	T	C	1148.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=30;NR=3;PP=899;SC=TCCAGCACTGTGCTTTCTCAG;SOR=4.235;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=33;TCF=30;TCR=3;TR=33;WE=103560809;WS=103560791;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr4	103610872	rs227365	A	G	1755.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-1.685;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.537;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=34;PP=974;ReadPosRankSum=-0.438;SC=TCACTCTAATATGTCATATTT;SOR=0.650;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=60;TCF=26;TCR=34;TR=59;WE=103610880;WS=103610862;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,69:0.99:70
chr4	103611951	rs148718159	AAT	A	334.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.757;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.07;ReadPosRankSum=-1.313;SOR=0.586;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:90,19:0.17:109
chr4	103612018	rs227369	G	T	1446.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=33;PP=880;SC=TTGAAGGTAAGACTAAAGCAG;SOR=3.202;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=39;TCF=6;TCR=33;TR=39;WE=103612026;WS=103612008;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr4	103719893	rs223437	G	A	882.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=18;NR=1;PP=481;SC=TTGCCATGCAGTACTTTCAAG;SOR=4.615;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=19;TCF=18;TCR=1;TR=19;WE=103719914;WS=103719883;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr4	103719906	rs223436	A	G	974.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=21;NR=3;PP=582;SC=CTTTCAAGCAATAACGGCTAC;SOR=3.442;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=24;TCF=21;TCR=3;TR=24;WE=103719914;WS=103719883;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr4	103722873	rs57915035	CCT	C	547.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=9;PP=401;SC=ACCACAACCCCCTGCCTCCTC;SOR=2.147;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=9;WE=103722882;WS=103722863;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr4	103730179	rs3974641	T	TAA	292.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.424;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=2.098;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.73;ReadPosRankSum=0.550;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,16:0.70:23
chr4	103732704	rs201561589	T	TG	310.75	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=3;PP=192;SC=CCACGCATAGTGCACACGCCT;SOR=0.693;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=6;TCF=2;TCR=4;TR=5;WE=103732712;WS=103732698;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr4	103732845	rs223414	A	C	1181.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.69;SOR=1.312;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr4	103746753	rs3774997	C	T	2110.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=2.093;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=5.734;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=10;PP=1586;ReadPosRankSum=1.021;SC=GTGGAGGTTCCGCTCACTCCC;SOR=3.611;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=65;TCF=54;TCR=11;TR=64;WE=103746761;WS=103746743;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,68:0.97:70
chr4	103747122	rs17196685	T	G	790.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=20;PP=564;SC=CTAGACTCACTGACTGACCTT;SOR=3.611;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=23;TCF=3;TCR=20;TR=23;WE=103747130;WS=103747112;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr4	103747541	rs2023532	G	A	13922.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-1.818;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=536;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=140;NR=138;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.048;SC=TGATCCAAGAGGTATTTTCAG;SOR=0.241;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=280;TCF=141;TCR=139;TR=278;WE=103747549;WS=103747531;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,533:1.00:534
chr4	103789782	rs2198199	G	A	873.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=18;NR=4;PP=480;SC=ATACTCATGGGCGAGTATGCA;SOR=2.093;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=22;TCF=18;TCR=4;TR=22;WE=103789790;WS=103789772;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr4	103789810	rs223333	C	A	1000.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=18;NR=11;PP=503;SC=GGCCACAGCACCCAAACTGTA;SOR=1.151;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=29;TCF=18;TCR=11;TR=29;WE=103789818;WS=103789800;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr4	103790186	rs223332	G	T	1844.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=42;NR=12;PP=1204;SC=GCGCAGGCGCGGCAGCTTGGC;SOR=2.194;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=55;TCF=43;TCR=12;TR=54;WE=103790194;WS=103790176;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr4	103806308	rs35282200	CTA	C	6631.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=37;NR=29;PP=2957;SC=AAGGATGAAACTAGACATGCT;SOR=1.486;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=69;TCF=40;TCR=29;TR=66;WE=103806317;WS=103806298;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,149:1.00:149
chr4	103833295	.	GAAA	G	126.52	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.068;ClippingRankSum=-0.000;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=18.07;ReadPosRankSum=0.792;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,6:0.86:7
chr4	103866480	rs3974494	G	A	8074.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=308;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=80;NR=89;PP=2965;SC=CTCAAAGCCTGAAACACAAAA;SOR=0.746;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=169;TCF=80;TCR=89;TR=169;WE=103866488;WS=103866470;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,306:1.00:306
chr4	103911069	rs2715591	C	A	1744.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=23;NR=20;PP=657;SC=TAGTTTCTTCCTGTGCAGTAT;SOR=0.722;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=44;TCF=24;TCR=20;TR=43;WE=103911077;WS=103911059;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr4	103911159	rs7672319	A	C	995.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=9;NR=17;PP=548;SC=TATGAATGAAATAAACCACCA;SOR=1.371;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=9;TCR=17;TR=26;WE=103911167;WS=103911149;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr4	103911222	rs6533051	C	G	211.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=6;PP=142;SC=ATCACAGATACAAAAGAAGAT;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=6;WE=103911230;WS=103911212;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr4	103941426	rs113738337	C	T	118.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.78;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr4	104054117	.	T	TTA	62.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.616;ClippingRankSum=-0.000;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=3.090;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=5.70;ReadPosRankSum=-0.733;SOR=0.078;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,4:0.36:11
chr4	104068855	.	A	AT	115.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.413;ClippingRankSum=0.000;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=3.355;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.16;MQRankSum=0.000;QD=2.23;ReadPosRankSum=1.476;SOR=1.355;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,14:0.27:52
chr4	104510766	rs2765	G	A	1051.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=24;NR=9;PP=613;SC=GACAGGACTGGTAAATAGGAG;SOR=1.552;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=34;TCF=24;TCR=10;TR=33;WE=104510774;WS=104510756;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr4	105393361	rs4413407	A	G	1023.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=25;NR=8;PP=589;SC=AGCCCTATACATAAAATGAAA;SOR=1.501;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=25;TCR=8;TR=33;WE=105393369;WS=105393351;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr4	106154990	rs71971966	TATAGATAG	T	1711.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-0.984;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5355;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=7;PP=2874;ReadPosRankSum=-0.372;SC=TTAGTATTTTTATAGATAGAT;SOR=0.846;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=25;TCF=16;TCR=9;TR=22;WE=106155005;WS=106154980;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,41:0.98:42
chr4	106196951	rs2454206	A	G	7116.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.274;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=285;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=92;NR=100;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.079;SC=ACCTTCTCACATAATCCATAA;SOR=0.415;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=195;TCF=93;TCR=102;TR=192;WE=106196959;WS=106196941;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,272:0.99:275
chr4	106292121	rs2726526	G	C	460.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=7;NR=10;PP=325;SC=AATTATAGAAGAAAGTTTACA;SOR=1.061;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=7;TCR=10;TR=17;WE=106292129;WS=106292111;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr4	106317370	rs145622118	T	TATAAA	296.75	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=0;PP=231;SC=TACCAATTAATATAACATTAC;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=6;WE=106317378;WS=106317360;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr4	106317429	rs13787	C	G	706.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=34;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=6;PP=322;SC=CTCCATTACACTTCTTCATAA;SOR=1.445;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=18;TCF=12;TCR=6;TR=18;WE=106317437;WS=106317419;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr4	106317498	rs34331553	CCAAA	C	2064.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.698;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.20;MQRankSum=0.303;QD=40.48;ReadPosRankSum=1.044;SOR=0.818;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,49:0.96:51
chr4	106317506	.	ACAAAT	A	972	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;FR=1.0000;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MMLQ=24;MQ=60.74;NF=7;NR=13;PP=972;QD=49.75;SC=CTCCAAACAAACAAATAAAAA;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=7;TCR=13;TR=20;WE=106317520;WS=106317496;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr4	106317511	rs200746953	TA	T	1160.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.601;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.20;MQRankSum=0.294;QD=21.50;ReadPosRankSum=0.481;SOR=0.853;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,52:0.96:54
chr4	106317512	.	A	T	532	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;FR=1.0000;HP=6;HapScore=1;MGOF=20;MMLQ=24;MQ=60.63;NF=15;NR=12;PP=532;QD=20.9915263906;SC=ACAAACAAATAAAAAAAGACG;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=30;TCF=17;TCR=13;TR=27;WE=106317520;WS=106317496;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:3,27:0.90:30
chr4	106320399	rs1490593	G	C	706.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=12;PP=233;SC=TTGGACTGAGGGAGCCAGGAA;SOR=1.460;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=4;TCR=12;TR=16;WE=106320407;WS=106320389;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr4	106320446	rs1490594	G	A	416.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=1;NR=7;PP=162;SC=ACAATTGATTGTGATACCTAG;SOR=1.609;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=8;WE=106320454;WS=106320436;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr4	106359209	rs2713862	T	A	912.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.619;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=21;PP=635;ReadPosRankSum=0.762;SC=ATTTTTTTTTTAAAAAAAAGC;SOR=0.432;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=35;TCF=13;TCR=22;TR=34;WE=106359217;WS=106359199;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,40:0.98:41
chr4	106474096	rs6533206	T	C	1053.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=17;PP=548;SC=CTGACAGGACTGAATACAACC;SOR=1.151;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=27;TCF=10;TCR=17;TR=27;WE=106474104;WS=106474086;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr4	106848314	rs4546247	C	T	887.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=26;NR=1;PP=647;SC=ACATACATAACACATGTGTGT;SOR=5.353;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=27;TCF=26;TCR=1;TR=27;WE=106848322;WS=106848313;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr4	106848703	rs10856978	C	T	1430.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=44;PP=1185;SC=TGTGAGCTGCCATTTTGCTGA;SOR=4.849;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=47;TCF=3;TCR=44;TR=47;WE=106848711;WS=106848693;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr4	106859549	rs35132891	G	C	3591.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=38;NR=61;PP=1955;SC=CTGGCCTGCAGCTGGCTCCTG;SOR=1.095;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=99;TCF=38;TCR=61;TR=99;WE=106859557;WS=106859539;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,133:1.00:133
chr4	106861557	rs4627867	A	T	1341.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=13;NR=32;PP=1085;SC=ATCTGCCAATATTATGTAGAT;SOR=1.880;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=45;TCF=13;TCR=32;TR=45;WE=106861565;WS=106861553;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr4	106861730	rs4340795	A	G	5576.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.920;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.46;ReadPosRankSum=-1.463;SOR=0.457;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:3,225:0.99:228
chr4	106888263	rs4597836	A	C	342.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.48;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr4	106892210	rs4449421	T	G	738.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=20;NR=5;PP=619;SC=TTTCTTCATGTTAAAGGTATA;SOR=2.215;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=20;TCR=5;TR=25;WE=106892218;WS=106892200;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr4	106892254	rs71672810	AT	A	103.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.095;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=1.258;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.82;ReadPosRankSum=0.184;SOR=0.388;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,16:0.28:57
chr4	107037269	.	AT	A	86.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.781;ClippingRankSum=0.000;DP=104;ExcessHet=3.0103;FS=4.143;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.90;ReadPosRankSum=-0.436;SOR=0.281;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:75,21:0.22:96
chr4	107154904	rs141946111	AC	A	224.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=6;PP=203;SC=ATCTTTGGAAACCTACCCAAC;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=6;WE=107154912;WS=107154894;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr4	107157699	.	TA	T	69.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.663;ClippingRankSum=0.000;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=3.224;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.55;ReadPosRankSum=-0.798;SOR=0.283;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,12:0.27:45
chr4	107168431	rs3775091	G	C	6069.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=237;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=57;NR=82;PP=2889;SC=TTCATTAATTGATCTGGGGTT;SOR=0.970;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=140;TCF=57;TCR=83;TR=139;WE=107168439;WS=107168421;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,226:1.00:226
chr4	107171647	rs41277029	G	A	238.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=2;NR=6;PP=180;SC=TAAATAAAATGAGAAAAGAAA;SOR=1.402;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=2;TCR=6;TR=8;WE=107171655;WS=107171637;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr4	107216112	rs62318091	T	C	1042.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=26;NR=8;PP=725;SC=GTAAATTAAATTTTCTCAAGT;SOR=1.863;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=26;TCR=8;TR=34;WE=107216120;WS=107216102;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr4	107258228	rs3737495	G	A	2083.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=21;NR=36;PP=1185;SC=TAATAGTTTCGGAATCAGTTC;SOR=1.194;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=57;TCF=21;TCR=36;TR=57;WE=107258236;WS=107258218;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr4	107288117	rs3018064	T	A	773.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.043;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=22.76;ReadPosRankSum=0.404;SOR=1.681;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,32:0.94:34
chr4	107288449	rs2949646	G	A	5344.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.968;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=74;PP=2814;ReadPosRankSum=-0.073;SC=TGCGGCCCAGGCTACAACATG;SOR=0.777;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=142;TCF=67;TCR=75;TR=140;WE=107288457;WS=107288439;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,196:0.99:198
chr4	108048977	rs2158182	A	C	1564.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=28;NR=14;PP=836;SC=GCAAGATGTAAGGCTGAAGGC;SOR=1.382;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=42;TCF=28;TCR=14;TR=42;WE=108048985;WS=108048967;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr4	108581002	rs11291153	GC	G	1669.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=9;NR=15;PP=679;SC=CAACATCTTTGCCCCCCCAGC;SOR=1.061;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=31;TCF=11;TCR=20;TR=24;WE=108581010;WS=108580992;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr4	108608100	rs45502094	CTCTAACACT	C	2546.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=23;NR=9;PP=2965;SC=CTCCAAGTCACTCTAACACTT;SOR=2.644;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=37;TCF=23;TCR=14;TR=32;WE=108608116;WS=108608090;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr4	108615226	rs371693146	CT	C	2411.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=8;NR=58;PP=1326;SC=TGTAGTAATACTTTTTTTTTC;SOR=1.308;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=74;TCF=8;TCR=66;TR=66;WE=108615234;WS=108615216;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr4	108622241	rs17510783	C	T	4653.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=76;NR=42;PP=2373;SC=GAACAGAGCTCAAAATTTAAA;SOR=1.146;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=119;TCF=76;TCR=43;TR=118;WE=108622249;WS=108622231;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,173:1.00:173
chr4	108622475	rs13110240	C	T	2748.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=1.402;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.419;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=64;PP=1754;ReadPosRankSum=0.039;SC=TTCTAGTTTACATGAGTCCTT;SOR=2.204;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=85;TCF=19;TCR=66;TR=82;WE=108622483;WS=108622465;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,94:0.98:96
chr4	108641169	rs2074372	C	G	3736.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=73;NR=36;PP=2425;SC=CCTCCGCGCTCCTGGAAGGAT;SOR=1.485;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=109;TCF=73;TCR=36;TR=109;WE=108641177;WS=108641159;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,129:1.00:129
chr4	108641300	rs973126	T	C	11852.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=445;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=121;NR=135;PP=2965;SC=TATTGCTCAGTTTGACTTTCT;SOR=0.748;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=256;TCF=121;TCR=135;TR=256;WE=108641308;WS=108641290;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,444:1.00:444
chr4	108641317	rs1127006	G	A	11020.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=419;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=112;NR=126;PP=2965;SC=TTCTTGCACAGGCTCCCGGGG;SOR=0.757;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=239;TCF=113;TCR=126;TR=238;WE=108641325;WS=108641307;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,417:1.00:417
chr4	108641437	rs2074374	C	G	2182.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=43;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=18;NR=49;PP=1569;SC=GGGGCCTCCTCGCGTCGGAGC;SOR=2.179;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=68;TCF=18;TCR=50;TR=67;WE=108641445;WS=108641427;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr4	108641464	rs1319253	AA	GC	2608.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=42;PP=2430;SC=GCGCTGACTTAAGCACGCGCC;SOR=2.683;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=55;TCF=11;TCR=44;TR=53;WE=108641473;WS=108641454;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr4	108926170	rs3775973	T	G	327.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=6;PP=174;SC=ATGTTTATTTTATACTGTAAC;SOR=1.445;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=2;TCR=6;TR=8;WE=108926178;WS=108926160;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr4	108931039	rs4956145	T	C	3961.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.41;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,150:1.00:150
chr4	108935769	.	T	TC	77.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.039;ClippingRankSum=0.000;DP=166;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.62;ReadPosRankSum=-1.930;SOR=0.734;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:102,24:0.19:126
chr4	108935770	rs7677408	T	C	988.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.728;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.91;ReadPosRankSum=1.530;SOR=0.754;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:50,75:0.60:125
chr4	108935871	rs4956147	G	A	542.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=3;NR=17;PP=422;SC=ATATTGTGTAGTGGTGAAGTC;SOR=3.056;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=3;TCR=17;TR=20;WE=108935879;WS=108935861;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr4	108944579	rs4956032	C	T	5496.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=82;NR=46;PP=2517;SC=ACCATTCTACCGAAGTTGCTT;SOR=1.118;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=130;TCF=83;TCR=47;TR=128;WE=108944587;WS=108944569;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,205:1.00:205
chr4	108944821	rs4956033	C	T	1065.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=27;PP=745;SC=AAAGAAGGAGCATTGTATACT;SOR=3.026;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=4;TCR=27;TR=31;WE=108944829;WS=108944811;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr4	108944846	rs4956034	A	G	509.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=15;PP=382;SC=GCTTGTCCACATGCTGTAAAG;SOR=4.294;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=0;TCR=15;TR=15;WE=108944854;WS=108944836;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr4	108969590	rs4245927	A	G	1136.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=27;NR=5;PP=810;SC=CGCAGATATGAGGGGAGAAAA;SOR=2.712;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=32;TCF=27;TCR=5;TR=32;WE=108969598;WS=108969580;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr4	108985388	rs4613638	A	G	3860.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=60;NR=36;PP=2022;SC=AAAGCATCATAAGTTACAGTC;SOR=1.171;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=96;TCF=60;TCR=36;TR=96;WE=108985396;WS=108985378;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,140:1.00:140
chr4	108991979	rs2276335	C	T	1145.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=9;NR=26;PP=770;SC=ATAGCAATAGCATATTTTATG;SOR=1.981;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=35;TCF=9;TCR=26;TR=35;WE=108991987;WS=108991969;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr4	108999300	rs4956156	G	T	4517.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=95;NR=32;PP=2640;SC=ACCTGATATGGGATTAAATTG;SOR=1.820;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=128;TCF=95;TCR=33;TR=127;WE=108999308;WS=108999290;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,165:1.00:165
chr4	108999366	rs4956157	G	A	9414.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=351;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=126;NR=88;PP=2965;SC=CACATGACTCGGCTACTTACC;SOR=0.947;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=217;TCF=128;TCR=89;TR=214;WE=108999374;WS=108999356;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,350:1.00:350
chr4	109000536	rs6819640	T	C	415.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=10;NR=4;PP=257;SC=CAGAGGTGCATTGAGTTTCAC;SOR=1.609;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=15;TCF=11;TCR=4;TR=14;WE=109000544;WS=109000526;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr4	109002986	rs7681524	T	C	845.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=21;PP=594;SC=TCCCCTTCCTTACCCTCCACC;SOR=2.226;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=5;TCR=21;TR=26;WE=109002994;WS=109002976;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr4	109010207	rs16996935	A	G	750.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=14;NR=6;PP=410;SC=GGCATCTGGAAGGTCACTCAG;SOR=1.528;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=14;TCR=6;TR=20;WE=109010215;WS=109010197;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr4	109576843	rs2851380	G	T	2166.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=2.284;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=24;PP=799;ReadPosRankSum=-0.665;SC=ATGATTTGGTGGTGGGAAAGA;SOR=0.242;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=47;TCF=22;TCR=25;TR=46;WE=109576851;WS=109576833;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,86:0.99:87
chr4	109588238	rs2851374	G	C	195.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=2;PP=146;SC=GGTGAGGGGGGCAAAATATGA;SOR=1.609;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=7;TCF=5;TCR=2;TR=7;WE=109588246;WS=109588228;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr4	109664819	rs6533381	T	C	1287.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=30;NR=8;PP=759;SC=CAACAATAAGTGAACCTAATA;SOR=2.160;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=38;TCF=30;TCR=8;TR=38;WE=109664827;WS=109664809;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr4	109665137	rs62315042	G	A	793.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=17;PP=472;SC=TAAAAGAATGGGCTGGGCGCT;SOR=1.688;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=6;TCR=17;TR=23;WE=109665145;WS=109665127;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr4	109669319	rs33958723	TA	T	92.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.947;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FS=2.245;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.99;ReadPosRankSum=-0.246;SOR=1.051;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:73,21:0.22:94
chr4	109670701	.	CA	C	42.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.308;ClippingRankSum=0.000;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=1.445;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.64;ReadPosRankSum=-0.085;SOR=0.943;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:53,14:0.21:67
chr4	109735133	rs2305436	T	C	1418.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=3;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=10;NR=19;PP=422;SC=TTAGTAGTCTTGAATTAAAAT;SOR=1.371;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=29;TCF=10;TCR=19;TR=29;WE=109735154;WS=109735123;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr4	109735146	rs2305435	T	G	1186.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.95;SOR=1.528;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr4	109735209	rs11733727	T	C	167.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=46;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=6;PP=113;SC=GCCAACTGACTGGCTATCAAT;SOR=2.584;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=1;TCR=6;TR=7;WE=109735217;WS=109735199;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr4	109748227	rs13104307	C	T	3565.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=1.004;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=36;PP=1580;ReadPosRankSum=-0.082;SC=AAGGGTTAACCGTGTCAGTGA;SOR=1.022;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=95;TCF=56;TCR=39;TR=90;WE=109748235;WS=109748217;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,138:0.97:142
chr4	109766177	rs10015534	G	C	488.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=13;NR=2;PP=357;SC=TATACTTTGTGTATCACTGTG;SOR=2.584;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=13;TCR=2;TR=15;WE=109766185;WS=109766173;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr4	109766290	rs11098004	T	G	3273.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.979;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=28;PP=1806;ReadPosRankSum=-0.893;SC=GTAAGTAACATGTCAGTGTGT;SOR=1.247;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=84;TCF=56;TCR=28;TR=84;WE=109766298;WS=109766280;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,119:0.98:121
chr4	109767453	rs5860952	C	CA	7126.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQ=60.35;NF=6;NR=81;PP=2936;SC=AACAGAATTCCGATCAATTTC;SOR=1.583;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=88;TCF=6;TCR=82;TR=87;WE=109767461;WS=109767443;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,179:1.00:179
chr4	109769844	rs13130308	C	T	1821.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=35;NR=8;PP=937;SC=GACATTTTGGCTTCAAACCTA;SOR=2.129;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=43;TCF=35;TCR=8;TR=43;WE=109769852;WS=109769834;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr4	109769899	rs13135591	C	T	3097.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=45;NR=31;PP=1281;SC=TAATAGTATACATCTTTGAAA;SOR=1.010;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=77;TCF=46;TCR=31;TR=76;WE=109769907;WS=109769889;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr4	109782004	rs72668336	T	C	1224.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=21;NR=11;PP=642;SC=ACAGATGTCATATGAATAGCC;SOR=1.203;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=21;TCR=11;TR=32;WE=109782012;WS=109781994;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr4	109790319	rs72668338	G	A	5916.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.531;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=88;PP=2822;ReadPosRankSum=0.279;SC=TTAAAAACATGGGCATATGAG;SOR=0.351;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=148;TCF=59;TCR=89;TR=146;WE=109790327;WS=109790309;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,223:1.00:224
chr4	109810573	rs375294708	AT	A	559.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.893;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FS=16.634;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.23;MQRankSum=0.825;QD=12.44;ReadPosRankSum=1.643;SOR=3.593;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,39:0.87:45
chr4	109810988	rs72668354	A	T	2907.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=15;NR=46;PP=1327;SC=CTCAAAGGGTATCTCATGACT;SOR=1.380;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=61;TCF=15;TCR=46;TR=61;WE=109810996;WS=109810978;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr4	109841743	rs17596705	C	T	3321.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.424;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=43;PP=1304;ReadPosRankSum=0.124;SC=CCTTTTGTCCCGGAGGCCCTA;SOR=0.436;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=83;TCF=37;TCR=46;TR=79;WE=109841751;WS=109841733;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,133:0.98:136
chr4	109841889	rs5860955	G	GA	472.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.9999;FS=0.000;HP=9;HapScore=4;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=0;NR=12;PP=158;SC=CATATATCAGGAAAAAAAAAG;SOR=1.085;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=1;TCR=15;TR=12;WE=109841897;WS=109841879;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr4	109842038	rs2030844	T	A	319.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=6;PP=230;SC=ATTGTTTTTTTAAAAAATACC;SOR=0.836;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=7;TCR=6;TR=13;WE=109842046;WS=109842028;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr4	109863370	rs17531474	C	T	6258.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.017;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=237;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=107;NR=46;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.873;SC=CAAACCTTGACGGTGAGGATC;SOR=1.451;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=156;TCF=108;TCR=48;TR=153;WE=109863378;WS=109863360;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,231:0.99:233
chr4	110370867	rs13123618	C	T	410.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=13;PP=371;SC=TCATGGTGGTCCTGCCTTCAT;SOR=5.283;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=0;TCR=13;TR=13;WE=110370875;WS=110370857;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr4	110384047	rs70949082	G	GCTTTT	6309.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=45;NR=24;PP=2126;SC=GTAAATACTTGCTTTTTCAGG;SOR=1.751;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=75;TCF=50;TCR=25;TR=69;WE=110384058;WS=110384037;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,138:1.00:138
chr4	110446454	rs6812906	A	G	584.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=14;NR=2;PP=397;SC=TGGACAAGTAAAATATTATTA;SOR=2.948;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=17;TCF=15;TCR=2;TR=16;WE=110446462;WS=110446444;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr4	110569880	rs201594988	CAA	C	52.25	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=17.42;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr4	110585578	rs11405576	C	CT	258.74	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.065;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=4.205;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.95;ReadPosRankSum=0.335;SOR=0.208;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,20:0.77:26
chr4	110585645	rs767598	G	A	456.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=9;PP=384;SC=CAGTGACGTCGTCATAGCTCA;SOR=0.804;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=19;TCF=10;TCR=9;TR=19;WE=110585653;WS=110585635;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr4	110602430	rs4698780	T	G	4980.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=2.132;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=89;NR=52;PP=2815;ReadPosRankSum=-0.700;SC=AAGGAAAAGGTCCTTGAGTCT;SOR=0.476;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=142;TCF=90;TCR=52;TR=141;WE=110602438;WS=110602420;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,185:0.99:186
chr4	110603784	rs3733611	T	C	5855.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=79;NR=68;PP=2822;SC=ACATGAAATCTTTGGTTCACA;SOR=0.787;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=150;TCF=82;TCR=68;TR=147;WE=110603792;WS=110603774;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,220:1.00:220
chr4	110605744	rs13846	A	T	1073.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=11;NR=25;PP=748;SC=CCAGTTACATACTTCATCACA;SOR=1.670;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=36;TCF=11;TCR=25;TR=36;WE=110605752;WS=110605734;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr4	110606394	rs3214165	C	CT	1101.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.42;QD=22.95;SOR=1.298;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr4	110608536	rs13151303	C	T	1431.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=36;NR=6;PP=1109;SC=ATATATATTTCAGCCATTTGC;SOR=3.209;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=42;TCF=36;TCR=6;TR=42;WE=110608544;WS=110608526;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr4	110619534	rs2301717	T	G	825.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=5;NR=16;PP=442;SC=AATTATTTTTTACTTATGGCA;SOR=1.681;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=5;TCR=16;TR=21;WE=110619542;WS=110619524;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr4	110638810	rs2285714	C	T	4054.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.933;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=43;PP=1896;ReadPosRankSum=-0.578;SC=TGCCACAGGTCTCATAGCACC;SOR=0.325;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=104;TCF=61;TCR=43;TR=103;WE=110638818;WS=110638800;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,157:0.99:158
chr4	110661937	rs551	G	A	1656.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=25;NR=18;PP=843;SC=AAAATATCCAGTGAGATTTGC;SOR=0.976;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=43;TCF=25;TCR=18;TR=43;WE=110661945;WS=110661927;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr4	110670807	rs7441380	G	C	1319.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=10;NR=31;PP=957;SC=ACCCATTAGCGTTTTTAACAC;SOR=2.059;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=41;TCF=10;TCR=31;TR=41;WE=110670815;WS=110670797;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr4	110678925	rs11098044	T	C	509.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.62;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=5;PP=203;SC=TTACCTTGAGTCACAGATGCA;SOR=1.022;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=3;TCR=5;TR=8;WE=110678933;WS=110678915;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr4	110678979	rs146158558	T	TTTTAA	752.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=8;NR=1;PP=546;SC=AAAGGATAATTTTTGGAAAAA;SOR=1.244;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=11;TCF=9;TCR=2;TR=9;WE=110678987;WS=110678969;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr4	110679002	rs7437142	G	T	739.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=32;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=12;NR=3;PP=244;SC=GCACACTATAGCAATATACTA;SOR=2.179;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=12;TCR=3;TR=15;WE=110679010;WS=110678992;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr4	110681618	rs4382037	C	T	4545.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=59;NR=71;PP=2755;SC=AGTAAAGTTGCTTTTCCTCTT;SOR=0.921;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=130;TCF=59;TCR=71;TR=130;WE=110681626;WS=110681608;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,163:1.00:163
chr4	110737389	rs2276326	T	C	1537.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=23;NR=11;PP=697;SC=TCAACCGAGGTGGCAGCAGCA;SOR=1.101;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=23;TCR=11;TR=34;WE=110737397;WS=110737379;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr4	110737549	rs6828254	G	A	2747.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=21;NR=37;PP=1131;SC=GCAGTCTTCAGTATTTAGCTT;SOR=1.043;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=58;TCF=21;TCR=37;TR=58;WE=110737557;WS=110737539;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr4	110745425	rs3188897	G	A	499.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=5;PP=310;SC=GAAAAATAAAGGTGTAATATG;SOR=1.609;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=18;TCF=13;TCR=5;TR=17;WE=110745433;WS=110745415;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr4	110749348	.	T	G	738.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=14;PP=369;SC=GCAGAAGTTTTCAGCATAAGG;SOR=1.609;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=19;TCF=5;TCR=14;TR=19;WE=110749356;WS=110749338;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr4	110765361	rs7681770	T	G	4859.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=43;NR=74;PP=2519;SC=TGAAATAAGATAAAAGGACAC;SOR=1.098;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=117;TCF=43;TCR=74;TR=117;WE=110765380;WS=110765351;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,179:1.00:179
chr4	110765372	rs7657133	A	G	4303.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=36;NR=69;PP=2250;SC=AAAAGGACACACTATCAAAAC;SOR=1.201;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=105;TCF=36;TCR=69;TR=105;WE=110765380;WS=110765351;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,157:1.00:157
chr4	110773067	rs4698797	G	A	7634.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.660;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=307;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=89;NR=85;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.864;SC=TTCCTGGAGAGCTGGACTCAT;SOR=0.693;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=176;TCF=90;TCR=86;TR=174;WE=110773075;WS=110773057;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,294:0.99:296
chr4	110786290	rs7679048	C	T	5368.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=86;NR=51;PP=2625;SC=TAGAACGTTACGGCTGTAAAA;SOR=1.156;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=137;TCF=86;TCR=51;TR=137;WE=110786298;WS=110786280;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,201:1.00:201
chr4	110786517	rs7679303	A	G	932.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.311;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=26;PP=694;ReadPosRankSum=-0.701;SC=ACTAATACGTACAATAATGAC;SOR=3.193;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=29;TCF=2;TCR=27;TR=28;WE=110786525;WS=110786507;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,30:0.97:31
chr4	110790911	rs764205	A	T	6661.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.800;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=253;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=102;NR=62;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.608;SC=TCTGGCTGGGATGTCAGAAGC;SOR=1.051;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=166;TCF=103;TCR=63;TR=164;WE=110790919;WS=110790901;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,251:0.99:253
chr4	110897462	.	TAC	T	52.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.504;ClippingRankSum=0.000;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=6.043;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.64;ReadPosRankSum=-1.161;SOR=0.078;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,4:0.20:20
chr4	110914427	rs4698803	A	T	1830.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=24;NR=20;PP=744;SC=CAACTGGGGGAGCACAGCTGT;SOR=0.807;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=44;TCF=24;TCR=20;TR=44;WE=110914435;WS=110914417;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr4	111454153	rs671841	A	G	1055.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=21;NR=11;PP=680;SC=CTGGTAAAAGACATAATAAGA;SOR=1.387;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=33;TCF=22;TCR=11;TR=32;WE=111454161;WS=111454143;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr4	111469295	.	GTTTTTTTT	G	906.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.401;ClippingRankSum=0.000;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.32;MQRankSum=0.500;QD=31.27;ReadPosRankSum=-0.091;SOR=0.914;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,27:0.93:29
chr4	111480920	rs6533525	G	A	6254.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.888;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=242;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=109;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.020;SC=CCAAGAAGGAGCAGAATGAAA;SOR=1.326;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=166;TCF=56;TCR=110;TR=163;WE=111480928;WS=111480910;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,235:0.99:237
chr4	111781650	rs10213399	C	T	591.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=12;NR=5;PP=315;SC=TGTGGTCTGTCGTTGACTGGA;SOR=1.609;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=17;TCF=12;TCR=5;TR=17;WE=111781658;WS=111781640;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr4	113066831	rs10002700	G	A	255.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.28;QD=21.31;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr4	113107829	rs371585740	CT	C	102.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.137;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FS=3.542;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.28;MQRankSum=3.280;QD=0.92;ReadPosRankSum=1.412;SOR=0.352;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:84,28:0.25:112
chr4	113344826	rs1989925	A	G	4802.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=60;NR=68;PP=2345;SC=TACTCCTCAAACCCTGCTCTA;SOR=0.782;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=128;TCF=60;TCR=68;TR=128;WE=113344834;WS=113344816;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,186:1.00:186
chr4	113349025	rs74727833	A	G	733.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=21;PP=592;SC=TGTAACAGACACTCAGAGAGT;SOR=6.273;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=0;TCR=21;TR=21;WE=113349033;WS=113349015;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr4	113350192	rs11944440	C	T	4006.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=76;NR=37;PP=2039;SC=GAACGGGTTGCGGTGAGGAGT;SOR=1.414;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=114;TCF=77;TCR=37;TR=113;WE=113350200;WS=113350182;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,150:1.00:150
chr4	113350415	rs11944513	C	T	4046.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=33;NR=89;PP=2606;SC=CTGTGGTAAACGAATGCAGCC;SOR=1.956;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=122;TCF=33;TCR=89;TR=122;WE=113350423;WS=113350405;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,140:1.00:140
chr4	113352075	rs73841022	A	G	5030.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-1.296;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=80;PP=2590;ReadPosRankSum=0.715;SC=AATCCTTGACACCTATTCACA;SOR=0.339;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=137;TCF=56;TCR=81;TR=136;WE=113352083;WS=113352065;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,191:0.99:192
chr4	113352628	rs13148353	A	G	3632.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.676;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=44;PP=1870;ReadPosRankSum=-0.619;SC=CATTCATTGCATTCACAGCTT;SOR=0.302;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=100;TCF=56;TCR=44;TR=99;WE=113352636;WS=113352618;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,138:0.99:139
chr4	113352832	rs35633116	C	T	6131.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-2.224;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=85;NR=67;PP=2932;ReadPosRankSum=1.650;SC=AGAAATACTTCTGCTCACTCC;SOR=0.435;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=155;TCF=87;TCR=68;TR=152;WE=113352840;WS=113352822;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,232:0.99:235
chr4	113353285	rs11726117	T	C	6805.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.320;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=272;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=98;NR=90;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.910;SC=CTCGACAGCATGGATGTTCCC;SOR=0.412;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=189;TCF=99;TCR=90;TR=188;WE=113353293;WS=113353275;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,261:0.99:264
chr4	113353842	rs6841595	A	C	1023.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=25;PP=723;SC=AAGGTATAGAACCCTGGTATG;SOR=3.611;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=27;TCF=2;TCR=25;TR=27;WE=113353850;WS=113353832;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr4	113359703	rs231247	A	G	7410.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.163;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=296;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=1.655;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=91;NR=88;PP=2965;ReadPosRankSum=0.227;SC=ATGTGGAGCGACAGATGACCG;SOR=0.473;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=185;TCF=93;TCR=92;TR=179;WE=113359711;WS=113359693;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:5,285:0.98:290
chr4	113362301	rs61574683	T	G	18649.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=441;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=151;NR=147;PP=2965;SC=GTGACAGACCTTAGTGATGCT;SOR=0.698;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=298;TCF=151;TCR=147;TR=298;WE=113362309;WS=113362291;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,439:1.00:439
chr4	113362316	rs1486868	A	G	17802.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=398;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=129;NR=147;PP=2965;SC=GATGCTCTCAAATATCTGGTG;SOR=0.810;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=280;TCF=133;TCR=147;TR=276;WE=113362324;WS=113362306;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,396:1.00:396
chr4	113436044	rs901474	T	G	1777.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=38;NR=12;PP=1054;SC=CGGCGCTGGCTCCTCCCGGGC;SOR=2.035;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=50;TCF=38;TCR=12;TR=50;WE=113436052;WS=113436034;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr4	113460927	rs2306775	C	A	3566.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.147;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=37;PP=2090;ReadPosRankSum=-0.914;SC=CTTCCCCCAGCAGAGCTGTTC;SOR=1.010;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=92;TCF=54;TCR=38;TR=90;WE=113460935;WS=113460917;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,128:0.98:130
chr4	113533796	rs9993534	T	C	361.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=6;PP=206;SC=AGCAGTACTCTAAAATTTAAC;SOR=1.179;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=3;TCR=6;TR=9;WE=113533804;WS=113533786;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr4	113549665	rs151072738	T	C	1681.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=26;NR=14;PP=851;SC=ATGAATAACTTTGACAGAATT;SOR=1.107;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=42;TCF=26;TCR=16;TR=40;WE=113549673;WS=113549655;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr4	113565740	rs79121594	A	G	370.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=7;PP=289;SC=ATTCTCTCAGACAGTTAAAGG;SOR=0.836;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=12;TCF=5;TCR=7;TR=12;WE=113565748;WS=113565730;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr4	113566121	.	G	T	36.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.846;ClippingRankSum=0.000;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=7.549;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.77;MQRankSum=-0.348;QD=2.63;ReadPosRankSum=-2.000;SOR=0.850;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,3:0.21:14
chr4	113566122	.	A	T	36.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.846;ClippingRankSum=0.000;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=7.549;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.77;MQRankSum=-0.348;QD=2.63;ReadPosRankSum=-2.667;SOR=0.850;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,3:0.21:14
chr4	113566123	.	G	T	36.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.214;ClippingRankSum=0.000;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=3.736;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.83;MQRankSum=-0.213;QD=2.83;ReadPosRankSum=-2.260;SOR=0.086;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,2:0.15:13
chr4	113568126	.	TA	T	36.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.295;ClippingRankSum=0.000;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.46;MQRankSum=2.677;QD=0.83;ReadPosRankSum=-0.056;SOR=0.486;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,10:0.23:44
chr4	113568328	rs75987826	G	T	3158.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.084;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=30;PP=1794;ReadPosRankSum=0.142;SC=GAAGTAAGATGAACTAATAAT;SOR=1.302;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=89;TCF=58;TCR=31;TR=87;WE=113568336;WS=113568318;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,114:0.98:116
chr4	113578609	rs1129065	C	T	284.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=4;NR=7;PP=183;SC=CTTTGTTCCTCAACTTGTAAA;SOR=1.270;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=4;TCR=7;TR=11;WE=113578617;WS=113578599;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr4	114072148	rs10647173	G	GAA	4690.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=38;NR=19;PP=2579;SC=TAGGTACTTAGTAAATATTTG;SOR=2.212;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=58;TCF=39;TCR=19;TR=57;WE=114072157;WS=114072138;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr4	114072149	rs61478665	T	A	4699.77	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=65;NR=19;PP=1664;SC=AGGTACTTAGTAAATATTTGT;SOR=2.108;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=107;TCF=77;TCR=30;TR=84;WE=114072157;WS=114072138;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr4	114171154	rs362495	A	G	315.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=9;PP=217;SC=GAATAGGAATATGTATCAAAC;SOR=3.442;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=1;TCR=9;TR=10;WE=114171162;WS=114171144;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr4	114185878	rs11452087	C	CA	172.14	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.638;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=3.104;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.63;MQRankSum=0.641;QD=10.76;ReadPosRankSum=-1.127;SOR=2.093;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,13:0.81:16
chr4	114267023	rs9968405	G	A	6788.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=276;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=102;NR=57;PP=2688;SC=CAAATCAAATGTGGGTGAAGC;SOR=1.099;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=161;TCF=102;TCR=59;TR=159;WE=114267031;WS=114267013;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,266:1.00:266
chr4	114286357	.	ATGTG	A,ATG	2374.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.218;ClippingRankSum=0.000;DP=184;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.12;MQRankSum=0.428;QD=25.26;ReadPosRankSum=-0.747;SOR=0.520;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:6,31,57:0.33,0.61:94
chr4	114309839	rs6533681	C	T	523.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=9;NR=4;PP=256;SC=ACTTTTCTTCCGGAAAAAATT;SOR=1.402;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=13;TCF=9;TCR=4;TR=13;WE=114309847;WS=114309829;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr4	114310106	rs70961814	C	CTG	114.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.349;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=2.522;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=7.17;ReadPosRankSum=0.488;SOR=1.911;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,6:0.38:16
chr4	114426077	rs5861139	CA	C	689.06	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.084;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=1.753;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.51;ReadPosRankSum=0.936;SOR=0.371;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:6,45:0.88:51
chr4	114426315	rs4834348	G	T	2288.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=18;NR=50;PP=1372;SC=AGATGAACGTGAAAGACATGG;SOR=1.816;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=69;TCF=18;TCR=51;TR=68;WE=114426323;WS=114426305;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr4	114472984	rs2285704	T	C	189.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=0;PP=162;SC=TGTTTTTCCTTGTTGTTTTTG;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=7;TCR=0;TR=7;WE=114472992;WS=114472974;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr4	114823667	rs61730233	C	T	4347.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.955;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=66;PP=2370;ReadPosRankSum=1.851;SC=GTGAGAGCCTCCGTAGGAGCT;SOR=0.972;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=115;TCF=49;TCR=66;TR=113;WE=114823675;WS=114823657;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,160:0.99:162
chr4	115544714	rs6851610	A	G	9116.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=357;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=126;NR=112;PP=2965;SC=ACCTGCTGCCAGAGAAGTCCA;SOR=0.759;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=238;TCF=126;TCR=112;TR=238;WE=115544722;WS=115544704;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,343:1.00:343
chr4	115577997	rs34115976	C	G	1051.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=21;PP=595;SC=CTTCATTTCCCCATATCTACT;SOR=1.347;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=11;TCR=21;TR=32;WE=115578005;WS=115577987;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr4	115586696	rs4833463	A	G	355.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=11;NR=1;PP=328;SC=ATTTGCTGTTACCAAAGCATG;SOR=3.442;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=12;TCF=11;TCR=1;TR=12;WE=115586704;WS=115586686;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr4	115586972	.	CT	C	54.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.867;ClippingRankSum=0.000;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=1.983;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.20;MQRankSum=1.660;QD=1.77;ReadPosRankSum=0.178;SOR=1.501;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,11:0.35:31
chr4	115589159	rs6831964	C	T	987.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.827;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=5.682;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=6;PP=558;ReadPosRankSum=0.829;SC=TACTGTAGTGCCGATTTTTAA;SOR=2.091;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=28;TCF=21;TCR=7;TR=27;WE=115589167;WS=115589149;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,36:0.97:37
chr4	115589302	rs11098261	A	G	6191.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=234;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=81;NR=63;PP=2864;SC=TTGAAACTATATATCATGGTG;SOR=0.879;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=144;TCF=81;TCR=63;TR=144;WE=115589310;WS=115589292;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,232:1.00:232
chr4	115748918	rs74651225	A	T	129.87	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=13;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=4;NR=1;PP=113;SC=AGGTGGATTTATTTTTTTTTT;SOR=1.981;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=5;TCF=4;TCR=1;TR=5;WE=115748926;WS=115748908;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr4	115749005	rs6843860	C	T	679.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=7;PP=293;SC=GTCTCAGCCACGATGGCAGAG;SOR=1.101;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=12;TCR=7;TR=19;WE=115749013;WS=115748995;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr4	115997164	rs570741	G	A	2617.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=45;NR=23;PP=1380;SC=ATATTTTATCGGTACCATATT;SOR=1.313;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=68;TCF=45;TCR=23;TR=68;WE=115997172;WS=115997154;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr4	119035948	rs5861378	T	TC	9181.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.434;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=329;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=1.768;HP=7;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.270;NF=40;NR=82;PP=2979;ReadPosRankSum=0.825;SC=GGATAATATTTCCCCCCCTAA;SOR=0.657;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=142;TCF=47;TCR=95;TR=122;WE=119035956;WS=119035938;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:5,309:0.98:314
chr4	119064668	rs3749506	G	A	355.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-1.761;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=4;PP=460;ReadPosRankSum=-0.823;SC=AAATTGATTGGAAAAAAAAAA;SOR=1.609;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=21;TCF=17;TCR=4;TR=20;WE=119064676;WS=119064658;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,19:0.95:20
chr4	119161619	rs641962	A	G	1209.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=24;NR=16;PP=738;SC=ACAAAGATTGATTTTTAATTA;SOR=1.154;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=40;TCF=24;TCR=16;TR=40;WE=119161627;WS=119161609;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr4	119161795	rs617430	G	A	2245.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=24;NR=25;PP=896;SC=GTTTGGTCCCGGGGTGGTATG;SOR=0.788;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=49;TCF=24;TCR=25;TR=49;WE=119161803;WS=119161785;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr4	119174563	rs609512	T	A	55.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=18.43;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr4	119174640	rs5861382	CT	C	428.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.762;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.43;MQRankSum=0.408;QD=17.15;ReadPosRankSum=0.903;SOR=0.382;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,24:0.96:25
chr4	119200274	rs658642	C	T	623.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=7;PP=332;SC=CCCCGAGAACCGTCAGTTTGA;SOR=1.270;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=13;TCR=7;TR=20;WE=119200282;WS=119200264;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr4	119217114	rs788665	C	G	3055.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=25;NR=65;PP=2061;SC=ATGTCAAAATCCCTTTTCTCT;SOR=1.566;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=90;TCF=25;TCR=65;TR=90;WE=119217122;WS=119217104;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr4	119273712	rs13119545	C	G	4880.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=74;NR=71;PP=2671;SC=CGGACGCGTCCTCGGGGGCCG;SOR=0.715;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=145;TCF=74;TCR=71;TR=145;WE=119273720;WS=119273702;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,182:1.00:182
chr4	119435862	rs202102941	A	G	210.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=45.09;QD=23.42;SOR=1.402;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr4	119609039	rs9968326	G	A	4125.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=71;NR=49;PP=2149;SC=AGGCTATCCAGTGCATTGCAA;SOR=0.839;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=120;TCF=71;TCR=49;TR=120;WE=119609047;WS=119609029;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,159:1.00:159
chr4	119609182	.	CT	C	101.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.079;ClippingRankSum=0.000;DP=78;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.31;ReadPosRankSum=-1.441;SOR=0.649;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,16:0.36:44
chr4	119609246	rs13130107	A	G	366.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=20;PP=557;SC=GCTGGAGTACAGTAGCATGAT;SOR=2.985;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=22;TCF=2;TCR=20;TR=22;WE=119609254;WS=119609236;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr4	119625273	rs298995	G	A	853.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=18;PP=466;SC=CCAAATAACTGTATACTGTTT;SOR=1.681;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=24;TCF=6;TCR=18;TR=24;WE=119625281;WS=119625263;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr4	119666217	rs35951660	T	TA	321.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.251;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FS=3.912;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.14;ReadPosRankSum=-0.377;SOR=0.767;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:108,42:0.28:150
chr4	119689549	rs11412557	C	CTT	293.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.441;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=2.933;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.22;MQRankSum=0.809;QD=11.30;ReadPosRankSum=0.908;SOR=0.132;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,19:0.73:26
chr4	119718988	rs11730993	C	T	5493.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.985;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=96;PP=2782;ReadPosRankSum=0.857;SC=AAAGGATACACTTAAAACTTG;SOR=0.517;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=144;TCF=47;TCR=97;TR=143;WE=119718996;WS=119718978;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,207:1.00:208
chr4	119726949	rs2303513	G	A	2186.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=33;NR=16;PP=1017;SC=CTTTAAAAACGGTGAGAAATT;SOR=1.151;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=49;TCF=33;TCR=16;TR=49;WE=119726957;WS=119726939;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr4	119736598	rs6843524	C	T	653.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=17;NR=2;PP=463;SC=GCACCCTGTCCGCCTTACCCT;SOR=2.737;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=19;TCF=17;TCR=2;TR=19;WE=119736606;WS=119736588;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr4	119736796	rs2389688	A	C	6880.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-2.158;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=268;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=99;NR=77;PP=2965;ReadPosRankSum=1.467;SC=GCAAAATGGAAGGCTGTGGAG;SOR=0.295;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=177;TCF=100;TCR=77;TR=176;WE=119736804;WS=119736786;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,263:1.00:264
chr4	119737860	rs3775840	G	A	5761.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-2.014;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.013;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=31;PP=1744;ReadPosRankSum=-0.665;SC=ATAAATGGCCGACTGTGCTGT;SOR=0.962;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=91;TCF=59;TCR=32;TR=90;WE=119737868;WS=119737850;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,130:0.99:131
chr4	119737885	rs3775839	T	C	6831.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.483;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.904;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=74;NR=39;PP=2320;ReadPosRankSum=-0.539;SC=ACAGTGGAGCTTTCCATGACT;SOR=0.882;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=114;TCF=74;TCR=40;TR=113;WE=119737893;WS=119737875;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,171:0.99:172
chr4	119944611	rs1459058	G	T	3663.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=47;NR=29;PP=1544;SC=AAGCCTCTGGGTCTGGGCTCT;SOR=0.980;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=76;TCF=47;TCR=29;TR=76;WE=119944619;WS=119944601;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,140:1.00:140
chr4	119950975	rs111780874	A	AT	824.76	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.585;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=1.348;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.75;ReadPosRankSum=-2.096;SOR=0.500;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,49:0.82:60
chr4	119951647	rs7698598	A	G	15780.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=577;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=256;NR=142;PP=2965;SC=CTTCAGTGGGACATCTGAGAC;SOR=1.195;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=401;TCF=258;TCR=143;TR=398;WE=119951655;WS=119951637;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,567:1.00:567
chr4	120071926	rs6853794	T	C	717.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=18;NR=3;PP=501;SC=TACTTATGATTATGCAATTAG;SOR=2.925;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=18;TCR=3;TR=21;WE=120071934;WS=120071916;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
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chr4	120072238	rs6828349	A	G	1522.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.51;SOR=2.964;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr4	120079159	rs11721566	A	G	2392.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=52;NR=11;PP=1592;SC=AGCAGAGTTTACTTTTGATTA;SOR=2.425;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=63;TCF=52;TCR=11;TR=63;WE=120079167;WS=120079149;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
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chr4	120107098	rs112369914	G	GT	685.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=0.344;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.9868;FS=0.000;HP=11;HapScore=3;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQ=60.26;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=6;PP=243;ReadPosRankSum=-0.552;SC=ATTGAGATCTGTTTTTTTTTT;SOR=1.121;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=30;TCF=21;TCR=9;TR=25;WE=120107106;WS=120107088;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,36:0.90:40
chr4	120133712	rs6851130	G	A	2015.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=13;NR=41;PP=1256;SC=AGCCCGCTCCGAGGGGCGGGC;SOR=2.015;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=56;TCF=13;TCR=43;TR=54;WE=120133720;WS=120133702;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr4	120194718	rs35610634	G	GT	2834.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.453;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=11;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=42;PP=666;ReadPosRankSum=0.238;SC=AACAAATGTTGTTTTTTTTTA;SOR=0.521;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=63;TCF=14;TCR=49;TR=54;WE=120194726;WS=120194708;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:7,131:0.95:138
chr4	120419979	rs141662936	C	CA	1156.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=1;NR=22;PP=1054;SC=GGCCACATCCCACACTCATTT;SOR=2.448;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=23;TCF=1;TCR=22;TR=23;WE=120419987;WS=120419969;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr4	120446868	.	G	GA	130.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.044;ClippingRankSum=0.000;DP=94;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.59;ReadPosRankSum=-0.418;SOR=0.686;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:65,17:0.21:82
chr4	120463856	rs2622497	A	C	2353.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=20;NR=48;PP=1564;SC=GACTTTAACAAACACACCCAA;SOR=1.473;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=68;TCF=20;TCR=48;TR=68;WE=120463864;WS=120463846;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr4	120528327	rs3733526	G	A	3997.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=39;NR=59;PP=2009;SC=TGTTCCAGGGGCACTGTTATC;SOR=1.017;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=98;TCF=39;TCR=59;TR=98;WE=120528335;WS=120528317;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,147:1.00:147
chr4	120528524	rs10536068	ATCT	A	1742.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=1;NR=18;PP=879;SC=GCTCCTAAACATCTTCTCATG;SOR=1.292;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=19;TCF=1;TCR=18;TR=19;WE=120528534;WS=120528514;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr4	120550059	rs11342908	GC	G	3926.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQ=60.07;NF=19;NR=48;PP=1386;SC=CAGCTGCTGCGCCCCCCCCAC;SOR=0.787;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=68;TCF=19;TCR=49;TR=67;WE=120550075;WS=120550049;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr4	120550125	rs10639733	A	AGGC	2717.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.971;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=1.472;HP=4;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=42;PP=2215;ReadPosRankSum=1.265;SC=GGTTCCCAGGAGGCGGCGGCG;SOR=0.583;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=61;TCF=14;TCR=47;TR=54;WE=120550133;WS=120550115;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:7,112:0.94:119
chr4	120550144	rs2953291	A	G	5685.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=33;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=45;NR=46;PP=1644;SC=CGGCGGCGGCAGCGGCAGCGC;SOR=0.708;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=91;TCF=45;TCR=46;TR=91;WE=120550152;WS=120550134;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,137:1.00:137
chr4	121737767	rs2136998	G	A	2057.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=0.487;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=48;PP=1557;ReadPosRankSum=1.507;SC=GGAAGAAATGGTGAAGACATA;SOR=0.852;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=69;TCF=20;TCR=49;TR=68;WE=121737775;WS=121737757;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,71:0.99:72
chr4	121774515	rs3115310	T	C	3521.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.303;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=22;PP=1880;ReadPosRankSum=-0.481;SC=AGTACAGTCATATATTAATTC;SOR=0.659;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=85;TCF=63;TCR=22;TR=84;WE=121774523;WS=121774505;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,127:0.99:128
chr4	121828519	rs1901135	C	T	1289.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=37;NR=12;PP=1160;SC=TAAAACATTTCAATACTTAAA;SOR=1.828;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=50;TCF=38;TCR=12;TR=49;WE=121828527;WS=121828509;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr4	121957734	rs1397645	T	C	6922.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=269;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=81;NR=87;PP=2954;SC=CCACGGTGGCTGAGGAACAGG;SOR=0.731;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=168;TCF=81;TCR=87;TR=168;WE=121957742;WS=121957724;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,265:1.00:265
chr4	121958091	rs3733558	T	G	9754.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=361;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=118;NR=95;PP=2965;SC=TCCCATCTTTTAGCTCGACTG;SOR=0.788;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=219;TCF=119;TCR=100;TR=213;WE=121958099;WS=121958081;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,352:1.00:352
chr4	121958187	rs3822230	A	G	9932.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=388;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=122;NR=123;PP=2965;SC=CCACAAATACATCAAAGTAGT;SOR=0.698;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=245;TCF=122;TCR=123;TR=245;WE=121958195;WS=121958177;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,381:1.00:381
chr4	121958697	rs3733560	G	A	6159.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.086;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=243;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=71;NR=76;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.814;SC=GATATAAACCGGATGGGGAAC;SOR=0.710;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=150;TCF=73;TCR=77;TR=147;WE=121958705;WS=121958687;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,236:0.98:240
chr4	121961295	rs3836716	A	AT	321.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=12;PP=256;SC=TTTGGTTTTAATTTTTTTTTC;SOR=3.126;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=1;TCR=15;TR=12;WE=121961303;WS=121961285;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr4	121966807	rs2276959	C	T	3127.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=45;NR=34;PP=1517;SC=GAGAATACCTCTTAGGTGTAT;SOR=0.836;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=81;TCF=46;TCR=35;TR=79;WE=121966815;WS=121966797;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr4	122137662	rs7663440	T	G	2119.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=11;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=28;NR=32;PP=1114;SC=GAATCTAAAATAAAAAAATAT;SOR=0.839;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=60;TCF=28;TCR=32;TR=60;WE=122137670;WS=122137652;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr4	122148787	rs2044970	A	G	264.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=7;PP=175;SC=AAGATTCACAACCTATGTGAA;SOR=3.056;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=7;WE=122148795;WS=122148777;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr4	122254014	rs55975435	A	G	5705.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=79;NR=53;PP=2587;SC=GAATAGTTCGAAGCACTGAAC;SOR=1.011;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=133;TCF=80;TCR=53;TR=132;WE=122254022;WS=122254004;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,214:1.00:214
chr4	122254284	rs55776058	T	G	1053.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=9;NR=23;PP=625;SC=CAAGTATTATTGCAACACAAC;SOR=1.730;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=9;TCR=23;TR=32;WE=122254292;WS=122254274;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr4	122257942	rs4558890	A	C	6153.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=237;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=96;NR=57;PP=2965;SC=ATATGATTATACATCTCAACT;SOR=1.144;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=153;TCF=96;TCR=57;TR=153;WE=122257950;WS=122257932;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,232:1.00:232
chr4	122258063	rs4490481	A	G	5733.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.771;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=88;PP=2845;ReadPosRankSum=-0.969;SC=GACTCAGTTGAGTAAAACACA;SOR=0.926;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=153;TCF=64;TCR=89;TR=151;WE=122258071;WS=122258053;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,217:0.99:219
chr4	122258149	rs2302308	T	G	2010.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=16;NR=43;PP=1356;SC=AGTGCCATGGTCTCCCCCAAG;SOR=1.863;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=59;TCF=16;TCR=43;TR=59;WE=122258157;WS=122258139;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr4	122261874	rs13104309	G	A	1313.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=11;NR=33;PP=917;SC=CTGCCAAAAAGTTTGATAATT;SOR=2.160;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=44;TCF=11;TCR=33;TR=44;WE=122261882;WS=122261864;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr4	122301350	.	GA	G	2977.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DP=80;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=61.21;QD=39.18;SOR=3.442;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr4	122301352	.	GAGAGAGAGAGAGA	G,GGA	2778.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;ALERT;AN=2;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=61.19;QD=42.75;SOR=3.091;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:0,25,40:0.38,0.62:65
chr4	122590883	.	TA	T	274.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.093;ClippingRankSum=0.000;DP=220;ExcessHet=3.0103;FS=0.680;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.05;MQRankSum=0.000;QD=1.45;ReadPosRankSum=-0.139;SOR=0.612;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:140,49:0.26:189
chr4	122592663	rs2306419	C	T	2626.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.61;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=27;NR=25;PP=1083;SC=TGCTTTAGCTCTTACCACCAA;SOR=0.754;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=52;TCF=27;TCR=25;TR=52;WE=122592671;WS=122592653;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr4	122617493	rs2306413	T	C	503.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=0;PP=296;SC=TCACCAGCTGTTGCGCGCGAA;SOR=2.712;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=10;TCR=0;TR=10;WE=122617501;WS=122617490;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr4	122617631	rs2306415	C	G	2727.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.228;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=38;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=26;PP=1265;ReadPosRankSum=-1.409;SC=AGCAGGTTCCCTTTCCTCCTA;SOR=0.623;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=64;TCF=38;TCR=26;TR=64;WE=122617639;WS=122617621;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:5,110:0.96:115
chr4	122617654	rs72678604	C	T	3590.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.162;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=44;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=38;PP=1618;ReadPosRankSum=-2.542;SC=CTTTTTGGCTCTCAGACAAAT;SOR=0.570;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=83;TCF=45;TCR=38;TR=83;WE=122617662;WS=122617644;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:5,139:0.97:144
chr4	122617688	rs2306416	T	C	4155.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.190;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=47;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=43;PP=1898;ReadPosRankSum=1.310;SC=CGTCGCAGCATACAAAGTTGT;SOR=0.541;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=95;TCF=52;TCR=43;TR=95;WE=122617696;WS=122617678;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:5,162:0.97:167
chr4	122617718	rs2306417	G	C	4083.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.547;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=53;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=48;PP=1474;ReadPosRankSum=1.691;SC=CAGCGCAGTGGGGGGCGCACG;SOR=0.731;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=99;TCF=51;TCR=48;TR=99;WE=122617726;WS=122617708;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,161:0.99:163
chr4	122617745	rs1131239	G	A	3658.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-1.664;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=44;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=50;PP=1682;ReadPosRankSum=-0.485;SC=CCTGTGCCATGGCGACTACTC;SOR=0.293;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=90;TCF=40;TCR=50;TR=90;WE=122617753;WS=122617735;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,141:0.99:142
chr4	122681373	rs4342205	T	C	2003.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=43;NR=22;PP=1210;SC=AGATCCACCATCATCTTCTTC;SOR=1.457;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=65;TCF=43;TCR=22;TR=65;WE=122681381;WS=122681363;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr4	122683007	rs4370153	G	A	3740.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=35;NR=64;PP=1945;SC=TAGTGCAACAGCCAAGATTGT;SOR=1.171;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=101;TCF=35;TCR=66;TR=99;WE=122683015;WS=122682997;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,140:1.00:140
chr4	122687238	rs13108419	A	G	4645.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=53;NR=49;PP=2131;SC=GTGTCGGGTTACTCATGAGGC;SOR=0.740;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=102;TCF=53;TCR=49;TR=102;WE=122687246;WS=122687228;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,174:1.00:174
chr4	122687491	rs4833772	G	C	646.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=4;NR=10;PP=299;SC=CGTGCCATCAGATCTGTAATA;SOR=1.270;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=4;TCR=10;TR=14;WE=122687499;WS=122687481;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr4	122742217	rs769242	T	C	5435.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=50;NR=62;PP=2462;SC=TCTTCTAATATAATTGACATG;SOR=0.861;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=113;TCF=51;TCR=62;TR=112;WE=122742225;WS=122742207;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,204:1.00:204
chr4	122825364	rs3762839	A	C	696.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=15;NR=7;PP=415;SC=CTCTGTGTGGATATAAGCCTC;SOR=1.445;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=15;TCR=7;TR=22;WE=122825372;WS=122825354;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr4	122852008	.	A	C	380.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.765;ClippingRankSum=0.000;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.13;ReadPosRankSum=0.503;SOR=1.101;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:5,24:0.83:29
chr4	123108762	rs7670081	G	A	613.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=15;PP=415;SC=AAATTAAATAGTTTTGTGGAG;SOR=1.931;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=21;TCF=6;TCR=15;TR=21;WE=123108770;WS=123108752;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr4	123140739	rs6534345	G	C	5072.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=56;NR=76;PP=2580;SC=GTTTACACATGAAAGTAGTCT;SOR=0.904;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=132;TCF=56;TCR=76;TR=132;WE=123140747;WS=123140729;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,186:1.00:186
chr4	123175900	rs66570627	G	A	1142.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=32;NR=6;PP=881;SC=AGGTATGGGAGATTGTTTGGA;SOR=2.891;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=32;TCR=6;TR=38;WE=123175908;WS=123175890;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr4	123185682	rs7664976	C	A	594.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=12;PP=299;SC=TCTAGTGAGGCTATACCTTAC;SOR=1.426;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=17;TCF=5;TCR=12;TR=17;WE=123185690;WS=123185672;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr4	123277226	rs34791626	G	GT	1421.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=0;NR=34;PP=1550;SC=TGGATTTTTTGTAATACTAAT;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=36;TCF=0;TCR=36;TR=34;WE=123277234;WS=123277216;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr4	123536963	rs4833837	G	A	1423.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.705;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=22;PP=697;ReadPosRankSum=3.040;SC=CCTTCTGAAAGCAGGAAAAAG;SOR=0.960;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=38;TCF=16;TCR=22;TR=38;WE=123536971;WS=123536953;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,57:0.97:59
chr4	123838758	rs12648093	A	G	3403.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=44;NR=47;PP=1759;SC=TGGTGAAAGCAGAAGCCCAGG;SOR=0.724;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=91;TCF=44;TCR=47;TR=91;WE=123838766;WS=123838748;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chr4	123843716	rs13134412	T	C	5425.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=37;NR=108;PP=2917;SC=CCCAGCTCAGTGGCTGCCGCA;SOR=1.755;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=145;TCF=37;TCR=108;TR=145;WE=123843724;WS=123843706;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,202:1.00:202
chr4	123854495	rs1563706	T	C	904.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=21;NR=1;PP=555;SC=ATTCTTTTGATTAAGTCTATA;SOR=3.056;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=22;TCF=21;TCR=1;TR=22;WE=123854503;WS=123854485;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr4	123868279	rs11098682	G	T	507.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=15;NR=1;PP=381;SC=GGACTTAGTAGCCTGGACAGT;SOR=4.294;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=16;TCF=15;TCR=1;TR=16;WE=123868287;WS=123868272;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr4	123949556	rs1472949	G	A	3300.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=25;NR=58;PP=1660;SC=TAAAGGTAGGGTGTTAAATTT;SOR=1.426;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=83;TCF=25;TCR=58;TR=83;WE=123949564;WS=123949546;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr4	124323738	rs300574	T	C	1663.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=16;NR=32;PP=1030;SC=TCCTGAACTTTTAGCTTTCAA;SOR=1.355;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=48;TCF=16;TCR=32;TR=48;WE=124323746;WS=124323728;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr4	125591687	rs3733471	A	G	10275.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.486;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=404;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=122;NR=119;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.140;SC=CCCGCAGTGCATTTCTTCCAT;SOR=0.374;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=242;TCF=123;TCR=119;TR=241;WE=125591695;WS=125591677;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,396:0.99:399
chr4	125592065	rs10018651	C	A	14892.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.689;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=552;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=167;NR=188;PP=2965;ReadPosRankSum=1.374;SC=GACCCATAGACGCTGCTGCTA;SOR=0.255;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=357;TCF=167;TCR=190;TR=355;WE=125592073;WS=125592055;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,538:1.00:539
chr4	125592440	rs3733472	T	C	12804.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.944;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=472;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=154;NR=125;PP=2965;ReadPosRankSum=1.674;SC=CGCCATGTTGTAGCAAATTCA;SOR=0.284;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=280;TCF=155;TCR=125;TR=279;WE=125592448;WS=125592430;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,466:1.00:467
chr4	126237971	rs72928772	C	T	11168.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.300;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=420;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=140;NR=130;PP=2965;ReadPosRankSum=0.817;SC=CCCCCGTTTTCCCGGACCCCT;SOR=0.464;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=273;TCF=142;TCR=131;TR=270;WE=126237979;WS=126237961;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:5,415:0.99:420
chr4	126238924	rs6847454	A	T	13486.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-2.704;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=522;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=142;NR=157;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.969;SC=GCAGCAGTCCAGGCGCGCTCT;SOR=0.753;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=301;TCF=143;TCR=158;TR=299;WE=126238932;WS=126238914;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,513:1.00:515
chr4	126239986	rs1039808	C	T	11771.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.362;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=446;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=154;NR=154;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.659;SC=GAGAACGTGGCGCTGGGATAT;SOR=0.109;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=310;TCF=154;TCR=156;TR=308;WE=126239994;WS=126239976;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,438:1.00:440
chr4	126240510	rs2940779	T	C	11707.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=431;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=128;NR=152;PP=2965;SC=TAGTGTCATCTTAACAGTTTA;SOR=0.828;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=280;TCF=128;TCR=152;TR=280;WE=126240518;WS=126240500;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,423:1.00:423
chr4	126241871	rs2710555	C	T	9604.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.208;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=380;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=116;NR=122;PP=2965;ReadPosRankSum=0.472;SC=ACATTCCCATCGGTACATCTG;SOR=0.368;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=239;TCF=117;TCR=122;TR=238;WE=126241879;WS=126241861;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,362:0.99:365
chr4	126315034	rs925243	T	C	3623.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=48;NR=29;PP=1601;SC=ACCAGAGTTTTACTGCTCAGG;SOR=1.033;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=77;TCF=48;TCR=29;TR=77;WE=126315042;WS=126315024;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,134:1.00:134
chr4	126315282	rs925242	A	G	576.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=12;PP=309;SC=TGCAGAAAACATGGAAGTGCC;SOR=1.828;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=4;TCR=12;TR=16;WE=126315290;WS=126315272;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr4	126329789	rs958415	T	C	3002.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=36;NR=55;PP=1692;SC=GAGCAGAAGATGGTGGGGGAC;SOR=1.081;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=92;TCF=36;TCR=56;TR=91;WE=126329797;WS=126329779;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr4	126335978	rs4605670	G	C	1572.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=42;NR=9;PP=1103;SC=AAAAGTTTTGGTATAGCTTGT;SOR=2.457;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=51;TCF=42;TCR=9;TR=51;WE=126335986;WS=126335968;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr4	126336990	rs10010000	G	T	2264.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=12;NR=54;PP=1554;SC=AGCAAGTATTGTCTTAATTAT;SOR=2.554;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=66;TCF=12;TCR=54;TR=66;WE=126336998;WS=126336980;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr4	126337555	rs7675556	A	G	2376.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=63;NR=9;PP=1787;SC=TTATTTCATGAGATGCATTGT;SOR=3.287;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=72;TCF=63;TCR=9;TR=72;WE=126337563;WS=126337545;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr4	126355609	rs7656135	T	G	3932.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=23;NR=78;PP=2351;SC=GTAAAGTTTGTCTGTTTTCTC;SOR=2.035;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=101;TCF=23;TCR=78;TR=101;WE=126355617;WS=126355599;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,134:1.00:134
chr4	126369872	rs988863	G	C	13064.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=496;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=158;NR=131;PP=2965;SC=TCCCTAAAGTGAGAGCCAAAG;SOR=0.815;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=290;TCF=158;TCR=132;TR=289;WE=126369880;WS=126369862;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,486:1.00:486
chr4	126372742	rs1567047	G	A	5255.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=56;NR=66;PP=2543;SC=AAACGGCCAGGCACTTTGGTG;SOR=0.790;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=122;TCF=56;TCR=66;TR=122;WE=126372750;WS=126372732;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,193:1.00:193
chr4	126373789	rs12650153	G	A	4226.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=58;NR=52;PP=2271;SC=CCTTGCCACAGTGGTGGAACC;SOR=0.801;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=110;TCF=58;TCR=52;TR=110;WE=126373797;WS=126373779;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,154:1.00:154
chr4	126389627	rs6814158	A	G	3861.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=71;NR=44;PP=1938;SC=TAAAATTTTCATGAAATTTTA;SOR=1.157;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=115;TCF=71;TCR=44;TR=115;WE=126389635;WS=126389617;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,154:1.00:154
chr4	126400825	rs1506361	G	T	1889.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=37;NR=10;PP=1050;SC=TAATAAAAGTGTATATTGAGT;SOR=1.716;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=49;TCF=39;TCR=10;TR=47;WE=126400833;WS=126400815;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr4	126402921	rs11098815	T	G	2974.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=19;NR=50;PP=1458;SC=GGTGACTTCATTTGATTAGAC;SOR=1.483;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=69;TCF=19;TCR=50;TR=69;WE=126402929;WS=126402911;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr4	126412575	rs1014866	A	G	5516.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=80;NR=62;PP=2915;SC=ATACTTCCAGAATGCCCAAAT;SOR=0.911;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=142;TCF=80;TCR=62;TR=142;WE=126412583;WS=126412565;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,200:1.00:200
chr4	128544514	rs12650360	C	G	1974.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=38;NR=13;PP=1017;SC=GGGCTGGGACCTGGGTGACCT;SOR=1.578;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=51;TCF=38;TCR=13;TR=51;WE=128544522;WS=128544504;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr4	128544696	rs4834207	A	G	5246.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=59;NR=75;PP=2689;SC=CTTGCCCCGGAAATGTTGGCG;SOR=0.859;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=135;TCF=59;TCR=76;TR=134;WE=128544704;WS=128544686;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,193:1.00:193
chr4	128554404	rs2255457	G	A	1900.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=15;NR=35;PP=1099;SC=TGGGCTGGGGGAACTGCAAGG;SOR=1.376;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=50;TCF=15;TCR=35;TR=50;WE=128554412;WS=128554394;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr4	128565000	rs3749507	A	G	9108.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.675;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=350;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=114;NR=103;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.018;SC=TCCAACAGCGATACAAAGATG;SOR=0.765;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=219;TCF=115;TCR=104;TR=217;WE=128565008;WS=128564990;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,346:0.99:348
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chr4	128621272	rs12331481	A	C	728.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.485;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=15;PP=390;ReadPosRankSum=2.615;SC=ATTTTGTATAACAGTCATTAT;SOR=1.112;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=28;TCF=12;TCR=16;TR=26;WE=128621280;WS=128621262;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,32:0.94:34
chr4	128627050	rs7683627	C	T	1288.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=38;PP=989;SC=AGGGATGCAGCGGTAGGTAGG;SOR=3.467;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=43;TCF=5;TCR=38;TR=43;WE=128627058;WS=128627040;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr4	128632023	rs2305956	A	G	3039.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.447;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=20;PP=1666;ReadPosRankSum=1.504;SC=TTTAAAATTTACTAAAATTTC;SOR=0.693;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=76;TCF=56;TCR=20;TR=74;WE=128632031;WS=128632013;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,109:0.99:110
chr4	128635022	rs34240473	C	T	1100.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=29;NR=5;PP=780;SC=ATTCAGATTACTCTGTGAAAA;SOR=2.833;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=29;TCR=5;TR=34;WE=128635030;WS=128635012;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr4	128665981	rs769293	T	C	859.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=6;NR=22;PP=621;SC=TTTACTTTTTTCTTCCAATAT;SOR=2.376;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=28;TCF=6;TCR=22;TR=28;WE=128665989;WS=128665971;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr4	128689936	rs2305958	A	G	3059.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=45;NR=31;PP=1302;SC=AGAAAACTCCATTTCTTGTCT;SOR=0.892;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=76;TCF=45;TCR=31;TR=76;WE=128689944;WS=128689926;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr4	128723042	rs1380154	T	C	2433.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=30;NR=31;PP=947;SC=TATCAGGTCTTGGTTTGTGCT;SOR=0.735;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=62;TCF=30;TCR=32;TR=61;WE=128723050;WS=128723032;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr4	128803159	rs3811741	G	A	529.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=12;PP=328;SC=GAAACTCCTTGTCTACTAGCC;SOR=1.402;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=18;TCF=6;TCR=12;TR=18;WE=128803167;WS=128803149;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr4	128807219	rs3811740	T	A	7104.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=259;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=92;NR=111;PP=2965;SC=TGAAATGCCATCTTTTTTGTC;SOR=0.869;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=203;TCF=92;TCR=111;TR=203;WE=128807227;WS=128807209;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,257:1.00:257
chr4	128811117	rs56043017	G	C	9204.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.113;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=366;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=125;NR=107;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.410;SC=AAAAATGCCTGGACTGATACA;SOR=0.529;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=240;TCF=130;TCR=110;TR=232;WE=128811125;WS=128811107;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:5,351:0.99:356
chr4	128812230	rs200615480	G	GT	41.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.218;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.70;ReadPosRankSum=2.554;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:48,12:0.20:60
chr4	128814964	rs17012739	G	T	9318.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=365;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=115;NR=114;PP=2965;SC=CAACGAGAGAGAGAGCATCTT;SOR=0.721;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=230;TCF=115;TCR=115;TR=229;WE=128814972;WS=128814954;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,359:1.00:359
chr4	128923001	rs35200534	GT	G	484.19	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.652;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=2.366;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.26;MQRankSum=0.456;QD=14.24;ReadPosRankSum=0.776;SOR=1.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:4,30:0.88:34
chr4	128932965	rs143560884	TG	T	94.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.229;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=8.622;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.12;ReadPosRankSum=0.000;SOR=0.497;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,7:0.30:23
chr4	128995989	rs6534661	A	G	382.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.52;SOR=2.448;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr4	129012181	rs2306054	G	A	1195.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=19;NR=15;PP=682;SC=GAGAAAAAAGGGATGATCAAG;SOR=0.784;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=19;TCR=15;TR=34;WE=129012189;WS=129012171;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr4	129012638	rs1064205	A	G	1629.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=23;PP=689;SC=TGGAAGAAGCATTGCTTAAAG;SOR=1.010;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=37;TCF=14;TCR=23;TR=37;WE=129012646;WS=129012628;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr4	129028679	rs11098950	T	C	276.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=7;PP=187;SC=AGCTGTCTTATGTTTCTTGTT;SOR=1.270;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=4;TCR=7;TR=11;WE=129028687;WS=129028669;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr4	129029009	rs34678812	G	GA	2717.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=33;NR=21;PP=1817;SC=TCCCTCTTGGGAAAAAATGTG;SOR=1.396;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=60;TCF=37;TCR=23;TR=54;WE=129029017;WS=129028999;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr4	129043204	rs12508837	C	G	1717.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=30;NR=17;PP=895;SC=AAAAAACATCCTGGAGGAGAT;SOR=1.196;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=30;TCR=17;TR=47;WE=129043212;WS=129043194;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr4	129043286	rs3733320	C	T	2800.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=33;NR=34;PP=1283;SC=ATGGCTTATACTATTATGAAC;SOR=0.712;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=68;TCF=34;TCR=34;TR=67;WE=129043294;WS=129043276;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr4	129043601	rs3832282	T	TG	9020.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=61.11;QD=46.50;SOR=1.415;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,194:1.00:194
chr4	129043614	rs3733321	G	T	10535.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=61.12;QD=46.01;SOR=1.189;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,229:1.00:229
chr4	129043617	rs3733322	T	G	10666.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=248;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=61.04;QD=43.54;SOR=1.128;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,245:1.00:245
chr4	129043809	rs12509092	G	A	3276.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=18;NR=75;PP=2155;SC=AGTCTATGGTGCATGATCTAA;SOR=2.242;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=93;TCF=18;TCR=75;TR=93;WE=129043817;WS=129043799;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr4	129100643	rs12645577	G	A	7849.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=313;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=68;NR=102;PP=2965;SC=TCCAGAGACCGTGGGCCAGGA;SOR=0.952;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=170;TCF=68;TCR=102;TR=170;WE=129100651;WS=129100633;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,301:1.00:301
chr4	129776983	rs76983300	C	CT	990.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=30;PP=716;SC=GTTGTTTTTACTTTTTTTTAA;SOR=2.584;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=35;TCF=0;TCR=35;TR=30;WE=129776991;WS=129776973;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr4	129924977	rs3113487	C	A	8110.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=317;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.08;SOR=0.766;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,311:1.00:311
chr4	129961179	rs3113489	A	G	896.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=21;NR=7;PP=622;SC=GTGCTTCCTAAGCTAAAGGAG;SOR=1.839;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=28;TCF=21;TCR=7;TR=28;WE=129961187;WS=129961169;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr4	129965026	rs1450727	T	C	185.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=7;NR=1;PP=161;SC=TCTTGTCAATTCAAGAACAAA;SOR=2.584;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=7;TCR=1;TR=8;WE=129965034;WS=129965016;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr4	130023759	rs1757935	A	T	4899.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=86;NR=47;PP=2612;SC=TCTTTTAGAGACTTCAGATGG;SOR=1.191;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=133;TCF=86;TCR=47;TR=133;WE=130023767;WS=130023749;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,184:1.00:184
chr4	130030652	rs337277	A	G	4632.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=60;NR=55;PP=2294;SC=ATCGTTCAGAATGTCCAGAGG;SOR=0.705;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=115;TCF=60;TCR=55;TR=115;WE=130030660;WS=130030642;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,171:1.00:171
chr4	138449510	rs58884168	T	A	854.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=24;NR=0;PP=652;SC=CTATAAAACATATTATAAATA;SOR=5.211;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=24;TCF=24;TCR=0;TR=24;WE=138449518;WS=138449509;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr4	138449683	rs10018837	A	G	13179.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.614;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=504;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=169;NR=136;PP=2965;ReadPosRankSum=1.146;SC=CCTTCACCCAACAGCCTATCT;SOR=0.843;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=305;TCF=169;TCR=136;TR=305;WE=138449691;WS=138449673;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,497:1.00:499
chr4	138449812	rs10006580	C	G	7096.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.498;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=261;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.767;HP=10;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=110;PP=2965;ReadPosRankSum=0.934;SC=AGATAAATCACAAAAAAAAAT;SOR=0.782;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=179;TCF=67;TCR=112;TR=173;WE=138449820;WS=138449802;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,252:1.00:253
chr4	138453453	rs28566714	G	A	5260.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.691;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=80;PP=2420;ReadPosRankSum=0.523;SC=TCCAGTCCTTGCGTTTGTTTG;SOR=1.096;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=135;TCF=53;TCR=82;TR=132;WE=138453461;WS=138453443;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,203:0.99:205
chr4	139100372	rs4479754	C	T	795.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=21;NR=1;PP=590;SC=AATTCTTACCCGACATTATTC;SOR=4.174;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=23;TCF=22;TCR=1;TR=22;WE=139100380;WS=139100362;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr4	139103366	rs10016559	A	G	364.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=3;PP=261;SC=AGAAAGTAAAATACTATCTAA;SOR=2.147;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=15;TCF=12;TCR=3;TR=13;WE=139103374;WS=139103356;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr4	139135799	rs11944083	T	C	360.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.77;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr4	139140388	rs10025342	G	A	11057.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=426;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=156;NR=123;PP=2965;SC=AATGAACTACGCAAACCACCA;SOR=0.851;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=279;TCF=156;TCR=123;TR=279;WE=139140396;WS=139140378;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,421:1.00:421
chr4	139937071	rs3749515	C	T	232.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=3;PP=159;SC=GACTCGGTGCCCTCGGCCCCA;SOR=1.085;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=6;TCR=3;TR=9;WE=139937079;WS=139937061;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr4	140005294	rs4863628	A	G	18456.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=700;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=178;NR=189;PP=2965;SC=TACCGGCCCGAATGAGCAGAT;SOR=0.728;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=367;TCF=178;TCR=189;TR=367;WE=140005302;WS=140005284;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,696:1.00:696
chr4	140039107	rs60424237	C	CA	860.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.188;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.21;ReadPosRankSum=-1.277;SOR=1.061;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:4,46:0.92:50
chr4	140263849	rs11944434	G	A	1387.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=1.623;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.854;HP=5;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=9;PP=985;ReadPosRankSum=-0.902;SC=TGATCCACCCGCCTTAGCCTC;SOR=2.494;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=45;TCF=36;TCR=9;TR=45;WE=140263857;WS=140263839;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,50:0.96:52
chr4	140270875	rs2044810	G	A	525.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=11;PP=297;SC=GCAGTGGCTCGTGCCTGTAAT;SOR=1.981;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=4;TCR=11;TR=15;WE=140270883;WS=140270865;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr4	140417471	rs4863655	G	T	2554.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=45;NR=23;PP=1354;SC=GCCATTATCAGTAGGCAGAGT;SOR=1.265;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=68;TCF=45;TCR=23;TR=68;WE=140417479;WS=140417461;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr4	140417671	rs4863656	G	C	4738.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.447;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=67;PP=2010;ReadPosRankSum=-0.981;SC=TGATTCTTCTGGCCACTGAAA;SOR=0.486;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=120;TCF=51;TCR=69;TR=117;WE=140417679;WS=140417661;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,186:0.98:189
chr4	140587261	.	C	CGT	465.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.504;ClippingRankSum=0.000;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.28;MQRankSum=0.781;QD=20.25;ReadPosRankSum=-0.892;SOR=1.148;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,16:0.70:23
chr4	140587263	rs2646047	C	T	1339.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.137;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.58;MQRankSum=0.429;QD=36.21;ReadPosRankSum=-1.378;SOR=1.002;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,35:0.95:37
chr4	140587269	.	T	TGTGCGCGCGC	38.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.047;ClippingRankSum=0.000;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.62;MQRankSum=-0.581;QD=1.61;ReadPosRankSum=0.772;SOR=0.922;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,5:0.21:24
chr4	140587271	.	C	CGCGCGCGCGT	466.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.639;ClippingRankSum=0.000;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.74;MQRankSum=1.026;QD=19.45;ReadPosRankSum=0.568;SOR=0.948;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,17:0.71:24
chr4	140616462	rs2646077	G	A	1035.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=9;NR=15;PP=414;SC=AATGATGACTGTGATGCTTAA;SOR=0.968;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=9;TCR=15;TR=24;WE=140616470;WS=140616452;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr4	140625323	rs925424	A	G	6173.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=241;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=58;NR=82;PP=2965;SC=TCCCTTTAATACTTGCAGAAG;SOR=0.974;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=140;TCF=58;TCR=82;TR=140;WE=140625331;WS=140625313;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,231:1.00:231
chr4	140651584	.	TCTGCTG	T,TCTG	6829.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.526;ClippingRankSum=0.000;DP=320;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=27,27;NR=80,80;PP=196,2990;ReadPosRankSum=0.928;SC=TCCGCCAAAATCTGCTGCTGC;SOR=0.714;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=118;TCF=29;TCR=89;TR=107,107;WE=140651597;WS=140651574;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.08,0.91:287
chr4	140810334	rs3733381	T	C	6597.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=248;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=97;NR=57;PP=2965;SC=CCTTTTCCATTTCTTAGGAGA;SOR=1.150;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=158;TCF=97;TCR=61;TR=154;WE=140810342;WS=140810324;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,240:1.00:240
chr4	140810637	rs11100342	C	T	5599.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.190;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.068;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.165;NF=63;NR=66;PP=2965;ReadPosRankSum=0.339;SC=GTGGAGGTGGCGGCTGCTGCT;SOR=0.396;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=130;TCF=64;TCR=66;TR=129;WE=140810648;WS=140810627;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,196:0.98:199
chr4	140811063	.	TTGCTGCTGCTGCTGC	TTGC,T	2997	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.44;FR=0.5000,0.5000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MMLQ=23;NF=8,8;NR=71,71;PP=2997,123;QD=20;SC=TTGAGTGCTGTTGCTGCTGCT;Source=Platypus;TR=79,79;WE=140811107;WS=140811053;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.54:146
chr4	140811083	rs373804063	GC	G	8415.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.562;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=289;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=61.66;MQRankSum=1.590;QD=36.43;ReadPosRankSum=-0.206;SOR=0.673;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:10,221:0.96:231
chr4	140811085	rs58287721	TGCTGCTGCTGC	T	7861.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.256;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=293;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=61.64;MQRankSum=1.963;QD=35.10;ReadPosRankSum=0.996;SOR=0.695;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:13,211:0.94:224
chr4	140811096	.	C	T	2962	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;FR=0.5000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MMLQ=28;NF=58;NR=83;PP=2962;QD=20;SC=GCTGCTGCTGCTGCTGCTGCT;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=191;TCF=78;TCR=113;TR=141;WE=140811107;WS=140811053;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:50,141:0.74:191
chr4	140811135	rs3733382	T	C	11042.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=264;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=114;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=68;NR=103;PP=2893;SC=GCTGTTGCTGTTTCTGCTGCA;SOR=0.968;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=171;TCF=68;TCR=103;TR=171;WE=140811143;WS=140811125;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,260:1.00:260
chr4	141290574	rs2668577	C	T	1671.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=17;NR=27;PP=896;SC=GGAACATGTTCTGCAAATTAA;SOR=1.107;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=44;TCF=17;TCR=27;TR=44;WE=141290582;WS=141290564;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr4	141311960	rs358329	T	C	521.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=16;PP=368;SC=ATACAATAAATGGGATTTATT;SOR=3.816;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=17;TCF=1;TCR=16;TR=17;WE=141311968;WS=141311950;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr4	141321425	rs2252427	A	G	331.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=2;PP=186;SC=TGGGGTACACATTTGTTTTCT;SOR=2.147;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=8;TCR=2;TR=10;WE=141321433;WS=141321415;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr4	141372485	rs6536966	T	C	377.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=3;PP=238;SC=GTGTCTTATGTCACCACTTCT;SOR=1.473;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=10;TCR=3;TR=13;WE=141372493;WS=141372475;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr4	141383034	rs10644682	T	TAC	1153.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.447;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.29;MQRankSum=1.330;QD=12.54;ReadPosRankSum=1.031;SOR=0.673;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,55:0.60:92
chr4	141458485	rs882930	T	G	633.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=16;NR=2;PP=430;SC=GCTTTCTAAATAGACATATGA;SOR=2.737;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=18;TCF=16;TCR=2;TR=18;WE=141458493;WS=141458476;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr4	141481203	.	AT	A	39.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.562;ClippingRankSum=0.000;DP=224;ExcessHet=3.0103;FS=1.893;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.24;ReadPosRankSum=0.964;SOR=0.458;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:136,31:0.19:167
chr4	141489262	rs61450409	CGTGTGT	C	196.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.43;QD=32.80;SOR=3.912;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr4	141543997	rs1560440	G	A	7663.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.959;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=291;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=83;NR=107;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.909;SC=CTGCCGTGGCGTGGTACAGCT;SOR=0.867;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=190;TCF=83;TCR=107;TR=190;WE=141544005;WS=141543987;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,285:0.99:287
chr4	141549393	rs2291711	C	A	7774.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=299;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=102;NR=68;PP=2965;SC=ACACCTAAAACAGAGACTTCA;SOR=1.029;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=171;TCF=103;TCR=68;TR=170;WE=141549401;WS=141549383;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,293:1.00:293
chr4	141554949	rs10002459	G	A	200.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=7;NR=0;PP=161;SC=TAGAGGCAACGATTTATCCAT;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=7;TCR=0;TR=7;WE=141554957;WS=141554940;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr4	141555062	rs6851737	G	T	3140.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.617;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=24;PP=1524;ReadPosRankSum=-0.488;SC=CACAACTCCAGCATCCCATCC;SOR=0.538;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=80;TCF=55;TCR=25;TR=78;WE=141555070;WS=141555052;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,119:0.99:120
chr4	141592206	rs4956473	A	G	383.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=41;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=9;PP=220;SC=ATTTTATTGAAGCAAAACTGA;SOR=2.303;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=1;TCR=9;TR=10;WE=141592214;WS=141592196;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr4	141600320	rs4956329	A	G	3078.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=27;NR=60;PP=1781;SC=CATTCTTCTCAAGCTGAGTGA;SOR=1.547;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=88;TCF=27;TCR=61;TR=87;WE=141600328;WS=141600310;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr4	141607679	rs13112073	C	T	1499.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=1.446;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.834;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=35;PP=999;ReadPosRankSum=-0.784;SC=AAAAACCAGGCTCACTTTTTC;SOR=2.480;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=42;TCF=7;TCR=35;TR=42;WE=141607687;WS=141607669;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,54:0.96:56
chr4	141677006	rs70943501	A	AG	3555.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=40;NR=19;PP=2420;SC=CCTGCAGCCCAGGCCGCGGGC;SOR=2.376;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=64;TCF=41;TCR=23;TR=59;WE=141677014;WS=141676996;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr4	141771713	.	TGG	T	101.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.685;ClippingRankSum=0.000;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=3.144;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.82;ReadPosRankSum=0.086;SOR=1.478;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:46,10:0.18:56
chr4	141771715	rs78877852	G	T	792.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.807;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.16;ReadPosRankSum=0.142;SOR=0.866;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,38:0.68:56
chr4	141847077	rs13138724	G	A	5414.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=71;NR=52;PP=2436;SC=TCCCTGCTTTGAGGGCAACGC;SOR=0.917;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=123;TCF=71;TCR=52;TR=123;WE=141847085;WS=141847067;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,205:1.00:205
chr4	141847110	rs13120735	T	C	6816.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=268;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=82;NR=76;PP=2425;SC=ATTATAATGCTGTAGGCTGTG;SOR=0.739;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=158;TCF=82;TCR=76;TR=158;WE=141847118;WS=141847100;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,266:1.00:266
chr4	141847279	rs12503723	G	A	1579.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=11;NR=29;PP=905;SC=GAGAATACCTGGTCCACCATG;SOR=1.651;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=11;TCR=29;TR=40;WE=141847287;WS=141847269;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr4	141847350	rs28372287	C	T	526.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=16;PP=439;SC=CTCAAACCTCCATCCCTAACT;SOR=4.294;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=17;TCF=1;TCR=16;TR=17;WE=141847358;WS=141847340;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr4	141924668	rs62326020	T	C	477.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=2;PP=341;SC=TTCTCTACTTTGGTAACATTT;SOR=3.258;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=13;TCR=2;TR=15;WE=141924676;WS=141924662;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr4	141924720	.	TACACAC	T,TAC	1452.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.25;QD=38.23;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:0,14,24:0.37,0.63:38
chr4	141940074	rs4245936	T	C	1826.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=26;NR=14;PP=737;SC=TGAAATATTATACAGGTTTTT;SOR=1.066;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=40;TCF=26;TCR=14;TR=40;WE=141940087;WS=141940064;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr4	141940187	.	AATATATATATATATATATAT	A	724.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.32;QD=40.26;SOR=2.147;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr4	141940234	rs4245937	A	G	792.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.57;QD=41.72;SOR=2.419;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr4	141974816	rs60653888	A	C	6748.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=2.353;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=261;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.378;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=104;NR=81;PP=2965;ReadPosRankSum=1.519;SC=AGGCTAAAGCATACCTGAGGA;SOR=0.503;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=187;TCF=104;TCR=83;TR=185;WE=141974824;WS=141974806;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,258:1.00:259
chr4	142640462	rs1493013	CC	TT	2625.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=30;NR=17;PP=917;SC=TTAATTCCCTCCCTTTCTTTT;SOR=1.292;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=50;TCF=32;TCR=18;TR=47;WE=142640471;WS=142640452;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr4	142640538	rs2254514	T	C	4856.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=51;NR=49;PP=1565;SC=TAGGAGGCATTGTGGATGGAT;SOR=0.725;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=100;TCF=51;TCR=49;TR=100;WE=142640546;WS=142640528;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,191:1.00:191
chr4	142640637	rs2857261	A	G	2182.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=23;NR=37;PP=1095;SC=TCGGTAAGAAAAAAAATAGAT;SOR=1.112;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=60;TCF=23;TCR=37;TR=60;WE=142640645;WS=142640627;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr4	142651159	rs12510030	T	C	8968.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=343;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=106;NR=102;PP=2965;SC=AACAGTTGCTTAGAGTTGCAT;SOR=0.729;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=208;TCF=106;TCR=102;TR=208;WE=142651167;WS=142651149;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,338:1.00:338
chr4	142651265	rs17007610	T	C	3256.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=26;NR=67;PP=1630;SC=AGTGGAGTGGTGTGCAAAAGT;SOR=1.746;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=93;TCF=26;TCR=67;TR=93;WE=142651273;WS=142651255;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr4	143003155	rs11446749	G	GA	2049.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=11;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=24;NR=22;PP=1345;SC=GACCTTAAAAGAAAAAAACTT;SOR=1.252;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=52;TCF=28;TCR=24;TR=46;WE=143003163;WS=143003145;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr4	143007197	rs336325	C	T	2107.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=40;NR=26;PP=1240;SC=TGACACCTGGCAACCCAAAGT;SOR=1.068;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=66;TCF=40;TCR=26;TR=66;WE=143007205;WS=143007187;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr4	143007419	rs336324	A	G	1208.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=12;NR=29;PP=906;SC=TCTGAAGGGGAAAAAACAAAG;SOR=1.900;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=41;TCF=12;TCR=29;TR=41;WE=143007427;WS=143007409;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr4	143007460	rs336323	T	G	767.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=20;PP=557;SC=GTGTTCACATTAAGCTGCCCA;SOR=2.670;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=4;TCR=20;TR=24;WE=143007468;WS=143007450;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr4	143044666	rs2645786	A	C	978.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=27;PP=794;SC=AGATTCGATTATCAGGTATGT;SOR=5.353;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=28;TCF=1;TCR=27;TR=28;WE=143044674;WS=143044656;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr4	143130034	rs1907123	A	T	4298.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=64;NR=33;PP=1759;SC=GTAAGTAGAGAAATTGCTTCC;SOR=1.091;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=97;TCF=64;TCR=33;TR=97;WE=143130042;WS=143130024;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,164:1.00:164
chr4	143130219	rs1994217	T	A	1594.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=10;NR=43;PP=1166;SC=TATTTTTATCTTAAATCCATA;SOR=2.564;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=53;TCF=10;TCR=43;TR=53;WE=143130227;WS=143130209;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr4	143181748	rs1907111	T	A	1059.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.025;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FS=1.981;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.08;ReadPosRankSum=1.857;SOR=0.960;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,57:0.70:81
chr4	143226768	rs2627808	G	T	3926.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=31;NR=89;PP=2558;SC=CAAACAAAATGAGTCTTTAGA;SOR=1.897;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=121;TCF=31;TCR=90;TR=120;WE=143226776;WS=143226758;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,140:1.00:140
chr4	143226784	rs2636640	G	A	2929.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=19;NR=67;PP=2118;SC=TTAGAAGAATGAAATATTAAA;SOR=2.229;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=86;TCF=19;TCR=67;TR=86;WE=143226792;WS=143226774;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr4	143268528	rs882004	T	A	1871.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=31;NR=13;PP=828;SC=TCCAATTACCTGATTATTATT;SOR=1.308;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=44;TCF=31;TCR=13;TR=44;WE=143268536;WS=143268518;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr4	143324036	rs1982965	T	C	1780.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=45;NR=7;PP=1216;SC=AAAAATCCAATCGTGTGGAAA;SOR=3.150;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=52;TCF=45;TCR=7;TR=52;WE=143324044;WS=143324026;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr4	143324094	rs1982966	G	A	4758.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=91;NR=37;PP=2618;SC=TACTTACGGTGTCATGAGACT;SOR=1.516;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=128;TCF=91;TCR=37;TR=128;WE=143324102;WS=143324084;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,174:1.00:174
chr4	143326312	rs138973882	AAGAG	A	1447.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=8;NR=7;PP=913;SC=GCGAGCCAGCAAGAGAGAGAG;SOR=2.517;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=21;TCF=11;TCR=10;TR=15;WE=143326323;WS=143326302;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr4	143344785	rs3775712	T	G	1201.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=27;NR=10;PP=861;SC=ATTGTACCAGTACATATTGTT;SOR=1.981;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=37;TCF=27;TCR=10;TR=37;WE=143344793;WS=143344775;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr4	143344974	rs61368063	T	TA	35.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.523;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FS=3.022;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.58;ReadPosRankSum=-1.301;SOR=0.307;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:51,11:0.18:62
chr4	143348523	rs3775717	A	G	128.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=4;NR=1;PP=86;SC=GTTTCTTAGTATATTTTAAAA;SOR=1.981;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=5;TCF=4;TCR=1;TR=5;WE=143348531;WS=143348513;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr4	143348680	rs3775718	C	T	2059.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=25;NR=18;PP=756;SC=ACTTGGCTTTCTAAACAAACA;SOR=0.881;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=43;TCF=25;TCR=18;TR=43;WE=143348688;WS=143348670;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr4	144130642	rs111830994	CA	C	52.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.334;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=3.52;ReadPosRankSum=0.001;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,8:0.53:15
chr4	144317039	rs2048408	C	T	568.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=10;NR=3;PP=203;SC=ATTGATGGACCGCCCCCCGCC;SOR=1.329;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=14;TCF=10;TCR=4;TR=13;WE=144317047;WS=144317029;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr4	144380399	rs13114896	G	A	477.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=14;NR=0;PP=371;SC=AACATTCATGGACCTCATTTC;SOR=5.549;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=14;TCR=0;TR=14;WE=144380407;WS=144380389;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr4	144381401	rs3795246	A	G	1383.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=39;NR=5;PP=1092;SC=ATGAATGATTATAAACATAAG;SOR=3.912;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=44;TCF=39;TCR=5;TR=44;WE=144381409;WS=144381395;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr4	144447630	rs7694156	T	C	1901.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-0.141;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=46;PP=1368;ReadPosRankSum=-0.801;SC=TTCTAGTATTTCATTACATTT;SOR=1.179;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=63;TCF=15;TCR=48;TR=61;WE=144447638;WS=144447620;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,66:0.99:67
chr4	144456124	rs6818251	A	G	3678.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=35;NR=45;PP=1575;SC=AATGGTATGTATTCTCAGATG;SOR=0.844;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=80;TCF=35;TCR=45;TR=80;WE=144456132;WS=144456114;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,140:1.00:140
chr4	144459637	rs4690724	T	C	638.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=15;NR=2;PP=467;SC=TGTAACCAAGTAGGTAGCTTT;SOR=3.056;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=17;TCF=15;TCR=2;TR=17;WE=144459645;WS=144459631;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr4	144466050	rs7692376	A	G	2250.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.87;SOR=1.664;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr4	144466100	rs11289994	CT	C	158.52	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.057;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.34;MQRankSum=0.548;QD=9.32;ReadPosRankSum=1.601;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,15:0.88:17
chr4	144467104	rs13139128	T	C	2184.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=29;NR=24;PP=836;SC=AGCTGCCTAATGCAGCACAGG;SOR=0.839;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=53;TCF=29;TCR=24;TR=53;WE=144467112;WS=144467094;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr4	144469383	rs2088415	A	G	972.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=7;NR=20;PP=581;SC=AAAAAAATCTATGAAGTAGAC;SOR=1.739;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=7;TCR=20;TR=27;WE=144469391;WS=144469373;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr4	144471378	rs70953739	C	CT	763.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.918;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.48;MQRankSum=0.416;QD=27.28;ReadPosRankSum=1.413;SOR=0.512;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,27:0.96:28
chr4	144471402	rs1979776	T	G	879.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=28;PP=850;SC=TTTTTTTCCTTAAGGGAGAAC;SOR=1.528;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=39;TCF=11;TCR=28;TR=37;WE=144471410;WS=144471392;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr4	144618610	rs1034494	G	C	4923.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=66;NR=46;PP=2404;SC=ACTCCCCGACGAAGACCTTGG;SOR=0.953;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=112;TCF=66;TCR=46;TR=112;WE=144618618;WS=144618600;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,179:1.00:179
chr4	144619314	rs61745865	T	G	5105.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.358;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=72;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.583;SC=CCCTCTAAGATAGCAAAGCCT;SOR=0.305;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=124;TCF=51;TCR=73;TR=123;WE=144619322;WS=144619304;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,178:0.99:179
chr4	144621585	rs202139829	G	A	6613.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.644;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=264;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=72;NR=80;PP=2839;ReadPosRankSum=2.495;SC=AGATCCCGGAGCGGGTCGAGC;SOR=0.749;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=152;TCF=72;TCR=80;TR=152;WE=144621593;WS=144621575;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,255:0.99:257
chr4	144801662	rs1132785	C	T	10212.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.671;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=395;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=-0.330;NF=104;NR=143;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.904;SC=GCTCACAATTCCTGTATAAAA;SOR=0.895;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=247;TCF=104;TCR=143;TR=247;WE=144801670;WS=144801652;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,388:0.99:390
chr4	144809800	rs143390057	C	A	8905.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.130;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=350;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=-0.624;NF=119;NR=135;PP=2965;ReadPosRankSum=0.320;SC=TTGTCTTGGACAGAATTAACG;SOR=0.599;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=255;TCF=119;TCR=136;TR=254;WE=144809808;WS=144809790;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,347:0.99:350
chr4	144811428	rs4095436	A	G	281.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQ=55.33;NF=3;NR=8;PP=187;SC=GCATATTCCAATCTGGTCACT;SOR=1.802;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=3;TCR=8;TR=11;WE=144811436;WS=144811418;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr4	144811470	rs4095435	A	G	173.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=39;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQ=51.12;NF=0;NR=6;PP=138;SC=AGAACAAAAGAGGATTTCACA;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=6;WE=144811478;WS=144811460;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr4	144824194	rs138724961	T	C	7228.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.745;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1086;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.80;MQRankSum=-30.772;QD=6.66;ReadPosRankSum=2.521;SOR=0.739;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:673,412:0.38:1085
chr4	144824269	rs1899967	C	T	26229.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=732;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=51.14;QD=35.83;SOR=1.077;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,732:1.00:732
chr4	144824269	.	CTCCC	TTCCC,TTCCT	2944	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.53;FR=0.5000,0.5000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MMLQ=24;MQ=49.57;NF=187,103;NR=317,198;PP=2453,2944;QD=4.93605399315;SC=CAGAAAATAACTCCCTGCTAC;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=505;TCF=188;TCR=317;TR=504,301;WE=144824281;WS=144824259;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:1.00:505
chr4	144824273	rs6818201	C	T	8882.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.563;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=687;ExcessHet=3.0103;FS=1.807;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.15;MQRankSum=23.159;QD=12.93;ReadPosRankSum=1.265;SOR=0.860;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:283,404:0.59:687
chr4	144824308	rs202179013	TG	CC	3826.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.958;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=329;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.976;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=39;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-14.230;NF=20;NR=66;PP=2944;ReadPosRankSum=-1.821;SC=TCGGCATTCATGTTTATCATC;SOR=0.610;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=284;TCF=74;TCR=210;TR=86;WE=144824317;WS=144824298;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:219,110:0.33:329
chr4	144824346	rs4091835	T	G	442.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.252;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FS=6.947;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.00;MQRankSum=-6.385;QD=3.60;ReadPosRankSum=-5.059;SOR=2.323;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:97,26:0.21:123
chr4	144917514	rs1980037	A	C	3024.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=36;NR=41;PP=1426;SC=ATGAGCTAAGACTCCACTTCA;SOR=0.841;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=77;TCF=36;TCR=41;TR=77;WE=144917522;WS=144917504;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr4	144918867	rs1473055	A	G	3446.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=32;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=28;NR=66;PP=1859;SC=TAACATCAGCATAACATCACC;SOR=1.554;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=95;TCF=29;TCR=66;TR=94;WE=144918875;WS=144918857;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
chr4	144918893	rs4835126	A	G	3775.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.40;SOR=2.557;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr4	144918900	rs1849110	G	A	3647.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.95;SOR=2.570;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr4	144921607	rs1849119	C	T	2365.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=26;NR=39;PP=1187;SC=ATGAGCTGGACATGTGTCCCG;SOR=1.105;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=66;TCF=27;TCR=39;TR=65;WE=144921615;WS=144921597;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr4	144922436	rs201662569	T	G	1566.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.519;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=531;ExcessHet=3.0103;FS=2.062;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.82;MQRankSum=-9.588;QD=2.95;ReadPosRankSum=-3.424;SOR=0.543;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:403,128:0.24:531
chr4	144938033	rs5862681	A	AT	671.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=42.03;QD=35.35;SOR=0.793;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr4	144938081	rs28373876	C	T	395.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=39.88;QD=28.27;SOR=1.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr4	144938120	rs4561879	TG	CC	466.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;JOINED;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=43.81;QD=42.43;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr4	144940333	rs41279321	G	C	3005.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=54;NR=30;PP=1487;SC=AACTGAAATAGGGTAGTTCAT;SOR=1.028;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=84;TCF=54;TCR=30;TR=84;WE=144940341;WS=144940323;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr4	145035788	rs6857303	G	A	3315.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.857;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=34;PP=1828;ReadPosRankSum=0.549;SC=GTAACTCACTGGTTTGATTTT;SOR=1.099;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=96;TCF=58;TCR=38;TR=92;WE=145035802;WS=145035778;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,126:0.98:128
chr4	145040962	rs6857144	CA	GT	3065.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;JOINED;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=40;PP=2302;SC=TGAGAAAGGGCACAAGAATGA;SOR=1.785;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=52;TCF=11;TCR=41;TR=51;WE=145040971;WS=145040952;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr4	145041686	rs4867	A	G	6482.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-0.634;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=-0.032;NF=102;NR=87;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.686;SC=CTGAAGAAGAAGTTGAAGTGT;SOR=0.281;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=190;TCF=103;TCR=87;TR=189;WE=145041694;WS=145041676;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,227:1.00:228
chr4	145041741	rs4449373	T	G	5215.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=1.948;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.144;NF=71;NR=103;PP=2965;ReadPosRankSum=0.640;SC=GCTCACAATTTCTGTATAAAA;SOR=0.610;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=179;TCF=73;TCR=106;TR=174;WE=145041749;WS=145041731;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,188:0.98:191
chr4	145061822	rs71590434	CA	C	5711.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.960;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=255;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=1.155;NF=23;NR=99;PP=2979;ReadPosRankSum=-1.127;SC=GAAGTTAGTGCAAAAAAACTA;SOR=0.742;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=126;TCF=24;TCR=102;TR=122;WE=145061837;WS=145061812;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,248:0.98:252
chr4	145579907	rs6537301	G	A	2552.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=63;NR=18;PP=1783;SC=TATGACATTAGGTGCTTCTAA;SOR=2.226;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=81;TCF=63;TCR=18;TR=81;WE=145579915;WS=145579897;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr4	145655769	rs35694650	T	TA	54.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.967;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=5.47;ReadPosRankSum=0.580;SOR=0.307;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,6:0.60:10
chr4	145656176	.	G	A	416.82	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.646;ClippingRankSum=0.000;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=12;PP=274;ReadPosRankSum=1.166;SC=TACTATTAATGCTCATCTGTT;SOR=1.085;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=16;TCF=3;TCR=13;TR=15;WE=145656184;WS=145656166;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,17:0.94:18
chr4	145974935	.	GA	G	76.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.328;ClippingRankSum=0.000;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.26;ReadPosRankSum=1.635;SOR=0.646;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:47,14:0.23:61
chr4	146046138	rs4835203	T	C	437.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=13;NR=2;PP=314;SC=TTTTTTTCTCTTAGTCCTCAA;SOR=3.126;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=13;TCR=2;TR=15;WE=146046146;WS=146046128;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr4	146048554	rs4148234	T	C	1990.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-2.111;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=24;PP=754;ReadPosRankSum=1.851;SC=ACAGATGGTATGTGCAGAACA;SOR=0.303;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=54;TCF=30;TCR=24;TR=53;WE=146048562;WS=146048544;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,79:0.99:80
chr4	146048583	rs1378314	T	G	2542.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=36;NR=29;PP=1129;SC=AGGCACTGTTTTAAGCACAGC;SOR=0.845;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=65;TCF=36;TCR=29;TR=65;WE=146048591;WS=146048573;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr4	146065006	rs9991890	C	T	1460.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=31;NR=12;PP=887;SC=TATAAAATTTCGAAATTATTT;SOR=1.958;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=43;TCF=31;TCR=12;TR=43;WE=146065014;WS=146064996;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr4	146086269	rs17726651	C	T	775.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=10;PP=405;SC=CCACTGGTTTCATTTTCTTTT;SOR=0.693;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=22;TCF=12;TCR=10;TR=22;WE=146086277;WS=146086259;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr4	146436286	.	C	CTG	265.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.694;ClippingRankSum=0.000;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.17;MQRankSum=0.671;QD=14.76;ReadPosRankSum=0.862;SOR=2.670;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,10:0.56:18
chr4	146463966	rs1497126	T	C	669.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=5;NR=16;PP=418;SC=AAAAATAGAGTCCAATGTTAA;SOR=1.893;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=5;TCR=16;TR=21;WE=146463974;WS=146463956;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr4	146475243	rs10715854	CT	C	596.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.181;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.28;MQRankSum=0.830;QD=11.26;ReadPosRankSum=-0.590;SOR=0.818;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:8,45:0.85:53
chr4	146681872	rs10715391	GT	G	399.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.317;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=6.767;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.37;ReadPosRankSum=0.467;SOR=0.694;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,24:0.92:26
chr4	146697205	rs4835257	A	C	2149.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=2.257;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.445;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=28;PP=1007;ReadPosRankSum=-0.681;SC=TCAAGGAAAGAATGGTTCAAG;SOR=0.576;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=49;TCF=21;TCR=28;TR=48;WE=146697213;WS=146697195;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,83:0.99:84
chr4	146767313	rs34221205	C	A	1342.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=32;PP=1008;SC=AGATCCTCCCCATCTTACTGG;SOR=2.461;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=41;TCF=9;TCR=32;TR=41;WE=146767321;WS=146767303;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr4	146770389	rs71973224	GT	G	999.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.741;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.868;HP=11;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.459;NF=21;NR=8;PP=443;ReadPosRankSum=-0.047;SC=TATAATTCAGGTTTTTTTTTT;SOR=1.848;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=33;TCF=24;TCR=9;TR=29;WE=146770397;WS=146770379;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,53:0.96:55
chr4	146806762	rs375112310	CAGAGAG	C	195.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.691;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=8.953;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.53;MQRankSum=-2.000;QD=16.31;ReadPosRankSum=1.456;SOR=3.030;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,9:0.75:12
chr4	147560457	.	TGGC	TGGCGGC,T	2331.73	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=1.793;ClippingRankSum=0.000;DP=228;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.522;NF=14,14;NR=45,45;PP=372,2501;ReadPosRankSum=1.518;SC=ACGCTGGTGGTGGCGGCGGCG;SOR=0.698;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=129;TCF=30;TCR=99;TR=59,59;WE=147560473;WS=147560440;set=Intersection	GT:AF:DP	0/1:0.82:126
chr4	147560692	rs1504360	T	A	2737.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.58;SOR=2.063;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr4	147628705	rs199560439	TA	T	1446.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.013;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=31;PP=592;ReadPosRankSum=-0.593;SC=TAAACTCTTCTAAAAAAAAAA;SOR=0.648;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=41;TCF=5;TCR=36;TR=35;WE=147628714;WS=147628695;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:5,75:0.94:80
chr4	148457009	rs71594223	T	TTC	4714.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=61.42;QD=42.10;SOR=1.807;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr4	148461037	rs5333	T	C	5949.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.401;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=66;PP=2756;ReadPosRankSum=1.513;SC=TCCCTCTTCATTTAAGCCGTA;SOR=0.384;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=132;TCF=64;TCR=68;TR=129;WE=148461045;WS=148461027;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,225:0.99:228
chr4	148461073	rs5334	G	A	4992.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.873;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=68;PP=2539;ReadPosRankSum=1.776;SC=TGTATAACGAGATGGACAAGA;SOR=0.295;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=123;TCF=54;TCR=69;TR=122;WE=148461081;WS=148461063;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,189:0.99:190
chr4	148461378	rs2292765	G	A	609.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=14;NR=6;PP=411;SC=TGAAACTGCCGTTTAAACAAG;SOR=1.609;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=14;TCR=6;TR=20;WE=148461386;WS=148461368;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr4	148560357	rs2654935	C	T	699.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=21;PP=527;SC=TAGTACTTGACAGAATGCTTT;SOR=4.091;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=22;TCF=1;TCR=21;TR=22;WE=148560365;WS=148560347;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr4	148578917	.	TA	T	39.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.471;ClippingRankSum=0.000;DP=205;ExcessHet=3.0103;FS=2.520;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.20;ReadPosRankSum=0.663;SOR=0.933;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:168,32:0.16:200
chr4	148589677	rs2718454	C	T	4140.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.195;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=37;PP=1957;ReadPosRankSum=1.029;SC=TGAAAATGGACTAATACACTT;SOR=1.094;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=106;TCF=67;TCR=39;TR=102;WE=148589685;WS=148589667;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,157:0.98:161
chr4	148591769	rs2036502	G	T	4496.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=71;NR=47;PP=2333;SC=TTAATCAGTTGTAAGTATTTT;SOR=1.048;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=118;TCF=71;TCR=47;TR=118;WE=148591777;WS=148591759;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,168:1.00:168
chr4	148601729	rs7666065	C	T	854.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=21;PP=550;SC=CACTATTGAACAATCACCTTA;SOR=3.334;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=24;TCF=3;TCR=21;TR=24;WE=148601737;WS=148601719;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr4	148787669	rs4240341	G	A	83.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=3;NR=1;PP=43;SC=AGGGAAAAAAGCATCATTTTC;SOR=1.609;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=3;TCR=1;TR=4;WE=148787677;WS=148787665;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr4	148796464	rs7663294	C	G	1701.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=8;NR=41;PP=1172;SC=TTAGGAGAAACACATTCCAGC;SOR=2.794;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=49;TCF=8;TCR=41;TR=49;WE=148796472;WS=148796454;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr4	148800299	rs13147854	A	G	3669.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=68;NR=41;PP=1893;SC=CGTTTTAGACATTTCCTCTTT;SOR=1.108;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=110;TCF=69;TCR=41;TR=109;WE=148800307;WS=148800289;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,141:1.00:141
chr4	148827697	rs35780665	T	TA	1317.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.136;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.612;HP=10;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=17;PP=374;ReadPosRankSum=0.967;SC=CAGATAAAAGTAAAAAAAAAA;SOR=1.313;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=41;TCF=18;TCR=23;TR=33;WE=148827705;WS=148827687;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,63:0.95:66
chr4	148827747	rs12509618	A	C	4175.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=60;NR=38;PP=1829;SC=CTTGCCTTTTAGTGGCCAAGG;SOR=1.060;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=98;TCF=60;TCR=38;TR=98;WE=148827755;WS=148827737;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,157:1.00:157
chr4	148827973	rs11099672	A	G	949.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=27;PP=716;SC=GTTCCCTTCTATAACAGGTAT;SOR=3.545;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=4;TCR=27;TR=31;WE=148827981;WS=148827963;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr4	148831070	rs4627844	A	G	1904.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=18;NR=37;PP=1090;SC=ATAATCCTCTATTGCATGTGT;SOR=1.576;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=55;TCF=18;TCR=37;TR=55;WE=148831078;WS=148831060;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr4	148985720	rs3775327	T	C	3333.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=39;NR=56;PP=1492;SC=GTCTGCAGCATGGAGTGAGCA;SOR=1.044;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=95;TCF=39;TCR=56;TR=95;WE=148985728;WS=148985710;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chr4	149002016	rs10708334	AT	A	1653.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.750;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.236;NF=1;NR=44;PP=1205;ReadPosRankSum=-0.404;SC=ATCTGTATATATTTTTTTATT;SOR=0.953;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=49;TCF=1;TCR=48;TR=45;WE=149002024;WS=149002006;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,72:0.99:73
chr4	149035449	rs1879829	T	C	4969.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=48;NR=63;PP=1795;SC=ATTTCCAGGATGGAAAACAAC;SOR=0.868;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=111;TCF=48;TCR=63;TR=111;WE=149035457;WS=149035439;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,196:1.00:196
chr4	149073555	rs2272089	C	T	1003.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=29;NR=5;PP=775;SC=TTAGAAATTACTGAAAGAAAT;SOR=3.258;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=29;TCR=5;TR=34;WE=149073563;WS=149073545;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr4	149076195	rs7668847	A	G	151.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=1;NR=4;PP=77;SC=AAGAGAAAATATATAAAGCTC;SOR=2.303;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=5;TCF=1;TCR=4;TR=5;WE=149076203;WS=149076185;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr4	149356516	rs5525	A	G	6262.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=242;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=82;NR=81;PP=2965;SC=AATAGCTCCCATCATCTGGTT;SOR=0.702;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=164;TCF=82;TCR=82;TR=163;WE=149356524;WS=149356506;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,237:1.00:237
chr4	149357475	rs5522	C	T	7507.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=283;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=109;NR=83;PP=2965;SC=CTTTTAACAACGGCGCGCATG;SOR=0.920;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=192;TCF=109;TCR=83;TR=192;WE=149357483;WS=149357465;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,281:1.00:281
chr4	151161470	rs11931842	A	G	4160.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.814;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=33;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=71;NR=38;PP=2030;ReadPosRankSum=-0.084;SC=TTTTCCTAACAAATAAAGGCA;SOR=1.124;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=111;TCF=72;TCR=39;TR=109;WE=151161478;WS=151161460;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,164:0.99:166
chr4	151161490	rs6838238	T	C	6104.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=86;NR=56;PP=2965;SC=AATACTCCAGTACCATGGAAG;SOR=0.980;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=144;TCF=88;TCR=56;TR=142;WE=151161510;WS=151161480;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,227:1.00:227
chr4	151161502	rs6813035	G	T	6819.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=263;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=92;NR=72;PP=2965;SC=CCATGGAAGGGTCTTGGGAGC;SOR=0.831;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=164;TCF=92;TCR=72;TR=164;WE=151161510;WS=151161480;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,261:1.00:261
chr4	151174249	rs145393005	GTCCTCCTCA	G	2250.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=13;NR=13;PP=2988;SC=CATCCTCCTCGTCCTCCTCAT;SOR=1.262;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=29;TCF=14;TCR=15;TR=26;WE=151174265;WS=151174239;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr4	151177340	rs13152819	CC	TG	2103.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=40;PP=1048;SC=CACCCCCCACCCTCCTCCCGC;SOR=5.283;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=43;TCF=2;TCR=41;TR=42;WE=151177349;WS=151177330;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr4	151177432	rs13101258	A	C	593.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=33;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=13;PP=331;SC=CGCCTGCTGCAGCCCAGGAAG;SOR=2.400;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=2;TCR=13;TR=15;WE=151177440;WS=151177422;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr4	151199080	rs2290846	G	A	7521.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=292;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=104;NR=80;PP=2965;SC=CTTGAGGTCCGACACCTGCCG;SOR=0.878;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=184;TCF=104;TCR=80;TR=184;WE=151199088;WS=151199070;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,280:1.00:280
chr4	151207127	rs3749574	C	T	6365.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=246;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=66;NR=85;PP=2710;SC=GCACACACCGCAGCACATGTG;SOR=0.850;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=151;TCF=66;TCR=85;TR=151;WE=151207135;WS=151207117;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,244:1.00:244
chr4	151242312	rs11737450	C	T	5477.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=80;NR=54;PP=2513;SC=TCAGCAGTTACCATGCCTTAT;SOR=0.973;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=134;TCF=80;TCR=54;TR=134;WE=151242320;WS=151242302;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,208:1.00:208
chr4	151408800	rs7674989	T	C	1406.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=39;NR=6;PP=1013;SC=TACAGATTAATGTTAATAAGA;SOR=3.126;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=45;TCF=39;TCR=6;TR=45;WE=151408808;WS=151408790;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr4	151505322	rs13105060	T	A	2694.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=25;NR=51;PP=1506;SC=CACACAACTCTGCTATAAACA;SOR=1.321;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=77;TCF=26;TCR=51;TR=76;WE=151505330;WS=151505312;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr4	151511715	rs4401437	T	G	931.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=27;NR=3;PP=628;SC=AAGGAGAAACTGTAGAAGGGG;SOR=3.675;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=30;TCF=27;TCR=3;TR=30;WE=151511723;WS=151511713;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr4	151656589	rs1993109	C	T	2342.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=12;NR=63;PP=1699;SC=TCACTGCTTACGGTGGAGAGG;SOR=2.891;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=75;TCF=12;TCR=63;TR=75;WE=151656597;WS=151656579;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr4	151765243	rs186080	G	A	5486.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=76;NR=56;PP=2549;SC=AAGACATATTGTAACTTACTA;SOR=0.890;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=132;TCF=76;TCR=56;TR=132;WE=151765251;WS=151765233;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,209:1.00:209
chr4	151829659	rs1201207	T	C	1126.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=21;PP=818;SC=TCAATGATTTTTTTTCCAAAA;SOR=1.121;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=34;TCF=13;TCR=21;TR=34;WE=151829667;WS=151829649;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr4	151850226	rs11377335	G	GA	57.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.656;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FS=2.631;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.05;MQRankSum=2.145;QD=0.30;ReadPosRankSum=1.507;SOR=0.469;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:160,30:0.16:190
chr4	152024326	rs4696658	T	G	1039.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-0.855;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=23;PP=604;ReadPosRankSum=-0.614;SC=AAAGGTCTGTTGAAATCCTGT;SOR=0.593;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=34;TCF=10;TCR=24;TR=33;WE=152024334;WS=152024316;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,40:0.98:41
chr4	152048936	rs11099782	A	T	1721.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=45;PP=1352;SC=AACATTTTTTAAAAAAAAACG;SOR=2.381;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=58;TCF=13;TCR=45;TR=58;WE=152048944;WS=152048926;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr4	152053408	rs7664483	G	A	2052.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=38;NR=17;PP=1131;SC=ATATTCTCTTGAAAATTATGA;SOR=1.349;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=56;TCF=39;TCR=17;TR=55;WE=152053416;WS=152053398;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr4	152069406	.	TAC	T	137.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.045;ClippingRankSum=-0.000;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=2.081;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=9.18;ReadPosRankSum=-0.906;SOR=0.697;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,7:0.47:15
chr4	152070633	rs3792611	T	A	2676.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=38;NR=35;PP=1402;SC=TTTCTCTAACTTTTCCCACAT;SOR=0.753;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=74;TCF=38;TCR=36;TR=73;WE=152070641;WS=152070623;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr4	152201053	rs36097019	G	A	3019.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=31;NR=38;PP=1371;SC=AACTTTATCTGTGGAGGTTCC;SOR=0.822;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=69;TCF=31;TCR=38;TR=69;WE=152201061;WS=152201043;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr4	152201204	rs1875308	A	G	580.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=14;PP=415;SC=AAAGTGGTAAAATAGGCAGGG;SOR=2.419;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=20;TCF=4;TCR=16;TR=17;WE=152201212;WS=152201194;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr4	152201206	.	T	TAGGCAGGGCGGAAGGAAACCCAGGTCATGTCAGACTATCAAACCCGAAACAACTAG	33.06	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;QD=16.53;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:0,2:1.00:2
chr4	152212486	rs13126069	C	T	6260.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.790;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=259;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=76;NR=68;PP=2559;ReadPosRankSum=-1.130;SC=GGCTCTCCTGCGTCCCTCCTG;SOR=0.742;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=145;TCF=77;TCR=68;TR=144;WE=152212494;WS=152212476;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,248:0.98:252
chr4	152212603	rs2407221	T	G	3100.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=25;NR=56;PP=1732;SC=CAGGGGCAGATAACTCACAGG;SOR=1.428;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=81;TCF=25;TCR=56;TR=81;WE=152212611;WS=152212593;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr4	152212704	rs13102005	T	A	552.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=16;PP=441;SC=GGGGTTGGAATGTGAAGAGTT;SOR=3.500;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=18;TCF=2;TCR=16;TR=18;WE=152212712;WS=152212694;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr4	152583907	rs11378262	C	CT	631.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.355;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FS=1.176;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.77;ReadPosRankSum=-0.124;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,43:0.60:72
chr4	152626515	rs113829752	TA	T	244.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FS=1.243;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.27;MQRankSum=1.869;QD=3.65;ReadPosRankSum=-0.383;SOR=0.473;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:42,25:0.37:67
chr4	152637228	rs35487764	C	T	4494.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.629;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=51;PP=1847;ReadPosRankSum=2.153;SC=CAGCTGTTGCCGCCTCTTCTC;SOR=0.705;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=100;TCF=49;TCR=51;TR=100;WE=152637236;WS=152637218;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,175:0.99:177
chr4	153267968	rs2714803	A	G	1940.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=44;NR=12;PP=1266;SC=TGATTTCAAAATTCATCCACA;SOR=2.105;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=56;TCF=44;TCR=12;TR=56;WE=153267976;WS=153267958;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr4	153268227	.	CA	C	79.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.084;ClippingRankSum=0.000;DP=98;ExcessHet=3.0103;FS=2.597;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.11;MQRankSum=1.964;QD=0.93;ReadPosRankSum=1.303;SOR=1.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:61,25:0.29:86
chr4	153549744	rs72117571	AC	A	63.82	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.11;QD=10.64;SOR=3.912;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr4	153565641	rs12650966	A	G	2514.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=24;NR=37;PP=1228;SC=GTTCTTCTGTAACAACTTTTA;SOR=1.006;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=61;TCF=24;TCR=37;TR=61;WE=153565649;WS=153565631;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr4	153690842	rs4696354	T	C	6387.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.320;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=250;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=101;NR=66;PP=2965;ReadPosRankSum=1.083;SC=TTGGTGCATATGGAATCACCA;SOR=1.065;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=167;TCF=101;TCR=66;TR=167;WE=153690850;WS=153690832;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,243:0.98:247
chr4	153750918	rs10010297	G	A	2499.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=26;NR=47;PP=1407;SC=AAGAATCATGGTAAGTCTTTA;SOR=1.240;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=74;TCF=26;TCR=48;TR=73;WE=153750926;WS=153750908;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr4	153793489	rs35670437	CT	C	487.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=15;NR=3;PP=481;SC=TTGTGGGAACCTTTTTTTCTT;SOR=3.160;SbPval=0.92;Source=Platypus;TC=23;TCF=16;TCR=7;TR=18;WE=153793497;WS=153793479;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr4	153793528	rs28473137	A	G	1512.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=29;NR=12;PP=890;SC=TTTCAATTTGAACAATATCAG;SOR=1.445;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=41;TCF=29;TCR=12;TR=41;WE=153793536;WS=153793518;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr4	153870267	.	TAATAATAATAAGAAGAAGAAG	T	116.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.640;ClippingRankSum=0.000;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=1.473;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=62.96;MQRankSum=0.702;QD=2.59;ReadPosRankSum=0.341;SOR=1.101;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,9:0.20:45
chr4	153870270	.	TAATAATAAGAAGAAGAAG	T	1035.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-1.421;ClippingRankSum=0.000;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=3.350;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=62.96;MQRankSum=-0.908;QD=27.99;ReadPosRankSum=0.673;SOR=0.283;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,28:0.76:37
chr4	153870355	rs12651510	T	C	2390.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.71;QD=24.90;SOR=0.870;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr4	153881835	rs3811834	C	T	5221.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.859;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.687;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=99;PP=2944;ReadPosRankSum=-0.942;SC=TTATTCTTCACGCAGTAAGAT;SOR=1.708;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=146;TCF=47;TCR=99;TR=146;WE=153881843;WS=153881825;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,198:0.99:200
chr4	153884092	rs34181980	GGT	G	219.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.614;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FS=4.842;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.79;ReadPosRankSum=-1.215;SOR=1.536;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:42,16:0.28:58
chr4	153896358	rs3811833	C	T	9123.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.738;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=363;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=107;NR=121;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.844;SC=CAGAGCTCGGCGCCAGGGCGT;SOR=0.758;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=231;TCF=109;TCR=122;TR=228;WE=153896366;WS=153896348;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,349:0.99:351
chr4	153897770	rs3811832	G	A	3847.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=38;NR=60;PP=2022;SC=GTGCCAACACGGAGGCCCCTC;SOR=1.092;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=99;TCF=38;TCR=61;TR=98;WE=153897778;WS=153897760;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,140:1.00:140
chr4	154091111	rs34284701	C	T	460.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=10;NR=2;PP=259;SC=TAACTTCATCCGCATCTAAAG;SOR=1.739;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=10;TCR=2;TR=12;WE=154091119;WS=154091101;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr4	154178800	rs72965078	A	G	2674.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=16;NR=55;PP=1759;SC=GTGCTTCCCAACTTGAAGTGT;SOR=2.102;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=71;TCF=16;TCR=55;TR=71;WE=154178808;WS=154178790;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr4	154216710	rs893805	G	A	10754.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=408;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=118;NR=118;PP=2965;SC=ACCTCGGGACGATCTTAACCA;SOR=0.708;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=237;TCF=118;TCR=119;TR=236;WE=154216718;WS=154216700;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,403:1.00:403
chr4	154271324	rs1440079	A	G	896.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=17;PP=487;SC=TGTAATTTTCATCTTAAGTAT;SOR=1.148;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=9;TCR=17;TR=26;WE=154271332;WS=154271314;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr4	154276694	rs9307906	C	T	318.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=10;NR=0;PP=264;SC=CACACATACCCTGTAAATGTA;SOR=4.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=10;TCR=0;TR=10;WE=154276702;WS=154276691;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr4	154276856	rs10471075	A	G	2533.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=36;NR=30;PP=1186;SC=CCAAAGAGAAAGGCATTAGTA;SOR=0.845;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=66;TCF=36;TCR=30;TR=66;WE=154276864;WS=154276846;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr4	154387597	rs71620317	G	C	1921.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=31;NR=11;PP=864;SC=GCCGCACCGCGGCGGCCGTGA;SOR=1.576;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=43;TCF=31;TCR=12;TR=42;WE=154387605;WS=154387587;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr4	154387699	rs79488817	T	C	4236.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=-2.173;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=41;PP=1456;ReadPosRankSum=1.886;SC=CTGGGCTCGCTCTGCCTCTCC;SOR=0.223;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=85;TCF=44;TCR=41;TR=84;WE=154387707;WS=154387689;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,164:0.99:165
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chr4	154544267	rs2289319	G	A	945.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=25;PP=766;SC=AGGCACTCTCGGTGGCCCTTC;SOR=4.479;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=27;TCF=1;TCR=26;TR=26;WE=154544275;WS=154544257;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr4	154553833	rs41280471	A	G	3564.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=61;NR=26;PP=1765;SC=GGGCCAGGTGAGGATAGGGTG;SOR=1.329;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=87;TCF=61;TCR=26;TR=87;WE=154553841;WS=154553823;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,134:1.00:134
chr4	154553973	rs35897141	G	A	7398.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.497;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=298;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.134;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=88;NR=93;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.689;SC=TTCAGGAGTCGGCCCCGGTTC;SOR=0.325;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=182;TCF=89;TCR=93;TR=181;WE=154553981;WS=154553963;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,285:1.00:286
chr4	154624656	rs3804099	T	C	5964.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=63;NR=92;PP=2679;SC=CAATTCAGAATGTAAGTCATC;SOR=1.012;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=155;TCF=63;TCR=92;TR=155;WE=154624664;WS=154624646;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,228:1.00:228
chr4	154631543	rs2405432	A	T	8583.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=329;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=111;NR=84;PP=2965;SC=TAGTGAATAGATAATGCCTTG;SOR=0.909;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=195;TCF=111;TCR=84;TR=195;WE=154631551;WS=154631533;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,324:1.00:324
chr4	154641489	rs1439166	T	C	1744.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.821;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=39;PP=1005;ReadPosRankSum=1.731;SC=GAAATAAGAATGTGGCATATT;SOR=0.761;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=54;TCF=14;TCR=40;TR=53;WE=154641497;WS=154641479;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,67:0.99:68
chr4	154644454	rs1456384	T	C	5152.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=91;NR=42;PP=2477;SC=CAGGTGAGTGTGCCAAGCAAG;SOR=1.405;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=133;TCF=91;TCR=42;TR=133;WE=154644462;WS=154644444;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,188:1.00:188
chr4	154709480	rs3810765	G	A	3853.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-2.002;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=68;NR=27;PP=1958;ReadPosRankSum=-0.561;SC=AAGAGGGAAGGCTTACCTTCC;SOR=0.613;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=96;TCF=69;TCR=27;TR=95;WE=154709488;WS=154709470;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,140:0.99:141
chr4	154709854	rs4643790	G	A	8335.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.10;SOR=1.102;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,189:1.00:189
chr4	154709854	.	GCA	ACC	2947	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;FR=1.0000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=53;NR=78;PP=2947;QD=20;SC=CTGCAGGTTGGCAGGGATGGG;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=141;TCF=56;TCR=85;TR=131;WE=154709864;WS=154709844;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:10,131:0.93:141
chr4	154709856	rs6535952	A	C	8335.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.80;SOR=1.105;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,182:1.00:182
chr4	155156207	rs7655799	G	A	7261.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=269;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=114;NR=69;PP=2965;SC=CTTTTCTAACGTCAGCCAGGA;SOR=1.067;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=183;TCF=114;TCR=69;TR=183;WE=155156215;WS=155156197;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,267:1.00:267
chr4	155158284	rs146298768	A	C	7607.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.323;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=279;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=110;PP=2965;ReadPosRankSum=1.460;SC=ATCCAGAAGTAATACGGGACT;SOR=0.627;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=176;TCF=65;TCR=111;TR=175;WE=155158292;WS=155158274;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,274:0.99:277
chr4	155161666	rs6535989	C	T	4747.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=79;NR=42;PP=2511;SC=GCTTTGGTTTCGGCATCTCTT;SOR=1.206;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=122;TCF=80;TCR=42;TR=121;WE=155161674;WS=155161656;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,170:1.00:170
chr4	155180652	rs147630053	CCA	C	143.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.509;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=1.735;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.21;MQRankSum=2.050;QD=2.87;ReadPosRankSum=-0.487;SOR=0.260;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:40,10:0.20:50
chr4	155218941	rs115559096	C	T	3657.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=57;NR=30;PP=1783;SC=TAGTATAATCCGTACTCTTAA;SOR=1.284;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=87;TCF=57;TCR=30;TR=87;WE=155218949;WS=155218931;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,134:1.00:134
chr4	155219382	rs116029479	G	C	6919.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.250;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=262;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=85;NR=95;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.248;SC=TAACATCAGTGACATATACTT;SOR=0.782;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=180;TCF=85;TCR=95;TR=180;WE=155219390;WS=155219372;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,255:0.98:259
chr4	155219540	rs141467714	C	A	8877.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.10;SOR=0.732;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,206:1.00:206
chr4	155219549	rs74321456	T	G	9175.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.08;SOR=0.721;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,213:1.00:213
chr4	155225784	.	A	AAAACAAAC	998.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=52.56;SOR=2.419;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr4	155241735	rs79535970	C	T	4205.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.865;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=53;PP=2302;ReadPosRankSum=-0.643;SC=ACTATTTGTGCTGTCAGTGAT;SOR=0.257;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=100;TCF=46;TCR=54;TR=99;WE=155241743;WS=155241725;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,150:0.99:151
chr4	155243604	rs1352714	T	C	4867.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=55;NR=85;PP=2787;SC=TATTTCACCATTGTTGGCGTC;SOR=1.080;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=140;TCF=55;TCR=85;TR=140;WE=155243612;WS=155243594;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,180:1.00:180
chr4	155244462	rs74430037	C	T	932.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.21;SOR=1.121;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr4	155249179	rs76750997	G	C	696.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=2;PP=396;SC=TCCCAGAAGGGGATAGTTGAT;SOR=2.124;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=16;TCF=14;TCR=2;TR=16;WE=155249187;WS=155249169;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr4	155250660	rs75602216	G	A	2553.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=35;NR=39;PP=1403;SC=TTCATTGCAAGGTTTCTTCAC;SOR=0.754;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=74;TCF=35;TCR=39;TR=74;WE=155250668;WS=155250650;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr4	155250915	rs993975	G	C	433.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=11;PP=251;SC=AGGCGCACCAGGGCCAGAACC;SOR=2.179;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=3;TCR=11;TR=14;WE=155250923;WS=155250905;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr4	155253011	rs72966161	A	T	689.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=16;PP=456;SC=CTCCCCGTAAACTTATACAAC;SOR=2.124;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=5;TCR=16;TR=21;WE=155253019;WS=155253001;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr4	155256205	rs6858712	G	A	6068.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=53;NR=80;PP=2721;SC=GACCATCAACGAAAGTGTGGT;SOR=0.958;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=135;TCF=53;TCR=82;TR=133;WE=155256213;WS=155256195;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,227:1.00:227
chr4	155295154	rs140484732	CAAA	C	693.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.576;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.15;MQRankSum=0.000;QD=21.68;ReadPosRankSum=0.350;SOR=0.730;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:4,28:0.88:32
chr4	155298643	rs75194430	A	G	1103.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=9;NR=20;PP=646;SC=TGCTAGCATTACTTTTCAGTC;SOR=1.501;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=9;TCR=20;TR=29;WE=155298651;WS=155298633;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr4	155410409	rs13121403	A	G	2314.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=45;NR=19;PP=1089;SC=AACCCTCTCCATCCCTTCCCA;SOR=1.414;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=64;TCF=45;TCR=19;TR=64;WE=155410417;WS=155410399;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr4	155410909	rs35172627	A	G	7581.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.920;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=299;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=108;NR=91;PP=2965;ReadPosRankSum=0.579;SC=GTGGTTGGTCATTGAGGTCAG;SOR=0.803;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=203;TCF=110;TCR=93;TR=199;WE=155410917;WS=155410899;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,285:0.99:289
chr4	155411104	rs6536016	A	C	19112.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=742;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=227;NR=211;PP=2965;SC=CCAAGGACAGAGAGATGCTCC;SOR=0.755;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=440;TCF=228;TCR=212;TR=438;WE=155411112;WS=155411094;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,732:1.00:732
chr4	155411649	rs13130030	G	A	9512.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=362;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=99;NR=97;PP=2965;SC=TTCTCATCCAGCACGCGCAGC;SOR=0.704;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=196;TCF=99;TCR=97;TR=196;WE=155411657;WS=155411639;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,358:1.00:358
chr4	155411939	rs17373874	A	C	4688.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=55;NR=53;PP=2185;SC=ATCGTGGGCAACTGGCAGGCG;SOR=0.693;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=109;TCF=55;TCR=54;TR=108;WE=155411947;WS=155411929;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,174:1.00:174
chr4	155412464	rs13149269	C	T	4253.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=41;NR=64;PP=1923;SC=CGGAGCCCGCCGCTGCTGACG;SOR=0.999;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=105;TCF=41;TCR=64;TR=105;WE=155412472;WS=155412454;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,162:1.00:162
chr4	155457601	rs60732160	T	C	53.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=17.76;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr4	155458728	rs7668014	C	T	2710.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=22;NR=54;PP=1457;SC=GGGAATACTACGGTTATAAAA;SOR=1.656;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=76;TCF=22;TCR=54;TR=76;WE=155458736;WS=155458718;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr4	155459194	rs7668818	A	T	1862.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=19;NR=22;PP=683;SC=AAAGATTTTGAATGAAACTTC;SOR=0.720;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=19;TCR=22;TR=41;WE=155459202;WS=155459184;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr4	155460097	rs62330409	T	C	523.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=3;PP=213;SC=AGCAAAATAGTGCATGAGGAA;SOR=1.402;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=10;TCR=3;TR=13;WE=155460105;WS=155460087;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr4	155461113	rs7671792	T	C	4492.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.737;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=39;PP=2002;ReadPosRankSum=-0.889;SC=CTGTAATAATTTGTGGTTCTG;SOR=0.900;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=96;TCF=56;TCR=40;TR=94;WE=155461121;WS=155461103;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,168:0.99:170
chr4	155461687	rs62330410	A	C	1711.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=40;NR=13;PP=1017;SC=TGAAACCGAAAGTGCACCCTA;SOR=2.340;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=55;TCF=41;TCR=14;TR=53;WE=155461695;WS=155461677;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr4	155462148	rs7700005	A	T	2828.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.134;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.742;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=59;PP=1653;ReadPosRankSum=-0.809;SC=AATTTTAGAAACCTGATTATT;SOR=1.751;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=80;TCF=20;TCR=60;TR=78;WE=155462156;WS=155462138;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,103:0.98:105
chr4	155465535	rs62330413	A	G	3322.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-2.202;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=38;PP=1545;ReadPosRankSum=-0.666;SC=TCTATTCTTCAGTGCTTGTCA;SOR=0.365;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=95;TCF=57;TCR=38;TR=94;WE=155465543;WS=155465525;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,133:0.99:134
chr4	155466869	rs62330417	C	T	978.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=22;NR=6;PP=592;SC=AGTTTTAGGGCTATGAAATAT;SOR=1.949;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=28;TCF=22;TCR=6;TR=28;WE=155466877;WS=155466859;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr4	155466935	rs11935584	T	C	3235.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=38;NR=23;PP=1184;SC=GAGGGAAATATGGCAACATGT;SOR=0.981;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=63;TCF=40;TCR=23;TR=61;WE=155466943;WS=155466925;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr4	155467187	rs11940724	A	G	1653.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=33;NR=19;PP=998;SC=GGAAAATGTCATATAATAGTT;SOR=1.270;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=52;TCF=33;TCR=19;TR=52;WE=155467195;WS=155467177;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr4	155469959	rs11451354	G	GA,GAA	2956.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.460;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.83;ReadPosRankSum=0.121;SOR=0.787;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:11,110,36:0.70,0.23:157
chr4	155508627	rs2070018	G	A	12540.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=480;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=181;NR=132;PP=2965;SC=CCTCTACTCAGAAACAAGGAC;SOR=0.914;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=316;TCF=182;TCR=134;TR=313;WE=155508635;WS=155508617;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,478:1.00:478
chr4	155510224	rs7656433	A	T	568.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=9;PP=283;SC=TTCCTACCCTATCTCTTCCAG;SOR=0.874;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=16;TCF=7;TCR=9;TR=16;WE=155510232;WS=155510214;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr4	155511897	rs2070011	T	C	2460.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=27;NR=40;PP=1069;SC=AAAGGATTGCTGCCACTCCTA;SOR=1.022;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=67;TCF=27;TCR=40;TR=67;WE=155511905;WS=155511887;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr4	155525970	rs1049636	G	A	1245.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=22;NR=10;PP=684;SC=GTCAATAGAAGTTAGCAGTTA;SOR=1.329;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=22;TCR=10;TR=32;WE=155525978;WS=155525960;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr4	155529474	rs2066860	C	T	1305.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=34;NR=2;PP=975;SC=GCCCAAGAACCAAACAGACTC;SOR=4.073;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=36;TCF=34;TCR=2;TR=36;WE=155529482;WS=155529464;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr4	155747891	rs35387165	CT	C	981.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.988;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FS=3.903;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.07;MQRankSum=0.893;QD=7.01;ReadPosRankSum=1.240;SOR=0.514;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,99:0.71:140
chr4	156135676	rs1047214	C	T	6740.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=249;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=78;NR=81;PP=2965;SC=TTGAGATCATCCCGGACTTTG;SOR=0.701;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=159;TCF=78;TCR=81;TR=159;WE=156135684;WS=156135666;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,247:1.00:247
chr4	156136027	rs2880415	C	T	6951.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.837;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=267;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=87;NR=82;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.145;SC=TGTTCCACATCATCGCCATGT;SOR=0.709;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=171;TCF=88;TCR=83;TR=169;WE=156136035;WS=156136017;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,260:0.99:262
chr4	156273768	rs2305050	T	C	1807.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=0.618;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=24;PP=794;ReadPosRankSum=2.051;SC=TCATATTCATTAATAGCTTGT;SOR=1.195;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=38;TCF=14;TCR=24;TR=37;WE=156273776;WS=156273758;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,71:0.97:73
chr4	156274606	rs33994283	CATT	C	187.87	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=3;PP=101;SC=CTCTGATATTCATTATACTTA;SOR=1.981;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=0;TCR=4;TR=3;WE=156274616;WS=156274596;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr4	156276076	rs3775248	A	G	75.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=0;PP=54;SC=AAATGTATAAAGTAAAACAGA;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=3;TCR=0;TR=3;WE=156276084;WS=156276066;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr4	156276096	rs3775249	G	A	166.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=5;NR=1;PP=131;SC=AAGTAAAACCGGAAATCATTT;SOR=2.303;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=5;TCR=1;TR=6;WE=156276104;WS=156276086;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr4	156276289	rs2341894	C	T	1409.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=16;NR=22;PP=601;SC=CATGTAAATACACATTTTTCT;SOR=0.970;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=38;TCF=16;TCR=22;TR=38;WE=156276297;WS=156276279;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr4	156276317	rs2880181	A	G	1048.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=10;NR=19;PP=503;SC=CCACTCCTATAAGAACAAGAA;SOR=1.206;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=29;TCF=10;TCR=19;TR=29;WE=156276325;WS=156276307;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr4	156276433	rs2341893	C	T	89.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=22.26;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr4	156276742	rs34426198	ACT	A	829.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=19;NR=0;PP=877;SC=TTAAAAGGAAACTCTTTCTCA;SOR=4.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=20;TCR=0;TR=19;WE=156276751;WS=156276732;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr4	156276788	rs6857158	G	T	1273.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=38;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=37;NR=3;PP=980;SC=TTTCTATCAGGATTACTTTAT;SOR=3.767;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=40;TCF=37;TCR=3;TR=40;WE=156276796;WS=156276778;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr4	156276841	rs6834126	T	C	2859.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=56;NR=32;PP=1673;SC=TCATTCTTCTTCTCTTAAAAA;SOR=1.232;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=89;TCF=56;TCR=33;TR=88;WE=156276849;WS=156276831;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr4	156283302	rs6829123	G	A	644.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.866;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=12;PP=266;ReadPosRankSum=-0.820;SC=TCCTGTTTTCGCAAAAAAAAA;SOR=1.302;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=19;TCF=6;TCR=13;TR=17;WE=156283310;WS=156283292;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,27:0.93:29
chr4	156289900	rs3733390	C	T	8883.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.627;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=349;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=92;NR=123;PP=2965;ReadPosRankSum=2.364;SC=TTTTCTTTTTCAACATACTCC;SOR=0.903;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=215;TCF=92;TCR=123;TR=215;WE=156289908;WS=156289890;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,343:0.99:345
chr4	156296910	rs41280485	C	T	2528.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=32;NR=30;PP=1157;SC=GAAATGATTCCAAATAAAAAT;SOR=0.714;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=64;TCF=32;TCR=32;TR=62;WE=156296918;WS=156296900;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr4	156632391	rs11944673	A	G	5534.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=44;NR=87;PP=2879;SC=ACTCTGTGAAAAAATCTTCAA;SOR=1.208;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=133;TCF=44;TCR=89;TR=131;WE=156632399;WS=156632381;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,198:1.00:198
chr4	156643183	rs2306554	C	A	8132.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.203;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=313;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=102;NR=86;PP=2965;ReadPosRankSum=1.984;SC=TTATTTTTTGCTTTCAGATGC;SOR=0.817;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=190;TCF=103;TCR=87;TR=188;WE=156643191;WS=156643173;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,306:0.99:310
chr4	156680340	rs1459845	G	T	3856.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=40;NR=63;PP=1960;SC=ACCCCTCCTCGGCCGGCCTGG;SOR=1.147;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=103;TCF=40;TCR=63;TR=103;WE=156680348;WS=156680330;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,141:1.00:141
chr4	156725681	.	T	TA	83.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.956;ClippingRankSum=0.000;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=3.812;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.82;ReadPosRankSum=1.289;SOR=0.173;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,12:0.26:46
chr4	157557726	rs11943855	A	G	5751.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.812;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=96;NR=52;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.935;SC=TTACTTTCAAATGGTAACATC;SOR=1.233;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=148;TCF=96;TCR=52;TR=148;WE=157557734;WS=157557716;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,213:0.99:215
chr4	157563266	rs7658059	A	G	783.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=20;NR=1;PP=613;SC=TTGCCTGAGAAAGGCTAGACA;SOR=4.091;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=21;TCF=20;TCR=1;TR=21;WE=157563274;WS=157563263;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr4	158065038	rs12507409	T	C	1575.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=21;NR=15;PP=676;SC=ACGCCCCAACTCTGCTCATTG;SOR=0.941;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=36;TCF=21;TCR=15;TR=36;WE=158065046;WS=158065028;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr4	158238830	rs4302506	T	C	833.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.52;SOR=0.811;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr4	158242540	rs4475186	G	A	311.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=3;PP=199;SC=ATGTTAAGTAGCATTTTGTTC;SOR=1.981;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=12;TCF=9;TCR=3;TR=12;WE=158242548;WS=158242530;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr4	159076679	rs6830475	C	A	1108.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-1.819;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=4;PP=786;ReadPosRankSum=-0.698;SC=ATAAAAACTCCAGGTGCTGAA;SOR=1.931;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=36;TCF=32;TCR=4;TR=35;WE=159076687;WS=159076669;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,39:0.98:40
chr4	159076826	rs6830702	C	T	5881.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.845;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.301;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=77;NR=63;PP=2841;ReadPosRankSum=-0.276;SC=CAGTACAACCCGATTCAGGCT;SOR=0.450;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=141;TCF=77;TCR=64;TR=140;WE=159076834;WS=159076816;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,215:1.00:216
chr4	159158677	rs12504074	G	A	3891.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=54;NR=45;PP=1743;SC=GTTTTGTAAGGGGCTGCAGTC;SOR=0.775;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=100;TCF=55;TCR=45;TR=99;WE=159158685;WS=159158667;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,150:1.00:150
chr4	159514454	rs36045439	GA	G	1032.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=9;NR=7;PP=622;SC=TACATTTGGAGAAACCACTGG;SOR=1.536;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=17;TCF=9;TCR=8;TR=16;WE=159514474;WS=159514444;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr4	159514466	rs11938976	C	G	937.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=8;PP=506;SC=AACCACTGGACTGTTTTAAAG;SOR=1.418;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=17;TCR=8;TR=25;WE=159514474;WS=159514444;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr4	159528464	rs67344334	C	G	930.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=21;PP=652;SC=TTCTTCTAGTCCTGATTATTT;SOR=2.621;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=5;TCR=21;TR=26;WE=159528472;WS=159528454;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr4	159528479	rs11326047	GT	G	348.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=13;PP=305;SC=TTATTTTTATGTTTTTTTTCT;SOR=3.383;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=17;TCF=2;TCR=15;TR=14;WE=159528487;WS=159528469;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr4	159529091	rs11393653	A	AT	992.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=1.744;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.351;HP=9;HapScore=3;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=9;PP=397;ReadPosRankSum=0.712;SC=ACTCTGCTTCATTTTTTTTTC;SOR=1.949;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=39;TCF=24;TCR=15;TR=30;WE=159529099;WS=159529081;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:5,49:0.91:54
chr4	159538140	rs11321888	CA	C	587.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.083;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.71;MQRankSum=1.137;QD=10.13;ReadPosRankSum=-0.948;SOR=1.099;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,47:0.81:58
chr4	159548100	rs12108317	A	T	556.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=13;PP=322;SC=AATAAAATTTAAAAACACCCA;SOR=1.828;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=18;TCF=5;TCR=13;TR=18;WE=159548108;WS=159548090;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr4	159568383	rs13111939	A	G	864.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=6;NR=23;PP=599;SC=ATGTTCACAAATTTTTATTTC;SOR=2.376;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=6;TCR=23;TR=29;WE=159568391;WS=159568373;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr4	159618695	rs376153836	CT	C	31.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.180;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FS=4.800;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.35;ReadPosRankSum=-0.435;SOR=0.221;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:70,20:0.22:90
chr4	159620354	rs78126162	T	C	1435.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=34;PP=1036;SC=ATGTAACAAATTTAGATAAAG;SOR=2.560;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=6;TCR=34;TR=40;WE=159620362;WS=159620344;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr4	159640565	rs7666472	G	C	934.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=24;PP=713;SC=CCTGTTTGTCGCTCCCCACCC;SOR=3.407;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=28;TCF=4;TCR=24;TR=28;WE=159640573;WS=159640555;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr4	159690622	rs55960593	C	T	529.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=12;PP=301;SC=AGCGTGGACGCGCCTGATCCG;SOR=1.721;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=17;TCF=5;TCR=12;TR=17;WE=159690630;WS=159690612;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr4	159690640	rs59971723	C	A	279.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=9;PP=214;SC=CCGAGTGTGGCTCCGGACCCT;SOR=3.258;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=1;TCR=9;TR=10;WE=159690648;WS=159690630;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr4	159754865	.	G	GT	75.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.155;ClippingRankSum=0.000;DP=148;ExcessHet=3.0103;FS=3.198;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.07;MQRankSum=2.100;QD=0.59;ReadPosRankSum=-0.625;SOR=1.125;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:107,22:0.17:129
chr4	159881328	rs978297	T	C	266.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=1;PP=154;SC=AAAACCTACATGAAATAAAAA;SOR=2.303;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=7;TCR=1;TR=8;WE=159881336;WS=159881323;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr4	159881479	rs9784569	T	C	1651.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=21;NR=20;PP=786;SC=CAAGAGAAGCTTGACTTAGTT;SOR=0.756;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=41;TCF=21;TCR=20;TR=41;WE=159881487;WS=159881469;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr4	159894250	rs619128	C	T	4374.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=67;NR=40;PP=2235;SC=AAAGCCACTCCCCAGTCTTGA;SOR=1.088;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=108;TCF=67;TCR=41;TR=107;WE=159894258;WS=159894240;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,159:1.00:159
chr4	159894305	rs662473	T	C	6877.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=266;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=76;NR=74;PP=2623;SC=CCAATTTCACTGACGTACTCA;SOR=0.708;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=150;TCF=76;TCR=74;TR=150;WE=159894313;WS=159894295;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,264:1.00:264
chr4	160050073	rs13133931	G	T	115.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=28.76;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr4	160050096	rs35299335	G	A	106	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.50;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr4	160107918	rs10014197	T	C	1001.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=7;NR=18;PP=557;SC=TTGAAGCATGTAACAATTTAA;SOR=1.371;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=7;TCR=18;TR=25;WE=160107926;WS=160107908;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr4	160114277	rs6834634	G	C	770.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=18;NR=3;PP=428;SC=GACTGTATGTGTCATTTAAGG;SOR=2.066;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=22;TCF=18;TCR=4;TR=21;WE=160114285;WS=160114267;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr4	160162315	rs11944449	T	C	1042.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=28.18;SOR=2.242;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr4	160225430	rs13103075	T	A	2737.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=59;NR=29;PP=1666;SC=ATTTTAATTTTAAAATGTCTT;SOR=1.477;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=88;TCF=59;TCR=29;TR=88;WE=160225438;WS=160225420;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr4	160244872	rs33969988	A	AT	63.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.754;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.18;MQRankSum=0.549;QD=5.31;ReadPosRankSum=0.620;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,7:0.58:12
chr4	160251417	.	A	ATGTGTGTGTGTGTGTGTG,ATGTGTGTGTGTGTGTG	419.73	.	AC=2,0;AF=1.00,0.00;AN=2;BRF=0.31;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.4992,0.5008;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=4,4;NR=2,2;PP=22,66;SC=GTATATGTATATGTGTGTGTG;SOR=1.179;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=20;TCF=10;TCR=10;TR=6,6;WE=160251425;WS=160251407;set=Intersection	GT:AF:DP	1/1:1.00:7
chr4	160251449	rs55734414	A	G	298.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=37.35;SOR=1.863;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr4	160251449	.	ATA	GTG	533	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;FR=1.0000;HP=2;HapScore=1;MGOF=37;MMLQ=25;MQ=59.07;NF=8;NR=5;PP=533;QD=45.1129134509;SC=GTGTGTGTGTATATATATGTA;SbPval=0.24;Source=Platypus;TC=26;TCF=12;TCR=14;TR=13;WE=160251459;WS=160251437;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:13,13:0.50:26
chr4	160251451	rs56024370	A	G	298.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=37.35;SOR=1.863;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr4	160260209	rs13127789	G	T	3917.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.982;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=70;NR=29;PP=2078;ReadPosRankSum=-0.801;SC=TTGCTTAATTGCATTGCCATA;SOR=0.595;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=100;TCF=71;TCR=29;TR=99;WE=160260217;WS=160260199;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,141:0.99:142
chr4	160271268	rs11320537	GT	G	1315.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.648;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=5.289;HP=11;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.284;NF=22;NR=17;PP=634;ReadPosRankSum=0.663;SC=CATATTTAAGGTTTTTTTTTT;SOR=1.336;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=43;TCF=24;TCR=19;TR=39;WE=160271276;WS=160271258;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,66:0.96:69
chr4	160274180	rs10034898	G	C	694.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=16;PP=500;SC=GAATTTTTCTGCCATCCCAGT;SOR=2.124;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=21;TCF=5;TCR=16;TR=20;WE=160274188;WS=160274170;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr4	160277276	rs1135004	C	T	3689.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=40;NR=52;PP=1853;SC=GCCTCGCCCCCTATCAGTCCC;SOR=0.907;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=92;TCF=40;TCR=52;TR=92;WE=160277284;WS=160277266;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,142:1.00:142
chr4	162307060	rs17040984	G	T	5700.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=75;NR=71;PP=2773;SC=CTGTTTTTCCGGTTCCAAGGC;SOR=0.761;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=146;TCF=75;TCR=71;TR=146;WE=162307068;WS=162307050;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,211:1.00:211
chr4	162376046	rs62326380	A	G	318.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=8;NR=3;PP=236;SC=AGCAAGTTCAATTGTACATGT;SOR=1.802;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=8;TCR=3;TR=11;WE=162376054;WS=162376036;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr4	162459299	rs4691769	T	C	3793.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=68;NR=29;PP=1934;SC=TGTGTGCTGTTGGGTGGTTCT;SOR=1.368;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=97;TCF=68;TCR=29;TR=97;WE=162459307;WS=162459289;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,139:1.00:139
chr4	162841814	rs5863499	T	TA	3276.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.890;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.215;NF=9;NR=67;PP=1202;ReadPosRankSum=0.241;SC=CCTGAAGAATTAAAAAAAAAT;SOR=1.318;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=88;TCF=10;TCR=78;TR=76;WE=162841831;WS=162841804;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,139:0.99:141
chr4	164048199	rs4691895	G	C	6807.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=259;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=70;NR=63;PP=2756;SC=AAACCAAAAAGTTTGTGTGAC;SOR=0.773;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=133;TCF=70;TCR=63;TR=133;WE=164048207;WS=164048189;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,258:1.00:258
chr4	164085425	rs4691896	T	C	2098.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.40;SOR=1.065;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr4	164087954	rs936562	A	T	2993.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=29;NR=59;PP=1789;SC=CCAGAAATAGAAAAACAACTT;SOR=1.423;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=88;TCF=29;TCR=59;TR=88;WE=164087962;WS=164087944;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr4	164415734	rs2276979	A	G	6836.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.482;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=256;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.149;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=74;NR=82;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.919;SC=GTTGGGCTAGAGCTTAAAAGC;SOR=0.338;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=157;TCF=75;TCR=82;TR=156;WE=164415742;WS=164415724;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,253:1.00:254
chr4	164435265	rs2304802	A	C	2952.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=58;NR=34;PP=1766;SC=CTTGATCCCCAAAAAAAGAGA;SOR=1.143;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=92;TCF=58;TCR=34;TR=92;WE=164435273;WS=164435255;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr4	164438523	rs12643109	G	A	1386.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=22;NR=11;PP=694;SC=ATTATTTGTTGTACATAAAAT;SOR=1.201;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=33;TCF=22;TCR=11;TR=33;WE=164438531;WS=164438513;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr4	164438790	rs140868699	TACAA	T	1178.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=19;PP=907;SC=AAGTTGGGCGTACAAACAGTT;SOR=2.753;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=0;TCR=19;TR=19;WE=164438801;WS=164438780;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr4	164440461	rs374376787	CT	C	74.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.087;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=3.938;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.02;ReadPosRankSum=0.465;SOR=0.174;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,11:0.30:37
chr4	164440581	rs1561736	T	C	6929.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.484;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=276;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=93;NR=71;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.050;SC=AGGAAAACTATTATAACTGTA;SOR=0.485;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=165;TCF=94;TCR=71;TR=164;WE=164440589;WS=164440571;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,269:0.99:272
chr4	164440743	rs4362779	T	A	1304.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=37;PP=1059;SC=CTAATTGTCATGATACAAAAA;SOR=4.073;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=41;TCF=4;TCR=37;TR=40;WE=164440751;WS=164440733;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr4	164450255	rs372244193	A	AT	534.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.501;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.799;HP=10;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=24;PP=476;ReadPosRankSum=1.299;SC=GGATTTGGTCATTTTTTTTTT;SOR=1.911;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=32;TCF=0;TCR=32;TR=24;WE=164450263;WS=164450245;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,29:0.88:33
chr4	164466824	rs13130399	C	T	9798.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-1.362;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=377;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.262;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=110;NR=91;PP=2965;ReadPosRankSum=1.376;SC=CACAGGTGATCGCGATTACGT;SOR=0.416;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=202;TCF=110;TCR=92;TR=201;WE=164466832;WS=164466814;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,372:1.00:373
chr4	164466970	rs11726828	C	T	3149.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=19;NR=66;PP=1845;SC=TTCCCAGACACAGATCATGAA;SOR=1.870;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=85;TCF=19;TCR=66;TR=85;WE=164466978;WS=164466960;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr4	164477252	rs33943246	A	AT	1970.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.281;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.595;HP=8;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.319;NF=5;NR=43;PP=1151;ReadPosRankSum=-0.455;SC=ACATTATTAGATTTTTTTTCG;SOR=0.336;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=58;TCF=5;TCR=53;TR=48;WE=164477260;WS=164477242;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,82:0.98:84
chr4	164507104	rs7435076	G	T	721.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=20;PP=542;SC=ACAGCAGCCAGTATGAGATCT;SOR=2.584;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=4;TCR=20;TR=24;WE=164507112;WS=164507094;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr4	164533316	rs907431	A	G	1055.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=25;NR=7;PP=713;SC=AAAAAGAACAATGTAAATAAA;SOR=2.179;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=25;TCR=7;TR=32;WE=164533324;WS=164533306;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr4	165118094	rs1864598	C	A	4545.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=93;NR=36;PP=2747;SC=AGTCAAATCACAATAGGAATT;SOR=1.744;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=130;TCF=93;TCR=37;TR=129;WE=165118102;WS=165118084;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,163:1.00:163
chr4	165118253	rs2288676	T	C	15532.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.863;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=608;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.149;NF=196;NR=178;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.735;SC=TTCATCCTCCTCGTCCCCTCC;SOR=0.571;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=380;TCF=200;TCR=180;TR=374;WE=165118261;WS=165118243;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:11,591:0.98:602
chr4	165118285	rs374180838	TTCC	T	74.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.713;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=541;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.02;MQRankSum=3.573;QD=0.16;ReadPosRankSum=-4.466;SOR=0.790;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:432,34:0.07:466
chr4	165837327	rs56056003	T	C	43.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=49.24;QD=21.87;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr4	165878609	rs3196673	T	A	2325.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.992;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.689;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=45;PP=1386;ReadPosRankSum=-0.978;SC=GGTTTGGGTCTGCAGTGGGCT;SOR=0.293;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=68;TCF=21;TCR=47;TR=65;WE=165878617;WS=165878599;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,86:0.98:88
chr4	165891214	rs201160598	T	C	2180.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.494;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=48;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-3.014;NF=39;NR=58;PP=1500;ReadPosRankSum=-1.146;SC=GGCCTAGCTCTCTAGAGCTCA;SOR=0.696;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=185;TCF=76;TCR=109;TR=97;WE=165891222;WS=165891204;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,105:0.55:192
chr4	165891229	.	C	T	2353.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.262;ClippingRankSum=0.000;DP=130;ExcessHet=3.0103;FS=1.475;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.67;MQRankSum=-4.991;QD=18.25;ReadPosRankSum=-0.262;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:62,67:0.52:129
chr4	165891236	.	A	G	2211.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.925;ClippingRankSum=0.000;DP=109;ExcessHet=3.0103;FS=0.762;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.78;MQRankSum=-4.920;QD=20.29;ReadPosRankSum=0.588;SOR=0.834;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:55,54:0.50:109
chr4	165891247	rs201936482	A	C	2352.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.952;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FS=5.195;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=46.84;MQRankSum=-0.023;QD=27.36;ReadPosRankSum=0.685;SOR=1.750;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,85:0.99:86
chr4	165891270	.	T	C	641.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.130;ClippingRankSum=0.000;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=1.805;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.40;MQRankSum=-2.258;QD=17.35;ReadPosRankSum=-1.977;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,19:0.51:37
chr4	165891273	.	A	G	641.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.518;ClippingRankSum=0.000;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=1.817;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.37;MQRankSum=-2.255;QD=18.34;ReadPosRankSum=-2.101;SOR=1.189;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,18:0.51:35
chr4	165891276	.	A	T	488.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.031;ClippingRankSum=0.000;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.55;MQRankSum=-1.729;QD=17.46;ReadPosRankSum=-1.479;SOR=0.551;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,13:0.46:28
chr4	165891278	.	C	CA	401.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.51;MQRankSum=-1.966;QD=15.45;ReadPosRankSum=-0.728;SOR=0.871;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,11:0.42:26
chr4	166129191	.	C	T	189.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=5;PP=139;SC=TGACGAGGCGCTGTGCCCGCA;SOR=2.584;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=5;WE=166129199;WS=166129181;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr4	166215662	.	C	CT	104.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.488;ClippingRankSum=0.000;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=1.212;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.32;MQRankSum=2.244;QD=1.84;ReadPosRankSum=0.021;SOR=0.431;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:42,15:0.26:57
chr4	166307262	rs11100610	T	C	161.79	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=1;PP=87;SC=CTTCTCTCTATCTCCCAAATT;SOR=1.863;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=5;TCR=1;TR=6;WE=166307270;WS=166307252;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr4	166307575	rs17624836	T	C	444.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=7;PP=210;SC=ATTTCTCAAATAGGCAAAAAT;SOR=1.061;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=4;TCR=7;TR=11;WE=166307583;WS=166307565;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr4	166388825	.	CT	C	97.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.535;ClippingRankSum=0.000;DP=166;ExcessHet=3.0103;FS=0.777;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.60;ReadPosRankSum=-0.633;SOR=0.801;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:133,31:0.19:164
chr4	167012241	rs377180243	GTTT	G,GTT	2344.73	.	AC=2,0;AF=1.00,0.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=12;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=28;NR=6;PP=1004;SC=TGAGTGATTTGTTTTTTTTTA;SOR=2.437;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=36;TCF=28;TCR=8;TR=34;WE=167012258;WS=167012231;set=Intersection	GT:AF:DP	1/1:1.00:53
chr4	167012250	.	T	TAA	2475.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.01;SOR=2.522;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr4	167012381	rs2654492	G	A	8018.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=308;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=92;NR=95;PP=2965;SC=TTGGACGACTGTGTGGCAACA;SOR=0.733;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=187;TCF=92;TCR=95;TR=187;WE=167012389;WS=167012371;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,306:1.00:306
chr4	167012480	rs2646914	T	C	3522.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=35;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=33;NR=62;PP=2024;SC=GCTTTCAAGCTACACATTCTA;SOR=1.252;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=95;TCF=33;TCR=62;TR=95;WE=167012488;WS=167012470;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
chr4	167012506	rs2254420	A	G	2217.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=44;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=17;NR=49;PP=1517;SC=CAGCAAATTCAAGTCATGCTT;SOR=1.936;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=66;TCF=17;TCR=49;TR=66;WE=167012514;WS=167012496;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr4	167012543	rs2654493	T	C	1314.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=45;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=7;NR=32;PP=998;SC=ATCCAGGTTTTTCTTCTGGTG;SOR=2.636;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=39;TCF=7;TCR=32;TR=39;WE=167012551;WS=167012533;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr4	168004478	rs7654164	A	G	4753.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=45;NR=78;PP=2374;SC=GATGCCCCACAGTTCCCCACC;SOR=1.160;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=123;TCF=45;TCR=78;TR=123;WE=168004486;WS=168004468;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,179:1.00:179
chr4	169049106	rs10002305	T	C	1119.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.612;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=6.478;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=6;PP=742;ReadPosRankSum=-0.770;SC=AACTCCTGACTTCAGGTGATC;SOR=2.557;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=32;TCF=25;TCR=7;TR=31;WE=169049114;WS=169049096;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,39:0.98:40
chr4	169049435	rs11353908	CA	C	120.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.818;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=6.71;ReadPosRankSum=-0.668;SOR=1.112;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,12:0.67:18
chr4	169086540	rs3064927	CA	C	74.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.764;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=1.341;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.08;ReadPosRankSum=-0.700;SOR=0.412;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,14:0.39:36
chr4	169183789	rs6552581	A	G	735.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=16;NR=9;PP=434;SC=GTTTGTCAATATTATCATCCT;SOR=1.382;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=16;TCR=9;TR=25;WE=169183797;WS=169183779;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr4	169188927	rs575601	C	T	2132.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=37;NR=24;PP=1185;SC=AAGATCAAGGCAATGGCAGAT;SOR=1.040;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=61;TCF=37;TCR=24;TR=61;WE=169188935;WS=169188917;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr4	169190129	rs33910888	CA	C	1696.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.156;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=16;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.722;NF=4;NR=49;PP=574;ReadPosRankSum=0.740;SC=ACCTATTAAACAAAAAAAAAA;SOR=0.829;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=66;TCF=4;TCR=62;TR=53;WE=169190138;WS=169190119;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:11,103:0.90:114
chr4	169204841	.	A	G	510.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=13;PP=330;SC=TTCCACATCCAGTAGTTAAAT;SOR=1.721;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=18;TCF=5;TCR=13;TR=18;WE=169204849;WS=169204831;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr4	169206769	rs823282	A	G	397.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=10;PP=245;SC=TTATTTACATATATCAAGTTC;SOR=2.985;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=11;TCF=1;TCR=10;TR=11;WE=169206777;WS=169206759;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr4	169209583	rs9995999	G	T	660.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=17;PP=490;SC=TCCTTGTTTAGGCAAGCCCAT;SOR=2.400;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=5;TCR=17;TR=22;WE=169209591;WS=169209573;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr4	169213139	rs11723321	A	G	1452.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=36;PP=996;SC=ACAAAAGCTGACAGCTACCTT;SOR=3.306;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=39;TCF=3;TCR=36;TR=39;WE=169213147;WS=169213129;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr4	169301059	rs1489232	T	C	570.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=14;PP=393;SC=ATAGTACACATACATACTATA;SOR=2.419;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=3;TCR=14;TR=17;WE=169301067;WS=169301049;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr4	169311790	rs34009039	G	GT	124.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQ=61.07;NF=0;NR=4;PP=72;SC=ATTATTGTCAGTTTTTTTTTT;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=4;WE=169311798;WS=169311780;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr4	169312798	rs150634123	A	AG	247.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.995;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FS=1.497;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.64;ReadPosRankSum=-1.124;SOR=0.544;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:113,38:0.25:151
chr4	169312801	rs6840397	A	G	763.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.588;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FS=1.348;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.46;ReadPosRankSum=1.387;SOR=0.563;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:59,81:0.58:140
chr4	169315571	rs11337868	TA	T	1296.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=25;NR=3;PP=1143;SC=TTCAGCATCATAATATGCACA;SOR=3.797;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=29;TCF=25;TCR=4;TR=28;WE=169315579;WS=169315561;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr4	169315760	rs3749499	C	A	5329.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=61;NR=84;PP=2518;SC=GTAATACCCTCTCCAAAGTCT;SOR=0.938;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=145;TCF=61;TCR=84;TR=145;WE=169315768;WS=169315750;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,207:1.00:207
chr4	169317082	rs4692657	G	A	472.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.62;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=8;NR=3;PP=214;SC=CAACTGTAACGTATTATATTA;SOR=1.179;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=8;TCR=3;TR=11;WE=169317090;WS=169317072;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr4	169336662	rs4692661	T	C	978.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=10;NR=13;PP=479;SC=TCTCTCTCCATAGAGCACTAG;SOR=0.804;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=23;TCF=10;TCR=13;TR=23;WE=169336670;WS=169336652;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr4	169340639	rs1021318	C	A	593.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=13;PP=349;SC=TATGCTGCTGCTGATAGCAGT;SOR=1.426;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=6;TCR=13;TR=19;WE=169340647;WS=169340629;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr4	169341435	rs2130145	A	G	5880.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=244;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=83;NR=62;PP=2602;SC=ACATTGTGACAATAATCTCTT;SOR=0.916;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=145;TCF=83;TCR=62;TR=145;WE=169341443;WS=169341425;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,236:1.00:236
chr4	169341608	rs141226900	TACACATACACACACACACAC	T	2541.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=64.53;QD=39.10;SOR=1.539;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr4	169348404	rs2319850	C	T	3743.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=33;NR=55;PP=1722;SC=TTTTGCTGAGCTTTGTTCTGA;SOR=1.131;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=90;TCF=34;TCR=56;TR=88;WE=169348412;WS=169348394;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,140:1.00:140
chr4	169369820	rs2712113	T	A	1449.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=34;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=20;NR=15;PP=746;SC=AGTAGAAGGCTATATTCTTTA;SOR=0.931;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=35;TCF=20;TCR=15;TR=35;WE=169369828;WS=169369810;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr4	169369853	rs2712114	A	T	3775.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.42;SOR=0.922;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr4	169369862	rs10029536	A	T	3847.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.75;SOR=0.784;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr4	169374487	rs2634953	A	G	2338.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=23;NR=37;PP=1097;SC=GTGAAATGGCATTGAAATAGG;SOR=1.080;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=60;TCF=23;TCR=37;TR=60;WE=169374495;WS=169374477;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr4	169391990	.	TA	T	217.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.072;ClippingRankSum=0.000;DP=196;ExcessHet=3.0103;FS=0.716;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.16;ReadPosRankSum=0.947;SOR=0.780;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:143,45:0.24:188
chr4	169392091	rs7680471	G	A	7361.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=296;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=74;NR=84;PP=2965;SC=AGGATGGACTGGGCAGGGGCA;SOR=0.805;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=158;TCF=74;TCR=84;TR=158;WE=169392099;WS=169392081;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,281:1.00:281
chr4	169393179	rs12505232	T	G	578.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=16;PP=449;SC=AGCTACTGTTTGTTGAGTACC;SOR=4.407;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=18;TCF=1;TCR=17;TR=17;WE=169393187;WS=169393169;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr4	169393595	rs13149639	A	G	2292.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=34;NR=30;PP=1140;SC=TTTTTACTTCACAGTACTTAC;SOR=0.761;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=65;TCF=35;TCR=30;TR=64;WE=169393603;WS=169393585;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr4	169393972	rs113626526	G	GA	3923.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=47;PP=1777;SC=TGTAATAAAAGAAAAAATAGA;SOR=0.945;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=58;TCF=5;TCR=53;TR=52;WE=169393980;WS=169393962;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,149:1.00:149
chr4	169589214	rs2723705	T	C	1528.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=39;NR=14;PP=1102;SC=AACACTGACATTGTTTTTTTT;SOR=2.137;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=53;TCF=39;TCR=14;TR=53;WE=169589222;WS=169589204;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr4	169604080	rs148598962	T	TA,TAA	511.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.337;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=15.789;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.62;ReadPosRankSum=-1.273;SOR=4.479;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:6,18,11:0.51,0.31:35
chr4	169612528	rs4260495	C	T	5050.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=64;NR=63;PP=2330;SC=TTTCTTTCTACCTTAAAGCCG;SOR=0.746;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=127;TCF=64;TCR=63;TR=127;WE=169612536;WS=169612518;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,193:1.00:193
chr4	169621191	rs6824965	G	A	1271.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=25;NR=12;PP=744;SC=GTCTTTGTTCGAGTGAGATGC;SOR=1.329;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=37;TCF=25;TCR=12;TR=37;WE=169621199;WS=169621181;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr4	169799626	rs72704207	C	T	495.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=4;NR=14;PP=292;SC=CATACACGCGCTCCCATCAGC;SOR=1.609;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=4;TCR=14;TR=18;WE=169799634;WS=169799616;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr4	169812313	rs6827082	T	C	1763.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=9;NR=32;PP=1000;SC=ACATCATCATTATTATTATTA;SOR=1.942;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=41;TCF=9;TCR=32;TR=41;WE=169812321;WS=169812303;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr4	169835048	rs1532651	C	G	1400.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=30;NR=10;PP=813;SC=TTTTAAATAGCAAATCATTTA;SOR=1.802;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=40;TCF=30;TCR=10;TR=40;WE=169835056;WS=169835038;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr4	169836961	rs72704235	T	C	986.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=29;NR=5;PP=736;SC=TATTACCCCATGTATTTTAAG;SOR=3.321;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=29;TCR=5;TR=34;WE=169836969;WS=169836951;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr4	169846255	rs3733656	T	C	2491.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=22;NR=44;PP=1560;SC=TCTCATTTCATTGCGTTTACT;SOR=1.347;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=66;TCF=22;TCR=44;TR=66;WE=169846263;WS=169846245;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr4	169846359	rs66895777	GCT	G	3120.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQ=60.24;NF=19;NR=23;PP=1990;SC=AATTCATATTGCTCTCTCTCT;SOR=1.048;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=51;TCF=24;TCR=27;TR=42;WE=169846368;WS=169846349;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr4	169847646	rs35375934	TA	T	448.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.40;MQRankSum=0.417;QD=18.70;ReadPosRankSum=-1.732;SOR=4.977;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,23:0.96:24
chr4	169923363	rs60552620	CAAAA	C	794.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.913;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=2.086;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.16;MQRankSum=0.625;QD=26.49;ReadPosRankSum=-0.393;SOR=0.330;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:4,26:0.87:30
chr4	169927825	rs3762914	T	C	1417.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=36;NR=6;PP=973;SC=TGTTTCACAATAAATCACAAA;SOR=2.925;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=42;TCF=36;TCR=6;TR=42;WE=169927833;WS=169927815;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr4	169928842	rs2877380	G	T	1309.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=17;NR=13;PP=732;SC=TGTTTCTCCAGCTCTTCAAAT;SOR=0.874;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=17;TCR=13;TR=30;WE=169928850;WS=169928832;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr4	169930210	rs34403282	CA	C	173.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.789;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.79;ReadPosRankSum=0.897;SOR=0.990;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,19:0.63:30
chr4	169931268	rs28371817	G	A	8346.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=40.92;SOR=0.733;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,204:1.00:204
chr4	169931288	rs2279039	T	C	7606.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.97;SOR=0.776;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,173:1.00:173
chr4	169931326	rs67305871	CA	C	717.70	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.587;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.29;ReadPosRankSum=0.528;SOR=0.954;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,47:0.87:54
chr4	170017860	rs1471172	G	A	5035.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=51;NR=88;PP=2635;SC=AGAGATTTTGGTTAAGGCGAT;SOR=1.126;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=139;TCF=51;TCR=88;TR=139;WE=170017868;WS=170017850;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,191:1.00:191
chr4	170037323	rs10017472	G	A	693.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=16;NR=1;PP=428;SC=TTGTTGAACAGTGAGTCCTCT;SOR=3.352;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=17;TCF=16;TCR=1;TR=17;WE=170037331;WS=170037313;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr4	170041903	.	G	A	1620.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=35;NR=8;PP=947;SC=TGGATAGGCTGAAAACCATGG;SOR=2.303;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=43;TCF=35;TCR=8;TR=43;WE=170041911;WS=170041893;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr4	170077432	rs9312445	A	G	553.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=16;NR=3;PP=377;SC=TTTCAGAAGCATAGTGAGTAG;SOR=2.636;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=19;TCF=16;TCR=3;TR=19;WE=170077440;WS=170077424;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr4	170077459	rs35455310	AT	A	764.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=12;NR=11;PP=446;SC=CAAAACTTGTATTTTTTTTTG;SOR=1.483;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=27;TCF=15;TCR=12;TR=23;WE=170077467;WS=170077449;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr4	170077540	rs10024401	A	G	2902.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.891;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=27;PP=1547;ReadPosRankSum=-1.299;SC=GAAAACAAGCACATTCTACCT;SOR=1.138;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=76;TCF=49;TCR=27;TR=76;WE=170077548;WS=170077530;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,111:0.98:113
chr4	170077789	rs10518039	A	G	3838.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=29;NR=60;PP=1659;SC=CTTTTCCTTCATAGTTGTATA;SOR=1.298;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=89;TCF=29;TCR=60;TR=89;WE=170077797;WS=170077779;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,148:1.00:148
chr4	170077883	rs138352813	C	T	683.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=20;PP=542;SC=CTTAAAATGTCTCTGAAAATA;SOR=3.442;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=4;TCR=20;TR=24;WE=170077891;WS=170077873;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr4	170315496	rs4692721	C	T	718.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=7;PP=391;SC=AGAATCTTCACTGAAAAATGG;SOR=1.528;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=15;TCR=7;TR=22;WE=170315504;WS=170315486;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr4	170354836	rs7680152	C	T	1992.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=17;NR=33;PP=963;SC=ATAAACGTAACGAGAGACATC;SOR=1.319;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=50;TCF=17;TCR=33;TR=50;WE=170354844;WS=170354826;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr4	170354873	rs13139925	T	C	1096.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=25;PP=752;SC=CAAGAGAATATTGAATAAACT;SOR=2.494;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=6;TCR=25;TR=31;WE=170354881;WS=170354863;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr4	170428352	rs11335570	G	T	399.22	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-3.411;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=5.704;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.97;ReadPosRankSum=0.074;SOR=0.092;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:4,21:0.84:25
chr4	170483153	rs62952760	T	A	247.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.78;SOR=1.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr4	170581570	rs4692739	G	A	6603.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=256;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=98;NR=69;PP=2965;SC=GGAGGAGACAGTATTCCCCTG;SOR=0.911;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=167;TCF=98;TCR=69;TR=167;WE=170581578;WS=170581560;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,251:1.00:251
chr4	170616918	rs2062609	G	A	251.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=5;PP=131;SC=TTTCAGTTTTGTAGGTGATGT;SOR=1.085;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=3;TCR=5;TR=8;WE=170616926;WS=170616908;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr4	170623928	rs60812626	CAAAAAAAAAAAA	C	1371.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=21;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=11;PP=3000;SC=CCCATCTCTACAAAAAAAAAA;SOR=1.284;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=20;TCF=6;TCR=14;TR=16;WE=170623947;WS=170623918;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr4	170628474	rs1566522	A	G	1059.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=4;NR=24;PP=682;SC=GAAGAAAGGAAAGCAATAAGC;SOR=2.432;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=30;TCF=6;TCR=24;TR=28;WE=170628482;WS=170628464;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr4	170663235	rs1047642	C	T	1192.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=13;NR=16;PP=477;SC=CGTTATTTCTCTAAGTTTTTT;SOR=0.823;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=29;TCF=13;TCR=16;TR=29;WE=170663243;WS=170663225;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr4	170663321	rs6849004	C	G	596.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=3;NR=9;PP=266;SC=AAAGACCTTTCAAAGTTGAGC;SOR=1.329;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=12;TCF=3;TCR=9;TR=12;WE=170663329;WS=170663311;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr4	170670109	rs369228807	CT	C	30.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.063;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=3.137;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.70;ReadPosRankSum=-0.746;SOR=1.347;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,11:0.25:44
chr4	170678993	rs11540095	T	C	6505.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=245;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=87;NR=70;PP=2965;SC=GCGGCCCCTCTCCGCCGGGCC;SOR=0.842;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=158;TCF=88;TCR=70;TR=157;WE=170679001;WS=170678981;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,243:1.00:243
chr4	170994554	.	G	GT	130.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.543;ClippingRankSum=0.000;DP=94;ExcessHet=3.0103;FS=2.674;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.82;ReadPosRankSum=-1.711;SOR=0.305;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:54,18:0.25:72
chr4	172735897	rs3796654	C	G	1871.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=12;NR=38;PP=1189;SC=AAAGATCACACAAGGATTGGT;SOR=1.875;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=52;TCF=14;TCR=38;TR=50;WE=172735905;WS=172735887;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr4	172973421	rs1505494	G	A	896.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=16;NR=3;PP=426;SC=AGAGCCTCAAGGCAGAGAGGA;SOR=3.160;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=20;TCF=17;TCR=3;TR=19;WE=172973432;WS=172973411;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr4	172973423	rs10572855	CAG	C	887.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=3;PP=742;SC=AGCCTCAAGGCAGAGAGGATA;SOR=3.160;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=19;TCF=15;TCR=4;TR=16;WE=172973432;WS=172973411;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr4	172973580	rs1505495	C	A	4129.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=48;NR=37;PP=1663;SC=TTTACCCCAACCCATTCACCA;SOR=0.962;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=86;TCF=48;TCR=38;TR=85;WE=172973588;WS=172973570;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,157:1.00:157
chr4	173232679	rs2136033	A	G	1407.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=34;NR=6;PP=1060;SC=AATAGGCGATAATACACATTC;SOR=3.467;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=34;TCR=6;TR=40;WE=173232687;WS=173232669;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr4	173232944	rs168011	G	T	5485.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.820;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=26.89;ReadPosRankSum=-1.272;SOR=1.140;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,202:0.99:204
chr4	173873170	rs11322401	TG	T	1978.75	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.117;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=1.109;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=23;PP=812;ReadPosRankSum=1.958;SC=ATGACATTTTTGTTTTCCTGC;SOR=0.950;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=56;TCF=30;TCR=26;TR=50;WE=173873179;WS=173873160;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:14,108:0.89:122
chr4	173930479	rs4696042	A	G	1582.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=36;PP=1074;SC=GGCAGTGGGAACCAGTCGGGG;SOR=2.970;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=42;TCF=6;TCR=36;TR=42;WE=173930487;WS=173930469;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr4	174090004	rs3733477	G	A	6031.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.267;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=253;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.03;ReadPosRankSum=0.829;SOR=0.398;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:3,248:0.99:251
chr4	174310777	rs4695833	A	T	694.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=19;NR=4;PP=525;SC=AGGTCTGGGGAGGAGTCCAAG;SOR=2.925;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=19;TCR=4;TR=23;WE=174310785;WS=174310767;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr4	174537063	rs4413383	G	A	1262.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=37;NR=4;PP=1039;SC=TGGAGATCCAGACATAAGTGA;SOR=4.514;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=41;TCF=37;TCR=4;TR=41;WE=174537071;WS=174537053;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr4	175225452	rs4695918	G	A	6439.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.642;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=252;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=77;NR=62;PP=2676;ReadPosRankSum=0.588;SC=ACCTCCTTTGGGCAATGAGAA;SOR=0.831;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=139;TCF=77;TCR=62;TR=139;WE=175225460;WS=175225442;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,246:0.99:248
chr4	175237208	rs4695922	C	A	1127.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=25;NR=3;PP=687;SC=ATGCGGATAGCCATTTTTAAT;SOR=2.833;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=28;TCF=25;TCR=3;TR=28;WE=175237216;WS=175237198;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr4	175237408	rs1553669	T	C	4450.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=45;NR=73;PP=1816;SC=GAGCCTCTACTGTTAATTACT;SOR=1.060;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=118;TCF=45;TCR=73;TR=118;WE=175237416;WS=175237398;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,176:1.00:176
chr4	175414246	rs2612694	A	G	221.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=7;NR=0;PP=182;SC=TTTATAGCTTATCTAAATAAT;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=7;TCR=0;TR=7;WE=175414254;WS=175414236;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr4	175429213	rs3846298	C	T	5154.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=87;NR=38;PP=2634;SC=CCATGTTCTTCTTCTCTTTCT;SOR=1.358;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=125;TCF=87;TCR=38;TR=125;WE=175429221;WS=175429203;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,187:1.00:187
chr4	175429370	rs5864277	GT	G	9154.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=259;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=105;PP=2951;SC=TGATGTACGAGTTAAGGAATG;SOR=1.116;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=118;TCF=9;TCR=109;TR=114;WE=175429378;WS=175429360;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,251:1.00:251
chr4	175565245	rs4235212	T	C	4266.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=41;NR=60;PP=2073;SC=CAAGGCCCTTTAATAATACAA;SOR=0.944;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=101;TCF=41;TCR=60;TR=101;WE=175565253;WS=175565235;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,158:1.00:158
chr4	175580119	rs6553802	T	C	334.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=10;NR=0;PP=219;SC=TCCCAATTGCTTCTCTTTTCA;SOR=4.977;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=10;TCR=0;TR=10;WE=175580127;WS=175580109;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr4	175580191	rs4365704	G	A	1244.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=28;NR=7;PP=796;SC=AACCCAATACGTTTAATCACT;SOR=2.147;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=35;TCF=28;TCR=7;TR=35;WE=175580199;WS=175580181;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr4	175598334	rs6812439	T	C	2526.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=21;NR=46;PP=1153;SC=TGATCCAGAATGAAACCCAGG;SOR=1.237;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=67;TCF=21;TCR=46;TR=67;WE=175598342;WS=175598324;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr4	175649861	rs1872548	T	G	682.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=32.51;SOR=2.200;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr4	175649873	rs3834804	GA	G	488.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=34.91;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr4	175688274	.	T	TAC	614.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.654;ClippingRankSum=0.000;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.22;MQRankSum=0.500;QD=21.20;ReadPosRankSum=0.032;SOR=0.399;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,25:0.86:29
chr4	176733450	rs62338073	G	T	1356.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.40;SOR=1.911;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr4	176733452	rs113129787	G	T	1356.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.23;SOR=1.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr4	177046559	.	T	C	3656.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.933;ClippingRankSum=0.000;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=69;PP=2303;ReadPosRankSum=2.051;SC=TATTCTTTCGTTGAATTTAGG;SOR=1.371;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=105;TCF=35;TCR=70;TR=104;WE=177046567;WS=177046549;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,131:0.98:133
chr4	177049731	rs13107453	G	A	326.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=0;PP=183;SC=ATAGTATTTCGGTTGTTAGGT;SOR=2.670;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=8;TCR=0;TR=8;WE=177049739;WS=177049721;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr4	177049854	rs28698547	C	T	1542.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=25;NR=13;PP=713;SC=TCATACAAAACTTGTTAAAAT;SOR=1.217;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=25;TCR=13;TR=38;WE=177049862;WS=177049844;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr4	177049880	rs28607147	T	C	2090.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=24;NR=22;PP=823;SC=TTTTCCCTGATCTGACTAGAT;SOR=0.742;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=46;TCF=24;TCR=22;TR=46;WE=177049888;WS=177049870;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr4	177050057	rs78649239	G	A	633.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=12;PP=306;SC=AAAATATTGTGTTTTCTATCA;SOR=3.126;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=14;TCF=2;TCR=12;TR=14;WE=177050081;WS=177050047;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr4	177050062	rs71830098	CTATCAAATAAAA	C	592.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=7;PP=2274;SC=ATTGTGTTTTCTATCAAATAA;SOR=2.985;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=7;WE=177050081;WS=177050047;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr4	177052925	rs7699831	G	C	3021.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.335;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.668;HP=6;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=68;PP=2033;ReadPosRankSum=-0.544;SC=ATACATAATAGTTTTTTGTGT;SOR=1.802;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=86;TCF=16;TCR=70;TR=83;WE=177052933;WS=177052915;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,103:0.97:106
chr4	177058524	rs9884639	A	T	316.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=9;NR=0;PP=247;SC=TTTATCTATAATTTTATACAG;SOR=3.442;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=9;TCR=0;TR=9;WE=177058532;WS=177058514;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr4	177058580	rs9884643	A	T	510.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=4;PP=291;SC=TCTGCAAATCACAGTTCTTAC;SOR=1.609;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=11;TCR=4;TR=15;WE=177058588;WS=177058570;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr4	177063096	rs9995480	G	A	449.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=11;NR=4;PP=275;SC=TGTATTTAGAGTATTGTTTTT;SOR=1.739;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=11;TCR=4;TR=15;WE=177063104;WS=177063086;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr4	177073026	rs4690661	G	A	8307.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=331;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=106;NR=105;PP=2965;SC=TGGTGTACCTGCTAAAGAGGA;SOR=0.712;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=212;TCF=106;TCR=106;TR=211;WE=177073034;WS=177073016;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,321:1.00:321
chr4	177081358	rs9683850	C	T	3782.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=26;NR=72;PP=2080;SC=ACTGGCTCACCCTTACATAAT;SOR=1.592;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=98;TCF=26;TCR=72;TR=98;WE=177081366;WS=177081348;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,138:1.00:138
chr4	177082032	rs10520338	A	G	1358.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=26;NR=12;PP=753;SC=AATTAGCTAAAGAATAATTCA;SOR=1.519;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=26;TCR=12;TR=38;WE=177082040;WS=177082022;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr4	177082069	rs7693453	G	C	2240.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=36;NR=23;PP=1165;SC=TAGGCTGCTTGTGAAGGAAAT;SOR=1.075;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=59;TCF=36;TCR=23;TR=59;WE=177082077;WS=177082059;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr4	177083166	rs2877924	A	G	832.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=8;PP=472;SC=AAAAAGTATTAGTTTGCTTTT;SOR=1.402;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=17;TCR=8;TR=25;WE=177083174;WS=177083156;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr4	177087322	rs4388031	C	T	974.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=8;NR=19;PP=490;SC=TTTAAGAACACATTCCTTTAA;SOR=1.609;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=8;TCR=19;TR=27;WE=177087330;WS=177087312;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr4	177093505	rs4538426	T	G	2061.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=36;NR=15;PP=1175;SC=TAACATTGTTTTCAAATCAAT;SOR=1.371;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=51;TCF=36;TCR=15;TR=51;WE=177093513;WS=177093495;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr4	177100644	rs11736872	G	A	9362.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-2.647;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=369;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.132;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=113;NR=99;PP=2965;ReadPosRankSum=2.569;SC=CGGGAAATCTGCTATCTCCTT;SOR=0.321;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=218;TCF=113;TCR=105;TR=212;WE=177100652;WS=177100634;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,361:1.00:362
chr4	177113764	rs6857056	A	C	2117.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=43;NR=22;PP=1338;SC=CAGCTGTTTCAAAGGAAAACT;SOR=1.379;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=65;TCF=43;TCR=22;TR=65;WE=177113772;WS=177113754;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr4	177113779	rs12502935	T	C	2790.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=49;NR=30;PP=1345;SC=AAAACTTACCTGGATTCAATT;SOR=1.115;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=79;TCF=49;TCR=30;TR=79;WE=177113787;WS=177113769;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr4	177116463	rs994252	C	G	5934.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=29.82;SOR=1.758;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,199:1.00:199
chr4	177116779	rs4565028	T	C	832.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=18;PP=532;SC=GGCGGCGCGGTCTCGTGGGGC;SOR=3.611;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=3;TCR=18;TR=21;WE=177116787;WS=177116769;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr4	177142776	rs10032098	CA	AC	5860.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;JOINED;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=28;NR=48;PP=2947;SC=AATATCCAAACATAAGATTCA;SOR=1.095;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=78;TCF=28;TCR=50;TR=76;WE=177142785;WS=177142766;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,133:1.00:133
chr4	177142869	rs28415362	T	G	884.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=40;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=23;PP=595;SC=AATGTGCACATTAAATATGAC;SOR=2.448;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=28;TCF=5;TCR=23;TR=28;WE=177142877;WS=177142859;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr4	177143417	rs13147229	C	T	1805.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=30;NR=8;PP=879;SC=TGTTGGATTCCCTCCGTCAGT;SOR=1.850;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=40;TCF=30;TCR=10;TR=38;WE=177143425;WS=177143407;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr4	177143664	rs6553937	C	G	1528.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=12;NR=33;PP=986;SC=ATATTTTAGACATCAAAGAAT;SOR=1.697;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=45;TCF=12;TCR=33;TR=45;WE=177143672;WS=177143654;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr4	177146627	rs10013975	T	C	632.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=16;PP=459;SC=CAGATACTTATACTGTACATT;SOR=2.636;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=19;TCF=3;TCR=16;TR=19;WE=177146635;WS=177146617;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr4	177243229	rs35890542	A	G	1339.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=17;NR=13;PP=485;SC=AGTTTCACCTATGCACACACC;SOR=0.853;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=31;TCF=17;TCR=14;TR=30;WE=177243237;WS=177243219;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr4	177245488	rs35827677	T	G	155.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=61.19;QD=25.97;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr4	177605081	rs5864401	CTCA	C	9716.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=51;NR=58;PP=2969;SC=ACAATCTTAGCTCATCATTTG;SOR=1.287;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=115;TCF=55;TCR=60;TR=109;WE=177605091;WS=177605071;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,218:1.00:218
chr4	177608707	rs7664413	C	T	1961.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=17;NR=42;PP=1224;SC=TTTACTATACCTTACTTGGTT;SOR=1.609;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=59;TCF=17;TCR=42;TR=59;WE=177608715;WS=177608697;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr4	177608875	rs4529000	A	C	1434.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=36;NR=8;PP=1002;SC=TCACTTATTTAGAAGAATGAT;SOR=2.608;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=45;TCF=37;TCR=8;TR=44;WE=177608883;WS=177608865;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr4	177650614	rs3836595	T	TA	781.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=22;NR=1;PP=892;SC=ACACTGAAATTAAAGAACCAG;SOR=3.767;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=25;TCF=24;TCR=1;TR=23;WE=177650622;WS=177650607;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr4	178167282	rs1347894	G	A	7728.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-2.237;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=313;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.256;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=81;NR=99;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.556;SC=GACCTAAACAGTCACTGAAAC;SOR=0.413;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=181;TCF=82;TCR=99;TR=180;WE=178167290;WS=178167272;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,308:1.00:309
chr4	178231152	rs10013040	C	A	1899.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=33;NR=17;PP=993;SC=AGAAGATTCGCGCGCGGGTGC;SOR=1.163;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=52;TCF=35;TCR=17;TR=50;WE=178231160;WS=178231142;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr4	178257516	rs2271102	G	A	2660.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=16;NR=55;PP=1604;SC=TTGATTTTTCGGTACTGTGAA;SOR=1.872;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=71;TCF=16;TCR=55;TR=71;WE=178257524;WS=178257506;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr4	178260872	rs12645561	C	T	1470.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=21;NR=13;PP=681;SC=ATTGGCAAGGCGTATTATTTC;SOR=1.036;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=35;TCF=22;TCR=13;TR=34;WE=178260880;WS=178260862;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr4	178262613	rs201755762	G	GT	361.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.895;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FS=3.817;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.15;MQRankSum=1.913;QD=2.68;ReadPosRankSum=2.620;SOR=0.507;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:98,37:0.27:135
chr4	178262784	rs34193982	A	G	4333.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=23;NR=60;PP=1758;SC=AATCCTCAACATGTTGACATA;SOR=1.718;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=84;TCF=23;TCR=61;TR=83;WE=178262792;WS=178262774;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr4	178262805	rs35686329	T	C	3505.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=17;NR=48;PP=1486;SC=TGGTAAGATATTGAATTTAAA;SOR=1.936;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=65;TCF=17;TCR=48;TR=65;WE=178262813;WS=178262795;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr4	178274377	rs3805173	T	C	269.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=9;NR=1;PP=244;SC=TGAAGTAAATTTTTTAATCAA;SOR=3.258;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=9;TCR=1;TR=10;WE=178274385;WS=178274367;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr4	178274565	rs2048074	A	G	3712.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=64;NR=37;PP=2189;SC=AGATCAACAGAAAAACTGCAT;SOR=1.205;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=102;TCF=64;TCR=38;TR=101;WE=178274573;WS=178274555;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr4	178274694	rs10007075	T	G	8462.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.808;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=323;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=102;NR=91;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.586;SC=CTGCTAGTGTTTGTTTGAATG;SOR=0.249;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=194;TCF=103;TCR=91;TR=193;WE=178274702;WS=178274684;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,318:1.00:319
chr4	178274750	rs13112358	C	T	7946.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=304;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=85;NR=99;PP=2965;SC=ATAACTCAACCATCCAGCAAA;SOR=0.805;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=186;TCF=85;TCR=101;TR=184;WE=178274758;WS=178274740;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,300:1.00:300
chr4	178274835	rs13112390	A	C	3826.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.943;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=74;PP=2321;ReadPosRankSum=-0.288;SC=AAACAGCCCAATACTCATCAC;SOR=1.280;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=114;TCF=38;TCR=76;TR=112;WE=178274843;WS=178274825;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,139:0.99:141
chr4	178281754	rs1876268	G	A	6917.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=270;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=80;NR=101;PP=2965;SC=CCGAGTTGTGGGGAAGGATGG;SOR=0.882;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=183;TCF=81;TCR=102;TR=181;WE=178281762;WS=178281744;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,263:1.00:263
chr4	178352679	rs1061814	T	G	521.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=11;NR=0;PP=306;SC=TAAGAAAGGTTAAATAAAAAT;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=11;TCR=0;TR=11;WE=178352687;WS=178352675;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr4	178353046	rs3805167	G	C	552.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=0.177;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=13;PP=379;ReadPosRankSum=-0.664;SC=TATTTGACTAGACACTGGCTA;SOR=1.022;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=18;TCF=4;TCR=14;TR=17;WE=178353054;WS=178353036;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,20:0.95:21
chr4	178355668	rs4690521	C	G	8433.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=320;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=82;NR=126;PP=2965;SC=TAACAATTTACGGCAGGAAAT;SOR=1.022;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=208;TCF=82;TCR=126;TR=208;WE=178355676;WS=178355658;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,320:1.00:320
chr4	178357566	rs71599314	A	ATAATTG	1446.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=0;NR=21;PP=1355;SC=ATATAACCAAATAATTGAGCA;SOR=1.981;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=25;TCF=0;TCR=25;TR=21;WE=178357574;WS=178357556;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr4	178359960	rs2228119	G	C	2796.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=27;NR=35;PP=1325;SC=TTGAGAAGCAGTGGTAGATAA;SOR=0.856;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=62;TCF=27;TCR=35;TR=62;WE=178359968;WS=178359950;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr4	178361414	rs34241758	A	C	5199.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=68;NR=49;PP=2401;SC=TAGGACCTGAACGGTGTTCTT;SOR=0.916;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=118;TCF=69;TCR=49;TR=117;WE=178361422;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,196:1.00:196
chr4	178363378	rs11131799	G	A	2712.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=57;NR=15;PP=1502;SC=CGGCGCAGCCGCCCGCCCAGG;SOR=2.054;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=72;TCF=57;TCR=15;TR=72;WE=178363386;WS=178363368;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr4	178881982	rs13109967	G	T	1418.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.392;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=20;PP=572;ReadPosRankSum=-0.867;SC=TCTTTCCGGGGATCAAAAGAA;SOR=0.368;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=40;TCF=20;TCR=20;TR=39;WE=178881990;WS=178881972;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,60:0.95:63
chr4	178882120	rs9994032	A	T	723.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=9;NR=14;PP=357;SC=CCTGAAATGAAATATTTGAAT;SOR=0.976;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=23;TCF=9;TCR=14;TR=23;WE=178882128;WS=178882110;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
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chr4	183267728	rs33933747	TA	T	311.86	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.924;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.58;MQRankSum=0.709;QD=9.45;ReadPosRankSum=2.595;SOR=1.445;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,24:0.73:33
chr4	183268148	rs11373586	C	CG	1070.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.770;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=3;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=21;PP=300;ReadPosRankSum=-0.376;SC=GTTGACTCCGCGGGGGGGGAT;SOR=1.501;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=26;TCF=0;TCR=26;TR=21;WE=183268156;WS=183268138;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,41:0.95:43
chr4	183268174	rs6552554	C	T	760.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.17;SOR=1.863;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr4	183271186	rs10644033	G	GA	115.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=11.57;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr4	183370056	rs11721730	C	T	4365.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=82;NR=47;PP=2352;SC=AGGGGTTAAGCGGCGCACCGC;SOR=1.179;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=129;TCF=82;TCR=47;TR=129;WE=183370064;WS=183370046;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,163:1.00:163
chr4	183370244	rs35591339	AGCG	A	4852.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=59;PP=2988;SC=AAGGTGGGTGAGCGGCGGCGG;SOR=1.483;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=75;TCF=4;TCR=71;TR=62;WE=183370257;WS=183370234;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr4	183522021	rs141344153	C	CAT	61.74	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.319;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=15.44;ReadPosRankSum=0.319;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,3:0.75:4
chr4	183601595	rs111914645	G	GT	3199.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=14;NR=51;PP=2524;SC=AAGAAAGGGGGGGGGAGACTG;SOR=1.725;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=65;TCF=14;TCR=51;TR=65;WE=183601603;WS=183601585;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr4	183650026	rs5864796	GA	G	321.90	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.492;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.38;ReadPosRankSum=-0.107;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,22:0.85:26
chr4	183652175	rs10866256	T	C	5694.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=68;NR=80;PP=2952;SC=AAGAGAATGATATTCCCAGCT;SOR=0.781;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=148;TCF=68;TCR=80;TR=148;WE=183652183;WS=183652165;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,211:1.00:211
chr4	183659722	rs74988363	G	C	4696.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=37;NR=71;PP=2331;SC=ATAGATAACTGATGTTGTAAT;SOR=1.179;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=109;TCF=37;TCR=72;TR=108;WE=183659730;WS=183659712;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,173:1.00:173
chr4	183664593	rs7676674	G	A	5267.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.926;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=90;PP=2908;ReadPosRankSum=0.097;SC=CCTAAATTTGGGCTTTTAACC;SOR=1.417;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=135;TCF=44;TCR=91;TR=132;WE=183664601;WS=183664583;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,189:0.99:191
chr4	183665437	rs6835335	C	G	1708.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=20;PP=809;SC=CAGTATCACACATCATCGAAG;SOR=0.790;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=18;TCR=20;TR=38;WE=183665445;WS=183665427;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr4	183673247	rs2309770	T	A	743.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=18;PP=499;SC=AAAAAGGGGTTGAAAATCCAT;SOR=2.093;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=3;TCR=18;TR=21;WE=183673255;WS=183673237;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr4	183674697	rs17263582	C	T	13186.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.630;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=518;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=177;NR=131;PP=2965;ReadPosRankSum=0.924;SC=CTCTTCTGGGCTCTAACGATT;SOR=0.890;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=310;TCF=178;TCR=132;TR=308;WE=183674705;WS=183674687;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,508:1.00:510
chr4	183836490	rs11730323	C	T	2959.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=64;NR=23;PP=1740;SC=AAACGCAGCACAAAAGGCAGA;SOR=1.769;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=87;TCF=64;TCR=23;TR=87;WE=183836498;WS=183836480;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr4	183838025	rs13114262	A	G	3797.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.557;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=49;PP=1557;ReadPosRankSum=0.308;SC=AGAAACAGAGAGAACTGGAGC;SOR=0.850;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=87;TCF=38;TCR=49;TR=87;WE=183838033;WS=183838015;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,149:0.99:151
chr4	183838103	rs4371655	C	T	1510.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=30;PP=855;SC=CGCTCGCAACCCCGTCAGCTC;SOR=1.609;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=11;TCR=30;TR=41;WE=183838111;WS=183838093;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr4	183838633	.	G	GGGGA	52.92	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.46;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr4	184019757	rs147927096	TG	T	113	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=28.25;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr4	184020554	rs373223683	CG	C	917.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=14;NR=4;PP=689;SC=GCCCGCGTCGCGGGTTGGCAG;SOR=2.387;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=21;TCF=17;TCR=4;TR=18;WE=184020562;WS=184020544;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr4	184170025	rs907357	G	A	2401.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=25;NR=41;PP=1199;SC=TAAGTTATCTGTGCTGAAGAG;SOR=1.130;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=66;TCF=25;TCR=41;TR=66;WE=184170033;WS=184170015;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr4	184190355	rs11407064	A	AC	8975.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.032;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=241;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.212;NF=11;NR=113;PP=2957;ReadPosRankSum=-0.080;SC=AATAGCACTTAGATTGGGTGG;SOR=1.392;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=130;TCF=11;TCR=119;TR=124;WE=184190363;WS=184190345;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,228:0.99:230
chr4	184190535	rs6858486	G	A	4743.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=80;NR=45;PP=2413;SC=GTGATTTTCTGTAAAAGTTGC;SOR=1.185;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=125;TCF=80;TCR=45;TR=125;WE=184190543;WS=184190525;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,176:1.00:176
chr4	184202148	rs11132174	G	T	4408.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=45;NR=78;PP=2379;SC=ATTCCAGAATGATGGAATGCA;SOR=1.220;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=123;TCF=45;TCR=78;TR=123;WE=184202156;WS=184202138;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,166:1.00:166
chr4	184203706	rs2871353	A	T	1304.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=33;NR=11;PP=971;SC=GGATTTTTTTAAATGAGACAT;SOR=2.461;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=44;TCF=33;TCR=11;TR=44;WE=184203714;WS=184203696;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr4	184242959	rs6839940	C	G	3545.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.856;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=48;PP=1610;ReadPosRankSum=-1.117;SC=GGTAGGGACACTGAGTTTGCA;SOR=0.377;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=97;TCF=47;TCR=50;TR=94;WE=184242967;WS=184242949;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,139:0.98:142
chr4	184243528	rs7688467	G	A	3553.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=33;NR=40;PP=1548;SC=CATCCCAGGAGAGATAGTAAA;SOR=0.816;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=73;TCF=33;TCR=40;TR=73;WE=184243536;WS=184243518;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,136:1.00:136
chr4	184366629	rs11282266	T	TGCACA	1478.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=22;NR=4;PP=1719;SC=GCCTGTTTTTTGCACAAGTAG;SOR=3.477;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=32;TCF=26;TCR=6;TR=26;WE=184366637;WS=184366619;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
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chr4	184426387	rs8872	C	T	4363.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=53;NR=47;PP=1918;SC=ACTCGTCGGCCGCGCTCCTGA;SOR=0.756;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=100;TCF=53;TCR=47;TR=100;WE=184426395;WS=184426377;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,163:1.00:163
chr4	184426526	rs6552675	A	G	2133.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=15;NR=35;PP=1096;SC=TCAAGGTAGGAGCCGCGGGGC;SOR=1.379;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=50;TCF=15;TCR=35;TR=50;WE=184426534;WS=184426516;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr4	184570723	rs58975219	TA	T	1381.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.652;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=11;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.263;NF=12;NR=22;PP=598;ReadPosRankSum=1.457;SC=TATCGATGTCTAAAAAAAAAA;SOR=0.854;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=12;TCR=22;TR=34;WE=184570732;WS=184570713;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,74:0.97:76
chr4	184570891	rs6552694	T	C	722.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=5;NR=20;PP=582;SC=TTATTGGTTTTACTCTTTTAA;SOR=2.925;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=5;TCR=20;TR=25;WE=184570899;WS=184570881;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr4	184577177	rs6838230	T	C	1974.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=29;NR=22;PP=838;SC=TAGAGGGTCTTTACTTTCTCA;SOR=0.859;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=53;TCF=29;TCR=24;TR=51;WE=184577185;WS=184577167;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr4	184579883	rs9790356	A	T	164.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=4;NR=3;PP=101;SC=ATGAAAAATGAGGGGGGAAGA;SOR=0.941;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=7;TCF=4;TCR=3;TR=7;WE=184579891;WS=184579873;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr4	184579914	rs9790628	G	C	139.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=2;PP=85;SC=CGGACTCCTGGCCATTCACGC;SOR=1.329;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=6;TCF=4;TCR=2;TR=6;WE=184579922;WS=184579904;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr4	184605697	rs111369348	T	C	680.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-1.806;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=3;PP=593;ReadPosRankSum=-0.646;SC=TTAAGAAATCTCACGTTTAGC;SOR=2.753;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=27;TCF=24;TCR=3;TR=26;WE=184605705;WS=184605687;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,24:0.96:25
chr4	184619017	rs12651215	C	G	2116.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=10;NR=32;PP=947;SC=CACTTAAAGACCAGGAGAATT;SOR=1.439;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=42;TCF=10;TCR=32;TR=42;WE=184619025;WS=184619007;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr4	184629794	rs9312318	G	A	1681.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=12;NR=38;PP=1099;SC=TCTTTTTCATGTAAACTTCAC;SOR=2.041;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=50;TCF=12;TCR=38;TR=50;WE=184629802;WS=184629784;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr4	184932609	rs4862282	G	A	3503.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=39;NR=61;PP=2082;SC=ACACACATGCGCCTAGCGGGG;SOR=1.215;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=100;TCF=39;TCR=61;TR=100;WE=184932617;WS=184932599;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr4	185038274	rs4642291	G	A	1206.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=10;NR=26;PP=774;SC=AATGATAGGAGAAAGGCTATC;SOR=1.775;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=36;TCF=10;TCR=26;TR=36;WE=185038282;WS=185038264;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr4	185074686	rs13147555	A	C	1366.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=0.411;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=8;PP=904;ReadPosRankSum=-0.585;SC=TGAGATTTGGAATGGATGTTC;SOR=1.382;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=42;TCF=33;TCR=9;TR=40;WE=185074694;WS=185074676;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,47:0.98:48
chr4	185310218	rs1131553	C	T	3275.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=33;NR=55;PP=1813;SC=AGTGTGGCCGCCCCTTTCAAG;SOR=1.123;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=89;TCF=34;TCR=55;TR=88;WE=185310226;WS=185310208;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr4	185311978	rs77089435	A	G	4891.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=43;NR=82;PP=2710;SC=CAGTGTTTATAAAAAGGAGAC;SOR=1.237;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=125;TCF=43;TCR=82;TR=125;WE=185311986;WS=185311968;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,180:1.00:180
chr4	185339517	rs2288246	C	T	776.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.864;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=6;PP=600;ReadPosRankSum=-0.305;SC=TTCACTGCCTCTGGTGAATCG;SOR=1.002;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=25;TCF=19;TCR=6;TR=24;WE=185339525;WS=185339507;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,27:0.96:28
chr4	185340725	.	G	GA	409.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.061;ClippingRankSum=0.000;DP=87;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.81;MQRankSum=0.000;QD=6.72;ReadPosRankSum=0.656;SOR=0.616;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,33:0.54:61
chr4	185550764	rs4647693	T	C	531.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=2;NR=15;PP=432;SC=ACATAAGTCTTATTAGTCATA;SOR=3.383;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=17;TCF=2;TCR=15;TR=17;WE=185550772;WS=185550754;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr4	185550779	rs10660141	T	TA	98.84	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-1.593;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5438;FS=0.000;HP=14;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=5;PP=79;ReadPosRankSum=2.200;SC=GTCATACAAATAAAAAAAAAA;SOR=0.368;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=6;WE=185550787;WS=185550769;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,7:0.78:9
chr4	185559487	rs2705901	G	C	6205.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=245;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=65;NR=61;PP=2379;SC=TTGCCCCACTGCTCGAGGTTT;SOR=0.736;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=127;TCF=65;TCR=62;TR=126;WE=185559495;WS=185559477;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,239:1.00:239
chr4	185583092	rs60624489	C	CTATT	4932.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQ=60.37;NF=5;NR=33;PP=2127;SC=TTATTTCTATCCATCTCTTCA;SOR=1.061;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=41;TCF=5;TCR=36;TR=38;WE=185583100;WS=185583082;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr4	185587165	rs2463447	A	G	3497.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=44;NR=44;PP=1539;SC=AAATTCAGCCAGCATTTAATA;SOR=0.693;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=88;TCF=44;TCR=44;TR=88;WE=185587173;WS=185587155;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,138:1.00:138
chr4	185612953	rs2696035	A	G	627.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=14;PP=354;SC=TCCAAATAGCATTGAAACCCA;SOR=1.802;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=4;TCR=14;TR=18;WE=185612961;WS=185612943;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr4	185615567	rs139656616	G	GTATC	1581.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=23;NR=1;PP=1383;SC=ATTCACTTTAGTATCTGTCAC;SOR=5.670;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=31;TCF=28;TCR=3;TR=24;WE=185615575;WS=185615563;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr4	185616438	rs13478	C	T	1158.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=14;NR=9;PP=432;SC=GTAGACTGCTCTTCTCATCCC;SOR=0.929;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=23;TCF=14;TCR=9;TR=23;WE=185616446;WS=185616428;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr4	185634171	rs34353251	CA	C	68.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.412;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.37;ReadPosRankSum=-0.990;SOR=0.555;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,11:0.38:29
chr4	185637418	rs2077205	C	T	242.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.28;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr4	185652201	rs7675046	G	A	1217.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=6;NR=16;PP=466;SC=GACCCTTTCCGCGCATTTTTA;SOR=1.371;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=22;TCF=6;TCR=16;TR=22;WE=185652209;WS=185652191;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr4	185652224	rs11362720	AC	A	189.27	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.486;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.83;ReadPosRankSum=-1.037;SOR=1.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,14:0.88:16
chr4	185655171	rs902174	C	T	4448.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=51;NR=48;PP=1929;SC=AGTACTTACCCCTCAGACCTG;SOR=0.729;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=99;TCF=51;TCR=48;TR=99;WE=185655179;WS=185655161;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,167:1.00:167
chr4	185655190	rs876840	C	G	3878.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=46;NR=44;PP=1797;SC=TGTGAGGCCGCGGCCGCCGCC;SOR=0.707;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=92;TCF=47;TCR=45;TR=90;WE=185655198;WS=185655180;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,143:1.00:143
chr4	185681475	rs6825554	G	C	3938.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=82;NR=25;PP=2378;SC=ATGGCAATGTGTATGCAGCAA;SOR=1.998;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=109;TCF=83;TCR=26;TR=107;WE=185681483;WS=185681465;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,139:1.00:139
chr4	185683840	rs939040	A	G	930.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=23;PP=615;SC=GGTCTGCGAGAGATCTCCAGT;SOR=2.765;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=27;TCF=4;TCR=23;TR=27;WE=185683848;WS=185683830;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr4	185686032	rs2292898	C	T	4286.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=58;NR=47;PP=2141;SC=CAGGCATGGTCAGGCAGCACC;SOR=0.868;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=105;TCF=58;TCR=47;TR=105;WE=185686040;WS=185686022;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,159:1.00:159
chr4	185686856	rs3792314	C	G	1497.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=31;NR=8;PP=935;SC=TAATTAGCTTCATTTAGCCAT;SOR=2.494;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=39;TCF=31;TCR=8;TR=39;WE=185686864;WS=185686846;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr4	185686948	.	AAC	A	453.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.085;ClippingRankSum=0.000;DP=301;ExcessHet=3.0103;FS=0.646;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.58;ReadPosRankSum=3.753;SOR=0.616;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:249,38:0.13:287
chr4	185687233	rs3749233	C	T	1091.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=27;PP=774;SC=ACCCCGTTCCCTAACCCATAG;SOR=3.026;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=32;TCF=5;TCR=27;TR=32;WE=185687241;WS=185687223;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr4	185687687	rs12374289	A	C	506.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=1;PP=371;SC=CCTTACCTTCATCTCTCCCTC;SOR=3.383;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=18;TCF=16;TCR=2;TR=17;WE=185687695;WS=185687677;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr4	185687863	rs11727009	A	G	1520.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=20;NR=21;PP=820;SC=TCTTGGAGGCAAAGTCCAAGA;SOR=0.728;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=41;TCF=20;TCR=21;TR=41;WE=185687871;WS=185687853;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr4	185694877	.	TA	T	130.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.219;ClippingRankSum=0.000;DP=173;ExcessHet=3.0103;FS=6.302;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.82;ReadPosRankSum=1.141;SOR=0.523;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:126,34:0.21:160
chr4	185705006	rs2102862	G	A	3137.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.891;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=28;PP=1590;ReadPosRankSum=-0.943;SC=GAAACCTTCCGGCTCCAAGAA;SOR=1.198;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=84;TCF=55;TCR=29;TR=82;WE=185705014;WS=185704996;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,119:0.98:121
chr4	185735054	rs7676928	G	A	1727.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=17;NR=33;PP=953;SC=GAAACTGCACGCAGAGAAGGT;SOR=1.402;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=51;TCF=17;TCR=34;TR=50;WE=185735062;WS=185735044;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr4	185736113	rs2280297	G	C	9610.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.689;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=372;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=111;NR=91;PP=2965;ReadPosRankSum=-2.048;SC=ACTCTCCTTAGTTCCTGACAA;SOR=0.808;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=206;TCF=114;TCR=92;TR=202;WE=185736121;WS=185736103;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,366:0.99:368
chr4	185772384	rs1032299	A	G	2165.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=53;PP=1602;SC=GAGACTAGTCACCAAGAGTCC;SOR=2.505;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=67;TCF=14;TCR=53;TR=67;WE=185772392;WS=185772374;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr4	185859505	rs6821859	T	G	4541.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.796;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=44;PP=2139;ReadPosRankSum=-0.964;SC=TTCAGCTTTATGCATTCATCT;SOR=1.013;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=111;TCF=66;TCR=45;TR=109;WE=185859513;WS=185859495;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,170:0.99:172
chr4	186084196	rs5864930	G	GA	1114.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=20;PP=903;SC=TCTCGACTAGGATGCACTTCA;SOR=2.376;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=0;TCR=20;TR=20;WE=186084204;WS=186084186;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr4	186085427	rs34135937	C	CT	485.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.976;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.39;MQRankSum=0.400;QD=18.68;ReadPosRankSum=-0.136;SOR=1.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,25:0.96:26
chr4	186091487	rs6820332	G	A	1215.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=15;NR=11;PP=499;SC=GTGACAGAGCGAGATAGTCTA;SOR=0.919;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=15;TCR=11;TR=26;WE=186091495;WS=186091477;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr4	186097045	rs6855305	C	T	10962.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=424;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=139;NR=112;PP=2965;SC=TTTTGCTTCCCGGCTTTTCCG;SOR=0.834;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=252;TCF=139;TCR=113;TR=251;WE=186097053;WS=186097035;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,407:1.00:407
chr4	186097219	rs370181930	C	CA	1320.86	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.355;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FS=9.345;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.10;MQRankSum=0.473;QD=15.72;ReadPosRankSum=0.333;SOR=1.478;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:12,72:0.86:84
chr4	186097263	.	C	CTTTT	359.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.190;ClippingRankSum=0.000;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=29.98;ReadPosRankSum=1.163;SOR=0.818;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,11:0.92:12
chr4	186097284	rs8180220	T	G	483.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.98;SOR=3.442;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr4	186168387	rs3108252	T	G	309.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=11;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=8;NR=3;PP=217;SC=CTTTGATTTTTTTTTTTTATG;SOR=1.802;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=8;TCR=3;TR=11;WE=186168395;WS=186168378;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr4	186170358	rs3108229	G	A	825.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=8;NR=19;PP=496;SC=TTTTAACTTTGTAATAAATTA;SOR=1.609;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=8;TCR=19;TR=27;WE=186170366;WS=186170348;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr4	186188373	rs57930723	TA	T	186.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.315;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FS=3.350;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.83;ReadPosRankSum=0.445;SOR=1.501;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:40,26:0.39:66
chr4	186272773	rs3822302	T	C	3767.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=32;NR=47;PP=1478;SC=GGTGAGCCGTTGAAAGAGTGA;SOR=0.956;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=79;TCF=32;TCR=47;TR=79;WE=186272781;WS=186272763;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,143:1.00:143
chr4	186274541	rs11724024	G	A	543.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=13;NR=2;PP=332;SC=GCTAAAATACGAGCAGATAGT;SOR=2.948;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=13;TCR=2;TR=15;WE=186274549;WS=186274531;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr4	186288457	rs201722354	CT	C	652.25	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.648;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FS=3.737;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.65;MQRankSum=0.994;QD=11.86;ReadPosRankSum=1.464;SOR=0.201;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,45:0.82:55
chr4	186294198	rs3797026	C	T	3672.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=39;NR=67;PP=2156;SC=ACTCCAGATTCCCATTGCCAC;SOR=1.239;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=106;TCF=39;TCR=67;TR=106;WE=186294206;WS=186294188;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,134:1.00:134
chr4	186299260	rs2030802	A	G	3755.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=59;NR=35;PP=1852;SC=TCCACTGGAAAAATTTTTGGT;SOR=1.131;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=94;TCF=59;TCR=35;TR=94;WE=186299268;WS=186299250;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,140:1.00:140
chr4	186299519	rs1288549	A	C	1445.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=6;NR=29;PP=819;SC=AACATTCTTTACTAGGACACC;SOR=2.124;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=36;TCF=6;TCR=30;TR=35;WE=186299527;WS=186299509;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr4	186319948	.	CA	C	34.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.918;ClippingRankSum=0.000;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=4.887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.74;ReadPosRankSum=0.079;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,8:0.40:20
chr4	186320666	rs11287696	TA	T	579.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=17;NR=2;PP=366;SC=TTGTAAGATATAAAAAAAAAG;SOR=2.833;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=24;TCF=21;TCR=3;TR=19;WE=186320674;WS=186320656;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr4	186321067	rs1053218	C	T	1070.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=18;NR=9;PP=670;SC=ACTGGTTATACTTACCAGAGT;SOR=1.270;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=27;TCF=18;TCR=9;TR=27;WE=186321075;WS=186321057;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr4	186321447	rs3733646	C	G	331.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=5;PP=233;SC=TAATTTAAATCGTCAAACTAG;SOR=0.859;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=9;TCF=4;TCR=5;TR=9;WE=186321455;WS=186321441;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr4	186323209	rs3733645	A	G	848.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=23;NR=5;PP=702;SC=CACTGTTTCTACAAGGCAGGG;SOR=2.468;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=28;TCF=23;TCR=5;TR=28;WE=186323217;WS=186323199;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr4	186323593	rs6552880	C	T	415.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=10;PP=302;SC=CAAAAGACTTCAGTAAACTGA;SOR=2.303;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=2;TCR=10;TR=12;WE=186323601;WS=186323583;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr4	186324797	rs192837568	C	T	5603.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=50;NR=85;PP=2469;SC=ATAGGAAATACGAATGAAGGC;SOR=1.071;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=136;TCF=50;TCR=86;TR=135;WE=186324805;WS=186324787;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,215:1.00:215
chr4	186324841	rs13126680	T	A	2657.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=49;PP=1452;SC=TCAATTTAAATAGACAGATTA;SOR=1.609;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=65;TCF=16;TCR=49;TR=65;WE=186324849;WS=186324831;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr4	186336583	rs10032989	G	A	314.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=7;PP=187;SC=TATATCCTTAGTATAGTAAAA;SOR=1.445;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=3;TCR=7;TR=10;WE=186336591;WS=186336573;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr4	186339584	rs10003160	A	G	1723.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=26;NR=13;PP=826;SC=GAAGACAGATAGTTTGCTTAC;SOR=1.292;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=39;TCF=26;TCR=13;TR=39;WE=186339592;WS=186339574;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr4	186347055	rs2289720	G	A	6498.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=246;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=71;NR=99;PP=2965;SC=GGGCGCTGACGCCTGCCCAAA;SOR=0.948;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=171;TCF=71;TCR=100;TR=170;WE=186347063;WS=186347045;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,244:1.00:244
chr4	186347073	rs11132303	G	C	5484.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=35;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=60;NR=96;PP=2676;SC=AAAAGTTCCGGGGGCCGGCCC;SOR=1.089;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=156;TCF=60;TCR=96;TR=156;WE=186347081;WS=186347063;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,212:1.00:212
chr4	186347092	rs10866275	T	C	4325.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.914;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=39;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=85;PP=2199;ReadPosRankSum=-0.145;SC=CCTGAAGTGGTGTCACCGCAC;SOR=0.535;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=129;TCF=43;TCR=86;TR=127;WE=186347100;WS=186347082;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,167:0.99:168
chr4	186357523	rs7697970	C	G	835.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=8;NR=17;PP=535;SC=GGTAAAAAATCTGTTTTGAAT;SOR=1.329;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=8;TCR=17;TR=25;WE=186357531;WS=186357513;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr4	186361876	rs4476640	A	G	1101.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=22;PP=776;SC=GTAAAAAGGTAAGTTTACAAT;SOR=1.445;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=31;TCF=9;TCR=22;TR=30;WE=186361884;WS=186361866;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr4	186361924	.	G	GGCCGGGCGTGGTGGCTCACGCCTGTAATCCCAGCACTTTGGGAGGCCGAGGCGGGCGGA	543.70	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.343;ClippingRankSum=0.000;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=36.25;ReadPosRankSum=0.702;SOR=4.047;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,14:0.93:15
chr4	186366315	rs2120414	T	C	2843.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.579;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=73;PP=2212;ReadPosRankSum=-0.620;SC=GCTTACAAACTAAGAAAAAAT;SOR=1.588;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=91;TCF=17;TCR=74;TR=90;WE=186366323;WS=186366305;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,92:0.99:93
chr4	186370676	.	TA	T	124.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.371;ClippingRankSum=0.000;DP=83;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.60;ReadPosRankSum=0.810;SOR=0.725;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:58,20:0.26:78
chr4	186379371	rs7687202	G	A	3267.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=33;NR=55;PP=1835;SC=TTCTTGAAATGTAAGTTGTTT;SOR=1.104;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=88;TCF=33;TCR=55;TR=88;WE=186379379;WS=186379361;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr4	186423637	rs4635850	G	A	2906.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=40;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=23;NR=43;PP=1408;SC=CCACAGCACCGCTGTTGGGGA;SOR=1.189;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=66;TCF=23;TCR=43;TR=66;WE=186423645;WS=186423627;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr4	186423655	rs12644280	G	A	2655.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.334;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=50;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.204;NF=20;NR=43;PP=1419;ReadPosRankSum=1.500;SC=GGAAGAAAACGAGCTCAAGTT;SOR=0.555;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=64;TCF=20;TCR=44;TR=63;WE=186423663;WS=186423645;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,96:0.99:97
chr4	186423677	rs10866276	G	A	2081.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=42;PP=1204;SC=AAAAACCACAGAGCAAAAATA;SOR=1.833;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=55;TCF=13;TCR=42;TR=55;WE=186423685;WS=186423667;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr4	186423734	rs34016200	TCA	T	1176.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=58;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=17;PP=877;SC=GTTCTCTATTTCACAGTCAGG;SOR=2.147;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=18;TCF=1;TCR=17;TR=18;WE=186423743;WS=186423724;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr4	186427841	rs2306705	T	C	2541.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=20;NR=69;PP=1644;SC=CATCGTCAGGTGCTGGGAGGC;SOR=2.454;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=89;TCF=20;TCR=69;TR=89;WE=186427849;WS=186427831;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr4	186444698	rs4862543	A	C	706.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.17;SOR=4.174;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr4	186444704	rs4861669	C	T	726.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.89;QD=40.38;SOR=3.500;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr4	186456617	rs4862545	A	G	4083.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=25;NR=76;PP=2445;SC=ACCGGGCTCTAAGTGTCCCCG;SOR=1.731;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=101;TCF=25;TCR=76;TR=101;WE=186456625;WS=186456607;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,140:1.00:140
chr4	186528433	rs13144963	T	C	3648.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.666;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=61;PP=1563;ReadPosRankSum=-0.981;SC=GCCAGTTCCCTGGAGAGCTCC;SOR=1.058;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=103;TCF=40;TCR=63;TR=100;WE=186528441;WS=186528423;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,145:0.99:147
chr4	186568566	.	CTT	C	128.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.230;ClippingRankSum=0.000;DP=150;ExcessHet=3.0103;FS=4.670;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.57;ReadPosRankSum=0.919;SOR=1.522;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:63,19:0.23:82
chr4	186570855	rs7663827	C	A	3039.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=23;NR=41;PP=1301;SC=AGAAGCAAATCACCTCTTAAA;SOR=1.159;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=64;TCF=23;TCR=41;TR=64;WE=186570863;WS=186570845;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr4	186572791	rs4862557	C	T	2766.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=61;NR=21;PP=1686;SC=TTGTTATGCACGCTCTGAGAA;SOR=1.887;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=82;TCF=61;TCR=21;TR=82;WE=186572799;WS=186572781;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
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chr4	186606175	rs55654028	C	T	2064.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.90;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr4	186611551	rs6823677	G	A	608.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=15;NR=3;PP=399;SC=GGCTATAAGAGTGGGGCACAA;SOR=2.303;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=15;TCR=3;TR=18;WE=186611559;WS=186611541;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr4	186611663	rs6823546	C	T	2162.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.86;SOR=0.763;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr4	186997643	rs1568358	C	G	833.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=23;NR=0;PP=668;SC=TGGCATAAAACTATGAGTAAT;SOR=5.058;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=23;TCF=23;TCR=0;TR=23;WE=186997651;WS=186997633;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr4	187004217	rs3775290	C	T	8574.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.077;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=313;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=110;NR=93;PP=2965;ReadPosRankSum=1.575;SC=AAAATATTTTCGAAATCTATC;SOR=0.809;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=205;TCF=111;TCR=94;TR=203;WE=187004225;WS=187004207;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,307:0.99:309
chr4	187005376	rs6830345	T	C	611.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=4;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=2;NR=13;PP=408;SC=TTCAATTAAATTTCTTTTTTT;SOR=2.712;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=16;TCF=2;TCR=14;TR=15;WE=187005387;WS=187005366;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr4	187005379	rs141759307	C	CT	602.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=37.67;SOR=2.584;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr4	187072887	rs2276916	A	G	1230.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=31;NR=3;PP=963;SC=CATTTCTCAGAAAGGTAACAG;SOR=3.500;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=34;TCF=31;TCR=3;TR=34;WE=187072895;WS=187072877;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr4	187072932	rs2276914	A	G	2259.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=53;NR=19;PP=1453;SC=CAAAGCCACCATCTTTTTACC;SOR=1.694;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=73;TCF=53;TCR=20;TR=72;WE=187072940;WS=187072922;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr4	187073000	rs2276913	A	G	6437.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=251;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=86;NR=66;PP=2721;SC=GCGTTGATCCAGAAGCCCGCA;SOR=0.820;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=152;TCF=86;TCR=66;TR=152;WE=187073008;WS=187072990;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,249:1.00:249
chr4	187073030	rs2276912	T	C	7343.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=2.397;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=288;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=85;NR=85;PP=2802;ReadPosRankSum=-0.719;SC=CTTGCAGTGTTGTAACCAAGT;SOR=0.235;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=172;TCF=86;TCR=86;TR=170;WE=187073038;WS=187073020;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,282:1.00:283
chr4	187074833	rs4862650	A	G	2070.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=23;NR=29;PP=998;SC=GCCCACTGACAAAGGCGTCCA;SOR=0.914;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=52;TCF=23;TCR=29;TR=52;WE=187074841;WS=187074823;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr4	187075474	rs6552958	G	A	343.18	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.245;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=0;PP=239;ReadPosRankSum=1.857;SC=TTTTAAGGACGTGAGTTTTGT;SOR=2.448;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=12;TCR=0;TR=11;WE=187075482;WS=187075471;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,13:0.93:14
chr4	187077027	rs55822915	C	T	711.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=23;NR=1;PP=588;SC=TAAAAAAGAACGATGCTGTTT;SOR=4.977;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=24;TCF=23;TCR=1;TR=24;WE=187077035;WS=187077017;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr4	187077206	rs4862653	A	G	4901.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=51;NR=52;PP=2224;SC=GAAATGGCGCAAACTCGGACT;SOR=0.737;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=103;TCF=51;TCR=52;TR=103;WE=187077214;WS=187077196;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,184:1.00:184
chr4	187077393	rs7670550	T	C	1252.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=22;PP=758;SC=GTCCCTGTTCTTCGGCCCTGG;SOR=1.455;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=33;TCF=11;TCR=22;TR=33;WE=187077401;WS=187077383;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr4	187077437	rs13114283	G	A	643.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=10;NR=13;PP=420;SC=GACCTAGAACGTGACCAGTGA;SOR=1.051;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=23;TCF=10;TCR=13;TR=23;WE=187077445;WS=187077427;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr4	187078785	rs2276924	A	G	5080.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=51;NR=52;PP=1878;SC=CTCGTTCCACACGCTCACGCC;SOR=0.703;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=103;TCF=51;TCR=52;TR=103;WE=187078793;WS=187078775;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,201:1.00:201
chr4	187078866	rs2276922	C	T	2249.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.854;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=42;PP=1118;ReadPosRankSum=0.081;SC=CGTCTGAACCCGCCCCAGGTC;SOR=0.475;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=63;TCF=20;TCR=43;TR=62;WE=187078874;WS=187078856;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,85:0.99:86
chr4	187078938	rs2276920	G	A	943.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=16;PP=739;SC=TCAGTTTGTCGTTCTGTTAAA;SOR=0.826;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=28;TCF=12;TCR=16;TR=28;WE=187078946;WS=187078928;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr4	187079047	rs2276919	A	G	3700.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=76;NR=31;PP=1982;SC=TCACAGTGTCACAATGCCTGG;SOR=1.577;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=107;TCF=76;TCR=31;TR=107;WE=187079055;WS=187079037;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,143:1.00:143
chr4	187083964	rs56973296	CTTT	C,CTT	1156.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.994;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FS=15.053;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.37;MQRankSum=1.104;QD=12.57;ReadPosRankSum=3.275;SOR=0.060;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:14,33,45:0.36,0.49:92
chr4	187093018	rs4241814	G	T	3164.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=71;NR=29;PP=2004;SC=TTCTGAGTGGGTGCCTTTGTA;SOR=1.736;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=100;TCF=71;TCR=29;TR=100;WE=187093026;WS=187093008;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr4	187115632	rs10013653	C	A	4467.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.576;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=67;NR=49;PP=2142;ReadPosRankSum=0.576;SC=GATTGAATTTCAAATTTGATG;SOR=0.904;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=116;TCF=67;TCR=49;TR=116;WE=187115640;WS=187115622;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,175:0.99:177
chr4	187115841	rs7682918	C	T	2219.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.614;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=39;PP=1053;ReadPosRankSum=-1.451;SC=ATCAATATAACGTGTCCTTAT;SOR=1.000;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=54;TCF=13;TCR=41;TR=52;WE=187115849;WS=187115831;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,84:0.97:87
chr4	187118040	rs112367913	TTC	T	297.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=63.17;QD=29.77;SOR=3.258;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr4	187118662	rs4862662	G	T	9697.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=373;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=108;NR=109;PP=2965;SC=GAATTGAATGGTTGCTTCTCA;SOR=0.709;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=218;TCF=108;TCR=110;TR=217;WE=187118670;WS=187118652;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,373:1.00:373
chr4	187120211	rs13146272	C	A	4554.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=43;NR=64;PP=2138;SC=AAAGAGCCTTCAGATCCTACA;SOR=0.922;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=108;TCF=43;TCR=65;TR=107;WE=187120219;WS=187120201;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,172:1.00:172
chr4	187122304	rs3817184	C	T	2929.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.900;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=21;PP=1465;ReadPosRankSum=0.498;SC=TCATTCAAATCATACAGGTCA;SOR=0.937;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=75;TCF=53;TCR=22;TR=72;WE=187122312;WS=187122294;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,107:0.97:110
chr4	187122319	rs3736455	T	G	3731.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.110;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=70;NR=27;PP=1823;ReadPosRankSum=-0.353;SC=AGGTCATCGCTGAACGGGCCA;SOR=0.970;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=100;TCF=72;TCR=28;TR=97;WE=187122327;WS=187122309;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,144:0.98:147
chr4	187130198	rs2276918	A	G	9515.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.084;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=344;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=147;NR=93;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.524;SC=GAAACTTTCTAATGTCTACCT;SOR=1.095;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=243;TCF=147;TCR=96;TR=240;WE=187130206;WS=187130188;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,333:0.99:335
chr4	187149200	rs35795912	C	CA	171.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=7;NR=0;PP=140;SC=ACAAATGTACCAAAAAAAAAC;SOR=3.056;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=10;TCR=0;TR=7;WE=187149208;WS=187149197;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr4	187149233	rs4253241	T	C	439.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=1;PP=273;SC=TACCAGTAATTGTGTGCTTTG;SOR=2.712;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=13;TCF=12;TCR=1;TR=13;WE=187149241;WS=187149223;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr4	187159282	rs4253256	G	C	1695.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-1.795;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=12;PP=1181;ReadPosRankSum=-0.545;SC=TAATAATGCAGACCCCTAACC;SOR=1.150;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=55;TCF=43;TCR=12;TR=54;WE=187159290;WS=187159272;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,61:0.98:62
chr4	187171355	rs4253299	A	G	6480.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=252;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=119;NR=38;PP=2965;SC=ATTTAGCCTCATGTCATTTCC;SOR=1.658;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=157;TCF=119;TCR=38;TR=157;WE=187171363;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,246:1.00:246
chr4	187173012	rs4253301	T	G	6424.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=239;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=83;NR=96;PP=2965;SC=TGGGGACAACTCTGGTGAGTA;SOR=0.819;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=179;TCF=83;TCR=96;TR=179;WE=187173020;WS=187173002;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,234:1.00:234
chr4	187178599	rs4253326	C	T	909.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=3;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=10;NR=17;PP=439;SC=TAGCATAATTCAATCATAGTT;SOR=1.061;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=27;TCF=10;TCR=17;TR=27;WE=187178621;WS=187178589;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr4	187178613	rs4253327	A	T	499.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=3;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=17;PP=446;SC=CATAGTTTTTAAAAAAATTCA;SOR=1.931;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=6;TCR=17;TR=23;WE=187178621;WS=187178589;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr4	187208747	rs186001900	T	A	73.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.831;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=5.051;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.60;MQRankSum=-0.539;QD=4.61;ReadPosRankSum=-2.262;SOR=0.042;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,5:0.31:16
chr4	187510319	rs34174591	T	C	4768.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=52;NR=64;PP=2331;SC=TGGGGAACTCTTGTATGTCCG;SOR=0.887;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=116;TCF=52;TCR=64;TR=116;WE=187510327;WS=187510309;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,178:1.00:178
chr4	187516880	rs1298865	A	G	2924.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=0.823;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=31;PP=1704;ReadPosRankSum=0.176;SC=AGGAGCTCAGAGACTGCACTT;SOR=1.386;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=90;TCF=58;TCR=32;TR=89;WE=187516888;WS=187516870;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,110:0.98:112
chr4	187518980	rs1280096	T	C	9708.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=380;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=93;NR=159;PP=2965;SC=ATAAACCTCATGATCCTATTG;SOR=1.130;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=252;TCF=93;TCR=159;TR=252;WE=187518988;WS=187518970;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,370:1.00:370
chr4	187519206	rs1280097	C	G	7548.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=296;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=91;NR=89;PP=2965;SC=AGAGGCATGGCTTGGAGGAAC;SOR=0.735;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=180;TCF=91;TCR=89;TR=180;WE=187519214;WS=187519196;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,290:1.00:290
chr4	187525020	rs2637777	A	C	5446.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=72;NR=70;PP=2385;SC=TCTCCAGAAGAGGTGATGAAA;SOR=0.722;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=143;TCF=72;TCR=71;TR=142;WE=187525028;WS=187525010;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,207:1.00:207
chr4	187527314	rs74424517	T	C	3375.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-2.071;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=41;PP=1602;ReadPosRankSum=0.881;SC=TCGTGTTGACTCTGGGTGGAC;SOR=0.236;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=90;TCF=49;TCR=41;TR=88;WE=187527322;WS=187527304;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,128:0.99:129
chr4	187527472	rs2584344	A	G	1465.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=25;PP=743;SC=CCAGTGAGCTACCACTATCTG;SOR=1.329;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=37;TCF=12;TCR=25;TR=37;WE=187527480;WS=187527462;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr4	187530313	rs4862722	C	T	3129.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=42;NR=26;PP=1273;SC=TTGTAAACAACGTAAATCAAC;SOR=1.059;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=69;TCF=43;TCR=26;TR=68;WE=187530321;WS=187530303;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr4	187532981	rs74707004	CT	C	51.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.571;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.92;ReadPosRankSum=0.234;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,9:0.33:27
chr4	187534253	rs75337800	C	T	2377.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=43;NR=19;PP=1272;SC=AGAGCATTCCCGGGAGATACC;SOR=1.395;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=62;TCF=43;TCR=19;TR=62;WE=187534261;WS=187534243;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr4	187534363	rs2249916	G	A	11413.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=262;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=97;NR=64;PP=2965;SC=ATTCGGGGGCGTTATCGTTCA;SOR=1.010;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=161;TCF=97;TCR=64;TR=161;WE=187534383;WS=187534353;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,258:1.00:258
chr4	187534375	rs2249917	A	G	11940.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=289;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=108;NR=70;PP=2965;SC=TATCGTTCACATCTTCTAGCG;SOR=1.022;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=179;TCF=109;TCR=70;TR=178;WE=187534383;WS=187534353;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,285:1.00:285
chr4	187534542	rs2249926	T	C	6544.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=243;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=60;NR=98;PP=2965;SC=AAGACGTGACTTGCAGTTGTA;SOR=1.050;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=159;TCF=60;TCR=99;TR=158;WE=187534550;WS=187534532;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,239:1.00:239
chr4	187538133	rs1280100	A	G	4688.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.453;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=77;NR=35;PP=2132;ReadPosRankSum=-0.145;SC=TTCATAACACACAAATGTAAG;SOR=0.782;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=115;TCF=79;TCR=36;TR=112;WE=187538141;WS=187538123;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,185:0.98:188
chr4	187538330	rs1280099	G	A	3094.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-0.458;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=73;PP=2242;ReadPosRankSum=-0.490;SC=TAGTTTCAACGGCAAACTGTC;SOR=0.859;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=106;TCF=32;TCR=74;TR=104;WE=187538338;WS=187538320;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,108:0.99:109
chr4	187538942	rs1280098	T	G	5314.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=74;NR=44;PP=2529;SC=CACCCCACCTTGGGGGTCATC;SOR=1.071;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=122;TCF=76;TCR=46;TR=118;WE=187538950;WS=187538932;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,196:1.00:196
chr4	187539588	rs3733406	T	C	10427.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=395;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=114;NR=126;PP=2965;SC=TCTGTTCCAATAGGCACGTCC;SOR=0.740;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=241;TCF=114;TCR=127;TR=240;WE=187539596;WS=187539578;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,387:1.00:387
chr4	187557893	rs328418	T	C	12790.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=496;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=139;NR=173;PP=2965;SC=GGCTATGACGTGATAGAGCGG;SOR=0.872;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=312;TCF=139;TCR=173;TR=312;WE=187557901;WS=187557883;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,484:1.00:484
chr4	187561080	rs10001377	A	G	478.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=5;PP=177;SC=TGGATTACTTAAGGTCAGGAG;SOR=0.914;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=9;TCF=4;TCR=5;TR=9;WE=187561088;WS=187561070;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr4	187584771	rs172903	C	G	4420.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=31;NR=71;PP=2301;SC=ATGACACCTACAGAGAAAAAA;SOR=1.296;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=103;TCF=31;TCR=72;TR=102;WE=187584779;WS=187584761;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,161:1.00:161
chr4	187627659	.	TAA	T,TA	1886.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.838;ClippingRankSum=0.000;DP=181;ExcessHet=3.0103;FS=3.007;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.48;MQRankSum=1.285;QD=10.78;ReadPosRankSum=0.091;SOR=1.070;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:32,48,95:0.27,0.54:175
chr4	187627792	rs11939575	T	C	10435.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=418;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=144;NR=137;PP=2965;SC=CCATCTCTTCTGGCGTCCTCA;SOR=0.703;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=281;TCF=144;TCR=137;TR=281;WE=187627800;WS=187627782;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,408:1.00:408
chr4	187628398	rs1877731	C	G	5465.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=76;NR=64;PP=2965;SC=GTGTCTGTAACAATTGAGTAC;SOR=0.846;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=140;TCF=76;TCR=64;TR=140;WE=187628406;WS=187628388;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,194:1.00:194
chr4	187629140	rs367863	G	C	8768.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.853;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=337;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=112;NR=112;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.946;SC=TTAAACTAAAGAAATCCAGTT;SOR=0.724;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=224;TCF=112;TCR=112;TR=224;WE=187629148;WS=187629130;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,325:0.99:327
chr4	187629497	rs458021	G	A	6617.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=250;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=97;NR=77;PP=2965;SC=TCACGTACCCGTTCTCACCCT;SOR=0.899;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=174;TCF=97;TCR=77;TR=174;WE=187629505;WS=187629487;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,243:1.00:243
chr4	187629770	rs3733414	A	C	6743.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=252;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=90;NR=77;PP=2965;SC=TTCCAGGTGTACTTTTAAAAA;SOR=0.796;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=167;TCF=90;TCR=77;TR=167;WE=187629778;WS=187629760;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,244:1.00:244
chr4	187629896	rs11722204	G	A	8099.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.245;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=305;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.067;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=96;NR=98;PP=2965;ReadPosRankSum=2.823;SC=TGACTGGCCCGGCTTTGAACT;SOR=0.396;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=195;TCF=97;TCR=98;TR=194;WE=187629904;WS=187629886;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,297:0.99:300
chr4	189060610	rs11934889	G	C	721.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=15;NR=4;PP=450;SC=AACAACATAGGAACAGGTCAC;SOR=1.893;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=15;TCR=4;TR=19;WE=189060618;WS=189060600;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr4	189061106	rs13131525	G	A	3223.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.704;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=42;PP=1486;ReadPosRankSum=1.111;SC=CAGCGAGGCTGAGGAGCATCA;SOR=0.885;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=72;TCF=30;TCR=42;TR=72;WE=189061114;WS=189061096;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,123:0.98:125
chr4	189061223	rs13131409	C	T	710.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=19;PP=464;SC=TCACGAGGGCCCATCTGAGCA;SOR=2.670;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=3;TCR=19;TR=22;WE=189061231;WS=189061213;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr4	189063361	rs142330916	CGTGTGTGT	C,CGT	1275.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;QD=38.66;SOR=1.681;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:0,11,22:0.33,0.67:33
chr4	189064952	rs28463290	C	G	7239.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-2.049;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=276;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.020;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=86;NR=79;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.599;SC=GTGTTATGATCAAAGCGCACC;SOR=0.118;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=167;TCF=88;TCR=79;TR=165;WE=189064960;WS=189064942;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,272:0.99:274
chr4	189065104	rs9784566	T	G	2667.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=28;NR=51;PP=1897;SC=TCTGCGCTGTTGCTGGGGGAG;SOR=1.455;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=79;TCF=28;TCR=51;TR=79;WE=189065112;WS=189065094;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr4	189065441	rs11940227	G	T	660.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=18;PP=516;SC=GCCACAGACCGTCTCTGAGCG;SOR=2.737;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=22;TCF=4;TCR=18;TR=22;WE=189065449;WS=189065431;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr4	190328957	rs67780838	C	T	696.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=1.297;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=5;PP=361;ReadPosRankSum=-0.236;SC=AAGATTCTAACTTGTGTATTT;SOR=1.302;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=19;TCF=13;TCR=6;TR=17;WE=190328965;WS=190328947;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,27:0.93:29
chr4	190329166	rs10622647	G	GCA	1193.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.041;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.07;MQRankSum=0.938;QD=25.95;ReadPosRankSum=0.800;SOR=0.576;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,40:0.87:46
chr4	190394938	rs138612273	CAAGAAG	C	2264.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.015;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FS=2.614;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=26.33;ReadPosRankSum=0.605;SOR=1.666;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,84:0.98:86
chr4	190876192	rs200322789	A	C	421.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.563;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=480;ExcessHet=3.0103;FS=14.731;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.71;MQRankSum=-16.673;QD=0.89;ReadPosRankSum=-4.134;SOR=2.649;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:435,41:0.09:476
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chr4	190876204	rs3207892	G	A	343.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.304;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=566;ExcessHet=3.0103;FS=13.972;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.06;MQRankSum=-17.159;QD=0.62;ReadPosRankSum=-1.868;SOR=2.110;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:501,50:0.09:551
chr4	190876242	rs1061653	G	A	3617.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.397;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=585;ExcessHet=3.0103;FS=36.690;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.51;MQRankSum=-14.424;QD=6.32;ReadPosRankSum=-4.703;SOR=2.481;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:410,162:0.28:572
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chr4	190876293	rs201142987	C	A	807.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.280;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=407;ExcessHet=3.0103;FS=1.977;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.31;MQRankSum=-1.554;QD=1.98;ReadPosRankSum=0.918;SOR=0.917;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:360,47:0.12:407
chr4	190876319	rs77450681	A	T	2390.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.515;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=308;ExcessHet=3.0103;FS=0.969;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.22;MQRankSum=-11.389;QD=7.76;ReadPosRankSum=2.659;SOR=0.627;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:180,128:0.42:308
chr4	190876349	rs199599460	C	T	1328.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-7.185;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.321;HP=3;HapScore=1;MGOF=67;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-4.871;NF=2;NR=62;PP=1214;ReadPosRankSum=-3.098;SC=GTCAGTTTAACAGAAAGTCTG;SOR=0.932;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=166;TCF=9;TCR=157;TR=64;WE=190876357;WS=190876339;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,58:0.41:142
chr4	190878463	rs62345288	T	G	301.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FS=22.377;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.37;MQRankSum=-10.643;QD=2.32;ReadPosRankSum=3.108;SOR=4.165;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:114,16:0.12:130
chr4	190878485	rs62345289	G	A	125.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.254;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FS=28.248;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.10;MQRankSum=-12.881;QD=0.67;ReadPosRankSum=3.803;SOR=4.624;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:173,16:0.08:189
chr4	190878538	rs34697501	A	AT	530.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.65;BaseQRankSum=6.815;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=390;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=61.971;HP=5;HapScore=1;MGOF=30;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-11.244;NF=104;NR=10;PP=2211;ReadPosRankSum=-8.874;SC=CTATTTTGTTATTTGTTTCAC;SOR=4.450;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=288;TCF=185;TCR=103;TR=114;WE=190878571;WS=190878528;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:340,46:0.12:386
chr4	190878563	rs137858630	C	A	1829.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.359;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=699;ExcessHet=3.0103;FS=4.187;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.35;MQRankSum=-6.256;QD=2.62;ReadPosRankSum=-5.018;SOR=1.047;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:550,148:0.21:698
chr4	190878569	.	T	C	800.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.400;ClippingRankSum=0.000;DP=753;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.51;MQRankSum=-7.192;QD=1.06;ReadPosRankSum=-2.436;SOR=0.825;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:684,68:0.09:752
chr4	190878571	.	G	A	794.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.620;ClippingRankSum=0.000;DP=774;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.68;MQRankSum=-6.881;QD=1.03;ReadPosRankSum=-2.474;SOR=0.747;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:700,73:0.09:773
chr4	190878596	.	G	A	2081.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.191;ClippingRankSum=0.000;DP=1021;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.18;MQRankSum=-6.030;QD=2.04;ReadPosRankSum=0.434;SOR=0.719;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:906,113:0.11:1019
chr4	190878597	rs62345290	C	T	5650.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.66;BaseQRankSum=-2.824;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1031;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.709;HP=2;HapScore=1;MGOF=37;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-3.210;NF=122;NR=143;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.661;SC=TTATTAGATGCAATGAAGCAG;SOR=0.745;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=795;TCF=404;TCR=391;TR=265;WE=190878605;WS=190878587;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:714,314:0.31:1028
chr4	190878599	.	A	G	2063.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.366;ClippingRankSum=0.000;DP=1045;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.23;MQRankSum=-5.686;QD=1.98;ReadPosRankSum=0.714;SOR=0.736;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:926,117:0.11:1043
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chr4	190878654	rs78653319	C	G	6338.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.64;BaseQRankSum=-5.935;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1199;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.855;HP=2;HapScore=1;MGOF=47;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-6.737;NF=123;NR=157;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.755;SC=AAGAAATGATCAAGGTAATGA;SOR=0.564;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=856;TCF=358;TCR=498;TR=280;WE=190878669;WS=190878644;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:795,401:0.34:1196
chr4	190878661	rs62345291	A	T	4278.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.604;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1187;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.71;MQRankSum=-2.348;QD=3.61;ReadPosRankSum=1.368;SOR=0.706;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:874,312:0.26:1186
chr4	190878729	rs201450141	A	G	3567.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.996;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=263;ExcessHet=3.0103;FS=38.462;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.87;MQRankSum=-14.682;QD=14.05;ReadPosRankSum=-4.990;SOR=2.432;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:149,105:0.41:254
chr4	190878731	rs201154783	GG	CA	3567.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=9.230;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=234;ExcessHet=3.0103;FS=57.203;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.41;MQRankSum=-14.477;QD=15.86;ReadPosRankSum=-3.501;SOR=3.587;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:142,83:0.37:225
chr4	190878750	rs113800771	A	G	740.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.180;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FS=46.138;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.55;MQRankSum=-10.593;QD=4.69;ReadPosRankSum=1.497;SOR=5.592;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:122,36:0.23:158
chr4	190947451	rs140385360	C	T	7183.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.68;BaseQRankSum=-0.058;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=295;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=-2.052;NF=143;NR=55;PP=2965;ReadPosRankSum=1.125;SC=GCTCAAGCCTCGTATAAAAGT;SOR=0.821;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=200;TCF=144;TCR=56;TR=198;WE=190947459;WS=190947441;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:5,276:0.98:281
chr5	163205	rs3810870	G	C	3662.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.861;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=387;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=53;PP=1811;ReadPosRankSum=0.600;SC=GGGAACCTGCGCAACCACTGT;SOR=0.678;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=225;TCF=116;TCR=109;TR=110;WE=163213;WS=163195;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:203,179:0.47:382
chr5	163260	rs29674	A	C	14283.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=325;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.36;SOR=0.811;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,322:1.00:322
chr5	163266	rs3810867	C	G	14486.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=328;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.57;SOR=0.858;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,325:1.00:325
chr5	163769	rs29675	G	A	1095.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.491;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.371;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=24;PP=585;ReadPosRankSum=0.242;SC=AAGTAAATCCGCAGACATCCC;SOR=1.138;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=58;TCF=17;TCR=41;TR=32;WE=163777;WS=163759;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,48:0.65:74
chr5	205360	rs10059907	G	C	1242.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.144;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.294;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=15;PP=757;ReadPosRankSum=1.256;SC=CCCAGAAGGCGCATGACTGCC;SOR=1.004;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=99;TCF=65;TCR=34;TR=49;WE=205368;WS=205350;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,59:0.46:128
chr5	205565	rs10060089	G	A	5773.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-0.522;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=576;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=84;NR=91;PP=2664;ReadPosRankSum=1.030;SC=GAAATATGTCGGTGAGACCGG;SOR=0.707;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=326;TCF=160;TCR=166;TR=175;WE=205573;WS=205555;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:282,286:0.50:568
chr5	218356	rs2303741	T	C	62.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-0.108;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=1;PP=48;ReadPosRankSum=-0.366;SC=CCCGCTCGACTCCGGCGTGGT;SOR=1.022;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=5;TCF=4;TCR=1;TR=4;WE=218364;WS=218346;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,4:0.57:7
chr5	218381	.	T	TC	27	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.6;FR=0.5000;HP=6;HapScore=2;MGOF=15;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=1;NR=1;PP=27;QD=26.5;SC=AGGCGCGGTATCCCCCCTCCC;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=5;TCF=3;TCR=2;TR=2;WE=218389;WS=218371;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:3,2:0.40:5
chr5	220433	rs56035544	T	TG	1246.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.079;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=25;PP=898;ReadPosRankSum=1.059;SC=CAATAGTTACTGGTTAACTGC;SOR=0.813;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=46;TCF=0;TCR=46;TR=25;WE=220441;WS=220423;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,43:0.54:79
chr5	223807	rs3213839	C	T	282.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-3.095;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.193;NF=0;NR=12;PP=219;ReadPosRankSum=-0.737;SC=GTATCCAATGCATGCTGAAAT;SOR=1.387;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=27;TCF=1;TCR=26;TR=12;WE=223815;WS=223797;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,12:0.44:27
chr5	224418	rs7732389	T	G	375.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.449;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.721;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-3.063;NF=9;NR=1;PP=186;ReadPosRankSum=-2.582;SC=TGTCACAAGATTCTTCATGTT;SOR=1.165;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=21;TCF=17;TCR=4;TR=10;WE=224426;WS=224408;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,16:0.64:25
chr5	224633	rs1139424	A	G	544.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=1.575;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.914;NF=9;NR=15;PP=405;ReadPosRankSum=0.672;SC=CTGTTGCAGCACAGGTAAGAG;SOR=0.836;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=46;TCF=18;TCR=28;TR=24;WE=224641;WS=224623;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,24:0.52:46
chr5	224692	rs7705721	G	T	267.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-2.429;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.836;NF=3;NR=8;PP=141;ReadPosRankSum=0.000;SC=GCGCAGCCTCGCACTTTCTAC;SOR=0.582;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=22;TCF=6;TCR=16;TR=11;WE=224700;WS=224682;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,13:0.54:24
chr5	225774	rs61492827	A	G	374.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.792;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.984;HP=3;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=10;PP=182;ReadPosRankSum=-0.481;SC=TGTGGCAGCCAAAAGAATGGT;SOR=1.270;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=30;TCF=10;TCR=20;TR=13;WE=225782;WS=225764;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,19:0.54:35
chr5	225796	rs56342538	T	C	198.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.237;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=8;PP=127;ReadPosRankSum=-2.319;SC=ATGAGCAAAGTTCACAAGAAG;SOR=0.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=2;TCR=17;TR=8;WE=225804;WS=225786;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,10:0.53:19
chr5	226160	rs6555055	A	C	1333.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.332;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.156;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQ=59.99;MQRankSum=-1.206;NF=20;NR=22;PP=426;ReadPosRankSum=1.832;SC=CTTATATGGAAGGGTAAGGCC;SOR=0.600;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=106;TCF=49;TCR=57;TR=42;WE=226168;WS=226150;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:111,75:0.40:186
chr5	226222	rs6555056	T	C	759.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.100;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.685;HP=5;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQ=59.98;MQRankSum=-1.158;NF=8;NR=16;PP=287;ReadPosRankSum=-1.378;SC=ATGGTGACAGTGGGGAATGGG;SOR=0.520;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=69;TCF=23;TCR=46;TR=24;WE=226230;WS=226212;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,41:0.42:98
chr5	226264	rs6555057	C	T	289.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.870;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=10;PP=159;ReadPosRankSum=-1.135;SC=CCAGAGATTACGTAAAAAGCA;SOR=0.818;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=37;TCF=12;TCR=25;TR=14;WE=226272;WS=226254;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,16:0.41:39
chr5	228362	rs2115272	T	C	1728.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=2.407;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.041;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-1.191;NF=41;NR=23;PP=825;ReadPosRankSum=0.158;SC=TGATGGAGAATGGGGAGTGCC;SOR=1.001;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=148;TCF=88;TCR=60;TR=64;WE=228370;WS=228352;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:124,86:0.41:210
chr5	230822	rs10069197	G	C	1760.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.237;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FS=0.984;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.30;MQRankSum=1.176;QD=24.12;ReadPosRankSum=1.153;SOR=0.539;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,44:0.60:73
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chr5	235608	rs10058428	A	G	1333.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=1.849;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.777;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=33;PP=746;ReadPosRankSum=-2.464;SC=AATTTCTATTACCGGAGGATG;SOR=0.593;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=96;TCF=22;TCR=74;TR=43;WE=235616;WS=235598;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,58:0.50:117
chr5	236753	rs10057677	C	T	2331.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.471;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=253;ExcessHet=3.0103;FS=3.743;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.86;MQRankSum=-5.098;QD=9.44;ReadPosRankSum=-1.871;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:134,113:0.46:247
chr5	236760	rs10057678	C	A	3596.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.230;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FS=4.271;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.25;MQRankSum=-6.156;QD=17.29;ReadPosRankSum=-1.711;SOR=0.449;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:114,94:0.45:208
chr5	251419	rs10041187	C	T	316.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.677;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=5.630;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=44.32;MQRankSum=-2.646;QD=9.05;ReadPosRankSum=1.003;SOR=2.679;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,13:0.37:35
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chr5	251541	rs77210621	A	G	2471.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.230;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=259;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.168;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-2.292;NF=64;NR=30;PP=1487;ReadPosRankSum=-0.048;SC=GAGCAGAGGCACGGAAGGAGT;SOR=0.992;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=179;TCF=116;TCR=63;TR=94;WE=251549;WS=251531;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:133,120:0.47:253
chr5	251703	rs111797600	TG	T	5746.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=1.916;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=684;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.524;HP=6;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-16.048;NF=28;NR=90;PP=2954;ReadPosRankSum=2.016;SC=ATCCAAAAAATGCCTTTTTCC;SOR=0.770;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=252;TCF=59;TCR=193;TR=118;WE=251715;WS=251693;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:362,305:0.46:667
chr5	251707	.	T	C	5761.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=2.246;ClippingRankSum=0.000;DP=666;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.520;HP=4;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-15.895;NF=79;NR=91;PP=2962;ReadPosRankSum=1.510;SC=AAAAAATGCCTTTTTCCCCCC;SOR=0.757;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=373;TCF=183;TCR=190;TR=170;WE=251715;WS=251693;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:354,305:0.46:659
chr5	251784	rs10041277	C	T	2476.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=3.026;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=248;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.486;HP=2;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-11.372;NF=37;NR=67;PP=1587;ReadPosRankSum=1.157;SC=TGCTTTGGGTCGGCATCCACT;SOR=0.650;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=208;TCF=70;TCR=138;TR=104;WE=251792;WS=251774;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:131,116:0.47:247
chr5	256472	rs6961	G	A	5950.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.568;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=535;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.522;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-4.201;NF=88;NR=80;PP=2525;ReadPosRankSum=-0.997;SC=ATAGACCCGTGATCGACAAAA;SOR=0.697;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=303;TCF=152;TCR=151;TR=168;WE=256492;WS=256462;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:245,288:0.54:533
chr5	256509	rs6962	G	A	4191.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.699;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=410;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQ=59.53;MQRankSum=-4.259;NF=60;NR=75;PP=1947;ReadPosRankSum=1.488;SC=CTGTGCCACCGTCCCGCCAGC;SOR=0.667;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=256;TCF=111;TCR=145;TR=135;WE=256517;WS=256499;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:199,207:0.51:406
chr5	271857	rs147793210	CCCGGCCCTGGGG	C	2567.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.025;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.570;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.220;NF=2;NR=54;PP=2963;ReadPosRankSum=-0.119;SC=CTCTTACCGCCCCGGCCCTGG;SOR=0.527;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=123;TCF=8;TCR=115;TR=56;WE=271876;WS=271847;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,92:0.58:159
chr5	314518	rs1574220	T	C	1666.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.358;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.59;ReadPosRankSum=1.864;SOR=0.666;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:108,86:0.44:194
chr5	344218	rs6887387	C	T	910.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.338;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=16;PP=437;ReadPosRankSum=0.315;SC=GGCTGAGCTCCGGCGCGGGCG;SOR=0.602;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=49;TCF=19;TCR=30;TR=26;WE=344226;WS=344208;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,43:0.54:79
chr5	354051	rs2013782	T	C	2351.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-2.464;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.253;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=44;PP=745;ReadPosRankSum=-2.034;SC=TGCTCCCACCTGTTCACTTGA;SOR=0.846;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=155;TCF=57;TCR=98;TR=64;WE=354059;WS=354040;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:113,118:0.51:231
chr5	376618	.	G	GTGAGAACCGTGGGGTGAACGCGGGGAAACACAGGAAAGATGTGAATGAA	4853.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=142.76;SOR=1.244;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr5	413428	rs3215229	AT	A	961.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.412;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.14;MQRankSum=1.492;QD=6.41;ReadPosRankSum=-0.524;SOR=0.688;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:81,69:0.46:150
chr5	413594	rs2261659	G	C	2818.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.887;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=318;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.413;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=50;PP=1559;ReadPosRankSum=0.092;SC=GTGCTATGTTGTCTTCCCTTT;SOR=0.659;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=213;TCF=101;TCR=112;TR=95;WE=413602;WS=413584;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:172,138:0.45:310
chr5	413621	rs2261623	G	A	2104.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.809;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.017;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=45;PP=1231;ReadPosRankSum=1.540;SC=GTTTGTTGTCGTCAAGGTTTG;SOR=0.607;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=178;TCF=74;TCR=104;TR=79;WE=413629;WS=413611;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:132,103:0.44:235
chr5	421647	rs10068732	A	T	202.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.138;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.630;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=5;PP=53;ReadPosRankSum=0.099;SC=GATTGGGCGCATTTTGGCCTA;SOR=0.307;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=23;TCF=5;TCR=18;TR=7;WE=421655;WS=421637;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,12:0.35:34
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chr5	422955	rs2292596	C	G	2207.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.818;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=224;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.069;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=52;PP=1408;ReadPosRankSum=0.895;SC=GTTTGGGCAGCCCCCGCCCTT;SOR=0.781;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=159;TCF=56;TCR=103;TR=79;WE=422963;WS=422945;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:117,102:0.47:219
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chr5	453567	rs2672722	G	A	8277.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=324;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=106;NR=82;PP=2965;SC=TGGACCTGGAGTGCTCCCGGG;SOR=0.855;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=189;TCF=106;TCR=83;TR=188;WE=453575;WS=453557;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,318:1.00:318
chr5	456915	rs2721010	A	G	7385.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=1.237;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=307;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=111;NR=58;PP=2965;ReadPosRankSum=0.988;SC=GTGGACATTCATGTGTCAAGT;SOR=1.167;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=169;TCF=111;TCR=58;TR=169;WE=456923;WS=456905;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,289:0.99:293
chr5	457176	rs59568259	T	A	1055.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=1.876;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=30;PP=716;ReadPosRankSum=-1.486;SC=TATGAGTAACTAGGGCTTGGC;SOR=0.693;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=57;TCF=12;TCR=45;TR=37;WE=457184;WS=457166;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,42:0.68:62
chr5	457955	rs2251843	A	G	3705.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-2.018;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=67;NR=45;PP=1949;ReadPosRankSum=-0.733;SC=GGTAATTGGCATGACCCTCAG;SOR=0.407;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=113;TCF=68;TCR=45;TR=112;WE=457963;WS=457945;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,143:0.99:144
chr5	459681	rs59635824	G	T	400.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-1.330;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.448;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=13;PP=280;ReadPosRankSum=-0.173;SC=AAATTAAGCCGGTAGATTCCC;SOR=0.432;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=36;TCF=8;TCR=28;TR=17;WE=459689;WS=459671;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,19:0.49:39
chr5	462465	rs890972	C	A	4946.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=41;NR=72;PP=2280;SC=GGGCCGAAGCCCAGTGCTTCC;SOR=1.100;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=113;TCF=41;TCR=72;TR=113;WE=462473;WS=462455;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,184:1.00:184
chr5	462556	rs2081942	G	A	619.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-0.140;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.632;HP=1;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=16;PP=375;ReadPosRankSum=-0.960;SC=TTGCATTCCGGTCAGATCGCT;SOR=0.346;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=31;TCF=3;TCR=28;TR=18;WE=462564;WS=462546;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,26:0.63:41
chr5	465510	rs1035908	T	C	215.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=6;PP=142;SC=GGGGGGAGCCTGGGTCCAGGT;SOR=2.093;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=1;TCR=6;TR=7;WE=465518;WS=465500;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr5	466075	rs10474780	G	C	1652.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=45;PP=1058;SC=CCTGCAGCACGGCAAGGGTTC;SOR=2.760;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=53;TCF=8;TCR=45;TR=53;WE=466083;WS=466065;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr5	466811	rs2434697	T	C	7378.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=269;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=136;NR=65;PP=2965;SC=GGCTGCTAAGTGGGCATGGGC;SOR=1.429;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=201;TCF=136;TCR=65;TR=201;WE=466819;WS=466801;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,265:1.00:265
chr5	472951	rs890974	T	C	1435.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.597;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.362;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=19;PP=581;ReadPosRankSum=-0.275;SC=CGGGGCTCGGTTGGGGGGGCC;SOR=0.574;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=74;TCF=29;TCR=45;TR=33;WE=472959;WS=472941;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,65:0.48:135
chr5	473368	rs34674918	G	A	136.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.620;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=1.957;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=8.05;ReadPosRankSum=1.016;SOR=1.080;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,8:0.47:17
chr5	473580	rs10474783	C	T	121.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.192;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=7.61;ReadPosRankSum=-0.480;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,8:0.50:16
chr5	474945	.	AG	A	218	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;FR=0.5000;HP=5;HapScore=2;MGOF=25;MMLQ=24;MQ=60.72;NF=6;NR=1;PP=218;QD=35.4285714286;SC=GGAGACCTGGAGGGAGAGGAG;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=15;TCF=11;TCR=4;TR=7;WE=474953;WS=474935;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:8,7:0.47:15
chr5	474974	rs2721018	C	T	447.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.195;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.44;ReadPosRankSum=2.397;SOR=1.038;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,20:0.65:31
chr5	475104	rs2247114	A	G	3951.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=56;NR=44;PP=1932;SC=ATCAGGCGGCAGAAGGTGCCG;SOR=0.878;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=100;TCF=56;TCR=44;TR=100;WE=475112;WS=475094;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,151:1.00:151
chr5	475337	rs200907923	TGGAAAGTTAGGGTCACCG	T	924.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.084;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=4.466;NF=0;NR=16;PP=2927;ReadPosRankSum=0.536;SC=CTGGGTGCCTTGGAAAGTTAG;SOR=0.639;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=37;TCF=3;TCR=34;TR=16;WE=475362;WS=475327;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,29:0.45:65
chr5	475346	rs2247107	A	T	683.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=1.012;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=93;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-4.166;NF=7;NR=16;PP=1570;ReadPosRankSum=-0.467;SC=TTGGAAAGTTAGGGTCACCGG;SOR=0.793;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=50;TCF=16;TCR=34;TR=23;WE=475362;WS=475327;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,31:0.52:60
chr5	475895	rs45521339	C	T	467.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.792;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.176;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=14;PP=327;ReadPosRankSum=0.188;SC=CAGTCGGGACCCACAGAGAGG;SOR=0.941;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=41;TCF=13;TCR=28;TR=19;WE=475903;WS=475885;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,22:0.48:46
chr5	476530	rs2244240	C	G	5367.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=46;NR=100;PP=2965;SC=GCTGTGCCCACCGCCGGACAT;SOR=1.473;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=146;TCF=46;TCR=100;TR=146;WE=476538;WS=476520;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,185:1.00:185
chr5	476848	rs890976	C	T	1079.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.405;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=20;PP=410;ReadPosRankSum=0.483;SC=CTTGCGCGCCCCTCGCCTTCC;SOR=0.656;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=83;TCF=34;TCR=49;TR=33;WE=476856;WS=476838;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,56:0.47:118
chr5	476910	rs890977	T	C	1264.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=32;PP=762;SC=CGCCTTCCCATGGTGGGCACC;SOR=2.078;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=44;TCF=12;TCR=32;TR=44;WE=476918;WS=476900;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
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chr5	477639	rs890981	G	A	547.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-2.436;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=19;PP=407;ReadPosRankSum=1.577;SC=GGGGGGAAGCGCCCAGAGCTC;SOR=1.536;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=31;TCF=2;TCR=29;TR=20;WE=477647;WS=477629;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,21:0.66:32
chr5	478571	rs33925304	TG	T	639.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=11;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=2;PP=315;SC=TGCCGTGGGGTGGGGGGGCGC;SOR=1.931;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=13;TCF=11;TCR=2;TR=12;WE=478579;WS=478563;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr5	478655	rs3734141	G	A	755.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-1.557;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=9;PP=409;ReadPosRankSum=-1.152;SC=CCAGGTGTGGGGACCCCCGCT;SOR=0.673;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=51;TCF=35;TCR=16;TR=28;WE=478663;WS=478645;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,36:0.54:67
chr5	478755	rs10053300	G	C	1739.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.953;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.590;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=23;PP=987;ReadPosRankSum=-1.316;SC=ATGGTGGCTGGTGTGGTTGGG;SOR=0.761;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=116;TCF=69;TCR=47;TR=58;WE=478763;WS=478745;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,80:0.51:157
chr5	479050	rs3836908	CCA	C	4619.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-2.804;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=263;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.523;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.820;NF=11;NR=52;PP=2599;ReadPosRankSum=2.071;SC=TGGCATGGCCCCAGTCACGGG;SOR=0.583;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=130;TCF=23;TCR=107;TR=63;WE=479059;WS=479040;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:133,122:0.48:255
chr5	479879	rs376525752	G	GC	1754.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=31;NR=6;PP=1483;SC=TCTCCTCACTGCCCCATGGCA;SOR=3.139;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=46;TCF=38;TCR=8;TR=37;WE=479887;WS=479870;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr5	479905	rs890986	A	C	2558.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=56;NR=19;PP=1520;SC=AGCCAGTGCCAGAGCCTGCTG;SOR=2.007;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=75;TCF=56;TCR=19;TR=75;WE=479913;WS=479895;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr5	481610	rs6872510	T	C	5337.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=75;NR=47;PP=2611;SC=TGGCTTCTGGTTCTTCCGAGT;SOR=1.060;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=122;TCF=75;TCR=47;TR=122;WE=481618;WS=481600;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,195:1.00:195
chr5	482151	rs56916156	GC	G	344.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.62;BaseQRankSum=0.194;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=10;HapScore=2;MGOF=36;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=15;PP=204;ReadPosRankSum=-0.022;SC=AACACGCAGTGCCCCCCCCCC;SOR=1.071;SbPval=0.99;Source=Platypus;TC=44;TCF=15;TCR=29;TR=17;WE=482170;WS=482141;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,17:0.59:29
chr5	482186	rs9885312	C	G	3690.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.63;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=33;NR=43;PP=2585;SC=CACTTACGCGCCCGTGCAGCT;SOR=0.968;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=76;TCF=33;TCR=43;TR=76;WE=482194;WS=482176;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr5	482653	rs3777230	T	C	4328.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=79;NR=32;PP=2284;SC=CTGGCTGGGCTGGGCCTCACC;SOR=1.460;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=111;TCF=79;TCR=32;TR=111;WE=482661;WS=482643;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,153:1.00:153
chr5	484502	rs28619154	C	T	378.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=5.348;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.707;NF=16;NR=0;PP=372;ReadPosRankSum=-0.673;SC=TGGCTCGCCCCGCCGGACCCA;SOR=0.368;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=43;TCF=43;TCR=0;TR=16;WE=484510;WS=484500;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,15:0.39:38
chr5	488310	rs2303737	C	T	1940.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=6.358;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=2;PP=1355;ReadPosRankSum=1.886;SC=GGGACGCCCCCGGGAGGGGAG;SOR=0.565;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=120;TCF=116;TCR=4;TR=60;WE=488318;WS=488302;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,73:0.51:142
chr5	491826	rs11746373	G	C	5012.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=101;NR=43;PP=2965;SC=ATGAGGCAGCGCCGCCCCTCC;SOR=1.455;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=144;TCF=101;TCR=43;TR=144;WE=491834;WS=491816;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,178:1.00:178
chr5	619022	rs1617985	C	T	470.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=13;NR=1;PP=348;SC=GTTTCTACTCCATATCCAACA;SOR=4.047;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=14;TCF=13;TCR=1;TR=14;WE=619030;WS=619012;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr5	619333	rs1709531	T	C	6633.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=253;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=60;NR=106;PP=2965;SC=TCTGCTTACATCTGTATACGG;SOR=1.212;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=166;TCF=60;TCR=106;TR=166;WE=619341;WS=619323;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,244:1.00:244
chr5	711982	.	T	C	2962	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.66;FR=0.5000;HP=1;HapScore=1;MGOF=32;MMLQ=26;MQ=56.47;NF=93;NR=273;PP=2962;QD=20;SC=CATTTCCCAGTACTATGCTCC;SbPval=0.92;Source=Platypus;TC=818;TCF=281;TCR=537;TR=366;WE=711990;WS=711972;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:452,366:0.45:818
chr5	733726	rs438508	T	G	1857.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=7.714;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.847;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-6.316;NF=58;NR=7;PP=1309;ReadPosRankSum=0.395;SC=CCACCCACCATCATTCCCATG;SOR=1.187;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=175;TCF=148;TCR=27;TR=65;WE=733734;WS=733716;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:116,74:0.39:190
chr5	733767	rs55778145	T	C	3456.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-3.433;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=466;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.204;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-6.311;NF=95;NR=47;PP=2100;ReadPosRankSum=0.302;SC=AGAGTGCTTCTATTCTGAATA;SOR=0.592;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=353;TCF=245;TCR=108;TR=142;WE=733775;WS=733757;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:283,176:0.38:459
chr5	741736	rs61128505	G	T	1256.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=45.85;QD=26.18;SOR=0.963;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr5	745275	rs436541	A	T	1852.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.914;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=46.62;MQRankSum=-1.587;QD=26.10;ReadPosRankSum=0.872;SOR=0.829;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,70:0.99:71
chr5	745306	rs172870	A	C	1268.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=8.687;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=67.343;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-7.158;NF=59;NR=4;PP=1202;ReadPosRankSum=-4.158;SC=ACCTGGAGAAATCCTTTGTCC;SOR=3.982;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=167;TCF=118;TCR=49;TR=63;WE=745314;WS=745296;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:123,60:0.33:183
chr5	756307	rs367198	T	C	267.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=17;PP=421;SC=CAGCCTGGCATGAGGCGTCCC;SOR=0.859;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=21;TCF=4;TCR=17;TR=21;WE=756315;WS=756297;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr5	766910	rs1809933	C	T	11979.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.951;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=452;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=-0.127;NF=153;PP=2965;ReadPosRankSum=0.872;SC=AGTCACCACCCGGAAGTAGTG;SOR=0.288;Source=Platypus;TCF=154;WE=766918;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,447:1.00:448
chr5	767033	rs1809932	A	C	8416.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=311;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=71;NR=107;PP=2965;SC=GCGGGTGTCCATCTGCAGGAC;SOR=0.966;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=179;TCF=72;TCR=107;TR=178;WE=767041;WS=767023;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,303:1.00:303
chr5	796047	rs33929417	CTG	C	32654.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.791;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=824;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.45;MQRankSum=-0.389;QD=44.19;ReadPosRankSum=1.215;SOR=0.413;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:3,736:1.00:739
chr5	796053	.	GCT	G	2966	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.62;FR=0.5000;HP=1;HapScore=1;MGOF=25;MMLQ=28;MQ=58.37;NF=94;NR=267;PP=2966;QD=20;SC=AGTACTGTGTGCTCCCATTTC;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=375;TCF=100;TCR=275;TR=361;WE=796072;WS=796019;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:14,361:0.96:375
chr5	796064	.	T	C	2962	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.62;FR=0.5000;HP=2;HapScore=1;MGOF=25;MMLQ=26;MQ=58.5;NF=145;NR=118;PP=2962;QD=20;SC=CTCCCATTTCTCAGTACTGTA;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=581;TCF=299;TCR=282;TR=263;WE=796072;WS=796019;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:318,263:0.45:581
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chr5	796297	rs365674	C	T	21539.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-4.067;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1169;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=86;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-16.104;NF=226;NR=269;PP=2962;ReadPosRankSum=1.119;SC=CTCCCATTTCCCAGTACTGTG;SOR=0.739;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=899;TCF=387;TCR=512;TR=495;WE=796305;WS=796287;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:581,549:0.49:1130
chr5	796328	rs605011	T	C	17377.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.790;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=858;ExcessHet=3.0103;FS=4.157;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.62;MQRankSum=-15.095;QD=20.42;ReadPosRankSum=-3.755;SOR=0.984;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:419,432:0.51:851
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chr5	796352	rs201362497	A	G	9140.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=0.319;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=542;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=13.485;HP=1;HapScore=2;MGOF=51;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-15.205;NF=69;NR=190;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.369;SC=GCTCTTAAGCAGCAAGAGGCC;SOR=1.513;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=504;TCF=155;TCR=349;TR=259;WE=796360;WS=796318;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:307,231:0.43:538
chr5	796437	rs140929317	T	A	871.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-6.224;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=40.00;MQRankSum=0.000;QD=8.63;ReadPosRankSum=-0.438;SOR=0.294;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:64,37:0.37:101
chr5	801362	rs3867415	A	G	1889.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=12;NR=45;PP=1312;SC=CAAAATGTGTAAACAAGAGTA;SOR=2.376;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=57;TCF=12;TCR=45;TR=57;WE=801370;WS=801352;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr5	825416	rs2335581	A	G	3011.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=23;NR=69;PP=2107;SC=TTGTAGGGGGACTCAGGGTGG;SOR=2.212;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=92;TCF=23;TCR=69;TR=92;WE=825424;WS=825406;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr5	834075	rs1260864	G	A	151.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.174;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.757;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-1.830;NF=2;NR=7;PP=89;ReadPosRankSum=-1.290;SC=AACCACTTACGTGTGCACGTG;SOR=1.230;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=27;TCF=6;TCR=21;TR=9;WE=834083;WS=834065;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,9:0.35:26
chr5	837556	rs28449575	T	G	3097.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=2.856;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=451;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.222;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-18.937;NF=65;NR=96;PP=2607;ReadPosRankSum=-5.275;SC=TTCTTTGCGGTTATTAATGAG;SOR=1.055;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=337;TCF=155;TCR=182;TR=161;WE=837564;WS=837546;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:276,158:0.36:434
chr5	840342	rs3822811	A	G	2884.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.468;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=847;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.93;MQRankSum=-2.465;QD=3.45;ReadPosRankSum=-1.081;SOR=0.741;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:629,207:0.25:836
chr5	840506	rs7701283	C	T	4875.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=5.047;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=599;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.124;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-18.266;NF=101;NR=111;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.469;SC=TGGCCCCAGGCGTGGGGGGCT;SOR=0.810;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=444;TCF=214;TCR=230;TR=212;WE=840514;WS=840496;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:354,233:0.40:587
chr5	864433	.	CATG	C	103.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.431;ClippingRankSum=-0.000;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=0;PP=170;ReadPosRankSum=0.349;SC=ACTCTGCTGACATGATACCAC;SOR=0.223;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=13;TCR=0;TR=5;WE=864443;WS=864423;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,4:0.31:13
chr5	870740	rs13153992	C	T	762.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.952;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.649;HP=5;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=14;PP=233;ReadPosRankSum=0.851;SC=AAACGAAAAACGAAATGTTAC;SOR=0.243;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=80;TCF=24;TCR=56;TR=22;WE=870748;WS=870730;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,43:0.38:112
chr5	878525	rs508016	T	A	952.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.628;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=472;ExcessHet=3.0103;FS=6.757;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.38;MQRankSum=-16.391;QD=2.07;ReadPosRankSum=2.529;SOR=0.473;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:366,95:0.21:461
chr5	893356	rs13181961	C	G	3463.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.486;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=389;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.391;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=76;PP=1808;ReadPosRankSum=-1.000;SC=CACAGGCCGCCGGGCCCCGAC;SOR=0.724;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=250;TCF=74;TCR=176;TR=107;WE=893364;WS=893346;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:199,177:0.47:376
chr5	904374	rs12518024	T	G	4364.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=3.180;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=370;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.089;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=100;PP=2458;ReadPosRankSum=2.118;SC=GCCATGGGAATGGGATTTATA;SOR=0.913;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=278;TCF=95;TCR=183;TR=146;WE=904382;WS=904364;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:168,198:0.54:366
chr5	904395	.	G	GT	110.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.068;ClippingRankSum=0.000;DP=254;ExcessHet=3.0103;FS=4.078;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.04;MQRankSum=2.099;QD=0.59;ReadPosRankSum=2.089;SOR=1.155;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:156,33:0.17:189
chr5	981019	rs10065177	T	C	883.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-1.009;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.044;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=11;PP=542;ReadPosRankSum=-1.577;SC=CAGAAGCTGATTGCTTTTAAA;SOR=0.541;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=57;TCF=39;TCR=18;TR=34;WE=981027;WS=981009;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,40:0.63:63
chr5	1009425	rs10060716	A	G	710.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=15;NR=8;PP=354;SC=TGGAGCCAGCAGTGGGGGGAC;SOR=1.101;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=15;TCR=8;TR=23;WE=1009433;WS=1009415;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr5	1034246	rs4975576	A	T	329.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=2.148;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.151;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=1;PP=257;ReadPosRankSum=1.091;SC=CCTAGCTGGCATGAGGGACCC;SOR=1.739;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=21;TCF=18;TCR=3;TR=13;WE=1034254;WS=1034244;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,14:0.52:27
chr5	1035399	rs147352169	T	TAATG	8294.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.616;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.451;NF=46;NR=43;PP=2983;ReadPosRankSum=0.195;SC=ACCAGTGAGTTAATGAATGAA;SOR=1.125;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=109;TCF=56;TCR=53;TR=89;WE=1035407;WS=1035389;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:5,188:0.97:193
chr5	1035482	rs12657514	A	G	11414.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.480;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=423;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=143;NR=140;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.481;SC=GGGAGTGAGTAATGGCAGGAC;SOR=0.246;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=286;TCF=143;TCR=143;TR=283;WE=1035490;WS=1035472;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,421:1.00:422
chr5	1036521	rs60180971	G	A	2702.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.482;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=239;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.479;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.275;NF=33;NR=47;PP=1210;ReadPosRankSum=1.174;SC=AGGCCACCCTGGGCGTGAGGC;SOR=0.646;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=150;TCF=63;TCR=87;TR=80;WE=1036529;WS=1036511;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:105,131:0.56:236
chr5	1036616	rs367843383	CA	C	497	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.191;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.59;MQRankSum=0.558;QD=21.61;ReadPosRankSum=1.528;SOR=4.003;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,21:0.91:23
chr5	1036900	rs34309815	C	T	1055.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=0.496;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.352;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=15;PP=394;ReadPosRankSum=1.706;SC=TGTGGATGGCCGGCAGTGTGG;SOR=0.640;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=78;TCF=37;TCR=41;TR=30;WE=1036908;WS=1036890;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,57:0.41:139
chr5	1036962	rs34413936	C	A	967.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.334;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.870;HP=1;HapScore=1;MGOF=40;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=13;PP=206;ReadPosRankSum=-1.334;SC=CAGACAGTGTCGACAGCAGGC;SOR=0.559;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=54;TCF=20;TCR=34;TR=20;WE=1036970;WS=1036952;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,36:0.46:78
chr5	1036989	.	AGGCAGTGTGGATGGCG	A	665.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.206;ClippingRankSum=0.000;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=4;PP=1538;ReadPosRankSum=1.012;SC=GATGGCAGGCAGGCAGTGTGG;SOR=0.569;SbPval=0.14;Source=Platypus;TC=27;TCF=3;TCR=24;TR=6;WE=1037012;WS=1036979;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,20:0.42:48
chr5	1038526	rs3889678	A	G	8867.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=368;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=121;NR=124;PP=2965;SC=AGCACACCACAGCCCGCGACC;SOR=0.769;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=246;TCF=122;TCR=124;TR=245;WE=1038534;WS=1038516;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,353:1.00:353
chr5	1052360	rs3810854	C	T	1195.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-2.303;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.367;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=18;PP=477;ReadPosRankSum=2.802;SC=GCAGCTTGGGCGGCATCACTG;SOR=0.430;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=72;TCF=42;TCR=30;TR=38;WE=1052368;WS=1052350;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,61:0.51:119
chr5	1052735	rs4046186	GGAGCA	G	291.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=0.584;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.708;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=2.956;NF=0;NR=8;PP=278;ReadPosRankSum=-3.834;SC=CAGGCGGGGAGGAGCAGGGCA;SOR=1.179;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=0;TCR=21;TR=8;WE=1052747;WS=1052725;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,10:0.34:29
chr5	1053341	rs2241602	A	G	1373.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=3.358;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.457;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=12;PP=927;ReadPosRankSum=-0.086;SC=TAGCTCCCAGAGCCTGGGGCT;SOR=1.110;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=99;TCF=71;TCR=28;TR=50;WE=1053349;WS=1053331;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,60:0.45:134
chr5	1053396	rs2241603	C	G	2868.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.078;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=299;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.398;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=36;PP=1351;ReadPosRankSum=0.085;SC=ACCCACAAACCCAGGTCTTAG;SOR=0.806;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=188;TCF=111;TCR=77;TR=93;WE=1053404;WS=1053386;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:151,144:0.49:295
chr5	1057615	rs2241606	A	G	4894.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-1.287;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=488;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=78;NR=65;PP=2034;ReadPosRankSum=2.814;SC=CTTTGAAACCAGATAGGCTGG;SOR=0.743;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=283;TCF=151;TCR=132;TR=143;WE=1057623;WS=1057605;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:243,245:0.50:488
chr5	1057782	rs12108965	T	C	2555.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=19;NR=70;PP=1630;SC=GCCCGGGACTTGGTGAGACCA;SOR=2.376;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=89;TCF=19;TCR=70;TR=89;WE=1057790;WS=1057772;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr5	1060379	rs35661060	G	A	266.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-3.506;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=34;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=0;PP=149;ReadPosRankSum=-0.786;SC=GTGGGCTGCAGGAGGGTCCCA;SOR=0.495;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=23;TCF=21;TCR=2;TR=9;WE=1060387;WS=1060369;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,13:0.45:29
chr5	1060400	rs4975568	G	A	1352.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=2.075;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.727;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=6;PP=1053;ReadPosRankSum=0.436;SC=GAAAAGACTCGGCGAAGTCGG;SOR=3.033;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=42;TCF=36;TCR=6;TR=42;WE=1060408;WS=1060390;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,47:0.96:49
chr5	1060634	rs4246750	C	T	7888.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=315;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=77;NR=124;PP=2965;SC=AACACCAGCCCGGTACCCAGA;SOR=1.072;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=201;TCF=77;TCR=124;TR=201;WE=1060642;WS=1060624;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,301:1.00:301
chr5	1060654	rs4246749	G	A	5982.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=235;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=63;NR=110;PP=2965;SC=AGACCGAGCCGCCCTGAGCGG;SOR=1.215;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=173;TCF=63;TCR=110;TR=173;WE=1060662;WS=1060644;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,224:1.00:224
chr5	1060685	rs2241608	G	A	1763.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=2.765;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.276;HP=3;HapScore=2;MGOF=41;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=46;PP=1085;ReadPosRankSum=-0.344;SC=CACGCGTCCCGGGCCCCACAG;SOR=1.023;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=113;TCF=31;TCR=82;TR=59;WE=1060693;WS=1060675;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,76:0.54:141
chr5	1062900	rs13170649	C	G	1684.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.733;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.863;HP=2;HapScore=2;MGOF=33;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.608;NF=34;NR=20;PP=925;ReadPosRankSum=0.143;SC=TCCTGGGGGACAGCGTGACAG;SOR=0.942;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=119;TCF=68;TCR=51;TR=54;WE=1062908;WS=1062890;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,78:0.51:153
chr5	1063187	rs6863419	T	C	694.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=7;NR=14;PP=393;SC=GCCCACCAGATCCCCAGGATC;SOR=1.445;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=7;TCR=14;TR=21;WE=1063195;WS=1063177;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr5	1063998	rs7722287	G	A	3583.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.177;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=464;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.17;ReadPosRankSum=0.039;SOR=0.702;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:210,181:0.46:391
chr5	1065290	rs4362981	A	G	6107.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.72;QD=44.91;SOR=2.483;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,136:1.00:136
chr5	1065290	.	AGGACAGCGAGGGGACACT	GGGACAGCGAGGGGACACT,GGGACAGTGAGAGGACAGC	2962	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.54;FR=0.5000,0.5000;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MMLQ=17;MQ=59.56;NF=75,31;NR=18,10;PP=2962,2914;QD=20;SC=GGACAGTGAGAGGACAGCGAG;SbPval=0.93;Source=Platypus;TC=111;TCF=79;TCR=32;TR=93,41;WE=1065327;WS=1065280;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.84:111
chr5	1065297	rs62331176	C	T	2954.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-3.425;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FS=8.084;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.74;MQRankSum=1.622;QD=21.89;ReadPosRankSum=0.888;SOR=0.273;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:59,76:0.56:135
chr5	1065298	rs55643147	GAGGGGACACTGAGGAGACACAC	G	2025.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-2.562;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.127;HP=1;HapScore=1;MGOF=29;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=-0.920;NF=32;NR=18;PP=2971;ReadPosRankSum=-0.474;SC=AGAGGACAGCGAGGGGACACT;SOR=1.214;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=63;TCF=39;TCR=24;TR=50;WE=1065327;WS=1065280;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,59:0.41:144
chr5	1065301	rs79273934	G	A	3040.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-1.517;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FS=5.127;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.06;MQRankSum=0.936;QD=21.12;ReadPosRankSum=0.148;SOR=0.352;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:59,85:0.59:144
chr5	1065306	.	ACT	A	3031.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.492;ClippingRankSum=0.000;DP=164;ExcessHet=3.0103;FS=5.177;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.06;MQRankSum=0.914;QD=21.35;ReadPosRankSum=1.141;SOR=0.334;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:59,83:0.58:142
chr5	1065310	.	A	C	2970.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=2.000;ClippingRankSum=0.000;DP=164;ExcessHet=3.0103;FS=5.177;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.06;MQRankSum=0.914;QD=20.92;ReadPosRankSum=1.228;SOR=0.334;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:59,83:0.58:142
chr5	1065311	.	GGAGACACAC	G	2956.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-2.367;ClippingRankSum=0.000;DP=164;ExcessHet=3.0103;FS=5.177;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.06;MQRankSum=0.914;QD=20.82;ReadPosRankSum=1.308;SOR=0.334;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:59,83:0.58:142
chr5	1065399	rs737154	C	T	2926.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-1.532;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=425;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.135;HP=2;HapScore=1;MGOF=45;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=1.020;NF=62;NR=60;PP=1690;ReadPosRankSum=1.958;SC=CATGCCTACCCACAAAGTTCT;SOR=0.787;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=263;TCF=138;TCR=125;TR=122;WE=1065407;WS=1065389;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:261,160:0.38:421
chr5	1065683	rs56078134	A	C	350.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.285;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=4.547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.02;ReadPosRankSum=-1.483;SOR=1.501;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,17:0.34:50
chr5	1065689	rs13186367	C	T	1562.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=13;NR=26;PP=397;SC=CACCACCTCCCCTGTGGACCC;SOR=1.378;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=39;TCF=13;TCR=26;TR=39;WE=1065697;WS=1065673;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr5	1073689	rs10780095	C	T	2371.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=53;NR=12;PP=1365;SC=TGCCAGGGCACGTTTCCTGTG;SOR=2.196;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=65;TCF=53;TCR=12;TR=65;WE=1073697;WS=1073679;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr5	1074560	rs12523242	A	C	1912.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=2.345;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.465;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=14;PP=933;ReadPosRankSum=-1.821;SC=TTCACACCCCAGACCTTGCCT;SOR=1.332;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=117;TCF=80;TCR=37;TR=59;WE=1074568;WS=1074550;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,86:0.52:164
chr5	1074921	rs7714914	G	A	413.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.981;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=12;PP=241;ReadPosRankSum=0.720;SC=TGAGGAGGGAGGCCTCCATGC;SOR=0.653;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=32;TCF=4;TCR=28;TR=14;WE=1074929;WS=1074911;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,19:0.44:43
chr5	1076245	rs11951420	G	A	3079.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.034;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=269;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.191;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=68;NR=32;PP=1709;ReadPosRankSum=0.214;SC=CGTGCTGAGTGGCCTCACCAG;SOR=0.854;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=168;TCF=112;TCR=56;TR=100;WE=1076253;WS=1076235;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:112,142:0.56:254
chr5	1076459	rs11952124	G	T	7098.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.687;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=273;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=31;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.129;NF=69;NR=121;PP=2965;ReadPosRankSum=2.038;SC=CCTGCGCCTTGTCTCCCCATG;SOR=1.133;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=191;TCF=70;TCR=121;TR=190;WE=1076467;WS=1076449;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,270:0.99:272
chr5	1076521	.	A	ATCCTGTGACCACCT	1676.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-3.742;ClippingRankSum=0.000;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.093;HP=2;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQ=60.12;MQRankSum=1.035;NF=0;NR=21;PP=2971;ReadPosRankSum=-0.822;SC=AGGCCCCCTCAGGTTCCAGCC;SOR=0.460;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=61;TCF=2;TCR=59;TR=21;WE=1076537;WS=1076509;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,43:0.49:87
chr5	1076524	.	T	TCCA	1170.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.478;ClippingRankSum=0.000;DP=74;ExcessHet=3.0103;FS=1.088;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.82;ReadPosRankSum=-1.095;SOR=0.530;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:42,32:0.43:74
chr5	1076526	.	C	CCTGTGACCA,CATCCTGTGACCA	1176.73	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.763;ClippingRankSum=0.000;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=21;PP=2897;ReadPosRankSum=-0.145;SC=CCCTCAGGTTCCAGCCATCCT;SOR=0.722;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=52;TCF=1;TCR=51;TR=21;WE=1076537;WS=1076509;set=Intersection	GT:AF:DP	0/1:0.40:70
chr5	1078898	rs4975564	A	G	1872.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=-0.425;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.122;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=31;PP=1149;ReadPosRankSum=1.015;SC=AAGGAAAGGCAGGTCCGTGGG;SOR=0.800;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=142;TCF=53;TCR=89;TR=54;WE=1078906;WS=1078888;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:105,87:0.45:192
chr5	1081702	rs6865765	A	G	4460.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=1.954;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=443;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.520;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=75;NR=57;PP=2198;ReadPosRankSum=1.462;SC=CGGTCACGGAAGGGAAGTAGA;SOR=0.732;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=249;TCF=143;TCR=106;TR=132;WE=1081710;WS=1081692;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:227,214:0.49:441
chr5	1081767	rs4526148	C	T	4298.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=1.991;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=421;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.515;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=50;PP=1465;ReadPosRankSum=-0.248;SC=TAGGGCAGTGCGCTGGCACGG;SOR=0.638;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=213;TCF=102;TCR=111;TR=100;WE=1081775;WS=1081757;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:208,212:0.50:420
chr5	1084074	rs79985128	G	A	232.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=1.845;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.670;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=9;PP=202;ReadPosRankSum=-0.268;SC=GGCAGACCCTGGGCGGGACAG;SOR=1.140;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=32;TCF=8;TCR=24;TR=12;WE=1084082;WS=1084064;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,11:0.34:32
chr5	1085604	rs11133624	C	A	2729.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=2.398;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=280;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.960;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=62;PP=1468;ReadPosRankSum=2.420;SC=GGAACAAGGCCGGTCGGGAGG;SOR=0.761;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=186;TCF=52;TCR=134;TR=85;WE=1085612;WS=1085594;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:148,126:0.46:274
chr5	1093609	rs56276350	G	GGGGCGGGGACT	1866.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=2;PP=2977;SC=CGGGACACACGGGGCGGGGAC;SOR=5.670;SbPval=0.92;Source=Platypus;TC=19;TCF=12;TCR=7;TR=10;WE=1093617;WS=1093599;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr5	1093860	rs6883411	CC	GT	2837.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=14;NR=32;PP=1954;SC=GGAGCTCAGGCCCTCCCCGGG;SOR=1.609;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=49;TCF=15;TCR=34;TR=46;WE=1093869;WS=1093850;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr5	1116066	rs6554618	C	T	1714.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=18;NR=19;PP=547;SC=TTTTTTTAAGCGTGGTGAGCC;SOR=0.784;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=38;TCF=19;TCR=19;TR=37;WE=1116074;WS=1116056;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr5	1160464	rs77914620	T	TG	1132.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=-1.607;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=11;PP=412;ReadPosRankSum=0.595;SC=CAGAGATGGGTGGAGGCAAGG;SOR=0.642;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=33;TCF=13;TCR=20;TR=15;WE=1160472;WS=1160454;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,42:0.44:96
chr5	1209063	rs72709422	A	T	376.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=0.829;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=11;PP=218;ReadPosRankSum=0.471;SC=AAGCCGTTCCACCCGGGCCCA;SOR=0.963;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=24;TCF=5;TCR=19;TR=13;WE=1209071;WS=1209053;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,17:0.55:31
chr5	1212647	rs13180809	C	T	530.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=3.301;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.778;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=19;PP=386;ReadPosRankSum=2.309;SC=AGGGCGGGTGCGGGCAGCCCT;SOR=1.154;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=38;TCF=3;TCR=35;TR=20;WE=1212655;WS=1212637;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,22:0.51:43
chr5	1213510	rs77928413	C	T	727.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.66;BaseQRankSum=-1.270;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.985;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=18;PP=966;ReadPosRankSum=-0.422;SC=CCCGCCCCCACGTGCCGCCCC;SOR=0.797;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=60;TCF=31;TCR=29;TR=38;WE=1213518;WS=1213500;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,42:0.58:72
chr5	1214005	rs138649942	CCCT	C	1200.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.259;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=6;PP=796;ReadPosRankSum=1.034;SC=TGGGAGCACACCCTCCCAGGT;SOR=0.586;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=44;TCF=32;TCR=12;TR=18;WE=1214015;WS=1213995;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,32:0.48:67
chr5	1214264	rs6554663	A	G	2280.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.124;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=244;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.935;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=40;PP=1058;ReadPosRankSum=2.821;SC=GGTGGAAAGCACTCTGTGGCT;SOR=0.532;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=136;TCF=47;TCR=89;TR=63;WE=1214272;WS=1214254;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:125,110:0.47:235
chr5	1216775	rs4975629	A	G	6741.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.101;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=627;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.093;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=117;NR=101;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.351;SC=TCCGCGCCACACAGCGCTACG;SOR=0.809;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=419;TCF=218;TCR=201;TR=218;WE=1216783;WS=1216765;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:299,325:0.52:624
chr5	1216900	rs35329108	G	A	6438.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.009;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=581;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.517;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=75;NR=93;PP=2687;ReadPosRankSum=-2.567;SC=AATCTGACCCGCAGGAACATC;SOR=0.658;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=332;TCF=143;TCR=189;TR=168;WE=1216908;WS=1216890;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:271,309:0.53:580
chr5	1219874	rs6869718	G	A	1238.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=2.385;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=32;PP=769;ReadPosRankSum=0.811;SC=TTCAGGGTACGGAGGGAGAGT;SOR=0.681;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=86;TCF=21;TCR=65;TR=40;WE=1219882;WS=1219864;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,53:0.51:103
chr5	1221199	rs12513763	T	C	1978.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.549;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=26;PP=1218;ReadPosRankSum=-0.133;SC=TAGCAGAACGTACAGAAAGCT;SOR=0.685;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=135;TCF=86;TCR=49;TR=68;WE=1221207;WS=1221189;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:94,91:0.49:185
chr5	1225687	rs7705355	C	T	2926.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.953;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=286;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.963;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=40;PP=1273;ReadPosRankSum=-1.612;SC=CTGAGCTGCACTGGGTTTGCC;SOR=0.820;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=178;TCF=97;TCR=81;TR=91;WE=1225695;WS=1225677;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:138,147:0.52:285
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chr5	1232491	rs4975623	G	C	920.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.984;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=18;PP=528;ReadPosRankSum=-1.123;SC=CACCGTCCTCGCTTGCCCTGA;SOR=0.693;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=72;TCF=33;TCR=39;TR=36;WE=1232499;WS=1232481;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,43:0.50:86
chr5	1240757	rs7447815	C	G	5331.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.780;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=445;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=98;PP=2552;ReadPosRankSum=0.522;SC=CTAATGACTACGAGCACTGCC;SOR=0.634;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=293;TCF=112;TCR=181;TR=160;WE=1240765;WS=1240747;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:192,250:0.57:442
chr5	1240848	rs6554684	A	C	1229.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-1.394;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.993;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=45;PP=794;ReadPosRankSum=1.003;SC=GAGAATCCCAAGGCATGAGGA;SOR=1.078;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=106;TCF=21;TCR=85;TR=55;WE=1240856;WS=1240838;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,59:0.51:116
chr5	1243009	rs7721679	A	G	5421.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=1.683;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.532;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=136;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.035;SC=GTAGCCAGGCAGGGCCGTCCA;SOR=2.898;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=165;TCF=29;TCR=136;TR=165;WE=1243017;WS=1242999;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,183:0.99:185
chr5	1243708	rs74581452	G	A	5821.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.445;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=593;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.024;NF=96;NR=70;PP=2465;ReadPosRankSum=0.096;SC=TCGTCTTCACGGAGACCGACC;SOR=0.676;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=359;TCF=210;TCR=149;TR=166;WE=1243716;WS=1243698;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:300,288:0.49:588
chr5	1244425	rs4073918	C	T	3173.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=0.481;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=327;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.010;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=31;PP=1335;ReadPosRankSum=0.790;SC=GCCGCTTCCCCGAACCTGCTC;SOR=0.871;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=174;TCF=100;TCR=74;TR=81;WE=1244433;WS=1244415;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:168,150:0.47:318
chr5	1246258	rs140436341	G	GCCCCGC	347.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.890;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.34;MQRankSum=0.904;QD=21.73;ReadPosRankSum=0.326;SOR=0.534;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,10:0.62:16
chr5	1255520	rs33954691	G	A	2248.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.861;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.090;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=31;PP=798;ReadPosRankSum=0.939;SC=GCACACATGCGTGAAACCTGA;SOR=0.587;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=115;TCF=53;TCR=62;TR=60;WE=1255528;WS=1255510;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:93,110:0.54:203
chr5	1271524	rs11133719	T	C	334.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-3.436;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.114;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=9;PP=198;ReadPosRankSum=0.845;SC=TGACACAGAATGTCTCCTCTG;SOR=0.250;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=22;TCF=5;TCR=17;TR=13;WE=1271532;WS=1271514;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,15:0.62:24
chr5	1280128	rs7734992	T	C	1097.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-1.827;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=6;PP=678;ReadPosRankSum=-0.770;SC=GCCACCTCACTGTGCGCACAA;SOR=1.225;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=33;TCF=27;TCR=6;TR=32;WE=1280136;WS=1280118;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,39:0.98:40
chr5	1294086	rs2736098	C	T	5581.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=80;NR=59;PP=2746;SC=ATGGGGGGCCCGCGTGGTGCT;SOR=0.922;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=140;TCF=80;TCR=60;TR=139;WE=1294094;WS=1294076;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,201:1.00:201
chr5	1334507	rs5865369	GA	G	5669.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.828;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=304;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.200;NF=17;NR=106;PP=2461;ReadPosRankSum=0.490;SC=CCCTGTCAAGGAAAAAAAAAC;SOR=1.096;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=134;TCF=17;TCR=117;TR=123;WE=1334515;WS=1334497;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,258:0.99:260
chr5	1400931	rs28363149	A	ATCTACACCAGCCCTG	9991.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=0.566;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=579;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.115;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=51;PP=2971;ReadPosRankSum=2.591;SC=AATGAGCACCATCTACACCAG;SOR=0.801;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=200;TCF=70;TCR=130;TR=71;WE=1400939;WS=1400921;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:312,244:0.44:556
chr5	1409127	rs429699	T	C	4438.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.729;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=69;NR=42;PP=2217;ReadPosRankSum=0.092;SC=TTGGCTGCCTTCCCCCGGACT;SOR=1.114;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=112;TCF=69;TCR=43;TR=111;WE=1409135;WS=1409117;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,173:0.99:175
chr5	1409719	rs2245660	C	T	999.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.696;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.843;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=6;PP=600;ReadPosRankSum=0.497;SC=TGGGTGGGTTCGCAGCTCCCT;SOR=1.307;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=62;TCF=49;TCR=13;TR=34;WE=1409727;WS=1409709;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,42:0.51:83
chr5	1411256	rs2550936	A	C	1119.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=1.837;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=9;PP=784;ReadPosRankSum=-0.121;SC=TGGGGGCCGTACGTGAGCCCA;SOR=0.827;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=62;TCF=48;TCR=14;TR=41;WE=1411264;WS=1411246;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,45:0.66:68
chr5	1416142	rs40358	C	A	4064.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-2.922;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=420;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=83;NR=50;PP=1894;ReadPosRankSum=1.355;SC=CCAGGGACACCCTATTTCTGG;SOR=0.710;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=269;TCF=165;TCR=104;TR=133;WE=1416150;WS=1416132;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:202,204:0.50:406
chr5	1442974	rs2254408	C	A	3454.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.356;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=22.15;ReadPosRankSum=1.157;SOR=0.690;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:67,89:0.57:156
chr5	1442979	rs2270914	C	T	3553.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.125;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FS=0.587;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=21.67;ReadPosRankSum=1.612;SOR=0.640;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:71,93:0.57:164
chr5	1464028	rs6876662	C	T	1040.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-3.005;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.907;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=21;PP=402;ReadPosRankSum=-1.899;SC=TTTCCCACGGCCCTGGTGGGT;SOR=0.363;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=81;TCF=26;TCR=55;TR=34;WE=1464036;WS=1464018;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,52:0.50:104
chr5	1466813	rs2277007	T	C	5763.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=1.396;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=526;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.113;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=106;NR=53;PP=2685;ReadPosRankSum=0.139;SC=CCACACTCTGTCCAGCCCCCG;SOR=0.790;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=321;TCF=207;TCR=114;TR=159;WE=1466821;WS=1466803;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:243,267:0.52:510
chr5	1467004	rs35452723	A	G	2570.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.774;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=253;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.058;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=66;PP=1451;ReadPosRankSum=0.316;SC=CGCTCCGTACATCTGCAAGGC;SOR=0.507;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=201;TCF=59;TCR=142;TR=95;WE=1467012;WS=1466994;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:123,121:0.50:244
chr5	1471109	rs27054	T	C	926.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-2.426;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.334;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=35;PP=578;ReadPosRankSum=-0.372;SC=GGGTTTCCCATGGGTGCTGGT;SOR=1.048;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=89;TCF=15;TCR=74;TR=40;WE=1471117;WS=1471099;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,45:0.47:95
chr5	1479678	rs27059	G	C	1072.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-3.487;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.326;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=8;PP=687;ReadPosRankSum=-1.282;SC=CCTGGTGTAAGCTCGTGTCTG;SOR=0.378;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=83;TCF=69;TCR=14;TR=40;WE=1479686;WS=1479668;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,48:0.49:98
chr5	1494909	rs3733796	C	T	2186.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.534;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=272;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.496;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=42;PP=891;ReadPosRankSum=0.805;SC=ACGAGTGAGGCGCGAGCGTGA;SOR=0.822;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=159;TCF=67;TCR=92;TR=71;WE=1494917;WS=1494899;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:152,114:0.43:266
chr5	1593246	rs6869310	C	T	4482.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.225;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=452;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-6.081;NF=82;NR=58;PP=1936;ReadPosRankSum=-2.297;SC=CATGACTCTTCGATGCTCAGG;SOR=0.732;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=285;TCF=167;TCR=118;TR=140;WE=1593254;WS=1593236;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:231,220:0.49:451
chr5	1593266	rs6898538	T	C	8918.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.309;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=511;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-7.297;NF=88;NR=69;PP=1991;ReadPosRankSum=1.172;SC=GGCACATGCCTGACCAAAGAC;SOR=0.720;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=316;TCF=177;TCR=139;TR=157;WE=1593274;WS=1593256;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:263,247:0.48:510
chr5	1593326	rs6872202	G	A	4581.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.471;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=429;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.100;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-1.552;NF=60;NR=82;PP=2360;ReadPosRankSum=-0.819;SC=ACCATGTACCGAGGCACAGGC;SOR=0.609;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=278;TCF=115;TCR=163;TR=142;WE=1593334;WS=1593316;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:207,221:0.52:428
chr5	1594664	rs4246747	C	G	423.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.316;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.149;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=6;PP=139;ReadPosRankSum=0.894;SC=GGAACCGCGGCGGGTGGGATG;SOR=0.527;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=24;TCF=11;TCR=13;TR=11;WE=1594672;WS=1594654;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,22:0.52:42
chr5	1632758	rs71597631	C	G	1617.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=3.520;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.387;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=-1.734;NF=49;NR=16;PP=1244;ReadPosRankSum=2.201;SC=GCAGTTGTTACCTGGCTCGGT;SOR=1.207;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=90;TCF=67;TCR=23;TR=65;WE=1632766;WS=1632748;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,63:0.67:94
chr5	1632941	rs112756556	T	G	1596.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.805;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=252;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.375;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.985;NF=21;NR=42;PP=779;ReadPosRankSum=-0.747;SC=GGAGACCCAGTTCCCACTGGC;SOR=1.022;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=176;TCF=71;TCR=105;TR=63;WE=1632949;WS=1632931;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:156,91:0.37:247
chr5	1708869	rs115642832	G	T	4512.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=0.703;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=470;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.090;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=68;NR=60;PP=1914;ReadPosRankSum=1.625;SC=CCCACTTGGAGCCCGCCCAGG;SOR=0.743;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=266;TCF=136;TCR=130;TR=128;WE=1708877;WS=1708859;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:243,226:0.48:469
chr5	1708983	rs12523324	G	A	7365.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=278;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=59;NR=115;PP=2965;SC=CCTCGACCCAGAGCCAGACAA;SOR=1.179;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=175;TCF=59;TCR=116;TR=174;WE=1708991;WS=1708973;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,273:1.00:273
chr5	1801426	rs13176353	G	C	6314.77	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=43;NR=37;PP=1702;SC=CGCGCTCCCCGCCCCCAGGGC;SOR=0.833;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=90;TCF=50;TCR=40;TR=80;WE=1801440;WS=1801416;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,135:1.00:135
chr5	1801427	rs34372448	C	CG	6330.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=17;NR=39;PP=2131;SC=GCGCTCCCCGCCCCCAGGGCG;SOR=0.910;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=56;TCF=17;TCR=39;TR=56;WE=1801440;WS=1801416;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,140:1.00:140
chr5	1801432	rs11745573	A	G	6512.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=49;NR=41;PP=1627;SC=CCCCGCCCCCAGGGCGAAATA;SOR=0.895;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=94;TCF=52;TCR=42;TR=90;WE=1801440;WS=1801416;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,150:1.00:150
chr5	1801689	rs2242412	A	C	2111.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=24;NR=31;PP=1079;SC=TACAGGATGCACCTTCCTCCA;SOR=0.796;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=55;TCF=24;TCR=31;TR=55;WE=1801697;WS=1801679;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr5	1814395	rs36074605	TTGTA	T	5896.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=24;NR=42;PP=2970;SC=GTGGGTTAAATTGTATGTAGT;SOR=1.000;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=72;TCF=26;TCR=46;TR=66;WE=1814406;WS=1814385;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr5	1814783	rs4147773	T	C	3923.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=37;NR=80;PP=2012;SC=CTTTCAACTGTGAAGTGGTGG;SOR=1.429;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=117;TCF=37;TCR=80;TR=117;WE=1814791;WS=1814773;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,151:1.00:151
chr5	1882900	rs6876836	C	T	62.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.566;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=7.85;ReadPosRankSum=1.242;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,4:0.50:8
chr5	2748427	rs111879512	C	G	334.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.720;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=25.75;ReadPosRankSum=0.869;SOR=0.307;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,8:0.62:13
chr5	2748432	rs111347141	G	A	502.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.898;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=2.112;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=27.93;ReadPosRankSum=-1.301;SOR=0.307;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,13:0.72:18
chr5	2748439	rs112775132	G	C	496.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.393;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.84;ReadPosRankSum=-0.085;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,13:0.65:20
chr5	2755031	rs62333234	A	G	200.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=1.359;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=2;PP=135;ReadPosRankSum=0.264;SC=AACCCAGGCGATGGGGGCAGT;SOR=0.551;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=25;TCF=20;TCR=5;TR=10;WE=2755039;WS=2755021;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,10:0.38:26
chr5	2755191	rs76652220	G	C	851.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-0.659;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=14;PP=259;ReadPosRankSum=-0.394;SC=TTCAGCGAGCGGGGATTTCCT;SOR=0.716;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=75;TCF=35;TCR=40;TR=25;WE=2755199;WS=2755181;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,51:0.37:137
chr5	3600334	rs844154	T	C	13782.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=545;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=125;NR=202;PP=2965;SC=GGGCACTCAATGGAGACAAGG;SOR=1.063;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=327;TCF=125;TCR=202;TR=327;WE=3600342;WS=3600324;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,535:1.00:535
chr5	3610658	rs1373997	T	C	263.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.166;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=1.209;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.28;ReadPosRankSum=0.727;SOR=0.503;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,16:0.38:42
chr5	4087346	rs376960519	CTG	C	120.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.351;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=1.439;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.37;ReadPosRankSum=0.278;SOR=0.758;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:42,9:0.18:51
chr5	4087485	rs6869319	G	T	1528.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.91;SOR=0.796;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr5	4095647	.	C	CCTTTCCTTTTCTTTT	674.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=213;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=67.33;QD=39.69;SOR=5.784;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr5	4404277	rs145214303	CTG	C	106.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.726;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.14;MQRankSum=2.381;QD=1.84;ReadPosRankSum=1.273;SOR=0.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:49,9:0.16:58
chr5	4420188	rs140931368	G	GTGTA	11481.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-0.478;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=456;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.682;NF=9;NR=166;PP=2974;ReadPosRankSum=0.124;SC=TGCCTGGCATGTGTATGTGTG;SOR=0.590;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=190;TCF=9;TCR=181;TR=175;WE=4420202;WS=4420178;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:7,308:0.98:315
chr5	4420474	rs2436584	A	G	2589.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.103;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FS=9.482;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=21.06;ReadPosRankSum=-0.514;SOR=1.137;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,112:0.91:123
chr5	4702352	.	TG	GG	37	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;FR=0.5000,0.5000;HP=2;HapScore=4;MGOF=9;MMLQ=28;MQ=65.6;NF=2,3;NR=2,5;PP=9,37;QD=10.9428031368;SC=TGTGTGTGTGTGCTCAGGCCC;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=15;TCF=9;TCR=6;TR=4,8;WE=4702360;WS=4702342;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:11,4:0.27:15
chr5	4702352	.	TG	TGTGTGGG,TGGG	446.76	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=0.665;ClippingRankSum=0.000;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=2.357;NF=2,3;NR=2,5;PP=9,37;ReadPosRankSum=-1.199;SC=TGTGTGTGTGTGCTCAGGCCC;SOR=0.818;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=15;TCF=9;TCR=6;TR=4,8;WE=4702360;WS=4702342;set=Intersection	GT:AF:DP	0/1:0.88:17
chr5	4702461	rs4315900	C	T	379.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=7;PP=167;SC=TTTTGTTAATCTTTGGTCTAT;SOR=0.941;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=12;TCF=5;TCR=7;TR=12;WE=4702469;WS=4702451;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
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chr5	4830690	rs816474	A	G	3683.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-1.864;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=393;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.181;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=58;PP=1499;ReadPosRankSum=-1.388;SC=AGACAGAAACACACTGATGTG;SOR=0.760;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=228;TCF=109;TCR=119;TR=110;WE=4830698;WS=4830680;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:202,188:0.48:390
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chr5	4930051	rs27416	G	T	1360.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=61;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=23;NR=8;PP=610;SC=GTGATATATAGATGTATCCCT;SOR=1.329;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=32;TCF=24;TCR=8;TR=31;WE=4930059;WS=4930041;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr5	4930067	.	A	ATG	350	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=79;MMLQ=23;MQ=59.63;NF=12;NR=18;PP=350;QD=11.8666666667;SC=TCCCTCACATATGTGTGTGTG;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=32;TCF=14;TCR=18;TR=30;WE=4930075;WS=4930057;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:2,30:0.94:32
chr5	4930087	rs147939241	G	GTGAA	1614.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.044;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.158;HP=1;HapScore=1;MGOF=53;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=23;PP=774;ReadPosRankSum=1.073;SC=GTGTGTGTGTGAGAGAGAGAG;SOR=0.561;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=41;TCF=18;TCR=23;TR=39;WE=4930099;WS=4930076;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,56:0.80:70
chr5	4930144	rs35167763	AAG	A	8506.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=48;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=26;NR=44;PP=2974;SC=CAGAGAAAGAAAGAGAGGAAT;SOR=0.792;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=71;TCF=26;TCR=45;TR=70;WE=4930153;WS=4930134;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,189:1.00:189
chr5	4930181	rs560366	C	T	8695.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.81;SOR=0.752;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,208:1.00:208
chr5	5140632	rs270208	T	C	648.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=2.310;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.337;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=4;PP=276;ReadPosRankSum=0.515;SC=GTGGATGCTGTTGGCGCAGGT;SOR=1.068;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=36;TCF=24;TCR=12;TR=16;WE=5140640;WS=5140622;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,28:0.53:53
chr5	5140958	rs270207	T	A	1077.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.507;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.721;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-1.357;NF=14;NR=23;PP=554;ReadPosRankSum=-1.733;SC=TATTAGGTGCTGTGAATGTTC;SOR=0.579;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=77;TCF=28;TCR=49;TR=37;WE=5140978;WS=5140948;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,53:0.48:110
chr5	5140970	rs270206	C	T	3471.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=26;NR=48;PP=1487;SC=TGAATGTTCACGACTCTGTGG;SOR=1.112;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=74;TCF=26;TCR=48;TR=74;WE=5140978;WS=5140948;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr5	5141009	rs59628659	CTT	CT,C	383.74	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.421;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.4991,0.5009;FS=0.000;HP=13;HapScore=3;MGOF=36;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.940;NF=1,1;NR=25,25;PP=18,283;ReadPosRankSum=0.622;SC=CTGTTGTGAACTTTTTTTTTT;SOR=1.123;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=35;TCF=2;TCR=33;TR=26,26;WE=5141018;WS=5140999;set=Intersection	GT:AF:DP	0/1:0.85:33
chr5	5146200	rs1863969	A	T	3145.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.903;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=298;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.996;HP=2;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=31;PP=1300;ReadPosRankSum=-0.031;SC=TTCTTCTCGGAATTCCGAAAT;SOR=0.839;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=191;TCF=122;TCR=69;TR=92;WE=5146208;WS=5146190;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:139,151:0.52:290
chr5	5146223	rs1871468	G	C	10101.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=2.247;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=389;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.754;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=143;NR=84;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.576;SC=CTCAGCCTCTGCTCACTCTTT;SOR=0.767;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=229;TCF=143;TCR=86;TR=227;WE=5146231;WS=5146213;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,374:1.00:375
chr5	5146335	rs2086310	C	G	11662.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.717;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=444;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=126;NR=150;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.207;SC=AAGAGCAGTGCCCGTGTCCGA;SOR=0.848;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=279;TCF=128;TCR=151;TR=276;WE=5146343;WS=5146325;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,436:1.00:438
chr5	5146377	rs1019747	T	C	3230.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.045;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=345;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=27;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=65;PP=1689;ReadPosRankSum=0.662;SC=GCTGAAAGGCTCCAGGCACGA;SOR=0.717;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=232;TCF=93;TCR=139;TR=106;WE=5146385;WS=5146367;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:183,157:0.46:340
chr5	5146395	rs1863968	A	G	3368.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.221;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=310;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.922;HP=1;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=67;PP=1733;ReadPosRankSum=0.698;SC=CGACTTCCACATGGATCTGAG;SOR=0.588;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=211;TCF=79;TCR=132;TR=112;WE=5146403;WS=5146385;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:147,159:0.52:306
chr5	5186412	rs143046364	A	AGG	636.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.999;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.085;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=-1.016;NF=1;NR=60;PP=1087;ReadPosRankSum=0.072;SC=TGCACTTCGTAGGGTGTGTGT;SOR=0.526;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=74;TCF=3;TCR=71;TR=61;WE=5186424;WS=5186402;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,34:0.52:65
chr5	5186414	.	G	GGGGT	251.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.392;ClippingRankSum=0.000;DP=129;ExcessHet=3.0103;FS=1.176;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=64.22;MQRankSum=1.667;QD=3.70;ReadPosRankSum=-0.173;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:49,19:0.28:68
chr5	5186416	rs62339905	T	G	104.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.384;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FS=1.279;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=64.38;MQRankSum=-0.687;QD=1.50;ReadPosRankSum=0.294;SOR=0.463;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:56,14:0.20:70
chr5	5187776	rs1863972	G	A	2035.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.781;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.723;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=19;PP=925;ReadPosRankSum=-0.424;SC=TTCTAGGCCCGCTAGTAAGTA;SOR=0.844;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=126;TCF=80;TCR=46;TR=59;WE=5187784;WS=5187766;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:107,99:0.48:206
chr5	5189950	rs6859975	G	A	834.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=21;NR=2;PP=548;SC=AAATACACGCGTTAGCTTATA;SOR=3.334;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=23;TCF=21;TCR=2;TR=23;WE=5189958;WS=5189940;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr5	5189978	rs72647746	C	T	591.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.948;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.258;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=4;PP=413;ReadPosRankSum=-0.306;SC=CAGATCCAGCCATGTATTTGA;SOR=1.659;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=39;TCF=28;TCR=11;TR=20;WE=5189986;WS=5189968;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,26:0.51:51
chr5	5200220	rs58639468	A	ATC	2989.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.660;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=278;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.965;HP=2;HapScore=4;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=27;PP=2992;ReadPosRankSum=2.230;SC=TGAAAGAACCATCTCTCTCTC;SOR=0.611;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=109;TCF=40;TCR=69;TR=44;WE=5200242;WS=5200210;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:158,114:0.42:272
chr5	5200234	rs1896622	C	G	3224.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.325;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=304;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.415;HP=2;HapScore=4;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=42;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.109;SC=CTCTCTCTCTCTCTCTCATAG;SOR=0.721;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=181;TCF=101;TCR=80;TR=99;WE=5200242;WS=5200210;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:145,158:0.52:303
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chr5	5200430	rs16875038	C	T	860.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-2.295;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.236;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=17;PP=312;ReadPosRankSum=1.057;SC=GCCTTTGATGCTCACTGCCTG;SOR=0.443;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=45;TCF=11;TCR=34;TR=22;WE=5200438;WS=5200420;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,41:0.61:67
chr5	5209210	rs16875054	G	A	3770.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-2.533;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=324;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.132;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=48;PP=1414;ReadPosRankSum=1.895;SC=TTTCAGCACCGCTCAAGCTAT;SOR=0.478;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=197;TCF=114;TCR=83;TR=106;WE=5209218;WS=5209200;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:137,183:0.57:320
chr5	5223073	rs12652968	A	G	2135.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.667;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=53;PP=1161;ReadPosRankSum=0.820;SC=CTCCTCTTGCATAGGTATTTT;SOR=0.727;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=155;TCF=46;TCR=109;TR=75;WE=5223081;WS=5223063;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:115,103:0.47:218
chr5	5232346	rs2913623	G	A	753.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-4.221;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.452;HP=1;HapScore=3;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=3;PP=1426;ReadPosRankSum=-0.751;SC=ATTAGGTGCTGCTTGAGTGTA;SOR=0.287;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=55;TCF=48;TCR=7;TR=24;WE=5232365;WS=5232336;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,35:0.54:65
chr5	5232356	rs150710468	AGG	A	1495.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.213;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.052;HP=5;HapScore=3;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=4;PP=1429;ReadPosRankSum=0.224;SC=GCTTGAGTGTAGGGGGAGGCT;SOR=0.955;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=58;TCF=45;TCR=13;TR=28;WE=5232365;WS=5232336;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,40:0.52:77
chr5	5232398	rs2913624	G	A	1550.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.437;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.622;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=16;PP=892;ReadPosRankSum=1.553;SC=ATTCCCCACTGCTCAGCCTTA;SOR=0.782;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=115;TCF=81;TCR=34;TR=55;WE=5232406;WS=5232388;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,74:0.48:155
chr5	5235028	rs2913630	T	C	262.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-1.145;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=2;PP=161;ReadPosRankSum=0.352;SC=TAATTACCCATTCTAACACTC;SOR=0.481;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=32;TCF=28;TCR=4;TR=15;WE=5235036;WS=5235018;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,13:0.45:29
chr5	5235096	rs2913631	A	G	1052.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.828;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=11;PP=642;ReadPosRankSum=-0.917;SC=ACTAAAATATAAAAATTCTAA;SOR=0.711;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=73;TCF=51;TCR=22;TR=35;WE=5235104;WS=5235086;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,50:0.49:102
chr5	5262766	rs34433845	G	A	8228.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=319;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=108;NR=95;PP=2965;SC=ATCCTTGCCTGCAGGACAGAT;SOR=0.759;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=206;TCF=108;TCR=98;TR=203;WE=5262774;WS=5262756;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,310:1.00:310
chr5	5303349	rs11959893	T	C	945.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=21;NR=7;PP=531;SC=GATGGAGCCATCCCTCACCGA;SOR=1.675;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=28;TCF=21;TCR=7;TR=28;WE=5303357;WS=5303339;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr5	5319335	rs72647765	T	C	291.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.318;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.322;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=7;PP=120;ReadPosRankSum=-0.744;SC=TACGTCGGAATACATCCAAGG;SOR=0.157;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=23;TCF=4;TCR=19;TR=9;WE=5319343;WS=5319325;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,14:0.45:31
chr5	5460569	rs2578565	C	T	1302.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=35;NR=2;PP=983;SC=TTGGAGAATACACAGATTCCA;SOR=4.664;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=37;TCF=35;TCR=2;TR=37;WE=5460577;WS=5460559;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr5	5460619	rs2619844	G	C	3419.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=74;NR=21;PP=2256;SC=TCTGCTGAGTGTGTTTCAGAA;SOR=2.344;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=95;TCF=74;TCR=21;TR=95;WE=5460627;WS=5460609;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr5	5460834	.	C	T	8015.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.491;ClippingRankSum=0.000;DP=853;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.097;HP=6;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=118;NR=142;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.077;SC=TGGTGAAAAACACTGGACCAC;SOR=0.789;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=519;TCF=242;TCR=277;TR=260;WE=5460842;WS=5460824;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:444,395:0.47:839
chr5	5462148	rs2578500	G	A	12070.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-2.154;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=461;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=124;NR=165;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.980;SC=TATGTCAACTGTAGCAAAATG;SOR=0.534;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=291;TCF=125;TCR=166;TR=289;WE=5462156;WS=5462138;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,457:1.00:458
chr5	5476250	rs11416699	T	TG	1225.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.965;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.323;NF=2;NR=20;PP=723;ReadPosRankSum=1.574;SC=GGTGGAAGGCTGGGGGGTTAA;SOR=1.609;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=25;TCF=2;TCR=23;TR=22;WE=5476258;WS=5476240;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,43:0.96:45
chr5	6020374	rs464221	A	G	1651.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.875;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.553;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=27;PP=617;ReadPosRankSum=-0.252;SC=TCATCCAACCATAATTGTCTA;SOR=0.752;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=93;TCF=39;TCR=54;TR=45;WE=6020382;WS=6020364;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:91,85:0.48:176
chr5	6020418	rs457263	T	G	1182.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.131;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.480;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=23;PP=539;ReadPosRankSum=-0.347;SC=ATCCAACCCTTTAAGCCAGCA;SOR=0.866;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=70;TCF=23;TCR=47;TR=32;WE=6020426;WS=6020408;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,58:0.48:120
chr5	6020488	rs412953	C	T	252.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=3.299;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.744;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=10;PP=167;ReadPosRankSum=-0.224;SC=CTCCTCAAGTCGGCATTCCTT;SOR=2.179;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=30;TCF=6;TCR=24;TR=10;WE=6020496;WS=6020478;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,12:0.38:32
chr5	6312844	.	C	CCA	112.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.438;ClippingRankSum=-0.000;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=1.440;NF=1;NR=7;PP=241;ReadPosRankSum=0.257;SC=AGTGTTCTCACCACACACACA;SOR=0.732;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=18;TCF=1;TCR=17;TR=8;WE=6312852;WS=6312834;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,9:0.56:16
chr5	6312879	.	C	CAG	88	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=24;MMLQ=27;MQ=59.97;NF=1;NR=7;PP=88;QD=11.375;SC=CACACACACACAGAGAGAGAG;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=17;TCF=2;TCR=15;TR=8;WE=6312887;WS=6312869;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:9,8:0.47:17
chr5	6337065	.	T	TACACACACACACACACACACAC,TACACACACACACACACACACACACACACAC	1261.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.33;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.4876;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=16;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=26;NF=8,8;NR=1,1;PP=142,9;SC=TACACATACATACACACACAC;SOR=5.421;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=24;TCF=19;TCR=5;TR=9,9;WE=6337073;WS=6337061;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.71,0.29:14
chr5	6372585	rs9451	A	G	745.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.999;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=11;PP=405;ReadPosRankSum=-1.201;SC=TCGCAGTCCCAGGGGATCTTC;SOR=0.699;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=51;TCF=31;TCR=20;TR=29;WE=6372593;WS=6372575;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,37:0.54:69
chr5	6378614	rs7723985	G	C	16464.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=623;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=147;NR=189;PP=2965;SC=GCCCGTCCCCGACCCACACAG;SOR=0.846;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=336;TCF=147;TCR=189;TR=336;WE=6378622;WS=6378604;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,614:1.00:614
chr5	6600064	rs61744358	G	T	920.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.477;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.813;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=10;PP=509;ReadPosRankSum=0.527;SC=GACCCCCGCCGGGTCACAGCC;SOR=0.311;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=65;TCF=49;TCR=16;TR=33;WE=6600072;WS=6600054;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,42:0.51:82
chr5	6600492	.	G	GT	527.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=9;PP=332;SC=CATTTCATCTGGATCCGAGGG;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=0;TCR=11;TR=9;WE=6600500;WS=6600482;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr5	6602544	rs2303711	T	C	5491.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=92;NR=44;PP=2640;SC=AAGGCGTGTGTGTCTAAGGGC;SOR=1.265;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=137;TCF=93;TCR=44;TR=136;WE=6602552;WS=6602534;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,203:1.00:203
chr5	6602668	rs2303710	G	C	2985.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.017;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=288;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.432;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=51;PP=1401;ReadPosRankSum=2.534;SC=GGATGCATGCGCTGAGCACAT;SOR=0.646;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=169;TCF=72;TCR=97;TR=90;WE=6602676;WS=6602658;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:140,145:0.51:285
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chr5	6611757	rs10454287	A	T	1580.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.196;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.164;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=17;PP=889;ReadPosRankSum=0.831;SC=AGTTACTCACACGTGAATGCT;SOR=0.424;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=101;TCF=73;TCR=28;TR=51;WE=6611765;WS=6611747;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,72:0.50:145
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chr5	6617011	rs6887702	C	A	5818.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=52;NR=80;PP=2582;SC=CAAATGTATCCATGAAGTGCA;SOR=0.931;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=132;TCF=52;TCR=80;TR=132;WE=6617019;WS=6617001;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,222:1.00:222
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chr5	6633779	rs248793	C	G	4542.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.464;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=456;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-2.076;NF=81;NR=44;PP=1964;ReadPosRankSum=-0.309;SC=TCTTCGCGCGCAATCGTCAGA;SOR=0.683;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=276;TCF=179;TCR=97;TR=125;WE=6633787;WS=6633769;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:235,219:0.48:454
chr5	6645016	rs248805	A	G	2827.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=2.481;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=314;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.413;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=42;PP=1445;ReadPosRankSum=1.665;SC=TGATTCCAAGACGCAGAGAGA;SOR=0.731;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=189;TCF=103;TCR=86;TR=92;WE=6645024;WS=6645006;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:171,140:0.45:311
chr5	6645044	rs8192179	G	A	3019.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.103;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=316;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.409;HP=4;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=49;PP=1424;ReadPosRankSum=0.217;SC=GGGATTCGTTGTTCTTATTCA;SOR=0.657;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=185;TCF=93;TCR=92;TR=97;WE=6645052;WS=6645034;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:163,150:0.48:313
chr5	6645158	rs8192181	A	G	2247.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.458;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.182;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=45;PP=1095;ReadPosRankSum=0.118;SC=GTAAATCAGTATGAAGTCTTC;SOR=0.605;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=124;TCF=43;TCR=81;TR=73;WE=6645166;WS=6645148;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,103:0.57:181
chr5	6737571	rs2279657	A	G	874.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.144;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=20.34;ReadPosRankSum=-1.274;SOR=0.523;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,23:0.53:43
chr5	6737576	rs2279656	G	A	955.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.777;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=1.688;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=20.34;ReadPosRankSum=-1.276;SOR=0.389;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,26:0.55:47
chr5	6739039	rs573304	T	G	268.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=1.522;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=10;PP=192;ReadPosRankSum=-0.241;SC=TTTGCATTTTTCCTCTCACAC;SOR=0.693;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=19;TCF=1;TCR=18;TR=11;WE=6739047;WS=6739029;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,12:0.50:24
chr5	6739791	rs419128	G	A	1831.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.604;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.575;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=25;PP=929;ReadPosRankSum=0.275;SC=CCCCACACGAGTGTGTAGGCT;SOR=0.982;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=114;TCF=66;TCR=48;TR=65;WE=6739799;WS=6739781;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,90:0.54:168
chr5	6748518	rs274682	A	G	846.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-1.492;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.400;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=2;PP=610;ReadPosRankSum=1.291;SC=GAGAAGATCCAAAACATGTGG;SOR=2.093;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=50;TCF=44;TCR=6;TR=32;WE=6748526;WS=6748508;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,38:0.62:61
chr5	6748659	rs274681	T	C	5336.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.913;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=528;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.424;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=80;NR=81;PP=2088;ReadPosRankSum=0.082;SC=TCAGCCATGCTGTGTCACCGC;SOR=0.563;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=283;TCF=149;TCR=134;TR=161;WE=6748667;WS=6748649;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:253,269:0.52:522
chr5	6754762	rs274676	T	C	461.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-2.366;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=2;PP=359;ReadPosRankSum=1.264;SC=ATCCCTGCTCTCTATGTAACA;SOR=0.639;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=61;TCF=53;TCR=8;TR=21;WE=6754770;WS=6754752;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,22:0.34:64
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chr5	7306522	rs62341811	G	A	691.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.496;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.089;HP=4;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=-1.848;NF=24;NR=7;PP=414;ReadPosRankSum=1.737;SC=GCCCAGCCCCGTGTGCCTCTG;SOR=1.329;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=51;TCF=38;TCR=13;TR=31;WE=7306530;WS=7306512;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,34:0.61:56
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chr5	7654097	rs111644211	GAGA	G	3022.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=21;PP=1167;SC=AAGAGCTGTTGAGAAGACCAG;SOR=0.814;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=26;TCF=4;TCR=22;TR=25;WE=7654107;WS=7654087;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr5	7690754	rs2914289	C	T	414.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-1.070;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.126;HP=4;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=3;PP=282;ReadPosRankSum=0.145;SC=ATTTGGTCATCCCCCGAGGTG;SOR=0.184;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=35;TCF=30;TCR=5;TR=16;WE=7690762;WS=7690744;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,18:0.46:39
chr5	7695845	rs11134251	C	A	2178.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.581;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=224;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.637;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=29;PP=1152;ReadPosRankSum=0.937;SC=TCTGTCTCCTCACCTCCTTTC;SOR=0.842;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=123;TCF=73;TCR=50;TR=73;WE=7695853;WS=7695835;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:115,108:0.48:223
chr5	7696028	rs11134252	C	T	1128.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.188;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.826;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=27;PP=643;ReadPosRankSum=0.337;SC=CTCTTGGTTTCGTTTTTCTTC;SOR=0.838;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=72;TCF=25;TCR=47;TR=40;WE=7696036;WS=7696018;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,51:0.57:90
chr5	7712810	rs6555488	C	T	296.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=9;NR=1;PP=242;SC=TTGATTCACACTTAGGATTAA;SOR=3.258;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=9;TCR=1;TR=10;WE=7712818;WS=7712807;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr5	7717396	rs6878196	T	C	669.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.493;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.894;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=13;PP=352;ReadPosRankSum=2.574;SC=TTTATTATGTTCCAGTTGTAT;SOR=0.655;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=53;TCF=26;TCR=27;TR=27;WE=7717404;WS=7717386;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,35:0.49:71
chr5	7724521	rs371811181	GT	G	71.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.547;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=1.810;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.87;ReadPosRankSum=-0.176;SOR=1.302;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,10:0.40:25
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chr5	7826648	rs141881348	AAAC	A	1386.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=16;NR=6;PP=1052;SC=GCGCTGAATTAAACAACATTG;SOR=2.448;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=26;TCF=18;TCR=8;TR=22;WE=7826658;WS=7826638;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr5	7826680	rs6887726	T	C	1649.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=36;NR=17;PP=1004;SC=CTTTTTTTCTTGTGGATTACT;SOR=1.536;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=53;TCF=36;TCR=17;TR=53;WE=7826688;WS=7826670;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr5	7835555	rs6883562	C	G	10120.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.630;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=391;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=112;NR=108;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.748;SC=GGTGCAACTTCTGATCATAAT;SOR=0.698;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=220;TCF=112;TCR=108;TR=220;WE=7835563;WS=7835545;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,387:0.99:389
chr5	7835685	rs179044	G	T	4509.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=39;NR=75;PP=2293;SC=GGAGCACAGAGGCCAGTTCTT;SOR=1.262;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=114;TCF=39;TCR=75;TR=114;WE=7835693;WS=7835675;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,169:1.00:169
chr5	7850898	.	TGCCCAGCC	T	828	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;FR=1.0000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MMLQ=24;MQ=59.3;NF=2;NR=6;PP=828;QD=104.75;SC=CGCCCGCCCCTGCCCAGCCGC;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=10;TCF=2;TCR=8;TR=8;WE=7850913;WS=7850888;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:2,8:0.80:10
chr5	7859702	rs16879236	T	G	2375.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=2.124;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=244;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.549;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQ=60.04;MQRankSum=1.025;NF=32;NR=38;PP=1010;ReadPosRankSum=-3.259;SC=AAATCTGAGGTTCCTCTGGCT;SOR=0.848;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=143;TCF=70;TCR=73;TR=70;WE=7859710;WS=7859692;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:122,118:0.49:240
chr5	7866821	rs16879259	T	C	1268.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.968;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.730;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=16;PP=614;ReadPosRankSum=-0.665;SC=TGGATGGCATTCATTAAGTGA;SOR=0.480;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=66;TCF=41;TCR=25;TR=39;WE=7866829;WS=7866811;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,58:0.60:96
chr5	7866967	rs162030	G	C	3145.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.387;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=312;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=53;PP=1403;ReadPosRankSum=-0.617;SC=GTTCCATTAAGGCAGAAATCT;SOR=0.690;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=208;TCF=114;TCR=94;TR=116;WE=7866975;WS=7866957;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:153,157:0.51:310
chr5	7868030	rs2966952	T	C	3534.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.773;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=414;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.523;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=64;PP=1919;ReadPosRankSum=2.303;SC=ATGATGGAATTTGACCCCGAA;SOR=0.627;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=272;TCF=122;TCR=150;TR=120;WE=7868038;WS=7868020;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:229,175:0.43:404
chr5	7868269	rs3733781	A	G	516.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.926;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.60;ReadPosRankSum=-0.095;SOR=0.511;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,25:0.61:41
chr5	7869900	rs73737651	G	C	486.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-2.566;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=1;PP=419;ReadPosRankSum=0.948;SC=CTCAGGATGTGTGTTTCATGG;SOR=1.382;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=31;TCF=29;TCR=2;TR=20;WE=7869908;WS=7869896;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,19:0.63:30
chr5	7870083	rs326119	C	A	2800.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.001;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=248;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.986;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=49;PP=1360;ReadPosRankSum=0.599;SC=GAAAGCCAAGCTTTTGGTTTG;SOR=0.672;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=153;TCF=76;TCR=77;TR=94;WE=7870091;WS=7870073;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:109,134:0.55:243
chr5	7878424	rs2303080	T	A	3487.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-2.401;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=333;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.670;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=65;PP=1559;ReadPosRankSum=-1.479;SC=TCTGCAGGAGTCTCTTGGCCA;SOR=0.525;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=217;TCF=81;TCR=136;TR=109;WE=7878432;WS=7878414;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:153,169:0.52:322
chr5	7885782	.	A	ATT	1113.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.496;ClippingRankSum=0.000;DP=188;ExcessHet=3.0103;FS=0.732;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.40;ReadPosRankSum=-0.530;SOR=0.600;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:94,80:0.46:174
chr5	7889216	rs2287779	G	A	2445.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-2.112;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.757;HP=5;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=39;PP=950;ReadPosRankSum=-0.791;SC=AGGCATTTTTGCGAGCCCTTG;SOR=0.625;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=139;TCF=71;TCR=68;TR=75;WE=7889224;WS=7889206;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:100,122:0.55:222
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chr5	8461166	rs341899	T	C	1578.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=11;NR=38;PP=1110;SC=GTTTCTAAGTTTATTATTAAA;SOR=2.024;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=49;TCF=11;TCR=38;TR=49;WE=8461174;WS=8461156;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr5	9043142	rs3834271	T	TA	306.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=2.011;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.757;HP=9;HapScore=3;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=17;PP=240;ReadPosRankSum=1.281;SC=GAAAATATATTAAAAAAAAAC;SOR=1.920;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=36;TCF=0;TCR=36;TR=17;WE=9043150;WS=9043132;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,20:0.41:49
chr5	9050410	rs257098	C	T	658.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=2.628;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.546;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=3;PP=342;ReadPosRankSum=-0.468;SC=TGACTTTCTCCGGTTTTTCAT;SOR=0.409;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=49;TCF=43;TCR=6;TR=22;WE=9050418;WS=9050400;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,27:0.48:56
chr5	9053945	rs257095	C	T	1645.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-1.473;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.618;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=34;PP=829;ReadPosRankSum=-2.379;SC=AGAACTCGTGCTTGAAGCCTT;SOR=0.779;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=112;TCF=46;TCR=66;TR=55;WE=9053953;WS=9053935;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,80:0.54:147
chr5	9066464	rs786847	A	G	1818.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=2.369;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.575;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=15;PP=896;ReadPosRankSum=-0.389;SC=CTTGCTGTTTATGACCTTAGA;SOR=0.922;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=117;TCF=81;TCR=36;TR=54;WE=9066472;WS=9066454;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:107,86:0.45:193
chr5	9066802	rs786846	G	A	2025.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.739;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.232;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=52;PP=1234;ReadPosRankSum=0.537;SC=GGGGTAAACAGAGCAACCTCA;SOR=0.927;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=152;TCF=54;TCR=98;TR=77;WE=9066810;WS=9066792;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:105,98:0.48:203
chr5	9122890	rs17238053	C	A	4555.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.765;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=459;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=77;NR=72;PP=2189;ReadPosRankSum=0.317;SC=CATCTGTGTGCGTGCAAGGCG;SOR=0.702;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=286;TCF=148;TCR=138;TR=149;WE=9122898;WS=9122880;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:226,227:0.50:453
chr5	9136487	rs6883525	A	C	213.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.536;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=1;PP=117;ReadPosRankSum=1.605;SC=GAGAGAGCACAGACTGGGTTT;SOR=0.674;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=27;TCF=23;TCR=4;TR=9;WE=9136495;WS=9136480;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,11:0.35:31
chr5	9136646	rs17238609	C	G	2171.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.709;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=247;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.829;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=28;PP=964;ReadPosRankSum=-1.787;SC=GTTCCCACTGCGTCATGCTCA;SOR=0.540;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=154;TCF=85;TCR=69;TR=59;WE=9136654;WS=9136636;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:136,108:0.44:244
chr5	9197434	rs3216958	A	AGAG	1189.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.217;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.42;MQRankSum=1.090;QD=24.79;ReadPosRankSum=0.907;SOR=0.922;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,31:0.65:48
chr5	9201973	rs40683	C	T	295.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.620;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=2;PP=212;ReadPosRankSum=0.724;SC=AAGATTTTCTCTAAAGTAAAT;SOR=0.836;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=30;TCF=25;TCR=5;TR=13;WE=9201981;WS=9201963;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,13:0.45:29
chr5	9202419	rs1805974	T	C	498.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=2.046;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=16;PP=331;ReadPosRankSum=-1.605;SC=TCTTGCCTGCTCAGTATTTCA;SOR=0.880;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=37;TCF=4;TCR=33;TR=18;WE=9202427;WS=9202409;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,21:0.48:44
chr5	9227108	rs146979886	A	AAT	1400.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.110;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FS=2.521;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.86;ReadPosRankSum=1.612;SOR=0.974;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:77,52:0.40:129
chr5	9265602	rs7734564	C	T	2652.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.632;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=288;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.441;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=52;PP=1248;ReadPosRankSum=-0.382;SC=ACTCTTCTGCCGCGGGACTCC;SOR=0.797;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=187;TCF=76;TCR=111;TR=86;WE=9265610;WS=9265592;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:147,132:0.47:279
chr5	9280841	rs55821543	G	A	2899.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=2.014;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=317;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.411;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=40;PP=1619;ReadPosRankSum=-2.007;SC=TTACATGGAGGACTCTCAAGT;SOR=0.720;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=190;TCF=111;TCR=79;TR=96;WE=9280849;WS=9280831;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:172,141:0.45:313
chr5	9280957	rs6555597	C	A	5350.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=46;NR=92;PP=2945;SC=TAAAATGTAACGTTTTAGCAA;SOR=1.294;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=138;TCF=46;TCR=92;TR=138;WE=9280965;WS=9280947;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,195:1.00:195
chr5	10227548	rs2136197	C	A	5267.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=90;NR=46;PP=2722;SC=CACTCCCAGTCAAGTTTATGC;SOR=1.286;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=136;TCF=90;TCR=46;TR=136;WE=10227556;WS=10227538;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,197:1.00:197
chr5	10227823	rs3080459	C	CCT	1822.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=36;PP=1672;SC=CCCAAAATTTCCTGTTTTTAA;SOR=3.716;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=37;TCF=0;TCR=37;TR=36;WE=10227831;WS=10227813;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr5	10235490	rs2292264	G	A	2683.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=17;NR=54;PP=1582;SC=GGGTTTTGATGAACTCCTAAG;SOR=1.847;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=71;TCF=17;TCR=54;TR=71;WE=10235498;WS=10235480;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr5	10236927	rs2292263	C	T	3575.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=65;NR=34;PP=2014;SC=AACTTAGTTTCCTTGATTGGT;SOR=1.366;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=99;TCF=65;TCR=34;TR=99;WE=10236935;WS=10236917;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chr5	10237036	rs12653481	A	G	6327.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.439;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=241;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=74;NR=77;PP=2932;ReadPosRankSum=-0.903;SC=AGGTCGAACAAAACATTGCTG;SOR=0.223;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=152;TCF=75;TCR=77;TR=151;WE=10237044;WS=10237026;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,238:1.00:239
chr5	10239261	rs2438652	G	A	18024.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.065;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=433;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=142;NR=157;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.992;SC=AATCTGCTTCGTAGTTGCAGG;SOR=0.746;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=299;TCF=142;TCR=157;TR=299;WE=10239269;WS=10239251;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,423:0.99:427
chr5	10239278	rs2252505	C	T	17572.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.129;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=421;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=134;NR=155;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.679;SC=CAGGTACAAACGGCAAACAGA;SOR=0.789;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=289;TCF=134;TCR=155;TR=289;WE=10239286;WS=10239268;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,411:0.99:415
chr5	10250047	rs2607301	C	A	308.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.357;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=0.989;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.95;MQRankSum=0.000;QD=5.15;ReadPosRankSum=1.175;SOR=0.885;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,26:0.43:60
chr5	10250430	rs2548546	G	A	3482.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.958;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=379;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.378;HP=5;HapScore=3;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=66;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.135;SC=CGGTTGGGGGGAAGTAATTCC;SOR=0.725;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=242;TCF=104;TCR=138;TR=113;WE=10250451;WS=10250420;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:199,171:0.46:370
chr5	10250443	rs2578618	T	C	3179.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=2.881;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=336;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.294;HP=2;HapScore=3;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=60;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.368;SC=GTAATTCCGGTTGTTGCACCA;SOR=0.920;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=214;TCF=86;TCR=128;TR=92;WE=10250451;WS=10250420;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:178,149:0.46:327
chr5	10254817	rs2578617	A	G	3122.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.377;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=305;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.487;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=40;PP=1351;ReadPosRankSum=0.396;SC=ATAAGGATGGAGATGTGACTG;SOR=0.859;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=199;TCF=111;TCR=88;TR=96;WE=10254825;WS=10254807;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:149,153:0.51:302
chr5	10255021	rs2607294	T	C	1029.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-2.705;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.232;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=23;PP=437;ReadPosRankSum=1.328;SC=ACATGCCTGCTGAGATTGTTG;SOR=0.378;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=69;TCF=22;TCR=47;TR=36;WE=10255029;WS=10255011;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,51:0.58:88
chr5	10255083	rs2578616	A	C	750.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=1.134;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=31;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=16;PP=360;ReadPosRankSum=1.731;SC=AAAACATGCTACAAAACAAAT;SOR=0.749;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=27;TCF=3;TCR=24;TR=18;WE=10255091;WS=10255073;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,21:0.70:30
chr5	10256161	rs1042392	T	C	2178.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.691;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=278;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.444;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=44;PP=2354;ReadPosRankSum=0.187;SC=AGGCTGCTCGTGTTGCTATTG;SOR=0.743;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=189;TCF=83;TCR=106;TR=77;WE=10256180;WS=10256151;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:159,117:0.42:276
chr5	10256172	rs11557652	A	T	3208.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.184;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=266;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.504;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=64;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.698;SC=GTTGCTATTGAACACCTGGAC;SOR=0.820;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=185;TCF=78;TCR=107;TR=109;WE=10256180;WS=10256151;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:113,151:0.57:264
chr5	10258125	rs2457156	G	A	1241.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.067;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.74;ReadPosRankSum=2.301;SOR=0.712;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:79,63:0.44:142
chr5	10261542	rs2607327	C	T	4313.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=105;NR=18;PP=2965;SC=GGAGATGTCTCGGTCAAAGTG;SOR=3.209;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=125;TCF=106;TCR=19;TR=123;WE=10261550;WS=10261532;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,139:1.00:139
chr5	10261966	rs2244717	G	A	1011.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.790;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.869;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=22;PP=458;ReadPosRankSum=-0.650;SC=AAAAATAATCGTGGTTCTCAA;SOR=0.904;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=55;TCF=18;TCR=37;TR=31;WE=10261974;WS=10261956;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,48:0.58:83
chr5	10262740	rs2578642	C	A	3536.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.238;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=427;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.215;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=51;PP=1538;ReadPosRankSum=-0.206;SC=GGTAAGGGATCTGTGCAGACT;SOR=0.767;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=239;TCF=122;TCR=117;TR=114;WE=10262748;WS=10262730;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:239,186:0.44:425
chr5	10263451	.	TGGAG	T	1923	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;FR=0.5000;HP=3;HapScore=4;MGOF=14;MMLQ=24;MQ=59.79;NF=2;NR=57;PP=1923;QD=33.4877807113;SC=CGCCTCTGCGTGGAGGGGGGG;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=73;TCF=3;TCR=70;TR=59;WE=10263472;WS=10263441;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:14,59:0.81:73
chr5	10263453	rs147103051	GA	G	4266.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=4;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=57;PP=1226;SC=CCTCTGCGTGGAGGGGGGGGG;SOR=1.755;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=72;TCF=4;TCR=68;TR=60;WE=10263472;WS=10263441;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr5	10263457	rs58620077	G	A	2916.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.669;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FS=17.443;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=31.70;ReadPosRankSum=1.962;SOR=2.447;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,75:0.82:92
chr5	10263461	rs370306096	GGGA	G	2910.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.393;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FS=16.609;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=34.24;ReadPosRankSum=1.517;SOR=2.568;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,70:0.82:85
chr5	10263464	.	A	G	1609	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;FR=0.5000;HP=9;HapScore=4;MGOF=23;MMLQ=23;MQ=59.66;NF=11;NR=63;PP=1609;QD=22.2131244939;SC=AGGGGGGGGGATGTCTGATTT;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=82;TCF=12;TCR=70;TR=74;WE=10263472;WS=10263441;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:8,74:0.90:82
chr5	10263582	rs2292267	G	A	254.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.276;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.869;HP=2;HapScore=2;MGOF=28;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=8;PP=178;ReadPosRankSum=1.963;SC=TTTGATTGCCGTAGGAATTGG;SOR=0.184;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=14;TCF=3;TCR=11;TR=11;WE=10263590;WS=10263572;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,11:0.73:15
chr5	10264962	rs544	A	G	895.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.110;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.972;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=21;PP=510;ReadPosRankSum=-2.740;SC=CTCGTGATGCATCTACAGTTA;SOR=0.530;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=48;TCF=15;TCR=33;TR=33;WE=10264970;WS=10264952;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,42:0.61:69
chr5	10282396	rs10067744	A	G	1284.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.650;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.521;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=19;PP=553;ReadPosRankSum=-0.669;SC=AATCCTTGACAATGCCTGAAA;SOR=0.512;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=73;TCF=35;TCR=38;TR=38;WE=10282404;WS=10282386;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,63:0.56:113
chr5	10282479	rs10052785	C	T	482.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-0.796;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.754;HP=3;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=16;PP=344;ReadPosRankSum=0.930;SC=CCGCATGATCCCCACACTCAT;SOR=1.179;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=40;TCF=10;TCR=30;TR=20;WE=10282487;WS=10282469;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,22:0.47:47
chr5	10282519	rs10067826	A	C	114.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=2.924;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.637;HP=5;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=7;PP=111;ReadPosRankSum=0.994;SC=TTTGGGTTTGATTTTTCAAAG;SOR=3.086;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=3;TCR=16;TR=7;WE=10282527;WS=10282509;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,7:0.26:27
chr5	10397473	.	CT	C	51.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.058;ClippingRankSum=0.000;DP=111;ExcessHet=3.0103;FS=2.165;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.53;ReadPosRankSum=1.475;SOR=0.447;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:78,19:0.20:97
chr5	10405809	.	G	GT	45.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.258;ClippingRankSum=0.000;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.08;ReadPosRankSum=-0.389;SOR=0.784;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,7:0.32:22
chr5	10417575	rs2934222	C	G	1421.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=8;NR=26;PP=825;SC=AGAAAATAATCCTAGCCAGGC;SOR=1.755;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=8;TCR=26;TR=34;WE=10417597;WS=10417565;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr5	10417589	rs2967956	G	T	1211.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=21;PP=629;SC=GCCAGGCATGGGGCTTACGCC;SOR=1.508;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=8;TCR=21;TR=29;WE=10417597;WS=10417565;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr5	10424022	rs1995214	C	T	1259.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.839;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=29;PP=696;ReadPosRankSum=0.655;SC=TCTTATCTTCCTACCTTGCTG;SOR=1.519;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=42;TCF=11;TCR=31;TR=39;WE=10424030;WS=10424012;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,50:0.96:52
chr5	10442496	rs2567577	T	C	4028.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=99;PP=2965;SC=ACCAGGGGCCTTACGCGGCAC;SOR=5.049;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=102;TCF=3;TCR=99;TR=102;WE=10442504;WS=10442486;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr5	10448247	rs1976360	G	A	694.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=19;NR=5;PP=505;SC=ACATAAGCCCGGGATGTTGGT;SOR=2.215;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=25;TCF=20;TCR=5;TR=24;WE=10448255;WS=10448237;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr5	10505467	rs62362463	A	G	410.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=3.592;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.684;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=1;PP=268;ReadPosRankSum=0.980;SC=GGAGGACACAATTCAATCCAT;SOR=1.270;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=36;TCF=31;TCR=5;TR=14;WE=10505475;WS=10505457;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,17:0.41:41
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chr5	10564846	rs814576	C	T	867.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=13;PP=440;SC=CGGCGACCCTCCTGCGCGCCG;SOR=1.284;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=7;TCR=13;TR=20;WE=10564854;WS=10564836;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr5	10565027	rs1103749	C	G	103.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=4;PP=59;SC=CGCCTCCCAGCTCCTGGCTCC;SOR=1.981;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=5;TCF=1;TCR=4;TR=5;WE=10565035;WS=10565017;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
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chr5	10624887	rs1531839	T	C	2613.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.726;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=235;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.487;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=54;PP=1343;ReadPosRankSum=-0.446;SC=TGGCTCCCAATCTTGCGCCTC;SOR=0.753;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=169;TCF=63;TCR=106;TR=84;WE=10624895;WS=10624877;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:112,121:0.52:233
chr5	10638180	rs11745612	T	C	1648.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.571;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=18;PP=667;ReadPosRankSum=-0.156;SC=ACTATTTCCCTGGTCTTGACC;SOR=0.695;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=94;TCF=59;TCR=35;TR=49;WE=10638188;WS=10638170;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,81:0.48:169
chr5	10638364	rs6889196	A	G	958.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.233;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.724;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=27;PP=564;ReadPosRankSum=-0.224;SC=GAGATTAATCACTCCCATAGA;SOR=0.608;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=78;TCF=21;TCR=57;TR=38;WE=10638372;WS=10638354;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,51:0.44:117
chr5	10649784	rs113222960	G	A	175.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=1.092;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=5;PP=94;ReadPosRankSum=-1.864;SC=TCCTGGCGGCGCGGGCTGCAC;SOR=0.941;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=13;TCF=4;TCR=9;TR=7;WE=10649792;WS=10649774;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,9:0.47:19
chr5	10650150	rs56969869	A	G	1268.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.055;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=1.920;NF=26;NR=23;PP=688;ReadPosRankSum=0.762;SC=AGAGGAAGGCAGAGGAGGCCG;SOR=0.660;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=78;TCF=39;TCR=39;TR=49;WE=10650158;WS=10650140;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,64:0.53:121
chr5	10650251	rs140897444	CGGGGCT	C	1241.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=0.184;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.647;NF=1;NR=17;PP=820;ReadPosRankSum=-0.171;SC=GCGCTGGGGCCGGGGCTGGGG;SOR=0.892;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=31;TCF=3;TCR=28;TR=18;WE=10650264;WS=10650241;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,33:0.67:49
chr5	10650324	rs13354827	TT	GG	1051.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=14;PP=775;SC=ATCGCACCACTTCCGCTCCAT;SOR=1.802;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=19;TCF=5;TCR=14;TR=19;WE=10650333;WS=10650314;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr5	10664999	rs111384023	C	G	1431.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.822;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=1.027;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.27;ReadPosRankSum=1.144;SOR=0.556;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,37:0.63:59
chr5	10665004	rs115907161	C	T	1515.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.643;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=2.202;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=23.32;ReadPosRankSum=0.771;SOR=0.432;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,41:0.63:65
chr5	10665259	rs11954194	C	T	562.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=1.859;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=15;PP=324;ReadPosRankSum=-1.451;SC=TCTCCCGAAACGACTGGCTTA;SOR=0.711;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=35;TCF=8;TCR=27;TR=19;WE=10665267;WS=10665249;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,25:0.58:43
chr5	10680997	rs5745297	G	A	4830.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.976;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=464;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=70;NR=92;PP=2633;ReadPosRankSum=1.266;SC=GTTTGGGCTGGAGCTGTTTCT;SOR=0.693;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=315;TCF=136;TCR=179;TR=162;WE=10681005;WS=10680987;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:231,231:0.50:462
chr5	10748231	rs267944	C	T	6142.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=97;NR=65;PP=2810;SC=AATGTTAATGCTTAACCGAAT;SOR=1.000;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=162;TCF=97;TCR=65;TR=162;WE=10748239;WS=10748221;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,236:1.00:236
chr5	10748462	rs267943	C	T	2889.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=26;NR=60;PP=1740;SC=TGGAAAGGTTCTGGTTGCTCA;SOR=1.655;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=86;TCF=26;TCR=60;TR=86;WE=10748470;WS=10748452;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr5	10761009	rs11740244	C	G	129.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=21.64;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr5	10761182	rs267927	A	G	789.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.63;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=5;PP=236;SC=CGAAGACATGACGCGGCGGGG;SOR=0.892;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=14;TCF=9;TCR=5;TR=14;WE=10761190;WS=10761172;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr5	11082762	rs2277053	T	C	8314.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.743;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=327;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=123;NR=77;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.996;SC=CTAGAGAAAATATTTTCACTT;SOR=1.060;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=200;TCF=123;TCR=77;TR=200;WE=11082770;WS=11082752;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,316:0.99:318
chr5	11083936	rs59657279	A	G	292.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.759;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.84;ReadPosRankSum=2.303;SOR=0.756;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,19:0.70:27
chr5	11084189	rs1024621	T	C	6269.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.097;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=243;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=105;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.676;SC=CTACTTTGTATCTCAAGCTCT;SOR=0.497;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=161;TCF=56;TCR=105;TR=161;WE=11084197;WS=11084179;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,235:1.00:236
chr5	11117384	rs2285976	A	T	715.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-3.435;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=5;PP=475;ReadPosRankSum=1.416;SC=ATATATCTAGATCCATGCTAG;SOR=0.580;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=50;TCF=40;TCR=10;TR=27;WE=11117392;WS=11117374;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,32:0.55:58
chr5	11117583	rs2285975	C	T	7553.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.389;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=748;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=105;NR=105;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.680;SC=TCTCACTGCTCCCCAGCGCAG;SOR=0.667;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=428;TCF=218;TCR=210;TR=210;WE=11117591;WS=11117573;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:376,369:0.50:745
chr5	11365166	rs2074260	C	T	213.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=1.809;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.880;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=5;PP=130;ReadPosRankSum=0.658;SC=ATCAGCCTGTCGGCATCACCC;SOR=0.082;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=11;TCF=2;TCR=9;TR=7;WE=11365174;WS=11365156;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,9:0.64:14
chr5	11412302	rs31750	C	T	1749.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=19;SC=TTTCCTTTCACTTCTTACTAT;SOR=0.849;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=14;TCR=19;TR=33;WS=11412292;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr5	11564995	rs7719578	A	G	8946.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=357;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=145;NR=83;PP=2965;SC=GAAGAGAAACATCACGATTTA;SOR=1.114;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=229;TCF=146;TCR=83;TR=228;WE=11565003;WS=11564985;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,348:1.00:348
chr5	13692279	rs2166337	A	T	985.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=1.145;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=25;PP=654;ReadPosRankSum=0.888;SC=ACTTGGTGAAATTTCCACTTT;SOR=1.670;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=38;TCF=12;TCR=26;TR=36;WE=13692287;WS=13692269;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,38:0.95:40
chr5	13701327	rs3734112	A	G	4192.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=66;NR=30;PP=2012;SC=CTTTAAAACTATAATGATGGA;SOR=1.264;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=99;TCF=66;TCR=33;TR=96;WE=13701335;WS=13701317;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,151:1.00:151
chr5	13701525	rs3734111	T	C	10641.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.887;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=251;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=69;NR=99;PP=2965;ReadPosRankSum=-2.159;SC=AGAAACCCAGTGTACTAGAAA;SOR=0.972;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=170;TCF=70;TCR=100;TR=168;WE=13701544;WS=13701515;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,249:0.99:251
chr5	13701536	rs3734110	T	C	10213.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.931;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=234;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=95;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.621;SC=GTACTAGAAATCCAAGAAGCC;SOR=1.051;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=159;TCF=62;TCR=97;TR=156;WE=13701544;WS=13701515;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,232:0.99:234
chr5	13701617	rs61338089	GA	G	856.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-2.136;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.9999;FS=5.170;HP=12;HapScore=3;MGOF=51;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.400;NF=1;NR=32;PP=359;ReadPosRankSum=-1.511;SC=TATGTTCACTGAAAAAAAAAA;SOR=0.119;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=45;TCF=1;TCR=44;TR=33;WE=13701626;WS=13701607;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:5,51:0.91:56
chr5	13701654	rs13162313	T	C	1175.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=43;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=35;PP=1023;SC=TTCACTTTTATAATGAAAAAA;SOR=4.351;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=38;TCF=3;TCR=35;TR=38;WE=13701662;WS=13701644;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr5	13714740	rs30175	G	A	1551.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=14;NR=29;PP=926;SC=CTGAACAACAGACACCCCAGA;SOR=1.371;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=43;TCF=14;TCR=29;TR=43;WE=13714748;WS=13714730;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr5	13719022	rs30169	T	G	4237.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=80;NR=25;PP=2335;SC=CTGCCCGGAGTCCTTGTGGAG;SOR=1.847;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=105;TCF=80;TCR=25;TR=105;WE=13719030;WS=13719012;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,147:1.00:147
chr5	13719089	rs30168	G	A	8978.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-2.264;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=345;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=131;NR=92;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.972;SC=CTGCTTATGAGCCTCGGTGGT;SOR=0.354;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=224;TCF=132;TCR=92;TR=223;WE=13719097;WS=13719079;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,339:1.00:340
chr5	13754394	rs2401809	C	T	3550.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.202;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=429;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.948;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=69;PP=1677;ReadPosRankSum=-0.433;SC=CACTGATGAGCGTGGAAGCTG;SOR=0.810;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=280;TCF=138;TCR=142;TR=121;WE=13754402;WS=13754384;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:240,182:0.43:422
chr5	13759172	rs34516765	TA	T	733.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=0.391;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.096;NF=0;NR=21;PP=680;ReadPosRankSum=-0.735;SC=AGAACTCAGCTAACGTCACAT;SOR=0.793;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=46;TCF=1;TCR=45;TR=21;WE=13759180;WS=13759162;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,25:0.47:53
chr5	13762972	rs6554812	T	C	4099.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=1.604;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=428;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.525;HP=5;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=74;PP=1960;ReadPosRankSum=1.365;SC=GACTCAAAAATTCTATCACCT;SOR=0.769;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=248;TCF=98;TCR=150;TR=120;WE=13762980;WS=13762962;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:220,199:0.47:419
chr5	13763039	rs6554813	G	A	1388.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.540;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.805;HP=3;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=37;PP=856;ReadPosRankSum=-0.707;SC=AAATAAAGTCGAAACACTTCT;SOR=0.588;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=97;TCF=19;TCR=78;TR=47;WE=13763047;WS=13763029;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,60:0.51:117
chr5	13769257	rs12655133	T	A	2353.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.943;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=246;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.692;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=53;PP=1319;ReadPosRankSum=0.188;SC=TAATTCAATATAAAGCAAGCA;SOR=0.941;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=173;TCF=63;TCR=110;TR=79;WE=13769265;WS=13769247;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:123,112:0.48:235
chr5	13769356	rs36092508	GT	G	157.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.950;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=2.963;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.51;ReadPosRankSum=-1.381;SOR=0.148;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,11:0.52:21
chr5	13770757	rs138234449	C	CA	1629.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQ=60.18;NF=24;NR=12;PP=1484;SC=CTATGATACACAAAATGTCTC;SOR=1.773;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=38;TCF=26;TCR=12;TR=36;WE=13770765;WS=13770747;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr5	13776487	rs34413787	C	T	2147.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.825;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=26;PP=1000;ReadPosRankSum=-1.776;SC=TCAAGCATCCCTGAAAGAACT;SOR=0.692;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=134;TCF=81;TCR=53;TR=66;WE=13776495;WS=13776477;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:95,102:0.52:197
chr5	13810149	rs35732567	G	A	93.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.437;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.673;HP=1;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=0;PP=43;ReadPosRankSum=-0.510;SC=GTTCCGTCTGGACGGGCAGGT;SOR=1.755;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=23;TCF=20;TCR=3;TR=5;WE=13810157;WS=13810139;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,6:0.24:25
chr5	13810441	rs35058767	G	A	1046.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.588;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=25;PP=591;ReadPosRankSum=0.328;SC=GTTTCAATGGGAACAGTAAAC;SOR=0.662;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=77;TCF=25;TCR=52;TR=36;WE=13810449;WS=13810431;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,47:0.49:95
chr5	13810529	rs31238	C	G	350.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.493;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=8;PP=161;ReadPosRankSum=0.155;SC=AAGAACTGATCTCTGAGAATA;SOR=0.784;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=23;TCF=7;TCR=16;TR=11;WE=13810537;WS=13810519;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,17:0.52:33
chr5	13811775	rs10078391	T	C	2942.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-1.941;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=299;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.179;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=28;PP=780;ReadPosRankSum=0.783;SC=AATCAGGCCTTGAAGCATGTT;SOR=0.735;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=164;TCF=84;TCR=80;TR=65;WE=13811783;WS=13811765;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:142,148:0.51:290
chr5	13814682	rs56046501	T	C	784.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.147;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.063;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=7;PP=478;ReadPosRankSum=-0.131;SC=TGTTTTCCTTTTTAATTATAC;SOR=0.479;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=60;TCF=48;TCR=12;TR=29;WE=13814690;WS=13814672;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,35:0.48:73
chr5	13815049	rs6890413	AG	CT	511.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=2.042;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.882;HP=2;HapScore=2;JOINED;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=10;PP=450;ReadPosRankSum=0.025;SC=CTATTATATTAGATGTAATTT;SOR=1.585;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=24;TCF=5;TCR=19;TR=11;WE=13815058;WS=13815039;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,14:0.50:28
chr5	13817881	rs6889720	G	A	1081.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=4.803;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.685;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=35;PP=795;ReadPosRankSum=0.935;SC=ACTAATTTGTGGTGTACTGTC;SOR=1.609;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=83;TCF=14;TCR=69;TR=41;WE=13817889;WS=13817871;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,43:0.47:92
chr5	13820656	rs6554817	G	A	826.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.313;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.801;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=20;PP=432;ReadPosRankSum=0.122;SC=AATGATGGCCGGACACGGTGG;SOR=0.507;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=66;TCF=19;TCR=47;TR=28;WE=13820664;WS=13820646;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,40:0.45:89
chr5	13823262	rs10035657	T	C	1113.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=2.971;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.458;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=8;PP=776;ReadPosRankSum=1.043;SC=TCACTGTTGTTATTTTTGCTG;SOR=1.467;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=60;TCF=45;TCR=15;TR=39;WE=13823270;WS=13823252;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,46:0.57:81
chr5	13829608	rs1348691	G	A	961.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.637;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.107;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=4;PP=584;ReadPosRankSum=-0.103;SC=AAGACCTCCAGGATGACACAC;SOR=0.914;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=56;TCF=47;TCR=9;TR=31;WE=13829616;WS=13829598;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,40:0.57:70
chr5	13829799	rs1348689	G	A	3110.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=2.288;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=340;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.304;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=50;PP=1404;ReadPosRankSum=0.397;SC=CCTGCCGTCCGGCATAGCCAG;SOR=0.774;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=192;TCF=88;TCR=104;TR=88;WE=13829807;WS=13829789;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:175,154:0.47:329
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chr5	13830048	rs10474996	G	A	291.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-1.347;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.318;HP=1;HapScore=2;MGOF=217;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=4;PP=136;ReadPosRankSum=-0.967;SC=TTTCCATTCAGGAAAACAGAT;SOR=0.353;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=22;TCF=15;TCR=7;TR=12;WE=13830056;WS=13830047;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,11:0.58:19
chr5	13839695	rs9312849	C	T	325.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=3.450;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=12;PP=250;ReadPosRankSum=0.094;SC=TAAATATACACGTTATTAGCA;SOR=1.022;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=27;TCF=4;TCR=23;TR=14;WE=13839703;WS=13839685;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,14:0.48:29
chr5	13842027	rs35805633	CAA	C	241.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.806;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.76;ReadPosRankSum=0.604;SOR=0.783;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,15:0.36:42
chr5	13842052	rs1910089	A	T	942.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=1.933;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=11.742;HP=1;HapScore=2;MGOF=33;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=37;PP=803;ReadPosRankSum=0.789;SC=AAAAAGCTATAGTCATATAAA;SOR=0.780;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=87;TCF=13;TCR=74;TR=45;WE=13842060;WS=13842042;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,32:0.78:41
chr5	13844874	rs16902837	G	A	318.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=3.167;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.696;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=2;PP=223;ReadPosRankSum=1.298;SC=ACCCGTTTTCGAAGAGCTACT;SOR=1.230;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=31;TCF=26;TCR=5;TR=14;WE=13844882;WS=13844864;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,15:0.41:37
chr5	13845045	rs10041113	G	A	1324.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.237;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.384;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=25;PP=670;ReadPosRankSum=-0.735;SC=TCTCTAGAAGGGCAGGATCTG;SOR=0.533;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=113;TCF=54;TCR=59;TR=48;WE=13845053;WS=13845035;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,69:0.46:150
chr5	13845107	rs4429853	A	G	564.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.241;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=22;PP=523;ReadPosRankSum=1.927;SC=AAGTACCTACAAGGAGAGGAA;SOR=0.524;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=68;TCF=12;TCR=56;TR=27;WE=13845115;WS=13845097;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,34:0.38:89
chr5	13845151	rs10041099	C	G	512.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=2.557;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=19;PP=416;ReadPosRankSum=-1.522;SC=CAAAGCTGGTCGTTCAAGGAA;SOR=0.866;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=46;TCF=6;TCR=40;TR=22;WE=13845159;WS=13845141;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,23:0.46:50
chr5	13850651	rs795528	T	C	606.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=16;NR=1;PP=411;SC=CAGCTTTATATATAAATTCAG;SOR=3.160;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=17;TCF=16;TCR=1;TR=17;WE=13850659;WS=13850641;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr5	13850750	rs6554820	A	G	2225.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=41;NR=23;PP=1066;SC=TCAAAGAGCCAGTGAACTTAC;SOR=1.204;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=64;TCF=41;TCR=23;TR=64;WE=13850758;WS=13850740;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr5	13851016	rs795526	C	T	1061.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=8;NR=27;PP=758;SC=GAGGCTAGAGCTTTAACCAGT;SOR=2.242;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=35;TCF=8;TCR=27;TR=35;WE=13851024;WS=13851006;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr5	13859743	rs1502043	G	T	7289.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=279;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.30;SOR=1.710;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,267:1.00:267
chr5	13859807	rs1867677	G	T	2006.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=58;PP=1641;SC=ATTTTTAACCGCTTTCTTTAC;SOR=4.080;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=65;TCF=7;TCR=58;TR=65;WE=13859815;WS=13859797;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr5	13862600	rs7724453	T	G	2696.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=50;NR=16;PP=1568;SC=TCATTAATTTTAAATGTTTGC;SOR=1.711;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=66;TCF=50;TCR=16;TR=66;WE=13862608;WS=13862590;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr5	13862616	rs7704417	C	T	3563.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=59;NR=26;PP=1638;SC=TTTGCTATTACGGTTCTCAAA;SOR=1.266;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=86;TCF=59;TCR=27;TR=85;WE=13862624;WS=13862606;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,133:1.00:133
chr5	13864728	rs6554827	C	A	4754.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.703;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=76;PP=2477;ReadPosRankSum=1.502;SC=CCTTCAAGGCCCGGGGAAGCT;SOR=0.932;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=132;TCF=56;TCR=76;TR=132;WE=13864736;WS=13864718;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,184:0.99:186
chr5	13864885	rs6554828	G	A	505.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=4;NR=13;PP=406;SC=CTTGCAGGCTGTCTGTTCATA;SOR=2.179;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=4;TCR=13;TR=17;WE=13864893;WS=13864875;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr5	13865717	rs7720415	A	G	1165.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=24;NR=11;PP=708;SC=TTGGCTGCCTATCAAAGAGGA;SOR=1.402;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=35;TCF=24;TCR=11;TR=35;WE=13865725;WS=13865707;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr5	13865980	rs7703349	T	C	1331.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=23;PP=663;SC=CTCCAGTATATGTGATGTATT;SOR=0.994;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=37;TCF=14;TCR=23;TR=37;WE=13865988;WS=13865970;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr5	13866450	rs11748811	A	G	2624.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=23;NR=55;PP=1797;SC=AATTTCATGAACTCAATCCAT;SOR=1.662;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=78;TCF=23;TCR=55;TR=78;WE=13866458;WS=13866440;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr5	13867819	rs1445810	C	T	774.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=20;NR=3;PP=525;SC=TTTTAGACAACTACATTTTGC;SOR=2.753;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=23;TCF=20;TCR=3;TR=23;WE=13867827;WS=13867809;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr5	13867851	rs13156044	G	A	569.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=2.375;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.991;HP=4;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=4;PP=287;ReadPosRankSum=-0.731;SC=ACTCATCCCCGAAAACGCACA;SOR=1.321;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=45;TCF=32;TCR=13;TR=19;WE=13867859;WS=13867841;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,27:0.48:56
chr5	13868103	rs35398031	TA	T	1498.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=39;PP=766;SC=ATAAGATTCCTAAAAAAAAAT;SOR=1.751;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=42;TCF=0;TCR=42;TR=39;WE=13868111;WS=13868093;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr5	13870836	rs35621834	G	A	1020.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.702;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=10;PP=493;ReadPosRankSum=-2.614;SC=CATCCAACATGTAGAAATATT;SOR=0.702;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=82;TCF=58;TCR=24;TR=36;WE=13870844;WS=13870826;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,52:0.45:115
chr5	13871925	rs10513159	A	G	713.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=18;PP=505;SC=TGAAAGGCACAATGATATAAG;SOR=1.697;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=24;TCF=6;TCR=18;TR=24;WE=13871933;WS=13871915;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr5	13876664	rs1445804	T	C	2281.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=48;NR=19;PP=1402;SC=GCTGAGCACATACAAGATGCT;SOR=1.788;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=67;TCF=48;TCR=19;TR=67;WE=13876672;WS=13876654;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
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chr5	13914120	rs10513162	T	C	211.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.607;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=6;PP=121;ReadPosRankSum=1.531;SC=GGTATCAACTTTATTTTCTTA;SOR=0.693;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=11;TCF=2;TCR=9;TR=8;WE=13914128;WS=13914110;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,10:0.59:17
chr5	13914556	rs13179761	A	G	86.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=0.935;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=1;PP=51;ReadPosRankSum=0.895;SC=AATAATTACAAAATGATTTAA;SOR=1.112;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=14;TCF=10;TCR=4;TR=5;WE=13914564;WS=13914546;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,5:0.36:14
chr5	13914775	rs13180591	G	T	955.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.855;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=17;PP=357;ReadPosRankSum=1.717;SC=ATAAAATGATGTTAAGCACAT;SOR=0.798;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=45;TCF=17;TCR=28;TR=26;WE=13914783;WS=13914765;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,44:0.59:74
chr5	13914796	rs13162553	T	C	784.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.018;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=16;PP=277;ReadPosRankSum=2.088;SC=AAAACAGCCATGGATTGTAAA;SOR=0.731;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=41;TCF=15;TCR=26;TR=24;WE=13914804;WS=13914786;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,40:0.60:67
chr5	13914819	rs13180613	G	A	607.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.555;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.452;HP=1;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=12;PP=266;ReadPosRankSum=-0.625;SC=GGACTAGAAGGTCCTTAACTC;SOR=0.390;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=25;TCF=6;TCR=19;TR=15;WE=13914827;WS=13914809;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,27:0.68:40
chr5	13916302	rs11750882	C	A	289.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-2.556;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=1;PP=203;ReadPosRankSum=0.181;SC=CCTCTGACATCAATTTAATTC;SOR=1.061;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=13;TCF=12;TCR=1;TR=10;WE=13916310;WS=13916292;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,11:0.79:14
chr5	13928085	rs12659700	T	C	6525.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=241;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=107;NR=70;PP=2965;SC=CACACACGCATCTCCCTCCCG;SOR=1.072;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=177;TCF=107;TCR=70;TR=177;WE=13928093;WS=13928075;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,239:1.00:239
chr5	13931205	rs1530497	G	C	3450.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.657;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=287;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.918;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=38;PP=1622;ReadPosRankSum=-0.475;SC=AGTGAGAAGTGAAACGCATCC;SOR=0.766;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=184;TCF=104;TCR=80;TR=95;WE=13931213;WS=13931195;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:123,157:0.56:280
chr5	13931340	rs1530496	C	T	2235.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.119;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=47;PP=1102;ReadPosRankSum=-1.255;SC=TTCCTTCTCTCCCTTCAGTCT;SOR=0.722;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=133;TCF=43;TCR=90;TR=68;WE=13931348;WS=13931330;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,103:0.56:183
chr5	13944512	rs339445	A	C	5838.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=74;NR=65;PP=2694;SC=GAGTGACGCTATGCTTCCAGA;SOR=0.749;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=140;TCF=74;TCR=66;TR=139;WE=13944520;WS=13944502;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,220:1.00:220
chr5	14183866	rs354302	T	C	426.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=3;PP=228;SC=AGGGAAGGCATGCGGCCGCAG;SOR=1.609;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=12;TCF=9;TCR=3;TR=12;WE=14183874;WS=14183856;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr5	14183979	rs71597901	CAG	C	1787.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=9;NR=11;PP=917;SC=TAACCTTTGGCAGATAGTGAC;SOR=1.206;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=22;TCF=10;TCR=12;TR=20;WE=14183988;WS=14183969;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr5	14184022	rs354301	G	A	2023.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=31;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=35;NR=26;PP=1112;SC=CGTGGTAACCGTTTTTTAAAA;SOR=0.984;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=61;TCF=35;TCR=26;TR=61;WE=14184030;WS=14184012;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr5	14184079	rs354300	G	A	2403.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=39;NR=36;PP=1329;SC=GTAAGGATGTGTCCCAGACTT;SOR=0.760;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=75;TCF=39;TCR=36;TR=75;WE=14184087;WS=14184069;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr5	14184116	rs16903264	C	T	679.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=0.055;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.788;HP=2;HapScore=2;MGOF=35;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.744;NF=21;NR=17;PP=476;ReadPosRankSum=0.158;SC=TATTTTGGCTCTCTGATGTGT;SOR=0.804;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=80;TCF=40;TCR=40;TR=38;WE=14184124;WS=14184106;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,38:0.37:103
chr5	14184211	rs354299	T	C	1154.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=24;PP=706;SC=ACAGAGAATGTTGTGTGTTTG;SOR=1.556;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=34;TCF=10;TCR=24;TR=34;WE=14184219;WS=14184201;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr5	14184254	rs354298	A	G	666.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=17;PP=466;SC=TAAAAATCCAACCGGCTAGTA;SOR=3.258;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=18;TCF=1;TCR=17;TR=18;WE=14184262;WS=14184244;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr5	14290805	rs30629	G	A	1942.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=3.046;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.901;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=16;PP=1090;ReadPosRankSum=-0.987;SC=CTTCTCATACGTGATTTTTTT;SOR=1.025;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=152;TCF=105;TCR=47;TR=65;WE=14290813;WS=14290795;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:124,95:0.43:219
chr5	14330755	rs34654449	AT	A	324.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=0.709;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.001;NF=11;NR=1;PP=139;ReadPosRankSum=-1.499;SC=ACTTCTTCCCATTTTTTTTTC;SOR=0.804;SbPval=0.96;Source=Platypus;TC=32;TCF=24;TCR=8;TR=12;WE=14330763;WS=14330747;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,22:0.52:42
chr5	14366840	rs30784	T	C	1434.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=40;NR=2;PP=1084;SC=TTTAGGATGATGAAGGCATCA;SOR=3.958;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=42;TCF=40;TCR=2;TR=42;WE=14366848;WS=14366830;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
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chr5	14377962	rs30769	A	C	592.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=2;PP=403;SC=GAGGTCTGGTAGACATGCTCA;SOR=3.611;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=17;TCF=15;TCR=2;TR=17;WE=14377970;WS=14377954;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr5	14378068	rs30770	T	G	2915.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=2.008;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.166;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=27;PP=1628;ReadPosRankSum=-0.633;SC=AATTTCGCGGTTGTTTTAATT;SOR=1.072;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=80;TCF=52;TCR=28;TR=79;WE=14378076;WS=14378058;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,106:0.99:107
chr5	14381174	rs247137	C	T	1851.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.103;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.609;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=16;PP=780;ReadPosRankSum=0.453;SC=ATGAGGTGCTCGGGGCTTTGG;SOR=0.616;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=101;TCF=66;TCR=35;TR=48;WE=14381182;WS=14381164;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,85:0.55:154
chr5	14387489	rs30794	G	C	2886.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.744;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=265;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=29;PP=1329;ReadPosRankSum=-1.445;SC=CACTGTGTTTGAGGTTTCTGG;SOR=0.716;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=153;TCF=90;TCR=63;TR=77;WE=14387497;WS=14387479;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:122,135:0.53:257
chr5	14388797	.	GT	G	193.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.078;ClippingRankSum=0.000;DP=183;ExcessHet=3.0103;FS=4.633;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.06;MQRankSum=1.732;QD=1.88;ReadPosRankSum=-0.448;SOR=1.268;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:70,33:0.32:103
chr5	14390577	rs34560795	G	A	678.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=1.187;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.960;HP=6;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=26;PP=567;ReadPosRankSum=1.413;SC=AATTGTTTTTGTGGAGTGAGT;SOR=1.552;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=52;TCF=5;TCR=47;TR=28;WE=14390585;WS=14390567;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,29:0.46:63
chr5	14390989	.	C	CT	33.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.338;ClippingRankSum=0.000;DP=86;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.42;ReadPosRankSum=0.393;SOR=0.743;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:66,14:0.17:80
chr5	14394283	rs256412	G	A	1465.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.264;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.398;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=36;PP=807;ReadPosRankSum=1.940;SC=TATGAATTATGTATTATTTTG;SOR=0.961;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=100;TCF=32;TCR=68;TR=51;WE=14394291;WS=14394273;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,68:0.54:126
chr5	14397238	rs30774	T	C	1165.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.015;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.230;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=22;PP=388;ReadPosRankSum=0.250;SC=GAGCCAATGATGCCATGCACC;SOR=0.837;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=81;TCF=39;TCR=42;TR=39;WE=14397246;WS=14397228;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,60:0.48:125
chr5	14398902	rs34806703	AT	A	280.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-1.027;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQ=60.92;MQRankSum=2.221;NF=11;NR=1;PP=343;ReadPosRankSum=-1.768;SC=CATTTTTAAAATTGTTGAAAA;SOR=0.743;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=30;TCF=27;TCR=3;TR=12;WE=14398910;WS=14398892;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,14:0.40:35
chr5	14405895	rs389729	G	A	1040.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.220;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=13;PP=498;ReadPosRankSum=-1.627;SC=ACCTGGGTGTGGTTAGGGCAA;SOR=0.708;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=85;TCF=54;TCR=31;TR=36;WE=14405903;WS=14405885;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,54:0.44:122
chr5	14420027	rs30612	A	C	9389.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=341;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=104;NR=131;PP=2965;SC=TGGTGCGGACAACTGACCGCT;SOR=0.847;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=236;TCF=105;TCR=131;TR=235;WE=14420035;WS=14420017;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,332:1.00:332
chr5	14462816	rs27100	C	T	3872.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.510;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=48;PP=1946;ReadPosRankSum=-0.954;SC=TGGTCCACGTCTGTGAACTGG;SOR=0.941;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=112;TCF=64;TCR=48;TR=111;WE=14462824;WS=14462806;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,151:0.99:153
chr5	14472626	rs26186	T	C	1602.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=37;NR=6;PP=997;SC=GGAGTCCATCTTGACCAGGAG;SOR=2.345;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=43;TCF=37;TCR=6;TR=43;WE=14472634;WS=14472616;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr5	14479938	rs26173	G	A	3716.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=64;NR=30;PP=1885;SC=TTTACTGCCAGTGTTGTAGTC;SOR=1.352;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=94;TCF=64;TCR=30;TR=94;WE=14479946;WS=14479928;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,138:1.00:138
chr5	14481270	rs111593684	TA	T	852.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.249;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FS=0.730;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.17;MQRankSum=1.356;QD=7.11;ReadPosRankSum=1.694;SOR=0.824;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:58,62:0.52:120
chr5	14485161	.	G	GT	408.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.761;ClippingRankSum=0.000;DP=175;ExcessHet=3.0103;FS=1.582;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.06;MQRankSum=1.686;QD=2.43;ReadPosRankSum=0.667;SOR=0.509;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:121,47:0.28:168
chr5	14509487	rs150510776	T	TTG	130.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=1.825;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=0;PP=56;ReadPosRankSum=1.199;SC=CTTTATGGTTTTGTGTGTGTG;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=6;TCR=2;TR=1;WE=14509495;WS=14509477;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,6:0.30:20
chr5	14610184	rs25960	C	G	2979.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=35;NR=32;PP=1296;SC=ACACTTCCCCCCACCGTGGCG;SOR=0.747;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=67;TCF=35;TCR=32;TR=67;WE=14610192;WS=14610174;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr5	14664821	rs250435	G	A	684.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=7;PP=416;SC=CGCTCTGCGGGCCCTCGGAAA;SOR=1.445;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=14;TCR=7;TR=21;WE=14664829;WS=14664811;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr5	14678996	rs31930	G	A	680.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=20;PP=531;SC=TATAGACGTTGTTATTGGTGT;SOR=4.003;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=22;TCF=2;TCR=20;TR=22;WE=14679004;WS=14678986;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr5	14751399	rs697570	C	T	486.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.888;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.589;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=16;PP=365;ReadPosRankSum=0.742;SC=CGGGAACCGACTGACAGAAGC;SOR=1.118;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=44;TCF=10;TCR=34;TR=20;WE=14751407;WS=14751389;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,22:0.41:54
chr5	14871620	rs139106733	AGGGGCGAC	A	303.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=1.933;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.533;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=5;PP=1636;ReadPosRankSum=-1.558;SC=CGGGGAGGCGAGGGGCGACGG;SOR=1.112;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=32;TCF=5;TCR=27;TR=7;WE=14871635;WS=14871610;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,10:0.29:34
chr5	15927927	rs66504704	A	G	200.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.571;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FS=3.510;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.05;ReadPosRankSum=-2.009;SOR=0.337;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:78,20:0.20:98
chr5	16091242	rs11389357	G	GA	532.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-1.011;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=15;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=19;PP=380;ReadPosRankSum=-0.972;SC=AATTAAAAAAGAAAAAAAAAC;SOR=1.688;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=24;TCF=0;TCR=24;TR=19;WE=16091250;WS=16091232;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,24:0.96:25
chr5	16477751	rs162850	C	A	793.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.009;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.804;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=6;PP=502;ReadPosRankSum=0.741;SC=AAATAAATGTCTCCAGAAATA;SOR=1.356;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=56;TCF=43;TCR=13;TR=30;WE=16477759;WS=16477741;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,35:0.52:67
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chr5	16479220	rs33692	A	G	133.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=0.144;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=5;PP=80;ReadPosRankSum=0.673;SC=GGGAAATGCCATTGTGAAATA;SOR=0.593;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=14;TCF=5;TCR=9;TR=8;WE=16479228;WS=16479210;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,8:0.57:14
chr5	16481062	rs2305279	C	T	5071.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=1.333;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=497;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=87;NR=60;PP=2367;ReadPosRankSum=2.737;SC=GTCTGTTGACCGTAAGGTGAT;SOR=0.723;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=302;TCF=178;TCR=124;TR=147;WE=16481070;WS=16481052;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:247,242:0.49:489
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chr5	16617099	rs35003	A	G	237.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.214;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=9;PP=184;ReadPosRankSum=-0.806;SC=GTGCTTCCAGACAGGGACGGG;SOR=0.657;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=19;TCF=4;TCR=15;TR=11;WE=16617107;WS=16617089;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,11:0.58:19
chr5	16667003	rs26743	C	T	5871.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=43;NR=113;PP=2965;SC=CTCCCGTAGCCTTCCATGCTA;SOR=1.576;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=156;TCF=43;TCR=113;TR=156;WE=16667011;WS=16666993;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,211:1.00:211
chr5	16667065	rs33273	C	G	603.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=1.865;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.786;HP=2;HapScore=2;MGOF=31;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=18;PP=438;ReadPosRankSum=0.430;SC=CTTTCACCTTCCTCATCAGGG;SOR=0.115;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=49;TCF=1;TCR=48;TR=19;WE=16667073;WS=16667055;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,23:0.42:55
chr5	16668256	rs35579	A	G	724.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-2.313;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.844;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=1;PP=457;ReadPosRankSum=0.784;SC=GGACCACCACACTGTATTTTC;SOR=1.659;SbPval=0.93;Source=Platypus;TC=66;TCF=60;TCR=6;TR=30;WE=16668264;WS=16668246;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,35:0.45:78
chr5	16670618	rs27431	C	T	326.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=3.040;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=12.226;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=0;PP=241;ReadPosRankSum=1.066;SC=CCCCAACACACGGCAGCCAGT;SOR=3.019;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=33;TCF=26;TCR=7;TR=13;WE=16670626;WS=16670608;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,15:0.38:40
chr5	16673975	rs25901	C	G	1438.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.587;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=31;PP=704;ReadPosRankSum=0.801;SC=TTCCATCTCGCTTCCTGGAAA;SOR=0.751;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=102;TCF=41;TCR=61;TR=48;WE=16673983;WS=16673965;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,70:0.50:140
chr5	16679966	rs35580	C	T	964.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.427;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.744;HP=8;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=12;PP=425;ReadPosRankSum=0.351;SC=AGAAAAAAAACTGAGCTTCAC;SOR=0.799;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=64;TCF=39;TCR=25;TR=32;WE=16679974;WS=16679956;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,49:0.48:102
chr5	16684143	rs26315	A	T	1962.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=-1.505;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.791;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=33;PP=788;ReadPosRankSum=1.142;SC=CAGACAGAAAAGGCTCTTTTC;SOR=0.550;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=100;TCF=36;TCR=64;TR=52;WE=16684151;WS=16684133;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:95,98:0.51:193
chr5	16711365	rs3214558	CA	C	5338.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.102;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=298;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=1.145;HP=10;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.385;NF=21;NR=109;PP=2316;ReadPosRankSum=-0.974;SC=CTAAACCATGCAAAAAAAAAA;SOR=0.999;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=144;TCF=22;TCR=122;TR=130;WE=16711374;WS=16711355;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:12,263:0.96:275
chr5	16711451	rs27552	G	T	2896.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=29;NR=60;PP=1753;SC=GGTTTACCCCGCTTCAAAACA;SOR=1.524;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=90;TCF=30;TCR=60;TR=89;WE=16711459;WS=16711441;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr5	16762646	rs31511	T	C	1318.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.336;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.095;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=23;PP=481;ReadPosRankSum=-1.137;SC=TTGCAGGTTTTGACATACCGC;SOR=0.397;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=96;TCF=52;TCR=44;TR=43;WE=16762654;WS=16762636;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,68:0.49:139
chr5	16763908	rs39900	G	A	106.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.040;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.128;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=6;PP=76;ReadPosRankSum=-0.555;SC=GTGTACTCACGATTATATAGA;SOR=1.688;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=19;TCF=5;TCR=14;TR=7;WE=16763916;WS=16763898;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,7:0.33:21
chr5	16764255	rs375881422	CA	C	494.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.860;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FS=5.220;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.10;MQRankSum=0.000;QD=5.10;ReadPosRankSum=1.203;SOR=1.360;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:56,41:0.42:97
chr5	16764334	rs250341	C	T	4018.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.357;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=410;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=1.023;NF=82;NR=53;PP=2013;ReadPosRankSum=-0.690;SC=AGAGAATTCACGTGCTGCACT;SOR=0.692;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=272;TCF=164;TCR=108;TR=135;WE=16764342;WS=16764324;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:204,197:0.49:401
chr5	16766093	rs2561232	C	T	1659.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=3.346;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.964;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=17;PP=1028;ReadPosRankSum=0.753;SC=ATTACAGTTACAACTGTTATT;SOR=1.185;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=113;TCF=78;TCR=35;TR=61;WE=16766101;WS=16766083;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:89,78:0.47:167
chr5	16780759	rs116616195	T	A	1453.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=2.119;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=36;PP=990;ReadPosRankSum=0.490;SC=ATGTGTCCTGTGCTTAATTCA;SOR=0.702;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=106;TCF=39;TCR=67;TR=58;WE=16780767;WS=16780749;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:93,72:0.44:165
chr5	16818363	rs12188582	A	G	360.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-1.472;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.256;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=11;PP=193;ReadPosRankSum=0.941;SC=ATACAATCTCAGTATAATTTC;SOR=0.434;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=38;TCF=10;TCR=28;TR=17;WE=16818371;WS=16818353;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,20:0.44:45
chr5	16877701	rs7710976	C	G	2380.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=48;NR=17;PP=1445;SC=TGGGAAGCTGCAGGGACTTGT;SOR=1.781;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=65;TCF=48;TCR=17;TR=65;WE=16877709;WS=16877691;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr5	16916071	rs145081788	GAA	G	1452.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.371;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FS=5.902;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.84;MQRankSum=0.000;QD=19.63;ReadPosRankSum=0.429;SOR=2.409;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:13,61:0.82:74
chr5	17276053	rs377615349	CCTCTCT	C,CCTCT	1416.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.281;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=2.854;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.58;MQRankSum=0.516;QD=30.80;ReadPosRankSum=0.926;SOR=1.845;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:2,21,23:0.46,0.50:46
chr5	19520932	rs441865	T	C	2523.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=2.197;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=241;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.548;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=50;PP=1316;ReadPosRankSum=0.562;SC=ATGCACACTTTAGAGGCTCGG;SOR=0.982;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=168;TCF=67;TCR=101;TR=78;WE=19520940;WS=19520922;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:113,116:0.51:229
chr5	19721490	rs12187552	T	C	8380.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=321;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=89;NR=93;PP=2965;SC=AGGGTTGTCCTTGGAGAATGC;SOR=0.719;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=183;TCF=89;TCR=94;TR=182;WE=19721498;WS=19721480;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,316:1.00:316
chr5	21121275	rs248205	G	C	2837.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.909;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=295;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.187;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=49;PP=1462;ReadPosRankSum=-1.864;SC=AGATTCATTAGAGTGTGTTGG;SOR=0.451;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=191;TCF=83;TCR=108;TR=95;WE=21121283;WS=21121265;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:148,143:0.49:291
chr5	21461786	rs4701564	T	A	743.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=2.387;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.222;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.186;NF=23;NR=1;PP=480;ReadPosRankSum=-1.275;SC=ATTGGAGCCATGCTATAAACT;SOR=0.109;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=57;TCF=55;TCR=2;TR=24;WE=21461794;WS=21461785;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,31:0.48:64
chr5	21751715	rs10657805	C	CAGAA	1235.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=19;NR=3;PP=675;SC=AATCTTGTCCCAGAGTGTGTG;SOR=3.258;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=23;TCF=20;TCR=3;TR=22;WE=21751749;WS=21751705;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr5	21751741	rs370990145	T	TTGTGTGTGTG	1947.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.19;QD=39.75;SOR=2.712;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,48:0.98:49
chr5	21752050	rs6451992	A	G	15510.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.141;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=362;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=44.06;ReadPosRankSum=-1.116;SOR=0.789;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:4,348:0.99:352
chr5	21752056	rs6451993	A	G	15431.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.128;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=367;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=43.11;ReadPosRankSum=-1.120;SOR=0.812;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:4,354:0.99:358
chr5	21760602	rs2303748	C	A	1945.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-1.908;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=9;PP=1332;ReadPosRankSum=-0.932;SC=AGTATTGATTCCTCCCTTTGT;SOR=1.609;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=60;TCF=51;TCR=9;TR=59;WE=21760610;WS=21760592;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,68:0.99:69
chr5	21802662	rs6897177	C	T	384.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=1;NR=14;PP=340;SC=TTCTTAATAACTAGTGGGTAA;SOR=2.833;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=15;TCF=1;TCR=14;TR=15;WE=21802670;WS=21802652;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr5	21817247	rs114414442	A	G	3345.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.223;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=273;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.014;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=81;PP=2025;ReadPosRankSum=-1.965;SC=GATGCCTGATAAGACATATAA;SOR=0.789;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=198;TCF=51;TCR=147;TR=109;WE=21817255;WS=21817237;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:123,144:0.54:267
chr5	22078584	rs4371716	C	T	5932.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.118;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=563;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.521;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=96;NR=85;PP=2677;ReadPosRankSum=-2.235;SC=TCGGAGCCCACGTATTCTTCC;SOR=0.749;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=352;TCF=182;TCR=170;TR=181;WE=22078592;WS=22078574;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:263,291:0.53:554
chr5	23510203	rs2973615	A	G	1503.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=17;NR=65;PP=1966;SC=TGCTCTTTTCACCCAGGCTGG;SOR=2.093;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=82;TCF=17;TCR=65;TR=82;WE=23510211;WS=23510193;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr5	23522372	rs62342744	C	T	1490.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.782;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.469;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=11;PP=863;ReadPosRankSum=2.387;SC=GACAAACACCCCAGATTCCCA;SOR=0.495;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=103;TCF=82;TCR=21;TR=48;WE=23522380;WS=23522362;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,66:0.49:136
chr5	23523348	rs1874165	C	T	7249.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=272;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=88;NR=88;PP=2965;SC=TAAAATAATTCTTCTGATTTT;SOR=0.708;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=176;TCF=88;TCR=88;TR=176;WE=23523356;WS=23523338;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,270:1.00:270
chr5	23527777	rs113958470	C	T	4416.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.243;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=591;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.17;MQRankSum=-0.121;QD=7.65;ReadPosRankSum=2.525;SOR=0.683;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:326,251:0.44:577
chr5	23527919	rs2099081	A	G	4355.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=22;NR=93;PP=2778;SC=ATAGCCACAAAAAGACAAATG;SOR=2.224;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=116;TCF=23;TCR=93;TR=115;WE=23527927;WS=23527909;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,149:1.00:149
chr5	23975952	rs10037197	G	C	375.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=8;NR=4;PP=236;SC=TGCTGTTGTTGTAACAATACA;SOR=1.329;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=13;TCF=9;TCR=4;TR=12;WE=23975960;WS=23975942;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr5	23976115	rs1501940	G	A	5552.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=68;NR=52;PP=2158;SC=GTTGCAGTCCGTAGGCACTTG;SOR=0.853;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=120;TCF=68;TCR=52;TR=120;WE=23976123;WS=23976105;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,214:1.00:214
chr5	24498690	rs3815909	T	C	1042.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.159;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.679;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=31;PP=717;ReadPosRankSum=-1.306;SC=ATTTAATTTATATAGGCATCT;SOR=0.933;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=84;TCF=26;TCR=58;TR=44;WE=24498698;WS=24498680;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,49:0.47:105
chr5	24511654	rs200515135	CAGAGAGAGAGAGAG	C,CAGAGAG	1026.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=59.83;QD=39.49;SOR=3.098;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:0,16,10:0.62,0.38:26
chr5	24537481	rs6882202	G	T	2416.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-2.789;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.445;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=23;PP=1202;ReadPosRankSum=-0.531;SC=CGCTGTAAATGAACTTACCTA;SOR=0.531;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=141;TCF=101;TCR=40;TR=72;WE=24537489;WS=24537471;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:103,113:0.52:216
chr5	24593325	rs16893586	A	G	381.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=4.403;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.992;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=0;PP=297;ReadPosRankSum=-0.409;SC=AGTAAAATATATAAAGAGCAA;SOR=1.545;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=43;TCF=38;TCR=5;TR=14;WE=24593333;WS=24593315;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,16:0.36:45
chr5	25190672	rs55966917	C	T	1180.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=20;NR=18;PP=969;SC=CCGAAAGAGGCGGCCAAGCCT;SOR=0.850;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=20;TCR=18;TR=38;WE=25190680;WS=25190662;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr5	26903557	rs9687840	G	A	368.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-0.687;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=3;PP=215;ReadPosRankSum=0.847;SC=AACAACTGAGGTTTTAAGTGT;SOR=0.527;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=25;TCF=20;TCR=5;TR=13;WE=26903565;WS=26903547;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,17:0.52:33
chr5	26905920	rs5866810	GT	G	882.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=11;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=24;NR=7;PP=560;SC=GGGAAATTGTGTTTTTTTTTT;SOR=2.780;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=33;TCF=25;TCR=8;TR=31;WE=26905928;WS=26905910;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr5	26988328	rs2288466	G	A	1706.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-1.395;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.363;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=39;PP=918;ReadPosRankSum=1.336;SC=TGTCAGACCCGCTATCTTTTT;SOR=0.937;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=132;TCF=55;TCR=77;TR=62;WE=26988336;WS=26988318;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:97,86:0.47:183
chr5	26988424	rs2288467	T	C	615.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=1.647;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=16;PP=454;ReadPosRankSum=0.277;SC=TAATGGTATATAATGGTAAGT;SOR=0.598;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=63;TCF=24;TCR=39;TR=26;WE=26988432;WS=26988414;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,31:0.37:84
chr5	31302288	rs2287582	C	T	3028.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.165;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=306;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.873;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=48;PP=1361;ReadPosRankSum=-1.610;SC=AAGCCAGCGACGCTGATGTGG;SOR=0.761;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=186;TCF=89;TCR=97;TR=92;WE=31302296;WS=31302278;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:150,151:0.50:301
chr5	31317494	rs2302904	C	T	4033.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.914;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=542;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.532;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=91;NR=65;PP=2045;ReadPosRankSum=-0.803;SC=GATTCAGACCCTGCATGCTGT;SOR=0.764;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=335;TCF=196;TCR=139;TR=156;WE=31317502;WS=31317484;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:323,217:0.40:540
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chr5	31317952	rs2229575	T	C	3904.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.698;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=347;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=77;PP=1842;ReadPosRankSum=1.053;SC=AATCCTGCCATGCGGAGGCGC;SOR=0.708;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=237;TCF=99;TCR=138;TR=130;WE=31317960;WS=31317942;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:158,184:0.54:342
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chr5	31401447	rs10719	A	G	2775.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.136;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=380;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.887;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=79;NR=37;PP=1553;ReadPosRankSum=1.002;SC=AGCACACTTCATTCATTGTCT;SOR=0.851;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=272;TCF=180;TCR=92;TR=116;WE=31401455;WS=31401437;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:220,150:0.41:370
chr5	31407139	rs507816	G	C	2719.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=10;NR=60;PP=1839;SC=CATGTACTTAGTGCCTAGACA;SOR=2.584;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=71;TCF=11;TCR=60;TR=70;WE=31407147;WS=31407129;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr5	31409115	rs644236	T	C	1024.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.107;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.911;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=8;PP=651;ReadPosRankSum=0.054;SC=AAAGTCAATTTTAGGCATGCT;SOR=0.520;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=77;TCF=60;TCR=17;TR=34;WE=31409123;WS=31409105;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,45:0.48:93
chr5	31409252	rs2241337	A	G	2815.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.131;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=291;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.428;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=42;PP=1325;ReadPosRankSum=-0.925;SC=TCCAATCCTGATTCAAAATGA;SOR=0.697;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=174;TCF=88;TCR=86;TR=87;WE=31409260;WS=31409242;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:150,138:0.48:288
chr5	31410679	rs2287583	C	G	163.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=2.469;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=0;PP=69;ReadPosRankSum=-1.370;SC=ATTCACATGTCTTAGTTTCAA;SOR=0.836;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=17;TCR=1;TR=5;WE=31410687;WS=31410669;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,8:0.33:24
chr5	31410923	rs61748189	G	A	3988.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.070;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=490;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.108;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=56;PP=1663;ReadPosRankSum=1.489;SC=TGGTTATGGCGTACTCCTGCA;SOR=0.796;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=287;TCF=149;TCR=138;TR=121;WE=31410931;WS=31410913;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:279,207:0.43:486
chr5	31423007	rs2287584	T	C	2130.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.172;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=239;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.594;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=51;PP=902;ReadPosRankSum=1.177;SC=TTTGTAGAACTGGAGAAGTTT;SOR=0.593;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=152;TCF=53;TCR=99;TR=81;WE=31423015;WS=31422997;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:123,113:0.48:236
chr5	31449241	rs371567874	CA	C	159.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.717;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.15;MQRankSum=1.677;QD=2.35;ReadPosRankSum=1.213;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:43,25:0.37:68
chr5	31483596	rs10052174	G	A	8136.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=307;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=129;NR=76;PP=2965;SC=AGACTGAAAGGAAAATGGCAA;SOR=1.130;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=206;TCF=130;TCR=76;TR=205;WE=31483604;WS=31483586;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,304:1.00:304
chr5	31483753	rs11341915	GA	G	1078.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.338;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.60;MQRankSum=1.702;QD=10.27;ReadPosRankSum=-0.138;SOR=0.747;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,84:0.80:105
chr5	31485230	rs7712436	T	C	552.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=14;PP=301;SC=TAGTTTCAGATGGAAATGAAA;SOR=3.160;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=15;TCF=1;TCR=14;TR=15;WE=31485238;WS=31485220;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr5	31486540	rs7735863	A	G	13364.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=511;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=166;NR=125;PP=2965;SC=TTAAAATAGTAGTATGGAACA;SOR=0.871;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=291;TCF=166;TCR=125;TR=291;WE=31486548;WS=31486530;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,499:1.00:499
chr5	31508933	rs56327412	G	GT	1419.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-3.413;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=5.460;HP=11;HapScore=3;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.407;NF=2;NR=27;PP=413;ReadPosRankSum=1.440;SC=TAACAAACTGGTTTTTTTTTT;SOR=0.172;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=47;TCF=2;TCR=45;TR=29;WE=31508941;WS=31508923;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:9,75:0.89:84
chr5	31511106	rs13183642	G	T	3964.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.730;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=38;PP=2039;ReadPosRankSum=-0.594;SC=AGCTATAATCGCAAGGGTCTC;SOR=0.446;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=107;TCF=66;TCR=41;TR=103;WE=31511114;WS=31511096;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,143:0.99:144
chr5	31526205	rs201276010	G	A	2072.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.622;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.703;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=23;PP=933;ReadPosRankSum=0.192;SC=TCGTAGCTGCGGTGGCGAGAT;SOR=0.582;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=128;TCF=83;TCR=45;TR=62;WE=31526213;WS=31526195;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:107,102:0.49:209
chr5	31529299	rs6859527	A	G	2371.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.61;SOR=2.262;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr5	31529306	rs6450850	T	C	2165.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.20;SOR=2.655;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr5	31532429	rs2291109	A	T	4504.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=78;NR=38;PP=2080;SC=GCTGGCCGGGATGAGGCGCCG;SOR=1.302;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=117;TCF=79;TCR=38;TR=116;WE=31532437;WS=31532419;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,172:1.00:172
chr5	31538235	rs7720494	A	C	100.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=0.087;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=0;PP=68;ReadPosRankSum=-0.109;SC=ACAGAAGAACAGGAAGTATAA;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=10;TCR=1;TR=5;WE=31538243;WS=31538225;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,5:0.45:11
chr5	31540954	rs13183199	G	T	80.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=0.508;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5006;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=0;PP=61;ReadPosRankSum=1.000;SC=TATCTAAGATGTTCTTGTATC;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=4;WE=31540962;WS=31540944;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,4:0.44:9
chr5	31541212	.	AGT	A	162	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MMLQ=18;MQ=59.23;NF=0;NR=4;PP=162;QD=41.25;SC=GACTGCTCAAAGTGTGTGTGT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=2;TCR=10;TR=4;WE=31541221;WS=31541202;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:8,4:0.33:12
chr5	31983191	.	C	T	403.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.666;ClippingRankSum=0.000;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=1;PP=305;ReadPosRankSum=-0.223;SC=GACCCTTGAACGCGTCTGTCT;SOR=0.836;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=26;TCF=24;TCR=2;TR=15;WE=31983199;WS=31983190;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,16:0.53:30
chr5	32000483	rs10054504	T	C	2382.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=10;NR=56;PP=1765;SC=TGTGCACTTGTACGTTTGCCT;SOR=2.925;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=66;TCF=10;TCR=56;TR=66;WE=32000491;WS=32000473;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr5	32037569	rs923834	A	T	1187.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=7;NR=25;PP=712;SC=AATCATTTTTACCTTGGATGG;SOR=2.191;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=7;TCR=25;TR=32;WE=32037577;WS=32037559;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr5	32053749	rs13165981	T	C	496.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=1.262;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=7;PP=328;ReadPosRankSum=-0.680;SC=CAGGCCTGGTTAGGGAGGGCA;SOR=0.582;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=38;TCF=26;TCR=12;TR=21;WE=32053757;WS=32053739;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,23:0.51:45
chr5	32054092	rs149414	C	G	1201.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=28;PP=817;SC=TAGTAGACCTCGGCGGAATCT;SOR=2.147;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=36;TCF=8;TCR=28;TR=36;WE=32054100;WS=32054082;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr5	32057651	rs161545	G	A	661.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=16;NR=3;PP=433;SC=GTTATTTTATGTGGTAGTAAA;SOR=2.494;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=19;TCF=16;TCR=3;TR=19;WE=32057659;WS=32057641;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr5	32058115	rs151861	A	G	11925.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=451;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=117;NR=190;PP=2965;SC=GGGGAGCCTCAGCGGGAGGTT;SOR=1.114;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=307;TCF=117;TCR=190;TR=307;WE=32058123;WS=32058105;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,438:1.00:438
chr5	32060985	rs35665699	T	TATC	2264.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=30;NR=4;PP=1606;SC=CGGGAAAAGATATGAGCTTCT;SOR=4.047;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=38;TCF=33;TCR=5;TR=34;WE=32060993;WS=32060975;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr5	32101168	rs2279232	A	T	6540.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=254;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=92;NR=69;PP=2965;SC=TGGCATGATGAACAACCCTGT;SOR=0.908;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=161;TCF=92;TCR=69;TR=161;WE=32101176;WS=32101158;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,244:1.00:244
chr5	32135599	rs161539	G	A	3377.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=71;NR=28;PP=2026;SC=GCTATTTTGTGTAGGTTCCTT;SOR=1.769;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=99;TCF=71;TCR=28;TR=99;WE=32135607;WS=32135589;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr5	32209751	.	T	TTA	35.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.137;ClippingRankSum=0.000;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.12;ReadPosRankSum=-1.699;SOR=0.784;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,9:0.28:32
chr5	32242381	rs7729256	G	T	2334.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=20;NR=52;PP=1566;SC=GAAAAGAAACGAACTTCCATT;SOR=1.882;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=72;TCF=20;TCR=52;TR=72;WE=32242389;WS=32242371;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr5	32248077	rs11960898	C	T	2567.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.537;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=323;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.408;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=42;PP=1062;ReadPosRankSum=-4.309;SC=CCCCATATAACACAAAAGTTT;SOR=0.663;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=215;TCF=112;TCR=103;TR=86;WE=32248085;WS=32248067;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:187,135:0.42:322
chr5	32263099	rs61418287	G	T	931.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-2.292;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.951;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=10;PP=640;ReadPosRankSum=1.465;SC=CTTTTTGGGAGGATGAAAATG;SOR=0.493;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=85;TCF=65;TCR=20;TR=42;WE=32263107;WS=32263089;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,43:0.48:90
chr5	32270747	rs59928961	C	G	854.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=4.932;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.636;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=2;PP=645;ReadPosRankSum=-0.780;SC=ATGATACACACGCATGCTTTA;SOR=1.381;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=51;TCF=46;TCR=5;TR=29;WE=32270755;WS=32270737;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,31:0.56:55
chr5	32274259	rs76849027	A	C	3532.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.993;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=374;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.797;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=76;PP=1514;ReadPosRankSum=-1.631;SC=TCCTCCTTAGAGTTCTCAGGG;SOR=0.751;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=237;TCF=88;TCR=149;TR=114;WE=32274267;WS=32274249;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:187,181:0.49:368
chr5	32276634	rs57425852	T	C	170.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=1.777;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.969;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=0;PP=132;ReadPosRankSum=-1.637;SC=TGTGTAGTTATTGAACTACAA;SOR=1.802;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=18;TCR=1;TR=8;WE=32276642;WS=32276624;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,8:0.38:21
chr5	32379210	rs1862636	G	A	7853.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=296;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=109;NR=72;PP=2965;SC=ATACAGTTACGTACTACTTAC;SOR=0.994;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=181;TCF=109;TCR=72;TR=181;WE=32379218;WS=32379200;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,293:1.00:293
chr5	32388485	rs3811972	G	C	1525.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=35;NR=15;PP=872;SC=ACTCACACCAGAGTTACCAGT;SOR=1.532;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=50;TCF=35;TCR=15;TR=50;WE=32388493;WS=32388475;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr5	32400266	rs1051489	A	G	5001.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-2.047;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=90;PP=2563;ReadPosRankSum=-0.887;SC=GGTTCCTTTTATGTCTTCTGC;SOR=1.350;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=136;TCF=45;TCR=91;TR=134;WE=32400274;WS=32400256;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,189:0.99:191
chr5	32403346	rs4867440	C	T	12539.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=495;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=141;NR=148;PP=2965;SC=GACGTTGCAACTGATGACGTA;SOR=0.697;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=289;TCF=141;TCR=148;TR=289;WE=32403354;WS=32403336;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,483:1.00:483
chr5	32415360	rs5867145	TA	T	1270.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=26;PP=968;SC=CCAGTATCCTTAAAAAGCTGG;SOR=1.345;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=26;TCF=0;TCR=26;TR=26;WE=32415368;WS=32415350;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr5	32417694	rs178935	G	A	3578.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=49;NR=40;PP=1670;SC=TTCATTAAACGCAGTAAGTCA;SOR=0.833;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=89;TCF=49;TCR=40;TR=89;WE=32417702;WS=32417684;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,135:1.00:135
chr5	32522994	rs17439827	A	G	1934.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.118;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=23;PP=940;ReadPosRankSum=0.606;SC=GATTACGCCAACTCGGATCCA;SOR=0.677;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=133;TCF=82;TCR=51;TR=60;WE=32523002;WS=32522984;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:100,92:0.48:192
chr5	32523298	rs687659	T	A	7128.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=261;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=90;NR=114;PP=2965;SC=CTCCTATATCTGTCCTGAGGA;SOR=0.861;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=205;TCF=91;TCR=114;TR=204;WE=32523306;WS=32523288;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,256:1.00:256
chr5	32523343	rs2457151	C	T	6871.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=251;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=77;NR=100;PP=2965;SC=TAAGAATGCTCGGACTGTCAC;SOR=0.875;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=179;TCF=78;TCR=101;TR=177;WE=32523351;WS=32523333;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,249:1.00:249
chr5	32591804	.	AT	A	250.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.048;ClippingRankSum=0.000;DP=114;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.28;MQRankSum=1.996;QD=3.34;ReadPosRankSum=0.557;SOR=0.788;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:42,33:0.44:75
chr5	32710965	.	G	GT	210.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.167;ClippingRankSum=0.000;DP=207;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.52;ReadPosRankSum=-1.837;SOR=0.735;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:106,33:0.24:139
chr5	32711000	rs34939454	A	ATG	731.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=1.299;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=51;PP=1462;ReadPosRankSum=1.095;SC=GTGTGTGTATATGTGTGTGTG;SOR=0.892;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=98;TCF=7;TCR=91;TR=54;WE=32711017;WS=32710975;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,29:0.48:60
chr5	32716474	rs34628434	C	CT	67.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.475;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.74;ReadPosRankSum=1.135;SOR=0.663;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:75,16:0.18:91
chr5	32738891	rs2292026	C	T	442.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-1.765;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=5;PP=321;ReadPosRankSum=-0.187;SC=CATGCGGGGGCGCCTCACAGT;SOR=0.595;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=42;TCF=33;TCR=9;TR=20;WE=32738899;WS=32738881;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,21:0.44:48
chr5	32775047	rs1173743	G	T	2264.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=1.899;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=5.359;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=50;PP=1527;ReadPosRankSum=1.654;SC=CCTTTCCAGCGTCTTGCTTTT;SOR=1.855;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=67;TCF=17;TCR=50;TR=66;WE=32775055;WS=32775037;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,78:0.99:79
chr5	32784776	rs2246427	A	G	1344.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=2.161;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.927;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=14;PP=840;ReadPosRankSum=-0.636;SC=CCCTTAGAAAATATTTCTGAA;SOR=1.038;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=121;TCF=84;TCR=37;TR=51;WE=32784784;WS=32784766;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:99,66:0.40:165
chr5	32786389	rs2270915	A	G	5023.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=1.686;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=505;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.951;NF=85;NR=59;PP=2178;ReadPosRankSum=0.038;SC=AGAAGAAAGTAACCTTGGAAA;SOR=0.663;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=324;TCF=194;TCR=130;TR=144;WE=32786397;WS=32786379;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:263,240:0.48:503
chr5	32786465	.	C	CT	769.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.627;ClippingRankSum=0.000;DP=769;ExcessHet=3.0103;FS=1.502;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.01;MQRankSum=0.000;QD=1.13;ReadPosRankSum=-0.499;SOR=0.753;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:549,131:0.19:680
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chr5	33448962	rs5867190	A	AT	1573.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=36;PP=1484;SC=AATCTGTTTAATTTGCCTACT;SOR=3.383;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=40;TCF=0;TCR=40;TR=36;WE=33448970;WS=33448952;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr5	33546113	rs11338120	TA	T	357.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.306;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.01;ReadPosRankSum=1.734;SOR=0.754;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,31:0.61:51
chr5	33561028	rs35553442	GA	G	639.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.679;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=14.128;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.89;ReadPosRankSum=0.481;SOR=3.556;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,50:0.69:72
chr5	33576602	rs3813474	A	G	2261.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.464;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=287;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.923;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=36;PP=1011;ReadPosRankSum=-0.763;SC=ATCTTGGTCCATATTACAGGA;SOR=0.711;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=178;TCF=91;TCR=87;TR=70;WE=33576610;WS=33576592;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:163,117:0.42:280
chr5	33595996	rs10461924	C	T	7024.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-1.612;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=281;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=78;NR=64;PP=2708;ReadPosRankSum=-0.543;SC=TCAGACATCACTGTAGGCAGA;SOR=0.271;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=143;TCF=79;TCR=64;TR=142;WE=33596004;WS=33595986;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,273:1.00:274
chr5	33596193	rs10461925	A	G	1374.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.684;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=27;PP=654;ReadPosRankSum=1.684;SC=AGATTCACACATATTGAATCC;SOR=0.811;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=36;TCF=8;TCR=28;TR=35;WE=33596201;WS=33596183;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,53:0.98:54
chr5	33596224	rs10461703	C	T	614.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=40;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=15;PP=375;SC=TGCTCATGGTCAGGTGAGGTA;SOR=2.737;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=3;TCR=15;TR=18;WE=33596232;WS=33596214;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr5	33596243	rs10461704	C	T	394.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=42;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=11;PP=269;SC=TACCTGACCACGTCAACGATC;SOR=2.985;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=2;TCR=11;TR=13;WE=33596251;WS=33596233;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr5	33614616	.	ATCTATACCTATGTCTGTGCCTATG	A	185.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.890;ClippingRankSum=0.000;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=6;PP=2490;ReadPosRankSum=-2.786;SC=CATTAAATAGATCTATACCTA;SOR=0.963;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=0;TCR=22;TR=6;WE=33614647;WS=33614606;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,6:0.35:17
chr5	33616311	rs4078398	T	C	1331.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=44;PP=1000;SC=CCACTGGAATTGGCAGAAGCA;SOR=4.047;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=47;TCF=3;TCR=44;TR=47;WE=33616319;WS=33616301;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr5	33637596	rs4076945	G	A	1216.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=32;NR=5;PP=786;SC=TAAGCTTTGTGTGGATCACAG;SOR=2.409;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=32;TCR=5;TR=37;WE=33637604;WS=33637586;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr5	33637891	rs4076946	C	A	3139.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.43;SOR=1.641;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr5	33637899	rs4076947	G	A	2960.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=46.26;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr5	33642163	rs60892887	G	A	3498.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=22;NR=72;PP=2185;SC=CAAGCAAGCCGGCTTTCTACA;SOR=1.971;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=94;TCF=22;TCR=72;TR=94;WE=33642171;WS=33642153;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr5	33643395	rs10066043	A	T	1792.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=45;NR=3;PP=1193;SC=TCCCTTAGAGAGAGTTGCCCT;SOR=4.103;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=49;TCF=46;TCR=3;TR=48;WE=33643403;WS=33643386;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr5	33643617	rs4866409	C	T	9066.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=345;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=94;NR=126;PP=2965;SC=TCAAAACCTGCCACAAAGCAT;SOR=0.892;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=220;TCF=94;TCR=126;TR=220;WE=33643625;WS=33643607;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,339:1.00:339
chr5	33648842	rs34079160	GTT	G	1087.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=18;NR=1;PP=805;SC=TGGATGTTCAGTTATTTCCAA;SOR=3.528;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=20;TCF=19;TCR=1;TR=19;WE=33648851;WS=33648839;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr5	33648906	rs6870538	G	C	1829.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=44;NR=10;PP=1201;SC=CCTGCATATAGCCACCAAGAG;SOR=2.531;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=54;TCF=44;TCR=10;TR=54;WE=33648914;WS=33648896;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr5	33649220	rs4866353	A	G	978.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=28;PP=708;SC=TAGGCCCATCATGGGAGTTAT;SOR=3.675;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=31;TCF=3;TCR=28;TR=31;WE=33649228;WS=33649210;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr5	33649637	rs4242082	G	A	2362.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=1.087;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.583;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=22;PP=1353;ReadPosRankSum=-0.450;SC=AGGTGAGGGCGTCATGAGACA;SOR=1.292;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=75;TCF=50;TCR=25;TR=71;WE=33649645;WS=33649627;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,90:0.97:93
chr5	33649807	rs4504387	C	A	4679.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.750;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=70;PP=2440;ReadPosRankSum=-0.023;SC=CCGAAGCTGGCAGGGAAGAAC;SOR=0.824;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=129;TCF=58;TCR=71;TR=127;WE=33649815;WS=33649797;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,177:0.99:179
chr5	33649905	rs4621563	G	A	1765.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=12;NR=31;PP=912;SC=AGACAGCCACGTTTGTACAGA;SOR=1.437;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=43;TCF=12;TCR=31;TR=43;WE=33649913;WS=33649895;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr5	33684287	rs72741422	G	A	73.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=2.260;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=3.522;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=4;PP=54;ReadPosRankSum=1.710;SC=ATGTTTTTACGTACATAACCA;SOR=2.712;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=4;WE=33684295;WS=33684277;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,4:0.44:9
chr5	33751389	rs5867210	T	TA	1144.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-1.381;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=3;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.309;NF=22;NR=10;PP=349;ReadPosRankSum=-0.051;SC=ATGAAGATATTAAAAAAAAAA;SOR=0.616;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=50;TCF=34;TCR=16;TR=32;WE=33751397;WS=33751379;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,53:0.96:55
chr5	33751454	rs1530507	A	T	5027.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=2.015;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.170;NF=79;NR=43;PP=2456;ReadPosRankSum=0.854;SC=TTAATAAAACAACCAAAAGAA;SOR=0.449;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=126;TCF=82;TCR=44;TR=122;WE=33751462;WS=33751444;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,186:0.99:187
chr5	33951693	rs16891982	C	G	2912.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.829;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=25;PP=1478;ReadPosRankSum=-0.965;SC=AGTTGATGCACAAGCCCCAAC;SOR=1.098;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=72;TCF=47;TCR=25;TR=72;WE=33951701;WS=33951683;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,109:0.98:111
chr5	33954511	rs2287949	T	C	5480.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=55;NR=82;PP=2190;SC=ACAGGAAGGCTGTCCATCCAA;SOR=0.987;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=137;TCF=55;TCR=82;TR=137;WE=33954519;WS=33954501;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,214:1.00:214
chr5	33963731	rs141348470	AAAC	A	2567.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=33;NR=7;PP=1763;SC=ACAATTAAAAAAACAACAACA;SOR=2.869;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=50;TCF=40;TCR=10;TR=40;WE=33963741;WS=33963721;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
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chr5	33964241	rs6451048	A	G	1571.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=8;NR=36;PP=1085;SC=ACCTGGATATAATTGGAAAAG;SOR=2.584;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=44;TCF=8;TCR=36;TR=44;WE=33964249;WS=33964231;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr5	33968890	rs7718382	G	A	1303.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=33;NR=12;PP=916;SC=GGCATCAGGTGTGTGGCTTGG;SOR=1.981;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=45;TCF=33;TCR=12;TR=45;WE=33968898;WS=33968880;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr5	33969170	.	C	CTCTCTCTCTCTCTCTCTCTGTG,CTCTCTCTCTCTCTCTCTG	368	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.6;FR=0.5000,0.5000;HP=2;HapScore=3;MGOF=35;MMLQ=29;MQ=58.28;NF=0,0;NR=20,20;PP=281,368;QD=14.2;SC=CTCTCTCTCTCTGTGTGTGTG;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=41;TCF=0;TCR=41;TR=20,20;WE=33969178;WS=33969160;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.49:41
chr5	33989518	rs2278008	C	T	11806.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-2.250;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=448;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=126;NR=171;PP=2965;ReadPosRankSum=1.076;SC=TTCGTCTTCTCTGCAAATACA;SOR=0.324;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=301;TCF=126;TCR=175;TR=297;WE=33989526;WS=33989508;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,441:1.00:442
chr5	33994116	rs10472909	A	T	1170.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=17;NR=8;PP=573;SC=TTTTCAGATTATTTTTGTCCT;SOR=1.312;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=17;TCR=8;TR=25;WE=33994124;WS=33994106;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr5	33994316	rs11742345	G	A	447.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=9;PP=245;SC=ACAGAGTCTCGCTCTGTCACC;SOR=1.739;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=12;TCF=3;TCR=9;TR=12;WE=33994324;WS=33994306;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr5	33998883	rs2287939	A	G	9950.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=387;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=107;NR=118;PP=2965;SC=CCACAGACTCAATTTCTGAGT;SOR=0.752;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=226;TCF=107;TCR=119;TR=225;WE=33998891;WS=33998873;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,385:1.00:385
chr5	34004707	rs10941112	C	T	6741.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.697;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=265;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=81;NR=68;PP=2905;ReadPosRankSum=0.822;SC=CTGACCCTTGCCAGTGCGTGT;SOR=0.850;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=152;TCF=83;TCR=69;TR=149;WE=34004715;WS=34004697;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,259:0.99:261
chr5	34008100	rs3195676	C	T	13607.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=519;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=122;NR=198;PP=2965;SC=GACAGCTCCACGACCGAGATG;SOR=1.060;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=320;TCF=122;TCR=198;TR=320;WE=34008108;WS=34008090;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,513:1.00:513
chr5	34008206	rs3217251	CCGGCGCCACGCCCCCAGCCG	C	4476.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=4;NR=47;PP=2966;SC=CTCCCAATCCCCGGCGCCACG;SOR=1.925;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=59;TCF=4;TCR=55;TR=51;WE=34008233;WS=34008196;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr5	34687911	rs2279604	G	A	1487.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.071;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.577;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=38;PP=922;ReadPosRankSum=0.055;SC=TTGCTTTGCCGTGAATTATAT;SOR=0.935;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=93;TCF=28;TCR=65;TR=53;WE=34687919;WS=34687901;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,66:0.55:120
chr5	34688210	rs142375133	CGACAAA	C	3504.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.364;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=235;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.766;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=25;PP=2117;ReadPosRankSum=0.445;SC=AAAGAGACTTCGACAAAGACA;SOR=0.935;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=115;TCF=49;TCR=66;TR=44;WE=34688223;WS=34688200;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:135,94:0.41:229
chr5	34716120	rs1867714	G	A	1741.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.256;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=1.910;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=21.77;ReadPosRankSum=-0.552;SOR=1.032;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,45:0.56:80
chr5	34716124	rs1867715	A	G	1741.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.059;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FS=1.870;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=21.50;ReadPosRankSum=0.111;SOR=0.960;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,46:0.57:81
chr5	34716270	rs1867716	A	C	1724.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=2.054;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.534;HP=5;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=29;PP=833;ReadPosRankSum=2.263;SC=TATTATAAAAAATGCACAGAT;SOR=0.749;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=117;TCF=55;TCR=62;TR=53;WE=34716278;WS=34716260;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:101,87:0.46:188
chr5	34795981	rs6897719	C	T	1033.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.308;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.91;ReadPosRankSum=-1.199;SOR=0.772;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:66,50:0.43:116
chr5	34803675	rs66603667	AC	A	126.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.382;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=2.199;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.34;ReadPosRankSum=0.898;SOR=1.781;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,8:0.40:20
chr5	34807928	rs6895634	C	T	10529.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.751;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=413;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=134;NR=92;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.122;SC=CCGAAAGTGTCGACAGCTCTG;SOR=0.523;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=229;TCF=136;TCR=93;TR=226;WE=34807936;WS=34807918;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,404:0.99:407
chr5	34811137	rs2271522	T	G	8161.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=316;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=91;NR=99;PP=2965;SC=TACCGCTGCTTCTTGCTGTAC;SOR=0.739;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=193;TCF=91;TCR=102;TR=190;WE=34811145;WS=34811127;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,309:1.00:309
chr5	34818976	rs3884194	GT	G	2128.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.089;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=12;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=34;PP=735;ReadPosRankSum=0.361;SC=GGAAGCATCTGTTTTTTTTTT;SOR=0.678;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=59;TCF=20;TCR=39;TR=51;WE=34818984;WS=34818966;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:13,117:0.90:130
chr5	34821825	rs10461947	C	T	6697.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=0.885;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=284;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=81;NR=65;PP=2932;ReadPosRankSum=-0.385;SC=AAATGGCTTTCTCTTTCCCAA;SOR=0.801;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=148;TCF=82;TCR=66;TR=146;WE=34821833;WS=34821814;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,270:0.99:274
chr5	34822926	rs7730728	T	C	972.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=26;NR=4;PP=724;SC=GTAGCTGGGATCACAGGCGCC;SOR=2.833;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=26;TCR=4;TR=30;WE=34822934;WS=34822916;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr5	34824555	rs1048944	G	T	3400.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=27;NR=55;PP=1665;SC=GAAAAGATACGCTGAGAGCTC;SOR=1.292;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=83;TCF=27;TCR=56;TR=82;WE=34824563;WS=34824545;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
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chr5	34845423	rs114023140	A	C	280.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-2.033;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=1;PP=218;ReadPosRankSum=-0.211;SC=TGCTGTCTTAATGCTAGGCTT;SOR=1.179;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=18;TCF=17;TCR=1;TR=12;WE=34845431;WS=34845422;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,12:0.60:20
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chr5	34880750	.	CT	C	89.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.659;ClippingRankSum=0.000;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.09;ReadPosRankSum=-0.343;SOR=0.830;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,16:0.37:43
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chr5	34945812	rs6868348	A	G	413.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.050;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.27;MQRankSum=-1.147;QD=10.61;ReadPosRankSum=-2.857;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,23:0.59:39
chr5	34954588	rs37437	T	C	2013.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=54;NR=11;PP=1500;SC=TTAATCTTGATATTAAAACCT;SOR=2.867;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=65;TCF=54;TCR=11;TR=65;WE=34954596;WS=34954578;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr5	34998778	rs16899972	C	A	1421.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=3.231;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=18;PP=981;ReadPosRankSum=2.877;SC=CTTGAACATACGTGGCAAATT;SOR=0.679;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=127;TCF=89;TCR=38;TR=55;WE=34998786;WS=34998768;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:111,69:0.38:180
chr5	35010138	rs466067	A	G	12396.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=475;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=156;NR=136;PP=2965;SC=CTATCATGAGACCTTTGCCTC;SOR=0.800;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=292;TCF=156;TCR=136;TR=292;WE=35010146;WS=35010128;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,472:1.00:472
chr5	35025770	rs344515	G	A	2490.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=64;NR=4;PP=1783;SC=TCACAGAGCAGAGGCTTTCTG;SOR=4.228;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=68;TCF=64;TCR=4;TR=68;WE=35025778;WS=35025760;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr5	35026683	rs344513	A	G	6708.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=269;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.51;SOR=1.073;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,263:1.00:263
chr5	35032769	rs237252	G	A	1417.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=36;NR=7;PP=1028;SC=CTCAGGGATGGGTCTGCCTTT;SOR=3.033;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=43;TCF=36;TCR=7;TR=43;WE=35032777;WS=35032759;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr5	35033605	rs180749	G	A	6648.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=256;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=72;NR=97;PP=2965;SC=CATCTTGTAGGTCCCTACGTT;SOR=0.894;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=170;TCF=73;TCR=97;TR=169;WE=35033613;WS=35033595;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,249:1.00:249
chr5	35033706	rs2291702	T	C	695.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-2.279;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.221;HP=1;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=24;PP=430;ReadPosRankSum=1.829;SC=CCTGGTCCACTGAGTAGGACA;SOR=0.420;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=57;TCF=11;TCR=46;TR=31;WE=35033714;WS=35033696;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,33:0.54:61
chr5	35035579	rs344156	A	G	1007.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=33;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=27;PP=780;SC=TAACCACAGTATGAATTCCAT;SOR=3.193;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=32;TCF=5;TCR=27;TR=32;WE=35035587;WS=35035569;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr5	35036997	rs37368	C	T	748.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.424;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FS=1.400;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.89;ReadPosRankSum=0.326;SOR=0.541;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:107,46:0.30:153
chr5	35037006	rs171081	T	C	2458.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.189;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.628;HP=8;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=31;PP=2449;ReadPosRankSum=0.424;SC=ACCTTTTTTTTTCCCCCATAA;SOR=0.804;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=106;TCF=57;TCR=49;TR=73;WE=35037014;WS=35036987;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,110:0.68:161
chr5	35037230	rs72734512	C	A	313.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-3.866;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=11;PP=205;ReadPosRankSum=1.204;SC=CTGCACACACCCTGGTCATTG;SOR=0.420;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=21;TCF=1;TCR=20;TR=12;WE=35037238;WS=35037220;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,13:0.62:21
chr5	35039437	rs2279651	A	G	1073.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.300;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.670;HP=1;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=12;PP=478;ReadPosRankSum=0.822;SC=ACGGGTGGCAATGGCCAACAC;SOR=0.770;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=79;TCF=47;TCR=32;TR=32;WE=35039445;WS=35039427;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,54:0.44:123
chr5	35039486	rs37370	C	T	3696.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=49;NR=41;PP=1729;SC=CAGGTATCTGCTTCCTTCAGC;SOR=0.751;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=90;TCF=49;TCR=41;TR=90;WE=35039494;WS=35039476;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,140:1.00:140
chr5	35047807	rs10223180	C	T	282.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=1.238;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.430;HP=2;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=0;PP=198;ReadPosRankSum=0.584;SC=TAAGACCTCACCCAGGTCTAA;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=18;TCR=2;TR=11;WE=35047815;WS=35047797;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,12:0.55:22
chr5	35047845	rs40201	C	T	344.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=0.668;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=3;PP=230;ReadPosRankSum=0.486;SC=CAGCAGCCTTCGGAGCTCAAG;SOR=0.917;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=30;TCR=7;TR=15;WE=35047853;WS=35047835;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,16:0.39:41
chr5	35048128	rs139522130	GC	G	1664.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=0.148;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.396;NF=0;NR=39;PP=1296;ReadPosRankSum=-0.277;SC=AGTGGTGACTGCCCATGGCTT;SOR=0.676;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=75;TCF=0;TCR=75;TR=39;WE=35048136;WS=35048118;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,57:0.51:111
chr5	35641582	rs6897513	A	C	7724.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.718;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=293;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=93;NR=89;PP=2965;ReadPosRankSum=0.783;SC=GCCAACACTTAACCTTCTGGG;SOR=0.721;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=183;TCF=94;TCR=89;TR=182;WE=35641590;WS=35641572;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,290:0.99:292
chr5	35643615	rs10941252	G	A	4456.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-3.148;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.999;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=42;PP=1762;ReadPosRankSum=0.450;SC=AGAGACTGGGGCCACTTATCA;SOR=0.142;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=100;TCF=58;TCR=42;TR=98;WE=35643623;WS=35643605;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,174:0.99:176
chr5	35644621	rs7706444	T	C	1226.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=31;PP=727;SC=GTTTTGATATTGAAAAGGTTC;SOR=2.030;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=41;TCF=10;TCR=31;TR=41;WE=35644629;WS=35644611;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
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chr5	35659355	rs9292598	T	C	860.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.175;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.754;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=18;PP=380;ReadPosRankSum=-0.026;SC=TACTTTTGTTTCTTTCTACCA;SOR=0.569;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=71;TCF=27;TCR=44;TR=30;WE=35659363;WS=35659345;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,45:0.43:104
chr5	35700598	rs6451206	T	C	2790.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.676;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=311;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=28;PP=1246;ReadPosRankSum=-1.591;SC=TTCAATTTAGTGAGATACCTG;SOR=0.672;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=191;TCF=129;TCR=62;TR=87;WE=35700606;WS=35700588;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:163,138:0.46:301
chr5	35702209	rs35297265	G	A	572.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-2.176;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=3;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=1;PP=383;ReadPosRankSum=0.369;SC=TAAGCCAAGGGAGGACAAATC;SOR=0.497;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=23;TCF=18;TCR=5;TR=6;WE=35702220;WS=35702199;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,15:0.42:36
chr5	35702212	rs11357084	GA	G	563.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.887;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=3;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=1;PP=385;ReadPosRankSum=0.325;SC=GCCAAGGGAGGACAAATCTTC;SOR=0.518;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=23;TCF=18;TCR=5;TR=7;WE=35702220;WS=35702199;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,16:0.42:38
chr5	35702306	rs6874120	A	G	1235.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.859;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.677;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=11;PP=649;ReadPosRankSum=-0.380;SC=GTTGGGTGCAACATGCAGTTC;SOR=0.794;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=75;TCF=52;TCR=23;TR=38;WE=35702314;WS=35702296;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,59:0.46:127
chr5	35704584	rs7448971	C	T	158.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=1.198;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=7;NR=0;PP=119;ReadPosRankSum=0.377;SC=GCATCTTTCACCAGTATATTT;SOR=1.828;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=14;TCR=1;TR=7;WE=35704592;WS=35704574;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,7:0.50:14
chr5	35704892	rs10058349	G	A	147.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-1.463;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=5;PP=75;ReadPosRankSum=-2.489;SC=GGTAAAAGAAGACTAAGTAGT;SOR=0.175;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=0;TCR=11;TR=5;WE=35704900;WS=35704882;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,7:0.50:14
chr5	35709095	rs13170082	C	T	7854.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=308;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=98;NR=70;PP=2965;SC=AAAGCAGCAGCTTCCCTGGCT;SOR=0.928;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=169;TCF=98;TCR=71;TR=168;WE=35709103;WS=35709085;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,300:1.00:300
chr5	35709184	rs13170390	G	C	7582.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=301;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=83;NR=95;PP=2965;SC=AAGCCATGTGGCTTCAAAAAC;SOR=0.816;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=179;TCF=83;TCR=96;TR=178;WE=35709192;WS=35709174;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,291:1.00:291
chr5	35712780	rs10078803	A	G	1477.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=34;NR=9;PP=1017;SC=TCAAAGTAAAAACCTGAGCCA;SOR=2.256;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=43;TCF=34;TCR=9;TR=43;WE=35712788;WS=35712770;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr5	35713007	rs10073537	T	G	4126.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=35;NR=66;PP=2092;SC=GATAAAAATATATATAATTAC;SOR=1.201;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=102;TCF=36;TCR=66;TR=101;WE=35713015;WS=35712997;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,152:1.00:152
chr5	35739960	rs10043875	A	G	407.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=12;NR=1;PP=263;SC=TTCTTTTGACACTATTATTCA;SOR=3.258;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=13;TCF=12;TCR=1;TR=13;WE=35739968;WS=35739950;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr5	35753715	rs11957963	T	C	554.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=2.422;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.513;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=3;PP=465;ReadPosRankSum=0.412;SC=ATGCCTGTTTTTTCTGTTCAG;SOR=2.156;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=49;TCF=38;TCR=11;TR=24;WE=35753723;WS=35753705;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,23:0.46:50
chr5	35763877	rs11298650	AG	A	1029.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.848;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.205;HP=1;HapScore=2;MGOF=33;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQ=60.14;MQRankSum=1.181;NF=1;NR=20;PP=758;ReadPosRankSum=0.165;SC=ATATGCTATAAGTGGAAAATT;SOR=1.018;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=46;TCF=1;TCR=45;TR=21;WE=35763885;WS=35763867;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,33:0.43:77
chr5	35763895	rs6876874	T	C	2091.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=34;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=35;PP=852;SC=ATTGACACAATGCTCTCAAGC;SOR=2.925;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=42;TCF=7;TCR=35;TR=42;WE=35763903;WS=35763885;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr5	35763916	rs6895801	A	G	1399.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=43;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=27;PP=733;SC=ACTGTAGAAAATTGTACCTTC;SOR=4.615;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=29;TCF=2;TCR=27;TR=29;WE=35763924;WS=35763906;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr5	35764587	rs4869466	G	A	5079.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=97;NR=47;PP=2965;SC=CACACCATGGGGAAGATACAC;SOR=1.434;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=145;TCF=98;TCR=47;TR=144;WE=35764595;WS=35764577;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,182:1.00:182
chr5	35764603	rs4869467	A	G	6298.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=109;NR=54;PP=2965;SC=TACACACAGAATTTAACTCAG;SOR=1.368;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=163;TCF=109;TCR=54;TR=163;WE=35764611;WS=35764593;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,223:1.00:223
chr5	35764696	rs4242258	C	T	12316.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=470;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=145;NR=131;PP=2965;SC=AAGCCTTCTTCGAGTTTCCAT;SOR=0.741;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=279;TCF=145;TCR=134;TR=276;WE=35764704;WS=35764686;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,465:1.00:465
chr5	35776239	rs11749262	A	G	505.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.278;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.317;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=5;PP=310;ReadPosRankSum=0.846;SC=ATTCTGGTATATTAAACGTGC;SOR=0.997;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=30;TCF=22;TCR=8;TR=19;WE=35776247;WS=35776229;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,22:0.55:40
chr5	35789164	rs1494576	G	A	9319.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=340;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=118;NR=116;PP=2965;SC=GTATTATTTTGCTTTTTCAGA;SOR=0.705;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=235;TCF=118;TCR=117;TR=234;WE=35789172;WS=35789154;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,332:1.00:332
chr5	35792356	rs7730148	A	C	1273.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=34;NR=4;PP=937;SC=AGAGAGTTTTAAAATACTCAT;SOR=3.365;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=39;TCF=34;TCR=5;TR=38;WE=35792364;WS=35792346;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr5	35795738	rs716971	T	C	213.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.701;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=1;PP=88;ReadPosRankSum=2.581;SC=TCAGTCTCTGTGGCTTTTAGA;SOR=0.446;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=11;TCF=10;TCR=1;TR=7;WE=35795746;WS=35795728;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,10:0.77:13
chr5	35795823	rs146473600	G	A	646.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.462;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.977;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=6;PP=383;ReadPosRankSum=0.144;SC=GTGGTTTACAGGAGATGAAGA;SOR=0.848;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=49;TCF=38;TCR=11;TR=25;WE=35795831;WS=35795813;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,32:0.46:70
chr5	35799994	rs3822735	A	G	3726.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=83;NR=41;PP=2435;SC=GCTCCTGGGGAGATTCTTCAT;SOR=1.574;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=124;TCF=83;TCR=41;TR=124;WE=35800002;WS=35799984;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,134:1.00:134
chr5	35807070	rs36093359	T	C	1508.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.157;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.766;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=30;PP=742;ReadPosRankSum=-1.121;SC=TTAAATTATTTTGAAAAAAGT;SOR=0.821;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=76;TCF=23;TCR=53;TR=41;WE=35807078;WS=35807060;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,65:0.61:107
chr5	35807455	rs7736291	T	G	1815.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.944;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.015;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=46;PP=1140;ReadPosRankSum=0.508;SC=AAAGAAGCTGTACTCTGCCAG;SOR=0.890;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=129;TCF=48;TCR=81;TR=70;WE=35807463;WS=35807445;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,83:0.51:162
chr5	35857177	rs1353252	G	C	9399.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.371;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=369;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=96;NR=160;PP=2965;ReadPosRankSum=1.457;SC=TCATTTCTAAGTTTTCTTATG;SOR=0.456;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=263;TCF=103;TCR=160;TR=256;WE=35857185;WS=35857167;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,361:1.00:362
chr5	35857235	rs1494561	C	G	6061.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=42;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=39;NR=108;PP=2965;SC=AGTTCCCTAACAGACCTGAGT;SOR=1.665;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=152;TCF=44;TCR=108;TR=147;WE=35857243;WS=35857225;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,216:1.00:216
chr5	35857262	rs1353250	A	G	4328.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=52;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=28;NR=80;PP=2384;SC=CTGGGTTTGAATGCAGTTTGA;SOR=1.768;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=108;TCF=28;TCR=80;TR=108;WE=35857270;WS=35857252;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,155:1.00:155
chr5	35857308	rs5867289	T	TC	2646.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=53;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=46;PP=2078;SC=TTTTTAATGTTTAACCACCAT;SOR=2.799;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=49;TCF=2;TCR=47;TR=48;WE=35857316;WS=35857298;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr5	35861068	rs1494558	T	C	9753.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.099;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=374;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=102;NR=144;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.339;SC=GATGTCAACATCACCAATCTG;SOR=0.929;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=249;TCF=103;TCR=146;TR=246;WE=35861076;WS=35861058;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,365:0.99:369
chr5	35861152	rs11567705	C	G	1321.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-1.750;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.306;HP=6;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=43;PP=926;ReadPosRankSum=1.616;SC=TTCATATGCTCTTTTTAATAG;SOR=1.043;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=125;TCF=39;TCR=86;TR=60;WE=35861160;WS=35861142;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,63:0.45:139
chr5	35871190	rs1494555	G	A	6719.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.762;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=259;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=72;NR=76;PP=2780;ReadPosRankSum=-0.811;SC=CCTGAGTGTCGTCTATCGGGA;SOR=0.733;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=150;TCF=73;TCR=77;TR=148;WE=35871198;WS=35871180;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,257:0.99:259
chr5	35874575	rs6897932	C	T	4268.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-2.272;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=485;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.520;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=72;NR=63;PP=1808;ReadPosRankSum=0.335;SC=ATCTTACTAACCATCAGCATT;SOR=0.720;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=318;TCF=167;TCR=151;TR=135;WE=35874583;WS=35874565;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:262,220:0.46:482
chr5	35875593	rs987106	A	T	10466.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=407;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=151;NR=104;PP=2965;SC=CACTTCATCTATCAATGTTCT;SOR=0.942;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=256;TCF=152;TCR=104;TR=255;WE=35875601;WS=35875583;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,392:1.00:392
chr5	35876274	rs3194051	A	G	2264.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-1.714;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.537;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=32;PP=1256;ReadPosRankSum=-0.340;SC=GGATGTAGTCATCACTCCAGA;SOR=0.765;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=138;TCF=81;TCR=57;TR=80;WE=35876282;WS=35876264;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,107:0.56:192
chr5	35904614	rs1833907	G	T	1949.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.237;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.905;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=24;PP=858;ReadPosRankSum=0.191;SC=GAGCCACATGGCTGTCCCAGG;SOR=0.854;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=99;TCF=54;TCR=45;TR=60;WE=35904622;WS=35904604;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,91:0.58:156
chr5	35910419	rs1445899	C	T	4216.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.298;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=463;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=79;NR=64;PP=2047;ReadPosRankSum=-0.136;SC=CAACCCAAACCACGTGAAAGC;SOR=0.684;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=278;TCF=155;TCR=123;TR=143;WE=35910427;WS=35910409;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:246,212:0.46:458
chr5	35910529	rs1445898	C	T	2718.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.671;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=286;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=67;PP=1548;ReadPosRankSum=1.280;SC=ATCAAACCTCCGGAAAAGTTC;SOR=0.681;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=210;TCF=76;TCR=134;TR=108;WE=35910537;WS=35910519;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:150,131:0.47:281
chr5	35921069	rs6859892	T	C	13937.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.728;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=527;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=161;NR=166;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.626;SC=TCCCTGCCACTTGTAGCTGGG;SOR=0.712;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=329;TCF=162;TCR=167;TR=327;WE=35921077;WS=35921059;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,523:1.00:525
chr5	35921266	rs3734107	G	A	797.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.966;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.510;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=25;PP=539;ReadPosRankSum=0.590;SC=AGGCCTCGCCGCTGCCTCTGG;SOR=1.826;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=50;TCF=7;TCR=43;TR=28;WE=35921274;WS=35921256;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,32:0.53:60
chr5	35955682	rs768622	C	G	1033.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.065;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.742;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=11;PP=464;ReadPosRankSum=-2.745;SC=AATACATACACAGTATCCCTT;SOR=0.602;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=70;TCF=44;TCR=26;TR=31;WE=35955690;WS=35955672;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,50:0.49:103
chr5	35956026	rs768621	T	C	850.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=2.123;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.142;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=22;PP=546;ReadPosRankSum=-1.118;SC=GAATACCAGGTAAAGCAGAAA;SOR=1.069;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=54;TCF=14;TCR=40;TR=28;WE=35956034;WS=35956016;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,38:0.48:79
chr5	35962984	rs1070895	A	G	2982.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.239;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=325;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.407;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=55;PP=1287;ReadPosRankSum=-0.413;SC=GGTCAAAGCCATCTCAGTGGT;SOR=0.730;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=203;TCF=92;TCR=111;TR=96;WE=35962992;WS=35962974;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:165,153:0.48:318
chr5	36037778	rs2247611	G	A	2503.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=54;NR=22;PP=1561;SC=CCCATGTCCTGGAAAATACAG;SOR=1.770;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=77;TCF=54;TCR=23;TR=76;WE=36037786;WS=36037768;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr5	36049675	.	G	A	62	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;FR=0.5000;HP=2;HapScore=4;MGOF=7;MMLQ=28;MQ=60.0;NF=0;NR=2;PP=62;QD=48.3856062736;SC=AATACCCTCTGCCATAATTAT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=1;TCR=6;TR=2;WE=36049685;WS=36049665;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:5,2:0.29:7
chr5	36049677	rs1287273	C	A	104.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-1.981;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=4;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=4;PP=183;ReadPosRankSum=0.967;SC=TACCCTCTGCCATAATTATCC;SOR=0.527;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=7;TCF=1;TCR=6;TR=5;WE=36049685;WS=36049665;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,5:0.71:7
chr5	36051834	rs72303780	ATCCG	A	1375.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=1.764;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.976;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=2.547;NF=18;NR=6;PP=926;ReadPosRankSum=0.424;SC=CAATCCATCCATCCGTCCATC;SOR=1.445;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=47;TCF=31;TCR=16;TR=24;WE=36051845;WS=36051824;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,38:0.50:76
chr5	36111167	rs43189	A	T	81.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.63;BaseQRankSum=1.834;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=0.5064;FS=4.771;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=0;PP=32;ReadPosRankSum=0.842;SC=AGATTAAAAAATATTCACAAA;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=4;TCR=1;TR=3;WE=36111175;WS=36111157;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,4:0.67:6
chr5	36124514	rs13177876	A	G	253.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=0.907;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=9;PP=193;ReadPosRankSum=2.430;SC=GTTCTTAAGAACACAAGTAAA;SOR=0.368;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=16;TCF=2;TCR=14;TR=11;WE=36124522;WS=36124504;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,11:0.73:15
chr5	36136675	rs267758	C	T	2977.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=5.065;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=283;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.494;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=90;PP=2002;ReadPosRankSum=-0.023;SC=AGATAAAATGCGACTGCATAA;SOR=1.091;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=234;TCF=57;TCR=177;TR=112;WE=36136683;WS=36136665;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:145,132:0.48:277
chr5	36137620	rs267759	A	G	72.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=1.192;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=3;PP=54;ReadPosRankSum=-0.230;SC=CCAGAAATATATGAATCTCAA;SOR=0.283;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=4;WE=36137628;WS=36137610;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,4:0.36:11
chr5	36141386	rs13156321	T	A	1067.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=1.457;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.367;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=31;PP=715;ReadPosRankSum=1.150;SC=GTGGCCAAGTTAATTTACATT;SOR=0.393;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=71;TCF=11;TCR=60;TR=38;WE=36141394;WS=36141376;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,45:0.54:83
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chr5	36142648	rs12658867	A	G	3182.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.186;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=314;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.865;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=42;PP=1411;ReadPosRankSum=-0.827;SC=TAATGTTGCTATTCTCAGGAG;SOR=0.619;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=174;TCF=101;TCR=73;TR=94;WE=36142656;WS=36142638;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:155,155:0.50:310
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chr5	36166827	rs34784319	C	CT	307.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.197;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FS=1.048;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.58;ReadPosRankSum=-1.057;SOR=0.487;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:57,29:0.34:86
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chr5	36176874	rs40030	G	A	254.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.582;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.971;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=1;PP=186;ReadPosRankSum=0.707;SC=TTTCTTTTTCGGATGATTCTC;SOR=1.329;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=19;TCF=15;TCR=4;TR=9;WE=36176882;WS=36176864;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,11:0.52:21
chr5	36195448	rs11952882	A	G	3600.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-2.489;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=302;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.670;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=89;PP=2140;ReadPosRankSum=1.201;SC=TTTAATCCTGAATTTTAACCT;SOR=0.426;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=233;TCF=72;TCR=161;TR=138;WE=36195456;WS=36195438;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:127,167:0.57:294
chr5	36201336	rs7705396	C	T	1047.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.870;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.011;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=30;PP=672;ReadPosRankSum=0.473;SC=GAATAACCTACTTAAAATATA;SOR=0.972;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=64;TCF=16;TCR=48;TR=38;WE=36201344;WS=36201326;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,46:0.61:75
chr5	36207424	rs2303163	G	T	3558.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-3.712;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=326;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=88;PP=1915;ReadPosRankSum=0.011;SC=GTAAATAAGAGAGTCTTCTTC;SOR=0.721;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=243;TCF=66;TCR=177;TR=120;WE=36207432;WS=36207414;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:156,162:0.51:318
chr5	36217764	rs111441491	G	GTTAATCA	1655.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.701;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=12;PP=1714;ReadPosRankSum=1.379;SC=CTAAAAACAAGTAAATTATTA;SOR=0.748;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=76;TCF=49;TCR=27;TR=28;WE=36217772;WS=36217745;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,40:0.34:119
chr5	36241922	rs62356073	G	A	2250.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.419;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=37;PP=1104;ReadPosRankSum=3.056;SC=CCGCGGCCGCGGGCTTGGGCT;SOR=0.670;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=129;TCF=66;TCR=63;TR=76;WE=36241930;WS=36241912;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,108:0.57:191
chr5	36241988	rs34888491	G	C	1140.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-2.040;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.838;HP=3;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=32;PP=617;ReadPosRankSum=-1.395;SC=CGCGCCGCCCGGGCCTCTAAC;SOR=0.819;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=82;TCF=29;TCR=53;TR=49;WE=36241996;WS=36241978;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,55:0.61:90
chr5	36253937	rs4869473	G	A	3658.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.418;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=380;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.798;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=72;PP=1848;ReadPosRankSum=0.712;SC=CAGTTGACACGGAGGAATTTA;SOR=0.636;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=255;TCF=92;TCR=163;TR=111;WE=36253945;WS=36253927;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:198,174:0.47:372
chr5	36260976	rs6881086	T	A	649.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=0.432;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=13;PP=323;ReadPosRankSum=0.198;SC=TCTAAGAAAATGAAATAAGCA;SOR=0.801;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=38;TCF=14;TCR=24;TR=21;WE=36260984;WS=36260966;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,34:0.45:75
chr5	36268218	rs6869599	A	G	1294.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=2.267;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.748;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=8;PP=757;ReadPosRankSum=-1.604;SC=TGATCGCTAAAAAAGAAAAGT;SOR=1.092;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=89;TCF=64;TCR=25;TR=40;WE=36268226;WS=36268208;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,56:0.50:111
chr5	36269551	rs1035480	G	C	2813.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.775;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=321;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.411;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=44;PP=1179;ReadPosRankSum=1.702;SC=TACACGCTTTGTTGGAAAACC;SOR=0.662;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=200;TCF=88;TCR=112;TR=79;WE=36269559;WS=36269541;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:167,145:0.46:312
chr5	36271491	rs5867310	CT	C	121.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.125;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=10;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=6;PP=79;ReadPosRankSum=1.059;SC=TATTTGAAGACTTTTTTTTTT;SOR=0.399;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=16;TCF=1;TCR=15;TR=7;WE=36271499;WS=36271481;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,10:0.50:20
chr5	36301362	rs10941287	T	A	1725.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.005;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=1.141;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.38;ReadPosRankSum=0.058;SOR=0.481;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,43:0.63:68
chr5	36301369	rs884692	T	G	1843.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.424;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=3.561;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=23.05;ReadPosRankSum=0.035;SOR=0.375;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,51:0.64:80
chr5	36301420	rs884694	G	T	2273.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.403;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.257;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=30;PP=946;ReadPosRankSum=1.768;SC=TGAGCTGGACGGACTCACCTT;SOR=0.429;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=126;TCF=77;TCR=49;TR=70;WE=36301428;WS=36301410;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,108:0.58:186
chr5	36629529	rs78316512	CT	C	138.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.298;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.13;MQRankSum=1.627;QD=1.71;ReadPosRankSum=2.011;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:56,25:0.31:81
chr5	36680125	rs2303716	A	G	186.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-1.050;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=8;PP=161;ReadPosRankSum=-0.093;SC=GGGATTCAGGAAATGCCTGGC;SOR=1.270;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=14;TCF=2;TCR=12;TR=9;WE=36680133;WS=36680115;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,8:0.62:13
chr5	36683801	rs56038114	T	C	219.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.433;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=1;PP=136;ReadPosRankSum=-0.187;SC=CAGAGTGAGATACTGTTTCAA;SOR=0.495;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=14;TCF=10;TCR=4;TR=5;WE=36683817;WS=36683791;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,11:0.52:21
chr5	36683809	rs11284736	CA	C	518.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.420;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.066;HP=14;HapScore=4;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.674;NF=5;NR=3;PP=170;ReadPosRankSum=0.578;SC=GATACTGTTTCAAAAAAAAAA;SOR=0.223;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=14;TCF=10;TCR=4;TR=8;WE=36683817;WS=36683791;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,18:0.75:24
chr5	36683903	rs56039629	C	T	1413.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-1.375;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.214;NF=24;NR=8;PP=452;ReadPosRankSum=3.168;SC=TATTTTGCAGCGTATATGCTC;SOR=0.627;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=76;TCF=58;TCR=18;TR=32;WE=36683911;WS=36683893;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,38:0.41:92
chr5	36683920	rs56256473	G	C	1734.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=0.551;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.769;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.140;NF=33;NR=11;PP=688;ReadPosRankSum=-0.836;SC=GCTCTACGTGGGGAGCTTTGT;SOR=0.789;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=95;TCF=71;TCR=24;TR=44;WE=36683928;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,50:0.44:113
chr5	36686404	rs2229894	G	A	801.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=1.284;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.961;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=21;PP=535;ReadPosRankSum=0.921;SC=TTGAGCACCAGGTGTTAAAAA;SOR=0.909;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=55;TCF=16;TCR=39;TR=29;WE=36686412;WS=36686394;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,34:0.49:69
chr5	36958085	rs141750225	CAA	C	165.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.358;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=2.086;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.53;ReadPosRankSum=-0.706;SOR=1.270;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,10:0.45:22
chr5	37003501	rs62654860	A	G	978.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.470;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=19;PP=430;ReadPosRankSum=0.313;SC=ATTAAGATCTATAGTAGTCCC;SOR=0.755;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=71;TCF=32;TCR=39;TR=33;WE=37003509;WS=37003491;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,51:0.46:111
chr5	37007629	rs159753	T	C	436.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=0.532;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.032;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=14;PP=325;ReadPosRankSum=-0.280;SC=TGATTAAGTCTAGTATAACCT;SOR=0.307;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=26;TCF=4;TCR=22;TR=18;WE=37007637;WS=37007619;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,18:0.64:28
chr5	37019354	rs300060	G	A	555.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-1.549;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=5;PP=322;ReadPosRankSum=-2.535;SC=TTACAATTAGGTGATTTATTA;SOR=0.542;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=35;TCF=27;TCR=8;TR=21;WE=37019362;WS=37019344;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,25:0.60:42
chr5	37027576	.	G	GT	95.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.166;ClippingRankSum=0.000;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=2.958;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.14;MQRankSum=1.712;QD=1.81;ReadPosRankSum=0.626;SOR=1.385;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,14:0.26:53
chr5	37036449	rs10554564	GTA	G	259.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.150;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=18.55;ReadPosRankSum=0.319;SOR=0.634;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,11:0.79:14
chr5	37061261	rs188541	A	G	121.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=0.449;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=3;PP=56;ReadPosRankSum=-0.852;SC=TCTCTATCTTATTTTAATGAG;SOR=0.941;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=9;TCF=3;TCR=6;TR=4;WE=37061269;WS=37061251;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,6:0.55:11
chr5	37115000	rs11286555	CA	C	40.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.411;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=4.685;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.45;ReadPosRankSum=-0.091;SOR=0.142;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,9:0.32:28
chr5	37120152	.	G	GA	40.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.516;ClippingRankSum=0.000;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.97;ReadPosRankSum=0.414;SOR=0.210;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,10:0.24:42
chr5	37125560	rs3832339	CAGATA	C	690.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-2.246;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.424;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.600;NF=0;NR=14;PP=569;ReadPosRankSum=-2.020;SC=ATTTGTTAAGCAGATAAGATA;SOR=0.148;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=37;TCF=0;TCR=37;TR=14;WE=37125572;WS=37125550;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,20:0.45:44
chr5	37242941	rs376022376	TA	T	50.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.968;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=1.824;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.03;ReadPosRankSum=0.032;SOR=1.270;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,9:0.36:25
chr5	37247700	rs6876576	G	A	3278.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=50;NR=30;PP=1500;SC=CTGGTATTGCGTGAATAAAGA;SOR=1.064;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=80;TCF=50;TCR=30;TR=80;WE=37247708;WS=37247690;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr5	37292319	.	AT	A	139.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.862;ClippingRankSum=0.000;DP=91;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.12;MQRankSum=1.324;QD=2.50;ReadPosRankSum=-3.417;SOR=0.780;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,21:0.38:56
chr5	37294473	rs1045908	T	C	1357.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.353;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.349;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=15;PP=554;ReadPosRankSum=2.538;SC=GTAGTCTAGGTAATGGTACTC;SOR=0.479;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=75;TCF=47;TCR=28;TR=36;WE=37294481;WS=37294463;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,66:0.54:122
chr5	37307299	rs34995492	C	CA	210.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.774;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=2.235;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.80;MQRankSum=1.104;QD=4.90;ReadPosRankSum=0.772;SOR=1.730;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,22:0.51:43
chr5	37309371	rs3835198	TAGA	T	1255.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.189;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.820;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=2.031;NF=2;NR=9;PP=382;ReadPosRankSum=-0.406;SC=CTCATTTGCCTAGAAGAGGAG;SOR=0.843;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=33;TCF=6;TCR=27;TR=11;WE=37309381;WS=37309361;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,37:0.43:86
chr5	37318295	rs217797	G	T	350.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-4.069;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=13;PP=234;ReadPosRankSum=-1.897;SC=AAATAATTCAGAAGGTTGGGC;SOR=0.527;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=39;TCF=3;TCR=36;TR=14;WE=37318303;WS=37318285;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,16:0.38:42
chr5	37331985	rs13170025	G	T	505.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=-0.695;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.030;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=11;PP=215;ReadPosRankSum=0.448;SC=TAAAATAAATGAAACAAACAA;SOR=0.537;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=37;TCF=12;TCR=25;TR=16;WE=37331993;WS=37331975;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,26:0.45:58
chr5	37341352	rs13172306	T	C	3310.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.020;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=336;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.436;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=77;PP=1665;ReadPosRankSum=-0.567;SC=CACCTGAAGATGGGGTAAAAT;SOR=0.556;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=225;TCF=80;TCR=145;TR=125;WE=37341360;WS=37341342;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:162,165:0.50:327
chr5	37364443	rs217852	C	T	6384.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=237;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=73;NR=97;PP=2965;SC=CAGGTCCTTGCAAAGGATAAT;SOR=0.896;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=172;TCF=74;TCR=98;TR=170;WE=37364451;WS=37364433;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,236:1.00:236
chr5	37516809	rs13176408	A	T	222.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.721;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=4.612;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.46;MQRankSum=2.387;QD=10.61;ReadPosRankSum=-1.162;SOR=0.124;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,8:0.38:21
chr5	37516814	rs1967541	C	T	137.79	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.752;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.46;MQRankSum=1.155;QD=10.60;ReadPosRankSum=-0.594;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,10:0.77:13
chr5	37516827	rs4540204	A	T	168.74	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.230;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=62.36;MQRankSum=1.248;QD=11.25;ReadPosRankSum=0.831;SOR=0.330;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,11:0.73:15
chr5	37605048	rs1400853	A	G	112.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=3.424;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=10.25;ReadPosRankSum=-1.442;SOR=0.074;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,6:0.55:11
chr5	37605122	rs150300664	CT	C	276.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.408;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.27;MQRankSum=0.977;QD=7.10;ReadPosRankSum=-0.648;SOR=0.673;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,21:0.54:39
chr5	37724932	rs3214462	CATT	C	1053.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.600;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.448;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.417;NF=19;NR=5;PP=1073;ReadPosRankSum=0.415;SC=TCAAGACTGTCATTATGACTT;SOR=2.242;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=27;TCF=22;TCR=5;TR=24;WE=37724942;WS=37724922;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,37:0.95:39
chr5	37724990	rs7444391	G	A	2854.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=48;NR=25;PP=1494;SC=TTTTGGATGGGAAGGTTATTG;SOR=1.222;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=73;TCF=48;TCR=25;TR=73;WE=37724998;WS=37724980;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr5	37752415	rs1549252	A	G	300.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=0;PP=157;SC=TTTCCTGAACATAATTAAATT;SOR=2.670;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=8;TCR=0;TR=8;WE=37752423;WS=37752408;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr5	37752460	rs1549251	T	C	655.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=17;NR=2;PP=433;SC=AGTTTAATGATTTATATTTAA;SOR=2.494;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=19;TCF=17;TCR=2;TR=19;WE=37752468;WS=37752450;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
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chr5	38258707	rs2561096	A	G	714.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=1.771;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=6;PP=471;ReadPosRankSum=-1.126;SC=TCTTGGAACTACCCGTGTTTC;SOR=0.601;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=49;TCF=38;TCR=11;TR=26;WE=38258715;WS=38258697;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,29:0.56:52
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chr5	38407273	rs111320305	A	AT	1608.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-1.772;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.260;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.863;NF=2;NR=25;PP=1081;ReadPosRankSum=0.675;SC=GAGAGGAAGAAGTGGTGATGA;SOR=0.388;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=53;TCF=4;TCR=49;TR=27;WE=38407281;WS=38407263;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,47:0.59:80
chr5	38407888	rs2961882	T	C	1090.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.992;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.816;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=14;PP=613;ReadPosRankSum=-0.391;SC=TCTTTTGTGTTGTCTTTTTTC;SOR=0.988;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=67;TCF=44;TCR=23;TR=41;WE=38407899;WS=38407878;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,49:0.56:88
chr5	38412535	rs112138948	C	T	2172.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=1.286;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=23;PP=1022;ReadPosRankSum=0.614;SC=CTGGAAGTGACGTCCACGGAA;SOR=0.694;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=129;TCF=83;TCR=46;TR=64;WE=38412543;WS=38412525;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:99,104:0.51:203
chr5	38435130	rs2956598	T	G	435.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-2.425;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=3;PP=226;ReadPosRankSum=0.367;SC=GATGGGTCTCTAGGCTCTGTC;SOR=0.941;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=42;TCF=35;TCR=7;TR=19;WE=38435138;WS=38435120;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,22:0.49:45
chr5	38438264	rs2561828	A	T	415.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-2.506;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.891;HP=8;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.244;NF=17;NR=4;PP=275;ReadPosRankSum=1.196;SC=ACTTAAAAAAATTTTTTTTCA;SOR=0.240;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=52;TCF=45;TCR=7;TR=21;WE=38438272;WS=38438254;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,22:0.41:54
chr5	38482504	rs2256595	C	T	110.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=0.876;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=2;PP=52;ReadPosRankSum=0.765;SC=GTTATTAATACTTGTGGGAGA;SOR=0.368;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=9;TCF=6;TCR=3;TR=5;WE=38482512;WS=38482503;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,5:0.56:9
chr5	38504303	rs16903989	A	T	180.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.786;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.197;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=5;PP=54;ReadPosRankSum=-2.560;SC=AGAAGAAAACATAAAAAACAA;SOR=0.283;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=13;TCF=2;TCR=11;TR=6;WE=38504311;WS=38504293;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,10:0.59:17
chr5	38510481	rs34968906	AC	A	1153.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=1.080;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.664;HP=10;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=14;PP=540;ReadPosRankSum=-0.193;SC=CACTCCTCCCACCCCCCCACT;SOR=0.754;SbPval=0.2;Source=Platypus;TC=50;TCF=30;TCR=20;TR=27;WE=38510490;WS=38510471;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,47:0.69:68
chr5	38512154	rs1037033	T	C	676.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=3.057;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=19;PP=430;ReadPosRankSum=0.618;SC=ATAGATTCCATACAATCATCA;SOR=0.693;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=44;TCF=6;TCR=38;TR=22;WE=38512162;WS=38512144;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,27:0.50:54
chr5	38527228	rs2289779	T	G	1087.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.066;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.446;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=16;PP=491;ReadPosRankSum=0.852;SC=TGACTTACTTTAAAATTGAGT;SOR=0.457;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=68;TCF=40;TCR=28;TR=35;WE=38527236;WS=38527218;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,55:0.49:112
chr5	38528951	rs34759137	GAC	G	795.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-0.109;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.052;HP=2;HapScore=3;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=51;PP=2029;ReadPosRankSum=1.847;SC=CCCTGGAGGAGACACACACAC;SOR=0.910;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=66;TCF=6;TCR=60;TR=54;WE=38528988;WS=38528941;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,43:0.52:82
chr5	38528969	rs71604901	CACACACACACAG	C	720.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.752;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FS=1.880;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.83;ReadPosRankSum=-0.884;SOR=1.009;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:59,33:0.36:92
chr5	38530485	rs11293177	CA	C	234.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=1;PP=190;SC=AAAAAGATGACAAAAAAAATG;SOR=2.670;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=10;TCF=9;TCR=1;TR=9;WE=38530493;WS=38530475;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr5	38812945	rs60010968	T	A	3465.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.008;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=387;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.371;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=55;PP=1621;ReadPosRankSum=-0.765;SC=AATGATCTGATGAATTATAAT;SOR=0.672;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=228;TCF=107;TCR=121;TR=104;WE=38812953;WS=38812935;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:201,176:0.47:377
chr5	38822040	rs413278	A	G	86.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.876;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=2.632;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=7.89;ReadPosRankSum=1.335;SOR=0.148;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,6:0.55:11
chr5	38823109	rs57789008	C	T	435.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.724;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=6;PP=196;ReadPosRankSum=0.657;SC=ATATACATATCGATATGTACG;SOR=0.838;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=29;TCF=18;TCR=11;TR=16;WE=38823117;WS=38823099;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,22:0.55:40
chr5	38823254	rs369886	C	T	748.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.572;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.928;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=8;PP=322;ReadPosRankSum=-0.786;SC=TAAGTGTGTACATGTATACAT;SOR=0.427;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=64;TCF=45;TCR=19;TR=24;WE=38823262;WS=38823244;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,38:0.42:91
chr5	38823358	rs581668	C	A	2426.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.020;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.262;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=-3.956;NF=52;NR=27;PP=1168;ReadPosRankSum=-0.627;SC=GCATACATACCTGGGTACGTG;SOR=0.875;Source=Platypus;TCF=108;TR=79;WE=38823366;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:116,118:0.50:234
chr5	38869251	rs116432854	A	T	4118.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.287;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=373;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.788;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=63;PP=1656;ReadPosRankSum=-0.366;SC=AAAGACAAAAATCACGTCGGG;SOR=0.742;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=220;TCF=100;TCR=120;TR=112;WE=38869259;WS=38869241;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:166,200:0.55:366
chr5	38876573	rs357271	T	C	1549.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=39;PP=1183;SC=GTTTTGGAAATATATTAGCAG;SOR=4.003;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=42;TCF=3;TCR=39;TR=42;WE=38876581;WS=38876563;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
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chr5	38884071	rs34675408	T	G	2045.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.278;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.148;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=25;PP=1056;ReadPosRankSum=0.837;SC=AACAGATTCATGGAGAACAAC;SOR=0.573;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=132;TCF=84;TCR=48;TR=64;WE=38884079;WS=38884061;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:95,95:0.50:190
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chr5	38904363	rs1239334	C	T	800.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=22;NR=6;PP=636;SC=ATTTGCTGTGCTCTGGTTTGC;SOR=2.147;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=28;TCF=22;TCR=6;TR=28;WE=38904371;WS=38904353;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr5	38917574	rs357260	G	A	1369.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=28;NR=15;PP=803;SC=GTCCTTGACCGTCCTAGAAAA;SOR=1.314;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=43;TCF=28;TCR=15;TR=43;WE=38917582;WS=38917564;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr5	38917904	rs357262	G	C	1026.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=23;PP=703;SC=TTTGATAGCTGATGCAACTGA;SOR=2.303;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=6;TCR=23;TR=29;WE=38917912;WS=38917894;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr5	38919158	rs10941412	G	A	5115.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.804;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=494;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.527;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;ReadPosRankSum=-0.172;SC=TGCAGACCCCGAAAACAGTGA;SOR=0.629;Source=Platypus;TR=152;WE=38919166;WS=38919148;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:245,238:0.49:483
chr5	38923171	rs357293	T	C	913.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=17;NR=7;PP=484;SC=AGCCAACGTGTCATGCCTTTT;SOR=1.418;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=17;TCR=7;TR=24;WE=38923179;WS=38923161;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr5	38931919	rs357277	G	A	3252.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=68;NR=33;PP=1964;SC=TCATAAACTTGTATTTATTCC;SOR=1.570;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=101;TCF=68;TCR=33;TR=101;WE=38931927;WS=38931909;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr5	38932466	rs357278	A	C	640.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-2.748;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.946;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=7;PP=383;ReadPosRankSum=1.056;SC=ATAAGTTACAACGCAAGGATT;SOR=0.510;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=65;TCF=52;TCR=13;TR=28;WE=38932474;WS=38932456;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,34:0.40:85
chr5	38945919	rs62352642	C	T	518.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-1.787;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=17;PP=324;ReadPosRankSum=0.239;SC=AGCTTAAGCACATTTTATGAC;SOR=0.801;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=45;TCF=10;TCR=35;TR=20;WE=38945927;WS=38945909;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,23:0.48:48
chr5	38950776	rs2115949	G	A	5651.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=57;NR=89;PP=2740;SC=GGAAAAATGTGCTAGTAGAGC;SOR=1.075;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=146;TCF=57;TCR=89;TR=146;WE=38950784;WS=38950766;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,213:1.00:213
chr5	38953427	rs2115948	T	C	521.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=5;PP=464;SC=ACACTTATATTGGCAGGAACA;SOR=1.739;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=17;TCF=12;TCR=5;TR=17;WE=38953435;WS=38953417;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr5	38953447	rs2115947	T	A	615.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=14;NR=8;PP=537;SC=AATCCAGTCTTAAATATTAAT;SOR=1.508;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=22;TCF=14;TCR=8;TR=22;WE=38953455;WS=38953437;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr5	38953665	rs33912683	G	GA	721.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-1.253;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.9999;FS=0.000;HP=12;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=19;PP=331;ReadPosRankSum=1.388;SC=TCTGGAGAAAGAAAAAAAAAT;SOR=1.542;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=24;TCF=0;TCR=24;TR=19;WE=38953673;WS=38953655;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,33:0.94:35
chr5	38954994	rs9292726	T	C	1666.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=15;NR=28;PP=918;SC=ACTATATCTCTTGGCTAATTT;SOR=1.292;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=43;TCF=15;TCR=28;TR=43;WE=38955002;WS=38954984;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr5	38955796	rs2043112	G	A	2146.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.135;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=273;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=39;PP=911;ReadPosRankSum=-1.066;SC=AACATATTTGGAGTTGTATTC;SOR=0.672;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=170;TCF=67;TCR=103;TR=64;WE=38955804;WS=38955786;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:153,114:0.43:267
chr5	38958968	rs6868591	A	C	1403.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.975;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=4.574;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=28.65;ReadPosRankSum=-0.121;SOR=1.383;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,48:0.98:49
chr5	38959794	rs2115946	T	C	588.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=4;PP=335;SC=ACCAAACACATGTACACAGAA;SOR=1.609;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=12;TCR=4;TR=16;WE=38959802;WS=38959784;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr5	38962543	rs7729745	A	G	1787.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.50;SOR=1.162;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr5	38966903	rs11435048	A	ATT	647.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.065;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.63;ReadPosRankSum=0.373;SOR=0.317;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,31:0.94:33
chr5	38971865	rs13165709	A	G	211.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.953;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.269;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=5;PP=120;ReadPosRankSum=-0.469;SC=TAAAAATATGATCTAGATTAA;SOR=0.175;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=20;TCF=13;TCR=7;TR=11;WE=38971873;WS=38971855;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,11:0.55:20
chr5	38971912	rs7732615	T	A	792.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.43;SOR=0.976;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr5	38990944	.	G	GAT	562	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;FR=1.0000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MMLQ=28;MQ=65.57;NF=17;NR=2;PP=562;QD=30.3157894737;SC=TGAGATATATGAGATATATGA;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=19;TCF=17;TCR=2;TR=19;WE=38990965;WS=38990934;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr5	38990946	.	G	T	477	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;FR=1.0000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MMLQ=28;MQ=64.74;NF=19;NR=2;PP=477;QD=24.3700577403;SC=AGATATATGAGATATATGATA;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=23;TCF=21;TCR=2;TR=21;WE=38990965;WS=38990934;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:2,21:0.91:23
chr5	38990957	.	T	G	837	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;FR=1.0000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MMLQ=28;MQ=63.36;NF=27;NR=4;PP=837;QD=28.1216520177;SC=ATATATGATATATATATGATA;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=27;TCR=4;TR=31;WE=38990965;WS=38990934;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr5	38990957	.	T	TATGAGATATATGATATATATATGATAG	1386.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=64.93;QD=77.04;SOR=5.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr5	39021369	rs13177690	G	A	512.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=15;PP=385;SC=CCCCAAATCTGTTAATTTAAA;SOR=4.294;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=16;TCF=1;TCR=15;TR=16;WE=39021377;WS=39021359;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr5	39074296	rs2303808	G	C	9143.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-1.148;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=899;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=130;NR=126;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.272;SC=AATTAGGATTGGCTCGCAGGC;SOR=0.689;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=525;TCF=262;TCR=263;TR=256;WE=39074304;WS=39074286;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:445,448:0.50:893
chr5	39107353	rs404122	T	A	466.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=2;PP=355;SC=GTCTTCTGAGTTAACAATTAA;SOR=3.258;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=16;TCF=14;TCR=2;TR=16;WE=39107361;WS=39107343;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr5	39108309	rs377022	A	G	2217.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=28;NR=28;PP=928;SC=ACTGTTCTCTAGGGTGGTACT;SOR=0.788;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=57;TCF=28;TCR=29;TR=56;WE=39108330;WS=39108299;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr5	39108322	rs430630	A	G	2160.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=26;NR=27;PP=834;SC=GTGGTACTACATAAGACTTAC;SOR=0.788;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=53;TCF=26;TCR=27;TR=53;WE=39108330;WS=39108299;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
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chr5	39134295	rs4957318	C	T	2215.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.568;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=36;PP=1039;ReadPosRankSum=1.796;SC=TTCTACAATACGTACTTGCAC;SOR=0.662;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=133;TCF=75;TCR=58;TR=79;WE=39134303;WS=39134285;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:116,114:0.50:230
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chr5	39141240	rs3188386	G	A	3753.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-1.174;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=392;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.191;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=47;PP=1301;ReadPosRankSum=-0.813;SC=CATTGACAGGGCTTCTGAAAA;SOR=0.687;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=206;TCF=101;TCR=105;TR=96;WE=39141248;WS=39141230;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:196,189:0.49:385
chr5	39285139	rs261738	T	A	228.27	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.689;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=4.027;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.22;ReadPosRankSum=1.419;SOR=2.670;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,13:0.87:15
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chr5	39364358	rs700232	G	A	885.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.585;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.831;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=10;PP=484;ReadPosRankSum=1.366;SC=ATCTCTTTTCGAAGTTTAGAT;SOR=0.494;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=75;TCF=54;TCR=21;TR=33;WE=39364366;WS=39364348;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,43:0.48:90
chr5	39364554	rs700233	G	A	2455.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.629;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.524;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=48;PP=1185;ReadPosRankSum=-1.345;SC=GCAAAGCTCCGGCAGGCTGAC;SOR=0.769;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=150;TCF=55;TCR=95;TR=74;WE=39364562;WS=39364544;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:96,111:0.54:207
chr5	39375082	rs2686162	C	T	1175.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.092;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=16;PP=454;ReadPosRankSum=1.025;SC=TCACAAAAACCCCTGAGACAG;SOR=0.677;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=89;TCF=51;TCR=38;TR=35;WE=39375090;WS=39375072;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:92,63:0.41:155
chr5	39376988	rs3733801	C	T	1583.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-2.703;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.037;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=30;PP=770;ReadPosRankSum=0.564;SC=GAAGGCATCACTGGAGATGTC;SOR=0.889;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=109;TCF=48;TCR=61;TR=50;WE=39376996;WS=39376978;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,76:0.50:151
chr5	39377418	rs2738238	G	A	579.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.982;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.108;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=15;PP=284;ReadPosRankSum=-1.061;SC=CTTATCAGGAGTCAAGCTTGA;SOR=0.502;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=45;TCF=9;TCR=36;TR=20;WE=39377426;WS=39377408;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,28:0.46:61
chr5	39383257	rs34507990	T	C	2084.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.312;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=236;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.587;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=40;PP=842;ReadPosRankSum=-1.315;SC=CCTGAGGCGTTGGTCGAGGAA;SOR=0.814;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=152;TCF=69;TCR=83;TR=71;WE=39383265;WS=39383247;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:123,109:0.47:232
chr5	39390061	rs2855512	C	A	1532.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=15;NR=19;PP=633;SC=CACTGTTATCCGTATTTTAAT;SOR=0.796;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=15;TCR=19;TR=34;WE=39390069;WS=39390051;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr5	39390121	rs34356831	A	AT	65.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.078;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=2.702;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.87;ReadPosRankSum=1.419;SOR=0.148;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,7:0.41:17
chr5	39390369	rs62358402	T	C	249.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.998;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=0;PP=155;ReadPosRankSum=0.262;SC=CAGCAGTGCATAGCTATCAAT;SOR=0.336;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=28;TCF=27;TCR=1;TR=10;WE=39390377;WS=39390359;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,12:0.39:31
chr5	39392352	rs62358406	A	C	1701.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.100;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.104;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=13;PP=852;ReadPosRankSum=-0.269;SC=GTAATATATGATATATTTGTT;SOR=0.913;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=111;TCF=82;TCR=29;TR=53;WE=39392360;WS=39392342;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,79:0.49:162
chr5	39393239	rs62358409	A	G	277.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=3.419;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.937;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=0;PP=126;ReadPosRankSum=0.311;SC=CTGATGGATAATGTGATTAAA;SOR=0.162;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=37;TCF=36;TCR=1;TR=9;WE=39393247;WS=39393235;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,13:0.30:44
chr5	39393521	rs62358410	G	A	2390.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.472;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=274;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.479;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=59;PP=1349;ReadPosRankSum=0.497;SC=AATACAGGATGAAGAATGCTA;SOR=0.760;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=198;TCF=58;TCR=140;TR=83;WE=39393529;WS=39393511;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:153,114:0.43:267
chr5	39394408	rs34529705	T	C	1478.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.100;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.676;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=20;PP=594;ReadPosRankSum=-1.160;SC=CACTTGTTTCTACTTCGTTAG;SOR=0.415;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=56;TCF=18;TCR=38;TR=33;WE=39394416;WS=39394398;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,67:0.61:110
chr5	40716153	rs10737963	C	A	1677.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=46;NR=2;PP=1302;SC=TACAACCAGGCGTTCTCCTAT;SOR=4.615;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=48;TCF=46;TCR=2;TR=48;WE=40716161;WS=40716143;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr5	40728383	.	C	CAAAAAAAAAAA	702.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=58.56;SOR=2.670;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
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chr5	40777792	rs62357560	T	C	631.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=3.304;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.388;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=16;PP=451;ReadPosRankSum=-0.918;SC=TCCCAGCACTTTGGGAGGCCG;SOR=0.457;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=44;TCF=5;TCR=39;TR=17;WE=40777800;WS=40777782;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,25:0.49:51
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chr5	40852451	rs188934	C	G	9863.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=384;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=157;NR=130;PP=2965;SC=GAGATGTGACCGCTAGGGATT;SOR=0.898;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=288;TCF=158;TCR=130;TR=287;WE=40852459;WS=40852441;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,373:1.00:373
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chr5	40928574	rs2443040	A	C	719.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=16;NR=4;PP=474;SC=ATTGAGAAATAATAACATCAC;SOR=2.494;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=16;TCR=4;TR=20;WE=40928582;WS=40928564;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr5	40928792	rs2459467	T	A	863.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.63;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=16;PP=481;SC=AATGTTTTAGTAATTCTTTAG;SOR=1.402;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=7;TCR=16;TR=23;WE=40928800;WS=40928782;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr5	40936541	rs2271708	T	C	3943.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-0.007;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=365;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.384;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=58;PP=1179;ReadPosRankSum=-0.758;SC=GAGACCTTCCTGTGATATCGA;SOR=0.666;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=188;TCF=74;TCR=114;TR=95;WE=40936549;WS=40936531;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:165,194:0.54:359
chr5	40954855	rs111748032	G	A	60.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.924;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.52;MQRankSum=1.030;QD=3.04;ReadPosRankSum=-3.247;SOR=0.473;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,6:0.30:20
chr5	40964816	rs7713884	C	A	748.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-1.053;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=5;PP=417;ReadPosRankSum=-0.827;SC=CAAACTCTTTCCTTTTCCATC;SOR=0.693;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=55;TCF=43;TCR=12;TR=26;WE=40964824;WS=40964806;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,35:0.50:70
chr5	40964852	rs13157656	A	C	1341.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=2.399;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.427;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=14;PP=757;ReadPosRankSum=0.284;SC=GGATGAAGGTACAATGTTTCC;SOR=0.871;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=88;TCF=58;TCR=30;TR=44;WE=40964860;WS=40964842;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,62:0.48:130
chr5	40972017	rs11747673	A	G	693.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=4.782;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.211;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=0;PP=537;ReadPosRankSum=-0.729;SC=CCTATGAATAATCACTGCTCT;SOR=1.362;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=42;TCF=41;TCR=1;TR=22;WE=40972025;WS=40972007;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,25:0.52:48
chr5	40972111	rs10805655	C	T	7602.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=298;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=118;NR=70;PP=2965;SC=TAATTTCAGACGGCAAAATAT;SOR=1.112;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=188;TCF=118;TCR=70;TR=188;WE=40972119;WS=40972101;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,287:1.00:287
chr5	40972211	rs74480769	A	G	3308.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.553;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=314;ExcessHet=3.0103;FS=5.284;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.85;ReadPosRankSum=0.488;SOR=0.979;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:139,166:0.54:305
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chr5	40979790	rs2876849	A	T	343.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-0.905;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=6;PP=259;ReadPosRankSum=-0.634;SC=TTACGAACAAAAATCTTGTAA;SOR=0.551;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=21;TCF=13;TCR=8;TR=15;WE=40979798;WS=40979780;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,15:0.71:21
chr5	40980086	rs1450664	T	C	908.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-2.161;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.382;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=16;PP=378;ReadPosRankSum=-1.663;SC=ATGTGGTTTCTAGTTTAGCAG;SOR=0.280;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=44;TCF=16;TCR=28;TR=26;WE=40980094;WS=40980076;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,44:0.68:65
chr5	40980102	rs2292727	C	T	289.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.285;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=11;PP=197;ReadPosRankSum=-0.507;SC=AGCAGTGGGCCGAAGAAGATA;SOR=0.634;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=34;TCF=10;TCR=24;TR=17;WE=40980110;WS=40980092;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,16:0.41:39
chr5	40981375	rs3749519	G	A	1100.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=37.96;SOR=4.479;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr5	40981375	.	GTCATT	ATCATC,ATCATT	381	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.24;FR=0.5000,0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MMLQ=28;MQ=60.0;NF=12,27;NR=1,2;PP=192,381;QD=18.8821442202;SC=AATTTATTATGTCATTCCAGG;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=29;TCF=27;TCR=2;TR=13,29;WE=40981388;WS=40981365;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.45:29
chr5	40981380	rs7731615	T	C	299.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.093;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=2.393;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.67;ReadPosRankSum=-0.261;SOR=0.231;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,14:0.45:31
chr5	40981398	rs41271065	C	T	569.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=3.255;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.648;HP=2;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=2;PP=461;ReadPosRankSum=0.446;SC=GGAGCTTCTACAGCTCTGATC;SOR=2.453;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=43;TCF=36;TCR=7;TR=23;WE=40981406;WS=40981388;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,23:0.49:47
chr5	40981689	rs1061429	C	A	1951.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-0.531;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.573;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-1.688;NF=17;NR=58;PP=1304;ReadPosRankSum=-0.655;SC=CCTGGAGGCCCTGGTCAGCTT;SOR=1.115;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=121;TCF=30;TCR=91;TR=75;WE=40981697;WS=40981679;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,83:0.59:141
chr5	40998196	rs704040	T	C	1262.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.452;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.224;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=22;PP=626;ReadPosRankSum=0.034;SC=TCAGGAGGGTTTGCAAAGCAG;SOR=0.592;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=97;TCF=45;TCR=52;TR=43;WE=40998204;WS=40998186;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:101,67:0.40:168
chr5	40998235	rs722575	C	T	1043.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.525;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.106;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=23;PP=439;ReadPosRankSum=-2.426;SC=CACTAATACACGGATCTTGAC;SOR=0.911;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=84;TCF=33;TCR=51;TR=35;WE=40998243;WS=40998225;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:99,57:0.37:156
chr5	40998814	rs2876850	T	A	1586.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.943;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.648;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=37;PP=801;ReadPosRankSum=0.149;SC=ACTGATTTCATTATAGAGGAA;SOR=0.474;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=130;TCF=44;TCR=86;TR=58;WE=40998822;WS=40998804;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,80:0.48:168
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chr5	40999900	rs1376175	T	A	827.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.622;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.970;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=18;PP=369;ReadPosRankSum=-0.790;SC=GATGTGAATTTCAAAGAGGGC;SOR=1.030;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=54;TCF=18;TCR=36;TR=25;WE=40999908;WS=40999890;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,39:0.51:76
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chr5	41001023	rs2167229	G	A	690.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-2.892;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.223;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=24;PP=447;ReadPosRankSum=0.754;SC=CACCCTTCCCGCTTCAGCAAA;SOR=1.088;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=58;TCF=11;TCR=47;TR=28;WE=41001031;WS=41001013;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,32:0.53:60
chr5	41004396	rs7712140	G	T	3645.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=37.20;SOR=1.562;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr5	41004396	.	GTTTCTGTTCA	TTTTCTGTTCA,TTTTCTGTTCT	755	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.42;FR=0.5000,0.5000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=52,29;NR=20,11;PP=550,755;QD=8.12182239649;SC=ACCTAAACCTGTTTCTGTTCA;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=74;TCF=52;TCR=22;TR=72,40;WE=41004414;WS=41004386;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.97:74
chr5	41004406	rs7711722	A	T	1340.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.412;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.19;ReadPosRankSum=-0.845;SOR=0.642;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:49,61:0.55:110
chr5	41004807	rs2305314	C	T	474.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.530;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=5;PP=278;ReadPosRankSum=1.497;SC=AACAACTAGGCGTGGGTTATT;SOR=0.846;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=34;TCF=24;TCR=10;TR=17;WE=41004815;WS=41004797;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,21:0.52:40
chr5	41005791	rs10941529	T	C	1427.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.041;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.35;ReadPosRankSum=0.412;SOR=0.712;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:93,78:0.46:171
chr5	41008780	rs2271704	A	G	4805.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.670;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=49;PP=2127;ReadPosRankSum=-0.835;SC=GGGACAAGTGAGCATCTTCTG;SOR=0.892;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=115;TCF=66;TCR=49;TR=115;WE=41008788;WS=41008770;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,185:0.99:187
chr5	41009899	rs1878290	A	G	344.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=3.009;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.302;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=1;PP=256;ReadPosRankSum=-0.383;SC=CAATTGTTAAATTGTTATTCA;SOR=2.780;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=23;TCF=19;TCR=4;TR=13;WE=41009907;WS=41009889;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,14:0.54:26
chr5	41012615	rs6876879	AA	GC	1917.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=1.429;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.705;HP=2;HapScore=2;JOINED;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=11;PP=1352;ReadPosRankSum=-2.086;SC=ACAAACAGAGAAAGTGGCTGA;SOR=0.914;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=74;TCF=51;TCR=23;TR=37;WE=41012624;WS=41012605;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,50:0.51:99
chr5	41018452	rs10054110	A	T	3588.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.171;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=312;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=56;PP=1723;ReadPosRankSum=1.693;SC=CCTCAATATCATTTGTCAGCA;SOR=0.670;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=197;TCF=102;TCR=95;TR=116;WE=41018460;WS=41018442;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:136,171:0.56:307
chr5	41019229	rs896118	A	T	34.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=3.113;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=4;PP=33;ReadPosRankSum=1.634;SC=CTAACGTGTCACATTTTCTGA;SOR=1.151;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=1;TCR=15;TR=4;WE=41019237;WS=41019219;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,4:0.17:24
chr5	41032998	rs325831	A	G	3520.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=58;NR=54;PP=2299;SC=CAACCTCATCAGACCATTGGG;SOR=0.757;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=112;TCF=58;TCR=54;TR=112;WE=41033006;WS=41032988;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chr5	41033112	rs4957367	G	A	8597.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=317;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=138;NR=89;PP=2965;SC=GAATACTCAGGGCCTTTCTTA;SOR=1.041;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=228;TCF=138;TCR=90;TR=227;WE=41033120;WS=41033102;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,311:1.00:311
chr5	41033931	.	C	CTATT,CTATCTATT	4823.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=147;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=66.10;QD=84.63;SOR=4.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:2,35,20:0.61,0.35:57
chr5	41033992	rs67027762	G	T	4123.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.149;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=471;ExcessHet=3.0103;FS=1.115;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.97;MQRankSum=0.658;QD=8.77;ReadPosRankSum=-1.896;SOR=0.828;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:258,212:0.45:470
chr5	41034181	rs325833	A	G	780.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=8;NR=81;PP=2470;SC=TCCCCCAGGTAAGTCATGAGT;SOR=1.697;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=89;TCF=8;TCR=81;TR=89;WE=41034189;WS=41034171;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr5	41039000	rs325849	A	G	3821.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=31;NR=47;PP=1474;SC=TCTGAAGACCAGGAAAGGGAG;SOR=0.948;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=78;TCF=31;TCR=47;TR=78;WE=41039008;WS=41038990;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,147:1.00:147
chr5	41039430	rs7700901	G	C	552.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=14;NR=5;PP=390;SC=GGACAGTTCTGACCTGGAATA;SOR=1.981;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=19;TCF=14;TCR=5;TR=19;WE=41039438;WS=41039420;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr5	41042284	rs325854	G	T	3470.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=39;NR=40;PP=1432;SC=ATGCTAAGGTGGTTCCCAAGG;SOR=0.755;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=79;TCF=39;TCR=40;TR=79;WE=41042292;WS=41042274;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr5	41045730	rs11297360	CT	C	1728.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.510;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=12;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.319;NF=38;NR=13;PP=755;ReadPosRankSum=0.029;SC=AGAGGGAACTCTTTTTTTTTT;SOR=0.577;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=61;TCF=45;TCR=16;TR=51;WE=41045739;WS=41045720;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,86:0.98:88
chr5	41045768	rs325860	G	A	5341.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=94;NR=29;PP=2738;SC=CTTTGATTGTGATACAGACAA;SOR=1.573;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=124;TCF=95;TCR=29;TR=123;WE=41045776;WS=41045758;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,196:1.00:196
chr5	41045835	rs6864243	C	G	9929.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.929;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=382;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.194;NF=131;NR=93;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.530;SC=TTCCCCTCAGCTGAAAAACCA;SOR=0.883;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=228;TCF=133;TCR=95;TR=224;WE=41045843;WS=41045825;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,377:0.99:381
chr5	41048533	rs13173930	C	T	6315.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.756;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=638;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=90;NR=97;PP=2557;ReadPosRankSum=0.942;SC=ACCAGCCCCACGTAACTCCCC;SOR=0.669;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=358;TCF=173;TCR=185;TR=187;WE=41048541;WS=41048523;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:319,317:0.50:636
chr5	41049389	rs325863	T	C	9206.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.62;SOR=0.789;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,216:1.00:216
chr5	41049397	rs325864	C	T	8730.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.54;SOR=0.916;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,196:1.00:196
chr5	41050999	rs325866	C	T	2263.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=46;NR=16;PP=1264;SC=GGAGAACAAACTCATGTCTTT;SOR=1.816;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=63;TCF=47;TCR=16;TR=62;WE=41051007;WS=41050989;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr5	41055888	rs61609768	C	T	4409.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.789;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=463;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=61;PP=1759;ReadPosRankSum=0.430;SC=GATTCCCACTCGAATGGCTTC;SOR=0.702;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=259;TCF=129;TCR=130;TR=123;WE=41055896;WS=41055878;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:238,221:0.48:459
chr5	41057562	rs618334	T	C	1304.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=32;PP=993;SC=AAAACAAGCTTCTCATCTTCC;SOR=2.531;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=6;TCR=32;TR=38;WE=41057570;WS=41057552;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
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chr5	41061715	.	CA	TG	950	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MMLQ=21;MQ=60.0;NF=39;NR=26;PP=950;QD=15.4379673056;SC=CATTATATACCAGAACAGCAT;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=136;TCF=85;TCR=51;TR=65;WE=41061724;WS=41061705;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:71,65:0.48:136
chr5	41061716	rs865093	A	G	7605.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=34.89;SOR=1.102;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,218:1.00:218
chr5	41061871	rs587412	T	C	2155.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.758;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=254;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.586;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=47;PP=905;ReadPosRankSum=-0.987;SC=AATATAAGGATGGGGCAGACG;SOR=0.914;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=168;TCF=68;TCR=100;TR=73;WE=41061879;WS=41061861;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:131,112:0.46:243
chr5	41064768	rs62360761	C	G	755.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=2.230;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.162;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=24;PP=509;ReadPosRankSum=0.578;SC=CAGGGCTGCACGGAGGAGGCA;SOR=0.509;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=58;TCF=9;TCR=49;TR=29;WE=41064776;WS=41064758;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,33:0.49:67
chr5	41069734	rs10512757	C	T	842.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.043;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=8;PP=396;ReadPosRankSum=-2.325;SC=AAAATATATACGAAATGTTGC;SOR=0.781;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=46;TCF=33;TCR=13;TR=28;WE=41069742;WS=41069724;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,38:0.56:68
chr5	41069852	rs13174484	T	C	1552.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.973;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.062;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.954;NF=16;NR=23;PP=544;ReadPosRankSum=-0.997;SC=TCCCCAAACATCTCTAAAACG;SOR=0.831;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=84;TCF=38;TCR=46;TR=39;WE=41069860;WS=41069842;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,78:0.53:147
chr5	41069952	rs35526955	CCTCT	C	358.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.270;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.632;NF=0;NR=9;PP=387;ReadPosRankSum=-0.667;SC=ATTCATTTATCCTCTCTCTCT;SOR=1.483;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=23;TCF=0;TCR=23;TR=9;WE=41069963;WS=41069942;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,11:0.46:24
chr5	41070840	rs1423391	C	T	3168.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.835;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=372;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.382;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=44;PP=1483;ReadPosRankSum=-1.566;SC=AATGACGCGCCACTCCCAGCC;SOR=0.664;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=225;TCF=129;TCR=96;TR=101;WE=41070848;WS=41070830;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:204,161:0.44:365
chr5	41149235	rs1014587	A	G	674.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=0.622;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.573;HP=3;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=6;PP=454;ReadPosRankSum=-2.579;SC=TTTTACAATGAAAAGGAATTA;SOR=0.187;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=44;TCF=36;TCR=8;TR=26;WE=41149243;WS=41149225;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,29:0.59:49
chr5	41149284	rs1014588	G	A	1661.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-3.842;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.593;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=18;PP=915;ReadPosRankSum=0.744;SC=GAAAGATGATGTACTAGCTGA;SOR=0.443;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=99;TCF=73;TCR=26;TR=61;WE=41149292;WS=41149274;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,75:0.60:126
chr5	41154150	rs4957374	A	C	3371.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=32;NR=56;PP=1885;SC=GAATAAACAAAAAATTTAGGC;SOR=1.133;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=88;TCF=32;TCR=56;TR=88;WE=41154158;WS=41154140;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr5	41158671	rs10075985	T	C	2546.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=57;NR=19;PP=1570;SC=TTAAAGTCAATAGGAGATTAT;SOR=2.059;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=76;TCF=57;TCR=19;TR=76;WE=41158679;WS=41158661;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr5	41158863	rs6866352	G	A	7288.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=287;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=68;NR=96;PP=2965;SC=TCATTTCTTCGTCATCATTGA;SOR=0.941;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=165;TCF=68;TCR=97;TR=164;WE=41158871;WS=41158853;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,277:1.00:277
chr5	41158967	rs140790579	A	G	765.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-0.401;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=16;PP=502;ReadPosRankSum=0.136;SC=ATGTGTATACATGTGTACACA;SOR=0.738;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=52;TCF=21;TCR=31;TR=27;WE=41158975;WS=41158957;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,32:0.55:58
chr5	41199959	rs1801033	G	T	6902.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=265;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=82;NR=76;PP=2965;SC=TACCAGAGGCGCAGTGCATGG;SOR=0.748;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=159;TCF=82;TCR=77;TR=158;WE=41199967;WS=41199949;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,259:1.00:259
chr5	41381901	rs35812696	T	TC	442.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.197;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=3;PP=233;ReadPosRankSum=2.382;SC=ATTTGAGGTTTCCCCCTGACA;SOR=0.520;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=17;TCF=12;TCR=5;TR=8;WE=41381909;WS=41381891;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,18:0.62:29
chr5	41382681	rs319013	G	T	2290.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.629;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FS=0.506;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.65;ReadPosRankSum=0.872;SOR=0.655;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:105,110:0.51:215
chr5	41382691	rs545358	C	A	3752.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.175;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FS=1.171;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.96;ReadPosRankSum=1.562;SOR=0.580;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:91,97:0.52:188
chr5	41475766	rs318039	C	T	4031.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.169;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=431;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.098;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=61;PP=1660;ReadPosRankSum=-0.235;SC=CAGGCGCCACCTGTGGCTGTC;SOR=0.798;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=224;TCF=101;TCR=123;TR=111;WE=41475774;WS=41475756;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:224,202:0.47:426
chr5	42647676	.	CA	C	51.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.478;ClippingRankSum=0.000;DP=76;ExcessHet=3.0103;FS=1.263;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.14;MQRankSum=1.915;QD=0.75;ReadPosRankSum=-0.094;SOR=0.456;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:51,18:0.26:69
chr5	42700044	rs6179	A	G	8046.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=304;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=72;NR=129;PP=2965;SC=TTCAGAAAGGATGGATGGTTC;SOR=1.130;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=201;TCF=72;TCR=129;TR=201;WE=42700052;WS=42700034;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,299:1.00:299
chr5	42718335	rs76362844	G	A	676.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=17;PP=453;SC=ATTTTCTTGTGTCTCTTCTCC;SOR=2.833;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=3;TCR=17;TR=20;WE=42718343;WS=42718325;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr5	42769632	rs12055087	C	A	720.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=17;NR=7;PP=505;SC=TTAATAATTTCAACTGAGAGA;SOR=1.697;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=17;TCR=7;TR=24;WE=42769640;WS=42769622;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr5	42769647	rs12055266	T	C	752.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=19;NR=9;PP=555;SC=GAGAGAATAATTCCAAAATGA;SOR=1.609;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=28;TCF=19;TCR=9;TR=28;WE=42769655;WS=42769637;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr5	42769844	rs1109882	G	T	911.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=12;NR=21;PP=611;SC=GTTTTTACATGGTTGATAATA;SOR=1.244;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=12;TCR=21;TR=33;WE=42769852;WS=42769834;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr5	42779686	rs11427149	G	GA	1449.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.433;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=25;PP=400;ReadPosRankSum=1.394;SC=TTCAAATTAGGAAAAAAAAAG;SOR=0.250;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=39;TCF=8;TCR=31;TR=33;WE=42779703;WS=42779676;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,65:0.98:66
chr5	42799719	rs4041462	T	TTTA	1424.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.729;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=6;PP=964;ReadPosRankSum=1.486;SC=TGTACTAAATTTTATTTCTGA;SOR=0.481;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=25;TCF=15;TCR=10;TR=19;WE=42799727;WS=42799709;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,34:0.97:35
chr5	42800808	rs7579	C	T	4849.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.091;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.665;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=84;NR=28;PP=2511;ReadPosRankSum=-1.438;SC=GGGAGTATGTCCTATTTTAAA;SOR=1.694;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=116;TCF=86;TCR=30;TR=112;WE=42800816;WS=42800798;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,172:0.99:174
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chr5	43066774	rs316408	T	C	4842.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=83;NR=41;PP=2507;SC=ATGGCGGTGCTGGGACCCTAA;SOR=1.294;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=124;TCF=83;TCR=41;TR=124;WE=43066782;WS=43066764;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,174:1.00:174
chr5	43122371	rs11287008	T	A	251.56	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.703;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=20;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=10;PP=236;ReadPosRankSum=1.161;SC=TTTTTTTTTTTAACCCATCCT;SOR=1.426;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=23;TCF=4;TCR=19;TR=11;WE=43122379;WS=43122361;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,9:0.75:12
chr5	43173567	rs3752831	A	G	4216.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.349;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=438;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=3;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-1.667;NF=57;NR=65;PP=2962;ReadPosRankSum=-2.205;SC=GCAGATACATACATTCAGTTC;SOR=0.640;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=245;TCF=111;TCR=134;TR=122;WE=43173584;WS=43173557;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:227,210:0.48:437
chr5	43173576	rs3833978	TC	T	5698.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-1.823;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=402;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.521;HP=1;HapScore=3;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQ=60.08;MQRankSum=1.709;NF=11;NR=65;PP=2948;ReadPosRankSum=2.317;SC=TACATTCAGTTCTTAACAAAG;SOR=0.739;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=158;TCF=31;TCR=127;TR=76;WE=43173584;WS=43173557;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:197,204:0.51:401
chr5	43175103	rs35397154	C	T	1481.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.821;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.022;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=28;PP=859;ReadPosRankSum=0.360;SC=GAGAGTCTAGCCAAGCAGATG;SOR=0.931;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=146;TCF=76;TCR=70;TR=64;WE=43175111;WS=43175093;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:119,80:0.40:199
chr5	43245922	rs13176855	C	T	1818.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.760;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.023;NF=46;NR=21;PP=1064;ReadPosRankSum=-0.940;SC=TGAACCCCCACTATGCCCGGT;SOR=0.708;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=125;TCF=88;TCR=37;TR=67;WE=43245930;WS=43245912;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,86:0.49:174
chr5	43492265	rs6876588	T	C	1050.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=22;NR=1;PP=582;SC=GCTTATTCTCTGTTAGTTAAA;SOR=2.712;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=24;TCF=22;TCR=2;TR=23;WE=43492273;WS=43492255;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr5	43492978	rs10039298	G	A	8433.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=328;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=68;NR=110;PP=2965;SC=TATTGCTATCGTTTATCCCAG;SOR=1.012;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=179;TCF=68;TCR=111;TR=178;WE=43492986;WS=43492968;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,321:1.00:321
chr5	43493592	rs7732089	T	C	893.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=3;PP=507;SC=AGTATGGATATAAACAATAAA;SOR=2.376;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=18;TCR=3;TR=21;WE=43493600;WS=43493582;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr5	43502607	rs192577001	A	G	581.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.038;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=13;PP=331;ReadPosRankSum=-1.103;SC=TCTAAGAAATAGAAATAACCA;SOR=0.609;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=47;TCF=19;TCR=28;TR=22;WE=43502615;WS=43502597;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,28:0.47:60
chr5	43509348	rs6872851	T	A	5275.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=66;NR=58;PP=2169;SC=AAAAATTCAGTGCCACAGGGA;SOR=0.785;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=124;TCF=66;TCR=58;TR=124;WE=43509356;WS=43509338;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,203:1.00:203
chr5	43509462	rs11415989	T	TC	2531.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=37;PP=1780;SC=GGATAAGATATCTTCTAAGTC;SOR=1.785;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=41;TCF=2;TCR=39;TR=39;WE=43509470;WS=43509452;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr5	43527673	rs4318791	C	G	1055.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=6;NR=19;PP=515;SC=CCTAGACTGACTTATAATAGA;SOR=1.402;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=6;TCR=19;TR=25;WE=43527681;WS=43527663;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr5	43533992	rs11741521	A	G	936.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=9;NR=18;PP=533;SC=GTCTGCACCTAATAATGCAAG;SOR=1.352;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=27;TCF=9;TCR=18;TR=27;WE=43534000;WS=43533982;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr5	44305309	rs2290070	C	G	2150.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-2.022;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=62;PP=1484;ReadPosRankSum=0.430;SC=AAAGGAAAAACAGAATCTTTT;SOR=0.755;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=129;TCF=30;TCR=99;TR=81;WE=44305317;WS=44305299;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,87:0.61:143
chr5	44310492	rs6881797	A	T	3366.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.773;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=404;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.136;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=54;PP=1767;ReadPosRankSum=-0.450;SC=GTAATGGTTTACTGGAGTGGA;SOR=0.578;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=256;TCF=142;TCR=114;TR=113;WE=44310500;WS=44310482;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:228,170:0.43:398
chr5	49963235	rs62366937	C	T	41.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=1;NR=1;PP=24;SC=AGGCAGCCACCAGCTTTGAGG;SOR=0.693;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=2;TCF=1;TCR=1;TR=2;WE=49963243;WS=49963232;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr5	50040778	rs282561	T	C	150.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=5;PP=120;SC=TTAAGCTTTGTTCTTTCCACG;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=5;WE=50040786;WS=50040768;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr5	50045825	rs72753773	C	T	429.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=10;NR=6;PP=300;SC=TTTCTTATGGCGGATATAAAA;SOR=1.244;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=10;TCR=6;TR=16;WE=50045833;WS=50045815;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr5	50046139	rs282553	A	G	122.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=2;NR=4;PP=81;SC=TGGTAGAGGAAGCCTTAAAGC;SOR=1.329;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=6;TCF=2;TCR=4;TR=6;WE=50046147;WS=50046129;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr5	50052800	rs282551	T	C	40.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=0;PP=52;SC=GCATAACGTCTTCCATGTTCA;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=2;TCF=2;TCR=0;TR=2;WE=50052808;WS=50052795;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr5	50052888	rs282550	C	A	1693.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=28;NR=13;PP=757;SC=TGTGTACCTCCGTTTCTTTAT;SOR=1.196;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=41;TCF=28;TCR=13;TR=41;WE=50052896;WS=50052878;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr5	50053015	rs282549	G	A	2989.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=31;NR=35;PP=1167;SC=TCCTGGTTCCGTTTCCTGTGG;SOR=0.765;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=66;TCF=31;TCR=35;TR=66;WE=50053023;WS=50053005;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr5	50055456	rs201071119	C	CT	46.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.295;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=5.562;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.22;MQRankSum=1.733;QD=1.02;ReadPosRankSum=-0.432;SOR=1.561;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,10:0.22:46
chr5	50057729	rs282547	G	T	897.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=10;NR=12;PP=419;SC=ATTACGGAGGGCAGGTAAGGA;SOR=0.811;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=22;TCF=10;TCR=12;TR=22;WE=50057737;WS=50057719;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr5	50084508	rs10683094	C	CCTT	622.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=10;PP=437;SC=CAAACAAAAACCTATTCAGTA;SOR=3.126;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=0;TCR=12;TR=10;WE=50084516;WS=50084498;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr5	50091366	rs72756139	T	G	567.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=2;NR=16;PP=466;SC=TAATTTACTGTTTTTTTAAAA;SOR=3.611;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=18;TCF=2;TCR=16;TR=18;WE=50091374;WS=50091356;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr5	52084365	rs10067659	G	C	2105.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.63;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=20;NR=21;PP=713;SC=ATCCACTTTCGGGCATTCCAG;SOR=0.693;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=41;TCF=20;TCR=21;TR=41;WE=52084373;WS=52084355;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr5	52084441	rs2897351	C	A	838.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=19;PP=530;SC=AATTAGTTTTCGTGTCTCTCC;SOR=2.226;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=4;TCR=19;TR=23;WE=52084449;WS=52084431;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr5	52096889	rs1499280	C	A	4133.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=43;NR=57;PP=2024;SC=CTGCGACTACCTGTTTCAACA;SOR=0.906;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=100;TCF=43;TCR=57;TR=100;WE=52096897;WS=52096879;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,153:1.00:153
chr5	52161500	rs11427012	G	GC	3427.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=23;NR=23;PP=2128;SC=TTCCAAATTTGACAATTGACT;SOR=1.329;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=48;TCF=24;TCR=24;TR=46;WE=52161508;WS=52161490;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr5	52193414	rs377107895	C	CA	6448.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=16;NR=79;PP=2972;SC=CTTCCCTTCCCAAACCAACAT;SOR=0.971;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=96;TCF=16;TCR=80;TR=95;WE=52193422;WS=52193404;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,217:1.00:217
chr5	52204943	rs1478441	C	T	702.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=6;NR=17;PP=426;SC=TAATAAATTCCAATTTTTCAC;SOR=1.981;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=6;TCR=17;TR=23;WE=52204951;WS=52204933;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr5	52218694	rs61748764	C	T	5665.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-2.237;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=91;PP=2744;ReadPosRankSum=-0.661;SC=TGATGATTCTCTACCAAACTC;SOR=0.411;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=147;TCF=54;TCR=93;TR=145;WE=52218702;WS=52218684;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,214:1.00:215
chr5	52223350	rs923837	A	G	4939.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=71;NR=48;PP=2297;SC=GAAAATTCTGAAAGAACACGT;SOR=0.994;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=119;TCF=71;TCR=48;TR=119;WE=52223358;WS=52223340;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,187:1.00:187
chr5	52235802	rs1904165	T	G	1528.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=19;NR=26;PP=807;SC=TCTATGCACTTATTGAATAAT;SOR=0.997;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=45;TCF=19;TCR=26;TR=45;WE=52235810;WS=52235792;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr5	52235854	rs2447874	T	A	672.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=17;PP=466;SC=TGCAAGGCACTGTGCTGCTTT;SOR=2.494;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=21;TCF=4;TCR=17;TR=21;WE=52235862;WS=52235844;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr5	52285117	rs28095	T	C	712.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-1.729;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=1;PP=448;ReadPosRankSum=-0.718;SC=AGGGGCGGGCTGGGGCGGGCC;SOR=3.126;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=31;TCF=24;TCR=7;TR=24;WE=52285125;WS=52285107;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,29:0.97:30
chr5	52337908	rs3212441	C	T	3047.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.892;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=31;PP=1605;ReadPosRankSum=2.446;SC=CTATACTTAACACTTTGTGTC;SOR=1.290;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=84;TCF=53;TCR=31;TR=84;WE=52337916;WS=52337898;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,116:0.98:118
chr5	52338083	rs1363192	T	G	2595.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=24;NR=50;PP=1413;SC=AGGCATGTGATTTGTCTTAGA;SOR=1.426;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=74;TCF=24;TCR=50;TR=74;WE=52338091;WS=52338073;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr5	52341064	rs1421937	A	G	655.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=14;PP=358;SC=TGGCTATCCAATGTTGAATAT;SOR=1.609;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=21;TCF=6;TCR=15;TR=20;WE=52341072;WS=52341054;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr5	52344610	rs1421933	A	G	2204.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=52;PP=1497;SC=GGTATGGCTAACAGAAATGCA;SOR=3.105;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=58;TCF=6;TCR=52;TR=58;WE=52344618;WS=52344600;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr5	52347369	rs1126643	C	T	4069.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.183;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=1.592;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=56;PP=1792;ReadPosRankSum=1.177;SC=CAAACACATTCGGAGCAATTC;SOR=0.429;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=96;TCF=37;TCR=59;TR=93;WE=52347377;WS=52347359;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:6,160:0.96:166
chr5	52351413	rs1062535	G	A	3147.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.801;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=33;PP=1718;ReadPosRankSum=-0.635;SC=GAAGTGCTACGAAAGTAATGG;SOR=0.345;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=81;TCF=47;TCR=34;TR=79;WE=52351421;WS=52351403;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,119:0.99:120
chr5	52354103	rs996765	A	T	1308.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=8;NR=30;PP=896;SC=AATTTGAAGGATAATAATGTC;SOR=2.303;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=38;TCF=8;TCR=30;TR=38;WE=52354111;WS=52354093;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr5	52355854	rs2303127	T	C	3135.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=27;NR=43;PP=1526;SC=TAAGGCATGGTAATAATTGGC;SOR=1.047;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=70;TCF=27;TCR=43;TR=70;WE=52355862;WS=52355844;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr5	52358761	rs35940809	TA	T	113.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.008;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.11;MQRankSum=1.748;QD=1.60;ReadPosRankSum=-0.827;SOR=0.737;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:53,18:0.25:71
chr5	52367666	rs2287872	A	T	1301.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.57;SOR=1.112;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr5	52781376	rs33951575	GTT	G	1045.25	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.942;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=6.420;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.84;ReadPosRankSum=-0.127;SOR=2.038;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,44:0.67:66
chr5	52781597	rs722910	A	T	1855.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=27;NR=49;PP=1625;SC=CTTTAAAAAAATTTTTTTAAC;SOR=1.349;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=76;TCF=27;TCR=49;TR=76;WE=52781605;WS=52781587;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr5	52856716	rs1532163	A	G	366.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=11;PP=278;SC=TCTCGGGAGAAGTCGGGCGGA;SOR=2.833;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=2;TCR=11;TR=13;WE=52856724;WS=52856706;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr5	52899166	rs11414085	C	CT	714.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.483;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.54;ReadPosRankSum=-1.176;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:6,40:0.87:46
chr5	52942083	rs31304	A	C	2533.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=43;NR=21;PP=1222;SC=CTTTAACTGGAGTTCCAGAAG;SOR=1.280;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=64;TCF=43;TCR=21;TR=64;WE=52942091;WS=52942073;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr5	52942197	rs31303	A	G	4409.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-2.397;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=51;PP=1706;ReadPosRankSum=-0.503;SC=TTGATACCAGAGAGCGATGGG;SOR=0.263;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=98;TCF=45;TCR=53;TR=96;WE=52942205;WS=52942187;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,172:0.99:173
chr5	52954468	rs140172554	G	GT	1048.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.143;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.377;NF=2;NR=16;PP=644;ReadPosRankSum=1.251;SC=TGTTTGGTCTGTTTTTGACAA;SOR=0.990;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=22;TCF=2;TCR=20;TR=18;WE=52954476;WS=52954458;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,44:0.92:48
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chr5	52979097	rs567	G	A	1316.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=31;PP=839;SC=AAAGTCAGCTGTGCAGTATTT;SOR=3.516;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=33;TCF=2;TCR=31;TR=33;WE=52979105;WS=52979087;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr5	53371315	rs70986658	C	CT	701.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.716;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=5.472;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.03;ReadPosRankSum=-0.156;SOR=0.617;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,41:0.82:50
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chr5	53606295	rs35941	T	C	3666.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.64;SOR=0.956;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,143:1.00:143
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chr5	53751988	rs7823	T	C	5044.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.925;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=70;PP=1896;ReadPosRankSum=-0.634;SC=TACCAGATGGTGTGGAAATCA;SOR=0.355;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=116;TCF=45;TCR=71;TR=115;WE=53751996;WS=53751978;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,194:0.99:195
chr5	53813830	rs76854460	A	C	5070.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=1.906;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=71;NR=49;PP=2022;ReadPosRankSum=2.221;SC=CGGAGAACCCAGGAGAGATCT;SOR=0.527;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=123;TCF=73;TCR=50;TR=120;WE=53813838;WS=53813820;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,196:0.98:199
chr5	53814052	rs2548615	T	C	4003.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=42;NR=50;PP=1733;SC=AGCCCCTGCCTGTCGCGCCCC;SOR=0.909;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=92;TCF=42;TCR=50;TR=92;WE=53814060;WS=53814042;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,151:1.00:151
chr5	53814394	rs2548614	T	C	4367.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=59;NR=45;PP=2425;SC=TGTCCCTGGGTTCCCGCGGCG;SOR=0.850;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=104;TCF=59;TCR=45;TR=104;WE=53814402;WS=53814384;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,149:1.00:149
chr5	53815495	rs2548612	A	C	5749.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.406;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=91;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.827;SC=GGGTTTCAGAATCATATTCTA;SOR=0.610;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=153;TCF=61;TCR=92;TR=152;WE=53815503;WS=53815485;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,207:0.99:210
chr5	53815721	rs12522213	G	C	299.41	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-1.745;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.9999;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=12;PP=219;ReadPosRankSum=1.748;SC=TTGAGACGAGGGTAGAATTAG;SOR=2.448;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=14;TCF=1;TCR=13;TR=13;WE=53815729;WS=53815711;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,13:0.93:14
chr5	54153803	rs10040872	C	T	4728.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=62;NR=69;PP=2677;SC=GTACATACTGCGGGAAAGCCT;SOR=0.740;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=133;TCF=63;TCR=70;TR=131;WE=54153811;WS=54153793;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,174:1.00:174
chr5	54154328	rs4242050	C	T	1777.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQ=59.97;NF=17;NR=39;PP=1140;SC=TTTAGCCCATCGGTTGCCATC;SOR=1.721;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=56;TCF=17;TCR=39;TR=56;WE=54154336;WS=54154318;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr5	54252345	rs6877572	T	C	4357.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=51;NR=69;PP=1795;SC=TCAAATCTAATGTGGCCTGCA;SOR=0.941;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=121;TCF=51;TCR=70;TR=120;WE=54252353;WS=54252335;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,169:1.00:169
chr5	54252463	rs6893219	C	G	774.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=23;PP=608;SC=CCCAGCACACCTCCTGTCTGG;SOR=3.611;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=26;TCF=3;TCR=23;TR=26;WE=54252471;WS=54252453;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr5	54253339	rs2897761	T	C	266.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=10;NR=0;PP=245;SC=ATCCTTCTGATTGGGGCAAAT;SOR=4.615;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=10;TCR=0;TR=10;WE=54253347;WS=54253329;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr5	54253555	rs3815922	A	G	2920.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=36;NR=44;PP=1498;SC=GCTGGGAGCAAGATGGCTGCC;SOR=0.827;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=81;TCF=36;TCR=45;TR=80;WE=54253563;WS=54253545;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr5	54253581	rs3815923	A	G	2741.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=31;NR=40;PP=1434;SC=ACCCAAGCACAACTATATCCA;SOR=0.859;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=72;TCF=31;TCR=41;TR=71;WE=54253589;WS=54253571;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr5	54253754	rs6883914	T	C	616.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=16;PP=448;SC=GGAGATGCATTAGGCTTTATC;SOR=2.636;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=4;TCR=16;TR=20;WE=54253762;WS=54253744;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr5	54403957	rs3104233	T	C	1907.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=35;NR=14;PP=1048;SC=CAACAGCTGATGGAAAAAGCA;SOR=1.478;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=49;TCF=35;TCR=14;TR=49;WE=54403965;WS=54403947;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr5	54404015	rs1875506	C	T	3660.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=57;NR=41;PP=1698;SC=AAAAGGGGGACGATGTGAAAC;SOR=0.919;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=98;TCF=57;TCR=41;TR=98;WE=54404023;WS=54404005;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,145:1.00:145
chr5	54410120	rs3104230	A	C	3333.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=33;NR=48;PP=1675;SC=GGACTCAAAGACAGGTGCAGC;SOR=1.052;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=81;TCF=33;TCR=48;TR=81;WE=54410128;WS=54410110;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr5	54433393	rs336081	G	A	6088.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=67;NR=62;PP=2381;SC=GTATTCAGAGGGCCTCTCAAT;SOR=0.710;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=132;TCF=70;TCR=62;TR=129;WE=54433401;WS=54433383;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,236:1.00:236
chr5	54439466	rs1021580	G	A	2465.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=17;NR=32;PP=1062;SC=TGTTCTTTGCGGGATCCTACA;SOR=1.038;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=49;TCF=17;TCR=32;TR=49;WE=54439474;WS=54439456;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr5	54459961	rs381852	A	G	4092.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=54;NR=50;PP=1860;SC=AAGTTCTGGAAGCCAGAGGAG;SOR=0.759;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=104;TCF=54;TCR=50;TR=104;WE=54459969;WS=54459951;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,155:1.00:155
chr5	54468124	rs35770269	A	T	1769.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=30;NR=13;PP=795;SC=TGCAACTAGCAACTGTTAAAA;SOR=1.376;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=44;TCF=30;TCR=14;TR=43;WE=54468132;WS=54468114;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr5	54468577	rs70989702	CTTTTTTT	C	546.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=36.46;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,14:0.93:15
chr5	54468921	rs336115	C	T	866.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=20;PP=547;SC=GACGCCTAATCGTCAAACCCC;SOR=2.376;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=6;TCR=20;TR=26;WE=54468929;WS=54468911;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr5	54516521	rs6879219	G	A	5251.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=48;NR=55;PP=1895;SC=CCACTTCCGCGCAATCCTGCC;SOR=0.723;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=103;TCF=48;TCR=55;TR=103;WE=54516529;WS=54516511;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,203:1.00:203
chr5	54516752	rs3111181	C	G	1136.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=26;NR=14;PP=777;SC=TCTCCTCTCCCGGGCCCCCAC;SOR=1.402;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=40;TCF=26;TCR=14;TR=40;WE=54516760;WS=54516742;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr5	54517102	rs34101652	C	CT	191.94	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.9997;FS=4.771;HP=9;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=7;PP=105;ReadPosRankSum=0.291;SC=AATCAATTTACTTTTTTTTTA;SOR=1.670;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=1;TCR=9;TR=7;WE=54517110;WS=54517092;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,11:0.92:12
chr5	54518660	rs7730048	G	A	764.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=20;NR=5;PP=638;SC=ATGAGTTGCTGGAGAGTCGTT;SOR=2.584;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=20;TCR=5;TR=25;WE=54518668;WS=54518650;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr5	54557438	rs400437	T	C	669.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=17;PP=457;SC=CATTTTAAGCTCAGAGTATTT;SOR=3.912;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=19;TCF=2;TCR=17;TR=19;WE=54557446;WS=54557428;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr5	54563775	rs143912964	TTTA	T	143	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=3;PP=120;SC=TTTTCAATATTTTATTATGTT;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=0;TCR=3;TR=3;WE=54563785;WS=54563765;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr5	54693374	rs230802	G	A	2188.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=24;NR=41;PP=1171;SC=AATTTCATAAGTTAAGTATAA;SOR=1.112;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=65;TCF=24;TCR=41;TR=65;WE=54693382;WS=54693364;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr5	54693402	rs230801	G	A	1475.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=32;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=35;PP=953;SC=GTAAATACAGGTAGTGTTTAT;SOR=2.393;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=6;TCR=35;TR=41;WE=54693410;WS=54693392;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr5	54706325	rs139320115	T	TTTTAAA	6067.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.63;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=18;NR=28;PP=2900;SC=TATTCTGACATTTTATTCTTT;SOR=0.941;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=48;TCF=18;TCR=30;TR=46;WE=54706333;WS=54706315;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,133:1.00:133
chr5	54709943	rs230766	G	A	679.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=15;NR=5;PP=452;SC=TTGTTAAAACGGGTAGTGTGA;SOR=1.609;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=15;TCR=5;TR=20;WE=54709951;WS=54709933;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr5	54710072	rs201611017	GT	G	43.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.766;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.75;ReadPosRankSum=1.729;SOR=0.653;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,9:0.36:25
chr5	54718618	rs230753	G	C	437.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=10;NR=2;PP=257;SC=ATTAATTATCGTGTGTTCTCC;SOR=2.049;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=10;TCR=2;TR=12;WE=54718626;WS=54718608;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr5	54721619	rs3217330	A	AT	979.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-1.355;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.391;NF=13;NR=10;PP=449;ReadPosRankSum=-0.590;SC=GATTTTTTGGATTTTTTTTTT;SOR=0.449;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=33;TCF=19;TCR=14;TR=23;WE=54721627;WS=54721609;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:5,47:0.90:52
chr5	54721642	rs230750	A	C	1718.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=36;NR=16;PP=1011;SC=ATTTACTTATATAAATGTTTA;SOR=1.574;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=52;TCF=36;TCR=16;TR=52;WE=54721650;WS=54721632;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr5	54737538	rs2278258	T	C	2121.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.205;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=14;PP=1290;ReadPosRankSum=1.819;SC=TACTTCTCAGTATGAAACTTA;SOR=0.797;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=59;TCF=45;TCR=14;TR=58;WE=54737546;WS=54737528;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,75:0.99:76
chr5	54737791	rs2278257	G	C	1475.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=6;NR=27;PP=796;SC=CAAAAGTATTGTTGATTTCAT;SOR=2.004;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=6;TCR=27;TR=33;WE=54737799;WS=54737781;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr5	54771380	rs6870449	A	G	367.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=1;NR=9;PP=212;SC=TGCATTTGCCATGAAAATAAA;SOR=2.670;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=1;TCR=9;TR=10;WE=54771388;WS=54771370;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr5	54804621	rs7707766	C	T	2209.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=35;NR=24;PP=1101;SC=GAAGTGAAGACCCAGGTGTAC;SOR=0.987;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=60;TCF=36;TCR=24;TR=59;WE=54804629;WS=54804611;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr5	54830295	rs2292280	T	G	908.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=21;NR=9;PP=517;SC=GCCCCACAGCTGCGCACGCGT;SOR=1.547;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=21;TCR=9;TR=30;WE=54830303;WS=54830285;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr5	54830380	rs11745331	A	G	2401.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=27;NR=25;PP=985;SC=CGCCCCTCGGACCCGGCGGCG;SOR=0.761;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=52;TCF=27;TCR=25;TR=52;WE=54830388;WS=54830370;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr5	54941810	rs6450329	TG	CA	286.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;JOINED;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=5;PP=300;SC=AAAAATCAGTTGTCACTGTTT;SOR=1.609;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=7;TCF=2;TCR=5;TR=7;WE=54941819;WS=54941800;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr5	54944945	rs35843566	TA	T	112.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=11;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQ=61.34;NF=7;NR=0;PP=140;SC=ATGCTCAGCATAAAAAAAAAA;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=7;TCR=0;TR=7;WE=54944953;WS=54944935;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr5	54944976	rs11738633	G	C	393.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=12;NR=2;PP=329;SC=TTTTAGAATAGCATATGACAA;SOR=2.985;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=14;TCF=12;TCR=2;TR=14;WE=54944984;WS=54944966;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr5	54948586	rs138550751	C	CA	2249.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=2;NR=24;PP=826;SC=AAGAAGATGACAAAAAACAAA;SOR=1.445;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=29;TCF=2;TCR=27;TR=26;WE=54948606;WS=54948576;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr5	54948598	rs11424790	C	CA	2197.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.95;SOR=1.270;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr5	54952688	rs11397177	C	CTT	34.37	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=8.59;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr5	54960609	rs4865614	A	G	4278.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=44;NR=55;PP=1916;SC=CCAAGGAGAAAAGGAGACTCG;SOR=0.834;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=99;TCF=44;TCR=55;TR=99;WE=54960617;WS=54960599;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,165:1.00:165
chr5	54960673	rs4865615	C	G	2576.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=28;NR=45;PP=1312;SC=ATATTCCCAGCTAGTGGTATC;SOR=1.145;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=73;TCF=28;TCR=45;TR=73;WE=54960695;WS=54960663;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr5	54960687	rs4865616	C	T	2143.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=23;NR=41;PP=1145;SC=TGGTATCCAACGAAACTAGAT;SOR=1.292;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=65;TCF=23;TCR=42;TR=64;WE=54960695;WS=54960663;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr5	54964974	rs7737254	A	G	2284.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=46;NR=12;PP=1365;SC=ACACACATGTAGCATATACAC;SOR=1.966;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=58;TCF=46;TCR=12;TR=58;WE=54964982;WS=54964964;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr5	54965513	rs11749883	C	T	1896.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=31;NR=20;PP=1083;SC=TTAATTGAGACAAAAATTTAA;SOR=1.163;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=51;TCF=31;TCR=20;TR=51;WE=54965521;WS=54965503;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr5	54965854	rs2408031	G	A	538.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=14;PP=358;SC=GTGCAGTGACGCGATCTCGGC;SOR=2.948;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=16;TCF=2;TCR=14;TR=16;WE=54965862;WS=54965844;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
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chr5	54993929	rs3761767	A	T	383.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=13;PP=334;SC=TTTGCTGAAGATATCTTAATG;SOR=3.767;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=0;TCR=13;TR=13;WE=54993937;WS=54993919;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
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chr5	55082474	rs957459	C	T	4882.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=-0.920;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=48;PP=1826;ReadPosRankSum=2.314;SC=TGATGGCTTGCGCTCAAACAG;SOR=0.408;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=103;TCF=55;TCR=48;TR=102;WE=55082482;WS=55082464;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,190:0.98:193
chr5	55112262	rs71602915	CT	C	53.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.097;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FS=1.136;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.69;ReadPosRankSum=-0.181;SOR=1.015;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:61,17:0.22:78
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chr5	55466689	rs3846521	C	A	5247.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.10;SOR=1.150;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr5	55466693	rs3857293	C	T	5165.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.92;SOR=1.121;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr5	55479223	rs6885745	G	C	603.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=16;NR=4;PP=419;SC=CTGCACATAGGCACAGTATCA;SOR=2.636;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=16;TCR=4;TR=20;WE=55479231;WS=55479213;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr5	55528572	rs142447793	A	AACAC,AAC	643.74	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-0.442;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=3;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=8,8;NR=2,2;PP=357,61;ReadPosRankSum=0.730;SC=CACGCACATGAACACACACAC;SOR=0.430;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=14;TCF=11;TCR=3;TR=10,10;WE=55528580;WS=55528562;set=Intersection	GT:AF:DP	0/1:0.88:16
chr5	55528815	rs149489	T	C	3710.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=41;NR=61;PP=1700;SC=ACTGTCAACATGACAGTCAGA;SOR=1.011;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=103;TCF=41;TCR=62;TR=102;WE=55528823;WS=55528805;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,142:1.00:142
chr5	55759715	rs157851	T	C	319.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=10;NR=3;PP=230;SC=AACTCTCTCATTATCGGTTAT;SOR=2.147;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=10;TCR=3;TR=13;WE=55759723;WS=55759705;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr5	55759810	rs73128991	G	A	1246.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=26;NR=14;PP=651;SC=GTTGAGAATTGTGTTATTTCT;SOR=1.298;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=40;TCF=26;TCR=14;TR=40;WE=55759818;WS=55759800;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr5	55851796	rs35483518	C	CA	61.74	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.992;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=3.332;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=6.17;ReadPosRankSum=0.319;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,6:0.60:10
chr5	55851872	rs78650987	G	A	654.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=10;NR=10;PP=299;SC=ACATCCAAACGTTGCATGTCC;SOR=0.693;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=10;TCR=10;TR=20;WE=55851880;WS=55851862;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr5	56233541	rs2591968	G	A	6100.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.659;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FS=2.839;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=41.22;ReadPosRankSum=-0.169;SOR=0.225;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,146:0.99:148
chr5	56233551	rs2591967	C	G	5801.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.977;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FS=2.810;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=43.62;ReadPosRankSum=0.241;SOR=0.239;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,131:0.98:133
chr5	56242774	rs2034244	T	C	2226.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=38;NR=18;PP=933;SC=CTTCAATTTCTGAACTGAAGT;SOR=1.259;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=56;TCF=38;TCR=18;TR=56;WE=56242782;WS=56242764;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr5	56246276	rs34804097	A	AAAC	1969.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=19;NR=7;PP=1211;SC=ATGCAAGAGAAAACAAAGAAC;SOR=2.833;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=31;TCF=19;TCR=12;TR=26;WE=56246284;WS=56246266;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr5	56246610	rs2662040	A	G	694.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=17;PP=473;SC=ACGTAGCTTCACTCGAATCGC;SOR=3.912;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=19;TCF=2;TCR=17;TR=19;WE=56246618;WS=56246600;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr5	56255367	rs111894536	AT	A	152.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.804;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FS=1.936;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.15;MQRankSum=2.353;QD=1.33;ReadPosRankSum=-1.111;SOR=0.448;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:88,27:0.23:115
chr5	56526565	rs1544737	G	T	557.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=12;NR=4;PP=329;SC=GCAATATGTTGTTCTTAATCA;SOR=2.419;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=12;TCR=4;TR=16;WE=56526573;WS=56526555;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr5	56526783	rs1130203	G	A	5942.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=64;NR=63;PP=2404;SC=CTGCTATTGGGCGTCCTAATG;SOR=0.720;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=127;TCF=64;TCR=63;TR=127;WE=56526791;WS=56526773;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,227:1.00:227
chr5	56527224	rs1862172	T	C	855.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=19;PP=527;SC=CCTCAGCCTCTCCAGTATCTG;SOR=3.912;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=4;TCR=19;TR=23;WE=56527232;WS=56527214;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr5	56527247	rs1862173	T	C	591.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=9;PP=232;SC=ATTACAGGCATCCACCACCAG;SOR=2.833;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=11;TCF=2;TCR=9;TR=11;WE=56527255;WS=56527237;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr5	56531761	rs13170141	A	G	1162.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=23;NR=17;PP=790;SC=TTATTTTTAAAATGTGAAATG;SOR=0.990;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=40;TCF=23;TCR=17;TR=40;WE=56531769;WS=56531751;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr5	56546749	rs34533194	C	CT	63.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.352;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=3.75;ReadPosRankSum=-0.283;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,9:0.53:17
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chr5	56778103	rs61737336	A	G	7935.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.407;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=314;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=109;NR=94;PP=2965;ReadPosRankSum=0.229;SC=GTCCTGAGGCATAGAGGGACA;SOR=0.432;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=206;TCF=111;TCR=95;TR=203;WE=56778111;WS=56778093;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,305:0.99:308
chr5	57751443	rs1042994	A	G	3836.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=55;NR=47;PP=1931;SC=GCTGGTACCCAAAGCCATATT;SOR=0.807;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=102;TCF=55;TCR=47;TR=102;WE=57751451;WS=57751433;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,146:1.00:146
chr5	57752504	rs12522386	T	C	646.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=16;PP=457;SC=TCTTGCATTATTGACCAACTT;SOR=4.615;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=18;TCF=2;TCR=16;TR=18;WE=57752512;WS=57752494;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr5	57753116	rs17710502	C	T	5180.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.032;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=67;NR=82;PP=2695;ReadPosRankSum=0.787;SC=GCAATGAGGACGGCATTGTAT;SOR=0.493;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=150;TCF=67;TCR=83;TR=149;WE=57753124;WS=57753106;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,198:0.99:201
chr5	57753149	rs17767072	A	G	4332.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.382;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=73;PP=2215;ReadPosRankSum=1.008;SC=TTATGCACCTATAAGTTTCTT;SOR=0.411;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=122;TCF=48;TCR=74;TR=121;WE=57753157;WS=57753139;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,163:0.99:164
chr5	57753251	rs2220785	T	A	1753.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=18;NR=31;PP=1033;SC=ATAAAGCAACTCTTTTCAAGT;SOR=1.092;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=49;TCF=18;TCR=31;TR=49;WE=57753259;WS=57753241;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr5	57753437	rs2201293	G	A	1217.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=7;NR=13;PP=385;SC=TTGAGATCGTGTTAGGAACTA;SOR=1.244;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=7;TCR=13;TR=20;WE=57753445;WS=57753427;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr5	57753456	rs702723	C	T	835.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=11;PP=272;SC=TATTCCACTACTTAAACTTGG;SOR=1.981;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=4;TCR=11;TR=15;WE=57753464;WS=57753446;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr5	57754004	rs697135	C	T	9473.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.69;SOR=0.898;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,212:1.00:212
chr5	57754007	rs59135347	T	G	5769.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.196;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=26.47;ReadPosRankSum=0.397;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:4,214:0.98:218
chr5	57754040	rs17710615	G	A	5206.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.320;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=37;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=68;PP=2628;ReadPosRankSum=1.033;SC=CTTTGAAAATGCGTTCTAACC;SOR=0.734;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=135;TCF=66;TCR=69;TR=133;WE=57754048;WS=57754030;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,196:0.98:200
chr5	57754132	rs697134	G	C	4563.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=47;NR=57;PP=2308;SC=TTGCAGACACGAGATCCCAAT;SOR=0.816;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=104;TCF=47;TCR=57;TR=104;WE=57754140;WS=57754122;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,170:1.00:170
chr5	57754808	rs697133	G	A	6439.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=244;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=82;NR=72;PP=2930;SC=AGAGTCATACGCACCTTTTCC;SOR=0.806;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=154;TCF=82;TCR=72;TR=154;WE=57754816;WS=57754798;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,241:1.00:241
chr5	58284208	rs3805557	C	T	217.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=7;NR=0;PP=217;SC=CACATATATACACATCTCAAA;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=7;TCR=0;TR=7;WE=58284216;WS=58284198;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr5	58284283	rs3805556	G	A	1189.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=19;NR=5;PP=544;SC=AAATGTACAAGGGAAAAATGT;SOR=1.455;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=19;TCR=5;TR=24;WE=58284291;WS=58284273;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr5	58286625	rs1553114	C	T	4302.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=54;NR=40;PP=1673;SC=AACTCAACCACCTTACCTGAA;SOR=0.931;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=95;TCF=54;TCR=41;TR=94;WE=58286633;WS=58286615;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,166:1.00:166
chr5	58286737	.	GA	G,GAA	1021.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.151;ClippingRankSum=0.000;DP=118;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.27;MQRankSum=0.622;QD=11.48;ReadPosRankSum=-0.410;SOR=0.573;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:11,17,61:0.19,0.69:89
chr5	58286836	rs1973451	A	G	291.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=9;PP=226;SC=GGCCGGGCATAGAGGCTCAAG;SOR=4.804;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=1;TCR=9;TR=10;WE=58286844;WS=58286826;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr5	58287553	rs3840337	AAAC	A	817.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=11;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=4;PP=717;SC=GAAAAAAAAAAAACCCCAATT;SOR=2.303;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=13;TCR=4;TR=17;WE=58287563;WS=58287552;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr5	58289046	rs7737685	G	T	572.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=2;PP=378;SC=CTCAGAGGCGGATAGTGTCGA;SOR=2.200;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=17;TCF=15;TCR=2;TR=17;WE=58289054;WS=58289036;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr5	58289334	rs7724713	A	G	364.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=8;PP=213;SC=GAAGAGGAAAATTTAAGTGAA;SOR=1.329;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=4;TCR=8;TR=12;WE=58289342;WS=58289324;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr5	58295380	.	GTA	G	702.27	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.791;ClippingRankSum=0.000;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5529;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.709;NF=2;NR=12;PP=556;ReadPosRankSum=-1.257;SC=TTGATTATATGTATATATATA;SOR=1.179;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=15;TCF=2;TCR=13;TR=14;WE=58295389;WS=58295370;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,23:0.92:25
chr5	58297881	rs2968014	A	G	4974.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=53;NR=70;PP=2248;SC=CTTTCAGTTTATTCCTTACCA;SOR=0.913;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=123;TCF=53;TCR=70;TR=123;WE=58297889;WS=58297871;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,189:1.00:189
chr5	58476401	rs146612251	A	T	6127.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.751;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=85;NR=56;PP=2883;ReadPosRankSum=-0.975;SC=CATGAAGAATAAGCTCCAGAT;SOR=1.002;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=141;TCF=85;TCR=56;TR=141;WE=58476409;WS=58476391;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,227:0.99:229
chr5	58489218	rs1445950	G	A	2398.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=54;NR=18;PP=1487;SC=ATTTGTATTTGTACTTGTGCT;SOR=1.927;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=72;TCF=54;TCR=18;TR=72;WE=58489226;WS=58489208;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr5	58489384	rs27175	G	A	4472.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=46;NR=61;PP=2051;SC=ACCAAATCCCGCATTAGAAAT;SOR=0.872;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=108;TCF=46;TCR=62;TR=107;WE=58489392;WS=58489374;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,168:1.00:168
chr5	58511501	rs6450512	G	A	475.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=15;NR=2;PP=403;SC=TACATTGGAGGAGAGTGATAC;SOR=3.258;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=17;TCF=15;TCR=2;TR=17;WE=58511509;WS=58511491;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr5	58882331	rs11402131	C	CA	118.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.458;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.94;ReadPosRankSum=-0.114;SOR=0.665;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,11:0.55:20
chr5	59725670	rs111271077	T	G	1914.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.05;QD=40.74;SOR=1.251;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr5	59725675	.	GT	G	855.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.886;ClippingRankSum=0.000;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=2.056;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.26;MQRankSum=0.469;QD=16.78;ReadPosRankSum=-0.789;SOR=1.378;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:4,47:0.92:51
chr5	59894838	.	T	TA	66	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;FR=1.0000;HP=15;HapScore=2;MGOF=2;MMLQ=22;MQ=60.0;NF=5;NR=0;PP=66;QD=15.0;SC=CCTATTAAAATAAAAAAAAAA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=7;TCR=1;TR=5;WE=59894846;WS=59894828;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:3,5:0.62:8
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chr5	59940502	rs6877561	A	T	728.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=8;PP=328;SC=AAGGGTCAGAAAGGAGCTGAT;SOR=1.382;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=15;TCR=8;TR=23;WE=59940510;WS=59940492;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
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chr5	59995820	rs9942410	G	C	5384.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=55;NR=50;PP=2095;SC=CGCGCGCTGAGTGGGGGCTCG;SOR=0.753;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=105;TCF=55;TCR=50;TR=105;WE=59995828;WS=59995810;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,204:1.00:204
chr5	60083275	rs10072745	C	A	1693.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.919;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.097;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=30;PP=890;ReadPosRankSum=1.121;SC=TAAAATAAAACAGAAATGAGT;SOR=1.437;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=44;TCF=12;TCR=32;TR=40;WE=60083283;WS=60083265;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,65:0.94:69
chr5	60170605	rs4647150	T	C	79.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=3;PP=58;SC=ATCAGATAAATAGCAATTACA;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=0;TCR=3;TR=3;WE=60170613;WS=60170595;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr5	60186618	rs2306350	C	T	561.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=11;NR=2;PP=267;SC=GGATTAAAAGCATAACTCCTC;SOR=1.828;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=11;TCR=2;TR=13;WE=60186626;WS=60186608;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr5	60186975	rs2306351	C	A	212.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=6;PP=129;SC=CACAACAAAGCCTAGGAGAAA;SOR=2.833;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=1;TCR=6;TR=7;WE=60186983;WS=60186965;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr5	60199363	rs4647102	C	T	350.31	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=1.514;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.8387;FS=3.468;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=2;PP=198;ReadPosRankSum=-0.870;SC=TCTCAACAACCAGCACAAAGT;SOR=2.303;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=13;TCF=10;TCR=3;TR=11;WE=60199371;WS=60199353;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,14:0.88:16
chr5	60241142	rs158921	G	A	2056.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=26;NR=21;PP=1054;SC=GGGAAGTGAAGGAGCACGTGG;SOR=0.927;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=47;TCF=26;TCR=21;TR=47;WE=60241150;WS=60241132;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr5	60369083	rs10471502	A	G	1176.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.851;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=11;PP=486;ReadPosRankSum=-0.644;SC=GAGGTAAGTTATATAACAGTA;SOR=0.874;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=28;TCF=16;TCR=12;TR=26;WE=60369091;WS=60369073;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,46:0.96:48
chr5	60448903	rs33927273	T	TAA	436.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=10;PP=426;SC=CTATTAATCTTGAGTTCATTT;SOR=2.494;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=0;TCR=10;TR=10;WE=60448911;WS=60448893;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr5	60628591	rs190547379	G	C	166.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=63.82;QD=20.85;SOR=1.863;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr5	60789949	.	CCA	C	113.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.268;ClippingRankSum=0.000;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.539;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=1;PP=188;ReadPosRankSum=1.183;SC=CTATCCTCCACCACACACACA;SOR=0.160;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=14;TCF=10;TCR=4;TR=6;WE=60789958;WS=60789939;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,6:0.32:19
chr5	60789973	rs145935854	GGA	G	36.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.979;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=5.579;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.41;ReadPosRankSum=-0.214;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,4:0.15:26
chr5	60939074	rs76448215	G	A	411.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.449;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=5;PP=186;ReadPosRankSum=0.197;SC=AGTGTGTGACGTCTCCCTCTT;SOR=0.387;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=15;TCF=10;TCR=5;TR=14;WE=60939082;WS=60939064;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,17:0.94:18
chr5	60999768	rs436696	C	T	3726.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=50;NR=31;PP=1492;SC=AATAGAGGAACGGAAAGTTTT;SOR=1.063;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=81;TCF=50;TCR=31;TR=81;WE=60999776;WS=60999758;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,143:1.00:143
chr5	61604204	rs4700006	C	A	189.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=0;PP=81;SC=TCTGGGTGCACAGCAACACCT;SOR=2.584;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=4;TCR=0;TR=4;WE=61604212;WS=61604201;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr5	61604456	rs4441833	T	C	832.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=15;PP=430;SC=TACCACAACATAGATGGACCT;SOR=1.942;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=5;TCR=15;TR=20;WE=61604464;WS=61604446;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr5	61697859	rs27089	C	T	5576.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.934;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.042;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=91;NR=49;PP=2827;ReadPosRankSum=-0.704;SC=AATCCCCTTTCTACCTTTTTT;SOR=0.974;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=141;TCF=91;TCR=50;TR=140;WE=61697867;WS=61697849;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,207:1.00:208
chr5	61699465	rs45623332	G	A	7579.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.602;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=295;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=97;NR=85;PP=2965;ReadPosRankSum=0.600;SC=CCCCAGGCTAGGTCCTGCCGG;SOR=0.764;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=184;TCF=97;TCR=87;TR=182;WE=61699473;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,292:0.99:294
chr5	61733348	rs153857	G	A	253.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=8;PP=190;SC=AATAGATTCAGATGTTTGGCT;SOR=2.303;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=2;TCR=8;TR=10;WE=61733356;WS=61733338;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr5	61745737	rs11329383	CT	C	1164.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.177;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FS=2.505;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.66;ReadPosRankSum=0.039;SOR=0.396;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,78:0.85:92
chr5	61781127	rs26640	C	A	254.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=6;NR=1;PP=165;SC=GTTCCCAAGGCTTTGCTCTTA;SOR=2.093;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=6;TCR=1;TR=7;WE=61781135;WS=61781117;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr5	61785936	rs26644	T	C	1569.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=22;NR=16;PP=652;SC=TAAATTTTCTTCTCAGTGTAT;SOR=0.899;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=39;TCF=22;TCR=17;TR=38;WE=61785944;WS=61785926;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr5	61826663	rs32179	G	T	1001.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=7;NR=13;PP=388;SC=AACCATAATTGGGAGGCATTG;SOR=1.096;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=7;TCR=13;TR=20;WE=61826671;WS=61826653;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr5	61874619	.	TA	T	599.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.630;ClippingRankSum=0.000;DP=177;ExcessHet=3.0103;FS=1.764;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.18;MQRankSum=1.706;QD=4.25;ReadPosRankSum=-1.294;SOR=0.666;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:75,66:0.47:141
chr5	62597278	.	G	GT	131.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.406;ClippingRankSum=0.000;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.74;ReadPosRankSum=-0.788;SOR=0.706;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,17:0.35:48
chr5	63507880	rs138074530	T	G	774.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.99;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr5	63802636	rs36025131	C	CT	310.87	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.155;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=2.539;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.66;MQRankSum=0.645;QD=9.14;ReadPosRankSum=1.759;SOR=1.911;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,24:0.71:34
chr5	63890387	rs4700641	C	T	103.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=0;PP=77;SC=CATGTATATACCTAATTATTT;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=4;TCR=0;TR=4;WE=63890395;WS=63890377;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr5	63905068	rs889248	A	G	3821.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-1.923;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=39;PP=1533;ReadPosRankSum=1.303;SC=GTGTTGTCTCATCTCAAGCTA;SOR=0.270;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=93;TCF=53;TCR=40;TR=91;WE=63905076;WS=63905058;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,148:0.99:149
chr5	63989742	rs2305963	G	C	529.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=15;NR=4;PP=396;SC=TCGACTTCAAGTGTGTGCTTC;SOR=2.419;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=15;TCR=4;TR=19;WE=63989750;WS=63989732;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr5	63991473	rs2305962	G	C	4449.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=38;NR=92;PP=2912;SC=ACACTTAGAGGCTTCTTCCAC;SOR=1.802;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=130;TCF=38;TCR=92;TR=130;WE=63991481;WS=63991463;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,154:1.00:154
chr5	64064411	rs3756739	G	C	1841.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=15;NR=29;PP=917;SC=CGCCAGCTGTGAGAACAAGGC;SOR=1.098;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=44;TCF=15;TCR=29;TR=44;WE=64064419;WS=64064401;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr5	64064943	rs1363953	G	A	728.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=7;PP=337;SC=CTCATCCCCCGTAAGGAGCAG;SOR=0.997;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=11;TCR=7;TR=18;WE=64064951;WS=64064933;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr5	64070617	rs140062546	A	AAATTATGAC	889.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=2;PP=2187;SC=TTTGGAAGGTATGTTGACTTT;SOR=1.230;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=11;TCF=6;TCR=5;TR=7;WE=64070625;WS=64070607;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr5	64070812	rs10057598	C	T	219.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=5;PP=135;SC=TGAATACTTTCAACAGAGCAG;SOR=1.863;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=7;TCF=2;TCR=5;TR=7;WE=64070820;WS=64070802;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr5	64077647	rs55793256	A	G	201.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=0;PP=157;SC=CGTATTTAACATTCTGGAAAA;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=8;TCR=0;TR=8;WE=64077655;WS=64077637;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr5	64077966	rs2011079	A	G	635.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=15;PP=415;SC=AGAGGAAAAAACGTTTCACAT;SOR=2.030;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=5;TCR=15;TR=20;WE=64077974;WS=64077956;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr5	64084746	rs11340181	CT	C	319.50	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.995;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.89;ReadPosRankSum=-0.137;SOR=1.112;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,20:0.87:23
chr5	64096046	rs79929128	CT	C	2673.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.183;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.388;HP=5;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.303;NF=12;NR=19;PP=1292;ReadPosRankSum=1.301;SC=TATTTCCCCCCTCATGATTAT;SOR=0.542;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=32;TCF=12;TCR=20;TR=31;WE=64096054;WS=64096036;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,71:0.99:72
chr5	64096170	rs6449760	G	T	1359.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.899;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.347;NF=12;NR=26;PP=700;ReadPosRankSum=0.330;SC=TCCATTGTTGGTATGATCCTA;SOR=1.402;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=40;TCF=13;TCR=27;TR=38;WE=64096178;WS=64096160;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,53:0.96:55
chr5	64097145	rs7735338	C	G	357.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=7;NR=7;PP=233;SC=AGGTGATGCACCAGATTTAGT;SOR=0.693;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=7;TCR=7;TR=14;WE=64097153;WS=64097135;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr5	64181525	.	G	GGTGTGTGT	688.84	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.474;ClippingRankSum=0.000;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.67;MQRankSum=0.000;QD=34.44;ReadPosRankSum=-1.046;SOR=0.793;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,19:0.95:20
chr5	64267431	rs2278352	A	G	2699.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.658;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=27;PP=1122;ReadPosRankSum=-0.689;SC=AAGCAAGCCCAAGTGCCAACC;SOR=0.892;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=65;TCF=38;TCR=27;TR=65;WE=64267439;WS=64267421;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,108:0.98:110
chr5	64267595	rs2278351	T	C	2009.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=16;NR=26;PP=929;SC=GTATGAAGCTTTGAGGAAGCA;SOR=1.032;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=42;TCF=16;TCR=26;TR=42;WE=64267603;WS=64267585;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr5	64313879	rs2910769	G	A	1084.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=26;NR=12;PP=765;SC=AACCCATCTTGGTGTTCTGTA;SOR=1.730;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=26;TCR=12;TR=38;WE=64313887;WS=64313869;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr5	64483759	rs16893475	T	C	1542.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=33;NR=14;PP=920;SC=TTCTAAGATGTTCAGGTGTCC;SOR=1.569;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=33;TCR=14;TR=47;WE=64483767;WS=64483749;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr5	64569381	rs17814262	C	A	855.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=17;PP=493;SC=ACCCTGGGTACCTTTTGCTGC;SOR=2.019;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=6;TCR=17;TR=23;WE=64569389;WS=64569371;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr5	64569405	rs1423424	T	A	589.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=14;PP=364;SC=AGCATCGCAGTTGAGGATTTT;SOR=2.303;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=3;TCR=14;TR=17;WE=64569413;WS=64569395;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr5	64825102	rs1017576	C	T	318.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.56;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr5	64837105	rs4700085	C	T	820.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=0.063;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=7;PP=553;ReadPosRankSum=1.255;SC=GGCGACAATCCATTACTGGCA;SOR=0.743;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=26;TCF=19;TCR=7;TR=25;WE=64837113;WS=64837095;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,29:0.97:30
chr5	64838584	rs6891597	G	A	966.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.44;SOR=0.914;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr5	64838758	rs6891955	G	C	277.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=8;PP=223;SC=GGTTTTCTAAGATACTTCTTT;SOR=2.303;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=2;TCR=8;TR=10;WE=64838766;WS=64838748;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr5	64847543	rs6893491	T	C	700.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=12;PP=322;SC=ATTCTTAATATTTTAAAACTT;SOR=1.302;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=17;TCF=5;TCR=12;TR=17;WE=64847551;WS=64847533;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr5	64847680	rs2305117	A	G	54.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=18.09;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr5	64848442	rs3213938	T	C	1709.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.58;SOR=0.899;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr5	64857424	rs71720962	AAC	A	38.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.992;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FS=1.701;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.52;ReadPosRankSum=1.490;SOR=0.988;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:65,9:0.12:74
chr5	64887472	.	T	TTA	41.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-1.556;ClippingRankSum=0.000;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.990;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=2;PP=81;ReadPosRankSum=0.146;SC=CAAGATTCCTTTATATATATA;SOR=0.014;SbPval=0.25;Source=Platypus;TC=19;TCF=16;TCR=3;TR=6;WE=64887481;WS=64887462;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,4:0.20:20
chr5	64942852	.	CT	C	70.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.564;ClippingRankSum=0.000;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=1.255;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.11;ReadPosRankSum=0.281;SOR=0.681;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:47,17:0.27:64
chr5	65073224	rs34979	C	A	3229.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=53;NR=32;PP=1651;SC=CTGTTTCAACCGAAATGGTTT;SOR=1.160;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=85;TCF=53;TCR=32;TR=85;WE=65073232;WS=65073214;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr5	65105622	rs2561196	G	A	1087.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=22;PP=694;SC=TTCATTTTAAGTGGTATCCCA;SOR=2.012;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=8;TCR=22;TR=30;WE=65105630;WS=65105612;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr5	65108215	rs2254485	A	G	568.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=13;PP=337;SC=TAATGAATCCAGAGGTATAGT;SOR=2.531;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=2;TCR=13;TR=15;WE=65108223;WS=65108205;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr5	65288791	rs27132	A	G	264.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=6;PP=131;SC=ATCTAGAAATATGATATTCCT;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=6;WE=65288799;WS=65288781;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr5	65308055	rs706678	C	G	135.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=4;PP=77;SC=TTATATCAATCTTAAGTCTAT;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=0;TCR=4;TR=4;WE=65308063;WS=65308045;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr5	65316997	rs33911008	TA	T	48.25	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=16.08;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr5	65317181	rs706679	C	T	648.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.95;SOR=0.770;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr5	65364692	rs1160930	CCT	C	1032.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=6;PP=906;SC=AAATCTATCCCCTCTTTATTC;SOR=1.893;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=14;TCR=6;TR=20;WE=65364701;WS=65364682;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr5	66085585	rs35948700	A	G	3498.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=32;NR=47;PP=1491;SC=CCCACAATCTATGAGCAACCT;SOR=0.978;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=79;TCF=32;TCR=47;TR=79;WE=66085593;WS=66085575;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,133:1.00:133
chr5	66198723	rs17282748	A	G	1284.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=7;NR=28;PP=875;SC=TTGGAACTAAAGTTATCACAT;SOR=2.356;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=35;TCF=7;TCR=28;TR=35;WE=66198731;WS=66198713;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr5	66212985	rs37567	C	G	1812.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=19;NR=30;PP=999;SC=ATCTTATTACCCCTGGTCATT;SOR=1.117;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=49;TCF=19;TCR=30;TR=49;WE=66212993;WS=66212975;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr5	66282447	rs59915268	T	TA	46.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=1.282;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.90;MQRankSum=-0.000;QD=7.79;ReadPosRankSum=1.150;SOR=2.093;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,3:0.50:6
chr5	66282448	rs58502962	T	TA	113.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.90;QD=18.96;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,3:0.50:6
chr5	66391516	.	C	CT	73.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.065;ClippingRankSum=0.000;DP=87;ExcessHet=3.0103;FS=1.334;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.02;ReadPosRankSum=0.875;SOR=0.963;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:52,20:0.28:72
chr5	66429329	rs2371882	G	T	3417.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=57;NR=28;PP=1523;SC=TTACATGTCCGTCTGCCTCAT;SOR=1.170;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=87;TCF=57;TCR=30;TR=85;WE=66429337;WS=66429319;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chr5	66459878	rs1705399	G	C	2947.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=30;NR=28;PP=1183;SC=TCGGATGGCCGGGTGCCTGCG;SOR=0.693;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=58;TCF=30;TCR=28;TR=58;WE=66459886;WS=66459868;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr5	66461363	rs55882716	C	T	5600.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=1.084;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=59;PP=2301;ReadPosRankSum=-1.490;SC=GCCAAGGAACCTGAAAGGAAG;SOR=0.511;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=123;TCF=62;TCR=61;TR=119;WE=66461371;WS=66461353;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:5,211:0.98:216
chr5	66480004	rs1697144	T	C	6240.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=236;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=63;NR=79;PP=2821;SC=CTTTGGAAGATCGTTGAATCA;SOR=0.829;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=143;TCF=63;TCR=80;TR=142;WE=66480012;WS=66479994;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,233:1.00:233
chr5	66492412	rs5744463	C	G	4363.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.616;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=60;PP=1878;ReadPosRankSum=-0.846;SC=GAGGTGATGACTTTACAGCCG;SOR=0.843;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=113;TCF=52;TCR=61;TR=111;WE=66492420;WS=66492402;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,170:0.99:172
chr5	67569746	rs171649	G	A	3897.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.681;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=39;PP=1733;ReadPosRankSum=0.953;SC=TACATGGTCTGTGGTCTGTTT;SOR=1.027;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=102;TCF=61;TCR=41;TR=99;WE=67569754;WS=67569736;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,150:0.99:152
chr5	67575548	rs61749601	T	C	5633.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=54;NR=73;PP=2564;SC=GTGAAATGATTTCTTTAGCTC;SOR=0.896;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=129;TCF=54;TCR=75;TR=127;WE=67575556;WS=67575538;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,214:1.00:214
chr5	68390203	rs337260	C	G	3745.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=43;NR=41;PP=1591;SC=CCGGCCGGGTCGCTCAGGATG;SOR=0.750;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=84;TCF=43;TCR=41;TR=84;WE=68390211;WS=68390193;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,142:1.00:142
chr5	68390284	rs337259	C	T	1672.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=21;NR=35;PP=970;SC=GCCCTCTCCCCCTGCCTGCCT;SOR=1.366;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=56;TCF=21;TCR=35;TR=56;WE=68390292;WS=68390274;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr5	68396764	rs3833634	T	TG	59.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.619;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.94;MQRankSum=0.921;QD=7.47;ReadPosRankSum=-1.611;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,5:0.62:8
chr5	68409094	rs164393	A	C	765.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=10;NR=15;PP=351;SC=TCAAGTCTTGAGGAAAACTAG;SOR=1.214;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=26;TCF=10;TCR=16;TR=25;WE=68409102;WS=68409084;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr5	68411010	rs240809	C	T	1112.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=62;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=32;NR=4;PP=736;SC=TATTTAACGACTGACTGTTGA;SOR=3.145;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=36;TCF=32;TCR=4;TR=36;WE=68411018;WS=68411000;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr5	68412048	rs34215592	A	AT	964.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=0.983;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.306;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=34;PP=1512;ReadPosRankSum=-0.902;SC=TTGTGTAAGCATTCCCCCCTT;SOR=2.780;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=40;TCF=0;TCR=40;TR=34;WE=68412056;WS=68412038;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,42:0.95:44
chr5	68413042	rs3840519	CT	C	1302.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.349;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.363;NF=19;NR=15;PP=616;ReadPosRankSum=-1.741;SC=ATACTCCTCCCTTTTTTTTTG;SOR=0.832;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=37;TCF=21;TCR=16;TR=34;WE=68413050;WS=68413032;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,63:0.95:66
chr5	68415932	rs164391	G	A	169.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=21.22;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr5	68417643	rs164578	C	T	2395.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.271;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.452;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=35;PP=1133;ReadPosRankSum=-0.682;SC=GCCATTCACACCATATGCATG;SOR=0.578;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=59;TCF=24;TCR=35;TR=59;WE=68417651;WS=68417633;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,92:0.99:93
chr5	68417755	rs164577	A	G	579.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=14;PP=429;SC=CCTACTTTTCAACTGTGTTCT;SOR=2.419;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=16;TCF=2;TCR=14;TR=16;WE=68417763;WS=68417745;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr5	68419054	rs164572	A	T	2582.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=42;NR=20;PP=1255;SC=TGGCAGATACACTTGGCAGCA;SOR=1.265;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=62;TCF=42;TCR=20;TR=62;WE=68419062;WS=68419044;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr5	68513599	rs2242350	G	T	1747.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=29;NR=17;PP=836;SC=AGCTGCCCGGGACTCCAGTGA;SOR=1.162;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=46;TCF=29;TCR=17;TR=46;WE=68513607;WS=68513589;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr5	68581389	rs3890705	G	A	488.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=11;PP=265;SC=GGACAAGTGAGTCCAGGAGCA;SOR=2.303;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=2;TCR=11;TR=13;WE=68581397;WS=68581379;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
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chr5	68610009	rs28462372	A	C	385.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.72;SOR=1.473;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr5	68616331	rs10471774	C	T	6095.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=237;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=67;NR=93;PP=2878;SC=CAGAGCTGCACGTCTGACTCA;SOR=0.969;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=160;TCF=67;TCR=93;TR=160;WE=68616339;WS=68616321;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,235:1.00:235
chr5	68692375	rs34097088	T	TA	209.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.624;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.55;ReadPosRankSum=2.578;SOR=0.724;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,17:0.53:32
chr5	68696035	rs142095225	G	GTTTATTTA	686.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=5;PP=395;SC=AAGAAGTAGGGTTTATTTATT;SOR=1.061;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=6;WE=68696043;WS=68696025;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr5	68706252	rs10940223	G	T	261.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=9;NR=0;PP=212;SC=CATCTTTTCAGGTGCTTATTG;SOR=4.615;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=9;TCR=0;TR=9;WE=68706260;WS=68706242;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr5	68706438	rs6871685	G	A	1701.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=16;NR=27;PP=718;SC=AATATGTTCAGTATGAATCAA;SOR=1.022;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=43;TCF=16;TCR=27;TR=43;WE=68706446;WS=68706428;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr5	68720419	rs299099	T	G	1979.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.38;SOR=0.744;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr5	68728544	rs299075	G	A	3021.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-2.205;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=44;PP=1496;ReadPosRankSum=1.582;SC=AGAAGTTGAGGGGCCCCATTT;SOR=1.054;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=76;TCF=31;TCR=45;TR=73;WE=68728552;WS=68728534;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,114:0.98:116
chr5	68862361	rs375045774	TG	T	514.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.593;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FS=3.084;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=45.30;MQRankSum=-7.264;QD=6.86;ReadPosRankSum=1.527;SOR=0.708;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,37:0.49:75
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chr5	68862363	.	TGG	T	44.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-2.537;ClippingRankSum=0.000;DP=78;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=45.30;MQRankSum=1.776;QD=0.59;ReadPosRankSum=-0.304;SOR=0.809;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:63,13:0.17:76
chr5	68862365	rs201465285	G	T	1424.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=1.147;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=45.30;MQRankSum=-2.315;QD=19.25;ReadPosRankSum=0.815;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,60:0.81:74
chr5	69325573	.	CT	C	291.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.812;ClippingRankSum=0.000;DP=315;ExcessHet=3.0103;FS=2.686;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.44;MQRankSum=-12.158;QD=0.98;ReadPosRankSum=1.597;SOR=0.714;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:227,71:0.24:298
chr5	70200973	rs189447511	C	A	993.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=33.78;QD=24.24;SOR=1.075;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr5	70307464	rs4976210	T	C	4141.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=66;NR=38;PP=2352;SC=GCTCTTTGAGTTCTCAGGGTC;SOR=1.194;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=104;TCF=66;TCR=38;TR=104;WE=70307472;WS=70307454;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,149:1.00:149
chr5	70308251	rs28409706	C	T	3503.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=51;NR=41;PP=1698;SC=TCCTGAAGGACGCAAGTCTAG;SOR=0.925;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=92;TCF=51;TCR=41;TR=92;WE=70308259;WS=70308241;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr5	70932170	rs7444232	G	T	445.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=1;NR=11;PP=271;SC=ATTTTTAAATGAGGTTTTTAG;SOR=2.584;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=12;TCF=1;TCR=11;TR=12;WE=70932178;WS=70932160;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr5	71482595	rs17301945	T	C	2868.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.559;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=35;PP=921;ReadPosRankSum=-0.715;SC=GGTTCGTGTCTGAGAATATCT;SOR=0.838;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=67;TCF=31;TCR=36;TR=65;WE=71482603;WS=71482585;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,116:0.98:118
chr5	71488999	rs114863966	G	A	2092.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.866;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=20;PP=1077;ReadPosRankSum=2.774;SC=CAATCAGCGTGCACTGATGCC;SOR=1.124;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=55;TCF=35;TCR=20;TR=55;WE=71489007;WS=71488989;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,81:0.98:83
chr5	71489169	.	CTT	C	125.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.224;ClippingRankSum=0.000;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.49;ReadPosRankSum=2.093;SOR=0.770;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,9:0.32:28
chr5	71495041	rs3805452	T	C	4344.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.543;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=50;PP=2035;ReadPosRankSum=-0.276;SC=CTGAAGAGGGTGGGTACTCAT;SOR=0.548;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=116;TCF=65;TCR=51;TR=113;WE=71495049;WS=71495031;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:5,167:0.97:172
chr5	71519664	rs3209157	C	T	2369.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=16;NR=42;PP=1290;SC=CAGCACTGCACCCAGCACATC;SOR=1.477;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=58;TCF=16;TCR=42;TR=58;WE=71519672;WS=71519654;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr5	71522125	rs9293821	A	T	503.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=15;PP=394;SC=ACCTGGCAGCACTAGAAATAG;SOR=3.383;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=17;TCF=2;TCR=15;TR=17;WE=71522133;WS=71522115;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr5	71524163	rs10942927	A	T	8372.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.006;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=329;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=6.359;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=92;NR=103;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.364;SC=CTGGAAGCAAAAGGGATGCAC;SOR=0.260;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=197;TCF=94;TCR=103;TR=195;WE=71524171;WS=71524153;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,326:0.99:328
chr5	71618276	rs3749694	C	A	38.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=2;PP=21;SC=GCTACAACGTCTACAGCTCTC;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=2;TCF=0;TCR=2;TR=2;WE=71618284;WS=71618266;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr5	71739546	rs4267851	C	G	756.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=22;NR=2;PP=461;SC=GAACTGCCTCCTTCTCATTTT;SOR=3.334;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=24;TCF=22;TCR=2;TR=24;WE=71739554;WS=71739536;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr5	71739602	rs13188519	G	C	2086.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.105;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=13;PP=1089;ReadPosRankSum=0.784;SC=TAAAAGCACTGCTTGTTTTTC;SOR=1.609;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=53;TCF=39;TCR=14;TR=51;WE=71739610;WS=71739592;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,76:0.97:78
chr5	71743024	rs10043295	G	C	2047.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.25;SOR=0.798;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr5	72112421	rs34648	T	C	1059.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=46.08;SOR=1.426;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr5	72112430	rs34647	C	G	1133.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=40.49;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr5	72147269	rs34655	A	G	1425.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=17;NR=19;PP=638;SC=GATGTGGGATAAACAGTCTTA;SOR=0.765;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=37;TCF=18;TCR=19;TR=36;WE=72147277;WS=72147259;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr5	72151858	rs34660	T	A	767.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=10;NR=18;PP=502;SC=TTAAATTGTGTTGGGGAAACT;SOR=1.688;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=28;TCF=10;TCR=18;TR=28;WE=72151866;WS=72151848;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr5	72174432	rs266435	C	G	1549.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.61;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=11;NR=14;PP=527;SC=TGTATTTGGACGGTAAGGTTA;SOR=0.796;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=11;TCR=14;TR=25;WE=72174440;WS=72174422;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr5	72174553	rs266436	G	A	266.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=9;PP=217;SC=ACTTTGTAATGCCACTTTAAT;SOR=4.615;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=9;WE=72174561;WS=72174543;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr5	72182857	rs4704045	A	G	303.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=6;NR=2;PP=147;SC=ATAAGTAATAAGAGGTTAATG;SOR=1.609;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=6;TCR=2;TR=8;WE=72182865;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr5	72184098	rs17606	C	T	4229.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=37;NR=45;PP=1573;SC=GCATCCTGGACAGCAACAAGA;SOR=0.768;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=82;TCF=37;TCR=45;TR=82;WE=72184106;WS=72184088;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,164:1.00:164
chr5	72185591	.	CT	C	54.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.165;ClippingRankSum=0.000;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.82;MQRankSum=0.000;QD=1.03;ReadPosRankSum=0.773;SOR=0.717;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,14:0.26:53
chr5	72204773	.	CA	C	136.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.191;ClippingRankSum=0.000;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.87;ReadPosRankSum=0.284;SOR=0.613;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:52,21:0.29:73
chr5	72364673	rs470926	A	G	1781.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.84;SOR=1.839;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr5	72419267	rs638333	T	C	3008.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=0.031;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=21;PP=1532;ReadPosRankSum=0.326;SC=CAAACTCATCTTCTGCTTCTT;SOR=0.809;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=71;TCF=50;TCR=21;TR=70;WE=72419275;WS=72419257;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,113:0.97:116
chr5	72419410	rs7731777	A	G	5315.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=66;NR=63;PP=2825;SC=CCGTGGTTGGACTTGGGGCTG;SOR=0.714;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=129;TCF=66;TCR=63;TR=129;WE=72419418;WS=72419400;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,192:1.00:192
chr5	72743299	.	G	GGC	668.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.877;ClippingRankSum=0.000;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=37.15;ReadPosRankSum=2.637;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,16:0.89:18
chr5	72798502	rs35246204	GT	G	574.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.321;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.17;MQRankSum=0.622;QD=11.05;ReadPosRankSum=0.116;SOR=0.612;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,39:0.75:52
chr5	72850282	rs343104	A	G	1155.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=10;NR=26;PP=786;SC=ATGCTGCTGTAAGAAGTTTTA;SOR=1.609;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=36;TCF=10;TCR=26;TR=36;WE=72850290;WS=72850272;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr5	72851535	rs819584	A	T	174.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=6;PP=139;SC=TGCTGACTTTATGTTGGTGTC;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=6;WE=72851543;WS=72851525;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr5	72853314	rs1640	T	C	337.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=9;NR=1;PP=263;SC=TTTTTGTCTTTAGGACTTTCT;SOR=3.442;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=11;TCF=10;TCR=1;TR=10;WE=72853322;WS=72853304;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr5	72861459	rs168222	G	A	854.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=21;NR=4;PP=599;SC=CCAGAGCAGAGGAAGCCCCAA;SOR=3.258;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=26;TCF=22;TCR=4;TR=25;WE=72861467;WS=72861449;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr5	72865307	rs347234	C	T	628.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=3;PP=352;SC=AATATACTGACCTTCAATCTT;SOR=2.030;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=16;TCF=13;TCR=3;TR=16;WE=72865315;WS=72865297;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr5	72868546	rs1220634	A	G	533.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=15;PP=392;SC=ATAAGTATACAGATAATGATT;SOR=3.500;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=17;TCF=2;TCR=15;TR=17;WE=72868554;WS=72868536;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr5	72872766	rs1220622	C	T	1529.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=28;NR=17;PP=855;SC=AAAGCTTTTCCTTTTTATTAG;SOR=1.140;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=45;TCF=28;TCR=17;TR=45;WE=72872774;WS=72872756;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr5	72874907	rs343122	A	C	4304.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=53;NR=59;PP=1765;SC=ATCGAAGAGGAGTCCTTGCAA;SOR=0.753;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=112;TCF=53;TCR=59;TR=112;WE=72874915;WS=72874897;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,169:1.00:169
chr5	72980837	rs16870681	G	A	1185.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=19;PP=493;SC=CACACTGAGCGTTACTGTCTA;SOR=1.203;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=11;TCR=19;TR=30;WE=72980845;WS=72980827;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr5	72980869	rs10755296	G	C	614.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=5;NR=10;PP=272;SC=TGCATGGAGCGTTTTAAAACT;SOR=1.426;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=5;TCR=10;TR=15;WE=72980877;WS=72980859;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr5	73045506	rs17552626	T	C	788.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=20;NR=5;PP=529;SC=ATGTCAAATGTGTTGTTGTTG;SOR=2.387;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=20;TCR=5;TR=25;WE=73045514;WS=73045496;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr5	73069581	rs4704097	A	G	144.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=0;PP=109;SC=CAACTCTGACATTCTTATTAT;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=6;WE=73069589;WS=73069571;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr5	73072354	rs7714670	T	C	2588.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.187;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=24;PP=1123;ReadPosRankSum=-1.732;SC=TCAGGGCAGATGGTCCCCAAG;SOR=1.103;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=68;TCF=43;TCR=25;TR=66;WE=73072362;WS=73072344;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,102:0.96:106
chr5	73076457	rs11949860	G	A	3830.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=53;NR=50;PP=1835;SC=ACCTCAAATGGTTTTCTGTGC;SOR=0.707;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=104;TCF=53;TCR=51;TR=103;WE=73076465;WS=73076447;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,145:1.00:145
chr5	73076474	rs35525194	GT	G	2178.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.827;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.31;MQRankSum=0.640;QD=17.29;ReadPosRankSum=2.218;SOR=0.571;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:11,115:0.91:126
chr5	73076511	rs6453022	C	A	3433.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=45;NR=53;PP=1928;SC=GCCTTTGAGCCAGAAGCCAGG;SOR=0.895;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=98;TCF=45;TCR=53;TR=98;WE=73076519;WS=73076501;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chr5	73090089	rs12653477	T	G	2797.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=40;NR=26;PP=1273;SC=GAGAGCTGATTTTTAAGAGGC;SOR=0.946;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=66;TCF=40;TCR=26;TR=66;WE=73090097;WS=73090079;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr5	73090165	rs10683146	A	AGTT	6921.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.61;BaseQRankSum=0.448;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.400;NF=9;NR=45;PP=2865;ReadPosRankSum=-0.531;SC=GTCAGCTAGTAGTTGTTGTTC;SOR=0.824;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=59;TCF=9;TCR=50;TR=54;WE=73090173;WS=73090155;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,160:0.99:162
chr5	73090261	rs7716253	T	C	2480.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=22;NR=35;PP=987;SC=GATCAGCAGCTGAAAAGGAAG;SOR=0.992;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=57;TCF=22;TCR=35;TR=57;WE=73090269;WS=73090251;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr5	73091126	rs2973549	T	A	1693.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=36;NR=16;PP=1005;SC=TGTAATTTTTTAAAAATCCAC;SOR=1.376;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=52;TCF=36;TCR=16;TR=52;WE=73091134;WS=73091116;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr5	73091228	rs2973548	C	T	4165.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.62;BaseQRankSum=-1.680;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=43;PP=1359;ReadPosRankSum=-0.839;SC=TATGAAATAACGCTTTTACCT;SOR=0.289;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=75;TCF=31;TCR=44;TR=74;WE=73091236;WS=73091218;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,162:0.99:163
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chr5	73153389	rs10543482	TACACAC	TAC,T	632.73	.	AC=2,0;AF=1.00,0.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.798;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=3.815;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.608;NF=11,11;NR=4,4;PP=747,35;ReadPosRankSum=-1.011;SC=CATATATGTGTACACACACAC;SOR=2.494;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=18;TCF=13;TCR=5;TR=15,15;WE=73153402;WS=73153379;set=Intersection	GT:AF:DP	1/1:0.86:28
chr5	73160730	rs1014550	G	A	2960.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=28;NR=36;PP=1247;SC=ATATATATGTGGCATGGTTGC;SOR=0.844;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=64;TCF=28;TCR=36;TR=64;WE=73160738;WS=73160720;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr5	73160775	rs1979551	A	G	1614.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=26;PP=767;SC=ACTCTTTTTTATTACCATCTA;SOR=1.292;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=12;TCR=26;TR=38;WE=73160783;WS=73160765;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr5	73163831	rs2931423	C	T	2538.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.662;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.055;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=35;PP=1297;ReadPosRankSum=-0.296;SC=GTGTTCCAGGCACCACCTTGG;SOR=0.289;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=69;TCF=33;TCR=36;TR=66;WE=73163839;WS=73163821;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,96:0.99:97
chr5	73163861	rs2931422	C	T	2395.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=30;NR=35;PP=1186;SC=GCTGAGTGTGCTTTTACATAT;SOR=0.807;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=65;TCF=30;TCR=35;TR=65;WE=73163869;WS=73163851;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr5	73163965	rs2973558	C	A	1888.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.968;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=25;PP=874;ReadPosRankSum=-0.895;SC=TGAGAGTGACCATAACAGCTG;SOR=0.971;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=45;TCF=19;TCR=26;TR=43;WE=73163973;WS=73163955;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,71:0.97:73
chr5	73164138	rs34777247	AT	A	115.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=6;PP=102;SC=AGATTGAAGCATTTTTTTTTT;SOR=2.584;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=6;WE=73164146;WS=73164128;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr5	73178550	rs2973528	T	G	55.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=18.43;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr5	73179672	rs3749645	C	T	4779.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.801;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=48;PP=2054;ReadPosRankSum=-0.517;SC=TTACAAAATACCCTGTCTTGG;SOR=0.297;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=115;TCF=67;TCR=48;TR=114;WE=73179680;WS=73179662;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,183:0.99:184
chr5	73190119	rs2973530	T	A	534.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=16;NR=2;PP=440;SC=CTTGGAGGTCTTACTGCTTGC;SOR=3.611;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=18;TCF=16;TCR=2;TR=18;WE=73190127;WS=73190110;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr5	73190174	rs34729826	A	G	2002.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=42;NR=9;PP=1371;SC=TAGTGGTTGTATTCATGTTAG;SOR=2.448;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=51;TCF=42;TCR=9;TR=51;WE=73190182;WS=73190164;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr5	73197185	rs434065	A	C	1216.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=19;PP=615;SC=CTGGTCTGTCACGGCAGTCAG;SOR=1.364;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=8;TCR=19;TR=27;WE=73197193;WS=73197175;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr5	73197200	rs384927	G	A	843.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=13;PP=414;SC=AGTCAGTGGGGCAAAGGTGCT;SOR=1.214;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=6;TCR=13;TR=19;WE=73197208;WS=73197190;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr5	73339114	rs285599	C	T	5883.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=66;NR=83;PP=2879;SC=AAGTGATCTACATCCTTGGTC;SOR=0.907;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=150;TCF=66;TCR=84;TR=149;WE=73339122;WS=73339104;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,224:1.00:224
chr5	73930442	rs300240	C	T	944.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=24;NR=6;PP=675;SC=CAGATCTCACCCCATGTACTG;SOR=2.694;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=31;TCF=24;TCR=7;TR=30;WE=73930450;WS=73930432;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr5	73930751	rs300239	C	T	4963.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=58;NR=49;PP=1970;SC=CATCTCCCACCTTGGTCCACT;SOR=0.852;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=111;TCF=59;TCR=52;TR=107;WE=73930759;WS=73930741;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,188:1.00:188
chr5	73931246	rs442425	T	C	10471.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=0.718;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=410;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=117;NR=130;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.027;SC=AGACATCTTTTGAGACCCCAT;SOR=1.046;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=249;TCF=117;TCR=132;TR=247;WE=73931254;WS=73931236;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,406:1.00:408
chr5	73932315	rs9176	T	C	2097.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=17;NR=34;PP=1110;SC=TGACATTTTGTTTCCACTCCT;SOR=1.240;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=51;TCF=17;TCR=34;TR=51;WE=73932323;WS=73932305;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr5	73981270	rs820878	T	C	16967.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=659;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=205;NR=173;PP=2965;SC=CTGCCGCTCTTGGTGAAGATG;SOR=0.803;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=383;TCF=205;TCR=178;TR=378;WE=73981278;WS=73981260;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,652:1.00:652
chr5	73992609	rs1665894	G	A	943.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=13;NR=9;PP=414;SC=TAGACAAATTGCTAATAGAAA;SOR=0.927;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=22;TCF=13;TCR=9;TR=22;WE=73992617;WS=73992599;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr5	74028752	.	GACACACAC	G,GAC	2147.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.13;QD=34.64;SOR=1.567;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:0,22,40:0.35,0.65:62
chr5	74028799	.	ACACACT	A	531	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;FR=0.5000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MMLQ=23;MQ=59.93;NF=7;NR=13;PP=531;QD=26.7;SC=ACACACACACACACACTCTTA;SbPval=0.23;Source=Platypus;TC=73;TCF=18;TCR=55;TR=20;WE=74028812;WS=74028789;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:53,20:0.27:73
chr5	74097344	rs149496756	GCA	G	153.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.072;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.42;ReadPosRankSum=-0.615;SOR=0.639;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:94,14:0.13:108
chr5	74324437	rs3811986	G	A	980.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=27;NR=6;PP=724;SC=GGCATAGTATGGTATTCAATT;SOR=2.899;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=34;TCF=28;TCR=6;TR=33;WE=74324445;WS=74324427;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
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chr5	74324902	rs4704166	C	T	5172.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-2.441;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=6.583;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=66;PP=2148;ReadPosRankSum=-0.942;SC=AAGTCTTGAACGATGGAGTTG;SOR=0.361;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=117;TCF=51;TCR=66;TR=115;WE=74324910;WS=74324892;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,198:0.99:200
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chr5	75924469	rs3822541	G	T	4458.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-1.597;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.612;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=39;PP=1939;ReadPosRankSum=-0.679;SC=GTTGTATCAGGTCAGAGAAGG;SOR=0.677;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=100;TCF=60;TCR=40;TR=99;WE=75924477;WS=75924459;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,169:0.99:170
chr5	75927606	rs3797409	C	T	462.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=12;NR=3;PP=268;SC=ATTCCTAAAACGTTGAATTAT;SOR=2.179;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=12;TCR=3;TR=15;WE=75927614;WS=75927596;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr5	75927635	rs3797410	G	A	937.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=21;NR=5;PP=565;SC=ATGCCTTGAAGTAAGTGGAAG;SOR=2.049;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=21;TCR=5;TR=26;WE=75927643;WS=75927625;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr5	75927954	rs3797412	A	G	621.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.795;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=16;PP=388;ReadPosRankSum=-0.646;SC=TCAAATTAACATTTCTGTAAT;SOR=1.044;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=22;TCF=5;TCR=17;TR=21;WE=75927962;WS=75927944;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,24:0.96:25
chr5	75960818	rs11449450	T	TA	482.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=3;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=7;NR=3;PP=337;SC=GTATGAGAATTAAAAAGGAGT;SOR=2.494;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=11;TCF=8;TCR=3;TR=10;WE=75960833;WS=75960808;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr5	75960825	rs253092	G	C	572.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=3;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=3;PP=298;SC=AATTAAAAAGGAGTAATCTCA;SOR=1.911;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=10;TCR=3;TR=13;WE=75960833;WS=75960808;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr5	75960865	rs253093	T	C	546.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=39;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=10;NR=5;PP=314;SC=TAATTTCACATAGTAAAAAGC;SOR=1.402;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=10;TCR=5;TR=15;WE=75960873;WS=75960855;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr5	75989044	rs10514070	G	A	1028.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=29;NR=8;PP=782;SC=GTGAATATCCGCAAGAATGTT;SOR=2.242;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=29;TCR=8;TR=37;WE=75989052;WS=75989034;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr5	75998516	rs145804823	A	AGAAAACCAGTGCCAGCCTTATTTGCC	1912.37	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.713;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.352;NF=1;NR=12;PP=2954;ReadPosRankSum=0.679;SC=AAAGTTTAACAGAAAACCAGT;SOR=1.697;SbPval=0.25;Source=Platypus;TC=45;TCF=1;TCR=44;TR=13;WE=75998524;WS=75998506;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,45:0.98:46
chr5	76003254	rs463188	A	T	118.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=19.81;SOR=3.912;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr5	76003258	rs464494	C	T	241.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=40.31;SOR=3.912;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr5	76114963	rs1529505	C	T	938.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=21;NR=9;PP=601;SC=TTCGAATCGGCGGCGGCGGAT;SOR=1.609;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=21;TCR=9;TR=30;WE=76114971;WS=76114953;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr5	76128521	rs616235	G	A	3731.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=57;NR=42;PP=1796;SC=ACAGGAACCAGTAGATCCTCT;SOR=0.892;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=99;TCF=57;TCR=42;TR=99;WE=76128529;WS=76128511;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,141:1.00:141
chr5	76129053	rs631465	T	C	3856.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=41;NR=44;PP=1997;SC=TGGTCACCATTCCTTTGTATG;SOR=0.737;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=85;TCF=41;TCR=44;TR=85;WE=76129061;WS=76129043;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,137:1.00:137
chr5	76259011	rs41272248	A	G	131.88	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=1.383;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=0.5210;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=0;PP=98;ReadPosRankSum=-0.674;SC=TCTCTTTTAAATGTCTTTTAA;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=5;WE=76259019;WS=76259005;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,5:0.83:6
chr5	76259350	rs7728378	T	C	634.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=8;NR=17;PP=541;SC=AGCACTCCCCTAATATTTTCT;SOR=1.931;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=8;TCR=17;TR=25;WE=76259358;WS=76259340;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr5	76372850	rs1056586	G	A	1336.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=31;NR=9;PP=823;SC=GAAGCCTTAGGGTGTGGAAGA;SOR=2.030;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=31;TCR=9;TR=40;WE=76372858;WS=76372840;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr5	76376478	rs149659097	G	GT	1227.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.66;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=12;PP=662;SC=GCCACAGGCCGTAACAGCCTG;SOR=1.148;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=13;TCF=1;TCR=12;TR=13;WE=76376486;WS=76376468;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr5	76607627	rs11413850	C	CT	539.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-0.845;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=4;PP=363;ReadPosRankSum=-0.883;SC=TAAATGGATACTTTTTTTTTA;SOR=1.329;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=21;TCF=17;TCR=4;TR=18;WE=76607635;WS=76607617;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,24:0.96:25
chr5	76607930	rs11395504	C	CT	78.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.969;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=4.150;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=6.06;ReadPosRankSum=1.537;SOR=2.636;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,8:0.62:13
chr5	76621612	rs4133658	A	T	241.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=8;PP=197;SC=TAAAACGAATATCATTTATAG;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=8;WE=76621620;WS=76621602;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr5	76645529	rs2306343	G	A	1349.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=8;NR=33;PP=924;SC=AAATGAGTTCGTTTTTAAGTT;SOR=2.400;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=8;TCR=33;TR=41;WE=76645537;WS=76645519;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr5	76703374	rs3101866	A	G	2500.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=24;NR=42;PP=1238;SC=CATGGAGCTCAGTCTAGTGGA;SOR=1.109;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=66;TCF=24;TCR=42;TR=66;WE=76703382;WS=76703364;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr5	76704849	rs186753	T	C	3357.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=43;NR=54;PP=1864;SC=ATGAAGATCCTCACACCAGTG;SOR=0.862;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=97;TCF=43;TCR=54;TR=97;WE=76704857;WS=76704839;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr5	76708215	rs16874241	G	T	391.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=0;NR=13;PP=323;SC=TGAGCAGAGAGACTATGGCCC;SOR=5.283;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=0;TCR=13;TR=13;WE=76708223;WS=76708205;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr5	76709249	rs335615	A	T	64.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=5;PP=125;SC=CAGCTTTTTTAAAAAAAAATT;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=5;WE=76709257;WS=76709239;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr5	76709268	rs335616	A	G	111.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=3;PP=86;SC=TTTTGTTACCAAATTGACTAG;SOR=1.981;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=0;TCR=3;TR=3;WE=76709276;WS=76709258;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr5	76714380	rs2242159	C	T	707.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=20;PP=538;SC=TCCCACTGTACCAGATGATAA;SOR=2.925;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=4;TCR=20;TR=24;WE=76714388;WS=76714370;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr5	76717583	rs13160107	A	G	1034.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.203;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=7;PP=632;ReadPosRankSum=0.296;SC=TGCCTGGCGAATTAACCCTTG;SOR=0.963;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=32;TCF=25;TCR=7;TR=31;WE=76717591;WS=76717573;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,37:0.97:38
chr5	76722442	rs62362531	C	T	1161.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=8;NR=25;PP=687;SC=GTAGCGTAAACGAGAGGCCTT;SOR=1.900;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=8;TCR=25;TR=33;WE=76722450;WS=76722432;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr5	76734034	rs371398282	C	T	3426.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=43;NR=29;PP=1588;SC=GACTTGCTTTCATCTATTGCA;SOR=0.993;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=72;TCF=43;TCR=29;TR=72;WE=76734042;WS=76734024;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
chr5	76736884	rs12188735	A	T	483.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=13;PP=334;SC=ATATAACTGAATGGAATGTCT;SOR=2.712;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=14;TCF=1;TCR=13;TR=14;WE=76736892;WS=76736874;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr5	76785406	.	GA	G	74.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.264;ClippingRankSum=0.000;DP=88;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.12;MQRankSum=1.980;QD=1.19;ReadPosRankSum=0.715;SOR=0.651;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:45,18:0.29:63
chr5	76916335	rs5868876	G	GC	4393.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=12;NR=41;PP=2435;SC=TGAACAATTAGCTTCATGCAT;SOR=0.910;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=54;TCF=12;TCR=42;TR=53;WE=76916343;WS=76916325;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr5	76926578	rs13357072	T	C	2756.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.06;SOR=1.386;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr5	77004046	rs71608120	TTATTTATGATA	T	187.87	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=37.57;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr5	77425028	rs6453373	A	T	1597.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=0.966;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=16;PP=873;ReadPosRankSum=-0.700;SC=TCCACTCTTTACATTCGGAAC;SOR=1.160;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=46;TCF=29;TCR=17;TR=44;WE=77425036;WS=77425018;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,60:0.97:62
chr5	77512158	rs9293731	G	A	959.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-0.039;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=31;PP=754;ReadPosRankSum=0.831;SC=ATGCCAATCAGTATTAAAGTA;SOR=1.714;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=37;TCF=4;TCR=33;TR=35;WE=77512166;WS=77512148;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,35:0.95:37
chr5	77523092	rs7714159	G	A	252.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=9;NR=1;PP=188;SC=TTTACTTAGTGTAAGAGCAGC;SOR=3.258;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=9;TCR=1;TR=10;WE=77523100;WS=77523085;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr5	77524068	rs368175252	T	TA	1834.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.673;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=51;PP=1003;ReadPosRankSum=0.568;SC=CTTGATCTGTTAAAAAAAAAT;SOR=0.562;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=65;TCF=2;TCR=63;TR=51;WE=77524076;WS=77524058;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:8,86:0.91:94
chr5	77524091	rs4499809	A	G	2235.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.223;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=50;PP=1516;ReadPosRankSum=0.833;SC=TTTATTCATAACCAGAGTGAA;SOR=1.329;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=59;TCF=8;TCR=51;TR=57;WE=77524099;WS=77524081;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,76:0.99:77
chr5	77563263	rs10065892	G	A	701.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=3;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=16;NR=3;PP=455;SC=GGTATTTAACGTATTTTTATA;SOR=2.494;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=19;TCF=16;TCR=3;TR=19;WE=77563278;WS=77563253;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr5	77656402	rs4072853	G	C	2058.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=45;NR=12;PP=1232;SC=GGATCTGCTCGGCGGCGGCGA;SOR=2.115;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=57;TCF=45;TCR=12;TR=57;WE=77656410;WS=77656392;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr5	77684726	rs3922654	G	A	709.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=7;NR=11;PP=351;SC=ATCCATTCTCGGATTCTAGAA;SOR=0.997;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=19;TCF=8;TCR=11;TR=18;WE=77684734;WS=77684716;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr5	77745853	rs66744502	C	CA	1610.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=3;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=17;PP=945;SC=ATAACTGGGGCATTGGTAAGT;SOR=0.784;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=21;TCF=3;TCR=18;TR=20;WE=77745870;WS=77745843;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr5	78135276	rs25415	T	G	2002.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.996;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.507;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=30;PP=1099;ReadPosRankSum=-0.589;SC=AAGGGAATGTTAATTTCCTCT;SOR=0.626;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=52;TCF=22;TCR=30;TR=51;WE=78135284;WS=78135266;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,73:0.99:74
chr5	78181423	rs1071598	C	T	2921.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=47;NR=34;PP=1401;SC=GTTTTCCACACGTCGAAGCCA;SOR=0.922;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=81;TCF=47;TCR=34;TR=81;WE=78181431;WS=78181413;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr5	78265041	rs3733895	A	G	1147.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=26;PP=726;SC=ATAAAATTATAGATTAATGAC;SOR=2.038;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=8;TCR=26;TR=34;WE=78265049;WS=78265031;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr5	78326825	rs72764929	A	T	4669.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-2.565;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.382;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=60;PP=1746;ReadPosRankSum=-0.591;SC=ACTTGGCCTGAAACACAACAT;SOR=0.511;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=106;TCF=46;TCR=60;TR=105;WE=78326833;WS=78326815;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,182:0.99:183
chr5	78373251	.	GA	G	30.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.341;ClippingRankSum=0.000;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=5.711;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.26;MQRankSum=1.733;QD=0.75;ReadPosRankSum=1.112;SOR=1.835;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,10:0.24:41
chr5	78417158	rs59866108	G	A	3025.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.802;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=48;PP=1546;ReadPosRankSum=2.133;SC=CGTGCCCCCCGGCGAGTGTGC;SOR=0.374;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=80;TCF=31;TCR=49;TR=79;WE=78417166;WS=78417141;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,113:0.99:114
chr5	78573790	rs13182512	A	T	4319.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=62;NR=48;PP=1952;SC=CTTGTATCAGATGGAGGATGA;SOR=0.874;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=110;TCF=62;TCR=48;TR=110;WE=78573798;WS=78573780;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,166:1.00:166
chr5	78573970	rs16876598	T	C	1260.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.73;SOR=1.755;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr5	78586914	rs10043008	G	T	1620.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=31;NR=8;PP=852;SC=GTATTAAGTTGTTATTTGTCT;SOR=1.961;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=39;TCF=31;TCR=8;TR=39;WE=78586922;WS=78586904;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr5	78596044	rs10514159	T	C	3290.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=48;NR=45;PP=1679;SC=ATTATTATGATCTGCAACTTC;SOR=0.709;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=93;TCF=48;TCR=45;TR=93;WE=78596052;WS=78596034;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
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chr5	79028472	rs4704585	C	T	4121.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=65;NR=42;PP=2105;SC=GGACCTGAGGCTTTATCAGCA;SOR=1.031;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=107;TCF=65;TCR=42;TR=107;WE=79028480;WS=79028462;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,155:1.00:155
chr5	79030045	rs4639193	A	G	5872.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.331;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=92;PP=2965;ReadPosRankSum=1.594;SC=ACCTCCTTGTAGAACAAAAAA;SOR=0.678;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=155;TCF=61;TCR=94;TR=152;WE=79030053;WS=79030035;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:5,220:0.98:225
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chr5	79041057	rs12514461	A	G	2015.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=1.074;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=9;PP=1131;ReadPosRankSum=0.049;SC=AAACTGTAGTAAAAATGAGAA;SOR=1.609;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=46;TCF=37;TCR=9;TR=46;WE=79041065;WS=79041047;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,73:0.97:75
chr5	79048562	rs1366272	C	T	2988.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.803;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=37;PP=1408;ReadPosRankSum=-1.086;SC=TTTCCCTTTTCGAACATTATG;SOR=0.859;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=71;TCF=34;TCR=37;TR=71;WE=79048570;WS=79048552;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,115:0.98:117
chr5	79054468	rs144578287	CTATG	C	908.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=11;NR=1;PP=635;SC=TACTTTTATACTATGTATTTC;SOR=4.712;SbPval=0.92;Source=Platypus;TC=15;TCF=12;TCR=3;TR=12;WE=79054479;WS=79054466;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr5	79086649	rs259096	G	A	994.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=20;NR=5;PP=545;SC=CATGAGTGAAGTTTTCAGCTG;SOR=1.949;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=20;TCR=5;TR=25;WE=79086657;WS=79086639;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr5	79281658	rs7734858	T	C	851.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=23;PP=683;SC=TCGAATGCTCTAAAACTAAAC;SOR=3.690;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=27;TCF=4;TCR=23;TR=27;WE=79281666;WS=79281648;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr5	79282544	rs2291524	C	T	573.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.95;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr5	79286831	rs34727832	C	G	3366.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=1.550;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=51;PP=1824;ReadPosRankSum=-0.088;SC=CAGGTTGGGACTCGTCGGTGG;SOR=1.107;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=89;TCF=36;TCR=53;TR=85;WE=79286839;WS=79286821;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,124:0.97:128
chr5	79351544	rs412379	G	A	1095.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=26;NR=2;PP=690;SC=CACACCATTTGTTGACCCTCC;SOR=3.797;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=28;TCF=26;TCR=2;TR=28;WE=79351552;WS=79351534;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr5	79351735	rs423906	C	T	7543.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.847;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=288;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=91;NR=82;PP=2965;ReadPosRankSum=1.595;SC=GGGCCGGCTCCCTAGAGCTCT;SOR=0.767;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=175;TCF=92;TCR=83;TR=173;WE=79351743;WS=79351725;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,280:0.99:282
chr5	79351852	rs438042	A	T	10426.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=243;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.91;SOR=1.132;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,243:1.00:243
chr5	79351859	rs405482	GG	AA	10198.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;JOINED;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=46.57;SOR=1.216;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,219:1.00:219
chr5	79354147	rs368936	C	T	1214.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=27;PP=787;SC=GGTGTGGGCTCTTGGGCAGTT;SOR=2.531;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=32;TCF=5;TCR=27;TR=32;WE=79354155;WS=79354137;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr5	79354647	rs432267	C	G	2192.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=21;NR=38;PP=1207;SC=GAAAAGCCCTCGTCTTCTTAG;SOR=1.439;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=60;TCF=21;TCR=39;TR=59;WE=79354655;WS=79354637;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr5	79354702	rs411943	C	T	842.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=35;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=20;PP=581;SC=TGCCCAGGCACGGGGGCAGCC;SOR=2.546;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=4;TCR=20;TR=24;WE=79354710;WS=79354692;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr5	79354728	rs434409	C	T	549.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=0.900;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=47;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=16;PP=378;ReadPosRankSum=-0.803;SC=GCCAGATCTCCGGGGGCCCAC;SOR=1.802;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=2;TCR=17;TR=18;WE=79354736;WS=79354718;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,20:0.95:21
chr5	79355192	rs2434302	T	A	2915.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=54;NR=27;PP=1788;SC=TAGCTCCACATGGATTCTTTC;SOR=1.098;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=81;TCF=54;TCR=27;TR=81;WE=79355200;WS=79355182;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr5	79355471	rs401302	C	T	2265.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=36;NR=32;PP=1422;SC=TTTGTTTTGCCTTCTGTATAT;SOR=0.846;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=68;TCF=36;TCR=32;TR=68;WE=79355479;WS=79355461;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr5	79361402	rs10600128	CATAAT	C	1517.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=19;PP=993;SC=AACATGTGGGCATAATATATT;SOR=2.115;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=0;TCR=21;TR=19;WE=79361414;WS=79361392;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr5	79368016	rs256437	T	C	1308.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=27;NR=17;PP=716;SC=CAGGCAGAAGTGACTCACCAT;SOR=1.225;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=45;TCF=27;TCR=18;TR=44;WE=79368024;WS=79368006;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr5	79368048	rs3217460	TAGA	T	3067.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=9;NR=27;PP=1699;SC=CTCCAGCACCTAGAAGAAGTC;SOR=1.054;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=38;TCF=9;TCR=29;TR=36;WE=79368058;WS=79368038;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr5	79369213	rs3749685	G	T	328.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=29.89;SOR=4.977;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr5	79373803	rs2288394	C	T	1888.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.957;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=19;PP=928;ReadPosRankSum=1.383;SC=ATGCAGCCCCCTTCCCTGCCA;SOR=0.516;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=56;TCF=37;TCR=19;TR=55;WE=79373811;WS=79373793;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,72:0.99:73
chr5	79375724	rs2288395	G	C	2615.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=38;NR=27;PP=1277;SC=GTGTCATCATGCAGGCTGTGA;SOR=0.863;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=65;TCF=38;TCR=27;TR=65;WE=79375732;WS=79375714;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr5	79378447	rs59301311	T	TC	1383.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.56;QD=29.44;SOR=1.251;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr5	79412237	rs441009	T	C	1043.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=10;NR=14;PP=451;SC=TCCAGATCACTATGAACCTTA;SOR=0.902;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=24;TCF=10;TCR=14;TR=24;WE=79412245;WS=79412227;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr5	79443169	rs7712447	A	G	3218.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=32;NR=52;PP=1698;SC=CCTCAGCAAGACAACAGTAAC;SOR=1.150;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=84;TCF=32;TCR=52;TR=84;WE=79443177;WS=79443159;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr5	79446904	rs73772260	G	A	325.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=1;NR=9;PP=213;SC=TTAAATCAAAGCAATCTATTT;SOR=2.670;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=1;TCR=9;TR=10;WE=79446912;WS=79446894;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr5	79473059	rs11429938	C	CT	1811.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=29;NR=8;PP=1504;SC=ATCAGAGGTACTTGGACTGCG;SOR=2.753;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=44;TCF=32;TCR=12;TR=37;WE=79473067;WS=79473049;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr5	79498623	rs7723756	A	G	5634.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.930;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=94;NR=49;PP=2888;ReadPosRankSum=0.320;SC=GGGTACATGGACCCCATCTTC;SOR=0.968;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=145;TCF=96;TCR=49;TR=143;WE=79498631;WS=79498613;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:7,211:0.97:218
chr5	79499076	rs35653111	C	CATAT	32.71	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=61.53;QD=16.35;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr5	79551867	rs1966470	A	G	1792.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=17;NR=25;PP=915;SC=AGCCTCGGCGAAGCGCCTAGG;SOR=1.044;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=42;TCF=17;TCR=25;TR=42;WE=79551875;WS=79551857;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr5	79731608	rs2544599	G	A	685.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=8;PP=346;SC=TGCTCAGGCTGGTCTTGAACT;SOR=0.693;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=8;TCR=8;TR=16;WE=79731616;WS=79731598;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr5	79733079	rs2544600	T	C	2073.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=26;NR=37;PP=1180;SC=CAGAATGATATCAGTTCTGAA;SOR=1.003;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=63;TCF=26;TCR=37;TR=63;WE=79733087;WS=79733069;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr5	79734297	rs259028	T	C	1749.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=35;NR=17;PP=1152;SC=ATTTGTGAAATAGTTGATAAA;SOR=1.430;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=52;TCF=35;TCR=17;TR=52;WE=79734305;WS=79734287;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr5	79734409	rs259029	G	A	4520.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=73;NR=54;PP=2573;SC=ATCAATTATCGGTCTCTGATA;SOR=1.008;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=128;TCF=73;TCR=55;TR=127;WE=79734417;WS=79734399;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,165:1.00:165
chr5	79735858	rs168939	A	G	907.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=20;PP=524;SC=AAAGGTGAGTATTAACTTGAT;SOR=1.308;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=11;TCR=20;TR=31;WE=79735866;WS=79735848;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr5	79739685	rs259033	G	A	3313.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=32;NR=48;PP=1549;SC=CAGACTTCCAGCCTGGCATCC;SOR=1.022;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=80;TCF=32;TCR=48;TR=80;WE=79739693;WS=79739675;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr5	79741018	rs259034	T	A	801.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-1.774;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=6;PP=522;ReadPosRankSum=-0.558;SC=TTCACAATCTTTTTGGCATTA;SOR=0.968;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=26;TCF=20;TCR=6;TR=25;WE=79741026;WS=79741008;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,30:0.97:31
chr5	79741304	rs34312342	CT	C	199.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.589;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=14.27;ReadPosRankSum=-0.282;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,13:0.93:14
chr5	79743821	rs2251759	T	A	666.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.64;SOR=0.846;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr5	79745469	rs249038	A	G	1352.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=12;NR=14;PP=494;SC=TGAAGGTGAAAGCTTTCATCC;SOR=0.770;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=12;TCR=14;TR=26;WE=79745477;WS=79745459;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr5	79747291	rs249039	A	G	1005.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=1.897;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=9;PP=568;ReadPosRankSum=0.392;SC=TTTACTAATGATTTTATTTGC;SOR=0.527;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=32;TCF=22;TCR=10;TR=29;WE=79747299;WS=79747281;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,38:0.97:39
chr5	79751332	rs249040	A	G	90.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=1;PP=117;SC=CAGCCTGGGCAACAGAGTGAG;SOR=3.258;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=5;TCF=4;TCR=1;TR=5;WE=79751340;WS=79751325;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr5	79773028	rs166062	T	G	2106.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=11;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=36;NR=16;PP=1045;SC=AGAATTTTTTTTTTTTCTAGG;SOR=1.207;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=52;TCF=36;TCR=16;TR=52;WE=79773036;WS=79773018;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr5	79815658	rs369998	T	C	6993.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=258;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=56;NR=82;PP=2965;SC=GACACCGTGATATCCTTCTTT;SOR=0.914;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=138;TCF=56;TCR=82;TR=138;WE=79815666;WS=79815648;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,258:1.00:258
chr5	79855372	rs32857	A	G	5563.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=63;NR=62;PP=2317;SC=CCCACAGGGCAACTTTGCTGT;SOR=0.702;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=125;TCF=63;TCR=62;TR=125;WE=79855380;WS=79855362;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,215:1.00:215
chr5	79855876	rs187262	T	C	2043.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=24;PP=761;SC=TTATCAAAGATGGCAAAGACC;SOR=1.031;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=39;TCF=15;TCR=24;TR=39;WE=79855884;WS=79855866;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr5	79945711	rs836821	C	A	1601.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.331;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.03;ReadPosRankSum=-0.511;SOR=0.326;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,63:0.98:64
chr5	79950389	rs151182735	GC	G	2746.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.488;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.248;NF=21;NR=23;PP=1330;ReadPosRankSum=1.523;SC=TGGCCGCCCCGCCCCCCTCGT;SOR=0.235;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=22;TCR=25;TR=44;WE=79950411;WS=79950379;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,65:0.98:66
chr5	79950403	rs10168	C	T	2925.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=37;NR=23;PP=1408;SC=CCCTCGTCCCCATTTGTGCAG;SOR=0.880;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=64;TCF=41;TCR=23;TR=60;WE=79950411;WS=79950379;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr5	79950497	rs2250063	C	T	5701.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=69;NR=29;PP=2117;SC=CGGCCGCGGGCTCGCGCTCCT;SOR=1.523;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=100;TCF=71;TCR=29;TR=98;WE=79950505;WS=79950487;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,134:1.00:134
chr5	79950512	rs1105524	A	G	6282.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=80;NR=38;PP=2183;SC=GCTCCTCGCCAGGCCCTGCCG;SOR=1.358;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=119;TCF=81;TCR=38;TR=118;WE=79950520;WS=79950502;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,160:1.00:160
chr5	79950699	rs201874762	TGCAGCGGCTGCAGCGGCC	T	12457.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.626;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=364;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.330;HP=1;HapScore=1;MGOF=151;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=83;PP=2978;ReadPosRankSum=-0.700;SC=ACCCTGGCGCTGCAGCGGCTG;SOR=0.916;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=134;TCF=10;TCR=124;TR=91;WE=79950724;WS=79950689;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:7,310:0.98:317
chr5	79950741	rs144629981	GCCCCCAGCT	G	8899.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=0.491;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.033;HP=6;HapScore=1;MGOF=242;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=111;PP=2973;ReadPosRankSum=0.810;SC=CGCCCCCAGCGCCCCCAGCTC;SOR=1.382;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=119;TCF=4;TCR=115;TR=115;WE=79950757;WS=79950731;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,208:0.98:212
chr5	79950781	rs1650697	A	G	3437.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.72;SOR=1.392;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr5	79952154	rs1382539	G	A	602.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=3;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=16;NR=3;PP=439;SC=TCAGTTGTAAGGTTTAAATTG;SOR=2.636;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=19;TCF=16;TCR=3;TR=19;WE=79952173;WS=79952144;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr5	79952165	rs1382540	C	G	715.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=3;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=17;NR=6;PP=519;SC=GTTTAAATTGCTTCACATACG;SOR=1.893;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=17;TCR=6;TR=23;WE=79952173;WS=79952144;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr5	79952390	rs1643639	T	C	2537.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=28;NR=37;PP=1246;SC=CAGTCATGGCTCTGGTATTCT;SOR=0.896;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=65;TCF=28;TCR=37;TR=65;WE=79952398;WS=79952380;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr5	79952426	rs1650694	G	C	1980.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=16;NR=31;PP=1033;SC=GCAGAAGAGCGTATTAGAATT;SOR=1.226;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=47;TCF=16;TCR=31;TR=47;WE=79952434;WS=79952416;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr5	79952541	rs1677667	C	G	312.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=9;PP=229;SC=GGTAGAGCTACAATTCTGCAA;SOR=4.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=9;WE=79952549;WS=79952531;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr5	79960955	rs1382543	G	A	1317.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=20;NR=12;PP=553;SC=CTTATTTGCTGCCTAAGAGCC;SOR=1.094;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=32;TCF=20;TCR=12;TR=32;WE=79960963;WS=79960945;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr5	79961241	rs1824837	G	A	168.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=4;PP=77;SC=CTGAAGTACTGTCAGGTTCTC;SOR=1.609;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=5;TCF=1;TCR=4;TR=5;WE=79961249;WS=79961231;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr5	79968454	rs6151644	A	G	1566.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=42;NR=7;PP=1269;SC=AACGTTGTGGACTGATTATTT;SOR=3.398;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=49;TCF=42;TCR=7;TR=49;WE=79968462;WS=79968444;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr5	79974646	rs836807	T	C	457.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=1;PP=335;SC=TACATACTCCTGAGTGTATCA;SOR=4.047;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=14;TCF=13;TCR=1;TR=14;WE=79974654;WS=79974636;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr5	80021193	rs245016	C	T	1148.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.11;SOR=1.105;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr5	80021445	rs32952	A	C	392.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=12;PP=260;SC=TAAAGGTATTAGTATGATTCT;SOR=3.126;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=14;TCF=2;TCR=12;TR=14;WE=80021453;WS=80021435;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr5	80037189	.	C	T	266.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=2;PP=188;SC=CTAATTTTTGCCATAATGTAG;SOR=2.303;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=8;TCR=2;TR=10;WE=80037197;WS=80037179;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr5	80149981	rs184967	A	G	1969.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=43;NR=14;PP=1036;SC=TATAAAGGACAGAGTACATTT;SOR=1.640;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=57;TCF=43;TCR=14;TR=57;WE=80149989;WS=80149971;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr5	80168937	rs26279	G	A	5106.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=0.789;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=46;PP=2031;ReadPosRankSum=1.985;SC=TTTCACAGGCGCAGCAGAACA;SOR=0.857;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=104;TCF=58;TCR=46;TR=104;WE=80168945;WS=80168927;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,195:0.99:197
chr5	80382806	rs7733625	G	T	1122.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=16;PP=787;SC=GCGACCTGATGCGCTGTGCGG;SOR=0.804;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=29;TCF=13;TCR=16;TR=29;WE=80382814;WS=80382796;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr5	80388554	rs2592094	C	T	682.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=0.553;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=2;PP=518;ReadPosRankSum=-0.603;SC=TGTTTATTGCCGTGGACATGG;SOR=2.066;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=22;TCF=20;TCR=2;TR=21;WE=80388562;WS=80388544;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,23:0.96:24
chr5	80390225	rs505748	C	T	629.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.63;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=7;PP=245;SC=GAATTAGAGGCGGGAGAGAGA;SOR=0.859;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=6;TCR=7;TR=13;WE=80390233;WS=80390215;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr5	80390290	rs498119	C	T	107.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=3;PP=52;SC=AACCATTTAGCCCATGAGCCT;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=0;TCR=3;TR=3;WE=80390298;WS=80390280;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr5	80409229	rs26422	C	G	688.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=0;PP=514;SC=TTTAGATTAACGGAAGTCCAG;SOR=4.712;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=18;TCR=0;TR=18;WE=80409237;WS=80409224;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr5	80409729	rs10942942	T	C	2865.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=17;NR=50;PP=1645;SC=TAAAACGAAGTATTCAAAAAG;SOR=1.609;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=67;TCF=17;TCR=50;TR=67;WE=80409737;WS=80409719;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr5	80419349	rs26891	C	G	373.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=9;NR=2;PP=158;SC=TATTAAAGCCCTTTAATGAAA;SOR=2.448;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=12;TCF=9;TCR=3;TR=11;WE=80419357;WS=80419339;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr5	80423109	rs153244	G	A	493.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=13;PP=371;SC=TTGGGAAGCCGAAGCAGAAGG;SOR=2.179;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=16;TCF=3;TCR=13;TR=16;WE=80423117;WS=80423099;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr5	80476185	rs79201932	T	G	1485.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=12;NR=30;PP=861;SC=AACACCTCCCTACTCTTTGGA;SOR=1.654;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=42;TCF=12;TCR=30;TR=42;WE=80476193;WS=80476175;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr5	80476220	rs79215865	G	A	873.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=21;PP=594;SC=CTTGACACTGGAACTTAGGAA;SOR=2.303;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=5;TCR=21;TR=26;WE=80476228;WS=80476210;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr5	80504282	rs11957258	G	T	3594.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.24;SOR=1.082;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,137:1.00:137
chr5	80511489	rs6859306	C	T	234.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.63;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=1;PP=134;SC=GATACAGGCACTTCCTCTTCT;SOR=2.833;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=5;TCR=1;TR=6;WE=80511497;WS=80511479;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr5	80512974	rs6868762	G	T	1109.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=22;PP=717;SC=TAGTAAAGCAGGGGCTGTCAT;SOR=1.292;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=34;TCF=12;TCR=22;TR=33;WE=80512982;WS=80512964;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr5	80513068	rs6870105	C	T	1610.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=36;NR=13;PP=1095;SC=AAAGGTTTTGCTCTTCAGTAC;SOR=1.919;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=49;TCF=36;TCR=13;TR=49;WE=80513076;WS=80513058;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr5	80513376	rs35574358	CT	C	86.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.9991;FS=0.000;HP=11;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=0;NR=7;PP=90;SC=TCAATGTCTGCTTTTTTTTTT;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=0;TCR=11;TR=7;WE=80513384;WS=80513366;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr5	80521332	rs11341888	CT	C	175.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.282;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=13.52;ReadPosRankSum=1.593;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,12:0.92:13
chr5	80521485	rs7725743	C	A	4566.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=0.652;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=40;PP=1809;ReadPosRankSum=2.092;SC=GGGACTTCCCCTTTTTTTTCA;SOR=0.941;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=97;TCF=56;TCR=41;TR=96;WE=80521493;WS=80521475;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,178:0.99:180
chr5	80552960	rs200761135	AGTGTGTGTGT	A	447.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=0;NR=6;PP=1141;SC=CTACTTGGAAAGTGTGTGTGT;SOR=2.494;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=0;TCR=11;TR=6;WE=80552977;WS=80552950;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr5	80562120	rs545	G	A	1653.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-1.283;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=38;PP=1067;ReadPosRankSum=-0.569;SC=CTGCTGGTACGACAGACATAA;SOR=0.693;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=55;TCF=16;TCR=39;TR=54;WE=80562128;WS=80562110;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,61:0.98:62
chr5	80607249	rs35864788	A	G	493.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=14;PP=385;SC=TCTGTCAGCAATAGACACACA;SOR=5.670;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=0;TCR=14;TR=14;WE=80607257;WS=80607239;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr5	80608266	rs955948	A	T	1119.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=21;NR=8;PP=612;SC=GTGATTATTCATATCAAAATG;SOR=1.609;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=21;TCR=8;TR=29;WE=80608274;WS=80608256;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr5	80608545	rs2270825	G	A	477.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=14;PP=361;SC=CCCGCTTCACGAGTTAGAGTT;SOR=4.174;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=15;TCF=1;TCR=14;TR=15;WE=80608553;WS=80608535;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr5	80689953	rs13178695	C	A	2158.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=22;NR=26;PP=948;SC=GAGAGCGCTACGCCTGCGGCC;SOR=0.766;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=48;TCF=22;TCR=26;TR=48;WE=80689961;WS=80689943;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr5	80736444	rs9596	A	G	4880.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.766;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=58;PP=2207;ReadPosRankSum=-0.765;SC=CTGACCCAGGACCCATTGGAA;SOR=0.832;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=105;TCF=46;TCR=59;TR=103;WE=80736452;WS=80736434;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,182:0.99:184
chr5	80744758	rs3764986	T	C	625.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=12;PP=315;SC=TCACAAAGTATAGTAAAGGAT;SOR=1.519;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=18;TCF=6;TCR=12;TR=18;WE=80744766;WS=80744748;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr5	80756855	rs6893826	A	T	299.78	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.951;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.74;ReadPosRankSum=-1.197;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,14:0.88:16
chr5	80785011	rs66563423	G	A	1221.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.780;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=10;PP=577;ReadPosRankSum=-1.058;SC=ATAAATATATGTGACATTTTC;SOR=1.345;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=35;TCF=24;TCR=11;TR=33;WE=80785019;WS=80785001;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,49:0.96:51
chr5	81572184	rs226200	G	C	1817.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=15;NR=22;PP=814;SC=GCCACCCCAAGAACAGAAGGT;SOR=0.917;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=15;TCR=22;TR=37;WE=81572192;WS=81572174;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr5	81572464	rs226199	G	C	235.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=5;PP=120;SC=CTGAGCTGAAGTCCTGTGATG;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=5;WE=81572472;WS=81572454;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr5	81573992	rs226198	C	T	3521.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=76;NR=31;PP=2095;SC=CGCCGGACCACGTGCCTCCTG;SOR=1.685;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=107;TCF=76;TCR=31;TR=107;WE=81574000;WS=81573982;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chr5	81601345	rs148983245	A	G	2944.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=32;NR=44;PP=1372;SC=GAGATCACATATCCCAGCAGG;SOR=1.035;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=78;TCF=33;TCR=45;TR=76;WE=81601353;WS=81601335;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr5	81608563	rs61740965	T	C	11014.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.254;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=424;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=111;NR=135;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.294;SC=TGGTTACTCCTACCGCTGCCA;SOR=0.825;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=251;TCF=113;TCR=138;TR=246;WE=81608571;WS=81608553;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,418:0.99:422
chr5	82135819	rs139917914	T	TA	1301.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.39;SOR=2.468;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr5	82135829	.	T	TC	360.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.541;ClippingRankSum=0.000;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.53;MQRankSum=0.917;QD=9.75;ReadPosRankSum=-0.839;SOR=0.643;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,27:0.73:37
chr5	82136064	rs113309601	T	TTCTTC	1895.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=17;PP=1108;SC=TTTTTGCTTCTTCTTTGCCTT;SOR=2.356;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=26;TCF=1;TCR=25;TR=18;WE=82136072;WS=82136054;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr5	82833145	rs2548541	G	A	5183.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=66;NR=66;PP=2711;SC=CACCTTCTCAGAATTTCTCGG;SOR=0.704;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=132;TCF=66;TCR=66;TR=132;WE=82833153;WS=82833135;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,189:1.00:189
chr5	82833369	rs309559	A	G	5379.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=59;NR=68;PP=2867;SC=GGAACAGCCAAAAAAGGGGCA;SOR=0.791;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=127;TCF=59;TCR=68;TR=127;WE=82833377;WS=82833359;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,191:1.00:191
chr5	82834299	rs188703	G	A	3647.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=2.067;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=39;PP=1862;ReadPosRankSum=-1.282;SC=ACTCTCCCACGTAGTCCTGCC;SOR=1.043;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=97;TCF=56;TCR=41;TR=94;WE=82834307;WS=82834289;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,137:0.97:141
chr5	82834630	rs309557	T	C	6284.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.772;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=248;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=79;NR=80;PP=2721;ReadPosRankSum=-1.148;SC=ATTTCAGTGGTGACTTTAGAG;SOR=0.710;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=160;TCF=79;TCR=81;TR=159;WE=82834638;WS=82834620;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,242:0.99:244
chr5	82835545	rs160279	A	G	5195.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=58;NR=62;PP=2514;SC=AAGGCATGAGACCAACAATTC;SOR=0.725;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=121;TCF=58;TCR=63;TR=120;WE=82835553;WS=82835535;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,191:1.00:191
chr5	82835724	rs160278	T	A	4071.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=1.149;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=52;PP=2428;ReadPosRankSum=2.285;SC=ATTGAAGACTTTAACAGAATG;SOR=0.850;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=114;TCF=62;TCR=52;TR=114;WE=82835732;WS=82835714;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,149:0.99:151
chr5	82837631	rs160277	G	T	7463.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.967;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=296;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.83;ReadPosRankSum=-0.251;SOR=0.819;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:4,285:0.99:289
chr5	82843711	rs3842065	T	TATC	927.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=1;PP=721;SC=TCTTGTATGTTATCTTGCAAC;SOR=3.816;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=16;TCF=15;TCR=1;TR=15;WE=82843719;WS=82843701;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr5	82849120	rs6873404	T	A	1421.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=27;NR=10;PP=755;SC=TAACACTTGGTTGGGGGTGCC;SOR=1.702;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=37;TCF=27;TCR=10;TR=37;WE=82849128;WS=82849110;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr5	82850631	rs2290673	A	G	493.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=14;NR=1;PP=378;SC=AAGGTAGACTAGGAGAGATTT;SOR=4.174;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=15;TCF=14;TCR=1;TR=15;WE=82850639;WS=82850630;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr5	82875800	rs308365	C	T	3177.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=55;NR=31;PP=1627;SC=TTCCTTTAGTCGCTTGCGGCC;SOR=1.093;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=88;TCF=56;TCR=32;TR=86;WE=82875808;WS=82875790;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr5	82940273	rs2242128	C	G	5548.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=67;NR=66;PP=2645;SC=CTGTGTTCTGCCCCCCACAGG;SOR=0.742;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=134;TCF=68;TCR=66;TR=133;WE=82940281;WS=82940263;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,207:1.00:207
chr5	82940510	rs1457081	T	C	927.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=23;PP=551;SC=AGCAAGGAGTTGTTAGAAGCC;SOR=1.949;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=9;TCR=23;TR=32;WE=82940518;WS=82940500;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
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chr5	83433004	rs350490	C	T	221.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.207;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FS=1.065;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.31;ReadPosRankSum=1.609;SOR=0.497;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:75,21:0.22:96
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chr5	85916413	rs142485335	A	G	620.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=7;NR=13;PP=358;SC=AAATATTTTCATGAAACTACA;SOR=1.358;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=7;TCR=13;TR=20;WE=85916421;WS=85916403;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr5	86667856	rs35014912	G	GA	964.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.001;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.46;MQRankSum=0.333;QD=20.97;ReadPosRankSum=-1.593;SOR=1.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,45:0.98:46
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chr5	86685365	rs201339801	A	G	2301.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=19;NR=43;PP=1277;SC=GCCAGCCTTCATTAACAATGA;SOR=1.356;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=62;TCF=19;TCR=43;TR=62;WE=86685373;WS=86685355;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr5	87497977	rs358289	C	T	839.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=12;NR=10;PP=311;SC=AGTTAAATAACCTGCCTCAAA;SOR=0.880;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=22;TCF=12;TCR=10;TR=22;WE=87497985;WS=87497967;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr5	87498027	rs3099436	G	A	589.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=9;PP=254;SC=GTTTGAACCAGTTCTGTCTGA;SOR=1.051;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=8;TCR=9;TR=17;WE=87498035;WS=87498017;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr5	87498069	rs3098676	C	T	351.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.13;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr5	87498128	rs3099435	T	A	135.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=3;PP=49;SC=CCTCACCATCTTCTTCTGCTA;SOR=1.329;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=1;TCR=3;TR=4;WE=87498136;WS=87498118;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr5	87498849	rs3097146	G	A	918.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=13;PP=424;SC=ACCCAGAGCAGAACCATAAAT;SOR=0.811;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=8;TCR=13;TR=21;WE=87498857;WS=87498839;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr5	87502325	rs357515	G	A	765.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.483;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.53;ReadPosRankSum=1.743;SOR=0.314;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,29:0.97:30
chr5	87503087	rs34534189	GACT	G	1517.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=1;NR=17;PP=875;SC=AATAAAATTTGACTACAACAT;SOR=1.308;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=18;TCF=1;TCR=17;TR=18;WE=87503097;WS=87503077;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr5	87963272	rs5869431	G	GA	1747.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=9;PP=508;SC=TAGGCACCATGGCTTTTTACC;SOR=0.883;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=14;TCF=5;TCR=9;TR=13;WE=87963280;WS=87963262;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr5	87968912	.	C	CA	306.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.757;ClippingRankSum=0.000;DP=165;ExcessHet=3.0103;FS=0.732;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.14;ReadPosRankSum=0.089;SOR=0.576;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:104,39:0.27:143
chr5	88045029	rs10514303	C	A	1905.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=15;NR=39;PP=1244;SC=TGTCCTCTTGCAATAGTCATA;SOR=1.644;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=54;TCF=15;TCR=39;TR=54;WE=88045037;WS=88045019;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr5	89703641	rs4873	C	G	1773.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.550;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=22;PP=757;ReadPosRankSum=-0.724;SC=TTGTCCACTACAAGCTCACTT;SOR=0.779;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=42;TCF=19;TCR=23;TR=40;WE=89703649;WS=89703631;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,71:0.97:73
chr5	89705752	rs11315430	GC	G	518.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=11;NR=4;PP=394;SC=ACCTCCTAACGCCCCCCCGCC;SOR=1.493;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=17;TCF=12;TCR=5;TR=15;WE=89705760;WS=89705745;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr5	89769728	rs2162986	T	C	6252.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=239;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=71;NR=92;PP=2965;SC=GGGCTGGGCGTCCGCACCACC;SOR=0.901;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=163;TCF=71;TCR=92;TR=163;WE=89769736;WS=89769718;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,230:1.00:230
chr5	89781594	rs2115500	C	T	1512.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=13;NR=26;PP=716;SC=ATGATTATAGCATCCTCAAGT;SOR=1.278;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=39;TCF=13;TCR=26;TR=39;WE=89781602;WS=89781584;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr5	89791609	.	G	GT	49.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.573;ClippingRankSum=0.000;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=1.773;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.67;MQRankSum=2.611;QD=1.71;ReadPosRankSum=0.485;SOR=0.330;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,7:0.24:29
chr5	89807711	rs6897910	G	A	977.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=18;NR=11;PP=501;SC=TGACAAGAGTGGAAGGTGGTG;SOR=1.179;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=29;TCF=18;TCR=11;TR=29;WE=89807719;WS=89807701;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr5	89814604	rs1305059	G	GTGACC	2003.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=15;NR=9;PP=1646;SC=AGATGCACATGTGACCACTAA;SOR=2.147;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=31;TCF=19;TCR=12;TR=24;WE=89814612;WS=89814594;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr5	89815312	rs34548009	G	GA	1054.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.556;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=18;PP=498;ReadPosRankSum=0.599;SC=CTGTGGGGGGGAAAAAAAAGC;SOR=0.767;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=25;TCF=4;TCR=21;TR=22;WE=89815320;WS=89815302;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,45:0.94:48
chr5	89816299	rs171790	C	A	5822.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.853;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.191;NF=61;NR=80;PP=2803;ReadPosRankSum=0.957;SC=TAAAAAGAGGCTAAATGCAGA;SOR=0.476;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=144;TCF=62;TCR=82;TR=141;WE=89816317;WS=89816289;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,226:0.99:229
chr5	89816309	rs35118083	A	AT	5255.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.083;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.252;NF=10;NR=70;PP=2966;ReadPosRankSum=0.215;SC=CTAAATGCAGATTTTAGATAT;SOR=0.597;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=89;TCF=12;TCR=77;TR=80;WE=89816317;WS=89816289;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:5,192:0.97:197
chr5	89816383	rs13182165	G	A	2289.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.430;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=38;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=47;PP=1234;ReadPosRankSum=0.029;SC=GTAGATATATGTCTGAAACTC;SOR=0.782;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=68;TCF=18;TCR=50;TR=64;WE=89816391;WS=89816373;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,87:0.96:91
chr5	89820984	rs10069050	T	C	4761.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=68;NR=42;PP=2250;SC=TGGATCGAAGTTCATACACTT;SOR=1.096;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=110;TCF=68;TCR=42;TR=110;WE=89820992;WS=89820974;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,174:1.00:174
chr5	89825210	rs603870	G	A	5495.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=79;NR=64;PP=2676;SC=CGCAGCTGGGGCTCAACCCCG;SOR=0.875;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=143;TCF=79;TCR=64;TR=143;WE=89825218;WS=89825200;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,201:1.00:201
chr5	89909972	rs11286344	GA	G	197.75	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.187;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.72;MQRankSum=0.535;QD=13.18;ReadPosRankSum=0.579;SOR=0.793;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,14:0.93:15
chr5	90002220	.	CT	C	48.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.333;ClippingRankSum=0.000;DP=96;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.65;ReadPosRankSum=-1.034;SOR=0.719;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:59,16:0.21:75
chr5	90059080	.	G	GT	47.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.851;ClippingRankSum=0.000;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.65;ReadPosRankSum=-1.322;SOR=0.667;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:60,14:0.19:74
chr5	90107108	rs2438374	A	G	3617.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=37;NR=45;PP=1568;SC=ATTGTGGAGGAGAAGGATGAT;SOR=0.799;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=82;TCF=37;TCR=45;TR=82;WE=90107116;WS=90107098;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,137:1.00:137
chr5	90119324	rs2438378	G	A	2391.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=21;NR=33;PP=1135;SC=GGTAAACCTGGTGGAGGAACT;SOR=1.022;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=54;TCF=21;TCR=33;TR=54;WE=90119332;WS=90119314;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr5	90151589	rs2247870	G	A	3743.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.664;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=44;PP=1523;ReadPosRankSum=0.435;SC=TTGCAAAGTGGTTGAGGAAAC;SOR=0.721;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=91;TCF=46;TCR=45;TR=89;WE=90151597;WS=90151579;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,146:0.99:148
chr5	90445829	rs35858094	T	TTC	760.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=61.78;QD=30.43;SOR=1.358;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr5	90449031	rs7726023	T	C	3496.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=43;NR=39;PP=1520;SC=CATCCCAATCTAAAAAGGTGC;SOR=0.693;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=82;TCF=43;TCR=39;TR=82;WE=90449039;WS=90449021;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr5	90669400	rs6452952	A	T	250.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=8;NR=1;PP=187;SC=TGTTCTGTTAACATGATAATC;SOR=3.056;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=8;TCR=1;TR=9;WE=90669408;WS=90669392;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr5	90671274	rs1363839	A	T	1485.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=31;NR=10;PP=836;SC=TATAAATTTAAACACAAAAGC;SOR=1.835;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=41;TCF=31;TCR=10;TR=41;WE=90671282;WS=90671264;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr5	93294451	.	C	CA	98.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.672;ClippingRankSum=0.000;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=4.441;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.27;MQRankSum=2.757;QD=1.23;ReadPosRankSum=1.521;SOR=0.272;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:64,16:0.20:80
chr5	93386615	.	G	A	821.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.848;ClippingRankSum=0.000;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=20;PP=529;ReadPosRankSum=1.067;SC=AAGAATGTCTGATAAAAATTT;SOR=1.371;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=26;TCF=5;TCR=21;TR=25;WE=93386623;WS=93386605;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,29:0.97:30
chr5	93388777	rs148770534	T	TATAG	505.14	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-1.015;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=3;PP=215;ReadPosRankSum=1.208;SC=TTGCATATACTATAGATAGAT;SOR=0.593;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=9;TCF=2;TCR=7;TR=4;WE=93388785;WS=93388767;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,12:0.92:13
chr5	93722050	rs29913	G	T	2326.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=28;NR=33;PP=972;SC=TTAAAGGTCGGATGGGTAATG;SOR=0.804;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=61;TCF=28;TCR=33;TR=61;WE=93722058;WS=93722040;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr5	93731985	rs308207	A	G	7624.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=295;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=88;NR=97;PP=2965;SC=ATCTGTCAAGAGAGGCACCTG;SOR=0.772;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=185;TCF=88;TCR=97;TR=185;WE=93731993;WS=93731975;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,289:1.00:289
chr5	93732334	rs308206	C	T	72.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=0;NR=3;PP=51;SC=GATCAAGTGCCTGACATATTC;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=0;TCR=3;TR=3;WE=93732342;WS=93732324;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr5	93987532	rs6891545	C	A	332.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.68;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=5;PP=103;SC=CCTTTGGAAGCCATACATATG;SOR=1.765;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=1;TCR=5;TR=6;WE=93987540;WS=93987522;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr5	93990099	rs11427225	G	GA	123.94	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.043;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.75;ReadPosRankSum=-1.248;SOR=0.654;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,11:0.69:16
chr5	93998112	rs10684163	G	GTTA	2324.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.61;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=5;NR=18;PP=1201;SC=TTTGTGTTTTGTTATTAGTTA;SOR=1.077;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=26;TCF=5;TCR=21;TR=23;WE=93998120;WS=93998102;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr5	94006023	rs7709494	T	C	274.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=8;PP=181;SC=TTCTAAATTTTGGTTGTTTTT;SOR=1.802;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=4;TCR=8;TR=12;WE=94006031;WS=94006013;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr5	94014800	rs1549179	T	A	132.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=5;PP=102;SC=ACACATAGATTCACACACACA;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=5;WE=94014808;WS=94014790;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr5	94022491	rs113089557	TTTAG	T	2078.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.776;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=61.99;MQRankSum=0.558;QD=39.22;ReadPosRankSum=-1.146;SOR=1.573;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,52:0.98:53
chr5	94043353	rs7735924	G	T	2780.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=24;NR=49;PP=1402;SC=AATGAGAGACGGTGCTTGGGG;SOR=1.292;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=74;TCF=24;TCR=50;TR=73;WE=94043361;WS=94043343;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr5	94043430	rs7737187	C	T	718.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=18;PP=461;SC=AATAGAATGACAGAGCAAGAA;SOR=3.014;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=20;TCF=2;TCR=18;TR=20;WE=94043438;WS=94043420;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr5	94046387	rs306573	A	G	324.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=2;PP=196;SC=ATTTTTAACCAACCTGTCTCT;SOR=2.147;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=11;TCF=9;TCR=2;TR=11;WE=94046395;WS=94046377;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr5	94114594	rs255372	T	C	807.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=23;NR=2;PP=640;SC=TTGTTTGTTCTTGGCAGAAAA;SOR=4.255;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=25;TCF=23;TCR=2;TR=25;WE=94114602;WS=94114584;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr5	94203211	rs159034	G	A	263.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=9;PP=214;SC=TAATAAAGTCGTATTCTGCTA;SOR=4.615;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=9;WE=94203219;WS=94203201;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr5	94206957	rs201600301	CT	C	187.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.901;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.75;ReadPosRankSum=0.909;SOR=0.705;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:77,30:0.28:107
chr5	94230358	rs9885412	C	T	1258.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=23;NR=12;PP=683;SC=ACGTACATATCTCTTTAATAT;SOR=1.225;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=35;TCF=23;TCR=12;TR=35;WE=94230366;WS=94230348;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr5	94230572	.	CT	C	35.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.132;ClippingRankSum=-0.000;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=2.55;ReadPosRankSum=1.797;SOR=1.402;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,7:0.50:14
chr5	94353024	rs12658252	T	C	2933.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.718;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=28;PP=1576;ReadPosRankSum=1.480;SC=AAGTTTGTCATAAACACATAA;SOR=1.199;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=81;TCF=52;TCR=29;TR=79;WE=94353032;WS=94353014;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,114:0.98:116
chr5	94619545	rs5869672	G	GC	1585.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=11;PP=524;SC=CTCCGGCCGCGCCACCGGCAC;SOR=0.737;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=2;TCR=11;TR=13;WE=94619553;WS=94619535;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr5	94654187	rs255983	C	T	4678.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=43;NR=57;PP=1762;SC=ATGACCCAAGCACTCATCTAA;SOR=0.869;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=100;TCF=43;TCR=57;TR=100;WE=94654195;WS=94654177;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,183:1.00:183
chr5	94670706	rs148964669	T	TTTTCCTTCCTTCCTTCCTTTCC	456.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.24;QD=45.67;SOR=4.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr5	94728631	rs2546097	G	T	2722.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=50;PP=1482;SC=CACATTAAAAGTAGAATACTT;SOR=1.516;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=68;TCF=18;TCR=50;TR=68;WE=94728639;WS=94728621;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr5	94741741	rs253714	C	A	619.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=12;NR=6;PP=334;SC=TGACATTTCACGGAGTCAGAA;SOR=1.708;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=18;TCF=12;TCR=6;TR=18;WE=94741749;WS=94741731;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr5	94741837	rs253715	A	G	1687.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=20;NR=18;PP=773;SC=CTCCCAAGCTATCTCTTGTCC;SOR=0.756;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=20;TCR=18;TR=38;WE=94741845;WS=94741827;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr5	94741973	rs253716	T	G	893.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=5;NR=16;PP=457;SC=GGAAGGGAAATGAATGGAACT;SOR=1.542;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=5;TCR=16;TR=21;WE=94741981;WS=94741963;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr5	94772540	rs6878669	C	T	8065.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=55;NR=57;PP=2038;SC=AACTGCCAGTCCTGAGCAAAC;SOR=0.724;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=112;TCF=55;TCR=57;TR=112;WE=94772548;WS=94772530;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,195:1.00:195
chr5	94772564	.	A	G	7667.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=43;NR=62;PP=1883;SC=GAATTTAAAGATGGTCCAGGG;SOR=0.956;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=105;TCF=43;TCR=62;TR=105;WE=94772572;WS=94772554;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,177:1.00:177
chr5	94784397	.	AT	A	61.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.203;ClippingRankSum=0.000;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=3.905;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.32;MQRankSum=1.211;QD=2.06;ReadPosRankSum=1.430;SOR=1.863;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,13:0.43:30
chr5	95011426	rs2548125	A	G	690.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=23;PP=567;SC=ACTGACTACTATATAACTACA;SOR=4.977;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=25;TCF=1;TCR=24;TR=24;WE=95011434;WS=95011416;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr5	95018382	rs34895	G	T	3614.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.034;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.539;HP=6;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=34;PP=2021;ReadPosRankSum=0.384;SC=TGTTTCAAAAGAACATGAAAC;SOR=1.163;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=101;TCF=65;TCR=36;TR=98;WE=95018390;WS=95018372;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,131:0.98:134
chr5	95124328	rs3822753	T	G	1771.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=33;NR=6;PP=1009;SC=TGTCACAGTATACTGAAAGCT;SOR=1.981;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=39;TCF=33;TCR=6;TR=39;WE=95124336;WS=95124318;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr5	95159822	rs3756705	G	T	356.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=11;PP=282;SC=CGTGGTCAGGGCTCCGGACTT;SOR=3.611;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=12;TCF=1;TCR=11;TR=12;WE=95159830;WS=95159812;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr5	95192736	rs3079945	CT	C	74.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.107;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FS=4.419;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.14;MQRankSum=1.091;QD=3.40;ReadPosRankSum=0.756;SOR=2.215;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,11:0.50:22
chr5	95224700	.	GAAAA	G	95.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.555;ClippingRankSum=0.000;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=6.576;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.65;MQRankSum=-0.721;QD=3.09;ReadPosRankSum=2.062;SOR=1.512;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,7:0.23:31
chr5	95732986	rs271920	T	C	2341.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=47;NR=21;PP=1470;SC=TTAAAAGTGCTTCAAAATGTT;SOR=1.609;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=68;TCF=47;TCR=21;TR=68;WE=95732994;WS=95732976;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr5	95733112	rs6233	A	G	6650.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.547;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=263;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=70;NR=80;PP=2537;ReadPosRankSum=-1.120;SC=TGAAGTCCCAATTCTTAAAGC;SOR=0.806;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=153;TCF=72;TCR=81;TR=150;WE=95733120;WS=95733102;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,260:0.99:262
chr5	95746355	rs156020	T	G	601.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=18;NR=2;PP=517;SC=AAGTGTGAGTTCTCCCAACTG;SOR=3.611;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=20;TCF=18;TCR=2;TR=20;WE=95746363;WS=95746345;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr5	95761432	.	T	TA	160.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.143;ClippingRankSum=0.000;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.33;ReadPosRankSum=-0.046;SOR=0.616;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:49,20:0.29:69
chr5	95865500	rs13186522	T	C	290.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=5;PP=205;SC=TTGCTGGGCATTCATTCTGTC;SOR=0.859;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=11;TCF=6;TCR=5;TR=11;WE=95865508;WS=95865496;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr5	95865526	rs13161802	G	A	290.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=7;NR=5;PP=230;SC=CCACCCTGTGGAGAGGTGCCT;SOR=0.859;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=12;TCF=7;TCR=5;TR=12;WE=95865534;WS=95865516;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr5	95998024	.	GCTCC	G	31	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;FR=0.5000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MMLQ=20;MQ=60.0;NF=1;NR=1;PP=31;QD=23.0;SC=CGGGCCCTCCGCTCCCTCCCT;SbPval=0.25;Source=Platypus;TC=15;TCF=2;TCR=13;TR=2;WE=95998035;WS=95998014;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:13,2:0.13:15
chr5	96066652	rs151904	C	T	3578.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=32;NR=58;PP=1780;SC=AACCTATCATCTGGCAAAACT;SOR=1.179;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=90;TCF=32;TCR=58;TR=90;WE=96066660;WS=96066642;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,133:1.00:133
chr5	96071780	rs13183352	A	G	593.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=14;NR=0;PP=367;SC=TGTATGATCAATGCTTGTTAA;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=14;TCR=0;TR=14;WE=96071788;WS=96071770;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr5	96076487	rs7724759	G	A	2418.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=24;NR=32;PP=1028;SC=CAGACTCTTCGGTGAGTTTAC;SOR=0.953;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=56;TCF=24;TCR=32;TR=56;WE=96076495;WS=96076477;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr5	96078309	rs26503	G	A	3310.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=53;NR=24;PP=1593;SC=TGGATTGTTCGGGCTCCAGAG;SOR=1.274;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=77;TCF=53;TCR=24;TR=77;WE=96078317;WS=96078299;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr5	96079402	rs26506	C	T	2969.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=32;NR=26;PP=1066;SC=AGCTTTGTGACGGTGAACGCA;SOR=0.782;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=58;TCF=32;TCR=26;TR=58;WE=96079410;WS=96079392;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr5	96086334	rs754615	G	C	3733.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.689;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=38;PP=1588;ReadPosRankSum=1.143;SC=GAGGCTGTGTGTCGGACCTCC;SOR=0.766;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=82;TCF=43;TCR=39;TR=81;WE=96086342;WS=96086324;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,141:0.99:143
chr5	96089658	rs27583	G	A	753.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=20;NR=5;PP=500;SC=AAAAGATAGCGTGTGCCTTTT;SOR=2.753;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=20;TCR=5;TR=25;WE=96089666;WS=96089648;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr5	96101066	rs11399505	T	TA	370.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=86;PP=2954;SC=AATTCACTAATAGTGAAATTT;SOR=1.270;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=88;TCF=1;TCR=87;TR=87;WE=96101074;WS=96101056;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr5	96101944	rs27524	A	G	2203.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=13;NR=42;PP=1218;SC=CTCCTTTACAATAGCATAAAA;SOR=1.863;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=55;TCF=13;TCR=42;TR=55;WE=96101952;WS=96101934;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr5	96101959	rs27525	C	T	1784.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=10;NR=36;PP=1060;SC=ATAAAACATACCATGACTGAC;SOR=2.019;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=46;TCF=10;TCR=36;TR=46;WE=96101967;WS=96101949;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr5	96107202	rs27689	G	T	1387.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=27;NR=9;PP=785;SC=TCACAATATTGTGGCCAGATG;SOR=2.030;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=36;TCF=27;TCR=9;TR=36;WE=96107210;WS=96107192;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr5	96111927	rs142866043	T	TAGCCCATTCATGAAAA	2210.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=11;PP=2954;SC=ATGGTAGCGATAGCCCATTCA;SOR=0.874;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=25;TCF=6;TCR=19;TR=16;WE=96111935;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr5	96112083	rs1065407	T	G	3330.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-1.714;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.078;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=37;PP=1304;ReadPosRankSum=-0.719;SC=AACAGGAACCTGGCAAGGGAG;SOR=0.229;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=79;TCF=40;TCR=39;TR=74;WE=96112091;WS=96112073;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,131:0.97:135
chr5	96117300	rs27043	G	A	1257.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=25;NR=12;PP=697;SC=AGCAGGATAGGCAATTCCTGG;SOR=1.378;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=37;TCF=25;TCR=12;TR=37;WE=96117308;WS=96117290;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr5	96117555	rs61745685	C	T	3297.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-2.128;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=52;PP=1664;ReadPosRankSum=-0.627;SC=CGTCGACAGGCAGGCTATAGA;SOR=0.376;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=88;TCF=35;TCR=53;TR=87;WE=96117563;WS=96117545;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,125:0.99:126
chr5	96118852	rs27044	G	C	3169.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=37;NR=48;PP=1868;SC=AGTAGTAGTTGACTCCGCAGC;SOR=0.922;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=85;TCF=37;TCR=48;TR=85;WE=96118860;WS=96118842;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr5	96119579	.	A	ACT	747	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;FR=1.0000;HP=2;HapScore=1;MGOF=51;MMLQ=26;MQ=60.86;NF=17;NR=2;PP=747;QD=40.5789473684;SC=AATGATTAACACTTTTTAACA;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=18;TCR=2;TR=19;WE=96119587;WS=96119569;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:1,19:0.95:20
chr5	96121370	rs11386832	T	TA	922.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=22;NR=3;PP=858;SC=TAGAAGAACTTAAAGGAAAAC;SOR=3.193;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=28;TCF=22;TCR=6;TR=25;WE=96121378;WS=96121360;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr5	96121715	rs469758	C	T	1676.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=35;PP=918;SC=ATTTGCTCCCCTGCCTGAAGA;SOR=1.503;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=51;TCF=16;TCR=35;TR=51;WE=96121723;WS=96121705;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr5	96122260	rs30379	T	G	1030.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=8;PP=356;SC=GTACCTAAAATAAAGGAGAGG;SOR=0.793;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=18;TCF=10;TCR=8;TR=18;WE=96122268;WS=96122250;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr5	96122281	rs30380	A	C	881.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=8;PP=327;SC=TGGATTGTTCATTTGTTGATT;SOR=0.693;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=8;TCR=8;TR=16;WE=96122289;WS=96122271;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr5	96124330	rs30187	T	C	3970.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=0.951;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=36;PP=1822;ReadPosRankSum=-1.257;SC=GGGAAAACCCTTCTGCAGTGT;SOR=0.966;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=93;TCF=56;TCR=37;TR=91;WE=96124338;WS=96124320;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,155:0.97:159
chr5	96124447	rs30186	G	C	4626.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=0.889;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=61;PP=1993;ReadPosRankSum=-1.130;SC=TAAGAAAAGAGAGAACACCAG;SOR=0.953;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=98;TCF=37;TCR=61;TR=98;WE=96124455;WS=96124437;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,179:0.98:183
chr5	96125910	rs26510	C	T	2699.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.058;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=17;PP=1342;ReadPosRankSum=1.190;SC=TAATCAAGGACCTCAGAAAGT;SOR=1.022;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=69;TCF=51;TCR=18;TR=67;WE=96125918;WS=96125900;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,103:0.97:106
chr5	96126197	rs27710	A	G	3710.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.255;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=40;PP=1691;ReadPosRankSum=-0.657;SC=ATGCAGAGATATTCAAAAACA;SOR=0.253;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=85;TCF=45;TCR=40;TR=84;WE=96126205;WS=96126187;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,139:0.99:140
chr5	96126308	rs27529	A	G	2221.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.223;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=37;PP=1069;ReadPosRankSum=-0.463;SC=ATGCGTCAGCACTAAGATACT;SOR=0.475;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=57;TCF=19;TCR=38;TR=56;WE=96126316;WS=96126298;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,85:0.99:86
chr5	96127905	rs27640	T	C	3913.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=38;NR=64;PP=2071;SC=CCTATTGAGATAGAAAAAAGA;SOR=1.132;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=102;TCF=38;TCR=64;TR=102;WE=96127913;WS=96127895;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,145:1.00:145
chr5	96129512	rs27434	A	G	2150.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=-1.021;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=14;PP=820;ReadPosRankSum=-0.514;SC=ATACCTGGTGAGCCAGTTCAT;SOR=0.385;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=42;TCF=28;TCR=14;TR=41;WE=96129520;WS=96129502;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,81:0.99:82
chr5	96132795	rs998509	G	A	3190.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.050;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=1.915;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=31;PP=1554;ReadPosRankSum=-1.639;SC=GACCCACTGCGCTCAGGCAGA;SOR=1.244;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=90;TCF=58;TCR=32;TR=88;WE=96132803;WS=96132785;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,124:0.97:128
chr5	96139250	rs26653	C	G	3376.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=47;NR=46;PP=2069;SC=TTGCTCCTGACGGGGGTGTTC;SOR=0.693;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=93;TCF=47;TCR=46;TR=93;WE=96139258;WS=96139240;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr5	96215680	rs41506651	C	T	7742.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=293;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=100;NR=84;PP=2965;SC=CTGAGAAGATCGAAGTCTTGG;SOR=0.826;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=184;TCF=100;TCR=84;TR=184;WE=96215688;WS=96215670;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,286:1.00:286
chr5	96219738	.	TTATCTATCTATC	T	2812	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;FR=1.0000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MMLQ=20;MQ=60.86;NF=0;NR=9;PP=2812;QD=20;SC=TAATTTGTTTTTATCTATCTA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=1;TCR=21;TR=9;WE=96219757;WS=96219728;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:13,9:0.41:22
chr5	96222627	rs13189819	G	A	493.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=13;PP=325;SC=AAAAAACTAAGTTAAAAATTA;SOR=3.383;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=2;TCR=13;TR=15;WE=96222635;WS=96222617;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr5	96230858	rs3832368	T	TA	193.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=11;HapScore=2;MGOF=48;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;NF=9;NR=1;PP=146;SC=TCCTAACTAATAAAAAAAAAG;SOR=2.833;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=9;TCR=1;TR=10;WE=96230866;WS=96230854;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr5	96230883	rs371137761	A	ATT	909.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=8;NR=4;PP=481;SC=TAACTATTGTATTTTTTGCTA;SOR=1.302;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=14;TCF=10;TCR=4;TR=12;WE=96230891;WS=96230873;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr5	96231000	rs2549782	G	T	3088.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=38;NR=30;PP=1168;SC=TTTGGCTTAAGGAGGGTTTTG;SOR=0.871;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=68;TCF=38;TCR=30;TR=68;WE=96231008;WS=96230990;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr5	96232142	rs2548538	T	A	3333.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.46;SOR=0.976;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr5	96232222	rs2548537	G	C	2734.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=50;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=34;NR=44;PP=1161;SC=GTAAATATCAGGTGCAGGTGG;SOR=0.869;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=78;TCF=34;TCR=44;TR=78;WE=96232230;WS=96232212;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr5	96232250	rs34701361	G	GAAA	3761.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=47;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQ=60.12;NF=4;NR=35;PP=2181;SC=GCTTTCAGAAGTGTAATAATG;SOR=1.039;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=43;TCF=4;TCR=39;TR=39;WE=96232258;WS=96232240;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr5	96232286	rs2549785	C	T	1294.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=72;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=9;NR=30;PP=896;SC=GTTTAAGTCACTGGTGCCAGT;SOR=1.765;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=39;TCF=9;TCR=30;TR=39;WE=96232294;WS=96232276;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
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chr5	96237114	rs187265	C	G	1224.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=23;NR=6;PP=711;SC=GTTCCCCAAGCCTTGTTTCTG;SOR=1.900;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=23;TCR=6;TR=29;WE=96237122;WS=96237104;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr5	96237326	rs2287988	G	A	2584.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.694;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=41;PP=1227;ReadPosRankSum=-1.031;SC=GACTGCAACAGGAGCGCTTCC;SOR=1.037;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=71;TCF=29;TCR=42;TR=67;WE=96237334;WS=96237316;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,99:0.98:101
chr5	96237413	rs171647	C	T	814.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-1.968;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=20;PP=506;ReadPosRankSum=-0.626;SC=TTAGGTCTAGCTTACCTCATC;SOR=0.610;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=31;TCF=10;TCR=21;TR=30;WE=96237421;WS=96237403;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,32:0.97:33
chr5	96239294	rs1423568	A	G	1421.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=33;PP=1015;SC=GACTTCATGCAAAATAACTGA;SOR=1.656;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=48;TCF=15;TCR=33;TR=47;WE=96239302;WS=96239284;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr5	96244549	rs2549794	C	T	1022.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=27;NR=6;PP=753;SC=AACTGAATGGCCCAGCTATAA;SOR=2.649;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=27;TCR=6;TR=33;WE=96244557;WS=96244539;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr5	96244585	rs2548527	A	C	1754.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=40;NR=12;PP=1173;SC=ATTGTTCTCTATTTCATATTT;SOR=2.080;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=53;TCF=40;TCR=13;TR=52;WE=96244593;WS=96244575;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr5	96244638	rs2549795	A	G	4742.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=76;NR=43;PP=2609;SC=ATATGCACAAACCACTGACAT;SOR=1.218;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=119;TCF=76;TCR=43;TR=119;WE=96244646;WS=96244628;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,176:1.00:176
chr5	96245343	rs2549796	C	T	3802.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=47;NR=45;PP=1681;SC=GTGACAAGGGCTCAGTCTGGG;SOR=0.721;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=92;TCF=47;TCR=45;TR=92;WE=96245351;WS=96245333;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,144:1.00:144
chr5	96245439	rs1056893	C	T	2178.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.772;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=38;PP=1054;ReadPosRankSum=-0.899;SC=AACTCTTCTCCCAGTGGATGG;SOR=1.275;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=57;TCF=19;TCR=38;TR=57;WE=96245447;WS=96245429;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,84:0.98:86
chr5	96245518	rs2549797	A	G	721.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=16;PP=506;SC=TTTGATGTAAAAGTCTTTGAT;SOR=1.893;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=5;TCR=16;TR=21;WE=96245526;WS=96245508;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr5	96249115	rs2255546	C	T	4883.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-2.050;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=61;PP=2011;ReadPosRankSum=1.942;SC=GGGGCAGCAACTAGCATGGGA;SOR=0.259;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=115;TCF=53;TCR=62;TR=114;WE=96249123;WS=96249105;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,188:0.99:189
chr5	96329857	rs27304	G	T	169.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=6;PP=136;SC=GATGTTTGACGTTACAGGTTA;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=6;WE=96329865;WS=96329847;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr5	96332085	rs3836862	TC	T	6709.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.662;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQ=60.03;MQRankSum=0.034;NF=18;NR=58;PP=2467;ReadPosRankSum=1.020;SC=TTGTTTTCTCTCCCCCCAGTG;SOR=0.712;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=79;TCF=20;TCR=59;TR=76;WE=96332093;WS=96332075;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,216:0.99:218
chr5	96339102	rs3214461	AC	A	905.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=33.55;SOR=1.519;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr5	96339273	rs27613	T	G	1369.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=10;NR=22;PP=577;SC=GGTAATTTATTTAGCTCTTAC;SOR=1.358;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=10;TCR=22;TR=32;WE=96339281;WS=96339263;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr5	96342077	rs3835054	TA	T	267.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.740;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.45;MQRankSum=0.567;QD=12.75;ReadPosRankSum=-0.348;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,19:0.90:21
chr5	96363407	rs27300	C	T	3645.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=44;NR=48;PP=1785;SC=GCTGCCTAATCTTTTTGCTCT;SOR=0.768;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=92;TCF=44;TCR=48;TR=92;WE=96363415;WS=96363397;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,137:1.00:137
chr5	96364063	rs27712	C	T	3355.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=45;NR=30;PP=1398;SC=TGAGGTTTATCGTCCTTTTCT;SOR=0.971;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=75;TCF=45;TCR=30;TR=75;WE=96364071;WS=96364053;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chr5	96507204	rs2432090	T	C	278.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=7;PP=175;SC=ATGCTGTGTATCCCCAGCAGC;SOR=2.303;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=2;TCR=7;TR=9;WE=96507212;WS=96507194;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr5	96512865	rs2548319	T	A	2671.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.53;SOR=1.071;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr5	96512871	rs2544772	T	A	2735.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.13;SOR=1.143;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr5	96513627	rs112606258	A	T	658.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.631;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.385;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=17;PP=437;ReadPosRankSum=-1.093;SC=TCAAGTCATAAGAAAGATTTA;SOR=2.215;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=22;TCF=4;TCR=18;TR=20;WE=96513635;WS=96513617;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,25:0.93:27
chr5	98109838	rs2662263	A	C	1933.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=20;NR=22;PP=685;SC=GCAGCGCCGCAGCCCCGGGCT;SOR=0.776;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=42;TCF=20;TCR=22;TR=42;WE=98109846;WS=98109828;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr5	98109985	rs2545730	G	A	227.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=7;PP=173;SC=AGGTCTCGAAGGCGCTCGCCG;SOR=2.833;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=8;WE=98109993;WS=98109975;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr5	98205326	.	GCACA	G	43.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.967;ClippingRankSum=-0.000;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=14.58;ReadPosRankSum=-0.967;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,2:0.67:3
chr5	101592742	rs174414	T	C	325.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=8;NR=0;PP=183;SC=TTTCTCACCATTTAAGAAAAC;SOR=4.977;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=8;TCR=0;TR=8;WE=101592750;WS=101592732;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr5	101592809	rs261101	T	A	1750.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=36;NR=9;PP=1021;SC=AAGCACTGAATTGTATTTACC;SOR=2.019;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=46;TCF=36;TCR=10;TR=45;WE=101592817;WS=101592799;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr5	101593486	rs398228	C	A	107.28	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=35.76;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr5	101593487	rs416734	T	G	107.28	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=35.76;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr5	101593522	rs11746537	C	T	120.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=2;PP=79;SC=CAGGGTTTCACCATGTTGGCC;SOR=1.022;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=5;TCF=3;TCR=2;TR=5;WE=101593530;WS=101593512;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr5	101595792	rs113859065	GTA	G	762.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=7;NR=4;PP=366;SC=GGTTGTATTTGTATATATATA;SOR=1.402;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=7;TCR=4;TR=11;WE=101595801;WS=101595782;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr5	101595885	rs148885155	T	TGA	1824.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.61;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=0;NR=14;PP=707;SC=TGTATGAGACTGAGAGAGAGA;SOR=0.963;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=0;TCR=14;TR=14;WE=101595893;WS=101595875;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr5	101606518	rs33922930	G	GA	618.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.876;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=6.617;HP=9;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.449;NF=2;NR=22;PP=479;ReadPosRankSum=-2.050;SC=TGTCTTTGTGGAAAAAAAAAT;SOR=2.694;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=28;TCF=3;TCR=25;TR=24;WE=101606526;WS=101606508;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,31:0.89:35
chr5	101627411	rs2600824	C	T	342.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=4;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=8;PP=217;SC=TCTTTTTTTTCTTAAAATGTA;SOR=2.670;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=10;TCF=1;TCR=9;TR=9;WE=101627419;WS=101627392;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr5	101631592	rs3114659	A	G	2921.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=55;NR=30;PP=1566;SC=CCCGAGCCTCAAGCGGGCGCT;SOR=1.350;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=85;TCF=55;TCR=30;TR=85;WE=101631600;WS=101631582;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr5	101631790	rs10479190	T	G	3985.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.488;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=1.821;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=58;PP=2116;ReadPosRankSum=-1.007;SC=GAGATGGCTCTGGTGACTTCT;SOR=0.754;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=101;TCF=43;TCR=58;TR=100;WE=101631798;WS=101631780;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:5,151:0.97:156
chr5	101724448	rs10055840	G	C	1299.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=23;NR=11;PP=665;SC=ACAACGTCCTGTGTGTCCACA;SOR=1.225;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=23;TCR=11;TR=34;WE=101724456;WS=101724438;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr5	101726648	rs6874612	C	A	452.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=10;NR=3;PP=281;SC=TATCAAAAAACATTTTGATGT;SOR=1.739;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=10;TCR=3;TR=13;WE=101726656;WS=101726638;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr5	101726770	rs10073892	T	C	1529.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=15;NR=16;PP=620;SC=ATAGCAATGATATAATCAGCA;SOR=0.693;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=31;TCF=15;TCR=16;TR=31;WE=101726778;WS=101726760;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr5	101726851	rs1452065	A	G	677.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=6;NR=13;PP=326;SC=TGGTGCATCAATTGTACTAAG;SOR=1.302;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=6;TCR=13;TR=19;WE=101726859;WS=101726841;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr5	101795490	rs11746217	A	G	2042.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.195;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=21.50;ReadPosRankSum=-0.045;SOR=0.714;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,93:0.98:95
chr5	101795556	rs11749193	G	A	533.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=0.754;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=36;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=23;PP=607;ReadPosRankSum=1.638;SC=CAAACAGAGTGGAGAAAGTGA;SOR=0.941;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=30;TCF=5;TCR=25;TR=27;WE=101795564;WS=101795546;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,19:0.95:20
chr5	101811346	rs4703232	T	C	610.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=17;NR=2;PP=420;SC=CTATGGTAGCTATTTAGTAAG;SOR=3.258;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=19;TCF=17;TCR=2;TR=19;WE=101811354;WS=101811336;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr5	101816228	rs10041652	G	A	425.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=13;PP=352;SC=ATTACATGATGTAAGTTTATT;SOR=3.126;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=2;TCR=13;TR=15;WE=101816236;WS=101816218;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr5	102363858	rs26433	C	T	665.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.62;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=9;NR=3;PP=232;SC=GACTGGGACTCATTTTGAAAT;SOR=1.519;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=12;TCF=9;TCR=3;TR=12;WE=102363866;WS=102363848;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr5	102364542	rs2067133	A	AAT	2617.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=11;NR=14;PP=1309;SC=AAGGTAACAGACATTGCTGCA;SOR=1.123;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=27;TCF=13;TCR=14;TR=25;WE=102364550;WS=102364532;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr5	102484797	rs138096296	TAC	T	114.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.207;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.539;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=1;PP=49;ReadPosRankSum=0.325;SC=GTCTGTTGGTTACACACACAC;SOR=0.160;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=14;TCF=10;TCR=4;TR=3;WE=102484806;WS=102484787;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,6:0.29:21
chr5	102512570	rs11408825	C	CA	1938.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=7;NR=18;PP=1093;SC=GTTTAAAGACCATGATTCTCA;SOR=0.808;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=26;TCF=7;TCR=19;TR=25;WE=102512578;WS=102512560;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr5	102537200	rs154290	T	G	551.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=11;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=5;PP=292;SC=ATAGTTTTTTTTTTTTGTTTT;SOR=1.402;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=11;TCR=5;TR=16;WE=102537208;WS=102537190;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr5	102886822	.	G	GT	77.76	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.063;ClippingRankSum=-0.000;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=4.86;ReadPosRankSum=2.636;SOR=0.593;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,9:0.56:16
chr5	102894673	rs34468716	T	C	6435.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.416;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=255;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=91;NR=57;PP=2957;ReadPosRankSum=1.723;SC=TCAGCAGCAATAGGATCTATA;SOR=0.540;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=151;TCF=93;TCR=58;TR=148;WE=102894681;WS=102894663;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,243:0.99:246
chr5	103978969	rs33818	T	C	755.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=23;NR=2;PP=636;SC=AGTGGGGATGTCTTAATCAGA;SOR=4.174;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=25;TCF=23;TCR=2;TR=25;WE=103978977;WS=103978959;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr5	107006446	rs35553	T	G	1026.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=2;NR=26;PP=699;SC=AAAATGAAAGTGGGCGAGAAA;SOR=3.675;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=28;TCF=2;TCR=26;TR=28;WE=107006454;WS=107006436;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr5	107684324	rs1862195	C	T	1418.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=39;PP=1074;SC=AAAATAACCACGTCAGAGTTA;SOR=3.611;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=44;TCF=5;TCR=39;TR=44;WE=107684332;WS=107684314;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr5	108168451	rs376837075	CT	C	261.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.852;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.11;MQRankSum=1.415;QD=2.94;ReadPosRankSum=-0.540;SOR=0.846;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:53,36:0.40:89
chr5	108203451	rs34195313	G	GT	534.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.214;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FS=13.029;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.49;ReadPosRankSum=-0.389;SOR=0.166;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:73,46:0.39:119
chr5	108207648	.	C	T	145.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=0;PP=145;SC=ATTTTGAAACCCAGGATTTAG;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=6;WE=108207656;WS=108207646;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr5	108290403	.	G	GT	136.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.108;ClippingRankSum=0.000;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=9.558;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.15;MQRankSum=1.732;QD=2.01;ReadPosRankSum=1.742;SOR=0.129;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:52,16:0.24:68
chr5	108516629	rs6594349	A	G	1983.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=17;NR=38;PP=1127;SC=TTTTTTTTTTAATGGTAAAAA;SOR=1.503;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=55;TCF=17;TCR=38;TR=55;WE=108516637;WS=108516608;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr5	108672946	rs246105	C	T	1525.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.62;BaseQRankSum=0.975;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=8;PP=602;ReadPosRankSum=-1.114;SC=GGTGCTTCTGCAATACTGTCA;SOR=1.217;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=21;TCR=8;TR=29;WE=108672954;WS=108672936;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,59:0.97:61
chr5	108691730	rs200235653	G	GA	129.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.384;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FS=5.583;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.10;MQRankSum=1.667;QD=1.44;ReadPosRankSum=1.102;SOR=0.662;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:70,20:0.22:90
chr5	109202725	rs1047004	A	G	4673.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.719;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=73;PP=2414;ReadPosRankSum=-0.896;SC=TTGGATTGAGAATCATTGGCT;SOR=0.972;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=126;TCF=53;TCR=73;TR=126;WE=109202733;WS=109202715;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,176:0.99:178
chr5	110407273	rs368718795	CT	C	51.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.635;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=4.042;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.25;MQRankSum=1.614;QD=1.40;ReadPosRankSum=-1.382;SOR=0.204;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,10:0.27:37
chr5	110430488	rs17623144	C	G	115.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=0;PP=58;SC=AAATTAGTGTCAGTAAGTGTC;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=3;TCR=0;TR=3;WE=110430496;WS=110430478;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr5	110448751	.	ATT	A	404.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.049;ClippingRankSum=0.000;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=62.72;MQRankSum=0.000;QD=17.60;ReadPosRankSum=0.244;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,19:0.83:23
chr5	110679657	rs446176	C	G	1765.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=35;NR=19;PP=1059;SC=CACTTATTTTCAAGCTTTCCC;SOR=1.306;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=54;TCF=35;TCR=19;TR=54;WE=110679665;WS=110679647;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr5	110679873	rs387238	G	A	1626.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=10;NR=27;PP=812;SC=CTGATTTGAAGAACAAAGGGG;SOR=1.532;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=37;TCF=10;TCR=27;TR=37;WE=110679881;WS=110679863;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr5	110710360	rs306067	G	C	1025.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=22;NR=5;PP=620;SC=CTGGCTGTATGTTACGTCAGA;SOR=2.115;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=27;TCF=22;TCR=5;TR=27;WE=110710368;WS=110710350;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr5	110710699	rs5870446	A	AG	2424.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=34;PP=1539;SC=GATAATGAGAAGGGATTCTCC;SOR=1.134;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=41;TCF=5;TCR=36;TR=39;WE=110710707;WS=110710689;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr5	110712491	rs306129	A	G	1223.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=25;NR=9;PP=708;SC=TAGCCATAGTATTAGCTATTT;SOR=1.775;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=34;TCF=25;TCR=9;TR=34;WE=110712499;WS=110712481;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr5	110730557	rs523389	C	T	1088.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=21;PP=580;SC=AAGAAATGCGCATCTGTGATA;SOR=1.347;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=31;TCF=10;TCR=21;TR=31;WE=110730565;WS=110730547;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr5	110782634	rs34007984	T	G	866.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=24;PP=633;SC=TTGGAAGTTTTTGCTCTTTCC;SOR=3.841;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=26;TCF=2;TCR=24;TR=26;WE=110782642;WS=110782624;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr5	110784822	rs2116824	A	G	2481.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=36;NR=28;PP=1182;SC=TTCTTGTGTTATTAGCTGATT;SOR=0.896;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=64;TCF=36;TCR=28;TR=64;WE=110784830;WS=110784812;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr5	110819753	rs25925	G	C	678.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.147;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=3;PP=374;ReadPosRankSum=1.371;SC=TGGCCTCTTCGCGCCTGGGAA;SOR=0.880;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=18;TCF=15;TCR=3;TR=17;WE=110819761;WS=110819743;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,25:0.96:26
chr5	110840744	rs11454826	G	GA	212.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.018;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FS=2.781;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.06;MQRankSum=1.853;QD=1.40;ReadPosRankSum=-0.222;SOR=0.448;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:122,30:0.20:152
chr5	111070298	rs3756605	T	G	198.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=0;PP=89;SC=GAATTGTTGATACTATTTAGT;SOR=2.584;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=4;TCR=0;TR=4;WE=111070306;WS=111070288;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr5	111071106	rs3797722	T	A	834.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=24;NR=1;PP=567;SC=GTGTTAACAATATGGCATCTA;SOR=4.407;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=25;TCF=24;TCR=1;TR=25;WE=111071114;WS=111071102;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr5	111312546	rs10515439	T	C	1516.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=12;NR=24;PP=745;SC=CCCATTCTGATTGTCCAATGT;SOR=1.199;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=36;TCF=12;TCR=24;TR=36;WE=111312554;WS=111312536;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr5	111479750	rs62372418	T	C	925.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=9;NR=23;PP=709;SC=ATAAACTGCCTTCAGAAACAG;SOR=1.819;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=9;TCR=23;TR=32;WE=111479758;WS=111479740;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr5	111497358	rs3816657	T	G	5609.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.711;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=66;PP=2391;ReadPosRankSum=-1.022;SC=CTGCTAGCCTTAAGTGTATGG;SOR=0.833;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=119;TCF=52;TCR=67;TR=117;WE=111497366;WS=111497348;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,212:0.99:214
chr5	111500816	.	C	CTAAAA	2154	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;FR=1.0000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=0;NR=36;PP=2154;QD=61.0277777778;SC=CATTTCTTCTCTAAAATATAT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=46;TCF=0;TCR=46;TR=36;WE=111500832;WS=111500806;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:10,36:0.78:46
chr5	111500822	.	T	TAAA	2203.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.575;ClippingRankSum=0.000;DP=98;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.76;ReadPosRankSum=0.180;SOR=1.153;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,87:0.98:89
chr5	111500824	.	T	C	1042	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;FR=1.0000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=19;NR=37;PP=1042;QD=19.2280573669;SC=CTCTAAAATATATTTGAAAAA;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=58;TCF=20;TCR=38;TR=56;WE=111500832;WS=111500806;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:2,56:0.97:58
chr5	111500824	rs33929905	T	TAC	2203.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.628;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.76;ReadPosRankSum=-0.014;SOR=1.153;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,87:0.98:89
chr5	111504479	rs7703522	C	T	7189.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.673;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=279;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=81;NR=94;PP=2965;ReadPosRankSum=0.291;SC=ATCCGAAGAACGGGTCACCGG;SOR=0.815;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=175;TCF=81;TCR=94;TR=175;WE=111504487;WS=111504469;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,276:0.99:278
chr5	111505885	rs1560052	T	G	564.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=13;NR=2;PP=370;SC=CCTAGTTTTGTTTAAAATGTA;SOR=2.419;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=13;TCR=2;TR=15;WE=111505893;WS=111505875;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr5	111506069	rs10040749	G	A	2763.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.83;SOR=0.712;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr5	111519740	rs1560058	T	C	4333.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=57;NR=40;PP=2097;SC=GGATCGCCTGTTGTTGGGGTC;SOR=0.914;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=97;TCF=57;TCR=40;TR=97;WE=111519748;WS=111519730;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,158:1.00:158
chr5	111530284	rs7719346	A	G	1438.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=19;NR=24;PP=720;SC=TTTTTCCGGTATTCTCTATTA;SOR=1.022;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=43;TCF=19;TCR=24;TR=43;WE=111530292;WS=111530274;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr5	111545670	rs890757	C	G	1397.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=17;NR=14;PP=510;SC=CCTACTGATGCTGTTTGATTC;SOR=0.804;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=17;TCR=14;TR=31;WE=111545678;WS=111545660;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr5	111611076	rs12521830	A	G	515.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=8;PP=253;SC=ATTTAATACCAAAATACAAAG;SOR=1.127;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=13;TCF=5;TCR=8;TR=13;WE=111611084;WS=111611066;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr5	112119462	.	CA	C	86.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.810;ClippingRankSum=0.000;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=4.593;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.34;ReadPosRankSum=0.077;SOR=1.942;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,12:0.60:20
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chr5	112164561	rs351771	G	A	1508.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=24;NR=16;PP=754;SC=AGGTTATTGCGAGTGTTTTGA;SOR=0.997;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=40;TCF=24;TCR=16;TR=40;WE=112164569;WS=112164551;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr5	112175770	rs41115	G	A	5599.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.877;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=81;NR=67;PP=2965;ReadPosRankSum=1.517;SC=ATTTTGCCACGGAAAGTACTC;SOR=0.846;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=154;TCF=85;TCR=69;TR=148;WE=112175778;WS=112175760;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,209:0.99:211
chr5	112176325	rs42427	G	A	2971.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=35;NR=47;PP=1783;SC=TTAGAGGAGGGGCACAGTCAG;SOR=0.967;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=83;TCF=35;TCR=48;TR=82;WE=112176333;WS=112176315;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr5	112176559	rs866006	T	G	4210.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.848;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=50;PP=2003;ReadPosRankSum=1.761;SC=CATCTGCGTCTTCTTCTGCAC;SOR=0.783;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=108;TCF=58;TCR=50;TR=108;WE=112176567;WS=112176549;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,161:0.99:163
chr5	112176756	rs459552	T	A	2498.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=31;NR=25;PP=1421;SC=AATTCCAAGGTCTTCAATGAT;SOR=0.832;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=56;TCF=31;TCR=25;TR=56;WE=112176764;WS=112176746;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr5	112177171	rs465899	G	A	6782.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.685;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=259;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.410;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=88;NR=103;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.690;SC=AAAATACTCCGGTTTGCTTTT;SOR=0.527;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=194;TCF=89;TCR=105;TR=191;WE=112177179;WS=112177161;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,249:1.00:250
chr5	112196949	rs460137	A	C	1788.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=25;NR=15;PP=730;SC=GCGGACGCGGAACCATTTCTT;SOR=1.054;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=25;TCR=15;TR=40;WE=112196957;WS=112196939;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr5	112197986	rs431287	A	T	217.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=0;PP=105;SC=TCAATCAGAAAGAGGAGTAGG;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=5;TCR=0;TR=5;WE=112197994;WS=112197979;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr5	112198015	rs372492	A	G	368.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=7;NR=1;PP=179;SC=CAGTCTGATTAGTTGCTCGAG;SOR=2.147;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=7;TCR=1;TR=8;WE=112198023;WS=112198005;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr5	112198071	rs112093457	AAGG	A	1807.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=9;NR=10;PP=929;SC=CACGCAGAAAAAGGAGGGGTT;SOR=1.206;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=19;TCF=9;TCR=10;TR=19;WE=112198081;WS=112198061;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr5	112200098	rs351767	A	G	199.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=6;NR=1;PP=147;SC=ACCCAACACTATGGCAGTGTC;SOR=2.584;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=6;TCR=1;TR=7;WE=112200106;WS=112200088;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr5	112217636	.	G	GT	56.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=-0.637;ClippingRankSum=-0.000;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.9772;FS=0.000;HP=14;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=2;PP=40;ReadPosRankSum=0.060;SC=TAATTTTTGTGTTTTTTTTTT;SOR=0.368;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=5;TCF=2;TCR=3;TR=4;WE=112217644;WS=112217626;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,6:0.67:9
chr5	112238300	rs5870516	GA	G	326.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=7;PP=272;SC=CCTGTCCTCTGATACCACTGA;SOR=3.056;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=7;WE=112238308;WS=112238290;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr5	112257242	rs33570	G	C	75.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=18.76;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr5	112312528	rs33556	T	C	4980.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-2.269;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.908;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=81;NR=54;PP=2605;ReadPosRankSum=0.626;SC=TGCCGCGGCTTCCTCGGCTGC;SOR=0.192;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=138;TCF=83;TCR=55;TR=135;WE=112312536;WS=112312518;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,186:0.99:188
chr5	112312676	rs33555	T	C	9086.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=332;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=89;NR=107;PP=2965;SC=CCTGGACGATTTCTGCAGGTA;SOR=0.774;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=197;TCF=89;TCR=108;TR=196;WE=112312684;WS=112312666;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,331:1.00:331
chr5	112312736	rs33554	G	C	4675.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.866;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=75;PP=2227;ReadPosRankSum=2.517;SC=TCAGTTTCGCGGACCCCCAGA;SOR=0.897;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=131;TCF=56;TCR=75;TR=131;WE=112312744;WS=112312726;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,181:0.99:183
chr5	112321488	rs33543	A	G	2674.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.188;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=20;PP=1635;ReadPosRankSum=-0.666;SC=ATAAATCGTTATAGTTTGTAA;SOR=0.932;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=76;TCF=56;TCR=20;TR=75;WE=112321496;WS=112321478;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,92:0.99:93
chr5	112328267	rs3733968	C	T	1050.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=22;NR=7;PP=541;SC=AAATTATTGGCGATAACAGTT;SOR=2.073;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=22;TCR=7;TR=29;WE=112328275;WS=112328257;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr5	112328377	rs3733969	A	G	2139.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=28;NR=29;PP=1127;SC=AGGTACTACTAGTTCAGGGGT;SOR=0.693;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=57;TCF=28;TCR=29;TR=57;WE=112328385;WS=112328367;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr5	112339811	rs62364373	A	G	1245.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=8;NR=30;PP=812;SC=TCAGAAATTTAGATCATTTGG;SOR=2.356;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=38;TCF=8;TCR=30;TR=38;WE=112339819;WS=112339801;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr5	112343544	rs2052484	G	A	218.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.61;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=1;PP=109;SC=TAAAAACTTGGTTCAACCAGC;SOR=2.833;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=5;TCR=1;TR=6;WE=112343552;WS=112343534;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr5	112346432	rs61417979	GTT	G	713.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.612;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=23.02;ReadPosRankSum=-1.053;SOR=0.963;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,29:0.94:31
chr5	112349070	rs9326869	T	C	3871.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=45;NR=40;PP=1343;SC=TAGAACATGCTGAGGGACAGC;SOR=0.773;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=85;TCF=45;TCR=40;TR=85;WE=112349078;WS=112349060;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,154:1.00:154
chr5	112379083	rs4627978	A	G	1024.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=26;NR=11;PP=720;SC=TGGCACCAACAGGCCTTCTCC;SOR=1.788;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=26;TCR=11;TR=37;WE=112379103;WS=112379073;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr5	112379095	rs4277906	T	C	1198.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=25;NR=13;PP=792;SC=GCCTTCTCCATTTCTGGCTTC;SOR=1.508;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=25;TCR=13;TR=38;WE=112379103;WS=112379073;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr5	112384802	rs6594664	G	A	3198.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=45;NR=27;PP=1373;SC=TGCCAGGTTTGTCTTTGCTGC;SOR=1.022;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=73;TCF=45;TCR=28;TR=72;WE=112384810;WS=112384792;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr5	112389747	rs4705536	C	G	1105.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=12;NR=20;PP=517;SC=TCCACATTCCCTCTCCCCAGT;SOR=1.179;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=32;TCF=12;TCR=20;TR=32;WE=112389755;WS=112389737;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr5	112399934	rs10477486	C	G	1770.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=19;NR=31;PP=1013;SC=AGGGACTATGCATAATTAACT;SOR=1.162;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=50;TCF=19;TCR=31;TR=50;WE=112399942;WS=112399924;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr5	112406702	rs6888031	T	C	831.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=174;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=11;NR=5;PP=262;SC=ATATGCCTTCTAAAAGCCTAT;SOR=1.493;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=11;TCR=5;TR=16;WE=112406710;WS=112406692;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr5	112406718	rs4705771	A	G	890.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=197;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=12;NR=6;PP=298;SC=CCTATTTCCTACTTTTATTCT;SOR=1.179;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=18;TCF=12;TCR=6;TR=18;WE=112406726;WS=112406708;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr5	112406785	rs149928825	G	GCCTCGCGCTGTCTT	2252.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-1.669;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=9;PP=2971;ReadPosRankSum=-1.362;SC=CCCAGTGTGTGCCTACCTGTA;SOR=0.242;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=12;TCF=3;TCR=9;TR=11;WE=112406793;WS=112406775;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,41:0.98:42
chr5	112406862	rs2227950	G	A	1187.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.62;BaseQRankSum=-0.638;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=93;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.327;NF=11;NR=12;PP=398;ReadPosRankSum=0.677;SC=TCATCCTCTCGGCATTGCTTT;SOR=0.368;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=25;TCF=12;TCR=13;TR=23;WE=112406870;WS=112406852;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,50:0.94:53
chr5	112419935	rs62374684	A	C	1038.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=19;PP=429;SC=ACCACTCCTCAGATAAACTGT;SOR=1.501;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=28;TCF=9;TCR=19;TR=28;WE=112419943;WS=112419925;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr5	112437714	rs28673913	G	A	1520.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=13;NR=32;PP=972;SC=AAAATAGGCTGAACAGGAATA;SOR=1.609;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=45;TCF=13;TCR=32;TR=45;WE=112437722;WS=112437704;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr5	112439941	rs6594681	T	C	2160.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=30;NR=27;PP=1147;SC=CTCAATGTGCTTGTCCACCTC;SOR=0.693;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=57;TCF=30;TCR=27;TR=57;WE=112439949;WS=112439931;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr5	112440142	rs6869399	T	C	399.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=10;PP=206;SC=GGTAATGGGATGGCAATGGAG;SOR=2.049;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=2;TCR=10;TR=12;WE=112440150;WS=112440132;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr5	112479004	rs2227949	T	C	3731.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=40;NR=44;PP=1431;SC=CATAGCGAAGTGTCGTTCGCT;SOR=0.735;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=84;TCF=40;TCR=44;TR=84;WE=112479012;WS=112478994;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,143:1.00:143
chr5	112823998	rs348943	C	T	6746.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=0.506;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=270;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.309;NF=70;NR=74;PP=2663;ReadPosRankSum=-0.940;SC=GCCGCATCCTCTCCTCCTCGC;SOR=0.716;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=146;TCF=71;TCR=75;TR=144;WE=112824006;WS=112823988;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,261:0.99:263
chr5	112824039	rs348942	T	C	5063.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=0.671;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.363;NF=63;NR=67;PP=2237;ReadPosRankSum=-0.981;SC=CTGCTGCTGCTGCTGCCGCTG;SOR=0.714;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=131;TCF=63;TCR=68;TR=130;WE=112824056;WS=112824029;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,192:0.99:194
chr5	112824048	.	T	TGCC	2847.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=2.040;ClippingRankSum=0.000;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=1.234;HP=1;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.094;NF=6;NR=62;PP=2988;ReadPosRankSum=1.654;SC=CTGCTGCCGCTGCCGCCGCCG;SOR=1.003;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=78;TCF=7;TCR=71;TR=68;WE=112824056;WS=112824029;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,121:0.90:134
chr5	112929116	rs148546180	C	T	2367.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=18;NR=33;PP=973;SC=TGAGTATTGGCAGTATTTGTG;SOR=1.038;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=51;TCF=18;TCR=33;TR=51;WE=112929124;WS=112929106;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr5	113822205	rs12719181	C	T	414.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=12;NR=2;PP=284;SC=ACGTAGACTCCGTCAGTTAAT;SOR=2.985;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=15;TCF=12;TCR=3;TR=14;WE=113822213;WS=113822195;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr5	113829121	rs1841251	A	G	3366.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.793;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=45;PP=1771;ReadPosRankSum=-0.731;SC=TAAAAATGGAACAGAGGAAAC;SOR=0.791;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=88;TCF=42;TCR=46;TR=86;WE=113829129;WS=113829111;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,126:0.98:128
chr5	114462355	rs2974617	C	T	5319.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=64;NR=66;PP=2489;SC=TCATAGAAATCTACTTTGCCT;SOR=0.734;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=130;TCF=64;TCR=66;TR=130;WE=114462363;WS=114462345;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,198:1.00:198
chr5	114462589	rs2921623	A	C	2343.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=19;NR=39;PP=1281;SC=TATCTTCAACAATAGATCTAA;SOR=1.302;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=58;TCF=19;TCR=39;TR=58;WE=114462597;WS=114462579;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr5	114573873	rs7706217	A	T	36.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=18.37;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr5	114605498	.	T	TA	120.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.574;ClippingRankSum=0.000;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.46;MQRankSum=2.265;QD=2.94;ReadPosRankSum=0.775;SOR=0.518;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,12:0.29:41
chr5	114611356	rs267295	A	C	257.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=8;PP=213;SC=ATTAACCCTTAATTTTCCATC;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=8;WE=114611364;WS=114611346;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr5	114632012	rs78780834	C	G	183.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=5;NR=2;PP=97;SC=AGGCCCCGAGCAGGGGAGGCG;SOR=1.863;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=7;TCF=5;TCR=2;TR=7;WE=114632020;WS=114632002;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr5	114632423	rs3111171	C	T	110.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=22.18;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr5	115176589	rs26536	A	G	3152.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=51;NR=37;PP=1512;SC=TTCATTCTGCATAAGAATTTG;SOR=1.004;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=88;TCF=51;TCR=37;TR=88;WE=115176597;WS=115176579;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr5	115177668	rs144226661	G	GAGGC	222.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.237;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=13.018;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.64;ReadPosRankSum=-0.521;SOR=0.041;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,9:0.19:48
chr5	115188660	rs152368	A	G	2019.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=25;NR=20;PP=834;SC=GTGACCATATATTCTCATTTC;SOR=0.801;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=45;TCF=25;TCR=20;TR=45;WE=115188668;WS=115188650;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr5	115298232	rs9326980	G	C	2494.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=29;NR=31;PP=1311;SC=GGCAGGGGTCGCAGCACTGAA;SOR=0.737;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=60;TCF=29;TCR=31;TR=60;WE=115298240;WS=115298222;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr5	115298378	rs10062297	C	T	2488.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=31;NR=36;PP=1232;SC=GCTGGCTGGGCTGGTAGCCGC;SOR=0.802;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=68;TCF=32;TCR=36;TR=67;WE=115298386;WS=115298368;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr5	115298475	rs12520255	T	C	4678.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=63;NR=47;PP=1940;SC=CTCAGGGACTTGGAAGCCGAG;SOR=0.976;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=111;TCF=63;TCR=48;TR=110;WE=115298483;WS=115298465;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,174:1.00:174
chr5	115298518	rs12522632	A	G	6520.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=257;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=86;NR=58;PP=2564;SC=AGCCGACGCCAACCCCGAAAC;SOR=0.945;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=145;TCF=87;TCR=58;TR=144;WE=115298526;WS=115298508;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,255:1.00:255
chr5	115298977	rs1445708	C	T	1985.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.530;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=33;PP=951;ReadPosRankSum=-0.829;SC=AGGGACTCTTCCTCAACGTCT;SOR=0.968;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=57;TCF=24;TCR=33;TR=57;WE=115298985;WS=115298967;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,80:0.98:82
chr5	115336862	rs7712021	T	C	3594.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=46;NR=30;PP=1359;SC=TCACTTTAAATGTGTCTACTG;SOR=0.874;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=76;TCF=46;TCR=30;TR=76;WE=115336870;WS=115336852;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,142:1.00:142
chr5	115338732	rs1560080	G	A	68.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=22.76;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr5	115339086	rs6594929	A	G	434.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=4;NR=9;PP=297;SC=AGGTAAGGTTACTTTTGATAC;SOR=1.473;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=13;TCF=4;TCR=9;TR=13;WE=115339094;WS=115339076;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr5	115341611	rs10078748	G	T	3888.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=42;NR=47;PP=1621;SC=TTCTGCAGGCGATTCCTGTTA;SOR=0.866;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=90;TCF=42;TCR=48;TR=89;WE=115341619;WS=115341601;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,148:1.00:148
chr5	115341638	rs10078759	G	C	3366.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=32;NR=45;PP=1587;SC=GACTGCAGTTGATTGATGATG;SOR=1.039;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=78;TCF=32;TCR=46;TR=77;WE=115341646;WS=115341628;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr5	115358190	rs7714138	C	T	482.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=12;PP=272;SC=TTATGAAATACAATGATAATT;SOR=1.127;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=8;TCR=12;TR=20;WE=115358198;WS=115358180;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr5	115387358	rs77950036	G	T	1388.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.729;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=26;PP=752;ReadPosRankSum=0.892;SC=GGCCCAGGCAGGACCTCACAG;SOR=0.481;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=41;TCF=14;TCR=27;TR=40;WE=115387366;WS=115387348;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,52:0.98:53
chr5	115387382	rs78290575	C	G	1101.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=21;PP=597;SC=GGAGCTCTGCCGCCCAGGCTG;SOR=1.923;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=28;TCF=7;TCR=21;TR=28;WE=115387390;WS=115387372;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr5	115394357	rs6860908	T	C	299.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=9;NR=0;PP=217;SC=TGATTGTACATTAATTTATTC;SOR=4.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=9;TCR=0;TR=9;WE=115394365;WS=115394352;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr5	115394551	rs6880325	C	T	3147.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.825;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=39;PP=1516;ReadPosRankSum=-1.083;SC=AGTGTGGGCCCGAGTGCCGCT;SOR=0.693;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=80;TCF=39;TCR=41;TR=77;WE=115394559;WS=115394541;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,118:0.98:120
chr5	115394626	rs6880759	G	T	2740.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=28;NR=34;PP=1223;SC=GCACGCTGCCGTTTAATGTTC;SOR=0.773;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=65;TCF=28;TCR=37;TR=62;WE=115394634;WS=115394616;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr5	115420598	rs3087831	G	A	714.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=2.701;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=8.377;HP=2;HapScore=1;MGOF=38;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=1;PP=600;ReadPosRankSum=0.695;SC=CCAGGACTGCGGGACAAGTCT;SOR=5.058;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=27;TCF=25;TCR=2;TR=25;WE=115420606;WS=115420595;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,25:0.93:27
chr5	115420628	rs3087832	G	A	1713.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.172;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=7.558;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=38.95;ReadPosRankSum=-0.809;SOR=4.615;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,42:0.95:44
chr5	115420634	rs3776796	C	G	1797.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.526;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=7.834;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=38.25;ReadPosRankSum=-0.823;SOR=4.758;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,45:0.96:47
chr5	115420897	rs74583480	G	A	1818.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=38.70;SOR=0.919;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr5	115420905	rs73780832	G	A	1554.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.02;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr5	115428381	rs1129495	T	G	5083.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=47;NR=68;PP=2186;SC=CGGCAGAGAATTCTGGCTCCC;SOR=0.933;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=115;TCF=47;TCR=68;TR=115;WE=115428389;WS=115428371;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,193:1.00:193
chr5	115628117	rs6866938	C	T	2683.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=32;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=37;NR=7;PP=981;SC=CCTTCACTAACGTCTTTTTTT;SOR=1.421;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=46;TCF=37;TCR=9;TR=44;WE=115628125;WS=115628107;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr5	115628133	rs375420756	TG	T	595.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=2.001;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FS=2.377;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.46;ReadPosRankSum=-1.417;SOR=1.091;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,44:0.70:63
chr5	115628134	rs201733651	G	T	129.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-2.383;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FS=6.268;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.06;ReadPosRankSum=1.628;SOR=0.211;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:47,16:0.25:63
chr5	115783553	rs17139805	C	T	2509.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=13;NR=55;PP=1527;SC=AAGCACACCCCGAGGCTTGTT;SOR=2.250;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=68;TCF=13;TCR=55;TR=68;WE=115783561;WS=115783543;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr5	115784843	rs1968362	G	A	138.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.14;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr5	115803578	rs10551961	AGTG	A	5521.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.68;QD=43.48;SOR=1.299;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
chr5	115813726	rs34966	A	G	7747.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=294;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=104;NR=81;PP=2965;SC=CACTTCCCATATCGTTCACAC;SOR=0.873;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=185;TCF=104;TCR=81;TR=185;WE=115813734;WS=115813716;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,288:1.00:288
chr5	115822384	rs2287684	C	A	1450.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.34;SOR=2.165;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr5	115822392	rs2059874	G	A	1601.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.07;SOR=2.133;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr5	115831873	rs32974	C	T	3219.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=53;NR=28;PP=1539;SC=TTCTACATCACGGTCTATGGC;SOR=1.225;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=82;TCF=53;TCR=29;TR=81;WE=115831881;WS=115831863;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr5	115832056	rs41099	G	A	3298.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=30;NR=58;PP=1630;SC=AGGTTGTTGCGTTTGATTTTA;SOR=1.281;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=89;TCF=30;TCR=59;TR=88;WE=115832064;WS=115832046;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr5	117329051	.	T	TAG	4669.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=0.102;ClippingRankSum=0.000;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.659;NF=2;NR=41;PP=2311;ReadPosRankSum=-0.294;SC=ATATTATATATACACACACAC;SOR=0.849;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=44;TCF=2;TCR=42;TR=43;WE=117329059;WS=117329041;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,136:0.97:140
chr5	117329138	rs4404718	G	A	1055.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=38;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=10;NR=25;PP=721;SC=ACATATATACGCATATATATA;SOR=2.073;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=35;TCF=10;TCR=25;TR=35;WE=117329146;WS=117329128;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr5	117896563	.	T	TATAG	93	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;FR=0.9998;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MMLQ=26;MQ=60.0;NF=2;NR=0;PP=93;QD=59.0;SC=TAGATACATATATAATCTATA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=2;TCR=1;TR=2;WE=117896571;WS=117896553;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:1,2:0.67:3
chr5	117896625	.	GTA	G	22	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;FR=0.4999;HP=2;HapScore=2;MGOF=19;MMLQ=28;MQ=60.0;NF=0;NR=1;PP=22;QD=31.0;SC=ATATGTGTGTGTATATATATA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=1;TCR=4;TR=1;WE=117896634;WS=117896615;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:4,1:0.20:5
chr5	118456977	rs10056088	T	A	748.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.76;QD=31.20;SOR=3.442;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr5	118484804	rs7734532	G	A	7198.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.513;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=277;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.190;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=80;NR=90;PP=2965;ReadPosRankSum=0.032;SC=GGGTCCTTGAGCAGACAATTC;SOR=0.537;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=173;TCF=82;TCR=91;TR=170;WE=118484812;WS=118484794;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,270:0.99:273
chr5	118513246	rs34139050	C	CTG	2119.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=27;PP=1163;SC=AGTAGAAAGACTTTTAGTTTT;SOR=2.124;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=31;TCF=1;TCR=30;TR=28;WE=118513254;WS=118513236;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr5	118532034	rs6595178	A	C	3482.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=58;NR=26;PP=1622;SC=CTATAGAAATAGTTAACAGAT;SOR=1.294;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=85;TCF=59;TCR=26;TR=84;WE=118532042;WS=118532024;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr5	118542406	rs3797335	C	T	233.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=7;NR=1;PP=189;SC=AGAATAGTAACTCCATATAAT;SOR=2.833;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=7;TCR=1;TR=8;WE=118542414;WS=118542396;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr5	118556350	rs2271059	C	T	1482.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=1.945;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=31;PP=890;ReadPosRankSum=2.225;SC=ATTTACTGAACTAAAACTTTC;SOR=1.487;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=46;TCF=15;TCR=31;TR=46;WE=118556358;WS=118556340;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,55:0.96:57
chr5	118576096	rs377456338	CT	C	71.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.496;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.46;ReadPosRankSum=-0.876;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,13:0.27:49
chr5	118691929	rs6595185	A	T	804.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=13;PP=395;SC=CTTTGTCCGCATGCCCTGCGC;SOR=1.143;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=7;TCR=13;TR=20;WE=118691937;WS=118691919;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr5	118727224	rs3733855	A	G	1128.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=27;PP=730;SC=GGAGGCTGAGATGGGCAGATC;SOR=2.891;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=4;TCR=27;TR=31;WE=118727232;WS=118727214;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr5	118728495	.	CT	C	184.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.218;ClippingRankSum=0.000;DP=97;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.97;ReadPosRankSum=-1.081;SOR=0.800;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:65,29:0.31:94
chr5	118965623	rs2434599	A	G	956.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=25;PP=665;SC=GTCTCGCTCTATCGCCCAGGC;SOR=2.833;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=5;TCR=25;TR=30;WE=118965631;WS=118965613;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr5	118968604	rs17469691	C	T	1976.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=11;NR=28;PP=833;SC=AGGGTTCCTTCGGCACGTGGC;SOR=1.288;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=39;TCF=11;TCR=28;TR=39;WE=118968612;WS=118968594;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr5	120021819	rs1158194	G	A	5851.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=224;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=59;NR=72;PP=2474;SC=CAGCACACCCGTCTGCTATCC;SOR=0.776;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=132;TCF=60;TCR=72;TR=131;WE=120021827;WS=120021809;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,223:1.00:223
chr5	121330223	rs6595336	C	T	498.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=10;NR=6;PP=241;SC=TCTTAAGATACGGAAAGGAAC;SOR=1.127;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=10;TCR=6;TR=16;WE=121330231;WS=121330213;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr5	121518309	rs9112	G	A	3921.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=43;NR=45;PP=1807;SC=GTTCACCAACGATCTTGTAAA;SOR=0.734;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=88;TCF=43;TCR=45;TR=88;WE=121518317;WS=121518299;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,147:1.00:147
chr5	121726714	rs1946649	G	A	776.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=20;NR=7;PP=499;SC=TTGTTTAAATGTAGACATTAT;SOR=1.942;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=28;TCF=21;TCR=7;TR=27;WE=121726722;WS=121726704;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr5	121739436	rs6875859	T	A	3109.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=48;NR=38;PP=1643;SC=TCTGAGTGAATGCTCGCATTT;SOR=0.838;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=89;TCF=51;TCR=38;TR=86;WE=121739444;WS=121739426;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr5	121779262	rs2737094	C	T	2884.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.988;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=18;PP=1281;ReadPosRankSum=0.252;SC=TCCTTCCCACCCAGACTAGAC;SOR=1.544;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=70;TCF=50;TCR=20;TR=67;WE=121779270;WS=121779252;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,106:0.98:108
chr5	121779438	rs2737095	C	T	1527.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=13;NR=30;PP=918;SC=ATGCAACCTCCCTGAAAGTTG;SOR=1.791;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=43;TCF=13;TCR=30;TR=43;WE=121779446;WS=121779428;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr5	121785398	rs2737092	T	C	1176.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=29;NR=7;PP=771;SC=TTTCTGAACCTGTAAGGATGA;SOR=2.476;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=36;TCF=29;TCR=7;TR=36;WE=121785406;WS=121785388;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr5	122012270	rs17132683	C	T	4222.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=50;NR=53;PP=1905;SC=ATCTCTCACCCACAAGGTACC;SOR=0.705;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=103;TCF=50;TCR=53;TR=103;WE=122012278;WS=122012260;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,161:1.00:161
chr5	122012354	rs2407398	A	G	2865.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=24;NR=45;PP=1503;SC=CACAAACCTGACCCAGTATGA;SOR=1.201;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=69;TCF=24;TCR=45;TR=69;WE=122012362;WS=122012344;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr5	122165470	rs71851865	TACACACACAC	T,TAC	940.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=26;NF=0,0;NR=14,14;PP=552,138;SC=TGGTTTTATATACACACACAC;SOR=2.494;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=0;TCR=21;TR=14,14;WE=122165487;WS=122165460;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.25,0.75:24
chr5	122272641	rs30042	A	G	1071.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=20;PP=576;SC=CTTTTATCATAAAGTAAATTT;SOR=1.445;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=28;TCF=8;TCR=20;TR=28;WE=122272649;WS=122272631;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr5	122335807	rs45551539	G	A	3120.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=29;NR=48;PP=1486;SC=TGCCGGCCACGCCCACTCTTT;SOR=1.199;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=77;TCF=29;TCR=48;TR=77;WE=122335815;WS=122335797;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr5	122359502	.	A	AACAC	724.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.295;ClippingRankSum=0.000;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=4.337;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=62.53;MQRankSum=0.717;QD=38.14;ReadPosRankSum=0.731;SOR=1.308;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,18:0.95:19
chr5	122359640	rs451195	T	C	1615.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=21;NR=22;PP=856;SC=GATCGAGCAGTTGGTGAGTGG;SOR=0.725;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=43;TCF=21;TCR=22;TR=43;WE=122359648;WS=122359630;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr5	122359839	rs144851383	G	GAC	453.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=3;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=6;PP=275;SC=TGACTACTAAGCGTTTTTTAT;SOR=4.977;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=6;WE=122359854;WS=122359829;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr5	122359840	rs374638812	CGTTTTTT	C	452.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=3;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=6;PP=341;SC=GACTACTAAGCGTTTTTTATG;SOR=4.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=6;WE=122359854;WS=122359829;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr5	122372402	rs28373879	G	C	1924.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=18;NR=38;PP=1158;SC=TGACGGGACTGCCGGCCGGCT;SOR=1.418;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=56;TCF=18;TCR=38;TR=56;WE=122372410;WS=122372392;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr5	122426334	rs72373561	GGGCGCC	G	2126.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=15;PP=1223;SC=CTCTCTCCCGGGGCGCCGGCG;SOR=0.776;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=23;TCF=3;TCR=20;TR=17;WE=122426347;WS=122426324;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr5	122682154	rs2303719	T	G	1717.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=47;NR=7;PP=1307;SC=ACTTTTGAGGTTTTTACAAAG;SOR=3.461;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=54;TCF=47;TCR=7;TR=54;WE=122682162;WS=122682144;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr5	122682348	rs1047438	A	G	10354.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=411;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=121;NR=131;PP=2965;SC=TCAAATAATCATCCAAACCTT;SOR=0.765;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=252;TCF=121;TCR=131;TR=252;WE=122682356;WS=122682338;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,400:1.00:400
chr5	122685801	rs485847	G	A	3861.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=38;NR=62;PP=1982;SC=GAAACAAAGAGACAAGTCATA;SOR=1.058;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=100;TCF=38;TCR=62;TR=100;WE=122685809;WS=122685791;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,145:1.00:145
chr5	122685906	rs35423173	CT	C	258.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=13;HapScore=3;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=15;PP=240;SC=ACTGCCAATTCTTTTTTTTTT;SOR=4.047;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=0;TCR=20;TR=15;WE=122685915;WS=122685896;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr5	122714134	rs141010737	TAAAAAA	T	3609.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;QD=38.40;SOR=1.646;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr5	122718019	rs200376887	TA	T	104.75	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.038;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=61.53;MQRankSum=0.671;QD=8.73;ReadPosRankSum=-1.175;SOR=0.818;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,11:0.92:12
chr5	122718736	rs6595440	G	C	1214.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=9;NR=22;PP=753;SC=TAATCTTCTAGAGTCACTGTG;SOR=1.556;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=9;TCR=22;TR=31;WE=122718744;WS=122718726;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr5	122722370	rs3893854	T	A	371.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=65.45;QD=21.87;SOR=1.061;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr5	122727026	rs6876883	G	A	3201.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.643;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=46;PP=1354;ReadPosRankSum=-1.030;SC=CACAGCAGAGGTGAATCTAAT;SOR=1.022;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=74;TCF=28;TCR=46;TR=74;WE=122727034;WS=122727016;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,124:0.98:126
chr5	122728913	rs35574017	C	T	854.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=25;NR=1;PP=665;SC=AGTTTAGGTACTAAACTCTCG;SOR=4.407;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=26;TCF=25;TCR=1;TR=26;WE=122728921;WS=122728903;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr5	122734724	rs11419318	T	TA	215.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.721;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.79;ReadPosRankSum=1.785;SOR=1.061;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,13:0.65:20
chr5	122739421	rs7715577	G	C	1138.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.526;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.203;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=11;PP=463;ReadPosRankSum=-0.435;SC=CGTGGCATCTGTTCGATGATA;SOR=0.433;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=27;TCF=15;TCR=12;TR=26;WE=122739429;WS=122739411;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,45:0.98:46
chr5	122754293	rs71574108	GTT	G	533.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.669;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=6.038;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.12;MQRankSum=0.000;QD=19.06;ReadPosRankSum=0.382;SOR=3.816;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,21:0.75:28
chr5	122758167	rs62377766	A	T	2962.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.843;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.09;ReadPosRankSum=1.153;SOR=0.973;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:4,119:0.97:123
chr5	122758268	rs6882791	G	C	3256.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=41;NR=44;PP=1709;SC=ATCGCAGGAAGCCTGTATTCA;SOR=0.709;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=85;TCF=41;TCR=44;TR=85;WE=122758276;WS=122758258;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr5	122909345	rs7712330	G	C	358.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=0;NR=10;PP=271;SC=AGCGTTTGACGTAATACAAAT;SOR=4.977;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=0;TCR=10;TR=10;WE=122909353;WS=122909335;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr5	122950254	rs199591283	C	CT	52.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.727;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=3.979;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=3.52;ReadPosRankSum=0.408;SOR=0.086;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,6:0.40:15
chr5	123966143	.	AGTGTGTGTGT	A,AGTGT	919.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.3;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=24;NF=3,3;NR=16,16;PP=103,910;SC=TGAAGAGCAGAGTGTGTGTGT;SOR=2.200;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=27;TCF=3;TCR=24;TR=19,19;WE=123966160;WS=123966133;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.17,0.83:23
chr5	123973735	rs12655148	C	G	1012.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=24;PP=656;SC=CCTCTGCCTCCTGGGTTCAAG;SOR=2.649;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=5;TCR=24;TR=29;WE=123973743;WS=123973725;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr5	123974608	rs4371750	T	C	1242.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=17;NR=14;PP=572;SC=TCTAAAAAACTAATCAGTTAA;SOR=0.735;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=17;TCR=14;TR=31;WE=123974616;WS=123974598;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr5	123974673	rs62370761	T	C	756.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=13;PP=426;SC=AAGTTGCATGTGAAGCAACTT;SOR=0.906;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=24;TCF=11;TCR=13;TR=24;WE=123974681;WS=123974663;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr5	123980164	rs113873110	T	C	6702.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.758;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=255;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=94;NR=75;PP=2965;ReadPosRankSum=0.415;SC=ATCAGGATGCTTGGCCTCTTT;SOR=0.856;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=171;TCF=95;TCR=76;TR=169;WE=123980172;WS=123980154;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,249:0.99:251
chr5	123983915	rs6862252	G	T	2391.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=39;NR=34;PP=1682;SC=TTTGCAGTTGGTAGCTTTTTT;SOR=1.455;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=73;TCF=39;TCR=34;TR=73;WE=123983923;WS=123983905;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr5	123984763	rs7708070	C	T	7110.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.570;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=279;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=84;NR=92;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.384;SC=CAGCAGACCTCGCTCTCTTCC;SOR=0.832;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=177;TCF=85;TCR=92;TR=176;WE=123984771;WS=123984753;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,274:0.99:276
chr5	123985484	rs11422549	C	CA	772.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=18;PP=728;SC=TTTTTGCCAGCAAGTTCTATT;SOR=2.584;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=0;TCR=19;TR=18;WE=123985492;WS=123985474;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr5	124044428	rs11241764	C	T	2236.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.481;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=27;PP=924;ReadPosRankSum=2.411;SC=CAACCCTGCCCTCAAGTGCTG;SOR=0.738;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=53;TCF=26;TCR=27;TR=53;WE=124044436;WS=124044418;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,90:0.98:92
chr5	125695874	rs77944663	C	G	1035.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=23;NR=4;PP=628;SC=TCTGAGCAGACGCTGAAAGAG;SOR=3.193;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=27;TCF=23;TCR=4;TR=27;WE=125695882;WS=125695864;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr5	125696140	rs11241887	G	A	1665.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=11;NR=40;PP=1243;SC=CAGTGGGTCCGGACCTGGAAC;SOR=2.221;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=52;TCF=12;TCR=40;TR=51;WE=125696148;WS=125696130;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr5	125759524	rs34490811	A	ACT	1098.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.070;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=22;PP=1070;ReadPosRankSum=-0.314;SC=TCTGTCTCTCACTCTCTCTCT;SOR=0.614;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=35;TCF=2;TCR=33;TR=24;WE=125759539;WS=125759514;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,47:0.84:56
chr5	125802027	rs62394179	G	A	7857.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.667;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=309;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=79;NR=92;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.246;SC=TCAGGACCAAGAGTAAGTCTT;SOR=0.790;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=174;TCF=80;TCR=94;TR=171;WE=125802035;WS=125802017;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,300:0.99:302
chr5	125828803	rs4358517	A	G	341.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=9;PP=226;SC=CAGGAAAGTGAGGAGGGAAAT;SOR=2.147;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=11;TCF=2;TCR=9;TR=11;WE=125828811;WS=125828793;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr5	125886071	rs1038381	C	T	1401.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.61;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=16;PP=483;SC=CTGAAGTGTACCAGTATAATT;SOR=1.022;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=11;TCR=16;TR=27;WE=125886079;WS=125886061;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
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chr5	125944219	rs112502491	G	GTGTTTT	1070.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQ=60.26;NF=1;NR=12;PP=707;SC=TGTTTATCCTGTGTTTTTGTT;SOR=1.893;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=25;TCF=2;TCR=23;TR=13;WE=125944227;WS=125944209;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr5	126140522	rs3749830	T	C	4438.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=64;NR=47;PP=1783;SC=TTCGAGAATATGAAGCAGCAC;SOR=0.894;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=112;TCF=64;TCR=48;TR=111;WE=126140530;WS=126140512;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,172:1.00:172
chr5	126145771	rs2271354	A	G	454.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=2;PP=300;SC=AACAGGAGGAAGTTCGTGTGT;SOR=2.049;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=11;TCR=2;TR=13;WE=126145779;WS=126145761;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr5	126156531	rs34618438	GT	G	387.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.472;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=1.286;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.40;MQRankSum=1.103;QD=8.25;ReadPosRankSum=-0.355;SOR=1.136;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,32:0.68:47
chr5	126168319	rs146905904	AG	A	5200.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=1.231;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.398;NF=28;NR=35;PP=2545;ReadPosRankSum=-0.469;SC=AGCAAAGAAAAGGTCCCTCTC;SOR=0.944;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=64;TCF=28;TCR=36;TR=63;WE=126168327;WS=126168309;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:6,167:0.97:173
chr5	126171974	rs2230151	C	T	789.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.62;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=4;NR=11;PP=343;SC=AACTGTCTTCCTCAAAATAAA;SOR=1.460;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=4;TCR=11;TR=15;WE=126171982;WS=126171964;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr5	126171999	rs1051643	T	C	666.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.65;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=34;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=10;PP=328;SC=TATGGTAATCTTTACCTGTAT;SOR=1.519;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=3;TCR=10;TR=13;WE=126172007;WS=126171989;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr5	126250459	.	A	AAC	315.87	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.199;ClippingRankSum=0.000;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.73;ReadPosRankSum=0.411;SOR=0.439;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,18:0.78:23
chr5	126746277	rs31483	C	T	1151.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=13;NR=17;PP=606;SC=TCCCTGCCACCTGGAAAACAC;SOR=1.055;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=13;TCR=17;TR=30;WE=126746285;WS=126746267;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr5	126792974	rs3812052	T	A	3644.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.982;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=59;PP=2074;ReadPosRankSum=-0.640;SC=AGGACAGTGGTGGTAGCAGCA;SOR=0.504;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=86;TCF=27;TCR=59;TR=86;WE=126792998;WS=126792964;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,129:0.99:130
chr5	126993249	rs45074	G	C	2772.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=38;NR=21;PP=1214;SC=CATCCCTAGTGCCCCTTGGGA;SOR=1.094;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=60;TCF=38;TCR=22;TR=59;WE=126993271;WS=126993239;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr5	126993263	rs248709	A	T	3198.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=43;NR=23;PP=1304;SC=CTTGGGAACGAATCAGCAGAT;SOR=1.071;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=67;TCF=43;TCR=24;TR=66;WE=126993271;WS=126993239;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr5	127420493	rs140255104	G	A	919.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=24;PP=685;SC=TTGAGGTGGCGGGAGTAGTAG;SOR=3.841;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=25;TCF=1;TCR=24;TR=25;WE=127420501;WS=127420483;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr5	127485599	rs2617618	C	T	680.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=10;NR=7;PP=257;SC=TGGGGTGTTACGTTGTTATCT;SOR=0.836;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=10;TCR=7;TR=17;WE=127485607;WS=127485589;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr5	127609633	rs2291628	G	A	4738.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=39;NR=56;PP=1966;SC=TCCACAAAGCGAAGGTTGAGA;SOR=0.929;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=95;TCF=39;TCR=56;TR=95;WE=127609641;WS=127609623;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,177:1.00:177
chr5	127613791	rs426987	C	G	1238.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=28.15;SOR=1.230;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr5	127614472	rs190450	A	G	3155.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=31;NR=41;PP=1456;SC=GATTGCGACTACTGGATGCCA;SOR=0.914;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=72;TCF=31;TCR=41;TR=72;WE=127614480;WS=127614462;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr5	127616014	rs28763927	A	G	4067.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=39;NR=62;PP=1947;SC=TTTCATCTTTAGAAAAACAAA;SOR=1.041;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=102;TCF=39;TCR=63;TR=101;WE=127616022;WS=127616004;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,151:1.00:151
chr5	127636485	rs28763934	C	T	1104.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=15;NR=10;PP=496;SC=TACTAGTGGGCCTCAGAATAA;SOR=1.005;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=26;TCF=16;TCR=10;TR=25;WE=127636493;WS=127636475;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr5	127637029	rs28763935	A	G	2493.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=55;NR=15;PP=1622;SC=TCATCATTTTACAAAACATAA;SOR=2.387;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=71;TCF=55;TCR=16;TR=70;WE=127637037;WS=127637019;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr5	127637362	rs2307110	A	G	397.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=13;PP=329;SC=CATAAGGATCATATAATTAAT;SOR=5.283;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=0;TCR=13;TR=13;WE=127637370;WS=127637352;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr5	127638759	rs11955288	A	G	3656.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.277;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=53;PP=1592;ReadPosRankSum=-0.196;SC=TTCCACATGGATGCCGCTCGC;SOR=1.027;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=89;TCF=35;TCR=54;TR=86;WE=127638767;WS=127638749;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:6,143:0.96:149
chr5	127640783	rs27713	G	A	2995.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=25;NR=48;PP=1605;SC=ATCTAAAACAGAAAAAAATAA;SOR=1.069;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=74;TCF=25;TCR=49;TR=73;WE=127640791;WS=127640773;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr5	127646859	rs3215046	GA	G	95.19	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.431;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=62.13;MQRankSum=0.282;QD=10.58;ReadPosRankSum=-0.765;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,8:0.89:9
chr5	127685135	rs154001	C	T	2244.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=26;NR=30;PP=992;SC=TTTGGACAAACGCCAGGGAAC;SOR=0.763;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=56;TCF=26;TCR=30;TR=56;WE=127685143;WS=127685125;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr5	127685624	rs255690	C	A	3000.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-2.269;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=32;PP=1151;ReadPosRankSum=-0.965;SC=TGTATAGTATCTTCCAAGGAA;SOR=0.795;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=73;TCF=40;TCR=33;TR=71;WE=127685632;WS=127685614;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,122:0.97:126
chr5	127685734	rs28763947	G	T	1881.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-1.014;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=30;PP=864;ReadPosRankSum=-0.822;SC=CTTCATTATAGAATAAAATAC;SOR=0.340;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=53;TCF=22;TCR=31;TR=52;WE=127685742;WS=127685724;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,73:0.99:74
chr5	127697281	rs3215047	AT	A	630.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=9;NR=4;PP=482;SC=AAACTGGCAGATTAGCTAAAT;SOR=2.303;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=13;TCF=9;TCR=4;TR=13;WE=127697289;WS=127697271;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr5	127777997	rs13180243	G	A	4941.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.853;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=59;PP=2156;ReadPosRankSum=-1.305;SC=GAATGTTAACGAAGGTATAGT;SOR=0.724;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=121;TCF=62;TCR=59;TR=121;WE=127778005;WS=127777987;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,195:0.98:199
chr5	127855152	rs140146961	GTTAAA	G	4870.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-1.318;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.238;NF=3;NR=57;PP=2946;ReadPosRankSum=0.258;SC=AGGATCTTATGTTAAATTATA;SOR=0.631;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=64;TCF=4;TCR=60;TR=60;WE=127855164;WS=127855142;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,113:0.99:114
chr5	128359247	rs31271	T	C	356.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.48;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr5	128430757	rs1127827	T	C	2194.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=0.424;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=51;PP=1599;ReadPosRankSum=1.314;SC=CCTCGTGCCGTTGCAGATCCA;SOR=1.338;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=62;TCF=11;TCR=51;TR=62;WE=128430765;WS=128430747;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,72:0.99:73
chr5	128441119	rs2287751	T	C	1381.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=28;PP=855;SC=ACAATATTATTTATAGAAAAC;SOR=2.303;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=35;TCF=6;TCR=29;TR=34;WE=128441127;WS=128441109;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr5	128732672	rs13171514	A	G	812.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=18;NR=10;PP=463;SC=CAGGAACAGCAATGTTGTTGC;SOR=1.352;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=28;TCF=18;TCR=10;TR=28;WE=128732680;WS=128732662;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr5	128863471	rs6595908	A	G	679.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.19;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr5	128977732	rs17163231	A	G	1741.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=43;PP=1192;SC=TGCCAGTTACATTTGTATTCA;SOR=2.722;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=52;TCF=9;TCR=43;TR=52;WE=128977740;WS=128977722;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr5	128994492	rs17839592	A	T	949.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.278;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.351;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=21;PP=518;ReadPosRankSum=0.350;SC=CACAGATTATATTGAATTTAA;SOR=2.179;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=26;TCF=4;TCR=22;TR=24;WE=128994500;WS=128994482;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,36:0.95:38
chr5	129040056	rs11749126	A	T	2562.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.177;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=38;PP=1286;ReadPosRankSum=-0.697;SC=TCAAAATGCTATGTGTGGCGA;SOR=0.276;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=72;TCF=33;TCR=39;TR=71;WE=129040064;WS=129040046;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,98:0.99:99
chr5	129072943	rs1465686	G	T	891.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=17;PP=435;SC=CACAGCTCTTGGCAATTACAT;SOR=1.751;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=5;TCR=17;TR=22;WE=129072951;WS=129072933;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr5	129100819	rs35674869	AC	A	633.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=16;PP=374;SC=AACATTTGAAACCCCCCCCAC;SOR=2.400;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=19;TCF=1;TCR=18;TR=17;WE=129100827;WS=129100809;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr5	129240972	rs33917	G	C	2483.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=0.792;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=24;PP=1062;ReadPosRankSum=-0.574;SC=ACGGCCGGCCGGGGAGTAGCC;SOR=0.845;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=57;TCF=33;TCR=24;TR=57;WE=129240980;WS=129240962;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,97:0.98:99
chr5	129244133	rs2431206	A	G	358.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=10;PP=275;SC=GATTCTATTCATTCTCTCTGT;SOR=2.147;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=4;TCR=10;TR=14;WE=129244141;WS=129244123;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr5	129519874	rs10066410	G	A	456.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=7;NR=2;PP=199;SC=TTTCTTTTTAGATAAATCTTT;SOR=1.371;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=7;TCR=2;TR=9;WE=129519882;WS=129519864;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr5	129521126	rs2015018	A	G	5202.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=59;NR=63;PP=2538;SC=CCCACTGATGATTACTTCATA;SOR=0.735;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=122;TCF=59;TCR=63;TR=122;WE=129521134;WS=129521116;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,192:1.00:192
chr5	130766662	rs1291602	T	C	5029.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=71;NR=75;PP=2663;SC=CAATACTCTCTGTTTAACTGT;SOR=0.714;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=146;TCF=71;TCR=75;TR=146;WE=130766670;WS=130766652;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,188:1.00:188
chr5	130808198	rs31241	T	C	1512.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=22;NR=13;PP=704;SC=CAAGTAACTCTAGCACTTGCT;SOR=1.047;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=35;TCF=22;TCR=13;TR=35;WE=130808206;WS=130808188;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr5	130831365	rs40400	T	C	2127.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=30;NR=25;PP=1071;SC=TGTGGAAACATAAAAGAGGCA;SOR=0.796;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=56;TCF=30;TCR=26;TR=55;WE=130831373;WS=130831355;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr5	130867733	rs1029472	G	A	1121.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=23;NR=4;PP=599;SC=CTCATTTACAGTTCAAAATAA;SOR=1.981;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=27;TCF=23;TCR=4;TR=27;WE=130867741;WS=130867723;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr5	130982768	rs26006	A	G	7102.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=267;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=97;NR=60;PP=2965;SC=GCCAAAAAAGAAACCATTAAC;SOR=1.022;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=158;TCF=97;TCR=61;TR=157;WE=130982776;WS=130982758;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,264:1.00:264
chr5	131006082	rs27450	A	G	532.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=12;NR=3;PP=390;SC=GACCAAAAATATAAGGCAATT;SOR=2.712;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=16;TCF=13;TCR=3;TR=15;WE=131006090;WS=131006072;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr5	131006356	rs26007	T	A	1544.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.63;SOR=1.278;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr5	131008194	rs26008	T	C	7011.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=268;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=80;NR=96;PP=2965;SC=AGAAATCATCTGGCACTCATC;SOR=0.819;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=176;TCF=80;TCR=96;TR=176;WE=131008202;WS=131008184;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,268:1.00:268
chr5	131066577	rs7729787	A	C	1907.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=36;NR=15;PP=1009;SC=TGAATAAATAAATGACATCAA;SOR=1.478;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=51;TCF=36;TCR=15;TR=51;WE=131066585;WS=131066567;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr5	131066725	rs7730228	C	A	3260.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=27;NR=49;PP=1538;SC=GCATCACTGCCGAGTTTCTGA;SOR=1.188;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=76;TCF=27;TCR=49;TR=76;WE=131066733;WS=131066715;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr5	131312237	rs34019873	GA	G	84.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.269;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=1.158;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.26;ReadPosRankSum=0.720;SOR=0.929;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:50,17:0.25:67
chr5	131312327	rs370652	G	T	7115.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=271;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=82;NR=65;PP=2884;SC=CAACAGTAATGCTACTTTATT;SOR=0.801;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=147;TCF=82;TCR=65;TR=147;WE=131312335;WS=131312317;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,270:1.00:270
chr5	131322494	rs77938	C	T	1834.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=32;NR=21;PP=1046;SC=TCAATAAAGACCTGCAGGTGA;SOR=1.098;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=53;TCF=32;TCR=21;TR=53;WE=131322502;WS=131322484;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr5	131322666	rs67212057	CCACACACTCACA	C	631.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=1;NR=13;PP=2976;SC=ACACACATACCCACACACTCA;SOR=2.049;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=18;TCF=2;TCR=16;TR=14;WE=131322685;WS=131322656;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr5	131324119	rs71970	T	G	2419.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=46;NR=24;PP=1479;SC=CAGAAGGCCATGGAACCTCCT;SOR=1.375;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=70;TCF=46;TCR=24;TR=70;WE=131324127;WS=131324109;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr5	131324250	rs3043838	C	CTG	10946.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=283;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQ=60.08;NF=15;NR=77;PP=2969;SC=GGGCTGTACCCTGTGTGGAGG;SOR=0.763;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=103;TCF=17;TCR=86;TR=92;WE=131324258;WS=131324240;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,265:1.00:265
chr5	131325888	rs422130	A	G	2099.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=24;NR=25;PP=1011;SC=CTTGTGTCAGAGAGGGGTCAG;SOR=0.746;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=49;TCF=24;TCR=25;TR=49;WE=131325896;WS=131325878;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr5	131326522	rs5871439	AC	A	3073.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.402;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=27.20;ReadPosRankSum=-0.502;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,111:0.98:113
chr5	131330054	rs253944	C	G	383.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=10;PP=249;SC=GGCAGGCCCTCGGGGAGTTGG;SOR=2.303;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=3;TCR=10;TR=13;WE=131330062;WS=131330044;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr5	131546280	rs154483	A	G	2580.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.430;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=55;PP=1608;ReadPosRankSum=0.727;SC=AGAGATTCCCACTTCAAGGAA;SOR=0.760;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=78;TCF=22;TCR=56;TR=77;WE=131546288;WS=131546270;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,92:0.99:93
chr5	131553665	rs154485	A	G	294.22	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.61;BaseQRankSum=1.127;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=8;PP=196;ReadPosRankSum=1.282;SC=CAGCTCTCTGAGGATTATGGG;SOR=1.609;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=3;TCR=8;TR=11;WE=131553673;WS=131553655;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,13:0.87:15
chr5	131593336	rs70974026	C	CG	162.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.13;SOR=3.912;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr5	131649186	rs270607	A	G	327.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=0;PP=199;SC=GATGTGACAGAGAAAAAAGTC;SOR=3.442;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=9;TCR=0;TR=9;WE=131649194;WS=131649176;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr5	131649222	rs2073838	G	A	734.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=14;NR=6;PP=387;SC=AAAACACTAAGTCTGCATTGA;SOR=1.382;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=14;TCR=6;TR=20;WE=131649230;WS=131649212;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr5	131658085	rs270600	T	C	5039.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.718;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=43.45;ReadPosRankSum=0.676;SOR=0.330;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,115:0.99:116
chr5	131658093	rs185443888	C	T	5012.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.326;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=44.36;ReadPosRankSum=1.178;SOR=0.343;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,112:0.99:113
chr5	131660119	rs273915	G	C	180.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=0;PP=145;SC=CCTGCTCACTGTGCCCTAAGG;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=6;WE=131660127;WS=131660109;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr5	131667548	rs2304081	G	A	2472.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.637;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.73;ReadPosRankSum=-0.140;SOR=0.776;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,98:0.98:100
chr5	131671769	rs272878	T	C	347.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.18;SOR=1.112;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr5	131701279	rs367805	T	C	2343.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=26;NR=36;PP=1000;SC=ACTGGACAGATGCTCTGAATC;SOR=0.782;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=63;TCF=26;TCR=37;TR=62;WE=131701287;WS=131701269;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr5	131701358	rs35636407	C	CTT	84.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.474;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=2.046;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.03;ReadPosRankSum=0.372;SOR=0.333;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,16:0.76:21
chr5	131701410	rs111421603	AGTGGC	A	457.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=36;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=9;PP=470;SC=GCTGGAGTGCAGTGGCGCGAT;SOR=2.494;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=9;WE=131701422;WS=131701400;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr5	131705949	rs2631365	T	C	4237.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=60;NR=67;PP=2473;SC=TCTCGGCGCTTGGGCTGGAGC;SOR=0.859;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=127;TCF=60;TCR=67;TR=127;WE=131705957;WS=131705939;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,154:1.00:154
chr5	131713774	rs2073642	C	T	723.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-1.954;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=6;PP=326;ReadPosRankSum=-0.468;SC=TAGGAGCAAGCGTTAGAGGCC;SOR=0.602;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=22;TCF=16;TCR=6;TR=21;WE=131713782;WS=131713764;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,29:0.97:30
chr5	131719689	rs71583486	G	T	2152.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=37;NR=16;PP=1014;SC=CATGGGCACTGTGAGACCGAG;SOR=1.358;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=54;TCF=37;TCR=17;TR=53;WE=131719697;WS=131719679;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr5	131719999	rs4551059	A	G	2179.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=23;NR=42;PP=1351;SC=CCTGGGTATGACCATCAGGTT;SOR=1.252;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=65;TCF=23;TCR=42;TR=65;WE=131720007;WS=131719989;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr5	131720070	rs274559	A	G	956.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=26;PP=736;SC=TCTGGAGACAACTGTGATGTC;SOR=2.765;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=32;TCF=6;TCR=26;TR=32;WE=131720078;WS=131720060;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr5	131721174	rs274558	A	G	4451.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.676;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=48;PP=1948;ReadPosRankSum=-1.800;SC=CGGGGGTGCTATGCGTGGCAC;SOR=0.779;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=108;TCF=58;TCR=50;TR=104;WE=131721182;WS=131721164;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,167:0.99:169
chr5	131721204	rs274557	T	C	4701.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.663;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=56;PP=2330;ReadPosRankSum=-1.335;SC=GAGTGTGACCTTGTGCCCCAT;SOR=0.727;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=118;TCF=61;TCR=57;TR=116;WE=131721212;WS=131721194;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,177:0.99:179
chr5	131722951	rs274555	C	T	591.03	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=1.676;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.456;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=18;PP=420;ReadPosRankSum=-1.663;SC=GCCCTCTCTCCGCCCAAGCCC;SOR=1.893;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=28;TCF=8;TCR=20;TR=24;WE=131722959;WS=131722941;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,25:0.86:29
chr5	131730052	rs60522531	CA	C	2151.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=42;PP=1659;SC=CCTTCAGTGACAAAAGGCCTT;SOR=1.673;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=47;TCF=2;TCR=45;TR=44;WE=131730060;WS=131730042;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr5	131755477	rs4451042	G	T	411.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=11;NR=4;PP=295;SC=CGGATGATTGGGGCCGTTGCT;SOR=1.911;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=11;TCR=4;TR=15;WE=131755485;WS=131755467;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr5	131796498	rs2522048	T	C	5169.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-1.267;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.310;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=64;PP=2390;ReadPosRankSum=-0.649;SC=AACAAAACCATCAGCCCTGCT;SOR=0.458;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=121;TCF=57;TCR=64;TR=120;WE=131796506;WS=131796488;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,194:0.99:195
chr5	131796573	rs2522049	T	C	3007.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.930;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=48;PP=1229;ReadPosRankSum=1.701;SC=CCTGTAATGGTGGTTGTGAGG;SOR=0.446;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=77;TCF=28;TCR=49;TR=76;WE=131796581;WS=131796563;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,118:0.99:119
chr5	131819798	rs2070731	T	C	4720.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.12;SOR=0.916;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr5	131819798	.	TAG	CAA	2781	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;FR=1.0000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=30;NR=41;PP=2781;QD=20;SC=TGTATGAGGGTAGGGGACGGT;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=74;TCF=31;TCR=43;TR=71;WE=131819808;WS=131819788;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:3,71:0.96:74
chr5	131819800	rs2070730	G	A	4720.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.39;SOR=0.900;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr5	131819921	rs2070729	C	A	1417.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=22;NR=18;PP=972;SC=GCATGGCAGCCGTAGCTAATT;SOR=0.866;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=40;TCF=22;TCR=18;TR=40;WE=131819929;WS=131819911;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr5	131819970	rs7701588	T	C	2843.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.068;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=41.82;ReadPosRankSum=-0.454;SOR=1.574;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,66:0.97:68
chr5	131819977	rs2070728	C	T	3486.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.992;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=41.02;ReadPosRankSum=-0.620;SOR=1.574;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,83:0.98:85
chr5	131821188	rs17848418	C	T	622.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=2;PP=424;SC=CTTCCCTTCCCATGGTGGCTT;SOR=2.636;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=17;TCF=15;TCR=2;TR=17;WE=131821196;WS=131821178;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr5	131821246	rs10068129	G	A	1636.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=31;NR=19;PP=923;SC=GACAATGCAAGCAGCCAGGTG;SOR=1.179;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=50;TCF=31;TCR=19;TR=50;WE=131821254;WS=131821236;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr5	131821738	rs2070726	C	A	601.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=72;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=14;NR=5;PP=447;SC=CCTCCTCTCACCAGCCCCCAC;SOR=2.093;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=19;TCF=14;TCR=5;TR=19;WE=131821746;WS=131821730;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr5	131821788	rs2070725	C	T	999.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=20;NR=8;PP=525;SC=CTAGTGTCCCCGTCGCTTGCC;SOR=1.329;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=28;TCF=20;TCR=8;TR=28;WE=131821796;WS=131821778;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr5	131821866	rs10214312	T	G	3240.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=-1.153;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=26;PP=1400;ReadPosRankSum=-0.829;SC=GGAGTTCTGATCATCTTTTCT;SOR=0.322;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=70;TCF=44;TCR=26;TR=69;WE=131821874;WS=131821856;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,123:0.99:124
chr5	131822055	rs9282762	T	C	6277.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.084;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=250;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=92;NR=79;PP=2934;ReadPosRankSum=-1.515;SC=TGACAGCACATGGCGACAGTG;SOR=0.842;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=172;TCF=92;TCR=80;TR=171;WE=131822063;WS=131822045;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,243:0.98:247
chr5	131822072	rs2070724	A	G	6934.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.122;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=264;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=93;NR=80;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.978;SC=AGTGCTGGGGAACAGCAGAAG;SOR=0.833;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=174;TCF=93;TCR=81;TR=173;WE=131822080;WS=131822062;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,257:0.98:261
chr5	131822133	rs9282763	T	C	10029.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=1.100;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=385;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=119;NR=99;PP=2965;ReadPosRankSum=1.611;SC=TCGAGCGCCCTCCGACCAACC;SOR=0.822;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=218;TCF=119;TCR=99;TR=218;WE=131822141;WS=131822123;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,377:0.99:381
chr5	131822224	rs9282761	T	C	8546.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.168;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=333;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=103;NR=102;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.468;SC=CTGTGGGGTCTCCTGCCAGAC;SOR=0.706;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=206;TCF=104;TCR=102;TR=205;WE=131822232;WS=131822214;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,320:0.99:324
chr5	131823862	rs35829610	C	CTG	894.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=15;PP=825;SC=CTGGCTTGGACACCCATCTTG;SOR=3.160;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=18;TCF=2;TCR=16;TR=17;WE=131823870;WS=131823852;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr5	131892357	rs2706335	C	T	5494.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=53;NR=54;PP=2011;SC=AGTTTTGACACGAACTGACCC;SOR=0.703;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=107;TCF=53;TCR=54;TR=107;WE=131892365;WS=131892347;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,211:1.00:211
chr5	131892979	rs4526098	G	A	4056.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=72;NR=34;PP=2129;SC=GCCTTTGTGGGCTCCAGGTCC;SOR=1.288;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=108;TCF=74;TCR=34;TR=106;WE=131892987;WS=131892969;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,150:1.00:150
chr5	131915213	rs17166050	G	A	433.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=11;PP=293;SC=CCCTTAAATAGACTTTGTAGT;SOR=2.448;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=2;TCR=11;TR=13;WE=131915221;WS=131915203;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr5	131973663	rs2074369	T	C	235.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=8;NR=0;PP=191;SC=ATTGTTTTCCTCTGGTAATGT;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=8;TCR=0;TR=8;WE=131973671;WS=131973660;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr5	132035252	.	C	CT	178.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.483;ClippingRankSum=0.000;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.23;MQRankSum=0.000;QD=4.58;ReadPosRankSum=-0.683;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,17:0.44:39
chr5	132036252	rs1468216	T	C	7122.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=278;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=75;NR=67;PP=2190;SC=TACTGGACCATGTTCCTCCCC;SOR=0.752;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=142;TCF=75;TCR=67;TR=142;WE=132036260;WS=132036242;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,278:1.00:278
chr5	132036489	rs1468215	A	T	331.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=11;PP=273;SC=TGAGTAATAAAAGTCTCAAAA;SOR=4.977;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=0;TCR=11;TR=11;WE=132036497;WS=132036479;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr5	132038199	rs3213639	C	T	2519.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.979;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=26;PP=1356;ReadPosRankSum=-0.637;SC=AAAGAACTCCCTTTTAAAAAA;SOR=0.440;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=75;TCF=46;TCR=29;TR=71;WE=132038207;WS=132038189;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,95:0.99:96
chr5	132039132	rs2285700	C	A	803.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=17;NR=6;PP=501;SC=ATCATGAATTCATCTCAATTC;SOR=1.688;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=17;TCR=6;TR=23;WE=132039140;WS=132039122;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr5	132046789	rs11740584	G	C	3558.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=29;NR=62;PP=1954;SC=TATCCTGTACGAAGTCATTAG;SOR=1.452;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=93;TCF=30;TCR=63;TR=91;WE=132046797;WS=132046779;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chr5	132056147	rs2074529	C	A	1909.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=39;NR=14;PP=1085;SC=TTTCATTCATCTATGCTCTCT;SOR=1.678;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=53;TCF=39;TCR=14;TR=53;WE=132056155;WS=132056137;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr5	132070242	rs7732520	C	T	288.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=6;PP=139;SC=AATTTATAAACTTTAAAAGGC;SOR=1.802;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=2;TCR=6;TR=8;WE=132070250;WS=132070232;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr5	132098242	rs30510	A	G	5637.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-2.398;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.109;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=66;PP=2138;ReadPosRankSum=1.137;SC=TCTGGACCCCATTGCTGACCA;SOR=0.310;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=128;TCF=62;TCR=66;TR=127;WE=132098250;WS=132098232;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,222:1.00:223
chr5	132149322	.	G	GGCCGCCGCC	1240.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=3;PP=2985;SC=CCATGGCGCTGGCCGCCGCCG;SOR=2.494;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=17;TCF=12;TCR=5;TR=15;WE=132149330;WS=132149312;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr5	132149684	rs40274	G	C	3188.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=40;NR=28;PP=1461;SC=CCCTTGGTCCGGGTGCCGCGG;SOR=0.896;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=69;TCF=41;TCR=28;TR=68;WE=132149692;WS=132149674;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr5	132150024	rs4266393	C	G	869.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=17;PP=522;SC=CGGAGGAGCCCGGCCTGCGCC;SOR=1.839;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=6;TCR=17;TR=23;WE=132150032;WS=132150014;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr5	132150132	rs115553646	C	A	531.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=7;PP=329;SC=TGGGCCCGGGCCGCTCCCCGC;SOR=1.230;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=20;TCF=12;TCR=8;TR=19;WE=132150140;WS=132150122;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr5	132150948	rs40470	T	G	6216.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=237;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=65;NR=75;PP=2751;SC=TGCCCAGTTTTCCTCCAACAA;SOR=0.829;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=140;TCF=65;TCR=75;TR=140;WE=132150956;WS=132150938;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,233:1.00:233
chr5	132198100	rs10491279	C	T	5716.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.829;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=73;NR=67;PP=2487;ReadPosRankSum=0.043;SC=AAGACTTTGGCTCCTTTATCA;SOR=0.384;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=141;TCF=73;TCR=68;TR=140;WE=132198108;WS=132198090;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,223:0.99:226
chr5	132198287	rs254285	C	G	698.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=19;PP=562;SC=GCTTGAAAATCAGTCAACACA;SOR=4.712;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=20;TCF=1;TCR=19;TR=20;WE=132198295;WS=132198277;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr5	132220748	rs45441396	C	T	686.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.41;SOR=0.846;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr5	132220941	rs142786008	CGTGTGT	CGT,C	298.73	.	AC=2,0;AF=1.00,0.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=3;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;NF=0,0;NR=6,6;PP=69,277;SC=CACCAAAATACGTGTGTGTGT;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=6,6;WE=132220954;WS=132220931;set=Intersection	GT:AF:DP	1/1:1.00:8
chr5	132227677	rs6596093	A	G	1050.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=24;NR=10;PP=712;SC=CTGACTTACCACCTTCACAGT;SOR=1.923;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=34;TCF=24;TCR=10;TR=34;WE=132227685;WS=132227667;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr5	132228133	rs11739417	A	G	901.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=20;PP=527;SC=TTCTCCACACAGTAATACAGG;SOR=1.418;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=9;TCR=20;TR=29;WE=132228141;WS=132228123;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr5	132234152	rs34099243	C	CG	486.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=11;PP=521;SC=ACATCCAAATCGACAACCAAC;SOR=3.912;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=12;TCF=1;TCR=11;TR=12;WE=132234160;WS=132234142;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr5	132270663	rs10039125	T	A	1112.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=7;NR=29;PP=808;SC=AATAAAATTATAAAATGAGCA;SOR=2.554;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=37;TCF=7;TCR=30;TR=36;WE=132270671;WS=132270653;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr5	132273031	rs2288387	T	C	85.90	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.383;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=14.32;ReadPosRankSum=1.383;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,5:0.83:6
chr5	132334252	rs3087646	A	G	2936.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=34;NR=20;PP=987;SC=TCAGTCCATCAGTCCAATATG;SOR=0.960;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=54;TCF=34;TCR=20;TR=54;WE=132334260;WS=132334242;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr5	132335951	rs2059783	A	G	4443.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=48;NR=70;PP=2166;SC=CCCCCAAATCATTTTACTCTG;SOR=0.983;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=118;TCF=48;TCR=70;TR=118;WE=132335959;WS=132335941;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,170:1.00:170
chr5	132362336	rs147467222	A	AG	309.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.67;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;MQ=60.63;NF=1;NR=5;PP=376;SC=CAGGCTTCTAAGGGGAGGTAT;SOR=1.802;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=7;TCF=1;TCR=6;TR=6;WE=132362344;WS=132362326;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr5	132433049	rs55643445	G	T	2561.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.235;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.62;ReadPosRankSum=1.489;SOR=0.375;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,99:0.99:100
chr5	132546059	rs3828692	G	A	579.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=14;PP=357;SC=GTATGCATGGGCATCACTCCT;SOR=2.200;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=4;TCR=14;TR=18;WE=132546067;WS=132546049;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr5	132560774	rs72803107	G	A	1350.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=22;NR=12;PP=676;SC=TGGTCAATTGGTGCCCTCCCT;SOR=1.157;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=22;TCR=12;TR=34;WE=132560782;WS=132560764;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr5	132561277	rs2241583	G	A	1696.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=25;NR=15;PP=709;SC=TATACCTCTCGTTTCCATTCC;SOR=1.078;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=41;TCF=25;TCR=16;TR=40;WE=132561285;WS=132561267;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr5	132648472	rs115391487	G	A	2075.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=25;NR=25;PP=962;SC=AGCACATGCTGTGGGGTGAGG;SOR=0.742;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=51;TCF=26;TCR=25;TR=50;WE=132648480;WS=132648462;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr5	132652281	rs17683306	C	T	3900.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.578;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=47;PP=1535;ReadPosRankSum=0.645;SC=TGGCTGCAGACGGGTCTGGAG;SOR=0.719;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=95;TCF=47;TCR=48;TR=93;WE=132652289;WS=132652271;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,154:0.99:156
chr5	133316325	.	T	TAA	449.74	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.359;ClippingRankSum=0.000;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.99;ReadPosRankSum=-1.210;SOR=1.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,21:0.84:25
chr5	133316707	.	CT	C	223.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.132;ClippingRankSum=0.000;DP=100;ExcessHet=3.0103;FS=2.155;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.01;MQRankSum=1.746;QD=2.76;ReadPosRankSum=-0.007;SOR=1.019;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:53,28:0.35:81
chr5	133328560	rs10491289	A	G	3795.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-1.524;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=43;PP=1965;ReadPosRankSum=-0.606;SC=CAGGTCTCCTAAACAGTTATC;SOR=0.375;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=111;TCF=67;TCR=44;TR=109;WE=133328568;WS=133328550;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,146:0.99:147
chr5	133450497	rs173424	A	G	56.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=18.76;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr5	133537438	rs2302598	T	A	1064.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.61;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=14;NR=7;PP=358;SC=TTAAAAAATATCCCCAAAGGG;SOR=1.127;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=14;TCR=7;TR=21;WE=133537446;WS=133537428;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr5	133537479	rs2302599	T	G	1848.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=27;NR=13;PP=644;SC=CATAAGCACCTGAACACTAAA;SOR=1.150;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=27;TCR=13;TR=40;WE=133537487;WS=133537469;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr5	133541548	rs2239543	A	G	795.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=20;NR=6;PP=534;SC=TAACTGGGGGAAAAAAAACTT;SOR=1.739;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=20;TCR=6;TR=26;WE=133541556;WS=133541538;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr5	133561589	rs3863186	G	C	7938.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=304;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=78;NR=106;PP=2965;SC=GCTCCGCGCTGCTCCCGCGCC;SOR=0.899;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=184;TCF=78;TCR=106;TR=184;WE=133561597;WS=133561579;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,296:1.00:296
chr5	133655029	.	GA	G	61.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.394;ClippingRankSum=0.000;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.29;ReadPosRankSum=-0.678;SOR=0.598;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,14:0.29:48
chr5	133657610	rs139337657	G	GA	3064.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.240;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.426;NF=7;NR=60;PP=1070;ReadPosRankSum=0.952;SC=ACAGATCAGGGAAAAAAAAAT;SOR=0.870;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=77;TCF=7;TCR=70;TR=67;WE=133657618;WS=133657600;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:7,139:0.95:146
chr5	133896744	rs2589404	A	G	828.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=20;PP=576;SC=TGTGGACAGAAGCCCTTAAGA;SOR=2.468;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=5;TCR=20;TR=25;WE=133896752;WS=133896734;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr5	133897829	rs329304	C	T	3482.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=48;NR=31;PP=1395;SC=ATGCAGCTGACTGCTGACCAG;SOR=1.043;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=79;TCF=48;TCR=31;TR=79;WE=133897837;WS=133897819;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,137:1.00:137
chr5	133900111	rs329311	A	C	3058.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=40;NR=34;PP=1328;SC=CAGCAGACAAACCCCCATTTT;SOR=0.779;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=74;TCF=40;TCR=34;TR=74;WE=133900119;WS=133900101;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr5	133909475	rs329322	G	A	4785.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=53;NR=61;PP=2039;SC=CCCACCTGCCGCCGCCACCTC;SOR=0.807;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=114;TCF=53;TCR=61;TR=114;WE=133909483;WS=133909465;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,184:1.00:184
chr5	133944043	rs201249311	AT	A	134.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.489;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.71;ReadPosRankSum=-0.657;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:55,24:0.30:79
chr5	134007706	.	CTTAT	C	43.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.833;ClippingRankSum=0.000;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=6.107;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.43;ReadPosRankSum=1.073;SOR=0.885;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,3:0.17:18
chr5	134011834	.	C	CT	171.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.916;ClippingRankSum=0.000;DP=127;ExcessHet=3.0103;FS=12.654;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.09;ReadPosRankSum=-1.077;SOR=0.288;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:61,21:0.26:82
chr5	134015523	rs10042142	C	G	449.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=2;NR=12;PP=321;SC=TTATTTACCTCTAGTCAATCC;SOR=3.258;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=14;TCF=2;TCR=12;TR=14;WE=134015531;WS=134015513;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr5	134033777	rs246341	G	A	1405.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=12;NR=35;PP=1035;SC=GCGTAGGACTGAATAATATTT;SOR=2.078;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=12;TCR=35;TR=47;WE=134033785;WS=134033767;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr5	134086670	rs71683382	CA	C	119.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.54;ReadPosRankSum=1.412;SOR=0.756;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:59,19:0.24:78
chr5	134106761	rs35505581	CTCTT	C	144	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=36.00;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr5	134113558	rs254713	G	A	370.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=7;PP=230;SC=TACTTTTTCTGAGTACCAGAG;SOR=0.693;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=6;TCR=7;TR=13;WE=134113566;WS=134113548;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr5	134164284	rs34675300	GT	G	247.92	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.016;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=2.527;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.81;ReadPosRankSum=-0.237;SOR=0.910;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,18:0.86:21
chr5	134344497	rs299376	T	C	1572.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=35;NR=10;PP=985;SC=CCACTGGGTCTGGGCCCTCAG;SOR=2.093;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=45;TCF=35;TCR=10;TR=45;WE=134344505;WS=134344487;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr5	134344929	rs299378	C	G	993.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=19;NR=8;PP=643;SC=GCTTGAGTGGCGGCTGGCCCT;SOR=1.751;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=19;TCR=8;TR=27;WE=134344937;WS=134344919;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr5	134782013	rs17168357	G	A	525.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=14;NR=4;PP=350;SC=CTGTATGTTCGTGTTTAGTGT;SOR=2.093;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=20;TCF=16;TCR=4;TR=18;WE=134782021;WS=134782003;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr5	134782414	rs12518053	G	T	4804.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-0.565;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=69;NR=70;PP=2778;ReadPosRankSum=-0.812;SC=AGATGTTTCCGGGCTCCCTCC;SOR=0.223;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=140;TCF=70;TCR=70;TR=139;WE=134782422;WS=134782404;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,174:0.99:175
chr5	134782450	rs12520799	T	A	5582.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.896;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=68;NR=78;PP=2965;ReadPosRankSum=0.311;SC=GTCTTCCTTCTGCTGCTATGC;SOR=0.804;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=149;TCF=70;TCR=79;TR=146;WE=134782458;WS=134782440;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,207:0.99:209
chr5	134782510	rs12520809	T	C	5940.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.708;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=35;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=74;PP=2330;ReadPosRankSum=-1.664;SC=CTCGAAAGATTGGAGTTGCAG;SOR=0.308;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=128;TCF=53;TCR=75;TR=127;WE=134782518;WS=134782500;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,227:1.00:228
chr5	134782576	rs1031844	T	G	5104.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=-1.611;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=53;PP=2063;ReadPosRankSum=1.313;SC=GCTGGCAAGGTTTTGTTCCTC;SOR=0.259;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=101;TCF=46;TCR=55;TR=99;WE=134782584;WS=134782566;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,190:0.99:191
chr5	134986006	rs801560	G	A	638.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=15;NR=6;PP=422;SC=TCCTTGACTGGTACACTCCAA;SOR=1.708;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=21;TCF=15;TCR=6;TR=21;WE=134986014;WS=134985996;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr5	134986196	rs10045717	C	T	1450.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.573;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=17;PP=619;ReadPosRankSum=1.432;SC=AGGATGACTCCAGGACAAGGG;SOR=0.252;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=36;TCF=19;TCR=17;TR=35;WE=134986204;WS=134986186;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,56:0.98:57
chr5	134986256	rs149152270	A	AAAC	1462.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=40.63;SOR=1.244;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,35:0.97:36
chr5	135138782	rs11738183	T	C	613.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=11;PP=257;SC=TAATATCCTATGGAGGTATTA;SOR=0.941;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=9;TCR=11;TR=20;WE=135138790;WS=135138772;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr5	135178124	rs2304075	T	C	1694.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=20;NR=24;PP=696;SC=GTGTCATCGTTGGCCACCCTC;SOR=0.754;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=44;TCF=20;TCR=24;TR=44;WE=135178132;WS=135178114;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr5	135186075	rs2304077	A	G	5729.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=224;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=68;NR=63;PP=2634;SC=GGCTATGAATAACCTCTGCGC;SOR=0.721;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=131;TCF=68;TCR=63;TR=131;WE=135186083;WS=135186065;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,217:1.00:217
chr5	135188214	rs2304078	G	C	6246.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=240;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=104;NR=71;PP=2965;SC=ACGGCAGCCCGGGGTCCTCAC;SOR=1.025;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=175;TCF=104;TCR=71;TR=175;WE=135188222;WS=135188204;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,234:1.00:234
chr5	135207382	rs2304080	C	T	6018.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.174;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=84;PP=2698;ReadPosRankSum=-0.706;SC=GCCCCTGTGCCGTGTGGCTGG;SOR=0.323;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=147;TCF=62;TCR=85;TR=146;WE=135207390;WS=135207372;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,226:1.00:227
chr5	135215575	rs2269926	A	T	1304.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=34;NR=7;PP=945;SC=AGGCAGCACCACTAGCTATTC;SOR=2.833;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=34;TCR=7;TR=41;WE=135215583;WS=135215565;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr5	135215835	.	CT	C	875.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.728;ClippingRankSum=0.000;DP=93;ExcessHet=3.0103;FS=1.684;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.12;MQRankSum=0.432;QD=13.27;ReadPosRankSum=0.062;SOR=1.270;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:7,59:0.89:66
chr5	135276201	rs1160982	AGTT	A	2932.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=17;NR=13;PP=1455;SC=CAGCACTTACAGTTGTTTTTA;SOR=1.473;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=31;TCF=18;TCR=13;TR=30;WE=135276211;WS=135276191;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr5	135276314	rs40986	C	T	3213.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=35;NR=40;PP=1384;SC=CTAAGACTCCCAAAGATGAGT;SOR=0.850;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=75;TCF=35;TCR=40;TR=75;WE=135276322;WS=135276304;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr5	135276701	rs31548	T	C	2703.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=37;NR=25;PP=1290;SC=TGAGAATTTTTCCCAACTTCC;SOR=1.007;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=63;TCF=38;TCR=25;TR=62;WE=135276709;WS=135276691;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr5	135276814	rs2066913	G	A	3948.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=32;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=41;NR=44;PP=1739;SC=TCTCAAGCGAGACTCATGTTA;SOR=0.706;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=85;TCF=41;TCR=44;TR=85;WE=135276822;WS=135276804;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,149:1.00:149
chr5	135276847	rs31547	T	C	2930.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=33;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=32;NR=40;PP=1371;SC=TTCGAATTGATGTTGTGAGTG;SOR=0.786;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=72;TCF=32;TCR=40;TR=72;WE=135276855;WS=135276837;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr5	135277394	rs11376205	G	GT	884.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-1.147;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=17;PP=529;ReadPosRankSum=0.776;SC=TGTTGTTGTTGTTTTTTTAAT;SOR=0.416;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=23;TCF=2;TCR=21;TR=19;WE=135277402;WS=135277384;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,37:0.97:38
chr5	135283222	rs977691	T	A	954.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-1.839;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=26;PP=692;ReadPosRankSum=-0.876;SC=TATCTGGGCTTCAGTAATCTT;SOR=1.455;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=32;TCF=5;TCR=27;TR=31;WE=135283230;WS=135283212;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,35:0.97:36
chr5	135287029	rs31517	T	C	4236.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=46;NR=67;PP=1842;SC=GAGCACAAGATGTCCACACCC;SOR=1.008;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=113;TCF=46;TCR=67;TR=113;WE=135287037;WS=135287019;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,165:1.00:165
chr5	135365006	rs4976361	A	G	358.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=5;NR=6;PP=154;SC=ACCTTGCAGCATGGAGCGCTC;SOR=0.818;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=11;TCF=5;TCR=6;TR=11;WE=135365014;WS=135364996;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr5	135379612	rs4976464	A	G	1033.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=25;NR=7;PP=733;SC=CTTAGCAAATAACTCCTAAGA;SOR=2.179;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=25;TCR=7;TR=32;WE=135379620;WS=135379602;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr5	135382989	rs1442	G	C	3412.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=45;NR=38;PP=1575;SC=GTGCCCGGCTGCTGAAAGCCG;SOR=0.772;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=83;TCF=45;TCR=38;TR=83;WE=135382997;WS=135382979;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,129:1.00:129
chr5	135496820	.	CA	C	109.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.198;ClippingRankSum=0.000;DP=83;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.64;ReadPosRankSum=1.706;SOR=0.661;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:47,20:0.30:67
chr5	135513085	rs55765823	T	TC	4451.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=45;PP=2316;SC=GGATTGAGATTATCTTCATGG;SOR=1.009;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=50;TCF=4;TCR=46;TR=49;WE=135513093;WS=135513075;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr5	135528292	.	C	G	517.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=11;PP=309;SC=GCCTCCATGGCGCGCCCCTCC;SOR=1.609;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=4;TCR=11;TR=15;WE=135528300;WS=135528282;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr5	135700760	rs11307237	GA	G	455.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=14;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=5;PP=311;SC=TTCTATAAAAGAAAAAAAAAA;SOR=2.833;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=19;TCF=14;TCR=5;TR=18;WE=135700768;WS=135700750;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr5	135700900	rs11404834	G	GA	2194.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.743;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=31;PP=642;ReadPosRankSum=0.677;SC=ACCTCTACTGGAAAAAAAAAT;SOR=0.715;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=49;TCF=15;TCR=34;TR=43;WE=135700908;WS=135700890;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,94:0.98:96
chr5	136315200	rs3217011	AT	A	5310.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQ=60.08;NF=5;NR=61;PP=2919;SC=AGACATGCAGATGATACTCGG;SOR=1.574;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=67;TCF=5;TCR=62;TR=66;WE=136315208;WS=136315190;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,134:1.00:134
chr5	136833955	.	C	CCA	866.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.381;ClippingRankSum=0.000;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.67;MQRankSum=0.505;QD=21.14;ReadPosRankSum=-1.327;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,34:0.83:41
chr5	137206560	rs6890689	A	C	7254.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=269;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=86;NR=98;PP=2965;SC=TGCTTCTCCCAAGCAGCATGC;SOR=0.840;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=184;TCF=86;TCR=98;TR=184;WE=137206568;WS=137206550;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,260:1.00:260
chr5	137241856	rs700605	T	C	1482.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=35;NR=11;PP=1012;SC=ATATAAATGCTTGAAATGAAC;SOR=1.938;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=46;TCF=35;TCR=11;TR=46;WE=137241864;WS=137241846;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr5	137244517	rs1880458	G	A	2226.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=20;NR=28;PP=858;SC=GTCCCGTTGTGTTAAAGACAT;SOR=0.892;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=48;TCF=20;TCR=28;TR=48;WE=137244525;WS=137244507;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr5	137257288	rs4304074	A	G	623.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=12;NR=6;PP=393;SC=GTATGTACATAAAGGTATATA;SOR=1.329;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=18;TCF=12;TCR=6;TR=18;WE=137257296;WS=137257278;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr5	137259179	rs12187140	T	C	1173.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=18;NR=20;PP=716;SC=GGCAGAAGGCTAGATTTTGAA;SOR=0.784;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=18;TCR=20;TR=38;WE=137259187;WS=137259169;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr5	137259251	rs13188503	C	T	966.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=20;PP=628;SC=CTAAGACAAACCTCATATAGT;SOR=1.061;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=14;TCR=20;TR=34;WE=137259259;WS=137259241;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr5	137271968	rs7701617	T	G	417.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=4;PP=263;SC=ACATGAAAGTTTATTACTGAC;SOR=1.609;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=10;TCR=4;TR=14;WE=137271976;WS=137271958;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr5	137272149	.	C	CT	240.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.599;ClippingRankSum=0.000;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=3.312;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.28;MQRankSum=0.830;QD=7.52;ReadPosRankSum=-1.724;SOR=0.470;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,19:0.59:32
chr5	137281708	rs1125979	A	C	2724.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=34;NR=31;PP=1284;SC=AAAAAAAGAAATTGTCTAGTC;SOR=0.712;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=65;TCF=34;TCR=31;TR=65;WE=137281716;WS=137281698;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr5	137292133	rs3836896	C	CA	3712.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-1.445;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=36;PP=1836;ReadPosRankSum=1.534;SC=CCATAAAAGGCAAAAAAACTA;SOR=0.349;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=68;TCF=26;TCR=42;TR=61;WE=137292141;WS=137292123;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,147:0.99:148
chr5	137295823	rs9327802	T	C	338.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.20;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr5	137297923	rs4835738	C	T	428.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=12;NR=0;PP=272;SC=CAAATCCAAACATTTATGGGT;SOR=4.047;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=12;TCR=0;TR=12;WE=137297931;WS=137297921;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr5	137323117	rs7714536	A	G	669.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=18;NR=5;PP=497;SC=CAATTTTATAACATTTAATAA;SOR=2.124;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=24;TCF=18;TCR=6;TR=23;WE=137323125;WS=137323107;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr5	137342589	rs3756686	T	C	979.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=31;NR=2;PP=833;SC=CTTTCACATATAGTTACAGTT;SOR=4.680;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=33;TCF=31;TCR=2;TR=33;WE=137342597;WS=137342579;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr5	137347403	rs12187885	G	A	629.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=14;NR=9;PP=403;SC=CACCGTGCCCGGCCTCACATA;SOR=1.136;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=23;TCF=14;TCR=9;TR=23;WE=137347411;WS=137347393;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr5	137347498	rs10064910	G	A	1462.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=18;NR=21;PP=789;SC=AAGAATTTGCGGACCAAATTT;SOR=0.931;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=39;TCF=18;TCR=21;TR=39;WE=137347506;WS=137347488;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr5	137354851	rs66908638	CA	C	251.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=11;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=8;PP=159;SC=AAATGAAAGACAAAAAAAAAA;SOR=2.833;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=11;TCF=1;TCR=10;TR=9;WE=137354859;WS=137354841;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr5	137372207	rs6596419	A	T	5283.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=72;NR=55;PP=2369;SC=CTCTGAGCAGATCCATTGAAG;SOR=0.890;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=127;TCF=72;TCR=55;TR=127;WE=137372215;WS=137372197;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,198:1.00:198
chr5	137420376	rs4835762	T	C	1648.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=28;PP=719;SC=GTGAATGGAGTGGGGCTTGCA;SOR=1.214;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=42;TCF=14;TCR=28;TR=42;WE=137420384;WS=137420366;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr5	137426447	rs6596422	G	A	4060.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=61;NR=39;PP=1991;SC=GCGCAGAGGCGGAACTGATCT;SOR=1.022;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=101;TCF=62;TCR=39;TR=100;WE=137426455;WS=137426437;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,152:1.00:152
chr5	137427274	rs3860103	G	C	651.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=5;NR=15;PP=437;SC=TAGAGTGTTGGATTTTTTATC;SOR=1.931;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=5;TCR=15;TR=20;WE=137427282;WS=137427264;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr5	137454358	rs6878575	C	G	111.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=0;PP=54;SC=ATTTTTAGTACAGACGGGGTT;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=4;TCR=0;TR=3;WE=137454366;WS=137454348;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr5	137476416	rs412051	T	C	5059.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=58;NR=59;PP=2060;SC=CAGGACTTCTTGCCGCATCTC;SOR=0.693;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=118;TCF=58;TCR=60;TR=117;WE=137476424;WS=137476406;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,192:1.00:192
chr5	137485292	rs217270	C	T	291.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=7;NR=2;PP=133;SC=AACAGAAGTACGAATCTTAAC;SOR=1.802;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=7;TCR=2;TR=9;WE=137485300;WS=137485282;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr5	137500665	rs11750814	G	A	4082.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.002;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=52;PP=1885;ReadPosRankSum=-1.041;SC=CTTGTTTTCCGTTTCCTCAAA;SOR=0.988;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=87;TCF=35;TCR=52;TR=87;WE=137500673;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,152:0.99:154
chr5	137506434	rs13155519	G	A	1190.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=20;NR=12;PP=562;SC=CTAAAGGGACGGCAATTGGAG;SOR=1.203;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=32;TCF=20;TCR=12;TR=32;WE=137506442;WS=137506424;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr5	137507104	rs11303706	TA	T	1236.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.145;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FS=0.881;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.08;MQRankSum=0.604;QD=10.48;ReadPosRankSum=-0.745;SOR=0.543;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,93:0.79:118
chr5	137513369	rs10671440	G	GA,GAA	1425.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.352;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.46;MQRankSum=0.434;QD=21.28;ReadPosRankSum=-1.840;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:6,19,42:0.28,0.63:67
chr5	137524951	.	G	GT	32.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.347;ClippingRankSum=0.000;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=3.967;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.02;ReadPosRankSum=0.205;SOR=0.646;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,7:0.22:32
chr5	137589876	.	C	CT	330.82	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.221;ClippingRankSum=0.000;DP=89;ExcessHet=3.0103;FS=7.579;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.36;MQRankSum=0.938;QD=6.62;ReadPosRankSum=1.975;SOR=3.113;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,29:0.58:50
chr5	137661434	rs3734165	T	C	620.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=1;PP=409;SC=CTATGTCTCATTATGATACCA;SOR=3.816;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=18;TCF=17;TCR=1;TR=18;WE=137661442;WS=137661424;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr5	137664241	rs11567968	A	G	2414.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.510;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=41;PP=1135;ReadPosRankSum=-1.184;SC=ATAAAGAATCAGTAAAAGGAG;SOR=0.711;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=64;TCF=21;TCR=43;TR=61;WE=137664249;WS=137664231;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,94:0.97:97
chr5	137673623	rs56316522	C	A	2600.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.876;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=23;PP=1280;ReadPosRankSum=0.702;SC=GGAGGGAGGGCAGGGGCGATG;SOR=1.156;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=65;TCF=41;TCR=24;TR=63;WE=137673631;WS=137673613;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,97:0.98:99
chr5	137682714	rs2269953	T	G	496.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=12;PP=326;SC=AAGTGTCGAGTCCCCAAGGCT;SOR=1.863;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=4;TCR=12;TR=16;WE=137682722;WS=137682704;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr5	137708434	rs4835678	C	T	4076.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=53;NR=52;PP=1923;SC=AGGAAGTTATCGTGCTTCTGC;SOR=0.693;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=105;TCF=53;TCR=52;TR=105;WE=137708442;WS=137708424;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,154:1.00:154
chr5	137710013	rs12522867	T	G	992.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=18;PP=522;SC=GTGCAATGGCTCGATCTCGGC;SOR=1.179;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=28;TCF=10;TCR=18;TR=28;WE=137710021;WS=137710003;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr5	137717265	rs6865472	G	A	2593.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=27;NR=32;PP=934;SC=GGATAATTCAGCGCCTCAAAG;SOR=0.712;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=59;TCF=27;TCR=32;TR=59;WE=137717273;WS=137717255;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr5	137733891	rs17294563	A	G	1613.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=26;NR=15;PP=878;SC=GAAAAGGGGTACTCCGTGTGG;SOR=1.123;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=41;TCF=26;TCR=15;TR=41;WE=137733899;WS=137733881;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr5	137735754	rs4835680	A	T	641.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=13;PP=371;SC=GGTATGTCCAAGATGTTGTGG;SOR=1.519;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=18;TCF=5;TCR=13;TR=18;WE=137735762;WS=137735744;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr5	137754695	rs7726234	T	C	2850.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.740;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=40;PP=1251;ReadPosRankSum=-1.071;SC=CCTTCTCTGGTGGAGGAGGAC;SOR=0.729;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=77;TCF=37;TCR=40;TR=76;WE=137754703;WS=137754685;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,112:0.98:114
chr5	137754808	rs7706614	G	A	2191.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=39;PP=1098;ReadPosRankSum=-1.238;SC=GCATCAAATAGCAATAGTGAA;SOR=0.739;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=70;TCF=28;TCR=42;TR=65;WE=137754816;WS=137754798;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:5,89:0.95:94
chr5	137760048	rs41300795	G	A	548.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=7;PP=190;SC=AGAATAAGTCGTTCCAAGGGC;SOR=0.874;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=12;TCF=5;TCR=7;TR=12;WE=137760056;WS=137760038;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr5	137760083	rs740077	A	C	321.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=8;PP=200;SC=CCTACCACAGATACCTGGACA;SOR=1.981;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=2;TCR=8;TR=10;WE=137760091;WS=137760073;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr5	137763894	rs60807705	G	GT	157.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.377;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=2.218;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.28;ReadPosRankSum=0.371;SOR=1.508;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,12:0.71:17
chr5	137766066	rs61749634	G	A	3778.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-2.893;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.839;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=61;PP=1842;ReadPosRankSum=-1.312;SC=GGGCTATTGTGCAGTTCCTAG;SOR=0.225;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=97;TCF=34;TCR=63;TR=95;WE=137766074;WS=137766056;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,141:0.99:143
chr5	137775581	rs982085	C	G	1812.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=17;NR=36;PP=1033;SC=GAGGACGCTCCGTGGCCTTCA;SOR=1.574;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=53;TCF=17;TCR=36;TR=53;WE=137775589;WS=137775571;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr5	137775613	rs72803898	G	A	1054.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-0.738;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=28;PP=748;ReadPosRankSum=-0.974;SC=CAGCCACACTGTGGAGCTGTG;SOR=1.378;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=36;TCF=8;TCR=28;TR=36;WE=137775621;WS=137775603;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,38:0.97:39
chr5	137776931	rs2269947	C	T	942.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=18;NR=12;PP=716;SC=TCCCACACAGCGCCTCCAACA;SOR=1.143;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=30;TCF=18;TCR=12;TR=30;WE=137776939;WS=137776921;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr5	137777269	rs12516269	A	G	2582.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.256;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=46;PP=1363;ReadPosRankSum=2.189;SC=TGACAATTTCATGGGGTCCTT;SOR=1.190;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=71;TCF=24;TCR=47;TR=70;WE=137777277;WS=137777259;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,101:0.96:105
chr5	137780336	rs4835794	T	C	2882.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=45;NR=33;PP=1676;SC=CCAAAGTGACTTGGCAGGGCT;SOR=1.000;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=78;TCF=45;TCR=33;TR=78;WE=137780344;WS=137780326;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr5	137844274	rs2242599	A	G	746.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=17;PP=517;SC=TAAGCACCTCACCGGAAGCAG;SOR=2.925;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=19;TCF=2;TCR=17;TR=19;WE=137844282;WS=137844264;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr5	137846155	rs4835685	A	G	4766.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=44;NR=56;PP=2374;SC=CAATTAGTATAAGGTTTGGTT;SOR=0.831;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=103;TCF=47;TCR=56;TR=100;WE=137846163;WS=137846145;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,184:1.00:184
chr5	137847078	.	TACACACACAC	T	668.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=9;PP=229;SC=ATCACGTACATACACACACAC;SOR=0.693;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=13;TCF=4;TCR=9;TR=13;WE=137847102;WS=137847068;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr5	137847092	.	TAC	T	68.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.832;ClippingRankSum=0.000;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=62.50;MQRankSum=0.623;QD=4.58;ReadPosRankSum=-0.065;SOR=0.646;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,5:0.33:15
chr5	137849526	rs10077407	C	T	1067.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=18;PP=462;SC=AAACCTTCTACGGAATAATTT;SOR=1.347;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=24;TCF=6;TCR=18;TR=24;WE=137849534;WS=137849516;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr5	137892170	rs10117	G	A	1790.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=32;NR=15;PP=923;SC=AACAGCTTCAGTGATGCCTGC;SOR=1.318;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=47;TCF=32;TCR=15;TR=47;WE=137892178;WS=137892160;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr5	137896597	rs10652442	A	AT	415.92	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.517;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=4.298;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.40;ReadPosRankSum=0.285;SOR=0.188;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,27:0.68:40
chr5	137897589	rs256007	A	C	595.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=15;PP=458;SC=TGCAAAACCAAAGGGAGGGTG;SOR=2.093;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=5;TCR=15;TR=20;WE=137897597;WS=137897579;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr5	137902868	rs71574426	GA	G	198.87	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=-1.221;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.6261;FS=0.000;HP=10;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=4;PP=63;ReadPosRankSum=-0.134;SC=AATGATTTGTGAAAAAAAAAA;SOR=0.368;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=6;TCF=1;TCR=5;TR=5;WE=137902876;WS=137902858;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,12:0.92:13
chr5	137909674	rs41294566	GAGA	G	997.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=8;NR=12;PP=909;SC=AATAATTACAGAGAAGAATAA;SOR=0.776;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=22;TCF=8;TCR=14;TR=20;WE=137909684;WS=137909664;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr5	138148064	rs13154573	T	C	1790.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.075;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=35;PP=1101;ReadPosRankSum=-1.162;SC=ATTCTGTGTGTTTTCTGAAAG;SOR=1.437;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=50;TCF=15;TCR=35;TR=50;WE=138148072;WS=138148054;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,65:0.97:67
chr5	138216625	rs5871683	G	GA,GAA	385.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.201;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.84;ReadPosRankSum=-0.195;SOR=0.487;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:5,13,8:0.50,0.31:26
chr5	138221989	rs288028	G	C	1861.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.673;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=22;PP=750;ReadPosRankSum=-0.653;SC=CAGGTAATCTGGATGAAAGTG;SOR=0.720;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=47;TCF=25;TCR=22;TR=47;WE=138221997;WS=138221979;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,73:0.97:75
chr5	138266546	rs1059110	G	A	4523.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.899;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=51;PP=2119;ReadPosRankSum=-1.355;SC=AAAATACATCGGATGTCATCA;SOR=0.717;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=104;TCF=53;TCR=51;TR=103;WE=138266554;WS=138266536;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,168:0.99:170
chr5	138356756	rs10077896	G	A	333.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.84;SOR=0.976;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr5	138356775	rs10077796	C	A	416.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=9;NR=6;PP=232;SC=ATGTCAGTAGCAACAGGCACA;SOR=1.061;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=15;TCF=9;TCR=6;TR=15;WE=138356783;WS=138356765;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr5	138456815	rs3088052	T	C	2352.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=34;NR=30;PP=965;SC=CTTTTCTCTCTGTTTCTTTGG;SOR=0.780;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=64;TCF=34;TCR=30;TR=64;WE=138456823;WS=138456805;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr5	138456994	rs11750382	G	A	251.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=1;NR=8;PP=187;SC=CTGGACACTCGCAATTCCTTT;SOR=3.056;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=9;WE=138457002;WS=138456984;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr5	138473077	rs11431215	C	CA	3442.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=40;PP=2331;SC=AGTTTGGCCCCAAAGCCATGC;SOR=0.745;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=56;TCF=15;TCR=41;TR=55;WE=138473085;WS=138473067;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr5	138642997	rs112107315	A	AT	260.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=10;NR=0;PP=359;SC=TGGCGTTACCATTTTTGAAGC;SOR=4.977;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=11;TCR=1;TR=10;WE=138643005;WS=138642987;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr5	138643062	rs12153162	T	A	836.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.910;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=2.513;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.59;ReadPosRankSum=-1.417;SOR=0.292;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:4,41:0.91:45
chr5	138660881	.	C	CA	52.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.310;ClippingRankSum=0.000;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=6.089;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.72;MQRankSum=0.000;QD=0.96;ReadPosRankSum=0.840;SOR=2.081;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:44,11:0.20:55
chr5	138713959	rs6596474	A	C	1904.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=20;NR=33;PP=877;SC=GGGAGCGAGGAGAAGAGGGCC;SOR=1.288;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=53;TCF=20;TCR=33;TR=53;WE=138713967;WS=138713949;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr5	138714474	rs11950646	G	A	3712.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=44;NR=69;PP=2037;SC=TGTGGGGGCTGCAGCTATCAG;SOR=1.237;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=115;TCF=44;TCR=71;TR=113;WE=138714482;WS=138714464;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,139:1.00:139
chr5	138718476	rs11242461	T	C	422.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=12;PP=285;SC=TCTCCCACTTTGCATTGCTTC;SOR=2.584;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=14;TCF=2;TCR=12;TR=14;WE=138718484;WS=138718466;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr5	138720156	rs12515989	C	T	8215.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=312;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=113;NR=88;PP=2965;SC=GCCCGCCTGCCGGTGTCCACA;SOR=0.898;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=202;TCF=113;TCR=89;TR=201;WE=138720164;WS=138720146;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,309:1.00:309
chr5	138720336	rs6596476	T	C	1701.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=40;PP=1268;SC=CCCCTGCAGATACGGCTCCAT;SOR=3.528;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=46;TCF=6;TCR=40;TR=46;WE=138720344;WS=138720326;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr5	138723168	.	G	GT	210.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.791;ClippingRankSum=0.000;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=2.228;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.14;MQRankSum=1.336;QD=2.89;ReadPosRankSum=-0.095;SOR=1.112;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:50,23:0.32:73
chr5	138724126	rs33937093	TG	T	1246.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=15;NR=13;PP=871;SC=AGGAGGGAGGTGGGGGGCAGG;SOR=1.666;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=30;TCF=16;TCR=14;TR=28;WE=138724134;WS=138724116;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr5	138724457	rs9327846	A	G	381.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=9;PP=217;SC=TGGGATGGGGATGGGGGATGG;SOR=2.303;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=1;TCR=9;TR=10;WE=138724465;WS=138724447;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr5	138728483	rs10078623	A	G	3635.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.62;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=44;NR=33;PP=1647;SC=CTGGGCCTCTACATCCCTGTT;SOR=0.921;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=77;TCF=44;TCR=33;TR=77;WE=138728491;WS=138728473;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,134:1.00:134
chr5	138732579	rs10900862	C	T	3347.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=29;NR=43;PP=1604;SC=CCATGTAGCTCTCCTGCTGCT;SOR=1.104;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=73;TCF=29;TCR=44;TR=72;WE=138732587;WS=138732569;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr5	138738178	rs4074032	C	T	123.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=1;PP=81;SC=GTGATTTGCCCGCCTTGGCCT;SOR=1.022;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=3;TCF=2;TCR=1;TR=3;WE=138738186;WS=138738168;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr5	138754741	rs4835728	T	C	1145.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=15;PP=389;SC=GCACTGTGACTGAAGAGCTAA;SOR=0.874;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=11;TCR=15;TR=26;WE=138754749;WS=138754731;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr5	138773090	rs10900864	A	G	3868.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=42;NR=51;PP=1675;SC=GTTCCTCACTATACGTGGAGT;SOR=0.878;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=93;TCF=42;TCR=51;TR=93;WE=138773098;WS=138773080;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,151:1.00:151
chr5	138775173	rs3923059	T	C	5906.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=54;NR=101;PP=2615;SC=GCCTCCCCCGTGCCCGAGGCT;SOR=1.282;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=155;TCF=54;TCR=101;TR=155;WE=138775181;WS=138775163;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,228:1.00:228
chr5	138852369	rs13153461	G	A	5322.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=1.717;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=58;PP=2169;ReadPosRankSum=-1.104;SC=GCCAGATGGTGGCATCTACCT;SOR=0.419;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=111;TCF=51;TCR=60;TR=107;WE=138852377;WS=138852359;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,202:0.99:205
chr5	138857919	rs1131769	T	C	2105.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=37;NR=19;PP=946;SC=GATGCCAGCATGGTCACCGGT;SOR=1.310;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=56;TCF=37;TCR=19;TR=56;WE=138857927;WS=138857909;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr5	138861146	rs7447927	C	G	3594.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-1.162;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=40;PP=1886;ReadPosRankSum=1.537;SC=CTAGGTGGAGCACCAGGTACC;SOR=0.271;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=86;TCF=46;TCR=40;TR=84;WE=138861154;WS=138861136;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,127:0.99:128
chr5	139213452	rs4912884	A	G	874.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=18;PP=506;SC=TGTGCCTCGTAAAATCCTGGC;SOR=2.303;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=22;TCF=4;TCR=18;TR=22;WE=139213460;WS=139213442;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr5	139216901	rs11440487	A	AG	2950.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=36;PP=1769;SC=GGCACCCCGAAGCCCCAGGCA;SOR=1.085;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=38;TCF=2;TCR=36;TR=38;WE=139216909;WS=139216891;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr5	139227567	.	G	C	976.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.64;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=7;PP=286;SC=CTGCTGGCCCGCGTGCTGTGG;SOR=0.798;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=18;TCF=10;TCR=8;TR=17;WE=139227575;WS=139227557;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr5	139227718	.	G	A	829.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.61;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=12;PP=301;SC=CGTCCGCGTCGTCGTCCGACG;SOR=0.941;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=7;TCR=12;TR=19;WE=139227726;WS=139227708;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr5	139231255	rs75431091	C	T	2154.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.972;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=19;PP=1151;ReadPosRankSum=1.514;SC=GGTGGCCCTGCGCCGCTCCTC;SOR=1.292;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=57;TCF=38;TCR=19;TR=57;WE=139231263;WS=139231245;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,82:0.98:84
chr5	139232797	rs78656209	G	A	396.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=13;PP=328;SC=CCTGAGCGTCGTGGCAGTGAG;SOR=5.283;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=0;TCR=13;TR=13;WE=139232805;WS=139232787;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr5	139494754	.	C	CCA	1008.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.916;ClippingRankSum=0.000;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5005;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.365;NF=0;NR=10;PP=395;ReadPosRankSum=1.403;SC=AATGAAACCCCCACACACACA;SOR=0.278;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=0;TCR=15;TR=10;WE=139494762;WS=139494744;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,30:0.97:31
chr5	139625224	rs11558407	G	A	111.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=4;PP=85;SC=TAGCAGAGTGGGACAGACGCT;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=0;TCR=4;TR=4;WE=139625232;WS=139625214;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr5	139641896	rs6867870	C	A	707.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=20;NR=4;PP=500;SC=CATTTCTTTCCGAGTAAAAGT;SOR=2.584;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=20;TCR=4;TR=24;WE=139641904;WS=139641886;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr5	139660916	rs3777095	G	A	60.78	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.150;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=15.20;ReadPosRankSum=1.150;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,3:0.75:4
chr5	139661279	rs6893253	T	C	318.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=7;PP=233;SC=TTAAACCTTCTTGGCTGAGAA;SOR=2.303;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=2;TCR=7;TR=9;WE=139661287;WS=139661269;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr5	139680027	rs145830713	A	G	1563.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=34;NR=9;PP=1025;SC=CATACATGTTAGTCTCATCTA;SOR=2.093;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=43;TCF=34;TCR=9;TR=43;WE=139680035;WS=139680017;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr5	140027423	rs368962559	G	C	2912.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.913;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=27;PP=1422;ReadPosRankSum=-1.266;SC=TGCACTGTGGGAAAGAGCTTG;SOR=1.077;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=71;TCF=43;TCR=28;TR=69;WE=140027431;WS=140027413;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,108:0.98:110
chr5	140027592	rs70988770	G	GGT	328.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.253;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=8.098;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.15;ReadPosRankSum=-0.387;SOR=0.694;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,17:0.68:25
chr5	140048267	rs2530245	T	C	3352.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=47;NR=36;PP=1582;SC=AGGTGGTATCTGTCTCTGGGA;SOR=0.810;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=83;TCF=47;TCR=36;TR=83;WE=140048275;WS=140048257;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr5	140077699	rs2530234	A	G	1562.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=44;PP=1210;SC=GGGACGAAGTATTTCTGCCTT;SOR=4.534;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=48;TCF=4;TCR=44;TR=48;WE=140077707;WS=140077689;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr5	140167463	rs3733710	C	T	1844.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=35;NR=20;PP=1005;SC=GGAGCTGGAGCTGCTGCAGTT;SOR=1.478;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=55;TCF=35;TCR=20;TR=55;WE=140167471;WS=140167453;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr5	140168070	rs2240696	A	G	3732.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=51;NR=38;PP=1835;SC=GAGGGTGCGTATGTGCCGGGC;SOR=0.937;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=89;TCF=51;TCR=38;TR=89;WE=140168078;WS=140168060;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,135:1.00:135
chr5	140168151	rs2240695	G	T	5088.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=65;NR=56;PP=2517;SC=CAGAGGGTGTGCTCTAGCGAG;SOR=0.760;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=121;TCF=65;TCR=56;TR=121;WE=140168159;WS=140168141;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,184:1.00:184
chr5	140174622	rs9686540	G	A	1775.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.61;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=22;NR=17;PP=704;SC=CGCAGCCTGGGAGGTGGGGAG;SOR=0.723;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=39;TCF=22;TCR=17;TR=39;WE=140174630;WS=140174612;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr5	140174865	rs11167600	G	C	2585.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=43;NR=31;PP=1519;SC=TAGCATCCACGTGGAGGTGAT;SOR=0.976;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=74;TCF=43;TCR=31;TR=74;WE=140174873;WS=140174855;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr5	140180737	rs3806845	C	T	803.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=-2.199;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.274;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=8;PP=295;ReadPosRankSum=-0.384;SC=TATTTTTAAACTTTGGATCAA;SOR=0.507;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=20;TCF=11;TCR=9;TR=19;WE=140180745;WS=140180727;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,33:0.97:34
chr5	140181734	rs3733708	A	G	8108.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=306;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=92;NR=86;PP=2965;SC=GTCATATGAAATCCAGGTAGA;SOR=0.733;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=178;TCF=92;TCR=86;TR=178;WE=140181742;WS=140181724;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,304:1.00:304
chr5	140181892	rs3733707	T	C	4130.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=38;NR=69;PP=2375;SC=CAGTCATCGCTCTGATCAGCG;SOR=1.308;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=107;TCF=38;TCR=69;TR=107;WE=140181900;WS=140181882;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,146:1.00:146
chr5	140182101	rs7701755	G	T	2031.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=30;NR=22;PP=1046;SC=GCCACGGCCAGCGTGTCCGTG;SOR=0.920;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=52;TCF=30;TCR=22;TR=52;WE=140182109;WS=140182091;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr5	140183058	rs2240694	G	A	7202.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=272;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=87;NR=88;PP=2965;SC=CAGAGGGTGTGCTCTGGAGAG;SOR=0.701;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=175;TCF=87;TCR=88;TR=175;WE=140183066;WS=140183048;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,267:1.00:267
chr5	140186438	rs3756337	G	C	1415.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=32;NR=8;PP=896;SC=CAATCAATCAGTGGTACAATG;SOR=2.348;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=40;TCF=32;TCR=8;TR=40;WE=140186446;WS=140186428;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr5	140186657	rs4151680	A	G	2248.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=22;NR=38;PP=1378;SC=GGAACCATATACACTCTTTGG;SOR=1.223;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=60;TCF=22;TCR=38;TR=60;WE=140186665;WS=140186647;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr5	140187048	rs3822349	G	C	809.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=24;NR=5;PP=630;SC=GGATCGACCGGGAGGAGCTGT;SOR=3.180;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=24;TCR=5;TR=29;WE=140187056;WS=140187038;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr5	140187102	rs3822347	A	G	2505.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=47;NR=22;PP=1458;SC=AGGTGATCGTAGACAGGCCGC;SOR=1.408;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=69;TCF=47;TCR=22;TR=69;WE=140187110;WS=140187092;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr5	140187322	rs3822346	C	T	4371.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=63;NR=53;PP=2504;SC=GGAAAAACCACCTGATGACGA;SOR=0.841;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=116;TCF=63;TCR=53;TR=116;WE=140187330;WS=140187312;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,157:1.00:157
chr5	140188383	rs2337987	T	G	1324.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=20;NR=15;PP=564;SC=AGGTGACCGCTCGCGATGCCG;SOR=0.859;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=35;TCF=20;TCR=15;TR=35;WE=140188391;WS=140188373;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr5	140188401	rs2879086	A	G	1735.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=26;NR=19;PP=768;SC=CCGGCGTGCCACCTCTGGGCA;SOR=0.917;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=45;TCF=26;TCR=19;TR=45;WE=140188409;WS=140188391;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr5	140188575	rs2879087	G	C	2556.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=42;NR=27;PP=1373;SC=ATGCTGACTCGGGCTACAACG;SOR=1.061;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=69;TCF=42;TCR=27;TR=69;WE=140188583;WS=140188565;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr5	140201264	rs4151682	C	T	1323.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=34;NR=9;PP=896;SC=CTCAGAAAGGCGATAATATAA;SOR=2.737;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=44;TCF=35;TCR=9;TR=43;WE=140201272;WS=140201254;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr5	140201420	rs11958868	T	C	5399.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=55;NR=66;PP=2068;SC=GGCTTCTCCTTGCCTACTGGA;SOR=0.782;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=122;TCF=55;TCR=67;TR=121;WE=140201428;WS=140201410;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,209:1.00:209
chr5	140203432	rs4141841	C	T	3727.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.123;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=52;PP=1972;ReadPosRankSum=-0.797;SC=CCCGAGGCTGCCCTGGTGGAT;SOR=0.921;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=93;TCF=40;TCR=53;TR=91;WE=140203440;WS=140203422;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,134:0.99:136
chr5	140209467	rs7710794	T	G	4282.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=58;NR=54;PP=2244;SC=TGCGCGCAGTTGACGCCGACT;SOR=0.706;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=113;TCF=58;TCR=55;TR=112;WE=140209475;WS=140209457;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,157:1.00:157
chr5	140214231	rs17844305	C	G	2881.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=48;NR=25;PP=1745;SC=TTTGTGAATTCTCGGATCGAC;SOR=1.274;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=73;TCF=48;TCR=25;TR=73;WE=140214239;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr5	140214381	rs10067182	G	A	3650.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.63;BaseQRankSum=1.068;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.092;NF=38;NR=59;PP=2108;ReadPosRankSum=-0.850;SC=GCGACACAAAGGAATCTGTTC;SOR=1.078;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=101;TCF=41;TCR=60;TR=97;WE=140214389;WS=140214371;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,132:0.99:134
chr5	140221047	rs148828100	G	C	76.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.372;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=9.237;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.24;MQRankSum=-5.651;QD=1.51;ReadPosRankSum=0.913;SOR=2.584;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:43,8:0.16:51
chr5	140221195	rs199713478	G	C	119.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.091;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FS=19.670;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.67;MQRankSum=-4.006;QD=1.43;ReadPosRankSum=0.200;SOR=1.807;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:69,15:0.18:84
chr5	140237548	rs630162	A	G	37.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.385;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=6.29;ReadPosRankSum=0.385;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,3:0.50:6
chr5	140242451	rs11321479	GC	G	2077.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=20;NR=8;PP=1099;SC=ATGTGACGCTGCCAGGTATTA;SOR=1.692;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=30;TCF=21;TCR=9;TR=28;WE=140242459;WS=140242441;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr5	140242479	rs251369	T	A	2291.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=37;NR=12;PP=973;SC=AACGACAACTTTGTCTGCGCT;SOR=1.402;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=50;TCF=37;TCR=13;TR=49;WE=140242487;WS=140242469;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr5	140249884	rs62622798	C	T	2065.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-1.792;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.126;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=31;PP=1396;ReadPosRankSum=1.186;SC=CTGGTGTCCACCTTCAAGAAT;SOR=0.350;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=64;TCF=32;TCR=32;TR=63;WE=140249892;WS=140249874;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,75:0.99:76
chr5	140262492	rs11744560	A	T	4477.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=61;NR=52;PP=2361;SC=TATTACTGACAGCCAGTGATG;SOR=0.770;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=113;TCF=61;TCR=52;TR=113;WE=140262500;WS=140262482;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,160:1.00:160
chr5	140263290	rs251380	T	G	2033.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=1.059;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=39;PP=1277;ReadPosRankSum=-0.777;SC=CGGTGTCTGCTCAGGACGCGG;SOR=1.051;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=63;TCF=24;TCR=39;TR=63;WE=140263298;WS=140263280;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,76:0.97:78
chr5	140307284	rs155361	G	A	4187.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.730;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=1.839;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=66;PP=2166;ReadPosRankSum=-1.019;SC=GGGAAGTCCAGTACTCCCTAA;SOR=0.812;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=116;TCF=48;TCR=68;TR=112;WE=140307292;WS=140307274;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:5,159:0.97:164
chr5	140307969	rs246074	C	G	2209.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=36;NR=26;PP=1341;SC=CTCTAGCTTGCTGGCAGTGGA;SOR=1.003;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=62;TCF=36;TCR=26;TR=62;WE=140307977;WS=140307959;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr5	140309016	rs155360	C	T	1117.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=23;PP=630;SC=ATCAATTGAACTAAACACTCC;SOR=1.981;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=6;TCR=23;TR=29;WE=140309024;WS=140309006;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr5	140346468	rs155364	T	A	4282.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=48;NR=40;PP=1902;SC=TACCTGGCCCTGCGGCCTCCC;SOR=0.801;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=88;TCF=48;TCR=40;TR=88;WE=140346476;WS=140346458;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,154:1.00:154
chr5	140347398	rs12153295	C	T	7134.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=-0.572;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=283;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=83;NR=71;PP=2965;ReadPosRankSum=0.075;SC=CAGGTCACTGCAAGGTGCTGG;SOR=0.441;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=154;TCF=83;TCR=71;TR=154;WE=140347406;WS=140347388;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,271:0.99:274
chr5	140476653	rs1047372	GC	AA	2577.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;JOINED;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=45.59;QD=44.44;SOR=2.468;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr5	140480852	rs12515688	G	A	3836.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=73;NR=49;PP=2517;SC=GGAGCAGCCGGAACTCAGCTT;SOR=1.105;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=122;TCF=73;TCR=49;TR=122;WE=140480860;WS=140480842;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,136:1.00:136
chr5	140481475	rs3733699	A	T	2670.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=22;NR=40;PP=1080;SC=GAGAGACCAGATCCGAGTACA;SOR=1.234;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=62;TCF=22;TCR=40;TR=62;WE=140481483;WS=140481465;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr5	140482483	rs31848	G	A	892.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=41.74;QD=30.79;SOR=2.546;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr5	140502343	rs3733698	CC	TT	5443.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.809;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;JOINED;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=51;PP=2947;ReadPosRankSum=-0.598;SC=GGAAAACAGCCCCCTAGACTC;SOR=0.257;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=93;TCF=38;TCR=55;TR=89;WE=140502352;WS=140502333;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,123:0.99:124
chr5	140530852	rs246708	G	C	5937.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=69;NR=79;PP=2965;SC=TCCTGGACGTGAATGACAATG;SOR=0.847;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=148;TCF=69;TCR=79;TR=148;WE=140530860;WS=140530842;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,207:1.00:207
chr5	140532165	rs17844444	G	A	3995.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.132;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=52;PP=1544;ReadPosRankSum=0.216;SC=CCTCCTCAGGGCACTGAGAGA;SOR=0.623;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=95;TCF=40;TCR=55;TR=90;WE=140532173;WS=140532155;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:5,157:0.97:162
chr5	140552558	rs17096945	T	C	3085.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.974;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=40;PP=1627;ReadPosRankSum=1.009;SC=TCTTACCAACTTGGCAAAAGA;SOR=0.784;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=78;TCF=37;TCR=41;TR=76;WE=140552566;WS=140552548;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,113:0.98:115
chr5	140552774	rs17286891	G	A	4210.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=51;NR=51;PP=1988;SC=TTTCCGTGCTGAACTATGGGT;SOR=0.693;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=103;TCF=52;TCR=51;TR=102;WE=140552782;WS=140552764;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,162:1.00:162
chr5	140553581	rs2910313	G	C	2135.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=19;NR=36;PP=1258;SC=CCAGGACGATGTCCCCTTCAT;SOR=1.194;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=55;TCF=19;TCR=36;TR=55;WE=140553589;WS=140553571;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr5	140553664	rs3733695	G	A	683.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=7;NR=11;PP=361;SC=GGAACACTGAGTACAACATCA;SOR=1.022;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=7;TCR=11;TR=18;WE=140553672;WS=140553654;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr5	140554808	rs6892507	T	A	4529.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=39;NR=68;PP=2309;SC=ATAAAGAATGTAAACTAAATC;SOR=1.172;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=107;TCF=39;TCR=68;TR=107;WE=140554816;WS=140554798;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,165:1.00:165
chr5	140557779	rs202152706	T	C	35.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=40.00;QD=17.87;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr5	140558326	rs2910317	T	C	6151.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.806;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=243;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=-0.046;NF=77;NR=79;PP=2780;ReadPosRankSum=-0.529;SC=TCGATGTCAATGATAATGCCC;SOR=0.718;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=160;TCF=79;TCR=81;TR=156;WE=140558334;WS=140558316;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,239:0.99:241
chr5	140558528	rs3733694	A	G	4462.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.122;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=60;PP=2425;ReadPosRankSum=2.834;SC=AATTCGACTAAAGAAACAACT;SOR=1.008;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=95;TCF=35;TCR=60;TR=95;WE=140558536;WS=140558518;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,158:0.99:160
chr5	140559849	rs17096961	G	A	1008.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.60;SOR=0.954;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr5	140562073	rs4151695	A	C	2575.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=42;NR=21;PP=1180;SC=ACTGCAAAACAGTTCTACTAG;SOR=1.289;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=63;TCF=42;TCR=21;TR=63;WE=140562081;WS=140562063;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr5	140563173	rs28664170	G	T	10713.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.538;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=409;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=125;NR=123;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.696;SC=TCCCCCACAGGTGACCATGTC;SOR=0.229;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=248;TCF=125;TCR=123;TR=248;WE=140563181;WS=140563163;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,405:1.00:406
chr5	140564214	rs61739446	T	C	1360.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=16;NR=18;PP=728;SC=GGTGGTGGCGTTGGCCTCGGT;SOR=0.818;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=34;TCF=16;TCR=18;TR=34;WE=140564222;WS=140564204;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr5	140564594	rs10060104	C	T	901.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-2.783;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=28;PP=717;ReadPosRankSum=-0.654;SC=TGTTCATGCTCACCACCACCA;SOR=4.047;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=30;TCF=1;TCR=29;TR=29;WE=140564602;WS=140564584;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,30:0.97:31
chr5	140568034	rs33974901	C	CA	7857.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=26;NR=70;PP=2957;SC=AATGGAAAGACATTTGCTATG;SOR=0.722;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=99;TCF=26;TCR=73;TR=96;WE=140568042;WS=140568024;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,211:1.00:211
chr5	140568131	rs10040383	A	G	3949.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=33;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=44;NR=55;PP=1948;SC=CAGAGAGAGCAAAGCTGAGTA;SOR=0.898;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=99;TCF=44;TCR=55;TR=99;WE=140568139;WS=140568121;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,148:1.00:148
chr5	140568167	rs2697530	T	A	2429.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=31;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=22;NR=46;PP=1463;SC=CGTCACTGACTTGGGGACACC;SOR=1.504;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=68;TCF=22;TCR=46;TR=68;WE=140568175;WS=140568157;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr5	140572668	rs597064	C	T	3251.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.889;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=53;PP=1817;ReadPosRankSum=2.053;SC=TCCATATTAACATTAGTGGCG;SOR=0.389;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=91;TCF=37;TCR=54;TR=90;WE=140572676;WS=140572658;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,117:0.99:118
chr5	140579358	rs3756323	A	G	2762.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=39;NR=30;PP=1299;SC=ATGGAGAACCAAGGGACACGC;SOR=0.892;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=70;TCF=40;TCR=30;TR=69;WE=140579366;WS=140579348;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr5	140590766	rs2910006	A	G	3688.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=45;NR=33;PP=1538;SC=CAGGTCAAATAAGTTCAAATT;SOR=0.864;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=78;TCF=45;TCR=33;TR=78;WE=140590774;WS=140590756;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,137:1.00:137
chr5	140595106	rs2910329	C	G	892.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.645;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=-0.741;NF=13;NR=22;PP=768;ReadPosRankSum=-0.546;SC=CCTGCACATCCGCAGCGTCAG;SOR=0.569;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=38;TCF=14;TCR=24;TR=35;WE=140595114;WS=140595096;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,31:0.97:32
chr5	140614165	rs73281222	C	T	764.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=20;NR=7;PP=499;SC=AAGGCAAGTGCTGCTTTTCTT;SOR=1.688;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=28;TCF=21;TCR=7;TR=27;WE=140614173;WS=140614155;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr5	140615413	rs3733683	C	G	1042.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=20;PP=660;SC=TGGGGACACCCAGGCTGAAAA;SOR=1.483;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=9;TCR=20;TR=29;WE=140615421;WS=140615403;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr5	140620221	rs138722366	GCCAC	G	1177.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=11;PP=565;SC=AGTTTGTGTAGCCACTCTATC;SOR=1.302;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=13;TCF=1;TCR=12;TR=12;WE=140620236;WS=140620211;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr5	140620228	rs111514971	T	C	1186.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=11;PP=338;SC=GTAGCCACTCTATCAGGTGCA;SOR=1.302;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=5;TCR=11;TR=16;WE=140620236;WS=140620211;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr5	140626529	rs17844564	C	T	700.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-2.017;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=-0.839;NF=18;NR=7;PP=573;ReadPosRankSum=-0.883;SC=TGTTCGTCCGCGAGAACAACA;SOR=1.044;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=26;TCF=19;TCR=7;TR=25;WE=140626537;WS=140626519;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,24:0.96:25
chr5	140626627	rs618096	G	A	2390.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.604;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=-0.992;NF=37;NR=29;PP=1182;ReadPosRankSum=-0.907;SC=CTGCCGCCCCGGGACCCGCAC;SOR=0.852;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=68;TCF=38;TCR=30;TR=66;WE=140626635;WS=140626617;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,93:0.98:95
chr5	140626724	rs3776091	T	G	2088.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-0.455;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=-1.065;NF=25;NR=39;PP=1133;ReadPosRankSum=2.722;SC=CCCTGCAGGCTTTCGAGTTCC;SOR=0.674;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=67;TCF=26;TCR=41;TR=64;WE=140626732;WS=140626714;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,82:0.96:85
chr5	140627605	rs143037265	C	CT	451.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.909;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.463;NF=0;NR=15;PP=338;ReadPosRankSum=-0.686;SC=TTGAATTCTACTTTTTTTTAA;SOR=0.906;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=0;TCR=19;TR=15;WE=140627613;WS=140627595;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,22:0.96:23
chr5	140683265	rs11952797	G	A	9671.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.940;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=359;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=100;NR=138;PP=2965;ReadPosRankSum=2.300;SC=GACCCACTTGGGCGTATGTCT;SOR=0.960;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=240;TCF=101;TCR=139;TR=238;WE=140683273;WS=140683255;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,352:0.99:354
chr5	140710705	rs2472647	G	A	2206.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=31;NR=28;PP=1081;SC=AGGTACCAGAGTCTCATTGCC;SOR=0.843;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=59;TCF=31;TCR=28;TR=59;WE=140710713;WS=140710695;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr5	140719090	rs6861047	G	A	8394.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.500;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=316;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=114;NR=100;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.536;SC=ACGTGCGAAGGGGAGCTGATG;SOR=0.500;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=221;TCF=119;TCR=102;TR=214;WE=140719098;WS=140719080;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:5,307:0.98:312
chr5	140725828	rs7736541	C	T	3797.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=58;NR=53;PP=2122;SC=TTTGTGGGCGCGGACGGGGTT;SOR=0.812;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=111;TCF=58;TCR=53;TR=111;WE=140725836;WS=140725818;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,140:1.00:140
chr5	140750044	rs6860609	T	C	2720.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=43;NR=27;PP=1663;SC=TTAGACCAGGTTCTCTCCGAA;SOR=1.119;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=70;TCF=43;TCR=27;TR=70;WE=140750052;WS=140750034;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr5	140751128	rs2240697	C	G	6695.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.894;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=252;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=98;NR=70;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.959;SC=TAAAAGGAAACTTCCCCTTTA;SOR=0.977;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=168;TCF=98;TCR=70;TR=168;WE=140751136;WS=140751118;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,245:0.99:247
chr5	140774288	rs4912749	T	C	3188.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=71;NR=31;PP=1934;SC=TGGACAGAGATGCGCTCAAGC;SOR=1.715;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=102;TCF=71;TCR=31;TR=102;WE=140774296;WS=140774287;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr5	141016276	rs32954	T	C	11845.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.689;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=447;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=128;NR=126;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.825;SC=GTGTCCCAACTCCTCATGCAT;SOR=0.698;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=254;TCF=128;TCR=126;TR=254;WE=141016284;WS=141016266;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,443:1.00:445
chr5	141034749	.	TAC	T	461.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.16;SOR=1.739;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr5	141034792	rs10537938	TAC	T	222.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.125;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.30;MQRankSum=1.316;QD=7.95;ReadPosRankSum=0.259;SOR=0.856;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,11:0.39:28
chr5	141235896	rs11745262	G	A	889.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.58;QD=25.42;SOR=2.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr5	141235916	rs145694332	TGGGAGGTTAGACAAGGGCCC	T	883.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=57;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=30;PP=2927;SC=ACCTAGGGCCTGGGAGGTTAG;SOR=0.874;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=37;TCF=2;TCR=35;TR=31;WE=141235943;WS=141235906;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr5	141242633	rs14359	C	G	460.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=2;PP=246;SC=TCCGTGTGCCCGGTGAGGCAC;SOR=2.419;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=14;TCF=12;TCR=2;TR=14;WE=141242641;WS=141242623;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr5	141247181	.	TA	T	97.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.465;ClippingRankSum=0.000;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=1.139;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.53;ReadPosRankSum=-0.923;SOR=0.504;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:45,19:0.30:64
chr5	141248963	rs12515587	T	G	3242.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.153;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.433;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=25;PP=1860;ReadPosRankSum=1.637;SC=GTGCCTCAGGTGCTCCATCCT;SOR=1.250;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=76;TCF=50;TCR=26;TR=75;WE=141248971;WS=141248953;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,110:0.99:111
chr5	141304315	.	A	AT	78.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.439;ClippingRankSum=0.000;DP=132;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.85;ReadPosRankSum=-0.495;SOR=0.643;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:75,18:0.19:93
chr5	141309824	rs351260	G	A	1523.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=17;NR=35;PP=930;SC=TGTTTCCATCGCTTTCAACTT;SOR=1.569;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=52;TCF=17;TCR=35;TR=52;WE=141309832;WS=141309814;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr5	141312676	rs7443118	A	T	61.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=55.86;QD=15.26;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr5	141325249	rs105633	T	C	5467.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=54;NR=61;PP=2065;SC=GGAAGGTCCTTGGCTCCTCCG;SOR=0.772;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=115;TCF=54;TCR=61;TR=115;WE=141325257;WS=141325239;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,208:1.00:208
chr5	141335498	rs164515	C	T	8274.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=1.015;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=327;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=93;NR=108;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.929;SC=TTCATTTCCACTGCGGATGCT;SOR=0.771;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=203;TCF=94;TCR=109;TR=201;WE=141335506;WS=141335488;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,318:0.99:322
chr5	141337225	rs164077	A	G	8033.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.460;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=317;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.154;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=100;NR=108;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.144;SC=CCTGGAAGGCAGCCCCAGCTT;SOR=0.339;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=210;TCF=101;TCR=109;TR=208;WE=141337233;WS=141337215;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,307:1.00:308
chr5	141354220	rs187542	G	C	156.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=0;PP=90;SC=TGGTGGCTACGAAGTTAAAAT;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=5;TCR=0;TR=5;WE=141354228;WS=141354210;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr5	141357719	rs66768569	TTGTA	T	548.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=10;NR=1;PP=569;SC=TTGTACTGTTTTGTATGTAGC;SOR=3.767;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=14;TCF=13;TCR=1;TR=11;WE=141357730;WS=141357709;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr5	141364511	rs252099	A	G	10043.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.615;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=394;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=105;NR=131;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.894;SC=ATGTATACACAGAATTCCTCA;SOR=0.840;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=236;TCF=105;TCR=131;TR=236;WE=141364519;WS=141364501;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,391:0.99:393
chr5	141364637	rs252100	C	T	2182.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=16;NR=50;PP=1363;SC=AAGGAATTTTCATATTATTTT;SOR=1.765;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=66;TCF=16;TCR=50;TR=66;WE=141364645;WS=141364627;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr5	141367202	rs374840	GA	TT	1974.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;JOINED;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=16;NR=15;PP=529;SC=GATGTACAAAGATGTTATAAG;SOR=0.829;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=32;TCF=17;TCR=15;TR=31;WE=141367211;WS=141367192;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr5	141371557	rs143763915	CTTT	C	344.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.062;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=11.994;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=21.55;ReadPosRankSum=2.491;SOR=2.617;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,12:0.75:16
chr5	141382584	rs252114	T	C	987.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-1.873;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=3;PP=724;ReadPosRankSum=0.213;SC=GGATGAAAGCTGGATCTACTC;SOR=1.981;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=29;TCR=3;TR=31;WE=141382592;WS=141382574;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,34:0.97:35
chr5	141391532	rs164080	G	A	5319.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.62;BaseQRankSum=0.603;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=59;PP=1830;ReadPosRankSum=-0.844;SC=ACTGGATGATGCGGTTCCTGA;SOR=0.949;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=99;TCF=40;TCR=59;TR=98;WE=141391540;WS=141391522;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,208:0.99:210
chr5	141488792	rs9324865	T	C	107.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=4;PP=61;SC=CCTGCCCGTCTGCGACCCCAG;SOR=1.981;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=5;TCF=1;TCR=4;TR=5;WE=141488800;WS=141488782;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr5	141488807	rs55865281	G	A	125.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=4;PP=85;SC=CCCCAGGTGGGACTCCGGCGG;SOR=1.981;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=5;TCF=1;TCR=4;TR=5;WE=141488815;WS=141488797;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr5	141533062	rs449454	A	G	3858.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=32;NR=61;PP=1847;SC=TGACATTTCAATGATCCCTCT;SOR=1.195;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=93;TCF=32;TCR=61;TR=93;WE=141533070;WS=141533052;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,144:1.00:144
chr5	141975067	rs34003	A	C	2564.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=1.340;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=40;PP=1397;ReadPosRankSum=0.712;SC=GATAAAACCAAAAGAGAGTAG;SOR=1.044;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=70;TCF=28;TCR=42;TR=66;WE=141975075;WS=141975057;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,97:0.96:101
chr5	141980820	rs34009	G	T	467.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=0.491;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=13;PP=297;ReadPosRankSum=-0.634;SC=CTGCACAGGGGTGCCTTTTAA;SOR=1.609;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=16;TCF=2;TCR=14;TR=15;WE=141980828;WS=141980810;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,18:0.95:19
chr5	142393562	rs3822397	G	A	1910.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=27;NR=22;PP=927;SC=ACTAGGGAAAGTGAGGAAGAT;SOR=0.869;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=50;TCF=28;TCR=22;TR=49;WE=142393570;WS=142393552;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr5	142416741	rs192194	T	C	2630.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=50;NR=15;PP=1456;SC=AACTTGACTGTCCTTCTCTTG;SOR=1.821;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=65;TCF=50;TCR=15;TR=65;WE=142416749;WS=142416731;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr5	142421287	rs59126415	GA	G	319.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.196;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=1.082;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.31;MQRankSum=0.895;QD=5.61;ReadPosRankSum=0.777;SOR=0.976;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,35:0.61:57
chr5	142421415	rs2270068	T	G	4416.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.527;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.163;NF=48;NR=58;PP=2010;ReadPosRankSum=-2.096;SC=GAATTGTGGGTGTCAACTCCA;SOR=0.870;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=110;TCF=50;TCR=60;TR=106;WE=142421423;WS=142421405;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,170:0.99:172
chr5	142513686	rs246607	A	G	2018.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=24;NR=37;PP=1032;SC=TCTTTGCTGCATAGGGCCAGC;SOR=1.040;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=61;TCF=24;TCR=37;TR=61;WE=142513694;WS=142513676;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr5	142593652	rs258819	C	T	733.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=12;PP=613;SC=TCTTCGATAACGGTGAGTTTC;SOR=1.179;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=20;TCF=7;TCR=13;TR=19;WE=142593660;WS=142593642;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr5	142601811	rs72399054	TACACACACACAC	T	1103.19	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.847;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=3.163;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.58;MQRankSum=0.490;QD=33.43;ReadPosRankSum=0.000;SOR=2.066;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,31:0.94:33
chr5	142662342	.	C	CT	128.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.760;ClippingRankSum=0.000;DP=72;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.30;MQRankSum=1.694;QD=3.79;ReadPosRankSum=-1.005;SOR=0.430;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,13:0.38:34
chr5	145144419	rs338887	G	T	2915.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=0.684;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=26;PP=1012;ReadPosRankSum=-0.670;SC=CAGGGAGGCTGCTGTAGAATA;SOR=0.822;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=59;TCF=32;TCR=27;TR=58;WE=145144427;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,113:0.98:115
chr5	145176221	rs338898	C	T	871.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=19;PP=509;SC=AAAATAATATCCTTAATAATT;SOR=2.376;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=4;TCR=19;TR=23;WE=145176229;WS=145176211;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr5	145197411	rs6870210	C	T	7528.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-1.808;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=282;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=101;NR=64;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.930;SC=ACTCATGTGTCCATCCCTGCA;SOR=0.372;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=166;TCF=102;TCR=64;TR=165;WE=145197419;WS=145197401;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,279:1.00:280
chr5	145198805	rs624380	T	C	1384.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.15;SOR=0.813;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr5	145199430	rs11293460	AG	A	1041.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=7;NR=11;PP=722;SC=CCTTTACATCAGAAAATGCTG;SOR=1.143;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=19;TCF=8;TCR=11;TR=18;WE=145199438;WS=145199420;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr5	145199681	rs139755910	TTTTTG	T	255.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.375;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.27;ReadPosRankSum=-0.127;SOR=1.445;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,12:0.86:14
chr5	145202461	rs6898776	C	T	281.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=1;PP=218;SC=ACCTGCCACACCTTTCTAAGT;SOR=3.258;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=9;TCR=1;TR=10;WE=145202469;WS=145202454;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr5	145246085	rs2569006	T	G	2684.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=57;NR=25;PP=1709;SC=GGTTTTGGGGTAATGTGCTTT;SOR=1.659;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=83;TCF=58;TCR=25;TR=82;WE=145246093;WS=145246075;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr5	145252574	rs10037373	C	T	658.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=20;PP=524;SC=TCCGTGCAGCCGGTGAAACTT;SOR=6.184;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=0;TCR=20;TR=20;WE=145252582;WS=145252564;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr5	145427527	rs1859895	T	A	2759.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=15;NR=62;PP=1750;SC=AAACATCCCATCCAGAGACAA;SOR=2.352;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=78;TCF=15;TCR=63;TR=77;WE=145427535;WS=145427517;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr5	145439647	rs2962525	T	C	6299.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=248;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=81;NR=84;PP=2602;SC=CAGTGAGGCCTGGATCCACTC;SOR=0.743;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=165;TCF=81;TCR=84;TR=165;WE=145439655;WS=145439637;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,246:1.00:246
chr5	145477855	rs6877277	T	C	1897.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=19;NR=29;PP=1035;SC=GTACATGGCCTCTGGAGAGTC;SOR=0.980;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=50;TCF=20;TCR=30;TR=48;WE=145477863;WS=145477845;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr5	145478009	rs6892928	C	T	369.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=1;NR=9;PP=222;SC=TCCCTCCTCCCCCTCCATCAT;SOR=2.833;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=1;TCR=9;TR=10;WE=145478017;WS=145477999;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr5	145483679	rs12188066	T	C	936.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=25;NR=8;PP=731;SC=TTTTCCCTGGTTCCTTATAAG;SOR=2.235;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=25;TCR=8;TR=33;WE=145483687;WS=145483669;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr5	145483713	rs12187128	C	T	1345.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=34;NR=10;PP=966;SC=GATAGTCCAACTAAAGAGCAA;SOR=2.160;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=44;TCF=34;TCR=10;TR=44;WE=145483721;WS=145483703;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr5	145483844	rs12187913	A	T	4301.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.169;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=43;PP=1816;ReadPosRankSum=0.103;SC=TCCTCAGGACACCTGAAGAAG;SOR=0.459;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=99;TCF=53;TCR=46;TR=94;WE=145483852;WS=145483834;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,161:0.98:164
chr5	145499996	rs10988	C	T	5047.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.726;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=75;NR=47;PP=2408;ReadPosRankSum=-1.142;SC=ATCTCCTTGCCTGATTTCAAT;SOR=0.987;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=122;TCF=75;TCR=47;TR=122;WE=145500004;WS=145499986;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,191:0.99:193
chr5	145500157	rs11167931	A	G	2762.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.983;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.191;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=51;PP=1489;ReadPosRankSum=0.764;SC=AATGAAAGACAGATCTAATTC;SOR=1.089;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=79;TCF=28;TCR=51;TR=78;WE=145500165;WS=145500147;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,104:0.99:105
chr5	145508340	rs2895647	A	G	2811.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-1.950;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=47;PP=1386;ReadPosRankSum=-0.555;SC=GTTGTTTGTCAGTCTTCTAGA;SOR=0.565;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=72;TCF=24;TCR=48;TR=71;WE=145508348;WS=145508330;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,105:0.99:106
chr5	145508457	rs2895648	T	C	1292.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=16;NR=10;PP=611;SC=TGAAAATCTTTTTAACTTTCA;SOR=0.957;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=28;TCF=16;TCR=12;TR=26;WE=145508479;WS=145508447;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr5	145508471	rs2895649	T	C	1247.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=16;NR=12;PP=572;SC=ACTTTCATTATTGTTAAATGT;SOR=0.892;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=29;TCF=16;TCR=13;TR=28;WE=145508479;WS=145508447;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr5	145508636	rs61732383	T	C	3319.77	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.834;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.80;MQRankSum=0.439;QD=41.50;ReadPosRankSum=-1.896;SOR=0.914;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,78:0.98:80
chr5	145508636	.	TA	CC	1651	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;FR=1.0000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MMLQ=22;MQ=60.79;NF=17;NR=24;PP=1651;QD=41.5723871918;SC=AAAACTTCATTAACAGGACCT;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=43;TCF=18;TCR=25;TR=41;WE=145508645;WS=145508626;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:2,41:0.95:43
chr5	145508637	rs61732382	A	C	3319.77	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.770;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.83;MQRankSum=0.448;QD=43.11;ReadPosRankSum=-1.811;SOR=0.955;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,75:0.97:77
chr5	145508688	rs142298525	AAAAAAG	A	1470.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.880;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=35;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.662;NF=0;NR=17;PP=839;ReadPosRankSum=1.881;SC=CAGGCTTTTAAAAAAAGAAAA;SOR=1.432;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=0;TCR=17;TR=17;WE=145508701;WS=145508678;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,37:0.95:39
chr5	145509573	rs11953517	G	A	3673.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.841;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=31;PP=1918;ReadPosRankSum=-0.670;SC=TTAAATGCATGAAGGTACCTT;SOR=1.296;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=94;TCF=62;TCR=32;TR=92;WE=145509581;WS=145509563;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,140:0.99:142
chr5	145512378	rs202210415	AAG	A	810.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=40.54;SOR=2.093;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr5	145512390	rs35869904	G	C	1038.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=37.10;SOR=1.863;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr5	145515346	rs12153109	C	T	489.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=15;PP=358;SC=ATTCAAAATACGGAAAGGAAA;SOR=4.294;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=16;TCF=1;TCR=15;TR=16;WE=145515354;WS=145515336;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr5	145519603	rs67598659	C	T	748.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=18;NR=3;PP=547;SC=CTCCTGGCCTCAAGTGATCCT;SOR=2.584;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=18;TCR=3;TR=21;WE=145519611;WS=145519597;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr5	145519821	rs17493851	G	A	3523.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.756;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=52;PP=1598;ReadPosRankSum=-0.864;SC=TAGGCCATTTGTCACTTCACA;SOR=0.990;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=87;TCF=35;TCR=52;TR=87;WE=145519829;WS=145519811;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,136:0.99:138
chr5	145519948	rs11951553	C	T	380.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=11;PP=272;SC=CAAGGATATACACTATAGTCC;SOR=3.767;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=12;TCF=1;TCR=11;TR=12;WE=145519956;WS=145519938;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr5	145522674	rs146274608	T	TTATATA	365.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=0;NR=9;PP=777;SC=ACAAACTATTTTATATATATA;SOR=4.615;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=0;TCR=18;TR=9;WE=145522682;WS=145522664;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr5	145522912	rs2962504	A	G	4041.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=85;NR=41;PP=2135;SC=ATTTAAATACATAAATCAAAT;SOR=1.413;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=126;TCF=85;TCR=41;TR=126;WE=145522920;WS=145522902;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,161:1.00:161
chr5	145523105	rs11540217	G	A	3718.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=1.510;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.284;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=74;PP=2276;ReadPosRankSum=-1.233;SC=TCCCAAGGCAGGTGAGTGCCT;SOR=1.754;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=106;TCF=31;TCR=75;TR=100;WE=145523113;WS=145523095;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,135:0.97:139
chr5	145532859	rs17500483	T	C	1822.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=12;NR=23;PP=709;SC=AGAGAAGCAATCTCCAAAGTT;SOR=1.280;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=35;TCF=12;TCR=23;TR=35;WE=145532867;WS=145532849;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr5	145532876	rs17500504	A	G	1605.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=10;NR=22;PP=656;SC=AGTTTCTTAAAAGTTTCTTTA;SOR=1.609;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=10;TCR=22;TR=32;WE=145532884;WS=145532866;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr5	145532927	rs17428465	T	C	272.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=32;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=7;PP=191;SC=AGCAATTTTCTAACTTTGCCA;SOR=1.270;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=4;TCR=7;TR=11;WE=145532935;WS=145532917;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr5	145533128	rs34090359	T	C	268.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=0;PP=105;SC=TCTGTGAACATATTTAAAATT;SOR=2.584;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=6;TCR=2;TR=6;WE=145533136;WS=145533125;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr5	145533418	rs34342344	T	A	1449.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.972;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=28;PP=805;ReadPosRankSum=0.256;SC=CCAAAATGTGTTTATCAAAAT;SOR=1.302;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=45;TCF=16;TCR=29;TR=43;WE=145533426;WS=145533408;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,56:0.97:58
chr5	145538924	rs13178516	T	A	660.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=15;NR=3;PP=408;SC=CTCTATAGTCTTATTAAGGAT;SOR=2.124;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=15;TCR=3;TR=18;WE=145538932;WS=145538914;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr5	145539123	rs13182567	T	A	758.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=2;NR=14;PP=404;SC=ATTTCTTACATGTCTTGCAAC;SOR=2.066;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=16;TCF=2;TCR=14;TR=16;WE=145539131;WS=145539113;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr5	145539996	rs11540214	T	G	1433.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=12;NR=20;PP=595;SC=ATCTGACAAATGAATCATAGT;SOR=0.970;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=33;TCF=12;TCR=21;TR=32;WE=145540004;WS=145539986;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr5	145543972	rs3763373	G	A	5975.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.765;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=74;NR=62;PP=2584;ReadPosRankSum=1.933;SC=CATCAGACAGGCCAAGGGATT;SOR=0.803;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=136;TCF=74;TCR=62;TR=136;WE=145543980;WS=145543962;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,228:0.99:230
chr5	145557388	rs11949351	C	G	802.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=16;PP=484;SC=ATCAGCCAGGCGCGGTGGCTC;SOR=1.460;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=7;TCR=16;TR=23;WE=145557396;WS=145557378;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr5	145559173	rs13157279	T	C	1188.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=18;NR=16;PP=500;SC=TGTGTGTCTGTGTGAGAGAGA;SOR=0.735;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=35;TCF=18;TCR=17;TR=34;WE=145559181;WS=145559163;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr5	145559214	rs13171596	C	T	711.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=12;NR=15;PP=413;SC=CAGGCTGGAGCATAATGGTGC;SOR=0.997;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=12;TCR=15;TR=27;WE=145559222;WS=145559204;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr5	145562143	rs11540215	G	A	3157.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=36;NR=53;PP=1701;SC=TCCCTCTCGGGGATGCCAGGC;SOR=1.121;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=91;TCF=38;TCR=53;TR=89;WE=145562151;WS=145562133;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr5	145643048	rs7729098	G	A	1943.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=33;NR=22;PP=1088;SC=CATTTTGTATGTGCAGATGAT;SOR=1.148;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=55;TCF=33;TCR=22;TR=55;WE=145643056;WS=145643038;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr5	145834659	rs377581474	C	A	5003.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.820;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=497;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=88;NR=57;PP=2050;ReadPosRankSum=-1.435;SC=AGGTCCGGCTCCCCCACCAAA;SOR=0.734;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=303;TCF=180;TCR=123;TR=145;WE=145834667;WS=145834649;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:246,247:0.50:493
chr5	145838440	rs11743333	G	A	11218.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-1.526;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=475;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=174;NR=122;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.889;SC=TTTTGCTTCCGCTGCAGGTTT;SOR=0.320;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=298;TCF=176;TCR=122;TR=296;WE=145838448;WS=145838430;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,466:1.00:467
chr5	145850459	rs11463725	G	GT	139.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=7;PP=213;SC=TCTTAATTCAGTTTTTTCTTT;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=7;WE=145850467;WS=145850449;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr5	145890028	rs4705103	A	G	3573.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=65;NR=25;PP=1729;SC=TCCAAGAATCAGATCAGCACC;SOR=1.445;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=90;TCF=65;TCR=25;TR=90;WE=145890036;WS=145890018;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,138:1.00:138
chr5	146030055	rs6866598	C	T	3438.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.938;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=319;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.355;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=39;PP=1437;ReadPosRankSum=-0.922;SC=AGCCCACTCGCACCTGAATAC;SOR=0.794;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=199;TCF=121;TCR=78;TR=105;WE=146030063;WS=146030045;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:145,170:0.54:315
chr5	146077526	rs6879694	C	T	2670.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.244;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=251;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=35;PP=1363;ReadPosRankSum=1.411;SC=AAATACCAAACAGGAATTCCA;SOR=0.701;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=157;TCF=96;TCR=61;TR=90;WE=146077534;WS=146077516;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:120,130:0.52:250
chr5	146420371	.	T	TA	333.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.551;ClippingRankSum=0.000;DP=116;ExcessHet=3.0103;FS=2.337;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.22;ReadPosRankSum=-1.396;SOR=0.409;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:47,32:0.41:79
chr5	146434047	rs5872003	TA	T	1636.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=50;NR=6;PP=1234;SC=TGTCCAACTGTAAAAAAAAAG;SOR=3.228;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=70;TCF=59;TCR=11;TR=56;WE=146434068;WS=146434037;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr5	146434060	rs2400241	C	T	3331.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=72;NR=11;PP=2144;SC=AAAAAAAGTCCATGAGATATC;SOR=2.573;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=83;TCF=72;TCR=11;TR=83;WE=146434068;WS=146434037;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr5	146435163	rs11958187	G	A	276.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.048;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.57;ReadPosRankSum=1.599;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,13:0.68:19
chr5	146619206	rs4705132	G	C	7902.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.900;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=309;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=88;NR=99;PP=2965;ReadPosRankSum=0.361;SC=CCATGGGAGCGAACACTTCAA;SOR=0.768;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=192;TCF=90;TCR=102;TR=187;WE=146619214;WS=146619196;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,303:0.99:307
chr5	146657584	rs6580458	T	C	224.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.167;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=2;PP=116;ReadPosRankSum=0.928;SC=TCTGAGATCATGTTTTAGACA;SOR=0.556;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=29;TCF=24;TCR=5;TR=11;WE=146657592;WS=146657574;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,12:0.39:31
chr5	146657838	rs6580459	G	A	2013.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.162;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=47;PP=1132;ReadPosRankSum=1.386;SC=TGCTGGGACCGCAAGGAAAGA;SOR=0.679;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=124;TCF=34;TCR=90;TR=68;WE=146657846;WS=146657828;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,92:0.52:176
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chr5	146971253	rs7449194	C	T	4348.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-2.187;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.072;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=77;PP=2186;ReadPosRankSum=-0.750;SC=GGTTACTCTGCAAAACAGAGG;SOR=0.998;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=120;TCF=43;TCR=77;TR=119;WE=146971261;WS=146971243;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,165:0.99:166
chr5	146981164	rs111740872	TCAAAACAAAACAAAA	T	866.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.34;SOR=1.721;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr5	146997720	rs34116637	TTGATATCTGGTGTGGGAG	T	1329.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=0.143;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.051;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.520;NF=1;NR=19;PP=2927;ReadPosRankSum=-0.126;SC=GAACTTGGCATTGATATCTGG;SOR=0.864;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=51;TCF=1;TCR=50;TR=20;WE=146997745;WS=146997710;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,36:0.47:76
chr5	147012461	rs181336477	C	T	1230.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-3.361;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=39;PP=839;ReadPosRankSum=-2.797;SC=AAAAAAATCCCCAAATAGATG;SOR=0.632;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=91;TCF=16;TCR=75;TR=48;WE=147012469;WS=147012451;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,53:0.51:104
chr5	147261812	rs3843496	T	C	1291.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=7;NR=32;PP=985;SC=GTATCCAGATTAGTTTTCCCT;SOR=3.003;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=39;TCF=7;TCR=32;TR=39;WE=147261820;WS=147261802;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr5	147276404	rs2304067	T	C	116.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.016;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=0;PP=45;ReadPosRankSum=-0.366;SC=GAAAAAAATATATTCATTTAT;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=6;TCR=1;TR=4;WE=147276412;WS=147276394;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,6:0.67:9
chr5	147281308	rs11956228	C	T	1097.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.079;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.232;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=21;PP=556;ReadPosRankSum=-2.004;SC=AGTCGTCTGGCTTGTCGTCTG;SOR=0.518;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=86;TCF=37;TCR=49;TR=40;WE=147281316;WS=147281298;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,57:0.44:130
chr5	147286013	rs7722926	A	T	3344.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.026;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=370;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.337;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=58;PP=1682;ReadPosRankSum=-0.322;SC=CAGGTCAGGAATAAGACAAGC;SOR=0.548;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=255;TCF=118;TCR=137;TR=113;WE=147286021;WS=147286003;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:198,168:0.46:366
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chr5	147444785	rs2287772	A	G	239.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=9;NR=0;PP=209;SC=GTGTTCAAAAACCATTTGCGG;SOR=4.615;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=9;TCR=0;TR=9;WE=147444793;WS=147444779;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr5	147444989	rs9325061	G	A	5366.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-2.310;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.255;HP=4;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=54;PP=1650;ReadPosRankSum=1.094;SC=CCAAAGAAAAGTGGTTTGTGG;SOR=0.424;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=99;TCF=45;TCR=54;TR=98;WE=147444997;WS=147444979;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,145:0.99:146
chr5	147445023	rs1609851	C	G	4294.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.981;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.680;HP=4;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=43;PP=1327;ReadPosRankSum=-0.725;SC=GTTAATAATACAAACATATTA;SOR=0.738;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=72;TCF=29;TCR=43;TR=70;WE=147445031;WS=147445013;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,97:0.99:98
chr5	147445108	rs3036741	TCACACA	T	787.74	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.225;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.349;HP=2;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=9;PP=767;ReadPosRankSum=-0.164;SC=AGCCTCTCTCTCACACACACA;SOR=2.200;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=0;TCR=15;TR=9;WE=147445132;WS=147445098;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,21:0.91:23
chr5	147445124	rs1007979	A	G	796.78	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.086;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=36.22;ReadPosRankSum=-1.050;SOR=1.101;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,21:0.95:22
chr5	147449855	rs1423001	A	G	708.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.67;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=3;PP=248;SC=ATGTACTTTTAGCTAACACAA;SOR=1.697;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=14;TCF=11;TCR=3;TR=13;WE=147449863;WS=147449845;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr5	147450085	rs3752676	C	A	1312.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=7;NR=22;PP=660;SC=TAAATGTATTCTTTTTCTTTC;SOR=1.426;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=7;TCR=22;TR=29;WE=147450093;WS=147450075;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr5	147468234	rs7711953	C	G	4333.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=44;NR=76;PP=2272;SC=AGTAGGTGCTCTCCTCTTCCT;SOR=1.165;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=120;TCF=44;TCR=76;TR=120;WE=147468242;WS=147468224;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,162:1.00:162
chr5	147468614	rs10038561	A	G	6161.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.76;SOR=1.143;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,222:1.00:222
chr5	147468971	rs4529181	G	C	2051.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=42;NR=28;PP=1259;SC=CAATGTCAGAGGGACTGAGTT;SOR=0.984;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=70;TCF=42;TCR=28;TR=70;WE=147468979;WS=147468961;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr5	147475386	rs6892205	A	G	1393.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=23;NR=13;PP=683;SC=TCCAGCAAGCAGCGTTTTTCA;SOR=1.118;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=37;TCF=24;TCR=13;TR=36;WE=147475394;WS=147475376;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr5	147475488	rs11958432	A	G	1364.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=34;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=15;NR=17;PP=614;SC=AGTTTGATCAATCTAGTTACA;SOR=0.730;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=32;TCF=15;TCR=17;TR=32;WE=147475496;WS=147475478;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr5	147475513	rs76839946	G	GT	1515.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=36.09;SOR=1.040;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr5	147475590	rs11948406	G	A	551.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=58;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=4;NR=10;PP=268;SC=CACACTACTAGTAGGTTTGCT;SOR=1.911;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=4;TCR=10;TR=14;WE=147475598;WS=147475580;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr5	147475609	rs62388363	A	G	376.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=55;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=6;PP=161;SC=CTGGAAACTAATTTCTAGTTA;SOR=2.093;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=2;TCR=6;TR=8;WE=147475617;WS=147475599;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr5	147475627	rs62388364	G	A	331.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.47;SOR=1.863;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr5	147477351	rs140268040	T	TTTTAA	1803.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=26;NR=2;PP=1579;SC=AATTTCTCTTTTTTCTTTGTA;SOR=4.804;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=34;TCF=31;TCR=3;TR=28;WE=147477359;WS=147477341;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr5	147477551	rs34482796	C	T	9618.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=365;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=90;NR=129;PP=2965;SC=ATGTGTCAAGCCTACTTGTGA;SOR=0.938;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=221;TCF=91;TCR=130;TR=219;WE=147477559;WS=147477541;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,362:1.00:362
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chr5	147480027	rs2303063	G	A	6740.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-3.443;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=274;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=39;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=67;NR=74;PP=2564;ReadPosRankSum=-0.291;SC=GAGCTTTGCAGTGAATATCGA;SOR=0.396;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=144;TCF=68;TCR=76;TR=141;WE=147480035;WS=147480017;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,268:0.99:271
chr5	147480112	rs2303065	T	C	4080.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.839;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=33;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=66;PP=1756;ReadPosRankSum=-0.776;SC=GGAAAGTGCATGGCAACACCT;SOR=1.186;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=103;TCF=36;TCR=67;TR=101;WE=147480120;WS=147480102;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,161:0.99:163
chr5	147480868	rs2303066	G	A	523.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=18;NR=2;PP=456;SC=CACTTCTAATGTGGCGATTCT;SOR=4.407;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=20;TCF=18;TCR=2;TR=20;WE=147480876;WS=147480858;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr5	147480955	rs2303067	A	G	2448.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.21;SOR=1.295;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
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chr5	147481430	rs6896303	A	G	8418.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.155;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=357;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=-0.173;NF=100;NR=107;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.547;SC=GCCCAGATGGAAAAATGCATG;SOR=0.786;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=210;TCF=101;TCR=109;TR=207;WE=147481438;WS=147481419;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:6,337:0.98:343
chr5	147484465	rs34473560	GA	G	686.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.246;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.27;MQRankSum=0.343;QD=18.07;ReadPosRankSum=0.892;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,37:0.97:38
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chr5	147486818	rs3036740	CGT	C	12315.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.639;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=302;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.192;NF=4;NR=128;PP=2950;ReadPosRankSum=-1.350;SC=GAGTATAGACCGTGAGTTATA;SOR=1.360;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=141;TCF=4;TCR=137;TR=132;WE=147486827;WS=147486808;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,279:0.99:281
chr5	147488367	rs2303071	C	T	2969.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=47;NR=32;PP=1497;SC=AAGGGAAAGTCGAGGCTGAAA;SOR=0.976;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=79;TCF=47;TCR=32;TR=79;WE=147488375;WS=147488357;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr5	147491532	rs2287768	T	C	673.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=3.571;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.174;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=22;PP=562;ReadPosRankSum=-0.944;SC=AGGGGTGACATTGGAAGTTTT;SOR=1.616;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=55;TCF=13;TCR=42;TR=26;WE=147491540;WS=147491522;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,27:0.47:57
chr5	147493831	.	C	CT	271.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.060;ClippingRankSum=0.000;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.99;ReadPosRankSum=-1.049;SOR=0.525;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,21:0.62:34
chr5	147493833	rs35043219	C	T	588.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.085;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.32;ReadPosRankSum=-0.860;SOR=0.584;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,25:0.74:34
chr5	147493871	rs3815735	G	A	2406.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=63;NR=22;PP=1772;SC=TAGGAACCCAGTAAACTAATT;SOR=1.531;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=85;TCF=63;TCR=22;TR=85;WE=147493879;WS=147493861;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr5	147497871	rs6891892	T	C	684.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=12;NR=3;PP=355;SC=TGAGCCACCGTACCCGGCAAT;SOR=1.519;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=12;TCR=3;TR=15;WE=147497879;WS=147497861;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr5	147497932	rs3777135	T	C	1916.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=36;NR=14;PP=1155;SC=CTCAGACTGTTAAAACAATTT;SOR=1.609;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=50;TCF=36;TCR=14;TR=50;WE=147497940;WS=147497922;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr5	147498019	rs3777134	G	A	4590.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=57;NR=47;PP=1933;SC=GCTGAGTATCGGGAACAAATG;SOR=0.837;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=105;TCF=58;TCR=47;TR=104;WE=147498027;WS=147498009;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,176:1.00:176
chr5	147498523	rs3764926	T	C	2481.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=58;NR=21;PP=1406;SC=GTTAACAAGATGAATATTCAC;SOR=1.880;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=80;TCF=58;TCR=22;TR=79;WE=147498531;WS=147498513;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr5	147498652	rs9325073	C	G	8099.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=313;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=36;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=92;NR=97;PP=2965;SC=TGGCAAGAATCGTCTTTCTGT;SOR=0.726;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=189;TCF=92;TCR=97;TR=189;WE=147498660;WS=147498642;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,309:1.00:309
chr5	147498669	rs9325074	G	A	12840.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=291;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.59;SOR=0.794;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,288:1.00:288
chr5	147498672	rs12518996	G	A	12833.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=288;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.03;SOR=0.819;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,285:1.00:285
chr5	147498763	rs9325075	C	A	2663.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=40;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=25;NR=57;PP=1726;SC=ATCAGTGACTCTCACTGATAA;SOR=1.634;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=82;TCF=25;TCR=57;TR=82;WE=147498771;WS=147498753;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr5	147499616	rs17704908	C	T	6401.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=246;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=93;NR=68;PP=2965;SC=ATGGAAAACTCATCTGCACTC;SOR=0.948;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=162;TCF=94;TCR=68;TR=161;WE=147499624;WS=147499606;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,244:1.00:244
chr5	147499670	rs33920397	C	T	8150.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.672;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=318;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=106;NR=88;PP=2965;ReadPosRankSum=1.128;SC=AGACACATGGCAATAAGTGTA;SOR=0.828;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=194;TCF=106;TCR=88;TR=194;WE=147499678;WS=147499660;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,314:0.99:316
chr5	147504305	rs3036731	C	CT	1224.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;QD=40.82;SOR=1.220;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr5	147504315	rs2052537	A	T	1349.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.54;SOR=1.214;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr5	147504557	rs2052536	T	G	495.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=9;PP=257;SC=ACAAGATTTTTGGGGGTTTGG;SOR=1.739;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=11;TCF=2;TCR=9;TR=11;WE=147504565;WS=147504547;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr5	147505116	rs3764930	G	A	5605.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=96;NR=49;PP=2965;SC=AGAATGAAGCGGAGGATGCAA;SOR=1.329;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=145;TCF=96;TCR=49;TR=145;WE=147505124;WS=147505106;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,206:1.00:206
chr5	147505227	rs2112767	G	A	10278.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=374;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=133;NR=120;PP=2965;SC=CAAGTTTGAAGAAATCACTAA;SOR=0.783;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=254;TCF=133;TCR=121;TR=253;WE=147505235;WS=147505217;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,368:1.00:368
chr5	147510776	rs6895434	T	C	4070.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.253;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=80;NR=30;PP=2331;ReadPosRankSum=-0.594;SC=CCACCCCTCTTCTTGAATGCC;SOR=0.745;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=113;TCF=81;TCR=32;TR=110;WE=147510784;WS=147510766;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,147:0.99:148
chr5	147510866	rs2400478	T	C	12813.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.804;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=478;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=176;NR=119;PP=2965;ReadPosRankSum=1.453;SC=CCAGGATAGGTTATCTTTGTC;SOR=0.963;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=298;TCF=178;TCR=120;TR=295;WE=147510874;WS=147510856;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,473:1.00:475
chr5	147585797	.	C	CTCATT	2045.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=34;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=31;PP=2030;SC=TTTAAAAGAACCTAACCACAC;SOR=3.033;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=47;TCF=4;TCR=43;TR=33;WE=147585814;WS=147585787;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr5	147585799	.	TAAC	T	2821.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.09;SOR=3.033;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr5	147585805	.	C	T	2057.77	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.78;SOR=3.033;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr5	147585806	.	AC	A	2048.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BRF=0.36;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=34;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=31;PP=1208;SC=ACCTAACCACACATTCTCATA;SOR=3.033;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=32;TCF=1;TCR=31;TR=32;WE=147585814;WS=147585787;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr5	147593497	rs12186491	C	A	9080.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.701;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=355;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=122;NR=115;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.032;SC=GTTCCAGGACCCCAAGGTCTA;SOR=0.722;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=239;TCF=123;TCR=116;TR=237;WE=147593505;WS=147593487;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,347:0.99:349
chr5	147785802	rs201558003	AT	A	272.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.213;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=244;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.04;MQRankSum=1.809;QD=1.15;ReadPosRankSum=-1.484;SOR=0.669;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:186,52:0.22:238
chr5	147795697	rs377165361	AT	A	34.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.328;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FS=1.146;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.35;ReadPosRankSum=-1.619;SOR=0.854;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:78,21:0.21:99
chr5	147856232	rs6580550	T	C	726.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=1.331;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=4;PP=405;ReadPosRankSum=-0.727;SC=AACTTCAGTGTACAAAAACCT;SOR=0.715;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=56;TCF=46;TCR=10;TR=25;WE=147856240;WS=147856222;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,34:0.48:71
chr5	147856257	rs11411672	G	GA	925.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-0.215;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=11;HapScore=3;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=5;PP=423;ReadPosRankSum=-0.472;SC=TGGGCACTAAGAAAAAAAAAT;SOR=0.683;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=69;TCF=50;TCR=19;TR=30;WE=147856265;WS=147856247;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,55:0.53:104
chr5	147856333	rs7733088	G	A	2355.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.305;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=235;ExcessHet=3.0103;FS=1.003;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.02;ReadPosRankSum=0.157;SOR=0.783;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:118,117:0.50:235
chr5	147856392	rs7715901	A	G	3117.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=2.096;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=324;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.402;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=54;PP=1519;ReadPosRankSum=0.528;SC=AACAAATAAAATGTTTGGGGA;SOR=0.721;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=204;TCF=99;TCR=105;TR=104;WE=147856400;WS=147856382;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:169,153:0.48:322
chr5	147856522	rs7733410	G	A	714.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=2.496;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=19;PP=406;ReadPosRankSum=0.084;SC=TGGAAAGAACGGCAGGAGTAG;SOR=0.735;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=62;TCF=14;TCR=48;TR=24;WE=147856530;WS=147856512;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,32:0.43:74
chr5	147902972	rs2277050	G	A	248.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.030;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=12;PP=197;ReadPosRankSum=0.382;SC=GGAGAGAAAAGAGAATATATG;SOR=1.071;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=24;TCF=2;TCR=22;TR=13;WE=147902980;WS=147902962;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,12:0.46:26
chr5	147928130	rs13171326	T	C	412.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=1.258;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.330;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=3;PP=231;ReadPosRankSum=0.164;SC=CTCTCTGAGATTCATTTCTTC;SOR=0.970;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=44;TCF=34;TCR=10;TR=17;WE=147928138;WS=147928120;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,19:0.42:45
chr5	148042230	rs7720668	G	T	2932.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.691;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=308;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.887;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=63;PP=1484;ReadPosRankSum=-0.362;SC=ATTCACCCTGGATGATCATGG;SOR=0.632;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=210;TCF=79;TCR=131;TR=105;WE=148042238;WS=148042220;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:154,146:0.49:300
chr5	148045282	rs1820076	C	T	200.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=3.520;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.098;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=8;PP=132;ReadPosRankSum=1.759;SC=GAAGGCAGCCCGGGGCATAAA;SOR=1.547;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=25;TCF=5;TCR=20;TR=9;WE=148045290;WS=148045272;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,10:0.38:26
chr5	148206375	rs1801704	C	T	1706.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=40;NR=9;PP=1196;SC=CCAGTGCGCTCACCTGCCAGA;SOR=2.564;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=49;TCF=40;TCR=9;TR=49;WE=148206383;WS=148206365;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr5	148206440	rs1042713	G	A	2221.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.069;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.115;HP=1;HapScore=2;MGOF=29;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=26;PP=1185;ReadPosRankSum=-0.461;SC=GGCACCCAATGGAAGCCATGC;SOR=0.588;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=152;TCF=103;TCR=49;TR=77;WE=148206448;WS=148206430;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:100,106:0.51:206
chr5	148206473	rs1042714	G	C	8153.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=299;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=125;NR=74;PP=2965;SC=CGTCACGCAGGAAAGGGACGA;SOR=1.107;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=199;TCF=125;TCR=74;TR=199;WE=148206481;WS=148206463;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,296:1.00:296
chr5	148206646	rs1042717	G	A	2704.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.471;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=252;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.824;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=54;PP=1562;ReadPosRankSum=0.160;SC=TCATGGGCCTGGCAGTGGTGC;SOR=0.522;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=195;TCF=80;TCR=115;TR=96;WE=148206654;WS=148206636;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:126,124:0.50:250
chr5	148206917	rs1042718	C	A	5682.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=2.059;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=612;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=100;NR=101;PP=2962;ReadPosRankSum=1.588;SC=GCACTGGTACCGGGCCACCCA;SOR=0.669;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=396;TCF=196;TCR=200;TR=201;WE=148206925;WS=148206905;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:315,277:0.47:592
chr5	148207447	rs1042719	G	C	2453.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.756;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=243;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=42;PP=1414;ReadPosRankSum=0.340;SC=AGGCCTATGGGAATGGCTACT;SOR=0.711;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=169;TCF=82;TCR=87;TR=82;WE=148207455;WS=148207437;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:126,113:0.47:239
chr5	148207633	rs1042720	G	A	1239.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-1.858;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=28;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=33;PP=854;ReadPosRankSum=1.807;SC=ACTCACTGCTGTAAAGCAGTT;SOR=0.737;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=96;TCF=38;TCR=58;TR=56;WE=148207641;WS=148207623;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,61:0.57:107
chr5	148207659	rs71739194	A	AC	70.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.309;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.83;ReadPosRankSum=-0.262;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,8:0.32:25
chr5	148207667	rs141761380	C	CCG	600.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.590;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=4.607;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=23.11;ReadPosRankSum=0.917;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,17:0.65:26
chr5	148383345	rs1432798	C	G	433.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.66;BaseQRankSum=0.571;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=4;PP=114;ReadPosRankSum=-1.078;SC=GCCCCGGAGTCTGAGGTCGCA;SOR=0.602;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=18;TCF=7;TCR=11;TR=8;WE=148383353;WS=148383335;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,22:0.54:41
chr5	148384559	rs1432799	G	T	572.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.092;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=2.539;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.46;ReadPosRankSum=2.015;SOR=0.349;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,24:0.48:50
chr5	148386525	rs6871030	T	G	1680.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=4.286;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.838;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=15;PP=1016;ReadPosRankSum=0.041;SC=TCTGCAGCCATGGTGGACAGA;SOR=1.117;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=121;TCF=80;TCR=41;TR=54;WE=148386533;WS=148386515;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:89,73:0.45:162
chr5	148389763	rs1025476	G	A	1059.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=2.961;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.449;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=11;PP=702;ReadPosRankSum=-0.359;SC=GACTCAGGCCGAAGTCCAGCC;SOR=1.670;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=72;TCF=49;TCR=23;TR=43;WE=148389771;WS=148389753;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,47:0.54:87
chr5	148392362	rs11954893	A	G	3383.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.184;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=342;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.308;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=58;PP=1559;ReadPosRankSum=-0.092;SC=CACTCAGCACAGGATGAAACA;SOR=0.575;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=204;TCF=89;TCR=115;TR=107;WE=148392370;WS=148392352;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:172,169:0.50:341
chr5	148407708	rs1432794	A	C	6530.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=236;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=90;NR=70;PP=2965;SC=GGAAGCAGAGACGGGCATGGG;SOR=0.901;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=160;TCF=90;TCR=70;TR=160;WE=148407716;WS=148407698;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,230:1.00:230
chr5	148407893	rs6875902	C	A	4073.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.292;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=426;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.521;HP=6;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=64;PP=2062;ReadPosRankSum=-0.835;SC=AATATGGGGGCGAAGTTCTCA;SOR=0.633;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=256;TCF=125;TCR=131;TR=129;WE=148407901;WS=148407883;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:217,196:0.47:413
chr5	148408101	rs1432793	A	G	2856.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=3.252;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=295;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.175;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=50;PP=1529;ReadPosRankSum=1.425;SC=CCTCCTTGAAACCTTCAGGCT;SOR=0.875;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=204;TCF=97;TCR=107;TR=91;WE=148408109;WS=148408091;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:159,134:0.46:293
chr5	148521799	rs11744532	T	C	472.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=23;PP=698;SC=CCCCAGGCTCTTTTTTGGTGC;SOR=1.609;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=27;TCF=4;TCR=23;TR=27;WE=148521807;WS=148521789;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr5	148562890	rs6886262	G	A	2393.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=52;NR=19;PP=1559;SC=ATGAATTGAAGATACTTTGCA;SOR=1.939;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=71;TCF=52;TCR=19;TR=71;WE=148562898;WS=148562880;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr5	148562981	rs6887628	C	A	7852.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=303;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=96;NR=79;PP=2965;SC=AGAATCAGGGCCTCTGGATAG;SOR=0.860;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=175;TCF=96;TCR=79;TR=175;WE=148562989;WS=148562971;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,295:1.00:295
chr5	148586451	rs5872113	A	AG	1094.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=17;NR=6;PP=992;SC=TTCCAGTGTCAGGTGGGAGCA;SOR=2.165;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=24;TCF=18;TCR=6;TR=23;WE=148586459;WS=148586441;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr5	148590423	rs2918281	T	C	3488.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=32;NR=51;PP=1720;SC=GGCAGGGTGATCTGTGCCTCC;SOR=1.027;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=84;TCF=32;TCR=52;TR=83;WE=148590431;WS=148590413;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,129:1.00:129
chr5	148596693	rs3839234	TG	T	6324.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.128;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.241;NF=9;NR=72;PP=2951;ReadPosRankSum=0.985;SC=AGTGTTATCTTGGCTTCAGGT;SOR=1.090;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=84;TCF=9;TCR=75;TR=81;WE=148596701;WS=148596683;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,176:0.98:180
chr5	148610276	rs2918265	C	A	6574.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.721;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=254;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=77;NR=84;PP=2965;ReadPosRankSum=1.659;SC=TAAAGGTAAGCAAGCTAGTAG;SOR=0.725;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=161;TCF=77;TCR=84;TR=161;WE=148610284;WS=148610266;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,250:0.99:252
chr5	148618708	rs58203769	A	G	2046.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=40;NR=18;PP=1287;SC=ACTGCTGCAAACCCTCTCTGC;SOR=1.394;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=59;TCF=41;TCR=18;TR=58;WE=148618716;WS=148618698;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr5	148618749	rs59032271	C	T	6503.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.48;SOR=1.027;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,143:1.00:143
chr5	148618752	rs59757169	G	A	6479.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.08;SOR=1.052;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,147:1.00:147
chr5	148618964	rs34180939	G	A	1722.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=9;NR=37;PP=1123;SC=AAGCAGGGAAGTGCTGGAGAG;SOR=2.226;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=46;TCF=9;TCR=37;TR=46;WE=148618972;WS=148618954;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr5	148619189	rs11326264	AG	A	3248.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=71;NR=13;PP=2652;SC=CTCAGGGAGGAGGGGGGTCTC;SOR=3.654;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=93;TCF=77;TCR=16;TR=84;WE=148619197;WS=148619179;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr5	148620224	rs3797315	T	G	14286.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.303;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=538;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=185;NR=137;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.322;SC=GGCGACCACTTCCTGCGTGCT;SOR=0.500;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=326;TCF=187;TCR=139;TR=322;WE=148620232;WS=148620214;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,530:0.99:533
chr5	148625972	rs34340554	TA	T	2093.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.525;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.39;MQRankSum=0.423;QD=19.03;ReadPosRankSum=1.099;SOR=1.094;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:4,106:0.96:110
chr5	148627054	rs10035236	G	A	624.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-1.816;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=2;PP=436;ReadPosRankSum=1.619;SC=GTGGCTATCTGCCCATTGTTG;SOR=1.609;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=18;TCR=2;TR=19;WE=148627062;WS=148627048;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,23:0.96:24
chr5	148627252	rs9325136	G	A	6267.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-2.687;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=244;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=99;NR=75;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.187;SC=AGGCTGCTATGGAGGATGTGA;SOR=0.936;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=177;TCF=100;TCR=77;TR=174;WE=148627260;WS=148627242;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,236:0.99:238
chr5	148627503	rs2304609	C	T	2136.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-1.825;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=51;PP=1448;ReadPosRankSum=1.204;SC=GTAAGCATGGCTCTGGAAGCC;SOR=1.721;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=61;TCF=9;TCR=52;TR=60;WE=148627511;WS=148627493;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,72:0.99:73
chr5	148630191	rs1808828	C	A	1520.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=10;NR=28;PP=747;SC=GGTTAACTGACACAACTGTAT;SOR=1.569;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=38;TCF=10;TCR=28;TR=38;WE=148630199;WS=148630181;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr5	148639062	rs1438688	C	T	1710.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=29;NR=12;PP=899;SC=CATACCATACCCCCGCCAGTC;SOR=1.392;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=42;TCF=30;TCR=12;TR=41;WE=148639070;WS=148639052;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr5	148651510	rs141004478	C	T	483.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.473;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.49;ReadPosRankSum=0.536;SOR=0.655;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,26:0.46:57
chr5	148651711	rs12054749	T	C	770.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=17;PP=497;SC=AAAGGTGCCTTCGGCTGCCGG;SOR=1.255;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=27;TCF=10;TCR=17;TR=27;WE=148651719;WS=148651701;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr5	148679301	rs171286	C	G	8031.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=289;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=73;NR=141;PP=2965;SC=CGCCCCACCCCCACCCCCAGG;SOR=1.345;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=215;TCF=73;TCR=142;TR=214;WE=148679317;WS=148679291;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,288:1.00:288
chr5	148682188	rs352341	G	C	2730.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=20;NR=46;PP=1631;SC=CTGCAAGCCTGTCACCCTCCC;SOR=1.396;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=67;TCF=20;TCR=47;TR=66;WE=148682196;WS=148682178;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr5	148712150	rs2270682	G	A	867.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=20;NR=4;PP=536;SC=CAAGACTGGGGGCTGGAAGGG;SOR=2.621;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=20;TCR=4;TR=24;WE=148712158;WS=148712140;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr5	148725199	rs352347	A	G	2543.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=18;NR=42;PP=1314;SC=GCAGGCGGGGAGTCGGGAGCG;SOR=1.371;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=61;TCF=18;TCR=43;TR=60;WE=148725207;WS=148725189;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr5	148725225	rs3842046	G	GC	773.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.517;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.020;NF=2;NR=18;PP=742;ReadPosRankSum=1.169;SC=ACTCTGAGGGGCTAGCGAGCC;SOR=0.743;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=38;TCF=4;TCR=34;TR=20;WE=148725233;WS=148725215;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,26:0.51:51
chr5	148737644	rs2291814	G	C	92.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.967;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=10.31;ReadPosRankSum=-0.000;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,6:0.67:9
chr5	148742693	rs1693917	A	G	788.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=21;PP=626;SC=TCCACATGCTAGTGCTTGCCA;SOR=4.174;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=22;TCF=1;TCR=21;TR=22;WE=148742701;WS=148742683;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr5	148747902	rs4705336	G	C	10891.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.221;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1101;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=165;NR=199;PP=2962;ReadPosRankSum=0.011;SC=AGCCCCAGGAGGCAGCTGTTT;SOR=0.713;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=730;TCF=330;TCR=400;TR=364;WE=148747910;WS=148747892;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:555,535:0.49:1090
chr5	148886526	rs115256922	G	C	521.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=0.984;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.220;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=0;PP=344;ReadPosRankSum=-0.610;SC=GAATGAATTTGTTAGGTAAAT;SOR=2.184;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=37;TCF=32;TCR=5;TR=17;WE=148886534;WS=148886516;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,21:0.46:46
chr5	148977613	rs7709875	C	T	509.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-1.664;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.795;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=19;PP=392;ReadPosRankSum=-1.666;SC=GCAAGCTTGACAGAAAGGAAG;SOR=1.190;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=51;TCF=11;TCR=40;TR=23;WE=148977621;WS=148977603;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,24:0.43:56
chr5	148989122	rs2400891	C	T	1323.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.680;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.846;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=23;PP=514;ReadPosRankSum=1.060;SC=TAACATATTTCTGGAATTCCA;SOR=0.941;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=90;TCF=42;TCR=48;TR=38;WE=148989130;WS=148989112;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,70:0.45:154
chr5	148997686	rs6579750	A	G	18240.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=708;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=255;NR=179;PP=2965;SC=CGTGACATCCACTTTCCTGAG;SOR=0.947;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=434;TCF=255;TCR=179;TR=434;WE=148997694;WS=148997676;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,702:1.00:702
chr5	148999881	rs11409449	G	GC	1570.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.769;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.180;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQ=60.31;MQRankSum=1.744;NF=26;NR=6;PP=1239;ReadPosRankSum=1.165;SC=GCCATGACAGGCATGATTGGA;SOR=1.169;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=62;TCF=46;TCR=16;TR=32;WE=148999889;WS=148999871;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,52:0.50:103
chr5	149000039	rs7733761	C	T	3698.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.904;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=374;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.733;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=67;PP=1756;ReadPosRankSum=-0.548;SC=TGAGTGGAACCTTTCCTTTCT;SOR=0.832;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=213;TCF=95;TCR=118;TR=117;WE=149000047;WS=149000029;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:185,183:0.50:368
chr5	149001551	rs4629585	A	C	4001.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.255;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=423;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.222;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=63;PP=1967;ReadPosRankSum=1.275;SC=GGGCCAGATCATGTGCACATT;SOR=0.513;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=254;TCF=112;TCR=142;TR=119;WE=149001559;WS=149001541;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:221,192:0.46:413
chr5	149006518	rs147615867	TCAGTGG	T	799.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=1.716;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.010;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=2;PP=672;ReadPosRankSum=-0.198;SC=GGTGGGCCCTTCAGTGGCAGA;SOR=1.650;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=27;TCF=21;TCR=6;TR=13;WE=149006531;WS=149006508;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,21:0.58:36
chr5	149006640	rs9324624	C	T	3154.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.680;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=269;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.947;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=38;PP=1386;ReadPosRankSum=2.445;SC=CTCTCCCAGCCGCTCCTTCCA;SOR=0.625;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=166;TCF=102;TCR=64;TR=91;WE=149006648;WS=149006630;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:122,145:0.54:267
chr5	149006837	rs7732873	A	G	1289.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=2.872;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.332;HP=1;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=33;PP=808;ReadPosRankSum=-0.329;SC=CACCGGGGGTACGTGAGCCTT;SOR=1.003;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=86;TCF=23;TCR=63;TR=44;WE=149006845;WS=149006827;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,58:0.45:130
chr5	149006879	rs7733002	A	G	544.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=2.789;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.387;HP=6;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=18;PP=391;ReadPosRankSum=1.115;SC=GGGGAAAACCACCCCACAGAA;SOR=1.085;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=43;TCF=8;TCR=35;TR=21;WE=149006887;WS=149006869;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,23:0.48:48
chr5	149008403	rs1056993	A	G	1151.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=2.090;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.607;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=17;PP=503;ReadPosRankSum=0.619;SC=CTGGGAAACTACAGCTGTACC;SOR=0.685;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=79;TCF=40;TCR=39;TR=34;WE=149008411;WS=149008393;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:92,61:0.40:153
chr5	149008521	rs1135093	A	G	402.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.157;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.096;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=12;PP=249;ReadPosRankSum=-0.459;SC=TATTCCCACCATGAACCAGGT;SOR=0.495;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=43;TCF=15;TCR=28;TR=20;WE=149008529;WS=149008511;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,22:0.42:53
chr5	149112300	rs41287082	T	G	683.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.014;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=9;PP=283;ReadPosRankSum=1.119;SC=CCCAGTGTGCTCCTCCTTATT;SOR=0.691;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=51;TCF=31;TCR=20;TR=24;WE=149112308;WS=149112290;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,35:0.45:77
chr5	149197230	rs251460	T	C	2773.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.094;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=267;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.952;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=30;PP=1188;ReadPosRankSum=0.184;SC=GCCTGGCTCATAGTAGCATTG;SOR=0.786;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=153;TCF=91;TCR=62;TR=79;WE=149197238;WS=149197220;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:125,136:0.52:261
chr5	149199889	rs32589	G	A	673.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=2.658;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.488;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=5;PP=393;ReadPosRankSum=-1.004;SC=TGGCAAAATCGGGCCTTGGCC;SOR=0.354;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=52;TCF=42;TCR=10;TR=23;WE=149199897;WS=149199879;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,30:0.48:63
chr5	149200043	rs32588	T	C	2524.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.403;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=291;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.426;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=42;PP=1036;ReadPosRankSum=-1.219;SC=TTCCAGAACTTGACCTCTCCC;SOR=0.726;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=171;TCF=83;TCR=88;TR=84;WE=149200051;WS=149200033;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:159,131:0.45:290
chr5	149206104	rs11749124	G	A	662.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-2.102;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.329;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=4;PP=453;ReadPosRankSum=-0.379;SC=GCAGAGGGGAGGGTATGGCAG;SOR=1.140;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=44;TCF=37;TCR=7;TR=26;WE=149206112;WS=149206094;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,29:0.54:54
chr5	149212510	rs11959820	C	A	8748.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=3.928;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=791;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.521;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=134;NR=118;PP=2962;ReadPosRankSum=0.308;SC=GCAACTCATACGCTACATGCA;SOR=0.746;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=473;TCF=246;TCR=227;TR=252;WE=149212518;WS=149212500;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:375,406:0.52:781
chr5	149212800	rs32577	G	A	4522.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-1.213;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=395;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.773;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=78;PP=1925;ReadPosRankSum=1.698;SC=CTGGTCGCCCGTCCTCGGTGG;SOR=0.639;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=238;TCF=93;TCR=145;TR=130;WE=149212808;WS=149212790;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:174,214:0.55:388
chr5	149213456	rs32576	A	G	871.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=22;PP=581;SC=AAAGTGTTATATGGGTTTGGA;SOR=2.985;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=25;TCF=3;TCR=22;TR=25;WE=149213464;WS=149213446;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr5	149214167	rs12652075	C	T	2624.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.422;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=237;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.269;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=27;PP=1141;ReadPosRankSum=0.907;SC=CCTAGGGTCTCCTCCAGAGGG;SOR=0.857;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=158;TCF=97;TCR=61;TR=77;WE=149214175;WS=149214157;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:107,122:0.53:229
chr5	149214377	rs1024978	C	T	1759.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.524;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.294;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=45;PP=1015;ReadPosRankSum=0.672;SC=CCCCTGGCCCCGGCCCCACAC;SOR=0.548;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=143;TCF=44;TCR=99;TR=68;WE=149214385;WS=149214367;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,81:0.48:168
chr5	149221788	rs26127	G	C	630.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=5;PP=342;SC=AGGCAATGACGGAGTCTCTCT;SOR=1.519;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=19;TCF=14;TCR=5;TR=18;WE=149221796;WS=149221778;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr5	149221992	rs26126	C	T	567.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.551;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.953;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=11;PP=279;ReadPosRankSum=-2.231;SC=GGGCACTGGTCCTGATCCAGA;SOR=0.944;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=42;TCF=19;TCR=23;TR=18;WE=149222000;WS=149221982;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,30:0.40:75
chr5	149227267	.	TA	T	32.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.590;ClippingRankSum=0.000;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.91;ReadPosRankSum=0.420;SOR=0.551;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,9:0.25:36
chr5	149276205	rs11748849	C	A	1006.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=0.575;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=14;PP=612;ReadPosRankSum=-0.733;SC=CAAGGAGAAACCCCTGCATGC;SOR=0.657;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=77;TCF=46;TCR=31;TR=35;WE=149276213;WS=149276195;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,45:0.49:91
chr5	149294595	rs60750624	C	CT	190.87	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.626;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=9.901;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.58;ReadPosRankSum=-2.167;SOR=0.027;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,18:0.62:29
chr5	149360877	rs30832	T	C	11108.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=398;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=116;NR=173;PP=2965;SC=AACCTTCAGATTAAGCCAGGC;SOR=1.014;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=289;TCF=116;TCR=173;TR=289;WE=149360885;WS=149360867;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,391:1.00:391
chr5	149374879	rs3832324	CT	C	11633.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=325;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=44;NR=122;PP=2969;SC=TCCACCTCTTCTTGATCCTCA;SOR=0.814;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=172;TCF=46;TCR=126;TR=166;WE=149374887;WS=149374869;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,314:1.00:314
chr5	149374932	rs10875553	T	C	7091.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=266;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQ=60.04;NF=100;NR=113;PP=2965;SC=AAGGTGGCTCTGGTACAGTAC;SOR=0.812;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=213;TCF=100;TCR=113;TR=213;WE=149374940;WS=149374922;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,265:1.00:265
chr5	149380158	rs3812008	CG	TC	25636.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=572;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=169;NR=160;PP=2947;SC=TTACTAGACCCGCTCCAAGCC;SOR=0.777;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=335;TCF=173;TCR=162;TR=329;WE=149380167;WS=149380148;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,571:1.00:571
chr5	149406271	rs6579767	C	T	9757.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=369;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=129;NR=114;PP=2965;SC=CTTTTCAGAGCTGACCTGCTT;SOR=0.772;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=243;TCF=129;TCR=114;TR=243;WE=149406279;WS=149406261;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,366:1.00:366
chr5	149406733	rs2304069	G	T	907.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=23;PP=629;SC=CTGCTTCCATGTAATGTATCA;SOR=3.407;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=26;TCF=3;TCR=23;TR=26;WE=149406741;WS=149406723;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr5	149424966	rs2276983	G	A	2017.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=44;NR=11;PP=1276;SC=GACGGGGTAGGCTGTTGTGTT;SOR=2.139;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=56;TCF=45;TCR=11;TR=55;WE=149424974;WS=149424956;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr5	149427387	rs2043284	T	G	4699.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=40;NR=69;PP=2346;SC=ACTTTTTAGGTCAGGGATATG;SOR=1.101;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=109;TCF=40;TCR=69;TR=109;WE=149427395;WS=149427377;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,172:1.00:172
chr5	149428395	rs216125	C	G	513.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=13;PP=325;SC=GTGCTACCCCCTGGGCTAGGG;SOR=1.981;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=4;TCR=13;TR=17;WE=149428403;WS=149428385;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr5	149428424	rs216126	G	C	298.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=7;PP=182;SC=TGGGTCTTCTGTCAGTATTTT;SOR=1.802;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=2;TCR=7;TR=9;WE=149428432;WS=149428414;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr5	149431223	rs216131	G	A	3341.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=67;NR=22;PP=1993;SC=GAGTGTTCTCGTCACCAGATG;SOR=1.797;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=89;TCF=67;TCR=22;TR=89;WE=149431231;WS=149431213;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr5	149431259	rs216132	A	G	6598.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=247;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=105;NR=61;PP=2965;SC=ATTCCTTCTTATCAAAATGCA;SOR=1.127;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=166;TCF=105;TCR=61;TR=166;WE=149431267;WS=149431249;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,240:1.00:240
chr5	149431704	rs61733366	A	G	1604.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.048;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.617;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=37;PP=908;ReadPosRankSum=0.023;SC=AGATCAAGACAGAGACAGAGG;SOR=0.772;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=110;TCF=37;TCR=73;TR=57;WE=149431712;WS=149431694;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,76:0.50:151
chr5	149433596	rs2066934	TG	GA	6132.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;JOINED;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=51;NR=32;PP=2947;SC=TTGAAGTTTGTGGGAGGGGAG;SOR=1.043;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=88;TCF=53;TCR=35;TR=83;WE=149433605;WS=149433586;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,137:1.00:137
chr5	149435759	rs216136	G	A	18510.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=716;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=211;NR=224;PP=2965;SC=CCCCAGCCTGGCCCAAGCCCT;SOR=0.740;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=435;TCF=211;TCR=224;TR=435;WE=149435767;WS=149435749;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,704:1.00:704
chr5	149437190	rs216138	C	G	5290.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=55;NR=82;PP=2606;SC=GCAGAGGTCACTCATCATCAC;SOR=1.040;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=137;TCF=55;TCR=82;TR=137;WE=149437198;WS=149437180;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,198:1.00:198
chr5	149440644	rs170037	C	T	5077.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=49;NR=85;PP=2632;SC=GCAGGGCATACCCCAAGACCC;SOR=1.166;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=136;TCF=50;TCR=86;TR=134;WE=149440652;WS=149440634;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,187:1.00:187
chr5	149441016	rs11286566	AC	A	2070.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=43;PP=1803;SC=AGCATCTACCACCCCCCATCC;SOR=4.080;SbPval=0.93;Source=Platypus;TC=62;TCF=17;TCR=45;TR=52;WE=149441024;WS=149441006;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr5	149447628	rs216150	A	G	1535.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=29;NR=5;PP=893;SC=CCAGCAGCTGACTCATGTTGG;SOR=2.049;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=29;TCR=5;TR=34;WE=149447636;WS=149447618;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
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chr5	149457678	rs2228422	G	A	11701.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=464;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=140;NR=119;PP=2965;SC=GACTGACCTTGGTGTTGTTGT;SOR=0.816;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=263;TCF=143;TCR=120;TR=259;WE=149457686;WS=149457668;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,448:1.00:448
chr5	149460553	rs216123	A	G	2837.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.483;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=261;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.227;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=45;PP=1375;ReadPosRankSum=1.706;SC=CGACCAGCTCAGGGACACTGG;SOR=0.512;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=156;TCF=72;TCR=84;TR=90;WE=149460561;WS=149460543;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:115,139:0.55:254
chr5	149495395	rs246388	T	C	863.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.654;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.747;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=9;PP=339;ReadPosRankSum=-1.033;SC=GTTCCAGCTCTGGCTCCGGCT;SOR=0.830;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=65;TCF=41;TCR=24;TR=27;WE=149495403;WS=149495385;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,45:0.43:105
chr5	149497103	.	G	GCA	101.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.521;ClippingRankSum=0.000;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=2.831;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=65.64;MQRankSum=2.378;QD=5.09;ReadPosRankSum=-2.029;SOR=1.863;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,6:0.30:20
chr5	149497107	.	G	GCGCACGCA	475	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;FR=0.5000,0.5000;HP=2;HapScore=3;MGOF=22;MMLQ=11;MQ=63.79;NF=13,19;NR=2,2;PP=475,227;QD=31.8666666667;SC=GCGCGCGCGCGCACACACACA;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=21;TCF=17;TCR=4;TR=15,21;WE=149497115;WS=149497095;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:3,21:0.88:24
chr5	149497107	rs28368814	G	A,GCA	310.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=1.374;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=7.270;HP=2;HapScore=3;MGOF=22;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=11;MQRankSum=1.876;NF=13,19;NR=2,2;PP=475,227;ReadPosRankSum=-0.652;SC=GCGCGCGCGCGCACACACACA;SOR=3.092;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=21;TCF=17;TCR=4;TR=15,21;WE=149497115;WS=149497095;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.37,0.53:19
chr5	149497177	rs246391	T	C	923.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.168;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.008;HP=2;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.306;NF=24;NR=10;PP=510;ReadPosRankSum=1.548;SC=GCCAGGGTGGTTACCTGGCTA;SOR=0.381;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=66;TCF=49;TCR=17;TR=34;WE=149497185;WS=149497167;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,44:0.50:88
chr5	149498151	rs246394	G	A	1757.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=5.802;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.704;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=10;PP=1370;ReadPosRankSum=-0.406;SC=AACTCACAGCGCCAGCCCATC;SOR=1.402;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=135;TCF=110;TCR=25;TR=71;WE=149498159;WS=149498141;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,73:0.50:147
chr5	149498871	rs3832325	AG	A	1949.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-0.983;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.984;NF=34;NR=10;PP=1508;ReadPosRankSum=-0.973;SC=CTAGAACAAGAGGTTCCTGAT;SOR=0.686;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=90;TCF=67;TCR=23;TR=44;WE=149498879;WS=149498861;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,63:0.52:122
chr5	149499672	rs246395	T	C	4913.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.556;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=429;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.108;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=72;PP=2139;ReadPosRankSum=0.492;SC=CCATCCACTTTAAAGGCAAAA;SOR=0.612;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=238;TCF=104;TCR=134;TR=130;WE=149499686;WS=149499662;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:192,234:0.55:426
chr5	149502838	rs56388645	G	C	658.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-2.440;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.927;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=21;PP=334;ReadPosRankSum=-0.498;SC=AGGCTAATCAGGGGCTGGATG;SOR=0.493;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=67;TCF=15;TCR=52;TR=29;WE=149502846;WS=149502828;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,36:0.42:86
chr5	149503670	rs2304061	G	A	574.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=3.366;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=11.650;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=0;PP=369;ReadPosRankSum=-1.029;SC=CTCTGGGACCGCGCAGTGAGG;SOR=3.312;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=31;TCF=28;TCR=3;TR=19;WE=149503678;WS=149503662;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,24:0.57:42
chr5	149504115	rs1077724	A	T	501.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=0.471;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=6;PP=356;ReadPosRankSum=1.641;SC=GAGGCCAGGGAGAGGAACGCT;SOR=0.787;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=27;TCF=18;TCR=9;TR=17;WE=149504123;WS=149504112;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,20:0.65:31
chr5	149504158	rs1075846	T	C	568.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.656;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=8;PP=386;ReadPosRankSum=0.377;SC=TCGGGAGCAGTGCCTGCTGCA;SOR=0.552;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=35;TCF=24;TCR=11;TR=22;WE=149504166;WS=149504148;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,24:0.63:38
chr5	149505306	rs10072056	G	A	437.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-2.302;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.501;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=13;PP=260;ReadPosRankSum=-0.078;SC=CAAGGTCTTCGTGGGCTCGGA;SOR=0.167;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=30;TCF=4;TCR=26;TR=16;WE=149505314;WS=149505296;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,19:0.56:34
chr5	149546426	rs2302274	A	G	5265.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=76;NR=50;PP=2536;SC=TGCGCGGGGGACCCCGCGGCC;SOR=0.977;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=126;TCF=76;TCR=50;TR=126;WE=149546434;WS=149546416;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,197:1.00:197
chr5	149546828	rs2302275	C	G	1413.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=19;PP=532;SC=GCGCAGAGGCCGACGCCCTAC;SOR=1.159;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=28;TCF=9;TCR=19;TR=28;WE=149546836;WS=149546818;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr5	149576233	rs2270145	G	A	5396.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=107;NR=52;PP=2965;SC=TGGGCTTTTGGGGGAGCTGCC;SOR=1.467;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=160;TCF=108;TCR=52;TR=159;WE=149576241;WS=149576223;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,193:1.00:193
chr5	149576273	rs2270146	C	T	10340.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.856;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=400;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.348;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=146;NR=97;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.023;SC=ACCCCGCTCCCGGCAGGCGCC;SOR=0.763;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=247;TCF=148;TCR=99;TR=243;WE=149576281;WS=149576263;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,392:0.99:395
chr5	149578999	rs731376	T	A	2552.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=25;NR=47;PP=1282;SC=AAGGCAGGGCTTGGACTGAGC;SOR=1.337;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=73;TCF=25;TCR=48;TR=72;WE=149579007;WS=149578989;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr5	149580819	rs3733680	G	A	2677.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=3.485;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=242;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=60;PP=1621;ReadPosRankSum=0.320;SC=CAGAGGGAGGGGCCAGGCCTG;SOR=0.730;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=176;TCF=57;TCR=119;TR=88;WE=149580827;WS=149580809;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:118,118:0.50:236
chr5	149582069	rs10875556	T	C	3840.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-2.323;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=333;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.838;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=57;PP=1518;ReadPosRankSum=0.404;SC=GGAGAGTGGCTGGCCAGGGAG;SOR=0.700;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=216;TCF=108;TCR=108;TR=118;WE=149582077;WS=149582059;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:144,185:0.56:329
chr5	149582103	rs2240788	C	T	3045.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=0.114;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=366;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=52;PP=1480;ReadPosRankSum=-0.734;SC=GAAAGGAAGGCCCACTCACCC;SOR=0.691;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=217;TCF=101;TCR=116;TR=96;WE=149582111;WS=149582093;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:207,153:0.43:360
chr5	149583175	rs11749558	G	A	1512.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.181;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.405;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=17;PP=820;ReadPosRankSum=0.657;SC=CTGAGTGTGCGTATGGGAGCC;SOR=0.418;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=115;TCF=87;TCR=28;TR=58;WE=149583183;WS=149583165;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,73:0.53:139
chr5	149583300	rs2240793	T	C	19700.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=503;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.04;QD=39.40;SOR=0.734;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,500:1.00:500
chr5	149583336	rs2240794	T	C	16961.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=404;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.05;QD=42.51;SOR=0.803;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,399:1.00:399
chr5	149583383	.	G	GGTGT	2300.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.046;ClippingRankSum=0.000;DP=225;ExcessHet=3.0103;FS=4.121;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.08;MQRankSum=0.000;QD=29.88;ReadPosRankSum=-0.068;SOR=0.784;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,67:0.87:77
chr5	149584197	rs17652561	G	A	1447.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.708;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=31;PP=781;ReadPosRankSum=-0.125;SC=GGTGTATGGTGAGAAGAGCCG;SOR=0.683;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=100;TCF=33;TCR=67;TR=46;WE=149584205;WS=149584187;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:91,71:0.44:162
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chr5	149584863	rs2342283	A	G	1636.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.47;SOR=3.383;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr5	149584870	rs4423986	C	A	1816.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.31;SOR=3.312;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr5	149584881	rs5024534	G	T	2077.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.21;SOR=3.033;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr5	149584881	.	GTT	TTC	2110	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;FR=1.0000;HP=2;HapScore=1;MGOF=107;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=36;NR=6;PP=2110;QD=51.5111398777;SC=CCACTTCAGGGTTCGGTACAG;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=42;TCF=36;TCR=6;TR=42;WE=149584891;WS=149584853;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr5	149584883	rs5024533	T	C	2077.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.21;SOR=3.033;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr5	149584969	rs11428067	A	AG	9113.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=33;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=37;NR=52;PP=2933;SC=TCGGGCCTTAAGCAGTTTAGA;SOR=0.977;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=96;TCF=42;TCR=54;TR=89;WE=149584989;WS=149584959;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,213:1.00:213
chr5	149584981	rs4705425	A	G	3187.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-1.536;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=260;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=33;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-2.091;NF=55;NR=36;PP=1339;ReadPosRankSum=1.248;SC=CAGTTTAGACAAAAGCCCGCA;SOR=0.690;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=161;TCF=97;TCR=64;TR=91;WE=149584989;WS=149584959;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:106,154:0.59:260
chr5	149585025	rs4705426	A	C	10673.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=397;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=114;NR=91;PP=2965;SC=GCAGGCCCTCATGGTGTATAG;SOR=0.827;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=205;TCF=114;TCR=91;TR=205;WE=149585033;WS=149585015;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,395:1.00:395
chr5	149602608	rs2241694	A	G	13579.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.838;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=526;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=187;NR=129;PP=2965;ReadPosRankSum=0.375;SC=GCCATTTGCCATCCCGGCGGT;SOR=0.958;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=316;TCF=187;TCR=129;TR=316;WE=149602616;WS=149602598;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,524:1.00:526
chr5	149602824	rs2241695	C	T	3446.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=23;NR=66;PP=1959;SC=CAACCGGGGGCCTCCTGTCTC;SOR=1.749;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=89;TCF=23;TCR=66;TR=89;WE=149602832;WS=149602814;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr5	149610967	rs139753530	AAAT	A	2638.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.902;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FS=5.222;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.20;MQRankSum=0.508;QD=32.98;ReadPosRankSum=-0.077;SOR=2.147;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:5,75:0.94:80
chr5	149627423	rs7711562	A	G	1669.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.344;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.652;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=28;PP=726;ReadPosRankSum=0.689;SC=GCCGGAGTGAAGGGACCCAGG;SOR=0.624;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=89;TCF=37;TCR=52;TR=49;WE=149627431;WS=149627413;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,76:0.58:132
chr5	149629683	rs4958452	T	C	838.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=0.204;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.690;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=13;PP=451;ReadPosRankSum=2.600;SC=TAAATGCTTATTGAATCAATG;SOR=0.478;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=75;TCF=48;TCR=27;TR=31;WE=149629691;WS=149629673;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,42:0.42:99
chr5	149631413	rs2288799	A	G	1393.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.028;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.607;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=18;ReadPosRankSum=-1.159;SC=GACCCCTGGAAAGAGGACCAG;SOR=0.791;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=113;TCF=65;TCR=48;TR=45;WE=149631421;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,66:0.43:153
chr5	149632955	rs7701427	C	T	972.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.870;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.828;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=15;PP=604;ReadPosRankSum=-1.207;SC=GCTTATGTGTCAACACAAATG;SOR=0.388;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=95;TCF=66;TCR=29;TR=40;WE=149632963;WS=149632945;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,48:0.44:110
chr5	149636073	rs10463293	T	G	260.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=1.427;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=1;PP=85;ReadPosRankSum=0.213;SC=CTCTGCAGGATTAGGGACGTG;SOR=0.368;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=10;TCF=9;TCR=1;TR=6;WE=149636081;WS=149636065;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,11:0.73:15
chr5	149636109	rs10463294	G	A	487.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-2.863;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.675;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=2;PP=180;ReadPosRankSum=-0.471;SC=CTCCCGGGGTGAGCCACACCC;SOR=0.314;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=25;TCF=21;TCR=4;TR=12;WE=149636117;WS=149636099;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,22:0.63:35
chr5	149644597	rs891938	T	G	16619.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=632;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=170;NR=188;PP=2965;SC=CAGAGGCTCATGTGAGTCCCC;SOR=0.769;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=358;TCF=170;TCR=188;TR=358;WE=149644605;WS=149644587;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,625:1.00:625
chr5	149677472	rs149628658	G	A	5349.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=3.230;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=581;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.526;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=95;NR=76;PP=2655;ReadPosRankSum=-0.962;SC=CGGCTTGTCCGTTGCTTTCGC;SOR=0.645;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=390;TCF=219;TCR=171;TR=171;WE=149677480;WS=149677462;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:316,257:0.45:573
chr5	149677851	rs6579784	A	G	8546.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.967;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=334;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=122;NR=97;PP=2965;ReadPosRankSum=0.785;SC=CGCGCTGGGCATAAAGCATAG;SOR=0.861;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=220;TCF=123;TCR=97;TR=219;WE=149677859;WS=149677841;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,319:0.99:321
chr5	149737221	rs4565199	T	G	894.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=21;NR=3;PP=590;SC=GCCGGAAGTGTGGCGCGCGAG;SOR=2.833;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=24;TCF=21;TCR=3;TR=24;WE=149737229;WS=149737211;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr5	149772280	rs1136103	C	G	1119.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.312;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=15;PP=576;ReadPosRankSum=2.635;SC=GGTCCCACCCCCTCCAGGACA;SOR=0.738;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=72;TCF=42;TCR=30;TR=36;WE=149772288;WS=149772270;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,60:0.43:138
chr5	149776232	rs15251	C	T	1793.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-0.994;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.435;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=31;PP=992;ReadPosRankSum=-1.320;SC=AAGGGGAAAGCAAAGAGAGAC;SOR=0.860;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=139;TCF=72;TCR=67;TR=69;WE=149776240;WS=149776222;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:89,89:0.50:178
chr5	149823785	rs2070844	G	A	691.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-2.951;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.862;NF=23;NR=4;PP=540;ReadPosRankSum=0.238;SC=AGGAGAGAAGGCTGGAGTTGA;SOR=0.541;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=43;TCF=37;TCR=6;TR=27;WE=149823793;WS=149823783;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,27:0.60:45
chr5	149824067	rs2073472	T	C	1304.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.797;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=33;PP=794;ReadPosRankSum=2.277;SC=GAACATGAAGTGGCCCCATCT;SOR=0.644;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=118;TCF=51;TCR=67;TR=59;WE=149824075;WS=149824057;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,65:0.44:148
chr5	149824223	rs2070842	T	C	2157.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.018;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=287;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=1.710;NF=27;NR=35;PP=896;ReadPosRankSum=0.289;SC=AAAAACCCTTTTAGACAGGGT;SOR=0.701;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=155;TCF=70;TCR=85;TR=62;WE=149824231;WS=149824213;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:168,116:0.41:284
chr5	149824308	rs36146597	G	GC	723.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.947;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.565;NF=0;NR=14;PP=477;ReadPosRankSum=-1.460;SC=AAGGCTGGGCGCGGTGGCTCA;SOR=0.595;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=53;TCF=3;TCR=50;TR=14;WE=149824316;WS=149824298;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,29:0.30:98
chr5	149824355	rs13171800	G	A	142.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.016;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=7;PP=81;ReadPosRankSum=0.410;SC=TTGGGAGACTGAGGCTGGTGG;SOR=0.650;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=37;TCF=10;TCR=27;TR=8;WE=149824363;WS=149824345;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,10:0.24:42
chr5	149826526	rs4841	C	T	4619.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.094;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=456;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=69;NR=73;PP=2239;ReadPosRankSum=1.115;SC=AGATGGTTTCCCTGGGGACAA;SOR=0.640;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=287;TCF=135;TCR=152;TR=142;WE=149826534;WS=149826516;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:235,220:0.48:455
chr5	149826572	rs13183077	G	A	3861.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.466;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=372;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.378;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=76;PP=1784;ReadPosRankSum=0.128;SC=CCAACAAGGAGTGCTTACGAT;SOR=0.728;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=247;TCF=99;TCR=148;TR=124;WE=149826580;WS=149826562;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:183,189:0.51:372
chr5	149901373	rs10075355	G	C	812.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.622;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=24;PP=560;ReadPosRankSum=0.578;SC=AGCCCCCTCTGCAGCTCAGTG;SOR=0.732;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=63;TCF=14;TCR=49;TR=31;WE=149901381;WS=149901363;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,34:0.51:67
chr5	149907533	rs2273235	T	G	5336.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.309;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=482;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=88;NR=64;PP=2435;ReadPosRankSum=-1.328;SC=ACTGGACGGTTTTCCAGTCAA;SOR=0.704;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=316;TCF=181;TCR=135;TR=152;WE=149907541;WS=149907523;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:237,245:0.51:482
chr5	149907602	rs2273234	A	G	5480.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.035;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=557;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.743;HP=4;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=121;NR=80;PP=2962;ReadPosRankSum=1.452;SC=AGTCCATCCCACACCTGGGCG;SOR=0.832;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=423;TCF=247;TCR=176;TR=201;WE=149907610;WS=149907592;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:281,267:0.49:548
chr5	149914401	rs2545341	T	C	1292.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.653;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=13;PP=675;ReadPosRankSum=0.986;SC=GCCCAGTGGGTGGTTCTGAGC;SOR=0.714;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=110;TCF=74;TCR=36;TR=45;WE=149914409;WS=149914391;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,61:0.46:132
chr5	149919739	rs1290147	G	C	2741.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=2.235;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=343;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.848;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=64;PP=1853;ReadPosRankSum=1.275;SC=ACTCCTGGACGAACCTCCGGC;SOR=0.628;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=247;TCF=103;TCR=144;TR=113;WE=149919747;WS=149919729;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:195,137:0.41:332
chr5	149921251	rs2304063	G	C	2457.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=1.266;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=261;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=66;PP=1568;ReadPosRankSum=-0.017;SC=GCTCTTGACCGAGCTTCCCCA;SOR=0.691;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=204;TCF=61;TCR=143;TR=93;WE=149921259;WS=149921241;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:141,114:0.45:255
chr5	149931222	rs6579792	T	G	737.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=19;NR=4;PP=532;SC=GATTCCCTGGTCTCTGCCATT;SOR=2.584;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=19;TCR=4;TR=23;WE=149931230;WS=149931216;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr5	150029923	.	TCAAGTTCCCCTCCTTGAGGGCCAGATGGAGAGCAGATG	TGTTCCCCTCCTTGAGGGCCAGATGGAGAGCAGATG,T	3299.73	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;ALERT;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.485;ClippingRankSum=0.000;DP=213;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=11.802;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=24;PP=2954;ReadPosRankSum=1.527;SC=CCACTGCCGGTCAAGTTCCCC;SOR=1.421;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=84;TCF=2;TCR=82;TR=25;WE=150029970;WS=150029913;set=Intersection	GT:AF:DP	0/1:0.45:195
chr5	150029927	.	GTTCCCCTCCTTGAGGGCCAGATGGAGAGCAGATGT	G	3296.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=5.445;ClippingRankSum=0.000;DP=191;ExcessHet=3.0103;FS=9.380;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.54;ReadPosRankSum=1.508;SOR=1.339;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:101,87:0.46:188
chr5	150029962	.	T	G	2575	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;FR=0.5000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MMLQ=28;MQ=60.0;NF=8;NR=24;PP=2575;QD=20;SC=AGAGCAGATGTGGCAGGAAAT;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=83;TCF=16;TCR=67;TR=32;WE=150029970;WS=150029913;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:51,32:0.39:83
chr5	150051958	rs194134	T	C	17839.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=665;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=213;NR=223;PP=2965;SC=CACCGCCATCTCCAAGGGCTA;SOR=0.724;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=436;TCF=213;TCR=223;TR=436;WE=150051966;WS=150051948;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,660:1.00:660
chr5	150072693	rs33410	A	G	1515.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=28;NR=24;PP=990;SC=GTAGAGCGGCAACATGAACCA;SOR=0.877;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=52;TCF=28;TCR=24;TR=52;WE=150072701;WS=150072683;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr5	150078956	rs252161	A	G	3813.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=0.613;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=349;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.804;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=50;PP=1498;ReadPosRankSum=-0.370;SC=TAGAGAGAGAAAAACAGCAAC;SOR=0.648;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=165;TCF=74;TCR=91;TR=94;WE=150078964;WS=150078946;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:164,185:0.53:349
chr5	150138378	rs201128894	G	GC	1849.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.623;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=367;ExcessHet=3.0103;FS=17.592;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.12;MQRankSum=2.154;QD=5.39;ReadPosRankSum=-1.071;SOR=1.378;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:240,103:0.30:343
chr5	150311622	rs12656542	A	G	1078.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=2.071;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.919;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=9;PP=692;ReadPosRankSum=-1.035;SC=TATTTTTCCAAATATATTATA;SOR=0.512;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=87;TCF=69;TCR=18;TR=39;WE=150311630;WS=150311612;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,46:0.46:100
chr5	150311678	rs11167525	A	G	2337.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.870;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=295;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=35;PP=1310;ReadPosRankSum=-1.928;SC=TGATGACTACAACTTGCCTGA;SOR=0.702;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=210;TCF=134;TCR=76;TR=95;WE=150311686;WS=150311668;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:161,126:0.44:287
chr5	150311773	rs7727919	T	C	5325.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.259;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=531;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.730;HP=4;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=2.004;NF=74;NR=69;PP=2346;ReadPosRankSum=0.111;SC=GAATGACCCCTTGTAATACTT;SOR=0.648;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=298;TCF=143;TCR=155;TR=143;WE=150311781;WS=150311763;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:262,263:0.50:525
chr5	150311857	rs10719367	CT	C	3412.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-2.978;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.541;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.931;NF=2;NR=52;PP=2070;ReadPosRankSum=-1.131;SC=CTCTCTCTGTCTGAAAAAAAA;SOR=0.626;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=111;TCF=4;TCR=107;TR=54;WE=150311865;WS=150311847;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:94,103:0.52:197
chr5	150323530	rs112582282	GTGGGAGAAGGTCGTGA	G	1259.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.477;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.066;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.098;NF=0;NR=18;PP=2962;ReadPosRankSum=0.542;SC=AGGCCATCCTGTGGGAGAAGG;SOR=0.973;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=55;TCF=1;TCR=54;TR=18;WE=150323553;WS=150323520;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,34:0.47:73
chr5	150407456	rs8177447	T	C	8640.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.748;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=328;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=104;NR=89;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.749;SC=ACACTCCTCTTATCCCTGCTC;SOR=0.817;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=196;TCF=104;TCR=92;TR=193;WE=150407464;WS=150407446;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,323:0.99:325
chr5	150410135	rs3924	G	A	1289.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=33;NR=6;PP=887;SC=AGGGACTGGTGTACAAGCTGG;SOR=2.461;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=40;TCF=34;TCR=6;TR=39;WE=150410143;WS=150410125;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr5	150413406	rs2233305	A	C	1765.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=12;NR=30;PP=924;SC=ACAGGCTGCAAAGGACACCCA;SOR=1.609;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=42;TCF=12;TCR=30;TR=42;WE=150413414;WS=150413396;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr5	150415338	rs2287720	C	T	3469.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=22;NR=82;PP=2269;SC=CAGGCCCAGACTCCCATGCCT;SOR=2.157;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=105;TCF=23;TCR=82;TR=104;WE=150415346;WS=150415328;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr5	150483257	rs41290563	G	C	862.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=1.086;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.829;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=23;PP=602;ReadPosRankSum=-0.711;SC=CAGCACCCTGGTGGAGCCAGG;SOR=0.854;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=72;TCF=26;TCR=46;TR=36;WE=150483265;WS=150483247;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,40:0.45:89
chr5	150484889	rs868531	G	A	1651.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.017;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.580;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=38;PP=897;ReadPosRankSum=-0.102;SC=AGAGAGATGCGGGGAACGTGG;SOR=0.771;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=122;TCF=42;TCR=80;TR=57;WE=150484897;WS=150484879;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,81:0.47:171
chr5	150489390	rs1133202	A	G	5087.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=53;NR=52;PP=2239;SC=TGTCTCCACTAGGTGTGTCTG;SOR=0.714;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=107;TCF=53;TCR=54;TR=105;WE=150489398;WS=150489380;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,188:1.00:188
chr5	150496853	rs11747529	C	T	3928.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-2.620;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=412;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.639;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=64;PP=1555;ReadPosRankSum=0.992;SC=TCCTCATCAGCTACACAGGGA;SOR=0.571;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=231;TCF=93;TCR=138;TR=114;WE=150496861;WS=150496843;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:199,198:0.50:397
chr5	150499080	rs2303023	T	C	577.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.789;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.297;HP=4;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=16;PP=343;ReadPosRankSum=-2.137;SC=GACATGGCCCTCAGGCCCAAG;SOR=1.473;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=37;TCF=8;TCR=29;TR=19;WE=150499088;WS=150499070;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,26:0.49:53
chr5	150499102	rs2303024	A	G	242.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=2.912;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.062;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=9;PP=165;ReadPosRankSum=-0.176;SC=CCTTGGCACAACCAAGGCTGA;SOR=1.473;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=24;TCF=4;TCR=20;TR=10;WE=150499110;WS=150499092;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,11:0.38:29
chr5	150504097	rs373180208	TGA	T	384.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-1.606;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=2.022;NF=0;NR=14;PP=426;ReadPosRankSum=-1.785;SC=GCACGAGAGCTGAGAGAGAGA;SOR=0.473;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=51;TCF=0;TCR=51;TR=14;WE=150504106;WS=150504087;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,19:0.38:50
chr5	150506104	rs111270752	AACACACACAC	A	1027.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;QD=57.10;SOR=3.126;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,15:0.83:18
chr5	150509258	rs144537590	T	TTTTG,TTTTGTTTG	794.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;QD=39.74;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:0,8,12:0.40,0.60:20
chr5	150510757	rs2303032	C	T	1217.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-1.564;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=15;PP=449;ReadPosRankSum=-0.302;SC=ATAGTCCTCTCCCCAAACCCC;SOR=0.698;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=97;TCF=58;TCR=39;TR=39;WE=150510765;WS=150510747;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:102,69:0.40:171
chr5	150511910	rs2303033	G	A	3509.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.098;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=302;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.587;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=69;NR=40;PP=1733;ReadPosRankSum=1.564;SC=TAGAATTCACGGCCCACATGG;SOR=0.558;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=196;TCF=128;TCR=68;TR=109;WE=150511918;WS=150511900;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:129,166:0.56:295
chr5	150512459	rs62379668	G	A	392.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=5.069;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.351;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=1;PP=237;ReadPosRankSum=1.590;SC=AAGTAATTGCGGTTTTTGCCA;SOR=0.245;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=32;TCF=30;TCR=2;TR=13;WE=150512467;WS=150512452;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,16:0.46:35
chr5	150516702	rs3214443	GT	G	821.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=0.677;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.101;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=5;PP=314;ReadPosRankSum=0.883;SC=AGGAGAGAAGGTAGATGGCTA;SOR=0.465;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=28;TCF=15;TCR=13;TR=10;WE=150516710;WS=150516692;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,26:0.41:64
chr5	150516887	rs2303034	G	C	740.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.279;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.56;ReadPosRankSum=-1.641;SOR=0.656;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:58,40:0.41:98
chr5	150518358	rs3213802	AG	GA	14392.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.820;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=330;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=86;NR=132;PP=2947;ReadPosRankSum=0.839;SC=AGGTCCTGGCAGGTGGGGAAG;SOR=1.006;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=228;TCF=93;TCR=135;TR=218;WE=150518367;WS=150518348;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,327:0.99:329
chr5	150518392	rs144973641	G	GGAA	4213.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.732;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.573;HP=1;HapScore=1;MGOF=43;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.287;NF=5;NR=59;PP=2973;ReadPosRankSum=1.765;SC=AGAGGAAAGAGGAAGAGTAGT;SOR=0.612;SbPval=0.2;Source=Platypus;TC=126;TCF=6;TCR=120;TR=64;WE=150518400;WS=150518382;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,108:0.55:196
chr5	150518435	rs3213804	T	G	1232.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=1.433;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.489;HP=1;HapScore=2;MGOF=61;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.195;NF=8;NR=39;PP=892;ReadPosRankSum=-0.603;SC=AATGAGCACTTACTCTGGCAG;SOR=0.194;SbPval=0.15;Source=Platypus;TC=74;TCF=8;TCR=66;TR=47;WE=150518443;WS=150518425;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,51:0.59:86
chr5	150518725	rs45534934	C	T	122.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.599;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=0;PP=82;ReadPosRankSum=0.167;SC=GCCCAGCATACAGCAGGTGCT;SOR=0.473;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=15;TCR=0;TR=6;WE=150518733;WS=150518719;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,6:0.43:14
chr5	150518892	rs3214444	GC	G	3437.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.479;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=264;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.455;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=2.643;NF=25;NR=36;PP=1984;ReadPosRankSum=1.284;SC=CACCCCATGGGCCCTCCGGTT;SOR=0.744;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=139;TCF=53;TCR=86;TR=61;WE=150518900;WS=150518882;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:139,122:0.47:261
chr5	150518988	rs2228458	G	A	3931.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.336;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=390;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.766;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=1.722;NF=66;NR=57;PP=1756;ReadPosRankSum=-1.757;SC=ATTATGTCCAGTATGGCCTCC;SOR=0.675;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=238;TCF=116;TCR=122;TR=123;WE=150518996;WS=150518978;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:191,195:0.51:386
chr5	150519670	rs10040510	T	A	2166.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-1.075;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=263;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.955;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=29;PP=790;ReadPosRankSum=2.115;SC=CTGTGTCTACTTTTGGGGGAT;SOR=0.618;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=151;TCF=85;TCR=66;TR=63;WE=150519678;WS=150519660;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:143,116:0.45:259
chr5	150562696	rs60344552	CT	C	20115.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=0.738;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=513;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.238;NF=46;NR=155;PP=2966;ReadPosRankSum=1.814;SC=CAGACTGCCCCTGGGAAAGCC;SOR=0.762;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=207;TCF=49;TCR=158;TR=201;WE=150562704;WS=150562686;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,507:1.00:509
chr5	150565770	rs193728	G	A	1943.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.175;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.134;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=41;PP=1012;ReadPosRankSum=-0.987;SC=GAGGGAGAACGGTTTTGGGTT;SOR=0.923;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=111;TCF=35;TCR=76;TR=56;WE=150565778;WS=150565760;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,87:0.57:153
chr5	150567049	rs35221501	CA	C	2479.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=2.109;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.975;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=30;PP=1072;ReadPosRankSum=-0.864;SC=TCCATAAGCTCAAGACACTTC;SOR=1.094;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=72;TCF=8;TCR=64;TR=32;WE=150567057;WS=150567039;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:118,84:0.42:202
chr5	150567074	rs36036156	T	TG	1933.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=2.676;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.253;HP=1;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=27;PP=1120;ReadPosRankSum=-1.256;SC=CAAAGCCTTCTGCAGGCCCCT;SOR=1.300;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=68;TCF=8;TCR=60;TR=30;WE=150567082;WS=150567064;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:106,67:0.39:173
chr5	150567145	rs454130	G	A	315.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.767;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.255;HP=1;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=8;PP=167;ReadPosRankSum=-0.701;SC=GTCTAGGAACGGTCTTATTCA;SOR=0.442;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=40;TCF=11;TCR=29;TR=12;WE=150567153;WS=150567135;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,17:0.35:48
chr5	150578574	rs3734038	A	G	9028.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-2.027;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=355;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.467;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=133;NR=101;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.707;SC=GGGCCTCTTCATTCTTTCCTT;SOR=0.564;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=234;TCF=133;TCR=101;TR=234;WE=150578582;WS=150578564;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,350:1.00:351
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chr5	150632676	rs2277028	A	G	1704.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=37;NR=11;PP=1157;SC=CCTGCCAGTGACTGGACTCAG;SOR=2.107;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=48;TCF=37;TCR=11;TR=48;WE=150632684;WS=150632669;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
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chr5	150639439	rs153478	A	G	9909.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=384;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=91;NR=114;PP=2965;SC=CCTCAGTGTCATGGGCAGCAC;SOR=0.850;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=205;TCF=91;TCR=114;TR=205;WE=150639447;WS=150639429;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,382:1.00:382
chr5	150646647	rs2075782	T	C	313.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-2.047;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.619;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=6;PP=210;ReadPosRankSum=1.885;SC=ATCTACGAAATGGGAGACTTG;SOR=0.330;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=22;TCF=13;TCR=9;TR=13;WE=150646655;WS=150646637;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,14:0.56:25
chr5	150646736	rs6861766	C	T	448.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.072;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.002;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=5;PP=211;ReadPosRankSum=-0.577;SC=TCATCTTGTGCGGCTGTTTTG;SOR=0.504;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=60;TCF=45;TCR=15;TR=17;WE=150646744;WS=150646726;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,25:0.30:82
chr5	150646780	rs2075783	A	C	1242.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.304;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.591;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=13;PP=452;ReadPosRankSum=-1.501;SC=TCATGGCTGCAATCCTAGCAG;SOR=0.479;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=116;TCF=75;TCR=41;TR=33;WE=150646788;WS=150646770;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:115,67:0.37:182
chr5	150647012	rs1048723	A	G	2860.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.792;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=283;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.440;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=54;PP=1583;ReadPosRankSum=0.986;SC=AGGGCATATAACATGGCATCT;SOR=0.735;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=179;TCF=70;TCR=109;TR=89;WE=150647020;WS=150647002;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:145,132:0.48:277
chr5	150647239	rs989	A	G	208.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.060;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=7;PP=110;ReadPosRankSum=0.697;SC=AGCCCAGGGCATCTGCTGGGC;SOR=0.716;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=20;TCF=5;TCR=15;TR=9;WE=150647247;WS=150647229;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,11:0.44:25
chr5	150660769	rs1368393	A	G	1638.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.503;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.749;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=25;PP=633;ReadPosRankSum=-1.001;SC=ATTGGATGTGAAAGGTGATGT;SOR=0.569;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=71;TCF=22;TCR=49;TR=38;WE=150660777;WS=150660759;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,53:0.49:108
chr5	150660794	rs1368394	G	A	1133.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-2.236;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.056;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=19;PP=427;ReadPosRankSum=2.355;SC=CCCCGGAAGGGCCATTGAGGA;SOR=0.914;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=47;TCF=11;TCR=36;TR=24;WE=150660802;WS=150660784;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,31:0.48:64
chr5	150663565	rs1347147	A	C	720.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=1.471;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=5;PP=469;ReadPosRankSum=1.108;SC=GAACAGTTCCAGTGTCTCTCC;SOR=0.603;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=54;TCF=44;TCR=10;TR=29;WE=150663573;WS=150663555;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,32:0.52:62
chr5	150666933	rs375396	C	A	2779.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-1.403;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.692;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=53;PP=1378;ReadPosRankSum=-0.199;SC=GCAGGATTATCAGCATGTAGA;SOR=0.854;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=135;TCF=47;TCR=88;TR=77;WE=150666941;WS=150666923;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:93,127:0.58:220
chr5	150667016	rs978012	T	C	759.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.348;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.784;HP=4;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=19;PP=451;ReadPosRankSum=0.336;SC=ACGTGGGCTTTTTCCACCATC;SOR=0.343;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=48;TCF=10;TCR=38;TR=25;WE=150667029;WS=150667006;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,34:0.52:65
chr5	150667771	rs246499	G	A	876.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=21;NR=0;PP=539;SC=ACTTTAGCTCGTCTATCCTTT;SOR=3.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=21;TCR=0;TR=21;WE=150667779;WS=150667766;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr5	150668620	rs72105756	C	CA	74.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.786;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.58;ReadPosRankSum=-0.448;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,9:0.31:29
chr5	150668649	rs10071719	T	C	257.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.536;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.55;ReadPosRankSum=0.171;SOR=0.818;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,15:0.56:27
chr5	150668692	rs17716431	A	G	30.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.703;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=3;PP=25;ReadPosRankSum=1.930;SC=AGACTGCAATAGCCAGAAAAT;SOR=0.818;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=11;TCF=3;TCR=8;TR=4;WE=150668700;WS=150668682;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,3:0.38:8
chr5	150677976	rs2431072	T	C	1503.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=37;NR=7;PP=1102;SC=TGTGCCCCCTTCAGGGATGCT;SOR=3.398;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=44;TCF=37;TCR=7;TR=44;WE=150677984;WS=150677966;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr5	150682975	rs6887412	T	C	1270.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.400;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.254;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=35;PP=617;ReadPosRankSum=0.935;SC=GAGCCTCTGATGGGTCTTTCT;SOR=0.846;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=128;TCF=45;TCR=83;TR=52;WE=150682983;WS=150682965;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:103,69:0.40:172
chr5	150683005	rs28481793	T	C	801.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=0.127;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=27;PP=496;ReadPosRankSum=0.302;SC=CCATGGCTGCTGACCTGAGAT;SOR=0.672;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=89;TCF=25;TCR=64;TR=38;WE=150683013;WS=150682995;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,43:0.39:111
chr5	150683055	rs6866481	G	A	501.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-1.585;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=18;PP=378;ReadPosRankSum=1.090;SC=GCTGGCTGAAGCCTGAAGTGC;SOR=0.730;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=45;TCF=7;TCR=38;TR=21;WE=150683063;WS=150683045;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,22:0.46:48
chr5	150696447	rs369907	C	T	6155.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=241;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=71;NR=74;PP=2551;SC=CGTCCAGGGCCTGGTAGGTCC;SOR=0.718;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=145;TCF=71;TCR=74;TR=145;WE=150696455;WS=150696437;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,239:1.00:239
chr5	150696498	rs428064	G	A	1283.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.886;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=27;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.358;NF=18;NR=32;PP=763;ReadPosRankSum=0.902;SC=TGATCAGGGCGTCCTTGAAGA;SOR=0.749;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=104;TCF=37;TCR=67;TR=50;WE=150696506;WS=150696488;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,63:0.44:144
chr5	150696540	rs431240	C	T	2222.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=23;NR=40;PP=1306;SC=CTGAGTAGAACGTGGTGACCT;SOR=1.151;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=63;TCF=23;TCR=40;TR=63;WE=150696548;WS=150696530;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
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chr5	150704758	rs246496	A	G	754.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=20;NR=4;PP=456;SC=TCTAGACCTCAGTTTCCCAGC;SOR=2.546;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=20;TCR=4;TR=24;WE=150704766;WS=150704748;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
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chr5	150723806	rs192192	G	A	10928.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.639;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=420;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=108;NR=119;PP=2965;ReadPosRankSum=1.172;SC=CCTTTCACCAGGTGAATCAAG;SOR=0.737;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=228;TCF=109;TCR=119;TR=227;WE=150723814;WS=150723796;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,413:1.00:415
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chr5	150838636	rs6891599	C	T	900.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-0.343;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.737;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=22;PP=473;ReadPosRankSum=1.089;SC=CGAGTGACTGCGCTGAGATTT;SOR=0.330;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=68;TCF=19;TCR=49;TR=33;WE=150838644;WS=150838626;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,42:0.54:78
chr5	150843996	rs415426	T	C	4576.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=76;NR=37;PP=2067;SC=TAATCCTTTGTGAACTGAGTA;SOR=1.240;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=114;TCF=77;TCR=37;TR=113;WE=150844004;WS=150843986;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,170:1.00:170
chr5	150844647	rs34478431	C	G	3518.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=-1.787;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=356;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.384;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=44;PP=1149;ReadPosRankSum=0.645;SC=TGAATAAATCCTTTGTGGATT;SOR=0.657;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=176;TCF=94;TCR=82;TR=94;WE=150844655;WS=150844637;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:173,182:0.51:355
chr5	150846865	.	G	GA	254.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.879;ClippingRankSum=0.000;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.99;ReadPosRankSum=-1.518;SOR=0.739;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,23:0.45:51
chr5	150856079	.	G	GT	246.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.328;ClippingRankSum=0.000;DP=257;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.04;MQRankSum=2.051;QD=1.02;ReadPosRankSum=0.180;SOR=0.662;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:199,44:0.18:243
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chr5	150886725	rs7723266	G	A	12834.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.376;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=509;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=154;NR=144;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.635;SC=CCATCTCCTCGCTGGACCAGG;SOR=0.245;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=300;TCF=156;TCR=144;TR=298;WE=150886733;WS=150886715;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,495:1.00:496
chr5	150886882	rs1105168	G	A	3267.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=3.485;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=314;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.889;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=51;PP=2146;ReadPosRankSum=0.417;SC=GCTGGGTTCCGGTTGGTTGAG;SOR=0.827;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=236;TCF=128;TCR=108;TR=115;WE=150886890;WS=150886872;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:162,145:0.47:307
chr5	150887184	rs75548276	G	GAGA	5873.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=96;PP=2967;SC=TGCGGAGACAGAGTAGTCAGG;SOR=2.575;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=105;TCF=5;TCR=100;TR=101;WE=150887192;WS=150887174;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,137:1.00:137
chr5	150887200	rs41290577	A	G	1154.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=0.782;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=42;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=38;PP=908;ReadPosRankSum=-0.435;SC=TCAGGGGGCCAAGTCATGAAA;SOR=0.763;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=87;TCF=12;TCR=75;TR=44;WE=150887208;WS=150887190;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,45:0.48:93
chr5	150889805	rs6870300	A	T	614.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=3.032;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.877;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=17;PP=421;ReadPosRankSum=-0.325;SC=GCATTGGCAGACTGGTGTGTT;SOR=0.859;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=63;TCF=22;TCR=41;TR=25;WE=150889813;WS=150889795;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,31:0.37:84
chr5	150891663	rs6862750	T	C	1193.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=30;NR=7;PP=820;SC=CCTGACATGCTTTTCCCACCT;SOR=2.670;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=30;TCR=7;TR=37;WE=150891671;WS=150891656;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr5	150891733	rs2304028	A	G	3698.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=76;NR=28;PP=2013;SC=CACCTGCCCCATGGGTCCATG;SOR=1.626;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=104;TCF=76;TCR=28;TR=104;WE=150891741;WS=150891723;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,140:1.00:140
chr5	150901111	rs3822699	A	G	24537.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=946;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=267;NR=287;PP=2965;SC=CCAGGAGCACATCCACACCAG;SOR=0.743;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=555;TCF=267;TCR=288;TR=554;WE=150901119;WS=150901101;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,935:1.00:935
chr5	150901261	rs6650971	C	T	14542.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.866;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=546;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=167;NR=214;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.153;SC=AGCCCATCCACATGGCCTGCT;SOR=0.886;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=384;TCF=169;TCR=215;TR=381;WE=150901269;WS=150901251;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,540:1.00:542
chr5	150901300	rs3734046	G	A	13897.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.121;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=535;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=165;NR=192;PP=2965;ReadPosRankSum=1.738;SC=CATGCCACACGTACACATGGA;SOR=0.821;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=361;TCF=166;TCR=195;TR=357;WE=150901308;WS=150901290;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,528:0.99:532
chr5	150901597	rs3734047	G	C	1632.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.639;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.623;HP=1;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=32;PP=877;ReadPosRankSum=-1.095;SC=CTGTGACATGGACACGGACAG;SOR=0.619;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=105;TCF=33;TCR=72;TR=48;WE=150901605;WS=150901587;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,70:0.46:152
chr5	150901613	rs2053028	A	G	3164.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=21;NR=53;PP=1788;SC=GACAGACGTCAAAGACGAGAG;SOR=1.588;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=74;TCF=21;TCR=53;TR=74;WE=150901621;WS=150901603;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr5	150901630	rs3734049	G	T	798.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.998;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=33;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=19;PP=466;ReadPosRankSum=-0.567;SC=AGAGGGGAGGGATGCCACTGT;SOR=0.796;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=56;TCF=17;TCR=39;TR=27;WE=150901638;WS=150901620;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,37:0.46:80
chr5	150905398	rs3734051	C	T	3381.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.919;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=433;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=49;PP=1368;ReadPosRankSum=-2.342;SC=GCCATCCATCCGGGGTCACTC;SOR=0.692;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=232;TCF=112;TCR=120;TR=97;WE=150905406;WS=150905388;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:251,178:0.41:429
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chr5	150908813	rs2304024	G	A	1226.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=2.869;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.489;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=21;PP=638;ReadPosRankSum=-2.072;SC=AATTGGGGCCGGTGTTCATTG;SOR=0.943;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=76;TCF=36;TCR=40;TR=34;WE=150908821;WS=150908803;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,56:0.48:117
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chr5	150923405	rs6892335	A	G	6156.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=58;NR=74;PP=2965;SC=GCTGTTAATGAAGAAGTGCCT;SOR=0.902;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=132;TCF=58;TCR=74;TR=132;WE=150923413;WS=150923395;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,219:1.00:219
chr5	150925144	rs3797875	A	G	5759.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=86;NR=73;PP=2957;SC=CAAATAATACAGGGCTTCCTT;SOR=0.837;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=160;TCF=86;TCR=74;TR=159;WE=150925152;WS=150925134;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,221:1.00:221
chr5	150942919	rs6872614	A	G	4651.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=76;NR=38;PP=2418;SC=AATCCCATGTAGTTCCCACTG;SOR=1.278;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=114;TCF=76;TCR=38;TR=114;WE=150942927;WS=150942909;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,165:1.00:165
chr5	150942969	rs2304053	G	A	5541.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-1.766;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.794;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=95;NR=60;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.541;SC=GCTGGAGTCTGGGTCCCAGGC;SOR=0.802;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=159;TCF=95;TCR=64;TR=155;WE=150942977;WS=150942959;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,205:1.00:206
chr5	150943085	rs2304054	G	A	7690.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.444;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=288;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=88;NR=101;PP=2965;ReadPosRankSum=1.667;SC=CCGTAACCTCGATGTAGACTT;SOR=0.250;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=190;TCF=88;TCR=102;TR=189;WE=150943093;WS=150943075;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,283:1.00:284
chr5	150945483	rs3734055	C	T	17906.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=671;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=226;NR=194;PP=2965;SC=GGCCTCCCACCATCACTGGCC;SOR=0.826;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=421;TCF=227;TCR=194;TR=420;WE=150945491;WS=150945473;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,670:1.00:670
chr5	150945699	rs10085060	G	A	10719.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=404;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=112;NR=141;PP=2965;SC=GGAACCTTCAGCCTGTTGTGT;SOR=0.848;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=255;TCF=112;TCR=143;TR=253;WE=150945707;WS=150945689;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,399:1.00:399
chr5	150945862	rs3734057	A	G	11831.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.848;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=436;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=167;NR=132;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.917;SC=GGTGTCCTGTAACAACCAGTT;SOR=0.884;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=300;TCF=168;TCR=132;TR=299;WE=150945870;WS=150945852;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,432:1.00:434
chr5	150945931	rs3734058	C	T	14083.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=538;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=159;NR=165;PP=2965;SC=TGTAGCGAACCCTGCCATTGT;SOR=0.716;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=326;TCF=159;TCR=167;TR=324;WE=150945939;WS=150945921;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,530:1.00:530
chr5	150946132	rs3734059	G	A	8161.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=302;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=98;NR=104;PP=2965;SC=TTACATTGAGGATGTAGAAAT;SOR=0.700;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=203;TCF=99;TCR=104;TR=202;WE=150946140;WS=150946122;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,295:1.00:295
chr5	150946436	rs9324700	A	G	12278.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.475;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=466;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=141;NR=159;PP=2965;ReadPosRankSum=0.144;SC=AAGCCCAATAAAGTGGAGGAT;SOR=0.766;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=300;TCF=141;TCR=159;TR=300;WE=150946444;WS=150946426;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:6,452:0.99:458
chr5	150946773	rs1432862	G	A	8322.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=315;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=105;NR=102;PP=2965;SC=CAGTCTTGGCGGATAGACCCT;SOR=0.706;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=208;TCF=106;TCR=102;TR=207;WE=150946781;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,312:1.00:312
chr5	150946966	rs1465690	G	A	9471.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=356;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=120;NR=103;PP=2965;SC=TCCCCAGGTAGGGGTCAATAG;SOR=0.800;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=224;TCF=120;TCR=104;TR=223;WE=150946974;WS=150946956;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,352:1.00:352
chr5	150947719	rs3734060	C	T	5254.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=68;NR=66;PP=2560;SC=TCACCACCACCGAAGCAATGG;SOR=0.703;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=134;TCF=68;TCR=66;TR=134;WE=150947727;WS=150947709;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,197:1.00:197
chr5	150948537	rs1469680	T	C	840.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=24;PP=545;SC=AAAGACAGGGTGCAAGTTAGG;SOR=2.517;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=30;TCF=6;TCR=24;TR=30;WE=150948545;WS=150948527;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr5	151049404	rs7719521	A	C	3828.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=2.330;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=403;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.193;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=76;PP=2207;ReadPosRankSum=-0.459;SC=GCTGATACCAATATCCTTGTC;SOR=0.614;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=267;TCF=105;TCR=162;TR=128;WE=151049412;WS=151049394;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:215,182:0.46:397
chr5	151052659	rs1978707	G	A	2917.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.453;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=260;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.571;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=70;NR=35;PP=1643;ReadPosRankSum=1.484;SC=AGGGCAGCTTGGATGTGCCAA;SOR=0.812;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=173;TCF=115;TCR=58;TR=105;WE=151052667;WS=151052649;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:115,134:0.54:249
chr5	151055561	.	G	GA	29	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;FR=0.5000;HP=12;HapScore=2;MGOF=1;MMLQ=23;MQ=60.0;NF=2;NR=0;PP=29;QD=20.5;SC=CCTAACTTAAGAAAAAAAAAA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=7;TCR=5;TR=2;WE=151055569;WS=151055551;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:10,2:0.17:12
chr5	151138211	rs1549921	A	G	3460.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.809;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQ=60.08;MQRankSum=0.179;NF=32;NR=66;PP=1999;ReadPosRankSum=1.648;SC=GAGAGTGCGCACTAGAGGCCT;SOR=0.574;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=100;TCF=32;TCR=68;TR=98;WE=151138219;WS=151138201;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,125:0.99:126
chr5	151167259	rs57723600	T	C	936.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.61;BaseQRankSum=-0.864;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.204;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=10;PP=372;ReadPosRankSum=-1.145;SC=GTTAGAATAATTTCATAGAAG;SOR=1.100;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=43;TCF=24;TCR=19;TR=26;WE=151167267;WS=151167249;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,47:0.56:84
chr5	151167380	rs7719617	A	T	2893.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.62;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=22;NR=26;PP=1056;SC=TTATGAATGTATTCAATATGA;SOR=0.804;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=50;TCF=22;TCR=28;TR=48;WE=151167430;WS=151167370;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr5	151167387	rs201380366	A	AC	2782.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.62;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=5;NR=15;PP=1024;SC=TGTATTCAATATGAATATTTT;SOR=0.818;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=28;TCF=7;TCR=21;TR=20;WE=151167430;WS=151167370;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr5	151167389	.	GAATATTTTCAATTCATAAAATAAAATTTATGAAT	G	2671.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.62;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=16;PP=2973;SC=TATTCAATATGAATATTTTCA;SOR=1.609;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=19;TCF=3;TCR=16;TR=19;WE=151167430;WS=151167370;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr5	151174605	rs2964569	C	G	374.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-3.361;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.069;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=12;PP=240;ReadPosRankSum=-0.813;SC=TTGGGAGGCCCAGGCGGGCAG;SOR=0.152;SbPval=0.17;Source=Platypus;TC=37;TCF=5;TCR=32;TR=16;WE=151174613;WS=151174595;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,18:0.42:43
chr5	151175139	rs10074267	A	T	3104.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.929;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=283;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=48;PP=1419;ReadPosRankSum=-1.702;SC=GTTGTCAGGTAAGAAGATTTT;SOR=0.706;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=168;TCF=83;TCR=85;TR=96;WE=151175147;WS=151175129;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:132,151:0.53:283
chr5	151175202	rs10059511	G	C	2569.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.915;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.245;HP=5;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=46;PP=1273;ReadPosRankSum=-1.036;SC=CTTTCCCTTTGTTGGAGGGCA;SOR=0.871;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=137;TCF=57;TCR=80;TR=75;WE=151175210;WS=151175192;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:108,123:0.53:231
chr5	151180451	rs200261823	AT	A	87.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.219;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FS=5.597;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.15;MQRankSum=1.832;QD=0.58;ReadPosRankSum=-0.413;SOR=1.346;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:116,34:0.23:150
chr5	151236039	rs7725327	A	G	381.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.639;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.804;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=14;PP=269;ReadPosRankSum=1.138;SC=GTTGCCCAGGATAGGGAAAGA;SOR=1.609;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=31;TCF=4;TCR=27;TR=15;WE=151236047;WS=151236029;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,17:0.46:37
chr5	151236117	rs7711609	T	C	54.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.566;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=6.85;ReadPosRankSum=-0.566;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,4:0.50:8
chr5	151239290	rs7729026	G	A	784.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.655;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.162;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=10;PP=446;ReadPosRankSum=1.107;SC=TGCCCAGAAGGTAGTGGGGCA;SOR=0.442;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=52;TCF=37;TCR=15;TR=30;WE=151239298;WS=151239280;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,36:0.54:67
chr5	151239306	rs6870491	T	C	892.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.706;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=12;PP=421;ReadPosRankSum=1.393;SC=GGGCAAGACATGTTCTGAGCA;SOR=0.673;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=62;TCF=40;TCR=22;TR=32;WE=151239314;WS=151239296;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,44:0.48:91
chr5	151771673	rs4958303	A	T	228.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=8;NR=1;PP=202;SC=CCTCTCTAATATCATATGAGA;SOR=2.833;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=8;TCR=1;TR=9;WE=151771681;WS=151771663;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr5	151771817	rs1363422	C	T	2798.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=31;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=48;NR=22;PP=1477;SC=GAGAGGGCTGCTGGGAGGTGA;SOR=1.352;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=71;TCF=49;TCR=22;TR=70;WE=151771825;WS=151771807;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr5	151771838	rs4958531	T	C	2860.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=1.042;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=29;PP=1477;ReadPosRankSum=0.553;SC=GAGTTGTGCATGGATGACTGA;SOR=1.148;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=82;TCF=52;TCR=30;TR=80;WE=151771860;WS=151771828;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,109:0.98:111
chr5	151771852	rs4958532	G	A	3099.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.947;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=31;PP=1672;ReadPosRankSum=0.187;SC=TGACTGACATGGGAATTGGGG;SOR=1.140;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=87;TCF=55;TCR=32;TR=85;WE=151771860;WS=151771828;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,116:0.98:118
chr5	151772055	rs1895245	G	T	6240.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.711;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=242;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=69;NR=72;PP=2582;ReadPosRankSum=-1.128;SC=TCAGGTAGAAGAAGACACCTG;SOR=0.710;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=143;TCF=70;TCR=73;TR=141;WE=151772063;WS=151772045;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,238:0.99:240
chr5	151772230	rs1422357	C	A	708.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=21;PP=553;SC=CTGAATAGATCTTCCACCTGT;SOR=4.892;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=22;TCF=1;TCR=21;TR=22;WE=151772238;WS=151772220;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr5	151775064	rs4958535	C	G	4460.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.874;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=62;PP=1999;ReadPosRankSum=-0.978;SC=CAGGGATTCACTCCACTCCTC;SOR=0.389;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=122;TCF=58;TCR=64;TR=119;WE=151775072;WS=151775054;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,175:0.98:178
chr5	151777457	rs72791443	T	C	3842.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=46.86;SOR=3.098;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr5	151777466	rs716257	A	G	4437.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.47;SOR=2.707;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr5	151777789	rs958955	GC	AT	2670.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=41;PP=2330;SC=TAACTCAAACGCTCATTTTGA;SOR=3.370;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=51;TCF=6;TCR=45;TR=47;WE=151777798;WS=151777779;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr5	152873649	rs17515380	A	G	4035.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.936;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=398;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.764;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=74;PP=1938;ReadPosRankSum=1.335;SC=TCTATTTCTGAGATGTCTTTC;SOR=0.636;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=235;TCF=91;TCR=144;TR=122;WE=152873657;WS=152873639;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:198,196:0.50:394
chr5	153029852	rs35033669	ACTGT	A	4584.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=29;NR=26;PP=2753;SC=ACAAATCCTGACTGTCTGTCA;SOR=1.396;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=59;TCF=30;TCR=29;TR=55;WE=153029863;WS=153029842;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr5	153029960	rs707176	T	C	5313.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.472;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FS=3.030;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.34;MQRankSum=0.280;QD=24.95;ReadPosRankSum=0.762;SOR=0.107;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,211:0.99:213
chr5	153035525	rs2963944	A	G	3265.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.989;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=64;PP=1820;ReadPosRankSum=-0.774;SC=TGAACTGAGTAGGTGGAAGGG;SOR=0.681;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=92;TCF=27;TCR=65;TR=91;WE=153035533;WS=153035515;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,120:0.99:121
chr5	153144216	rs3813470	A	G	1293.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.450;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=30;PP=740;ReadPosRankSum=1.070;SC=TTGTCCCAAGACACTTTCACA;SOR=0.678;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=94;TCF=31;TCR=63;TR=45;WE=153144224;WS=153144206;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,62:0.48:130
chr5	153174310	.	G	GA	64.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.002;ClippingRankSum=0.000;DP=202;ExcessHet=3.0103;FS=0.767;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.97;MQRankSum=0.000;QD=0.33;ReadPosRankSum=-0.177;SOR=0.779;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:165,33:0.17:198
chr5	153372525	rs1057772	G	A	3047.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.940;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=305;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.044;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=29;PP=1358;ReadPosRankSum=1.544;SC=AGGTCAAAACGTCTCCATTCT;SOR=1.007;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=183;TCF=112;TCR=71;TR=89;WE=153372533;WS=153372515;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:156,148:0.49:304
chr5	153372743	rs6866471	G	A	805.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.341;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.245;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=27;PP=616;ReadPosRankSum=-0.948;SC=TAAGGCAACAGGGGAACAGAT;SOR=0.146;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=52;TCF=9;TCR=43;TR=34;WE=153372751;WS=153372733;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,33:0.66:50
chr5	153382072	rs35082504	GTCT	G	688.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.129;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.319;NF=0;NR=12;PP=495;ReadPosRankSum=1.661;SC=AATAAAGAGTGTCTTCTTCTT;SOR=1.022;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=23;TCF=0;TCR=23;TR=12;WE=153382082;WS=153382062;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,19:0.56:34
chr5	153406644	rs9324765	C	T	257.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.244;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.153;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=2;PP=172;ReadPosRankSum=0.306;SC=AAAACATACACTTCATCTTCC;SOR=0.260;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=36;TCF=32;TCR=4;TR=13;WE=153406652;WS=153406642;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,13:0.36:36
chr5	153406987	rs6889563	G	C	714.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=1.122;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=17;PP=412;ReadPosRankSum=1.092;SC=AGACAGGTTAGAGTACAGAGG;SOR=0.582;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=48;TCF=10;TCR=38;TR=21;WE=153406995;WS=153406977;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,30:0.51:59
chr5	153413390	rs2578377	C	T	1258.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.108;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.649;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=22;PP=571;ReadPosRankSum=-0.928;SC=TCACTGGGACCAGGGATTCCA;SOR=0.736;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=108;TCF=53;TCR=55;TR=47;WE=153413398;WS=153413380;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:111,70:0.39:181
chr5	153414545	rs34907432	C	CA	533.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.072;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.342;HP=8;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.108;NF=1;NR=19;PP=360;ReadPosRankSum=0.963;SC=AATGAAAGCCCAAAAAAAATT;SOR=1.125;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=45;TCF=1;TCR=44;TR=20;WE=153414553;WS=153414535;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,31:0.46:67
chr5	153429459	rs690592	T	C	4471.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-2.779;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=421;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.037;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=73;NR=72;PP=1801;ReadPosRankSum=-0.327;SC=CGGATGATGATGTCATCATAG;SOR=0.525;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=285;TCF=130;TCR=155;TR=145;WE=153429467;WS=153429449;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:192,217:0.53:409
chr5	153432450	rs11451300	A	AT	1694.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.604;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=1.395;NF=33;NR=21;PP=870;ReadPosRankSum=0.977;SC=TTTTGCTATAATTTTTTTTTC;SOR=0.665;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=100;TCF=61;TCR=39;TR=54;WE=153432458;WS=153432440;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,97:0.53:184
chr5	153432733	rs2578386	T	C	4207.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.909;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=409;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.733;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=75;NR=66;PP=2403;ReadPosRankSum=-1.234;SC=CTGAGAAGGCTATCAATGAGT;SOR=0.780;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=279;TCF=141;TCR=138;TR=141;WE=153432741;WS=153432723;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:210,193:0.48:403
chr5	153432970	rs2255493	C	T	3289.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=2.401;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=306;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.919;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=61;PP=1946;ReadPosRankSum=0.421;SC=TGCGAGTGGACGACCCTGATG;SOR=0.587;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=214;TCF=94;TCR=120;TR=113;WE=153432978;WS=153432960;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:147,151:0.51:298
chr5	153570349	rs201222592	C	CCGGGCGGA	282.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.62;BaseQRankSum=0.917;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.920;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=0;PP=123;ReadPosRankSum=0.626;SC=GCTGCCGCCGCCGGGCGGACG;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=5;TCR=1;TR=2;WE=153570357;WS=153570339;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,8:0.62:13
chr5	153674536	.	TTG	T	747.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=0.777;ClippingRankSum=0.000;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.802;NF=0;NR=34;PP=1380;ReadPosRankSum=-1.330;SC=GCACATATGCTTGTGTGTGTG;SOR=0.836;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=78;TCF=3;TCR=75;TR=34;WE=153674551;WS=153674526;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,36:0.72:50
chr5	153677361	.	TGA	T	398.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.870;ClippingRankSum=0.000;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.06;ReadPosRankSum=-0.071;SOR=0.728;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,12:0.27:44
chr5	153677363	.	A	ATCCCCCT	398.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=3.094;ClippingRankSum=0.000;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.06;ReadPosRankSum=-1.064;SOR=0.728;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,12:0.27:44
chr5	153709043	rs1004976	G	A	2315.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-4.845;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.547;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=22;PP=1366;ReadPosRankSum=-0.628;SC=AGGAAGTGGGGTTTGCAGTTA;SOR=0.312;SbPval=0.22;Source=Platypus;TC=154;TCF=121;TCR=33;TR=82;WE=153709051;WS=153709033;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,102:0.54:188
chr5	153726927	.	G	A	597.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.573;ClippingRankSum=0.000;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.422;HP=2;HapScore=4;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=17;PP=383;ReadPosRankSum=1.376;SC=TAACTTATAAGGATTTTTTTT;SOR=0.392;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=51;TCF=13;TCR=38;TR=24;WE=153726937;WS=153726917;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,28:0.46:61
chr5	153783753	rs6580076	C	T	2213.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=1.362;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.207;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=54;PP=1214;ReadPosRankSum=1.181;SC=AGGTCCCGGCCGGAGTCAGCC;SOR=0.572;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=155;TCF=52;TCR=103;TR=83;WE=153783761;WS=153783743;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,102:0.55:184
chr5	153788991	rs2112605	G	C	3120.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.573;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=327;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.857;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=36;PP=1673;ReadPosRankSum=-1.237;SC=ATTTTTGATGGAACATAAAAT;SOR=0.760;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=200;TCF=124;TCR=76;TR=95;WE=153788999;WS=153788971;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:174,147:0.46:321
chr5	153795274	rs11321246	TA	T	2708.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=36;NR=27;PP=1478;SC=TTCCATAATTTAAAAAAAATG;SOR=1.236;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=70;TCF=41;TCR=29;TR=63;WE=153795282;WS=153795264;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr5	153835378	rs1007404	C	G	2451.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-2.729;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.821;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=29;PP=1197;ReadPosRankSum=-0.242;SC=CAAACAACTCCATTCGCTTCT;SOR=0.450;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=179;TCF=122;TCR=57;TR=88;WE=153835386;WS=153835368;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:101,122:0.55:223
chr5	153856974	rs1846966	C	G	3126.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.595;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.511;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=30;PP=1686;ReadPosRankSum=1.717;SC=TGGCCTGAGGCTGCTCACCGC;SOR=0.622;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=164;TCF=113;TCR=51;TR=95;WE=153856982;WS=153856964;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:97,134:0.58:231
chr5	153856996	rs11748765	T	A	2857.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-2.109;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=322;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=30;PP=1163;ReadPosRankSum=-1.089;SC=CCTGCACCCTTGGCTGGAGCA;SOR=0.703;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=194;TCF=123;TCR=71;TR=83;WE=153857004;WS=153856986;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:177,144:0.45:321
chr5	154065382	rs33982250	TA	T	101.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.059;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FS=6.380;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.62;ReadPosRankSum=1.697;SOR=0.314;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:133,32:0.19:165
chr5	154065495	rs11958012	GG	AC	3088.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=0.777;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=462;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=42;PP=2690;ReadPosRankSum=3.093;SC=CTCGTGATTCGGTTAATCCTC;SOR=0.698;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=243;TCF=121;TCR=122;TR=87;WE=154065504;WS=154065485;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:291,169:0.37:460
chr5	154134818	rs11416035	C	CG	255.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=31.97;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr5	154135386	rs78112077	G	A	715.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.546;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=17;PP=388;ReadPosRankSum=-0.661;SC=AGCACGGGGGGCTGGTGAGGA;SOR=0.741;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=48;TCF=18;TCR=30;TR=27;WE=154135394;WS=154135376;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,34:0.55:62
chr5	154191120	.	A	C	3941.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.789;ClippingRankSum=0.000;DP=390;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.366;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=63;PP=1906;ReadPosRankSum=0.580;SC=GAAATATTCCAAAGCCAAAAA;SOR=0.675;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=235;TCF=119;TCR=116;TR=123;WE=154191128;WS=154191110;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:199,189:0.49:388
chr5	154193735	rs863649	A	G	3456.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=22;NR=74;PP=2295;SC=AGTCCCAGGAAAGGGGACAAT;SOR=1.797;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=96;TCF=22;TCR=74;TR=96;WE=154193743;WS=154193725;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr5	154209207	rs2560040	A	G	2648.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.482;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=264;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.958;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=43;PP=1274;ReadPosRankSum=1.222;SC=AATATTCTGGAGAGCCAATTA;SOR=0.608;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=157;TCF=65;TCR=92;TR=76;WE=154209215;WS=154209197;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:130,128:0.50:258
chr5	154217840	rs112016466	G	GA	186.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.955;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FS=6.819;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.09;MQRankSum=1.691;QD=2.17;ReadPosRankSum=0.361;SOR=0.422;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:65,21:0.24:86
chr5	154247297	rs35471086	TAA	T	1813.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-0.240;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=10;PP=416;ReadPosRankSum=-0.648;SC=TTGCTTGAGCTAAAAGACATA;SOR=0.656;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=30;TCF=7;TCR=23;TR=13;WE=154247306;WS=154247287;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,48:0.48:99
chr5	154268902	rs816739	C	T	7286.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=282;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=78;NR=83;PP=2929;SC=CAGGAAATTTCGCCATTCTCT;SOR=0.722;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=161;TCF=78;TCR=83;TR=161;WE=154268910;WS=154268892;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,280:1.00:280
chr5	154271391	rs702743	A	C	3177.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=28;NR=53;PP=1740;SC=TTTCTTATCAACCAAGAAGCA;SOR=1.208;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=81;TCF=28;TCR=53;TR=81;WE=154271399;WS=154271381;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr5	154271948	rs816736	G	A	10135.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=398;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=146;NR=96;PP=2965;SC=GTCACTTACCGTCAGGGAGAA;SOR=1.008;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=242;TCF=146;TCR=96;TR=242;WE=154271956;WS=154271938;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,383:1.00:383
chr5	154275962	rs816747	G	A	204.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.934;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=6;PP=94;ReadPosRankSum=-1.368;SC=GGATGATCTCGAGAGCTCTCC;SOR=0.693;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=17;TCF=3;TCR=14;TR=7;WE=154275970;WS=154275952;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,10:0.50:20
chr5	154278888	rs816740	C	T	6038.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=60;NR=80;PP=2789;SC=CAAGAACAGACCCTTTAGCCA;SOR=0.873;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=140;TCF=60;TCR=80;TR=140;WE=154278896;WS=154278878;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,227:1.00:227
chr5	154282551	rs10515726	T	C	2328.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.981;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=22;PP=1240;ReadPosRankSum=1.033;SC=CATTATAATATCACAGGATGA;SOR=0.719;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=142;TCF=100;TCR=42;TR=76;WE=154282559;WS=154282541;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,106:0.55:193
chr5	154287016	rs76813157	T	TGAAAAAAAA	1464.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.33;QD=50.51;SOR=2.226;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr5	154287115	rs6580119	T	C	4713.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=77;NR=32;PP=2236;SC=GACACGACCATGAAATCCTAG;SOR=1.212;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=109;TCF=77;TCR=32;TR=109;WE=154287123;WS=154287105;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,173:1.00:173
chr5	154291219	rs6580121	A	G	2635.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=58;NR=22;PP=1576;SC=TTCCTTGCTCAATCCTGATCA;SOR=1.887;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=80;TCF=58;TCR=22;TR=80;WE=154291227;WS=154291209;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr5	154291409	rs1974777	C	T	7675.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=296;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=76;NR=112;PP=2965;SC=CAGTCGACCTCGATGTCCTCG;SOR=1.022;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=188;TCF=76;TCR=112;TR=188;WE=154291417;WS=154291399;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,292:1.00:292
chr5	154291496	rs1974776	G	A	1704.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=39;PP=1133;SC=GACATTTTCTGGTTATTCTAT;SOR=3.180;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=43;TCF=4;TCR=39;TR=43;WE=154291504;WS=154291486;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr5	154296795	rs348735	A	C	373.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.656;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.260;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=13;PP=264;ReadPosRankSum=2.886;SC=TACAAGTTACAATGCAAATAG;SOR=0.927;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=35;TCF=8;TCR=27;TR=16;WE=154296803;WS=154296785;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,18:0.43:42
chr5	154300940	rs348739	A	C	4273.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.815;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=55;PP=1611;ReadPosRankSum=-0.638;SC=CCCAGGCTAAAGTATATACAG;SOR=0.765;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=106;TCF=50;TCR=56;TR=104;WE=154300948;WS=154300930;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,172:0.98:176
chr5	154306972	rs2258437	T	C	3376.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=65;NR=25;PP=1841;SC=TAGAAAGTAATAGCTGTTTGT;SOR=1.534;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=90;TCF=65;TCR=25;TR=90;WE=154306980;WS=154306962;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr5	154308282	rs2644743	C	T	2695.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=25;NR=50;PP=1546;SC=ATGAAGTCACCGGTGGTTCAT;SOR=1.284;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=75;TCF=25;TCR=50;TR=75;WE=154308290;WS=154308272;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr5	154308307	rs1035368	G	A	2056.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=21;NR=37;PP=1177;SC=CACAGTCTGCGCTGTAAAAGC;SOR=1.121;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=58;TCF=21;TCR=37;TR=58;WE=154308315;WS=154308297;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr5	154311235	rs2644744	T	C	1894.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=10;NR=43;PP=1417;SC=AGCTATCTCTTTCATAGGTCT;SOR=2.265;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=53;TCF=10;TCR=43;TR=53;WE=154311243;WS=154311225;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr5	154311576	rs2544866	T	C	826.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.56;SOR=1.536;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr5	154346259	rs14922	A	G	507.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-1.489;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=6;PP=321;ReadPosRankSum=-0.300;SC=AGTCCACCTCAGGACGAGGCC;SOR=0.739;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=64;TCF=47;TCR=17;TR=26;WE=154346267;WS=154346249;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,28:0.41:68
chr5	154394871	.	G	A	3032.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.213;ClippingRankSum=0.000;DP=359;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.742;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=40;PP=1425;ReadPosRankSum=1.005;SC=TTGCTTGCACGGCTGCAGCCA;SOR=0.791;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=220;TCF=119;TCR=101;TR=92;WE=154394879;WS=154394861;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:197,157:0.44:354
chr5	154395158	rs6580126	G	T	4317.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.346;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=445;ExcessHet=3.0103;FS=1.092;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.95;MQRankSum=0.000;QD=9.86;ReadPosRankSum=0.012;SOR=0.772;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:223,215:0.49:438
chr5	154395458	rs17116710	G	A	2071.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.409;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FS=1.695;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.46;ReadPosRankSum=0.523;SOR=0.581;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:115,104:0.47:219
chr5	154395682	rs56080630	G	A	2563.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-1.852;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.483;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=42;PP=1150;ReadPosRankSum=-1.672;SC=TGAGGTTATGGTCAGTACTGA;SOR=0.738;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=162;TCF=78;TCR=84;TR=76;WE=154395690;WS=154395672;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:106,121:0.53:227
chr5	154396505	rs60928118	G	A	825.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=2.176;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.086;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=12;PP=587;ReadPosRankSum=2.085;SC=AAACCTTCTCGTGTTAAAGAA;SOR=1.164;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=74;TCF=47;TCR=27;TR=38;WE=154396513;WS=154396495;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,40:0.43:92
chr5	155756414	rs11740347	G	A	1470.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.349;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=22;PP=675;ReadPosRankSum=-1.261;SC=TGGTCAGCCTGCCCTGCCTTC;SOR=0.677;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=77;TCF=42;TCR=35;TR=48;WE=155756422;WS=155756404;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,70:0.61:115
chr5	155771579	rs1801193	T	C	1625.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.401;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.406;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=17;PP=652;ReadPosRankSum=0.578;SC=TGGGGATTTATGGCTGGCGGA;SOR=1.079;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=113;TCF=67;TCR=46;TR=51;WE=155771587;WS=155771569;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:94,81:0.46:175
chr5	155771773	rs4434364	A	G	1052.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.649;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.872;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=28;PP=645;ReadPosRankSum=1.962;SC=GAAAAGTGATATTATTACAGT;SOR=1.031;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=70;TCF=21;TCR=49;TR=37;WE=155771781;WS=155771763;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,47:0.53:88
chr5	155820716	rs10475703	C	A	4196.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.681;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=441;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=60;PP=1936;ReadPosRankSum=0.732;SC=GCCATTGGTACATAGTTACTA;SOR=0.691;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=246;TCF=130;TCR=116;TR=125;WE=155820724;WS=155820706;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:229,210:0.48:439
chr5	155935512	rs71577199	TA	T	197.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-1.265;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=12;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=2;PP=107;ReadPosRankSum=-1.894;SC=CTTCAAAAATTAAAAAAAAAA;SOR=0.560;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=14;TCF=12;TCR=2;TR=9;WE=155935520;WS=155935509;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,14:0.78:18
chr5	156074654	rs141437738	TAAATTGA	T	829.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=1.566;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.490;HP=4;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.339;NF=0;NR=18;PP=906;ReadPosRankSum=-0.531;SC=CGTGAATACATAAATTGAAAG;SOR=1.247;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=32;TCF=0;TCR=32;TR=18;WE=156074668;WS=156074644;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,24:0.55:44
chr5	156349362	rs11134456	T	C	348.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.493;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=11;PP=163;ReadPosRankSum=-0.350;SC=CAAAAATCTCTGAAAACCCAA;SOR=0.693;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=29;TCF=7;TCR=22;TR=13;WE=156349370;WS=156349352;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,18:0.50:36
chr5	156375372	rs71591078	T	A	843.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.824;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.40;ReadPosRankSum=-0.125;SOR=0.681;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:69,45:0.39:114
chr5	156376703	rs6873053	A	G	2539.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=26;NR=34;PP=1115;SC=AGTAGACTCAACACTACTCCA;SOR=0.892;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=60;TCF=26;TCR=34;TR=60;WE=156376711;WS=156376693;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr5	156381370	rs7724832	G	A	2495.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=59;NR=17;PP=1595;SC=TGATCCCATTGTCCATTAACC;SOR=2.076;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=77;TCF=59;TCR=18;TR=76;WE=156381378;WS=156381360;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr5	156381895	.	C	CT	37.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.494;ClippingRankSum=0.000;DP=91;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.24;MQRankSum=2.957;QD=0.50;ReadPosRankSum=-1.170;SOR=0.616;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:62,13:0.17:75
chr5	156390297	rs6882076	T	C	6987.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=250;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=62;NR=120;PP=2965;SC=GGTGGGACTCTTTAGTTTCAT;SOR=1.320;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=182;TCF=62;TCR=120;TR=182;WE=156390305;WS=156390287;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,245:1.00:245
chr5	156459856	rs34670839	C	T	971.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.889;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=15;PP=345;ReadPosRankSum=0.643;SC=GAAATATTTTCGAGCTTACCT;SOR=0.724;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=55;TCF=27;TCR=28;TR=29;WE=156459864;WS=156459846;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,50:0.55:91
chr5	156464212	rs4704837	T	G	3035.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=63;NR=17;PP=1957;SC=CAGGCAATTTTGCTGTACATC;SOR=2.004;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=81;TCF=63;TCR=18;TR=80;WE=156464220;WS=156464202;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr5	156464242	rs2036402	T	C	2187.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.534;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.408;HP=2;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=12;PP=1071;ReadPosRankSum=0.036;SC=TTAGGAACAATCTCGAAATGA;SOR=1.024;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=134;TCF=97;TCR=37;TR=60;WE=156464250;WS=156464232;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:94,98:0.51:192
chr5	156469452	rs372022585	CAA	C	114.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.780;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=5.229;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=11.47;ReadPosRankSum=2.037;SOR=3.383;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,7:0.70:10
chr5	156469808	rs13173581	C	T	204.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.445;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=8;PP=118;ReadPosRankSum=1.313;SC=GATAATATGACCAAATTCTGC;SOR=0.892;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=3;TCR=13;TR=10;WE=156469816;WS=156469798;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,10:0.67:15
chr5	156479323	rs1553318	G	C	3178.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=80;NR=13;PP=2325;SC=TGGATGGTCCGCAGCTCCTCA;SOR=3.133;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=94;TCF=81;TCR=13;TR=93;WE=156479331;WS=156479313;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr5	156479424	rs1553317	A	C	17761.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.803;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=509;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.09;MQRankSum=0.112;QD=35.24;ReadPosRankSum=-1.548;SOR=0.417;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,503:1.00:504
chr5	156479424	.	AGT	CGC,CGT	2962	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.43;FR=0.5000,0.5000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MMLQ=24;MQ=60.08;NF=95,227;NR=58,144;PP=2488,2962;QD=16.6109011429;SC=AGGTAGAGACAGTTGTTGTCA;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=379;TCF=233;TCR=146;TR=153,371;WE=156479434;WS=156479414;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.40:379
chr5	156479426	rs12522248	T	C	5055.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.645;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=523;ExcessHet=3.0103;FS=1.120;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.08;MQRankSum=2.165;QD=9.78;ReadPosRankSum=0.327;SOR=0.796;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:278,239:0.46:517
chr5	156479509	rs1553316	A	G	20995.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-2.254;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=807;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=102;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.152;NF=270;NR=298;PP=2965;ReadPosRankSum=0.006;SC=CATTGTCGTCAGAACAGTCGT;SOR=0.263;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=578;TCF=273;TCR=305;TR=568;WE=156479517;WS=156479499;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,801:1.00:802
chr5	156479557	rs141023871	GTTGGAACAGTCGTCA	G	25072.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.764;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=678;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.335;NF=44;NR=224;PP=2933;ReadPosRankSum=-1.247;SC=AACAGTTGTCGTTGGAACAGT;SOR=0.401;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=307;TCF=46;TCR=261;TR=268;WE=156479579;WS=156479547;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,563:1.00:564
chr5	156482099	rs2270925	T	C	2109.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.95;SOR=1.863;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr5	156482099	.	TTA	CTT	884	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;FR=1.0000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MMLQ=26;MQ=60.0;NF=30;NR=11;PP=884;QD=22.8650701186;SC=GAACAAGAGTTTATTTAAAAA;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=30;TCR=11;TR=41;WE=156482109;WS=156482089;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr5	156482101	rs2270924	A	T	2109.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.95;SOR=1.863;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr5	156482459	rs1809941	G	T	5944.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=2.355;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=236;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=78;PP=2500;ReadPosRankSum=2.078;SC=TCCAGCACATGGATGTGACAG;SOR=0.269;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=143;TCF=64;TCR=79;TR=142;WE=156482467;WS=156482449;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,228:1.00:229
chr5	156525920	rs371359315	AAG	A	571.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=1.549;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=20;PP=566;ReadPosRankSum=-1.259;SC=CTGCTATAAAAAGAGAGAGAG;SOR=0.619;SbPval=0.26;Source=Platypus;TC=69;TCF=1;TCR=68;TR=21;WE=156525933;WS=156525910;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,30:0.25:120
chr5	156531561	rs2902306	C	T	1533.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=27;NR=14;PP=801;SC=TTCAGGTGCACGGAGATATCC;SOR=1.238;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=27;TCR=14;TR=41;WE=156531569;WS=156531551;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr5	156531736	rs1036199	C	A	2538.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=28;NR=40;PP=1256;SC=GTCTCTCTGCCGAGTCGGTGC;SOR=0.992;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=68;TCF=28;TCR=40;TR=68;WE=156531744;WS=156531726;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr5	156531865	rs1036200	A	G	484.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=10;PP=252;SC=CAATTAAGAAAGAGAAATACA;SOR=1.863;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=3;TCR=10;TR=13;WE=156531873;WS=156531855;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr5	156640563	rs143962660	C	CT	675.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.950;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.861;HP=15;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=10;PP=342;ReadPosRankSum=-0.869;SC=TAACTTTTTTCTTTTTTTTTG;SOR=0.877;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=42;TCF=20;TCR=22;TR=20;WE=156640571;WS=156640553;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,42:0.48:87
chr5	156644775	rs5872504	T	TC	6064.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=34;NR=37;PP=2936;SC=TCTGTTGTTTTCCTGGGCCCT;SOR=0.988;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=73;TCF=36;TCR=37;TR=71;WE=156644783;WS=156644765;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,175:1.00:175
chr5	156644939	rs246747	G	A	1140.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.214;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=23;PP=532;ReadPosRankSum=-2.163;SC=CGCTAGCTCCGGGTGCAGGTG;SOR=0.656;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=77;TCF=24;TCR=53;TR=32;WE=156644947;WS=156644929;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,55:0.48:114
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chr5	156670916	rs66943334	C	T	417.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=1.716;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.005;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=14;PP=268;ReadPosRankSum=2.261;SC=AAACTCCCAGCAGTGGCTTCC;SOR=1.483;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=32;TCF=9;TCR=23;TR=18;WE=156670924;WS=156670906;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,20:0.50:40
chr5	156679423	rs12055362	G	A	367.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-2.248;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=1;PP=249;ReadPosRankSum=-0.820;SC=TGGTAAAACTGAGATTAAACA;SOR=1.276;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=26;TCF=23;TCR=3;TR=13;WE=156679431;WS=156679419;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,15:0.50:30
chr5	156679576	rs27341	T	C	3209.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.422;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=338;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.821;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=53;PP=1551;ReadPosRankSum=-1.583;SC=CTATGACGCATAAGTACAAGG;SOR=0.709;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=199;TCF=100;TCR=99;TR=105;WE=156679584;WS=156679566;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:174,163:0.48:337
chr5	156712197	rs2288069	C	T	381.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=0.683;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=1;PP=242;ReadPosRankSum=0.530;SC=AGATACACATCGAGAGCACCT;SOR=0.970;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=40;TCF=35;TCR=5;TR=14;WE=156712205;WS=156712187;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,17:0.37:46
chr5	156714137	rs2288068	G	A	2387.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.225;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.752;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=48;PP=1129;ReadPosRankSum=-1.182;SC=TGTGACCCACGTGTGCAGACA;SOR=0.562;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=148;TCF=51;TCR=97;TR=74;WE=156714145;WS=156714127;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:93,115:0.55:208
chr5	156715652	rs11747736	G	C	1757.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.086;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.503;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=26;PP=819;ReadPosRankSum=-0.413;SC=ATTTGCTCCTGACATCAACCC;SOR=0.743;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=132;TCF=68;TCR=64;TR=56;WE=156715660;WS=156715640;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:123,91:0.43:214
chr5	156715833	rs13358909	T	C	474.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.639;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.020;HP=6;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=9;PP=194;ReadPosRankSum=-0.124;SC=CAAACAAAAATACACGAAGTT;SOR=0.215;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=30;TCF=7;TCR=23;TR=12;WE=156715841;WS=156715823;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,22:0.52:42
chr5	156721863	rs5872508	T	TC	8692.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=262;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=44;NR=74;PP=2974;SC=CCCGGGCCATTCCCAGGTGAG;SOR=0.931;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=122;TCF=46;TCR=76;TR=118;WE=156721871;WS=156721853;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,260:1.00:260
chr5	156721986	rs7724099	C	A	1901.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.639;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=241;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-2.447;NF=25;NR=42;PP=919;ReadPosRankSum=0.618;SC=TAAAGCAGGTCCTCTTATCCA;SOR=0.682;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=170;TCF=66;TCR=104;TR=67;WE=156721994;WS=156721976;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:136,99:0.42:235
chr5	156723913	rs1600014	T	C	414.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=9;PP=234;SC=GCCCTACACATCCCTGGGTGA;SOR=2.985;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=1;TCR=9;TR=10;WE=156723921;WS=156723903;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr5	156727692	rs3815829	T	C	642.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=2.062;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.387;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=4;PP=375;ReadPosRankSum=0.824;SC=GGGAGCACAGTGGACCTTACT;SOR=0.412;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=41;TCF=35;TCR=6;TR=22;WE=156727700;WS=156727682;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,25:0.52:48
chr5	156730035	rs77042939	A	G	345.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.499;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.188;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=13;PP=280;ReadPosRankSum=0.272;SC=CTTGAGAGTGAAATGTAGCTG;SOR=2.584;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=25;TCF=1;TCR=24;TR=13;WE=156730043;WS=156730025;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,13:0.50:26
chr5	156734632	rs529619	G	A	876.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=17;NR=3;PP=482;SC=AATATAATGTGTGTCTCTACA;SOR=2.833;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=27;TCF=23;TCR=4;TR=20;WE=156734652;WS=156734622;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr5	156734644	.	G	GGTGTGTGTGTGT	511.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.207;ClippingRankSum=-0.000;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=20.47;ReadPosRankSum=1.335;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,19:0.76:25
chr5	156738830	rs393178	G	C	2771.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.490;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=292;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.120;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=81;PP=1587;ReadPosRankSum=-0.879;SC=CGTGGGCCCAGGGCCAGAAGG;SOR=0.841;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=230;TCF=69;TCR=161;TR=113;WE=156738838;WS=156738820;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:149,135:0.48:284
chr5	156753257	rs11551374	C	T	2923.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.363;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=296;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.906;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=51;PP=1258;ReadPosRankSum=-0.663;SC=AGTTCCTGTACGATGAGATAG;SOR=0.499;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=191;TCF=74;TCR=117;TR=89;WE=156753265;WS=156753247;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:147,145:0.50:292
chr5	156760799	rs1900158	G	A	903.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-3.115;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.215;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=4;PP=644;ReadPosRankSum=-0.883;SC=TCACAGGTGTGCAGTAGTATA;SOR=1.022;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=74;TCF=64;TCR=10;TR=36;WE=156760807;WS=156760789;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,38:0.49:78
chr5	156760842	rs1900157	T	C	2057.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.093;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.952;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=21;PP=1274;ReadPosRankSum=-1.475;SC=TGGTTTACCATTCTGCTTCAC;SOR=0.489;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=134;TCF=98;TCR=36;TR=70;WE=156760850;WS=156760832;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,90:0.54:168
chr5	156762071	rs10077387	A	G	1363.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.720;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.439;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=16;PP=745;ReadPosRankSum=2.047;SC=TGGACAAAGTATAAAAATAAA;SOR=0.405;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=105;TCF=75;TCR=30;TR=49;WE=156762079;WS=156762061;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,64:0.47:135
chr5	156762245	rs9313545	A	G	1658.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-2.579;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.955;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=36;PP=816;ReadPosRankSum=-0.751;SC=GGTTACTATAAGGATAAAATG;SOR=0.553;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=118;TCF=32;TCR=86;TR=50;WE=156762253;WS=156762235;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:97,82:0.46:179
chr5	156763650	rs10036098	T	C	782.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-1.756;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.629;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=10;PP=300;ReadPosRankSum=0.852;SC=CTTTCGTTGATGAGCTCTTTC;SOR=0.315;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=63;TCF=44;TCR=19;TR=28;WE=156763658;WS=156763640;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,40:0.51:79
chr5	156763684	rs10043769	C	T	1392.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.628;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.667;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=16;PP=587;ReadPosRankSum=1.017;SC=AAGTTGCCCACTGGGGTGTTT;SOR=0.578;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=88;TCF=57;TCR=31;TR=43;WE=156763692;WS=156763674;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,67:0.52:129
chr5	156763823	rs10038052	G	A	3715.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=39;NR=52;PP=1829;SC=GCTTTGGTGCGTTGAGCCCTG;SOR=0.895;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=91;TCF=39;TCR=52;TR=91;WE=156763831;WS=156763813;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,139:1.00:139
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chr5	156765981	rs3734026	G	A	576.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.510;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=5;PP=280;ReadPosRankSum=1.241;SC=TGTCACTTGCGTGAACAGAAG;SOR=0.656;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=43;TCF=33;TCR=10;TR=20;WE=156765989;WS=156765971;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,29:0.47:62
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chr5	156811443	rs10063413	G	A	2959.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.579;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=296;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.962;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=49;PP=1209;ReadPosRankSum=0.072;SC=TTTTGAACTCGCATTCCGGCG;SOR=0.836;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=180;TCF=79;TCR=101;TR=84;WE=156811451;WS=156811433;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:142,146:0.51:288
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chr5	156887133	rs1105282	A	G	1227.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=2.203;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=13;PP=510;ReadPosRankSum=0.913;SC=TGCCCCCGGAATTGCCCAAGA;SOR=0.693;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=77;TCF=46;TCR=31;TR=33;WE=156887141;WS=156887123;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,59:0.50:118
chr5	156890399	rs76634949	C	T	218.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.969;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=6;PP=94;ReadPosRankSum=0.713;SC=TCACAAGGTCCGGGGCTGTAG;SOR=0.693;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=14;TCF=2;TCR=12;TR=7;WE=156890407;WS=156890389;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,10:0.62:16
chr5	156898690	rs6860507	A	G	580.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.324;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=5;PP=308;ReadPosRankSum=-1.718;SC=ATATTTCCTGAGGGAGAGTCT;SOR=0.854;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=37;TCF=27;TCR=10;TR=19;WE=156898698;WS=156898680;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,27:0.50:54
chr5	156898874	rs10476050	C	A	471.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.561;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.014;HP=4;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=11;PP=189;ReadPosRankSum=1.302;SC=GGTTGAACACCCCCTACTACC;SOR=0.553;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=38;TCF=12;TCR=26;TR=16;WE=156898882;WS=156898864;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,25:0.43:58
chr5	156898899	rs4704869	G	A	1092.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=11;NR=22;PP=629;SC=AAAAGGTCAGGTTGGGTTCTG;SOR=1.347;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=33;TCF=11;TCR=22;TR=33;WE=156898907;WS=156898889;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr5	156899290	rs9313607	T	C	572.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.272;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=4;PP=442;ReadPosRankSum=0.952;SC=GCCCTAGACATTGCCTGCACC;SOR=0.982;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=34;TCF=29;TCR=5;TR=24;WE=156899298;WS=156899280;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,24:0.62:39
chr5	156899869	rs4704870	T	C	15510.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=612;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=191;NR=274;PP=2965;SC=AACCCACTGTTATTAGACTGG;SOR=2.139;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=472;TCF=197;TCR=275;TR=465;WE=156899877;WS=156899859;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,607:1.00:607
chr5	156900047	rs9313608	C	T	649.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-3.968;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=22;PP=456;ReadPosRankSum=-0.802;SC=TGGTTATTTTCCAGTGCAACT;SOR=0.655;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=49;TCF=5;TCR=44;TR=24;WE=156900055;WS=156900037;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,27:0.49:55
chr5	156908653	rs11134767	C	T	3190.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.221;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=329;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.342;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=38;PP=1325;ReadPosRankSum=0.619;SC=CACCAAGAAACATGAATGTTT;SOR=0.782;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=204;TCF=118;TCR=86;TR=95;WE=156908661;WS=156908643;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:155,158:0.50:313
chr5	156916037	rs10674185	C	CAAAAAGAA	743.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.66;BaseQRankSum=0.235;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=5;PP=443;ReadPosRankSum=0.158;SC=GACTCCATCTCAAAAAGAAAA;SOR=0.866;SbPval=0.21;Source=Platypus;TC=19;TCF=10;TCR=9;TR=7;WE=156916045;WS=156916027;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,19:0.40:48
chr5	156917340	rs10067096	A	C	2408.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.400;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=267;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.084;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=38;PP=1238;ReadPosRankSum=0.808;SC=CTCAGCTTGGAAGGGAGAGCT;SOR=0.577;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=174;TCF=92;TCR=82;TR=77;WE=156917348;WS=156917330;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:140,117:0.46:257
chr5	156921651	rs11466784	G	A	2038.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.911;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.953;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=19;PP=1011;ReadPosRankSum=0.332;SC=AGCAGAAACTGCTTGTTCATC;SOR=0.974;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=116;TCF=76;TCR=40;TR=66;WE=156921659;WS=156921641;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,94:0.59:158
chr5	156926777	rs12522418	A	C	171.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.289;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.18;ReadPosRankSum=1.413;SOR=0.569;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,10:0.48:21
chr5	156936364	rs1422795	T	C	2121.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.232;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.528;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=39;PP=1054;ReadPosRankSum=-0.677;SC=CGCCTCCAACTGAGAAAGGAC;SOR=0.759;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=144;TCF=77;TCR=67;TR=83;WE=156936372;WS=156936354;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:91,103:0.53:194
chr5	156936549	rs1422794	G	T	893.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.418;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.557;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=22;PP=528;ReadPosRankSum=-0.981;SC=TTTCATTCTGGTGGAGCTTGA;SOR=0.321;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=65;TCF=20;TCR=45;TR=35;WE=156936557;WS=156936539;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,42:0.51:83
chr5	156946049	rs2042247	A	G	1464.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.971;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.621;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=40;PP=874;ReadPosRankSum=-0.550;SC=TGTGGTGGCCATCACTCATAT;SOR=1.180;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=104;TCF=35;TCR=69;TR=55;WE=156946057;WS=156946039;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,67:0.52:128
chr5	156957741	rs3822696	C	T	263.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-0.560;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=3;PP=145;ReadPosRankSum=-1.985;SC=GTCCTTGCCTCAGCCTTGTCT;SOR=0.724;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=30;TCF=23;TCR=7;TR=12;WE=156957749;WS=156957731;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,13:0.39:33
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chr5	156997785	rs11746737	C	T	2298.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.840;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=237;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.050;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=35;PP=1355;ReadPosRankSum=-0.521;SC=ACCCAGAGGACAGAGTGGGCC;SOR=0.793;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=176;TCF=114;TCR=62;TR=98;WE=156997793;WS=156997775;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:114,113:0.50:227
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chr5	157075943	rs72284585	TAC	T	1412.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.674;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.859;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=1.313;NF=6;NR=22;PP=1029;ReadPosRankSum=0.803;SC=TAATGTGCCATACACACACAC;SOR=0.494;SbPval=0.06;Source=Platypus;TC=63;TCF=6;TCR=57;TR=28;WE=157075954;WS=157075933;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,53:0.58:92
chr5	157078475	rs3749797	C	G	1961.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.138;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.369;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=31;PP=1008;ReadPosRankSum=0.411;SC=GGATGGCTGCCGGGCTTTTGC;SOR=0.871;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=150;TCF=79;TCR=71;TR=69;WE=157078483;WS=157078465;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:109,99:0.48:208
chr5	157094771	rs36105993	TAC	T	1033.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=2.376;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=284;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.149;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=24;PP=1919;ReadPosRankSum=2.737;SC=CATACATACATACACACACAC;SOR=1.061;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=125;TCF=44;TCR=81;TR=41;WE=157094788;WS=157094759;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:116,68:0.37:184
chr5	157094777	rs11953619	C	T	565.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.998;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=255;ExcessHet=3.0103;FS=1.995;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.54;ReadPosRankSum=4.675;SOR=0.895;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:168,55:0.25:223
chr5	157098756	rs11740603	G	T	7528.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-0.120;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=764;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=91;NR=122;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.787;SC=CTCGGCCGCCGCCCAGAAATC;SOR=0.679;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=435;TCF=181;TCR=254;TR=213;WE=157098764;WS=157098746;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:393,368:0.48:761
chr5	157102185	rs6884959	A	G	2874.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.443;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=319;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.338;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=52;PP=1366;ReadPosRankSum=-1.690;SC=TAACCGCATCACACAACGAAT;SOR=0.787;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=192;TCF=84;TCR=108;TR=90;WE=157102193;WS=157102175;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:172,145:0.46:317
chr5	157106785	rs6556177	C	T	1400.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.624;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.975;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=15;PP=813;ReadPosRankSum=0.832;SC=TGCCCTGCTGCGAAGTAATCC;SOR=0.944;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=107;TCF=73;TCR=34;TR=53;WE=157106793;WS=157106775;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,68:0.45:152
chr5	157106968	rs6892478	C	T	975.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-1.024;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.685;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=20;PP=431;ReadPosRankSum=-1.266;SC=CCGTGAACAGCAACCGGTACT;SOR=1.009;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=71;TCF=26;TCR=45;TR=28;WE=157106976;WS=157106958;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,47:0.48:98
chr5	157164889	rs2270813	T	C	919.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.762;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.723;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=13;PP=610;ReadPosRankSum=1.113;SC=ATTTTTATTTTCTCAGGGAAC;SOR=0.922;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=77;TCF=50;TCR=27;TR=39;WE=157164897;WS=157164879;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,44:0.46:95
chr5	157164962	rs2270812	T	C	2074.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.169;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=27;PP=792;ReadPosRankSum=-0.074;SC=AATAATGAGCTGCCGATGTAT;SOR=0.725;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=133;TCF=74;TCR=59;TR=63;WE=157164970;WS=157164952;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:115,106:0.48:221
chr5	157165597	.	G	GT	119.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.654;ClippingRankSum=0.000;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=6.388;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.87;ReadPosRankSum=0.615;SOR=1.222;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:48,16:0.25:64
chr5	157178592	rs56398160	TA	T	3799.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=44;PP=2109;SC=ATATCTTCTATAATATTTAAA;SOR=1.257;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=49;TCF=5;TCR=44;TR=49;WE=157178600;WS=157178582;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr5	157180930	rs35074350	CT	C	480.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.858;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=1.001;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.01;ReadPosRankSum=0.373;SOR=0.567;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,34:0.57:60
chr5	157180959	rs141155397	AAAT	A	1755.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.540;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.646;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQ=60.11;MQRankSum=1.082;NF=7;NR=15;PP=824;ReadPosRankSum=1.430;SC=AAAGCTATACAAATAATAATT;SOR=0.454;SbPval=0.93;Source=Platypus;TC=46;TCF=22;TCR=24;TR=22;WE=157180969;WS=157180949;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,47:0.47:100
chr5	157236505	rs61251519	T	TA	246.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.243;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=2.533;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.36;MQRankSum=0.639;QD=8.22;ReadPosRankSum=-1.214;SOR=2.115;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,20:0.67:30
chr5	157246972	rs17054956	G	T	570.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-0.099;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.251;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=5;PP=332;ReadPosRankSum=1.743;SC=CTGTGTGAGTGCTGTGTTTAG;SOR=1.022;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=35;TCF=24;TCR=11;TR=20;WE=157246980;WS=157246962;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,25:0.58:43
chr5	157247160	rs254673	G	A	958.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=12;NR=15;PP=581;SC=AGATCTATTAGAAGTTATTTT;SOR=0.941;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=12;TCR=15;TR=27;WE=157247168;WS=157247150;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr5	158140222	rs3734105	G	A	795.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=2.309;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.841;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=24;PP=572;ReadPosRankSum=-0.755;SC=CCATTTTTTCGGTGCCAGGTA;SOR=0.887;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=76;TCF=22;TCR=54;TR=33;WE=158140230;WS=158140212;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,38:0.39:98
chr5	158511579	rs200028682	CA	C	31.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.071;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.19;MQRankSum=1.950;QD=0.58;ReadPosRankSum=-0.693;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,14:0.25:55
chr5	158511794	.	G	GA	261.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.994;ClippingRankSum=0.000;DP=199;ExcessHet=3.0103;FS=0.797;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.64;ReadPosRankSum=-1.126;SOR=0.840;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:122,38:0.24:160
chr5	158522577	rs12659540	C	A	339.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-2.638;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.624;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=4;PP=224;ReadPosRankSum=0.031;SC=TCTTGACTGCCCTGAATTTTG;SOR=0.288;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=31;TCF=25;TCR=6;TR=16;WE=158522585;WS=158522567;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,17:0.50:34
chr5	158522648	rs377471339	T	C	1333.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-2.279;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.690;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=13;PP=556;ReadPosRankSum=-0.795;SC=ATGGAGTCAATGAGGCGCACG;SOR=0.589;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=96;TCF=67;TCR=29;TR=44;WE=158522656;WS=158522638;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,65:0.50:129
chr5	158523584	rs6556385	T	C	399.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-2.236;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=17;PP=295;ReadPosRankSum=-0.806;SC=CTCCGCCCCCTGTTCCTGACT;SOR=0.435;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=35;TCF=6;TCR=29;TR=21;WE=158523592;WS=158523574;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,19:0.58:33
chr5	158526534	rs5872586	TA	T	1107.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.155;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=248;ExcessHet=3.0103;FS=1.363;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.13;MQRankSum=1.630;QD=6.33;ReadPosRankSum=0.072;SOR=0.558;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:79,96:0.55:175
chr5	158588633	rs139682876	GAAAAA	G	1860.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.491;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FS=5.489;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.14;MQRankSum=0.669;QD=24.81;ReadPosRankSum=1.133;SOR=0.505;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,48:0.64:75
chr5	158596989	rs17719770	T	C	403.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=0.164;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.028;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=10;PP=226;ReadPosRankSum=-2.316;SC=ATTAATAATTTAACCATCTTA;SOR=0.086;SbPval=0.21;Source=Platypus;TC=32;TCF=8;TCR=24;TR=16;WE=158596997;WS=158596979;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,18:0.53:34
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chr5	158710419	rs1433046	C	T	373.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=11;PP=283;SC=CATCAGTGACCCCAGTATATA;SOR=2.833;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=2;TCR=11;TR=13;WE=158710427;WS=158710409;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
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chr5	159462422	rs36052783	T	C	1661.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=6.179;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.736;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=52;PP=1265;ReadPosRankSum=0.258;SC=GGCACATGCATAGTCTTTCTG;SOR=1.558;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=109;TCF=15;TCR=94;TR=57;WE=159462430;WS=159462412;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,62:0.52:120
chr5	159463687	rs75792355	C	T	1144.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.217;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.710;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=14;PP=732;ReadPosRankSum=1.273;SC=CATCCTTTCTCTTATCCTCAG;SOR=0.804;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=97;TCF=67;TCR=30;TR=45;WE=159463695;WS=159463677;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,55:0.45:123
chr5	159505208	rs4360078	C	A	2284.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.784;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.088;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=47;PP=1247;ReadPosRankSum=-0.592;SC=AAGAAAATGTCGTTAAGCACA;SOR=0.599;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=150;TCF=55;TCR=95;TR=75;WE=159505216;WS=159505198;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:101,107:0.51:208
chr5	159516404	rs4590210	C	G	392.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-0.968;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.488;HP=5;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=4;PP=191;ReadPosRankSum=1.500;SC=GAGATGGCAGCGGGGACGGGG;SOR=0.248;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=28;TCF=21;TCR=7;TR=14;WE=159516412;WS=159516403;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,18:0.53:34
chr5	159516431	rs4441910	G	C	563.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-1.318;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=6;PP=338;ReadPosRankSum=0.165;SC=GTTGCCCAGAGTGGTCTCGAA;SOR=0.687;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=37;TCF=27;TCR=10;TR=21;WE=159516439;WS=159516421;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,26:0.53:49
chr5	159520661	rs56251777	T	C	1914.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.773;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=30;PP=1221;ReadPosRankSum=1.814;SC=TTTCCTTTTTTTCAGCAACAA;SOR=0.747;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=147;TCF=75;TCR=72;TR=69;WE=159520669;WS=159520651;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:130,96:0.42:226
chr5	159626249	.	G	T	1302.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-1.174;ClippingRankSum=0.000;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=28;PP=725;ReadPosRankSum=-0.238;SC=CTTGGGTGGGGGACTTGCTCG;SOR=0.717;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=105;TCF=45;TCR=60;TR=50;WE=159626257;WS=159626239;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,67:0.45:149
chr5	159640652	rs6556482	G	A	904.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=24;NR=2;PP=684;SC=GCTGCTATGAGGAGCTCTGCC;SOR=3.407;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=26;TCF=24;TCR=2;TR=26;WE=159640660;WS=159640642;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr5	159661754	rs60865693	C	T	674.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.732;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.795;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=9;PP=293;ReadPosRankSum=-0.873;SC=CTTCTTACTGCCCGCGCCACC;SOR=0.563;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=68;TCF=47;TCR=21;TR=24;WE=159661762;WS=159661744;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,37:0.35:106
chr5	159665523	rs10071756	C	T	948.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.537;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=1.764;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.77;ReadPosRankSum=-0.463;SOR=0.262;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,24:0.50:48
chr5	159665527	rs10056227	G	A	943.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.388;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=1.758;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.26;ReadPosRankSum=-0.627;SOR=0.285;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,25:0.51:49
chr5	159665534	rs10079413	A	G	990.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.632;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.01;ReadPosRankSum=0.083;SOR=0.651;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,27:0.49:55
chr5	159665599	rs2277954	G	A	2104.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.322;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.659;HP=1;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=30;PP=1109;ReadPosRankSum=-2.053;SC=CTCTGTCCCGGCTGCTTCTTT;SOR=0.974;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=122;TCF=73;TCR=49;TR=79;WE=159665607;WS=159665589;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,99:0.59:167
chr5	159665726	rs10071871	C	T	5566.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.750;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=284;ExcessHet=3.0103;FS=1.428;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.95;ReadPosRankSum=-1.279;SOR=0.763;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:131,148:0.53:279
chr5	159665733	rs2277953	C	T	5419.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.948;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=269;ExcessHet=3.0103;FS=2.050;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=20.45;ReadPosRankSum=-1.634;SOR=0.798;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:125,140:0.53:265
chr5	159696554	rs10071116	A	G	1367.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.181;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=240;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.073;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=29;PP=607;ReadPosRankSum=-0.750;SC=GTTCCGACCTATGCGGGGAAC;SOR=0.595;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=165;TCF=68;TCR=97;TR=49;WE=159696562;WS=159696544;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:153,80:0.34:233
chr5	159703394	rs58686609	C	T	133.81	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=3.310;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.07;MQRankSum=-0.253;QD=13.38;ReadPosRankSum=-1.013;SOR=0.105;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,8:0.80:10
chr5	159707993	rs59603436	T	C	1428.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.327;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.711;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.877;NF=17;NR=34;PP=675;ReadPosRankSum=-1.741;SC=TTCCTTCCCATGGGAAAGGTT;SOR=0.829;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=85;TCF=28;TCR=57;TR=51;WE=159708001;WS=159707983;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,69:0.57:120
chr5	159766379	rs13360090	C	A	527.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.487;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=1.803;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.52;ReadPosRankSum=0.622;SOR=0.307;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,18:0.53:34
chr5	159776637	rs10053189	C	T	6150.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.118;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=590;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=113;NR=100;PP=2962;ReadPosRankSum=0.481;SC=CTGGCTCCCCCTTCTTGCCCT;SOR=0.673;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=398;TCF=213;TCR=185;TR=213;WE=159776645;WS=159776627;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:291,292:0.50:583
chr5	159781724	rs62377486	C	T	1045.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.026;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=7;PP=425;ReadPosRankSum=-1.255;SC=CCCCACATGCCGGATGCTGTC;SOR=0.765;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=82;TCF=61;TCR=21;TR=31;WE=159781732;WS=159781714;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,50:0.41:121
chr5	159831736	.	G	GA	33.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.285;ClippingRankSum=0.000;DP=163;ExcessHet=3.0103;FS=1.827;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.13;MQRankSum=3.223;QD=0.21;ReadPosRankSum=0.895;SOR=0.902;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:132,25:0.16:157
chr5	159835658	rs2961944	A	G	1086.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=2.231;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.638;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=21;PP=479;ReadPosRankSum=-0.080;SC=ATGTATTACCATCTGAGAATT;SOR=0.768;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=82;TCF=38;TCR=44;TR=38;WE=159835666;WS=159835648;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,57:0.42:137
chr5	159839317	rs1579074	T	C	70.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=0;PP=49;SC=ATGAACTGTATACAAAGTATC;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=3;TCR=0;TR=3;WE=159839325;WS=159839307;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr5	159839545	rs2961948	G	A	92.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.322;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.59;MQRankSum=0.000;QD=2.51;ReadPosRankSum=-0.165;SOR=0.920;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,6:0.16:37
chr5	159840688	rs2961949	T	C	633.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=3.429;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.610;HP=2;HapScore=4;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=19;PP=744;ReadPosRankSum=-0.514;SC=GAAAACTTCATACAACTTTTA;SOR=1.191;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=41;TCF=4;TCR=37;TR=20;WE=159840708;WS=159840678;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,25:0.53:47
chr5	159840700	rs12522744	A	C	397.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-2.548;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.582;HP=1;HapScore=4;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=15;PP=744;ReadPosRankSum=-0.034;SC=CAACTTTTACAGAGTGGGCAC;SOR=1.091;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=34;TCF=4;TCR=30;TR=16;WE=159840708;WS=159840678;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,20:0.51:39
chr5	159841492	rs71682851	T	TA	45.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.594;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FS=3.218;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.45;ReadPosRankSum=2.125;SOR=0.265;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:85,17:0.17:102
chr5	159842465	rs2910190	A	G	206.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-0.417;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=7;PP=121;ReadPosRankSum=0.226;SC=CCCCCTCCTCAAGGTCTCTAC;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=1;TCR=14;TR=7;WE=159842473;WS=159842455;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,9:0.50:18
chr5	159851211	rs2910203	G	C	884.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=20;NR=2;PP=584;SC=GACTTCCACTGTCACTAACCC;SOR=2.910;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=22;TCF=20;TCR=2;TR=22;WE=159851219;WS=159851201;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr5	159901408	.	C	A	86	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;FR=1.0000;HP=3;HapScore=2;MGOF=23;MMLQ=22;MQ=59.58;NF=5;NR=1;PP=86;QD=20.1285354245;SC=GCTGCTGAATCTTCAGAAAGG;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=5;TCR=1;TR=6;WE=159901416;WS=159901398;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr5	159912418	rs2910164	C	G	2290.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=29;NR=31;PP=1064;SC=TGTCAGACCTCTGAAATTCAG;SOR=0.765;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=61;TCF=30;TCR=31;TR=60;WE=159912426;WS=159912408;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr5	160018018	rs201501904	AGTT	A	2107.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.139;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FS=2.984;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.08;MQRankSum=0.000;QD=16.47;ReadPosRankSum=-0.808;SOR=1.031;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:70,58:0.45:128
chr5	160018023	.	T	A	1236.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.743;ClippingRankSum=0.000;DP=126;ExcessHet=3.0103;FS=0.884;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.14;ReadPosRankSum=-1.284;SOR=0.897;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:69,53:0.43:122
chr5	160018023	.	TTCTCTGC	T	2966	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;FR=0.5000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MMLQ=26;MQ=60.08;NF=19;NR=8;PP=2966;QD=20;SC=GGACCAGTTCTTCTCTGCAAT;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=85;TCF=64;TCR=21;TR=27;WE=160018037;WS=160018008;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:58,27:0.32:85
chr5	160018025	.	C	A	1227.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-3.143;ClippingRankSum=0.000;DP=131;ExcessHet=3.0103;FS=2.995;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.67;ReadPosRankSum=-1.029;SOR=1.087;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:72,55:0.43:127
chr5	160018026	rs199688799	TCTGC	T	1209.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-2.710;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FS=4.114;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.08;MQRankSum=0.000;QD=9.10;ReadPosRankSum=-0.966;SOR=1.145;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:78,55:0.41:133
chr5	160039687	rs2302962	T	C	358.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.297;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=2;PP=219;ReadPosRankSum=-2.581;SC=TGTGTCCTCTTGGTTGAGGGG;SOR=0.473;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=33;TCF=29;TCR=4;TR=14;WE=160039695;WS=160039677;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,16:0.44:36
chr5	160043108	rs113179038	A	AT	1739.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=29;PP=535;SC=CTTCTCAAAGACTTTTTTTTA;SOR=2.636;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=31;TCF=0;TCR=31;TR=29;WE=160043117;WS=160043098;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr5	160043109	rs17052845	C	T	1748.77	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=5;NR=30;PP=817;SC=TTCTCAAAGACTTTTTTTTAA;SOR=2.584;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=36;TCF=6;TCR=30;TR=35;WE=160043117;WS=160043098;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr5	160044855	rs1363199	G	A	7532.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=286;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=112;NR=74;PP=2965;SC=AGCACGCTTGGAGGAATTGTT;SOR=1.016;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=188;TCF=112;TCR=76;TR=186;WE=160044863;WS=160044845;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,282:1.00:282
chr5	160047265	rs6862674	C	G	747.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=19;NR=1;PP=574;SC=CCAGGTGACACTACAACTTGA;SOR=4.804;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=20;TCF=19;TCR=1;TR=20;WE=160047273;WS=160047261;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr5	160049355	rs2032804	C	T	1132.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=27;NR=10;PP=731;SC=GCCTTCTACTCCTCTACCTCC;SOR=1.788;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=37;TCF=27;TCR=10;TR=37;WE=160049363;WS=160049345;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr5	160063134	rs34471074	G	A	137.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-1.290;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=1;PP=39;ReadPosRankSum=-0.157;SC=TTACAAAGTTGTAGGAGTTTT;SOR=0.730;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=25;TCF=20;TCR=5;TR=6;WE=160063142;WS=160063124;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,9:0.28:32
chr5	160097429	rs3828604	T	C	4344.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=81;NR=37;PP=2526;SC=CTTGCATCCTTTCTATGACTT;SOR=1.432;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=121;TCF=81;TCR=40;TR=118;WE=160097437;WS=160097419;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,154:1.00:154
chr5	160097453	rs1990888	A	C	5329.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=2.973;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.938;HP=3;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=80;NR=55;PP=2808;ReadPosRankSum=0.309;SC=CATTGAAGATATTAGAAAGAG;SOR=0.176;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=138;TCF=82;TCR=56;TR=135;WE=160097461;WS=160097443;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,195:0.99:197
chr5	160097496	rs958912	A	G	2671.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-2.051;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=262;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.489;HP=1;HapScore=2;MGOF=29;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=41;PP=1088;ReadPosRankSum=-0.566;SC=TTCACGACACATCTTTGCTTG;SOR=0.595;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=166;TCF=90;TCR=76;TR=86;WE=160097504;WS=160097486;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:124,136:0.52:260
chr5	160097632	rs958911	G	A	2465.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=21;NR=55;PP=1469;SC=AGTCTCCCACGCGCACATCCT;SOR=1.855;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=76;TCF=21;TCR=55;TR=76;WE=160097640;WS=160097622;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr5	160114730	rs72818543	C	T	792.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-0.745;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=8;PP=453;ReadPosRankSum=0.458;SC=CGAGATTGCACGACTATACTC;SOR=0.654;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=59;TCF=44;TCR=15;TR=30;WE=160114738;WS=160114720;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,36:0.55:66
chr5	160212520	rs13165640	G	T	561.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.118;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.103;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=6;PP=365;ReadPosRankSum=-1.202;SC=TGATGCTGAGGTTTGGGCTTC;SOR=1.086;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=76;TCF=56;TCR=20;TR=26;WE=160212528;WS=160212510;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,29:0.34:85
chr5	160212590	rs13190543	T	C	2337.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.418;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=270;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.115;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=30;PP=1190;ReadPosRankSum=1.536;SC=TCAAGTCTTGTTCCTCTTTCT;SOR=0.946;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=155;TCF=86;TCR=69;TR=76;WE=160212598;WS=160212580;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:150,117:0.44:267
chr5	160763821	.	C	CA	305.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.041;ClippingRankSum=0.000;DP=357;ExcessHet=3.0103;FS=0.587;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.06;MQRankSum=2.770;QD=1.05;ReadPosRankSum=0.845;SOR=0.620;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:235,55:0.19:290
chr5	160972443	rs56952727	TA	T,TAA	887.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.048;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FS=1.191;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.30;MQRankSum=0.969;QD=8.97;ReadPosRankSum=-0.512;SOR=0.542;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:13,59,27:0.60,0.27:99
chr5	160973808	rs370064343	TA	T	177.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.087;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=4.393;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.42;MQRankSum=1.164;QD=5.55;ReadPosRankSum=0.923;SOR=2.712;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,18:0.56:32
chr5	161113004	rs13188991	G	A	1611.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.388;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=24;PP=792;ReadPosRankSum=0.799;SC=GGATGGCGTCGTCTCTGCCCT;SOR=0.758;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=86;TCF=45;TCR=41;TR=51;WE=161113012;WS=161112994;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,74:0.62:119
chr5	161114522	rs4454083	T	C	3323.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.494;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=303;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.422;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=57;PP=1349;ReadPosRankSum=-2.506;SC=CTGGGGACTCTGTTCCAGGTA;SOR=0.662;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=174;TCF=78;TCR=96;TR=103;WE=161114530;WS=161114512;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:133,165:0.55:298
chr5	161116903	rs4921402	C	A	2013.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=16;NR=43;PP=1303;SC=TGCTGTTTTGCAGTGATGAGT;SOR=1.778;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=59;TCF=16;TCR=43;TR=59;WE=161116911;WS=161116893;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr5	161119071	rs12522663	G	T	11213.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=423;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=140;NR=141;PP=2965;SC=TCTTCTCTGCGCTTATCGAGT;SOR=0.698;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=282;TCF=140;TCR=142;TR=281;WE=161119079;WS=161119061;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,417:1.00:417
chr5	161119125	rs13184586	C	G	11953.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-2.021;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=462;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=131;NR=148;PP=2965;ReadPosRankSum=2.142;SC=CACAGAAGGCCAAAAGGAAGG;SOR=0.259;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=280;TCF=131;TCR=149;TR=279;WE=161119133;WS=161119115;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,455:1.00:456
chr5	161128761	rs4277944	C	G	9265.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=345;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=93;NR=131;PP=2965;SC=CAATGGAAGTCAGTAGCAGTG;SOR=0.990;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=225;TCF=94;TCR=131;TR=224;WE=161128769;WS=161128751;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,343:1.00:343
chr5	161322652	.	G	GT	329.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.324;ClippingRankSum=0.000;DP=164;ExcessHet=3.0103;FS=0.756;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.06;ReadPosRankSum=0.651;SOR=0.551;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:124,36:0.22:160
chr5	161322889	rs2279020	G	A	4463.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=45;NR=82;PP=2597;SC=ATGCTTTAATGGTCACTGTAG;SOR=1.222;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=128;TCF=46;TCR=82;TR=127;WE=161322897;WS=161322879;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,161:1.00:161
chr5	161529571	rs211035	A	G	807.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.48;SOR=0.752;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr5	162884145	rs34746227	G	GT	41.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.139;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.49;ReadPosRankSum=0.473;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,8:0.29:28
chr5	162887650	rs2303076	G	A	1297.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.742;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.767;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=29;PP=683;ReadPosRankSum=2.782;SC=TCCGCATTCAGTTGTCGAGGA;SOR=0.674;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=117;TCF=61;TCR=56;TR=56;WE=162887658;WS=162887640;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:94,69:0.42:163
chr5	162890953	rs380101	G	A	573.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=8;PP=242;SC=GATTTAAACAGCAAAAAGGTA;SOR=0.859;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=13;TCF=5;TCR=8;TR=13;WE=162890961;WS=162890943;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr5	162891894	rs3756648	G	A	247.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.071;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.336;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=8;PP=150;ReadPosRankSum=-0.733;SC=AATGGGTTAAGTGTATGAATC;SOR=1.609;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=14;TCF=2;TCR=12;TR=9;WE=162891902;WS=162891884;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,11:0.65:17
chr5	162905580	rs13183712	G	T	280.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-3.333;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=0;PP=189;ReadPosRankSum=1.088;SC=GTAATGCAGTGGTGAAGATAT;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=22;TCR=0;TR=11;WE=162905588;WS=162905571;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,11:0.50:22
chr5	162938940	rs11307015	GT	G	830.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=1.596;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.958;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=5;PP=722;ReadPosRankSum=0.153;SC=AACAACGATGGTGCCTAATAT;SOR=1.598;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=43;TCF=29;TCR=14;TR=20;WE=162938948;WS=162938930;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,26:0.43:61
chr5	162940739	rs964945	G	A	2137.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=17;NR=50;PP=1663;SC=TAGAAATTAAGGTTTTGTAGA;SOR=2.139;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=69;TCF=18;TCR=51;TR=67;WE=162940747;WS=162940729;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr5	162944709	rs7733775	A	G	2976.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-1.076;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=291;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=55;PP=1219;ReadPosRankSum=0.003;SC=AAACCTTTAGATCCATTGCTA;SOR=0.717;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=162;TCF=53;TCR=109;TR=80;WE=162944717;WS=162944699;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:139,146:0.51:285
chr5	167182055	rs1862875	G	A	4159.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.978;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=82;NR=32;PP=2340;ReadPosRankSum=-0.262;SC=CCCAGCTTACGCCGATGGTGA;SOR=1.550;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=117;TCF=83;TCR=34;TR=114;WE=167182063;WS=167182045;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,156:0.99:158
chr5	167303317	rs1862198	G	A	909.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=4.131;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.964;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=35;PP=685;ReadPosRankSum=-1.698;SC=GGGAGCATCAGGGTGAAATGC;SOR=1.044;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=137;TCF=26;TCR=111;TR=42;WE=167303325;WS=167303307;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:106,44:0.29:150
chr5	167489049	rs11411759	C	CT	333.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=1.705;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.9999;FS=10.300;HP=12;HapScore=3;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.772;NF=26;NR=1;PP=283;ReadPosRankSum=-1.630;SC=CTGTTTATTCCTTTTTTTTTT;SOR=4.103;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=38;TCF=36;TCR=2;TR=27;WE=167489057;WS=167489039;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,22:0.73:30
chr5	167489093	rs72824988	A	T	990.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.270;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FS=3.105;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.11;MQRankSum=1.065;QD=10.54;ReadPosRankSum=-0.651;SOR=0.423;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:49,45:0.48:94
chr5	167553880	rs10055910	C	T	3381.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.797;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=339;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=43;PP=1350;ReadPosRankSum=-0.832;SC=GCATTGAGCACGGGACCTGTA;SOR=0.712;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=191;TCF=105;TCR=86;TR=95;WE=167553888;WS=167553870;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:161,169:0.51:330
chr5	167554106	rs1560650	G	A	584.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=2.742;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=17;PP=341;ReadPosRankSum=-1.533;SC=GGATAGGGAAGGAGAAAAATG;SOR=0.446;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=41;TCF=2;TCR=39;TR=17;WE=167554114;WS=167554096;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,24:0.51:47
chr5	167566600	rs1432822	T	A	1513.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.177;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.01;ReadPosRankSum=1.565;SOR=0.663;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:90,78:0.46:168
chr5	167576239	rs10040595	A	T	314.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=2.772;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=0;PP=221;ReadPosRankSum=0.167;SC=CCGCGTCTCCACTCTCAGCCA;SOR=1.078;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=23;TCF=22;TCR=1;TR=11;WE=167576247;WS=167576229;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,13:0.46:28
chr5	167576513	rs35438448	T	TG	2470.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.448;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.596;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=29;PP=1277;ReadPosRankSum=0.110;SC=CCGAGGCATGTTAGGAAAACA;SOR=0.770;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=66;TCF=9;TCR=57;TR=34;WE=167576521;WS=167576503;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,75:0.48:156
chr5	167589932	rs1560649	G	C	382.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.161;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=11;PP=238;ReadPosRankSum=-0.394;SC=TGCCAGGGGGGATCTCTGGGA;SOR=0.770;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=23;TCF=3;TCR=20;TR=13;WE=167589940;WS=167589922;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,16:0.52:31
chr5	167622107	rs1472355	G	T	1182.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-2.367;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.647;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=17;PP=586;ReadPosRankSum=-0.655;SC=TGAGGATGAGGGAGCAGAGGC;SOR=0.411;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=90;TCF=58;TCR=32;TR=44;WE=167622115;WS=167622097;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,59:0.54:109
chr5	167625771	rs1874460	G	C	1458.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.479;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FS=2.378;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.49;ReadPosRankSum=0.531;SOR=0.509;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:62,65:0.51:127
chr5	167645888	rs1363560	T	C	2241.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.713;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=272;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=38;PP=938;ReadPosRankSum=-0.834;SC=TGGGCACCAATGGAGGCCTCA;SOR=0.707;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=181;TCF=84;TCR=97;TR=71;WE=167645896;WS=167645878;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:152,117:0.43:269
chr5	167653364	rs3733985	T	C	1578.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=2.442;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.452;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=37;PP=937;ReadPosRankSum=-0.255;SC=TGGGAGGACTTCCAGAGACCC;SOR=0.856;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=99;TCF=27;TCR=72;TR=49;WE=167653372;WS=167653354;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,68:0.50:135
chr5	167653394	rs3733986	A	G	833.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.906;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.187;HP=5;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=27;PP=585;ReadPosRankSum=0.691;SC=CTAGCTTTCTATTTTATTCAA;SOR=0.527;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=60;TCF=9;TCR=51;TR=32;WE=167653402;WS=167653384;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,36:0.54:67
chr5	167671781	.	C	CT	77.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.017;ClippingRankSum=0.000;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=1.611;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.24;MQRankSum=1.733;QD=2.05;ReadPosRankSum=0.399;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,10:0.26:38
chr5	167674370	rs3733988	C	T	4010.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.724;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=370;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.383;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=63;PP=2146;ReadPosRankSum=-1.638;SC=TCAACCAGATCATCACCACTG;SOR=0.655;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=238;TCF=114;TCR=124;TR=124;WE=167674378;WS=167674360;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:173,184:0.52:357
chr5	167675392	rs12189266	C	T	735.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.758;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.849;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=17;PP=407;ReadPosRankSum=-0.500;SC=GATTCTGCCACCAAAGGTGGG;SOR=0.824;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=54;TCF=19;TCR=35;TR=25;WE=167675400;WS=167675382;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,37:0.44:84
chr5	167689296	rs17632540	C	T	2987.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.343;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=291;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.904;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=52;PP=1421;ReadPosRankSum=-1.345;SC=TGCTGAACAACGCCTACTACC;SOR=0.617;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=178;TCF=79;TCR=99;TR=97;WE=167689304;WS=167689286;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:138,147:0.52:285
chr5	167798585	rs2287703	C	T	1002.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.826;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=19;PP=532;ReadPosRankSum=-0.698;SC=TTCATCCCTCCACCTCCAAGC;SOR=0.476;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=31;TCF=11;TCR=20;TR=30;WE=167798593;WS=167798575;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,39:0.98:40
chr5	167850748	rs12054944	A	G	6268.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-4.347;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=594;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.101;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=111;NR=102;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.648;SC=TCCGGCCCTCAGGCTGCATCA;SOR=0.688;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=423;TCF=212;TCR=211;TR=213;WE=167850756;WS=167850738;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:275,300:0.52:575
chr5	167851168	rs4976606	A	G	1015.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=3.113;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.339;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=29;PP=677;ReadPosRankSum=-0.719;SC=GTCGATATTTACTGACTGCTT;SOR=1.047;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=59;TCF=9;TCR=50;TR=33;WE=167851176;WS=167851158;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,41:0.56:73
chr5	167858462	rs376809293	TCTGGCTGG	T,TCTGG	3522.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.904;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=251;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=3.334;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2,2;NR=63,63;PP=2414,1516;ReadPosRankSum=-0.739;SC=AAGGGCCGTGTCTGGCTGGCT;SOR=2.147;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=112;TCF=5;TCR=107;TR=65,65;WE=167858481;WS=167858452;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.56,0.42:106
chr5	167868930	rs3948557	G	A	436.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.03;BaseQRankSum=-0.246;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=17;PP=338;ReadPosRankSum=1.020;SC=GTGATCAGGCGTCATGAGAGG;SOR=0.593;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=27;TCF=1;TCR=26;TR=18;WE=167868938;WS=167868920;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,18:0.67:27
chr5	167881029	rs111457550	TGGA	T	959.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.865;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=6.748;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.16;MQRankSum=1.202;QD=15.00;ReadPosRankSum=-1.897;SOR=1.227;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,27:0.42:64
chr5	167891668	rs62384143	G	A	2276.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.397;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.191;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=28;PP=1015;ReadPosRankSum=-1.058;SC=AGGGTCAGAGGAAGAGGCTGG;SOR=0.572;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=117;TCF=69;TCR=48;TR=66;WE=167891676;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,107:0.59:180
chr5	167891830	rs3203960	T	C	3376.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.114;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=389;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.164;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=51;PP=1568;ReadPosRankSum=-0.914;SC=GCACAGCCAATTGACCCAGGA;SOR=0.715;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=238;TCF=119;TCR=119;TR=107;WE=167891838;WS=167891820;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:214,170:0.44:384
chr5	167913510	rs244903	G	A	6878.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=262;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=64;NR=72;PP=2675;SC=GAGGATGGACGTACTGGTGTC;SOR=0.764;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=136;TCF=64;TCR=72;TR=136;WE=167913518;WS=167913500;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,261:1.00:261
chr5	167913603	rs193466	C	T	2735.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=33;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=20;NR=51;PP=1507;SC=CAGGCTCTGACTCCTGCCCAA;SOR=1.633;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=74;TCF=20;TCR=54;TR=71;WE=167913611;WS=167913593;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr5	167913661	rs35439881	CAG	C	1832.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=31;PP=1483;SC=CTGGTCCTCTCAGAGTGGAGC;SOR=2.780;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=33;TCF=0;TCR=33;TR=31;WE=167913675;WS=167913651;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr5	167913667	rs115901063	G	A	455.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-0.677;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.236;HP=1;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=14;PP=287;ReadPosRankSum=0.065;SC=CTCTCAGAGTGGAGCGGCACG;SOR=0.122;SbPval=0.21;Source=Platypus;TC=36;TCF=6;TCR=30;TR=19;WE=167913675;WS=167913651;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,21:0.51:41
chr5	167919623	rs184957	T	A	1238.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=39;NR=3;PP=971;SC=TGATGATGGTTTTACGTACAT;SOR=4.174;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=42;TCF=39;TCR=3;TR=42;WE=167919631;WS=167919613;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr5	167921047	rs2432642	C	G	1633.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=29;PP=923;SC=TTGTATTGAACATGAGTCCTT;SOR=1.255;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=43;TCF=14;TCR=29;TR=43;WE=167921055;WS=167921037;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr5	167933673	rs34318878	C	CT	1131.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.059;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.11;MQRankSum=0.000;QD=12.30;ReadPosRankSum=-0.073;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,69:0.75:92
chr5	167937801	rs41283167	A	C	621.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=1.522;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.363;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=19;PP=437;ReadPosRankSum=0.884;SC=CACCTAGGACAAGGCTTATAT;SOR=0.446;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=46;TCF=9;TCR=37;TR=24;WE=167937809;WS=167937791;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,26:0.53:49
chr5	167943827	rs653568	G	A	8708.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=334;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=103;NR=82;PP=2965;SC=CATCCGTTGCGTATGGCTGCA;SOR=0.834;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=185;TCF=103;TCR=82;TR=185;WE=167943835;WS=167943817;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,332:1.00:332
chr5	167956362	rs1870053	C	G	1749.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=39;NR=17;PP=935;SC=CGGTAGAGCCCGTCCTGCCCC;SOR=1.263;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=56;TCF=39;TCR=17;TR=56;WE=167956370;WS=167956352;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr5	168098331	rs148891683	C	T	5944.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.743;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=506;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=97;NR=74;PP=2651;ReadPosRankSum=1.929;SC=CGGTGCAGGACTTGCAGCCTG;SOR=0.686;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=296;TCF=168;TCR=128;TR=171;WE=168098339;WS=168098321;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:210,281:0.57:491
chr5	168098463	rs292486	A	G	4313.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.293;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=391;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.260;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=93;PP=2339;ReadPosRankSum=0.333;SC=GGCGCAAGGCAGAGAGGCCGG;SOR=0.856;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=257;TCF=98;TCR=159;TR=146;WE=168098471;WS=168098453;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:183,205:0.53:388
chr5	168119763	.	GA	G	1622.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.548;ClippingRankSum=0.000;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.777;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=29;PP=1116;ReadPosRankSum=0.664;SC=GCCCTGGCCAGAAGATCAGAG;SOR=0.588;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=65;TCF=5;TCR=60;TR=31;WE=168119771;WS=168119753;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,53:0.51:104
chr5	168175205	rs11748347	C	G	2885.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.265;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=237;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.499;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=20;PP=1435;ReadPosRankSum=-1.618;SC=CTCCCCCCGGCAGTTTCGCCA;SOR=0.757;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=154;TCF=112;TCR=42;TR=79;WE=168175213;WS=168175195;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:109,128:0.54:237
chr5	168175291	rs3822657	A	G	5837.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-0.694;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=514;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.522;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=72;NR=77;PP=2070;ReadPosRankSum=1.202;SC=GCTTGGAGGCAGCTGGGGGTA;SOR=0.749;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=270;TCF=133;TCR=137;TR=149;WE=168175299;WS=168175281;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:222,290:0.57:512
chr5	168176517	rs2304035	A	G	3135.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.176;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=344;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.922;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=41;PP=1309;ReadPosRankSum=0.637;SC=CCTGGATGGGAATCTCCTTGA;SOR=0.549;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=229;TCF=135;TCR=94;TR=95;WE=168176525;WS=168176507;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:181,157:0.46:338
chr5	168179922	rs10039601	T	C	732.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-1.528;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.548;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=7;PP=428;ReadPosRankSum=0.685;SC=CAGAGTGGGATCCCAGAGTCC;SOR=0.265;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=63;TCF=51;TCR=12;TR=28;WE=168179930;WS=168179912;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,34:0.47:73
chr5	168180081	rs10036727	C	T	4055.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-0.321;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=429;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.100;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=56;PP=1507;ReadPosRankSum=1.601;SC=CTCACACAGCCGATCAAGTTA;SOR=0.617;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=216;TCF=102;TCR=114;TR=111;WE=168180089;WS=168180071;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:218,207:0.49:425
chr5	168187760	rs2288797	G	C	306.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-0.937;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.342;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=3;PP=194;ReadPosRankSum=-0.015;SC=CTGGGAGGGAGTGGAGCAGAG;SOR=0.990;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=34;TCF=25;TCR=9;TR=14;WE=168187768;WS=168187750;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,16:0.39:41
chr5	168188048	rs7725649	A	T	680.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=17;PP=457;SC=TCGGTGAAGGACCACAGAGCC;SOR=2.124;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=21;TCF=4;TCR=17;TR=21;WE=168188056;WS=168188038;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr5	168189501	rs2288796	C	T	2886.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.712;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=36;PP=1625;ReadPosRankSum=2.651;SC=GGGTGACTGGCGTGTGGGGAG;SOR=0.665;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=94;TCF=58;TCR=36;TR=93;WE=168189509;WS=168189491;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,116:0.97:119
chr5	168195144	rs374297906	G	A	710.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=1.100;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.725;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=6;PP=504;ReadPosRankSum=-1.216;SC=GCGGTGGCGGGCCATGCTGCA;SOR=1.270;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=54;TCF=38;TCR=16;TR=26;WE=168195152;WS=168195134;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,32:0.43:75
chr5	168195356	rs11134527	G	A	5495.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.696;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.139;NF=61;NR=109;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.823;SC=CCCACTGAGCGTGATTAGTAT;SOR=0.495;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=171;TCF=61;TCR=110;TR=170;WE=168195364;WS=168195346;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,206:1.00:207
chr5	168212951	rs891921	A	G	6899.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.115;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=265;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=100;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.730;SC=CAGTCCCTTGACAATCTCGGT;SOR=0.395;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=161;TCF=61;TCR=100;TR=161;WE=168212959;WS=168212941;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,254:1.00:255
chr5	168233413	rs3797716	G	A	5254.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.976;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=557;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.527;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=103;NR=59;PP=2634;ReadPosRankSum=-0.266;SC=TGAATTCTCCGGCGACAGTTG;SOR=0.773;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=356;TCF=217;TCR=139;TR=162;WE=168233421;WS=168233403;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:286,256:0.47:542
chr5	168671698	rs10063591	A	T	1841.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.735;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.512;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=28;PP=912;ReadPosRankSum=0.966;SC=AGGAGGCTGTACTGTACTTAC;SOR=0.628;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=134;TCF=77;TCR=57;TR=64;WE=168671706;WS=168671688;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:114,93:0.45:207
chr5	168690612	rs62376934	A	G	7107.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=271;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=127;NR=78;PP=2965;SC=ACATTGTTACAGCAGCCCTAG;SOR=1.121;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=206;TCF=127;TCR=79;TR=205;WE=168690620;WS=168690602;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,271:1.00:271
chr5	168690664	rs140379047	C	G	4389.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.093;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=485;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.522;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=77;NR=61;PP=1976;ReadPosRankSum=2.292;SC=CTGGGCGTATCTGTGTGCTAG;SOR=0.640;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=305;TCF=169;TCR=136;TR=138;WE=168690672;WS=168690654;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:265,219:0.45:484
chr5	169021610	rs4493692	C	T	1987.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.543;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.143;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=39;PP=1063;ReadPosRankSum=-1.201;SC=AACGTCAGCTCATCAGTATGA;SOR=0.828;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=126;TCF=55;TCR=71;TR=69;WE=169021618;WS=169021600;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:93,93:0.50:186
chr5	169028481	rs3797713	T	C	6295.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.839;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=557;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=99;NR=89;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.217;SC=AGTTTCTATATACACACCAGT;SOR=0.718;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=358;TCF=188;TCR=170;TR=188;WE=169028489;WS=169028471;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:256,293:0.53:549
chr5	169031150	rs3777084	T	C	889.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.022;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.746;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=17;PP=450;ReadPosRankSum=-0.013;SC=TGTAAGAAATTACACCCTATT;SOR=0.610;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=78;TCF=36;TCR=42;TR=33;WE=169031158;WS=169031140;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,45:0.45:99
chr5	169031218	rs2042248	G	T	612.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.269;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.949;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=11;PP=250;ReadPosRankSum=-0.641;SC=GTAAAGACTTGTCTTTAATAA;SOR=0.906;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=44;TCF=19;TCR=25;TR=18;WE=169031226;WS=169031208;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,31:0.48:65
chr5	169096207	rs139378784	T	TAAAAC	1167.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.850;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.595;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=3;PP=723;ReadPosRankSum=0.214;SC=TTTACTAGTTTAAAACAAAAC;SOR=1.329;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=35;TCF=24;TCR=11;TR=14;WE=169096215;WS=169096197;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,28:0.61:46
chr5	169097474	rs2306564	G	C	2479.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.36;QD=27.55;SOR=2.007;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr5	169097505	rs111473735	T	TTTTTA	2916.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.024;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.019;HP=4;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.895;NF=15;NR=22;PP=1585;ReadPosRankSum=0.649;SC=GTGATATATCTTTTTATTTTA;SOR=0.871;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=72;TCF=33;TCR=39;TR=37;WE=169097513;WS=169097495;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,75:0.46:163
chr5	169097940	rs2306565	G	A	3241.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=70;NR=22;PP=1923;SC=GCATAATGTAGTTGGTGTGGC;SOR=1.891;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=92;TCF=70;TCR=22;TR=92;WE=169097948;WS=169097930;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr5	169098265	rs12656761	C	T	957.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-2.614;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=29;PP=651;ReadPosRankSum=-1.744;SC=TTGAGTCAGGCAGGTGGAGGT;SOR=0.582;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=53;TCF=9;TCR=44;TR=36;WE=169098273;WS=169098255;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,40:0.66:61
chr5	169101599	rs2244445	C	T	4625.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=36;NR=114;PP=2965;SC=GCTTGCGTGCCGTTGTTACCA;SOR=2.191;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=152;TCF=38;TCR=114;TR=150;WE=169101607;WS=169101589;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,166:1.00:166
chr5	169116086	rs72841137	C	G	249.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=3.312;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.172;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=0;PP=172;ReadPosRankSum=0.000;SC=ATGTCTGTCTCCCAACACAAC;SOR=1.659;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=29;TCF=24;TCR=5;TR=9;WE=169116094;WS=169116076;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,11:0.35:31
chr5	169116344	rs72841138	G	A	893.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.756;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.772;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=20;PP=379;ReadPosRankSum=1.176;SC=CACGGTGAGTGTGCACCCTCT;SOR=0.802;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=73;TCF=24;TCR=49;TR=28;WE=169116352;WS=169116334;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,45:0.45:100
chr5	169122803	rs3734099	C	A	4273.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-2.048;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=536;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=54;PP=1499;ReadPosRankSum=1.391;SC=TTCTTTCCCCCCAGGATCTTG;SOR=0.687;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=266;TCF=144;TCR=122;TR=116;WE=169122811;WS=169122793;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:295,232:0.44:527
chr5	169127276	rs264845	A	C	558.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=1.391;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=15;PP=367;ReadPosRankSum=-1.020;SC=TGAAGGTAACAACTAAAAATG;SOR=0.749;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=31;TCF=4;TCR=27;TR=17;WE=169127284;WS=169127266;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,23:0.56:41
chr5	169129422	rs2306559	A	G	2014.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.744;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.549;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=37;PP=993;ReadPosRankSum=-0.926;SC=AGGATGGCAAAACGCTGCCTG;SOR=0.455;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=125;TCF=48;TCR=77;TR=65;WE=169129430;WS=169129412;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,97:0.55:175
chr5	169138909	rs2306558	G	A	481.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-3.067;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.191;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=6;PP=187;ReadPosRankSum=-0.077;SC=TTAACTCATTGTGTTCTGAGC;SOR=0.449;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=36;TCF=25;TCR=11;TR=16;WE=169138917;WS=169138899;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,24:0.51:47
chr5	169267589	rs113470914	C	CGAT	520.80	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-1.152;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=2;PP=294;ReadPosRankSum=0.457;SC=GGAGATATGGCGATGATGATG;SOR=0.693;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=13;TCF=10;TCR=3;TR=7;WE=169267597;WS=169267585;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,14:0.88:16
chr5	169267784	rs261623	G	A	2515.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.231;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=285;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.624;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=38;PP=1185;ReadPosRankSum=-2.024;SC=ACCATATCCAGGAGATCATGG;SOR=0.547;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=187;TCF=109;TCR=78;TR=82;WE=169267792;WS=169267774;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:154,126:0.45:280
chr5	169291605	rs261027	C	T	243.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-1.979;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.199;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=8;PP=175;ReadPosRankSum=0.481;SC=GGCTCTTTGACCTTGGGAAAG;SOR=0.275;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=16;TCF=3;TCR=13;TR=11;WE=169291613;WS=169291595;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,11:0.58:19
chr5	169422920	rs2059110	A	G	658.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=19;NR=4;PP=480;SC=AACAGCCCCGAGTCTAGAGTG;SOR=2.833;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=19;TCR=4;TR=23;WE=169422928;WS=169422910;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr5	169435880	rs10056324	C	T	179.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-1.594;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=5;PP=98;ReadPosRankSum=-1.209;SC=CTGTGTGTACCCCAGTTCCTA;SOR=0.368;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=16;TCF=3;TCR=13;TR=7;WE=169435888;WS=169435870;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,8:0.53:15
chr5	169454831	rs13175232	G	A	6990.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.172;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=344;ExcessHet=3.0103;FS=1.785;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=20.68;ReadPosRankSum=-0.562;SOR=0.795;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:160,178:0.53:338
chr5	169454831	.	GAT	AAC	2944	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MMLQ=23;MQ=60.0;NF=60;NR=38;PP=2944;QD=20;SC=TCAGCCTTCTGATGTTATTGT;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=191;TCF=111;TCR=80;TR=98;WE=169454841;WS=169454821;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:93,98:0.51:191
chr5	169454833	rs13157227	T	C	6990.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.331;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=356;ExcessHet=3.0103;FS=1.267;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=20.03;ReadPosRankSum=-0.257;SOR=0.781;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:165,184:0.53:349
chr5	169454941	rs9791113	C	G	3084.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.457;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=305;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.915;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=55;PP=1550;ReadPosRankSum=1.600;SC=ACATGCAGCTCCTGGAGTCAA;SOR=0.809;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=178;TCF=77;TCR=101;TR=92;WE=169454949;WS=169454931;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:150,148:0.50:298
chr5	169461399	rs3763047	G	A	5490.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=2.707;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=625;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.758;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=110;NR=85;PP=2802;ReadPosRankSum=0.655;SC=GGTCTCTGCCGCAGCCTGATG;SOR=0.866;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=425;TCF=226;TCR=199;TR=195;WE=169461407;WS=169461389;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:342,278:0.45:620
chr5	169461547	rs3763048	C	T	2708.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=2.646;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=256;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.019;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=70;PP=1603;ReadPosRankSum=0.717;SC=TGAGCTGCACCGTGAACCTGC;SOR=0.784;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=182;TCF=55;TCR=127;TR=101;WE=169461555;WS=169461537;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:120,127:0.51:247
chr5	169463347	rs6899021	A	G	977.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=1.838;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.662;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=2;PP=542;ReadPosRankSum=-2.065;SC=GAATCTTCCAATTAGGCTGTT;SOR=0.353;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=77;TCF=70;TCR=7;TR=29;WE=169463355;WS=169463337;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,42:0.44:96
chr5	169463421	rs6899181	C	G	3003.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.278;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=323;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=34;PP=1280;ReadPosRankSum=-0.342;SC=TACCCAGATACTAGACAGCAA;SOR=0.673;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=209;TCF=125;TCR=84;TR=89;WE=169463429;WS=169463411;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:175,148:0.46:323
chr5	169463466	rs6863396	G	T	3882.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.010;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=427;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=50;PP=1554;ReadPosRankSum=1.841;SC=ACCCTTGACCGCTGTGATATT;SOR=0.709;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=262;TCF=141;TCR=121;TR=112;WE=169463474;WS=169463456;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:230,194:0.46:424
chr5	169468243	rs2270895	A	G	675.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=1.239;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.668;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=23;PP=427;ReadPosRankSum=0.752;SC=AAGAAAAAGAATCCAAATATT;SOR=1.230;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=64;TCF=12;TCR=52;TR=26;WE=169468251;WS=169468233;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,33:0.41:81
chr5	169468929	rs2270897	A	G	403.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-4.543;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.047;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=2;PP=285;ReadPosRankSum=0.670;SC=GTGTGTTGGCAGGGTGGTTCC;SOR=0.146;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=35;TCF=33;TCR=2;TR=20;WE=169468937;WS=169468922;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,20:0.57:35
chr5	169496051	rs6868503	T	C	3553.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.674;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=265;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.235;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=84;NR=37;PP=2158;ReadPosRankSum=0.491;SC=CCTTGCCCCTTTCAAATTGAA;SOR=0.852;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=202;TCF=137;TCR=65;TR=121;WE=169496059;WS=169496041;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:102,155:0.60:257
chr5	169504743	rs1045168	T	C	8572.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=2.676;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=809;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=124;NR=116;PP=2962;ReadPosRankSum=2.328;SC=GAGTGGGCCGTCCCAGGTCTA;SOR=0.701;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=482;TCF=248;TCR=234;TR=240;WE=169504751;WS=169504733;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:391,415:0.51:806
chr5	169507067	rs9885452	A	G	2258.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.163;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=252;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=25;PP=1127;ReadPosRankSum=-0.682;SC=CATAGAAACCATGCCACGCCC;SOR=0.692;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=193;TCF=129;TCR=64;TR=79;WE=169507075;WS=169507057;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:133,117:0.47:250
chr5	169509929	rs55803405	G	A	1191.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-1.454;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.052;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=35;PP=730;ReadPosRankSum=0.556;SC=AAAGCCATGCGTGGAACATCG;SOR=0.421;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=85;TCF=18;TCR=67;TR=47;WE=169509937;WS=169509919;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,54:0.53:101
chr5	169535522	rs10063424	T	C	18059.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=696;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=208;NR=215;PP=2965;SC=TGCTCAGCTATGGAGGATCTG;SOR=0.708;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=423;TCF=208;TCR=215;TR=423;WE=169535530;WS=169535512;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,689:1.00:689
chr5	169675693	rs80044664	AT	A	10017.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=279;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=66;NR=79;PP=2974;SC=TTGCTCGGCTATAACTTGCTA;SOR=1.174;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=148;TCF=68;TCR=80;TR=145;WE=169675701;WS=169675683;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,275:1.00:275
chr5	169678531	.	A	C	638.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-2.377;ClippingRankSum=0.000;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=4;PP=521;ReadPosRankSum=1.657;SC=TCTAATATTAAAATAGAATTA;SOR=0.954;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=50;TCF=42;TCR=8;TR=29;WE=169678539;WS=169678521;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,27:0.55:49
chr5	169679354	rs1546451	C	T	4638.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=66;NR=37;PP=2107;SC=AATTCCTAGCCTGTAATTGGT;SOR=1.139;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=104;TCF=66;TCR=38;TR=103;WE=169679362;WS=169679344;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,170:1.00:170
chr5	169679947	rs6880961	C	T	1109.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=34;NR=3;PP=919;SC=TCTGAAAGAACGCCAAGGGAA;SOR=4.351;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=37;TCF=34;TCR=3;TR=37;WE=169679955;WS=169679937;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr5	169689604	rs395407	G	C	807.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=22;NR=1;PP=606;SC=GCCGGCCACTGTGAGTGACAA;SOR=4.255;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=23;TCF=22;TCR=1;TR=23;WE=169689612;WS=169689594;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr5	169695446	rs2292254	C	T	738.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.160;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.74;ReadPosRankSum=-1.904;SOR=0.602;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,33:0.57:58
chr5	169695611	rs366122	C	A	534.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=0.411;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=16;PP=362;ReadPosRankSum=0.449;SC=CCCACATGAGCCCCAGCCACG;SOR=0.826;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=39;TCF=14;TCR=25;TR=24;WE=169695619;WS=169695601;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,25:0.58:43
chr5	169697707	rs315745	G	A	623.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=3.815;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=3;PP=518;ReadPosRankSum=0.026;SC=CAGAAAATCCGGAAACGGGCC;SOR=0.968;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=44;TCF=38;TCR=6;TR=25;WE=169697715;WS=169697697;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,25:0.56:45
chr5	169698028	rs315744	A	G	724.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=3.631;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.754;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=24;PP=526;ReadPosRankSum=-0.187;SC=ATAACCCGGGACCAGGCAGCC;SOR=1.497;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=65;TCF=13;TCR=52;TR=27;WE=169698036;WS=169698018;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,31:0.44:70
chr5	169702390	rs2271146	C	A	1094.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-1.391;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=21;PP=427;ReadPosRankSum=0.630;SC=TAATGGTCTTCTCGATTTAAG;SOR=0.766;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=63;TCF=23;TCR=40;TR=33;WE=169702398;WS=169702380;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,56:0.50:112
chr5	169805629	rs2656841	TG	GT	724.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=2.184;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.725;HP=2;HapScore=3;JOINED;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=3;PP=572;ReadPosRankSum=0.919;SC=GAAGGCATTGTGCTGCAAGTG;SOR=0.385;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=26;TCF=21;TCR=5;TR=14;WE=169805638;WS=169805619;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,19:0.56:34
chr5	169806001	rs314157	T	C	2018.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-1.512;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=46;PP=872;ReadPosRankSum=1.931;SC=CAAGAGCAGCTGTGGGCTTGG;SOR=0.712;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=120;TCF=41;TCR=79;TR=72;WE=169806009;WS=169805991;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,101:0.55:183
chr5	169810796	rs11739136	C	T	3170.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.202;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=323;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.853;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=58;PP=1528;ReadPosRankSum=-0.892;SC=CCCTTCAGCTCCTCCTGGTCC;SOR=0.807;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=189;TCF=78;TCR=111;TR=96;WE=169810804;WS=169810786;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:166,153:0.48:319
chr5	169810966	rs703507	A	C	1526.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.920;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=35;PP=1004;ReadPosRankSum=0.926;SC=CAGGACTGGGATCCTCATCTT;SOR=0.598;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=54;TCF=18;TCR=36;TR=53;WE=169810974;WS=169810956;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,57:0.98:58
chr5	169812303	rs2071156	G	A	1405.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-1.982;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.574;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=11;PP=620;ReadPosRankSum=-0.770;SC=TGGGCAGGCCGGGAGAGCTCA;SOR=0.311;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=79;TCF=61;TCR=18;TR=42;WE=169812311;WS=169812293;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,67:0.60:112
chr5	169910084	rs4867968	G	T	681.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.181;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FS=0.610;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.36;ReadPosRankSum=-1.279;SOR=0.608;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:155,48:0.24:203
chr5	170139862	.	C	T	3440.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-2.620;ClippingRankSum=0.000;DP=546;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=56;PP=1239;ReadPosRankSum=-1.449;SC=TCCTAGACATCGCCTGGTGGT;SOR=0.694;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=335;TCF=172;TCR=163;TR=117;WE=170139870;WS=170139852;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:339,199:0.37:538
chr5	170145584	rs6555913	G	A	730.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=2.745;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=4;PP=533;ReadPosRankSum=-0.977;SC=GGTGTTTGACGCAGAGGCTGA;SOR=0.807;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=41;TCF=36;TCR=5;TR=28;WE=170145592;WS=170145578;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,29:0.66:44
chr5	170145720	rs116648788	T	G	1607.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.325;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=387;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.376;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=28;PP=784;ReadPosRankSum=-0.220;SC=CAAGAATGACTCCCAAGCTCA;SOR=0.611;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=232;TCF=143;TCR=89;TR=67;WE=170145728;WS=170145710;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:275,104:0.27:379
chr5	170149573	rs2277952	C	T	1812.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=1.649;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.105;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=5;PP=1248;ReadPosRankSum=-0.084;SC=GAGCTCTTCACAGAGCATAGC;SOR=1.653;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=87;TCF=77;TCR=10;TR=61;WE=170149581;WS=170149564;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,69:0.72:96
chr5	170159801	rs62392784	C	T	2574.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.345;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.868;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=36;PP=1203;ReadPosRankSum=0.757;SC=GTCCCTGCTCCAGGAGATGAT;SOR=0.549;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=124;TCF=71;TCR=53;TR=82;WE=170159809;WS=170159791;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,120:0.63:189
chr5	170160749	rs4868018	G	A	3522.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.307;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=259;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=38;PP=1548;ReadPosRankSum=0.574;SC=GCTCCAGCTCGTTACTCTGAG;SOR=0.722;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=158;TCF=95;TCR=63;TR=99;WE=170160757;WS=170160739;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:95,163:0.63:258
chr5	170162666	rs1363712	T	C	4551.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.895;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=277;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.386;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=92;NR=34;PP=2327;ReadPosRankSum=0.241;SC=GTTTTCTCCATATAGGAAACC;SOR=0.536;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=189;TCF=139;TCR=50;TR=126;WE=170162674;WS=170162656;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,193:0.70:276
chr5	170215490	rs4868028	T	C	1384.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=3.741;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=13;PP=963;ReadPosRankSum=1.589;SC=GAAAATGCTGTACCGACCACC;SOR=0.692;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=160;TCF=123;TCR=37;TR=57;WE=170215513;WS=170215480;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:119,66:0.36:185
chr5	170235849	rs72837689	G	C	741.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-1.391;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.442;NF=6;NR=24;PP=427;ReadPosRankSum=1.173;SC=TATTCCTAAGGCAGTTCCAAG;SOR=0.648;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=100;TCF=22;TCR=78;TR=30;WE=170235857;WS=170235839;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,38:0.33:115
chr5	170288922	rs11749349	A	G	145.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.902;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=5;PP=103;ReadPosRankSum=-1.641;SC=GCTGCGAAGGACGAGCGGCGC;SOR=0.823;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=29;TCF=18;TCR=11;TR=10;WE=170288930;WS=170288912;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,10:0.30:33
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chr5	170341326	rs34458065	TTA	T	341.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=0.403;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=9;PP=337;ReadPosRankSum=-0.049;SC=AAAATTCTGTTTATATATTCA;SOR=0.793;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=23;TCF=0;TCR=23;TR=9;WE=170341335;WS=170341316;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,11:0.41:27
chr5	170343353	.	G	A	40	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MMLQ=24;MQ=58.74;NF=4;NR=1;PP=40;QD=14.9542425094;SC=ATTATAATGCGTTATATTCTA;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=13;TCF=11;TCR=2;TR=5;WE=170343361;WS=170343343;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:8,5:0.38:13
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chr5	170395512	rs2879366	A	T	487.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.588;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.034;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=9;ReadPosRankSum=1.224;SC=TGAATTGGTGATGAAGTGCAA;SOR=0.536;Source=Platypus;TC=45;TR=19;WE=170395520;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,22:0.40:55
chr5	170395820	rs11134672	G	A	402.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-2.038;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=10;PP=147;ReadPosRankSum=0.951;SC=TGTGTCCTTAGGAGACTGCAT;SOR=0.600;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=52;TCF=18;TCR=34;TR=16;WE=170395828;WS=170395810;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,24:0.35:69
chr5	170395885	rs2446049	T	C	813.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=15;PP=452;SC=TTAGCATCAGTAAGTTAAGAT;SOR=1.863;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=4;TCR=15;TR=19;WE=170395893;WS=170395875;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr5	170610273	rs6555936	G	A	1911.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.407;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=422;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=27;PP=1026;ReadPosRankSum=1.891;SC=AACATTTTACGAATAGTTGAG;SOR=0.738;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=288;TCF=195;TCR=93;TR=84;WE=170610281;WS=170610263;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:294,117:0.28:411
chr5	170640827	rs4867648	C	A	4662.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=28;NR=101;PP=2917;SC=TGGTTTGTGTCTTTCCAAGGT;SOR=2.017;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=129;TCF=28;TCR=101;TR=129;WE=170640835;WS=170640817;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,165:1.00:165
chr5	170692954	rs957778	T	C	582.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.071;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.00;ReadPosRankSum=-1.958;SOR=0.616;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,27:0.51:53
chr5	170720755	rs2914330	T	A	667.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=3;PP=416;SC=CAGAGTCTAGTCCGTTTGTCC;SOR=2.400;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=14;TCR=3;TR=17;WE=170720763;WS=170720745;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr5	170813951	rs28411383	C	CT	710.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=17;PP=803;SC=GCTGGGGTGCCTCGGAGTTTG;SOR=3.716;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=18;TCF=1;TCR=17;TR=18;WE=170813959;WS=170813941;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr5	170815125	rs2071276	G	T	936.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQ=59.74;NF=11;NR=14;PP=378;SC=CCAGACCGACGGGAGGCCTGA;SOR=0.859;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=11;TCR=14;TR=25;WE=170815133;WS=170815115;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr5	170818897	rs3830032	A	G	1609.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.36;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr5	170818906	rs3830033	T	A	1585.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.31;SOR=1.002;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr5	170818964	rs138910433	G	GGT	728.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=3;MGOF=41;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=2;NR=10;PP=378;SC=TTTGGGGCGGGGGGGAGAGGA;SOR=2.049;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=15;TCF=3;TCR=12;TR=12;WE=170818977;WS=170818954;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr5	170818969	rs3830034	A	G	737.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.40;SOR=1.739;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr5	170819887	rs3830035	G	A	7019.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=271;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=56;NR=93;PP=2865;SC=AACAGCTCTTGTTCATGAGTA;SOR=1.011;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=149;TCF=56;TCR=93;TR=149;WE=170819895;WS=170819877;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,265:1.00:265
chr5	170827115	rs6555952	C	A	11515.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=269;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.79;SOR=0.763;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,263:1.00:263
chr5	170827118	rs6555953	A	G	11461.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=263;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.60;SOR=0.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,257:1.00:257
chr5	170832573	rs376545246	C	T	993.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=2.276;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=30;PP=623;ReadPosRankSum=1.313;SC=CATTTATAATCGTGTCTGTGG;SOR=0.650;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=79;TCF=21;TCR=58;TR=40;WE=170832581;WS=170832563;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,46:0.51:90
chr5	170847555	rs6555955	T	C	1973.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=59;PP=1403;SC=TCCTGGGCGCTGAGCCCAGTG;SOR=4.863;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=66;TCF=7;TCR=59;TR=66;WE=170847563;WS=170847545;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr5	171200659	rs27947	T	G	977.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=1.826;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.892;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=7;PP=527;ReadPosRankSum=-0.710;SC=TCAAGCCAGATGCCCTCAAGA;SOR=0.495;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=86;TCF=71;TCR=15;TR=33;WE=171200667;WS=171200649;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,45:0.42:108
chr5	171200997	rs26400	C	A	456.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-0.418;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.160;HP=5;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=11;PP=172;ReadPosRankSum=1.373;SC=TTGTGCATTTCTTGTGTGTGC;SOR=1.022;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=42;TCF=13;TCR=29;TR=14;WE=171201005;WS=171200987;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,25:0.37:68
chr5	171201013	rs113923411	G	A	389.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=1.404;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.165;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=10;PP=159;ReadPosRankSum=1.360;SC=TGTGCACTTCGCAGGAGGCAG;SOR=1.315;SbPval=0.96;Source=Platypus;TC=36;TCF=10;TCR=26;TR=11;WE=171201021;WS=171201003;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,20:0.38:52
chr5	171217371	rs11950253	G	A	2909.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.855;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=536;ExcessHet=3.0103;FS=0.559;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.49;ReadPosRankSum=0.722;SOR=0.621;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:363,167:0.32:530
chr5	171472417	rs4867662	A	G	2229.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=58;NR=12;PP=1538;SC=TTTTTTTTTCAAAATACACAT;SOR=2.720;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=71;TCF=59;TCR=12;TR=70;WE=171472425;WS=171472396;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr5	171472469	.	C	T	2944.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.054;ClippingRankSum=0.000;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.641;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=69;NR=27;PP=1732;ReadPosRankSum=-0.621;SC=ACTTGGGCGACGGTGCGAGAC;SOR=0.779;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=136;TCF=97;TCR=39;TR=96;WE=171472477;WS=171472459;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,127:0.71:179
chr5	171472575	rs4868136	G	A	12230.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=470;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=127;NR=153;PP=2965;SC=GTGGGACCAAGGCCTTCTGTA;SOR=0.802;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=282;TCF=129;TCR=153;TR=280;WE=171472583;WS=171472565;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,464:1.00:464
chr5	171480055	rs4569891	G	A	3454.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.713;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=262;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.463;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=49;PP=1500;ReadPosRankSum=-1.411;SC=TTCTGGAACAGATTCCAGGCA;SOR=0.633;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=158;TCF=73;TCR=85;TR=92;WE=171480063;WS=171480045;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:101,160:0.61:261
chr5	171481606	rs10155597	A	G	3400.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=0.800;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=261;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.253;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=29;PP=1241;ReadPosRankSum=0.710;SC=TGTTGCTCTCACACTGCGCCA;SOR=0.855;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=132;TCF=81;TCR=51;TR=81;WE=171481614;WS=171481596;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,161:0.65:249
chr5	171484604	rs17074262	T	C	590.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.760;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.030;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=20;PP=389;ReadPosRankSum=0.803;SC=GCTCAGGAATTGCCACATGTT;SOR=1.732;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=43;TCF=13;TCR=30;TR=26;WE=171484612;WS=171484594;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,29:0.53:55
chr5	171491650	rs3812022	C	G	1848.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.425;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=10;PP=1374;ReadPosRankSum=0.413;SC=TGGGCAAAGGCAGAGAGGGGG;SOR=0.711;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=90;TCF=76;TCR=14;TR=64;WE=171491658;WS=171491640;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,69:0.71:97
chr5	171491682	rs3812021	C	T	2865.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-1.631;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.630;HP=1;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=74;NR=21;PP=1750;ReadPosRankSum=-0.168;SC=TTCCAGGTCTCGCACCAGCCC;SOR=0.425;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=138;TCF=108;TCR=30;TR=95;WE=171491690;WS=171491672;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,114:0.71:161
chr5	171491697	rs3812020	G	A	3356.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=3.366;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.201;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=87;NR=35;PP=2168;ReadPosRankSum=2.205;SC=CAGCCCCTGCGCTCCCCAGCT;SOR=0.803;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=179;TCF=126;TCR=53;TR=122;WE=171491705;WS=171491687;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,142:0.67:213
chr5	171491935	rs58074697	C	T	5796.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.038;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=423;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.165;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=105;PP=2628;ReadPosRankSum=-0.125;SC=AGCTTTGCAGCGGCCAGCACC;SOR=0.805;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=256;TCF=94;TCR=162;TR=159;WE=171491943;WS=171491925;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:148,263:0.64:411
chr5	171509644	rs11741056	T	C	638.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-1.456;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.770;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=25;PP=473;ReadPosRankSum=-1.291;SC=ACCCCGTTGCTGTGTGACCTG;SOR=2.584;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=38;TCF=3;TCR=35;TR=26;WE=171509652;WS=171509634;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,29:0.59:49
chr5	171510180	rs10516093	T	C	1261.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.176;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.337;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=30;PP=473;ReadPosRankSum=0.137;SC=GGTTGGATCATGGAGCAAAAT;SOR=0.819;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=97;TCF=33;TCR=64;TR=44;WE=171510188;WS=171510170;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,67:0.47:144
chr5	171520394	rs113291460	G	A	1298.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.470;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.686;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=17;PP=692;ReadPosRankSum=1.304;SC=CTGCAAGCCCGTGGTGGCAGA;SOR=0.591;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=100;TCF=68;TCR=32;TR=52;WE=171520402;WS=171520384;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,64:0.50:127
chr5	171532755	rs34162749	C	A	4048.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.406;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=467;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=70;PP=1940;ReadPosRankSum=-1.055;SC=GGAGGACAGGCGTCAGAGGTA;SOR=0.717;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=286;TCF=138;TCR=148;TR=133;WE=171532763;WS=171532745;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:260,206:0.44:466
chr5	171533629	rs2306963	A	G	1856.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=39;NR=11;PP=1213;SC=CTCACCACTTAGAGGGCGTGA;SOR=2.056;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=50;TCF=39;TCR=11;TR=50;WE=171533637;WS=171533619;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr5	171533656	rs2306962	C	T	3038.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=53;NR=19;PP=1544;SC=TGGGAGGGTCCGACTTGGCGA;SOR=1.524;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=72;TCF=53;TCR=19;TR=72;WE=171533664;WS=171533646;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr5	171554473	rs2279514	G	A	6556.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=252;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=52;NR=119;PP=2965;SC=CTGCCCAGCCGTCGAGACGGG;SOR=1.441;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=172;TCF=53;TCR=119;TR=171;WE=171554481;WS=171554463;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,244:1.00:244
chr5	171621408	rs35441810	A	AT	201.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.679;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FS=4.159;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.65;ReadPosRankSum=-0.985;SOR=0.290;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:55,21:0.28:76
chr5	171621430	rs6862632	A	G	870.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.914;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=4.599;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.51;ReadPosRankSum=0.555;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,28:0.47:60
chr5	171621440	rs6862640	A	G	750.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.194;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=1.606;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.88;ReadPosRankSum=0.364;SOR=0.380;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,20:0.48:42
chr5	171627701	rs17074425	G	A	2421.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=2.612;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=247;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.480;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=52;PP=1495;ReadPosRankSum=2.267;SC=TTCAAAAACAGGAACTCAAAG;SOR=0.730;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=170;TCF=61;TCR=109;TR=81;WE=171627709;WS=171627691;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:130,110:0.46:240
chr5	171627773	rs2306959	G	C	820.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=4.733;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=14.981;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=30;PP=713;ReadPosRankSum=0.401;SC=AATGTGGCATGTGTGTGGCAG;SOR=2.542;SbPval=0.92;Source=Platypus;TC=66;TCF=14;TCR=52;TR=34;WE=171627781;WS=171627763;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,34:0.44:77
chr5	171630194	rs76175819	C	CTTT	814.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.571;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.36;ReadPosRankSum=0.283;SOR=0.734;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,23:0.38:61
chr5	171630202	rs199722799	CCCA	C	851.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.090;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=0.941;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.71;ReadPosRankSum=0.390;SOR=0.834;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:42,25:0.37:67
chr5	171760544	rs35951290	TA	T	645.14	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-1.170;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.90;ReadPosRankSum=0.430;SOR=1.255;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:8,42:0.84:50
chr5	171760546	rs3204110	A	T	654.18	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=2.185;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.83;ReadPosRankSum=-0.135;SOR=1.044;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:8,43:0.84:51
chr5	171760569	rs12033	A	G	3346.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=66;NR=18;PP=1605;SC=GAAAGAAGTCAAATGGTAAAG;SOR=2.670;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=87;TCF=68;TCR=19;TR=84;WE=171760577;WS=171760559;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr5	171785892	rs2569232	A	G	2033.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.093;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.510;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=37;PP=991;ReadPosRankSum=0.447;SC=CTGGGGAAGCAAGAGTGCAGA;SOR=0.759;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=130;TCF=60;TCR=70;TR=67;WE=171785900;WS=171785882;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:106,101:0.49:207
chr5	171881092	rs145231158	G	T	249.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-3.930;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=0;PP=190;ReadPosRankSum=0.000;SC=CGAGGCAAAAGCGGGGAGGGG;SOR=1.127;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=31;TCF=27;TCR=4;TR=11;WE=171881100;WS=171881082;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,12:0.40:30
chr5	171881423	rs139600850	G	A	1581.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.464;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=38;PP=891;ReadPosRankSum=-0.282;SC=GGAGCGCTGGGGGCGCGCCGC;SOR=0.630;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=97;TCF=26;TCR=71;TR=50;WE=171881431;WS=171881413;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,71:0.55:130
chr5	172196711	rs2431663	G	T	8730.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=330;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=96;NR=122;PP=2965;SC=TCAAGGCAGTGATGCCCAAGG;SOR=0.887;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=218;TCF=96;TCR=122;TR=218;WE=172196719;WS=172196701;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,325:1.00:325
chr5	172261583	.	G	GC	355.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.409;ClippingRankSum=0.000;DP=79;ExcessHet=3.0103;FS=3.812;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.47;ReadPosRankSum=0.438;SOR=1.743;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,24:0.37:65
chr5	172261592	rs3059296	CT	C	630.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-3.285;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=4;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=48;PP=572;ReadPosRankSum=-0.071;SC=AGCCCCCCCCCTGCCGCACAC;SOR=0.629;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=56;TCF=1;TCR=55;TR=48;WE=172261601;WS=172261573;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,32:0.48:66
chr5	172261593	rs63376061	T	C	981.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-1.374;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.88;ReadPosRankSum=0.013;SOR=0.762;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,34:0.52:66
chr5	172294194	rs793027	G	T	10647.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=406;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=117;NR=117;PP=2965;SC=GACCTTTATCGTGCTACCTGG;SOR=0.703;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=236;TCF=117;TCR=119;TR=234;WE=172294202;WS=172294184;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,406:1.00:406
chr5	172336616	rs2302957	C	T	10035.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.766;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=390;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=141;NR=105;PP=2965;ReadPosRankSum=1.707;SC=TCCCCCGCAGCTGAGATCTTT;SOR=0.925;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=246;TCF=141;TCR=105;TR=246;WE=172336624;WS=172336606;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,380:0.99:382
chr5	172347440	rs13187960	G	A	7492.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.833;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=674;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.104;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=103;NR=130;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.688;SC=GAGACCCCACGGTGACCTCGT;SOR=0.771;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=408;TCF=180;TCR=228;TR=233;WE=172347448;WS=172347430;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:295,361:0.55:656
chr5	172385267	rs34217217	C	CA	334.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.299;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.36;MQRankSum=1.549;QD=4.46;ReadPosRankSum=2.089;SOR=0.839;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:43,32:0.43:75
chr5	172395664	rs11749686	T	C	2617.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.939;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=250;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.556;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=52;PP=1355;ReadPosRankSum=-1.812;SC=TTCAAAGTTATTGGTGTTTTG;SOR=0.915;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=176;TCF=72;TCR=104;TR=82;WE=172395672;WS=172395654;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:120,125:0.51:245
chr5	172396394	rs505788	C	T	9906.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=380;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=117;NR=118;PP=2965;SC=GAAATAAAGACCTGTTTTCTC;SOR=0.698;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=236;TCF=117;TCR=119;TR=235;WE=172396402;WS=172396384;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,377:1.00:377
chr5	172421760	rs11296906	AT	A	317.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.938;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=3.012;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.48;ReadPosRankSum=0.546;SOR=0.779;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,30:0.61:49
chr5	172447762	rs17075508	G	A	1198.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.384;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.759;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=14;PP=564;ReadPosRankSum=-0.747;SC=GGACAGAACCGTTCCTGTGAT;SOR=0.380;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=81;TCF=54;TCR=27;TR=38;WE=172447770;WS=172447752;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,57:0.51:112
chr5	172461243	rs4868237	C	T	1149.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=1.485;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.957;HP=4;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=7;PP=793;ReadPosRankSum=-0.129;SC=CCCTGCAAAACCTGGCCAAAC;SOR=0.995;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=90;TCF=71;TCR=19;TR=42;WE=172461251;WS=172461233;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,49:0.49:100
chr5	172550204	rs1129146	C	T	2559.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.057;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=295;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.227;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=42;PP=912;ReadPosRankSum=1.343;SC=AAGATACTCTCGGTAAGAAGA;SOR=0.529;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=189;TCF=73;TCR=116;TR=73;WE=172550212;WS=172550194;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:159,132:0.45:291
chr5	172573767	rs29798	T	C	1066.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.548;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=14;PP=518;ReadPosRankSum=1.732;SC=ATAGTTAGTATGTTAATATTA;SOR=0.638;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=80;TCF=55;TCR=25;TR=41;WE=172573775;WS=172573757;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,51:0.50:101
chr5	172578549	.	A	AT	88.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.079;ClippingRankSum=0.000;DP=118;ExcessHet=3.0103;FS=10.875;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.81;ReadPosRankSum=-0.533;SOR=0.169;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:86,23:0.21:109
chr5	172659511	rs703752	C	A	3179.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=58;NR=24;PP=1588;SC=CCTTCTCCCCCCGAGAGTCAG;SOR=1.550;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=82;TCF=58;TCR=24;TR=82;WE=172659519;WS=172659501;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr5	172660522	rs371347562	AT	A	1308.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.793;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=35.37;ReadPosRankSum=-1.512;SOR=1.675;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,35:0.95:37
chr5	172660526	.	AT	A	30.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.991;ClippingRankSum=0.000;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.10;ReadPosRankSum=-1.355;SOR=0.770;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,9:0.32:28
chr5	172745269	rs67125584	A	AAGAG	651.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.417;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.10;MQRankSum=1.164;QD=12.53;ReadPosRankSum=2.880;SOR=0.548;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,20:0.38:52
chr5	172750436	rs2277950	G	A	2217.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.949;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=50;PP=1142;ReadPosRankSum=2.212;SC=GACTTGCCCTGAGAACACACA;SOR=0.719;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=156;TCF=46;TCR=110;TR=69;WE=172750444;WS=172750426;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:119,107:0.47:226
chr5	173316729	rs359467	G	A	5728.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.733;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=78;NR=53;PP=2700;ReadPosRankSum=-1.018;SC=TGCTCCTAAAGATAATAAATG;SOR=0.916;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=131;TCF=78;TCR=53;TR=131;WE=173316737;WS=173316719;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,216:0.99:218
chr5	173380346	rs969518	C	T	177.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=2.929;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.510;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=9;PP=116;ReadPosRankSum=-0.542;SC=AATATTAGAACGGGAGCATTT;SOR=1.195;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=40;TCF=8;TCR=32;TR=10;WE=173380354;WS=173380336;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,12:0.24:51
chr5	173382777	rs62378660	A	G	586.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-4.565;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.095;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=2;PP=381;ReadPosRankSum=1.528;SC=TCCATATTTCAGTAAATGAAT;SOR=0.277;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=48;TCF=44;TCR=4;TR=26;WE=173382785;WS=173382767;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,28:0.55:51
chr5	173416191	rs72814721	C	T	875.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.263;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.679;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=11;PP=537;ReadPosRankSum=1.084;SC=CCGCATCCCTCGCCTGCACAG;SOR=1.050;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=43;TCF=26;TCR=17;TR=30;WE=173416199;WS=173416181;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,37:0.71:52
chr5	173416365	rs61730190	C	A	2535.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.316;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=239;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.478;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=25;PP=905;ReadPosRankSum=-0.299;SC=TGCAACTGGGCGGCCGTGGAG;SOR=0.743;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=147;TCF=83;TCR=64;TR=60;WE=173416373;WS=173416355;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:111,123:0.53:234
chr5	173632336	rs7731312	A	G	1272.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.315;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.782;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=24;PP=596;ReadPosRankSum=-0.111;SC=TAATCTACCTAATCCTAGCCT;SOR=0.546;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=70;TCF=24;TCR=46;TR=38;WE=173632344;WS=173632326;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,60:0.60:100
chr5	174152100	rs2048152	G	A	1741.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-2.002;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=33;PP=712;ReadPosRankSum=0.692;SC=GGAGCGGGGGGCGGGTGTTCC;SOR=0.693;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=113;TCF=46;TCR=67;TR=55;WE=174152108;WS=174152090;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,85:0.50:170
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chr5	174178535	rs1108172	T	C	613.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.735;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=3.596;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.16;ReadPosRankSum=0.280;SOR=0.357;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,30:0.45:67
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chr5	174178774	rs7709117	G	A	1869.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.345;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=244;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.487;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=42;PP=1016;ReadPosRankSum=-0.827;SC=GCTCTTGGGCGGCCGCGTTTC;SOR=0.749;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=161;TCF=62;TCR=99;TR=66;WE=174178782;WS=174178764;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:146,95:0.39:241
chr5	174178896	rs11749398	T	C	727.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.448;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.969;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=21;PP=345;ReadPosRankSum=-1.510;SC=TGCTCCCCTCTGTTCGGCAGG;SOR=0.962;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=55;TCF=15;TCR=40;TR=27;WE=174178904;WS=174178886;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,37:0.52:71
chr5	174868700	rs686	G	A	1453.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.381;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=9;PP=685;ReadPosRankSum=-0.223;SC=TTAATAGCAAGCCCCAGAGCA;SOR=0.761;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=72;TCF=53;TCR=19;TR=40;WE=174868708;WS=174868690;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,62:0.65:95
chr5	174868840	rs155417	T	C	7832.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=293;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=104;NR=81;PP=2965;SC=CCAATATGACTGATAGGGCTG;SOR=0.888;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=186;TCF=105;TCR=81;TR=185;WE=174868848;WS=174868830;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,290:1.00:290
chr5	174870150	rs4532	C	T	2209.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.312;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.730;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=61;PP=1353;ReadPosRankSum=1.000;SC=CTCAAGTTCCCAAGCAGGGAA;SOR=0.916;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=135;TCF=34;TCR=101;TR=82;WE=174870158;WS=174870140;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,100:0.53:187
chr5	174943551	rs3215174	GA	G	632.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-2.784;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.795;HP=9;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=11;PP=238;ReadPosRankSum=-0.752;SC=TCAAATGGTTGAAAAAAAAAG;SOR=0.169;SbPval=0.25;Source=Platypus;TC=37;TCF=19;TCR=18;TR=18;WE=174943559;WS=174943541;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,38:0.60:63
chr5	175307293	rs150763264	A	AG	3152.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.703;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=255;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.666;HP=6;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.563;NF=2;NR=56;PP=1596;ReadPosRankSum=0.525;SC=AGCAGGGGTCAGGGGGGCCCC;SOR=0.576;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=123;TCF=7;TCR=116;TR=58;WE=175307301;WS=175307283;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:101,126:0.56:227
chr5	175353627	rs2161153	A	G	221.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.68;BaseQRankSum=3.194;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.884;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-8.249;NF=21;NR=9;PP=381;ReadPosRankSum=-2.214;SC=TTACAGGTACACAAAGCTGAT;SOR=0.897;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=90;TCF=56;TCR=34;TR=30;WE=175353635;WS=175353617;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:99,23:0.19:122
chr5	175387139	.	C	T	430	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.6;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MMLQ=28;MQ=41.94;NF=1;NR=23;PP=430;QD=19.3654671895;SC=TTGTCCCCTACAGAAAACAAT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=69;TCF=20;TCR=49;TR=24;WE=175387147;WS=175387129;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:45,24:0.35:69
chr5	175511992	rs62389230	C	T	9937.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.789;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=660;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.570;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.087;NF=183;NR=126;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.355;SC=GTTGTTGCCTCGAAGGTATGT;SOR=0.777;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=457;TCF=265;TCR=192;TR=309;WE=175512000;WS=175511982;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:206,452:0.69:658
chr5	175528527	rs116633144	A	T	472.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.68;BaseQRankSum=5.238;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=22.470;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-8.933;NF=37;NR=18;PP=1106;ReadPosRankSum=-1.631;SC=CCTGGTCTGAACCTCATAGTG;SOR=2.109;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=118;TCF=74;TCR=44;TR=55;WE=175528535;WS=175528517;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:102,28:0.22:130
chr5	175530166	rs146119027	G	C	226.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.491;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=340;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.02;MQRankSum=-4.857;QD=0.71;ReadPosRankSum=1.247;SOR=0.705;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:278,42:0.13:320
chr5	175665427	rs70991519	G	GC	651.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=45.41;QD=29.62;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr5	175792605	rs2303667	G	C	3607.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-4.176;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=261;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.667;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=42;PP=1351;ReadPosRankSum=0.053;SC=TGCTGGCGCTGGGCGGCGCCG;SOR=0.466;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=172;TCF=109;TCR=63;TR=108;WE=175792613;WS=175792595;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,168:0.66:253
chr5	175793717	rs3815898	C	T	3752.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=3.289;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.669;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=107;PP=2572;ReadPosRankSum=-0.205;SC=CACCGCTCTCCGGGGCACAGG;SOR=0.833;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=186;TCF=44;TCR=142;TR=139;WE=175793725;WS=175793707;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,152:0.74:206
chr5	175798945	rs10214381	A	C	11349.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=2.983;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=793;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.169;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=138;NR=218;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.607;SC=CCATAGTTGTACTGCTGCTGC;SOR=0.817;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=555;TCF=222;TCR=333;TR=356;WE=175798953;WS=175798935;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:280,507:0.64:787
chr5	175811094	rs56989856	C	CGT	30343.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=867;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=92;NR=246;PP=2974;SC=GGAGTGTGCACGTGTGTGTAA;SOR=0.728;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=391;TCF=105;TCR=286;TR=338;WE=175811102;WS=175811084;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,761:1.00:761
chr5	175813564	rs17078187	A	T	277.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.983;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=2;PP=192;ReadPosRankSum=-0.516;SC=TACCCATGCCAGAGATTTACT;SOR=0.345;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=43;TCF=38;TCR=5;TR=14;WE=175813572;WS=175813554;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,14:0.33:43
chr5	175843135	rs111288271	G	A	954.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-3.817;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.084;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=15;PP=461;ReadPosRankSum=0.529;SC=GGGTCCCCCGGGTGCGCGCCC;SOR=0.517;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=165;TCF=114;TCR=51;TR=46;WE=175843143;WS=175843113;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:138,57:0.29:195
chr5	175843461	rs33956988	CG	C	3030.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=76;PP=2925;SC=ACCCGAGCCGCGGGGGAGCCG;SOR=2.985;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=82;TCF=5;TCR=77;TR=79;WE=175843469;WS=175843451;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr5	175915835	rs2963667	C	T	1404.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=24;NR=14;PP=761;SC=AGGAACTGTACTTTAGAGGAA;SOR=1.136;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=24;TCR=14;TR=38;WE=175915843;WS=175915824;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr5	175916083	rs10054778	T	C	336.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.145;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.102;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=9;PP=145;ReadPosRankSum=2.304;SC=GGAGCTGAAATTTAGGCCAAA;SOR=0.992;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=42;TCF=16;TCR=26;TR=12;WE=175916091;WS=175916073;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,22:0.29:77
chr5	175923431	rs2963670	G	A	740.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-4.363;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.751;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=5;PP=499;ReadPosRankSum=-1.691;SC=AAAGTCTAAGGGTTGATCTTT;SOR=0.085;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=34;TCF=29;TCR=5;TR=24;WE=175923439;WS=175923426;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,28:0.74:38
chr5	175927262	rs143440054	C	CAG	1058.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.169;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=349;ExcessHet=3.0103;FS=3.175;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.73;ReadPosRankSum=-1.022;SOR=0.978;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:172,52:0.23:224
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chr5	175957271	rs62402558	G	C	466.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5002;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=59;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=5;PP=111;SC=CCGGAGCCCAGGTGCAAGTCA;SOR=1.270;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=9;TCF=2;TCR=7;TR=7;WE=175957279;WS=175957261;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr5	175992258	rs6556275	A	G	7001.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=277;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=122;NR=64;PP=2965;SC=GGGTGGGCTCAGGTCAGACCC;SOR=1.239;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=186;TCF=122;TCR=64;TR=186;WE=175992266;WS=175992248;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,270:1.00:270
chr5	175992519	rs4523018	T	A	4410.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=73;NR=56;PP=2965;SC=GGGCCAGCCCTGTGCTTGGCT;SOR=1.032;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=129;TCF=73;TCR=56;TR=129;WE=175992527;WS=175992509;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,141:1.00:141
chr5	175994173	rs11392917	C	CT	2449.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.116;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=322;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.10;MQRankSum=0.000;QD=11.50;ReadPosRankSum=-0.330;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:51,162:0.76:213
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chr5	176001975	rs1078450	T	C	1455.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=37;NR=5;PP=1066;SC=CTGGTGCCAGTGGCGTGACTG;SOR=3.564;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=42;TCF=37;TCR=5;TR=42;WE=176001983;WS=176001965;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr5	176002144	rs4242200	A	C	15608.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.759;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=597;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=215;NR=154;PP=2965;ReadPosRankSum=1.468;SC=ATGGCTCCATAGTCCTCAATG;SOR=0.930;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=371;TCF=216;TCR=155;TR=369;WE=176002152;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,589:1.00:591
chr5	176002873	rs3762969	C	T	14890.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=535;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=194;NR=139;PP=2965;SC=CTGTCAGAACCCTGCTCTCTA;SOR=0.952;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=334;TCF=194;TCR=140;TR=333;WE=176002881;WS=176002863;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,534:1.00:534
chr5	176002926	rs3762968	C	A	17338.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=648;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=247;NR=178;PP=2965;SC=TGGCTCTCTGCCCTCTGCCCT;SOR=0.935;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=429;TCF=248;TCR=181;TR=425;WE=176002934;WS=176002916;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,642:1.00:642
chr5	176004312	rs11749537	A	G	1787.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=39;NR=11;PP=1023;SC=CGGGCGGGGCATCCAGAGATA;SOR=1.946;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=50;TCF=39;TCR=11;TR=50;WE=176004320;WS=176004302;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr5	176004476	rs11134982	T	C	9777.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=378;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=127;NR=100;PP=2965;SC=GAGCGGGCAGTGGGCTCAGCC;SOR=0.880;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=228;TCF=128;TCR=100;TR=227;WE=176004484;WS=176004466;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,370:1.00:370
chr5	176004846	rs1565149	C	T	8614.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=308;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=57;NR=173;PP=2965;SC=AGCAAGCGGGCGTGCATGTGT;SOR=1.938;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=231;TCF=57;TCR=174;TR=230;WE=176004854;WS=176004836;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,304:1.00:304
chr5	176004866	rs35146200	A	AGT	5606.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.323;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=1.304;HP=2;HapScore=1;MGOF=31;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=1.258;NF=11;NR=89;PP=2989;ReadPosRankSum=1.611;SC=TGAGTGTGAGAGTGTGTGTGT;SOR=1.168;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=143;TCF=14;TCR=129;TR=100;WE=176004874;WS=176004856;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:13,165:0.93:178
chr5	176004903	rs11747451	T	C	3927.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=49;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=32;NR=84;PP=2413;SC=GGGGTGGCCATGAGTGAATCT;SOR=1.852;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=116;TCF=32;TCR=84;TR=116;WE=176004911;WS=176004893;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,144:1.00:144
chr5	176005175	rs1565150	A	C	7958.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.22;SOR=0.761;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,180:1.00:180
chr5	176005184	rs1565151	G	A	7974.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=59;NR=60;PP=2608;SC=AATAGCTGGGGAAGACCGAAG;SOR=0.715;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=119;TCF=59;TCR=60;TR=119;WE=176005192;WS=176005182;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,180:1.00:180
chr5	176005477	rs2358747	C	T	16029.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=627;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=182;NR=205;PP=2965;SC=AGGCCACAGACGGCGGGAACC;SOR=0.750;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=390;TCF=184;TCR=206;TR=387;WE=176005485;WS=176005467;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,611:1.00:611
chr5	176008238	rs4867840	G	T	3228.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=75;NR=20;PP=2266;SC=CAGGCCTGATGACTGCCTGCG;SOR=2.487;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=95;TCF=75;TCR=20;TR=95;WE=176008246;WS=176008228;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr5	176011264	rs752139	T	C	8319.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=319;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=104;NR=99;PP=2965;SC=GATCCAGGTATGTGCTCCCTG;SOR=0.712;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=204;TCF=105;TCR=99;TR=203;WE=176011272;WS=176011254;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,317:1.00:317
chr5	176011889	rs4868660	G	A	11532.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=428;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=103;NR=165;PP=2965;SC=TCTCAGTGGCGGCCAACGGCT;SOR=1.076;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=268;TCF=103;TCR=165;TR=268;WE=176011897;WS=176011879;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,414:1.00:414
chr5	176017549	rs4868662	C	T	2754.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.756;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.652;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=57;PP=1578;ReadPosRankSum=0.205;SC=TTCCCTCACACTCATCTTTCT;SOR=0.813;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=126;TCF=50;TCR=76;TR=95;WE=176017557;WS=176017539;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,120:0.72:166
chr5	176017639	rs17078347	C	A	615.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.269;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FS=2.188;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.46;ReadPosRankSum=0.002;SOR=0.505;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:133,45:0.25:178
chr5	176018545	rs11134984	G	A	6565.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=235;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=42;NR=139;PP=2965;SC=AGTGACGGTGGTGGTGGTGAT;SOR=1.991;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=181;TCF=42;TCR=139;TR=181;WE=176018553;WS=176018535;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,230:1.00:230
chr5	176024880	rs4868663	C	T	13082.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=457;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=212;NR=120;PP=2965;SC=CCCCTGCTTCCCCTGGTGCTG;SOR=1.212;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=337;TCF=212;TCR=125;TR=332;WE=176024888;WS=176024870;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,452:1.00:452
chr5	176025938	rs6556276	T	C	15597.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=606;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=191;NR=204;PP=2965;SC=TCCAAGGGCATGGGATCTGCC;SOR=0.724;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=395;TCF=191;TCR=204;TR=395;WE=176025946;WS=176025928;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,593:1.00:593
chr5	176026491	rs35847475	G	A	4550.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-2.242;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=313;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.436;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=80;PP=2456;ReadPosRankSum=-0.766;SC=CTGAGATGGAGGCTCCATGTG;SOR=0.734;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=225;TCF=95;TCR=130;TR=137;WE=176026499;WS=176026481;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:108,200:0.65:308
chr5	176053336	.	GGTGTGT	G,GGT	1645.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.083;ClippingRankSum=0.000;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.476;NF=16,16;NR=16,16;PP=1154,88;ReadPosRankSum=-1.826;SC=TTGTGTGCCTGGTGTGTGTGT;SOR=1.508;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=34;TCF=16;TCR=18;TR=32,32;WE=176053349;WS=176053326;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.17,0.80:71
chr5	176053645	rs2291441	C	G	12727.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=511;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=159;NR=150;PP=2965;SC=GAGTCTCCCCCGCCCCCGCCC;SOR=0.748;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=310;TCF=159;TCR=151;TR=309;WE=176053653;WS=176053635;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,483:1.00:483
chr5	176056529	rs4868669	A	G	26587.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=0.315;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1062;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=299;NR=275;PP=2965;ReadPosRankSum=1.038;SC=CCCGCCCCTTACCCACCGACG;SOR=0.785;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=576;TCF=301;TCR=275;TR=574;WE=176056537;WS=176056519;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,1046:1.00:1048
chr5	176069831	rs901740	G	A	8124.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=348;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.04;SOR=1.681;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,338:1.00:338
chr5	176069862	.	C	CT	313.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.576;ClippingRankSum=0.000;DP=202;ExcessHet=3.0103;FS=1.022;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.95;MQRankSum=0.000;QD=1.64;ReadPosRankSum=-0.496;SOR=0.853;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:155,36:0.19:191
chr5	176069863	.	C	CT	2063.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=2.505;ClippingRankSum=0.000;DP=203;ExcessHet=3.0103;FS=8.137;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.95;MQRankSum=0.000;QD=11.04;ReadPosRankSum=0.302;SOR=1.452;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:89,98:0.52:187
chr5	176069864	.	C	CT	576.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=1.506;ClippingRankSum=0.000;DP=202;ExcessHet=3.0103;FS=0.895;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.95;MQRankSum=0.000;QD=3.08;ReadPosRankSum=1.605;SOR=0.852;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:140,47:0.25:187
chr5	176069866	rs56115420	C	CCGCCCG,CCCGCCCG	6670.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.962;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FS=17.917;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=59.95;MQRankSum=0.000;QD=36.45;ReadPosRankSum=2.056;SOR=3.926;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:4,132,47:0.72,0.26:183
chr5	176081591	rs13182989	C	T	17321.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.292;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1230;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.545;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=271;NR=239;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.345;SC=CCAGCGCCTGCCTCTCAGGTA;SOR=0.628;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=815;TCF=442;TCR=373;TR=510;WE=176081599;WS=176081581;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:436,778:0.64:1214
chr5	176081856	rs13183320	A	G	15439.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=555;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=184;NR=183;PP=2965;SC=GGCTCCTGGGATGGGCCTGGC;SOR=0.715;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=368;TCF=184;TCR=184;TR=367;WE=176081864;WS=176081846;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,554:1.00:554
chr5	176081907	rs11267007	C	T	9817.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.132;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=735;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.536;HP=3;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=135;NR=134;PP=2962;ReadPosRankSum=2.455;SC=GGTCTTGCTGCGGAGCCCGAG;SOR=0.642;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=432;TCF=212;TCR=220;TR=269;WE=176081915;WS=176081897;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:278,455:0.62:733
chr5	176083175	rs6878977	T	G	7021.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=2.088;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=267;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=72;NR=123;PP=2965;ReadPosRankSum=0.495;SC=GGGTACTGGGTTGGGTATGAG;SOR=0.433;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=195;TCF=72;TCR=123;TR=195;WE=176083183;WS=176083165;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,260:1.00:261
chr5	176083997	rs4868677	G	A	4250.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-2.690;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=655;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.564;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=113;PP=2280;ReadPosRankSum=0.985;SC=CCTGGCCTACGCAGGCCTCTG;SOR=0.648;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=472;TCF=154;TCR=318;TR=170;WE=176084005;WS=176083987;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:411,228:0.36:639
chr5	176304399	rs2304517	A	G	9126.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.110;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=306;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=123;NR=117;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.014;SC=GGAAAGAGCTATGCCTAAGCC;SOR=0.226;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=243;TCF=124;TCR=119;TR=240;WE=176304407;WS=176304389;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,297:1.00:298
chr5	176305466	rs2304516	T	A	37378.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=1420;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=420;NR=459;PP=2965;SC=CCTCTCTGCATCCCCATCAGG;SOR=0.746;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=880;TCF=421;TCR=459;TR=879;WE=176305474;WS=176305456;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,1398:1.00:1398
chr5	176306676	rs2292257	G	A	3833.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=58;NR=41;PP=2023;SC=AGGAGGTGTCGGCTGGGGCCA;SOR=0.969;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=102;TCF=59;TCR=43;TR=99;WE=176306687;WS=176306666;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,137:1.00:137
chr5	176314434	rs2278493	C	T	10191.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=380;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=119;NR=127;PP=2965;SC=CGGTCCCACACTCAGGCCAGG;SOR=0.709;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=246;TCF=119;TCR=127;TR=246;WE=176314442;WS=176314424;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,377:1.00:377
chr5	176314459	rs2278492	G	A	9870.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=368;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=122;NR=124;PP=2965;SC=TACCGCTGCCGTCAGGGGTGG;SOR=0.710;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=246;TCF=122;TCR=124;TR=246;WE=176314467;WS=176314449;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,361:1.00:361
chr5	176314639	rs6875296	G	A	16945.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.281;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=655;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=191;NR=178;PP=2965;ReadPosRankSum=0.931;SC=GGGCAGCCACGGCAGTCACCA;SOR=0.478;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=374;TCF=195;TCR=179;TR=369;WE=176314647;WS=176314629;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:5,644:0.99:649
chr5	176315299	rs4976662	C	T	11119.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.785;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=426;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=162;NR=101;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.127;SC=CGTGTTCATGCCAACTAATCA;SOR=1.032;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=265;TCF=163;TCR=102;TR=263;WE=176315307;WS=176315289;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,420:1.00:422
chr5	176338090	.	CA	C	67.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.012;ClippingRankSum=0.000;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=3.375;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.84;MQRankSum=0.650;QD=1.30;ReadPosRankSum=1.903;SOR=0.264;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,14:0.27:52
chr5	176338113	.	GAAGAAAAGAAAAGAAAAGAA	G,GAAGAAAAGAAAAGAA	2613.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=119;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.56;QD=37.88;SOR=2.269;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:0,30,39:0.43,0.57:69
chr5	176516631	rs1966265	G	A	2136.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.526;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=287;ExcessHet=3.0103;FS=0.439;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.58;ReadPosRankSum=-0.066;SOR=0.675;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:165,117:0.41:282
chr5	176516953	rs434434	A	G	4280.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=48;NR=64;PP=2233;SC=TGAGCTCCTTACCTGGGTGTG;SOR=0.924;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=112;TCF=48;TCR=64;TR=112;WE=176516961;WS=176516943;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,161:1.00:161
chr5	176517136	rs59390048	C	CGT,CGTGT	3159.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.275;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=24,24;NR=19,19;PP=415,1146;ReadPosRankSum=-0.066;SC=TGTGTGTATGCGTGTGTGTGT;SOR=0.732;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=62;TCF=30;TCR=32;TR=43,43;WE=176517144;WS=176517126;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.27,0.72:85
chr5	176517170	rs387598	G	A	4159.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=80;NR=44;PP=2512;SC=GGCCACTGTCGTGTGCACTAA;SOR=1.171;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=124;TCF=80;TCR=44;TR=124;WE=176517178;WS=176517160;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,155:1.00:155
chr5	176517292	rs442856	A	G	12508.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=486;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=155;NR=123;PP=2965;SC=CATGCGTTGCAAAGTGCTTGT;SOR=0.821;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=278;TCF=155;TCR=123;TR=278;WE=176517300;WS=176517282;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,481:1.00:481
chr5	176517326	rs422421	T	C	13244.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=489;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=150;NR=144;PP=2965;SC=GGTGTGTTCTTTGTACACAGG;SOR=0.714;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=294;TCF=150;TCR=144;TR=294;WE=176517334;WS=176517316;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,485:1.00:485
chr5	176517461	rs446382	T	G	8301.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=285;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=110;NR=115;PP=2965;SC=AGCCTGTGCGTCTGTGCTGTG;SOR=0.736;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=225;TCF=110;TCR=115;TR=225;WE=176517469;WS=176517451;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,282:1.00:282
chr5	176517797	rs376618	C	T	44119.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=1640;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=488;NR=465;PP=2965;SC=CATAGGGACCCCTCGAATAGG;SOR=0.738;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=956;TCF=489;TCR=467;TR=953;WE=176517805;WS=176517787;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,1628:1.00:1628
chr5	176518784	rs452885	C	T	8663.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=341;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=97;NR=105;PP=2965;SC=GCAGCATCCGCTATAACTACC;SOR=0.800;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=203;TCF=98;TCR=105;TR=202;WE=176518792;WS=176518774;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,333:1.00:333
chr5	176519287	rs393923	G	A	3481.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=87;NR=13;PP=2383;SC=TATGGGTGCCGGTGGTCAGGG;SOR=3.145;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=100;TCF=87;TCR=13;TR=100;WE=176519295;WS=176519277;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr5	176520243	rs351855	G	A	4029.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.458;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=259;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.521;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=98;NR=86;PP=2962;ReadPosRankSum=0.302;SC=GCTGCTGGCCGGGCTGTATCG;SOR=0.778;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=286;TCF=163;TCR=123;TR=184;WE=176520251;WS=176520233;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,170:0.66:257
chr5	176520283	.	G	C	60.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.941;ClippingRankSum=0.000;DP=243;ExcessHet=3.0103;FS=221.684;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.25;ReadPosRankSum=-4.157;SOR=6.664;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:212,27:0.11:239
chr5	176522728	rs42409	C	T	1347.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=30;PP=800;SC=CCGGAAGGTACAGGCGCTAGG;SOR=2.400;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=35;TCF=5;TCR=30;TR=35;WE=176522736;WS=176522718;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr5	176523562	rs31777	C	A	18800.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=719;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=234;NR=200;PP=2965;SC=CCCCGGTCGTCGGGAGGGCGC;SOR=0.808;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=435;TCF=235;TCR=200;TR=434;WE=176523570;WS=176523552;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,717:1.00:717
chr5	176523597	rs31776	A	G	20682.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=779;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=225;NR=235;PP=2965;SC=CCCTGGCCCTACCTCCAGGTG;SOR=0.714;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=463;TCF=226;TCR=237;TR=460;WE=176523618;WS=176523587;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,774:1.00:774
chr5	176630984	rs7721671	T	C	150.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.184;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=6.016;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.58;ReadPosRankSum=-0.928;SOR=0.084;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,9:0.33:27
chr5	176639217	rs35159794	T	TA	272.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.037;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=269;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.12;MQRankSum=2.854;QD=1.17;ReadPosRankSum=0.801;SOR=0.746;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:185,49:0.21:234
chr5	176639304	rs6556305	C	G	464.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.541;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.539;HP=5;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.724;NF=5;NR=16;PP=279;ReadPosRankSum=-0.056;SC=TATAAACTAGCGGGGAAGAAT;SOR=0.361;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=58;TCF=12;TCR=46;TR=21;WE=176639312;WS=176639294;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,25:0.36:69
chr5	176700885	rs12660023	G	A	3162.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=17;NR=78;PP=2254;SC=AGCATAGTTCGTTTTAGGTAG;SOR=2.790;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=95;TCF=17;TCR=78;TR=95;WE=176700893;WS=176700875;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr5	176721198	rs28580074	T	C	14501.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=532;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=213;NR=149;PP=2965;SC=TCAGAGGCCATTGCTACCTGA;SOR=0.974;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=365;TCF=213;TCR=152;TR=362;WE=176721206;WS=176721188;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,521:1.00:521
chr5	176721272	rs11740250	G	C	9494.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.397;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=615;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.562;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=170;NR=123;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.401;SC=ACCTCGCTGGGTCAGGGACCA;SOR=0.581;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=452;TCF=267;TCR=185;TR=293;WE=176721280;WS=176721262;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:200,407:0.67:607
chr5	176729736	.	ACC	A,AC	10430.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.971;ClippingRankSum=0.000;DP=570;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=12;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=21,21;NR=284,284;PP=2992,466;ReadPosRankSum=1.311;SC=GACAGCCCAAACCCCCCCCCC;SOR=1.203;SbPval=0.96;Source=Platypus;TC=401;TCF=46;TCR=355;TR=305,305;WE=176729747;WS=176729720;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.44,0.53:397
chr5	176731452	rs28362590	G	T	2100.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=53;NR=11;PP=1680;SC=TGGCGGGAGTGGGAATTTGCC;SOR=3.126;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=64;TCF=53;TCR=11;TR=64;WE=176731460;WS=176731442;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr5	176733116	rs4631	A	G	10867.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=413;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=118;NR=134;PP=2965;SC=GTCTTGCCCGATTCAAAAGCA;SOR=0.801;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=252;TCF=118;TCR=134;TR=252;WE=176733124;WS=176733106;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,409:1.00:409
chr5	176733341	rs4073745	A	G	5157.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.699;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=320;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.080;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=90;NR=59;PP=2685;ReadPosRankSum=2.000;SC=CCTGGCCCAGAGGAGATTGGT;SOR=0.845;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=206;TCF=122;TCR=84;TR=149;WE=176733349;WS=176733331;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:94,220:0.70:314
chr5	176733616	rs9834	T	C	17173.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=633;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=172;NR=213;PP=2965;SC=AGGCTTAGCCTCTCTGCCCTC;SOR=0.827;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=385;TCF=172;TCR=213;TR=385;WE=176733624;WS=176733606;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,632:1.00:632
chr5	176734855	rs4568379	G	C	3979.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-2.910;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=252;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=98;PP=2118;ReadPosRankSum=1.386;SC=GCTCCCGCTCGGCCGCCCCTG;SOR=0.678;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=187;TCF=46;TCR=141;TR=129;WE=176734863;WS=176734845;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,177:0.71:248
chr5	176737720	rs13190036	A	G	9722.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=369;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=106;NR=112;PP=2965;SC=AGAGAGGATGAGGTGAAGGGG;SOR=0.732;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=218;TCF=106;TCR=112;TR=218;WE=176737728;WS=176737710;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,367:1.00:367
chr5	176738538	rs62397242	C	A	5768.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.980;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=393;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.391;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=76;NR=72;PP=2420;ReadPosRankSum=-0.905;SC=CTGGTCCCAGCGGCAGCCCCA;SOR=0.678;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=211;TCF=106;TCR=105;TR=148;WE=176738546;WS=176738528;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:126,266:0.68:392
chr5	176761535	rs11738681	A	G	2383.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-3.479;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.585;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=55;PP=1366;ReadPosRankSum=1.268;SC=AGCACTGCCCAGCCGGCTAGG;SOR=0.320;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=108;TCF=27;TCR=81;TR=74;WE=176761543;WS=176761525;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,98:0.74:133
chr5	176765395	rs11748912	G	A	1739.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=4.044;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.342;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=8;PP=1229;ReadPosRankSum=0.977;SC=TGGTCCCCACGAGCCACAGGC;SOR=1.125;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=91;TCF=79;TCR=12;TR=62;WE=176765403;WS=176765385;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,71:0.64:111
chr5	176798040	rs56235845	T	G	1550.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.497;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FS=12.278;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.34;ReadPosRankSum=1.555;SOR=1.204;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:95,71:0.43:166
chr5	176798070	.	CGGGCCGGGGCCGGGGCCG	C	456.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.056;ClippingRankSum=0.000;DP=131;ExcessHet=3.0103;FS=1.288;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.58;MQRankSum=0.000;QD=6.92;ReadPosRankSum=3.231;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:50,16:0.24:66
chr5	176831826	rs17876030	C	G	5634.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=79;NR=62;PP=2965;SC=TCGCAGAAGGCTCCGGTGTAG;SOR=0.881;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=141;TCF=79;TCR=62;TR=141;WE=176831834;WS=176831816;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,195:1.00:195
chr5	176831980	rs17876029	T	C	19885.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=751;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.80;SOR=0.880;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,742:1.00:742
chr5	176858049	rs867755	C	T	976.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=2.358;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.477;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=28;PP=552;ReadPosRankSum=1.366;SC=GACCTTGCCCCGGAGCAGAGG;SOR=0.897;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=98;TCF=27;TCR=71;TR=38;WE=176858057;WS=176858039;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:89,51:0.36:140
chr5	176859848	rs2731664	C	A	2189.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.687;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=449;ExcessHet=3.0103;FS=1.214;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.89;ReadPosRankSum=-0.469;SOR=0.593;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:314,134:0.30:448
chr5	176862963	rs4976695	T	A	553.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-1.928;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.845;HP=6;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=5;PP=148;ReadPosRankSum=-1.092;SC=AGGTCCCCCCTGGCCAGCGGG;SOR=0.443;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=65;TCF=45;TCR=20;TR=17;WE=176862971;WS=176862953;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,34:0.34:101
chr5	176863519	rs1130857	G	C	1342.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=3.661;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.048;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=32;PP=890;ReadPosRankSum=-0.816;SC=TGGAGCCGCCGTTCAAGCCTG;SOR=1.050;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=145;TCF=54;TCR=91;TR=48;WE=176863527;WS=176863509;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:160,71:0.31:231
chr5	176867943	rs335435	A	G	2555.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.083;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=387;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.490;NF=41;NR=48;PP=1264;ReadPosRankSum=-0.706;SC=AGTGCTTCCAAGAGCTGAATG;SOR=0.709;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=238;TCF=106;TCR=132;TR=89;WE=176867951;WS=176867933;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:246,135:0.35:381
chr5	176885178	rs28538572	A	G	8099.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=286;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=102;NR=97;PP=2965;SC=GCAGCCAGGGACTCCCCTTCC;SOR=0.743;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=199;TCF=102;TCR=97;TR=199;WE=176885186;WS=176885168;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,283:1.00:283
chr5	176885499	rs2544809	T	C	3016.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.286;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=447;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.547;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=61;PP=1502;ReadPosRankSum=0.432;SC=GCATCGTGGATCTCCGTGGCG;SOR=0.748;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=302;TCF=131;TCR=171;TR=105;WE=176885507;WS=176885489;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:282,159:0.36:441
chr5	176886539	rs385981	C	T	36.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.610;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=5.653;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.53;ReadPosRankSum=0.316;SOR=2.683;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,7:0.29:24
chr5	176894756	rs2545794	C	T	3878.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.204;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=745;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=100;PP=2126;ReadPosRankSum=-0.509;SC=GGAAGAACTCCGCCACCTTAG;SOR=0.639;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=503;TCF=198;TCR=305;TR=165;WE=176894764;WS=176894746;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:495,236:0.32:731
chr5	176895030	rs28557366	C	T	108.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.860;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=13.487;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.05;ReadPosRankSum=3.896;SOR=0.862;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:45,8:0.15:53
chr5	176895817	rs446104	GC	AA	21959.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=489;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=179;NR=134;PP=2947;SC=GGTGGAGAAGGCGGCGAGGGA;SOR=0.975;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=321;TCF=184;TCR=137;TR=313;WE=176895826;WS=176895807;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,487:1.00:487
chr5	176916516	rs335462	C	T	8056.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.712;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=343;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=117;NR=111;PP=2965;ReadPosRankSum=1.864;SC=TGGGCGTGGCCGGCTGGCTGT;SOR=0.693;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=229;TCF=117;TCR=112;TR=228;WE=176916524;WS=176916506;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,306:0.99:308
chr5	176917078	rs734825	T	C	5900.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=52;NR=85;PP=2965;SC=GCTCCTGGGGTTCCCCTCATG;SOR=1.072;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=137;TCF=52;TCR=85;TR=137;WE=176917086;WS=176917068;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,208:1.00:208
chr5	176917897	rs1132445	C	T	5365.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=1.093;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=337;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=106;NR=68;PP=2847;ReadPosRankSum=0.028;SC=GCTCCTCATCCGGGTCTTGCA;SOR=0.667;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=242;TCF=147;TCR=95;TR=174;WE=176917905;WS=176917887;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:99,230:0.70:329
chr5	176930135	rs28376231	G	A	7662.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=288;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=134;NR=71;PP=2965;SC=GCTTGCGTGCGTGGCTGGCTC;SOR=1.215;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=205;TCF=134;TCR=71;TR=205;WE=176930143;WS=176930125;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,285:1.00:285
chr5	176930171	rs138153794	AGAG	A	19345.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=444;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=95;NR=103;PP=2978;SC=GAGCAGGAGCAGAGGAGGGAA;SOR=1.265;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=220;TCF=103;TCR=117;TR=198;WE=176930181;WS=176930161;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,434:1.00:434
chr5	176935215	rs55761704	GC	G	2089.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=46;NR=6;PP=1662;SC=CAGCCCAATCGCCCCCCTGCT;SOR=3.360;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=56;TCF=50;TCR=6;TR=52;WE=176935223;WS=176935205;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr5	176936650	rs28565502	T	C	9204.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=346;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=86;NR=122;PP=2965;SC=TCCCTCCGTCTAGAGACAGCT;SOR=0.903;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=208;TCF=86;TCR=122;TR=208;WE=176936658;WS=176936640;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,343:1.00:343
chr5	176938681	rs28695578	C	T	4181.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=97;NR=35;PP=2732;SC=CCTGGCCCATCCCAGGCCAGC;SOR=2.039;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=133;TCF=97;TCR=36;TR=132;WE=176938689;WS=176938671;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,145:1.00:145
chr5	176939688	rs28544348	C	T	18828.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=717;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=265;NR=219;PP=2965;SC=CACCATGGGACAGGGGAGTGG;SOR=0.867;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=486;TCF=266;TCR=220;TR=484;WE=176939696;WS=176939678;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,709:1.00:709
chr5	176939735	rs335436	A	G	22687.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.830;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=881;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=323;NR=289;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.563;SC=TAGGTAAAGCACTGCTACTGC;SOR=0.795;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=615;TCF=324;TCR=291;TR=612;WE=176939743;WS=176939725;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,862:1.00:864
chr5	176940274	rs335437	C	T	4369.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=5.449;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=255;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.419;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=114;NR=33;PP=2962;ReadPosRankSum=0.839;SC=GGTGGACCCCCGGCTCCAATC;SOR=1.176;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=219;TCF=163;TCR=56;TR=147;WE=176940282;WS=176940264;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,166:0.66:253
chr5	176940384	rs335438	G	A	16002.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=2.218;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1083;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=224;NR=194;PP=2962;ReadPosRankSum=0.411;SC=CAGCCCCAGCGCGCCCCACAT;SOR=0.717;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=617;TCF=328;TCR=289;TR=418;WE=176940392;WS=176940374;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:353,721:0.67:1074
chr5	176940871	rs335439	G	C	10736.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=396;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=93;NR=159;PP=2965;SC=GAGAGACCCTGAGGTTGGGGC;SOR=1.106;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=253;TCF=93;TCR=160;TR=252;WE=176940879;WS=176940861;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,388:1.00:388
chr5	176942371	rs372373486	CAG	C	544.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.757;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=323;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.20;MQRankSum=5.678;QD=2.36;ReadPosRankSum=-1.071;SOR=0.716;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:190,41:0.18:231
chr5	176950794	rs28723606	A	G	3195.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=88;NR=13;PP=2299;SC=GTGGGTTTTCAGCAGGCAGGC;SOR=3.086;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=101;TCF=88;TCR=13;TR=101;WE=176950802;WS=176950784;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr5	176950879	rs28688891	T	C	11361.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=419;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=178;NR=106;PP=2965;SC=TTTCTGAGGCTTGAGGCACAA;SOR=1.181;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=284;TCF=178;TCR=106;TR=284;WE=176950887;WS=176950869;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,406:1.00:406
chr5	176951276	rs337382	A	G	17387.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=653;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=218;NR=193;PP=2965;SC=GCTGGGCCTGAGGGCTGCACA;SOR=0.748;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=413;TCF=219;TCR=194;TR=411;WE=176951284;WS=176951266;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,639:1.00:639
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chr5	176963349	rs335460	G	A	6699.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=255;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=87;NR=59;PP=2860;SC=CCTTCATGCAGCACACTTACC;SOR=0.937;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=147;TCF=88;TCR=59;TR=146;WE=176963357;WS=176963339;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,254:1.00:254
chr5	176981490	.	A	ACGCCGCGCCGCCGCCGC	1037.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=18;PP=1732;SC=CTCGCTCCACACGCCGCCGCC;SOR=1.127;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=20;TCF=2;TCR=18;TR=20;WE=176981498;WS=176981480;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr5	177019688	rs4607363	G	C	11826.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=1.327;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=559;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=151;NR=158;PP=2965;ReadPosRankSum=0.239;SC=TGAGCCAACCGCCCCCCTCCT;SOR=0.673;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=331;TCF=161;TCR=170;TR=309;WE=177019696;WS=177019675;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:36,493:0.93:529
chr5	177031348	rs11537644	T	C	6256.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.209;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=422;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=107;NR=86;PP=2890;ReadPosRankSum=-0.378;SC=GCCCTCCCCGTGCCTGCCCCC;SOR=0.669;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=290;TCF=161;TCR=129;TR=193;WE=177031356;WS=177031338;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:131,282:0.68:413
chr5	177031602	rs28499092	C	G	5691.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=46;NR=132;PP=2965;SC=GCTTCTCAGGCCCTGTGAGAG;SOR=2.303;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=178;TCF=46;TCR=132;TR=178;WE=177031610;WS=177031592;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,190:1.00:190
chr5	177031948	rs55763804	G	A	2607.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.246;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=350;ExcessHet=3.0103;FS=4.066;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.47;ReadPosRankSum=1.202;SOR=0.493;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:219,130:0.37:349
chr5	177031954	rs28742937	A	G	17698.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=387;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=224;NR=70;PP=2962;SC=GTCTGGCGTTATCCTAAAATC;SOR=1.892;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=295;TCF=225;TCR=70;TR=294;WE=177031975;WS=177031938;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,386:1.00:386
chr5	177031967	rs28698736	T	C	19495.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=468;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=260;NR=88;PP=2965;SC=CTAAAATCCCTGCCCTTACCA;SOR=1.741;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=349;TCF=261;TCR=88;TR=348;WE=177031975;WS=177031938;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,467:1.00:467
chr5	177032050	rs28473516	C	G	17884.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=0.580;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1306;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.824;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.747;NF=311;NR=212;PP=2962;ReadPosRankSum=0.695;SC=CTCTAGGTAACTCCCACTGGA;SOR=0.838;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=805;TCF=466;TCR=339;TR=523;WE=177032058;WS=177032040;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:455,820:0.64:1275
chr5	177035488	.	GC	G	345.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.318;ClippingRankSum=0.000;DP=244;ExcessHet=3.0103;FS=4.280;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.46;ReadPosRankSum=0.164;SOR=0.418;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:198,39:0.16:237
chr5	177035964	rs729459	T	C	12962.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-4.126;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=961;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=182;NR=165;PP=2962;ReadPosRankSum=0.056;SC=GCCACCTGCATGACCCAGCCT;SOR=0.679;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=561;TCF=294;TCR=267;TR=347;WE=177035972;WS=177035954;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:341,617:0.64:958
chr5	177036043	rs6600953	A	G	14497.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=533;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=142;NR=231;PP=2965;SC=CATTGGGGACAGATAGGTGGT;SOR=1.123;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=373;TCF=142;TCR=231;TR=373;WE=177036051;WS=177036033;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,530:1.00:530
chr5	177053334	rs5013573	T	C	3570.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=84;NR=17;PP=2314;SC=CCTCGGCCTCTGAAAATGCTG;SOR=2.613;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=102;TCF=85;TCR=17;TR=101;WE=177053342;WS=177053324;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr5	177054649	rs72309277	ATT	A,AT	2103.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.223;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=59.60;MQRankSum=-0.172;QD=16.56;ReadPosRankSum=-0.379;SOR=0.631;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:12,88,27:0.69,0.21:127
chr5	177054672	rs7728458	T	C	5295.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=3;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=22;NR=79;PP=2285;SC=TTTTTTGAGATGGAGTCTCGC;SOR=2.030;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=103;TCF=23;TCR=80;TR=101;WE=177054680;WS=177054638;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr5	177058525	rs62398479	A	G	3203.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.138;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=535;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.171;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-1.372;NF=87;NR=66;PP=1918;ReadPosRankSum=0.765;SC=AGGCTCTGACAGTGATATTTC;SOR=0.820;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=468;TCF=259;TCR=209;TR=153;WE=177058533;WS=177058515;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:348,178:0.34:526
chr5	177058655	rs6876792	A	G	22410.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=843;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=321;NR=292;PP=2965;SC=GGCATGTCACAGTTCTGTACA;SOR=0.727;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=615;TCF=321;TCR=294;TR=613;WE=177058663;WS=177058645;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,842:1.00:842
chr5	177058766	rs2334991	G	A	10744.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-2.329;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=698;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.556;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.943;NF=186;NR=205;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.427;SC=CCAGGTGAATGTAACACATCT;SOR=0.598;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=610;TCF=297;TCR=313;TR=391;WE=177058774;WS=177058756;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:228,461:0.67:689
chr5	177099071	.	A	G	222.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.69;BaseQRankSum=1.825;ClippingRankSum=0.000;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=18.806;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-5.195;NF=12;NR=0;PP=180;ReadPosRankSum=-0.690;SC=GGCCCGGCGCAGCCTCCGCGA;SOR=3.767;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=24;TCF=18;TCR=6;TR=12;WE=177099079;WS=177099061;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,13:0.37:35
chr5	177099274	.	C	A	461.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.081;ClippingRankSum=0.000;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.92;MQRankSum=-3.937;QD=16.49;ReadPosRankSum=-0.678;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,20:0.71:28
chr5	177161891	rs140979906	A	G	2811.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=42.97;QD=30.90;SOR=2.546;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr5	177166053	rs4079422	G	A	1373.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.172;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=325;ExcessHet=3.0103;FS=1.007;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.72;MQRankSum=1.133;QD=4.59;ReadPosRankSum=-1.695;SOR=0.601;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:211,88:0.29:299
chr5	177180012	rs199881665	G	A	609.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.235;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=1.924;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=42.56;MQRankSum=1.228;QD=8.71;ReadPosRankSum=-1.548;SOR=1.347;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:43,27:0.39:70
chr5	177180236	rs76556918	G	A	6644.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.166;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=237;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=2.051;NF=40;NR=171;PP=2965;ReadPosRankSum=1.866;SC=ACTAAGCTGCGTTTACTGCCA;SOR=1.423;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=223;TCF=40;TCR=183;TR=211;WE=177180244;WS=177180226;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,230:1.00:231
chr5	177302646	.	T	C	504.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=43.02;QD=31.55;SOR=4.174;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr5	177305797	rs201185054	G	A	1946.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=39.86;QD=32.45;SOR=8.222;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr5	177310717	rs139876295	A	G	1270.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=45.20;QD=28.88;SOR=2.636;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr5	177344152	rs76284623	G	T	1706.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=44.59;QD=26.26;SOR=0.723;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr5	177347910	rs200509090	G	C	76.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=40.00;QD=25.43;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr5	177348037	.	C	CTTTG	3652.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.419;ClippingRankSum=0.000;DP=86;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=46.98;MQRankSum=-0.060;QD=43.48;ReadPosRankSum=0.029;SOR=1.220;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,82:0.98:84
chr5	177348098	rs4958970	G	A	4175.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=48.94;QD=43.96;SOR=0.896;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr5	177348106	rs4958971	A	C	4199.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=48.92;QD=43.75;SOR=0.919;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
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chr5	177422876	rs7445271	T	C	11871.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=432;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=183;NR=99;PP=2965;SC=AGGCAACAGGTTGCTGCCGAC;SOR=1.225;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=282;TCF=183;TCR=99;TR=282;WE=177422884;WS=177422866;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,429:1.00:429
chr5	177422908	rs1135320	A	G	3683.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.065;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=597;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.547;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=80;NR=55;PP=1660;ReadPosRankSum=-1.844;SC=TTGGCTTCTCAGCCTGGCGCC;SOR=0.649;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=385;TCF=230;TCR=155;TR=135;WE=177422916;WS=177422898;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:382,210:0.35:592
chr5	177473975	rs116276523	A	G	9315.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-2.711;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=835;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.748;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=-25.006;NF=176;NR=199;PP=2962;ReadPosRankSum=1.376;SC=TGAGGGAAGCAGGCACGTGCC;SOR=0.832;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=584;TCF=275;TCR=309;TR=375;WE=177473983;WS=177473965;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:365,468:0.56:833
chr5	177483118	rs11953798	T	C	3790.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.148;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=270;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.186;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-2.057;NF=43;NR=79;PP=1652;ReadPosRankSum=1.270;SC=AGCAGGCAAGTGCCCTGAAGA;SOR=0.850;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=170;TCF=63;TCR=107;TR=122;WE=177483126;WS=177483108;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:92,178:0.66:270
chr5	177483154	rs9687038	T	A	2339.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.930;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FS=0.674;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.72;MQRankSum=-2.106;QD=15.70;ReadPosRankSum=-1.382;SOR=0.794;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:44,105:0.70:149
chr5	177483184	rs11953029	A	G	1495.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.341;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.820;HP=2;HapScore=1;MGOF=32;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=-2.706;NF=15;NR=38;PP=951;ReadPosRankSum=0.267;SC=GGAGGAAGAGACCAAGAAATA;SOR=0.831;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=84;TCF=25;TCR=59;TR=53;WE=177483192;WS=177483174;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,64:0.65:99
chr5	177483267	rs34145160	T	TA	63.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=4.90;ReadPosRankSum=2.726;SOR=0.569;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,6:0.46:13
chr5	177546990	rs13163671	G	A	987.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.020;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.762;HP=3;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=34;PP=670;ReadPosRankSum=1.486;SC=TTGGGATGGGGTGGGGACGGG;SOR=1.425;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=146;TCF=40;TCR=106;TR=46;WE=177546998;WS=177546980;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:97,49:0.34:146
chr5	177547247	rs7719667	T	C	10281.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=384;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=109;NR=112;PP=2965;SC=CCATGCAAAGTCTGGCGTCCC;SOR=0.704;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=222;TCF=109;TCR=113;TR=221;WE=177547255;WS=177547237;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,378:1.00:378
chr5	177547336	rs3812082	G	A	4775.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.052;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=317;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.471;HP=4;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=95;NR=67;PP=2899;ReadPosRankSum=-0.793;SC=CCCGGGCCCCGGGCCAGCCAG;SOR=1.045;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=236;TCF=132;TCR=104;TR=162;WE=177547344;WS=177547326;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:101,202:0.67:303
chr5	177562183	rs72536798	C	CTG	691.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=0.858;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=4;PP=453;ReadPosRankSum=1.075;SC=GGGTCTCACTCTTGCTCAGGC;SOR=0.754;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=15;TCF=10;TCR=5;TR=10;WE=177562191;WS=177562173;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,18:0.67:27
chr5	177562251	rs10060446	G	A	821.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.393;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.880;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=13;PP=442;ReadPosRankSum=1.145;SC=GGCTCAAGCAGTCCTCCGTCC;SOR=0.478;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=49;TCF=31;TCR=18;TR=31;WE=177562259;WS=177562241;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,42:0.54:78
chr5	177565520	rs10657977	T	TTGTGTG	509.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.717;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.93;ReadPosRankSum=-0.417;SOR=0.481;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,16:0.50:32
chr5	177570759	rs6601218	T	C	7946.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=272;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=62;NR=149;PP=2965;SC=GCCAGCAGCATTCTGCTTCGA;SOR=1.574;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=213;TCF=64;TCR=149;TR=211;WE=177570767;WS=177570749;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,267:1.00:267
chr5	177574901	rs7380934	C	G	15429.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.594;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1089;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=217;NR=223;PP=2962;ReadPosRankSum=0.542;SC=TCCCCGTGCTCTACTCCACCT;SOR=0.691;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=695;TCF=343;TCR=352;TR=440;WE=177574909;WS=177574891;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:379,690:0.65:1069
chr5	177612634	rs7715618	A	C	457.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=0;PP=297;SC=TTGTTAGTCAACTTAGATGTG;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=12;TCR=0;TR=12;WE=177612642;WS=177612628;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr5	177612734	rs7720480	T	C	3239.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.99;QD=46.28;SOR=1.931;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr5	177612744	rs7715796	A	G	3745.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.99;QD=41.16;SOR=1.770;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr5	177612983	rs13169133	G	A	21892.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.142;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=838;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=-0.111;NF=324;NR=230;PP=2965;ReadPosRankSum=1.179;SC=GACCCGCTGCGTGGCTGATTC;SOR=0.541;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=557;TCF=326;TCR=231;TR=554;WE=177612991;WS=177612973;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,818:1.00:821
chr5	177613123	rs10479619	T	C	27704.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.840;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1027;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=270;NR=339;PP=2965;ReadPosRankSum=1.515;SC=CCTCATGCTATTTCCCTCTAG;SOR=0.841;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=610;TCF=270;TCR=340;TR=609;WE=177613131;WS=177613113;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,1010:1.00:1012
chr5	177613168	rs13184406	C	T	19012.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.281;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=721;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=197;NR=291;PP=2965;ReadPosRankSum=0.092;SC=CCCTACCTCACGGTCTTGTTC;SOR=0.778;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=490;TCF=199;TCR=291;TR=488;WE=177613176;WS=177613158;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,709:1.00:712
chr5	177614387	rs6886332	A	G	3054.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.949;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=-0.067;NF=29;NR=55;PP=1828;ReadPosRankSum=-0.840;SC=TTCCCCGAGCACAGGTGCCTA;SOR=1.262;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=85;TCF=30;TCR=55;TR=84;WE=177614395;WS=177614377;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,112:0.98:114
chr5	177633116	rs3812089	A	G	918.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=24;PP=713;SC=CATGTGATTTAAGTGCTTTGG;SOR=3.334;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=27;TCF=3;TCR=24;TR=27;WE=177633124;WS=177633106;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr5	177634401	rs7705458	T	C	925.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=25;PP=703;SC=GAAAGACTTCTCAGGCTGGGA;SOR=4.479;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=27;TCF=2;TCR=25;TR=27;WE=177634409;WS=177634391;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr5	177636199	rs1059367	C	T	603.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.360;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.129;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=4;PP=364;ReadPosRankSum=-0.862;SC=GGTGGCCTCCCATACTAGCAT;SOR=0.493;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=52;TCF=43;TCR=9;TR=22;WE=177636207;WS=177636189;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,28:0.42:66
chr5	177636571	rs2913752	C	T	1575.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=2.106;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.900;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=49;PP=1143;ReadPosRankSum=0.874;SC=AGGTTGGGGACGAACAGGAAT;SOR=0.837;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=86;TCF=19;TCR=67;TR=63;WE=177636579;WS=177636561;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,67:0.68:98
chr5	177636990	rs111881090	CT	C	2560.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.044;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.375;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.665;NF=54;NR=9;PP=2286;ReadPosRankSum=0.434;SC=GCCCAGGGCCCTTATACACCA;SOR=0.397;SbPval=0.23;Source=Platypus;TC=96;TCF=86;TCR=10;TR=63;WE=177636998;WS=177636980;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,80:0.70:115
chr5	177637447	rs2913751	G	A	3705.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.121;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=43;PP=1752;ReadPosRankSum=-0.183;SC=GAGGAAGGCAGTCTCTGCTGT;SOR=0.701;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=155;TCF=90;TCR=65;TR=105;WE=177637455;WS=177637437;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,164:0.72:229
chr5	177642177	rs2913748	C	T	3590.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.997;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=244;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.097;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=71;NR=40;PP=1629;ReadPosRankSum=0.626;SC=CTCTTGAGAGCGGACATAACC;SOR=0.591;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=160;TCF=104;TCR=56;TR=111;WE=177642185;WS=177642167;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,164:0.69:239
chr5	177655512	rs11740356	T	G	2196.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.674;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=307;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.437;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=27;PP=1095;ReadPosRankSum=-1.197;SC=CCAGCTCCCTTCTCTTTCCAG;SOR=0.746;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=197;TCF=124;TCR=73;TR=74;WE=177655520;WS=177655502;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:188,114:0.38:302
chr5	177658883	rs2973729	C	A	2107.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=14;NR=54;PP=1522;SC=ATGGGATGGGCCAGGGCACCA;SOR=2.617;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=68;TCF=14;TCR=54;TR=68;WE=177658891;WS=177658873;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr5	177659631	rs2913859	G	A	1943.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=28.58;SOR=1.863;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr5	177674589	rs72819017	C	T	1617.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=1.801;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.070;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=30;PP=995;ReadPosRankSum=0.022;SC=AGGCTGGCTCCGGACCCTCTT;SOR=0.731;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=163;TCF=81;TCR=82;TR=63;WE=177674597;WS=177674579;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:145,81:0.36:226
chr5	177675217	rs2913851	C	T	20619.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-1.329;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=824;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=311;NR=213;PP=2965;ReadPosRankSum=0.426;SC=GGCTGTCAGACGCCGACTCCC;SOR=0.396;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=530;TCF=317;TCR=213;TR=524;WE=177675225;WS=177675207;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:8,806:0.99:814
chr5	177675465	rs6894255	C	A	1281.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-5.070;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.868;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=43;PP=904;ReadPosRankSum=1.533;SC=CAGCCGCACACATTGTTTTCC;SOR=0.804;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=134;TCF=18;TCR=116;TR=51;WE=177675473;WS=177675455;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:94,57:0.38:151
chr5	177676986	rs5873601	GCA	G	138.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.948;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FS=3.916;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.26;MQRankSum=4.082;QD=1.16;ReadPosRankSum=-1.492;SOR=0.319;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:103,17:0.14:120
chr5	177679447	rs1549612	C	T	4112.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=65;NR=38;PP=1955;SC=CCAGGACACCCGGAGGGAAGT;SOR=1.157;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=104;TCF=65;TCR=39;TR=103;WE=177679455;WS=177679437;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,154:1.00:154
chr5	177679654	rs2033200	C	T	2311.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=24;NR=41;PP=1330;SC=CCTCCCTTCGCTACCCATCCA;SOR=1.165;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=65;TCF=24;TCR=41;TR=65;WE=177679662;WS=177679644;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr5	177679680	rs2973751	T	C	1529.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=12;NR=32;PP=932;SC=CCACCTGGAATCAAGTCCCCG;SOR=1.609;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=44;TCF=12;TCR=32;TR=44;WE=177679688;WS=177679670;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr5	177682664	rs752283	T	C	299.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.086;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.281;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=4;PP=121;ReadPosRankSum=0.781;SC=GCCTATCCCTTGTGCAGGCTG;SOR=0.420;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=56;TCF=42;TCR=14;TR=14;WE=177682672;WS=177682654;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,17:0.29:59
chr5	177683011	rs890805	C	T	161.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-2.683;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=7;PP=80;ReadPosRankSum=1.284;SC=AGGCCTGGCCCACTGTGGCAG;SOR=0.551;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=30;TCF=5;TCR=25;TR=8;WE=177683019;WS=177683001;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,10:0.29:35
chr5	177683029	rs890804	C	T	415.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-1.560;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=13;PP=287;ReadPosRankSum=0.430;SC=CAGGATCAGGCATACGACAAA;SOR=1.022;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=25;TCF=5;TCR=20;TR=16;WE=177683037;WS=177683019;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,18:0.62:29
chr5	177683185	rs890803	T	C	2347.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=42;NR=24;PP=1085;SC=CAAAAAAGCATGTACTCTGGA;SOR=1.166;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=66;TCF=42;TCR=24;TR=66;WE=177683193;WS=177683175;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr5	177683377	rs890802	T	C	656.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.663;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FS=0.651;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.96;ReadPosRankSum=-3.055;SOR=0.601;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:122,44:0.27:166
chr5	177684022	rs2913848	C	T	772.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=2.622;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=27;PP=512;ReadPosRankSum=1.044;SC=CCTGAAGCCTCGCGATTAGGC;SOR=0.610;SbPval=0.22;Source=Platypus;TC=92;TCF=20;TCR=72;TR=38;WE=177684030;WS=177684012;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,39:0.33:117
chr5	177684682	rs2913847	T	C	595.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.515;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FS=0.672;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.89;ReadPosRankSum=-0.800;SOR=0.791;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:111,42:0.27:153
chr5	177686815	rs2973747	C	A	1806.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.760;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=349;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.425;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=44;PP=837;ReadPosRankSum=1.266;SC=GGACCCCGGACCTCTTGTTCC;SOR=0.741;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=227;TCF=92;TCR=135;TR=74;WE=177686823;WS=177686805;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:230,110:0.32:340
chr5	177715291	rs890801	G	A	3570.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.363;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=239;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.09;MQRankSum=1.078;QD=14.94;ReadPosRankSum=0.076;SOR=0.694;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:87,152:0.64:239
chr5	177715302	rs5873603	CA	C	2817.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=2.398;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=263;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.983;HP=7;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.183;NF=36;NR=38;PP=2976;ReadPosRankSum=2.314;SC=GTGAAGAGAGCAAAAAAATAA;SOR=0.795;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=129;TCF=58;TCR=71;TR=74;WE=177715310;WS=177715281;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:105,152:0.59:257
chr5	177715452	rs6892747	C	T	1180.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-2.999;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.809;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=33;PP=2643;ReadPosRankSum=-0.546;SC=CGCCCCCCGACAGCTGGTTGG;SOR=0.543;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=167;TCF=64;TCR=103;TR=55;WE=177715485;WS=177715442;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:146,71:0.33:217
chr5	177715465	rs6860225	A	G	1087.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.071;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=32;PP=2643;ReadPosRankSum=-1.694;SC=CTGGTTGGTGACTTCCTCTGC;SOR=0.646;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=150;TCF=53;TCR=97;TR=49;WE=177715485;WS=177715442;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:119,58:0.33:177
chr5	177715477	rs2913833	G	T	2540.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-2.681;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.236;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=56;PP=2962;ReadPosRankSum=1.687;SC=TTCCTCTGCAGCGGGAGGACT;SOR=0.503;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=130;TCF=45;TCR=85;TR=89;WE=177715485;WS=177715442;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,106:0.68:157
chr5	177715581	rs2913832	T	C	2868.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=35;NR=47;PP=1659;SC=TCATCGGGGCTCCGGGCACAG;SOR=0.967;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=82;TCF=35;TCR=47;TR=82;WE=177715589;WS=177715571;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr5	177715797	rs11399497	C	CG	174.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.906;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=4;PP=100;ReadPosRankSum=-1.427;SC=CCAGGAATATCGGGGGGCGTT;SOR=0.399;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=3;TCR=16;TR=5;WE=177715805;WS=177715787;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,9:0.43:21
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chr5	178040919	rs560842	G	A	3138.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=17;NR=74;PP=2120;SC=CTAAAGCATAGTCTTAATTAC;SOR=2.531;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=91;TCF=17;TCR=74;TR=91;WE=178040927;WS=178040909;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr5	178047536	rs72529437	GGACAGGGTA	G	2646.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.622;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=248;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.147;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=29;PP=2971;ReadPosRankSum=2.743;SC=CACAGGCTATGGACAGGGTAG;SOR=0.941;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=121;TCF=42;TCR=79;TR=44;WE=178047552;WS=178047526;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:169,76:0.31:245
chr5	178049444	rs34183525	C	G	1782.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.842;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.691;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=26;PP=835;ReadPosRankSum=1.434;SC=ATCTGGTAAACAGTCCCAATG;SOR=0.824;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=84;TCF=39;TCR=45;TR=47;WE=178049452;WS=178049434;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,79:0.63:125
chr5	178139442	rs1132338	T	G	5536.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.229;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=411;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.372;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-5.122;NF=113;PP=2962;ReadPosRankSum=1.056;SC=GAATGAGAGCTGAACTCTGTC;SOR=0.662;Source=Platypus;TCF=157;WE=178139450;WS=178139432;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:151,249:0.62:400
chr5	178140090	rs1132336	C	T	4649.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.345;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=343;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.874;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=67;NR=81;PP=2281;ReadPosRankSum=-1.380;SC=CTCCAGTATGCGTTATTTGAT;SOR=0.813;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=230;TCF=107;TCR=123;TR=148;WE=178140098;WS=178140080;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:121,214:0.64:335
chr5	178153317	rs34544499	C	CT	801.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.032;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FS=2.154;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.71;ReadPosRankSum=0.800;SOR=1.052;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:47,57:0.55:104
chr5	178154174	rs56185007	CA	TG	18743.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=1.722;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=917;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.459;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-9.824;NF=83;NR=193;PP=2944;ReadPosRankSum=-3.250;SC=CCTCACAGAGCAGAGGGGGCG;SOR=0.865;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=539;TCF=189;TCR=350;TR=276;WE=178154197;WS=178154164;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:427,483:0.53:910
chr5	178154189	rs34361107	T	TG	8185.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=6.070;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=707;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.487;HP=4;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-9.879;NF=13;NR=154;PP=2933;ReadPosRankSum=-6.318;SC=GGGGCGGCAGTGGGAAAGACA;SOR=0.931;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=337;TCF=35;TCR=302;TR=167;WE=178154197;WS=178154164;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:327,314:0.49:641
chr5	178154220	rs35528027	C	T	2808.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=4.620;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=345;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=33.342;HP=2;HapScore=2;MGOF=41;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-14.072;NF=17;NR=99;PP=2503;ReadPosRankSum=-6.602;SC=GAAACACTTCCCATACTATTC;SOR=1.924;SbPval=0.98;Source=Platypus;TC=276;TCF=72;TCR=204;TR=116;WE=178154228;WS=178154210;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:222,123:0.36:345
chr5	178154250	rs35287913	A	G	207.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.754;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FS=18.724;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.83;MQRankSum=-10.999;QD=1.48;ReadPosRankSum=-2.539;SOR=3.673;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:123,17:0.12:140
chr5	178154257	rs34745528	G	C	56.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.074;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FS=9.404;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.76;MQRankSum=-9.569;QD=0.48;ReadPosRankSum=0.862;SOR=2.625;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:108,10:0.08:118
chr5	178293175	rs146176056	C	CT	5090.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.602;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1083;ExcessHet=3.0103;FS=1.326;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.67;MQRankSum=-21.349;QD=4.74;ReadPosRankSum=10.810;SOR=0.835;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:813,261:0.24:1074
chr5	178294059	rs11952817	T	C	1466.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-3.022;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.397;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.642;NF=21;NR=36;PP=832;ReadPosRankSum=0.083;SC=ACAGTTCTGGTGTCTCCTCTC;SOR=0.293;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=71;TCF=24;TCR=47;TR=57;WE=178294067;WS=178294049;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,64:0.82:78
chr5	178310446	rs4130052	C	T	9976.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.633;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=716;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.148;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=135;NR=151;PP=2962;ReadPosRankSum=1.247;SC=ACAATCCAGGCAGGAAGGCAT;SOR=0.749;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=423;TCF=206;TCR=217;TR=286;WE=178310454;WS=178310436;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:255,453:0.64:708
chr5	178358220	rs200888524	ATT	A	320.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.155;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.64;ReadPosRankSum=2.162;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,16:0.38:42
chr5	178359136	rs961030	A	G	2450.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.484;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=499;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.941;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=49;PP=1330;ReadPosRankSum=1.591;SC=AGTGTAGTCAATGTGGAAAAG;SOR=0.627;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=342;TCF=163;TCR=179;TR=105;WE=178359144;WS=178359126;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:345,143:0.29:488
chr5	178368465	rs111995800	C	CCAAA	16062.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.277;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=645;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.303;NF=39;NR=124;PP=2915;ReadPosRankSum=-0.098;SC=AGATTTGATCCCAGAGAGGGA;SOR=0.742;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=262;TCF=60;TCR=202;TR=163;WE=178368473;WS=178368455;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:225,400:0.64:625
chr5	178369673	rs10060764	T	C	1739.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=2.069;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.735;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=17;PP=963;ReadPosRankSum=-1.177;SC=TTGACCCAGTTCTCTCCTAAT;SOR=0.852;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=73;TCF=47;TCR=26;TR=49;WE=178369681;WS=178369663;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,73:0.63:116
chr5	178391902	rs12719860	A	C	10297.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=383;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=109;NR=136;PP=2965;SC=CTTCACAGTGATCAAAGTCAG;SOR=0.832;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=245;TCF=109;TCR=136;TR=245;WE=178391910;WS=178391892;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,381:1.00:381
chr5	178395850	rs11741688	G	C	1290.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=2.969;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=298;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.498;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=38;PP=820;ReadPosRankSum=-0.485;SC=GGACCAAGGCGTGCAGCCACT;SOR=0.761;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=205;TCF=72;TCR=133;TR=59;WE=178395858;WS=178395840;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:213,77:0.27:290
chr5	178396742	rs4700759	G	C	4747.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=26;NR=109;PP=2965;SC=ACCTCGGAGCGTTCCGAGACC;SOR=2.410;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=135;TCF=26;TCR=109;TR=135;WE=178396750;WS=178396732;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,157:1.00:157
chr5	178401552	rs4700991	C	T	3406.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=68;NR=26;PP=2084;SC=ATCTCCTGACCTCGTGATCCA;SOR=1.961;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=94;TCF=68;TCR=26;TR=94;WE=178401560;WS=178401542;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr5	178404573	.	C	CT	289.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.819;ClippingRankSum=0.000;DP=162;ExcessHet=3.0103;FS=2.932;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.41;ReadPosRankSum=0.491;SOR=0.398;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:89,31:0.26:120
chr5	178407292	rs2856351	C	T	12367.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=474;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=176;NR=114;PP=2965;SC=GGACATAAAACTCCATAACTT;SOR=1.036;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=290;TCF=176;TCR=114;TR=290;WE=178407300;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,470:1.00:470
chr5	178410738	rs903988	C	T	11970.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=450;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=132;NR=145;PP=2965;SC=CCGAGGAGTACTGGAGTCTGT;SOR=0.734;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=277;TCF=132;TCR=145;TR=277;WE=178410746;WS=178410728;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,447:1.00:447
chr5	178411180	.	G	GA	56.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.443;ClippingRankSum=0.000;DP=141;ExcessHet=3.0103;FS=1.884;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.43;ReadPosRankSum=-0.219;SOR=0.499;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:110,23:0.17:133
chr5	178411290	rs11279361	AGCACGCCTC	A	3119.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.512;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=257;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.915;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=27;PP=2974;ReadPosRankSum=0.057;SC=GGAGCGAGCGAGCACGCCTCA;SOR=0.887;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=106;TCF=29;TCR=77;TR=37;WE=178411306;WS=178411267;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:164,88:0.35:252
chr5	178411315	rs2645341	C	T	8375.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=252;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=88;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=84;NR=76;PP=2684;SC=GAACGGACTCCTGCAAAATAA;SOR=0.742;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=160;TCF=84;TCR=76;TR=160;WE=178411323;WS=178411305;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,250:1.00:250
chr5	178412273	rs35715923	T	C	2024.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.771;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=377;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.305;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQ=60.03;MQRankSum=-0.693;NF=30;NR=34;PP=852;ReadPosRankSum=0.431;SC=TTCACTGTTGTACAGAAAGAT;SOR=0.666;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=195;TCF=99;TCR=96;TR=64;WE=178412281;WS=178412263;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:250,122:0.33:372
chr5	178412405	rs10716144	TA	T	319.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.503;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.13;MQRankSum=1.024;QD=5.33;ReadPosRankSum=-1.474;SOR=0.551;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,31:0.52:60
chr5	178412592	rs6880010	T	C	795.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=17;NR=2;PP=492;SC=TAGTCCCAGCTACTCGGGAGG;SOR=2.387;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=19;TCF=17;TCR=2;TR=19;WE=178412600;WS=178412586;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr5	178412660	rs71611475	T	C	605.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.099;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=6.123;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.72;MQRankSum=1.381;QD=9.93;ReadPosRankSum=0.405;SOR=0.201;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,29:0.48:61
chr5	178412702	.	T	TAAA	1702.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.181;ClippingRankSum=0.000;DP=129;ExcessHet=3.0103;FS=4.031;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.83;MQRankSum=-1.328;QD=13.84;ReadPosRankSum=0.597;SOR=1.301;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:59,64:0.52:123
chr5	178412716	rs11950921	C	A	2389.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.472;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FS=1.285;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.89;MQRankSum=-1.349;QD=15.03;ReadPosRankSum=-1.552;SOR=0.842;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:76,83:0.52:159
chr5	178414565	rs2645340	C	T	3198.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=28;NR=53;PP=1644;SC=GTCACACATGCGCAAATACCG;SOR=1.258;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=81;TCF=28;TCR=53;TR=81;WE=178414573;WS=178414555;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr5	178415982	rs4701014	A	G	7293.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=286;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=145;NR=58;PP=2965;SC=TCCGCCCATCAGTGGGTTCCA;SOR=1.550;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=203;TCF=145;TCR=58;TR=203;WE=178415990;WS=178415972;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,279:1.00:279
chr5	178416288	rs2071246	G	A	7137.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=287;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=62;NR=127;PP=2965;SC=GGGTGGAATCGTCTGACTGGG;SOR=1.252;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=189;TCF=62;TCR=127;TR=189;WE=178416296;WS=178416278;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,256:1.00:256
chr5	178419279	rs11283410	G	GGGCAAGGTCT	13378.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=287;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=42;NR=66;PP=2967;SC=TGGAAGCTGTGGTGTTTTGCG;SOR=0.879;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=126;TCF=45;TCR=81;TR=108;WE=178419296;WS=178419269;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,267:1.00:267
chr5	178419288	rs2645335	C	T	12820.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=300;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=109;NR=87;PP=2965;SC=TGGTGTTTTGCGAGTGGGCCT;SOR=0.866;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=200;TCF=112;TCR=88;TR=196;WE=178419296;WS=178419269;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,298:1.00:298
chr5	178419396	rs11449973	A	AC	10960.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.971;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=433;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.113;NF=37;NR=147;PP=2969;ReadPosRankSum=0.682;SC=CTGAACAAGGACCCCCAGCAG;SOR=0.561;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=191;TCF=41;TCR=150;TR=184;WE=178419405;WS=178419386;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,416:0.99:419
chr5	178455198	rs10464075	G	A	2080.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=21;NR=40;PP=1116;SC=AGGAGGCTGCGCTCAAGGGTC;SOR=1.281;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=62;TCF=21;TCR=41;TR=61;WE=178455206;WS=178455188;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr5	178507048	rs116562180	C	G	8504.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=322;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=83;NR=138;PP=2965;SC=CAGCTCCTCACTTACCCAGTA;SOR=1.143;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=221;TCF=83;TCR=138;TR=221;WE=178507056;WS=178507038;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,318:1.00:318
chr5	178507069	rs1445846	T	C	7098.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=258;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=33;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=66;NR=122;PP=2965;SC=TCAGAGATTTTTTAAAGGAGA;SOR=1.290;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=188;TCF=66;TCR=122;TR=188;WE=178507077;WS=178507059;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,255:1.00:255
chr5	178507090	rs1445845	G	A	4791.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=39;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=50;NR=92;PP=2883;SC=TAAAGCCTATGAGGTTTAGTT;SOR=1.320;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=142;TCF=50;TCR=92;TR=142;WE=178507098;WS=178507080;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,176:1.00:176
chr5	178559411	rs3822594	C	G	4682.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.365;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=67;PP=2104;ReadPosRankSum=1.257;SC=GCAGCTCCTCCGGAGGCTCTC;SOR=0.341;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=115;TCF=47;TCR=68;TR=114;WE=178559419;WS=178559401;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,180:0.99:181
chr5	178564971	rs9286045	C	T	5086.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=38;NR=61;PP=1903;SC=AAGGCCTTGCCGCTCCGTGCC;SOR=0.984;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=99;TCF=38;TCR=61;TR=99;WE=178564979;WS=178564961;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,193:1.00:193
chr5	178565052	rs9286046	C	T	2461.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.63;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=15;NR=30;PP=872;SC=CTCAGGTGTCCGGGGGGCAGC;SOR=1.143;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=45;TCF=15;TCR=30;TR=45;WE=178565060;WS=178565042;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr5	178579119	rs2303637	C	G	16395.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.811;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=644;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=268;NR=148;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.072;SC=TGCTGCCCTCCAAGAGCCCTT;SOR=1.188;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=416;TCF=268;TCR=148;TR=416;WE=178579127;WS=178579109;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,633:1.00:635
chr5	178579394	rs11746123	T	C	2203.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=71;PP=1647;SC=TGGTGGGTGTTGTGATTCTGG;SOR=5.110;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=76;TCF=5;TCR=71;TR=76;WE=178579402;WS=178579384;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr5	178580446	.	TC	T	2181.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.960;ClippingRankSum=0.000;DP=306;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.386;HP=8;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=32;PP=972;ReadPosRankSum=-1.640;SC=CCAGCACGCCTCCCCCCAGAC;SOR=0.521;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=156;TCF=61;TCR=95;TR=46;WE=178580454;WS=178580436;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:199,98:0.33:297
chr5	178581977	rs4700784	G	A	4794.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=48;NR=91;PP=2965;SC=GGGAAGGTGAGGCCTGGCCTA;SOR=1.361;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=139;TCF=48;TCR=91;TR=139;WE=178581985;WS=178581967;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,171:1.00:171
chr5	178634619	rs423552	C	T	27830.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.62;DB;DP=1065;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=255;NR=272;PP=2965;SC=AGTCATCGTCCGCAGCATGCC;SOR=0.740;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=529;TCF=255;TCR=274;TR=527;WE=178634627;WS=178634609;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,1042:1.00:1042
chr5	178634672	rs398829	C	T	7764.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=0.398;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=568;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.845;HP=1;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=103;NR=150;PP=2962;ReadPosRankSum=0.349;SC=TCCTCTAGGACGCCCAGGGCG;SOR=0.872;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=375;TCF=157;TCR=218;TR=253;WE=178634680;WS=178634662;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:199,357:0.64:556
chr5	178768312	rs33897	C	T	1651.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.495;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FS=4.910;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.97;MQRankSum=-0.675;QD=14.12;ReadPosRankSum=0.038;SOR=0.374;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,79:0.68:117
chr5	178949465	rs28646142	G	A	406.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.463;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=14.079;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=41.89;MQRankSum=-2.434;QD=12.33;ReadPosRankSum=1.443;SOR=3.551;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,16:0.48:33
chr5	178949499	rs28689892	C	T	1569.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.364;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FS=24.254;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=43.29;MQRankSum=-1.088;QD=21.50;ReadPosRankSum=-4.020;SOR=4.099;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,58:0.79:73
chr5	178949560	rs28413987	AG	GT	16356.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=365;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=134;NR=78;PP=2947;SC=AGTGTTATTGAGACAGAGCTG;SOR=1.101;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=224;TCF=141;TCR=83;TR=212;WE=178949569;WS=178949550;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,363:1.00:363
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chr5	178950263	rs34793499	GA	G	283.37	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.835;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=3.468;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=42.86;MQRankSum=2.504;QD=17.71;ReadPosRankSum=-1.590;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,14:0.88:16
chr5	178950509	rs28571276	G	A	719.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.551;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FS=0.699;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.38;MQRankSum=-4.147;QD=4.23;ReadPosRankSum=1.026;SOR=0.817;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:125,45:0.26:170
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chr5	178951365	rs138816614	C	G	2686.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=45.06;QD=30.88;SOR=3.232;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr5	178951598	rs4701188	G	A	35702.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=1338;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=527;NR=449;PP=2965;SC=GGCCACCTGCGAGCACCCTAT;SOR=0.854;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=986;TCF=531;TCR=455;TR=976;WE=178951606;WS=178951588;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,1327:1.00:1327
chr5	178986978	rs7704349	C	G	7865.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=288;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=133;NR=64;PP=2965;SC=AGTCTGACCTCCCCACGCTCA;SOR=1.312;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=197;TCF=133;TCR=64;TR=197;WE=178986986;WS=178986968;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,276:1.00:276
chr5	179021761	rs57540208	CAAAA	C,CAAA	2357.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.621;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FS=1.710;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=59.94;MQRankSum=0.421;QD=21.05;ReadPosRankSum=1.288;SOR=1.437;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:8,84,20:0.75,0.18:112
chr5	179021982	rs28685239	G	A	7845.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-2.403;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=579;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.157;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=83;NR=134;PP=2962;ReadPosRankSum=1.616;SC=CTTCCCCCTGGCAGATATTCT;SOR=0.607;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=346;TCF=130;TCR=216;TR=217;WE=179021990;WS=179021972;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:202,360:0.64:562
chr5	179023783	rs112105028	G	T	65.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.408;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=6.532;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=5.48;ReadPosRankSum=-0.264;SOR=0.620;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,5:0.42:12
chr5	179025550	rs4701136	A	G	1110.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=2.053;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=6;PP=717;ReadPosRankSum=0.177;SC=GTGACCCTGGAGGAGAGGGAA;SOR=0.674;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=48;TCF=41;TCR=7;TR=35;WE=179025558;WS=179025540;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,40:0.74:54
chr5	179028818	.	CAAAAAAAAAAAA	C	631.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.879;ClippingRankSum=0.000;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=14.496;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.19;MQRankSum=-0.732;QD=13.16;ReadPosRankSum=1.350;SOR=1.759;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,18:0.38:48
chr5	179032755	rs6877888	C	T	3194.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=70;NR=17;PP=1958;SC=TAACAACTCACGTTCTGGGTC;SOR=2.368;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=88;TCF=71;TCR=17;TR=87;WE=179032763;WS=179032745;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr5	179036268	rs60104959	A	C	2784.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.624;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.111;HP=1;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=10;PP=1242;ReadPosRankSum=0.124;SC=CCACAGAAACATAAGAACCCA;SOR=0.314;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=87;TCF=75;TCR=12;TR=62;WE=179036276;WS=179036267;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,77:0.75:103
chr5	179036433	rs17355294	G	A	11623.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.61;BaseQRankSum=-1.042;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=773;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=128;NR=133;PP=2962;ReadPosRankSum=0.253;SC=GCAACGAGCTGGCCCTGCCCT;SOR=0.727;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=376;TCF=186;TCR=190;TR=261;WE=179036441;WS=179036423;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:234,535:0.70:769
chr5	179036608	rs8087	T	A	1733.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=3.728;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.612;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=46;PP=1224;ReadPosRankSum=0.659;SC=TTCCCAAGAGTATCAAAGGAA;SOR=1.261;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=83;TCF=18;TCR=65;TR=58;WE=179036616;WS=179036598;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,67:0.66:102
chr5	179036659	.	C	T	858.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-1.897;ClippingRankSum=0.000;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.358;HP=2;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=25;PP=558;ReadPosRankSum=0.352;SC=CTCCAGAAGACAGCGTGCCGG;SOR=1.432;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=40;TCF=6;TCR=34;TR=28;WE=179036667;WS=179036649;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,35:0.70:50
chr5	179041785	.	GAA	G	914.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.126;ClippingRankSum=0.000;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=2.627;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.12;MQRankSum=1.014;QD=22.31;ReadPosRankSum=-0.570;SOR=0.203;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:4,37:0.90:41
chr5	179042400	rs61408162	C	T	374.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.574;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=5;PP=152;ReadPosRankSum=-0.346;SC=GGAAGTGAGACAACCAAGCTG;SOR=0.430;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=14;TCF=9;TCR=5;TR=12;WE=179042408;WS=179042390;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,18:0.75:24
chr5	179043075	rs4515257	T	C	12713.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=490;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=211;NR=137;PP=2965;SC=AGTACAGTAATGAACAGGCTT;SOR=1.088;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=350;TCF=211;TCR=139;TR=348;WE=179043083;WS=179043065;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,481:1.00:481
chr5	179043982	rs34734159	C	CAA	12530.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.824;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=641;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.763;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.868;NF=42;NR=120;PP=2927;ReadPosRankSum=0.987;SC=AAAAGGCATACAAGGTTAGCT;SOR=0.663;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=279;TCF=64;TCR=215;TR=162;WE=179044001;WS=179043972;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:263,352:0.57:615
chr5	179049138	rs4301193	C	A	900.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=25;PP=737;SC=ACTGCAAAAACACTTCCCTGG;SOR=3.334;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=28;TCF=3;TCR=25;TR=28;WE=179049146;WS=179049128;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr5	179049944	rs377329872	G	C	76	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=19.00;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr5	179069309	rs6887611	G	C	11252.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=415;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=211;NR=111;PP=2965;SC=TGTGGGGTGCGCAGATGAGGG;SOR=1.325;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=322;TCF=211;TCR=111;TR=322;WE=179069317;WS=179069299;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,408:1.00:408
chr5	179069551	rs12519906	G	A	12052.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=4.373;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=875;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.544;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.618;NF=128;NR=230;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.924;SC=GGAACTGTGAGGAGGTGCAGT;SOR=0.776;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=582;TCF=215;TCR=367;TR=358;WE=179069559;WS=179069541;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:336,522:0.61:858
chr5	179071836	rs4990391	C	T	3756.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.084;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1084;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.69;MQRankSum=-5.665;QD=3.54;ReadPosRankSum=-0.139;SOR=0.689;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:791,271:0.26:1062
chr5	179071925	rs141003025	G	A	3082.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.462;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1328;ExcessHet=3.0103;FS=0.665;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.24;MQRankSum=-7.374;QD=2.33;ReadPosRankSum=2.584;SOR=0.850;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1059,264:0.20:1323
chr5	179071947	rs4645306	A	G	12638.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=0.950;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1068;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.774;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-1.280;NF=99;NR=165;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.814;SC=GCTCTGTACCAATAACACTGT;SOR=0.839;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=627;TCF=258;TCR=369;TR=264;WE=179071966;WS=179071937;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:613,450:0.42:1063
chr5	179071958	rs7731123	C	G	4397.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.903;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=941;ExcessHet=3.0103;FS=0.581;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.83;MQRankSum=-16.300;QD=4.69;ReadPosRankSum=2.477;SOR=0.631;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:669,268:0.29:937
chr5	179072006	rs13153811	A	G	184.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.280;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=443;ExcessHet=3.0103;FS=7.857;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.89;MQRankSum=-10.608;QD=0.42;ReadPosRankSum=-2.809;SOR=1.721;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:389,50:0.11:439
chr5	179078378	rs55837909	C	T	4423.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.754;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=307;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.466;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=88;PP=2962;ReadPosRankSum=-2.294;SC=TCTTCCCTCCCGTGTCCTCCT;SOR=0.658;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=199;TCF=69;TCR=130;TR=135;WE=179078399;WS=179078368;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:93,199:0.68:292
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chr5	179105533	rs75628693	G	C	12173.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.157;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=457;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=157;NR=117;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.052;SC=CGCTGGGGCAGTGGCAGACCC;SOR=0.881;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=276;TCF=158;TCR=118;TR=274;WE=179105541;WS=179105523;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,451:0.99:455
chr5	179125678	rs17079630	C	G	19191.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.838;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=717;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=176;NR=314;PP=2965;ReadPosRankSum=0.211;SC=GCCTGTTAAACCAGCCCCGCC;SOR=1.198;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=492;TCF=177;TCR=315;TR=490;WE=179125686;WS=179125668;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,704:1.00:706
chr5	179136138	rs6601068	A	G	4901.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=47;NR=82;PP=2547;SC=GGCCGGGTGCAGTGGCTCACG;SOR=1.148;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=129;TCF=47;TCR=82;TR=129;WE=179136146;WS=179136128;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,183:1.00:183
chr5	179146829	.	G	GT	70.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.202;ClippingRankSum=0.000;DP=131;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.08;MQRankSum=2.115;QD=0.66;ReadPosRankSum=-1.634;SOR=0.735;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:88,19:0.18:107
chr5	179150788	.	G	GT	179.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.458;ClippingRankSum=0.000;DP=215;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.04;ReadPosRankSum=2.103;SOR=0.624;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:140,32:0.19:172
chr5	179153577	.	C	CA	88.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.957;ClippingRankSum=0.000;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.20;MQRankSum=1.343;QD=1.85;ReadPosRankSum=0.044;SOR=0.754;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,15:0.31:48
chr5	179159781	rs7723450	T	C	203.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.47;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr5	179193668	rs61753465	G	A	8766.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.844;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=579;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.178;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=104;NR=158;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.604;SC=TATAAGTCACGAGCAGAACTC;SOR=0.612;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=399;TCF=158;TCR=241;TR=262;WE=179193676;WS=179193658;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:189,387:0.67:576
chr5	179227286	rs166624	G	T	8258.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=305;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=113;NR=118;PP=2965;SC=GGCCTCAGAAGTTCAGACCCC;SOR=0.727;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=231;TCF=113;TCR=118;TR=231;WE=179227294;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,299:1.00:299
chr5	179250130	rs7711505	C	T	591.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=1.164;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=20;PP=417;ReadPosRankSum=0.288;SC=AAACAGGGCTCGATGTTCCAC;SOR=0.767;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=52;TCF=13;TCR=39;TR=27;WE=179250138;WS=179250120;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,27:0.48:56
chr5	179260153	rs4935	C	T	2381.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.896;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=419;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.862;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=49;PP=961;ReadPosRankSum=1.414;SC=GCTGCTCTGACCCCAGCAAGC;SOR=0.860;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=278;TCF=127;TCR=151;TR=83;WE=179260161;WS=179260143;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:277,135:0.33:412
chr5	179260213	rs4797	G	A	1043.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-1.477;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.339;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=35;PP=669;ReadPosRankSum=-1.433;SC=AGCAGATGAGGAAGATCGCCT;SOR=0.506;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=154;TCF=37;TCR=117;TR=47;WE=179260221;WS=179260203;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:115,55:0.32:170
chr5	179260494	rs155787	G	A	106.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.231;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=3.302;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.53;ReadPosRankSum=1.331;SOR=0.262;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:58,12:0.17:70
chr5	179267949	rs248248	T	C	4022.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-3.019;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=269;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.080;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=70;PP=1571;ReadPosRankSum=0.237;SC=ACGGTGCTCCTGCTCCACTTC;SOR=0.520;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=163;TCF=55;TCR=108;TR=108;WE=179267957;WS=179267939;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,187:0.71:264
chr5	179287207	rs148609553	CGT	C	62.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.775;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=3.734;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.00;ReadPosRankSum=1.541;SOR=1.436;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:53,10:0.16:63
chr5	179290845	rs30386	T	G	10726.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.952;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=758;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.539;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=137;NR=159;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.441;SC=CTGTGGGGCTTTTCCGAGGTG;SOR=0.730;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=466;TCF=217;TCR=249;TR=296;WE=179290853;WS=179290835;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:272,476:0.64:748
chr5	179334857	rs185073	A	G	1374.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=0.567;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=276;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=29;PP=549;ReadPosRankSum=1.539;SC=GGCCCGCGAGACGGAAGCGCC;SOR=0.669;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=152;TCF=52;TCR=100;TR=44;WE=179334865;WS=179334847;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:183,82:0.31:265
chr5	179405399	rs27019	C	G	333.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-3.342;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.616;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=14;PP=182;ReadPosRankSum=0.487;SC=GTGTTATAAACTGAAAAATGA;SOR=0.177;SbPval=0.1;Source=Platypus;TC=70;TCF=11;TCR=59;TR=20;WE=179405407;WS=179405389;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,22:0.27:81
chr5	179407229	rs28011	C	T	10018.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=375;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=82;NR=186;PP=2965;SC=AAAACAGATACTAAGTGTAAG;SOR=1.500;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=268;TCF=82;TCR=186;TR=268;WE=179407237;WS=179407219;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,362:1.00:362
chr5	179498595	rs3749821	C	T	5979.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.586;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=403;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=73;NR=91;PP=2457;ReadPosRankSum=-1.470;SC=TGATGAGCGCCGTGTAGTACT;SOR=0.650;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=222;TCF=96;TCR=126;TR=164;WE=179498603;WS=179498585;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:126,276:0.69:402
chr5	179498658	rs3828698	G	T	3109.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.392;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.604;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=64;PP=1483;ReadPosRankSum=-0.793;SC=TCAGCAGGGCGAGCGCGGCGA;SOR=0.616;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=132;TCF=44;TCR=88;TR=97;WE=179498666;WS=179498648;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,140:0.72:195
chr5	179528351	rs67139455	TG	T	1696.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.070;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.18;MQRankSum=0.424;QD=30.85;ReadPosRankSum=0.394;SOR=1.739;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:5,50:0.91:55
chr5	179528359	rs113499659	G	C	962.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.541;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=1.928;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.17;MQRankSum=0.806;QD=16.32;ReadPosRankSum=-0.269;SOR=0.324;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,37:0.63:59
chr5	179528991	.	TCCCACCTCGGCGCGAAGACTCACCTTAGAGCTTTCCATCCCAAGCAGCCCCCAGGC	T	2196.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.376;ClippingRankSum=0.000;DP=262;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.443;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=15.225;NF=4;NR=25;PP=2897;ReadPosRankSum=0.593;SC=AGTCCCCGGGTCCCACCTCGG;SOR=0.535;SbPval=0.96;Source=Platypus;TC=102;TCF=28;TCR=74;TR=29;WE=179529054;WS=179528981;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:191,67:0.26:258
chr5	179529124	rs7725201	G	A	4595.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.549;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=319;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.434;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-9.916;NF=64;NR=68;PP=1981;ReadPosRankSum=-0.174;SC=TCTCACTTTCGTAAGAAGCCA;SOR=0.654;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=209;TCF=101;TCR=108;TR=132;WE=179529132;WS=179529114;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:103,216:0.68:319
chr5	179542290	rs35607645	T	TA	462.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.696;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=397;ExcessHet=3.0103;FS=2.510;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.25;MQRankSum=4.877;QD=1.29;ReadPosRankSum=-1.226;SOR=0.513;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:269,90:0.25:359
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chr5	179546264	rs36055015	A	C	2065.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=3.729;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.201;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=20;PP=1464;ReadPosRankSum=-0.850;SC=CCTGGCTTGCACTCTGCCTGC;SOR=0.894;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=135;TCF=99;TCR=36;TR=79;WE=179546272;WS=179546254;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,87:0.55:157
chr5	179548294	rs55667285	C	T	2204.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=2.462;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.684;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=54;PP=1252;ReadPosRankSum=0.051;SC=TTGGTATGTACGCTTTCAGTC;SOR=0.538;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=105;TCF=18;TCR=87;TR=66;WE=179548302;WS=179548284;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,92:0.66:139
chr5	179554522	rs7728345	C	T	497.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.858;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.529;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=4;PP=255;ReadPosRankSum=0.810;SC=CTCCAGCGCTCGCCCAGAGAA;SOR=1.458;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=66;TCF=46;TCR=20;TR=20;WE=179554530;WS=179554512;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,26:0.31:85
chr5	179554602	rs57288534	C	T	2773.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.537;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.526;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=36;PP=1125;ReadPosRankSum=0.185;SC=CCGTAAGAGCCTCCTACCTTT;SOR=0.740;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=121;TCF=63;TCR=58;TR=75;WE=179554610;WS=179554592;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,129:0.63:205
chr5	179555407	rs13354066	T	C	3472.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=34;PP=1779;ReadPosRankSum=1.704;SC=TGGGCCGGCTTACCAGTTCCA;SOR=1.078;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=89;TCF=55;TCR=34;TR=89;WE=179555415;WS=179555397;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,132:0.99:134
chr5	179555654	rs6895192	C	T	5371.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=47;NR=67;PP=2171;SC=ACACTCATCTCTGCATCTCTA;SOR=0.986;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=115;TCF=47;TCR=68;TR=114;WE=179555662;WS=179555644;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,207:1.00:207
chr5	179563359	rs55638756	C	T	5384.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.952;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=362;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.412;HP=4;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=101;NR=64;PP=2468;ReadPosRankSum=0.092;SC=GGTGACGCGACCCCCGCCCAG;SOR=0.647;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=252;TCF=156;TCR=96;TR=165;WE=179563367;WS=179563349;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:119,243:0.67:362
chr5	179563435	rs11546322	T	C	11188.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=2.105;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=748;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.559;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=148;NR=125;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.181;SC=TAGTCGACTCTTCCTGGAAGT;SOR=0.793;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=400;TCF=210;TCR=190;TR=273;WE=179563443;WS=179563425;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:242,504:0.68:746
chr5	179563532	rs2890346	G	C	1410.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.301;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=351;ExcessHet=3.0103;FS=0.448;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.14;ReadPosRankSum=-1.327;SOR=0.735;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:247,94:0.28:341
chr5	179565071	rs4700878	G	C	3702.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=38;NR=46;PP=1384;SC=GCAATGGCAAGGAGCAGTGAG;SOR=0.838;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=84;TCF=38;TCR=46;TR=84;WE=179565079;WS=179565061;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,146:1.00:146
chr5	179565136	rs4700715	C	A	2314.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=25;NR=38;PP=1191;SC=GCTGCTGGTCCCGGGGCTCCT;SOR=1.090;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=63;TCF=25;TCR=38;TR=63;WE=179565144;WS=179565126;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr5	179663614	rs6601104	C	T	334.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-1.974;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.291;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=11;PP=223;ReadPosRankSum=-0.993;SC=TTTCTCGGCTCTGTCCTTTTG;SOR=0.473;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=42;TCF=11;TCR=31;TR=16;WE=179663622;WS=179663604;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,18:0.38:48
chr5	179665201	rs56333381	C	T	618.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-3.104;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.885;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=3;PP=335;ReadPosRankSum=-1.104;SC=ACCCAGGAGGCGGAGGTTGCA;SOR=0.293;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=29;TCF=25;TCR=4;TR=19;WE=179665209;WS=179665191;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,27:0.75:36
chr5	179665269	.	C	CA	152.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.534;ClippingRankSum=0.000;DP=140;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.16;ReadPosRankSum=0.567;SOR=0.662;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:106,26:0.20:132
chr5	179667933	rs6895740	C	G	655.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.296;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FS=0.769;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.65;ReadPosRankSum=-1.918;SOR=0.586;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:79,37:0.32:116
chr5	179675052	rs55756747	C	A	620.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-7.643;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.861;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=24;PP=459;ReadPosRankSum=0.345;SC=GTTGTTGATACCACACCTCCT;SOR=0.046;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=65;TCF=4;TCR=61;TR=26;WE=179675060;WS=179675042;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,27:0.41:66
chr5	179686378	rs33928286	G	A	3492.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.141;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=621;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.926;NF=70;NR=62;PP=1629;ReadPosRankSum=-0.803;SC=CCCTTTGACCGTAAGGGATGT;SOR=0.692;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=405;TCF=213;TCR=192;TR=132;WE=179686386;WS=179686368;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:408,207:0.34:615
chr5	179707194	rs7715540	G	A	974.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=9;NR=20;PP=671;SC=AAAATGAAAGGAAAAAGAAAC;SOR=1.751;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=9;TCR=20;TR=29;WE=179707202;WS=179707184;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr5	179728707	rs4700931	T	C	1538.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.132;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=278;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.990;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=36;PP=707;ReadPosRankSum=0.626;SC=AAGAGACAGATGTTCACCATG;SOR=0.781;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=164;TCF=69;TCR=95;TR=60;WE=179728715;WS=179728697;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:187,89:0.32:276
chr5	179729519	rs1035411	A	G	2382.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.411;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=484;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=39;PP=1127;ReadPosRankSum=0.579;SC=GGGGCAGCTCAATTGTCTTAT;SOR=0.690;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=273;TCF=156;TCR=117;TR=91;WE=179729527;WS=179729509;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:329,148:0.31:477
chr5	179731892	rs370674913	C	T	1379.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.120;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=263;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.408;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=30;PP=657;ReadPosRankSum=0.961;SC=GCTTCAGCTCCCCAGCCAGGA;SOR=0.786;SbPval=0.19;Source=Platypus;TC=156;TCF=82;TCR=74;TR=52;WE=179731900;WS=179731882;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:176,82:0.32:258
chr5	179734200	rs73343449	A	G	1645.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.582;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=281;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.027;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=30;PP=819;ReadPosRankSum=-0.309;SC=GGCAGGTGGCATAGTTGTAGC;SOR=0.610;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=221;TCF=131;TCR=90;TR=76;WE=179734222;WS=179734190;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:180,97:0.35:277
chr5	179743553	rs4700733	C	T	1534.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=2.639;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.515;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=45;PP=1047;ReadPosRankSum=1.610;SC=GTTTGTGACACGGAACCTCAC;SOR=1.763;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=70;TCF=14;TCR=56;TR=54;WE=179743561;WS=179743543;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,61:0.75:81
chr5	179743730	rs6893693	C	T	1416.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=2.104;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.356;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=9;PP=962;ReadPosRankSum=-2.474;SC=CCTAGACTGCCGTCGACTTCC;SOR=0.371;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=81;TCF=67;TCR=14;TR=49;WE=179743738;WS=179743720;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,56:0.62:91
chr5	179745721	rs3217233	C	CAG	3005.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-1.923;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.888;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=18;PP=2122;ReadPosRankSum=0.027;SC=TAGGACCAGGCAGAGTGTCAG;SOR=0.473;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=88;TCF=59;TCR=29;TR=46;WE=179745729;WS=179745711;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,77:0.68:114
chr5	179751111	rs3828686	A	G	2501.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.195;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.050;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=30;PP=1238;ReadPosRankSum=-0.480;SC=GGAAGGATGAATAAGAACCGG;SOR=0.445;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=118;TCF=72;TCR=46;TR=76;WE=179751119;WS=179751101;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,108:0.68:159
chr5	179751390	rs1559113	A	G	424.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.160;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.077;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=14;PP=231;ReadPosRankSum=0.557;SC=TCCCCTCTGAATATGTGTGGG;SOR=0.935;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=48;TCF=11;TCR=37;TR=17;WE=179751398;WS=179751380;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,23:0.34:67
chr5	179751441	rs3749788	C	T	289.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.642;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=12.155;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=8;PP=195;ReadPosRankSum=-1.855;SC=TCAGCCAAATCGTGTAAAAGA;SOR=0.026;SbPval=0.2;Source=Platypus;TC=21;TCF=6;TCR=15;TR=14;WE=179751449;WS=179751431;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,14:0.67:21
chr5	179755071	rs200885267	CT	C	324.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.155;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.01;ReadPosRankSum=0.076;SOR=0.954;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,29:0.54:54
chr5	179763398	rs6891083	T	G	1161.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=2.508;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.998;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=12;PP=784;ReadPosRankSum=-0.178;SC=AGAATCTCCATTCTCCGGCGC;SOR=0.326;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=145;TCF=113;TCR=32;TR=47;WE=179763406;WS=179763388;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:110,57:0.34:167
chr5	179765467	rs55946431	C	T	710.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=1.717;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.935;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=5;PP=364;ReadPosRankSum=0.821;SC=GGTCCCCAGCCACGAGGCGGG;SOR=0.869;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=58;TCF=45;TCR=13;TR=23;WE=179765475;WS=179765457;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,33:0.41:81
chr5	179779339	.	GA	G	2113.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.197;ClippingRankSum=0.000;DP=230;ExcessHet=3.0103;FS=2.890;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.33;MQRankSum=0.000;QD=11.24;ReadPosRankSum=-0.837;SOR=1.049;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,154:0.82:188
chr5	179780340	rs5873687	GT	G	3795.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.61;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=43;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=30;PP=1599;SC=TCCAGCTCCCGTCCGCTCGGC;SOR=0.870;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=7;TCR=30;TR=37;WE=179780348;WS=179780330;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr5	179780382	.	AGGGCGGGGAAG	A,AGGGGCGGGGAAG	1575.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;QD=47.75;SOR=0.752;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:0,18,15:0.55,0.45:33
chr5	179956197	.	C	CA	211.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.148;ClippingRankSum=0.000;DP=92;ExcessHet=3.0103;FS=2.232;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.12;MQRankSum=1.225;QD=2.61;ReadPosRankSum=0.659;SOR=0.439;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:57,24:0.30:81
chr5	179996111	rs6877400	C	T	9163.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=351;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=127;NR=87;PP=2965;SC=CTAATGTAGCCGGAAAGCCAC;SOR=0.962;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=214;TCF=127;TCR=87;TR=214;WE=179996119;WS=179996101;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,341:1.00:341
chr5	180017399	rs450383	T	C	474.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=2.809;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.210;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=13;PP=312;ReadPosRankSum=1.702;SC=CGCGGGGCCATCTCCGCCTTC;SOR=0.434;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=58;TCF=15;TCR=43;TR=19;WE=180017407;WS=180017389;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,21:0.35:60
chr5	180018621	.	C	A	154.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.876;ClippingRankSum=-0.000;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=3;PP=48;ReadPosRankSum=-0.466;SC=CAACTTCCTGCTGCGGCCGGC;SOR=0.693;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=11;TCF=4;TCR=7;TR=5;WE=180018629;WS=180018611;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,8:0.50:16
chr5	180038248	rs35683852	T	TC	14754.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=2.304;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=881;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.342;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.795;NF=99;NR=128;PP=2963;ReadPosRankSum=0.825;SC=GATTTGCTTTTCCCCGATGAC;SOR=0.962;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=389;TCF=155;TCR=234;TR=227;WE=180038256;WS=180038238;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:331,543:0.62:874
chr5	180041001	rs421662	G	C	30381.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=687;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.69;SOR=1.284;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,665:1.00:665
chr5	180041008	rs366388	T	C	31677.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=761;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.04;SOR=1.220;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,736:1.00:736
chr5	180041208	.	T	C	2962	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;FR=0.5000;HP=3;HapScore=1;MGOF=17;MMLQ=21;MQ=59.19;NF=85;NR=172;PP=2962;QD=20;SC=GCTTGTCCCGTGGTGGATGGG;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=433;TCF=135;TCR=298;TR=257;WE=180041216;WS=180041198;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:176,257:0.59:433
chr5	180043388	rs1130378	G	A	4965.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.188;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=966;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.563;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=108;NR=90;PP=2510;ReadPosRankSum=1.778;SC=GGACGTAGTCGGGGTCTTTGT;SOR=0.769;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=594;TCF=311;TCR=283;TR=198;WE=180043396;WS=180043378;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:659,301:0.31:960
chr5	180043731	rs3765095	C	A	1069.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.514;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.104;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=21;PP=662;ReadPosRankSum=2.590;SC=AGCCAAGAGACCTTGGGAGGT;SOR=0.399;SbPval=0.24;Source=Platypus;TC=136;TCF=91;TCR=45;TR=52;WE=180043739;WS=180043721;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:103,58:0.36:161
chr5	180045700	rs3214903	G	GGGTTACCCTA	2718.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.654;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.009;NF=17;NR=16;PP=2619;ReadPosRankSum=1.757;SC=ACCCCAGGCTGGGGTGCCTGA;SOR=0.719;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=66;TCF=39;TCR=27;TR=33;WE=180045708;WS=180045690;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,58:0.50:115
chr5	180046209	rs446003	C	T	5381.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.599;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=352;ExcessHet=3.0103;FS=6.845;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.69;ReadPosRankSum=-1.843;SOR=0.439;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:113,230:0.67:343
chr5	180046344	rs448012	G	C	6035.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.994;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=397;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.811;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=81;NR=89;PP=2895;ReadPosRankSum=1.661;SC=TCAGCGCGCGGTGCTCGCTGG;SOR=0.755;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=244;TCF=117;TCR=127;TR=170;WE=180046352;WS=180046334;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:128,264:0.67:392
chr5	180046426	rs70973949	C	CTGGCCGCTTAGCTAAGGCACAG	4978.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=3.494;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.976;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=24;PP=2897;ReadPosRankSum=-0.491;SC=TTCCCCGCCACCCGGCGCTTT;SOR=1.222;SbPval=0.13;Source=Platypus;TC=116;TCF=33;TCR=83;TR=40;WE=180046434;WS=180046416;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,104:0.61:171
chr5	180046492	rs201407038	CAG	C	6443.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.247;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=251;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.535;HP=2;HapScore=1;MGOF=61;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.268;NF=49;NR=48;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.190;SC=CCCACTGAGGCAGAGGGGGTT;SOR=1.179;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=158;TCF=77;TCR=81;TR=97;WE=180046501;WS=180046482;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,163:0.65:249
chr5	180046839	rs7707285	G	A	694.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=1.481;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.120;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=23;PP=447;ReadPosRankSum=-0.724;SC=GGCGGCGGGGGAGCCCCGTGC;SOR=1.074;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=95;TCF=21;TCR=74;TR=27;WE=180046847;WS=180046829;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,34:0.30:113
chr5	180047412	rs382266	T	C	6747.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=48;NR=133;PP=2965;SC=TCCTGCGGGGTTCTCAGTCAA;SOR=1.741;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=181;TCF=48;TCR=133;TR=181;WE=180047420;WS=180047402;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,223:1.00:223
chr5	180047739	rs141972439	C	CGTGT	2061.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.823;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=371;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQ=60.03;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=50;PP=1434;ReadPosRankSum=1.703;SC=AAGGGGCCGGCGTGTGTGTGT;SOR=0.684;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=161;TCF=12;TCR=149;TR=53;WE=180047748;WS=180047729;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:192,68:0.26:260
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chr5	180047863	rs423086	C	G	3360.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=43;NR=43;PP=2168;SC=AGGGGTGCAGCCTGAGGCCAG;SOR=0.729;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=86;TCF=43;TCR=43;TR=86;WE=180047871;WS=180047853;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr5	180048056	rs2242214	C	T	5514.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.775;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=977;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=135;NR=91;PP=2948;ReadPosRankSum=1.822;SC=TTGGGATCGTCGGCCTCGCGG;SOR=0.697;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=654;TCF=396;TCR=258;TR=226;WE=180048064;WS=180048046;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:652,309:0.32:961
chr5	180048986	rs10635355	G	GCCTC	2488.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=40;PP=2218;SC=GTCTCCTCCTGCCTCCCTCCC;SOR=4.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=55;TCF=0;TCR=55;TR=40;WE=180048994;WS=180048976;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr5	180049923	rs67904463	GCAC	G	1449.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=1.431;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.658;HP=1;HapScore=3;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=44;PP=779;ReadPosRankSum=0.105;SC=AGGTCGCTGTGCACCACCCCC;SOR=1.485;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=68;TCF=5;TCR=63;TR=47;WE=180049936;WS=180049913;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,58:0.72:81
chr5	180049928	rs307828	A	C	514.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.416;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FS=4.033;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.35;ReadPosRankSum=-0.820;SOR=0.306;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:60,21:0.26:81
chr5	180053307	rs402647	A	G	5683.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.814;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=110;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.868;SC=AGATCCCACCACAGCCCCAAC;SOR=0.672;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=159;TCF=48;TCR=111;TR=158;WE=180053315;WS=180053297;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,205:1.00:206
chr5	180055862	rs383985	T	G	9320.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=46.14;SOR=1.993;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,202:1.00:202
chr5	180055862	.	TGG	GGA	2947	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;FR=1.0000;HP=6;HapScore=1;MGOF=2;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=118;NR=32;PP=2947;QD=20;SC=GCGGGGTCGGTGGGGAGCCAG;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=162;TCF=123;TCR=39;TR=150;WE=180055872;WS=180055852;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:12,150:0.93:162
chr5	180055864	rs438464	G	A	9320.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.55;SOR=1.970;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,214:1.00:214
chr5	180056192	rs399108	T	C	5441.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=82;NR=87;PP=2965;SC=TCCTGAGTGCTCAAGGGCACC;SOR=0.795;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=169;TCF=82;TCR=87;TR=169;WE=180056200;WS=180056182;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,183:1.00:183
chr5	180056620	rs414348	G	A	3341.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=81;NR=13;PP=2399;SC=CATCCTCCACGCGGAGGCCCA;SOR=3.217;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=95;TCF=82;TCR=13;TR=94;WE=180056628;WS=180056610;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr5	180057504	rs12719871	G	A	5138.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-2.837;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=343;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.841;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=115;NR=65;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.601;SC=GGCGGTGTGGGCCCCAGCTGC;SOR=0.905;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=269;TCF=167;TCR=102;TR=180;WE=180057512;WS=180057494;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:116,218:0.65:334
chr5	180165979	rs375326413	C	T	571.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.327;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FS=5.604;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.15;ReadPosRankSum=1.153;SOR=0.259;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:64,29:0.31:93
chr5	180165983	rs2054696	G	C	3526.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=73;NR=12;PP=1218;SC=TGTTCCCCCCGCCACCAAAAA;SOR=2.811;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=85;TCF=73;TCR=12;TR=85;WE=180165991;WS=180165967;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr5	180166461	rs10464105	C	G	6054.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=2.862;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=411;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.238;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=86;NR=100;PP=2962;ReadPosRankSum=0.866;SC=ACTCGGGCCACAAACATCTTG;SOR=0.670;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=298;TCF=150;TCR=148;TR=186;WE=180166469;WS=180166451;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:149,252:0.63:401
chr5	180166599	rs11954074	C	T	3430.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.985;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=564;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=68;NR=62;PP=1733;ReadPosRankSum=-0.043;SC=AGAGAGTTCACGAAACCCGCA;SOR=0.707;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=372;TCF=192;TCR=180;TR=130;WE=180166607;WS=180166589;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:367,191:0.34:558
chr5	180218668	rs634501	A	G	23855.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-2.067;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=933;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=347;NR=226;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.087;SC=CTCCCACGTCAGTGGGGGCGC;SOR=0.362;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=575;TCF=348;TCR=227;TR=573;WE=180218676;WS=180218658;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,922:1.00:923
chr5	180326571	rs2619738	T	A	1058.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.345;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=31;PP=716;ReadPosRankSum=-1.138;SC=CCGTGATCGTTGACGGGGACA;SOR=0.569;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=63;TCF=10;TCR=53;TR=37;WE=180326579;WS=180326561;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,43:0.61:71
chr5	180329359	rs7735361	T	C	5163.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.751;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=346;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.915;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=97;NR=56;PP=2677;ReadPosRankSum=1.653;SC=CTCCTCAAGATCGAATGAAGT;SOR=0.500;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=235;TCF=154;TCR=81;TR=153;WE=180329367;WS=180329349;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:112,227:0.67:339
chr5	180329458	rs7712020	C	G	7381.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=2.713;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=599;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.756;HP=4;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-2.462;NF=113;NR=127;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.007;SC=GAATGTTTCCCCCTGATGCAC;SOR=0.700;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=389;TCF=188;TCR=201;TR=240;WE=180329466;WS=180329448;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:248,347:0.58:595
chr5	180329536	rs7712185	C	T	4050.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.907;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=278;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.486;HP=4;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-2.249;NF=43;NR=100;PP=2447;ReadPosRankSum=0.867;SC=TTTGTTTTTGCTTTTATACTT;SOR=0.652;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=221;TCF=68;TCR=153;TR=143;WE=180329544;WS=180329526;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:92,181:0.66:273
chr5	180338300	rs2276994	G	A	1045.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-0.410;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=10;PP=788;ReadPosRankSum=0.231;SC=GCTTTGGGATGTGATCTTTGC;SOR=0.859;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=61;TCF=45;TCR=16;TR=40;WE=180338308;WS=180338290;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,42:0.67:63
chr5	180338368	rs2276995	A	G	2877.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.230;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=30;PP=1523;ReadPosRankSum=1.116;SC=CATTTCCATCACGGGATATGT;SOR=0.666;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=135;TCF=90;TCR=45;TR=91;WE=180338376;WS=180338358;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,132:0.65:202
chr5	180374484	rs3733755	C	A	3479.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.586;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=255;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=72;NR=37;PP=1781;ReadPosRankSum=-0.663;SC=TCACCAATAACTAAAATGTCT;SOR=0.700;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=178;TCF=117;TCR=61;TR=109;WE=180374492;WS=180374474;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:97,156:0.62:253
chr5	180374534	rs3733756	G	A	5831.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.743;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=435;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.148;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=100;NR=66;PP=2630;ReadPosRankSum=-0.383;SC=AGCCTATATCGTGGCACCTGG;SOR=0.819;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=263;TCF=155;TCR=108;TR=166;WE=180374542;WS=180374524;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:159,273:0.63:432
chr5	180374898	rs7711990	A	G	733.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-2.543;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.946;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=20;PP=440;ReadPosRankSum=-1.179;SC=ATAATTTTCCATGAACACCAC;SOR=0.207;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=49;TCF=10;TCR=39;TR=27;WE=180374906;WS=180374888;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,32:0.59:54
chr5	180430797	rs72494581	T	C	7051.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.490;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=472;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.565;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-1.832;NF=134;NR=86;PP=2962;ReadPosRankSum=1.455;SC=GGAGCCAGCGTCGTGTTTGTA;SOR=0.644;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=321;TCF=199;TCR=122;TR=220;WE=180430805;WS=180430787;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:152,309:0.67:461
chr5	180430996	rs114244788	G	A	1626.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=7.317;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=30.093;HP=3;HapScore=4;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=-11.067;NF=4;NR=59;PP=2351;ReadPosRankSum=-4.286;SC=CAGGTGGAGGGGAGCAGCTGC;SOR=2.962;SbPval=0.99;Source=Platypus;TC=136;TCF=24;TCR=112;TR=63;WE=180431017;WS=180430986;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,63:0.42:150
chr5	180431009	rs200820251	A	G	661.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=7.314;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=29.632;HP=2;HapScore=4;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-9.294;NF=0;NR=33;PP=2351;ReadPosRankSum=-2.235;SC=GCAGCTGCTCACTCTCTCCAT;SOR=4.823;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=86;TCF=13;TCR=73;TR=33;WE=180431017;WS=180430986;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,28:0.31:91
chr5	180431758	rs371454208	C	T	5288.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.436;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=397;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.729;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=98;NR=67;PP=2382;ReadPosRankSum=0.362;SC=CCCGGAAACACGCAGGTACCA;SOR=0.802;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=258;TCF=149;TCR=109;TR=165;WE=180431766;WS=180431748;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:141,248:0.64:389
chr5	180432416	rs7726150	C	T	1365.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=2.604;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.032;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.734;NF=41;NR=10;PP=933;ReadPosRankSum=-1.423;SC=GAAAAGCTCCCCAGGAGGTGC;SOR=1.009;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=80;TCF=63;TCR=17;TR=51;WE=180432424;WS=180432406;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,54:0.63:86
chr5	180472498	rs28677846	C	T	12287.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-1.517;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1311;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.523;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=203;NR=172;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.551;SC=AGATGGTGGACCTCTCAGTCT;SOR=0.761;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=792;TCF=414;TCR=378;TR=375;WE=180472506;WS=180472488;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:689,618:0.47:1307
chr5	180472513	rs6894087	A	G	12852.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-4.162;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1379;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=202;NR=193;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.728;SC=CAGTCTCCCCAGACTCCTTGA;SOR=0.711;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=816;TCF=410;TCR=406;TR=395;WE=180472521;WS=180472503;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:714,659:0.48:1373
chr5	180474814	rs13359580	CA	TG	1326.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.636;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=1.080;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=23.69;ReadPosRankSum=-0.505;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,34:0.61:56
chr5	180477449	rs7702426	C	G	2631.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-1.676;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.910;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=79;PP=1850;ReadPosRankSum=-0.547;SC=TCTATAAAGACACAATGGTAC;SOR=1.149;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=183;TCF=35;TCR=148;TR=93;WE=180477457;WS=180477439;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:106,108:0.50:214
chr5	180482303	rs112262574	T	TA	215.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.347;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=564;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.40;ReadPosRankSum=0.224;SOR=0.748;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:448,88:0.16:536
chr5	180482795	rs3885614	A	T	5692.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=4.179;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=700;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.134;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=124;NR=69;PP=2962;ReadPosRankSum=0.047;SC=ATTTCTCCTCATTCATCATTT;SOR=0.847;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=439;TCF=273;TCR=166;TR=193;WE=180482803;WS=180482785;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:405,288:0.42:693
chr5	180482899	rs3885615	C	T	8380.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.833;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=891;ExcessHet=3.0103;FS=0.518;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.56;ReadPosRankSum=2.665;SOR=0.665;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:442,435:0.50:877
chr5	180486224	rs7379015	T	G	2845.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=60;NR=17;PP=1764;SC=ACTAACGCTGTGGCTCTGCGC;SOR=2.117;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=77;TCF=60;TCR=17;TR=77;WE=180486232;WS=180486214;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr5	180486247	rs6601166	G	T	4154.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=74;NR=32;PP=2203;SC=TGGATGTGACGCTGGACCCGG;SOR=1.429;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=106;TCF=74;TCR=32;TR=106;WE=180486255;WS=180486237;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,151:1.00:151
chr5	180486785	rs10068763	G	C	13836.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.690;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1540;ExcessHet=3.0103;FS=0.522;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.06;MQRankSum=3.235;QD=9.03;ReadPosRankSum=2.427;SOR=0.629;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:822,711:0.46:1533
chr5	180486841	rs10054109	C	T	10850.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-3.383;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1138;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.520;HP=3;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=3.073;NF=134;NR=204;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.987;SC=AGCCCGCGGACCCCGCCCTGG;SOR=0.734;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=695;TCF=283;TCR=412;TR=338;WE=180486849;WS=180486831;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:577,554:0.49:1131
chr5	180486891	rs33927456	C	CG	5386.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.106;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=580;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=2.455;NF=7;NR=125;PP=2972;ReadPosRankSum=3.703;SC=GGACTGGCCCCGGGGGGCCCC;SOR=0.668;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=316;TCF=18;TCR=298;TR=132;WE=180486905;WS=180486881;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:271,225:0.45:496
chr5	180552412	rs7724668	G	C	1167.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=7;NR=27;PP=824;SC=TGCTCTGAGAGATGCAGGAGG;SOR=2.303;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=34;TCF=7;TCR=27;TR=34;WE=180552420;WS=180552402;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr5	180582604	rs2546423	A	G	2829.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.276;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=650;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.99;MQRankSum=0.000;QD=4.42;ReadPosRankSum=0.143;SOR=0.678;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:460,180:0.28:640
chr5	180582980	rs7380309	G	A	1522.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.266;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.880;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=3.238;NF=21;NR=31;PP=608;ReadPosRankSum=1.160;SC=TGGTTTCCTCGTGAATTATGA;SOR=0.385;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=170;TCF=58;TCR=112;TR=52;WE=180582988;WS=180582970;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:145,85:0.37:230
chr5	180583039	.	G	GTTCTTTCTTTCT	612.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.203;ClippingRankSum=0.000;DP=92;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.70;MQRankSum=3.304;QD=13.93;ReadPosRankSum=0.302;SOR=0.671;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,17:0.39:44
chr5	180622615	rs254460	C	T	5039.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.162;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=360;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.316;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=73;PP=2299;ReadPosRankSum=0.964;SC=AGGCGCACGCCCTTAAGATCC;SOR=0.789;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=217;TCF=101;TCR=116;TR=136;WE=180622623;WS=180622605;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:126,226:0.64:352
chr5	180625254	rs254458	G	A	9314.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.740;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=639;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.179;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=129;NR=150;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.915;SC=GTGCATGAGCGACACGGGAGA;SOR=0.582;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=410;TCF=183;TCR=227;TR=279;WE=180625262;WS=180625244;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:206,424:0.67:630
chr5	180626927	rs416574	A	G	8844.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.862;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=596;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.555;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=145;NR=101;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.359;SC=GGTGATCTCAACCCCGAGCTG;SOR=0.779;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=382;TCF=219;TCR=163;TR=246;WE=180626935;WS=180626917;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:197,385:0.66:582
chr5	180631817	rs2545112	T	C	2781.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-0.320;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.606;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=14;PP=2538;ReadPosRankSum=-2.051;SC=GCGTGGCCACTGCCGCCAGCT;SOR=1.554;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=82;TCF=55;TCR=27;TR=54;WE=180631836;WS=180631807;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,71:0.70:102
chr5	180631828	rs2770945	G	C	2838.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-3.314;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.044;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=13;PP=2538;ReadPosRankSum=-0.650;SC=GCCGCCAGCTGCCGGTTGGGC;SOR=1.609;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=90;TCF=64;TCR=26;TR=59;WE=180631836;WS=180631807;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,73:0.67:109
chr5	180649526	rs59521877	G	A	958.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-5.145;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.993;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=3;PP=635;ReadPosRankSum=-0.263;SC=GAGACGGCCGGGATAGCTCTA;SOR=0.296;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=118;TCF=109;TCR=9;TR=37;WE=180649534;WS=180649516;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:91,45:0.33:136
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chr5	180652241	rs2259749	T	C	114.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=2.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=5;PP=91;ReadPosRankSum=0.892;SC=ACCCAAATGCTCTGCACTTGC;SOR=0.512;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=18;TCF=2;TCR=16;TR=6;WE=180652249;WS=180652231;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,6:0.33:18
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chr5	180662775	rs184137576	G	A	1368.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.161;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.084;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=24;PP=559;ReadPosRankSum=-1.274;SC=AAGGGAAGGCGTGCTGTGGAA;SOR=1.092;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=59;TCF=21;TCR=38;TR=33;WE=180662783;WS=180662752;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,57:0.66:87
chr5	180662858	rs7735783	T	C	271.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-2.935;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.927;HP=2;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=8;PP=144;ReadPosRankSum=-1.231;SC=TTTCTTCCTTTGCCGCCCCTG;SOR=0.078;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=16;TCF=3;TCR=13;TR=11;WE=180662866;WS=180662848;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,13:0.68:19
chr5	180663941	rs113679128	G	GT	193.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=1.200;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.919;HP=10;HapScore=3;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=2;PP=109;ReadPosRankSum=-0.157;SC=AGAAAAGCCAGTTTTTTTTTT;SOR=1.781;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=42;TCF=31;TCR=11;TR=12;WE=180663949;WS=180663931;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,18:0.35:51
chr5	180664105	rs2770995	C	G	1660.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.248;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=234;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.504;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=24;PP=966;ReadPosRankSum=0.684;SC=TCACTAGATTCAGCCCAAGTG;SOR=0.751;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=130;TCF=71;TCR=59;TR=51;WE=180664113;WS=180664095;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:153,80:0.34:233
chr5	180664256	rs2770996	C	T	2257.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.430;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=444;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.695;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=42;PP=1009;ReadPosRankSum=0.728;SC=GCCACAACGCCGGGTAGACTG;SOR=0.612;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=281;TCF=149;TCR=132;TR=83;WE=180664264;WS=180664246;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:308,135:0.30:443
chr5	180664759	rs145268208	CAAG	C	157.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.040;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.94;ReadPosRankSum=-0.054;SOR=0.730;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,7:0.17:40
chr5	180665065	rs2770997	G	C	1061.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-1.192;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.444;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=11;PP=681;ReadPosRankSum=1.201;SC=TCAGAGTGCAGCCAGGTACCC;SOR=0.832;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=126;TCF=94;TCR=32;TR=46;WE=180665073;WS=180665055;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:102,55:0.35:157
chr5	180665812	rs201952860	AAAAC	A	481.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.206;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=3.218;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.48;MQRankSum=0.000;QD=13.02;ReadPosRankSum=0.720;SOR=1.347;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,14:0.38:37
chr5	180665835	.	C	CA	497.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.559;ClippingRankSum=0.000;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.63;MQRankSum=0.000;QD=9.57;ReadPosRankSum=-0.508;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,28:0.54:52
chr5	180666049	rs77347265	C	T	1703.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.058;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=321;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.613;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=29;PP=782;ReadPosRankSum=1.384;SC=GAGTAGGAGACGCCTTGTCCC;SOR=0.851;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=218;TCF=114;TCR=104;TR=66;WE=180666057;WS=180666039;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:215,102:0.32:317
chr5	180666310	rs141896951	C	T	1510.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-0.934;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.882;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=20;PP=813;ReadPosRankSum=1.628;SC=GGCCACTTCACGTTAGATTAT;SOR=0.553;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=172;TCF=119;TCR=53;TR=62;WE=180666318;WS=180666300;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:129,77:0.37:206
chr5	180667252	rs2545095	G	A	137.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.108;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.047;NF=6;NR=3;PP=113;ReadPosRankSum=1.093;SC=CGACTCGGGAGGCTGAGGCAG;SOR=1.002;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=24;TCF=15;TCR=9;TR=9;WE=180667260;WS=180667242;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,9:0.32:28
chr5	180667388	rs2545094	C	T	360.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.576;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.73;ReadPosRankSum=-0.700;SOR=0.648;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:40,23:0.37:63
chr5	180668751	rs150391948	A	G	9723.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.007;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=721;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=129;NR=164;PP=2962;ReadPosRankSum=0.944;SC=ACAACCCTGGATTTGGCTCTG;SOR=0.649;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=463;TCF=200;TCR=263;TR=293;WE=180668759;WS=180668741;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:263,450:0.63:713
chr5	180668964	rs2241370	T	G	730.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-1.230;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.946;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=21;PP=432;ReadPosRankSum=0.242;SC=ACTCAGAACTTTTGCACCTGG;SOR=0.831;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=59;TCF=14;TCR=45;TR=26;WE=180668972;WS=180668954;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,35:0.48:73
chr5	180669275	rs59085681	C	T	1545.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-2.288;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=234;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.860;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=26;PP=601;ReadPosRankSum=-0.345;SC=GGGAGTGACCCCGCAGAGCAC;SOR=0.477;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=158;TCF=92;TCR=66;TR=54;WE=180669283;WS=180669265;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:143,86:0.38:229
chr5	180669370	rs2287715	A	G	2166.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.029;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=324;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=31;PP=1116;ReadPosRankSum=-0.519;SC=ACAGAAGAAAAATCAGTGAGG;SOR=0.715;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=217;TCF=121;TCR=96;TR=73;WE=180669378;WS=180669360;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:206,111:0.35:317
chr5	180670251	rs1279738	C	G	4150.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.698;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=736;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=95;NR=57;PP=2248;ReadPosRankSum=-0.847;SC=AGTAGGCCGACACTTGAGCCA;SOR=0.662;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=461;TCF=294;TCR=167;TR=152;WE=180670259;WS=180670241;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:499,227:0.31:726
chr5	180670433	rs3909373	T	G	3732.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.675;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=561;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=78;PP=1754;ReadPosRankSum=-0.584;SC=AAAGATATTTTAAAAGTTTCC;SOR=0.698;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=354;TCF=121;TCR=233;TR=115;WE=180670441;WS=180670423;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:345,195:0.36:540
chr5	180670483	rs141354902	C	T	1674.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=2.501;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=259;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=40;PP=908;ReadPosRankSum=-1.255;SC=CTGATGTACACGTAGGTTCTC;SOR=0.686;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=186;TCF=63;TCR=123;TR=60;WE=180670491;WS=180670473;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:166,87:0.34:253
chr5	180687428	rs200454506	CTCT	C	8044.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.822;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=679;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.153;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=4.077;NF=38;NR=72;PP=2979;ReadPosRankSum=0.617;SC=CCTGATCTTCCTCTTCTTCTT;SOR=0.829;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=341;TCF=112;TCR=229;TR=110;WE=180687438;WS=180687418;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:410,225:0.35:635
chr6	292694	rs3832447	GC	G	1913.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-4.538;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.931;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.135;NF=2;NR=38;PP=1495;ReadPosRankSum=-0.122;SC=GGGAGGGGCGGCGCGCCTGGG;SOR=0.461;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=98;TCF=3;TCR=95;TR=40;WE=292702;WS=292684;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,59:0.44:133
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chr6	335175	rs2671431	A	T	3922.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=58;NR=40;PP=1984;SC=TAAGTTTCTTATTTCTGTATT;SOR=0.971;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=98;TCF=58;TCR=40;TR=98;WE=335183;WS=335165;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,144:1.00:144
chr6	335251	rs3757305	T	C	5400.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.125;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FS=1.669;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.33;ReadPosRankSum=0.598;SOR=0.583;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:87,135:0.61:222
chr6	335251	.	TGT	CGC	2669	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;FR=0.5000;HP=1;HapScore=1;MGOF=22;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=42;NR=36;PP=2669;QD=20;SC=ACTGTGAAGTTGTCAGAGCTC;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=125;TCF=71;TCR=54;TR=78;WE=335261;WS=335241;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:47,78:0.62:125
chr6	335253	rs3757306	T	C	5400.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.534;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FS=2.346;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.33;ReadPosRankSum=-0.023;SOR=0.551;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:85,137:0.62:222
chr6	335268	rs4959733	C	T	2585.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.309;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.511;HP=2;HapScore=1;MGOF=32;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=39;PP=1225;ReadPosRankSum=0.901;SC=GCTCACGGGACCCTTGCTGAC;SOR=0.638;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=131;TCF=69;TCR=62;TR=80;WE=335276;WS=335258;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,122:0.58:210
chr6	348051	rs1877172	A	G	1215.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=4.001;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.810;HP=1;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=5;PP=841;ReadPosRankSum=1.399;SC=TTGGGCGATGAACCCGGAGAT;SOR=1.306;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=72;TCF=62;TCR=10;TR=41;WE=348059;WS=348041;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,46:0.61:76
chr6	348080	rs2797333	A	G	3469.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=88;NR=22;PP=2184;SC=GCCCTCACACATGTGCTTCTC;SOR=2.358;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=112;TCF=90;TCR=22;TR=110;WE=348088;WS=348070;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,129:1.00:129
chr6	348906	rs11242812	G	A	1665.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.867;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.802;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=37;PP=987;ReadPosRankSum=-1.332;SC=GCAGTTTTCCGGCACTGGCTC;SOR=0.412;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=85;TCF=29;TCR=56;TR=60;WE=348914;WS=348896;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,75:0.66:113
chr6	350940	rs11408655	T	TA	4550.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.782;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=278;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=74;PP=2962;ReadPosRankSum=0.765;SC=AAAAGCAACATAGAGTTTAAG;SOR=0.701;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=149;TCF=8;TCR=141;TR=79;WE=350948;WS=350930;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:120,144:0.55:264
chr6	367243	rs7776416	T	C	1304.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.697;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.574;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=16;PP=821;ReadPosRankSum=-1.847;SC=CTCAACCCTCTTCTTTGTTTT;SOR=0.742;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=140;TCF=96;TCR=44;TR=53;WE=367251;WS=367233;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:129,67:0.34:196
chr6	367352	rs7764099	C	T	3077.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.238;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=499;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.546;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=69;NR=58;PP=1679;ReadPosRankSum=0.058;SC=CATGCACATACACACATGTAC;SOR=0.755;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=312;TCF=166;TCR=146;TR=127;WE=367360;WS=367342;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:319,170:0.35:489
chr6	367552	rs12527701	C	T	1036.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=3.776;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.863;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=37;PP=759;ReadPosRankSum=-0.629;SC=ACACAATACACGCATACCCAC;SOR=1.152;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=107;TCF=26;TCR=81;TR=47;WE=367560;WS=367542;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,49:0.40:124
chr6	406552	rs56116020	C	CA	317.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=22.70;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr6	407629	.	CTTT	C	96.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.771;ClippingRankSum=0.000;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=6.444;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.16;MQRankSum=-0.479;QD=2.42;ReadPosRankSum=1.460;SOR=0.138;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,9:0.22:40
chr6	497520	rs6909878	G	C	3776.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.583;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=62;PP=2070;ReadPosRankSum=-0.596;SC=ATGGTGCTTTGTGGGGCTTTT;SOR=0.487;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=94;TCF=31;TCR=63;TR=93;WE=497528;WS=497510;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,135:0.99:136
chr6	532682	.	T	G	544.82	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=1.372;ClippingRankSum=0.000;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.031;HP=5;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=15;PP=395;ReadPosRankSum=-0.780;SC=ATGTTAACAATAAATACTTCA;SOR=2.636;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=17;TCF=2;TCR=15;TR=17;WE=532690;WS=532672;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,21:0.91:23
chr6	554045	rs11399543	C	CT	257.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.077;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.65;MQRankSum=0.337;QD=15.16;ReadPosRankSum=0.077;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,15:0.88:17
chr6	556106	rs2064302	G	A	687.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.861;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=11;PP=411;ReadPosRankSum=2.547;SC=AACGTGGAACGCTGCTGCAGG;SOR=0.544;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=17;TCF=5;TCR=12;TR=16;WE=556114;WS=556096;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,25:0.96:26
chr6	556147	rs2476844	C	T	477.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=7;PP=270;SC=AGGAGGCGTGCGAAGAGTGGG;SOR=1.371;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=3;TCR=7;TR=10;WE=556155;WS=556137;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr6	556655	rs2245544	C	T	2686.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=0.785;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=30;PP=1082;ReadPosRankSum=-0.663;SC=CCAAGCCCCACATTTTCCAGA;SOR=0.900;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=55;TCF=24;TCR=31;TR=53;WE=556663;WS=556645;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,104:0.98:106
chr6	564145	rs2277095	A	G	5462.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=69;NR=60;PP=2186;SC=TCAACGATTCATGAGTAAGTC;SOR=0.790;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=129;TCF=69;TCR=60;TR=129;WE=564153;WS=564135;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,214:1.00:214
chr6	576676	rs116508596	G	A	1169.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=18;NR=14;PP=585;SC=CACAAATTGGGGAATTTTCCA;SOR=0.990;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=32;TCF=18;TCR=14;TR=32;WE=576684;WS=576666;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr6	597871	rs4960092	G	A	413.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=3;PP=244;SC=GATGTCCTACGCCAGATAACC;SOR=2.448;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=10;TCR=3;TR=13;WE=597879;WS=597861;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr6	599042	rs2294664	T	A	1200.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=16;NR=16;PP=735;SC=ATGTATGACATCTACAACCAT;SOR=0.739;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=33;TCF=16;TCR=17;TR=32;WE=599050;WS=599032;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr6	601244	rs1766844	A	G	793.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=14;PP=394;SC=CACCCCGTGTACGAATCCACA;SOR=0.997;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=22;TCF=8;TCR=14;TR=22;WE=601252;WS=601234;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr6	629811	rs114984461	G	A	2626.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=51;NR=20;PP=1541;SC=AAATAAAGAAGACTGAAAGCA;SOR=1.609;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=72;TCF=51;TCR=21;TR=71;WE=629819;WS=629801;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr6	656143	rs1211554	C	A	3109.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=43;NR=25;PP=1329;SC=AGAGAGACATCTTCTTGAACC;SOR=1.066;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=69;TCF=44;TCR=25;TR=68;WE=656151;WS=656133;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr6	1053665	rs4960488	T	C	2760.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=61;NR=22;PP=1726;SC=AGAGATCCAATAACTAATTAT;SOR=1.832;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=83;TCF=61;TCR=22;TR=83;WE=1053673;WS=1053655;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
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chr6	2675271	rs9328114	C	T	1850.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.999;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=21;PP=903;ReadPosRankSum=1.701;SC=GAGCAAGAAGCCGTGGTCACC;SOR=0.286;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=48;TCF=27;TCR=21;TR=46;WE=2675279;WS=2675261;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,69:0.99:70
chr6	2683439	rs898772	T	A	1447.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=8;NR=30;PP=887;SC=CCGATTTCCTTACCACCATGT;SOR=2.004;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=38;TCF=8;TCR=30;TR=38;WE=2683447;WS=2683429;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr6	2749381	rs2296356	C	T	4177.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.842;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=69;NR=35;PP=2076;ReadPosRankSum=-1.071;SC=TCATTATGTCCAGATCTTGAA;SOR=0.560;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=108;TCF=70;TCR=38;TR=104;WE=2749389;WS=2749371;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,151:0.99:152
chr6	2749661	rs2296355	A	G	931.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=26;PP=739;SC=AGGAAACACAAAAAGTTCTCA;SOR=4.479;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=28;TCF=2;TCR=26;TR=28;WE=2749669;WS=2749651;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
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chr6	2768905	rs3734500	A	G	3185.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-0.267;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=47;PP=1594;ReadPosRankSum=1.049;SC=TTCAAACTCCATGTATGTCAT;SOR=0.491;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=101;TCF=53;TCR=48;TR=98;WE=2768913;WS=2768895;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:5,132:0.96:137
chr6	2784797	rs3734499	T	C	3291.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.953;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=63;PP=1967;ReadPosRankSum=-0.922;SC=CTTAGACTCCTAGAGAGGGAA;SOR=1.532;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=93;TCF=29;TCR=64;TR=91;WE=2784805;WS=2784787;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,120:0.98:122
chr6	2834265	rs386915	C	T	2505.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.891;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=44;PP=1188;ReadPosRankSum=-0.867;SC=AAAAATGAGGCGAAAGAGGAA;SOR=1.313;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=68;TCF=23;TCR=45;TR=66;WE=2834273;WS=2834255;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,96:0.98:98
chr6	2834371	rs3215397	CA	C	147.92	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.157;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5008;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=4;PP=140;ReadPosRankSum=-0.157;SC=TGTTTTGTGCCAAAACAGATT;SOR=1.402;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=6;TCF=1;TCR=5;TR=5;WE=2834379;WS=2834361;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,7:0.88:8
chr6	2836266	rs385955	T	A	4694.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=1.253;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=75;NR=53;PP=2337;ReadPosRankSum=0.950;SC=TTCTGAACAGTTTTAAAAAAT;SOR=0.985;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=132;TCF=77;TCR=55;TR=128;WE=2836274;WS=2836256;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,177:0.98:181
chr6	2838046	rs316339	A	G	1446.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=24;NR=11;PP=651;SC=AACTGCAGGTAGGGAAGGCGG;SOR=1.329;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=35;TCF=24;TCR=11;TR=35;WE=2838054;WS=2838036;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr6	2838102	rs316340	G	A	2653.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.767;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=25;PP=1114;ReadPosRankSum=-0.887;SC=ATTCCATTCTGCCCAGGCTCT;SOR=0.925;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=58;TCF=33;TCR=25;TR=58;WE=2838110;WS=2838092;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,103:0.98:105
chr6	2838248	rs316341	G	A	925.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=8;NR=21;PP=621;SC=TAAAAAAAAGGAAAAGGAAAT;SOR=1.981;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=8;TCR=21;TR=29;WE=2838256;WS=2838238;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr6	2854367	rs412303	G	A	3425.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=43;NR=43;PP=1592;SC=CCACAGTTTCGTTTCCTCAAT;SOR=0.708;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=86;TCF=43;TCR=43;TR=86;WE=2854375;WS=2854357;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr6	2900940	rs28437254	G	A	1653.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=15;NR=36;PP=1020;SC=TTTTGGAATCGTACTTTTTGT;SOR=1.609;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=51;TCF=15;TCR=36;TR=51;WE=2900948;WS=2900930;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr6	2948965	rs318426	C	T	3543.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=26;NR=57;PP=1822;SC=CTTTAAGACCCAGGGTGCTGC;SOR=1.416;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=83;TCF=26;TCR=57;TR=83;WE=2948973;WS=2948955;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
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chr6	3006821	.	C	CT	116.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.343;ClippingRankSum=0.000;DP=78;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.14;MQRankSum=1.789;QD=1.82;ReadPosRankSum=0.570;SOR=0.714;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:49,15:0.23:64
chr6	3077141	rs2272990	T	C	1231.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=16;NR=8;PP=442;SC=GCGGAGGCTTTGGGAAGGTGT;SOR=1.022;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=26;TCF=16;TCR=10;TR=24;WE=3077149;WS=3077131;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr6	3104696	rs10498658	C	T	112.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=22.58;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
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chr6	3138194	rs1534998	T	C	2339.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=27;NR=33;PP=925;SC=GAAAATATTCTGTTTTTTCCA;SOR=0.737;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=60;TCF=27;TCR=33;TR=60;WE=3138202;WS=3138184;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
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chr6	3157809	rs909965	C	T	153.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=21.97;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
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chr6	3290215	rs67896530	CT	C	151.52	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.966;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=8.528;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.27;MQRankSum=0.560;QD=7.58;ReadPosRankSum=1.485;SOR=2.675;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:3,17:0.85:20
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chr6	3439510	rs9503595	T	C	1223.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=18;NR=11;PP=561;SC=TGCCGAATGTTCTCTGGGAGC;SOR=1.085;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=29;TCF=18;TCR=11;TR=29;WE=3439518;WS=3439500;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr6	3439595	rs35613438	G	GA	1341.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=17;PP=753;SC=AGGCATTTCTGAAAGTTCCCC;SOR=0.976;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=19;TCF=2;TCR=17;TR=19;WE=3439603;WS=3439585;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr6	3439637	rs9502003	G	A	741.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=37;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=7;NR=13;PP=382;SC=GAGCCACTGCGGCCCTGGACG;SOR=1.179;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=7;TCR=13;TR=20;WE=3439645;WS=3439627;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr6	3723764	rs1045778	G	T	150.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=1;PP=101;SC=CAGAGCTGGGGCAGCAGCTGT;SOR=2.303;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=5;TCR=1;TR=6;WE=3723772;WS=3723760;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr6	3727811	rs226959	C	G	5094.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.725;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=68;NR=43;PP=2178;ReadPosRankSum=2.429;SC=CCACGCCCAGCTGCTGGTCTC;SOR=0.972;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=111;TCF=68;TCR=43;TR=111;WE=3727819;WS=3727801;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,192:0.99:194
chr6	3738897	rs11390464	A	AG	409.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=34.14;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr6	4020336	rs9392546	C	T	1458.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=33;NR=12;PP=974;SC=CCACCGCGCCCGGCCCTAACA;SOR=1.958;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=46;TCF=34;TCR=12;TR=45;WE=4020344;WS=4020326;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr6	4020356	rs9405217	G	A	2114.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=43;NR=19;PP=1247;SC=ATTTCAAAACGTTTGGAATTC;SOR=1.493;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=62;TCF=43;TCR=19;TR=62;WE=4020364;WS=4020346;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr6	4020540	rs78628853	AT	A	1116.74	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.766;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FS=2.503;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.17;MQRankSum=0.674;QD=11.40;ReadPosRankSum=1.515;SOR=0.393;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,84:0.86:98
chr6	4021554	rs11752006	A	G	3781.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.61;BaseQRankSum=2.519;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=36;PP=1267;ReadPosRankSum=-0.012;SC=TCTTCCCTACACGGTCGGCAC;SOR=0.240;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=74;TCF=37;TCR=37;TR=73;WE=4021562;WS=4021544;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,149:0.99:150
chr6	4031998	rs9503893	A	G	2055.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=36;NR=19;PP=1255;SC=AAGAAAAGAGATTATTGATGC;SOR=1.276;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=55;TCF=36;TCR=19;TR=55;WE=4032006;WS=4031988;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr6	4033065	rs6924389	A	G	586.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=16;PP=392;SC=CTTGTGGACCATTAAAAATGA;SOR=3.160;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=17;TCF=1;TCR=16;TR=17;WE=4033073;WS=4033055;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr6	4037582	rs7763233	C	A	706.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=1.195;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.863;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=4;PP=412;ReadPosRankSum=0.571;SC=AGAAAAAAATCATTTACTTTG;SOR=1.863;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=16;TCR=4;TR=20;WE=4037590;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,28:0.93:30
chr6	4052167	rs3747761	C	A	1467.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=3;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=40;NR=5;PP=1114;SC=TTCAATTTTACCCCAATTTTT;SOR=3.816;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=47;TCF=41;TCR=6;TR=45;WE=4052180;WS=4052157;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr6	4052383	rs3747762	G	A	4107.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.842;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.233;NF=36;NR=65;PP=2075;ReadPosRankSum=-0.455;SC=TCATCTTTACGATCTCATTTT;SOR=1.201;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=103;TCF=37;TCR=66;TR=101;WE=4052391;WS=4052373;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,152:0.99:154
chr6	4052458	rs3833454	G	GT	700.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=25;PP=911;SC=TCTGGTTTTTGTTTTTAACTT;SOR=5.283;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=27;TCF=0;TCR=27;TR=25;WE=4052466;WS=4052448;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr6	4057233	rs853407	C	T	125.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=3;NR=1;PP=53;SC=TCAGTTTTCTCTATCCTCGTA;SOR=1.981;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=3;TCR=1;TR=4;WE=4057241;WS=4057223;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr6	4057429	rs853408	A	G	1248.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-2.281;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=14;PP=473;ReadPosRankSum=-0.640;SC=AAGGTAAGACATTAGCATGAG;SOR=0.273;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=33;TCF=19;TCR=14;TR=32;WE=4057437;WS=4057419;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,51:0.98:52
chr6	4058782	rs12198921	C	T	87.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=0;PP=21;SC=GTTTTAGGTACAGCATTGGTA;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=2;TCF=2;TCR=0;TR=2;WE=4058790;WS=4058772;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr6	4069166	rs595413	C	T	6937.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.772;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=268;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=79;NR=94;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.952;SC=CTTGTGGAGACCATTTTAACC;SOR=0.830;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=175;TCF=80;TCR=95;TR=173;WE=4069174;WS=4069156;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,263:0.99:265
chr6	4119553	rs57858259	AT	A	111.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.166;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=1.576;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.10;ReadPosRankSum=2.127;SOR=0.430;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,15:0.42:36
chr6	4936074	rs1539004	T	G	1421.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=32;PP=892;SC=CCTGCCTGGCTGAACTGGCTC;SOR=1.848;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=44;TCF=12;TCR=32;TR=44;WE=4936082;WS=4936064;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr6	4944004	rs200106765	T	TAA	438.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;QD=21.94;SOR=1.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr6	4952413	rs2793263	T	C	837.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=17;NR=11;PP=518;SC=TTGTGAATGTTTCCCTTCGGT;SOR=1.143;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=29;TCF=17;TCR=12;TR=28;WE=4952421;WS=4952403;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr6	4998963	rs1749144	A	G	348.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=1;PP=143;SC=TTTTATGCCAAGCCAAAAGAA;SOR=1.609;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=6;TCR=1;TR=7;WE=4998971;WS=4998953;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr6	4999910	rs1749145	C	T	264.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=7;NR=0;PP=175;SC=CTGTGAAGCTCGAGTCAGAAG;SOR=3.056;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=7;TCR=0;TR=7;WE=4999918;WS=4999900;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr6	5000027	rs439795	C	T	1139.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=16;NR=11;PP=515;SC=ACAGATGGAACACACATGATA;SOR=0.941;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=16;TCR=11;TR=27;WE=5000035;WS=5000017;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr6	5000779	rs7744457	G	A	679.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.605;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=10;PP=322;ReadPosRankSum=-1.056;SC=AAAGAAAGATGAAAAAATAAA;SOR=1.071;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=19;TCF=9;TCR=10;TR=19;WE=5000787;WS=5000769;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,29:0.94:31
chr6	5001341	rs1749158	C	T	4081.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.090;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=45;PP=1700;ReadPosRankSum=0.445;SC=TGGGGATGCGCGGAGAGGGGT;SOR=0.400;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=92;TCF=45;TCR=47;TR=88;WE=5001349;WS=5001331;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,156:0.98:159
chr6	5001577	rs912711	G	C	298.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=6;PP=151;SC=CCTTGAAATAGATGAAAGGAA;SOR=1.802;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=2;TCR=6;TR=8;WE=5001585;WS=5001567;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr6	5003952	rs4960056	T	C	1412.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=34;NR=5;PP=1012;SC=GCCACTGGCTTAGAGCAGTTA;SOR=3.209;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=40;TCF=34;TCR=6;TR=39;WE=5003960;WS=5003942;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr6	5003981	rs3762008	C	T	2995.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=60;NR=16;PP=1658;SC=CAACTCCCAGCAAGCCGGGCG;SOR=2.014;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=76;TCF=60;TCR=16;TR=76;WE=5003989;WS=5003971;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr6	5086070	rs667752	A	G	1390.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=22;NR=18;PP=809;SC=CGGAGGACGCACAGCTCGGCC;SOR=0.853;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=40;TCF=22;TCR=18;TR=40;WE=5086078;WS=5086060;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr6	5086211	rs584962	G	C	3996.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=43;NR=36;PP=1571;SC=TCTCGCGCCTGCGAAGCTTCC;SOR=0.818;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=79;TCF=43;TCR=36;TR=79;WE=5086219;WS=5086201;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,151:1.00:151
chr6	5086558	rs436556	C	A	3794.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=47;NR=52;PP=2011;SC=CCAGAGGCACCGTCTGGGGCC;SOR=0.781;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=99;TCF=47;TCR=52;TR=99;WE=5086566;WS=5086548;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,140:1.00:140
chr6	5138809	rs11301112	GT	G	246.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=9;NR=3;PP=242;SC=AATAATGACTGTTTTTTTTAT;SOR=1.981;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=12;TCF=9;TCR=3;TR=12;WE=5138817;WS=5138799;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr6	5139012	rs463054	C	A	1245.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=15;NR=23;PP=654;SC=GTTAAGAGTACCAGTTAACAG;SOR=1.067;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=38;TCF=15;TCR=23;TR=38;WE=5139020;WS=5139002;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr6	5148679	.	T	TTCTGAATCGTAATCCTGAGCTGGGCTGGGGGCGCAGAGTCAGAAC	1190.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.53;SOR=1.382;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr6	5217010	rs41302851	C	T	2474.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=14;NR=52;PP=1441;SC=AAGGTGTCAGCGTGTCTGAGG;SOR=2.168;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=67;TCF=14;TCR=53;TR=66;WE=5217018;WS=5217000;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr6	5260816	rs4141761	A	G	740.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=19;NR=11;PP=529;SC=ATTCCGCGTCAGCCCGCACCC;SOR=0.906;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=31;TCF=20;TCR=11;TR=30;WE=5260824;WS=5260806;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr6	5545654	rs7749599	C	T	1027.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=23;PP=633;SC=TTGAAAGCCACTGAATTTTAT;SOR=2.649;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=26;TCF=3;TCR=23;TR=26;WE=5545662;WS=5545644;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr6	5999464	rs3749860	C	G	2081.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=22;NR=40;PP=1255;SC=CAAAACAGAACAAGCAGGTTC;SOR=1.300;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=63;TCF=23;TCR=40;TR=62;WE=5999472;WS=5999454;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr6	6003513	rs3792947	A	C	3218.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=24;NR=66;PP=1564;SC=TGGTCTGGAGAGGAGAAGGCC;SOR=1.688;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=91;TCF=24;TCR=67;TR=90;WE=6003521;WS=6003503;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr6	6145692	rs1050783	C	T	742.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=21;NR=2;PP=523;SC=TTTGGAAAAGCATGTTTTTGA;SOR=4.174;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=23;TCF=21;TCR=2;TR=23;WE=6145700;WS=6145682;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr6	6145726	rs1050782	A	G	1188.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=29;NR=8;PP=836;SC=TCCACTCTGGAGCCCTCTGCA;SOR=2.247;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=38;TCF=30;TCR=8;TR=37;WE=6145734;WS=6145716;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr6	6151952	rs3024458	C	T	815.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.120;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=2;PP=458;ReadPosRankSum=1.686;SC=GACATTTTCACTGGGGAGCAG;SOR=1.432;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=20;TCF=18;TCR=2;TR=20;WE=6151960;WS=6151942;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,30:0.97:31
chr6	6152007	rs5980	C	T	1788.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.168;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.742;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=11;PP=989;ReadPosRankSum=-1.101;SC=TTCCCACAGCCCTGCACTGCC;SOR=1.758;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=47;TCF=35;TCR=12;TR=46;WE=6152015;WS=6151997;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,65:0.97:67
chr6	6152137	rs5988	C	G	4531.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.432;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.062;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=47;PP=1917;ReadPosRankSum=1.041;SC=TTGGTAAACTCAACTGTCACA;SOR=0.280;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=93;TCF=46;TCR=47;TR=92;WE=6152145;WS=6152127;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,169:0.99:170
chr6	6152211	rs2274394	C	G	2407.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.855;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.357;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=46;PP=1339;ReadPosRankSum=-0.682;SC=GTCATTAGCACCAAATAAAAC;SOR=1.206;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=68;TCF=22;TCR=46;TR=67;WE=6152219;WS=6152201;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,89:0.99:90
chr6	6167558	.	ATTT	A,AT	491.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.062;ClippingRankSum=0.000;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.40;MQRankSum=0.463;QD=21.38;ReadPosRankSum=-1.585;SOR=0.990;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:2,12,9:0.52,0.39:23
chr6	6167621	rs435048	G	A	1723.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=33;NR=22;PP=1142;SC=ATACAAGCACGCATATGCACA;SOR=0.723;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=55;TCF=33;TCR=22;TR=55;WE=6167629;WS=6167611;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr6	6174786	rs380058	G	C	907.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=25;NR=5;PP=707;SC=GCGAGTCTCAGAAAGAACCAC;SOR=2.694;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=25;TCR=5;TR=30;WE=6174794;WS=6174776;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr6	6195926	rs2274391	C	T	1973.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=50;NR=19;PP=1409;SC=ACGAAGCATACGCTATGTACC;SOR=2.082;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=69;TCF=50;TCR=19;TR=69;WE=6195934;WS=6195916;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr6	6196141	rs5978	GG	AA	3376.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=14;NR=40;PP=1078;SC=GAGGAAGGGCGGTGTGAGTTT;SOR=1.802;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=56;TCF=14;TCR=42;TR=54;WE=6196150;WS=6196131;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr6	6320808	rs2815822	T	G	3863.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=66;NR=28;PP=1968;SC=GGGTGCAGGGTCGGTGGCTTA;SOR=1.402;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=94;TCF=66;TCR=28;TR=94;WE=6320816;WS=6320798;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,141:1.00:141
chr6	6321128	rs1024231	T	C	4748.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.681;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=66;PP=2142;ReadPosRankSum=-0.567;SC=CCCATCCCCATCCCTAGATCT;SOR=1.364;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=104;TCF=37;TCR=67;TR=101;WE=6321136;WS=6321118;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,182:0.99:184
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chr6	6589033	rs139269722	C	T	3434.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=37;NR=32;PP=1379;SC=GTGGAGGCGGCGGTGGGAAAG;SOR=0.788;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=69;TCF=37;TCR=32;TR=69;WE=6589041;WS=6589023;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chr6	6589192	rs112924538	G	GGA	732.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=3;NR=15;PP=670;SC=AGTTGGGGTGGGAGGGGAGAG;SOR=2.093;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=21;TCF=3;TCR=18;TR=18;WE=6589200;WS=6589182;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr6	6649974	rs3062400	A	AAGG	412.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=0;NR=4;PP=188;SC=AGAAGGCTAGAAGGAGGGAAA;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=4;WE=6649982;WS=6649964;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr6	7211818	rs1334576	G	A	3636.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=0.756;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=26;PP=1544;ReadPosRankSum=-0.891;SC=GGTAGAAGACGGGCAGTCAGG;SOR=1.092;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=77;TCF=51;TCR=26;TR=77;WE=7211826;WS=7211808;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,140:0.99:142
chr6	7229346	rs2714315	T	C	3162.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=45;NR=40;PP=1445;SC=AGCAGACCCATGTGGCGGCAG;SOR=0.816;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=85;TCF=45;TCR=40;TR=85;WE=7229354;WS=7229336;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr6	7229619	rs12192672	G	A	10836.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.116;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=424;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=129;NR=129;PP=2965;ReadPosRankSum=0.286;SC=TTCTCCCCGCGACCAAGGACA;SOR=0.383;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=262;TCF=132;TCR=130;TR=258;WE=7229627;WS=7229609;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,411:0.99:414
chr6	7247248	rs2256596	T	C	2659.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=36;NR=35;PP=1474;SC=GCGGAAAAGCTCGCGGAGGAG;SOR=0.735;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=71;TCF=36;TCR=35;TR=71;WE=7247256;WS=7247238;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr6	7247344	rs35742417	C	A	4083.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=41;NR=46;PP=1593;SC=AAGACAGACTCCCCCAAAAGC;SOR=0.786;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=87;TCF=41;TCR=46;TR=87;WE=7247352;WS=7247334;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,155:1.00:155
chr6	7269423	rs76831056	G	A	2552.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=0.622;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=27;PP=973;ReadPosRankSum=2.748;SC=CCTCCTGAGAGGCTTCCAGAC;SOR=0.818;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=46;TCF=19;TCR=27;TR=46;WE=7269431;WS=7269413;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,100:0.98:102
chr6	7269548	rs7744696	A	G	567.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=12;PP=341;SC=TCCCACAATCAAAGACCCAGA;SOR=1.508;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=17;TCF=5;TCR=12;TR=17;WE=7269556;WS=7269538;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr6	7269567	rs7763140	C	T	318.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=3;NR=8;PP=196;SC=GAGACTCTCCCCTCACACCCA;SOR=1.981;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=3;TCR=8;TR=11;WE=7269575;WS=7269557;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr6	7289957	rs16740	CCA	C	1929.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=25;NR=5;PP=1416;SC=AATATTATCGCCACAGACTCT;SOR=3.160;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=33;TCF=27;TCR=6;TR=30;WE=7289966;WS=7289947;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr6	7290282	rs9505117	C	T	692.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=0;NR=26;PP=655;SC=CATGGGTGAACACCATCTAAT;SOR=6.358;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=26;TCF=0;TCR=26;TR=26;WE=7290290;WS=7290272;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr6	7295283	rs7764613	T	A	1013.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=18;NR=11;PP=525;SC=AGCCCCCAATTCTCTAGCAAA;SOR=1.329;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=29;TCF=18;TCR=11;TR=29;WE=7295291;WS=7295273;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr6	7295605	rs9502587	A	G	1262.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=20;NR=13;PP=593;SC=CTTCCCAGCCAAGTCTGTAAG;SOR=1.051;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=33;TCF=20;TCR=13;TR=33;WE=7295613;WS=7295595;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr6	7295755	rs2714361	G	A	864.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=1.132;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=17;PP=512;ReadPosRankSum=0.861;SC=AAGGAGTTCCGTTACACCATT;SOR=1.244;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=27;TCF=10;TCR=17;TR=27;WE=7295763;WS=7295745;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,34:0.94:36
chr6	7303735	rs9505131	C	T	291.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=7;NR=4;PP=186;SC=ACAAGCTCATCGTTTTAAAAT;SOR=1.270;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=7;TCR=4;TR=11;WE=7303743;WS=7303725;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr6	7310060	rs9379088	C	T	1245.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=28;NR=6;PP=855;SC=ATAAATTACCCAGTCTTGGGT;SOR=2.726;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=34;TCF=28;TCR=6;TR=34;WE=7310068;WS=7310050;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr6	7310259	rs10004	A	G	6956.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.580;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=276;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=71;NR=109;PP=2965;ReadPosRankSum=0.307;SC=CACTGCTAACAAGCCTAATGA;SOR=1.024;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=182;TCF=72;TCR=110;TR=180;WE=7310267;WS=7310249;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,269:0.99:271
chr6	7329873	rs2764095	T	C	102.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=20.58;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr6	7330194	rs11381590	T	TG	769.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=9;PP=376;SC=GGTGAGCAAGTTGCCATTATT;SOR=1.127;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=12;TCF=1;TCR=11;TR=10;WE=7330202;WS=7330184;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr6	7355470	rs2764074	T	C	124.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=5;PP=103;SC=GGCAAAACACTTTCCTTACAT;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=5;WE=7355478;WS=7355460;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr6	7368917	rs1324502	A	G	1053.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=20;NR=6;PP=579;SC=AATAAATATAATACCTCTTTA;SOR=1.670;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=20;TCR=6;TR=26;WE=7368925;WS=7368907;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr6	7373249	rs11243160	T	C	155.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=1;PP=171;SC=TACGCATCACTAGACCACTAG;SOR=2.303;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=5;TCR=1;TR=6;WE=7373257;WS=7373239;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr6	7374207	rs2876098	T	G	6226.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.741;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=253;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=83;NR=73;PP=2932;ReadPosRankSum=-0.065;SC=CTCACAGTTCTCCCGACATGC;SOR=0.770;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=158;TCF=84;TCR=74;TR=156;WE=7374215;WS=7374197;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,241:0.99:243
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chr6	7387236	rs9406026	G	A	1883.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-0.291;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=19;PP=845;ReadPosRankSum=-1.151;SC=AAGTGGTGCCGGTGGTTTCCA;SOR=0.556;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=50;TCF=30;TCR=20;TR=47;WE=7387244;WS=7387226;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,76:0.96:79
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chr6	7574805	rs2259208	C	T	1556.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=34;NR=10;PP=924;SC=GACGTTGTTCCCTTTCATTAC;SOR=1.877;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=45;TCF=34;TCR=11;TR=44;WE=7574813;WS=7574795;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
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chr6	7579363	rs2806227	A	T	256.53	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=1.645;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=56;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=9;NR=0;PP=205;ReadPosRankSum=0.674;SC=TTTCTTGAATATTTGCCTAGT;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=9;TCR=0;TR=9;WE=7579371;WS=7579353;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,9:0.90:10
chr6	7579393	rs2744379	CA	TG	810.53	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=0.474;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=34;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=3;PP=832;ReadPosRankSum=-0.414;SC=CATGTATGTCCATGTGTGTAA;SOR=1.358;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=15;TCR=3;TR=18;WE=7579402;WS=7579383;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,20:0.95:21
chr6	7579412	rs2806225	A	G	861.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.223;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.941;HP=1;HapScore=1;MGOF=41;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=5;PP=544;ReadPosRankSum=-0.074;SC=AAAGAGAAATAAGAATGCACA;SOR=1.911;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=19;TCR=5;TR=24;WE=7579420;WS=7579402;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,32:0.94:34
chr6	7584617	rs2076300	C	T	3744.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=32;NR=40;PP=1445;SC=AGATCGCAACCGGGGGGATCA;SOR=0.812;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=74;TCF=33;TCR=41;TR=72;WE=7584625;WS=7584607;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,140:1.00:140
chr6	7585967	rs2744380	G	C	2585.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=35;NR=28;PP=1309;SC=CGGCTCCGGGGTCCCGCTCCG;SOR=0.784;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=63;TCF=35;TCR=28;TR=63;WE=7585975;WS=7585957;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr6	7590624	rs2757594	C	T	2050.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-1.515;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=18;PP=754;ReadPosRankSum=0.259;SC=AGTCTGGATCCCGGGGAAGAG;SOR=0.278;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=44;TCF=25;TCR=19;TR=42;WE=7590632;WS=7590614;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,79:0.99:80
chr6	7590653	rs2744384	A	G	2137.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.808;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=25;PP=924;ReadPosRankSum=0.431;SC=GGAGGTGAGGAGCGCGGCCGC;SOR=0.742;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=51;TCF=25;TCR=26;TR=49;WE=7590661;WS=7590643;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,82:0.98:84
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chr6	7590807	rs2744386	C	T	924.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=46.24;SOR=1.721;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr6	7606255	rs2757597	G	A	2900.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.785;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=323;ExcessHet=3.0103;FS=1.346;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.27;ReadPosRankSum=-0.697;SOR=0.601;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:166,147:0.47:313
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chr6	7727271	rs111588693	G	A	248.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.596;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.808;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=3;PP=108;ReadPosRankSum=-0.410;SC=CCGCCGCTGCGGCCGCCCTTG;SOR=0.043;SbPval=0.19;Source=Platypus;TC=29;TCF=25;TCR=4;TR=11;WE=7727279;WS=7727261;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,13:0.41:32
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chr6	7862631	rs17557	G	C	2399.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.654;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=264;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=44;PP=1123;ReadPosRankSum=-0.485;SC=TGAGTGAGGTGCACGTGCGCA;SOR=0.668;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=166;TCF=74;TCR=92;TR=83;WE=7862639;WS=7862621;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:140,123:0.47:263
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chr6	7883514	.	GAA	G	3806.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-1.532;ClippingRankSum=0.000;DP=239;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=12;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.946;NF=11;NR=34;PP=1260;ReadPosRankSum=0.255;SC=AAACAAAAAAGAAAAAAGTTT;SOR=0.698;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=98;TCF=27;TCR=71;TR=45;WE=7883523;WS=7883504;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:109,124:0.53:233
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chr6	8054413	rs2743993	T	C	2260.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.535;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=240;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.558;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=16;PP=1199;ReadPosRankSum=0.193;SC=CCCTCCTTTTTGGGATCCAAT;SOR=1.108;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=152;TCF=111;TCR=41;TR=71;WE=8054421;WS=8054403;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:132,106:0.45:238
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chr6	8095629	rs9392961	G	A	115.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=1.260;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.099;NF=4;NR=3;PP=66;ReadPosRankSum=0.445;SC=CCATTTACTCGGGAGGCTGAG;SOR=0.602;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=18;TCF=13;TCR=5;TR=7;WE=8095637;WS=8095619;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,7:0.33:21
chr6	8095667	rs113910260	C	T	272.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.730;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.206;NF=6;NR=8;PP=153;ReadPosRankSum=-0.579;SC=ACCCAGGAGGCGGAGGTTGCA;SOR=0.551;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=36;TCF=18;TCR=18;TR=14;WE=8095675;WS=8095657;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,16:0.40:40
chr6	8095798	rs34723432	G	GT	41.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.588;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.32;ReadPosRankSum=-1.080;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,6:0.33:18
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chr6	8417521	rs6905235	G	A	692.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=17;NR=3;PP=435;SC=GGCATGTTATGTTAAAGGAGG;SOR=2.215;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=17;TCR=3;TR=20;WE=8417529;WS=8417511;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr6	9705483	rs74387865	G	A	3642.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.984;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=361;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.724;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=42;PP=1581;ReadPosRankSum=0.648;SC=ATAGTCCCATGGTAATGATTA;SOR=0.501;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=227;TCF=141;TCR=86;TR=102;WE=9705491;WS=9705473;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:183,177:0.49:360
chr6	9750730	rs71546885	G	GTAA	199.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.619;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5005;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=6;PP=280;ReadPosRankSum=1.345;SC=CCTCCTCTATGTAATAATAAT;SOR=1.863;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=0;TCR=15;TR=6;WE=9750738;WS=9750720;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,6:0.75:8
chr6	9795472	.	A	AAGG	714.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.03;QD=35.74;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr6	9795492	.	G	GGAGGAGGAGGAA	766.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=58.86;QD=40.35;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr6	9795507	.	A	AGAG	342.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=57.69;QD=42.84;SOR=1.863;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr6	9795549	rs70988144	G	GAGA	309.75	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=55.12;QD=44.25;SOR=2.584;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr6	9795586	.	G	GGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAA	602.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.41;QD=100.46;SOR=3.912;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr6	9809724	rs13204197	T	C	4305.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.320;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=86;NR=40;PP=2555;ReadPosRankSum=-0.670;SC=AAAAGAATGATAGTTTCTTAT;SOR=0.666;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=127;TCF=87;TCR=40;TR=126;WE=9809732;WS=9809714;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,160:0.99:161
chr6	9845732	rs11968445	C	T	1237.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-2.137;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.371;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=16;PP=539;ReadPosRankSum=0.503;SC=GCATTAAATCCAACATTAAGG;SOR=0.249;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=74;TCF=49;TCR=25;TR=40;WE=9845740;WS=9845722;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,58:0.57:101
chr6	9860514	rs150538680	C	CA	337.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.644;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.90;MQRankSum=0.573;QD=15.35;ReadPosRankSum=0.651;SOR=1.697;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,20:0.91:22
chr6	9922006	rs1925775	A	G	750.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=9;PP=408;SC=ATGTTATTGTAGTGGTCTAGA;SOR=0.765;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=19;TCF=10;TCR=9;TR=19;WE=9922014;WS=9921996;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr6	10557726	rs34815041	CT	C	307.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.841;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.93;ReadPosRankSum=-0.560;SOR=0.551;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,23:0.74:31
chr6	10586111	rs190193662	C	T	1472.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.911;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.734;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=12;PP=773;ReadPosRankSum=0.902;SC=AGCAGCCCTCCGGAGAAGCTG;SOR=0.443;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=109;TCF=84;TCR=25;TR=50;WE=10586119;WS=10586101;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,64:0.51:126
chr6	10587038	rs539351	C	G	11602.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=438;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=115;NR=126;PP=2965;SC=TTACCAGAGACTTTGTCGACT;SOR=0.759;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=241;TCF=115;TCR=126;TR=241;WE=10587046;WS=10587028;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,436:1.00:436
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chr6	10775446	rs478791	T	C	917.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.195;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.830;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=7;PP=498;ReadPosRankSum=0.446;SC=TGGAAAACCTTTGTGTATCTC;SOR=0.922;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=75;TCF=55;TCR=20;TR=34;WE=10775454;WS=10775436;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,43:0.47:92
chr6	10784851	.	G	GATCTCGCCCACCCTCTGCAC	1245.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.137;ClippingRankSum=0.000;DP=146;ExcessHet=3.0103;FS=22.408;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=20.42;ReadPosRankSum=0.145;SOR=3.925;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,31:0.51:61
chr6	10785011	rs113945134	C	CCAGA	5021.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.167;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=352;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.947;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=31;PP=2915;ReadPosRankSum=0.789;SC=ATTTCTGATACCAGTATGTGA;SOR=0.940;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=150;TCF=63;TCR=87;TR=60;WE=10785019;WS=10785001;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:213,135:0.39:348
chr6	10785227	rs70991044	AAAG	A	2861.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.360;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.328;HP=4;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.952;NF=4;NR=35;PP=1597;ReadPosRankSum=1.368;SC=TGAAATGGGGAAAGAAGTGCT;SOR=0.389;SbPval=0.26;Source=Platypus;TC=76;TCF=5;TCR=71;TR=39;WE=10785237;WS=10785217;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,74:0.53:139
chr6	10785263	rs6936890	C	G	1093.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.164;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.633;HP=2;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=29;PP=658;ReadPosRankSum=1.647;SC=TACAATTTCCCGTCACCCTAG;SOR=0.163;SbPval=0.25;Source=Platypus;TC=66;TCF=16;TCR=50;TR=42;WE=10785271;WS=10785253;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,49:0.60:82
chr6	10792197	rs521802	T	C	1065.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-4.078;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=38;PP=719;ReadPosRankSum=0.120;SC=GTTCCATACATGTAAGGGCAT;SOR=0.768;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=85;TCF=18;TCR=67;TR=47;WE=10792205;WS=10792187;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,50:0.56:89
chr6	10802045	rs569418	C	G	553.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=0.978;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.112;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=7;PP=367;ReadPosRankSum=0.402;SC=TGAGAATAGACCTGCCTTTGT;SOR=0.520;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=50;TCF=37;TCR=13;TR=24;WE=10802053;WS=10802035;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,26:0.46:56
chr6	10802247	rs111618569	G	A	1629.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.070;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.048;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=34;PP=764;ReadPosRankSum=-2.567;SC=TGGGGAAAACGGAAGTTCATA;SOR=0.971;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=128;TCF=54;TCR=74;TR=54;WE=10802255;WS=10802237;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:118,86:0.42:204
chr6	10819094	rs2272883	G	A	663.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=0.369;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.493;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=6;PP=461;ReadPosRankSum=-0.390;SC=GCCTTCTCAGGTTCTTTTCAT;SOR=1.155;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=54;TCF=39;TCR=15;TR=26;WE=10819102;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,30:0.43:69
chr6	10875238	rs2076257	T	A	844.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=1.281;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=27;PP=601;ReadPosRankSum=0.024;SC=AACAATAGCCTAGAAGTAAGT;SOR=0.660;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=68;TCF=15;TCR=53;TR=35;WE=10875246;WS=10875228;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,37:0.49:75
chr6	10876036	rs2076258	C	T	883.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.711;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.834;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=8;PP=480;ReadPosRankSum=0.527;SC=TTGTAATTAACGTATGACCTT;SOR=1.042;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=65;TCF=45;TCR=20;TR=30;WE=10876044;WS=10876026;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,43:0.46:93
chr6	10882100	rs2153156	G	A	3548.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=23;NR=70;PP=1970;SC=CGCCAGGTGGGTTTTTTTTCT;SOR=1.703;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=95;TCF=23;TCR=72;TR=93;WE=10882108;WS=10882090;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,129:1.00:129
chr6	10887251	rs9366663	T	C	3151.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.03;SOR=2.439;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr6	10887251	.	TCG	CCC	2895	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;FR=1.0000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=47;NR=10;PP=2895;QD=20;SC=CAGGGCTCTTTCGGCAGCGCC;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=59;TCF=48;TCR=11;TR=57;WE=10887261;WS=10887241;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:2,57:0.97:59
chr6	10887253	rs9358956	G	C	3151.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.39;SOR=2.472;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr6	10887276	rs9348724	C	G	2813.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=33;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=53;NR=25;PP=1610;SC=GCGGGCGGGGCTCTTGGGCGG;SOR=1.445;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=78;TCF=53;TCR=25;TR=78;WE=10887284;WS=10887266;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr6	10891781	rs1538441	C	T	1775.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.37;SOR=0.874;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr6	10891842	rs36220183	CTCTCTGTGTG	C	1429.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.014;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=3.399;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=40.85;ReadPosRankSum=-1.239;SOR=0.595;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,34:0.97:35
chr6	10894255	rs9368453	G	A	1391.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.822;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=3;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=16;PP=1711;ReadPosRankSum=-1.165;SC=GGTTTGCTTTGTGACCAAAAT;SOR=0.727;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=101;TCF=62;TCR=39;TR=42;WE=10894276;WS=10894245;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,66:0.46:145
chr6	10894268	rs6456745	A	G	1622.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.277;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=3;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=19;PP=1711;ReadPosRankSum=-0.963;SC=ACCAAAATACAAATGTATAAT;SOR=0.735;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=118;TCF=75;TCR=43;TR=53;WE=10894276;WS=10894245;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,80:0.49:163
chr6	10898820	rs12190074	C	T	443.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=11;NR=3;PP=253;SC=CATATATAACCGATGTTAAAA;SOR=2.049;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=11;TCR=3;TR=14;WE=10898828;WS=10898810;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr6	10906154	rs9357021	A	G	962.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.69;SOR=0.743;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr6	10911282	rs4713044	G	A	1591.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=9;NR=41;PP=1084;SC=ACCAGAATGCGTTACCAGTAA;SOR=2.644;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=50;TCF=9;TCR=41;TR=50;WE=10911290;WS=10911272;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr6	10924992	rs1225764	A	G	397.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=10;PP=289;SC=CTGGTCTTTCAAATGCCATGT;SOR=2.833;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=3;TCR=10;TR=13;WE=10925000;WS=10924982;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
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chr6	10990493	rs2281591	A	G	4725.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=0.776;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=432;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.227;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=73;NR=35;PP=1744;ReadPosRankSum=-0.325;SC=TAAGATTTCTATTTCCTTTCC;SOR=0.955;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=242;TCF=144;TCR=98;TR=108;WE=10990501;WS=10990483;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:200,223:0.53:423
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chr6	11010800	rs9295752	T	G	219.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=2.644;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.286;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=7;NR=1;PP=136;ReadPosRankSum=0.394;SC=GGTTAAGCAGTAGGAGAAATG;SOR=3.056;SbPval=0.92;Source=Platypus;TC=14;TCF=10;TCR=4;TR=8;WE=11010808;WS=11010790;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,9:0.60:15
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chr6	11094681	rs2273884	G	T	545.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=2.605;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.713;HP=8;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=20;PP=431;ReadPosRankSum=-0.044;SC=ATCTGCTGGGGTTTTTTTTGT;SOR=1.068;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=76;TCF=29;TCR=47;TR=30;WE=11094689;WS=11094671;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,38:0.34:113
chr6	11103888	rs9393931	T	C	4386.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.563;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=498;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.110;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=74;NR=48;PP=1852;ReadPosRankSum=0.153;SC=GGATTTCGCCTCTGTCGTGTT;SOR=0.792;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=282;TCF=162;TCR=120;TR=122;WE=11103896;WS=11103878;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:274,221:0.45:495
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chr6	11185533	rs1050775	G	A	3216.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.629;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=329;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.006;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=65;PP=2158;ReadPosRankSum=1.402;SC=CCATGACTATGGTCTTGAGCT;SOR=0.875;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=232;TCF=105;TCR=127;TR=115;WE=11185541;WS=11185523;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:172,148:0.46:320
chr6	11185967	rs6456968	T	C	345.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=4.401;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=17.427;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=15;PP=307;ReadPosRankSum=-0.233;SC=GGAAATTCACTAGGCCTTGGA;SOR=4.078;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=39;TCF=7;TCR=32;TR=15;WE=11185975;WS=11185957;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,15:0.34:44
chr6	11190626	rs941982	A	G	2157.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.656;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=247;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.478;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=41;PP=1100;ReadPosRankSum=-0.711;SC=GGGAGTCTTCAACTCGTTGCA;SOR=0.735;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=153;TCF=60;TCR=93;TR=65;WE=11190634;WS=11190616;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:135,105:0.44:240
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chr6	11201437	rs9368610	C	T	1101.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=3.886;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.933;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=37;PP=767;ReadPosRankSum=-0.159;SC=GGCAGAGCAGCGGCAGCAGAG;SOR=1.406;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=100;TCF=20;TCR=80;TR=42;WE=11201445;WS=11201427;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,50:0.43:115
chr6	11213832	rs3734404	T	C	6824.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-2.997;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=774;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=104;NR=94;PP=2301;ReadPosRankSum=-1.316;SC=GACCGTGTAATGAGCACAGCC;SOR=0.717;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=457;TCF=236;TCR=221;TR=198;WE=11213840;WS=11213822;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:411,348:0.46:759
chr6	11214705	rs1009667	G	A	6598.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=256;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=84;NR=73;PP=2783;SC=CTCCCCTTTCGTCACCTACTT;SOR=0.791;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=158;TCF=85;TCR=73;TR=157;WE=11214713;WS=11214695;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,254:1.00:254
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chr6	11538534	rs821443	C	T	1620.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.016;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FS=0.512;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.98;ReadPosRankSum=0.711;SOR=0.733;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:111,92:0.45:203
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chr6	12123049	rs2228219	G	A	4928.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-2.964;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=480;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.100;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=71;NR=87;PP=2405;ReadPosRankSum=-0.580;SC=GCGGTCTGCAGCCTCAGATTC;SOR=0.768;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=304;TCF=147;TCR=157;TR=158;WE=12123057;WS=12123039;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:226,236:0.51:462
chr6	12123249	rs2228220	A	G	5942.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.094;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=614;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.102;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=103;NR=71;PP=2777;ReadPosRankSum=0.690;SC=CCTAAACATAATGTTACCATA;SOR=0.801;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=380;TCF=213;TCR=167;TR=174;WE=12123257;WS=12123239;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:318,285:0.47:603
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chr6	12124855	rs2228213	G	A	6721.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.621;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=687;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=105;NR=101;PP=2962;ReadPosRankSum=0.941;SC=TTGACAGCATGTCTAATTCGC;SOR=0.713;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=441;TCF=222;TCR=219;TR=206;WE=12124863;WS=12124845;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:360,323:0.47:683
chr6	12125772	rs1126472	A	G	4604.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-2.296;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=471;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.211;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=93;NR=86;PP=2534;ReadPosRankSum=0.544;SC=CAAAGTCAACAGCCAGTCACT;SOR=0.499;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=335;TCF=187;TCR=148;TR=179;WE=12125780;WS=12125762;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:230,231:0.50:461
chr6	12131235	rs139225628	AC	A	3775.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.930;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=279;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.851;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.933;NF=4;NR=76;PP=2747;ReadPosRankSum=-0.016;SC=GAAAGCTAAAACCCAACTGTG;SOR=0.903;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=154;TCF=7;TCR=147;TR=80;WE=12131243;WS=12131225;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:127,138:0.52:265
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chr6	12164612	rs1042054	C	G	3834.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.255;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=443;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.175;NF=41;NR=73;PP=1753;ReadPosRankSum=-1.785;SC=AGGCCCACAGCACTACCGCGG;SOR=0.665;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=272;TCF=101;TCR=171;TR=114;WE=12164620;WS=12164602;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:242,190:0.44:432
chr6	12165363	rs219950	C	T	7493.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=3.890;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=808;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.750;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=83;NR=135;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.025;SC=AGACTTTACTCGCCTTTCTAC;SOR=0.858;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=488;TCF=207;TCR=281;TR=218;WE=12165371;WS=12165353;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:431,372:0.46:803
chr6	12294258	rs5369	A	G	3286.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.490;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=354;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.283;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=51;PP=1531;ReadPosRankSum=-2.620;SC=CAGACCGTGAAAATAGATGCC;SOR=0.582;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=225;TCF=121;TCR=104;TR=104;WE=12294266;WS=12294248;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:181,164:0.48:345
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chr6	13278648	rs3817735	A	G	172.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.892;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=5;PP=72;ReadPosRankSum=0.679;SC=CAGTGGCCTCACCGCTGCCTG;SOR=0.473;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=7;TCR=13;TR=8;WE=13278656;WS=13278638;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,10:0.45:22
chr6	13281412	rs3846903	A	G	2695.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.656;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=258;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.535;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=51;PP=1305;ReadPosRankSum=-0.856;SC=GACATTAGTAAAATCCAGGTC;SOR=0.591;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=182;TCF=73;TCR=109;TR=85;WE=13281420;WS=13281402;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:120,131:0.52:251
chr6	13288535	rs202040	C	T	544.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-1.313;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=9;PP=316;ReadPosRankSum=0.109;SC=GGGAGCGTGACTGTGGGTGTG;SOR=0.760;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=61;TCF=39;TCR=22;TR=26;WE=13288543;WS=13288525;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,30:0.43:69
chr6	13288578	rs202039	G	A	815.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.940;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.324;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=16;PP=410;ReadPosRankSum=-0.055;SC=TAGGGTGTGCGATGAGGCCAG;SOR=0.491;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=100;TCF=58;TCR=42;TR=34;WE=13288586;WS=13288568;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,48:0.37:131
chr6	13288648	rs202038	A	G	1654.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-1.606;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.394;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=26;PP=554;ReadPosRankSum=-2.110;SC=GATTTCCTTCATAACAGAGCT;SOR=0.711;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=134;TCF=68;TCR=66;TR=49;WE=13288656;WS=13288638;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:117,90:0.43:207
chr6	13288679	rs67298859	GCT	G	2362.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.526;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.206;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=23;PP=1054;ReadPosRankSum=2.107;SC=CAGTTGCAGAGCTCTCTCACC;SOR=0.732;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=81;TCF=16;TCR=65;TR=27;WE=13288688;WS=13288669;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:107,69:0.39:176
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chr6	13295502	rs4602719	T	C	2538.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=1.753;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.053;HP=1;HapScore=4;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=18;PP=1781;ReadPosRankSum=0.845;SC=TTAAGATGCATCTACCCTGAG;SOR=0.874;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=107;TCF=68;TCR=39;TR=53;WE=13295523;WS=13295492;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,68:0.44:156
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chr6	13295536	rs454563	C	T	2973.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.459;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.543;HP=3;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=27;PP=877;ReadPosRankSum=0.959;SC=ACTGGTTCCCCTCCTCATCCA;SOR=0.776;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=134;TCF=74;TCR=60;TR=63;WE=13295544;WS=13295526;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:102,84:0.45:186
chr6	13295752	rs35194435	AG	A	589.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.607;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.468;HP=6;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=18;PP=525;ReadPosRankSum=-0.887;SC=CCAGTGTGGCAGGGGGGTCCC;SOR=1.560;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=30;TCF=1;TCR=29;TR=19;WE=13295760;WS=13295742;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,24:0.59:41
chr6	13308083	rs2439538	T	C	334.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.253;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.471;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=9;PP=190;ReadPosRankSum=-1.112;SC=CAAGGAAGTATTAGAAAACAA;SOR=0.368;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=28;TCF=5;TCR=23;TR=12;WE=13308091;WS=13308073;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,16:0.42:38
chr6	13316658	rs860266	T	C	490.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-1.947;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=0;PP=358;ReadPosRankSum=-0.776;SC=TTAGATTATATGGACTTTTAC;SOR=0.527;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=29;TCF=29;TCR=0;TR=18;WE=13316666;WS=13316654;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,20:0.65:31
chr6	13316780	.	C	CA	1248.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.186;ClippingRankSum=0.000;DP=315;ExcessHet=3.0103;FS=1.031;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.17;MQRankSum=2.573;QD=4.22;ReadPosRankSum=-0.725;SOR=0.618;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:195,101:0.34:296
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chr6	13365913	rs9367440	C	G	2042.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.603;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.172;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=47;PP=1143;ReadPosRankSum=-0.967;SC=GGGAGGAAGACAGCGGTCAGC;SOR=0.814;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=138;TCF=40;TCR=98;TR=65;WE=13365921;WS=13365903;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:101,94:0.48:195
chr6	13470113	rs766773	A	T	10861.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=2.182;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=405;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=162;NR=100;PP=2965;ReadPosRankSum=0.518;SC=TATGTCTCACACCAAATCTGG;SOR=0.403;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=265;TCF=164;TCR=101;TR=262;WE=13470121;WS=13470103;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,398:1.00:399
chr6	13584590	.	C	CT	118.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.238;ClippingRankSum=0.000;DP=130;ExcessHet=3.0103;FS=0.978;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.16;ReadPosRankSum=1.895;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:82,20:0.20:102
chr6	13597295	.	C	CA	382.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.358;ClippingRankSum=0.000;DP=405;ExcessHet=3.0103;FS=2.558;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.03;MQRankSum=0.000;QD=1.05;ReadPosRankSum=1.608;SOR=0.733;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:291,73:0.20:364
chr6	13794033	rs72831080	A	G	555.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.059;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=4;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=7;PP=853;ReadPosRankSum=2.273;SC=GTAAACCTGCATGTAACTTCC;SOR=0.686;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=53;TCF=36;TCR=17;TR=22;WE=13794052;WS=13794023;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,31:0.39:80
chr6	13794044	rs6922822	T	C	620.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.721;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.855;HP=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=7;ReadPosRankSum=0.992;SC=TGTAACTTCCTATTATCATTA;SOR=0.999;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=58;TCF=38;TCR=20;TR=24;WE=13794052;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,33:0.38:86
chr6	13794110	rs4715568	C	A	2924.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=39;NR=36;PP=1574;SC=AGAAAAATCACAGTCTTGTTT;SOR=0.712;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=75;TCF=39;TCR=36;TR=75;WE=13794118;WS=13794100;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr6	13800626	rs3215484	TAA	T	2024.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=11;NR=19;PP=682;SC=TAAAAACACATAAAAAAAAAG;SOR=1.010;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=34;TCF=13;TCR=21;TR=30;WE=13800635;WS=13800616;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr6	13801615	rs3180196	T	C	1712.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.418;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.485;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=27;PP=729;ReadPosRankSum=0.765;SC=TGCTGAAAAGTGATTTCCTAG;SOR=0.881;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=105;TCF=54;TCR=51;TR=62;WE=13801623;WS=13801605;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,87:0.50:173
chr6	13814340	rs1204145	T	C	2408.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=21;NR=43;PP=1090;SC=CTCCACGCGCTGCTGCGCCCG;SOR=1.305;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=64;TCF=21;TCR=43;TR=64;WE=13814348;WS=13814330;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr6	14118034	rs111804875	G	A	2162.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=5.118;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.881;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=17;PP=1359;ReadPosRankSum=1.817;SC=GCGGCGCAGCGCTCCAGCCAT;SOR=0.952;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=133;TCF=103;TCR=30;TR=76;WE=14118042;WS=14118024;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,93:0.51:181
chr6	14118138	rs2235368	C	G	5353.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-1.311;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=513;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.730;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=83;NR=68;PP=2290;ReadPosRankSum=1.284;SC=GACACCCCCTCCCGTCGGTCG;SOR=0.676;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=336;TCF=186;TCR=150;TR=151;WE=14118146;WS=14118128;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:250,259:0.51:509
chr6	15373652	rs11757092	T	A	2928.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.634;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=264;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.471;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=25;PP=1445;ReadPosRankSum=1.199;SC=CTTGTATTCGTTCTGGAGCAA;SOR=0.731;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=183;TCF=128;TCR=55;TR=91;WE=15373660;WS=15373642;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:127,133:0.51:260
chr6	15374508	rs9383050	A	G	2417.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=22;NR=39;PP=1110;SC=GGAATATCTCATTGGAATGTA;SOR=1.166;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=61;TCF=22;TCR=39;TR=61;WE=15374516;WS=15374498;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr6	15374544	rs2072820	C	T	504.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.479;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.142;HP=2;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=16;PP=398;ReadPosRankSum=-0.429;SC=TGGACTTGTTCCTGAATTGGA;SOR=0.988;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=40;TCF=13;TCR=27;TR=23;WE=15374552;WS=15374534;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,24:0.49:49
chr6	15468722	rs147212247	AGGGTGAG	A	325.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=3.195;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=1;PP=294;ReadPosRankSum=0.526;SC=CCTTCTGGAAAGGGTGAGGGT;SOR=1.445;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=10;TCF=8;TCR=2;TR=6;WE=15468736;WS=15468712;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,9:0.64:14
chr6	15468876	rs7768621	C	G	1948.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.661;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=33;PP=995;ReadPosRankSum=-1.007;SC=AAACAGCCACCAACAATGCTT;SOR=0.726;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=157;TCF=93;TCR=64;TR=80;WE=15468884;WS=15468866;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:127,104:0.45:231
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chr6	15504589	rs760659	T	C	2375.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=53;NR=12;PP=1551;SC=CTTCCTTCTCTGCCTGTCATT;SOR=2.484;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=65;TCF=53;TCR=12;TR=65;WE=15504597;WS=15504579;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr6	15511409	rs35360051	C	T	550.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=0.667;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=33;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.829;NF=18;NR=5;PP=309;ReadPosRankSum=0.372;SC=CCATCCCTGCCGGCGTGGAGC;SOR=0.619;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=56;TCF=42;TCR=14;TR=23;WE=15511417;WS=15511399;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,26:0.43:61
chr6	15511429	rs55742636	C	CCCAT	3367.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=27;NR=19;PP=2814;SC=CAGAGCCTCTCGTGTGCTCGG;SOR=1.771;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=47;TCF=27;TCR=20;TR=46;WE=15511437;WS=15511419;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr6	15513482	rs2235258	G	A	1631.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.853;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=10;PP=939;ReadPosRankSum=0.750;SC=ATACAGAGCTGCGGCAGCGCA;SOR=0.718;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=45;TCF=35;TCR=10;TR=43;WE=15513490;WS=15513472;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,59:0.98:60
chr6	15513744	rs9396589	G	T	613.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-3.323;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.813;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=21;PP=413;ReadPosRankSum=0.221;SC=GGCGCTCTCTGCCCAGGAGAC;SOR=0.359;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=59;TCF=10;TCR=49;TR=27;WE=15513752;WS=15513734;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,28:0.45:62
chr6	15520920	rs112303618	G	GCA	1645.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.634;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.609;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=19;PP=1227;ReadPosRankSum=-0.136;SC=AGACACACGCGCACACACACA;SOR=0.637;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=100;TCF=42;TCR=58;TR=30;WE=15520944;WS=15520908;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:111,67:0.38:178
chr6	15533951	rs4236167	C	T	10354.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=406;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=102;NR=139;PP=2965;SC=CTTCTCAGGTCGTCCTTCTAC;SOR=0.904;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=241;TCF=102;TCR=139;TR=241;WE=15533959;WS=15533941;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,394:1.00:394
chr6	15546213	rs12527121	C	T	9998.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=389;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.03;QD=25.90;SOR=0.704;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,386:1.00:386
chr6	15546294	rs34253215	C	CT	229.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.567;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.12;MQRankSum=0.830;QD=7.66;ReadPosRankSum=-1.122;SOR=0.582;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,19:0.63:30
chr6	15586009	rs6926401	G	T	6018.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=60;NR=103;PP=2965;SC=GAGACCTGAAGGAGTGAACAG;SOR=1.119;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=164;TCF=60;TCR=104;TR=163;WE=15586017;WS=15585999;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,227:1.00:227
chr6	15593240	rs7758659	T	C	2020.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.58;SOR=1.281;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr6	16145325	rs9370867	A	G	4044.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=2.189;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=367;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.334;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=62;PP=1896;ReadPosRankSum=0.660;SC=GTTTCAAGAAACAACCAGAGC;SOR=0.752;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=201;TCF=98;TCR=103;TR=116;WE=16145333;WS=16145315;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:173,192:0.53:365
chr6	16145473	rs1060901	C	T	1700.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.511;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.796;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=36;PP=821;ReadPosRankSum=-0.532;SC=TGGTGTGCTGCGAGGAGGAGA;SOR=0.969;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=111;TCF=40;TCR=71;TR=52;WE=16145481;WS=16145463;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,82:0.50:164
chr6	16147098	rs35112615	T	TAA	307.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.361;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=4.170;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.41;ReadPosRankSum=0.000;SOR=0.184;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,22:0.46:48
chr6	16328240	rs144411643	G	A	4367.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.821;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=407;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=79;NR=74;PP=2340;ReadPosRankSum=-0.418;SC=GGCAGGCAGCGTGGTGGCCAC;SOR=0.680;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=300;TCF=154;TCR=146;TR=153;WE=16328248;WS=16328230;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:196,205:0.51:401
chr6	16328357	rs377095820	G	A	5717.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.923;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=531;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.519;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=74;NR=94;PP=2762;ReadPosRankSum=-1.068;SC=GGTCCCTGCCGGCCCATGCCT;SOR=0.650;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=325;TCF=142;TCR=183;TR=168;WE=16328365;WS=16328347;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:259,270:0.51:529
chr6	16753373	.	CAACA	C	964.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;ClippingRankSum=0.000;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=3.244;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=37.11;SOR=2.124;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,24:0.92:26
chr6	16753374	.	AAC	A	699	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;FR=1.0000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=9;NR=6;PP=699;QD=48.4;SC=TTCAACAGCCAACAAAGTAAG;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=15;TCF=9;TCR=6;TR=15;WE=16753386;WS=16753364;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr6	16753377	.	AA	GG	843	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;FR=1.0000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MMLQ=23;MQ=60.0;NF=16;NR=6;PP=843;QD=40.7485397665;SC=AACAGCCAACAAAGTAAGGGA;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=24;TCF=17;TCR=7;TR=22;WE=16753386;WS=16753364;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:2,22:0.92:24
chr6	16753378	.	A	AGG	964.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.913;ClippingRankSum=0.000;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=3.244;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=37.11;ReadPosRankSum=2.361;SOR=2.124;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,24:0.92:26
chr6	17102596	rs1473744	A	G	7269.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.919;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=42.02;ReadPosRankSum=-1.205;SOR=0.910;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,171:0.99:173
chr6	17102600	rs2147230	A	G	7197.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.627;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=44.71;ReadPosRankSum=-1.072;SOR=0.897;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,159:0.99:161
chr6	17282415	rs1108512	G	C	3209.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=56;NR=25;PP=1784;SC=TGGGGCTGTTGCCCTTGTGTC;SOR=1.392;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=81;TCF=56;TCR=25;TR=81;WE=17282423;WS=17282405;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr6	17290459	rs11403725	G	GT	823.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=27;PP=1081;SC=GCTGTTTTCTGTTTTGAGTTC;SOR=4.615;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=36;TCF=0;TCR=36;TR=27;WE=17290467;WS=17290449;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr6	17493690	rs751502	C	G	6242.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.796;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=251;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.27;ReadPosRankSum=-0.926;SOR=0.805;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:4,243:0.98:247
chr6	17513954	rs4716146	T	C	1301.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=1.661;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=1;PP=986;ReadPosRankSum=-0.639;SC=GGTGCCTGGGTTGCAAGGACG;SOR=3.209;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=38;TCF=37;TCR=1;TR=37;WE=17513962;WS=17513952;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,41:0.98:42
chr6	17541484	rs4716155	G	T	4139.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=40.59;SOR=1.586;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr6	17541490	rs4716156	G	A	3781.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=46.69;SOR=2.055;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
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chr6	17606413	rs1969830	C	T	600.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=21;PP=564;SC=TTTTACAGTACACATTTTCAA;SOR=3.716;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=25;TCF=3;TCR=22;TR=24;WE=17606421;WS=17606403;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
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chr6	17628841	rs11422297	T	TA	210.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.985;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=11;HapScore=4;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=4;PP=105;ReadPosRankSum=-0.231;SC=CGACAACTTGTAAAAAAAAAA;SOR=0.387;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=24;TCF=16;TCR=8;TR=10;WE=17628849;WS=17628831;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,16:0.52:31
chr6	17629616	rs942467	G	A	6665.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=254;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=90;NR=68;PP=2965;SC=ACCCAGAATCGGATGACACAC;SOR=0.894;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=159;TCF=91;TCR=68;TR=158;WE=17629624;WS=17629606;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,249:1.00:249
chr6	17633061	rs2274136	C	T	241.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.819;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=11.240;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.11;ReadPosRankSum=-3.124;SOR=1.250;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,12:0.35:34
chr6	17633077	.	T	TA	30.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.538;ClippingRankSum=-0.000;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=2.36;ReadPosRankSum=-2.736;SOR=0.330;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,5:0.38:13
chr6	17669262	rs201122253	GA	G	93.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.500;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=2.694;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.91;ReadPosRankSum=0.977;SOR=0.574;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,15:0.31:49
chr6	17669474	rs113930368	T	A	368.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=0.213;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.431;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=4;PP=253;ReadPosRankSum=2.590;SC=CACACCCGGCTAATTTTTGTA;SOR=1.525;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=24;TCF=16;TCR=8;TR=15;WE=17669482;WS=17669464;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,17:0.57:30
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chr6	17688798	rs1065057	G	A	3984.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.278;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=389;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.213;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=64;PP=1822;ReadPosRankSum=-1.196;SC=TATCTTTGTAGCCACCCTGGC;SOR=0.615;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=225;TCF=103;TCR=122;TR=123;WE=17688806;WS=17688788;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:181,194:0.52:375
chr6	17764279	rs1044654	A	C	930.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.746;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FS=0.872;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.21;ReadPosRankSum=-0.504;SOR=0.518;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:40,43:0.52:83
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chr6	17764755	rs2296197	T	C	2885.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.301;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=342;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.294;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=49;PP=1308;ReadPosRankSum=-0.984;SC=TTTCCTTGAGTGGCACCACAA;SOR=0.719;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=219;TCF=108;TCR=111;TR=103;WE=17764763;WS=17764745;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:189,148:0.44:337
chr6	17777614	rs11396690	C	CT	1152.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.636;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=239;ExcessHet=3.0103;FS=0.657;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.09;MQRankSum=1.420;QD=6.94;ReadPosRankSum=1.320;SOR=0.601;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:81,85:0.51:166
chr6	17779474	rs67458581	ATATATATATATATATTTTTTTTTTTTTTT	A	242.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.834;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.66;MQRankSum=1.085;QD=20.23;ReadPosRankSum=1.834;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,7:0.58:12
chr6	17779731	rs9477524	G	A	87.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.409;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.49;ReadPosRankSum=0.062;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,6:0.38:16
chr6	17781450	rs942376	G	A	862.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-0.317;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.409;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=16;PP=497;ReadPosRankSum=-1.402;SC=AGAAAAACTGGCTGCCATGCT;SOR=1.052;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=98;TCF=53;TCR=45;TR=40;WE=17781458;WS=17781440;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,46:0.37:123
chr6	17785948	rs4716186	A	G	2700.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=32;NR=61;PP=1822;SC=AATAGATTTCAGCCTGGGCAA;SOR=1.426;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=94;TCF=32;TCR=62;TR=93;WE=17785956;WS=17785938;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr6	17794494	rs3734234	G	A	2177.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.194;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=27;PP=974;ReadPosRankSum=-0.251;SC=TAACTGTCCAGCCCTCTTTGG;SOR=0.690;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=110;TCF=60;TCR=50;TR=59;WE=17794502;WS=17794484;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:97,103:0.51:200
chr6	17794774	rs200502612	T	TA	1803.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-0.030;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.651;HP=9;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.501;NF=38;NR=33;PP=995;ReadPosRankSum=-0.594;SC=GAGAAAACATTAAAAAAAAAC;SOR=0.512;SbPval=0.26;Source=Platypus;TC=162;TCF=98;TCR=64;TR=71;WE=17794782;WS=17794764;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:101,103:0.50:204
chr6	17799766	rs6459573	T	C	559.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=14;PP=381;SC=TGAAACAAATTGGTCATCCAT;SOR=2.200;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=3;TCR=14;TR=17;WE=17799774;WS=17799756;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr6	17809199	rs6913612	G	A	4232.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=45;NR=55;PP=2112;SC=AAAATCTAAAGGAAAACTGCA;SOR=0.816;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=101;TCF=46;TCR=55;TR=100;WE=17809207;WS=17809189;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,153:1.00:153
chr6	17815716	rs6920106	C	T	727.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.353;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=10;PP=366;ReadPosRankSum=-0.836;SC=AGGTAATGGGCGCCTTCTCAG;SOR=0.653;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=51;TCF=32;TCR=19;TR=27;WE=17815724;WS=17815706;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,34:0.56:61
chr6	17817235	rs9383327	C	G	652.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=19;NR=2;PP=453;SC=TGGGCTGCCCCCGCTGCAGTT;SOR=3.014;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=21;TCF=19;TCR=2;TR=21;WE=17817243;WS=17817225;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
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chr6	17821964	rs13211637	CA	TG	5917.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.615;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=316;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.885;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=34;PP=2944;ReadPosRankSum=2.237;SC=CAATCAGCAGCACTGCTAAAA;SOR=0.805;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=193;TCF=108;TCR=85;TR=80;WE=17821973;WS=17821954;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:154,152:0.50:306
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chr6	17834346	rs4716193	A	G	2069.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.259;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=234;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=50;PP=1186;ReadPosRankSum=-0.960;SC=AAATTTTTCCACCATCATATA;SOR=0.724;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=157;TCF=51;TCR=106;TR=75;WE=17834354;WS=17834336;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:124,105:0.46:229
chr6	17855864	rs624105	G	C	1574.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.796;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=32;PP=876;ReadPosRankSum=-1.513;SC=GAACAGCAAGGAAAAAGAAGA;SOR=0.635;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=94;TCF=28;TCR=66;TR=45;WE=17855872;WS=17855854;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,70:0.50:140
chr6	17882140	rs7757737	A	T	288.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=0.730;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.721;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=3;PP=200;ReadPosRankSum=0.633;SC=GGCATGAGAAATGCTTGAACC;SOR=1.204;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=18;TCF=14;TCR=4;TR=12;WE=17882148;WS=17882130;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,13:0.52:25
chr6	17951668	rs112683346	T	TA	82.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.110;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.40;ReadPosRankSum=0.384;SOR=0.638;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:45,14:0.24:59
chr6	18122506	rs10949483	G	A	8583.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.115;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=305;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=183;PP=2965;ReadPosRankSum=1.661;SC=GAGGGCTCCGGGGGCGCTGGG;SOR=0.935;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=248;TCF=61;TCR=187;TR=242;WE=18122514;WS=18122496;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,291:1.00:292
chr6	18122595	.	G	T	1560.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=1.304;ClippingRankSum=0.000;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.682;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=30;PP=1029;ReadPosRankSum=-1.799;SC=GCAGGCAGTCGCTGGTGTCGC;SOR=0.813;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=93;TCF=41;TCR=52;TR=52;WE=18122603;WS=18122585;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,64:0.53:120
chr6	18134008	rs113956700	G	GA	1084.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.266;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FS=1.293;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.55;MQRankSum=0.955;QD=14.66;ReadPosRankSum=-0.596;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:11,63:0.85:74
chr6	18134021	rs2842949	C	A	3320.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=12;HapScore=3;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=39;NR=36;PP=1443;SC=AAAAAAAAAACCCAACAACTT;SOR=1.013;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=76;TCF=39;TCR=37;TR=75;WE=18134029;WS=18133998;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr6	18139214	rs2842934	G	A	2912.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=35;NR=40;PP=1508;SC=CACCTGGATTGATGGCAACTA;SOR=0.806;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=75;TCF=35;TCR=40;TR=75;WE=18139222;WS=18139204;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr6	18139964	rs375276814	GA	G	281.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-1.377;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.9996;FS=0.000;HP=9;HapScore=4;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.639;NF=1;NR=10;PP=117;ReadPosRankSum=-0.335;SC=ATGAAATAATGAAAAAAAAAT;SOR=0.743;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=15;TCF=2;TCR=13;TR=11;WE=18139981;WS=18139954;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,20:0.77:26
chr6	18148019	rs4449636	G	A	513.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=13;NR=5;PP=331;SC=CATCATTAAGGCAAGATAATT;SOR=1.609;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=18;TCF=13;TCR=5;TR=18;WE=18148027;WS=18148009;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr6	18148247	rs12529220	T	A	1328.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=9;NR=22;PP=607;SC=TAATAAGCAGTTACTATTAAT;SOR=1.314;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=9;TCR=22;TR=31;WE=18148255;WS=18148237;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr6	18149526	rs3930696	C	T	1571.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=40;PP=1228;SC=TTTTTTATTTCTGGTTTTATT;SOR=3.014;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=7;TCR=40;TR=47;WE=18149534;WS=18149516;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr6	18166802	rs912528	T	G	913.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=19;PP=579;SC=TAGGCTGGGTTTGGTGGCTCA;SOR=1.911;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=6;TCR=19;TR=25;WE=18166810;WS=18166792;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr6	18171477	rs1011620	G	A	3008.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=60;NR=27;PP=1776;SC=ATGCAAGGAGGAGAAAAAATA;SOR=1.445;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=87;TCF=60;TCR=27;TR=87;WE=18171485;WS=18171467;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr6	18187916	rs372534	C	T	2192.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=56;NR=14;PP=1579;SC=AAAAGCATAGCGGGTTAAGGA;SOR=2.599;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=70;TCF=56;TCR=14;TR=70;WE=18187924;WS=18187906;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr6	18201961	rs214612	T	C	1765.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-1.903;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=52;PP=1162;ReadPosRankSum=-0.776;SC=GCAGTGGCATTGTTCATTTGC;SOR=1.638;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=62;TCF=9;TCR=53;TR=61;WE=18201969;WS=18201951;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,69:0.99:70
chr6	18213988	rs6903583	C	T	2826.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.487;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=267;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.949;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=46;PP=1232;ReadPosRankSum=-0.471;SC=GGCTTTTTGCCGTGTTCTATG;SOR=0.629;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=170;TCF=67;TCR=103;TR=78;WE=18213996;WS=18213978;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:130,132:0.50:262
chr6	18215303	rs214585	T	C	6709.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=260;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQ=60.04;NF=75;NR=100;PP=2953;SC=GGACCCTGGATGACAAACAGG;SOR=0.905;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=175;TCF=75;TCR=100;TR=175;WE=18215311;WS=18215293;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,257:1.00:257
chr6	18226213	rs7740259	C	G	231.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-3.539;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=8;PP=136;ReadPosRankSum=0.000;SC=CAGGTCTTATCACTAACTGTT;SOR=0.527;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=17;TCF=2;TCR=15;TR=9;WE=18226221;WS=18226203;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,11:0.58:19
chr6	18256224	rs58144742	CT	C	92.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.446;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.64;ReadPosRankSum=-0.494;SOR=0.307;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,10:0.50:20
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chr6	18368880	rs11757266	G	A	407.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=0.657;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=5;PP=230;ReadPosRankSum=2.002;SC=GCCATGCTGCGGGAGACCCCG;SOR=0.776;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=46;TCF=33;TCR=13;TR=18;WE=18368888;WS=18368870;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,22:0.39:57
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chr6	18406387	rs6925570	G	A	1137.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=1.919;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.857;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=33;PP=772;ReadPosRankSum=1.959;SC=TCAACTTTTCGTATGAGACAT;SOR=0.966;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=76;TCF=21;TCR=55;TR=46;WE=18406395;WS=18406377;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,50:0.54:92
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chr6	18463633	rs9371061	C	T	2478.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.652;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=279;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.448;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=42;PP=898;ReadPosRankSum=-1.769;SC=TTATAGGGAGCGTGACATAAA;SOR=0.603;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=167;TCF=70;TCR=97;TR=73;WE=18463641;WS=18463623;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:145,129:0.47:274
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chr6	20144637	rs1202195	G	A	528.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=15;PP=413;SC=CATCCTTCACGTGCAGTTGGT;SOR=4.294;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=16;TCF=1;TCR=15;TR=16;WE=20144645;WS=20144627;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
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chr6	21231034	rs12200511	C	G	733.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.971;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=9;PP=430;ReadPosRankSum=-1.603;SC=ACAGGGCTTTCTCTGCATCTA;SOR=0.811;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=45;TCF=29;TCR=16;TR=26;WE=21231042;WS=21231024;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,32:0.62:52
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chr6	22136938	rs6900792	T	C	7630.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=273;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=61;NR=138;PP=2965;SC=AGAGTTGTTATAACAATTAGA;SOR=1.473;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=200;TCF=61;TCR=139;TR=199;WE=22136946;WS=22136928;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,270:1.00:270
chr6	22146818	rs5874858	AT	A	299.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.777;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.97;MQRankSum=0.471;QD=15.78;ReadPosRankSum=-0.457;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,18:0.95:19
chr6	22292976	rs1205955	A	T	3183.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=2.121;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.752;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=60;PP=1909;ReadPosRankSum=1.749;SC=GTGTAATTTTAAAAAATTAGA;SOR=0.783;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=101;TCF=41;TCR=60;TR=100;WE=22292984;WS=22292966;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,120:0.99:121
chr6	22570064	rs2076506	C	T	5302.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.787;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=479;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.535;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=118;PP=2691;ReadPosRankSum=1.888;SC=AACAACCCCACGGTCCAGGCC;SOR=0.636;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=341;TCF=119;TCR=222;TR=184;WE=22570072;WS=22570054;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:217,252:0.54:469
chr6	22570189	rs6922960	T	C	978.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=4.190;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.004;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=28;PP=744;ReadPosRankSum=1.286;SC=CGGCGACGAATTGGGGAAGCC;SOR=1.060;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=76;TCF=21;TCR=55;TR=38;WE=22570197;WS=22570179;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,40:0.42:96
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chr6	24146454	rs16888718	C	T	3258.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-1.022;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=375;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.382;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=43;PP=1405;ReadPosRankSum=0.749;SC=TAGATCGTGACTTTGTGTTAT;SOR=0.729;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=211;TCF=114;TCR=97;TR=97;WE=24146462;WS=24146444;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:191,169:0.47:360
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chr6	24416562	rs74293227	C	A	59.78	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.150;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=29;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=1;PP=33;ReadPosRankSum=-0.000;SC=TCTAAAAACACTATTATGAAA;SOR=0.916;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=4;TCF=2;TCR=2;TR=3;WE=24416570;WS=24416552;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,3:0.75:4
chr6	24416593	rs75878386	A	G	90.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.902;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.136;HP=3;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=1;PP=65;ReadPosRankSum=1.465;SC=AGTTTATTCTATTGATCATTT;SOR=1.492;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=5;TCF=3;TCR=2;TR=4;WE=24416601;WS=24416583;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,4:0.57:7
chr6	24418348	rs2793422	G	A	899.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.092;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.718;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=22;PP=557;ReadPosRankSum=-1.226;SC=ATGCAGAAGAGATGGAGTTGC;SOR=0.794;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=76;TCF=36;TCR=40;TR=40;WE=24418356;WS=24418338;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,48:0.44:108
chr6	24418581	rs2753925	A	T	567.25	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.631;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=3;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=4;PP=436;ReadPosRankSum=0.836;SC=CATTATTATTATTTTTTTTGT;SOR=1.292;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=34;TCF=30;TCR=4;TR=30;WE=24418589;WS=24418568;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,28:0.88:32
chr6	24418786	rs79527965	T	C	2665.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=0.998;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=314;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.415;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=1.992;NF=29;NR=41;PP=1058;ReadPosRankSum=0.634;SC=TGGAATGAATTTGGAATCTTC;SOR=0.646;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=163;TCF=65;TCR=98;TR=70;WE=24418794;WS=24418776;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:178,136:0.43:314
chr6	24418835	rs139385121	T	TG	2743.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=0.860;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.644;HP=5;HapScore=2;MGOF=28;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.586;NF=3;NR=32;PP=1135;ReadPosRankSum=0.379;SC=TTCTAAAACTTGGGGGTTTTG;SOR=0.782;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=69;TCF=5;TCR=64;TR=35;WE=24418843;WS=24418825;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,77:0.55:140
chr6	24418854	rs45590133	T	C	2504.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.780;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=39;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=27;PP=489;ReadPosRankSum=-0.087;SC=TGGCCGGGCATGGTGGCTCAT;SOR=0.703;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=76;TCF=25;TCR=51;TR=40;WE=24418862;WS=24418844;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,62:0.55:113
chr6	24418878	rs45478094	G	A	1512.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-2.900;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.114;HP=1;HapScore=2;MGOF=47;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=17;PP=358;ReadPosRankSum=-0.955;SC=AGTAATCCTAGCACTTTAGGA;SOR=0.472;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=51;TCF=14;TCR=37;TR=25;WE=24418886;WS=24418868;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,37:0.54:68
chr6	24423424	rs1133526	G	A	873.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-2.045;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.909;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=29;PP=564;ReadPosRankSum=0.120;SC=CTATCTGTCAGTTAAGTCGGT;SOR=0.525;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=92;TCF=22;TCR=70;TR=39;WE=24423432;WS=24423414;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,43:0.44:97
chr6	24423675	rs1054868	G	A	261.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-2.931;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=1.044;NF=10;NR=2;PP=176;ReadPosRankSum=-1.272;SC=CTTGAAGATGGCACCACTGGA;SOR=0.793;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=23;TCF=19;TCR=4;TR=12;WE=24423683;WS=24423665;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,12:0.52:23
chr6	24433483	rs9461006	T	C	2197.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.234;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.481;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=37;PP=867;ReadPosRankSum=0.197;SC=ACATGCCGTCTGTTAATGGGC;SOR=0.629;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=152;TCF=73;TCR=79;TR=74;WE=24433491;WS=24433473;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:117,113:0.49:230
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chr6	24437458	rs1042303	T	C	7645.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=298;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=87;NR=96;PP=2965;SC=AGTGCGTACATGCGAGTGGCT;SOR=0.720;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=183;TCF=87;TCR=96;TR=183;WE=24437466;WS=24437435;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,296:1.00:296
chr6	24445718	rs793714	A	G	927.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=26;NR=9;PP=667;SC=CCAATACGACATGTACAAGCA;SOR=2.115;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=35;TCF=26;TCR=9;TR=35;WE=24445726;WS=24445708;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr6	24448061	rs796985	A	C	1110.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=29;NR=7;PP=841;SC=TGTCGTAGACACACAGAGCAG;SOR=2.494;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=36;TCF=29;TCR=7;TR=36;WE=24448069;WS=24448051;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr6	24450168	rs5874981	G	GCCT	4642.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=2.409;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=293;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.872;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.086;NF=1;NR=56;PP=2705;ReadPosRankSum=0.434;SC=CTGAGCCACGGCCTCGGAAAG;SOR=1.157;SbPval=0.93;Source=Platypus;TC=126;TCF=6;TCR=120;TR=57;WE=24450176;WS=24450158;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:142,122:0.46:264
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chr6	24460707	rs2744576	A	T	249.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-2.207;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=8;PP=160;ReadPosRankSum=0.874;SC=AATATAGTCAAGTTAATCACA;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=1;TCR=17;TR=8;WE=24460715;WS=24460697;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,11:0.50:22
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chr6	24480025	rs5874986	CAT	C	367.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.425;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.518;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=1.878;NF=7;NR=3;PP=343;ReadPosRankSum=-1.082;SC=ATTGTACACACATATATATAT;SOR=0.264;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=29;TCF=21;TCR=8;TR=10;WE=24480034;WS=24480015;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,14:0.38:37
chr6	24489652	rs1126617	C	T	3148.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.536;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=308;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=53;PP=1488;ReadPosRankSum=0.513;SC=CCTATTTCTACGTGTGTTGAA;SOR=0.680;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=205;TCF=105;TCR=100;TR=108;WE=24489660;WS=24489642;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:150,157:0.51:307
chr6	24489741	rs2076316	A	C	1812.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=1.797;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.384;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=47;PP=1194;ReadPosRankSum=-0.273;SC=AGCAGACATGATCTCATTGCC;SOR=0.846;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=115;TCF=34;TCR=81;TR=66;WE=24489749;WS=24489731;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,78:0.53:146
chr6	24503590	rs2760118	C	T	3403.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-2.222;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=395;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.657;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=61;PP=1447;ReadPosRankSum=1.627;SC=AGACATTATCCACACCCCGGC;SOR=0.601;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=224;TCF=93;TCR=131;TR=110;WE=24503598;WS=24503580;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:218,174:0.44:392
chr6	24505030	rs2744583	A	G	2207.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-1.634;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.445;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=21;PP=1104;ReadPosRankSum=-2.479;SC=ACTTCCCAACATGCCTTCCTT;SOR=0.869;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=162;TCF=114;TCR=48;TR=78;WE=24505038;WS=24505020;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:107,110:0.51:217
chr6	24505221	rs2817220	G	A	2425.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.526;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=282;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.015;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=66;PP=1496;ReadPosRankSum=1.322;SC=GAGGTGAGCCGCTCTCCCTGT;SOR=0.981;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=215;TCF=76;TCR=139;TR=98;WE=24505229;WS=24505211;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:155,118:0.43:273
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chr6	24528131	rs4646848	GA	G	151.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=0.389;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=14;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=1;PP=80;ReadPosRankSum=1.212;SC=TTTTGAAAAAGAAAAAAAAAT;SOR=0.495;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=22;TCF=19;TCR=3;TR=8;WE=24528139;WS=24528121;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,13:0.39:33
chr6	24551664	rs807534	T	C	2284.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.989;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=249;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=30;PP=999;ReadPosRankSum=-0.766;SC=TGTCTTACCATATTTGGGCCT;SOR=0.678;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=138;TCF=70;TCR=68;TR=62;WE=24551672;WS=24551654;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:133,114:0.46:247
chr6	24551729	rs807535	T	C	1639.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.434;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.569;HP=6;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=34;PP=850;ReadPosRankSum=-1.558;SC=ACTTTGTTTTTTTCCTGATTT;SOR=0.785;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=112;TCF=44;TCR=68;TR=56;WE=24551737;WS=24551719;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:92,80:0.47:172
chr6	24554672	rs56150817	G	A	2196.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.899;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.973;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=26;PP=1098;ReadPosRankSum=-1.177;SC=ATAATAAACAGCTTAGTGGTT;SOR=0.417;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=164;TCF=113;TCR=51;TR=73;WE=24554680;WS=24554662;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:109,103:0.49:212
chr6	24556675	rs807538	A	G	819.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=23;NR=9;PP=606;SC=GACTACAGGCATGCATCACCA;SOR=1.839;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=23;TCR=9;TR=32;WE=24556683;WS=24556665;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr6	24559281	rs807541	A	G	717.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.553;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=15;PP=376;ReadPosRankSum=-0.662;SC=GCAAGAAGTCAGCCTTCTCCT;SOR=0.709;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=56;TCF=26;TCR=30;TR=28;WE=24559289;WS=24559271;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,40:0.45:88
chr6	24559433	rs3903801	A	G	170.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.453;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=6;PP=114;ReadPosRankSum=-0.591;SC=GATGGTGACTACCATGACACG;SOR=0.627;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=11;TCF=2;TCR=9;TR=8;WE=24559441;WS=24559423;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,8:0.62:13
chr6	24578272	rs2760157	G	A	1785.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=2.407;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.761;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=22;PP=979;ReadPosRankSum=1.142;SC=TTTTATGTGCGTTAATTTAAA;SOR=0.850;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=144;TCF=93;TCR=51;TR=66;WE=24578280;WS=24578262;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:118,89:0.43:207
chr6	24580185	rs3215493	C	CA	2015.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.852;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=296;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.447;HP=10;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.181;NF=7;NR=44;PP=899;ReadPosRankSum=1.097;SC=CTGGCTGTAACAAAAAAAAGG;SOR=0.650;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=109;TCF=17;TCR=92;TR=51;WE=24580193;WS=24580175;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:162,114:0.41:276
chr6	24583804	rs6901322	T	A	2285.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=2.124;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.487;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=32;PP=1171;ReadPosRankSum=0.550;SC=CAGTTCCTAGTGGTCAGGGAG;SOR=0.755;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=161;TCF=91;TCR=70;TR=74;WE=24583812;WS=24583794;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:121,107:0.47:228
chr6	24588884	rs4504469	C	T	424.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=1.678;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=11;PP=283;ReadPosRankSum=0.854;SC=GAGGGGGCTGCGCTAGTGGGA;SOR=0.719;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=39;TCF=19;TCR=20;TR=22;WE=24588892;WS=24588874;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,23:0.40:58
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chr6	24651352	rs11370284	T	TA	50.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.305;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=5.815;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.42;ReadPosRankSum=-0.041;SOR=0.072;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,8:0.38:21
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chr6	24809771	rs9379692	A	G	557.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=4.055;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=2;PP=432;ReadPosRankSum=0.037;SC=GGGGTGAGATAGACACTGATC;SOR=0.606;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=45;TCF=41;TCR=4;TR=22;WE=24809779;WS=24809761;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,22:0.48:46
chr6	24809853	rs9393587	C	T	2596.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.386;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.674;HP=3;HapScore=2;MGOF=27;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=32;PP=1262;ReadPosRankSum=-2.299;SC=CATGAAACTTCTCCTTACTGG;SOR=0.586;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=155;TCF=99;TCR=56;TR=85;WE=24809861;WS=24809843;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:99,122:0.55:221
chr6	24809881	rs9358801	T	A	3638.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=0.396;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=314;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=71;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=43;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.063;SC=AACATCTAAATGGGAACATCC;SOR=0.698;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=189;TCF=115;TCR=74;TR=108;WE=24809890;WS=24809871;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:141,172:0.55:313
chr6	24809882	.	G	A	3081.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=0.005;ClippingRankSum=0.000;DP=322;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=71;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=32;PP=2943;ReadPosRankSum=0.496;SC=ACATCTAAATGGGAACATCCG;SOR=0.679;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=193;TCF=117;TCR=76;TR=83;WE=24809890;WS=24809871;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:174,147:0.46:321
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chr6	24848086	rs3813680	A	G	233.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.229;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=7;PP=181;ReadPosRankSum=0.869;SC=ACATGTTACCATCACAGCAAT;SOR=0.495;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=9;TCR=17;TR=11;WE=24848094;WS=24848076;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,11:0.41:27
chr6	24850715	rs7761191	A	G	1599.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=34;NR=8;PP=1134;SC=CTTGTGCAGAAAAGTCTGTGG;SOR=2.494;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=42;TCF=34;TCR=8;TR=42;WE=24850723;WS=24850705;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
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chr6	25042286	rs35331447	TA	T	400.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.478;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=3.699;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.32;ReadPosRankSum=0.569;SOR=1.660;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,31:0.72:43
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chr6	25086968	rs895673	G	A	2046.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=42;NR=14;PP=1059;SC=TATCCACAGCGTCCTCAGCAA;SOR=1.704;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=56;TCF=42;TCR=14;TR=56;WE=25086976;WS=25086958;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr6	25092031	rs9654585	T	A	1581.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=36;NR=7;PP=1006;SC=TCTAAAATTATAAGTTTATTT;SOR=2.221;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=43;TCF=36;TCR=7;TR=43;WE=25092039;WS=25092021;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr6	25097450	rs392852	T	C	4422.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=39;NR=92;PP=2965;SC=AAAGCATTCCTATGTAAGAAA;SOR=1.737;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=131;TCF=39;TCR=92;TR=131;WE=25097458;WS=25097440;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,153:1.00:153
chr6	25106745	rs2295737	A	G	5714.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.816;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=107;PP=2965;ReadPosRankSum=1.324;SC=GATTTAGATTAGAGTCTCCTC;SOR=0.600;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=157;TCF=49;TCR=108;TR=156;WE=25106753;WS=25106735;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,209:1.00:210
chr6	25106783	rs1923195	G	A	3083.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=21;NR=69;PP=1884;SC=AAAAACACATGTTCTAGCAGA;SOR=2.137;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=91;TCF=21;TCR=70;TR=90;WE=25106791;WS=25106773;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr6	25108989	rs3215685	AC	A	6008.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=70;PP=2965;SC=AATCTTGAACACCCATAGTTT;SOR=1.734;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=76;TCF=3;TCR=73;TR=73;WE=25108999;WS=25108979;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,137:1.00:137
chr6	25108991	rs79916468	C	T	6017.77	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=23;NR=70;PP=2139;SC=TCTTGAACACCCATAGTTTGA;SOR=1.734;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=97;TCF=24;TCR=73;TR=93;WE=25108999;WS=25108979;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,137:1.00:137
chr6	25279208	rs6908902	A	T	168.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=21.10;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
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chr6	25280119	rs6914799	C	A	3070.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.66;SOR=2.079;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr6	25420344	rs913455	C	G	6924.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=255;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=91;NR=62;PP=2965;SC=TCTTACAGGTCCTTACATCAT;SOR=0.978;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=153;TCF=91;TCR=62;TR=153;WE=25420352;WS=25420334;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,252:1.00:252
chr6	25426640	.	ATT	A	4006.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.040;ClippingRankSum=0.000;DP=255;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.08;MQRankSum=0.563;QD=16.98;ReadPosRankSum=1.939;SOR=0.712;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:66,170:0.72:236
chr6	25435654	rs34314506	AT	A	3862.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.019;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=276;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=2.576;NF=22;NR=38;PP=2013;ReadPosRankSum=0.718;SC=ATTTAAAATAATTAAAAACGG;SOR=0.676;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=126;TCF=53;TCR=73;TR=60;WE=25435662;WS=25435644;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:143,132:0.48:275
chr6	25435758	rs9467515	A	G	4428.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.252;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=432;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQ=60.18;MQRankSum=-2.732;NF=63;NR=71;PP=2023;ReadPosRankSum=0.408;SC=AGATGGCGTCACCCGAGGACG;SOR=0.698;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=261;TCF=123;TCR=138;TR=134;WE=25435766;WS=25435748;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:210,221:0.51:431
chr6	25450026	rs9295661	C	A	692.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=16;NR=5;PP=433;SC=TTGAAGTGACCCTCATCTTTG;SOR=2.215;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=16;TCR=5;TR=21;WE=25450034;WS=25450016;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr6	25452223	.	T	TTC	142.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=15.87;SOR=3.912;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,8:0.89:9
chr6	25452453	.	AT	A	51.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.931;ClippingRankSum=0.000;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=1.757;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.99;ReadPosRankSum=1.140;SOR=0.346;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,8:0.31:26
chr6	25471559	rs144894905	G	GT	94.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.023;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.53;ReadPosRankSum=-1.096;SOR=0.776;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:45,17:0.27:62
chr6	25472765	.	CATT	C	6801.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.512;ClippingRankSum=0.000;DP=415;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.192;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=2.435;NF=12;NR=66;PP=2970;ReadPosRankSum=1.555;SC=GCAGAGTTCTCATTATCATTG;SOR=0.619;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=173;TCF=21;TCR=152;TR=78;WE=25472775;WS=25472755;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:212,181:0.46:393
chr6	25488583	rs2274089	C	T	2357.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.011;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.145;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=24;PP=1267;ReadPosRankSum=-0.385;SC=CGCCACCTTTCAGGGACAGTG;SOR=0.577;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=152;TCF=106;TCR=46;TR=77;WE=25488591;WS=25488573;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:98,107:0.52:205
chr6	25492296	rs1034051	C	T	5985.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=236;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=61;NR=92;PP=2899;SC=GAAGTGTCTTCTTCTGAGAAA;SOR=1.095;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=154;TCF=61;TCR=93;TR=153;WE=25492304;WS=25492286;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,227:1.00:227
chr6	25492364	rs1034050	A	G	729.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.477;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.277;HP=1;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=23;PP=512;ReadPosRankSum=0.896;SC=GAAAGAAGGCAGCCTTAAGCA;SOR=1.584;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=53;TCF=8;TCR=45;TR=26;WE=25492372;WS=25492354;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,29:0.50:58
chr6	25510648	rs7453991	T	C	530.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.568;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=2;PP=360;ReadPosRankSum=0.248;SC=CATCCAACTATATGTCACCTT;SOR=1.358;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=17;TCF=15;TCR=2;TR=16;WE=25510656;WS=25510638;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,20:0.95:21
chr6	25510696	rs139587245	CAT	C	1001.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.450;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.713;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.904;NF=12;NR=5;PP=666;ReadPosRankSum=-3.358;SC=AATTTATACACATGTGTTTTG;SOR=1.179;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=29;TCF=20;TCR=9;TR=17;WE=25510705;WS=25510686;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,27:0.57:47
chr6	25527963	rs214053	T	C	89.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=0.181;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.802;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=4;PP=51;ReadPosRankSum=-1.312;SC=GAAAGGTACATTTTGTTCTGC;SOR=0.093;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=12;TCF=1;TCR=11;TR=5;WE=25527971;WS=25527953;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,5:0.42:12
chr6	25554148	rs2072849	T	G	809.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.278;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.770;HP=1;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=10;PP=465;ReadPosRankSum=-0.955;SC=GGAATCACAGTTGACCTTATC;SOR=0.601;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=77;TCF=56;TCR=21;TR=31;WE=25554156;WS=25554138;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,42:0.38:112
chr6	25554180	rs214049	C	G	5019.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=76;NR=38;PP=2424;SC=AAGGGTGGATCATTTTCCCCT;SOR=1.242;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=114;TCF=76;TCR=38;TR=114;WE=25554188;WS=25554170;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,183:1.00:183
chr6	25557149	.	T	TTAA	760.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.667;ClippingRankSum=0.000;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.70;ReadPosRankSum=0.719;SOR=0.610;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,37:0.57:65
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chr6	25726329	rs112943240	C	CTT	4193.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.532;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=26;PP=2271;ReadPosRankSum=2.188;SC=TTTTCTGACACAGAAGTCTTT;SOR=0.729;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=91;TCF=42;TCR=49;TR=47;WE=25726351;WS=25726319;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:115,108:0.48:223
chr6	25726343	rs6940348	C	T	6308.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=242;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=86;NR=55;PP=2962;SC=AGTCTTTTTACCAATGACAAC;SOR=1.006;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=141;TCF=86;TCR=55;TR=141;WE=25726351;WS=25726319;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,239:1.00:239
chr6	25726675	rs9358871	G	A	6091.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.811;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=568;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.101;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=82;NR=97;PP=2872;ReadPosRankSum=0.951;SC=TCCGGCCTACGGGAAACTGCA;SOR=0.766;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=344;TCF=167;TCR=177;TR=179;WE=25726683;WS=25726665;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:270,294:0.52:564
chr6	25726774	rs4711095	A	C	2364.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.037;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=250;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.653;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=63;PP=1224;ReadPosRankSum=-0.452;SC=ATCAAATTGCAGCAACACGAG;SOR=0.950;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=179;TCF=64;TCR=115;TR=94;WE=25726782;WS=25726764;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:123,120:0.49:243
chr6	25727054	rs4711096	A	G	565.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.380;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=22.63;ReadPosRankSum=0.637;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,15:0.60:25
chr6	25727057	rs4712959	C	T	619.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.729;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=2.080;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=22.13;ReadPosRankSum=0.401;SOR=0.230;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,17:0.61:28
chr6	25727265	rs4712960	C	T	3312.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.639;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=351;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.271;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=59;PP=1706;ReadPosRankSum=-1.621;SC=CTATTTACATCTACAAAGTGC;SOR=0.721;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=232;TCF=117;TCR=115;TR=118;WE=25727273;WS=25727255;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:174,166:0.49:340
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chr6	25727517	rs9358872	G	A	1340.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.489;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FS=0.611;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.06;ReadPosRankSum=-1.843;SOR=0.627;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:79,69:0.47:148
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chr6	25770239	rs2328893	A	G	3237.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=53;NR=25;PP=1616;SC=AGTCCTCACAATGAAAACTGT;SOR=1.309;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=78;TCF=53;TCR=25;TR=78;WE=25770247;WS=25770229;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr6	25770707	rs4712970	G	A	2239.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.914;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.534;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=58;PP=1337;ReadPosRankSum=-0.625;SC=CAGGTAACTGGTACCCTAAAC;SOR=0.626;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=165;TCF=50;TCR=115;TR=85;WE=25770715;WS=25770697;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:106,104:0.50:210
chr6	25776949	rs11754288	G	A	4641.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-2.012;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=510;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=85;NR=80;PP=2361;ReadPosRankSum=-1.783;SC=ACTCTTCACTGCCATTGGTAA;SOR=0.664;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=334;TCF=174;TCR=160;TR=165;WE=25776957;WS=25776939;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:268,233:0.47:501
chr6	25778055	rs12201071	C	T	1798.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.011;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.901;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=16;PP=920;ReadPosRankSum=0.753;SC=GATATTAACCCTTTGTTTGCA;SOR=0.857;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=128;TCF=86;TCR=42;TR=56;WE=25778063;WS=25778045;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:98,85:0.46:183
chr6	25798932	rs1165215	G	A	1965.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.409;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=25;PP=989;ReadPosRankSum=0.275;SC=ATTCCTTCTCGTCTGAGGAGT;SOR=0.684;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=134;TCF=88;TCR=46;TR=70;WE=25798940;WS=25798922;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:97,99:0.51:196
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chr6	25801057	rs1165210	T	C	1761.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=28;NR=17;PP=835;SC=TTTTCATATGTGTAATCTTTC;SOR=1.066;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=47;TCF=29;TCR=18;TR=45;WE=25801065;WS=25801047;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
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chr6	25917130	rs143243750	C	G	2761.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=1.271;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=248;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.536;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=45;PP=1723;ReadPosRankSum=-0.431;SC=TGGTGCCTCTCAGAGGAGATC;SOR=0.640;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=179;TCF=94;TCR=85;TR=90;WE=25917138;WS=25917120;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:126,120:0.49:246
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chr6	26091179	rs1799945	C	G	1288.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.672;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.871;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=24;PP=791;ReadPosRankSum=0.426;SC=GTTCTATGATCATGAGAGTCG;SOR=0.393;SbPval=0.21;Source=Platypus;TC=103;TCF=61;TCR=42;TR=48;WE=26091187;WS=26091169;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:95,63:0.40:158
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chr6	26124430	rs198819	C	T	3173.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.562;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=293;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.913;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=69;NR=44;PP=1618;ReadPosRankSum=1.014;SC=GAGCTTAGGCCGCTGGTTTTG;SOR=0.637;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=211;TCF=133;TCR=78;TR=113;WE=26124438;WS=26124420;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:136,151:0.53:287
chr6	26157403	rs112830226	A	C	324.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.960;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=10;PP=191;ReadPosRankSum=-0.229;SC=AAACGCTGCTAAGCAGGGGCG;SOR=0.955;SbPval=0.92;Source=Platypus;TC=33;TCF=7;TCR=26;TR=11;WE=26157411;WS=26157393;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,15:0.39:38
chr6	26184041	rs16891375	A	G	6346.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.694;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=606;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.529;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-1.401;NF=119;NR=77;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.616;SC=AGCCAGCGAAATCCGCTCCCG;SOR=0.628;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=390;TCF=241;TCR=149;TR=196;WE=26184049;WS=26184031;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:296,301:0.50:597
chr6	26189312	rs79868973	C	G	3120.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=1.545;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=330;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.864;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=59;PP=1638;ReadPosRankSum=1.206;SC=CATCTTGAAACCACAGCTGTT;SOR=0.581;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=190;TCF=70;TCR=120;TR=99;WE=26189320;WS=26189302;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:169,151:0.47:320
chr6	26197493	rs41266801	C	A	3792.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-2.276;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=454;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.144;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=92;PP=2046;ReadPosRankSum=0.004;SC=AACTTCTAAACCCTGCTAAAT;SOR=0.783;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=306;TCF=100;TCR=206;TR=137;WE=26197501;WS=26197483;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:256,194:0.43:450
chr6	26198980	rs77463023	C	T	864.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.438;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.068;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=6;PP=581;ReadPosRankSum=0.500;SC=TAGCTATTTACACAGAAAATG;SOR=0.972;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=65;TCF=51;TCR=14;TR=33;WE=26198988;WS=26198970;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,37:0.52:71
chr6	26199222	rs113561314	G	A	1968.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-1.980;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.512;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=40;PP=1363;ReadPosRankSum=-1.130;SC=GCCAGCTGCAGGTGTCGGGGG;SOR=0.642;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=176;TCF=92;TCR=84;TR=81;WE=26199235;WS=26199212;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:113,92:0.45:205
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chr6	26199822	rs41266807	A	G	4703.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.419;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=424;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.266;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=86;NR=53;PP=2476;ReadPosRankSum=0.189;SC=CTGCTCCAAAAAAGGGCTCCA;SOR=0.511;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=284;TCF=182;TCR=102;TR=139;WE=26199830;WS=26199812;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:202,216:0.52:418
chr6	26200080	rs421153	C	T	5212.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=1.596;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=559;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.746;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.831;NF=89;NR=104;PP=2962;ReadPosRankSum=0.265;SC=TCCAGACGGCCGTACGCCTGC;SOR=0.841;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=443;TCF=212;TCR=231;TR=193;WE=26200091;WS=26200070;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:303,252:0.45:555
chr6	26200083	rs1059486	A	G	6736.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=2.632;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=559;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.445;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-1.830;NF=122;NR=125;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.220;SC=AGACGGCCGTACGCCTGCTGC;SOR=0.559;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=440;TCF=211;TCR=229;TR=247;WE=26200091;WS=26200070;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:252,302:0.55:554
chr6	26200256	rs16891397	C	T	2369.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.274;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.240;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=66;PP=1376;ReadPosRankSum=-2.108;SC=GCATATTTTCCGTGTTTACCA;SOR=0.934;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=169;TCF=50;TCR=119;TR=90;WE=26200264;WS=26200246;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:105,112:0.52:217
chr6	26216656	rs41266811	T	C	4319.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=2.011;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=425;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.101;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQ=59.98;MQRankSum=-1.036;NF=71;NR=68;PP=2374;ReadPosRankSum=-2.419;SC=CTGCGATGCGTTCGAAGATGT;SOR=0.583;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=282;TCF=150;TCR=132;TR=139;WE=26216664;WS=26216646;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:220,203:0.48:423
chr6	26217728	rs1997768	A	G	846.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=1.279;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.344;HP=5;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=32;PP=650;ReadPosRankSum=-1.576;SC=CACTGTCCTAATTTTTAACGA;SOR=1.925;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=63;TCF=12;TCR=51;TR=36;WE=26217736;WS=26217718;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,37:0.52:71
chr6	26225408	.	G	A	3824.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=1.781;ClippingRankSum=0.000;DP=461;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=47;PP=1549;ReadPosRankSum=0.815;SC=CAGACGGCTCGTAAATCCACA;SOR=0.684;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=266;TCF=155;TCR=111;TR=112;WE=26225416;WS=26225398;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:261,197:0.43:458
chr6	26225881	rs56119218	C	A	1844.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-4.186;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.722;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=49;PP=1136;ReadPosRankSum=-1.548;SC=CTTTGAGACGCATTAGACCAC;SOR=0.431;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=127;TCF=22;TCR=105;TR=59;WE=26225889;WS=26225871;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,76:0.52:146
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chr6	26234952	rs2050948	A	G	2440.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.930;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=264;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.486;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=37;PP=1131;ReadPosRankSum=-0.353;SC=CATCGTAGCCAGCAGCCGCAA;SOR=0.798;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=186;TCF=99;TCR=87;TR=83;WE=26234960;WS=26234942;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:139,121:0.47:260
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chr6	26240649	rs3734534	C	T	4634.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=2.382;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=474;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.108;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=91;NR=52;PP=2237;ReadPosRankSum=1.725;SC=TGTTTGTCTTCGATCATGTCT;SOR=0.808;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=311;TCF=190;TCR=121;TR=143;WE=26240657;WS=26240639;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:235,219:0.48:454
chr6	26247198	rs41266821	A	G	1785.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=1.397;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.157;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=46;PP=1079;ReadPosRankSum=0.271;SC=CTTGCCCCGAACAGACATGAT;SOR=0.496;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=129;TCF=33;TCR=96;TR=64;WE=26247206;WS=26247188;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,80:0.49:163
chr6	26250254	rs11759720	C	G	535.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=1.268;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.261;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=2;PP=314;ReadPosRankSum=-1.314;SC=ATGGCCAAGACACAAAAGCCT;SOR=0.146;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=39;TCF=36;TCR=3;TR=17;WE=26250262;WS=26250244;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,23:0.48:48
chr6	26271241	rs2223591	G	A	3600.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.458;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=408;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=69;NR=47;PP=1825;ReadPosRankSum=0.455;SC=CGAGCTGAATGTCCTTGGGCA;SOR=0.687;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=262;TCF=159;TCR=103;TR=116;WE=26271249;WS=26271231;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:226,176:0.44:402
chr6	26271713	rs9393690	A	T	1136.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.366;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.916;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=31;PP=649;ReadPosRankSum=-0.311;SC=TTTTCAAAAGACCCGCGCAAC;SOR=0.456;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=81;TCF=14;TCR=67;TR=40;WE=26271721;WS=26271703;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,51:0.49:105
chr6	26285428	rs143923288	G	A	3910.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.352;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=448;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.574;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=100;NR=46;PP=2277;ReadPosRankSum=-1.279;SC=AGCCACCGAAGCCGTAAAGAG;SOR=0.926;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=339;TCF=223;TCR=116;TR=146;WE=26285436;WS=26285418;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:259,187:0.42:446
chr6	26285503	rs41266829	C	T	7291.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.556;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=816;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.103;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=129;NR=115;PP=2962;ReadPosRankSum=0.919;SC=GTTTGGCGTGCTCTGTGTAAG;SOR=0.618;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=554;TCF=303;TCR=251;TR=244;WE=26285511;WS=26285493;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:457,354:0.44:811
chr6	26285560	rs2393592	A	G	8253.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=2.433;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=931;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=143;NR=137;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.458;SC=TCAGAACACCACGAGTCTCCT;SOR=0.682;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=611;TCF=309;TCR=302;TR=280;WE=26285568;WS=26285550;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:514,408:0.44:922
chr6	26285683	rs2393593	T	C	7700.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.061;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=773;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.104;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=110;NR=133;PP=2962;ReadPosRankSum=0.538;SC=GACGCTTAGCTCCTCCCTTAC;SOR=0.572;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=496;TCF=209;TCR=287;TR=243;WE=26285691;WS=26285673;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:396,371:0.48:767
chr6	26285759	rs41266831	A	G	4212.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.791;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=383;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.378;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=95;PP=2456;ReadPosRankSum=1.313;SC=AACTTAAGAAACCTAAACGCC;SOR=0.666;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=270;TCF=89;TCR=181;TR=144;WE=26285767;WS=26285749;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:188,195:0.51:383
chr6	26285867	rs3999544	C	T	447.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=3.512;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=17;PP=298;ReadPosRankSum=-0.819;SC=GGCCCCACCCCGCATAGCCCA;SOR=0.892;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=44;TCF=3;TCR=41;TR=18;WE=26285875;WS=26285857;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,20:0.43:46
chr6	26365702	.	C	CTG	83.87	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=101;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.96;QD=10.48;SOR=4.407;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr6	26374549	rs11758089	T	C	879.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.899;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=11;PP=522;ReadPosRankSum=-0.012;SC=CTTTCTTTCATTGTAGGTGGA;SOR=0.641;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=56;TCF=37;TCR=19;TR=30;WE=26374557;WS=26374539;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,40:0.53:76
chr6	26374658	rs2073526	G	A	1204.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.086;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.578;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=23;PP=511;ReadPosRankSum=1.121;SC=ACTGTGACCCGTGGATGTTCT;SOR=0.637;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=104;TCF=53;TCR=51;TR=43;WE=26374666;WS=26374648;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:101,66:0.40:167
chr6	26393021	rs1614887	G	A	1795.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.131;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.258;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.725;NF=33;NR=28;PP=1038;ReadPosRankSum=-0.462;SC=GGGACAGATCGCACATCTACA;SOR=0.732;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=144;TCF=71;TCR=73;TR=61;WE=26393029;WS=26393011;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:114,83:0.42:197
chr6	26422260	rs1796522	G	A	2867.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.047;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=299;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.406;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-4.873;NF=69;NR=41;PP=1575;ReadPosRankSum=0.408;SC=GAGAGGTTGGGCCCGACCAGC;SOR=0.791;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=226;TCF=138;TCR=88;TR=110;WE=26422268;WS=26422250;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:156,140:0.47:296
chr6	26428842	rs1741740	A	G	1965.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.189;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.512;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=21;PP=938;ReadPosRankSum=-0.548;SC=TTCTTCTGTTAAAGACATGAT;SOR=0.484;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=115;TCF=76;TCR=39;TR=58;WE=26428850;WS=26428832;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,94:0.53:178
chr6	26444168	rs143665311	C	T	3157.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-0.478;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=501;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.658;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-6.596;NF=83;NR=56;PP=1936;ReadPosRankSum=-1.222;SC=GATGGAGCTTCCCCCTTGTGC;SOR=1.250;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=374;TCF=201;TCR=173;TR=139;WE=26444176;WS=26444158;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:328,172:0.34:500
chr6	26446269	rs45492394	G	A	3349.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.899;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=412;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.128;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=69;PP=1759;ReadPosRankSum=0.357;SC=AGGTGATGAAGGGGGATGTGT;SOR=0.587;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=276;TCF=107;TCR=169;TR=116;WE=26446277;WS=26446259;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:233,170:0.42:403
chr6	26463321	rs3734540	A	C	230.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.720;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=2;PP=146;ReadPosRankSum=0.502;SC=TTTCTTCCTTACCCTCATCCT;SOR=0.719;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=21;TCF=18;TCR=3;TR=11;WE=26463329;WS=26463317;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,11:0.42:26
chr6	26466225	rs1977198	A	C	1676.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.319;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.554;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=21;PP=577;ReadPosRankSum=-0.238;SC=TTCCTTAACTACATGTACAAT;SOR=0.631;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=102;TCF=48;TCR=54;TR=43;WE=26466233;WS=26466215;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,85:0.49:175
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chr6	26501777	rs2255070	C	G	969.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.159;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.264;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=13;PP=604;ReadPosRankSum=-1.077;SC=TCCGTAGTTCCCATCTCCACA;SOR=1.069;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=112;TCF=74;TCR=38;TR=44;WE=26501785;WS=26501767;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,53:0.37:143
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chr6	26597333	rs3800302	A	G	1696.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.153;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.626;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=25;PP=1198;ReadPosRankSum=-1.102;SC=GCAGCAAGAAACGGGTAGTGC;SOR=0.618;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=116;TCF=73;TCR=43;TR=65;WE=26597341;WS=26597323;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,72:0.50:145
chr6	26598188	rs3800303	A	G	3084.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.146;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=325;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=45;PP=1575;ReadPosRankSum=0.983;SC=CTGCCGGAGGAAAAAAGCGGT;SOR=0.684;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=211;TCF=116;TCR=95;TR=99;WE=26598196;WS=26598178;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:171,151:0.47:322
chr6	27216848	rs1234145	T	C	600.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=31.62;SOR=5.994;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
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chr6	27223064	rs141138864	AAAGGAGAGCCAGATT	A	3155.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.669;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.718;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=1.500;NF=5;NR=36;PP=2930;ReadPosRankSum=-0.111;SC=TCAAGCTGGCAAAGGAGAGCC;SOR=1.034;SbPval=0.24;Source=Platypus;TC=88;TCF=7;TCR=81;TR=41;WE=27223086;WS=27223054;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:93,84:0.47:177
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chr6	27277521	rs41269259	G	T	1623.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-1.486;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.989;HP=4;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=26;PP=837;ReadPosRankSum=-1.436;SC=TGGCATGGGGGTTGGCAATGC;SOR=0.885;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=120;TCF=62;TCR=58;TR=57;WE=27277529;WS=27277511;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,78:0.50:157
chr6	27278179	rs41269261	G	T	2604.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-2.131;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=292;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=35;PP=1154;ReadPosRankSum=0.017;SC=GCTATCATGGGCGTAGTTTTA;SOR=0.683;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=168;TCF=88;TCR=80;TR=74;WE=27278187;WS=27278169;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:158,129:0.45:287
chr6	27279021	rs61736094	C	G	2179.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.601;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.477;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=38;PP=1236;ReadPosRankSum=-0.204;SC=ACTTTCAGATCCTCCTAGGGA;SOR=0.511;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=138;TCF=58;TCR=80;TR=71;WE=27279029;WS=27279011;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:98,98:0.50:196
chr6	27279805	rs61736098	G	T	4915.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.731;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=537;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.104;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=70;NR=80;PP=2232;ReadPosRankSum=-0.200;SC=CGTGGGGCAGGGTGGGCGCGG;SOR=0.694;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=313;TCF=155;TCR=158;TR=150;WE=27279813;WS=27279795;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:287,247:0.46:534
chr6	27279852	rs2235233	T	C	5567.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.949;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=489;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.454;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=74;NR=83;PP=2148;ReadPosRankSum=0.398;SC=GTGAAGGGGCTGAGGTGGCCG;SOR=0.545;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=297;TCF=131;TCR=166;TR=157;WE=27279860;WS=27279842;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:221,267:0.55:488
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chr6	27293114	rs61743950	T	A	8267.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.689;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=404;ExcessHet=3.0103;FS=1.631;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=20.67;ReadPosRankSum=-1.802;SOR=0.786;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:187,213:0.53:400
chr6	27293147	rs61743942	T	A	3430.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.817;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=320;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.867;HP=1;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=65;PP=1959;ReadPosRankSum=0.895;SC=AAAACAAGACTGTTTATATAC;SOR=0.811;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=210;TCF=87;TCR=123;TR=109;WE=27293155;WS=27293137;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:161,155:0.49:316
chr6	27293478	rs9468061	T	C	2015.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.728;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.078;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=39;PP=1072;ReadPosRankSum=-0.690;SC=CAATTATCTGTACTTTGATAT;SOR=0.803;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=152;TCF=65;TCR=87;TR=65;WE=27293486;WS=27293468;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:114,97:0.46:211
chr6	27326863	rs2235232	G	A	2619.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=40;NR=20;PP=1287;SC=GCTCTTCTCCGGTGTGAGTTC;SOR=1.280;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=60;TCF=40;TCR=20;TR=60;WE=27326871;WS=27326853;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr6	27327349	rs9357037	C	G	2672.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.026;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=274;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=45;PP=1433;ReadPosRankSum=-0.147;SC=TCAGTACCCTCATAAGGTTTC;SOR=0.672;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=199;TCF=105;TCR=94;TR=94;WE=27327357;WS=27327339;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:142,128:0.47:270
chr6	27327607	rs34125661	GT	G	2211.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.056;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=1.113;HP=11;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.721;NF=4;NR=70;PP=1071;ReadPosRankSum=0.159;SC=TATTTACAAGGTTTTTTTTTT;SOR=1.054;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=100;TCF=4;TCR=96;TR=74;WE=27327616;WS=27327597;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:15,125:0.89:140
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chr6	27356902	rs10807020	A	G	5129.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.202;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=565;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=80;PP=2305;ReadPosRankSum=0.876;SC=GGTTCTTCGAAGGAAACGGGC;SOR=0.714;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=311;TCF=141;TCR=170;TR=146;WE=27356910;WS=27356892;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:312,252:0.45:564
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chr6	28219826	rs1736895	G	A	989.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=1.723;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.819;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=25;PP=602;ReadPosRankSum=0.468;SC=GATTCTGGAAGGGTGGTAAAT;SOR=0.544;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=75;TCF=17;TCR=58;TR=34;WE=28219834;WS=28219816;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,46:0.44:105
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chr6	28254988	rs16901846	T	C	1290.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.401;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.989;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=26;PP=657;ReadPosRankSum=0.718;SC=AGTAGTGGTCTTTCTCCCTCA;SOR=0.465;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=105;TCF=40;TCR=65;TR=46;WE=28254996;WS=28254978;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,64:0.43:149
chr6	28255040	rs1150721	G	C	827.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=2.547;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.337;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=22;PP=539;ReadPosRankSum=-1.139;SC=ACTCATCATCGTGAGAGCCAT;SOR=1.118;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=52;TCF=11;TCR=41;TR=26;WE=28255048;WS=28255030;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,34:0.52:66
chr6	28264692	rs3800325	C	G	2017.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-1.008;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.569;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=49;PP=1288;ReadPosRankSum=-2.550;SC=GAACTCAGCTCAGGAGACAGT;SOR=0.640;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=146;TCF=51;TCR=95;TR=76;WE=28264700;WS=28264682;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,91:0.51:177
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chr6	28269663	rs1997660	A	G	4276.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.711;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=417;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=71;NR=77;PP=2439;ReadPosRankSum=-0.158;SC=TGATTTCCGAATAGAAGAAAA;SOR=0.679;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=284;TCF=137;TCR=147;TR=148;WE=28269671;WS=28269653;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:213,199:0.48:412
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chr6	28403603	rs11752919	T	C	10618.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=0.349;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1042;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.515;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQ=60.01;MQRankSum=0.994;NF=142;NR=144;PP=2962;ReadPosRankSum=1.134;SC=CTTGTTCTTATAGGTACAAAT;SOR=0.671;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=578;TCF=293;TCR=285;TR=286;WE=28403611;WS=28403593;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:514,522:0.50:1036
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chr6	32548161	rs112461335	A	G	62.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=31.37;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr6	32548170	.	A	AGGGCAGAAAG	53.70	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.85;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr6	32548188	rs113128041	A	G	62.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=31.37;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr6	32552123	rs17879702	G	A	30.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.842;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.90;MQRankSum=-1.036;QD=6.15;ReadPosRankSum=-0.000;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,3:0.60:5
chr6	32610689	rs9272843	C	G	40.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.524;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=8.15;ReadPosRankSum=-0.000;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,3:0.60:5
chr6	32610704	rs9272851	T	C	34.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.524;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=6.95;ReadPosRankSum=1.645;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,3:0.60:5
chr6	32627991	rs1049177	C	T	42.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=1;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.74;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,1:1.00:1
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chr6	33382288	rs3116713	G	A	402.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=48.87;QD=30.98;SOR=5.283;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
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chr6	33631155	rs5875457	TGGGAGG	T	1391.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=3.510;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.454;HP=4;HapScore=4;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=5;PP=1531;ReadPosRankSum=2.131;SC=TGGGCACCCCTGGGAGGGTGC;SOR=1.884;SbPval=0.96;Source=Platypus;TC=34;TCF=18;TCR=16;TR=19;WE=33631171;WS=33631145;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,35:0.56:63
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chr6	33631696	rs2296337	G	A	633.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-1.821;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.863;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=15;PP=346;ReadPosRankSum=-0.971;SC=GACTGGTGGTGCTCAGGGTGG;SOR=0.307;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=65;TCF=21;TCR=44;TR=25;WE=33631704;WS=33631686;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,32:0.43:74
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chr6	33636660	rs2296336	C	G	1359.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-1.288;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.003;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=14;PP=948;ReadPosRankSum=1.111;SC=CCCGTGGTGGCTGGCACTGTG;SOR=0.483;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=84;TCF=63;TCR=21;TR=53;WE=33636668;WS=33636650;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,56:0.60:93
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chr6	33638657	rs2274198	G	A	983.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=1.487;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.169;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=25;PP=584;ReadPosRankSum=0.992;SC=CACTGGCCTCGGTCTTCACCC;SOR=0.446;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=62;TCF=11;TCR=51;TR=32;WE=33638665;WS=33638647;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,42:0.52:81
chr6	33641379	rs1803831	T	C	13389.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=527;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=146;NR=132;PP=2965;SC=TCATCCTCAATGTCCGCCTGG;SOR=0.764;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=279;TCF=147;TCR=132;TR=278;WE=33641387;WS=33641369;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,522:1.00:522
chr6	33641956	rs7769838	T	C	4679.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.373;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=511;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.519;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=74;NR=66;PP=2079;ReadPosRankSum=0.356;SC=GGGCCTACAATCTGCTTCCAT;SOR=0.736;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=295;TCF=153;TCR=142;TR=140;WE=33641964;WS=33641946;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:271,235:0.46:506
chr6	33643558	rs2229637	G	A	2979.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-1.120;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=275;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.934;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=49;PP=1215;ReadPosRankSum=0.334;SC=ACTATGCGCCGCTGGTCTCGG;SOR=0.786;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=163;TCF=75;TCR=88;TR=87;WE=33643566;WS=33643548;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:122,147:0.55:269
chr6	33644768	rs2068236	T	C	7470.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.47;SOR=0.766;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,168:1.00:168
chr6	33644773	rs4713652	T	A	7437.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.81;SOR=0.742;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,166:1.00:166
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chr6	33646375	rs116454384	C	T	1678.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.456;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=268;ExcessHet=3.0103;FS=15.257;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.82;ReadPosRankSum=0.260;SOR=2.045;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:128,118:0.48:246
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chr6	33651277	rs2296328	C	T	375.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.767;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.166;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=14;PP=256;ReadPosRankSum=0.819;SC=TTCTTCCTGTCCTGCCCACAC;SOR=1.445;SbPval=0.97;Source=Platypus;TC=42;TCF=9;TCR=33;TR=15;WE=33651285;WS=33651267;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,18:0.40:45
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chr6	33653448	rs749338	C	T	2649.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.908;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=315;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.455;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=43;PP=1317;ReadPosRankSum=1.255;SC=CGATACCTGGCTCCTCATCCC;SOR=0.551;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=195;TCF=106;TCR=89;TR=88;WE=33653456;WS=33653438;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:174,138:0.44:312
chr6	33654378	rs4640882	A	G	4199.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=33;NR=96;PP=2872;SC=TGTCAAGTGTACATAGTGGTG;SOR=2.056;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=129;TCF=33;TCR=96;TR=129;WE=33654386;WS=33654368;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,146:1.00:146
chr6	33654897	rs942642	T	C	6282.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=239;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=92;NR=77;PP=2965;SC=GCTGGGCAGGTGGGCAGGCGG;SOR=0.828;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=169;TCF=92;TCR=77;TR=169;WE=33654905;WS=33654887;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,235:1.00:235
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chr6	33656969	rs2296739	G	A	2478.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=2.946;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.465;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=73;NR=24;PP=1516;ReadPosRankSum=-0.499;SC=CTCTGGGGCCGTGGTGGGCTT;SOR=1.114;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=178;TCF=127;TCR=51;TR=97;WE=33656977;WS=33656959;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:92,111:0.55:203
chr6	33657246	rs3818521	C	T	3102.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.805;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=296;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=65;PP=1560;ReadPosRankSum=-1.210;SC=TGCATTCAGACGGCAAGCTGG;SOR=0.709;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=187;TCF=63;TCR=124;TR=97;WE=33657254;WS=33657236;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:143,147:0.51:290
chr6	33658066	rs764752	G	C	678.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=1.946;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.227;HP=2;HapScore=2;MGOF=34;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=21;PP=459;ReadPosRankSum=0.527;SC=GCACCAGTCTGTCTGTCCAGT;SOR=0.470;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=58;TCF=7;TCR=51;TR=25;WE=33658074;WS=33658056;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,29:0.45:65
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chr6	33659536	rs2296740	A	G	3011.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.572;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=276;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.704;HP=4;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=45;PP=1691;ReadPosRankSum=-1.386;SC=GTGGGGTAGGAGGAGCAGGCA;SOR=0.544;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=207;TCF=122;TCR=85;TR=102;WE=33659544;WS=33659526;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:129,135:0.51:264
chr6	33659557	rs2296741	C	T	3556.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.727;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=366;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=48;PP=1634;ReadPosRankSum=0.726;SC=GCCCGGGCCTCAGCACACTCT;SOR=0.690;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=233;TCF=131;TCR=102;TR=112;WE=33659565;WS=33659547;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:180,171:0.49:351
chr6	33659793	rs2296742	G	A	1222.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.178;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=34;PP=747;ReadPosRankSum=0.100;SC=TTGGCCTCGCGTCAGATATTC;SOR=0.744;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=85;TCF=17;TCR=68;TR=42;WE=33659801;WS=33659783;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,52:0.51:102
chr6	33660411	rs653536	T	C	867.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=21;NR=2;PP=585;SC=GGCTGGGTCCTCAATATCACA;SOR=3.334;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=23;TCF=21;TCR=2;TR=23;WE=33660419;WS=33660404;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
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chr6	33661222	rs3818530	C	G	357.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=4.504;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.390;HP=5;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=2;PP=279;ReadPosRankSum=0.841;SC=ATCCCGAGAACAAATGCCTCC;SOR=1.356;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=33;TCF=28;TCR=5;TR=14;WE=33661230;WS=33661212;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,15:0.35:43
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chr6	33696131	rs13204162	C	T	2904.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=3.203;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=244;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=80;PP=1924;ReadPosRankSum=-1.057;SC=AGCCTCCACACGGACATGCAG;SOR=0.705;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=199;TCF=59;TCR=140;TR=116;WE=33696139;WS=33696121;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:109,131:0.55:240
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chr6	33740592	rs4711349	C	T	2734.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=17;NR=68;PP=1952;SC=CTGGCACTGCCGAGGTGAGCC;SOR=2.461;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=86;TCF=17;TCR=69;TR=85;WE=33740600;WS=33740582;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr6	33744711	rs2296746	C	T	282.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.781;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=2;PP=90;ReadPosRankSum=-1.229;SC=TCACACCCAGCGCCCCAGCCA;SOR=0.822;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=27;TCF=21;TCR=6;TR=10;WE=33744719;WS=33744701;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,15:0.39:38
chr6	33744882	rs2296747	C	G	3542.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-1.362;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=370;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.257;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=67;NR=44;PP=1653;ReadPosRankSum=2.035;SC=TGGCTGGCGTCGGCAACCCTT;SOR=0.624;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=232;TCF=144;TCR=88;TR=111;WE=33744890;WS=33744872;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:184,174:0.49:358
chr6	33745071	rs2296748	C	T	1311.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-3.175;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.553;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=34;PP=755;ReadPosRankSum=-0.993;SC=CAGTGGGTCTCACCATGGACA;SOR=0.418;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=95;TCF=30;TCR=65;TR=54;WE=33745079;WS=33745061;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,63:0.53:119
chr6	33748831	rs2182658	T	G	6161.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=2.161;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=237;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.017;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=104;NR=61;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.714;SC=CCCAGGAATGTATAAGCACTG;SOR=0.955;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=166;TCF=104;TCR=62;TR=165;WE=33748839;WS=33748821;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,231:1.00:232
chr6	33752013	rs943479	A	G	1702.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=36;NR=13;PP=1102;SC=ATGCCTTCTGAGAGACAACCA;SOR=2.147;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=49;TCF=36;TCR=13;TR=49;WE=33752021;WS=33752003;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr6	33754396	rs9394167	A	G	1176.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=35;NR=5;PP=872;SC=ACTCTGGTACATTACAGGAAG;SOR=3.417;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=35;TCR=5;TR=40;WE=33754404;WS=33754388;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr6	33754592	rs4711351	G	A	3235.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.544;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=337;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.397;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=56;PP=1504;ReadPosRankSum=-0.892;SC=TTAAGTGTGGGTTGAGAAAGG;SOR=0.650;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=211;TCF=101;TCR=110;TR=108;WE=33754600;WS=33754582;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:171,161:0.48:332
chr6	33756026	rs6457741	C	T	2554.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=68;NR=4;PP=1976;SC=GAAGGCAGGCCTGGAAATGAG;SOR=4.698;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=72;TCF=68;TCR=4;TR=72;WE=33756034;WS=33756023;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr6	33756532	rs13213889	G	A	586.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.033;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.759;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=8;PP=281;ReadPosRankSum=-2.192;SC=GGCAGGATAGGCGAGGCCGCG;SOR=0.507;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=64;TCF=39;TCR=25;TR=19;WE=33756540;WS=33756522;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,33:0.35:95
chr6	33768726	rs34884883	A	T	1111.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.127;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.577;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=14;PP=544;ReadPosRankSum=0.869;SC=ACTGGGGGTTATCTTGGGTCC;SOR=0.399;SbPval=0.2;Source=Platypus;TC=73;TCF=52;TCR=21;TR=37;WE=33768734;WS=33768716;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,54:0.47:116
chr6	33768897	rs2281820	A	G	12728.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=480;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=146;NR=142;PP=2965;SC=CATGGCAGCTACATGCACCAC;SOR=0.693;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=290;TCF=146;TCR=144;TR=288;WE=33768905;WS=33768887;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,474:1.00:474
chr6	34026938	rs2451359	C	T	5558.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.834;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=556;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.730;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=77;NR=89;PP=2443;ReadPosRankSum=0.247;SC=AGCCCAGCCGCGTCTGTCCAC;SOR=0.733;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=332;TCF=164;TCR=168;TR=166;WE=34026946;WS=34026910;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:281,271:0.49:552
chr6	34211341	rs35381162	GT	G	7535.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=21;NR=62;PP=2974;SC=GCTCTTTTGAGTTGAGGGTGT;SOR=0.732;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=84;TCF=21;TCR=63;TR=83;WE=34211349;WS=34211331;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,206:1.00:206
chr6	34212743	rs2780219	A	G	790.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=17;PP=682;SC=CACCGCCCCCACCCCTTCCCC;SOR=2.356;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=37;TCF=20;TCR=17;TR=31;WE=34212751;WS=34212733;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr6	34213296	rs1150783	T	C	5669.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=67;NR=81;PP=2965;SC=CCCCCTTCGGTTACAGGAAGG;SOR=0.915;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=148;TCF=67;TCR=81;TR=148;WE=34213304;WS=34213286;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,207:1.00:207
chr6	34214322	rs1150781	C	G	11780.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=461;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=136;NR=133;PP=2965;SC=ACCAGCCGCCCCCATCCCAGA;SOR=0.715;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=270;TCF=136;TCR=134;TR=269;WE=34214330;WS=34214312;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,455:1.00:455
chr6	34214994	rs3997805	G	GTC	2029.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=29;PP=1788;SC=TGGCTGCCTCGTCTCCTCCCT;SOR=1.298;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=39;TCF=9;TCR=30;TR=36;WE=34215002;WS=34214984;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr6	34215228	rs1150780	G	A	2518.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.97;SOR=5.871;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr6	34386219	rs41269040	G	A	3911.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.248;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=399;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.369;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=57;PP=1813;ReadPosRankSum=1.007;SC=GTGAAACATCGATTTAGAATC;SOR=0.696;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=237;TCF=115;TCR=122;TR=121;WE=34386227;WS=34386209;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:201,195:0.49:396
chr6	34389796	rs34411335	GA	G	52.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.537;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=2.078;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.29;ReadPosRankSum=-1.221;SOR=0.259;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,12:0.29:41
chr6	34664207	rs3800456	T	G	3191.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=80;NR=29;PP=2118;SC=GCGCTGGCACTGCGGGGCCGG;SOR=2.423;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=119;TCF=81;TCR=38;TR=109;WE=34664215;WS=34664197;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr6	34725478	rs7743724	G	A	1216.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.205;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.454;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=23;ReadPosRankSum=1.771;SC=GAGAGCGCTAGACACCCCATT;SOR=0.417;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=93;TCF=41;TCR=52;TR=46;WE=34725486;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,55:0.48:114
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chr6	34741174	rs11968954	C	T	1937.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.704;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.581;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=21;PP=902;ReadPosRankSum=-0.341;SC=CTCCCTAAATCGTATTTTCTG;SOR=0.636;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=111;TCF=70;TCR=41;TR=58;WE=34741182;WS=34741164;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,89:0.54:166
chr6	34759881	rs13215181	A	G	1405.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.333;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=14.491;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=30.56;ReadPosRankSum=2.563;SOR=0.045;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,35:0.76:46
chr6	34759884	rs6934662	G	C	1405.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.498;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=10.213;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=29.91;ReadPosRankSum=2.547;SOR=0.098;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,35:0.74:47
chr6	34759903	.	T	TGGCGGCGGCGGCGGCGGCGGC	1328.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-2.585;ClippingRankSum=0.000;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.303;HP=2;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=6;PP=2980;ReadPosRankSum=0.774;SC=GAAAGCGCCATGGCGGCGGCG;SOR=0.097;SbPval=0.19;Source=Platypus;TC=33;TCF=21;TCR=12;TR=11;WE=34759911;WS=34759893;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,29:0.64:45
chr6	34759954	rs6457791	A	G	1416.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=2.111;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.711;HP=4;HapScore=2;MGOF=65;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.951;NF=32;NR=19;PP=715;ReadPosRankSum=1.034;SC=AGGTGAGGGGACCGCCTCTTC;SOR=0.619;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=88;TCF=58;TCR=30;TR=51;WE=34759962;WS=34759944;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,62:0.53:116
chr6	34760162	rs7769961	G	C	1480.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.404;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.010;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=37;PP=869;ReadPosRankSum=-0.574;SC=GGCCCAGTCTGCCTCTCTCCA;SOR=0.909;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=113;TCF=41;TCR=72;TR=57;WE=34760170;WS=34760152;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:94,71:0.43:165
chr6	34760228	rs7769820	C	T	574.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-1.744;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.251;HP=5;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=17;PP=390;ReadPosRankSum=-1.881;SC=GGACAGCTTCCCCCCGCGCCC;SOR=0.465;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=49;TCF=9;TCR=40;TR=21;WE=34760236;WS=34760218;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,25:0.45:56
chr6	34789062	rs7764126	G	A	2477.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.538;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=262;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.453;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=28;PP=970;ReadPosRankSum=-1.216;SC=CGAGGGTTCAGAAATACCGAA;SOR=0.752;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=145;TCF=81;TCR=64;TR=66;WE=34789070;WS=34789052;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:137,122:0.47:259
chr6	34791027	rs7774697	A	G	2238.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.209;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=23;PP=995;ReadPosRankSum=-0.116;SC=CTTGACTTCTATTTCAGTGTC;SOR=0.697;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=148;TCF=93;TCR=55;TR=65;WE=34791035;WS=34791017;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:118,106:0.47:224
chr6	34802999	rs2296362	T	C	2690.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.964;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=258;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=32;PP=1464;ReadPosRankSum=-0.371;SC=CTGAAACTGATTGGGCAACAG;SOR=0.684;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=171;TCF=113;TCR=58;TR=92;WE=34803007;WS=34802989;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:122,129:0.51:251
chr6	34803947	rs4259246	C	T	2028.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.816;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.130;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=32;PP=1173;ReadPosRankSum=-1.462;SC=CTCCACCAGCCCCCAGTGCCC;SOR=0.936;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=142;TCF=76;TCR=66;TR=75;WE=34803955;WS=34803937;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:108,99:0.48:207
chr6	34804204	rs7761391	C	T	218.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.229;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.654;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=10;PP=179;ReadPosRankSum=2.162;SC=GATGAAGGCTCTTTTCAGAAG;SOR=2.439;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=27;TCF=3;TCR=24;TR=10;WE=34804212;WS=34804194;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,10:0.33:30
chr6	34823187	rs3734266	T	C	222.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=0.101;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=1;PP=163;ReadPosRankSum=-0.420;SC=TACTTTCTTTTGGGTCTTTTA;SOR=0.999;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=33;TCF=29;TCR=4;TR=11;WE=34823195;WS=34823180;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,11:0.31:35
chr6	34824636	rs11755393	A	G	1354.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.296;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=16;PP=339;ReadPosRankSum=-0.318;SC=CCTGCCTTTCAGCCTCCAGCA;SOR=0.679;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=111;TCF=62;TCR=49;TR=37;WE=34824644;WS=34824626;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:109,77:0.41:186
chr6	34826921	rs61732793	G	C	3340.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.663;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=321;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.343;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=45;PP=1712;ReadPosRankSum=-2.370;SC=AGCAAGCCCTGAGAAGGTCTT;SOR=0.799;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=189;TCF=100;TCR=89;TR=101;WE=34826929;WS=34826911;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:155,157:0.50:312
chr6	34831856	rs13205210	T	C	1999.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.234;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.15;ReadPosRankSum=-0.578;SOR=0.715;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:78,54:0.41:132
chr6	34831866	rs3734264	G	A	2157.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.372;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FS=0.620;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.09;ReadPosRankSum=-0.804;SOR=0.623;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:81,62:0.43:143
chr6	34846277	rs4646947	A	G	288.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=3.097;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.953;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=1;PP=220;ReadPosRankSum=1.062;SC=TGGAGGCCTGAGATACTAAAG;SOR=1.222;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=34;TCF=31;TCR=3;TR=13;WE=34846285;WS=34846268;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,13:0.35:37
chr6	34850660	rs4646933	G	A	193.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-2.190;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=1;PP=157;ReadPosRankSum=-0.895;SC=TTAAATTTGTGTGGTCAAGTG;SOR=1.179;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=20;TCF=17;TCR=3;TR=10;WE=34850668;WS=34850650;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,9:0.47:19
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chr6	34857311	rs190026995	C	T	653.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.373;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.38;ReadPosRankSum=-0.453;SOR=0.606;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:42,36:0.46:78
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chr6	34962019	rs11755713	G	C	2362.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=54;NR=17;PP=1574;SC=ATTTGTTCCAGACTGCCTGTC;SOR=2.038;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=71;TCF=54;TCR=17;TR=71;WE=34962027;WS=34962009;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr6	34977663	rs9380481	C	A	955.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.681;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=5.906;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.04;MQRankSum=-0.444;QD=14.93;ReadPosRankSum=-2.135;SOR=0.093;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,37:0.58:64
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chr6	35027814	rs820086	G	C	1535.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=29;NR=11;PP=929;SC=TTGGCTGTTTGATGGTAATGA;SOR=1.524;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=29;TCR=11;TR=40;WE=35027822;WS=35027804;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr6	35027927	rs820085	T	C	3717.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=40;NR=36;PP=1547;SC=TCATCAGGTTTACGGACGCTG;SOR=0.693;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=76;TCF=40;TCR=36;TR=76;WE=35027935;WS=35027917;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,140:1.00:140
chr6	35046154	rs820100	T	C	1239.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=26;NR=7;PP=756;SC=CAGCTCTGCCTAGCTCCCCTG;SOR=2.147;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=26;TCR=7;TR=33;WE=35046162;WS=35046144;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr6	35050506	rs2177382	G	A	13217.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=507;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=181;NR=138;PP=2965;SC=TGCGGCCCCCGAGCCTGGCAG;SOR=0.908;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=321;TCF=181;TCR=140;TR=319;WE=35050514;WS=35050496;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,501:1.00:501
chr6	35054672	rs4276486	G	C	1220.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-5.489;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=12.899;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=10;PP=815;ReadPosRankSum=0.051;SC=GGGGCCTGCTGCCTCCAGCCC;SOR=0.096;SbPval=0.23;Source=Platypus;TC=76;TCF=63;TCR=13;TR=43;WE=35054680;WS=35054662;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,50:0.60:83
chr6	35056443	rs2005	A	G	5656.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=1.712;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=611;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.757;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=68;NR=116;PP=2856;ReadPosRankSum=-1.617;SC=ATAGGCTCCCACTGCCACCAC;SOR=0.839;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=409;TCF=161;TCR=248;TR=184;WE=35056451;WS=35056433;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:326,272:0.45:598
chr6	35089811	rs2077750	G	A	728.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=2.305;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.250;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=2;PP=373;ReadPosRankSum=0.022;SC=TGGTCAAGACGATGGCTATAA;SOR=0.947;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=50;TCF=44;TCR=6;TR=23;WE=35089819;WS=35089801;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,32:0.51:63
chr6	35096933	rs147549679	A	G	3058.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.915;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=306;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.917;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=48;PP=1300;ReadPosRankSum=-0.106;SC=GGCATTGTGCACTGTCTCCTT;SOR=0.576;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=173;TCF=77;TCR=96;TR=92;WE=35096941;WS=35096923;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:146,153:0.51:299
chr6	35108989	rs142993601	TC	T	260.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.785;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.820;HP=7;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=5;PP=190;ReadPosRankSum=1.116;SC=CACCTCCTCCTCCCCCGCCGC;SOR=1.270;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=13;TCF=7;TCR=6;TR=10;WE=35108997;WS=35108979;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,11:0.58:19
chr6	35109032	rs142118879	CGCGGCCTG	C	546.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-0.166;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=2.137;NF=3;NR=6;PP=270;ReadPosRankSum=-0.562;SC=CGGTGGGCCTCGCGGCCTGGC;SOR=0.948;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=18;TCF=7;TCR=11;TR=9;WE=35109047;WS=35109022;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,16:0.50:32
chr6	35203203	rs13214290	T	G	3147.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=45;NR=36;PP=1517;SC=CCTAAACAGCTTTTTTACAAT;SOR=0.888;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=81;TCF=45;TCR=36;TR=81;WE=35203211;WS=35203193;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr6	35205541	rs1929849	T	C	2583.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=62;NR=16;PP=1805;SC=GAGCCTCCCTTGGCTTAATGC;SOR=2.625;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=79;TCF=63;TCR=16;TR=78;WE=35205549;WS=35205531;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr6	35205881	rs734538	G	A	3252.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=27;NR=61;PP=1841;SC=ATTAGGGGATGACACCTCCTC;SOR=1.493;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=88;TCF=27;TCR=61;TR=88;WE=35205889;WS=35205871;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr6	35216296	rs2071920	C	T	2981.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=61;NR=25;PP=1780;SC=CCACCCCCGACGGTGAGGCTG;SOR=1.675;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=86;TCF=61;TCR=25;TR=86;WE=35216304;WS=35216286;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr6	35258539	rs763157	C	A	2980.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.305;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.137;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=61;PP=1909;ReadPosRankSum=-1.386;SC=GGAGGGTTCTCGTTCTGTTTG;SOR=1.505;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=88;TCF=26;TCR=62;TR=86;WE=35258547;WS=35258529;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,110:0.96:114
chr6	35259214	rs56289885	C	T	2678.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.089;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=240;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.216;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=43;PP=1809;ReadPosRankSum=1.443;SC=AACCCCATTCCCTGGGCAAAA;SOR=0.862;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=194;TCF=103;TCR=91;TR=96;WE=35259222;WS=35259204;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:119,114:0.49:233
chr6	35259261	rs1894650	C	G	7019.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=268;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=110;NR=74;PP=2965;SC=GACCTGGAGCCCAGTGCCATC;SOR=1.051;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=184;TCF=110;TCR=74;TR=184;WE=35259269;WS=35259251;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,258:1.00:258
chr6	35259646	rs9366883	G	C	8601.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=339;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=84;NR=176;PP=2965;SC=GCTGGTCTGGGGGTAGGGTAT;SOR=1.443;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=260;TCF=84;TCR=176;TR=260;WE=35259654;WS=35259636;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,331:1.00:331
chr6	35260503	rs1557567	C	T	14704.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.248;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=571;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=177;NR=207;PP=2965;ReadPosRankSum=1.459;SC=GCAGTGCCCACGGCGAGCTGG;SOR=0.808;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=387;TCF=178;TCR=209;TR=384;WE=35260511;WS=35260493;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,550:0.99:554
chr6	35260530	rs1557568	C	T	13112.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.993;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=493;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=168;NR=171;PP=2965;ReadPosRankSum=2.059;SC=CGGAGGAGAGCGAGCAGGCCC;SOR=0.697;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=341;TCF=169;TCR=172;TR=339;WE=35260538;WS=35260520;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,483:1.00:485
chr6	35285720	rs2395617	A	C	13041.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.810;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=492;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=139;NR=142;PP=2965;ReadPosRankSum=1.615;SC=AAGACAGCCAACCGCACGTAT;SOR=0.230;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=281;TCF=139;TCR=142;TR=281;WE=35285728;WS=35285710;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,490:1.00:491
chr6	35378778	rs2016520	C	T	792.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.365;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.283;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=13;PP=342;ReadPosRankSum=0.890;SC=ATGGGAACCACCCTGTAGAGG;SOR=0.502;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=91;TCF=55;TCR=36;TR=30;WE=35378786;WS=35378768;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:94,47:0.33:141
chr6	35391787	rs2076167	C	T	6930.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=263;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=129;NR=73;PP=2965;SC=TGACTGCAAACGAGGGGAGCC;SOR=1.279;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=204;TCF=131;TCR=73;TR=202;WE=35391795;WS=35391777;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,259:1.00:259
chr6	35420628	rs9470029	A	C	188.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=20.98;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr6	35423489	rs7757405	A	G	2184.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=39;NR=24;PP=1311;SC=CCTTCAGCCAAACACTTAACT;SOR=1.150;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=63;TCF=39;TCR=24;TR=63;WE=35423497;WS=35423479;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr6	35423662	rs4713867	A	C	6960.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=266;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=105;NR=84;PP=2965;SC=CCCCTGACCCAGATGCCTGGC;SOR=0.874;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=189;TCF=105;TCR=84;TR=189;WE=35423670;WS=35423652;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,262:1.00:262
chr6	35424188	rs3800377	A	G	2852.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=29;NR=57;PP=1667;SC=GGCTTTATCCATGGGGAAGGC;SOR=1.265;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=86;TCF=29;TCR=57;TR=86;WE=35424196;WS=35424178;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr6	35424268	rs4713868	A	G	918.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=25;PP=713;SC=GGTAGGGTTGAGGGAATGTAG;SOR=2.694;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=28;TCF=3;TCR=25;TR=28;WE=35424276;WS=35424258;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr6	35425416	rs13214239	A	G	15553.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=600;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=168;NR=162;PP=2965;SC=CCTTTCTTCCATCTTCTACCC;SOR=0.717;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=332;TCF=168;TCR=164;TR=330;WE=35425424;WS=35425406;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,599:1.00:599
chr6	35425612	.	CCTT	C	2390.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.375;ClippingRankSum=0.000;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.238;HP=1;HapScore=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.782;NF=9;NR=26;PP=1403;ReadPosRankSum=1.265;SC=TCAGGCCACTCCTTCTGCCAC;SOR=0.485;Source=Platypus;TR=35;WE=35425622;WS=35425602;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,64:0.49:130
chr6	35443573	rs2076170	T	G	2121.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=35;NR=25;PP=1443;SC=AGGATCCATCTCTGGCACTCT;SOR=1.011;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=60;TCF=35;TCR=25;TR=60;WE=35443581;WS=35443563;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr6	35444349	rs34250016	TACA	T	367.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=8;PP=433;SC=TGTGTCCTTGTACAGTGTACA;SOR=3.056;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=9;WE=35444359;WS=35444339;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr6	35448189	rs760782	T	C	12555.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=472;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=120;NR=154;PP=2965;SC=GAGGAAAACATAGACAGTGAG;SOR=0.869;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=274;TCF=120;TCR=154;TR=274;WE=35448197;WS=35448179;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,466:1.00:466
chr6	35471246	rs2067997	T	C	1432.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.018;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.025;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=19;PP=633;ReadPosRankSum=-0.682;SC=GGGTGATGGATGTGCTCAGGG;SOR=0.537;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=93;TCF=62;TCR=31;TR=50;WE=35471254;WS=35471236;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,74:0.47:156
chr6	35473252	rs2395628	C	T	1544.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.990;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=12;PP=934;ReadPosRankSum=0.929;SC=TGCCCTGCTCCAAGTGAGGCC;SOR=0.720;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=108;TCF=82;TCR=26;TR=53;WE=35473260;WS=35473242;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,66:0.52:127
chr6	35473318	rs72896709	C	T	3725.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.125;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=397;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.657;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=70;NR=43;PP=1581;ReadPosRankSum=0.316;SC=TGTAGACTCCCGGGCCCACCC;SOR=0.839;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=240;TCF=142;TCR=98;TR=113;WE=35473326;WS=35473308;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:211,185:0.47:396
chr6	35474073	rs12215920	C	G	1037.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.455;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=22;PP=627;ReadPosRankSum=1.718;SC=GCGGAGAGAACAGAGAGGCTG;SOR=0.658;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=67;TCF=18;TCR=49;TR=31;WE=35474081;WS=35474063;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,44:0.51:86
chr6	35477025	rs2064318	C	G	15890.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=357;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.51;SOR=1.188;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,357:1.00:357
chr6	35477032	rs2064317	A	G	10278.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.970;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=370;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=27.78;ReadPosRankSum=-0.571;SOR=1.117;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,368:0.99:370
chr6	35477152	rs7752728	C	T	15764.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=607;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=158;NR=195;PP=2965;SC=GTGCTTCCAACACCCATGTCT;SOR=0.835;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=353;TCF=158;TCR=195;TR=353;WE=35477160;WS=35477142;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,600:1.00:600
chr6	35477303	rs9296155	T	C	3444.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=46;NR=65;PP=2527;SC=ACTCTAGACCTGGCAAACTCC;SOR=1.034;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=112;TCF=46;TCR=66;TR=111;WE=35477311;WS=35477293;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr6	35477804	rs9688674	G	A	378.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.887;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.928;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=9;PP=141;ReadPosRankSum=-1.691;SC=CAGGGAGGCTGAAAGCTTGAC;SOR=0.223;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=28;TCF=3;TCR=25;TR=10;WE=35477812;WS=35477794;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,18:0.49:37
chr6	35478612	rs2273001	G	A	3754.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-0.788;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=348;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.392;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=46;PP=1339;ReadPosRankSum=1.127;SC=TTCCCTGTGAGCTCTCTCAGC;SOR=0.656;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=196;TCF=109;TCR=87;TR=104;WE=35478620;WS=35478602;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:157,188:0.54:345
chr6	35479574	rs7764472	G	C	2195.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=53;PP=1699;SC=CGGCCTCCCCGTCCGCCCAGC;SOR=2.737;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=65;TCF=12;TCR=53;TR=65;WE=35479582;WS=35479564;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr6	35479876	rs2273003	C	G	171.78	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.62;BaseQRankSum=-1.691;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=5;PP=134;ReadPosRankSum=0.114;SC=CAGGGCTCGGCGACACCCGCG;SOR=0.293;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=8;TCF=2;TCR=6;TR=7;WE=35479884;WS=35479866;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,9:0.82:11
chr6	35480262	rs1540910	T	C	431.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=4.123;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.914;HP=4;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=9;PP=329;ReadPosRankSum=0.654;SC=AAACCCCAAGTCCCCAAACAG;SOR=0.163;SbPval=0.23;Source=Platypus;TC=43;TCF=27;TCR=16;TR=18;WE=35480270;WS=35480252;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,18:0.42:43
chr6	35610681	rs2143404	T	C	1728.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=11;NR=39;PP=1167;SC=ATCTTGAATGTCCCTGGGAAC;SOR=2.468;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=50;TCF=11;TCR=39;TR=50;WE=35610689;WS=35610671;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr6	35705892	rs2817041	T	C	4386.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-2.103;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=64;PP=1915;ReadPosRankSum=-0.496;SC=AGGATGAGTATGCCAAGAGCA;SOR=0.291;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=116;TCF=51;TCR=65;TR=115;WE=35705900;WS=35705882;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,171:0.99:172
chr6	35706063	rs9296162	T	G	115.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.335;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=10.52;ReadPosRankSum=0.976;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,6:0.55:11
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chr6	35744303	rs2766578	C	G	121.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-1.569;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.990;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=2;PP=29;ReadPosRankSum=2.394;SC=CCTCCTCCGCCGGGGTGGCCT;SOR=0.486;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=5;TCF=3;TCR=2;TR=3;WE=35744311;WS=35744293;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,7:0.70:10
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chr6	35765177	rs3748048	G	A	480.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-1.240;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=12;PP=238;ReadPosRankSum=0.953;SC=AGGGCTGGCCGTGGGCAGAGG;SOR=0.504;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=30;TCF=5;TCR=25;TR=14;WE=35765185;WS=35765167;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,21:0.57:37
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chr6	35803283	rs2859420	C	T	3554.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.472;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=412;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.526;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=69;PP=1661;ReadPosRankSum=-0.112;SC=GAAGACAGTACAGAAAAAGCC;SOR=0.778;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=246;TCF=105;TCR=141;TR=116;WE=35803291;WS=35803273;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:227,181:0.44:408
chr6	35810500	rs71652741	AT	A	136.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.643;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=9.12;ReadPosRankSum=-0.506;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,8:0.53:15
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chr6	35888067	rs662713	G	C	3430.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.458;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=308;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=48;PP=1716;ReadPosRankSum=1.706;SC=GCCTGGCGTTGAGCAACAGCA;SOR=0.693;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=187;TCF=96;TCR=91;TR=98;WE=35888075;WS=35888057;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:146,158:0.52:304
chr6	35912174	rs115259117	G	A	398.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.842;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=11;PP=217;ReadPosRankSum=0.607;SC=TCTGCTGAACGCAGTGGCTCA;SOR=0.693;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=22;TCF=5;TCR=17;TR=15;WE=35912182;WS=35912164;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,19:0.59:32
chr6	35943339	.	G	GT	450.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.632;ClippingRankSum=0.000;DP=383;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.06;MQRankSum=2.595;QD=1.43;ReadPosRankSum=-0.763;SOR=0.727;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:251,65:0.21:316
chr6	35945219	.	CT	C	281.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.671;ClippingRankSum=0.000;DP=150;ExcessHet=3.0103;FS=0.929;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.07;MQRankSum=1.337;QD=2.68;ReadPosRankSum=0.959;SOR=0.818;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:68,37:0.35:105
chr6	35992332	rs9368897	T	C	668.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.779;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=9;PP=253;ReadPosRankSum=0.682;SC=CACACGGCTCTCGCCTGGCTG;SOR=0.749;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=39;TCF=21;TCR=18;TR=20;WE=35992340;WS=35992322;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,35:0.48:73
chr6	36027142	rs3730327	A	G	1750.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.644;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=24;PP=565;ReadPosRankSum=-2.694;SC=AATTTTTTGCATTTGCCTTCC;SOR=0.693;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=92;TCF=47;TCR=45;TR=48;WE=36027150;WS=36027132;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,88:0.59:150
chr6	36041431	rs851010	A	G	572.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=2.004;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.903;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=5;PP=281;ReadPosRankSum=-1.287;SC=TGACAATAGAAGGTTGGAGGT;SOR=0.907;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=57;TCF=40;TCR=17;TR=20;WE=36041439;WS=36041421;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,30:0.37:82
chr6	36044225	rs3730366	A	G	980.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=2.303;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.856;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=10;PP=678;ReadPosRankSum=0.523;SC=AGTAATTTGAATATTTCACCC;SOR=0.888;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=78;TCF=56;TCR=22;TR=38;WE=36044233;WS=36044215;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,43:0.46:93
chr6	36064036	rs851007	G	A	482.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-1.306;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=15;PP=278;ReadPosRankSum=-1.863;SC=GCATGCACAAGTGTGTTTTAT;SOR=0.487;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=27;TCF=2;TCR=25;TR=17;WE=36064044;WS=36064026;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,21:0.64:33
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chr6	36075219	rs9470219	A	C	1525.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.295;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.611;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=21;PP=724;ReadPosRankSum=0.086;SC=CTTCCTGTCTATGGTACTGAT;SOR=0.503;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=101;TCF=59;TCR=42;TR=43;WE=36075227;WS=36075209;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:102,80:0.44:182
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chr6	36103921	rs2252430	G	A	3037.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=27;NR=47;PP=1654;SC=TTGGAGGGAGGGGACACTGCC;SOR=1.159;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=75;TCF=28;TCR=47;TR=74;WE=36103929;WS=36103911;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
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chr6	36106350	rs115149227	C	A	1226.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-3.498;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=17;PP=914;ReadPosRankSum=-1.222;SC=CCCTGGCAGGCACTCTTGTCT;SOR=0.748;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=100;TCF=63;TCR=37;TR=48;WE=36106358;WS=36106348;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,51:0.46:111
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chr6	36177857	rs2239798	T	C	560.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-1.725;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.854;HP=6;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=11;PP=278;ReadPosRankSum=1.166;SC=CAGGCCAGGGTGGGCCAGGAC;SOR=0.576;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=47;TCF=22;TCR=25;TR=23;WE=36177865;WS=36177847;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,28:0.53:53
chr6	36185681	rs12525283	G	C	1528.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-3.375;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.737;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=15;PP=979;ReadPosRankSum=-1.571;SC=CTCACTGTGTGTGTCCTTGGC;SOR=0.557;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=104;TCF=79;TCR=25;TR=56;WE=36185689;WS=36185671;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,67:0.53:127
chr6	36189887	rs2301422	C	G	2249.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=30;NR=26;PP=1005;SC=GAAGGGGAGTCGGCGTTTTAG;SOR=0.815;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=56;TCF=30;TCR=26;TR=56;WE=36189895;WS=36189877;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr6	36190156	rs2157317	C	G	504.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-1.572;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=14;PP=310;ReadPosRankSum=0.438;SC=TGAGCTCCCCCAAACTCTTGG;SOR=0.892;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=29;TCF=4;TCR=25;TR=15;WE=36190164;WS=36190146;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,21:0.60:35
chr6	36193258	rs199593691	GA	G	37.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-2.020;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FS=4.332;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.21;ReadPosRankSum=-1.043;SOR=0.699;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:155,22:0.12:177
chr6	36193259	rs41270094	A	G	394.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=1.551;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FS=15.834;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.24;ReadPosRankSum=-1.180;SOR=1.115;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:139,37:0.21:176
chr6	36193303	rs59200830	C	T	642.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.786;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=37;PP=797;ReadPosRankSum=0.630;SC=TAGCAAGGCTCCCAGCTTGGA;SOR=0.698;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=111;TCF=28;TCR=83;TR=47;WE=36193311;WS=36193293;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,34:0.32:107
chr6	36198396	rs3833482	TG	T	3534.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.705;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.491;HP=3;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=2.095;NF=8;NR=38;PP=1522;ReadPosRankSum=0.456;SC=AGGGCAGGGCTGGGCCTGCAT;SOR=0.628;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=92;TCF=18;TCR=74;TR=46;WE=36198404;WS=36198386;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:103,120:0.54:223
chr6	36198421	rs9470234	T	C	2177.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.371;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.548;HP=4;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=37;PP=1017;ReadPosRankSum=-1.183;SC=TTGCCCTGCCTCCATCCCGCA;SOR=0.620;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=119;TCF=48;TCR=71;TR=64;WE=36198429;WS=36198411;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,102:0.55:185
chr6	36259369	.	C	G	1017	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;FR=0.5000;HP=10;HapScore=1;MGOF=4;MMLQ=23;MQ=59.21;NF=0;NR=54;PP=1017;QD=19.4772446768;SC=ACGGAGGGGGCGGGGGAGGGC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=105;TCF=34;TCR=71;TR=54;WE=36259377;WS=36259359;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:51,54:0.51:105
chr6	36260914	rs2239796	C	T	6991.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.656;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=274;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=78;NR=78;PP=2769;ReadPosRankSum=-1.041;SC=GTGAGTGCTTCGGCATGGTGA;SOR=0.716;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=156;TCF=78;TCR=78;TR=156;WE=36260922;WS=36260904;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,269:0.99:271
chr6	36261885	rs4713949	A	G	2742.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=59;NR=15;PP=1774;SC=CTGGTGCCATATCCCATGGGC;SOR=2.179;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=74;TCF=59;TCR=15;TR=74;WE=36261893;WS=36261875;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr6	36262991	rs4713951	C	T	737.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=20;NR=0;PP=521;SC=TCTTAGCAGACAGTGAGGGAT;SOR=4.977;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=20;TCR=0;TR=20;WE=36262999;WS=36262988;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr6	36269603	rs10947600	G	A	4731.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=85;NR=31;PP=2523;SC=CTGCTGCCAGGGCTGAGTAAC;SOR=1.638;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=117;TCF=85;TCR=32;TR=116;WE=36269611;WS=36269593;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,168:1.00:168
chr6	36270130	rs12199580	C	A	17710.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=1.814;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=687;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=183;NR=256;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.767;SC=CCCACTTCACCCAGGCCATCC;SOR=0.616;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=444;TCF=185;TCR=259;TR=439;WE=36270138;WS=36270120;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:5,674:0.99:679
chr6	36274153	rs12197079	C	T	5286.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.801;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=545;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=68;NR=111;PP=2660;ReadPosRankSum=-0.513;SC=CCTTATGTAACGTAAGTTTCC;SOR=0.723;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=363;TCF=141;TCR=222;TR=179;WE=36274161;WS=36274143;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:275,263:0.49:538
chr6	36275458	rs4713956	T	C	4952.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.649;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=488;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=69;NR=83;PP=2451;ReadPosRankSum=0.260;SC=CCCAAGACATTCGGGATCCAA;SOR=0.661;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=283;TCF=126;TCR=157;TR=152;WE=36275474;WS=36275448;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:241,241:0.50:482
chr6	36287312	rs743852	G	C	3180.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-3.748;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=246;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.607;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=54;PP=1292;ReadPosRankSum=0.410;SC=TGGCTGCGCAGGGTGGCTACC;SOR=0.653;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=163;TCF=82;TCR=81;TR=105;WE=36287320;WS=36287302;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,153:0.63:243
chr6	36288879	rs112374394	G	GGTCTCAGCT	873.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=1.003;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.411;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=3;PP=2897;ReadPosRankSum=-1.635;SC=ATGGAACCCAGGTGGGTAGAT;SOR=1.202;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=23;TCF=13;TCR=10;TR=9;WE=36288887;WS=36288869;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,21:0.54:39
chr6	36289145	rs763018	A	C	1531.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.421;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FS=2.262;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.87;ReadPosRankSum=-0.565;SOR=0.909;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:55,74:0.57:129
chr6	36290030	rs12190546	C	G	988.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.596;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.730;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=9;PP=442;ReadPosRankSum=-1.082;SC=CCTGTGAACTCCATGTGGAAG;SOR=0.312;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=52;TCF=36;TCR=16;TR=25;WE=36290038;WS=36290020;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,45:0.53:85
chr6	36294200	rs763020	T	C	390.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.603;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=1;PP=217;ReadPosRankSum=-1.327;SC=CAACGCAACCTTTAAAATGGT;SOR=1.210;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=37;TCF=31;TCR=6;TR=13;WE=36294208;WS=36294190;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,17:0.37:46
chr6	36294864	rs41270098	A	G	6265.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=3.374;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=650;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.522;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=105;NR=78;PP=2962;ReadPosRankSum=1.561;SC=TCTGAATGATAGCATCCTCTG;SOR=0.751;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=381;TCF=212;TCR=169;TR=183;WE=36294872;WS=36294854;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:341,297:0.47:638
chr6	36294915	rs6923009	T	A	6620.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.238;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=628;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.090;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=109;NR=106;PP=2962;ReadPosRankSum=0.072;SC=CTAAATGCACTGACAACTCCT;SOR=0.623;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=407;TCF=201;TCR=206;TR=215;WE=36294923;WS=36294905;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:301,318:0.51:619
chr6	36296623	rs12192390	G	A	1741.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.958;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.221;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=43;PP=890;ReadPosRankSum=0.584;SC=GCTGCAGCCCGCTCTAGGCTT;SOR=0.807;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=130;TCF=44;TCR=86;TR=64;WE=36296631;WS=36296613;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,85:0.49:172
chr6	36341294	rs3213530	C	T	2048.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-2.433;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=21;PP=782;ReadPosRankSum=0.759;SC=CAAAAAAGGGCCCACACACCA;SOR=0.716;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=132;TCF=74;TCR=58;TR=58;WE=36341302;WS=36341284;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:101,100:0.50:201
chr6	36355372	rs2234071	T	C	998.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.444;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.315;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=25;PP=429;ReadPosRankSum=-0.312;SC=CTCCCCTGGCTGTGGCTGCTG;SOR=1.264;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=67;TCF=21;TCR=46;TR=32;WE=36355380;WS=36355362;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,50:0.56:89
chr6	36359696	rs199820722	TTA	T	95.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-2.734;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.67;MQRankSum=-0.748;QD=3.19;ReadPosRankSum=0.000;SOR=0.610;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,12:0.40:30
chr6	36359697	.	TA	T	71.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-1.699;ClippingRankSum=0.000;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.67;MQRankSum=1.381;QD=2.66;ReadPosRankSum=1.181;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,10:0.37:27
chr6	36368276	rs62403732	C	T	2410.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-2.809;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=306;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.876;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=37;PP=908;ReadPosRankSum=-1.076;SC=TGTGTCTCAGCTGCATGGCCA;SOR=0.638;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=174;TCF=89;TCR=85;TR=74;WE=36368284;WS=36368266;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:173,130:0.43:303
chr6	36393816	rs664370	A	G	2174.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.644;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.739;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=30;PP=907;ReadPosRankSum=-1.523;SC=TGGATTGAGAACTTCTTTAGT;SOR=0.460;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=132;TCF=60;TCR=72;TR=61;WE=36393824;WS=36393806;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:103,107:0.51:210
chr6	36437849	rs41272162	G	T	2761.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.056;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=368;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.253;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=41;PP=1133;ReadPosRankSum=0.218;SC=TGATCAAACGGACAGTTCAGG;SOR=0.581;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=209;TCF=116;TCR=93;TR=86;WE=36437857;WS=36437839;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:213,151:0.41:364
chr6	36452603	rs11450552	T	TA	776.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.350;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FS=2.913;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.05;MQRankSum=1.135;QD=4.02;ReadPosRankSum=1.988;SOR=0.944;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:127,66:0.34:193
chr6	36465715	rs57611057	CT	C	650.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.553;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=263;ExcessHet=3.0103;FS=0.851;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.08;MQRankSum=1.354;QD=4.75;ReadPosRankSum=-0.319;SOR=0.596;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:62,75:0.55:137
chr6	36466366	rs374274208	CT	C	49.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.544;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.76;ReadPosRankSum=1.512;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,8:0.44:18
chr6	36467791	rs659726	C	G	2149.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=2.044;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.573;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=52;PP=1214;ReadPosRankSum=0.235;SC=CACACATCAGCGAGGCCCAGC;SOR=0.642;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=144;TCF=39;TCR=105;TR=72;WE=36467799;WS=36467781;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:91,97:0.52:188
chr6	36483295	.	CCACACA	C	244.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.655;ClippingRankSum=0.000;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=3.757;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.22;MQRankSum=0.959;QD=10.64;ReadPosRankSum=-3.546;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,15:0.65:23
chr6	36493265	rs605684	T	C	2539.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.764;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=235;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.487;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=32;PP=1288;ReadPosRankSum=-1.204;SC=TCCTCTGTTATTGAGCCAAAA;SOR=0.740;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=159;TCF=97;TCR=62;TR=83;WE=36493273;WS=36493255;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:106,123:0.54:229
chr6	36569679	rs144989907	TA	T	808.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=3.206;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.378;HP=3;HapScore=2;MGOF=32;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=25;PP=843;ReadPosRankSum=-0.842;SC=GATATGTCACTAAAGTGTCAC;SOR=1.221;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=46;TCF=8;TCR=38;TR=31;WE=36569687;WS=36569669;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,30:0.43:69
chr6	36645466	rs762623	G	A	661.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.703;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.004;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=5;PP=337;ReadPosRankSum=-0.193;SC=TCATTTTGGAGCCACAGAAAT;SOR=0.884;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=47;TCF=35;TCR=12;TR=23;WE=36645474;WS=36645456;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,30:0.46:65
chr6	36645696	rs2395655	A	G	2032.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.809;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.662;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=47;PP=1144;ReadPosRankSum=0.076;SC=AACCACAGGGATTTCTTCTGT;SOR=1.161;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=144;TCF=59;TCR=85;TR=72;WE=36645704;WS=36645686;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:122,98:0.45:220
chr6	36652339	rs3176352	C	G	2997.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.646;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=266;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.085;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=52;PP=1288;ReadPosRankSum=-0.412;SC=GACATGTGCACGGAAGGACTT;SOR=0.832;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=158;TCF=66;TCR=92;TR=86;WE=36652347;WS=36652329;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:117,144:0.55:261
chr6	36686272	rs236487	C	T	1749.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=31;NR=23;PP=960;SC=CTCCACAGAGCGACTCTCGGG;SOR=0.917;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=54;TCF=31;TCR=23;TR=54;WE=36686280;WS=36686262;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr6	36686407	rs236486	C	T	2769.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=25;NR=34;PP=1119;SC=CCGAACAGGTCTTTAATATCT;SOR=0.896;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=59;TCF=25;TCR=34;TR=59;WE=36686415;WS=36686397;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr6	36689030	rs236478	A	C	11913.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=450;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=183;NR=164;PP=2965;SC=GGGACCAGCTACTGAGCAACT;SOR=1.343;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=348;TCF=183;TCR=165;TR=347;WE=36689038;WS=36689020;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,446:1.00:446
chr6	36689630	rs236477	C	T	6690.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=248;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=91;NR=82;PP=2965;SC=CCACAACTGCCCTCACAGGAG;SOR=0.770;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=173;TCF=91;TCR=82;TR=173;WE=36689638;WS=36689620;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,241:1.00:241
chr6	36689961	rs183541	A	C	17102.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=647;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=220;NR=182;PP=2965;SC=ACAAGAGGGCAGAGGTGGGCA;SOR=0.842;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=402;TCF=220;TCR=182;TR=402;WE=36689969;WS=36689951;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,645:1.00:645
chr6	36712962	rs743870	C	T	6584.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.006;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=250;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=122;PP=2965;ReadPosRankSum=1.067;SC=GGTCTGTCTGCGGGACCTCTG;SOR=1.342;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=181;TCF=59;TCR=122;TR=181;WE=36712970;WS=36712952;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,242:0.99:244
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chr6	36759768	rs9349011	C	A	694.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.290;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.769;HP=4;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=5;PP=456;ReadPosRankSum=1.303;SC=TCCATCACCCCCACCCCAACC;SOR=1.552;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=52;TCF=41;TCR=11;TR=28;WE=36759776;WS=36759758;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,32:0.48:66
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chr6	36767920	rs11419511	T	TG	1273.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=28;PP=1152;SC=GGGAGAGCACTGGCTCAGAGC;SOR=3.086;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=32;TCF=0;TCR=32;TR=28;WE=36767928;WS=36767910;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr6	36790630	rs9394384	T	C	85.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.62;BaseQRankSum=-1.133;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=0;PP=57;ReadPosRankSum=0.566;SC=GTGTTGAGGCTTCACAAGCGT;SOR=0.941;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=3;WE=36790638;WS=36790620;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,4:0.57:7
chr6	36790689	rs17374068	T	C	763.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=1.254;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.391;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=5;PP=366;ReadPosRankSum=1.161;SC=TCAGACACTATGGGAGAAACA;SOR=1.104;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=33;TCF=24;TCR=9;TR=21;WE=36790697;WS=36790679;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,35:0.62:56
chr6	36842427	rs2303993	C	G	781.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.783;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=7;PP=562;ReadPosRankSum=1.040;SC=GCCAGGAACGCAGACCCGTGG;SOR=0.836;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=46;TCF=35;TCR=11;TR=30;WE=36842435;WS=36842417;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,32:0.59:54
chr6	36853685	rs11461876	G	GC	923.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=17;NR=2;PP=781;SC=ACAAGGCCTCGCCCAGGAGTG;SOR=3.611;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=19;TCF=17;TCR=2;TR=19;WE=36853693;WS=36853675;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr6	36853786	rs11461877	A	AG	3356.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=52;NR=19;PP=2472;SC=GAGGAGCCCGAGGGGCGCGAG;SOR=2.235;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=71;TCF=52;TCR=19;TR=71;WE=36853794;WS=36853776;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr6	36853857	rs5875560	T	TCGC	11443.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=256;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=23;NR=69;PP=2967;SC=TGTGACAGCCTCGCCGCGCCC;SOR=0.866;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=106;TCF=30;TCR=76;TR=92;WE=36853865;WS=36853847;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,248:1.00:248
chr6	36882353	rs2272275	A	G	3475.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.421;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=315;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.862;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=61;PP=1657;ReadPosRankSum=1.689;SC=TGTTGGAGGAAGAGATTCAGC;SOR=0.751;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=213;TCF=93;TCR=120;TR=105;WE=36882361;WS=36882343;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:147,163:0.53:310
chr6	36884121	rs12215873	A	G	264.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=3.082;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=0;PP=164;ReadPosRankSum=-0.133;SC=TTCCCTCTTTACCCACCGCCC;SOR=0.430;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=20;TCR=0;TR=9;WE=36884129;WS=36884114;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,11:0.42:26
chr6	36887308	rs2272276	G	A	1933.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=1.607;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.138;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=20;PP=734;ReadPosRankSum=1.562;SC=GTTTTATTTCGTTTTCTTTGC;SOR=0.605;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=101;TCF=65;TCR=36;TR=51;WE=36887316;WS=36887298;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:93,95:0.51:188
chr6	36922385	rs1405070	G	A	478.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.959;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.813;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=2;PP=352;ReadPosRankSum=1.025;SC=GACCCAAAGCGCCCAGCCCTC;SOR=1.302;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=33;TCF=28;TCR=5;TR=20;WE=36922393;WS=36922375;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,20:0.61:33
chr6	36922684	rs1405069	A	C	861.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.554;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=19;PP=491;ReadPosRankSum=0.342;SC=GGTATCCCCGACGGCCTCAGA;SOR=0.685;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=66;TCF=27;TCR=39;TR=33;WE=36922692;WS=36922674;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,43:0.46:93
chr6	36931162	rs2296934	A	G	4024.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=4.394;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=392;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=76;PP=2425;ReadPosRankSum=0.190;SC=GGGCAAGGGAACTCCTACCCC;SOR=0.712;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=266;TCF=116;TCR=150;TR=133;WE=36931170;WS=36931152;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:201,181:0.47:382
chr6	36931491	rs34165286	G	A	1811.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.598;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.398;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=49;PP=1199;ReadPosRankSum=2.627;SC=CACCCTCTGAGTAGGAGCTTC;SOR=0.857;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=122;TCF=39;TCR=83;TR=70;WE=36931499;WS=36931481;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,80:0.56:144
chr6	36944495	rs708007	A	G	320.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.521;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.160;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=11;PP=216;ReadPosRankSum=0.000;SC=CCTGGCACCTACCCAGGGCTG;SOR=0.105;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=25;TCF=2;TCR=23;TR=13;WE=36944503;WS=36944485;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,14:0.54:26
chr6	36949527	rs2293390	C	T	1812.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-2.023;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.734;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=48;PP=1175;ReadPosRankSum=-0.203;SC=ACACCTCTTGCCCCCTTTGCT;SOR=0.607;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=108;TCF=27;TCR=81;TR=65;WE=36949535;WS=36949517;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,79:0.60:131
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chr6	37447994	rs1874736	C	G	449.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-2.652;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.815;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=16;PP=294;ReadPosRankSum=-1.433;SC=GCCCACAGTGCTGGCTTCTTC;SOR=2.004;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=43;TCF=9;TCR=34;TR=18;WE=37448002;WS=37447984;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,20:0.43:46
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chr6	37502110	rs62406767	C	G	2794.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.722;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=300;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.421;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=54;PP=1449;ReadPosRankSum=-0.218;SC=GAGTCCTGGACAAATCAAGAT;SOR=0.659;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=198;TCF=86;TCR=112;TR=95;WE=37502118;WS=37502100;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:157,141:0.47:298
chr6	37522966	rs6942122	T	C	361.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.700;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.624;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=4;PP=260;ReadPosRankSum=2.048;SC=AAGCTCTTCATTGGGCCATAA;SOR=0.393;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=29;TCF=24;TCR=5;TR=16;WE=37522974;WS=37522964;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,16:0.48:33
chr6	37606305	rs3818020	G	A	3161.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=2.047;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=270;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.462;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=68;NR=33;PP=1771;ReadPosRankSum=-0.389;SC=TGGGCCCTACGGACTCACCTG;SOR=0.740;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=202;TCF=131;TCR=71;TR=101;WE=37606313;WS=37606295;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:121,143:0.54:264
chr6	37611796	rs45511994	G	A	271.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.505;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.694;NF=2;NR=8;PP=194;ReadPosRankSum=0.201;SC=TCTCTGCCTAGGCCTCTGCGG;SOR=0.675;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=23;TCF=5;TCR=18;TR=10;WE=37611804;WS=37611786;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,13:0.43:30
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chr6	37623566	rs3846874	C	T	2844.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-0.692;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=314;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.858;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=38;PP=949;ReadPosRankSum=0.767;SC=AGCGGGCAGGCGGGTTGGAGT;SOR=0.636;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=164;TCF=70;TCR=94;TR=67;WE=37623574;WS=37623556;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:166,146:0.47:312
chr6	37787585	rs11544071	C	T	161.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.891;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=5;PP=113;ReadPosRankSum=2.000;SC=CGGACTCGCGCCCGCCCGCGC;SOR=0.818;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=15;TCF=8;TCR=7;TR=9;WE=37787593;WS=37787579;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,9:0.75:12
chr6	37787810	.	TGGGGGCG	T	364.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.290;ClippingRankSum=0.000;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=2.307;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.60;MQRankSum=0.904;QD=22.80;ReadPosRankSum=1.581;SOR=0.197;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,10:0.62:16
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chr6	38084569	rs2295791	C	A	1195.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=36;PP=1040;SC=CACCTTGGCCCAGCTTTGGAA;SOR=5.784;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=37;TCF=1;TCR=36;TR=37;WE=38084577;WS=38084559;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
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chr6	38147355	rs6458044	A	G	12091.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=471;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=138;NR=177;PP=2965;SC=CCCACAGCGCAGCTCCTGCCC;SOR=0.872;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=315;TCF=138;TCR=177;TR=315;WE=38147363;WS=38147345;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,460:1.00:460
chr6	38312936	rs28360643	A	G	2595.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-1.559;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=308;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.874;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=45;PP=927;ReadPosRankSum=1.012;SC=CAAGGATAACAGAGTAAGACA;SOR=0.751;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=165;TCF=70;TCR=95;TR=74;WE=38312944;WS=38312926;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:164,138:0.46:302
chr6	38455368	.	C	CGAGAGA	397.87	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.842;ClippingRankSum=-0.000;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=4;PP=231;ReadPosRankSum=-0.126;SC=AGAGAGTCAGCGAGAGAGAGA;SOR=1.802;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=13;TCF=8;TCR=5;TR=10;WE=38455376;WS=38455358;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,9:0.90:10
chr6	38455460	rs70981556	G	GGAAAA,GGAAAAGAAAA	3254.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;QD=46.50;SOR=1.163;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:0,32,38:0.46,0.54:70
chr6	38472125	rs9380754	GG	CT	2236.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=38;NR=3;PP=2212;SC=AACTGATGATGGGCTATTATT;SOR=4.450;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=45;TCF=41;TCR=4;TR=41;WE=38472134;WS=38472115;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr6	38520436	rs2748154	G	A	331.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=0.277;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.680;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=2;PP=177;ReadPosRankSum=-0.462;SC=CTAGCTACTCGGGAGGCTGAG;SOR=0.257;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=21;TCF=16;TCR=5;TR=13;WE=38520444;WS=38520426;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,15:0.75:20
chr6	38520530	rs201496890	GA	G	76.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.654;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.37;ReadPosRankSum=1.690;SOR=0.517;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,15:0.27:56
chr6	38654488	rs3778443	G	A	340.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-3.429;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.518;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=2;PP=178;ReadPosRankSum=-0.536;SC=AGGCTGGCTGGGATAGAGAAG;SOR=0.111;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=17;TCF=15;TCR=2;TR=11;WE=38654496;WS=38654478;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,15:0.71:21
chr6	38670837	rs1049346	G	A	12524.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=0.416;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=508;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=150;NR=129;PP=2965;ReadPosRankSum=1.933;SC=CCATGGCTGCGCTGCAGTATC;SOR=0.861;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=279;TCF=150;TCR=129;TR=279;WE=38670845;WS=38670827;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,501:1.00:503
chr6	38702111	.	C	CCA	169	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;FR=0.5000;HP=8;HapScore=2;MGOF=12;MMLQ=26;MQ=61.34;NF=3;NR=3;PP=169;QD=30.5;SC=GACCCCCCCCCAAAAAAATTA;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=11;TCF=7;TCR=4;TR=6;WE=38702119;WS=38702103;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:5,6:0.55:11
chr6	38702468	rs138585346	CT	C	154.14	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.366;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5006;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=5;PP=159;ReadPosRankSum=-1.465;SC=CACACTTATGCTTTACTTTGC;SOR=0.527;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=5;WE=38702476;WS=38702458;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,6:0.86:7
chr6	38723670	rs7773138	A	G	222.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.315;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=1;PP=160;ReadPosRankSum=-0.157;SC=GTACCTTTAGAGTTTTGAGTA;SOR=0.527;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=15;TCF=14;TCR=1;TR=10;WE=38723678;WS=38723660;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,10:0.67:15
chr6	38729458	rs2448401	T	C	1031.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.287;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.846;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=12;PP=430;ReadPosRankSum=-0.555;SC=ATAATTATTTTGTACCTATAT;SOR=0.529;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=60;TCF=41;TCR=19;TR=34;WE=38729466;WS=38729448;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,49:0.56:87
chr6	38729511	rs61748600	T	C	1436.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.651;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.963;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=24;PP=670;ReadPosRankSum=-0.613;SC=ATGTAAAGCATATATTACTGA;SOR=0.459;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=92;TCF=53;TCR=39;TR=50;WE=38729519;WS=38729501;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,73:0.50:146
chr6	38746090	rs1033526	A	G	304.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.547;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.70;ReadPosRankSum=-1.627;SOR=0.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,9:0.38:24
chr6	38746098	rs1033525	C	T	354.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.439;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.64;ReadPosRankSum=-2.598;SOR=0.631;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,11:0.42:26
chr6	38746176	rs61748601	G	A	673.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=1.401;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.982;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=8;PP=293;ReadPosRankSum=-1.739;SC=ACAAATACAGGCATTTATGAA;SOR=1.095;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=51;TCF=30;TCR=21;TR=23;WE=38746184;WS=38746166;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,36:0.44:82
chr6	38746263	rs1738260	A	T	886.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-1.992;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.400;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=21;PP=434;ReadPosRankSum=0.433;SC=CTTTAAGCAGAGTAGTTTCTG;SOR=0.934;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=70;TCF=31;TCR=39;TR=37;WE=38746271;WS=38746253;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,49:0.43:115
chr6	38746294	rs1738259	A	G	757.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.669;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.337;HP=4;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=19;PP=430;ReadPosRankSum=0.571;SC=CTTTAAATCTAAAAATACAAT;SOR=1.105;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=57;TCF=26;TCR=31;TR=30;WE=38746302;WS=38746284;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,40:0.44:90
chr6	38749200	rs138749107	ACAAATATATCATAT	A	2936.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.113;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.880;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.911;NF=1;NR=43;PP=2971;ReadPosRankSum=-1.350;SC=TTTTAATATAACAAATATATC;SOR=0.556;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=96;TCF=1;TCR=95;TR=44;WE=38749221;WS=38749190;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,76:0.55:137
chr6	38750705	rs3800357	A	G	386.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=3.120;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=0;PP=362;ReadPosRankSum=-0.049;SC=CATTTTACATATAAGTACTTT;SOR=1.981;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=21;TCR=0;TR=16;WE=38750713;WS=38750695;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,14:0.74:19
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chr6	38757511	rs12528676	A	G	1509.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.558;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=11;PP=748;ReadPosRankSum=1.176;SC=CCTTCCTGGAATGAATCAAAA;SOR=0.687;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=98;TCF=71;TCR=27;TR=43;WE=38757519;WS=38757501;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,69:0.48:144
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chr6	38773172	rs1678682	A	G	1392.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.62;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=22;NR=10;PP=631;SC=TTAAAAAGGAACTTCCTAAGA;SOR=1.314;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=22;TCR=10;TR=32;WE=38773180;WS=38773162;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
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chr6	38775336	rs1738229	T	G	3353.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=45;NR=38;PP=1510;SC=GGGGATGCTCTAGGTTTTTTG;SOR=0.838;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=83;TCF=45;TCR=38;TR=83;WE=38775344;WS=38775326;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr6	38781683	rs12526772	T	C	68.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.757;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=0;PP=74;ReadPosRankSum=-0.464;SC=CTCTGCAATTTAGGGTTCTGT;SOR=1.329;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=12;TCR=2;TR=4;WE=38781691;WS=38781673;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,4:0.29:14
chr6	38781749	rs12524938	C	T	446.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-1.522;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=8;PP=229;ReadPosRankSum=-1.727;SC=CTTTATTGTTCGGACTGAATT;SOR=0.736;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=46;TCF=27;TCR=19;TR=20;WE=38781757;WS=38781739;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,24:0.46:52
chr6	38781866	rs1678690	C	G	2582.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=31;NR=31;PP=1070;SC=ATATTATTTCCTTTATAAAAA;SOR=0.713;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=62;TCF=31;TCR=31;TR=62;WE=38781874;WS=38781856;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr6	38781931	rs1738221	A	T	1134.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=24;PP=647;SC=TACACTGATAATTTGATAAGG;SOR=1.666;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=8;TCR=24;TR=32;WE=38781939;WS=38781921;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr6	38791555	rs1738210	C	T	99.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.067;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=9.07;ReadPosRankSum=-0.389;SOR=0.551;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,5:0.45:11
chr6	38793812	rs1738208	C	T	467.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-0.579;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=4;PP=309;ReadPosRankSum=-0.521;SC=AACCACATTTCAAGTGTTCAA;SOR=0.544;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=36;TCF=30;TCR=6;TR=20;WE=38793820;WS=38793802;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,20:0.53:38
chr6	38800209	rs1678729	T	C	1165.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.599;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.506;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=20;PP=539;ReadPosRankSum=-0.313;SC=AGCATATGAATTGGTAATTTA;SOR=0.478;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=69;TCF=26;TCR=43;TR=34;WE=38800217;WS=38800199;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,56:0.52:108
chr6	38810313	rs1678737	G	A	195.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=0.271;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.107;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=9;PP=148;ReadPosRankSum=0.271;SC=TATAATGCCTGTCTTCTTAGG;SOR=3.076;SbPval=0.97;Source=Platypus;TC=25;TCF=8;TCR=17;TR=10;WE=38810321;WS=38810303;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,10:0.34:29
chr6	38820451	rs9369085	G	A	8476.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.597;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=334;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=102;NR=86;PP=2965;ReadPosRankSum=2.503;SC=CATGTGTGACGTTTTCCTCTG;SOR=0.808;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=188;TCF=102;TCR=86;TR=188;WE=38820459;WS=38820441;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,330:0.99:332
chr6	38820599	rs9380787	T	G	2541.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.93;SOR=2.033;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr6	38825329	rs2061907	C	T	8730.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.697;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=345;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=93;NR=89;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.847;SC=TGTGGACACACGATTCAGAAG;SOR=0.717;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=182;TCF=93;TCR=89;TR=182;WE=38825337;WS=38825319;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,336:0.99:338
chr6	38828424	rs34840510	G	GT	1959.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=38;PP=1463;SC=CCCAGTTTTCGTTTTTTATTT;SOR=1.463;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=52;TCF=5;TCR=47;TR=43;WE=38828432;WS=38828414;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr6	38828453	rs6458073	A	T	1537.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=12;NR=31;PP=973;SC=TAAAATGTGCATAACATTATT;SOR=1.835;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=43;TCF=12;TCR=31;TR=43;WE=38828461;WS=38828443;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr6	38840601	rs2235719	G	A	2134.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.498;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=51;PP=1302;ReadPosRankSum=-0.434;SC=CCCTGCTAGCGTATTAACACA;SOR=0.719;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=154;TCF=58;TCR=96;TR=79;WE=38840609;WS=38840591;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,97:0.53:183
chr6	38841101	rs9380795	G	A	6964.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=269;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=77;NR=99;PP=2965;SC=CATATATGAAGCTAAATCTCA;SOR=0.865;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=179;TCF=77;TCR=102;TR=176;WE=38841109;WS=38841091;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,263:1.00:263
chr6	38843279	rs77031115	CC	TT	1006.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;JOINED;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.76;SOR=3.258;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr6	38843283	rs35696175	C	T	1006.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.77;SOR=3.352;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr6	38843426	rs6458080	C	T	7010.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=261;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=99;NR=67;PP=2965;SC=TTTCCTGTGTCGAACATCTTC;SOR=0.982;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=167;TCF=100;TCR=67;TR=166;WE=38843434;WS=38843416;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,257:1.00:257
chr6	38851308	rs4714191	A	G	576.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.292;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=18;PP=368;ReadPosRankSum=-0.156;SC=ATGTGTACGCATATAAAATGT;SOR=0.446;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=33;TCF=1;TCR=32;TR=18;WE=38851316;WS=38851298;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,23:0.62:37
chr6	38851669	rs4714192	C	T	2796.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.382;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=340;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.331;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=40;PP=1046;ReadPosRankSum=-2.457;SC=TTGAAAGCTACGTGGATAAGC;SOR=0.749;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=188;TCF=97;TCR=91;TR=88;WE=38851677;WS=38851659;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:184,153:0.45:337
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chr6	38899485	rs9296268	G	C	211.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=0;PP=142;SC=CCAATTTATTGAAGCGTCACA;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=6;WE=38899493;WS=38899481;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
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chr6	39016570	rs10305419	C	T	996.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.033;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.521;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=11;PP=323;ReadPosRankSum=0.102;SC=AGTCTCCGCACGCGGTTCCGC;SOR=0.955;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=53;TCF=30;TCR=23;TR=29;WE=39016578;WS=39016560;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,53:0.50:106
chr6	39033602	rs6918287	A	G	8844.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=327;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=91;NR=106;PP=2965;SC=AGCGAGGGGAAAGAGTGAGTT;SOR=0.776;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=198;TCF=92;TCR=106;TR=197;WE=39033610;WS=39033592;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,323:1.00:323
chr6	39047035	rs5875654	CAG	C	135.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.602;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FS=1.140;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.00;ReadPosRankSum=1.377;SOR=0.472;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:119,17:0.12:136
chr6	39159407	rs13208158	G	A	3016.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-2.279;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=295;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.892;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=51;PP=1445;ReadPosRankSum=0.288;SC=TAATGGCTTTGTGGACTTCCA;SOR=0.621;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=198;TCF=87;TCR=111;TR=93;WE=39159415;WS=39159397;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:149,143:0.49:292
chr6	39162206	rs2815098	A	G	3791.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=74;NR=37;PP=2905;SC=CTAGAGGAGAAGCTAGCTGGG;SOR=1.550;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=111;TCF=74;TCR=37;TR=111;WE=39162214;WS=39162196;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr6	39196662	rs2241595	C	A	1420.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.428;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.407;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=14;PP=799;ReadPosRankSum=1.926;SC=AAAGCTCAAGCCAGCTTCAGA;SOR=0.982;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=96;TCF=66;TCR=30;TR=50;WE=39196670;WS=39196652;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,65:0.52:125
chr6	39278848	rs59086835	GCACACACACACACACA	G	575.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.123;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FS=9.188;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.44;MQRankSum=1.239;QD=23.03;ReadPosRankSum=-0.784;SOR=3.391;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,15:0.60:25
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chr6	39284167	.	A	T	1424.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.176;ClippingRankSum=0.000;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.570;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=27;PP=706;ReadPosRankSum=-0.104;SC=GAGGATCCAGATGGCTGCCAG;SOR=0.785;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=93;TCF=45;TCR=48;TR=50;WE=39284175;WS=39284157;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:94,75:0.44:169
chr6	39545689	rs12697946	T	G	1392.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=31;NR=15;PP=777;SC=AAGCCGCCACTCTTAACTGGC;SOR=1.609;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=46;TCF=31;TCR=15;TR=46;WE=39545697;WS=39545679;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr6	39551450	.	CTTTTTTTTTTTTTT	C	92	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;FR=0.6249;HP=22;HapScore=2;MGOF=37;MMLQ=15;MQ=52.76;NF=0;NR=7;PP=92;QD=13.5714285714;SC=GATTTCACTTCTTTTTTTTTT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=0;TCR=14;TR=7;WE=39551474;WS=39551440;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:7,7:0.50:14
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chr6	39563863	rs7738892	C	T	3062.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=51;NR=28;PP=1459;SC=AGTTGATATACTTGGCCTCTG;SOR=1.159;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=79;TCF=51;TCR=28;TR=79;WE=39563871;WS=39563853;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr6	39585399	rs2466406	A	G	228.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.377;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=2;PP=110;ReadPosRankSum=-0.664;SC=ATCACGACAAATGTCTGTCAT;SOR=0.869;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=27;TCF=20;TCR=7;TR=9;WE=39585407;WS=39585389;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,12:0.34:35
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chr6	39688367	rs10947834	T	C	214.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=3.087;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=8;NR=0;PP=194;ReadPosRankSum=0.799;SC=AAGAGCTGCGTTGCATTTTCC;SOR=1.445;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=12;TCR=0;TR=8;WE=39688375;WS=39688357;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,8:0.67:12
chr6	39693271	rs10947835	C	G	694.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=3.889;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=20;PP=443;ReadPosRankSum=-0.164;SC=GAGGCCACTACGGGGCGGGGC;SOR=0.525;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=51;TCF=12;TCR=39;TR=26;WE=39693279;WS=39693261;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,26:0.60:43
chr6	39828593	rs2504099	A	T	1118.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=1.972;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=8;PP=746;ReadPosRankSum=-0.945;SC=GGAGGAAGATAGTAGTAGCCT;SOR=0.849;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=67;TCF=54;TCR=13;TR=41;WE=39828601;WS=39828583;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,46:0.62:74
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chr6	39832111	rs2504787	A	G	944.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=-1.249;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.570;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=9;PP=311;ReadPosRankSum=0.721;SC=GGCAGAGCTGAGAAATGAATC;SOR=0.527;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=56;TCF=38;TCR=18;TR=24;WE=39832119;WS=39832101;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,49:0.45:109
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chr6	39847279	rs2504797	G	A	4892.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.105;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=459;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.100;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=71;NR=82;PP=2440;ReadPosRankSum=2.481;SC=GGGGCTGGAGGGCCCATTCTT;SOR=0.785;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=295;TCF=141;TCR=154;TR=153;WE=39847287;WS=39847269;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:219,229:0.51:448
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chr6	39851818	rs3003929	G	A	1979.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.656;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.526;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=33;PP=873;ReadPosRankSum=1.730;SC=ATTTTGAAAAGATGTTTTCAG;SOR=0.749;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=117;TCF=54;TCR=63;TR=61;WE=39851826;WS=39851808;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:93,100:0.52:193
chr6	39855112	rs3003945	T	G	457.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=0.366;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.983;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=3;PP=273;ReadPosRankSum=-0.348;SC=TTAGCTATTATCCACCCTCCT;SOR=0.330;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=22;TCF=19;TCR=3;TR=16;WE=39855120;WS=39855111;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,19:0.70:27
chr6	39855427	rs3008810	C	T	652.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=1.140;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.158;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=22;PP=482;ReadPosRankSum=0.198;SC=GGTGGAGGAACGGAGTGGTGG;SOR=0.506;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=54;TCF=11;TCR=43;TR=27;WE=39855435;WS=39855417;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,31:0.53:59
chr6	39855490	rs5875688	C	CTGGA	364.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.876;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.010;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=8;PP=384;ReadPosRankSum=1.732;SC=AGGCATTGATCTGGAACTGTC;SOR=0.169;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=1;TCR=16;TR=8;WE=39855498;WS=39855480;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,10:0.62:16
chr6	39864730	rs3008815	C	T	3311.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.657;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=400;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.368;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=50;PP=1502;ReadPosRankSum=-0.803;SC=TCAACAAGATCGCTGACACCA;SOR=0.670;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=234;TCF=130;TCR=104;TR=109;WE=39864738;WS=39864720;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:221,169:0.43:390
chr6	39865047	rs3004067	T	C	3118.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-2.075;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=377;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.380;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=62;PP=1280;ReadPosRankSum=-0.156;SC=TTCCAGAAGCTGCCAAAGTCA;SOR=0.660;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=229;TCF=96;TCR=133;TR=108;WE=39865055;WS=39865037;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:208,162:0.44:370
chr6	39866805	rs3830992	A	AACAATGGGC	4496.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.651;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=275;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.011;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=3.092;NF=2;NR=51;PP=2972;ReadPosRankSum=1.414;SC=AGGGGCAAAAAACAATGGGTA;SOR=0.794;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=129;TCF=9;TCR=120;TR=53;WE=39866813;WS=39866795;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:123,120:0.49:243
chr6	39869066	rs882559	G	C	2555.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.679;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=272;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.100;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=24;PP=1120;ReadPosRankSum=-1.945;SC=ATCCTGTTCTGTCCCTTGACA;SOR=0.932;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=164;TCF=96;TCR=68;TR=70;WE=39869074;WS=39869056;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:144,122:0.46:266
chr6	39895410	rs3008822	T	C	1111.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.324;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.786;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=31;PP=610;ReadPosRankSum=1.097;SC=GTATTCAGCTTGGGGGTCGGG;SOR=0.844;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=74;TCF=20;TCR=54;TR=42;WE=39895418;WS=39895400;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,54:0.52:103
chr6	40360465	rs3734557	A	G	5060.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.790;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=459;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=82;NR=62;PP=2331;ReadPosRankSum=0.113;SC=TGCCGCCCAGAATCTGGCTGT;SOR=0.679;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=293;TCF=166;TCR=127;TR=144;WE=40360473;WS=40360455;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:218,236:0.52:454
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chr6	40996381	rs742492	G	A	884.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.693;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=17;PP=433;ReadPosRankSum=0.227;SC=AGCAGGGAGGGGCTCCCCCCC;SOR=0.656;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=53;TCF=18;TCR=35;TR=25;WE=40996389;WS=40996371;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,42:0.52:80
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chr6	40998344	rs9369256	G	C	1395.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.384;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.412;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=25;PP=731;ReadPosRankSum=-0.245;SC=GGGTGCCAGGGTAGGAACCCA;SOR=0.832;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=89;TCF=39;TCR=50;TR=41;WE=40998352;WS=40998334;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,61:0.49:124
chr6	41010368	.	C	G	22	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MMLQ=28;MQ=60.0;NF=2;NR=0;PP=22;QD=28.3856062736;SC=CAGAAAAGCTCATCACCCGGG;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=10;TCR=3;TR=2;WE=41010376;WS=41010358;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:11,2:0.15:13
chr6	41011266	rs932399	C	T	288.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-1.193;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=1;PP=114;ReadPosRankSum=-1.991;SC=CCTCCTCCCACTGAATGTTTT;SOR=0.541;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=30;TCF=24;TCR=6;TR=10;WE=41011274;WS=41011256;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,15:0.42:36
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chr6	41029109	rs2073014	T	C	3758.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.811;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=405;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.133;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=77;NR=49;PP=1766;ReadPosRankSum=1.462;SC=AGTTCCGGAATGTGGAGTACA;SOR=0.813;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=258;TCF=155;TCR=103;TR=126;WE=41029117;WS=41029099;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:210,186:0.47:396
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chr6	41037778	rs2272986	C	T	1695.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.262;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FS=1.222;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.40;ReadPosRankSum=-0.394;SOR=0.802;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:78,85:0.52:163
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chr6	41052002	rs6908595	A	G	1078.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=14;NR=17;PP=617;SC=ATTACAACCTATTTGATAATT;SOR=0.793;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=14;TCR=17;TR=31;WE=41052010;WS=41051992;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr6	41057862	rs202114917	A	AT	164.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.443;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FS=4.558;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.42;MQRankSum=2.902;QD=1.31;ReadPosRankSum=0.425;SOR=0.343;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:100,26:0.21:126
chr6	41059461	rs79163992	C	T	1150.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.421;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=29;PP=709;ReadPosRankSum=0.582;SC=TCAGCTTTGTCTTTGAAATTT;SOR=0.752;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=61;TCF=15;TCR=46;TR=38;WE=41059469;WS=41059451;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,51:0.56:91
chr6	41065016	.	TG	T	426.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=0.147;ClippingRankSum=0.000;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=4;PP=196;ReadPosRankSum=0.027;SC=TGTATTCTCTTGGGGGGATAA;SOR=0.821;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=40;TCF=23;TCR=17;TR=10;WE=41065024;WS=41065006;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,20:0.36:55
chr6	41129133	rs142232675	C	T	5183.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.545;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=503;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.212;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=90;NR=75;PP=2319;ReadPosRankSum=-0.684;SC=CCCAGGGTATCGTCTGTGATG;SOR=0.739;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=319;TCF=161;TCR=158;TR=165;WE=41129141;WS=41129123;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:245,254:0.51:499
chr6	41162562	rs61734887	G	C	1959.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.533;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.040;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=38;PP=1017;ReadPosRankSum=-0.148;SC=GTTCCTCTCAGTTTGGGGAGC;SOR=0.612;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=156;TCF=63;TCR=93;TR=65;WE=41162573;WS=41162552;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:131,97:0.43:228
chr6	41165899	rs41273768	G	A	1186.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-2.488;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.926;HP=3;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-1.617;NF=34;NR=7;PP=751;ReadPosRankSum=-1.697;SC=TCCCAGAGGTGTTGCGCATGC;SOR=0.927;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=72;TCF=59;TCR=13;TR=41;WE=41165907;WS=41165889;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,52:0.54:96
chr6	41168839	rs62621763	C	T	2836.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.044;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=298;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.425;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=48;PP=1444;ReadPosRankSum=0.621;SC=CAGGGAAGGACCCGGGGTTCT;SOR=0.648;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=176;TCF=79;TCR=97;TR=88;WE=41168847;WS=41168829;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:158,137:0.46:295
chr6	41169021	rs5875743	C	CA	1518.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=0;NR=28;PP=1252;SC=GGCCCCAAGCCGGGAGGACTC;SOR=2.891;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=29;TCF=0;TCR=29;TR=28;WE=41169029;WS=41169011;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr6	41196034	rs6458202	T	C	531.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.169;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=2.616;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.06;ReadPosRankSum=-0.314;SOR=0.375;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:51,15:0.23:66
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chr6	41196041	rs6458204	C	T	547.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.426;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FS=2.432;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.50;ReadPosRankSum=-0.698;SOR=0.392;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:55,18:0.25:73
chr6	41196095	rs6458205	C	T	1930.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-1.204;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.358;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=12;PP=1664;ReadPosRankSum=-1.780;SC=TCAGACCCAGCGTCTGACTCC;SOR=0.573;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=108;TCF=66;TCR=42;TR=33;WE=41196112;WS=41196085;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:92,54:0.37:146
chr6	41196104	rs10700462	C	CCTT	2055.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.130;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.617;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=12;PP=1670;ReadPosRankSum=-0.615;SC=GCGTCTGACTCCTCCTGAGAG;SOR=0.618;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=80;TCF=34;TCR=46;TR=23;WE=41196112;WS=41196085;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:100,57:0.36:157
chr6	41196156	rs2803496	C	T	1816.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-3.119;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.155;NF=25;NR=22;PP=540;ReadPosRankSum=-0.139;SC=AGAAACAGATCTGGGCTGGAA;SOR=0.723;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=144;TCF=74;TCR=70;TR=47;WE=41196164;WS=41196146;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:130,99:0.43:229
chr6	41196605	rs9369265	T	C	3012.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.177;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=267;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-1.874;NF=60;NR=49;PP=1590;ReadPosRankSum=-0.327;SC=CTCCAAGCCCTGGACAGCAGT;SOR=0.701;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=190;TCF=105;TCR=85;TR=109;WE=41196613;WS=41196595;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:122,140:0.53:262
chr6	41196727	rs2101269	C	T	3578.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.745;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=357;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=59;PP=1499;ReadPosRankSum=-0.623;SC=GAATCTACAACGCTTCCGAAA;SOR=0.716;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=192;TCF=76;TCR=116;TR=94;WE=41196735;WS=41196717;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:176,176:0.50:352
chr6	41197785	rs9296357	T	C	2840.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.909;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=301;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=43;PP=1377;ReadPosRankSum=0.108;SC=ACTGTCTTCTTTGTGTCCTCT;SOR=0.693;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=162;TCF=81;TCR=81;TR=84;WE=41197793;WS=41197775;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:160,140:0.47:300
chr6	41197857	rs7769759	C	T	1757.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.191;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.601;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=38;PP=993;ReadPosRankSum=-0.146;SC=GGCTCTGAGACCAGGTAGGTC;SOR=0.973;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=113;TCF=40;TCR=73;TR=56;WE=41197865;WS=41197847;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:91,79:0.46:170
chr6	41198909	rs4337930	T	C	270.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=-4.999;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.647;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=10;PP=118;ReadPosRankSum=-0.578;SC=TATTACAACATGATAATAATA;SOR=0.069;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=26;TCF=5;TCR=21;TR=14;WE=41198917;WS=41198899;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,16:0.52:31
chr6	41199973	rs1825409	C	T	1366.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.294;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.854;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=10;PP=672;ReadPosRankSum=-3.012;SC=AACATCCCCACTGAAAACACT;SOR=1.108;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=110;TCF=74;TCR=36;TR=44;WE=41199981;WS=41199963;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:93,69:0.43:162
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chr6	41204005	rs9394775	C	G	304.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=2.114;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.951;HP=5;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-1.178;NF=11;NR=1;PP=196;ReadPosRankSum=0.564;SC=CCCTGGCCAGCTTTTTCCTCC;SOR=2.322;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=27;TCF=23;TCR=4;TR=12;WE=41204013;WS=41203995;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,13:0.39:33
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chr6	41204329	rs9349186	A	T	919.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.188;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=23;PP=494;ReadPosRankSum=2.421;SC=GAGTCCTGTTAGTGCTCCTGA;SOR=0.627;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=71;TCF=20;TCR=51;TR=33;WE=41204337;WS=41204319;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,46:0.43:106
chr6	41244020	rs2234242	G	A	678.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-1.750;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=21;PP=402;ReadPosRankSum=0.417;SC=TCTCCCACACGCACATGTTCC;SOR=0.687;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=51;TCF=10;TCR=41;TR=27;WE=41244028;WS=41244010;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,31:0.53:58
chr6	41250466	rs2234237	T	A	2452.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.637;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=235;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.479;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=45;PP=1157;ReadPosRankSum=0.280;SC=TTTTCCTCAGTTAATTTAGTT;SOR=0.651;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=144;TCF=57;TCR=87;TR=75;WE=41250474;WS=41250456;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:115,119:0.51:234
chr6	41250594	rs2234236	T	C	391.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=3.957;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=13;PP=286;ReadPosRankSum=-0.357;SC=ACCACCCATATTTCAGATGAG;SOR=1.179;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=28;TCF=2;TCR=26;TR=13;WE=41250602;WS=41250584;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,15:0.48:31
chr6	41250609	rs12524876	T	C	279.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=2.816;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=9;PP=190;ReadPosRankSum=1.233;SC=GATGAGGTTCTTGAGGCCTCC;SOR=0.793;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=1;TCR=17;TR=9;WE=41250617;WS=41250599;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,11:0.52:21
chr6	41303592	rs9394782	T	C	8185.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=1.381;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=848;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.517;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=114;NR=132;PP=2962;ReadPosRankSum=0.940;SC=TCCCCTCCCATGAGCGCACAG;SOR=0.730;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=491;TCF=233;TCR=258;TR=246;WE=41303600;WS=41303582;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:432,407:0.49:839
chr6	41303784	rs9471575	G	A	4454.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-3.939;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=224;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.291;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=44;PP=1447;ReadPosRankSum=-0.473;SC=GGCAGGTTGTGCGCGTGGCCT;SOR=0.573;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=167;TCF=80;TCR=87;TR=87;WE=41303792;WS=41303774;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:104,117:0.53:221
chr6	41303805	rs9471576	G	A	4718.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.900;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=262;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.453;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=45;PP=1451;ReadPosRankSum=0.682;SC=TGACCTATGCGTTACTTCATC;SOR=0.738;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=180;TCF=93;TCR=87;TR=93;WE=41303813;WS=41303795;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:125,132:0.51:257
chr6	41303995	rs9471577	A	G	2092.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.251;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=35;PP=1060;ReadPosRankSum=0.262;SC=GCCCAGGACGATGGCTTGGAC;SOR=0.667;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=154;TCF=73;TCR=81;TR=69;WE=41304003;WS=41303985;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:117,103:0.47:220
chr6	41304241	rs9471578	C	T	314.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=1.455;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.181;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=11;PP=184;ReadPosRankSum=-0.190;SC=CCTGGTTTCCCAATCGTGGAA;SOR=1.813;SbPval=0.98;Source=Platypus;TC=37;TCF=11;TCR=26;TR=12;WE=41304249;WS=41304231;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,16:0.38:42
chr6	41318424	rs2273961	T	A	854.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.155;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=3;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=12;PP=1068;ReadPosRankSum=-2.098;SC=AGGGGGGACATATGGTGGAAA;SOR=0.735;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=80;TCF=51;TCR=29;TR=33;WE=41318446;WS=41318414;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,46:0.41:113
chr6	41318438	rs2273962	A	G	1021.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.575;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.385;HP=2;HapScore=3;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=13;PP=1068;ReadPosRankSum=-1.393;SC=GTGGAAAACCATGATGGAGCT;SOR=0.825;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=93;TCF=59;TCR=34;TR=38;WE=41318446;WS=41318414;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,57:0.42:136
chr6	41470081	rs13208274	T	A	132.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-0.887;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=2;PP=79;ReadPosRankSum=1.566;SC=ACTGGGGGCCTCTTTTAGGAG;SOR=0.495;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=12;TCF=9;TCR=3;TR=7;WE=41470089;WS=41470079;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,7:0.58:12
chr6	41486990	rs2496647	G	A	3384.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=65;NR=29;PP=1944;SC=ATGCAAAATTGGGATAATTAT;SOR=1.534;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=94;TCF=65;TCR=29;TR=94;WE=41486998;WS=41486980;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr6	41554993	rs11758591	G	C	4471.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=2.833;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=488;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=84;NR=66;PP=2735;ReadPosRankSum=0.330;SC=GTAGAAAGCCGAGTGTTCGTG;SOR=0.737;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=317;TCF=174;TCR=143;TR=150;WE=41555001;WS=41554983;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:263,214:0.45:477
chr6	41620938	rs12199887	A	G	924.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-2.477;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=6;PP=722;ReadPosRankSum=-0.828;SC=TCAGGCACACAGTGAACACTC;SOR=0.611;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=112;TCF=93;TCR=19;TR=48;WE=41620946;WS=41620928;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,48:0.44:109
chr6	41620975	rs2842657	A	G	2266.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-1.344;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=264;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.799;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=71;NR=29;PP=1385;ReadPosRankSum=-1.119;SC=CCGCTGCCGCAGGCCCCCACA;SOR=0.592;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=216;TCF=150;TCR=66;TR=100;WE=41620983;WS=41620965;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:130,118:0.48:248
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chr6	41654110	rs1076727	G	A	688.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-2.147;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=20;PP=445;ReadPosRankSum=-1.083;SC=GGTGGAGGTGGCTGATCTCAG;SOR=0.582;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=57;TCF=15;TCR=42;TR=29;WE=41654118;WS=41654100;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,32:0.48:67
chr6	41655005	rs2073157	G	A	1074.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=25;PP=696;SC=CTTCAGGGCAGCCTGCAGCTT;SOR=2.191;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=6;TCR=25;TR=31;WE=41655013;WS=41654995;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
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chr6	41655814	rs9471626	G	A	443.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.706;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.961;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=14;PP=316;ReadPosRankSum=-0.069;SC=CCCTCTCCACGGGGAGCCCCC;SOR=1.911;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=27;TCF=7;TCR=20;TR=17;WE=41655822;WS=41655804;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,19:0.61:31
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chr6	41721617	rs55967101	T	C	1424.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-3.019;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.579;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=14;PP=534;ReadPosRankSum=-0.420;SC=ATTTTTTCTCTGGTCTTTGAT;SOR=0.640;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=106;TCF=71;TCR=35;TR=42;WE=41721625;WS=41721607;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:93,75:0.45:168
chr6	41740483	rs140148336	CGT	C,CGTGTGTGTGTGT	1011.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.357;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=4.584;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=21.53;ReadPosRankSum=1.858;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:6,22,19:0.47,0.40:47
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chr6	41753084	rs9394831	C	T	1487.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-3.485;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=14;PP=876;ReadPosRankSum=0.438;SC=GTGTAGGGAGCTGCTGAAGCC;SOR=0.633;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=116;TCF=87;TCR=29;TR=55;WE=41753092;WS=41753074;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,67:0.48:141
chr6	41753380	rs3747753	G	T	685.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=2.893;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=24;PP=523;ReadPosRankSum=1.013;SC=GTATCAGGGAGTGGGGAGAAG;SOR=0.829;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=50;TCF=6;TCR=44;TR=27;WE=41753388;WS=41753370;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,28:0.53:53
chr6	41754370	rs10947987	C	T	1732.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.733;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.483;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=10;PP=1139;ReadPosRankSum=0.112;SC=CGAGGACTCTCGGCGGCGGCG;SOR=1.096;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=140;TCF=117;TCR=23;TR=63;WE=41754378;WS=41754360;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:104,76:0.42:180
chr6	41754573	rs140326303	C	CCTT	13590.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.170;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=731;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.521;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=116;PP=2964;ReadPosRankSum=1.159;SC=CCCGAACACTCCTCGCTGCTG;SOR=0.782;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=331;TCF=85;TCR=246;TR=156;WE=41754584;WS=41754563;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:339,351:0.51:690
chr6	41754576	rs9381093	C	T	7006.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.193;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=696;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.521;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=108;NR=112;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.681;SC=GAACACTCCTCGCTGCTGCCG;SOR=0.617;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=452;TCF=217;TCR=235;TR=220;WE=41754584;WS=41754563;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:348,338:0.49:686
chr6	41755410	rs9471653	C	G	2455.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=3.421;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=23;PP=1434;ReadPosRankSum=-0.498;SC=GGTTCCTCCACCGAGGCCCAT;SOR=0.708;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=164;TCF=110;TCR=54;TR=75;WE=41755418;WS=41755400;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:120,108:0.47:228
chr6	41773322	rs2153878	G	A	1155.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-1.811;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.514;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=15;PP=562;ReadPosRankSum=0.663;SC=GGAAGCCCAAGCTAACATACA;SOR=0.444;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=90;TCF=60;TCR=30;TR=41;WE=41773330;WS=41773312;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,57:0.50:114
chr6	41773576	rs2185798	G	C	6667.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-2.148;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=563;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.527;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=112;NR=78;PP=2962;ReadPosRankSum=0.365;SC=ACACTGAGTGGAGCATGGCGA;SOR=0.756;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=344;TCF=201;TCR=143;TR=190;WE=41773584;WS=41773566;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:247,308:0.55:555
chr6	41888827	rs2274578	C	G	3321.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.717;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=373;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=71;PP=1883;ReadPosRankSum=0.051;SC=CACAGAAACTCCTTCAGTTCC;SOR=0.673;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=256;TCF=110;TCR=146;TR=127;WE=41888835;WS=41888817;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:194,166:0.46:360
chr6	41889223	rs10947995	G	A	774.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=-1.808;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.596;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=8;PP=265;ReadPosRankSum=-0.167;SC=TTGGGCGCTGGGAGTCCACCG;SOR=0.477;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=63;TCF=43;TCR=20;TR=23;WE=41889231;WS=41889213;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,43:0.40:107
chr6	41898096	rs2479726	A	G	1354.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=32;PP=1039;SC=TGCCTGCATCACATACTAAAG;SOR=3.056;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=6;TCR=32;TR=38;WE=41898104;WS=41898086;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr6	41903782	rs1051130	A	C	1632.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.116;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.744;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=25;PP=622;ReadPosRankSum=1.732;SC=CTGGTCTGAGAGGCTTCCCTG;SOR=0.577;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=124;TCF=67;TCR=57;TR=53;WE=41903790;WS=41903772;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:111,86:0.44:197
chr6	41905174	rs2479717	T	A	2682.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=30;NF=22;NR=62;PP=1909;SC=GCTGGAGAAGTGAAGAGGAGG;SOR=1.968;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=85;TCF=23;TCR=62;TR=84;WE=41905182;WS=41905164;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr6	42016319	rs11552783	G	A	7891.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=2.853;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=828;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.535;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=102;NR=181;PP=2962;ReadPosRankSum=0.228;SC=CTGCCTTTGGGGAGTGGGGGT;SOR=0.769;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=597;TCF=221;TCR=376;TR=283;WE=42016327;WS=42016309;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:436,373:0.46:809
chr6	42023521	rs9471746	A	G	528.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=0.923;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=13;PP=403;ReadPosRankSum=1.193;SC=CTCTGAACACATCTAAGAGGC;SOR=0.867;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=43;TCF=20;TCR=23;TR=24;WE=42023529;WS=42023511;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,23:0.50:46
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chr6	42044945	rs3800286	G	A	7283.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=269;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=77;NR=96;PP=2965;SC=CTTATCTGCGGCCGGTGAAGA;SOR=0.871;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=173;TCF=77;TCR=96;TR=173;WE=42044953;WS=42044935;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,266:1.00:266
chr6	42073241	rs28666916	C	T	1667.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-2.419;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=29;PP=812;ReadPosRankSum=0.956;SC=GGGGCTCCTTCACCTCCACGG;SOR=0.695;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=111;TCF=55;TCR=56;TR=58;WE=42073249;WS=42073231;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,80:0.49:164
chr6	42074106	rs9394866	A	G	2898.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.231;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.036;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=41;PP=1336;ReadPosRankSum=-0.963;SC=CAGGCTCAGGAGAGTCTCCTT;SOR=0.735;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=128;TCF=64;TCR=64;TR=77;WE=42074114;WS=42074096;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:93,132:0.59:225
chr6	42074288	rs9471762	C	G	1385.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.603;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.37;ReadPosRankSum=1.371;SOR=0.654;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:47,65:0.58:112
chr6	42077870	rs9471765	A	G	167.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=1.460;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.593;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=2;PP=92;ReadPosRankSum=-0.051;SC=ACCAGCTGTGAAGATGAGCAG;SOR=0.155;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=18;TCF=14;TCR=4;TR=6;WE=42077878;WS=42077860;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,8:0.40:20
chr6	42094553	rs9471775	C	T	72.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.523;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.03;ReadPosRankSum=0.859;SOR=0.602;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,7:0.29:24
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chr6	42094699	rs6940849	G	T	1532.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=22;NR=25;PP=903;SC=GACTCATTTGGTTTTTTTCTT;SOR=0.796;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=47;TCF=22;TCR=25;TR=47;WE=42094707;WS=42094688;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr6	42110263	rs6911399	T	C	631.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=14;PP=398;SC=TCAGCACGGTTTCCCCAGGGG;SOR=1.828;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=20;TCF=5;TCR=15;TR=19;WE=42110271;WS=42110253;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr6	42123317	rs1132156	A	C	7669.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.701;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=294;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=77;NR=101;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.415;SC=CCAGCCTCACATGTGCGGCTG;SOR=0.873;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=182;TCF=78;TCR=104;TR=178;WE=42123325;WS=42123307;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,288:0.99:290
chr6	42146298	rs1467448	G	C	2267.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.117;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.044;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=38;PP=1411;ReadPosRankSum=1.061;SC=GCAGCTGTAGGCCTCACCAGC;SOR=0.802;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=157;TCF=82;TCR=75;TR=80;WE=42146306;WS=42146288;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:117,102:0.47:219
chr6	42153609	rs9471799	C	T	9005.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=338;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=73;NR=103;PP=2965;SC=CCCACATCCCCCAGCACCACT;SOR=0.893;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=176;TCF=73;TCR=103;TR=176;WE=42153617;WS=42153599;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,337:1.00:337
chr6	42154104	rs6909313	G	A	358.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-1.178;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.302;NF=4;NR=12;PP=205;ReadPosRankSum=0.152;SC=GCCGAGGCGGGTGGATCATTT;SOR=0.601;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=36;TCF=9;TCR=27;TR=16;WE=42154112;WS=42154094;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,18:0.44:41
chr6	42155594	rs34922942	C	CT	811.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.061;HP=11;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=6;PP=151;ReadPosRankSum=-0.154;SC=TCTTTTCTTTCTTTTTTTTGA;SOR=0.454;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=20;TCF=8;TCR=12;TR=10;WE=42155602;WS=42155584;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,23:0.42:55
chr6	42155611	rs9462780	T	G	834.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.755;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.979;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=6;PP=155;ReadPosRankSum=0.022;SC=TTGAGACAGGTTCTTACTTTG;SOR=0.556;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=32;TCF=20;TCR=12;TR=14;WE=42155619;WS=42155601;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,24:0.39:62
chr6	42155666	rs9462781	C	A	236.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=0.749;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.283;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=5;PP=83;ReadPosRankSum=-1.062;SC=CTTACTGCAGCCTTCAACTCC;SOR=0.926;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=24;TCF=11;TCR=13;TR=8;WE=42155674;WS=42155656;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,14:0.34:41
chr6	42155898	rs116184957	A	G	594.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=2.434;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.934;NF=12;NR=10;PP=327;ReadPosRankSum=0.785;SC=TTTCCAAAATATATGCATTTT;SOR=0.697;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=36;TCF=20;TCR=16;TR=22;WE=42155906;WS=42155888;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,29:0.48:60
chr6	42155930	rs9462782	G	A	389.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.472;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.010;HP=2;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=1.242;NF=5;NR=8;PP=159;ReadPosRankSum=0.448;SC=TCTAATATGTGTATTTTAAAT;SOR=0.815;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=39;TCF=19;TCR=20;TR=13;WE=42155938;WS=42155920;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,24:0.41:59
chr6	42156016	rs34804344	A	AT	128.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.416;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.719;HP=3;HapScore=2;MGOF=28;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=1.373;NF=0;NR=6;PP=80;ReadPosRankSum=0.907;SC=TTATTTTTCAATTTAAGATAC;SOR=0.368;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=2;TCR=15;TR=6;WE=42156024;WS=42156006;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,8:0.38:21
chr6	42156031	.	CGTGTGTGT	C	73.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.732;ClippingRankSum=-0.000;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=9.22;ReadPosRankSum=0.732;SOR=0.818;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,3:0.38:8
chr6	42156550	rs74600252	T	A	815.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-3.477;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.327;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=20;PP=374;ReadPosRankSum=-1.588;SC=ACACAGGGCTTCTCCTCCTCC;SOR=0.425;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=58;TCF=12;TCR=46;TR=25;WE=42156558;WS=42156540;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,36:0.52:69
chr6	42162388	rs3749921	A	G	3050.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.534;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=297;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.883;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=55;PP=1379;ReadPosRankSum=-0.652;SC=TGCCCTCTACATACTGGGAGG;SOR=0.773;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=186;TCF=87;TCR=99;TR=99;WE=42162396;WS=42162378;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:143,153:0.52:296
chr6	42162575	rs1474867	A	G	1462.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=36;PP=1034;SC=CCTGAGGAGCATCAGGGAGCA;SOR=2.494;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=45;TCF=9;TCR=36;TR=45;WE=42162583;WS=42162565;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr6	42176120	rs2295278	G	T	1425.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.431;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.640;HP=10;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=16;PP=537;ReadPosRankSum=0.290;SC=TCTAAAAAAAGAAAGAAACAA;SOR=0.771;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=79;TCF=44;TCR=35;TR=37;WE=42176128;WS=42176102;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,71:0.53:133
chr6	42176451	rs6936290	G	A	2160.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=42;NR=13;PP=1151;SC=GCCCCCAACCGCTGTGGCAAC;SOR=1.700;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=55;TCF=42;TCR=13;TR=55;WE=42176459;WS=42176441;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
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chr6	42176743	rs57369579	TG	T	318.87	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.445;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=3.859;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=62.85;MQRankSum=-1.440;QD=14.49;ReadPosRankSum=0.114;SOR=2.531;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,20:0.91:22
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chr6	42232475	rs2295274	G	A	2630.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=2.555;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=281;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.446;HP=5;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=31;PP=1223;ReadPosRankSum=-1.356;SC=TCATTCCCCCGTGGGACCGCA;SOR=0.742;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=167;TCF=101;TCR=66;TR=80;WE=42232483;WS=42232465;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:140,130:0.48:270
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chr6	42608124	.	GTGTGTGTGTGT	G	462.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.079;ClippingRankSum=0.000;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.39;MQRankSum=1.556;QD=18.51;ReadPosRankSum=3.009;SOR=0.646;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,15:0.60:25
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chr6	42611936	.	TA	T	92.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.748;ClippingRankSum=0.000;DP=142;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.71;ReadPosRankSum=1.118;SOR=0.760;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:102,29:0.22:131
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chr6	42615950	rs2273176	C	T	1126.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.457;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.063;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=27;PP=642;ReadPosRankSum=0.873;SC=TTTTACTTTTCCAGTACATTC;SOR=0.426;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=68;TCF=20;TCR=48;TR=39;WE=42615958;WS=42615940;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,51:0.59:87
chr6	42626341	rs7748447	G	A	1077.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.363;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=11;PP=570;ReadPosRankSum=-0.338;SC=AAAAATGTGCGTTTTAGCATC;SOR=0.646;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=96;TCF=71;TCR=25;TR=42;WE=42626349;WS=42626331;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,55:0.44:125
chr6	42626564	rs35416750	TA	T	834.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.222;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.37;MQRankSum=1.832;QD=6.84;ReadPosRankSum=-1.292;SOR=0.650;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,81:0.66:122
chr6	42627258	rs67388762	TACACAC	T	725.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=61.24;QD=32.99;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr6	42627430	rs6916713	C	T	6047.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.353;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=316;ExcessHet=3.0103;FS=0.409;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.32;ReadPosRankSum=-0.778;SOR=0.732;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:157,156:0.50:313
chr6	42627434	rs6917033	G	A	6069.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.081;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=320;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.21;ReadPosRankSum=-1.032;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:158,158:0.50:316
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chr6	42638564	rs4460209	T	C	2909.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.966;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=286;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.941;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=66;PP=1729;ReadPosRankSum=-0.252;SC=ACTTCTTTCGTAGTAAAAACC;SOR=0.609;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=211;TCF=75;TCR=136;TR=102;WE=42638572;WS=42638554;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:141,136:0.49:277
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chr6	42658752	rs373341	T	C	4451.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=74;NR=27;PP=2037;SC=CTGAGTGACATGTGTCTTCTC;SOR=1.537;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=101;TCF=74;TCR=27;TR=101;WE=42658760;WS=42658742;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,161:1.00:161
chr6	42666020	rs361524	G	A	1131.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-2.152;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.977;HP=3;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=5;PP=763;ReadPosRankSum=-1.062;SC=GGAGGGGAGGGGCCCCAGGGC;SOR=0.857;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=83;TCF=70;TCR=13;TR=40;WE=42666028;WS=42666010;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,47:0.48:98
chr6	42666061	rs434102	T	C	5657.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=109;NR=41;PP=2965;SC=CTGGCCTGCGTCTGCGCCCTC;SOR=1.760;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=150;TCF=109;TCR=41;TR=150;WE=42666069;WS=42666051;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,196:1.00:196
chr6	42666145	rs425876	C	T	25548.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=593;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=195;NR=155;PP=2965;SC=CGGCACGCTCCTCTCCAGCAG;SOR=0.831;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=352;TCF=195;TCR=157;TR=350;WE=42666153;WS=42666135;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,586:1.00:586
chr6	42666164	rs390659	G	C	16191.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.692;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=627;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=189;NR=179;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.942;SC=AGCCAGCCCTGGCTCTCGCTC;SOR=0.729;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=368;TCF=189;TCR=179;TR=368;WE=42666172;WS=42666154;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,617:1.00:619
chr6	42666293	rs41273820	G	A	2800.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.187;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=284;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.947;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=67;PP=1668;ReadPosRankSum=1.226;SC=GAATCGCTGGGAGCTGGACCA;SOR=0.758;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=189;TCF=59;TCR=130;TR=99;WE=42666301;WS=42666283;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:146,130:0.47:276
chr6	42666365	rs389999	G	C	2845.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=7;NR=68;PP=2109;SC=GAGCACTGTGGAGTGTGGGTT;SOR=3.560;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=75;TCF=7;TCR=68;TR=75;WE=42666373;WS=42666355;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr6	42672416	rs3818086	A	T	1519.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=2.758;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.942;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=44;PP=911;ReadPosRankSum=-2.097;SC=CTTCCTCCCAACCCCTGCCTC;SOR=1.056;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=135;TCF=35;TCR=100;TR=56;WE=42672424;WS=42672406;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:102,72:0.41:174
chr6	42689755	rs7764439	A	G	5976.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.863;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=559;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.443;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=92;NR=78;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.305;SC=TGTTGAAGAGAACACAGATAG;SOR=0.792;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=351;TCF=179;TCR=172;TR=170;WE=42689763;WS=42689745;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:264,278:0.51:542
chr6	42713005	.	GGT	G	5943.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.527;ClippingRankSum=0.000;DP=304;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.978;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=51;PP=2962;ReadPosRankSum=0.489;SC=GGAAGATGCGGGTGTCTTTCG;SOR=0.715;SbPval=0.23;Source=Platypus;TC=148;TCF=40;TCR=108;TR=76;WE=42713014;WS=42712995;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:142,153:0.52:295
chr6	42713618	rs2234026	A	G	17844.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=663;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=224;NR=220;PP=2965;SC=TCGCTCCCGAACAAAGGTGGC;SOR=0.708;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=444;TCF=224;TCR=220;TR=444;WE=42713626;WS=42713608;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,657:1.00:657
chr6	42824756	rs9462840	A	G	853.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.610;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.697;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=11;PP=420;ReadPosRankSum=0.038;SC=TTTTATTTGCATGCAAATAAA;SOR=0.786;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=110;TCF=72;TCR=38;TR=37;WE=42824764;WS=42824746;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,49:0.38:130
chr6	42830484	rs10456518	G	A	678.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=2.845;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.254;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=20;PP=493;ReadPosRankSum=-0.837;SC=AGCTGGGCACGGTGGCTCACA;SOR=1.418;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=37;TCF=7;TCR=30;TR=24;WE=42830492;WS=42830474;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,27:0.61:44
chr6	42848793	rs149479641	A	G	3541.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.827;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=448;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.767;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=64;PP=1670;ReadPosRankSum=2.510;SC=GGTATTGACGAGCTCCCCCCA;SOR=0.838;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=248;TCF=108;TCR=140;TR=108;WE=42848801;WS=42848783;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:265,182:0.41:447
chr6	42851396	rs2395939	G	A	1229.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.150;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.355;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=29;PP=705;ReadPosRankSum=1.565;SC=CTGGGGCAAAGTGTTGCTTAA;SOR=0.557;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=98;TCF=36;TCR=62;TR=49;WE=42851404;WS=42851386;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,63:0.44:142
chr6	42853842	rs2179719	A	G	1903.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=24;NR=18;PP=888;SC=CAGCTTAGGGATCAGCTGGGG;SOR=0.869;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=42;TCF=24;TCR=18;TR=42;WE=42853850;WS=42853832;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr6	42883911	rs2235831	G	C	3290.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.962;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=405;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=51;PP=1397;ReadPosRankSum=0.840;SC=TCAGTCTGCCGAAGCCCATCC;SOR=0.694;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=235;TCF=106;TCR=129;TR=91;WE=42883919;WS=42883901;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:228,169:0.43:397
chr6	42890602	rs9462851	A	G	1255.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=3.696;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=11;PP=917;ReadPosRankSum=0.302;SC=CTAGATGGGAAAATGCAAGGA;SOR=0.765;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=97;TCF=73;TCR=24;TR=48;WE=42890610;WS=42890592;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,51:0.50:103
chr6	42891022	rs9471966	G	A	2546.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.758;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=315;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.419;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=43;PP=1027;ReadPosRankSum=0.220;SC=GGAGCCTTTGGTCTGCCACAC;SOR=0.655;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=178;TCF=70;TCR=108;TR=71;WE=42891030;WS=42891012;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:180,131:0.42:311
chr6	42897357	.	TTGC	T	61.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.439;ClippingRankSum=0.000;DP=155;ExcessHet=3.0103;FS=1.152;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.43;ReadPosRankSum=1.003;SOR=0.947;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:132,12:0.08:144
chr6	42906241	rs116255295	GCT	ATA	976.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.703;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.249;HP=1;HapScore=2;JOINED;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=5;PP=978;ReadPosRankSum=1.030;SC=CCTGCTCAGTGCTCCTTGCCC;SOR=1.355;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=34;TCF=24;TCR=10;TR=18;WE=42906251;WS=42906231;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,25:0.53:47
chr6	42906384	rs9471969	G	T	2356.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.568;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.179;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=34;PP=1076;ReadPosRankSum=0.384;SC=AAGAAGAGCAGCAGGGCCAAG;SOR=0.514;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=132;TCF=73;TCR=59;TR=71;WE=42906392;WS=42906374;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,114:0.56:202
chr6	42928461	rs10948059	C	T	1085.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=21;NR=9;PP=562;SC=AGTGCTTATGCTTTAAGTGCG;SOR=1.455;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=21;TCR=9;TR=30;WE=42928469;WS=42928451;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr6	42928758	rs2296805	T	G	2171.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=25;NR=36;PP=1251;SC=TCGGGGTCTGTCTCAGCCTGT;SOR=1.003;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=61;TCF=25;TCR=36;TR=61;WE=42928766;WS=42928748;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr6	42929839	rs7760250	G	A	2725.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=58;NR=12;PP=1703;SC=AGGAGGCAGAGGAACGGACTC;SOR=2.461;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=70;TCF=58;TCR=12;TR=70;WE=42929847;WS=42929829;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr6	42931224	rs4987173	G	A	12261.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.380;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=464;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=170;NR=141;PP=2965;ReadPosRankSum=1.495;SC=GCGGTAGTTGGGGGAGCTGAG;SOR=0.463;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=314;TCF=172;TCR=142;TR=311;WE=42931232;WS=42931214;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,452:0.99:455
chr6	42931261	rs2296804	C	G	14423.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.970;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=536;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=181;NR=153;PP=2965;ReadPosRankSum=0.261;SC=GTTGCTGGGGCCTCTGTTACA;SOR=0.456;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=338;TCF=184;TCR=154;TR=334;WE=42931269;WS=42931251;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,531:0.99:534
chr6	42932200	rs1129187	G	T	4119.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.057;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FS=1.948;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=40.00;ReadPosRankSum=1.689;SOR=0.375;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:4,99:0.96:103
chr6	42932200	.	GGC	TGT	1486	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;FR=1.0000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MMLQ=21;MQ=59.77;NF=29;NR=45;PP=1486;QD=20.8036199306;SC=TGAGCTACCTGGCTCCAGCCC;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=78;TCF=30;TCR=48;TR=74;WE=42932210;WS=42932190;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:4,74:0.95:78
chr6	42932202	rs1129186	C	T	4119.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.702;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FS=2.913;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=41.20;ReadPosRankSum=-0.709;SOR=0.192;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,98:0.98:100
chr6	42932715	rs2274517	C	T	9630.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.259;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=370;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQ=59.97;MQRankSum=0.000;NF=125;NR=125;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.036;SC=CCTCCTCCCTCGAAAGCCAGT;SOR=0.389;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=253;TCF=125;TCR=128;TR=250;WE=42932723;WS=42932705;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,356:0.99:359
chr6	42932731	rs41274888	C	T	3625.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.424;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=325;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.427;HP=1;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=68;PP=2057;ReadPosRankSum=-1.769;SC=CCAGTGCTGACCAGCTCATCC;SOR=0.908;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=229;TCF=109;TCR=120;TR=118;WE=42932739;WS=42932721;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:150,163:0.52:313
chr6	42934500	rs2274514	C	T	13847.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=2.131;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=523;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=133;NR=199;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.069;SC=TCCGCCTTTCCGGTGCCCACG;SOR=0.366;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=334;TCF=134;TCR=200;TR=332;WE=42934508;WS=42934490;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,515:1.00:516
chr6	42934620	rs3818554	C	T	3416.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=33;NR=66;PP=2034;SC=GGAAAGGACACATGAGCAGGG;SOR=1.411;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=99;TCF=33;TCR=66;TR=99;WE=42934628;WS=42934610;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr6	42935998	rs9471982	G	A	2653.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=51;NR=18;PP=1414;SC=GGCCCCCCCAGCTTTGAGAGG;SOR=1.562;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=69;TCF=51;TCR=18;TR=69;WE=42936006;WS=42935988;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr6	42936900	rs3805953	C	T	1315.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=10;NR=36;PP=971;SC=ACACCACCTGCGGTGCTCTGG;SOR=2.352;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=46;TCF=10;TCR=36;TR=46;WE=42936908;WS=42936890;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr6	42942779	rs9986447	A	G	1548.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=31;PP=860;SC=AAGTACCTCTATTAGAGAAAT;SOR=1.217;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=49;TCF=18;TCR=31;TR=49;WE=42942787;WS=42942769;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr6	42946490	rs9462858	C	A	4526.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=37;NR=71;PP=2526;SC=GCGGTCCGGGCACTGGGAGGG;SOR=1.244;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=109;TCF=38;TCR=71;TR=108;WE=42946498;WS=42946480;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,160:1.00:160
chr6	42946943	rs9462859	G	A	768.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=11;PP=273;SC=GAGCCAGAGAGCCAGACGACT;SOR=1.044;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=19;TCF=8;TCR=11;TR=19;WE=42946951;WS=42946933;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr6	42978747	.	A	G	3476.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.843;ClippingRankSum=0.000;DP=392;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.782;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=71;PP=2001;ReadPosRankSum=1.538;SC=TGGGAGGGCAATGTAGGGGGA;SOR=0.646;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=282;TCF=118;TCR=164;TR=123;WE=42978759;WS=42978737;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:213,165:0.44:378
chr6	42981631	.	C	T	569.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-5.159;ClippingRankSum=0.000;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.387;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=43;PP=564;ReadPosRankSum=0.575;SC=TCCCGCGCGCCTCACCCGCTC;SOR=1.193;SbPval=0.96;Source=Platypus;TC=96;TCF=17;TCR=79;TR=47;WE=42981639;WS=42981621;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,51:0.55:93
chr6	42989057	rs9296409	T	C	1590.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=47;PP=1101;SC=TTGTGGAATATGGTGGAGAAG;SOR=3.150;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=54;TCF=7;TCR=47;TR=54;WE=42989065;WS=42989047;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr6	43014298	rs9394939	TT	CC	13102.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=299;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;JOINED;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=135;NR=80;PP=2947;SC=TGTTGATGGGTTGGTGGGTTC;SOR=1.159;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=229;TCF=142;TCR=87;TR=215;WE=43014307;WS=43014288;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,288:1.00:288
chr6	43021976	rs34298469	CG	C	215.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.639;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.27;ReadPosRankSum=-0.482;SOR=0.420;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,13:0.62:21
chr6	43024287	rs143111037	T	C	637.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-0.986;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=24;PP=390;ReadPosRankSum=-0.909;SC=CTTAGCATTGTGGCACAAGCA;SOR=0.776;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=80;TCF=22;TCR=58;TR=33;WE=43024295;WS=43024277;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,34:0.41:83
chr6	43038938	.	TA	T	534.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.124;ClippingRankSum=0.000;DP=149;ExcessHet=3.0103;FS=0.790;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.38;ReadPosRankSum=1.265;SOR=0.567;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:58,64:0.52:122
chr6	43038977	rs201076057	G	A	2183.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.407;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.501;HP=5;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=46;PP=1399;ReadPosRankSum=-1.150;SC=CTCCCTCCATGTTTTGTTCCT;SOR=0.673;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=191;TCF=100;TCR=91;TR=92;WE=43038985;WS=43038967;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:100,113:0.53:213
chr6	43109751	rs6905948	G	A	3903.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.467;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=375;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.254;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=86;NR=45;PP=2147;ReadPosRankSum=-0.161;SC=AGGCCCAGGGGGACCCCAAGC;SOR=0.773;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=255;TCF=165;TCR=90;TR=131;WE=43109759;WS=43109741;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:184,185:0.50:369
chr6	43110003	rs45453593	C	T	5490.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-2.302;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=616;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.520;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=95;NR=108;PP=2721;ReadPosRankSum=1.076;SC=ACAGCTGCAACATCAAGCACA;SOR=0.751;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=436;TCF=209;TCR=227;TR=203;WE=43110011;WS=43109993;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:327,276:0.46:603
chr6	43112382	rs7759437	C	T	3553.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.169;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=387;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.683;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=76;PP=1806;ReadPosRankSum=0.836;SC=TGCCTAACTACAAGTCACCCG;SOR=0.784;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=247;TCF=93;TCR=154;TR=121;WE=43112390;WS=43112372;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:200,179:0.47:379
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chr6	43184275	rs111577855	C	A	2443.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.194;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=256;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.603;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=61;PP=1359;ReadPosRankSum=1.741;SC=CTGCCCCTGGCTTTCTGCCCT;SOR=0.930;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=180;TCF=67;TCR=113;TR=96;WE=43184283;WS=43184265;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:128,119:0.48:247
chr6	43188173	rs75187159	A	G	7578.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.968;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=761;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.522;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=121;NR=94;PP=2945;ReadPosRankSum=-2.924;SC=GTCTGTGAGCAGCCCCTCCTT;SOR=0.770;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=456;TCF=249;TCR=207;TR=215;WE=43188181;WS=43188163;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:366,383:0.51:749
chr6	43188716	rs2756178	A	T	2645.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=3.787;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=269;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=45;PP=1351;ReadPosRankSum=2.190;SC=TAATATCCCCACCCCGCCACA;SOR=0.666;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=156;TCF=69;TCR=87;TR=82;WE=43188724;WS=43188706;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:142,127:0.47:269
chr6	43188940	rs6917902	C	T	3115.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-1.501;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=293;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=39;PP=1165;ReadPosRankSum=1.474;SC=AGTGGGTCGACGACGGTGGCT;SOR=0.687;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=156;TCF=82;TCR=74;TR=83;WE=43188948;WS=43188930;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:133,155:0.54:288
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chr6	43189645	rs45448395	G	A	369.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.743;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.979;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=14;PP=293;ReadPosRankSum=-1.134;SC=GAGGCTCACTGTGGGGAAGAC;SOR=0.232;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=40;TCF=6;TCR=34;TR=18;WE=43189653;WS=43189635;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,17:0.43:40
chr6	43190230	rs112422722	G	A	2930.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.385;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=281;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=52;PP=1514;ReadPosRankSum=0.138;SC=GTGGTGCTGCGCCACCTGTGC;SOR=0.695;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=220;TCF=108;TCR=112;TR=105;WE=43190238;WS=43190220;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:131,142:0.52:273
chr6	43193877	rs7832	G	A	1890.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.436;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=37;PP=949;ReadPosRankSum=-1.699;SC=CTTCTGCCACGACCACTGGGA;SOR=0.726;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=143;TCF=68;TCR=75;TR=69;WE=43193885;WS=43193867;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:123,98:0.44:221
chr6	43193947	rs2233823	G	A	657.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.485;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.728;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=17;PP=414;ReadPosRankSum=-0.532;SC=GAAGACGACGGTGTGGCTGTG;SOR=0.931;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=86;TCF=38;TCR=48;TR=28;WE=43193955;WS=43193937;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,34:0.35:98
chr6	43194213	rs41274938	A	C	3062.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.332;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=287;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=67;PP=1744;ReadPosRankSum=-1.696;SC=GTCCATACCCACCCTGCTCAG;SOR=0.704;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=194;TCF=74;TCR=120;TR=108;WE=43194221;WS=43194203;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:137,145:0.51:282
chr6	43227141	rs111342015	G	A	648.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=0.649;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.066;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=16;PP=448;ReadPosRankSum=0.306;SC=TCTGTTTCCCGGTCCCTCCCC;SOR=0.438;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=64;TCF=25;TCR=39;TR=28;WE=43227149;WS=43227131;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,30:0.43:69
chr6	43230970	rs3800294	G	C	3594.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=-1.132;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=353;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.389;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=40;PP=1356;ReadPosRankSum=-0.102;SC=CTGAGCCAGGGCGATGGCCGT;SOR=0.726;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=197;TCF=110;TCR=87;TR=93;WE=43230978;WS=43230960;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:171,174:0.50:345
chr6	43231163	rs10948069	T	C	1317.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.133;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.391;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=41;PP=722;ReadPosRankSum=-0.453;SC=GGGTGCTCCATGTGTGCTGGC;SOR=1.049;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=114;TCF=29;TCR=85;TR=51;WE=43231171;WS=43231153;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,66:0.47:140
chr6	43237721	.	T	TG	644.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.977;ClippingRankSum=0.000;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.265;HP=11;HapScore=3;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=40;PP=484;ReadPosRankSum=-2.640;SC=AGGGGGCAGGTGGGGGGGGGT;SOR=1.124;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=77;TCF=1;TCR=76;TR=41;WE=43237729;WS=43237710;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,36:0.39:92
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chr6	43276390	rs2254303	G	A	3041.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.641;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=330;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=47;PP=1520;ReadPosRankSum=-0.174;SC=GGTGAAAAGGGTGTCTGGGAC;SOR=0.672;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=210;TCF=120;TCR=90;TR=105;WE=43276398;WS=43276380;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:173,151:0.47:324
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chr6	43320055	rs75782786	C	A	1994.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.710;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.037;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=25;PP=951;ReadPosRankSum=0.802;SC=GTGAGAGTACCAAATTTGGGT;SOR=0.593;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=150;TCF=96;TCR=54;TR=66;WE=43320063;WS=43320045;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:130,101:0.44:231
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chr6	43411659	rs79175380	T	C	1830.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.392;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.039;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=21;PP=812;ReadPosRankSum=-1.436;SC=AATCTCCCCTTCTACCCTCCA;SOR=0.523;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=105;TCF=62;TCR=43;TR=50;WE=43411667;WS=43411649;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,86:0.55:155
chr6	43412865	rs2125739	T	C	13021.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.268;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=510;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=189;NR=125;PP=2965;ReadPosRankSum=0.389;SC=CCACCCAGCATCCCAGTGTTC;SOR=0.983;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=317;TCF=190;TCR=127;TR=314;WE=43412873;WS=43412855;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:6,498:0.99:504
chr6	43413081	rs9381242	G	T	1263.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-3.691;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=40;PP=943;ReadPosRankSum=0.677;SC=GGGGGTAGGGGAGTGCAGTCC;SOR=0.666;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=97;TCF=21;TCR=76;TR=52;WE=43413089;WS=43413071;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,54:0.53:101
chr6	43414216	rs1214746	T	C	1155.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=26;PP=743;SC=CCCTACCTCATCCACAAGTTA;SOR=2.774;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=4;TCR=26;TR=30;WE=43414224;WS=43414206;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr6	43414234	rs1214747	G	C	812.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=18;PP=486;SC=TTAGTCCACCGCTCTCCCAGA;SOR=2.226;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=22;TCF=4;TCR=18;TR=22;WE=43414242;WS=43414224;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr6	43414810	.	T	G	294.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.353;ClippingRankSum=0.000;DP=74;ExcessHet=3.0103;FS=16.969;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.60;MQRankSum=-7.801;QD=4.09;ReadPosRankSum=1.137;SOR=0.045;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:60,12:0.17:72
chr6	43418691	rs1214748	G	A	9343.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.090;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=335;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=118;NR=124;PP=2965;ReadPosRankSum=1.819;SC=CAAGCTCACAGGTCTTGCCAC;SOR=0.755;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=245;TCF=121;TCR=124;TR=242;WE=43418699;WS=43418681;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,332:0.99:334
chr6	43418733	rs1214749	G	A	9466.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.282;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=345;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=122;NR=108;PP=2965;ReadPosRankSum=1.480;SC=AGTCGAAGTCGTGGACACGGT;SOR=0.272;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=233;TCF=125;TCR=108;TR=230;WE=43418741;WS=43418723;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,341:1.00:342
chr6	43422698	rs72857275	C	T	493.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=5.156;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=17;PP=416;ReadPosRankSum=-0.793;SC=CAGGAGCCGACGAGGGAGAGG;SOR=0.856;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=34;TCF=5;TCR=29;TR=21;WE=43422706;WS=43422688;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,19:0.59:32
chr6	43469519	rs111549887	C	G	341.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=78;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=7;NR=22;PP=518;SC=CTCTCTCTCTCTGTGTCTCTG;SOR=0.976;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=31;TCF=8;TCR=23;TR=29;WE=43469527;WS=43469509;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr6	43469814	.	A	ACACACT,ACACTCT	462.73	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.175;ClippingRankSum=-0.000;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.674;NF=6;NR=4;PP=261;ReadPosRankSum=-0.554;SC=ACACACACACACTCTCTCTCT;SOR=0.693;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=19;TCF=13;TCR=6;TR=10;WE=43469824;WS=43469811;set=Intersection	GT:AF:DP	0/1:0.77:22
chr6	43494319	rs1150800	A	G	3123.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=51;NR=31;PP=1620;SC=ACTACATGTAAGGTGTCTTCT;SOR=1.149;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=83;TCF=52;TCR=31;TR=82;WE=43494327;WS=43494309;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr6	43496662	rs1106841	A	C	1524.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=32;PP=911;SC=TTACAAAGACACGTGCTGCAA;SOR=1.739;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=43;TCF=11;TCR=32;TR=43;WE=43496670;WS=43496652;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
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chr6	43514527	rs374970458	GA	G	187.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.700;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.09;MQRankSum=1.536;QD=2.00;ReadPosRankSum=-1.557;SOR=0.719;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:69,25:0.27:94
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chr6	43746169	rs3025000	C	T	1188.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.239;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=16;PP=575;ReadPosRankSum=-1.225;SC=GGTCACTAACCTCTGTGATCT;SOR=0.653;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=75;TCF=47;TCR=28;TR=41;WE=43746177;WS=43746159;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,58:0.50:115
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chr6	43747577	rs3025010	T	C	4818.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=2.721;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=438;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.097;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=76;PP=2324;ReadPosRankSum=-1.398;SC=TCTCTTGGGCTTGGCAGGCAT;SOR=0.604;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=279;TCF=125;TCR=154;TR=142;WE=43747585;WS=43747567;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:208,229:0.52:437
chr6	43748381	rs180822844	C	T	473.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.854;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.52;ReadPosRankSum=0.834;SOR=0.585;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,26:0.41:63
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chr6	43970503	rs72369323	CGCG	C	52.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.155;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FS=1.777;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.75;ReadPosRankSum=-0.489;SOR=1.230;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:63,7:0.10:70
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chr6	44081718	rs6883	G	A	3757.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-1.030;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=357;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.074;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=57;PP=1878;ReadPosRankSum=-0.101;SC=TGTTGGAGTCGAATCTGGGGG;SOR=0.623;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=223;TCF=108;TCR=115;TR=118;WE=44081726;WS=44081708;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:166,183:0.52:349
chr6	44081987	rs4711767	T	C	1629.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.478;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.206;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=30;PP=774;ReadPosRankSum=1.699;SC=CTGTATCTCTTATGGTCAGGG;SOR=0.495;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=95;TCF=31;TCR=64;TR=46;WE=44081995;WS=44081977;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,73:0.53:138
chr6	44102572	rs3841315	C	CT	8554.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.466;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=510;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.758;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=2.594;NF=26;PP=2963;ReadPosRankSum=-1.459;SC=CCACCTGCCCCGGTTTCCCAG;SOR=0.564;Source=Platypus;TCF=52;WE=44102580;WS=44102562;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:240,253:0.51:493
chr6	44103019	rs59028814	G	C	1262.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-1.712;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.996;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=23;PP=671;ReadPosRankSum=-0.887;SC=CTGTCCCCAGGGACTCTCCCC;SOR=0.522;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=125;TCF=72;TCR=53;TR=49;WE=44103027;WS=44103009;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:99,65:0.40:164
chr6	44107200	rs11967633	G	A	2515.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-3.857;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=268;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.673;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=29;PP=868;ReadPosRankSum=-1.821;SC=CCGTATGGCTGCAGGGATGAT;SOR=0.847;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=158;TCF=84;TCR=74;TR=67;WE=44107208;WS=44107190;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:139,128:0.48:267
chr6	44107365	rs41282654	G	A	2126.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.823;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=262;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.147;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=40;PP=1194;ReadPosRankSum=-0.465;SC=GGGCCAGGACGGCTAGGGTGG;SOR=0.597;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=173;TCF=90;TCR=83;TR=81;WE=44107373;WS=44107355;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:143,107:0.43:250
chr6	44108150	rs7738970	T	C	3491.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=2.763;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=328;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.011;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=74;PP=2063;ReadPosRankSum=1.824;SC=TTCCCTTCCCTTCCCTGCAGG;SOR=0.997;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=226;TCF=93;TCR=133;TR=121;WE=44108158;WS=44108140;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:150,155:0.51:305
chr6	44117727	rs4711768	A	G	4424.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.104;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=442;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.523;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=89;PP=2317;ReadPosRankSum=-2.185;SC=CTCACACCACACCTCGCTGTG;SOR=0.770;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=280;TCF=120;TCR=160;TR=155;WE=44117735;WS=44117717;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:221,219:0.50:440
chr6	44121270	rs1041523	C	T	266.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=1.374;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.792;HP=4;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=3;PP=149;ReadPosRankSum=-1.534;SC=CGCTGGGGCACGGGGCACTAT;SOR=1.329;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=18;TCF=12;TCR=6;TR=11;WE=44121278;WS=44121260;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,13:0.59:22
chr6	44122416	rs10537719	TCTC	T	1424.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.418;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.17;MQRankSum=0.871;QD=22.61;ReadPosRankSum=1.386;SOR=0.814;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,37:0.59:63
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chr6	44136564	rs36079986	G	A	40.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.226;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.62;MQRankSum=-2.430;QD=2.55;ReadPosRankSum=-1.223;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,4:0.25:16
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chr6	44145181	rs4711775	C	T	739.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=2.684;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.028;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=23;PP=475;ReadPosRankSum=-0.550;SC=TGGTCTCGCCCGCCACTCACT;SOR=1.626;SbPval=0.96;Source=Platypus;TC=50;TCF=10;TCR=40;TR=25;WE=44145189;WS=44145171;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,32:0.52:62
chr6	44147608	.	C	T	1007.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=1.877;ClippingRankSum=0.000;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.969;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=12;PP=688;ReadPosRankSum=-0.607;SC=CAACCCTGCCCGGCCAGGCTG;SOR=0.469;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=70;TCF=50;TCR=20;TR=37;WE=44147616;WS=44147598;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,42:0.51:82
chr6	44147821	rs34710081	A	G	2141.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.486;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.074;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=45;PP=972;ReadPosRankSum=-2.591;SC=GGAATATATCATTATTCCCTC;SOR=0.797;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=146;TCF=53;TCR=93;TR=67;WE=44147829;WS=44147811;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:107,106:0.50:213
chr6	44148568	rs58040611	C	T	8917.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.407;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=914;ExcessHet=3.0103;FS=1.095;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.81;ReadPosRankSum=1.219;SOR=0.612;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:466,443:0.49:909
chr6	44149153	.	CCACA	C	1085	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;FR=0.5000;HP=2;HapScore=1;MGOF=94;MMLQ=26;MQ=59.12;NF=0;NR=19;PP=1085;QD=57.5789473684;SC=CAAGCCCTAACCACACACACA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=0;TCR=20;TR=19;WE=44149164;WS=44149143;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:1,19:0.95:20
chr6	44151490	rs7761137	G	A	13766.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.228;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=540;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=148;NR=189;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.200;SC=ATTTGCTTGAGCCTGGAACAG;SOR=0.790;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=340;TCF=149;TCR=191;TR=337;WE=44151498;WS=44151480;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:5,530:0.99:535
chr6	44151765	rs13209117	G	A	3324.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=36;NR=48;PP=1816;SC=TCAGCTCTCCGGTCTCTGCTG;SOR=0.950;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=84;TCF=36;TCR=48;TR=84;WE=44151773;WS=44151755;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr6	44151804	rs41282656	G	C	428.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.616;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.125;HP=3;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=14;PP=239;ReadPosRankSum=-0.164;SC=GGCAGTGCCCGGGTCCCAGGT;SOR=1.085;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=62;TCF=22;TCR=40;TR=20;WE=44151812;WS=44151794;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,25:0.34:74
chr6	44185254	rs3734701	T	C	6654.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=252;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=97;NR=63;PP=2886;SC=GCTGCTGTCCTGCCTGCTGCT;SOR=1.049;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=160;TCF=97;TCR=63;TR=160;WE=44185262;WS=44185244;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,246:1.00:246
chr6	44185522	rs57595790	TC	GA	3046.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.450;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=32;PP=1554;ReadPosRankSum=0.624;SC=AGTAGGATAATCCTGGCACCA;SOR=0.737;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=123;TCF=40;TCR=83;TR=47;WE=44185531;WS=44185512;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:103,81:0.44:184
chr6	44191254	rs11752118	A	G	256.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.431;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=15.124;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.58;ReadPosRankSum=1.255;SOR=3.943;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,15:0.38:39
chr6	44216544	rs112518852	GT	G	8943.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.377;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=622;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.901;HP=11;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=1.063;NF=27;NR=187;PP=2799;ReadPosRankSum=-0.714;SC=ATTTGGCATGGTTTTTTTTTT;SOR=0.612;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=268;TCF=33;TCR=235;TR=214;WE=44216563;WS=44216532;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:60,503:0.89:563
chr6	44217374	rs34083426	T	G	5270.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.887;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=468;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.445;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=81;NR=73;PP=2696;ReadPosRankSum=0.904;SC=GTTTTTTGCTTCTTTAAAACT;SOR=0.708;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=309;TCF=156;TCR=153;TR=154;WE=44217382;WS=44217354;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:221,240:0.52:461
chr6	44218120	rs13296	A	G	8069.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=285;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=110;NR=113;PP=2965;SC=ATGAAGAAAAACCCAAGATCG;SOR=0.729;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=224;TCF=110;TCR=114;TR=223;WE=44218128;WS=44218110;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,279:1.00:279
chr6	44220076	rs504697	T	C	4502.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=39;NR=80;PP=2589;SC=CATGTTTCTATACAATTAGTG;SOR=1.324;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=120;TCF=39;TCR=81;TR=119;WE=44220084;WS=44220066;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,163:1.00:163
chr6	44222161	rs35131506	C	CTG	1779.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=27;PP=1378;SC=GGAAGAGTAACTGGAACCTAC;SOR=3.003;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=31;TCF=1;TCR=30;TR=28;WE=44222169;WS=44222151;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr6	44223010	rs1875324	G	T	7043.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-3.621;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=671;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.516;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=124;NR=123;PP=2962;ReadPosRankSum=0.712;SC=TGGAGATGAGGGTGGCTGTCA;SOR=0.656;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=458;TCF=232;TCR=226;TR=247;WE=44223018;WS=44223000;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:314,344:0.52:658
chr6	44224924	rs575034	C	A	322.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=4;PP=258;SC=CTCCCCTCCACGATCCGGGAC;SOR=1.981;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=8;TCR=4;TR=12;WE=44224932;WS=44224914;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr6	44224991	rs520639	C	T	260.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.738;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=2.017;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.72;ReadPosRankSum=-0.185;SOR=0.510;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,13:0.68:19
chr6	44228162	rs2233437	G	A	1678.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.855;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.771;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=27;PP=780;ReadPosRankSum=-2.018;SC=GCCCTGGGCCGGGCAGTGCTT;SOR=0.380;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=122;TCF=70;TCR=52;TR=56;WE=44228170;WS=44228152;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,78:0.49:160
chr6	44240193	rs571770	C	G	266.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.889;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.860;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=1;PP=145;ReadPosRankSum=2.377;SC=ATCCAAAGGACGTGTTAGGCT;SOR=1.432;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=12;TCF=10;TCR=2;TR=8;WE=44240201;WS=44240183;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,12:0.55:22
chr6	44240559	rs524533	C	T	5752.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-3.156;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=549;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.979;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=99;NR=76;PP=2706;ReadPosRankSum=-2.147;SC=TCTCTGCACTCTCCTGTACTG;SOR=0.452;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=371;TCF=224;TCR=147;TR=175;WE=44240567;WS=44240549;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:271,274:0.50:545
chr6	44243559	rs3734710	A	G	3483.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.813;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=349;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.303;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=54;PP=1582;ReadPosRankSum=-1.663;SC=TGGAGAAGCTATTTGGCCTGG;SOR=0.573;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=199;TCF=83;TCR=116;TR=96;WE=44243567;WS=44243549;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:177,167:0.49:344
chr6	44245930	rs325018	C	T	7709.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.491;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=306;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=98;NR=77;PP=2965;ReadPosRankSum=2.020;SC=GCGGGGAGTGCGAGGGGCCCA;SOR=0.841;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=176;TCF=99;TCR=77;TR=175;WE=44245938;WS=44245920;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,303:0.99:305
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chr6	44253617	rs324142	C	T	1082.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=29;NR=3;PP=646;SC=AGGAAGAAGGCAATAATAGAG;SOR=4.461;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=35;TCF=29;TCR=6;TR=32;WE=44253625;WS=44253607;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
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chr6	44255459	rs324146	G	A	9030.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-2.190;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=337;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.684;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=93;NR=137;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.608;SC=TGAGAGCTGTGGGCTTGTGCT;SOR=0.719;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=231;TCF=94;TCR=137;TR=230;WE=44255467;WS=44255449;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,333:1.00:334
chr6	44268135	rs325009	C	T	1193.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=29;NR=4;PP=797;SC=CCTTGTGTCACGTAGGCCCTG;SOR=3.003;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=33;TCF=29;TCR=4;TR=33;WE=44268143;WS=44268128;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr6	44268371	rs325008	T	C	8270.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.62;DB;DP=325;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=68;NR=96;PP=2811;SC=CCACCACTCGTGAGCCCCACG;SOR=0.845;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=164;TCF=68;TCR=96;TR=164;WE=44268379;WS=44268361;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,323:1.00:323
chr6	44269023	rs325007	T	C	19804.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-2.701;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=776;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=246;NR=218;PP=2965;ReadPosRankSum=2.395;SC=GAAAGACAGATGGTGAGCCCA;SOR=0.758;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=465;TCF=247;TCR=218;TR=464;WE=44269031;WS=44269013;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,762:1.00:764
chr6	44269193	rs498512	C	T	7869.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=286;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=56;NR=132;PP=2965;SC=CCTGAGTTTTCTTTGCAGCCT;SOR=1.400;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=188;TCF=56;TCR=132;TR=188;WE=44269201;WS=44269178;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,281:1.00:281
chr6	44269640	rs325006	G	A	2055.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=56;NR=3;PP=1590;SC=TGGGGGAATGGCCTGGGTGAT;SOR=4.615;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=59;TCF=56;TCR=3;TR=59;WE=44269648;WS=44269631;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr6	44269680	rs325005	C	G	3922.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=87;NR=20;PP=2588;SC=AAGGAAGCTGCCACCACCCCG;SOR=2.412;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=107;TCF=87;TCR=20;TR=107;WE=44269688;WS=44269670;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr6	44270365	rs325004	C	G	1856.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=23;NR=28;PP=1116;SC=AATCAAGGCACCAGCACCAAA;SOR=0.784;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=51;TCF=23;TCR=28;TR=51;WE=44270373;WS=44270355;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr6	44270768	rs325002	G	T	4183.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=46;NR=70;PP=2584;SC=AGGATCCGGGGCCCCTGGGCC;SOR=1.110;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=116;TCF=46;TCR=70;TR=116;WE=44270776;WS=44270758;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,146:1.00:146
chr6	44270936	rs325001	C	T	8625.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=330;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=134;NR=101;PP=2965;SC=GGGACAGGCCCGTTAACTGCC;SOR=0.927;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=237;TCF=135;TCR=102;TR=235;WE=44270944;WS=44270926;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,320:1.00:320
chr6	44273546	rs324137	A	C	7205.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=286;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=83;NR=91;PP=2965;SC=AAGACAAAGAATGTTGAGGAG;SOR=0.722;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=175;TCF=83;TCR=92;TR=174;WE=44273554;WS=44273536;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,276:1.00:276
chr6	44274797	rs7740535	T	C	11831.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=445;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=124;NR=131;PP=2965;SC=CAGACATGAATCCCCAGCGGC;SOR=0.739;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=255;TCF=124;TCR=131;TR=255;WE=44274805;WS=44274787;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,440:1.00:440
chr6	44275011	rs324136	T	C	17357.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-2.267;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=684;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=187;NR=204;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.191;SC=CCAGGGAAGATGCCATCAGAG;SOR=0.304;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=392;TCF=188;TCR=204;TR=391;WE=44275019;WS=44275001;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,675:1.00:676
chr6	44280812	rs167772	C	T	11951.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.678;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=460;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=154;NR=129;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.756;SC=ATGGTTCGGCCCTCACCTGGT;SOR=0.810;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=288;TCF=155;TCR=133;TR=283;WE=44280820;WS=44280802;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,451:1.00:453
chr6	44310606	rs883194	C	G	1824.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-2.497;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.416;HP=5;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=37;PP=888;ReadPosRankSum=0.275;SC=TGGATGGGGGCTGCAGCGAGC;SOR=0.876;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=102;TCF=40;TCR=62;TR=58;WE=44310614;WS=44310596;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,84:0.61:137
chr6	44310691	rs883193	A	G	441.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.870;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.158;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=10;PP=306;ReadPosRankSum=1.105;SC=TGGAGGGAGTAAGGCTCCCGT;SOR=0.910;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=42;TCF=17;TCR=25;TR=16;WE=44310699;WS=44310681;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,19:0.42:45
chr6	44310854	rs10948132	G	A	756.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.754;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.474;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=15;PP=352;ReadPosRankSum=-2.396;SC=CATGCTCACTGGAAACAGTCC;SOR=0.418;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=90;TCF=51;TCR=39;TR=29;WE=44310862;WS=44310844;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,44:0.35:125
chr6	44320548	rs4714783	T	A	4724.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.478;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=390;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=67;NR=77;PP=2312;ReadPosRankSum=0.783;SC=CCTCATCTTCTGTGGAAACAG;SOR=0.673;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=249;TCF=116;TCR=133;TR=144;WE=44320556;WS=44320538;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:166,221:0.57:387
chr6	44355423	rs2297333	C	T	3704.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=90;NR=29;PP=2448;SC=CGCCCCCTCCCACCTTGCGCT;SOR=2.111;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=122;TCF=91;TCR=31;TR=119;WE=44355431;WS=44355413;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr6	44355682	rs34753552	G	A	3405.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=30;NR=72;PP=2247;SC=GAGGTCGGGGGGGCGACGAGG;SOR=1.823;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=103;TCF=31;TCR=72;TR=102;WE=44355690;WS=44355672;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr6	44355699	rs2297331	T	C	2178.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=58;PP=1465;SC=GAGGAGACCCTGTGGGGTCTG;SOR=2.891;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=70;TCF=12;TCR=58;TR=70;WE=44355707;WS=44355689;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
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chr6	44360680	rs6942323	A	G	704.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=20;PP=556;SC=AGTAAACCCAAAGCTAAAGCC;SOR=3.352;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=23;TCF=3;TCR=20;TR=23;WE=44360688;WS=44360670;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
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chr6	45922849	rs3734206	C	T	11015.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=440;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.86;SOR=0.771;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,426:1.00:426
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chr6	46135283	rs34450398	A	G	4281.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.170;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=412;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.518;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=76;NR=74;PP=2131;ReadPosRankSum=1.788;SC=GCGTCATTCCATGATCACTTG;SOR=0.645;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=270;TCF=133;TCR=137;TR=150;WE=46135291;WS=46135273;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:200,211:0.51:411
chr6	46135884	rs34109856	C	G	2812.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.052;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=298;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.831;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=42;PP=1469;ReadPosRankSum=0.247;SC=GTAATCCCAACGGAATCCATC;SOR=0.888;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=208;TCF=111;TCR=97;TR=97;WE=46135892;WS=46135874;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:157,137:0.47:294
chr6	46293328	rs2277121	G	A	1234.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=4.290;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=38;PP=1063;ReadPosRankSum=0.895;SC=CCTTGCTCTGGGGACGGCTGG;SOR=5.186;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=39;TCF=0;TCR=39;TR=38;WE=46293336;WS=46293318;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,39:0.95:41
chr6	46563817	rs7761731	A	T	3400.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.143;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=330;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.385;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=62;PP=1518;ReadPosRankSum=0.281;SC=TTAGAAGGAGATTCTCCAGGT;SOR=0.564;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=208;TCF=87;TCR=121;TR=110;WE=46563825;WS=46563807;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:157,169:0.52:326
chr6	46604000	rs3736737	G	C	40.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=0.524;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=1;PP=26;ReadPosRankSum=-0.524;SC=ATCTCAACATGTCCAGTACAG;SOR=1.179;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=3;TCF=2;TCR=1;TR=3;WE=46604008;WS=46603998;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,3:0.60:5
chr6	46609905	rs2277119	C	T	539.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.65;BaseQRankSum=-0.614;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.175;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=4;PP=136;ReadPosRankSum=-0.064;SC=TTTACCTGTACGATAAACGAT;SOR=1.013;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=34;TCF=19;TCR=15;TR=13;WE=46609913;WS=46609895;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,31:0.43:72
chr6	46621097	rs8427	T	A	1475.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=2.974;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=41;PP=969;ReadPosRankSum=2.892;SC=TGGGGGAGGGTGCGCGGGCGG;SOR=0.671;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=99;TCF=21;TCR=78;TR=53;WE=46621105;WS=46621087;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,62:0.51:121
chr6	46623698	rs3757241	T	C	4853.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=55;NR=60;PP=2276;SC=TGCGCACAGCTCTAGGGATCA;SOR=0.738;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=116;TCF=55;TCR=61;TR=115;WE=46623706;WS=46623688;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,182:1.00:182
chr6	46626353	rs953062	A	G	953.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.646;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.384;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=20;PP=470;ReadPosRankSum=0.912;SC=GATAAGCAAGAAGAGTTAATT;SOR=0.826;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=80;TCF=37;TCR=43;TR=35;WE=46626361;WS=46626343;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,52:0.39:135
chr6	46630068	rs9381469	G	A	612.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=2.470;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=5;PP=453;ReadPosRankSum=1.310;SC=TATAAAATTCGTGAAATTAAT;SOR=0.693;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=50;TCF=42;TCR=8;TR=27;WE=46630076;WS=46630058;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,27:0.50:54
chr6	46636556	.	G	GT	594.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.938;ClippingRankSum=0.000;DP=106;ExcessHet=3.0103;FS=3.493;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.10;MQRankSum=0.906;QD=7.83;ReadPosRankSum=-2.337;SOR=0.378;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,39:0.51:76
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chr6	46656349	rs143103291	C	T	3137.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.903;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=366;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.268;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=54;PP=1531;ReadPosRankSum=-1.430;SC=TAGCAACCTTCAGGGCAAGGA;SOR=0.582;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=257;TCF=145;TCR=112;TR=119;WE=46656357;WS=46656339;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:190,163:0.46:353
chr6	46656557	rs41273658	C	T	4919.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.692;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=484;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.418;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=69;NR=87;PP=2444;ReadPosRankSum=0.093;SC=TCGCGAGTCCCGCTCAAGCAA;SOR=0.838;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=300;TCF=138;TCR=162;TR=156;WE=46656565;WS=46656547;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:239,235:0.50:474
chr6	46657057	rs3799277	A	G	6850.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=248;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=83;NR=81;PP=2965;SC=TGACCTGAAGACACTGATACT;SOR=0.710;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=165;TCF=84;TCR=81;TR=164;WE=46657065;WS=46657047;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,242:1.00:242
chr6	46658905	rs9381472	C	G	2336.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.457;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=251;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.160;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=51;PP=1626;ReadPosRankSum=2.106;SC=TATTTTAGAACAGTTGTCATG;SOR=0.827;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=178;TCF=89;TCR=89;TR=94;WE=46658913;WS=46658895;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:132,107:0.45:239
chr6	46661937	rs55724083	CT	C	183.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;QD=15.31;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr6	46672943	rs1051931	A	G	3416.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.28;SOR=1.005;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
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chr6	46682079	rs1362931	A	C	2892.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=70;NR=16;PP=1977;SC=TATTGAGGAAACCCAACTCCT;SOR=2.742;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=87;TCF=71;TCR=16;TR=86;WE=46682087;WS=46682069;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr6	46683978	rs41361844	T	TA	284.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=0.153;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=1;PP=361;ReadPosRankSum=0.177;SC=GCCTGGGCTTTAAAGAAATAC;SOR=1.739;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=21;TCF=19;TCR=2;TR=11;WE=46683986;WS=46683968;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,13:0.68:19
chr6	46684222	rs1805017	C	T	2617.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.621;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=276;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.923;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=40;PP=1178;ReadPosRankSum=-0.345;SC=GGTGTCAAGGCGATCATTATC;SOR=0.632;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=169;TCF=81;TCR=88;TR=79;WE=46684230;WS=46684212;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:144,127:0.47:271
chr6	46717454	rs7766818	A	C	2103.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=52;NR=5;PP=1501;SC=AGCTGGGGATACTCCACCTCC;SOR=3.193;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=57;TCF=52;TCR=5;TR=57;WE=46717462;WS=46717447;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr6	46719576	rs6901073	C	T	3243.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=65;NR=23;PP=1789;SC=CAAATGCATGCGGCAGGAAAG;SOR=1.670;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=88;TCF=65;TCR=23;TR=88;WE=46719584;WS=46719566;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr6	46726441	rs9395212	G	C	160.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=1;PP=115;SC=AGTTCAGAAGGCTCTCTCTTC;SOR=2.303;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=5;TCR=1;TR=6;WE=46726449;WS=46726431;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr6	46726500	rs9472839	C	A	725.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=2;PP=446;SC=CGCTGCCCAGCAGAAGGGGCT;SOR=2.303;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=19;TCF=17;TCR=2;TR=19;WE=46726508;WS=46726490;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr6	46761495	rs2274656	G	A	141.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.418;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=4;PP=65;ReadPosRankSum=1.030;SC=GAAATTACTTGAAACCCAGTG;SOR=0.382;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=6;TCR=14;TR=6;WE=46761503;WS=46761485;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,8:0.36:22
chr6	46801148	.	T	C	2692.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.610;ClippingRankSum=0.000;DP=253;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.526;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=48;PP=1420;ReadPosRankSum=0.428;SC=GGGAGAACGATGCTATCCTGG;SOR=0.754;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=185;TCF=92;TCR=93;TR=101;WE=46801156;WS=46801138;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:117,128:0.52:245
chr6	46826508	rs613870	G	A	4875.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.635;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=512;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.519;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=86;NR=77;PP=2533;ReadPosRankSum=0.739;SC=AAGAAGTCCGGTTCTTGGTCA;SOR=0.736;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=334;TCF=176;TCR=158;TR=163;WE=46826516;WS=46826498;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:268,236:0.47:504
chr6	46826715	rs572248	T	A	9360.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-1.114;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=905;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.725;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-5.537;NF=146;NR=145;PP=2962;ReadPosRankSum=-2.395;SC=CACCTTCTTCTACATAGCACC;SOR=0.573;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=543;TCF=286;TCR=257;TR=291;WE=46826723;WS=46826705;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:437,457:0.51:894
chr6	46826844	rs571247	T	C	5754.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.257;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=573;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=86;NR=111;PP=2617;ReadPosRankSum=-0.237;SC=ATGGCATAGTTGTATTGTGGC;SOR=0.679;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=381;TCF=169;TCR=212;TR=197;WE=46826852;WS=46826834;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:271,282:0.51:553
chr6	46826910	rs611779	G	A	3563.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.880;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=409;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.116;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=67;PP=2042;ReadPosRankSum=0.310;SC=GGATATCCTGGGCAAGGATGG;SOR=0.808;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=271;TCF=121;TCR=150;TR=117;WE=46826918;WS=46826900;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:231,170:0.42:401
chr6	46827073	rs547499	A	G	3431.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.235;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=417;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.525;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-1.779;NF=62;NR=56;PP=1593;ReadPosRankSum=-0.666;SC=CTTGATTACCATGCTGCTCAT;SOR=0.722;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=274;TCF=139;TCR=135;TR=118;WE=46827081;WS=46827063;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:230,180:0.44:410
chr6	46827126	rs610856	C	T	3598.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.083;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=426;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-1.840;NF=54;NR=60;PP=1579;ReadPosRankSum=0.321;SC=GGCTATCTCCCGACTGTAATG;SOR=0.693;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=266;TCF=125;TCR=141;TR=114;WE=46827134;WS=46827116;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:242,182:0.43:424
chr6	46828670	rs540727	A	G	745.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.529;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.664;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=18;PP=446;ReadPosRankSum=0.213;SC=AAATTTACCAATCAATTCAGC;SOR=0.359;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=38;TCF=6;TCR=32;TR=23;WE=46828678;WS=46828660;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,31:0.55:56
chr6	46831060	rs476374	C	T	6728.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-3.398;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=704;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.525;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=83;NR=133;PP=2962;ReadPosRankSum=0.618;SC=CTTTTCCTAACAGAATTTTAT;SOR=0.646;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=471;TCF=182;TCR=289;TR=216;WE=46831068;WS=46831050;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:364,333:0.48:697
chr6	46832741	rs529201	T	C	2999.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-2.260;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=267;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.484;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=38;PP=1390;ReadPosRankSum=-1.459;SC=GTCCCTGCCCTGACTATAACA;SOR=0.501;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=194;TCF=124;TCR=70;TR=101;WE=46832749;WS=46832731;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:122,143:0.54:265
chr6	46832813	rs614826	G	A	5951.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-1.965;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=579;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.090;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=86;NR=81;PP=2600;ReadPosRankSum=-0.697;SC=ATGGGCTCCAGACTGAATTAT;SOR=0.637;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=322;TCF=168;TCR=154;TR=167;WE=46832821;WS=46832803;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:281,291:0.51:572
chr6	46834685	rs586024	G	A	3318.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.030;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=306;ExcessHet=3.0103;FS=3.856;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.14;ReadPosRankSum=-0.396;SOR=0.905;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:138,160:0.54:298
chr6	46834906	rs5875987	TG	T	1248.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=2.068;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.938;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.012;NF=0;NR=33;PP=1161;ReadPosRankSum=0.241;SC=TGAGATGGAATGGAAATAATC;SOR=1.276;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=61;TCF=0;TCR=61;TR=33;WE=46834914;WS=46834896;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,41:0.51:81
chr6	46836995	rs515866	T	C	81.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=0.135;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5064;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=3;PP=20;ReadPosRankSum=-0.489;SC=TTGCTGCTCCTGGGCTTTACT;SOR=1.329;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=6;TCF=1;TCR=5;TR=4;WE=46837003;WS=46836985;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,5:0.62:8
chr6	46838659	rs10668775	T	TTG	381.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=0.449;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=10;PP=354;ReadPosRankSum=0.854;SC=ACACAACTCTTTGTTAAAACT;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=23;TCF=0;TCR=23;TR=10;WE=46838667;WS=46838649;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,11:0.50:22
chr6	46847501	rs2273265	T	G	754.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=3.314;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.463;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=3;PP=551;ReadPosRankSum=-0.376;SC=CATATTTGCTTCTTTATAAGC;SOR=0.409;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=65;TCF=58;TCR=7;TR=28;WE=46847509;WS=46847498;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,30:0.42:71
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chr6	46849883	rs377018305	C	T	3308.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=2.730;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=375;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.663;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=75;PP=1687;ReadPosRankSum=0.408;SC=ATATCAAAGTCGAGAAATAGG;SOR=0.930;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=256;TCF=101;TCR=155;TR=117;WE=46849891;WS=46849873;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:208,163:0.44:371
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chr6	47277181	rs200394782	C	A	1227.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.210;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.712;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=17;PP=465;ReadPosRankSum=-1.000;SC=ATCATCGTGGCTGTGGCTCGG;SOR=0.616;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=72;TCF=36;TCR=36;TR=34;WE=47277189;WS=47277171;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,60:0.56:108
chr6	47445927	rs9349406	T	A	3577.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.864;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=-3.847;NF=73;NR=31;PP=2420;ReadPosRankSum=1.164;SC=GAGCCACCACTGGAGGAGGAG;SOR=0.601;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=110;TCF=78;TCR=32;TR=104;WE=47445936;WS=47445916;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:10,150:0.94:160
chr6	47512590	rs6916578	C	T	49.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.792;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=7.11;ReadPosRankSum=0.566;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,4:0.57:7
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chr6	47547070	rs34735056	T	TAA	712.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.520;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.55;ReadPosRankSum=0.128;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,39:0.80:49
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chr6	47563692	rs2039503	C	T	15157.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=587;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.04;SOR=0.700;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,582:1.00:582
chr6	47575630	rs75839544	A	G	1283.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=3.609;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.096;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=9;PP=838;ReadPosRankSum=1.804;SC=TCTTTGGTCTATTATGTCTCT;SOR=1.291;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=91;TCF=68;TCR=23;TR=45;WE=47575638;WS=47575620;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,57:0.43:132
chr6	47577064	rs9395287	G	A	1598.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.558;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.652;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=29;PP=657;ReadPosRankSum=-0.122;SC=CTTTTCTCCTGTGAGTACTAC;SOR=0.627;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=87;TCF=33;TCR=54;TR=44;WE=47577072;WS=47577054;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,77:0.58:133
chr6	47624239	rs1485784	A	G	2808.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.589;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=251;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.564;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=26;PP=1376;ReadPosRankSum=-0.839;SC=CTGACTGCCTATGGGAACCGC;SOR=0.809;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=176;TCF=115;TCR=61;TR=84;WE=47624247;WS=47624229;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:119,130:0.52:249
chr6	47624299	rs9369730	A	G	3925.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=2.797;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=431;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.520;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=50;PP=1620;ReadPosRankSum=-0.411;SC=ACTCTCATCCATACAAGAGCC;SOR=0.760;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=237;TCF=124;TCR=113;TR=109;WE=47624307;WS=47624289;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:228,200:0.47:428
chr6	47624359	rs190806778	A	G	4007.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.834;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=368;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.647;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=58;PP=1431;ReadPosRankSum=-1.040;SC=AGTAATGCCCATATCTCCAGC;SOR=0.502;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=209;TCF=87;TCR=122;TR=105;WE=47624367;WS=47624349;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:169,196:0.54:365
chr6	47626685	rs6935668	C	T	1010.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.614;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.651;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=13;PP=433;ReadPosRankSum=0.705;SC=TCCCGATGTACGATTGAAGCT;SOR=0.621;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=80;TCF=48;TCR=32;TR=31;WE=47626693;WS=47626675;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,55:0.41:133
chr6	47646748	rs13212023	T	C	2721.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.072;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=245;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.467;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=42;PP=1373;ReadPosRankSum=0.351;SC=TACAGACTACTCCCAGTGTAC;SOR=0.656;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=149;TCF=75;TCR=74;TR=85;WE=47646756;WS=47646738;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:111,131:0.54:242
chr6	47649265	rs17541107	T	A	7108.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.976;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=267;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=88;NR=69;PP=2965;ReadPosRankSum=0.232;SC=TGGGAGAGTGTTGATCAGCAG;SOR=0.831;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=159;TCF=89;TCR=70;TR=157;WE=47649273;WS=47649255;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,261:0.99:263
chr6	47658071	rs72860682	A	G	1270.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=2.122;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=8;PP=824;ReadPosRankSum=-0.533;SC=GAAAGTGAGTATCCTATGCCA;SOR=0.631;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=85;TCF=69;TCR=16;TR=44;WE=47658079;WS=47658061;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,52:0.53:98
chr6	47678678	rs944056	C	G	582.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-4.221;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.515;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=21;PP=444;ReadPosRankSum=-1.056;SC=AGAAAGTAGACACATTTTTAA;SOR=0.368;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=62;TCF=8;TCR=54;TR=24;WE=47678686;WS=47678668;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,25:0.41:61
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chr6	47682604	rs9369738	A	C	2944.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-2.533;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=312;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=62;PP=1465;ReadPosRankSum=-0.147;SC=AGCCAGAGAAAGGCTACATGA;SOR=0.710;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=226;TCF=101;TCR=125;TR=111;WE=47682612;WS=47682594;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:163,147:0.47:310
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chr6	47754498	rs1329543	A	G	3081.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=22;NR=72;PP=1985;SC=CGCTTCACAAATCAACTTTCA;SOR=2.137;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=94;TCF=22;TCR=72;TR=94;WE=47754506;WS=47754488;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr6	47754538	rs6900985	T	C	2033.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=54;PP=1568;SC=TGGGGTGCTGTCCGGCTGACA;SOR=3.511;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=61;TCF=7;TCR=54;TR=61;WE=47754546;WS=47754528;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
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chr6	47847401	rs2068006	A	G	11222.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-2.128;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=435;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=122;NR=139;PP=2965;ReadPosRankSum=1.646;SC=CTAGTTGGCCAGCAAAGACCA;SOR=0.263;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=262;TCF=122;TCR=140;TR=261;WE=47847409;WS=47847391;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,428:1.00:429
chr6	47847683	rs9367307	A	T	768.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=8;NR=29;PP=827;SC=CTAATGTTTTAAAAAAAGAAA;SOR=2.235;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=8;TCR=29;TR=37;WE=47847691;WS=47847673;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr6	49403282	rs8589	T	C	2780.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-2.291;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=37;PP=994;ReadPosRankSum=-0.775;SC=AGGGTGCTTATGCCCACAGCA;SOR=0.304;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=66;TCF=28;TCR=38;TR=65;WE=49403290;WS=49403272;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,112:0.99:113
chr6	49409487	rs9473555	G	C	1366.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.567;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.324;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=12;PP=779;ReadPosRankSum=-0.197;SC=TAAGCTCCCAGTAGATTCAAG;SOR=1.085;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=93;TCF=67;TCR=26;TR=47;WE=49409495;WS=49409477;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,65:0.47:138
chr6	49409737	rs9473557	T	C	2056.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=2.208;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.469;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=52;PP=1242;ReadPosRankSum=0.966;SC=GATAAAGATATCTGTTTACCA;SOR=0.962;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=140;TCF=42;TCR=98;TR=73;WE=49409745;WS=49409727;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:100,95:0.49:195
chr6	49411477	rs7744595	G	C	558.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=0.797;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=8;PP=317;ReadPosRankSum=0.306;SC=CTATTAGGTAGTAAGTACAAA;SOR=0.674;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=55;TCF=35;TCR=20;TR=22;WE=49411485;WS=49411467;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,28:0.41:69
chr6	49411619	rs6458690	A	G	1175.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-2.229;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=24;PP=545;ReadPosRankSum=2.060;SC=GAGCATGTTAAGGGTTACAAA;SOR=0.686;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=67;TCF=27;TCR=40;TR=40;WE=49411627;WS=49411609;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,57:0.59:96
chr6	49412275	rs9381786	T	G	1243.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.793;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=14;PP=649;ReadPosRankSum=-0.436;SC=GGATCAACCTTTTATTTAAGT;SOR=0.697;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=93;TCF=60;TCR=33;TR=42;WE=49412283;WS=49412265;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,59:0.46:128
chr6	49412399	rs150642856	G	A	3471.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.318;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=333;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=56;PP=1387;ReadPosRankSum=2.265;SC=TTCCATCTCCGCTAGCAGCAC;SOR=0.697;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=196;TCF=90;TCR=106;TR=105;WE=49412407;WS=49412389;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:156,173:0.53:329
chr6	49412433	rs1141321	C	T	3071.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.271;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=282;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=50;PP=1340;ReadPosRankSum=-0.249;SC=AGCAAGACAACGTTCAGCCAA;SOR=0.666;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=192;TCF=89;TCR=103;TR=96;WE=49412441;WS=49412423;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:129,150:0.54:279
chr6	49421241	rs7769646	G	A	874.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-0.717;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=9;PP=563;ReadPosRankSum=0.570;SC=ACATTGCTCAGAAAAAATATA;SOR=0.657;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=48;TCF=35;TCR=13;TR=32;WE=49421249;WS=49421231;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,37:0.67:55
chr6	49425521	rs2229384	C	T	3474.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=0.200;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=67;NR=31;PP=2004;ReadPosRankSum=1.716;SC=TACCAGTAAGCTTCTCTTTAG;SOR=0.937;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=99;TCF=68;TCR=31;TR=98;WE=49425529;WS=49425511;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,130:0.98:133
chr6	49437853	rs11333073	AT	A	576.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.514;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=1.632;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.88;ReadPosRankSum=0.724;SOR=0.773;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,36:0.68:53
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chr6	49440363	rs4348317	C	A	243.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.593;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=1;PP=39;ReadPosRankSum=-1.268;SC=TTTAAAGTGTCTTTAATATGA;SOR=0.631;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=14;TCF=10;TCR=4;TR=5;WE=49440371;WS=49440353;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,13:0.54:24
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chr6	49459791	rs12175251	A	G	390.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.354;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.289;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=6;PP=234;ReadPosRankSum=0.418;SC=TGTTCTCTCTAACATACATTT;SOR=0.448;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=25;TCF=15;TCR=10;TR=13;WE=49459799;WS=49459781;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,18:0.49:37
chr6	49479750	rs13193063	T	C	782.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-1.262;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.835;HP=4;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=13;PP=216;ReadPosRankSum=-0.458;SC=CTGGAGAAAATGTTGAAGAGT;SOR=0.829;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=41;TCF=18;TCR=23;TR=23;WE=49479758;WS=49479740;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,42:0.52:81
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chr6	50805942	rs2817404	T	G	581.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=14;PP=364;SC=TCAAGCGGCTTCTTGAGAGAG;SOR=2.200;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=3;TCR=14;TR=17;WE=50805950;WS=50805932;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
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chr6	51491884	rs4715227	T	C	3692.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.676;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=413;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.527;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=80;PP=1593;ReadPosRankSum=-1.547;SC=ATTATTAGTCTGGGATTCAGG;SOR=0.766;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=278;TCF=108;TCR=170;TR=128;WE=51491892;WS=51491874;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:213,193:0.48:406
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chr6	51586771	rs9349593	G	A	6706.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.307;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=613;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.522;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=91;NR=107;PP=2773;ReadPosRankSum=-1.728;SC=TCAGCTTCCTGCAGGCTCCTC;SOR=0.634;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=379;TCF=171;TCR=208;TR=198;WE=51586779;WS=51586761;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:277,325:0.54:602
chr6	51606193	rs71894206	C	CT	64.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.563;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=2.796;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=4.32;ReadPosRankSum=1.893;SOR=0.129;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,6:0.40:15
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chr6	51618170	rs1326605	T	G	7274.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=261;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=59;NR=119;PP=2965;SC=ATAGGAGTTGTGGGAAAAAAA;SOR=1.308;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=180;TCF=59;TCR=121;TR=178;WE=51618181;WS=51618159;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,257:1.00:257
chr6	51619808	rs9370049	G	A	911.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=7;NR=18;PP=509;SC=TCCAGAGCAAGAAAAGGAAAT;SOR=1.681;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=7;TCR=18;TR=25;WE=51619816;WS=51619798;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr6	51640751	rs3920621	C	G	2574.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.363;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.211;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=53;PP=1580;ReadPosRankSum=-0.363;SC=TCATTCAAATCAATTTGAAAT;SOR=1.609;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=83;TCF=28;TCR=55;TR=78;WE=51640759;WS=51640741;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,97:0.96:101
chr6	51656236	rs7765455	G	T	2079.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=48;PP=1411;SC=TTATTCTGGGGTTCTCCCAGC;SOR=1.917;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=63;TCF=15;TCR=48;TR=63;WE=51656244;WS=51656226;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
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chr6	51720838	rs9349603	T	C	6037.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.879;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=224;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=108;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.417;SC=CAGTCATGGTTAAATCATAAG;SOR=1.453;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=157;TCF=49;TCR=108;TR=157;WE=51720846;WS=51720828;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,220:0.99:222
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chr6	51750563	rs4711985	A	T	3417.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=74;NR=31;PP=2035;SC=GGGCAAGTCAATCCCATTTAA;SOR=1.962;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=105;TCF=74;TCR=31;TR=105;WE=51750571;WS=51750553;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
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chr6	51891011	rs2499480	T	C	3790.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.337;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=77;PP=2358;ReadPosRankSum=1.438;SC=CAAAATATTATAGCTGATATT;SOR=0.839;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=104;TCF=26;TCR=78;TR=103;WE=51891019;WS=51891001;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,133:0.99:134
chr6	51910735	rs58370838	A	AT	34.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.230;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=8.611;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.72;ReadPosRankSum=0.754;SOR=0.477;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,9:0.19:48
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chr6	51914898	rs9395759	T	C	848.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=23;NR=4;PP=624;SC=CCTGTGTCCCTCAAGGCCAAC;SOR=2.910;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=28;TCF=24;TCR=4;TR=27;WE=51914906;WS=51914888;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
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chr6	51924774	rs1896976	A	G	8495.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=320;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=93;NR=92;PP=2965;SC=AAGCTTGGCTATCTGCCTGAA;SOR=0.712;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=185;TCF=93;TCR=92;TR=185;WE=51924782;WS=51924764;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,319:1.00:319
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chr6	51944847	rs1892274	T	C	1154.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=6;NR=25;PP=574;SC=TCAAAAACCATGAATTCCCAA;SOR=2.059;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=6;TCR=25;TR=31;WE=51944855;WS=51944837;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
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chr6	52109408	rs3215541	GT	G	473.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.827;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.751;HP=11;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=22;PP=362;ReadPosRankSum=2.414;SC=GAATGCAGGGGTTTTTTTTTT;SOR=2.494;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=30;TCF=1;TCR=29;TR=23;WE=52109416;WS=52109398;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,28:0.90:31
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chr6	52141670	rs3765446	A	T	239.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-2.789;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=0;PP=159;ReadPosRankSum=-0.332;SC=TAATCCTTTAAATCGAAAACA;SOR=0.914;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=17;TCR=0;TR=9;WE=52141678;WS=52141668;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,10:0.56:18
chr6	52142582	rs13191372	G	A	890.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.578;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.749;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=23;PP=562;ReadPosRankSum=0.720;SC=AATACTTGAAGAGGGCCAGGC;SOR=1.058;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=65;TCF=20;TCR=45;TR=31;WE=52142590;WS=52142572;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,43:0.43:100
chr6	52144081	rs2073036	T	C	567.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-2.596;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.928;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=2;PP=183;ReadPosRankSum=-1.289;SC=CTCTGGAATATGGCAAACTGG;SOR=0.302;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=22;TCR=4;TR=12;WE=52144089;WS=52144071;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,27:0.59:46
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chr6	52268008	rs3748066	T	G	1337.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-2.837;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.643;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=13;PP=710;ReadPosRankSum=2.214;SC=TGCGGGCCGCTGCCATGACGA;SOR=0.313;SbPval=0.16;Source=Platypus;TC=73;TCF=59;TCR=14;TR=48;WE=52268016;WS=52267998;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,64:0.61:105
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chr6	52344662	rs515432	A	C	1117.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=1.568;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.449;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=30;PP=702;ReadPosRankSum=-0.526;SC=ATGAGTAATCACATTTTAGAT;SOR=1.004;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=85;TCF=30;TCR=55;TR=42;WE=52344670;WS=52344652;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,55:0.47:118
chr6	52355206	rs2273120	T	C	1292.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=0.879;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=38;PP=1054;ReadPosRankSum=-0.526;SC=ATCATTCTTTTCTAAAGGCAA;SOR=2.400;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=43;TCF=4;TCR=39;TR=42;WE=52355214;WS=52355196;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,42:0.98:43
chr6	52541811	rs13211066	G	A	7144.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.577;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=268;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=147;NR=66;PP=2965;ReadPosRankSum=1.457;SC=CCATATAAGCGTATCATTTTT;SOR=0.665;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=214;TCF=148;TCR=66;TR=213;WE=52541819;WS=52541801;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,263:1.00:264
chr6	52546789	rs2281484	C	T	2987.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=21;NR=62;PP=1773;SC=GCTAGATATACTAGAACATAT;SOR=1.893;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=83;TCF=21;TCR=62;TR=83;WE=52546797;WS=52546779;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr6	52617731	rs2180314	C	G	5784.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.595;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=605;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=80;NR=109;PP=2746;ReadPosRankSum=-1.227;SC=CTCAGGTTGACTAAAGGGCAG;SOR=0.685;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=380;TCF=158;TCR=222;TR=189;WE=52617739;WS=52617721;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:310,286:0.48:596
chr6	52620013	rs10626189	C	CT	156.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.232;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=3.471;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.22;MQRankSum=1.104;QD=5.40;ReadPosRankSum=1.967;SOR=1.574;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,14:0.48:29
chr6	52622814	rs2254050	C	T	1142.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=4.832;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.092;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=36;PP=815;ReadPosRankSum=0.312;SC=ATAATTGAAACGATAGAATCA;SOR=1.007;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=79;TCF=12;TCR=67;TR=41;WE=52622822;WS=52622804;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,47:0.53:89
chr6	52657552	rs4715326	C	T	1217.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.022;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.642;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=14;PP=649;ReadPosRankSum=1.175;SC=CACTGAAGGCCTGGAGAAGAC;SOR=0.457;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=75;TCF=51;TCR=24;TR=40;WE=52657560;WS=52657542;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,56:0.53:105
chr6	52658962	rs1051775	T	C	6450.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.085;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=643;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.516;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=97;NR=104;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.888;SC=TTATTTTCTCTTTGATCAAGG;SOR=0.719;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=412;TCF=198;TCR=214;TR=201;WE=52658970;WS=52658952;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:322,316:0.50:638
chr6	52661253	.	CTATATATATATATATATA	C	367.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.892;ClippingRankSum=0.000;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.591;HP=5;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=17;PP=538;ReadPosRankSum=1.295;SC=GAAACAAAAACTATATATATA;SOR=1.179;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=25;TCF=0;TCR=25;TR=17;WE=52661306;WS=52661243;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,16:0.47:34
chr6	52661267	.	ATATATATATATATATATATATGTGTGTGTGTG	A	412.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.728;ClippingRankSum=0.000;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.79;ReadPosRankSum=-3.451;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,18:0.51:35
chr6	52662263	rs2397106	C	T	4281.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=87;NR=36;PP=2402;SC=TAACCACTTTCTCCCTCTGCA;SOR=1.640;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=123;TCF=87;TCR=36;TR=123;WE=52662271;WS=52662253;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,156:1.00:156
chr6	52697576	rs4715344	C	T	997.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.074;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=6;PP=568;ReadPosRankSum=0.862;SC=GGGGTCAAAACATGGTCAGTC;SOR=0.652;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=68;TCF=54;TCR=14;TR=35;WE=52697584;WS=52697566;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,45:0.54:84
chr6	52697601	rs55815585	T	G	1271.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=3.616;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.733;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=11;PP=821;ReadPosRankSum=1.488;SC=GGCCCAGATATGAGATCCCAA;SOR=0.794;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=88;TCF=68;TCR=20;TR=43;WE=52697609;WS=52697591;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,55:0.45:122
chr6	52697825	rs4715345	A	C	12173.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=280;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.13;QD=43.63;SOR=1.011;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,279:1.00:279
chr6	52697834	rs4715346	C	A	11764.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=265;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.08;QD=44.56;SOR=1.041;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,264:1.00:264
chr6	52701143	rs2397118	C	T	4787.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=84;NR=54;PP=2543;SC=ACCATTGGTACTTGCTGGAAC;SOR=1.093;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=138;TCF=84;TCR=54;TR=138;WE=52701151;WS=52701133;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,181:1.00:181
chr6	52702324	rs4715350	T	C	17416.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=667;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=162;NR=238;PP=2965;SC=TACTAGAAACTCTCATCAGAG;SOR=0.959;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=400;TCF=162;TCR=238;TR=400;WE=52702332;WS=52702314;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,658:1.00:658
chr6	52843131	rs367836	G	T	562.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=4.448;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.632;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=2;PP=411;ReadPosRankSum=0.314;SC=AGATGATCTCGTTGACACAAA;SOR=1.045;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=51;TCF=46;TCR=5;TR=22;WE=52843139;WS=52843121;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,23:0.43:53
chr6	52843429	rs3734431	A	G	738.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-3.379;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.354;HP=5;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=20;PP=425;ReadPosRankSum=-0.182;SC=CTAACAAAAAAGGTATTAGAT;SOR=0.237;SbPval=0.25;Source=Platypus;TC=56;TCF=9;TCR=47;TR=26;WE=52843437;WS=52843419;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,33:0.50:66
chr6	52843477	rs375887	A	G	298.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=2.097;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=32;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=12;PP=282;ReadPosRankSum=-0.302;SC=GCCCACCAAAATTTGTTCAAT;SOR=0.223;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=24;TCF=1;TCR=23;TR=13;WE=52843485;WS=52843467;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,12:0.52:23
chr6	52847551	rs316133	G	C	3186.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.807;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=270;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.113;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.904;NF=42;NR=75;PP=1983;ReadPosRankSum=2.171;SC=CATGGAGAGAGTGATGAGGCT;SOR=0.852;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=188;TCF=70;TCR=118;TR=117;WE=52847559;WS=52847541;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:118,147:0.55:265
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chr6	52849481	.	CT	C	33.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.101;ClippingRankSum=0.000;DP=73;ExcessHet=3.0103;FS=1.539;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.15;MQRankSum=-0.561;QD=0.77;ReadPosRankSum=0.567;SOR=1.009;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,12:0.27:44
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chr6	52993002	rs13200319	G	A	1217.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.307;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.635;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=17;PP=552;ReadPosRankSum=0.133;SC=GAAAGATTTGGGTCATCTCAA;SOR=0.800;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=84;TCF=46;TCR=38;TR=39;WE=52993010;WS=52992992;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,63:0.46:137
chr6	52998788	rs2816346	G	A	710.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=4.654;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.265;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=2;PP=493;ReadPosRankSum=-0.596;SC=GCCCTTGGGCGGTGCTGGGAC;SOR=2.012;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=50;TCF=45;TCR=5;TR=27;WE=52998796;WS=52998778;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,29:0.53:55
chr6	52998834	rs2816345	C	T	1818.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-2.110;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.716;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=17;PP=1084;ReadPosRankSum=0.278;SC=CTGAGGGATGCCAGCTTTTTT;SOR=0.818;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=111;TCF=81;TCR=30;TR=64;WE=52998842;WS=52998824;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,79:0.59:133
chr6	52998856	rs2518573	T	G	2369.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.505;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.149;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=26;PP=1331;ReadPosRankSum=1.980;SC=CTGGTGCCACTAAGCTCTACT;SOR=0.793;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=157;TCF=110;TCR=47;TR=88;WE=52998864;WS=52998846;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:91,112:0.55:203
chr6	53010463	rs45476600	T	C	3358.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.216;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=371;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.803;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=67;PP=1709;ReadPosRankSum=1.062;SC=TTTTCACCTATTCGACTCCCC;SOR=0.751;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=230;TCF=88;TCR=142;TR=106;WE=53010471;WS=53010453;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:200,165:0.45:365
chr6	53134104	rs3830806	C	CACAG	4354.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-1.694;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=236;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.937;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=28;PP=2962;ReadPosRankSum=1.476;SC=ACCAAATGACCACAGTTTTCT;SOR=0.512;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=86;TCF=18;TCR=68;TR=37;WE=53134112;WS=53134094;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:117,113:0.49:230
chr6	53134164	rs70980834	C	CCTTTT	2405.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-1.588;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=25;PP=2143;ReadPosRankSum=0.999;SC=GGCCTAGTTTCAAGATCAAAT;SOR=0.657;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=48;TCF=2;TCR=46;TR=27;WE=53134172;WS=53134154;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,62:0.54:115
chr6	53138203	rs35189966	TA	T	425.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.266;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FS=1.147;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.75;ReadPosRankSum=-0.732;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,38:0.51:74
chr6	53140928	rs2294864	T	A	826.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-4.192;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.872;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=3;PP=548;ReadPosRankSum=-1.121;SC=AATTTATTTTTAAAAACTCAA;SOR=0.330;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=43;TCF=39;TCR=4;TR=28;WE=53140936;WS=53140918;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,34:0.68:50
chr6	53156464	rs2294870	A	C	1167.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=3.636;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=5;PP=855;ReadPosRankSum=-1.317;SC=TTGCTTGCCCAGTTGTCTCTA;SOR=0.548;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=84;TCF=77;TCR=7;TR=45;WE=53156472;WS=53156454;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,45:0.51:88
chr6	53159090	rs2294857	G	T	2139.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.127;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.507;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=27;PP=1098;ReadPosRankSum=-0.322;SC=TTCAGGCAGGGGCATGTGAAG;SOR=0.746;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=143;TCF=91;TCR=52;TR=75;WE=53159098;WS=53159080;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:109,105:0.49:214
chr6	53160383	rs3736732	G	T	4136.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.547;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=454;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=75;NR=52;PP=1757;ReadPosRankSum=-0.012;SC=TATTTACAAGGGACTATAGGC;SOR=0.699;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=285;TCF=164;TCR=121;TR=127;WE=53160391;WS=53160373;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:234,210:0.47:444
chr6	53365019	rs661346	G	C	9630.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=362;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=117;NR=112;PP=2965;SC=CACAGTGAGGGGTACTGTACA;SOR=0.699;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=229;TCF=117;TCR=112;TR=229;WE=53365027;WS=53365009;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,355:1.00:355
chr6	53409451	rs146955698	C	CCCTCCT	2639.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.803;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=234;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.571;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=46;PP=2628;ReadPosRankSum=1.472;SC=CATGGCCGCCCCCTCCTCCTC;SOR=1.528;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=146;TCF=2;TCR=144;TR=47;WE=53409461;WS=53409441;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,70:0.53:132
chr6	53516876	rs6928338	T	G	9634.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=378;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=136;NR=114;PP=2965;SC=AGGCGTTGGCTATGTAGCCTC;SOR=0.846;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=250;TCF=136;TCR=114;TR=250;WE=53516884;WS=53516866;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,364:1.00:364
chr6	53519062	rs10948758	A	G	18665.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.503;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=683;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=228;NR=256;PP=2965;ReadPosRankSum=1.100;SC=TCTCTATACAAGATGTCTCTG;SOR=0.261;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=485;TCF=228;TCR=257;TR=484;WE=53519070;WS=53519052;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,676:1.00:677
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chr6	53519857	rs12210809	G	A	10759.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.895;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=409;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=117;NR=124;PP=2965;ReadPosRankSum=0.694;SC=AAGTCACATAGGAAGTTCTCC;SOR=0.729;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=243;TCF=119;TCR=124;TR=241;WE=53519865;WS=53519847;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,395:0.99:397
chr6	53520088	rs2038939	T	C	3278.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=28;NR=58;PP=1891;SC=AATACACTGTTACAGGCAAGA;SOR=1.329;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=88;TCF=28;TCR=60;TR=86;WE=53520096;WS=53520078;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr6	53520115	rs200259183	A	G	810.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.189;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=0.998;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.92;ReadPosRankSum=-0.161;SOR=0.866;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,36:0.53:68
chr6	53520124	rs2038940	A	G	2203.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=35.54;SOR=2.157;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
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chr6	53764829	rs71558840	T	G	389.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.931;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.75;MQRankSum=1.096;QD=6.09;ReadPosRankSum=0.041;SOR=0.755;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,34:0.53:64
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chr6	54067088	rs67016420	AT	A	4110.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=36.38;SOR=1.508;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
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chr6	54095423	rs816384	T	C	1395.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.087;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.773;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=12;PP=817;ReadPosRankSum=0.973;SC=GGTAAGAGATTCTGACCTATG;SOR=0.857;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=93;TCF=69;TCR=24;TR=48;WE=54095431;WS=54095413;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,59:0.51:115
chr6	54121968	rs9367556	G	A	347.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-3.712;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=0;PP=238;ReadPosRankSum=0.277;SC=TTGAATCTTAGTGTTTATACT;SOR=1.085;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=20;TCR=0;TR=12;WE=54121976;WS=54121958;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,14:0.58:24
chr6	54130643	rs12198031	T	A	218.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=0.299;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.858;HP=6;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=1;PP=187;ReadPosRankSum=0.330;SC=TATAAACCATTTTTTTGTAGG;SOR=2.303;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=14;TCF=12;TCR=2;TR=10;WE=54130651;WS=54130633;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,10:0.62:16
chr6	54130697	rs12198070	T	G	472.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.345;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=-1.081;NF=13;NR=8;PP=307;ReadPosRankSum=0.646;SC=CAGGTGTATATTTTTAAATTT;SOR=0.693;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=29;TCF=19;TCR=10;TR=21;WE=54130705;WS=54130687;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,23:0.56:41
chr6	54130813	.	C	T	573.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.678;ClippingRankSum=0.000;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=1.863;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.14;MQRankSum=1.151;QD=7.45;ReadPosRankSum=0.320;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:43,34:0.44:77
chr6	54130829	rs67803711	CT	C	437.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.174;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.15;MQRankSum=1.001;QD=6.63;ReadPosRankSum=0.940;SOR=0.818;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,37:0.56:66
chr6	54172879	rs1340660	T	G	3494.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.117;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=322;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.844;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=63;PP=1712;ReadPosRankSum=0.018;SC=AGCCTGGATGTTCGTTTCAAT;SOR=0.803;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=199;TCF=92;TCR=107;TR=113;WE=54172887;WS=54172869;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:150,167:0.53:317
chr6	54173413	rs2297980	A	G	4017.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-2.026;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=384;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.790;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=88;NR=44;PP=1849;ReadPosRankSum=-1.558;SC=ATGGAGAAGCAGTATTTATCT;SOR=0.845;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=252;TCF=163;TCR=89;TR=132;WE=54173421;WS=54173403;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:176,200:0.53:376
chr6	54186147	rs1058768	T	C	3881.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=1.171;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=376;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.909;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=52;PP=1566;ReadPosRankSum=2.832;SC=CCTTGTTCGTTCAGAATTAAT;SOR=0.712;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=192;TCF=95;TCR=97;TR=93;WE=54186155;WS=54186137;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:188,187:0.50:375
chr6	54191686	rs41276062	C	T	4040.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=2.666;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=440;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.215;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=70;NR=50;PP=1788;ReadPosRankSum=1.802;SC=CCACCTAGTCCCATGCTCCTG;SOR=0.949;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=242;TCF=133;TCR=109;TR=120;WE=54191694;WS=54191676;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:229,200:0.47:429
chr6	54191970	rs1848440	T	A	2838.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.783;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=304;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.626;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=61;PP=1511;ReadPosRankSum=-0.875;SC=AGATGGCCGATCAAGAACAGC;SOR=0.966;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=193;TCF=74;TCR=119;TR=95;WE=54191978;WS=54191960;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:156,139:0.47:295
chr6	54208293	rs45620541	C	A	400.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-4.416;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=16;PP=321;ReadPosRankSum=0.307;SC=AAGAAAGTAACCTGAAGATTA;SOR=0.906;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=28;TCF=0;TCR=28;TR=16;WE=54208301;WS=54208283;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,16:0.55:29
chr6	54214779	rs3736350	A	T	298.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.844;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.862;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=10;PP=239;ReadPosRankSum=-0.353;SC=TTAAAAACTAATTAAAACTAT;SOR=0.346;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=24;TCF=3;TCR=21;TR=12;WE=54214787;WS=54214769;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,14:0.48:29
chr6	54219290	rs45545344	T	C	1092.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.993;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.315;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=11;PP=518;ReadPosRankSum=1.574;SC=GTGCCATTTGTTCTGTTGGAT;SOR=0.954;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=78;TCF=46;TCR=32;TR=32;WE=54219298;WS=54219280;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,55:0.44:124
chr6	54219326	rs3195579	G	A	1044.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.230;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=17;PP=390;ReadPosRankSum=-0.030;SC=ATGCAAGTCCGTGAAGATTTC;SOR=0.739;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=76;TCF=36;TCR=40;TR=33;WE=54219334;WS=54219316;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,55:0.46:119
chr6	54245270	rs16885273	A	G	1340.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.218;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.763;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=14;PP=655;ReadPosRankSum=2.764;SC=TTCTCTCAAGAAGCAAACCAA;SOR=0.556;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=68;TCF=43;TCR=25;TR=39;WE=54245278;WS=54245260;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,62:0.60:104
chr6	55113411	rs3122169	C	A	1961.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.125;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.879;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=23;PP=1200;ReadPosRankSum=1.133;SC=TTGTTGAGTGCCTATTCCTTT;SOR=0.854;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=139;TCF=99;TCR=40;TR=77;WE=55113419;WS=55113401;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:98,93:0.49:191
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chr6	55264362	rs6936510	T	C	820.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=1.249;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=24;PP=580;ReadPosRankSum=2.773;SC=TTAAGACATATTAAATCAAGT;SOR=0.560;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=51;TCF=12;TCR=39;TR=33;WE=55264370;WS=55264352;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,34:0.61:56
chr6	55266625	rs9370418	T	C	2200.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.563;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.891;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=28;PP=908;ReadPosRankSum=-2.188;SC=AGATCCTTCATCGATCCAAAT;SOR=0.697;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=102;TCF=52;TCR=50;TR=59;WE=55266633;WS=55266615;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,106:0.60:177
chr6	55266722	rs12529201	C	T	1522.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.126;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FS=1.624;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.48;ReadPosRankSum=0.633;SOR=0.525;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,72:0.64:113
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chr6	55406399	rs9367638	C	T	539.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=4;PP=335;SC=ATATCACAGTCCACAGGTTAA;SOR=1.981;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=12;TCR=4;TR=16;WE=55406407;WS=55406389;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
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chr6	55428780	rs4398739	A	G	586.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-2.094;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.878;HP=1;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=13;PP=249;ReadPosRankSum=-1.845;SC=CTCAACATTCAGCACGTGCAG;SOR=0.580;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=51;TCF=17;TCR=34;TR=19;WE=55428788;WS=55428770;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,32:0.42:77
chr6	55620251	rs3756990	C	T	470.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=2.452;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=2;PP=309;ReadPosRankSum=0.347;SC=GGAAATTCCCCGTTTGTCTGA;SOR=0.826;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=29;TCF=25;TCR=4;TR=18;WE=55620259;WS=55620241;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,18:0.64:28
chr6	55739284	rs148766592	A	T	2629.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.674;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=250;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=32;PP=1014;ReadPosRankSum=0.064;SC=AGATAACTGTATGCGACGAGG;SOR=0.679;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=159;TCF=88;TCR=71;TR=73;WE=55739292;WS=55739274;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:115,127:0.52:242
chr6	55739711	rs200061411	T	TA	223.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.698;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.72;ReadPosRankSum=-0.743;SOR=0.624;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:99,31:0.24:130
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chr6	55966418	rs4379279	A	G	1771.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=11;NR=44;PP=1290;SC=AAGAACATTAAATACAAACAG;SOR=2.303;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=55;TCF=11;TCR=44;TR=55;WE=55966426;WS=55966408;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
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chr6	56021870	.	T	TAAA	214	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;FR=0.5000;HP=11;HapScore=4;MGOF=15;MMLQ=23;MQ=60.0;NF=1;NR=13;PP=214;QD=15.9285714286;SC=AAAACAAAAGTAAAAAAAAAA;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=27;TCF=1;TCR=26;TR=14;WE=56021878;WS=56021860;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:13,14:0.52:27
chr6	56044578	rs2038149	T	C	4161.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.144;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=443;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.187;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=73;NR=62;PP=2125;ReadPosRankSum=-0.571;SC=CATCTTGGGATTTGCCATCCG;SOR=0.783;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=290;TCF=146;TCR=144;TR=135;WE=56044586;WS=56044568;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:232,202:0.47:434
chr6	56045043	rs2038150	C	A	81.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=1.133;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=3;PP=55;ReadPosRankSum=0.566;SC=TTTAAATTGTCTGTGAAATAT;SOR=1.022;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=7;TCF=2;TCR=5;TR=4;WE=56045051;WS=56045033;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,4:0.57:7
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chr6	56373536	rs41271862	C	T	5844.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.979;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=572;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.104;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=88;NR=117;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.320;SC=ACCATTTGGTCAAGCTTATCC;SOR=0.797;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=396;TCF=175;TCR=221;TR=205;WE=56373544;WS=56373526;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:279,281:0.50:560
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chr6	56427095	rs79573569	C	CTGAGTGTTGAAA	1172.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.150;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.909;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=10;PP=2966;ReadPosRankSum=-0.537;SC=ACAGTAATCACACATAAAACA;SOR=0.871;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=33;TCF=0;TCR=33;TR=10;WE=56427103;WS=56427085;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,32:0.42:76
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chr6	56468238	rs9370543	G	A	418.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=1.159;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.281;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=8;PP=304;ReadPosRankSum=0.912;SC=AATATATCCCGGACCTATTTA;SOR=0.495;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=32;TCF=16;TCR=16;TR=15;WE=56468246;WS=56468228;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,18:0.53:34
chr6	56468537	rs9382656	T	C	1663.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.492;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.572;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=30;PP=1033;ReadPosRankSum=0.145;SC=GACATTTTAATTCAATAACCT;SOR=0.780;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=129;TCF=72;TCR=57;TR=67;WE=56468545;WS=56468527;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,80:0.48:167
chr6	56470551	rs13194995	T	A	2110.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=3.595;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.668;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=36;PP=1196;ReadPosRankSum=-1.768;SC=TTAACCTTTGTGTTTGCTAGA;SOR=0.820;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=131;TCF=61;TCR=70;TR=65;WE=56470559;WS=56470541;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:114,98:0.46:212
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chr6	56476182	rs111382742	T	TAAGTA	690.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.258;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=3;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=3;PP=355;ReadPosRankSum=0.545;SC=ATTACTATATTAATTGTGATT;SOR=0.848;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=19;TCF=11;TCR=8;TR=9;WE=56476190;WS=56476172;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,17:0.45:38
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chr6	56476456	rs9396226	T	A	216.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=1.535;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=12;PP=215;ReadPosRankSum=-1.010;SC=GTATTTTTTTTAAAAAAAAGA;SOR=0.836;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=35;TCF=5;TCR=30;TR=14;WE=56476464;WS=56476446;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,15:0.38:39
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chr6	56818706	rs986245	T	C	1905.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=18;NR=44;PP=1107;SC=AGACCAGGGTTGGGAAAGCAC;SOR=1.577;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=62;TCF=18;TCR=44;TR=62;WE=56818714;WS=56818696;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr6	56873069	rs6925819	T	C	9844.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=383;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=100;NR=115;PP=2965;SC=CGGGTCCTGGTGCTAGGAATC;SOR=0.797;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=216;TCF=100;TCR=116;TR=215;WE=56873077;WS=56873059;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,381:1.00:381
chr6	56919727	rs113758379	C	CT	31.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.552;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=2.622;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.98;ReadPosRankSum=-0.341;SOR=0.148;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,5:0.31:16
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chr6	57244780	rs5011403	G	A	2165.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.441;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=41;PP=1141;ReadPosRankSum=-1.965;SC=GTTGGGGTTCGAGTCCATTTA;SOR=0.688;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=126;TCF=55;TCR=71;TR=72;WE=57244788;WS=57244770;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:89,102:0.53:191
chr6	57244830	rs5011402	T	A	1242.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.486;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=31;PP=770;ReadPosRankSum=0.613;SC=TAGGTTTTGTTAAATATGTCG;SOR=0.731;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=85;TCF=30;TCR=55;TR=48;WE=57244838;WS=57244820;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,58:0.54:107
chr6	57244893	rs5011401	T	C	575.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=3.480;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.833;HP=1;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=19;PP=457;ReadPosRankSum=0.046;SC=CCTCTCATCATCACAGCTACT;SOR=1.845;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=39;TCF=7;TCR=32;TR=21;WE=57244901;WS=57244883;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,22:0.56:39
chr6	57246708	rs6913779	G	T	762.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-5.544;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.841;HP=4;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=3;PP=551;ReadPosRankSum=0.618;SC=TAATCATTTTGATATTCTTTT;SOR=0.163;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=75;TCF=70;TCR=5;TR=30;WE=57246716;WS=57246698;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,33:0.41:81
chr6	57246773	rs113849959	T	TAGG	4967.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.330;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=330;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.903;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=33;PP=2921;ReadPosRankSum=-0.722;SC=TATGAAGACTTAGGATTTCTT;SOR=0.623;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=187;TCF=101;TCR=86;TR=67;WE=57246793;WS=57246763;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:198,128:0.39:326
chr6	57246785	rs62415470	A	C	5686.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.815;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=407;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.551;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=74;NR=43;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.281;SC=GGATTTCTTAATGACAGGTGC;SOR=0.537;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=290;TCF=191;TCR=99;TR=117;WE=57246793;WS=57246763;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:236,171:0.42:407
chr6	57246815	rs6936571	T	C	5077.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.222;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=610;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.533;HP=3;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=90;NR=62;PP=2275;ReadPosRankSum=0.464;SC=TTGCCTGTTTTACTCTTAATT;SOR=0.608;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=383;TCF=235;TCR=148;TR=152;WE=57246823;WS=57246805;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:349,259:0.43:608
chr6	57246884	rs6913546	A	G	7586.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.504;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=873;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=98;NR=102;PP=2785;ReadPosRankSum=-1.598;SC=TATTTGGAAGATGGCTTTGCT;SOR=0.685;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=501;TCF=252;TCR=249;TR=200;WE=57246892;WS=57246874;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:478,392:0.45:870
chr6	57246969	rs4256440	G	A	3362.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.094;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=400;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.253;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=75;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.074;SC=CTTTGGCAGTGAGTATTTTAC;SOR=0.581;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=296;TCF=102;TCR=194;TR=117;WE=57246990;WS=57246959;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:223,165:0.43:388
chr6	57246982	rs4585567	G	T	2757.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-2.095;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=330;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.910;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=73;PP=2962;ReadPosRankSum=0.093;SC=TATTTTACTTGATTTCTGTAT;SOR=0.636;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=264;TCF=81;TCR=183;TR=106;WE=57246990;WS=57246959;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:187,135:0.42:322
chr6	57247022	rs4382263	C	T	1551.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-3.450;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.727;HP=3;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=46;PP=989;ReadPosRankSum=-2.122;SC=AGTTATATACCCCTGGTAGTT;SOR=0.502;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=136;TCF=21;TCR=115;TR=56;WE=57247030;WS=57247012;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,67:0.44:153
chr6	57254789	rs2397264	A	G	2495.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-3.832;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=282;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.236;HP=2;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=74;NR=36;PP=1494;ReadPosRankSum=1.074;SC=CAGCAAATCCATCAATATGCA;SOR=0.455;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=228;TCF=163;TCR=65;TR=110;WE=57254797;WS=57254779;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:148,128:0.46:276
chr6	57254811	rs941685	A	G	10124.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=400;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=197;NR=100;PP=2965;SC=GTAGCATATCACGATATGCAA;SOR=1.378;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=302;TCF=201;TCR=101;TR=297;WE=57254819;WS=57254801;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,390:1.00:390
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chr6	57254927	rs2397266	A	G	6465.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.207;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=693;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.525;HP=1;HapScore=1;MGOF=31;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQ=60.12;MQRankSum=3.248;NF=73;NR=106;PP=2962;ReadPosRankSum=0.328;SC=AAGCCATGAGACTATTAGGAT;SOR=0.766;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=427;TCF=181;TCR=246;TR=179;WE=57254963;WS=57254917;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:390,299:0.43:689
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chr6	57254955	rs2894842	G	A	7760.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.879;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=489;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=31;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=77;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.273;SC=AAGTAATGTGGTTTTTTTCTT;SOR=0.686;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=325;TCF=118;TCR=207;TR=120;WE=57254963;WS=57254917;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:284,201:0.41:485
chr6	57254986	rs2397267	G	A	2614.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.859;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=270;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.036;HP=1;HapScore=1;MGOF=50;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=54;PP=1045;ReadPosRankSum=-1.215;SC=GGCAAAGACTGCAATTACTTT;SOR=0.773;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=204;TCF=53;TCR=151;TR=68;WE=57254994;WS=57254976;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:166,101:0.38:267
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chr6	57255015	rs2894844	G	C	1789.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=3.680;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=41;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=37;PP=2796;ReadPosRankSum=-0.764;SC=CCTAATAACAGAAAAAAAATC;SOR=0.677;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=123;TCF=19;TCR=104;TR=43;WE=57255024;WS=57254991;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:89,50:0.36:139
chr6	57255016	rs5876555	A	AC	1780.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-2.593;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=41;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=36;PP=2677;ReadPosRankSum=-0.517;SC=CTAATAACAGAAAAAAAATCA;SOR=0.764;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=104;TCF=2;TCR=102;TR=37;WE=57255024;WS=57254991;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,48:0.35:136
chr6	57255032	rs7769711	C	G	1094.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=6.762;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.274;HP=5;HapScore=2;MGOF=53;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=30;PP=594;ReadPosRankSum=0.279;SC=AATCATTTTTCGGGGGAAAAT;SOR=1.047;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=93;TCF=9;TCR=84;TR=32;WE=57255040;WS=57255022;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,33:0.34:98
chr6	57372104	rs2024986	T	C	811.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-4.834;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.585;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=2;PP=1005;ReadPosRankSum=-1.558;SC=ACCATGTAGCTAGCTTTGATC;SOR=0.329;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=78;TCF=72;TCR=6;TR=30;WE=57372134;WS=57372099;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,35:0.45:78
chr6	57372116	rs9382768	T	C	2167.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.455;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FS=2.054;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=20.84;ReadPosRankSum=1.118;SOR=1.034;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,70:0.67:104
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chr6	57372199	rs9382769	T	C	7466.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.947;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=508;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=128;NR=71;PP=2962;ReadPosRankSum=0.318;SC=GCCTCCCTATTTGCCCTTCAG;SOR=0.695;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=307;TCF=194;TCR=113;TR=199;WE=57372207;WS=57372189;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:165,330:0.67:495
chr6	57372361	rs9382770	C	A	10003.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.646;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=581;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.038;NF=91;NR=148;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.791;SC=CTCAGGTAATCTAAAGGCACA;SOR=0.684;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=370;TCF=140;TCR=230;TR=239;WE=57372382;WS=57372351;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:199,372:0.65:571
chr6	57372365	rs9396315	A	G	609.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.313;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=557;ExcessHet=3.0103;FS=1.582;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.04;MQRankSum=-0.624;QD=1.11;ReadPosRankSum=1.124;SOR=0.524;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:458,90:0.16:548
chr6	57372374	rs68090917	CT	C	4731.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.320;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=510;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.562;HP=2;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.949;NF=7;NR=91;PP=2948;ReadPosRankSum=-0.406;SC=AAGGCACAGCCTTGTTATGCT;SOR=0.604;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=237;TCF=17;TCR=220;TR=98;WE=57372382;WS=57372351;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:325,172:0.35:497
chr6	57372436	rs9382771	G	C	4633.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.445;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FS=0.598;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=22.39;ReadPosRankSum=-1.063;SOR=0.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:62,145:0.70:207
chr6	57372437	rs79221898	C	T	1391.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-2.386;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FS=1.240;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.82;ReadPosRankSum=0.861;SOR=0.580;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:132,72:0.35:204
chr6	57372456	rs35141035	AT	A	1040.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.243;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.84;ReadPosRankSum=-0.163;SOR=0.798;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:59,37:0.39:96
chr6	57372480	rs79601039	A	G	559.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=0.319;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.245;HP=2;HapScore=2;MGOF=83;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=25;PP=471;ReadPosRankSum=-0.320;SC=CTTTCATTCCATTATTCAAAT;SOR=0.961;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=65;TCF=9;TCR=56;TR=29;WE=57372488;WS=57372470;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,27:0.40:68
chr6	57372502	rs9349872	G	A	1205.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.549;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=2.168;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.65;ReadPosRankSum=0.096;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,34:0.72:47
chr6	57372502	.	GTACCATGTACTT	ATACCATGGACTC,ATACCATGTACTT	580	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.19;FR=0.5000,0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=85;MMLQ=28;MQ=60.0;NF=1,3;NR=11,31;PP=580,157;QD=53.6223229052;SC=GAAGTTCTTAGTACCATGTAC;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=44;TCF=3;TCR=41;TR=12,34;WE=57372522;WS=57372492;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.27:44
chr6	57372510	rs77697887	T	G	522.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.545;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=1.955;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.07;ReadPosRankSum=-0.948;SOR=1.136;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,16:0.40:40
chr6	57372514	rs77868044	T	C	492.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.288;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.93;ReadPosRankSum=-0.115;SOR=0.593;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,12:0.36:33
chr6	57392963	rs927193	T	C	231.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.666;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.187;HP=1;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=1;PP=121;ReadPosRankSum=1.378;SC=TCATTAAATATGTTTAAAACA;SOR=1.445;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=11;TCF=9;TCR=2;TR=7;WE=57392971;WS=57392953;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,10:0.62:16
chr6	57393029	rs77090024	T	A	322.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.867;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=1.516;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.72;ReadPosRankSum=1.436;SOR=0.999;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,11:0.23:48
chr6	57393034	rs75127850	G	T	432.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.890;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.17;ReadPosRankSum=1.202;SOR=0.776;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,12:0.23:53
chr6	57393040	rs74756458	A	T	555.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.029;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=1.338;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.75;ReadPosRankSum=0.390;SOR=1.042;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:43,14:0.25:57
chr6	57393054	rs75725892	G	A	786.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.140;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.977;HP=2;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=5;PP=799;ReadPosRankSum=-1.362;SC=AATTTCCTTCGAAGGGATCAA;SOR=0.837;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=62;TCF=43;TCR=19;TR=19;WE=57393062;WS=57393019;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,23:0.28:81
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chr6	57393092	rs73752377	T	A	1104.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.196;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=33;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=7;PP=239;ReadPosRankSum=0.952;SC=GTTTTAATATTTTTTTTTCTT;SOR=0.673;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=91;TCF=60;TCR=31;TR=24;WE=57393100;WS=57393080;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:109,37:0.25:146
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chr6	57398154	rs80081867	T	C	12516.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.110;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=657;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.23;ReadPosRankSum=-2.003;SOR=0.719;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:332,319:0.49:651
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chr6	57398365	rs202233695	G	C	268.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.710;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FS=1.916;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.46;ReadPosRankSum=-0.959;SOR=0.932;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:157,27:0.15:184
chr6	57398385	rs11455120	A	AT	622.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-3.489;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.676;HP=10;HapScore=2;MGOF=37;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=22;PP=592;ReadPosRankSum=0.420;SC=GAAACGGTCTATTTTTTTTTA;SOR=0.255;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=82;TCF=5;TCR=77;TR=24;WE=57398403;WS=57398375;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,29:0.40:73
chr6	57398395	rs78658694	A	T	529.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-5.201;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.382;HP=9;HapScore=2;MGOF=37;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=20;PP=662;ReadPosRankSum=1.401;SC=ATTTTTTTTTAAAATATGCTC;SOR=0.216;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=74;TCF=13;TCR=61;TR=26;WE=57398403;WS=57398375;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,29:0.39:75
chr6	57398412	rs6937166	A	G	250.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=2.595;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.653;HP=1;HapScore=1;MGOF=33;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=13;PP=198;ReadPosRankSum=-0.122;SC=GCTCCCTGCAATGTAGTTGAA;SOR=1.361;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=59;TCF=9;TCR=50;TR=15;WE=57398420;WS=57398402;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,14:0.24:58
chr6	57415121	rs7741368	G	A	3809.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=3.243;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=341;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.446;HP=1;HapScore=1;MGOF=29;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=28;PP=1248;ReadPosRankSum=-1.086;SC=TGCTGTTGTCGTAAAGACAGA;SOR=0.734;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=264;TCF=182;TCR=82;TR=90;WE=57415129;WS=57415111;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:234,106:0.31:340
chr6	57415141	rs11346545	TA	T	4287.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.670;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=492;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=30;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=3.042;NF=34;NR=45;PP=2087;ReadPosRankSum=0.044;SC=ACTTTTCATTTAAAAAGTATA;SOR=0.666;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=255;TCF=112;TCR=143;TR=79;WE=57415149;WS=57415131;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:342,149:0.30:491
chr6	57415161	rs493737	T	G	13199.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.294;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=647;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.555;HP=2;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.441;NF=165;NR=116;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.624;SC=AATTGCTAAGTAATGTGTTTT;SOR=0.783;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=417;TCF=242;TCR=175;TR=281;WE=57415181;WS=57415151;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:219,425:0.66:644
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chr6	57415223	rs7741129	A	T	9855.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.772;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=890;ExcessHet=3.0103;FS=0.556;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.05;MQRankSum=2.921;QD=11.15;ReadPosRankSum=0.916;SOR=0.772;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:601,283:0.32:884
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chr6	57467107	rs9885751	C	T	6437.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.278;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=535;ExcessHet=3.0103;FS=0.564;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.17;ReadPosRankSum=0.948;SOR=0.605;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:336,193:0.36:529
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chr6	57472533	.	TT	CC	1562	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;FR=0.5000;HP=1;HapScore=1;MGOF=22;MMLQ=28;MQ=60.0;NF=10;NR=47;PP=1562;QD=28.3415416642;SC=ATGCTGTGTATTACTTGTCAG;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=177;TCF=41;TCR=136;TR=57;WE=57472542;WS=57472523;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:120,57:0.32:177
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chr6	57499188	rs2151627	C	T	97.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=3.592;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=31;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=5;PP=292;ReadPosRankSum=-1.259;SC=ATTTATTGAACGACCAGACAA;SOR=0.551;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=19;TCF=2;TCR=17;TR=6;WE=57499204;WS=57499178;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,6:0.27:22
chr6	57499196	rs11423601	C	CA	76.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.934;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=4;MGOF=31;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=4;PP=263;ReadPosRankSum=-1.169;SC=AACGACCAGACAACTAAGCTT;SOR=0.693;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=13;TCF=1;TCR=12;TR=5;WE=57499204;WS=57499178;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,5:0.29:17
chr6	57512340	rs4364484	C	T	878.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-3.361;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.827;HP=2;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=1;PP=673;ReadPosRankSum=-0.460;SC=GCTGATTAAGCGTTAGAATGC;SOR=2.741;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=46;TCF=43;TCR=3;TR=33;WE=57512360;WS=57512330;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,33:0.70:47
chr6	57512352	rs5001077	A	T	290.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.684;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=1.768;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.69;ReadPosRankSum=0.624;SOR=1.053;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:46,16:0.26:62
chr6	57512439	rs4294006	T	C	3374.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=3.563;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=354;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.958;HP=1;HapScore=1;MGOF=30;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=96;NR=22;PP=2156;ReadPosRankSum=0.075;SC=CTTTGCCATGTATTAATGCAA;SOR=0.609;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=285;TCF=231;TCR=54;TR=118;WE=57512447;WS=57512429;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:202,150:0.43:352
chr6	57512476	rs4307164	G	A	10246.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-2.371;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=602;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.342;HP=2;HapScore=1;MGOF=29;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=247;NR=72;PP=2962;ReadPosRankSum=0.192;SC=TTACAGGTGGGTGATTGTGGC;SOR=0.861;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=471;TCF=354;TCR=117;TR=319;WE=57512484;WS=57512466;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:183,414:0.69:597
chr6	57512510	rs4294007	T	G	18762.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=2.551;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=898;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.637;HP=2;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=369;NR=188;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.875;SC=ATCCTAATCATTTCTTTTGTG;SOR=0.859;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=656;TCF=428;TCR=228;TR=557;WE=57512518;WS=57512500;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:131,757:0.85:888
chr6	57512529	rs5001076	C	A	6074.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.209;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1152;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=33;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=151;NR=94;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.239;SC=TGAGAGCCAACGTATTCTAAA;SOR=0.649;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=801;TCF=501;TCR=300;TR=245;WE=57512537;WS=57512519;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:783,350:0.31:1133
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chr6	57512678	rs4398719	G	A	17544.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=2.089;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1116;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.583;HP=1;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=147;NR=341;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.427;SC=AAGGACTAGAGGATTACTTTA;SOR=0.798;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=749;TCF=246;TCR=503;TR=488;WE=57512686;WS=57512668;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:346,755:0.69:1101
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chr6	62757987	rs9346001	C	T	1069.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=4;NR=32;PP=878;SC=TATAGGTTTTCCAAACTTTAC;SOR=3.737;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=37;TCF=4;TCR=33;TR=36;WE=62757995;WS=62757977;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr6	62887031	rs9346218	C	T	242.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=6;NR=1;PP=144;SC=AATTAAAATACCGTCTTCTTT;SOR=2.303;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=6;TCR=1;TR=7;WE=62887039;WS=62887021;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
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chr6	63921442	rs76273486	G	A	1264.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=29;NR=12;PP=843;SC=CTGCCCGCCCGCTCGGCGTCG;SOR=1.765;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=41;TCF=29;TCR=12;TR=41;WE=63921464;WS=63921432;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr6	63921456	rs79100944	G	A	1614.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=35;NR=12;PP=1017;SC=GGCGTCGGCCGCCGCCATGGG;SOR=1.961;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=35;TCR=12;TR=47;WE=63921464;WS=63921432;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr6	64289938	rs56188808	AT	A	147.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.238;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FS=0.940;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.52;ReadPosRankSum=1.332;SOR=0.540;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:69,28:0.29:97
chr6	64694354	rs4710457	C	T	2393.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.458;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=26;PP=1107;ReadPosRankSum=2.768;SC=CTTTCCATGTCGTGCTTCATC;SOR=0.437;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=58;TCF=32;TCR=26;TR=57;WE=64694362;WS=64694344;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,93:0.97:96
chr6	64694560	rs1482457	G	A	244.31	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.7362;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=7;PP=154;ReadPosRankSum=0.162;SC=AAAAGATGTAGGATGTTTGGT;SOR=1.179;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=8;WE=64694568;WS=64694550;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,10:0.91:11
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chr6	65302915	rs11331907	GA	G	214.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=11;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=9;NR=0;PP=159;SC=ATGTATCTCAGAAAAAAAAAA;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=11;TCR=0;TR=9;WE=65302923;WS=65302907;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr6	65596759	rs7743515	G	A	1143.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=9;NR=23;PP=671;SC=GAGAAATGAGGAATAGCCATG;SOR=1.556;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=9;TCR=23;TR=32;WE=65596767;WS=65596749;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr6	65655883	rs9453115	C	T	451.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=13;PP=317;SC=TACTCCTGGCCATTTTGATAT;SOR=5.549;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=0;TCR=13;TR=13;WE=65655891;WS=65655873;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr6	66005857	rs17411795	T	A	6117.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-2.552;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=248;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=1.668;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=83;NR=76;PP=2889;ReadPosRankSum=0.459;SC=AGTATCTATCTCACAGATGTT;SOR=0.489;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=162;TCF=84;TCR=78;TR=159;WE=66005865;WS=66005847;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:5,238:0.98:243
chr6	66013183	.	G	A	347.10	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.599;ClippingRankSum=0.000;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=41.89;MQRankSum=-1.644;QD=23.14;ReadPosRankSum=1.509;SOR=1.739;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,14:0.93:15
chr6	66045077	rs1502965	C	T	1322.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=12;NR=27;PP=737;SC=TATGAATTCCCATCACTTACT;SOR=1.609;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=39;TCF=12;TCR=27;TR=39;WE=66045085;WS=66045067;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr6	66045118	rs1502964	T	C	571.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=16;PP=349;SC=TGAGAGATCATGATAGATGCC;SOR=2.737;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=19;TCF=3;TCR=16;TR=19;WE=66045126;WS=66045108;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr6	66053835	rs1502963	T	G	251.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=1;PP=207;SC=TTTGAATATTTAAGAATCTGT;SOR=2.833;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=7;TCR=1;TR=8;WE=66053843;WS=66053825;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr6	66063513	rs1936439	G	A	4212.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=31;NR=67;PP=1857;SC=CATACATACTGCAAAAAGGAA;SOR=1.267;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=98;TCF=31;TCR=67;TR=98;WE=66063521;WS=66063503;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,159:1.00:159
chr6	69666183	rs143618979	T	TTA	258.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=9;PP=250;SC=AAGATAATCATTATATATATA;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=1;TCR=11;TR=9;WE=69666191;WS=69666173;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr6	69666520	rs7757138	T	C	530.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=3;PP=258;SC=ACATTGACCATGAAACATTTC;SOR=1.721;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=11;TCR=3;TR=14;WE=69666528;WS=69666510;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr6	69666684	rs1932618	A	G	1063.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=13;NR=22;PP=672;SC=AGAAGATGCAATGAGCAGCGA;SOR=1.236;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=35;TCF=13;TCR=22;TR=35;WE=69666692;WS=69666674;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr6	69666747	rs3215965	GA	G	361.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=9;PP=159;SC=TTCATAACGTGAAAAAAAAAA;SOR=1.179;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=0;TCR=11;TR=9;WE=69666755;WS=69666737;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr6	69728452	rs10485430	C	T	559.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=10;PP=266;SC=CAAGTATCTACACCATACGTT;SOR=1.508;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=4;TCR=10;TR=14;WE=69728460;WS=69728442;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr6	69728522	rs2785573	C	T	87.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=21.76;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr6	69759148	rs618372	A	T	599.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=6;PP=322;SC=ATACTTCAAAATTTATTCTTT;SOR=1.179;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=10;TCR=6;TR=16;WE=69759156;WS=69759138;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr6	69772817	rs2793459	C	G	3969.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=70;NR=40;PP=2125;SC=TATAATTACTCTGTTGCAGAA;SOR=1.171;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=113;TCF=72;TCR=41;TR=110;WE=69772825;WS=69772807;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,145:1.00:145
chr6	69786046	rs35445308	G	GA	294.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-1.273;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=9;PP=182;ReadPosRankSum=-0.812;SC=TGCATTCAGAGAAAAAAAAAT;SOR=0.527;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=9;WE=69786054;WS=69786036;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,14:0.93:15
chr6	69943418	rs3215840	A	AG	2622.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=34;PP=1650;SC=GTTGCAGGGTACAAAATTGGG;SOR=1.716;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=40;TCF=2;TCR=38;TR=36;WE=69943426;WS=69943408;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr6	70034982	rs2296975	C	T	1607.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=1.661;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.033;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=40;PP=1108;ReadPosRankSum=2.001;SC=AGAAAGCAGTCATGAGTGATT;SOR=2.604;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=7;TCR=40;TR=47;WE=70034990;WS=70034972;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,57:0.97:59
chr6	70048739	rs11751775	A	C	2059.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=37;NR=12;PP=1188;SC=AGCTAACTTGAAGCAGCAATT;SOR=1.708;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=49;TCF=37;TCR=12;TR=49;WE=70048755;WS=70048729;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr6	70064187	rs2296974	G	A	5478.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-2.002;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=75;PP=2642;ReadPosRankSum=-0.707;SC=CAGATTCTTCGAGTTCGTTTC;SOR=0.915;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=136;TCF=59;TCR=77;TR=133;WE=70064195;WS=70064177;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,207:0.99:209
chr6	70386320	rs3214021	C	T	4056.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=62;NR=37;PP=1930;SC=GGTCAAATCACGCGTGGGATA;SOR=1.091;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=100;TCF=63;TCR=37;TR=99;WE=70386328;WS=70386310;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,152:1.00:152
chr6	70407465	rs12648	A	T	885.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=11;PP=373;SC=CTTCAGGAGCATCTGCATCAC;SOR=0.811;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=21;TCF=10;TCR=11;TR=21;WE=70407473;WS=70407455;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr6	70411157	rs2445969	G	A	55.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=18.43;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr6	70423739	rs2305837	A	G	387.98	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-1.399;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=11;PP=285;ReadPosRankSum=-0.812;SC=ATCTTAATAAAGTACCCAGCA;SOR=0.892;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=16;TCF=4;TCR=12;TR=15;WE=70423747;WS=70423729;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,15:0.94:16
chr6	70447993	rs45559535	G	T	471.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.21;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr6	70448033	rs12661224	C	T	276.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=8;PP=167;SC=TATGTATTACCGTATTCTTGA;SOR=2.494;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=2;TCR=8;TR=10;WE=70448041;WS=70448023;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr6	70490511	rs9346353	A	G	95.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=4;PP=69;SC=TTAAAAGTCAAGTTTTAATAC;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=0;TCR=4;TR=4;WE=70490519;WS=70490501;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr6	70490528	rs9346354	A	G	103.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=4;PP=77;SC=ATACGACTGAATATCACTTCC;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=0;TCR=4;TR=4;WE=70490536;WS=70490518;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr6	70500451	rs2305838	C	A	2098.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-1.820;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=51;PP=1341;ReadPosRankSum=1.328;SC=TAGCAGGAAACCTTATGTGAA;SOR=1.029;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=67;TCF=15;TCR=52;TR=66;WE=70500471;WS=70500441;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,79:0.99:80
chr6	70500463	rs2305839	T	G	1889.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=11;NR=45;PP=1363;SC=TTATGTGAAGTAAAGGTTATT;SOR=2.494;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=56;TCF=11;TCR=45;TR=56;WE=70500471;WS=70500441;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr6	70744264	rs7764390	G	C	3819.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.116;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=53;PP=1721;ReadPosRankSum=-1.232;SC=ACTTCTCATTGATACTGTTTA;SOR=0.611;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=89;TCF=34;TCR=55;TR=86;WE=70744272;WS=70744254;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,143:0.98:146
chr6	70812123	rs7772672	A	G	3492.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=36;NR=39;PP=1306;SC=CTGTGAGTAAACAATACAATG;SOR=0.767;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=77;TCF=36;TCR=41;TR=75;WE=70812131;WS=70812113;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,139:1.00:139
chr6	70812273	rs11759810	A	G	381.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=11;PP=273;SC=CATACTCTCTATATTCCTAAC;SOR=2.303;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=3;TCR=11;TR=14;WE=70812281;WS=70812263;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr6	70852493	rs9342783	A	G	172.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=0;PP=133;SC=CTTGGTAATCACAAAGCACAT;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=7;TCR=0;TR=7;WE=70852501;WS=70852491;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
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chr6	70852841	rs2296013	A	T	363.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=11;PP=273;SC=TCTATGCCACAAAAACTGATC;SOR=2.833;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=2;TCR=11;TR=13;WE=70852849;WS=70852831;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr6	70854183	rs9364074	A	G	1220.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.62;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=8;PP=406;SC=CTCATTTTATATGTTAAGTAG;SOR=1.022;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=15;TCR=8;TR=23;WE=70854191;WS=70854173;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr6	70854208	rs58591338	CAG	C	2737.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.66;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=8;NR=10;PP=859;SC=GAGGAAGAGACAGAGGATCAT;SOR=0.976;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=19;TCF=8;TCR=11;TR=18;WE=70854217;WS=70854198;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr6	70854924	rs3841703	A	AT	493.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.63;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=6;PP=281;SC=TTTTGTTAATATTTTTCTTGC;SOR=1.402;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=10;TCF=1;TCR=9;TR=7;WE=70854932;WS=70854914;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr6	70856536	rs7762409	C	T	300.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=9;NR=2;PP=224;SC=TGTATTCATACTTTTTTTCTT;SOR=1.802;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=12;TCF=9;TCR=3;TR=11;WE=70856544;WS=70856526;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr6	70861135	rs3818327	T	G	181.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=0;PP=146;SC=CACATTTCTTTATACGAAACA;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=6;WE=70861143;WS=70861125;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr6	70866421	rs3736843	T	C	346.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=1;PP=288;SC=GATGTAAAAGTCACTTGCAAA;SOR=3.442;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=11;TCF=10;TCR=1;TR=11;WE=70866429;WS=70866411;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr6	70866609	rs2229799	C	T	1402.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=0.633;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=19;PP=555;ReadPosRankSum=0.733;SC=GGGAGAAAGGCGATGAGGTAA;SOR=1.047;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=31;TCF=11;TCR=20;TR=29;WE=70866617;WS=70866599;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,57:0.97:59
chr6	70873331	rs2296010	G	A	4668.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.967;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.778;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=70;PP=2232;ReadPosRankSum=-0.526;SC=CTGGGGCTTGGAGTGGGAGCA;SOR=0.793;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=114;TCF=44;TCR=70;TR=113;WE=70873339;WS=70873321;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,178:0.99:179
chr6	70875976	rs802174	T	G	1320.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=9;NR=30;PP=865;SC=AAAGATAAAATTCTTCTGAAT;SOR=2.160;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=39;TCF=9;TCR=30;TR=39;WE=70875984;WS=70875966;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr6	70876046	rs802175	T	C	430.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=11;PP=303;SC=TTTGTTCTCCTTTTGGTTCAG;SOR=5.283;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=0;TCR=11;TR=11;WE=70876054;WS=70876036;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr6	70894909	rs2296005	A	T	1080.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=25;PP=685;SC=CAAATCACCAAATCTATAAAG;SOR=1.923;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=35;TCF=10;TCR=25;TR=35;WE=70894917;WS=70894899;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr6	70897698	rs3749913	A	G	712.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=18;NR=4;PP=441;SC=AATAAGTGCCAGTATGAATCC;SOR=2.387;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=22;TCF=18;TCR=4;TR=22;WE=70897706;WS=70897688;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr6	70909252	rs5877242	AT	A	134.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.63;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=5;NR=1;PP=162;SC=GTATTTTGAAATTTTTTGACA;SOR=2.584;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=5;TCR=1;TR=6;WE=70909260;WS=70909242;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr6	70909763	rs3806064	T	C	175.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=21.97;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr6	70909779	rs3806065	T	C	122.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.58;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr6	70916830	rs3215860	AT	A	772.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-0.574;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=7.074;HP=10;HapScore=3;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=13;PP=366;ReadPosRankSum=0.279;SC=CTGCATTGTAATTTTTTTTTT;SOR=0.663;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=30;TCF=14;TCR=16;TR=24;WE=70916839;WS=70916820;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,41:0.95:43
chr6	70916888	rs1200576	A	C	1790.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=29;NR=19;PP=911;SC=CCCCAGGCCCACAGGGCCCCC;SOR=1.000;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=48;TCF=29;TCR=19;TR=48;WE=70916896;WS=70916878;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr6	70916998	rs1736	G	A	1824.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=15;NR=20;PP=707;SC=AAGAAGACTTGGTTCCTGGTA;SOR=0.754;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=42;TCF=15;TCR=27;TR=35;WE=70917006;WS=70916988;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr6	70926898	rs1200569	G	A	1846.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=17;NR=40;PP=1131;SC=GCTTTTGGAAGCGATGGATGA;SOR=1.576;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=57;TCF=17;TCR=40;TR=57;WE=70926906;WS=70926888;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr6	70926933	rs2881343	G	C	1310.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=7;NR=32;PP=980;SC=TGGTGATGATGATGATGATGA;SOR=2.780;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=39;TCF=7;TCR=32;TR=39;WE=70926941;WS=70926923;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr6	70944123	rs12197487	G	C	959.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=22;NR=4;PP=715;SC=TACCCTAAATGTCCTATCTTT;SOR=3.334;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=28;TCF=24;TCR=4;TR=26;WE=70944131;WS=70944113;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr6	70944465	rs12191701	A	G	1524.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=22;NR=20;PP=999;SC=GGAGTCTCCAAAGGGAAACCA;SOR=0.813;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=42;TCF=22;TCR=20;TR=42;WE=70944473;WS=70944455;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr6	70949079	rs13216129	A	G	670.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.84;SOR=0.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr6	70950281	rs71767894	AAT	A	150.87	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=30.17;SOR=3.611;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr6	70951103	rs13202029	A	G	5624.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.936;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=1.707;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=76;NR=69;PP=2805;ReadPosRankSum=-1.070;SC=TTTTATACCAATTAAATAATA;SOR=0.544;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=147;TCF=77;TCR=70;TR=145;WE=70951111;WS=70951093;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:5,214:0.98:219
chr6	70961833	rs1135056	T	C	1404.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=28;NR=14;PP=812;SC=AGGAAGCCCCTGGGGTCCTCG;SOR=1.358;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=44;TCF=29;TCR=15;TR=42;WE=70961841;WS=70961823;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr6	70962044	rs519068	A	G	1579.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-1.609;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.874;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=27;PP=784;ReadPosRankSum=-0.424;SC=AACATCCAAAATAACTCATGC;SOR=0.892;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=42;TCF=15;TCR=27;TR=41;WE=70962052;WS=70962034;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,60:0.98:61
chr6	70962164	rs9446215	T	C	267.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=1;NR=8;PP=196;SC=GCAGAATCTCTTTCTTGTTAG;SOR=2.093;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=9;WE=70962172;WS=70962154;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr6	70963156	rs701690	T	G	6823.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=265;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=80;NR=82;PP=2965;SC=TACACAATCCTAGTTTAATCA;SOR=0.708;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=162;TCF=80;TCR=82;TR=162;WE=70963164;WS=70963146;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,262:1.00:262
chr6	70963232	rs701689	A	G	3359.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=35;NR=62;PP=1841;SC=GGGAATCATGATAACCTCAAA;SOR=1.292;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=97;TCF=35;TCR=62;TR=97;WE=70963240;WS=70963222;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr6	70963279	rs701688	T	C	1540.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=7;NR=40;PP=1187;SC=AGTTCCCAAATTCTGCACAGT;SOR=3.398;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=7;TCR=40;TR=47;WE=70963287;WS=70963269;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
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chr6	70965125	rs633762	A	C	626.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=13;PP=369;SC=TTAATACAAGAAAAAGTTACT;SOR=1.931;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=4;TCR=13;TR=17;WE=70965133;WS=70965115;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr6	70966421	rs34557832	C	CA	1788.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.704;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FS=0.829;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.14;MQRankSum=0.559;QD=12.60;ReadPosRankSum=1.874;SOR=0.547;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,105:0.74:142
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chr6	70979125	rs551470	A	G	377.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=8;NR=1;PP=193;SC=AAAGATCATAAAAGAACAAAG;SOR=2.303;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=8;TCR=1;TR=9;WE=70979133;WS=70979115;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr6	70979193	rs550675	C	T	1151.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=17;NR=11;PP=488;SC=AGTCCACTAGCGTTACAGACT;SOR=1.105;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=28;TCF=17;TCR=11;TR=28;WE=70979201;WS=70979183;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr6	70979324	rs6935778	A	G	1401.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=15;NR=18;PP=592;SC=TGTTCAAAGGAAAGCATCTTA;SOR=0.970;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=33;TCF=15;TCR=18;TR=33;WE=70979332;WS=70979314;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr6	71238105	rs2747701	A	G	3413.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.611;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=46;PP=1426;ReadPosRankSum=0.734;SC=GAAGAAGAGGATGGTTCTGAA;SOR=0.886;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=84;TCF=37;TCR=47;TR=82;WE=71238113;WS=71238095;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,134:0.99:136
chr6	71378188	rs781984	A	G	622.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=18;NR=3;PP=435;SC=GGGTCTGGGCAGAGCTTAGGG;SOR=3.352;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=18;TCR=3;TR=21;WE=71378196;WS=71378186;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr6	71482975	rs1413353	G	A	717.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.959;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=6;PP=333;ReadPosRankSum=-1.189;SC=TAGAGTCCCAGCTTTGTGGAG;SOR=1.071;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=11;TCR=6;TR=17;WE=71482983;WS=71482965;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,29:0.94:31
chr6	71665473	rs9455275	A	G	1182.53	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.527;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=38.15;ReadPosRankSum=-0.988;SOR=1.071;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,29:0.94:31
chr6	71665479	rs62420336	G	A	1182.53	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.462;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=36.95;ReadPosRankSum=-0.769;SOR=1.143;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,30:0.94:32
chr6	71665986	rs1574490	G	A	1795.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=20;NR=29;PP=880;SC=GGAGTCGGGCGCCCCCGCGGC;SOR=1.054;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=49;TCF=20;TCR=29;TR=49;WE=71665994;WS=71665976;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr6	71666146	rs1320315	T	C	1005.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.694;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=14;PP=341;ReadPosRankSum=-0.600;SC=GCACGCTCCCTGGCCTCTCGG;SOR=0.850;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=28;TCF=13;TCR=15;TR=26;WE=71666154;WS=71666136;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,39:0.95:41
chr6	72010963	rs9346458	G	A	2032.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=47;NR=13;PP=1283;SC=ATGGCATTAGGAAGTCATTAC;SOR=2.147;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=60;TCF=47;TCR=13;TR=60;WE=72010971;WS=72010953;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr6	72011579	rs72265796	GAGA	G	6039.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.188;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.293;NF=14;NR=53;PP=2967;ReadPosRankSum=0.561;SC=AAGAAATACAGAGAAGGACAG;SOR=0.556;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=70;TCF=14;TCR=56;TR=67;WE=72011589;WS=72011569;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:5,142:0.97:147
chr6	72084666	.	CATATATAAAT	C	200.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=64.64;QD=33.47;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr6	72091267	rs5877279	T	TTA	606.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;NF=2;NR=6;PP=382;SC=TCTGATGAATTTATATATATA;SOR=0.693;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=11;TCF=2;TCR=9;TR=8;WE=72091275;WS=72091257;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr6	72809825	rs9360527	C	T	73.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=3;PP=52;SC=ATTTCCAGCTCTCATGAAAAA;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=0;TCR=3;TR=3;WE=72809833;WS=72809815;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr6	72836421	rs2463696	A	C	1674.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.77;SOR=1.341;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr6	72858416	rs151080929	GTT	G,GT	2632.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.081;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.06;MQRankSum=0.402;QD=17.44;ReadPosRankSum=1.911;SOR=0.749;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:18,103,30:0.68,0.20:151
chr6	72889472	rs2249021	A	G	7291.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.049;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=273;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.146;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=74;NR=88;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.222;SC=AGACACCCCTAAGCACAGCAG;SOR=0.484;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=165;TCF=76;TCR=89;TR=162;WE=72889480;WS=72889462;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,267:0.99:270
chr6	72892257	rs2463730	A	G	507.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=10;PP=316;SC=ACCCGAACCTAGCTCGGTACC;SOR=1.022;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=7;TCR=10;TR=17;WE=72892265;WS=72892247;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr6	72984277	rs4504440	G	A	540.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=7;NR=9;PP=320;SC=AGCCAACTCTGGTAAAGCACC;SOR=0.892;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=16;TCF=7;TCR=9;TR=16;WE=72984285;WS=72984267;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr6	73516397	rs9446758	A	G	361.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=5;PP=258;SC=TTGGCCCAATATTCCTATTAT;SOR=1.179;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=13;TCF=8;TCR=5;TR=13;WE=73516405;WS=73516387;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr6	73821239	rs2000205	T	C	2372.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=20;NR=44;PP=1471;SC=TGTTCCTTTTTATAAAATGAA;SOR=1.423;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=65;TCF=20;TCR=45;TR=64;WE=73821247;WS=73821229;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr6	73830423	rs1891404	A	G	2261.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=16;NR=38;PP=1210;SC=GTTGCTCCTAAAGAGATTCAA;SOR=1.367;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=54;TCF=16;TCR=38;TR=54;WE=73830431;WS=73830413;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr6	73879295	rs75485693	G	T	691.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=20;NR=1;PP=525;SC=AACTGGGGAGGCTGTAGAAAA;SOR=4.003;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=21;TCF=20;TCR=1;TR=21;WE=73879303;WS=73879285;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
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chr6	73952058	rs12210517	G	A	879.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=60;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=25;NR=4;PP=695;SC=TGATGAAGGTGGGAGGGGAGA;SOR=3.407;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=29;TCF=25;TCR=4;TR=29;WE=73952066;WS=73952049;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
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chr6	74019376	rs16883573	T	C	2111.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=25;NR=22;PP=968;SC=CAGGACTCCGTATTCTGAGAC;SOR=0.798;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=47;TCF=25;TCR=22;TR=47;WE=74019384;WS=74019366;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr6	74072681	rs9446890	G	C	2383.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=17;NR=47;PP=1505;SC=CATACCCACAGCCCACATATT;SOR=1.697;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=64;TCF=17;TCR=47;TR=64;WE=74072689;WS=74072671;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr6	74079041	rs497243	A	C	5180.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=60;NR=51;PP=2026;SC=TCCCTGAGTCAACTATGTCCA;SOR=0.775;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=113;TCF=60;TCR=53;TR=111;WE=74079049;WS=74079031;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,202:1.00:202
chr6	74111524	rs60478350	CA	C	329.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.870;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.19;ReadPosRankSum=0.159;SOR=1.863;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,23:0.92:25
chr6	74115935	rs57549301	C	CGG	538.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=1;PP=322;SC=TTAGTAGAGACGGTTTCTCTA;SOR=2.494;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=7;TCR=1;TR=8;WE=74115943;WS=74115934;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr6	74119084	rs4708053	T	C	1496.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=15;NR=25;PP=919;SC=ACGTATATGCTTAATTACTGT;SOR=1.061;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=15;TCR=25;TR=40;WE=74119092;WS=74119074;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr6	74155491	rs2985419	T	C	699.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.68;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=10;PP=273;SC=GTAAAAATAGTACTGAAATAT;SOR=1.445;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=3;TCR=10;TR=13;WE=74155499;WS=74155481;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr6	74189574	rs7766570	G	A	2842.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=33;NR=30;PP=1290;SC=CTCGGTAAGGGCAAAATGTCA;SOR=0.751;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=63;TCF=33;TCR=30;TR=63;WE=74189582;WS=74189564;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr6	74201826	rs5877369	CA	C	135.27	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.344;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.66;ReadPosRankSum=0.367;SOR=0.914;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,12:0.86:14
chr6	74310231	rs11349241	CT	C	328.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.539;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FS=3.268;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.24;MQRankSum=1.261;QD=6.45;ReadPosRankSum=0.710;SOR=1.536;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,35:0.69:51
chr6	74320391	rs1691343	T	A	805.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=21;PP=583;SC=CTATATTGCCTGGAAGACTAA;SOR=3.611;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=23;TCF=2;TCR=21;TR=23;WE=74320399;WS=74320381;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr6	74325257	rs628038	T	C	404.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=13;PP=264;SC=GACCACCACTTGAAAGCAAAG;SOR=4.174;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=14;TCF=1;TCR=13;TR=14;WE=74325265;WS=74325247;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr6	74331736	rs611580	G	C	4049.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-2.457;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=63;PP=2145;ReadPosRankSum=-1.193;SC=TTAATGCTTAGATCTGTACCG;SOR=1.003;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=108;TCF=44;TCR=64;TR=106;WE=74331744;WS=74331726;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,153:0.99:155
chr6	74342104	rs16883979	C	G	649.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=9;PP=248;SC=CGAAGTGTGTCGAGAAACAAC;SOR=0.941;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=18;TCF=6;TCR=12;TR=15;WE=74342112;WS=74342094;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr6	74345026	rs558839	A	C	162.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=33;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=2;NR=5;PP=103;SC=ATAGGAATATATATTTTTAAA;SOR=1.609;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=7;TCF=2;TCR=5;TR=7;WE=74345034;WS=74345016;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr6	74345053	rs520589	C	T	273.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=6;NR=4;PP=198;SC=TATCTTAATTCTGAAGAAAAA;SOR=1.085;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=10;TCF=6;TCR=4;TR=10;WE=74345061;WS=74345043;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr6	74354175	rs472294	C	T	3233.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=61;NR=28;PP=1694;SC=GCTCTGGACACGCCTTGGAAG;SOR=1.456;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=90;TCF=62;TCR=28;TR=89;WE=74354183;WS=74354165;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr6	74466377	rs6453696	C	T	2860.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=25;NR=38;PP=1196;SC=ACCAGACATACTATCAATCAT;SOR=0.995;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=63;TCF=25;TCR=38;TR=63;WE=74466385;WS=74466367;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr6	74468860	rs7774119	C	A	909.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=9;NR=18;PP=583;SC=TATTAAAATACCTTAGTGGAC;SOR=1.244;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=27;TCF=9;TCR=18;TR=27;WE=74468868;WS=74468850;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr6	74481076	rs4706554	G	A	433.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=1;PP=350;SC=CTATATTTTGGGCCAGTGGTC;SOR=4.047;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=15;TCF=14;TCR=1;TR=15;WE=74481084;WS=74481066;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr6	74490836	rs7742435	G	A	245.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=49.16;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr6	74490863	rs7762433	T	A	412.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=31.75;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr6	74491138	rs9447019	T	C	882.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=15;NR=13;PP=586;SC=AACATAGAGATTGTGATTTTC;SOR=0.957;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=28;TCF=15;TCR=13;TR=28;WE=74491146;WS=74491128;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr6	74491384	rs111578012	CATATTTTTGAA	C	729.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=9;PP=2979;SC=AAAGGAGCAACATATTTTTGA;SOR=0.804;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=12;TCF=1;TCR=11;TR=10;WE=74491402;WS=74491374;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr6	74491468	rs7763367	T	C	101.85	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=16.98;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr6	74492618	rs2047670	G	T	230.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=9;PP=215;SC=TTTAGGAAATGATATTTATTG;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=9;WE=74492626;WS=74492608;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr6	74493432	rs10455097	A	C	2360.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=43;NR=20;PP=1254;SC=GACTTCAGTTACAGGATTTAC;SOR=1.455;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=63;TCF=43;TCR=20;TR=63;WE=74493440;WS=74493422;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr6	74493615	rs11301365	AT	A	1314.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.035;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.476;NF=0;NR=38;PP=726;ReadPosRankSum=0.478;SC=CAGCTCCTCAATTTTTTTTTT;SOR=1.051;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=44;TCF=0;TCR=44;TR=38;WE=74493623;WS=74493605;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,65:0.96:68
chr6	74495257	rs6453700	A	G	3909.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=38;NR=45;PP=1504;SC=TCGAGGTAGCATGAAGGGATT;SOR=0.774;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=83;TCF=38;TCR=45;TR=83;WE=74495265;WS=74495247;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,152:1.00:152
chr6	74497009	rs2351528	A	G	2726.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=41;NR=27;PP=1309;SC=ATGACTTCAAATGAAATAAAT;SOR=0.994;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=69;TCF=42;TCR=27;TR=68;WE=74497017;WS=74496999;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr6	74497152	rs5023688	G	A	4376.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=48;NR=61;PP=1910;SC=TTCTGATGCTGTCACCCAGAT;SOR=0.843;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=110;TCF=49;TCR=61;TR=109;WE=74497160;WS=74497142;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,170:1.00:170
chr6	74497237	rs35066559	G	GT	865.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=27;PP=893;SC=GAAGCAGAAGGTTTTTTCTCT;SOR=3.321;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=31;TCF=0;TCR=31;TR=27;WE=74497245;WS=74497227;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr6	74498432	rs144408661	TAAG	T	232.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=1;NR=3;PP=161;SC=TGAGTCCTAATAAGAAGAGAT;SOR=1.329;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=1;TCR=3;TR=4;WE=74498442;WS=74498422;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr6	74502210	rs12662725	C	T	362.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.64;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=7;NR=1;PP=170;SC=GTGTAAAGTTCCAACTCTGTT;SOR=3.611;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=7;TCR=1;TR=8;WE=74502218;WS=74502201;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr6	74521787	rs1501192	T	C	1515.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=31;NR=6;PP=871;SC=TAGCTTTTGATATGTGAGACA;SOR=2.215;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=31;TCR=6;TR=37;WE=74521795;WS=74521777;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr6	74530416	rs11753946	C	T	2773.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=26;NR=44;PP=1270;SC=GTACAGGAGGCGGGGAGGCAG;SOR=1.179;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=70;TCF=26;TCR=44;TR=70;WE=74530424;WS=74530406;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr6	74533192	rs2917887	T	G	2143.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=23;NR=21;PP=716;SC=GGAGACAGGCTGTGAGAAGTT;SOR=0.741;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=44;TCF=23;TCR=21;TR=44;WE=74533200;WS=74533182;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr6	75795122	rs112607771	G	GCA,GCACA	3115.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.812;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.42;MQRankSum=0.000;QD=35.41;ReadPosRankSum=-1.004;SOR=0.643;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:6,12,70:0.14,0.80:88
chr6	75797302	rs970547	C	T	1584.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=20;NR=13;PP=577;SC=CCTGGATAGCCTTGCCCGTTG;SOR=1.022;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=33;TCF=20;TCR=13;TR=33;WE=75797310;WS=75797292;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr6	75798721	rs200070500	AC	A	37.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=1.857;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=6.506;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.70;MQRankSum=0.000;QD=0.64;ReadPosRankSum=-0.394;SOR=1.015;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:46,13:0.22:59
chr6	75798722	rs672648	C	A	872.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-1.384;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=6.506;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.70;MQRankSum=0.000;QD=14.79;ReadPosRankSum=0.448;SOR=0.877;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,46:0.78:59
chr6	75811880	rs556674	G	A	1970.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=23;NR=32;PP=940;SC=CAGTGTAAGCGTTCAGAATGA;SOR=1.051;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=56;TCF=23;TCR=33;TR=55;WE=75811888;WS=75811870;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr6	75830974	rs499018	G	C	3180.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=53;NR=32;PP=1677;SC=CAAAGGAAAGGCAAGACATCA;SOR=1.150;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=86;TCF=54;TCR=32;TR=85;WE=75830982;WS=75830964;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr6	75833876	rs240722	C	A	3167.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=43;NR=51;PP=2081;SC=AATTTTATATCGCATTGTTAT;SOR=0.846;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=94;TCF=43;TCR=51;TR=94;WE=75833884;WS=75833866;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr6	75841722	rs594012	A	T	3786.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.678;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=42;PP=1658;ReadPosRankSum=-0.797;SC=CAGGTCCTGGAGCAGGGTCCC;SOR=0.807;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=92;TCF=50;TCR=42;TR=92;WE=75841730;WS=75841712;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,146:0.99:148
chr6	75843845	rs1332778	T	C	455.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=12;PP=337;SC=AAGTAGTGAATAAACGACACA;SOR=2.049;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=3;TCR=12;TR=15;WE=75843853;WS=75843835;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr6	75844600	rs1332020	C	T	1269.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=15;NR=23;PP=727;SC=TGGTAAGTGTCAGCCTTGCTC;SOR=1.132;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=38;TCF=15;TCR=23;TR=38;WE=75844608;WS=75844590;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr6	75890933	rs34433354	T	TA	356.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.492;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=1.903;HP=13;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=15;PP=211;ReadPosRankSum=2.416;SC=GTAAGCTATTTAAAAAAAAAA;SOR=1.295;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=23;TCF=1;TCR=22;TR=16;WE=75890941;WS=75890920;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,24:0.80:30
chr6	75893457	rs36085827	TA	T	744.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=30;NR=5;PP=649;SC=CGTGCTTCTTTAAAAAAAAAA;SOR=3.442;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=38;TCF=32;TCR=6;TR=35;WE=75893465;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr6	75901292	rs743003	C	T	314.96	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.592;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.9970;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=1;PP=203;ReadPosRankSum=-0.491;SC=GTGCTCCTTCCAGATAAAGCT;SOR=1.473;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=12;TCF=11;TCR=1;TR=10;WE=75901300;WS=75901282;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,12:0.92:13
chr6	75904455	rs240433	A	T	1795.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=32;NR=21;PP=996;SC=TTCCTAAAGCACAGCTTCTTC;SOR=1.066;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=53;TCF=32;TCR=21;TR=53;WE=75904463;WS=75904445;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr6	75950109	rs56897555	T	TA	504.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.957;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=3.735;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.55;ReadPosRankSum=-1.236;SOR=1.308;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,35:0.59:59
chr6	75951719	rs240419	A	C	340.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=7;PP=185;SC=GAGTTCGAGAACAGCCTGAAC;SOR=1.179;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=3;TCR=7;TR=10;WE=75951727;WS=75951709;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr6	75966269	rs418485	A	G	247.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=1;PP=205;SC=GTAGTTTCTCAGGTGCTTTTG;SOR=3.258;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=11;TCF=10;TCR=1;TR=11;WE=75966277;WS=75966259;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr6	75968720	rs147523	G	A	537.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=13;PP=355;SC=GGAGTGGGGAGGGGATAAGGA;SOR=2.833;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=14;TCF=1;TCR=13;TR=14;WE=75968728;WS=75968710;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr6	75977591	rs240395	T	A	495.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=3;NR=8;PP=215;SC=ACAAAAACTGTTTTTAAGGTC;SOR=1.609;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=3;TCR=8;TR=11;WE=75977599;WS=75977581;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr6	76138146	rs5877455	C	CAG	3075.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=34;NR=7;PP=2016;SC=TCACCACCTCCAGTTTCTGAA;SOR=2.867;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=44;TCF=34;TCR=10;TR=41;WE=76138154;WS=76138136;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr6	76333486	rs655471	G	A	421.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=7;NR=2;PP=168;SC=TGCAAAGACTGTGGTTTGGCC;SOR=1.371;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=7;TCR=2;TR=9;WE=76333494;WS=76333476;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr6	76344431	rs17414086	C	T	3434.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=53;NR=35;PP=1812;SC=AGTGAAAATACGCAAAATACG;SOR=1.092;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=88;TCF=53;TCR=35;TR=88;WE=76344439;WS=76344421;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chr6	76369054	rs507662	A	G	5058.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=61;NR=57;PP=2113;SC=AACAGAAACGACACTGTAGTA;SOR=0.745;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=118;TCF=61;TCR=57;TR=118;WE=76369062;WS=76369044;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,197:1.00:197
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chr6	76385330	rs17792195	G	C	368.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=8;NR=3;PP=263;SC=ATATATCTTGGTGTAATTTCA;SOR=1.981;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=8;TCR=3;TR=11;WE=76385338;WS=76385320;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr6	76386712	rs35745959	GT	G	97.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=1;PP=46;SC=CTTCTTTTGTGTTTTTTTTTG;SOR=1.329;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=4;TCF=3;TCR=1;TR=3;WE=76386720;WS=76386702;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr6	76421003	rs3765140	A	G	587.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=7;NR=5;PP=217;SC=AGTTATTTAGATTATATATTT;SOR=1.085;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=12;TCF=7;TCR=5;TR=12;WE=76421011;WS=76420993;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr6	76425288	rs9250	A	G	1724.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=25;NR=28;PP=882;SC=ACAGAACAATATGTCAATAGT;SOR=0.849;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=53;TCF=25;TCR=28;TR=53;WE=76425296;WS=76425278;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr6	76550839	.	G	GT	285.75	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=8;NR=0;PP=288;SC=ATAGACAAATGGTATTAGAAA;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=8;TCR=0;TR=8;WE=76550847;WS=76550829;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr6	76554593	rs7760587	G	A	796.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.90;SOR=0.957;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr6	76566734	rs3798439	T	G	1196.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=31;NR=9;PP=833;SC=CTTCTCTGTGTGTATGTTTAG;SOR=2.093;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=31;TCR=9;TR=40;WE=76566742;WS=76566724;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr6	76576527	rs6453845	G	T	630.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=14;PP=473;SC=TAGTGGTGACGGCGTTGGACA;SOR=1.828;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=19;TCF=5;TCR=14;TR=19;WE=76576535;WS=76576517;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr6	76596728	rs2295936	C	T	665.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=6;NR=12;PP=331;SC=AATTTCAACCCGAATGACTTT;SOR=1.136;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=18;TCF=6;TCR=12;TR=18;WE=76596736;WS=76596718;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr6	76604573	rs3798429	T	G	689.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=2.239;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.832;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=13;PP=354;ReadPosRankSum=2.088;SC=AATTGTTTTCTATGTATGTCA;SOR=0.916;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=8;TCR=13;TR=21;WE=76604581;WS=76604563;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,28:0.97:29
chr6	76604797	rs3798427	A	G	195.53	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.126;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=19.55;ReadPosRankSum=-0.524;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,9:0.90:10
chr6	76617511	rs141652215	A	ATGTGTG,ATGTGTGTG	1025.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=63.43;QD=36.63;SOR=4.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:0,8,20:0.29,0.71:28
chr6	76624741	rs12606	C	T	340.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=10;PP=249;SC=TGTTGCACACCAGCCTTACAG;SOR=2.147;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=3;TCR=10;TR=13;WE=76624749;WS=76624731;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr6	76656978	rs3215818	AT	A	3067.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=31;NR=20;PP=1975;SC=ACAGAACGAAATTAAAAAAAT;SOR=1.516;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=53;TCF=32;TCR=21;TR=51;WE=76656986;WS=76656968;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr6	76660271	rs41312278	C	T	1085.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.949;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.854;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=7;PP=617;ReadPosRankSum=0.480;SC=TGAGCAGTGCCCACTCACCAG;SOR=1.845;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=33;TCF=25;TCR=8;TR=31;WE=76660279;WS=76660261;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,41:0.95:43
chr6	76728583	rs377755519	TA	T	63.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.103;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=1.386;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.59;ReadPosRankSum=-1.560;SOR=0.460;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,12:0.30:40
chr6	76782049	rs1320537	C	A	423.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=8;NR=1;PP=196;SC=CCCGTGAGATCAATTGGTAGC;SOR=1.609;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=8;TCR=1;TR=9;WE=76782057;WS=76782039;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr6	78171941	rs6297	C	T	2754.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=29;NR=23;PP=1031;SC=CCACTGCAAACGGCAAGTCAA;SOR=0.811;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=52;TCF=29;TCR=23;TR=52;WE=78171949;WS=78171931;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr6	79577644	rs9350789	A	C	1564.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=28;PP=714;SC=AAGAGCCGGAAGACACAAAAG;SOR=1.571;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=9;TCR=28;TR=37;WE=79577652;WS=79577634;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr6	79595167	rs146020132	A	ACTTAT	3503.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=7;NR=17;PP=1393;SC=AGAGGTATGTACTTAACAAAT;SOR=0.855;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=28;TCF=7;TCR=21;TR=24;WE=79595175;WS=79595157;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr6	79612800	rs9352675	G	A	9642.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=0.631;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=378;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=92;NR=119;PP=2965;ReadPosRankSum=1.034;SC=CACATCAAATGAACAAATACT;SOR=0.862;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=212;TCF=92;TCR=120;TR=211;WE=79612808;WS=79612790;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,369:0.99:371
chr6	79657391	rs1984195	G	A	1903.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=18;NR=19;PP=725;SC=AAATAAGTCTGACATCTTTAC;SOR=0.693;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=18;TCR=19;TR=37;WE=79657404;WS=79657381;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr6	79657668	rs11370597	T	TC	116.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=1;NR=2;PP=58;SC=TATTTCATACTCCCCCCCCTT;SOR=1.981;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=4;TCF=1;TCR=3;TR=3;WE=79657676;WS=79657658;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr6	79664440	rs9443632	T	C	1207.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=29;NR=8;PP=836;SC=AAATAAACTATAATCATAAAA;SOR=2.303;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=29;TCR=8;TR=37;WE=79664448;WS=79664430;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr6	79664748	rs10455356	T	C	655.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=14;PP=455;SC=ACTTTTAATGTAGTCTTAGAT;SOR=3.160;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=15;TCF=1;TCR=14;TR=15;WE=79664756;WS=79664738;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr6	79665210	rs7753358	T	A	347.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;QD=21.73;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr6	79679577	rs7742431	A	G	2929.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=48;NR=39;PP=1405;SC=TGTATTTTGCATCATCAAATT;SOR=0.877;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=88;TCF=49;TCR=39;TR=87;WE=79679585;WS=79679567;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr6	79695029	rs1890229	C	T	1613.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=26;NR=17;PP=728;SC=TTTCTAAAGACTTTATATAAC;SOR=0.933;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=44;TCF=26;TCR=18;TR=43;WE=79695037;WS=79695019;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
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chr6	80228541	rs2655655	A	G	6525.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.486;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=251;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=89;PP=2965;ReadPosRankSum=0.140;SC=AAAATCAGATAAGTAAGAATA;SOR=0.491;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=155;TCF=64;TCR=91;TR=153;WE=80228549;WS=80228531;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,246:0.99:249
chr6	80228673	rs2803195	T	C	720.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=26;PP=576;SC=GAGGAGACTATGACAATACTG;SOR=6.593;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=26;TCF=0;TCR=26;TR=26;WE=80228681;WS=80228663;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
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chr6	80341320	rs6926093	CG	GC	641.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;JOINED;MGOF=40;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=0;NR=12;PP=197;SC=TGCGCTCAGCCGGTCCGCCCG;SOR=4.047;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=0;TCR=13;TR=12;WE=80341329;WS=80341310;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
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chr6	80631539	rs700483	T	A	1218.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=8;NR=26;PP=754;SC=GCGTGTTATATACACCAAAAT;SOR=1.954;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=8;TCR=26;TR=34;WE=80631547;WS=80631529;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr6	80715838	rs240226	T	G	4222.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=60;NR=51;PP=2172;SC=GGCTACATGATGGCAGGGTTT;SOR=0.800;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=111;TCF=60;TCR=51;TR=111;WE=80715846;WS=80715828;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,156:1.00:156
chr6	80720487	.	GCAT	G,GTACAT	1447.73	.	AC=2,0;AF=1.00,0.00;ALERT;AN=2;BRF=0.36;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=4;PP=664;SC=TGGGTGGTGGGCATTTTACTG;SOR=1.681;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=15;TCF=11;TCR=4;TR=14;WE=80720499;WS=80720477;set=Intersection	GT:AF:DP	1/1:1.00:32
chr6	80720491	rs199573945	T	TAAAGA	1447.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.24;SOR=1.681;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr6	80720733	rs151587	G	A	241.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=40.31;SOR=3.912;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr6	80720742	rs239556	A	T	241.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=40.31;SOR=3.912;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr6	80721045	rs239558	A	G	123.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=4;NR=1;PP=82;SC=CTTGGGGACAAGTATTTCCTA;SOR=1.981;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=5;TCF=4;TCR=1;TR=5;WE=80721053;WS=80721035;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr6	80722857	rs239562	C	T	39.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=0;PP=22;SC=TTATGTCACTCTAAAAAATGT;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=2;TCF=2;TCR=0;TR=2;WE=80722865;WS=80722854;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr6	80723198	rs239563	T	C	135.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=5;PP=85;SC=TCTCCAACAGTGTTCCACATA;SOR=2.303;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=1;TCR=5;TR=6;WE=80723206;WS=80723188;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr6	80724156	rs2295840	T	C	546.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=10;NR=3;PP=270;SC=TATGGGACTTTATTTGATTTT;SOR=1.721;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=10;TCR=3;TR=13;WE=80724164;WS=80724146;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr6	80724312	rs239566	A	G	1360.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.67;SOR=0.808;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr6	80724462	rs239567	C	T	203.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=1;NR=5;PP=108;SC=ATGAAAAGTACTGAATCCGCA;SOR=1.863;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=1;TCR=5;TR=6;WE=80724470;WS=80724452;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr6	80741328	rs239584	G	A	735.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=7;NR=15;PP=412;SC=TAAACTTTCTGTTTTTTTGTC;SOR=1.382;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=7;TCR=15;TR=22;WE=80741336;WS=80741318;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr6	80741418	rs239585	C	T	155.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=3;PP=51;SC=TTAACACCTGCCTTTCTCTTC;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=0;TCR=3;TR=3;WE=80741426;WS=80741408;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr6	80750093	rs2295841	C	G	293.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=2;NR=9;PP=239;SC=AATTGGCTACCCTTTGTCAGC;SOR=2.303;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=11;TCF=2;TCR=9;TR=11;WE=80750101;WS=80750083;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr6	80750290	rs608962	C	T	877.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=13;NR=9;PP=423;SC=ATTTTTCTTACTGGTACTAGT;SOR=1.022;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=22;TCF=13;TCR=9;TR=22;WE=80750298;WS=80750280;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr6	80751780	rs652752	G	A	201.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=6;NR=0;PP=134;SC=ATCTACTGATGTGACAGTACA;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=6;WE=80751788;WS=80751770;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr6	80774236	rs7771228	C	T	3218.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=48;NR=29;SC=TGGCTATTTCCCGTGTGCTTG;SOR=1.109;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=78;TCF=48;TCR=30;TR=77;WE=80774244;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr6	80837239	rs9448893	A	G	3490.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.139;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.003;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=32;PP=1885;ReadPosRankSum=-0.110;SC=AACACACGAAATGATTTTTTT;SOR=1.341;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=96;TCF=63;TCR=33;TR=94;WE=80837261;WS=80837229;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,132:0.97:136
chr6	80837253	rs9448894	G	T	2669.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.740;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FS=2.252;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.35;ReadPosRankSum=0.295;SOR=0.396;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:17,121:0.88:138
chr6	80878508	rs139630496	A	AAGGAAGGGAGGGAGGGAGGG	699.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.60;QD=49.98;SOR=5.283;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr6	80912746	rs3828753	C	T	2150.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=52;NR=15;PP=1387;SC=CTAATAGTGACATCAGCATTC;SOR=2.043;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=68;TCF=52;TCR=16;TR=67;WE=80912754;WS=80912736;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr6	81053642	rs926733	G	A	1817.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=13;NR=38;PP=1083;SC=GGTAAAGTTGGTAAAAGGCAA;SOR=1.999;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=51;TCF=13;TCR=38;TR=51;WE=81053650;WS=81053632;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr6	82461727	.	ACCGCCGAAGTCGCCG	A	1297.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.172;ClippingRankSum=0.000;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.471;NF=4;NR=20;PP=2970;ReadPosRankSum=0.130;SC=AGCTGCCGCCACCGCCGAAGT;SOR=0.826;SbPval=0.2;Source=Platypus;TC=42;TCF=4;TCR=38;TR=24;WE=82461749;WS=82461717;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,52:0.95:55
chr6	82910247	rs4706938	C	G	407.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.18;SOR=2.448;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr6	82910278	.	G	GA	102.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.653;ClippingRankSum=0.000;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=3.927;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.80;ReadPosRankSum=-2.394;SOR=1.705;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,11:0.41:27
chr6	82912153	rs7771978	T	G	268.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.61;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=7;NR=0;PP=179;SC=CAGGTAAACATCATTATTCAC;SOR=3.056;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=7;TCR=0;TR=7;WE=82912161;WS=82912143;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr6	82924645	rs6912968	A	G	330.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=8;PP=187;SC=TTTTTTAACAATATTTAGAAA;SOR=2.670;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=9;WE=82924653;WS=82924635;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr6	82930437	.	GA	G	312.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.689;ClippingRankSum=0.000;DP=243;ExcessHet=3.0103;FS=1.437;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.04;MQRankSum=1.759;QD=1.60;ReadPosRankSum=-0.681;SOR=0.519;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:148,47:0.24:195
chr6	83602583	rs4706975	C	T	1546.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=31;NR=11;PP=827;SC=TTAGAGAATACATGCAAACAA;SOR=1.692;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=42;TCF=31;TCR=11;TR=42;WE=83602591;WS=83602573;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr6	83666936	rs293531	T	C	2210.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.22;SOR=1.656;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr6	83666943	rs293532	G	T	2377.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.46;SOR=1.528;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr6	83728627	rs59429188	T	C	1818.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.438;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=26;PP=1182;ReadPosRankSum=-0.776;SC=ATTAATTTCTTAACACCAACA;SOR=0.733;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=66;TCF=39;TCR=27;TR=63;WE=83728635;WS=83728617;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:5,72:0.94:77
chr6	83752056	rs73752505	GC	AG	3006.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;JOINED;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=16;NR=29;PP=1808;SC=CAATAACAAAGCCTCCAATAA;SOR=1.329;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=48;TCF=16;TCR=32;TR=45;WE=83752065;WS=83752046;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr6	83754094	rs4455637	T	C	953.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=22;NR=5;PP=615;SC=ATTGAAGAAGTCAGTATCTAA;SOR=2.765;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=27;TCF=22;TCR=5;TR=27;WE=83754102;WS=83754084;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr6	83754481	rs2027282	T	C	285.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=5;PP=151;SC=AACCACAAGGTTTGCAATGCT;SOR=1.609;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=1;TCR=5;TR=6;WE=83754489;WS=83754471;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr6	83775201	rs6915334	C	G	2182.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=46;NR=17;PP=1289;SC=AGTGGCGGAGCCGACTACAGG;SOR=1.905;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=63;TCF=46;TCR=17;TR=63;WE=83775209;WS=83775191;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr6	83822985	rs1925782	G	A	2479.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=42;NR=19;PP=1229;SC=TCACATTTTCGTGGCAAAAAT;SOR=1.414;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=61;TCF=42;TCR=19;TR=61;WE=83822993;WS=83822975;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr6	83828724	rs2148010	G	A	4072.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-1.964;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=53;PP=1669;ReadPosRankSum=-0.578;SC=TTTGATGTCTGTGGTCATGAT;SOR=0.260;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=100;TCF=45;TCR=55;TR=98;WE=83828732;WS=83828714;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,161:0.99:162
chr6	83842084	.	CCA	C	84.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.048;ClippingRankSum=0.000;DP=175;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.55;ReadPosRankSum=-0.370;SOR=0.663;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:135,18:0.12:153
chr6	83938484	rs112586895	T	TA	1325.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=21;NR=11;PP=783;SC=AAATTGGTAGTAAAAAAAACA;SOR=1.697;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=35;TCF=24;TCR=11;TR=32;WE=83938492;WS=83938474;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr6	83938983	rs9449595	C	T	1197.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=15;NR=14;PP=563;SC=TTATATTGTTCGTCACACATT;SOR=0.737;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=29;TCF=15;TCR=14;TR=29;WE=83938991;WS=83938973;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr6	83949261	rs1180230	T	C	4120.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.065;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=42;PP=2119;ReadPosRankSum=-0.341;SC=CAAATACCTCTCCAGCTCCTT;SOR=0.686;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=111;TCF=67;TCR=44;TR=105;WE=83949269;WS=83949250;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:5,163:0.97:168
chr6	83949497	rs9444054	C	T	579.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=16;PP=385;SC=CCCATGCTTGCATACGTGGTA;SOR=3.160;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=18;TCF=2;TCR=16;TR=18;WE=83949505;WS=83949487;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr6	84108065	rs4706990	A	T	1890.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.854;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.55;ReadPosRankSum=-0.915;SOR=1.148;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,72:0.97:74
chr6	84233831	rs504593	G	A	4542.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=44;NR=61;PP=2355;SC=GAGCATCTGCGGGAGAGAGCG;SOR=0.934;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=105;TCF=44;TCR=61;TR=105;WE=84233839;WS=84233821;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,164:1.00:164
chr6	84290141	.	G	GA	175.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.763;ClippingRankSum=0.000;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.74;ReadPosRankSum=-1.324;SOR=0.656;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,17:0.36:47
chr6	84368819	rs11368249	TA	T	271.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.131;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.91;ReadPosRankSum=-2.314;SOR=0.743;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:98,44:0.31:142
chr6	84911336	rs2274092	C	T	343.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=9;NR=4;PP=227;SC=CTAGGAACTTCAATGCCTTAG;SOR=1.609;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=13;TCF=9;TCR=4;TR=13;WE=84911344;WS=84911326;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr6	84935866	rs9449851	A	G	343.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=8;NR=1;PP=227;SC=CCATGAGTTGAGAACTGCTGC;SOR=3.442;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=8;TCR=1;TR=9;WE=84935874;WS=84935856;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr6	85448103	rs761391	C	T	531.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.17;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr6	85472129	rs1883873	C	T	546.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=15;NR=2;PP=359;SC=CGGTCTGGGGCCTGGTCCCGT;SOR=3.500;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=17;TCF=15;TCR=2;TR=17;WE=85472137;WS=85472119;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr6	85473758	rs172562	C	T	8372.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.64;BaseQRankSum=0.811;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=331;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=72;NR=83;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.123;SC=TCCACGGCCCCCGCCGCCTCT;SOR=0.763;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=158;TCF=73;TCR=85;TR=155;WE=85473766;WS=85473748;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,325:0.99:329
chr6	86180926	rs10944129	A	G	828.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=20;NR=5;PP=518;SC=TTGTTAATAAATATCCATTTT;SOR=2.226;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=20;TCR=5;TR=25;WE=86180934;WS=86180916;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr6	86199233	rs2229523	A	G	5292.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=53;NR=51;PP=1914;SC=CCTGAGACACACGGATGAAAT;SOR=0.703;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=104;TCF=53;TCR=51;TR=104;WE=86199241;WS=86199223;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,205:1.00:205
chr6	86199329	rs9450284	G	C	1761.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=16;NR=40;PP=974;SC=TATGCTCCCAGGCCCAGCTCC;SOR=1.751;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=56;TCF=16;TCR=40;TR=56;WE=86199337;WS=86199319;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr6	86224053	rs6454472	T	G	1247.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=12;NR=26;PP=959;SC=CAATATTTTATTTGTAAACAC;SOR=1.609;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=12;TCR=26;TR=38;WE=86224061;WS=86224043;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr6	86240147	rs4640862	G	A	389.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=10;PP=273;SC=TGGATCATTTGAGGTCAGGAG;SOR=2.303;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=2;TCR=10;TR=12;WE=86240155;WS=86240137;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr6	86246709	rs12193777	C	A	1464.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=3;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=11;NR=32;PP=904;SC=TTATTGAAAACCATTATTAAA;SOR=1.739;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=43;TCF=11;TCR=32;TR=43;WE=86246724;WS=86246699;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr6	86246716	rs59514276	T	TA	704.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.9860;FS=0.000;HP=8;HapScore=3;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=0;NR=22;PP=278;SC=AAACCATTATTAAAAAAAAGA;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=29;TCF=0;TCR=29;TR=22;WE=86246724;WS=86246699;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr6	86248460	rs9294337	T	C	918.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=20;NR=6;PP=505;SC=AATACCACAGTGTTCCATTTT;SOR=1.911;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=20;TCR=6;TR=26;WE=86248468;WS=86248450;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr6	86387220	.	G	GA	117.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.415;ClippingRankSum=0.000;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=1.298;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.87;ReadPosRankSum=-1.655;SOR=0.458;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,13:0.32:41
chr6	87725583	rs6302	C	T	6135.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.671;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=78;NR=84;PP=2965;ReadPosRankSum=0.457;SC=CCATCCAGCACGACCATGTTA;SOR=0.241;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=163;TCF=78;TCR=85;TR=162;WE=87725591;WS=87725573;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,227:1.00:228
chr6	87795863	rs7745823	G	T	1340.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=35;NR=11;PP=871;SC=GCTCGACAGAGGCTGGGTCAT;SOR=2.256;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=46;TCF=35;TCR=11;TR=46;WE=87795871;WS=87795853;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr6	87796161	rs11380231	G	GA	1150.76	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=1.415;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=4;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.437;NF=4;NR=33;PP=459;ReadPosRankSum=-0.481;SC=ATCTATCAGGGAAAAAAAAAG;SOR=0.772;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=48;TCF=5;TCR=43;TR=37;WE=87796169;WS=87796150;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:8,59:0.88:67
chr6	87796233	rs2011192	G	A	840.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=8;NR=20;PP=608;SC=AGTAGCTCACGCCTGTAATCC;SOR=1.942;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=28;TCF=8;TCR=20;TR=28;WE=87796241;WS=87796223;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr6	87797952	rs202107896	AAAAC	A	163.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.678;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=1.192;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.64;ReadPosRankSum=1.063;SOR=1.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,20:0.44:45
chr6	87797953	rs200419004	AAAC	A	234.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.22;ReadPosRankSum=-1.534;SOR=0.627;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,22:0.49:45
chr6	87879217	rs9351117	C	G	383.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=9;NR=3;PP=240;SC=TCAGCTATTTCATATAAATAA;SOR=1.765;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=12;TCF=9;TCR=3;TR=12;WE=87879225;WS=87879207;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr6	87879378	rs9359738	C	T	1294.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=15;NR=15;PP=525;SC=TTGTTTTGTTCTGTTTTGAGA;SOR=0.732;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=30;TCF=15;TCR=15;TR=30;WE=87879386;WS=87879368;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr6	87925820	.	TACATAGACACACACACACACACACAC	T,TAC	4364.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.44;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=25;NF=1,2;NR=52,52;PP=161,2018;SC=GCTTTAAAAATACATAGACAC;SOR=2.139;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=64;TCF=3;TCR=61;TR=53,54;WE=87925853;WS=87925810;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.23,0.77:75
chr6	87967636	rs6941356	A	G	9130.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.848;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=351;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.056;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=109;NR=110;PP=2965;ReadPosRankSum=1.391;SC=CTCTCCACAAATGCAGTAAAT;SOR=0.232;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=223;TCF=110;TCR=113;TR=219;WE=87967644;WS=87967626;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,345:0.99:349
chr6	87968565	rs9362415	A	G	1913.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.18;SOR=0.801;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr6	87969737	rs3734187	C	T	6739.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=258;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=77;NR=95;PP=2965;SC=TACAGCAAAACTTGATTCTCC;SOR=0.826;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=172;TCF=77;TCR=95;TR=172;WE=87969745;WS=87969727;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,254:1.00:254
chr6	87970301	rs3812132	C	G	6617.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=253;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=63;NR=95;PP=2965;SC=ATCGGGGGACCAAGCACAGCA;SOR=0.995;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=158;TCF=63;TCR=95;TR=158;WE=87970309;WS=87970291;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,247:1.00:247
chr6	87994015	rs6934603	A	G	3872.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.719;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=39;PP=1711;ReadPosRankSum=-1.098;SC=CACTTAATAAAGCACTTGAGA;SOR=0.807;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=92;TCF=52;TCR=40;TR=90;WE=87994023;WS=87994005;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,146:0.99:148
chr6	87994572	rs4707358	G	A	2818.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=40;NR=49;PP=1491;SC=AATCCATCCAGTCCCAGTGGA;SOR=0.907;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=90;TCF=40;TCR=50;TR=89;WE=87994580;WS=87994562;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr6	88046800	rs1048893	G	A	4560.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=47;NR=45;PP=1592;SC=CACCCAAAGAGAAAGAGTTTC;SOR=0.715;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=93;TCF=48;TCR=45;TR=92;WE=88046808;WS=88046790;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,180:1.00:180
chr6	88075122	rs9353482	C	T	742.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=19;PP=497;SC=TAGAAGTCTTCAGTTGAAATT;SOR=2.670;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=3;TCR=19;TR=22;WE=88075130;WS=88075112;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr6	88119528	rs11350856	TA	T	1848.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=24;PP=834;SC=ACGGTTTTTTTAAAAAAAATT;SOR=1.112;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=41;TCF=14;TCR=27;TR=37;WE=88119536;WS=88119518;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr6	88119693	rs6454616	G	A	2000.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=21;NR=35;PP=1075;SC=TGTGATTACTGTTTTATTAAG;SOR=1.194;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=57;TCF=22;TCR=35;TR=56;WE=88119701;WS=88119683;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr6	88119736	rs6915562	T	G	869.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=8;NR=21;PP=583;SC=CATTTTCCCCTTTAAATTCTG;SOR=1.751;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=8;TCR=21;TR=29;WE=88119744;WS=88119714;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr6	88120512	rs6909168	A	G	133.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=5;PP=103;SC=TATACACGAGATATTTTTCTC;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=5;WE=88120520;WS=88120502;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
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chr6	89814711	rs9362618	T	G	264.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=2;PP=145;SC=GGAGGTCAAGTCTACAGTGGG;SOR=1.402;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=6;TCF=4;TCR=2;TR=6;WE=89814719;WS=89814710;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr6	89814772	rs35869140	CA	C	509.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=11;NR=3;PP=371;SC=GAGACCCTATCAAAAAAATAT;SOR=2.030;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=16;TCF=12;TCR=4;TR=14;WE=89814780;WS=89814762;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr6	89814830	rs7753709	A	G	2445.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=37;NR=15;PP=1105;SC=CAGTCCTCTTATACTCACTCT;SOR=1.312;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=52;TCF=37;TCR=15;TR=52;WE=89814838;WS=89814820;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr6	89862725	rs6937095	T	C	587.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=15;NR=4;PP=419;SC=TTAGCAATAATAACAAAAGTA;SOR=2.636;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=15;TCR=4;TR=19;WE=89862733;WS=89862715;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr6	89888744	rs1796743	C	T	2913.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=29;NR=49;PP=1463;SC=CGTCCAGCATCGCAGTGCGGG;SOR=1.138;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=78;TCF=29;TCR=49;TR=78;WE=89888752;WS=89888734;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr6	89891582	rs404943	T	C	1502.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=40;NR=6;PP=1074;SC=TTAATACCTATATTTGCAGAT;SOR=3.014;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=46;TCF=40;TCR=6;TR=46;WE=89891590;WS=89891572;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr6	89907873	rs422751	G	A	3434.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=29;NR=48;PP=1387;SC=CCAGCCGGCCGTCAAACGTCA;SOR=1.068;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=77;TCF=29;TCR=48;TR=77;WE=89907881;WS=89907863;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,129:1.00:129
chr6	89913108	rs4590241	C	G	5304.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.96;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr6	89913112	rs4457139	G	A	5422.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.37;SOR=1.270;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chr6	89913209	rs4590242	C	T	11435.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.261;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=266;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=43.32;ReadPosRankSum=0.173;SOR=0.740;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,262:0.99:264
chr6	89913218	rs4445034	T	A	11321.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.468;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=264;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=43.21;ReadPosRankSum=-0.439;SOR=0.724;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,260:0.99:262
chr6	89913286	rs4386788	T	C	4678.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-1.202;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=31;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=60;PP=2069;ReadPosRankSum=-0.783;SC=CCCTCCAGATTTGCTTCAAAT;SOR=0.354;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=102;TCF=40;TCR=62;TR=100;WE=89913294;WS=89913276;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,173:0.99:174
chr6	89914187	rs2183797	T	C	406.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=0;PP=339;SC=GTTGGATCCCTGTGGACCCTC;SOR=5.283;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=13;TCR=0;TR=13;WE=89914195;WS=89914177;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr6	89914477	rs1556432	G	A	1545.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=11;NR=27;PP=844;SC=AATATTATTAGATAACTTTTT;SOR=1.453;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=38;TCF=11;TCR=27;TR=38;WE=89914485;WS=89914467;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr6	89926966	rs12200969	T	C	4416.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=58;NR=52;PP=2009;SC=GGCCAGTGCATTCTGCTTTCA;SOR=0.777;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=110;TCF=58;TCR=52;TR=110;WE=89926974;WS=89926956;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,171:1.00:171
chr6	89927155	rs34012805	CA	C	657.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-1.416;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.348;NF=0;NR=21;PP=348;ReadPosRankSum=-1.632;SC=TTTACTCATGCAAAAAAAAAA;SOR=0.784;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=24;TCF=0;TCR=24;TR=21;WE=89927163;WS=89927145;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,33:0.97:34
chr6	89967498	rs282129	G	A	4134.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.021;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=51;PP=1914;ReadPosRankSum=0.540;SC=ACGAAAACCCGTCTGGCCCTT;SOR=0.797;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=115;TCF=62;TCR=53;TR=111;WE=89967506;WS=89967480;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,160:0.98:164
chr6	89974063	rs723041	T	C	4774.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=57;NR=45;PP=1795;SC=CTCTGCCCCCTGGCCCAGAAG;SOR=0.809;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=103;TCF=58;TCR=45;TR=102;WE=89974071;WS=89974053;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,180:1.00:180
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chr6	90048113	rs74949641	T	C	1807.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.949;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.960;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=37;PP=1198;ReadPosRankSum=-1.078;SC=ATCAGAGTATTATACTTCATA;SOR=1.097;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=126;TCF=58;TCR=68;TR=65;WE=90048121;WS=90048103;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,74:0.51:145
chr6	90048389	.	T	G	113.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.978;ClippingRankSum=-0.000;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=8.13;ReadPosRankSum=-2.346;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,9:0.64:14
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chr6	90333058	rs10944455	T	A	1610.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.014;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.604;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=19;PP=862;ReadPosRankSum=-1.066;SC=TTGCAAAGAATATTTGACCAT;SOR=0.633;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=101;TCF=65;TCR=36;TR=51;WE=90333066;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,77:0.51:152
chr6	90333599	rs17292811	A	G	2518.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=54;NR=21;PP=1435;SC=AGGTGTCAGCATTTTCTGACC;SOR=1.659;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=76;TCF=55;TCR=21;TR=75;WE=90333607;WS=90333589;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr6	90334101	rs4487551	T	C	1342.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=38;NR=8;PP=1096;SC=ACACCCAAAATTTGGCCTATA;SOR=2.737;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=46;TCF=38;TCR=8;TR=46;WE=90334109;WS=90334091;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr6	90338816	rs200010448	G	GT	677.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.310;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.97;ReadPosRankSum=-0.759;SOR=0.627;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,46:0.54:85
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chr6	90340734	rs9344950	G	A	1824.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.991;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.456;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=46;PP=1026;ReadPosRankSum=0.639;SC=CACCAATAAAGAGGAAATATG;SOR=0.445;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=165;TCF=39;TCR=126;TR=63;WE=90340742;WS=90340724;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:126,87:0.41:213
chr6	90360757	rs9359858	A	G	1147.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=7;NR=26;PP=838;SC=CTTCCAGCTGAGGGTGGTGGC;SOR=2.133;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=7;TCR=26;TR=33;WE=90360765;WS=90360747;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr6	90361811	rs761729	G	A	2434.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=57;NR=17;PP=1646;SC=GGTCCTTTTTGTTAAGGTAAT;SOR=2.168;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=74;TCF=57;TCR=17;TR=74;WE=90361819;WS=90361801;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr6	90362090	rs9359859	T	G	383.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=-0.201;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.608;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=10;PP=212;ReadPosRankSum=0.110;SC=CAGTATGAACTCAAAGTACAT;SOR=0.293;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=27;TCF=4;TCR=23;TR=13;WE=90362098;WS=90362080;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,18:0.50:36
chr6	90365436	.	C	T	378.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.680;ClippingRankSum=0.000;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=3;PP=262;ReadPosRankSum=0.000;SC=CACAAGCTCTCATAGAGAGCT;SOR=0.473;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=32;TCF=27;TCR=5;TR=15;WE=90365444;WS=90365426;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,16:0.44:36
chr6	90366329	rs11378629	C	CT	164.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.263;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=1.445;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.18;MQRankSum=1.113;QD=3.17;ReadPosRankSum=-1.363;SOR=1.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,17:0.33:52
chr6	90371202	rs9444701	G	A	5978.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=77;NR=78;PP=2842;SC=CTTCACTGTCGAGGTTCAAGT;SOR=0.719;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=157;TCF=78;TCR=79;TR=155;WE=90371210;WS=90371192;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,229:1.00:229
chr6	90371704	rs9294443	G	A	2213.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=51;NR=13;PP=1442;SC=GAGAGCAGTCGACGAACAGGG;SOR=2.215;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=64;TCF=51;TCR=13;TR=64;WE=90371712;WS=90371694;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr6	90371986	rs3818132	C	T	2001.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=14;NR=47;PP=1326;SC=AAAAAACAATCATCACACTCA;SOR=2.206;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=61;TCF=14;TCR=47;TR=61;WE=90371994;WS=90371976;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr6	90381849	rs7764076	A	G	1418.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=29;NR=9;PP=842;SC=CGTGGAGGGAAGTAAAGCCCA;SOR=1.863;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=29;TCR=9;TR=38;WE=90381857;WS=90381839;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr6	90385754	rs9451261	A	G	1619.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=41;NR=4;PP=1004;SC=CTGAGAATACAGCCCTGGGAT;SOR=3.334;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=45;TCF=41;TCR=4;TR=45;WE=90385762;WS=90385744;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr6	90387233	rs6454769	C	T	3884.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=72;NR=23;PP=2362;SC=ACAAGGAGTTCTAAATTACTT;SOR=1.775;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=95;TCF=72;TCR=23;TR=95;WE=90387241;WS=90387223;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,133:1.00:133
chr6	90390443	rs9353689	C	A	8077.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=299;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=73;NR=114;PP=2965;SC=GAAGGAGCAGCGCCCTGACAC;SOR=1.014;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=188;TCF=74;TCR=114;TR=187;WE=90390451;WS=90390433;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,291:1.00:291
chr6	90402482	rs9294445	G	A	9745.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=2.106;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=369;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=112;NR=111;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.743;SC=ATACTGCTGTGGAGTGAGGTG;SOR=0.223;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=225;TCF=113;TCR=112;TR=223;WE=90402490;WS=90402472;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,358:1.00:359
chr6	90402840	rs9351212	C	G	7420.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=289;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=78;NR=92;PP=2965;SC=TTAAATTATCCAGCCGATCCA;SOR=0.796;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=171;TCF=78;TCR=93;TR=170;WE=90402848;WS=90402830;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,284:1.00:284
chr6	90405306	rs9294446	T	A	11459.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=2.388;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=434;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=146;NR=102;PP=2965;ReadPosRankSum=1.114;SC=CCATGCTCCATACTCTTGCCT;SOR=0.586;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=249;TCF=146;TCR=103;TR=248;WE=90405314;WS=90405296;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,431:1.00:432
chr6	90405993	rs9362672	C	G	717.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=19;NR=2;PP=543;SC=CTAGCCACTACAGAAGGAAGT;SOR=3.352;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=21;TCF=19;TCR=2;TR=21;WE=90406001;WS=90405989;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr6	90409666	.	C	T	1221.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-1.076;ClippingRankSum=0.000;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.080;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=10;PP=888;ReadPosRankSum=0.424;SC=CAAATCACTTCCCTCTGCTTC;SOR=0.467;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=89;TCF=70;TCR=19;TR=47;WE=90409674;WS=90409656;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,50:0.54:92
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chr6	90416006	rs9344954	T	G	525.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-1.432;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=17;PP=371;ReadPosRankSum=0.735;SC=AATTTAAATGTTATCCCCAGT;SOR=0.593;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=35;TCF=7;TCR=28;TR=21;WE=90416014;WS=90415996;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,21:0.62:34
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chr6	90453248	rs2273245	T	C	1666.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=38;NR=10;PP=1253;SC=CATGCACAGCTAACTGCAGTT;SOR=2.179;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=48;TCF=38;TCR=10;TR=48;WE=90453256;WS=90453238;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr6	90453492	rs11358713	AC	A	14854.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=517;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=25;NR=180;PP=2979;SC=ATCCATAAACACCCCCCCTCA;SOR=0.852;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=213;TCF=25;TCR=188;TR=205;WE=90453500;WS=90453482;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,486:1.00:486
chr6	90454853	rs60588845	T	TA	50.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.241;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=5.07;ReadPosRankSum=-0.000;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,6:0.60:10
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chr6	90463149	rs34799081	GA	G	289.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.416;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=1.381;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.16;MQRankSum=1.198;QD=4.39;ReadPosRankSum=-1.050;SOR=0.402;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,28:0.42:66
chr6	90463362	rs186861501	T	C	2325.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.771;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=285;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.463;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=60;PP=1094;ReadPosRankSum=-0.165;SC=AAGACAAATATGCATAATGCT;SOR=0.796;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=211;TCF=78;TCR=133;TR=93;WE=90463370;WS=90463352;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:160,123:0.43:283
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chr6	90482397	rs12110451	T	C	923.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.379;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.581;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=15;PP=406;ReadPosRankSum=0.848;SC=AGCTGCTCGATGAGAACAGAG;SOR=0.708;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=65;TCF=32;TCR=33;TR=31;WE=90482405;WS=90482387;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,47:0.47:101
chr6	90497448	rs6923604	T	C	982.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.091;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.906;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=9;PP=497;ReadPosRankSum=-0.063;SC=TTAGACCTGTTATCACTTCCA;SOR=0.513;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=57;TCF=41;TCR=16;TR=29;WE=90497456;WS=90497438;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,44:0.56:79
chr6	90497589	rs4707569	A	C	2177.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.498;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.083;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=39;PP=1167;ReadPosRankSum=-0.356;SC=GTTGCAAAAAACTGAAATCCA;SOR=0.637;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=143;TCF=71;TCR=72;TR=79;WE=90497597;WS=90497579;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:98,105:0.52:203
chr6	90497814	rs4707570	G	A	540.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=15;PP=455;SC=ACTGGGGTCAGTATGCAGGTG;SOR=2.833;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=3;TCR=15;TR=18;WE=90497822;WS=90497804;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr6	90500130	rs16882132	C	T	1802.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.763;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=38;PP=862;ReadPosRankSum=-0.655;SC=CCTAAAGAGGCAAGACAAAAG;SOR=0.719;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=112;TCF=35;TCR=77;TR=54;WE=90500138;WS=90500120;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,86:0.49:176
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chr6	90513303	.	CT	C	50.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.013;ClippingRankSum=0.000;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=2.199;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.67;ReadPosRankSum=0.000;SOR=1.426;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,8:0.42:19
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chr6	93956769	rs450238	T	C	1931.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=17;NR=52;PP=1250;SC=CCAAATTTCCTGGTAGGCAAA;SOR=2.179;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=69;TCF=17;TCR=52;TR=69;WE=93956777;WS=93956759;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr6	93964319	rs345736	C	T	2108.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=49;NR=10;PP=1398;SC=TAATACTGGCCATTAATGTAT;SOR=2.704;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=60;TCF=49;TCR=11;TR=59;WE=93964327;WS=93964309;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr6	93965492	rs62414217	G	A	1171.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=2.895;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=7;PP=771;ReadPosRankSum=-1.200;SC=TCCTGCTTTCGTGGTAGAAAA;SOR=0.859;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=72;TCF=61;TCR=11;TR=44;WE=93965500;WS=93965482;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,49:0.60:82
chr6	93967851	rs345730	C	T	9639.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=373;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=123;NR=93;PP=2965;SC=GGACAACATTCGGGTGGTCAA;SOR=0.883;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=217;TCF=124;TCR=93;TR=216;WE=93967859;WS=93967841;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,366:1.00:366
chr6	93973686	rs901455	A	C	1460.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=11;NR=23;PP=749;SC=TATATATTTAATATTCAGTAC;SOR=1.480;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=11;TCR=23;TR=34;WE=93973694;WS=93973676;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr6	93982124	rs345713	A	G	4639.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=55;NR=59;PP=2130;SC=TCATTACTCCACTCACTTGCG;SOR=0.727;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=114;TCF=55;TCR=59;TR=114;WE=93982132;WS=93982114;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,179:1.00:179
chr6	94067861	rs9345354	T	G	351.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.429;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=1.463;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.51;ReadPosRankSum=-1.590;SOR=0.426;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,18:0.49:37
chr6	94067981	rs164544	C	T	2391.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-1.956;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=259;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.961;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=24;PP=801;ReadPosRankSum=-0.823;SC=CACTTGTGCACGCAACGTATG;SOR=0.774;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=142;TCF=86;TCR=56;TR=64;WE=94067989;WS=94067971;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:132,124:0.48:256
chr6	94120192	rs474809	G	A	1097.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-2.252;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.687;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=14;PP=581;ReadPosRankSum=-0.163;SC=AAGGCAAAGTGGAGTTTTAAT;SOR=0.440;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=85;TCF=59;TCR=26;TR=40;WE=94120200;WS=94120182;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,53:0.50:105
chr6	94124530	rs540816	C	A	1195.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.796;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.671;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=24;PP=572;ReadPosRankSum=0.968;SC=GAAACACTTACGCACACATGT;SOR=0.605;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=84;TCF=36;TCR=48;TR=43;WE=94124538;WS=94124520;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,61:0.50:123
chr6	95173764	rs1322420	C	T	882.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.145;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.623;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=16;PP=473;ReadPosRankSum=-0.972;SC=CACTTGCTTACTAAAAAGTAT;SOR=0.455;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=68;TCF=39;TCR=29;TR=33;WE=95173772;WS=95173754;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,45:0.45:100
chr6	96034881	rs148967607	A	ATATG,ATATATG	2384.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.369;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=2.307;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.736;NF=0,0;NR=51,51;PP=964,1052;ReadPosRankSum=1.045;SC=ATATATATATATGTGTGTTTG;SOR=1.765;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=52;TCF=1;TCR=51;TR=51,51;WE=96034889;WS=96034871;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.52,0.43:82
chr6	96053922	rs35772543	T	A	4124.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.836;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=392;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.690;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=79;NR=64;PP=2164;ReadPosRankSum=-0.998;SC=CCTAAAATTATTTTGTGATAA;SOR=0.566;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=288;TCF=165;TCR=123;TR=143;WE=96053930;WS=96053912;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:187,197:0.51:384
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chr6	97679540	rs34952523	GA	G	1148.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.061;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.20;MQRankSum=1.827;QD=7.98;ReadPosRankSum=-1.534;SOR=0.723;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:75,69:0.48:144
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chr6	97702313	rs67917473	AATTT	A	318.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-0.249;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.654;NF=7;NR=1;PP=267;ReadPosRankSum=1.286;SC=ATACATAAATAATTTATCTCT;SOR=0.527;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=18;TCF=16;TCR=2;TR=8;WE=97702324;WS=97702303;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,10:0.45:22
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chr6	99955243	rs11410603	G	GA	385.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.912;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=6.548;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.19;MQRankSum=1.067;QD=7.42;ReadPosRankSum=-1.606;SOR=0.192;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,29:0.56:52
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chr6	100016340	rs41288985	G	C	4494.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=2.498;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=529;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=89;NR=59;PP=2023;ReadPosRankSum=-0.393;SC=CCCAAAAACCGGCCCCAGGTG;SOR=0.709;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=324;TCF=197;TCR=127;TR=148;WE=100016348;WS=100016322;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:299,227:0.43:526
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chr6	101090377	rs239245	C	A	263.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=2.001;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=0;PP=165;ReadPosRankSum=-0.726;SC=AACTTTATTACGGTGTAGACA;SOR=0.324;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=32;TCF=31;TCR=1;TR=11;WE=101090385;WS=101090367;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,13:0.38:34
chr6	101094554	rs239239	A	G	1868.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.712;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=299;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.447;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=39;PP=893;ReadPosRankSum=0.377;SC=TCCTTGTGATAGGCTGAATGG;SOR=0.780;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=195;TCF=97;TCR=98;TR=75;WE=101094562;WS=101094544;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:187,107:0.36:294
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chr6	101100783	rs9399641	T	C	2662.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.686;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=266;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.464;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=47;PP=1166;ReadPosRankSum=-0.680;SC=AAAAAATATATAAACAGTTGA;SOR=0.753;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=148;TCF=52;TCR=96;TR=73;WE=101100791;WS=101100773;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:126,128:0.50:254
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chr6	102133993	rs2852565	G	A	1339.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=37;NR=3;PP=1067;SC=GACTATTTCAGTAATACATGC;SOR=4.174;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=40;TCF=37;TCR=3;TR=40;WE=102134001;WS=102133983;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr6	102134022	rs2786251	C	G	2350.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=62;NR=14;PP=1627;SC=ATACTCTGTCCATAATAACAA;SOR=2.679;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=76;TCF=62;TCR=14;TR=76;WE=102134030;WS=102134012;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
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chr6	102376517	rs2243355	G	A	1494.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.342;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.596;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=33;PP=675;ReadPosRankSum=-3.083;SC=GGTAAGTTCTGCTGGTTACCT;SOR=0.782;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=112;TCF=35;TCR=77;TR=47;WE=102376525;WS=102376507;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:94,74:0.44:168
chr6	105219748	rs142619769	G	GA	1842.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.963;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=240;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.464;HP=9;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=26;PP=931;ReadPosRankSum=0.933;SC=TCCTCAAACTGAAAAAAAAAC;SOR=0.894;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=135;TCF=67;TCR=68;TR=59;WE=105219756;WS=105219738;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:113,111:0.50:224
chr6	105232204	rs2290515	C	T	716.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.457;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.415;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=11;PP=411;ReadPosRankSum=0.336;SC=TTGAATAGTACGAGAAATAGT;SOR=0.349;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=63;TCF=41;TCR=22;TR=29;WE=105232212;WS=105232194;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,34:0.49:70
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chr6	105232460	rs71763197	C	CA	562.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.210;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.041;HP=10;HapScore=3;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=24;PP=306;ReadPosRankSum=1.047;SC=GCTTCTAAACCAAAAAAAAAA;SOR=0.510;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=51;TCF=1;TCR=50;TR=25;WE=105232468;WS=105232450;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,35:0.51:68
chr6	105244526	rs6918700	A	T	1117.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=-0.092;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.238;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=13;PP=374;ReadPosRankSum=-0.301;SC=CACAAATACAATACCATGTTT;SOR=0.523;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=59;TCF=35;TCR=24;TR=28;WE=105244534;WS=105244516;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,58:0.46:127
chr6	105259152	rs2168394	C	T	438.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.66;BaseQRankSum=0.915;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.762;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=10;PP=394;ReadPosRankSum=-2.868;SC=TATATATGAGCATATATAGCA;SOR=0.912;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=73;TCF=47;TCR=26;TR=27;WE=105259160;WS=105259142;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,29:0.26:112
chr6	105300070	.	C	CTG	618	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;FR=0.5000;HP=3;HapScore=3;MGOF=23;MMLQ=25;MQ=59.81;NF=18;NR=14;PP=618;QD=20.25;SC=TATGTCCAAACTGTCTGTGTG;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=49;TCF=29;TCR=20;TR=32;WE=105300085;WS=105300059;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:17,32:0.65:49
chr6	105300074	rs2499661	C	G	417.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.734;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=3;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=5;PP=613;ReadPosRankSum=-1.816;SC=TCCAAACTGTCTGTGTGTGTG;SOR=0.818;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=73;TCF=50;TCR=23;TR=24;WE=105300085;WS=105300059;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,18:0.26:70
chr6	105300103	.	T	TGC	1153.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.735;ClippingRankSum=0.000;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=3;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=14;PP=1453;ReadPosRankSum=3.762;SC=TGTGTGTGTGTGCGCGCGTGC;SOR=0.745;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=69;TCF=30;TCR=39;TR=23;WE=105300113;WS=105300093;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,44:0.50:88
chr6	105300105	rs2499662	C	T	947.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.448;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=3;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=13;PP=805;ReadPosRankSum=-1.030;SC=TGTGTGTGTGCGCGCGTGCGC;SOR=0.766;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=89;TCF=52;TCR=37;TR=34;WE=105300113;WS=105300093;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,38:0.34:113
chr6	105300250	rs9499992	A	G	1557.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.300;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FS=0.561;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.37;MQRankSum=-2.355;QD=9.00;ReadPosRankSum=0.618;SOR=0.780;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:91,82:0.47:173
chr6	105300262	rs10635352	C	CAG	2731.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=0.478;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=12;HapScore=4;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=2.501;NF=3;NR=28;PP=2223;ReadPosRankSum=-0.565;SC=TAAAAAAAAACAAAGAGTTCA;SOR=0.637;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=67;TCF=4;TCR=63;TR=31;WE=105300270;WS=105300240;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,75:0.52:145
chr6	105307378	rs9499993	G	A	6420.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=1.764;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=614;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.092;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=96;NR=93;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.835;SC=TGACGCGGCCGGAGCTCCTGC;SOR=0.619;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=356;TCF=174;TCR=182;TR=189;WE=105307386;WS=105307368;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:289,314:0.52:603
chr6	105307435	rs2499655	G	A	4055.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.033;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=432;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.517;HP=3;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=70;PP=1835;ReadPosRankSum=0.231;SC=CCCGCGACCCGGCTCACCCTC;SOR=0.724;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=281;TCF=126;TCR=155;TR=126;WE=105307443;WS=105307425;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:227,200:0.47:427
chr6	105388405	rs7766336	T	G	952.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=28.02;SOR=2.049;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
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chr6	105577401	rs4946656	C	T	5601.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=63;NR=82;PP=2590;SC=AAAGTTAACACGTTAGATAAT;SOR=0.921;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=146;TCF=64;TCR=82;TR=145;WE=105577409;WS=105577391;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,221:1.00:221
chr6	105595261	rs1190274	G	A	4857.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=43;NR=91;PP=2610;SC=TAAAGGTACTGTTTTATTTAG;SOR=1.376;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=135;TCF=44;TCR=91;TR=134;WE=105595269;WS=105595251;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,183:1.00:183
chr6	105602108	rs1190280	T	G	2139.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=54;NR=15;PP=1450;SC=TATTTATGGCTTTTGTCAAAC;SOR=2.524;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=69;TCF=54;TCR=15;TR=69;WE=105602116;WS=105602098;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr6	105614712	rs1190292	T	G	2574.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=19;NR=58;PP=1678;SC=GGGTTACATATTCAAGCATTT;SOR=1.880;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=78;TCF=19;TCR=59;TR=77;WE=105614720;WS=105614702;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr6	105614743	rs67687316	TTG	T	840.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;QD=30.03;SOR=4.091;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr6	106899793	rs7763469	C	T	1203.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=8;NR=30;PP=813;SC=CTAAGAAACACATACTTAAAA;SOR=2.147;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=38;TCF=8;TCR=30;TR=38;WE=106899801;WS=106899783;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr6	106959961	rs4946759	A	G	7382.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=264;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=90;NR=72;PP=2965;SC=GTGCCGAAGAAGGCTCCCTGG;SOR=0.840;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=162;TCF=90;TCR=72;TR=162;WE=106959969;WS=106959951;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,260:1.00:260
chr6	106959999	rs1340623	C	G	8377.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=321;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=106;NR=81;PP=2965;SC=AGCCAGCCCCCCAAGGGCGCG;SOR=0.877;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=187;TCF=106;TCR=81;TR=187;WE=106960007;WS=106959989;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,317:1.00:317
chr6	106967185	rs1159148	A	C	14504.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.883;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=551;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=156;NR=189;PP=2965;ReadPosRankSum=0.603;SC=ATTCGAGGCCAAAGGAATACT;SOR=0.268;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=349;TCF=157;TCR=192;TR=345;WE=106967193;WS=106967175;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,542:0.99:546
chr6	106975415	rs2219666	A	T	1088.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=5;NR=30;PP=815;SC=AAGGGAAATGATCATTTTACG;SOR=3.855;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=35;TCF=5;TCR=30;TR=35;WE=106975423;WS=106975405;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr6	106978314	rs2306099	G	A	918.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=27;PP=773;SC=TAACTGTAAGGTATATTTTTA;SOR=4.548;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=29;TCF=2;TCR=27;TR=29;WE=106978322;WS=106978304;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr6	106987370	rs783396	A	C	12150.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=461;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=112;NR=148;PP=2965;SC=GATACAGAAGAAGCGTACATT;SOR=0.861;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=260;TCF=112;TCR=148;TR=260;WE=106987378;WS=106987360;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,449:1.00:449
chr6	106992464	rs1799693	A	G	3634.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=52;NR=33;PP=1691;SC=CATATGAGAAACCTGGATTTA;SOR=1.001;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=86;TCF=53;TCR=33;TR=85;WE=106992472;WS=106992454;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,139:1.00:139
chr6	106992592	rs2247335	A	T	3819.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.707;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.323;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=53;PP=1952;ReadPosRankSum=-0.644;SC=GGACAAGCTAATGGCTAATAC;SOR=0.473;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=98;TCF=45;TCR=53;TR=97;WE=106992600;WS=106992582;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,143:0.99:144
chr6	106992844	rs2066201	C	G	966.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=20;PP=569;SC=TTTAAACATGCGTTTTACCTT;SOR=2.049;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=5;TCR=20;TR=25;WE=106992852;WS=106992834;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr6	106999658	rs1676010	A	T	1645.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=37;NR=11;PP=1041;SC=TGATACATAGATATCCAAATA;SOR=2.041;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=48;TCF=37;TCR=11;TR=48;WE=106999666;WS=106999648;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr6	106999822	rs2297970	G	A	4052.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.731;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=65;PP=1930;ReadPosRankSum=-0.569;SC=GGCAAAAATTGTAAGATCTCT;SOR=0.354;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=111;TCF=45;TCR=66;TR=110;WE=106999830;WS=106999812;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,157:0.99:158
chr6	107001456	rs1770731	A	T	8563.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=2.610;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=337;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.102;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=97;NR=103;PP=2965;ReadPosRankSum=1.700;SC=AGTGAAACAAAGGCCTGGCAG;SOR=0.300;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=201;TCF=98;TCR=103;TR=200;WE=107001464;WS=107001446;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,334:1.00:335
chr6	107001581	rs1770732	T	C	1905.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=45;PP=1378;SC=TGCTTCGTGATATCTGAGTAC;SOR=2.231;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=57;TCF=12;TCR=45;TR=57;WE=107001589;WS=107001571;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr6	107003810	rs2066202	T	C	3539.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-1.857;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.409;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=72;PP=1792;ReadPosRankSum=-0.966;SC=CAGAAATGTATGCCTCATATA;SOR=1.229;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=109;TCF=37;TCR=72;TR=108;WE=107003818;WS=107003800;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,137:0.99:138
chr6	107006347	rs4946763	T	C	4005.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=80;NR=21;PP=2418;SC=AACATTGTTTTTGTTCCTCAA;SOR=2.015;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=102;TCF=80;TCR=22;TR=101;WE=107006355;WS=107006337;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,140:1.00:140
chr6	107050867	rs6568446	A	T	1160.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=9;NR=25;PP=673;SC=GTTTTCAACAAATAACTGGTT;SOR=1.775;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=34;TCF=9;TCR=25;TR=34;WE=107050875;WS=107050857;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr6	107069232	rs1870868	G	A	4630.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=73;NR=34;PP=2402;SC=AAAAACACCAGTTATTTCAGA;SOR=1.297;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=107;TCF=73;TCR=34;TR=107;WE=107069240;WS=107069222;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,169:1.00:169
chr6	107077502	rs2054365	G	A	2417.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=42;NR=19;PP=1304;SC=AGCGACCGGTGACCTCTTTTT;SOR=1.338;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=61;TCF=42;TCR=19;TR=61;WE=107077510;WS=107077492;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
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chr6	107103621	rs146640596	T	G	1020.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.985;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FS=2.184;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.56;ReadPosRankSum=1.261;SOR=0.652;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:77,58:0.43:135
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chr6	107827753	rs17068251	T	C	106.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=3.481;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.880;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=6;PP=105;ReadPosRankSum=-0.167;SC=ACCTTATAGGTAAGAAATGTT;SOR=2.546;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=2;TCR=12;TR=6;WE=107827761;WS=107827743;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,5:0.36:14
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chr6	108026317	rs1546962	G	T	2448.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=52;NR=17;PP=1527;SC=GGAGAGTCTAGTTTGTGATGT;SOR=1.775;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=70;TCF=53;TCR=17;TR=69;WE=108026325;WS=108026307;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr6	108026402	rs1546961	A	C	4961.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=73;NR=65;PP=2234;SC=TTTTTAAAAAAGTCAGAACTT;SOR=0.734;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=139;TCF=74;TCR=65;TR=138;WE=108026410;WS=108026392;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,198:1.00:198
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chr6	108028967	rs6921672	T	C	1362.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.308;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=289;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.873;HP=6;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.549;NF=68;NR=24;PP=1483;ReadPosRankSum=-0.448;SC=AGAGCACCCCTCCACCACCTC;SOR=1.122;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=237;TCF=165;TCR=72;TR=92;WE=108028975;WS=108028956;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:190,80:0.30:270
chr6	108029020	rs3734752	T	C	5488.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=0.655;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=708;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.787;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=1.208;NF=106;NR=59;PP=2228;ReadPosRankSum=-4.451;SC=ACTCTCCTTCTGTGCCTGCTC;SOR=0.880;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=415;TCF=244;TCR=171;TR=165;WE=108029028;WS=108029010;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:414,285:0.41:699
chr6	108029109	rs3734754	T	C	8466.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-0.353;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=933;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=112;NR=121;PP=2738;ReadPosRankSum=0.984;SC=CCAGAGCCTGTGGGTCGGCGT;SOR=0.673;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=521;TCF=247;TCR=274;TR=233;WE=108029117;WS=108029099;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:481,437:0.48:918
chr6	108042213	rs846977	G	A	8818.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=256;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=35.13;SOR=0.784;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,251:1.00:251
chr6	108042213	.	GTAC	ATAC,ATAT	1341	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.47;FR=0.5000,0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MMLQ=25;MQ=60.0;NF=74,36;NR=80,37;PP=1341,934;QD=8.93357930225;SC=CAATAAGGCAGTACAGAGAAG;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=157;TCF=75;TCR=82;TR=154,73;WE=108042224;WS=108042203;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.98:157
chr6	108042216	rs3734756	C	T	2486.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.661;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=251;ExcessHet=3.0103;FS=2.134;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.11;ReadPosRankSum=0.887;SOR=0.570;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:121,125:0.51:246
chr6	108042334	rs846978	T	C	1496.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=12;NR=33;PP=1007;SC=GAAATGAACCTCACAACATAA;SOR=2.004;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=45;TCF=12;TCR=33;TR=45;WE=108042342;WS=108042324;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr6	108076870	.	TA	T	144.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.328;ClippingRankSum=0.000;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=4.129;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.26;ReadPosRankSum=1.281;SOR=0.184;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,16:0.47:34
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chr6	108193148	rs642954	C	T	989.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=14;PP=412;SC=ACAGCAATTACAAAGAAATAG;SOR=1.270;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=22;TCF=8;TCR=14;TR=22;WE=108193156;WS=108193138;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr6	108194241	rs579120	T	C	3555.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=31;NR=69;PP=2100;SC=AAAGTCCTAATAAATGTTACT;SOR=1.501;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=100;TCF=31;TCR=69;TR=100;WE=108194249;WS=108194231;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
chr6	108197874	rs145249518	C	CAAA	50.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.852;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=4.23;ReadPosRankSum=-0.864;SOR=0.631;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,7:0.58:12
chr6	108197998	rs570558	A	G	345.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=8;PP=248;SC=CAAAATAGGTATTCAAATGAA;SOR=2.833;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=12;TCF=4;TCR=8;TR=11;WE=108198006;WS=108197988;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr6	108222727	.	T	TA	57.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.431;ClippingRankSum=-0.000;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=8.25;ReadPosRankSum=0.792;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,5:0.71:7
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chr6	108224599	.	CA	C	420.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.328;ClippingRankSum=0.000;DP=542;ExcessHet=3.0103;FS=0.478;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.04;MQRankSum=2.762;QD=0.93;ReadPosRankSum=0.255;SOR=0.637;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:353,97:0.22:450
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chr6	109322554	rs12214121	C	T	2861.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.778;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=271;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.519;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=34;PP=1398;ReadPosRankSum=-0.613;SC=GTAGATAGTGCTGAGTTTTTA;SOR=0.582;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=180;TCF=118;TCR=62;TR=95;WE=109322562;WS=109322544;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:127,138:0.52:265
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chr6	109583186	rs1040285	A	G	4493.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.458;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=47;PP=1816;ReadPosRankSum=-0.200;SC=CAGAAACAAGACCAAGACTCT;SOR=0.824;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=106;TCF=58;TCR=48;TR=104;WE=109583194;WS=109583176;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,177:0.99:179
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chr6	109703727	rs1322816	C	A	485.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.647;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.119;HP=6;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=11;PP=181;ReadPosRankSum=0.282;SC=TTTCGGCGTGCGGGGGCGAAG;SOR=1.528;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=39;TCF=10;TCR=29;TR=14;WE=109703735;WS=109703717;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,22:0.50:44
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chr6	109764535	rs1476387	G	T	5819.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.128;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=656;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.04;ReadPosRankSum=0.635;SOR=0.675;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:348,296:0.46:644
chr6	109767631	rs6149743	T	TGTGGTCTGGTCAGTGACCTGCCCAGG	2379.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.179;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FS=9.865;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.05;MQRankSum=1.360;QD=14.08;ReadPosRankSum=0.582;SOR=1.377;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:109,60:0.36:169
chr6	109767929	rs41288556	C	T	1523.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.263;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.321;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=32;PP=2656;ReadPosRankSum=1.336;SC=CGCTGCCTTCCGCTTTGTGGT;SOR=0.817;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=98;TCF=42;TCR=56;TR=54;WE=109767939;WS=109767919;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,75:0.53:141
chr6	109767930	rs9320288	GC	TT	2400.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.109;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.633;HP=3;HapScore=2;JOINED;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=18;PP=1667;ReadPosRankSum=-1.618;SC=GCTGCCTTCCGCTTTGTGGTC;SOR=0.586;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=93;TCF=40;TCR=53;TR=34;WE=109767939;WS=109767919;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,64:0.46:139
chr6	109768295	rs910730	G	A	1462.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.603;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.092;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=20;PP=897;ReadPosRankSum=0.944;SC=GGTGCTGCTCGTAGCCACCTG;SOR=0.510;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=126;TCF=89;TCR=37;TR=60;WE=109768303;WS=109768285;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:92,72:0.44:164
chr6	109769224	rs72092669	AACAG	A	1380.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.391;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.049;HP=1;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=1.953;NF=1;NR=24;PP=1065;ReadPosRankSum=1.537;SC=GTACTCTCAGAACAGACAGTC;SOR=0.941;SbPval=0.92;Source=Platypus;TC=39;TCF=4;TCR=35;TR=25;WE=109769235;WS=109769214;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,37:0.59:63
chr6	109769319	.	ACCGCCTTCTCCCTCTGT	A	683	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;FR=0.5000;HP=3;HapScore=1;MGOF=30;MMLQ=24;MQ=58.06;NF=9;NR=7;PP=683;QD=43.0625;SC=ACACACACACACCGCCTTCTC;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=26;TCF=13;TCR=13;TR=16;WE=109769343;WS=109769309;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:10,16:0.62:26
chr6	109769336	rs111385895	TCACACACA	T	385.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.025;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.697;HP=1;HapScore=2;MGOF=31;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=3;PP=462;ReadPosRankSum=-0.283;SC=TCTCCCTCTGTCACACACACA;SOR=1.112;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=24;TCF=14;TCR=10;TR=10;WE=109769351;WS=109769326;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,14:0.44:32
chr6	109770869	rs752261	G	A	859.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-2.565;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.438;HP=4;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=18;PP=539;ReadPosRankSum=1.168;SC=CCTGATTGGGGGTCACTGCCC;SOR=0.451;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=70;TCF=39;TCR=31;TR=35;WE=109770877;WS=109770859;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,40:0.51:78
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chr6	109775436	rs2277113	T	C	700.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-0.682;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.860;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=24;PP=395;ReadPosRankSum=0.072;SC=TGGGCAGAGATGAGTGGCTGG;SOR=0.828;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=68;TCF=17;TCR=51;TR=33;WE=109775444;WS=109775426;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,38:0.42:91
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chr6	109818563	.	ACACTCT	TCTCTCT	2944	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;FR=0.5000,0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=37;MMLQ=24;MQ=58.3;NF=32,28;NR=56,16;PP=2062,2944;QD=23.4659090909;SC=ACACACACACACACTCTCTCT;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=111;TCF=44;TCR=67;TR=88,44;WE=109818580;WS=109818547;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:121,44:0.27:165
chr6	109818563	.	ACACTCT	A	2944	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;FR=0.5000,0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=37;MMLQ=24;MQ=58.3;NF=32,28;NR=56,16;PP=2062,2944;QD=23.4659090909;SC=ACACACACACACACTCTCTCT;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=111;TCF=44;TCR=67;TR=88,44;WE=109818580;WS=109818547;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:23,88:0.79:111
chr6	109818565	rs34249116	A	T	1574.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.013;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FS=0.949;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.85;MQRankSum=0.446;QD=9.84;ReadPosRankSum=2.115;SOR=0.929;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:106,54:0.34:160
chr6	109818585	rs71018346	TCTCA	T	1355.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.209;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=250;ExcessHet=3.0103;FS=3.632;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.87;MQRankSum=-0.951;QD=8.37;ReadPosRankSum=2.425;SOR=0.470;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:78,84:0.52:162
chr6	109818589	rs2024851	A	T	1577.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-1.929;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=248;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.998;HP=2;HapScore=2;MGOF=37;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.720;NF=72;NR=63;PP=1974;ReadPosRankSum=-2.443;SC=TCTCTCTCTCACACACTCCTC;SOR=1.078;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=187;TCF=99;TCR=88;TR=135;WE=109818602;WS=109818573;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:106,53:0.33:159
chr6	109827716	rs2277114	C	T	1806.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.207;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.798;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=37;PP=914;ReadPosRankSum=1.239;SC=TTGACAGCTACAATTTGTGCA;SOR=0.848;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=140;TCF=57;TCR=83;TR=61;WE=109827724;WS=109827706;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:106,86:0.45:192
chr6	109830298	rs6912368	C	T	7064.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.920;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=270;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=133;NR=60;PP=2965;ReadPosRankSum=0.745;SC=CTTTAAGCCCCATGTAAGTGT;SOR=0.627;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=194;TCF=134;TCR=60;TR=193;WE=109830306;WS=109830288;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,256:1.00:257
chr6	109835646	rs67924537	AC	A	190.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=2.184;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.233;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=6;PP=173;ReadPosRankSum=-0.103;SC=CTTAGCTGCAACATATACACA;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=2;TCR=14;TR=6;WE=109835654;WS=109835636;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,7:0.44:16
chr6	109837859	rs10872035	T	C	2447.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=55;PP=1605;SC=AGGAAGAAAATATTCCCTTTT;SOR=3.345;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=61;TCF=6;TCR=55;TR=61;WE=109837867;WS=109837849;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr6	109837879	rs7773915	A	G	1428.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=2;NR=38;PP=973;SC=TACTATACATATAAAATATGT;SOR=4.091;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=40;TCF=2;TCR=38;TR=40;WE=109837887;WS=109837869;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr6	109850199	rs72331392	AAC	A	689.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.222;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FS=0.956;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.00;ReadPosRankSum=1.578;SOR=0.575;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,47:0.68:69
chr6	109863238	rs9386812	A	C	2851.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-1.565;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=23;PP=1218;ReadPosRankSum=0.781;SC=AATTCTATATAAATTAAGATA;SOR=0.391;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=66;TCF=43;TCR=23;TR=65;WE=109863246;WS=109863228;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,110:0.99:111
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chr6	109886005	rs7757895	T	C	2265.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.261;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.539;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=26;PP=686;ReadPosRankSum=0.499;SC=TGGATCCTTTTGGGATTTCTG;SOR=0.777;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=108;TCF=60;TCR=48;TR=60;WE=109886013;WS=109885995;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,112:0.59:191
chr6	109886159	rs10872047	C	T	741.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=4;NR=21;PP=657;SC=ATATGAAATGCCTAATAGAAA;SOR=2.925;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=4;TCR=21;TR=25;WE=109886167;WS=109886149;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr6	109894773	rs12175588	T	A	2173.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.259;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=224;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=39;PP=931;ReadPosRankSum=-0.877;SC=CTCCTCTTCATCCTCATTATC;SOR=0.673;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=144;TCF=57;TCR=87;TR=62;WE=109894781;WS=109894763;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:114,108:0.49:222
chr6	109906329	rs71770197	GCTT	G	154.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.652;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.455;HP=2;HapScore=4;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=6;PP=182;ReadPosRankSum=0.352;SC=ATTTTACCTTGCTTCTTCTTC;SOR=0.666;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=13;TCF=4;TCR=9;TR=8;WE=109906349;WS=109906319;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,13:0.45:29
chr6	109940498	rs10499053	A	G	1615.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.859;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.270;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=39;PP=915;ReadPosRankSum=-0.897;SC=TATTAAACACATTGTTCATCT;SOR=0.492;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=109;TCF=36;TCR=73;TR=60;WE=109940506;WS=109940488;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,77:0.55:139
chr6	109954065	rs146518695	C	CATAG,CATAGATAG	1261.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-0.458;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=15,15;NR=1,1;PP=383,248;ReadPosRankSum=-1.190;SC=GACAGATAGACATAGATAGAT;SOR=2.584;SbPval=0.94;Source=Platypus;TC=18;TCF=15;TCR=3;TR=16,16;WE=109954073;WS=109954055;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.61,0.35:31
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chr6	109954518	rs9374111	T	C	832.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.169;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.012;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=15;PP=373;ReadPosRankSum=0.184;SC=GAGTACGAAATAGCTCATCCT;SOR=0.976;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=38;TCF=13;TCR=25;TR=21;WE=109954526;WS=109954508;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,38:0.61:62
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chr6	110086098	rs146520572	T	TTTTTTGTTTTTG	1195.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.735;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.91;ReadPosRankSum=1.772;SOR=0.532;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,25:0.52:48
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chr6	110679062	rs4945854	T	G	294.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.65;BaseQRankSum=-0.349;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=4;PP=112;ReadPosRankSum=-0.439;SC=GGAGGTCCCATCGAGGCGGCC;SOR=0.489;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=17;TCF=11;TCR=6;TR=10;WE=110679070;WS=110679052;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,15:0.56:27
chr6	110679413	rs62435951	A	G	673.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.66;BaseQRankSum=-1.263;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=5;PP=127;ReadPosRankSum=0.981;SC=ACAACAGCACAGCCCCGAGTA;SOR=0.625;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=50;TCF=33;TCR=17;TR=15;WE=110679421;WS=110679403;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,44:0.35:124
chr6	110726236	rs17492667	G	A	1253.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-1.148;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.925;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=43;PP=876;ReadPosRankSum=-0.520;SC=ATTCTCTAGAGCATTTATTTT;SOR=0.940;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=90;TCF=17;TCR=73;TR=51;WE=110726244;WS=110726226;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,57:0.56:101
chr6	110736610	rs9384742	T	C	1947.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-2.416;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.442;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=26;PP=800;ReadPosRankSum=0.406;SC=TCAGACACACTCCCAAACTCC;SOR=0.444;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=110;TCF=65;TCR=45;TR=55;WE=110736618;WS=110736600;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,94:0.54:173
chr6	110746526	rs7756222	T	C	1964.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-2.203;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=224;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.040;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=33;PP=740;ReadPosRankSum=1.355;SC=CACCATGGAGTGCCTCCTTAA;SOR=0.607;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=153;TCF=83;TCR=70;TR=70;WE=110746534;WS=110746516;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:118,102:0.46:220
chr6	110752337	rs76676412	G	A	2395.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=1.862;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=263;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.065;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=28;PP=1005;ReadPosRankSum=0.454;SC=AACTGCCTCCGTGCCCCCTTG;SOR=0.824;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=145;TCF=81;TCR=64;TR=69;WE=110752345;WS=110752327;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:140,121:0.46:261
chr6	110760008	rs12210538	A	G	5975.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.178;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=240;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=74;PP=2552;ReadPosRankSum=-1.514;SC=GACCTTGTCCATGGCGATGCA;SOR=0.546;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=138;TCF=63;TCR=75;TR=137;WE=110760016;WS=110759998;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:5,233:0.98:238
chr6	110778323	rs717567	G	A	621.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=19;PP=556;SC=ACATATACACGAATGGATAAA;SOR=5.994;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=0;TCR=19;TR=19;WE=110778331;WS=110778313;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr6	110797214	rs2428188	C	G	4191.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=29;NR=85;PP=2468;SC=GTACCTGGCACGTATTAGGTT;SOR=1.826;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=115;TCF=29;TCR=86;TR=114;WE=110797222;WS=110797204;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,149:1.00:149
chr6	110797563	rs2494551	A	C	3501.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=32;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=87;NR=24;PP=2938;SC=AAGCCCAGCTAGGGGCCGGCG;SOR=2.127;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=111;TCF=87;TCR=24;TR=111;WE=110797584;WS=110797553;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr6	110797576	rs112174035	T	C	1299.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-3.614;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.404;HP=2;HapScore=2;MGOF=32;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=19;PP=941;ReadPosRankSum=-0.888;SC=GGCCGGCGTCTGGACGCCCGT;SOR=0.243;SbPval=0.19;Source=Platypus;TC=122;TCF=94;TCR=28;TR=64;WE=110797584;WS=110797553;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,61:0.43:141
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chr6	110797612	rs6920997	A	G	12611.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.050;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=317;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=40.81;ReadPosRankSum=2.296;SOR=1.228;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,307:0.99:309
chr6	110797703	rs150666553	CCGCGGG	C	26249.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=606;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.57;SOR=1.133;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,576:1.00:576
chr6	110797713	.	C	CCACCCCT	26597.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.61;DP=599;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=57;NR=166;PP=2966;SC=CCGCGGGGCCCCTCCCCCATA;SOR=1.051;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=224;TCF=58;TCR=166;TR=223;WE=110797724;WS=110797693;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,594:1.00:594
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chr6	110942653	rs2272211	G	C	302.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=0.375;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=8;PP=176;ReadPosRankSum=0.059;SC=TGCACATGTGGCTGCTGACCA;SOR=1.061;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=21;TCF=5;TCR=16;TR=10;WE=110942661;WS=110942643;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,13:0.50:26
chr6	111213927	rs34637914	T	TC,TCC	604.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=8;HapScore=3;MGOF=10;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=21;NF=7,7;NR=4,4;PP=31,98;SC=TCGGTCTTTTTCCCCCCCCAG;SOR=1.085;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=16;TCF=8;TCR=8;TR=11,11;WE=111213935;WS=111213917;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.55,0.45:22
chr6	111527988	rs402940	G	A	5014.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=48;NR=103;PP=2965;SC=CTCATCACCCGATGTCTCATT;SOR=1.583;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=151;TCF=48;TCR=103;TR=151;WE=111527996;WS=111527978;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,179:1.00:179
chr6	111540372	rs405948	G	A	540.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=0.465;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=19;PP=395;ReadPosRankSum=0.650;SC=GCTTTTATGTGTGCCTTACTG;SOR=0.569;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=40;TCF=5;TCR=35;TR=22;WE=111540380;WS=111540362;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,23:0.55:42
chr6	111543067	rs193282	G	A	592.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-2.906;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.733;HP=5;HapScore=2;MGOF=32;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=8;PP=394;ReadPosRankSum=-1.992;SC=CTATCAAAAAGGGTTTATATT;SOR=0.357;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=44;TCF=31;TCR=13;TR=24;WE=111543075;WS=111543057;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,27:0.59:46
chr6	111587266	rs11153279	T	C	14756.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=578;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=169;NR=174;PP=2965;SC=AATCATCTGATGCTGACTCAG;SOR=0.718;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=345;TCF=169;TCR=176;TR=343;WE=111587274;WS=111587256;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,571:1.00:571
chr6	111654680	rs5879102	CT	C	216.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=14.45;SOR=1.911;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
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chr6	111665071	rs1623806	T	C	1719.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-0.888;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=15;PP=1131;ReadPosRankSum=1.246;SC=TTATTACATATAAATTACATC;SOR=0.793;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=54;TCF=39;TCR=15;TR=53;WE=111665079;WS=111665061;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,62:0.98:63
chr6	111695073	rs455645	C	T	9333.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=351;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=119;NR=116;PP=2965;SC=CTTCTGATAACGACCTCGGTT;SOR=0.722;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=236;TCF=119;TCR=117;TR=235;WE=111695081;WS=111695063;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,347:1.00:347
chr6	111695268	rs455732	C	T	16794.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=1.145;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=662;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=185;NR=188;PP=2965;ReadPosRankSum=4.315;SC=CCGCTATGCACACAATCTGCT;SOR=0.712;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=377;TCF=187;TCR=190;TR=373;WE=111695276;WS=111695258;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:6,644:0.99:650
chr6	111695887	rs462779	G	A	4626.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=48;NR=75;PP=2582;SC=CTTAAGTGTTGTATGCTTTCT;SOR=1.093;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=123;TCF=48;TCR=75;TR=123;WE=111695895;WS=111695877;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,169:1.00:169
chr6	111696257	rs461646	G	A	5974.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=54;NR=88;PP=2965;SC=CTATAATTCAGGTCACAATCT;SOR=1.085;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=144;TCF=56;TCR=88;TR=142;WE=111696265;WS=111696247;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,214:1.00:214
chr6	111696852	rs458486	T	C	3964.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=51;NR=45;PP=2134;SC=TTTCTAACGTTCCATCTCCAA;SOR=0.809;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=96;TCF=51;TCR=45;TR=96;WE=111696860;WS=111696842;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,144:1.00:144
chr6	111711232	rs11376056	C	CG	1274.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=10;PP=956;SC=CCACCACACCCGCCGGTCATT;SOR=1.371;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=23;TCF=12;TCR=11;TR=22;WE=111711240;WS=111711222;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr6	111793561	rs7772141	T	C	289.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=8;PP=211;SC=GTTATACTTCTTTGTAATCGT;SOR=4.615;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=8;WE=111793569;WS=111793551;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr6	111884058	rs2280985	A	G	297.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.098;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.63;ReadPosRankSum=0.626;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,14:0.50:28
chr6	111896777	rs12192705	C	T	350.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.243;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=20.63;ReadPosRankSum=-1.623;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,10:0.59:17
chr6	111896790	rs60481646	CAAAA	C	413.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.256;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.70;ReadPosRankSum=-0.696;SOR=0.722;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,12:0.57:21
chr6	111896796	rs373128911	A	G	400.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.432;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.22;ReadPosRankSum=0.723;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,11:0.50:22
chr6	111901453	rs1043730	G	T	2472.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.277;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.113;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=38;PP=1081;ReadPosRankSum=0.330;SC=GCCTCTCTTCGTGGTCCCAGG;SOR=0.782;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=124;TCF=62;TCR=62;TR=72;WE=111901461;WS=111901443;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:91,118:0.56:209
chr6	111915564	rs174388	C	G	163.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=1.024;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=3;PP=149;ReadPosRankSum=1.763;SC=AGGACTAATTCCTGTCCTCTC;SOR=0.593;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=15;TCF=10;TCR=5;TR=9;WE=111915572;WS=111915554;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,8:0.57:14
chr6	111918865	rs174393	G	A	544.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.401;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=4.224;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.65;ReadPosRankSum=0.104;SOR=0.299;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,29:0.46:63
chr6	111918869	rs11153302	A	G	1304.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.308;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=2.497;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.38;ReadPosRankSum=0.098;SOR=0.355;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,36:0.51:71
chr6	111919108	rs6941014	T	C	2090.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.010;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=52;PP=1016;ReadPosRankSum=-2.294;SC=CAGAGGGCGGTGCCTGGATTG;SOR=0.683;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=134;TCF=41;TCR=93;TR=77;WE=111919116;WS=111919098;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:94,104:0.53:198
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chr6	112421805	rs916429	T	C	928.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-0.586;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=4;PP=555;ReadPosRankSum=-1.029;SC=AATCAAACTTTGGTGCTCTGA;SOR=0.701;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=77;TCF=64;TCR=13;TR=31;WE=112421822;WS=112421795;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,40:0.45:89
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chr6	112450351	rs2157550	G	C	1094.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-1.165;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.778;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=23;PP=615;ReadPosRankSum=0.708;SC=TTATGGAAGTGAAAGAGCTTT;SOR=0.318;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=64;TCF=19;TCR=45;TR=35;WE=112450359;WS=112450341;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,48:0.61:79
chr6	112451367	rs34752945	G	T	587.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-2.197;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=18;PP=369;ReadPosRankSum=0.386;SC=AAAAGACAGCGAGTTGCCAAA;SOR=0.576;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=37;TCF=6;TCR=31;TR=23;WE=112451375;WS=112451357;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,26:0.57:46
chr6	112454185	rs764587	A	G	1175.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.322;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.738;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=27;PP=650;ReadPosRankSum=0.745;SC=TTGCCTGTTAATTTCTACGTA;SOR=0.588;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=78;TCF=27;TCR=51;TR=43;WE=112454193;WS=112454175;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,56:0.52:108
chr6	112454245	rs3734287	T	C	570.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-0.285;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.117;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=14;PP=323;ReadPosRankSum=-0.936;SC=AGGCATACACTAGGAGCTCCT;SOR=0.155;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=31;TCF=7;TCR=24;TR=20;WE=112454253;WS=112454235;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,24:0.69:35
chr6	112457390	rs2032567	C	T	3575.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.216;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=413;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=51;PP=1581;ReadPosRankSum=0.069;SC=ACAGGGCCACCGCTGAATCCA;SOR=0.672;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=259;TCF=143;TCR=116;TR=113;WE=112457398;WS=112457380;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:231,181:0.44:412
chr6	112457471	rs2032568	G	A	2551.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.084;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=295;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.895;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=48;PP=1175;ReadPosRankSum=-1.105;SC=GGAGAGAAAGGAATTGTAAGA;SOR=0.631;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=199;TCF=81;TCR=118;TR=81;WE=112457479;WS=112457461;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:166,129:0.44:295
chr6	112493872	rs1050348	A	G	2784.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=42;NR=25;PP=1423;SC=TCCCTGACATAGTTAAGGGCC;SOR=1.090;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=67;TCF=42;TCR=25;TR=67;WE=112493880;WS=112493862;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr6	112506375	rs9374309	G	A	5333.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.830;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=71;NR=55;PP=2576;ReadPosRankSum=-0.992;SC=TGACCAGCCAGCCTCACATCA;SOR=0.875;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=128;TCF=72;TCR=56;TR=126;WE=112506383;WS=112506365;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,201:0.99:203
chr6	112506583	rs6908219	G	T	2357.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=44;PP=1269;SC=ATAGTCAATGGGCACACCAGG;SOR=1.556;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=59;TCF=15;TCR=44;TR=59;WE=112506591;WS=112506573;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr6	112508035	rs9400521	C	T	1270.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=26;NR=14;PP=729;SC=ATATGGAGGGCCAACTGTATT;SOR=1.378;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=40;TCF=26;TCR=14;TR=40;WE=112508043;WS=112508025;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr6	112508769	rs9387061	TG	GT	8191.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=50;NR=63;PP=2947;SC=CTAACCGCAGTGCATCAGTCA;SOR=0.831;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=113;TCF=50;TCR=63;TR=113;WE=112508778;WS=112508759;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,184:1.00:184
chr6	112537497	rs2068770	A	G	8390.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.500;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=317;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=125;NR=74;PP=2965;ReadPosRankSum=2.270;SC=AACATCCGAAAAATATTTTAT;SOR=1.121;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=201;TCF=126;TCR=75;TR=199;WE=112537505;WS=112537487;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,310:0.99:314
chr6	112671611	rs11153361	G	A	2228.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.254;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=235;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=43;PP=1136;ReadPosRankSum=0.355;SC=ACACATGATGGTTTCTTCTCT;SOR=0.667;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=156;TCF=65;TCR=91;TR=74;WE=112671619;WS=112671601;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:121,108:0.47:229
chr6	114178831	rs113531174	C	CGCT	1081.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.321;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FS=5.825;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.67;MQRankSum=2.013;QD=20.80;ReadPosRankSum=-0.547;SOR=0.973;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,30:0.58:52
chr6	114181914	rs45449896	GTT	G	478.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.220;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=3.802;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.73;MQRankSum=1.797;QD=11.13;ReadPosRankSum=-4.353;SOR=2.262;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,21:0.49:43
chr6	114277625	rs2475631	T	C	806.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=24;NR=1;PP=668;SC=TCATAAAACATAGAGGTTTGA;SOR=5.136;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=25;TCF=24;TCR=1;TR=25;WE=114277633;WS=114277621;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr6	114378970	rs2282237	C	T	5970.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.989;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=621;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=91;NR=121;PP=2962;ReadPosRankSum=0.415;SC=TTTCTGGAACCTCCTCTGTGA;SOR=0.665;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=426;TCF=181;TCR=245;TR=212;WE=114378978;WS=114378960;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:320,293:0.48:613
chr6	116263524	rs12208531	G	A	351.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-0.940;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.447;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=1;PP=295;ReadPosRankSum=0.303;SC=ATTTTGGAATGGATTATTTGA;SOR=1.646;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=28;TCF=25;TCR=3;TR=16;WE=116263532;WS=116263514;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,15:0.56:27
chr6	116264354	rs550480	C	A	2618.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.647;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.866;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=1.288;NF=28;NR=52;PP=1335;ReadPosRankSum=-3.110;SC=TCTACCTGTTCATGTATTAAG;SOR=0.960;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=154;TCF=60;TCR=94;TR=80;WE=116264362;WS=116264344;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:98,120:0.55:218
chr6	116264386	rs57164993	A	AT	97.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.513;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.15;MQRankSum=0.000;QD=0.86;ReadPosRankSum=-0.180;SOR=0.629;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:88,25:0.22:113
chr6	116288912	rs11398565	T	TA	443.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=0.530;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=12;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=26;PP=290;ReadPosRankSum=-0.558;SC=GAGCAATTGTTAAAAAAAAAA;SOR=0.544;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=58;TCF=3;TCR=55;TR=28;WE=116288920;WS=116288902;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,30:0.56:54
chr6	116323910	rs1338667	T	A	6192.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=243;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=70;NR=98;PP=2965;SC=TACCACATTGTCTCAGTGTCA;SOR=0.976;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=168;TCF=70;TCR=98;TR=168;WE=116323918;WS=116323900;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,238:1.00:238
chr6	116324898	rs3798227	A	G	3250.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=67;NR=20;PP=2035;SC=TATTACTCTTAAGTAGTTTAG;SOR=1.928;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=88;TCF=67;TCR=21;TR=87;WE=116324906;WS=116324888;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr6	116427506	rs56295720	CT	C	510.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.980;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.77;ReadPosRankSum=0.213;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:5,35:0.88:40
chr6	116439220	rs515745	A	G	701.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=11;PP=371;SC=GATTTAATTTAAGCTTAAATA;SOR=0.997;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=19;TCF=8;TCR=11;TR=19;WE=116439228;WS=116439210;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr6	116441229	rs111661664	T	TGGG	2980.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=16;NR=15;PP=1709;SC=ATTAGCTCTGTGTGTACTCAC;SOR=1.162;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=34;TCF=18;TCR=16;TR=31;WE=116441237;WS=116441219;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr6	116446576	rs1064583	A	G	8043.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.554;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=326;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=100;NR=92;PP=2965;ReadPosRankSum=1.835;SC=GCCTGTGGGCATTTGGTATCG;SOR=0.738;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=192;TCF=100;TCR=92;TR=192;WE=116446584;WS=116446566;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,319:0.99:321
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chr6	116783390	rs10784	A	G	1105.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.800;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.810;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=19;PP=539;ReadPosRankSum=0.498;SC=CCTGGTGTGCACGCAAATCAG;SOR=0.412;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=51;TCF=18;TCR=33;TR=32;WE=116783398;WS=116783380;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,52:0.57:92
chr6	116836720	rs881863	G	A	2150.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.831;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=23;PP=1196;ReadPosRankSum=-0.079;SC=TCCCTAAATGGCTTTGCTTTC;SOR=0.661;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=123;TCF=83;TCR=40;TR=70;WE=116836728;WS=116836710;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,98:0.56:176
chr6	116864570	rs4142087	A	C	3005.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.097;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=293;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.897;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=46;PP=1329;ReadPosRankSum=0.809;SC=TATTCTGGAGAAAAAGGGGTA;SOR=0.775;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=163;TCF=72;TCR=91;TR=80;WE=116864578;WS=116864560;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:142,146:0.51:288
chr6	116875427	rs7762318	G	A	1152.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.394;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=20;PP=600;ReadPosRankSum=-2.044;SC=AAGAGATCCTGGCTGGGTTTC;SOR=0.663;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=87;TCF=40;TCR=47;TR=38;WE=116875435;WS=116875417;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,60:0.42:142
chr6	116878947	rs6906668	C	T	630.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-2.038;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=1;PP=273;ReadPosRankSum=0.994;SC=ATATTTGATGCATTGATACTT;SOR=0.779;SbPval=0.97;Source=Platypus;TC=49;TCF=40;TCR=9;TR=19;WE=116878955;WS=116878937;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,31:0.46:67
chr6	116892681	rs147899431	G	C	1719.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.884;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.098;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=20;PP=627;ReadPosRankSum=-1.063;SC=CGGCGCGGCAGCTGTCTGGGC;SOR=0.537;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=100;TCF=61;TCR=39;TR=49;WE=116892689;WS=116892671;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,83:0.56:147
chr6	116901640	rs1321534	G	A	176.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-1.539;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=4;PP=50;ReadPosRankSum=0.897;SC=TTACGAATCTGCTATGAATGT;SOR=0.399;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=10;TCF=2;TCR=8;TR=5;WE=116901648;WS=116901630;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,9:0.64:14
chr6	116950833	rs784133	T	C	1562.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-1.698;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=25;PP=647;ReadPosRankSum=-0.698;SC=GAAGTGGGGCTTCCTCTTTTG;SOR=0.694;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=95;TCF=38;TCR=57;TR=44;WE=116950841;WS=116950823;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,77:0.52:147
chr6	117037616	rs2243367	A	G	110.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=3;PP=84;SC=TTGCACATATACAGTATTCAA;SOR=1.609;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=1;TCR=3;TR=4;WE=117037624;WS=117037606;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr6	117045674	rs1150108	A	G	312.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=8;PP=258;SC=CTGTGTCTTGAAGGATGGTGA;SOR=2.303;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=2;TCR=8;TR=10;WE=117045682;WS=117045664;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr6	117045690	rs60931389	C	T	251.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=7;PP=190;SC=GGTGAGATGTCAAAGAAGATG;SOR=2.093;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=2;TCR=7;TR=9;WE=117045698;WS=117045680;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr6	117073894	.	TA	GA	2994	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;FR=0.5000,0.5000;HP=2;HapScore=1;MGOF=82;MMLQ=27;MQ=59.76;NF=4,0;NR=10,41;PP=171,2994;QD=14.6979437534;SC=TATATATATATATAGATACAC;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=53;TCF=10;TCR=43;TR=14,41;WE=117073902;WS=117073884;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:39,14:0.26:53
chr6	117073894	.	TA	TAGA	2994	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;FR=0.5000,0.5000;HP=2;HapScore=1;MGOF=82;MMLQ=27;MQ=59.76;NF=4,0;NR=10,41;PP=171,2994;QD=14.6979437534;SC=TATATATATATATAGATACAC;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=53;TCF=10;TCR=43;TR=14,41;WE=117073902;WS=117073884;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:2,41:0.95:43
chr6	117073894	rs187417811	T	G,TAG	1688.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.026;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=3.780;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=32.48;ReadPosRankSum=-0.850;SOR=2.448;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:2,11,39:0.21,0.75:52
chr6	117073918	rs141678188	T	TATATAC,TATATATAC	1299.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.65;QD=41.93;SOR=5.486;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:0,6,25:0.19,0.81:31
chr6	117114290	rs35937022	A	G	7267.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.069;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=273;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=67;NR=136;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.889;SC=TAGGGAGAGAATCAGGAGTAG;SOR=1.395;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=206;TCF=68;TCR=138;TR=203;WE=117114298;WS=117114280;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,264:0.99:266
chr6	117114403	rs6901971	G	A	2054.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=15;NR=41;PP=1190;SC=ATAAAAGGCAGTGAGGCATAT;SOR=1.673;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=56;TCF=15;TCR=41;TR=56;WE=117114411;WS=117114393;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr6	117121894	rs6917467	G	A	5962.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=55;NR=100;PP=2965;SC=TTAAATCCCCGTGAGCATCAA;SOR=1.231;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=157;TCF=55;TCR=102;TR=155;WE=117121902;WS=117121884;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,223:1.00:223
chr6	117130544	rs28360548	A	C	9430.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.912;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=348;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=110;NR=89;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.174;SC=CCCAGAACCTATGACAGCCTT;SOR=0.850;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=200;TCF=110;TCR=90;TR=199;WE=117130552;WS=117130534;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,341:0.99:343
chr6	117130704	rs2274911	G	A	8140.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=308;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=67;NR=109;PP=2965;SC=TTGACTCCAGGTAAGAGTGTT;SOR=1.051;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=179;TCF=70;TCR=109;TR=176;WE=117130712;WS=117130694;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,303:1.00:303
chr6	117149872	rs11753705	A	T	1192.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=34;NR=1;PP=898;SC=TTAAAAATACATATGAGTTTA;SOR=4.407;SbPval=0.94;Source=Platypus;TC=37;TCF=34;TCR=3;TR=35;WE=117149880;WS=117149868;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr6	117237584	rs2184343	T	G	2285.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=13;NR=51;PP=1484;SC=TATGGCTGGATATACACTGTC;SOR=2.554;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=67;TCF=16;TCR=51;TR=64;WE=117237592;WS=117237574;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
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chr6	117609529	rs2778	A	G	730.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-4.678;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=4;PP=489;ReadPosRankSum=-0.635;SC=ATTAGAAATCAGGAACGTTGC;SOR=0.725;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=65;TCF=59;TCR=6;TR=33;WE=117609537;WS=117609519;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,35:0.51:69
chr6	117622184	rs619203	G	C	964.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.149;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.49;ReadPosRankSum=-2.986;SOR=0.756;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:56,28:0.33:84
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chr6	117631463	rs369787954	TTAA	T	917.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.614;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.276;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=1.144;NF=0;NR=16;PP=658;ReadPosRankSum=1.800;SC=GAAGTTATATTTAATAATAAT;SOR=1.105;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=31;TCF=3;TCR=28;TR=16;WE=117631473;WS=117631453;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,26:0.45:58
chr6	117674087	rs9481703	G	A	1681.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-3.149;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.044;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=19;PP=857;ReadPosRankSum=0.220;SC=TGGAGAAGGAGATGTTATGAG;SOR=0.401;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=125;TCF=89;TCR=36;TR=58;WE=117674095;WS=117674077;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,82:0.52:159
chr6	117681436	rs150963992	G	GACAC,GACACACAC	3738.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.252;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=41.54;ReadPosRankSum=-0.124;SOR=0.826;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:3,55,32:0.61,0.36:90
chr6	117686943	rs2243383	A	T	2555.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=25;NR=48;PP=1546;SC=GGAGAAAAAAATGGGGATTAT;SOR=1.305;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=73;TCF=25;TCR=48;TR=73;WE=117686951;WS=117686933;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr6	117687456	rs34245994	G	A	1627.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.226;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.991;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=39;PP=947;ReadPosRankSum=0.028;SC=CCCCAGTGCTGCTAAAACATA;SOR=1.093;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=106;TCF=40;TCR=66;TR=59;WE=117687464;WS=117687446;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,75:0.51:147
chr6	117714346	rs1535330	C	G	1521.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=29;NR=11;PP=898;SC=ATTATTTATTCCCAATGGAAG;SOR=1.567;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=41;TCF=30;TCR=11;TR=40;WE=117714354;WS=117714336;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr6	117718303	rs9401003	A	G	1900.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.710;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.512;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=35;PP=810;ReadPosRankSum=-2.018;SC=TGGTGACATAATGAGCAGAAA;SOR=0.629;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=134;TCF=52;TCR=82;TR=59;WE=117718311;WS=117718293;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:114,96:0.46:210
chr6	117718359	.	G	GT	140.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.711;ClippingRankSum=0.000;DP=83;ExcessHet=3.0103;FS=2.820;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.17;ReadPosRankSum=1.525;SOR=1.356;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:49,16:0.25:65
chr6	117724379	rs2243380	C	T	762.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.286;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.790;HP=2;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=13;PP=278;ReadPosRankSum=0.057;SC=CCAAACCACTCGGAAAATGTA;SOR=0.793;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=56;TCF=26;TCR=30;TR=24;WE=117724387;WS=117724369;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,40:0.45:88
chr6	117724462	rs2243379	C	A	1130.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=34;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=8;NR=19;PP=681;SC=AGTGATCAATCATCAGCATTA;SOR=1.387;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=28;TCF=8;TCR=20;TR=27;WE=117724470;WS=117724452;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr6	117724499	rs1407179	A	C	677.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=53;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=12;PP=422;SC=CATTGGGACTAAAAAGCATAG;SOR=1.708;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=4;TCR=12;TR=16;WE=117724507;WS=117724489;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr6	117725383	.	C	CA	978.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.123;ClippingRankSum=0.000;DP=160;ExcessHet=3.0103;FS=1.579;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.85;MQRankSum=0.009;QD=6.57;ReadPosRankSum=-0.830;SOR=0.539;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:70,79:0.53:149
chr6	117725578	rs2243378	T	A	6087.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.876;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=84;PP=2944;ReadPosRankSum=0.121;SC=GAGCAGTTGGTAGGTCTGCAT;SOR=0.594;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=137;TCF=52;TCR=85;TR=136;WE=117725586;WS=117725568;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,226:0.99:229
chr6	117725622	rs2243377	G	A	969.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.024;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=24;PP=423;ReadPosRankSum=-2.955;SC=CACTCACCACGCACTCCTGTC;SOR=0.721;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=88;TCF=26;TCR=62;TR=31;WE=117725630;WS=117725612;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,51:0.41:123
chr6	117730592	rs2273602	G	A	1316.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=36;NR=2;PP=934;SC=TGGCCTATACGTTTGAAATTA;SOR=4.664;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=39;TCF=36;TCR=3;TR=38;WE=117730600;WS=117730582;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr6	117730819	rs2273601	G	A	3112.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.850;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=297;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.397;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=48;PP=1390;ReadPosRankSum=0.402;SC=TGGAAGACAGGGAGCATGACA;SOR=0.609;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=192;TCF=86;TCR=106;TR=90;WE=117730827;WS=117730809;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:142,148:0.51:290
chr6	117730899	rs2243375	T	G	1363.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=2.299;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=30;PP=694;ReadPosRankSum=-2.805;SC=ATGCCTAATATGCAAGTATAT;SOR=0.721;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=97;TCF=25;TCR=72;TR=38;WE=117730907;WS=117730889;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,63:0.45:140
chr6	117735716	rs3836983	GA	G	129.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.363;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=1.515;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.18;ReadPosRankSum=-0.122;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,12:0.39:31
chr6	117737390	rs2243	G	A	874.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.290;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.976;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=8;PP=354;ReadPosRankSum=-0.488;SC=AGAAACATCAGTATCAAAATA;SOR=0.543;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=52;TCF=35;TCR=17;TR=26;WE=117737398;WS=117737380;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,41:0.61:67
chr6	117804117	.	GCGGGGCGGGCCGGGCCGGGCCGAGGGCTA	G	551.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=4;PP=1806;SC=GCTGAGGGCTGCGGGGCGGGC;SOR=0.836;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=7;TCF=2;TCR=5;TR=6;WE=117804153;WS=117804107;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr6	117842759	rs35394851	CTG	C	4959.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=40;PP=2335;SC=GGTATCCTAACTGTGTTGCAG;SOR=0.877;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=50;TCF=9;TCR=41;TR=49;WE=117842768;WS=117842749;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr6	117862048	rs2071825	C	A	6431.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=245;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=63;NR=83;PP=2905;SC=CATTGTTACTCATGTGGTTTT;SOR=0.880;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=148;TCF=63;TCR=85;TR=146;WE=117862056;WS=117862038;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,243:1.00:243
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chr6	117865928	rs9320608	C	T	493.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=1;NR=15;PP=412;SC=TTAATGGCCACTTTACTTTTG;SOR=4.174;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=17;TCF=1;TCR=16;TR=16;WE=117865936;WS=117865918;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
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chr6	118556628	rs9489326	T	C	2812.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=68;NR=21;PP=1905;SC=CAATTTATTCTATTTCAGGAA;SOR=2.086;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=89;TCF=68;TCR=21;TR=89;WE=118556636;WS=118556618;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr6	118635079	rs1572226	C	G	443.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=2.759;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=28;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=1;PP=301;ReadPosRankSum=-2.345;SC=GCCAACTCATCATGCTGCCTG;SOR=0.588;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=30;TCF=29;TCR=1;TR=15;WE=118635087;WS=118635069;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,17:0.47:36
chr6	118635122	rs283049	G	C	2643.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=1.291;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=10.212;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=4;PP=1862;ReadPosRankSum=1.695;SC=TCATGTTTCTGTGTGCCTCAT;SOR=4.531;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=72;TCF=66;TCR=6;TR=70;WE=118635130;WS=118635112;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,83:0.99:84
chr6	118786486	rs3798420	T	C	2668.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.009;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=237;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.812;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=33;PP=1441;ReadPosRankSum=-0.635;SC=GCAAGTCATGTCACTTGCAAC;SOR=0.496;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=184;TCF=124;TCR=60;TR=92;WE=118786494;WS=118786476;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:110,124:0.53:234
chr6	118791804	rs7743702	T	C	1014.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=1.403;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=12;PP=407;ReadPosRankSum=0.273;SC=TTTCCTTGCATAGACTAGAAT;SOR=0.643;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=43;TCF=21;TCR=22;TR=23;WE=118791812;WS=118791794;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,48:0.56:85
chr6	118801232	rs67283653	TCA	T	217.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=0.586;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.398;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=3;PP=181;ReadPosRankSum=-1.924;SC=ATGATTTGGGTCACACACGTA;SOR=0.223;SbPval=0.23;Source=Platypus;TC=11;TCF=2;TCR=9;TR=5;WE=118801241;WS=118801222;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,7:0.58:12
chr6	118803091	rs9489410	C	G	505.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.441;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.885;HP=2;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=9;PP=176;ReadPosRankSum=0.937;SC=CTTCCAGAATCTGCAGCTAAG;SOR=0.627;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=41;TCF=17;TCR=24;TR=16;WE=118803099;WS=118803081;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,29:0.37:79
chr6	118803122	rs9481812	T	C	671.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.589;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=0.849;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.50;ReadPosRankSum=0.207;SOR=0.670;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:44,35:0.44:79
chr6	118803195	rs35791512	TA	T	174.90	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.069;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=2.291;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.73;ReadPosRankSum=0.640;SOR=0.634;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,20:0.77:26
chr6	118812810	rs71866282	ATGT	A	1734.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=2.333;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.849;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.907;NF=12;NR=9;PP=899;ReadPosRankSum=-0.233;SC=TGCTGAGGAAATGTTGTTGAC;SOR=0.816;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=37;TCF=18;TCR=19;TR=21;WE=118812820;WS=118812800;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,45:0.56:80
chr6	118832320	rs9489424	T	C	886.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=24;NR=0;PP=620;SC=AGTTGGACACTCTTTGCCACA;SOR=5.283;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=24;TCF=24;TCR=0;TR=24;WE=118832328;WS=118832313;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr6	118832397	rs74822041	G	C	1312.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.672;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FS=4.368;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.95;ReadPosRankSum=-0.505;SOR=0.383;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:66,66:0.50:132
chr6	118886615	rs763254	T	C	1665.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.663;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.657;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=16;PP=996;ReadPosRankSum=-1.099;SC=GAACACTTGTTATATGCTTAC;SOR=0.777;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=98;TCF=68;TCR=30;TR=53;WE=118886623;WS=118886605;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,75:0.54:138
chr6	118886961	rs3734382	G	T	7015.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=258;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=108;NR=81;PP=2965;SC=ATGTCTACAGGCTGTCTCCTA;SOR=0.928;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=189;TCF=108;TCR=81;TR=189;WE=118886969;WS=118886951;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,253:1.00:253
chr6	118887303	rs3734381	T	C	3854.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.550;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=387;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.264;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=81;PP=1727;ReadPosRankSum=-2.109;SC=TCCCCCCTACTGTGGTTTCCC;SOR=0.875;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=272;TCF=117;TCR=155;TR=133;WE=118887311;WS=118887293;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:191,191:0.50:382
chr6	118953755	rs9320659	T	C	2134.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.781;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=260;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.528;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=46;PP=786;ReadPosRankSum=-0.639;SC=CAGGTAGCCATGCTGATGAAT;SOR=0.805;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=171;TCF=64;TCR=107;TR=71;WE=118953763;WS=118953745;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:143,113:0.44:256
chr6	118973953	rs9489486	A	G	2354.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.707;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=30;PP=1106;ReadPosRankSum=-0.600;SC=ATGTAATGTTAGCCAAGGGTC;SOR=0.760;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=58;TCF=28;TCR=30;TR=58;WE=118973961;WS=118973943;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,91:0.98:93
chr6	118974042	rs9489487	C	T	980.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=23;PP=595;SC=TTAATGTGCACTAGCTCGTTT;SOR=2.179;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=6;TCR=23;TR=29;WE=118974050;WS=118974032;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr6	119149149	rs284921	C	G	3857.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=44;NR=45;PP=1709;SC=AGCGTTCCGGCAATCACTCTG;SOR=0.734;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=89;TCF=44;TCR=45;TR=89;WE=119149157;WS=119149139;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,149:1.00:149
chr6	119177480	rs36160966	T	G	3400.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=77;NR=26;PP=1931;SC=CATTTTCCCCTAAGCATATAT;SOR=1.821;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=103;TCF=77;TCR=26;TR=103;WE=119177488;WS=119177470;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,129:1.00:129
chr6	119296378	.	TA	T	52.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.041;ClippingRankSum=0.000;DP=101;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.68;ReadPosRankSum=-0.247;SOR=0.531;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:63,15:0.19:78
chr6	119300477	rs4946382	A	G	3571.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=75;NR=18;PP=2352;SC=GAATTTAAAAAATGTTAAAAA;SOR=2.322;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=93;TCF=75;TCR=18;TR=93;WE=119300485;WS=119300467;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
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chr6	119327112	rs794262	G	A	983.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=27;NR=5;PP=751;SC=AATTGTTATCGGTTGAACTGG;SOR=2.899;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=32;TCF=27;TCR=5;TR=32;WE=119327120;WS=119327110;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
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chr6	119390461	.	AAC	A	50	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MMLQ=28;MQ=60.0;NF=0;NR=2;PP=50;QD=29.0;SC=TAGACCATTAAACACACACAC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=0;TCR=12;TR=2;WE=119390470;WS=119390451;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:10,2:0.17:12
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chr6	119509870	rs2142888	G	A	1234.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=35;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=7;NR=32;PP=986;SC=AGGACCCTCCGAGGATAACAA;SOR=2.891;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=39;TCF=7;TCR=32;TR=39;WE=119509878;WS=119509860;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr6	119510739	rs2072888	C	T	589.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=16;NR=2;PP=409;SC=ATAGGCAGAGCGGATAGTCTT;SOR=3.716;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=18;TCF=16;TCR=2;TR=18;WE=119510747;WS=119510735;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr6	119510777	rs2072889	T	G	1408.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=28;NR=12;PP=821;SC=AAAACTGCATTAAATCAAAGC;SOR=1.755;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=28;TCR=12;TR=40;WE=119510785;WS=119510767;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr6	119510941	rs2072890	C	A	5809.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.530;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.076;HP=5;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=80;NR=75;PP=2696;ReadPosRankSum=0.647;SC=ACATGCCCCCCGCGAAGCAGG;SOR=0.405;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=158;TCF=81;TCR=77;TR=155;WE=119510949;WS=119510931;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,225:0.99:228
chr6	119522252	rs3822996	G	T	1167.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=25;NR=6;PP=739;SC=ACAATCCAGTGTCCTAATAAC;SOR=2.833;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=25;TCR=6;TR=31;WE=119522260;WS=119522242;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr6	119522353	rs9481890	T	C	5692.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=224;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=73;NR=51;PP=2256;SC=GCTGCTTTTGTGCTTCCTCTC;SOR=0.902;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=124;TCF=73;TCR=51;TR=124;WE=119522361;WS=119522343;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,219:1.00:219
chr6	119522553	rs9481891	A	G	1635.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=41;PP=1375;SC=AATCTAAAAAACAATTTTCAT;SOR=1.812;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=58;TCF=17;TCR=41;TR=58;WE=119522577;WS=119522543;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr6	119611708	rs9489670	C	T	152.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.47;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr6	119611989	rs9489671	A	T	532.79	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=1.025;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.948;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=13;PP=321;ReadPosRankSum=0.627;SC=CATTATTGTGATAAATTATAC;SOR=1.931;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=4;TCR=13;TR=17;WE=119611997;WS=119611979;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,22:0.92:24
chr6	119623079	rs6917129	AT	GC	376.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;JOINED;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=0;PP=311;SC=TAATACAATAATAGGGCCCAC;SOR=3.056;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=7;TCR=0;TR=6;WE=119623088;WS=119623069;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr6	119623358	rs11153807	G	A	579.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=14;PP=385;SC=AGAGGGTAATGCTGGATTTAT;SOR=1.828;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=19;TCF=5;TCR=14;TR=19;WE=119623366;WS=119623348;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr6	119623415	rs6918089	G	A	311.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=9;PP=241;SC=TTCAATGAAAGTATAAAACAG;SOR=2.494;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=11;TCF=2;TCR=9;TR=11;WE=119623423;WS=119623405;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr6	119627976	rs6915559	G	A	5183.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=92;NR=50;PP=2934;SC=GGAGGGCCATGTTACACAGAC;SOR=1.309;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=142;TCF=92;TCR=50;TR=142;WE=119627984;WS=119627966;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,191:1.00:191
chr6	119628029	rs195092	C	T	9117.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=350;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=120;NR=99;PP=2965;SC=GAGAAGTTATCGTCACTAAGA;SOR=0.847;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=219;TCF=120;TCR=99;TR=219;WE=119628037;WS=119628019;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,347:1.00:347
chr6	119628198	rs6915947	G	A	2203.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=19;NR=53;PP=1590;SC=TTTGAATGGAGATGTTTTTGC;SOR=2.124;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=74;TCF=19;TCR=55;TR=72;WE=119628206;WS=119628188;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr6	119653186	rs7754482	G	A	2339.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=21;NR=38;PP=1155;SC=ATAAAATGAGGAGAATAATGT;SOR=1.356;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=59;TCF=21;TCR=38;TR=59;WE=119653194;WS=119653176;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr6	121436422	rs7772508	G	T	2197.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=27;NR=39;PP=1145;SC=ATAAAGTGCAGAAAAGTTTGC;SOR=1.013;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=67;TCF=27;TCR=40;TR=66;WE=121436430;WS=121436412;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr6	121491472	rs1273749	G	A	2123.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=38;NR=19;PP=1087;SC=CATTAAACAAGCTATATCAAA;SOR=1.310;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=57;TCF=38;TCR=19;TR=57;WE=121491480;WS=121491462;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr6	121491622	rs55813785	A	G	1714.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.401;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=29;PP=648;ReadPosRankSum=-0.497;SC=CCTGATACTGAGCCTCTAACA;SOR=0.730;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=112;TCF=47;TCR=65;TR=51;WE=121491630;WS=121491612;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:109,89:0.45:198
chr6	121526447	rs9320795	G	C	1577.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=3;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=9;NR=20;PP=649;SC=TAAATAATAAGAAGAAGAAGA;SOR=1.387;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=9;TCR=20;TR=29;WE=121526473;WS=121526437;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr6	121526459	rs35328788	G	T	1357.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.26;SOR=1.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr6	121526465	rs35549991	G	T	1276.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.03;SOR=1.688;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr6	121560155	rs12191616	C	T	714.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=1.418;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.945;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=5;PP=397;ReadPosRankSum=3.150;SC=AAAGTATGAACGAATTCATTT;SOR=0.909;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=51;TCF=39;TCR=12;TR=24;WE=121560163;WS=121560145;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,34:0.45:75
chr6	121576666	rs10650607	T	TTTATAA	186.87	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=37.37;SOR=3.611;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr6	121577370	rs7745023	T	C	2039.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.638;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=36;PP=923;ReadPosRankSum=-1.847;SC=CCAGAAAATATAGAAATATCT;SOR=0.716;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=120;TCF=48;TCR=72;TR=58;WE=121577378;WS=121577360;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,98:0.52:188
chr6	121620608	rs9387944	G	T	2070.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.002;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=23;PP=974;ReadPosRankSum=1.409;SC=CTTATATTTCGTTTCAAGAAG;SOR=0.267;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=52;TCF=29;TCR=23;TR=51;WE=121620616;WS=121620598;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,78:0.99:79
chr6	121629167	rs9398629	G	A	2508.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.523;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=312;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=38;PP=1029;ReadPosRankSum=0.489;SC=TCAGTTTTTCGCAGAGAGTAG;SOR=0.697;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=175;TCF=85;TCR=90;TR=75;WE=121629175;WS=121629157;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:177,133:0.43:310
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chr6	122720813	.	T	TGCCGTAGCTGCC	1277.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.778;ClippingRankSum=0.000;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.103;HP=1;HapScore=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=2.823;NF=7;NR=15;PP=2973;ReadPosRankSum=1.826;SC=GGGGAGCTGCTGCCGTAGCTG;SOR=0.525;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=83;TCF=31;TCR=52;TR=22;WE=122720821;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:111,57:0.34:168
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chr6	122743502	rs487487	T	C	202.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.689;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.674;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=5;PP=136;ReadPosRankSum=0.473;SC=TATTACAGAGTAAAATTCAAA;SOR=0.351;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=20;TCF=7;TCR=13;TR=9;WE=122743510;WS=122743492;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,11:0.48:23
chr6	122743693	rs2243362	A	G	31.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.383;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=7.94;ReadPosRankSum=0.674;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,2:0.50:4
chr6	122749156	rs45503393	G	GTC	2788.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.254;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQ=60.07;MQRankSum=1.110;NF=4;NR=26;PP=1200;ReadPosRankSum=1.477;SC=CTACAAAAACGTCCTAATAAG;SOR=0.693;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=69;TCF=9;TCR=60;TR=30;WE=122749164;WS=122749146;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,73:0.45:161
chr6	122768231	rs2277107	T	C	2681.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.883;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=268;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.435;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=37;PP=1564;ReadPosRankSum=-0.764;SC=GCTAGACTTCTTGTTTAAAGA;SOR=0.515;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=191;TCF=115;TCR=76;TR=88;WE=122768239;WS=122768221;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:138,125:0.48:263
chr6	122772692	rs510283	T	C	435.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-2.173;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.793;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=4;PP=212;ReadPosRankSum=0.584;SC=ATCAAAACTTTGTACTTTATT;SOR=0.175;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=26;TCF=20;TCR=6;TR=14;WE=122772700;WS=122772682;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,20:0.61:33
chr6	122772922	.	AT	A	92.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.234;ClippingRankSum=-0.000;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=7.73;ReadPosRankSum=-0.952;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,7:0.58:12
chr6	122772925	rs55740173	T	A	139.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.981;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=9.756;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=8.74;ReadPosRankSum=3.390;SOR=3.039;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,9:0.56:16
chr6	122775195	rs499825	A	C	978.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.085;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.41;ReadPosRankSum=2.504;SOR=0.640;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,45:0.62:73
chr6	122792765	rs3752573	G	C	1136.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.079;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FS=4.081;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.12;MQRankSum=-0.753;QD=13.37;ReadPosRankSum=-0.227;SOR=1.441;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:53,32:0.38:85
chr6	122792768	rs3752574	C	T	1176.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.517;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FS=3.695;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.12;MQRankSum=-0.738;QD=13.08;ReadPosRankSum=-0.052;SOR=1.182;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:57,33:0.37:90
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chr6	122793073	rs3752576	C	A	684.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=4.676;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.293;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=22;PP=498;ReadPosRankSum=-1.614;SC=ACTGCGCATGCGCGTCACTAG;SOR=1.022;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=59;TCF=11;TCR=48;TR=26;WE=122793081;WS=122793063;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,28:0.44:64
chr6	123022496	rs4382328	A	G	1129.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-3.209;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.122;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=13;PP=677;ReadPosRankSum=-2.487;SC=CAGGCTAGACATGGTGATCAG;SOR=0.368;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=94;TCF=73;TCR=21;TR=49;WE=123022504;WS=123022486;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,56:0.49:114
chr6	123038887	rs6920792	CT	GC	2073.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=25;NR=9;PP=1619;SC=TGAACATTTACTTCTGAATAG;SOR=1.765;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=37;TCF=27;TCR=10;TR=34;WE=123038896;WS=123038877;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr6	123039201	rs34684181	T	G	803.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=0.449;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=21;PP=527;ReadPosRankSum=0.767;SC=TAGTTAAAAGTGCTCAGTTTC;SOR=1.675;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=26;TCF=4;TCR=22;TR=25;WE=123039209;WS=123039191;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,29:0.97:30
chr6	123101348	rs2171068	G	C	405.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=9;NR=3;PP=283;SC=ACTTTAGAACGTGGATTCCAG;SOR=1.765;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=12;TCF=9;TCR=3;TR=12;WE=123101356;WS=123101342;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr6	123101647	rs2243372	A	G	860.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.601;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=0.911;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.63;ReadPosRankSum=-0.317;SOR=0.574;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,41:0.55:74
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chr6	123130436	rs41292584	C	T	1312.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-0.324;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.161;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=31;PP=750;ReadPosRankSum=-0.946;SC=TGAGTTATGACAGCAGTGTAA;SOR=0.943;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=101;TCF=38;TCR=63;TR=47;WE=123130444;WS=123130426;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,63:0.44:143
chr6	123319382	rs11154131	C	T	1545.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-2.392;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.420;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=33;PP=679;ReadPosRankSum=0.080;SC=CGAGTAGTGTCATGGTTTTGT;SOR=0.525;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=92;TCF=17;TCR=75;TR=42;WE=123319390;WS=123319372;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,74:0.50:148
chr6	123369910	rs6900862	T	C	5444.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=55;NR=101;PP=2965;SC=ATCCTTTCTCTTCCGCCATCC;SOR=1.325;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=156;TCF=55;TCR=101;TR=156;WE=123369918;WS=123369900;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,195:1.00:195
chr6	123376891	rs77109261	T	G	1045.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=3.174;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.870;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=7;PP=703;ReadPosRankSum=-0.298;SC=CCTGTAGGATTTAGATGGTAT;SOR=1.408;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=83;TCF=64;TCR=19;TR=38;WE=123376899;WS=123376881;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,45:0.44:102
chr6	123539684	rs361508	C	T	4025.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=61;NR=33;PP=1748;SC=GCCTGAACTACTGTGGACAAA;SOR=1.171;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=94;TCF=61;TCR=33;TR=94;WE=123539692;WS=123539674;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,155:1.00:155
chr6	123580660	rs12661887	C	T	72.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.842;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=12.13;ReadPosRankSum=-1.834;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,4:0.67:6
chr6	123592184	rs113318627	C	CTG,CTGTG	473.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.618;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=13.409;HP=3;HapScore=4;MGOF=17;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=11,11;NR=0,0;PP=215,185;ReadPosRankSum=-1.289;SC=CAGTGAAGGGCTGTGTGTGTG;SOR=4.286;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=13;TCR=4;TR=11,11;WE=123592192;WS=123592174;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.40,0.45:20
chr6	123600100	rs143535631	CA	C	540.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=-0.271;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.447;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=7;PP=287;ReadPosRankSum=1.013;SC=GCAAAATATTCAACATGAAAT;SOR=0.460;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=13;TCF=5;TCR=8;TR=9;WE=123600108;WS=123600090;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,18:0.62:29
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chr6	123687288	rs2873479	A	C	3894.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=42;NR=31;PP=1576;SC=ACCTTTTTTAATTGAAACCGC;SOR=0.869;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=73;TCF=42;TCR=31;TR=73;WE=123687296;WS=123687278;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,146:1.00:146
chr6	123687432	rs7769808	T	C	927.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=26;PP=583;SC=ATGTTGCACATGAGAGCAAAG;SOR=2.649;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=5;TCR=26;TR=31;WE=123687440;WS=123687422;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr6	123699019	rs28494009	A	C	384.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.411;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=10;PP=226;ReadPosRankSum=-0.519;SC=ACCTGGTTCCACATGTTTTTC;SOR=0.686;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=46;TCF=20;TCR=26;TR=18;WE=123699027;WS=123699009;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,22:0.33:66
chr6	123702499	rs3813328	G	A	1279.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=1.096;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.770;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=14;PP=660;ReadPosRankSum=-2.225;SC=CAAATACACTGCATGCATTTC;SOR=0.833;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=67;TCF=43;TCR=24;TR=40;WE=123702507;WS=123702489;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,59:0.59:100
chr6	123819783	.	T	G	2225.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.837;ClippingRankSum=0.000;DP=233;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.226;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=36;PP=895;ReadPosRankSum=0.754;SC=TCCCAGGACCTGGGAACCCTA;SOR=0.557;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=156;TCF=68;TCR=88;TR=66;WE=123819791;WS=123819773;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:118,113:0.49:231
chr6	123819847	rs9320940	T	C	2940.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=30;NR=61;PP=1532;SC=TTTCTAGACATGAGATTGTTT;SOR=1.412;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=91;TCF=30;TCR=61;TR=91;WE=123819855;WS=123819837;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr6	123833457	rs6902416	G	C	907.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=11;PP=391;SC=CCTTTCGCCAGTGTCTTTGTT;SOR=0.693;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=22;TCF=11;TCR=11;TR=22;WE=123833465;WS=123833447;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr6	123851538	rs12196787	G	C	80.94	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=16.19;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr6	123851590	rs12198164	G	A	664.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=47.48;SOR=0.976;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr6	123851610	rs12198167	G	A	689.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=38.32;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr6	123868665	rs7450199	G	A	168.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=6;PP=133;SC=CCAAATTCCAGTTTTTAAGTA;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=6;WE=123868673;WS=123868655;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr6	123869607	rs9490809	G	C	4863.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=86;NR=44;PP=2557;SC=ACCTTTATCAGTATCTTCGTC;SOR=1.275;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=131;TCF=86;TCR=45;TR=130;WE=123869615;WS=123869597;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,183:1.00:183
chr6	123869769	rs66509682	TAA	T	4125.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.495;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.25;MQRankSum=0.366;QD=22.92;ReadPosRankSum=-0.414;SOR=0.732;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:27,153:0.85:180
chr6	123892337	rs2295732	G	A	907.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.350;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=24;PP=538;ReadPosRankSum=-1.264;SC=TATTGATGATGAGAAACACTG;SOR=0.705;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=78;TCF=14;TCR=64;TR=29;WE=123892345;WS=123892327;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,41:0.41:101
chr6	124603337	rs72980476	C	T	1117.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.906;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=22;PP=364;ReadPosRankSum=-1.518;SC=TTTTTCTCCTCTCACTGCTTA;SOR=0.686;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=107;TCF=43;TCR=64;TR=35;WE=124603345;WS=124603327;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:107,65:0.38:172
chr6	124603378	rs1916790	A	G	3147.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=25;NR=56;PP=1649;SC=ATAGTTGTGAACACAGATGAA;SOR=1.417;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=81;TCF=25;TCR=56;TR=81;WE=124603398;WS=124603368;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr6	124603390	rs802497	A	G	2677.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=18;NR=53;PP=1460;SC=ACAGATGAAAATAGTATAATT;SOR=1.808;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=71;TCF=18;TCR=53;TR=71;WE=124603398;WS=124603368;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr6	124603503	rs713214	G	A	214.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-2.517;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=39;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=8;PP=129;ReadPosRankSum=1.363;SC=TTACCTGGTAGCCAGGTATGA;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=0;TCR=12;TR=8;WE=124603511;WS=124603493;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,10:0.71:14
chr6	124604038	rs41284438	T	C	1044.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-2.423;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.511;HP=2;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=11;PP=510;ReadPosRankSum=0.045;SC=ATGCCAGATATGGTAACACAG;SOR=0.305;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=100;TCF=78;TCR=22;TR=41;WE=124604046;WS=124604028;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,52:0.45:115
chr6	124604055	rs41284440	G	T	4083.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=90;NR=34;PP=2353;SC=ACAGTTATAAGTGCTAATTAT;SOR=1.810;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=125;TCF=91;TCR=34;TR=124;WE=124604063;WS=124604045;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,148:1.00:148
chr6	124759017	.	G	GGTTTTT	189.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-1.400;ClippingRankSum=0.000;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.28;MQRankSum=-0.452;QD=4.99;ReadPosRankSum=0.072;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,8:0.21:38
chr6	124759018	.	A	T	284.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=1.712;ClippingRankSum=0.000;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.26;MQRankSum=0.000;QD=7.30;ReadPosRankSum=-1.201;SOR=0.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,8:0.21:39
chr6	124759053	rs332614	C	T	228.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=2.306;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.163;HP=2;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.593;NF=11;NR=15;PP=456;ReadPosRankSum=-1.784;SC=CCCCAGGTAACGGTCTGATGG;SOR=0.465;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=70;TCF=32;TCR=38;TR=26;WE=124759061;WS=124759043;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,16:0.29:56
chr6	124759145	rs519362	GA	AC	1174.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.405;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;JOINED;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-1.001;NF=8;NR=15;PP=884;ReadPosRankSum=0.909;SC=GAGGCATGTGGATATAGCAAG;SOR=0.662;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=46;TCF=18;TCR=28;TR=23;WE=124759154;WS=124759135;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,32:0.52:62
chr6	124811558	rs3052658	G	GTT,GTTT	864.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.14;QD=24.71;SOR=1.143;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:0,15,20:0.43,0.57:35
chr6	124979689	rs1479039	T	C	3383.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=24;NR=63;PP=2014;SC=CAGGTTAAACTAAACCATCCT;SOR=1.670;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=88;TCF=25;TCR=63;TR=87;WE=124979697;WS=124979679;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr6	125112614	rs877058	C	A	3219.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-2.079;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=304;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.373;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=44;PP=1202;ReadPosRankSum=-0.440;SC=CCTACTTAGCCTTCCTATTCC;SOR=0.607;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=167;TCF=70;TCR=97;TR=79;WE=125112622;WS=125112604;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:147,155:0.51:302
chr6	125139473	rs1923726	TG	GC	6624.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;JOINED;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=69;NR=30;PP=2947;SC=TCTGTGTGGGTGCTTGATCAT;SOR=1.324;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=104;TCF=71;TCR=33;TR=99;WE=125139482;WS=125139463;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,147:1.00:147
chr6	125144352	rs2025251	T	G	14388.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-0.785;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=553;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=146;NR=149;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.263;SC=AAAAACATCTTTTCTCTCTCT;SOR=0.388;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=299;TCF=146;TCR=153;TR=295;WE=125144360;WS=125144331;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,549:0.99:552
chr6	125229538	rs781733	T	C	7076.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=274;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=110;NR=82;PP=2965;SC=AAAGAAATCATGTATCTATTA;SOR=0.870;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=193;TCF=111;TCR=82;TR=192;WE=125229546;WS=125229528;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,268:1.00:268
chr6	125229856	rs781734	C	T	1098.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=10;NR=22;PP=846;SC=ATTTTGCCTGCTATGAATAAT;SOR=1.675;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=10;TCR=22;TR=32;WE=125229864;WS=125229846;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr6	125230075	rs781735	A	C	2936.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=27;NR=45;PP=1478;SC=TTTGCCAACCATTGTTATTAT;SOR=1.159;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=72;TCF=27;TCR=45;TR=72;WE=125230083;WS=125230065;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr6	125230575	rs1577203	G	T	2889.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=34;NR=34;PP=1181;SC=ATTTTAAGTTGATTTTTTTAT;SOR=0.729;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=69;TCF=35;TCR=34;TR=68;WE=125230583;WS=125230565;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr6	125230965	rs1761559	A	G	3566.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=32;NR=39;PP=1376;SC=TTTGATAGGGATAGTAATGAA;SOR=0.784;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=71;TCF=32;TCR=39;TR=71;WE=125230973;WS=125230955;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,136:1.00:136
chr6	125231037	rs1761560	G	A	1831.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=14;NR=28;PP=777;SC=GTCCATGAACGTGATATATCT;SOR=1.163;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=42;TCF=14;TCR=28;TR=42;WE=125231045;WS=125231027;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr6	125231246	rs1750578	T	A	938.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.08;SOR=1.061;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr6	125232072	rs699387	T	C	2709.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=37;NR=39;PP=1558;SC=CACAATTTTATAGTTTTGGGG;SOR=0.713;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=76;TCF=37;TCR=39;TR=76;WE=125232080;WS=125232062;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr6	125232333	rs781739	T	C	999.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=1.287;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.616;HP=6;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=26;PP=759;ReadPosRankSum=1.069;SC=TGAATATCAATAAAACCCTTA;SOR=0.935;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=84;TCF=38;TCR=46;TR=45;WE=125232341;WS=125232323;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,48:0.48:99
chr6	125232368	rs781740	G	T	2234.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=0.987;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=37;PP=1373;ReadPosRankSum=1.156;SC=ACCAGGGAAGGGAGATCTGAG;SOR=0.815;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=66;TCF=29;TCR=37;TR=66;WE=125232376;WS=125232358;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,85:0.98:87
chr6	125232594	rs781741	C	A	560.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=8;NR=10;PP=330;SC=CATGGTGAAACCCCATCTCTA;SOR=0.990;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=18;TCF=8;TCR=10;TR=18;WE=125232602;WS=125232584;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr6	125232766	rs11385725	C	CA	787.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.665;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.65;ReadPosRankSum=-1.445;SOR=0.793;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,54:0.73:74
chr6	125232853	rs6569400	A	G	1335.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=22;PP=680;SC=TTCCATGGACAGGGTGGTGGG;SOR=0.941;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=35;TCF=13;TCR=22;TR=35;WE=125232861;WS=125232843;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr6	125233518	rs781742	A	G	4804.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-1.198;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.084;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=67;NR=74;PP=2825;ReadPosRankSum=-0.977;SC=AAACATAACCACCTTGAAGCT;SOR=0.295;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=142;TCF=68;TCR=74;TR=141;WE=125233526;WS=125233508;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,178:0.99:179
chr6	125252731	rs4896596	C	T	284.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.603;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=4;PP=148;ReadPosRankSum=-0.290;SC=CAATGTAATACTTTAGTGCTC;SOR=0.603;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=31;TCF=21;TCR=10;TR=12;WE=125252739;WS=125252721;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,16:0.36:44
chr6	125252994	rs9401786	C	T	547.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.772;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.109;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=12;PP=248;ReadPosRankSum=-1.428;SC=GTGCAAATGACGATAATAATA;SOR=0.892;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=33;TCF=10;TCR=23;TR=16;WE=125253002;WS=125252984;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,26:0.53:49
chr6	125284457	rs9401790	T	C	16936.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.227;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=657;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=190;NR=249;PP=2965;ReadPosRankSum=1.752;SC=GATCCCTATGTGCCCCTCATG;SOR=0.645;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=442;TCF=191;TCR=251;TR=439;WE=125284465;WS=125284447;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,643:1.00:646
chr6	125366289	rs34249175	CA	C	1553.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.289;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=239;ExcessHet=3.0103;FS=3.406;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.18;MQRankSum=1.424;QD=7.00;ReadPosRankSum=-0.254;SOR=0.466;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:112,110:0.50:222
chr6	125402711	rs492800	C	T	5523.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=51;NR=78;PP=2396;SC=AGAGAGAATACGAGTGTAAAT;SOR=1.047;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=129;TCF=51;TCR=78;TR=129;WE=125402719;WS=125402701;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,208:1.00:208
chr6	125569405	rs2273562	A	G	1809.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.852;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.724;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=21;PP=792;ReadPosRankSum=1.295;SC=TATAAAAACCATGTTGTTCTG;SOR=0.551;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=129;TCF=86;TCR=43;TR=60;WE=125569413;WS=125569395;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:116,96:0.45:212
chr6	125573194	rs3799734	A	G	8368.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.553;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=338;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=107;NR=99;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.709;SC=TAAGCGCCACAGGGCTGCGTG;SOR=0.395;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=208;TCF=109;TCR=99;TR=206;WE=125573202;WS=125573184;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,325:0.99:328
chr6	125597247	rs113530993	GA	G	1120.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.159;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.105;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=1.789;NF=18;NR=14;PP=902;ReadPosRankSum=-0.669;SC=CAATGAAATGGAAAAATAATG;SOR=0.873;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=80;TCF=42;TCR=38;TR=32;WE=125597255;WS=125597237;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:96,61:0.39:157
chr6	125597433	rs113374738	AAG	A	1994.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.990;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.625;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.369;NF=1;NR=30;PP=1258;ReadPosRankSum=0.730;SC=CCATATTGACAAGAGAGTATA;SOR=0.468;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=69;TCF=2;TCR=67;TR=31;WE=125597442;WS=125597423;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,56:0.52:107
chr6	125598199	rs2243392	T	C	2929.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=35.30;SOR=2.112;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr6	125598199	.	TG	CA,CG	436	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.5;FR=0.5000,0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MMLQ=28;MQ=60.0;NF=22,43;NR=3,11;PP=400,436;QD=18.1387149945;SC=GTCACTACACTGAGTAAGCCA;SbPval=0.92;Source=Platypus;TC=58;TCF=45;TCR=13;TR=25,54;WE=125598208;WS=125598189;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.43:58
chr6	125598200	rs2243391	G	A	867.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.753;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FS=8.440;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.21;ReadPosRankSum=0.653;SOR=1.659;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:46,39:0.46:85
chr6	125614100	rs1417701	C	A	543.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.339;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=13;PP=270;ReadPosRankSum=-1.528;SC=ACATTTATCACAGTTAACAAC;SOR=0.716;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=68;TCF=32;TCR=36;TR=24;WE=125614108;WS=125614090;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,32:0.34:93
chr6	125614121	rs1417700	C	A	764.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.661;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.547;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=15;PP=275;ReadPosRankSum=-0.708;SC=CACTCTGCAACAGACAAATAG;SOR=0.887;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=72;TCF=33;TCR=39;TR=25;WE=125614129;WS=125614111;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,44:0.39:113
chr6	125620878	rs987168	T	C	4428.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.288;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=448;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.722;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=83;NR=71;PP=2534;ReadPosRankSum=-1.998;SC=ATCTGCTGAGTAACAGAGGAC;SOR=0.766;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=278;TCF=144;TCR=134;TR=154;WE=125620886;WS=125620868;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:227,216:0.49:443
chr6	125621618	rs2243390	A	G	530.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=1.248;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=6;PP=279;ReadPosRankSum=0.031;SC=GGGTCTCAGTAGTAAAAACGG;SOR=0.665;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=56;TCF=38;TCR=18;TR=20;WE=125621626;WS=125621608;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,28:0.37:76
chr6	125621645	rs2243389	C	T	689.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.875;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.790;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=11;PP=329;ReadPosRankSum=-1.012;SC=ACCCATAGACCAGAATCTCTC;SOR=0.871;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=75;TCF=45;TCR=30;TR=30;WE=125621653;WS=125621635;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,37:0.37:101
chr6	125621920	rs9491377	C	T	255.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-1.945;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.522;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=9;PP=166;ReadPosRankSum=0.635;SC=AATTTCAGAACCTATTACAAA;SOR=2.147;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=1;TCR=19;TR=9;WE=125621928;WS=125621910;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,10:0.56:18
chr6	125623185	rs73581683	A	T	1528.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=1.534;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.728;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=47;PP=1130;ReadPosRankSum=1.140;SC=TTACTCTTCTATCTCTTTCTC;SOR=1.159;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=105;TCF=17;TCR=88;TR=56;WE=125623193;WS=125623175;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,76:0.46:164
chr6	125623247	rs73581685	C	T	512.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.136;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=2.649;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.31;ReadPosRankSum=-0.990;SOR=2.015;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,17:0.61:28
chr6	125623268	.	C	CTCCTCT	432.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-1.880;ClippingRankSum=0.000;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.222;HP=1;HapScore=2;MGOF=34;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=7;PP=1628;ReadPosRankSum=0.027;SC=ACTCCTCCTCCTCCTCCCCCA;SOR=1.781;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=27;TCF=4;TCR=23;TR=8;WE=125623282;WS=125623258;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,13:0.52:25
chr6	125623274	rs62432878	C	T	237.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=1.158;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.971;HP=4;HapScore=2;MGOF=34;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=13;PP=952;ReadPosRankSum=0.329;SC=CCTCCTCCTCCCCCACTTCCG;SOR=0.207;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=25;TCF=5;TCR=20;TR=18;WE=125623282;WS=125623258;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,11:0.50:22
chr6	125623289	rs145065587	C	CTCCTCT	217.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.223;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=2.128;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.89;ReadPosRankSum=3.077;SOR=1.402;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,7:0.35:20
chr6	126072853	rs2875881	C	G	397.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=12;NR=0;PP=310;SC=TTGAACTGTGCAATCACTCTG;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=12;TCR=0;TR=12;WE=126072861;WS=126072846;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr6	126075709	rs202056802	ATT	A,AT	646.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.054;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FS=5.498;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.55;ReadPosRankSum=1.284;SOR=0.192;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:9,17,30:0.30,0.54:56
chr6	126210395	rs6919947	T	G	12848.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.803;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=482;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=143;NR=134;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.381;SC=CGACACTTCTTCTGCATTTGA;SOR=0.749;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=281;TCF=144;TCR=137;TR=277;WE=126210403;WS=126210385;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,473:1.00:475
chr6	126221008	rs11154336	G	A	2769.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.245;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.895;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=20;PP=1602;ReadPosRankSum=-1.036;SC=ACAGTCAGACGTAAGCTCATG;SOR=1.855;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=81;TCF=59;TCR=22;TR=78;WE=126221016;WS=126220998;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,101:0.98:103
chr6	126242004	rs4563736	CG	GC	3112.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;JOINED;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=46;NR=9;PP=2593;SC=TTTTCAAGCACGGGTGTCCCT;SOR=2.584;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=57;TCF=46;TCR=11;TR=55;WE=126242013;WS=126241994;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr6	126249755	.	CT	C	241.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.700;ClippingRankSum=0.000;DP=131;ExcessHet=3.0103;FS=6.081;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.89;ReadPosRankSum=2.213;SOR=0.294;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:89,39:0.30:128
chr6	126278230	rs2295005	G	C	3890.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.743;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=417;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=48;PP=1519;ReadPosRankSum=0.306;SC=GAAGCCGCTGGCAAGTCACCA;SOR=0.681;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=231;TCF=122;TCR=109;TR=101;WE=126278238;WS=126278220;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:218,196:0.47:414
chr6	126288023	rs3757212	T	C	1910.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.343;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.553;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=22;PP=974;ReadPosRankSum=-0.002;SC=ACAAATGTTTTTTCCTTTAGA;SOR=0.784;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=145;TCF=96;TCR=49;TR=66;WE=126288031;WS=126288013;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:98,90:0.48:188
chr6	126307962	rs6569448	A	G	146.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.125;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=5;PP=73;ReadPosRankSum=-2.083;SC=TCCGAGACCAAACCCCTCGGC;SOR=0.542;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=15;TCF=2;TCR=13;TR=6;WE=126307970;WS=126307952;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,8:0.38:21
chr6	126319881	rs6569449	T	A	667.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.795;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.108;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=19;PP=400;ReadPosRankSum=-0.705;SC=TGAAAGCTACTTATTAGGCCT;SOR=1.056;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=53;TCF=19;TCR=34;TR=29;WE=126319889;WS=126319871;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,33:0.49:67
chr6	126334041	rs2206941	G	A	2097.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.143;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.523;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=28;PP=1193;ReadPosRankSum=-1.415;SC=CTTGAGAAGAGGCATGTGGCT;SOR=0.652;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=138;TCF=80;TCR=58;TR=66;WE=126334049;WS=126334031;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:102,93:0.48:195
chr6	126669479	rs9401876	C	A	271.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.796;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=4;PP=61;ReadPosRankSum=1.036;SC=AAGGTGATTTCCAATTTGGAA;SOR=0.512;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=21;TCF=13;TCR=8;TR=9;WE=126669487;WS=126669469;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,15:0.47:32
chr6	127640190	rs9285460	A	G	1422.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=22;NR=10;PP=582;SC=TTTAGATTACATAAAATTCCA;SOR=1.140;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=22;TCR=10;TR=32;WE=127640198;WS=127640180;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr6	127651213	rs7761452	T	C	255.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=8;PP=211;SC=ATGAAGTGCATAACTGAAAAG;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=8;WE=127651221;WS=127651203;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr6	127663703	rs13207650	C	T	1139.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=31;PP=885;SC=CTTGTCTGTTCCAAGAGAATG;SOR=3.855;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=34;TCF=3;TCR=31;TR=34;WE=127663711;WS=127663693;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr6	127768762	rs6902288	G	A	6040.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=46;NR=84;PP=2575;SC=GATTCTTCCTGTTTTTCTGTT;SOR=1.129;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=132;TCF=47;TCR=85;TR=130;WE=127768770;WS=127768752;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,228:1.00:228
chr6	127768950	rs2236027	A	C	739.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=14;PP=392;SC=TCAAAAGCAAACATAGCTAAA;SOR=1.781;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=4;TCR=14;TR=18;WE=127768958;WS=127768940;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr6	127770923	rs3818135	A	C	3174.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.219;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FS=3.607;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=28.10;ReadPosRankSum=-0.147;SOR=2.324;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,111:0.98:113
chr6	127771452	rs3734447	T	G	3349.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=28;NR=63;PP=1842;SC=ATCTTAGCACTTTCATTGATA;SOR=1.463;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=91;TCF=28;TCR=63;TR=91;WE=127771460;WS=127771442;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
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chr6	128176383	rs270032	A	G	329.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-0.764;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=11;PP=225;ReadPosRankSum=-0.427;SC=AAACAGTGAAAAACAAAGTAG;SOR=0.299;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=22;TCF=1;TCR=21;TR=12;WE=128176391;WS=128176373;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,13:0.57:23
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chr6	128297986	rs4321844	G	T	4302.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=83;NR=48;PP=2796;SC=CTAGTTAGGAGAGTATAAAGC;SOR=1.349;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=133;TCF=84;TCR=49;TR=131;WE=128297994;WS=128297976;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,154:1.00:154
chr6	128307118	rs4341027	T	G	769.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-1.472;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.415;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=20;PP=392;ReadPosRankSum=-0.582;SC=CTGACAATGATAACAATAAAA;SOR=0.170;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=62;TCF=13;TCR=49;TR=27;WE=128307126;WS=128307108;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,37:0.52:71
chr6	128307155	rs34209700	T	TA	134.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.411;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=10;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=10;PP=125;ReadPosRankSum=1.394;SC=TGCCTTTTCTTAAAAAAAAAA;SOR=0.914;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=23;TCF=0;TCR=23;TR=10;WE=128307163;WS=128307145;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,10:0.56:18
chr6	128312114	rs5879871	T	TAG	535.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.683;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=7;PP=286;ReadPosRankSum=0.322;SC=AATAACTCCTTGTCACAATTA;SOR=0.551;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=21;TCF=1;TCR=20;TR=8;WE=128312122;WS=128312104;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,15:0.47:32
chr6	128321318	rs36043888	C	CT	78.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.349;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=0;PP=79;ReadPosRankSum=1.383;SC=CTTAGGGGAACTTTTTTTTTA;SOR=0.859;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=11;TCR=1;TR=6;WE=128321326;WS=128321308;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,6:0.55:11
chr6	128324241	rs717851	T	C	1798.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.919;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.590;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=20;PP=898;ReadPosRankSum=-1.065;SC=ATTTTCAAAATCAAGCTGCCT;SOR=0.772;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=113;TCF=74;TCR=39;TR=58;WE=128324249;WS=128324231;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,85:0.51:166
chr6	128330249	rs9321104	T	C	887.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=1.401;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.812;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=8;PP=521;ReadPosRankSum=0.243;SC=GGTAAGTGAGTGGGACAGGAC;SOR=1.041;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=81;TCF=58;TCR=23;TR=35;WE=128330257;WS=128330239;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,43:0.42:103
chr6	128385998	rs4897241	A	G	2327.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=18;NR=47;PP=1382;SC=TTCCTGTTTCATAAACTATAA;SOR=1.664;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=65;TCF=18;TCR=47;TR=65;WE=128386006;WS=128385988;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr6	128388799	rs35030557	G	T	4155.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.833;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=490;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.736;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=68;PP=1724;ReadPosRankSum=-1.099;SC=TTCCCGGGGGGAGTTCTGCAG;SOR=0.758;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=300;TCF=145;TCR=155;TR=124;WE=128388807;WS=128388789;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:267,212:0.44:479
chr6	128388990	rs4897242	A	G	3092.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=22;NR=64;PP=1816;SC=ATATTTAGAGATTTAAGATAC;SOR=1.761;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=87;TCF=23;TCR=64;TR=86;WE=128388998;WS=128388980;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr6	128389074	rs4897243	T	C	567.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=15;PP=414;SC=TAACCTGGTATACTCTTTTCA;SOR=3.500;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=17;TCF=2;TCR=15;TR=17;WE=128389082;WS=128389064;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr6	128400083	rs79489212	A	T	1981.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=2.205;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=44;PP=1185;ReadPosRankSum=1.703;SC=GATTAATGAGATAAAAAAGGT;SOR=0.727;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=131;TCF=51;TCR=80;TR=72;WE=128400091;WS=128400073;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,90:0.54:166
chr6	129370975	rs77517667	A	G	1714.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=1.052;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=6;PP=1225;ReadPosRankSum=-0.695;SC=ATGCTCCGAAAAATATTTTAT;SOR=2.056;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=49;TCF=43;TCR=6;TR=47;WE=129370983;WS=129370965;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,54:0.98:55
chr6	129381026	rs4404787	C	A	6596.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=259;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=69;NR=83;PP=2767;SC=TGACAATTACCCTGGATTTAC;SOR=0.844;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=152;TCF=69;TCR=83;TR=152;WE=129381034;WS=129381016;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,254:1.00:254
chr6	129465020	rs7754560	G	A	2535.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=54;NR=22;PP=1527;SC=AAACATAATTGTTAAATTATT;SOR=1.584;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=77;TCF=55;TCR=22;TR=76;WE=129465028;WS=129465010;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr6	129468288	rs2279165	A	T	2703.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=10;NR=66;PP=1770;SC=TGTAAATGGGAGTCAGGTCCC;SOR=2.960;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=76;TCF=10;TCR=66;TR=76;WE=129468296;WS=129468278;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr6	129486913	rs3778137	T	C	1983.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=10;NR=42;PP=1287;SC=CAGTAAATGTTATTCATGTAA;SOR=2.566;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=52;TCF=10;TCR=42;TR=52;WE=129486921;WS=129486903;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr6	129498736	rs2326759	A	C	1271.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=36;NR=4;PP=997;SC=TGATATATATAAAAAATCTAT;SOR=3.417;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=40;TCF=36;TCR=4;TR=40;WE=129498744;WS=129498726;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr6	129571330	rs3816665	G	A	3729.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=2.540;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=390;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=69;NR=66;PP=1987;ReadPosRankSum=-0.235;SC=GATACAGAACGTGTTCTCCAG;SOR=0.696;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=257;TCF=133;TCR=124;TR=135;WE=129571338;WS=129571320;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:200,186:0.48:386
chr6	129571488	rs2169870	A	T	1219.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.785;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=31;PP=759;ReadPosRankSum=-2.261;SC=ACCTTAGGAGATTTTTGTGCC;SOR=0.749;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=72;TCF=19;TCR=53;TR=42;WE=129571496;WS=129571478;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,54:0.59:91
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chr6	129612808	rs1027199	A	G	2073.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=2.410;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=247;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.993;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=41;PP=1146;ReadPosRankSum=-0.223;SC=GCCACAGTCAAACTGGACAGT;SOR=0.768;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=168;TCF=77;TCR=91;TR=74;WE=129612816;WS=129612798;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:139,103:0.43:242
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chr6	129762112	rs2297738	G	A	2206.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.268;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=236;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.614;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=48;PP=1217;ReadPosRankSum=0.945;SC=TCGCCAAAACGAATGCTGTGG;SOR=0.807;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=141;TCF=48;TCR=93;TR=71;WE=129762120;WS=129762102;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:130,105:0.45:235
chr6	129763197	rs7738519	C	T	218.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.322;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.956;NF=8;NR=2;PP=164;ReadPosRankSum=-0.364;SC=CTTGGGTAATCTGTGCTTTTC;SOR=0.693;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=15;TCF=12;TCR=3;TR=10;WE=129763205;WS=129763187;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,10:0.59:17
chr6	129764354	rs117865174	A	C	586.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=3.075;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.983;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=13;PP=340;ReadPosRankSum=-0.190;SC=TACAGTATTAATGGTAGATGC;SOR=0.882;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=52;TCF=20;TCR=32;TR=19;WE=129764362;WS=129764344;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,27:0.43:63
chr6	129775470	rs2297742	T	C	1790.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=3.077;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=45;PP=1239;ReadPosRankSum=2.099;SC=AATTAAATGATAGAATTTTGA;SOR=0.631;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=105;TCF=27;TCR=78;TR=62;WE=129775478;WS=129775460;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,73:0.57:129
chr6	129777382	rs1811970	C	T	767.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-0.574;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.829;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=10;PP=361;ReadPosRankSum=-2.715;SC=AACAAGTCTCCGCATTTTATA;SOR=0.314;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=65;TCF=45;TCR=20;TR=29;WE=129777390;WS=129777372;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,37:0.49:75
chr6	129785391	rs1414736	T	C	364.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.236;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.260;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=3;PP=258;ReadPosRankSum=0.335;SC=AATGACAGACTGAATAGATAT;SOR=0.927;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=29;TCF=23;TCR=6;TR=15;WE=129785399;WS=129785381;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,18:0.43:42
chr6	129799682	rs2784895	C	T	926.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.682;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.807;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=10;PP=578;ReadPosRankSum=-0.534;SC=AACCAGTAGACAATGGAAACC;SOR=0.836;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=81;TCF=60;TCR=21;TR=38;WE=129799690;WS=129799672;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,44:0.43:102
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chr6	129802716	rs2571581	A	T	175.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=1.963;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=7;PP=129;ReadPosRankSum=-0.135;SC=AACATTCCATATTTCCATGCT;SOR=0.693;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=13;TCF=1;TCR=12;TR=8;WE=129802724;WS=129802706;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,8:0.50:16
chr6	129807483	rs6569604	C	G	794.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-3.834;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.343;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=9;PP=461;ReadPosRankSum=0.259;SC=TTTTCAAAACCGTTTGAGAAA;SOR=0.244;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=61;TCF=47;TCR=14;TR=36;WE=129807491;WS=129807473;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,39:0.60:65
chr6	129807629	rs2229848	C	T	2677.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.509;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=303;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.878;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=41;PP=1175;ReadPosRankSum=-0.405;SC=GCCTATTATGCAATACTCCTC;SOR=0.705;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=188;TCF=95;TCR=93;TR=80;WE=129807637;WS=129807619;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:167,135:0.45:302
chr6	129807699	rs2229849	G	C	1867.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.035;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=250;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.997;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=38;PP=1032;ReadPosRankSum=-0.222;SC=GGAAAATTGTGATCAGACCAG;SOR=0.609;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=161;TCF=71;TCR=90;TR=69;WE=129807707;WS=129807689;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:148,99:0.40:247
chr6	129807714	rs2229850	G	A	3161.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.050;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=257;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.520;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=53;PP=1420;ReadPosRankSum=-0.744;SC=GACCAGAGCCGAATCTGTTTC;SOR=0.932;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=151;TCF=65;TCR=86;TR=89;WE=129807722;WS=129807704;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:106,149:0.58:255
chr6	129807869	rs6938825	C	A	175.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-0.995;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.419;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=7;PP=109;ReadPosRankSum=-1.295;SC=GTGTGTGGACCTACTATGCAT;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=3;TCR=15;TR=7;WE=129807877;WS=129807859;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,8:0.42:19
chr6	129813346	rs1889891	C	T	973.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-3.176;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.235;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=22;PP=766;ReadPosRankSum=2.585;SC=GGATCTTCAACTTAGACTGAG;SOR=0.398;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=62;TCF=19;TCR=43;TR=33;WE=129813354;WS=129813336;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,37:0.55:67
chr6	129823645	rs7754167	A	G	259.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-4.838;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.163;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=0;PP=152;ReadPosRankSum=0.458;SC=CTGAGCACTCAATAATAAGTA;SOR=0.175;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=27;TCF=27;TCR=0;TR=12;WE=129823653;WS=129823642;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,14:0.48:29
chr6	129835370	rs13196682	T	A	230.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-3.729;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=1;PP=181;ReadPosRankSum=-0.215;SC=TGTCAAGTTTTAAAATTTTTT;SOR=0.693;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=22;TCF=20;TCR=2;TR=11;WE=129835378;WS=129835366;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,11:0.50:22
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chr6	129905249	rs12197456	A	G	1007.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-0.073;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.625;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=27;PP=673;ReadPosRankSum=1.524;SC=CTCCCTGAGGAACGTCAGCCT;SOR=0.784;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=129;TCF=51;TCR=78;TR=43;WE=129905257;WS=129905239;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:104,55:0.35:159
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chr6	130167131	rs12189832	A	G	1039.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=2.251;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.574;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=28;PP=629;ReadPosRankSum=0.963;SC=GACCCATGGAATGGGAATGAC;SOR=1.009;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=82;TCF=26;TCR=56;TR=39;WE=130167139;WS=130167121;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,50:0.45:112
chr6	130370404	rs75575024	C	CCT	3565.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.260;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.362;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=22;PP=1715;ReadPosRankSum=2.281;SC=TTAAATTTTGCCTTTCTGCTG;SOR=0.883;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=113;TCF=55;TCR=58;TR=44;WE=130370412;WS=130370394;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:130,94:0.42:224
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chr6	130371055	rs3890746	C	T	984.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.632;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.317;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=26;PP=547;ReadPosRankSum=-0.900;SC=CTCTTTCTTCCCTAACCCATA;SOR=1.118;SbPval=0.92;Source=Platypus;TC=68;TCF=16;TCR=52;TR=30;WE=130371063;WS=130371045;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,43:0.52:82
chr6	130374102	rs9388768	C	A	1674.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.808;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.536;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=33;PP=796;ReadPosRankSum=-1.233;SC=AAAGCTGACACCAAGGAGGAT;SOR=0.929;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=106;TCF=48;TCR=58;TR=56;WE=130374110;WS=130374092;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,86:0.51:169
chr6	130381246	rs7451021	T	C	2793.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.332;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=328;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=47;PP=1050;ReadPosRankSum=-1.565;SC=GCGTGGATCCTGAGCATCAGT;SOR=0.714;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=189;TCF=92;TCR=97;TR=89;WE=130381254;WS=130381236;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:179,148:0.45:327
chr6	130387431	rs148263906	G	GTA,GTATATATATATATA	737.73	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=0.927;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=3;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=1.112;NF=8,8;NR=10,10;PP=274,907;ReadPosRankSum=0.704;SC=TTATTTTTGTGTATATATATA;SOR=1.044;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=26;TCF=11;TCR=15;TR=18,18;WE=130387440;WS=130387421;set=Intersection	GT:AF:DP	0/1:0.68:38
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chr6	130405020	rs7774174	A	G	94.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.712;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=4;PP=56;ReadPosRankSum=-0.262;SC=TTGTTACTGGAATTTTTGTTG;SOR=0.223;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=5;WE=130405028;WS=130405010;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,5:0.56:9
chr6	130425540	.	C	CT	67.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.739;ClippingRankSum=0.000;DP=144;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.49;ReadPosRankSum=0.278;SOR=0.746;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:116,21:0.15:137
chr6	130466413	rs4897369	G	A	2137.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.76;SOR=1.463;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr6	130483222	rs9321214	G	A	257.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.716;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.560;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=2;PP=190;ReadPosRankSum=-0.481;SC=AGGAATCAGCGTAAATTAACC;SOR=0.050;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=19;TCF=17;TCR=2;TR=10;WE=130483230;WS=130483212;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,12:0.55:22
chr6	130504481	rs370056383	CA	C	296.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.033;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.99;ReadPosRankSum=-1.594;SOR=0.665;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,22:0.81:27
chr6	130504496	rs66496448	GA	G	35.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.617;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.85;ReadPosRankSum=1.018;SOR=0.512;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,12:0.29:42
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chr6	130530815	rs1932100	C	T	2142.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=24;NR=31;PP=960;SC=GATCTCACAGCAGCTCTGAAG;SOR=0.872;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=56;TCF=24;TCR=32;TR=55;WE=130530823;WS=130530805;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
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chr6	131148382	rs9402288	A	T	967.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=30;NR=3;PP=776;SC=CAGCTTCCCAAGGTCATTCCC;SOR=4.112;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=33;TCF=30;TCR=3;TR=33;WE=131148390;WS=131148373;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr6	131148486	rs9402289	C	T	5172.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=92;NR=47;PP=2965;SC=AGTAACCTGCCAGCAATCCTA;SOR=1.351;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=139;TCF=92;TCR=47;TR=139;WE=131148494;WS=131148476;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,181:1.00:181
chr6	131148541	rs4895897	A	G	9181.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=337;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=144;NR=90;PP=2965;SC=TCCACAAAAAATTCCACTGAG;SOR=1.088;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=235;TCF=144;TCR=91;TR=234;WE=131148549;WS=131148531;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,332:1.00:332
chr6	131148737	rs1044303	G	A	9936.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=367;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=93;NR=142;PP=2965;SC=CTTCCTCCCCGTGACTTTGCT;SOR=1.032;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=235;TCF=93;TCR=142;TR=235;WE=131148745;WS=131148727;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,366:1.00:366
chr6	131148863	rs9388856	A	T	2357.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=18;NR=56;PP=1613;SC=ATACCGATGCACTGTCAGTGT;SOR=2.112;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=74;TCF=18;TCR=56;TR=74;WE=131148871;WS=131148853;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr6	131148891	rs113795427	C	CAT	767.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=0.726;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.583;NF=1;NR=21;PP=914;ReadPosRankSum=1.386;SC=CCAGGAGAAACATATATATAT;SOR=0.788;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=38;TCF=1;TCR=37;TR=22;WE=131148899;WS=131148881;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,24:0.80:30
chr6	131156102	rs6975	G	T	8420.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=327;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=89;NR=98;PP=2965;SC=GTGAAGTTGGGGACTTTCCAA;SOR=0.757;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=187;TCF=89;TCR=98;TR=187;WE=131156110;WS=131156092;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,322:1.00:322
chr6	131184770	rs915172	T	G	4404.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.667;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=37;PP=1733;ReadPosRankSum=2.787;SC=AGAACTTAACTTATTTACCTG;SOR=1.073;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=101;TCF=64;TCR=37;TR=101;WE=131184778;WS=131184760;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,177:0.99:179
chr6	131184914	rs915171	C	T	7865.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=302;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=78;NR=91;PP=2965;SC=CACGTTTACACAGTCAGAGCA;SOR=0.797;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=169;TCF=78;TCR=91;TR=169;WE=131184922;WS=131184904;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,301:1.00:301
chr6	131184975	rs867707	C	G	5820.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=44;NR=78;PP=2554;SC=AGGCCACACACAACAAGCAGC;SOR=1.111;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=122;TCF=44;TCR=78;TR=122;WE=131184983;WS=131184965;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,214:1.00:214
chr6	131190838	rs17059736	G	A	4903.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.354;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=441;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.745;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=82;NR=72;PP=2439;ReadPosRankSum=-0.481;SC=TCTTCTCTCCGGGTATCTTTT;SOR=0.541;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=293;TCF=165;TCR=128;TR=154;WE=131190846;WS=131190828;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:205,233:0.53:438
chr6	131197990	rs7741462	T	C	758.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=3;NR=22;PP=671;SC=AAACACAAAATACTGACCCAG;SOR=3.442;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=25;TCF=3;TCR=22;TR=25;WE=131197998;WS=131197980;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr6	131211616	rs140909070	GA	G	117.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.250;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=6.945;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.46;ReadPosRankSum=2.788;SOR=0.108;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,18:0.53:34
chr6	131216335	rs117789356	C	G	3646.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-2.369;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=370;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=91;PP=2076;ReadPosRankSum=1.156;SC=TTAGCTCCCTCAAATCATGAT;SOR=0.695;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=279;TCF=78;TCR=201;TR=127;WE=131216343;WS=131216325;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:186,171:0.48:357
chr6	131247975	rs2275509	C	A	282.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-2.634;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=12;PP=222;ReadPosRankSum=-0.263;SC=TTCTCATTTTCTAACAATATA;SOR=1.387;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=26;TCF=1;TCR=25;TR=12;WE=131247983;WS=131247965;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,12:0.44:27
chr6	131276466	rs34763200	GA	G	4818.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQ=60.08;NF=1;NR=68;PP=2288;SC=GGCTGTTGAGGAAAAAAAAAT;SOR=2.368;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=80;TCF=1;TCR=79;TR=69;WE=131276481;WS=131276456;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr6	131276473	rs45550834	A	G	4851.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=21;NR=70;PP=2171;SC=GAGGAAAAAAAAATAAATTCA;SOR=2.390;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=93;TCF=21;TCR=72;TR=91;WE=131276481;WS=131276456;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr6	131456982	rs9402321	C	T	75.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.615;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=5.83;ReadPosRankSum=0.857;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,6:0.46:13
chr6	131481394	rs67922791	CA	C	886.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=14;PP=539;SC=ATTTAAAGTACAACTAAATGC;SOR=1.697;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=0;TCR=14;TR=14;WE=131481402;WS=131481384;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr6	131485761	rs56041062	A	G	167.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=2.048;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.447;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=6;PP=98;ReadPosRankSum=0.104;SC=TCACAGACACATTCACTTGGA;SOR=2.093;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=2;TCR=10;TR=6;WE=131485769;WS=131485751;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,8:0.50:16
chr6	131486466	rs72991518	T	C	66.79	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.150;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=0.5051;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=3;PP=43;ReadPosRankSum=1.150;SC=GTAGTCTCTATACAATTTATT;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=0;TCR=4;TR=3;WE=131486474;WS=131486456;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,3:0.75:4
chr6	131490472	rs1408027	T	C	5651.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=49;NR=111;PP=2965;SC=TTTTTTTCAATTTTGTAACAG;SOR=1.483;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=160;TCF=49;TCR=111;TR=160;WE=131490480;WS=131490462;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,200:1.00:200
chr6	131520507	rs1190789	A	G	462.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=0.694;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.351;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=5;PP=330;ReadPosRankSum=0.048;SC=CTGTAAAATAATTAGTGATTG;SOR=0.139;SbPval=0.13;Source=Platypus;TC=40;TCF=35;TCR=5;TR=21;WE=131520515;WS=131520497;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,21:0.48:44
chr6	131520655	rs1190788	G	A	4536.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.363;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=415;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.221;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=79;NR=58;PP=1997;ReadPosRankSum=-0.404;SC=GAGAGCAGAAGTTTTAAACCT;SOR=0.931;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=256;TCF=141;TCR=115;TR=137;WE=131520663;WS=131520645;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:191,221:0.54:412
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chr6	131900144	rs56325116	GC	AT	472.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-2.247;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.150;HP=3;HapScore=2;JOINED;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=0;PP=480;ReadPosRankSum=0.571;SC=TTTTTCCTTTGCTTATACTTG;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=26;TCF=25;TCR=1;TR=11;WE=131900153;WS=131900135;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,13:0.46:28
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chr6	132271952	rs7451102	G	C	10720.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=245;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.94;SOR=0.760;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,244:1.00:244
chr6	132271959	rs12206231	T	G	10677.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=236;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.44;SOR=0.828;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,235:1.00:235
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chr6	132636820	rs36075540	C	G	2900.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.673;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=309;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-0.936;NF=49;NR=43;PP=1424;ReadPosRankSum=1.036;SC=TGAAGTTGTTCCATAATGTCT;SOR=0.704;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=194;TCF=104;TCR=90;TR=92;WE=132636828;WS=132636810;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:161,143:0.47:304
chr6	132641675	rs599660	T	C	382.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-3.182;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.069;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=5;PP=260;ReadPosRankSum=-0.718;SC=CTTTTCTTTCTAAATGGAAAT;SOR=0.273;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=28;TCF=22;TCR=6;TR=18;WE=132641683;WS=132641665;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,17:0.63:27
chr6	132641888	rs598762	C	T	1024.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.526;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=18;PP=415;ReadPosRankSum=0.300;SC=TTATCAAATACATTTGTACGT;SOR=0.632;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=79;TCF=35;TCR=44;TR=33;WE=132641896;WS=132641878;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,53:0.44:121
chr6	132644035	rs604196	G	A	2316.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.132;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=253;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.464;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=45;PP=1046;ReadPosRankSum=-1.244;SC=AGGAAGACCCGATTAGCCCAC;SOR=0.732;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=164;TCF=62;TCR=102;TR=68;WE=132644043;WS=132644025;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:137,114:0.45:251
chr6	132713607	rs56336490	A	G	539.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=1.614;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=20;PP=402;ReadPosRankSum=0.311;SC=CTTGCCTCAAATGGGCACTCA;SOR=0.743;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=43;TCF=5;TCR=38;TR=23;WE=132713615;WS=132713597;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,23:0.51:45
chr6	132722527	rs77906164	G	A	2323.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.484;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.031;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=37;PP=950;ReadPosRankSum=-0.043;SC=CCGTCCCGGGGAGCAGCCCCC;SOR=0.621;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=133;TCF=55;TCR=78;TR=64;WE=132722535;WS=132722517;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:110,112:0.50:222
chr6	132722637	rs111499244	A	G	806.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-2.842;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.913;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=15;PP=358;ReadPosRankSum=0.254;SC=GAGGAGCGGCAGCGGCGGCGA;SOR=0.229;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=44;TCF=13;TCR=31;TR=23;WE=132722645;WS=132722627;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,37:0.64:58
chr6	132824833	rs2842885	G	A	241.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=2;NR=5;PP=113;SC=TAATCTAATAGAGTTGAAATC;SOR=1.402;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=8;TCF=2;TCR=6;TR=7;WE=132824841;WS=132824823;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr6	132859437	rs9402420	C	T	1934.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.031;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.577;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=23;PP=1081;ReadPosRankSum=1.314;SC=CAATGGTGAACAATTTCTCCC;SOR=0.769;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=128;TCF=87;TCR=41;TR=71;WE=132859445;WS=132859427;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,92:0.52:177
chr6	132859609	rs2842899	T	A	4731.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.657;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=461;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.730;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=76;NR=84;PP=2576;ReadPosRankSum=1.392;SC=CCTTCACTTCTAACAACTGCA;SOR=0.672;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=310;TCF=154;TCR=156;TR=160;WE=132859617;WS=132859599;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:229,225:0.50:454
chr6	132860260	rs9389004	G	A	2816.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.115;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=296;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.580;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=41;PP=1196;ReadPosRankSum=-1.247;SC=CCTCGTTGATGCAGTGATTGA;SOR=0.490;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=168;TCF=71;TCR=97;TR=78;WE=132860268;WS=132860250;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:155,137:0.47:292
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chr6	132860575	rs6930707	T	G	117.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=2.894;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.762;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=6;PP=92;ReadPosRankSum=1.226;SC=TATGCCAAGTTGTAGGACAAT;SOR=1.536;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=1;TCR=14;TR=6;WE=132860583;WS=132860565;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,6:0.33:18
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chr6	132966279	rs8192620	T	C	2909.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.752;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=295;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.437;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=36;PP=1511;ReadPosRankSum=-1.119;SC=ACCAAATCAATACATCATTCA;SOR=0.752;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=188;TCF=116;TCR=72;TR=94;WE=132966287;WS=132966269;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:141,141:0.50:282
chr6	133015271	rs2272996	T	C	3267.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.430;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=315;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=49;PP=1505;ReadPosRankSum=-0.505;SC=ATAGATAGAGTTGTTCTTGGC;SOR=0.692;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=189;TCF=95;TCR=94;TR=97;WE=133015279;WS=133015261;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:150,158:0.51:308
chr6	133070995	rs4895944	G	T	7401.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=283;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=64;NR=103;PP=2965;SC=CACTTCAGCAGTGTGCAGACC;SOR=1.035;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=167;TCF=64;TCR=103;TR=167;WE=133071003;WS=133070985;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,275:1.00:275
chr6	133078502	rs191452114	G	A	175.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=0.248;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=1;PP=96;ReadPosRankSum=1.411;SC=TTTGGTGAACGTGCGCATTTT;SOR=0.693;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=37;TCF=33;TCR=4;TR=12;WE=133078510;WS=133078492;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,12:0.32:38
chr6	133136985	.	C	CT	35.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.087;ClippingRankSum=0.000;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.23;ReadPosRankSum=-0.536;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,7:0.24:29
chr6	133138067	rs111916606	AT	A	351.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.336;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.06;MQRankSum=1.490;QD=2.38;ReadPosRankSum=-0.160;SOR=0.614;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:105,43:0.29:148
chr6	133789728	rs9493627	G	A	3112.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.322;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=320;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.876;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=33;PP=1495;ReadPosRankSum=-0.157;SC=TACAGCCTTTGGCCAAAACCA;SOR=0.828;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=183;TCF=112;TCR=71;TR=87;WE=133789736;WS=133789718;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:169,148:0.47:317
chr6	133827148	rs6929656	T	C	564.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.604;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.075;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=9;PP=321;ReadPosRankSum=1.291;SC=CATGCAGTCTTCTCCCTCTTC;SOR=0.484;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=42;TCF=27;TCR=15;TR=22;WE=133827156;WS=133827138;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,28:0.51:55
chr6	133827354	rs2277083	A	G	608.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-0.526;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.984;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=17;PP=362;ReadPosRankSum=-0.662;SC=TACAAGGTACAAATAGTTGTA;SOR=0.521;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=56;TCF=15;TCR=41;TR=25;WE=133827362;WS=133827344;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,30:0.42:71
chr6	133836330	rs3777887	C	T	636.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-0.407;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=9;PP=360;ReadPosRankSum=0.519;SC=GGACATAAATCTGTATCTCTC;SOR=0.569;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=50;TCF=34;TCR=16;TR=26;WE=133836338;WS=133836320;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,31:0.53:59
chr6	133844137	rs41286206	C	A	570.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.61;BaseQRankSum=-3.730;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.228;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=3;PP=221;ReadPosRankSum=-1.009;SC=AATTTTAAATCTATTAGAAGT;SOR=0.180;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=31;TCF=26;TCR=5;TR=15;WE=133844145;WS=133844127;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,26:0.55:47
chr6	133849789	rs3822939	A	G	3200.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.436;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=388;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.227;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=67;NR=43;PP=1462;ReadPosRankSum=-0.078;SC=TCATTGAGACAATGGTTGTGA;SOR=0.621;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=274;TCF=168;TCR=106;TR=110;WE=133849797;WS=133849779;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:217,164:0.43:381
chr6	133852127	rs17053542	A	T	115.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-1.314;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.831;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=0;PP=85;ReadPosRankSum=0.937;SC=ATAAAAACAAATTATCTTTAC;SOR=2.247;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=16;TCR=3;TR=7;WE=133852135;WS=133852117;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,7:0.35:20
chr6	134210497	.	GTC	G	147.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.281;ClippingRankSum=0.000;DP=131;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.08;MQRankSum=2.632;QD=1.27;ReadPosRankSum=0.684;SOR=0.776;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:100,16:0.14:116
chr6	134304023	rs2076583	C	T	2502.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=24;NR=42;PP=1201;SC=TTTCAGGTAACGTTTTCAAAT;SOR=1.190;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=66;TCF=24;TCR=42;TR=66;WE=134304031;WS=134304001;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr6	134308187	rs11553666	T	G	991.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=1.949;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=30;PP=783;ReadPosRankSum=-0.727;SC=AATTCACCACTTAATTGGTTA;SOR=1.981;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=37;TCF=6;TCR=31;TR=36;WE=134308195;WS=134308177;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,34:0.97:35
chr6	134491599	rs117393716	T	C	599.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.085;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=15;PP=366;ReadPosRankSum=0.993;SC=AAAAACACTCTTGTCAAGAAC;SOR=0.898;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=34;TCF=9;TCR=25;TR=20;WE=134491607;WS=134491589;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,26:0.57:46
chr6	134494548	rs1743965	C	T	6611.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=245;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=74;NR=89;PP=2965;SC=AGGGAGAATACAAAAGAGGAC;SOR=0.874;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=163;TCF=74;TCR=89;TR=163;WE=134494556;WS=134494538;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,238:1.00:238
chr6	134495291	rs3215438	T	TC	706.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=13;PP=547;SC=AAAGTGAGTTTCTGGCTCTAC;SOR=2.093;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=0;TCR=13;TR=13;WE=134495299;WS=134495281;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr6	134536256	rs201147934	T	TTTTC	325.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.345;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.76;ReadPosRankSum=-0.127;SOR=0.636;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,12:0.29:42
chr6	134536272	rs202041836	CTTTT	C	1003.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.343;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=23.34;ReadPosRankSum=3.443;SOR=0.668;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,26:0.60:43
chr6	134536309	rs4896026	G	A	96.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=1.125;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.702;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=5;PP=80;ReadPosRankSum=-0.694;SC=TGCCCAGGCTGGAGTACAGTG;SOR=1.148;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=25;TCF=10;TCR=15;TR=7;WE=134536317;WS=134536299;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,7:0.23:31
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chr6	135290355	rs35571217	T	C	394.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.906;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.064;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=5;PP=200;ReadPosRankSum=0.849;SC=TTGTTTATCATTTCTGTATTA;SOR=0.960;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=44;TCF=30;TCR=14;TR=17;WE=135290363;WS=135290345;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,23:0.40:57
chr6	135299713	rs9376077	C	G	178.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=3.964;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=0;PP=137;ReadPosRankSum=0.151;SC=GATGTTAATTCAAAATAAATA;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=25;TCF=24;TCR=1;TR=8;WE=135299721;WS=135299706;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,8:0.31:26
chr6	135299959	rs13214669	T	C	2685.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.156;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=303;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.904;HP=5;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=53;PP=1110;ReadPosRankSum=-0.838;SC=GAAAGGTAATTGGGGGACAAA;SOR=0.499;SbPval=0.25;Source=Platypus;TC=180;TCF=64;TCR=116;TR=91;WE=135299967;WS=135299949;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:157,138:0.47:295
chr6	135307740	rs4376365	T	C	39.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=0;PP=22;ReadPosRankSum=0.385;SC=ATATTATATATATGATACTCA;SOR=0.223;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=8;TCR=0;TR=3;WE=135307748;WS=135307730;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,3:0.30:10
chr6	135314182	rs7741626	C	T	322.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.249;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.096;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=4;PP=140;ReadPosRankSum=0.532;SC=ACCACTGTGCCACAACTGCTT;SOR=1.022;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=36;TCF=20;TCR=16;TR=11;WE=135314190;WS=135314172;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,19:0.35:55
chr6	135314265	rs7761964	T	C	599.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.183;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=9;PP=137;ReadPosRankSum=0.066;SC=AGCCTAGGTGTATAAAAGATG;SOR=0.749;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=44;TCF=18;TCR=26;TR=14;WE=135314273;WS=135314255;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,32:0.43:74
chr6	135318854	rs4895439	A	T	513.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.549;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=15;PP=293;ReadPosRankSum=-1.820;SC=TCCTACAATGACAGAAGGGCA;SOR=0.564;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=53;TCF=13;TCR=40;TR=20;WE=135318862;WS=135318844;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,25:0.39:64
chr6	135324051	rs45544135	T	C	383.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=2.812;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.356;NF=2;NR=8;PP=552;ReadPosRankSum=-1.528;SC=TTACATAGTATTTTAAATTAT;SOR=0.509;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=32;TCF=6;TCR=26;TR=10;WE=135324064;WS=135324041;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,12:0.38:32
chr6	135324052	rs140431690	TTTAAA	T	373.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=2.595;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=1.416;NF=1;NR=7;PP=553;ReadPosRankSum=-1.249;SC=TACATAGTATTTTAAATTATA;SOR=0.914;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=26;TCF=1;TCR=25;TR=8;WE=135324064;WS=135324041;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,11:0.35:31
chr6	135358567	rs7742542	T	G	1732.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=2.342;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.455;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=38;PP=1264;ReadPosRankSum=1.301;SC=AACTTCAGTTTCTTTACTAGC;SOR=0.859;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=111;TCF=47;TCR=64;TR=64;WE=135358575;WS=135358557;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,70:0.57:123
chr6	135375762	rs2297338	G	A	6940.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.632;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=695;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=102;NR=103;PP=2924;ReadPosRankSum=0.560;SC=GGAAAAGAACGTCCCGGCATG;SOR=0.722;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=430;TCF=216;TCR=214;TR=205;WE=135375770;WS=135375752;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:348,345:0.50:693
chr6	135424179	rs35959442	C	G	2068.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.083;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=250;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.568;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=35;PP=867;ReadPosRankSum=1.258;SC=CTTCCTGAAGCCTGCTGTAGA;SOR=0.943;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=160;TCF=72;TCR=88;TR=59;WE=135424187;WS=135424169;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:145,104:0.42:249
chr6	135424203	rs6930223	G	T	7341.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.590;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=224;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=85;PP=2555;ReadPosRankSum=-0.529;SC=CTATAAGAGCGGCCCTCTCTC;SOR=1.059;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=144;TCF=55;TCR=89;TR=139;WE=135424225;WS=135424193;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,221:0.99:223
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chr6	135515448	rs11154794	T	C	547.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-1.186;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=5;PP=415;ReadPosRankSum=0.512;SC=TATTTGCAGCTTCCAATCAGA;SOR=0.602;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=42;TCF=35;TCR=7;TR=23;WE=135515456;WS=135515438;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,24:0.48:50
chr6	135517996	rs12660713	G	A	700.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.628;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=18;PP=503;ReadPosRankSum=1.580;SC=CCAAACCAACGGGCCTAGTGT;SOR=0.716;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=72;TCF=33;TCR=39;TR=32;WE=135518004;WS=135517986;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,34:0.47:72
chr6	135522755	rs3752383	A	G	2079.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.175;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=30;PP=854;ReadPosRankSum=0.103;SC=GAAACAACAAAGCACTTTCTA;SOR=0.737;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=123;TCF=66;TCR=57;TR=65;WE=135522763;WS=135522745;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,101:0.55:185
chr6	135523786	rs41294868	G	A	209.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.353;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=1.580;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.39;ReadPosRankSum=1.924;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,12:0.48:25
chr6	135623833	rs2207000	C	T	1699.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=42;NR=4;PP=1170;SC=ATTTGACTTCCAAACACCTTT;SOR=3.611;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=46;TCF=42;TCR=4;TR=46;WE=135623841;WS=135623823;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr6	135748200	rs2757639	A	G	218.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=0;PP=148;SC=GGGCACAATTATTATGTGTAC;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=6;WE=135748208;WS=135748190;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
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chr6	135754471	rs737561	C	T	589.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=17;PP=427;SC=AGAACCAACACAGCCAATGAA;SOR=3.160;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=19;TCF=2;TCR=17;TR=19;WE=135754479;WS=135754461;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
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chr6	136597281	rs1967445	A	T	10802.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.532;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=658;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.84;MQRankSum=-1.558;QD=16.65;ReadPosRankSum=-0.772;SOR=0.684;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:356,293:0.45:649
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chr6	136598895	rs58951987	T	TA	190.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.411;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=4;PP=245;ReadPosRankSum=0.213;SC=AAGTCAAGAGTAAAAACCGCT;SOR=0.399;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=11;TCF=6;TCR=5;TR=8;WE=136598903;WS=136598885;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,10:0.71:14
chr6	136599393	rs6940018	G	C	7821.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=2.758;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=791;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.522;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=107;NR=138;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.647;SC=AATATCACCGGATGTGGCTGA;SOR=0.765;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=554;TCF=252;TCR=302;TR=245;WE=136599412;WS=136599383;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:419,359:0.46:778
chr6	136599404	rs6919254	T	C	6814.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.521;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=762;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.522;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=100;NR=131;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.916;SC=ATGTGGCTGATGACTTATTAA;SOR=0.754;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=521;TCF=234;TCR=287;TR=231;WE=136599412;WS=136599383;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:402,343:0.46:745
chr6	136599822	rs9942517	C	G	976.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.706;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.61;MQRankSum=-1.426;QD=5.40;ReadPosRankSum=3.524;SOR=0.726;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:122,59:0.33:181
chr6	136599836	rs9942518	G	A	2030.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.692;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FS=1.226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.57;MQRankSum=-2.072;QD=10.92;ReadPosRankSum=1.016;SOR=0.783;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:127,59:0.32:186
chr6	136599842	rs9942519	G	A	2054.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FS=1.959;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.57;MQRankSum=-2.072;QD=11.05;ReadPosRankSum=0.389;SOR=0.858;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:127,59:0.32:186
chr6	136682172	rs2076190	G	A	3779.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=72;NR=39;PP=2101;SC=GCCTCCTCCCGCTCGCGCAGC;SOR=1.270;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=111;TCF=72;TCR=39;TR=111;WE=136682180;WS=136682162;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,141:1.00:141
chr6	136698697	rs2076192	C	A	731.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=19;NR=4;PP=547;SC=GCCTGCCTGGCGTCTGGTGTC;SOR=2.833;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=19;TCR=4;TR=23;WE=136698705;WS=136698689;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
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chr6	136710669	rs58458173	TA	T	618.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.014;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.27;ReadPosRankSum=0.127;SOR=0.631;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:111,78:0.41:189
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chr6	137026266	rs9321567	T	G	1340.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=20;NR=9;PP=624;SC=TCTGGCAAATTATTTCCTGAA;SOR=1.225;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=20;TCR=9;TR=29;WE=137026274;WS=137026256;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr6	137113137	rs55666429	G	A	2843.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.34;SOR=1.925;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr6	137143611	rs1321470	A	T	265.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=7;NR=1;PP=161;SC=TTCAGTTTGGATTCACCCAAA;SOR=2.303;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=7;TCR=1;TR=8;WE=137143619;WS=137143605;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr6	137143709	rs1321471	T	C	1230.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=19;NR=11;PP=617;SC=CACACTTCCGTCCGGTCTGCC;SOR=1.105;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=31;TCF=20;TCR=11;TR=30;WE=137143717;WS=137143699;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr6	137143980	rs11283064	G	GGGGGCC	1491.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=14;PP=1309;SC=AGGCGGAGGCGGGGGCCAGCC;SOR=1.085;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=22;TCF=6;TCR=16;TR=20;WE=137143988;WS=137143970;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr6	137151125	.	G	GT	183.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.125;ClippingRankSum=0.000;DP=96;ExcessHet=3.0103;FS=3.397;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.00;ReadPosRankSum=-0.924;SOR=1.197;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:70,22:0.24:92
chr6	137166682	rs927181	G	A	2555.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=52;NR=17;PP=1496;SC=TCATTGTTATGTAACAAGAGA;SOR=2.007;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=69;TCF=52;TCR=17;TR=69;WE=137166690;WS=137166672;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr6	137167445	rs9321575	T	C	3072.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=16;NR=66;PP=2158;SC=TTCTTTTGTGTTCTTAAGACT;SOR=2.526;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=82;TCF=16;TCR=66;TR=82;WE=137167453;WS=137167435;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr6	137187641	rs1884940	G	A	1264.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=33;NR=3;PP=828;SC=AAATAAGTCTGAAGGTGGCAA;SOR=3.516;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=37;TCF=33;TCR=4;TR=36;WE=137187649;WS=137187631;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr6	137193320	.	C	CT	147.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.588;ClippingRankSum=0.000;DP=127;ExcessHet=3.0103;FS=0.866;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.24;ReadPosRankSum=-1.643;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:95,24:0.20:119
chr6	137323213	rs1342642	G	A	2876.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-2.042;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=313;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=53;PP=1462;ReadPosRankSum=0.473;SC=TGCTGGGTGAGAGAAGTACCT;SOR=0.715;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=206;TCF=97;TCR=109;TR=98;WE=137323221;WS=137323203;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:168,143:0.46:311
chr6	137325847	rs1555498	C	T	5943.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=234;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.96;SOR=0.702;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,229:1.00:229
chr6	137325901	.	TAA	T,TA	1092.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.531;ClippingRankSum=0.000;DP=105;ExcessHet=3.0103;FS=4.614;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.10;MQRankSum=0.462;QD=13.01;ReadPosRankSum=0.908;SOR=1.473;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:12,26,46:0.31,0.55:84
chr6	137338276	rs433243	A	G	8717.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.428;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=337;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.422;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=90;NR=121;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.558;SC=AGGTCTTAGTAGCAGAAAAGG;SOR=0.532;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=212;TCF=91;TCR=121;TR=211;WE=137338284;WS=137338266;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,331:1.00:332
chr6	137338352	rs451371	G	T	5180.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.929;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FS=5.182;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=42.47;ReadPosRankSum=-0.828;SOR=1.732;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,121:0.99:122
chr6	137338357	rs442663	A	G	5092.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.140;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FS=5.384;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=44.67;ReadPosRankSum=-0.758;SOR=1.860;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,113:0.99:114
chr6	137482983	rs138108803	G	T	3095.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.194;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=288;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=70;PP=1490;ReadPosRankSum=-1.016;SC=AATCACTCCCGGGTTTAAGGC;SOR=0.714;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=183;TCF=55;TCR=128;TR=100;WE=137482991;WS=137482973;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:136,151:0.53:287
chr6	137519588	rs11914	A	C	4662.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.118;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=476;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=80;NR=87;PP=2198;ReadPosRankSum=1.996;SC=CTGTTATACTAGAAAGTTCTT;SOR=0.686;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=327;TCF=157;TCR=170;TR=167;WE=137519596;WS=137519578;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:238,231:0.49:469
chr6	137524870	.	GAA	G	1188.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.999;ClippingRankSum=0.000;DP=154;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.14;MQRankSum=1.301;QD=9.91;ReadPosRankSum=-0.004;SOR=0.629;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:67,53:0.44:120
chr6	137536455	rs1327475	G	A	891.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.778;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.446;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=16;PP=453;ReadPosRankSum=-1.181;SC=GACTTCAAAAGCATCTGCTTC;SOR=0.807;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=66;TCF=33;TCR=33;TR=28;WE=137536463;WS=137536445;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,46:0.40:115
chr6	137539726	rs201457622	TC	T	65.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.239;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.86;ReadPosRankSum=-1.791;SOR=0.141;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,6:0.26:23
chr6	137540370	rs7749390	A	G	1929.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.009;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=23;PP=823;ReadPosRankSum=0.471;SC=CCTGCCGCGAACGACGGTACC;SOR=0.680;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=114;TCF=69;TCR=45;TR=55;WE=137540378;WS=137540360;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,94:0.51:184
chr6	137540520	rs2234711	A	G	1372.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.854;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.589;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=26;PP=719;ReadPosRankSum=0.855;SC=CCAGCCCAGCACTGCCCTCCA;SOR=0.602;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=102;TCF=41;TCR=61;TR=46;WE=137540528;WS=137540510;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:94,69:0.42:163
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chr6	138413333	rs648802	G	C	3204.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.423;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=365;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.242;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=42;PP=1268;ReadPosRankSum=1.107;SC=AGTGACAGCAGGGTTGGCATG;SOR=0.775;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=222;TCF=125;TCR=97;TR=101;WE=138413341;WS=138413323;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:199,165:0.45:364
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chr6	138615148	rs203145	G	A	3590.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=2.568;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=363;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.781;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=53;PP=1649;ReadPosRankSum=0.865;SC=AAGATGCTACGGATAAGTTGA;SOR=0.629;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=216;TCF=113;TCR=103;TR=106;WE=138615156;WS=138615138;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:184,175:0.49:359
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chr6	138745177	rs55850386	C	T	367.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-2.183;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.076;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=4;PP=204;ReadPosRankSum=0.284;SC=CTGCATTGCTCGTCTCCCCCC;SOR=0.105;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=27;TCF=22;TCR=5;TR=14;WE=138745185;WS=138745173;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,17:0.57:30
chr6	138753337	rs2039121	C	T	1539.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.660;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.626;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=21;PP=763;ReadPosRankSum=0.438;SC=AGCTGCCACTCTTGCCTGGGA;SOR=0.600;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=92;TCF=50;TCR=42;TR=46;WE=138753345;WS=138753327;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,74:0.52:141
chr6	138754323	rs2327891	A	G	2934.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.670;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=246;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.574;HP=1;HapScore=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=43;PP=1873;ReadPosRankSum=1.221;SC=AAGTGTCTCAACTCCTGGGAT;SOR=0.802;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=176;TCF=106;TCR=70;TR=108;WE=138754331;WS=138754313;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:110,129:0.54:239
chr6	138820271	.	GAC	GACAC,G	299.73	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.735;ClippingRankSum=0.000;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=2.875;HP=1;HapScore=2;MGOF=31;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=16,16;NR=10,10;PP=320,232;ReadPosRankSum=1.237;SC=CACACACATGGACACACACAC;SOR=0.300;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=34;TCF=22;TCR=12;TR=26,26;WE=138820280;WS=138820261;set=Intersection	GT:AF:DP	0/1:0.27:59
chr6	138820293	rs71754767	CACAG	C	490.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.150;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FS=2.477;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.88;MQRankSum=0.000;QD=7.67;ReadPosRankSum=2.341;SOR=1.226;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:42,22:0.34:64
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chr6	139085450	rs4243458	C	T	114.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.476;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=7.17;ReadPosRankSum=0.450;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,8:0.50:16
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chr6	139114113	rs6570282	A	G	523.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=13;PP=352;SC=GCTGTAATTCACCATAACTGG;SOR=1.402;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=7;TCR=13;TR=20;WE=139114121;WS=139114103;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr6	139134558	rs1919691	C	T	410.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=0.118;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.510;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=15;PP=272;ReadPosRankSum=2.137;SC=CATGTTGCCACATTTTTAAAG;SOR=1.510;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=44;TCF=10;TCR=34;TR=17;WE=139134566;WS=139134548;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,21:0.39:54
chr6	139184044	rs1188827	C	G	490.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=14;PP=382;SC=TTGCTTAGAACAGGATTATTT;SOR=5.549;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=0;TCR=14;TR=14;WE=139184052;WS=139184034;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
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chr6	139189153	.	A	AAG	768.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.616;ClippingRankSum=0.000;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=1.343;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=62.37;MQRankSum=0.000;QD=11.30;ReadPosRankSum=2.012;SOR=0.422;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,36:0.53:68
chr6	139197609	rs1529151	G	A	1509.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.516;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.495;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=31;PP=838;ReadPosRankSum=1.567;SC=CAATCTTCAGGAAAGAAATGT;SOR=0.769;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=124;TCF=61;TCR=63;TR=56;WE=139197617;WS=139197599;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:120,79:0.40:199
chr6	139202014	rs1157050	G	C	757.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=22;NR=1;PP=583;SC=ACCAGCAAGGGGGGTCTCCGT;SOR=4.091;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=23;TCF=22;TCR=1;TR=23;WE=139202022;WS=139202004;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr6	139207910	rs1188831	C	T	259.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-2.138;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=3;PP=172;ReadPosRankSum=-0.525;SC=CTGTATCAAGCGCCATAAAAT;SOR=0.724;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=21;TCF=16;TCR=5;TR=12;WE=139207918;WS=139207900;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,13:0.59:22
chr6	139229695	rs1188867	A	G	1754.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=37;NR=14;PP=1054;SC=GCCTCCCAAAATGCTGGGATT;SOR=1.647;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=51;TCF=37;TCR=14;TR=51;WE=139229703;WS=139229685;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
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chr6	139265882	rs1188897	T	A	491.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.295;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=13;PP=266;ReadPosRankSum=0.502;SC=TTTTCTGTTCTATTAGAAATT;SOR=0.504;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=34;TCF=6;TCR=28;TR=15;WE=139265890;WS=139265872;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,22:0.50:44
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chr6	139581461	rs6904970	C	T	2736.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.452;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=365;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=37;PP=1205;ReadPosRankSum=-1.829;SC=ATACATATTCCTTTTCTCGTT;SOR=0.683;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=230;TCF=125;TCR=105;TR=84;WE=139581469;WS=139581451;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:215,144:0.40:359
chr6	139591891	rs62441202	T	C	236.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=0.354;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.906;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=11;PP=152;ReadPosRankSum=-0.755;SC=TCTCTTCCTCTGGAAGTAAAT;SOR=1.609;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=23;TCF=5;TCR=18;TR=13;WE=139591899;WS=139591881;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,13:0.50:26
chr6	139598061	rs66961117	TA	T	749.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=2.675;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=11.572;HP=10;HapScore=3;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=39;PP=423;ReadPosRankSum=-1.373;SC=TTCTTTGCCTTAAAAAAAAAA;SOR=1.916;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=71;TCF=3;TCR=68;TR=39;WE=139598070;WS=139598051;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,52:0.51:102
chr6	139610124	rs55712380	G	T	334.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-1.999;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.634;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=9;PP=194;ReadPosRankSum=-0.265;SC=TCAATGGTAAGGATATCCCCC;SOR=0.210;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=28;TCF=8;TCR=20;TR=14;WE=139610132;WS=139610114;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,16:0.52:31
chr6	140526366	rs4896506	T	A	264.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.824;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=1;PP=145;ReadPosRankSum=0.264;SC=TTTAAAAATGTCTTAGAGTTT;SOR=0.602;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=20;TCF=18;TCR=2;TR=9;WE=140526374;WS=140526356;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,12:0.48:25
chr6	141004964	rs5880480	G	GT	3850.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.68;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=26;PP=1468;SC=GTGTCCCCTGGCACGCTATTT;SOR=1.022;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=34;TCF=7;TCR=27;TR=33;WE=141004972;WS=141004954;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr6	142384062	rs6906577	A	G	205.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=3.090;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.599;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-3.208;NF=8;NR=2;PP=157;ReadPosRankSum=1.080;SC=AGATTCTTCAAATAATGCCGA;SOR=1.022;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=30;TCF=23;TCR=7;TR=10;WE=142384070;WS=142384052;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,10:0.29:34
chr6	142384082	rs6907175	G	A	191.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.207;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-3.921;NF=7;NR=3;PP=164;ReadPosRankSum=0.733;SC=ACGTCAGTGAGGAAGAGAGAA;SOR=0.551;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=32;TCF=24;TCR=8;TR=10;WE=142384090;WS=142384072;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,10:0.26:38
chr6	142455130	rs225607	C	T	3042.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.459;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=272;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.687;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=51;PP=1527;ReadPosRankSum=0.100;SC=GAGAAGTAAACCTCTTCTGTT;SOR=0.550;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=185;TCF=79;TCR=106;TR=96;WE=142455138;WS=142455120;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:126,139:0.52:265
chr6	142455731	rs9376674	C	A	1242.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.182;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.121;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=12;PP=655;ReadPosRankSum=0.074;SC=CTTTATGCTGCATGTAAAAGC;SOR=1.017;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=92;TCF=58;TCR=34;TR=38;WE=142455739;WS=142455721;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,59:0.42:140
chr6	142487263	rs225655	T	C	112.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=2.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.424;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=0;PP=61;ReadPosRankSum=0.289;SC=TTTCTAAATTTACTTGAATTT;SOR=2.636;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=7;TCR=2;TR=4;WE=142487271;WS=142487255;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,5:0.45:11
chr6	142487469	rs225656	C	A	556.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.309;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.917;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=13;PP=309;ReadPosRankSum=-1.431;SC=TGTAAGTTAACCACTGATCAT;SOR=1.000;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=45;TCF=19;TCR=26;TR=21;WE=142487477;WS=142487459;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,31:0.39:79
chr6	142490107	rs225661	T	C	176.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.850;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=2;PP=35;ReadPosRankSum=-0.802;SC=GGGGTTTCACTGTGTTAGCCA;SOR=0.495;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=13;TCF=9;TCR=4;TR=6;WE=142490115;WS=142490097;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,10:0.53:19
chr6	142490211	rs11758623	A	T	406.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.043;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.68;ReadPosRankSum=-1.153;SOR=0.678;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,22:0.52:42
chr6	142491463	rs11446143	C	CG	2066.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=24;PP=1462;SC=TAAACTAGACCGCTCTCTTTT;SOR=0.800;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=35;TCF=11;TCR=24;TR=34;WE=142491471;WS=142491453;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr6	142491584	rs225663	A	G	452.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.511;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.291;NF=7;NR=9;PP=253;ReadPosRankSum=1.637;SC=TTATTGTCTTATTAGCTGAAG;SOR=0.648;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=38;TCF=17;TCR=21;TR=16;WE=142491592;WS=142491574;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,24:0.39:62
chr6	142491729	rs56185739	C	A	95.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-2.412;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=4;PP=36;ReadPosRankSum=-1.025;SC=AAATTATTTCCAATAATATAT;SOR=0.160;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=4;WE=142491737;WS=142491719;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,5:0.50:10
chr6	142510676	rs3830800	GTATT	G	1493.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.484;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.861;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.789;NF=2;NR=19;PP=945;ReadPosRankSum=-1.367;SC=ATAATGGTATGTATTTATTTA;SOR=0.868;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=48;TCF=4;TCR=44;TR=21;WE=142510687;WS=142510666;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,41:0.49:83
chr6	142691549	rs11155242	A	C	2542.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.610;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=271;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.895;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=50;PP=1479;ReadPosRankSum=0.375;SC=TTCTGATTCAAAATGTTTGTT;SOR=0.974;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=184;TCF=81;TCR=103;TR=84;WE=142691557;WS=142691539;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:146,120:0.45:266
chr6	142715195	rs17071756	T	C	530.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.835;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=14;PP=331;ReadPosRankSum=-1.376;SC=AAGAAAAACTTAATCACATAG;SOR=0.683;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=48;TCF=12;TCR=36;TR=18;WE=142715203;WS=142715185;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,25:0.44:57
chr6	142718801	rs989946	G	A	11361.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=434;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=109;NR=146;PP=2965;SC=ATACTAATTTGGAAGGAAAAA;SOR=0.881;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=257;TCF=111;TCR=146;TR=255;WE=142718814;WS=142718791;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,427:1.00:427
chr6	142724918	rs9496369	C	T	1591.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-2.675;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.677;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=17;PP=944;ReadPosRankSum=-2.167;SC=TTAATAGTGGCATTTTTTGTC;SOR=0.604;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=119;TCF=85;TCR=34;TR=61;WE=142724926;WS=142724908;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,73:0.52:141
chr6	142738314	rs67174921	CTTCTT	C	2311.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.607;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=2.733;NF=18;NR=17;PP=1546;ReadPosRankSum=1.074;SC=TTGCATTTCTCTTCTTTTCAT;SOR=0.745;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=78;TCF=39;TCR=39;TR=35;WE=142738326;WS=142738304;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,62:0.46:136
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chr6	143091263	rs109836	A	G	7138.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.901;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=276;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.551;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=118;NR=87;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.673;SC=CTTGCTGGGCAGGAATGGCTC;SOR=0.627;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=207;TCF=119;TCR=88;TR=205;WE=143091271;WS=143091253;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,264:1.00:265
chr6	143381712	rs3811093	T	C	1980.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.175;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.180;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=30;PP=983;ReadPosRankSum=-0.707;SC=AGAGGTCGCATCCACACCTGG;SOR=0.512;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=132;TCF=77;TCR=55;TR=66;WE=143381720;WS=143381702;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:104,97:0.48:201
chr6	143382110	rs7774011	T	C	1631.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.512;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=19;PP=787;ReadPosRankSum=0.318;SC=TCCTGCTGTCTTACTGCTCTA;SOR=0.642;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=133;TCF=85;TCR=48;TR=52;WE=143382118;WS=143382100;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:132,87:0.40:219
chr6	143382254	rs138059311	CGT	C	2617.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-1.808;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=240;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.981;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.005;NF=15;NR=49;PP=1911;ReadPosRankSum=0.865;SC=CCTGTGTGTGCGTGTGTGTGT;SOR=0.483;SbPval=0.77;Source=Platypus;TCF=40;TR=64;WE=143382267;WS=143382244;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,115:0.62:184
chr6	143382534	rs112521955	C	CAACT	1600.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-1.649;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.564;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.373;NF=1;NR=27;PP=1497;ReadPosRankSum=-0.442;SC=GAAGAATCTTCAACAAAAGCA;SOR=0.385;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=64;TCF=2;TCR=62;TR=28;WE=143382542;WS=143382524;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,43:0.52:82
chr6	143605472	rs9403480	G	T	379.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-1.075;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=11;PP=228;ReadPosRankSum=1.737;SC=GCTGTGTGCCGCATTTGGTCC;SOR=0.551;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=35;TCF=11;TCR=24;TR=16;WE=143605480;WS=143605462;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,18:0.51:35
chr6	143754938	rs3761999	G	A	900.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.546;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.472;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=13;PP=372;ReadPosRankSum=-1.755;SC=CGAATGGTACGATACATTAAC;SOR=0.457;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=87;TCF=56;TCR=31;TR=32;WE=143754946;WS=143754928;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,49:0.42:118
chr6	143766276	rs9373391	A	G	240.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=-0.422;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=9;PP=164;ReadPosRankSum=1.976;SC=AACTTTGGGGATTTAAAAAGT;SOR=0.527;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=20;TCF=3;TCR=17;TR=11;WE=143766284;WS=143766266;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,11:0.58:19
chr6	143784031	rs3830767	AT	A	6244.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=276;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=14;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=52;NR=70;PP=2811;SC=GACCTTTTTTATTTTTTTTGT;SOR=1.166;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=138;TCF=58;TCR=80;TR=122;WE=143784040;WS=143784021;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,271:1.00:271
chr6	143789181	rs161068	A	T	520.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=2;PP=401;SC=AAAAAGTAAAAATAGATCTAT;SOR=3.500;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=18;TCF=16;TCR=2;TR=18;WE=143789189;WS=143789171;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr6	143792675	rs22908	T	C	2300.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=19;NR=37;PP=1230;SC=GGCTTTTAGGTTTGTTTTTTC;SOR=1.165;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=56;TCF=19;TCR=37;TR=56;WE=143792683;WS=143792665;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr6	143806276	rs161058	A	G	2774.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.579;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.638;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=40;PP=1329;ReadPosRankSum=0.497;SC=TCATTACTGTAATGATTTTTC;SOR=0.565;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=155;TCF=88;TCR=67;TR=89;WE=143806284;WS=143806266;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:96,132:0.58:228
chr6	143816859	rs8161	C	T	1917.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-2.201;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=26;PP=835;ReadPosRankSum=0.374;SC=TCACATTAGTCAGGGCTAGAG;SOR=0.718;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=109;TCF=62;TCR=47;TR=61;WE=143816867;WS=143816849;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,93:0.53:176
chr6	143825104	rs11155297	G	T	947.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.641;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.100;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=13;PP=438;ReadPosRankSum=0.482;SC=TTGATCCGGTGCTCCTCCGTC;SOR=1.001;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=95;TCF=52;TCR=43;TR=34;WE=143825112;WS=143825094;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:102,50:0.33:152
chr6	144069984	rs33958582	GT	G	72.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.723;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQ=60.98;MQRankSum=0.605;NF=5;NR=1;PP=91;ReadPosRankSum=-1.541;SC=CAGATCATGTGTTTTTTTTAA;SOR=0.892;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=9;TCF=8;TCR=1;TR=6;WE=144069992;WS=144069978;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,6:0.55:11
chr6	144104142	.	A	ATGTGTG	231.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=33.11;SOR=2.584;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr6	144207030	rs41285035	C	T	1103.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-2.099;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.702;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=10;PP=792;ReadPosRankSum=0.781;SC=TGGATTTGCTCTGCTGTGACC;SOR=0.354;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=78;TCF=64;TCR=14;TR=46;WE=144207038;WS=144207020;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,48:0.55:87
chr6	144262819	rs72546304	C	T	3840.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.457;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=407;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.222;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=68;NR=66;PP=1967;ReadPosRankSum=-2.859;SC=GGGACAGGTCCAGAGAGGCAG;SOR=0.507;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=263;TCF=143;TCR=120;TR=134;WE=144262827;WS=144262809;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:217,186:0.46:403
chr6	144508593	rs9496891	A	G	2482.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.309;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=234;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=64;PP=1513;ReadPosRankSum=0.107;SC=CCCCTGCCGGACCCTCTGCTG;SOR=0.658;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=180;TCF=55;TCR=125;TR=91;WE=144508601;WS=144508583;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:112,115:0.51:227
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chr6	144758799	rs4895642	A	G	1843.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.010;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.180;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=37;PP=789;ReadPosRankSum=0.071;SC=CAGACGAAGAAGAATTTGAGA;SOR=0.918;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=136;TCF=51;TCR=85;TR=54;WE=144758807;WS=144758789;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:116,92:0.44:208
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chr6	144801010	rs34780332	C	T	2703.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.017;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=288;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.430;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=45;PP=1261;ReadPosRankSum=0.075;SC=TGAAGAAAGACTTGGCAGAGA;SOR=0.738;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=176;TCF=86;TCR=90;TR=85;WE=144801018;WS=144801000;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:150,135:0.47:285
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chr6	144843085	rs66528326	A	AT	195.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.865;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=5.180;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.30;ReadPosRankSum=0.041;SOR=0.092;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,10:0.53:19
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chr6	144843089	rs182507639	A	T	457.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=2.808;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.09;ReadPosRankSum=-0.596;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,13:0.68:19
chr6	144843091	rs13208386	A	T	1066.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=39.51;SOR=1.863;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr6	144852201	rs12204734	G	A	799.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.739;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=11;PP=409;ReadPosRankSum=0.262;SC=TTTTGACAGGGCAATGGAAGA;SOR=0.693;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=59;TCF=36;TCR=23;TR=29;WE=144852209;WS=144852191;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,39:0.50:78
chr6	144869785	rs1534443	A	G	2784.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=59;NR=17;PP=1854;SC=GCTCATCCTAATGTCCAAAAG;SOR=2.252;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=76;TCF=59;TCR=17;TR=76;WE=144869793;WS=144869775;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr6	144870040	rs1534442	T	C	4523.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=30;NR=83;PP=2614;SC=AACCCAGAGGTAGACCAGATC;SOR=1.594;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=113;TCF=30;TCR=83;TR=113;WE=144870048;WS=144870030;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,156:1.00:156
chr6	144872272	.	GAC	G	292.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;QD=26.61;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,10:0.91:11
chr6	144875793	rs58746549	A	AT	285.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.923;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.814;HP=9;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=1.002;NF=9;NR=3;PP=181;ReadPosRankSum=0.419;SC=ACATGTTGGGATTTTTTTTTC;SOR=0.307;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=25;TCF=20;TCR=5;TR=12;WE=144875801;WS=144875783;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,17:0.53:32
chr6	144878337	rs2293536	G	T	2409.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.955;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.024;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=38;PP=1017;ReadPosRankSum=-1.449;SC=TCGTCATGGCGTTCGATAACG;SOR=0.799;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=141;TCF=64;TCR=77;TR=68;WE=144878345;WS=144878327;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:111,115:0.51:226
chr6	144999798	rs11155369	G	C	513.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-1.358;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.080;HP=2;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=16;PP=369;ReadPosRankSum=-1.245;SC=AAGAGAAAGCGCAGCCTTACC;SOR=0.130;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=33;TCF=1;TCR=32;TR=17;WE=144999806;WS=144999788;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,20:0.56:36
chr6	145051594	rs4305737	G	A	1062.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.962;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.589;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=18;PP=542;ReadPosRankSum=-1.655;SC=CCCCTGAAGAGCCAAGAAGAA;SOR=0.555;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=73;TCF=35;TCR=38;TR=37;WE=145051602;WS=145051584;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,51:0.52:98
chr6	145069287	rs7756909	C	T	476.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=5.558;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.449;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=0;PP=400;ReadPosRankSum=1.877;SC=ACTTTTTCTCCGTATTTCTCA;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=38;TCF=35;TCR=3;TR=18;WE=145069295;WS=145069282;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,18:0.45:40
chr6	145075724	rs4896740	C	T	480.89	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.389;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5083;FS=4.337;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=2;PP=303;ReadPosRankSum=0.747;SC=AGAAGGGGTCCAAGGGGTCTA;SOR=2.833;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=18;TCF=15;TCR=3;TR=15;WE=145075732;WS=145075714;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,18:0.90:20
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chr6	145076046	.	CCT	GCA	889	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MMLQ=28;MQ=60.0;NF=1;NR=17;PP=889;QD=52.3593263812;SC=TTAGATAGATCCTTGTAAGGA;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=36;TCF=4;TCR=32;TR=18;WE=145076056;WS=145076036;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:18,18:0.50:36
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chr6	145124295	rs59277223	C	A	1198.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=0.690;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.570;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=25;PP=523;ReadPosRankSum=1.662;SC=TGAGTACTAACCCACTGTTTT;SOR=0.884;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=67;TCF=21;TCR=46;TR=37;WE=145124303;WS=145124285;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,60:0.52:116
chr6	145148690	rs2066054	A	C	5415.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.576;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=107;NR=50;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.765;SC=CATTTCTAATAGTAACACCTA;SOR=0.593;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=158;TCF=108;TCR=50;TR=157;WE=145148698;WS=145148680;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,194:0.99:195
chr6	145157306	rs141408369	CTCATCCTGCTATTAA	C	1391.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.015;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.890;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.040;NF=5;NR=10;PP=2954;ReadPosRankSum=-0.672;SC=TTCCTGCATGCTCATCCTGCT;SOR=0.556;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=37;TCF=18;TCR=19;TR=15;WE=145157328;WS=145157296;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,37:0.49:75
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chr6	145167978	rs9403617	C	G	2853.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.935;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=338;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.258;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=71;PP=1553;ReadPosRankSum=-0.580;SC=GAGTTAATGGCTTGGTTGGCT;SOR=1.146;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=241;TCF=103;TCR=138;TR=111;WE=145167986;WS=145167968;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:184,146:0.44:330
chr6	145168013	rs80188955	G	A	1945.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=1.086;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=240;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.694;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=57;PP=1181;ReadPosRankSum=0.143;SC=CCAACCTAGAGTAAGCAGATT;SOR=1.127;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=189;TCF=64;TCR=125;TR=79;WE=145168021;WS=145168003;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:139,95:0.41:234
chr6	145822992	rs380883	A	G	6075.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=67;NR=104;PP=2965;SC=ATCTAAAAGAAGACAGGGATA;SOR=1.038;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=171;TCF=67;TCR=104;TR=171;WE=145823000;WS=145822982;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,226:1.00:226
chr6	145823642	rs370653	G	A	1131.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=20;NR=14;PP=607;SC=CTGGGAGGAGGTGCATACTCA;SOR=1.127;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=20;TCR=14;TR=34;WE=145823650;WS=145823632;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr6	145823844	rs391524	A	G	457.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-0.720;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=12;PP=321;ReadPosRankSum=-0.555;SC=TGTAATATACATAGTATTTAG;SOR=0.859;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=17;TCF=4;TCR=13;TR=16;WE=145823852;WS=145823834;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,18:0.95:19
chr6	145947080	rs1045820	C	T	782.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-3.446;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.278;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=26;PP=573;ReadPosRankSum=-0.380;SC=GAATCAAACCCAGCTTTGTAT;SOR=0.425;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=65;TCF=8;TCR=57;TR=30;WE=145947088;WS=145947070;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,33:0.47:70
chr6	146007166	rs702322	G	A	134.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-1.340;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=1;PP=66;ReadPosRankSum=1.549;SC=CCCAAGTGAGGCACTGCAGTT;SOR=0.743;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=15;TCF=13;TCR=2;TR=6;WE=146007174;WS=146007156;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,7:0.39:18
chr6	146012061	rs2142978	T	C	463.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.447;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=4;PP=238;ReadPosRankSum=-0.213;SC=CAAGATAGAATCATGGAAATT;SOR=0.616;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=34;TCF=23;TCR=11;TR=16;WE=146012069;WS=146012051;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,22:0.56:39
chr6	146056476	rs2235482	G	C	1060.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.872;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.641;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=22;PP=484;ReadPosRankSum=0.834;SC=GCTCCTGCAGGGCCAGGGCCC;SOR=0.787;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=112;TCF=38;TCR=74;TR=36;WE=146056484;WS=146056466;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,56:0.40:139
chr6	146112348	rs6931553	T	C	196.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.69;BaseQRankSum=2.065;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-1.986;NF=3;NR=4;PP=75;ReadPosRankSum=-0.020;SC=GGCCTCCAGGTCTGTGACAGG;SOR=0.551;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=17;TCF=7;TCR=10;TR=7;WE=146112356;WS=146112338;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,12:0.33:36
chr6	146125466	rs9403747	T	G	2423.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=2.760;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=243;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.145;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=67;NR=23;PP=1566;ReadPosRankSum=-1.642;SC=ATTATTAAAGTCCTCTTTATG;SOR=0.918;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=182;TCF=133;TCR=49;TR=90;WE=146125474;WS=146125456;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:126,111:0.47:237
chr6	146125793	rs3811102	A	T	5101.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.569;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=510;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.092;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=70;NR=80;PP=2304;ReadPosRankSum=-1.178;SC=ATGACCTCAAATGGCGGTCAT;SOR=0.797;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=322;TCF=154;TCR=168;TR=150;WE=146125801;WS=146125783;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:260,246:0.49:506
chr6	146126419	rs9373475	C	T	5124.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=3.732;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=629;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.531;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=102;NR=75;PP=2892;ReadPosRankSum=-0.514;SC=ACATTCTTCACGTCCCCTAAG;SOR=0.781;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=383;TCF=218;TCR=165;TR=177;WE=146126427;WS=146126409;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:362,256:0.41:618
chr6	146207465	rs1062068	A	G	551.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.687;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FS=2.890;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.13;ReadPosRankSum=0.296;SOR=0.431;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:56,34:0.38:90
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chr6	146207563	rs1062067	A	G	961.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.809;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FS=0.691;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.15;ReadPosRankSum=-1.439;SOR=0.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:66,52:0.44:118
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chr6	146216184	rs2247206	C	T	2649.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-3.798;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=241;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.855;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=66;PP=1431;ReadPosRankSum=0.378;SC=AAAAGCAATACAAAGTACTTT;SOR=0.413;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=175;TCF=48;TCR=127;TR=96;WE=146216192;WS=146216174;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:108,125:0.54:233
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chr6	146242676	rs11326222	GT	G	64.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.033;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=3.802;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.31;ReadPosRankSum=-1.205;SOR=0.105;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,10:0.36:28
chr6	146243581	rs6917482	C	T	372.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.315;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.643;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=13;PP=284;ReadPosRankSum=0.303;SC=TTTTTCTTTCCACTAGATATG;SOR=1.140;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=29;TCF=6;TCR=23;TR=16;WE=146243589;WS=146243571;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,16:0.52:31
chr6	146244081	rs34616835	G	GT	285.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.322;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=5.697;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.37;MQRankSum=1.115;QD=8.16;ReadPosRankSum=1.284;SOR=0.077;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,20:0.57:35
chr6	146244743	rs6923545	A	G	947.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.801;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=10;PP=574;ReadPosRankSum=1.571;SC=TGCTTTTAAAATTATGAGTAG;SOR=0.738;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=74;TCF=55;TCR=19;TR=37;WE=146244751;WS=146244733;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,44:0.47:93
chr6	146262697	rs9285508	G	T	3886.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.919;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=521;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.538;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=78;NR=43;PP=1747;ReadPosRankSum=1.802;SC=ACTACTCAAGGTCCCCTAATT;SOR=0.766;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=296;TCF=188;TCR=108;TR=121;WE=146262705;WS=146262687;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:306,207:0.40:513
chr6	146268623	rs9386141	T	A	1427.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.495;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.384;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=11;PP=835;ReadPosRankSum=-0.762;SC=TACTATACCCTCCTACCTCGG;SOR=0.920;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=104;TCF=81;TCR=23;TR=52;WE=146268631;WS=146268613;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,66:0.47:139
chr6	146273769	rs9386142	C	T	62.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=0.566;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=3;PP=28;ReadPosRankSum=-0.000;SC=ATTTCCCCCACGTGTTTCATT;SOR=0.693;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=8;TCF=2;TCR=6;TR=4;WE=146273777;WS=146273759;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,4:0.50:8
chr6	146480740	rs72225459	TTC	T	279.76	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=39.97;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr6	146678929	rs362893	T	C	687.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=2.639;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=22;PP=513;ReadPosRankSum=-0.473;SC=CATAACTGTCTAGAAAGGGTG;SOR=0.954;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=48;TCF=8;TCR=40;TR=26;WE=146678937;WS=146678919;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,27:0.55:49
chr6	146678952	rs362894	A	G	667.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=-1.239;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=4;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=15;PP=884;ReadPosRankSum=0.745;SC=CCAGGCTTACAGTTTTGGCTC;SOR=0.826;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=33;TCF=4;TCR=29;TR=17;WE=146678961;WS=146678942;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,18:0.53:34
chr6	146678953	rs35301667	G	GT	658.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=1.174;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=4;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=14;PP=885;ReadPosRankSum=0.728;SC=CAGGCTTACAGTTTTGGCTCT;SOR=0.826;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=29;TCF=0;TCR=29;TR=14;WE=146678961;WS=146678942;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,18:0.53:34
chr6	146719883	rs362856	C	A	3197.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-2.506;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=321;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.872;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=36;PP=1477;ReadPosRankSum=-0.272;SC=GATTCATGCTCAAATGATTTT;SOR=0.594;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=204;TCF=130;TCR=74;TR=96;WE=146719891;WS=146719873;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:161,156:0.49:317
chr6	146720887	rs71706077	TTC	T	257.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.026;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.11;MQRankSum=1.950;QD=11.21;ReadPosRankSum=-1.847;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,11:0.48:23
chr6	146754964	rs77825355	G	A	1620.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.433;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.236;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=18;PP=749;ReadPosRankSum=0.587;SC=TATCCTGTGTGCATGATCTAT;SOR=0.573;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=115;TCF=77;TCR=38;TR=50;WE=146754972;WS=146754954;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,79:0.47:167
chr6	146755140	rs2942	G	A	4312.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.328;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=450;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.520;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=75;NR=60;PP=1916;ReadPosRankSum=-0.099;SC=CCGTCATCAAGCCCCTCACTA;SOR=0.741;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=309;TCF=168;TCR=141;TR=135;WE=146755148;WS=146755130;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:229,213:0.48:442
chr6	146755324	rs6923492	T	C	3796.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=3.195;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=359;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.246;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=59;PP=2190;ReadPosRankSum=-1.041;SC=GCCTCTGCCGTCCCACCTGAC;SOR=0.604;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=255;TCF=122;TCR=133;TR=120;WE=146755332;WS=146755314;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:184,171:0.48:355
chr6	146755515	rs6923864	T	G	10391.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=372;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=152;NR=128;PP=2965;SC=CAGGCCCCGGTGGTCCCGGGA;SOR=0.853;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=280;TCF=152;TCR=128;TR=280;WE=146755523;WS=146755505;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,361:1.00:361
chr6	146755842	rs9373491	C	A	3195.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=2.193;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=362;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.792;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=71;PP=1770;ReadPosRankSum=0.683;SC=CCAGCTCCCCCGTGTCCGAGT;SOR=0.810;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=254;TCF=97;TCR=157;TR=111;WE=146755850;WS=146755832;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:196,154:0.44:350
chr6	146921334	.	A	G	723.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-1.665;ClippingRankSum=0.000;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.972;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=13;PP=429;ReadPosRankSum=0.624;SC=TAAATTTTAGATATTACATAT;SOR=0.495;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=64;TCF=42;TCR=22;TR=35;WE=146921342;WS=146921324;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,37:0.54:68
chr6	146975456	rs71778473	TTA	T	4285.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.922;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQ=60.07;MQRankSum=0.241;NF=2;NR=58;PP=2775;ReadPosRankSum=1.447;SC=AGTTTTGGTATTATATATATA;SOR=0.871;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=73;TCF=4;TCR=69;TR=60;WE=146975465;WS=146975446;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:5,124:0.96:129
chr6	146993445	rs9497606	T	C	3699.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.442;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=369;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.376;HP=5;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQ=60.03;MQRankSum=1.025;NF=58;NR=62;PP=1947;ReadPosRankSum=-0.102;SC=GAAAGCAAAATAGCAGTGTTA;SOR=0.663;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=244;TCF=115;TCR=129;TR=120;WE=146993453;WS=146993430;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:187,180:0.49:367
chr6	147006845	rs12195808	A	G	1184.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=23;NR=7;PP=557;SC=GAATTTTCACAACATAATGTA;SOR=1.659;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=23;TCR=7;TR=30;WE=147006853;WS=147006835;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr6	147012191	rs9403804	T	C	407.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.050;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=2;PP=240;ReadPosRankSum=-1.289;SC=TATTTTTACATTGGAAAAAGC;SOR=1.022;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=25;TCF=20;TCR=5;TR=14;WE=147012199;WS=147012181;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,18:0.62:29
chr6	147042695	rs11273150	A	AGGGAACATGCAATAATAAGATTTTTAGAGGC	1644.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.138;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FS=17.573;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.09;MQRankSum=1.235;QD=15.81;ReadPosRankSum=-0.988;SOR=2.232;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:62,42:0.40:104
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chr6	147103416	rs259405	C	T	1390.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=38;PP=1039;SC=AGGACAAAACCGTGAAACATT;SOR=3.352;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=43;TCF=5;TCR=38;TR=43;WE=147103424;WS=147103406;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
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chr6	147136244	rs259370	A	G	3317.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-1.568;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=334;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.299;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.896;NF=69;NR=66;PP=1852;ReadPosRankSum=-0.452;SC=GAAGCTGAGCACCTAAAGCTG;SOR=0.621;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=228;TCF=119;TCR=109;TR=135;WE=147136252;WS=147136234;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:160,168:0.51:328
chr6	147631201	rs6928919	A	G	778.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=3.059;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.580;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=5;PP=494;ReadPosRankSum=0.150;SC=AATAATCTTAATATGTATTTT;SOR=1.230;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=57;TCF=42;TCR=15;TR=26;WE=147631209;WS=147631191;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,33:0.46:71
chr6	147631421	rs11415538	T	TA	181.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.340;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.98;ReadPosRankSum=-0.896;SOR=0.627;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:43,18:0.30:61
chr6	147635318	rs5880705	T	TAC	468.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.464;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FS=0.908;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.68;MQRankSum=0.876;QD=4.30;ReadPosRankSum=-0.178;SOR=0.904;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:81,28:0.26:109
chr6	147635385	rs1039083	C	G	2395.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.840;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FS=1.200;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.61;ReadPosRankSum=1.000;SOR=0.805;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:107,69:0.39:176
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chr6	147635547	rs1039085	C	T	263.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.847;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.316;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=11;PP=183;ReadPosRankSum=-1.518;SC=TGTTAACTTACTGGACAGGTA;SOR=1.721;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=26;TCF=3;TCR=23;TR=11;WE=147635555;WS=147635537;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,12:0.41:29
chr6	147674450	rs55873689	A	G	656.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.357;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=8;PP=293;ReadPosRankSum=0.678;SC=AATGTCTTTTATTTTTCAGCA;SOR=0.683;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=36;TCF=21;TCR=15;TR=19;WE=147674458;WS=147674440;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,33:0.52:64
chr6	147680359	rs9390459	A	G	10566.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=401;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=135;NR=125;PP=2965;SC=CCCCTTGTCTATGGGTTGGAA;SOR=0.734;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=260;TCF=135;TCR=125;TR=260;WE=147680367;WS=147680349;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,398:1.00:398
chr6	148051210	rs34624038	C	CA	263.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.199;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.28;MQRankSum=1.291;QD=4.63;ReadPosRankSum=-0.150;SOR=0.802;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,27:0.47:57
chr6	148058643	.	C	T	721.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-1.082;ClippingRankSum=0.000;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.010;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=16;PP=375;ReadPosRankSum=-0.264;SC=TGTATGATGGCACATCCAAAT;SOR=0.432;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=57;TCF=21;TCR=36;TR=27;WE=148058651;WS=148058633;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,35:0.49:72
chr6	148701197	rs4897000	A	G	1060.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-0.985;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=27;PP=588;ReadPosRankSum=0.745;SC=ACCAAGAAACAGTTGCTTCAA;SOR=0.724;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=96;TCF=36;TCR=60;TR=43;WE=148701205;WS=148701187;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,55:0.44:126
chr6	148710092	.	TA	T	318.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.329;ClippingRankSum=0.000;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.13;ReadPosRankSum=1.007;SOR=0.622;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,33:0.63:52
chr6	148789478	rs17714869	T	C	656.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-2.313;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.702;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=7;PP=476;ReadPosRankSum=-0.418;SC=CGAGTGAGTCTTTAATAAATG;SOR=0.249;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=53;TCF=42;TCR=11;TR=28;WE=148789486;WS=148789468;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,29:0.53:55
chr6	148795472	rs2294777	T	C	2030.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.600;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.087;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=38;PP=1060;ReadPosRankSum=1.481;SC=TCAGATAAAATATTTATTCTG;SOR=0.457;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=101;TCF=32;TCR=69;TR=59;WE=148795480;WS=148795462;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,90:0.60:150
chr6	148808624	rs2294778	G	C	561.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.363;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.02;ReadPosRankSum=-1.315;SOR=0.481;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,15:0.45:33
chr6	148808631	rs2294779	G	T	554.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.597;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=1.451;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.85;ReadPosRankSum=-1.493;SOR=0.333;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,16:0.46:35
chr6	148829952	rs1147863	G	C	3486.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=4.108;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=69.395;HP=5;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=47;PP=1396;ReadPosRankSum=0.542;SC=GAGTGGGGAGGGGGGTGGGAG;SOR=0.007;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=172;TCF=93;TCR=79;TR=101;WE=148829960;WS=148829942;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,153:0.79:193
chr6	148835436	rs145246370	CT	C	3198.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=30;PP=1412;SC=ACCTGATTAACTTTTTCCTTT;SOR=0.743;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=40;TCF=6;TCR=34;TR=36;WE=148835444;WS=148835426;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr6	148848919	rs2110198	C	T	1604.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=7;NR=38;PP=1089;SC=CTTTGGGCTGCTCAGCACCGT;SOR=2.876;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=45;TCF=7;TCR=38;TR=45;WE=148848927;WS=148848909;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr6	148853867	rs1465307	T	C	2069.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.514;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.703;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=27;PP=1121;ReadPosRankSum=-0.612;SC=ATACCTTCAATACCTTTCTGC;SOR=0.495;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=131;TCF=89;TCR=42;TR=76;WE=148853875;WS=148853857;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,102:0.55:184
chr6	148854870	rs41288415	G	C	206.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.132;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.804;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=2;PP=203;ReadPosRankSum=0.720;SC=TTCATGGAATGTACCTAATGG;SOR=1.179;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=17;TCF=14;TCR=3;TR=10;WE=148854878;WS=148854860;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,10:0.43:23
chr6	148854984	rs2294787	G	A	1282.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=2.256;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=9;PP=671;ReadPosRankSum=0.912;SC=AAGTCGGCACGTTCAAGTTCA;SOR=0.772;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=82;TCF=60;TCR=22;TR=39;WE=148854992;WS=148854974;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,58:0.50:116
chr6	148865257	rs208696	A	G	4161.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.901;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=472;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=75;PP=2212;ReadPosRankSum=-1.295;SC=CCCCTGGAGCAAGACTCTGCT;SOR=0.720;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=319;TCF=151;TCR=168;TR=141;WE=148865265;WS=148865247;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:255,206:0.45:461
chr6	148869370	rs17643290	G	A	1179.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.245;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.530;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=13;PP=615;ReadPosRankSum=1.135;SC=TTAGACATACGCGAAGTAGTC;SOR=0.523;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=86;TCF=63;TCR=23;TR=40;WE=148869378;WS=148869360;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,57:0.46:125
chr6	149275131	rs10080254	T	C	1637.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.370;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=34;PP=770;ReadPosRankSum=-1.894;SC=TTTCTTCTAATGAACAGTTAC;SOR=0.668;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=107;TCF=44;TCR=63;TR=58;WE=149275139;WS=149275121;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,82:0.53:156
chr6	149539773	rs2272901	G	A	4025.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=76;NR=28;PP=2165;SC=GAAGACTAATGCTCAGTGAGG;SOR=1.609;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=105;TCF=76;TCR=29;TR=104;WE=149539781;WS=149539763;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,148:1.00:148
chr6	149691291	rs35974009	AT	A	3311.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=58;PP=2369;SC=TTTTTTAAACATTGGAAGAAA;SOR=2.277;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=60;TCF=1;TCR=59;TR=59;WE=149691299;WS=149691281;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr6	149700491	rs3734296	G	A	10558.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.803;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=405;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=150;NR=140;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.995;SC=CACCAGGGGTGGTGTCCCCTA;SOR=0.756;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=294;TCF=153;TCR=141;TR=290;WE=149700499;WS=149700481;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,392:0.99:394
chr6	149700805	rs2031450	G	A	1542.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=10;NR=40;PP=1136;SC=AGTATTATATGTATATACATT;SOR=2.628;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=50;TCF=10;TCR=40;TR=50;WE=149700813;WS=149700795;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr6	149718577	rs375953182	CA	C	97.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.217;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=2.366;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.76;ReadPosRankSum=0.223;SOR=0.242;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,12:0.46:26
chr6	149718650	rs237028	C	T	3106.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=62;NR=26;PP=1883;SC=TTTGGGATTTCTGACAAATTC;SOR=1.392;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=89;TCF=63;TCR=26;TR=88;WE=149718658;WS=149718640;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr6	149719400	rs628488	G	A	444.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=13;PP=327;SC=ATAGAAGATAGTAAAAATAAG;SOR=4.047;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=0;TCR=13;TR=13;WE=149719408;WS=149719390;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr6	149721690	rs237025	G	A	14970.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=568;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=165;NR=159;PP=2965;SC=GGGATTGTCAGTGAAGCAGAT;SOR=0.718;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=325;TCF=165;TCR=160;TR=324;WE=149721698;WS=149721680;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,563:1.00:563
chr6	149730846	rs652921	G	A	8627.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=337;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=97;NR=129;PP=2965;SC=AGATGCCAAGGCATTTCTGAG;SOR=0.921;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=226;TCF=97;TCR=129;TR=226;WE=149730854;WS=149730836;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,328:1.00:328
chr6	149772190	rs112722576	G	A	1416.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=16;NR=21;PP=765;SC=CCGGGCGGAGGCGGGAGGTCG;SOR=0.808;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=16;TCR=21;TR=37;WE=149772198;WS=149772180;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr6	149772645	rs415434	A	G	5643.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=70;NR=84;PP=2965;SC=AGAGGGCGCGACGTGAGGCCC;SOR=0.878;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=154;TCF=70;TCR=84;TR=154;WE=149772653;WS=149772635;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,210:1.00:210
chr6	149773721	rs1001242	C	G	1666.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.269;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=9;PP=1156;ReadPosRankSum=1.050;SC=AGGCCCTGAACAGGGCCTGCG;SOR=1.244;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=50;TCF=41;TCR=9;TR=49;WE=149773729;WS=149773711;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,56:0.98:57
chr6	149795692	rs556775	G	A	6488.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.396;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=249;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=70;NR=105;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.041;SC=TGTGCCCAGCGGCCACTGGCG;SOR=0.369;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=177;TCF=70;TCR=107;TR=175;WE=149795700;WS=149795682;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,241:1.00:242
chr6	149842148	rs373268154	CA	C	109.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.399;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=1.237;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.24;ReadPosRankSum=1.641;SOR=0.460;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,17:0.35:49
chr6	149846306	rs17710991	G	C	629.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.017;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FS=0.819;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.08;ReadPosRankSum=-0.556;SOR=0.545;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:54,35:0.39:89
chr6	149846372	.	TA	T	87.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.947;ClippingRankSum=0.000;DP=76;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.39;ReadPosRankSum=-0.681;SOR=0.699;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:45,18:0.29:63
chr6	149855742	rs761617	C	T	196.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=0;PP=157;SC=TTAACTTTAACAGATGAAAAA;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=7;TCR=0;TR=7;WE=149855750;WS=149855732;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr6	149887444	rs62439782	T	C	81.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.61;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=0;NR=4;PP=232;SC=CCCCTCCCCGTCTCTCCCCGC;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=0;TCR=4;TR=4;WE=149887452;WS=149887434;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr6	149893214	rs140440002	A	AAAAT	392.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=0;PP=231;SC=AGACTCTCAAAAAATAAATAA;SOR=3.056;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=8;TCR=1;TR=5;WE=149893222;WS=149893207;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr6	149953835	rs9322202	A	G	3496.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=50;NR=32;PP=1679;SC=CCTCCTCCTAAATATAATCAA;SOR=1.110;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=84;TCF=52;TCR=32;TR=82;WE=149953843;WS=149953825;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,129:1.00:129
chr6	149953981	rs9800580	C	T	4017.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=42;NR=57;PP=1951;SC=GAGTGCTGTCCAGTTTAAAGC;SOR=0.941;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=99;TCF=42;TCR=57;TR=99;WE=149953989;WS=149953971;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,151:1.00:151
chr6	149983216	rs3924871	G	A	8546.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=328;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=102;NR=110;PP=2965;SC=CACTGGAGAAGTCAATTGTTT;SOR=0.750;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=212;TCF=102;TCR=110;TR=212;WE=149983224;WS=149983206;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,323:1.00:323
chr6	149997657	rs62439843	T	C	1710.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=26;NR=21;PP=1043;SC=GGTCTAAAGGTCTACTGAGAA;SOR=0.793;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=48;TCF=27;TCR=21;TR=47;WE=149997665;WS=149997647;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr6	150004779	rs3798761	A	G	13041.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.975;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=522;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=155;NR=166;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.140;SC=CTGTTGTAGCAGAAGGCTGAG;SOR=0.750;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=324;TCF=156;TCR=168;TR=321;WE=150004787;WS=150004769;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,504:0.99:508
chr6	150023348	rs4870509	C	G	2319.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=12;NR=54;PP=1608;SC=TGAAAATGATCCTTCAAGGAA;SOR=2.925;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=66;TCF=12;TCR=54;TR=66;WE=150023356;WS=150023338;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr6	150039148	rs12174349	G	A	5608.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=50;NR=80;PP=2459;SC=CAGGGGTCGTGAGGACCTGGC;SOR=1.064;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=131;TCF=50;TCR=81;TR=130;WE=150039156;WS=150039138;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,212:1.00:212
chr6	150052698	.	T	TA	335.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.746;ClippingRankSum=0.000;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=1.853;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.23;MQRankSum=0.786;QD=8.61;ReadPosRankSum=0.180;SOR=1.371;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,26:0.67:39
chr6	150064733	rs34447002	CA	C	438.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.461;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=14;HapScore=3;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=7;PP=219;ReadPosRankSum=-0.495;SC=AACTCCATTTCAAAAAAAAAA;SOR=1.061;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=29;TCF=16;TCR=13;TR=22;WE=150064742;WS=150064723;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,32:0.82:39
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chr6	150064977	rs1572229	T	A	1182.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=2;NR=16;PP=469;SC=CCATGAGTGCTAAGGAAATAA;SOR=2.215;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=18;TCF=2;TCR=16;TR=18;WE=150064985;WS=150064958;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
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chr6	150184882	rs9322225	G	C	1325.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=3.025;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.199;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=14;PP=564;ReadPosRankSum=-0.055;SC=GCCGCTGCCCGGGCCCGGGCA;SOR=1.273;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=70;TCF=41;TCR=29;TR=40;WE=150184890;WS=150184872;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,61:0.53:116
chr6	150209196	rs9968871	G	A	3120.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.283;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=20.13;ReadPosRankSum=-0.347;SOR=0.680;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:73,82:0.53:155
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chr6	150209849	rs5880858	TA	T	261.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.209;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=1.585;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.03;ReadPosRankSum=-0.270;SOR=1.140;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,18:0.62:29
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chr6	150210685	rs9383921	C	T	6570.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.775;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=372;ExcessHet=3.0103;FS=2.256;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.30;ReadPosRankSum=-0.553;SOR=0.819;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:185,174:0.48:359
chr6	150210723	rs6925151	C	T	2317.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=3.168;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=257;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=56;PP=1295;ReadPosRankSum=-0.328;SC=TTCTGCTTCACGTTGACAAAA;SOR=0.694;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=183;TCF=61;TCR=122;TR=84;WE=150210731;WS=150210713;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:140,110:0.44:250
chr6	150210802	rs6933882	A	G	1441.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.503;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.150;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=28;PP=652;ReadPosRankSum=0.460;SC=CTCTTTGAGAAGTCCATCATC;SOR=0.493;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=94;TCF=29;TCR=65;TR=43;WE=150210810;WS=150210792;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,70:0.47:148
chr6	150210994	rs6939761	T	C	1143.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.309;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FS=2.005;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.66;ReadPosRankSum=-1.275;SOR=0.449;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:48,30:0.38:78
chr6	150210999	rs3823021	G	C	1161.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.328;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FS=1.845;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.83;ReadPosRankSum=-1.517;SOR=0.501;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:50,34:0.40:84
chr6	150211100	rs3798763	T	C	1314.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.842;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.612;HP=2;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=18;PP=619;ReadPosRankSum=0.260;SC=TTTGGGTCAATTCTCCCCAAG;SOR=0.794;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=94;TCF=51;TCR=43;TR=42;WE=150211108;WS=150211090;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,67:0.46:147
chr6	150211123	rs2151910	A	T	1346.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=2.040;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.284;HP=2;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=18;PP=702;ReadPosRankSum=0.180;SC=CTGGTGGCATATACCTTCTTC;SOR=0.833;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=99;TCF=54;TCR=45;TR=43;WE=150211131;WS=150211113;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,66:0.43:152
chr6	150263186	rs4343924	A	C	22445.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=2.320;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=838;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=262;NR=243;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.754;SC=CAAGTCTCTCATCCCTAGCGC;SOR=0.243;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=507;TCF=263;TCR=244;TR=505;WE=150263194;WS=150263176;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,836:1.00:837
chr6	150267527	rs2282235	A	C	17824.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=672;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=278;NR=201;PP=2965;SC=CCCTGCAGGCAAGGATGTCTT;SOR=1.087;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=480;TCF=278;TCR=202;TR=479;WE=150267535;WS=150267517;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,661:1.00:661
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chr6	150285128	rs62441827	G	C	3053.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-2.124;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=251;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.475;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=69;NR=38;PP=1526;ReadPosRankSum=0.342;SC=AAACAGCCGTGGTGTGAGCCT;SOR=0.752;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=185;TCF=118;TCR=67;TR=107;WE=150285136;WS=150285118;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:109,141:0.56:250
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chr6	150569793	rs62441162	C	G	181.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=0.403;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.274;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=1;PP=97;ReadPosRankSum=1.359;SC=CTAAGGTTAACTGCAGTTGAC;SOR=0.084;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=16;TCF=15;TCR=1;TR=7;WE=150569801;WS=150569783;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,9:0.53:17
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chr6	151121760	rs2073062	T	C	400.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.751;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=5.996;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.57;ReadPosRankSum=-0.857;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,23:0.38:61
chr6	151121915	rs2073061	G	A	2156.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-2.129;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=273;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.087;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=31;PP=745;ReadPosRankSum=-0.677;SC=TCTTCAGGGAGCGTCAGGAAA;SOR=0.553;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=151;TCF=70;TCR=81;TR=64;WE=151121923;WS=151121905;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:149,120:0.45:269
chr6	151125723	rs35118684	AC	A	463.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.345;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FS=1.523;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.83;ReadPosRankSum=-0.528;SOR=0.539;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:78,43:0.36:121
chr6	151125896	rs712218	G	A	1038.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.983;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.819;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=24;PP=654;ReadPosRankSum=-0.209;SC=GCGAGGTGTCGGTGCCCGGCA;SOR=0.445;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=76;TCF=26;TCR=50;TR=39;WE=151125904;WS=151125886;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,47:0.51:92
chr6	151130691	rs712216	G	C	465.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-3.484;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=7;PP=415;ReadPosRankSum=2.206;SC=CTTTTTGAGAGCGTTCTGGCC;SOR=0.919;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=37;TCF=22;TCR=15;TR=19;WE=151130699;WS=151130684;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,18:0.50:36
chr6	151130920	rs712215	A	G	819.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.179;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FS=4.121;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.36;ReadPosRankSum=-1.169;SOR=0.419;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:103,50:0.33:153
chr6	151152257	rs926624	A	G	2899.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.460;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=271;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.665;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=34;PP=1241;ReadPosRankSum=-0.829;SC=AGGACTTAAAACTAATGGTTG;SOR=0.864;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=166;TCF=89;TCR=77;TR=79;WE=151152265;WS=151152247;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:130,137:0.51:267
chr6	151152656	rs803411	T	C	4865.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.265;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=434;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.199;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=74;NR=75;PP=2521;ReadPosRankSum=-1.361;SC=ATCAGGCCACTCCCGATCATG;SOR=0.512;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=292;TCF=156;TCR=136;TR=149;WE=151152664;WS=151152646;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:204,227:0.53:431
chr6	151186857	.	C	CCCG	1927.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=-0.758;ClippingRankSum=0.000;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.105;NF=8;NR=10;PP=656;ReadPosRankSum=-0.183;SC=CCAGGTCCTTCCCGCCGCCGC;SOR=0.763;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=46;TCF=20;TCR=26;TR=18;WE=151186865;WS=151186847;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,50:0.46:109
chr6	151187349	rs9397361	C	G	1208.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.078;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.717;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=16;PP=610;ReadPosRankSum=0.210;SC=CGGGCTTGGGCACTGCGGCCG;SOR=0.781;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=76;TCF=43;TCR=33;TR=38;WE=151187357;WS=151187339;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,57:0.53:107
chr6	151197152	rs2073067	C	G	890.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=2.317;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.101;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=14;PP=629;ReadPosRankSum=0.850;SC=GGAACTTTCACAGAAAATGTG;SOR=0.925;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=60;TCF=31;TCR=29;TR=36;WE=151197160;WS=151197142;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,41:0.48:85
chr6	151198895	rs2073064	T	C	2566.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.269;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=265;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.716;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=39;PP=967;ReadPosRankSum=-1.735;SC=AATAACCTTGTGTTCCTTTTT;SOR=0.571;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=154;TCF=83;TCR=71;TR=78;WE=151198903;WS=151198885;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:130,129:0.50:259
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chr6	151258110	rs2073189	G	T	1483.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-4.487;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.540;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=18;PP=320;ReadPosRankSum=-0.468;SC=ACTTTTCAGGGCAAAGTTGGG;SOR=0.325;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=60;TCF=10;TCR=50;TR=22;WE=151258118;WS=151258100;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,44:0.47:94
chr6	151258127	rs742830	G	A	1235.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.891;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.094;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=15;PP=256;ReadPosRankSum=1.284;SC=TGGGGGGAGAGAATTGTAAAA;SOR=0.289;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=53;TCF=8;TCR=45;TR=18;WE=151258135;WS=151258117;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,34:0.42:81
chr6	151260090	rs3734417	C	G	251.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-1.507;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=9;PP=160;ReadPosRankSum=0.000;SC=TTTGTACGTGCTACTTGGCGT;SOR=0.821;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=20;TCF=2;TCR=18;TR=11;WE=151260098;WS=151260080;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,12:0.44:27
chr6	151266504	rs803445	C	T	1039.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=26;NR=4;PP=716;SC=CTAAATAGTTCGGTTATAAAT;SOR=2.899;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=26;TCR=4;TR=30;WE=151266512;WS=151266494;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr6	151266717	rs803444	G	A	1018.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-1.701;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.680;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=21;PP=444;ReadPosRankSum=1.657;SC=AGAAAATATCGTAGAAACGCA;SOR=0.307;SbPval=0.26;Source=Platypus;TC=59;TCF=20;TCR=39;TR=36;WE=151266725;WS=151266707;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,49:0.62:79
chr6	151270369	rs803471	G	A	1089.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.639;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.694;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=26;PP=644;ReadPosRankSum=1.345;SC=ATCCTGTCCAGTGATCTTCCC;SOR=0.520;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=75;TCF=27;TCR=48;TR=43;WE=151270377;WS=151270359;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,51:0.54:95
chr6	151281567	rs1771798	T	C	1345.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.643;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=23;PP=593;ReadPosRankSum=1.011;SC=TGTTTCCAACTCGGAAGCTTC;SOR=0.661;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=97;TCF=43;TCR=54;TR=43;WE=151281575;WS=151281557;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,69:0.47:148
chr6	151281707	rs1771796	A	G	166.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.579;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=7;PP=124;ReadPosRankSum=1.021;SC=ATGTTTGCCTAACTGCTTCCT;SOR=0.495;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=0;TCR=16;TR=7;WE=151281715;WS=151281697;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,7:0.44:16
chr6	151286224	rs1627462	A	C	3877.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.125;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=341;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.292;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=71;PP=2026;ReadPosRankSum=0.227;SC=GGATTGCCACACAATGTGAAC;SOR=0.617;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=236;TCF=100;TCR=136;TR=126;WE=151286232;WS=151286214;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:157,181:0.54:338
chr6	151362895	rs140096864	CTTG	C	8682.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=15;NR=64;PP=2969;SC=GAAAGCCCCTCTTGTTGTGTC;SOR=0.870;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=83;TCF=15;TCR=68;TR=79;WE=151362905;WS=151362885;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,194:1.00:194
chr6	151362942	rs1983750	T	C	3433.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=31;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=35;NR=57;PP=1877;SC=CTGGCTCTAGTTGGAGAATCC;SOR=1.135;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=93;TCF=35;TCR=58;TR=92;WE=151362950;WS=151362932;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chr6	151626774	rs9397388	T	G	851.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.154;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=6;PP=482;ReadPosRankSum=0.973;SC=AACTTCCTTTTCTCTGTATTT;SOR=0.659;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=59;TCF=46;TCR=13;TR=28;WE=151626782;WS=151626764;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,39:0.49:79
chr6	151627034	rs2294792	A	G	1278.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.588;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.808;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=25;PP=560;ReadPosRankSum=1.010;SC=TCATTGTCACAGAGGGTAAGC;SOR=0.410;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=113;TCF=42;TCR=71;TR=44;WE=151627042;WS=151627024;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:96,67:0.41:163
chr6	151627096	rs2294793	C	T	568.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.965;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.165;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=14;PP=264;ReadPosRankSum=-0.526;SC=ACTTTGGACTCAGCAGAAAAT;SOR=0.418;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=50;TCF=17;TCR=33;TR=23;WE=151627104;WS=151627086;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,29:0.45:65
chr6	151665302	rs6941075	T	A	95.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-2.369;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=3;PP=28;ReadPosRankSum=-1.345;SC=TGGGTTTTTCTTGAAATCTTC;SOR=0.330;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=3;WE=151665310;WS=151665292;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,5:0.62:8
chr6	151669875	rs10872670	A	G	1491.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-1.012;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.644;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=30;PP=1298;ReadPosRankSum=-0.676;SC=AGATGTGAGCAAAAGAGACTC;SOR=0.600;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=91;TCF=36;TCR=55;TR=50;WE=151669883;WS=151669865;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,71:0.53:133
chr6	151670172	rs3734799	A	C	2919.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.103;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=288;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=56;PP=1749;ReadPosRankSum=-0.199;SC=TGGCGACCACAAGGACCCCAG;SOR=0.666;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=204;TCF=99;TCR=105;TR=110;WE=151670180;WS=151670162;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:144,140:0.49:284
chr6	151670897	rs900654	T	C	2108.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.424;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=246;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQ=60.04;MQRankSum=-0.907;NF=33;NR=36;PP=854;ReadPosRankSum=0.590;SC=CTCAGGAAGCTGAACCTGCCA;SOR=0.717;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=144;TCF=68;TCR=76;TR=69;WE=151670905;WS=151670887;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:130,109:0.46:239
chr6	151674116	rs3842128	T	TGAG	10980.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.451;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=538;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=75;PP=2921;ReadPosRankSum=-1.114;SC=GTGTAGCAATTGAGGATTTAG;SOR=0.663;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=248;TCF=81;TCR=167;TR=106;WE=151674124;WS=151674106;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:247,274:0.53:521
chr6	151674326	rs3823310	A	C	3637.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=4.041;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=314;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=85;PP=2302;ReadPosRankSum=0.914;SC=AAGGAGAGGAACCTCAGGCCT;SOR=0.681;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=243;TCF=80;TCR=163;TR=126;WE=151674334;WS=151674316;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:151,158:0.51:309
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chr6	151726300	rs1065310	G	C	712.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=1.286;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.365;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=9;PP=395;ReadPosRankSum=-1.369;SC=GCACCGCGCCGGGCCGAACAT;SOR=1.445;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=62;TCF=38;TCR=24;TR=29;WE=151726308;WS=151726290;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,34:0.49:70
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chr6	151743629	rs6912830	A	C	444.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=2.549;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.935;HP=6;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=2;PP=202;ReadPosRankSum=0.861;SC=CATATTTTTTACATATAAAAA;SOR=1.708;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=27;TCF=21;TCR=6;TR=14;WE=151743637;WS=151743619;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,20:0.45:44
chr6	151754273	rs6904364	T	C	7873.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.791;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=719;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.100;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=125;NR=103;PP=2962;ReadPosRankSum=1.639;SC=CCTAATGGGGTTTCTTTCCTG;SOR=0.789;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=427;TCF=226;TCR=201;TR=228;WE=151754281;WS=151754263;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:325,381:0.54:706
chr6	151766397	rs73783025	G	A	2752.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=2.022;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=267;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.952;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=23;PP=1554;ReadPosRankSum=-1.801;SC=GGTTTAGCATGAGCAATGATC;SOR=1.196;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=171;TCF=115;TCR=56;TR=87;WE=151766405;WS=151766387;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:137,127:0.48:264
chr6	151773504	rs13201167	T	C	1641.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-2.987;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.331;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=21;PP=1133;ReadPosRankSum=0.429;SC=AGATTGGGTCTTCTGGCGAGC;SOR=0.515;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=116;TCF=81;TCR=35;TR=66;WE=151773512;WS=151773494;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,74:0.56:133
chr6	151773831	rs111270458	C	T	492.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=6.037;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.892;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=19;PP=385;ReadPosRankSum=0.514;SC=GTTCGAGTCCCGCCGCCGGGC;SOR=2.215;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=43;TCF=5;TCR=38;TR=20;WE=151773839;WS=151773821;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,20:0.44:45
chr6	151785551	rs17081270	A	G	551.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.162;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=5;PP=318;ReadPosRankSum=0.228;SC=CAAATGTACAAACTAAAATGT;SOR=0.844;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=44;TCF=32;TCR=12;TR=20;WE=151785559;WS=151785541;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,26:0.45:58
chr6	151857370	rs1532401	T	C	4191.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=85;NR=40;PP=2663;SC=TGCTTCTGCCTTTAATCTGGC;SOR=1.563;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=129;TCF=88;TCR=41;TR=125;WE=151857378;WS=151857360;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,151:1.00:151
chr6	151857594	rs6931664	A	G	7227.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=273;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=50;NR=108;PP=2965;SC=AAGATAATGCATTTCCAGCAC;SOR=1.303;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=159;TCF=51;TCR=108;TR=158;WE=151857602;WS=151857584;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,267:1.00:267
chr6	151859314	rs4870034	A	G	9967.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.974;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=381;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=117;NR=144;PP=2965;ReadPosRankSum=2.229;SC=GAGTTCAGGAACTAGAAGAAG;SOR=0.467;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=267;TCF=119;TCR=148;TR=261;WE=151859322;WS=151859304;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,369:0.99:372
chr6	151869725	rs3842129	A	AT	1168.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;NF=1;NR=35;PP=465;SC=ACTGATTACGATTTTTTTTAT;SOR=2.356;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=42;TCF=1;TCR=41;TR=36;WE=151869733;WS=151869715;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr6	151894278	rs4242277	G	T	1705.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=32;NR=16;PP=901;SC=ACTTCTAATGGTATTGTCTTC;SOR=1.341;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=48;TCF=32;TCR=16;TR=48;WE=151894286;WS=151894268;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr6	151894505	rs953767	T	C	5427.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=64;NR=54;PP=2493;SC=AGCCAGTACTTCTCATTTAGG;SOR=0.754;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=118;TCF=64;TCR=54;TR=118;WE=151894513;WS=151894495;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,202:1.00:202
chr6	151936677	rs6929137	G	A	2658.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.961;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=297;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.421;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=38;PP=1094;ReadPosRankSum=-0.294;SC=GCTCATGTCTGTCAAGTCAGA;SOR=0.663;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=178;TCF=95;TCR=83;TR=80;WE=151936685;WS=151936667;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:157,138:0.47:295
chr6	151939181	rs3734804	G	A	6493.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.552;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=252;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.099;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=78;NR=71;PP=2725;ReadPosRankSum=-0.471;SC=TGAAAGATTGGTCCATTCACA;SOR=0.301;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=150;TCF=78;TCR=72;TR=149;WE=151939189;WS=151939171;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,246:1.00:247
chr6	152129077	rs2077647	T	C	8843.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-1.960;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=908;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=128;NR=116;PP=2962;ReadPosRankSum=1.492;SC=CCAAAGCATCTGGGATGGCCC;SOR=0.657;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=536;TCF=282;TCR=254;TR=244;WE=152129085;WS=152129067;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:458,443:0.49:901
chr6	152201875	rs4986934	T	C	4827.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.689;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=73;PP=2433;ReadPosRankSum=1.542;SC=GCCGGCTCCGTAAATGCTACG;SOR=0.974;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=128;TCF=53;TCR=75;TR=125;WE=152201883;WS=152201865;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,183:0.99:185
chr6	152265282	rs55740371	A	AT	4578.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-2.120;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.727;HP=9;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQ=60.26;MQRankSum=0.415;NF=39;NR=48;PP=1279;ReadPosRankSum=2.129;SC=AAATAAACTAATTTTTTTTTC;SOR=0.291;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=106;TCF=54;TCR=52;TR=87;WE=152265290;WS=152265272;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:6,202:0.97:208
chr6	152265522	rs1801132	G	C	9811.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=369;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=100;NR=134;PP=2965;SC=CTGAGCCCCCGATACTCTATT;SOR=0.915;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=235;TCF=101;TCR=134;TR=234;WE=152265530;WS=152265512;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,356:1.00:356
chr6	152446316	rs2813561	C	T	3852.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.200;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FS=1.642;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.20;ReadPosRankSum=-1.546;SOR=0.809;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:124,100:0.45:224
chr6	152446320	rs2813562	C	T	3922.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.811;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=241;ExcessHet=3.0103;FS=0.482;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.48;ReadPosRankSum=-1.220;SOR=0.760;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:131,107:0.45:238
chr6	152446487	rs2813563	C	T	3203.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-2.443;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=287;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.439;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=56;PP=1567;ReadPosRankSum=0.208;SC=TGTCTAAAGCCTCTGGTCATA;SOR=0.648;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=176;TCF=83;TCR=93;TR=108;WE=152446495;WS=152446477;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:122,156:0.56:278
chr6	152461048	rs147380321	CTGTT	C	1030.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-1.228;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.226;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=6;PP=1346;ReadPosRankSum=0.878;SC=CGGTGGCTCTCTGTTTGTCCG;SOR=0.199;SbPval=0.1;Source=Platypus;TC=48;TCF=40;TCR=8;TR=19;WE=152461069;WS=152461040;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,26:0.43:61
chr6	152461061	rs3818110	G	A	1058.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=0.033;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.616;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=8;PP=1343;ReadPosRankSum=0.195;SC=TTTGTCCGCCGTGGGAAAGGC;SOR=0.230;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=63;TCF=49;TCR=14;TR=29;WE=152461069;WS=152461040;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,32:0.42:76
chr6	152489037	rs997389	TT	GC	10809.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.929;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=589;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;JOINED;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=101;NR=85;PP=2944;ReadPosRankSum=-0.220;SC=ATTAACCTTTTTGTCCAGCTC;SOR=0.683;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=403;TCF=220;TCR=183;TR=186;WE=152489046;WS=152489027;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:288,280:0.49:568
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chr6	152534946	rs684807	TT	AA	2365.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=40;PP=2341;SC=TTATTCTTACTTCTCTAGCAT;SOR=3.098;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=48;TCF=7;TCR=41;TR=46;WE=152534955;WS=152534936;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr6	152539572	rs35809482	TA	T	436.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.264;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FS=2.871;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.41;ReadPosRankSum=-0.452;SOR=1.078;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:60,39:0.39:99
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chr6	152546740	rs1998620	G	A	61.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-2.708;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=0;PP=30;ReadPosRankSum=0.778;SC=AAAAGTACAAGGAGATAATGT;SOR=0.602;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=15;TCR=1;TR=4;WE=152546748;WS=152546730;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,4:0.27:15
chr6	152552375	rs2274142	G	A	337.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.990;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.814;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=2;PP=228;ReadPosRankSum=0.478;SC=CAGGTTAAAGGAAGTTTAGGG;SOR=1.329;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=29;TCF=24;TCR=5;TR=14;WE=152552383;WS=152552365;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,15:0.47:32
chr6	152555112	rs2296254	C	T	1897.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.023;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=37;PP=834;ReadPosRankSum=1.794;SC=AAACAAGTAGCGATGTTCAAA;SOR=0.669;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=122;TCF=49;TCR=73;TR=63;WE=152555120;WS=152555102;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:93,94:0.50:187
chr6	152558111	rs36215566	T	TA	591.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.668;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.681;HP=7;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=14;PP=330;ReadPosRankSum=-1.256;SC=GTCTGTGAGCTAAAAAAACCC;SOR=1.514;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=34;TCF=3;TCR=31;TR=14;WE=152558119;WS=152558101;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,31:0.53:58
chr6	152560916	rs9479275	G	A	542.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.055;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.396;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=8;PP=265;ReadPosRankSum=-1.413;SC=GTTTAGGGCCGGGTGCGGTGG;SOR=0.162;SbPval=0.2;Source=Platypus;TC=31;TCF=11;TCR=20;TR=16;WE=152560924;WS=152560906;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,25:0.52:48
chr6	152565897	rs3888239	T	C	608.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=3.785;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.230;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=20;PP=444;ReadPosRankSum=1.065;SC=ATGTAAAACATTCTCAATATA;SOR=1.645;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=56;TCF=13;TCR=43;TR=23;WE=152565905;WS=152565887;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,26:0.41:63
chr6	152570415	rs6557210	G	A	2699.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=2.278;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=304;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.901;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=54;PP=1469;ReadPosRankSum=-0.131;SC=GGAAAGCAACGGGAAAACTCA;SOR=0.769;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=183;TCF=70;TCR=113;TR=87;WE=152570423;WS=152570405;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:162,131:0.45:293
chr6	152615042	rs73007780	G	T	769.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=2.680;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=8;PP=411;ReadPosRankSum=-0.919;SC=TAAGACAATCGCTAAGGTTAC;SOR=0.651;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=52;TCF=35;TCR=17;TR=25;WE=152615050;WS=152615032;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,35:0.49:71
chr6	152629586	rs9371581	G	A	2121.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.241;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FS=1.736;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.50;ReadPosRankSum=-0.241;SOR=0.570;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:99,103:0.51:202
chr6	152629617	rs9383985	C	T	2616.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.824;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.010;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=38;PP=1301;ReadPosRankSum=-0.271;SC=GCCTACATTCCTCTCACCTCA;SOR=0.624;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=155;TCF=88;TCR=67;TR=85;WE=152629625;WS=152629607;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:110,121:0.52:231
chr6	152629772	rs55633181	GA	G	234.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.530;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=2.790;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.16;MQRankSum=1.292;QD=4.19;ReadPosRankSum=-0.506;SOR=1.314;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,23:0.41:56
chr6	152629815	rs4112833	C	T	1017.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=5;NR=32;PP=883;SC=TTTTTCTCTACCAATAACTAG;SOR=2.649;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=5;TCR=32;TR=37;WE=152629823;WS=152629805;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr6	152631256	rs11292345	CA	C	444.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.286;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=8.129;HP=13;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.482;NF=1;NR=18;PP=266;ReadPosRankSum=-0.668;SC=AAACATTTTGCAAAAAAAAAA;SOR=3.506;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=21;TCF=2;TCR=19;TR=19;WE=152631264;WS=152631246;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,25:0.96:26
chr6	152632033	rs1538	G	A	982.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-1.321;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.719;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=29;PP=668;ReadPosRankSum=-0.844;SC=CAATATTCATGACATTGACGG;SOR=0.294;SbPval=0.23;Source=Platypus;TC=79;TCF=15;TCR=64;TR=39;WE=152632041;WS=152632023;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,44:0.46:96
chr6	152638209	rs1890100	A	G	428.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=10;PP=301;SC=TGGACACAACAGTCTTAGGGG;SOR=1.911;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=3;TCR=10;TR=13;WE=152638217;WS=152638199;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr6	152647681	rs2306916	A	T	7853.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=300;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=86;NR=94;PP=2965;SC=AGCTGTAACAATTCTTGGGCA;SOR=0.748;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=181;TCF=87;TCR=94;TR=180;WE=152647689;WS=152647671;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,296:1.00:296
chr6	152652034	rs6911096	A	T	5747.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=78;NR=86;PP=2965;SC=TGAAGCTCAGAACTCTCATTC;SOR=0.850;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=164;TCF=78;TCR=86;TR=164;WE=152652042;WS=152652024;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,203:1.00:203
chr6	152653037	rs9478314	T	C	4031.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-2.003;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=76;PP=1799;ReadPosRankSum=1.505;SC=TGAAAATACATGGAAAGGTAT;SOR=0.573;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=111;TCF=34;TCR=77;TR=109;WE=152653045;WS=152653027;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,158:0.99:159
chr6	152658142	rs9479297	T	C	5397.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=61;NR=89;PP=2965;SC=CTGGACAAGCTTTTGTTCAAT;SOR=1.037;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=152;TCF=62;TCR=90;TR=150;WE=152658150;WS=152658132;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,193:1.00:193
chr6	152658191	rs9479298	T	C	3924.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=38;NR=73;PP=1878;SC=CAACCATACATGGAAACATTT;SOR=1.240;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=111;TCF=38;TCR=73;TR=111;WE=152658199;WS=152658181;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,152:1.00:152
chr6	152658216	rs9479299	A	G	2512.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=33;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=29;NR=51;PP=1480;SC=TTAATGAATCAGAGATGGAAC;SOR=1.240;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=80;TCF=29;TCR=51;TR=80;WE=152658224;WS=152658206;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr6	152660310	rs4870095	A	G	1026.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=28;NR=8;PP=645;SC=TCAATCTCACATGAAACATTC;SOR=1.845;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=38;TCF=29;TCR=9;TR=36;WE=152660318;WS=152660300;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr6	152665261	rs4645434	C	A	3148.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=49;NR=31;PP=1539;SC=GAGGACTTGGCTCTAAATCCG;SOR=1.022;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=80;TCF=49;TCR=31;TR=80;WE=152665269;WS=152665251;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr6	152665464	rs35003170	TC	T	889.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=23;PP=743;SC=AAATGGATTTTCCCCCCAAGA;SOR=2.093;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=25;TCF=1;TCR=24;TR=24;WE=152665472;WS=152665454;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr6	152671475	rs9478320	A	C	8645.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=2.340;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=326;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=80;NR=106;PP=2965;ReadPosRankSum=1.341;SC=ATGCTCCTGCAAAACCAGGTG;SOR=0.290;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=186;TCF=80;TCR=106;TR=186;WE=152671483;WS=152671465;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,322:1.00:323
chr6	152671553	rs9478321	A	G	4001.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=34;NR=60;PP=2103;SC=AACCCAGTGCAACTCACAGGG;SOR=1.155;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=94;TCF=34;TCR=60;TR=94;WE=152671561;WS=152671543;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,144:1.00:144
chr6	152671919	rs5880967	G	GA	5810.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.936;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=296;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.050;HP=12;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQ=60.04;MQRankSum=0.164;NF=6;NR=122;PP=1719;ReadPosRankSum=0.211;SC=GAATTACAAAGAAAAAAAAAT;SOR=1.404;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=149;TCF=8;TCR=141;TR=128;WE=152671934;WS=152671909;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,254:0.98:258
chr6	152671975	rs1387549	A	G	3225.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=1.913;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.189;NF=20;NR=80;PP=2247;ReadPosRankSum=-0.169;SC=ACATATTCCCATGGTATGCAA;SOR=1.280;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=101;TCF=20;TCR=81;TR=100;WE=152671983;WS=152671965;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,112:0.99:113
chr6	152673147	rs6908392	G	A	1059.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=24;NR=1;PP=664;SC=ATCTGTCAATGAGTAAACACA;SOR=3.026;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=25;TCF=24;TCR=1;TR=25;WE=152673155;WS=152673137;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr6	152673519	rs6932325	A	C	2102.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=13;NR=43;PP=1008;SC=GAGCAAAGGTAGTCTTGTTTC;SOR=1.725;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=59;TCF=13;TCR=46;TR=56;WE=152673527;WS=152673509;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr6	152673543	rs11370219	C	CT	250.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.028;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=1.854;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.95;ReadPosRankSum=1.154;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,17:0.61:28
chr6	152675854	rs9397102	A	G	16377.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=628;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=190;NR=173;PP=2965;SC=TGGTCCTGGGACTAACTTTCT;SOR=0.746;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=364;TCF=190;TCR=174;TR=363;WE=152675862;WS=152675844;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,620:1.00:620
chr6	152683183	rs7771657	G	T	784.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=18;NR=4;PP=481;SC=TATACTAAAAGCCCCAAACGT;SOR=2.468;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=22;TCF=18;TCR=4;TR=22;WE=152683191;WS=152683173;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr6	152683199	rs7771662	G	A	970.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=20;NR=5;PP=542;SC=AACGTAATTTGCTTATGTGCA;SOR=2.115;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=20;TCR=5;TR=25;WE=152683207;WS=152683189;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr6	152683413	rs4407724	G	T	3921.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=40;NR=55;PP=1801;SC=ACTGTCGAACGCCATCCTGAT;SOR=0.930;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=95;TCF=40;TCR=55;TR=95;WE=152683421;WS=152683403;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,148:1.00:148
chr6	152685864	.	G	GAA	208.90	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=67.58;QD=29.84;SOR=4.174;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr6	152685865	.	G	GGAAGGAAGGGAGGA	1691.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=67.23;QD=44.52;SOR=4.174;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr6	152688567	rs7775637	C	T	3345.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=20;NR=78;PP=2210;SC=CAGAGACAAACTGCAAAGCTA;SOR=2.428;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=98;TCF=20;TCR=78;TR=98;WE=152688575;WS=152688557;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr6	152690559	rs1873176	G	A	1490.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=38;NR=7;PP=1043;SC=GACAGAGGACGGACAAAGACT;SOR=2.970;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=45;TCF=38;TCR=7;TR=45;WE=152690567;WS=152690549;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr6	152694184	rs6913579	T	C	3990.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=62;NR=34;PP=2034;SC=CTAGAGCAGATTCTTTTTGGT;SOR=1.171;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=96;TCF=62;TCR=34;TR=96;WE=152694192;WS=152694174;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,150:1.00:150
chr6	152712302	rs9942542	C	T	668.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=19;NR=6;PP=525;SC=TTTGCCCACACAATCCTCATT;SOR=2.124;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=19;TCR=6;TR=25;WE=152712310;WS=152712292;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr6	152730090	rs369206657	CA	C	236.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.703;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FS=4.014;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.06;MQRankSum=2.366;QD=2.57;ReadPosRankSum=-0.887;SOR=0.317;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:58,34:0.37:92
chr6	152730568	rs117179453	T	C	210.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-0.939;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.392;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=7;NR=1;PP=175;ReadPosRankSum=-0.834;SC=GAAAAAAAGTTGAGCTCATTA;SOR=1.552;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=15;TCF=12;TCR=3;TR=8;WE=152730576;WS=152730558;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,9:0.53:17
chr6	152765726	rs111322292	GA	G	298.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.025;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=3.405;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.16;MQRankSum=1.070;QD=6.10;ReadPosRankSum=-1.252;SOR=1.574;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,24:0.49:49
chr6	152772411	rs3835245	C	CA	80.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.262;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=5.38;ReadPosRankSum=1.926;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,8:0.53:15
chr6	152786963	rs13211693	C	T	464.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-3.588;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.619;HP=1;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=1;PP=278;ReadPosRankSum=-0.029;SC=TTGTACAAAGCCAAGGGAACT;SOR=0.113;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=29;TCF=28;TCR=1;TR=16;WE=152786971;WS=152786955;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,20:0.62:32
chr6	152793412	rs4523096	C	A	4216.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=73;NR=38;PP=2057;SC=AAGAGACTTCCTTTAAATGCA;SOR=1.186;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=111;TCF=73;TCR=38;TR=111;WE=152793420;WS=152793402;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,161:1.00:161
chr6	152826627	rs13200897	C	T	80.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-0.319;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=3;PP=53;ReadPosRankSum=-0.135;SC=TTTTCACCAACGATATGCAGA;SOR=0.330;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=3;WE=152826635;WS=152826617;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,5:0.62:8
chr6	152847335	rs2141152	G	A	1550.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.121;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.025;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=39;PP=848;ReadPosRankSum=1.099;SC=AGGAATAAGTGCAGAAAATAT;SOR=0.900;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=109;TCF=29;TCR=80;TR=51;WE=152847343;WS=152847325;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:96,75:0.44:171
chr6	153075250	rs141762011	A	T	1328.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=3.724;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.747;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=12;PP=851;ReadPosRankSum=-0.994;SC=AACCATACACACTGTCTTCTG;SOR=0.961;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=76;TCF=54;TCR=22;TR=44;WE=153075258;WS=153075240;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,55:0.56:99
chr6	153296541	rs2073260	G	C	9559.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.696;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=361;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=115;NR=112;PP=2965;ReadPosRankSum=0.342;SC=GTTTCAAGTTGTACAATCCTA;SOR=0.710;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=227;TCF=115;TCR=112;TR=227;WE=153296549;WS=153296531;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,357:0.99:359
chr6	153311001	rs3860814	A	C	1490.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=41.02;QD=29.23;SOR=1.094;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr6	153315921	rs3799133	G	A	2156.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=18;NR=31;PP=919;SC=AAAAGGAGATGAACATGGAGA;SOR=1.085;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=49;TCF=18;TCR=31;TR=49;WE=153315929;WS=153315911;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr6	153323594	rs3818123	C	T	3577.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=36;NR=51;PP=1757;SC=CCGCAGCTCCCGCTCCTTCTC;SOR=0.978;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=87;TCF=36;TCR=51;TR=87;WE=153323602;WS=153323584;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,133:1.00:133
chr6	153323709	rs3818125	T	C	1072.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=23;PP=632;SC=CCGCCCCGGGTGAACAGCTCC;SOR=1.445;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=9;TCR=23;TR=32;WE=153323717;WS=153323699;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr6	153323896	rs3818127	T	C	856.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.20;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr6	153332926	rs34837755	AATAAT	A	1622.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.81;QD=42.70;SOR=1.493;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr6	153344531	rs685449	T	A	6069.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.329;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=236;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=91;NR=67;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.616;SC=GGAACCTCTATGTTCTCTAAG;SOR=0.325;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=161;TCF=93;TCR=68;TR=158;WE=153344539;WS=153344521;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,231:1.00:232
chr6	153345309	rs545323	C	T	569.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=16;NR=2;PP=435;SC=CCTCTCCACACCCCATGCCCT;SOR=3.611;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=18;TCF=16;TCR=2;TR=18;WE=153345317;WS=153345302;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr6	153365100	rs2295230	A	C	4760.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=81;NR=45;PP=2417;SC=GGTTTCCAGGAGCTTGAGACA;SOR=1.246;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=126;TCF=81;TCR=45;TR=126;WE=153365108;WS=153365090;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,173:1.00:173
chr6	153365348	rs2295231	G	A	1278.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=8;NR=34;PP=989;SC=TTTTTAGAAGGATATACTAAA;SOR=2.833;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=42;TCF=8;TCR=34;TR=42;WE=153365356;WS=153365338;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr6	153603373	rs9371678	T	C	673.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.030;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.74;ReadPosRankSum=1.747;SOR=0.613;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:58,42:0.42:100
chr6	154360508	rs6912029	G	T	8043.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.914;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=288;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=88;NR=115;PP=2965;ReadPosRankSum=0.984;SC=CAGATGCTCAGCTCGGTCCCC;SOR=0.338;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=204;TCF=88;TCR=116;TR=203;WE=154360516;WS=154360498;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,286:1.00:287
chr6	154361048	rs12209447	C	T	1383.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=36;PP=987;SC=TCCCAAGGCTCAATGTTGGGC;SOR=2.786;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=43;TCF=7;TCR=36;TR=43;WE=154361056;WS=154361038;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr6	154414446	rs540825	A	T	7689.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=305;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=99;NR=86;PP=2965;SC=CTCTAGAGCAAGGCTGCTTGG;SOR=0.776;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=186;TCF=99;TCR=87;TR=185;WE=154414454;WS=154414436;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,300:1.00:300
chr6	154414563	rs675026	A	G	7883.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.61;SOR=1.172;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,185:1.00:185
chr6	154414573	rs562859	C	T	7386.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.32;SOR=1.144;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,163:1.00:163
chr6	154415434	rs660756	G	T	8681.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=326;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=94;NR=109;PP=2965;SC=AAGTGGAGTGGCGATTTGGCA;SOR=0.803;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=203;TCF=94;TCR=109;TR=203;WE=154415442;WS=154415424;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,325:1.00:325
chr6	154428702	rs650245	A	G	3157.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=37;NR=49;PP=1619;SC=AGTCTAGAGCATTAATTTTGA;SOR=0.936;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=87;TCF=37;TCR=50;TR=86;WE=154428710;WS=154428692;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr6	154429085	rs71021021	AT	A	762.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=12;PP=427;SC=ATAAACACTGATTTTTTTATT;SOR=0.752;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=20;TCF=4;TCR=16;TR=16;WE=154429093;WS=154429075;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr6	154431393	rs497332	C	G	470.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=13;NR=2;PP=445;SC=AATCTATGTACCTTTGGGGTA;SOR=3.126;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=16;TCF=14;TCR=2;TR=15;WE=154431401;WS=154431383;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr6	154567666	rs9479798	T	G	3963.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=74;NR=36;PP=2257;SC=GATCACCTGATGCCTTTAACG;SOR=1.478;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=111;TCF=75;TCR=36;TR=110;WE=154567674;WS=154567656;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,140:1.00:140
chr6	154727825	rs12528985	C	T	957.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.352;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.875;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=22;PP=539;ReadPosRankSum=0.472;SC=CAATCCCAGCCGGGCGTGGTG;SOR=0.500;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=53;TCF=16;TCR=37;TR=34;WE=154727833;WS=154727815;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,45:0.55:82
chr6	154735973	rs13219628	C	T	419.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.798;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=8;PP=168;ReadPosRankSum=1.983;SC=TTGCCTGTTACCCCAGCACTT;SOR=0.784;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=23;TCF=7;TCR=16;TR=12;WE=154735981;WS=154735963;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,19:0.56:34
chr6	154743525	rs7771159	T	C	351.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.028;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=6.641;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.53;ReadPosRankSum=0.633;SOR=0.108;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,15:0.58:26
chr6	154749225	rs9384217	A	T	2107.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=3.264;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.947;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=17;PP=1368;ReadPosRankSum=-0.848;SC=CTGTTTAAACACACAACAGAT;SOR=0.977;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=124;TCF=90;TCR=34;TR=69;WE=154749233;WS=154749215;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,91:0.55:165
chr6	154762376	rs34887626	CA	C	504.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.321;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=8.559;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.29;ReadPosRankSum=2.327;SOR=1.615;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,23:0.70:33
chr6	154762394	rs9384219	A	G	917.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.414;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FS=8.441;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.93;ReadPosRankSum=2.073;SOR=1.193;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,43:0.61:71
chr6	154763522	.	T	G	469.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-0.200;ClippingRankSum=0.000;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.342;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=13;PP=277;ReadPosRankSum=0.749;SC=TTTGGGAGGCTGAAGTGGGCG;SOR=1.022;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=32;TCF=9;TCR=23;TR=17;WE=154763530;WS=154763512;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,21:0.55:38
chr6	154771277	rs9322467	A	G	2423.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-2.048;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.077;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=27;PP=1299;ReadPosRankSum=1.711;SC=CCTGGTGTCCAATCCGTGTGA;SOR=0.600;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=175;TCF=123;TCR=52;TR=88;WE=154771285;WS=154771267;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:109,119:0.52:228
chr6	154771449	rs4870285	T	C	5082.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.088;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=552;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=76;NR=96;PP=2207;ReadPosRankSum=0.745;SC=ACCCACCCCCTGCAAACTGCC;SOR=0.675;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=360;TCF=157;TCR=203;TR=172;WE=154771457;WS=154771439;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:286,257:0.47:543
chr6	155094988	rs7762129	G	A	95.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-2.522;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=0;PP=62;ReadPosRankSum=1.150;SC=CTTATGGGCAGTGATGTTGAG;SOR=1.179;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=12;TCR=1;TR=5;WE=155094996;WS=155094978;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,5:0.38:13
chr6	155109168	.	G	GT	109.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.380;ClippingRankSum=0.000;DP=248;ExcessHet=3.0103;FS=1.644;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.04;MQRankSum=2.205;QD=0.56;ReadPosRankSum=-1.772;SOR=0.865;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:162,34:0.17:196
chr6	155116285	rs79232250	TTC	T	1958.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.980;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.651;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=1.104;NF=1;NR=33;PP=1414;ReadPosRankSum=-1.251;SC=TGAGCGGTTTTTCTGTTATAT;SOR=1.144;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=62;TCF=3;TCR=59;TR=34;WE=155116294;WS=155116275;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,55:0.46:120
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chr6	155485535	rs1032140	G	A	4865.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=89;NR=40;PP=2471;SC=AATCACCTCTGTTTTTGCTTT;SOR=1.329;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=133;TCF=90;TCR=43;TR=129;WE=155485543;WS=155485525;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,182:1.00:182
chr6	155485554	rs1032141	G	A	6940.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=266;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=103;NR=58;PP=2965;SC=TTAAGATCCAGCAATGGGAGC;SOR=1.101;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=161;TCF=103;TCR=58;TR=161;WE=155485562;WS=155485544;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,259:1.00:259
chr6	155486519	rs41284214	G	A	3273.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.844;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=338;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.395;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=62;PP=1828;ReadPosRankSum=1.664;SC=GAAAAGGCAAGGAGAAGAGAC;SOR=0.653;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=201;TCF=91;TCR=110;TR=114;WE=155486527;WS=155486509;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:174,162:0.48:336
chr6	155486643	rs73795328	A	G	1002.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.379;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.029;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=27;PP=591;ReadPosRankSum=-1.554;SC=TCTGTTAAGAATGAAATGAGG;SOR=0.476;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=60;TCF=12;TCR=48;TR=35;WE=155486651;WS=155486633;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,44:0.58:76
chr6	155489849	rs73795336	G	A	1195.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.508;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.610;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=12;PP=893;ReadPosRankSum=2.028;SC=TTAGAATAATGATACAAATTG;SOR=0.900;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=111;TCF=84;TCR=27;TR=52;WE=155489857;WS=155489839;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,55:0.44:126
chr6	155561564	rs11751085	C	T	495.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.921;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.463;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=2;PP=318;ReadPosRankSum=-0.881;SC=CCTCTGAGATCCCTGCTGAGC;SOR=1.519;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=25;TCF=21;TCR=4;TR=16;WE=155561572;WS=155561554;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,21:0.62:34
chr6	155561760	rs4259257	T	C	7695.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=298;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=95;NR=85;PP=2965;SC=TCCTCCGAGGTCTCTGGCCCG;SOR=0.763;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=180;TCF=95;TCR=85;TR=180;WE=155561768;WS=155561750;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,296:1.00:296
chr6	155561796	rs11751128	C	T	2381.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.443;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=320;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.060;HP=1;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=40;PP=886;ReadPosRankSum=-0.159;SC=AGACCGCCTCCGCAAAGTCAT;SOR=0.863;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=179;TCF=84;TCR=95;TR=69;WE=155561804;WS=155561786;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:187,129:0.41:316
chr6	155565089	rs6902025	TC	CT	3726.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.961;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.216;HP=2;HapScore=2;JOINED;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=35;PP=2503;ReadPosRankSum=-0.557;SC=TACCCAAATCTCATGGGTATT;SOR=0.410;SbPval=0.21;Source=Platypus;TC=141;TCF=82;TCR=59;TR=69;WE=155565098;WS=155565079;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,98:0.53:185
chr6	155565744	rs6907595	T	C	3408.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.653;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=379;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.320;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=42;PP=1529;ReadPosRankSum=-1.567;SC=CGTGGTGTCCTGAACTTCATG;SOR=0.865;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=210;TCF=121;TCR=89;TR=106;WE=155565752;WS=155565734;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:202,170:0.46:372
chr6	155566889	rs11435976	G	GTT,GTTTTT	2446.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.685;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.23;MQRankSum=0.258;QD=23.99;ReadPosRankSum=1.563;SOR=1.121;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:4,66,32:0.65,0.31:102
chr6	155569378	rs2274823	C	T	409.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-3.398;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.942;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=9;PP=168;ReadPosRankSum=-1.426;SC=GCCAGCCGTGCCCTGGGCCTG;SOR=0.162;SbPval=0.23;Source=Platypus;TC=36;TCF=10;TCR=26;TR=15;WE=155569386;WS=155569368;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,22:0.48:46
chr6	155571113	rs3011902	A	G	7325.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=279;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=80;NR=109;PP=2965;SC=GGTCCGTGAGACATCTGCACC;SOR=0.959;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=189;TCF=80;TCR=109;TR=189;WE=155571121;WS=155571103;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,277:1.00:277
chr6	155571697	rs1041474	T	C	1237.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.630;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.399;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=8;PP=631;ReadPosRankSum=-0.289;SC=TCAGAGGTGATGGATGTACTA;SOR=1.196;SbPval=0.93;Source=Platypus;TC=100;TCF=69;TCR=31;TR=41;WE=155571705;WS=155571687;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,60:0.43:139
chr6	155572986	rs3011899	G	A	168.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=1;PP=79;SC=CATACGTTTGGAGAGTGTTAC;SOR=1.609;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=5;TCF=4;TCR=1;TR=5;WE=155572994;WS=155572976;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr6	155573331	rs3011898	A	G	576.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.647;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=13;PP=283;ReadPosRankSum=0.000;SC=AAAAGAAGATATACAGCTGGG;SOR=0.716;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=30;TCF=7;TCR=23;TR=16;WE=155573339;WS=155573321;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,24:0.63:38
chr6	155574198	rs2989458	C	T	4263.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.119;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FS=3.076;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.83;ReadPosRankSum=1.209;SOR=0.496;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:103,112:0.52:215
chr6	155574207	rs2274824	T	C	4263.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.984;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FS=1.106;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=21.32;ReadPosRankSum=-0.797;SOR=0.581;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:90,110:0.55:200
chr6	155575546	rs1331213	C	G	2810.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.563;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=283;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=33;PP=1366;ReadPosRankSum=-2.126;SC=TCTCCCCCCCCACCCAGTGAC;SOR=0.711;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=205;TCF=130;TCR=75;TR=89;WE=155575554;WS=155575528;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:140,139:0.50:279
chr6	155575607	rs3011895	G	A	5077.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.548;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=502;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.742;HP=3;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=73;NR=60;PP=2337;ReadPosRankSum=-0.950;SC=TTCTGAGGGAGAACTTCAGGC;SOR=0.834;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=296;TCF=159;TCR=137;TR=133;WE=155575615;WS=155575597;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:251,245:0.49:496
chr6	155575668	.	G	A	5161.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.226;ClippingRankSum=0.000;DP=481;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.428;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=85;PP=2300;ReadPosRankSum=-0.347;SC=GGATCGCCTGGTACCTCTTAA;SOR=0.876;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=297;TCF=138;TCR=159;TR=151;WE=155575676;WS=155575658;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:230,247:0.52:477
chr6	155577823	rs1571766	C	T	3982.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.509;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=393;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.149;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=56;PP=1844;ReadPosRankSum=0.591;SC=CAGATTTTGCCGACAATCTCA;SOR=0.642;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=248;TCF=120;TCR=128;TR=114;WE=155577831;WS=155577813;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:197,187:0.49:384
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chr6	155581289	rs4869849	C	A	703.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-2.691;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.427;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=5;PP=365;ReadPosRankSum=0.052;SC=CCGTCACAGGCCTGAACTAAG;SOR=0.404;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=38;TCF=32;TCR=6;TR=23;WE=155581297;WS=155581279;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,30:0.61:49
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chr6	155744013	rs1889503	C	G	1180.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.111;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=24;PP=620;ReadPosRankSum=0.319;SC=AGGAATGCAGCCTATTTGACC;SOR=0.704;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=64;TCF=18;TCR=46;TR=33;WE=155744021;WS=155744003;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,53:0.55:97
chr6	155750219	rs231955	G	A	1931.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=1.145;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=45;PP=1137;ReadPosRankSum=-0.876;SC=CTTTGTCCTCGAAATAATAAA;SOR=0.713;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=150;TCF=51;TCR=99;TR=68;WE=155750227;WS=155750209;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:103,91:0.47:194
chr6	155757781	rs231961	T	A	271.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-2.173;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=11;PP=194;ReadPosRankSum=-1.601;SC=TACAGTGAGCTCTGAAATATC;SOR=0.760;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=26;TCF=3;TCR=23;TR=13;WE=155757789;WS=155757771;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,13:0.43:30
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chr6	156275691	rs4870405	G	T	3097.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=50;NR=26;PP=1460;SC=TCCAGAACTAGTCATTCAATT;SOR=1.290;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=76;TCF=50;TCR=26;TR=76;WE=156275699;WS=156275681;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr6	157101072	rs1261893	A	C	2295.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=14;NR=50;PP=1563;SC=GAACTTTCTCACACCTTTAGC;SOR=2.185;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=64;TCF=14;TCR=50;TR=64;WE=157101080;WS=157101062;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr6	157454046	rs6913416	T	C	308.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.186;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=2;PP=222;ReadPosRankSum=0.103;SC=TTTAGGAGAATCTTATGGTAC;SOR=0.368;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=18;TCF=16;TCR=2;TR=13;WE=157454054;WS=157454036;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,13:0.72:18
chr6	157488340	rs9397998	C	T	1344.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-2.241;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=39;PP=836;ReadPosRankSum=-1.483;SC=CAGCTCTGCGCTCCTGAGCCC;SOR=0.728;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=110;TCF=30;TCR=80;TR=54;WE=157488348;WS=157488330;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,63:0.47:134
chr6	157488357	rs9384530	C	T	911.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.895;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FS=5.173;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.70;ReadPosRankSum=1.309;SOR=1.407;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:53,41:0.44:94
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chr6	157739931	rs140795384	T	C	2754.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.790;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=293;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.574;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=75;PP=1430;ReadPosRankSum=-0.113;SC=TTTCCGGTAATGCAGCCGTGG;SOR=1.012;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=216;TCF=76;TCR=140;TR=111;WE=157739939;WS=157739921;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:150,139:0.48:289
chr6	157740095	rs148587565	C	T	172.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.362;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.793;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=8;PP=134;ReadPosRankSum=0.594;SC=GGCTTTGCTACTTAATAATTG;SOR=1.552;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=1;TCR=20;TR=8;WE=157740103;WS=157740085;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,8:0.35:23
chr6	158049351	.	C	CT	179.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.038;ClippingRankSum=0.000;DP=114;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.70;ReadPosRankSum=-1.555;SOR=0.794;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:80,26:0.25:106
chr6	158066690	rs17165463	G	A	551.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-1.164;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=2;PP=407;ReadPosRankSum=0.991;SC=GTGCCCGGGGGTGTTTCGGTT;SOR=0.880;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=24;TCF=22;TCR=2;TR=19;WE=158066698;WS=158066680;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,21:0.72:29
chr6	158068481	rs616538	T	C	767.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-2.628;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=24;PP=379;ReadPosRankSum=-0.221;SC=CCGCCCGCCCTGGTGGAATGG;SOR=0.576;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=67;TCF=15;TCR=52;TR=31;WE=158068489;WS=158068471;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,39:0.48:82
chr6	158074504	rs636169	A	G	5150.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=74;NR=56;PP=2182;SC=GTGCTGCTGCATCTCTGGCTT;SOR=0.896;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=130;TCF=74;TCR=56;TR=130;WE=158074512;WS=158074494;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,203:1.00:203
chr6	158322886	rs11367433	CT	C	56.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.117;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=1.158;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.92;ReadPosRankSum=1.333;SOR=0.504;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:45,17:0.27:62
chr6	158361899	rs912879	C	T	5805.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.852;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=85;NR=55;PP=2873;ReadPosRankSum=1.173;SC=GATTGATGTTCTGATTTGGGT;SOR=1.008;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=140;TCF=85;TCR=55;TR=140;WE=158361907;WS=158361889;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,216:0.99:218
chr6	158475941	rs2296510	T	C	2813.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.655;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=31;PP=1272;ReadPosRankSum=-0.652;SC=GGAAAAACCATGGCCTCCTTG;SOR=0.349;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=75;TCF=44;TCR=31;TR=74;WE=158475949;WS=158475931;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,108:0.99:109
chr6	158487406	rs1009012	A	T	2521.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.380;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=21;PP=1588;ReadPosRankSum=1.173;SC=AGGCAGCCTCATCTGTCTTTT;SOR=0.693;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=75;TCF=54;TCR=21;TR=74;WE=158487414;WS=158487396;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,91:0.99:92
chr6	158487734	rs3215807	C	CT	7382.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=261;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=16;NR=91;PP=2936;SC=ACGCTTGACCCTTTAGTGGCC;SOR=0.939;Source=Platypus;TCF=16;TR=107;WE=158487742;WS=158487724;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,252:1.00:252
chr6	158490779	rs751873	C	T	3364.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=24;NR=64;PP=2024;SC=TTTGACTTCCCCCTCCTCCCC;SOR=1.797;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=88;TCF=24;TCR=64;TR=88;WE=158490787;WS=158490769;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr6	158497717	rs2296508	T	C	8279.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=325;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=81;NR=117;PP=2965;SC=AGTATGACGTTGGCTCAGCCG;SOR=0.972;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=198;TCF=81;TCR=117;TR=198;WE=158497725;WS=158497707;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,322:1.00:322
chr6	158499097	rs3831094	G	GT	2325.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=31;NR=13;PP=2063;SC=ACGTGGGGTGGTTCGTGGCGC;SOR=2.271;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=47;TCF=32;TCR=15;TR=44;WE=158499105;WS=158499087;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr6	158499302	rs2296507	G	T	4028.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=37;NR=65;PP=2054;SC=AGCTACAAGCGTCTGATCACA;SOR=1.218;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=102;TCF=37;TCR=65;TR=102;WE=158499310;WS=158499292;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,148:1.00:148
chr6	158502137	rs2256014	G	T	1034.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=26;NR=4;PP=752;SC=TGTTCCTAACGCAGACCTGTG;SOR=2.899;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=31;TCF=26;TCR=5;TR=30;WE=158502145;WS=158502127;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr6	158502590	rs173263	C	A	4607.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.513;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.89;ReadPosRankSum=0.931;SOR=0.812;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,176:0.99:178
chr6	158504981	rs2236401	C	T	7587.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=292;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=102;NR=87;PP=2965;SC=GAAGACTGAGCCTTTCCCCCT;SOR=0.826;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=189;TCF=102;TCR=87;TR=189;WE=158504989;WS=158504971;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,286:1.00:286
chr6	158505088	rs1744173	A	G	10141.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=394;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=110;NR=120;PP=2965;SC=ATCAGCCTGGAGTCTCGGACA;SOR=0.779;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=231;TCF=110;TCR=121;TR=230;WE=158505096;WS=158505078;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,386:1.00:386
chr6	158507981	rs2296506	G	A	11224.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=0.634;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=464;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=213;NR=227;PP=2965;ReadPosRankSum=2.549;SC=TCCCCAACCGGCCTCGGCCAC;SOR=1.494;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=449;TCF=219;TCR=230;TR=440;WE=158507989;WS=158507971;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,432:1.00:434
chr6	158509750	rs350289	A	G	6762.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.760;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=271;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=88;NR=70;PP=2911;ReadPosRankSum=-0.230;SC=GCACCCATGGACAGTATTCAA;SOR=0.838;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=160;TCF=89;TCR=71;TR=158;WE=158509758;WS=158509740;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,264:0.99:268
chr6	158515111	rs13217929	C	T	869.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-2.865;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.154;HP=5;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=30;PP=567;ReadPosRankSum=1.218;SC=CTGCTTCCCCCCTAGAGAGTG;SOR=1.372;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=71;TCF=10;TCR=61;TR=33;WE=158515119;WS=158515101;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,39:0.48:81
chr6	158517308	rs2502601	A	G	2751.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.926;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=237;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.042;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=62;PP=1688;ReadPosRankSum=0.412;SC=CCAGATCATGAACACAAAACC;SOR=0.616;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=177;TCF=55;TCR=122;TR=90;WE=158517316;WS=158517298;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:115,120:0.51:235
chr6	158517451	rs2502600	A	G	363.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=3.432;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.481;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=14;PP=318;ReadPosRankSum=-0.468;SC=CTCCCTCTAGACATCCCTCCA;SOR=1.230;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=36;TCF=7;TCR=29;TR=17;WE=158517459;WS=158517441;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,16:0.40:40
chr6	158535720	rs150169784	T	TTATAAAATGAGATAATACATTCAAGGAA	684.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.322;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.528;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=0;PP=760;ReadPosRankSum=-1.135;SC=TATATACAAATTATAAAATGA;SOR=2.215;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=11;TCR=4;TR=2;WE=158535728;WS=158535710;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,9:0.36:25
chr6	158536116	rs2502604	A	T	451.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-2.259;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.215;HP=7;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=26;PP=555;ReadPosRankSum=0.845;SC=CTTTCTTTTTAAAAAAAATGG;SOR=0.922;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=60;TCF=10;TCR=50;TR=29;WE=158536124;WS=158536106;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,28:0.47:60
chr6	158538747	rs117813106	C	T	4069.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.275;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=473;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.100;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=80;PP=1952;ReadPosRankSum=1.776;SC=GGTCTAAAGTCGCCTCTGTTA;SOR=0.761;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=301;TCF=132;TCR=169;TR=139;WE=158538755;WS=158538737;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:251,206:0.45:457
chr6	158569886	rs9356399	T	C	2373.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.856;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=266;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.053;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=29;PP=838;ReadPosRankSum=-1.201;SC=AGTCATATAGTGGATATTTAC;SOR=0.824;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=155;TCF=84;TCR=71;TR=67;WE=158569894;WS=158569876;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:145,120:0.45:265
chr6	158570024	rs71027384	A	AT	399.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.865;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.996;HP=11;HapScore=3;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=20;PP=237;ReadPosRankSum=0.909;SC=CCAAGAATGTATTTTTTTTTT;SOR=0.474;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=60;TCF=5;TCR=55;TR=23;WE=158570032;WS=158570014;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,35:0.36:97
chr6	158571501	rs6929274	G	A	756.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.621;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.845;HP=4;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=10;PP=333;ReadPosRankSum=0.230;SC=TTTCTCCTTTGTCTAAAGAAA;SOR=0.582;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=54;TCF=36;TCR=18;TR=28;WE=158571509;WS=158571491;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,39:0.48:81
chr6	158571655	rs6929520	G	C	353.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=0.014;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=9;PP=156;ReadPosRankSum=-0.435;SC=ATCATAAATAGACAATCAAAA;SOR=0.785;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=33;TCF=10;TCR=23;TR=12;WE=158571663;WS=158571645;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,18:0.42:43
chr6	158579237	rs6933016	T	C	1965.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-1.631;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.476;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=21;PP=1041;ReadPosRankSum=0.405;SC=TTGTGGCCCATCTTAGAAATG;SOR=0.523;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=103;TCF=71;TCR=32;TR=65;WE=158579245;WS=158579227;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,90:0.64:140
chr6	158611655	rs9459639	A	T	1950.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.131;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=26;PP=611;ReadPosRankSum=1.968;SC=TCATCTAGGGATAGAAGTAAA;SOR=0.657;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=114;TCF=47;TCR=67;TR=45;WE=158611663;WS=158611645;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:110,99:0.47:209
chr6	158611904	rs34815722	AGT	A	1030.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.306;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.034;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=2.235;NF=12;NR=6;PP=637;ReadPosRankSum=-0.849;SC=AGATCTAAAGAGTGTCCTTTG;SOR=1.036;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=43;TCF=25;TCR=18;TR=18;WE=158611913;WS=158611894;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,30:0.38:78
chr6	158611969	rs9459642	G	A	1717.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.237;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=1.906;NF=36;NR=27;PP=901;ReadPosRankSum=-1.108;SC=TGTACTGCCCGAGAAGAAATT;SOR=0.706;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=122;TCF=71;TCR=51;TR=63;WE=158611977;WS=158611959;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:106,89:0.46:195
chr6	158612128	.	T	G	772.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.353;ClippingRankSum=0.000;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.881;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=21;PP=496;ReadPosRankSum=1.173;SC=CGTAAACAATTCTGTTATGTA;SOR=0.556;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=64;TCF=20;TCR=44;TR=31;WE=158612136;WS=158612118;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,38:0.47:80
chr6	158735087	rs9364951	C	T	7253.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.78;SOR=0.938;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,162:1.00:162
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chr6	158870081	rs705956	A	G	2872.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=1.517;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=293;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.218;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=35;PP=1486;ReadPosRankSum=-0.187;SC=GCCACGGCAGAATGCTGGCCC;SOR=0.884;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=175;TCF=105;TCR=70;TR=92;WE=158870089;WS=158870071;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:150,137:0.48:287
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chr6	158923434	rs9364968	G	C	16336.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=1.251;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=628;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=232;NR=177;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.557;SC=CCCAGAACACGTACACCCTCC;SOR=0.934;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=411;TCF=233;TCR=178;TR=409;WE=158923442;WS=158923424;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,599:0.99:603
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chr6	158924595	rs3749853	A	G	4180.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.519;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=427;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.221;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=65;PP=1716;ReadPosRankSum=0.397;SC=CCGACCTCCAAAGCCACTTGG;SOR=0.959;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=259;TCF=114;TCR=145;TR=104;WE=158924603;WS=158924585;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:225,198:0.47:423
chr6	158927651	rs3828712	A	G	5126.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.622;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=501;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=73;NR=60;PP=2091;ReadPosRankSum=-1.125;SC=CGTACATTCTAGACTTCCAGT;SOR=0.709;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=301;TCF=166;TCR=135;TR=133;WE=158927659;WS=158927641;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:248,248:0.50:496
chr6	158957104	rs9456318	A	G	528.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=2.399;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.265;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=3;PP=320;ReadPosRankSum=-1.161;SC=TGTGGGAAGAAGCACCTCACT;SOR=1.109;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=38;TCF=30;TCR=8;TR=18;WE=158957112;WS=158957094;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,23:0.46:50
chr6	158993341	rs34964890	CATA	C	2301.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=2.792;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.216;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=15;PP=1993;ReadPosRankSum=2.258;SC=CCAGGCTGAGCATACTATGTC;SOR=1.105;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=85;TCF=53;TCR=32;TR=44;WE=158993351;WS=158993331;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,62:0.42:148
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chr6	159028203	rs35956081	G	A	314.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.899;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=2;PP=192;ReadPosRankSum=0.087;SC=CTGGTATGCCGGCAAGGTGTG;SOR=0.566;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=21;TCF=18;TCR=3;TR=12;WE=159028211;WS=159028193;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,15:0.54:28
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chr6	159047668	rs71030180	TTTCA	T	10702.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.144;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=565;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.515;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.728;NF=27;NR=88;PP=2967;ReadPosRankSum=-0.483;SC=TGAACTCAAATTTCATTCAGC;SOR=0.658;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=258;TCF=62;TCR=196;TR=115;WE=159047679;WS=159047658;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:274,277:0.50:551
chr6	159050632	rs36092159	T	C	271.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.333;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.657;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=5;PP=143;ReadPosRankSum=-1.637;SC=GTCTGGGTAATGGACCCCCGG;SOR=0.368;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=24;TCF=17;TCR=7;TR=14;WE=159050640;WS=159050622;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,14:0.54:26
chr6	159058659	rs35378330	A	C	1369.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=1.615;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.679;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=13;PP=948;ReadPosRankSum=-0.006;SC=AGCGTACGCTAACGTATACTA;SOR=0.502;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=97;TCF=75;TCR=22;TR=51;WE=159058667;WS=159058649;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,61:0.52:117
chr6	159065758	rs2306751	C	G	4005.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-1.683;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=437;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.103;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=67;PP=1743;ReadPosRankSum=0.278;SC=CCGGCGCGTCCCCTCCGGCTC;SOR=0.591;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=261;TCF=117;TCR=144;TR=127;WE=159065766;WS=159065748;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:226,205:0.48:431
chr6	159129551	rs9456341	C	T	530.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.732;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.482;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=18;PP=363;ReadPosRankSum=0.015;SC=GTGCCTGGAGCGGGTCACAAA;SOR=1.179;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=40;TCF=8;TCR=32;TR=21;WE=159129559;WS=159129541;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,23:0.53:43
chr6	159146690	rs147871222	CTTTTTTTG	C	5252.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.516;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=443;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=2.183;NF=4;NR=75;PP=2980;ReadPosRankSum=1.206;SC=TTCCAATGCTCTTTTTTTGTT;SOR=0.716;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=200;TCF=12;TCR=188;TR=79;WE=159146720;WS=159146680;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:172,142:0.45:314
chr6	159166486	rs6914168	A	G	848.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.433;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=6;PP=423;ReadPosRankSum=0.931;SC=GAAGTAACTTATTATATCTGT;SOR=0.821;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=49;TCF=33;TCR=16;TR=23;WE=159166494;WS=159166476;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,37:0.56:66
chr6	159181885	rs3127155	G	A	1153.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=33;PP=889;SC=TCCTTTCTACGTCCCCGTGCC;SOR=3.556;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=5;TCR=33;TR=38;WE=159181893;WS=159181875;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
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chr6	159184462	rs2291387	A	G	6823.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.849;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=267;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=103;NR=73;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.350;SC=TGAGGCAGTCAAGCTTGGAGT;SOR=0.958;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=178;TCF=104;TCR=74;TR=176;WE=159184470;WS=159184452;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,261:0.99:263
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chr6	159204426	rs7769862	T	A	2138.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.61;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=63;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=48;NR=16;PP=1723;SC=CTTTAAAAAGTTTCCTACTTT;SOR=1.580;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=68;TCF=52;TCR=16;TR=64;WE=159204434;WS=159204416;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr6	159204786	rs3123111	C	T	375.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.321;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.212;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=9;PP=167;ReadPosRankSum=0.667;SC=TAAATTAAGGCGCCTTGTGTA;SOR=0.060;SbPval=0.14;Source=Platypus;TC=30;TCF=6;TCR=24;TR=14;WE=159204794;WS=159204776;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,18:0.55:33
chr6	159205475	rs3127217	T	C	314.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-1.061;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.979;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=0;PP=254;ReadPosRankSum=1.199;SC=TGAGCTAAACTGCTTCTTTCC;SOR=2.448;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=20;TCR=1;TR=12;WE=159205483;WS=159205465;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,12:0.60:20
chr6	159205632	rs9364995	C	T	2126.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.294;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=29;PP=1104;ReadPosRankSum=-0.018;SC=CATGCTGGAGCGCACGGAGAT;SOR=0.726;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=146;TCF=86;TCR=60;TR=72;WE=159205640;WS=159205622;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:106,101:0.49:207
chr6	159205668	rs3103003	G	A	2966.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.853;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=307;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.417;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=39;PP=1366;ReadPosRankSum=0.558;SC=GCAGGGCACAGCACTCACTTG;SOR=0.741;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=178;TCF=97;TCR=81;TR=89;WE=159205676;WS=159205658;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:157,146:0.48:303
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chr6	159210605	rs16889184	C	T	1108.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.385;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.268;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=24;PP=604;ReadPosRankSum=0.751;SC=GCAAACCAAACGCAGCTTCTT;SOR=0.406;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=82;TCF=28;TCR=54;TR=41;WE=159210613;WS=159210595;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,57:0.42:136
chr6	159210662	rs140055516	TTTTC	T	1051.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.104;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.326;HP=3;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=12;PP=581;ReadPosRankSum=0.623;SC=AGTTTTTCTCTTTTCTTTGAG;SOR=1.127;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=32;TCF=3;TCR=29;TR=13;WE=159210673;WS=159210652;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,28:0.49:57
chr6	159239004	rs1994350	G	T	1102.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=2.513;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.644;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=11;PP=635;ReadPosRankSum=-1.258;SC=CGTCTTCTGCGTGTGAGAAGA;SOR=0.775;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=146;TCF=105;TCR=41;TR=44;WE=159239012;WS=159238994;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:116,57:0.33:173
chr6	159262735	rs73013670	G	A	5043.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.823;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=510;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.106;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=-1.444;NF=89;NR=52;PP=2035;ReadPosRankSum=1.199;SC=CCATCAGATAGCCCTTCTCAA;SOR=0.814;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=300;TCF=180;TCR=120;TR=141;WE=159262743;WS=159262725;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:259,248:0.49:507
chr6	159291490	rs6455609	G	C	1068.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=10;NR=22;PP=773;SC=AACACATCAGGAAACCTCAAA;SOR=1.739;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=10;TCR=22;TR=32;WE=159291498;WS=159291480;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr6	159316430	rs9457507	C	T	1047.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.890;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.100;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=26;PP=572;ReadPosRankSum=0.564;SC=TGATGGAATACGTGGCATCCT;SOR=0.439;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=61;TCF=14;TCR=47;TR=35;WE=159316438;WS=159316420;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,47:0.59:79
chr6	159590734	rs295332	T	C	1562.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.67;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=18;NR=9;PP=574;SC=GGCGGCGGCCTCAGGTACGCG;SOR=1.034;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=27;TCF=18;TCR=9;TR=27;WE=159590742;WS=159590724;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
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chr6	159653544	rs139265083	G	A	6164.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.961;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=582;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.103;HP=4;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=101;NR=120;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.000;SC=GCCCAGCCCCGGCCAGCCCTG;SOR=0.809;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=417;TCF=198;TCR=219;TR=221;WE=159653552;WS=159653534;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:279,296:0.51:575
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chr6	159654487	rs404435	G	T	17257.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=631;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=214;NR=194;PP=2965;SC=CTGCTCGTCCGCCCGCAGCAC;SOR=0.773;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=409;TCF=214;TCR=195;TR=408;WE=159654495;WS=159654477;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,624:1.00:624
chr6	159654551	rs370434	C	G	18957.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=679;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=220;NR=201;PP=2965;SC=CCGGGCCCCACAACAGCAGCC;SOR=0.757;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=422;TCF=221;TCR=201;TR=421;WE=159654559;WS=159654541;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,677:1.00:677
chr6	159654994	rs402388	A	C	7851.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=288;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=96;NR=113;PP=2965;SC=GCGCCCGGGTACCCAGCAGGG;SOR=0.828;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=209;TCF=96;TCR=113;TR=209;WE=159655002;WS=159654984;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,282:1.00:282
chr6	159655084	rs420054	C	G	8582.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.056;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=370;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=97;NR=122;PP=2965;ReadPosRankSum=1.522;SC=CCGAGGACGACGAGGAGGAGG;SOR=0.593;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=222;TCF=98;TCR=124;TR=219;WE=159655092;WS=159655068;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:7,321:0.98:328
chr6	159655102	rs436743	A	G	9512.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=346;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=31;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=103;NR=120;PP=2965;SC=AGGACGCGGGATTTTTTAAAG;SOR=0.802;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=223;TCF=103;TCR=120;TR=223;WE=159655110;WS=159655092;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,346:1.00:346
chr6	159655326	rs3003174	T	C	11160.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=414;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=171;NR=119;PP=2965;SC=CCTTCCCGACTGCCGCCTCGC;SOR=0.986;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=290;TCF=171;TCR=119;TR=290;WE=159655334;WS=159655316;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,409:1.00:409
chr6	159655383	rs2501176	A	G	29619.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=671;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=234;NR=182;PP=2965;SC=CCCTGGCCGCAGTACACCACG;SOR=0.886;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=417;TCF=235;TCR=182;TR=416;WE=159655391;WS=159655361;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,665:1.00:665
chr6	159655402	rs2932988	A	G	33003.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=820;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=253;NR=207;PP=2965;SC=CGCGCGCCCCACCTGGCCACT;SOR=0.813;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=461;TCF=254;TCR=207;TR=460;WE=159655410;WS=159655392;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,812:1.00:812
chr6	159655593	rs2501177	C	T	3869.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=11;NR=102;PP=2893;SC=TATTCTATTGCATTTAGCACC;SOR=3.559;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=113;TCF=11;TCR=102;TR=113;WE=159655601;WS=159655583;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chr6	159657195	rs420339	G	T	1426.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=33;NR=8;PP=947;SC=CCAACTTCCCGGGCATGTTGA;SOR=2.400;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=42;TCF=34;TCR=8;TR=41;WE=159657203;WS=159657185;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr6	159659481	rs419836	C	T	1615.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=38;NR=7;PP=1015;SC=ACTCACATTACGGTTTCCTTC;SOR=2.917;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=45;TCF=38;TCR=7;TR=45;WE=159659489;WS=159659471;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr6	159659523	rs450538	A	G	2454.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=47;NR=21;PP=1480;SC=TACATATATAATTGGACTAAT;SOR=1.556;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=68;TCF=47;TCR=21;TR=68;WE=159659531;WS=159659513;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr6	159660779	rs141435210	GCCACCACCCGCCGCACGA	G	3874.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=21;NR=20;PP=2976;SC=GCCCACCACTGCCACCACCCG;SOR=0.812;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=58;TCF=25;TCR=33;TR=41;WE=159660804;WS=159660769;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr6	159660879	rs386360	C	A	6667.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.906;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=274;ExcessHet=3.0103;FS=2.970;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.60;ReadPosRankSum=2.021;SOR=0.158;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,269:0.99:271
chr6	159669953	rs28487880	G	C	1242.82	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.240;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=11;PP=823;ReadPosRankSum=1.804;SC=GTGTGTGTGTGTGTCTGTCTG;SOR=1.214;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=39;TCF=28;TCR=11;TR=37;WE=159669961;WS=159669928;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,48:0.94:51
chr6	159670276	rs294907	A	G	2194.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=15;NR=52;PP=1580;SC=TTGAAGAAAAACATTACTAAT;SOR=2.400;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=67;TCF=15;TCR=52;TR=67;WE=159670284;WS=159670266;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr6	159670303	rs294906	G	A	1412.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=8;NR=37;PP=1097;SC=GCCTCGCCAAGGCAGTGCATT;SOR=2.985;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=45;TCF=8;TCR=37;TR=45;WE=159670311;WS=159670293;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr6	159672419	rs551392	G	C	6289.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.935;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=564;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.523;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=104;NR=93;PP=2489;ReadPosRankSum=-1.314;SC=TGGACAGCCTGGATGAAATCA;SOR=0.717;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=383;TCF=194;TCR=189;TR=197;WE=159672427;WS=159672409;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:251,307:0.55:558
chr6	159672455	rs294899	C	T	5366.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.843;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=589;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.101;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=82;NR=95;PP=2596;ReadPosRankSum=0.783;SC=AGAAGAGTGACCTGCCTCCCC;SOR=0.784;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=364;TCF=172;TCR=192;TR=177;WE=159672463;WS=159672445;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:319,268:0.46:587
chr6	159672542	rs550443	C	T	2993.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.801;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=283;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=69;PP=1465;ReadPosRankSum=0.396;SC=GGGACAAAGCCACCCCAGGAG;SOR=0.716;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=201;TCF=74;TCR=127;TR=108;WE=159672550;WS=159672532;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:131,145:0.53:276
chr6	159677498	rs294890	C	T	1410.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-2.996;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.065;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=14;PP=938;ReadPosRankSum=-1.224;SC=TGGGTTACATCTTGTGTGTGA;SOR=0.224;SbPval=0.15;Source=Platypus;TC=102;TCF=84;TCR=18;TR=56;WE=159677506;WS=159677488;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,62:0.51:121
chr6	159682206	rs294883	C	T	1439.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.717;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=21;PP=768;ReadPosRankSum=-0.896;SC=CAAAATATATCTTCTTCCAAC;SOR=0.702;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=110;TCF=64;TCR=46;TR=52;WE=159682214;WS=159682196;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,69:0.49:140
chr6	159686177	rs616504	G	A	276.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-1.090;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.664;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=7;PP=153;ReadPosRankSum=0.464;SC=CCTTGCACTCGTCATCCTGAT;SOR=0.377;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=21;TCF=4;TCR=17;TR=10;WE=159686185;WS=159686167;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,14:0.48:29
chr6	159689004	rs560889	C	G	867.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=0.363;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.867;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=27;PP=623;ReadPosRankSum=-1.177;SC=AGGTGGGAGACAAGGATTAAT;SOR=1.038;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=92;TCF=24;TCR=68;TR=34;WE=159689012;WS=159688994;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,40:0.37:109
chr6	159689049	rs695019	C	T	384.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.983;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=13;PP=240;ReadPosRankSum=-0.715;SC=CTGCCTTTGCCTTGTCATTCG;SOR=0.760;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=51;TCF=10;TCR=41;TR=15;WE=159689057;WS=159689039;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,19:0.33:57
chr6	159692321	rs409691	G	A	1865.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.862;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.966;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=23;PP=875;ReadPosRankSum=0.293;SC=TGGTTCAGGGGCCTCTGACGC;SOR=0.903;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=119;TCF=68;TCR=51;TR=60;WE=159692329;WS=159692311;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,87:0.53:163
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chr6	160106088	rs2758332	C	A	5153.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=28.32;SOR=1.786;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,182:1.00:182
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chr6	160109051	rs2070994	A	T	2132.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=50;NR=12;PP=1368;SC=TCTCAAAAAAACAACAACAAA;SOR=2.368;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=62;TCF=50;TCR=12;TR=62;WE=160109066;WS=160109041;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr6	160113872	rs4880	A	G	4345.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.571;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.750;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=91;PP=2789;ReadPosRankSum=-0.877;SC=ATACCCCAAAACCGGAGCCAG;SOR=1.752;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=127;TCF=35;TCR=92;TR=125;WE=160113880;WS=160113862;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,154:0.99:156
chr6	160114360	.	GC	G	660.90	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.978;ClippingRankSum=0.000;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=3.150;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.17;MQRankSum=0.682;QD=14.06;ReadPosRankSum=-0.901;SOR=2.049;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,37:0.79:47
chr6	160133957	rs752779	G	A	10363.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.125;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=391;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=102;NR=182;PP=2965;ReadPosRankSum=0.184;SC=ATTTAAAAAGGTCTCCCTGTA;SOR=0.724;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=289;TCF=104;TCR=185;TR=284;WE=160133965;WS=160133947;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,380:0.99:383
chr6	160148348	rs11752345	C	T	2944.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.66;BaseQRankSum=-0.976;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=275;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.513;HP=1;HapScore=2;MGOF=40;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.118;NF=27;NR=32;PP=1236;ReadPosRankSum=-0.360;SC=GCGGCCACGCCTGAAAGGCGA;SOR=0.717;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=120;TCF=54;TCR=66;TR=59;WE=160148356;WS=160148338;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:113,143:0.56:256
chr6	160148406	.	T	TGGCAGGAGGCGGGAGGCGGGAGGCGGGA	2035.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=95;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=66.28;QD=34.50;SOR=0.796;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr6	160174456	rs1440	T	G	5642.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=92;NR=46;PP=2908;SC=GAGAGTTTTGTCTTCATTTTG;SOR=1.281;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=138;TCF=92;TCR=46;TR=138;WE=160174464;WS=160174446;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,207:1.00:207
chr6	160182749	rs2277073	G	A	4052.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=30;NR=72;PP=2165;SC=AAAAGCCCAAGACGTCAAGTC;SOR=1.386;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=102;TCF=30;TCR=72;TR=102;WE=160182757;WS=160182739;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,151:1.00:151
chr6	160182845	rs2277072	A	G	1396.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=29;PP=945;SC=TCTGCCCGCAAGCCCAGACCC;SOR=2.252;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=36;TCF=7;TCR=29;TR=36;WE=160182853;WS=160182835;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr6	160183325	rs2273819	G	C	403.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=8;PP=235;SC=GAACCCTGCGGCTCCCGCGTT;SOR=2.833;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=9;WE=160183333;WS=160183315;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr6	160184137	rs112953742	AAC	A	164.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.390;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FS=1.137;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.17;MQRankSum=3.478;QD=1.75;ReadPosRankSum=-1.958;SOR=0.451;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:79,15:0.16:94
chr6	160196343	rs25683	A	G	5513.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.167;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQ=60.05;MQRankSum=0.152;NF=41;NR=94;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.016;SC=TCAACTAGAAAAGGTGAGTAT;SOR=1.479;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=143;TCF=48;TCR=95;TR=135;WE=160196351;WS=160196333;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,194:0.99:196
chr6	160198395	rs3465	G	A	1647.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.974;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.078;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=28;PP=837;ReadPosRankSum=1.837;SC=ATAAACGTGGGCTTACACCTT;SOR=0.786;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=143;TCF=78;TCR=65;TR=62;WE=160198403;WS=160198385;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:125,86:0.41:211
chr6	160199454	.	TTTAAAAAA	T	745.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.94;QD=41.43;SOR=3.611;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr6	160199687	rs15982	T	C	4472.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=68;NR=28;PP=1970;SC=TTCTCCCCCGTTAGGTCAATA;SOR=1.242;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=96;TCF=68;TCR=28;TR=96;WE=160199695;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,165:1.00:165
chr6	160201295	rs2295901	C	A	1249.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=16;NR=13;PP=605;SC=TGTCTAGTCCCTGCAGAAGAG;SOR=0.874;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=29;TCF=16;TCR=13;TR=29;WE=160201303;WS=160201285;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr6	160201677	rs3818300	G	A	3462.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=28;NR=53;PP=1590;SC=AGCATTTGTGGTAAAAGTGCT;SOR=1.085;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=81;TCF=28;TCR=53;TR=81;WE=160201685;WS=160201667;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chr6	160202167	rs2295899	G	A	2953.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.03;SOR=0.997;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr6	160205991	rs1547093	C	A	7652.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.961;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=281;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=142;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.705;SC=TCTATTAAAGCAGCAAGCATT;SOR=0.672;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=202;TCF=58;TCR=144;TR=200;WE=160205999;WS=160205981;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,273:1.00:274
chr6	160206631	rs3818299	T	C	8057.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=312;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=102;NR=88;PP=2965;SC=AGTAATAATATCCGTTCAGCC;SOR=0.767;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=190;TCF=102;TCR=88;TR=190;WE=160206639;WS=160206621;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,307:1.00:307
chr6	160207049	rs2273828	T	C	4860.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.181;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=63;PP=1996;ReadPosRankSum=-1.036;SC=AAACATTCACTGGTCTGAGTG;SOR=0.374;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=130;TCF=66;TCR=64;TR=127;WE=160207057;WS=160207039;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,193:0.98:196
chr6	160211485	rs2273823	T	C	1669.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=41;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=45;NR=7;PP=1296;SC=TCCGGGTCGGTGGCGTCTGGC;SOR=3.342;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=52;TCF=45;TCR=7;TR=52;WE=160211493;WS=160211475;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr6	160211554	rs1128661	T	G	4538.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=2.025;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.893;HP=3;HapScore=1;MGOF=38;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=76;NR=47;PP=2434;ReadPosRankSum=-0.644;SC=ATATGGCTGCTCCTGGCGAGC;SOR=0.874;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=123;TCF=76;TCR=47;TR=123;WE=160211562;WS=160211544;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,173:0.99:174
chr6	160211636	rs1128670	G	A	9502.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=360;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=116;NR=111;PP=2965;SC=CTTCGGTCGCGGTTTTGGGGG;SOR=0.715;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=227;TCF=116;TCR=111;TR=227;WE=160211655;WS=160211626;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,360:1.00:360
chr6	160211645	rs58504486	GGTT	G	15803.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=364;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=42;NR=110;PP=2969;SC=CGGTTTTGGGGGTTGTTCTCG;SOR=0.716;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=157;TCF=44;TCR=113;TR=152;WE=160211655;WS=160211626;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,352:1.00:352
chr6	160211697	rs9346795	C	T	6245.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.188;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=331;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.07;MQRankSum=1.447;QD=18.93;ReadPosRankSum=1.041;SOR=0.672;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:168,162:0.49:330
chr6	160211700	rs9355278	C	G	6295.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.564;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=337;ExcessHet=3.0103;FS=0.394;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.06;MQRankSum=1.429;QD=18.85;ReadPosRankSum=0.639;SOR=0.718;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:168,166:0.50:334
chr6	160211728	rs11757681	T	G	2836.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.175;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=285;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.424;HP=2;HapScore=2;MGOF=54;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.965;NF=40;NR=48;PP=1369;ReadPosRankSum=0.439;SC=CACAGTACATTGGAACGTGCG;SOR=0.593;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=192;TCF=86;TCR=106;TR=88;WE=160211736;WS=160211718;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:145,137:0.49:282
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chr6	160218605	rs3777423	A	G	1093.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.970;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=27;PP=575;ReadPosRankSum=-0.308;SC=TCTTGGCATTAGATAACTTAC;SOR=0.772;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=78;TCF=16;TCR=62;TR=33;WE=160218613;WS=160218595;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,51:0.44:115
chr6	160218957	rs2342479	C	T	441.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=1.969;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=3;PP=309;ReadPosRankSum=-0.288;SC=TCTGAAAAACCGTTGTAGGCT;SOR=0.693;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=34;TCF=28;TCR=6;TR=18;WE=160218965;WS=160218947;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,18:0.50:36
chr6	160219337	rs4739	G	A	208.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-0.360;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=8;PP=140;ReadPosRankSum=-1.840;SC=CAAGAACTACGTTCTGCCCCT;SOR=0.818;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=17;TCF=3;TCR=14;TR=10;WE=160219345;WS=160219327;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,10:0.53:19
chr6	160221279	rs71927633	GCGTGGGCAGCA	G	929.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.726;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.940;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=1.388;NF=4;NR=7;PP=2983;ReadPosRankSum=1.181;SC=CGACGGAAGCGCGTGGGCAGC;SOR=0.880;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=37;TCF=16;TCR=21;TR=11;WE=160221297;WS=160221269;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,27:0.35:77
chr6	160221475	rs733319	A	G	2273.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.75;SOR=0.815;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr6	160221560	rs12211823	G	A	439.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=2.861;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.384;HP=4;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=11;PP=330;ReadPosRankSum=0.749;SC=CTCCAGCCCCGGGGCGGTGGG;SOR=1.265;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=32;TCF=14;TCR=18;TR=17;WE=160221568;WS=160221550;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,17:0.55:31
chr6	160221690	rs35229038	GCTT	G	1849.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=2.302;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.421;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=10;PP=965;ReadPosRankSum=-0.173;SC=ACCTCACTTGGCTTCTTGAGC;SOR=1.091;SbPval=0.22;Source=Platypus;TC=67;TCF=31;TCR=36;TR=24;WE=160221700;WS=160221680;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,51:0.39:130
chr6	160221992	rs35619423	CTTT	C	1213.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=1.052;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.264;HP=6;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.529;NF=12;NR=14;PP=838;ReadPosRankSum=-2.984;SC=GAGGACCTTGCTTTTTTCTGT;SOR=0.473;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=61;TCF=30;TCR=31;TR=26;WE=160222002;WS=160221982;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,33:0.47:70
chr6	160224346	rs2146163	T	C	8400.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=343;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=98;NR=112;PP=2965;SC=CAAACAAGTATGTATCAAGAG;SOR=0.806;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=211;TCF=99;TCR=112;TR=210;WE=160224354;WS=160224336;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,334:1.00:334
chr6	160225012	rs35435543	T	G	4141.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.579;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=418;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=89;NR=57;PP=2101;ReadPosRankSum=-0.442;SC=TAGCCCATTCTTGTAACTTCT;SOR=0.710;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=274;TCF=167;TCR=107;TR=146;WE=160225020;WS=160225002;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:201,210:0.51:411
chr6	160225463	rs11757783	G	T	1681.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.687;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.444;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=20;PP=756;ReadPosRankSum=-1.145;SC=TGATCTAGACGAACTGGCTTA;SOR=0.562;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=95;TCF=60;TCR=35;TR=52;WE=160225471;WS=160225453;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,75:0.59:128
chr6	160225559	rs9364536	G	C	6726.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=252;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=96;NR=82;PP=2965;SC=TGTTCTGTTTGTTGTTCTGTT;SOR=0.828;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=178;TCF=96;TCR=82;TR=178;WE=160225567;WS=160225549;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,250:1.00:250
chr6	160225588	.	A	G	2203.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=2.016;ClippingRankSum=0.000;DP=273;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.477;HP=4;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=40;PP=1216;ReadPosRankSum=-0.735;SC=AAGTTTCTCAAAAACGGAATC;SOR=0.732;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=190;TCF=93;TCR=97;TR=81;WE=160225596;WS=160225578;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:159,112:0.41:271
chr6	160226923	rs6910976	A	G	2737.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.204;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=310;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.427;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=39;PP=1380;ReadPosRankSum=-2.801;SC=CATGAAAACCAGAGGGTTCAG;SOR=0.643;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=210;TCF=131;TCR=79;TR=100;WE=160226931;WS=160226913;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:159,140:0.47:299
chr6	160229867	rs41267787	C	T	1926.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.116;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.080;HP=4;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=23;PP=890;ReadPosRankSum=0.246;SC=TCACTGCGAACGGGGCATCAG;SOR=0.787;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=139;TCF=83;TCR=56;TR=63;WE=160229875;WS=160229857;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:110,97:0.47:207
chr6	160229889	rs35872675	T	C	1532.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.644;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.958;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=31;PP=1108;ReadPosRankSum=2.670;SC=GGCTCCATTGTTTCTCTCTCA;SOR=0.476;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=152;TCF=92;TCR=60;TR=70;WE=160229897;WS=160229879;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:110,96:0.47:206
chr6	160231215	rs73026894	T	C	1572.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.137;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.214;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=27;PP=665;ReadPosRankSum=-1.290;SC=CTGAGGCAGCTCCTAAAATGC;SOR=0.591;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=103;TCF=35;TCR=68;TR=42;WE=160231223;WS=160231205;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:95,77:0.45:172
chr6	160234625	rs13220869	G	C	15804.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.493;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=597;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=179;NR=189;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.117;SC=TGTTTTCCATGATTGTAGGAG;SOR=0.111;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=371;TCF=179;TCR=192;TR=368;WE=160234633;WS=160234615;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,588:1.00:590
chr6	160237190	.	C	CA	1217.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.057;ClippingRankSum=0.000;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=61.73;MQRankSum=0.560;QD=38.05;ReadPosRankSum=0.996;SOR=5.549;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,31:0.97:32
chr6	160237192	.	C	G	927	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;FR=0.5000;HP=6;HapScore=1;MGOF=69;MMLQ=24;MQ=57.15;NF=0;NR=27;PP=927;QD=35.6211560203;SC=TCCCCACCCCCCCACACCCCT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=29;TCF=0;TCR=29;TR=27;WE=160237200;WS=160237178;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:2,27:0.93:29
chr6	160237192	.	C	CCG	1217.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.517;ClippingRankSum=0.000;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=61.26;MQRankSum=0.490;QD=40.59;ReadPosRankSum=0.297;SOR=5.421;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,29:0.97:30
chr6	160237489	rs2342480	T	C	2056.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.733;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.127;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=26;PP=696;ReadPosRankSum=-1.091;SC=TTGTATGAGCTGCAGCCACTG;SOR=0.736;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=116;TCF=60;TCR=56;TR=58;WE=160237497;WS=160237479;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,100:0.53:190
chr6	160237662	rs3066286	CT	C	274.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.738;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.18;MQRankSum=0.401;QD=9.16;ReadPosRankSum=-0.694;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,20:0.67:30
chr6	160239835	rs9347350	T	C	3493.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=51;NR=47;PP=2541;SC=GTTTCTCCACTAAAGCCAACA;SOR=0.786;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=99;TCF=51;TCR=48;TR=98;WE=160239843;WS=160239825;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr6	160241440	rs7775650	G	C	1732.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=3.098;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.386;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=13;PP=925;ReadPosRankSum=-0.483;SC=GGTGCCTCTCGGCCTGCTGGG;SOR=1.238;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=111;TCF=77;TCR=34;TR=56;WE=160241448;WS=160241430;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,78:0.51:153
chr6	160328620	rs220721	C	T	2576.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=3.129;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=275;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.820;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=52;PP=1578;ReadPosRankSum=2.385;SC=CCATCTTGGTCGTGAAGATCC;SOR=0.912;SbPval=0.75;Source=Platypus;TCF=90;TR=91;WE=160328628;WS=160328610;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:152,119:0.44:271
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chr6	160468383	rs998074	T	C	1986.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=10;NR=40;PP=1217;SC=GAATGTTTGTTCCTCATCGCG;SOR=2.165;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=50;TCF=10;TCR=40;TR=50;WE=160468391;WS=160468373;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
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chr6	160494409	rs629849	A	G	16537.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=637;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=179;NR=203;PP=2965;SC=GCCTGAGGCCAGGCCAACCAA;SOR=0.768;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=383;TCF=179;TCR=204;TR=382;WE=160494417;WS=160494399;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,637:1.00:637
chr6	160494521	rs2282140	C	T	1743.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.737;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.073;HP=3;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=45;PP=974;ReadPosRankSum=1.321;SC=CAGATGGGCACGGGAGAAGTG;SOR=0.523;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=137;TCF=39;TCR=98;TR=66;WE=160494529;WS=160494511;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:89,81:0.48:170
chr6	160505199	rs614754	C	G	3311.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=29;NR=60;PP=1848;SC=CCTGGTCCCTCGTCCACAACG;SOR=1.316;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=89;TCF=29;TCR=60;TR=89;WE=160505207;WS=160505189;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr6	160511250	rs1050026	T	A	356.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-2.149;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=13;PP=238;ReadPosRankSum=0.445;SC=AACAAAAACCTTGGTCTAATT;SOR=0.941;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=33;TCF=5;TCR=28;TR=15;WE=160511258;WS=160511240;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,16:0.47:34
chr6	160523709	rs2297367	C	T	2316.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.137;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.664;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=28;PP=967;ReadPosRankSum=-0.679;SC=AGGAGGTAAGCGGGTGGCAGG;SOR=0.785;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=122;TCF=63;TCR=59;TR=67;WE=160523717;WS=160523699;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:98,113:0.54:211
chr6	160524671	rs2297369	A	G	588.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.920;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.095;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=5;PP=352;ReadPosRankSum=0.576;SC=AAATGCAGCCACCACCAGCCC;SOR=0.055;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=30;TCF=25;TCR=5;TR=22;WE=160524679;WS=160524661;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,27:0.73:37
chr6	160551204	rs683369	G	C	6088.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=76;NR=63;PP=2733;SC=CGGGCTTCTTGTTTGGCTCTC;SOR=0.775;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=141;TCF=76;TCR=65;TR=139;WE=160551212;WS=160551194;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,227:1.00:227
chr6	160553165	rs3737088	C	T	686.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-1.835;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=6;PP=474;ReadPosRankSum=1.012;SC=GACAGTGGTGCGGTGGCCTCC;SOR=0.648;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=53;TCF=42;TCR=11;TR=28;WE=160553173;WS=160553155;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,30:0.53:57
chr6	160557154	rs4646276	G	A	471.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=3.724;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.351;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=1;PP=366;ReadPosRankSum=1.448;SC=CAGCCCCAACGTGGGGAGGGC;SOR=1.528;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=33;TCF=31;TCR=2;TR=19;WE=160557162;WS=160557144;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,19:0.54:35
chr6	160560845	rs628031	A	G	3413.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.374;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=368;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.226;HP=2;HapScore=1;MGOF=53;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=43;PP=1198;ReadPosRankSum=0.528;SC=CCCCATGGCCATGTCAAATTT;SOR=0.707;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=210;TCF=107;TCR=103;TR=93;WE=160560853;WS=160560835;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:188,174:0.48:362
chr6	160560897	rs113569197	CTGGTAAGT	C	4125.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.432;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=291;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.467;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQ=60.04;MQRankSum=1.148;NF=3;NR=45;PP=2976;ReadPosRankSum=2.543;SC=TTTATCTCACCTGGTAAGTTG;SOR=0.756;SbPval=0.23;Source=Platypus;TC=118;TCF=4;TCR=114;TR=48;WE=160560912;WS=160560887;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:143,110:0.43:253
chr6	160579527	rs622591	C	T	6322.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=242;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=103;NR=56;PP=2965;SC=TTAACTCCAACTTTTAATTTT;SOR=1.174;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=159;TCF=103;TCR=56;TR=159;WE=160579535;WS=160579517;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,235:1.00:235
chr6	160645832	rs316003	C	T	14405.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=569;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=143;NR=189;PP=2965;SC=CCAAGCCAAGCACGCCTGAAA;SOR=0.867;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=332;TCF=143;TCR=189;TR=332;WE=160645840;WS=160645822;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,557:1.00:557
chr6	160645921	rs3219197	C	CT	2792.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.565;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.289;NF=4;NR=70;PP=1780;ReadPosRankSum=-1.719;SC=TTGTTTAAAACTTTTTTTTAG;SOR=1.121;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=95;TCF=4;TCR=91;TR=74;WE=160645935;WS=160645911;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,122:0.97:126
chr6	160666660	rs11422119	A	AC	4203.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=52;PP=2546;SC=ATAATTTCTTACCGTCCTGAG;SOR=0.950;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=57;TCF=4;TCR=53;TR=56;WE=160666668;WS=160666650;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr6	160670282	rs316019	A	C	8752.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=2.217;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=328;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=128;NR=87;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.909;SC=TTGGGCAGAGAAACTGTGAAC;SOR=0.373;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=217;TCF=130;TCR=87;TR=215;WE=160670290;WS=160670272;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,324:1.00:325
chr6	160670494	rs316018	A	G	2875.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.268;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=58;PP=1738;ReadPosRankSum=1.497;SC=AAACTAGAACACCAACCTCAA;SOR=0.954;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=90;TCF=30;TCR=60;TR=87;WE=160670502;WS=160670484;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,108:0.97:111
chr6	160670533	rs316017	C	T	1276.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=35;PP=976;SC=GAATATTCTACGCAACTCTCT;SOR=3.417;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=41;TCF=5;TCR=36;TR=40;WE=160670541;WS=160670523;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr6	160671500	rs316016	T	C	2761.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=58;NR=18;PP=1648;SC=GTCCCTTTTCTTGCATGCCGC;SOR=1.863;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=76;TCF=58;TCR=18;TR=76;WE=160671508;WS=160671490;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr6	160677614	rs2774230	G	C	6096.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=79;NR=71;PP=2965;SC=CTTTGGGATTGTTTAAATTCC;SOR=0.794;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=151;TCF=79;TCR=72;TR=150;WE=160677622;WS=160677604;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,227:1.00:227
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chr6	160868668	rs3918286	A	G	283.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=2.937;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=41;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=1;PP=198;ReadPosRankSum=0.039;SC=GAGCAACATGATGGCTTCAGA;SOR=0.914;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=19;TCF=17;TCR=2;TR=10;WE=160868676;WS=160868658;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,11:0.55:20
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chr6	160969738	rs10755578	C	G	2016.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.050;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.940;NF=26;NR=32;PP=809;ReadPosRankSum=0.202;SC=GAAGAATATTCAGGGACATCC;SOR=0.670;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=128;TCF=57;TCR=71;TR=58;WE=160969746;WS=160969728;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:111,101:0.48:212
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chr6	161007496	rs7765781	G	C	2713.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.526;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=270;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=39;PP=1287;ReadPosRankSum=1.108;SC=TCAGAAGGAAGCTCTGTGCTT;SOR=0.706;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=152;TCF=81;TCR=71;TR=83;WE=161007504;WS=161007486;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:131,136:0.51:267
chr6	161007538	rs7765803	G	C	2498.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.174;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=224;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.492;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=47;PP=1324;ReadPosRankSum=-1.687;SC=GTTGTGAGGAGAGTTGATTCC;SOR=0.642;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=146;TCF=64;TCR=82;TR=85;WE=161007546;WS=161007528;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:101,122:0.55:223
chr6	161010766	rs7453899	A	T	3341.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.140;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=303;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.498;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=59;PP=1453;ReadPosRankSum=3.040;SC=AGAGGAGAAAACAAACTGAGT;SOR=0.845;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=176;TCF=74;TCR=102;TR=98;WE=161010774;WS=161010756;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:138,163:0.54:301
chr6	161127501	rs73015965	A	G	920.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.778;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.745;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=11;PP=438;ReadPosRankSum=-0.452;SC=CAGTGTCACTAAGAAGCAGCT;SOR=0.835;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=65;TCF=41;TCR=24;TR=32;WE=161127509;WS=161127491;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,47:0.45:104
chr6	161132146	rs4757	C	T	2543.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.694;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=284;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-2.198;NF=45;NR=32;PP=994;ReadPosRankSum=-0.786;SC=ATGGAAAGAACTACAGAGGGA;SOR=0.668;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=184;TCF=107;TCR=77;TR=77;WE=161132154;WS=161132136;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:143,130:0.48:273
chr6	161135667	rs147901890	CTTATTGCCAATT	C	347.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=0.298;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.424;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=0;PP=2155;ReadPosRankSum=-0.166;SC=ATCCTGAGTCCTTATTGCCAA;SOR=0.138;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=26;TCF=24;TCR=2;TR=6;WE=161135686;WS=161135665;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,10:0.45:22
chr6	161136058	rs4252105	T	A	141.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-1.259;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=5;PP=69;ReadPosRankSum=1.169;SC=ACGCCTGATGTTTTTAATTTC;SOR=0.340;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=13;TCF=2;TCR=11;TR=6;WE=161136066;WS=161136048;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,8:0.40:20
chr6	161137663	rs4252109	T	G	1936.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.152;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.069;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=25;PP=925;ReadPosRankSum=1.027;SC=CTAAAATCTTTCTTGTCCATT;SOR=0.793;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=151;TCF=89;TCR=62;TR=65;WE=161137671;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:118,96:0.45:214
chr6	161137779	rs14224	T	C	2940.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.017;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=308;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.911;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=46;PP=1264;ReadPosRankSum=-0.204;SC=GGGAACTTTGTGACATCCCCC;SOR=0.706;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=188;TCF=94;TCR=94;TR=96;WE=161137787;WS=161137769;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:155,145:0.48:300
chr6	161139480	rs1130656	C	T	1653.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.886;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.624;HP=3;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=41;PP=908;ReadPosRankSum=1.571;SC=CAGAAAACTTCCCCTGCAAGT;SOR=0.770;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=108;TCF=30;TCR=78;TR=55;WE=161139488;WS=161139470;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,77:0.49:156
chr6	161139502	rs2295368	G	A	1320.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=1.190;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.633;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=35;PP=808;ReadPosRankSum=-0.156;SC=AGTCCCCTCCGGTCTCATTCT;SOR=0.914;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=86;TCF=22;TCR=64;TR=46;WE=161139510;WS=161139492;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,60:0.52:115
chr6	161139857	rs13231	A	G	2014.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-1.176;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=24;PP=671;ReadPosRankSum=3.245;SC=CCACGGAACAATTGGCTCCCA;SOR=0.722;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=79;TCF=38;TCR=41;TR=46;WE=161139865;WS=161139847;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,95:0.62:152
chr6	161143376	rs4252117	A	G	2200.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.203;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=18;PP=1076;ReadPosRankSum=-1.187;SC=TTTTGTCATAAATTGCTTCAT;SOR=0.724;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=153;TCF=109;TCR=44;TR=67;WE=161143384;WS=161143366;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:116,104:0.47:220
chr6	161143608	rs4252120	T	C	1240.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=6.964;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.935;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=39;PP=951;ReadPosRankSum=0.139;SC=GCGTATGTCTTTGATTTTTAC;SOR=1.609;SbPval=0.97;Source=Platypus;TC=87;TCF=8;TCR=79;TR=40;WE=161143616;WS=161143598;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,45:0.48:94
chr6	161152120	.	G	A	1652.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.431;ClippingRankSum=0.000;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.395;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=23;PP=763;ReadPosRankSum=0.951;SC=TCCAGATGCCGATAAAGGCCC;SOR=0.557;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=92;TCF=50;TCR=42;TR=50;WE=161152128;WS=161152110;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,78:0.59:133
chr6	161152240	rs4252125	G	A	1536.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.053;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.151;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=25;PP=632;ReadPosRankSum=2.006;SC=CCTGCTTCCAGATGTAGAGAC;SOR=0.606;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=111;TCF=50;TCR=61;TR=48;WE=161152248;WS=161152230;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:99,82:0.45:181
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chr6	161153080	rs4252130	A	C	823.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-4.815;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=31;PP=552;ReadPosRankSum=0.218;SC=CAGGGGGCTAAGCTAGAATAT;SOR=0.616;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=76;TCF=5;TCR=71;TR=33;WE=161153088;WS=161153070;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,39:0.48:81
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chr6	161469774	rs4559074	G	A	8760.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=334;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=130;NR=96;PP=2965;SC=GAGCGTGATCGTAAAAAAAAT;SOR=0.978;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=226;TCF=130;TCR=96;TR=226;WE=161469783;WS=161469764;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,332:1.00:332
chr6	161502094	rs9347479	C	T	2318.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=21;NR=44;PP=1171;SC=TGCTTCTGAACGCGACGCTCC;SOR=1.402;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=65;TCF=21;TCR=44;TR=65;WE=161502102;WS=161502084;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
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chr6	161517964	rs2177587	T	C	2002.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-0.862;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=13;PP=1430;ReadPosRankSum=0.262;SC=TATTTGTATATGTAATATTAT;SOR=1.528;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=68;TCF=55;TCR=13;TR=67;WE=161517972;WS=161517954;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,70:0.99:71
chr6	161519350	rs5881391	CCTG	C	6846.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.793;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=336;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.041;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.424;NF=80;NR=53;PP=2995;ReadPosRankSum=0.397;SC=CCATGGCAGCCCTGCTGCTGC;SOR=1.738;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=163;TCF=91;TCR=72;TR=133;WE=161519366;WS=161519340;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:7,251:0.97:258
chr6	161531006	rs4709493	G	C	421.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=14;PP=299;SC=GCCCGTGGGAGGTGCTCTGAA;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=0;TCR=14;TR=14;WE=161531014;WS=161530996;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr6	161532855	rs35961625	CT	C	13441.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=483;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=60;NR=146;PP=2974;SC=ACAACTACTTCTTTTCTTTTT;SOR=0.851;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=220;TCF=61;TCR=159;TR=206;WE=161532867;WS=161532845;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,462:1.00:462
chr6	161557662	rs3734462	G	A	3270.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.277;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=374;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.790;HP=1;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=63;PP=1761;ReadPosRankSum=0.029;SC=GAACTCCCACGGAGGCTGCAG;SOR=0.748;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=220;TCF=104;TCR=116;TR=117;WE=161557670;WS=161557652;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:196,168:0.46:364
chr6	161557703	rs6455706	A	G	6841.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=259;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=59;NR=99;PP=2965;SC=GGAGTAGCCCAAACAGACTAC;SOR=1.078;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=159;TCF=59;TCR=100;TR=158;WE=161557711;WS=161557693;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,254:1.00:254
chr6	161557775	rs3734463	C	G	1204.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-2.033;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=30;PP=745;ReadPosRankSum=-0.754;SC=AGCGCCAGCTCAGAGCTGGCT;SOR=0.624;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=73;TCF=16;TCR=57;TR=39;WE=161557783;WS=161557765;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,50:0.53:95
chr6	161582593	rs4709497	G	A	1430.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.112;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=39;PP=898;ReadPosRankSum=0.780;SC=TGCCAGCAGTGAGCAGGGTGC;SOR=0.675;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=88;TCF=15;TCR=73;TR=47;WE=161582601;WS=161582583;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,60:0.53:113
chr6	161586840	rs729986	C	T	102.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.694;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.187;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=6;PP=86;ReadPosRankSum=0.054;SC=AAGCCTTCAACGATCAAAATG;SOR=1.371;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=17;TCF=4;TCR=13;TR=7;WE=161586848;WS=161586830;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,6:0.40:15
chr6	161781225	rs1801334	C	T	2087.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.261;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.499;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=33;PP=970;ReadPosRankSum=0.490;SC=GCTCTTTCATCGACTCTGTAG;SOR=0.530;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=131;TCF=70;TCR=61;TR=67;WE=161781233;WS=161781215;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:89,101:0.53:190
chr6	161791076	rs35280474	C	T	1330.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.812;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=31;PP=770;ReadPosRankSum=-0.519;SC=GTAATCATCACGATCATCTCT;SOR=0.712;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=98;TCF=31;TCR=67;TR=45;WE=161791084;WS=161791066;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,63:0.49:128
chr6	161970150	rs111859679	ATGTGTG	A,ATG	3642.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=0.731;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=2.690;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=2,2;NR=55,55;PP=1274,1153;ReadPosRankSum=2.153;SC=AAAATAATGCATGTGTGTGTG;SOR=1.718;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=74;TCF=2;TCR=72;TR=57,57;WE=161970165;WS=161970140;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.51,0.47:96
chr6	161990339	rs10945756	G	A	2614.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.648;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.510;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=33;PP=1314;ReadPosRankSum=-0.377;SC=TCTCATTAGCGTCTATCTTTC;SOR=0.628;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=143;TCF=92;TCR=51;TR=86;WE=161990347;WS=161990329;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:95,123:0.56:218
chr6	161990483	rs3765474	C	T	5752.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=56;NR=88;PP=2728;SC=AAAAACGTCACTTTCACTCTG;SOR=1.091;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=144;TCF=56;TCR=88;TR=144;WE=161990491;WS=161990473;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,217:1.00:217
chr6	161990516	rs3765475	G	C	3522.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=29;NR=65;PP=2158;SC=TTCTTACACAGAGTTATGACT;SOR=1.534;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=94;TCF=29;TCR=65;TR=94;WE=161990524;WS=161990506;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr6	162622304	rs4709583	A	G	2719.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=30;NR=46;PP=1466;SC=AAAAAGCAGAAGAAGTGGCTA;SOR=1.029;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=77;TCF=30;TCR=47;TR=76;WE=162622312;WS=162622294;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr6	162864317	rs2075923	A	G	339.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-0.400;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.041;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=4;PP=195;ReadPosRankSum=-0.139;SC=CGGCATCCCAAGAACGGCCGC;SOR=0.169;SbPval=0.22;Source=Platypus;TC=23;TCF=19;TCR=4;TR=14;WE=162864325;WS=162864307;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,16:0.52:31
chr6	162992294	rs4709639	T	A	213.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.63;BaseQRankSum=1.986;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=2;PP=54;ReadPosRankSum=-0.667;SC=GAGGCAGAGGTTGCAGTGAGC;SOR=0.755;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=11;TCF=5;TCR=6;TR=5;WE=162992302;WS=162992284;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,11:0.46:24
chr6	163587146	rs1124951	C	G	6443.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=2.112;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=236;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.692;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=91;NR=56;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.484;SC=GGCTGCAGGGCTTGGCGCGGG;SOR=0.729;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=147;TCF=91;TCR=56;TR=147;WE=163587154;WS=163587136;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,233:1.00:234
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chr6	163587312	rs3064931	CAAA	C	5990.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.492;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=256;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.302;HP=9;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.105;NF=9;NR=54;PP=2980;ReadPosRankSum=0.323;SC=ACAACAACAACAAAAAAATGT;SOR=0.878;SbPval=0.21;Source=Platypus;TC=109;TCF=11;TCR=98;TR=63;WE=163587322;WS=163587298;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:92,153:0.62:245
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chr6	164892060	rs200184425	CCCTT	C	725.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.25;QD=38.20;SOR=2.419;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
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chr6	165694945	rs1333501	C	G	396.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=0.197;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=6;PP=222;ReadPosRankSum=-1.223;SC=TGCTCTAGTTCTTTTATCATG;SOR=0.622;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=30;TCF=20;TCR=10;TR=17;WE=165694953;WS=165694935;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,18:0.64:28
chr6	165703633	rs5881641	CA	C	111.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=1.408;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=4;PP=115;ReadPosRankSum=0.721;SC=GTATTATTAACAATATTATGT;SOR=1.371;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=4;WE=165703641;WS=165703623;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,5:0.42:12
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chr6	165713998	rs573814	C	T	408.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.407;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=9;PP=159;ReadPosRankSum=0.093;SC=CAGAGTCAGCCCATTTCAGGG;SOR=0.582;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=40;TCF=13;TCR=27;TR=13;WE=165714006;WS=165713988;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,21:0.40:52
chr6	165715006	rs479273	G	A	1243.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-2.756;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.735;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=14;PP=695;ReadPosRankSum=-0.116;SC=TGCACCGAGAGCTATGCCCTG;SOR=0.605;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=93;TCF=63;TCR=30;TR=45;WE=165715014;WS=165714996;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,58:0.52:111
chr6	165723166	rs575424	A	G	640.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-1.785;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.966;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=23;PP=478;ReadPosRankSum=-2.046;SC=ACTGCTGAGCAACCAGGCACA;SOR=0.215;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=70;TCF=8;TCR=62;TR=27;WE=165723174;WS=165723156;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,29:0.39:75
chr6	165806114	rs220794	A	C	3090.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=1.012;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=371;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=44;PP=1392;ReadPosRankSum=2.332;SC=CGAGAAACAGAGGTAAAGAGT;SOR=0.703;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=217;TCF=122;TCR=95;TR=101;WE=165806122;WS=165806104;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:206,157:0.43:363
chr6	165808605	rs220792	T	C	681.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.705;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.013;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=7;PP=442;ReadPosRankSum=-1.408;SC=GAGGCATATATGTAGAAGGAG;SOR=0.477;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=71;TCF=57;TCR=14;TR=31;WE=165808613;WS=165808595;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,35:0.43:82
chr6	165808716	rs61733392	G	C	3307.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.278;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=361;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=45;PP=1290;ReadPosRankSum=-0.122;SC=AAAATTCCAGGCCACATGTTT;SOR=0.684;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=201;TCF=101;TCR=100;TR=89;WE=165808724;WS=165808706;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:190,169:0.47:359
chr6	165827194	rs220749	A	G	1498.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.515;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=30;PP=660;ReadPosRankSum=-0.758;SC=TGACAGAACCAAAAATAACAA;SOR=0.714;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=112;TCF=43;TCR=69;TR=50;WE=165827202;WS=165827184;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:98,78:0.44:176
chr6	165832227	rs220740	C	T	2560.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.652;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=285;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.046;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=50;PP=1092;ReadPosRankSum=0.840;SC=CCTGGAAAAGCGCACAACGAT;SOR=0.557;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=185;TCF=65;TCR=120;TR=79;WE=165832235;WS=165832217;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:150,130:0.46:280
chr6	165845069	rs67570284	CTATA	C	582.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=2.680;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=17.258;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.905;NF=0;NR=13;PP=589;ReadPosRankSum=-0.074;SC=CATATATATACTATATATAGT;SOR=4.735;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=1;TCR=19;TR=13;WE=165845080;WS=165845059;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,16:0.59:27
chr6	165862295	rs2274577	A	G	234.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=1.363;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=7;NR=1;PP=147;ReadPosRankSum=-0.137;SC=ATAGAAACAAAACACAAAATG;SOR=0.818;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=11;TCF=10;TCR=1;TR=8;WE=165862303;WS=165862287;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,9:0.75:12
chr6	165863695	rs57550533	C	CA	7463.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=49;NR=50;PP=2936;SC=AATCTTTGCCCATTTTTTCTA;SOR=1.241;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=99;TCF=49;TCR=50;TR=99;WE=165863703;WS=165863685;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,206:1.00:206
chr6	165989776	rs1410479	C	T	4944.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=88;NR=38;PP=2752;SC=AAACAAAGTTCTCATCAATTG;SOR=1.530;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=127;TCF=89;TCR=38;TR=126;WE=165989784;WS=165989766;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,175:1.00:175
chr6	166075362	rs6456003	G	T	3331.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=68;NR=31;PP=1959;SC=CACCCAGCAGGCCAAGCCCCC;SOR=1.495;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=99;TCF=68;TCR=31;TR=99;WE=166075370;WS=166075352;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
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chr6	166401512	rs697475	T	A	1206.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-4.435;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.724;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=33;PP=989;ReadPosRankSum=1.012;SC=TTGGGGGTGCTTGTGCTCTCA;SOR=0.469;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=101;TCF=33;TCR=68;TR=51;WE=166401520;WS=166401502;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,51:0.50:102
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chr6	166580188	rs1056048	G	A	17227.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-2.116;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=639;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=238;NR=165;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.256;SC=TGTAGACGCAGCTGGGCGCCT;SOR=0.344;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=406;TCF=240;TCR=166;TR=403;WE=166580196;WS=166580178;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,632:1.00:633
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chr6	166721211	rs13204594	G	T	1240.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.974;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=3;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=20;PP=1233;ReadPosRankSum=1.602;SC=CGGCCTCGGGGGTGAGATTCA;SOR=0.691;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=91;TCF=40;TCR=51;TR=35;WE=166721232;WS=166721201;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:93,67:0.42:160
chr6	166721224	rs7757150	C	G	1354.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.442;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=3;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=20;PP=1233;ReadPosRankSum=0.980;SC=GAGATTCAGGCAGAAGCGCGC;SOR=0.680;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=89;TCF=39;TCR=50;TR=35;WE=166721232;WS=166721201;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:89,69:0.44:158
chr6	166721424	rs13205770	C	T	260.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.016;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=1.583;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.66;ReadPosRankSum=1.364;SOR=0.346;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,14:0.52:27
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chr6	166736362	rs7088	C	T	1574.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.545;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.460;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=17;PP=829;ReadPosRankSum=-1.391;SC=ATGGGATGTACGACAGGCTAT;SOR=0.887;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=92;TCF=59;TCR=33;TR=51;WE=166736370;WS=166736352;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,72:0.57:127
chr6	166737980	rs4710041	G	A	4410.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.635;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=461;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.108;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=80;NR=63;PP=2038;ReadPosRankSum=1.818;SC=TGCTCGTCACGTCTCAGGCAA;SOR=0.798;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=284;TCF=155;TCR=129;TR=143;WE=166737988;WS=166737970;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:234,218:0.48:452
chr6	166739684	rs10806847	G	A	152.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.597;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.895;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=5;PP=78;ReadPosRankSum=0.279;SC=TAGATTATAAGTTTGAGATCC;SOR=0.262;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=21;TCF=4;TCR=17;TR=7;WE=166739692;WS=166739674;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,9:0.32:28
chr6	166741921	rs9459653	T	A	402.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=0.139;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=14;PP=310;ReadPosRankSum=-1.351;SC=ACTACTTTTTTAAAAAAGAAG;SOR=0.524;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=46;TCF=15;TCR=31;TR=22;WE=166741929;WS=166741911;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,23:0.49:47
chr6	166743760	rs9348119	G	C	421.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.128;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.102;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=8;PP=162;ReadPosRankSum=1.013;SC=GGAAAATTTAGAATATAGTCT;SOR=0.986;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=31;TCF=11;TCR=20;TR=10;WE=166743768;WS=166743750;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,22:0.42:52
chr6	166755975	rs10862	T	C	12598.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.373;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=641;ExcessHet=3.0103;FS=0.518;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.90;ReadPosRankSum=-0.306;SOR=0.658;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:313,320:0.51:633
chr6	166755979	rs11168	A	C	12683.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.569;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=671;ExcessHet=3.0103;FS=0.517;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.13;ReadPosRankSum=-0.034;SOR=0.661;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:329,334:0.50:663
chr6	166796433	rs1546854	C	A	2514.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=2.670;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=244;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.566;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=65;PP=1591;ReadPosRankSum=1.929;SC=AATGACACCCCGGCCAACCCC;SOR=0.997;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=181;TCF=62;TCR=119;TR=97;WE=166796441;WS=166796423;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:119,118:0.50:237
chr6	166862136	rs7746519	G	A	1629.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=45;NR=8;PP=1113;SC=CCTATGCTCCGTGCTCCCACA;SOR=3.219;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=53;TCF=45;TCR=8;TR=53;WE=166862144;WS=166862126;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr6	166862233	rs2230730	T	C	2724.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.896;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=240;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.874;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=37;PP=1064;ReadPosRankSum=-0.371;SC=ACTCGGTGTCTGTGGCTTTAT;SOR=0.536;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=154;TCF=87;TCR=67;TR=82;WE=166862241;WS=166862223;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:108,130:0.55:238
chr6	166862431	rs6932660	A	G	758.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.280;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=19;PP=438;ReadPosRankSum=-0.541;SC=GAAGAGAGGCACCGACTGTGA;SOR=0.585;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=53;TCF=16;TCR=37;TR=29;WE=166862439;WS=166862421;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,36:0.50:72
chr6	166873010	rs2230729	C	T	4069.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.541;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=415;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.442;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=64;PP=1885;ReadPosRankSum=0.113;SC=CTGGTTTGAACGGTGGCTTGA;SOR=0.586;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=246;TCF=131;TCR=115;TR=126;WE=166873018;WS=166873000;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:213,200:0.48:413
chr6	166889160	rs2235278	A	G	1094.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.131;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.528;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=12;PP=480;ReadPosRankSum=-1.511;SC=TTCAGTACACATTCACTGAAC;SOR=0.893;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=70;TCF=46;TCR=24;TR=35;WE=166889168;WS=166889150;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,57:0.50:115
chr6	166889281	rs4373344	T	A	1584.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.823;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.198;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=24;PP=736;ReadPosRankSum=0.899;SC=CTCAGAAGCCTAGGAGCCTGG;SOR=0.591;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=112;TCF=59;TCR=53;TR=47;WE=166889289;WS=166889271;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:91,78:0.46:169
chr6	166889331	rs3830731	CAG	C	2570.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=2.060;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.337;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=26;PP=1263;ReadPosRankSum=-2.933;SC=TTCTCACCTGCAGAGTGTAAG;SOR=0.859;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=63;TCF=8;TCR=55;TR=30;WE=166889340;WS=166889321;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,68:0.48:141
chr6	166903962	rs2072832	C	T	195.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.305;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.017;HP=2;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=1;PP=97;ReadPosRankSum=1.216;SC=ATGCCCAGCACCCTATTACCA;SOR=1.371;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=13;TCF=10;TCR=3;TR=7;WE=166903970;WS=166903952;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,10:0.53:19
chr6	166903983	rs2072831	C	T	794.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.182;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.64;ReadPosRankSum=-1.453;SOR=0.646;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,20:0.65:31
chr6	166903987	rs2072830	C	A	816.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.017;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=22.07;ReadPosRankSum=-0.494;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,22:0.59:37
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chr6	167271716	rs9347162	T	C	21020.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=483;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.82;SOR=0.843;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,469:1.00:469
chr6	167344583	rs13213697	A	G	2186.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.052;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.840;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=41;PP=1225;ReadPosRankSum=-0.041;SC=ATACTCTGGCAAGGGCATCTT;SOR=0.451;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=139;TCF=61;TCR=78;TR=78;WE=167344591;WS=167344573;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:99,105:0.51:204
chr6	167360389	rs2236313	T	C	1050.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=17;PP=441;SC=AGAAAGAAGATGCAGGTAAGA;SOR=1.005;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=28;TCF=11;TCR=17;TR=28;WE=167360397;WS=167360379;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr6	167435747	rs10624685	A	AACAC	461.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=1.663;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.690;HP=4;HapScore=3;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=1;PP=479;ReadPosRankSum=1.153;SC=GAGCTGCCCCAACACACACAC;SOR=4.174;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=17;TCF=16;TCR=1;TR=12;WE=167435755;WS=167435745;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,11:0.79:14
chr6	167453519	rs368396376	A	AT	1922.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.497;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.20;MQRankSum=0.817;QD=14.03;ReadPosRankSum=1.870;SOR=0.824;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,111:0.81:137
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chr6	167570528	rs35182330	C	T	3173.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=1.838;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=320;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.859;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=35;PP=1445;ReadPosRankSum=-0.974;SC=CCGTGACATCCGAGGTATGAG;SOR=0.637;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=171;TCF=105;TCR=66;TR=88;WE=167570536;WS=167570518;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:163,151:0.48:314
chr6	167571048	rs6902566	T	C	4804.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.992;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=75;NR=46;PP=2313;ReadPosRankSum=0.766;SC=CAGCAGGAAGTGCAGGGCCCA;SOR=0.997;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=123;TCF=76;TCR=47;TR=121;WE=167571056;WS=167571038;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,178:0.99:180
chr6	167584353	rs201194115	C	T	637.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.330;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=8.088;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=44.56;MQRankSum=-3.871;QD=14.17;ReadPosRankSum=2.485;SOR=2.675;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,25:0.56:45
chr6	167590454	rs71571482	G	A	1129.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.897;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.595;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-10.389;NF=61;NR=24;PP=1291;ReadPosRankSum=-0.004;SC=CTTTGAAAATGTGAACATTTT;SOR=0.637;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=182;TCF=126;TCR=56;TR=85;WE=167590462;WS=167590444;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:116,63:0.35:179
chr6	167590541	rs3737098	G	A	611.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.013;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=331;ExcessHet=3.0103;FS=3.062;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.57;MQRankSum=-5.074;QD=1.85;ReadPosRankSum=-0.187;SOR=0.754;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:264,66:0.20:330
chr6	167590574	rs2989541	G	C	6244.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=48.76;QD=26.92;SOR=1.144;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,232:1.00:232
chr6	167591954	rs200583385	G	A	964.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.941;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=311;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.67;MQRankSum=-4.074;QD=3.10;ReadPosRankSum=0.002;SOR=0.702;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:237,74:0.24:311
chr6	167591956	rs201757849	C	T	1059.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.887;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=317;ExcessHet=3.0103;FS=2.983;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.68;MQRankSum=-5.559;QD=3.34;ReadPosRankSum=0.151;SOR=0.901;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:242,75:0.24:317
chr6	167592464	rs60509455	A	G	1732.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=30;NR=13;PP=874;SC=CAGGGACCTTATGACAAGGGA;SOR=1.366;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=43;TCF=30;TCR=13;TR=43;WE=167592472;WS=167592454;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr6	167592524	rs2989545	T	C	1217.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.663;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.873;HP=1;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-2.225;NF=32;NR=16;PP=628;ReadPosRankSum=1.130;SC=TCCCGAAGTCTGCAAAACTCC;SOR=1.066;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=103;TCF=63;TCR=40;TR=48;WE=167592532;WS=167592514;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:92,63:0.41:155
chr6	167592576	rs60976240	G	A	1593.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.052;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.549;HP=2;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-2.154;NF=33;NR=26;PP=824;ReadPosRankSum=-0.274;SC=AGGCCGCCACGCTGCAGGAGC;SOR=0.780;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=118;TCF=64;TCR=54;TR=59;WE=167592584;WS=167592566;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:99,82:0.45:181
chr6	167592656	rs4710193	G	C	2832.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.920;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=-0.276;NF=21;NR=49;PP=1211;ReadPosRankSum=0.262;SC=CTGTAAAGTGGGGGGCTTTCT;SOR=1.386;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=72;TCF=22;TCR=50;TR=70;WE=167592664;WS=167592646;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,110:0.98:112
chr6	167595183	rs377058325	T	C	682.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=40.33;QD=29.69;SOR=4.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr6	167595449	rs139049693	A	C	643.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=44.46;QD=29.26;SOR=3.258;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr6	167609855	.	C	T	168.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.070;ClippingRankSum=0.000;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=4.298;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.59;MQRankSum=-1.827;QD=5.63;ReadPosRankSum=1.146;SOR=0.180;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,10:0.33:30
chr6	167622070	rs671511	C	T	328.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=43.38;QD=25.29;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr6	167622105	rs28661326	A	G	984.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=45.14;QD=25.91;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr6	167622205	rs28588506	G	A	2680.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=53;NR=38;PP=1748;SC=GACTCCACGCGCTCCACAAGC;SOR=1.298;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=91;TCF=53;TCR=38;TR=91;WE=167622213;WS=167622195;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr6	167704944	rs2076005	T	G	5268.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.760;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.886;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=80;NR=46;PP=2544;ReadPosRankSum=-1.332;SC=CAAATTTACGTGTTCACTGGT;SOR=0.203;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=128;TCF=82;TCR=46;TR=126;WE=167704952;WS=167704934;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,199:0.99:201
chr6	167719354	rs62438504	C	T	1499.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=2.147;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.495;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=10;PP=928;ReadPosRankSum=-0.452;SC=AGCTTGAGCACGGGAGGCCTG;SOR=1.421;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=112;TCF=82;TCR=30;TR=55;WE=167719362;WS=167719344;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,66:0.50:132
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chr6	167728640	rs56251147	A	G	356.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-2.493;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.080;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.462;NF=16;NR=7;PP=247;ReadPosRankSum=0.000;SC=TGTGGGGCCCATGGCAGAGCT;SOR=0.527;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=48;TCF=34;TCR=14;TR=23;WE=167728648;WS=167728630;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,22:0.39:56
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chr6	167789404	rs28409124	C	G	1892.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.476;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.165;HP=5;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.932;NF=41;NR=27;PP=942;ReadPosRankSum=-0.868;SC=AGAAAGCCCCCCACTTTACAG;SOR=0.794;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=121;TCF=73;TCR=48;TR=68;WE=167789412;WS=167789394;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,96:0.53:180
chr6	167789493	rs3010590	T	C	2722.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.982;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=249;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-5.033;NF=48;NR=47;PP=1112;ReadPosRankSum=1.051;SC=TGCAGCGTGGTGGCCTGGGAA;SOR=0.676;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=170;TCF=85;TCR=85;TR=95;WE=167789501;WS=167789483;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:113,134:0.54:247
chr6	167789590	rs3010591	C	T	1112.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.111;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.391;HP=5;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-9.693;NF=14;NR=31;PP=699;ReadPosRankSum=0.665;SC=GTCAGAGGCCCCCCTTGTCAC;SOR=1.029;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=94;TCF=33;TCR=61;TR=45;WE=167789598;WS=167789580;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,55:0.45:122
chr6	167789615	rs58620632	C	T	968.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.162;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.854;HP=2;HapScore=4;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=8.621;NF=13;NR=26;PP=1203;ReadPosRankSum=0.253;SC=TCCCTGCAGCCGGCAATGCCT;SOR=0.576;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=74;TCF=24;TCR=50;TR=39;WE=167789630;WS=167789605;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,45:0.53:85
chr6	167789622	rs60376002	G	A	576.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.269;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.444;HP=2;HapScore=4;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-7.502;NF=7;NR=21;PP=887;ReadPosRankSum=-0.757;SC=AGCCGGCAATGCCTCGAGCCC;SOR=1.164;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=65;TCF=20;TCR=45;TR=28;WE=167789630;WS=167789605;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,29:0.40:72
chr6	167791536	rs62428297	A	G	4376.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=-4.359;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=14.449;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=12.362;NF=50;NR=67;PP=2962;ReadPosRankSum=0.012;SC=TTGTGTCTTCATCAGCTGACA;SOR=0.029;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=154;TCF=58;TCR=96;TR=117;WE=167791557;WS=167791520;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:6,179:0.97:185
chr6	167796182	rs62428311	C	G	67.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.153;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.39;ReadPosRankSum=1.029;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,6:0.30:20
chr6	167796309	rs17855834	C	T	959.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.627;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=1.010;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.71;MQRankSum=0.459;QD=17.14;ReadPosRankSum=0.711;SOR=0.869;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,26:0.46:56
chr6	167796319	rs17855833	T	C	968.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.632;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.82;MQRankSum=0.707;QD=16.42;ReadPosRankSum=0.825;SOR=0.811;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,27:0.46:59
chr6	167796415	rs9457321	A	C	2971.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=39;NR=31;PP=1397;SC=TCCTTGGGCTACCCGGCCTCG;SOR=0.827;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=70;TCF=39;TCR=31;TR=70;WE=167796423;WS=167796405;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr6	167797686	.	C	T	70.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=40.00;QD=23.43;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr6	167797844	rs75736096	C	T	2813.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=54.23;QD=26.30;SOR=0.916;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr6	167907609	.	T	TAC	1041.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=69;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=19;NR=2;PP=860;SC=CAAATACACCTACACACATGC;SOR=3.098;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=21;TCF=19;TCR=2;TR=21;WE=167907617;WS=167907599;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr6	167907677	.	T	TACAC,TACACACAC	3229.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.152;ClippingRankSum=0.000;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=3;MGOF=26;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.637;NF=29,29;NR=20,20;PP=666,1084;ReadPosRankSum=-1.193;SC=CACTGATACATACACACACAC;SOR=1.048;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=58;TCF=36;TCR=22;TR=49,49;WE=167907685;WS=167907667;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.58,0.38:79
chr6	168060030	rs76012138	A	G	130.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-3.218;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=1;PP=103;ReadPosRankSum=0.617;SC=GTGTGTGTGCATGTGTGTGCA;SOR=0.412;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=35;TCF=33;TCR=2;TR=10;WE=168060038;WS=168060021;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,10:0.25:40
chr6	168060156	rs34657158	A	G	2709.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-1.938;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=357;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=34;PP=978;ReadPosRankSum=0.613;SC=GCTGGTCTGCAAAGGGGCTCA;SOR=0.712;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=195;TCF=105;TCR=90;TR=77;WE=168060164;WS=168060146;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:203,148:0.42:351
chr6	168060263	rs71783781	CACACAT	C	2713.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.257;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=3;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=37;PP=2982;ReadPosRankSum=-0.474;SC=TAGATACACACACACATACAC;SOR=0.666;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=108;TCF=13;TCR=95;TR=40;WE=168060297;WS=168060247;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:108,87:0.45:195
chr6	168060287	.	C	CAT	3094.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-2.548;ClippingRankSum=0.000;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.613;HP=2;HapScore=3;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=36;PP=2989;ReadPosRankSum=-2.307;SC=TACACACACACACACACATAC;SOR=0.612;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=87;TCF=12;TCR=75;TR=41;WE=168060297;WS=168060247;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,81:0.52:155
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chr6	168060317	rs36156908	C	T	1284.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-3.261;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.812;HP=2;HapScore=2;MGOF=65;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=23;PP=458;ReadPosRankSum=-0.882;SC=CACACACACACATATTCATTT;SOR=0.575;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=85;TCF=26;TCR=59;TR=35;WE=168060325;WS=168060307;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,43:0.45:96
chr6	168060333	rs201764822	T	TACAC	1073.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-0.927;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=54;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=26;PP=879;ReadPosRankSum=0.711;SC=CATTTATACATACACATATAC;SOR=0.628;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=50;TCF=2;TCR=48;TR=26;WE=168060341;WS=168060323;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,31:0.42:74
chr6	168069834	rs75366531	A	G	538.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.896;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.393;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=6;PP=336;ReadPosRankSum=2.223;SC=CATTTTCAGGACAGCATTTTT;SOR=1.127;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=46;TCF=30;TCR=16;TR=21;WE=168069842;WS=168069824;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,25:0.46:54
chr6	168070084	rs113806172	G	A	3267.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=2.388;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=303;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=45;PP=1718;ReadPosRankSum=-0.090;SC=GACAGGAGGCGTCCCCTCTCC;SOR=0.700;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=195;TCF=113;TCR=82;TR=106;WE=168070092;WS=168070074;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:149,154:0.51:303
chr6	168070293	rs112576008	G	A	3769.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.073;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=411;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.100;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=71;PP=1844;ReadPosRankSum=-1.380;SC=CGAGTGCTGTGCCCACTGGGA;SOR=0.775;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=275;TCF=116;TCR=159;TR=120;WE=168070301;WS=168070283;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:222,182:0.45:404
chr6	168070390	rs111280025	T	C	2122.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.223;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.512;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=44;PP=1102;ReadPosRankSum=2.160;SC=GGCCTTGCGATTTCAATCTCA;SOR=0.647;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=140;TCF=40;TCR=100;TR=63;WE=168070398;WS=168070380;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:123,100:0.45:223
chr6	168070425	rs4708607	C	T	1614.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.507;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=36;PP=752;ReadPosRankSum=-0.354;SC=TGAACACTGCCTTCTCATGTG;SOR=0.729;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=109;TCF=35;TCR=74;TR=53;WE=168070433;WS=168070415;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,78:0.47:165
chr6	168070483	rs9355041	A	G	412.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=0.895;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=15;PP=329;ReadPosRankSum=0.217;SC=ACCAAAGGAAAAAGAGGCTGA;SOR=0.845;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=44;TCF=10;TCR=34;TR=19;WE=168070491;WS=168070473;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,19:0.37:51
chr6	168228026	rs201871553	T	TC	343.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.353;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.28;ReadPosRankSum=-2.471;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,15:0.54:28
chr6	168265102	rs2301530	A	G	3297.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=35;NR=49;PP=1667;SC=ATCTCTCTACATTAGTCTCAG;SOR=0.924;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=85;TCF=35;TCR=50;TR=84;WE=168265110;WS=168265092;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr6	168297757	rs11459878	C	CT	1494.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.494;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.014;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQ=60.14;MQRankSum=1.691;NF=2;NR=29;PP=1094;ReadPosRankSum=0.813;SC=TAATTACCGACTTGTATTTAA;SOR=1.107;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=72;TCF=9;TCR=63;TR=31;WE=168297765;WS=168297747;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,62:0.42:149
chr6	168298875	rs9346511	C	T	2057.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.321;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=22;PP=969;ReadPosRankSum=-0.774;SC=TGGTTTCCTTCGGTTTCCAGT;SOR=0.651;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=123;TCF=82;TCR=41;TR=63;WE=168298883;WS=168298865;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:96,96:0.50:192
chr6	168314997	rs11355618	AG	A	4703.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.060;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=287;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.688;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQ=60.04;MQRankSum=0.917;NF=4;NR=71;PP=2771;ReadPosRankSum=0.402;SC=CATTTAAGTAAGGAACACATT;SOR=0.871;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=141;TCF=9;TCR=132;TR=75;WE=168315005;WS=168314987;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:125,151:0.55:276
chr6	168316118	rs3213591	T	G	1068.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-0.247;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=26;PP=576;ReadPosRankSum=0.894;SC=GTGCAGGTGATTGCTGGTGCC;SOR=0.721;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=90;TCF=30;TCR=60;TR=39;WE=168316126;WS=168316108;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,52:0.44:119
chr6	168317994	rs9364207	C	T	2079.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.431;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.914;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=48;PP=1128;ReadPosRankSum=0.156;SC=AAAGGAAATCCTATTTAATAC;SOR=0.888;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=125;TCF=37;TCR=88;TR=66;WE=168318002;WS=168317984;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,96:0.52:184
chr6	168323664	rs2301533	A	G	3831.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.243;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=375;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.687;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=65;PP=1690;ReadPosRankSum=-2.832;SC=GGTACCATGAAGTGAAATGGA;SOR=0.791;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=228;TCF=102;TCR=126;TR=113;WE=168323672;WS=168323654;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:183,188:0.51:371
chr6	168323754	rs639777	G	A	4146.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=38;NR=77;PP=2204;SC=TTTTAAAATCGCTGTTAAATA;SOR=1.417;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=115;TCF=38;TCR=77;TR=115;WE=168323762;WS=168323744;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,153:1.00:153
chr6	168325673	rs610670	T	C	5094.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.077;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=484;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.729;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=81;PP=2241;ReadPosRankSum=-1.155;SC=AACCTTTGTTTTCATCCTTTA;SOR=0.836;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=299;TCF=140;TCR=159;TR=143;WE=168325681;WS=168325663;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:227,248:0.52:475
chr6	168343838	rs1132306	T	C	1934.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.982;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.790;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=31;PP=761;ReadPosRankSum=0.145;SC=TAGGAATCTATGTGAAGTCGG;SOR=0.551;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=123;TCF=66;TCR=57;TR=63;WE=168343846;WS=168343828;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:91,98:0.52:189
chr6	168344880	rs9346632	T	C	446.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=2.910;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=14;PP=319;ReadPosRankSum=-1.619;SC=CGCTTCAGCATAGTGCCTGGG;SOR=1.136;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=27;TCF=3;TCR=24;TR=15;WE=168344888;WS=168344870;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,17:0.59:29
chr6	168348401	rs9364210	T	A	479.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-4.489;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=10;HapScore=4;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=1;PP=383;ReadPosRankSum=0.682;SC=TGCCTTGATTTTTTTTTTTCA;SOR=0.749;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=36;TCF=35;TCR=1;TR=18;WE=168348409;WS=168348393;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,19:0.51:37
chr6	168348504	rs35550837	CT	C	1248.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=2.377;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=260;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.015;HP=10;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.798;NF=24;NR=23;PP=501;ReadPosRankSum=-0.010;SC=TAATATTACACTTTTTTTTTT;SOR=0.790;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=139;TCF=65;TCR=74;TR=47;WE=168348522;WS=168348494;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:157,95:0.38:252
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chr6	168352105	rs2076664	G	A	6365.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.116;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=537;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.524;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=101;NR=92;PP=2962;ReadPosRankSum=0.662;SC=CAGCCATACCGGCCACCCCTG;SOR=0.627;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=340;TCF=182;TCR=158;TR=193;WE=168352113;WS=168352095;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:234,296:0.56:530
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chr6	168377309	rs61743855	G	A	1298.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=1.223;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.743;HP=1;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-1.502;NF=19;NR=19;PP=504;ReadPosRankSum=-2.284;SC=TGTTGGGGGAGGAGAAGAAGG;SOR=0.462;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=98;TCF=41;TCR=57;TR=38;WE=168377320;WS=168377299;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,69:0.44:156
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chr6	168457801	rs3734898	A	G	1134.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.577;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.635;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=16;PP=559;ReadPosRankSum=0.714;SC=CCTGTGGTGGAGCCTCTCCGA;SOR=0.800;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=91;TCF=46;TCR=45;TR=34;WE=168457809;WS=168457791;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,57:0.40:141
chr6	168457966	rs3734899	G	A	1758.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.895;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.551;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=27;PP=647;ReadPosRankSum=0.097;SC=GCTGCATGTCGTCCAGGCCAT;SOR=0.761;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=101;TCF=47;TCR=54;TR=49;WE=168457974;WS=168457956;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,89:0.50:177
chr6	168458023	rs201032714	C	T	1293.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.957;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.056;HP=5;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=21;PP=602;ReadPosRankSum=2.033;SC=CCTGGATCTGCGGGGAGAGGC;SOR=0.425;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=88;TCF=38;TCR=50;TR=42;WE=168458031;WS=168458013;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,64:0.46:138
chr6	168458074	rs3734900	G	A	585.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.308;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.899;HP=3;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=16;PP=294;ReadPosRankSum=0.703;SC=TCCCACCACCGCACACGGCAG;SOR=1.015;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=60;TCF=24;TCR=36;TR=25;WE=168458082;WS=168458064;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,32:0.40:81
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chr6	168459845	rs1548349	G	C	1726.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=1.208;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.455;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=18;PP=498;ReadPosRankSum=1.929;SC=GTCCTGACCTGGGTGCAGGGC;SOR=0.690;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=96;TCF=47;TCR=49;TR=41;WE=168459853;WS=168459835;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:108,90:0.45:198
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chr6	168468186	rs6906979	G	T	1919.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.243;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=34;PP=1064;ReadPosRankSum=0.696;SC=GTGTCACCGTGTGTTCAAAAC;SOR=0.720;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=150;TCF=76;TCR=74;TR=72;WE=168468194;WS=168468176;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:116,97:0.46:213
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chr6	168475822	rs3816859	A	G	2918.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.447;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=244;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.738;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=27;PP=1323;ReadPosRankSum=-0.472;SC=AGAGTGGTGTATAACTGTGTA;SOR=0.499;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=153;TCF=105;TCR=48;TR=80;WE=168475830;WS=168475812;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:106,132:0.55:238
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chr6	168479604	rs34054991	G	A	3256.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.849;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=338;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=1.795;NF=69;NR=42;PP=1813;ReadPosRankSum=-1.002;SC=GCAGCAGCACGAGGACATCCC;SOR=0.688;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=227;TCF=141;TCR=86;TR=111;WE=168479612;WS=168479594;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:169,159:0.48:328
chr6	168479790	rs11750985	C	T	3370.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.095;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=307;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.447;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=85;PP=2018;ReadPosRankSum=0.799;SC=CGTTACTCGGCCCTCCCCCGC;SOR=0.996;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=240;TCF=88;TCR=152;TR=126;WE=168479798;WS=168479780;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:144,156:0.52:300
chr6	168482110	rs4708429	C	T	2080.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=1.493;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=264;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.457;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=34;PP=924;ReadPosRankSum=4.196;SC=GGGCAGTGGACGGGCAGAGGC;SOR=0.727;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=145;TCF=69;TCR=76;TR=65;WE=168482118;WS=168482100;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:149,108:0.42:257
chr6	168482329	rs4708430	C	T	111.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.601;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.88;ReadPosRankSum=-0.109;SOR=0.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,7:0.37:19
chr6	168694594	rs7764061	C	T	3976.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=60;NR=45;PP=2255;SC=CTTGAAATTCCTGATGATTTT;SOR=0.937;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=106;TCF=60;TCR=46;TR=105;WE=168694602;WS=168694584;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,144:1.00:144
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chr6	168695309	rs4708710	C	T	2375.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=45;NR=15;PP=1935;SC=ACATCCTTCCCTACCTGTCAG;SOR=1.788;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=61;TCF=45;TCR=16;TR=60;WE=168695317;WS=168695299;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr6	168695345	rs4708711	G	A	3308.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=31;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=57;NR=34;PP=1799;SC=GCCTGCAGGCGGAGCATGCAT;SOR=1.133;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=91;TCF=57;TCR=34;TR=91;WE=168695353;WS=168695335;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr6	168709697	.	T	C	2382.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.542;ClippingRankSum=0.000;DP=211;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.478;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=49;PP=939;ReadPosRankSum=0.941;SC=ATCCACCCCCTGGCAGAGGAG;SOR=0.897;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=126;TCF=41;TCR=85;TR=71;WE=168709705;WS=168709687;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:91,116:0.56:207
chr6	168711797	rs899519	G	C	554.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-2.459;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.363;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=4;PP=322;ReadPosRankSum=0.773;SC=CTGCGTGCCTGCCCCTGTGTC;SOR=0.446;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=31;TCF=25;TCR=6;TR=17;WE=168711805;WS=168711787;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,24:0.57:42
chr6	168764106	rs72353239	GGAGAGGGAGATT	G	503.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.98;SOR=3.611;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr6	168927213	rs12111003	G	A	424.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-0.137;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.236;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=12;PP=226;ReadPosRankSum=-0.653;SC=GAAGGCAGGTGGGGGGAGCCG;SOR=0.148;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=36;TCF=5;TCR=31;TR=15;WE=168927221;WS=168927203;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,20:0.49:41
chr6	168928225	rs2224209	G	A	546.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=9;NR=5;PP=273;SC=AGCCACTGCCGCAGAAAGCAG;SOR=1.402;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=14;TCF=9;TCR=5;TR=14;WE=168928233;WS=168928215;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr6	168928251	rs2609287	C	T	454.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=1.450;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=4;PP=232;ReadPosRankSum=-1.201;SC=GCCTCGCAGCCGTGAGGCGCT;SOR=0.743;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=21;TCF=15;TCR=6;TR=14;WE=168928259;WS=168928241;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,20:0.59:34
chr6	168928519	rs2609286	C	T	1498.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.802;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=26;PP=718;ReadPosRankSum=2.112;SC=CCAGTTTGGCCGGCATTGTGA;SOR=1.034;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=44;TCF=18;TCR=26;TR=44;WE=168928527;WS=168928509;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,59:0.97:61
chr6	169064933	rs2275919	T	C	4847.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=44;NR=65;PP=1828;SC=GCAAGCTTACTGACTACACCC;SOR=0.941;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=109;TCF=44;TCR=65;TR=109;WE=169064941;WS=169064923;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,187:1.00:187
chr6	169115507	rs79941498	A	G	696.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.241;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.01;ReadPosRankSum=-2.124;SOR=0.576;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,33:0.57:58
chr6	169617726	rs8089	A	C	531.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=12;NR=3;PP=303;SC=TTCATCTCTGAGTTCCATTGA;SOR=1.981;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=12;TCR=3;TR=15;WE=169617734;WS=169617717;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr6	169617934	rs58423957	GA	G	1312.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.443;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=15;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQ=60.42;MQRankSum=0.360;NF=2;NR=28;PP=528;ReadPosRankSum=-0.319;SC=TCTACAAAAAGAAAAAAAAAA;SOR=0.544;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=36;TCF=2;TCR=34;TR=30;WE=169617942;WS=169617924;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,66:0.96:69
chr6	169619815	rs10945402	C	T	2873.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=39;NR=22;PP=1274;SC=AAGGGTAATGCGCATTTGAAG;SOR=1.085;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=61;TCF=39;TCR=22;TR=61;WE=169619823;WS=169619805;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr6	169619933	rs113367461	T	TTTCCTTCC	7810.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=62.30;QD=45.68;SOR=0.829;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,171:1.00:171
chr6	169620247	rs9393165	T	C	2648.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=53;NR=11;PP=1447;SC=TTTCCCTTTCTGGGTGCCACA;SOR=1.994;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=65;TCF=53;TCR=12;TR=64;WE=169620255;WS=169620237;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr6	169622263	rs6605530	G	A	1679.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=49;NR=2;PP=1315;SC=GTGCAGAGGAGATGTGTGGGC;SOR=4.731;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=51;TCF=49;TCR=2;TR=51;WE=169622271;WS=169622253;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr6	169628169	rs33928942	CAA	C	1395.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.093;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.44;MQRankSum=0.356;QD=22.51;ReadPosRankSum=-0.732;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:9,53:0.85:62
chr6	169629783	rs6422747	G	A	6409.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=242;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=83;NR=94;PP=2965;SC=TCCTGCAATTGGAGAAGGAAG;SOR=0.771;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=178;TCF=84;TCR=94;TR=177;WE=169629791;WS=169629773;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,239:1.00:239
chr6	169629910	rs6422748	G	C	1596.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=2;NR=40;PP=1233;SC=AGCGGGAGCTGAGAGAGGAGC;SOR=4.003;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=42;TCF=2;TCR=40;TR=42;WE=169629918;WS=169629900;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr6	169632305	rs145532758	AG	A	11411.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=352;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=17;NR=115;PP=2951;SC=TACGGGGAGAAGGGCTGCGGG;SOR=0.956;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=138;TCF=17;TCR=121;TR=132;WE=169632313;WS=169632295;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,322:1.00:322
chr6	169637456	rs9283850	G	A	11078.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=272;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=57;NR=115;PP=2965;SC=CACAAGAAGCGGAGAGAGATC;SOR=1.249;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=173;TCF=58;TCR=115;TR=172;WE=169637477;WS=169637446;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,266:1.00:266
chr6	169637469	rs73043889	G	T	10112.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=51;NR=104;PP=2965;SC=GAGAGATCAGGCTGTGCCGCC;SOR=1.329;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=155;TCF=51;TCR=104;TR=155;WE=169637477;WS=169637446;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,222:1.00:222
chr6	169637519	rs9283851	C	T	2486.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=43;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=14;NR=58;PP=1684;SC=CCTTATTAACCGAGGAGCATC;SOR=2.570;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=72;TCF=14;TCR=58;TR=72;WE=169637527;WS=169637509;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr6	169637911	rs9766678	G	A	7191.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=270;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=61;NR=91;PP=2965;SC=AAGCAAACACGGTGGCATCAG;SOR=0.951;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=154;TCF=62;TCR=92;TR=152;WE=169637919;WS=169637901;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,267:1.00:267
chr6	169646199	rs73046008	A	C	17517.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.528;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=643;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=282;NR=149;PP=2965;ReadPosRankSum=1.893;SC=TACAAGCATGAATGCACACAC;SOR=0.870;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=435;TCF=284;TCR=151;TR=431;WE=169646220;WS=169646189;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:5,633:0.99:638
chr6	169646409	rs73046010	A	G	8128.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.929;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=296;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=160;PP=2965;ReadPosRankSum=1.681;SC=AAATAGAGCAACAGATAAACA;SOR=1.618;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=224;TCF=62;TCR=162;TR=221;WE=169646417;WS=169646399;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,287:0.99:289
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chr6	170156683	rs9478102	T	C	395.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.027;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=10;PP=239;ReadPosRankSum=0.457;SC=TTTTGAATGATTATGAAATCA;SOR=0.693;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=33;TCF=12;TCR=21;TR=15;WE=170156691;WS=170156673;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,18:0.44:41
chr6	170156979	rs13209742	A	G	310.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=0.309;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.319;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=10;PP=181;ReadPosRankSum=1.410;SC=ACCCAAGACTAGGAAGAGAAA;SOR=1.569;SbPval=0.93;Source=Platypus;TC=27;TCF=6;TCR=21;TR=11;WE=170156987;WS=170156969;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,15:0.41:37
chr6	170159023	rs6459660	G	A	2232.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.708;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=237;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.520;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=25;PP=1412;ReadPosRankSum=-1.096;SC=GGTTTATTCAGTAATTCAGTA;SOR=0.773;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=169;TCF=122;TCR=47;TR=87;WE=170159031;WS=170159013;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:123,102:0.45:225
chr6	170160243	rs140228395	GCCT	G	343.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.891;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=5;PP=163;ReadPosRankSum=-1.153;SC=CCAAAGCCCTGCCTCCTCCCA;SOR=0.784;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=1;TCR=16;TR=5;WE=170160253;WS=170160233;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,10:0.43:23
chr6	170162515	rs9478006	A	C	3786.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.757;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=394;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.654;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=44;PP=1579;ReadPosRankSum=1.600;SC=TTTTCCCTTCAATTTCATAGG;SOR=0.569;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=223;TCF=132;TCR=91;TR=103;WE=170162523;WS=170162494;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:201,191:0.49:392
chr6	170166672	rs13199463	T	C	1030.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.439;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.289;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=16;PP=437;ReadPosRankSum=-1.588;SC=TTATTTTGCATAGTGTTAGTG;SOR=0.574;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=53;TCF=28;TCR=25;TR=29;WE=170166680;WS=170166662;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,49:0.59:83
chr6	170173277	rs9478007	G	A	1083.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.783;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.671;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=9;PP=697;ReadPosRankSum=0.602;SC=TTTTAATGAAGCACTTGCTTT;SOR=1.086;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=106;TCF=79;TCR=27;TR=44;WE=170173285;WS=170173267;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,52:0.41:126
chr6	170190200	rs3807067	G	A	1860.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.844;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.188;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=26;PP=966;ReadPosRankSum=-0.655;SC=GGCAGCAGAAGTGCAGCTGAC;SOR=0.816;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=119;TCF=69;TCR=50;TR=64;WE=170190208;WS=170190190;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,91:0.52:174
chr6	170592293	rs2295205	C	G	3466.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=1.004;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=254;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.985;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=43;PP=1902;ReadPosRankSum=2.862;SC=GGTACCCCCTCCTGATGCCCG;SOR=0.789;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=185;TCF=105;TCR=80;TR=103;WE=170592301;WS=170592283;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:103,148:0.59:251
chr6	170594819	rs2255020	T	C	7614.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=275;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=71;NR=106;PP=2965;SC=CAGATGGACGTTGACTGTTGC;SOR=0.990;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=177;TCF=71;TCR=106;TR=177;WE=170594827;WS=170594809;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,274:1.00:274
chr6	170595430	rs2747757	G	C	7175.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=242;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=48;NR=151;PP=2965;SC=CGCCAAGTACGTCCCAACAGG;SOR=2.110;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=199;TCF=48;TCR=151;TR=199;WE=170595438;WS=170595420;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,238:1.00:238
chr6	170597276	rs2738822	C	T	1354.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.336;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.155;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=15;PP=829;ReadPosRankSum=0.915;SC=TCCCTGCGCGCGGTCCGTGTT;SOR=0.903;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=135;TCF=95;TCR=40;TR=55;WE=170597284;WS=170597266;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:92,66:0.42:158
chr6	170598227	rs2747756	T	G	4753.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=64;NR=48;PP=2154;SC=CTCCGGGTGGTAGCGGTCGCG;SOR=0.899;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=112;TCF=64;TCR=48;TR=112;WE=170598235;WS=170598217;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,179:1.00:179
chr6	170598352	rs2738821	C	T	1587.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-1.185;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.805;HP=2;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=30;PP=680;ReadPosRankSum=2.332;SC=CGGAAATCTCCCGGGCGCGCT;SOR=0.571;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=117;TCF=49;TCR=68;TR=54;WE=170598360;WS=170598342;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:102,84:0.45:186
chr6	170598368	rs67433119	TCTC	T	1377.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-1.160;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.346;HP=3;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=29;PP=1232;ReadPosRankSum=2.696;SC=GCGCTCGGCCTCTCCTCCTCG;SOR=0.571;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=71;TCF=9;TCR=62;TR=31;WE=170598378;WS=170598358;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,68:0.49:139
chr6	170627651	rs9460113	G	A	26115.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.965;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1257;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.77;MQRankSum=2.680;QD=21.22;ReadPosRankSum=16.824;SOR=0.633;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:126,1105:0.90:1231
chr6	170704444	rs7738466	C	A	2137.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=38;NR=21;PP=1147;SC=TGCGTTTTTTCATGACCCTCC;SOR=1.236;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=59;TCF=38;TCR=21;TR=59;WE=170704452;WS=170704434;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr6	170871013	.	A	ACAG	2989	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;FR=0.5000;HP=1;HapScore=1;MGOF=25;MMLQ=26;MQ=59.15;NF=49;NR=68;PP=2989;QD=20;SC=AGCAACAACAACAGCAGCAGC;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=167;TCF=61;TCR=106;TR=117;WE=170871021;WS=170871003;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:50,117:0.70:167
chr6	170871037	rs71815788	GCAA	G	4174.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.865;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=375;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.803;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=3.185;NF=56;NR=75;PP=2989;ReadPosRankSum=0.195;SC=AGCAGCAGCAGCAACAGCAAC;SOR=0.355;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=184;TCF=78;TCR=106;TR=131;WE=170871065;WS=170871027;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,140:0.91:154
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chr6	170871049	.	G	GCAA	481.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.486;ClippingRankSum=0.000;DP=353;ExcessHet=3.0103;FS=0.629;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.91;MQRankSum=0.549;QD=2.40;ReadPosRankSum=2.303;SOR=0.597;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:156,45:0.22:201
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chr7	286532	.	TGA	CGG	328	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;FR=0.5000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MMLQ=24;MQ=61.92;NF=2;NR=7;PP=328;QD=42.3853194291;SC=CACCGGTGAGTGAGGCCGTCC;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=37;TCF=7;TCR=30;TR=9;WE=286542;WS=286522;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:28,9:0.24:37
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chr7	330882	.	TCA	GCG	2944	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=15;NR=53;PP=2944;QD=20;SC=CGCGGCGGCTTCAGGGAGGTC;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=144;TCF=36;TCR=108;TR=68;WE=330892;WS=330872;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:76,68:0.47:144
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chr7	540741	rs1800814	G	A	21875.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=820;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=277;NR=238;PP=2965;SC=GCCGACGAAGGCAGCCACTCA;SOR=0.807;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=515;TCF=277;TCR=238;TR=515;WE=540749;WS=540731;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,812:1.00:812
chr7	550399	rs192632660	A	G	318.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.85;QD=35.42;SOR=4.615;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr7	550409	rs183980841	G	A	317.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.88;QD=35.31;SOR=4.615;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr7	550737	rs62433334	G	C	2479.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=1.954;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.556;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=62;PP=1870;ReadPosRankSum=0.611;SC=ACCAGGGTAAGCCACAGGCCA;SOR=2.920;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=76;TCF=13;TCR=63;TR=74;WE=550745;WS=550727;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,81:0.98:83
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chr7	618869	rs62431412	G	A	4375.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=2.010;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=503;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=4;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=75;NR=59;PP=2962;ReadPosRankSum=1.981;SC=CACCCAGAGCGCCCACGTGGG;SOR=0.714;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=292;TCF=162;TCR=130;TR=134;WE=618877;WS=618845;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:276,225:0.45:501
chr7	618938	rs3211362	A	G	5509.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.192;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=579;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=77;NR=80;PP=2338;ReadPosRankSum=-2.235;SC=CCTGGACCACAATTTTCTCTC;SOR=0.676;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=326;TCF=156;TCR=170;TR=157;WE=618946;WS=618928;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:301,276:0.48:577
chr7	624221	rs9330368	T	G	3062.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.790;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=346;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.279;HP=6;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=39;PP=1315;ReadPosRankSum=-0.714;SC=CGGGAGAAAGTAAAAAACAGA;SOR=0.784;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=198;TCF=106;TCR=92;TR=87;WE=624229;WS=624211;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:190,154:0.45:344
chr7	624344	rs9330367	C	T	1640.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=2.341;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=38;PP=964;ReadPosRankSum=0.531;SC=AAGCCCTCGACGACTCGGAGT;SOR=0.661;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=120;TCF=45;TCR=75;TR=62;WE=624352;WS=624334;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,76:0.50:151
chr7	624366	rs13221342	G	A	1052.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-1.047;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.798;HP=2;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=29;PP=691;ReadPosRankSum=1.434;SC=TGCGTGAGCTGCCACGGTGTC;SOR=0.536;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=91;TCF=28;TCR=63;TR=44;WE=624374;WS=624356;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,49:0.49:101
chr7	624401	rs9330366	C	T	573.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=4.877;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=33;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=19;PP=408;ReadPosRankSum=1.079;SC=TCCCTCCTCCCGGGGGGCTTC;SOR=0.751;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=50;TCF=6;TCR=44;TR=21;WE=624409;WS=624391;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,24:0.45:53
chr7	766214	rs150662951	G	GACGAT	642.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.758;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=4;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=4;PP=797;ReadPosRankSum=0.755;SC=GGGCGAGCACGACAAGAGCAC;SOR=0.693;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=18;TCF=9;TCR=9;TR=8;WE=766228;WS=766204;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,16:0.50:32
chr7	766220	rs79984239	A	G	678.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.046;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.242;HP=2;HapScore=4;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=7;PP=787;ReadPosRankSum=1.241;SC=GCACGACAAGAGCACAGGCCC;SOR=0.466;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=31;TCF=20;TCR=11;TR=18;WE=766228;WS=766204;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,20:0.49:41
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chr7	772025	rs4072597	G	A	557.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=0.185;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.221;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=1;PP=462;ReadPosRankSum=1.823;SC=CCTCAGGTGGGTGACTCATGG;SOR=2.476;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=37;TCF=35;TCR=2;TR=21;WE=772033;WS=772016;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,22:0.48:46
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chr7	813650	rs62432869	G	A	9666.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=1.506;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=915;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.519;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=164;NR=106;PP=2962;ReadPosRankSum=0.666;SC=GCACCTGTCCGGTCTCCTCAT;SOR=0.740;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=542;TCF=324;TCR=218;TR=270;WE=813658;WS=813640;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:438,470:0.52:908
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chr7	814788	rs3922641	G	A	1901.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.933;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=237;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.966;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=27;PP=957;ReadPosRankSum=-0.048;SC=AAACTCATCAGGATTTATCCT;SOR=0.751;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=142;TCF=73;TCR=69;TR=61;WE=814796;WS=814778;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:136,96:0.41:232
chr7	821798	rs4374882	C	T	7712.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=251;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.52;QD=31.35;SOR=1.371;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,246:1.00:246
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chr7	825114	rs67721251	T	C	9416.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.759;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=355;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=112;NR=87;PP=2965;ReadPosRankSum=1.001;SC=TGGTTTCATGTTTGTTTCTGG;SOR=0.865;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=202;TCF=113;TCR=89;TR=199;WE=825122;WS=825104;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,350:0.99:352
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chr7	889858	rs34398649	C	T	587.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=2.409;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.031;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=18;PP=381;ReadPosRankSum=0.904;SC=TTTTTGGAAGCGGAGTCTCAC;SOR=0.105;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=41;TCF=5;TCR=36;TR=21;WE=889866;WS=889848;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,25:0.54:46
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chr7	891184	rs10628483	C	CGAT	2490.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=1.451;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.627;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.087;NF=4;NR=26;PP=1351;ReadPosRankSum=0.232;SC=CACCTGCACTCGATTTACCTA;SOR=0.788;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=71;TCF=9;TCR=62;TR=30;WE=891192;WS=891174;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,66:0.46:142
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chr7	905786	rs4721952	A	G	640.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=0.606;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.373;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=25;PP=508;ReadPosRankSum=0.814;SC=CCACAGCTCCATGGAACTTCG;SOR=1.569;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=45;TCF=2;TCR=43;TR=26;WE=905794;WS=905776;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,26:0.55:47
chr7	912755	rs4722034	C	T	1066.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.330;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=12;PP=625;ReadPosRankSum=1.060;SC=ATTTCCAACTCAGCTGCTTCC;SOR=0.637;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=91;TCF=67;TCR=24;TR=43;WE=912763;WS=912745;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,52:0.41:128
chr7	925949	rs10226357	A	G	528.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=4.547;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=18;PP=433;ReadPosRankSum=-0.353;SC=CACTCTCAAGACTGGGGCTCT;SOR=1.143;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=32;TCF=3;TCR=29;TR=19;WE=925957;WS=925939;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,19:0.59:32
chr7	926077	rs10267796	G	A	394.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=2.249;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=4;PP=319;ReadPosRankSum=0.693;SC=GCCAAGGGACGTGGTGCTCAG;SOR=0.627;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=31;TCF=24;TCR=7;TR=18;WE=926085;WS=926067;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,17:0.55:31
chr7	926827	rs4722203	T	C	9882.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=375;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=115;NR=99;PP=2965;SC=CTCTGGGGCATATGGCGCTGG;SOR=0.796;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=214;TCF=115;TCR=99;TR=214;WE=926835;WS=926817;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,364:1.00:364
chr7	933234	rs35157448	T	A	300.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=1.493;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=4;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.929;NF=7;NR=1;PP=449;ReadPosRankSum=0.597;SC=GTGTTGGGCATGGGCGCGGTG;SOR=1.071;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=20;TCF=18;TCR=2;TR=8;WE=933248;WS=933224;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,9:0.38:24
chr7	933240	rs34784960	C	CGGT	372.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-0.522;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=4;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.765;NF=6;NR=1;PP=408;ReadPosRankSum=-0.510;SC=GGCATGGGCGCGGTGTGTGCA;SOR=0.999;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=20;TCF=17;TCR=3;TR=7;WE=933248;WS=933224;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,12:0.41:29
chr7	939724	rs147598930	G	A	10791.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.62;BaseQRankSum=0.794;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1054;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=145;NR=142;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.887;SC=CAGGCCGCACGTGCGGCACAC;SOR=0.668;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=555;TCF=284;TCR=271;TR=287;WE=939732;WS=939714;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:503,533:0.51:1036
chr7	940181	rs10256887	C	T	2927.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=22;NR=37;PP=1441;SC=TCTGCGTCGCCGGCCCCTGGG;SOR=1.028;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=64;TCF=27;TCR=37;TR=59;WE=940189;WS=940171;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr7	940258	rs113839920	G	GGGCAAAGGCA	2110.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.694;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=33;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=18;PP=2971;ReadPosRankSum=1.144;SC=AATCTCCTAGGGGCAAAGGTG;SOR=0.715;SbPval=0.06;Source=Platypus;TC=53;TCF=6;TCR=47;TR=24;WE=940275;WS=940248;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,55:0.47:118
chr7	940267	rs3824079	T	C	2047.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.896;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=33;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=24;PP=1954;ReadPosRankSum=-0.168;SC=GGGGCAAAGGTGGGCACAGGC;SOR=0.650;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=75;TCF=29;TCR=46;TR=40;WE=940275;WS=940248;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,56:0.47:120
chr7	940296	.	A	AGG,AGGGCTGGGGTCCCCACAGAG	500.73	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.437;ClippingRankSum=0.000;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=149;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=17;PP=1137;ReadPosRankSum=0.613;SC=AGGAGGCTGCAGCGCTGGGGT;SOR=0.822;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=43;TCF=7;TCR=36;TR=21;WE=940306;WS=940286;set=Intersection	GT:AF:DP	0/1:0.39:38
chr7	940298	rs13224354	C	G,CTGGGGTCCCCACAGAGGG	2242.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.357;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.004;HP=2;HapScore=1;MGOF=149;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=35;PP=1499;ReadPosRankSum=-2.159;SC=GAGGCTGCAGCGCTGGGGTCC;SOR=1.949;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=68;TCF=29;TCR=39;TR=63;WE=940306;WS=940286;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.55,0.39:38
chr7	940501	rs72074799	AGAAGGGCC	A	1112.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.858;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=49;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-2.478;NF=14;NR=13;PP=1172;ReadPosRankSum=-0.612;SC=CGAAGTCCTGAGAAGGGCCGA;SOR=0.598;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=34;TCF=16;TCR=18;TR=27;WE=940516;WS=940491;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,30:0.54:56
chr7	940525	.	C	CGAA,CGAAGGGCCGAA	1505.73	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.422;ClippingRankSum=0.000;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.845;HP=3;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=4.897;NF=18;NR=16;PP=2983;ReadPosRankSum=0.320;SC=GCCGAAGGGCCGGGCCGGGCC;SOR=0.937;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=45;TCF=23;TCR=22;TR=34;WE=940539;WS=940515;set=Intersection	GT:AF:DP	0/1:0.49:82
chr7	940531	.	G	GAAGGGCCA	1667.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.550;ClippingRankSum=0.000;DP=89;ExcessHet=3.0103;FS=3.390;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=62.15;MQRankSum=4.130;QD=18.95;ReadPosRankSum=2.332;SOR=1.210;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:43,45:0.51:88
chr7	940724	rs11765973	G	A	649.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.884;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=13;PP=300;ReadPosRankSum=0.420;SC=TTGGAGCTGTGGCCCCTACCG;SOR=0.792;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=47;TCF=18;TCR=29;TR=19;WE=940732;WS=940714;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,32:0.42:76
chr7	943998	rs3824077	C	T	1555.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=29;PP=828;SC=GTGCTGGCGGCGCACCTGCTG;SOR=1.823;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=8;TCR=29;TR=37;WE=944006;WS=943988;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr7	944683	rs1881121	C	T	5589.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=88;NR=54;PP=2757;SC=ACCCCACCCCCGTCTGTGACT;SOR=1.075;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=146;TCF=91;TCR=55;TR=142;WE=944691;WS=944673;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,213:1.00:213
chr7	944922	rs112479370	C	CA	836.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.429;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=1.366;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.39;MQRankSum=1.649;QD=23.24;ReadPosRankSum=-2.004;SOR=0.869;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,23:0.64:36
chr7	944929	rs28533260	C	G	805.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.468;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=1.451;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.46;MQRankSum=1.660;QD=25.99;ReadPosRankSum=-1.447;SOR=0.572;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,19:0.61:31
chr7	944934	.	A	G	649.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=1.949;ClippingRankSum=0.000;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.52;MQRankSum=1.699;QD=24.07;ReadPosRankSum=-0.052;SOR=0.538;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,15:0.56:27
chr7	944935	rs372870944	CAG	C	598.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.398;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=1.545;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.54;MQRankSum=1.684;QD=23.03;ReadPosRankSum=-0.441;SOR=0.402;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,15:0.58:26
chr7	944945	.	C	G	283.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.623;ClippingRankSum=-0.000;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.88;MQRankSum=1.542;QD=18.92;ReadPosRankSum=2.799;SOR=0.551;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,7:0.47:15
chr7	944947	.	G	GGAC	232.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.097;ClippingRankSum=-0.000;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=3.424;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.64;MQRankSum=1.097;QD=21.16;ReadPosRankSum=3.067;SOR=0.074;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,6:0.55:11
chr7	944951	rs201301480	G	GGT	199.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=62.65;QD=33.29;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:0,6:1.00:6
chr7	960642	rs34217249	G	A	2245.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.788;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.211;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=54;PP=1237;ReadPosRankSum=-1.801;SC=TCCCAGCTGGGTCTCTGGCCC;SOR=0.819;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=138;TCF=44;TCR=94;TR=77;WE=960650;WS=960632;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,102:0.56:183
chr7	960705	rs10250309	T	C	1783.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=46;PP=1391;SC=CACCCCAAAATTCGGTCCCCG;SOR=3.383;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=54;TCF=7;TCR=47;TR=53;WE=960713;WS=960695;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
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chr7	1131356	rs3802141	T	C	4191.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=1.738;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=468;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.126;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=79;NR=48;PP=1959;ReadPosRankSum=0.092;SC=AGCTGCACGGTGCAGAGACAT;SOR=0.602;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=280;TCF=181;TCR=99;TR=127;WE=1131364;WS=1131346;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:261,204:0.44:465
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chr7	1133305	rs1133043	C	G	2938.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.499;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=336;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.277;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=62;PP=1418;ReadPosRankSum=1.045;SC=ACTCCAGCACCTGTGGCTGAC;SOR=0.929;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=221;TCF=92;TCR=129;TR=99;WE=1133313;WS=1133295;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:180,150:0.45:330
chr7	1192572	rs1133122	C	A	1104.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.738;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.855;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=14;PP=340;ReadPosRankSum=-0.823;SC=TTATTATAGTCCCATCTCCCT;SOR=0.266;SbPval=0.25;Source=Platypus;TC=80;TCF=50;TCR=30;TR=30;WE=1192580;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,57:0.46:124
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chr7	1195293	rs143202029	T	TC	1449.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.524;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.549;HP=3;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=27;PP=1026;ReadPosRankSum=-0.374;SC=AAACGAGTACTCCTGTGCGGC;SOR=1.057;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=70;TCF=7;TCR=63;TR=30;WE=1195301;WS=1195283;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,53:0.46:116
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chr7	1477113	rs10266642	T	C	1071.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=1.469;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.249;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=11;PP=420;ReadPosRankSum=1.205;SC=CCCCCAGACATCCTGGGCTCC;SOR=1.112;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=48;TCF=28;TCR=20;TR=30;WE=1477121;WS=1477103;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,49:0.65:75
chr7	1477143	rs111643610	C	T	1275.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.538;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FS=0.841;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.87;ReadPosRankSum=1.325;SOR=0.899;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,62:0.67:92
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chr7	1478495	rs4492283	A	G	4915.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.330;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=475;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=68;NR=65;PP=2033;ReadPosRankSum=0.938;SC=CCTGAAGGTGAGGTTTCTTCT;SOR=0.701;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=275;TCF=139;TCR=136;TR=133;WE=1478503;WS=1478485;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:226,239:0.51:465
chr7	1478644	rs4307249	G	A	1107.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=3.346;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.352;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=37;PP=843;ReadPosRankSum=-1.295;SC=GCCCCCAGGTGGGGAGACAGA;SOR=1.189;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=91;TCF=18;TCR=73;TR=44;WE=1478652;WS=1478634;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,48:0.44:108
chr7	1479444	rs28718334	G	A	304.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.066;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=20.32;ReadPosRankSum=-0.468;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,8:0.53:15
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chr7	1479764	rs59814665	AG	A	1089.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=3.024;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.942;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=26;PP=907;ReadPosRankSum=0.800;SC=CACCAGCCCCAGGGCCTGGCC;SOR=1.845;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=49;TCF=2;TCR=47;TR=26;WE=1479772;WS=1479754;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,38:0.46:82
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chr7	1484572	rs10435184	A	G	3478.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=38;NR=44;PP=1701;SC=GGGCTCCCCCACCCTGGGGTG;SOR=0.810;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=83;TCF=39;TCR=44;TR=82;WE=1484580;WS=1484548;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr7	1516129	.	G	GCCTCTCCCGGATGGGCCACCC	2637.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.888;ClippingRankSum=0.000;DP=374;ExcessHet=3.0103;FS=3.782;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.33;MQRankSum=4.604;QD=14.26;ReadPosRankSum=1.496;SOR=1.011;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:131,54:0.29:185
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chr7	1519011	rs56975547	G	A	1361.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.618;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.687;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=18;PP=742;ReadPosRankSum=0.889;SC=GCCGTCCTGCGGGAGGCAGAG;SOR=0.425;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=74;TCF=49;TCR=25;TR=46;WE=1519019;WS=1519001;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,63:0.60:105
chr7	1519361	rs9692164	A	G	669.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.107;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=2.350;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.88;ReadPosRankSum=0.617;SOR=0.543;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,31:0.60:52
chr7	1519892	rs4546558	C	G	146.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.292;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=0;PP=79;ReadPosRankSum=-0.061;SC=GAGGCGGCAGCGAAGGCTGCA;SOR=1.002;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=12;TCR=0;TR=5;WE=1519900;WS=1519882;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,7:0.44:16
chr7	1519946	rs7783971	A	T	290.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-2.748;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.790;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=2;PP=111;ReadPosRankSum=0.984;SC=TGCAGCAGCAACGCTACCTGG;SOR=0.227;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=28;TCF=25;TCR=3;TR=10;WE=1519954;WS=1519936;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,15:0.42:36
chr7	1520915	rs138410145	C	T	4713.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-2.892;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=412;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.529;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=99;NR=56;PP=2304;ReadPosRankSum=0.025;SC=GCCCCAAAAGCCTGGCCGGGC;SOR=0.743;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=291;TCF=179;TCR=112;TR=155;WE=1520923;WS=1520905;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:185,225:0.55:410
chr7	1522157	rs10227674	T	C	2127.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.170;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.799;HP=4;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=20;PP=1235;ReadPosRankSum=0.611;SC=CAGCAGCCCCTGCCCAAGCCC;SOR=1.069;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=131;TCF=91;TCR=40;TR=73;WE=1522165;WS=1522147;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,93:0.55:168
chr7	1522175	rs10224038	A	G	7893.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=105;NR=60;PP=2965;SC=CCCAGCCTGGACCGTACCGGC;SOR=1.169;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=166;TCF=105;TCR=61;TR=165;WE=1522183;WS=1522165;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,227:1.00:227
chr7	1523559	rs10235180	T	C	811.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-1.614;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.452;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=23;PP=470;ReadPosRankSum=0.198;SC=GGTACCCAGCTGGCACCGAGC;SOR=1.316;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=68;TCF=25;TCR=43;TR=33;WE=1523567;WS=1523549;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,40:0.50:80
chr7	1523956	rs11972722	A	G	282.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.724;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=10;PP=220;ReadPosRankSum=-1.545;SC=GCCGCCAGGGAAGACGACCAG;SOR=0.646;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=18;TCF=3;TCR=15;TR=12;WE=1523964;WS=1523946;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,11:0.61:18
chr7	1526181	rs6969991	G	A	1315.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=2.122;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=14;PP=723;ReadPosRankSum=0.038;SC=GATGACAGGCGTGAGCCACCG;SOR=0.755;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=84;TCF=55;TCR=29;TR=44;WE=1526189;WS=1526171;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,59:0.57:103
chr7	1526456	rs62435333	C	T	1542.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.430;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.975;HP=5;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=21;PP=920;ReadPosRankSum=1.572;SC=ACAGGCCAGGCGGGTAGGACG;SOR=1.055;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=120;TCF=69;TCR=51;TR=56;WE=1526464;WS=1526446;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,70:0.49:143
chr7	1527687	rs10279407	C	T	1007.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=1.163;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.414;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=31;PP=657;ReadPosRankSum=-0.685;SC=AAAACCCCTACGGCTGCTGCT;SOR=0.242;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=76;TCF=14;TCR=62;TR=40;WE=1527695;WS=1527677;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,45:0.53:85
chr7	1527735	rs10267772	G	A	342.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=2.089;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.527;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=11;PP=203;ReadPosRankSum=-2.181;SC=CAGGGCGCCCGGTAGCATCCA;SOR=0.180;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=29;TCF=0;TCR=29;TR=11;WE=1527743;WS=1527725;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,15:0.42:36
chr7	1528947	.	T	TCCCGGGCCCGCCGAGGGGACGTGCGCACTCACTTCAGGCCCTGCTCCCAGC	3790.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.841;ClippingRankSum=0.000;DP=193;ExcessHet=3.0103;FS=3.861;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=61.06;MQRankSum=0.840;QD=54.94;ReadPosRankSum=-1.691;SOR=2.494;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:3,66:0.96:69
chr7	1529201	rs4425657	G	A	4282.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-1.486;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=460;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=72;PP=1805;ReadPosRankSum=0.175;SC=CCACGTGTGCGCATGGGGCGG;SOR=0.686;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=267;TCF=115;TCR=152;TR=127;WE=1529209;WS=1529191;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:242,215:0.47:457
chr7	1529427	rs4380839	C	A	117.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-1.205;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=5;PP=63;ReadPosRankSum=0.400;SC=GCTCCCAGCTCCTCCCGGGAC;SOR=0.368;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=16;TCF=3;TCR=13;TR=7;WE=1529435;WS=1529417;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,7:0.41:17
chr7	1532631	rs10229645	G	A	2940.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=0.611;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=319;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.420;HP=3;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.371;NF=65;NR=34;PP=1481;ReadPosRankSum=-0.002;SC=AGTGGGGAGCGGGGCGTGGGC;SOR=0.733;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=194;TCF=126;TCR=68;TR=99;WE=1532639;WS=1532621;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:159,148:0.48:307
chr7	1533513	rs2251226	A	G	3041.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.646;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=302;ExcessHet=3.0103;FS=0.419;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.17;ReadPosRankSum=-1.321;SOR=0.707;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:149,150:0.50:299
chr7	1533556	rs2251231	T	C	3933.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.883;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FS=1.080;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.38;ReadPosRankSum=1.900;SOR=0.776;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:96,107:0.53:203
chr7	1533566	rs2251232	A	G	3857.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.687;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FS=0.549;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=20.97;ReadPosRankSum=0.510;SOR=0.776;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:82,102:0.55:184
chr7	1534425	rs752791	A	G	1146.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.401;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.343;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=11;PP=581;ReadPosRankSum=-0.064;SC=CCCGGCACACAGGAGCCCCAG;SOR=0.962;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=92;TCF=64;TCR=28;TR=42;WE=1534433;WS=1534415;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,60:0.47:129
chr7	1534593	rs752792	C	A	1489.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.493;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.817;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=31;PP=631;ReadPosRankSum=0.050;SC=CCCGTTAGTTCCAGGGAAGGG;SOR=0.854;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=116;TCF=45;TCR=71;TR=47;WE=1534601;WS=1534583;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:111,80:0.42:191
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chr7	1538539	rs57092311	A	G	766.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.61;BaseQRankSum=2.099;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.129;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=14;PP=439;ReadPosRankSum=-0.948;SC=CGGCAGGAAGACCACGCTGTG;SOR=0.990;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=46;TCF=19;TCR=27;TR=23;WE=1538547;WS=1538529;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,33:0.55:60
chr7	1538595	rs2289034	C	A	404.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.764;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.12;ReadPosRankSum=-0.054;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,20:0.50:40
chr7	1538614	rs2289035	G	A	732.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.976;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.357;HP=3;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=7;PP=398;ReadPosRankSum=-1.850;SC=CCCGCACCTTGGGGTTCTGCA;SOR=0.421;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=32;TCF=14;TCR=18;TR=16;WE=1538622;WS=1538604;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,32:0.60:53
chr7	1538877	rs750005	A	G	3762.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.379;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=390;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.673;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=71;NR=45;PP=1710;ReadPosRankSum=-3.270;SC=GGGACCGGGCAGGCACGCAGC;SOR=0.828;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=254;TCF=148;TCR=106;TR=116;WE=1538885;WS=1538867;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:199,186:0.48:385
chr7	1539799	rs2304357	C	T	2108.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.457;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.642;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=28;PP=994;ReadPosRankSum=-1.702;SC=AGGGGCCCGGCTCAAACCTCA;SOR=0.573;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=144;TCF=89;TCR=55;TR=66;WE=1539807;WS=1539789;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:125,102:0.45:227
chr7	1540049	rs2304358	A	G	583.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.853;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.642;HP=5;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=15;PP=394;ReadPosRankSum=-0.466;SC=GGGCAGGGTCACCCCAAAGCC;SOR=0.379;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=33;TCF=6;TCR=27;TR=19;WE=1540057;WS=1540039;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,24:0.65:37
chr7	1542697	rs3752714	G	A	4249.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.024;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=387;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.199;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=92;PP=2375;ReadPosRankSum=0.708;SC=TGGACAACGCGGCCGCCGCAT;SOR=0.826;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=269;TCF=103;TCR=166;TR=144;WE=1542705;WS=1542687;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:183,197:0.52:380
chr7	1542814	rs3752715	T	C	1811.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.251;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.689;HP=5;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=41;PP=756;ReadPosRankSum=-2.671;SC=TGAAGTCTCCTGGGGGAGGGT;SOR=0.838;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=138;TCF=51;TCR=87;TR=62;WE=1542822;WS=1542804;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:121,96:0.44:217
chr7	1543476	rs145605530	T	TCCCCAAAGAC	1930.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.817;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=554;ExcessHet=3.0103;FS=55.166;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.004;QD=4.12;ReadPosRankSum=1.531;SOR=3.710;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:354,115:0.25:469
chr7	1543981	rs1369011	C	A	4266.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.63;BaseQRankSum=-1.858;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=428;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.516;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=38;PP=1179;ReadPosRankSum=1.395;SC=GCGACCGGAGCGCCGCCGCCG;SOR=0.761;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=210;TCF=112;TCR=98;TR=86;WE=1543989;WS=1543971;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:215,212:0.50:427
chr7	1544128	rs2278460	G	T	1794.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-1.243;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=47;PP=1068;ReadPosRankSum=0.212;SC=CCGGCCTGATGCCTGCAGCGC;SOR=0.655;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=122;TCF=37;TCR=85;TR=70;WE=1544136;WS=1544118;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,86:0.54:160
chr7	1574403	rs4720833	A	G	5183.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.136;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=592;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.108;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQ=60.02;MQRankSum=-0.889;NF=60;NR=87;PP=2165;ReadPosRankSum=-1.333;SC=AGCGAGCGGCAGCCCCGATGC;SOR=0.814;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=351;TCF=157;TCR=194;TR=147;WE=1574411;WS=1574393;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:328,261:0.44:589
chr7	1574562	rs4720834	T	C	776.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=4.998;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=22;PP=488;ReadPosRankSum=-0.676;SC=TCCTAAAAGATAAGGTCTTGC;SOR=0.770;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=72;TCF=11;TCR=61;TR=26;WE=1574570;WS=1574552;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,32:0.41:78
chr7	1586653	rs112463195	A	AGCC	2374.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-0.533;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.761;HP=3;HapScore=4;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=13;PP=1468;ReadPosRankSum=0.473;SC=CTCCCGCCGGAGCCGCCGCTG;SOR=0.550;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=50;TCF=22;TCR=28;TR=20;WE=1586670;WS=1586643;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,56:0.54:104
chr7	1586662	rs3779607	T	C	2478.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-0.894;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.312;HP=4;HapScore=4;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=14;PP=1460;ReadPosRankSum=0.380;SC=GAGCCGCCGCTGGGGTGGGTG;SOR=0.507;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=75;TCF=47;TCR=28;TR=38;WE=1586670;WS=1586643;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,69:0.55:126
chr7	1586866	rs3824072	T	C	431.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-2.348;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.502;HP=5;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=10;PP=213;ReadPosRankSum=-0.032;SC=GCACTCCAGCTCCCCGGACAA;SOR=0.159;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=29;TCF=7;TCR=22;TR=15;WE=1586874;WS=1586856;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,21:0.55:38
chr7	1588391	rs3814481	A	G	2543.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.168;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=277;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.443;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=38;PP=1113;ReadPosRankSum=-0.261;SC=CCCTAGAGCCACCGCCGCTGC;SOR=0.644;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=167;TCF=80;TCR=87;TR=75;WE=1588399;WS=1588381;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:143,127:0.47:270
chr7	1588768	rs1124871	G	A	1315.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.189;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.281;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=24;PP=577;ReadPosRankSum=0.467;SC=GGTGGGGTGCGCTGTGTGTGT;SOR=0.462;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=80;TCF=30;TCR=50;TR=41;WE=1588776;WS=1588758;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,65:0.53:123
chr7	1588912	rs3890492	C	A	305.79	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-2.239;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5002;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=6;PP=126;ReadPosRankSum=-0.204;SC=ACATGTGTCCCCGTGTGTGAG;SOR=1.445;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=10;TCF=3;TCR=7;TR=8;WE=1588920;WS=1588902;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,12:0.86:14
chr7	1589056	rs4294092	G	A	667.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.812;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=8;PP=438;ReadPosRankSum=2.265;SC=GGTGGACCTTGGTCCCCTTGG;SOR=0.697;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=56;TCF=41;TCR=15;TR=29;WE=1589064;WS=1589046;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,32:0.48:67
chr7	1589083	rs1865348	G	A	1216.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.417;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.341;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=11;PP=639;ReadPosRankSum=-0.501;SC=TGCCCTTAATGCCAAGAGTGC;SOR=1.511;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=81;TCF=52;TCR=29;TR=43;WE=1589091;WS=1589073;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,57:0.53:108
chr7	1589417	rs10237660	T	G	1745.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.811;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.960;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=25;PP=810;ReadPosRankSum=-0.731;SC=TCCGCCTCGTTGGGCCCCACT;SOR=0.476;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=101;TCF=59;TCR=42;TR=55;WE=1589425;WS=1589407;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,79:0.54:146
chr7	1590368	rs6463921	A	G	3816.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=36.35;SOR=1.796;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr7	1590368	.	ACTGGCCAT	GCTGGCCAC,GCTGGCCAT	775	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.5;FR=0.5000,0.5000;HP=4;HapScore=2;MGOF=7;MMLQ=28;MQ=59.9;NF=27,61;NR=9,23;PP=641,775;QD=19.2907743017;SC=TGCCCTGGGGACTGGCCATGG;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=84;TCF=61;TCR=23;TR=36,84;WE=1590384;WS=1590358;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.43:84
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chr7	1888593	rs36194378	C	T	3817.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.014;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=445;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=67;PP=1872;ReadPosRankSum=1.095;SC=ACTCATCACCCATCACCCAGT;SOR=0.663;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=266;TCF=124;TCR=142;TR=128;WE=1888601;WS=1888583;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:249,192:0.44:441
chr7	1888683	.	TAC	T	494.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.486;ClippingRankSum=0.000;DP=157;ExcessHet=3.0103;FS=3.327;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.71;ReadPosRankSum=-2.073;SOR=0.347;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:68,37:0.35:105
chr7	1976263	rs2280552	C	T	628.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-2.896;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.329;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=7;PP=285;ReadPosRankSum=0.808;SC=CAAAGGCGCACGGATGGACCT;SOR=0.387;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=52;TCF=38;TCR=14;TR=24;WE=1976271;WS=1976253;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,32:0.51:63
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chr7	1976556	rs2280550	G	A	3800.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.477;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=481;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.780;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=67;PP=1737;ReadPosRankSum=-0.501;SC=ACACAGCACAGGTCACCATGG;SOR=0.874;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=314;TCF=143;TCR=171;TR=116;WE=1976564;WS=1976546;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:282,193:0.41:475
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chr7	2119174	rs7805774	C	T	1300.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-0.760;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.434;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=15;PP=793;ReadPosRankSum=-0.037;SC=ATCTCGTCAACTGGAATCACC;SOR=0.336;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=88;TCF=65;TCR=23;TR=49;WE=2119182;WS=2119164;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,57:0.55:104
chr7	2252986	rs1002170	G	A	4196.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.496;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=457;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.521;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=73;PP=2036;ReadPosRankSum=0.156;SC=TCATGATCACGGTGCTAAGTC;SOR=0.647;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=295;TCF=127;TCR=168;TR=133;WE=2252994;WS=2252976;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:245,208:0.46:453
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chr7	2280105	rs62442508	G	A	790.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=4.516;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.950;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=24;PP=508;ReadPosRankSum=0.781;SC=GTGAGGTCACGGTTCAACGCA;SOR=1.802;SbPval=0.96;Source=Platypus;TC=60;TCF=8;TCR=52;TR=25;WE=2280113;WS=2280095;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,32:0.46:69
chr7	2284416	rs34185397	C	G	625.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=1.507;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.651;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=16;PP=432;ReadPosRankSum=0.031;SC=CACAGGGATTCGGGCTGTAGG;SOR=1.528;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=35;TCF=13;TCR=22;TR=23;WE=2284424;WS=2284406;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,27:0.63:43
chr7	2290314	rs12699806	C	T	307.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.465;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=14.052;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.34;MQRankSum=-2.569;QD=13.99;ReadPosRankSum=1.528;SOR=0.020;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,8:0.36:22
chr7	2290317	rs60298419	T	G	349.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.295;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=13.003;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.93;MQRankSum=-2.056;QD=14.57;ReadPosRankSum=0.385;SOR=0.020;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,10:0.42:24
chr7	2290319	rs373496719	TC	T	382.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.800;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=13.003;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.93;MQRankSum=-2.056;QD=15.95;ReadPosRankSum=0.326;SOR=0.020;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,10:0.42:24
chr7	2290328	rs10230814	C	T	430.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.296;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=16.244;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.64;MQRankSum=-1.775;QD=15.95;ReadPosRankSum=-0.855;SOR=0.018;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,12:0.44:27
chr7	2290336	rs10249180	T	A	385.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.299;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=20.607;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.97;MQRankSum=-1.682;QD=14.29;ReadPosRankSum=-0.420;SOR=0.320;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,11:0.41:27
chr7	2290372	rs10230822	C	T	436.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.61;BaseQRankSum=3.470;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.087;HP=3;HapScore=2;MGOF=54;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-1.826;NF=11;NR=6;PP=345;ReadPosRankSum=0.180;SC=GGATTACAGGCGTGAGCCACC;SOR=0.983;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=37;TCF=24;TCR=13;TR=17;WE=2290380;WS=2290362;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,20:0.34:58
chr7	2290389	rs35110413	G	A	568.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=4.131;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.090;HP=3;HapScore=2;MGOF=37;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.534;NF=14;NR=6;PP=365;ReadPosRankSum=-0.687;SC=CACCGCGCCCGGCCAAAAAAA;SOR=1.025;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=45;TCF=31;TCR=14;TR=20;WE=2290397;WS=2290379;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,27:0.38:71
chr7	2290433	rs10230928	C	T	1380.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=3.165;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.975;HP=1;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=10;PP=814;ReadPosRankSum=-0.490;SC=TGGGTTGCACCTCAGTGCCTC;SOR=1.324;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=86;TCF=62;TCR=24;TR=43;WE=2290441;WS=2290423;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,61:0.45:137
chr7	2290522	rs1799832	C	T	2645.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=2.104;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=277;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.780;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=28;PP=1134;ReadPosRankSum=-2.290;SC=TGTGGCCCGACGACAGCTACT;SOR=0.987;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=167;TCF=94;TCR=73;TR=78;WE=2290530;WS=2290512;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:144,131:0.48:275
chr7	2290685	rs1062492	C	T	867.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=1.864;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=29;PP=646;ReadPosRankSum=-0.012;SC=GCTGAACAGCCGCAAACCATC;SOR=0.600;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=45;TCF=6;TCR=39;TR=33;WE=2290693;WS=2290675;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,35:0.66:53
chr7	2292881	rs3075440	C	CTG	10725.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=261;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=18;NR=74;PP=2957;SC=TCCTTGGGGGCTGTCAGGAGC;SOR=0.928;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=100;TCF=18;TCR=82;TR=92;WE=2292889;WS=2292871;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,244:1.00:244
chr7	2296493	rs2302070	A	G	2248.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=31;NR=17;PP=960;SC=CGGCGGCCGGAGCAGGGCGGA;SOR=1.151;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=48;TCF=31;TCR=17;TR=48;WE=2296501;WS=2296483;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr7	2296696	rs2302071	C	A	844.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=-1.165;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.144;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=13;PP=311;ReadPosRankSum=1.892;SC=CCCGGCCCAGCCGGCGACGGG;SOR=0.437;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=30;TCF=8;TCR=22;TR=20;WE=2296704;WS=2296686;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,40:0.61:66
chr7	2296722	rs3815313	A	T	509.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=2.032;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=9;PP=226;ReadPosRankSum=-1.805;SC=CAAGGCCCGAACACCAGCGTG;SOR=0.527;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=19;TCF=5;TCR=14;TR=13;WE=2296730;WS=2296712;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,23:0.66:35
chr7	2297006	rs6888	A	G	5375.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=72;NR=50;PP=2241;SC=CCACCTCCACAATGCGGGACT;SOR=0.917;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=122;TCF=72;TCR=50;TR=122;WE=2297014;WS=2296996;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,205:1.00:205
chr7	2297212	rs62442513	C	T	937.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.838;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.823;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=17;PP=621;ReadPosRankSum=-1.661;SC=CCTGCGGAGCCGGCCGAGGGA;SOR=0.804;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=75;TCF=41;TCR=34;TR=36;WE=2297220;WS=2297202;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,40:0.49:82
chr7	2303986	rs2286206	T	C	5161.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=57;NR=64;PP=2051;SC=TGGCCCGCGATGCGATCCGCT;SOR=0.786;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=123;TCF=59;TCR=64;TR=121;WE=2303994;WS=2303976;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,201:1.00:201
chr7	2304191	rs2286205	A	C	938.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=22;PP=627;SC=CACGGGAGACACAGCAGGTCC;SOR=2.235;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=27;TCF=5;TCR=22;TR=27;WE=2304199;WS=2304181;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr7	2309158	.	T	TA	225.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.412;ClippingRankSum=0.000;DP=183;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.74;MQRankSum=1.296;QD=1.33;ReadPosRankSum=0.534;SOR=0.740;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:129,41:0.24:170
chr7	2309355	rs6947645	G	A	1456.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=2.058;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.271;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=43;PP=1012;ReadPosRankSum=0.574;SC=ACTGTGGAGCGGGAGGTCGTC;SOR=0.385;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=101;TCF=16;TCR=85;TR=53;WE=2309363;WS=2309345;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,60:0.54:112
chr7	2315008	rs2398667	G	C	1633.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=35;PP=999;SC=CCCTGTGACGGCTTCGTATAT;SOR=3.300;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=37;TCF=2;TCR=35;TR=37;WE=2315016;WS=2314998;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr7	2349366	.	C	CA	51.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.347;ClippingRankSum=0.000;DP=160;ExcessHet=3.0103;FS=2.959;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.34;ReadPosRankSum=0.054;SOR=1.030;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:126,24:0.16:150
chr7	2349470	rs10479970	T	C	7190.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=275;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=66;NR=83;PP=2923;SC=CAGGTAAGGGTTGATGGGAGC;SOR=0.841;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=149;TCF=66;TCR=83;TR=149;WE=2349478;WS=2349460;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,273:1.00:273
chr7	2349608	rs7805462	G	A	499.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=13;PP=340;SC=AGGTCAACGCGGACAAACAGC;SOR=5.670;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=0;TCR=13;TR=13;WE=2349616;WS=2349598;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr7	2394428	rs112294325	C	CGCG	79.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.674;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=1;PP=70;ReadPosRankSum=-1.960;SC=CCCCCCGCCCCGCGGCCTTGG;SOR=0.991;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=4;TCF=1;TCR=3;TR=2;WE=2394436;WS=2394418;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,3:0.50:6
chr7	2394746	rs9690787	T	C	246.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.229;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.49;ReadPosRankSum=0.586;SOR=0.795;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,14:0.37:38
chr7	2394991	rs11551167	C	T	917.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.230;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=14;PP=336;ReadPosRankSum=-2.258;SC=CGCTGGAGAACGGCGACGCGG;SOR=0.733;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=69;TCF=36;TCR=33;TR=30;WE=2394999;WS=2394981;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,49:0.43:115
chr7	2403894	.	CA	C	141.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.392;ClippingRankSum=0.000;DP=97;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.56;ReadPosRankSum=0.480;SOR=0.777;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:68,23:0.25:91
chr7	2406737	rs60382761	CA	C	300.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.234;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FS=2.021;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.10;MQRankSum=1.178;QD=3.54;ReadPosRankSum=0.717;SOR=1.071;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:53,32:0.38:85
chr7	2409035	rs2301944	C	T	596.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=2.503;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.871;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=3;PP=438;ReadPosRankSum=-1.623;SC=ATGAGTTGTTCTATTCTCTTC;SOR=1.893;SbPval=0.93;Source=Platypus;TC=63;TCF=48;TCR=15;TR=24;WE=2409043;WS=2409025;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,26:0.37:71
chr7	2412493	rs1548595	C	T	873.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-4.983;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.758;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=24;PP=530;ReadPosRankSum=0.806;SC=CCAGTCGCTGCCCAACAGTGA;SOR=0.148;SbPval=0.18;Source=Platypus;TC=63;TCF=15;TCR=48;TR=36;WE=2412501;WS=2412483;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,40:0.56:71
chr7	2414142	rs886632	A	G	1948.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.324;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.338;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=25;PP=799;ReadPosRankSum=1.228;SC=AGCTCGTGACAGGCGCGCTCT;SOR=0.403;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=125;TCF=77;TCR=48;TR=60;WE=2414150;WS=2414132;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,97:0.53:182
chr7	2414365	rs884565	A	G	2343.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.445;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.082;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=48;PP=1218;ReadPosRankSum=1.718;SC=GGGTTGCCCCAGTGTCAGTGG;SOR=0.810;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=134;TCF=50;TCR=84;TR=75;WE=2414373;WS=2414355;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:100,112:0.53:212
chr7	2418645	rs6461351	A	G	377.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.125;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.093;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=6;PP=191;ReadPosRankSum=-1.313;SC=TGAATGGACTAGCCATTCCTG;SOR=0.454;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=25;TCF=15;TCR=10;TR=12;WE=2418653;WS=2418635;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,17:0.50:34
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chr7	2565268	rs893239	C	A	2855.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.244;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=308;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=53;PP=1509;ReadPosRankSum=-0.641;SC=GGGGTGGGACCGTGAGGGGCA;SOR=0.687;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=205;TCF=90;TCR=115;TR=93;WE=2565276;WS=2565258;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:164,137:0.46:301
chr7	2582153	rs138295649	C	CCCCCAGCCTCCCGGGTGT	9230.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=37;NR=32;PP=2969;SC=GGATGGGGTGCCCCCAGGTGT;SOR=1.456;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=115;TCF=57;TCR=58;TR=69;WE=2582161;WS=2582143;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,164:1.00:164
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chr7	2613042	rs2304540	G	C	2768.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.539;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=27;PP=1293;ReadPosRankSum=2.477;SC=ATTTGTTTATGTTTCTCTAGG;SOR=1.049;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=75;TCF=47;TCR=28;TR=74;WE=2613050;WS=2613032;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,109:0.98:111
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chr7	2619334	.	GGTGT	G,GGT	6318.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.260;ClippingRankSum=0.000;DP=350;ExcessHet=3.0103;FS=1.136;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.38;ReadPosRankSum=-0.381;SOR=0.918;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:12,48,189:0.19,0.76:249
chr7	2619363	rs2917739	G	C	10072.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=256;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=39.50;SOR=1.363;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,255:1.00:255
chr7	2621567	rs7798469	T	C	522.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=4;PP=208;SC=AGGATGGTCTTGATCTCCTGA;SOR=1.230;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=8;TCR=4;TR=12;WE=2621575;WS=2621557;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr7	2623351	rs13242369	G	A	2828.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.61;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=19;NR=46;PP=1667;SC=GAGGTGCGCCGTGCTGGGCGG;SOR=1.146;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=68;TCF=19;TCR=49;TR=65;WE=2623359;WS=2623341;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr7	2623801	rs73033665	G	T	8597.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=322;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=130;NR=81;PP=2965;SC=CTGTGATGTTGGTCTTTTCAG;SOR=1.077;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=211;TCF=130;TCR=81;TR=211;WE=2623809;WS=2623791;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,316:1.00:316
chr7	2626038	rs3217437	CCAGGGAATGG	C	856.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=3;NR=13;PP=2985;SC=AGGAGGGAGGCCAGGGAATGG;SOR=2.093;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=22;TCF=3;TCR=19;TR=16;WE=2626055;WS=2626028;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr7	2627310	rs2917733	T	A	663.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-2.698;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=2;PP=442;ReadPosRankSum=0.632;SC=CAAAATTCTCTGGTAGCCAGG;SOR=0.590;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=50;TCF=45;TCR=5;TR=23;WE=2627318;WS=2627300;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,29:0.48:61
chr7	2627578	rs150431779	CAG	C	1390.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-1.531;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.950;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.159;NF=1;NR=26;PP=1077;ReadPosRankSum=-1.136;SC=GACGGGCTCACAGGGTGCGGA;SOR=1.329;SbPval=0.92;Source=Platypus;TC=62;TCF=6;TCR=56;TR=27;WE=2627587;WS=2627568;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,38:0.44:87
chr7	2632477	rs2917730	A	G	566.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=4;PP=345;SC=GGGCAGGCAGAGCCCTGAGGT;SOR=2.093;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=13;TCR=4;TR=17;WE=2632485;WS=2632467;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr7	2636522	rs73033691	T	G	830.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.769;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.751;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=12;PP=464;ReadPosRankSum=2.543;SC=GCCAAGCAACTTGTTGCCACA;SOR=0.840;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=85;TCF=56;TCR=29;TR=37;WE=2636530;WS=2636512;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,45:0.41:109
chr7	2636689	rs12700146	C	T	1202.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.298;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.343;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=29;PP=633;ReadPosRankSum=2.341;SC=CACGCAGGAGCGGCGCGTCGG;SOR=0.839;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=92;TCF=33;TCR=59;TR=45;WE=2636697;WS=2636679;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,62:0.43:145
chr7	2638347	rs12700147	C	G	571.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-0.870;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=19;PP=400;ReadPosRankSum=0.103;SC=CCAGGAATGACTGGGCCTGGA;SOR=0.927;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=39;TCF=7;TCR=32;TR=24;WE=2638355;WS=2638337;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,25:0.54:46
chr7	2640985	rs4506100	G	C	1899.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=37;NR=21;PP=950;SC=TTGGCTTGATGGACACCTGTT;SOR=1.103;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=59;TCF=37;TCR=22;TR=58;WE=2640993;WS=2640975;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr7	2644519	rs2293404	C	T	5846.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-3.126;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=703;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.115;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=100;NR=76;PP=2373;ReadPosRankSum=0.334;SC=TGACAGGCGGCTGTGGTGCTT;SOR=0.585;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=404;TCF=239;TCR=165;TR=176;WE=2644527;WS=2644509;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:392,309:0.44:701
chr7	2644607	rs2293405	G	T	6589.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.054;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=692;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.524;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=80;NR=110;PP=2896;ReadPosRankSum=-1.295;SC=CACCCAGCGTGCCAGGCCTCC;SOR=0.741;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=413;TCF=176;TCR=237;TR=190;WE=2644615;WS=2644597;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:365,323:0.47:688
chr7	2644679	rs56246161	G	A	3270.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-3.623;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=287;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.606;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=69;PP=1601;ReadPosRankSum=1.302;SC=TGCTCGTCTCGCACTCCATCC;SOR=0.419;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=207;TCF=68;TCR=139;TR=111;WE=2644687;WS=2644669;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:132,154:0.54:286
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chr7	2649673	rs3735108	T	C	3362.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.553;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=343;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.410;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=87;NR=46;PP=1833;ReadPosRankSum=1.228;SC=GGTTCATTTCTGCAGACCCCT;SOR=0.731;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=264;TCF=174;TCR=90;TR=133;WE=2649681;WS=2649663;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:175,160:0.48:335
chr7	2649704	rs3735109	T	G	5210.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.940;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=545;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=103;NR=76;PP=2344;ReadPosRankSum=-1.242;SC=GCCACAGGCCTTGGCACCTCT;SOR=0.667;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=364;TCF=210;TCR=154;TR=179;WE=2649712;WS=2649694;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:267,263:0.50:530
chr7	2649819	rs3735110	C	T	6739.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.648;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=669;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=89;NR=120;PP=2949;ReadPosRankSum=-1.340;SC=GTCTCCACGCCGTGATGGCAG;SOR=0.721;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=423;TCF=179;TCR=244;TR=209;WE=2649827;WS=2649809;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:328,333:0.50:661
chr7	2692478	rs117321865	G	C	772.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=2.576;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=9;PP=459;ReadPosRankSum=0.274;SC=GTGTCCCCGCGTTGGAGGGTC;SOR=0.721;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=56;TCF=39;TCR=17;TR=27;WE=2692486;WS=2692468;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,37:0.43:87
chr7	2697896	rs200042643	C	T	937.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=2.328;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.112;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=6;PP=587;ReadPosRankSum=-0.303;SC=GGCCTGAGCCCGTGCTGCGTG;SOR=1.036;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=58;TCF=46;TCR=12;TR=33;WE=2697904;WS=2697886;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,38:0.56:68
chr7	2699524	rs139527284	ACT	A	840.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.131;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=303;ExcessHet=3.0103;FS=0.693;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.15;ReadPosRankSum=-0.347;SOR=0.811;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:209,58:0.22:267
chr7	2699687	rs56409742	C	CG	10337.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.742;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=415;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.162;NF=16;NR=133;PP=2936;ReadPosRankSum=2.205;SC=ACTGACCCACCGGTCCCCCAT;SOR=1.059;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=159;TCF=16;TCR=143;TR=149;WE=2699695;WS=2699675;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,390:0.99:392
chr7	2749565	rs13224990	G	A	282.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.375;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.43;ReadPosRankSum=0.712;SOR=0.474;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,15:0.50:30
chr7	2752152	rs798565	G	A	4676.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=53;NR=43;PP=1888;SC=CCTTCGCCTCGGGGCCAGAGG;SOR=0.751;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=96;TCF=53;TCR=43;TR=96;WE=2752160;WS=2752142;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,175:1.00:175
chr7	2773035	rs34004158	C	CAT	10625.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=240;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=67;NR=69;PP=2965;SC=TCTCTGGACACGTTTTCTAAC;SOR=1.274;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=138;TCF=68;TCR=70;TR=136;WE=2773043;WS=2773025;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,235:1.00:235
chr7	2802522	rs798488	T	C	1903.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=15;NR=36;PP=1098;SC=CGTGGAGCCATTGGTGCTGCG;SOR=1.542;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=51;TCF=15;TCR=36;TR=51;WE=2802530;WS=2802512;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr7	2834869	rs2533886	C	T	1755.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=7;NR=49;PP=1314;SC=ATTGTCATAACGCAGAAAACT;SOR=2.948;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=57;TCF=7;TCR=50;TR=56;WE=2834877;WS=2834859;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr7	2854010	rs2644275	G	A	1781.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=21;NR=27;PP=914;SC=TCCATCTGGTGTGCTTCCCGA;SOR=0.880;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=48;TCF=21;TCR=27;TR=48;WE=2854018;WS=2854000;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr7	2954801	rs1182157	T	C	3430.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=80;NR=21;PP=2382;SC=CCGATGTTCCTCCAGGTGAGG;SOR=2.677;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=102;TCF=80;TCR=22;TR=101;WE=2954809;WS=2954791;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr7	2957005	rs3735124	T	C	482.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.822;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=12;PP=279;ReadPosRankSum=0.030;SC=GCGCTTCTTCTGGCTGCAGGG;SOR=0.693;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=44;TCF=17;TCR=27;TR=18;WE=2957013;WS=2956995;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,26:0.39:66
chr7	2962753	rs2527509	G	A	3671.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=53;NR=36;PP=1745;SC=CTCCCTTGCCGCCATCCCCTC;SOR=1.027;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=90;TCF=54;TCR=36;TR=89;WE=2962761;WS=2962743;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,136:1.00:136
chr7	2971977	rs5881948	T	TG	629.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=17;NR=2;PP=710;SC=TTTCAGCAGTTGGGCTCCTGC;SOR=3.716;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=19;TCF=17;TCR=2;TR=19;WE=2971985;WS=2971974;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr7	2985361	rs3839716	GAC	G	1613.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.597;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=5.418;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.15;MQRankSum=0.323;QD=27.35;ReadPosRankSum=1.398;SOR=0.136;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:3,56:0.95:59
chr7	3179968	rs7779230	T	G	8451.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.106;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=468;ExcessHet=3.0103;FS=0.520;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.33;ReadPosRankSum=0.663;SOR=0.742;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:233,228:0.49:461
chr7	3179973	rs7791857	G	C	8239.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.784;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=442;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.94;ReadPosRankSum=0.714;SOR=0.732;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:222,213:0.49:435
chr7	3179991	rs7779245	T	C	3660.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=2.895;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=371;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.257;HP=1;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=84;PP=2160;ReadPosRankSum=0.071;SC=GTTCAAACTATCGGCAAGACA;SOR=0.821;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=249;TCF=88;TCR=161;TR=126;WE=3179999;WS=3179981;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:193,174:0.47:367
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chr7	3180880	.	CTTTTT	C	97.52	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.150;ClippingRankSum=-0.000;DP=105;ExcessHet=3.0103;FS=13.222;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=4.43;ReadPosRankSum=0.492;SOR=1.837;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,5:0.23:22
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chr7	3205580	rs34343308	G	A	91.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.774;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.53;ReadPosRankSum=0.188;SOR=0.512;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,8:0.31:26
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chr7	3205635	rs7801306	A	G	647.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.600;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.147;HP=2;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=5;PP=244;ReadPosRankSum=0.664;SC=ACGGTGGCACACATGGCACGC;SOR=0.950;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=27;TCF=18;TCR=9;TR=17;WE=3205643;WS=3205625;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,31:0.63:49
chr7	3205705	rs10951088	T	G	1671.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=27;NR=19;PP=879;SC=CCCAGGAGTTTGGGCTGTAGT;SOR=0.976;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=46;TCF=27;TCR=19;TR=46;WE=3205713;WS=3205695;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr7	3205763	rs10951089	A	C	2052.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=27;NR=28;PP=971;SC=CAGAGCGAGAACCTGTCTCAA;SOR=0.693;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=55;TCF=27;TCR=28;TR=55;WE=3205771;WS=3205753;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr7	3341390	rs10228086	T	C	64.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=21.43;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr7	3678514	rs3817615	A	G	988.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=21;NR=5;PP=599;SC=CAAAAATAAAATATTTGTTGA;SOR=2.115;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=21;TCR=5;TR=26;WE=3678522;WS=3678504;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr7	4011331	rs6965800	C	T	393.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.637;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.812;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=12;PP=248;ReadPosRankSum=0.313;SC=ACGGTATCTTCTGGTTGTGGG;SOR=1.826;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=29;TCF=11;TCR=18;TR=16;WE=4011339;WS=4011321;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,18:0.58:31
chr7	4026944	rs7785899	C	G	1893.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.593;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.895;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=53;PP=1220;ReadPosRankSum=-1.024;SC=TCGTGGAGCTCTCTGAAAACA;SOR=0.880;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=156;TCF=49;TCR=107;TR=77;WE=4026952;WS=4026934;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:100,88:0.47:188
chr7	4050731	rs61752593	C	T	2311.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=2.611;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=251;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.574;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=50;PP=1224;ReadPosRankSum=-0.431;SC=GCCAGTACAGCGCCGAGACAA;SOR=0.589;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=171;TCF=60;TCR=111;TR=79;WE=4050739;WS=4050721;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:131,113:0.46:244
chr7	4051677	rs894776	G	A	3255.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.897;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=310;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.723;HP=6;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=37;PP=1491;ReadPosRankSum=1.080;SC=ATGGGCCCCCGCTGTTTCTGG;SOR=0.893;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=184;TCF=110;TCR=74;TR=98;WE=4051685;WS=4051667;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:149,158:0.51:307
chr7	4089103	rs7794939	G	T	4607.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.190;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=421;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.522;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=74;PP=1958;ReadPosRankSum=0.152;SC=AAGGTACGTGGCCTGGGTTCA;SOR=0.637;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=265;TCF=116;TCR=149;TR=133;WE=4089111;WS=4089093;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:197,219:0.53:416
chr7	4107697	rs10226642	A	T	897.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.152;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.808;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=27;PP=526;ReadPosRankSum=-1.167;SC=GGAACTGAAAAGTCTTCCTGG;SOR=1.737;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=61;TCF=15;TCR=46;TR=32;WE=4107705;WS=4107687;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,42:0.55:76
chr7	4116507	rs13223359	C	G	823.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-2.432;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=16.095;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=4;PP=518;ReadPosRankSum=-0.511;SC=TGGCTCTAAGCTGCCTTCAGC;SOR=0.019;SbPval=0.12;Source=Platypus;TC=60;TCF=56;TCR=4;TR=28;WE=4116515;WS=4116499;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,33:0.49:67
chr7	4116665	rs11978101	G	A	9913.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-1.513;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=984;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.093;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=157;NR=130;PP=2962;ReadPosRankSum=1.284;SC=CGGCAGGAACGACTCTCGTCT;SOR=0.609;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=587;TCF=329;TCR=258;TR=287;WE=4116673;WS=4116655;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:485,492:0.50:977
chr7	4118978	rs138579749	C	CT	1191.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=2.732;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.756;HP=6;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=1.000;NF=24;NR=15;PP=1080;ReadPosRankSum=0.915;SC=AGAGCAAATCCTTTTTTGGTA;SOR=1.187;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=80;TCF=45;TCR=35;TR=39;WE=4118986;WS=4118968;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,60:0.51:118
chr7	4119285	rs1880860	A	G	465.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=1.681;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=13;PP=314;ReadPosRankSum=1.971;SC=AATGAGTGGTACCCCTGCAGA;SOR=0.804;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=44;TCF=16;TCR=28;TR=20;WE=4119293;WS=4119275;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,22:0.44:50
chr7	4169665	rs61734776	G	A	2952.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.480;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=284;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=48;PP=1262;ReadPosRankSum=1.821;SC=AGGTGCTGGCGTTCACCCGCA;SOR=0.711;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=180;TCF=79;TCR=101;TR=87;WE=4169673;WS=4169655;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:136,144:0.51:280
chr7	4169704	rs61734791	C	T	2543.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-4.265;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=38;PP=994;ReadPosRankSum=-0.274;SC=GCACGCCCCTCATCCTGGAGC;SOR=0.702;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=145;TCF=66;TCR=79;TR=71;WE=4169712;WS=4169694;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:103,125:0.55:228
chr7	4172006	rs13224870	C	T	6357.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=1.375;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=707;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=73;NR=128;PP=2912;ReadPosRankSum=1.229;SC=GACTCACCTCCGTGCGGATAG;SOR=0.669;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=433;TCF=152;TCR=281;TR=201;WE=4172014;WS=4171996;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:378,320:0.46:698
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chr7	4185636	rs6943463	G	A	856.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.789;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.038;HP=2;HapScore=2;MGOF=34;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=27;PP=606;ReadPosRankSum=-0.459;SC=GGGTACCTGGGAGGCTTCGGC;SOR=0.981;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=78;TCF=16;TCR=62;TR=33;WE=4185644;WS=4185626;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,38:0.42:91
chr7	4189075	rs659182	G	C	12069.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=457;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=137;NR=143;PP=2965;SC=GCCATGAGGCGACAGCATGCG;SOR=0.733;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=281;TCF=138;TCR=143;TR=280;WE=4189083;WS=4189065;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,455:1.00:455
chr7	4189123	rs4720177	G	A	2595.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.675;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=296;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.104;HP=4;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=54;PP=1427;ReadPosRankSum=0.955;SC=GCACCTCCCCGGGGAACGGGG;SOR=0.417;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=218;TCF=92;TCR=126;TR=103;WE=4189131;WS=4189113;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:159,136:0.46:295
chr7	4213749	rs4723444	T	A	655.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-0.116;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.973;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=7;PP=424;ReadPosRankSum=1.438;SC=CCCACGACTTTCTTCTGTGCA;SOR=0.533;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=64;TCF=47;TCR=17;TR=25;WE=4213757;WS=4213739;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,31:0.42:73
chr7	4213877	rs601424	T	C	8091.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=312;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=100;NR=93;PP=2965;SC=AAAGCCTGAATGGCCTTCTTC;SOR=0.745;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=193;TCF=100;TCR=93;TR=193;WE=4213885;WS=4213867;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,312:1.00:312
chr7	4213940	rs671756	T	C	6064.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=35;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=62;NR=90;PP=2585;SC=GGTCAGGCACTGAGGCCAAGA;SOR=0.984;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=153;TCF=62;TCR=91;TR=152;WE=4213948;WS=4213930;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,232:1.00:232
chr7	4213975	rs671694	A	G	4259.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=42;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=41;NR=69;PP=2285;SC=ATAGCTTTACATGCTGAGCTC;SOR=1.164;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=112;TCF=43;TCR=69;TR=110;WE=4213983;WS=4213965;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,157:1.00:157
chr7	4214041	rs4723445	C	T	2370.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.10;SOR=2.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr7	4214046	rs600537	T	C	2265.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.43;SOR=2.348;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr7	4215298	rs4720185	T	C	9771.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=362;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=149;NR=81;PP=2965;SC=GCGTGGGAAGTGGCTGGCATC;SOR=1.205;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=230;TCF=149;TCR=81;TR=230;WE=4215306;WS=4215288;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,357:1.00:357
chr7	4217969	rs649494	T	A	1730.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.037;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=4;PP=1352;ReadPosRankSum=0.711;SC=CCGGTCACAGTGGATGCAGGT;SOR=2.658;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=54;TCF=50;TCR=4;TR=53;WE=4217977;WS=4217959;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,56:0.98:57
chr7	4249626	rs56231006	G	T	2038.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.687;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=23;PP=988;ReadPosRankSum=-0.274;SC=AGGAGCCCCTGTAAAAGTCAC;SOR=0.725;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=167;TCF=109;TCR=58;TR=69;WE=4249634;WS=4249616;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:125,99:0.44:224
chr7	4259708	rs11978573	C	T	3813.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.411;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=439;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.750;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=57;PP=1707;ReadPosRankSum=2.171;SC=CCAGGCTGAACCCCCTTGTTT;SOR=0.572;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=258;TCF=144;TCR=114;TR=121;WE=4259716;WS=4259698;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:245,192:0.44:437
chr7	4259953	rs13224192	G	T	1156.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=2;NR=24;PP=658;SC=TTAGCCTCCCGCCTCCTGCTT;SOR=2.891;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=26;TCF=2;TCR=24;TR=26;WE=4259961;WS=4259943;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr7	4261099	rs35146190	C	T	369.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-4.339;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.917;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=11;PP=221;ReadPosRankSum=-0.631;SC=GCATTTTCCCCCCACAAAGCT;SOR=0.197;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=21;TCF=1;TCR=20;TR=12;WE=4261107;WS=4261089;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,15:0.62:24
chr7	4266963	rs80155066	C	T	783.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=1.817;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.378;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=8;PP=511;ReadPosRankSum=2.312;SC=GCTTCCCACCCCTTCCTGGGA;SOR=1.248;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=58;TCF=41;TCR=17;TR=30;WE=4266971;WS=4266953;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,35:0.48:73
chr7	4267072	rs597636	T	A	4854.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-2.256;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=56;PP=1839;ReadPosRankSum=1.227;SC=GTCTTTTTTTTAAATCAGATG;SOR=0.260;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=105;TCF=48;TCR=57;TR=104;WE=4267080;WS=4267062;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,195:0.99:196
chr7	4272845	rs2880459	G	A	4832.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.050;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=465;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.108;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=98;NR=76;PP=2362;ReadPosRankSum=-0.550;SC=CTGGGACTTCGCACTTCTAAC;SOR=0.597;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=322;TCF=189;TCR=133;TR=174;WE=4272853;WS=4272835;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:221,240:0.52:461
chr7	4285525	rs75274073	T	A	2461.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.183;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=284;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.648;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=51;PP=1189;ReadPosRankSum=0.455;SC=TCTTGTCCTATTTGAGTCTCA;SOR=0.551;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=197;TCF=73;TCR=124;TR=85;WE=4285533;WS=4285515;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:153,126:0.45:279
chr7	4304727	rs10270413	A	G	4442.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=81;NR=43;PP=2144;SC=CCTGCCCTGCACTCACACCTT;SOR=1.238;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=124;TCF=81;TCR=43;TR=124;WE=4304735;WS=4304717;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,175:1.00:175
chr7	4308205	rs10227734	T	A	3436.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.877;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FS=2.865;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.98;ReadPosRankSum=1.098;SOR=0.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:83,89:0.52:172
chr7	4308215	rs10268227	C	A	4139.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.812;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FS=3.434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=21.34;ReadPosRankSum=-0.705;SOR=0.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:89,105:0.54:194
chr7	4308220	rs10227750	T	C	4161.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.099;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FS=4.239;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=20.81;ReadPosRankSum=-0.839;SOR=1.027;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:92,108:0.54:200
chr7	4490854	rs314605	C	T	5782.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=75;NR=56;PP=2510;SC=AGTTATGTTCCTGGATGTTTG;SOR=0.924;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=131;TCF=75;TCR=56;TR=131;WE=4490862;WS=4490844;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,219:1.00:219
chr7	4490934	rs442775	AC	GT	6902.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;JOINED;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.25;SOR=0.948;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,156:1.00:156
chr7	4714912	rs28631893	C	T	4810.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=3.523;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=478;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=69;NR=78;PP=2286;ReadPosRankSum=1.032;SC=GAGTTAATTTCGTTCCTTCTC;SOR=0.664;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=289;TCF=132;TCR=157;TR=147;WE=4714920;WS=4714902;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:242,234:0.49:476
chr7	4715012	.	G	GT	162.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.205;ClippingRankSum=0.000;DP=128;ExcessHet=3.0103;FS=2.777;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.01;ReadPosRankSum=1.351;SOR=0.353;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:61,20:0.25:81
chr7	4802029	rs6976790	T	G	1864.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=18;NR=36;PP=1174;SC=AGCCCAGTGGTGCTGTAACCA;SOR=1.352;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=54;TCF=18;TCR=36;TR=54;WE=4802037;WS=4802019;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr7	4841470	rs414035	T	C	3667.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=45;NR=52;PP=1697;SC=CCCCCACGGCTGGGTTGCCTT;SOR=0.767;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=97;TCF=45;TCR=52;TR=97;WE=4841478;WS=4841460;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,139:1.00:139
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chr7	4965195	rs60810442	C	T	1376.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.702;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.335;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=23;PP=614;ReadPosRankSum=0.547;SC=CAGGAAGCTCCGCTGGGCAAG;SOR=0.656;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=84;TCF=43;TCR=41;TR=43;WE=4965203;WS=4965185;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,68:0.49:140
chr7	4965333	rs67781197	T	C	437.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.697;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=12;PP=245;ReadPosRankSum=-0.432;SC=TCCCTCACTCTTTCCGATCAT;SOR=0.941;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=35;TCF=9;TCR=26;TR=15;WE=4965341;WS=4965323;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,19:0.50:38
chr7	4998791	rs183424925	G	C	312.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-2.529;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.643;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=10;PP=160;ReadPosRankSum=-0.832;SC=AGCCGGAGCCGGAGCCCGAGC;SOR=0.283;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=28;TCF=6;TCR=22;TR=14;WE=4998799;WS=4998781;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,16:0.50:32
chr7	5026170	rs57714855	TA	T	639.37	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.291;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=42.78;MQRankSum=0.496;QD=16.39;ReadPosRankSum=-2.081;SOR=1.015;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:5,34:0.87:39
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chr7	5161512	rs117992329	G	T	733.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=0.739;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-3.229;NF=18;NR=12;PP=501;ReadPosRankSum=-0.620;SC=TTAAAGCACTGCCACACTGGT;SOR=0.600;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=62;TCF=38;TCR=24;TR=30;WE=5161520;WS=5161502;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,33:0.45:73
chr7	5161552	rs141496445	G	A	1451.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.515;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-5.137;NF=34;NR=17;ReadPosRankSum=1.666;SC=TCCTGAAGGTGGAGTTTCAAG;SOR=0.718;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=102;TCF=67;TCR=35;TR=51;WE=5161560;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,67:0.49:138
chr7	5161858	.	G	GA	296.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.072;ClippingRankSum=0.000;DP=123;ExcessHet=3.0103;FS=1.777;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.15;MQRankSum=-0.555;QD=2.60;ReadPosRankSum=-0.306;SOR=0.900;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:83,31:0.27:114
chr7	5166683	rs62441988	A	G	468.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.633;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-1.576;NF=3;NR=11;PP=188;ReadPosRankSum=-0.380;SC=GCTTGGCAGGATAACTTCACG;SOR=0.745;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=36;TCF=8;TCR=28;TR=14;WE=5166691;WS=5166673;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,23:0.44:52
chr7	5172011	rs73057804	C	T	93.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.181;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.68;MQRankSum=-1.132;QD=2.13;ReadPosRankSum=1.648;SOR=0.641;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,9:0.20:44
chr7	5172045	rs200698976	T	TG	330.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-0.117;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.315;HP=5;HapScore=1;MGOF=29;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-4.452;NF=5;NR=4;PP=551;ReadPosRankSum=-1.131;SC=AAATCCCTGCTAAAAAGGGCA;SOR=0.904;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=38;TCF=24;TCR=14;TR=9;WE=5172060;WS=5172035;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,12:0.20:59
chr7	5172052	rs113343750	G	T	317.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-0.355;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-6.003;NF=9;NR=4;ReadPosRankSum=-1.073;SC=TGCTAAAAAGGGCAGTAGAAA;SOR=0.869;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=50;TCF=36;TCR=14;TR=13;WE=5172060;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,12:0.20:60
chr7	5172088	rs80233906	A	G	378.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.235;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FS=1.121;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.14;MQRankSum=-7.445;QD=4.51;ReadPosRankSum=0.637;SOR=0.956;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:69,15:0.18:84
chr7	5172095	.	CTT	C	375.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.557;ClippingRankSum=0.000;DP=84;ExcessHet=3.0103;FS=1.121;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.14;MQRankSum=-7.445;QD=4.47;ReadPosRankSum=0.782;SOR=0.956;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:69,15:0.18:84
chr7	5172099	.	T	TTG	415.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.013;ClippingRankSum=0.000;DP=84;ExcessHet=3.0103;FS=1.121;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.14;MQRankSum=-7.445;QD=4.95;ReadPosRankSum=0.929;SOR=0.956;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:69,15:0.18:84
chr7	5172102	rs77898154	A	G	450.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.203;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FS=1.056;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.18;MQRankSum=-6.980;QD=5.24;ReadPosRankSum=0.488;SOR=0.945;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:69,17:0.20:86
chr7	5172115	rs73057805	A	G	375.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.634;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.840;HP=1;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-5.736;NF=12;NR=9;PP=1300;ReadPosRankSum=-1.269;SC=CTGGAAAAGCAGACACCTGTG;SOR=0.969;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=77;TCF=42;TCR=35;TR=21;WE=5172123;WS=5172078;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,27:0.26:103
chr7	5172176	rs67170096	T	G	706.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.592;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.369;HP=3;HapScore=1;MGOF=45;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-2.713;NF=16;NR=15;PP=367;ReadPosRankSum=2.881;SC=ACGCTTGCCCTTGGGCTCCCA;SOR=0.652;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=88;TCF=42;TCR=46;TR=31;WE=5172184;WS=5172166;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,44:0.34:131
chr7	5172208	rs74491186	C	T	1648.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.169;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.576;HP=4;HapScore=4;MGOF=26;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-1.310;NF=17;NR=16;PP=2113;ReadPosRankSum=1.462;SC=GGACCACCCCCGCCCTCTCCC;SOR=0.368;SbPval=0.25;Source=Platypus;TC=86;TCF=36;TCR=50;TR=33;WE=5172231;WS=5172198;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,46:0.37:124
chr7	5172213	rs72125963	TCTCCCA	T	1679.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.146;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.320;HP=4;HapScore=4;MGOF=26;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-1.301;NF=6;NR=15;PP=2590;ReadPosRankSum=0.750;SC=ACCCCCGCCCTCTCCCAGGCG;SOR=0.290;SbPval=0.04;Source=Platypus;TC=58;TCF=7;TCR=51;TR=21;WE=5172231;WS=5172198;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,46:0.37:123
chr7	5172223	rs77639783	G	A	1649.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.098;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.015;HP=2;HapScore=4;MGOF=26;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-2.130;NF=15;NR=17;PP=2086;ReadPosRankSum=0.317;SC=TCTCCCAGGCGCAGGTGGGAG;SOR=0.345;SbPval=0.17;Source=Platypus;TC=80;TCF=28;TCR=52;TR=32;WE=5172231;WS=5172198;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,46:0.40:115
chr7	5172282	rs73057807	A	G	654.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.058;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.293;HP=2;HapScore=4;MGOF=44;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-1.089;NF=7;NR=15;PP=685;ReadPosRankSum=-0.436;SC=CCCTCACCTTACAAATGTCAT;SOR=0.418;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=53;TCF=16;TCR=37;TR=22;WE=5172303;WS=5172272;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,27:0.44:61
chr7	5172295	rs73057808	A	G	534.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.738;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.741;HP=2;HapScore=4;MGOF=44;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-1.073;NF=6;NR=11;PP=685;ReadPosRankSum=0.149;SC=AATGTCATAGAGACTCAATCT;SOR=0.228;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=41;TCF=12;TCR=29;TR=17;WE=5172303;WS=5172272;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,20:0.44:45
chr7	5172316	rs66755282	T	G	352.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.899;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.441;HP=1;HapScore=2;MGOF=47;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-1.066;NF=4;NR=9;PP=188;ReadPosRankSum=1.093;SC=TGTGAGGCCTTACTTGGATTT;SOR=0.430;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=33;TCF=10;TCR=23;TR=13;WE=5172324;WS=5172306;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,15:0.44:34
chr7	5230230	rs10273502	C	G	718.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=2.131;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.697;HP=3;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=21;PP=463;ReadPosRankSum=-0.408;SC=CTCGGCCTCCCCGCGGGCCAA;SOR=1.554;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=56;TCF=17;TCR=39;TR=26;WE=5230238;WS=5230220;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,33:0.47:70
chr7	5254061	rs28393199	G	A	1719.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.354;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FS=3.468;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.88;ReadPosRankSum=-1.229;SOR=0.956;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:89,85:0.49:174
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chr7	5257490	rs7791896	T	C	2389.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=53;NR=14;PP=1774;SC=GGACCAAGTGTCAGCCCTGGG;SOR=2.245;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=67;TCF=53;TCR=14;TR=67;WE=5257498;WS=5257480;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
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chr7	5265661	rs146435321	C	CA	3750.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.420;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=264;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.996;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQ=60.04;MQRankSum=1.008;NF=10;NR=52;PP=2551;ReadPosRankSum=-1.733;SC=CACCCTCTGACATCGTTAGCC;SOR=0.798;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=129;TCF=17;TCR=112;TR=62;WE=5265670;WS=5265651;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:122,122:0.50:244
chr7	5267724	rs11763996	A	G	2172.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.319;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=234;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.478;HP=5;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=26;PP=955;ReadPosRankSum=0.865;SC=GCTGCTCTTTATTCTCCCTAG;SOR=0.734;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=133;TCF=79;TCR=54;TR=65;WE=5267732;WS=5267714;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:124,109:0.47:233
chr7	5267849	rs11760558	C	G	1513.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-2.928;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.039;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=30;PP=706;ReadPosRankSum=0.038;SC=ACCGGTGAGTCTGCTCCGGCC;SOR=0.368;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=79;TCF=21;TCR=58;TR=43;WE=5267857;WS=5267839;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,68:0.61:112
chr7	5269424	rs7785898	A	C	2829.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=14;NR=49;PP=1532;SC=CCCGAGTGCTACTGCCTTCTG;SOR=1.911;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=63;TCF=14;TCR=49;TR=63;WE=5269443;WS=5269414;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr7	5269435	.	C	T	614.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.398;ClippingRankSum=0.000;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=17;PP=321;ReadPosRankSum=-0.514;SC=CTGCCTTCTGCTGGCTCCGGA;SOR=0.617;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=50;TCF=8;TCR=42;TR=21;WE=5269443;WS=5269414;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,29:0.45:64
chr7	5331307	rs12667188	A	G	281.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=3;PP=176;SC=TCCCCTCACTAGCCTCTCCCC;SOR=1.085;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=5;TCR=3;TR=8;WE=5331315;WS=5331297;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr7	5334469	rs4724524	G	T	6744.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=64;NR=47;PP=2120;SC=CCTCTGGGTTGTTCCTCTCTC;SOR=0.903;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=117;TCF=66;TCR=51;TR=111;WE=5334481;WS=5334459;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,155:1.00:155
chr7	5334472	rs10623123	C	CCT	3209.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.781;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.006;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.362;NF=15;NR=43;PP=2010;ReadPosRankSum=-1.291;SC=CTGGGTTGTTCCTCTCTCTCT;SOR=0.914;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=66;TCF=18;TCR=48;TR=58;WE=5334481;WS=5334459;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,138:0.88:156
chr7	5334582	rs59119551	C	T	785.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.845;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.407;HP=5;HapScore=1;MGOF=29;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=19;PP=339;ReadPosRankSum=-1.868;SC=ATCTGCAGACCCCCCGGGGAG;SOR=0.850;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=86;TCF=32;TCR=54;TR=29;WE=5334590;WS=5334572;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:99,48:0.33:147
chr7	5334636	rs11760864	A	T	1526.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=2.382;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.777;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=26;PP=743;ReadPosRankSum=-0.241;SC=CTTCCCAGGGACTCCCCATGA;SOR=0.991;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=62;TCF=24;TCR=38;TR=40;WE=5334644;WS=5334626;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,67:0.68:99
chr7	5336855	rs137903684	TCCCTTCTCTGTC	T	2166.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.856;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.09;MQRankSum=0.382;QD=23.30;ReadPosRankSum=0.649;SOR=0.788;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,56:0.60:93
chr7	5336885	rs13244318	C	T	2212.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.432;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.012;QD=24.86;ReadPosRankSum=-0.017;SOR=0.675;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,55:0.62:89
chr7	5342413	rs11979775	T	C	1199.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.765;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-3.024;NF=24;NR=17;PP=452;ReadPosRankSum=-1.979;SC=CCCCTCAGGCTGGTGTTGTCC;SOR=0.683;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=87;TCF=50;TCR=37;TR=41;WE=5342421;WS=5342403;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,62:0.47:131
chr7	5347295	rs7794563	A	G	656.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.67;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=9;PP=269;SC=GGTGGGCTCCATGCTAAGGGT;SOR=1.358;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=13;TCF=4;TCR=9;TR=13;WE=5347303;WS=5347285;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr7	5352659	rs138591330	G	T	1567.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.679;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=2.612;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=26.13;ReadPosRankSum=1.876;SOR=0.324;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,58:0.97:60
chr7	5372406	rs13238738	G	T	1970.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=24;NR=20;PP=870;SC=TGCGCTCGCTGCGGCGCCGCG;SOR=0.804;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=44;TCF=24;TCR=20;TR=44;WE=5372414;WS=5372396;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr7	5391702	rs3801048	C	G	2776.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.727;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=289;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.975;HP=4;HapScore=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=46;PP=1189;ReadPosRankSum=0.818;SC=TTCAGGAATTCTTCGTCTTCC;SOR=0.581;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=174;TCF=70;TCR=104;TR=80;WE=5391710;WS=5391692;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:149,137:0.48:286
chr7	5396715	rs35508364	T	C	7793.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=1.806;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=722;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=117;NR=106;PP=2962;ReadPosRankSum=2.471;SC=GCCTTCCTGTTCTTCCCCAGC;SOR=0.684;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=430;TCF=225;TCR=205;TR=223;WE=5396723;WS=5396705;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:347,366:0.51:713
chr7	5396955	rs7805732	A	G	967.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-0.471;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.890;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=27;PP=589;ReadPosRankSum=0.871;SC=ACAAAACAGTATAGTGGGTTT;SOR=0.520;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=73;TCF=18;TCR=55;TR=37;WE=5396963;WS=5396945;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,44:0.48:91
chr7	5409937	rs58182076	C	T	477.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.365;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=1;PP=292;ReadPosRankSum=-1.834;SC=CTGGGCAACACAGCAAGACCC;SOR=1.071;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=27;TCF=25;TCR=2;TR=16;WE=5409945;WS=5409931;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,20:0.57:35
chr7	5410916	rs10215902	G	C	1492.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.125;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=25;PP=465;ReadPosRankSum=1.785;SC=CGTCGGCGGCGGCCGTGGGCT;SOR=0.699;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=93;TCF=39;TCR=54;TR=41;WE=5410924;WS=5410906;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,77:0.52:147
chr7	5415874	rs11766794	T	C	6072.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.789;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=345;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.60;ReadPosRankSum=-0.840;SOR=0.694;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:187,158:0.46:345
chr7	5415877	rs11769187	G	A	6021.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.612;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=344;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.51;ReadPosRankSum=-1.536;SOR=0.700;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:184,160:0.47:344
chr7	5417421	rs7796767	A	G	1724.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=3.437;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=16;PP=1155;ReadPosRankSum=0.978;SC=TGAGGACCAGAGTGACTCCCG;SOR=0.640;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=111;TCF=81;TCR=30;TR=57;WE=5417429;WS=5417411;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,70:0.51:136
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chr7	5427720	rs4724663	A	G	7504.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=278;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=81;NR=89;PP=2965;SC=GCCTCTCCAGACCCGTGGGCC;SOR=0.791;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=170;TCF=81;TCR=89;TR=170;WE=5427728;WS=5427710;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,275:1.00:275
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chr7	5460518	rs139552678	C	CGCCGGGGCCGCCGGACTG	3802.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=3.310;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=253;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=19.271;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.192;NF=9;NR=28;PP=2897;ReadPosRankSum=0.649;SC=CACTCTCCACCGCCTTGGCTC;SOR=1.655;SbPval=0.18;Source=Platypus;TC=132;TCF=22;TCR=110;TR=37;WE=5460526;WS=5460508;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:133,102:0.43:235
chr7	5467858	rs73333875	A	G	3168.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=3.131;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=343;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.319;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=71;PP=1747;ReadPosRankSum=0.210;SC=CGCTCAGTGCACAGGGGGCCG;SOR=0.917;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=227;TCF=78;TCR=149;TR=106;WE=5467866;WS=5467848;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:189,150:0.44:339
chr7	5487458	rs4236392	T	C	4214.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=45;NR=76;PP=1968;SC=CCAGCTCTGCTGGGGGCTCCT;SOR=1.158;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=123;TCF=46;TCR=77;TR=121;WE=5487466;WS=5487448;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,164:1.00:164
chr7	5528883	rs4724701	G	A	2562.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=37;NR=26;PP=1174;SC=TTAAAAATCAGATTACAAAAC;SOR=0.963;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=64;TCF=38;TCR=26;TR=63;WE=5528891;WS=5528873;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
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chr7	5529922	rs4077245	A	C	1493.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.818;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=38;PP=1139;ReadPosRankSum=1.357;SC=AGGAGCCCTGATCACTCCAGC;SOR=2.066;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=45;TCF=6;TCR=39;TR=44;WE=5529930;WS=5529912;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,48:0.98:49
chr7	5530827	rs3801057	G	A	8478.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.928;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=334;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=123;NR=85;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.956;SC=TGATTTCTGCGGCCCCTGAAG;SOR=0.966;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=211;TCF=124;TCR=87;TR=208;WE=5530835;WS=5530817;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,328:0.99:332
chr7	5530987	rs200944793	G	A	2725.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.157;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=280;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.924;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=55;PP=1324;ReadPosRankSum=-0.266;SC=GGAGGGTGCCGCTGCGAGAGA;SOR=0.616;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=188;TCF=75;TCR=113;TR=96;WE=5530995;WS=5530977;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:144,133:0.48:277
chr7	5540769	rs6953642	A	C	5129.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=71;NR=57;SC=ACGCCACCAGAGTCTCCAGGA;SOR=0.840;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=128;TCF=71;TCR=57;TR=128;WE=5540777;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,187:1.00:187
chr7	5541657	rs4724704	G	A	4012.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=33;NR=47;PP=1620;SC=CTTTGTCCTCGCTCGCCTGCG;SOR=0.892;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=80;TCF=33;TCR=47;TR=80;WE=5541665;WS=5541647;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,152:1.00:152
chr7	5751250	rs3735289	G	A	168.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.11;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr7	5760971	rs4720636	A	T	1377.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=8;NR=38;PP=1053;SC=TCTTACCATTAGCCAACCTAC;SOR=2.833;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=46;TCF=8;TCR=38;TR=46;WE=5760979;WS=5760961;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr7	5779375	rs10233615	T	C	4572.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=38;NR=76;PP=2412;SC=CTCATGCCTATAATCGAAGCA;SOR=1.315;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=115;TCF=38;TCR=77;TR=114;WE=5779383;WS=5779365;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,165:1.00:165
chr7	5800769	rs3857756	A	G	2861.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=28;NR=65;PP=2009;SC=TTTCAAAAGAACTGAAAAGGA;SOR=1.808;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=93;TCF=28;TCR=65;TR=93;WE=5800777;WS=5800759;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr7	5886342	.	CAA	C	41.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.556;ClippingRankSum=0.000;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=1.919;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.26;ReadPosRankSum=1.020;SOR=1.345;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,8:0.24:33
chr7	5920394	rs201796201	T	TA	511.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.053;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.30;MQRankSum=-1.692;QD=9.84;ReadPosRankSum=-0.951;SOR=0.866;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,35:0.67:52
chr7	5920405	.	AT	A	270	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;FR=1.0000;HP=10;HapScore=4;MGOF=5;MMLQ=24;MQ=54.96;NF=23;NR=2;PP=270;QD=11.16;SC=AAAAAAAAAAATAATCTAGAC;SbPval=0.96;Source=Platypus;TC=46;TCF=37;TCR=9;TR=25;WE=5920414;WS=5920384;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:21,25:0.54:46
chr7	5920406	rs10235465	T	A	2540.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=55.89;QD=35.79;SOR=1.965;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr7	5923738	rs3890913	A	C	293.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=48.73;QD=29.38;SOR=3.258;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr7	5941209	rs2024003	T	C	979.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.722;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.310;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-5.495;NF=31;NR=19;PP=719;ReadPosRankSum=0.865;SC=GGCCAAGAGTTAGTGTACCTT;SOR=0.813;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=127;TCF=80;TCR=47;TR=50;WE=5941217;WS=5941199;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:107,55:0.34:162
chr7	5941354	rs62453577	C	T	2472.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=-0.650;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=237;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.418;HP=4;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-2.017;NF=43;NR=46;PP=1253;ReadPosRankSum=0.396;SC=GGCGTTCTTTCTCAACTCAGA;SOR=0.466;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=168;TCF=76;TCR=92;TR=89;WE=5941362;WS=5941344;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:115,122:0.51:237
chr7	5941411	rs112286506	G	A	1459.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.473;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-1.268;NF=11;NR=43;PP=1038;ReadPosRankSum=0.181;SC=TGTTTAAAGAGAAATCTGTAA;SOR=0.615;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=92;TCF=19;TCR=73;TR=54;WE=5941419;WS=5941401;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,62:0.53:116
chr7	5942269	rs71524059	C	T	50.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.241;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FS=6.249;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.40;MQRankSum=-6.434;QD=0.43;ReadPosRankSum=-0.910;SOR=1.642;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:106,13:0.11:119
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chr7	5944600	rs2528324	C	T	774.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-4.273;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.918;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-2.706;NF=24;NR=3;PP=532;ReadPosRankSum=0.262;SC=CTCATTGTTGCGCTGTTTGCT;SOR=0.361;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=44;TCF=40;TCR=4;TR=27;WE=5944608;WS=5944590;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,31:0.65:48
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chr7	5983553	rs80120223	A	C	956.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=42.38;QD=30.86;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr7	5983729	.	T	C	189.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.844;ClippingRankSum=0.000;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=1.379;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.17;MQRankSum=-3.052;QD=3.95;ReadPosRankSum=0.025;SOR=0.990;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,12:0.25:48
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chr7	5998509	rs139591741	G	C	1582.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-3.814;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.742;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.202;NF=49;NR=13;PP=1086;ReadPosRankSum=0.611;SC=TCTGCTTAGAGAGAAAATGTT;SOR=0.507;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=134;TCF=106;TCR=28;TR=62;WE=5998517;WS=5998499;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,68:0.51:133
chr7	6005453	rs199613757	AAAAT	A	175.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.273;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=7.659;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.01;MQRankSum=-1.421;QD=8.37;ReadPosRankSum=-1.351;SOR=0.041;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,9:0.43:21
chr7	6006431	.	G	A	970	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;FR=0.5000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MMLQ=28;MQ=41.92;NF=48;NR=1;PP=970;QD=20.5055349499;SC=CTGTCTCAAAGTAAAATAAGA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=135;TCF=111;TCR=24;TR=49;WE=6006439;WS=6006421;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:86,49:0.36:135
chr7	6026775	rs2228006	T	C	3756.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.337;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=330;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.335;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-1.766;NF=50;NR=66;PP=2028;ReadPosRankSum=0.661;SC=TCGTCAGTTTTAGGCGCTTTC;SOR=0.611;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=231;TCF=97;TCR=134;TR=116;WE=6026783;WS=6026765;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:152,167:0.52:319
chr7	6031804	.	G	GT	104.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.333;ClippingRankSum=0.000;DP=139;ExcessHet=3.0103;FS=1.221;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.88;MQRankSum=0.000;QD=1.28;ReadPosRankSum=-0.068;SOR=0.930;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:62,20:0.24:82
chr7	6036980	rs1805319	G	C	2720.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.817;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=263;ExcessHet=3.0103;FS=4.197;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.04;MQRankSum=0.951;QD=10.50;ReadPosRankSum=0.145;SOR=0.955;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:122,137:0.53:259
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chr7	6048556	rs3735295	G	A	389.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.974;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.203;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=4;PP=190;ReadPosRankSum=1.410;SC=CATTTCCAGGGAGGTTGGAAT;SOR=0.941;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=35;TCF=23;TCR=12;TR=15;WE=6048564;WS=6048546;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,20:0.48:42
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chr7	6048973	rs1062372	C	A	228.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.61;BaseQRankSum=-1.160;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=1;PP=122;ReadPosRankSum=-0.909;SC=CACGCGCTACCCCCTTTTGCT;SOR=0.593;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=12;TCF=10;TCR=2;TR=8;WE=6048981;WS=6048963;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,11:0.69:16
chr7	6049209	rs2302335	C	T	197.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=2.006;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=6;PP=113;ReadPosRankSum=0.912;SC=CCGGAGCGAGCGCGTCCCAAC;SOR=0.693;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=20;TCF=6;TCR=14;TR=9;WE=6049217;WS=6049199;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,10:0.43:23
chr7	6052428	rs1986625	C	T	211.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.200;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.15;ReadPosRankSum=0.847;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,12:0.63:19
chr7	6054987	rs6979676	G	A	1012.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.358;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.853;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=30;PP=697;ReadPosRankSum=2.180;SC=TGGGAAGGTAGGTTCGTTTTG;SOR=0.452;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=84;TCF=20;TCR=64;TR=42;WE=6054995;WS=6054977;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,47:0.47:101
chr7	6057777	.	C	CT	234.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.622;ClippingRankSum=0.000;DP=142;ExcessHet=3.0103;FS=5.360;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.08;MQRankSum=1.086;QD=3.61;ReadPosRankSum=-1.268;SOR=0.280;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,28:0.43:65
chr7	6064470	.	C	CT	226.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.550;ClippingRankSum=0.000;DP=108;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.10;MQRankSum=0.957;QD=3.91;ReadPosRankSum=-0.279;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,23:0.40:58
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chr7	6175633	rs11322306	CT	C	224.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.771;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FS=4.159;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.09;MQRankSum=1.180;QD=3.81;ReadPosRankSum=0.997;SOR=1.410;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,28:0.47:59
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chr7	6370406	rs3750040	C	T	3504.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.718;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=325;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.016;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=58;PP=1913;ReadPosRankSum=-0.603;SC=CCAGTCTCGCCGCCCCAGAGC;SOR=0.486;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=228;TCF=106;TCR=122;TR=117;WE=6370414;WS=6370396;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:161,160:0.50:321
chr7	6426941	rs702483	C	T	1395.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.268;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.572;HP=1;HapScore=3;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=19;PP=1195;ReadPosRankSum=0.698;SC=GGGAATTAACCTGTTTGTGTT;SOR=0.613;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=91;TCF=41;TCR=50;TR=37;WE=6426962;WS=6426931;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:94,74:0.44:168
chr7	6426954	rs3729790	G	A	1386.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.732;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=3;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=21;PP=1195;ReadPosRankSum=0.892;SC=TTTGTGTTACGGGTTTCACAT;SOR=0.649;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=90;TCF=37;TCR=53;TR=36;WE=6426962;WS=6426931;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:99,73:0.42:172
chr7	6431690	rs836478	C	T	7641.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.800;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=917;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.103;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQ=59.98;MQRankSum=0.872;NF=101;NR=109;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.239;SC=TTGCAGCTGACTTTTAATGTG;SOR=0.750;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=511;TCF=254;TCR=257;TR=210;WE=6431698;WS=6431680;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:519,393:0.43:912
chr7	6441799	rs836551	G	C	1367.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.209;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.768;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=27;PP=1013;ReadPosRankSum=0.793;SC=GCAAGGCCCTGTGGGTCTTAA;SOR=0.719;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=83;TCF=42;TCR=41;TR=52;WE=6441807;WS=6441789;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,56:0.60:93
chr7	6449496	rs2303361	T	C	4397.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.045;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=466;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=77;NR=78;PP=1929;ReadPosRankSum=0.498;SC=GGAGACCCCTTGTGCTGGACA;SOR=0.695;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=302;TCF=150;TCR=152;TR=155;WE=6449504;WS=6449486;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:234,222:0.49:456
chr7	6456347	rs1055428	G	T	5376.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.475;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=482;ExcessHet=3.0103;FS=0.533;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.22;ReadPosRankSum=0.690;SOR=0.758;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:225,254:0.53:479
chr7	6456669	rs836508	C	T	497.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-3.963;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.357;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=15;PP=336;ReadPosRankSum=-1.510;SC=GGATCTGAGACTGCAGAATCA;SOR=0.133;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=34;TCF=6;TCR=28;TR=20;WE=6456677;WS=6456659;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,21:0.58:36
chr7	6461310	rs79949326	C	T	2440.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.177;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=241;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.044;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=21;PP=1181;ReadPosRankSum=-1.122;SC=CACCCATCTTCTGTGTGGTCA;SOR=0.807;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=168;TCF=115;TCR=53;TR=78;WE=6461318;WS=6461300;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:118,118:0.50:236
chr7	6461534	rs2288153	C	T	2841.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.519;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=286;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.989;HP=6;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=54;PP=1330;ReadPosRankSum=-1.286;SC=TGGAGGATGGCGGGGATGGCA;SOR=0.823;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=177;TCF=69;TCR=108;TR=86;WE=6461542;WS=6461524;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:148,137:0.48:285
chr7	6465441	rs2272157	C	T	106.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.68;BaseQRankSum=0.674;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=1;PP=26;ReadPosRankSum=1.025;SC=TGAACCTGCACCAGGGCATCT;SOR=0.160;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=7;TCF=6;TCR=1;TR=3;WE=6465449;WS=6465431;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,5:0.50:10
chr7	6472290	.	TA	T	102.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.566;ClippingRankSum=-0.000;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=10.27;ReadPosRankSum=-0.366;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,9:0.90:10
chr7	6476237	rs3750038	C	T	2106.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-1.846;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.084;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=52;PP=1099;ReadPosRankSum=-1.735;SC=TGCAAAAATACAGCTTTTGCA;SOR=0.794;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=158;TCF=50;TCR=108;TR=74;WE=6476245;WS=6476227;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:117,102:0.47:219
chr7	6487293	rs3750037	G	C	1183.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-2.714;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.894;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=3;PP=670;ReadPosRankSum=0.378;SC=TGCTTGGGAAGCCACTTCTGT;SOR=1.022;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=94;TCF=82;TCR=12;TR=37;WE=6487301;WS=6487283;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,53:0.44:121
chr7	6505901	rs2230263	T	C	4248.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=33;NR=71;PP=2225;SC=TGATCATAAATAGCTGCGGAA;SOR=1.334;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=104;TCF=33;TCR=71;TR=104;WE=6505909;WS=6505891;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,153:1.00:153
chr7	6513779	rs17777087	T	C	989.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=2.359;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.951;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=8;PP=608;ReadPosRankSum=-0.748;SC=CTGTGCACTGTAGATGAAATA;SOR=1.047;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=65;TCF=48;TCR=17;TR=34;WE=6513787;WS=6513769;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,44:0.52:85
chr7	6522129	rs55841143	G	A	4667.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.591;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=498;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=79;NR=61;PP=2193;ReadPosRankSum=-0.847;SC=CTGGCACATGGACTTTGTAAC;SOR=0.668;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=287;TCF=163;TCR=124;TR=140;WE=6522137;WS=6522119;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:263,231:0.47:494
chr7	6537566	rs5882098	CA	C	4128.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.205;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=315;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.123;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=3.704;NF=35;NR=35;PP=2554;ReadPosRankSum=0.311;SC=GACAGCCCATCAGGGGGTTAG;SOR=0.894;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=143;TCF=62;TCR=81;TR=70;WE=6537574;WS=6537556;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:177,133:0.43:310
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chr7	6537913	rs79970150	A	G	443.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-1.955;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=14;PP=274;ReadPosRankSum=1.082;SC=CCAGGGTCTCAGGTGGTGGCC;SOR=1.179;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=31;TCF=2;TCR=29;TR=14;WE=6537921;WS=6537903;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,18:0.49:37
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chr7	6566442	rs12702526	C	T	1866.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-1.769;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.482;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=31;PP=684;ReadPosRankSum=-2.602;SC=TTCCCGGACCCCGGATCTCTG;SOR=0.519;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=131;TCF=49;TCR=82;TR=53;WE=6566450;WS=6566432;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:110,93:0.46:203
chr7	6590693	rs6463571	G	A	197.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.883;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=5;PP=116;ReadPosRankSum=-0.381;SC=CCGCGTCCGGGCGCTTGCGGC;SOR=0.722;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=19;TCF=9;TCR=10;TR=10;WE=6590701;WS=6590683;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,13:0.43:30
chr7	6591009	rs11761490	C	T	2851.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=1.496;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=286;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=45;PP=1300;ReadPosRankSum=1.855;SC=GCCACCTAGCCGGAAGCCAAA;SOR=0.720;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=157;TCF=70;TCR=87;TR=81;WE=6591017;WS=6590999;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:136,138:0.50:274
chr7	6591041	rs4724818	C	G	2024.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.590;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.530;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=38;PP=994;ReadPosRankSum=-0.013;SC=AGCCCTGGTTCGTGGCCGGCG;SOR=0.754;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=135;TCF=58;TCR=77;TR=65;WE=6591049;WS=6591031;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:96,97:0.50:193
chr7	6623244	rs78653838	C	T	1092.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-1.949;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.501;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=26;PP=587;ReadPosRankSum=-1.519;SC=GTCTTGTGTTCCTGTGTAGTA;SOR=0.408;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=92;TCF=24;TCR=68;TR=37;WE=6623252;WS=6623234;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,54:0.42:129
chr7	6641635	rs13246348	C	T	2282.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.657;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=286;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.445;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=36;PP=1386;ReadPosRankSum=0.717;SC=ATGAGGCGCTCTTGCTGTCTT;SOR=0.745;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=183;TCF=105;TCR=78;TR=86;WE=6641643;WS=6641625;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:163,115:0.41:278
chr7	6647738	rs4416743	T	C	755.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.63;BaseQRankSum=2.863;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.727;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=24;PP=782;ReadPosRankSum=-0.200;SC=TGCCCACGCATCCCGGCCACA;SOR=1.216;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=48;TCF=4;TCR=44;TR=25;WE=6647746;WS=6647728;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,36:0.53:68
chr7	6656830	rs2243563	G	A	2631.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=0.600;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=261;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=36;PP=1187;ReadPosRankSum=0.435;SC=GCCGACTCCCGGGAATCGGGG;SOR=0.692;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=132;TCF=72;TCR=60;TR=77;WE=6656838;WS=6656820;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:129,131:0.50:260
chr7	6656897	rs1806552	A	G	2559.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=1.052;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=273;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.920;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=36;PP=1022;ReadPosRankSum=-1.136;SC=CTGGAACTTCAATGTCTTGAG;SOR=0.758;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=133;TCF=64;TCR=69;TR=67;WE=6656905;WS=6656887;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:142,130:0.48:272
chr7	6660790	rs940873	G	A	3136.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.643;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=363;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.386;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=44;PP=1316;ReadPosRankSum=-0.513;SC=AGGAGGAAGAGCCTCAGGAGA;SOR=0.657;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=237;TCF=123;TCR=114;TR=91;WE=6660798;WS=6660780;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:203,154:0.43:357
chr7	6713985	rs2243620	A	G	13739.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-2.756;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=538;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=155;NR=161;PP=2965;ReadPosRankSum=1.127;SC=AAATCCTTCCATGTGAAACCA;SOR=0.712;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=320;TCF=156;TCR=164;TR=316;WE=6713993;WS=6713975;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,533:1.00:535
chr7	6714961	rs377679285	CT	C	134.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.400;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=9.956;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.37;MQRankSum=1.394;QD=3.74;ReadPosRankSum=-0.083;SOR=2.780;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,16:0.44:36
chr7	6803602	rs200943820	C	T	92.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.572;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.02;MQRankSum=-0.337;QD=1.66;ReadPosRankSum=-0.201;SOR=0.779;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:45,11:0.20:56
chr7	6845516	rs144852517	C	T	255.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.808;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.80;MQRankSum=-6.086;QD=2.87;ReadPosRankSum=1.761;SOR=0.735;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:69,20:0.22:89
chr7	6845594	rs202001623	C	T	249.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.651;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FS=0.944;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.87;MQRankSum=-5.372;QD=2.66;ReadPosRankSum=1.888;SOR=0.850;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:73,21:0.22:94
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chr7	6854511	rs143064541	C	G	941.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=5.809;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=357;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=87.347;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-11.880;NF=4;NR=70;PP=2962;ReadPosRankSum=-3.787;SC=TTAAACGTTTCGAACTGTCTT;SOR=4.504;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=247;TCF=74;TCR=173;TR=74;WE=6854520;WS=6854501;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:288,62:0.18:350
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chr7	7106636	rs6977967	A	G	1949.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.188;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.592;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=22;PP=1047;ReadPosRankSum=-0.195;SC=CATCCAAGGGAGAGATGATAC;SOR=0.752;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=102;TCF=64;TCR=38;TR=61;WE=7106644;WS=7106626;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,91:0.57:160
chr7	7136061	rs35367486	G	GA,GAA	7057.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=2.440;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=356;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.316;NF=34,34;NR=102,102;PP=159,1381;ReadPosRankSum=-0.407;SC=ATGGTGTCTGGAAAAAAAAAC;SOR=0.706;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=153;TCF=35;TCR=118;TR=136,136;WE=7136069;WS=7136051;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.80,0.19:316
chr7	7136077	rs17163287	C	A	3164.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.795;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=319;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.846;HP=2;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-1.872;NF=52;NR=54;PP=1606;ReadPosRankSum=0.872;SC=AAAACTGCAACGAATATAAGA;SOR=0.653;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=206;TCF=96;TCR=110;TR=106;WE=7136085;WS=7136067;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:161,157:0.49:318
chr7	7277807	rs3807862	G	A	263.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-0.299;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.935;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=2;PP=171;ReadPosRankSum=-1.231;SC=AATTAGGACAGTGCTTTCTTC;SOR=1.296;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=21;TCF=17;TCR=4;TR=11;WE=7277815;WS=7277797;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,12:0.52:23
chr7	7398457	rs2348042	T	G	7027.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=253;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=46;NR=146;PP=2965;SC=AAAAGGAAAATGTGTCACGGA;SOR=1.876;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=192;TCF=46;TCR=146;TR=192;WE=7398465;WS=7398447;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,246:1.00:246
chr7	7400239	rs7786515	A	G	678.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=11;PP=305;SC=GAACATATAAAGACTAGTTCA;SOR=1.220;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=5;TCR=11;TR=16;WE=7400247;WS=7400229;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr7	7415217	rs1294651	C	T	586.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=16;PP=421;SC=ACAATCAGCACTGGACCATTT;SOR=4.514;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=0;TCR=16;TR=16;WE=7415225;WS=7415207;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr7	7421019	rs1294626	C	A	874.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=19;NR=4;PP=549;SC=TATAGGTAGACAAAGCAATGC;SOR=2.303;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=19;TCR=4;TR=23;WE=7421027;WS=7421009;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr7	7421310	rs1294627	A	G	3919.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=36;NR=55;PP=1780;SC=TCTTTGGGTCAGAAACACACT;SOR=1.032;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=91;TCF=36;TCR=55;TR=91;WE=7421318;WS=7421300;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,148:1.00:148
chr7	7491873	rs4720735	AG	CT	3346.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=38;NR=14;PP=2057;SC=AGAGTCTGTAAGGCAATTGGA;SOR=1.488;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=56;TCF=39;TCR=17;TR=52;WE=7491882;WS=7491863;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr7	7528880	rs12671912	G	A	424.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=10;NR=2;PP=295;SC=CAGCCTGGGTGACAGTGAGAT;SOR=2.448;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=10;TCR=2;TR=12;WE=7528888;WS=7528870;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr7	7528951	rs6463696	C	T	2495.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=38;NR=18;PP=1111;SC=GACCATTTATCCTAAACAGAA;SOR=1.240;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=56;TCF=38;TCR=18;TR=56;WE=7528959;WS=7528941;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr7	7557297	rs1016028	T	C	4784.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=94;NR=38;PP=2927;SC=GATTGCCTTCTTGAGCCATCA;SOR=1.542;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=132;TCF=94;TCR=38;TR=132;WE=7557305;WS=7557287;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,173:1.00:173
chr7	7557618	rs67184564	CA	C	370.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.885;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=3.680;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.50;MQRankSum=0.487;QD=14.26;ReadPosRankSum=-0.543;SOR=2.419;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,24:0.92:26
chr7	7561580	rs10486180	T	C	1383.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.865;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.067;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=27;PP=677;ReadPosRankSum=0.418;SC=CATTCACAAATCTTGCGTTCA;SOR=0.968;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=88;TCF=36;TCR=52;TR=42;WE=7561588;WS=7561570;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,66:0.49:136
chr7	7571094	rs7804532	G	C	10021.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=380;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=152;NR=131;PP=2965;SC=CGTAGAAAGTGCAATGGTGAT;SOR=0.825;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=283;TCF=152;TCR=131;TR=283;WE=7571102;WS=7571084;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,369:1.00:369
chr7	7622696	rs4720741	C	T	754.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=18;NR=5;PP=498;SC=AACTGACTTACTTTCCAAATA;SOR=2.066;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=24;TCF=19;TCR=5;TR=23;WE=7622704;WS=7622686;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr7	7627994	rs6463702	T	C	725.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=22;NR=8;PP=531;SC=TTAATGGCTCTGCAAGATAAA;SOR=2.468;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=22;TCR=8;TR=30;WE=7628002;WS=7627984;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr7	7628275	rs7801367	C	T	513.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=11;PP=329;SC=TTTATAATTACATATGTATGA;SOR=1.981;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=3;TCR=11;TR=14;WE=7628283;WS=7628265;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr7	7645535	rs10276434	A	G	3322.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=65;NR=21;PP=2088;SC=ATAAAATATTATGATATAGTT;SOR=1.919;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=87;TCF=66;TCR=21;TR=86;WE=7645543;WS=7645525;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr7	7645806	rs2286209	A	G	5623.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=59;NR=98;PP=2965;SC=CCAAAGTATGAATTTTATTTT;SOR=1.179;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=157;TCF=59;TCR=98;TR=157;WE=7645814;WS=7645796;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,208:1.00:208
chr7	7646651	rs7806046	G	T	6017.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=87;NR=47;PP=2524;SC=GCCCTGTGTCGGCATGCACGT;SOR=1.099;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=135;TCF=87;TCR=48;TR=134;WE=7646659;WS=7646641;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,225:1.00:225
chr7	7646687	rs4222	A	G	6774.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-2.465;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=269;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.259;HP=3;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=94;NR=77;PP=2814;ReadPosRankSum=1.669;SC=TGGATACAACAGGGAATCTGG;SOR=0.417;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=172;TCF=94;TCR=78;TR=171;WE=7646695;WS=7646677;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,268:1.00:269
chr7	7712941	rs148595964	TAGCAGCAGCAGC	T,TAGCAGCAGCAGCAGC	4506.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.417;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=242;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=4.763;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=12,12;NR=34,34;PP=2997,2961;ReadPosRankSum=-0.991;SC=CTATTTCAGGTAGCAGCAGCA;SOR=1.299;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=91;TCF=28;TCR=63;TR=46,46;WE=7712963;WS=7712931;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.47,0.46:156
chr7	7841561	rs2348558	C	T	446.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-4.386;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.651;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=16;PP=303;ReadPosRankSum=-0.161;SC=TGCTAAACTCCTTTAGTGCTA;SOR=0.032;SbPval=0.21;Source=Platypus;TC=42;TCF=2;TCR=40;TR=18;WE=7841569;WS=7841551;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,20:0.45:44
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chr7	8126194	rs12847	A	G	829.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.125;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.913;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=22;PP=529;ReadPosRankSum=-0.652;SC=CCTCCACCCTATGTTCCATGG;SOR=0.556;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=55;TCF=15;TCR=40;TR=31;WE=8126202;WS=8126184;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,38:0.49:77
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chr7	8181286	rs6972885	T	C	119.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=1.803;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=0;PP=86;ReadPosRankSum=-0.135;SC=CTTTTCTCAGTTGAAAAAGAA;SOR=1.179;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=8;TCR=0;TR=5;WE=8181294;WS=8181276;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,5:0.62:8
chr7	8181555	rs80350640	C	CCA	10886.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-0.483;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=993;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=104;PP=2971;ReadPosRankSum=2.820;SC=AACACATACACCACACACACG;SOR=0.714;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=339;TCF=84;TCR=255;TR=133;WE=8181573;WS=8181545;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:574,371:0.39:945
chr7	8181565	rs6952542	G	A	14786.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-0.879;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1009;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=125;NR=118;PP=2962;ReadPosRankSum=2.935;SC=CCACACACACGCACACGAAGA;SOR=0.704;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=514;TCF=258;TCR=256;TR=243;WE=8181573;WS=8181545;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:546,423:0.44:969
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chr7	8196567	rs200840693	AAAAAAAAAAAAAAAAAAG	A	633.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=2.079;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=382;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.73;MQRankSum=-3.023;QD=1.90;ReadPosRankSum=2.565;SOR=0.662;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:252,82:0.25:334
chr7	8267235	.	CT	C	217.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.519;ClippingRankSum=0.000;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.34;MQRankSum=1.266;QD=3.96;ReadPosRankSum=0.139;SOR=0.681;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,25:0.45:55
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chr7	8267875	rs2080171	C	G	364.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.175;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.14;ReadPosRankSum=0.517;SOR=0.597;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:49,22:0.31:71
chr7	8267924	rs5882159	AT	A	427.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.038;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=12;PP=466;ReadPosRankSum=-1.376;SC=AGATAATCACATTAAAAAAAA;SOR=0.717;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=42;TCF=11;TCR=31;TR=16;WE=8267932;WS=8267914;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,35:0.36:98
chr7	8268155	rs1861032	T	C	1153.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.625;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.739;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=18;PP=462;ReadPosRankSum=-0.410;SC=CCTAAGCATATGAAATGATGT;SOR=0.651;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=68;TCF=35;TCR=33;TR=36;WE=8268163;WS=8268145;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,57:0.55:103
chr7	9765662	rs10240050	C	T	135.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=1;PP=21;SC=TATTATTGGACGAGGCGGGTC;SOR=0.693;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=2;TCF=1;TCR=1;TR=2;WE=9765670;WS=9765652;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr7	9765716	rs10255217	A	C	83.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.180;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.68;MQRankSum=1.068;QD=11.97;ReadPosRankSum=-0.180;SOR=0.180;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,5:0.71:7
chr7	11022230	rs218966	A	G	1349.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.723;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FS=1.780;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.85;ReadPosRankSum=-0.135;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:48,57:0.54:105
chr7	11022564	rs218965	G	A	2362.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.852;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=237;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=39;PP=1216;ReadPosRankSum=-1.501;SC=GGAGATCTGCGTCTCAGAAAG;SOR=0.711;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=176;TCF=85;TCR=91;TR=78;WE=11022572;WS=11022554;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:124,111:0.47:235
chr7	11075263	rs2353340	A	G	1350.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=4.540;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.342;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=9;PP=1042;ReadPosRankSum=-2.033;SC=CTTTCTTTGTATAGGATATAG;SOR=1.282;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=113;TCF=88;TCR=25;TR=54;WE=11075271;WS=11075253;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,58:0.43:136
chr7	11418670	rs2189352	C	A	609.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.038;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.817;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=2;PP=407;ReadPosRankSum=1.459;SC=AAAGGTTTCTCTTTCAACACT;SOR=1.839;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=35;TCF=31;TCR=4;TR=21;WE=11418678;WS=11418660;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,25:0.57:44
chr7	11419104	rs2285757	G	T	290.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=1.627;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=6;PP=201;ReadPosRankSum=-0.700;SC=AGCAAGTGAAGTCAGGACTTT;SOR=0.732;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=30;TCF=15;TCR=15;TR=12;WE=11419112;WS=11419094;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,13:0.41:32
chr7	11447159	rs6975407	G	C	325.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=3.058;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=11;PP=240;ReadPosRankSum=-0.291;SC=AGCCACATAAGAGAATAAAAT;SOR=0.929;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=32;TCF=4;TCR=28;TR=12;WE=11447167;WS=11447149;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,14:0.36:39
chr7	11452204	rs2301743	C	G	506.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=4.850;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=0;PP=322;ReadPosRankSum=0.293;SC=TAGAGATGAACTATACTGACA;SOR=1.044;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=38;TCF=36;TCR=2;TR=16;WE=11452212;WS=11452194;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,19:0.46:41
chr7	11464297	rs1859226	T	C	2424.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=3.410;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=279;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.405;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=26;PP=1375;ReadPosRankSum=-1.105;SC=TGTCTTGCTTTTCTGTATAAT;SOR=0.923;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=192;TCF=116;TCR=76;TR=77;WE=11464305;WS=11464287;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:158,115:0.42:273
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chr7	11509561	rs2285744	G	C	1703.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=1.620;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=26;PP=817;ReadPosRankSum=0.679;SC=TCACAATACAGTCCTTCTTAC;SOR=0.678;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=128;TCF=63;TCR=65;TR=51;WE=11509569;WS=11509551;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:133,90:0.40:223
chr7	11580903	rs2074604	A	G	415.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.398;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=2.925;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.70;ReadPosRankSum=0.780;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,20:0.37:54
chr7	11581121	rs47	T	C	16432.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=472;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=141;NR=144;PP=2965;SC=GGCTCGCAGTTTCCCAGTCTC;SOR=0.710;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=285;TCF=141;TCR=144;TR=285;WE=11581142;WS=11581111;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,468:1.00:468
chr7	11581134	rs2074603	T	C	4463.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.849;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=433;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=71;NR=74;PP=1684;ReadPosRankSum=-1.219;SC=CCAGTCTCACTGCTTTCCAGT;SOR=0.686;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=276;TCF=131;TCR=145;TR=145;WE=11581142;WS=11581111;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:204,226:0.53:430
chr7	11630298	rs2074602	C	A	1997.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.654;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.515;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=45;PP=988;ReadPosRankSum=0.619;SC=CCAGCAGCAACCATAATTATT;SOR=0.770;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=147;TCF=51;TCR=96;TR=68;WE=11630306;WS=11630288;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:113,100:0.47:213
chr7	11633193	rs2354954	G	A	636.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=1.206;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=14.151;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=23;PP=495;ReadPosRankSum=-0.282;SC=TGTCTTCTACGCTCAAGAGTG;SOR=2.910;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=44;TCF=7;TCR=37;TR=25;WE=11633201;WS=11633183;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,26:0.51:51
chr7	11676377	rs2074598	G	A	5453.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.563;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=599;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.454;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=81;NR=76;PP=2451;ReadPosRankSum=-1.192;SC=TTGAAATCACGGGCTGACACT;SOR=0.611;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=362;TCF=171;TCR=191;TR=157;WE=11676385;WS=11676367;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:323,271:0.46:594
chr7	12370657	rs2253353	A	G	48.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.638;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=4.88;ReadPosRankSum=0.105;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,3:0.30:10
chr7	12370702	rs3217131	AT	A	56.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.437;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=1;PP=61;ReadPosRankSum=0.787;SC=TCTTTAAGATATTTTTTGAAT;SOR=1.051;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=15;TCF=10;TCR=5;TR=4;WE=12370710;WS=12370692;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,6:0.30:20
chr7	12370794	rs1059002	T	C	454.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.089;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=4;PP=177;ReadPosRankSum=0.561;SC=TTGTAATTCATATACTTGATG;SOR=0.826;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=41;TCF=27;TCR=14;TR=14;WE=12370802;WS=12370784;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,24:0.38:63
chr7	12370952	rs6954265	C	T	964.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-2.585;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.812;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=17;PP=368;ReadPosRankSum=-0.551;SC=TGCCACTAGACTCAATACTGT;SOR=0.459;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=52;TCF=19;TCR=33;TR=29;WE=12370960;WS=12370942;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,48:0.56:86
chr7	12371001	rs6954555	G	A	551.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-2.140;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.999;HP=1;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=14;PP=282;ReadPosRankSum=0.995;SC=CATACTTAAGGTCCAAGCTGT;SOR=0.235;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=31;TCF=7;TCR=24;TR=20;WE=12371009;WS=12370991;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,26:0.62:42
chr7	12371019	rs3815534	A	T	417.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-2.714;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.430;HP=2;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=13;PP=249;ReadPosRankSum=1.080;SC=TGTCATAACCAAATGGAGCTT;SOR=0.138;SbPval=0.25;Source=Platypus;TC=27;TCF=4;TCR=23;TR=17;WE=12371027;WS=12371009;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,19:0.59:32
chr7	12372999	rs6460928	T	G	432.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=3.107;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=1;PP=307;ReadPosRankSum=0.073;SC=TTGGAAATAATAAAAAAACAT;SOR=0.693;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=32;TCF=29;TCR=3;TR=15;WE=12373007;WS=12372989;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,17:0.50:34
chr7	12373082	rs6460929	C	T	1820.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.963;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.713;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=24;PP=992;ReadPosRankSum=0.661;SC=TCTTTAAACTCTGAAATACCT;SOR=0.412;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=125;TCF=84;TCR=41;TR=62;WE=12373090;WS=12373072;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,83:0.49:168
chr7	12373353	rs6460930	TG	CA	1579.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=1.106;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;JOINED;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=25;PP=1321;ReadPosRankSum=-0.220;SC=TATGTACTCTTGTCTTTCAGA;SOR=0.689;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=75;TCF=23;TCR=52;TR=37;WE=12373362;WS=12373343;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,42:0.47:90
chr7	12375667	rs35608044	G	GA	1281.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.356;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.483;HP=6;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=8;PP=1050;ReadPosRankSum=-1.929;SC=GCATGCTGGAGTTTTTTCCCC;SOR=1.284;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=50;TCF=34;TCR=16;TR=27;WE=12375675;WS=12375657;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,38:0.50:76
chr7	12376811	rs2192828	A	C	5025.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.098;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=504;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.090;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=79;NR=91;PP=2764;ReadPosRankSum=-1.265;SC=ACTTTTTTGGAATCTCCTACC;SOR=0.779;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=339;TCF=163;TCR=176;TR=170;WE=12376819;WS=12376801;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:248,242:0.49:490
chr7	12382637	rs1440030	C	T	1343.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.728;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=12;PP=641;ReadPosRankSum=-3.084;SC=GTTCATTTCACGTAGCATTAA;SOR=0.663;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=95;TCF=67;TCR=28;TR=44;WE=12382645;WS=12382627;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,62:0.53:116
chr7	12383967	rs1440032	T	A	2769.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.310;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=256;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.218;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=46;PP=1183;ReadPosRankSum=1.900;SC=CAAATACAATTTATCATGCAA;SOR=0.941;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=162;TCF=75;TCR=87;TR=81;WE=12383975;WS=12383957;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:118,133:0.53:251
chr7	12391319	rs6967385	G	T	824.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.523;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.383;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=24;PP=541;ReadPosRankSum=1.175;SC=GTAGTAAATTGATTTACAAAC;SOR=1.165;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=55;TCF=17;TCR=38;TR=33;WE=12391327;WS=12391309;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,38:0.53:72
chr7	12393966	rs6944618	A	G	17234.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=378;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.59;SOR=1.194;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,378:1.00:378
chr7	12393974	rs6944626	A	C	17825.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=420;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.44;SOR=1.070;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,420:1.00:420
chr7	12394053	rs6945167	G	T	16064.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=602;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=157;NR=181;PP=2965;SC=ATTCAGGCATGCTACTCCCTC;SOR=0.776;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=340;TCF=159;TCR=181;TR=338;WE=12394061;WS=12394043;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,600:1.00:600
chr7	12394202	rs10267441	A	T	673.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=3.743;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.612;HP=6;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=24;PP=501;ReadPosRankSum=-1.468;SC=TCTACTTTTTATGTCTGTCCT;SOR=1.270;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=62;TCF=6;TCR=56;TR=26;WE=12394210;WS=12394192;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,29:0.43:68
chr7	12395813	rs2119141	T	C	3715.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=62;NR=42;PP=2096;SC=AAGGGTTGGATTGGCACCCAC;SOR=1.016;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=104;TCF=62;TCR=42;TR=104;WE=12395821;WS=12395803;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,140:1.00:140
chr7	12396040	rs4719307	A	G	208.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-0.347;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=9;PP=177;ReadPosRankSum=0.457;SC=ACAGTCATGTATGTTTATGTA;SOR=1.179;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=20;TCF=2;TCR=18;TR=10;WE=12396048;WS=12396030;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,10:0.48:21
chr7	12400837	rs2053380	G	A	553.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=1.418;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.224;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=5;PP=265;ReadPosRankSum=0.844;SC=ATATATGACCGTTATTTTGGG;SOR=1.051;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=41;TCF=25;TCR=16;TR=17;WE=12400845;WS=12400827;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,27:0.47:58
chr7	12406989	rs6460939	C	G	834.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.126;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.493;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=10;PP=369;ReadPosRankSum=2.790;SC=ATACCTGTAGCTTAGTAACTT;SOR=1.099;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=77;TCF=45;TCR=32;TR=31;WE=12406997;WS=12406979;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,46:0.37:123
chr7	12410112	rs963323	G	A	1715.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.142;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.128;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=37;PP=920;ReadPosRankSum=0.001;SC=CAGTGTGTCAGACATGCTTTT;SOR=0.583;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=142;TCF=55;TCR=87;TR=63;WE=12410126;WS=12410102;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:112,86:0.43:198
chr7	12417407	rs7793993	C	T	483.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.372;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=-0.748;NF=16;NR=7;PP=268;ReadPosRankSum=1.156;SC=ATTACCTTGACCAATAGTTTT;SOR=0.749;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=57;TCF=40;TCR=17;TR=23;WE=12417415;WS=12417397;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,26:0.38:69
chr7	12418938	rs10499421	G	C	839.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.504;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.255;HP=2;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=6;PP=543;ReadPosRankSum=-0.266;SC=AAACTTTGTTGCGCATTAGAA;SOR=1.042;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=66;TCF=52;TCR=14;TR=30;WE=12418946;WS=12418928;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,34:0.45:75
chr7	12418964	rs10270931	T	C	1133.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.708;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=12;PP=751;ReadPosRankSum=-0.129;SC=GGGGCTTTTCTTCAAATATGG;SOR=0.652;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=97;TCF=70;TCR=27;TR=43;WE=12418972;WS=12418954;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,53:0.45:117
chr7	12419039	rs10570724	TCA	T	5189.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.546;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=303;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=38;PP=2271;ReadPosRankSum=0.221;SC=CATGGACAGATCACAGTTTGG;SOR=0.685;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=130;TCF=44;TCR=86;TR=55;WE=12419048;WS=12419029;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:159,136:0.46:295
chr7	12419108	rs6967241	A	T	3121.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.505;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=313;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=55;PP=1365;ReadPosRankSum=-1.004;SC=CGTACCTTAAAGCCTGCAAAA;SOR=0.706;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=205;TCF=95;TCR=110;TR=101;WE=12419116;WS=12419098;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:156,155:0.50:311
chr7	12420092	rs1025787	G	C	1024.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-3.352;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.078;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=9;PP=680;ReadPosRankSum=-0.958;SC=AAAATAAAATGCAACTGTTTT;SOR=0.459;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=72;TCF=56;TCR=16;TR=40;WE=12420100;WS=12420082;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,44:0.59:75
chr7	12420447	rs6959370	T	G	946.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.718;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.255;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=24;PP=556;ReadPosRankSum=-1.768;SC=TATAACTCTGTGGTTTATCTT;SOR=0.381;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=55;TCF=9;TCR=46;TR=30;WE=12420455;WS=12420437;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,42:0.55:76
chr7	12420517	rs6460941	T	A	199.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-0.576;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=9;PP=160;ReadPosRankSum=0.668;SC=AAAGTAATACTTTCATATTCT;SOR=0.818;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=19;TCF=2;TCR=17;TR=10;WE=12420525;WS=12420507;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,9:0.53:17
chr7	12428493	rs138321554	ACACT	A	4152.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.279;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=275;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.449;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQ=60.04;MQRankSum=1.199;NF=19;NR=32;PP=2393;ReadPosRankSum=1.927;SC=AATTTTTAACACACTCAATCA;SOR=0.658;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=121;TCF=46;TCR=75;TR=51;WE=12428504;WS=12428483;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:159,112:0.41:271
chr7	12428550	rs848019	G	A	2804.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.695;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=336;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=44;PP=1208;ReadPosRankSum=-1.993;SC=ATGCTTTCACGTGTGGGGGGA;SOR=0.699;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=199;TCF=102;TCR=97;TR=90;WE=12428558;WS=12428540;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:186,148:0.44:334
chr7	12428582	rs848018	C	T	2206.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.241;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=244;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.989;HP=2;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=44;PP=1187;ReadPosRankSum=0.008;SC=TGGCAAAGAACCCTAAAGAAA;SOR=0.777;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=161;TCF=71;TCR=90;TR=76;WE=12428590;WS=12428572;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:134,109:0.45:243
chr7	12428741	rs848017	G	A	3725.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.364;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=314;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.354;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=45;PP=1765;ReadPosRankSum=0.483;SC=TGAATTACTGGTGTTTTCTTA;SOR=0.782;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=194;TCF=112;TCR=82;TR=109;WE=12428749;WS=12428731;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:140,172:0.55:312
chr7	12428803	rs848016	G	A	4711.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.094;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=419;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=73;NR=64;PP=2226;ReadPosRankSum=-0.680;SC=TAAGTATACAGAAAAGTTCCC;SOR=0.658;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=255;TCF=137;TCR=118;TR=137;WE=12428811;WS=12428793;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:193,223:0.54:416
chr7	12433445	rs73052774	T	C	1088.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.629;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=19;PP=433;ReadPosRankSum=-0.777;SC=ATGTGTTTTGTTTGTTGACAT;SOR=0.681;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=65;TCF=21;TCR=44;TR=28;WE=12433453;WS=12433435;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,52:0.49:107
chr7	12611179	rs12699405	C	T	2187.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.452;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.128;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=35;PP=1050;ReadPosRankSum=2.027;SC=GGATTCTACCCGCACCATGCT;SOR=0.579;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=129;TCF=58;TCR=71;TR=66;WE=12611187;WS=12611169;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,103:0.54:191
chr7	12617552	rs10248067	C	G	103.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-0.987;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=1;PP=58;ReadPosRankSum=-0.172;SC=AGTATTTTAGCTAAAAGATCT;SOR=0.269;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=11;TCF=9;TCR=2;TR=5;WE=12617560;WS=12617542;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,6:0.50:12
chr7	12636026	rs758111	T	C	6987.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=281;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=65;NR=107;PP=2813;SC=GCCTCCCTGATGTCTGCATTC;SOR=1.072;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=172;TCF=65;TCR=107;TR=172;WE=12636034;WS=12636016;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,270:1.00:270
chr7	12644334	rs849778	G	T	9012.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=345;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=98;NR=136;PP=2962;SC=ACTCCAACTCGTATGTGTCTG;SOR=0.939;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=234;TCF=98;TCR=136;TR=234;WE=12644357;WS=12644324;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,342:1.00:342
chr7	12644348	rs78612532	G	GGT	7699.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.123;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=314;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.03;MQRankSum=0.000;QD=28.31;ReadPosRankSum=0.556;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,238:0.88:272
chr7	12675546	rs2708655	A	G	817.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=5.640;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.909;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=3;PP=713;ReadPosRankSum=0.532;SC=AACAGCTTGTATCATGTTAAA;SOR=2.222;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=66;TCF=55;TCR=11;TR=32;WE=12675554;WS=12675536;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,32:0.42:77
chr7	12684340	rs2691810	C	T	3583.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=28;NR=56;PP=1705;SC=TGTAAGTGTCCTTAAAAATAG;SOR=1.196;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=84;TCF=28;TCR=56;TR=84;WE=12684348;WS=12684330;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,134:1.00:134
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chr7	14025766	rs10215655	T	A	4108.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=3.907;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=409;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=76;NR=52;PP=2266;ReadPosRankSum=0.665;SC=GTGAACAAGGTGGAAAGAAGA;SOR=0.650;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=256;TCF=157;TCR=99;TR=128;WE=14025774;WS=14025756;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:209,192:0.48:401
chr7	14026357	rs3213661	A	G	1616.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=8;NR=41;PP=1103;SC=CAAATCTTTAATCTTCATTAA;SOR=2.644;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=49;TCF=8;TCR=41;TR=49;WE=14026365;WS=14026347;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr7	14027867	rs59844225	G	GCA	1320.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.871;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.860;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=41;PP=1496;ReadPosRankSum=0.739;SC=ACACGCGCGCGCACACACACA;SOR=0.806;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=114;TCF=6;TCR=108;TR=42;WE=14027876;WS=14027857;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,49:0.40:122
chr7	14028220	rs72368501	GA	G	245.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.954;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FS=11.394;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.91;ReadPosRankSum=0.792;SOR=2.636;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,24:0.48:50
chr7	14028245	rs11460974	G	GA	2332.06	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.211;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FS=3.275;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.44;ReadPosRankSum=0.176;SOR=1.180;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,129:0.85:151
chr7	14028707	rs140879246	TA	T	3979.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.826;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=305;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.913;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=2.747;NF=16;NR=47;PP=2511;ReadPosRankSum=-0.883;SC=CTCAGCTCAGTATTTTATATT;SOR=0.575;SbPval=0.13;Source=Platypus;TC=130;TCF=23;TCR=107;TR=63;WE=14028715;WS=14028697;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:154,146:0.49:300
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chr7	14028860	rs11328804	CA	C	414.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=2.202;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.988;HP=6;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=18;PP=505;ReadPosRankSum=-1.097;SC=GTCCCATTCACAAAAATAACC;SOR=2.124;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=33;TCF=2;TCR=31;TR=19;WE=14028868;WS=14028850;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,21:0.51:41
chr7	14384832	rs2271267	T	C	355.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.027;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=5.653;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.82;ReadPosRankSum=0.303;SOR=0.071;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,17:0.71:24
chr7	14517650	rs3839747	T	TAC	131.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=2.499;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.566;HP=2;HapScore=3;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=0;PP=268;ReadPosRankSum=-0.335;SC=TCTTAATATTTACACACACAC;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=17;TCR=5;TR=9;WE=14517658;WS=14517640;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,5:0.24:21
chr7	14517977	rs3823843	G	A	253.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=1.556;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=7;PP=122;ReadPosRankSum=-0.138;SC=TGCCAAGAAGGTTATGTAAAA;SOR=1.473;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=0;TCR=12;TR=7;WE=14517985;WS=14517967;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,10:0.67:15
chr7	14622510	rs17595234	G	A	747.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-6.318;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.991;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=2;PP=540;ReadPosRankSum=0.370;SC=TTTGCCAGTTGAATTTTTGAA;SOR=0.163;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=49;TCF=47;TCR=2;TR=29;WE=14622518;WS=14622500;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,30:0.58:52
chr7	14622870	rs3795245	A	T	652.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-3.477;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=25;PP=512;ReadPosRankSum=-0.038;SC=TATTTTATAAAAACTGTAAAA;SOR=1.073;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=52;TCF=5;TCR=47;TR=27;WE=14622878;WS=14622860;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,27:0.50:54
chr7	14646986	rs17168299	C	G	602.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.842;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.186;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=6;PP=204;ReadPosRankSum=-1.188;SC=ATTATTTCTACATATGTCAGG;SOR=0.826;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=31;TCF=18;TCR=13;TR=16;WE=14646994;WS=14646976;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,29:0.63:46
chr7	14653054	rs1525088	T	C	402.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.623;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.418;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=7;PP=196;ReadPosRankSum=0.521;SC=AGAAAAGTTATATACATGGAA;SOR=0.404;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=29;TCF=12;TCR=17;TR=13;WE=14653062;WS=14653044;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,22:0.45:49
chr7	14722075	rs117382294	C	G	942.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=1.609;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.296;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=6;PP=484;ReadPosRankSum=-0.056;SC=TATGCTTACACTCAGTTTCAG;SOR=0.390;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=68;TCF=56;TCR=12;TR=29;WE=14722083;WS=14722065;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,42:0.47:89
chr7	14737622	rs145306944	AAAAG	A	669.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.275;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=4.298;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.38;MQRankSum=1.809;QD=21.60;ReadPosRankSum=-0.186;SOR=0.141;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,20:0.65:31
chr7	14741152	rs55766546	C	G	101.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.805;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=11.31;ReadPosRankSum=-0.847;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,5:0.56:9
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chr7	14775821	rs139628753	TG	T	1224.06	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.587;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.493;NF=0;NR=45;PP=1138;ReadPosRankSum=-0.444;SC=ATCTATTGTCTGGAAAAAAAA;SOR=1.101;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=53;TCF=1;TCR=52;TR=45;WE=14775832;WS=14775811;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:7,67:0.91:74
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chr7	15458033	rs4469360	C	G	72.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.706;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=1;PP=40;ReadPosRankSum=1.068;SC=TATATATTCACTAAAAACGAA;SOR=0.941;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=16;TCF=12;TCR=4;TR=5;WE=15458041;WS=15458023;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,5:0.28:18
chr7	15470543	.	G	GT	122.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.266;ClippingRankSum=0.000;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=3.337;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.36;ReadPosRankSum=-1.200;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,17:0.33:52
chr7	15666230	rs3779406	C	T	1424.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=34;NR=3;PP=964;SC=ATTTTGCTGGCAAAATTTTAT;SOR=3.352;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=37;TCF=34;TCR=3;TR=37;WE=15666238;WS=15666220;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr7	15725797	rs113582077	ATGG	A	12652.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.031;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=390;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.42;MQRankSum=0.336;QD=39.54;ReadPosRankSum=0.554;SOR=1.060;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:23,297:0.93:320
chr7	15726066	rs1050290	G	A	21160.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-1.150;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=815;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=204;NR=260;PP=2965;ReadPosRankSum=0.433;SC=AGACTTCACGGCGGTTCCAAA;SOR=0.382;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=472;TCF=207;TCR=265;TR=464;WE=15726074;WS=15726056;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:6,806:0.99:812
chr7	15726117	rs33970897	A	AT,ATT	10833.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-1.351;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=508;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.605;HP=10;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=152;PP=1848;ReadPosRankSum=-1.567;SC=AAACCGTGTGATTTTTTTTTT;SOR=0.399;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=230;TCF=13;TCR=217;TR=163;WE=15726137;WS=15726107;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.15,0.82:411
chr7	15726129	rs11975534	A	C	10926.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=1.952;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=411;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.516;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=71;NR=163;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.893;SC=TTTTTTTTTAACCTCCCAAAG;SOR=1.372;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=242;TCF=75;TCR=167;TR=234;WE=15726137;WS=15726107;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:5,404:0.99:409
chr7	16129172	rs9691136	A	G	834.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=23;NR=5;PP=516;SC=ATATATATGTATATACATGTA;SOR=2.165;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=28;TCF=23;TCR=5;TR=28;WE=16129180;WS=16129162;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr7	16131260	rs1528137	C	T	859.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.968;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.713;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=12;PP=357;ReadPosRankSum=-0.934;SC=AGCGGGGGCACAAAGCACAAT;SOR=0.620;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=58;TCF=34;TCR=24;TR=27;WE=16131268;WS=16131250;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,46:0.42:110
chr7	16298434	rs1295153	T	C	508.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=1;PP=347;SC=TCTCCAAAAATGTGTAGAAGA;SOR=3.500;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=15;TCF=14;TCR=1;TR=15;WE=16298442;WS=16298424;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr7	16298498	rs139478143	CAT	C	1429.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.497;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.992;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.026;NF=8;NR=9;PP=648;ReadPosRankSum=0.634;SC=TTCTCTTCCACATTTGTTCAT;SOR=0.420;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=37;TCF=21;TCR=16;TR=17;WE=16298507;WS=16298488;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,38:0.50:76
chr7	16298766	rs5882563	A	AT	316.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=0;NR=10;PP=359;SC=AAAAAAATGAAACATGCTGAA;SOR=4.615;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=0;TCR=10;TR=10;WE=16298774;WS=16298756;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr7	16317667	rs3801431	T	C	151.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=1.253;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=2;PP=115;ReadPosRankSum=1.772;SC=AAGGGATTTTTATGGGTTTTT;SOR=0.551;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=11;TCF=9;TCR=2;TR=7;WE=16317675;WS=16317657;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,7:0.47:15
chr7	16348059	rs62441885	T	C	2821.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-3.375;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.812;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=71;NR=23;PP=1715;ReadPosRankSum=-0.103;SC=CCTTAACTCCTACTCAATGCA;SOR=0.504;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=165;TCF=126;TCR=39;TR=94;WE=16348067;WS=16348049;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,122:0.60:202
chr7	16348091	rs13437646	A	C	3736.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.237;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=342;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.404;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=77;NR=49;PP=1910;ReadPosRankSum=1.471;SC=AAATGTACACACACGCAAACA;SOR=0.728;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=231;TCF=140;TCR=91;TR=126;WE=16348099;WS=16348081;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:153,178:0.54:331
chr7	16445673	rs6461252	A	T	2333.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.771;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=257;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.519;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=28;PP=1160;ReadPosRankSum=0.117;SC=TAGACTCAAGAAAAAAGACTT;SOR=0.795;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=154;TCF=96;TCR=58;TR=76;WE=16445681;WS=16445663;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:135,117:0.46:252
chr7	16445813	rs61734789	G	A	2790.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.364;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=339;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.400;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=48;PP=1554;ReadPosRankSum=-0.156;SC=TTCTGCCAGTGCTTTTAGTCC;SOR=0.654;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=229;TCF=119;TCR=110;TR=99;WE=16445821;WS=16445803;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:196,140:0.42:336
chr7	16460893	rs7782939	T	G	618.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=1.257;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=18;PP=443;ReadPosRankSum=0.569;SC=CGCTGACCACTCAGGCAAGGA;SOR=0.529;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=41;TCF=9;TCR=32;TR=23;WE=16460901;WS=16460883;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,27:0.50:54
chr7	16505341	rs6945425	T	C	2979.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=23;NR=54;PP=1718;SC=ATTCTTTTGCTTCTGCTTCTG;SOR=1.480;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=77;TCF=23;TCR=54;TR=77;WE=16505349;WS=16505331;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr7	16566391	rs6461263	T	G	2118.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=49;NR=16;PP=1330;SC=GGCCACACGCTCAAACGTCAC;SOR=1.893;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=65;TCF=49;TCR=16;TR=65;WE=16566399;WS=16566381;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr7	16571973	rs1404173	A	G	571.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.775;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=1.845;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.44;ReadPosRankSum=-1.065;SOR=1.440;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,15:0.48:31
chr7	16571976	rs1404172	C	G	600.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.834;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=1.817;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.16;ReadPosRankSum=-0.885;SOR=1.426;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,17:0.49:35
chr7	16572051	rs1404171	C	T	1010.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.360;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=17;PP=591;ReadPosRankSum=-0.225;SC=GTTATTGTTACTGACTGCAAG;SOR=0.720;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=95;TCF=57;TCR=38;TR=42;WE=16572059;WS=16572041;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,53:0.43:124
chr7	16577376	rs6961390	G	A	512.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=14;PP=339;SC=TCTTAATTTTGTATTCCTAAT;SOR=1.981;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=4;TCR=14;TR=18;WE=16577384;WS=16577366;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
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chr7	16598655	rs6979816	G	A	992.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.900;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.628;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=24;PP=501;ReadPosRankSum=2.308;SC=ATGGCCATAAGTTAAAATAGT;SOR=0.500;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=86;TCF=32;TCR=54;TR=41;WE=16598663;WS=16598645;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,51:0.49:104
chr7	16605861	rs11463350	A	AT	520.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-0.385;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.792;HP=6;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=4;PP=609;ReadPosRankSum=1.061;SC=GAATCTCTTAATTTTTTGTAT;SOR=1.162;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=54;TCF=43;TCR=11;TR=23;WE=16605869;WS=16605851;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,28:0.46:61
chr7	16607177	rs11379958	T	TA	729.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.846;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FS=1.942;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.06;MQRankSum=0.000;QD=6.40;ReadPosRankSum=1.272;SOR=1.055;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:51,63:0.55:114
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chr7	16640358	rs543387	T	C	1577.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=41;NR=11;PP=1126;SC=AGGGTGAGGATCATCCACACT;SOR=2.387;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=52;TCF=41;TCR=11;TR=52;WE=16640366;WS=16640348;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr7	16640491	rs541797	G	A	2775.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=0.288;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=292;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.390;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=36;PP=1161;ReadPosRankSum=0.282;SC=CTTCAGGATTGGAATCCTTTT;SOR=0.587;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=146;TCF=78;TCR=68;TR=69;WE=16640499;WS=16640481;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:151,136:0.47:287
chr7	16644262	rs117794925	C	A	824.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=2.612;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.648;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=5;PP=540;ReadPosRankSum=1.258;SC=CTAATGTCCACTCTTACAGAA;SOR=1.739;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=70;TCF=55;TCR=15;TR=32;WE=16644270;WS=16644252;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,35:0.45:77
chr7	16650427	rs572570	C	G	2908.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.119;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=267;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.454;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=54;PP=1417;ReadPosRankSum=0.351;SC=TTAAAGGAGACACTTGTTCAT;SOR=0.732;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=163;TCF=63;TCR=100;TR=86;WE=16650435;WS=16650417;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:121,140:0.54:261
chr7	16684247	rs3807505	G	C	1092.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.771;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.227;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=13;PP=411;ReadPosRankSum=2.506;SC=GCCCGGAGTCGCACGCATCAC;SOR=0.399;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=84;TCF=54;TCR=30;TR=32;WE=16684255;WS=16684237;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,58:0.43:135
chr7	16713933	rs11465103	A	AT	683.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=18;NR=7;PP=520;SC=TGCTCTGTGGATTTTTTTTTC;SOR=2.019;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=29;TCF=21;TCR=8;TR=25;WE=16713941;WS=16713928;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr7	16722353	rs818503	A	C	619.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=0.853;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.186;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=9;PP=302;ReadPosRankSum=-0.877;SC=TCTATTACCTACTTCTGTGTC;SOR=0.826;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=37;TCF=20;TCR=17;TR=21;WE=16722361;WS=16722343;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,29:0.63:46
chr7	16722392	rs34052310	G	GT	42.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.835;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=1.310;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.75;ReadPosRankSum=0.067;SOR=0.750;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:46,11:0.19:57
chr7	16725501	rs34699573	C	CT	221.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.537;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=5.979;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.16;ReadPosRankSum=-0.989;SOR=2.049;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,16:0.37:43
chr7	16725519	.	TTG	T	338	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;FR=0.5000;HP=18;HapScore=1;MGOF=13;MMLQ=28;MQ=59.66;NF=8;NR=24;PP=338;QD=10.65625;SC=TTTTTTTTTTTTGACCCACAG;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=63;TCF=23;TCR=40;TR=32;WE=16725528;WS=16725509;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:31,32:0.51:63
chr7	16736479	rs7796792	C	G	1540.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=1.830;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=15;PP=734;ReadPosRankSum=0.467;SC=GGGCAGCTAGCGGGGAGATGG;SOR=0.690;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=85;TCF=56;TCR=29;TR=43;WE=16736487;WS=16736469;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,71:0.48:147
chr7	16745589	rs1149510	T	C	556.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=4.295;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.616;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=0;PP=386;ReadPosRankSum=-1.669;SC=AGTATGCTGGTGCAATGGCAG;SOR=1.148;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=48;TCF=44;TCR=4;TR=17;WE=16745597;WS=16745579;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,23:0.40:57
chr7	16793668	rs75735669	A	G	5383.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.175;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=645;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.525;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.808;NF=64;NR=81;PP=2059;ReadPosRankSum=0.043;SC=GAGTATCCCCAGTCCGTTCCT;SOR=0.757;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=364;TCF=168;TCR=196;TR=145;WE=16793676;WS=16793658;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:362,280:0.44:642
chr7	16793779	rs11405941	G	GC	6305.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=97;PP=2957;SC=GGCTTCCCACGTCTGCGCGCC;SOR=1.966;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=108;TCF=5;TCR=103;TR=101;WE=16793787;WS=16793769;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,158:1.00:158
chr7	16818799	rs6461276	A	G	1145.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=1.526;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=33;PP=769;ReadPosRankSum=-1.111;SC=GTTTTGCATGACAAAGGGCCT;SOR=0.702;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=86;TCF=25;TCR=61;TR=46;WE=16818807;WS=16818789;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,50:0.56:90
chr7	16823021	rs3840574	AT	A	3284.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.037;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=447;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.119;HP=12;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.776;NF=43;NR=58;PP=1387;ReadPosRankSum=1.142;SC=TCTTTACTTTATTTTTTTTTC;SOR=0.607;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=237;TCF=111;TCR=126;TR=101;WE=16823038;WS=16823011;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:221,209:0.49:430
chr7	16823095	rs11491	G	A	7247.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.373;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=739;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-1.696;NF=99;NR=105;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.163;SC=ACCCCCGCGCGAATCCTAGTG;SOR=0.695;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=435;TCF=212;TCR=223;TR=204;WE=16823103;WS=16823085;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:376,360:0.49:736
chr7	16823117	rs17136588	T	G	6437.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.491;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=620;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.684;NF=95;NR=114;PP=2944;ReadPosRankSum=1.426;SC=ATTCCTTTGATGAGAAAACAA;SOR=0.705;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=396;TCF=181;TCR=215;TR=209;WE=16823125;WS=16823107;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:299,318:0.52:617
chr7	16823169	rs3807498	A	C	3729.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.661;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=310;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.952;HP=1;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.622;NF=48;NR=91;PP=2430;ReadPosRankSum=0.853;SC=CACTTTCTGTAATTTTCTGTT;SOR=0.507;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=262;TCF=85;TCR=177;TR=139;WE=16823177;WS=16823159;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:143,165:0.54:308
chr7	16832682	rs112853365	CT	C	205.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.450;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FS=5.873;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.55;ReadPosRankSum=-0.603;SOR=0.160;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,21:0.36:58
chr7	16834444	rs2272246	C	T	3124.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=71;NR=16;PP=2177;SC=AAACTGAGTCCGAGGCGTCCC;SOR=2.517;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=88;TCF=71;TCR=17;TR=87;WE=16834452;WS=16834434;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr7	16834551	rs4719480	C	A	13108.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=493;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=184;NR=138;PP=2965;SC=AATTGAAGGTCACACTTACAC;SOR=0.917;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=323;TCF=184;TCR=139;TR=322;WE=16834559;WS=16834541;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,492:1.00:492
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chr7	16834690	rs181231647	A	C	3975.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.062;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=421;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.525;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=78;PP=2122;ReadPosRankSum=-0.766;SC=TTTGTTTTCAAACAACCTGTA;SOR=0.765;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=276;TCF=117;TCR=159;TR=135;WE=16834698;WS=16834680;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:222,192:0.46:414
chr7	16837404	rs819010	C	T	1162.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=30;PP=796;SC=TGTCCATTTCCGGCCAGGCAT;SOR=2.948;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=36;TCF=6;TCR=30;TR=36;WE=16837412;WS=16837394;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr7	16839501	rs2272245	A	T	367.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=0.662;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.301;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=13;PP=262;ReadPosRankSum=-2.786;SC=AGCTTTGTTCAATTTTCAGTT;SOR=2.404;SbPval=0.95;Source=Platypus;TC=33;TCF=10;TCR=23;TR=15;WE=16839509;WS=16839491;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,17:0.44:39
chr7	16872913	rs4719482	G	A	1848.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-2.072;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=22;PP=713;ReadPosRankSum=-1.022;SC=GCTTGACTCAGCATCAGTGTA;SOR=0.739;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=100;TCF=58;TCR=42;TR=52;WE=16872921;WS=16872903;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,90:0.53:169
chr7	16899197	rs11798	C	T	2299.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-2.135;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.212;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=31;PP=1243;ReadPosRankSum=-0.383;SC=GGCTTTTTTCCATCATCTCTT;SOR=0.407;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=67;TCF=35;TCR=32;TR=66;WE=16899205;WS=16899187;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,87:0.99:88
chr7	16901185	rs4236289	C	T	1266.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=9;NR=20;PP=562;SC=TAATTCCATACAACTTTCTGT;SOR=1.179;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=9;TCR=20;TR=29;WE=16901193;WS=16901175;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr7	16913394	rs10249749	A	G	4811.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=82;NR=49;PP=2443;SC=TGAGCTGAGAAGCATGTTACC;SOR=1.160;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=131;TCF=82;TCR=49;TR=131;WE=16913402;WS=16913384;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,184:1.00:184
chr7	16913520	rs4472406	G	A	5956.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.725;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=82;PP=2872;ReadPosRankSum=2.295;SC=AGAAGAGCTCGGAAATGGGTA;SOR=0.896;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=143;TCF=61;TCR=82;TR=142;WE=16913528;WS=16913510;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,225:0.99:227
chr7	16913617	rs4389824	A	G	1808.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=40;PP=1166;SC=CACAATTTTCACAAGATATGG;SOR=2.722;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=48;TCF=7;TCR=41;TR=47;WE=16913625;WS=16913607;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr7	17349626	rs17779352	T	C	4646.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.347;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=390;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.667;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=71;NR=71;PP=2242;ReadPosRankSum=0.912;SC=ACCGACTTAATACAGAGTTGG;SOR=0.623;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=239;TCF=117;TCR=122;TR=142;WE=17349634;WS=17349616;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:165,221:0.57:386
chr7	17369834	rs369800258	GC	G	495.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.513;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=13;PP=422;ReadPosRankSum=-3.299;SC=GCAATCATAGGCCACAGCTAG;SOR=0.515;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=25;TCF=0;TCR=25;TR=13;WE=17369842;WS=17369824;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,17:0.57:30
chr7	17379110	rs2066853	G	A	3113.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.731;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=316;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.873;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=50;PP=1858;ReadPosRankSum=-0.808;SC=GAAGACATCAGACACATGCAG;SOR=0.677;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=228;TCF=113;TCR=115;TR=102;WE=17379118;WS=17379100;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:166,138:0.45:304
chr7	17854532	rs2723501	G	T	3375.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.916;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=357;ExcessHet=3.0103;FS=2.820;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.62;ReadPosRankSum=-0.880;SOR=0.582;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:178,173:0.49:351
chr7	17854575	rs34649849	G	GAA	821.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.06;MQRankSum=0.000;QD=5.75;ReadPosRankSum=0.122;SOR=0.700;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:72,71:0.50:143
chr7	17854616	rs2723502	T	C	644.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-2.478;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.224;HP=2;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.214;NF=9;NR=28;PP=492;ReadPosRankSum=-0.142;SC=ACTGACAGAATGCTAGAAATT;SOR=0.390;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=83;TCF=17;TCR=66;TR=37;WE=17854624;WS=17854606;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,36:0.41:87
chr7	17869784	rs372514017	T	TAA	91.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.349;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=7.64;ReadPosRankSum=0.461;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,6:0.50:12
chr7	17869854	rs73081336	C	G	57.80	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-1.282;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=0.5130;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=5;PP=85;ReadPosRankSum=-0.253;SC=CCATGGTTTTCTAAGACAGGC;SOR=1.981;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=8;TCF=2;TCR=6;TR=6;WE=17869862;WS=17869844;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,4:0.80:5
chr7	17874271	rs4721660	T	C	501.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=14;NR=1;PP=379;SC=ATTGCCATAGTTTATCTTTTT;SOR=4.174;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=15;TCF=14;TCR=1;TR=15;WE=17874279;WS=17874261;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr7	17874300	rs4721661	G	A	393.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-1.004;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=4;PP=236;ReadPosRankSum=0.000;SC=TCTACTTTTAGAAAGTTTTTA;SOR=0.711;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=26;TCF=20;TCR=6;TR=15;WE=17874308;WS=17874290;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,17:0.57:30
chr7	17879553	rs12720473	G	A	3137.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.212;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=354;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.390;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=46;PP=1350;ReadPosRankSum=0.905;SC=GCTGTTGGGCGGTAACCCGGT;SOR=0.651;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=204;TCF=106;TCR=98;TR=95;WE=17879561;WS=17879543;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:186,160:0.46:346
chr7	17890413	rs3839705	CA	C	132.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.506;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.222;HP=7;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=0;PP=180;ReadPosRankSum=1.024;SC=AATAATACTTCAAAAAAATAT;SOR=2.476;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=18;TCR=2;TR=9;WE=17890421;WS=17890403;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,10:0.48:21
chr7	17908130	rs2389858	T	A	955.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=0.891;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.094;HP=5;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=18;PP=481;ReadPosRankSum=0.921;SC=AAAAAGTAAATAACAAAAACA;SOR=0.403;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=62;TCF=23;TCR=39;TR=31;WE=17908138;WS=17908106;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,44:0.56:79
chr7	17908167	.	GC	G	986.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-2.896;ClippingRankSum=0.000;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.185;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=18;PP=620;ReadPosRankSum=-0.112;SC=GAAATCAACAGCATAATGTAA;SOR=0.151;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=33;TCF=0;TCR=33;TR=18;WE=17908175;WS=17908157;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,29:0.59:49
chr7	17913083	rs5882635	A	AC	2707.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=19;NR=14;PP=1564;SC=GGGTCTTAAGACAAAAATTTT;SOR=1.288;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=37;TCF=22;TCR=15;TR=33;WE=17913091;WS=17913073;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
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chr7	17979793	rs3800963	G	A	808.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-5.427;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.243;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=4;PP=478;ReadPosRankSum=0.451;SC=CTCGGGCCCTGGAGCCCACGG;SOR=0.167;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=61;TCF=55;TCR=6;TR=28;WE=17979801;WS=17979783;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,35:0.49:71
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chr7	19768920	rs117847844	T	C	458.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.658;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=1;PP=277;ReadPosRankSum=-0.809;SC=ATTCAGTATATGAAAGCTGGC;SOR=0.892;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=29;TCF=27;TCR=2;TR=15;WE=19768928;WS=19768910;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,20:0.54:37
chr7	19813018	rs12673970	T	C	1579.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.705;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.28;ReadPosRankSum=1.984;SOR=0.648;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:68,72:0.51:140
chr7	19813202	rs117555925	C	T	2943.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-1.669;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=310;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=52;PP=1399;ReadPosRankSum=1.348;SC=CCGCTTCTCCCCGTGGCTCCT;SOR=0.715;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=191;TCF=85;TCR=106;TR=94;WE=19813210;WS=19813192;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:157,148:0.49:305
chr7	19813338	rs117803408	C	G	605.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.608;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.095;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=17;PP=360;ReadPosRankSum=0.031;SC=GACGGAAACCCCAGGGGGGTG;SOR=0.512;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=50;TCF=12;TCR=38;TR=21;WE=19813346;WS=19813328;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,28:0.49:57
chr7	20180425	rs10555255	TAC	T	864.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;QD=30.88;SOR=2.215;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
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chr7	20403353	rs35420999	AT	A	1488.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.636;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FS=1.820;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.56;ReadPosRankSum=-0.764;SOR=0.560;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:97,100:0.51:197
chr7	20418926	rs1042277	T	C	4019.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.130;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=383;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=68;PP=1722;ReadPosRankSum=0.109;SC=TGCAGGTATCTAGGGTTTGAT;SOR=0.674;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=233;TCF=96;TCR=137;TR=113;WE=20418934;WS=20418916;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:182,198:0.52:380
chr7	20420475	rs41273084	G	A	3913.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.351;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=360;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.763;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=79;PP=1845;ReadPosRankSum=-0.425;SC=TCACATGATCGAGTGTTTGCT;SOR=0.809;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=237;TCF=89;TCR=148;TR=121;WE=20420483;WS=20420465;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:167,188:0.53:355
chr7	20421490	rs2230398	T	C	3719.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.260;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=364;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.779;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQ=59.99;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=66;PP=1341;ReadPosRankSum=0.960;SC=ACAACGTCTATGTCAAATCGA;SOR=0.847;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=215;TCF=95;TCR=120;TR=113;WE=20421498;WS=20421480;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:175,187:0.52:362
chr7	20430900	rs10227623	C	T	729.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=22;NR=1;PP=622;SC=TAAATGTCTTCAGTAAAACCA;SOR=4.003;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=23;TCF=22;TCR=1;TR=23;WE=20430908;WS=20430890;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr7	20430960	rs3779506	T	C	1948.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=34;NR=15;PP=920;SC=TTTCTTCATATTAGATGTTTG;SOR=1.240;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=51;TCF=35;TCR=16;TR=49;WE=20430968;WS=20430950;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
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chr7	20444532	rs2074424	C	T	2896.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=21;NR=53;PP=1549;SC=TGTCCTTTTTCGTTCTGACTT;SOR=1.609;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=74;TCF=21;TCR=53;TR=74;WE=20444540;WS=20444522;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr7	20445928	rs113875793	T	C	1430.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=3.065;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.921;HP=3;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.185;NF=11;NR=43;PP=1074;ReadPosRankSum=1.429;SC=AATCCCAGCATTTTGGGAGGC;SOR=0.995;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=90;TCF=18;TCR=72;TR=54;WE=20445936;WS=20445918;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,58:0.55:105
chr7	20445945	rs111699363	G	A	1328.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=3.424;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.522;NF=7;NR=39;PP=976;ReadPosRankSum=-0.156;SC=AGGCCAAGGCGGGTGGATCAC;SOR=0.612;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=68;TCF=8;TCR=60;TR=46;WE=20445953;WS=20445935;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,50:0.63:79
chr7	20706645	rs12535128	G	T	196.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=6;PP=157;SC=TTAGGTCACAGGAATGATCTA;SOR=2.584;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=1;TCR=6;TR=7;WE=20706653;WS=20706635;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr7	20739774	rs5882753	AT	A	1034.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=26;PP=483;SC=TGATAAGTTGATTTTTTTTTT;SOR=1.345;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=28;TCF=0;TCR=28;TR=26;WE=20739782;WS=20739764;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr7	20744543	rs2158855	A	C	660.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.371;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.301;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=10;PP=294;ReadPosRankSum=-0.167;SC=CACATCATTAATGAGGCCAGG;SOR=0.459;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=27;TCF=10;TCR=17;TR=17;WE=20744551;WS=20744533;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,20:0.56:36
chr7	20744563	rs2158854	C	T	547.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=2.188;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=9;PP=212;ReadPosRankSum=0.750;SC=GTAAGTCTCACGGTTAACAGG;SOR=0.586;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=21;TCF=7;TCR=14;TR=14;WE=20744571;WS=20744553;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,15:0.58:26
chr7	20762609	rs73085689	T	C	387.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-0.024;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=11.629;HP=5;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=4;PP=221;ReadPosRankSum=1.544;SC=GTTAATTGAGTTTTTTCCCCC;SOR=0.036;SbPval=0.1;Source=Platypus;TC=42;TCF=37;TCR=5;TR=15;WE=20762617;WS=20762599;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,19:0.42:45
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chr7	20762937	rs62453385	T	C	1024.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=2.139;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.775;NF=8;NR=30;PP=801;ReadPosRankSum=0.318;SC=TAACCATCTTTATGATATATT;SOR=0.760;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=60;TCF=12;TCR=48;TR=38;WE=20762945;WS=20762927;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,40:0.65:62
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chr7	20768013	rs10254317	G	A	3464.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.279;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=339;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.491;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=53;PP=1410;ReadPosRankSum=-0.351;SC=TTGCCTATGCGGCAGGGTTTC;SOR=0.835;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=190;TCF=91;TCR=99;TR=94;WE=20768021;WS=20768003;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:168,171:0.50:339
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chr7	20778844	rs11380694	A	AG	409.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.646;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.71;ReadPosRankSum=0.528;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,17:0.49:35
chr7	20782474	rs12669866	T	C	563.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.055;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.202;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=7;PP=342;ReadPosRankSum=-0.698;SC=GTCATTCTTCTCAACTCTGTC;SOR=0.483;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=37;TCF=27;TCR=10;TR=22;WE=20782482;WS=20782464;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,26:0.55:47
chr7	20803107	rs55827389	T	TC	1413.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=0;NR=38;PP=1641;SC=AGTCTGTTTTTCTTTAGTGTT;SOR=5.994;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=40;TCF=0;TCR=40;TR=38;WE=20803115;WS=20803097;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr7	21468869	rs141294478	TCC	T	3375.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FS=5.441;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.23;MQRankSum=0.225;QD=37.10;SOR=1.901;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,90:0.99:91
chr7	21470536	rs40245	A	T	1485.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=24;PP=669;SC=TCCTAATTCTAAGGTTTGACG;SOR=1.302;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=36;TCF=11;TCR=25;TR=35;WE=21470544;WS=21470526;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr7	21516627	rs3214203	AT	A	1096.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-0.887;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=11;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.323;NF=29;NR=7;PP=653;ReadPosRankSum=1.284;SC=ATGCACATAGATTTTTTTTTT;SOR=1.437;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=41;TCF=30;TCR=11;TR=36;WE=21516636;WS=21516617;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,57:0.97:59
chr7	21603761	rs72655980	A	C	695.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.192;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FS=0.877;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.92;ReadPosRankSum=3.756;SOR=0.584;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:40,38:0.49:78
chr7	21628237	rs6963535	C	T	11534.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=441;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=121;NR=134;PP=2965;SC=GGTCAAACTTCGCATCTCTCC;SOR=0.764;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=255;TCF=121;TCR=134;TR=255;WE=21628245;WS=21628227;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,435:1.00:435
chr7	21639818	rs6461586	T	C	480.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=11;PP=229;SC=TAGCTCATGCTGGGAATCCCA;SOR=1.981;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=2;TCR=11;TR=13;WE=21639826;WS=21639808;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr7	21640361	rs10269582	T	C	7041.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.174;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=263;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=110;NR=60;PP=2965;ReadPosRankSum=0.673;SC=GTGGTGAATGTCATCAACAAA;SOR=1.157;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=172;TCF=111;TCR=61;TR=170;WE=21640369;WS=21640351;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,258:0.99:260
chr7	21640405	rs10224537	A	G	9504.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=372;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=135;NR=99;PP=2965;SC=GGAGACCCACACTTACCTCTG;SOR=0.922;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=234;TCF=135;TCR=99;TR=234;WE=21640413;WS=21640395;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,366:1.00:366
chr7	21641218	rs3827657	G	A	5751.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=54;NR=72;PP=2490;SC=TGCCTGAGCAGGTCTATATTC;SOR=0.869;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=127;TCF=55;TCR=72;TR=126;WE=21641226;WS=21641208;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,220:1.00:220
chr7	21657130	rs12539987	C	G	678.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=17;NR=4;PP=466;SC=AATGCTTTCACTCTTTTCTAA;SOR=2.833;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=21;TCF=17;TCR=4;TR=21;WE=21657138;WS=21657120;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr7	21658855	rs57208694	A	G	2305.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=2.599;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.069;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=56;PP=1423;ReadPosRankSum=0.093;SC=TGTCCTCGGGACTGGGTCATT;SOR=0.792;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=177;TCF=62;TCR=115;TR=87;WE=21658863;WS=21658845;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:117,105:0.47:222
chr7	21658964	rs68184450	C	T	507.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-3.587;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.653;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=17;PP=315;ReadPosRankSum=0.193;SC=AGTTTGTTCCCTGCTGTTCAT;SOR=0.228;SbPval=0.25;Source=Platypus;TC=48;TCF=10;TCR=38;TR=24;WE=21658972;WS=21658954;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,26:0.47:55
chr7	21659554	rs112373177	A	ATTAAT	2290.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.037;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.665;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=1.162;NF=17;NR=16;PP=1763;ReadPosRankSum=1.970;SC=GTGCACATTAATTATATTGTT;SOR=0.589;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=80;TCF=47;TCR=33;TR=33;WE=21659562;WS=21659544;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,60:0.43:139
chr7	21659645	rs56029521	T	C	2730.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.721;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=319;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.342;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=2.528;NF=44;NR=40;PP=1262;ReadPosRankSum=-0.077;SC=GAACAGGCATTCCATTACTAA;SOR=0.756;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=189;TCF=98;TCR=91;TR=84;WE=21659653;WS=21659635;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:175,139:0.44:314
chr7	21775153	rs2072219	A	C	1466.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=40;NR=3;PP=1125;SC=GATTTCAATTATAAAGTGACT;SOR=3.398;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=43;TCF=40;TCR=3;TR=43;WE=21775161;WS=21775143;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr7	21775210	rs2270022	A	G	4243.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.084;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=91;NR=34;PP=2517;ReadPosRankSum=0.302;SC=TCTCGCACGCACTCTCTCTCT;SOR=1.553;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=127;TCF=92;TCR=35;TR=125;WE=21775218;WS=21775198;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,165:0.99:167
chr7	21775443	rs2072221	G	A	12444.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.970;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=471;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=118;NR=159;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.652;SC=ACTACTACACGACATCCACAG;SOR=0.295;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=279;TCF=119;TCR=160;TR=277;WE=21775451;WS=21775433;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,465:1.00:466
chr7	21779104	rs933353	C	T	1235.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=29;NR=9;PP=720;SC=AGGTAATCTGCGATGAAGACC;SOR=2.059;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=39;TCF=29;TCR=10;TR=38;WE=21779112;WS=21779094;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr7	21779331	rs933354	T	C	5717.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=53;NR=79;PP=2830;SC=TGTAGGTCTGTATTGTATTGT;SOR=1.004;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=133;TCF=53;TCR=80;TR=132;WE=21779339;WS=21779321;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,211:1.00:211
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chr7	21813318	rs11374411	A	AT	2810.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.447;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.197;NF=55;NR=17;PP=1743;ReadPosRankSum=-0.542;SC=CATTTACTTGATTTTTTTTAA;SOR=0.629;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=84;TCF=63;TCR=21;TR=72;WE=21813326;WS=21813308;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,116:0.98:118
chr7	21818486	rs4273751	A	G	825.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=20;NR=4;PP=556;SC=AAATTGTTAGAGATCCCTGAA;SOR=2.546;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=20;TCR=4;TR=24;WE=21818494;WS=21818476;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr7	21824147	.	A	G	3812.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.393;ClippingRankSum=0.000;DP=303;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.218;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=65;PP=1782;ReadPosRankSum=1.857;SC=TGCACTCAATACACTCAACAG;SOR=0.518;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=191;TCF=69;TCR=122;TR=107;WE=21824155;WS=21824137;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:126,174:0.58:300
chr7	21892023	rs55939718	T	TA,TAA	966.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.656;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FS=1.787;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.14;MQRankSum=0.000;QD=14.43;ReadPosRankSum=1.762;SOR=0.458;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:13,17,37:0.25,0.55:67
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chr7	21901566	rs4722067	T	C	2948.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=43;NR=42;PP=1393;SC=GCATCACCCATGCTGTCTTCC;SOR=0.710;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=85;TCF=43;TCR=42;TR=85;WE=21901574;WS=21901556;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr7	21907452	rs5882827	G	GT	3373.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=15;NR=19;PP=1392;SC=CACTGATCATGTTTTTATATT;SOR=1.340;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=42;TCF=18;TCR=24;TR=34;WE=21907466;WS=21907442;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr7	21907458	rs4995598	A	G	3570.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=43;NR=25;PP=1231;SC=TCATGTTTTTATATTCTTGTT;SOR=1.206;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=68;TCF=43;TCR=25;TR=68;WE=21907466;WS=21907442;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr7	21907696	rs11773744	T	C	1128.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=34;PP=960;SC=CCTGCCCTTCTTTTCAGTTCA;SOR=7.276;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=34;TCF=0;TCR=34;TR=34;WE=21907704;WS=21907686;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr7	21924014	rs6461613	A	G	1079.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=12;NR=19;PP=528;SC=AGAAGAATTCATGAATCCATC;SOR=1.005;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=31;TCF=12;TCR=19;TR=31;WE=21924022;WS=21924004;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr7	21939032	rs56333627	C	A	10316.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.392;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=411;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=99;NR=138;PP=2965;ReadPosRankSum=0.409;SC=TCGTGTGGCTCTCCGGCTTCT;SOR=0.918;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=244;TCF=101;TCR=143;TR=237;WE=21939040;WS=21939022;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,401:0.99:405
chr7	21939089	rs55714084	C	A	4703.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.267;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.732;HP=3;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=97;PP=2853;ReadPosRankSum=2.444;SC=GCAGTGCAGCCCCTGATGCAC;SOR=1.739;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=135;TCF=36;TCR=99;TR=132;WE=21939097;WS=21939079;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,169:0.99:171
chr7	21940557	rs10555456	AACTT	A	4628.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=33;NR=27;PP=2938;SC=TGCATCAAACAACTTACTTGA;SOR=1.522;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=67;TCF=38;TCR=29;TR=60;WE=21940568;WS=21940547;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr7	21940960	rs7971	A	G	657.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;BaseQRankSum=-0.568;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=21;PP=574;ReadPosRankSum=-0.788;SC=ACATTATTCTAACTTTTTAGT;SOR=1.609;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=26;TCF=4;TCR=22;TR=25;WE=21940968;WS=21940950;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,23:0.96:24
chr7	21941861	rs60370798	ATCTT	A	4313.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-0.351;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=20;PP=2669;ReadPosRankSum=-0.823;SC=CTGTAAAAAAATCTTTCTTAG;SOR=0.859;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=57;TCF=36;TCR=21;TR=53;WE=21941872;WS=21941851;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,98:0.99:99
chr7	21985347	rs1406706	G	A	4366.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=161;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=53;NR=48;PP=1740;SC=GGTGGCAAAGGGAAGTCAAAC;SOR=0.717;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=101;TCF=53;TCR=48;TR=101;WE=21985355;WS=21985337;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,170:1.00:170
chr7	21985377	.	CGGCGGGCGGCCGGACCCTCACCTGGT	C	2789.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.654;ClippingRankSum=0.000;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.728;HP=4;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=2.495;NF=1;NR=29;PP=2971;ReadPosRankSum=0.086;SC=GTCCGGACGGCGGCGGGCGGC;SOR=0.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=60;TCF=12;TCR=48;TR=30;WE=21985410;WS=21985367;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,78:0.50:156
chr7	22165180	rs2302000	G	A	1046.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.364;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.670;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=9;PP=524;ReadPosRankSum=1.413;SC=TGGTACCAACGTAGAGTCAAT;SOR=0.907;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=73;TCF=50;TCR=23;TR=35;WE=22165188;WS=22165170;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,51:0.50:101
chr7	22190131	rs11321630	GA	G	498.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.758;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FS=1.342;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.37;MQRankSum=1.447;QD=7.02;ReadPosRankSum=0.204;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,42:0.59:71
chr7	22197507	rs7809342	A	G	4896.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=48;NR=72;PP=2358;SC=TACAGTGCTGAAAGGAAAAAT;SOR=0.986;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=120;TCF=48;TCR=72;TR=120;WE=22197515;WS=22197497;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,184:1.00:184
chr7	22200255	rs955484	G	C	6356.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=251;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=76;NR=64;PP=2759;SC=AGACAAATGAGAGCTCAGTGG;SOR=0.824;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=141;TCF=77;TCR=64;TR=140;WE=22200263;WS=22200245;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,241:1.00:241
chr7	22202117	rs12592	G	A	2423.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=295;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=38;PP=982;ReadPosRankSum=-0.312;SC=TACGCGGAACGTCTGAGTTTT;SOR=0.705;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=176;TCF=84;TCR=92;TR=71;WE=22202125;WS=22202107;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:165,123:0.43:288
chr7	22202485	rs1981601	T	C	1560.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.427;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=27;PP=730;ReadPosRankSum=-0.682;SC=ACAGTGACTCTAAGAAGAGAG;SOR=0.674;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=117;TCF=57;TCR=60;TR=53;WE=22202493;WS=22202475;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,81:0.47:171
chr7	22206854	rs17709607	T	C	463.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.757;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.748;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=15;PP=268;ReadPosRankSum=-1.275;SC=ACCATGTGCATGGCAGAAATA;SOR=0.308;SbPval=0.22;Source=Platypus;TC=45;TCF=10;TCR=35;TR=22;WE=22206862;WS=22206844;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,24:0.47:51
chr7	22233674	rs6965394	T	C	2085.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.606;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=253;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=14.033;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=33;PP=781;ReadPosRankSum=0.005;SC=ACAGGGATGATGGATGAGAGA;SOR=0.330;SbPval=0.1;Source=Platypus;TC=165;TCF=64;TCR=101;TR=68;WE=22233682;WS=22233664;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:140,109:0.44:249
chr7	22242370	rs4722110	G	T	348.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.481;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=4.611;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.51;ReadPosRankSum=-0.063;SOR=0.263;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,19:0.46:41
chr7	22242561	rs11763898	T	C	1284.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.373;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FS=0.710;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.57;ReadPosRankSum=-0.348;SOR=0.613;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:51,60:0.54:111
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chr7	22532928	rs117582436	T	A	4475.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.738;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=378;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.08;MQRankSum=-15.095;QD=11.84;ReadPosRankSum=-1.172;SOR=0.685;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:250,128:0.34:378
chr7	22532986	rs16881812	C	A	3464.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-4.613;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=528;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.525;HP=1;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-17.597;NF=71;NR=74;PP=1941;ReadPosRankSum=2.209;SC=GTAGGATCGCCTCATTGCGTA;SOR=0.633;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=349;TCF=183;TCR=166;TR=145;WE=22532994;WS=22532976;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:331,197:0.37:528
chr7	22533033	rs148687847	C	G	1851.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-3.295;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=427;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.776;HP=9;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-17.211;NF=50;NR=55;PP=1448;ReadPosRankSum=1.780;SC=CAGCAAAAAACAAACTGAGAA;SOR=0.635;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=311;TCF=166;TCR=145;TR=105;WE=22533041;WS=22533016;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:304,121:0.28:425
chr7	22533182	rs62619777	T	C	2036.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.442;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=536;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=13.020;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-11.448;NF=81;NR=47;PP=1937;ReadPosRankSum=-0.944;SC=ATGGAAACCATTGGCAAGACT;SOR=1.484;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=397;TCF=215;TCR=182;TR=128;WE=22533190;WS=22533172;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:400,133:0.25:533
chr7	22533235	rs62619778	T	C	3629.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.196;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=484;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.328;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-9.533;NF=100;NR=72;PP=2052;ReadPosRankSum=1.604;SC=ATATTGTTGATGGGAAGTTGC;SOR=0.999;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=396;TCF=208;TCR=188;TR=172;WE=22533243;WS=22533225;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:287,189:0.40:476
chr7	22533350	rs146447808	C	T	3978.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.526;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=588;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.519;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-17.412;NF=65;NR=97;PP=2290;ReadPosRankSum=1.706;SC=AGTTCCTGTGCGTGCTGAAGT;SOR=0.910;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=390;TCF=171;TCR=219;TR=162;WE=22533358;WS=22533340;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:364,217:0.37:581
chr7	22533397	rs16881810	T	C	1957.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.298;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=411;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.117;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-9.962;NF=29;NR=73;PP=1230;ReadPosRankSum=-4.457;SC=ATGGGCTGTTTGCTGCAAATG;SOR=1.306;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=289;TCF=106;TCR=183;TR=102;WE=22533405;WS=22533387;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:286,120:0.30:406
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chr7	22857589	rs7782015	T	C	2069.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=23;NR=27;PP=962;SC=TGAACATTTGTCCTGAAATGT;SOR=0.772;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=50;TCF=23;TCR=27;TR=50;WE=22857597;WS=22857579;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr7	22857682	rs28617621	A	G	1601.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=20;PP=708;SC=ATCAAGGAAGACAGAAGAGAA;SOR=1.140;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=30;TCF=10;TCR=20;TR=30;WE=22857690;WS=22857672;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr7	22861739	rs35353454	T	C	5776.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.733;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=84;NR=54;PP=2484;ReadPosRankSum=-0.681;SC=TGTGCGACCTTGGCAAAAAAG;SOR=0.363;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=139;TCF=85;TCR=54;TR=138;WE=22861747;WS=22861729;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,214:1.00:215
chr7	22861978	rs4354222	G	A	1844.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=11;NR=47;PP=1458;SC=CCTAGTGCTAGAGAGTGAATT;SOR=2.419;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=58;TCF=11;TCR=47;TR=58;WE=22861986;WS=22861968;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr7	22862192	rs2270106	A	G	8380.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-2.012;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=333;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=164;NR=84;PP=2965;ReadPosRankSum=0.180;SC=CGTGCACGGCAGTGTCCCCTA;SOR=0.527;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=249;TCF=165;TCR=84;TR=248;WE=22862200;WS=22862182;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,326:1.00:327
chr7	22896340	.	A	AC	518.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.104;ClippingRankSum=0.000;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=10;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.414;NF=1;NR=57;PP=1045;ReadPosRankSum=-1.349;SC=ATGGAATCATACCCCCCCCCC;SOR=0.243;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=131;TCF=3;TCR=128;TR=58;WE=22896348;WS=22896328;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,35:0.31:114
chr7	22985161	.	T	C	915.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=2.780;ClippingRankSum=0.000;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.797;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=5;PP=576;ReadPosRankSum=0.441;SC=AGAAGCAAAGTTGTATTTCCA;SOR=0.323;SbPval=0.25;Source=Platypus;TC=54;TCF=48;TCR=6;TR=30;WE=22985169;WS=22985151;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,37:0.55:67
chr7	22985868	rs2286491	T	C	290.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=3.692;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.505;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=11;PP=236;ReadPosRankSum=0.432;SC=AGTTATGCTTTACATAAATTA;SOR=2.160;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=27;TCF=5;TCR=22;TR=12;WE=22985876;WS=22985858;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,12:0.41:29
chr7	23000783	rs35493358	G	GCTCT	1639.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=7;NR=9;PP=1016;SC=ACTATGAATGGCTCTCAATTT;SOR=1.121;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=19;TCF=9;TCR=10;TR=16;WE=23000791;WS=23000773;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
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chr7	23016530	rs2078535	A	G	265.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-1.290;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=12;PP=198;ReadPosRankSum=-0.038;SC=CGAACATCATATATCTTAAAC;SOR=0.299;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=22;TCF=1;TCR=21;TR=13;WE=23016538;WS=23016520;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,13:0.57:23
chr7	23145837	rs1005786	G	C	1130.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-3.039;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.164;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=18;PP=319;ReadPosRankSum=-0.427;SC=TTCCCGGGGTGGAACCCCGCG;SOR=0.345;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=63;TCF=22;TCR=41;TR=30;WE=23145845;WS=23145827;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,54:0.59:92
chr7	23163270	rs11982002	C	T	302.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.238;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=2;PP=200;ReadPosRankSum=0.823;SC=AGAAATTCTGCGCTGGAAAAA;SOR=0.871;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=17;TCF=13;TCR=4;TR=11;WE=23163278;WS=23163260;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,13:0.62:21
chr7	23164526	rs2058275	C	G	4006.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;SC=GGAAGAGTTTCAGTATCCTAT;SOR=0.764;Source=Platypus;WE=23164534;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,145:1.00:145
chr7	23164701	rs15775	C	T	935.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.690;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.299;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=12;PP=326;ReadPosRankSum=-0.059;SC=TCAGTCTTTGCTGGATGCAGC;SOR=0.558;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=69;TCF=32;TCR=37;TR=26;WE=23164709;WS=23164691;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,51:0.40:129
chr7	23180330	.	G	A	311.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.933;ClippingRankSum=0.000;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.390;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=2;PP=126;ReadPosRankSum=0.299;SC=CATCTTGAATGTATACTTGGT;SOR=0.454;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=31;TCF=26;TCR=5;TR=10;WE=23180338;WS=23180320;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,16:0.36:45
chr7	23191625	rs2178140	G	C	1731.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.975;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.570;HP=4;HapScore=3;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=21;PP=2139;ReadPosRankSum=0.274;SC=TGGGTATTTCGTTTTCAAAGC;SOR=0.769;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=108;TCF=69;TCR=39;TR=59;WE=23191644;WS=23191615;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:89,83:0.48:172
chr7	23191636	rs2178139	A	G	1812.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.306;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.535;HP=2;HapScore=3;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=24;PP=2139;ReadPosRankSum=-0.128;SC=TTTTCAAAGCACTGGTTAGTG;SOR=0.749;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=113;TCF=70;TCR=43;TR=63;WE=23191644;WS=23191615;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:97,93:0.49:190
chr7	23191664	rs2141306	G	A	2331.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.214;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=247;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.467;HP=2;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=33;PP=1114;ReadPosRankSum=0.386;SC=TTCTTGAAGCGTTGCCATGTA;SOR=0.654;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=143;TCF=80;TCR=63;TR=75;WE=23191672;WS=23191654;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:125,118:0.49:243
chr7	23191899	rs2141305	T	C	353.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-0.204;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.815;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=10;PP=234;ReadPosRankSum=0.464;SC=ACTCACCAACTAGAAGTAGTA;SOR=0.066;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=19;TCF=4;TCR=15;TR=14;WE=23191907;WS=23191889;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,15:0.71:21
chr7	23195555	rs141774430	CTTTAT	C	2369.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=9;NR=16;PP=1218;SC=ACTCTTAGCACTTTATTTTTA;SOR=0.884;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=26;TCF=9;TCR=17;TR=25;WE=23195567;WS=23195545;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr7	23221870	rs7808488	T	C	696.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=2.496;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=20;PP=467;ReadPosRankSum=-0.013;SC=CCGGGAAGGGTCCGCCGGCGG;SOR=0.731;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=67;TCF=17;TCR=50;TR=26;WE=23221878;WS=23221860;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,30:0.41:73
chr7	23226646	rs367957893	CT	C	695.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.741;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FS=1.912;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.19;ReadPosRankSum=-0.053;SOR=0.961;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,51:0.60:85
chr7	23286315	rs858239	G	A	479.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-1.574;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=3;PP=347;ReadPosRankSum=0.859;SC=AGATCAGGCAGTGCCGCTTAA;SOR=0.892;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=30;TCF=25;TCR=5;TR=19;WE=23286323;WS=23286305;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,21:0.60:35
chr7	23293098	rs199348	C	A	2142.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.021;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=247;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.005;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=49;PP=1062;ReadPosRankSum=-0.884;SC=AAGATTCAAACCAAACACCTG;SOR=0.783;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=165;TCF=64;TCR=101;TR=78;WE=23293106;WS=23293088;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:130,110:0.46:240
chr7	23293746	rs199347	A	G	1766.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.176;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=21;PP=674;ReadPosRankSum=-0.026;SC=AACGAAAGGAAAAAGATGCTG;SOR=0.657;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=100;TCF=59;TCR=41;TR=49;WE=23293754;WS=23293736;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,88:0.51:171
chr7	23296533	rs199355	G	A	3732.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=3.005;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=364;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.425;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=50;PP=1677;ReadPosRankSum=-1.188;SC=CTGCTGATCCGTATGTTTACA;SOR=0.532;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=222;TCF=127;TCR=95;TR=109;WE=23296541;WS=23296523;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:173,180:0.51:353
chr7	23300049	rs199351	A	C	2745.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.092;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.198;HP=6;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=27;PP=1616;ReadPosRankSum=-0.360;SC=TGCATTCTTTATTTCTTTGGG;SOR=0.579;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=166;TCF=119;TCR=47;TR=91;WE=23300057;WS=23300039;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,118:0.58:203
chr7	23306020	rs156429	T	C	565.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=1.581;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=5;PP=369;ReadPosRankSum=0.609;SC=CATAGTATAGTGTTCCTGATA;SOR=0.668;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=38;TCF=30;TCR=8;TR=22;WE=23306028;WS=23306010;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,23:0.61:38
chr7	23307634	rs2307783	ATGGG	A	2260.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.478;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.360;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=25;PP=1148;ReadPosRankSum=-1.208;SC=CGACAGAGGCATGGGTGGGTC;SOR=0.956;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=59;TCF=8;TCR=51;TR=27;WE=23307645;WS=23307624;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,59:0.50:119
chr7	23352512	rs199653	C	A	2960.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=32;NR=45;PP=1412;SC=AGTTTTAAAACCTTACTTCCT;SOR=0.965;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=77;TCF=32;TCR=45;TR=77;WE=23352520;WS=23352502;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr7	23357321	rs156414	C	T	1788.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=2.411;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.546;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=31;PP=1038;ReadPosRankSum=1.287;SC=CTGGTGCTTCCGCTGGAGCAA;SOR=0.622;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=128;TCF=59;TCR=69;TR=59;WE=23357329;WS=23357311;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:98,84:0.46:182
chr7	23724364	rs7791123	C	T	689.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=1.535;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.968;NF=8;NR=19;PP=434;ReadPosRankSum=1.897;SC=TTCTACAAATCGTAATGATTG;SOR=0.556;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=58;TCF=16;TCR=42;TR=27;WE=23724372;WS=23724354;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,31:0.50:62
chr7	23727944	rs7802834	T	C	371.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=5;PP=172;SC=GGATTACAGGTGTGAGCCACC;SOR=0.818;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=9;TCF=4;TCR=5;TR=9;WE=23727952;WS=23727934;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr7	23727960	rs13237857	C	T	270.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.195;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5005;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=2;PP=87;ReadPosRankSum=0.585;SC=CCACCGCAACCGGCCTTTAAT;SOR=0.591;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=8;TCF=4;TCR=4;TR=5;WE=23727968;WS=23727950;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,11:0.79:14
chr7	23737795	rs5029444	T	C	2149.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-1.880;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.751;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=21;PP=538;ReadPosRankSum=0.355;SC=TTATTCTCCATGTATTGTTTT;SOR=0.424;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=120;TCF=76;TCR=44;TR=51;WE=23737803;WS=23737785;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:100,111:0.53:211
chr7	23741876	.	CT	C	40.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.098;ClippingRankSum=0.000;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=2.241;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.63;ReadPosRankSum=-0.909;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,7:0.28:25
chr7	23751736	rs7779633	A	G	641.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=1.646;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=6;PP=488;ReadPosRankSum=0.601;SC=GAATTGTTCAAATGGATGAAG;SOR=0.769;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=56;TCF=43;TCR=13;TR=27;WE=23751744;WS=23751726;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,28:0.48:58
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chr7	23775477	rs10264967	G	T	3673.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-3.055;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.131;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=45;PP=1013;ReadPosRankSum=2.250;SC=TTGACTTGAAGGATGAAAATG;SOR=0.593;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=145;TCF=52;TCR=93;TR=74;WE=23775485;WS=23775467;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:103,94:0.48:197
chr7	23793882	rs12532929	C	T	787.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.125;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.743;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=9;PP=344;ReadPosRankSum=-0.764;SC=CTTTTTCTCACACCAGCTTTC;SOR=0.517;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=73;TCF=49;TCR=24;TR=27;WE=23793890;WS=23793872;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,39:0.41:95
chr7	23794139	rs34664371	TA	T	1892.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.434;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.309;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.621;NF=1;NR=36;PP=1287;ReadPosRankSum=-2.439;SC=CTGTTGAACATAAGGAAGTGT;SOR=0.371;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=69;TCF=1;TCR=68;TR=37;WE=23794147;WS=23794129;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,62:0.61:101
chr7	23794183	rs4722267	A	G	371.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=3.900;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=14;PP=344;ReadPosRankSum=-0.602;SC=ATAACAGGATACATGTGCAGA;SOR=1.012;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=32;TCF=2;TCR=30;TR=15;WE=23794191;WS=23794173;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,15:0.45:33
chr7	23802579	rs2193826	G	C	238.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-0.226;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.564;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=7;PP=116;ReadPosRankSum=-1.798;SC=ACGTTAAATTGTAAGTTTATT;SOR=0.412;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=24;TCF=5;TCR=19;TR=9;WE=23802587;WS=23802569;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,13:0.43:30
chr7	23810517	rs7785154	G	A	330.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=8;NR=2;PP=215;SC=AAATCACTGCGGAAATCTGTT;SOR=1.981;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=8;TCR=2;TR=10;WE=23810525;WS=23810515;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr7	23810605	rs1469000	T	C	503.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.031;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.992;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=7;PP=235;ReadPosRankSum=0.152;SC=TATAATTCTATGTGTGTGATT;SOR=0.838;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=43;TCF=26;TCR=17;TR=21;WE=23810613;WS=23810595;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,27:0.46:59
chr7	23810845	rs1469001	G	A	505.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=31.61;SOR=2.049;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr7	23810845	.	GTTAT	ATTAC,ATTAT	75	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.54;FR=0.5000,0.5000;HP=4;HapScore=3;MGOF=0;MMLQ=28;MQ=60.0;NF=1,2;NR=5,10;PP=75,68;QD=21.411312477;SC=TCAGTAAATTGTTATTACTAG;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=12;TCF=2;TCR=10;TR=6,12;WE=23810857;WS=23810835;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.50:12
chr7	23810849	rs79780544	T	C	64.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.529;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.05;ReadPosRankSum=1.194;SOR=0.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,5:0.31:16
chr7	23811795	rs10263079	T	G	362.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.416;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.303;HP=5;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=5;PP=204;ReadPosRankSum=0.614;SC=AATATTTAAATAAGAGTCCCA;SOR=0.397;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=26;TCF=16;TCR=10;TR=12;WE=23811803;WS=23811785;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,18:0.47:38
chr7	23823355	rs6461737	A	G	794.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-2.389;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.262;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=21;PP=449;ReadPosRankSum=0.440;SC=AATTTGTGTCAGTGTTAAACT;SOR=0.367;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=67;TCF=18;TCR=49;TR=31;WE=23823363;WS=23823345;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,41:0.45:92
chr7	23826066	rs1862068	A	G	3035.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=63;NR=23;PP=1762;SC=AATTGGAATGATGTATAATTA;SOR=1.654;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=88;TCF=65;TCR=23;TR=86;WE=23826074;WS=23826056;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr7	23854717	rs2390814	C	T	833.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=19;NR=7;PP=497;SC=TATAGATTGGCGTATTAATAC;SOR=1.402;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=19;TCR=7;TR=26;WE=23854725;WS=23854707;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr7	23854838	rs5882915	G	GA	1845.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.774;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.521;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.622;NF=4;NR=19;PP=983;ReadPosRankSum=-0.658;SC=TCTGGTATGTGACCTTTTTGA;SOR=0.660;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=43;TCF=11;TCR=32;TR=23;WE=23854846;WS=23854828;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,60:0.54:111
chr7	23872024	rs56362098	C	CTTTG	532.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQ=61.13;NF=0;NR=9;PP=457;SC=TTTTTAAAAACTTTGGTTTGG;SOR=2.147;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=2;TCR=11;TR=9;WE=23872032;WS=23872014;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr7	23872409	rs2214236	T	A	2744.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=-0.586;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=313;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.350;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=37;PP=910;ReadPosRankSum=-0.079;SC=TTCCTTCACCTTCCACCACAA;SOR=0.618;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=151;TCF=67;TCR=84;TR=69;WE=23872417;WS=23872399;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:163,144:0.47:307
chr7	24329103	rs35313836	C	CT	1549.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.107;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=246;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.341;HP=10;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.216;NF=17;NR=29;PP=504;ReadPosRankSum=-0.953;SC=CTTTAAAAGACTTTTTTTTTT;SOR=0.860;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=120;TCF=40;TCR=80;TR=46;WE=24329111;WS=24329093;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:136,103:0.43:239
chr7	24703298	rs1053962	G	A	899.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.63;BaseQRankSum=1.582;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=7;PP=241;ReadPosRankSum=-0.040;SC=CCAAAGGAGAGATTCTTCAGA;SOR=0.707;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=51;TCF=25;TCR=26;TR=15;WE=24703306;WS=24703288;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,47:0.42:112
chr7	24705414	rs192744771	A	T	751.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=0.473;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=23;PP=520;ReadPosRankSum=1.011;SC=TCTAGAATGAATCCCTCCCTC;SOR=0.775;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=58;TCF=16;TCR=42;TR=32;WE=24705422;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,34:0.54:63
chr7	24718710	rs722218	A	C	1388.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.067;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.252;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=11;PP=816;ReadPosRankSum=-1.590;SC=TTATGCCCTAAAATTTCTTTG;SOR=1.003;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=108;TCF=77;TCR=31;TR=48;WE=24718718;WS=24718700;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,64:0.46:139
chr7	24719074	rs713571	A	G	416.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.777;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=13;PP=250;ReadPosRankSum=-0.253;SC=GACTCCCTCCATTACCTTTGG;SOR=0.609;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=34;TCF=3;TCR=31;TR=15;WE=24719082;WS=24719064;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,20:0.39:51
chr7	24742585	rs2074142	C	T	116.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-1.939;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=5;PP=77;ReadPosRankSum=-2.232;SC=TCAGCAGTTGCTGAGTTAGTG;SOR=0.551;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=11;TCF=1;TCR=10;TR=6;WE=24742593;WS=24742575;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,6:0.46:13
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chr7	24749755	rs35529766	TC	T	253.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.207;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=8;NR=0;PP=302;ReadPosRankSum=1.317;SC=CACTGAGGGGTCACTGATGCT;SOR=1.802;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=11;TCR=0;TR=8;WE=24749763;WS=24749746;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,8:0.73:11
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chr7	24758818	rs754554	G	T	1201.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.716;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.816;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=20;PP=404;ReadPosRankSum=-0.760;SC=TGGAGCACAGGGTTTCTCAGA;SOR=0.928;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=93;TCF=45;TCR=48;TR=33;WE=24758826;WS=24758808;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:95,65:0.41:160
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chr7	24784403	rs2521768	C	T	1902.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.311;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.249;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=45;PP=1029;ReadPosRankSum=-0.108;SC=CAGAGGAAGCCGATGATGATA;SOR=0.561;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=135;TCF=48;TCR=87;TR=70;WE=24784411;WS=24784393;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,90:0.53:169
chr7	24789082	rs2521770	C	T	220.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-2.505;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.609;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=2;PP=96;ReadPosRankSum=-0.419;SC=GATCACGCCACTGCACTCCAG;SOR=0.054;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=28;TCF=23;TCR=5;TR=10;WE=24789090;WS=24789072;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,13:0.43:30
chr7	24789116	.	CA	C	139.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.303;ClippingRankSum=0.000;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=7.497;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.97;MQRankSum=0.000;QD=2.54;ReadPosRankSum=0.539;SOR=1.965;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,23:0.42:55
chr7	24840072	.	CT	C	184.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.296;ClippingRankSum=0.000;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=5.256;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.18;MQRankSum=0.639;QD=7.11;ReadPosRankSum=1.261;SOR=0.136;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,20:0.77:26
chr7	24843810	rs2285651	G	T	267.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-4.042;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=1;PP=198;ReadPosRankSum=1.067;SC=ACCCCCACGTGGAAGCAGGAA;SOR=0.191;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=21;TCF=20;TCR=1;TR=11;WE=24843818;WS=24843805;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,11:0.50:22
chr7	24844066	rs2285653	C	G	1303.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.923;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=27;PP=669;ReadPosRankSum=2.196;SC=CCTGAGGCATCGAGGAAAAAA;SOR=0.667;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=92;TCF=32;TCR=60;TR=41;WE=24844074;WS=24844056;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,64:0.48:134
chr7	24854765	rs1044956	G	A	2885.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.617;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=372;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.732;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=51;PP=1228;ReadPosRankSum=-0.274;SC=ACCTCTGCCCGCTTAAGATGT;SOR=0.799;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=223;TCF=95;TCR=128;TR=86;WE=24854773;WS=24854755;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:212,154:0.42:366
chr7	24860000	rs6979174	G	C	1146.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.425;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.833;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=28;PP=722;ReadPosRankSum=0.192;SC=CTCATCAAGTGTGTCCTCAAG;SOR=0.599;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=71;TCF=20;TCR=51;TR=40;WE=24860008;WS=24859990;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,48:0.53:90
chr7	24873911	rs2285687	T	G	1252.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-2.682;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.557;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=14;PP=369;ReadPosRankSum=0.961;SC=CCCAACCCCGTCTCCAAATCC;SOR=0.397;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=74;TCF=45;TCR=29;TR=31;WE=24873919;WS=24873901;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,63:0.55:115
chr7	24874459	rs2285688	A	G	222.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=0.704;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=10;PP=171;ReadPosRankSum=-0.174;SC=CAATGTTACTATTAAACTCAG;SOR=1.148;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=23;TCF=0;TCR=23;TR=10;WE=24874467;WS=24874449;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,10:0.40:25
chr7	24888620	rs757156	T	C	486.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.022;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.670;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=4;PP=216;ReadPosRankSum=-0.468;SC=GGTCGTGCAATGGGACAGATG;SOR=0.307;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=24;TCF=18;TCR=6;TR=14;WE=24888628;WS=24888610;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,22:0.67:33
chr7	24891947	rs6461822	C	T	300.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-1.967;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.214;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=2;PP=188;ReadPosRankSum=0.822;SC=GCTATTAAGACTTGGATAGGT;SOR=0.072;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=22;TCF=20;TCR=2;TR=12;WE=24891955;WS=24891937;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,14:0.58:24
chr7	24901519	rs10951031	T	G	30.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.238;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.34;ReadPosRankSum=-3.403;SOR=0.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,6:0.26:23
chr7	25181912	rs2285738	T	C	3333.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.920;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=389;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.171;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=60;PP=1197;ReadPosRankSum=0.405;SC=CATCTTTTCATGGTAATCATC;SOR=0.824;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=231;TCF=108;TCR=123;TR=107;WE=25181920;WS=25181902;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:202,177:0.47:379
chr7	25182001	rs2285737	C	T	1279.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.184;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.547;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=28;PP=553;ReadPosRankSum=-0.451;SC=CGAAGAACGACAGTTATATTA;SOR=0.878;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=87;TCF=23;TCR=64;TR=35;WE=25182009;WS=25181991;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,60:0.49:122
chr7	25182172	rs2285736	A	G	321.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=3.711;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.342;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=0;PP=238;ReadPosRankSum=0.194;SC=AAAAGGCAAAAACATGAGAAG;SOR=3.150;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=24;TCF=19;TCR=5;TR=11;WE=25182180;WS=25182162;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,13:0.43:30
chr7	25182405	rs11984293	G	T	2123.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.137;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FS=2.329;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.02;ReadPosRankSum=1.661;SOR=0.587;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:101,111:0.52:212
chr7	25191044	rs12532548	G	A	216.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-2.421;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.880;HP=3;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=3;PP=64;ReadPosRankSum=0.585;SC=GTTTCACCATGTTGGTCAGGC;SOR=0.082;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=10;TCF=7;TCR=3;TR=7;WE=25191052;WS=25191034;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,11:0.79:14
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chr7	25194618	rs2523073	G	A	3105.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-2.400;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=33;PP=1417;ReadPosRankSum=-0.627;SC=CTGATTCCAGGTCACATTTTA;SOR=0.317;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=80;TCF=47;TCR=33;TR=79;WE=25194626;WS=25194608;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,118:0.99:119
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chr7	25207974	rs2717858	T	C	3213.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.323;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=386;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.669;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=43;PP=1297;ReadPosRankSum=0.283;SC=AGGAGGCTCATACTTTGGCCT;SOR=0.698;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=216;TCF=107;TCR=109;TR=90;WE=25207982;WS=25207964;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:215,168:0.44:383
chr7	25207994	rs2717857	G	A	3061.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.326;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=347;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.773;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=49;PP=1306;ReadPosRankSum=-2.575;SC=TGTGGTCCTCGGGGAGTGAAA;SOR=0.597;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=214;TCF=99;TCR=115;TR=95;WE=25208002;WS=25207984;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:184,158:0.46:342
chr7	25218661	rs10642607	A	AAAACAAAC	423.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.804;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.974;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=3;PP=465;ReadPosRankSum=0.773;SC=CACCGTCTCAAAAACAAACAA;SOR=0.287;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=24;TCF=18;TCR=6;TR=8;WE=25218672;WS=25218653;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,12:0.46:26
chr7	25218891	rs11980216	C	T	2033.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.385;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.487;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=33;PP=925;ReadPosRankSum=-0.577;SC=CCTTCAAGCTCCCTGCAACAG;SOR=0.746;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=148;TCF=69;TCR=79;TR=62;WE=25218899;WS=25218881;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:124,102:0.45:226
chr7	25267963	rs886354	G	C	818.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.375;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.052;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=12;PP=510;ReadPosRankSum=1.777;SC=GAAGATTGGAGATCACTAATT;SOR=0.984;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=42;TCF=23;TCR=19;TR=28;WE=25267971;WS=25267953;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,37:0.57:65
chr7	25989520	rs6977848	T	G	618.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.726;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.202;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=4;PP=384;ReadPosRankSum=0.295;SC=ACTGGCGGCATCGGCGACCAC;SOR=0.960;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=39;TCF=28;TCR=11;TR=20;WE=25989528;WS=25989510;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,27:0.57:47
chr7	25989732	rs111299611	GA	G	842.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.038;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.092;NF=2;NR=18;PP=749;ReadPosRankSum=1.651;SC=ACCGATAATGGAACGGGTCAT;SOR=0.620;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=39;TCF=2;TCR=37;TR=20;WE=25989740;WS=25989722;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,42:0.52:80
chr7	26235344	rs17796710	C	A	919.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-5.894;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=11.022;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=6;PP=617;ReadPosRankSum=-0.952;SC=GGACCACTATCACCCAAGCCA;SOR=0.084;SbPval=0.17;Source=Platypus;TC=78;TCF=70;TCR=8;TR=36;WE=26235352;WS=26235334;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,40:0.48:84
chr7	26386122	rs3801891	T	A	10140.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.004;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=393;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=6.077;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=131;NR=130;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.897;SC=AATAACCCACTTATTTTGATT;SOR=0.143;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=263;TCF=131;TCR=132;TR=261;WE=26386130;WS=26386112;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,386:0.99:388
chr7	26386154	rs3801890	T	C	9120.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.564;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=351;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=113;NR=128;PP=2965;ReadPosRankSum=1.254;SC=GTTCTTCATTTGCGAACCATA;SOR=0.257;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=242;TCF=113;TCR=129;TR=241;WE=26386162;WS=26386144;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,346:1.00:347
chr7	26576535	rs740182	T	C	10231.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=380;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=115;NR=141;PP=2965;SC=CTTCAAAGTATTTCTCGGTCC;SOR=0.841;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=258;TCF=115;TCR=143;TR=256;WE=26576543;WS=26576525;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,374:1.00:374
chr7	26577940	rs73065609	A	C	842.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-0.412;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.231;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=9;PP=490;ReadPosRankSum=1.083;SC=AGCCATGACTAGGAATCATAT;SOR=0.220;SbPval=0.24;Source=Platypus;TC=74;TCF=60;TCR=14;TR=35;WE=26577948;WS=26577930;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,39:0.46:84
chr7	26578105	rs17153822	A	G	2488.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=1.004;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=316;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.417;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=44;PP=1123;ReadPosRankSum=0.820;SC=ATCCGTCCCTATCAGTGCCAG;SOR=0.660;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=184;TCF=81;TCR=103;TR=80;WE=26578113;WS=26578095;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:187,126:0.40:313
chr7	26678856	rs57000259	A	G	2351.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=1.492;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=276;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.798;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=28;PP=730;ReadPosRankSum=0.009;SC=CAGAGACAAGACACATGAGGA;SOR=0.707;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=144;TCF=72;TCR=72;TR=51;WE=26678864;WS=26678846;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:152,121:0.44:273
chr7	26685934	rs12671270	T	C	3115.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.461;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=354;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.457;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=45;PP=1194;ReadPosRankSum=0.073;SC=TCTCCGCATGTGGGACTCTCG;SOR=0.727;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=220;TCF=112;TCR=108;TR=99;WE=26685942;WS=26685924;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:190,158:0.45:348
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chr7	27135313	rs368428758	GCGA	G	7015.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.544;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=709;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.082;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=115;PP=2971;ReadPosRankSum=1.615;SC=GCTGGGGGTGGCGATGGTGGT;SOR=0.605;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=332;TCF=93;TCR=239;TR=166;WE=27135327;WS=27135295;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:231,316:0.58:547
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chr7	27141267	rs706016	C	T	3333.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQ=59.99;NF=59;NR=24;PP=1905;SC=AGACCCCGTCCCCTCCATCTC;SOR=1.609;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=85;TCF=59;TCR=26;TR=83;WE=27141275;WS=27141257;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr7	27141657	rs2428431	C	G	6961.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=0.449;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=851;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-1.229;NF=95;NR=130;PP=2962;ReadPosRankSum=-3.542;SC=CCCCTCCCCCCACAGCCACTC;SOR=0.726;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=513;TCF=218;TCR=295;TR=225;WE=27141665;WS=27141641;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:472,357:0.43:829
chr7	27169093	rs2158218	T	G	13645.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=508;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=177;NR=128;PP=2965;SC=GGGTCAGGTATCGATTGAAGT;SOR=0.916;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=305;TCF=177;TCR=128;TR=305;WE=27169101;WS=27169083;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,503:1.00:503
chr7	27169617	rs6943542	T	C	2991.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=50;NR=29;PP=2256;SC=GCAGCCCGGGTCAGATGGGGG;SOR=1.321;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=79;TCF=50;TCR=29;TR=79;WE=27169625;WS=27169607;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr7	27169934	rs10251056	A	G	906.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=13;PP=455;SC=GGGCGGCGGCAGCTGGGGCTG;SOR=1.179;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=6;TCR=13;TR=19;WE=27169942;WS=27169924;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr7	27170145	rs6944345	T	G	1684.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=34;NR=8;PP=1100;SC=TAGGAGGCAGTGGGCTCTCGG;SOR=2.876;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=43;TCF=34;TCR=9;TR=42;WE=27170153;WS=27170135;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr7	27196069	rs2301720	A	C	7554.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=290;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=99;NR=101;PP=2965;SC=GTGAGTTGGGAGCAAAGGAGC;SOR=0.729;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=200;TCF=99;TCR=101;TR=200;WE=27196077;WS=27196059;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,285:1.00:285
chr7	27196113	rs2301721	C	T	7182.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=274;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=79;NR=95;PP=2965;SC=AACAGAGAAGCCCCCGCCGTA;SOR=0.851;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=174;TCF=79;TCR=95;TR=174;WE=27196121;WS=27196103;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,270:1.00:270
chr7	27203139	rs7810502	G	A	1078.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=29.97;SOR=3.026;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr7	27238691	rs2071265	C	G	3860.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=76;NR=26;PP=2315;SC=AGAACAGAAACGCACCCGGGA;SOR=1.918;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=102;TCF=76;TCR=26;TR=102;WE=27238699;WS=27238681;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr7	27279191	rs3801321	T	G	4490.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=36;NR=66;PP=2084;SC=TGGGGGCCTATGCCCGGCTTC;SOR=1.066;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=102;TCF=36;TCR=66;TR=102;WE=27279199;WS=27279181;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,167:1.00:167
chr7	27566053	rs12700813	G	C	1407.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=9;NR=25;PP=824;SC=TGGAACTGTGGTTCCTTATGT;SOR=1.519;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=34;TCF=9;TCR=25;TR=34;WE=27566061;WS=27566043;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr7	27578167	rs9639553	C	G	2171.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=17;NR=40;PP=1233;SC=TTCTCGAGTGCGGAAGAGAAC;SOR=1.550;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=57;TCF=17;TCR=40;TR=57;WE=27578175;WS=27578157;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr7	27581495	rs6462029	T	C	3637.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=45;NR=53;PP=1760;SC=CATTTTATGCTCAATACTTGT;SOR=0.825;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=98;TCF=45;TCR=53;TR=98;WE=27581503;WS=27581485;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,143:1.00:143
chr7	27582494	.	A	C	362.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=0.142;ClippingRankSum=0.000;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.960;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=4;PP=267;ReadPosRankSum=1.045;SC=CATAGGTTGAAGAAAGAAGAA;SOR=1.259;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=36;TCF=27;TCR=9;TR=17;WE=27582502;WS=27582484;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,18:0.43:42
chr7	27582783	rs978447	G	A	2513.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=23;NR=56;PP=1636;SC=GTTTAGGCAGGTAATAAAATT;SOR=1.662;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=79;TCF=23;TCR=56;TR=79;WE=27582791;WS=27582773;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr7	27668860	rs6415252	C	T	1094.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=37;NR=0;PP=944;SC=ATCAGTTTGGCTTTATTTTTA;SOR=7.223;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=37;TCF=37;TCR=0;TR=37;WE=27668868;WS=27668850;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr7	27671899	rs7779990	T	C	2480.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=48;NR=25;PP=1309;SC=AGTTCTAACATGTGAAATTCA;SOR=1.289;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=73;TCF=48;TCR=25;TR=73;WE=27671907;WS=27671889;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr7	27702390	rs11550134	C	A	268.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.67;BaseQRankSum=-0.640;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=4;PP=44;ReadPosRankSum=-1.707;SC=CTCCGAGGAGCCGTAAGGAGG;SOR=0.693;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=16;TCF=6;TCR=10;TR=6;WE=27702398;WS=27702380;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,15:0.50:30
chr7	27807441	rs7807729	G	A	790.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.936;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=29.29;ReadPosRankSum=0.740;SOR=0.287;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,26:0.96:27
chr7	27807441	.	GTGAAAATTG	ATGAAAATTC,ATGAAAATTG	112	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.41;FR=0.5000,0.5000;HP=2;HapScore=3;MGOF=7;MMLQ=28;MQ=60.0;NF=5,10;NR=3,7;PP=111,112;QD=20.5584843578;SC=TATAAAGAATGTGAAAATTGC;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=18;TCF=11;TCR=7;TR=8,17;WE=27807458;WS=27807431;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.44:18
chr7	27807450	rs7807738	G	C	208.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.710;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.20;ReadPosRankSum=1.887;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,11:0.38:29
chr7	27807589	rs7790914	T	C	973.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.074;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=11;PP=396;ReadPosRankSum=-0.354;SC=TTATCTGGGGTCCTGTTGACA;SOR=0.267;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=21;TCF=9;TCR=12;TR=20;WE=27807597;WS=27807579;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,38:0.97:39
chr7	27807650	rs7808062	G	A	328.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=-1.101;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.455;HP=2;HapScore=4;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=4;PP=110;ReadPosRankSum=2.063;SC=CCTTGATTGTGTCCTAGATTT;SOR=0.845;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=18;TCF=9;TCR=9;TR=9;WE=27807668;WS=27807640;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,16:0.55:29
chr7	27868483	rs34270007	T	TA	137.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.317;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=8.641;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.20;MQRankSum=1.146;QD=4.92;ReadPosRankSum=0.300;SOR=2.123;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,13:0.46:28
chr7	27885969	rs74847888	CGT	C	820.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-2.116;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.674;HP=1;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-2.278;NF=18;NR=3;PP=630;ReadPosRankSum=-0.977;SC=TATATATACACGTATACGTGT;SOR=0.246;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=25;TCF=20;TCR=5;TR=21;WE=27885978;WS=27885959;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,21:0.72:29
chr7	27886011	rs141603370	C	CATATACGTATACGTGTAT	1390.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.586;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.611;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=1.906;NF=15;NR=4;PP=1709;ReadPosRankSum=-1.477;SC=CGTATATATACATATACGTAT;SOR=1.287;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=45;TCF=31;TCR=14;TR=19;WE=27886019;WS=27886001;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,29:0.36:80
chr7	27886171	rs6462054	A	G	8485.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.723;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=326;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=94;NR=100;PP=2965;ReadPosRankSum=2.122;SC=CATTTTCTGTAGGTATATAAC;SOR=0.744;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=194;TCF=94;TCR=100;TR=194;WE=27886179;WS=27886161;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,320:0.99:322
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chr7	28858456	rs10951205	A	G	4949.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=48;NR=58;PP=2187;SC=AAAAAGACAAAATGGGGAAGT;SOR=0.794;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=106;TCF=48;TCR=58;TR=106;WE=28858464;WS=28858446;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,185:1.00:185
chr7	28995800	rs61742220	G	A	4790.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.459;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=499;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.527;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=93;NR=68;PP=2527;ReadPosRankSum=0.103;SC=CAAAGAGCAGGCGGAAGCGCG;SOR=0.759;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=358;TCF=204;TCR=154;TR=161;WE=28995808;WS=28995790;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:268,227:0.46:495
chr7	28996220	rs1006521	G	A	3128.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.399;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=286;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.436;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=41;PP=1341;ReadPosRankSum=1.113;SC=TCAGCCTTAGGGCGCTGCGGT;SOR=0.639;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=158;TCF=87;TCR=71;TR=87;WE=28996228;WS=28996210;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:131,148:0.53:279
chr7	28996557	rs3735562	C	T	2260.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.575;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=37;PP=1050;ReadPosRankSum=-0.310;SC=GCGCTTCAGGCCTCGCAGCCG;SOR=0.727;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=137;TCF=65;TCR=72;TR=70;WE=28996565;WS=28996547;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:91,107:0.54:198
chr7	28996944	rs740250	T	C	4577.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=65;NR=47;PP=2535;SC=GTGCTGCAGGTTGTTGGCCGA;SOR=0.985;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=112;TCF=65;TCR=47;TR=112;WE=28996952;WS=28996934;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,161:1.00:161
chr7	28997141	rs6950750	G	C	3754.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=1.190;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=360;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.382;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=43;PP=1843;ReadPosRankSum=0.597;SC=AGGGAGCGAAGACCGCGTCCG;SOR=0.867;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=210;TCF=113;TCR=97;TR=100;WE=28997149;WS=28997131;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:183,173:0.49:356
chr7	28997497	rs67010340	GC	G	9612.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=269;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQ=60.04;NF=20;NR=90;PP=2951;SC=TGGGGGCTCGGCCAGCGAGCT;SOR=0.887;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=115;TCF=20;TCR=95;TR=110;WE=28997505;WS=28997487;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,257:1.00:257
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chr7	29070209	rs7313	G	A	3385.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.456;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=355;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=42;PP=1360;ReadPosRankSum=0.895;SC=GAAGTCACCCGCTTGCCGGAT;SOR=0.680;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=202;TCF=121;TCR=81;TR=102;WE=29070217;WS=29070199;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:185,168:0.48:353
chr7	29103867	rs644763	T	C	1620.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-2.655;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=39;PP=704;ReadPosRankSum=-1.288;SC=GAAGGGGCATTGGAAAGACAT;SOR=0.722;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=115;TCF=40;TCR=75;TR=59;WE=29103875;WS=29103857;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,81:0.54:150
chr7	29103944	rs34641639	A	AT	410.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.855;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=14;PP=532;ReadPosRankSum=2.018;SC=AACATACAACATGGAGAAACG;SOR=0.765;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=32;TCF=0;TCR=32;TR=14;WE=29103952;WS=29103934;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,15:0.41:37
chr7	29111620	rs317719	A	C	5816.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=41;NR=116;PP=2965;SC=AATTGTTAATATTGTGCTGGT;SOR=1.784;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=157;TCF=41;TCR=116;TR=157;WE=29111628;WS=29111610;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,198:1.00:198
chr7	29111879	rs17748684	C	G	432.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.015;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=3.955;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.17;ReadPosRankSum=0.232;SOR=0.328;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,25:0.47:53
chr7	29126046	rs323192	T	C	821.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.435;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.017;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=12;PP=421;ReadPosRankSum=0.569;SC=ACTCATAATATATGTCAGTTC;SOR=0.269;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=50;TCF=33;TCR=17;TR=28;WE=29126054;WS=29126036;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,38:0.56:68
chr7	29132212	rs2687636	A	G	2486.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.072;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=274;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.058;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=32;PP=1190;ReadPosRankSum=0.480;SC=GTCTTAGGAAAGCCAAGAGAA;SOR=0.571;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=158;TCF=94;TCR=64;TR=73;WE=29132220;WS=29132202;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:145,122:0.46:267
chr7	29186576	rs245881	A	G	2273.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-1.373;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=269;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=54;PP=1266;ReadPosRankSum=-0.510;SC=CTGCACTAGCAGTAAGCTCGC;SOR=0.702;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=197;TCF=76;TCR=121;TR=87;WE=29186584;WS=29186566;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:146,114:0.44:260
chr7	29394220	rs34818186	CT	C	154.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.193;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=381;ExcessHet=3.0103;FS=1.816;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.03;MQRankSum=0.000;QD=0.45;ReadPosRankSum=1.341;SOR=0.567;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:285,62:0.18:347
chr7	29407518	rs142914048	TTC	T	371.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.469;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=306;ExcessHet=3.0103;FS=1.450;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.28;ReadPosRankSum=1.832;SOR=0.560;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:243,48:0.16:291
chr7	29437867	rs7799981	T	C	1333.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=31;NR=3;PP=817;SC=GTCACCCCCCTTCTTCACTCA;SOR=3.209;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=34;TCF=31;TCR=3;TR=34;WE=29437875;WS=29437865;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr7	29439641	rs12669481	G	A	1058.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=22;NR=6;PP=657;SC=CAACTAGGGCGGAAGGCATGG;SOR=1.863;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=28;TCF=22;TCR=6;TR=28;WE=29439649;WS=29439631;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
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chr7	29544468	rs73684725	A	G	1784.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.544;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=37;PP=937;ReadPosRankSum=0.003;SC=ATGCCATCTGACATCCTAACA;SOR=0.658;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=129;TCF=45;TCR=84;TR=57;WE=29544476;WS=29544458;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:118,91:0.44:209
chr7	29546763	rs11388362	A	AT,ATT	1532.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.044;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FS=1.242;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.97;ReadPosRankSum=-1.051;SOR=0.525;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:15,37,44:0.39,0.46:96
chr7	29552463	rs1420145	C	G	806.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=15;PP=462;SC=GCTAGAATTTCCTGGACTGCA;SOR=2.066;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=4;TCR=15;TR=19;WE=29552471;WS=29552453;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr7	29605975	rs2302618	C	G	16992.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=670;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=217;NR=159;PP=2965;SC=CTGGCAGCTCCGGCCCCTGGT;SOR=0.885;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=376;TCF=217;TCR=159;TR=376;WE=29605983;WS=29605965;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,656:1.00:656
chr7	29771546	rs112712037	CT	C	353.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.967;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FS=0.685;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.06;MQRankSum=0.000;QD=2.06;ReadPosRankSum=3.021;SOR=0.608;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:122,50:0.29:172
chr7	29771597	rs850084	A	C	2392.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.860;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.485;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=47;PP=1425;ReadPosRankSum=0.018;SC=CTACAATGGCAAGCGTGAAGC;SOR=0.635;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=182;TCF=89;TCR=93;TR=88;WE=29771605;WS=29771587;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:114,117:0.51:231
chr7	29781927	rs850098	T	A	3711.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.082;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=487;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-2.155;NF=49;NR=76;PP=1814;ReadPosRankSum=-1.411;SC=AAACTACCCATTACACTATGG;SOR=0.693;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=331;TCF=132;TCR=199;TR=125;WE=29781935;WS=29781917;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:284,191:0.40:475
chr7	29915593	rs2301922	G	C	2582.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=20;NR=62;PP=1577;SC=GTGAGCAGCCGGGCCAGGCCT;SOR=2.093;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=83;TCF=21;TCR=62;TR=82;WE=29915601;WS=29915583;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr7	29924384	rs75418804	C	T	1252.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-4.073;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.941;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=38;PP=789;ReadPosRankSum=-3.149;SC=GCCTTGATCCCCTGCCCTTAC;SOR=0.368;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=123;TCF=27;TCR=96;TR=49;WE=29924392;WS=29924374;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,58:0.42:138
chr7	29944062	rs4722959	A	T	2848.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.807;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=259;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.160;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=61;PP=1444;ReadPosRankSum=0.726;SC=GCTTTCTCCTAAACAGCTTTA;SOR=0.569;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=169;TCF=52;TCR=117;TR=94;WE=29944070;WS=29944052;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:116,136:0.54:252
chr7	30113862	rs149548208	T	TTG	507.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.023;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.382;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=2.415;NF=0;NR=23;PP=710;ReadPosRankSum=-1.844;SC=AGAAACAAAGTTGTGTGTGTG;SOR=0.285;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=77;TCF=2;TCR=75;TR=23;WE=30113871;WS=30113852;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,27:0.36:76
chr7	30177095	rs6954451	G	T	541.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=16;NR=1;PP=410;SC=AGGCCACCCAGATTTTAAATA;SOR=4.407;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=17;TCF=16;TCR=1;TR=17;WE=30177103;WS=30177085;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr7	30329598	rs151056013	CTATT	C	3263.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=2.614;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.050;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=2.270;NF=1;NR=41;PP=1739;ReadPosRankSum=-2.707;SC=AACTTTTAAACTATTTATTAT;SOR=1.171;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=87;TCF=4;TCR=83;TR=42;WE=30329609;WS=30329588;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,87:0.55:159
chr7	30485703	rs55996014	G	GC	342.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.139;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=62.311;HP=9;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=17;PP=1249;ReadPosRankSum=-1.468;SC=AGCAAGGCCCGCCCCCCACAC;SOR=4.164;SbPval=0.99;Source=Platypus;TC=83;TCF=40;TCR=43;TR=22;WE=30485718;WS=30485693;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,25:0.22:112
chr7	30485710	rs6958571	A	C	837.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.080;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=54.047;HP=7;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=19;PP=1240;ReadPosRankSum=-0.998;SC=CCCGCCCCCCACACACACAGC;SOR=3.311;SbPval=0.16;Source=Platypus;TC=109;TCF=65;TCR=44;TR=36;WE=30485718;WS=30485693;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:96,29:0.23:125
chr7	30485741	rs2907749	A	G	1176.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.338;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=15.636;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=25;PP=731;ReadPosRankSum=-2.719;SC=ACATACATCCATCCCCTTCTA;SOR=1.177;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=141;TCF=77;TCR=64;TR=48;WE=30485749;WS=30485731;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:134,71:0.35:205
chr7	30490760	rs2075822	A	G	422.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=1.541;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.536;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=4;PP=258;ReadPosRankSum=-0.584;SC=CTGGTCCATGATGCCATTCCC;SOR=0.195;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=32;TCF=25;TCR=7;TR=14;WE=30490768;WS=30490750;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,18:0.50:36
chr7	30491311	rs2075821	C	T	3126.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.406;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=344;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.826;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=54;PP=1430;ReadPosRankSum=2.054;SC=GGTCTTCCCGCGCCGGACCAC;SOR=0.756;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=238;TCF=119;TCR=119;TR=112;WE=30491319;WS=30491301;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:178,158:0.47:336
chr7	30492237	rs2075820	C	T	3690.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.462;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=390;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.370;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=53;PP=1740;ReadPosRankSum=-0.374;SC=AACACCTCCTCGGGGTCCCGC;SOR=0.666;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=237;TCF=130;TCR=107;TR=118;WE=30492245;WS=30492227;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:201,181:0.47:382
chr7	30492550	rs2235099	G	A	3653.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-1.911;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=384;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.280;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=60;PP=1505;ReadPosRankSum=1.126;SC=CCATGATGGTGTCCATGTAGA;SOR=0.552;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=202;TCF=77;TCR=125;TR=103;WE=30492558;WS=30492540;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:192,187:0.49:379
chr7	30496309	rs5743337	G	GC	297.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.794;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=2;PP=319;ReadPosRankSum=1.117;SC=TCCACACAATGCCATGCCCGT;SOR=0.883;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=24;TCF=18;TCR=6;TR=10;WE=30496317;WS=30496299;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,11:0.39:28
chr7	30496382	rs2075818	G	C	850.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.286;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.646;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.220;NF=22;NR=9;PP=423;ReadPosRankSum=0.903;SC=CCGCATCTTCGGCCGAGAAGT;SOR=1.011;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=78;TCF=50;TCR=28;TR=31;WE=30496390;WS=30496372;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,43:0.41:105
chr7	30536874	rs38405	G	A	2696.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.609;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=224;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.15;ReadPosRankSum=1.478;SOR=0.688;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:95,127:0.57:222
chr7	30537622	.	CAT	C	58	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=29;MMLQ=24;MQ=59.23;NF=1;NR=4;PP=58;QD=13.4;SC=ATTACAAAAGCATATATATAT;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=14;TCF=1;TCR=13;TR=5;WE=30537631;WS=30537612;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:9,5:0.36:14
chr7	30538651	rs38409	T	C	1889.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.360;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=40;PP=1080;ReadPosRankSum=-0.007;SC=GTGTATGGGATTAAACATTTA;SOR=0.693;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=136;TCF=55;TCR=81;TR=67;WE=30538659;WS=30538641;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:91,91:0.50:182
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chr7	30544360	rs38414	G	A	6264.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.999;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=630;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.517;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=86;NR=110;PP=2827;ReadPosRankSum=0.340;SC=GCCTGAAGCAGAGTGTAAGGA;SOR=0.664;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=404;TCF=179;TCR=225;TR=196;WE=30544368;WS=30544350;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:309,317:0.51:626
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chr7	30662237	rs10249885	G	A	475.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-2.656;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.169;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=17;PP=320;ReadPosRankSum=-0.264;SC=TGGCATTATAGCCTGAAAAAA;SOR=1.314;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=38;TCF=3;TCR=35;TR=17;WE=30662245;WS=30662227;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,22:0.51:43
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chr7	30673512	rs70983380	TA	T	210.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.179;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=4.384;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.55;ReadPosRankSum=-0.590;SOR=0.156;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,20:0.53:38
chr7	30694260	rs3779250	C	T	2397.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.770;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.159;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=31;PP=1372;ReadPosRankSum=0.778;SC=TTTTCTGTGGCAGGTAGCGGG;SOR=0.789;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=153;TCF=99;TCR=54;TR=89;WE=30694268;WS=30694250;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,111:0.58:191
chr7	30705105	rs8192496	G	A	841.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-0.313;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.851;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=7;PP=473;ReadPosRankSum=1.994;SC=GTGCTGTAGGGGGAGGGATGA;SOR=0.566;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=77;TCF=55;TCR=22;TR=30;WE=30705113;WS=30705095;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,41:0.44:93
chr7	30728908	rs255100	A	T	1738.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-0.371;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.200;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=23;PP=757;ReadPosRankSum=-0.744;SC=TGCCTAGGGGACAGCAAGGAT;SOR=0.585;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=98;TCF=56;TCR=42;TR=50;WE=30728916;WS=30728898;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,84:0.50:169
chr7	30739409	.	C	T	460	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=20;MMLQ=28;MQ=56.96;NF=19;NR=4;PP=460;QD=21.5117918499;SC=ACCCCCTCACCCAGGCACGGG;SbPval=0.93;Source=Platypus;TC=36;TCF=25;TCR=11;TR=23;WE=30739417;WS=30739399;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:13,23:0.64:36
chr7	30739525	rs255119	G	A	2737.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=29;NR=34;PP=1195;SC=TGCTCCTGGCGCCCCACCTCG;SOR=0.813;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=63;TCF=29;TCR=34;TR=63;WE=30739533;WS=30739515;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr7	30739691	rs107540	A	G	819.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.040;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=17;PP=476;ReadPosRankSum=-0.890;SC=CCTGCTGCCCAGCACGGTGGT;SOR=1.244;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=29;TCF=11;TCR=18;TR=27;WE=30739699;WS=30739681;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,34:0.94:36
chr7	30791848	rs4723010	G	A	2699.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.453;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=269;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.477;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=45;PP=1219;ReadPosRankSum=-0.385;SC=CTACAGCTTCGATGGCAGCCC;SOR=0.801;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=155;TCF=71;TCR=84;TR=80;WE=30791856;WS=30791838;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:130,133:0.51:263
chr7	30795288	rs2302339	A	G	3840.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.853;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=373;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.692;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=64;PP=1824;ReadPosRankSum=2.053;SC=CCCGTCCTACATGGTGGGGAA;SOR=0.672;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=223;TCF=112;TCR=111;TR=124;WE=30795296;WS=30795278;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:177,189:0.52:366
chr7	30795436	rs4720015	T	G	1328.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.431;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.578;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=31;PP=738;ReadPosRankSum=-0.610;SC=GGGGTCTGCTTCATTGTGGCT;SOR=0.468;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=92;TCF=26;TCR=66;TR=43;WE=30795444;WS=30795426;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,60:0.52:115
chr7	30795456	rs76297889	C	T	719.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-1.810;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=22;PP=464;ReadPosRankSum=-0.478;SC=TCGCAAGAAGCCTGGGCCCTG;SOR=0.655;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=57;TCF=15;TCR=42;TR=31;WE=30795464;WS=30795446;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,35:0.49:71
chr7	30805808	rs60742750	TTC	T	418.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=1.885;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=7.780;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.90;ReadPosRankSum=-1.596;SOR=1.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:46,25:0.35:71
chr7	30805809	.	T	TCA	347.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-1.157;ClippingRankSum=0.000;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=2.637;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.76;ReadPosRankSum=1.604;SOR=0.326;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:48,25:0.34:73
chr7	30805811	rs2013200	T	A	1237.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.800;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=3.738;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.43;ReadPosRankSum=1.511;SOR=0.321;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,38:0.54:71
chr7	30805849	rs4582452	A	C	2521.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.619;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FS=1.139;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.07;ReadPosRankSum=-0.668;SOR=0.608;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:94,99:0.51:193
chr7	30805913	rs3901848	G	A	10140.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=405;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.42;SOR=0.895;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,399:1.00:399
chr7	30825229	rs2269921	C	G	182.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=3.224;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.6268;FS=3.802;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=7;NR=0;PP=153;ReadPosRankSum=0.210;SC=TTCATGATAACGCACTGGCTG;SOR=2.419;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=8;TCR=0;TR=7;WE=30825237;WS=30825219;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,7:0.58:12
chr7	30825575	rs12672184	C	A	1235.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-2.853;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.863;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=27;PP=690;ReadPosRankSum=-0.358;SC=TTGTGCGAGGCATGATGTCTG;SOR=0.558;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=67;TCF=18;TCR=49;TR=38;WE=30825583;WS=30825565;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,54:0.61:89
chr7	30831082	rs12701034	C	T	4657.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.186;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=513;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.522;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=91;PP=2227;ReadPosRankSum=1.916;SC=AGCACAGACACGGACAGGATG;SOR=0.725;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=308;TCF=125;TCR=183;TR=152;WE=30831090;WS=30831072;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:273,234:0.46:507
chr7	30831181	rs12672119	C	T	1572.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-3.008;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.044;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=41;PP=836;ReadPosRankSum=-0.077;SC=AGCCAGCCCGCACCTGTCAGG;SOR=0.451;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=118;TCF=36;TCR=82;TR=64;WE=30831189;WS=30831171;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,76:0.50:152
chr7	30876123	rs10247874	G	A	839.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-0.941;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.834;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=6;PP=698;ReadPosRankSum=0.227;SC=GGGAACTTCAGAACAGAGCTG;SOR=1.538;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=85;TCF=67;TCR=18;TR=38;WE=30876131;WS=30876113;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,39:0.40:97
chr7	30876432	rs10258097	A	G	3443.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=29;NR=65;PP=1945;SC=GAATGGATATAGATGGCGTGA;SOR=1.553;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=94;TCF=29;TCR=65;TR=94;WE=30876440;WS=30876422;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr7	31125082	rs11410563	A	AG	2471.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=41;PP=1852;SC=CAGACCCATTAGGCTCTGCCG;SOR=1.712;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=44;TCF=3;TCR=41;TR=44;WE=31125090;WS=31125072;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr7	31132235	rs112436908	CT	C	263.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.057;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=253;ExcessHet=3.0103;FS=1.441;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.04;MQRankSum=0.000;QD=1.13;ReadPosRankSum=1.945;SOR=0.868;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:175,59:0.25:234
chr7	31132311	rs139752068	G	A	2867.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.667;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=318;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.859;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=61;PP=1566;ReadPosRankSum=0.394;SC=AGAAACTTCAGTCTCCAGACA;SOR=0.806;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=226;TCF=107;TCR=119;TR=115;WE=31132319;WS=31132301;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:166,149:0.47:315
chr7	31378933	rs2233404	A	G	5485.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=46;NR=100;PP=2965;SC=ATATTTAAAGAGTTTTCATTT;SOR=1.463;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=147;TCF=46;TCR=101;TR=146;WE=31378941;WS=31378923;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,204:1.00:204
chr7	31569547	rs12701110	G	A	1325.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.543;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.717;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=29;PP=588;ReadPosRankSum=0.673;SC=GGCAGCGATGGCGTGTTCTGA;SOR=0.802;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=82;TCF=23;TCR=59;TR=38;WE=31569555;WS=31569537;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,63:0.53:119
chr7	31569579	rs2067727	G	T	891.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.333;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=19;PP=412;ReadPosRankSum=-1.343;SC=CTGCAGCTGTGTGACTGGGTG;SOR=0.687;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=54;TCF=13;TCR=41;TR=23;WE=31569587;WS=31569569;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,41:0.54:76
chr7	31592491	rs7793859	T	A	567.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=2.671;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.464;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-1.036;NF=16;NR=3;PP=282;ReadPosRankSum=-0.974;SC=CAGGTTCATGTATGACTGTGA;SOR=1.212;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=59;TCF=43;TCR=16;TR=19;WE=31592499;WS=31592481;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,28:0.35:79
chr7	31592596	rs143013342	T	TTG	5230.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.245;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=367;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.759;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.791;NF=20;NR=44;PP=2584;ReadPosRankSum=-0.394;SC=TCTGATTTGTTTGTGTGTGTG;SOR=0.589;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=140;TCF=45;TCR=95;TR=64;WE=31592604;WS=31592586;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:178,168:0.49:346
chr7	31592733	rs7811042	C	A	4917.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=38;NR=79;PP=2417;SC=AGCGCGTGGGCTCCGCTGGAT;SOR=1.291;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=118;TCF=38;TCR=80;TR=117;WE=31592741;WS=31592723;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,179:1.00:179
chr7	31594166	rs2286710	C	T	9742.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=362;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=101;NR=133;PP=2965;SC=GTGTGCCTTACATGTTTCTCT;SOR=0.905;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=234;TCF=101;TCR=133;TR=234;WE=31594174;WS=31594156;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,361:1.00:361
chr7	31594258	rs12155214	G	T	4457.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=37;NR=80;PP=2336;SC=TTAATTGTACGTGAAGTATTA;SOR=1.391;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=118;TCF=37;TCR=81;TR=117;WE=31594266;WS=31594248;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,165:1.00:165
chr7	31611758	rs67930674	G	T	3657.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.976;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=462;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.111;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=61;PP=1502;ReadPosRankSum=1.064;SC=TATCCAGAGGGACCAGTTTCA;SOR=0.787;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=274;TCF=131;TCR=143;TR=112;WE=31611766;WS=31611748;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:266,194:0.42:460
chr7	31617733	rs6945679	T	C	12112.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=460;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=158;NR=133;PP=2965;SC=AAGTTTTTGTTCCCTTTACAA;SOR=0.846;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=294;TCF=159;TCR=135;TR=291;WE=31617741;WS=31617723;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,448:1.00:448
chr7	31618008	rs10252720	A	G	4339.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=42;NR=60;PP=2130;SC=AGCTTGTCTCATCTTGCAGGC;SOR=0.968;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=102;TCF=42;TCR=60;TR=102;WE=31618016;WS=31617998;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,162:1.00:162
chr7	31681765	rs10239388	C	T	535.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.160;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.65;ReadPosRankSum=1.762;SOR=0.587;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:42,28:0.40:70
chr7	31682453	rs4141001	C	T	3327.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.146;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=291;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.436;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=49;PP=1864;ReadPosRankSum=-0.683;SC=AGCCAAGAAGCGAATGCCTTG;SOR=0.652;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=211;TCF=120;TCR=91;TR=113;WE=31682461;WS=31682443;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:127,155:0.55:282
chr7	31682601	rs38396	T	C	4025.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.597;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=385;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=72;PP=2141;ReadPosRankSum=1.946;SC=AAGACAGCCATCTGTGGCAGC;SOR=0.693;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=265;TCF=127;TCR=138;TR=136;WE=31682609;WS=31682591;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:189,193:0.51:382
chr7	31682853	rs38397	T	C	3766.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.445;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=390;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.658;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=71;NR=55;PP=1842;ReadPosRankSum=-1.968;SC=AGGAAAGCAGTGGATTCTGTC;SOR=0.791;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=266;TCF=144;TCR=122;TR=126;WE=31682861;WS=31682843;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:200,184:0.48:384
chr7	31683410	rs10247620	G	A	10265.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.919;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1017;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.515;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=158;NR=174;PP=2962;ReadPosRankSum=0.155;SC=TGCATCTGCTGTCATCACCAC;SOR=0.738;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=635;TCF=309;TCR=326;TR=332;WE=31683418;WS=31683400;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:508,501:0.50:1009
chr7	31683610	rs38398	G	A	9259.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=332;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=80;NR=179;PP=2965;SC=AGATGCACCCGTGATAAACAC;SOR=1.443;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=259;TCF=80;TCR=179;TR=259;WE=31683618;WS=31683600;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,331:1.00:331
chr7	31691697	rs3735424	T	C	541.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.580;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.635;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=14;PP=304;ReadPosRankSum=-1.688;SC=TTTGACTATATCCAGCCTACC;SOR=1.214;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=34;TCF=11;TCR=23;TR=19;WE=31691705;WS=31691687;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,25:0.54:46
chr7	31697913	rs35589779	C	CT	195.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.476;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.102;HP=10;HapScore=3;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.572;NF=1;NR=11;PP=109;ReadPosRankSum=0.253;SC=AGCTGGATCCCTTTTTTTTTT;SOR=0.858;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=38;TCF=4;TCR=34;TR=12;WE=31697921;WS=31697903;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,17:0.30:57
chr7	31735263	rs34173	G	C	5336.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=53;NR=81;PP=2820;SC=CTGCACAGCTGTAAAGGAGAG;SOR=1.049;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=136;TCF=53;TCR=83;TR=134;WE=31735271;WS=31735253;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,194:1.00:194
chr7	31735297	rs34174	T	G	3373.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.275;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.871;HP=1;HapScore=1;MGOF=40;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=69;PP=1999;ReadPosRankSum=0.855;SC=GGTTGCATTGTTCGTACACAT;SOR=1.837;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=92;TCF=23;TCR=69;TR=92;WE=31735305;WS=31735287;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,120:0.98:122
chr7	31735315	rs79503171	T	C	2713.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=2.242;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=6.015;HP=3;HapScore=1;MGOF=48;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=58;PP=1875;ReadPosRankSum=1.302;SC=CATTTTTCCTTAAATATTCAG;SOR=2.409;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=71;TCF=12;TCR=59;TR=69;WE=31735323;WS=31735305;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,90:0.96:94
chr7	31848706	rs3213709	A	G	2871.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=47;NR=38;PP=1582;SC=TCTTATTTTTACCATCTTTGA;SOR=0.825;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=85;TCF=47;TCR=38;TR=85;WE=31848714;WS=31848696;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
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chr7	31855569	rs2302450	G	A	27816.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=634;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.22;SOR=0.742;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,629:1.00:629
chr7	31855578	rs1860790	G	A	17275.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.673;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=646;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=27.60;ReadPosRankSum=-0.563;SOR=0.713;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,624:1.00:626
chr7	31890104	rs2072430	G	A	918.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.94;SOR=4.615;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr7	31890104	.	GAT	AAC	815	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;FR=1.0000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MMLQ=28;MQ=60.0;NF=16;NR=1;PP=815;QD=51.0863455801;SC=GATTGAAGCTGATCAGACTGA;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=19;TCF=18;TCR=1;TR=17;WE=31890114;WS=31890094;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:2,17:0.89:19
chr7	31890106	rs917756	T	C	918.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.76;SOR=3.912;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr7	32110115	rs30598	C	G	1079.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=26;PP=701;SC=CGCGTTTGCCCGGCACTTTCT;SOR=2.133;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=7;TCR=26;TR=33;WE=32110123;WS=32110105;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr7	32209227	rs977623	A	C	1338.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=38;NR=4;PP=1095;SC=TTCAGGAAATACAGCCAGAAG;SOR=4.615;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=42;TCF=38;TCR=4;TR=42;WE=32209235;WS=32209223;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr7	32209283	rs977624	T	C	3555.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=78;NR=32;PP=2190;SC=TTTTAATTTATTCAGTGCAAA;SOR=1.739;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=111;TCF=78;TCR=33;TR=110;WE=32209291;WS=32209273;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr7	32209376	rs2072312	T	C	3843.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.470;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=399;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.112;HP=1;HapScore=2;MGOF=28;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=68;NR=64;PP=1985;ReadPosRankSum=1.518;SC=AAGGAACACATTGAGTTGCAA;SOR=0.588;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=262;TCF=142;TCR=120;TR=132;WE=32209384;WS=32209366;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:206,190:0.48:396
chr7	32209425	rs977625	A	G	10078.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=385;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=126;NR=133;PP=2965;SC=AAGACTTCTGAGCTATCCAGC;SOR=0.736;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=260;TCF=126;TCR=134;TR=259;WE=32209433;WS=32209415;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,380:1.00:380
chr7	32209459	rs977626	C	T	8566.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.718;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=332;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=93;NR=125;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.026;SC=CAGCTAGGATCTCCTCTGGGG;SOR=0.901;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=221;TCF=95;TCR=126;TR=218;WE=32209467;WS=32209449;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,325:0.99:327
chr7	32248984	rs10951324	G	A	979.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-3.246;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.028;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=8;PP=458;ReadPosRankSum=0.362;SC=GATATTTCCTGCATTACTATT;SOR=0.479;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=49;TCF=36;TCR=13;TR=29;WE=32248992;WS=32248974;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,45:0.65:69
chr7	32249216	rs2240676	A	G	308.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=1.066;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.752;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=11;PP=204;ReadPosRankSum=-0.833;SC=ATATGCCCCAATACAGCCAAT;SOR=2.088;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=32;TCF=10;TCR=22;TR=14;WE=32249224;WS=32249206;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,15:0.45:33
chr7	32338337	rs215607	G	A	4473.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=46;NR=77;PP=2316;SC=CCTGTTGCCGGCGTCCGTCAT;SOR=1.066;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=124;TCF=46;TCR=78;TR=123;WE=32338345;WS=32338327;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,167:1.00:167
chr7	32527009	rs7800049	G	A	5669.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.206;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=529;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.522;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=72;NR=85;PP=2297;ReadPosRankSum=-0.332;SC=TGCACTCCACGTTCCCATTTT;SOR=0.639;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=315;TCF=141;TCR=174;TR=157;WE=32527017;WS=32526999;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:242,279:0.54:521
chr7	32528366	rs35608030	C	T	857.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=1.170;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=27;PP=570;ReadPosRankSum=0.445;SC=GACAAAGTCTCGCTCTGTCAT;SOR=0.639;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=60;TCF=15;TCR=45;TR=38;WE=32528374;WS=32528356;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,39:0.57:69
chr7	32528796	rs41276006	T	G	861.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=1.357;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.859;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=11;PP=458;ReadPosRankSum=1.189;SC=ATATACTGATTGTCTATAGTT;SOR=0.889;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=53;TCF=33;TCR=20;TR=30;WE=32528804;WS=32528786;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,41:0.51:80
chr7	32529622	rs12532994	A	G	152.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=3.086;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=0;PP=122;ReadPosRankSum=-0.090;SC=CCAGGCTGAGAAGTAGGCCTA;SOR=0.922;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=16;TCR=0;TR=7;WE=32529630;WS=32529616;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,7:0.35:20
chr7	32529936	rs1584614	G	C	3854.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.328;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=434;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.522;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=65;PP=1404;ReadPosRankSum=1.140;SC=GATTACCTAAGGGCAGCAGCT;SOR=0.636;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=287;TCF=129;TCR=158;TR=120;WE=32529944;WS=32529926;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:233,198:0.46:431
chr7	32591135	rs3213972	G	A	1430.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.446;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=24;PP=593;ReadPosRankSum=-1.107;SC=ATTACCTTAAGAAAGACATTC;SOR=0.701;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=78;TCF=29;TCR=49;TR=39;WE=32591143;WS=32591125;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,46:0.53:87
chr7	32591158	rs3213973	G	A	1087.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=0.507;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=31;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=16;PP=318;ReadPosRankSum=-0.614;SC=ATGTGAAAACGCATTTGCATT;SOR=0.698;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=58;TCF=18;TCR=40;TR=25;WE=32591166;WS=32591148;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,26:0.46:57
chr7	32593234	rs75267691	CTT	C,CT	1490.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.211;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FS=2.691;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.09;MQRankSum=0.392;QD=13.19;ReadPosRankSum=0.119;SOR=0.376;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:15,22,76:0.19,0.67:113
chr7	32593271	rs6961786	G	A	1823.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-2.616;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.631;HP=4;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.968;NF=39;NR=24;PP=927;ReadPosRankSum=-0.569;SC=TGTTAAGGGGGAAATAACCTT;SOR=0.510;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=127;TCF=84;TCR=43;TR=63;WE=32593279;WS=32593261;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:94,90:0.49:184
chr7	32594278	rs2290210	A	G	349.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.285;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.666;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=14;PP=256;ReadPosRankSum=0.686;SC=ACATTATTTCATAAAATTGAA;SOR=1.214;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=33;TCF=8;TCR=25;TR=18;WE=32594286;WS=32594268;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,18:0.53:34
chr7	32598087	rs12673921	G	A	487.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.900;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.019;HP=2;HapScore=2;MGOF=48;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=6;PP=305;ReadPosRankSum=-0.166;SC=TCTTATATAAGGAATTTTTCC;SOR=1.053;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=48;TCF=34;TCR=14;TR=22;WE=32598095;WS=32598077;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,27:0.34:80
chr7	32598138	rs12673881	C	T	743.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.148;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.550;HP=3;HapScore=2;MGOF=39;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=14;PP=397;ReadPosRankSum=0.634;SC=CTTCATGGGTCTTCTAATTTG;SOR=0.537;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=63;TCF=39;TCR=24;TR=31;WE=32598146;WS=32598128;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,43:0.38:114
chr7	32598359	rs1562828	G	A	170.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-0.956;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=2;PP=47;ReadPosRankSum=1.333;SC=TTAATATGACGTCTTCCTTTT;SOR=0.732;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=11;TCF=5;TCR=6;TR=5;WE=32598367;WS=32598349;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,9:0.56:16
chr7	32598524	rs1466144	G	A	1473.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=30;NR=11;PP=896;SC=GCTGTTCTTTGATATTGCATA;SOR=1.791;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=30;TCR=11;TR=41;WE=32598532;WS=32598514;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
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chr7	32598656	rs2290214	C	T	2475.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.470;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=264;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.105;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=29;PP=1290;ReadPosRankSum=-0.534;SC=TTTCTGCATCCACTGCTGATG;SOR=0.857;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=173;TCF=102;TCR=71;TR=80;WE=32598664;WS=32598646;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:146,116:0.44:262
chr7	32599204	rs34973430	A	AT	404.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=11;PP=420;SC=TGTAAAGTACAACCAAATACA;SOR=3.442;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=0;TCR=11;TR=11;WE=32599212;WS=32599194;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr7	32609565	rs2305320	A	G	1929.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=44;NR=16;PP=1078;SC=CTGTTAGCTCACTAAGTTTAA;SOR=1.771;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=60;TCF=44;TCR=16;TR=60;WE=32609573;WS=32609555;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr7	32613020	rs1993050	A	G	660.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.547;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=19;PP=391;ReadPosRankSum=-1.435;SC=TGGCTGCCACACTGCAATTAG;SOR=0.579;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=74;TCF=17;TCR=57;TR=24;WE=32613028;WS=32613010;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,33:0.34:96
chr7	32615553	rs6462381	C	T	5796.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=111;NR=52;PP=2965;SC=TTCTTTCAAACATTTACTTGA;SOR=1.510;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=163;TCF=111;TCR=52;TR=163;WE=32615561;WS=32615543;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,211:1.00:211
chr7	32619653	rs6462383	T	A	54.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.321;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.869;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=0;PP=38;ReadPosRankSum=1.945;SC=TAATCTTTTCTGGATGTCGTC;SOR=2.165;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=11;TCR=3;TR=4;WE=32619661;WS=32619643;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,4:0.25:16
chr7	32620325	rs35499747	T	TTG	551.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.612;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=3.797;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.51;ReadPosRankSum=-0.161;SOR=1.445;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:40,18:0.31:58
chr7	32623250	rs1817046	C	T	242.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-3.007;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.948;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=4;PP=143;ReadPosRankSum=0.381;SC=GTGACCACTGCACTGCACTCC;SOR=0.207;SbPval=0.2;Source=Platypus;TC=26;TCF=21;TCR=5;TR=12;WE=32623258;WS=32623245;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,12:0.41:29
chr7	32623477	rs34778959	C	G	2917.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=-0.146;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=408;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.254;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=48;PP=1187;ReadPosRankSum=0.170;SC=TCACCACTTCCACCTCCCAAA;SOR=0.698;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=211;TCF=108;TCR=103;TR=85;WE=32623485;WS=32623467;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:242,162:0.40:404
chr7	32660758	rs2302066	C	A	1091.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.526;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.522;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-1.626;NF=12;NR=30;PP=663;ReadPosRankSum=-1.437;SC=AAAAATTCTTCTAAATGATAA;SOR=1.295;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=81;TCF=26;TCR=55;TR=42;WE=32660766;WS=32660748;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,49:0.52:94
chr7	32715474	rs34569336	T	C	799.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-1.002;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.319;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-3.508;NF=18;NR=7;PP=354;ReadPosRankSum=1.530;SC=AATTAATCAATGATTAACTAT;SOR=0.395;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=46;TCF=36;TCR=10;TR=25;WE=32715482;WS=32715464;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,37:0.56:66
chr7	32909182	rs752730	G	A	3655.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.775;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=335;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.293;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=55;PP=1716;ReadPosRankSum=0.208;SC=GGTAGGTGACGTATTTAGCTC;SOR=0.682;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=215;TCF=111;TCR=104;TR=108;WE=32909190;WS=32909172;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:160,173:0.52:333
chr7	33003171	rs3110942	G	A	1234.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.517;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-9.665;NF=23;NR=25;PP=669;ReadPosRankSum=-1.632;SC=GGGATACAGCGGAGGATAAAG;SOR=0.675;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=120;TCF=59;TCR=61;TR=48;WE=33003179;WS=33003161;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:105,66:0.39:171
chr7	33016120	rs3750116	G	T	4030.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=51;NR=95;PP=2911;SC=TGGTAAGTCCGTCTCCTTCTT;SOR=1.422;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=146;TCF=51;TCR=95;TR=146;WE=33016128;WS=33016110;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,145:1.00:145
chr7	33028487	rs35727868	C	T	1496.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=18;NR=31;PP=848;SC=ACTACAGGCACGCACCACCAC;SOR=1.238;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=49;TCF=18;TCR=31;TR=49;WE=33028495;WS=33028477;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr7	33059407	rs2392209	A	G	827.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=14;PP=367;SC=TTATTACAAAACATTCTTCCA;SOR=1.402;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=4;TCR=14;TR=18;WE=33059415;WS=33059397;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr7	33060946	rs3750117	A	G	2513.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=24;NR=37;PP=1217;SC=CAATAGCGTAATATTTTTCCT;SOR=1.085;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=61;TCF=24;TCR=37;TR=61;WE=33060954;WS=33060936;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr7	33063492	rs6955792	A	G	278.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=6;NR=3;PP=127;SC=ATAATATGGGAAAAAAAACCT;SOR=1.329;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=6;TCR=3;TR=9;WE=33063500;WS=33063482;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr7	33102462	rs13228639	C	T	1464.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=16;NR=37;PP=1032;SC=CCGCGCAGCTCCGCCCCCACG;SOR=2.753;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=53;TCF=16;TCR=37;TR=53;WE=33102470;WS=33102452;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr7	33102514	rs13228827	G	A	743.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=22;PP=632;SC=GCCAGGACGCGGCGGGAGGGG;SOR=4.977;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=25;TCF=3;TCR=22;TR=25;WE=33102522;WS=33102504;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr7	33134883	rs150987618	T	C	675.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.621;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FS=1.570;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.37;MQRankSum=-3.350;QD=5.28;ReadPosRankSum=-0.898;SOR=0.865;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:90,38:0.30:128
chr7	33136983	rs6462460	G	A	6600.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=256;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=64;NR=97;PP=2965;SC=ACCTAAAAACGAAAAGAGAAA;SOR=0.954;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=161;TCF=64;TCR=97;TR=161;WE=33136991;WS=33136973;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,247:1.00:247
chr7	33139147	rs17472556	G	A	3833.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=28;NR=66;PP=2036;SC=CTGGGCTTCCGGTGCCAACAT;SOR=1.490;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=94;TCF=28;TCR=66;TR=94;WE=33139155;WS=33139137;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,135:1.00:135
chr7	33186065	rs77462109	TT	GA	3480.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.974;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=39;PP=2043;ReadPosRankSum=1.821;SC=GTAATCTCAGTTCTTTTGGGA;SOR=0.666;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=142;TCF=53;TCR=89;TR=62;WE=33186074;WS=33186055;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:102,93:0.48:195
chr7	33186082	rs1969575	C	G	3986.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=32;NR=78;PP=2469;SC=GGGAGGCCGACGTGGGCAGAT;SOR=1.576;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=110;TCF=32;TCR=78;TR=110;WE=33186090;WS=33186072;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,140:1.00:140
chr7	33192502	rs17169881	A	G	780.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.334;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=23;PP=482;ReadPosRankSum=-1.096;SC=TACTTGGAGTATGTCAATCCT;SOR=0.723;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=68;TCF=18;TCR=50;TR=32;WE=33192510;WS=33192492;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,38:0.45:85
chr7	33195119	rs12701275	G	A	215.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.101;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=2;PP=138;ReadPosRankSum=0.732;SC=AGTTTAGAATGTTATCTAATG;SOR=0.892;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=13;TCF=11;TCR=2;TR=10;WE=33195127;WS=33195109;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,10:0.67:15
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chr7	33385852	rs6974593	C	T	7132.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=275;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=114;NR=56;PP=2965;SC=CCAAGATATACAACCATGCAA;SOR=1.314;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=170;TCF=114;TCR=56;TR=170;WE=33385860;WS=33385842;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,263:1.00:263
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chr7	33388713	rs11773504	G	A	508.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.120;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.900;HP=5;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=9;PP=265;ReadPosRankSum=1.926;SC=ATTGCAAAAAGCCAAATTATC;SOR=0.849;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=47;TCF=26;TCR=21;TR=21;WE=33388721;WS=33388703;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,28:0.37:75
chr7	33388829	rs73101660	T	A	1431.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.384;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=18;PP=672;ReadPosRankSum=-2.244;SC=GTGAATTTTTTAAAAATACTA;SOR=0.732;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=63;TCF=34;TCR=29;TR=40;WE=33388837;WS=33388819;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,65:0.64:102
chr7	33391089	rs35557465	G	A	182.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=1.540;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=8;PP=138;ReadPosRankSum=0.224;SC=TTACTTTTATGTGTTATGAGT;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=1;TCR=16;TR=8;WE=33391097;WS=33391079;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,8:0.47:17
chr7	33392380	rs11769616	A	G	1991.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.429;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=25;PP=937;ReadPosRankSum=1.131;SC=TTTTAAGCAGATATGTGTCAA;SOR=0.670;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=128;TCF=80;TCR=48;TR=67;WE=33392388;WS=33392370;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:98,99:0.50:197
chr7	33644941	rs1050719	T	C	2345.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.343;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FS=1.506;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.55;ReadPosRankSum=-1.457;SOR=0.557;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:56,64:0.53:120
chr7	33644948	rs1050721	C	T	2169.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.270;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=20.47;ReadPosRankSum=-0.776;SOR=0.626;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:50,56:0.53:106
chr7	33961478	rs147303478	G	A	1482.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.143;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=33;PP=765;ReadPosRankSum=1.234;SC=GGAACCAGACGCAAACAACGC;SOR=0.702;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=98;TCF=33;TCR=65;TR=51;WE=33961486;WS=33961468;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,71:0.51:139
chr7	33977125	.	G	GGTGTGTGTGT,GGTGTGTGTGTGT	692.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;QD=53.29;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:0,6,7:0.46,0.54:13
chr7	34009946	rs10265207	C	T	3256.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=32;NR=44;PP=1502;SC=TTCAGGAGGGCGTTGTCACAG;SOR=0.906;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=76;TCF=32;TCR=44;TR=76;WE=34009954;WS=34009936;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr7	34101562	.	G	GT	119.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.571;ClippingRankSum=0.000;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=3.326;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.15;ReadPosRankSum=-2.436;SOR=0.250;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,12:0.32:38
chr7	34192762	rs6968741	G	C	7004.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=267;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=75;NR=77;PP=2965;SC=GTATCAAGACGTGTGACAACT;SOR=0.732;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=152;TCF=75;TCR=77;TR=152;WE=34192770;WS=34192752;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,263:1.00:263
chr7	34685772	rs1582277	A	G	731.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.713;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.127;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=16;PP=451;ReadPosRankSum=0.718;SC=TGGAAAAACTAAAACGCTCAT;SOR=1.148;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=47;TCF=19;TCR=28;TR=24;WE=34685780;WS=34685762;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,35:0.47:75
chr7	34697982	rs887020	A	G	1057.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=30;NR=8;PP=705;SC=TCCCTCACTCAGCTGCAGGAG;SOR=2.476;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=38;TCF=30;TCR=8;TR=38;WE=34697990;WS=34697972;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr7	34818113	rs324981	A	T	5561.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.440;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=554;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.521;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=89;NR=73;PP=2321;ReadPosRankSum=-0.051;SC=ACAGATATTAATTGGCGATTC;SOR=0.798;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=322;TCF=172;TCR=150;TR=162;WE=34818121;WS=34818103;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:272,278:0.51:550
chr7	34819123	rs62462890	T	A	187.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.182;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.36;ReadPosRankSum=-0.201;SOR=0.883;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,11:0.31:35
chr7	34867255	rs5883474	C	CA	82.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.221;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=62.65;MQRankSum=1.559;QD=9.19;ReadPosRankSum=-1.981;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,5:0.56:9
chr7	34885132	rs13231258	C	T	2888.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.922;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=298;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=36;PP=1292;ReadPosRankSum=0.731;SC=CTCTGCTCTCCGGTGGTGCCC;SOR=0.697;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=193;TCF=106;TCR=87;TR=87;WE=34885140;WS=34885122;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:156,139:0.47:295
chr7	34888010	rs10270521	T	C	975.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-2.153;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.066;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=12;PP=679;ReadPosRankSum=0.698;SC=AAAGAACCTCTCAGGTAAAAG;SOR=0.412;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=79;TCF=59;TCR=20;TR=43;WE=34888018;WS=34888000;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,45:0.52:86
chr7	34889182	rs6972158	A	G	2476.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-2.356;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=265;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.449;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=31;PP=845;ReadPosRankSum=-0.644;SC=TCCAGGGAGCAAAGATCACAG;SOR=0.650;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=145;TCF=76;TCR=69;TR=63;WE=34889190;WS=34889172;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:132,129:0.49:261
chr7	34889222	rs10275028	T	C	2156.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-2.917;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=31;PP=579;ReadPosRankSum=-0.268;SC=GGGAGAGAACTGAGAGGCATG;SOR=0.705;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=133;TCF=62;TCR=71;TR=57;WE=34889230;WS=34889212;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:107,114:0.52:221
chr7	34917664	rs28699135	C	A	1037.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.085;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.061;HP=3;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.224;NF=25;NR=13;PP=542;ReadPosRankSum=-1.757;SC=CTATACATTTCAATAAGCCTT;SOR=0.964;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=94;TCF=55;TCR=39;TR=38;WE=34917672;WS=34917654;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,56:0.39:144
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chr7	35289889	rs5883498	C	CA	2107.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=2;NR=36;PP=1570;SC=ACAGCATAACCAAATGGTCAC;SOR=1.577;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=2;TCR=39;TR=38;WE=35289897;WS=35289879;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr7	35289941	rs5883499	C	CA	1306.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=34;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=0;NR=19;PP=865;SC=AAACTCCAGGCAGGCTGTAGG;SOR=1.739;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=0;TCR=19;TR=19;WE=35289949;WS=35289931;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr7	35293193	rs336283	A	G	1479.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=1.414;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.686;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=25;PP=726;ReadPosRankSum=-0.351;SC=CGTTGGCCCGAGAGGAGAGTT;SOR=0.598;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=71;TCF=28;TCR=43;TR=43;WE=35293201;WS=35293183;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,68:0.56:121
chr7	35414652	rs75360344	G	A	4541.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=2.075;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=497;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.437;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=87;NR=65;PP=2340;ReadPosRankSum=1.427;SC=AGTTATCTCCGCTCTGCTTTC;SOR=0.831;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=312;TCF=164;TCR=148;TR=152;WE=35414660;WS=35414642;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:262,223:0.46:485
chr7	35414769	rs2553113	C	T	5649.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.338;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=334;ExcessHet=3.0103;FS=1.313;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.28;ReadPosRankSum=1.920;SOR=0.601;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:177,150:0.46:327
chr7	35414772	rs2553114	C	T	5660.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.924;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=330;ExcessHet=3.0103;FS=2.392;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.53;ReadPosRankSum=1.581;SOR=0.558;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:174,149:0.46:323
chr7	35673799	rs2305333	T	C	463.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=2.589;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=2;PP=358;ReadPosRankSum=-1.752;SC=TATATGTTAGTTTTCTTTCAT;SOR=0.641;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=37;TCF=34;TCR=3;TR=19;WE=35673807;WS=35673794;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,19:0.49:39
chr7	35678214	rs3816422	C	T	224.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-2.356;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=8;PP=134;ReadPosRankSum=-0.383;SC=AAAATACTTACTTTCAACGAT;SOR=0.527;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=1;TCR=20;TR=8;WE=35678222;WS=35678204;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,10:0.45:22
chr7	35709772	rs3779235	G	A	1189.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=1.820;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.167;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=8;PP=502;ReadPosRankSum=2.379;SC=AAAATAAGACGACGACGAAAA;SOR=0.944;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=91;TCF=60;TCR=31;TR=33;WE=35709786;WS=35709762;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,61:0.42:144
chr7	35709842	rs3779234	C	T	2546.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-1.462;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=295;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.928;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=30;PP=843;ReadPosRankSum=-1.453;SC=CTGCTGGATGCCAATGCTTCA;SOR=0.788;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=158;TCF=85;TCR=73;TR=68;WE=35709850;WS=35709832;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:157,137:0.47:294
chr7	35840898	rs59008252	G	GC	3947.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQ=60.11;NF=5;NR=34;PP=1797;SC=TCAGCTTCGGGTGCCGCGACT;SOR=1.037;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=39;TCF=5;TCR=34;TR=39;WE=35840906;WS=35840888;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr7	35841886	rs74849143	A	G	3898.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.080;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=420;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.097;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=75;PP=2087;ReadPosRankSum=-0.402;SC=TGTGTATAGTAAGAAATAAGC;SOR=0.796;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=271;TCF=126;TCR=145;TR=136;WE=35841894;WS=35841876;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:218,195:0.47:413
chr7	35851738	rs57121305	CA	C	43.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.434;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.43;ReadPosRankSum=-0.726;SOR=0.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,7:0.39:18
chr7	35872551	rs74528020	G	A	407.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-1.157;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.359;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=10;PP=217;ReadPosRankSum=0.459;SC=TTTGGTTTAAGTTTTAAACGT;SOR=0.420;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=25;TCF=9;TCR=16;TR=16;WE=35872559;WS=35872541;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,20:0.56:36
chr7	35928645	rs17172038	T	G	614.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=2.050;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=13;PP=322;ReadPosRankSum=-0.179;SC=ATGTTCCTTGTAAAGGGGATC;SOR=0.749;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=33;TCF=8;TCR=25;TR=16;WE=35928653;WS=35928635;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,26:0.58:45
chr7	35928678	rs58918750	T	A	157.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-2.693;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=6;PP=107;ReadPosRankSum=0.769;SC=AGATATGATGTCACCTGTGAC;SOR=0.368;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=17;TCF=1;TCR=16;TR=7;WE=35928686;WS=35928668;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,8:0.40:20
chr7	36320821	rs196586	G	A	8687.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=331;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=94;NR=117;PP=2965;SC=AAGCCCTCGAGTCAGCTCCAG;SOR=0.857;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=212;TCF=94;TCR=118;TR=211;WE=36320829;WS=36320811;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,327:1.00:327
chr7	36324435	rs196589	C	T	694.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=-0.639;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=15;PP=902;ReadPosRankSum=-0.771;SC=TCAAGGTACCCGCTCCACGCC;SOR=0.663;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=58;TCF=24;TCR=34;TR=26;WE=36324444;WS=36324425;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,38:0.43:88
chr7	36324436	rs13232200	G	A	993.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=-1.280;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=4;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=18;PP=1124;ReadPosRankSum=0.705;SC=CAAGGTACCCGCTCCACGCCG;SOR=0.712;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=56;TCF=22;TCR=34;TR=30;WE=36324444;WS=36324425;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,49:0.57:86
chr7	36327317	rs196594	C	T	5700.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-1.440;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=511;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=77;NR=74;PP=2262;ReadPosRankSum=-1.047;SC=GAGCGAGAATCCCAGCAAGAA;SOR=0.695;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=287;TCF=147;TCR=140;TR=151;WE=36327325;WS=36327307;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:232,277:0.54:509
chr7	36327410	rs196595	A	G	3185.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.309;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=282;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.765;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=58;PP=1547;ReadPosRankSum=-1.652;SC=TTTTGCTGTGACTCGGCCACT;SOR=0.531;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=173;TCF=64;TCR=109;TR=94;WE=36327418;WS=36327400;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:117,147:0.56:264
chr7	36338749	rs196613	T	C	12654.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=498;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=124;NR=142;PP=2965;SC=GCAAGAAGGATGCCCCTCGGA;SOR=0.760;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=266;TCF=124;TCR=142;TR=266;WE=36338757;WS=36338739;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,492:1.00:492
chr7	36338841	rs196614	T	C	1870.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.823;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=41;PP=848;ReadPosRankSum=-0.791;SC=GTGTCCACCCTGGGACCCAGG;SOR=0.672;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=145;TCF=50;TCR=95;TR=63;WE=36338849;WS=36338831;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:124,100:0.45:224
chr7	36370499	rs196659	C	G	2335.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=42;NR=16;PP=1227;SC=ACTAAAAATACTGTGAAGCTA;SOR=1.501;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=58;TCF=42;TCR=16;TR=58;WE=36370507;WS=36370489;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr7	36370555	rs196660	G	T	3542.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=49;NR=40;PP=1637;SC=GCTGATCTGGGGTGTTCGGGG;SOR=0.816;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=89;TCF=49;TCR=40;TR=89;WE=36370563;WS=36370545;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,136:1.00:136
chr7	36465606	rs375398580	CT	C	474.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.322;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=3.981;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.78;ReadPosRankSum=-1.819;SOR=0.283;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,36:0.59:61
chr7	36552656	rs7986	G	A	2879.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.553;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=280;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.439;HP=1;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=33;PP=1199;ReadPosRankSum=-2.224;SC=CAGGAACAGCGGAAGGGTTAC;SOR=0.653;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=187;TCF=112;TCR=75;TR=83;WE=36552664;WS=36552646;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:136,142:0.51:278
chr7	36552729	rs59476355	A	AT	9182.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=315;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=44;NR=108;PP=2936;SC=AGAGAAAGACATTTGCAAAGA;SOR=0.732;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=157;TCF=44;TCR=113;TR=152;WE=36552737;WS=36552719;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,310:1.00:310
chr7	36552790	rs57543920	G	GT	9930.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=324;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=51;NR=116;PP=2936;SC=CCCCCATAGGGTTGTGGAATG;SOR=0.739;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=173;TCF=52;TCR=121;TR=167;WE=36552798;WS=36552780;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,311:1.00:311
chr7	36561469	rs6462681	G	T	1218.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=28;NR=3;PP=821;SC=ATTTCCCTATGGTCCCAAATT;SOR=3.912;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=31;TCF=28;TCR=3;TR=31;WE=36561477;WS=36561460;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr7	36588405	rs5883561	A	AC	2248.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=0;NR=49;PP=2063;SC=CCTCTTGGCAACTTTTTGCTA;SOR=3.477;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=52;TCF=0;TCR=52;TR=49;WE=36588413;WS=36588395;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr7	36588955	rs3735397	G	A	257.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=7;NR=0;PP=168;SC=TTTATGCTCAGTAAAAATGAT;SOR=3.056;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=7;TCR=0;TR=7;WE=36588963;WS=36588945;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr7	36656147	rs2727818	A	T	1422.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=2.340;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.447;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=39;PP=835;ReadPosRankSum=0.593;SC=GACTGGGTAGATATAAGAGCG;SOR=0.869;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=118;TCF=28;TCR=90;TR=50;WE=36656155;WS=36656137;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,66:0.45:147
chr7	36656205	rs13235549	A	G	512.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=0.539;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.980;HP=2;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=15;PP=292;ReadPosRankSum=-0.897;SC=ACAGTAATGCATTACCACTTT;SOR=1.532;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=34;TCF=4;TCR=30;TR=17;WE=36656213;WS=36656195;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,21:0.57:37
chr7	36661423	rs2727822	T	C	2075.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.066;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=235;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.491;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=43;PP=884;ReadPosRankSum=-1.212;SC=GGGTTCAGCCTGCTTTGATGT;SOR=0.637;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=144;TCF=56;TCR=88;TR=74;WE=36661431;WS=36661413;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:119,108:0.48:227
chr7	36662950	.	G	A	343.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.239;ClippingRankSum=0.000;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=11;PP=196;ReadPosRankSum=0.393;SC=ATACAGCTCTGTTGAGTTTAT;SOR=0.869;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=37;TCF=12;TCR=25;TR=16;WE=36662958;WS=36662940;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,19:0.43:44
chr7	36671720	rs3832509	GA	G	1253.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.970;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=239;ExcessHet=3.0103;FS=5.183;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.05;MQRankSum=1.043;QD=5.75;ReadPosRankSum=-0.231;SOR=0.421;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:127,91:0.42:218
chr7	36698684	rs6959295	C	T	1479.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.605;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.159;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=12;PP=847;ReadPosRankSum=-0.982;SC=AAACACTGAGCGAGTAAAAGC;SOR=1.503;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=83;TCF=57;TCR=26;TR=48;WE=36698692;WS=36698674;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,67:0.54:125
chr7	36726476	rs58947801	CGTGT	C,CGT	796.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.388;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FS=6.274;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.15;MQRankSum=0.402;QD=19.92;ReadPosRankSum=1.976;SOR=3.943;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:3,25,12:0.62,0.30:40
chr7	36729757	rs7790095	T	C	6321.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=244;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=89;NR=67;PP=2638;SC=AGGACTCTTATGACAGTTGTG;SOR=0.921;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=156;TCF=89;TCR=67;TR=156;WE=36729765;WS=36729747;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,241:1.00:241
chr7	36729822	rs11427708	C	CA	6298.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-2.466;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=274;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.158;NF=24;NR=76;PP=1805;ReadPosRankSum=0.141;SC=TAAAAAGAAGCAAAAAAAATT;SOR=0.801;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=109;TCF=27;TCR=82;TR=100;WE=36729830;WS=36729812;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,261:0.99:263
chr7	36729951	rs6462691	C	T	838.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.740;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.943;NF=6;NR=24;PP=543;ReadPosRankSum=-0.490;SC=TCATGAACACCCAGGTTGGGC;SOR=0.789;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=56;TCF=12;TCR=44;TR=30;WE=36729959;WS=36729941;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,36:0.55:66
chr7	36763560	rs6462703	C	T	1240.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=0.955;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=16;PP=864;ReadPosRankSum=1.125;SC=TGATTTATTACGCAAGCAAAG;SOR=0.699;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=89;TCF=62;TCR=27;TR=50;WE=36763568;WS=36763550;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,56:0.53:106
chr7	36763672	rs2228410	C	T	2259.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.578;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=269;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.446;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=35;PP=1091;ReadPosRankSum=3.681;SC=GACTGGTCATCGTTGGCTGGA;SOR=0.728;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=153;TCF=79;TCR=74;TR=76;WE=36763680;WS=36763662;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:154,115:0.43:269
chr7	36763688	rs2228411	C	T	3036.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.051;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=264;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=41;PP=1039;ReadPosRankSum=-2.331;SC=CTGGAGAGGCCGAGGACTGAA;SOR=0.690;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=150;TCF=71;TCR=79;TR=76;WE=36763696;WS=36763678;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:117,147:0.56:264
chr7	36895342	rs13246439	C	T	1281.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=3.822;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.279;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=20;PP=601;ReadPosRankSum=0.205;SC=TCAGTCCATCCGTCCAGATAC;SOR=1.034;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=72;TCF=32;TCR=40;TR=33;WE=36895350;WS=36895332;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,59:0.48:123
chr7	36934448	rs6462722	A	G	2378.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=33;NR=22;PP=1196;SC=AGTCAATACTAGGTAACTTAC;SOR=1.065;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=55;TCF=33;TCR=22;TR=55;WE=36934456;WS=36934438;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr7	37355590	rs11383031	C	CT	3641.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=50;PP=2428;SC=AAAGGAAATACTTGTTAGTTT;SOR=1.169;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=59;TCF=6;TCR=53;TR=56;WE=37355598;WS=37355580;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
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chr7	37903853	rs3816419	A	T	1419.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=22;NR=15;PP=620;SC=CAATTAACTGATCATTAGAAA;SOR=1.009;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=22;TCR=15;TR=37;WE=37903861;WS=37903843;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr7	37903904	rs3816418	C	T	2024.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=18;NR=21;PP=734;SC=ATCCAGACTTCGTGCCAAGAA;SOR=0.770;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=39;TCF=18;TCR=21;TR=39;WE=37903912;WS=37903894;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr7	37904065	rs3841582	TAAC	T	592.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=8;PP=399;SC=AATTGCAAAATAACAACCTCT;SOR=1.765;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=9;WE=37904075;WS=37904055;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr7	37904099	rs3816417	G	A	152.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=5;PP=105;SC=AAAGACAAGCGTACCATTTAG;SOR=2.303;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=1;TCR=5;TR=6;WE=37904107;WS=37904089;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr7	37907304	rs10250905	T	C	2960.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=65;NR=19;PP=1827;SC=TATTTTGTAGTGTGACTTCGA;SOR=2.279;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=84;TCF=65;TCR=19;TR=84;WE=37907312;WS=37907294;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr7	37923849	rs1993052	G	A	73.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=1.693;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.746;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=0;PP=55;ReadPosRankSum=0.467;SC=TATGTATTGTGTACATAACCA;SOR=2.461;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=14;TCR=5;TR=5;WE=37923857;WS=37923839;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,5:0.25:20
chr7	37924737	rs1530822	T	G	1854.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.245;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.590;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=15;PP=829;ReadPosRankSum=-2.596;SC=TTTGTTTTCTTTTCTAATAGT;SOR=0.631;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=120;TCF=81;TCR=39;TR=50;WE=37924745;WS=37924727;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,85:0.51:168
chr7	37924879	rs2242027	A	G	2879.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.540;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=350;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.288;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=44;PP=1121;ReadPosRankSum=-0.962;SC=ATGGGTCACTATCTGTTTTCG;SOR=0.786;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=195;TCF=90;TCR=105;TR=79;WE=37924887;WS=37924869;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:195,148:0.43:343
chr7	37927779	rs2251179	T	G	832.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=4.905;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.604;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=2;PP=681;ReadPosRankSum=0.438;SC=GATCTGGAATTATTTGCTGTT;SOR=1.759;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=70;TCF=62;TCR=8;TR=32;WE=37927787;WS=37927769;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,32:0.46:70
chr7	37933983	rs10260487	C	G	399.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.067;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=4;PP=236;ReadPosRankSum=1.886;SC=ATTAAACTATCATTTTCCTTA;SOR=0.551;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=22;TCF=16;TCR=6;TR=13;WE=37933991;WS=37933973;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,17:0.57:30
chr7	37934146	rs56128139	TA	CT	921.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.451;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.014;HP=4;HapScore=1;JOINED;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=7;PP=281;ReadPosRankSum=-0.844;SC=CCTGAGCAAATAGAGAAAATT;SOR=0.553;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=34;TCF=11;TCR=23;TR=11;WE=37934155;WS=37934136;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,25:0.43:58
chr7	37934234	rs10261071	G	A	89.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=1.141;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.963;HP=5;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=5;PP=66;ReadPosRankSum=-1.130;SC=ATACATAATTGTTTGCATTAT;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=2;TCR=11;TR=5;WE=37934242;WS=37934224;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,5:0.33:15
chr7	37936530	rs3213975	T	C	3857.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.427;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=324;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.734;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=70;NR=46;PP=1908;ReadPosRankSum=0.145;SC=ATGGAGACGATTGATGGGCCC;SOR=0.522;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=210;TCF=131;TCR=79;TR=116;WE=37936538;WS=37936520;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:141,177:0.56:318
chr7	37951726	rs1132553	G	A	1869.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=27;NR=18;PP=895;SC=CCTACCTTGAGCGCCACTCGT;SOR=1.054;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=45;TCF=27;TCR=18;TR=45;WE=37951734;WS=37951716;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr7	37960262	rs201513905	AAGGCAGTGGCAGC	A	4992.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-3.178;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=701;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.513;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=5.217;NF=20;NR=105;PP=2970;ReadPosRankSum=0.061;SC=GAAGCGGCAGAAGGCAGTGGC;SOR=0.504;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=332;TCF=44;TCR=288;TR=125;WE=37960282;WS=37960252;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:244,236:0.49:480
chr7	37960835	rs13240429	G	A	961.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.273;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.737;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=18;PP=595;ReadPosRankSum=0.560;SC=CCCGCGGGGCGGGAGTAGGGA;SOR=0.596;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=79;TCF=34;TCR=45;TR=33;WE=37960843;WS=37960825;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,45:0.43:104
chr7	37960955	rs4723716	T	G	3347.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=45;NR=37;PP=1596;SC=GAGGAGGGTCTCTTGGGGATA;SOR=0.808;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=84;TCF=46;TCR=38;TR=82;WE=37960963;WS=37960945;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
chr7	37966201	rs12666164	T	C	856.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-2.119;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.805;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=9;PP=527;ReadPosRankSum=0.109;SC=CTTTTAAAGATTGCAGGCCAG;SOR=0.226;SbPval=0.16;Source=Platypus;TC=69;TCF=56;TCR=13;TR=32;WE=37966209;WS=37966191;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,41:0.48:85
chr7	37988589	rs2044831	C	T	5356.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=58;NR=74;PP=2518;SC=AGTACTCCATCGGGGGGCCTC;SOR=0.884;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=132;TCF=58;TCR=74;TR=132;WE=37988597;WS=37988579;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,204:1.00:204
chr7	37989775	rs1450851	T	C	3139.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=65;NR=32;PP=1924;SC=CTTCTTTATTTAAAAGTCAAC;SOR=1.412;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=97;TCF=65;TCR=32;TR=97;WE=37989783;WS=37989765;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr7	38254140	rs3778893	C	T	155.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.422;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=10.38;ReadPosRankSum=-0.643;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,8:0.53:15
chr7	38268395	rs7795499	C	T	1224.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.620;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.340;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=20;PP=579;ReadPosRankSum=-1.889;SC=TTCTCCACCACGTAGGATCTG;SOR=0.551;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=84;TCF=45;TCR=39;TR=39;WE=38268403;WS=38268385;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,64:0.46:140
chr7	38282130	rs35917252	G	GGT	2568.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.600;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=415;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.485;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.328;NF=5;NR=55;PP=2004;ReadPosRankSum=0.308;SC=TATTTGTCAAGGTGTGTGTGT;SOR=0.749;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=185;TCF=13;TCR=172;TR=60;WE=38282139;WS=38282120;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:185,105:0.36:290
chr7	38284737	rs113300711	T	C	4175.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.091;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=394;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.757;HP=1;HapScore=2;MGOF=29;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.465;NF=67;NR=59;PP=1879;ReadPosRankSum=0.174;SC=CCAGAGAAGTTCAAAACTTAA;SOR=0.648;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=250;TCF=134;TCR=116;TR=126;WE=38284745;WS=38284727;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:190,202:0.52:392
chr7	38284794	rs2008893	C	T	9284.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.296;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=459;ExcessHet=3.0103;FS=0.520;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.86;MQRankSum=-2.590;QD=20.36;ReadPosRankSum=1.139;SOR=0.637;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:215,241:0.53:456
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chr7	38284808	rs4434531	A	C	9632.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.320;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=465;ExcessHet=3.0103;FS=1.102;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.66;MQRankSum=-3.527;QD=20.85;ReadPosRankSum=1.372;SOR=0.608;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:223,239:0.52:462
chr7	38284834	rs67534383	A	G	8143.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.646;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=428;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.744;HP=1;HapScore=2;MGOF=95;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-4.632;NF=62;NR=75;PP=2348;ReadPosRankSum=-0.283;SC=GGTGACATCTAGAAGAATGAG;SOR=0.546;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=255;TCF=111;TCR=144;TR=137;WE=38284842;WS=38284824;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:200,225:0.53:425
chr7	38284854	rs73360756	C	T	7612.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-1.414;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=385;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.157;HP=1;HapScore=2;MGOF=112;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-4.792;NF=49;NR=70;PP=1985;ReadPosRankSum=0.134;SC=GAGCAAGTACCAGTCAATTGT;SOR=0.592;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=227;TCF=90;TCR=137;TR=119;WE=38284862;WS=38284844;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:186,197:0.51:383
chr7	38284885	.	GGT	G	2989	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;FR=0.5000;HP=2;HapScore=1;MGOF=100;MMLQ=26;MQ=58.23;NF=6;NR=34;PP=2989;QD=20;SC=TATTTGTCAAGGTGTGTGTGT;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=119;TCF=15;TCR=104;TR=40;WE=38284895;WS=38284875;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:79,40:0.34:119
chr7	38284887	rs73692143	T	G	1881.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.207;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=268;ExcessHet=3.0103;FS=2.224;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.94;MQRankSum=-2.325;QD=7.87;ReadPosRankSum=-1.149;SOR=0.559;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:140,99:0.41:239
chr7	38289121	rs1053756	C	T	2526.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=5.354;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=380;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.395;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-7.539;NF=48;NR=56;PP=1714;ReadPosRankSum=0.638;SC=TTTCAGCAATCGAAGGAAGAA;SOR=0.664;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=239;TCF=101;TCR=138;TR=104;WE=38289129;WS=38289111;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:246,129:0.34:375
chr7	38292857	rs12701617	G	A	468.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-3.797;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.988;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-4.869;NF=23;NR=10;PP=521;ReadPosRankSum=-0.095;SC=GTCTCTCCTAGGATTTCTACA;SOR=0.152;SbPval=0.26;Source=Platypus;TC=60;TCF=46;TCR=14;TR=33;WE=38292865;WS=38292847;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,24:0.43:56
chr7	38292890	rs10267672	T	C	422.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.852;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FS=11.619;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.63;MQRankSum=-7.460;QD=4.19;ReadPosRankSum=1.648;SOR=0.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:73,28:0.28:101
chr7	38292926	rs12701618	C	A	255.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=0.754;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=16.726;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-8.728;NF=20;NR=25;PP=564;ReadPosRankSum=0.015;SC=CCAGTTTAATCATTTCCTGCC;SOR=1.229;SbPval=0.09;Source=Platypus;TC=132;TCF=79;TCR=53;TR=45;WE=38292934;WS=38292916;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:139,28:0.17:167
chr7	38296130	rs6462828	T	C	1008.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-3.588;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.922;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.532;NF=10;NR=34;PP=582;ReadPosRankSum=-0.574;SC=TTTTGTGACATGTGATAGTTT;SOR=0.580;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=93;TCF=18;TCR=75;TR=44;WE=38296138;WS=38296120;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,48:0.48:101
chr7	38299727	rs138027161	T	C	1396.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.549;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FS=3.661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.21;MQRankSum=-4.714;QD=8.62;ReadPosRankSum=-0.642;SOR=0.449;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:83,79:0.49:162
chr7	38299872	.	C	T	168	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;FR=0.5000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MMLQ=26;MQ=46.6;NF=1;NR=12;PP=168;QD=15.5977855806;SC=GAATAAGATACATTAATGCGA;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=42;TCF=4;TCR=38;TR=13;WE=38299880;WS=38299862;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:29,13:0.31:42
chr7	38301741	rs2392542	T	A	5768.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=-0.696;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=600;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.725;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=90;NR=68;PP=2283;ReadPosRankSum=-0.945;SC=AACAAAATGATCAGGAGGAAG;SOR=0.818;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=331;TCF=179;TCR=152;TR=158;WE=38301749;WS=38301731;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:303,290:0.49:593
chr7	38301832	rs149047951	G	A	5106.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-1.827;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=561;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.105;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-2.178;NF=69;NR=85;PP=2302;ReadPosRankSum=-0.757;SC=AGAAGAATGAGAGCAAGTACT;SOR=0.591;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=330;TCF=143;TCR=187;TR=154;WE=38301840;WS=38301822;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:300,257:0.46:557
chr7	38304926	rs3901405	C	T	1687.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.049;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.776;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=7;PP=1095;ReadPosRankSum=-1.134;SC=AGTGTTCTGACAGATGATATG;SOR=1.032;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=123;TCF=101;TCR=22;TR=59;WE=38304934;WS=38304916;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,72:0.53:137
chr7	38305083	rs2007081	G	A	6026.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.725;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=566;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-1.069;NF=100;NR=104;PP=2962;ReadPosRankSum=0.581;SC=TGTATGTGTCGTTAGTCTTCA;SOR=0.727;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=396;TCF=194;TCR=202;TR=204;WE=38305091;WS=38305073;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:277,288:0.51:565
chr7	38305142	rs113809137	G	C	5097.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.917;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=488;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.093;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.461;NF=82;NR=99;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.437;SC=TTCTTTTCTTGCCAATGTATC;SOR=0.757;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=376;TCF=174;TCR=202;TR=181;WE=38305150;WS=38305132;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:241,236:0.49:477
chr7	38305340	rs2302343	A	G	649.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.223;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=17.871;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-8.233;NF=5;NR=34;PP=648;ReadPosRankSum=-0.437;SC=CACATTGCACAGTTTGGAGTG;SOR=2.972;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=93;TCF=19;TCR=74;TR=39;WE=38305348;WS=38305330;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,32:0.33:98
chr7	38309102	rs2075010	A	C	3145.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.69;BaseQRankSum=0.160;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=327;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.402;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-2.226;NF=42;NR=51;PP=1511;ReadPosRankSum=-0.837;SC=CTGTGACAACAAGTGTTGTTC;SOR=0.667;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=196;TCF=86;TCR=110;TR=93;WE=38309110;WS=38309092;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:171,155:0.48:326
chr7	38356943	rs34482025	G	GA	2889.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.549;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=332;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.270;HP=7;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.966;NF=8;NR=70;PP=1843;ReadPosRankSum=0.077;SC=ACACACTGGGGAAAAAAATGG;SOR=1.013;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=165;TCF=27;TCR=138;TR=78;WE=38356951;WS=38356933;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:140,149:0.52:289
chr7	38357075	rs11769443	T	C	1716.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.122;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FS=3.498;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.19;MQRankSum=1.661;QD=9.92;ReadPosRankSum=1.198;SOR=0.486;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:82,91:0.53:173
chr7	38388773	rs13227721	G	A	388.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=3.005;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=13.940;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-2.172;NF=17;NR=6;PP=364;ReadPosRankSum=0.322;SC=GGGGAACAGGGTGCGGCTGCT;SOR=2.303;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=48;TCF=29;TCR=19;TR=23;WE=38388781;WS=38388763;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,22:0.29:76
chr7	38388910	rs113354949	C	G	2031.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=3.531;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.265;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=22;PP=1395;ReadPosRankSum=-0.516;SC=GAGGCAGCCACAAGGCAGATT;SOR=0.839;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=143;TCF=101;TCR=42;TR=74;WE=38388918;WS=38388900;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:91,84:0.48:175
chr7	38393712	rs2215951	CA	TG	6516.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.024;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=393;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.780;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-4.391;NF=46;NR=70;PP=2944;ReadPosRankSum=0.881;SC=AAACAAAACCCATGATCCTCT;SOR=0.637;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=264;TCF=105;TCR=159;TR=116;WE=38393721;WS=38393702;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:212,171:0.45:383
chr7	38398564	rs1810377	AG	GC	7692.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.730;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=407;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;JOINED;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-4.915;NF=52;NR=103;PP=2944;ReadPosRankSum=2.357;SC=TAGAAGCACCAGTAGGGCCCA;SOR=0.709;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=327;TCF=110;TCR=217;TR=155;WE=38398573;WS=38398554;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:198,200:0.50:398
chr7	38402496	rs2735118	A	G	6410.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.200;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=548;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.754;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-1.827;NF=104;NR=83;PP=2962;ReadPosRankSum=1.305;SC=ATAGACCCCAAAGTCATTTTC;SOR=0.556;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=355;TCF=203;TCR=152;TR=187;WE=38402504;WS=38402486;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:247,297:0.55:544
chr7	38402781	rs2011898	A	G	3242.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.483;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=355;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.388;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.766;NF=51;NR=47;PP=1483;ReadPosRankSum=0.061;SC=ACTGGCTGCAATGGGAACAAC;SOR=0.649;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=242;TCF=130;TCR=112;TR=98;WE=38402789;WS=38402771;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:196,156:0.44:352
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chr7	38407580	rs112349801	A	G	3755.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.280;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=461;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.73;MQRankSum=0.048;QD=8.18;ReadPosRankSum=1.250;SOR=0.699;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:261,198:0.43:459
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chr7	38431511	rs2229922	C	T	1200.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.157;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.402;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-1.334;NF=14;NR=20;PP=470;ReadPosRankSum=0.030;SC=CCGGAGGAGCCGCGTCCTCGG;SOR=0.873;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=70;TCF=31;TCR=39;TR=34;WE=38431519;WS=38431501;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,61:0.47:129
chr7	38431644	rs79759611	G	GC	2105.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=27;PP=1279;SC=CCGTGGCGATGCCGGCAGGGC;SOR=1.022;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=33;TCF=5;TCR=28;TR=32;WE=38431652;WS=38431634;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr7	38457688	rs10247761	C	A	338.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-1.827;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=10;PP=179;ReadPosRankSum=0.857;SC=TGGAGAAAAGCCCCCATTTGC;SOR=0.495;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=26;TCF=5;TCR=21;TR=13;WE=38457696;WS=38457678;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,16:0.52:31
chr7	38460546	rs1019287	G	A	631.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-0.193;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.176;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=5;PP=362;ReadPosRankSum=0.621;SC=AAACACTGGGGCGTTTTCTTG;SOR=1.426;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=53;TCF=37;TCR=16;TR=24;WE=38460554;WS=38460536;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,30:0.45:67
chr7	38462154	rs57006229	G	GTATC	233.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.907;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.35;ReadPosRankSum=-0.442;SOR=0.336;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,8:0.29:28
chr7	38467842	rs1544636	A	G	14710.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=544;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=175;NR=181;PP=2965;SC=GCTGAATCCAAGCTTGGCTGC;SOR=0.712;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=356;TCF=175;TCR=181;TR=356;WE=38467850;WS=38467832;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,541:1.00:541
chr7	38467923	rs6958300	A	G	12808.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=490;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=134;NR=179;PP=2965;SC=GTATGACTACAGTTCTCAGTT;SOR=0.881;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=313;TCF=134;TCR=179;TR=313;WE=38467931;WS=38467913;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,486:1.00:486
chr7	38468463	rs2267808	C	T	6390.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=235;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=91;NR=91;PP=2965;SC=TTTTCATTGGCGTTTGTACTT;SOR=0.702;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=182;TCF=91;TCR=91;TR=182;WE=38468471;WS=38468453;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,233:1.00:233
chr7	38468695	rs2392572	C	T	10533.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=387;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=111;NR=125;PP=2965;SC=GAGAATCTTCCATCTTCTGTT;SOR=0.843;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=238;TCF=111;TCR=127;TR=236;WE=38468703;WS=38468685;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,385:1.00:385
chr7	38469039	rs2215955	C	A	3170.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.547;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=265;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.453;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=53;PP=1555;ReadPosRankSum=-1.073;SC=TCTTGGCTGACCCTGTCTGTA;SOR=0.642;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=182;TCF=91;TCR=91;TR=105;WE=38469047;WS=38469029;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:113,150:0.57:263
chr7	38469636	rs10253674	G	T	313.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=10;PP=253;SC=TTCCAAAATTGTTTAAGACCA;SOR=3.442;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=11;TCF=1;TCR=10;TR=11;WE=38469644;WS=38469626;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr7	38471753	rs10232299	A	G	1709.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.689;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.604;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=43;PP=1065;ReadPosRankSum=-0.318;SC=TCTGGGGATCAAGATACATGA;SOR=0.639;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=124;TCF=37;TCR=87;TR=62;WE=38471761;WS=38471743;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,79:0.49:161
chr7	38505025	rs722334	G	A	926.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.200;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.599;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=11;PP=368;ReadPosRankSum=-0.904;SC=AGAAATTTTAGCAAGCAGGAC;SOR=0.538;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=59;TCF=36;TCR=23;TR=26;WE=38505033;WS=38505015;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,48:0.48:101
chr7	38530568	rs2043786	G	T	1211.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.663;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.424;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=12;PP=775;ReadPosRankSum=-2.173;SC=TTGAGGACTTGTAATAATTCT;SOR=0.827;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=129;TCF=98;TCR=31;TR=50;WE=38530576;WS=38530558;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:98,60:0.38:158
chr7	38530807	rs3837078	T	TA	887.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.460;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.728;HP=7;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=30;PP=709;ReadPosRankSum=-0.074;SC=ACCAAACTTCTAAAAAAATCT;SOR=0.456;SbPval=0.08;Source=Platypus;TC=98;TCF=3;TCR=95;TR=33;WE=38530815;WS=38530797;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,51:0.40:127
chr7	38543103	rs10225047	TG	GC	3080.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.981;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;JOINED;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=28.26;ReadPosRankSum=0.644;SOR=1.954;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,107:0.98:109
chr7	38543371	rs6946268	C	T	5123.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=45;NR=105;PP=2965;SC=GTAAGAAGTGCTAAGTCTCAA;SOR=1.597;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=150;TCF=45;TCR=105;TR=150;WE=38543379;WS=38543361;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,186:1.00:186
chr7	38725804	rs11980087	C	T	4255.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.534;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=519;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.527;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=67;NR=72;PP=2026;ReadPosRankSum=-1.044;SC=GAAAAAGGCTCGCCATCAACT;SOR=0.657;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=341;TCF=162;TCR=179;TR=139;WE=38725812;WS=38725784;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:297,216:0.42:513
chr7	38725883	rs12701651	C	A	4658.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.002;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=555;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.523;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=73;NR=68;PP=2110;ReadPosRankSum=-0.488;SC=TCCTTGAGAACAGATTCGATG;SOR=0.730;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=365;TCF=186;TCR=179;TR=141;WE=38725891;WS=38725873;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:319,233:0.42:552
chr7	38765785	rs13235997	T	C	2258.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.662;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.832;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=19;PP=928;ReadPosRankSum=-0.688;SC=CAAATGCTTTTGTTGTTGCAA;SOR=0.866;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=128;TCF=83;TCR=45;TR=64;WE=38765793;WS=38765775;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,104:0.54:191
chr7	38766349	rs13224857	C	T	114.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-0.770;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.242;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=1;PP=37;ReadPosRankSum=1.177;SC=AATATTTTTACATTTGAAAAC;SOR=0.216;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=24;TCF=21;TCR=3;TR=6;WE=38766357;WS=38766339;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,8:0.28:29
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chr7	38780924	rs6975410	T	C	337.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=1.463;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=8;PP=183;ReadPosRankSum=0.230;SC=TCTATAGAAGTTACCAGCATC;SOR=0.773;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=27;TCF=10;TCR=17;TR=12;WE=38780932;WS=38780914;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,17:0.43:40
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chr7	39125466	rs144817326	A	G	4152.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.958;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=380;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.287;HP=1;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=46;PP=1607;ReadPosRankSum=-0.584;SC=CTAGGATCCAATGATAGCTGG;SOR=0.545;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=208;TCF=124;TCR=84;TR=106;WE=39125474;WS=39125456;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:180,199:0.53:379
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chr7	39500352	rs885689	C	G	862.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=24;PP=678;SC=CTTCTAGCCGCCCTGGGCCTC;SOR=4.332;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=26;TCF=2;TCR=24;TR=26;WE=39500360;WS=39500342;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr7	39649055	rs4723883	A	G	490.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=3.808;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.899;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=1;PP=359;ReadPosRankSum=0.957;SC=ATGTTATCAAATTGGGAGAAT;SOR=1.802;SbPval=0.94;Source=Platypus;TC=37;TCF=31;TCR=6;TR=17;WE=39649063;WS=39649045;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,19:0.49:39
chr7	39649275	rs4723884	G	A	2810.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=0.913;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=312;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=46;PP=1533;ReadPosRankSum=-1.799;SC=CCGGAGGTTGGGACGCAACTA;SOR=0.669;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=196;TCF=102;TCR=94;TR=93;WE=39649283;WS=39649265;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:169,138:0.45:307
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chr7	39649629	rs149241803	G	A	681.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-3.076;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.179;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=23;PP=495;ReadPosRankSum=0.074;SC=AGGAAAGCCAGCCTCAGTCCT;SOR=0.443;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=58;TCF=13;TCR=45;TR=31;WE=39649637;WS=39649619;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,31:0.51:61
chr7	39873126	.	A	AGCG	960.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=2.492;ClippingRankSum=0.000;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.266;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=9;PP=1290;ReadPosRankSum=1.525;SC=CCGGAGCGGTAGCGGCGGCGG;SOR=1.633;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=67;TCF=36;TCR=31;TR=28;WE=39873134;WS=39873115;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,46:0.46:101
chr7	40127710	rs377247573	CT	C	401.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=1.212;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.105;HP=11;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=8;PP=178;ReadPosRankSum=1.205;SC=AATTTAATTCCTTTTTTTTTT;SOR=1.096;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=38;TCF=16;TCR=22;TR=16;WE=40127718;WS=40127700;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,30:0.44:68
chr7	40220412	rs7778061	T	C	534.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.764;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=5;PP=284;ReadPosRankSum=-0.602;SC=TTTACTAGAGTCTTGTGGTCT;SOR=0.566;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=26;TCF=18;TCR=8;TR=15;WE=40220420;WS=40220402;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,25:0.64:39
chr7	40220507	rs2036041	C	G	462.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.013;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.156;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=10;PP=160;ReadPosRankSum=-0.413;SC=AAGAAAATTACTAATGAATTA;SOR=1.022;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=36;TCF=16;TCR=20;TR=15;WE=40220515;WS=40220497;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,26:0.43:60
chr7	40229072	rs4720354	G	A	280.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.124;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.511;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=3;PP=199;ReadPosRankSum=-0.763;SC=ATATTGCATAGTGGTGGGGAT;SOR=1.179;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=38;TCF=27;TCR=11;TR=15;WE=40229080;WS=40229062;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,14:0.39:36
chr7	40229112	.	AAT	A	190.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=0.328;ClippingRankSum=0.000;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=6;PP=95;ReadPosRankSum=-0.413;SC=TCATCGAAATAATATATATAT;SOR=0.556;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=7;TCR=25;TR=8;WE=40229121;WS=40229102;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,12:0.18:66
chr7	40234742	rs11326652	CT	C	607.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.218;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FS=5.359;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.26;MQRankSum=1.558;QD=6.53;ReadPosRankSum=-0.071;SOR=0.266;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:44,49:0.53:93
chr7	40356315	rs10245165	A	T	3540.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=70;NR=33;PP=2173;SC=GAGTATAGATAAACTAGCTGT;SOR=1.553;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=103;TCF=70;TCR=33;TR=103;WE=40356323;WS=40356305;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr7	40356554	.	G	GTTTTTT	603.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.28;QD=40.25;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr7	41368666	.	T	TGAAAGAAA	662.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=61.13;QD=44.18;SOR=3.126;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr7	42064852	rs846273	C	G	2767.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=55;NR=21;PP=1668;SC=TGTGCGGCCTCGGTGTCCTAC;SOR=1.659;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=77;TCF=55;TCR=22;TR=76;WE=42064860;WS=42064842;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
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chr7	42088222	rs846266	T	C	1081.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.890;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.375;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=17;PP=485;ReadPosRankSum=0.883;SC=GAAGCAGCAGTGGGGTTCCGG;SOR=0.484;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=81;TCF=46;TCR=35;TR=37;WE=42088230;WS=42088212;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,55:0.47:118
chr7	42187734	rs376925026	GCA	G	283.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.146;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.77;MQRankSum=1.182;QD=11.82;ReadPosRankSum=-0.418;SOR=0.910;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,15:0.62:24
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chr7	42262935	rs199612920	G	GA	257.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.789;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.29;ReadPosRankSum=-0.408;SOR=0.616;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,19:0.46:41
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chr7	42951515	rs647117	G	A	4629.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=78;NR=43;PP=2189;SC=GCTCCTCACCGGCAGCGCCAG;SOR=1.191;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=123;TCF=79;TCR=44;TR=121;WE=42951523;WS=42951505;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,179:1.00:179
chr7	42957465	rs71008875	ATT	A	367.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=0;NR=7;PP=265;SC=TACTTATATCATTGTTTATAT;SOR=3.056;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=7;WE=42957474;WS=42957455;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr7	42970733	rs619664	C	T	5480.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=71;NR=68;PP=2618;SC=GTACAAGCTGCGGTTAGTTCA;SOR=0.722;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=139;TCF=71;TCR=68;TR=139;WE=42970741;WS=42970723;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,209:1.00:209
chr7	42974827	rs601057	A	C	3842.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=30;NR=80;PP=2581;SC=ATAAATTATTATCAGATTATA;SOR=1.798;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=110;TCF=30;TCR=80;TR=110;WE=42974835;WS=42974817;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr7	42976789	rs630191	A	G	10085.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.572;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=395;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=136;NR=121;PP=2965;ReadPosRankSum=2.272;SC=AGGTGGAACTAGATGGTGTAT;SOR=0.741;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=259;TCF=136;TCR=123;TR=257;WE=42976797;WS=42976779;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,385:0.99:387
chr7	42977091	rs631132	G	A	4981.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=36;NR=96;PP=2777;SC=TGCTGTACACGGGAGAGACAC;SOR=1.718;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=132;TCF=36;TCR=96;TR=132;WE=42977099;WS=42977081;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,180:1.00:180
chr7	43190479	rs12702015	T	G	1697.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=2.028;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.772;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=17;PP=860;ReadPosRankSum=-0.803;SC=TTCAGCATCTTTATCAGCGCC;SOR=1.044;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=101;TCF=61;TCR=40;TR=52;WE=43190487;WS=43190469;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,78:0.50:156
chr7	43400656	rs368684213	CGTGT	C	336.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=1.204;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=3;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=13;PP=381;ReadPosRankSum=-0.922;SC=CTTGTGCGTGCGTGTGTGTGT;SOR=1.051;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=31;TCF=0;TCR=31;TR=13;WE=43400667;WS=43400646;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,12:0.48:25
chr7	43484310	rs73098706	T	C	2303.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=2.686;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.355;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=25;PP=1453;ReadPosRankSum=0.108;SC=GAGATGTGTCTACCCTGGAGC;SOR=0.970;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=142;TCF=89;TCR=53;TR=72;WE=43484318;WS=43484300;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:95,97:0.51:192
chr7	43485248	rs6960889	A	G	2140.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=25;NR=43;PP=1469;SC=AAAAACAAGAAGGGCGGGGGA;SOR=1.252;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=69;TCF=25;TCR=44;TR=68;WE=43485267;WS=43485238;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr7	43485259	.	T	C	880.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=1.503;ClippingRankSum=0.000;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=22;PP=573;ReadPosRankSum=0.307;SC=GGGCGGGGGATCGGTGTCAAA;SOR=0.593;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=59;TCF=17;TCR=42;TR=32;WE=43485267;WS=43485238;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,37:0.58:64
chr7	43495878	rs3214631	C	CT	952.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.814;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.787;HP=5;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=1.042;NF=9;NR=12;PP=681;ReadPosRankSum=2.299;SC=TTCTTTTTGCCTTTTTATTAA;SOR=0.555;SbPval=0.19;Source=Platypus;TC=49;TCF=28;TCR=21;TR=21;WE=43495886;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,47:0.49:96
chr7	43496138	rs2304331	T	C	803.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-2.467;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=28;PP=462;ReadPosRankSum=1.635;SC=CTGCTCAGACTGTATGAGGAG;SOR=0.651;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=92;TCF=31;TCR=61;TR=43;WE=43496146;WS=43496128;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,45:0.44:102
chr7	43506015	rs2304330	C	A	1492.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.447;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.514;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=27;PP=885;ReadPosRankSum=2.338;SC=TTTCCCAATGCATTCTGTTGC;SOR=0.627;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=142;TCF=80;TCR=62;TR=58;WE=43506023;WS=43505992;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:144,79:0.35:223
chr7	43506059	rs2304329	A	G	1834.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.598;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=253;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.558;HP=3;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=34;PP=861;ReadPosRankSum=-0.815;SC=TAAGGAGAGAAGGGTCACTTT;SOR=0.774;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=158;TCF=78;TCR=80;TR=64;WE=43506067;WS=43506049;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:152,99:0.39:251
chr7	43506158	rs2304328	T	C	918.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.808;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=22;PP=376;ReadPosRankSum=1.089;SC=CTGTGCTACATGCCAATTATG;SOR=0.641;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=73;TCF=21;TCR=52;TR=32;WE=43506166;WS=43506148;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,48:0.44:110
chr7	43540782	.	CT	C	200.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.201;ClippingRankSum=0.000;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=3.145;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.27;MQRankSum=0.855;QD=5.58;ReadPosRankSum=-1.396;SOR=0.254;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,22:0.61:36
chr7	43548832	rs74368380	T	C	1068.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-2.588;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.956;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=31;PP=540;ReadPosRankSum=0.536;SC=CCAGATGTTATGAGGGATGAG;SOR=0.538;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=67;TCF=13;TCR=54;TR=39;WE=43548840;WS=43548822;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,51:0.60:85
chr7	43591832	rs56111512	G	A	1810.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.525;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.184;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=26;PP=795;ReadPosRankSum=-0.946;SC=TTGTAGACTCGAGGCTGGTGT;SOR=0.699;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=124;TCF=61;TCR=63;TR=57;WE=43591840;WS=43591822;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:109,93:0.46:202
chr7	43591955	rs4724220	A	G	1131.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.643;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.673;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=19;PP=379;ReadPosRankSum=0.091;SC=CAGGAGCTGTAATGATGCAAT;SOR=0.494;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=64;TCF=23;TCR=41;TR=31;WE=43591963;WS=43591945;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,57:0.58:99
chr7	43659182	rs6950861	G	A	1731.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.032;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.342;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=24;PP=1021;ReadPosRankSum=-0.870;SC=TTGCGGGGGTGTATTTTCTTT;SOR=1.040;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=133;TCF=79;TCR=54;TR=65;WE=43659190;WS=43659172;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:97,85:0.47:182
chr7	43664280	rs1044141	A	G	2254.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.982;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=54;PP=1414;ReadPosRankSum=0.256;SC=ATCAGAAACCAAGGAATCCAT;SOR=0.656;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=142;TCF=48;TCR=94;TR=81;WE=43664288;WS=43664270;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,100:0.55:181
chr7	43664477	rs15866	T	C	270.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.742;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=29;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=6;PP=112;ReadPosRankSum=1.719;SC=GATTTCTACATTGAAAATGTT;SOR=0.432;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=17;TCF=6;TCR=11;TR=10;WE=43664485;WS=43664467;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,14:0.61:23
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chr7	43846603	rs7738	A	G	571.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=0.007;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.824;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=9;PP=374;ReadPosRankSum=0.360;SC=AAGAAAAAGGACCTGGTCTAA;SOR=0.322;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=57;TCF=41;TCR=16;TR=26;WE=43846611;WS=43846593;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,28:0.44:64
chr7	43908866	rs2730608	C	T	643.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.836;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=1.041;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.14;MQRankSum=0.895;QD=9.20;ReadPosRankSum=0.422;SOR=0.971;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,40:0.57:70
chr7	43916727	rs2232108	T	G	7507.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.561;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=640;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=145;NR=106;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.962;SC=CTCAGTCCCATGAGCAGAGTG;SOR=0.665;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=451;TCF=262;TCR=189;TR=251;WE=43916735;WS=43916717;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:284,343:0.55:627
chr7	43917013	rs2232105	G	A	6617.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.901;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=725;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=105;NR=104;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.152;SC=CCAGTCGGACGTGCAGCTCCT;SOR=0.660;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=457;TCF=235;TCR=222;TR=209;WE=43917021;WS=43917003;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:381,330:0.46:711
chr7	43917274	rs2232103	A	G	5567.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.006;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=624;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=81;NR=107;PP=2581;ReadPosRankSum=-0.732;SC=TGGTGCCCCCATGCTTTGGTC;SOR=0.734;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=412;TCF=181;TCR=231;TR=188;WE=43917282;WS=43917264;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:324,282:0.47:606
chr7	43945982	rs200939452	G	GC	485.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=4;PP=376;SC=CCGCGCGGCCGGTCCGCCCAA;SOR=1.609;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=10;TCF=6;TCR=4;TR=10;WE=43945990;WS=43945972;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr7	43982341	rs2074728	G	C	1689.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=1.109;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.616;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=20;PP=888;ReadPosRankSum=-0.528;SC=TAGACAGTGCGCTGTAATTTA;SOR=0.607;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=131;TCF=93;TCR=38;TR=63;WE=43982349;WS=43982331;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,81:0.50:161
chr7	43982482	rs2074727	A	C	3561.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.186;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=353;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.258;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=51;PP=1912;ReadPosRankSum=-0.639;SC=TGAGCGCACCACTCCAGTTTT;SOR=0.745;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=243;TCF=126;TCR=117;TR=113;WE=43982490;WS=43982472;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:183,165:0.47:348
chr7	44081323	rs3099757	C	G	196.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.929;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.83;MQRankSum=-7.836;QD=2.12;ReadPosRankSum=-1.820;SOR=0.653;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:77,16:0.17:93
chr7	44099547	rs34863001	C	T	582.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=0.791;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.111;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=4;PP=356;ReadPosRankSum=-0.459;SC=AGACTGCTTGCCCTCTGCGTA;SOR=1.402;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=36;TCF=28;TCR=8;TR=21;WE=44099555;WS=44099537;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,25:0.57:44
chr7	44145910	rs1558469	C	T	9782.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-1.104;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=386;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=89;NR=139;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.694;SC=GGGAACCCTACGCTCAGTCTT;SOR=0.360;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=229;TCF=89;TCR=140;TR=228;WE=44145918;WS=44145900;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,371:1.00:372
chr7	44147485	rs2537188	C	A	9957.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=362;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=103;NR=115;PP=2965;SC=CTGGCCAGAGCCCCCTGAGGA;SOR=0.761;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=218;TCF=103;TCR=115;TR=218;WE=44147493;WS=44147475;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,362:1.00:362
chr7	44147567	rs58863562	C	CG	7406.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=30;NR=98;PP=2936;SC=GCCATGGCCACGGCGCTCTGG;SOR=1.436;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=134;TCF=30;TCR=104;TR=128;WE=44147575;WS=44147557;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,210:1.00:210
chr7	44148388	rs2075071	C	T	636.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=15;NR=0;PP=412;SC=CCCCATCTCCCGTCCTCCTCC;SOR=3.160;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=15;TCR=0;TR=15;WE=44148396;WS=44148381;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr7	44148553	rs2595701	A	G	6582.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=256;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=100;NR=57;PP=2965;SC=AGCGCCAGACAGACGAAGAGA;SOR=1.091;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=157;TCF=100;TCR=57;TR=157;WE=44148561;WS=44148543;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,253:1.00:253
chr7	44152119	rs11377645	A	AG	2914.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=21;NR=22;PP=1931;SC=TAGTGGCCGGAGCTGCAGCCC;SOR=1.281;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=44;TCF=22;TCR=22;TR=43;WE=44152127;WS=44152109;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr7	44153082	rs67670401	G	GC	2518.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=32;NR=25;PP=2833;SC=GGAGGGCGGTGCTGGGGGCGG;SOR=1.230;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=62;TCF=32;TCR=30;TR=57;WE=44153090;WS=44153072;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr7	44153115	rs34515254	G	GC	2016.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=46;NR=0;PP=2226;SC=GGAGGGCGGGGCTGGGGGCAG;SOR=8.086;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=46;TCF=46;TCR=0;TR=46;WE=44153123;WS=44153105;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr7	44154865	rs5883885	A	AG	8037.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=21;NR=62;PP=2981;SC=TCAGCAAATCAGCCTGGGCCC;SOR=0.759;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=85;TCF=22;TCR=63;TR=83;WE=44154873;WS=44154855;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,217:1.00:217
chr7	44157770	rs34484835	G	GC	2600.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=47;PP=2076;SC=CAGGGCCCTGGCCTTGCCAGG;SOR=2.124;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=49;TCF=1;TCR=48;TR=48;WE=44157778;WS=44157760;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
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chr7	44180079	rs5883888	A	AG	5321.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=4;NR=92;PP=2974;SC=GTCCCCCAGAAGGCCCAGGCC;SOR=1.721;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=101;TCF=4;TCR=97;TR=96;WE=44180087;WS=44180069;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,152:1.00:152
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chr7	44185805	rs887687	C	G	897.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=0.141;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=17;PP=383;ReadPosRankSum=0.608;SC=TTTGCATCCCCGTCCTGTCCC;SOR=0.495;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=33;TCF=3;TCR=30;TR=17;WE=44185813;WS=44185795;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,24:0.63:38
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chr7	44190468	rs2268573	T	G	352.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=5.499;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.460;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=0;PP=269;ReadPosRankSum=1.432;SC=TCTGAGCACATGGTATGGGGG;SOR=2.876;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=37;TCF=33;TCR=4;TR=13;WE=44190476;WS=44190458;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,14:0.35:40
chr7	44243953	rs1476892	C	T	138.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.167;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=1;PP=55;ReadPosRankSum=-0.473;SC=TTTGGTGAGCCAGGTAGCAAA;SOR=0.495;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=8;TCF=7;TCR=1;TR=5;WE=44243961;WS=44243945;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,7:0.58:12
chr7	44245853	rs917793	A	T	311.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-1.451;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=2;PP=138;ReadPosRankSum=0.435;SC=TCTCCACAAGACTTGCCCAGA;SOR=0.636;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=18;TCF=14;TCR=4;TR=10;WE=44245861;WS=44245843;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,14:0.64:22
chr7	44250826	rs2072439	G	A	854.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-0.483;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.951;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=15;PP=430;ReadPosRankSum=0.586;SC=TTCTTAGACTGTTGAATCATG;SOR=0.543;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=58;TCF=27;TCR=31;TR=31;WE=44250834;WS=44250816;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,41:0.56:73
chr7	44259554	rs149624128	T	TG	2976.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=27;NR=17;PP=1636;SC=TTCCCAGGCATGGCTCTGCAC;SOR=2.265;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=45;TCF=27;TCR=18;TR=44;WE=44259569;WS=44259544;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr7	44259561	rs138799733	G	GC	3195.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=31;NR=17;PP=2237;SC=GCATGGCTCTGCACAGGCCCC;SOR=2.030;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=48;TCF=31;TCR=17;TR=48;WE=44259569;WS=44259544;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr7	44268785	rs917791	A	G	1560.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.925;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.157;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=30;PP=1000;ReadPosRankSum=1.024;SC=CTTGAGCAGGAAAGTGGTCCA;SOR=0.516;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=105;TCF=43;TCR=62;TR=54;WE=44268793;WS=44268775;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,69:0.50:139
chr7	44270764	rs13438284	A	G	373.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-0.514;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.969;HP=1;HapScore=2;MGOF=33;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=47;PP=1082;ReadPosRankSum=0.123;SC=CAGGCTCTGAAGCTGATCTCT;SOR=1.952;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=110;TCF=19;TCR=91;TR=59;WE=44270772;WS=44270754;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,19:0.56:34
chr7	44272314	rs5883896	G	GC	891.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=16;NR=1;PP=716;SC=GGCGGCCAGGGCATGGGACAT;SOR=2.925;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=17;TCF=16;TCR=1;TR=17;WE=44272322;WS=44272304;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr7	44281475	rs2075073	T	A	1973.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-0.146;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.283;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=62;PP=1330;ReadPosRankSum=-1.771;SC=GGGTCCCCACTTGCCAAGAGC;SOR=1.344;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=134;TCF=24;TCR=110;TR=72;WE=44281483;WS=44281465;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,85:0.52:163
chr7	44281702	rs35663812	A	G	1118.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=2.540;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=4;PP=763;ReadPosRankSum=1.044;SC=AGGGGACCCAAGGGAGCTCTT;SOR=0.772;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=51;TCF=44;TCR=7;TR=34;WE=44281710;WS=44281693;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,39:0.66:59
chr7	44282369	rs35452037	T	C	1893.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.966;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=42;PP=1059;ReadPosRankSum=0.551;SC=ATTGGGGTCCTCAGCATTCCT;SOR=0.726;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=106;TCF=30;TCR=76;TR=59;WE=44282377;WS=44282359;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,79:0.56:141
chr7	44282868	rs11542228	A	G	3515.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.409;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FS=1.926;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=20.09;ReadPosRankSum=-0.921;SOR=0.896;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:85,90:0.51:175
chr7	44282877	rs11542227	A	G	3791.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.828;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.25;ReadPosRankSum=-1.019;SOR=0.714;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:92,105:0.53:197
chr7	44284564	rs2075069	A	G	4760.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-1.340;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=563;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=73;NR=67;PP=1765;ReadPosRankSum=0.045;SC=GCCACTGGACATGGTGATTTT;SOR=0.664;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=317;TCF=168;TCR=149;TR=140;WE=44284572;WS=44284554;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:295,251:0.46:546
chr7	44284724	rs62459103	C	T	906.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-5.990;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=14.503;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=26;PP=573;ReadPosRankSum=-0.964;SC=ACCAGCAGTTCTTCCGAAGAG;SOR=0.106;SbPval=0.17;Source=Platypus;TC=85;TCF=13;TCR=72;TR=34;WE=44284732;WS=44284714;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,42:0.43:97
chr7	44364862	rs111242776	C	G	656.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.153;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=5;PP=387;ReadPosRankSum=0.466;SC=GGCGCGCGGGCCCGCAGTGCG;SOR=0.818;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=48;TCF=37;TCR=11;TR=23;WE=44364870;WS=44364852;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,29:0.49:59
chr7	44442296	rs1473114	A	C	1691.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.520;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.217;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=28;PP=748;ReadPosRankSum=0.418;SC=CTGCTCCATGATCTGCACTGA;SOR=0.835;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=96;TCF=37;TCR=59;TR=44;WE=44442304;WS=44442286;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,80:0.47:170
chr7	44605778	rs7787839	G	A	588.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=3.005;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=15;PP=621;ReadPosRankSum=2.175;SC=GAGCCGTGCCGGCAACTGGCC;SOR=0.693;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=42;TCF=17;TCR=25;TR=25;WE=44605786;WS=44605768;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,22:0.61:36
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chr7	44606217	rs217381	C	G	311.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.240;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.093;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=9;PP=178;ReadPosRankSum=-0.129;SC=CAATTCTGACCCAACTGGCAG;SOR=1.609;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=20;TCF=4;TCR=16;TR=10;WE=44606225;WS=44606207;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,13:0.57:23
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chr7	44612347	rs217374	G	C	3738.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.094;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=433;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.105;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=62;PP=1834;ReadPosRankSum=-0.262;SC=CACAGCTCTGGAGGTGGACAA;SOR=0.616;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=278;TCF=149;TCR=129;TR=127;WE=44612355;WS=44612337;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:240,191:0.44:431
chr7	44612454	rs217373	C	A	2421.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.376;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=298;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.436;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=45;PP=1227;ReadPosRankSum=-0.516;SC=CACTGTGTAGCTTCATTCAGG;SOR=0.646;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=202;TCF=81;TCR=121;TR=79;WE=44612462;WS=44612444;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:174,119:0.41:293
chr7	44612753	rs217372	T	C	786.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.494;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.384;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=19;PP=448;ReadPosRankSum=-1.539;SC=CAACACTACTTAGCAGTACTT;SOR=1.104;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=44;TCF=11;TCR=33;TR=23;WE=44612761;WS=44612743;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,34:0.59:58
chr7	44613103	rs217371	A	G	929.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=4.254;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.102;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=7;PP=690;ReadPosRankSum=1.200;SC=CCAAGAGAAAACCTCAGACAA;SOR=1.590;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=67;TCF=53;TCR=14;TR=36;WE=44613111;WS=44613093;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,36:0.51:71
chr7	44613611	rs11308115	CG	C	3240.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.477;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=253;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.009;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=2.469;NF=6;NR=45;PP=1747;ReadPosRankSum=-1.700;SC=GAAGTGCTGGCGGCCTAGGCT;SOR=0.772;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=114;TCF=10;TCR=104;TR=51;WE=44613619;WS=44613601;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:129,108:0.46:237
chr7	44619302	rs217361	T	C	2025.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.509;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.087;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=37;PP=1023;ReadPosRankSum=-0.795;SC=CTGCGTGTAATTACTCAACTC;SOR=0.779;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=140;TCF=59;TCR=81;TR=63;WE=44619310;WS=44619292;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:106,97:0.48:203
chr7	44620836	rs8580	C	A	814.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.284;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.482;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=24;PP=629;ReadPosRankSum=1.467;SC=CGAGATGCACCCGCTACAAGG;SOR=1.292;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=86;TCF=32;TCR=54;TR=34;WE=44620844;WS=44620826;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,37:0.38:97
chr7	44687175	rs113649447	C	CT	2682.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-2.842;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=337;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=1.021;NF=28;NR=56;PP=1164;ReadPosRankSum=-0.546;SC=TGTAATTTTACTTTTTTTTTA;SOR=0.694;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=201;TCF=74;TCR=127;TR=84;WE=44687189;WS=44687165;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:146,155:0.51:301
chr7	44715476	rs372547546	CA	C	46.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.639;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.04;ReadPosRankSum=-0.829;SOR=0.569;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,12:0.27:45
chr7	44797726	rs76416468	T	C	1240.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=4.355;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.974;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=36;PP=952;ReadPosRankSum=-1.575;SC=CCAGGTCACCTAGTTTGGGGC;SOR=0.949;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=78;TCF=16;TCR=62;TR=45;WE=44797734;WS=44797716;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,48:0.55:88
chr7	44800176	rs3735478	G	T	7761.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-1.891;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=806;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.523;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=89;NR=126;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.696;SC=TCAACTCCTTGCACTCATCGC;SOR=0.639;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=450;TCF=184;TCR=266;TR=215;WE=44800184;WS=44800166;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:398,388:0.49:786
chr7	44802401	rs4720479	A	C	2289.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=43;NR=30;PP=1785;SC=CTGACACACAACCCCCAGCAC;SOR=0.902;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=75;TCF=45;TCR=30;TR=73;WE=44802409;WS=44802391;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr7	44839616	rs6463247	C	T	2456.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=10;NR=64;PP=1726;SC=CATACATAAACGACAAATATA;SOR=3.781;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=74;TCF=10;TCR=64;TR=74;WE=44839624;WS=44839606;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr7	44839997	rs57466816	CT	C,CTT	928.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.175;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FS=3.879;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=59.88;MQRankSum=0.000;QD=8.85;ReadPosRankSum=-0.560;SOR=0.341;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:16,54,35:0.51,0.33:105
chr7	44862641	rs2012932	T	G	1728.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-2.933;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.527;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=19;PP=681;ReadPosRankSum=-1.015;SC=CAGGGTCCTCTCAAAGCCTTG;SOR=0.620;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=147;TCF=97;TCR=50;TR=57;WE=44862649;WS=44862631;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:115,94:0.45:209
chr7	44869537	rs1297837	C	T	3334.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=74;NR=21;PP=1981;SC=CAAGGAAAAGCGCTCTGAAAT;SOR=1.971;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=95;TCF=74;TCR=21;TR=95;WE=44869545;WS=44869527;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr7	44880684	rs138616116	CA	C	1403.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=1.228;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.142;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=30;PP=1129;ReadPosRankSum=0.576;SC=AAAGGCTGAACAATGTAAGCA;SOR=1.078;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=69;TCF=5;TCR=64;TR=33;WE=44880692;WS=44880674;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,47:0.46:102
chr7	44924627	rs6966024	A	C	21011.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.587;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=817;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=250;NR=266;PP=2965;ReadPosRankSum=1.839;SC=CCTCGGCGCCAGCCGCCAGCT;SOR=0.239;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=518;TCF=252;TCR=266;TR=516;WE=44924635;WS=44924617;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,797:1.00:798
chr7	45004063	rs7792760	T	C	7981.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=310;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=100;NR=111;PP=2965;SC=ATCTTTGTCCTGAAGTGTCTT;SOR=0.726;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=212;TCF=101;TCR=111;TR=211;WE=45004071;WS=45004053;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,307:1.00:307
chr7	45005795	rs2269969	G	A	2526.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.559;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=224;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.500;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=37;PP=1006;ReadPosRankSum=0.262;SC=CCTGCAGCCCGTGCTGCTCCA;SOR=0.649;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=137;TCF=72;TCR=65;TR=77;WE=45005803;WS=45005785;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:91,126:0.58:217
chr7	45009325	rs3735484	G	A	812.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=0.619;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.741;HP=1;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=11;PP=442;ReadPosRankSum=2.005;SC=TGTAGTGTAGGTGATGGCGGT;SOR=0.951;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=62;TCF=36;TCR=26;TR=29;WE=45009333;WS=45009315;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,39:0.43:90
chr7	45009341	rs3735485	A	G	2547.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=39;NR=26;PP=1266;SC=GCGGTGGTGCATGTCCAGGGT;SOR=0.992;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=65;TCF=39;TCR=26;TR=65;WE=45009349;WS=45009331;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr7	45009723	rs11555636	G	A	1863.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=0.735;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.553;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=32;PP=767;ReadPosRankSum=-0.115;SC=GCAGCTTCTCGTTGCAGTAGT;SOR=0.778;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=118;TCF=47;TCR=71;TR=51;WE=45009731;WS=45009713;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,91:0.51:178
chr7	45010371	rs62461372	C	G	5456.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-2.981;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=542;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.746;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQ=60.02;MQRankSum=1.030;NF=82;NR=102;PP=2710;ReadPosRankSum=-0.239;SC=CCTGCTGCCTCTGGCCTGGCC;SOR=0.564;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=382;TCF=161;TCR=221;TR=184;WE=45010379;WS=45010361;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:275,261:0.49:536
chr7	45010734	rs7789375	G	A	1088.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.103;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.785;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=24;PP=601;ReadPosRankSum=0.038;SC=CAAGAAGGAGGAAGGAAAGCA;SOR=0.551;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=71;TCF=25;TCR=46;TR=39;WE=45010742;WS=45010724;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,50:0.52:97
chr7	45015107	rs61738857	G	A	5001.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.053;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=510;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.744;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=93;NR=61;PP=2333;ReadPosRankSum=-1.332;SC=AGCTGTGGATGTGTCCTCCGA;SOR=0.834;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=297;TCF=174;TCR=123;TR=154;WE=45015115;WS=45015097;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:261,244:0.48:505
chr7	45016621	rs61739531	C	T	2147.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.423;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=239;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=41;PP=959;ReadPosRankSum=-0.458;SC=TAGGGGTTCACGGACACCAGC;SOR=0.681;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=151;TCF=62;TCR=89;TR=68;WE=45016629;WS=45016611;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:128,109:0.46:237
chr7	45040063	.	G	GT	164.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=1.383;ClippingRankSum=-0.000;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=4;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=0;PP=204;ReadPosRankSum=0.674;SC=CGGGGGGGGGGGCAGTGGGCC;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=3;TCR=1;TR=3;WE=45040071;WS=45040047;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,6:0.86:7
chr7	45112902	rs10272243	T	C	1148.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=21;NR=10;PP=654;SC=CCACCCTGCATGCCCAGTCAG;SOR=1.347;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=31;TCF=21;TCR=10;TR=31;WE=45112910;WS=45112892;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr7	45124008	rs7777835	T	C	1574.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.234;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.026;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-1.972;NF=30;NR=16;PP=842;ReadPosRankSum=-2.347;SC=AGGTCCTCTTTAGCCTGCCTG;SOR=0.964;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=83;TCF=53;TCR=30;TR=46;WE=45124016;WS=45123998;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,72:0.51:141
chr7	45216761	rs1294940	G	A	2989.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=69;NR=25;PP=2003;SC=GGTCAGGGTGGAGGGTGAAGG;SOR=2.004;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=94;TCF=69;TCR=25;TR=94;WE=45216769;WS=45216751;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr7	45650085	rs78087585	C	T	3441.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.192;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=429;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.523;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=67;PP=1692;ReadPosRankSum=2.572;SC=TCCAGAGGCACGACAATGTGA;SOR=0.659;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=261;TCF=118;TCR=143;TR=123;WE=45650093;WS=45650075;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:240,183:0.43:423
chr7	45697295	rs2461131	C	G	8453.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.45;SOR=1.522;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,186:1.00:186
chr7	45697295	.	CCT	GCC	2947	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;FR=1.0000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=84;NR=38;PP=2947;QD=20;SC=CAAGGTGGGCCCTAGCCCCAC;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=126;TCF=88;TCR=38;TR=122;WE=45697305;WS=45697285;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:4,122:0.97:126
chr7	45697297	rs2471231	T	C	8453.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.80;SOR=1.432;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,193:1.00:193
chr7	45703971	rs1042009	G	A	1789.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-1.089;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=33;PP=704;ReadPosRankSum=1.368;SC=GACTGTGCACGTAGCTTCAGG;SOR=0.712;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=101;TCF=38;TCR=63;TR=52;WE=45703979;WS=45703961;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,91:0.50:181
chr7	45743403	rs2461114	G	A	5725.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=39;NR=129;PP=2965;SC=ATCCTGTTGCGTGGGCAGAGC;SOR=2.291;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=168;TCF=39;TCR=129;TR=168;WE=45743411;WS=45743393;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,197:1.00:197
chr7	45747949	rs45444695	G	A	1896.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.850;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.612;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=19;PP=983;ReadPosRankSum=-2.250;SC=TTACACCTAGGCTAAGAAGTC;SOR=0.768;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=112;TCF=80;TCR=32;TR=65;WE=45747957;WS=45747939;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,87:0.55:159
chr7	45928647	rs9658192	C	G	573.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.600;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.56;ReadPosRankSum=-0.211;SOR=0.672;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,29:0.43:67
chr7	45954692	rs10255707	T	C	1251.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=40;PP=902;SC=ACAAGAGCCATGCGTGCCTAG;SOR=4.317;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=43;TCF=3;TCR=40;TR=43;WE=45954700;WS=45954682;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr7	45957172	rs55719014	TA	T	168.50	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-1.829;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=7;PP=305;ReadPosRankSum=0.641;SC=TTTTTTTTTTTAAAATACCTC;SOR=0.527;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=10;TCF=1;TCR=9;TR=8;WE=45957180;WS=45957162;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,12:0.86:14
chr7	45960645	rs2854746	G	C	2632.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=38;NR=29;PP=1301;SC=ACCCAAGCCCGCCGAGCTCGC;SOR=0.888;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=67;TCF=38;TCR=29;TR=67;WE=45960653;WS=45960635;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr7	46732428	rs700747	A	G	4629.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=66;NR=45;PP=2189;SC=AGGAAGCAAAACAAGCAAGTC;SOR=1.057;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=111;TCF=66;TCR=45;TR=111;WE=46732436;WS=46732418;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,171:1.00:171
chr7	46736733	rs71003346	GA	G	658.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=12;PP=622;SC=TTCAGAGGAGGAAAATGATGC;SOR=0.859;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=17;TCF=5;TCR=12;TR=17;WE=46736741;WS=46736723;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr7	47242897	rs2728465	A	G	362.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=4.124;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.532;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=12;PP=280;ReadPosRankSum=0.550;SC=CTTTTAAAAAACTTTTAATTG;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=27;TCF=4;TCR=23;TR=12;WE=47242905;WS=47242887;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,14:0.50:28
chr7	47317510	rs3750163	G	A	2810.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=59;NR=22;PP=1582;SC=TCACGGTGATGTTGTTTGTTC;SOR=1.587;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=82;TCF=60;TCR=22;TR=81;WE=47317518;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr7	47319723	rs4720590	C	T	605.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=11;NR=5;PP=280;SC=AGTACAACTGCAGACAAGGAG;SOR=1.708;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=11;TCR=5;TR=16;WE=47319731;WS=47319713;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr7	47319852	rs6971754	C	T	1761.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.987;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.434;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=19;PP=833;ReadPosRankSum=1.042;SC=ATTAAGTACACTCCTTGCTCA;SOR=0.874;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=125;TCF=80;TCR=45;TR=61;WE=47319860;WS=47319842;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:112,93:0.45:205
chr7	47323456	rs3750164	A	G	8358.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.218;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=329;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=79;NR=102;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.219;SC=AGTACCACACATTGCAGGCTG;SOR=0.837;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=183;TCF=80;TCR=103;TR=181;WE=47323464;WS=47323446;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,324:0.99:326
chr7	47332238	rs884824	A	G	419.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=10;NR=0;PP=254;SC=CTGTCAGTGAAGTAGAATCTC;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=10;TCR=0;TR=10;WE=47332246;WS=47332228;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr7	47342497	rs3750166	C	T	412.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.495;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.51;ReadPosRankSum=1.173;SOR=0.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,10:0.40:25
chr7	47342500	rs3750167	C	G	456.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.250;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.27;ReadPosRankSum=-0.690;SOR=0.569;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,15:0.47:32
chr7	47343083	rs3807589	C	T	2192.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.074;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.470;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=27;PP=1243;ReadPosRankSum=0.862;SC=TACCGGAGAACTCAGCGCTGA;SOR=0.541;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=140;TCF=93;TCR=47;TR=75;WE=47343091;WS=47343073;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:98,103:0.51:201
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chr7	47451295	rs834607	A	G	3248.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=83;NR=26;PP=2117;SC=TGGGGACACCAACCCATCTGC;SOR=2.133;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=109;TCF=83;TCR=26;TR=109;WE=47451303;WS=47451285;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr7	47463842	rs834599	T	G	3014.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-1.863;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=71;PP=1932;ReadPosRankSum=-0.614;SC=ACGTGGGTACTTGACGGGGGA;SOR=1.214;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=94;TCF=21;TCR=73;TR=92;WE=47463850;WS=47463832;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,104:0.99:105
chr7	47467864	rs1799370	C	T	1537.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=31;NR=10;PP=872;SC=CCATGCAGGCCCAGCTTTTAG;SOR=1.791;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=42;TCF=31;TCR=11;TR=41;WE=47467872;WS=47467854;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr7	47479334	rs139477321	C	T	1021.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.277;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=12.710;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=20;PP=465;ReadPosRankSum=-0.077;SC=AAGGTGAAGACGACGGACACT;SOR=0.138;SbPval=0.24;Source=Platypus;TC=55;TCF=15;TCR=40;TR=31;WE=47479342;WS=47479324;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,49:0.61:80
chr7	47479363	rs1810137	A	G	1462.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=32;PP=903;SC=GGGTGTTCACATCAGCACCTG;SOR=1.697;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=44;TCF=12;TCR=32;TR=44;WE=47479371;WS=47479353;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr7	47481786	rs1620852	A	T	1016.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=31;PP=842;SC=TCGTAACTACAAGCCCACCTT;SOR=4.174;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=33;TCF=2;TCR=31;TR=33;WE=47481794;WS=47481776;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr7	47546375	rs334496	C	T	321.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.255;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.643;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=2;PP=205;ReadPosRankSum=-0.977;SC=ATACACCGTACCCCAGCCCTG;SOR=1.292;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=27;TCF=21;TCR=6;TR=13;WE=47546383;WS=47546365;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,15:0.48:31
chr7	47546547	rs334497	G	A	1009.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.275;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.96;ReadPosRankSum=0.411;SOR=0.726;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:84,61:0.42:145
chr7	47568718	rs10261525	C	T	4392.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.118;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=513;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.101;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=73;PP=1684;ReadPosRankSum=1.143;SC=TTCTTAAAAGCGTGCAGACTC;SOR=0.796;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=295;TCF=127;TCR=168;TR=124;WE=47568726;WS=47568708;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:274,226:0.45:500
chr7	47578772	rs334506	T	C	2602.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=21;NR=53;PP=1649;SC=CCAGGATTCATACTCTCTGGG;SOR=1.770;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=74;TCF=21;TCR=53;TR=74;WE=47578780;WS=47578762;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr7	47596534	rs6954946	G	A	960.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=25;NR=4;PP=714;SC=CAGCCAAGAGGCCCTACTCCC;SOR=2.765;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=29;TCF=25;TCR=4;TR=29;WE=47596542;WS=47596524;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr7	47596775	rs615300	C	T	2613.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=21;NR=52;PP=1516;SC=TCAGAACAATCCTTAAGACCA;SOR=1.634;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=73;TCF=21;TCR=52;TR=73;WE=47596783;WS=47596765;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr7	47835027	rs9719534	A	G	2708.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=23;NR=50;PP=1606;SC=GAGGCCTCCCAAGTCATGTGG;SOR=1.402;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=74;TCF=24;TCR=50;TR=73;WE=47835035;WS=47835017;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr7	47840510	rs1466203	T	C	3005.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=21;NR=79;PP=1911;SC=GCACTGACCTTGTCACCTCTT;SOR=2.366;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=101;TCF=21;TCR=80;TR=100;WE=47840518;WS=47840500;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr7	47847679	rs1074780	G	A	1007.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=20;NR=3;PP=564;SC=AAGCTCTTCAGGCCCTTCACT;SOR=2.584;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=23;TCF=20;TCR=3;TR=23;WE=47847687;WS=47847669;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr7	47853397	rs4595031	G	A	2443.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.826;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.899;HP=4;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=32;PP=1348;ReadPosRankSum=1.453;SC=CCCCAGCCCCGGCACTGACAA;SOR=0.347;SbPval=0.24;Source=Platypus;TC=140;TCF=96;TCR=44;TR=85;WE=47853405;WS=47853387;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,111:0.60:184
chr7	47853498	rs6463449	C	T	9346.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=352;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=109;NR=118;PP=2965;SC=TCCATTTATTCTTGGAAGCAA;SOR=0.758;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=228;TCF=109;TCR=119;TR=227;WE=47853506;WS=47853488;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,347:1.00:347
chr7	47859239	rs3757379	C	A	3243.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=30.03;SOR=1.524;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr7	47869751	rs6463451	C	T	1915.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=18;NR=44;PP=1255;SC=CAGTGGTCAGCCCCCTCTAAG;SOR=1.785;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=62;TCF=18;TCR=44;TR=62;WE=47869759;WS=47869741;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr7	47872845	rs921634	A	G	5027.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=47;NR=64;PP=2061;SC=TGGCTGATGCAGGTTGCTAGA;SOR=0.872;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=112;TCF=47;TCR=65;TR=111;WE=47872853;WS=47872835;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,192:1.00:192
chr7	47884555	rs13237611	A	G	5013.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.843;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=78;NR=47;PP=2607;ReadPosRankSum=1.841;SC=TAAAACAAATAAAGTCTATGA;SOR=0.388;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=126;TCF=79;TCR=47;TR=125;WE=47884563;WS=47884545;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,181:0.99:182
chr7	47904737	rs1554495	G	A	162.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-3.361;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.123;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=1;PP=66;ReadPosRankSum=-0.150;SC=TCTGGACAGTGTATTTTTCAA;SOR=0.141;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=11;TCF=10;TCR=1;TR=6;WE=47904745;WS=47904727;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,8:0.62:13
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chr7	47921682	rs10951936	A	T	807.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-2.078;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=17;PP=359;ReadPosRankSum=0.162;SC=TGGTGTCCTTAGCTAGGAAGA;SOR=0.636;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=56;TCF=17;TCR=39;TR=24;WE=47921690;WS=47921672;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,43:0.44:98
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chr7	48035893	rs2708899	T	C	214.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=6;PP=106;SC=AGGAAAAGTATGACAGTTTTC;SOR=2.093;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=2;TCR=6;TR=8;WE=48035901;WS=48035883;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr7	48045416	rs11767002	C	T	236.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=51;NR=5;PP=1331;SC=ACTATTTCTACTCTCTTCTTT;SOR=0.892;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=56;TCF=51;TCR=5;TR=56;WE=48045424;WS=48045406;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr7	48045447	rs34145615	T	TC	304.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.007;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=37.433;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.24;ReadPosRankSum=-0.079;SOR=5.279;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,13:0.65:20
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chr7	48058152	rs1915963	T	C	484.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=7;NR=5;PP=172;SC=ACCCAGGAGGTGGAGGTTGCA;SOR=0.892;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=12;TCF=7;TCR=5;TR=12;WE=48058160;WS=48058142;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr7	48068258	rs7357251	G	C	824.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-1.611;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=5;PP=527;ReadPosRankSum=-0.620;SC=AGACTGTGATGAAGAGAAACC;SOR=1.121;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=27;TCF=21;TCR=6;TR=25;WE=48068266;WS=48068253;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,29:0.97:30
chr7	48074984	rs1915971	C	T	520.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=6;PP=244;SC=AGTTGACAGGCGGCGCCCGCG;SOR=1.022;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=15;TCF=9;TCR=6;TR=15;WE=48074992;WS=48074974;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr7	48075030	rs1915972	C	G	717.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=7;PP=399;SC=ACCGCTCCCCCTCAGGCTTCC;SOR=1.382;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=15;TCR=7;TR=22;WE=48075038;WS=48075020;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr7	48075789	rs71547874	G	T	2002.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.399;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.235;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=20;PP=1008;ReadPosRankSum=0.718;SC=CGGGCGCGCGGATTTTGCTTT;SOR=0.849;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=133;TCF=90;TCR=43;TR=68;WE=48075797;WS=48075779;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,93:0.53:175
chr7	48081095	rs10951942	G	T	4578.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=44;NR=72;PP=2360;SC=TGTGAAGCTCGCGAAACAAGG;SOR=1.126;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=116;TCF=44;TCR=72;TR=116;WE=48081103;WS=48081085;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,169:1.00:169
chr7	48082988	rs35742419	G	A	900.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=3.395;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.249;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=4;PP=583;ReadPosRankSum=-1.604;SC=CCTACAGTTCGCCTTGTAAAT;SOR=1.061;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=56;TCF=48;TCR=8;TR=32;WE=48082996;WS=48082978;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,38:0.57:67
chr7	48083325	rs34618439	C	G	477.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-2.832;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.040;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=18;PP=346;ReadPosRankSum=0.049;SC=TTACAATAGCCTGCTCTTTGA;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=39;TCF=4;TCR=35;TR=18;WE=48083347;WS=48083315;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,20:0.45:44
chr7	48083339	rs6978838	A	T	1098.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=29;PP=864;SC=TCTTTGAGGGATGTAGCCTAA;SOR=3.737;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=32;TCF=3;TCR=29;TR=32;WE=48083347;WS=48083315;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr7	48086077	rs2708912	C	T	6071.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=111;NR=55;PP=2965;SC=GTCTCCATGCCGGATTACATG;SOR=1.380;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=167;TCF=111;TCR=56;TR=166;WE=48086085;WS=48086067;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,216:1.00:216
chr7	48086161	rs10233232	T	C	12180.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=481;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=141;NR=143;PP=2965;SC=GACTTCGACATGAAAACAGTT;SOR=0.697;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=284;TCF=141;TCR=143;TR=284;WE=48086169;WS=48086151;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,475:1.00:475
chr7	48089394	rs909059	T	C	7382.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=287;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=119;NR=67;PP=2965;SC=AAGCTTTGTATCTTTGCTACC;SOR=1.131;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=186;TCF=119;TCR=67;TR=186;WE=48089402;WS=48089384;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,282:1.00:282
chr7	48089542	rs2686788	T	C	8170.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=301;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=90;NR=125;PP=2965;SC=GCCCTAAGAATCCTGCAGGAA;SOR=0.945;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=215;TCF=90;TCR=125;TR=215;WE=48089550;WS=48089532;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,300:1.00:300
chr7	48089571	rs2708890	C	A	6014.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=53;NR=111;PP=2965;SC=TCCTTCCCCCCCGTGTAAGTG;SOR=1.333;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=164;TCF=53;TCR=111;TR=164;WE=48089579;WS=48089561;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,225:1.00:225
chr7	48092486	rs2686791	T	C	3921.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=60;NR=54;PP=2364;SC=GGCTCCAGGATGCAGAGGCTT;SOR=0.780;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=114;TCF=60;TCR=54;TR=114;WE=48092494;WS=48092476;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,142:1.00:142
chr7	48092601	rs17547209	C	T	7582.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.762;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=293;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=87;NR=92;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.845;SC=TCACATGATGCGTCTCGTAAT;SOR=0.700;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=179;TCF=87;TCR=92;TR=179;WE=48092609;WS=48092591;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,289:0.99:291
chr7	48092644	rs17629333	C	T	7299.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.808;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=281;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=84;NR=96;PP=2965;ReadPosRankSum=2.370;SC=CATGTGAAAACGCCCACAGAA;SOR=0.768;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=180;TCF=84;TCR=96;TR=180;WE=48092652;WS=48092634;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,276:0.99:278
chr7	48092847	rs2686792	C	A	650.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=18;PP=483;SC=CAGATCCAAACAATGTTGACC;SOR=4.712;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=0;TCR=18;TR=18;WE=48092855;WS=48092837;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr7	48100016	rs7790252	T	C	174.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=6;PP=112;SC=TTGACATTGCTGCATAGAAGG;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=6;WE=48100024;WS=48100006;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
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chr7	48232530	.	A	AT	503.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.744;ClippingRankSum=0.000;DP=79;ExcessHet=3.0103;FS=0.961;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.72;ReadPosRankSum=0.199;SOR=0.483;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,36:0.48:75
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chr7	48285485	rs1880738	C	T	2959.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.385;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=330;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.833;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=41;PP=1016;ReadPosRankSum=-2.042;SC=GCTGTCTGCCCGAATGGTCGT;SOR=0.710;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=181;TCF=91;TCR=90;TR=84;WE=48285493;WS=48285475;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:172,157:0.48:329
chr7	48312084	rs78575608	G	C	2437.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.298;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=274;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.457;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=42;PP=1133;ReadPosRankSum=0.575;SC=AAAACAAGAAGTTGATAAAAT;SOR=0.607;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=169;TCF=72;TCR=97;TR=76;WE=48312092;WS=48312074;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:146,124:0.46:270
chr7	48312674	rs1358066	G	A	2228.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.440;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.089;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=37;PP=1105;ReadPosRankSum=0.307;SC=ATGTCAGTGTGTTCAACAAGT;SOR=0.603;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=137;TCF=74;TCR=63;TR=77;WE=48312682;WS=48312664;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:94,108:0.53:202
chr7	48313510	rs17547830	A	G	1281.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.362;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=25;PP=694;ReadPosRankSum=-0.247;SC=TCACAAGGTCATCTTCAAAAT;SOR=0.717;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=86;TCF=36;TCR=50;TR=44;WE=48313518;WS=48313500;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,63:0.47:134
chr7	48313854	rs190625179	G	A	992.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=2.164;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.528;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=17;PP=626;ReadPosRankSum=-0.835;SC=AAGACCAATAGAAATGTCAGA;SOR=0.643;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=77;TCF=38;TCR=39;TR=36;WE=48313862;WS=48313844;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,46:0.44:105
chr7	48314798	rs13233225	G	T	5060.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.219;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=515;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=84;NR=71;PP=2348;ReadPosRankSum=0.983;SC=ATGTCCATGGGCTCATGTCTT;SOR=0.685;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=337;TCF=182;TCR=155;TR=155;WE=48314806;WS=48314788;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:265,247:0.48:512
chr7	48315796	rs1880736	C	A	919.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.476;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.572;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=20;PP=567;ReadPosRankSum=-0.839;SC=ATATCTAGAGCAGGCAATTTT;SOR=0.883;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=68;TCF=28;TCR=40;TR=32;WE=48315804;WS=48315786;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,45:0.42:107
chr7	48317683	rs10246853	A	T	259.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.630;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.527;HP=4;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=5;PP=145;ReadPosRankSum=0.667;SC=ATATATATATATTTACAGTTT;SOR=0.385;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=25;TCF=16;TCR=9;TR=11;WE=48317691;WS=48317673;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,13:0.48:27
chr7	48318811	rs2222648	C	T	1146.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.791;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.691;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=13;PP=453;ReadPosRankSum=-0.834;SC=TGTCAACTTACGGGAAGAAAT;SOR=0.603;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=75;TCF=40;TCR=35;TR=28;WE=48318819;WS=48318801;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,55:0.48:115
chr7	48335265	rs10280046	C	T	418.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.882;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=2;PP=272;ReadPosRankSum=0.574;SC=AGTATGTGTGCTTCTAACCTA;SOR=0.826;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=34;TCF=30;TCR=4;TR=17;WE=48335273;WS=48335255;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,20:0.43:46
chr7	48336844	rs6583546	C	T	3250.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.517;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=395;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.654;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=58;PP=1310;ReadPosRankSum=-1.057;SC=CCAAAAGCCTCGAGGAAACTT;SOR=0.794;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=244;TCF=113;TCR=131;TR=105;WE=48336852;WS=48336834;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:220,171:0.44:391
chr7	48349647	rs3931814	C	T	1508.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.454;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=35;PP=871;ReadPosRankSum=0.722;SC=TGGATCGCAGCGGAGGAACTC;SOR=0.692;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=128;TCF=55;TCR=73;TR=60;WE=48349655;WS=48349637;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:104,78:0.43:182
chr7	48412112	rs11357239	TA	T	152.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.297;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=5.146;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.15;MQRankSum=1.073;QD=3.12;ReadPosRankSum=-0.379;SOR=1.754;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,20:0.41:49
chr7	48415892	rs2163938	A	G	901.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.108;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=4;PP=700;ReadPosRankSum=-0.718;SC=ATTTCATGAAAAGTTATGGCC;SOR=2.049;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=28;TCF=24;TCR=4;TR=27;WE=48415900;WS=48415882;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,29:0.97:30
chr7	48467355	rs13233421	T	C	5613.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=99;NR=59;PP=2965;SC=TTTTTTTTTCTCCGAAAGGTG;SOR=0.973;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=160;TCF=101;TCR=59;TR=158;WE=48467363;WS=48467334;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,208:1.00:208
chr7	48467581	rs13243091	T	C	3150.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=0.825;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=67;PP=1564;ReadPosRankSum=1.823;SC=AGTGAGGAGATGTGAGTGTAT;SOR=1.554;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=96;TCF=28;TCR=68;TR=94;WE=48467589;WS=48467571;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,127:0.98:129
chr7	48467634	rs34541457	T	C	1323.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=42;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=35;PP=1012;SC=AAAAAAAACGTTGAGTTTTAT;SOR=3.109;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=6;TCR=35;TR=41;WE=48467642;WS=48467624;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr7	48467653	rs34529024	GAA	G	635.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=11;HapScore=2;MGOF=62;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=21;PP=412;SC=ATCCTGGCTTGAAAAAAAAAA;SOR=6.184;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=25;TCF=0;TCR=25;TR=21;WE=48467662;WS=48467643;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr7	48506416	rs4917151	G	C	394.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=0;PP=334;SC=AAAATTAGCTGTATCTCACTT;SOR=5.283;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=12;TCR=0;TR=12;WE=48506424;WS=48506406;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr7	48511297	rs7810026	T	C	2217.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=17;NR=51;PP=1612;SC=AACTGTGTCTTTATAACTTTT;SOR=2.062;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=68;TCF=17;TCR=51;TR=68;WE=48511305;WS=48511287;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr7	48520780	rs4472462	A	T	6594.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=253;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=56;NR=111;PP=2965;SC=TTGGGTCTTTACTTGTTTGGA;SOR=1.301;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=168;TCF=57;TCR=111;TR=167;WE=48520788;WS=48520770;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,243:1.00:243
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chr7	48545976	rs6583448	A	G	5504.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=75;NR=52;PP=2357;SC=CTTGCTGAACAAGGACAAGAT;SOR=0.980;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=127;TCF=75;TCR=52;TR=127;WE=48545984;WS=48545966;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,211:1.00:211
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chr7	48887548	rs4404869	G	C	2341.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.722;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.546;HP=4;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-1.430;NF=33;NR=56;PP=1199;ReadPosRankSum=-1.670;SC=CGTCGTCCTGGGGGTCCCAGC;SOR=0.619;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=149;TCF=54;TCR=95;TR=89;WE=48887556;WS=48887538;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,112:0.57:195
chr7	48964172	rs6945680	G	C	826.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.949;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.172;HP=1;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=5;PP=382;ReadPosRankSum=-1.517;SC=TGGCCGCGGCGGCCTCCAGGA;SOR=0.507;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=42;TCF=33;TCR=9;TR=23;WE=48964180;WS=48964162;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,36:0.64:56
chr7	48964209	rs58317831	TG	T	1595.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.237;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.143;HP=3;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=8;PP=889;ReadPosRankSum=2.660;SC=GCGGTCGAGCTGGGCCGCCGC;SOR=0.387;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=56;TCF=42;TCR=14;TR=27;WE=48964217;WS=48964199;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,54:0.55:98
chr7	48964255	rs6968293	A	C	2048.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.832;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=13;PP=1059;ReadPosRankSum=-0.782;SC=TTGACCTCGCAGGGTGTGAAG;SOR=0.738;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=111;TCF=85;TCR=26;TR=59;WE=48964263;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,90:0.55:165
chr7	48964322	rs11767646	G	T	3147.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.196;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=317;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.874;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.099;NF=64;NR=36;PP=1689;ReadPosRankSum=-0.054;SC=AGGACGACGTGTACGTGGACA;SOR=0.619;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=219;TCF=143;TCR=76;TR=100;WE=48964330;WS=48964312;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:168,148:0.47:316
chr7	48964751	rs61731347	G	A	3218.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.102;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=466;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.144;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.151;NF=73;NR=51;PP=1866;ReadPosRankSum=-1.109;SC=AGGCAATGCAGTATGGCTTCC;SOR=0.789;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=313;TCF=177;TCR=136;TR=124;WE=48964759;WS=48964741;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:282,169:0.37:451
chr7	48965000	rs10259692	G	A	3294.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.746;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=284;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.439;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-1.497;NF=62;NR=60;PP=2180;ReadPosRankSum=0.031;SC=AACGCTTTACGGATGCTGGCT;SOR=0.721;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=229;TCF=118;TCR=111;TR=122;WE=48965008;WS=48964990;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:131,143:0.52:274
chr7	48965427	rs145470654	A	G	111.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.829;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=341;ExcessHet=3.0103;FS=22.070;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.00;MQRankSum=-11.536;QD=0.34;ReadPosRankSum=-2.937;SOR=2.106;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:289,40:0.12:329
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chr7	50144059	rs3034461	T	TTA	2588.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.100;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=44;PP=2044;ReadPosRankSum=-0.970;SC=TTTCATTGTATTATATATATA;SOR=0.836;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=61;TCF=3;TCR=58;TR=47;WE=50144067;WS=50144049;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,73:0.99:74
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chr7	50169595	rs1456899	T	A	344.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=10;PP=291;SC=AATAAAACCATAACAGAAAGT;SOR=1.981;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=3;TCR=10;TR=13;WE=50169603;WS=50169585;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
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chr7	50175681	rs12672941	C	T	3805.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=47;NR=50;PP=1718;SC=TTGATTTTGACGATTATTTTT;SOR=0.763;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=98;TCF=48;TCR=50;TR=97;WE=50175689;WS=50175671;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,147:1.00:147
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chr7	50198626	rs4917120	T	C	6029.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=224;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=80;NR=54;PP=2924;SC=CTCCTTTTTTTCCCATCCTGC;SOR=0.976;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=134;TCF=80;TCR=54;TR=134;WE=50198634;WS=50198616;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,222:1.00:222
chr7	50435617	rs11766800	A	T	227.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=2.899;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.637;HP=7;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=2;PP=258;ReadPosRankSum=0.305;SC=GTTCTTTTTTAAAAAAAAGTA;SOR=1.581;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=34;TCF=29;TCR=5;TR=16;WE=50435625;WS=50435607;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,17:0.41:41
chr7	50435777	rs12669559	T	G	2844.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.560;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=277;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.335;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=38;PP=1436;ReadPosRankSum=-0.711;SC=AGTATATGCCTTGCTTCTGGA;SOR=0.890;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=187;TCF=112;TCR=75;TR=99;WE=50435785;WS=50435767;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:130,142:0.52:272
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chr7	50450446	rs113962761	C	T	1111.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=3.186;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.800;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=32;PP=714;ReadPosRankSum=0.347;SC=CTGGGTGTCCCGGGATTCCTC;SOR=0.932;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=89;TCF=22;TCR=67;TR=42;WE=50450454;WS=50450436;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,48:0.47:102
chr7	50512857	rs10230307	C	T	920.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=21;NR=2;PP=582;SC=AAGTACAGAACTTAGAATATA;SOR=3.056;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=23;TCF=21;TCR=2;TR=23;WE=50512865;WS=50512847;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr7	50512929	rs10230343	C	A	2975.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=49;NR=21;PP=1526;SC=GAAGACTGTACTACAGAGATG;SOR=1.380;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=71;TCF=49;TCR=22;TR=70;WE=50512937;WS=50512919;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr7	50537677	rs11378977	C	CA	705.27	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=0.460;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=11.070;HP=13;HapScore=3;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=8;PP=348;ReadPosRankSum=2.158;SC=AACTCTGTCTCAAAAAAAAAA;SOR=2.746;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=56;TCF=41;TCR=15;TR=35;WE=50537685;WS=50537667;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,44:0.80:55
chr7	50537983	rs3757472	A	C	3825.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=28;NR=82;PP=2550;SC=CTGGTGGCCAACCTGCTCCCA;SOR=1.857;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=111;TCF=28;TCR=83;TR=110;WE=50537991;WS=50537973;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr7	50544269	rs5884156	AG	A	2895.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=23;NR=14;PP=1682;SC=GCTGTGGCGTAGCCCCCCAGC;SOR=1.319;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=40;TCF=26;TCR=14;TR=37;WE=50544277;WS=50544259;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr7	50545191	rs4992502	C	A	2889.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=52;NR=31;PP=1518;SC=CCATAGCAGGCCCTGACCATG;SOR=1.179;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=83;TCF=52;TCR=31;TR=83;WE=50545199;WS=50545181;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr7	50547584	rs11575457	A	C	1881.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=20;NR=20;PP=602;SC=AACAAATGAAAGGGCTGATAA;SOR=0.774;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=40;TCF=20;TCR=20;TR=40;WE=50547592;WS=50547574;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr7	50547661	rs11575456	AGCCCT	A	1493.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=16;PP=1032;SC=ACCTGCTCCCAGCCCTGCCCT;SOR=0.811;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=22;TCF=4;TCR=18;TR=20;WE=50547673;WS=50547651;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr7	50566671	rs3807562	G	A	666.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=14;NR=3;PP=403;SC=AGGACAGGCTGTATGGCTGGG;SOR=2.400;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=14;TCR=3;TR=17;WE=50566679;WS=50566661;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr7	50566762	rs2876829	C	T	2687.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=39;NR=22;PP=1141;SC=TAGCAAGAGACTGGACGTCAG;SOR=1.125;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=61;TCF=39;TCR=22;TR=61;WE=50566770;WS=50566752;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr7	50567009	rs140286060	G	A	377.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-1.494;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=13;PP=242;ReadPosRankSum=0.072;SC=AGCTGACCTCGCCCTGTCTGA;SOR=0.864;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=32;TCF=5;TCR=27;TR=15;WE=50567017;WS=50566999;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,17:0.47:36
chr7	50571779	rs11575375	G	A	1642.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.039;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.354;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=41;PP=903;ReadPosRankSum=0.027;SC=AAAGCAGACAGCCTTTTATTC;SOR=1.115;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=103;TCF=30;TCR=73;TR=53;WE=50571787;WS=50571769;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,75:0.54:139
chr7	50597052	rs144962948	A	G	2171.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.327;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=309;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.426;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=38;PP=1045;ReadPosRankSum=-1.488;SC=TAAATTCAAGAGAAGGTCCAA;SOR=0.690;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=199;TCF=97;TCR=102;TR=75;WE=50597060;WS=50597042;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:188,117:0.38:305
chr7	50611735	rs6264	T	C	5620.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=65;NR=79;PP=2343;SC=TAGTTGGCCATGTAATCCACC;SOR=0.882;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=144;TCF=65;TCR=79;TR=144;WE=50611743;WS=50611725;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,217:1.00:217
chr7	50663299	.	T	TACAC	968.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;QD=38.75;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr7	50671481	rs7456867	C	G	1306.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=33;NR=2;PP=1014;SC=TACAGATACACTCTGGGCAGA;SOR=5.031;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=35;TCF=33;TCR=2;TR=35;WE=50671489;WS=50671475;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr7	50672907	rs4947709	T	C	1484.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=38;NR=10;PP=1066;SC=CGCATAGAGCTGTTCCTCTGG;SOR=2.348;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=48;TCF=38;TCR=10;TR=48;WE=50672915;WS=50672899;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr7	50673029	rs4947710	T	C	8196.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=321;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=113;NR=99;PP=2965;SC=TCTGGGCCTCTGCCGGATTCT;SOR=0.792;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=212;TCF=113;TCR=99;TR=212;WE=50673037;WS=50673019;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,315:1.00:315
chr7	50685625	rs2240498	A	C,T	1955.77	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.969;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=10;MQRankSum=0.000;NF=27,32;NR=7,12;PP=572,672;ReadPosRankSum=0.222;SC=CCCTCCCCCCAACCACCCCTC;SOR=0.379;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=81;TCF=61;TCR=20;TR=34,44;WE=50685633;WS=50685615;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.34,0.63:82
chr7	50694457	rs1468450	A	G	1635.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=52;NR=2;PP=1215;SC=TGGCAGCAGCAGTCTTCATTC;SOR=5.318;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=54;TCF=52;TCR=2;TR=54;WE=50694465;WS=50694454;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr7	50742118	rs2715128	A	G	507.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=14;NR=1;PP=429;SC=CTCTGCCCATAAGGCCTGGAC;SOR=4.047;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=15;TCF=14;TCR=1;TR=15;WE=50742126;WS=50742108;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr7	50742180	rs1800504	C	T	2216.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=49;NR=15;PP=1470;SC=CCCTCTGCCTCGGGGACACCT;SOR=2.012;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=64;TCF=49;TCR=15;TR=64;WE=50742188;WS=50742170;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
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chr7	50800169	rs2108350	T	C	2721.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=22;NR=62;PP=1900;SC=CAGCTCTTGGTCTTAGCTTGT;SOR=1.735;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=84;TCF=22;TCR=62;TR=84;WE=50800177;WS=50800159;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
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chr7	51096036	rs2240089	G	C	5457.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.747;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=602;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=91;NR=95;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.169;SC=GTGTCTCTGAGTGTGGGCTGG;SOR=0.647;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=393;TCF=184;TCR=209;TR=186;WE=51096044;WS=51096026;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:332,262:0.44:594
chr7	51096974	rs2240090	C	T	9264.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.402;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=347;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=107;NR=113;PP=2965;ReadPosRankSum=0.481;SC=CCTTTTCCGACGTCATGGGAA;SOR=0.699;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=220;TCF=107;TCR=113;TR=220;WE=51096982;WS=51096964;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,343:0.99:347
chr7	51097063	rs10230120	T	G	7582.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=282;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=94;NR=117;PP=2965;SC=CGCCAGGGAGTCTCTCCTGCT;SOR=0.883;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=213;TCF=95;TCR=118;TR=211;WE=51097071;WS=51097053;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,274:1.00:274
chr7	51098567	rs142060269	GTCT	G	5517.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.566;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=315;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.874;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQ=60.27;MQRankSum=2.922;NF=16;NR=43;PP=2451;ReadPosRankSum=0.996;SC=CAATTAATAGGTCTTCTTCAT;SOR=0.621;SbPval=0.14;Source=Platypus;TC=120;TCF=23;TCR=97;TR=59;WE=51098577;WS=51098557;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:154,148:0.49:302
chr7	51111340	rs61737951	C	T	3998.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.627;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=433;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.104;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=78;PP=1766;ReadPosRankSum=-1.120;SC=ACAGCACCTGCGGGGCTCCAT;SOR=0.791;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=276;TCF=119;TCR=157;TR=132;WE=51111348;WS=51111330;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:222,202:0.48:424
chr7	51153024	rs59837144	GTACAATCAAAGTACTTTGTACCTATGAAGT	GACAATCAAAGTACTTTGTACCTATGAAGT,G	1088.73	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.958;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.754;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.535;NF=4;NR=10;PP=2974;ReadPosRankSum=1.688;SC=AAGAAGGAAAGTACAATCAAA;SOR=0.941;SbPval=0.22;Source=Platypus;TC=47;TCF=8;TCR=39;TR=14;WE=51153069;WS=51153014;set=Intersection	GT:AF:DP	0/1:0.30:102
chr7	51153027	.	CAATCAAAGTACTTTGTACCTATGAAGTACAAAGA	C	1072.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.000;ClippingRankSum=0.000;DP=104;ExcessHet=3.0103;FS=1.737;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.10;MQRankSum=1.511;QD=10.41;ReadPosRankSum=1.227;SOR=0.937;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:71,32:0.31:103
chr7	51153056	.	CAAAGA	C	2700	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;FR=0.5000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MMLQ=28;MQ=58.97;NF=4;NR=14;PP=2700;QD=20;SC=CTATGAAGTACAAAGAAGGCA;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=47;TCF=7;TCR=40;TR=18;WE=51153069;WS=51153014;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:29,18:0.38:47
chr7	51240364	rs10236935	A	G	642.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=2.260;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.248;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=15;PP=355;ReadPosRankSum=-1.548;SC=TGTAATCTTTACCACTTCTGC;SOR=1.085;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=33;TCF=7;TCR=26;TR=17;WE=51240372;WS=51240354;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,27:0.56:48
chr7	51252071	rs6952129	T	C	40.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.674;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=8.15;ReadPosRankSum=-0.524;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,3:0.60:5
chr7	51287470	rs801142	A	G	2314.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.365;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=322;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.866;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=38;PP=1027;ReadPosRankSum=0.287;SC=TCTCCAGCCCACTAGGCAGGA;SOR=0.619;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=177;TCF=93;TCR=84;TR=77;WE=51287478;WS=51287460;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:193,127:0.40:320
chr7	51288163	rs7804375	C	T	1168.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.510;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.803;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=14;PP=630;ReadPosRankSum=-0.417;SC=CCTGTCCACACGGCCACCGTG;SOR=0.380;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=102;TCF=76;TCR=26;TR=45;WE=51288171;WS=51288153;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,55:0.46:120
chr7	53103354	.	G	GT	1450.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.273;ClippingRankSum=0.000;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.036;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=6;PP=1156;ReadPosRankSum=0.567;SC=GAGGCCAACGGTCCCCCAGCC;SOR=1.080;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=84;TCF=63;TCR=21;TR=32;WE=53103362;WS=53103344;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,49:0.43:114
chr7	53103425	rs10229800	C	A	3700.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-0.331;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=376;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.693;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.981;NF=64;NR=45;PP=1577;ReadPosRankSum=0.941;SC=GGCGGGAGAACCCCTGCTGCA;SOR=0.607;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=223;TCF=134;TCR=89;TR=109;WE=53103433;WS=53103415;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:189,184:0.49:373
chr7	53103554	rs11238247	C	G	5354.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=-1.121;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=461;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.525;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=77;PP=2336;ReadPosRankSum=0.863;SC=GAGCCATATTCAGTACTTCCA;SOR=0.620;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=260;TCF=113;TCR=147;TR=139;WE=53103562;WS=53103544;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:201,250:0.55:451
chr7	53103571	rs11238248	G	A	4513.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-2.248;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=406;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=75;PP=2029;ReadPosRankSum=0.327;SC=TCCAGTGGGGGCGCCCGGTGC;SOR=0.694;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=237;TCF=101;TCR=136;TR=131;WE=53103579;WS=53103561;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:182,215:0.54:397
chr7	53103729	rs79921359	G	C	3263.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.470;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=310;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=49;PP=1394;ReadPosRankSum=1.897;SC=TGCATGAAAGGGGGGCTGTGT;SOR=0.717;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=182;TCF=93;TCR=89;TR=102;WE=53103737;WS=53103719;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:148,158:0.52:306
chr7	53103794	rs73357087	C	T	3229.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=2.225;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=313;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.353;HP=4;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=51;PP=1825;ReadPosRankSum=-0.668;SC=GATCGCGCCCCCTGAGCGTCA;SOR=0.599;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=197;TCF=105;TCR=92;TR=105;WE=53103802;WS=53103784;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:158,150:0.49:308
chr7	53103946	rs12113170	G	C	5965.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.247;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=594;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.094;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=101;NR=82;PP=2860;ReadPosRankSum=0.432;SC=GGTTCGACGGGCCGTTGTGGT;SOR=0.756;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=367;TCF=199;TCR=168;TR=183;WE=53103954;WS=53103936;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:303,285:0.48:588
chr7	54614698	rs11432820	C	CG	12863.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=0.614;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=517;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.182;NF=31;NR=142;PP=2966;ReadPosRankSum=-1.311;SC=AGCGTGAGTGCGGGGCGCGCC;SOR=0.827;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=181;TCF=31;TCR=150;TR=173;WE=54614706;WS=54614688;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,491:1.00:493
chr7	54618010	rs2293343	C	T	2575.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=1.529;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.952;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=63;PP=1732;ReadPosRankSum=-1.116;SC=AGGTGAGCACCGAGCCTGCAC;SOR=2.546;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=79;TCF=15;TCR=64;TR=77;WE=54618018;WS=54618000;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,91:0.98:93
chr7	54621526	rs662136	T	C	7819.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.574;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=288;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=134;NR=51;PP=2965;ReadPosRankSum=0.763;SC=ATATACTAAGTCATTCTCTAC;SOR=0.975;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=187;TCF=135;TCR=52;TR=185;WE=54621534;WS=54621516;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,279:0.99:282
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chr7	55220177	rs11506105	A	G	2698.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.571;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=307;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.418;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=42;PP=1458;ReadPosRankSum=-0.790;SC=GCTCTGCGACATCCCTGGGAA;SOR=0.597;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=211;TCF=130;TCR=81;TR=108;WE=55220185;WS=55220167;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:154,138:0.47:292
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chr7	55228053	rs1558544	A	T	1933.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=11;NR=48;PP=1321;SC=CTTTCTGTTTAGTTTATGGAG;SOR=2.636;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=59;TCF=11;TCR=48;TR=59;WE=55228061;WS=55228043;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr7	55229255	rs2227983	G	A	2515.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.840;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=281;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.917;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=32;PP=1001;ReadPosRankSum=-0.525;SC=CCGGAGCCCAGGGACTGCGTC;SOR=0.626;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=174;TCF=102;TCR=72;TR=76;WE=55229263;WS=55229245;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:150,129:0.46:279
chr7	55233863	rs9649769	A	C	290.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-1.347;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.128;HP=9;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=3;PP=209;ReadPosRankSum=0.850;SC=AAAACAAAAAAAAAAGCTACT;SOR=0.283;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=17;TCF=13;TCR=4;TR=11;WE=55233871;WS=55233853;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,13:0.65:20
chr7	55238087	rs10258429	C	T	3264.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-3.370;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=280;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=50;PP=1403;ReadPosRankSum=-1.005;SC=GCGTGTCCCACCAGAGCGGGA;SOR=0.706;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=179;TCF=89;TCR=90;TR=97;WE=55238095;WS=55238077;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:116,155:0.57:271
chr7	55238268	rs10228436	G	A	969.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=0.188;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.331;HP=7;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=27;PP=628;ReadPosRankSum=-1.338;SC=TGTTCCCCCCGCTTTTCCTTT;SOR=1.136;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=60;TCF=17;TCR=43;TR=36;WE=55238276;WS=55238258;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,43:0.57:76
chr7	55238874	rs2227984	T	A	2494.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=0.684;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=250;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.984;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=27;PP=1133;ReadPosRankSum=2.252;SC=ACAGATGCACTGGGCCAGGTC;SOR=0.787;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=130;TCF=78;TCR=52;TR=69;WE=55238882;WS=55238864;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:125,120:0.49:245
chr7	55240461	rs2241055	G	C	1839.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-1.096;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.633;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=27;PP=1092;ReadPosRankSum=1.286;SC=ATGAGGAAAAGTGTGCCTGGT;SOR=0.521;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=143;TCF=92;TCR=51;TR=72;WE=55240469;WS=55240451;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:96,90:0.48:186
chr7	55241755	rs17337107	G	A	1103.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-1.441;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=26;PP=597;ReadPosRankSum=1.200;SC=CCTGGCACAGGCCTCTGGGCT;SOR=0.760;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=72;TCF=27;TCR=45;TR=42;WE=55241763;WS=55241745;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,50:0.57:88
chr7	55242609	rs2017000	A	G	761.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-1.024;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.954;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=24;PP=519;ReadPosRankSum=-1.345;SC=GACCCTGCTCATCTCCACATC;SOR=0.225;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=55;TCF=10;TCR=45;TR=31;WE=55242617;WS=55242599;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,33:0.57:58
chr7	55249063	rs1050171	G	A	10746.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-2.233;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=413;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=140;NR=95;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.194;SC=CCACCGTGCAGCTCATCACGC;SOR=0.332;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=236;TCF=141;TCR=95;TR=235;WE=55249071;WS=55249053;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,406:1.00:407
chr7	55266417	rs1140475	T	C	12759.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=502;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=152;NR=134;PP=2965;SC=CAGGGGTGACTGTTTGGGAGT;SOR=0.764;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=287;TCF=152;TCR=135;TR=286;WE=55266425;WS=55266407;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,495:1.00:495
chr7	55268916	rs2293347	C	T	2680.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.155;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=261;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.454;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=28;PP=1035;ReadPosRankSum=-0.120;SC=GTCCTACAGACTCCAACTTCT;SOR=0.736;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=154;TCF=95;TCR=59;TR=76;WE=55268924;WS=55268906;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:125,135:0.52:260
chr7	55272826	rs2692456	G	A	1127.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=29;NR=4;PP=757;SC=GGGCCCTCCCGAGGCTCCTGC;SOR=3.202;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=33;TCF=29;TCR=4;TR=33;WE=55272834;WS=55272816;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr7	55459563	rs2049497	A	G	8364.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=332;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=108;NR=101;PP=2965;SC=GGCTGAAGACAGCTGATCCCC;SOR=0.724;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=210;TCF=108;TCR=102;TR=209;WE=55459571;WS=55459553;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,329:1.00:329
chr7	55468773	rs815929	C	A	880.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=27;NR=4;PP=726;SC=GCCTCTCTCTCTATATATGTC;SOR=2.753;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=32;TCF=27;TCR=5;TR=31;WE=55468781;WS=55468763;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr7	55495987	rs2272227	T	C	4061.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=74;NR=44;PP=2180;SC=CCCTGATGCCTGTGAAGACAT;SOR=1.171;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=118;TCF=74;TCR=44;TR=118;WE=55495995;WS=55495977;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,150:1.00:150
chr7	55498755	rs2293322	G	A	563.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=15;NR=1;PP=357;SC=TACCTGCCAGGTGCTAAATAT;SOR=3.611;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=16;TCF=15;TCR=1;TR=16;WE=55498763;WS=55498745;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
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chr7	55540707	rs815957	G	A	3740.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.253;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=402;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.164;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-1.515;NF=61;NR=57;PP=1606;ReadPosRankSum=-0.198;SC=CTCCTGGGTCGGTGTAATAGG;SOR=0.737;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=243;TCF=120;TCR=123;TR=118;WE=55540715;WS=55540697;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:209,191:0.48:400
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chr7	55560207	rs815951	C	T	2920.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.103;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=275;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.455;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=65;PP=1473;ReadPosRankSum=1.017;SC=CTCGGGGGTCCGGGACCAATG;SOR=0.740;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=198;TCF=73;TCR=125;TR=101;WE=55560215;WS=55560189;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:130,139:0.52:269
chr7	55605063	rs73139624	G	T	3261.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.474;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=344;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.349;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=82;NR=41;PP=1829;ReadPosRankSum=-1.170;SC=CAACAAGTCAGACCACTGATT;SOR=0.791;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=258;TCF=172;TCR=86;TR=123;WE=55605071;WS=55605053;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:182,156:0.46:338
chr7	55620398	rs73141718	C	A	1442.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-3.262;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=12.144;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=29;PP=757;ReadPosRankSum=1.434;SC=GGAGCCCCAGCCCCTCCGAAG;SOR=0.215;SbPval=0.18;Source=Platypus;TC=93;TCF=31;TCR=62;TR=51;WE=55620406;WS=55620388;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,67:0.55:121
chr7	55750390	rs11238374	A	G	1889.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=0.104;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=453;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.697;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-7.090;NF=48;NR=54;PP=1258;ReadPosRankSum=1.139;SC=TAAATTCCTCAGCTGTGACCT;SOR=0.864;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=298;TCF=152;TCR=146;TR=102;WE=55750398;WS=55750380;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:328,124:0.27:452
chr7	55759300	rs142045864	C	T	778.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=3.013;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.149;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-1.039;NF=5;NR=25;PP=515;ReadPosRankSum=1.429;SC=GTGAGGAAAACGGGCACCCAG;SOR=0.976;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=58;TCF=10;TCR=48;TR=30;WE=55759308;WS=55759290;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,34:0.49:70
chr7	55774755	rs112151645	A	G	608.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=1.393;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.477;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.474;NF=16;NR=4;PP=351;ReadPosRankSum=-0.701;SC=GAAAATGCCAACTATAAATCA;SOR=0.412;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=36;TCF=30;TCR=6;TR=20;WE=55774763;WS=55774752;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,25:0.58:43
chr7	55779220	rs12536949	A	G	556.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.534;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.858;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=-9.757;NF=14;NR=24;PP=487;ReadPosRankSum=-0.350;SC=TAATGAGAAAAGGAAAAAGTT;SOR=0.509;SbPval=0.25;Source=Platypus;TC=99;TCF=29;TCR=70;TR=38;WE=55779228;WS=55779210;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,32:0.30:108
chr7	55780176	rs10267547	T	C	1664.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.436;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.346;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-10.910;NF=41;NR=24;PP=733;ReadPosRankSum=-0.434;SC=CTGCCATGAATGACAGGACTT;SOR=0.874;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=148;TCF=92;TCR=56;TR=65;WE=55780184;WS=55780166;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:137,90:0.40:227
chr7	55780845	rs77949648	T	C	1584.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.212;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=291;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.536;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-15.668;NF=60;NR=42;PP=1178;ReadPosRankSum=2.078;SC=CTTCACGAAATGTCTCTCGTT;SOR=0.803;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=219;TCF=128;TCR=91;TR=102;WE=55780853;WS=55780835;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:191,92:0.33:283
chr7	55832429	rs146909187	G	GT	386.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.121;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FS=2.024;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.06;MQRankSum=-1.483;QD=4.30;ReadPosRankSum=2.987;SOR=0.721;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:55,35:0.39:90
chr7	55991144	rs2135116	A	G	453.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=0.435;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=7;PP=317;ReadPosRankSum=0.035;SC=TTCTCCTCCAATGGAATGTCT;SOR=0.793;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=33;TCF=19;TCR=14;TR=18;WE=55991152;WS=55991134;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,19:0.51:37
chr7	55991292	rs2174460	GT	AC	1586.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.926;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=3;JOINED;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=16;PP=833;ReadPosRankSum=0.242;SC=TGTTACTCCTGTGAATAGGGT;SOR=0.689;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=62;TCF=28;TCR=34;TR=30;WE=55991301;WS=55991282;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,42:0.51:82
chr7	56007576	rs34016595	C	T	4188.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.483;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=466;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.525;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=78;NR=64;PP=2168;ReadPosRankSum=-1.206;SC=GTAATGAATGCGGGAAAGCCT;SOR=0.752;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=300;TCF=165;TCR=135;TR=142;WE=56007584;WS=56007566;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:254,207:0.45:461
chr7	56022981	rs15892	T	C	250.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.922;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=8;PP=156;ReadPosRankSum=-0.495;SC=CTGTGGTGTTTATGAAATAGC;SOR=0.412;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=22;TCF=4;TCR=18;TR=10;WE=56022989;WS=56022971;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,12:0.43:28
chr7	56051672	rs150298305	T	TTATATGTATA	166.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=3;PP=1411;ReadPosRankSum=0.431;SC=ATGTCTAGCATTATATGTATA;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=3;WE=56051680;WS=56051662;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,5:0.71:7
chr7	56052410	rs56108005	CAA	C	143.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.030;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=11.98;ReadPosRankSum=1.335;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,8:0.67:12
chr7	56059458	rs11562101	A	T	2257.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.220;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FS=0.804;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.72;ReadPosRankSum=2.581;SOR=0.832;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:62,73:0.54:135
chr7	56059591	rs10435504	G	C	4371.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=1.686;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=434;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=80;PP=2454;ReadPosRankSum=0.307;SC=AGTATGTTTTGTTTGCCTACC;SOR=0.705;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=247;TCF=104;TCR=143;TR=137;WE=56059599;WS=56059581;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:213,210:0.50:423
chr7	56082622	rs7801405	G	A	192.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-2.363;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=2;PP=62;ReadPosRankSum=1.467;SC=GGCAACAAGAGTGAAACTCCG;SOR=0.446;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=20;TCF=17;TCR=3;TR=8;WE=56082630;WS=56082621;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,11:0.38:29
chr7	56119730	rs3735665	T	A	810.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-2.587;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.067;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=15;PP=271;ReadPosRankSum=-0.131;SC=GCCGCCGCGCTCCTGGCGGGC;SOR=0.228;SbPval=0.23;Source=Platypus;TC=51;TCF=14;TCR=37;TR=24;WE=56119738;WS=56119720;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,42:0.55:76
chr7	56126360	rs2230197	T	C	4015.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.151;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=466;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-1.584;NF=58;NR=60;PP=1405;ReadPosRankSum=-0.343;SC=AAGGCATAGTTGCTCTGCGCA;SOR=0.674;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=266;TCF=130;TCR=136;TR=118;WE=56126368;WS=56126350;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:259,206:0.44:465
chr7	56131910	rs62457279	C	G	293.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-3.908;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=1;PP=126;ReadPosRankSum=-0.123;SC=GTGGCGCAGCCTGCGCATGTG;SOR=0.446;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=23;TCF=21;TCR=2;TR=12;WE=56131918;WS=56131900;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,16:0.52:31
chr7	56136194	rs7808729	C	T	1874.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.720;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.500;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=23;PP=940;ReadPosRankSum=1.122;SC=AGGCTACTAGCATGGTCCAAC;SOR=0.627;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=149;TCF=94;TCR=55;TR=61;WE=56136202;WS=56136184;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:133,93:0.41:226
chr7	56136260	rs4245575	C	A	8634.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=333;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=98;NR=99;PP=2965;SC=GAGATGGTGACGGGCCTGTGC;SOR=0.730;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=198;TCF=99;TCR=99;TR=197;WE=56136268;WS=56136250;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,332:1.00:332
chr7	56142519	rs4948104	A	G	1175.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.400;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.013;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=32;PP=700;ReadPosRankSum=-1.652;SC=GGCTGGGCGCAGTGGCTTATG;SOR=1.183;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=86;TCF=23;TCR=63;TR=40;WE=56142527;WS=56142509;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,53:0.47:112
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chr7	56151533	rs62457291	A	G	3252.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.649;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=279;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=62;PP=1529;ReadPosRankSum=0.318;SC=TCCGTGGAGAACCACAGTCTG;SOR=0.707;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=170;TCF=57;TCR=113;TR=92;WE=56151541;WS=56151523;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:122,153:0.56:275
chr7	56155219	rs6945795	C	T	660.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.536;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=4;PP=344;ReadPosRankSum=-0.850;SC=TGGGGCCACACTCCCTGGCTT;SOR=0.592;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=60;TCF=49;TCR=11;TR=23;WE=56155227;WS=56155209;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,32:0.43:75
chr7	56174115	rs10043	A	C	2294.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.940;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=239;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=37;PP=939;ReadPosRankSum=-2.272;SC=ATCCTAGGTAAGCGACGGCTA;SOR=0.660;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=173;TCF=98;TCR=75;TR=85;WE=56174123;WS=56174105;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:119,119:0.50:238
chr7	56174140	rs816407	G	T	2754.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-2.354;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=264;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.448;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=41;PP=1221;ReadPosRankSum=-0.087;SC=TCCGGACGTGGGACAACCACC;SOR=0.734;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=178;TCF=95;TCR=83;TR=89;WE=56174148;WS=56174130;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:127,136:0.52:263
chr7	57069669	rs1467279	T	C	282.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=44.80;QD=28.28;SOR=3.258;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr7	57069935	rs1966122	G	C	815.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=25;PP=550;SC=GGGCGGTGGGGGGAGCTCCTT;SOR=1.911;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=35;TCF=10;TCR=25;TR=35;WE=57069943;WS=57069915;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr7	57071650	.	G	GAGCAGCAGCAGC	569.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=50.99;QD=142.43;SOR=3.258;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr7	57071671	rs187876791	T	C	920.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=54.48;QD=31.75;SOR=0.906;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr7	57071725	rs62463099	C	T	1430.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=55.69;QD=25.55;SOR=0.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr7	57188016	rs78588121	A	G	4171.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.753;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=472;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.746;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-15.839;NF=75;NR=77;PP=2162;ReadPosRankSum=-0.659;SC=CCTATGTCTCATAAGGTTCGA;SOR=0.676;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=305;TCF=144;TCR=161;TR=152;WE=57188024;WS=57188006;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:254,215:0.46:469
chr7	57188718	rs62464802	T	C	5714.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.946;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=551;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.516;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-1.989;NF=77;NR=88;PP=2905;ReadPosRankSum=2.455;SC=GTGCACCTCATATTCACCCAC;SOR=0.723;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=328;TCF=153;TCR=175;TR=165;WE=57188726;WS=57188708;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:272,270:0.50:542
chr7	57233554	rs34820155	G	C	3062.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.083;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=337;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.398;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=48;PP=1092;ReadPosRankSum=-0.165;SC=GATTAACATTGGTTAAGTCCA;SOR=0.732;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=195;TCF=96;TCR=99;TR=93;WE=57233562;WS=57233544;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:170,161:0.49:331
chr7	57245247	rs11763159	A	G	3048.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.181;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=307;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.914;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=53;PP=1354;ReadPosRankSum=0.707;SC=TAGGGTGTGAAGATTGTGGTT;SOR=0.832;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=181;TCF=83;TCR=98;TR=95;WE=57245255;WS=57245237;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:149,151:0.50:300
chr7	57528997	rs10272498	T	C	14180.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.924;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=538;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=178;NR=142;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.707;SC=CGTGGCAAAGTCTTTAGCCGC;SOR=0.306;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=325;TCF=180;TCR=145;TR=320;WE=57529005;WS=57528987;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,523:1.00:524
chr7	57529392	rs13235676	A	C	15774.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=2.428;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=618;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=2.453;NF=179;NR=186;PP=2965;ReadPosRankSum=1.017;SC=GAAACCCTACAAATGTGAAGA;SOR=0.378;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=373;TCF=182;TCR=191;TR=365;WE=57529400;WS=57529382;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:8,599:0.99:607
chr7	63033167	.	T	TGAG	354.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.009;ClippingRankSum=0.000;DP=118;ExcessHet=3.0103;FS=1.308;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.66;MQRankSum=-2.713;QD=4.33;ReadPosRankSum=2.987;SOR=0.999;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:63,19:0.23:82
chr7	63033229	.	T	TACGGCCCCCGGCGCC	766.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=4.543;ClippingRankSum=0.000;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.971;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-9.851;NF=9;NR=13;PP=1028;ReadPosRankSum=-2.272;SC=GCGCTGCAGTTACGGCCCCCG;SOR=1.671;SbPval=0.22;Source=Platypus;TC=60;TCF=18;TCR=42;TR=22;WE=63033237;WS=63033219;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:103,14:0.12:117
chr7	63033298	.	C	CGCT	3022.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.413;ClippingRankSum=0.000;DP=263;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.152;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-3.380;NF=8;NR=40;PP=2107;ReadPosRankSum=1.617;SC=GTCTCCGAGCCGCTGCTGCTG;SOR=0.908;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=99;TCF=16;TCR=83;TR=48;WE=63033311;WS=63033288;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:120,87:0.42:207
chr7	63529450	rs35929359	CT	C	1042.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.909;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FS=0.769;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.21;MQRankSum=1.470;QD=8.34;ReadPosRankSum=0.775;SOR=0.812;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:53,72:0.58:125
chr7	63529956	rs4349869	G	A	7108.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=269;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=85;NR=87;PP=2965;SC=CTTGGAATGCGAGGAGACAGA;SOR=0.701;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=172;TCF=85;TCR=87;TR=172;WE=63529964;WS=63529946;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,269:1.00:269
chr7	63537638	rs34875861	CT	C	1476.86	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.677;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.09;MQRankSum=0.431;QD=13.93;ReadPosRankSum=-0.197;SOR=0.587;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:13,93:0.88:106
chr7	63537849	rs4717170	G	A	17801.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=668;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=194;NR=193;PP=2965;SC=TCAGCTACCCGTAGCAAAACC;SOR=0.696;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=387;TCF=194;TCR=193;TR=387;WE=63537857;WS=63537839;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,663:1.00:663
chr7	63673608	rs10252019	C	T	4977.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-2.790;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=424;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.528;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-1.250;NF=67;NR=89;PP=2385;ReadPosRankSum=2.033;SC=TGAGGTTAACCTCAATACATA;SOR=0.604;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=279;TCF=118;TCR=161;TR=156;WE=63673616;WS=63673598;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:185,236:0.56:421
chr7	63673691	rs13233809	A	G	1768.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-1.411;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.698;HP=4;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=47;PP=1161;ReadPosRankSum=-1.935;SC=AATGAATTTTAGCTCTCCGAT;SOR=0.610;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=114;TCF=30;TCR=84;TR=62;WE=63673699;WS=63673681;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,77:0.56:138
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chr7	63721420	rs17767341	A	G	1778.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.422;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=39;PP=955;ReadPosRankSum=0.118;SC=AAGAGTTTCTAAGAAGCCCGA;SOR=0.726;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=107;TCF=32;TCR=75;TR=54;WE=63721428;WS=63721410;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,80:0.52:153
chr7	63774584	rs812337	G	T	2622.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=1.423;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=266;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.074;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=29;PP=1031;ReadPosRankSum=0.570;SC=GTTTGAATCCGGCCGGAACCG;SOR=0.845;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=158;TCF=86;TCR=72;TR=69;WE=63774592;WS=63774574;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:134,127:0.49:261
chr7	63796835	rs7787036	T	C	1533.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.789;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.632;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=42;PP=1055;ReadPosRankSum=1.215;SC=TTTTTGGAGGTTCTGCTTTGC;SOR=0.770;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=119;TCF=36;TCR=83;TR=60;WE=63796843;WS=63796825;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,71:0.46:153
chr7	63808867	rs11976837	C	A	3636.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.184;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=298;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.540;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=65;PP=2073;ReadPosRankSum=0.346;SC=TGTGGCAAAGCGTTTAAAAAG;SOR=0.858;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=222;TCF=104;TCR=118;TR=119;WE=63808875;WS=63808857;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:134,159:0.54:293
chr7	63981425	rs10243731	A	G	120.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-3.623;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=1;PP=71;ReadPosRankSum=0.596;SC=AGTTTTCTCCAATATAAATTA;SOR=0.693;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=14;TCF=12;TCR=2;TR=7;WE=63981433;WS=63981415;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,7:0.50:14
chr7	63981563	rs10243954	A	G	2322.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.155;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=243;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.038;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=32;PP=1388;ReadPosRankSum=-0.317;SC=AATTATTGTCACATTTTTCAG;SOR=0.806;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=178;TCF=119;TCR=59;TR=98;WE=63981571;WS=63981553;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:118,118:0.50:236
chr7	64166642	rs35661712	T	TG	2900.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.727;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.272;NF=48;NR=14;PP=2446;ReadPosRankSum=1.577;SC=AGATTAGATTTTAAAGTACAT;SOR=1.636;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=64;TCF=49;TCR=15;TR=62;WE=64166650;WS=64166638;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,74:0.99:75
chr7	64169019	rs4717205	G	A	9238.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=361;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=92;NR=126;PP=2965;SC=ACAAATGTGAGTATGGCAAAA;SOR=0.864;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=218;TCF=92;TCR=126;TR=218;WE=64169027;WS=64169006;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,356:1.00:356
chr7	64169061	rs4717206	G	A	7405.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=276;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=62;NR=99;PP=2965;SC=ACTACACATAGGAAAATTCAT;SOR=0.979;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=161;TCF=62;TCR=99;TR=161;WE=64169069;WS=64169051;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,275:1.00:275
chr7	64275284	rs7809431	C	T	14009.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.664;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=595;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=1.549;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=-0.454;NF=257;NR=166;PP=2965;ReadPosRankSum=3.322;SC=TTTGTGTGTGCGTGTTTTTCA;SOR=0.932;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=437;TCF=264;TCR=173;TR=423;WE=64275292;WS=64275276;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:19,549:0.97:568
chr7	64275470	.	A	AT	1657.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.899;ClippingRankSum=0.000;DP=391;ExcessHet=3.0103;FS=3.026;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.06;MQRankSum=1.568;QD=5.20;ReadPosRankSum=1.824;SOR=0.904;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:180,139:0.44:319
chr7	64275548	rs10236928	A	G	2976.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=96;PP=2800;SC=CTGTTTTCAAAAGAATCTTTG;SOR=5.739;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=101;TCF=5;TCR=96;TR=101;WE=64275556;WS=64275538;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr7	64276089	rs9654821	A	G	12773.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=485;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=119;NR=186;PP=2965;SC=CAAGGAGAAGACCACTCCTTT;SOR=1.066;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=306;TCF=119;TCR=187;TR=305;WE=64276097;WS=64276079;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,474:1.00:474
chr7	64291225	rs6460193	G	T	2525.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=55;NR=12;PP=1496;SC=GGATGTGTCAGGTCTGAAATT;SOR=2.250;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=67;TCF=55;TCR=12;TR=67;WE=64291233;WS=64291215;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr7	64291267	rs6460194	A	T	5517.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=86;NR=40;PP=2600;SC=TTCTTGTTTCATCTTAATAGT;SOR=1.272;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=127;TCF=86;TCR=41;TR=126;WE=64291275;WS=64291257;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,201:1.00:201
chr7	64291333	rs4483043	T	A	10154.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=395;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=118;NR=95;PP=2965;SC=GCATTTACCTTTGATCTCAGT;SOR=0.817;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=214;TCF=118;TCR=96;TR=213;WE=64291341;WS=64291323;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,393:1.00:393
chr7	64291976	rs10949946	G	A	8735.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=330;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=96;NR=136;PP=2965;SC=GAGTGTAAGGGACACCAAGGA;SOR=0.938;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=232;TCF=96;TCR=136;TR=232;WE=64291984;WS=64291966;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,326:1.00:326
chr7	64291991	rs4236203	T	A	8150.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=306;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=73;NR=134;PP=2965;SC=CAAGGAGGTTTTAATGGACTT;SOR=1.152;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=207;TCF=73;TCR=134;TR=207;WE=64291999;WS=64291981;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,302:1.00:302
chr7	64292098	rs145389450	A	T	1349.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.377;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.619;HP=1;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=25;PP=724;ReadPosRankSum=-1.442;SC=ACACAAGATAAGACATACTGA;SOR=0.499;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=82;TCF=33;TCR=49;TR=44;WE=64292106;WS=64292088;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,60:0.57:105
chr7	64378806	rs7796966	C	T	4594.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=1.831;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.758;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=118;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.202;SC=TTTGGGAGGCCGAGGCGGGCG;SOR=3.034;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=140;TCF=21;TCR=119;TR=138;WE=64378814;WS=64378796;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,156:0.99:158
chr7	64389089	rs2017252	A	C	7394.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.012;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=291;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.141;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=106;NR=97;PP=2965;ReadPosRankSum=0.063;SC=ACAAATGTGAAGAATGTGGCA;SOR=0.478;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=204;TCF=106;TCR=98;TR=203;WE=64389097;WS=64389079;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,281:0.99:284
chr7	64437406	rs4607487	A	G	13227.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=506;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=145;NR=166;PP=2965;SC=GTTTGAGGATAAGTTAAAAGC;SOR=0.778;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=311;TCF=145;TCR=166;TR=311;WE=64437414;WS=64437396;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,488:1.00:488
chr7	64438403	rs4718175	G	A	5659.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=72;NR=79;PP=2965;SC=TGTTTAGTAAGGGTTGAGAAA;SOR=0.776;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=151;TCF=72;TCR=79;TR=151;WE=64438411;WS=64438393;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,198:1.00:198
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chr7	64439938	rs1852016	C	T	1826.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=17;NR=32;PP=939;SC=AAGTAACAAACTACTTCACTT;SOR=1.352;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=49;TCF=17;TCR=32;TR=49;WE=64439946;WS=64439928;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr7	64451699	rs4717229	T	C	8090.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=303;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=102;NR=111;PP=2965;SC=GTTAGTAAGGTTGAACTTTCC;SOR=0.743;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=214;TCF=102;TCR=112;TR=213;WE=64451707;WS=64451689;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,287:1.00:287
chr7	64451963	rs4618579	T	C	5797.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=72;NR=72;PP=2965;SC=AGGCCATTCATTGTCCTTCCA;SOR=0.741;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=144;TCF=72;TCR=72;TR=144;WE=64451971;WS=64451953;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,211:1.00:211
chr7	64452830	rs34639489	C	T	9558.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=378;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=134;NR=117;PP=2965;SC=GCTTGTTTTACAATCTGGTTC;SOR=0.797;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=251;TCF=134;TCR=117;TR=251;WE=64452838;WS=64452820;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,362:1.00:362
chr7	64453136	rs6460219	G	A	4733.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=55;NR=53;PP=2206;SC=TTCAAACCAGGTCCCAGGTGA;SOR=0.716;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=110;TCF=57;TCR=53;TR=108;WE=64453144;WS=64453126;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,174:1.00:174
chr7	64535312	rs71533998	C	T	233.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=40.00;QD=29.22;SOR=4.407;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr7	64639915	.	ACC	A,AC	2339.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.880;ClippingRankSum=0.000;DP=111;ExcessHet=3.0103;FS=8.851;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=49.29;MQRankSum=0.061;QD=32.95;ReadPosRankSum=1.778;SOR=5.283;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:3,18,50:0.25,0.70:71
chr7	64639926	rs80126668	C	G	1595.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.081;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.85;MQRankSum=0.673;QD=22.16;ReadPosRankSum=-1.914;SOR=1.165;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,50:0.69:72
chr7	64852790	.	TTG	T	369.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.396;ClippingRankSum=0.000;DP=481;ExcessHet=3.0103;FS=0.857;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.05;MQRankSum=3.893;QD=0.82;ReadPosRankSum=-0.595;SOR=0.537;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:396,54:0.12:450
chr7	65084152	rs6978207	C	T	1403.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=39;PP=1044;SC=TCTATATGGACAATGATGAAT;SOR=4.317;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=43;TCF=4;TCR=39;TR=43;WE=65084160;WS=65084142;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr7	65150824	rs202004878	C	CCG	228.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.722;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=41.18;MQRankSum=-0.000;QD=16.34;ReadPosRankSum=0.307;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,8:0.57:14
chr7	65159983	rs147104756	A	G	1485.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=31;NR=18;PP=962;SC=TTGCTTAGTTACCAGGTAGAA;SOR=1.262;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=49;TCF=31;TCR=18;TR=49;WE=65159991;WS=65159973;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr7	65220463	rs4718275	T	C	1507.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=46.45;QD=30.16;SOR=3.442;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr7	65220697	rs4718276	G	A	4958.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=70;NR=70;PP=2770;SC=TCCAAGAATTGTCTGAACTTT;SOR=0.704;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=140;TCF=70;TCR=70;TR=140;WE=65220705;WS=65220687;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,183:1.00:183
chr7	65426054	.	CA	C	499.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.813;ClippingRankSum=0.000;DP=194;ExcessHet=3.0103;FS=3.339;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.06;MQRankSum=1.469;QD=2.70;ReadPosRankSum=0.842;SOR=0.598;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:120,65:0.35:185
chr7	65440835	rs112120049	CA	C	108.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.121;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.22;ReadPosRankSum=0.730;SOR=0.844;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:59,30:0.34:89
chr7	65541185	rs1183245	C	T	5835.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=54;NR=70;PP=2214;SC=CTCCAGGAAGCAATTTTGAAA;SOR=0.854;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=124;TCF=54;TCR=70;TR=124;WE=65541193;WS=65541175;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,225:1.00:225
chr7	65541307	rs1144895	C	G	941.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=22;PP=643;SC=GGCAAACCCACCAACCCACAC;SOR=2.985;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=4;TCR=22;TR=26;WE=65541315;WS=65541297;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr7	65551931	rs313830	T	C	1880.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=11;NR=47;PP=1373;SC=AGCGGGGGACTCTGCATGGAG;SOR=2.658;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=58;TCF=11;TCR=47;TR=58;WE=65551939;WS=65551921;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr7	65552230	.	CGTGT	C,CGT	2020.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.154;ClippingRankSum=0.000;DP=92;ExcessHet=3.0103;FS=3.800;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.12;MQRankSum=0.326;QD=24.35;ReadPosRankSum=-1.666;SOR=1.550;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:6,22,55:0.27,0.66:83
chr7	65552497	rs313829	A	G	2273.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=19;NR=46;PP=1525;SC=TTCATTGCCTATGGGCACTGA;SOR=1.802;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=66;TCF=19;TCR=47;TR=65;WE=65552505;WS=65552487;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr7	65552614	rs313828	T	C	2103.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=43;NR=17;PP=1444;SC=CCCCCAGCTGTTGCCCCACCC;SOR=1.712;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=60;TCF=43;TCR=17;TR=60;WE=65552622;WS=65552604;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr7	65554352	rs160647	C	T	3389.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.61;BaseQRankSum=-1.214;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=41;PP=1315;ReadPosRankSum=-0.606;SC=CTGGCTAGTACGTGCCAGTTC;SOR=0.309;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=73;TCF=31;TCR=42;TR=72;WE=65554360;WS=65554342;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,128:0.99:129
chr7	65554385	rs2460432	C	T	2294.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.440;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=32;PP=1190;ReadPosRankSum=1.823;SC=CACACTCAGGCAGGGCCCCAC;SOR=0.263;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=61;TCF=28;TCR=33;TR=60;WE=65554393;WS=65554375;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,84:0.99:85
chr7	65556936	rs1167406	G	C	5295.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=95;NR=50;PP=2515;SC=TCCTGGGCCTGGCAGCTTCAG;SOR=1.226;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=147;TCF=95;TCR=52;TR=145;WE=65556944;WS=65556926;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,197:1.00:197
chr7	65599246	rs5884583	CT	C	773.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.674;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=2.385;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.88;ReadPosRankSum=0.589;SOR=0.780;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:3,49:0.94:52
chr7	65599446	rs6958484	G	A	602.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=15;PP=411;SC=ATTGATATTCGGCTGGGTTTG;SOR=3.056;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=18;TCF=2;TCR=16;TR=17;WE=65599454;WS=65599436;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr7	66094008	rs35526611	C	T	2280.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.217;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FS=1.090;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.86;ReadPosRankSum=0.952;SOR=0.596;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:102,108:0.51:210
chr7	66098482	rs3764903	G	A	1711.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.970;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.357;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=38;PP=817;ReadPosRankSum=1.376;SC=GGTGATTAGCGTAGGCTTGAG;SOR=1.041;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=124;TCF=45;TCR=79;TR=55;WE=66098490;WS=66098472;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:102,84:0.45:186
chr7	66147057	rs1882655	T	C	4231.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=45;NR=45;PP=1550;SC=CCGGAAGTGATGTTTGCGCGC;SOR=0.705;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=90;TCF=45;TCR=45;TR=90;WE=66147065;WS=66147047;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,163:1.00:163
chr7	66147101	rs2420827	G	A	3008.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.406;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FS=3.360;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=23.88;ReadPosRankSum=0.124;SOR=0.478;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:47,79:0.63:126
chr7	66147110	rs3800823	C	A	2872.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.650;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FS=4.471;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=23.74;ReadPosRankSum=0.390;SOR=0.457;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:48,73:0.60:121
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chr7	66273850	rs77283486	G	A	617.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.664;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.853;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=9;PP=382;ReadPosRankSum=2.051;SC=TAATATGACTGTATTAACGTC;SOR=0.538;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=69;TCF=51;TCR=18;TR=28;WE=66273858;WS=66273840;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,34:0.35:97
chr7	66413694	rs145349557	G	A	674.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=0.398;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=19;PP=393;ReadPosRankSum=0.734;SC=AAGTGTACCCGGCACCTGATG;SOR=0.658;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=60;TCF=17;TCR=43;TR=26;WE=66413702;WS=66413684;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,32:0.47:68
chr7	66459145	rs11763269	A	C	3986.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=87;NR=35;PP=2555;SC=TAATATATCTACAAATACGTT;SOR=1.841;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=124;TCF=88;TCR=36;TR=122;WE=66459153;WS=66459135;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,140:1.00:140
chr7	66463195	rs145124227	A	AT	1208.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.072;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=241;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.573;HP=12;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=34;PP=403;ReadPosRankSum=0.443;SC=AAGTGGAGTTATTTTTTTTTT;SOR=0.627;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=97;TCF=7;TCR=90;TR=38;WE=66463203;WS=66463185;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:118,85:0.42:203
chr7	66489771	.	G	GA	37.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.741;ClippingRankSum=0.000;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.18;ReadPosRankSum=-1.173;SOR=0.551;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,9:0.28:32
chr7	66520726	.	CAAA	C	567.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.384;ClippingRankSum=0.000;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=7.129;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.24;MQRankSum=-3.069;QD=17.20;ReadPosRankSum=1.242;SOR=2.144;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,17:0.52:33
chr7	66520741	.	A	ATT	671.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.324;ClippingRankSum=0.000;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=4.326;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.93;MQRankSum=-4.190;QD=13.99;ReadPosRankSum=1.779;SOR=1.493;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,21:0.44:48
chr7	66532235	rs2711910	A	G	2795.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-3.539;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=260;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.456;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-11.851;NF=71;NR=40;PP=1493;ReadPosRankSum=-0.913;SC=GTGCTTTGACAATTTTATTCA;SOR=0.472;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=203;TCF=135;TCR=68;TR=111;WE=66532243;WS=66532225;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:112,141:0.56:253
chr7	66582460	rs35171532	T	A	2013.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.941;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-1.042;NF=43;NR=27;PP=1092;ReadPosRankSum=3.435;SC=TTAAAAAAAATATTACTAAGG;SOR=0.661;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=148;TCF=92;TCR=56;TR=70;WE=66582468;WS=66582441;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:99,97:0.49:196
chr7	66648030	rs2948336	A	G	1102.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.213;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-5.129;NF=31;NR=14;PP=587;ReadPosRankSum=-0.609;SC=GGTTCTCTGGATTGAAAAAGC;SOR=0.636;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=108;TCF=75;TCR=33;TR=45;WE=66648038;WS=66648020;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,55:0.42:130
chr7	66648157	rs4145350	C	T	3149.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-0.530;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=463;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.287;NF=59;NR=53;PP=1382;ReadPosRankSum=0.880;SC=AAGCATGGAACGTGGACGAGC;SOR=0.688;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=271;TCF=140;TCR=131;TR=112;WE=66648165;WS=66648147;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:286,174:0.38:460
chr7	66648199	rs55756354	G	A	3129.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.275;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=413;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.530;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-1.261;NF=51;NR=55;PP=1510;ReadPosRankSum=-1.146;SC=TGTCCCTGGGGAATCCTGACT;SOR=0.741;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=264;TCF=128;TCR=136;TR=106;WE=66648207;WS=66648189;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:244,166:0.40:410
chr7	66660045	rs55921608	C	T	360.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-2.170;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.232;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.076;NF=13;NR=3;PP=252;ReadPosRankSum=-0.721;SC=CTGTAAAATACGGACTGGATT;SOR=0.070;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=27;TCF=24;TCR=3;TR=16;WE=66660053;WS=66660035;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,16:0.57:28
chr7	66660078	rs56035776	T	C	857.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.696;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.759;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-1.358;NF=25;NR=9;PP=603;ReadPosRankSum=1.210;SC=CTCAAGAAGGTTTTCCGGCTC;SOR=0.255;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=58;TCF=46;TCR=12;TR=34;WE=66660086;WS=66660068;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,38:0.56:68
chr7	66660242	rs2949097	A	G	1127.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.565;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=284;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.38;MQRankSum=-15.868;QD=4.09;ReadPosRankSum=-1.629;SOR=0.710;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:231,45:0.16:276
chr7	66660247	rs55673383	T	C	1053.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=10.827;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=286;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.24;MQRankSum=-16.331;QD=3.76;ReadPosRankSum=-1.409;SOR=0.730;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:237,43:0.15:280
chr7	66660360	rs34574768	C	T	588.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.122;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FS=2.219;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.71;MQRankSum=-9.438;QD=3.27;ReadPosRankSum=2.412;SOR=0.507;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:136,44:0.24:180
chr7	66660377	rs35290283	C	A	687.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.277;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-7.799;NF=13;NR=26;PP=500;ReadPosRankSum=2.331;SC=GCTGTTCTTTCCTTCTCTTCT;SOR=0.744;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=111;TCF=39;TCR=72;TR=39;WE=66660385;WS=66660367;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:97,41:0.30:138
chr7	66703238	rs201456718	A	AT	941.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.314;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FS=0.997;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.85;MQRankSum=0.581;QD=9.51;ReadPosRankSum=1.189;SOR=0.934;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:45,54:0.55:99
chr7	66703328	rs139935023	G	A	2949.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.789;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=253;ExcessHet=3.0103;FS=0.997;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.99;MQRankSum=0.230;QD=11.80;ReadPosRankSum=0.145;SOR=0.610;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:118,132:0.53:250
chr7	66721208	rs144240344	C	T	559.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-3.183;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=17;PP=379;ReadPosRankSum=-1.308;SC=TGAGCCTGGCCTAGCTAACAT;SOR=0.598;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=39;TCF=9;TCR=30;TR=22;WE=66721216;WS=66721198;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,24:0.57:42
chr7	66762050	rs10245535	A	T	2150.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=0.024;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.084;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-1.444;NF=26;NR=28;PP=772;ReadPosRankSum=-0.438;SC=TAAAGTAAGGACTAAGATACC;SOR=0.808;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=107;TCF=55;TCR=52;TR=54;WE=66762058;WS=66762040;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:96,108:0.53:204
chr7	66773745	rs7791853	G	T	696.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-3.280;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.998;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-1.475;NF=8;NR=20;PP=527;ReadPosRankSum=0.811;SC=TTAGAAGGTGGAGTTCAGTCT;SOR=0.163;SbPval=0.22;Source=Platypus;TC=59;TCF=12;TCR=47;TR=28;WE=66773753;WS=66773735;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,29:0.48:61
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chr7	66774604	rs1045513	G	C	6608.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=2.469;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=250;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=-0.217;NF=70;NR=71;PP=2761;ReadPosRankSum=-0.617;SC=GAGTCTGCACGAAGATATCAA;SOR=0.230;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=143;TCF=71;TCR=72;TR=141;WE=66774612;WS=66774594;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,248:1.00:249
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chr7	70885883	rs11455717	C	CT	8741.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.973;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=249;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.187;NF=68;NR=54;PP=2973;ReadPosRankSum=1.217;SC=GTCTATTTCTCTATGTTTCAG;SOR=1.389;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=128;TCF=72;TCR=56;TR=122;WE=70885891;WS=70885873;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,236:0.99:238
chr7	70886107	rs11455716	G	GC	4220.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=73;PP=2936;SC=TGGCTGGTGAGCCTGGCGGCC;SOR=2.167;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=86;TCF=5;TCR=81;TR=77;WE=70886115;WS=70886097;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr7	71036473	rs10277319	C	T	2291.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=13;NR=35;PP=1096;SC=ATTTAAAGCTCCTTACAGCTG;SOR=1.423;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=48;TCF=13;TCR=35;TR=48;WE=71036481;WS=71036463;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr7	71135192	rs2302440	A	G	1731.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=1.354;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.694;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=46;PP=1020;ReadPosRankSum=-0.870;SC=CATTCATTCAATGAGTGGTTT;SOR=0.626;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=113;TCF=27;TCR=86;TR=61;WE=71135200;WS=71135182;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,77:0.55:140
chr7	71176900	rs887584	G	A	1868.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.954;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.220;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=19;PP=1099;ReadPosRankSum=-0.839;SC=TTTTCTCTTTGTCATTTTCTC;SOR=0.807;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=143;TCF=102;TCR=41;TR=68;WE=71176908;WS=71176890;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:92,87:0.49:179
chr7	71571436	rs10950296	G	C	2012.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.96;SOR=1.148;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr7	71868228	rs62463250	A	C	963.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=-1.293;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.625;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=13;PP=315;ReadPosRankSum=-0.054;SC=TGGGGGAAGAAGACTTGCCAG;SOR=0.769;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=73;TCF=40;TCR=33;TR=31;WE=71868236;WS=71868218;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:91,56:0.38:147
chr7	72093957	rs28535321	A	G	1826.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.699;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=268;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.826;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-9.397;NF=47;NR=52;PP=1403;ReadPosRankSum=-1.002;SC=TTTCACGAGCATCAGTCTGTA;SOR=0.728;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=199;TCF=91;TCR=108;TR=99;WE=72093965;WS=72093947;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:162,102:0.39:264
chr7	72193864	rs3015858	T	C	7003.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.503;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=390;ExcessHet=3.0103;FS=1.642;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.84;MQRankSum=-2.158;QD=18.00;ReadPosRankSum=1.609;SOR=0.632;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:208,181:0.47:389
chr7	72193868	rs2960999	G	A	6984.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.678;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=395;ExcessHet=3.0103;FS=0.753;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.84;MQRankSum=-1.887;QD=17.73;ReadPosRankSum=1.574;SOR=0.717;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:209,185:0.47:394
chr7	72209527	rs11354897	CA	C	8621.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.856;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=598;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.101;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.305;NF=19;NR=91;PP=2964;ReadPosRankSum=-0.319;SC=CGATGGCTCTCAATTCCATAG;SOR=0.688;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=210;TCF=42;TCR=168;TR=110;WE=72209535;WS=72209517;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:308,282:0.48:590
chr7	72267637	rs200906243	C	CT	157.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.875;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.58;MQRankSum=-0.539;QD=4.38;ReadPosRankSum=2.160;SOR=0.631;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,15:0.42:36
chr7	72277630	rs67852668	C	A	2948.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.172;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=307;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.417;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=43;PP=1557;ReadPosRankSum=-0.758;SC=GGGGGAAAGCCTCAAGAGATG;SOR=0.727;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=192;TCF=112;TCR=80;TR=102;WE=72277638;WS=72277620;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:164,142:0.46:306
chr7	72277981	rs2286317	T	C	3356.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-2.337;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=295;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.411;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-10.341;NF=47;NR=68;PP=1324;ReadPosRankSum=-0.128;SC=GCTAAAAGCATGGTTCTCTAA;SOR=0.605;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=205;TCF=82;TCR=123;TR=115;WE=72277989;WS=72277971;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:127,168:0.57:295
chr7	72280978	rs11281952	G	GTGTGTT	3214.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.665;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.979;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.238;NF=26;NR=13;PP=1891;ReadPosRankSum=-1.271;SC=GTGTGTGCACGTGTGTGTGTG;SOR=0.483;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=103;TCF=70;TCR=33;TR=39;WE=72280986;WS=72280968;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:99,77:0.44:176
chr7	72281355	rs35534997	C	T	494.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-4.275;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.764;NF=1;NR=20;PP=365;ReadPosRankSum=-0.699;SC=GAACAAAGGGCACCTTCATAA;SOR=1.061;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=44;TCF=2;TCR=42;TR=21;WE=72281363;WS=72281345;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,22:0.47:47
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chr7	72396170	.	GCGCCGCGCTCCCCAC	G	822.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=0.393;ClippingRankSum=0.000;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.468;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.638;NF=0;NR=14;PP=2964;ReadPosRankSum=0.520;SC=TGCCCGCCCGGCGCCGCGCTC;SOR=2.019;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=30;TCF=1;TCR=29;TR=14;WE=72396192;WS=72396160;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,22:0.55:40
chr7	72413443	rs62463429	G	A	1068.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.708;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=336;ExcessHet=3.0103;FS=1.060;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.08;MQRankSum=-2.398;QD=3.19;ReadPosRankSum=-1.166;SOR=0.594;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:258,77:0.23:335
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chr7	72413593	rs71554688	T	C	2022.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.61;BaseQRankSum=4.954;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=559;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=12.066;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-20.445;NF=37;NR=91;PP=2962;ReadPosRankSum=0.525;SC=CGTGCCTGCGTACGTGCCTAC;SOR=1.539;SbPval=0.92;Source=Platypus;TC=357;TCF=140;TCR=217;TR=128;WE=72413601;WS=72413571;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:427,128:0.23:555
chr7	72413874	rs199633193	T	C	60.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.175;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.368;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-8.098;NF=14;NR=8;PP=345;ReadPosRankSum=-1.827;SC=TTGGGATCAATGTGGCCACCC;SOR=0.931;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=78;TCF=44;TCR=34;TR=22;WE=72413882;WS=72413864;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:95,14:0.13:109
chr7	72416333	rs237934	C	G	1002.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=22;PP=676;SC=TCTGAGGCCCCGTGAAGATCA;SOR=1.270;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=35;TCF=13;TCR=22;TR=35;WE=72416341;WS=72416323;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr7	72418963	rs7056	T	C	2421.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.970;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=331;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.227;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-7.827;NF=59;NR=45;PP=1669;ReadPosRankSum=1.865;SC=GCCCAGGGTCTTCCACGGAGA;SOR=0.985;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=233;TCF=131;TCR=102;TR=104;WE=72418971;WS=72418953;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:203,123:0.38:326
chr7	72664015	rs202030378	C	CG	108.19	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.431;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=5.441;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=42.72;MQRankSum=-1.068;QD=15.46;ReadPosRankSum=-0.366;SOR=3.611;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,5:0.71:7
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chr7	72711986	rs62465077	G	T	1163.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.382;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=7.038;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.40;MQRankSum=-1.953;QD=31.45;ReadPosRankSum=0.085;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,33:0.89:37
chr7	72711991	rs62465078	C	T	1012.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.913;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=10.967;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=42.79;MQRankSum=-3.126;QD=34.92;ReadPosRankSum=-0.504;SOR=4.174;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,25:0.86:29
chr7	72712121	rs62465079	T	C	1148.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=42.69;QD=26.11;SOR=2.007;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr7	72717933	rs11544043	C	T	1490.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.797;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.332;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-2.715;NF=35;NR=18;PP=894;ReadPosRankSum=1.493;SC=GGAAAGTGAGCGCGTGGCACA;SOR=1.257;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=114;TCF=67;TCR=47;TR=53;WE=72717941;WS=72717923;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,70:0.47:148
chr7	72738350	rs55963844	C	CG	2737.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.802;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=27;PP=1793;ReadPosRankSum=2.029;SC=CTGGTCCCCGCGGCCTCTCCA;SOR=0.752;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=41;TCF=13;TCR=28;TR=40;WE=72738358;WS=72738340;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,103:0.98:105
chr7	72738749	rs28626137	A	G	7040.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=48;NR=65;PP=2144;SC=CACTGAAGCCAGTCCTCCAGC;SOR=0.987;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=113;TCF=48;TCR=65;TR=113;WE=72738771;WS=72738739;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,168:1.00:168
chr7	72738762	rs6980258	CA	TG	6496.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=35;NR=54;PP=2947;SC=CCTCCAGCTCCAGCAGGCTCA;SOR=1.131;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=93;TCF=37;TCR=56;TR=89;WE=72738771;WS=72738739;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,140:1.00:140
chr7	72750627	rs4717751	G	A	851.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=19;NR=2;PP=549;SC=TTTACAGCATGGGAATAGGCA;SOR=2.910;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=21;TCF=19;TCR=2;TR=21;WE=72750635;WS=72750617;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr7	72850178	rs1178947	T	C	4720.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=3.143;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=458;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.569;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=120;PP=2892;ReadPosRankSum=0.720;SC=GCCCCCTGCATCCCCTAGAGA;SOR=0.892;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=349;TCF=111;TCR=238;TR=172;WE=72850186;WS=72850168;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:233,217:0.48:450
chr7	72857049	rs1178977	A	G	496.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.269;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=7;PP=258;ReadPosRankSum=-1.348;SC=AGAACACAGCACTCACCTGAA;SOR=0.716;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=38;TCF=22;TCR=16;TR=17;WE=72857057;WS=72857039;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,24:0.48:50
chr7	72861849	rs2237279	T	C	84.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=0.059;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=5;PP=46;ReadPosRankSum=0.539;SC=GGAGGGAACCTGAATGTAAGC;SOR=1.179;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=14;TCF=3;TCR=11;TR=6;WE=72861857;WS=72861839;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,6:0.38:16
chr7	72877166	rs2074755	T	C	465.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=0.616;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.317;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=5;PP=316;ReadPosRankSum=0.060;SC=AGGAGGGTCATGTTGGGAAGT;SOR=0.436;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=57;TCF=47;TCR=10;TR=24;WE=72877174;WS=72877156;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,23:0.40:58
chr7	72891754	rs2074754	C	T	4600.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.539;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=407;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.099;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=67;NR=80;PP=2361;ReadPosRankSum=0.161;SC=AGGGGATTTCCGACAGCTTCA;SOR=0.775;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=283;TCF=131;TCR=152;TR=147;WE=72891762;WS=72891744;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:190,211:0.53:401
chr7	72952101	rs184166910	C	G	306.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-2.565;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.328;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=3;PP=196;ReadPosRankSum=-0.260;SC=GCCTGTAATCCCAGCTACTCA;SOR=1.085;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=39;TCF=28;TCR=11;TR=16;WE=72952109;WS=72952099;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,17:0.38:45
chr7	72966422	.	C	CA	383.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.205;ClippingRankSum=0.000;DP=169;ExcessHet=3.0103;FS=0.803;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.26;MQRankSum=2.805;QD=2.66;ReadPosRankSum=-0.771;SOR=0.787;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:100,44:0.31:144
chr7	72984780	rs14415	T	C	280.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=0.142;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.200;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=5;PP=158;ReadPosRankSum=-0.182;SC=ATGGCAGCAGTGCCATGAGGA;SOR=0.169;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=19;TCF=12;TCR=7;TR=11;WE=72984788;WS=72984770;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,13:0.59:22
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chr7	72987354	rs2286276	C	T	866.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.894;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.842;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=22;PP=475;ReadPosRankSum=1.276;SC=CCAACTGTCACTCTCCAAAGA;SOR=0.861;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=67;TCF=20;TCR=47;TR=31;WE=72987362;WS=72987344;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,42:0.46:91
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chr7	73096993	rs8891	T	C	984.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=2.507;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.349;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=8;PP=716;ReadPosRankSum=-0.469;SC=AGACTATCAATGGCCAAGGGT;SOR=1.181;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=83;TCF=63;TCR=20;TR=41;WE=73097001;WS=73096983;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,44:0.46:95
chr7	73097238	rs1569062	G	A	2193.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.636;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.511;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=43;PP=1125;ReadPosRankSum=-2.162;SC=GTTGTTCCCCGTAGTGGGCCT;SOR=0.746;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=148;TCF=56;TCR=92;TR=68;WE=73097246;WS=73097228;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:107,103:0.49:210
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chr7	73101137	rs11769825	A	G	1810.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-1.334;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.122;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=39;PP=1026;ReadPosRankSum=1.191;SC=GTGTCTGGTCATGTCTTCCAG;SOR=0.497;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=148;TCF=65;TCR=83;TR=73;WE=73101145;WS=73101127;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:119,93:0.44:212
chr7	73105144	rs34951011	GT	G	293.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=2.180;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.870;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=0;PP=371;ReadPosRankSum=0.837;SC=GGGAGGAGGGGTTTCTCTTGG;SOR=2.985;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=25;TCF=21;TCR=4;TR=12;WE=73105152;WS=73105134;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,12:0.40:30
chr7	73107003	rs2293490	C	A	2368.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.179;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=288;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.912;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=34;PP=1129;ReadPosRankSum=0.630;SC=CTGGGTGTGCCGGGGAGTTGG;SOR=0.769;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=164;TCF=92;TCR=72;TR=79;WE=73107011;WS=73106993;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:158,125:0.44:283
chr7	73108205	rs2293488	G	A	501.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=1.406;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.210;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=8;PP=326;ReadPosRankSum=0.726;SC=GTTCCTTCTCGTGGGACTGGA;SOR=0.313;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=30;TCF=20;TCR=10;TR=20;WE=73108213;WS=73108195;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,22:0.63:35
chr7	73108310	rs2293487	T	C	1557.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.500;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FS=0.633;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.29;ReadPosRankSum=-0.994;SOR=0.611;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:63,75:0.54:138
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chr7	73117420	rs12539475	T	C	330.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-1.287;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.372;HP=2;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=48;PP=852;ReadPosRankSum=-1.614;SC=GAAGGGGGCCTGAGGCTTCCT;SOR=0.486;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=100;TCF=10;TCR=90;TR=54;WE=73117428;WS=73117410;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,17:0.61:28
chr7	73118033	rs35459363	G	A	2313.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.234;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.008;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=35;PP=1040;ReadPosRankSum=-1.518;SC=GGTCATGGACGTAGGGAACAT;SOR=0.660;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=141;TCF=72;TCR=69;TR=70;WE=73118041;WS=73118023;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:113,115:0.50:228
chr7	73118196	rs4363087	T	C	1861.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.036;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.909;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=31;PP=846;ReadPosRankSum=-1.252;SC=CCAGCCCTCTTCGGGGAGTTC;SOR=0.483;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=94;TCF=36;TCR=58;TR=54;WE=73118204;WS=73118186;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,87:0.56:154
chr7	73118398	rs7807316	T	C	840.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=41;NR=11;PP=1326;SC=GCAGCAGCCTTGAGCCACGCA;SOR=1.214;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=52;TCF=41;TCR=11;TR=52;WE=73118406;WS=73118388;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr7	73122923	rs2228607	A	G	2287.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.332;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=265;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.953;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=35;PP=1216;ReadPosRankSum=1.273;SC=ACTCACTCTCATCGGGGTTGG;SOR=0.761;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=177;TCF=107;TCR=70;TR=89;WE=73122931;WS=73122913;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:142,119:0.46:261
chr7	73151220	rs2293484	G	C	1236.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.017;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=11.683;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=20;PP=735;ReadPosRankSum=1.863;SC=GGGCCTGGGCGAGTAAAGCAT;SOR=0.185;SbPval=0.13;Source=Platypus;TC=91;TCF=63;TCR=28;TR=48;WE=73151228;WS=73151210;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,56:0.51:109
chr7	73151644	rs6460052	A	G	2963.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.859;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=349;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.391;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=52;PP=1328;ReadPosRankSum=-0.914;SC=TGGCTGCCACATAGGTTGCAA;SOR=0.721;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=218;TCF=100;TCR=118;TR=95;WE=73151652;WS=73151634;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:194,152:0.44:346
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chr7	73184435	rs7084	G	C	2227.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.351;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.108;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=48;PP=945;ReadPosRankSum=0.366;SC=GGAGACGAGGGGCCGGGGCCG;SOR=0.615;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=137;TCF=50;TCR=87;TR=78;WE=73184443;WS=73184425;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:93,108:0.54:201
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chr7	73254812	rs13241921	T	C	1205.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=1.101;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.610;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=19;PP=458;ReadPosRankSum=-0.590;SC=GCCGGGGGCCTGGGCCTGTTC;SOR=0.714;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=82;TCF=41;TCR=41;TR=37;WE=73254820;WS=73254802;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,64:0.43:150
chr7	73254910	rs13242043	T	A	460.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.433;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=13;PP=277;ReadPosRankSum=-0.338;SC=TCAGTCATGGTTCACACCTGC;SOR=0.818;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=34;TCF=10;TCR=24;TR=18;WE=73254918;WS=73254900;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,22:0.49:45
chr7	73255647	rs4717823	G	C	1399.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.782;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=32;PP=600;ReadPosRankSum=0.843;SC=AAGCCTGGCTGGGGCTAGCGT;SOR=0.740;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=76;TCF=25;TCR=51;TR=47;WE=73255655;WS=73255637;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,66:0.65:101
chr7	73275396	rs4324825	G	A	202.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.252;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=1;PP=83;ReadPosRankSum=-0.895;SC=GCAGTGGAGCGGCAGGAGCCA;SOR=1.022;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=18;TCF=14;TCR=4;TR=7;WE=73275404;WS=73275386;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,10:0.48:21
chr7	73275501	rs11770024	T	C	1536.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-2.118;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.385;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=15;PP=469;ReadPosRankSum=-0.069;SC=TTCTCCCAGCTGGAGTAGGTG;SOR=0.535;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=91;TCF=59;TCR=32;TR=42;WE=73275509;WS=73275491;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,76:0.55:139
chr7	73275565	rs11770052	T	A	1555.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.908;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FS=2.749;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.23;ReadPosRankSum=1.634;SOR=0.497;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:97,92:0.49:189
chr7	73275769	rs11767129	C	T	108.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-1.611;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.161;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=5;PP=53;ReadPosRankSum=0.256;SC=AACTACAGTGCTGACATTTTC;SOR=0.250;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=19;TCF=2;TCR=17;TR=6;WE=73275777;WS=73275759;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,7:0.29:24
chr7	73279233	rs10675041	C	CA,CAA	716.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.379;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.05;ReadPosRankSum=0.164;SOR=1.140;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:8,21,22:0.41,0.43:51
chr7	73279482	rs13227841	T	C	2335.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.255;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=254;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.467;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=46;PP=1162;ReadPosRankSum=-0.941;SC=CCAGGCTCTCTGGGCTGGGCT;SOR=0.736;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=170;TCF=76;TCR=94;TR=80;WE=73279490;WS=73279472;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:131,114:0.47:245
chr7	73280020	rs1136647	C	T	4406.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.681;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=386;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.194;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=73;PP=2292;ReadPosRankSum=1.893;SC=ATCTCATCACCTGGACCACCT;SOR=0.760;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=233;TCF=111;TCR=122;TR=137;WE=73280028;WS=73280010;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:182,201:0.52:383
chr7	73449846	rs17146001	G	A	3536.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.398;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=345;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.796;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=58;PP=1468;ReadPosRankSum=1.845;SC=ACATTGACACGCCTACCAGAA;SOR=0.590;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=222;TCF=97;TCR=125;TR=106;WE=73449854;WS=73449836;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:162,174:0.52:336
chr7	73452140	rs2301995	G	A	1335.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.186;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=34;PP=831;ReadPosRankSum=0.142;SC=ACCCAGCTGGGAATGGGACAA;SOR=0.723;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=90;TCF=27;TCR=63;TR=48;WE=73452148;WS=73452130;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,58:0.55:106
chr7	73455384	rs2286257	G	A	1789.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.259;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.677;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=11;PP=991;ReadPosRankSum=-0.449;SC=TAAACTACTGGTGGATGCTAT;SOR=0.798;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=111;TCF=87;TCR=24;TR=56;WE=73455392;WS=73455374;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,77:0.51:152
chr7	73457506	rs55868272	C	T	990.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.830;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.818;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=22;PP=451;ReadPosRankSum=-2.571;SC=CGGGTCAGTGCGGAATCCCTG;SOR=0.436;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=74;TCF=16;TCR=58;TR=28;WE=73457514;WS=73457496;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,48:0.46:104
chr7	73467650	rs66498390	CTGTG	C	449.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-1.386;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=3;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=19;PP=609;ReadPosRankSum=-3.112;SC=GTGAGCTGGGCTGTGTGTGTG;SOR=0.330;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=46;TCF=0;TCR=46;TR=19;WE=73467663;WS=73467640;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,16:0.70:23
chr7	73470782	rs2856728	C	T	1591.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.649;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.388;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=26;ReadPosRankSum=1.031;SC=CTTAGTCACACCTGGGGACAT;SOR=0.481;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=85;TCF=40;TCR=45;TR=53;WE=73470790;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,72:0.60:120
chr7	73472050	rs28763986	C	T	1956.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=15;NR=32;PP=814;SC=ACCCCCGCCACTGGCTCACGG;SOR=1.252;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=47;TCF=15;TCR=32;TR=47;WE=73472058;WS=73472040;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr7	73479946	rs71519315	GA	G	105.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.814;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FS=2.778;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.28;MQRankSum=-1.042;QD=0.59;ReadPosRankSum=0.057;SOR=1.053;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:135,43:0.24:178
chr7	73513242	rs34911416	CA	C	537	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.147;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FS=7.965;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.14;ReadPosRankSum=1.237;SOR=2.522;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,51:0.77:66
chr7	73530046	rs149618	A	G	1941.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=41;NR=12;PP=1056;SC=GGCTGTCTACAGGTTGGCTTG;SOR=1.949;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=53;TCF=41;TCR=12;TR=53;WE=73530054;WS=73530036;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr7	73650116	.	GA	G	332.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-1.057;ClippingRankSum=0.000;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.187;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=9;PP=318;ReadPosRankSum=0.577;SC=CAGATAGAGAGATAACATTGC;SOR=1.473;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=1;TCR=18;TR=9;WE=73650124;WS=73650106;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,11:0.44:25
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chr7	73753250	rs539518	T	C	13684.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-2.369;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=538;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=139;NR=162;PP=2965;ReadPosRankSum=0.766;SC=CCGTGAAGACTGGCAACGAGT;SOR=0.388;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=302;TCF=140;TCR=162;TR=301;WE=73753258;WS=73753240;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,533:1.00:534
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chr7	73944185	rs2240357	T	C	4764.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-0.700;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=451;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.741;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=53;PP=1559;ReadPosRankSum=1.137;SC=CCTGCACTTATGGAGTCCCCA;SOR=0.727;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=239;TCF=122;TCR=117;TR=118;WE=73944193;WS=73944175;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:214,233:0.52:447
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chr7	73959331	rs2074665	A	G	311.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-1.321;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.998;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=10;PP=233;ReadPosRankSum=1.054;SC=AGAACCAGGAAGTTCCTGGTC;SOR=0.247;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=29;TCF=5;TCR=24;TR=13;WE=73959339;WS=73959321;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,14:0.44:32
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chr7	73969541	rs2301895	A	G	1284.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-1.704;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.926;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=29;PP=803;ReadPosRankSum=-1.400;SC=AGAGCCCATCATGGATAGTCA;SOR=0.979;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=79;TCF=37;TCR=42;TR=49;WE=73969549;WS=73969531;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,56:0.61:92
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chr7	74152376	rs201879322	T	C	1234.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.118;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=493;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.06;MQRankSum=0.011;QD=2.50;ReadPosRankSum=-0.575;SOR=0.647;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:382,111:0.23:493
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chr7	74167490	rs373607978	C	T	335.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.701;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FS=1.941;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=45.19;MQRankSum=-0.481;QD=3.73;ReadPosRankSum=-2.715;SOR=0.488;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:65,25:0.28:90
chr7	74191707	rs145170670	C	T	2457.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.545;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=337;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.903;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=2.486;NF=34;NR=61;PP=1201;ReadPosRankSum=0.901;SC=AGTGTGGGGACGGAGGAGGGA;SOR=0.573;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=236;TCF=80;TCR=156;TR=95;WE=74191715;WS=74191697;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:197,133:0.40:330
chr7	74193668	rs17295741	G	A	4778.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=55;NR=67;PP=2187;SC=CGAGTACTGCGGCACGCTCAT;SOR=0.855;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=122;TCF=55;TCR=67;TR=122;WE=74193676;WS=74193658;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,184:1.00:184
chr7	74197598	.	T	A	152.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=45.10;QD=25.47;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr7	74212036	rs707394	C	G	11455.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.284;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=637;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=4;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-2.425;NF=120;NR=106;PP=2962;ReadPosRankSum=0.121;SC=CGATACAGAACTTTTTCAGGC;SOR=0.702;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=431;TCF=228;TCR=203;TR=226;WE=74212056;WS=74212026;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:325,310:0.49:635
chr7	74212048	rs707395	C	T	11346.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.969;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=637;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=4;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-1.973;NF=116;NR=107;PP=2962;ReadPosRankSum=0.200;SC=TTTTCAGGCTCTTCTCAACAC;SOR=0.689;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=437;TCF=226;TCR=211;TR=223;WE=74212056;WS=74212026;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:328,307:0.48:635
chr7	74239517	rs201874591	C	T	118.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.655;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=41.23;MQRankSum=0.589;QD=13.20;ReadPosRankSum=-0.589;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,5:0.56:9
chr7	74482794	rs111457769	T	C	343.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=2.847;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=8;PP=253;ReadPosRankSum=-1.191;SC=CTGTCTCTATTACATAATGCG;SOR=0.527;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=19;TCF=6;TCR=13;TR=13;WE=74482802;WS=74482784;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,15:0.47:32
chr7	74489486	rs6955671	T	C	2390.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.61;BaseQRankSum=-1.543;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=254;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.471;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.025;NF=27;NR=46;PP=942;ReadPosRankSum=0.626;SC=CGGGAGCGCCTGGCCGCCGTC;SOR=0.640;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=149;TCF=55;TCR=94;TR=73;WE=74489494;WS=74489476;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:125,121:0.49:246
chr7	74524986	rs142604065	G	A	1439.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=20;NR=47;PP=1360;SC=TCACTCTGTCGCCCAGGCTGG;SOR=1.747;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=68;TCF=21;TCR=47;TR=67;WE=74524994;WS=74524976;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
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chr7	74582543	.	T	G	104.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=45.61;QD=20.98;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
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chr7	75051368	rs398003	T	C	1037.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.386;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.703;HP=5;HapScore=3;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.165;NF=13;NR=27;PP=1264;ReadPosRankSum=1.022;SC=AAGCTGGGGGTAAGGGCTGGC;SOR=0.828;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=96;TCF=34;TCR=62;TR=40;WE=75051383;WS=75051358;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,49:0.40:124
chr7	75051375	rs398016	T	C	1521.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.523;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=3;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-1.358;NF=19;NR=36;PP=1795;ReadPosRankSum=-1.839;SC=GGGTAAGGGCTGGCTTGGCGG;SOR=0.713;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=92;TCF=32;TCR=60;TR=55;WE=75051383;WS=75051358;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,73:0.62:117
chr7	75053925	rs200995270	AAAG	A	3522.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.541;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.446;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.036;NF=1;NR=58;PP=2418;ReadPosRankSum=-2.396;SC=CCAAAGAGAAAAAGAAGAAGT;SOR=0.887;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=133;TCF=4;TCR=129;TR=59;WE=75053935;WS=75053915;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,92:0.52:176
chr7	75054898	rs368743011	A	C	219.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=42.83;QD=24.42;SOR=2.093;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr7	75071964	rs376646711	T	C	470.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-0.795;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.548;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.749;NF=12;NR=13;PP=306;ReadPosRankSum=0.481;SC=GCCGCTCGCCTGCTCCAGCCG;SOR=0.392;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=39;TCF=17;TCR=22;TR=25;WE=75071972;WS=75071954;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,24:0.55:44
chr7	75072013	rs6966722	G	A	171.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.870;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.177;NF=3;NR=5;PP=85;ReadPosRankSum=-0.586;SC=GCGCCGCGGAGGAGACTTAAA;SOR=0.511;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=25;TCF=9;TCR=16;TR=8;WE=75072021;WS=75072003;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,10:0.37:27
chr7	75115201	rs186328613	C	A	935.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.104;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-1.338;NF=12;NR=18;PP=489;ReadPosRankSum=0.270;SC=GGGCTGCTGTCGCTGGCGCGC;SOR=0.659;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=50;TCF=19;TCR=31;TR=30;WE=75115209;WS=75115191;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,43:0.61:70
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chr7	75168562	rs1167835	G	A	767.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-4.366;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.371;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=3;PP=579;ReadPosRankSum=0.417;SC=TCCTTGTTCTGTTCCATTCTA;SOR=0.981;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=77;TCF=68;TCR=9;TR=32;WE=75168570;WS=75168554;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,33:0.41:80
chr7	75171422	rs1167793	A	G	180.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=1.868;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.172;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=8;PP=177;ReadPosRankSum=1.644;SC=ACTGCATGAAAGTAACTGAGG;SOR=1.609;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=19;TCF=4;TCR=15;TR=10;WE=75171430;WS=75171412;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,8:0.38:21
chr7	75171438	rs11773745	G	A	147.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-0.784;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQ=59.49;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=5;PP=62;ReadPosRankSum=0.189;SC=TGAGGGGGCCGGACAACGGTG;SOR=1.022;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=16;TCF=5;TCR=11;TR=6;WE=75171446;WS=75171428;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,8:0.47:17
chr7	75172270	rs1167794	G	A	2648.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.609;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=240;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.030;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=57;PP=1499;ReadPosRankSum=1.346;SC=GGGCTAGGTTGGGGCTGTCCT;SOR=0.800;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=163;TCF=62;TCR=101;TR=89;WE=75172278;WS=75172260;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:110,122:0.53:232
chr7	75174299	rs139593228	A	AT	507.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.703;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.959;HP=9;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=9;PP=277;ReadPosRankSum=-0.357;SC=TAAGGGACAGATTTTTTTTTC;SOR=0.972;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=46;TCF=22;TCR=24;TR=20;WE=75174307;WS=75174289;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,31:0.42:73
chr7	75176196	rs1167800	G	A	1706.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=41;NR=12;PP=1137;SC=GTCTGTCACCGATGCCTCCTC;SOR=2.265;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=53;TCF=41;TCR=12;TR=53;WE=75176204;WS=75176186;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr7	75176300	rs1167801	T	C	2340.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.196;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=259;ExcessHet=3.0103;FS=6.860;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.18;ReadPosRankSum=0.617;SOR=0.421;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:136,119:0.47:255
chr7	75176385	rs1167802	A	C	1503.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.344;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FS=3.442;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.26;ReadPosRankSum=1.065;SOR=0.992;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:104,78:0.43:182
chr7	75183394	rs1167806	T	A	686.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.305;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.10;ReadPosRankSum=-0.027;SOR=0.582;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,34:0.50:68
chr7	75183403	rs1167807	A	G	2543.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=34.38;SOR=1.457;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
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chr7	75188991	rs34985543	C	T	945.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.132;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.572;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.530;NF=41;NR=25;PP=1097;ReadPosRankSum=1.211;SC=CTCTGCTGCCCGCGCCTGCCC;SOR=1.335;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=132;TCF=88;TCR=44;TR=66;WE=75188999;WS=75188981;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,45:0.54:84
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chr7	75513062	rs42183	A	G	11977.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-2.756;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=469;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=131;NR=128;PP=2965;ReadPosRankSum=1.254;SC=AGCGAGTGGCACTGAAGCTCG;SOR=0.719;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=261;TCF=132;TCR=129;TR=259;WE=75513070;WS=75513052;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,462:1.00:464
chr7	75597545	rs10954724	C	T	679.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=8;NR=13;PP=329;SC=TTCCTCCTGGCGGGGACCTGC;SOR=1.101;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=8;TCR=13;TR=21;WE=75597553;WS=75597535;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr7	75608674	rs10225188	G	T	1224.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.607;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.679;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=8;PP=658;ReadPosRankSum=0.717;SC=GGGCGGCCTGGAGGGCCCCCG;SOR=0.929;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=94;TCF=71;TCR=23;TR=42;WE=75608682;WS=75608664;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,56:0.48:117
chr7	75608986	rs10239977	C	T	788.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=1.492;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.291;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=23;PP=471;ReadPosRankSum=0.364;SC=AGGGGGAGGCCGGCAGGGAGT;SOR=0.243;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=59;TCF=9;TCR=50;TR=29;WE=75608994;WS=75608976;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,36:0.50:72
chr7	75609677	rs1135612	A	G	4545.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.109;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=485;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=81;NR=55;PP=1875;ReadPosRankSum=-0.548;SC=GCAGCCTGCCAGAGATCGACA;SOR=0.693;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=297;TCF=176;TCR=121;TR=136;WE=75609685;WS=75609667;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:250,232:0.48:482
chr7	75610763	rs2286819	G	A	3400.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=59;NR=25;PP=1646;SC=GGGTCGGGGCGTGCCTGGCAC;SOR=1.448;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=84;TCF=59;TCR=25;TR=84;WE=75610771;WS=75610753;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
chr7	75612770	rs13223707	C	G	5937.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=96;NR=21;PP=2879;SC=CAACCAGAAGCGTCCTTGGAG;SOR=2.629;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=117;TCF=96;TCR=21;TR=117;WE=75612791;WS=75612760;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr7	75612783	rs13240147	G	A	6688.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=109;NR=28;PP=2965;SC=CCTTGGAGACGGAGACTCAGA;SOR=2.288;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=138;TCF=110;TCR=28;TR=137;WE=75612791;WS=75612760;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,161:1.00:161
chr7	75613998	rs4732514	C	T	1916.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=32;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=46;NR=9;PP=1354;SC=CACCTGTTGCCGCAGAGCTGG;SOR=2.833;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=55;TCF=46;TCR=9;TR=55;WE=75614006;WS=75613988;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr7	75614029	rs4732515	T	C	3586.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=81;NR=15;PP=2354;SC=CACCCCCTCCTGCCGCAGCCA;SOR=2.594;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=96;TCF=81;TCR=15;TR=96;WE=75614037;WS=75614019;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr7	75614082	rs4732516	C	G	9115.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=340;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=151;NR=84;PP=2965;SC=TCCTGCCTGTCTCTTCCCTGC;SOR=1.203;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=236;TCF=152;TCR=84;TR=235;WE=75614090;WS=75614072;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,334:1.00:334
chr7	75614288	rs2286822	C	T	15168.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.635;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=810;ExcessHet=3.0103;FS=1.104;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.10;ReadPosRankSum=2.234;SOR=0.584;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:390,404:0.51:794
chr7	75614296	rs2286823	G	A	15314.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.885;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=862;ExcessHet=3.0103;FS=0.520;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.06;ReadPosRankSum=1.849;SOR=0.628;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:422,426:0.50:848
chr7	75614863	rs2302431	TG	CT	7677.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.61;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;JOINED;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=55;NR=38;PP=2947;SC=AGGGCCTCGGTGTGGCGGTGG;SOR=1.133;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=99;TCF=61;TCR=38;TR=93;WE=75614872;WS=75614853;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,172:1.00:172
chr7	75614953	rs2228104	T	C	9198.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=360;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=114;NR=88;PP=2965;SC=AGACCAAGGCTGGCCGCATCA;SOR=0.860;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=202;TCF=114;TCR=88;TR=202;WE=75614961;WS=75614943;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,347:1.00:347
chr7	75615287	rs1057870	G	A	2168.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.437;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=29;PP=1064;ReadPosRankSum=-0.438;SC=GCCGCCGCTCGGATGAGGACT;SOR=0.716;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=120;TCF=63;TCR=57;TR=59;WE=75615295;WS=75615277;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:102,99:0.49:201
chr7	75616778	rs11767816	A	T	4354.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.539;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=237;ExcessHet=3.0103;FS=6.147;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.36;MQRankSum=0.830;QD=18.37;ReadPosRankSum=1.667;SOR=0.771;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:123,114:0.48:237
chr7	75616778	.	AC	TA	2623	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;FR=0.5000;HP=3;HapScore=2;MGOF=19;MMLQ=28;MQ=60.31;NF=44;NR=33;PP=2623;QD=20;SC=TACTCAGAAGACCCAGTCCCT;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=157;TCF=80;TCR=77;TR=77;WE=75616787;WS=75616768;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:80,77:0.49:157
chr7	75616779	rs11766464	C	A	4354.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.687;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=240;ExcessHet=3.0103;FS=6.045;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.36;MQRankSum=0.817;QD=18.14;ReadPosRankSum=1.585;SOR=0.779;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:124,116:0.48:240
chr7	75616817	rs201142190	GGACA	G	9702.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=237;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=25;NR=77;PP=2979;SC=CGCAGAGGACGGACAGACAGA;SOR=0.730;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=113;TCF=30;TCR=83;TR=102;WE=75616828;WS=75616807;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,222:1.00:222
chr7	75621661	rs2286826	G	C	1464.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=18;NR=26;PP=925;SC=AGGGCAAACAGGGCCCAGAGA;SOR=1.220;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=44;TCF=18;TCR=26;TR=44;WE=75621669;WS=75621651;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr7	75621827	rs4732519	A	G	1865.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=17;NR=22;PP=865;SC=CAATTGTTCTAAAGTTTGGTC;SOR=0.980;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=40;TCF=17;TCR=23;TR=39;WE=75621835;WS=75621817;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr7	75621979	rs6467956	T	C	313.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=9;PP=235;SC=CTGGGAGGGTTTCGCTCAGCG;SOR=2.494;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=11;TCF=2;TCR=9;TR=11;WE=75621987;WS=75621969;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr7	75628460	.	A	AT	135.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=1.772;ClippingRankSum=0.000;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=4.708;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.98;ReadPosRankSum=-1.267;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,5:0.29:17
chr7	75628461	rs4728538	A	T,AAAT	537.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.61;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=26;NF=5;NR=5;PP=147;SC=GTCTCAAAAAAAAATAAATAA;SOR=1.061;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=11;TCF=6;TCR=5;TR=10;WE=75628469;WS=75628451;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.71,0.29:17
chr7	75629778	rs3801472	T	C	7808.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=293;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=77;NR=90;PP=2965;SC=AGTTAGGAGCTCCGAGTTCCG;SOR=0.778;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=167;TCF=77;TCR=90;TR=167;WE=75629786;WS=75629768;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,292:1.00:292
chr7	75630274	rs8565	T	C	9393.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=358;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=108;NR=85;PP=2965;SC=GGCTGATACCTTGGGTGGAAA;SOR=0.877;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=194;TCF=109;TCR=85;TR=193;WE=75630282;WS=75630264;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,352:1.00:352
chr7	75633209	rs2058389	T	C	4474.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=55;NR=59;PP=1807;SC=TCAGGTGGAATGCAGAATGCA;SOR=0.752;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=116;TCF=56;TCR=60;TR=114;WE=75633217;WS=75633199;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,173:1.00:173
chr7	75634687	rs1044484	G	A	2710.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.042;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=283;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.910;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=51;PP=1325;ReadPosRankSum=-0.844;SC=TCCCTGGCACGATTTCAATGG;SOR=0.758;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=185;TCF=87;TCR=98;TR=96;WE=75634695;WS=75634677;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:143,135:0.49:278
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chr7	75694345	rs3214335	TC	T	2230.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=43;PP=1816;SC=TCAGGAGCTCTCCCTGGCCCT;SOR=1.963;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=48;TCF=2;TCR=46;TR=45;WE=75694353;WS=75694335;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr7	75695613	rs10256	A	G	2780.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.101;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=303;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.418;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=40;PP=1144;ReadPosRankSum=0.533;SC=GGCATCGAGAAGAACCTGGGC;SOR=0.647;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=178;TCF=87;TCR=91;TR=79;WE=75695621;WS=75695603;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:161,141:0.47:302
chr7	75806299	rs12538908	A	G	989.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-1.439;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.727;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.642;NF=22;NR=11;PP=424;ReadPosRankSum=-1.449;SC=TCAAGGTGCCATACTCCAAGT;SOR=0.808;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=79;TCF=51;TCR=28;TR=33;WE=75806307;WS=75806289;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,51:0.46:111
chr7	75912536	rs3839766	TG	T	112.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.853;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=2.187;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.51;MQRankSum=1.420;QD=5.93;ReadPosRankSum=-0.109;SOR=0.269;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,9:0.47:19
chr7	75914934	rs75544239	G	GC	3720.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=25;NR=28;PP=2255;SC=TCCCGGCAGCGCCGCAAGCGT;SOR=1.244;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=54;TCF=26;TCR=28;TR=53;WE=75914942;WS=75914924;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr7	75959188	rs2072435	G	A	6162.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.470;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=549;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.092;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=100;NR=105;PP=2962;ReadPosRankSum=0.506;SC=AGGCCTTCTCGGAGGACTCCA;SOR=0.625;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=402;TCF=192;TCR=210;TR=205;WE=75959196;WS=75959178;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:260,281:0.52:541
chr7	76023088	rs140509712	C	CG	9827.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=285;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=36;NR=85;PP=2973;SC=TGCCGGCTCCCGGCAGAGCCC;SOR=0.774;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=126;TCF=36;TCR=90;TR=121;WE=76023098;WS=76023078;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,281:1.00:281
chr7	76023131	rs35508921	A	AG	11498.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=336;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=21;NR=107;PP=2936;SC=CCGCAGACCCAGGCACCGCCA;SOR=0.992;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=129;TCF=22;TCR=107;TR=128;WE=76023139;WS=76023117;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,325:1.00:325
chr7	76054195	rs13232187	T	G	1308.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-2.422;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.695;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=11;PP=714;ReadPosRankSum=-0.146;SC=GGGAGGCAGCTGAGAAGCTGA;SOR=0.310;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=64;TCF=51;TCR=13;TR=43;WE=76054203;WS=76054185;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,59:0.69:85
chr7	76058767	rs6465128	G	T	3106.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.215;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=327;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=72;NR=50;PP=1749;ReadPosRankSum=0.637;SC=TGAGCACTCAGGTATGGCTTG;SOR=0.701;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=238;TCF=140;TCR=98;TR=122;WE=76058775;WS=76058757;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:164,153:0.48:317
chr7	76062441	.	T	TTTGGTTTTGG	3655.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=173;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.19;QD=46.28;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr7	76071228	rs143649134	A	G	542.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.252;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=14.295;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.64;MQRankSum=-3.899;QD=7.75;ReadPosRankSum=2.715;SOR=2.712;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:45,25:0.36:70
chr7	76126737	rs145964625	C	T	349.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.125;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FS=3.146;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.38;MQRankSum=-2.644;QD=3.53;ReadPosRankSum=0.245;SOR=0.406;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:73,26:0.26:99
chr7	76131586	rs2690683	G	A	636.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=3.010;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.777;HP=1;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-7.271;NF=27;NR=12;PP=596;ReadPosRankSum=-1.354;SC=CACTGTTGGCGAGCATGACCC;SOR=1.590;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=86;TCF=56;TCR=30;TR=39;WE=76131594;WS=76131576;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,35:0.34:104
chr7	76131645	rs6979487	A	G	3054.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.159;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FS=7.749;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.69;MQRankSum=-4.806;QD=17.66;ReadPosRankSum=-1.495;SOR=1.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:95,78:0.45:173
chr7	76131650	rs6958774	G	A	3052.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.588;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FS=7.489;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.94;MQRankSum=-4.455;QD=16.87;ReadPosRankSum=-1.088;SOR=1.192;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:98,83:0.46:181
chr7	76131695	rs4728775	A	G	2142.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-2.283;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.079;HP=1;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-5.192;NF=34;NR=35;PP=881;ReadPosRankSum=2.516;SC=TCGGGTCCCTAGCTGTGGGCC;SOR=0.597;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=138;TCF=65;TCR=73;TR=69;WE=76131703;WS=76131685;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:98,107:0.52:205
chr7	76131812	rs6963784	C	G	686.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=2.484;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.382;HP=4;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=24;PP=580;ReadPosRankSum=0.261;SC=GGTGGCCCGCCCCCACAGTCC;SOR=2.070;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=50;TCF=8;TCR=42;TR=27;WE=76131820;WS=76131802;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,26:0.53:49
chr7	76132898	rs17855260	T	C	918.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=4.636;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.318;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-11.207;NF=19;NR=29;PP=827;ReadPosRankSum=-2.703;SC=TTCCCCATGGTATCCAGGTGA;SOR=0.913;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=115;TCF=49;TCR=66;TR=48;WE=76132906;WS=76132888;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,46:0.34:134
chr7	76132962	rs2690526	A	G	174.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=2.299;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-6.166;NF=6;NR=10;PP=188;ReadPosRankSum=1.718;SC=CCCCGCCCACATCCCAGCAGT;SOR=0.719;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=54;TCF=22;TCR=32;TR=16;WE=76132970;WS=76132952;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,14:0.26:54
chr7	76133863	.	C	T	40.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.803;ClippingRankSum=-0.000;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=3.010;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.22;MQRankSum=1.803;QD=4.08;ReadPosRankSum=0.524;SOR=0.105;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,4:0.40:10
chr7	76134673	rs73140090	C	G	3239.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.295;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=276;ExcessHet=3.0103;FS=0.969;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.82;ReadPosRankSum=-0.133;SOR=0.617;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:121,153:0.56:274
chr7	76135134	rs7398	G	A	2280.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=1.973;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=268;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.944;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=36;PP=1039;ReadPosRankSum=0.449;SC=TGGGGGCTTAGGATGCAGCTA;SOR=0.766;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=148;TCF=67;TCR=81;TR=64;WE=76135142;WS=76135124;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:151,115:0.43:266
chr7	76141300	rs138814406	T	TC	86	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=42.73;QD=21.50;SOR=3.258;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr7	76142536	rs2286988	G	A	2804.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.099;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=264;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.458;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=60;PP=1500;ReadPosRankSum=-0.516;SC=TCTCTGGGCCGCCTCTGCTGA;SOR=0.738;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=169;TCF=59;TCR=110;TR=92;WE=76142544;WS=76142526;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:128,134:0.51:262
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chr7	76144560	rs1799126	T	C	2850.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=22;NR=74;PP=1779;SC=GATGGGGCGCTGGGAGTGAGT;SOR=2.415;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=96;TCF=22;TCR=74;TR=96;WE=76144568;WS=76144550;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr7	76239480	rs200882024	C	A	983.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.970;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.63;MQRankSum=-6.096;QD=10.93;ReadPosRankSum=-1.027;SOR=0.625;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:43,47:0.52:90
chr7	76239503	rs140446540	G	GC	1564.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.791;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FS=2.393;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.08;MQRankSum=-7.246;QD=12.52;ReadPosRankSum=0.808;SOR=0.990;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:64,61:0.49:125
chr7	76239703	rs150952334	T	A	458.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.078;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.491;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-4.869;NF=2;NR=13;PP=266;ReadPosRankSum=-1.039;SC=TGTGATGGCTTATGCCTGTAA;SOR=1.420;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=29;TCF=6;TCR=23;TR=15;WE=76239711;WS=76239693;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,21:0.47:45
chr7	76240677	rs1799211	T	G	85.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.890;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-3.711;NF=5;NR=1;PP=56;ReadPosRankSum=0.260;SC=TTTTAATGGATGACAAGGGAA;SOR=0.818;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=25;TCF=19;TCR=6;TR=6;WE=76240685;WS=76240667;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,6:0.23:26
chr7	76240785	rs71819724	CA	C	3272.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.100;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.405;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-6.653;NF=26;NR=21;PP=1697;ReadPosRankSum=0.180;SC=CCTGCGGTTACAGGGAAGCAG;SOR=0.885;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=103;TCF=52;TCR=51;TR=47;WE=76240793;WS=76240775;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:114,98:0.46:212
chr7	76240888	rs1134609	A	G	1453.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.082;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=318;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.652;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-11.577;NF=30;NR=44;PP=814;ReadPosRankSum=-1.218;SC=GATGTCAGCCAGGCCTTCCAC;SOR=0.998;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=221;TCF=110;TCR=111;TR=74;WE=76240896;WS=76240878;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:223,93:0.29:316
chr7	76255032	rs2527936	A	G	4475.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.808;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=404;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.769;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=99;PP=2224;ReadPosRankSum=0.229;SC=TAGCAGTAAGATATTTTAATT;SOR=0.753;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=292;TCF=107;TCR=185;TR=154;WE=76255040;WS=76255022;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:182,216:0.54:398
chr7	76255452	rs62476699	G	A	3391.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.250;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=415;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.117;HP=5;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-13.488;NF=60;NR=57;PP=1693;ReadPosRankSum=1.888;SC=AAGTACCCCCGGACAGGAATA;SOR=0.596;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=267;TCF=145;TCR=122;TR=117;WE=76255460;WS=76255442;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:238,177:0.43:415
chr7	76255491	rs71535586	C	T	3214.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.150;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=365;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.719;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-10.640;NF=56;NR=64;PP=1720;ReadPosRankSum=0.367;SC=ATAGCGTCTTCGAGGTGTTAT;SOR=0.801;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=269;TCF=129;TCR=140;TR=120;WE=76255499;WS=76255481;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:203,162:0.44:365
chr7	76255998	rs2006268	T	C	1052.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-1.894;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.407;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-1.316;NF=17;NR=15;PP=335;ReadPosRankSum=-0.635;SC=AGCCAAAGGATGATCTGGGAA;SOR=0.441;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=74;TCF=44;TCR=30;TR=32;WE=76256006;WS=76255988;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,56:0.49:115
chr7	76607938	rs56083327	C	T	287.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-2.375;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.856;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.167;NF=10;NR=4;PP=154;ReadPosRankSum=-0.952;SC=GGGAAGATGGCCATGGCCCCA;SOR=0.307;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=25;TCF=19;TCR=6;TR=14;WE=76607946;WS=76607928;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,14:0.54:26
chr7	76608143	rs2245368	C	T	885.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.473;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-2.144;NF=13;NR=17;PP=382;ReadPosRankSum=1.193;SC=CCCTCGCTGGCCCGTTACATT;SOR=0.755;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=80;TCF=37;TCR=43;TR=30;WE=76608151;WS=76608133;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,48:0.38:126
chr7	76610095	rs62473742	C	T	2500.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=2.081;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=274;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.064;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.305;NF=44;NR=34;PP=1174;ReadPosRankSum=0.931;SC=GCAACCAGCTCGTGGACTTGG;SOR=0.801;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=170;TCF=90;TCR=80;TR=78;WE=76610103;WS=76610085;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:141,121:0.46:262
chr7	76610299	rs62473743	A	G	1564.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.753;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.278;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-6.913;NF=56;NR=55;PP=1865;ReadPosRankSum=3.256;SC=CTGGCCCTGTATCAGGCCGCT;SOR=0.381;SbPval=0.5;Source=Platypus;TCF=112;TR=111;WE=76610307;WS=76610289;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:97,76:0.44:173
chr7	76610407	rs62473744	A	G	2607.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-1.617;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=249;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.066;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-9.346;NF=25;NR=72;PP=1871;ReadPosRankSum=-1.274;SC=CCTTTGCACCATACAACAAAC;SOR=0.782;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=181;TCF=44;TCR=137;TR=97;WE=76610415;WS=76610397;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:114,131:0.53:245
chr7	76610621	.	T	C	99	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MMLQ=24;MQ=45.06;NF=1;NR=7;PP=99;QD=16.7214015684;SC=CCTGTGTTTCTGCTCTTAGCT;SbPval=0.94;Source=Platypus;TC=26;TCF=8;TCR=18;TR=8;WE=76610629;WS=76610611;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:18,8:0.31:26
chr7	76619795	rs149365700	G	A	132.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=2.328;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.010;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=-1.999;NF=1;NR=6;PP=129;ReadPosRankSum=0.239;SC=GGGAGAGCCAGAGGGGCTCCC;SOR=1.863;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=15;TCF=2;TCR=13;TR=7;WE=76619803;WS=76619785;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,6:0.38:16
chr7	76624959	rs55895615	C	T	339.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.396;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.32;MQRankSum=-2.877;QD=4.30;ReadPosRankSum=0.995;SOR=0.659;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:55,24:0.30:79
chr7	76629626	rs145082715	G	A	760.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.970;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.79;MQRankSum=-5.785;QD=5.51;ReadPosRankSum=0.891;SOR=0.675;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:93,45:0.33:138
chr7	76632736	rs3748126	C	G	2021.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.325;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.739;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-1.587;NF=26;NR=38;PP=962;ReadPosRankSum=-1.312;SC=GGACCATCCTCATAGTTTACA;SOR=0.847;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=128;TCF=56;TCR=72;TR=64;WE=76632744;WS=76632726;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:101,98:0.49:199
chr7	76633563	rs200921291	C	T	91.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.394;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=1.255;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.39;MQRankSum=-1.106;QD=1.56;ReadPosRankSum=-2.212;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:47,12:0.20:59
chr7	76633640	rs79277119	C	A	183.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.286;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.25;MQRankSum=0.020;QD=2.52;ReadPosRankSum=-1.349;SOR=0.659;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:55,18:0.25:73
chr7	76634237	rs377009367	G	A	382.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.230;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=3.771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.25;MQRankSum=-3.731;QD=14.18;ReadPosRankSum=-0.509;SOR=0.799;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,19:0.70:27
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chr7	76634274	rs67390349	CTGCTGT	C	685.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.749;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=4;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-3.919;NF=0;NR=10;PP=810;ReadPosRankSum=1.680;SC=GGTGCGGGGACTGCTGTGGGG;SOR=0.914;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=1;TCR=17;TR=10;WE=76634287;WS=76634259;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,18:0.64:28
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chr7	76883685	rs3114318	T	C	710.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=7;NR=7;PP=210;SC=TCAGGAAAGGTGTCATAAAGA;SOR=0.693;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=7;TCR=7;TR=14;WE=76883693;WS=76883675;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr7	76883717	rs2056709	C	A	1103.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=12;NR=9;PP=429;SC=GTTGCCTGGCCGACAAGCATG;SOR=0.902;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=12;TCR=9;TR=21;WE=76883725;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
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chr7	76908566	rs72142258	ATGAGACCCTG	A	349.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=1.550;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=6;PP=2013;ReadPosRankSum=-2.046;SC=GGGTGACAGAATGAGACCCTG;SOR=1.022;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=13;TCF=1;TCR=12;TR=7;WE=76908583;WS=76908556;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,10:0.48:21
chr7	76911827	rs11769500	G	A	422.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.032;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.493;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=1;PP=245;ReadPosRankSum=-0.141;SC=CTAGTAAAACGGTGGTCTCAA;SOR=1.911;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=18;TCF=16;TCR=2;TR=13;WE=76911835;WS=76911817;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,18:0.72:25
chr7	76922575	rs113826533	GCAA	G	1383.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.618;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.995;HP=1;HapScore=4;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.268;NF=1;NR=36;PP=2945;ReadPosRankSum=-0.284;SC=TTGCATTCAGGCAACCCACAG;SOR=0.408;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=73;TCF=3;TCR=70;TR=37;WE=76922590;WS=76922564;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,59:0.56:105
chr7	76922581	rs55803623	C	G	2459.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.352;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FS=3.058;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=23.88;ReadPosRankSum=0.339;SOR=0.381;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:42,61:0.59:103
chr7	76922581	.	CA	GT	2944	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;FR=0.5000;HP=2;HapScore=4;MGOF=1;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=11;NR=34;PP=2944;QD=20;SC=TCAGGCAACCCACAGTTATCC;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=86;TCF=19;TCR=67;TR=45;WE=76922590;WS=76922564;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:41,45:0.52:86
chr7	76922582	rs59657581	A	T	2462.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.930;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FS=3.060;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.14;ReadPosRankSum=0.160;SOR=0.400;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,61:0.60:102
chr7	76958730	rs10274222	A	G	5028.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=52;NR=58;PP=2123;SC=AACACGTCAGAAATGTGGAAG;SOR=0.758;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=110;TCF=52;TCR=58;TR=110;WE=76958738;WS=76958720;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,190:1.00:190
chr7	76984752	rs35161141	CA	C	912.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.073;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.06;MQRankSum=1.008;QD=5.37;ReadPosRankSum=-0.314;SOR=0.724;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:86,84:0.49:170
chr7	77006554	rs11463297	T	TA	875.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.726;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FS=1.949;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.38;MQRankSum=0.000;QD=7.48;ReadPosRankSum=0.363;SOR=0.434;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,80:0.68:117
chr7	77006717	rs34017497	CAAA	C,CA	1734.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.144;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=21.42;ReadPosRankSum=1.430;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:10,37,34:0.46,0.42:81
chr7	77035392	rs6949654	T	C	2054.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=31;NR=23;PP=827;SC=ATTTAATACATGTAAGCTCTC;SOR=0.872;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=54;TCF=31;TCR=23;TR=54;WE=77035400;WS=77035382;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
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chr7	77200392	rs17155183	A	T	945.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.746;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.859;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=11;PP=521;ReadPosRankSum=1.017;SC=GTTGTATTTTAAGCGGTTAAG;SOR=0.889;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=52;TCF=33;TCR=19;TR=31;WE=77200400;WS=77200382;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,41:0.51:80
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chr7	77266224	rs111334550	A	G	475.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.462;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.114;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=5;PP=243;ReadPosRankSum=-1.365;SC=TCTGATGCTGAAAATGATAGG;SOR=0.434;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=33;TCF=22;TCR=11;TR=14;WE=77266232;WS=77266214;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,23:0.45:51
chr7	77326410	rs3750128	T	C	462.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=13;PP=288;SC=GAGGGCGCCGTGGGTCCCCGC;SOR=1.292;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=18;TCF=5;TCR=13;TR=17;WE=77326418;WS=77326400;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr7	77365770	rs3764824	A	G	857.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.67;SOR=1.402;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
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chr7	77395022	rs139254369	A	T	578.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-4.009;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.680;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=14;PP=264;ReadPosRankSum=0.347;SC=TGAGTAATCTAAATTGTGATT;SOR=0.178;SbPval=0.23;Source=Platypus;TC=39;TCF=8;TCR=31;TR=20;WE=77395030;WS=77395012;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,26:0.59:44
chr7	77397906	rs10538970	ATAT	A	997.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=3;PP=697;SC=CAGGGGAACAATATTATTATT;SOR=2.030;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=16;TCF=13;TCR=3;TR=14;WE=77397916;WS=77397896;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr7	77402746	rs10953349	A	G	1009.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=24;PP=725;SC=TTTTACCCGTATTTGGATATC;SOR=2.303;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=7;TCR=24;TR=31;WE=77402754;WS=77402736;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr7	77407556	rs11970824	A	G	318.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=4.728;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=0;PP=274;ReadPosRankSum=0.056;SC=AGACAGTACTATGGTATTGAC;SOR=1.493;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=23;TCF=23;TCR=0;TR=13;WE=77407564;WS=77407546;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,12:0.46:26
chr7	77423152	rs1045463	C	T	483.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=2.297;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=2;PP=315;ReadPosRankSum=0.467;SC=TTCACCAATCCTGTTTTATGG;SOR=0.468;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=26;TCF=23;TCR=3;TR=17;WE=77423160;WS=77423142;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,19:0.63:30
chr7	77423574	rs7953	G	A	12286.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=467;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=141;NR=166;PP=2965;SC=AGACTGGAATGAATATGAGGA;SOR=0.814;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=307;TCF=141;TCR=166;TR=307;WE=77423582;WS=77423564;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,454:1.00:454
chr7	77469486	rs17807802	C	T	2187.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.943;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=30;PP=1031;ReadPosRankSum=-0.140;SC=GTTCAGTCTCCTTTTGGAAGG;SOR=0.719;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=138;TCF=79;TCR=59;TR=71;WE=77469494;WS=77469476;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:113,108:0.49:221
chr7	77523521	rs10267180	A	G	1115.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=32;PP=897;SC=ATGTAATCATATCTCTTATGC;SOR=4.921;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=34;TCF=1;TCR=33;TR=33;WE=77523529;WS=77523511;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr7	77567265	rs34381093	C	G	198.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-0.713;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=7;PP=152;ReadPosRankSum=0.105;SC=TTTCTTCACCCTGAAAAAAAA;SOR=0.582;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=19;TCF=4;TCR=15;TR=9;WE=77567273;WS=77567255;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,9:0.47:19
chr7	77584159	rs59882937	A	AT	130.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.582;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FS=0.998;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.36;ReadPosRankSum=0.460;SOR=0.511;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:77,19:0.20:96
chr7	77648671	rs13438302	G	C	514.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=1.622;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.386;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=15;PP=257;ReadPosRankSum=0.597;SC=TGAGGACGCTGGGCAGCTTGT;SOR=1.219;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=9;TCR=23;TR=21;WE=77648679;WS=77648661;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,27:0.50:54
chr7	77648731	rs2960452	C	G	157.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=0.812;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=40;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=5;PP=81;ReadPosRankSum=-0.319;SC=CCTTGCGCGCCGGGGCGCCCC;SOR=0.859;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=5;WE=77648739;WS=77648721;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,7:0.78:9
chr7	77756580	rs2074641	T	C	880.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=1.744;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.813;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=12;PP=563;ReadPosRankSum=-1.590;SC=TGTAGTCCAGTAGGGGAGGCT;SOR=0.574;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=72;TCF=48;TCR=24;TR=33;WE=77756588;WS=77756570;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,41:0.45:91
chr7	77756724	rs7812015	C	T	2109.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.970;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=33;PP=766;ReadPosRankSum=0.071;SC=CTTTCACTTCCGACCTGTAAC;SOR=0.690;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=133;TCF=60;TCR=73;TR=62;WE=77756732;WS=77756714;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:119,108:0.48:227
chr7	77756815	rs9656109	G	T	561.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.322;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.983;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=16;PP=360;ReadPosRankSum=0.898;SC=CCAGAGGTGGGCCAGCCATGA;SOR=0.922;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=50;TCF=15;TCR=35;TR=22;WE=77756823;WS=77756805;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,28:0.41:68
chr7	77756849	rs2074642	C	T	370.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=1.463;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=12;PP=212;ReadPosRankSum=1.119;SC=CCACTCCTCTCGGTGGTCCTG;SOR=0.693;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=32;TCF=5;TCR=27;TR=14;WE=77756857;WS=77756839;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,18:0.45:40
chr7	77764591	rs767682	C	A	1963.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.881;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.543;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=42;PP=1106;ReadPosRankSum=-0.746;SC=GTCCCAGCCCCAAAGGAAACA;SOR=0.757;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=134;TCF=47;TCR=87;TR=64;WE=77764599;WS=77764581;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:100,91:0.48:191
chr7	77797475	.	C	CT	256.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.423;ClippingRankSum=0.000;DP=79;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.27;MQRankSum=1.610;QD=6.11;ReadPosRankSum=-0.190;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,19:0.45:42
chr7	78119199	rs1990577	A	C	2802.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.141;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=290;ExcessHet=3.0103;FS=3.342;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.11;MQRankSum=1.736;QD=9.97;ReadPosRankSum=-0.073;SOR=0.900;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:140,141:0.50:281
chr7	78119221	rs3086374	G	GA,GAA	3739.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.607;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FS=2.962;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.22;MQRankSum=0.272;QD=24.60;ReadPosRankSum=1.689;SOR=1.897;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:2,77,73:0.51,0.48:152
chr7	78130801	rs10641091	C	CT	547.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.271;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.14;MQRankSum=0.968;QD=7.30;ReadPosRankSum=0.101;SOR=0.593;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,44:0.59:75
chr7	79828450	rs57711391	CT	C	40.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.095;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=3.179;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.73;ReadPosRankSum=-0.030;SOR=1.274;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:44,12:0.21:56
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chr7	80374342	rs1949971	A	G	8111.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=298;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=93;NR=102;PP=2965;SC=TGTCTTTGCAATATTGGTTAA;SOR=0.791;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=195;TCF=93;TCR=102;TR=195;WE=80374350;WS=80374332;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,298:1.00:298
chr7	80374438	rs1949972	T	C	5752.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=75;NR=80;PP=2763;SC=CCCAGGTCCATGGGGACCATT;SOR=0.770;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=155;TCF=75;TCR=80;TR=155;WE=80374446;WS=80374428;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,214:1.00:214
chr7	80378148	rs1405743	T	C	3159.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=65;NR=28;PP=1832;SC=TGAGCCTCGCTGAGGGACAGT;SOR=1.630;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=93;TCF=65;TCR=28;TR=93;WE=80378156;WS=80378138;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr7	80378175	rs2886793	T	C	4373.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=81;NR=44;PP=2242;SC=ATGTTCTCTCTGAAGCCCTGA;SOR=1.250;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=125;TCF=81;TCR=44;TR=125;WE=80378183;WS=80378165;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,163:1.00:163
chr7	80378319	rs2272351	G	C	6215.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=239;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=62;NR=90;PP=2965;SC=CTCCATACTGGACAATTTCAG;SOR=0.941;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=152;TCF=62;TCR=90;TR=152;WE=80378327;WS=80378309;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,232:1.00:232
chr7	80387766	rs1058425	C	T	1453.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.124;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.580;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=25;PP=618;ReadPosRankSum=-1.235;SC=GCAGAGATACCTGGGAAACCC;SOR=0.763;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=93;TCF=41;TCR=52;TR=42;WE=80387774;WS=80387756;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:89,73:0.45:162
chr7	80433260	rs140929995	AATG	A	451.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.070;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=0;PP=242;ReadPosRankSum=1.002;SC=TTCAATATAAAATGATGAATA;SOR=0.317;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=10;TCR=1;TR=6;WE=80433270;WS=80433254;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,12:0.71:17
chr7	80434944	rs2272348	T	C	1439.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.696;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=26;PP=850;ReadPosRankSum=1.666;SC=ATGCATCAAATGCTTTCTTAC;SOR=0.689;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=105;TCF=59;TCR=46;TR=57;WE=80434952;WS=80434934;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,73:0.48:153
chr7	80456841	rs4461841	C	T	5002.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=50;NR=66;PP=2278;SC=ATAATCTCACCTGGACATATG;SOR=0.896;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=117;TCF=51;TCR=66;TR=116;WE=80456849;WS=80456831;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,192:1.00:192
chr7	80551462	rs73376616	G	A	257.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-1.683;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=5;PP=116;ReadPosRankSum=0.512;SC=TTCAATGAGAGAACGTTGAAG;SOR=0.593;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=45;TCF=29;TCR=16;TR=14;WE=80551470;WS=80551452;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,18:0.32:56
chr7	80551571	rs73376617	T	C	602.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.460;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=13;PP=309;ReadPosRankSum=-1.186;SC=GTTTCAATACTTCCTCTTACC;SOR=0.628;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=76;TCF=35;TCR=41;TR=24;WE=80551579;WS=80551561;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,36:0.31:115
chr7	80804928	rs1509912	G	T	1497.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-2.264;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.695;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=33;PP=706;ReadPosRankSum=-0.896;SC=TCCACAGACTGCTTCCTCCTT;SOR=0.604;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=91;TCF=24;TCR=67;TR=45;WE=80804936;WS=80804918;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,69:0.53:130
chr7	80805175	rs1509911	T	A	1719.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.559;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.566;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=16;PP=735;ReadPosRankSum=0.205;SC=AAGCTCTTACTAGATGATCTT;SOR=0.638;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=103;TCF=67;TCR=36;TR=46;WE=80805183;WS=80805165;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,85:0.49:173
chr7	80805263	rs11972689	C	T	2773.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.293;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=342;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=33;PP=1153;ReadPosRankSum=-0.868;SC=CATAGCAAACCCTGCCCACTT;SOR=0.689;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=192;TCF=108;TCR=84;TR=75;WE=80805271;WS=80805253;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:194,142:0.42:336
chr7	80805381	rs11976314	A	C	1504.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-1.719;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.944;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=39;PP=672;ReadPosRankSum=-1.329;SC=ATGTGGACTCAGAAAAATCTC;SOR=0.532;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=139;TCF=48;TCR=91;TR=60;WE=80805389;WS=80805371;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:95,80:0.46:175
chr7	80817269	rs327695	T	C	3844.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=32;NR=60;PP=1899;SC=GTGACAATTGTTAATATGCTT;SOR=1.219;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=92;TCF=32;TCR=60;TR=92;WE=80817277;WS=80817259;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,143:1.00:143
chr7	81339304	rs2074725	A	C	1243.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=26;NR=11;PP=641;SC=CAGAGCTTACAGTCTGGCAAG;SOR=1.609;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=26;TCR=11;TR=37;WE=81339312;WS=81339294;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr7	81346685	rs1800793	T	C	12098.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=479;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=127;NR=175;PP=2965;SC=GATATGACTGTGGAAACAACA;SOR=0.953;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=303;TCF=127;TCR=176;TR=302;WE=81346693;WS=81346675;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,473:1.00:473
chr7	81350208	rs12536657	A	G	1182.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=12;NR=26;PP=765;SC=ATATCAAGGCAGATAAAACAA;SOR=1.609;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=12;TCR=26;TR=38;WE=81350216;WS=81350198;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr7	81350223	rs10272030	G	A	1035.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=9;NR=22;PP=632;SC=AAACAAAAAGGTTTTTTACAA;SOR=1.670;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=9;TCR=22;TR=31;WE=81350231;WS=81350213;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr7	81355066	rs2887069	G	A	3823.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=86;NR=21;PP=2437;SC=GAAAAATCCAGCTTCAAACTT;SOR=2.452;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=108;TCF=87;TCR=21;TR=107;WE=81355074;WS=81355056;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chr7	81359116	rs5745686	CA	C	1992.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.10;QD=22.39;SOR=1.718;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr7	81366210	.	G	GGTGTGTGTGT,GGTGTGTGT	860.73	.	AC=2,0;AF=1.00,0.00;AN=2;BRF=0.49;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=4;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;NF=0,0;NR=16,16;PP=118,213;SC=TGTGTAGAGGGGTGTGTGTGT;SOR=2.093;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=40;TCF=1;TCR=39;TR=16,16;WE=81366218;WS=81366200;set=Intersection	GT:AF:DP	1/1:1.00:21
chr7	81372156	rs5745676	A	G	1985.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=36;NR=24;PP=1165;SC=ATCAGCTATAAAGATTAGAGA;SOR=1.032;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=60;TCF=36;TCR=24;TR=60;WE=81372164;WS=81372146;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr7	81372452	rs2214826	A	G	467.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=12;PP=335;SC=AATGTTTTCTATGGATGTGTG;SOR=2.584;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=3;TCR=12;TR=15;WE=81372460;WS=81372442;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
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chr7	81381326	rs5745646	C	T	2944.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=70;NR=18;PP=1839;SC=TGCATTTGCACGAACAACATA;SOR=2.193;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=88;TCF=70;TCR=18;TR=88;WE=81381334;WS=81381316;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
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chr7	81591114	rs72063149	GTAATGATTATAACAGTATATACAATTTCT	G	386.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.264;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=1.319;NF=4;NR=1;PP=1667;ReadPosRankSum=-0.482;SC=AGTTTTTTCTGTAATGATTAT;SOR=1.061;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=10;TCF=8;TCR=2;TR=5;WE=81591150;WS=81591112;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,11:0.58:19
chr7	81596813	rs17240387	T	C	116.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.109;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=0;PP=23;ReadPosRankSum=0.699;SC=TGTAGTGGTATTGAGAATGTA;SOR=0.892;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=8;TCR=2;TR=4;WE=81596821;WS=81596803;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,6:0.55:11
chr7	81600197	rs37067	A	G	254.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.712;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.13;ReadPosRankSum=-1.132;SOR=0.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,11:0.52:21
chr7	81603945	rs61006565	AT	A	72.76	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.140;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=8.08;ReadPosRankSum=-0.549;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,7:0.78:9
chr7	81626356	rs6944326	G	A	1322.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-2.212;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.293;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=17;PP=720;ReadPosRankSum=1.949;SC=AAATTTTAATGACAAAGAACA;SOR=0.502;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=107;TCF=75;TCR=32;TR=51;WE=81626364;WS=81626346;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,64:0.46:138
chr7	81634822	rs71885491	GA	G	262.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.307;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FS=2.981;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.28;MQRankSum=2.370;QD=2.63;ReadPosRankSum=-0.860;SOR=0.532;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:69,31:0.31:100
chr7	81641570	rs4019047	G	GAAAA	1140.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.100;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.09;MQRankSum=0.000;QD=12.27;ReadPosRankSum=1.432;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:50,43:0.46:93
chr7	81695842	.	TA	T	144.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.506;ClippingRankSum=0.000;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.37;ReadPosRankSum=-0.503;SOR=0.582;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,18:0.42:43
chr7	82453708	rs2522833	A	C	1632.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=2.940;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.763;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=34;PP=827;ReadPosRankSum=0.796;SC=TCGAGGTGAGATGTGCTAGAT;SOR=1.184;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=109;TCF=38;TCR=71;TR=46;WE=82453716;WS=82453698;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:93,77:0.45:170
chr7	82455895	rs2715150	A	G	2727.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.413;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=367;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.409;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=40;PP=902;ReadPosRankSum=-1.316;SC=AAAGGAAGTCAGAGGCTTACC;SOR=0.648;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=221;TCF=115;TCR=106;TR=74;WE=82455903;WS=82455885;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:212,150:0.41:362
chr7	82475786	rs67293081	TTA	T	521.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-1.236;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.738;NF=4;NR=5;PP=346;ReadPosRankSum=0.117;SC=ATATCTGTGTTTATGTCTACA;SOR=0.793;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=15;TCF=7;TCR=8;TR=9;WE=82475795;WS=82475776;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,15:0.71:21
chr7	82478415	rs2522840	T	G	57.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=1.960;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=3;PP=34;ReadPosRankSum=-0.385;SC=TTCAGAAATTTCATTGTCACA;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=3;WE=82478423;WS=82478405;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,3:0.50:6
chr7	82497343	rs4628206	T	A	2756.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.997;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=282;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.460;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=29;PP=1466;ReadPosRankSum=1.218;SC=ATCAACATGATATGTGGTCTG;SOR=0.643;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=180;TCF=125;TCR=55;TR=89;WE=82497351;WS=82497333;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:141,131:0.48:272
chr7	82544945	rs201835825	G	A	3504.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-2.856;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=339;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.295;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=53;PP=1320;ReadPosRankSum=-1.894;SC=GCTTTAACTCGTAAGGATCCT;SOR=0.617;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=231;TCF=108;TCR=123;TR=101;WE=82544953;WS=82544935;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:159,173:0.52:332
chr7	82544987	rs17156844	A	G	3005.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=2.916;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=270;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=64;PP=1946;ReadPosRankSum=0.752;SC=TCACATAACTATGCAATCTAG;SOR=0.673;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=214;TCF=100;TCR=114;TR=121;WE=82544995;WS=82544977;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:130,137:0.51:267
chr7	82581488	rs10630259	T	TTCA	18268.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=432;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=59;NR=117;PP=2969;SC=CAACGGGTTTTTCATCTTCTA;SOR=0.791;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=196;TCF=66;TCR=130;TR=176;WE=82581500;WS=82581478;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,405:1.00:405
chr7	82581859	rs976714	C	T	2696.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.857;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=237;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=47;PP=1489;ReadPosRankSum=1.981;SC=GTGTAACTTGCACTAGCTGTG;SOR=0.705;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=160;TCF=83;TCR=77;TR=98;WE=82581867;WS=82581849;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:105,128:0.55:233
chr7	82582846	rs10954696	C	T	2178.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.335;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.797;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=46;PP=1068;ReadPosRankSum=0.257;SC=ATTCTTGTAACAGGTAATCCA;SOR=1.024;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=137;TCF=45;TCR=92;TR=63;WE=82582854;WS=82582836;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:114,103:0.47:217
chr7	82764425	rs2877	C	G	4612.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-2.570;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=442;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=68;NR=78;PP=2222;ReadPosRankSum=-2.164;SC=ATCAAATGGGCTGACTTTTTC;SOR=0.719;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=307;TCF=146;TCR=161;TR=146;WE=82764433;WS=82764415;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:217,220:0.50:437
chr7	82784017	rs6951239	G	T	3298.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-1.920;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=79;NR=16;PP=2154;ReadPosRankSum=-0.798;SC=TTGTATAAGAGGATGATATGG;SOR=1.478;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=97;TCF=81;TCR=16;TR=95;WE=82784025;WS=82784007;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,115:0.99:116
chr7	82784456	rs6972461	A	G	544.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=2.076;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=3;PP=318;ReadPosRankSum=0.559;SC=GGCTGTTGAGATGGGGGCTTT;SOR=0.601;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=39;TCF=27;TCR=12;TR=16;WE=82784464;WS=82784446;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,23:0.52:44
chr7	82785099	rs61741653	T	G	2428.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.345;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=280;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.436;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=46;PP=1396;ReadPosRankSum=0.409;SC=TTACTATGTCTGCCTGTTTAG;SOR=0.729;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=186;TCF=93;TCR=93;TR=90;WE=82785107;WS=82785089;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:157,123:0.44:280
chr7	82785719	rs59705796	TA	T	115.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.501;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.20;MQRankSum=1.260;QD=2.97;ReadPosRankSum=2.349;SOR=0.525;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,16:0.41:39
chr7	83021799	rs375518443	TAAAA	T,TA	4022.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;QD=33.80;SOR=1.145;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:0,48,71:0.40,0.60:119
chr7	83023587	.	TAC	T	10060.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.306;ClippingRankSum=0.000;DP=337;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.06;MQRankSum=0.208;QD=33.42;ReadPosRankSum=-0.235;SOR=0.534;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:5,296:0.98:301
chr7	83026100	rs150931802	C	CAA	1289.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=18;PP=708;SC=GTACGGTTTTCAAAAAAACCA;SOR=1.675;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=26;TCF=3;TCR=23;TR=21;WE=83026108;WS=83026090;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr7	83029280	rs2255906	T	G	952.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.22;SOR=1.483;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr7	83029438	rs2722974	C	T	4637.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=2.142;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=74;NR=50;PP=2441;ReadPosRankSum=-0.740;SC=CTGTTTTTACCAATATTGGTT;SOR=0.355;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=126;TCF=75;TCR=51;TR=124;WE=83029446;WS=83029428;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,171:0.99:172
chr7	83029639	rs2255820	A	T	2320.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.96;SOR=1.638;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr7	83031907	rs2709930	T	C	3691.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=83;NR=29;PP=2442;SC=ACCAAAAGTATACTTAAAAAT;SOR=1.918;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=112;TCF=83;TCR=29;TR=112;WE=83031915;WS=83031897;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr7	83032187	rs2722976	T	C	1694.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=45;PP=1044;SC=TCAAGTCTTTTGGGTAAAGTG;SOR=2.531;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=57;TCF=12;TCR=45;TR=57;WE=83032195;WS=83032177;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr7	83034754	rs2245441	T	A	2302.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=30;NR=32;PP=1101;SC=ATTGACTGTATAAATTTCTCA;SOR=0.761;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=63;TCF=31;TCR=32;TR=62;WE=83034762;WS=83034744;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr7	83034899	rs2709935	T	G	1025.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.61;BaseQRankSum=2.710;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=7.912;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=15;PP=377;ReadPosRankSum=-0.633;SC=CAAAGAAAATTTATTCACCTA;SOR=0.968;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=23;TCF=8;TCR=15;TR=21;WE=83034907;WS=83034889;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,42:0.95:44
chr7	83035177	rs3735512	G	A	885.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=21;NR=3;PP=561;SC=TACACAGAAAGCAAGTTTCTA;SOR=2.694;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=24;TCF=21;TCR=3;TR=24;WE=83035185;WS=83035167;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr7	83036367	rs2245312	C	G	6864.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=262;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=95;NR=70;PP=2965;SC=AAAGGCCTGACCATAAATTGT;SOR=0.947;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=166;TCF=95;TCR=71;TR=165;WE=83036375;WS=83036357;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,253:1.00:253
chr7	83036602	rs2709941	T	A	1165.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=30;PP=854;SC=ATATTACAACTAAATGCTAAC;SOR=3.855;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=33;TCF=3;TCR=30;TR=33;WE=83036610;WS=83036592;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr7	83037751	rs2722985	C	A	7902.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=309;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=86;NR=102;PP=2965;SC=TGCGGAAGATCGCAGCGTCTC;SOR=0.811;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=189;TCF=86;TCR=103;TR=188;WE=83037759;WS=83037741;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,303:1.00:303
chr7	83047583	rs2723033	T	C	1139.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.84;SOR=3.611;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr7	83047583	.	TCA	CCC	465	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;FR=1.0000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=17;NR=1;PP=465;QD=28.8037708257;SC=GCTTCGAGCATCAGAAAATAG;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=22;TCF=20;TCR=2;TR=18;WE=83047593;WS=83047573;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:4,18:0.82:22
chr7	83047585	rs2713146	A	C	1139.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.84;SOR=3.611;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr7	83047666	rs2713145	C	T	2398.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=41;NR=22;PP=1236;SC=TTTTAAAATCCTTATGACTAC;SOR=1.312;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=65;TCF=41;TCR=24;TR=63;WE=83047674;WS=83047656;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr7	83095968	rs2713180	C	A	5001.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=36;NR=89;PP=2755;SC=AAACATGTTTCGTCCTTTTTG;SOR=1.623;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=125;TCF=36;TCR=89;TR=125;WE=83095976;WS=83095958;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,176:1.00:176
chr7	83098428	rs3842170	A	AT	471.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=3;PP=484;SC=ATGCCTATATATTTTTTCTTC;SOR=2.419;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=20;TCF=16;TCR=4;TR=14;WE=83098436;WS=83098418;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr7	83098696	rs12534772	T	A	1503.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=15;NR=33;PP=1052;SC=CACTTTCTTCTACAGTTCAAA;SOR=1.697;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=49;TCF=15;TCR=34;TR=48;WE=83098704;WS=83098686;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr7	83098714	rs71074666	CTTT	C	861.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=0.724;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.033;HP=14;HapScore=4;MGOF=42;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.416;NF=0;NR=20;PP=226;ReadPosRankSum=-0.134;SC=AAAACATTTCCTTTTTTTTTT;SOR=1.981;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=25;TCF=0;TCR=25;TR=20;WE=83098724;WS=83098704;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,26:0.93:28
chr7	83098749	rs13225391	G	A	534.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=44;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=17;PP=434;SC=ATAAGATACAGTGGGTCTTTG;SOR=2.948;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=3;TCR=17;TR=20;WE=83098757;WS=83098739;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr7	83246043	rs67160899	CT	C	1235.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.620;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=275;ExcessHet=3.0103;FS=1.489;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.07;MQRankSum=1.178;QD=6.57;ReadPosRankSum=0.372;SOR=0.556;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:81,107:0.57:188
chr7	83277699	rs372307036	CT	C	249.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.294;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FS=0.858;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.33;ReadPosRankSum=2.475;SOR=0.558;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:73,34:0.32:107
chr7	83590852	rs797821	T	C	10851.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=411;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=147;NR=137;PP=2965;SC=ACTCATCCATTGTGTTGAGAT;SOR=0.749;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=286;TCF=148;TCR=138;TR=284;WE=83590860;WS=83590842;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,403:1.00:403
chr7	83592491	rs7809708	T	C	5123.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=96;NR=44;PP=2904;ReadPosRankSum=-1.692;SC=ATCTTAGATATAAATGATCCA;SOR=0.848;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=142;TCF=98;TCR=44;TR=140;WE=83592499;WS=83592481;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,192:0.98:195
chr7	83606353	rs35361892	T	TGA	2492.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=26;NR=8;PP=1583;SC=TTAAGTATTCTGAGAGATGCA;SOR=2.226;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=37;TCF=28;TCR=9;TR=34;WE=83606361;WS=83606343;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr7	83606518	rs701320	G	A	3368.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=26;NR=49;PP=1422;SC=TGCGTCTGAAGCAATTACATT;SOR=1.179;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=76;TCF=26;TCR=50;TR=75;WE=83606526;WS=83606508;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chr7	83610497	rs7789094	C	A	565.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=17;NR=0;PP=472;SC=AAACAAAACGCAACAATCCCC;SOR=5.892;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=17;TCR=0;TR=17;WE=83610505;WS=83610492;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr7	83739762	rs1990044	T	C	6655.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.575;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=252;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=111;NR=68;PP=2965;ReadPosRankSum=1.442;SC=TGGACAAATATAATTTTTAAA;SOR=0.405;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=182;TCF=113;TCR=69;TR=179;WE=83739770;WS=83739752;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,249:1.00:250
chr7	83740015	rs1990045	T	C	4252.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=12;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=20;NR=52;PP=1612;SC=CTTTCTTTTTTTTTTTTTGGC;SOR=1.632;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=72;TCF=20;TCR=52;TR=72;WE=83740023;WS=83740005;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr7	83740030	rs13243696	C	T	3711.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=44;PP=1341;SC=TTTGGCATCCCTTTCACAACA;SOR=1.854;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=58;TCF=14;TCR=44;TR=58;WE=83740038;WS=83740020;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr7	83764309	rs17241389	C	G	3995.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=33;NR=71;PP=2140;SC=TAATGTGAAGCACTATATAAG;SOR=1.422;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=105;TCF=33;TCR=72;TR=104;WE=83764317;WS=83764299;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,145:1.00:145
chr7	83823728	rs13231702	A	G	927.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.746;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FS=8.149;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.00;ReadPosRankSum=-0.575;SOR=1.460;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:66,50:0.43:116
chr7	83823737	rs67227861	AG	A	978.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.508;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FS=7.886;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.96;ReadPosRankSum=0.366;SOR=1.466;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:76,47:0.38:123
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chr7	84644500	rs17559084	C	T	3066.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.198;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=364;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.386;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=51;PP=1501;ReadPosRankSum=0.871;SC=AGAGCTGAACCAATCCATCTC;SOR=0.649;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=231;TCF=121;TCR=110;TR=102;WE=84644508;WS=84644490;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:206,153:0.43:359
chr7	84644666	rs17639600	G	T	457.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-4.311;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.292;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=18;PP=332;ReadPosRankSum=0.745;SC=CACTTGTACAGAAACATAATG;SOR=0.265;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=46;TCF=4;TCR=42;TR=20;WE=84644674;WS=84644656;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,20:0.47:43
chr7	84647477	rs7780132	C	T	1171.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=22;NR=13;PP=652;SC=AAATTTAACTCCCAATTTCAA;SOR=1.230;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=35;TCF=22;TCR=13;TR=35;WE=84647499;WS=84647467;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr7	84684961	.	CATATATATATATATATAT	C,CAT	382.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;QD=38.27;SOR=3.258;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:0,4,6:0.40,0.60:10
chr7	84751259	.	T	TA	128.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.053;ClippingRankSum=0.000;DP=83;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.04;ReadPosRankSum=-0.267;SOR=0.653;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:45,18:0.29:63
chr7	86274196	rs274623	T	G	3689.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=33;NR=74;PP=2235;SC=GAGGTAAGGGTCCCAGAGGAG;SOR=1.665;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=107;TCF=33;TCR=74;TR=107;WE=86274204;WS=86274186;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chr7	86536849	.	CAA	C	333.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.554;ClippingRankSum=0.000;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.56;ReadPosRankSum=-0.364;SOR=0.195;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,18:0.46:39
chr7	86542455	rs35895874	C	T	1748.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-1.439;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.642;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=42;PP=1030;ReadPosRankSum=0.247;SC=AGGACGCCACCCCATCAACTG;SOR=0.585;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=116;TCF=33;TCR=83;TR=59;WE=86542463;WS=86542445;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,78:0.52:150
chr7	86544248	rs1029367	C	T	336.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-3.611;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=13;PP=245;ReadPosRankSum=-0.150;SC=GTATATATTACAAATGTATTC;SOR=1.414;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=30;TCF=2;TCR=28;TR=13;WE=86544256;WS=86544238;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,14:0.45:31
chr7	86554766	.	T	G	960.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=5.291;ClippingRankSum=0.000;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.077;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=9;PP=767;ReadPosRankSum=-0.236;SC=ATACTTGGTATGTTTTAGAGA;SOR=1.432;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=85;TCF=60;TCR=25;TR=39;WE=86554774;WS=86554756;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,39:0.44:89
chr7	86571235	rs2373361	C	A	771.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.320;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FS=2.143;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.48;ReadPosRankSum=1.360;SOR=0.997;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:52,39:0.43:91
chr7	86577346	rs1557665	A	T	1066.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-1.018;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.900;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=29;PP=615;ReadPosRankSum=-0.760;SC=TGCCACACTCAAACGAAAGCC;SOR=0.546;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=84;TCF=19;TCR=65;TR=37;WE=86577354;WS=86577336;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,47:0.49:96
chr7	86594379	rs6976741	G	A	3566.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.410;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FS=0.551;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.77;ReadPosRankSum=1.360;SOR=0.773;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:94,96:0.51:190
chr7	86594383	rs6958716	T	C	3529.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.437;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FS=1.891;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.29;ReadPosRankSum=1.732;SOR=0.860;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:91,92:0.50:183
chr7	86594423	rs6976877	G	A	1407.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-0.393;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=36;PP=744;ReadPosRankSum=-0.789;SC=CCAAGCCCCTGTTTCCAAGCT;SOR=0.701;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=100;TCF=30;TCR=70;TR=53;WE=86594431;WS=86594413;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,69:0.52:132
chr7	86781423	rs2286267	G	A	2274.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=59;NR=10;PP=1692;SC=CGGCTCCCTCGGCTCGGAGCC;SOR=2.955;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=69;TCF=59;TCR=10;TR=69;WE=86781431;WS=86781413;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr7	86795947	rs3058402	TAG	T	10430.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=247;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=16;NR=87;PP=2965;SC=TTAAGAGCCATAGAGTTCCCT;SOR=0.927;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=110;TCF=16;TCR=94;TR=103;WE=86795956;WS=86795937;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,235:1.00:235
chr7	86800351	rs3747807	A	G	10935.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=430;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=119;NR=101;PP=2965;SC=CCATGACTGCAACCACAGAAG;SOR=0.790;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=220;TCF=119;TCR=101;TR=220;WE=86800359;WS=86800341;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,430:1.00:430
chr7	86820459	rs1558050	G	A	2930.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=10;NR=76;PP=2207;SC=ATGAATGGTAGACTAAATCAG;SOR=3.732;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=86;TCF=10;TCR=76;TR=86;WE=86820467;WS=86820449;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr7	86978347	rs802037	C	A	1787.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=32;NR=19;PP=904;SC=TGTGAGGGCTCTCTCTCTTTT;SOR=1.066;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=51;TCF=32;TCR=19;TR=51;WE=86978355;WS=86978337;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr7	86983715	rs7808249	A	G	3352.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=36;NR=37;PP=1573;SC=GCTTGGATTTAACTGGACCTA;SOR=0.693;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=73;TCF=36;TCR=37;TR=73;WE=86983723;WS=86983705;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr7	86998842	rs6966140	G	A	5063.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.016;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=1.940;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.228;NF=41;NR=86;PP=2416;ReadPosRankSum=1.046;SC=GTCTTATGGTGTTGCTTGAAT;SOR=1.274;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=129;TCF=42;TCR=87;TR=127;WE=86998850;WS=86998832;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,196:0.98:200
chr7	86998936	rs35374737	AT	A	1153.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=27;PP=1194;SC=TTAAAAAAAAATCTATTTGTA;SOR=5.421;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=28;TCF=1;TCR=27;TR=28;WE=86998944;WS=86998926;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr7	87005287	rs59190666	C	CT,CTT	1109.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.626;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FS=4.039;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.11;MQRankSum=0.000;QD=13.21;ReadPosRankSum=-0.246;SOR=0.307;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:19,41,24:0.49,0.29:84
chr7	87006567	rs802042	G	C	250.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=1;PP=108;SC=TTTGGTTGACGTGAAGAGGAA;SOR=1.609;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=6;TCR=1;TR=7;WE=87006575;WS=87006557;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr7	87011349	rs31630	G	A	4054.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=55;NR=41;PP=1878;SC=TCTCCTAATAGTTCTATAGAT;SOR=0.955;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=96;TCF=55;TCR=41;TR=96;WE=87011357;WS=87011339;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,152:1.00:152
chr7	87022024	rs31644	G	C	9488.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=351;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=137;NR=88;PP=2965;SC=TTTCTAACCTGAGATTTGGGG;SOR=1.052;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=227;TCF=138;TCR=89;TR=225;WE=87022032;WS=87022014;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,348:1.00:348
chr7	87027419	rs5885580	C	CT	564.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.522;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=2.508;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.14;ReadPosRankSum=-0.715;SOR=0.337;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:4,31:0.89:35
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chr7	87053150	rs31667	A	G	3501.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=74;NR=28;PP=1862;SC=GGAGCCAGTCAGTGAGGTTGG;SOR=1.699;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=102;TCF=74;TCR=28;TR=102;WE=87053158;WS=87053140;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,135:1.00:135
chr7	87053206	rs31668	G	A	8360.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=314;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=128;NR=64;PP=2965;SC=CTGTTATGTGGTGTTTGCAAA;SOR=1.190;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=193;TCF=129;TCR=64;TR=192;WE=87053214;WS=87053196;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,307:1.00:307
chr7	87056260	rs10647775	A	AGT	510.84	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.031;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FS=10.300;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.01;MQRankSum=0.000;QD=15.48;ReadPosRankSum=-0.613;SOR=4.103;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,25:0.76:33
chr7	87069758	rs31675	T	C	3839.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=25;NR=84;PP=2639;SC=ATTTAACCATTTAATAGCTGA;SOR=2.266;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=109;TCF=25;TCR=84;TR=109;WE=87069766;WS=87069748;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chr7	87082292	rs1202283	G	A	8807.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.130;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=344;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=148;NR=87;PP=2965;ReadPosRankSum=0.426;SC=CAGTGGTGTCGTTGATGTCAA;SOR=1.125;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=240;TCF=151;TCR=89;TR=235;WE=87082300;WS=87082282;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,335:0.99:339
chr7	87160618	rs2032582	A	C	1268.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.679;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.627;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=17;PP=592;ReadPosRankSum=0.248;SC=ACCTTCCCAGAACCTTCTAGT;SOR=0.806;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=92;TCF=52;TCR=40;TR=41;WE=87160626;WS=87160608;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,65:0.46:141
chr7	87168749	rs4728699	C	T	2401.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=21;NR=45;PP=1337;SC=AGCAGGAGATCAGACAAAGTC;SOR=1.312;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=66;TCF=21;TCR=45;TR=66;WE=87168757;WS=87168739;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr7	87173667	rs1922242	A	T	132.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=6;PP=100;ReadPosRankSum=0.741;SC=CACAAAAATTAGTAAAGGAAT;SOR=1.863;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=0;TCR=10;TR=6;WE=87173675;WS=87173657;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,6:0.50:12
chr7	87174066	rs2235046	T	C	1686.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-1.213;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.331;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=14;PP=911;ReadPosRankSum=-1.014;SC=CCACTCCTACTGTAGCCCTAG;SOR=0.819;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=132;TCF=95;TCR=37;TR=58;WE=87174074;WS=87174056;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,77:0.48:160
chr7	87178626	rs2235013	C	T	1395.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.766;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.208;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=15;PP=878;ReadPosRankSum=-0.497;SC=TGTTCTTATGCTTATAAATCA;SOR=0.924;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=110;TCF=78;TCR=32;TR=54;WE=87178634;WS=87178616;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,67:0.46:147
chr7	87179086	rs2235035	G	A	1390.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=1.591;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=18.386;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=3;PP=699;ReadPosRankSum=-2.023;SC=CCGATTTATAGTAGTTTCCTA;SOR=1.938;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=125;TCF=91;TCR=34;TR=39;WE=87179094;WS=87179076;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:101,63:0.38:164
chr7	87179143	rs2235033	A	G	3632.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.088;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=368;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.275;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=72;NR=38;PP=1632;ReadPosRankSum=-0.551;SC=ACCTCTAGAAAGGCAAAGGGC;SOR=0.837;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=252;TCF=157;TCR=95;TR=110;WE=87179151;WS=87179133;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:189,174:0.48:363
chr7	87179601	rs1128503	A	G	2333.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=2.569;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.882;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=53;PP=1322;ReadPosRankSum=0.869;SC=TCAGGTTCAGACCCTTCAAGA;SOR=0.543;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=153;TCF=45;TCR=108;TR=77;WE=87179609;WS=87179591;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:92,102:0.53:194
chr7	87180198	rs10276036	C	T	2289.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-2.288;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.080;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=45;PP=1122;ReadPosRankSum=-0.170;SC=GAGATAGTGACAGCAATTTTT;SOR=0.495;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=149;TCF=53;TCR=96;TR=74;WE=87180206;WS=87180188;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:113,108:0.49:221
chr7	87192731	rs11975994	G	A	608.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.61;BaseQRankSum=-0.023;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=10;PP=272;ReadPosRankSum=-0.963;SC=AATATCCTCAGCAAAATCCTG;SOR=0.676;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=49;TCF=24;TCR=25;TR=20;WE=87192739;WS=87192721;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,33:0.39:85
chr7	87193597	rs4148734	G	A	3782.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=1.025;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=457;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=57;PP=1564;ReadPosRankSum=1.342;SC=TTCCAGGAGCGGTTTAATATT;SOR=0.657;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=254;TCF=122;TCR=132;TR=111;WE=87193605;WS=87193587;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:258,198:0.43:456
chr7	87215114	rs1211152	A	C	368.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=3.292;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=13;PP=268;ReadPosRankSum=-0.084;SC=ACTGATACCAACCTAGTCCAA;SOR=0.765;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=25;TCF=0;TCR=25;TR=13;WE=87215122;WS=87215104;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,14:0.52:27
chr7	87229501	rs2214102	T	C	1949.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.492;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.432;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=31;PP=958;ReadPosRankSum=-1.509;SC=CAAGATCCATTCCGACCTGAA;SOR=0.737;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=125;TCF=64;TCR=61;TR=61;WE=87229509;WS=87229491;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:104,95:0.48:199
chr7	87323416	rs36014243	GT	G	46.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.558;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.73;ReadPosRankSum=0.616;SOR=0.473;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,8:0.30:27
chr7	87526550	rs11422356	T	TA	578.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-1.046;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=0.000;HP=12;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=13;PP=226;ReadPosRankSum=0.027;SC=GTAGTTTTATTAAAAAAAAAA;SOR=0.618;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=29;TCF=10;TCR=19;TR=17;WE=87526558;WS=87526540;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,33:0.72:46
chr7	87563975	.	ATT	A,AT	1216.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.562;ClippingRankSum=0.000;DP=139;ExcessHet=3.0103;FS=2.512;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.08;MQRankSum=0.463;QD=12.17;ReadPosRankSum=0.158;SOR=0.351;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:14,39,47:0.39,0.47:100
chr7	87564497	rs2279542	C	G	2506.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=16;NR=54;PP=1602;SC=CTCGGTGGCCCGCAGGTGAGA;SOR=2.049;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=70;TCF=16;TCR=54;TR=70;WE=87564505;WS=87564487;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr7	87594188	rs1637500	T	G	891.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=10;NR=20;PP=535;SC=GGCAGATTTATGTCATACTGA;SOR=1.418;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=30;TCF=10;TCR=20;TR=30;WE=87594196;WS=87594178;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr7	87840263	rs6964163	T	C	1286.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.714;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=22;PP=733;ReadPosRankSum=1.448;SC=GAAAAGTACATACATATTAAC;SOR=0.680;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=74;TCF=32;TCR=42;TR=40;WE=87840271;WS=87840253;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,62:0.53:118
chr7	87844303	rs11760375	A	G	2360.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-2.011;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=291;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.403;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=39;PP=1046;ReadPosRankSum=-0.178;SC=TGACTGGAACACAACTTCTCT;SOR=0.732;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=175;TCF=87;TCR=88;TR=81;WE=87844311;WS=87844293;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:158,130:0.45:288
chr7	87913361	rs1981529	C	T	3012.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=42;NR=33;PP=1564;SC=GATTATGATGCCAGACTTCTT;SOR=0.907;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=75;TCF=42;TCR=33;TR=75;WE=87913369;WS=87913351;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr7	88389420	rs1858848	A	G	3629.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.754;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=474;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=64;PP=1592;ReadPosRankSum=-0.467;SC=GCGCACACACATACATACACA;SOR=0.678;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=286;TCF=133;TCR=153;TR=119;WE=88389428;WS=88389410;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:274,193:0.41:467
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chr7	88424365	rs35996371	CAA	C	608.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.604;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.048;HP=12;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQ=60.26;MQRankSum=0.739;NF=0;NR=19;PP=237;ReadPosRankSum=0.036;SC=TTTCTTCTGACAAAAAAAAAA;SOR=0.074;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=35;TCF=1;TCR=34;TR=19;WE=88424374;WS=88424355;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,24:0.69:35
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chr7	88847451	rs4140973	A	T	2110.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=35;NR=21;PP=1017;SC=ACCAACATTTATGTATTTTTT;SOR=1.085;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=56;TCF=35;TCR=21;TR=56;WE=88847459;WS=88847441;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr7	88964000	rs801839	C	T	7155.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.006;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=264;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=113;NR=76;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.872;SC=AATATACTTTCAGTGCAAATG;SOR=0.971;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=189;TCF=113;TCR=76;TR=189;WE=88964008;WS=88963990;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,258:0.99:260
chr7	88964196	rs801840	T	A	8636.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.690;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=333;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=111;NR=120;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.010;SC=CATCTCTAGGTTTAAAAAGCA;SOR=0.737;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=233;TCF=112;TCR=121;TR=231;WE=88964204;WS=88964186;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:6,321:0.98:327
chr7	88964226	rs79931924	CC	AG	15305.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=2.005;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=354;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=120;NR=109;PP=2947;ReadPosRankSum=1.237;SC=TCCCTGCAGTCCTCATTTGGA;SOR=0.777;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=240;TCF=127;TCR=113;TR=229;WE=88964235;WS=88964216;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,346:0.99:350
chr7	88965141	rs6962993	A	G	9181.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.549;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=333;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=136;NR=107;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.625;SC=GATCTCTTCAAACAGTTGTAA;SOR=0.312;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=245;TCF=138;TCR=107;TR=243;WE=88965149;WS=88965131;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,323:1.00:324
chr7	88965609	rs6963781	A	G	9062.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=352;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=128;NR=120;PP=2965;SC=GGATGTAAGCATGCATATAAA;SOR=0.728;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=248;TCF=128;TCR=120;TR=248;WE=88965617;WS=88965599;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,346:1.00:346
chr7	89783895	rs7799132	C	T	623.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.204;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.211;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.328;NF=8;NR=14;PP=284;ReadPosRankSum=-0.350;SC=CCGTTTGCTCCTCGAGTCCGC;SOR=1.112;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=47;TCF=21;TCR=26;TR=22;WE=89783903;WS=89783885;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,32:0.46:70
chr7	89790165	.	TG	T	8043.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.202;ClippingRankSum=0.000;DP=669;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=4.567;NF=41;NR=80;PP=2969;ReadPosRankSum=-1.527;SC=CCTGTGCTTTTGCATTTGCAC;SOR=0.703;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=291;TCF=104;TCR=187;TR=121;WE=89790173;WS=89790155;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:375,289:0.44:664
chr7	89792250	rs39286	A	C	715.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.518;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.992;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=5;PP=461;ReadPosRankSum=0.741;SC=AATTTTAAAAATATCTCAGAT;SOR=0.917;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=65;TCF=52;TCR=13;TR=29;WE=89792258;WS=89792240;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,35:0.44:79
chr7	89797144	rs259136	G	T	580.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.697;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.847;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=10;PP=162;ReadPosRankSum=0.081;SC=TATGGCCTATGAAGTGTGGAA;SOR=0.564;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=52;TCF=22;TCR=30;TR=18;WE=89797152;WS=89797134;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,33:0.40:83
chr7	89856413	rs17865520	A	G	5282.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.983;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=576;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.434;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=97;NR=94;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.270;SC=TACCCCTACGACTCTTTACTC;SOR=0.641;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=410;TCF=199;TCR=211;TR=191;WE=89856421;WS=89856403;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:311,257:0.45:568
chr7	89861890	rs194525	G	T	1268.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.773;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=22;PP=484;ReadPosRankSum=-1.273;SC=AAGAAGGTATGGGAGGAACAA;SOR=0.654;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=98;TCF=45;TCR=53;TR=41;WE=89861898;WS=89861880;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:89,68:0.43:157
chr7	89861942	rs194526	C	T	870.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.239;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.487;HP=4;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=14;PP=300;ReadPosRankSum=-1.862;SC=AATGTGATGACAAATGGTGTT;SOR=0.478;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=69;TCF=28;TCR=41;TR=26;WE=89861950;WS=89861932;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,47:0.42:111
chr7	89867369	rs2013992	C	G	2660.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.055;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=380;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.244;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=47;PP=1316;ReadPosRankSum=0.195;SC=TGCAGCCATGCCTACATCCTC;SOR=0.581;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=225;TCF=119;TCR=106;TR=97;WE=89867377;WS=89867359;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:232,144:0.38:376
chr7	89884667	rs11563919	A	G	419.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=3.125;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=1;PP=358;ReadPosRankSum=1.109;SC=TATCATATAAATTAGTGTGTT;SOR=0.631;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=21;TCF=20;TCR=1;TR=15;WE=89884675;WS=89884657;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,15:0.68:22
chr7	89884701	rs11563436	G	C	556.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.481;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.454;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=5;PP=395;ReadPosRankSum=1.840;SC=TGATATAGAAGATGATCTAGA;SOR=1.179;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=40;TCF=30;TCR=10;TR=22;WE=89884709;WS=89884691;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,26:0.46:56
chr7	89901039	rs10280053	A	C	1274.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.417;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.759;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=20;PP=690;ReadPosRankSum=0.122;SC=ACTTTTGTTTATGTCTAAAAA;SOR=0.474;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=72;TCF=41;TCR=31;TR=43;WE=89901047;WS=89901029;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,58:0.62:93
chr7	89906683	rs13245039	A	G	391.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=0.527;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=10;PP=238;ReadPosRankSum=-0.090;SC=ATCAATAAAAATTGTCTTACT;SOR=0.656;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=29;TCF=10;TCR=19;TR=16;WE=89906691;WS=89906673;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,20:0.47:43
chr7	89927191	rs6465256	T	A	759.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.793;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.530;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=14;PP=430;ReadPosRankSum=1.797;SC=AATATGTCTATTAAAGGCCGT;SOR=0.955;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=61;TCF=31;TCR=30;TR=33;WE=89927199;WS=89927181;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,41:0.41:99
chr7	89933957	.	G	GTAGA	148.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.150;ClippingRankSum=-0.000;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.123;HP=1;HapScore=3;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.869;NF=3;NR=0;PP=147;ReadPosRankSum=-0.494;SC=TTTTAGATAGGTAGATAGATA;SOR=2.030;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=6;TCR=4;TR=3;WE=89933968;WS=89933947;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,5:0.38:13
chr7	89938588	rs7803620	C	G	587.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.023;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.60;ReadPosRankSum=0.343;SOR=0.640;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:55,34:0.38:89
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chr7	90001685	rs73213235	C	G	92.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.967;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=10.31;ReadPosRankSum=-0.447;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,6:0.67:9
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chr7	90014408	rs17863999	G	A	2306.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.102;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=307;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=45;PP=977;ReadPosRankSum=0.591;SC=CTGATACAATGTCTTCTACTG;SOR=0.711;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=197;TCF=75;TCR=122;TR=72;WE=90014416;WS=90014398;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:183,121:0.40:304
chr7	90225928	rs7782773	T	C	7208.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=279;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=96;NR=78;PP=2965;SC=TTGTCGGGGCTCCGCGTCGCC;SOR=0.824;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=174;TCF=96;TCR=78;TR=174;WE=90225936;WS=90225918;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,275:1.00:275
chr7	90233431	rs17867713	A	G	224.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.527;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.51;MQRankSum=1.049;QD=10.70;ReadPosRankSum=0.529;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,11:0.52:21
chr7	90338850	rs11767691	C	T	3072.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-1.564;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=286;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.599;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=1.628;NF=40;NR=45;PP=1246;ReadPosRankSum=0.956;SC=ATTGCCTTGACAGCATATGCA;SOR=0.557;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=160;TCF=72;TCR=88;TR=85;WE=90338858;WS=90338840;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:130,149:0.53:279
chr7	90338943	rs34926826	G	GA	1031.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.140;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.588;HP=9;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=1.681;NF=5;NR=26;PP=482;ReadPosRankSum=-0.194;SC=ATCGTGTTTGGAAAAAAAAAT;SOR=1.029;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=72;TCF=13;TCR=59;TR=31;WE=90338951;WS=90338933;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,57:0.52:109
chr7	90356175	rs10240049	T	C	4783.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=31;NR=105;PP=2965;SC=AGGAATAGCCTTCTTATGATA;SOR=2.185;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=136;TCF=31;TCR=105;TR=136;WE=90356183;WS=90356165;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,158:1.00:158
chr7	90377213	rs11290265	CT	C	120.27	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.837;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=2.808;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.02;ReadPosRankSum=-0.952;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,13:0.87:15
chr7	90675195	rs3779581	C	T	3228.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.685;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=341;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=40;PP=1353;ReadPosRankSum=1.455;SC=TTTCCACAATCTCCTACTCTC;SOR=0.695;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=203;TCF=117;TCR=86;TR=96;WE=90675203;WS=90675185;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:177,157:0.47:334
chr7	90742168	rs56973703	G	GGAGA	229.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-0.798;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=18.468;HP=1;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=1.336;NF=0;NR=18;PP=439;ReadPosRankSum=0.789;SC=GTGTATGTGTGGAGAGAGAGA;SOR=0.006;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=41;TCF=0;TCR=41;TR=18;WE=90742177;WS=90742158;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,9:0.31:29
chr7	90747315	rs803167	A	T	636.78	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=2.716;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5039;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=7;PP=488;ReadPosRankSum=0.352;SC=CCATTTTTTTAAAAAAAAAAC;SOR=0.871;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=52;TCF=44;TCR=8;TR=44;WE=90747323;WS=90747297;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,39:0.85:46
chr7	91509232	rs12672603	G	A	4177.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.667;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=390;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.200;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=79;NR=52;PP=1959;ReadPosRankSum=-0.811;SC=ATTTACGTTCGCCTCTGCCCC;SOR=0.770;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=255;TCF=151;TCR=104;TR=131;WE=91509240;WS=91509222;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:186,201:0.52:387
chr7	91599825	rs2188155	A	C	4216.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=89;NR=31;PP=2538;SC=TCAGACAGGTATGTGTTAGTG;SOR=1.771;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=120;TCF=89;TCR=31;TR=120;WE=91599833;WS=91599815;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,152:1.00:152
chr7	91622508	.	C	CT	41.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.535;ClippingRankSum=0.000;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.19;ReadPosRankSum=0.142;SOR=0.582;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,8:0.23:35
chr7	91630620	rs6964587	G	T	10277.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=390;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=116;NR=153;PP=2965;SC=TGGAGGAAATGAAAACACGGC;SOR=0.884;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=270;TCF=117;TCR=153;TR=269;WE=91630628;WS=91630610;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,386:1.00:386
chr7	91632306	rs1989779	C	T	3437.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=36;NR=40;PP=1564;SC=GAGTTGTGACCATGACAAGCA;SOR=0.808;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=76;TCF=36;TCR=40;TR=76;WE=91632314;WS=91632296;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
chr7	91641928	rs13245393	A	G	2722.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=22;NR=45;PP=1565;SC=ACCAGTTAGAACTACAGACTA;SOR=1.469;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=67;TCF=22;TCR=45;TR=67;WE=91641936;WS=91641918;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr7	91645265	rs10263309	A	G	269.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=3;PP=201;SC=ATTTCATGCCAGAGAGATAGA;SOR=1.802;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=8;TCR=3;TR=11;WE=91645273;WS=91645255;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr7	91652178	rs10644111	A	AAAC	4245.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.482;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.571;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.219;NF=47;NR=20;PP=2924;ReadPosRankSum=-0.064;SC=TGAAAAAACTAAACTTGAAGA;SOR=2.303;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=75;TCF=52;TCR=23;TR=67;WE=91652186;WS=91652168;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,94:0.98:96
chr7	91659150	rs17164315	C	G	2677.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=31;NR=36;PP=1309;SC=GTAGATTTTGCATGAACACTA;SOR=0.793;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=67;TCF=31;TCR=36;TR=67;WE=91659158;WS=91659140;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr7	91667692	rs2285333	T	G	1305.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=25;NR=9;PP=771;SC=CTGCTGATATTTCTAAATCTA;SOR=1.714;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=34;TCF=25;TCR=9;TR=34;WE=91667700;WS=91667682;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr7	91669960	.	GT	G	113.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.075;ClippingRankSum=0.000;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=1.340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.03;ReadPosRankSum=-1.262;SOR=0.914;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,19:0.34:56
chr7	91670318	rs112533094	A	AT	324.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.25;MQRankSum=0.548;QD=11.60;ReadPosRankSum=-0.898;SOR=1.230;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,21:0.75:28
chr7	91671853	rs926192	C	A	234.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=2;PP=133;SC=ATTATACCAACCAGTATCAAT;SOR=1.402;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=7;TCF=5;TCR=2;TR=7;WE=91671861;WS=91671843;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr7	91674302	rs9785013	G	A	967.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=27;NR=4;PP=762;SC=ATTTTAATCAGTGCTTCTTTA;SOR=3.126;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=27;TCR=4;TR=31;WE=91674310;WS=91674292;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
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chr7	91690457	rs56072181	A	G	720.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=20;NR=0;PP=581;SC=CTAAATGACTACAATTCAGTA;SOR=6.184;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=20;TCR=0;TR=20;WE=91690465;WS=91690453;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr7	91691601	rs10236397	C	T	2513.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=63;NR=14;PP=1706;SC=TCATTGATGGCTATGCAGATG;SOR=2.584;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=77;TCF=63;TCR=14;TR=77;WE=91691609;WS=91691591;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
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chr7	91706406	.	C	CTTT	177.14	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.221;ClippingRankSum=-0.000;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=63.02;MQRankSum=0.431;QD=19.68;ReadPosRankSum=-0.967;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,8:0.89:9
chr7	91706410	rs370936884	C	T	186.10	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.431;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=31.02;ReadPosRankSum=-0.674;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,5:0.83:6
chr7	91707197	rs733957	C	T	934.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=6;NR=21;PP=556;SC=AAGGTATACTCATTTAAAATT;SOR=1.885;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=6;TCR=21;TR=27;WE=91707205;WS=91707187;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr7	91711791	rs2079082	A	G	2170.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.48;SOR=1.358;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
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chr7	91713016	rs34688691	TA	T	1998.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.870;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=5.202;HP=12;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.297;NF=1;NR=28;PP=1398;ReadPosRankSum=0.196;SC=TGTGGTTTTTTAAAAAAAAAA;SOR=1.773;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=35;TCF=1;TCR=34;TR=29;WE=91713026;WS=91713006;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,52:0.98:53
chr7	91713018	rs114399745	A	T	2007.77	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.842;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=5.202;HP=11;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.297;NF=6;NR=27;PP=926;ReadPosRankSum=0.327;SC=TGGTTTTTTAAAAAAAAAAAA;SOR=1.773;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=46;TCF=12;TCR=34;TR=33;WE=91713026;WS=91713006;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,52:0.98:53
chr7	91713972	rs10228334	C	T	2067.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=28;NR=17;PP=961;SC=AATTCCTGAGCTAGCACATTC;SOR=1.012;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=47;TCF=29;TCR=18;TR=45;WE=91713980;WS=91713962;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr7	91714911	rs1063242	C	T	3821.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=35;NR=65;PP=1988;SC=GGTTTCAGAACCTTGGCTAGA;SOR=1.179;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=100;TCF=35;TCR=65;TR=100;WE=91714919;WS=91714901;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,143:1.00:143
chr7	91715662	rs28927678	C	T	6391.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=248;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=62;NR=72;PP=2572;SC=TCGGACGGAGCTGACAGCTCT;SOR=0.786;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=134;TCF=62;TCR=72;TR=134;WE=91715670;WS=91715652;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,245:1.00:245
chr7	91726927	rs1063243	A	C	2028.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=31;NR=8;PP=930;SC=AACCAGTGATAGAACTAGAAA;SOR=1.545;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=39;TCF=31;TCR=8;TR=39;WE=91726935;WS=91726917;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr7	91727385	rs6946356	G	A	6170.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=241;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=62;NR=69;PP=2489;SC=ACCCCCAATTGAGAAGGTATG;SOR=0.744;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=131;TCF=62;TCR=69;TR=131;WE=91727393;WS=91727375;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,240:1.00:240
chr7	91736794	rs7785971	T	A	2547.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=13;NR=58;PP=1687;SC=TTAACAGAGATAAATGGACAT;SOR=2.414;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=71;TCF=13;TCR=58;TR=71;WE=91736802;WS=91736784;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr7	91743150	rs7797834	A	G	1936.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.89;QD=24.83;SOR=0.798;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr7	91752690	rs2269727	C	A	9267.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.768;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=374;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=83;NR=139;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.133;SC=ATGCCTCAACCTTTAAATAAA;SOR=0.600;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=225;TCF=84;TCR=141;TR=222;WE=91752698;WS=91752680;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,359:0.99:362
chr7	91758422	rs4729021	C	A	2529.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=30;NR=40;PP=1399;SC=TGCAACACTACGACAGTAACT;SOR=0.953;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=70;TCF=30;TCR=40;TR=70;WE=91758430;WS=91758412;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr7	91761305	rs66673218	CA	C	812.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-1.176;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=23;PP=492;ReadPosRankSum=0.607;SC=AAAAAGTTACCAAAAAAAAAG;SOR=0.770;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=24;TCF=0;TCR=24;TR=23;WE=91761313;WS=91761293;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,39:0.98:40
chr7	91779242	rs1978061	G	A	8448.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-2.307;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=321;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.177;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=87;NR=96;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.546;SC=TTTTGAGTCTGGCCACAATCT;SOR=0.356;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=187;TCF=88;TCR=99;TR=183;WE=91779250;WS=91779232;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,317:1.00:318
chr7	91779971	rs6465353	T	G	5377.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.529;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=96;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.297;SC=AGTGAAAAAATATTGTAGATA;SOR=0.866;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=147;TCF=50;TCR=97;TR=141;WE=91779979;WS=91779961;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,194:0.98:197
chr7	91863700	rs2027950	G	C	1729.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=38;NR=18;PP=1099;SC=TGAAAAGAAGGACTAACATTT;SOR=1.609;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=56;TCF=38;TCR=18;TR=56;WE=91863708;WS=91863690;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr7	91974351	rs201250536	A	G	3419.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.469;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=550;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.385;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=60;PP=1432;ReadPosRankSum=0.079;SC=TGCCCTGTGGACATGACTTTT;SOR=0.818;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=285;TCF=141;TCR=144;TR=106;WE=91974359;WS=91974341;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:354,192:0.35:546
chr7	91977226	rs2097810	G	A	902.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.224;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=5;PP=535;ReadPosRankSum=1.433;SC=TATAGTAATCGTTCAATAAAT;SOR=0.941;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=26;TCF=21;TCR=5;TR=25;WE=91977234;WS=91977216;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,33:0.97:34
chr7	92129161	rs5885806	CA	C	3296.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.041;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=281;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.914;HP=15;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.354;NF=4;NR=107;PP=1187;ReadPosRankSum=-0.519;SC=TACTGAGAAACAAAAAAAAAA;SOR=0.594;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=135;TCF=6;TCR=129;TR=111;WE=92129172;WS=92129150;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:21,198:0.90:219
chr7	92131289	rs10278857	G	T	10222.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=396;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=106;NR=115;PP=2965;SC=CCACAAACCCGCCAGTTTCTT;SOR=0.766;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=222;TCF=106;TCR=116;TR=221;WE=92131297;WS=92131279;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,394:1.00:394
chr7	92135802	rs6465359	T	A	1036.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=29;PP=811;SC=ATACTTCCCATCTCATTTTAT;SOR=2.964;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=5;TCR=29;TR=34;WE=92135810;WS=92135792;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr7	92147584	rs38809	C	T	1882.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=19;NR=36;PP=1014;SC=AACCAACAGACGAAAAGATCA;SOR=1.362;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=56;TCF=19;TCR=37;TR=55;WE=92147592;WS=92147574;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr7	92244422	rs42039	C	T	993.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=24;NR=9;PP=656;SC=GGGTGTTCTCCGCAGGATCAG;SOR=1.885;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=24;TCR=9;TR=33;WE=92244430;WS=92244412;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr7	92244630	rs3731387	TATACA	T	1298.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQ=60.34;NF=1;NR=19;PP=1024;SC=AATTGGTTGATATACAATACA;SOR=2.019;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=21;TCF=1;TCR=20;TR=20;WE=92244642;WS=92244620;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr7	92247333	rs42043	A	G	2698.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=44;NR=27;PP=1428;SC=GTCTGGGTAGAGCAGGTGTCT;SOR=1.167;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=71;TCF=44;TCR=27;TR=71;WE=92247341;WS=92247323;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr7	92252203	rs42046	C	G	1272.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.564;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.96;ReadPosRankSum=-0.733;SOR=0.335;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,50:0.98:51
chr7	92855628	rs200511300	T	TA	1538.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.017;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FS=0.569;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.14;MQRankSum=1.000;QD=7.19;ReadPosRankSum=-1.360;SOR=0.639;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:105,109:0.51:214
chr7	92875594	rs373372521	AAC	A	117.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.858;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=2;PP=44;ReadPosRankSum=-0.259;SC=TTTCCTTCTCAACACACACAC;SOR=0.527;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=0;TCR=13;TR=2;WE=92875603;WS=92875584;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,6:0.27:22
chr7	92900512	.	G	GT	78.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.822;ClippingRankSum=0.000;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=3.265;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.75;ReadPosRankSum=1.932;SOR=0.247;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,12:0.27:45
chr7	92938116	rs73219909	A	G	1491.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.201;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.050;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=20;PP=821;ReadPosRankSum=-2.998;SC=TCATTTTTTAATAACCTGTGT;SOR=0.512;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=116;TCF=72;TCR=44;TR=51;WE=92938124;WS=92938106;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,72:0.46:156
chr7	92971006	rs76138580	T	C	124.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.087;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=5;PP=84;ReadPosRankSum=0.538;SC=ATATCACTTATATGTTTCTGA;SOR=0.693;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=11;TCF=1;TCR=10;TR=6;WE=92971014;WS=92970996;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,6:0.50:12
chr7	92987445	rs2285505	T	C	442.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-3.874;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.902;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=2;PP=288;ReadPosRankSum=-0.801;SC=ATTCTTATTCTCTCCTATTAC;SOR=0.142;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=37;TCF=34;TCR=3;TR=17;WE=92987453;WS=92987435;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,20:0.47:43
chr7	93063398	rs2072083	G	T	360.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-2.768;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.884;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=2;PP=244;ReadPosRankSum=-0.057;SC=CACATCCATGGATAAGATTCA;SOR=0.323;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=31;TCF=27;TCR=4;TR=15;WE=93063406;WS=93063397;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,16:0.47:34
chr7	93067334	rs10713823	TA	T	2299.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=28;NR=15;PP=1766;SC=AACTAAGAGATAATACTACTA;SOR=1.926;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=44;TCF=29;TCR=15;TR=43;WE=93067342;WS=93067324;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr7	93070811	rs2106735	C	T	2435.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.382;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=247;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.977;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.540;NF=45;NR=38;PP=1212;ReadPosRankSum=-2.665;SC=GGTGTACATACGGATGAGAAG;SOR=0.621;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=169;TCF=93;TCR=76;TR=83;WE=93070819;WS=93070801;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:125,120:0.49:245
chr7	93070870	rs5885829	GA	G	3945.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-3.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.350;HP=12;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.294;NF=18;NR=81;PP=1544;ReadPosRankSum=0.963;SC=GGCTAAAAGAGAAAAAAAAAA;SOR=0.306;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=115;TCF=19;TCR=96;TR=99;WE=93070879;WS=93070860;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:7,198:0.97:205
chr7	93073147	rs2074123	C	G	2274.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=1.897;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=7.959;HP=6;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=58;PP=1662;ReadPosRankSum=1.339;SC=AATGTGAAAACAAGCCAAAGT;SOR=3.357;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=67;TCF=9;TCR=58;TR=66;WE=93073155;WS=93073137;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,74:0.99:75
chr7	93346095	rs2027984	C	A	645.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=14;NR=5;PP=357;SC=ATCTATCTATCTATATATGCA;SOR=1.802;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=19;TCF=14;TCR=5;TR=19;WE=93346103;WS=93346085;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr7	93540348	rs2798	T	G	135.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=22.64;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr7	93551428	rs4262	C	T	3231.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=60;NR=27;PP=1651;SC=AGAGCTAGCCCGAGCCCGGTT;SOR=1.402;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=89;TCF=61;TCR=28;TR=87;WE=93551436;WS=93551418;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr7	93623458	rs2286845	A	G	262.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.023;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.251;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=3;PP=165;ReadPosRankSum=0.145;SC=TTTGAACACTAGGAATGTTTT;SOR=0.190;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=13;TCF=9;TCR=4;TR=9;WE=93623466;WS=93623448;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,11:0.61:18
chr7	94029732	.	G	T	378.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=0.694;ClippingRankSum=0.000;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.978;HP=6;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=10;PP=250;ReadPosRankSum=-0.456;SC=CATTTATTTGGTTTTTTCACT;SOR=0.368;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=19;TCF=5;TCR=14;TR=14;WE=94029740;WS=94029722;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,16:0.73:22
chr7	94037034	rs42517	A	G	84.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.718;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=10.60;ReadPosRankSum=-0.566;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,4:0.50:8
chr7	94038934	rs42518	C	T	2920.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.442;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=324;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.408;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=48;PP=1303;ReadPosRankSum=0.108;SC=AGTATACCTGCGTAGCTAAAA;SOR=0.734;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=204;TCF=101;TCR=103;TR=93;WE=94038942;WS=94038924;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:170,147:0.46:317
chr7	94039032	rs42519	C	T	2873.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.773;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=305;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.920;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=38;PP=1043;ReadPosRankSum=0.383;SC=TTTTCCTTCACAGGGCCTTCC;SOR=0.576;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=184;TCF=86;TCR=98;TR=75;WE=94039040;WS=94039022;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:157,141:0.47:298
chr7	94039542	rs41316929	A	G	153.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=2.009;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=3;PP=50;ReadPosRankSum=1.357;SC=ACTGTTCTGTATTGAACCCTA;SOR=0.693;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=17;TCF=9;TCR=8;TR=6;WE=94039550;WS=94039532;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,10:0.36:28
chr7	94039900	rs42520	C	T	78.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=9.85;ReadPosRankSum=0.674;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,4:0.50:8
chr7	94040133	rs389328	T	A	605.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-3.522;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.969;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=2;PP=447;ReadPosRankSum=1.921;SC=TGCTATTTTTTACAAACTCTA;SOR=0.377;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=40;TCF=37;TCR=3;TR=23;WE=94040141;WS=94040123;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,25:0.60:42
chr7	94040345	.	G	GT	210.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.815;ClippingRankSum=0.000;DP=183;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.43;ReadPosRankSum=0.060;SOR=0.666;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:114,33:0.22:147
chr7	94041937	rs412777	A	C	2086.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.229;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.720;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=32;PP=841;ReadPosRankSum=-1.086;SC=CAATTGGCCCAGCTGGAGCAA;SOR=0.836;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=134;TCF=70;TCR=64;TR=71;WE=94041945;WS=94041927;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:98,103:0.51:201
chr7	94043239	rs42524	C	G	1987.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.184;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=248;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.159;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=46;PP=1107;ReadPosRankSum=-0.930;SC=ACAGGGTCCCCCTGGTCCTCC;SOR=0.929;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=179;TCF=85;TCR=94;TR=78;WE=94043247;WS=94043229;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:143,101:0.41:244
chr7	94045576	rs42526	G	A	188.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-2.362;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=2;PP=89;ReadPosRankSum=0.718;SC=CTAGTGGAGAGATTAGGAACA;SOR=1.402;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=9;TCF=6;TCR=3;TR=7;WE=94045584;WS=94045566;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,9:0.82:11
chr7	94047677	rs42527	C	T	284.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.312;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=1;PP=190;ReadPosRankSum=-0.078;SC=GGTAAGGAATCGAGACATTGC;SOR=0.793;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=13;TCF=12;TCR=1;TR=10;WE=94047685;WS=94047667;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,11:0.73:15
chr7	94051084	rs143308704	CCTACCTCCTACTCCTTGGTCTATTCCTGGTCACATGTA	C	3040.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.786;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.769;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=19;PP=2970;ReadPosRankSum=3.257;SC=TATGAAGCTGCCTACCTCCTA;SOR=0.927;SbPval=0.95;Source=Platypus;TC=78;TCF=37;TCR=41;TR=27;WE=94051129;WS=94051074;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:96,80:0.45:176
chr7	94052495	rs42530	A	G	545.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=0.017;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=13;PP=300;ReadPosRankSum=-1.175;SC=CCCCTACACAAATCTTCAAGT;SOR=0.584;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=30;TCF=4;TCR=26;TR=15;WE=94052503;WS=94052485;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,21:0.55:38
chr7	94056006	rs400218	A	G	450.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=1.428;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.725;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=14;PP=308;ReadPosRankSum=-1.587;SC=GCTATTTCATACCAACATGAA;SOR=0.385;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=30;TCF=5;TCR=25;TR=18;WE=94056014;WS=94055996;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,19:0.56:34
chr7	94056244	rs413826	C	G	521.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.408;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=26.09;ReadPosRankSum=-0.207;SOR=0.430;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,14:0.70:20
chr7	94056251	rs199900944	GAA	G	535.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.318;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.45;MQRankSum=0.861;QD=22.32;ReadPosRankSum=0.747;SOR=0.593;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,15:0.62:24
chr7	94058420	rs34888194	C	CT	196.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.062;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.38;MQRankSum=1.931;QD=3.51;ReadPosRankSum=2.127;SOR=0.634;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,17:0.30:56
chr7	94146975	rs2301646	T	G	1274.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=1.416;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.413;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=28;PP=694;ReadPosRankSum=-0.298;SC=TCAGGTAACATTTCTTCATTT;SOR=0.856;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=68;TCF=27;TCR=41;TR=46;WE=94146983;WS=94146965;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,64:0.50:127
chr7	94157585	rs57770781	CT	C	448.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.263;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.48;ReadPosRankSum=1.689;SOR=0.880;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,37:0.62:60
chr7	94174854	rs3793326	T	C	969.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=1.326;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.770;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=13;PP=670;ReadPosRankSum=2.165;SC=TCCTTTTCAATAGGTTTTATT;SOR=0.858;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=76;TCF=51;TCR=25;TR=40;WE=94174862;WS=94174844;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,46:0.45:103
chr7	94175073	rs3793325	T	C	112.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.947;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.94;ReadPosRankSum=-0.402;SOR=0.321;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,7:0.37:19
chr7	94176627	rs6958243	G	C	71.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=1.192;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=4;PP=46;ReadPosRankSum=-1.255;SC=CTGAAGCTGAGTACTCAGTGT;SOR=1.329;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=1;TCR=9;TR=4;WE=94176635;WS=94176617;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,4:0.40:10
chr7	94178749	rs10272136	T	C	366.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.631;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.11;ReadPosRankSum=1.187;SOR=0.602;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,19:0.58:33
chr7	94178761	rs7801436	C	T	1448.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=27;NR=10;PP=773;SC=ATCCAAACTTCAGAAAACTAT;SOR=1.845;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=37;TCF=27;TCR=10;TR=37;WE=94178769;WS=94178739;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr7	94182373	rs6465417	A	G	456.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=2.143;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.395;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=3;PP=281;ReadPosRankSum=-1.834;SC=GCGTTGTACAACTTATGCAAT;SOR=1.469;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=23;TCF=16;TCR=7;TR=14;WE=94182381;WS=94182363;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,21:0.46:46
chr7	94183993	rs10280843	G	A	823.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=0.309;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.179;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=21;PP=496;ReadPosRankSum=0.668;SC=TATGAAAATCGGACGTACTTT;SOR=0.301;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=50;TCF=11;TCR=39;TR=29;WE=94184001;WS=94183983;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,34:0.56:61
chr7	94184691	rs10238176	T	A	228.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.686;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=2;PP=160;ReadPosRankSum=-0.961;SC=AATAAAATGGTTTTAGGAAAG;SOR=0.412;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=25;TCF=21;TCR=4;TR=11;WE=94184699;WS=94184681;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,11:0.42:26
chr7	94227275	.	CT	TG	1632.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.580;ClippingRankSum=0.000;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=1.360;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=32.02;ReadPosRankSum=0.768;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,40:0.78:51
chr7	94227509	rs10232398	G	A	256.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-1.044;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.086;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=9;PP=166;ReadPosRankSum=0.742;SC=CCTCACCCTTGTCTACTCCTT;SOR=0.330;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=20;TCF=4;TCR=16;TR=12;WE=94227517;WS=94227499;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,12:0.60:20
chr7	94247971	rs6465421	C	A	250.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=3.573;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=2;PP=171;ReadPosRankSum=1.336;SC=CTTATTAAAACGAAAAATGCA;SOR=0.850;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=35;TCF=28;TCR=7;TR=12;WE=94247979;WS=94247961;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,12:0.34:35
chr7	94257449	rs138881114	T	TAC	735.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.742;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FS=1.740;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.19;MQRankSum=1.966;QD=6.81;ReadPosRankSum=-1.257;SOR=0.923;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:74,34:0.31:108
chr7	94740524	rs11379075	G	GT	80.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.202;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.26;ReadPosRankSum=0.483;SOR=0.720;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:50,14:0.22:64
chr7	94879225	rs12690919	A	T	234.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-2.168;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=0;PP=60;ReadPosRankSum=-1.491;SC=TCTCAAGTGGATTCAGTGATT;SOR=0.368;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=15;TCR=1;TR=6;WE=94879233;WS=94879215;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,11:0.52:21
chr7	94897801	rs854522	T	C	362.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.468;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=1;PP=172;ReadPosRankSum=-1.308;SC=TCAGTGTCTGTGGTCTCTTCA;SOR=0.840;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=28;TCF=23;TCR=5;TR=11;WE=94897809;WS=94897791;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,15:0.42:36
chr7	94898811	rs854524	G	A	1688.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=0.734;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.539;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=35;PP=920;ReadPosRankSum=-0.431;SC=AAAATATTACGAGAAAAAGGT;SOR=0.630;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=117;TCF=39;TCR=78;TR=52;WE=94898819;WS=94898801;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:113,84:0.43:197
chr7	94937446	rs662	T	C	13628.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.680;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=549;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=143;NR=186;PP=2965;ReadPosRankSum=1.276;SC=CTCCCAGGATTGTAAGTAGGG;SOR=0.885;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=330;TCF=144;TCR=186;TR=329;WE=94937454;WS=94937436;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,533:1.00:535
chr7	94941038	rs1157745	G	T	810.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=24;PP=635;SC=GAGAAGCATTGGTGATTGCTC;SOR=4.332;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=27;TCF=3;TCR=24;TR=27;WE=94941046;WS=94941028;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr7	94946255	rs3917498	G	T	1356.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=38;PP=1020;SC=TCAAATTGATGAATGCGATTA;SOR=3.865;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=42;TCF=4;TCR=38;TR=42;WE=94946263;WS=94946245;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr7	94947799	rs2074351	G	A	3582.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=29;NR=71;PP=2190;SC=CTCCTTCACTGTACTTTGCCT;SOR=1.609;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=100;TCF=29;TCR=71;TR=100;WE=94947807;WS=94947789;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chr7	94953913	rs705380	G	C	424.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-4.165;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.789;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=13;PP=218;ReadPosRankSum=-2.390;SC=CCGCCGGGTCGGCAGCTAGCT;SOR=0.223;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=31;TCF=5;TCR=26;TR=17;WE=94953921;WS=94953903;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,21:0.54:39
chr7	94989255	.	CT	C	354.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.896;ClippingRankSum=0.000;DP=125;ExcessHet=3.0103;FS=2.077;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.08;ReadPosRankSum=3.446;SOR=0.466;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:66,49:0.43:115
chr7	94992244	rs10953143	T	C	751.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=20;PP=584;SC=AAATGCACACTCCTTGAAAGT;SOR=3.442;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=22;TCF=2;TCR=20;TR=22;WE=94992252;WS=94992234;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr7	94996913	rs3757708	T	G	111.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=4;PP=85;SC=TCTTGCATTTTACCCTCACAG;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=0;TCR=4;TR=4;WE=94996921;WS=94996903;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr7	95001555	rs1053275	C	T	9927.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.694;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=390;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=112;NR=92;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.602;SC=TGATTTCTAGCGCTTGTGCCC;SOR=0.809;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=206;TCF=113;TCR=93;TR=204;WE=95001563;WS=95001545;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,381:0.99:383
chr7	95019355	rs6977389	G	A	3206.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-0.485;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=70;NR=32;PP=2063;ReadPosRankSum=-0.627;SC=TGGTTTACCCGGAGGTGGGAT;SOR=0.693;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=103;TCF=71;TCR=32;TR=102;WE=95019363;WS=95019345;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,118:0.99:119
chr7	95024046	rs11970910	A	G	10951.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.677;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=425;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=125;NR=137;PP=2965;ReadPosRankSum=0.653;SC=ATAAAACCCAACCCTGGAAGT;SOR=0.768;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=265;TCF=126;TCR=139;TR=262;WE=95024054;WS=95024036;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,413:1.00:415
chr7	95025600	rs13226149	G	A	16855.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=642;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=166;NR=189;PP=2965;SC=TAAACGCCAGGAACATCTCCC;SOR=0.774;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=356;TCF=166;TCR=190;TR=355;WE=95025608;WS=95025590;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,639:1.00:639
chr7	95034775	rs7493	G	C	6373.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=64;NR=102;PP=2965;SC=AGGCTTCTCAGATAGAATGTT;SOR=1.093;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=166;TCF=64;TCR=102;TR=166;WE=95034783;WS=95034765;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,234:1.00:234
chr7	95035582	rs3735586	A	T	3948.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=44;NR=64;PP=1822;SC=AAATTGTCAAAATCTAAATGA;SOR=0.988;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=108;TCF=44;TCR=64;TR=108;WE=95035590;WS=95035572;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,152:1.00:152
chr7	95039445	rs2286232	C	T	2945.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.078;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FS=5.976;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=21.98;ReadPosRankSum=-0.994;SOR=0.083;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:3,131:0.98:134
chr7	95041016	rs12026	G	C	4042.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=38;NR=58;PP=1904;SC=AGAATTTTCTGCTTCTTCAAA;SOR=1.003;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=96;TCF=38;TCR=58;TR=96;WE=95041024;WS=95041006;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,153:1.00:153
chr7	95041542	rs2068604	G	T	3614.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=69;NR=23;PP=2003;SC=TCTCTTCCTAGAAATATGATC;SOR=1.882;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=92;TCF=69;TCR=23;TR=92;WE=95041550;WS=95041532;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,129:1.00:129
chr7	95125050	rs10577347	CTT	C	686.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.744;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FS=5.563;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.12;MQRankSum=1.093;QD=8.37;ReadPosRankSum=-0.143;SOR=1.416;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:47,35:0.43:82
chr7	95216697	rs17626204	C	T	1253.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.906;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.027;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=23;PP=668;ReadPosRankSum=2.538;SC=AACTAGGTGGCTGAGATTAAT;SOR=0.518;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=118;TCF=73;TCR=45;TR=55;WE=95216705;WS=95216687;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:97,66:0.40:163
chr7	95434156	rs41278809	C	G	1856.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.430;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.92;ReadPosRankSum=1.784;SOR=0.664;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:78,92:0.54:170
chr7	95439987	rs144180774	TG	T	294.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-0.473;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQ=60.43;MQRankSum=-0.806;NF=0;NR=15;PP=269;ReadPosRankSum=0.138;SC=TTGAGGGGGCTGGAAGGAGAT;SOR=0.465;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=0;TCR=19;TR=15;WE=95439995;WS=95439977;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,11:0.44:25
chr7	95442405	rs11452827	C	CT	287.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.023;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=2.971;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.19;MQRankSum=0.873;QD=5.53;ReadPosRankSum=-0.642;SOR=0.314;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,25:0.48:52
chr7	95442690	rs35397709	T	TA	1167.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.386;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=251;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.09;MQRankSum=1.541;QD=5.70;ReadPosRankSum=-1.529;SOR=0.730;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:107,98:0.48:205
chr7	95447785	rs10590197	ATT	A	660.74	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=1.571;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=2.884;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.31;ReadPosRankSum=0.338;SOR=0.797;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,35:0.49:71
chr7	95447786	rs2375050	T	A	38.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.638;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FS=4.154;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.54;ReadPosRankSum=-0.728;SOR=0.979;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:57,15:0.21:72
chr7	95447787	.	T	A	102.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-1.594;ClippingRankSum=0.000;DP=73;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.43;ReadPosRankSum=-0.132;SOR=0.807;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:52,20:0.28:72
chr7	95447788	.	T	A	126.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=1.580;ClippingRankSum=0.000;DP=74;ExcessHet=3.0103;FS=2.115;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.74;ReadPosRankSum=0.896;SOR=0.990;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:52,21:0.29:73
chr7	95457256	rs41278818	G	A	3476.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-2.773;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=297;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.674;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=75;NR=36;PP=1678;ReadPosRankSum=-0.488;SC=GACATGTTCTGTGTATGTATT;SOR=0.548;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=202;TCF=137;TCR=65;TR=111;WE=95457264;WS=95457246;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:124,163:0.57:287
chr7	95668664	rs1048666	C	A	2548.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.555;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=275;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.935;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=40;PP=1104;ReadPosRankSum=0.676;SC=TGGCAGTGGGCCCAATCGACT;SOR=0.654;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=181;TCF=92;TCR=89;TR=81;WE=95668672;WS=95668654;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:138,127:0.48:265
chr7	95709602	rs42083	C	T	406.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.712;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=2;PP=198;ReadPosRankSum=2.707;SC=TCCAGTTAAACGTATTATTGT;SOR=0.859;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=21;TCF=16;TCR=5;TR=12;WE=95709610;WS=95709592;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,18:0.72:25
chr7	95709666	rs42082	C	A	694.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.160;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=9;PP=358;ReadPosRankSum=1.546;SC=GTTGTGAACCCTTTGGCAGGT;SOR=0.698;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=63;TCF=42;TCR=21;TR=27;WE=95709674;WS=95709656;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,36:0.44:82
chr7	95727014	rs7794344	T	C	906.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=1.979;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.830;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=23;PP=564;ReadPosRankSum=-0.578;SC=ATTGCTGTGATATTTTGGGTG;SOR=0.300;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=40;TCF=4;TCR=36;TR=26;WE=95727022;WS=95727004;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,34:0.71:48
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chr7	95800820	rs2301629	T	C	1671.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.080;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.586;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=35;PP=891;ReadPosRankSum=-1.076;SC=CAACTCCCAATAACTGTGGCA;SOR=0.758;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=117;TCF=41;TCR=76;TR=52;WE=95800828;WS=95800810;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,79:0.48:165
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chr7	96279746	rs6465531	A	G	1628.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.803;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=25;PP=903;ReadPosRankSum=1.503;SC=ACCTCGCCCAATGTGTCCTTC;SOR=0.754;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=96;TCF=57;TCR=39;TR=61;WE=96279754;WS=96279736;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,74:0.55:134
chr7	96279996	rs56144616	G	A	1486.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.060;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FS=5.883;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.70;ReadPosRankSum=-1.547;SOR=1.371;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:44,40:0.48:84
chr7	96280005	rs75928395	C	A	1464.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.502;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FS=2.987;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.65;ReadPosRankSum=-0.830;SOR=1.138;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:44,39:0.47:83
chr7	96338910	rs62470387	C	A	2587.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.164;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=341;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.441;HP=4;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=36;PP=1487;ReadPosRankSum=-2.080;SC=CCCGCCGGTGCCCCCAGCTGG;SOR=0.852;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=228;TCF=144;TCR=84;TR=102;WE=96338918;WS=96338900;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:208,131:0.39:339
chr7	96338929	rs10250534	A	G	3204.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.327;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=442;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.538;HP=4;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=74;NR=47;PP=1629;ReadPosRankSum=-0.832;SC=GGGCCCGAGCACCCAAGCTAC;SOR=0.740;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=285;TCF=173;TCR=112;TR=121;WE=96338937;WS=96338919;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:265,172:0.39:437
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chr7	96636865	rs1207727	A	C	1202.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=1.843;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.436;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=7;PP=806;ReadPosRankSum=0.470;SC=GGCTTTGGGGAGACTCGTTGC;SOR=1.238;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=67;TCF=53;TCR=14;TR=42;WE=96636873;WS=96636855;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,50:0.60:83
chr7	97361784	rs2072100	C	T	940.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=0.821;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=5;PP=720;ReadPosRankSum=-0.754;SC=GGTGAGACTTCAGTCCTTATG;SOR=0.895;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=70;TCF=60;TCR=10;TR=36;WE=97361792;WS=97361774;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,37:0.50:74
chr7	97365522	rs78453589	T	G	437.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.697;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.105;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=3;PP=196;ReadPosRankSum=-0.561;SC=TATACAGACATATATTCAGAA;SOR=1.022;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=39;TCF=27;TCR=12;TR=14;WE=97365530;WS=97365512;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,22:0.40:55
chr7	97369391	rs12532490	T	C	109.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-1.480;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.358;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=5;PP=85;ReadPosRankSum=0.077;SC=CCAATATGTATTGTAAACATG;SOR=0.061;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=14;TCF=3;TCR=11;TR=7;WE=97369399;WS=97369381;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,7:0.50:14
chr7	97486213	rs2074891	T	C	678.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.68;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=9;PP=242;SC=TCACAAAGCTTTATGAATTAA;SOR=1.220;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=12;TCF=3;TCR=9;TR=12;WE=97486221;WS=97486203;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr7	97488569	rs1049674	A	T	4588.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=82;NR=47;PP=2539;SC=GTGCAGGGGTACATCCCGACA;SOR=1.179;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=129;TCF=82;TCR=47;TR=129;WE=97488577;WS=97488559;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,168:1.00:168
chr7	97488733	rs7797354	T	C	4230.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=39;NR=76;PP=2302;SC=AATGATACCTTTATTCAAATT;SOR=1.406;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=116;TCF=39;TCR=77;TR=115;WE=97488741;WS=97488723;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,155:1.00:155
chr7	97493986	.	C	T	45.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.718;ClippingRankSum=-0.000;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=4;PP=45;ReadPosRankSum=1.068;SC=TCTGCAAATTCTGTTCAACAT;SOR=0.495;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=4;WE=97493994;WS=97493976;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,3:0.43:7
chr7	97593662	rs11982005	C	T	3752.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.528;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=35;PP=1256;ReadPosRankSum=0.618;SC=TGATGTTATTCGGAATACCCT;SOR=0.806;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=77;TCF=41;TCR=36;TR=75;WE=97593670;WS=97593652;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,148:0.99:150
chr7	97599296	rs7784048	C	T	882.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=2;NR=25;PP=642;SC=ATAAAGCAAACAGGAAGAACT;SOR=3.912;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=27;TCF=2;TCR=25;TR=27;WE=97599304;WS=97599286;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr7	97619528	.	A	AT	180.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.096;ClippingRankSum=0.000;DP=115;ExcessHet=3.0103;FS=2.904;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.49;MQRankSum=0.000;QD=3.23;ReadPosRankSum=-0.479;SOR=0.330;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,20:0.36:56
chr7	97784061	rs17435590	T	C	4224.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.194;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=395;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.192;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=51;PP=1281;ReadPosRankSum=-2.400;SC=AACTGTTCTTTGATTTTAGGT;SOR=0.648;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=207;TCF=106;TCR=101;TR=102;WE=97784069;WS=97784051;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:175,211:0.55:386
chr7	97788764	rs10499944	C	T	2875.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.060;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=321;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.409;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=51;PP=1203;ReadPosRankSum=1.418;SC=AATTCAAGTTCGAGTATTCCA;SOR=0.663;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=199;TCF=86;TCR=113;TR=92;WE=97788772;WS=97788754;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:166,148:0.47:314
chr7	97788809	rs17169406	T	C	1999.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.143;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=46;PP=856;ReadPosRankSum=0.640;SC=CAGATGGACATGCTGGATGAG;SOR=0.709;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=141;TCF=46;TCR=95;TR=69;WE=97788817;WS=97788799;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:99,100:0.50:199
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chr7	97820247	rs66773750	AAC	A	760.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=2.408;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.388;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=1.916;NF=0;NR=24;PP=997;ReadPosRankSum=-1.709;SC=GTGTCCCCAAAACACAAAAAA;SOR=1.987;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=51;TCF=2;TCR=49;TR=24;WE=97820256;WS=97820237;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,26:0.46:56
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chr7	97860182	rs2270601	G	A	261.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.113;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=2;PP=119;ReadPosRankSum=-0.656;SC=TTGACCCTGCGTGGACTCCAG;SOR=0.941;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=19;TCF=13;TCR=6;TR=9;WE=97860190;WS=97860172;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,13:0.54:24
chr7	97860939	rs2270600	T	C	171.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.014;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=7.701;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.04;ReadPosRankSum=0.166;SOR=0.439;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,9:0.47:19
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chr7	97922773	rs12873	T	C	295.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=1.142;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=4;PP=212;ReadPosRankSum=0.074;SC=GCAGACAGGATGCGCCCATCA;SOR=0.973;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=27;TCF=18;TCR=9;TR=13;WE=97922781;WS=97922763;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,14:0.45:31
chr7	97922851	rs12728	C	T	625.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.985;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.799;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=11;PP=387;ReadPosRankSum=1.515;SC=TGATGGGTGCCGAGCGATCAT;SOR=0.999;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=55;TCF=30;TCR=25;TR=26;WE=97922859;WS=97922841;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,34:0.37:92
chr7	97922875	rs13008	G	A	926.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.483;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.498;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=18;PP=446;ReadPosRankSum=-2.021;SC=TCACAGTCGGGCGGAGTTTCA;SOR=0.532;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=67;TCF=35;TCR=32;TR=35;WE=97922883;WS=97922865;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,50:0.43:116
chr7	97933601	rs1045916	C	T	3541.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.658;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=342;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.564;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=72;NR=51;PP=1828;ReadPosRankSum=-0.436;SC=CCCCCATGGACAAGCATTCCA;SOR=0.960;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=225;TCF=125;TCR=100;TR=123;WE=97933609;WS=97933591;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:165,174:0.51:339
chr7	97935671	rs13232181	C	G	2465.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=2.280;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=234;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=28;PP=1449;ReadPosRankSum=-1.439;SC=GCCTGCGACACAGCTAGATGG;SOR=0.727;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=165;TCF=108;TCR=57;TR=82;WE=97935679;WS=97935661;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:119,111:0.48:230
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chr7	97939987	rs2906184	T	A	395.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=2.154;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=11;HapScore=3;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=11;PP=362;ReadPosRankSum=0.832;SC=TTTTTTTTTTTAAATAATAGG;SOR=0.876;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=37;TCF=6;TCR=31;TR=13;WE=97940006;WS=97939977;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,20:0.48:42
chr7	97939998	rs139666268	C	CTATTTATT	178.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=1.801;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.935;HP=2;HapScore=3;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=8;PP=678;ReadPosRankSum=1.582;SC=AAATAATAGGCTATTTATTTA;SOR=1.751;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=25;TCF=0;TCR=25;TR=8;WE=97940006;WS=97939977;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,7:0.37:19
chr7	97944744	rs2107716	G	A	2293.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.830;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.087;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=24;PP=862;ReadPosRankSum=0.332;SC=TTATTAATACGCTCAAGGCAA;SOR=0.601;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=124;TCF=80;TCR=44;TR=64;WE=97944752;WS=97944734;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:97,113:0.54:210
chr7	97944931	.	A	AAATAAT	1106	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;FR=0.5000;HP=12;HapScore=4;MGOF=13;MMLQ=28;MQ=60.0;NF=2;NR=26;PP=1106;QD=39.6785714286;SC=CATACTAAAAAAAAAAAAATA;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=48;TCF=4;TCR=44;TR=28;WE=97944945;WS=97944916;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:20,28:0.58:48
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chr7	97944935	rs11385558	A	AT	460.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.868;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FS=0.916;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.11;MQRankSum=-0.630;QD=5.55;ReadPosRankSum=1.082;SOR=0.826;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:58,25:0.30:83
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chr7	98461062	rs1548622	G	A	3326.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=30;NR=55;PP=1630;SC=TCAGAATGGTGTGTGGCAAGG;SOR=1.188;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=85;TCF=30;TCR=55;TR=85;WE=98461070;WS=98461052;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr7	98495299	rs35409546	G	GTT	759.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=66.67;QD=30.39;SOR=1.911;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,21:0.84:25
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chr7	98503707	rs3214239	TG	T	2498.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=28;NR=18;PP=1877;SC=CATATCAGACTGGCGGGCTGG;SOR=2.105;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=47;TCF=29;TCR=18;TR=46;WE=98503715;WS=98503697;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr7	98504025	rs139837317	TTTTATTTATTTATTTA	TTTTA,T	960.73	.	AC=2,0;AF=1.00,0.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5002,0.4998;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;NF=0,0;NR=14,14;PP=764,24;SC=TTTGTTTTTGTTTTATTTATT;SOR=4.712;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=37;TCF=1;TCR=36;TR=14,14;WE=98504048;WS=98504015;set=Intersection	GT:AF:DP	1/1:1.00:21
chr7	98513300	rs1859662	C	T	2184.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=46;NR=17;PP=1352;SC=GGGTATAGACCCTCCTCATTT;SOR=1.802;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=63;TCF=46;TCR=17;TR=63;WE=98513308;WS=98513290;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr7	98522622	rs142400135	C	T	1513.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=2.115;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.883;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=10;PP=975;ReadPosRankSum=-0.459;SC=AGCGAGACTCCGTCTCAAAAA;SOR=1.428;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=105;TCF=84;TCR=21;TR=57;WE=98522637;WS=98522612;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,65:0.58:113
chr7	98535180	.	G	A	755.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=4.060;ClippingRankSum=0.000;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.505;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=3;PP=566;ReadPosRankSum=1.069;SC=AAAGGAGAACGGAAACTTGCA;SOR=1.031;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=54;TCF=49;TCR=5;TR=29;WE=98535188;WS=98535170;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,31:0.51:61
chr7	98548682	rs140313456	C	CTGTGTGTG,CTGTGTGTGTG	1077.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;QD=46.86;SOR=3.352;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:0,15,8:0.65,0.35:23
chr7	98550654	rs66469618	TTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTG	T	4984.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=5.579;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.202;NF=17;NR=24;PP=2283;SC=TCATGTTACATTGTGTGTGTG;SOR=1.981;SbPval=0.26;Source=Platypus;TC=54;TCF=27;TCR=27;TR=41;WE=98550695;WS=98550644;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,121:0.99:122
chr7	98553739	rs3214240	T	TC	1041.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=17;NR=5;PP=1007;SC=GCTCCCATGTTCCGGCGTGAT;SOR=3.056;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=26;TCF=20;TCR=6;TR=22;WE=98553747;WS=98553729;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr7	98558880	rs160384	G	C	7834.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=295;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=129;NR=82;PP=2965;SC=GTTGTCCATTGCAGGAGCAGC;SOR=1.120;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=212;TCF=130;TCR=82;TR=211;WE=98558888;WS=98558870;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,288:1.00:288
chr7	98658130	rs11311529	CT	C	1827.82	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.360;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.23;MQRankSum=0.686;QD=13.25;ReadPosRankSum=0.067;SOR=0.612;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,117:0.85:138
chr7	98659812	rs67817120	GGT	G	1987.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.17;SOR=0.737;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr7	98659813	.	GTGA	G	1178	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;FR=1.0000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MMLQ=28;MQ=60.0;NF=8;NR=16;PP=1178;QD=51.2304031084;SC=GAACTCCTGGGTGATTCAAGC;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=24;TCF=8;TCR=16;TR=24;WE=98659825;WS=98659803;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr7	98659816	rs11295323	AT	A	1987.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.17;SOR=0.737;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr7	98659817	.	T	A	641	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;FR=1.0000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=20;NR=16;PP=641;QD=18.7714225708;SC=TCCTGGGTGATTCAAGCAATC;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=37;TCF=20;TCR=17;TR=36;WE=98659825;WS=98659803;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:1,36:0.97:37
chr7	98775453	rs17161599	C	T	467.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-0.671;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.519;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=2;PP=258;ReadPosRankSum=-0.419;SC=ACCTGCCACACGCAACAGCCC;SOR=0.379;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=46;TCF=41;TCR=5;TR=17;WE=98775461;WS=98775448;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,22:0.42:53
chr7	98775511	rs62473048	T	C	1166.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-2.937;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.169;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=14;PP=627;ReadPosRankSum=-0.015;SC=CCAAGACCCCTGGATACTCCT;SOR=0.348;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=93;TCF=66;TCR=27;TR=44;WE=98775519;WS=98775501;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,55:0.50:111
chr7	98779740	rs6465740	G	T	5425.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=58;NR=83;PP=2593;SC=AACCTAAATAGAGGACACCAA;SOR=1.055;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=141;TCF=58;TCR=83;TR=141;WE=98779748;WS=98779730;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,204:1.00:204
chr7	98782750	rs10953283	C	T	3985.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.817;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=371;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=64;PP=1781;ReadPosRankSum=0.148;SC=CATCTGTGCCCGTGACAATGT;SOR=0.713;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=208;TCF=95;TCR=113;TR=117;WE=98782758;WS=98782740;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:170,193:0.53:363
chr7	98785818	rs12673020	A	G	553.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.173;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=2.578;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=66.18;MQRankSum=2.942;QD=17.31;ReadPosRankSum=-0.459;SOR=0.264;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:4,28:0.88:32
chr7	98790607	.	T	TA	63.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.726;ClippingRankSum=0.000;DP=93;ExcessHet=3.0103;FS=1.124;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.23;MQRankSum=2.688;QD=0.75;ReadPosRankSum=0.733;SOR=0.914;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:69,16:0.19:85
chr7	98936001	.	AT	A	177.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.682;ClippingRankSum=0.000;DP=82;ExcessHet=3.0103;FS=2.112;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.13;MQRankSum=0.000;QD=5.92;ReadPosRankSum=2.074;SOR=0.307;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,13:0.43:30
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chr7	99269625	rs117445819	A	T	180.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-1.107;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=7;PP=122;ReadPosRankSum=0.817;SC=CCTGTACTATAGTATTAGGTT;SOR=0.515;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=26;TCF=5;TCR=21;TR=9;WE=99269633;WS=99269615;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,9:0.38:24
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chr7	99293859	rs11401860	C	CT	1169.74	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.933;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FS=0.985;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.58;ReadPosRankSum=0.222;SOR=0.564;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,78:0.77:101
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chr7	99297804	rs2177180	C	T	1238.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=33;PP=878;SC=GAGAAGGAGGCGGGGCTGCAG;SOR=4.073;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=37;TCF=4;TCR=33;TR=37;WE=99297812;WS=99297794;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr7	99302994	rs10211	C	T	5582.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=99;NR=58;PP=2942;SC=ACAGAATCCCCGATTATTTAT;SOR=1.206;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=159;TCF=99;TCR=60;TR=157;WE=99303002;WS=99302984;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,208:1.00:208
chr7	99303094	rs12360	G	A	7850.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=302;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=75;NR=102;PP=2965;SC=CAGCTTTCTTGAAGAGCAAAC;SOR=0.923;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=180;TCF=75;TCR=105;TR=177;WE=99303102;WS=99303084;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,297:1.00:297
chr7	99306566	rs2687077	C	T	3089.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=79;NR=14;PP=2267;SC=GACAAGCAAACGATTGTACAA;SOR=3.193;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=94;TCF=80;TCR=14;TR=93;WE=99306574;WS=99306556;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr7	99306685	rs2257401	C	G	15981.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=602;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=210;NR=163;PP=2965;SC=CTCAGGCTCTCTCCAGTACTT;SOR=0.886;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=376;TCF=210;TCR=166;TR=373;WE=99306693;WS=99306675;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,597:1.00:597
chr7	99314986	rs2687075	A	G	10630.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=399;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=117;NR=145;PP=2965;SC=GTGACATTGTATAATGAATTT;SOR=0.853;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=262;TCF=117;TCR=145;TR=262;WE=99314994;WS=99314976;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,389:1.00:389
chr7	99365943	rs2687116	C	A	2351.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=36;NR=26;PP=1143;SC=TTTAAGAGAGCAAGATAAATA;SOR=0.935;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=62;TCF=36;TCR=26;TR=62;WE=99365951;WS=99365933;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr7	99370493	rs2738258	T	C	3093.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=26;NR=75;PP=2269;SC=CAGGAGCCACTCAAGTCTTCA;SOR=1.992;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=102;TCF=26;TCR=76;TR=101;WE=99370501;WS=99370483;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr7	99436198	rs800672	G	A	323.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.384;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=4;PP=163;ReadPosRankSum=1.351;SC=TTCATAGACAGAAGTAAGTCA;SOR=0.836;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=25;TCF=16;TCR=9;TR=12;WE=99436206;WS=99436188;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,16:0.48:33
chr7	99447339	rs71515285	TTC	T	73.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.838;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=2.399;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.21;ReadPosRankSum=0.000;SOR=0.180;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,5:0.22:23
chr7	99459256	rs17342647	C	T	2533.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.820;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=279;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.456;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=27;PP=1221;ReadPosRankSum=-1.160;SC=CCTACGATGCCCTGGTACAGA;SOR=0.751;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=199;TCF=127;TCR=72;TR=80;WE=99459264;WS=99459246;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:151,120:0.44:271
chr7	99473624	rs1025576	T	G	956.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=25;NR=6;PP=783;SC=AAGGAAGCTATCTCCCTGAAA;SOR=2.694;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=25;TCR=6;TR=31;WE=99473632;WS=99473614;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr7	99474427	rs2572023	A	G	6446.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=240;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=59;NR=86;PP=2965;SC=CTTCAGGATGATTGTGGAGAC;SOR=0.990;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=146;TCF=60;TCR=86;TR=145;WE=99474435;WS=99474417;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,235:1.00:235
chr7	99474729	rs2572022	T	C	1863.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=17;NR=36;PP=1195;SC=TGGGGTCCAGTATACCCAAGG;SOR=1.539;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=53;TCF=17;TCR=36;TR=53;WE=99474737;WS=99474719;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr7	99499872	rs2527913	A	T	3293.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=26;NR=64;PP=1959;SC=GGTTCTTTTTAGTTTGTTTGT;SOR=1.570;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=90;TCF=26;TCR=64;TR=90;WE=99499880;WS=99499862;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr7	99500899	rs2247762	T	C	11918.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=455;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=115;NR=127;PP=2965;SC=TCTTCACCTTTACAGCTTCAA;SOR=0.777;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=242;TCF=115;TCR=127;TR=242;WE=99500919;WS=99500889;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,446:1.00:446
chr7	99500911	rs2247761	A	G	11206.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=435;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=108;NR=128;PP=2965;SC=CAGCTTCAAGAGAATAGTTCA;SOR=0.812;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=237;TCF=109;TCR=128;TR=236;WE=99500919;WS=99500889;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,426:1.00:426
chr7	99501313	rs2572003	A	T	8512.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=324;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=82;NR=112;PP=2965;SC=TGACGGTTGCATTTGCTCATG;SOR=0.904;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=196;TCF=82;TCR=114;TR=194;WE=99501321;WS=99501303;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,321:1.00:321
chr7	99507352	rs58242927	GT	G	171.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=1.334;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.58;ReadPosRankSum=-1.092;SOR=0.631;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,23:0.48:48
chr7	99507353	rs2572001	T	G	136.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.415;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.85;ReadPosRankSum=1.694;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,17:0.35:48
chr7	99507354	rs77711029	T	G	111.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-1.761;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FS=1.360;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.19;ReadPosRankSum=0.631;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,17:0.33:51
chr7	99514417	rs2571997	A	C	5500.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=37;NR=96;PP=2965;SC=AACAAAAAAAACGATCATATC;SOR=1.585;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=133;TCF=37;TCR=96;TR=133;WE=99514425;WS=99514407;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,197:1.00:197
chr7	99526403	rs181056047	C	G	681.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-2.248;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=10;PP=386;ReadPosRankSum=-0.810;SC=GGGACCTGCCCCGGGAGGAGA;SOR=0.586;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=67;TCF=50;TCR=17;TR=31;WE=99526411;WS=99526393;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,36:0.44:82
chr7	99567858	rs140897498	TTTTTTTG	T	2528.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=22;PP=1581;SC=TATTATTTCCTTTTTTTGTTT;SOR=0.836;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=33;TCF=7;TCR=26;TR=29;WE=99567872;WS=99567848;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
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chr7	99578370	rs62484968	T	G	1499.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.879;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.429;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-9.144;NF=23;NR=11;PP=1259;ReadPosRankSum=-1.086;SC=CTGTGCCTCCTGCCCAGAACC;SOR=0.869;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=124;TCF=80;TCR=44;TR=34;WE=99578389;WS=99578360;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:118,45:0.28:163
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chr7	99703958	rs2293479	T	C	2929.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.264;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=300;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.944;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=41;PP=1352;ReadPosRankSum=0.084;SC=GGGGAGAGAGTGAGCTCAGCA;SOR=0.577;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=192;TCF=114;TCR=78;TR=97;WE=99703966;WS=99703948;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:151,143:0.49:294
chr7	99704827	rs1050542	A	G	215.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.976;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=1;PP=28;ReadPosRankSum=0.405;SC=ACGTGTGTACATGTCTGCATG;SOR=0.495;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=13;TCF=10;TCR=3;TR=5;WE=99704835;WS=99704817;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,12:0.52:23
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chr7	99707712	rs2272338	A	G	3729.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=3.930;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=381;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.375;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=53;PP=1997;ReadPosRankSum=-1.133;SC=AGAAGGGAAAAGGACAAGCAA;SOR=0.734;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=255;TCF=139;TCR=116;TR=116;WE=99707720;WS=99707702;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:202,172:0.46:374
chr7	99707950	rs4134917	C	T	1517.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.939;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.413;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=35;PP=768;ReadPosRankSum=-1.217;SC=GGATGATTGACAGGGACCTAA;SOR=0.872;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=85;TCF=21;TCR=64;TR=45;WE=99707958;WS=99707940;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,71:0.51:140
chr7	99710584	rs4134904	A	AG	1646.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.781;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.106;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=2.015;NF=5;NR=27;PP=1246;ReadPosRankSum=-0.407;SC=TGAGCATAGTAGAAAAGTAAA;SOR=0.992;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=74;TCF=12;TCR=62;TR=32;WE=99710592;WS=99710574;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,59:0.43:137
chr7	99711040	rs4134903	G	A	1842.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.656;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.184;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=21;PP=709;ReadPosRankSum=0.377;SC=TGCAAGGAAGGCAGGTGTCAA;SOR=0.587;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=78;TCF=38;TCR=40;TR=45;WE=99711048;WS=99711030;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,86:0.61:141
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chr7	99711614	rs4134898	C	T	5613.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.564;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=528;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.521;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=83;NR=88;PP=2845;ReadPosRankSum=0.457;SC=AGCCCAAAATCCTAAGGACGG;SOR=0.665;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=332;TCF=169;TCR=163;TR=171;WE=99711622;WS=99711604;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:257,261:0.50:518
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chr7	99753121	rs2272337	A	G	1809.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.531;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.696;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=35;PP=962;ReadPosRankSum=0.726;SC=GGCTTCCAGGACCCAGGCCTC;SOR=0.991;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=128;TCF=59;TCR=69;TR=59;WE=99753129;WS=99753111;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:122,91:0.43:213
chr7	99754343	rs143162409	C	T	4369.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.003;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=429;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.751;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=94;NR=63;PP=2587;ReadPosRankSum=0.206;SC=CCAGGCCCTGCAGGAGGGACA;SOR=0.825;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=319;TCF=182;TCR=137;TR=157;WE=99754351;WS=99754333;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:216,201:0.48:417
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chr7	99758136	rs3800951	T	G	5597.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.594;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=564;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=81;NR=91;PP=2553;ReadPosRankSum=1.195;SC=AGTCCAGCCATGCCAGACCCC;SOR=0.730;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=356;TCF=172;TCR=184;TR=172;WE=99758144;WS=99758126;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:275,274:0.50:549
chr7	99771305	rs71126309	C	CTCTT	868.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.784;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.98;MQRankSum=2.431;QD=16.09;ReadPosRankSum=0.625;SOR=0.809;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,26:0.48:54
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chr7	99774122	rs12705073	T	C	217.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=2.818;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=7;PP=137;ReadPosRankSum=-0.958;SC=CCCTCTTCCCTACCTGAACCT;SOR=1.347;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=1;TCR=14;TR=7;WE=99774130;WS=99774112;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,9:0.50:18
chr7	99780282	rs4729579	C	G	1853.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.471;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.152;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=19;PP=959;ReadPosRankSum=-1.280;SC=TGAAACCAAGCGTTAATGTCA;SOR=0.795;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=151;TCF=105;TCR=46;TR=63;WE=99780290;WS=99780272;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:111,89:0.44:200
chr7	99795215	rs62482167	C	G	3389.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.192;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=324;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.401;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=47;PP=1454;ReadPosRankSum=1.403;SC=ATGAGTACTGCTGTGATCCTT;SOR=0.665;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=193;TCF=104;TCR=89;TR=101;WE=99795223;WS=99795205;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:158,166:0.51:324
chr7	99796072	rs3823642	T	C	905.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.967;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.078;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-1.340;NF=11;NR=14;PP=413;ReadPosRankSum=0.821;SC=CCTATTCACATACTCTTTCTG;SOR=0.561;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=47;TCF=25;TCR=22;TR=25;WE=99796080;WS=99796062;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,44:0.52:84
chr7	99796146	rs3735241	A	C	1109.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.034;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=14;PP=360;ReadPosRankSum=-2.042;SC=GCGTCTACCCAGTTGTGTATG;SOR=0.683;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=51;TCF=25;TCR=26;TR=27;WE=99796154;WS=99796136;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,55:0.59:94
chr7	99797031	rs2272345	C	G	1176.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-0.371;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.879;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=27;PP=718;ReadPosRankSum=-0.723;SC=CCTTCCACCCCCTAGGGTGAA;SOR=0.444;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=78;TCF=19;TCR=59;TR=36;WE=99797039;WS=99797021;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,51:0.54:95
chr7	99799845	rs1043915	T	A	4280.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.403;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=410;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.987;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=76;PP=2269;ReadPosRankSum=-0.260;SC=CTCAGATGATTGTTGGGGGCC;SOR=0.700;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=285;TCF=145;TCR=140;TR=141;WE=99799853;WS=99799835;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:195,204:0.51:399
chr7	99802812	rs2246713	G	C	4329.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.508;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=422;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.094;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=75;NR=75;PP=2401;ReadPosRankSum=-0.219;SC=TGAGGGCCCAGTAGCCCCTTC;SOR=0.611;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=285;TCF=139;TCR=146;TR=150;WE=99802820;WS=99802802;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:207,204:0.50:411
chr7	99810643	rs1618851	T	G	1303.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.869;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.687;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=15;PP=504;ReadPosRankSum=-1.462;SC=ACTGGTGTCTTACAAACAGCA;SOR=0.576;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=73;TCF=44;TCR=29;TR=38;WE=99810651;WS=99810633;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,64:0.54:119
chr7	99811204	rs1623264	G	C	962.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-1.435;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=7;PP=434;ReadPosRankSum=-2.605;SC=GCCTGATCCTGGTGCCCACAC;SOR=0.703;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=87;TCF=64;TCR=23;TR=30;WE=99811212;WS=99811194;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,47:0.40:118
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chr7	99811464	rs1727130	C	G	5577.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=2.062;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=502;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.430;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=95;NR=85;PP=2957;ReadPosRankSum=1.797;SC=ATGTATCCTTCGGAAATGCTG;SOR=0.597;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=335;TCF=164;TCR=171;TR=180;WE=99811472;WS=99811454;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:227,255:0.53:482
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chr7	99816256	rs1727143	C	A	2577.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.306;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=292;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.410;HP=1;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-8.540;NF=37;NR=45;PP=1117;ReadPosRankSum=0.956;SC=GAGAGTCTTCCGTTACTAGGT;SOR=0.809;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=187;TCF=87;TCR=100;TR=82;WE=99816264;WS=99816246;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:158,132:0.46:290
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chr7	99818927	rs705867	C	T	1750.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.895;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=251;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.414;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=42;PP=938;ReadPosRankSum=-1.184;SC=CTGGGTGTCACCCCCTTACTT;SOR=1.029;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=166;TCF=65;TCR=101;TR=66;WE=99818935;WS=99818917;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:156,92:0.37:248
chr7	99819004	rs141918023	CTCTG	C	702.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=1.733;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.269;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=14;PP=614;ReadPosRankSum=0.697;SC=CGGATGTGGTCTCTGTGTGTG;SOR=0.985;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=54;TCF=2;TCR=52;TR=15;WE=99819015;WS=99818994;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,22:0.27:83
chr7	99821381	rs858508	C	G	1477.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.111;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.595;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-1.582;NF=23;NR=35;PP=901;ReadPosRankSum=-1.228;SC=AACCTCTCACCCTGAGACTCT;SOR=0.764;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=139;TCF=59;TCR=80;TR=58;WE=99821389;WS=99821371;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,70:0.44:158
chr7	99821470	rs858509	A	G	1833.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-0.158;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.556;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-9.080;NF=39;NR=34;PP=1106;ReadPosRankSum=-0.890;SC=AGGCGGGCCCAAGTGTGCAAG;SOR=0.611;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=151;TCF=83;TCR=68;TR=73;WE=99821478;WS=99821460;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:89,87:0.49:176
chr7	99821685	rs863450	C	T	1263.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.919;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.667;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=37;PP=806;ReadPosRankSum=0.034;SC=TCAGGTGCTCCGAGGAGGGCA;SOR=0.819;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=120;TCF=40;TCR=80;TR=53;WE=99821693;WS=99821675;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,61:0.45:136
chr7	99821838	.	ATTTTTTT	A	169.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.383;ClippingRankSum=-0.000;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=2.808;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=18.86;ReadPosRankSum=2.100;SOR=1.170;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,6:0.67:9
chr7	99917434	.	G	A	1326.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.515;ClippingRankSum=0.000;DP=168;ExcessHet=3.0103;FS=1.214;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.23;MQRankSum=-0.138;QD=8.04;ReadPosRankSum=1.621;SOR=0.683;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:87,78:0.47:165
chr7	99971313	rs2405442	T	C	5659.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=0.182;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=629;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.526;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=105;NR=65;PP=2670;ReadPosRankSum=-0.982;SC=CCTACTGCCCTTGCTGCTGCC;SOR=0.778;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=364;TCF=218;TCR=146;TR=170;WE=99971321;WS=99971303;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:348,278:0.44:626
chr7	99971834	rs1859788	A	G	2879.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.064;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=288;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.449;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-1.011;NF=44;NR=64;PP=1740;ReadPosRankSum=0.503;SC=CCACTTCCACAGGCAGTCCTT;SOR=0.807;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=226;TCF=99;TCR=127;TR=108;WE=99971842;WS=99971824;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:140,135:0.49:275
chr7	99997420	rs201973358	G	A	4167.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-0.353;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=426;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.526;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=71;NR=46;PP=1526;ReadPosRankSum=0.064;SC=TGACGGCATCGTCTATGCTTC;SOR=0.614;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=256;TCF=157;TCR=99;TR=117;WE=99997428;WS=99997410;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:211,208:0.50:419
chr7	100004446	rs1476679	C	T	1666.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.793;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.454;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=38;PP=931;ReadPosRankSum=1.329;SC=GATCCTGTTACGGACTCCTGT;SOR=0.536;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=102;TCF=28;TCR=74;TR=54;WE=100004454;WS=100004436;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,75:0.55:137
chr7	100006965	rs2286265	C	T	442.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.166;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=5;PP=271;ReadPosRankSum=0.080;SC=ACTATATTTACGTAGTATTTA;SOR=0.854;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=45;TCF=34;TCR=11;TR=20;WE=100006973;WS=100006955;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,22:0.41:54
chr7	100014711	rs6465770	T	C	2209.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.999;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=241;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=30;PP=1136;ReadPosRankSum=-0.047;SC=TCAGTATCAGTAGCAGAAGCA;SOR=0.670;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=136;TCF=78;TCR=58;TR=69;WE=100014719;WS=100014701;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:125,108:0.46:233
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chr7	100173481	rs2075668	A	G	1275.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.895;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.560;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=31;PP=741;ReadPosRankSum=-1.004;SC=CCTCTTCCCCAGCCCCAACTG;SOR=0.758;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=138;TCF=57;TCR=81;TR=51;WE=100173489;WS=100173471;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:119,69:0.37:188
chr7	100173636	rs187358095	C	A	1228.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.541;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.325;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=24;PP=575;ReadPosRankSum=-0.815;SC=AAGGACCTGGCAGTGTAGACC;SOR=0.800;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=86;TCF=40;TCR=46;TR=42;WE=100173644;WS=100173626;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,64:0.45:143
chr7	100175473	rs909152	T	C	5001.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.733;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=542;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=73;NR=75;PP=2325;ReadPosRankSum=-1.830;SC=GTTCTCTGGGTCCCCGGGGCT;SOR=0.663;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=337;TCF=164;TCR=173;TR=148;WE=100175481;WS=100175463;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:292,245:0.46:537
chr7	100198386	rs11768465	C	T	5045.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.635;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=526;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.104;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=88;PP=2195;ReadPosRankSum=1.252;SC=CAGGACCGCACGGAGAAGATG;SOR=0.795;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=308;TCF=130;TCR=178;TR=145;WE=100198394;WS=100198376;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:277,247:0.47:524
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chr7	100202219	rs56328569	C	G	492.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.059;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=14;PP=295;ReadPosRankSum=0.829;SC=CCTCCAACCCCGGGGGGCCCC;SOR=0.617;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=45;TCF=10;TCR=35;TR=18;WE=100202227;WS=100202209;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,23:0.44:52
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chr7	100240771	rs1052897	A	T	3719.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=67;NR=20;PP=1923;SC=CATCACCATTAATGAGGACAA;SOR=2.176;SbPval=0.95;Source=Platypus;TC=103;TCF=67;TCR=36;TR=87;WE=100240779;WS=100240761;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
chr7	100252918	rs2231172	A	G	791.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=3.122;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.284;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=7;PP=599;ReadPosRankSum=1.309;SC=AGCGAGAAGAACCCTGGCAGC;SOR=0.509;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=44;TCF=33;TCR=11;TR=27;WE=100252926;WS=100252908;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,29:0.62:47
chr7	100274063	rs62482252	C	A	2920.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-2.331;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=343;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.859;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-1.104;NF=63;NR=40;PP=1506;ReadPosRankSum=-0.720;SC=GGCTCAGAATCTGACCCTGTC;SOR=0.627;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=232;TCF=146;TCR=86;TR=103;WE=100274071;WS=100274053;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:180,146:0.45:326
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chr7	100280896	rs221793	A	C	6196.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=99;NR=66;PP=2965;SC=AGGGTTGTCCACCCAGCCAGC;SOR=1.071;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=165;TCF=99;TCR=66;TR=165;WE=100280904;WS=100280886;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,215:1.00:215
chr7	100281768	rs221794	T	C	6903.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=263;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=72;NR=97;PP=2965;SC=GCGCGCACTGTGGGAGCTGGC;SOR=0.895;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=169;TCF=72;TCR=97;TR=169;WE=100281776;WS=100281758;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,258:1.00:258
chr7	100282538	rs11974395	G	A	2832.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.586;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=324;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.849;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=50;PP=1347;ReadPosRankSum=2.657;SC=AGAAAAAGAAGAAAGGCTCAG;SOR=0.809;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=198;TCF=94;TCR=104;TR=87;WE=100282546;WS=100282528;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:180,141:0.44:321
chr7	100283261	rs221795	C	T	165.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=3.090;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=13.81;ReadPosRankSum=1.139;SOR=0.086;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,8:0.67:12
chr7	100284510	rs35436931	TG	T	6838.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=245;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=52;PP=2979;SC=CAAGAAACGTTGGGGGGGCCA;SOR=0.846;Source=Platypus;TCF=56;WE=100284519;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,224:1.00:224
chr7	100284913	rs221796	C	G	9571.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=2.714;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=370;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.967;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=163;NR=124;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.542;SC=GCCCCCTCCCCGCCCCACCTG;SOR=0.158;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=291;TCF=166;TCR=125;TR=287;WE=100284921;WS=100284903;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,363:0.99:365
chr7	100285888	rs2272572	C	T	788.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.209;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FS=2.610;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.57;ReadPosRankSum=-0.241;SOR=0.458;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:69,51:0.43:120
chr7	100285974	rs221797	A	C	2583.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=53;NR=53;PP=2576;SC=ACGAAGGAGAACTTTAAAGCG;SOR=1.718;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=106;TCF=53;TCR=53;TR=106;WE=100285982;WS=100285964;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr7	100319680	.	CT	C	145.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.274;ClippingRankSum=0.000;DP=158;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.13;ReadPosRankSum=0.900;SOR=0.676;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:93,36:0.28:129
chr7	100320627	rs78925197	G	A	2984.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=2.052;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=307;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.418;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=42;PP=1481;ReadPosRankSum=-1.872;SC=CTCCAGATGCGGCCTCAGCTG;SOR=0.734;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=194;TCF=107;TCR=87;TR=93;WE=100320635;WS=100320617;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:158,144:0.48:302
chr7	100344359	rs2293769	T	C	1976.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.899;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.852;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=45;PP=1123;ReadPosRankSum=0.345;SC=TTTACACTGATCTGGGCGCAT;SOR=0.875;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=135;TCF=48;TCR=87;TR=68;WE=100344367;WS=100344349;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:91,93:0.51:184
chr7	100345106	rs2075671	G	A	702.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.192;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.890;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=9;PP=448;ReadPosRankSum=0.861;SC=CATCCTCCTAGGTATAGTTCA;SOR=0.854;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=68;TCF=46;TCR=22;TR=30;WE=100345114;WS=100345096;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,34:0.42:81
chr7	100348940	rs2075669	T	C	594.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-2.071;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.089;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=18;PP=336;ReadPosRankSum=-0.014;SC=TGAGGTTCCCTGGAGTTCTCT;SOR=0.313;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=41;TCF=12;TCR=29;TR=27;WE=100348948;WS=100348930;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,29:0.67:43
chr7	100350763	rs6942733	T	G	10916.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=1.508;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1095;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=144;NR=205;PP=2962;ReadPosRankSum=1.583;SC=GCCACTGGGCTGGCAGCCTTG;SOR=0.725;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=699;TCF=290;TCR=409;TR=349;WE=100350771;WS=100350753;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:551,531:0.49:1082
chr7	100353125	rs6971700	A	G	442.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-2.317;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.569;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=13;PP=258;ReadPosRankSum=1.312;SC=TGAAGGCAACAGGGATCACCG;SOR=0.368;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=33;TCF=6;TCR=27;TR=16;WE=100353133;WS=100353115;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,20:0.53:38
chr7	100355708	rs138715256	CAAATAAATAAAT	C	803.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.236;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=1.223;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.43;MQRankSum=1.463;QD=18.27;ReadPosRankSum=-1.191;SOR=1.112;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,22:0.50:44
chr7	100359797	rs75572930	G	T	3821.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.228;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=390;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.782;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=79;NR=38;PP=2021;ReadPosRankSum=-0.172;SC=GACCGAGGCTGCTTCTCTCCA;SOR=0.743;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=257;TCF=169;TCR=88;TR=117;WE=100359805;WS=100359787;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:206,179:0.46:385
chr7	100360042	rs3857808	CT	C	166.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.219;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=3.067;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.28;ReadPosRankSum=0.379;SOR=0.148;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,15:0.38:39
chr7	100360045	rs3857807	T	C	110.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.262;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=6.351;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.70;ReadPosRankSum=4.262;SOR=0.078;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,13:0.32:41
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chr7	100364105	rs11296431	CA	C	1470.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.288;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FS=0.543;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.23;MQRankSum=2.076;QD=7.78;ReadPosRankSum=-0.286;SOR=0.779;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:97,92:0.49:189
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chr7	100365613	rs10953303	G	T	2913.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.421;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=271;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.792;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=69;PP=1664;ReadPosRankSum=1.534;SC=CTCCTATGGCGGCCAGCTCTG;SOR=1.028;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=189;TCF=69;TCR=120;TR=104;WE=100365621;WS=100365603;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:135,134:0.50:269
chr7	100366203	rs10232130	C	G	3828.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.478;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=391;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.189;HP=4;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=68;NR=51;PP=1648;ReadPosRankSum=-0.188;SC=GGGGCCCCTTCTTGCCTGTTT;SOR=0.615;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=260;TCF=150;TCR=110;TR=119;WE=100366211;WS=100366193;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:201,190:0.49:391
chr7	100366284	rs10247980	T	C	4610.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.803;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=443;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.519;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=73;PP=2011;ReadPosRankSum=1.400;SC=GACAGAAAGCTTGCAGGCGAT;SOR=0.736;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=281;TCF=125;TCR=156;TR=131;WE=100366292;WS=100366274;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:219,224:0.51:443
chr7	100370800	rs489951	T	C	735.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.065;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-1.029;NF=21;NR=4;PP=482;ReadPosRankSum=0.966;SC=GTGCTGGGATTACATGTGCGA;SOR=0.516;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=36;TCF=31;TCR=5;TR=25;WE=100370808;WS=100370790;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,29:0.64:45
chr7	100371100	rs2734880	C	A	2032.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.586;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=13.984;HP=4;HapScore=4;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.937;NF=34;NR=47;PP=2708;ReadPosRankSum=-0.078;SC=ACTGACCCAGCGGGCTCCTAC;SOR=0.249;SbPval=0.13;Source=Platypus;TC=165;TCF=53;TCR=112;TR=81;WE=100371122;WS=100371090;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:107,96:0.47:203
chr7	100371114	rs314298	C	T	1650.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-3.300;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.041;HP=2;HapScore=4;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.939;NF=26;NR=47;PP=2708;ReadPosRankSum=0.944;SC=CTCCTACCACCCGGTGAGAGG;SOR=0.394;SbPval=0.21;Source=Platypus;TC=138;TCF=40;TCR=98;TR=73;WE=100371122;WS=100371090;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,77:0.48:162
chr7	100371473	rs314299	C	T	4687.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.813;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=489;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.104;HP=1;HapScore=4;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=88;PP=2962;ReadPosRankSum=1.200;SC=TGGGCTGCTCCGTTTCGGGCC;SOR=0.794;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=292;TCF=114;TCR=178;TR=140;WE=100371484;WS=100371463;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:248,236:0.49:484
chr7	100371474	rs78193191	G	A	8949.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.982;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=470;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=4;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=83;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.734;SC=GGGCTGCTCCGTTTCGGGCCT;SOR=0.695;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=284;TCF=110;TCR=174;TR=139;WE=100371484;WS=100371463;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:231,236:0.51:467
chr7	100371476	rs148800656	T	TG	8958.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.166;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=458;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=82;PP=2933;ReadPosRankSum=-1.139;SC=GCTGCTCCGTTTCGGGCCTCA;SOR=0.689;SbPval=0.19;Source=Platypus;TC=186;TCF=14;TCR=172;TR=92;WE=100371484;WS=100371463;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:223,232:0.51:455
chr7	100373077	rs542137	C	G	6139.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-1.832;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=667;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.095;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=84;NR=85;PP=2422;ReadPosRankSum=1.322;SC=CCTTGCCCTTCTTCAAGATCA;SOR=0.654;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=381;TCF=195;TCR=186;TR=169;WE=100373085;WS=100373067;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:351,307:0.47:658
chr7	100373271	rs540330	G	T	2813.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.637;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=279;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.002;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=50;PP=1444;ReadPosRankSum=-0.887;SC=CCTACTCACCGTCACTGTCCT;SOR=0.780;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=188;TCF=93;TCR=95;TR=93;WE=100373279;WS=100373261;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:146,131:0.47:277
chr7	100373367	rs539445	G	C	2844.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.991;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=367;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.804;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=53;PP=1412;ReadPosRankSum=3.962;SC=AGCATCTACAGCATTGTTAAC;SOR=0.759;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=235;TCF=109;TCR=126;TR=96;WE=100373375;WS=100373357;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:214,149:0.41:363
chr7	100374087	rs314300	A	G	4553.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=2.311;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=462;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.519;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.400;NF=75;NR=54;PP=2052;ReadPosRankSum=-2.059;SC=GGGAACTTCAATGATGAGGAA;SOR=0.737;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=267;TCF=153;TCR=114;TR=129;WE=100374095;WS=100374077;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:231,221:0.49:452
chr7	100374265	rs149853621	TCCCTC	T	994.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.951;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.47;MQRankSum=1.621;QD=20.30;ReadPosRankSum=-2.045;SOR=0.909;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,27:0.55:49
chr7	100376978	rs314303	T	C	3733.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=79;NR=29;PP=2154;SC=CCAGCCTGGGTGACAGAGCAA;SOR=1.775;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=110;TCF=79;TCR=31;TR=108;WE=100376986;WS=100376968;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,133:1.00:133
chr7	100377082	rs531503	T	C	6175.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-1.431;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=615;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQ=59.99;MQRankSum=-0.997;NF=100;NR=83;PP=2226;ReadPosRankSum=-0.580;SC=CAGAGTCTCCTGGTAGATGAG;SOR=0.693;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=345;TCF=189;TCR=156;TR=183;WE=100377090;WS=100377072;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:307,307:0.50:614
chr7	100377373	rs482308	G	A	1123.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=1.860;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.848;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=30;PP=668;ReadPosRankSum=2.222;SC=AGCTTCTGCCGTGAGTGTGCC;SOR=0.891;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=87;TCF=21;TCR=66;TR=38;WE=100377381;WS=100377363;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,49:0.48:102
chr7	100383605	rs160602	T	A	1769.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-2.413;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.072;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=23;PP=973;ReadPosRankSum=0.817;SC=TTTCTCTTCCTGTAACTTCTA;SOR=0.521;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=119;TCF=80;TCR=39;TR=66;WE=100383613;WS=100383595;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,85:0.54:158
chr7	100385561	rs72364644	GGCTTCAGCTACCGCTTGCAAGGCCGCATGACCTAT	G	5103.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=4.440;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=404;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.427;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.823;NF=14;NR=36;PP=2905;ReadPosRankSum=3.067;SC=CACATTTGACGGCTTCAGCTA;SOR=0.948;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=145;TCF=52;TCR=93;TR=50;WE=100385603;WS=100385551;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:259,142:0.35:401
chr7	100386900	rs191137	T	C	8105.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=311;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=94;NR=92;PP=2965;SC=GGTCACCCTGTGGGGCCAACG;SOR=0.733;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=186;TCF=94;TCR=92;TR=186;WE=100386908;WS=100386890;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,308:1.00:308
chr7	100388501	rs5886138	TA	T	119.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.379;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=12.946;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.37;MQRankSum=1.941;QD=2.14;ReadPosRankSum=-0.385;SOR=2.338;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,20:0.36:56
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chr7	100395003	rs314344	G	C	1691.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.190;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=13;PP=764;ReadPosRankSum=-1.839;SC=AACCTGGTGGGCGTCCTACTG;SOR=0.737;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=80;TCF=57;TCR=23;TR=47;WE=100395011;WS=100394993;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,77:0.57:134
chr7	100401270	rs314348	T	G	3589.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=37;NR=63;PP=2034;SC=CGCTCTCCTCTCTTGGCTCCT;SOR=1.162;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=100;TCF=37;TCR=63;TR=100;WE=100401278;WS=100401260;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr7	100410597	rs2230585	G	A	8995.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.419;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=841;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=129;NR=127;PP=2962;ReadPosRankSum=1.128;SC=GCCGCCCCCGGCACACCTCGC;SOR=0.692;SbPval=0.53;Source=Platypus;TCR=241;TR=256;WE=100410605;WS=100410580;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:405,429:0.51:834
chr7	100410657	rs314358	A	G	7425.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-1.638;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=785;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.521;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=112;NR=118;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.328;SC=CTCCCGCTCCAGTGTGGCCCT;SOR=0.653;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=486;TCF=235;TCR=251;TR=230;WE=100410665;WS=100410647;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:407,374:0.48:781
chr7	100410928	.	G	GT	32.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.401;ClippingRankSum=-0.000;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.40;MQRankSum=0.674;QD=2.18;ReadPosRankSum=0.395;SOR=0.169;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,6:0.40:15
chr7	100411278	rs314359	T	C	2279.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.274;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=28;PP=1132;ReadPosRankSum=1.137;SC=ACCCACCATGTCCGATGAGAT;SOR=0.693;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=145;TCF=91;TCR=54;TR=75;WE=100411286;WS=100411268;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:111,111:0.50:222
chr7	100414704	.	CAAAAAA	C	1166.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.061;ClippingRankSum=0.000;DP=72;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.81;MQRankSum=0.000;QD=19.13;ReadPosRankSum=-0.258;SOR=0.749;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,42:0.69:61
chr7	100416250	rs144173	A	G	4467.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-1.566;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=523;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.523;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=75;PP=1808;ReadPosRankSum=0.473;SC=CCCGGATGTCAGACACTGCAG;SOR=0.628;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=295;TCF=128;TCR=167;TR=138;WE=100416258;WS=100416240;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:285,234:0.45:519
chr7	100416332	rs314364	T	A	870.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.824;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FS=1.291;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.12;ReadPosRankSum=3.713;SOR=0.832;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:104,66:0.39:170
chr7	100416354	rs314365	G	C	1193.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=2.624;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.626;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=34;PP=855;ReadPosRankSum=0.398;SC=AGACGGAGTCGTGCTCTATCA;SOR=0.869;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=94;TCF=27;TCR=67;TR=45;WE=100416362;WS=100416344;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,53:0.49:109
chr7	100424577	rs141919245	G	GC,GCC	370.73	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.252;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=25.757;HP=10;HapScore=3;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=1.896;NF=6;NR=29;PP=919;ReadPosRankSum=0.781;SC=GACGGGGTGCGCCCCCCCCCG;SOR=2.221;SbPval=0.98;Source=Platypus;TC=123;TCF=42;TCR=81;TR=35;WE=100424595;WS=100424567;set=Intersection	GT:AF:DP	0/1:0.22:168
chr7	100424586	.	CG	C	752	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;FR=0.5000;HP=8;HapScore=3;MGOF=10;MMLQ=28;MQ=59.82;NF=6;NR=29;PP=752;QD=21.9714285714;SC=CGCCCCCCCCCGCAAGGAAAC;SbPval=0.96;Source=Platypus;TC=121;TCF=38;TCR=83;TR=35;WE=100424595;WS=100424567;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:86,35:0.29:121
chr7	100424587	rs2304374	G	C	645.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.966;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FS=28.505;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.05;MQRankSum=1.696;QD=3.43;ReadPosRankSum=1.564;SOR=2.043;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:139,49:0.26:188
chr7	100424776	rs2571606	C	G	726.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.157;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.164;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=17;PP=359;ReadPosRankSum=-1.940;SC=GGGCCCTCAGCGCGGGCCCAT;SOR=0.211;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=46;TCF=7;TCR=39;TR=21;WE=100424784;WS=100424766;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,33:0.52:64
chr7	100456611	rs314374	G	C	6132.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.306;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=82;NR=84;PP=2965;ReadPosRankSum=0.060;SC=GGCTGCCACCGTGAGGGACCC;SOR=0.693;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=168;TCF=83;TCR=85;TR=166;WE=100456619;WS=100456601;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,210:0.99:212
chr7	100458795	rs314378	T	C	16950.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=661;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=235;NR=228;PP=2965;SC=ACACACTGGCTGCTGTGGTCA;SOR=0.715;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=464;TCF=236;TCR=228;TR=463;WE=100458803;WS=100458785;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,639:1.00:639
chr7	100466441	rs2075756	G	A	1225.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.899;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=21;PP=570;ReadPosRankSum=1.008;SC=AGCTGCTGGGGTCTCTGGCCC;SOR=1.514;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=31;TCF=10;TCR=21;TR=30;WE=100466449;WS=100466431;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,47:0.96:49
chr7	100467975	rs10627414	C	CCT	4337.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=28;NR=17;PP=2212;SC=GGACCGAGCCCGATTCCCACC;SOR=1.190;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=47;TCF=29;TCR=18;TR=45;WE=100467983;WS=100467965;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr7	100468103	rs7800241	G	A	4535.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.830;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.976;HP=3;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.272;NF=66;NR=47;PP=2328;ReadPosRankSum=-0.877;SC=GAGGCTGTGGGGTGGGTGGGA;SOR=0.157;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=116;TCF=68;TCR=48;TR=113;WE=100468111;WS=100468093;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,168:0.99:170
chr7	100468284	rs1054391	A	G	9970.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.648;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=387;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=103;NR=109;PP=2965;ReadPosRankSum=1.050;SC=GCTGCTTTGTATGTTCTACAT;SOR=0.520;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=215;TCF=104;TCR=111;TR=212;WE=100468292;WS=100468274;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:7,376:0.98:383
chr7	100468398	rs7783543	T	C	3638.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=30;NR=70;PP=1850;SC=AGGGAGTCAGTGGCTGGATGC;SOR=1.510;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=100;TCF=30;TCR=70;TR=100;WE=100468406;WS=100468388;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,139:1.00:139
chr7	100481658	rs11310439	GT	G	10033.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=352;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQ=60.03;NF=59;NR=82;PP=2966;SC=TCCAATAACTGTTTTGTCTTT;SOR=1.011;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=150;TCF=62;TCR=88;TR=141;WE=100481666;WS=100481648;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,344:1.00:344
chr7	100481718	rs145327657	G	A	4082.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.137;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=402;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.360;HP=1;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-1.000;NF=65;NR=65;PP=2036;ReadPosRankSum=0.322;SC=ACCCAGATGAGGTGGGGAAGC;SOR=0.673;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=274;TCF=137;TCR=137;TR=130;WE=100481726;WS=100481708;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:198,200:0.50:398
chr7	100482026	rs15624	T	C	5457.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=72;NR=74;PP=2965;SC=AGAATGATCTTCGCATCCTGG;SOR=0.734;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=149;TCF=72;TCR=77;TR=146;WE=100482049;WS=100482016;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,196:1.00:196
chr7	100482526	rs6942607	C	G	6384.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=244;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=70;NR=69;PP=2676;SC=CTTGTCCCCTCTGCTGTGGCT;SOR=0.719;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=144;TCF=70;TCR=74;TR=139;WE=100482534;WS=100482516;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,237:1.00:237
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chr7	100486035	rs2720392	C	A	2279.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-4.450;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=244;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.985;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=35;PP=1155;ReadPosRankSum=-1.099;SC=AGCTTTGTTGCCGCCTGCAGA;SOR=0.764;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=179;TCF=98;TCR=81;TR=80;WE=100486043;WS=100486025;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:129,112:0.46:241
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chr7	100486656	rs13241786	T	G	10105.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.944;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=400;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=113;NR=127;PP=2965;ReadPosRankSum=0.604;SC=TGCCTGACCCTACGCAGACTC;SOR=0.258;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=242;TCF=114;TCR=128;TR=240;WE=100486664;WS=100486646;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,392:1.00:393
chr7	100494222	rs66793456	G	GC	10380.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=288;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=73;NR=81;PP=2965;SC=GCTGGGCGAGGCGCACTCCGC;SOR=1.208;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=157;TCF=74;TCR=83;TR=154;WE=100494230;WS=100494212;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,279:1.00:279
chr7	100547148	.	GCAA	G	67.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.010;ClippingRankSum=-0.000;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=7.368;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=6.77;ReadPosRankSum=-2.638;SOR=0.847;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,3:0.30:10
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chr7	100547525	rs142704104	ACC	A	534.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=139;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=2;NR=9;PP=512;SC=TGCAGGGAAAACCCCGAGGTT;SOR=2.147;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=11;TCF=2;TCR=9;TR=11;WE=100547534;WS=100547515;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr7	100549414	rs75254397	CA	AT	836.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.647;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FS=17.728;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.07;MQRankSum=2.041;QD=5.47;ReadPosRankSum=0.746;SOR=2.983;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:123,30:0.20:153
chr7	100549421	rs75196671	GA	CT	1068.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.828;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FS=21.918;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.06;MQRankSum=2.072;QD=6.00;ReadPosRankSum=0.947;SOR=3.319;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:144,34:0.19:178
chr7	100549426	rs78724937	A	G	1135.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.520;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FS=23.954;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.05;MQRankSum=1.956;QD=5.95;ReadPosRankSum=-0.132;SOR=3.034;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:151,40:0.21:191
chr7	100549505	rs74588241	T	C	6533.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.054;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=804;ExcessHet=3.0103;FS=3.046;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.01;MQRankSum=1.757;QD=8.18;ReadPosRankSum=-0.083;SOR=1.013;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:603,196:0.25:799
chr7	100549512	rs77667788	A	T	6877.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.783;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=863;ExcessHet=3.0103;FS=3.990;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.01;MQRankSum=1.765;QD=8.02;ReadPosRankSum=0.710;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:649,209:0.24:858
chr7	100549516	rs76951301	C	A	7168.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.023;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=898;ExcessHet=3.0103;FS=3.059;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.01;MQRankSum=1.778;QD=8.03;ReadPosRankSum=1.380;SOR=1.048;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:678,215:0.24:893
chr7	100549527	rs77426926	A	G	8184.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.135;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=979;ExcessHet=3.0103;FS=4.946;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.40;ReadPosRankSum=0.952;SOR=1.131;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:728,246:0.25:974
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chr7	100549537	rs75781078	G	A	9608.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.311;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1073;ExcessHet=3.0103;FS=8.607;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.00;ReadPosRankSum=1.841;SOR=1.374;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:793,275:0.26:1068
chr7	100549540	.	A	C	9854.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.920;ClippingRankSum=0.000;DP=1088;ExcessHet=3.0103;FS=9.913;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.11;ReadPosRankSum=1.240;SOR=1.412;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:794,288:0.27:1082
chr7	100549543	rs79492129	G	A	10169.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.380;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1114;ExcessHet=3.0103;FS=9.838;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.18;ReadPosRankSum=1.690;SOR=1.328;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:813,295:0.27:1108
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chr7	100549573	rs73163748	G	T	15038.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.380;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1306;ExcessHet=3.0103;FS=4.531;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.56;ReadPosRankSum=0.356;SOR=1.064;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:890,411:0.32:1301
chr7	100549583	rs73163749	G	A	15824.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.532;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1340;ExcessHet=3.0103;FS=4.418;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.86;ReadPosRankSum=0.518;SOR=1.021;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:896,438:0.33:1334
chr7	100549592	rs73163750	TT	AA	16741.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.923;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1345;ExcessHet=3.0103;FS=5.382;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.50;ReadPosRankSum=0.217;SOR=1.081;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:883,456:0.34:1339
chr7	100549650	rs73398716	A	G	13630.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.046;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1691;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.485;HP=2;HapScore=1;MGOF=33;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=283;NR=203;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.864;SC=CACCTATGACACTCACTACCT;SOR=0.914;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=1166;TCF=625;TCR=541;TR=486;WE=100549658;WS=100549640;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:972,710:0.42:1682
chr7	100549697	rs77036391	A	G	35068.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.928;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=2076;ExcessHet=3.0103;FS=1.744;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.99;MQRankSum=0.000;QD=16.97;ReadPosRankSum=2.590;SOR=0.835;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1141,926:0.45:2067
chr7	100549703	rs78164286	C	T	35291.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.210;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=2120;ExcessHet=3.0103;FS=1.744;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.99;MQRankSum=0.000;QD=16.73;ReadPosRankSum=3.055;SOR=0.827;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1162,947:0.45:2109
chr7	100549787	rs73714227	CA	TG	37156.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-1.869;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=2005;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.521;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=28;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=291;NR=318;PP=2944;ReadPosRankSum=0.571;SC=TTGGTCTATTCAGCCACCACT;SOR=0.756;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=1333;TCF=640;TCR=693;TR=609;WE=100549796;WS=100549777;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1013,964:0.49:1977
chr7	100549840	rs75741102	C	T	4398.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.725;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1825;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.43;ReadPosRankSum=0.757;SOR=0.686;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1459,350:0.19:1809
chr7	100549865	rs35420758	C	T	5755.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.350;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1685;ExcessHet=3.0103;FS=0.619;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.43;ReadPosRankSum=-0.079;SOR=0.634;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1280,396:0.24:1676
chr7	100549873	rs74193966	G	A	29007.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-2.985;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1605;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.517;HP=2;HapScore=1;MGOF=32;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=266;NR=283;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.644;SC=GACGCAGGTGGCCTTCACCAG;SOR=0.745;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=1135;TCF=556;TCR=579;TR=549;WE=100549922;WS=100549855;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:834,765:0.48:1599
chr7	100549884	rs73163752	C	T	28013.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.600;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1569;ExcessHet=3.0103;FS=0.519;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.91;ReadPosRankSum=0.555;SOR=0.754;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:847,717:0.46:1564
chr7	100549894	rs78007565	T	C	27030.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.885;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1550;ExcessHet=3.0103;FS=0.522;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.02;MQRankSum=1.938;QD=17.50;ReadPosRankSum=1.186;SOR=0.770;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:858,687:0.44:1545
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chr7	100549902	rs75991009	C	T	26709.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.257;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1556;ExcessHet=3.0103;FS=0.524;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.02;MQRankSum=1.980;QD=17.22;ReadPosRankSum=1.755;SOR=0.752;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:878,673:0.43:1551
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chr7	100550342	rs74184351	T	C	16642.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=11.819;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1120;ExcessHet=3.0103;FS=3.338;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.72;MQRankSum=-7.992;QD=14.98;ReadPosRankSum=-1.512;SOR=0.947;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:688,423:0.38:1111
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chr7	100551662	rs78684063	C	T	13056.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.660;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=953;ExcessHet=3.0103;FS=0.537;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.01;MQRankSum=1.314;QD=13.79;ReadPosRankSum=-2.488;SOR=0.641;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:599,348:0.37:947
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chr7	100551729	rs73714244	C	T	11737.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.089;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=925;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.77;ReadPosRankSum=1.627;SOR=0.709;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:580,339:0.37:919
chr7	100551773	rs73398734	C	A	17418.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.669;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1114;ExcessHet=3.0103;FS=0.531;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.76;ReadPosRankSum=-0.751;SOR=0.774;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:652,453:0.41:1105
chr7	100551778	rs73714247	G	A	18368.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.282;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1165;ExcessHet=3.0103;FS=0.528;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.89;ReadPosRankSum=-1.147;SOR=0.763;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:674,482:0.42:1156
chr7	100551793	rs73398735	G	T	18793.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.317;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1269;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.527;HP=2;HapScore=1;MGOF=55;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=213;NR=161;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.341;SC=AACATCACAGGTTCCTATTCC;SOR=0.758;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=811;TCF=452;TCR=359;TR=374;WE=100551801;WS=100551783;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:729,533:0.42:1262
chr7	100551840	rs78273697	T	A	20669.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.445;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1497;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.89;ReadPosRankSum=1.166;SOR=0.704;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:822,666:0.45:1488
chr7	100551842	rs75365561	CT	TC	26019.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.622;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1500;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.45;ReadPosRankSum=1.362;SOR=0.711;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:822,669:0.45:1491
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chr7	100552017	rs9691167	C	T	5934.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.841;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1649;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.63;ReadPosRankSum=-0.751;SOR=0.703;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1231,403:0.25:1634
chr7	100552018	rs76249962	T	G	29215.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.082;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1644;ExcessHet=3.0103;FS=0.517;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.93;ReadPosRankSum=0.517;SOR=0.745;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:861,768:0.47:1629
chr7	100552018	.	TCC	GCT	2944	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;FR=0.5000;HP=3;HapScore=1;MGOF=20;MMLQ=24;MQ=59.99;NF=232;NR=243;PP=2944;QD=20;SC=TCCAGTGTTCTCCACTACCAT;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=1068;TCF=530;TCR=538;TR=475;WE=100552028;WS=100552007;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:593,475:0.44:1068
chr7	100552020	rs78680358	C	T	29234.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.973;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1627;ExcessHet=3.0103;FS=0.517;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.12;ReadPosRankSum=0.428;SOR=0.730;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:854,759:0.47:1613
chr7	100552044	rs73714250	T	G	14130.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.740;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1527;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.519;HP=1;HapScore=1;MGOF=32;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=245;NR=273;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.736;SC=CTGTTCCTTCTTCACCATACA;SOR=0.755;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=1088;TCF=524;TCR=564;TR=518;WE=100552052;WS=100552034;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:810,705:0.47:1515
chr7	100552094	rs62483698	G	C	12594.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=3.400;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1382;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.525;HP=1;HapScore=1;MGOF=34;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=210;NR=250;PP=2962;ReadPosRankSum=0.854;SC=TCTATCACAGGCTTTCCTAGT;SOR=0.790;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=998;TCF=470;TCR=528;TR=460;WE=100552102;WS=100552084;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:776,596:0.43:1372
chr7	100552117	rs62483699	G	T	12717.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.322;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1351;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.095;HP=1;HapScore=1;MGOF=33;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=189;NR=234;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.990;SC=CTCTTCCTCTGCAACTACCAG;SOR=0.800;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=938;TCF=438;TCR=500;TR=423;WE=100552125;WS=100552107;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:741,599:0.45:1340
chr7	100552135	rs62483700	T	C	13508.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=4.081;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1343;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.522;HP=1;HapScore=1;MGOF=32;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=190;NR=233;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.937;SC=CAGCACTTCTTCAACCAGCTC;SOR=0.745;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=916;TCF=419;TCR=497;TR=423;WE=100552143;WS=100552125;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:711,624:0.47:1335
chr7	100552251	rs9691900	T	C	17530.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.602;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1013;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=234;NR=277;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.182;SC=TCCCTGCCTCTCCCACTGATC;SOR=0.699;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=690;TCF=317;TCR=373;TR=511;WE=100552259;WS=100552241;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:255,750:0.75:1005
chr7	100552311	rs12535515	C	T	7806.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.101;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=833;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=38;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=121;NR=146;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.722;SC=CTCCCACCACCCCATTAACAG;SOR=0.693;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=574;TCF=258;TCR=316;TR=267;WE=100552319;WS=100552301;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:458,371:0.45:829
chr7	100552338	rs73398798	C	T	10030.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=2.678;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=759;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.528;HP=1;HapScore=2;MGOF=50;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=108;NR=130;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.399;SC=CCTTTACTACCGAAATGGTCA;SOR=0.755;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=530;TCF=242;TCR=288;TR=238;WE=100552346;WS=100552328;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:440,314:0.42:754
chr7	100552358	rs73714254	C	G	9568.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=3.964;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=672;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.780;HP=1;HapScore=1;MGOF=37;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=84;NR=120;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.459;SC=ACCTGTCCTACCTCCATCAGT;SOR=0.829;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=483;TCF=210;TCR=273;TR=204;WE=100552398;WS=100552348;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:398,271:0.41:669
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chr7	100552384	rs75597914	A	G	9507.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.296;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=610;ExcessHet=3.0103;FS=0.531;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.69;ReadPosRankSum=0.367;SOR=0.756;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:361,245:0.40:606
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chr7	100552412	rs73714259	T	C	8179.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.657;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=607;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.529;HP=1;HapScore=1;MGOF=61;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=112;NR=84;PP=2916;ReadPosRankSum=-0.135;SC=TCTTCCATGATGCCAGAAAGT;SOR=0.759;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=472;TCF=262;TCR=210;TR=196;WE=100552420;WS=100552402;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:351,251:0.42:602
chr7	100552435	rs76244845	TC	AT	10868.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.004;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=658;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.72;ReadPosRankSum=-0.248;SOR=0.734;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:370,280:0.43:650
chr7	100552440	rs80290400	C	T	10906.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.258;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=661;ExcessHet=3.0103;FS=0.540;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.70;ReadPosRankSum=-0.864;SOR=0.767;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:366,287:0.44:653
chr7	100552535	rs73163758	GT	AC	27695.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-3.483;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1594;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.527;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=271;NR=183;PP=2944;ReadPosRankSum=0.829;SC=CTGAGCAACAGTTCTGTGATC;SOR=0.658;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=1065;TCF=650;TCR=415;TR=454;WE=100552558;WS=100552525;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:883,700:0.44:1583
chr7	100552549	rs73163760	CT	AC	16478.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-4.364;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1844;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;JOINED;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=291;NR=209;PP=2944;ReadPosRankSum=1.450;SC=TGTGATCCCCCTACCTCTTCC;SOR=0.650;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=1185;TCF=708;TCR=477;TR=500;WE=100552558;WS=100552525;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1015,803:0.44:1818
chr7	100552644	rs2904850	C	A	62131.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.612;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=2907;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=21.50;ReadPosRankSum=0.573;SOR=0.678;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:899,1991:0.69:2890
chr7	100552657	rs75471530	A	G	36594.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.486;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=2857;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.88;ReadPosRankSum=0.935;SOR=0.676;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1789,1052:0.37:2841
chr7	100552657	.	ACT	GCC	2944	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;FR=0.5000;HP=3;HapScore=1;MGOF=36;MMLQ=24;MQ=59.99;NF=342;NR=335;PP=2944;QD=20;SC=CCCACCCACCACTAGGACTTC;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=1775;TCF=902;TCR=873;TR=677;WE=100552683;WS=100552634;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:1098,677:0.38:1775
chr7	100552659	rs78182596	T	C	39532.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.116;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=2845;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.97;ReadPosRankSum=0.254;SOR=0.683;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1776,1053:0.37:2829
chr7	100552673	rs200599465	C	T	3460.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.403;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=2824;ExcessHet=3.0103;FS=0.720;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.23;ReadPosRankSum=0.427;SOR=0.710;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2351,455:0.16:2806
chr7	100552675	rs73163764	C	T	36110.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=2.378;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=2832;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=36;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=340;NR=345;PP=2962;ReadPosRankSum=0.837;SC=TTCAGAGACACCAGTGGCCAC;SOR=0.678;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=1795;TCF=905;TCR=890;TR=685;WE=100552683;WS=100552634;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1813,1004:0.36:2817
chr7	100552711	rs75799835	T	A	34477.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.189;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=2696;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.84;ReadPosRankSum=-0.335;SOR=0.701;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1742,943:0.35:2685
chr7	100552711	.	TCA	ACG	2944	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;FR=0.5000;HP=1;HapScore=1;MGOF=33;MMLQ=21;MQ=60.0;NF=286;NR=323;PP=2944;QD=20;SC=CACCCTTACATCACGCAGGAC;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=1725;TCF=801;TCR=924;TR=609;WE=100552747;WS=100552700;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:1116,609:0.35:1725
chr7	100552713	rs75130157	A	G	35230.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.028;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=2695;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.13;ReadPosRankSum=-0.183;SOR=0.680;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1743,941:0.35:2684
chr7	100552727	rs74529310	G	C	35541.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=3.115;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=2620;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=33;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=308;NR=346;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.383;SC=AGGACAACTCGCATCACTTCT;SOR=0.645;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=1708;TCF=783;TCR=925;TR=654;WE=100552747;WS=100552700;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1662,947:0.36:2609
chr7	100552738	rs79874934	CA	TG	35218.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=1.067;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=2568;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=33;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=274;NR=319;PP=2944;ReadPosRankSum=-0.307;SC=CATCACTTCTCAGATGACCAC;SOR=0.677;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=1644;TCF=753;TCR=891;TR=593;WE=100552747;WS=100552700;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1626,932:0.36:2558
chr7	100552788	rs73398800	C	T	17262.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-3.500;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=2197;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.530;HP=1;HapScore=1;MGOF=47;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=250;NR=319;PP=2962;ReadPosRankSum=1.621;SC=GGACCTTCTGCCTCTCTGTTC;SOR=0.639;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=1420;TCF=612;TCR=808;TR=569;WE=100552796;WS=100552778;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1293,890:0.41:2183
chr7	100552837	rs73714264	G	A	25454.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-2.821;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1683;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.114;HP=1;HapScore=1;MGOF=42;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=193;NR=273;PP=2962;ReadPosRankSum=2.942;SC=TGTCACTGAGGTCAGGCTTTA;SOR=0.601;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=1119;TCF=451;TCR=668;TR=466;WE=100552845;WS=100552827;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:950,719:0.43:1669
chr7	100552854	rs73714265	G	A	25053.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-5.233;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1489;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.528;HP=1;HapScore=1;MGOF=36;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=183;NR=248;PP=2962;ReadPosRankSum=1.518;SC=TTTATCCTGAGCTTCCCTTTC;SOR=0.624;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=995;TCF=413;TCR=582;TR=431;WE=100552875;WS=100552844;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:826,650:0.44:1476
chr7	100552867	rs73714266	T	C	22275.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.677;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1327;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=36;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=166;NR=227;PP=2962;ReadPosRankSum=0.190;SC=TCCCTTTCTTTCTGTGTTTTC;SOR=0.664;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=890;TCF=373;TCR=517;TR=393;WE=100552875;WS=100552844;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:735,583:0.44:1318
chr7	100552915	rs2904852	A	C	36646.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=1017;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=32;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=308;NR=398;PP=2965;SC=GGGAACAGGGACAGTGTGCTT;SOR=0.896;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=706;TCF=308;TCR=398;TR=706;WE=100552923;WS=100552905;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,1012:1.00:1012
chr7	100552978	rs73163765	T	C	14868.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.926;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=897;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.67;ReadPosRankSum=1.132;SOR=0.687;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:497,395:0.44:892
chr7	100552984	rs73163766	T	C	15585.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.436;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=887;ExcessHet=3.0103;FS=0.523;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.67;ReadPosRankSum=0.270;SOR=0.633;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:485,397:0.45:882
chr7	100553002	rs68094465	A	G	14142.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=2.002;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=881;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=38;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=127;NR=139;PP=2962;ReadPosRankSum=0.299;SC=ATGGCCTCAAATGCCAGTGCC;SOR=0.681;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=589;TCF=277;TCR=312;TR=266;WE=100553010;WS=100552992;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:488,387:0.44:875
chr7	100553073	rs73714269	T	A	10171.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.037;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=648;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.75;ReadPosRankSum=-0.087;SOR=0.663;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:373,273:0.42:646
chr7	100553077	rs73714270	A	C	10140.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.349;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=621;ExcessHet=3.0103;FS=0.534;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.36;ReadPosRankSum=-0.006;SOR=0.632;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:354,266:0.43:620
chr7	100553117	rs73400705	G	A	3636.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.100;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=397;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.378;HP=1;HapScore=2;MGOF=27;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=89;PP=2276;ReadPosRankSum=0.091;SC=GGGTGTCACTGACTCTCCCCA;SOR=0.658;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=295;TCF=100;TCR=195;TR=135;WE=100553125;WS=100553107;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:223,173:0.44:396
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chr7	100606332	rs368254939	AT	A	352.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.852;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.70;MQRankSum=-0.047;QD=5.88;ReadPosRankSum=-0.699;SOR=0.602;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,39:0.65:60
chr7	100606918	rs4316092	A	G	1851.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=8;NR=44;PP=1287;SC=GGGGTGGAGGAGGTACATAAG;SOR=2.621;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=52;TCF=8;TCR=44;TR=52;WE=100606926;WS=100606908;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr7	100607615	rs2904860	C	T	319.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.205;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.93;ReadPosRankSum=-0.727;SOR=0.678;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:87,22:0.20:109
chr7	100607640	.	G	GCT	3276.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.736;ClippingRankSum=0.000;DP=175;ExcessHet=3.0103;FS=5.992;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.83;ReadPosRankSum=2.258;SOR=1.191;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:95,79:0.45:174
chr7	100607642	.	C	T	2962	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=51;NR=17;PP=2962;QD=20;SC=TGACCTCTGCCCTCTTTCCCC;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=157;TCF=107;TCR=50;TR=68;WE=100607654;WS=100607632;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:89,68:0.43:157
chr7	100607643	.	CTCT	C,CCT	3286.73	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=1.312;ClippingRankSum=0.000;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.134;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=17;PP=2970;ReadPosRankSum=1.710;SC=GACCTCTGCCCTCTTTCCCCC;SOR=1.319;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=111;TCF=63;TCR=48;TR=47;WE=100607654;WS=100607632;set=Intersection	GT:AF:DP	0/1:0.45:196
chr7	100607700	.	CAT	C	3660.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.142;ClippingRankSum=0.000;DP=434;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.53;ReadPosRankSum=0.027;SOR=0.656;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:319,110:0.26:429
chr7	100607707	.	T	G	3898.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.955;ClippingRankSum=0.000;DP=449;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.74;ReadPosRankSum=-0.281;SOR=0.682;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:330,116:0.26:446
chr7	100607709	.	C	CCT	3892.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.267;ClippingRankSum=0.000;DP=457;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.57;ReadPosRankSum=-0.300;SOR=0.741;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:336,118:0.26:454
chr7	100607851	rs6960854	C	G	3158.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.008;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=341;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.397;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=56;PP=1606;ReadPosRankSum=-1.744;SC=AGGAGGGGCTCCAGAACGCCA;SOR=0.732;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=205;TCF=87;TCR=118;TR=95;WE=100607859;WS=100607841;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:185,153:0.45:338
chr7	100607871	rs6960868	C	T	2208.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.332;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=256;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.467;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=47;PP=1171;ReadPosRankSum=-0.650;SC=AGCCAGGATGCGAACAGCTGC;SOR=0.647;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=175;TCF=67;TCR=108;TR=78;WE=100607879;WS=100607861;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:145,110:0.43:255
chr7	100607903	rs6961167	G	A	1445.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=2.896;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.947;HP=3;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=41;PP=945;ReadPosRankSum=-1.011;SC=GAGTGAGCCCGGGCTGGAGGG;SOR=1.014;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=131;TCF=37;TCR=94;TR=54;WE=100607911;WS=100607893;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:99,68:0.41:167
chr7	100608154	rs10250885	G	A	6489.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.892;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.95;MQRankSum=0.000;QD=33.28;ReadPosRankSum=1.055;SOR=1.960;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,194:0.99:195
chr7	100608154	.	GGATAAGGGAGAG	AGATAAGGGAGAG,AGATGAGGCAGGC	2962	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.54;FR=0.5000,0.5000;HP=5;HapScore=1;MGOF=51;MMLQ=28;MQ=59.97;NF=139,36;NR=21,0;PP=2962,2914;QD=20;SC=TATTCAGGGGGGATAAGGGAG;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=187;TCF=166;TCR=21;TR=160,36;WE=100608205;WS=100608144;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.86:187
chr7	100608158	rs79221376	A	G	1595.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=10.881;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FS=35.727;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.95;MQRankSum=0.000;QD=7.42;ReadPosRankSum=-0.092;SOR=4.023;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:166,49:0.23:215
chr7	100608162	rs79761591	G	C	1820.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.703;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FS=38.061;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.96;MQRankSum=0.000;QD=7.95;ReadPosRankSum=0.020;SOR=4.167;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:177,52:0.23:229
chr7	100608165	rs76431635	A	G	1927.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=10.157;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=240;ExcessHet=3.0103;FS=45.490;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.05;MQRankSum=2.510;QD=8.07;ReadPosRankSum=-0.931;SOR=4.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:181,58:0.24:239
chr7	100608166	rs75884804	G	C	1960.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.163;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=244;ExcessHet=3.0103;FS=45.443;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.05;MQRankSum=2.538;QD=8.07;ReadPosRankSum=-0.632;SOR=4.505;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:185,58:0.24:243
chr7	100608180	rs77646533	C	G	2281.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.135;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=332;ExcessHet=3.0103;FS=69.641;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.07;MQRankSum=3.329;QD=6.89;ReadPosRankSum=0.849;SOR=4.629;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:260,71:0.21:331
chr7	100608188	.	C	CT	2601.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.690;ClippingRankSum=0.000;DP=363;ExcessHet=3.0103;FS=90.611;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.06;MQRankSum=3.239;QD=7.19;ReadPosRankSum=0.159;SOR=5.112;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:281,81:0.22:362
chr7	100608190	.	C	T	2640.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=12.618;ClippingRankSum=0.000;DP=378;ExcessHet=3.0103;FS=95.191;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.06;MQRankSum=3.247;QD=7.00;ReadPosRankSum=0.565;SOR=5.188;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:293,84:0.22:377
chr7	100608194	.	C	CGTCTGGG	3138.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.397;ClippingRankSum=0.000;DP=400;ExcessHet=3.0103;FS=89.892;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.06;MQRankSum=3.239;QD=7.89;ReadPosRankSum=0.458;SOR=4.411;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:309,89:0.22:398
chr7	100608196	rs77373587	C	G	3502.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=13.239;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=421;ExcessHet=3.0103;FS=44.409;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.05;MQRankSum=3.188;QD=8.36;ReadPosRankSum=1.659;SOR=3.919;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:323,96:0.23:419
chr7	100608197	.	A	AGGG	3418.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=13.593;ClippingRankSum=0.000;DP=430;ExcessHet=3.0103;FS=49.707;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.05;MQRankSum=3.147;QD=7.99;ReadPosRankSum=1.206;SOR=4.062;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:328,100:0.23:428
chr7	100608201	rs77005990	C	T	3475.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=13.155;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=470;ExcessHet=3.0103;FS=39.753;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.05;MQRankSum=3.079;QD=7.43;ReadPosRankSum=1.040;SOR=3.458;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:355,113:0.24:468
chr7	100608247	rs73163788	T	C	12008.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.432;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1074;ExcessHet=3.0103;FS=2.692;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.49;MQRankSum=10.612;QD=11.25;ReadPosRankSum=-1.637;SOR=0.927;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:733,334:0.31:1067
chr7	100608255	rs79638688	C	G	13506.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.466;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1157;ExcessHet=3.0103;FS=5.501;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.77;MQRankSum=13.912;QD=11.76;ReadPosRankSum=-0.900;SOR=1.111;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:786,363:0.32:1149
chr7	100608268	rs141757611	C	CCTTAACCCCTTGAT	10598.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=9.671;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1267;ExcessHet=3.0103;FS=9.117;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.22;MQRankSum=18.771;QD=8.51;ReadPosRankSum=0.739;SOR=1.271;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:851,395:0.32:1246
chr7	100608370	rs73714276	A	C	27154.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.716;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1450;ExcessHet=3.0103;FS=0.525;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.98;MQRankSum=17.887;QD=18.95;ReadPosRankSum=0.722;SOR=0.780;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:711,722:0.50:1433
chr7	100608375	rs75592954	G	A	26689.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.402;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1390;ExcessHet=3.0103;FS=0.522;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.93;MQRankSum=17.221;QD=19.42;ReadPosRankSum=0.958;SOR=0.750;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:682,692:0.50:1374
chr7	100608406	rs77168191	AT	GC	16523.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.491;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=870;ExcessHet=3.0103;FS=4.307;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.77;MQRankSum=8.072;QD=19.10;ReadPosRankSum=0.955;SOR=1.046;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:435,430:0.50:865
chr7	100608411	rs79831534	C	T	15551.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.124;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=805;ExcessHet=3.0103;FS=3.447;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.47;MQRankSum=6.122;QD=19.39;ReadPosRankSum=1.376;SOR=0.973;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:406,396:0.49:802
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chr7	100608419	rs79505270	CT	GG	13939.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.568;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=707;ExcessHet=3.0103;FS=2.616;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.80;ReadPosRankSum=2.284;SOR=0.903;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:363,341:0.48:704
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chr7	100609486	rs62483707	C	G	545.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=0.527;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.938;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=7;PP=324;ReadPosRankSum=-0.811;SC=CAGGTGCACGCGTGGACCCCG;SOR=1.164;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=82;TCF=52;TCR=30;TR=23;WE=100609494;WS=100609476;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,35:0.28:125
chr7	100609966	rs10274451	T	C	16729.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=2.579;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=573;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.918;HP=2;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQ=60.02;MQRankSum=-1.751;NF=130;NR=173;PP=2962;ReadPosRankSum=1.506;SC=GACGCCCTCCTTGCCTTCCTC;SOR=0.901;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=393;TCF=179;TCR=214;TR=303;WE=100609974;WS=100609956;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:139,428:0.75:567
chr7	100609987	rs10274460	T	C	17275.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.066;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=620;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.009;HP=1;HapScore=1;MGOF=32;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-1.684;NF=136;NR=157;PP=2962;ReadPosRankSum=0.803;SC=GCATTTACTCTGTCCCCCTCT;SOR=0.781;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=382;TCF=185;TCR=197;TR=293;WE=100609995;WS=100609977;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:160,456:0.74:616
chr7	100610026	rs10229209	A	C	12065.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.553;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=728;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-1.619;NF=147;NR=155;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.233;SC=CTCCCCTTCTATTTCTCCGCT;SOR=0.738;SbPval=0.57;Source=Platypus;TCR=212;TR=302;WS=100610016;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:200,526:0.72:726
chr7	100610069	rs10258821	C	T	10105.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.054;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=653;ExcessHet=3.0103;FS=0.566;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.50;ReadPosRankSum=-1.584;SOR=0.768;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:195,457:0.70:652
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chr7	100612766	rs71901679	CTGTCCAGGCACTT	C	502.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.673;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.168;HP=1;HapScore=2;MGOF=31;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=3.503;NF=11;NR=3;PP=2975;ReadPosRankSum=-3.403;SC=GGGACAGGCACTGTCCAGGCA;SOR=0.446;SbPval=0.95;Source=Platypus;TC=48;TCF=28;TCR=20;TR=14;WE=100612794;WS=100612756;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,15:0.20:74
chr7	100612786	rs73168325	G	T	532.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.181;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FS=7.018;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.37;MQRankSum=3.146;QD=6.05;ReadPosRankSum=-2.272;SOR=0.388;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:67,21:0.24:88
chr7	100612839	rs76449674	A	G	2822.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.699;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FS=4.376;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.18;MQRankSum=2.135;QD=15.51;ReadPosRankSum=0.950;SOR=0.450;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:109,73:0.40:182
chr7	100612842	rs79514982	T	C	3026.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.976;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FS=4.258;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.17;MQRankSum=2.102;QD=15.85;ReadPosRankSum=0.762;SOR=0.449;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:113,78:0.41:191
chr7	100612865	rs78097765	C	T	3662.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.001;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=234;ExcessHet=3.0103;FS=2.944;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.18;MQRankSum=2.388;QD=15.72;ReadPosRankSum=1.296;SOR=0.526;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:136,97:0.42:233
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chr7	100612875	rs75162633	C	T	4056.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.612;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=253;ExcessHet=3.0103;FS=1.532;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.21;MQRankSum=2.628;QD=16.10;ReadPosRankSum=0.415;SOR=0.623;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:145,107:0.42:252
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chr7	100615387	rs75466554	C	T	863.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.445;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=45;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=9;PP=710;ReadPosRankSum=0.406;SC=ACCCCCTGCCCTCCTCTTGCA;SOR=0.665;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=66;TCF=38;TCR=28;TR=20;WE=100615395;WS=100615367;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,28:0.28:100
chr7	100615445	rs5021607	A	G	1311.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.814;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FS=0.705;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.79;ReadPosRankSum=1.096;SOR=0.602;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:95,39:0.29:134
chr7	100615449	rs5021606	C	G	1304.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.034;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FS=0.717;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.88;ReadPosRankSum=1.222;SOR=0.576;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:94,38:0.29:132
chr7	100615453	rs5021605	T	C	1326.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.980;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FS=1.527;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.29;ReadPosRankSum=0.714;SOR=0.554;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:91,38:0.29:129
chr7	100615454	rs5021604	G	C	1332.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.594;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FS=0.711;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.25;ReadPosRankSum=0.463;SOR=0.596;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:91,39:0.30:130
chr7	100615458	rs5021603	A	C	1335.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.887;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FS=0.719;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.52;ReadPosRankSum=0.196;SOR=0.572;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:88,39:0.31:127
chr7	100615460	rs5021602	A	G	1344.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.873;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FS=1.577;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.21;ReadPosRankSum=-0.203;SOR=0.520;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:82,38:0.32:120
chr7	100615461	rs5021601	T	A	1398.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.720;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FS=0.743;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.75;ReadPosRankSum=0.040;SOR=0.563;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:82,37:0.31:119
chr7	100615477	rs5021600	G	A	1245.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.484;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.752;HP=3;HapScore=2;MGOF=93;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=15;PP=321;ReadPosRankSum=0.214;SC=TAAGGAAGTCGGGGCAGATGA;SOR=0.582;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=77;TCF=33;TCR=44;TR=27;WE=100615485;WS=100615467;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,36:0.31:115
chr7	100615494	rs33959976	GTA	G	1122.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.320;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.797;HP=2;HapScore=1;MGOF=81;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=13;PP=1187;ReadPosRankSum=1.540;SC=ATGAGGATATGTAGAGACTCA;SOR=0.489;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=46;TCF=4;TCR=42;TR=15;WE=100615512;WS=100615484;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,29:0.28:102
chr7	100615500	rs77817912	A	G	1062.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.621;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FS=2.910;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.74;ReadPosRankSum=0.555;SOR=0.407;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:68,31:0.31:99
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chr7	100615521	rs79951460	T	C	813.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.602;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.71;ReadPosRankSum=1.431;SOR=0.608;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:53,23:0.30:76
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chr7	100634964	rs4370452	C	A	30374.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=0.927;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1152;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=553;NR=285;PP=2965;ReadPosRankSum=1.025;SC=AATGCACTTCCCTGAAAGCTC;SOR=0.900;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=839;TCF=554;TCR=285;TR=838;WE=100634972;WS=100634954;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,1122:1.00:1124
chr7	100635118	.	G	A	5011.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.636;ClippingRankSum=0.000;DP=2037;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.50;ReadPosRankSum=1.656;SOR=0.669;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1593,411:0.21:2004
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chr7	100635661	rs10953313	T	C	48471.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.575;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1094;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=-0.354;NF=497;NR=284;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.379;SC=GAAGCATCTATGCCCGTCCAC;SOR=0.432;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=797;TCF=499;TCR=298;TR=781;WE=100635669;WS=100635651;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,1082:1.00:1083
chr7	100635679	rs10953314	C	G	35852.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.572;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1293;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=2.844;NF=554;NR=344;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.616;SC=CACAGCAGCACCAGATCGCCA;SOR=0.547;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=903;TCF=557;TCR=346;TR=898;WE=100635687;WS=100635669;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:6,1270:1.00:1276
chr7	100647819	rs11766024	C	T	7795.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.941;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=281;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=1.940;NF=132;NR=82;PP=2965;ReadPosRankSum=0.140;SC=TACCAGCTACCACAGCAGCCC;SOR=0.451;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=219;TCF=133;TCR=86;TR=214;WE=100647827;WS=100647809;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,279:1.00:280
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chr7	100647920	rs11772963	A	C	13756.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.324;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=518;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQ=59.97;MQRankSum=-0.090;NF=172;NR=170;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.970;SC=GCCCAGATACAAATGGAATCA;SOR=0.373;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=343;TCF=172;TCR=171;TR=342;WE=100647928;WS=100647910;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,510:0.99:513
chr7	100648029	rs10953315	G	A	13653.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.750;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=527;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=179;NR=165;PP=2965;ReadPosRankSum=2.169;SC=AGCCAGCACTGCCACAACACC;SOR=0.757;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=345;TCF=179;TCR=166;TR=344;WE=100648037;WS=100648019;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,518:1.00:520
chr7	100648117	rs11766125	C	G	12911.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=472;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=138;NR=160;PP=2965;SC=GCCAGCATGACAAGCTCCAGC;SOR=0.759;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=299;TCF=139;TCR=160;TR=298;WE=100648125;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,467:1.00:467
chr7	100651855	rs12532750	A	G	6796.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=244;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=116;NR=52;PP=2965;SC=GAATGTATCAATCCTGGGGGA;SOR=1.358;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=168;TCF=116;TCR=52;TR=168;WE=100651863;WS=100651845;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,241:1.00:241
chr7	100652317	rs12540832	T	G	813.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=21;NR=5;PP=565;SC=TCAAGAAGGGTAACAGGAGAG;SOR=2.226;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=21;TCR=5;TR=26;WE=100652325;WS=100652307;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
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chr7	100658717	rs10229453	T	C	596.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=16;NR=2;PP=462;SC=TGGCCAGTGCTTGCCTTGGTA;SOR=3.611;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=18;TCF=16;TCR=2;TR=18;WE=100658725;WS=100658713;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
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chr7	100692680	rs10246021	T	G	8117.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=317;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=90;NR=99;PP=2965;SC=GTCTGGGCCCTTGGGAAGAGG;SOR=0.772;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=191;TCF=91;TCR=100;TR=189;WE=100692688;WS=100692670;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,314:1.00:314
chr7	100693849	rs6978780	C	T	2395.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.468;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=304;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.424;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=34;PP=854;ReadPosRankSum=3.566;SC=ACAATGCCACCGAAGTAGTGA;SOR=0.746;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=163;TCF=79;TCR=84;TR=63;WE=100693857;WS=100693839;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:175,126:0.42:301
chr7	100694854	rs67328257	G	A	1338.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.549;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.637;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=16;PP=737;ReadPosRankSum=1.487;SC=CAGAACAAGCGTGTATGTGTC;SOR=0.472;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=86;TCF=60;TCR=26;TR=50;WE=100694862;WS=100694844;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,63:0.58:109
chr7	100695058	rs6966570	T	C	8316.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.069;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=308;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=100;NR=94;PP=2965;ReadPosRankSum=0.612;SC=ATCACGGCTGTTCCCTGTCCC;SOR=0.384;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=195;TCF=101;TCR=94;TR=194;WE=100695066;WS=100695048;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,302:0.99:305
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chr7	100731829	rs6948536	T	C	11694.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.778;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=440;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=157;NR=109;PP=2965;ReadPosRankSum=1.391;SC=AGCCCCAGGCTGGAGATGGAG;SOR=0.966;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=266;TCF=157;TCR=109;TR=266;WE=100731837;WS=100731819;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,435:1.00:437
chr7	100771717	rs6092	G	A	6338.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-2.262;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=557;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=100;NR=102;PP=2962;ReadPosRankSum=2.673;SC=CCTGGGCCTGGCCCTTGTCTT;SOR=0.664;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=344;TCF=168;TCR=176;TR=202;WE=100771725;WS=100771707;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:249,300:0.55:549
chr7	100775087	rs143613360	A	AAAC	1667.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=8;PP=518;SC=CTCCATCTCAAAACAACAACA;SOR=1.329;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=28;TCF=18;TCR=10;TR=19;WE=100775106;WS=100775077;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr7	100780176	rs2227694	A	G	2673.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=80;NR=9;PP=1631;SC=CTGCACTCCCACCTGGGCGAC;SOR=5.443;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=110;TCF=80;TCR=30;TR=89;WE=100780184;WS=100780166;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr7	100800131	rs4727481	T	C	741.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=25;PP=541;SC=ATGGTCGTCCTGTAGGTCAGG;SOR=3.258;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=2;TCR=27;TR=27;WE=100800139;WS=100800121;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr7	100800635	rs2074686	G	A	1078.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-3.445;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.011;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=12;PP=621;ReadPosRankSum=1.045;SC=TTGTAGCGATGTCTCATGCGC;SOR=0.426;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=73;TCF=55;TCR=18;TR=41;WE=100800643;WS=100800625;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,49:0.56:87
chr7	100802316	rs6954408	C	T	2590.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.111;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=257;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.548;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=41;PP=1261;ReadPosRankSum=-0.310;SC=CCATGCTCAACTTAGCCTCTC;SOR=0.499;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=157;TCF=88;TCR=69;TR=85;WE=100802324;WS=100802306;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:115,131:0.53:246
chr7	100802786	rs11983381	A	G	255.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.071;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.44;ReadPosRankSum=-0.741;SOR=0.631;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,18:0.38:47
chr7	100803614	rs2074683	C	T	1538.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-1.680;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.428;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=14;PP=1164;ReadPosRankSum=0.277;SC=CTGGGGCTGGCCCTGGGAGGC;SOR=1.072;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=130;TCF=100;TCR=30;TR=68;WE=100803622;WS=100803604;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,69:0.47:146
chr7	100803689	rs35208462	C	T	6217.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.112;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=549;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.105;HP=4;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=128;NR=74;PP=2962;ReadPosRankSum=1.122;SC=CTCTCCCCCTCCCCCGTGTCT;SOR=0.798;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=386;TCF=239;TCR=147;TR=202;WE=100803697;WS=100803679;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:245,296:0.55:541
chr7	100804140	rs1048303	C	T	1361.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=-0.633;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.560;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.725;NF=18;NR=25;PP=620;ReadPosRankSum=-1.320;SC=TGATGTCACCCCAGATGTCCT;SOR=0.772;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=98;TCF=41;TCR=57;TR=43;WE=100804148;WS=100804130;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:107,73:0.41:180
chr7	100804240	rs113505007	T	TACCTCC	555.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.192;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.591;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=1.566;NF=0;NR=7;PP=386;ReadPosRankSum=-0.743;SC=TCCCATAACCTACCTCCACCC;SOR=1.179;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=28;TCF=1;TCR=27;TR=7;WE=100804248;WS=100804230;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,16:0.47:34
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chr7	100816527	rs2009973	A	G	2823.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=48;NR=26;PP=1330;SC=GGGTCTCCCCATATGCCCCAG;SOR=1.200;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=74;TCF=48;TCR=26;TR=74;WE=100816535;WS=100816517;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
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chr7	101006233	rs4989268	C	T	659.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.227;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.04;ReadPosRankSum=-0.650;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,19:0.40:47
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chr7	101006488	rs4989265	C	G	254.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.864;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=4.319;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.32;ReadPosRankSum=0.017;SOR=1.426;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,18:0.31:59
chr7	101090831	rs17135418	G	A	621.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=3.041;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=3;PP=351;ReadPosRankSum=-0.444;SC=CACGGACCCCGGCAGTGGTTT;SOR=0.738;SbPval=0.94;Source=Platypus;TC=71;TCF=55;TCR=16;TR=27;WE=101090839;WS=101090821;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,30:0.43:69
chr7	101199257	rs4729728	G	A	4753.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=53;NR=76;PP=2436;SC=TCCCTCCCTTGCCCCTAGTCT;SOR=1.009;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=129;TCF=53;TCR=76;TR=129;WE=101199265;WS=101199247;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,179:1.00:179
chr7	101200669	rs36008849	A	AG	13412.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=403;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=32;NR=154;PP=2969;SC=GCCTCCCCAGAGGAGGTTCTG;SOR=0.951;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=195;TCF=32;TCR=163;TR=186;WE=101200677;WS=101200659;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,389:1.00:389
chr7	101200727	rs17393069	G	A	7195.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=265;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=71;NR=125;PP=2965;SC=GAGGGGTGGCGCCCAACCCGA;SOR=1.209;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=197;TCF=71;TCR=126;TR=196;WE=101200735;WS=101200717;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,264:1.00:264
chr7	101200835	rs7809926	A	G	1917.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=41;PP=1143;SC=AGGACACCCTATCCTGGCTAG;SOR=1.981;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=54;TCF=13;TCR=41;TR=54;WE=101200843;WS=101200825;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr7	101256833	rs2240389	T	C	8417.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=324;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQ=60.03;NF=128;NR=103;PP=2965;SC=CTGGGGGAAATGCTGCAAACA;SOR=0.839;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=231;TCF=128;TCR=103;TR=231;WE=101256841;WS=101256823;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,320:1.00:320
chr7	101257075	rs2240390	T	C	2187.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=23;NR=57;PP=1382;SC=GAGGGGCAAGTGGGGGCAGGG;SOR=1.845;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=80;TCF=23;TCR=57;TR=80;WE=101257083;WS=101257065;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr7	101265350	rs4263675	T	C	5805.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.933;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=251;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=112;NR=57;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.290;SC=CTGCTGCCCCTCCAGGACTCC;SOR=1.368;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=170;TCF=112;TCR=58;TR=169;WE=101265358;WS=101265340;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,223:0.99:225
chr7	101267435	rs876825	T	C	1582.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.552;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.116;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=26;PP=497;ReadPosRankSum=0.404;SC=AACAGCCCCATGGGGCAGCAG;SOR=0.606;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=114;TCF=58;TCR=56;TR=49;WE=101267443;WS=101267425;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:107,86:0.45:193
chr7	101272465	rs848644	T	C	920.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=14;NR=13;PP=392;SC=AGTGGTGAAGTGAAAAAGTTC;SOR=0.693;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=27;TCF=14;TCR=13;TR=27;WE=101272473;WS=101272455;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr7	101459161	rs28650922	T	C	2599.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=52;NR=20;PP=1471;SC=GCTGCGGCGGTGCCGTGAGGA;SOR=1.714;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=72;TCF=52;TCR=20;TR=72;WE=101459169;WS=101459151;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr7	101671585	rs448877	A	G	2383.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.61;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=21;NR=28;PP=988;SC=TCTGTGATGTAATTTTCCATT;SOR=0.855;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=49;TCF=21;TCR=28;TR=49;WE=101671593;WS=101671575;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr7	101713590	rs377612	T	C	251.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.432;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=3;PP=214;ReadPosRankSum=1.119;SC=GCTCTTTGTTTTTCTTTTCTT;SOR=0.430;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=29;TCF=24;TCR=5;TR=14;WE=101713598;WS=101713580;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,13:0.43:30
chr7	101740606	rs1637257	T	G	1788.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.735;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FS=0.877;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.44;ReadPosRankSum=-2.605;SOR=0.915;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:46,46:0.50:92
chr7	101740610	rs1734879	C	A	1888.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.214;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FS=1.769;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.52;ReadPosRankSum=-2.211;SOR=0.954;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:50,52:0.51:102
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chr7	101754865	rs201493	T	C	683.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=3.409;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.274;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=5;PP=494;ReadPosRankSum=-0.323;SC=TACCCCGTGGTGCGCCTGCCG;SOR=1.136;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=50;TCF=40;TCR=10;TR=26;WE=101754873;WS=101754855;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,28:0.50:56
chr7	101758584	rs201501	G	A	3353.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.032;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=361;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.716;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=55;PP=1338;ReadPosRankSum=-0.968;SC=TCCCTTATCCGTACACATTTC;SOR=0.607;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=229;TCF=104;TCR=125;TR=101;WE=101758592;WS=101758574;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:187,172:0.48:359
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chr7	101870599	rs430841	A	G	3319.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=61;NR=31;PP=1935;SC=TGGTCGTGGTAAAAGACAGCT;SOR=1.217;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=92;TCF=61;TCR=31;TR=92;WE=101870607;WS=101870589;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr7	101892121	rs410825	G	A	1036.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=1.056;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.016;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=8;PP=519;ReadPosRankSum=-0.321;SC=GCTCCGCGCCGCCGCCCAGCA;SOR=0.552;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=46;TCF=36;TCR=10;TR=32;WE=101892142;WS=101892111;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,46:0.67:69
chr7	101892328	rs368214	C	T	4347.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=43;NR=60;PP=1753;SC=TCTGAGGGGCCGCGGCCCTGG;SOR=0.934;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=104;TCF=43;TCR=61;TR=103;WE=101892336;WS=101892318;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,164:1.00:164
chr7	101916647	rs813000	A	G	4970.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=86;NR=38;PP=2374;SC=GACGCTGTGCAGAGCTGCAAG;SOR=1.452;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=124;TCF=86;TCR=38;TR=124;WE=101916655;WS=101916637;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,189:1.00:189
chr7	101917521	rs803064	G	A	8043.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.339;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=325;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=118;NR=80;PP=2965;ReadPosRankSum=0.103;SC=GCAGGGTGCCGCTGAGCACCG;SOR=1.012;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=202;TCF=120;TCR=82;TR=198;WE=101917529;WS=101917511;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,314:0.99:318
chr7	101917647	rs712839	A	G	7563.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.787;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=284;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=100;PP=2965;ReadPosRankSum=1.674;SC=GATACCGCCTAAGAACACAGA;SOR=0.990;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=169;TCF=67;TCR=102;TR=166;WE=101917655;WS=101917637;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,281:0.99:283
chr7	101917772	rs712840	A	G	1275.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=32;PP=873;SC=CTATAGTCCCAGCTACTTTGG;SOR=2.885;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=36;TCF=4;TCR=32;TR=36;WE=101917780;WS=101917762;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr7	101923315	rs57030737	T	TC	14534.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-2.128;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=433;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=121;PP=2967;ReadPosRankSum=0.501;SC=TCTCTTCCCCTCCTGTCTGTG;SOR=0.246;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=164;TCF=38;TCR=126;TR=158;WE=101923323;WS=101923305;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,421:1.00:422
chr7	101925065	rs803069	G	T	3772.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=70;NR=33;PP=2063;SC=TTTCTGTGAAGCCCAGGCAGC;SOR=1.510;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=104;TCF=71;TCR=33;TR=103;WE=101925073;WS=101925055;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,139:1.00:139
chr7	101925338	rs2257738	A	G	3712.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=92;PP=2750;SC=CTAGCTTGCGACCATGCCTCT;SOR=3.202;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=107;TCF=15;TCR=92;TR=107;WE=101925346;WS=101925328;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr7	101926087	rs73712454	G	T	1780.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.62;BaseQRankSum=0.553;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=17.769;HP=7;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=60;PP=2029;ReadPosRankSum=1.519;SC=CCCCACTTGGGCCCCCCCTCA;SOR=2.700;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=67;TCF=7;TCR=60;TR=64;WE=101926095;WS=101926077;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:8,94:0.92:102
chr7	101926228	rs803070	T	C	2053.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.667;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=25;PP=1887;ReadPosRankSum=1.241;SC=ATCCACTACCTCCTAGCCCCA;SOR=0.295;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=70;TCF=45;TCR=25;TR=69;WE=101926236;WS=101926218;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,74:0.99:75
chr7	101928495	rs803074	G	C	6543.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.746;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=578;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=116;NR=88;PP=2962;ReadPosRankSum=0.070;SC=ATCTCAGGACGCTCTCTGGCC;SOR=0.678;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=362;TCF=207;TCR=155;TR=204;WE=101928503;WS=101928485;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:262,310:0.54:572
chr7	101928585	rs803075	G	A	6435.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.444;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=629;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.097;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=93;NR=117;PP=2962;ReadPosRankSum=1.867;SC=CCCCTCTCCCGGGAGGGTGGA;SOR=0.612;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=393;TCF=168;TCR=225;TR=210;WE=101928593;WS=101928575;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:302,314:0.51:616
chr7	101953534	rs809120	T	G	228.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=2.333;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.616;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=2;PP=172;ReadPosRankSum=0.062;SC=GGAGGCAGAGTTTGCAGTGAG;SOR=1.629;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=23;TCF=15;TCR=8;TR=10;WE=101953542;WS=101953524;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,11:0.39:28
chr7	101954412	rs4729780	A	G	185.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.925;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=7;PP=131;ReadPosRankSum=0.376;SC=TTGCTCTGTCACCCAGGCTGG;SOR=0.602;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=15;TCF=3;TCR=12;TR=10;WE=101954420;WS=101954402;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,10:0.42:24
chr7	101955936	rs2960261	A	T	46.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.396;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=2;PP=27;ReadPosRankSum=1.438;SC=CTGAGATTACAGGTGCCCGCC;SOR=0.693;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=9;TCF=5;TCR=4;TR=4;WE=101955944;WS=101955926;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,4:0.29:14
chr7	101955975	rs2960260	A	G	218.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.570;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.12;ReadPosRankSum=-2.775;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,12:0.50:24
chr7	101957518	rs2023407	C	A	16793.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-1.346;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=636;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=313;NR=123;PP=2965;ReadPosRankSum=1.590;SC=AAAAACCAACCAACTTTTTAA;SOR=0.672;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=437;TCF=314;TCR=123;TR=436;WE=101957526;WS=101957508;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,619:1.00:620
chr7	101962247	rs2960257	C	A	2676.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-1.902;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=72;PP=1908;ReadPosRankSum=1.597;SC=TCTCAGAGACCCCCGTCCATC;SOR=1.217;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=94;TCF=21;TCR=73;TR=92;WE=101962255;WS=101962237;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,96:0.99:97
chr7	102036396	rs28366045	AC	A	2086.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.143;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.356;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=16;PP=1052;ReadPosRankSum=-2.969;SC=AAGCTCAGTGACATGTTTGCG;SOR=0.859;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=62;TCF=27;TCR=35;TR=29;WE=102036404;WS=102036386;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,63:0.45:141
chr7	102036769	rs56992893	CGGAGACTGCGTATGCG	C	721.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=5;NR=1;PP=2813;SC=TTCCCCTCTGCGGAGACTGCG;SOR=2.179;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=7;TCF=6;TCR=1;TR=6;WE=102036792;WS=102036759;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr7	102038153	rs67961431	CTGTGTG	CTG,C	8245.73	.	AC=2,0;AF=1.00,0.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=372;ExcessHet=3.0103;FR=0.4999,0.5001;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5,5;NR=99,99;PP=30,2997;SC=TGGGTAATGGCTGTGTGTGTG;SOR=1.123;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=149;TCF=6;TCR=143;TR=104,104;WE=102038168;WS=102038143;set=Intersection	GT:AF:DP	1/1:1.00:199
chr7	102046070	rs6971258	T	A	362.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-4.315;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=3;PP=246;ReadPosRankSum=-0.626;SC=AATTTTTTTTTAAAAAGCACC;SOR=0.332;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=32;TCF=28;TCR=4;TR=16;WE=102046078;WS=102046060;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,21:0.55:38
chr7	102046359	rs6955864	G	C	1210.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.697;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=28;PP=693;ReadPosRankSum=-0.039;SC=ATTTGAAGAAGTCTTGGAAAG;SOR=0.644;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=90;TCF=29;TCR=61;TR=41;WE=102046367;WS=102046349;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,57:0.45:127
chr7	102063363	rs143532608	GGAAACATCC	G	1783.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.597;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.010;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=1.745;NF=18;NR=8;PP=2980;ReadPosRankSum=1.631;SC=TCCAAAGTCTGGAAACATCCG;SOR=1.375;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=63;TCF=43;TCR=20;TR=26;WE=102063379;WS=102063353;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,48:0.51:95
chr7	102063527	rs7384395	G	C	9826.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=375;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=96;NR=114;PP=2965;SC=AACGAGTATTGTATTCATCAG;SOR=0.748;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=213;TCF=96;TCR=117;TR=210;WE=102063535;WS=102063517;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,372:1.00:372
chr7	102063567	.	CT	C	77.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.470;ClippingRankSum=0.000;DP=227;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.10;MQRankSum=2.698;QD=0.47;ReadPosRankSum=0.731;SOR=0.732;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:134,33:0.20:167
chr7	102065322	rs1983476	A	G	1840.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=36;NR=15;PP=1055;SC=GGACTGGTGGACGTGAGGCAT;SOR=1.473;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=53;TCF=36;TCR=17;TR=51;WE=102065330;WS=102065312;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr7	102065651	rs1047998	C	T	468.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=1.461;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=14;PP=286;ReadPosRankSum=-0.630;SC=CGCAAGGACCCGCTGACCCGC;SOR=0.641;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=41;TCF=11;TCR=30;TR=20;WE=102065659;WS=102065641;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,22:0.46:48
chr7	102086891	rs12672132	C	T	1197.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=30;NR=7;PP=811;SC=CTCTGCCTGGCAGGTGGCCCT;SOR=2.200;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=30;TCR=7;TR=37;WE=102086899;WS=102086881;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr7	102098010	rs41275227	G	A	2966.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.385;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=338;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=47;PP=1192;ReadPosRankSum=0.102;SC=GTGCCGTGCCGCCCCGGTGAG;SOR=0.713;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=201;TCF=94;TCR=107;TR=89;WE=102098018;WS=102098000;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:178,153:0.46:331
chr7	102105984	rs10953368	T	G	384.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.64;BaseQRankSum=0.212;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=2;PP=194;ReadPosRankSum=0.956;SC=TTAAGTGGTGTGGAGTCGGGA;SOR=0.818;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=21;TCF=15;TCR=6;TR=10;WE=102105992;WS=102105974;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,18:0.60:30
chr7	102106201	rs3823658	G	A	2501.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=2.321;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=235;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=24;PP=1279;ReadPosRankSum=-0.645;SC=TGAGGTACCCGGGGCAGATTG;SOR=0.691;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=153;TCF=99;TCR=54;TR=73;WE=102106209;WS=102106191;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:108,113:0.51:221
chr7	102107697	rs11761361	G	C	385.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.983;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=1.440;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.35;ReadPosRankSum=-0.258;SOR=0.352;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,21:0.62:34
chr7	102108532	rs73189880	G	A	2235.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-1.284;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=237;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.480;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=29;PP=930;ReadPosRankSum=2.404;SC=CCTTGAAACGGCCAGACGACG;SOR=0.640;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=123;TCF=67;TCR=56;TR=61;WE=102108540;WS=102108522;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:122,110:0.47:232
chr7	102112980	rs3800987	G	A	3339.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=2.667;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=300;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=46;PP=1796;ReadPosRankSum=0.727;SC=GCCAGTCCACGGTGGCAGTGG;SOR=0.687;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=193;TCF=105;TCR=88;TR=100;WE=102112988;WS=102112970;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:145,151:0.51:296
chr7	102113093	rs3800988	T	C	8196.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=1.420;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=733;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=127;NR=103;PP=2962;ReadPosRankSum=1.320;SC=TCCCGCGGGCTTCCGGGAGCT;SOR=0.688;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=408;TCF=229;TCR=179;TR=230;WE=102113101;WS=102113083;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:339,390:0.53:729
chr7	102113563	rs61229695	TG	T	1716.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.913;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FS=22.488;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.17;ReadPosRankSum=-0.796;SOR=0.030;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,70:0.70:100
chr7	102113953	.	G	GACACGTCGGTGTCAGGGTGAGGGGTGGCCA	623.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.807;ClippingRankSum=0.000;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=28.35;ReadPosRankSum=0.171;SOR=0.616;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,8:0.36:22
chr7	102120821	rs11767570	T	G	808.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=1.326;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-1.899;NF=11;NR=24;PP=542;ReadPosRankSum=-0.167;SC=TGTTTGGAGCTCTCCAAGTTG;SOR=0.776;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=70;TCF=23;TCR=47;TR=35;WE=102120829;WS=102120811;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,36:0.49:73
chr7	102136550	rs77782294	G	A	3513.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=3.556;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=310;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.107;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-12.915;NF=116;NR=73;PP=2962;ReadPosRankSum=2.498;SC=CAGTGTTGTCGTTTGCAAGAT;SOR=0.872;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=284;TCF=172;TCR=112;TR=189;WE=102136558;WS=102136540;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:143,162:0.53:305
chr7	102235692	.	G	GCT	813.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=42.02;QD=38.75;SOR=6.184;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr7	102235910	.	G	C	102.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.263;ClippingRankSum=-0.000;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=40.00;MQRankSum=-0.000;QD=7.91;ReadPosRankSum=0.917;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,5:0.38:13
chr7	102246225	rs149631316	C	G	77.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.482;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=9.756;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.39;MQRankSum=-1.559;QD=4.86;ReadPosRankSum=-1.500;SOR=1.864;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,5:0.31:16
chr7	102246447	rs200418348	C	T	79.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.535;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=1.512;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.26;MQRankSum=-1.864;QD=2.22;ReadPosRankSum=0.326;SOR=0.742;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,9:0.25:36
chr7	102246500	rs144574884	A	G	85.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.493;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=14.443;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.07;MQRankSum=1.614;QD=4.76;ReadPosRankSum=-0.152;SOR=3.596;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,5:0.28:18
chr7	102319079	rs368279784	G	A	662.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.635;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=39.75;MQRankSum=0.709;QD=4.87;ReadPosRankSum=-1.772;SOR=0.109;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:102,34:0.25:136
chr7	102343967	rs4729850	A	G	3296.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=30;NR=87;PP=2498;SC=ATTTAGGAGTATCTTCACCTA;SOR=1.831;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=117;TCF=30;TCR=87;TR=117;WE=102343975;WS=102343957;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr7	102389833	rs28695887	G	C	977.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=19;PP=541;SC=CCTGGCCCGGGGCGCCGAACT;SOR=1.270;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=31;TCF=12;TCR=19;TR=31;WE=102389841;WS=102389823;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr7	102398410	rs199537059	C	CT	480.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.191;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FS=0.875;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.03;MQRankSum=-6.074;QD=5.11;ReadPosRankSum=2.311;SOR=0.843;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:57,37:0.39:94
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chr7	102614137	rs6465886	C	A	2259.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.624;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.521;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=25;PP=864;ReadPosRankSum=0.020;SC=AGAAAGCAGGCCACAGCAGCC;SOR=0.752;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=130;TCF=76;TCR=54;TR=63;WE=102614145;WS=102614127;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:91,110:0.55:201
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chr7	102668001	rs7805950	A	C	1965.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=15;NR=32;PP=1161;SC=TCCGCAATAGAATATCTGAAG;SOR=1.296;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=47;TCF=15;TCR=32;TR=47;WE=102668009;WS=102667991;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr7	102722505	rs4729868	G	A	8306.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=319;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=79;NR=143;PP=2965;SC=AATTCTTTCCGTTCTAAAAAG;SOR=1.175;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=222;TCF=79;TCR=143;TR=222;WE=102722524;WS=102722495;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,315:1.00:315
chr7	102722516	rs4729869	T	C	7251.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=272;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=72;NR=127;PP=2965;SC=TTCTAAAAAGTTGTGTTTTTA;SOR=1.213;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=200;TCF=73;TCR=127;TR=199;WE=102722524;WS=102722495;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,267:1.00:267
chr7	102724372	rs4729871	A	T	7498.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=283;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NR=118;PP=2965;SC=TCAGACCCTCAATTTCCTCAT;SOR=1.118;Source=Platypus;TCR=119;WE=102724380;WS=102724362;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,278:1.00:278
chr7	102739043	rs4729879	C	T	984.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.167;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=52.84;MQRankSum=2.467;QD=24.62;ReadPosRankSum=-0.721;SOR=0.914;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,38:0.95:40
chr7	102739085	.	A	G	76	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;FR=0.5000;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MMLQ=28;MQ=48.05;NF=2;NR=7;PP=76;QD=12.3079125052;SC=CCCAGCTGCTAAATTTAAACA;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=41;TCF=10;TCR=31;TR=9;WE=102739093;WS=102739075;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:32,9:0.22:41
chr7	102755330	rs4729882	A	G	1214.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=29;NR=6;PP=910;SC=TTCTGACTGTATATGTGTGTA;SOR=2.670;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=35;TCF=29;TCR=6;TR=35;WE=102755338;WS=102755320;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr7	102760722	rs1974715	A	G	1058.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=7;NR=28;PP=717;SC=AAAAAGTATTATATCATCATA;SOR=2.554;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=36;TCF=7;TCR=29;TR=35;WE=102760730;WS=102760712;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr7	102825871	rs4317507	T	C	4010.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=79;NR=50;PP=2620;SC=AAGAAATACTTATCAGCTGCC;SOR=1.012;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=133;TCF=80;TCR=53;TR=129;WE=102825879;WS=102825861;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,149:1.00:149
chr7	102874269	rs201417703	G	C	4679.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=-0.390;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=441;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.120;NF=53;NR=76;PP=2036;ReadPosRankSum=1.065;SC=CAAAGATGAAGAATAATAAGA;SOR=0.673;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=230;TCF=96;TCR=134;TR=129;WE=102874277;WS=102874259;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:206,234:0.53:440
chr7	102874366	rs3987883	C	T	1734.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=53;PP=1395;SC=ATTTTATGGTCATTACATATA;SOR=6.666;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=54;TCF=1;TCR=53;TR=54;WE=102874374;WS=102874356;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr7	102948040	rs11489600	T	C	3090.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=2.082;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=284;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.442;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=36;PP=1729;ReadPosRankSum=-0.329;SC=TCTTTCAATTTAGGTGTTTCC;SOR=0.732;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=190;TCF=117;TCR=73;TR=97;WE=102948048;WS=102948030;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:135,143:0.51:278
chr7	102961209	rs72437079	CAT	C	75.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.282;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=3.310;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=12.62;ReadPosRankSum=-0.623;SOR=0.105;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,4:0.67:6
chr7	103007949	rs4520097	A	C	3228.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=55;NR=35;PP=1530;SC=TTTTGATCCTAGAGGCAATAT;SOR=1.123;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=90;TCF=55;TCR=35;TR=90;WE=103007957;WS=103007939;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr7	103018016	rs10273883	A	G	4068.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=76;NR=38;PP=2377;SC=GCATAGAGGTATTAAATGACT;SOR=1.378;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=115;TCF=77;TCR=38;TR=114;WE=103018024;WS=103018006;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,145:1.00:145
chr7	103019613	rs12705120	A	G	3439.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=53;NR=35;PP=1669;SC=GTATATACAAAGGTATACTAG;SOR=0.966;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=90;TCF=54;TCR=36;TR=88;WE=103019621;WS=103019603;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chr7	103019930	.	C	CA	73.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.218;ClippingRankSum=-0.000;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=5.497;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=4.92;ReadPosRankSum=1.207;SOR=0.093;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,7:0.47:15
chr7	103029920	rs56373660	G	A	1067.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-2.165;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.533;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=24;PP=451;ReadPosRankSum=-0.439;SC=TCCACAGAGTGTCCTTTGCTG;SOR=0.407;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=88;TCF=24;TCR=64;TR=34;WE=103029928;WS=103029910;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,54:0.44:122
chr7	103033573	rs13240456	T	C	696.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=20;PP=644;SC=AAAAAAAACCTTGCGACTGCA;SOR=4.712;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=21;TCF=1;TCR=20;TR=21;WE=103033581;WS=103033563;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
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chr7	103124207	rs1062831	T	C	2499.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.089;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=288;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.908;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=48;PP=903;ReadPosRankSum=0.741;SC=GCAGCAGCACTGCCTTGTCCA;SOR=0.632;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=185;TCF=79;TCR=106;TR=84;WE=103124215;WS=103124197;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:149,133:0.47:282
chr7	103132355	rs17151558	G	T	870.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.980;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=2.234;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.01;ReadPosRankSum=-0.452;SOR=1.143;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,30:0.52:58
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chr7	103141351	rs2229862	G	A	2818.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.906;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=292;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.540;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=42;PP=1218;ReadPosRankSum=-2.405;SC=ACTTCTGATAGAACCTAAACC;SOR=0.560;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=176;TCF=79;TCR=97;TR=81;WE=103141359;WS=103141341;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:149,140:0.48:289
chr7	103155705	rs2229864	A	G	2015.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.534;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.869;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=30;PP=940;ReadPosRankSum=-1.381;SC=GGGAGCGCTCATGCTGGGGTA;SOR=0.903;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=151;TCF=81;TCR=70;TR=71;WE=103155713;WS=103155695;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:112,101:0.47:213
chr7	103155944	rs2528862	C	G	368.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-1.074;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.511;HP=2;HapScore=4;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.180;NF=1;NR=12;PP=776;ReadPosRankSum=-0.644;SC=AATATCTTCTCTGAGTAAAAG;SOR=1.230;SbPval=0.93;Source=Platypus;TC=36;TCF=7;TCR=29;TR=13;WE=103155959;WS=103155934;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,18:0.44:41
chr7	103155951	rs78832383	A	AAAG	608.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=1.976;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.960;HP=3;HapScore=4;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.086;NF=0;NR=11;PP=777;ReadPosRankSum=-1.981;SC=TCTCTGAGTAAAAGATTTACA;SOR=1.828;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=26;TCF=0;TCR=26;TR=11;WE=103155959;WS=103155934;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,17:0.49:35
chr7	103155977	rs2528863	A	C	183.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=4.109;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.814;HP=1;HapScore=2;MGOF=29;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=7;PP=120;ReadPosRankSum=1.147;SC=CCATAAGATAATGTATGTCAC;SOR=2.564;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=23;TCF=4;TCR=19;TR=7;WE=103155985;WS=103155967;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,8:0.33:24
chr7	103162370	rs10282605	C	T	1650.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=36;NR=10;PP=1067;SC=GGTAACTAACCCTGCATCTTG;SOR=2.221;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=47;TCF=36;TCR=11;TR=46;WE=103162378;WS=103162360;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr7	103175965	rs362706	C	T	1223.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-2.391;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=28;PP=565;ReadPosRankSum=1.802;SC=GATATAAACACATATCTGCAG;SOR=0.625;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=83;TCF=28;TCR=55;TR=43;WE=103175973;WS=103175955;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,60:0.54:112
chr7	103185830	rs74440147	GAAC	G	1419.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=1.300;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.494;NF=3;NR=22;PP=973;ReadPosRankSum=0.038;SC=CTAATCAACAGAACAATATAC;SOR=0.684;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=53;TCF=4;TCR=49;TR=25;WE=103185840;WS=103185820;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,39:0.48:81
chr7	103185877	rs362719	C	A	494.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.372;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=3.330;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.37;ReadPosRankSum=-2.286;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,22:0.55:40
chr7	103185933	rs3025933	C	A	241.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-3.471;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=7;PP=117;ReadPosRankSum=1.975;SC=ATTTCAGGAACAAAACTCCAT;SOR=0.313;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=1;TCR=17;TR=7;WE=103185941;WS=103185923;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,11:0.50:22
chr7	103191428	rs362721	C	T	515.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=1.706;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=5;PP=412;ReadPosRankSum=-2.626;SC=GGAAATTTCCCCATGATAAAG;SOR=0.859;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=44;TCF=34;TCR=10;TR=23;WE=103191436;WS=103191418;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,22:0.49:45
chr7	103198251	rs6964157	C	A	193.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=0.203;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=2;PP=90;ReadPosRankSum=-1.494;SC=TTAAGATAAACTTACATTAAA;SOR=0.368;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=16;TCF=13;TCR=3;TR=8;WE=103198259;WS=103198241;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,10:0.50:20
chr7	103202406	.	CAA	C	739.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.634;ClippingRankSum=0.000;DP=112;ExcessHet=3.0103;FS=3.259;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.73;ReadPosRankSum=0.257;SOR=0.250;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,35:0.46:76
chr7	103205617	rs362725	A	G	333.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-2.328;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.534;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=4;PP=256;ReadPosRankSum=-0.836;SC=ACTTCCATGCATAATTATCAT;SOR=0.399;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=38;TCF=31;TCR=7;TR=16;WE=103205625;WS=103205607;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,17:0.43:40
chr7	103206001	rs35268159	G	GA	744.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.322;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=11;HapScore=3;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=28;PP=336;ReadPosRankSum=1.021;SC=AGGTTTTCCTGAAAAAAAAAA;SOR=0.632;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=50;TCF=2;TCR=48;TR=30;WE=103206009;WS=103205991;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,50:0.56:90
chr7	103207234	rs362726	T	C	2606.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.931;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=254;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.077;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=46;PP=1157;ReadPosRankSum=-0.585;SC=AATCCAGTTATTTGGACACTT;SOR=1.006;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=148;TCF=60;TCR=88;TR=71;WE=103207242;WS=103207224;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:128,125:0.49:253
chr7	103234985	rs35588028	C	CT,CTT	635.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.162;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.26;ReadPosRankSum=-0.567;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:2,21,10:0.64,0.30:33
chr7	103251983	rs10673432	A	ATT	1353.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.032;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.62;ReadPosRankSum=1.463;SOR=0.671;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:7,62:0.90:69
chr7	103275803	rs362646	T	C	1102.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=27;NR=7;PP=774;SC=TTTTATACCATTTGAATTATG;SOR=2.303;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=34;TCF=27;TCR=7;TR=34;WE=103275811;WS=103275793;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr7	103280896	rs145527	C	T	6250.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=124;NR=50;PP=2965;SC=AAAAGATCCCCGATCCTAAAA;SOR=1.686;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=175;TCF=124;TCR=51;TR=174;WE=103280904;WS=103280886;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,221:1.00:221
chr7	103368482	rs3213613	A	G	1156.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.001;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.962;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=7;PP=694;ReadPosRankSum=-1.934;SC=CTTTAAGAGCATAAGAAAAAC;SOR=1.061;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=81;TCF=62;TCR=19;TR=42;WE=103368490;WS=103368472;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,55:0.56:98
chr7	103389954	rs607755	A	G	1650.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=17;NR=30;PP=953;SC=TATTTCAGCTAAAAGAAAAAG;SOR=1.292;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=17;TCR=30;TR=47;WE=103389962;WS=103389944;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr7	103393773	rs13236934	T	C	1096.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.702;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.954;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=34;PP=593;ReadPosRankSum=-0.277;SC=GCAAATCAAATGGCTACAGAC;SOR=1.096;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=81;TCF=19;TCR=62;TR=42;WE=103393781;WS=103393763;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,54:0.53:102
chr7	103557697	rs711443	A	G	2667.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=10;NR=72;PP=1918;SC=TATTTCTGAAATGTTAGACAT;SOR=3.234;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=83;TCF=10;TCR=73;TR=82;WE=103557705;WS=103557687;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
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chr7	103844557	rs2245659	T	G	301.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=2.165;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.813;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=1;PP=192;ReadPosRankSum=-2.345;SC=ACACTAAAAATGGCAAAGAAA;SOR=2.303;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=16;TCF=14;TCR=2;TR=11;WE=103844565;WS=103844547;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,12:0.63:19
chr7	103848094	rs2075217	T	A	817.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.314;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=6.293;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.78;ReadPosRankSum=-0.172;SOR=2.917;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,22:0.48:46
chr7	103848102	rs971813	C	G	950.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.482;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=3.765;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.61;ReadPosRankSum=-0.574;SOR=1.810;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,27:0.50:54
chr7	103848133	rs10953406	C	G	1205.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-1.458;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=11;PP=811;ReadPosRankSum=-0.924;SC=GTGGGTGAAGCTGCAGTACAG;SOR=0.626;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=84;TCF=64;TCR=20;TR=46;WE=103848141;WS=103848123;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,50:0.55:91
chr7	103848413	rs2075218	G	C	1506.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=3.489;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.579;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=41;PP=1034;ReadPosRankSum=0.692;SC=GCACAAGACGGAGCCTCTCCC;SOR=0.967;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=101;TCF=22;TCR=79;TR=51;WE=103848421;WS=103848403;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,61:0.49:125
chr7	103969194	.	CAGG	C	34.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.045;ClippingRankSum=0.000;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.53;ReadPosRankSum=0.393;SOR=0.382;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:60,6:0.09:66
chr7	104110392	rs4727601	C	T	6360.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=234;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=110;NR=61;PP=2965;SC=ATAGCACAATCATAGAAAACT;SOR=1.280;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=171;TCF=110;TCR=61;TR=171;WE=104110400;WS=104110382;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,233:1.00:233
chr7	104263425	rs1073012	T	C	1087.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=18;NR=10;PP=533;SC=TTATTATAGCTATCCTGGAGG;SOR=1.127;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=28;TCF=18;TCR=10;TR=28;WE=104263433;WS=104263415;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr7	104681497	rs66645072	C	CA	179.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.944;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=1.922;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.17;ReadPosRankSum=-0.083;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,14:0.64:22
chr7	104715280	.	T	G	994.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-0.048;ClippingRankSum=0.000;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.848;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=14;PP=287;ReadPosRankSum=-0.801;SC=TTTGCTTGTTTTTAGGTGAGT;SOR=0.879;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=46;TCF=22;TCR=24;TR=23;WE=104715288;WS=104715270;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,50:0.57:88
chr7	104717319	.	TTGTGTGTGTGTGTG	T,TTGTG	2177.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;ClippingRankSum=0.000;DP=86;ExcessHet=3.0103;FS=3.854;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.13;MQRankSum=0.000;QD=64.05;SOR=0.916;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:1,9,24:0.26,0.71:34
chr7	104741780	rs189360229	A	T	223.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=1.562;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.9988;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=8;NR=2;PP=200;ReadPosRankSum=0.325;SC=GTATCATAGCAATTATTTTTT;SOR=1.426;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=11;TCF=9;TCR=2;TR=10;WE=104741788;WS=104741770;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,9:0.75:12
chr7	104741842	rs10953468	A	T	751.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=16;NR=5;PP=467;SC=ATTGATATTTATGATGTCACT;SOR=1.609;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=16;TCR=5;TR=21;WE=104741850;WS=104741832;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr7	104745818	rs2299298	G	A	986.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=24;NR=4;PP=660;SC=TTCAAATCTGGTATTAGAATA;SOR=2.368;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=28;TCF=24;TCR=4;TR=28;WE=104745826;WS=104745808;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr7	104748407	rs34102092	GT	G,GTTT	806.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.019;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.09;MQRankSum=0.579;QD=9.96;ReadPosRankSum=0.271;SOR=0.754;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:13,35,33:0.43,0.41:81
chr7	104753264	rs149720943	C	T	3295.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=-2.292;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=407;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.437;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=89;PP=2730;ReadPosRankSum=-1.046;SC=CTGGTCCTGCCCCTCATCACC;SOR=0.558;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=224;TCF=55;TCR=169;TR=117;WE=104753272;WS=104753254;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:189,180:0.49:369
chr7	104767295	rs3815256	A	G	963.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=25;NR=11;PP=625;SC=CTGAGGGGGCATCAAACTCAA;SOR=1.670;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=36;TCF=25;TCR=11;TR=36;WE=104767303;WS=104767285;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr7	104785779	rs7780887	T	G	2058.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.828;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FS=3.062;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.22;ReadPosRankSum=0.649;SOR=0.298;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,84:0.99:85
chr7	104800939	rs4730071	C	T	3133.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=52;NR=23;PP=1474;SC=TAGGGGCTGCCGTCAAAAGTC;SOR=1.322;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=76;TCF=52;TCR=24;TR=75;WE=104800947;WS=104800929;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr7	104844328	rs2240463	C	T	4457.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.442;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.158;NF=44;NR=68;PP=2414;ReadPosRankSum=-0.471;SC=AAAAATAAAACTTGTCACATA;SOR=0.366;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=113;TCF=44;TCR=69;TR=112;WE=104844336;WS=104844318;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,161:0.99:162
chr7	104844416	rs34581245	CA	C	1484.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-1.341;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=14;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.922;NF=23;NR=31;PP=629;ReadPosRankSum=0.459;SC=TAAGTCAGGCCAAAAAAAAAA;SOR=0.917;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=71;TCF=30;TCR=41;TR=54;WE=104844425;WS=104844406;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:9,92:0.91:101
chr7	104844519	rs10281422	G	A	8594.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.650;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=338;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQ=60.19;MQRankSum=0.208;NF=114;NR=100;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.711;SC=ATTTCAGTGCGCTCCACTCAA;SOR=0.742;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=216;TCF=115;TCR=101;TR=214;WE=104844527;WS=104844509;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,332:0.99:334
chr7	104845094	rs41562	T	C	5622.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-2.031;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=224;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=105;PP=2793;ReadPosRankSum=0.120;SC=TTGCCCGACATGTGAGTGCCA;SOR=0.433;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=171;TCF=65;TCR=106;TR=170;WE=104845102;WS=104845084;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,218:1.00:219
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chr7	104845962	.	TCTCACACACACACACA	T	333.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-1.595;ClippingRankSum=0.000;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=12.983;HP=2;HapScore=3;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=1.456;NF=34;NR=19;PP=1144;ReadPosRankSum=0.153;SC=TCTCTCTCTCTCTCACACACA;SOR=0.073;SbPval=0.19;Source=Platypus;TC=80;TCF=58;TCR=22;TR=53;WE=104845991;WS=104845952;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,26:0.37:71
chr7	104845964	.	TCACACACACACACA	T	134.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.338;ClippingRankSum=0.000;DP=126;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.17;MQRankSum=-1.706;QD=1.87;ReadPosRankSum=1.007;SOR=0.667;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:54,18:0.25:72
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chr7	105112489	rs818477	C	A	634.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.059;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.83;ReadPosRankSum=-1.185;SOR=0.666;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:57,36:0.39:93
chr7	105146593	rs11421080	A	AT	7306.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=278;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=43;NR=81;PP=2969;SC=AGGAAATGCTATTTTTATACA;SOR=0.903;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=132;TCF=46;TCR=86;TR=124;WE=105146601;WS=105146583;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,270:1.00:270
chr7	105250905	rs940370	G	A	3058.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=70;NR=59;PP=2537;SC=TCTGACCCCAGTGTCCAAACT;SOR=2.448;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=129;TCF=70;TCR=59;TR=129;WE=105250913;WS=105250895;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr7	105254085	rs57819574	T	C	1544.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=0.665;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.876;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=10;PP=961;ReadPosRankSum=-0.287;SC=AGTGAGGTAATAACCGTAAAG;SOR=0.572;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=82;TCF=67;TCR=15;TR=51;WE=105254093;WS=105254075;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,65:0.62:104
chr7	105254801	rs150182467	AGAG	A	328.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.090;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FS=2.279;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.79;ReadPosRankSum=-1.638;SOR=0.832;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:102,16:0.14:118
chr7	105516073	rs3835024	A	ACC,AC	246.73	.	AC=2,0;AF=1.00,0.00;AN=2;BRF=0.68;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=10;HapScore=3;MGOF=32;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;NF=1,1;NR=9,9;PP=25,153;SC=ACCCCCCTTTACCCCCCCCCC;SOR=2.584;SbPval=0.99;Source=Platypus;TC=15;TCF=6;TCR=9;TR=10,10;WE=105516081;WS=105516063;set=Intersection	GT:AF:DP	1/1:1.00:7
chr7	105621512	rs193795	G	T	2633.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.590;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=274;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.938;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=42;PP=1106;ReadPosRankSum=-1.857;SC=TCACAGACCTGCAAGTCCTGA;SOR=0.614;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=164;TCF=74;TCR=90;TR=78;WE=105621520;WS=105621502;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:136,130:0.49:266
chr7	105732429	rs176485	T	C	606.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=2.988;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.188;HP=6;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=19;PP=421;ReadPosRankSum=0.212;SC=TACCTACTTATAAAAATTCAT;SOR=1.341;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=48;TCF=9;TCR=39;TR=23;WE=105732437;WS=105732419;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,26:0.44:59
chr7	105733037	rs4434555	T	C	62.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.008;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=2;PP=28;ReadPosRankSum=-1.829;SC=GAGAATCACTTGAACCCAGGA;SOR=0.250;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=8;TCF=6;TCR=2;TR=5;WE=105733045;WS=105733027;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,5:0.50:10
chr7	105733118	rs11407789	C	CA	33.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.952;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=2.41;ReadPosRankSum=0.250;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,6:0.43:14
chr7	105733619	rs176486	G	A	3538.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=32;NR=70;PP=2062;SC=ATAATGAACAGTTAATTTTAA;SOR=1.537;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=102;TCF=32;TCR=70;TR=102;WE=105733627;WS=105733609;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,129:1.00:129
chr7	105738368	rs12705333	T	C	952.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=2.647;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.124;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=29;PP=669;ReadPosRankSum=1.578;SC=GTATGAATTATTGGACTTTCC;SOR=0.914;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=62;TCF=11;TCR=51;TR=35;WE=105738376;WS=105738358;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,39:0.54:72
chr7	105739732	rs176492	C	T	2095.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.153;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=271;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.417;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=48;PP=1018;ReadPosRankSum=1.132;SC=AAGCAATCTACACAAAGTAAG;SOR=0.897;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=169;TCF=63;TCR=106;TR=74;WE=105739740;WS=105739722;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:158,111:0.41:269
chr7	105752555	rs2240473	G	A	629.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.422;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.663;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=5;PP=360;ReadPosRankSum=2.364;SC=CCGAGCGGCAGGCGGGCCTGG;SOR=1.234;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=46;TCF=33;TCR=13;TR=23;WE=105752563;WS=105752545;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,32:0.51:63
chr7	105752691	rs176501	G	A	1320.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=2.177;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.677;HP=3;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=22;PP=713;ReadPosRankSum=1.419;SC=TCAGGACGACGGGGCGGAGGA;SOR=0.631;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=80;TCF=42;TCR=38;TR=40;WE=105752699;WS=105752681;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,62:0.49:126
chr7	105752820	rs176502	G	A	702.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.666;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.153;HP=1;HapScore=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=9;PP=595;ReadPosRankSum=-1.034;SC=GAGCGGCGGCGGTTGAGCTGC;SOR=0.503;Source=Platypus;TCF=62;TR=33;WE=105752828;WS=105752810;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,34:0.42:81
chr7	105903904	rs2302559	T	C	2800.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.375;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=397;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.795;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-7.585;NF=65;NR=58;PP=1891;ReadPosRankSum=-0.969;SC=GTGTACTTCTTGATACTATTA;SOR=0.634;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=296;TCF=161;TCR=135;TR=123;WE=105903912;WS=105903894;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:252,140:0.36:392
chr7	105912444	rs28454100	A	C	697.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.025;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=8;PP=220;ReadPosRankSum=1.648;SC=GTATAAACCCAAAGCCCAAAA;SOR=0.640;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=63;TCF=37;TCR=26;TR=20;WE=105912452;WS=105912434;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,40:0.38:105
chr7	106508978	rs849389	A	G	18484.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.071;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=436;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=43.19;ReadPosRankSum=-1.452;SOR=0.712;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,426:1.00:428
chr7	106508987	rs849390	T	C	18381.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.802;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=430;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=43.46;ReadPosRankSum=-0.944;SOR=0.717;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,421:1.00:423
chr7	106510076	rs1526083	A	G	544.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-1.922;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.875;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=14;PP=293;ReadPosRankSum=-1.196;SC=CACTCCATTCAGTTGTCATCA;SOR=0.313;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=55;TCF=17;TCR=38;TR=21;WE=106510084;WS=106510066;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,27:0.44:62
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chr7	106519943	rs849370	T	C	8280.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.825;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=325;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=152;NR=86;PP=2965;ReadPosRankSum=1.503;SC=GTGTGGGGAATATGTGACTGC;SOR=1.246;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=240;TCF=153;TCR=87;TR=238;WE=106519951;WS=106519933;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,312:0.99:314
chr7	106786952	rs3729876	T	C	4343.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=26;NR=76;PP=2445;SC=TTTGTAGCAATTGCTATGACG;SOR=1.625;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=102;TCF=26;TCR=76;TR=102;WE=106786960;WS=106786942;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,152:1.00:152
chr7	106787065	rs3729877	T	G	521.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=14;PP=382;SC=CACTAAGACTTCACTAAGTCA;SOR=3.383;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=15;TCF=1;TCR=14;TR=15;WE=106787073;WS=106787055;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr7	106799997	rs257376	G	A	7119.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.750;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=642;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.023;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=99;NR=129;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.472;SC=TGTTTGGAACGAACATGGATA;SOR=0.839;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=381;TCF=180;TCR=201;TR=228;WE=106800005;WS=106799987;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:287,340:0.54:627
chr7	106836195	.	CT	C	61.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.698;ClippingRankSum=0.000;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=1.973;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.57;ReadPosRankSum=0.060;SOR=0.255;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,9:0.38:24
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chr7	106888807	rs140944700	A	T	2663.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=2.670;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=257;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.605;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=25;PP=1503;ReadPosRankSum=0.261;SC=TAAAGGCAGTAAAAGTTAGTA;SOR=0.916;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=179;TCF=120;TCR=59;TR=84;WE=106888815;WS=106888797;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:129,121:0.48:250
chr7	106888946	.	T	TA	181.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.542;ClippingRankSum=0.000;DP=373;ExcessHet=3.0103;FS=1.271;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.58;ReadPosRankSum=-0.707;SOR=0.577;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:261,53:0.17:314
chr7	106898870	rs146727289	T	TTC	614.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=2.120;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=266;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.154;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=47;PP=1441;ReadPosRankSum=1.038;SC=AGAATGATAATTCTCTCTCTC;SOR=1.108;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=162;TCF=7;TCR=155;TR=50;WE=106898883;WS=106898860;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:93,35:0.27:128
chr7	106965009	rs62482495	A	G	381.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.715;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.58;ReadPosRankSum=-0.038;SOR=0.737;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,24:0.41:58
chr7	106965039	rs6466164	C	T	362.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=0.784;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=10;PP=164;ReadPosRankSum=0.617;SC=ATGGGTAACACGTAACCTTGA;SOR=0.760;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=24;TCF=5;TCR=19;TR=13;WE=106965047;WS=106965029;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,19:0.47:40
chr7	107002806	rs2269970	A	G	1957.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.803;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=37;PP=930;ReadPosRankSum=-0.525;SC=TTGGTCCAGAATGAGGCACGC;SOR=0.678;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=126;TCF=59;TCR=67;TR=71;WE=107002814;WS=107002796;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:103,98:0.49:201
chr7	107052797	rs143842303	CGAT	C	388.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.227;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.291;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=1;PP=308;ReadPosRankSum=2.629;SC=TTTCCCTTAACGATGACCCAT;SOR=0.269;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=18;TCF=17;TCR=1;TR=9;WE=107052807;WS=107052789;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,11:0.48:23
chr7	107052927	rs10579767	AAC	A	2820.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.564;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.443;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=2.358;NF=14;NR=25;PP=1671;ReadPosRankSum=1.089;SC=TACATTAAAAAACAGTCTTAT;SOR=0.492;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=77;TCF=32;TCR=45;TR=39;WE=107052936;WS=107052917;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:92,85:0.48:177
chr7	107114400	rs11453718	A	AT	763.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=17;NR=2;PP=458;SC=CAATTGAAAGATTTTTTTTCT;SOR=3.126;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=20;TCF=17;TCR=3;TR=19;WE=107114408;WS=107114390;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr7	107167661	rs201626701	T	TA	529.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.389;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FS=3.141;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.77;ReadPosRankSum=0.354;SOR=1.104;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:58,53:0.48:111
chr7	107188719	rs2066735	G	T	950.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.312;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=14;PP=507;ReadPosRankSum=-0.669;SC=ATTAAGAACAGTACCTATCAA;SOR=0.777;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=57;TCF=34;TCR=23;TR=34;WE=107188727;WS=107188709;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,48:0.50:96
chr7	107194911	rs2520270	C	A	687.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-5.714;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.070;HP=6;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=22;PP=446;ReadPosRankSum=0.335;SC=AAAGAAAAAACCACAGGTTTT;SOR=0.299;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=44;TCF=1;TCR=43;TR=23;WE=107194919;WS=107194901;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,28:0.56:50
chr7	107198405	rs2520272	A	T	2483.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.248;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=257;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.503;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=28;PP=1017;ReadPosRankSum=-2.217;SC=ATAGGGACCCAGAAGATCAGA;SOR=0.792;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=158;TCF=92;TCR=66;TR=70;WE=107198413;WS=107198395;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:132,123:0.48:255
chr7	107208118	rs1468335	T	C	951.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.640;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.182;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=5;PP=685;ReadPosRankSum=0.818;SC=TACCTCTCGATCATTTTTAAG;SOR=0.481;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=69;TCF=58;TCR=11;TR=38;WE=107208126;WS=107208108;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,40:0.56:72
chr7	107208250	rs1468336	T	C	4605.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.610;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=524;ExcessHet=3.0103;FS=0.522;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.93;ReadPosRankSum=-0.498;SOR=0.640;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:279,237:0.46:516
chr7	107216738	rs10276604	C	T	195.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=0.304;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=2;PP=137;ReadPosRankSum=0.984;SC=AGATGAAATACCATTTTAGTC;SOR=0.693;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=20;TCF=17;TCR=3;TR=10;WE=107216746;WS=107216728;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,10:0.42:24
chr7	107217068	rs3839819	TG	T,TGG	3082.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.496;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FS=4.563;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.08;MQRankSum=0.227;QD=24.66;ReadPosRankSum=0.940;SOR=0.409;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:4,79,42:0.63,0.34:125
chr7	107218033	rs711442	T	C	442.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=2.707;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.114;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=12;PP=259;ReadPosRankSum=1.301;SC=TTTTAATATATACTTTTAGAC;SOR=0.119;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=26;TCF=1;TCR=25;TR=13;WE=107218041;WS=107218023;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,17:0.55:31
chr7	107255548	rs3801944	T	C	1906.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.566;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.368;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=9;PP=882;ReadPosRankSum=-1.106;SC=CAGTTTCTTATGGCCAGTGTC;SOR=0.507;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=126;TCF=106;TCR=20;TR=53;WE=107255556;WS=107255538;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,83:0.49:171
chr7	107303622	rs2248464	A	T	1525.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.128;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FS=1.944;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.06;ReadPosRankSum=-1.209;SOR=0.975;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:56,39:0.41:95
chr7	107303628	rs2248465	C	T	1781.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.830;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.49;ReadPosRankSum=-1.894;SOR=0.760;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:61,54:0.47:115
chr7	107340372	rs35161285	CAAA	C	1005.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.556;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.87;MQRankSum=0.492;QD=29.58;ReadPosRankSum=1.736;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,32:0.94:34
chr7	107384849	rs756872	C	T	288.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-3.664;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.341;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=10;PP=178;ReadPosRankSum=-0.231;SC=CGCTCCTACTCTGGTTCTGCT;SOR=0.250;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=26;TCF=2;TCR=24;TR=11;WE=107384857;WS=107384839;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,13:0.46:28
chr7	107392891	rs3216898	C	CTG	1787.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.406;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.805;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=4.015;NF=17;NR=15;PP=1033;ReadPosRankSum=0.408;SC=ATGTGTCTCTCTGTGTGTGTG;SOR=1.042;SbPval=0.17;Source=Platypus;TC=89;TCF=36;TCR=53;TR=32;WE=107392900;WS=107392881;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:111,70:0.39:181
chr7	107414419	rs41669	A	G	9942.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=392;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=136;NR=113;PP=2965;SC=CTGAAAAGTCAAGAATGAGGC;SOR=0.829;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=249;TCF=136;TCR=113;TR=249;WE=107414427;WS=107414409;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,389:1.00:389
chr7	107418805	.	CT	C	42.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.158;ClippingRankSum=0.000;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=6.410;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.96;MQRankSum=0.000;QD=2.03;ReadPosRankSum=-1.244;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,9:0.43:21
chr7	107531832	rs11373214	G	GC	4005.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=82;PP=2973;SC=GCTGGCGGAGGCGGGCGCCTG;SOR=2.896;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=83;TCF=1;TCR=82;TR=83;WE=107531840;WS=107531822;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr7	107593989	rs20556	T	C	4412.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=68;NR=43;PP=1921;SC=ACAGTCCTGCTGGAGGGCATC;SOR=1.017;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=111;TCF=68;TCR=43;TR=111;WE=107593997;WS=107593979;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,168:1.00:168
chr7	107613379	rs2701034	G	A	1080.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.199;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=13;PP=663;ReadPosRankSum=0.064;SC=ACCCATTCCTGTAAGTCATGA;SOR=0.641;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=102;TCF=72;TCR=30;TR=43;WE=107613387;WS=107613369;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,53:0.40:132
chr7	107738801	.	A	ACATAGGGGTTGATGGACGCCCCCTCCCCGCCCTCCCACTATGGACTTACGCTGGCAGCC	809.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.216;ClippingRankSum=0.000;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=11.342;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.82;MQRankSum=-2.524;QD=12.85;ReadPosRankSum=0.008;SOR=1.318;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:48,15:0.24:63
chr7	107738836	rs6974722	T	C	668.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.040;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FS=0.829;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.86;MQRankSum=-1.786;QD=7.78;ReadPosRankSum=-0.409;SOR=0.576;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:53,33:0.38:86
chr7	107738882	rs1735499	G	A	1145.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.502;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.694;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=16;PP=479;ReadPosRankSum=-0.040;SC=CGCTTAGTCCGTAGTGGTTGG;SOR=0.619;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=82;TCF=46;TCR=36;TR=35;WE=107738890;WS=107738872;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,58:0.51:114
chr7	107738948	rs451252	G	A	1079.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.154;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.657;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=19;PP=446;ReadPosRankSum=1.714;SC=GGCACTGGCCGGCCACAGACC;SOR=0.586;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=92;TCF=42;TCR=50;TR=35;WE=107738956;WS=107738938;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,56:0.43:131
chr7	107743409	rs401487	A	G	332.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=1.879;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.762;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=6;PP=249;ReadPosRankSum=0.303;SC=TTAAGCAGATAAGGTGCGGGC;SOR=0.291;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=46;TCF=32;TCR=14;TR=15;WE=107743417;WS=107743399;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,17:0.33:52
chr7	107743664	rs402113	A	G	1193.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.687;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.432;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=23;PP=599;ReadPosRankSum=0.223;SC=TGGAGTGGCTATTACAGCTGC;SOR=0.562;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=73;TCF=29;TCR=44;TR=40;WE=107743672;WS=107743654;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,59:0.48:123
chr7	107746214	rs430628	TG	GC	1377.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=0.893;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.603;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=7;PP=1166;ReadPosRankSum=0.684;SC=ACCAGGACAGTGAAAGGCAGG;SOR=0.248;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=74;TCF=59;TCR=15;TR=31;WE=107746223;WS=107746204;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,36:0.46:79
chr7	107746246	rs370495	T	C	2920.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.674;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FS=3.971;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.97;ReadPosRankSum=-1.532;SOR=0.437;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:79,75:0.49:154
chr7	107746253	rs420753	A	G	3068.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.725;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FS=3.645;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.54;ReadPosRankSum=-1.283;SOR=0.460;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:91,84:0.48:175
chr7	107746865	rs111986177	GA	G	160.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.761;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=1.523;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.95;MQRankSum=0.046;QD=5.18;ReadPosRankSum=-0.132;SOR=1.102;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,16:0.52:31
chr7	107747081	rs5886439	C	CT	235.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.687;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=1.542;HP=12;HapScore=3;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=7;PP=64;ReadPosRankSum=-0.306;SC=CAAACACACTCTTTTTTTTTT;SOR=1.150;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=1;TCR=12;TR=7;WE=107747089;WS=107747071;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,17:0.61:28
chr7	107747928	rs446800	A	C	2721.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.013;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FS=0.597;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.79;ReadPosRankSum=0.263;SOR=0.775;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:77,76:0.50:153
chr7	107747937	rs401066	G	A	2606.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.625;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.03;ReadPosRankSum=-0.472;SOR=0.724;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:69,68:0.50:137
chr7	107748337	rs402264	G	A	1337.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.855;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.517;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=39;PP=881;ReadPosRankSum=0.125;SC=TTGAATATTTGTATTTTCTAA;SOR=0.850;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=104;TCF=28;TCR=76;TR=53;WE=107748345;WS=107748327;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,62:0.49:127
chr7	107752470	rs369505	A	T	1120.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.134;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=2.519;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.51;ReadPosRankSum=-0.091;SOR=1.165;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,31:0.48:64
chr7	107752477	rs369508	A	G	1047.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.474;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=2.677;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.76;ReadPosRankSum=0.523;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,28:0.47:59
chr7	107791018	rs443552	G	C	684.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=20;NR=2;PP=521;SC=TGTGAATGGAGCATGATTTTG;SOR=2.925;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=22;TCF=20;TCR=2;TR=22;WE=107791026;WS=107791008;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr7	107800953	rs12670313	A	G	5672.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=224;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=52;NR=97;PP=2952;SC=AAACAAATCAATGGTGTTGGT;SOR=1.268;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=150;TCF=52;TCR=98;TR=149;WE=107800961;WS=107800943;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,211:1.00:211
chr7	107808639	rs12537654	A	G	2537.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=60;NR=16;PP=1480;SC=AAGATGATCCATAGTAAATTC;SOR=2.254;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=77;TCF=60;TCR=17;TR=76;WE=107808647;WS=107808629;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr7	107815858	rs11983886	T	A	8588.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=324;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=87;NR=124;PP=2965;SC=AACACACCCATGAGCATGTAT;SOR=0.987;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=212;TCF=87;TCR=125;TR=211;WE=107815866;WS=107815848;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,322:1.00:322
chr7	107818851	rs428459	T	C	4489.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=71;NR=48;PP=2334;SC=CAGTACTTGTTTGACGCATGA;SOR=1.004;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=119;TCF=71;TCR=48;TR=119;WE=107818859;WS=107818841;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,167:1.00:167
chr7	107820911	rs414077	G	T	5194.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=49;NR=97;PP=2857;SC=GCAGAAAGGAGCAAACAAGAT;SOR=1.333;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=146;TCF=49;TCR=97;TR=146;WE=107820919;WS=107820901;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,193:1.00:193
chr7	107822198	rs2839850	A	G	3090.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=54;NR=25;PP=1678;SC=CTCCTGTGGTATGCATGACAA;SOR=1.407;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=79;TCF=54;TCR=25;TR=79;WE=107822206;WS=107822188;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr7	107822396	rs2142325	G	A	4572.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=34;NR=66;PP=2127;SC=GAAAAGGACAGGGAAGTGGTA;SOR=1.172;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=101;TCF=35;TCR=66;TR=100;WE=107822404;WS=107822386;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,170:1.00:170
chr7	107824556	rs10561815	TTA	T	595.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=17;NR=0;PP=742;SC=ATATGTATCTTTATATATATA;SOR=5.892;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=18;TCR=0;TR=17;WE=107824565;WS=107824550;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
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chr7	107834624	rs6978315	T	C	3709.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=4.309;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=377;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.785;HP=1;HapScore=3;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=67;PP=2962;ReadPosRankSum=2.211;SC=ATCTGAAATGTAGAGTCATCG;SOR=0.752;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=250;TCF=116;TCR=134;TR=122;WE=107834632;WS=107834603;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:200,170:0.46:370
chr7	107834734	rs404287	C	T	3861.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.336;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=403;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.171;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=66;PP=1671;ReadPosRankSum=1.668;SC=CTTCATTCTTCGCCATCCCTA;SOR=0.763;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=242;TCF=108;TCR=134;TR=115;WE=107834742;WS=107834724;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:207,191:0.48:398
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chr7	107838464	rs381318	G	T	1368.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.916;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.580;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=24;PP=546;ReadPosRankSum=0.124;SC=TGCACTGATAGACTGCACTTG;SOR=0.752;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=95;TCF=45;TCR=50;TR=44;WE=107838472;WS=107838454;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,73:0.46:160
chr7	107838637	rs388557	C	A	456.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=11;PP=325;SC=ATAAAGACTGCTCTAAGTACA;SOR=2.584;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=4;TCR=11;TR=15;WE=107838645;WS=107838627;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr7	107874906	rs1269632	G	A	651.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-1.499;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.987;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=4;PP=443;ReadPosRankSum=-0.736;SC=ATATCCAACTGAAAAAGGAAG;SOR=1.262;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=50;TCF=41;TCR=9;TR=25;WE=107874914;WS=107874896;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,28:0.51:55
chr7	107875170	rs1269633	T	C	932.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.782;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.081;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=23;PP=596;ReadPosRankSum=1.001;SC=AAAAACAAATTATTTAAAATC;SOR=0.428;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=63;TCF=17;TCR=46;TR=33;WE=107875178;WS=107875160;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,44:0.54:82
chr7	108137253	rs11448779	G	GA	2204.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.234;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=33;PP=1340;ReadPosRankSum=0.223;SC=CCCTTATGATGTAAGATTTCC;SOR=0.751;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=59;TCF=3;TCR=56;TR=34;WE=108137261;WS=108137243;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,64:0.57:113
chr7	108212353	rs1043615	G	A	3375.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.323;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=325;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.026;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=57;PP=1643;ReadPosRankSum=1.703;SC=ATAAGAGCCCGGATGCTGAAG;SOR=0.534;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=200;TCF=83;TCR=117;TR=102;WE=108212361;WS=108212343;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:154,163:0.51:317
chr7	108524444	rs11397223	C	CA	655.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.850;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=239;ExcessHet=3.0103;FS=1.531;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.14;MQRankSum=1.325;QD=3.40;ReadPosRankSum=0.974;SOR=0.548;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:120,73:0.38:193
chr7	110303527	rs1044729	T	C	339.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.209;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=3;PP=216;ReadPosRankSum=0.235;SC=TACAGATCGTTTTAATGTGCT;SOR=0.892;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=18;TCF=14;TCR=4;TR=13;WE=110303535;WS=110303517;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,14:0.74:19
chr7	110603012	rs17158195	A	T	745.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=1.701;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=10;PP=492;ReadPosRankSum=-0.314;SC=TTGATTTATCAGCAAGTACAA;SOR=0.714;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=60;TCF=40;TCR=20;TR=30;WE=110603020;WS=110603002;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,34:0.47:73
chr7	110603126	.	CTTTTCAG	C	2112.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.489;ClippingRankSum=0.000;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.304;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=25;PP=1440;ReadPosRankSum=-1.240;SC=GTTTCATATCCTTTTCAGTTT;SOR=1.045;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=62;TCF=9;TCR=53;TR=29;WE=110603140;WS=110603116;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,56:0.45:124
chr7	110764988	.	CA	C	60.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.524;ClippingRankSum=0.000;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=3.734;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.96;ReadPosRankSum=1.230;SOR=0.175;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,10:0.32:31
chr7	111372095	rs10953696	T	C	680.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=16;NR=4;PP=445;SC=TGGCTGCGTTTGTGCAGGAGG;SOR=2.400;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=16;TCR=4;TR=20;WE=111372103;WS=111372089;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr7	111372244	rs12705796	G	T	2530.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=38;NR=25;PP=1319;SC=AAGAAAACTGGGCCAGTCTCT;SOR=0.982;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=63;TCF=38;TCR=25;TR=63;WE=111372252;WS=111372234;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr7	111376840	rs2301678	T	C	4908.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=71;NR=38;PP=2243;SC=CATTAATCCCTTAAAGAGCAT;SOR=1.210;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=109;TCF=71;TCR=38;TR=109;WE=111376848;WS=111376830;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,183:1.00:183
chr7	111379582	rs2074115	A	G	3807.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.379;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=60;PP=1881;ReadPosRankSum=1.456;SC=AAGGCTTCCCACGACACTGAC;SOR=0.812;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=88;TCF=25;TCR=63;TR=84;WE=111379590;WS=111379572;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,140:0.98:143
chr7	111379634	rs10246451	C	A	1639.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=8;NR=34;PP=1083;SC=AAATTAGCAACAAAAAGTCCG;SOR=2.179;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=42;TCF=8;TCR=34;TR=42;WE=111379642;WS=111379624;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr7	111382324	rs3757648	C	T	5210.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=45;NR=100;PP=2962;SC=GTAGGAACAGCTGTCACTTTA;SOR=1.511;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=145;TCF=45;TCR=100;TR=145;WE=111382332;WS=111382314;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,188:1.00:188
chr7	111382343	rs186881898	G	T	1200.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-1.062;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.764;HP=7;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=36;PP=793;ReadPosRankSum=-0.384;SC=TACAGGTGAAGAAAAACTGAG;SOR=0.809;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=107;TCF=27;TCR=80;TR=46;WE=111382351;WS=111382333;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,54:0.45:121
chr7	111386511	rs3832524	G	GT	7440.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=12;NR=74;PP=2957;SC=CTTTAGTGGAGTACAAGGCAA;SOR=0.944;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=91;TCF=12;TCR=79;TR=86;WE=111386519;WS=111386501;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,203:1.00:203
chr7	111400501	rs17158794	T	A	1768.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.881;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=5.373;HP=5;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=53;PP=1388;ReadPosRankSum=-1.075;SC=ATAACAAAAATTACGCTGGAA;SOR=3.407;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=63;TCF=9;TCR=54;TR=61;WE=111400509;WS=111400491;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,62:0.97:64
chr7	111407283	rs372483378	CT	C	68.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.271;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.60;ReadPosRankSum=-0.026;SOR=0.569;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,14:0.33:43
chr7	111423074	rs35825505	GA	G	55.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.020;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FS=6.282;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.01;ReadPosRankSum=0.503;SOR=0.454;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:40,15:0.27:55
chr7	111474749	rs3214145	TA	T	104.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.969;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FS=2.496;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.31;ReadPosRankSum=0.422;SOR=1.089;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:58,22:0.28:80
chr7	111617088	rs3864649	G	A	2037.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.250;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.495;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=27;PP=1085;ReadPosRankSum=1.163;SC=AGCTGACGGAGTAAAAAATAT;SOR=0.750;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=154;TCF=97;TCR=57;TR=73;WE=111617096;WS=111617078;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:125,102:0.45:227
chr7	111624522	rs2074127	TA	CG	1205.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.104;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.959;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=20;PP=855;ReadPosRankSum=-0.055;SC=TTTTTTACTATATCACTTGGA;SOR=1.051;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=71;TCF=21;TCR=50;TR=28;WE=111624531;WS=111624512;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,34:0.35:96
chr7	111629366	rs2074129	G	A	796.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=3;NR=20;PP=531;SC=CAAACTGTTCGCTCACTATCC;SOR=3.690;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=23;TCF=3;TCR=20;TR=23;WE=111629374;WS=111629356;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr7	111634067	rs566714	A	G	1135.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=22;NR=6;PP=624;SC=GTTAATATCTATATCCCCAAG;SOR=1.923;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=28;TCF=22;TCR=6;TR=28;WE=111634075;WS=111634057;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr7	111634368	rs847541	A	G	600.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=15;PP=406;SC=AGATAACTAGAAAAGAAAGCT;SOR=2.948;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=17;TCF=2;TCR=15;TR=17;WE=111634376;WS=111634358;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr7	111634389	rs847542	T	C	278.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=10;PP=204;SC=GCCTAGCTATTGTTCGTTCTA;SOR=3.442;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=11;TCF=1;TCR=10;TR=11;WE=111634397;WS=111634379;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr7	111926896	.	CTTTTT	C,CTTTT	401.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.460;ClippingRankSum=0.000;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=1.725;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.37;ReadPosRankSum=0.426;SOR=0.321;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:12,12,24:0.25,0.50:48
chr7	111936435	.	G	GTT	32.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.057;ClippingRankSum=0.000;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.64;ReadPosRankSum=-0.211;SOR=0.437;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,5:0.25:20
chr7	111958339	rs3823515	T	A	809.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.907;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.759;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=17;PP=370;ReadPosRankSum=-0.537;SC=GTTTGCCATTTTGCATCTTTA;SOR=0.602;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=61;TCF=24;TCR=37;TR=29;WE=111958347;WS=111958329;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,43:0.44:98
chr7	111958382	rs4727766	G	A	449.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.308;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.174;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=11;PP=245;ReadPosRankSum=-0.827;SC=AAACTCATCAGAACATCCCTA;SOR=0.459;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=38;TCF=15;TCR=23;TR=19;WE=111958390;WS=111958372;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,23:0.51:45
chr7	111970342	rs11773393	A	G	160.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-0.802;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=6;PP=86;ReadPosRankSum=-0.112;SC=AGGACCAACTAATATTTGAAT;SOR=0.646;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=21;TCF=4;TCR=17;TR=8;WE=111970350;WS=111970332;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,9:0.35:26
chr7	111981183	rs11463201	G	GA	850.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.810;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.891;HP=9;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=1.276;NF=1;NR=25;PP=463;ReadPosRankSum=0.589;SC=TAAGCCTACAGAAAAAAAAGG;SOR=0.837;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=61;TCF=3;TCR=58;TR=26;WE=111981191;WS=111981173;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,46:0.56:82
chr7	112090939	rs55884191	C	T	1058.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-2.014;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.485;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=21;PP=450;ReadPosRankSum=3.760;SC=CTGATGTACACATTTGCATTT;SOR=0.547;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=78;TCF=30;TCR=48;TR=36;WE=112090947;WS=112090929;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,55:0.47:118
chr7	112095782	rs6944364	T	G	998.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.317;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.719;HP=6;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=10;PP=461;ReadPosRankSum=-0.304;SC=TATATGGCAATAAAATAATTT;SOR=0.922;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=73;TCF=46;TCR=27;TR=31;WE=112095790;WS=112095772;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,47:0.51:93
chr7	112096070	rs117086064	T	A	1817.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.663;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.516;HP=1;HapScore=4;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=31;PP=2351;ReadPosRankSum=-2.290;SC=CAGAAGTCCTTGATGAGGAAG;SOR=0.705;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=139;TCF=70;TCR=69;TR=64;WE=112096081;WS=112096060;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:114,90:0.44:204
chr7	112096073	rs34349457	T	C	2412.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-3.111;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=4;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=38;PP=2162;ReadPosRankSum=2.576;SC=AAGTCCTTGATGAGGAAGGAA;SOR=0.689;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=140;TCF=71;TCR=69;TR=76;WE=112096081;WS=112096060;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:93,117:0.56:210
chr7	112096880	rs6967894	G	A	449.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-0.804;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.777;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=2;PP=349;ReadPosRankSum=0.135;SC=CTATACATAGGTAAAGTTTAG;SOR=1.329;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=36;TCF=32;TCR=4;TR=19;WE=112096888;WS=112096870;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,19:0.47:40
chr7	112097121	rs6968084	C	T	1589.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.390;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=35;PP=824;ReadPosRankSum=-0.704;SC=GAGTCACAGACGTACAACTAA;SOR=0.702;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=122;TCF=50;TCR=72;TR=60;WE=112097129;WS=112097111;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,81:0.47:171
chr7	112099136	rs34627083	TATA	T	153.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=2.255;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.671;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.735;NF=0;NR=5;PP=148;ReadPosRankSum=-2.820;SC=GTGGTGCGCCTATAGTACTGT;SOR=2.110;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=0;TCR=17;TR=5;WE=112099146;WS=112099126;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,6:0.27:22
chr7	112101907	rs61603869	AT	A	76.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.750;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=3.851;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.20;ReadPosRankSum=1.739;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,9:0.38:24
chr7	112101909	rs2708609	T	A	298.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.156;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=1.760;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.95;ReadPosRankSum=-1.695;SOR=1.371;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,15:0.60:25
chr7	112107982	.	AGGTC	A,ATC	1467.73	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;ALERT;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=3.481;ClippingRankSum=0.000;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.833;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=7;PP=2644;ReadPosRankSum=0.146;SC=GCTCTATATGAGGTCAGAAAA;SOR=1.729;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=55;TCF=30;TCR=25;TR=20;WE=112108007;WS=112107972;set=Intersection	GT:AF:DP	0/1:0.38:101
chr7	112107985	.	TC	AA	2752	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MMLQ=28;MQ=60.0;NF=19;NR=7;PP=2752;QD=20;SC=CTATATGAGGTCAGAAAAGAA;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=84;TCF=59;TCR=25;TR=26;WE=112108007;WS=112107972;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:58,26:0.31:84
chr7	112107986	.	C	CAA	1467.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=1.981;ClippingRankSum=0.000;DP=102;ExcessHet=3.0103;FS=10.988;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.68;ReadPosRankSum=-0.131;SOR=1.771;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:62,38:0.38:100
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chr7	112130009	rs11767398	A	C	4811.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=2.707;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=505;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=74;NR=67;PP=2136;ReadPosRankSum=-0.525;SC=AACTAAAGGAATGATTTTCTG;SOR=0.690;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=286;TCF=147;TCR=139;TR=141;WE=112130017;WS=112129999;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:262,237:0.47:499
chr7	112130128	rs10225870	C	A	1449.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-2.480;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.722;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=39;PP=786;ReadPosRankSum=0.490;SC=AGGCAACCCACCCCTGGGGCC;SOR=0.835;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=102;TCF=24;TCR=78;TR=48;WE=112130136;WS=112130118;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,68:0.51:133
chr7	112555294	.	G	GA	167.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.977;ClippingRankSum=0.000;DP=157;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.28;MQRankSum=3.501;QD=1.18;ReadPosRankSum=0.962;SOR=0.594;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:113,29:0.20:142
chr7	112575149	rs10231221	A	C	679.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=17;NR=8;PP=518;SC=ATTTATTTCAATGATCAGGCA;SOR=1.609;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=17;TCR=8;TR=25;WE=112575157;WS=112575139;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr7	112724417	rs2256044	A	G	10808.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=403;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=148;NR=116;PP=2965;SC=CGATAGCTAAATATCTGGTGA;SOR=0.930;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=266;TCF=150;TCR=116;TR=264;WE=112724425;WS=112724407;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,392:1.00:392
chr7	112724525	rs1608890	A	G	17081.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=646;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=213;NR=207;PP=2965;SC=TCCAGGTAGAACCATTTTTGA;SOR=0.699;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=421;TCF=213;TCR=208;TR=420;WE=112724533;WS=112724515;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,632:1.00:632
chr7	113518502	rs2974938	A	T	6528.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=240;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=95;NR=60;PP=2965;SC=AACCTGCCTAAGATCTCTGTT;SOR=1.040;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=155;TCF=95;TCR=60;TR=155;WE=113518510;WS=113518492;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,238:1.00:238
chr7	113519719	rs2974944	A	T	6973.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=252;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=98;NR=73;PP=2965;SC=TTACTTCAATATTTTTAGCTC;SOR=0.885;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=171;TCF=98;TCR=73;TR=171;WE=113519727;WS=113519709;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,248:1.00:248
chr7	113519796	rs2974942	C	T	8130.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=309;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=102;NR=99;PP=2965;SC=GGTATTTGCACTGTGCCATTG;SOR=0.706;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=201;TCF=102;TCR=99;TR=201;WE=113519804;WS=113519786;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,308:1.00:308
chr7	114138751	rs2040658	G	C	149.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.192;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.531;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=0;PP=116;ReadPosRankSum=0.538;SC=CCAAAAGAAAGATTTTAGTTA;SOR=2.636;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=25;TCF=21;TCR=4;TR=8;WE=114138759;WS=114138749;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,8:0.30:27
chr7	114174624	rs181978130	C	T	1170.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.623;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=10;PP=620;ReadPosRankSum=0.444;SC=TAATTGATAACTTAACTTTCA;SOR=0.683;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=101;TCF=72;TCR=29;TR=39;WE=114174632;WS=114174614;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,57:0.42:137
chr7	114210814	rs17137124	T	C	3853.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=86;NR=31;PP=2458;SC=AGCACAAGCCTTAAGATTGAA;SOR=1.806;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=119;TCF=87;TCR=32;TR=117;WE=114210822;WS=114210804;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,138:1.00:138
chr7	114293360	.	A	AT	226.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.496;ClippingRankSum=0.000;DP=216;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.08;ReadPosRankSum=0.373;SOR=0.715;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:170,39:0.19:209
chr7	114296545	rs881732	A	C	4538.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.235;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=413;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.527;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=86;NR=62;PP=2224;ReadPosRankSum=-0.532;SC=TGCGTTTCTCAAACTATGCAG;SOR=0.607;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=272;TCF=161;TCR=111;TR=148;WE=114296553;WS=114296535;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:187,218:0.54:405
chr7	114303491	rs34735973	A	AT	568.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.207;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FS=1.803;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.12;ReadPosRankSum=-0.790;SOR=0.509;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:54,39:0.42:93
chr7	114303617	rs35518337	CT	C	878.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.709;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.66;ReadPosRankSum=-2.116;SOR=0.653;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:54,78:0.59:132
chr7	114304563	rs1378771	C	T	735.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.285;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.821;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=19;PP=389;ReadPosRankSum=-0.026;SC=AGAATTTTTCCGAAGTTTTTA;SOR=0.299;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=55;TCF=14;TCR=41;TR=27;WE=114304571;WS=114304553;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,35:0.53:66
chr7	114304630	rs1378772	A	T	207.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-3.560;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=9;PP=155;ReadPosRankSum=0.105;SC=CCACGTTCATAATATGACAAA;SOR=0.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=0;TCR=17;TR=9;WE=114304638;WS=114304620;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,9:0.53:17
chr7	114562638	.	AGAG	A	31.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.440;ClippingRankSum=0.000;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.61;ReadPosRankSum=-0.215;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:47,5:0.10:52
chr7	114562833	rs35262508	G	GTT	832.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=1;PP=558;SC=AACTTGCGCTGTAACAGTTTT;SOR=1.981;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=12;TCF=11;TCR=1;TR=12;WE=114562841;WS=114562823;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr7	114619598	rs2594449	C	A	7305.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=277;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=127;NR=78;PP=2965;SC=AGACTTCAGCCCAGGTGCCAA;SOR=1.183;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=205;TCF=127;TCR=78;TR=205;WE=114619606;WS=114619588;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,271:1.00:271
chr7	115750893	rs147948791	G	A	3040.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.138;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=398;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.689;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=51;PP=1387;ReadPosRankSum=-0.995;SC=CTGATTTGAAGTCTTCTCTCC;SOR=0.567;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=232;TCF=107;TCR=125;TR=99;WE=115750901;WS=115750883;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:221,167:0.43:388
chr7	115850675	rs11549785	C	T	2467.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.383;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FS=1.868;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.27;ReadPosRankSum=1.938;SOR=0.551;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:72,114:0.61:186
chr7	115850937	rs1866961	T	C	338.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-4.317;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.840;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=14;PP=230;ReadPosRankSum=1.094;SC=CCCAGGGACCTGGCCCCCTGG;SOR=0.223;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=24;TCF=2;TCR=22;TR=16;WE=115850945;WS=115850927;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,16:0.64:25
chr7	116140076	rs2535220	T	C	4245.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=31;NR=103;PP=2965;SC=CCACCATTGCTACCGGGTCGG;SOR=2.670;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=134;TCF=31;TCR=103;TR=134;WE=116140084;WS=116140066;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,138:1.00:138
chr7	116140275	rs11767363	T	C	3216.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=62;NR=32;PP=1735;SC=GGCGTCAGGTTGGCTGACAGT;SOR=1.342;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=94;TCF=62;TCR=32;TR=94;WE=116140283;WS=116140265;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr7	116140524	rs2270188	G	T	765.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-5.718;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=11.399;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=21;PP=411;ReadPosRankSum=-0.496;SC=ACACCGGGTGGACCGGCTTTC;SOR=0.109;SbPval=0.23;Source=Platypus;TC=53;TCF=8;TCR=45;TR=27;WE=116140532;WS=116140514;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,36:0.54:67
chr7	116146074	rs8940	C	G	5813.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=69;NR=61;PP=2391;SC=GCCTTCAGTGCAGACAATATG;SOR=0.797;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=130;TCF=69;TCR=61;TR=130;WE=116146082;WS=116146064;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,221:1.00:221
chr7	116165233	rs45498702	C	T	6387.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=54;NR=40;PP=1751;SC=CGACTGCTGCCCTGGCCCCAG;SOR=0.850;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=96;TCF=54;TCR=42;TR=94;WE=116165245;WS=116165223;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,149:1.00:149
chr7	116165237	rs150496113	G	GCC	6279.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=19;NR=36;PP=2478;SC=TGCTGCCCTGGCCCCAGCCCT;SOR=0.880;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=60;TCF=19;TCR=41;TR=55;WE=116165245;WS=116165223;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,138:1.00:138
chr7	116165360	rs1997623	A	C	4223.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.150;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.194;NF=56;NR=56;PP=1826;ReadPosRankSum=-0.767;SC=GAGGGGGCCTAGGGAGCCCCT;SOR=0.742;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=115;TCF=58;TCR=57;TR=112;WE=116165368;WS=116165349;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,166:0.98:170
chr7	116165463	rs2742125	T	C	2198.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=23;NR=39;PP=1229;SC=GGATGCTCCCTTGTCGCGGGA;SOR=1.281;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=62;TCF=23;TCR=39;TR=62;WE=116165471;WS=116165453;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr7	116166858	rs138907327	GCA	G	151.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.424;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FS=3.064;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.28;ReadPosRankSum=0.234;SOR=0.293;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:104,15:0.13:119
chr7	116339672	rs35775721	C	T	7096.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.200;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=274;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=95;NR=96;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.483;SC=GTGTGGTGAGCGCCCTGGGAG;SOR=0.693;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=194;TCF=96;TCR=98;TR=191;WE=116339680;WS=116339662;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,260:0.99:262
chr7	116340262	rs33917957	A	G	19743.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.374;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=761;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=211;NR=218;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.826;SC=GACTTCTTCAACAAGATCGTC;SOR=0.693;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=432;TCF=213;TCR=219;TR=429;WE=116340270;WS=116340252;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:6,744:0.99:750
chr7	116409675	rs72220100	CT	C	113.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.364;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FS=2.189;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.11;MQRankSum=1.789;QD=1.18;ReadPosRankSum=0.481;SOR=0.976;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:72,24:0.25:96
chr7	116421967	rs6947629	T	C	1926.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=47;NR=13;PP=1374;SC=TATAAATAAATATTTCAGAAT;SOR=2.448;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=60;TCF=47;TCR=13;TR=60;WE=116421975;WS=116421957;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr7	116550456	rs2074025	C	T	844.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=8;NR=16;PP=415;SC=GTATATCATACACATTTCTTT;SOR=1.179;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=24;TCF=8;TCR=16;TR=24;WE=116550464;WS=116550446;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr7	116596697	rs6960131	A	G	4578.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=33;NR=89;PP=2528;SC=TTCTGGAGTCATTCTTGGATA;SOR=1.882;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=122;TCF=33;TCR=89;TR=122;WE=116596705;WS=116596687;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,166:1.00:166
chr7	116598735	rs6466595	A	G	4005.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=17;NR=107;PP=2965;SC=GGCCACTGCAATAAAGTGAGT;SOR=3.207;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=124;TCF=17;TCR=107;TR=124;WE=116598743;WS=116598725;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,133:1.00:133
chr7	116600049	rs10262671	A	T	2694.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=75;NR=11;PP=2116;SC=GACTCTTAATACTTAGTGAAT;SOR=3.690;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=86;TCF=75;TCR=11;TR=86;WE=116600057;WS=116600039;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr7	116607501	rs10259502	T	C	3901.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=45;NR=65;PP=2146;SC=GTCAGGCAGCTTGTGCAGGTC;SOR=1.006;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=110;TCF=45;TCR=65;TR=110;WE=116607509;WS=116607491;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,144:1.00:144
chr7	116608501	rs13243111	A	G	4396.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=54;NR=36;PP=2089;SC=GGCTCAAGCAATCCTTCTGCC;SOR=0.876;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=90;TCF=54;TCR=36;TR=90;WE=116608509;WS=116608491;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,164:1.00:164
chr7	116660464	rs5886844	AC	A	2816.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=20;NR=24;PP=1857;SC=TTTCAATCACACCGGGAGAAA;SOR=1.387;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=21;TCR=26;TR=44;WE=116660472;WS=116660454;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr7	116660614	rs12706136	T	C	7840.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=317;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.29;SOR=0.844;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,310:1.00:310
chr7	116770715	rs3808218	A	C	3982.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=31;NR=53;PP=1870;SC=CTTAAGTGTCAAGATTTCTGC;SOR=1.037;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=84;TCF=31;TCR=53;TR=84;WE=116770723;WS=116770705;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,146:1.00:146
chr7	116778443	.	AT	A	86.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.105;ClippingRankSum=0.000;DP=87;ExcessHet=3.0103;FS=1.115;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.02;ReadPosRankSum=1.433;SOR=0.440;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:63,22:0.26:85
chr7	116838311	rs193573	G	A	10439.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=400;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=116;NR=114;PP=2965;SC=TACCTGCTCAGTACATGTTGG;SOR=0.703;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=230;TCF=116;TCR=114;TR=230;WE=116838319;WS=116838301;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,398:1.00:398
chr7	117175505	rs1800502	A	G	2780.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=30;NR=52;PP=1493;SC=TTTAAAAATTATGTTTTCAAA;SOR=0.987;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=87;TCF=30;TCR=57;TR=82;WE=117175513;WS=117175495;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr7	117188680	.	GTGTT	G	202.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-1.637;ClippingRankSum=0.000;DP=88;ExcessHet=3.0103;FS=1.177;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.68;MQRankSum=1.761;QD=2.74;ReadPosRankSum=0.287;SOR=0.454;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:60,14:0.19:74
chr7	117188682	.	GTT	G	1251.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.427;ClippingRankSum=0.000;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.045;HP=8;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.737;NF=21;NR=27;PP=991;ReadPosRankSum=1.211;SC=GTGTGTGTGTGTTTTTTTAAC;SOR=0.941;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=57;TCF=28;TCR=29;TR=48;WE=117188691;WS=117188668;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,54:0.74:73
chr7	117188736	rs4727853	C	A	830.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.956;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.97;MQRankSum=-6.866;QD=5.77;ReadPosRankSum=-1.217;SOR=0.705;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:111,33:0.23:144
chr7	117188750	rs201880593	C	T	120.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.901;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FS=0.844;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.67;MQRankSum=-6.466;QD=0.82;ReadPosRankSum=0.183;SOR=0.532;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:123,24:0.16:147
chr7	117199533	rs213950	G	A	3906.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.783;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=39;PP=1886;ReadPosRankSum=-1.367;SC=ACTTCTAATGGTGATTATGGG;SOR=0.978;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=98;TCF=59;TCR=39;TR=98;WE=117199541;WS=117199523;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,149:0.99:151
chr7	117235055	rs1042077	T	G	1741.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=18;NR=22;PP=735;SC=GATATATTACTGTCCACAAGA;SOR=0.844;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=40;TCF=18;TCR=22;TR=40;WE=117235063;WS=117235045;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
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chr7	117254527	rs213981	A	C	2082.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.192;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=12;PP=1363;ReadPosRankSum=1.748;SC=TGATGAACTGAGATTTAAAAA;SOR=1.251;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=64;TCF=52;TCR=12;TR=63;WE=117254535;WS=117254517;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,77:0.99:78
chr7	117307108	rs1800136	G	A	5258.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.770;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=75;PP=2479;ReadPosRankSum=0.182;SC=CTAAGCCCCAGATTGCTGCTC;SOR=0.370;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=126;TCF=49;TCR=77;TR=124;WE=117307116;WS=117307098;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,199:1.00:200
chr7	117361034	rs112341621	A	ATAAT	640.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=10;NR=1;PP=600;SC=AGTCATTCAAATGAGAACATG;SOR=2.985;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=12;TCF=10;TCR=2;TR=11;WE=117361042;WS=117361024;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr7	117397842	.	G	T	1754.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-2.375;ClippingRankSum=0.000;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.595;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=18;PP=882;ReadPosRankSum=0.697;SC=GACATGGGATGAAACGTGAAG;SOR=0.610;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=123;TCF=85;TCR=38;TR=56;WE=117397850;WS=117397832;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:92,81:0.47:173
chr7	117451124	rs6973399	T	C	317.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=7;PP=211;SC=TTTGTGATTATACTTCCAAAT;SOR=1.445;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=4;TCR=7;TR=11;WE=117451132;WS=117451114;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr7	117824239	rs2896242	G	C	15819.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=612;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=211;NR=164;PP=2965;SC=GCTTGCTGTCGGCACCGCTGC;SOR=0.871;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=375;TCF=211;TCR=164;TR=375;WE=117824247;WS=117824229;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,608:1.00:608
chr7	117825549	rs9655829	T	G	463.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-1.283;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=7;PP=351;ReadPosRankSum=0.982;SC=CCTTGGCGTCTAAGAAACTTT;SOR=0.368;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=18;TCF=11;TCR=7;TR=17;WE=117825557;WS=117825541;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,19:0.95:20
chr7	117825681	rs45604739	A	G	2130.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.331;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=22;PP=993;ReadPosRankSum=1.759;SC=ATTCCCTAAGAAACACTTTCT;SOR=0.351;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=54;TCF=32;TCR=22;TR=53;WE=117825689;WS=117825671;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,83:0.99:84
chr7	117825834	rs2041527	A	G	1595.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-1.567;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=28;PP=899;ReadPosRankSum=1.721;SC=TCTAATGCCTAGACAGCACAT;SOR=0.466;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=44;TCF=15;TCR=29;TR=43;WE=117825842;WS=117825824;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,59:0.98:60
chr7	117832138	rs1061731	G	A	891.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=7;NR=21;PP=543;SC=GTTTTTATGAGTGTGTCACTG;SOR=1.819;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=28;TCF=7;TCR=21;TR=28;WE=117832146;WS=117832128;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr7	117867960	rs60066163	C	CT	540.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.576;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=1.293;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.16;ReadPosRankSum=0.472;SOR=0.490;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,38:0.64:59
chr7	117876264	.	A	ATGTG,ATGTGTGTG	212.82	.	AC=2,0;AF=1.00,0.00;AN=2;BRF=0.42;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=3;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=0,0;NR=6,6;PP=289,162;SC=GTGTGTGCGTATGTGTGTGTG;SOR=1.329;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=0;TCR=14;TR=6,6;WE=117876272;WS=117876254;set=Intersection	GT:AF:DP	1/1:1.00:6
chr7	120380961	rs3834346	ATTTG	A	1850.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.842;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FS=2.033;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=20.56;ReadPosRankSum=0.631;SOR=0.452;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:42,48:0.53:90
chr7	120428607	rs41622	G	A	2289.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=48;NR=13;PP=1353;SC=CACAAGTCCAGTAAAACAAGT;SOR=2.245;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=61;TCF=48;TCR=13;TR=61;WE=120428615;WS=120428597;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr7	120428799	rs41623	C	A	7072.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.61;DB;DP=263;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=62;NR=80;PP=2965;SC=GGTCTGTCCCCGGCTCCCTTC;SOR=0.895;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=143;TCF=63;TCR=80;TR=142;WE=120428807;WS=120428789;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,258:1.00:258
chr7	120450658	rs7805733	G	A	9016.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=368;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.10;QD=25.26;SOR=0.977;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,357:1.00:357
chr7	120450678	rs112555207	T	TCA	2533.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.254;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=269;ExcessHet=3.0103;FS=3.199;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.14;MQRankSum=0.631;QD=17.84;ReadPosRankSum=0.181;SOR=1.184;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,101:0.71:142
chr7	120590786	rs11408222	C	CG	242.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=45;NR=5;PP=2466;SC=AGGCAAGCGCCTCAGGCGCCA;SOR=0.941;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=53;TCF=48;TCR=5;TR=50;WE=120590794;WS=120590776;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr7	120590816	.	CT	C	138.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.646;ClippingRankSum=0.000;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=10.341;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.75;ReadPosRankSum=1.922;SOR=1.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,15:0.41:37
chr7	120613419	rs2721369	A	G	776.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=18;PP=526;SC=TATTAGTTATATTATGCTAAT;SOR=2.066;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=23;TCF=5;TCR=18;TR=23;WE=120613427;WS=120613409;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr7	120655676	rs4730984	G	T	1836.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-2.915;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.806;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=21;PP=1069;ReadPosRankSum=-0.490;SC=CAAGGGAAATGTACTACTTTT;SOR=0.456;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=129;TCF=90;TCR=39;TR=65;WE=120655684;WS=120655666;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,85:0.52:165
chr7	120704289	rs2721375	C	T	10975.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=409;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=140;NR=96;PP=2965;SC=TCATTCCTTTCAGGCAAACAG;SOR=0.940;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=236;TCF=140;TCR=96;TR=236;WE=120704297;WS=120704279;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,405:1.00:405
chr7	120739962	rs199844199	GTT	G,GT	5691.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.381;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=277;ExcessHet=3.0103;FS=1.457;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.08;MQRankSum=0.283;QD=22.06;ReadPosRankSum=-1.432;SOR=0.450;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:8,200,50:0.78,0.19:258
chr7	120740103	rs798937	G	T	12373.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=471;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQ=60.02;NF=146;NR=159;PP=2965;SC=TTCATTCGACGGGCACAGTTT;SOR=0.769;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=308;TCF=148;TCR=160;TR=305;WE=120740111;WS=120740093;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,463:1.00:463
chr7	120740225	rs1917112	C	G	4292.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=32;NR=82;PP=2546;SC=GCCATTTTCCCACCTTTATGG;SOR=1.625;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=114;TCF=32;TCR=82;TR=114;WE=120740233;WS=120740215;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,152:1.00:152
chr7	120764477	rs1524498	G	C	9271.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=372;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=85;NR=116;PP=2965;SC=TACTGCTAGCGGCTGAAGTAT;SOR=0.891;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=203;TCF=85;TCR=118;TR=201;WE=120764485;WS=120764467;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,363:1.00:363
chr7	120764573	rs798948	C	A	3124.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=9;NR=57;PP=1759;SC=AGAAAGAAAGCAACCTATCTT;SOR=2.303;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=66;TCF=9;TCR=57;TR=66;WE=120764581;WS=120764563;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr7	120765954	rs798949	T	C	9312.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.632;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=370;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=123;NR=98;PP=2965;ReadPosRankSum=1.347;SC=CAGGTCAGTATGCCAAAGGCC;SOR=0.846;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=224;TCF=124;TCR=100;TR=221;WE=120765962;WS=120765944;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,362:0.99:364
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chr7	120776090	rs184818550	T	G	305.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.990;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=1.394;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.99;ReadPosRankSum=0.415;SOR=0.374;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,16:0.47:34
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chr7	120781884	rs11979314	G	T	906.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=30;NR=0;PP=781;SC=TATTTTCATAGTTTAGGTTTC;SOR=5.421;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=31;TCF=31;TCR=0;TR=30;WE=120781892;WS=120781882;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr7	120884453	rs2272196	G	A	765.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.075;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.431;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=15;PP=326;ReadPosRankSum=0.395;SC=ACTAAAAATCGTATAGTTGTA;SOR=0.413;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=34;TCF=9;TCR=25;TR=22;WE=120884461;WS=120884443;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,36:0.64:56
chr7	120901695	rs10953934	G	A	1619.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.614;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.889;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=31;PP=997;ReadPosRankSum=-0.780;SC=GTTGGGTGTCGATGTCCAGAG;SOR=0.602;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=114;TCF=55;TCR=59;TR=63;WE=120901703;WS=120901685;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:92,79:0.46:171
chr7	120965464	rs10668066	G	GCACC	2489.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.350;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.397;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=17;PP=1196;ReadPosRankSum=0.198;SC=AGATGGAAAGGCACCCATGCA;SOR=0.536;SbPval=0.93;Source=Platypus;TC=64;TCF=29;TCR=35;TR=24;WE=120965472;WS=120965454;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,65:0.49:132
chr7	120969769	rs2908004	G	A	2446.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.777;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=53;PP=1405;ReadPosRankSum=1.428;SC=TCAGGAGTGCGGGAGCCAGTT;SOR=0.708;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=165;TCF=65;TCR=100;TR=87;WE=120969777;WS=120969759;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:114,115:0.50:229
chr7	120969969	rs142005327	G	GCT	353.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.125;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=7;PP=294;ReadPosRankSum=2.030;SC=TGGTCCTGTAGCTCTCTAAGT;SOR=0.941;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=0;TCR=14;TR=7;WE=120969977;WS=120969959;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,11:0.55:20
chr7	120979089	rs2707466	C	T	2383.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-1.200;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.517;HP=7;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=40;PP=1341;ReadPosRankSum=1.683;SC=TCAGACAAAACAAAGAGGAAA;SOR=0.620;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=140;TCF=77;TCR=63;TR=85;WE=120979097;WS=120979079;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:93,110:0.54:203
chr7	121000021	rs3837124	A	AT	128.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.430;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=1;PP=38;ReadPosRankSum=-1.459;SC=TATGTTACAGATTTTTTTTTA;SOR=0.584;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=13;TCF=7;TCR=6;TR=4;WE=121000029;WS=121000011;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,10:0.38:26
chr7	121080929	rs6961822	A	G	3416.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=53;NR=27;PP=1779;SC=CCTCTGGCATACTCGAACTTC;SOR=1.292;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=81;TCF=54;TCR=27;TR=80;WE=121080937;WS=121080919;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr7	121081052	rs6962156	C	T	7002.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=260;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=79;NR=70;PP=2965;SC=AGGACGGTGCCGCAGACCTTG;SOR=0.748;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=150;TCF=79;TCR=71;TR=149;WE=121081060;WS=121081042;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,259:1.00:259
chr7	121081115	rs6466786	A	C	4593.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=54;NR=64;PP=2243;SC=CCCACCCTGAAGATGTGGCTG;SOR=0.827;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=119;TCF=55;TCR=64;TR=118;WE=121081123;WS=121081105;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,173:1.00:173
chr7	121160956	rs73225231	T	C	3441.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.740;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=326;ExcessHet=3.0103;FS=1.864;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.93;ReadPosRankSum=-1.972;SOR=0.588;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:145,170:0.54:315
chr7	121164363	rs2896305	C	G	1143.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.657;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.436;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=11;PP=641;ReadPosRankSum=0.542;SC=GAAAAGTCAACACCTGAGGGT;SOR=0.557;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=87;TCF=64;TCR=23;TR=38;WE=121164371;WS=121164353;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,58:0.42:137
chr7	121513382	rs370737965	TCA	T	42.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.795;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.38;ReadPosRankSum=0.279;SOR=0.336;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,5:0.16:31
chr7	121513699	rs62475700	G	A	1251.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-2.487;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.689;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=33;PP=656;ReadPosRankSum=1.876;SC=ACTTGCCGCCGCCGCCGCCAT;SOR=0.591;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=103;TCF=35;TCR=68;TR=51;WE=121513707;WS=121513689;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,63:0.50:125
chr7	121616250	rs4629793	G	A	607.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-2.023;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.982;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=11;PP=242;ReadPosRankSum=1.935;SC=GCTTTGATGCGGACCGATTTT;SOR=0.560;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=43;TCF=21;TCR=22;TR=22;WE=121616258;WS=121616240;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,32:0.55:58
chr7	121691413	.	ATG	A	116.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.192;ClippingRankSum=0.000;DP=160;ExcessHet=3.0103;FS=2.233;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.07;MQRankSum=2.860;QD=0.76;ReadPosRankSum=-0.012;SOR=1.103;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:137,17:0.11:154
chr7	121699789	.	CT	C	62.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.439;ClippingRankSum=0.000;DP=246;ExcessHet=3.0103;FS=0.707;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.26;ReadPosRankSum=2.437;SOR=0.801;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:195,43:0.18:238
chr7	121942832	rs10685687	G	GACA	16472.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=361;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=61;NR=90;PP=2969;SC=AACCATGAGAGACATTTCCTG;SOR=1.064;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=168;TCF=67;TCR=101;TR=151;WE=121942840;WS=121942822;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,357:1.00:357
chr7	121942847	rs6968786	G	C	4246.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-3.113;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=447;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.742;HP=3;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=-0.960;NF=79;NR=63;PP=2007;ReadPosRankSum=-0.257;SC=TTCCTGGTTTGCATACCTTTT;SOR=0.571;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=295;TCF=172;TCR=123;TR=142;WE=121942855;WS=121942837;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:229,213:0.48:442
chr7	121943642	rs111662975	A	G	565.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.817;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=62.60;MQRankSum=4.331;QD=11.32;ReadPosRankSum=0.946;SOR=1.123;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,24:0.48:50
chr7	121944527	rs11761299	T	C	1237.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=1.615;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=31;PP=811;ReadPosRankSum=0.447;SC=CGGGGCTGGGTTGCGCCGTCC;SOR=0.754;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=75;TCF=24;TCR=51;TR=46;WE=121944535;WS=121944517;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,53:0.59:90
chr7	121960407	rs1348442	T	G	774.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.808;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.122;HP=5;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=23;PP=496;ReadPosRankSum=-0.968;SC=AGAAAGAAGATAAAATTTGCT;SOR=0.446;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=63;TCF=12;TCR=51;TR=29;WE=121960415;WS=121960397;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,34:0.47:72
chr7	121960438	rs1443749	C	T	407.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=2.018;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.200;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=15;PP=289;ReadPosRankSum=0.166;SC=AGATTATATGCGTGTACATAG;SOR=0.200;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=35;TCF=4;TCR=31;TR=18;WE=121960446;WS=121960428;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,18:0.51:35
chr7	121965437	rs17369598	A	G	446.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=4.781;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.310;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=0;PP=349;ReadPosRankSum=0.962;SC=GATACTTTTTAGTTACATCAA;SOR=1.931;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=29;TCF=28;TCR=1;TR=16;WE=121965445;WS=121965434;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,16:0.53:30
chr7	121985541	rs798685	T	C	1561.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-1.608;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=12;PP=479;ReadPosRankSum=0.149;SC=AAGGAGACTATGCTTTGCAAA;SOR=0.687;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=55;TCF=35;TCR=20;TR=33;WE=121985549;WS=121985531;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,41:0.57:72
chr7	121985556	rs798684	C	G	1610.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.401;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.071;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=15;PP=634;ReadPosRankSum=0.606;SC=TGCAAACATACCATCAAAATT;SOR=0.409;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=67;TCF=43;TCR=24;TR=38;WE=121985564;WS=121985546;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,44:0.54:81
chr7	122000900	rs45489900	C	T	782.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.385;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.305;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=7;PP=404;ReadPosRankSum=-0.601;SC=AAGAGATAATCATGAGAATTA;SOR=1.210;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=50;TCF=31;TCR=19;TR=24;WE=122000908;WS=122000890;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,36:0.51:70
chr7	122078414	rs2074589	T	G	5809.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.760;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=550;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=92;NR=84;PP=2506;ReadPosRankSum=0.651;SC=TGGCATATTCTGTGAGTCTAG;SOR=0.686;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=315;TCF=164;TCR=151;TR=176;WE=122078422;WS=122078404;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:253,289:0.53:542
chr7	122091566	rs3764810	C	G	647.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.191;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=15;PP=330;ReadPosRankSum=0.410;SC=TCATATTGATCGAACATTTAC;SOR=0.793;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=38;TCF=12;TCR=26;TR=22;WE=122091574;WS=122091556;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,33:0.52:64
chr7	122131535	rs1476589	G	A	885.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.239;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=26;PP=548;ReadPosRankSum=0.832;SC=TTTAACTTTCGTTTTTTTATC;SOR=0.693;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=62;TCF=15;TCR=47;TR=34;WE=122131543;WS=122131525;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,40:0.55:73
chr7	122303321	rs2251761	C	T	3129.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.783;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=277;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.453;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=32;PP=1603;ReadPosRankSum=0.718;SC=GCTGGTGTTCCAGTTTTTTAA;SOR=0.738;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=188;TCF=125;TCR=63;TR=98;WE=122303329;WS=122303311;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:132,141:0.52:273
chr7	122757719	.	TA	T	75.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.377;ClippingRankSum=0.000;DP=83;ExcessHet=3.0103;FS=16.607;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.18;ReadPosRankSum=0.089;SOR=0.031;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:49,15:0.23:64
chr7	122765780	rs74897305	G	T	506.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-2.206;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.622;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=9;PP=125;ReadPosRankSum=-1.535;SC=GAACTTAAATGAGCTAAAACA;SOR=0.376;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=31;TCF=9;TCR=22;TR=14;WE=122765788;WS=122765770;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,26:0.55:47
chr7	122769378	rs71694478	CTGTGTGTGTGTGTGTGTG	C,CTG	10409.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.016;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=336;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=2.749;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=34,34;NR=58,58;PP=526,2997;ReadPosRankSum=0.082;SC=TCTCTCTTCTCTGTGTGTGTG;SOR=1.749;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=164;TCF=64;TCR=100;TR=92,92;WE=122769435;WS=122769368;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.23,0.76:272
chr7	122769396	rs201876307	G	C	5137.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.115;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=294;ExcessHet=3.0103;FS=1.724;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.68;ReadPosRankSum=-1.066;SOR=0.825;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:79,196:0.71:275
chr7	122769398	.	G	C	632.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.207;ClippingRankSum=0.000;DP=323;ExcessHet=3.0103;FS=5.764;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.07;ReadPosRankSum=1.268;SOR=1.130;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:256,50:0.16:306
chr7	122769616	rs13243580	T	C	3250.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-2.406;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=5.310;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=68;PP=1859;ReadPosRankSum=0.586;SC=TGTAAAACGTTGTCATCTTCA;SOR=3.365;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=83;TCF=14;TCR=69;TR=81;WE=122769636;WS=122769606;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,86:0.98:88
chr7	122769628	rs13229376	G	A	2571.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-2.109;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=51;PP=1396;ReadPosRankSum=1.272;SC=TCATCTTCACGCAATATGAAT;SOR=3.477;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=56;TCF=4;TCR=52;TR=55;WE=122769636;WS=122769606;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,59:0.98:60
chr7	122788665	rs12706498	G	A	8448.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=313;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=83;NR=134;PP=2965;SC=TAACTTTTCCGGTCATTTCAT;SOR=1.103;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=218;TCF=83;TCR=135;TR=217;WE=122788673;WS=122788655;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,310:1.00:310
chr7	122809111	rs1880178	T	C	2165.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=43;NR=15;PP=1108;SC=CATGTATAGATGGTTAATTCA;SOR=1.609;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=59;TCF=43;TCR=16;TR=58;WE=122809119;WS=122809101;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr7	122809234	rs2140516	T	C	6084.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=69;NR=70;PP=2850;SC=GGTTGATCCGTTGAAGTAAGT;SOR=0.693;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=139;TCF=69;TCR=70;TR=139;WE=122809242;WS=122809224;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,228:1.00:228
chr7	123097380	rs12673749	C	T	310.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=0.811;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.458;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=1;PP=176;ReadPosRankSum=-1.121;SC=GTCCAGTTATCGCTAATAATT;SOR=1.055;SbPval=0.93;Source=Platypus;TC=35;TCF=27;TCR=8;TR=11;WE=123097388;WS=123097370;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,15:0.38:40
chr7	123097468	rs10234745	T	C	1148.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.033;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.427;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=11;PP=447;ReadPosRankSum=1.225;SC=GATGAGCAGCTGCTTCATCTT;SOR=0.859;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=94;TCF=63;TCR=31;TR=36;WE=123097476;WS=123097458;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,59:0.43:136
chr7	123119990	rs10500091	T	C	3521.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.550;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=358;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=58;PP=1609;ReadPosRankSum=-0.784;SC=CAGTAAAAGATTGGTTAATAC;SOR=0.695;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=220;TCF=95;TCR=125;TR=102;WE=123119998;WS=123119980;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:174,172:0.50:346
chr7	123120070	rs12155170	C	T	1059.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-1.218;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.612;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=32;PP=690;ReadPosRankSum=-0.080;SC=AAAATCCCATCTTGAATGATC;SOR=0.901;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=97;TCF=28;TCR=69;TR=44;WE=123120078;WS=123120060;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,51:0.44:116
chr7	123150194	rs1917708	T	C	406.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.228;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.150;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=8;PP=183;ReadPosRankSum=-0.254;SC=TTTAATTACATAGAATACAAG;SOR=0.507;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=28;TCF=11;TCR=17;TR=14;WE=123150202;WS=123150184;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,21:0.47:45
chr7	123152019	rs10255061	C	T	2251.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.384;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.142;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=25;PP=1138;ReadPosRankSum=-0.331;SC=GAATCTTCCACTGATTCTTGC;SOR=0.589;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=150;TCF=99;TCR=51;TR=72;WE=123152027;WS=123152009;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:94,103:0.52:197
chr7	123152035	rs10270705	T	C	2660.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.373;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=247;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.683;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=33;PP=1398;ReadPosRankSum=0.538;SC=CTTGCAAAGATTCCTTTACAG;SOR=0.486;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=176;TCF=114;TCR=62;TR=84;WE=123152043;WS=123152025;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:119,122:0.51:241
chr7	123196787	rs113495801	C	CA	498.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.444;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.26;MQRankSum=0.873;QD=11.87;ReadPosRankSum=-0.756;SOR=0.602;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,25:0.60:42
chr7	123256427	rs6962756	C	T	6237.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=240;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=53;NR=81;PP=2608;SC=GGTCACATTCCTGAGCTCCAG;SOR=0.978;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=134;TCF=53;TCR=81;TR=134;WE=123256435;WS=123256417;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,236:1.00:236
chr7	123264804	rs11769381	C	T	2776.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.667;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=285;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=54;PP=1295;ReadPosRankSum=-0.928;SC=GATTTGGAGTCACACCACTAG;SOR=0.676;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=187;TCF=77;TCR=110;TR=92;WE=123264812;WS=123264794;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:144,138:0.49:282
chr7	123269118	rs4731112	G	C	15054.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.774;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=566;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=161;NR=201;PP=2965;ReadPosRankSum=1.410;SC=CTGTATTTTGGCGTTTCTAAT;SOR=0.859;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=362;TCF=161;TCR=201;TR=362;WE=123269126;WS=123269108;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,557:1.00:559
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chr7	123295964	rs7779099	C	T	3739.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=61;NR=34;PP=1932;SC=TGCTTCTGGCCGCCTTGAATG;SOR=1.220;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=95;TCF=61;TCR=34;TR=95;WE=123295972;WS=123295954;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,138:1.00:138
chr7	123296320	rs12538876	C	A	32.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.059;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.82;ReadPosRankSum=-0.696;SOR=0.602;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,4:0.22:18
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chr7	123324745	rs147291543	CCAG	C	797.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.703;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.795;NF=1;NR=11;PP=485;ReadPosRankSum=-0.155;SC=AATGTGACTCCCAGAAGAATC;SOR=0.873;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=24;TCF=2;TCR=22;TR=12;WE=123324755;WS=123324735;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,24:0.50:48
chr7	123329046	rs62472074	C	T	255.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.101;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.75;ReadPosRankSum=-0.072;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,16:0.48:33
chr7	123329060	rs3035629	GTCTC	G,GTC	899.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.075;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=26.46;ReadPosRankSum=-0.463;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:1,13,20:0.38,0.59:34
chr7	123329267	rs74521781	A	G	605.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.545;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FS=1.777;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.04;ReadPosRankSum=-0.673;SOR=0.906;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:51,35:0.41:86
chr7	123334696	rs35280100	GT	G	1876.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.766;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.887;NF=11;NR=18;PP=1034;ReadPosRankSum=0.205;SC=ATGTATGAATGTTAACTGGTT;SOR=0.626;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=54;TCF=21;TCR=33;TR=29;WE=123334704;WS=123334686;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,61:0.57:107
chr7	123336804	rs10270793	G	A	607.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.654;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.886;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=16;PP=313;ReadPosRankSum=-0.955;SC=ATTAGGACCTGCAAATAAAAC;SOR=0.543;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=76;TCF=22;TCR=54;TR=24;WE=123336812;WS=123336794;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,32:0.36:90
chr7	123360352	rs12674456	T	C	1003.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.679;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FS=0.724;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.38;ReadPosRankSum=1.697;SOR=0.615;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:50,57:0.53:107
chr7	123360398	rs34980321	CA	C	551.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.611;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FS=1.835;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.36;ReadPosRankSum=-0.226;SOR=0.963;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:50,53:0.51:103
chr7	123388732	rs1054706	G	A	2871.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.591;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=304;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.361;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=45;PP=1233;ReadPosRankSum=1.421;SC=TGAGCAACAGGGACCCCACGT;SOR=0.612;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=188;TCF=87;TCR=101;TR=86;WE=123388740;WS=123388722;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:157,146:0.48:303
chr7	123508328	rs12672205	A	G	232.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.433;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.856;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=1;PP=168;ReadPosRankSum=0.336;SC=TTATCTTACCATGAAAGTATT;SOR=1.329;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=23;TCF=19;TCR=4;TR=11;WE=123508336;WS=123508318;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,12:0.46:26
chr7	123594206	rs2285996	G	A	4535.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.431;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=432;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.521;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=72;NR=78;PP=2418;ReadPosRankSum=0.236;SC=AATTTGAAAAGGCAGGGAAGG;SOR=0.622;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=302;TCF=143;TCR=159;TR=150;WE=123594214;WS=123594196;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:215,215:0.50:430
chr7	123594903	rs6972388	A	T	415.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-3.778;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.005;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=3;PP=275;ReadPosRankSum=-0.187;SC=TTTTATAGTAAGGCAATGGCT;SOR=0.207;SbPval=0.23;Source=Platypus;TC=33;TCF=30;TCR=3;TR=18;WE=123594911;WS=123594893;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,19:0.47:40
chr7	124387092	rs3735270	C	G	4328.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.560;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=373;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.378;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=74;PP=2226;ReadPosRankSum=0.023;SC=AATACCACCACAGTCTCGCAC;SOR=0.668;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=243;TCF=101;TCR=142;TR=127;WE=124387100;WS=124387082;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:172,196:0.53:368
chr7	124387374	rs724356	A	G	1668.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=14;NR=39;PP=1095;SC=ATAAGGTGAAAGTGGTGACTC;SOR=1.942;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=53;TCF=14;TCR=39;TR=53;WE=124387382;WS=124387364;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr7	124421868	.	A	G	1154.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=1.895;ClippingRankSum=0.000;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.554;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=7;PP=725;ReadPosRankSum=0.190;SC=TAAATTGGGAATAGGGGAGCA;SOR=0.353;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=77;TCF=64;TCR=13;TR=39;WE=124421876;WS=124421858;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,48:0.54:89
chr7	124465509	rs10250202	A	C	356.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=9;PP=239;SC=ATTAAAAGATAATCTAGACAG;SOR=2.670;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=11;TCF=2;TCR=9;TR=10;WE=124465517;WS=124465499;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr7	124469267	rs10263573	A	T	2394.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=36;NR=30;PP=1317;SC=TAACCTTGTAAACAAACAGTT;SOR=0.836;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=66;TCF=36;TCR=30;TR=66;WE=124469275;WS=124469257;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr7	124475296	rs142780416	TAAACA	T	4453.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.19;QD=43.66;SOR=1.802;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr7	124477182	rs7787804	A	G	1642.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=23;NR=18;PP=832;SC=ACATTTATTAAGTCTTTAACC;SOR=0.793;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=41;TCF=23;TCR=18;TR=41;WE=124477190;WS=124477172;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr7	124481245	rs3815221	G	A	3555.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.95;SOR=0.969;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,137:1.00:137
chr7	124486980	rs7794637	T	C	3102.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.23;SOR=0.848;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr7	125588728	rs17149089	C	T	117.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.319;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=1.426;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.80;ReadPosRankSum=0.169;SOR=0.399;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,10:0.24:42
chr7	125753485	rs1419526	C	A	882.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=27;NR=2;PP=699;SC=AGGCTCTGTTCATGAATTTCA;SOR=4.479;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=29;TCF=27;TCR=2;TR=29;WE=125753493;WS=125753475;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr7	125753551	rs1419527	A	G	5756.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.97;SOR=1.224;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chr7	125753556	rs5887285	A	AG	5908.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.43;SOR=1.266;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,133:1.00:133
chr7	125753603	rs1419528	A	G	5950.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=235;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.05;QD=25.32;SOR=0.772;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,235:1.00:235
chr7	125753636	rs1419529	A	G	6916.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=265;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=46;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=62;NR=77;PP=2608;SC=AGAGTTACAAACATGAACCAA;SOR=0.795;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=140;TCF=62;TCR=78;TR=139;WE=125753644;WS=125753626;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,265:1.00:265
chr7	125753737	rs4395830	A	C	2188.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.987;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=39;PP=1197;ReadPosRankSum=-1.354;SC=TGGGCATGACAAAGGTTTTGA;SOR=1.468;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=56;TCF=16;TCR=40;TR=54;WE=125753745;WS=125753727;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,80:0.98:82
chr7	126079144	rs712723	A	G	3775.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=46;NR=46;PP=1723;SC=CATATACCACATCTCTTCAGA;SOR=0.721;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=92;TCF=46;TCR=46;TR=92;WE=126079152;WS=126079134;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,146:1.00:146
chr7	126542667	rs78124913	A	T	6202.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.480;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=639;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.100;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.014;NF=99;NR=98;PP=2698;ReadPosRankSum=-0.390;SC=CTCCTCCCAGAATTCTGCAAA;SOR=0.666;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=371;TCF=181;TCR=190;TR=197;WE=126542675;WS=126542657;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:321,316:0.50:637
chr7	126544012	rs769199	T	C	1649.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=40.41;QD=31.13;SOR=4.215;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr7	126716306	rs1419447	G	A	2701.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.560;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=297;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.433;HP=8;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=58;PP=1386;ReadPosRankSum=1.763;SC=GACAAGGAAAGAAAAATGAGG;SOR=0.743;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=190;TCF=66;TCR=124;TR=87;WE=126716314;WS=126716296;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:159,134:0.46:293
chr7	127026342	rs6962137	G	A	1516.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=0.711;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.6502;FS=4.890;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=41;PP=1843;ReadPosRankSum=-0.302;SC=ACACACACACGCATATATAAT;SOR=1.640;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=64;TCF=21;TCR=43;TR=59;WE=127026350;WS=127026330;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:5,64:0.93:69
chr7	127224193	rs3735643	A	G	2724.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=58;NR=13;PP=1815;SC=TGAAAGAGATATGGATAATTA;SOR=2.409;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=71;TCF=58;TCR=13;TR=71;WE=127224201;WS=127224183;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr7	127250907	rs712700	T	C	3361.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=47;NR=36;PP=1683;SC=CTCTTAAGGCTAGTGTGAGAA;SOR=0.899;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=83;TCF=47;TCR=36;TR=83;WE=127250915;WS=127250897;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr7	127251188	rs712701	T	G	2996.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=24;NR=35;PP=1212;SC=ACTGGCCAGGTGACAGTGGGA;SOR=0.951;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=59;TCF=24;TCR=35;TR=59;WE=127251196;WS=127251178;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr7	127251732	rs35434068	T	TA	118.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.198;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.78;ReadPosRankSum=0.272;SOR=0.716;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:126,27:0.18:153
chr7	127253714	rs3835004	A	AG	1408.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=8;NR=23;PP=1459;SC=GGCCACTCACACCTGCACCTC;SOR=1.739;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=32;TCF=8;TCR=24;TR=31;WE=127253722;WS=127253704;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr7	127254457	rs594141	G	A	2366.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=32;NR=25;PP=1156;SC=ATCCAAGAAAGAACGAGAAAG;SOR=0.859;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=57;TCF=32;TCR=25;TR=57;WE=127254465;WS=127254447;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr7	127255285	rs698406	C	G	2697.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=21;NR=51;SC=TCCAGCCTCACCTTTGAGGGC;SOR=1.882;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=72;TCF=21;TCR=51;TR=72;WE=127255293;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr7	127255795	rs327516	C	G	2388.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=43;NR=17;PP=1155;SC=TTGCCCATACCCGCCAACTCT;SOR=1.414;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=60;TCF=43;TCR=17;TR=60;WE=127255803;WS=127255785;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr7	127347820	.	AGTGT	A,AGT	775.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.554;ClippingRankSum=0.000;DP=101;ExcessHet=3.0103;FS=6.842;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.11;MQRankSum=0.378;QD=26.75;ReadPosRankSum=0.838;SOR=2.788;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:1,12,16:0.41,0.55:29
chr7	127447499	rs325440	A	T	1537.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=33;NR=13;PP=992;SC=TTCATTTGATATTGTTCATTC;SOR=1.835;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=46;TCF=33;TCR=13;TR=46;WE=127447507;WS=127447489;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr7	127714523	rs55998540	C	G	736.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-2.734;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.861;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=8;PP=341;ReadPosRankSum=-1.452;SC=GGCCTGGCCCCCACAGGCTTA;SOR=0.564;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=77;TCF=56;TCR=21;TR=29;WE=127714531;WS=127714513;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,40:0.42:95
chr7	127721507	rs322825	T	C	4622.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.509;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=411;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.762;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=69;PP=1636;ReadPosRankSum=-2.448;SC=TGTTTGTGACTGAGATCACTG;SOR=0.547;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=232;TCF=101;TCR=131;TR=127;WE=127721515;WS=127721497;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:174,228:0.57:402
chr7	127950725	rs12850	G	A	1068.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=2.203;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.003;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=8;PP=627;ReadPosRankSum=0.880;SC=GGGCACCTCCGAGCACAGTGG;SOR=0.925;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=69;TCF=54;TCR=15;TR=39;WE=127950733;WS=127950715;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,47:0.57:83
chr7	127957602	rs2290225	A	C	277.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=2.514;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=0;PP=155;ReadPosRankSum=1.701;SC=GGGAACTAGGAGCAAAAAAAC;SOR=0.317;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=16;TCR=0;TR=8;WE=127957610;WS=127957592;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,11:0.58:19
chr7	127957893	rs2290226	T	C	5262.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.220;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=473;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=75;NR=100;PP=2654;ReadPosRankSum=-0.938;SC=CTTTTTTTTGTCCACTTGCCA;SOR=0.739;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=314;TCF=133;TCR=181;TR=175;WE=127957901;WS=127957873;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:213,251:0.54:464
chr7	127973133	rs359650	T	C	224.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=0.055;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=1;PP=156;ReadPosRankSum=-1.858;SC=GAAATCTAAATGAAAACGTGA;SOR=0.289;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=29;TCF=27;TCR=2;TR=11;WE=127973141;WS=127973123;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,11:0.37:30
chr7	127976119	rs359651	G	T	2293.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-2.222;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.877;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=58;PP=1255;ReadPosRankSum=-0.032;SC=GTAAAGAAAGGAGGAATTCAT;SOR=0.558;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=150;TCF=36;TCR=114;TR=80;WE=127976127;WS=127976109;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:96,105:0.52:201
chr7	127977304	rs11496082	C	T	1888.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.634;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.150;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=48;PP=1099;ReadPosRankSum=1.277;SC=TTTAAAAACCCTACCTCTGTA;SOR=0.924;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=130;TCF=31;TCR=99;TR=61;WE=127977312;WS=127977294;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,84:0.50:169
chr7	127991133	rs891215	G	A	4450.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.684;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.358;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=48;PP=2200;ReadPosRankSum=-0.631;SC=AGGGCAGCGCGGGGGCCTGTC;SOR=0.495;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=113;TCF=63;TCR=50;TR=111;WE=127991141;WS=127991123;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,168:0.99:169
chr7	127992437	rs1651945	C	G	7472.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=280;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=93;NR=74;PP=2965;SC=CGGGCGGGCACCGCCAGGGCA;SOR=0.858;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=167;TCF=93;TCR=74;TR=167;WE=127992445;WS=127992427;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,273:1.00:273
chr7	127999645	rs56272205	C	T	1872.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.548;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=38;PP=965;ReadPosRankSum=-0.499;SC=CCCAGAGCGCCGGGATGTGGA;SOR=0.727;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=111;TCF=42;TCR=69;TR=61;WE=127999653;WS=127999635;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,88:0.53:165
chr7	128000091	rs359642	G	A	1532.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=7;NR=35;PP=1024;SC=GGACTCAGTTGTTCAGCAGCT;SOR=2.584;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=42;TCF=7;TCR=35;TR=42;WE=128000099;WS=128000081;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
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chr7	128038555	rs2288550	C	G	1362.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.200;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.093;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=21;PP=682;ReadPosRankSum=1.638;SC=CCCCACAGAGCAGCTGCTTCT;SOR=0.520;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=97;TCF=58;TCR=39;TR=47;WE=128038563;WS=128038545;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,69:0.47:146
chr7	128043612	.	C	CA	565.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.932;ClippingRankSum=0.000;DP=183;ExcessHet=3.0103;FS=0.785;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.38;MQRankSum=2.604;QD=4.13;ReadPosRankSum=-0.939;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:85,52:0.38:137
chr7	128095843	rs2288554	G	A	852.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-3.900;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.020;HP=2;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=6;PP=634;ReadPosRankSum=0.334;SC=GTGCGTCCCGGGCGTGCGTGC;SOR=0.267;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=73;TCF=64;TCR=9;TR=35;WE=128095851;WS=128095833;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,36:0.46:79
chr7	128095876	rs2732393	A	G	4165.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=83;NR=33;PP=2645;SC=GCGTGCGCGTACCCTCCTGGG;SOR=1.731;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=116;TCF=83;TCR=33;TR=116;WE=128095884;WS=128095866;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,140:1.00:140
chr7	128102508	rs10647404	C	CTCTT	546.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=8;PP=496;SC=ACATATGGTGCTCTTGTGAGC;SOR=2.147;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=13;TCF=1;TCR=12;TR=9;WE=128102516;WS=128102498;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr7	128117010	.	G	GCCGGCCACGAGTCAAGCTGCCCTAC	1390.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.599;ClippingRankSum=0.000;DP=125;ExcessHet=3.0103;FS=11.133;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.93;MQRankSum=-0.857;QD=18.30;ReadPosRankSum=-0.433;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:40,36:0.47:76
chr7	128128133	rs2732429	T	C	860.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.466;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=14.472;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=40.24;MQRankSum=-2.644;QD=30.74;ReadPosRankSum=-0.703;SOR=6.665;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,27:0.96:28
chr7	128128286	rs140236081	AG	A	1299.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.297;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.653;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.040;NF=15;NR=28;PP=1465;ReadPosRankSum=1.983;SC=CTAAAAATCAAGGTCTCTGGC;SOR=0.522;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=95;TCF=36;TCR=59;TR=43;WE=128128294;WS=128128276;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,44:0.46:95
chr7	128133984	rs2562741	G	A	5422.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=42;NR=136;PP=2965;SC=TCTTTCAGCAGTTGTTCCAGA;SOR=2.380;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=178;TCF=42;TCR=136;TR=178;WE=128133992;WS=128133974;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,188:1.00:188
chr7	128141865	rs1053124	T	C	4831.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.812;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=495;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.527;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-12.713;NF=103;NR=73;PP=2542;ReadPosRankSum=-0.637;SC=AAGTTCAGAATCTGGTGGACC;SOR=0.623;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=330;TCF=195;TCR=135;TR=176;WE=128141873;WS=128141855;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:249,241:0.49:490
chr7	128142023	rs12539729	A	T	2799.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-1.777;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=356;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=86;PP=2034;ReadPosRankSum=0.430;SC=GAGCTTTTTTAAAAAAAAATT;SOR=0.687;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=217;TCF=78;TCR=139;TR=136;WE=128142031;WS=128142012;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:149,171:0.53:320
chr7	128220111	rs139965573	G	T	1709.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.086;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.64;MQRankSum=-0.601;QD=8.51;ReadPosRankSum=1.121;SOR=0.701;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:110,91:0.45:201
chr7	128248198	rs201811442	G	A	1124.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.963;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=45.02;MQRankSum=-0.983;QD=10.61;ReadPosRankSum=-1.727;SOR=0.644;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:54,52:0.49:106
chr7	128298600	rs73723614	T	A	1707.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.503;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.841;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.911;NF=29;NR=22;PP=739;ReadPosRankSum=1.247;SC=GCACTCCCTGTCCCACCTGGT;SOR=0.424;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=105;TCF=65;TCR=40;TR=51;WE=128298608;WS=128298590;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,82:0.54:152
chr7	128298920	rs114191334	C	T	908.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.249;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.46;MQRankSum=-0.829;QD=9.09;ReadPosRankSum=-0.097;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:50,50:0.50:100
chr7	128298973	rs58211466	G	GT	403.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.868;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.39;ReadPosRankSum=1.569;SOR=0.635;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,28:0.65:43
chr7	128312450	rs11769769	C	T	747.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=1.675;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=3;PP=1313;ReadPosRankSum=-0.219;SC=TACCAAGAACCAATGAGTAAA;SOR=0.631;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=52;TCF=45;TCR=7;TR=27;WE=128312471;WS=128312440;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,31:0.53:58
chr7	128312463	rs74343948	C	G	854.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=2.304;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=4;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=4;PP=1127;ReadPosRankSum=-0.742;SC=TGAGTAAAATCAGGGGCCTCC;SOR=0.804;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=60;TCF=49;TCR=11;TR=28;WE=128312471;WS=128312440;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,36:0.49:73
chr7	128315588	rs13308199	T	C	2822.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=63;NR=24;PP=1633;SC=GGGAGGCCAATGAAAAGGATC;SOR=1.935;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=87;TCF=63;TCR=24;TR=87;WE=128315596;WS=128315578;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr7	128315672	rs78302479	A	ATTC	6232.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.560;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=360;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.489;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=35;PP=2921;ReadPosRankSum=-0.162;SC=CAGCATCTGTATTCCACCCCT;SOR=0.896;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=169;TCF=75;TCR=94;TR=69;WE=128315680;WS=128315662;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:193,162:0.46:355
chr7	128315791	rs61738927	C	G	4701.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-2.004;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=471;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.519;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQ=60.02;MQRankSum=1.017;NF=59;NR=71;PP=1899;ReadPosRankSum=0.665;SC=TCCTCGGGGTCACCTCCTCGG;SOR=0.766;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=281;TCF=129;TCR=152;TR=130;WE=128315799;WS=128315781;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:237,231:0.49:468
chr7	128315882	rs17169357	C	A	734.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-2.029;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.717;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=22;PP=351;ReadPosRankSum=-0.529;SC=CTGGAGCACACCTGGTGACGC;SOR=1.036;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=91;TCF=22;TCR=69;TR=28;WE=128315890;WS=128315872;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,42:0.38:112
chr7	128317558	rs10674238	C	CAAAAA	142.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.366;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=20.39;ReadPosRankSum=0.431;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,5:0.71:7
chr7	128317658	rs6467210	C	T	1378.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.069;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=23;PP=829;ReadPosRankSum=1.976;SC=AATCTACGACCGGCTCCAGCG;SOR=0.734;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=99;TCF=60;TCR=39;TR=56;WE=128317666;WS=128317648;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,65:0.53:122
chr7	128317882	rs7797745	T	C	951.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-0.410;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-1.823;NF=9;NR=22;PP=481;ReadPosRankSum=0.203;SC=GTGGGCCTCCTTCCGGGACCT;SOR=0.639;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=68;TCF=20;TCR=48;TR=31;WE=128317890;WS=128317872;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,45:0.52:86
chr7	128317931	rs139645567	CTG	C	433.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.545;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.718;NF=0;NR=13;PP=519;ReadPosRankSum=-0.978;SC=ATGTAAGTGTCTGTGTATATA;SOR=0.512;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=24;TCF=0;TCR=24;TR=13;WE=128317940;WS=128317921;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,14:0.54:26
chr7	128318006	rs67602452	G	T	112.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-0.067;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=27;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=3;PP=54;ReadPosRankSum=-0.854;SC=TTTCTATTCAGTAGTATGAAT;SOR=0.582;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=7;TCF=2;TCR=5;TR=4;WE=128318014;WS=128317996;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,5:0.62:8
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chr7	128371206	rs339066	G	A	4891.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.755;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=550;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=67;NR=74;PP=1982;ReadPosRankSum=-1.247;SC=TGCAAGCCTCGTCAACACCAC;SOR=0.665;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=303;TCF=140;TCR=163;TR=141;WE=128371214;WS=128371196;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:294,250:0.46:544
chr7	128388541	rs12538139	G	A	1984.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=44;NR=21;PP=1429;SC=CAAATTAATAGTTTAACTCGG;SOR=1.609;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=65;TCF=44;TCR=21;TR=65;WE=128388549;WS=128388531;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr7	128394606	rs2307040	C	T	7853.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.361;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=321;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=105;NR=93;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.572;SC=AAAATAGACGCGGATAAAGAT;SOR=0.499;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=198;TCF=105;TCR=93;TR=198;WE=128394614;WS=128394596;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:5,311:0.98:316
chr7	128399231	rs41274152	T	C	372.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=9;PP=242;SC=TATATAAGTATTGGCCAGATT;SOR=3.611;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=1;TCR=9;TR=10;WE=128399239;WS=128399221;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr7	128409225	rs1043550	A	G	7197.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.900;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=276;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=81;NR=101;PP=2965;ReadPosRankSum=1.795;SC=GTTCTGAGCTACGGAGGAACC;SOR=0.894;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=184;TCF=82;TCR=102;TR=182;WE=128409233;WS=128409215;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,271:0.99:273
chr7	128413994	rs111528380	A	G	888.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.324;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=1.129;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.89;ReadPosRankSum=2.446;SOR=0.956;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,33:0.52:64
chr7	128413997	.	CT	C	99.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.735;ClippingRankSum=0.000;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=2.062;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.49;ReadPosRankSum=0.090;SOR=0.297;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,17:0.43:40
chr7	128414484	rs17397588	T	C	2619.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-1.117;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=21;PP=1712;ReadPosRankSum=-0.604;SC=ATCTTATGTTTCAGAGCACTC;SOR=0.932;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=81;TCF=60;TCR=21;TR=80;WE=128414492;WS=128414474;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,92:0.99:93
chr7	128415195	rs1799922	T	G	6216.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-1.343;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=237;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.336;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=77;PP=2731;ReadPosRankSum=-0.835;SC=CCAGTGACCATCCTGTAACCA;SOR=0.475;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=137;TCF=59;TCR=78;TR=135;WE=128415203;WS=128415185;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,234:1.00:235
chr7	128415290	rs17476081	C	T	2453.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=18;NR=48;PP=1408;SC=TCGGGTGGAGCAAGCACAGAG;SOR=1.691;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=66;TCF=18;TCR=48;TR=66;WE=128415298;WS=128415280;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr7	128415860	rs3807128	C	T	9212.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=351;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=98;NR=90;PP=2965;SC=CCCCACACCCCCCTCTGAGTC;SOR=0.734;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=189;TCF=98;TCR=91;TR=188;WE=128415868;WS=128415850;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,349:1.00:349
chr7	128431454	.	GCCCT	G	31.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.406;ClippingRankSum=0.000;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=3.278;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.44;ReadPosRankSum=0.288;SOR=0.117;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,3:0.14:22
chr7	128434900	rs3736279	T	C	1695.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-3.841;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.601;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=48;PP=748;ReadPosRankSum=0.592;SC=AGGGTTTGACTGAAGCACAGC;SOR=0.377;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=152;TCF=49;TCR=103;TR=76;WE=128434908;WS=128434890;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:91,90:0.50:181
chr7	128444820	rs2291573	A	G	1613.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.379;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.588;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=33;PP=783;ReadPosRankSum=-1.102;SC=TGAGAGGTACAGCTGTCTCTG;SOR=0.756;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=93;TCF=37;TCR=56;TR=55;WE=128444828;WS=128444810;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,81:0.52:157
chr7	128445370	rs1565629	G	A	903.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-2.128;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.927;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=7;PP=533;ReadPosRankSum=0.801;SC=GTGATGCCAGGCAGAACTCCC;SOR=0.326;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=50;TCF=41;TCR=9;TR=32;WE=128445378;WS=128445360;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,38:0.67:57
chr7	128447054	rs35456642	C	A	348.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-1.516;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.227;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=11;PP=209;ReadPosRankSum=-0.827;SC=AGAAAGGTGACCTCGGGGAGT;SOR=0.290;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=31;TCF=8;TCR=23;TR=16;WE=128447062;WS=128447044;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,18:0.49:37
chr7	128449405	rs2307037	G	A	176.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-0.616;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=12;NR=1;PP=246;ReadPosRankSum=0.291;SC=ACAGGGAGAGGATCACAAGAG;SOR=1.085;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=27;TCF=24;TCR=3;TR=13;WE=128449413;WS=128449400;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,9:0.56:16
chr7	128451353	rs111409895	C	CAGAGAGCCTGGGA	3424.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=1;NR=18;PP=2974;SC=AAGCCAGGCCCAACATGCCCA;SOR=0.746;SbPval=0.94;Source=Platypus;TC=21;TCF=3;TCR=18;TR=19;WE=128451361;WS=128451343;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr7	128451741	rs17165198	T	C	575.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-0.293;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=8;PP=304;ReadPosRankSum=2.032;SC=GAGGTGGAAATGTAGGTGTGC;SOR=0.708;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=52;TCF=38;TCR=14;TR=26;WE=128451749;WS=128451731;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,28:0.47:59
chr7	128451874	.	G	A	3342.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-3.097;ClippingRankSum=0.000;DP=321;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.857;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=71;NR=45;PP=1610;ReadPosRankSum=1.158;SC=TGCTCATGGAGCAGATGCAGG;SOR=0.637;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=205;TCF=129;TCR=76;TR=116;WE=128451882;WS=128451864;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:150,171:0.53:321
chr7	128455079	rs117033934	G	A	946.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=0.121;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.529;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=28;PP=596;ReadPosRankSum=0.715;SC=TTGTAGAGAAGCTTCTGGGAT;SOR=1.852;SbPval=0.92;Source=Platypus;TC=58;TCF=13;TCR=45;TR=32;WE=128455087;WS=128455069;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,40:0.56:72
chr7	128455767	rs4728137	C	G	2773.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=36;NR=27;PP=1319;SC=GGAAAAAAAGCAAGTGAAAGA;SOR=0.909;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=63;TCF=36;TCR=27;TR=63;WE=128455775;WS=128455757;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr7	128455916	rs2270590	G	A	4286.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=57;NR=52;PP=2135;SC=AAGAGGAGGAGGATGACGCCG;SOR=0.793;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=116;TCF=60;TCR=56;TR=109;WE=128455924;WS=128455906;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,166:1.00:166
chr7	128461720	rs3734974	G	A	359.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=5.346;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=0;PP=312;ReadPosRankSum=2.578;SC=TACCTCCACCGGTTACCCAGG;SOR=1.345;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=32;TCF=31;TCR=1;TR=15;WE=128461728;WS=128461710;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,15:0.44:34
chr7	128470838	rs3734972	C	T	4737.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.373;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=423;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=97;NR=75;PP=2962;ReadPosRankSum=0.070;SC=GCAATGAGCACCTCAAGTGCG;SOR=0.690;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=350;TCF=197;TCR=153;TR=172;WE=128470846;WS=128470828;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:212,205:0.49:417
chr7	128477865	rs7787924	G	A	1343.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.112;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.636;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=23;PP=647;ReadPosRankSum=0.728;SC=ACCAGAGAGCGTGGGGCCAAC;SOR=0.728;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=97;TCF=48;TCR=49;TR=45;WE=128477873;WS=128477855;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,66:0.49:135
chr7	128478103	rs2291562	C	T	1170.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.233;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.224;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=21;PP=603;ReadPosRankSum=1.350;SC=TGCCCAAGGTCGCTGGGTTAC;SOR=0.486;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=90;TCF=39;TCR=51;TR=41;WE=128478111;WS=128478093;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,58:0.44:133
chr7	128480791	rs2291564	C	G	2245.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.582;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.503;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=43;PP=1237;ReadPosRankSum=-0.855;SC=ACGAGGGGCACTGGGCTGCGA;SOR=0.737;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=162;TCF=75;TCR=87;TR=79;WE=128480799;WS=128480781;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:107,103:0.49:210
chr7	128481196	rs2291565	T	C	988.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.328;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.709;HP=4;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=10;PP=606;ReadPosRankSum=-0.713;SC=TGATGCTGGATCCCCGACCCT;SOR=0.515;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=85;TCF=62;TCR=23;TR=36;WE=128481213;WS=128481186;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,46:0.45:102
chr7	128482440	rs2291566	C	G	3286.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=1.429;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=346;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.829;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=65;PP=1615;ReadPosRankSum=0.158;SC=TGCGTCCTCCCGGCCTGCCCC;SOR=0.750;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=227;TCF=89;TCR=138;TR=107;WE=128482448;WS=128482430;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:178,160:0.47:338
chr7	128483227	rs2291567	T	C	740.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.057;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.059;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=10;PP=491;ReadPosRankSum=1.305;SC=AGCATCTAGCTGAGAGCAGGG;SOR=1.077;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=58;TCF=38;TCR=20;TR=31;WE=128483235;WS=128483217;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,34:0.48:71
chr7	128484816	rs3734973	A	G	4637.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.097;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=440;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.101;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=67;NR=72;PP=2229;ReadPosRankSum=-1.934;SC=GGCTGACCGTAGAGGGCCCCT;SOR=0.650;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=272;TCF=138;TCR=134;TR=139;WE=128484824;WS=128484806;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:210,221:0.51:431
chr7	128486252	rs138334624	T	TGGGCAGGTGGGCAGGGCC	3260.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.192;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=284;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.903;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=11.226;NF=9;NR=32;PP=2972;ReadPosRankSum=0.747;SC=TGGGCAGGGCTGGGCAAGTGG;SOR=0.511;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=145;TCF=35;TCR=110;TR=41;WE=128486260;WS=128486242;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:162,92:0.36:254
chr7	128486363	rs34373805	C	T	3505.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.751;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=352;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.258;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=5.066;NF=54;NR=46;PP=1519;ReadPosRankSum=0.641;SC=AGGCGTGCATCTGGTGGAGGT;SOR=0.772;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=214;TCF=113;TCR=101;TR=100;WE=128486371;WS=128486353;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:183,167:0.48:350
chr7	128486446	rs75770585	C	T	3595.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-1.338;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=366;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.776;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=53;PP=1410;ReadPosRankSum=0.757;SC=ATCCCACCCGCGTCCGAGCCT;SOR=0.559;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=216;TCF=101;TCR=115;TR=105;WE=128486454;WS=128486436;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:178,183:0.51:361
chr7	128487866	rs2249128	T	C	5289.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=77;NR=57;PP=2479;SC=TCACAGTGGATTGCAGTCAAG;SOR=1.000;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=135;TCF=77;TCR=58;TR=134;WE=128487874;WS=128487856;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,199:1.00:199
chr7	128487893	rs2291568	G	A	1544.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.405;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.31;ReadPosRankSum=-0.213;SOR=0.663;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:85,81:0.49:166
chr7	128490553	rs13227216	T	C	768.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=2.384;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.671;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=20;PP=422;ReadPosRankSum=0.622;SC=GCCCTGTGGCTCCCAGGCATG;SOR=1.254;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=58;TCF=15;TCR=43;TR=24;WE=128490561;WS=128490543;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,35:0.44:79
chr7	128491166	rs3816883	T	C	1334.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.555;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.509;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=22;PP=815;ReadPosRankSum=-0.339;SC=CTCCACCAGCTGGGTCCCTAC;SOR=0.444;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=98;TCF=59;TCR=39;TR=50;WE=128491174;WS=128491156;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,58:0.52:111
chr7	128491603	rs3816884	T	C	5458.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.945;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=581;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=83;NR=83;PP=2308;ReadPosRankSum=0.115;SC=ATCTGCCGACTGCGCCTGGAG;SOR=0.656;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=322;TCF=159;TCR=163;TR=166;WE=128491611;WS=128491593;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:301,275:0.48:576
chr7	128492527	rs76972396	G	A	1079.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-3.048;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.998;HP=2;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=5;PP=649;ReadPosRankSum=0.535;SC=CGTGCACCTGGGAGTGGCCCC;SOR=0.535;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=69;TCF=60;TCR=9;TR=35;WE=128492535;WS=128492517;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,45:0.52:87
chr7	128492557	rs61044960	GG	CA	3093.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.073;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.664;HP=6;HapScore=2;JOINED;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=12;PP=2047;ReadPosRankSum=-0.357;SC=TTGAGTCCAGGGGGGGCTGCT;SOR=0.766;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=110;TCF=83;TCR=27;TR=55;WE=128492566;WS=128492547;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,77:0.53:144
chr7	128495338	rs3816885	C	T	3721.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.402;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=416;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.453;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=65;PP=1757;ReadPosRankSum=-0.247;SC=TCTCGGATGACGCTCGCCGTC;SOR=0.727;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=246;TCF=121;TCR=125;TR=119;WE=128495346;WS=128495328;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:220,188:0.46:408
chr7	128495562	rs3778759	G	T	215.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-1.932;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.521;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=8;PP=149;ReadPosRankSum=-1.078;SC=CGTGCACTCAGGCATGCCACG;SOR=0.164;SbPval=0.26;Source=Platypus;TC=25;TCF=4;TCR=21;TR=11;WE=128495570;WS=128495552;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,11:0.39:28
chr7	128498630	rs113516962	TAC	T	742.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=1.117;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.280;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.856;NF=1;NR=15;PP=558;ReadPosRankSum=2.029;SC=ACACACACATTACACACACAC;SOR=0.411;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=30;TCF=1;TCR=29;TR=16;WE=128498641;WS=128498620;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,30:0.64:47
chr7	128506812	.	C	T	5219.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.263;ClippingRankSum=0.000;DP=470;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.526;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=70;NR=91;PP=2349;ReadPosRankSum=0.478;SC=CCTCAACACTCGAAAACTGGA;SOR=0.610;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=304;TCF=126;TCR=178;TR=161;WE=128506820;WS=128506802;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:208,253:0.55:461
chr7	128506970	rs4323418	T	C	572.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.643;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=16;PP=355;ReadPosRankSum=0.583;SC=GGGTCCAGACTATAAACAGAG;SOR=0.598;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=41;TCF=7;TCR=34;TR=19;WE=128506978;WS=128506960;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,25:0.48:52
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chr7	128532980	rs7782976	T	C	3929.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.054;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=389;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.368;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=75;NR=73;PP=2039;ReadPosRankSum=-0.011;SC=GCCCCGCACTTGGGTACCCCA;SOR=0.715;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=271;TCF=138;TCR=133;TR=148;WE=128532988;WS=128532970;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:192,190:0.50:382
chr7	128533421	rs142712949	G	C	1803.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.916;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.080;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.147;NF=26;NR=24;PP=655;ReadPosRankSum=-1.217;SC=GGCAGATCTGGGTGTGAGCGG;SOR=0.782;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=120;TCF=61;TCR=59;TR=50;WE=128533429;WS=128533411;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:112,92:0.45:204
chr7	128533514	rs34061445	T	TC	4924.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=11;NR=48;PP=2520;SC=GATACTGGTGTCCTGGTACTC;SOR=0.910;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=67;TCF=13;TCR=54;TR=59;WE=128533522;WS=128533504;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,140:1.00:140
chr7	128533818	rs12706859	C	T	1061.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=1.999;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.624;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=7;PP=604;ReadPosRankSum=1.835;SC=TCTCTGCAGCCAAGGCCTGCC;SOR=0.968;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=90;TCF=64;TCR=26;TR=34;WE=128533826;WS=128533808;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,48:0.43:111
chr7	128542982	rs11975930	G	A	1114.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.092;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.626;HP=5;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=31;PP=712;ReadPosRankSum=-0.791;SC=CAGCCTGCCCGCCTTCCTTGT;SOR=1.062;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=88;TCF=26;TCR=62;TR=41;WE=128542990;WS=128542972;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,53:0.46:114
chr7	128543678	rs6955736	C	T	2964.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.061;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=274;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.350;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=33;PP=1323;ReadPosRankSum=0.291;SC=AGCTCCGCCACGGACCAAACC;SOR=0.906;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=166;TCF=98;TCR=68;TR=89;WE=128543686;WS=128543668;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:128,143:0.53:271
chr7	128544133	rs56144153	G	T	2402.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.949;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=235;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.596;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=33;PP=1109;ReadPosRankSum=-0.603;SC=GTAGACAAGGGTTGGAGCTGG;SOR=0.816;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=140;TCF=76;TCR=64;TR=73;WE=128544141;WS=128544123;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:112,117:0.51:229
chr7	128547512	rs6948542	G	A	1771.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-1.286;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=26;PP=643;ReadPosRankSum=1.124;SC=TTATTCTGGAGGAAGGAGATG;SOR=0.668;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=94;TCF=42;TCR=52;TR=47;WE=128547520;WS=128547502;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,93:0.51:181
chr7	128548304	.	GAAGAAAGAAAGA	G	2378.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.396;ClippingRankSum=0.000;DP=90;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=62.71;MQRankSum=3.339;QD=28.32;ReadPosRankSum=2.378;SOR=0.726;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,62:0.74:84
chr7	128548463	rs7786945	A	C	9692.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=1.972;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1041;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQ=60.03;MQRankSum=-1.639;NF=145;NR=142;PP=2962;ReadPosRankSum=0.177;SC=GCAAACCAGCACTGTCTCCAT;SOR=0.706;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=576;TCF=288;TCR=288;TR=287;WE=128548471;WS=128548453;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:543,486:0.47:1029
chr7	128550577	rs75709678	C	T	444.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.899;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.795;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=4;PP=216;ReadPosRankSum=0.997;SC=CAGCCCCTCTCGGCCCCCTCA;SOR=1.210;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=30;TCF=20;TCR=10;TR=15;WE=128550585;WS=128550567;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,21:0.54:39
chr7	128550680	rs11335250	GC	G	2714.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=23;PP=1245;SC=CAGCGCCAGGGCCCCCGAGGT;SOR=0.815;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=37;TCF=14;TCR=23;TR=35;WE=128550688;WS=128550670;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr7	128550894	rs1609545	G	A	226.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.084;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=4.611;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.53;ReadPosRankSum=2.040;SOR=0.766;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,14:0.34:41
chr7	128587035	rs192829776	C	T	467.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.737;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=4;PP=194;ReadPosRankSum=-1.134;SC=GTCCTCCTTTCTCTCCCATCT;SOR=0.608;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=37;TCF=26;TCR=11;TR=15;WE=128587043;WS=128587025;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,24:0.44:55
chr7	128588475	rs75282194	C	A	1015.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-3.062;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.927;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=20;PP=684;ReadPosRankSum=0.332;SC=TCAGGGCTCCCTGAGCAGTGT;SOR=0.405;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=75;TCF=28;TCR=47;TR=36;WE=128588483;WS=128588465;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,43:0.49:88
chr7	128595333	.	G	T	354.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-0.135;ClippingRankSum=0.000;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.710;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=2;PP=234;ReadPosRankSum=0.553;SC=TGTCTGGCGGGACACCCTGGT;SOR=1.262;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=24;TCF=20;TCR=4;TR=14;WE=128595341;WS=128595323;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,16:0.53:30
chr7	128610484	rs1691779	A	G	2877.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=22;NR=57;PP=1819;SC=GTGTGTGTGCACGCGTGGCTG;SOR=1.790;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=79;TCF=22;TCR=57;TR=79;WE=128610501;WS=128610474;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr7	128612552	rs11538884	C	T	1555.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.640;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.579;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=22;PP=656;ReadPosRankSum=-0.425;SC=CCCGGTGGTCCAGGGTAGTAG;SOR=0.622;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=102;TCF=60;TCR=42;TR=52;WE=128612560;WS=128612542;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,78:0.48:164
chr7	128614990	rs2293493	G	A	1483.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-0.771;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=43;PP=973;ReadPosRankSum=-0.364;SC=GCTGTTCTAGGAGCTGAAAGG;SOR=0.763;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=111;TCF=28;TCR=83;TR=58;WE=128614998;WS=128614980;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,68:0.50:136
chr7	128615714	rs3830639	GAAC	G	697.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.512;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.422;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=4;PP=465;ReadPosRankSum=1.589;SC=CCTGTTCAGAGAACAACTGGG;SOR=1.085;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=30;TCF=21;TCR=9;TR=11;WE=128615724;WS=128615704;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,19:0.47:40
chr7	128629993	rs41274158	A	G	1220.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.404;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.667;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=17;PP=566;ReadPosRankSum=-1.363;SC=TAGAAGTGGCAGAGGAGAGAG;SOR=0.583;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=78;TCF=47;TCR=31;TR=40;WE=128630001;WS=128629983;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,62:0.49:126
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chr7	128640334	rs4728144	A	T	403.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=2.736;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.600;HP=7;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=2;PP=419;ReadPosRankSum=0.228;SC=TAATTTTTTTAAAAAATTCCA;SOR=1.751;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=28;TCF=24;TCR=4;TR=20;WE=128640342;WS=128640324;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,23:0.61:38
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chr7	128767490	rs7809681	T	C	4400.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=2.413;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=428;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=73;NR=79;PP=2652;ReadPosRankSum=-0.452;SC=CAACAGCGGTTACGGGATGGA;SOR=0.697;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=311;TCF=153;TCR=158;TR=152;WE=128767498;WS=128767480;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:230,198:0.46:428
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chr7	128784723	rs13309419	A	G	202.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=16;NR=0;PP=276;SC=GGGCTCCTGCACGGCGCGGCT;SOR=1.863;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=16;TCR=0;TR=16;WE=128784731;WS=128784713;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr7	128802526	rs2177950	C	T	2328.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-1.491;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.333;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=55;PP=1524;ReadPosRankSum=0.805;SC=GGGTGGCCACCCCCAAGACAG;SOR=0.498;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=170;TCF=67;TCR=103;TR=97;WE=128802534;WS=128802516;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,105:0.55:191
chr7	128802936	rs919551	T	C	896.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=2.048;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.875;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=22;PP=544;ReadPosRankSum=-1.477;SC=TTTAAGATCATAAGGTGCTTT;SOR=0.844;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=68;TCF=19;TCR=49;TR=29;WE=128802944;WS=128802926;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,40:0.47:85
chr7	128804193	rs71583815	C	T	585.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.720;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=7;PP=313;ReadPosRankSum=-0.504;SC=CATTAGGACTCGGTTCTGATT;SOR=0.840;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=35;TCF=22;TCR=13;TR=20;WE=128804201;WS=128804183;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,28:0.50:56
chr7	128804218	rs2566892	G	A	801.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.178;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=7;PP=343;ReadPosRankSum=-0.008;SC=GGCAGACTCAGTTAAGAAGGA;SOR=0.813;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=45;TCF=29;TCR=16;TR=21;WE=128804226;WS=128804208;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,37:0.54:69
chr7	128804474	rs71583817	T	C	795.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.120;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=21;PP=448;ReadPosRankSum=0.957;SC=AAGAGATGCCTCACCCTCTAT;SOR=0.732;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=55;TCF=15;TCR=40;TR=28;WE=128804482;WS=128804464;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,38:0.53:72
chr7	128807732	rs35331287	T	G	2444.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.990;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=45;PP=1205;ReadPosRankSum=1.126;SC=ATCCTGCACCTCCTCACCATG;SOR=0.715;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=145;TCF=59;TCR=86;TR=76;WE=128807740;WS=128807722;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:110,116:0.51:226
chr7	128807786	rs3173902	G	A	1336.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.622;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.698;HP=3;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=33;PP=770;ReadPosRankSum=1.008;SC=GGTGCTGAAAGCAGCACCAAA;SOR=0.932;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=77;TCF=21;TCR=56;TR=45;WE=128807794;WS=128807776;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,60:0.57:106
chr7	128843169	rs2566871	C	T	705.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.925;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.753;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=5;PP=483;ReadPosRankSum=-1.272;SC=GGTGAAGCTGCGTCTGTGGGT;SOR=2.062;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=50;TCF=36;TCR=14;TR=28;WE=128843177;WS=128843159;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,30:0.56:54
chr7	128845018	rs2703091	C	T	4643.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.654;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=422;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.522;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=83;NR=59;PP=2133;ReadPosRankSum=1.206;SC=TGCCTTGACACCGTCTTTTCC;SOR=0.650;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=267;TCF=157;TCR=110;TR=142;WE=128845026;WS=128845008;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:188,224:0.54:412
chr7	128845277	rs2075777	G	C	1703.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-0.511;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.314;HP=5;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=35;PP=1105;ReadPosRankSum=0.272;SC=GGGCAGGCCCGGGGGGCCCTC;SOR=0.779;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=127;TCF=62;TCR=65;TR=66;WE=128845285;WS=128845267;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,74:0.52:143
chr7	128845325	rs2566872	G	A	1820.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-4.125;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.219;HP=5;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=20;PP=1171;ReadPosRankSum=-1.486;SC=GGGAAGGGGGGCAAAGAGGTC;SOR=0.524;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=134;TCF=92;TCR=42;TR=66;WE=128845333;WS=128845315;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,76:0.51:149
chr7	128845907	rs2075779	T	C	927.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.635;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.226;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=9;PP=544;ReadPosRankSum=0.326;SC=CCTCAGCAGCTGAGGGTCTGG;SOR=0.449;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=55;TCF=40;TCR=15;TR=33;WE=128845915;WS=128845897;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,41:0.59:69
chr7	128846328	rs2228617	G	C	4481.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.458;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=415;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=84;PP=2446;ReadPosRankSum=-0.382;SC=CTGTGAGTGGGATTTGTTTTG;SOR=0.749;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=257;TCF=108;TCR=149;TR=144;WE=128846336;WS=128846318;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:205,209:0.50:414
chr7	128846469	rs2735842	A	G	1023.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-3.036;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.678;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=28;PP=584;ReadPosRankSum=-1.749;SC=GCAACAAAATATACTGGGCAC;SOR=0.309;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=64;TCF=16;TCR=48;TR=39;WE=128846477;WS=128846459;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,47:0.62:76
chr7	128850084	rs4728158	T	G	444.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.030;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.737;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=2;PP=351;ReadPosRankSum=0.314;SC=AGTTGGAAGCTGCAGTGGGTT;SOR=2.670;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=43;TCF=36;TCR=7;TR=24;WE=128850092;WS=128850074;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,23:0.45:51
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chr7	129015894	rs1559486	C	T	2643.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.022;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=312;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=52;PP=1172;ReadPosRankSum=-0.095;SC=AGGTGAGCTACCCCTCTTTTA;SOR=0.667;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=193;TCF=71;TCR=122;TR=82;WE=129015902;WS=129015884;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:172,136:0.44:308
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chr7	129091302	rs4731578	A	G	223.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-3.042;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.863;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=3;PP=120;ReadPosRankSum=0.095;SC=TCCTTTTCCCATACCTTATTC;SOR=0.031;SbPval=0.21;Source=Platypus;TC=17;TCF=14;TCR=3;TR=9;WE=129091310;WS=129091298;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,11:0.58:19
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chr7	129094195	rs581829	T	C	1094.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=24;NR=7;PP=800;SC=AGAGACCATCTCTGAGGTCTG;SOR=1.949;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=32;TCF=25;TCR=7;TR=31;WE=129094203;WS=129094185;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
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chr7	129098439	rs691124	T	C	880.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-2.793;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=7;PP=596;ReadPosRankSum=1.185;SC=GATTGCTGCCTTTTTCCACTG;SOR=0.762;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=64;TCF=52;TCR=12;TR=33;WE=129098447;WS=129098429;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,38:0.51:74
chr7	129125352	rs10500117	C	G	524.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-1.539;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.984;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=11;PP=475;ReadPosRankSum=-0.057;SC=TCCCATAGACCATGCTCTGTG;SOR=0.521;SbPval=0.16;Source=Platypus;TC=69;TCF=52;TCR=17;TR=31;WE=129125360;WS=129125342;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,30:0.42:71
chr7	129125750	rs692625	G	T	147.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-2.515;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=5;PP=83;ReadPosRankSum=-0.812;SC=CCATACAGGCGCTGTTACCAG;SOR=1.402;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=5;WE=129125758;WS=129125740;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,6:0.67:9
chr7	129142694	rs691332	C	G	8642.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=0.652;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=371;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=88;NR=103;PP=2965;ReadPosRankSum=1.071;SC=CTAAAGTACCCGGGGCCAGGG;SOR=0.772;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=194;TCF=89;TCR=105;TR=191;WE=129142702;WS=129142684;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,339:0.99:341
chr7	129142775	rs610591	G	A	3509.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=28;NR=69;PP=2141;SC=CCCTGGGGTCGACCTCAACGC;SOR=1.591;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=97;TCF=28;TCR=69;TR=97;WE=129142783;WS=129142765;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr7	129297332	rs1882094	T	G	6877.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.576;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=264;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.941;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.131;NF=65;NR=106;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.073;SC=CGCCTTCTTCTCCCGAGGACA;SOR=0.174;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=174;TCF=65;TCR=109;TR=171;WE=129297340;WS=129297322;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,261:0.99:263
chr7	129297447	rs11446444	A	ATT	286.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.711;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.81;MQRankSum=-0.000;QD=12.47;ReadPosRankSum=0.611;SOR=0.818;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,18:0.78:23
chr7	129356936	rs17161218	A	G	1303.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=37;NR=6;PP=899;SC=TGTATATTGCAGGTCATGTTA;SOR=3.126;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=43;TCF=37;TCR=6;TR=43;WE=129356944;WS=129356926;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr7	129383970	.	CT	C	245.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.007;ClippingRankSum=0.000;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=1.130;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.16;MQRankSum=1.141;QD=3.90;ReadPosRankSum=2.217;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,31:0.49:63
chr7	129658655	rs2242488	A	G	1011.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=27;PP=729;SC=AATGATCTGGATATGTCTAGG;SOR=2.899;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=33;TCF=5;TCR=28;TR=32;WE=129658663;WS=129658645;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr7	129664312	rs1464890	T	C	2214.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.377;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=236;ExcessHet=3.0103;FS=1.611;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.63;ReadPosRankSum=0.343;SOR=0.571;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:117,113:0.49:230
chr7	129680982	.	A	ATG	306.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.184;ClippingRankSum=0.000;DP=140;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.68;MQRankSum=8.196;QD=3.16;ReadPosRankSum=2.714;SOR=0.598;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:74,23:0.24:97
chr7	129680984	rs201103095	A	G	836.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.291;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FS=0.985;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.68;MQRankSum=7.367;QD=8.37;ReadPosRankSum=0.923;SOR=0.481;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:70,30:0.30:100
chr7	129680984	.	A	ATGTG	1918	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;FR=0.5000;HP=2;HapScore=3;MGOF=10;MMLQ=24;MQ=62.04;NF=4;NR=56;PP=1918;QD=32.15;SC=ATATATATATATGTGTGTGTA;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=105;TCF=6;TCR=99;TR=60;WE=129681002;WS=129680961;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:45,60:0.57:105
chr7	129680994	.	AT	GT	2379	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;FR=0.5000,0.5000;HP=2;HapScore=3;MGOF=10;MMLQ=24;MQ=62.32;NF=4,16;NR=57,43;PP=2379,1894;QD=39.0819672131;SC=ATGTGTGTGTATGTGTGTGTG;SbPval=0.24;Source=Platypus;TC=99;TCF=4;TCR=95;TR=61,59;WE=129681002;WS=129680961;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:62,59:0.49:121
chr7	129680994	.	AT	ATGT	2379	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;FR=0.5000,0.5000;HP=2;HapScore=3;MGOF=10;MMLQ=24;MQ=62.32;NF=4,16;NR=57,43;PP=2379,1894;QD=39.0819672131;SC=ATGTGTGTGTATGTGTGTGTG;SbPval=0.24;Source=Platypus;TC=99;TCF=4;TCR=95;TR=61,59;WE=129681002;WS=129680961;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:38,61:0.62:99
chr7	129680994	rs112881994	A	ATG,G	1845.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.590;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=62.00;MQRankSum=1.703;QD=27.55;ReadPosRankSum=1.193;SOR=1.214;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:5,31,31:0.46,0.46:67
chr7	129691124	rs145290627	G	T	5620.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-2.709;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=534;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=71;NR=98;PP=2364;ReadPosRankSum=1.986;SC=TTTCTGGGGGGTCCCTTCTGG;SOR=0.660;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=316;TCF=131;TCR=185;TR=169;WE=129691132;WS=129691114;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:252,276:0.52:528
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chr7	129841939	rs11375003	G	GA	1597.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=1.369;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.031;HP=9;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.297;NF=8;NR=39;PP=692;ReadPosRankSum=0.720;SC=CAACTAGAAGGAAAAAAAAAG;SOR=1.362;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=53;TCF=8;TCR=45;TR=47;WE=129841947;WS=129841929;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,71:0.95:75
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chr7	129847482	rs2727837	C	T	283.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=0;PP=213;SC=GAAAATATAGCATATACAAGT;SOR=4.977;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=11;TCR=0;TR=10;WE=129847490;WS=129847480;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr7	129853233	rs13224721	T	C	3470.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=46;NR=15;PP=1216;SC=ACATTATAAATGGGCCTCAGC;SOR=1.905;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=61;TCF=46;TCR=15;TR=61;WE=129853241;WS=129853223;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr7	129853251	rs6969994	T	G	4321.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=55;NR=26;PP=1571;SC=AGCAATAGTGTTTTATAACAA;SOR=1.407;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=81;TCF=55;TCR=26;TR=81;WE=129853259;WS=129853241;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr7	129853461	rs118135439	G	C	695.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=2.540;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.067;NF=13;NR=13;PP=406;ReadPosRankSum=-0.445;SC=TACTCAGAAGGCTGAGGCAGG;SOR=0.582;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=49;TCF=22;TCR=27;TR=26;WE=129853469;WS=129853451;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,29:0.48:60
chr7	129855837	rs4728190	C	T	7836.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=296;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=112;NR=74;PP=2965;SC=TTCCTGTAAGCGGCAAAGCAA;SOR=0.994;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=187;TCF=113;TCR=74;TR=186;WE=129855845;WS=129855827;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,293:1.00:293
chr7	129913516	rs71178569	CT	C	263.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.565;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FS=0.993;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.72;ReadPosRankSum=-1.664;SOR=0.521;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:57,40:0.41:97
chr7	129938598	rs34587586	G	T	3058.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.271;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=339;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.304;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=43;PP=1419;ReadPosRankSum=-1.025;SC=ACCAAGTTTTGAGGATTAATG;SOR=0.779;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=231;TCF=129;TCR=102;TR=103;WE=129938606;WS=129938588;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:180,151:0.46:331
chr7	129938711	rs10259610	C	G	3367.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-2.609;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=305;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.948;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=52;PP=1322;ReadPosRankSum=0.043;SC=TCTAACTTTGCTGGGAGAAGA;SOR=0.571;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=186;TCF=77;TCR=109;TR=93;WE=129938719;WS=129938701;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:136,162:0.54:298
chr7	129948013	rs1038628	G	T	3268.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-2.830;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=266;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.283;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=84;NR=33;PP=1892;ReadPosRankSum=-0.726;SC=TGCTCAATGAGGACTAGGAGC;SOR=0.556;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=217;TCF=158;TCR=59;TR=117;WE=129948021;WS=129948003;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:115,147:0.56:262
chr7	129950740	rs2171492	G	T	1543.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=1.937;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.856;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=40;PP=949;ReadPosRankSum=-0.184;SC=GAATTTCAAGGGCTTCATCGA;SOR=1.053;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=134;TCF=49;TCR=85;TR=59;WE=129950748;WS=129950730;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,72:0.46:157
chr7	129962360	rs1569133	A	G	10894.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=426;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=146;NR=108;PP=2965;SC=TCGACTGGGCATATGACAACG;SOR=0.887;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=254;TCF=146;TCR=108;TR=254;WE=129962368;WS=129962350;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,426:1.00:426
chr7	129962414	rs2306848	C	T	4329.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.435;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=429;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.515;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=62;PP=1708;ReadPosRankSum=-0.464;SC=ATACCGGGACCTATGGCTTCC;SOR=0.656;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=264;TCF=131;TCR=133;TR=124;WE=129962422;WS=129962404;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:212,214:0.50:426
chr7	129986226	rs6955991	T	A	1874.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.64;SOR=3.716;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr7	129986236	rs6955995	T	C	2119.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.56;SOR=3.486;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr7	129986338	rs6973851	C	T	7372.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.738;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=287;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=110;NR=82;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.786;SC=TGCAGGGCACCCCTGGAGGCG;SOR=0.953;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=193;TCF=110;TCR=83;TR=192;WE=129986346;WS=129986328;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,274:0.99:276
chr7	129986521	rs6467306	T	C	2743.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=18;NR=65;PP=1636;SC=GTGGCTGCCCTGCTGGTGCCT;SOR=1.981;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=83;TCF=18;TCR=65;TR=83;WE=129986529;WS=129986511;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr7	129987722	rs12532639	C	T	2229.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.731;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.078;HP=4;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=54;PP=1284;ReadPosRankSum=0.136;SC=ACAACCCCACCCCCTCCTCAG;SOR=0.789;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=152;TCF=51;TCR=101;TR=80;WE=129987730;WS=129987712;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:113,106:0.48:219
chr7	129987764	rs12532645	C	T	1234.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=2.153;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.886;HP=5;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=35;PP=819;ReadPosRankSum=1.130;SC=TGTCCTGCCCCCCTTTATCCC;SOR=1.399;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=81;TCF=19;TCR=62;TR=42;WE=129987772;WS=129987754;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,53:0.49:108
chr7	129989878	rs7808823	T	C	1952.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.66;BaseQRankSum=-0.506;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.474;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=23;PP=536;ReadPosRankSum=-0.697;SC=TTCCTTTCTCTGAACTGAAAG;SOR=0.725;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=81;TCF=39;TCR=42;TR=42;WE=129989886;WS=129989868;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:94,99:0.51:193
chr7	130002317	rs1544705	T	C	9942.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-0.158;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=400;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=104;NR=102;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.188;SC=CCATCTGGATTGACACTGGAA;SOR=0.453;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=208;TCF=106;TCR=102;TR=206;WE=130002325;WS=130002307;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:5,389:0.99:394
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chr7	130020835	.	A	G	478.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.235;ClippingRankSum=0.000;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.111;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=3;PP=286;ReadPosRankSum=1.127;SC=GACGAGGCCCAGTCTGGGGAT;SOR=1.609;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=39;TCF=31;TCR=8;TR=20;WE=130020843;WS=130020825;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,25:0.45:56
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chr7	130023657	rs34925618	TG	T	8770.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-0.294;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=712;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.523;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.407;NF=25;NR=126;PP=2966;ReadPosRankSum=2.208;SC=CTCCTGTCCTTGGGGGAAGCA;SOR=0.785;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=331;TCF=64;TCR=267;TR=151;WE=130023665;WS=130023647;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:327,332:0.50:659
chr7	130024308	rs3043750	A	ACC	1149.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.637;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.949;HP=8;HapScore=3;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=7;PP=676;ReadPosRankSum=1.955;SC=CCTCTGAACCACCCCCCACCC;SOR=0.491;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=56;TCF=37;TCR=19;TR=23;WE=130024316;WS=130024298;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,35:0.44:80
chr7	130025895	rs2239606	A	G	780.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-1.237;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.875;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=23;PP=474;ReadPosRankSum=-2.442;SC=GGCAAGGGCTATTCTGAGGGG;SOR=0.241;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=54;TCF=9;TCR=45;TR=29;WE=130025903;WS=130025885;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,34:0.58:59
chr7	130027633	rs10263705	A	G	2840.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.909;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=287;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.929;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=33;PP=1439;ReadPosRankSum=0.154;SC=AAAGTGATTGACCCTTTCTCT;SOR=0.618;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=188;TCF=124;TCR=64;TR=94;WE=130027641;WS=130027623;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:144,135:0.48:279
chr7	130080812	rs2287371	T	G	6776.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=1.734;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=642;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=126;NR=86;PP=2962;ReadPosRankSum=0.693;SC=GGACATATTTTCTCCAACCGA;SOR=0.693;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=388;TCF=234;TCR=154;TR=212;WE=130080820;WS=130080802;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:319,319:0.50:638
chr7	130136058	rs376491654	T	C	286.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.222;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=7;PP=119;ReadPosRankSum=-1.045;SC=TAAGTAAGTATACAATTTTTA;SOR=0.430;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=16;TCF=2;TCR=14;TR=8;WE=130136066;WS=130136048;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,14:0.58:24
chr7	130136107	rs3807348	G	A	56.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=0.328;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=4;PP=41;ReadPosRankSum=1.282;SC=TACTGTTTTAGAAAACTAATG;SOR=1.981;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=4;WE=130136115;WS=130136097;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,4:0.50:8
chr7	130136902	rs2072573	G	T	975.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.483;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.445;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=10;PP=622;ReadPosRankSum=0.655;SC=GGTCACAGTTGCTTGTTCTTT;SOR=1.305;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=67;TCF=43;TCR=24;TR=35;WE=130136910;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,45:0.49:91
chr7	130138155	rs6968284	A	G	11345.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=414;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=142;NR=125;PP=2965;SC=GATGCTAGGAAAGTACATTGT;SOR=0.811;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=269;TCF=144;TCR=125;TR=267;WE=130138163;WS=130138145;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,411:1.00:411
chr7	130140766	rs765205	C	A	1270.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=2.258;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.168;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=36;PP=943;ReadPosRankSum=1.211;SC=TTTCCAGAGACGTGTTTTTGT;SOR=0.984;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=98;TCF=35;TCR=63;TR=55;WE=130140774;WS=130140756;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,61:0.46:134
chr7	130147307	rs2302826	T	G	1832.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-2.594;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.062;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-1.033;NF=22;NR=39;PP=1009;ReadPosRankSum=0.255;SC=GGTGGAAGGGTTTGTTGGTGA;SOR=0.391;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=124;TCF=40;TCR=84;TR=61;WE=130147315;WS=130147297;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,82:0.52:157
chr7	130147427	.	G	GT	38.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.007;ClippingRankSum=0.000;DP=91;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.12;MQRankSum=2.082;QD=0.47;ReadPosRankSum=-0.374;SOR=0.838;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:68,15:0.18:83
chr7	130148507	rs2072575	G	A	1074.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.690;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.609;HP=1;HapScore=2;MGOF=122;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.914;NF=12;NR=28;PP=834;ReadPosRankSum=2.003;SC=GCAACTGGAGGAGAAGGGAGG;SOR=0.938;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=82;TCF=24;TCR=58;TR=40;WE=130148515;WS=130148497;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,47:0.41:114
chr7	130148562	rs58927323	T	TTCTTAGGAAGTG	2702.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=14;NR=16;PP=2976;SC=TTTCCATCATTCCATCTGTAC;SOR=0.914;SbPval=0.21;Source=Platypus;TC=44;TCF=16;TCR=28;TR=30;WE=130148570;WS=130148550;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr7	130148817	rs1047456	G	A	4335.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.789;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=434;ExcessHet=3.0103;FS=1.722;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.11;ReadPosRankSum=-0.207;SOR=0.823;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:218,211:0.49:429
chr7	130148869	.	C	CA	61.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.184;ClippingRankSum=0.000;DP=185;ExcessHet=3.0103;FS=3.044;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.06;MQRankSum=2.294;QD=0.41;ReadPosRankSum=1.824;SOR=0.881;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:128,23:0.15:151
chr7	130148903	rs12706941	A	G	1598.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.353;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.455;HP=4;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-1.068;NF=23;NR=50;PP=1362;ReadPosRankSum=0.741;SC=CTGTGGTAAAAAGCATACAGA;SOR=0.564;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=146;TCF=47;TCR=99;TR=73;WE=130148911;WS=130148893;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,67:0.54:124
chr7	130149061	rs12706942	G	C	2232.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.380;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.499;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=35;PP=1028;ReadPosRankSum=0.893;SC=TGAGTTTCTAGTATTGGTAAA;SOR=0.653;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=128;TCF=59;TCR=69;TR=66;WE=130149069;WS=130149051;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:103,109:0.51:212
chr7	130150705	rs12706944	G	A	1713.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-1.468;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=26;PP=787;ReadPosRankSum=1.145;SC=GCCTTTCCATGGCAAGAAAAT;SOR=0.712;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=137;TCF=76;TCR=61;TR=58;WE=130150713;WS=130150695;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:111,88:0.44:199
chr7	130292531	rs12706946	T	C	2453.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=3.533;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.102;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=40;PP=1571;ReadPosRankSum=1.025;SC=GTGATTTTTGTAGAGTTTAAA;SOR=0.518;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=174;TCF=97;TCR=77;TR=86;WE=130292539;WS=130292521;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:103,105:0.50:208
chr7	130293022	rs6970543	C	T	977.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.115;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.090;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=12;PP=530;ReadPosRankSum=1.490;SC=TAATATTCATCCTCAAGAGAT;SOR=0.409;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=49;TCF=33;TCR=16;TR=31;WE=130293030;WS=130293012;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,44:0.61:72
chr7	130295525	rs7800717	T	C	2040.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.880;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.567;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=51;PP=1295;ReadPosRankSum=-2.083;SC=GGATAATTCTTAATGTCCCTG;SOR=0.750;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=143;TCF=47;TCR=96;TR=76;WE=130295533;WS=130295515;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,93:0.52:180
chr7	130297119	rs34699820	GA	G	4953.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=3.424;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=309;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.937;HP=12;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.563;NF=11;NR=128;PP=1983;ReadPosRankSum=-1.126;SC=GCTAAATACAGAAAAAAAAAA;SOR=0.529;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=168;TCF=11;TCR=157;TR=139;WE=130297128;WS=130297109;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:19,256:0.93:275
chr7	130298550	rs4731696	C	T	3396.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.906;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=5.136;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=64;PP=1772;ReadPosRankSum=1.284;SC=GAAAAACATGCTTATGCAAAA;SOR=1.703;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=87;TCF=23;TCR=64;TR=86;WE=130298558;WS=130298540;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,123:0.99:124
chr7	130351884	rs3804620	T	C	124.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.294;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=4;PP=48;ReadPosRankSum=-1.781;SC=ACATTGTCTATAGTTCTCAAT;SOR=0.307;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=16;TCF=3;TCR=13;TR=5;WE=130351892;WS=130351874;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,7:0.39:18
chr7	130354106	rs10232683	G	C	7671.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=294;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=78;NR=127;PP=2965;SC=TAAAGGAGACGCACTTGGAGG;SOR=1.077;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=205;TCF=78;TCR=127;TR=205;WE=130354114;WS=130354096;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,285:1.00:285
chr7	130356691	.	CTTTAT	C	247	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;FR=1.0000;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MMLQ=23;MQ=60.0;NF=0;NR=6;PP=247;QD=42.6666666667;SC=GAACTATTCACTTTATTTTAT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=1;TCR=16;TR=6;WE=130356703;WS=130356681;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:11,6:0.35:17
chr7	130357518	rs2288080	C	T	884.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.049;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.90;ReadPosRankSum=-0.623;SOR=0.694;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:65,47:0.42:112
chr7	130418525	rs76603546	G	A	1621.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.63;BaseQRankSum=-1.660;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.143;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=20;PP=470;ReadPosRankSum=-0.579;SC=CGGAGAAGCCGGACGAGGCGC;SOR=0.577;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=85;TCF=37;TCR=48;TR=38;WE=130418533;WS=130418515;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:102,85:0.45:187
chr7	130418720	rs111359117	A	C	1631.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=19;NR=22;PP=845;SC=CGGACTCCGGATGCGCCGCAC;SOR=0.760;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=19;TCR=22;TR=41;WE=130418728;WS=130418710;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr7	130418883	.	C	CGAGCGCCGTCCGAACGCGGCCGGCCGCGGGCGACGGAGTTCCCGGGAGCGTCCGTCCCGCAGCCTCG	1096.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=49.85;SOR=3.258;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr7	131060277	rs3823557	G	A	3717.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=46;NR=52;PP=1828;SC=ATCCCTTAATGCTGTTTAGAA;SOR=0.794;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=98;TCF=46;TCR=52;TR=98;WE=131060285;WS=131060267;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,143:1.00:143
chr7	131130509	.	C	CT	106.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.793;ClippingRankSum=0.000;DP=94;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.14;ReadPosRankSum=2.969;SOR=0.545;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:76,18:0.19:94
chr7	131155588	rs1733861	G	T	2250.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.29;SOR=0.761;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr7	131155764	rs1684172	T	C	343.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=2;NR=7;PP=182;SC=TCCTAACTTATATTTAATGAT;SOR=1.609;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=2;TCR=7;TR=9;WE=131155772;WS=131155754;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr7	131163354	rs10701186	C	CTT	336.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.167;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.03;ReadPosRankSum=-0.706;SOR=1.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,18:0.75:24
chr7	131191536	rs3212303	A	G	1043.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-1.211;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.814;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=25;PP=617;ReadPosRankSum=0.298;SC=ACAGCAGCCTAGGCCTGTGGG;SOR=0.549;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=71;TCF=24;TCR=47;TR=38;WE=131191544;WS=131191526;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,49:0.53:92
chr7	131191554	rs56231781	TC	T	1133.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.672;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=23;PP=803;ReadPosRankSum=0.559;SC=GGGGCTGCCCTCCCAGCTAAG;SOR=0.657;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=44;TCF=2;TCR=42;TR=23;WE=131191562;WS=131191544;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,39:0.53:73
chr7	131191609	rs11770771	A	G	405.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-2.321;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.265;HP=1;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=12;PP=242;ReadPosRankSum=-0.430;SC=CTCCCTCTCTAGCCCCAGCTG;SOR=0.197;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=26;TCF=5;TCR=21;TR=16;WE=131191617;WS=131191599;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,18:0.64:28
chr7	131195535	rs3847113	G	T	384.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=1.954;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=6;PP=225;ReadPosRankSum=-0.199;SC=GAGCCATCACGCCTGGCCCTG;SOR=0.588;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=42;TCF=27;TCR=15;TR=16;WE=131195543;WS=131195525;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,20:0.38:52
chr7	131195712	rs12670788	G	A	2328.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.346;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.615;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=26;PP=1411;ReadPosRankSum=-0.319;SC=AGGATGCGTCGAAGTGGGTTG;SOR=1.090;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=161;TCF=107;TCR=54;TR=86;WE=131195720;WS=131195702;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:114,109:0.49:223
chr7	131195959	rs3735035	C	T	4002.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=3.625;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=371;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.378;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=80;PP=2232;ReadPosRankSum=0.471;SC=TTGCCTGAGCCGCCTCCTCTA;SOR=0.717;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=237;TCF=97;TCR=140;TR=135;WE=131195967;WS=131195949;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:180,187:0.51:367
chr7	131196062	rs17744792	C	T	1819.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.640;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.086;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=38;PP=770;ReadPosRankSum=-0.354;SC=TCGCCTTGACCGAGGCCAAGA;SOR=0.783;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=153;TCF=63;TCR=90;TR=60;WE=131196070;WS=131196052;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:115,92:0.44:207
chr7	131196206	rs73157523	T	C	460.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.873;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=13;PP=232;ReadPosRankSum=1.269;SC=TTTGTAAAGATAACAGAGAAT;SOR=0.651;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=60;TCF=21;TCR=39;TR=20;WE=131196214;WS=131196196;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,28:0.33:85
chr7	131241029	rs11277659	GGGCGAC	G	929.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.846;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.356;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.463;NF=4;NR=14;PP=986;ReadPosRankSum=0.727;SC=CATTCTGGGAGGGCGACGGCG;SOR=0.731;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=23;TCF=5;TCR=18;TR=18;WE=131241042;WS=131241015;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,39:0.93:42
chr7	131241085	rs7780021	G	A	2068.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-2.227;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.225;NF=25;NR=24;PP=894;ReadPosRankSum=-1.127;SC=GACAACAGTAGCAGCAGCGCC;SOR=0.263;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=50;TCF=25;TCR=25;TR=49;WE=131241093;WS=131241075;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,79:0.99:80
chr7	131815118	rs10954359	C	T	1233.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=35;NR=6;PP=914;SC=GAGAGAGAAACAGCGCTGCTC;SOR=2.833;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=35;TCR=6;TR=41;WE=131815126;WS=131815108;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr7	131815220	rs10954360	G	A	4934.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.893;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=80;NR=51;PP=2561;ReadPosRankSum=-1.130;SC=CTCCAGGGCGGCCCTGGAAGG;SOR=1.071;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=132;TCF=80;TCR=52;TR=131;WE=131815228;WS=131815210;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,184:0.99:186
chr7	131815310	rs2671103	A	G	6093.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=80;NR=82;PP=2965;SC=CACACTGGTCATCGTGGTCCA;SOR=0.719;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=162;TCF=80;TCR=82;TR=162;WE=131815318;WS=131815300;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,233:1.00:233
chr7	131815343	rs10954361	G	A	5764.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=68;NR=84;PP=2965;SC=TCTGCGGAAGGGCCAAGAACA;SOR=0.876;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=152;TCF=68;TCR=84;TR=152;WE=131815351;WS=131815333;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,212:1.00:212
chr7	131832627	rs1450882	A	G	1935.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=48;NR=18;PP=1323;SC=CAGGACACCCAGGCCTCCCTA;SOR=1.885;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=66;TCF=48;TCR=18;TR=66;WE=131832635;WS=131832617;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr7	131849204	rs896167	T	A	2192.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=12;NR=55;PP=1540;SC=CTTCTCTCCATCTCCTCATCC;SOR=2.955;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=67;TCF=12;TCR=55;TR=67;WE=131849212;WS=131849194;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr7	131859496	rs7808586	G	A	2005.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.276;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.218;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=21;PP=844;ReadPosRankSum=1.699;SC=TTGCCAACACGCTCCCCTGCT;SOR=0.576;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=105;TCF=68;TCR=37;TR=55;WE=131859504;WS=131859486;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,95:0.55:172
chr7	131864591	rs3734989	T	C	2113.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-2.433;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.157;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=50;PP=996;ReadPosRankSum=-0.369;SC=CGCCAGCCACTGCGATGCTGA;SOR=1.041;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=133;TCF=46;TCR=87;TR=69;WE=131864599;WS=131864581;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,103:0.54:191
chr7	131866972	rs3734983	A	G	2428.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.153;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=278;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.934;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=51;PP=1182;ReadPosRankSum=2.291;SC=AAAGAAGGAGATGTGTAAATG;SOR=0.781;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=178;TCF=74;TCR=104;TR=84;WE=131866980;WS=131866962;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:152,122:0.45:274
chr7	132070054	rs741664	T	C	8025.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.711;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=315;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=92;NR=93;PP=2965;ReadPosRankSum=1.821;SC=GTACCAGGCATCTGGAAAAGA;SOR=0.700;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=187;TCF=92;TCR=95;TR=185;WE=132070062;WS=132070044;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,305:0.99:307
chr7	132192231	rs156960	A	G	1309.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.476;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.992;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=15;PP=748;ReadPosRankSum=-0.277;SC=CTACACTCCCAACCATCCCAG;SOR=0.874;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=125;TCF=86;TCR=39;TR=52;WE=132192239;WS=132192221;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:103,71:0.41:174
chr7	132192295	rs156961	G	A	2881.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.278;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=318;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.410;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=40;PP=1306;ReadPosRankSum=-0.534;SC=CCTTCACCTTGAGCCAGGCCA;SOR=0.740;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=204;TCF=112;TCR=92;TR=89;WE=132192303;WS=132192285;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:169,147:0.47:316
chr7	132192949	rs156962	T	C	4429.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.431;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=435;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=71;NR=60;PP=1836;ReadPosRankSum=-0.654;SC=CTCCAAAGACTGAGCCGCTCT;SOR=0.719;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=275;TCF=148;TCR=127;TR=131;WE=132192957;WS=132192939;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:212,217:0.51:429
chr7	132409606	rs594208	T	C	3472.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-3.382;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=255;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.880;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=80;NR=33;PP=1898;ReadPosRankSum=-1.706;SC=CAGGGGTGACTCCAACAGCAC;SOR=0.413;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=190;TCF=138;TCR=52;TR=113;WE=132409614;WS=132409596;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:92,153:0.62:245
chr7	132570358	rs12707059	T	C	433.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.10;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr7	132706981	rs17421819	G	A	363.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=2;PP=243;SC=CAAAATGTACGTACGTAGATG;SOR=2.147;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=11;TCF=9;TCR=2;TR=11;WE=132706989;WS=132706971;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr7	132707031	rs184165842	G	C	272.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-2.200;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.100;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=3;PP=86;ReadPosRankSum=-2.325;SC=CTGGTCAACAGGTTTGTGTGC;SOR=0.289;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=28;TCF=22;TCR=6;TR=10;WE=132707039;WS=132707021;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,16:0.40:40
chr7	132709293	rs13235276	C	T	478.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=13;NR=0;PP=356;SC=CTCTCTGATACCACAAAACTC;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=13;TCR=0;TR=13;WE=132709301;WS=132709288;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr7	132938039	rs10641096	C	CCCTT	539.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.344;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.959;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=1.575;NF=0;NR=9;PP=368;ReadPosRankSum=-1.569;SC=ACCCTGCTCTCCCCTTTCCTC;SOR=0.136;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=27;TCF=0;TCR=27;TR=9;WE=132938047;WS=132938029;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,15:0.47:32
chr7	132990498	rs10229242	G	A	156.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=3.440;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.358;HP=2;HapScore=2;MGOF=42;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.615;NF=7;NR=0;PP=120;ReadPosRankSum=-0.511;SC=TATACTCTACGAAGTCTTTTA;SOR=2.093;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=12;TCR=1;TR=7;WE=132990506;WS=132990488;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,7:0.54:13
chr7	132990536	rs5887620	C	CT	825.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=20;NR=3;PP=910;SC=CGTAAGCTCCCTTTGTTAGTA;SOR=2.910;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=24;TCF=20;TCR=4;TR=23;WE=132990544;WS=132990526;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr7	133580447	rs2042456	G	A	6716.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=258;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=76;NR=108;PP=2965;SC=TGGTGTGCGTGAAGCTCCAGG;SOR=1.001;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=185;TCF=76;TCR=109;TR=184;WE=133580455;WS=133580437;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,250:1.00:250
chr7	133580545	rs2042455	A	G	1362.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=42;PP=1108;SC=GGTGGTTCCAATTGGTGAAAT;SOR=4.758;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=45;TCF=3;TCR=42;TR=45;WE=133580553;WS=133580535;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr7	133602230	rs75286006	G	A	1364.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.068;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.026;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=9;PP=918;ReadPosRankSum=0.303;SC=ATGTTCAAAGGAGAGATGAGT;SOR=1.079;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=82;TCF=65;TCR=17;TR=48;WE=133602238;WS=133602220;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,58:0.56:103
chr7	133682181	rs3735050	T	C	7081.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.915;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=278;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=128;NR=65;PP=2965;ReadPosRankSum=0.537;SC=CAAAATAATATGTCATTTCAG;SOR=1.317;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=197;TCF=130;TCR=67;TR=193;WE=133682189;WS=133682171;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,266:0.99:268
chr7	133749164	rs6953296	G	A	6720.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=254;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=81;NR=88;PP=2965;SC=ACCGCAGCCAGACTGGGGTGG;SOR=0.744;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=170;TCF=82;TCR=88;TR=169;WE=133749172;WS=133749154;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,242:1.00:242
chr7	133749328	rs33995948	C	CT	1113.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.025;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.494;HP=6;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.492;NF=2;NR=30;PP=848;ReadPosRankSum=0.426;SC=GTCACACTCACTTTTTTCCTT;SOR=0.853;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=68;TCF=5;TCR=63;TR=32;WE=133749336;WS=133749318;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,58:0.48:121
chr7	133821619	rs13246630	A	G	251.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=3.195;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.119;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=9;NR=0;PP=200;ReadPosRankSum=-0.857;SC=TAATATGTATATGTTATCAAC;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=12;TCR=1;TR=9;WE=133821627;WS=133821616;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,9:0.69:13
chr7	133868368	rs1222420	C	T	2670.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=64;NR=18;PP=1783;SC=TATTCTTCTACGCAGGGTCTT;SOR=2.110;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=82;TCF=64;TCR=18;TR=82;WE=133868376;WS=133868358;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr7	133868507	rs1222419	C	T	9828.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=371;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=117;NR=118;PP=2965;SC=GCCTGGATGCCCCTTATCCCA;SOR=0.699;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=238;TCF=117;TCR=121;TR=235;WE=133868515;WS=133868497;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,367:1.00:367
chr7	133881919	rs10611703	ATG	A	927.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.81;QD=33.13;SOR=3.258;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr7	133886356	rs369598961	AT	A	141.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.713;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=291;ExcessHet=3.0103;FS=4.967;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.07;MQRankSum=2.909;QD=0.67;ReadPosRankSum=-0.139;SOR=1.192;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:167,45:0.21:212
chr7	133933671	rs34245697	G	GT	220.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.340;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FS=5.701;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.49;ReadPosRankSum=-0.139;SOR=1.314;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:111,37:0.25:148
chr7	133979545	rs2504	A	T	846.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.250;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.98;ReadPosRankSum=0.047;SOR=0.551;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,23:0.43:53
chr7	133979552	rs2505	C	T	935.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.039;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=4.057;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.13;ReadPosRankSum=-0.492;SOR=0.315;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,27:0.47:58
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chr7	133984127	rs2075371	A	G	1153.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-3.471;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.026;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=5;PP=724;ReadPosRankSum=-0.538;SC=TTGCTGCTGCAATGACTGGAA;SOR=1.089;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=106;TCF=91;TCR=15;TR=48;WE=133984135;WS=133984117;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,58:0.45:129
chr7	133984169	rs41274185	A	T	2740.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=3.211;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=259;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.837;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=72;NR=22;PP=1649;ReadPosRankSum=-2.020;SC=AAAGGAACACATGATTTGAAT;SOR=0.976;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=202;TCF=146;TCR=56;TR=94;WE=133984177;WS=133984159;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:131,121:0.48:252
chr7	133984432	rs2075372	C	T	1514.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=4.170;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.855;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=51;PP=1073;ReadPosRankSum=-0.900;SC=GATTAAAAGTCGTACAGGTTG;SOR=0.973;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=121;TCF=23;TCR=98;TR=61;WE=133984440;WS=133984422;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,65:0.51:127
chr7	133986865	rs112280216	G	A	2000.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.120;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.654;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=39;PP=843;ReadPosRankSum=1.079;SC=TACTGTATCTGCAAAAAAGAA;SOR=0.823;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=148;TCF=59;TCR=89;TR=62;WE=133986873;WS=133986855;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:116,103:0.47:219
chr7	133989816	rs2544217	G	A	452.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=0.201;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-1.365;NF=2;NR=10;PP=163;ReadPosRankSum=-1.458;SC=GCTCACGCCCGTAATCCCAGC;SOR=0.569;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=33;TCF=7;TCR=26;TR=12;WE=133989824;WS=133989806;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,22:0.51:43
chr7	133991366	rs12112626	C	T	2040.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.542;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=27;PP=1083;ReadPosRankSum=1.339;SC=TATATTCAATCGATCTACTTA;SOR=0.664;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=141;TCF=92;TCR=49;TR=74;WE=133991374;WS=133991356;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:92,98:0.52:190
chr7	133994012	rs113523917	T	C	146.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.749;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.590;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=1;PP=90;ReadPosRankSum=-0.253;SC=CTGGTATCTTTGAAATAAATC;SOR=0.116;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=16;TCF=15;TCR=1;TR=7;WE=133994020;WS=133994008;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,7:0.44:16
chr7	134133620	rs17660462	T	G	1758.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-2.910;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=24;PP=769;ReadPosRankSum=-1.046;SC=GAATCATAACTCAGGACTCTG;SOR=0.684;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=134;TCF=84;TCR=50;TR=64;WE=134133628;WS=134133610;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:91,93:0.51:184
chr7	134135751	rs2734649	C	T	4757.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.826;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=502;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.521;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=90;PP=2232;ReadPosRankSum=-1.096;SC=AACCCATTTGCTTTACCATGA;SOR=0.740;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=312;TCF=130;TCR=182;TR=153;WE=134135759;WS=134135741;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:259,236:0.48:495
chr7	134136584	rs1732035	A	C	4844.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=46;NR=83;PP=2605;SC=AGCCACCGATACCTGCTGACC;SOR=1.218;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=129;TCF=46;TCR=83;TR=129;WE=134136592;WS=134136574;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,176:1.00:176
chr7	134143690	rs1424426	T	C	1329.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.782;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.139;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=10;PP=758;ReadPosRankSum=0.396;SC=CCCTCGCCAATACAGGCCGCG;SOR=0.962;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=113;TCF=81;TCR=32;TR=44;WE=134143698;WS=134143680;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,63:0.42:151
chr7	134143958	rs759853	G	A	885.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=2.021;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.167;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=25;PP=613;ReadPosRankSum=-0.657;SC=TGGTTGCGCTGGGGGTGCCGC;SOR=0.994;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=60;TCF=13;TCR=47;TR=32;WE=134143966;WS=134143948;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,36:0.55:65
chr7	134212741	rs2037005	A	G	1131.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.251;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=11;PP=1113;ReadPosRankSum=1.206;SC=TAAATATGCAAATCTTTGCAC;SOR=0.731;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=72;TCF=44;TCR=28;TR=30;WE=134212761;WS=134212731;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,57:0.47:122
chr7	134212753	rs141459829	C	T	1416.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.759;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.626;HP=2;HapScore=4;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=19;PP=1413;ReadPosRankSum=0.221;SC=TCTTTGCACACCCTTCTTCTC;SOR=0.633;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=77;TCF=45;TCR=32;TR=43;WE=134212761;WS=134212731;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,70:0.51:138
chr7	134215259	rs1722886	A	T	579.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.574;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=1.014;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.20;ReadPosRankSum=0.432;SOR=0.487;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,29:0.46:63
chr7	134215403	rs1722883	T	C	2464.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.127;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=285;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.921;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=26;PP=982;ReadPosRankSum=-1.094;SC=AGTCTCCTCTTGGCAAAGTGA;SOR=0.780;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=170;TCF=103;TCR=67;TR=71;WE=134215411;WS=134215393;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:159,124:0.44:283
chr7	134221694	rs706159	G	A	918.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-2.594;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.312;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-2.159;NF=17;NR=19;PP=601;ReadPosRankSum=2.270;SC=ATCTCAGTGGGCAGGTGTTTG;SOR=0.412;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=78;TCF=42;TCR=36;TR=36;WE=134221702;WS=134221684;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,43:0.47:92
chr7	134225788	rs4732036	C	T	1698.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.007;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.558;HP=5;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=40;PP=920;ReadPosRankSum=1.191;SC=GTTTTTTGTTCTTTCCTGCAG;SOR=0.632;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=121;TCF=45;TCR=76;TR=64;WE=134225796;WS=134225778;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:93,87:0.48:180
chr7	134225827	rs4728329	A	G	2489.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=19;NR=52;PP=1518;SC=CTATCCCTTCAATGCAGAATA;SOR=1.927;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=71;TCF=19;TCR=52;TR=71;WE=134225835;WS=134225817;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr7	134250322	rs4732038	A	C	1782.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=2.466;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.546;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=26;PP=905;ReadPosRankSum=-0.158;SC=TCTTTGCACAACTTTCTTCTC;SOR=0.743;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=115;TCF=61;TCR=54;TR=56;WE=134250330;WS=134250312;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:92,86:0.48:178
chr7	134254427	rs782538	G	A	766.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.671;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.020;HP=6;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=27;PP=561;ReadPosRankSum=0.077;SC=CCACATTAATGTTTTTATAAT;SOR=0.335;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=52;TCF=3;TCR=49;TR=29;WE=134254435;WS=134254417;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,31:0.57:54
chr7	134261097	rs2161803	C	G	1074.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-4.097;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.370;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQ=59.87;MQRankSum=1.368;NF=45;NR=3;PP=801;ReadPosRankSum=0.890;SC=CTTTCTGCCCCTAGGGCCAAA;SOR=1.413;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=96;TCF=87;TCR=9;TR=48;WE=134261105;WS=134261087;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,50:0.48:105
chr7	134261674	rs6979933	C	T	2800.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=2.001;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=276;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.764;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-1.767;NF=60;NR=25;PP=1439;ReadPosRankSum=2.172;SC=AGGAGGGGTCCTTGTAGCTGA;SOR=1.058;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=167;TCF=111;TCR=56;TR=85;WE=134261682;WS=134261664;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:136,131:0.49:267
chr7	134262441	rs10241998	T	C	3084.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.290;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=255;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.494;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=67;NR=27;PP=1700;ReadPosRankSum=0.763;SC=TGTATTGGAATTCTTTCCTTT;SOR=0.626;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=179;TCF=128;TCR=51;TR=94;WE=134262449;WS=134262431;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:111,138:0.55:249
chr7	134264232	rs201815771	T	TG	769.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.393;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=261;ExcessHet=3.0103;FS=4.032;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.42;ReadPosRankSum=1.429;SOR=0.990;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:145,80:0.36:225
chr7	134264233	rs74848811	C	T	3885.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.067;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=257;ExcessHet=3.0103;FS=0.523;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.86;ReadPosRankSum=-3.192;SOR=0.743;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:125,120:0.49:245
chr7	134264286	rs6467538	C	T	729.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=3.305;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.943;HP=2;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=21;PP=602;ReadPosRankSum=0.434;SC=ACTTTCCCTTCGATGCAGAAT;SOR=0.830;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=69;TCF=21;TCR=48;TR=29;WE=134264294;WS=134264276;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,34:0.44:78
chr7	134552634	rs1452911	G	A	1699.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.308;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=35;PP=882;ReadPosRankSum=0.352;SC=ATCCTTTTGAGAGGCCAAATG;SOR=0.662;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=114;TCF=44;TCR=70;TR=58;WE=134552642;WS=134552624;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,83:0.49:170
chr7	134576441	rs6953822	T	C	287.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=1.289;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.78;ReadPosRankSum=-0.690;SOR=0.877;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,16:0.43:37
chr7	134612759	rs11438725	G	GT	3431.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=26;PP=1606;SC=CAAAGTCCCGGTTGGTAGTGT;SOR=0.892;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=42;TCF=15;TCR=27;TR=39;WE=134612767;WS=134612749;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr7	134618496	rs61757650	G	A	951.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.195;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FS=3.920;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.65;MQRankSum=0.708;QD=10.46;ReadPosRankSum=-1.308;SOR=1.112;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:42,49:0.54:91
chr7	134618710	rs6973420	A	G	1466.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.726;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.691;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=14;PP=796;ReadPosRankSum=0.379;SC=GAGAAAAAACATGCCATGCAA;SOR=0.602;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=111;TCF=83;TCR=28;TR=55;WE=134618718;WS=134618700;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,72:0.51:142
chr7	134626034	.	GA	G	35.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.093;ClippingRankSum=0.000;DP=72;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.15;MQRankSum=1.793;QD=0.57;ReadPosRankSum=0.046;SOR=0.818;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:49,14:0.22:63
chr7	134635040	rs7797991	C	T	178.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.554;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=4.682;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.88;ReadPosRankSum=-0.692;SOR=0.148;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,10:0.38:26
chr7	134673958	rs12671813	T	C	210.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.025;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=4;PP=121;ReadPosRankSum=0.760;SC=ATTTGAAAACTGTTGGTTTTT;SOR=0.662;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=22;TCF=16;TCR=6;TR=12;WE=134673966;WS=134673948;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,12:0.40:30
chr7	134678253	rs2348049	T	A	1675.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-2.262;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.797;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=24;PP=610;ReadPosRankSum=1.174;SC=GCTGACTCTTTTGGTGATCCC;SOR=0.445;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=135;TCF=88;TCR=47;TR=58;WE=134678261;WS=134678243;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:125,94:0.43:219
chr7	134678523	rs2252826	C	T	344.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-0.914;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.959;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=12;PP=220;ReadPosRankSum=0.219;SC=TAGAAAACAGCACATTCCAAC;SOR=2.419;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=38;TCF=7;TCR=31;TR=12;WE=134678531;WS=134678513;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,16:0.38:42
chr7	134694773	rs34139471	CT	C	324.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.006;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=1.037;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.90;ReadPosRankSum=-0.195;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,30:0.55:55
chr7	134694939	rs6958457	T	C	521.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=10;PP=294;SC=GCCACCACGCTCAGCTAATTT;SOR=1.127;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=7;TCR=10;TR=17;WE=134694947;WS=134694929;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr7	134701856	rs4236655	G	C	14550.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=549;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=165;NR=156;PP=2965;SC=CTTAGAAACGGAACCCCTTTA;SOR=0.723;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=322;TCF=165;TCR=157;TR=321;WE=134701864;WS=134701846;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,546:1.00:546
chr7	134719551	rs9656447	C	G	8371.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.928;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=311;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.393;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=92;NR=111;PP=2965;ReadPosRankSum=2.184;SC=TACCCATGCTCAATCCAGATG;SOR=0.513;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=206;TCF=93;TCR=113;TR=203;WE=134719559;WS=134719541;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,307:1.00:308
chr7	134730151	rs2348054	G	C	1479.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=35;NR=8;PP=1018;SC=TTTGTTTATAGTGTTTTGCAA;SOR=2.701;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=43;TCF=35;TCR=8;TR=43;WE=134730159;WS=134730141;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr7	134730441	rs2348055	A	G	4169.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=40;SC=TTGGGGTTTTAGCACTTAATT;SOR=1.516;Source=Platypus;TCF=41;WE=134730449;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,148:1.00:148
chr7	134744060	rs146909058	CA	C	1023.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.532;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.518;HP=8;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.488;NF=2;NR=39;PP=652;ReadPosRankSum=1.470;SC=AATAATCAGGCAAAAAAAATT;SOR=0.527;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=92;TCF=4;TCR=88;TR=41;WE=134744069;WS=134744050;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,63:0.49:129
chr7	134765148	rs10215144	G	A	272.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-0.278;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.440;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=8;PP=179;ReadPosRankSum=2.063;SC=TTTCTTCCCTGCAGGACCTCA;SOR=1.022;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=26;TCF=9;TCR=17;TR=11;WE=134765156;WS=134765138;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,13:0.42:31
chr7	134813853	rs2348282	G	A	2360.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.109;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=252;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.533;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=31;PP=1236;ReadPosRankSum=-1.276;SC=CTACTGGTCAGGTCAAAGAGC;SOR=0.820;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=160;TCF=88;TCR=72;TR=74;WE=134813861;WS=134813843;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:137,113:0.45:250
chr7	134833056	rs3735002	C	G	1287.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=1.250;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.834;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=38;PP=935;ReadPosRankSum=0.012;SC=CACAGCTTACCCAGACGTCTA;SOR=0.926;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=85;TCF=20;TCR=65;TR=49;WE=134833064;WS=134833046;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,54:0.56:97
chr7	134849213	rs3800592	G	A	2447.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=3.568;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.919;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=69;NR=19;PP=1602;ReadPosRankSum=-1.047;SC=CCAAGGCCTCGGTGGCGCGAC;SOR=0.969;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=155;TCF=116;TCR=39;TR=88;WE=134849221;WS=134849203;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,104:0.57:182
chr7	134849280	rs292501	T	A	12685.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=473;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=200;NR=120;PP=2965;SC=GCCTGATGTTTTACGCTCTTC;SOR=1.068;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=320;TCF=200;TCR=120;TR=320;WE=134849288;WS=134849270;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,472:1.00:472
chr7	134849577	rs2288237	A	C	3389.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-2.131;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=335;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.307;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=58;PP=1464;ReadPosRankSum=0.043;SC=TGCTGCTGGCAGGCGGCCTGG;SOR=0.610;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=221;TCF=107;TCR=114;TR=113;WE=134849585;WS=134849567;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:161,166:0.51:327
chr7	134852399	rs2288238	G	A	446.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=2.299;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.800;HP=1;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=1;PP=261;ReadPosRankSum=0.448;SC=GGCAGAGGGCGTCTCTCTTAC;SOR=2.200;SbPval=0.94;Source=Platypus;TC=21;TCF=17;TCR=4;TR=14;WE=134852407;WS=134852389;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,20:0.69:29
chr7	134852432	rs292505	C	T	1758.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=28;NR=10;PP=897;SC=AGGGTCTAGCCTCTGCCCATG;SOR=1.609;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=38;TCF=28;TCR=10;TR=38;WE=134852440;WS=134852422;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr7	134853844	rs9649052	C	A	113.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.485;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=2.788;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.42;ReadPosRankSum=-0.259;SOR=1.730;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,6:0.29:21
chr7	134871775	rs292557	C	T	4340.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=57;NR=39;PP=1700;SC=AATTTCCCTCCGAGTCAAAAG;SOR=0.902;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=97;TCF=57;TCR=40;TR=96;WE=134871783;WS=134871765;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,166:1.00:166
chr7	134872003	rs292558	C	G	827.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=30;NF=2;NR=19;PP=528;SC=ACCCACCCCACAGCAGAGGCT;SOR=3.098;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=21;TCF=2;TCR=19;TR=21;WE=134872011;WS=134871993;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr7	134873355	rs292564	G	A	6057.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=40;NR=130;PP=2965;SC=GAAGGAATCTGCCTGCAGCAG;SOR=1.998;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=171;TCF=40;TCR=131;TR=170;WE=134873363;WS=134873345;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,213:1.00:213
chr7	134877935	rs292573	A	G	2826.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=69;NR=9;PP=2071;SC=CCAGGGGAATACAGAGTGTGT;SOR=3.417;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=78;TCF=69;TCR=9;TR=78;WE=134877943;WS=134877925;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr7	134879830	rs292575	G	A	2205.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=19;NR=38;PP=1159;SC=TCCCAGAGCAGTCCACTCTGA;SOR=1.124;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=57;TCF=19;TCR=38;TR=57;WE=134879838;WS=134879820;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr7	134880884	rs292578	G	C	9767.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=386;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=124;NR=104;PP=2965;SC=CTTGGCCCCAGGCCCAACCCA;SOR=0.835;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=228;TCF=124;TCR=104;TR=228;WE=134880892;WS=134880874;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,375:1.00:375
chr7	134882592	rs292581	C	T	774.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.697;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.832;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=8;PP=351;ReadPosRankSum=-0.824;SC=AATGATGAACCCAAATAACCA;SOR=0.146;SbPval=0.13;Source=Platypus;TC=56;TCF=45;TCR=11;TR=25;WE=134882600;WS=134882582;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,36:0.48:75
chr7	134882680	rs292582	A	G	7737.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=287;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=122;NR=78;PP=2965;SC=AGAAGAGAAGACCCCCCACAG;SOR=1.059;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=202;TCF=123;TCR=79;TR=200;WE=134882701;WS=134882670;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,285:1.00:285
chr7	134882693	rs292583	T	C	8416.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=315;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=124;NR=87;PP=2965;SC=CCCCACAGTGTTCCTCAGTAG;SOR=0.991;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=211;TCF=124;TCR=87;TR=211;WE=134882701;WS=134882670;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,311:1.00:311
chr7	134889141	rs292592	G	A	7465.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=285;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=82;NR=112;PP=2965;SC=GCCCACACGAGGTGACTGGGA;SOR=0.951;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=195;TCF=83;TCR=112;TR=194;WE=134889149;WS=134889131;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,276:1.00:276
chr7	134890855	rs292593	T	G	2410.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=28;NR=34;PP=1199;SC=TCACCTAACCTTCCCTCTGCG;SOR=0.859;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=62;TCF=28;TCR=34;TR=62;WE=134890863;WS=134890845;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr7	134895532	rs292601	T	C	10693.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=411;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=149;NR=122;PP=2965;SC=CTGCCTCTCATTGAAGTCAGT;SOR=0.819;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=271;TCF=149;TCR=122;TR=271;WE=134895540;WS=134895522;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,402:1.00:402
chr7	134896383	rs292602	T	C	1355.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=40;PP=869;SC=CCGCACGCACTGGGCGACCAG;SOR=2.522;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=51;TCF=8;TCR=43;TR=48;WE=134896391;WS=134896373;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr7	134930169	rs113633449	A	AGAG	6538.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.906;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=61.05;MQRankSum=0.388;QD=42.74;ReadPosRankSum=-0.239;SOR=1.533;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,152:0.99:153
chr7	134961821	rs13235457	A	G	317.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.847;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=3;PP=236;ReadPosRankSum=0.765;SC=AATTATGGGTAACAACTTTGA;SOR=0.610;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=27;TCF=20;TCR=7;TR=12;WE=134961829;WS=134961811;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,14:0.48:29
chr7	134962043	rs10239950	C	G	6805.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=262;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=76;NR=77;PP=2905;SC=GGCCACTAGGCAGTTAGTTGG;SOR=0.709;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=153;TCF=76;TCR=77;TR=153;WE=134962051;WS=134962033;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,258:1.00:258
chr7	134968479	rs11762990	A	C	3745.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.389;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=405;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.365;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=66;PP=1676;ReadPosRankSum=-2.549;SC=TGAAGGTGGAACTCAATTAAC;SOR=0.730;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=277;TCF=113;TCR=164;TR=109;WE=134968487;WS=134968469;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:214,184:0.46:398
chr7	135047703	rs6969632	T	C	2402.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.70;SOR=1.230;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr7	135047964	rs3750067	G	A	918.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.161;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=19;PP=436;ReadPosRankSum=-0.831;SC=AAAAAAGAGGGAAAATGGTGA;SOR=0.631;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=65;TCF=19;TCR=46;TR=26;WE=135047972;WS=135047954;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,43:0.51:85
chr7	135048033	rs2059367	G	C	1021.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=4;NR=27;PP=793;SC=CAAAAGGAAAGACAGAAGAGA;SOR=3.545;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=4;TCR=27;TR=31;WE=135048041;WS=135048023;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr7	135082751	rs3812281	T	C	179.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.158;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=7;NR=1;PP=98;ReadPosRankSum=0.443;SC=TAAACTATGCTCTATATATTC;SOR=0.693;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=13;TCF=12;TCR=1;TR=8;WE=135082759;WS=135082741;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,9:0.50:18
chr7	135083052	rs376120582	G	GA	53.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.095;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.99;ReadPosRankSum=-1.786;SOR=0.512;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,6:0.33:18
chr7	135095270	rs2696877	A	G	1310.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=18;NR=13;PP=544;SC=CTTACGTATCATACCTCTGCA;SOR=0.994;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=31;TCF=18;TCR=13;TR=31;WE=135095278;WS=135095260;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr7	135242910	rs6961420	C	T	982.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=28;PP=762;SC=GGCTCCAGCCCTCGAGTTGGG;SOR=3.675;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=33;TCF=4;TCR=29;TR=32;WE=135242918;WS=135242900;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr7	135256027	.	A	AT	64.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.361;ClippingRankSum=0.000;DP=102;ExcessHet=3.0103;FS=1.602;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.11;MQRankSum=1.950;QD=0.83;ReadPosRankSum=-0.150;SOR=0.316;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:63,15:0.19:78
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chr7	135269787	rs150258934	TAGA	T	586.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.448;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=12;PP=461;ReadPosRankSum=-0.739;SC=GAGTAAATAGTAGAAGAATTT;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=30;TCF=0;TCR=30;TR=12;WE=135269797;WS=135269777;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,16:0.50:32
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chr7	135330829	rs62479523	C	A	745.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.592;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.807;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=7;PP=387;ReadPosRankSum=-0.880;SC=TGTTATTATTCATTGTCATCA;SOR=0.817;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=75;TCF=51;TCR=24;TR=27;WE=135330837;WS=135330819;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,38:0.39:97
chr7	135345319	rs10258155	A	G	6047.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=239;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=68;NR=68;PP=2325;SC=GGAAAGTGCCATAAGTTCCAC;SOR=0.702;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=136;TCF=68;TCR=68;TR=136;WE=135345327;WS=135345309;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,237:1.00:237
chr7	135347239	rs141207942	G	GC	3065.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=51;NR=15;PP=1022;SC=GAGGGGTTCCGCCCCCCCCGC;SOR=2.258;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=76;TCF=57;TCR=19;TR=66;WE=135347247;WS=135347229;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr7	135375909	rs10659389	C	CAA	1664.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.660;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FS=0.656;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.82;MQRankSum=2.534;QD=9.79;ReadPosRankSum=2.067;SOR=0.811;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:86,84:0.49:170
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chr7	135387495	rs3112346	A	G	3734.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=59;NR=35;PP=1949;SC=GTGGATCTGTAGCTGTTGAAA;SOR=1.089;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=95;TCF=59;TCR=36;TR=94;WE=135387503;WS=135387485;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,135:1.00:135
chr7	135387656	rs3112347	G	A	4266.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=44;NR=69;PP=2294;SC=GAGGACACAGGAGCCACGTCA;SOR=1.079;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=113;TCF=44;TCR=69;TR=113;WE=135387664;WS=135387646;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,156:1.00:156
chr7	135390437	rs73160728	G	A	1095.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.759;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=24;PP=611;ReadPosRankSum=-0.290;SC=GAGAGGTGGAGGCTGGGGCTG;SOR=0.756;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=63;TCF=18;TCR=45;TR=33;WE=135390445;WS=135390427;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,51:0.51:100
chr7	135392876	rs3110800	T	C	12811.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=486;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=170;NR=118;PP=2965;SC=CCGGCTTGGCTCCGGCCATCA;SOR=0.944;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=288;TCF=170;TCR=118;TR=288;WE=135392884;WS=135392866;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,478:1.00:478
chr7	135406176	rs4596594	A	G	6167.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.639;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=241;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=67;NR=74;PP=2644;ReadPosRankSum=-1.255;SC=AGAACGGGTAAAGGAAGGCCG;SOR=0.745;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=144;TCF=69;TCR=75;TR=141;WE=135406184;WS=135406166;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,236:0.99:238
chr7	135412273	rs3112369	T	C	6682.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=256;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=78;NR=63;PP=2344;SC=AGCTCGTCCTTGGACCCCGCT;SOR=0.817;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=141;TCF=78;TCR=63;TR=141;WE=135412281;WS=135412263;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,255:1.00:255
chr7	135413626	rs3807338	C	T	3156.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=56;NR=24;PP=1632;SC=AAAAGGAAACCGAAGACCTTC;SOR=1.397;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=81;TCF=56;TCR=25;TR=80;WE=135413634;WS=135413616;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr7	135418881	rs113477191	C	T	1994.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.289;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=27;PP=995;ReadPosRankSum=-0.247;SC=CTTTCAAAGTCTTCTTTCTTG;SOR=0.739;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=120;TCF=67;TCR=53;TR=60;WE=135418889;WS=135418871;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,92:0.53:173
chr7	135421790	rs4338044	A	G	1202.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.074;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.379;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=13;PP=606;ReadPosRankSum=0.908;SC=CAAAAAAGATAGAGAAAGTGC;SOR=1.079;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=75;TCF=44;TCR=31;TR=37;WE=135421798;WS=135421780;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,59:0.50:118
chr7	135614740	rs17168527	T	C	1985.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.831;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FS=5.383;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.62;ReadPosRankSum=0.490;SOR=1.077;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:89,98:0.52:187
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chr7	136587843	rs10488598	T	C	871.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.106;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.810;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=8;PP=311;ReadPosRankSum=-1.710;SC=CAGAAACTCATTTGGGCTAGT;SOR=0.845;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=61;TCF=39;TCR=22;TR=25;WE=136587851;WS=136587833;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,44:0.49:89
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chr7	136920870	rs116953599	T	G	1004.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=-0.345;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.676;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=10;PP=437;ReadPosRankSum=1.480;SC=AATATGTCAGTTATTTTTCAA;SOR=0.598;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=78;TCF=56;TCR=22;TR=33;WE=136920878;WS=136920860;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,55:0.41:133
chr7	136939582	rs1162122	G	T	7077.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=2.323;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=275;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.326;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=90;NR=63;PP=2883;ReadPosRankSum=-0.524;SC=TGAAGCATCTGGCCTTCAGAA;SOR=0.465;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=156;TCF=90;TCR=66;TR=153;WE=136939590;WS=136939572;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,270:1.00:271
chr7	137080244	rs7792568	T	G	4103.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=2.184;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=408;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.538;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=89;NR=42;PP=2211;ReadPosRankSum=-1.997;SC=GGCACTTCCATAAGCACAGAA;SOR=0.747;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=272;TCF=182;TCR=90;TR=131;WE=137080252;WS=137080234;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:209,192:0.48:401
chr7	137092745	rs3217275	CA	C	6799.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-2.142;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.151;NF=10;NR=101;PP=2951;ReadPosRankSum=1.306;SC=CTATTAGCTGCAAAGAGAGAC;SOR=0.462;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=113;TCF=10;TCR=103;TR=111;WE=137092753;WS=137092735;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,198:0.99:199
chr7	137092781	rs7800454	T	C	3674.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=0.045;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=85;PP=2633;ReadPosRankSum=-0.670;SC=CAGGCAGAATTCGGAACAAGG;SOR=1.068;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=115;TCF=29;TCR=86;TR=114;WE=137092789;WS=137092771;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,126:0.99:127
chr7	137097086	rs1731959	G	C	1615.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=37;PP=1163;SC=ATATCTTGGTGAAGCAGACCG;SOR=3.442;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=41;TCF=4;TCR=37;TR=41;WE=137097094;WS=137097076;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr7	137128830	rs1918837	T	C	618.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.278;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=2.407;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.90;ReadPosRankSum=0.934;SOR=0.421;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,31:0.60:52
chr7	137154572	rs2293546	T	C	1155.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=33;PP=778;SC=AAAATTAGCATGAGGTTTTTA;SOR=3.417;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=37;TCF=4;TCR=33;TR=37;WE=137154580;WS=137154562;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr7	137170049	rs28434741	A	G	1286.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.636;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=18;PP=664;ReadPosRankSum=-1.674;SC=AAATCAAAATAAGACATTAAT;SOR=0.707;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=88;TCF=55;TCR=33;TR=47;WE=137170057;WS=137170039;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,63:0.51:123
chr7	137172245	rs7802865	A	T	675.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.575;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.381;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=6;PP=417;ReadPosRankSum=0.000;SC=AAGCCACCACATTTCCACTTC;SOR=0.389;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=60;TCF=47;TCR=13;TR=25;WE=137172253;WS=137172235;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,31:0.46:68
chr7	137255905	rs834446	C	T	868.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=1.457;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.854;HP=5;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=9;PP=564;ReadPosRankSum=1.049;SC=TTTAATAAAACAGTTATATTG;SOR=1.148;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=96;TCF=67;TCR=29;TR=38;WE=137255913;WS=137255895;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,44:0.39:113
chr7	137255996	rs863082	A	T	3314.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.620;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=355;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.388;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=45;PP=1382;ReadPosRankSum=-0.527;SC=CATGGTGATCACCTGGGTTTC;SOR=0.737;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=214;TCF=114;TCR=100;TR=100;WE=137256004;WS=137255986;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:182,167:0.48:349
chr7	137256176	rs834445	G	A	429.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-0.205;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=16;PP=345;ReadPosRankSum=1.100;SC=ATTAGAAAAGGAAATGCACTT;SOR=0.588;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=35;TCF=4;TCR=31;TR=18;WE=137256184;WS=137256166;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,18:0.47:38
chr7	137261940	rs834431	T	G	380.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.167;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.895;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=3;PP=175;ReadPosRankSum=-0.322;SC=ATATTCAAATTAAATAAATCA;SOR=0.340;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=38;TCF=30;TCR=8;TR=13;WE=137261948;WS=137261930;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,19:0.41:46
chr7	137284480	rs706568	T	A	2100.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.634;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.715;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=27;PP=1151;ReadPosRankSum=-1.458;SC=ATGGTCAGGATATACCTCACA;SOR=0.854;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=167;TCF=108;TCR=59;TR=79;WE=137284488;WS=137284470;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:111,103:0.48:214
chr7	137304765	.	GCACA	G	215.86	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;QD=30.84;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,6:0.86:7
chr7	137304799	.	A	ACACT	140	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;FR=0.5000;HP=2;HapScore=1;MGOF=31;MMLQ=23;MQ=60.53;NF=0;NR=9;PP=140;QD=15.8888888889;SC=ACACACACACACTCATTACAT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=9;WE=137304807;WS=137304789;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:0,9:1.00:9
chr7	137531147	rs71815938	GT	G	12633.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.687;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=487;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.196;NF=65;NR=147;PP=2951;ReadPosRankSum=1.044;SC=CCCTTGCTGGGTAGAAGAGTG;SOR=0.865;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=214;TCF=66;TCR=148;TR=212;WE=137531155;WS=137531137;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,476:1.00:478
chr7	137563914	.	T	TA	291.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.939;ClippingRankSum=0.000;DP=155;ExcessHet=3.0103;FS=0.750;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.93;ReadPosRankSum=1.691;SOR=0.607;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:116,35:0.23:151
chr7	137586329	.	G	GA	31.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.729;ClippingRankSum=0.000;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=1.721;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.22;ReadPosRankSum=2.146;SOR=1.071;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,8:0.31:26
chr7	137590369	rs273968	G	A	744.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=0.860;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.840;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=10;PP=421;ReadPosRankSum=-0.451;SC=AGTGCTGGCCGTTGGGAAGGC;SOR=0.492;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=63;TCF=43;TCR=20;TR=28;WE=137590377;WS=137590359;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,38:0.45:85
chr7	137600690	rs273957	C	T	3110.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=37;NR=46;PP=1780;SC=TCGTCTGTAACTGGCTCTGTC;SOR=0.865;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=83;TCF=37;TCR=46;TR=83;WE=137600698;WS=137600680;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr7	137607183	.	CGT	C	552	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;FR=1.0000;HP=1;HapScore=2;MGOF=61;MMLQ=27;MQ=57.9;NF=11;NR=1;PP=552;QD=49.5833333333;SC=TATATATATACGTATATATAT;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=12;TCF=11;TCR=1;TR=12;WE=137607195;WS=137607182;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr7	137607187	.	T	C	295	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;FR=1.0000;HP=2;HapScore=2;MGOF=61;MMLQ=27;MQ=56.67;NF=13;NR=1;PP=295;QD=23.5550866105;SC=TATATACGTATATATATATAT;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=20;TCF=17;TCR=3;TR=14;WE=137607195;WS=137607182;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:6,14:0.70:20
chr7	137607217	.	C	T	713	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;FR=1.0000;HP=2;HapScore=1;MGOF=27;MMLQ=26;MQ=58.68;NF=27;NR=7;PP=713;QD=21.9932709573;SC=TATATATATACACACATATAT;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=36;TCF=29;TCR=7;TR=34;WE=137607241;WS=137607207;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:2,34:0.94:36
chr7	137607233	.	C	T	684	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;FR=1.0000;HP=2;HapScore=1;MGOF=27;MMLQ=20;MQ=58.96;NF=31;NR=12;PP=684;QD=16.7156095941;SC=TATATATATACACACACACAC;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=47;TCF=34;TCR=13;TR=43;WE=137607241;WS=137607207;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:4,43:0.91:47
chr7	137612913	rs66593747	CTGG	C	2122.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=32;NR=6;PP=1841;SC=GAAGCTGTCACTGGTGGTAAT;SOR=3.080;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=42;TCF=34;TCR=8;TR=38;WE=137612923;WS=137612903;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr7	137641123	rs274003	C	T	917.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=29;NR=0;PP=756;SC=CCAACTACCACTCTTGCCAGA;SOR=6.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=29;TCF=29;TCR=0;TR=29;WE=137641131;WS=137641122;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
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chr7	137782593	rs200250280	CTT	C,CT	462.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.344;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.80;ReadPosRankSum=-1.468;SOR=0.544;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:1,13,12:0.50,0.46:26
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chr7	137801413	rs1872929	A	C	1309.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-1.103;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.374;HP=3;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=20;PP=419;ReadPosRankSum=-0.641;SC=TACTGACTGCAGGGAGTTCCT;SOR=0.552;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=80;TCF=36;TCR=44;TR=37;WE=137801421;WS=137801403;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,68:0.51:133
chr7	137801444	rs1872930	C	T	1552.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=1.077;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.323;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=23;PP=648;ReadPosRankSum=-0.541;SC=TTCACTCCCACGAGTGCCAAG;SOR=0.552;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=85;TCF=37;TCR=48;TR=43;WE=137801452;WS=137801434;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,76:0.53:143
chr7	138200117	rs3757381	A	T	391.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=1.153;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.021;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=15;PP=242;ReadPosRankSum=-0.348;SC=AATAAATGAGATCTTTGCATT;SOR=0.531;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=66;TCF=14;TCR=52;TR=19;WE=138200125;WS=138200107;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,24:0.30:81
chr7	138229990	rs6959574	G	A	294.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.497;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=2;PP=95;ReadPosRankSum=1.780;SC=TCTTCCTGGCGTGGAGGCACC;SOR=0.591;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=16;TCF=12;TCR=4;TR=8;WE=138229998;WS=138229980;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,16:0.64:25
chr7	138265310	rs33935215	A	G	3069.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-2.093;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=354;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.270;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=40;PP=1086;ReadPosRankSum=1.686;SC=CTAACAGTGGAGAGTGGATTT;SOR=0.609;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=185;TCF=105;TCR=80;TR=88;WE=138265318;WS=138265300;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:184,163:0.47:347
chr7	138268563	rs3213902	A	G	359.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=3.084;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=2;PP=270;ReadPosRankSum=0.640;SC=GAATTTAGCTATTTGTATTAT;SOR=0.730;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=29;TCR=4;TR=15;WE=138268571;WS=138268553;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,15:0.43:35
chr7	138270657	rs1673203	G	A	2168.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.571;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.108;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=46;PP=1026;ReadPosRankSum=-0.563;SC=AAAGGGACTCGTTTTTGTGGT;SOR=0.783;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=126;TCF=48;TCR=78;TR=73;WE=138270665;WS=138270647;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:91,108:0.54:199
chr7	138279228	rs1439793	A	T	1323.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=25;NR=14;PP=777;SC=ATATGCCTTTAAAAAAAAAAT;SOR=1.270;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=40;TCF=26;TCR=14;TR=39;WE=138279236;WS=138279218;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr7	138281355	rs1659832	A	G	1447.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=17;NR=31;PP=882;SC=GAGAAAATACAGATTCACTTC;SOR=1.487;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=48;TCF=17;TCR=31;TR=48;WE=138281363;WS=138281345;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr7	138281906	rs1659831	T	C	7734.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=290;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=61;NR=89;PP=2965;SC=TCTCATACTTTAGTTTCTCTT;SOR=0.900;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=150;TCF=61;TCR=89;TR=150;WE=138281914;WS=138281896;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,285:1.00:285
chr7	138305743	rs3734946	A	T	1899.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.570;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.667;HP=5;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=31;PP=919;ReadPosRankSum=-0.228;SC=GGTTCCTCTTACCCCCTCTCT;SOR=0.784;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=140;TCF=73;TCR=67;TR=69;WE=138305751;WS=138305733;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:115,97:0.46:212
chr7	138305782	rs3734945	T	C	4071.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.638;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FS=1.038;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.59;ReadPosRankSum=2.056;SOR=0.644;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:110,109:0.50:219
chr7	138305806	rs3734944	T	C	4167.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-2.063;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.637;HP=3;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=37;PP=779;ReadPosRankSum=1.663;SC=ATATAAATGGTGCCACCATTG;SOR=0.569;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=137;TCF=63;TCR=74;TR=73;WE=138305814;WS=138305796;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:107,114:0.52:221
chr7	138310629	rs1673162	G	A	11675.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.789;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=444;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=171;NR=105;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.192;SC=GTCAACAGAAGCCAGGCATGC;SOR=1.028;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=280;TCF=172;TCR=108;TR=276;WE=138310637;WS=138310619;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,438:1.00:440
chr7	138312122	rs2305816	A	C	6332.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.009;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=244;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=96;NR=66;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.627;SC=GAGGAGAAGGAAGAATAAAGC;SOR=0.353;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=163;TCF=97;TCR=66;TR=162;WE=138312130;WS=138312112;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,235:1.00:236
chr7	138333933	rs58569190	GA	G	1236.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-2.067;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=11;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.557;NF=2;NR=44;PP=659;ReadPosRankSum=2.075;SC=TTATGACAATGAAAAAAAAAA;SOR=0.941;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=60;TCF=3;TCR=57;TR=46;WE=138333942;WS=138333923;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,65:0.94:69
chr7	138356659	rs5887893	AG	A	592.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.59;SOR=5.283;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr7	138356662	rs5011821	G	A	601.77	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.98;SOR=5.421;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr7	138356663	rs5011820	G	C	601.77	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.98;SOR=5.421;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr7	138356664	rs5887894	C	CA	592.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.34;SOR=5.421;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr7	138356730	rs202122915	T	TG	2842.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.42;SOR=1.963;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr7	138356732	.	CTG	GCT	2373	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;FR=1.0000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MMLQ=28;MQ=60.0;NF=38;NR=12;PP=2373;QD=48.7293574972;SC=CCCTCAGTTGCTGTGTTCACG;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=54;TCF=40;TCR=14;TR=50;WE=138356742;WS=138356722;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:4,50:0.93:54
chr7	138356733	rs5887896	TG	T	2842.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.42;SOR=1.963;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr7	138391596	rs12707394	A	G	429.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-0.842;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.200;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=19;PP=402;ReadPosRankSum=-1.096;SC=TGGCCACGGCAGGCACCCAGG;SOR=1.802;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=45;TCF=4;TCR=41;TR=20;WE=138391604;WS=138391586;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,18:0.39:46
chr7	138394695	rs141195167	G	GCAAT	753.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=0.699;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.713;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=10;PP=680;ReadPosRankSum=2.621;SC=CTGGCCTGAAGCAATCCTCCT;SOR=1.721;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=23;TCF=7;TCR=16;TR=14;WE=138394703;WS=138394685;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,19:0.63:30
chr7	138417596	rs148944306	T	TA	303.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.944;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=6.750;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.41;ReadPosRankSum=2.032;SOR=2.165;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,22:0.54:41
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chr7	138441124	rs296910	A	G	1883.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.317;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=271;ExcessHet=3.0103;FS=8.034;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.08;ReadPosRankSum=-0.522;SOR=0.379;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:161,105:0.39:266
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chr7	138482599	rs79675355	C	T	1258.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=1.713;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=10;PP=762;ReadPosRankSum=0.429;SC=GAGAAGGGCACAGCTTGCCCC;SOR=0.744;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=88;TCF=68;TCR=20;TR=45;WE=138482607;WS=138482589;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,55:0.51:108
chr7	138485954	rs6945259	G	T	1703.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=2.926;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.030;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=16;PP=916;ReadPosRankSum=0.559;SC=ATGCCCATGCGGGAGCTTCTA;SOR=0.988;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=131;TCF=89;TCR=42;TR=57;WE=138485962;WS=138485944;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,76:0.49:156
chr7	138486096	rs61729750	G	C	5875.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=0.040;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=577;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=76;NR=77;PP=2337;ReadPosRankSum=1.436;SC=AACAGCTCAAGCTTGACCGCT;SOR=0.700;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=301;TCF=150;TCR=151;TR=153;WE=138486104;WS=138486086;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:288,287:0.50:575
chr7	138583840	rs7802841	C	A	6051.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=58;NR=65;PP=2409;SC=TGAGCTGTACCGGATTGTCAT;SOR=0.775;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=124;TCF=59;TCR=65;TR=123;WE=138583848;WS=138583830;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,227:1.00:227
chr7	138595835	rs11379929	T	TA	1191.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.206;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.518;HP=11;HapScore=3;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=18;PP=481;ReadPosRankSum=0.146;SC=TTTAGAAAGATAAAAAAAAAA;SOR=0.508;SbPval=0.16;Source=Platypus;TC=95;TCF=60;TCR=35;TR=37;WE=138595843;WS=138595825;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,69:0.53:130
chr7	138596064	rs6969074	G	A	1002.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=3.290;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.407;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=32;PP=680;ReadPosRankSum=0.903;SC=TAAATAGTTCGTAAACCTAGG;SOR=1.537;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=95;TCF=26;TCR=69;TR=40;WE=138596072;WS=138596054;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,46:0.41:113
chr7	138603282	rs59985563	T	C	2673.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.552;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=250;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.952;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=32;PP=1254;ReadPosRankSum=-2.390;SC=GCAAGAGGAGTTGAAAGCAAT;SOR=0.613;SbPval=0.23;Source=Platypus;TC=149;TCF=70;TCR=79;TR=72;WE=138603290;WS=138603272;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:122,123:0.50:245
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chr7	138713715	rs11767739	G	C	7186.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.270;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=270;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=110;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.539;SC=ACCTGGTACAGAAATGAGGGA;SOR=0.449;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=167;TCF=56;TCR=111;TR=166;WE=138713723;WS=138713705;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,266:1.00:267
chr7	138719194	rs10713373	AG	A	3534.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=19;NR=31;PP=2010;SC=GTTGCTTCGAAGGCAATTAAA;SOR=1.099;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=53;TCF=21;TCR=32;TR=50;WE=138719202;WS=138719184;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr7	138719231	rs7810237	T	C	3722.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=55;NR=43;PP=1979;SC=AAAAGAAAAATAAATGGGGAA;SOR=0.914;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=98;TCF=55;TCR=43;TR=98;WE=138719239;WS=138719221;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,138:1.00:138
chr7	138732274	rs3087999	C	G	5526.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=102;NR=42;PP=2965;SC=CTCCTGTCTGCGGCAATTTAG;SOR=1.435;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=145;TCF=102;TCR=43;TR=144;WE=138732282;WS=138732264;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,196:1.00:196
chr7	138732457	rs3735008	G	A	13223.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=490;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=163;NR=172;PP=2965;SC=CACAGCTGTCGAACTGTGGAG;SOR=0.701;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=337;TCF=163;TCR=174;TR=335;WE=138732465;WS=138732447;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,488:1.00:488
chr7	138732497	rs3735007	G	A	12174.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=458;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=147;NR=176;PP=2965;SC=ATTTCCTTCAGTAAACTTTCC;SOR=0.828;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=323;TCF=147;TCR=176;TR=323;WE=138732505;WS=138732487;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,455:1.00:455
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chr7	138740037	rs2297236	G	C	7268.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.697;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=278;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=88;NR=100;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.977;SC=TTTGCTGGCTGATGGCTACAA;SOR=0.768;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=191;TCF=89;TCR=102;TR=188;WE=138740045;WS=138740027;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,274:0.99:276
chr7	138740186	rs2297237	A	G	2447.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=40.80;SOR=2.080;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
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chr7	138740224	rs2297239	T	C	581.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=63;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=16;PP=481;SC=ATCATGTCTTTTAAAAATGCT;SOR=3.500;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=2;TCR=17;TR=18;WE=138740232;WS=138740214;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr7	138740240	rs2297240	T	C	417.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=77;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=1;NR=13;PP=344;SC=ATGCTGCAACTATTCATAATC;SOR=3.912;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=14;TCF=1;TCR=13;TR=14;WE=138740248;WS=138740230;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr7	138853315	.	C	CA	350.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.628;ClippingRankSum=0.000;DP=208;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.10;MQRankSum=2.376;QD=2.10;ReadPosRankSum=-0.428;SOR=0.650;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:125,42:0.25:167
chr7	138950972	rs377760158	CA	C	96.92	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.904;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.08;ReadPosRankSum=-1.192;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,10:0.83:12
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chr7	139026152	rs10265	T	G	8107.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=0.693;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=315;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=103;NR=67;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.445;SC=AGGGTCCCCGTCGCACACTTT;SOR=1.024;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=172;TCF=104;TCR=68;TR=170;WE=139026160;WS=139026142;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,304:0.99:306
chr7	139077240	rs4732370	C	A	1902.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=21;NR=22;PP=896;SC=TTATTTGGTCCACATTTCATG;SOR=0.749;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=43;TCF=21;TCR=22;TR=43;WE=139077248;WS=139077230;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr7	139077317	rs4732371	T	A	1024.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=10;NR=19;PP=583;SC=AAGCATTTTTTAAAAAATCTA;SOR=1.206;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=29;TCF=10;TCR=19;TR=29;WE=139077325;WS=139077307;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr7	139097282	rs11409457	A	AC	1290.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.108;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FS=0.945;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.17;ReadPosRankSum=1.711;SOR=0.708;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,72:0.73:98
chr7	139097283	rs200596529	T	C	101.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.515;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FS=2.025;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.04;ReadPosRankSum=-1.793;SOR=0.637;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:77,21:0.21:98
chr7	139102490	rs3778931	A	G	3091.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=27;NR=56;PP=1713;SC=TGATGTGTCAATCAGAGGATA;SOR=1.290;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=83;TCF=27;TCR=56;TR=83;WE=139102498;WS=139102480;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr7	139138551	rs10954649	C	T	2056.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=9;NR=52;PP=1485;SC=TCACCTCTACCGGCCTGGGCA;SOR=2.867;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=62;TCF=9;TCR=53;TR=61;WE=139138559;WS=139138541;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr7	139138871	rs11763327	T	G	3487.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=42;NR=43;PP=1601;SC=GGGGCGGGAGTGGGGCCTCGT;SOR=0.724;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=85;TCF=42;TCR=43;TR=85;WE=139138879;WS=139138861;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chr7	139164345	rs12707445	C	A	2096.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.769;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=248;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.209;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=26;PP=1211;ReadPosRankSum=0.572;SC=AGATCTGTACCCCCTTAGATT;SOR=1.064;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=161;TCF=97;TCR=64;TR=78;WE=139164353;WS=139164335;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:136,105:0.44:241
chr7	139167934	rs1860150	T	G	3700.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=58;NR=35;PP=1670;SC=CACCGGCACCTTGAGGAAGCG;SOR=1.101;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=93;TCF=58;TCR=35;TR=93;WE=139167942;WS=139167924;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,143:1.00:143
chr7	139168063	rs12707447	G	A	1926.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.310;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=33;PP=1067;ReadPosRankSum=1.857;SC=AGCCCCGGGCGCCTCGCCATT;SOR=0.734;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=121;TCF=63;TCR=58;TR=68;WE=139168071;WS=139168053;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,92:0.52:178
chr7	139224992	rs34334721	G	A	232.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.379;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.690;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=0;PP=204;ReadPosRankSum=0.839;SC=CTGAGGCAGGGGAGGGAGCCA;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=16;TCR=1;TR=10;WE=139225000;WS=139224982;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,11:0.52:21
chr7	139313488	rs41274215	C	T	407.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.706;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.132;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=4;PP=264;ReadPosRankSum=0.932;SC=CCAACTGGAACGATTTTAAAG;SOR=0.301;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=47;TCF=39;TCR=8;TR=18;WE=139313496;WS=139313486;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,20:0.39:51
chr7	139313816	rs10276928	C	T	3109.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=3.661;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=280;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.656;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=67;PP=1663;ReadPosRankSum=1.398;SC=CAATTGGTAGCGTGACTTAGC;SOR=1.005;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=181;TCF=68;TCR=113;TR=102;WE=139313824;WS=139313806;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:132,145:0.52:277
chr7	139316360	rs28579164	C	T	1730.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.233;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=21;PP=675;ReadPosRankSum=-0.955;SC=GATCATACTCCGAAGCTCCTG;SOR=0.713;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=129;TCF=78;TCR=51;TR=54;WE=139316368;WS=139316350;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:118,89:0.43:207
chr7	139316502	rs28611119	C	T	1659.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-3.341;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.881;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=30;PP=621;ReadPosRankSum=-0.919;SC=AAACCATTAGCAAGTTGGAAA;SOR=0.406;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=107;TCF=33;TCR=74;TR=46;WE=139316510;WS=139316492;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,82:0.51:160
chr7	139605869	.	C	CT	169.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.093;ClippingRankSum=0.000;DP=133;ExcessHet=3.0103;FS=0.877;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.70;ReadPosRankSum=1.141;SOR=0.586;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:75,25:0.25:100
chr7	139653196	rs5768	A	C	11400.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=429;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=123;NR=125;PP=2965;SC=AAGCCTGCGAACTTCTCCTGG;SOR=0.707;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=249;TCF=123;TCR=126;TR=248;WE=139653204;WS=139653186;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,425:1.00:425
chr7	139724169	rs13760	A	G	121.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=1.307;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=1;PP=75;ReadPosRankSum=-0.067;SC=CTTCTGGTTAATCCACTAGTG;SOR=0.446;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=15;TCF=13;TCR=2;TR=6;WE=139724177;WS=139724159;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,6:0.43:14
chr7	139724358	rs2269996	G	A	2208.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.610;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.528;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=30;PP=1024;ReadPosRankSum=0.831;SC=ACTCCTGTGCGCTCACTGTCG;SOR=0.616;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=128;TCF=72;TCR=56;TR=68;WE=139724366;WS=139724348;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:91,104:0.53:195
chr7	139724555	rs3735352	C	T	2566.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.756;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=288;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=46;PP=1182;ReadPosRankSum=0.856;SC=CCTTGGCCGGCGGACGGACAA;SOR=0.709;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=192;TCF=90;TCR=102;TR=86;WE=139724563;WS=139724545;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:154,128:0.45:282
chr7	139726207	rs2286198	G	A	1911.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=2.908;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.609;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=42;PP=1031;ReadPosRankSum=0.104;SC=AAATACAGCCGGCCTGATGCA;SOR=0.786;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=116;TCF=30;TCR=86;TR=55;WE=139726215;WS=139726197;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,84:0.50:169
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chr7	139746599	.	AGT	A	284.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.184;ClippingRankSum=0.000;DP=76;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.43;MQRankSum=-1.005;QD=4.25;ReadPosRankSum=-1.116;SOR=0.646;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:50,17:0.25:67
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chr7	139754451	rs2362460	T	C	4137.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-2.600;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=390;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.363;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=86;NR=59;PP=2328;ReadPosRankSum=1.441;SC=AAGGAGCCTCTTCCAACTTAC;SOR=0.540;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=271;TCF=169;TCR=102;TR=145;WE=139754459;WS=139754441;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:180,196:0.52:376
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chr7	139762273	rs737321	A	G	4417.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.62;SOR=1.145;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
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chr7	139791109	rs12703533	G	A	1384.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-2.160;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.941;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=35;PP=837;ReadPosRankSum=0.023;SC=TGCATGGACAGAGTCATACTT;SOR=0.389;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=84;TCF=22;TCR=62;TR=51;WE=139791117;WS=139791099;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,62:0.57:109
chr7	139794009	rs12375063	T	G	490.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=0.252;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.407;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=8;PP=189;ReadPosRankSum=0.266;SC=GCCTAATGCTTAAAAATGAAA;SOR=0.415;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=30;TCF=9;TCR=21;TR=13;WE=139794017;WS=139793999;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,24:0.47:51
chr7	139797225	rs3214226	TA	T	190.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=1.077;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=3;PP=74;ReadPosRankSum=1.839;SC=GACCCTGTGCTAATGTAAGTC;SOR=0.648;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=14;TCF=5;TCR=9;TR=4;WE=139797233;WS=139797215;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,8:0.33:24
chr7	139797431	rs6950119	G	T	779.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=1.055;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.748;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=11;PP=353;ReadPosRankSum=-1.932;SC=GATTTCACACGTGTAAAAAAC;SOR=0.760;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=54;TCF=29;TCR=25;TR=24;WE=139797439;WS=139797421;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,42:0.41:103
chr7	139801777	rs1062277	T	G	1296.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.336;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=13;PP=656;ReadPosRankSum=0.859;SC=ATCTCTAATCTTTTGAGGACC;SOR=0.742;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=92;TCF=65;TCR=27;TR=46;WE=139801785;WS=139801767;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,65:0.51:128
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chr7	139811092	rs3815213	C	T	122.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.645;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=4;PP=53;ReadPosRankSum=0.842;SC=TTACAGACATCGCCAAATACT;SOR=1.179;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=4;WE=139811100;WS=139811082;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,6:0.60:10
chr7	139820354	rs59225858	C	G	3448.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.059;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=395;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.89;ReadPosRankSum=1.944;SOR=0.708;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:213,175:0.45:388
chr7	139838805	rs6974217	T	C	362.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-1.073;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.124;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=3;PP=266;ReadPosRankSum=0.759;SC=GGGTGTAATATAACTCCTCAG;SOR=0.293;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=26;TCF=23;TCR=3;TR=16;WE=139838813;WS=139838795;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,16:0.57:28
chr7	140036999	rs4332050	G	A	85.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.029;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=2;PP=83;ReadPosRankSum=0.642;SC=GCAATCAACAGTTTTGCTGAA;SOR=0.892;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=20;TCF=15;TCR=5;TR=7;WE=140037007;WS=140036989;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,7:0.24:29
chr7	140043373	rs11772729	T	C	1472.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.645;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.683;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=26;PP=719;ReadPosRankSum=-0.224;SC=CCTGAAGTCATAAACAGGTTC;SOR=0.781;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=78;TCF=33;TCR=45;TR=42;WE=140043381;WS=140043363;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,69:0.57:120
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chr7	140048262	rs66700092	CT	C	331.37	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.214;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=3.013;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.04;ReadPosRankSum=0.103;SOR=2.049;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:5,28:0.85:33
chr7	140048690	rs60025250	G	A	130.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-1.434;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.424;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=5;PP=71;ReadPosRankSum=-0.095;SC=TGATTTTACAGTTAAACATCT;SOR=2.179;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=5;WE=140048698;WS=140048680;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,6:0.55:11
chr7	140051722	rs3936105	C	T	920.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-2.183;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.902;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=10;PP=364;ReadPosRankSum=1.059;SC=AGGACTCAAACGGCAGTACTG;SOR=0.454;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=50;TCF=34;TCR=16;TR=28;WE=140051730;WS=140051712;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,46:0.57:81
chr7	140051790	rs73472791	T	C	1471.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.392;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=20;PP=629;ReadPosRankSum=1.565;SC=AGAGATTCGATTTCTTGGCCT;SOR=0.743;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=82;TCF=44;TCR=38;TR=44;WE=140051798;WS=140051780;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,73:0.51:142
chr7	140069361	rs4448174	G	C	1643.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.467;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FS=0.524;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.18;ReadPosRankSum=-1.124;SOR=0.772;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:113,88:0.44:201
chr7	140082363	rs6968618	G	A	8049.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=299;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=58;NR=122;PP=2965;SC=TTGACCTTAAGGTTTGGATGA;SOR=1.246;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=182;TCF=60;TCR=122;TR=180;WE=140082371;WS=140082353;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,294:1.00:294
chr7	140107672	rs12703834	G	A	560.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.510;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=4.763;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.65;MQRankSum=1.205;QD=11.93;ReadPosRankSum=0.411;SOR=0.208;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,27:0.57:47
chr7	140107680	.	C	T	348.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.120;ClippingRankSum=0.000;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.56;MQRankSum=-1.001;QD=9.18;ReadPosRankSum=-1.562;SOR=0.782;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,18:0.47:38
chr7	140125524	rs71761236	C	CAA	340.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-0.256;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=11;HapScore=4;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=4;PP=176;ReadPosRankSum=0.343;SC=AACTCCATCTCAAAAAAAAAA;SOR=0.892;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=30;TCF=23;TCR=7;TR=14;WE=140125532;WS=140125521;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,18:0.53:34
chr7	140155778	rs2363826	G	C	1687.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=2.006;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.677;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=28;PP=754;ReadPosRankSum=1.806;SC=CTGGTGTGTCGCCTCCAGACT;SOR=0.932;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=97;TCF=42;TCR=55;TR=45;WE=140155786;WS=140155768;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,83:0.49:171
chr7	140158851	rs2272095	C	G	5633.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.009;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=490;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.116;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=89;PP=2479;ReadPosRankSum=0.428;SC=GGATGCAGGACCTGCAGCCCA;SOR=0.578;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=304;TCF=117;TCR=187;TR=145;WE=140158859;WS=140158841;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:219,261:0.54:480
chr7	140159721	rs10243155	T	C	1247.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.969;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.374;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.172;NF=18;NR=29;PP=716;ReadPosRankSum=0.251;SC=GTTTCAATGGTTTGCTATGTT;SOR=0.833;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=96;TCF=38;TCR=58;TR=47;WE=140159729;WS=140159711;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,61:0.45:136
chr7	140159798	rs11763850	A	G	1347.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=26;PP=829;SC=TGTAATCCCAACAGTTTGGGA;SOR=1.157;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=44;TCF=17;TCR=27;TR=43;WE=140159806;WS=140159788;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr7	140173010	rs58539466	C	CA	475.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.734;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FS=2.932;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.18;MQRankSum=1.390;QD=4.25;ReadPosRankSum=0.054;SOR=0.404;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:68,44:0.39:112
chr7	140173102	rs17161569	T	G	3103.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.239;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=304;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.577;NF=45;NR=52;PP=1554;ReadPosRankSum=-0.466;SC=TGAAGTTCCTTCCACTGTGCA;SOR=0.678;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=205;TCF=94;TCR=111;TR=97;WE=140173110;WS=140173092;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:148,149:0.50:297
chr7	140173170	rs79453306	A	G	3007.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.671;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=277;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=50;PP=1405;ReadPosRankSum=0.003;SC=GAATCCCCCTACTGCTGTGCC;SOR=0.719;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=162;TCF=64;TCR=98;TR=80;WE=140173178;WS=140173160;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:132,143:0.52:275
chr7	140174292	rs10709936	CA	C	196.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.076;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.33;MQRankSum=1.067;QD=6.56;ReadPosRankSum=1.465;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,15:0.50:30
chr7	140175141	rs139052285	AAAAC	A	2655.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.801;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FS=4.361;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.05;MQRankSum=1.214;QD=14.67;ReadPosRankSum=1.064;SOR=0.979;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:107,74:0.41:181
chr7	140218464	rs6852	C	A	5902.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=63;NR=61;PP=2622;SC=GTTTTTAAAGCATAGGGCTGC;SOR=0.721;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=124;TCF=63;TCR=61;TR=124;WE=140218472;WS=140218454;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,219:1.00:219
chr7	140255623	rs4342501	T	C	4351.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.652;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=69;PP=2200;ReadPosRankSum=-0.920;SC=CCACATATCATAGCTCTGGAA;SOR=1.118;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=108;TCF=38;TCR=70;TR=106;WE=140255631;WS=140255613;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,166:0.99:168
chr7	140257841	rs10252031	A	G	1327.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=39;NR=4;PP=993;SC=GTGCCTCATCAGGGAATCTCA;SOR=4.003;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=43;TCF=39;TCR=4;TR=43;WE=140257849;WS=140257831;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr7	140257907	rs12704002	C	T	4714.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=97;NR=36;PP=2676;SC=AGGAAGTCCACGAGGCTCTTG;SOR=1.695;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=133;TCF=97;TCR=36;TR=133;WE=140257915;WS=140257897;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,169:1.00:169
chr7	140258000	rs12704003	T	C	12993.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-2.103;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=506;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=167;NR=145;PP=2965;ReadPosRankSum=1.494;SC=TTAAGACAAATGAGAATGTTT;SOR=0.255;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=313;TCF=168;TCR=145;TR=312;WE=140258008;WS=140257990;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,503:1.00:504
chr7	140268731	.	C	CT	36.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.591;ClippingRankSum=0.000;DP=98;ExcessHet=3.0103;FS=1.245;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.48;ReadPosRankSum=-0.938;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:63,13:0.17:76
chr7	140301731	rs269243	G	T	20140.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=754;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=245;NR=228;PP=2965;SC=CACGGAGAGGGGATCGTTCTG;SOR=0.739;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=473;TCF=245;TCR=228;TR=473;WE=140301739;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,751:1.00:751
chr7	140395554	.	C	CT	213.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.406;ClippingRankSum=0.000;DP=210;ExcessHet=3.0103;FS=3.504;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.05;MQRankSum=0.000;QD=1.10;ReadPosRankSum=1.711;SOR=0.764;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:156,39:0.20:195
chr7	140396472	rs57717083	C	CG	1983.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=21;NR=17;PP=1589;SC=ACGGGAGGCGCGGGCGGAGCG;SOR=1.649;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=43;TCF=25;TCR=18;TR=38;WE=140396480;WS=140396462;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr7	140426257	rs3829814	A	G	5209.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=72;NR=51;PP=2283;SC=CGAACACAAGACTTAAGAAAT;SOR=0.938;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=123;TCF=72;TCR=51;TR=123;WE=140426265;WS=140426247;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,198:1.00:198
chr7	140434587	.	AAAAAAAAAAG	A	175.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.791;ClippingRankSum=0.000;DP=119;ExcessHet=3.0103;FS=2.512;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.51;ReadPosRankSum=3.520;SOR=0.905;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,19:0.38:50
chr7	140508151	.	CAA	C	299.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.395;ClippingRankSum=0.000;DP=164;ExcessHet=3.0103;FS=4.962;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.94;ReadPosRankSum=1.156;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:51,25:0.33:76
chr7	140702199	rs10654746	C	CT	1090.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.428;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FS=5.230;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.86;MQRankSum=0.000;QD=13.81;ReadPosRankSum=1.262;SOR=1.688;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:12,67:0.85:79
chr7	140774467	rs477223	C	G	5391.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=34;NR=83;PP=2513;SC=GCTTCGACCCCGAGATCGCCG;SOR=1.294;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=117;TCF=34;TCR=83;TR=117;WE=140774475;WS=140774457;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,195:1.00:195
chr7	141137460	rs13233459	C	T	1525.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=-1.180;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=17;PP=504;ReadPosRankSum=-0.824;SC=CCATCATCCTCTTTGGCTGGA;SOR=0.681;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=96;TCF=54;TCR=42;TR=40;WE=141137468;WS=141137450;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:89,80:0.47:169
chr7	141137554	rs1727491	A	G	6059.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.650;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=32.76;ReadPosRankSum=-0.762;SOR=0.819;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,183:0.99:185
chr7	141137554	.	ACG	GCA,GCG	901	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.6;FR=0.5000,0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MMLQ=28;MQ=60.0;NF=15,46;NR=20,51;PP=458,901;QD=14.6133678532;SC=AGGTAAGGCTACGGGCTCGGC;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=98;TCF=46;TCR=52;TR=35,97;WE=141137564;WS=141137544;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.36:98
chr7	141137556	rs1619668	G	A	1238.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.715;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FS=4.423;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.81;ReadPosRankSum=-0.889;SOR=0.977;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:115,67:0.37:182
chr7	141362431	rs6949729	T	C	1448.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=37;NR=8;PP=1017;SC=CCACGTGAAGTGGCTCCCAGT;SOR=2.833;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=45;TCF=37;TCR=8;TR=45;WE=141362439;WS=141362421;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr7	141363842	rs12534759	C	T	842.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.816;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.511;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=9;PP=488;ReadPosRankSum=0.074;SC=GTAAGGAGCCCGGCTCTAAGT;SOR=0.334;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=75;TCF=56;TCR=19;TR=34;WE=141363850;WS=141363832;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,38:0.48:79
chr7	141364712	rs2286150	G	A	2353.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.408;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.194;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=23;PP=1185;ReadPosRankSum=2.731;SC=ACCTCTGCTCGTTGAGCCGGC;SOR=1.131;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=124;TCF=80;TCR=44;TR=74;WE=141364720;WS=141364702;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,109:0.56:196
chr7	141365128	rs2286151	T	C	2712.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.460;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=297;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.623;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=54;PP=1433;ReadPosRankSum=0.197;SC=ACTGTGGGGATAGAGGAGGTG;SOR=0.481;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=224;TCF=91;TCR=133;TR=94;WE=141365136;WS=141365118;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:164,132:0.45:296
chr7	141374030	.	A	AAC	157	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;FR=0.5000;HP=4;HapScore=3;MGOF=22;MMLQ=23;MQ=60.0;NF=0;NR=11;PP=157;QD=14.5454545455;SC=CCTGCAGAAAAACACACACAC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=28;TCF=0;TCR=28;TR=11;WE=141374039;WS=141374020;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:17,11:0.39:28
chr7	141420707	rs6971275	T	C	2110.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.560;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=237;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=30;PP=1251;ReadPosRankSum=-0.334;SC=TTGATGTTTTTATTCCTCAAT;SOR=0.697;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=160;TCF=99;TCR=61;TR=77;WE=141420715;WS=141420697;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:132,104:0.44:236
chr7	141420768	rs6967301	A	G	3231.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.565;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=372;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.218;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=51;PP=1395;ReadPosRankSum=0.618;SC=ATGCTCACGCAGTGCTTGGGC;SOR=0.629;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=220;TCF=106;TCR=114;TR=102;WE=141420776;WS=141420758;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:202,169:0.46:371
chr7	141429224	rs35399772	TC	T	786.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.232;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.353;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.403;NF=18;NR=4;PP=780;ReadPosRankSum=1.382;SC=GCTTTTCGTTTCTGTAAATAC;SOR=0.412;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=47;TCF=40;TCR=7;TR=22;WE=141429232;WS=141429214;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,31:0.52:60
chr7	141429515	rs6962507	G	A	1059.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-2.026;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.745;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=27;PP=580;ReadPosRankSum=0.576;SC=GCAGCCGGGCGTGGTGGCTCA;SOR=0.305;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=73;TCF=17;TCR=56;TR=37;WE=141429523;WS=141429505;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,50:0.57:88
chr7	141442213	rs2301924	G	A	303.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=1.220;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=9;PP=210;ReadPosRankSum=-0.911;SC=CTGAGCCCCTGTTCTCCTTAT;SOR=0.914;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=25;TCF=7;TCR=18;TR=12;WE=141442221;WS=141442203;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,14:0.54:26
chr7	141463914	rs765007	T	C	969.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=0.189;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=6;PP=658;ReadPosRankSum=-1.617;SC=GGAGATTCTATGTATCAACAG;SOR=0.744;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=81;TCF=66;TCR=15;TR=38;WE=141463922;WS=141463904;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,42:0.48:87
chr7	141464765	rs2270009	C	T	3986.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.807;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=417;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.722;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=67;NR=55;PP=1741;ReadPosRankSum=-1.290;SC=AGATGATTGGCGAAGTAATGA;SOR=0.751;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=252;TCF=132;TCR=120;TR=122;WE=141464773;WS=141464755;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:209,198:0.49:407
chr7	141478308	rs2233998	T	C	346.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=0.114;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=3;PP=276;ReadPosRankSum=-1.145;SC=TTATTCTATTTCTCTGCTATT;SOR=0.804;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=40;TCF=34;TCR=6;TR=17;WE=141478316;WS=141478298;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,17:0.34:50
chr7	141478574	rs2234001	G	C	4088.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.079;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=397;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.363;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=69;PP=2456;ReadPosRankSum=-0.019;SC=CTCGAGCAGTGTCTGGTTTGT;SOR=0.715;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=262;TCF=130;TCR=132;TR=135;WE=141478582;WS=141478564;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:202,190:0.48:392
chr7	141478800	rs2234002	G	A	4070.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.629;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=421;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.452;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=70;NR=67;PP=2083;ReadPosRankSum=0.463;SC=TTTAATATCAGTGAGGGCATC;SOR=0.528;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=284;TCF=154;TCR=130;TR=137;WE=141478808;WS=141478790;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:214,198:0.48:412
chr7	141490107	rs2234012	A	G	187.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.166;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.098;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=1;PP=117;ReadPosRankSum=1.521;SC=GTGTGTTATCACTACCAGGGG;SOR=2.891;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=18;TCF=14;TCR=4;TR=10;WE=141490115;WS=141490101;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,11:0.48:23
chr7	141490238	rs2227264	G	T	1203.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=1.554;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=16;PP=591;ReadPosRankSum=-0.016;SC=GGAAATGGAAGCCTGGTGGTC;SOR=0.687;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=81;TCF=48;TCR=33;TR=38;WE=141490246;WS=141490228;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,60:0.43:138
chr7	141536351	rs370442337	CAG	C	122.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.843;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=264;ExcessHet=3.0103;FS=0.946;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.08;MQRankSum=3.974;QD=0.63;ReadPosRankSum=-0.427;SOR=0.869;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:170,25:0.13:195
chr7	141537735	rs12669721	T	G	1460.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.523;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.436;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=18;PP=768;ReadPosRankSum=0.897;SC=GTGGCGAGGGTAAGGGGCTGG;SOR=0.548;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=80;TCF=54;TCR=26;TR=48;WE=141537743;WS=141537725;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,69:0.53:129
chr7	141537942	rs145160047	T	TCAA	4056.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.031;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=294;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.072;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=38;PP=2230;ReadPosRankSum=1.293;SC=GAAGTAATCATCATCATCATC;SOR=0.855;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=117;TCF=24;TCR=93;TR=47;WE=141537950;WS=141537927;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:163,109:0.40:272
chr7	141537968	rs11765575	A	G	2503.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.177;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=253;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.128;HP=1;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=42;PP=989;ReadPosRankSum=0.973;SC=CATTGCTAAGATACTGAATGT;SOR=0.553;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=155;TCF=65;TCR=90;TR=77;WE=141537976;WS=141537958;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:133,120:0.47:253
chr7	141538697	rs183018253	T	C	1016.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=1.732;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=17;PP=678;ReadPosRankSum=-0.758;SC=CCCTTTAATGTCTCCATACCT;SOR=0.661;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=75;TCF=48;TCR=27;TR=44;WE=141538705;WS=141538687;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,48:0.49:97
chr7	141538865	rs12703412	A	G	1023.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=2.462;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=21;PP=630;ReadPosRankSum=-1.289;SC=ATAACATGTAACACAGGGTTC;SOR=0.659;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=72;TCF=28;TCR=44;TR=37;WE=141538873;WS=141538855;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,47:0.49:95
chr7	141635538	rs5888023	C	CA	4548.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=45;NR=30;PP=2973;SC=CCCCACTCCCCCAAGTTTCTA;SOR=1.672;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=77;TCF=45;TCR=32;TR=75;WE=141635546;WS=141635528;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr7	141672705	rs1726866	G	A	9063.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=354;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=108;NR=119;PP=2965;SC=GATGAAGGCAGCACAGGATGA;SOR=0.746;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=227;TCF=108;TCR=119;TR=227;WE=141672713;WS=141672695;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,347:1.00:347
chr7	141705515	rs1285964	A	T	611.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.053;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.781;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=13;PP=233;ReadPosRankSum=-1.543;SC=CAAACCTTCAACAATGTCAGG;SOR=0.553;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=63;TCF=25;TCR=38;TR=22;WE=141705523;WS=141705505;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,37:0.37:101
chr7	141718951	rs1358305	C	T	938.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.579;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.102;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=7;PP=534;ReadPosRankSum=-2.720;SC=TATAAATGATCATGTTCTACA;SOR=1.139;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=59;TCF=41;TCR=18;TR=30;WE=141718959;WS=141718941;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,42:0.51:82
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chr7	141731340	rs4374898	G	A	93.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=2.777;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=0;PP=64;ReadPosRankSum=-0.000;SC=TGTGAGCACCGCACCTTCTTA;SOR=0.307;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=13;TCR=0;TR=5;WE=141731348;WS=141731333;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,5:0.36:14
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chr7	141740409	rs10215116	A	G	206.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.581;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=3;PP=143;ReadPosRankSum=0.914;SC=TGGCTAGACCATAATTCAGCT;SOR=0.859;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=29;TCF=21;TCR=8;TR=12;WE=141740417;WS=141740399;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,12:0.38:32
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chr7	141750316	rs6948116	C	T	152.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=2.232;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.831;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=0;PP=88;ReadPosRankSum=-0.128;SC=TTTTTATGATCGTTTTAAATT;SOR=2.093;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=18;TCR=3;TR=7;WE=141750324;WS=141750307;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,7:0.33:21
chr7	141750472	rs62477572	A	G	1762.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-1.649;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=20;PP=564;ReadPosRankSum=-0.389;SC=ACCTTTATGCATACTTGGACT;SOR=0.680;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=108;TCF=60;TCR=48;TR=45;WE=141750480;WS=141750462;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:112,92:0.45:204
chr7	141752006	rs71166554	AT	A	1186.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.840;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=11;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.856;NF=20;NR=24;PP=511;ReadPosRankSum=1.456;SC=TCTAATTTCTATTTTTTTTTT;SOR=0.695;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=98;TCF=40;TCR=58;TR=44;WE=141752028;WS=141751996;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:94,79:0.46:173
chr7	141752213	rs2961085	C	A	752.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=3.531;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=22;PP=541;ReadPosRankSum=0.505;SC=GTGCTTCTGCCGAAAACTGCA;SOR=0.761;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=61;TCF=15;TCR=46;TR=28;WE=141752221;WS=141752203;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,32:0.48:66
chr7	141755795	rs2961081	C	T	2404.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=2.702;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.641;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-1.071;NF=62;NR=19;PP=1572;ReadPosRankSum=0.724;SC=CCCATGACTCCCCAGTACAAG;SOR=0.608;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=140;TCF=109;TCR=31;TR=81;WE=141755803;WS=141755783;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,99:0.57:174
chr7	141755987	rs2961080	G	T	4328.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-2.040;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=393;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.377;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-1.298;NF=57;NR=90;PP=2197;ReadPosRankSum=-1.027;SC=TTCCTTGAAGGCAAAATCTTC;SOR=0.655;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=265;TCF=99;TCR=166;TR=147;WE=141755995;WS=141755977;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:175,207:0.54:382
chr7	141759274	rs2960758	T	C	2197.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.621;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=44.05;MQRankSum=-2.295;QD=27.47;ReadPosRankSum=2.125;SOR=1.580;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,78:0.98:80
chr7	141759340	rs2961074	T	C	1064.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.099;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.998;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.636;NF=34;NR=28;PP=819;ReadPosRankSum=-4.010;SC=CCAAGTTTGCTGGGTTTCCAG;SOR=0.894;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=162;TCF=85;TCR=77;TR=62;WE=141759348;WS=141759330;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:119,58:0.33:177
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chr7	141794263	rs3087322	A	G	1840.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.134;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-3.642;NF=27;NR=24;PP=750;ReadPosRankSum=-1.184;SC=GAGACAACACAGCCGCGTGGG;SOR=0.693;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=107;TCF=56;TCR=51;TR=51;WE=141794271;WS=141794253;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:108,94:0.47:202
chr7	141794763	rs138070479	ATT	A	2246.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.796;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.44;MQRankSum=0.321;QD=23.40;ReadPosRankSum=1.132;SOR=1.280;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:12,84:0.88:96
chr7	141794790	rs4259331	A	G	2791.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=55;PP=1604;SC=TTTGAGACAAAGACTCATTCT;SOR=2.833;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=68;TCF=13;TCR=55;TR=67;WE=141794798;WS=141794780;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr7	141796048	rs7807614	G	C	604.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.913;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.48;MQRankSum=-0.190;QD=11.20;ReadPosRankSum=-0.037;SOR=0.645;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,29:0.54:54
chr7	141796081	rs7807635	G	A	831.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.411;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=2.130;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.97;MQRankSum=-0.693;QD=12.80;ReadPosRankSum=-0.677;SOR=1.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,37:0.57:65
chr7	141796131	rs6975672	G	A	1324.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.049;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FS=3.012;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.22;MQRankSum=0.573;QD=9.53;ReadPosRankSum=-0.465;SOR=0.486;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:74,65:0.47:139
chr7	141796250	rs6976953	C	T	2920.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=31;NR=72;PP=1719;SC=GGGAGGATCCCAGCTGTGAGG;SOR=1.238;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=104;TCF=31;TCR=73;TR=103;WE=141796258;WS=141796240;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr7	141796289	rs36061384	C	G	886.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.179;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.338;HP=1;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.586;NF=4;NR=32;PP=712;ReadPosRankSum=0.735;SC=GAGAAGAGGCCTGAGCTGGTG;SOR=1.991;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=58;TCF=10;TCR=48;TR=36;WE=141796297;WS=141796279;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,37:0.56:66
chr7	141805522	rs36052135	G	A	3682.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.574;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=328;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.416;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=74;NR=50;PP=1913;ReadPosRankSum=0.698;SC=AGTATTAGGGGGTTATTTGGA;SOR=0.574;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=216;TCF=137;TCR=79;TR=124;WE=141805530;WS=141805512;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:149,176:0.54:325
chr7	141819908	rs78877860	G	T	469.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-2.540;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=2;PP=220;ReadPosRankSum=-0.273;SC=TAAACTTGGAGAAGTGTTAAA;SOR=0.521;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=42;TCF=34;TCR=8;TR=15;WE=141819916;WS=141819898;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,21:0.42:50
chr7	141831170	rs12154281	G	A	1081.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-3.568;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.250;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.374;NF=37;NR=5;PP=832;ReadPosRankSum=0.664;SC=CCTGGGAGGTGGAGGTTGCAG;SOR=1.022;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=73;TCF=65;TCR=8;TR=42;WE=141831178;WS=141831160;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,44:0.52:84
chr7	141831230	rs141777683	C	T	3373.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.286;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=293;ExcessHet=3.0103;FS=0.448;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.07;MQRankSum=-1.531;QD=11.84;ReadPosRankSum=0.187;SOR=0.647;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:131,154:0.54:285
chr7	141831236	.	C	CAAAACA	3502.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.748;ClippingRankSum=0.000;DP=435;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.343;HP=4;HapScore=4;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=2.705;NF=21;NR=34;PP=2980;ReadPosRankSum=-0.249;SC=GACTCCATCTCAAAACAAAAA;SOR=0.785;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=154;TCF=72;TCR=82;TR=55;WE=141831244;WS=141831220;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:167,163:0.49:330
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chr7	141838362	rs6464465	C	G	4643.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-1.071;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=496;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=65;PP=1959;ReadPosRankSum=-2.273;SC=GGCCATTCTTCCCTCCCTATT;SOR=0.682;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=271;TCF=129;TCR=142;TR=126;WE=141838370;WS=141838352;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:250,232:0.48:482
chr7	141844888	rs12154456	C	G	3292.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=35;NR=61;PP=1903;SC=GCCGAAGTCTCTGCAGCAGTG;SOR=1.247;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=96;TCF=35;TCR=61;TR=96;WE=141844896;WS=141844878;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr7	141853951	rs73158444	C	T	854.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.403;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.854;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=24;PP=495;ReadPosRankSum=-1.428;SC=ATGGTCTATCCCCACTATCCT;SOR=1.013;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=70;TCF=20;TCR=50;TR=31;WE=141853959;WS=141853941;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,40:0.45:89
chr7	141857846	rs7811706	A	G	8186.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=316;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=96;NR=104;PP=2965;SC=CTTTTCTACCATGCTCACACC;SOR=0.787;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=202;TCF=98;TCR=104;TR=200;WE=141857865;WS=141857836;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,310:1.00:310
chr7	141873000	rs9986803	T	A	2787.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.174;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=18;PP=1548;ReadPosRankSum=1.663;SC=TAAGAAATCTTTCTGGATGCA;SOR=0.651;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=73;TCF=54;TCR=19;TR=71;WE=141873008;WS=141872990;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,103:0.99:104
chr7	141885944	rs111646116	CT	C	204.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.503;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=266;ExcessHet=3.0103;FS=1.431;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.04;MQRankSum=1.922;QD=0.88;ReadPosRankSum=-1.041;SOR=0.558;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:179,54:0.23:233
chr7	141896059	rs4236467	A	G	3652.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=49;NR=28;PP=1443;SC=ACACAGCTGCATGGGACCAGC;SOR=1.011;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=78;TCF=49;TCR=29;TR=77;WE=141896067;WS=141896049;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,142:1.00:142
chr7	141897595	rs3110843	T	C	3843.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=34;NR=87;PP=2766;SC=AAAAGCATTTTAAAGATCATC;SOR=1.758;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=121;TCF=34;TCR=87;TR=121;WE=141897603;WS=141897585;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr7	141898023	rs4260813	C	A	7831.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=316;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=78;NR=96;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.141;SC=TGTGAAGAACCAGTTTGGTCT;SOR=0.816;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=178;TCF=80;TCR=98;TR=174;WE=141898031;WS=141898013;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,308:0.99:312
chr7	141898522	rs2960768	T	A	7056.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=265;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=70;NR=109;PP=2965;SC=AAGAGCCTGCTATGAACACTC;SOR=1.005;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=179;TCF=70;TCR=109;TR=179;WE=141898530;WS=141898512;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,262:1.00:262
chr7	141898680	rs2961065	T	C	402.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=16;PP=349;SC=ATCCTGTGAGTGCTTTCTGAG;SOR=5.549;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=0;TCR=16;TR=16;WE=141898688;WS=141898670;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr7	141899660	rs11402165	C	CT	1055.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.346;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FS=0.970;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.00;ReadPosRankSum=0.617;SOR=0.910;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,67:0.70:96
chr7	141901322	rs6963175	G	A	3646.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=66;NR=40;PP=2165;SC=AATACAGTTAGGTTTTGACAA;SOR=1.153;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=106;TCF=66;TCR=40;TR=106;WE=141901330;WS=141901312;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,134:1.00:134
chr7	141901506	rs6464469	C	T	1392.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=4;NR=35;PP=986;SC=TTTCTTGTTACTATTTTGTAA;SOR=3.033;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=39;TCF=4;TCR=35;TR=39;WE=141901514;WS=141901496;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr7	141951998	rs1052410	C	T	642.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-1.049;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.251;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=5;PP=415;ReadPosRankSum=1.386;SC=TAAAGGTGAACGATGGGGACA;SOR=0.394;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=66;TCF=55;TCR=11;TR=28;WE=141952006;WS=141951988;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,30:0.42:71
chr7	141952023	rs1052408	G	A	1347.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-3.636;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.568;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=17;PP=681;ReadPosRankSum=-3.141;SC=GTGTCATATGGTCCACAACTG;SOR=0.357;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=109;TCF=78;TCR=31;TR=52;WE=141952031;WS=141952013;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,67:0.48:139
chr7	141954706	rs201234582	T	TA	390.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.354;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=10;HapScore=3;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=3;PP=289;ReadPosRankSum=2.037;SC=AGCGGGTGAATAAAAAAAACC;SOR=0.941;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=44;TCF=37;TCR=7;TR=19;WE=141954714;WS=141954700;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,25:0.49:51
chr7	141954822	rs1894316	G	A	2716.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.508;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=282;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.305;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=40;PP=1453;ReadPosRankSum=-1.065;SC=CAAGAGTCGCGAAGGTGTAGA;SOR=0.523;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=202;TCF=120;TCR=82;TR=95;WE=141954830;WS=141954812;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:146,133:0.48:279
chr7	141955128	rs1894317	C	T	2603.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.827;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.393;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=47;PP=1256;ReadPosRankSum=1.621;SC=TCACCCGAAGCTTTCTGGAAC;SOR=0.535;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=133;TCF=50;TCR=83;TR=79;WE=141955136;WS=141955118;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:92,122:0.57:214
chr7	141957424	rs12531935	G	A	3407.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.641;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=354;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.270;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=44;PP=1473;ReadPosRankSum=-1.171;SC=GCTGTTACCCGTCTTTCATGC;SOR=0.585;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=221;TCF=133;TCR=88;TR=102;WE=141957442;WS=141957414;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:184,168:0.48:352
chr7	141957504	rs7786497	A	G	3053.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.669;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=282;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.734;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=64;PP=1610;ReadPosRankSum=1.590;SC=GATTCAAGAGAGCCCAGAGGA;SOR=0.978;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=183;TCF=76;TCR=107;TR=105;WE=141957512;WS=141957494;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:135,146:0.52:281
chr7	142001030	rs56095598	A	G	6075.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=57;NR=79;PP=2910;SC=GTGATCTTGCACTGTGTCCCC;SOR=0.963;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=136;TCF=57;TCR=79;TR=136;WE=142001038;WS=142001020;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,223:1.00:223
chr7	142013384	rs361401	G	C	18431.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=695;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=206;NR=242;PP=2965;SC=GAAAGTGTGCGAAGTCGCTTC;SOR=0.819;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=448;TCF=206;TCR=242;TR=448;WE=142013392;WS=142013374;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,689:1.00:689
chr7	142028108	rs361428	A	C	2523.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.55;QD=37.67;SOR=2.200;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr7	142028108	.	ACTTGAGAGTC	CCTTGAGAGTA,CCTTGAGAGTC	755	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.46;FR=0.5000,0.5000;HP=4;HapScore=2;MGOF=8;MMLQ=28;MQ=59.53;NF=15,40;NR=7,13;PP=319,755;QD=16.9303579483;SC=AGAATGACCCACTTGAGAGTC;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=55;TCF=41;TCR=14;TR=22,53;WE=142028126;WS=142028098;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.40:55
chr7	142028118	rs361429	C	A	688.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.148;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FS=2.044;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.64;MQRankSum=1.460;QD=8.20;ReadPosRankSum=-0.082;SOR=0.434;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:50,34:0.40:84
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chr7	142032373	.	CC	TT	607.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.428;ClippingRankSum=0.000;DP=512;ExcessHet=3.0103;FS=1.912;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.14;MQRankSum=-19.995;QD=1.20;ReadPosRankSum=2.552;SOR=0.529;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:453,53:0.10:506
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chr7	142119959	.	AA	TC	423.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.349;ClippingRankSum=0.000;DP=789;ExcessHet=3.0103;FS=1.014;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.02;MQRankSum=-27.823;QD=0.55;ReadPosRankSum=-2.716;SOR=0.731;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:714,63:0.08:777
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chr7	142131957	rs367973065	G	C	68.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.462;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=2.375;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.83;MQRankSum=-5.137;QD=1.35;ReadPosRankSum=1.224;SOR=1.566;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:44,7:0.14:51
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chr7	142139259	rs361374	G	A	2074.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.522;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FS=5.521;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.71;MQRankSum=3.379;QD=10.92;ReadPosRankSum=-0.094;SOR=1.098;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:99,91:0.48:190
chr7	142139271	rs146977487	TG	CA	8909.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=4.442;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=243;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=28.700;HP=1;HapScore=2;JOINED;MGOF=32;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=13.299;NF=113;NR=43;PP=2944;ReadPosRankSum=2.079;SC=GACTATGCCATGCTGTGGCTA;SOR=1.719;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=190;TCF=140;TCR=50;TR=156;WE=142139280;WS=142139238;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,215:0.90:240
chr7	142139348	rs73742284	C	T	13609.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=0.748;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=548;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=41;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=5.653;NF=177;NR=140;PP=2965;ReadPosRankSum=0.714;SC=AGAGTGGAGACGGATCCCTCA;SOR=0.861;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=345;TCF=189;TCR=156;TR=317;WE=142139356;WS=142139338;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,512:1.00:514
chr7	142143639	rs377139967	T	G	879.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.670;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FS=11.192;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.23;MQRankSum=-8.044;QD=4.17;ReadPosRankSum=2.694;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:174,37:0.18:211
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chr7	142162001	rs73742263	A	C	21545.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.432;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=807;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=-0.072;NF=270;NR=238;PP=2965;ReadPosRankSum=1.254;SC=AGCGGGAAATACTCTGTGGTT;SOR=0.389;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=510;TCF=270;TCR=240;TR=508;WE=142162009;WS=142161991;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,803:1.00:804
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chr7	142162278	rs361443	C	T	3584.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.156;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=412;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.768;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=1.543;NF=46;NR=77;PP=1753;ReadPosRankSum=-0.643;SC=GGGGCTGGGCCTTGAAATCTA;SOR=0.837;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=276;TCF=110;TCR=166;TR=123;WE=142162286;WS=142162268;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:230,181:0.44:411
chr7	142162306	rs361442	A	G	2789.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.482;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=330;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.406;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.536;NF=38;NR=61;PP=1398;ReadPosRankSum=-0.028;SC=GGCCCTGTCCAGGACCCACCT;SOR=0.663;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=220;TCF=84;TCR=136;TR=99;WE=142162314;WS=142162296;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:185,144:0.44:329
chr7	142168348	.	G	A	476.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.987;ClippingRankSum=0.000;DP=212;ExcessHet=3.0103;FS=22.675;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.03;MQRankSum=-14.430;QD=2.27;ReadPosRankSum=-0.628;SOR=2.998;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:185,25:0.12:210
chr7	142168351	.	T	C	662.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.332;ClippingRankSum=0.000;DP=228;ExcessHet=3.0103;FS=22.740;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.94;MQRankSum=-14.962;QD=2.93;ReadPosRankSum=-0.984;SOR=2.750;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:197,29:0.13:226
chr7	142168362	.	A	T	1573.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.732;ClippingRankSum=0.000;DP=276;ExcessHet=3.0103;FS=18.845;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.98;MQRankSum=-14.766;QD=5.74;ReadPosRankSum=-2.905;SOR=1.910;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:226,48:0.18:274
chr7	142168365	.	C	T	1786.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.800;ClippingRankSum=0.000;DP=294;ExcessHet=3.0103;FS=13.419;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.06;MQRankSum=-14.261;QD=6.12;ReadPosRankSum=-3.239;SOR=1.511;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:237,55:0.19:292
chr7	142168371	.	C	T	2088.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.302;ClippingRankSum=0.000;DP=337;ExcessHet=3.0103;FS=2.923;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.91;MQRankSum=-14.038;QD=6.24;ReadPosRankSum=-4.970;SOR=0.903;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:256,79:0.24:335
chr7	142168414	rs374005717	G	C	4810.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.106;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=650;ExcessHet=3.0103;FS=0.527;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.59;MQRankSum=-14.565;QD=7.42;ReadPosRankSum=-5.049;SOR=0.747;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:390,258:0.40:648
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chr7	142168452	rs361355	C	A	34105.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.63;DB;DP=785;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=88;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=163;NR=171;PP=2965;SC=TCAGAGCTATCATTAGGGAAC;SOR=0.759;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=336;TCF=163;TCR=173;TR=334;WE=142168482;WS=142168442;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,783:1.00:783
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chr7	142168524	.	G	A	2844.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.125;ClippingRankSum=0.000;DP=417;ExcessHet=3.0103;FS=38.835;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.68;MQRankSum=-11.963;QD=6.82;ReadPosRankSum=-1.452;SOR=3.097;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:328,89:0.21:417
chr7	142168527	.	A	G	2625.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.692;ClippingRankSum=0.000;DP=408;ExcessHet=3.0103;FS=38.933;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.73;MQRankSum=-11.785;QD=6.44;ReadPosRankSum=-1.864;SOR=3.027;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:323,85:0.21:408
chr7	142168530	.	T	G	2481.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=14.741;ClippingRankSum=0.000;DP=398;ExcessHet=3.0103;FS=69.398;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.81;MQRankSum=-11.474;QD=6.24;ReadPosRankSum=-2.074;SOR=3.059;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:318,80:0.20:398
chr7	142168531	.	A	G	2391.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=12.709;ClippingRankSum=0.000;DP=394;ExcessHet=3.0103;FS=69.314;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.80;MQRankSum=-11.497;QD=6.07;ReadPosRankSum=-2.268;SOR=3.041;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:315,79:0.20:394
chr7	142168538	.	G	A	2073.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=10.903;ClippingRankSum=0.000;DP=366;ExcessHet=3.0103;FS=56.446;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.88;MQRankSum=-11.437;QD=5.67;ReadPosRankSum=-2.647;SOR=2.889;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:300,66:0.18:366
chr7	142168540	.	C	G	1809.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=9.666;ClippingRankSum=0.000;DP=358;ExcessHet=3.0103;FS=47.435;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.93;MQRankSum=-11.254;QD=5.06;ReadPosRankSum=-2.581;SOR=2.696;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:296,62:0.17:358
chr7	142168544	.	T	A	1536.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=10.262;ClippingRankSum=0.000;DP=350;ExcessHet=3.0103;FS=50.796;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.04;MQRankSum=-11.031;QD=4.39;ReadPosRankSum=-2.597;SOR=2.907;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:294,56:0.16:350
chr7	142168662	rs73742240	CG	TC	8712.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.100;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=-0.292;NF=64;NR=62;PP=2947;ReadPosRankSum=2.056;SC=GTGACTCCAGCGTCCACTGAG;SOR=0.777;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=134;TCF=67;TCR=67;TR=126;WE=142168671;WS=142168652;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,196:0.99:198
chr7	142168819	rs361350	G	A	1177.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.045;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FS=0.717;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.56;MQRankSum=0.906;QD=10.52;ReadPosRankSum=-1.669;SOR=0.845;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:56,56:0.50:112
chr7	142168825	.	C	A	39.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.851;ClippingRankSum=0.000;DP=112;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.33;MQRankSum=-4.675;QD=0.37;ReadPosRankSum=3.936;SOR=0.514;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:99,9:0.08:108
chr7	142168835	.	C	T	51.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.523;ClippingRankSum=0.000;DP=107;ExcessHet=3.0103;FS=1.376;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.20;MQRankSum=-4.600;QD=0.49;ReadPosRankSum=3.116;SOR=0.425;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:96,9:0.09:105
chr7	142168836	rs374978025	A	G	60.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.047;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FS=1.395;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.18;MQRankSum=-4.575;QD=0.58;ReadPosRankSum=3.015;SOR=0.406;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:95,9:0.09:104
chr7	142168839	.	G	T	78.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.596;ClippingRankSum=0.000;DP=97;ExcessHet=3.0103;FS=1.389;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.91;MQRankSum=-4.339;QD=0.83;ReadPosRankSum=2.713;SOR=0.418;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:86,9:0.09:95
chr7	142168856	rs73742239	C	G	1655.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.501;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.275;HP=3;HapScore=1;MGOF=32;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=3.773;NF=14;NR=37;PP=1409;ReadPosRankSum=-0.991;SC=GCACAGTGGGCCAGGCAGCAC;SOR=1.395;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=58;TCF=16;TCR=42;TR=51;WE=142168870;WS=142168846;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,66:0.88:75
chr7	142168862	.	A	G	156.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.898;ClippingRankSum=0.000;DP=73;ExcessHet=3.0103;FS=3.172;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.86;MQRankSum=-3.688;QD=2.15;ReadPosRankSum=0.696;SOR=0.307;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:64,9:0.12:73
chr7	142176378	rs361393	A	G	16111.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.741;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=632;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=227;NR=171;PP=2965;ReadPosRankSum=0.084;SC=TGCTCTGTGCACTGGATCTTC;SOR=0.912;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=399;TCF=227;TCR=172;TR=398;WE=142176386;WS=142176368;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,624:1.00:626
chr7	142180704	rs368420989	G	T	4169.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.444;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=848;ExcessHet=3.0103;FS=7.959;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.76;MQRankSum=-16.510;QD=4.96;ReadPosRankSum=3.348;SOR=0.550;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:590,250:0.30:840
chr7	142180737	rs372013265	T	A	3998.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.027;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=695;ExcessHet=3.0103;FS=2.677;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.22;MQRankSum=-14.546;QD=5.81;ReadPosRankSum=1.770;SOR=0.501;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:473,215:0.31:688
chr7	142180770	rs375278683	T	C	2531.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.353;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=602;ExcessHet=3.0103;FS=0.585;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.82;MQRankSum=-17.134;QD=4.23;ReadPosRankSum=0.124;SOR=0.759;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:434,165:0.28:599
chr7	142180818	rs377067235	AAGG	A	1654.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.328;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=667;ExcessHet=3.0103;FS=5.464;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.06;MQRankSum=-23.845;QD=2.55;ReadPosRankSum=5.803;SOR=1.374;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:566,83:0.13:649
chr7	142180849	.	T	C	1216.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.345;ClippingRankSum=0.000;DP=612;ExcessHet=3.0103;FS=5.736;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.29;MQRankSum=-24.204;QD=1.99;ReadPosRankSum=1.669;SOR=1.392;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:538,73:0.12:611
chr7	142180856	rs373727238	GC	G	1089.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.633;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=596;ExcessHet=3.0103;FS=7.566;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.47;MQRankSum=-24.319;QD=1.83;ReadPosRankSum=1.235;SOR=1.504;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:530,65:0.11:595
chr7	142180873	.	T	C	631.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.224;ClippingRankSum=0.000;DP=569;ExcessHet=3.0103;FS=13.272;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.76;MQRankSum=-23.774;QD=1.11;ReadPosRankSum=-1.591;SOR=2.115;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:515,53:0.09:568
chr7	142180876	.	C	T	619.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.842;ClippingRankSum=0.000;DP=565;ExcessHet=3.0103;FS=13.132;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.75;MQRankSum=-23.690;QD=1.10;ReadPosRankSum=-2.532;SOR=2.073;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:511,53:0.09:564
chr7	142180877	.	A	G	628.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.056;ClippingRankSum=0.000;DP=559;ExcessHet=3.0103;FS=11.162;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.79;MQRankSum=-23.565;QD=1.13;ReadPosRankSum=-2.509;SOR=2.144;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:507,51:0.09:558
chr7	142180886	.	T	C	332.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.186;ClippingRankSum=0.000;DP=550;ExcessHet=3.0103;FS=12.143;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.99;MQRankSum=-23.382;QD=0.61;ReadPosRankSum=-3.214;SOR=2.119;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:505,44:0.08:549
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chr7	142197613	rs376535639	T	C	2220.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.910;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FS=15.607;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.39;MQRankSum=-4.114;QD=14.24;ReadPosRankSum=3.182;SOR=0.194;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:96,60:0.38:156
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chr7	142197935	.	T	TGAG	355.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.887;ClippingRankSum=0.000;DP=262;ExcessHet=3.0103;FS=18.821;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.21;MQRankSum=-10.182;QD=1.36;ReadPosRankSum=-0.434;SOR=1.617;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:236,26:0.10:262
chr7	142197961	.	TGC	T	923.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.582;ClippingRankSum=0.000;DP=232;ExcessHet=3.0103;FS=3.234;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.90;MQRankSum=-9.416;QD=4.03;ReadPosRankSum=-0.859;SOR=0.466;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:192,37:0.16:229
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chr7	142197983	rs369385273	G	A	852.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.002;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.73;MQRankSum=-9.238;QD=4.35;ReadPosRankSum=-0.492;SOR=0.676;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:163,33:0.17:196
chr7	142197986	rs148941368	T	C	5798.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=42;NR=75;PP=2533;SC=GAGGGCCGCCTAGCAGAGGAG;SOR=1.090;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=117;TCF=42;TCR=75;TR=117;WE=142197994;WS=142197976;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,188:1.00:188
chr7	142198003	rs377018956	G	A	661.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.228;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FS=5.346;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.63;MQRankSum=-9.209;QD=3.80;ReadPosRankSum=-0.460;SOR=1.262;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:146,28:0.16:174
chr7	142198022	.	A	C	482.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.625;ClippingRankSum=0.000;DP=143;ExcessHet=3.0103;FS=3.275;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.33;MQRankSum=-9.150;QD=3.40;ReadPosRankSum=-1.276;SOR=1.151;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:120,22:0.15:142
chr7	142198030	.	G	A	425.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.018;ClippingRankSum=0.000;DP=127;ExcessHet=3.0103;FS=2.238;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.57;MQRankSum=-8.452;QD=3.38;ReadPosRankSum=-0.373;SOR=1.072;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:108,18:0.14:126
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chr7	142198041	.	A	G	228.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.631;ClippingRankSum=0.000;DP=108;ExcessHet=3.0103;FS=6.701;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.85;MQRankSum=-8.369;QD=2.14;ReadPosRankSum=-0.406;SOR=1.760;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:94,13:0.12:107
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chr7	142231625	rs17249	C	A	2475.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.788;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=289;ExcessHet=3.0103;FS=2.606;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.94;MQRankSum=0.000;QD=8.66;ReadPosRankSum=-0.061;SOR=0.869;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:164,122:0.43:286
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chr7	142231771	.	TT	CG	2062.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.729;ClippingRankSum=0.000;DP=315;ExcessHet=3.0103;FS=34.350;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.11;MQRankSum=-8.938;QD=6.57;ReadPosRankSum=2.071;SOR=2.280;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:248,66:0.21:314
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chr7	142231793	.	A	AT	1858.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.292;ClippingRankSum=0.000;DP=271;ExcessHet=3.0103;FS=27.545;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.90;MQRankSum=-8.901;QD=6.88;ReadPosRankSum=0.371;SOR=2.078;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:210,60:0.22:270
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chr7	142231796	.	CCA	C	1825.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=6.620;ClippingRankSum=0.000;DP=272;ExcessHet=3.0103;FS=27.868;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.91;MQRankSum=-9.017;QD=6.74;ReadPosRankSum=-0.594;SOR=2.109;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:212,59:0.22:271
chr7	142231800	.	G	GA	1723.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.641;ClippingRankSum=0.000;DP=264;ExcessHet=3.0103;FS=24.331;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.87;MQRankSum=-8.992;QD=6.55;ReadPosRankSum=1.403;SOR=2.004;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:206,57:0.22:263
chr7	142231805	.	C	CTG	1702.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=5.628;ClippingRankSum=0.000;DP=254;ExcessHet=3.0103;FS=21.266;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.83;MQRankSum=-9.266;QD=6.73;ReadPosRankSum=0.033;SOR=1.912;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:200,53:0.21:253
chr7	142231806	.	C	G	1678.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.732;ClippingRankSum=0.000;DP=246;ExcessHet=3.0103;FS=18.629;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.79;MQRankSum=-9.676;QD=6.85;ReadPosRankSum=-1.217;SOR=1.875;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:197,48:0.20:245
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chr7	142231826	.	T	C	82.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.262;ClippingRankSum=0.000;DP=187;ExcessHet=3.0103;FS=7.766;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.56;MQRankSum=-6.602;QD=0.45;ReadPosRankSum=-2.156;SOR=1.603;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:160,22:0.12:182
chr7	142231852	.	T	C	47.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.468;ClippingRankSum=0.000;DP=153;ExcessHet=3.0103;FS=33.278;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.56;MQRankSum=-11.229;QD=0.32;ReadPosRankSum=-0.096;SOR=5.019;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:134,15:0.10:149
chr7	142232163	rs144354683	T	C	407.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=12;PP=259;SC=TTCTCTTCCCTGCAGGAACAA;SOR=2.584;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=14;TCF=2;TCR=12;TR=14;WE=142232171;WS=142232153;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr7	142239679	rs17208	C	G	2312.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.057;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.854;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=39;PP=1175;ReadPosRankSum=-1.337;SC=CATTATAATACTGAATGAGGA;SOR=0.766;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=126;TCF=63;TCR=63;TR=73;WE=142239687;WS=142239669;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,106:0.58:182
chr7	142239946	rs17209	T	C	1068.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.487;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.478;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=18;PP=554;ReadPosRankSum=-0.949;SC=GACTTTCAAGTTGTGCCCAGG;SOR=0.544;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=79;TCF=35;TCR=44;TR=35;WE=142239954;WS=142239936;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,52:0.44:118
chr7	142242352	rs2734112	C	T	4579.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.873;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=408;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.902;NF=67;NR=75;PP=1940;ReadPosRankSum=0.162;SC=CTCAGAGCAACAGTCATGGAA;SOR=0.722;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=240;TCF=114;TCR=126;TR=142;WE=142242360;WS=142242342;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:181,225:0.55:406
chr7	142242670	rs17219	T	G	11801.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=452;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=129;NR=137;PP=2965;SC=ATCTGAGAATTGGGCTGCTGT;SOR=0.725;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=266;TCF=129;TCR=137;TR=266;WE=142242678;WS=142242660;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,447:1.00:447
chr7	142247125	rs361365	A	G	3999.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.518;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=260;ExcessHet=3.0103;FS=3.561;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.50;ReadPosRankSum=-0.141;SOR=0.493;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:152,106:0.41:258
chr7	142247133	rs361364	A	G	4029.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.243;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=275;ExcessHet=3.0103;FS=2.086;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.76;ReadPosRankSum=0.115;SOR=0.555;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:162,111:0.41:273
chr7	142247134	rs361363	T	C	9350.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=278;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=115;NR=77;PP=2962;SC=CAGAGATACATGGCTGAGTCC;SOR=1.006;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=195;TCF=115;TCR=80;TR=192;WE=142247156;WS=142247115;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,276:1.00:276
chr7	142247148	rs361361	C	T	2518.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.253;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=319;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.890;HP=5;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=36;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.004;SC=TGAGTCCCCCCGCTCTGTGCG;SOR=0.587;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=215;TCF=125;TCR=90;TR=84;WE=142247156;WS=142247115;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:186,131:0.41:317
chr7	142247213	rs361360	G	T	2749.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=2.437;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=428;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.166;HP=2;HapScore=1;MGOF=39;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=41;PP=1233;ReadPosRankSum=-1.638;SC=AGAACCGATCGTTGGGCAGCC;SOR=0.779;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=283;TCF=149;TCR=134;TR=91;WE=142247221;WS=142247203;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:278,147:0.35:425
chr7	142247263	.	G	A	181.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.760;ClippingRankSum=0.000;DP=444;ExcessHet=3.0103;FS=11.414;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.90;MQRankSum=-7.906;QD=0.41;ReadPosRankSum=-7.143;SOR=1.872;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:402,39:0.09:441
chr7	142247270	rs375846702	TG	CA	175.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.836;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=435;ExcessHet=3.0103;FS=8.700;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.90;MQRankSum=-7.808;QD=0.41;ReadPosRankSum=-5.726;SOR=1.871;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:392,39:0.09:431
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chr7	142247443	.	C	T	758.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.040;ClippingRankSum=0.000;DP=222;ExcessHet=3.0103;FS=9.511;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.72;MQRankSum=-6.780;QD=3.42;ReadPosRankSum=-4.626;SOR=1.537;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:192,30:0.14:222
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chr7	142247448	.	G	T	623.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.201;ClippingRankSum=0.000;DP=209;ExcessHet=3.0103;FS=6.966;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.67;MQRankSum=-7.799;QD=2.98;ReadPosRankSum=-4.326;SOR=1.372;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:184,25:0.12:209
chr7	142247451	.	C	G	476.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.544;ClippingRankSum=0.000;DP=200;ExcessHet=3.0103;FS=3.084;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.66;MQRankSum=-8.183;QD=2.38;ReadPosRankSum=-3.991;SOR=1.112;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:178,22:0.11:200
chr7	142247455	rs57923366	T	TCACACA	1680.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=0.195;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=37;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.699;NF=8;NR=21;PP=1303;ReadPosRankSum=2.147;SC=GTTGTACTCATCACACACACA;SOR=0.706;SbPval=0.04;Source=Platypus;TC=87;TCF=11;TCR=76;TR=29;WE=142247464;WS=142247445;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:119,50:0.30:169
chr7	142247474	rs372827613	T	C	1283.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.580;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FS=12.441;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.38;MQRankSum=-12.368;QD=6.06;ReadPosRankSum=-1.715;SOR=0.967;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:170,42:0.20:212
chr7	142247478	rs368525308	G	C	1374.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.576;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FS=13.759;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.38;MQRankSum=-12.221;QD=6.45;ReadPosRankSum=-0.542;SOR=1.037;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:170,43:0.20:213
chr7	142247486	.	G	C	1573.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.285;ClippingRankSum=0.000;DP=214;ExcessHet=3.0103;FS=14.421;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.32;MQRankSum=-11.390;QD=7.35;ReadPosRankSum=0.403;SOR=1.062;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:163,51:0.24:214
chr7	142247494	.	C	A	1781.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.053;ClippingRankSum=0.000;DP=203;ExcessHet=3.0103;FS=12.495;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.16;MQRankSum=-10.422;QD=8.91;ReadPosRankSum=0.839;SOR=0.885;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:145,55:0.28:200
chr7	142247517	rs361380	C	A	1977.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.024;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FS=8.070;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.46;MQRankSum=-8.464;QD=10.63;ReadPosRankSum=3.378;SOR=0.585;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:126,60:0.32:186
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chr7	142247530	.	G	A	113.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=1.039;ClippingRankSum=0.000;DP=191;ExcessHet=3.0103;FS=2.219;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.85;MQRankSum=-1.416;QD=0.60;ReadPosRankSum=-3.917;SOR=0.682;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:175,15:0.08:190
chr7	142247535	.	G	GAA	2879.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.153;ClippingRankSum=0.000;DP=194;ExcessHet=3.0103;FS=7.288;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.72;MQRankSum=-8.722;QD=14.92;ReadPosRankSum=1.648;SOR=0.625;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:116,77:0.40:193
chr7	142247538	.	CTG	C	239.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=1.261;ClippingRankSum=0.000;DP=193;ExcessHet=3.0103;FS=0.978;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.71;MQRankSum=-1.793;QD=1.25;ReadPosRankSum=-2.925;SOR=0.548;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:176,16:0.08:192
chr7	142247539	.	T	C	3116.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.041;ClippingRankSum=0.000;DP=192;ExcessHet=3.0103;FS=6.176;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.70;MQRankSum=-8.402;QD=16.32;ReadPosRankSum=1.410;SOR=0.505;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:113,78:0.41:191
chr7	142247540	.	G	A	3137.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-1.915;ClippingRankSum=0.000;DP=192;ExcessHet=3.0103;FS=6.176;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.70;MQRankSum=-8.402;QD=16.43;ReadPosRankSum=1.510;SOR=0.505;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:113,78:0.41:191
chr7	142247541	.	C	CAT	245.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=2.412;ClippingRankSum=0.000;DP=195;ExcessHet=3.0103;FS=0.987;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.60;MQRankSum=-1.739;QD=1.27;ReadPosRankSum=-2.564;SOR=0.531;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:178,16:0.08:194
chr7	142247546	.	C	A	3155.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.084;ClippingRankSum=0.000;DP=211;ExcessHet=3.0103;FS=4.882;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.49;MQRankSum=-8.413;QD=15.03;ReadPosRankSum=1.659;SOR=0.489;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:125,85:0.40:210
chr7	142247554	rs10265119	C	G	476.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.611;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.38;MQRankSum=-2.047;QD=2.29;ReadPosRankSum=-2.102;SOR=0.761;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:181,27:0.13:208
chr7	142247567	rs372792593	A	G	4735.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.130;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FS=4.884;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.29;MQRankSum=-8.865;QD=22.88;ReadPosRankSum=1.063;SOR=0.436;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:91,116:0.56:207
chr7	142247571	rs376050671	A	G	4570.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.450;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FS=5.886;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.21;MQRankSum=-8.824;QD=22.19;ReadPosRankSum=1.107;SOR=0.410;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:89,117:0.57:206
chr7	142247605	rs370122363	G	A	1249.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.64;BaseQRankSum=-1.763;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.573;HP=2;HapScore=2;MGOF=147;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-4.102;NF=20;NR=28;PP=668;ReadPosRankSum=-1.110;SC=CCAGATCAGGGTCACTGTGAG;SOR=0.615;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=109;TCF=45;TCR=64;TR=48;WE=142247613;WS=142247595;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:103,70:0.40:173
chr7	142250938	rs361439	T	G	2718.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.356;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=283;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.991;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=43;PP=1559;ReadPosRankSum=-1.803;SC=AGTGTCATGCTCCGTCCTGCT;SOR=0.826;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=201;TCF=106;TCR=95;TR=94;WE=142250946;WS=142250928;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:150,130:0.46:280
chr7	142250988	rs361437	G	A	3475.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.273;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=363;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=51;PP=1528;ReadPosRankSum=2.236;SC=GATCCCAGCAGTCACTGGACC;SOR=0.694;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=223;TCF=112;TCR=111;TR=104;WE=142250996;WS=142250978;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:185,173:0.48:358
chr7	142251132	rs361436	G	T	1904.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-2.543;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.958;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=37;PP=949;ReadPosRankSum=-2.785;SC=GGAGCCTGATGCTCATGGCAG;SOR=0.546;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=116;TCF=42;TCR=74;TR=59;WE=142251140;WS=142251122;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,90:0.54:168
chr7	142326607	rs17260	C	T	893.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.771;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.729;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=17;PP=537;ReadPosRankSum=1.365;SC=GGTCCTTTGTCTCCTGGGAGC;SOR=0.603;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=94;TCF=58;TCR=36;TR=42;WE=142326615;WS=142326597;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,46:0.42:110
chr7	142326909	rs76454382	C	G	6496.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=240;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=74;NR=83;PP=2965;SC=ACTACTCACACATAGTAAATG;SOR=0.771;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=159;TCF=75;TCR=84;TR=157;WE=142326917;WS=142326899;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,239:1.00:239
chr7	142334648	rs17210	A	T	1372.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=4.702;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.979;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=7;PP=952;ReadPosRankSum=-1.167;SC=ACATCCGAGCAGGGTTATCTG;SOR=1.379;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=110;TCF=90;TCR=20;TR=51;WE=142334656;WS=142334638;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,57:0.45:128
chr7	142353577	rs71522189	C	CTTTGT	3504.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.743;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=393;ExcessHet=3.0103;FS=3.311;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.17;MQRankSum=2.589;QD=17.88;ReadPosRankSum=-0.633;SOR=0.962;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:102,94:0.48:196
chr7	142364553	rs17254	G	A	1860.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.048;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.252;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=33;PP=1018;ReadPosRankSum=-1.190;SC=CTGGGCCTACGGTTGATCTAT;SOR=0.576;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=116;TCF=51;TCR=65;TR=62;WE=142364561;WS=142364543;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,84:0.53:158
chr7	142378633	rs17243	G	A	2619.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.682;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.648;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=35;PP=1507;ReadPosRankSum=0.021;SC=CCTCTGCTACGTGGGCTTTTA;SOR=0.586;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=169;TCF=114;TCR=55;TR=99;WE=142378641;WS=142378623;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:108,124:0.53:232
chr7	142378708	rs361418	T	G	5552.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.467;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=547;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=93;NR=63;PP=2383;ReadPosRankSum=-1.202;SC=TAATTCCTCTTTGTTGGGTTT;SOR=0.690;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=325;TCF=189;TCR=136;TR=156;WE=142378716;WS=142378698;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:273,268:0.50:541
chr7	142378831	rs76429157	C	G	18017.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=689;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQ=59.98;NF=234;NR=235;PP=2965;SC=TTGTTATAGGCACAGGAAAGA;SOR=0.699;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=470;TCF=234;TCR=236;TR=469;WE=142378839;WS=142378821;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,672:1.00:672
chr7	142423161	rs112325538	A	G	1491.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=47;NR=4;PP=1067;SC=AGGTGGAGACATTACAGAAAC;SOR=4.332;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=51;TCF=47;TCR=4;TR=51;WE=142423169;WS=142423151;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr7	142423289	rs17251	C	A	2783.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.863;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=268;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.937;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=34;PP=1377;ReadPosRankSum=-0.185;SC=ACATAGGCAACTTTTGGCCTT;SOR=0.987;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=186;TCF=103;TCR=83;TR=86;WE=142423297;WS=142423279;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:131,130:0.50:261
chr7	142423562	rs62001054	C	T	4471.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=54;NR=68;PP=2579;SC=AATGTTGAGGCGACTGATAAG;SOR=0.823;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=123;TCF=54;TCR=69;TR=122;WE=142423570;WS=142423552;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,162:1.00:162
chr7	142428611	rs361326	C	T	6108.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.029;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=79;NR=80;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.963;SC=CCTACTATTTCGAGGTCTTTT;SOR=0.711;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=159;TCF=79;TCR=80;TR=159;WE=142428619;WS=142428601;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,222:0.99:224
chr7	142428626	rs361327	A	C	6606.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.877;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=252;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=91;NR=83;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.961;SC=TCTTTTATACAAAGCTCTTTT;SOR=0.778;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=174;TCF=91;TCR=83;TR=174;WE=142428634;WS=142428616;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,244:0.99:246
chr7	142429001	rs17213	C	T	489.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.864;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.834;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=14;PP=253;ReadPosRankSum=0.525;SC=GCAGCACAGCCGCATCCTCTC;SOR=0.334;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=41;TCF=11;TCR=30;TR=20;WE=142429009;WS=142428991;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,24:0.52:46
chr7	142448199	rs112413030	GGGTGGAAA	G	1685.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=1.724;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.917;NF=5;NR=14;PP=2975;ReadPosRankSum=3.308;SC=TGTTAACACTGGGTGGAAAGG;SOR=0.727;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=30;TCF=7;TCR=23;TR=19;WE=142448214;WS=142448189;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,44:0.56:79
chr7	142458304	.	T	A	1494	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;FR=0.5000;HP=2;HapScore=1;MGOF=39;MMLQ=23;MQ=56.74;NF=30;NR=14;PP=1494;QD=34.7448002852;SC=AGCCTCACTGTGCTTGTTAAG;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=114;TCF=79;TCR=35;TR=44;WE=142458324;WS=142458294;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:70,44:0.39:114
chr7	142458316	.	A	T	1494	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;FR=0.5000;HP=3;HapScore=1;MGOF=39;MMLQ=23;MQ=56.86;NF=37;NR=20;PP=1494;QD=26.8205475885;SC=CTTGTTAAGGATTTCTAATTA;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=138;TCF=92;TCR=46;TR=57;WE=142458324;WS=142458294;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:81,57:0.41:138
chr7	142458371	rs367779270	T	C	363.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.532;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.479;HP=1;HapScore=1;MGOF=42;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=-14.522;NF=55;NR=36;PP=1084;ReadPosRankSum=-5.024;SC=TAACATGCTATTGACTTGCCT;SOR=0.365;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=219;TCF=139;TCR=80;TR=91;WE=142458379;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:189,39:0.17:228
chr7	142458437	rs372637371	C	T	133.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.918;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=354;ExcessHet=3.0103;FS=0.705;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.75;MQRankSum=-7.196;QD=0.38;ReadPosRankSum=3.058;SOR=0.785;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:320,30:0.09:350
chr7	142458737	rs370066365	C	G	293.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.428;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.12;MQRankSum=-2.925;QD=2.33;ReadPosRankSum=-0.954;SOR=0.674;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:111,15:0.12:126
chr7	142458739	rs374137559	T	C	293.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.858;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.13;MQRankSum=-2.785;QD=2.31;ReadPosRankSum=-1.112;SOR=0.733;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:111,16:0.13:127
chr7	142458752	.	C	A	160.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.310;ClippingRankSum=0.000;DP=157;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.93;MQRankSum=-8.299;QD=1.06;ReadPosRankSum=-0.460;SOR=0.573;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:137,15:0.10:152
chr7	142458768	rs376959792	C	T	68.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.079;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.67;MQRankSum=-7.000;QD=0.36;ReadPosRankSum=1.253;SOR=0.720;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:174,15:0.08:189
chr7	142458829	rs377669553	A	G	2341.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.046;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=321;ExcessHet=3.0103;FS=1.611;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.68;MQRankSum=-8.285;QD=7.39;ReadPosRankSum=1.322;SOR=0.817;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:244,73:0.23:317
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chr7	142458884	rs370405149	C	G	1456.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.494;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=256;ExcessHet=3.0103;FS=0.590;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.49;MQRankSum=-12.041;QD=5.78;ReadPosRankSum=0.919;SOR=0.788;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:203,49:0.19:252
chr7	142458886	rs373808731	T	A	1369.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.630;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=252;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.47;MQRankSum=-11.579;QD=5.52;ReadPosRankSum=0.882;SOR=0.696;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:200,48:0.19:248
chr7	142458887	rs368632869	T	C	1378.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=1.700;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=246;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.43;MQRankSum=-11.571;QD=5.70;ReadPosRankSum=0.772;SOR=0.664;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:195,47:0.19:242
chr7	142458898	rs371109898	A	T	1199.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.638;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.29;MQRankSum=-12.371;QD=5.66;ReadPosRankSum=0.737;SOR=0.674;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:173,39:0.18:212
chr7	142458902	.	G	C	1091.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.904;ClippingRankSum=0.000;DP=212;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.26;MQRankSum=-12.201;QD=5.25;ReadPosRankSum=0.553;SOR=0.739;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:170,38:0.18:208
chr7	142458906	rs374242167	T	G	1109.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.667;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FS=0.664;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.21;MQRankSum=-11.769;QD=5.49;ReadPosRankSum=-0.039;SOR=0.755;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:164,38:0.19:202
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chr7	142458929	rs371622191	G	C	965.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.610;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FS=0.731;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.51;MQRankSum=-9.647;QD=5.96;ReadPosRankSum=-1.383;SOR=0.820;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:129,33:0.20:162
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chr7	142460671	rs377695327	A	G	326.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.065;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FS=18.294;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.39;MQRankSum=-7.459;QD=3.89;ReadPosRankSum=0.525;SOR=1.081;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:70,14:0.17:84
chr7	142460690	.	C	CTCTT	357.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.460;ClippingRankSum=0.000;DP=124;ExcessHet=3.0103;FS=16.971;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.40;MQRankSum=-9.328;QD=2.93;ReadPosRankSum=0.990;SOR=0.973;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:106,16:0.13:122
chr7	142460865	rs6667	T	C	4204.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.802;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=436;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=66;PP=2158;ReadPosRankSum=0.893;SC=TAGCTGCCAATAGCTAAAGCC;SOR=0.688;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=241;TCF=113;TCR=128;TR=124;WE=142460873;WS=142460855;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:224,207:0.48:431
chr7	142468205	.	A	C	4037.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.947;ClippingRankSum=0.000;DP=417;ExcessHet=3.0103;FS=8.542;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.78;MQRankSum=-17.661;QD=9.75;ReadPosRankSum=1.990;SOR=0.301;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:294,120:0.29:414
chr7	142468206	.	G	C	668.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.127;ClippingRankSum=0.000;DP=417;ExcessHet=3.0103;FS=3.309;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.84;MQRankSum=-11.726;QD=1.62;ReadPosRankSum=1.964;SOR=0.353;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:367,46:0.11:413
chr7	142468213	.	A	G	3928.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-6.658;ClippingRankSum=0.000;DP=457;ExcessHet=3.0103;FS=8.834;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.01;MQRankSum=-18.600;QD=8.69;ReadPosRankSum=3.864;SOR=0.324;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:333,119:0.26:452
chr7	142468218	.	G	A	1767.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.755;ClippingRankSum=0.000;DP=476;ExcessHet=3.0103;FS=3.903;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.09;MQRankSum=-12.517;QD=3.76;ReadPosRankSum=2.646;SOR=0.367;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:397,73:0.16:470
chr7	142468221	.	T	A	1698.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.254;ClippingRankSum=0.000;DP=491;ExcessHet=3.0103;FS=5.149;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.19;MQRankSum=-12.703;QD=3.50;ReadPosRankSum=2.736;SOR=0.375;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:413,72:0.15:485
chr7	142468228	.	A	G	3798.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.742;ClippingRankSum=0.000;DP=521;ExcessHet=3.0103;FS=6.553;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.25;MQRankSum=-19.716;QD=7.41;ReadPosRankSum=2.642;SOR=0.343;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:393,120:0.23:513
chr7	142468232	.	C	T	475.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.699;ClippingRankSum=0.000;DP=545;ExcessHet=3.0103;FS=3.713;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.41;MQRankSum=-14.389;QD=0.89;ReadPosRankSum=-0.020;SOR=0.328;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:488,48:0.09:536
chr7	142468241	.	C	G	274.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.353;ClippingRankSum=0.000;DP=597;ExcessHet=3.0103;FS=3.848;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.51;MQRankSum=-14.889;QD=0.47;ReadPosRankSum=-0.804;SOR=0.417;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:540,47:0.08:587
chr7	142468244	.	G	A	268.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.174;ClippingRankSum=0.000;DP=612;ExcessHet=3.0103;FS=2.408;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.55;MQRankSum=-15.091;QD=0.45;ReadPosRankSum=-1.299;SOR=0.421;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:555,47:0.08:602
chr7	142470290	rs11769872	T	C	1941.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.942;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=24;PP=889;ReadPosRankSum=-0.993;SC=GGAAGGAGGGTTAAGGAGCAT;SOR=0.709;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=128;TCF=73;TCR=55;TR=56;WE=142470298;WS=142470280;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:118,97:0.45:215
chr7	142470364	rs11770572	T	C	2190.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.808;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.502;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=33;PP=990;ReadPosRankSum=0.417;SC=AACAGAAAGGTCCTGGGTCTC;SOR=0.647;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=125;TCF=54;TCR=71;TR=58;WE=142470372;WS=142470354;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:109,102:0.48:211
chr7	142470574	rs3752404	A	G	5219.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.834;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=978;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.80;MQRankSum=8.920;QD=5.54;ReadPosRankSum=-1.500;SOR=0.721;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:630,313:0.33:943
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chr7	142470726	.	A	G	2077.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=10.524;ClippingRankSum=0.000;DP=1179;ExcessHet=3.0103;FS=8.361;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.35;MQRankSum=-33.901;QD=1.77;ReadPosRankSum=-7.842;SOR=1.714;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1056,120:0.10:1176
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chr7	142478755	rs73742441	T	C	4532.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=33;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=68;NR=35;PP=2154;SC=GGAATGGTGATCCTCACCTCA;SOR=1.250;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=104;TCF=68;TCR=36;TR=103;WE=142478763;WS=142478745;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,163:1.00:163
chr7	142478771	rs201689354	A	AC	6244.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=41;NR=35;PP=2967;SC=CCTCACAGACACTCCTCTCTG;SOR=1.284;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=78;TCF=43;TCR=35;TR=76;WE=142478779;WS=142478761;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,168:1.00:168
chr7	142478865	.	T	C	271.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.085;ClippingRankSum=0.000;DP=356;ExcessHet=3.0103;FS=4.579;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.55;MQRankSum=-8.555;QD=0.77;ReadPosRankSum=-4.494;SOR=1.046;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:306,47:0.13:353
chr7	142478881	.	T	TAG	1892.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.412;ClippingRankSum=0.000;DP=419;ExcessHet=3.0103;FS=0.710;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.45;MQRankSum=-9.522;QD=4.57;ReadPosRankSum=-3.445;SOR=0.808;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:344,70:0.17:414
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chr7	142478897	.	TCTCAGGCCCCAACCACCCCCCGTTACTGGCAGACAT	CCTCAGGCCCCAACCACCCCCCGTTACTGGCAGACAT,CCTCAGGCTCCAACCATACCCCGTTCCTGGCAGATGC	2962	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.49;FR=0.5000,0.5000;HP=1;HapScore=1;MGOF=38;MMLQ=25;MQ=57.86;NF=157,37;NR=138,27;PP=2962,2897;QD=20;SC=TCATGCCCTGTCTCAGGCCCC;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=295;TCF=157;TCR=138;TR=295,64;WE=142478941;WS=142478887;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:1.00:295
chr7	142478905	.	C	T	2837.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.368;ClippingRankSum=0.000;DP=479;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.09;MQRankSum=-13.004;QD=5.94;ReadPosRankSum=1.199;SOR=0.752;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:383,95:0.20:478
chr7	142478913	.	CC	TA	3047.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.765;ClippingRankSum=0.000;DP=484;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.92;MQRankSum=-13.539;QD=6.31;ReadPosRankSum=1.188;SOR=0.686;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:383,100:0.21:483
chr7	142479912	rs200484890	C	G	565.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.578;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=267;ExcessHet=3.0103;FS=12.128;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.67;MQRankSum=-2.668;QD=2.13;ReadPosRankSum=1.009;SOR=0.539;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:230,35:0.13:265
chr7	142479915	rs377017470	T	C	1795.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=7.028;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=269;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=42.365;HP=4;HapScore=2;MGOF=49;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-10.553;NF=64;NR=19;PP=1517;ReadPosRankSum=-3.253;SC=CCAGTTGCTGTCCCCTTTGAT;SOR=2.361;SbPval=0.97;Source=Platypus;TC=198;TCF=125;TCR=73;TR=83;WE=142479925;WS=142479902;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:180,87:0.33:267
chr7	142479917	rs369591097	C	T	491.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.260;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=274;ExcessHet=3.0103;FS=10.780;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.80;MQRankSum=-2.386;QD=1.81;ReadPosRankSum=1.338;SOR=0.697;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:240,32:0.12:272
chr7	142479940	rs58649169	C	T	3676.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-2.331;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=311;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=16.808;HP=1;HapScore=4;MGOF=47;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=9.256;NF=59;NR=59;PP=2962;ReadPosRankSum=1.168;SC=ATGACAAGATCGTTGGGGGCT;SOR=0.314;SbPval=0.2;Source=Platypus;TC=238;TCF=138;TCR=100;TR=118;WE=142479962;WS=142479930;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:144,161:0.53:305
chr7	142479954	rs201779716	C	T	3870.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.869;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=348;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=14.798;HP=1;HapScore=4;MGOF=47;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=-10.066;NF=84;NR=52;PP=2962;ReadPosRankSum=0.903;SC=GGGGGCTACACCTGTGAGGAG;SOR=1.076;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=250;TCF=135;TCR=115;TR=136;WE=142479962;WS=142479930;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:147,180:0.55:327
chr7	142480002	rs199512312	C	A	8817.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=-4.332;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=437;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.544;HP=2;HapScore=1;MGOF=62;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=-11.045;NF=80;NR=99;PP=2962;ReadPosRankSum=2.349;SC=AATTCTGGCTCCCACTTCTGC;SOR=0.628;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=263;TCF=116;TCR=147;TR=179;WE=142480020;WS=142479992;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:154,282:0.65:436
chr7	142480012	rs56146961	C	T	5449.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=4.438;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=447;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.545;HP=3;HapScore=1;MGOF=62;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=11.262;NF=36;NR=51;PP=2784;ReadPosRankSum=-3.514;SC=CCCACTTCTGCGGTGGCTCCC;SOR=0.765;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=257;TCF=109;TCR=148;TR=87;WE=142480020;WS=142479992;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:284,162:0.36:446
chr7	142480034	rs10808019	C	A	4119.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=0.082;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=410;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=79;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=10.079;NF=26;NR=46;PP=969;ReadPosRankSum=-1.442;SC=CATCAGCGAACAGTGGGTGGT;SOR=0.708;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=224;TCF=82;TCR=142;TR=72;WE=142480042;WS=142480024;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:260,150:0.37:410
chr7	142480067	rs201659809	C	T	3613.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=0.980;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=270;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.139;HP=1;HapScore=1;MGOF=52;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-11.868;NF=31;NR=79;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.695;SC=CTGCTACAAGCCGTAAGTGTG;SOR=1.005;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=172;TCF=53;TCR=119;TR=110;WE=142480103;WS=142480057;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:109,161:0.60:270
chr7	142480079	rs371397657	T	G	4805.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.610;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FS=5.835;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.82;MQRankSum=-12.880;QD=21.55;ReadPosRankSum=-1.302;SOR=1.101;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:99,124:0.56:223
chr7	142480083	.	A	C	4799.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.617;ClippingRankSum=0.000;DP=213;ExcessHet=3.0103;FS=6.035;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.68;MQRankSum=-12.571;QD=22.53;ReadPosRankSum=-2.516;SOR=1.083;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:92,121:0.57:213
chr7	142480095	rs374574556	G	A	1677.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=1.775;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=13.492;HP=3;HapScore=1;MGOF=52;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-10.962;NF=11;NR=52;PP=2962;ReadPosRankSum=-2.044;SC=TGACTGCAAAGCTCCCAGCCA;SOR=1.683;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=110;TCF=26;TCR=84;TR=63;WE=142480103;WS=142480057;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,73:0.51:142
chr7	142480126	rs374398930	C	A	576.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.61;BaseQRankSum=0.101;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=14.377;HP=2;HapScore=4;MGOF=68;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-6.941;NF=1;NR=21;PP=600;ReadPosRankSum=-3.574;SC=GAGAGCTTGGCTTCAGCCCAG;SOR=3.281;SbPval=0.97;Source=Platypus;TC=54;TCF=9;TCR=45;TR=22;WE=142480156;WS=142480116;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,23:0.40:57
chr7	142480137	rs57353422	A	G	1906.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=53.46;QD=44.34;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr7	142480137	.	AGAACTACTGAG	GGAAGTACTGAC,GGAAGTACTGAG	1025	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.61;FR=0.5000,0.5000;HP=2;HapScore=4;MGOF=68;MMLQ=28;MQ=46.64;NF=6,6;NR=17,27;PP=1025,432;QD=47.3246902114;SC=TTCAGCCCAGAGAACTACTGA;SbPval=0.14;Source=Platypus;TC=40;TCF=6;TCR=34;TR=23,33;WE=142480156;WS=142480116;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.57:40
chr7	142480141	rs55775033	C	G	1816.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=55.73;QD=49.10;SOR=2.494;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr7	142480148	rs10808021	G	C	983.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.742;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=2.634;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.01;MQRankSum=5.134;QD=36.44;ReadPosRankSum=2.490;SOR=0.235;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,23:0.85:27
chr7	142481234	rs57725689	T	C	18612.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=-0.568;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=693;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=-0.332;NF=223;NR=194;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.939;SC=AACAGGATTATTCTGAACAAT;SOR=0.504;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=417;TCF=223;TCR=194;TR=417;WE=142481242;WS=142481224;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,687:1.00:690
chr7	142481376	rs73740310	T	A	6087.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.926;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=128;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.044;SC=CCCTGAGCTCTGGGGGTGAGT;SOR=1.038;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=166;TCF=37;TCR=129;TR=165;WE=142481384;WS=142481366;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,209:1.00:210
chr7	142481807	rs4726591	C	T	6086.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=81;NR=54;PP=2837;SC=AGTGCCTGGACGCTCCTGTGC;SOR=0.999;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=135;TCF=81;TCR=54;TR=135;WE=142481815;WS=142481797;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,222:1.00:222
chr7	142481867	rs59320698	C	G	7884.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=295;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=107;NR=82;PP=2965;SC=TTACCAGCAACATGTTCTGTG;SOR=0.871;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=190;TCF=108;TCR=82;TR=189;WE=142481875;WS=142481857;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,290:1.00:290
chr7	142482184	rs73740312	A	C	2199.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-1.518;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.979;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=21;PP=1274;ReadPosRankSum=-0.758;SC=TCCATCTCTCAATAAAACTTG;SOR=0.953;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=57;TCF=35;TCR=22;TR=56;WE=142482192;WS=142482174;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,79:0.99:80
chr7	142494606	rs2071361	C	G	878.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.024;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.678;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=13;PP=278;ReadPosRankSum=-0.420;SC=GCTGAAGCCCCGGAACTGGGG;SOR=0.818;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=76;TCF=36;TCR=40;TR=23;WE=142494614;WS=142494596;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,49:0.39:127
chr7	142495126	rs12532977	GG	AT	4060.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-0.830;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.511;HP=4;HapScore=2;JOINED;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=27;PP=2066;ReadPosRankSum=1.514;SC=TGCATGCGGGGGTGCACCTCC;SOR=0.635;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=125;TCF=72;TCR=53;TR=62;WE=142495135;WS=142495116;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:103,104:0.50:207
chr7	142495308	rs56352733	G	A	1061.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.685;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.593;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=31;PP=774;ReadPosRankSum=-0.106;SC=CGCTCCTGGGGAAAGACTGGG;SOR=1.387;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=86;TCF=31;TCR=55;TR=45;WE=142495316;WS=142495298;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,48:0.48:99
chr7	142498652	rs377324607	CAT	C	252.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.356;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FS=9.674;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.37;MQRankSum=7.560;QD=1.23;ReadPosRankSum=-5.092;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:182,23:0.11:205
chr7	142498673	.	G	A	2962	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;FR=0.5000;HP=1;HapScore=1;MGOF=29;MMLQ=26;MQ=59.63;NF=59;NR=16;PP=2962;QD=20;SC=CCCCTACCAGGACCAGACAGC;SbPval=0.92;Source=Platypus;TC=249;TCF=172;TCR=77;TR=75;WE=142498716;WS=142498663;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:174,75:0.30:249
chr7	142498687	rs1799887	T	C	6014.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.880;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=390;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.705;HP=1;HapScore=1;MGOF=29;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=2.042;NF=133;NR=61;PP=2962;ReadPosRankSum=-2.066;SC=AGACAGCTCTTAGAGCAACCC;SOR=0.501;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=299;TCF=199;TCR=100;TR=194;WE=142498716;WS=142498663;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:144,246:0.63:390
chr7	142498699	.	A	G	3581.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.762;ClippingRankSum=0.000;DP=482;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.16;MQRankSum=4.841;QD=7.43;ReadPosRankSum=-3.402;SOR=0.731;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:370,112:0.23:482
chr7	142498702	.	C	T	2326.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.025;ClippingRankSum=0.000;DP=496;ExcessHet=3.0103;FS=1.338;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.15;MQRankSum=4.903;QD=4.69;ReadPosRankSum=-2.741;SOR=0.801;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:383,113:0.23:496
chr7	142498705	.	ATT	A	2260.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=6.031;ClippingRankSum=0.000;DP=517;ExcessHet=3.0103;FS=1.350;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.15;MQRankSum=4.844;QD=4.41;ReadPosRankSum=-2.818;SOR=0.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:394,119:0.23:513
chr7	142498708	.	A	ACC	2269.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=7.414;ClippingRankSum=0.000;DP=528;ExcessHet=3.0103;FS=1.350;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.14;MQRankSum=4.893;QD=4.36;ReadPosRankSum=-2.318;SOR=0.838;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:402,119:0.23:521
chr7	142498735	rs377360215	A	C	8311.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.742;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=743;ExcessHet=3.0103;FS=1.156;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.10;MQRankSum=3.661;QD=11.25;ReadPosRankSum=-2.895;SOR=0.617;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:484,255:0.35:739
chr7	142498738	rs370415932	C	G	8308.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.871;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=748;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.10;MQRankSum=3.647;QD=11.17;ReadPosRankSum=-2.061;SOR=0.646;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:486,258:0.35:744
chr7	142498813	rs1042955	G	A	3140.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.039;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=923;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.41;ReadPosRankSum=-1.862;SOR=0.750;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:698,222:0.24:920
chr7	142498833	.	A	T	14255.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.006;ClippingRankSum=0.000;DP=839;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.07;ReadPosRankSum=0.911;SOR=0.702;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:454,381:0.46:835
chr7	142498837	rs1042957	C	T	14276.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.714;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=829;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.28;ReadPosRankSum=1.254;SOR=0.691;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:455,371:0.45:826
chr7	142498897	rs1042959	A	G	7124.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.535;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=851;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.108;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=135;NR=134;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.976;SC=GGGTCAGCACAGACCCGCAGC;SOR=0.650;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=594;TCF=288;TCR=306;TR=269;WE=142498905;WS=142498887;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:477,365:0.43:842
chr7	142499071	rs1042960	T	C	7306.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.460;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=459;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=82;NR=164;PP=2962;ReadPosRankSum=1.264;SC=GGGCCAAACCTGTCACCCAGA;SOR=0.718;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=309;TCF=100;TCR=209;TR=246;WE=142499079;WS=142499061;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:108,333:0.76:441
chr7	142499729	rs3114480	T	C	1536.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.065;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.027;HP=5;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=38;PP=827;ReadPosRankSum=-0.021;SC=GACACAGGGGTGTGAGGGAGG;SOR=1.046;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=113;TCF=42;TCR=71;TR=56;WE=142499737;WS=142499719;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,72:0.50:143
chr7	142499762	rs706	A	G	1342.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.472;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.646;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=25;PP=748;ReadPosRankSum=0.372;SC=GTGCACAGGTACCTACATGCT;SOR=0.804;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=94;TCF=42;TCR=52;TR=44;WE=142499770;WS=142499752;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,63:0.47:133
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chr7	142583330	rs17881456	A	C	2718.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=25;NR=54;PP=1699;SC=AGCCTTGGGGACACATCAGCC;SOR=1.808;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=79;TCF=25;TCR=54;TR=79;WE=142583338;WS=142583320;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr7	142610003	.	GATCT	GATCTATCT,G	377.73	.	AC=2,0;AF=1.00,0.00;AN=2;BRF=0.58;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=3;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;NF=0,0;NR=4,4;PP=46,263;SC=TTCTATCTCTGATCTATCTAT;SOR=0.941;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=0;TCR=10;TR=4,4;WE=142610014;WS=142609993;set=Intersection	GT:AF:DP	1/1:1.00:7
chr7	142625417	rs4252416	A	C	1455.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.180;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.600;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=37;PP=875;ReadPosRankSum=-1.335;SC=CAGTTGCCCAACCCTTGAGAC;SOR=0.622;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=133;TCF=50;TCR=83;TR=61;WE=142625425;WS=142625407;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,71:0.45:158
chr7	142626549	rs4236480	C	T	2358.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=1.708;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=257;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.568;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=74;NR=25;PP=1540;ReadPosRankSum=-0.819;SC=GCGGGGACTACGGCGGAAGGC;SOR=1.050;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=220;TCF=156;TCR=64;TR=99;WE=142626557;WS=142626539;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:142,112:0.44:254
chr7	142626773	rs4236481	A	C	2599.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=3.325;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=265;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.036;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=72;PP=1798;ReadPosRankSum=1.335;SC=TGCTAGACTTATGCCCTGGGC;SOR=0.783;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=210;TCF=61;TCR=149;TR=100;WE=142626781;WS=142626763;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:142,115:0.45:257
chr7	142627138	rs4252402	G	A	4045.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.402;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=469;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.522;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=82;PP=1870;ReadPosRankSum=1.457;SC=TTGAATTACCGTGTAGGCTCC;SOR=0.740;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=310;TCF=141;TCR=169;TR=147;WE=142627146;WS=142627128;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:251,214:0.46:465
chr7	142627580	rs4252400	G	T	1440.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=1.544;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.609;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=28;PP=869;ReadPosRankSum=-2.068;SC=GAGACAGTCAGAGCAGAATGA;SOR=0.729;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=108;TCF=53;TCR=55;TR=55;WE=142627588;WS=142627570;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,68:0.46:147
chr7	142637714	rs62470965	G	T	955.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=1.083;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.659;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=29;PP=594;ReadPosRankSum=-1.245;SC=AACTCCCAAAGGAGATGCAGG;SOR=1.353;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=71;TCF=17;TCR=54;TR=35;WE=142637722;WS=142637704;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,44:0.48:92
chr7	142655008	rs8176058	G	A	1438.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.006;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FS=0.548;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.82;ReadPosRankSum=-0.753;SOR=0.772;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:106,78:0.42:184
chr7	143016995	rs6948526	T	A	843.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.274;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.034;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=24;PP=468;ReadPosRankSum=-0.684;SC=AATAAAGAAATCTGGAGTAGA;SOR=1.162;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=69;TCF=20;TCR=49;TR=30;WE=143017003;WS=143016985;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,42:0.42:100
chr7	143017807	rs10282312	G	T	2545.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=44;NR=32;PP=1396;SC=AGGGGAAGACGGGATCTTTCT;SOR=0.919;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=76;TCF=44;TCR=32;TR=76;WE=143017815;WS=143017797;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr7	143017960	rs7800971	C	G	604.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-1.102;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.747;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=14;PP=285;ReadPosRankSum=-1.742;SC=GGTGTGTTATCGGAAGCGAAT;SOR=0.232;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=38;TCF=10;TCR=28;TR=21;WE=143017968;WS=143017950;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,27:0.59:46
chr7	143028536	rs2242493	G	A	442.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-1.238;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=10;PP=314;ReadPosRankSum=0.156;SC=GGGGATGTGGGCAGATAGGAA;SOR=0.620;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=48;TCF=21;TCR=27;TR=19;WE=143028544;WS=143028526;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,21:0.38:56
chr7	143029371	rs2367941	G	T	917.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=18;NR=6;PP=517;SC=TCAAATATTGGTTTTTTGTGT;SOR=1.751;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=24;TCF=18;TCR=6;TR=24;WE=143029379;WS=143029361;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr7	143036318	rs2272253	G	A	4835.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=81;NR=47;PP=2639;SC=GAGTTGAAAGGGTATTCCAAC;SOR=1.128;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=128;TCF=81;TCR=47;TR=128;WE=143036326;WS=143036308;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,179:1.00:179
chr7	143036337	rs2272252	C	T	6232.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=97;NR=54;PP=2965;SC=ACGCTTCTTTCTACTCCAGTT;SOR=1.129;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=151;TCF=97;TCR=54;TR=151;WE=143036345;WS=143036327;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,228:1.00:228
chr7	143036548	rs6464542	T	A	6708.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.941;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=250;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.213;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=97;NR=87;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.713;SC=TTCTGAAAACTGAGAGCAAGG;SOR=0.385;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=186;TCF=97;TCR=89;TR=184;WE=143036556;WS=143036538;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,240:1.00:241
chr7	143039311	rs940864	A	G	5090.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=56;NR=96;PP=2965;SC=CTGAGCTTAGAGTTAAAGTTT;SOR=1.272;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=153;TCF=57;TCR=96;TR=152;WE=143039319;WS=143039301;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,175:1.00:175
chr7	143042552	rs10952548	G	A	490.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.173;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.926;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=5;PP=227;ReadPosRankSum=-0.462;SC=TCAGGAGTGCGGAGCGCGGTG;SOR=0.297;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=33;TCF=24;TCR=9;TR=16;WE=143042560;WS=143042542;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,22:0.51:43
chr7	143042983	rs45554138	A	G	694.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.157;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.477;HP=5;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=9;PP=338;ReadPosRankSum=-1.311;SC=GAGGGAGGGGAGAGTCTGGTA;SOR=0.603;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=36;TCF=18;TCR=18;TR=20;WE=143042991;WS=143042973;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,32:0.63:51
chr7	143043240	rs13438232	C	T	16541.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.964;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=647;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=184;NR=172;PP=2965;ReadPosRankSum=1.423;SC=CAGCTTCCTCCTTCCCTTGCT;SOR=0.486;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=364;TCF=187;TCR=177;TR=356;WE=143043248;WS=143043230;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:5,631:0.99:636
chr7	143043377	rs56680997	C	G	4821.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.004;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=91;PP=2665;ReadPosRankSum=0.336;SC=CCCAACTCACCCCTTGTGGGT;SOR=1.329;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=144;TCF=50;TCR=94;TR=140;WE=143043385;WS=143043367;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,174:0.99:176
chr7	143043607	rs2242492	G	C	3625.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=1.243;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.621;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=81;NR=30;PP=2385;ReadPosRankSum=1.746;SC=TTAGGCACTGGGTGGGGCCCC;SOR=1.666;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=113;TCF=82;TCR=31;TR=111;WE=143043615;WS=143043597;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,127:0.98:129
chr7	143043890	rs2242491	A	G	3183.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.541;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.706;HP=3;HapScore=4;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=35;PP=2578;ReadPosRankSum=0.069;SC=ATGATGAATGAAAAGGAGGCA;SOR=0.469;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=126;TCF=54;TCR=72;TR=66;WE=143043910;WS=143043880;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,84:0.54:157
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chr7	143053723	rs17854363	C	T	4457.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.037;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=489;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.221;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=84;NR=48;PP=1999;ReadPosRankSum=0.680;SC=CGGCTGAGAGCGGTAGACATC;SOR=0.893;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=288;TCF=173;TCR=115;TR=132;WE=143053731;WS=143053713;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:262,223:0.46:485
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chr7	143054585	rs6958357	A	G	2420.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=21;NR=42;PP=1256;SC=GGGGTAGGAAAACATCTTAGT;SOR=1.255;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=64;TCF=22;TCR=42;TR=63;WE=143054593;WS=143054575;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr7	143078928	rs10808025	C	G	3403.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=7;NR=88;PP=2560;SC=GGGGGGCAGTCGTTTCGGGAA;SOR=4.215;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=95;TCF=7;TCR=88;TR=95;WE=143078936;WS=143078918;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr7	143079806	rs6464546	G	A	2317.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.760;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=250;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.574;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=26;PP=1198;ReadPosRankSum=-0.570;SC=AGGAAAAGCAGGGCTCAGGGC;SOR=0.805;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=173;TCF=110;TCR=63;TR=74;WE=143079814;WS=143079796;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:133,111:0.45:244
chr7	143085819	rs6954724	G	A	3936.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.430;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=351;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.806;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=61;PP=1925;ReadPosRankSum=-0.774;SC=CTTGCTGTGGGGTGCCGGTTC;SOR=0.644;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=229;TCF=115;TCR=114;TR=121;WE=143085827;WS=143085809;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:163,185:0.53:348
chr7	143088526	rs1131885	T	C	2253.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.603;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=264;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.445;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=20;PP=1212;ReadPosRankSum=0.871;SC=TGCACCCTGATTGGGCATGGG;SOR=0.998;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=182;TCF=126;TCR=56;TR=77;WE=143088534;WS=143088516;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:147,111:0.43:258
chr7	143088639	rs202219923	G	A	5802.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.257;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=600;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.112;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=122;NR=78;PP=2962;ReadPosRankSum=1.139;SC=CTGTGGGCAAGGAAGGGTGGG;SOR=0.796;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=402;TCF=241;TCR=161;TR=200;WE=143088647;WS=143088629;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:313,279:0.47:592
chr7	143088823	rs1804527	T	C	13094.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=502;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=125;NR=197;PP=2965;SC=CGGTTCGATATGGGATCCCAT;SOR=1.038;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=324;TCF=125;TCR=199;TR=322;WE=143088831;WS=143088813;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,494:1.00:494
chr7	143088867	rs6967117	T	C	9315.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=337;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=90;NR=143;PP=2965;SC=CGAAGAGTCATCCTGTGGGAC;SOR=1.066;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=233;TCF=90;TCR=143;TR=233;WE=143088875;WS=143088857;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,336:1.00:336
chr7	143092269	rs34372369	G	A	7639.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=1.344;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=769;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.522;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=135;NR=93;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.180;SC=GATCATGATCGGCTTTCCTGA;SOR=0.752;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=467;TCF=271;TCR=196;TR=228;WE=143092277;WS=143092259;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:384,369:0.49:753
chr7	143093538	rs10952549	G	A	1838.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-1.516;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.113;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=25;PP=844;ReadPosRankSum=0.665;SC=GTAAAGTCCAGGGCTCCCTGT;SOR=0.580;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=110;TCF=66;TCR=44;TR=58;WE=143093546;WS=143093528;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:103,94:0.48:197
chr7	143094635	rs45497499	A	G	1785.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=2.753;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=241;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.319;HP=9;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=22;PP=1694;ReadPosRankSum=0.679;SC=GTGGTTGGGGAGGGGGCAGGA;SOR=1.257;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=185;TCF=130;TCR=55;TR=84;WE=143094643;WS=143094620;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:137,93:0.40:230
chr7	143095256	rs35251323	A	G	1187.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-3.668;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.347;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=34;PP=871;ReadPosRankSum=0.509;SC=GGGGCTGGAGAGCAGAATGGT;SOR=0.412;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=76;TCF=13;TCR=63;TR=42;WE=143095264;WS=143095246;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,46:0.55:84
chr7	143095378	rs3812407	T	C	1304.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.836;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.530;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=10;PP=788;ReadPosRankSum=-1.074;SC=TGCCCGGGCATGGACACTGAA;SOR=1.117;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=92;TCF=67;TCR=25;TR=46;WE=143095386;WS=143095368;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,61:0.48:127
chr7	143097100	rs4725617	A	G	6832.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=260;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=69;NR=100;PP=2965;SC=GGAGCCAGACACAAGGTCTCG;SOR=0.971;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=169;TCF=69;TCR=100;TR=169;WE=143097108;WS=143097090;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,258:1.00:258
chr7	143097320	rs7786333	C	T	162.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-2.200;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=5;PP=86;ReadPosRankSum=-0.549;SC=TCATGCAATCCTCTTATGAGG;SOR=0.859;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=5;WE=143097328;WS=143097310;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,7:0.78:9
chr7	143105830	rs12703524	C	A	739.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=15;NR=9;PP=468;SC=CCTTGGCGCGCGCCCCCGGGG;SOR=1.255;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=15;TCR=9;TR=24;WE=143105838;WS=143105820;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr7	143140416	rs58270521	C	T	412.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-1.513;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.384;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=2;PP=316;ReadPosRankSum=-1.826;SC=TGATAGCCTGCGTCCTCTACT;SOR=1.814;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=29;TCF=24;TCR=5;TR=18;WE=143140424;WS=143140408;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,18:0.60:30
chr7	143141475	rs4595035	T	C	1373.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=13;NR=27;PP=807;SC=TGAAGAGTCGTCGTTCCTCAA;SOR=1.519;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=41;TCF=13;TCR=28;TR=40;WE=143141483;WS=143141465;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr7	143175154	rs1404635	G	A	3774.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-4.468;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=505;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.522;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=76;NR=69;PP=2072;ReadPosRankSum=3.032;SC=TGGTTGGGACGGTGCACAACT;SOR=0.613;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=304;TCF=166;TCR=138;TR=145;WE=143175162;WS=143175144;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:255,228:0.47:483
chr7	143175345	rs10278721	C	T	2756.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-3.498;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.516;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=60;PP=1520;ReadPosRankSum=0.558;SC=TGGAGGTTCCCAGGGTGGGTG;SOR=0.643;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=167;TCF=61;TCR=106;TR=96;WE=143175353;WS=143175335;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:92,122:0.57:214
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chr7	143884106	rs1731348	T	C	576.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.107;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.433;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-4.384;NF=12;NR=18;PP=369;ReadPosRankSum=2.693;SC=GGTGAGAGCATCTGATGGGCT;SOR=1.090;SbPval=0.25;Source=Platypus;TC=92;TCF=47;TCR=45;TR=30;WE=143884114;WS=143884096;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:98,38:0.28:136
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chr7	144095730	rs11979528	C	T	70.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=2.823;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.310;HP=3;HapScore=2;MGOF=35;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=4;PP=49;ReadPosRankSum=-1.431;SC=GGGAGCTCCCCGTTCCTACCA;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=4;WE=144095738;WS=144095720;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,4:0.40:10
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chr7	144098896	rs727712	T	C	5531.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=82;NR=55;PP=2771;SC=TTGAAAAATGTAGACAAATTT;SOR=1.051;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=137;TCF=82;TCR=55;TR=137;WE=144098904;WS=144098878;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,206:1.00:206
chr7	144098922	rs727713	G	A	2772.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.889;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=258;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=29;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=34;PP=1174;ReadPosRankSum=-0.867;SC=ATTCTGAGACGGCGTTAGCTC;SOR=0.674;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=161;TCF=89;TCR=72;TR=78;WE=144098930;WS=144098912;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:119,137:0.54:256
chr7	144098992	rs727714	G	A	6476.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=245;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=66;NR=83;PP=2965;SC=CCAGACACCAGGGGTATGAGT;SOR=0.833;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=150;TCF=66;TCR=84;TR=149;WE=144099000;WS=144098982;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,242:1.00:242
chr7	144100595	rs2525703	C	T	107.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.253;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.447;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=22;NR=4;PP=533;ReadPosRankSum=-0.008;SC=GCAGTGAGGTCGGCCTCCTCC;SOR=1.863;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=62;TCF=53;TCR=9;TR=26;WE=144100603;WS=144100585;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,7:0.47:15
chr7	144100874	rs375024030	ACGGGC	A	4503.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=66;PP=2983;SC=TGCAGCCCGCACGGGCCGGGC;SOR=2.811;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=83;TCF=3;TCR=80;TR=69;WE=144100886;WS=144100864;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr7	144107279	rs1208179	A	G	2423.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.897;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=237;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=33;PP=1273;ReadPosRankSum=-0.768;SC=TGTCCCAGGTACCCTCCAGGT;SOR=0.687;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=154;TCF=88;TCR=66;TR=76;WE=144107287;WS=144107269;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:121,114:0.49:235
chr7	144378851	rs41414146	T	C	5228.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.999;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=565;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.522;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQ=60.02;MQRankSum=1.068;NF=98;NR=76;PP=2161;ReadPosRankSum=0.879;SC=ATGGGCATTATGCTCTTATCT;SOR=0.641;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=367;TCF=210;TCR=157;TR=174;WE=144378859;WS=144378841;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:300,265:0.47:565
chr7	144379925	rs28380423	C	T	1569.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=2.661;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.425;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=13;PP=820;ReadPosRankSum=-0.579;SC=TAACAATGTCCACTTACAAGA;SOR=0.852;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=100;TCF=73;TCR=27;TR=52;WE=144379933;WS=144379915;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,70:0.49:142
chr7	144532829	rs111798915	A	AG	1627.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.693;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.303;NF=0;NR=35;PP=1435;ReadPosRankSum=-0.544;SC=TCCGGGACCCAGGAGCCAGCT;SOR=1.498;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=39;TCF=0;TCR=39;TR=35;WE=144532837;WS=144532819;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,50:0.98:51
chr7	144703163	rs35986454	T	G	2695.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.020;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=324;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.409;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=55;PP=1494;ReadPosRankSum=0.755;SC=ACCTGCAGTCTGCCCTGAGCA;SOR=0.731;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=221;TCF=95;TCR=126;TR=96;WE=144703171;WS=144703153;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:184,137:0.43:321
chr7	144703301	rs7778697	G	A	1251.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=1.722;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=33;PP=837;ReadPosRankSum=-0.590;SC=CAGGGAAGGCGGAACCCACTC;SOR=0.793;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=73;TCF=19;TCR=54;TR=45;WE=144703309;WS=144703291;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,52:0.60:87
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chr7	144708192	rs75385443	G	A	757.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-2.832;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.157;HP=5;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=23;PP=497;ReadPosRankSum=0.990;SC=AATGTGGTTTGTTATTGTAGC;SOR=0.227;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=54;TCF=16;TCR=38;TR=36;WE=144708200;WS=144708182;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,36:0.64:56
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chr7	145691978	rs146504227	TTCTTCC	T	653.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.762;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=1.770;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.57;ReadPosRankSum=0.693;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,20:0.48:42
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chr7	146997203	rs2692185	T	A	6020.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=97;NR=53;PP=2965;SC=AATTTTAAGATAAAAATGACT;SOR=1.280;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=150;TCF=97;TCR=53;TR=150;WE=146997211;WS=146997193;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,220:1.00:220
chr7	147074998	rs6945709	G	T	867.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-2.318;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=11;PP=321;ReadPosRankSum=1.477;SC=TTATAAAAATGTTTAATTGGG;SOR=0.687;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=75;TCF=46;TCR=29;TR=30;WE=147075006;WS=147074988;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,46:0.47:97
chr7	147092861	rs34592169	G	A	2749.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.250;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=279;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.465;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=57;PP=1517;ReadPosRankSum=-1.674;SC=ACATGTGTGCGATCATAGACA;SOR=0.806;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=178;TCF=68;TCR=110;TR=89;WE=147092869;WS=147092851;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:141,133:0.49:274
chr7	147183278	rs4015951	CAAA	C	259.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.662;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=2.350;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.29;MQRankSum=1.160;QD=9.99;ReadPosRankSum=-2.493;SOR=0.250;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,10:0.38:26
chr7	147259105	rs4425670	G	A	966.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.924;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.862;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=6;PP=532;ReadPosRankSum=0.203;SC=GACAAAGAACGCTCTTTCCAG;SOR=0.888;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=63;TCF=50;TCR=13;TR=32;WE=147259113;WS=147259095;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,45:0.48:94
chr7	147259374	rs2074715	A	G	473.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=0.131;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.406;HP=5;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=15;PP=339;ReadPosRankSum=0.538;SC=TTTATGTTTTATGAAGATGCT;SOR=0.368;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=36;TCF=9;TCR=27;TR=22;WE=147259382;WS=147259364;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,22:0.55:40
chr7	147335933	rs113545270	C	CT	559.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.188;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FS=1.814;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.91;ReadPosRankSum=-1.423;SOR=0.777;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:42,39:0.48:81
chr7	147600604	rs2538962	C	A	3084.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=49;NR=23;PP=1488;SC=GTGTGGCAGTCTAATGACTGA;SOR=1.270;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=72;TCF=49;TCR=23;TR=72;WE=147600612;WS=147600594;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr7	147674880	rs10253762	G	A	686.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=1.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.770;HP=1;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=11;PP=402;ReadPosRankSum=-0.850;SC=ATTAGACAACGTAAGCAACTA;SOR=0.302;SbPval=0.25;Source=Platypus;TC=72;TCF=52;TCR=20;TR=31;WE=147674888;WS=147674870;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,35:0.43:82
chr7	147674912	rs2373284	T	C	1043.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=0.980;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.729;HP=2;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=16;PP=599;ReadPosRankSum=-1.247;SC=ATATGTCTAATGCAGCCTCCT;SOR=0.592;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=91;TCF=59;TCR=32;TR=43;WE=147674920;WS=147674902;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,51:0.46:111
chr7	147674948	rs10240482	A	T	1234.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.363;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=21;PP=673;ReadPosRankSum=0.736;SC=TTTCCCTGTGATCCAGGAGGA;SOR=0.685;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=113;TCF=64;TCR=49;TR=48;WE=147674956;WS=147674938;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,65:0.43:152
chr7	147674978	rs10240503	A	G	1480.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.872;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.897;HP=1;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=25;PP=698;ReadPosRankSum=-0.189;SC=GTTTCTTATCATACAAAGATC;SOR=0.760;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=121;TCF=63;TCR=58;TR=55;WE=147674986;WS=147674968;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,78:0.46:168
chr7	147926734	rs3779031	A	G	4422.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.709;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=427;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=93;NR=64;PP=2362;ReadPosRankSum=0.829;SC=TTTTTCTTCTATAGGAAGCTT;SOR=0.655;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=298;TCF=176;TCR=122;TR=157;WE=147926742;WS=147926724;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:204,211:0.51:415
chr7	147926888	rs3779032	A	C	8301.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=2.075;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=314;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=75;NR=138;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.641;SC=ATACATGTACATATAAATTAC;SOR=0.490;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=214;TCF=75;TCR=139;TR=213;WE=147926896;WS=147926878;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,301:1.00:302
chr7	147963925	rs3801974	C	G	678.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=20;NR=3;PP=568;SC=CACTTACCATCCTCAGATTTT;SOR=3.816;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=23;TCF=20;TCR=3;TR=23;WE=147963933;WS=147963915;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr7	147963983	rs10248273	G	C	2189.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=36;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=52;NR=11;PP=1581;SC=TTTTCTCGGGGTGGTGTTTTA;SOR=2.802;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=64;TCF=53;TCR=11;TR=63;WE=147963991;WS=147963973;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr7	147964016	rs3801975	A	G	3441.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=31;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=66;NR=22;PP=2059;SC=ATGAAATAAGATATCAGAAAA;SOR=1.863;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=88;TCF=66;TCR=22;TR=88;WE=147964024;WS=147964006;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr7	147964091	rs3801976	G	A	8093.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=318;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=109;NR=81;PP=2965;SC=GTAGAGACGTGCTTCTAAAAG;SOR=0.898;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=190;TCF=109;TCR=81;TR=190;WE=147964099;WS=147964081;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,309:1.00:309
chr7	148080647	rs1637841	T	G	1618.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=41;NR=10;PP=1139;SC=GAAACCTAAATGTAAGCTTTG;SOR=2.522;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=51;TCF=41;TCR=10;TR=51;WE=148080655;WS=148080637;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr7	148106465	.	C	CTCTT	2974	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MMLQ=26;MQ=59.95;NF=22;NR=22;PP=2974;QD=20;SC=TGACACTTGACTCTTTCTTTC;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=133;TCF=69;TCR=64;TR=44;WE=148106498;WS=148106455;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:89,44:0.33:133
chr7	148106475	rs72268642	C	CTT	5097.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.792;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=306;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.71;ReadPosRankSum=-0.499;SOR=0.688;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:177,128:0.42:305
chr7	148106477	.	C	G	2962	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MMLQ=23;MQ=59.95;NF=57;NR=41;PP=2962;QD=20;SC=CTTTCTTTCTCTACAGCCAGT;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=214;TCF=136;TCR=78;TR=98;WE=148106498;WS=148106455;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:116,98:0.46:214
chr7	148106477	.	C	CTG	5583.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.116;ClippingRankSum=0.000;DP=319;ExcessHet=3.0103;FS=0.875;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.56;ReadPosRankSum=-0.615;SOR=0.628;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:182,136:0.43:318
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chr7	148312520	rs6962292	T	C	2092.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.316;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=48;PP=1174;ReadPosRankSum=1.172;SC=AAGAGTCACATCTCTAAATTT;SOR=0.709;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=144;TCF=52;TCR=92;TR=77;WE=148312528;WS=148312510;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:104,100:0.49:204
chr7	148463860	rs1014095	T	C	903.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=4.208;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.160;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=26;PP=648;ReadPosRankSum=2.675;SC=TAATTATCTGTAGTTTTGATA;SOR=1.853;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=52;TCF=10;TCR=42;TR=30;WE=148463868;WS=148463850;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,36:0.55:66
chr7	148464675	rs6956231	T	G	1167.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=2.234;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.998;HP=6;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=7;PP=786;ReadPosRankSum=-0.340;SC=TGCAAAATTTTTTTCAGTGCA;SOR=0.957;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=80;TCF=63;TCR=17;TR=40;WE=148464683;WS=148464665;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,48:0.55:88
chr7	148483760	rs2072406	G	A	1254.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=1.835;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.447;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=27;PP=713;ReadPosRankSum=-0.888;SC=AATGTTATTTGTAGATGGCCT;SOR=0.560;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=86;TCF=37;TCR=49;TR=50;WE=148483768;WS=148483750;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,62:0.52:120
chr7	148487329	rs933436	G	T	898.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.404;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.790;HP=2;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=13;PP=554;ReadPosRankSum=1.322;SC=TGGAACAGTGGGCTTTACTTA;SOR=0.779;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=64;TCF=41;TCR=23;TR=37;WE=148487337;WS=148487319;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,41:0.59:69
chr7	148487395	rs2007404	T	C	2124.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.055;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.562;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=28;PP=953;ReadPosRankSum=0.025;SC=GCTGTCCTTTTATCTAGTTGG;SOR=0.629;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=107;TCF=60;TCR=47;TR=59;WE=148487403;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,100:0.57:174
chr7	148504716	rs3217095	AG	A	1380.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.343;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.973;NF=15;NR=11;PP=599;ReadPosRankSum=0.074;SC=GTTTCAGAGGAGGGGGGAGGA;SOR=0.765;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=53;TCF=28;TCR=25;TR=26;WE=148504724;WS=148504706;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,55:0.52:105
chr7	148504854	rs55877618	A	AGACTT	2291.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.525;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.431;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=1.041;NF=7;NR=30;PP=1625;ReadPosRankSum=-0.139;SC=ACATGTGCTGAGACTTAACAC;SOR=0.804;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=62;TCF=12;TCR=50;TR=37;WE=148504862;WS=148504844;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,60:0.49:123
chr7	148504906	rs35866517	TAAA	T	371.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.632;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=3.796;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.39;ReadPosRankSum=0.820;SOR=1.245;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,15:0.50:30
chr7	148506064	rs740949	A	G	4335.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-1.045;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=447;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=88;NR=58;PP=1945;ReadPosRankSum=0.318;SC=AAAGTGACCCATCAAAAGAAG;SOR=0.662;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=263;TCF=159;TCR=104;TR=146;WE=148506072;WS=148506054;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:212,222:0.51:434
chr7	148508833	rs2072407	A	G	3237.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.888;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=310;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.465;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=69;PP=1754;ReadPosRankSum=0.449;SC=AAACACAATCACATCATCAAA;SOR=0.938;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=195;TCF=75;TCR=120;TR=106;WE=148508841;WS=148508823;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:154,155:0.50:309
chr7	148543525	rs10274535	A	G	3628.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.443;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=367;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.446;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=77;NR=45;PP=1813;ReadPosRankSum=1.721;SC=AAACCAAAAGATGATGATAAT;SOR=0.878;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=251;TCF=151;TCR=100;TR=122;WE=148543533;WS=148543515;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:180,174:0.49:354
chr7	148543693	rs3214332	TA	T	1597.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.537;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.098;HP=11;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=1.427;NF=2;NR=54;PP=594;ReadPosRankSum=0.422;SC=AACATACTCTTAAAAAAAAAA;SOR=0.526;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=112;TCF=4;TCR=108;TR=56;WE=148543702;WS=148543683;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,100:0.57:174
chr7	148705221	rs2306172	A	G	4459.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=96;NR=35;PP=2505;SC=CGGGGTGTCCAGGGCTGGCAT;SOR=1.695;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=131;TCF=96;TCR=35;TR=131;WE=148705229;WS=148705211;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,169:1.00:169
chr7	148778355	rs34939910	C	A	165.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.961;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=7;PP=119;ReadPosRankSum=-0.876;SC=TGGTGAAACCCCACCTCTACT;SOR=0.693;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=13;TCF=1;TCR=12;TR=8;WE=148778363;WS=148778345;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,8:0.50:16
chr7	148801091	rs11525060	G	A	4541.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=3.007;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=460;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.745;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=94;PP=2796;ReadPosRankSum=0.174;SC=GGCTTTTCAGGTTTCCCTTGA;SOR=0.825;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=327;TCF=138;TCR=189;TR=160;WE=148801099;WS=148801081;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:243,209:0.46:452
chr7	148801337	rs12704061	T	C	4786.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-2.333;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=417;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.744;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=81;NR=84;PP=2115;ReadPosRankSum=1.229;SC=TCGTGTGCTCTGTGAGATGCG;SOR=0.570;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=298;TCF=139;TCR=159;TR=165;WE=148801345;WS=148801327;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:183,229:0.56:412
chr7	148801658	rs1137432	C	T	3290.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.591;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=304;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.502;HP=1;HapScore=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=39;ReadPosRankSum=-2.116;SC=TCCCAATGTGCTGCAGCCCGT;SOR=0.949;Source=Platypus;TCF=108;TR=98;WE=148801666;WS=148801648;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:145,155:0.52:300
chr7	148809451	rs6464938	T	C	6871.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=276;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=64;NR=116;PP=2965;SC=TTTGGCCGGGTGTGGTGGCTC;SOR=1.263;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=180;TCF=64;TCR=116;TR=180;WE=148809459;WS=148809441;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,265:1.00:265
chr7	148823366	rs10251621	A	G	11721.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=438;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=101;NR=182;PP=2965;SC=GCCCCAACCCAACTCCCAGGT;SOR=1.157;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=285;TCF=102;TCR=183;TR=283;WE=148823374;WS=148823345;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,429:1.00:429
chr7	148848257	rs917122	T	C	2428.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=2.042;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=259;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.463;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=26;PP=1130;ReadPosRankSum=-2.707;SC=TTAGAAACCATTGGTATGTGG;SOR=0.636;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=165;TCF=104;TCR=61;TR=69;WE=148848265;WS=148848247;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:138,119:0.46:257
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chr7	148851213	rs917124	G	A	8039.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-2.435;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=303;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=75;NR=107;PP=2965;ReadPosRankSum=0.793;SC=TCCTACACCTGGAAGGTCGGA;SOR=0.921;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=184;TCF=76;TCR=108;TR=182;WE=148851221;WS=148851203;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,299:0.99:301
chr7	148851273	rs3801979	G	C	1670.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.545;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.450;HP=1;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=33;ReadPosRankSum=0.017;SC=CAGTTACCGAGCTTGGGAACC;SOR=1.063;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=121;TCF=49;TCR=72;TR=50;WE=148851281;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:100,77:0.44:177
chr7	148863414	rs71990250	CAGCTCCA	C	4176.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.833;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=274;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.553;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.961;NF=3;NR=52;PP=2966;ReadPosRankSum=0.003;SC=GAAGTGACAGCAGCTCCAAGA;SOR=0.809;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=122;TCF=6;TCR=116;TR=55;WE=148863428;WS=148863404;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:143,113:0.44:256
chr7	148873497	rs1568944	T	A	4962.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.696;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=98;NR=48;PP=2637;ReadPosRankSum=-0.948;SC=GCAAACCAACTTGATTATCTT;SOR=1.366;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=150;TCF=99;TCR=51;TR=146;WE=148873505;WS=148873487;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,193:0.99:195
chr7	148875632	rs1202461	T	A	619.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=17;NR=0;PP=449;SC=CCTTCTGCTGTATTTCTGATC;SOR=4.615;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=17;TCR=0;TR=17;WE=148875640;WS=148875627;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr7	148903984	rs12537763	G	A	948.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.744;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.980;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=30;PP=659;ReadPosRankSum=0.560;SC=ATTTGTCCACGTTAGCACCGC;SOR=0.947;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=76;TCF=13;TCR=63;TR=35;WE=148903992;WS=148903974;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,43:0.46:94
chr7	148904293	rs147860582	C	CAAGGTTCTTCATAAG	876.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.190;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=2;PP=2954;ReadPosRankSum=0.943;SC=GACTCGTTTTCAGATTACCCG;SOR=0.551;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=28;TCF=21;TCR=7;TR=8;WE=148904301;WS=148904283;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,21:0.40:52
chr7	148904343	rs6464946	A	T	1362.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.019;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.675;HP=4;HapScore=2;MGOF=40;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=14;PP=586;ReadPosRankSum=-0.124;SC=GACACCCAGGAGGAGAGGGGG;SOR=0.617;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=84;TCF=59;TCR=25;TR=42;WE=148904351;WS=148904333;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,61:0.48:128
chr7	148904624	rs7784122	C	T	1334.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=1.308;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.783;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=24;PP=576;ReadPosRankSum=-0.487;SC=GCCGGCTTTCCGCACACTGCT;SOR=0.596;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=60;TCF=19;TCR=41;TR=38;WE=148904632;WS=148904614;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,61:0.60:101
chr7	148907849	rs10952805	G	A	3565.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.198;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=349;ExcessHet=3.0103;FS=3.477;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.37;ReadPosRankSum=-1.499;SOR=0.536;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:168,176:0.51:344
chr7	148907968	rs66702759	C	T	483.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-3.150;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.448;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=18;PP=330;ReadPosRankSum=-0.233;SC=CTCCAGGAGACACAGACGTGG;SOR=0.388;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=48;TCF=9;TCR=39;TR=24;WE=148907976;WS=148907958;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,23:0.47:49
chr7	148909687	rs1202425	C	T	349.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=11;PP=306;SC=ATTTTTTGTTCTTTGAGACGG;SOR=3.611;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=2;TCR=11;TR=13;WE=148909695;WS=148909677;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr7	148921732	rs11547158	G	A	2526.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.533;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.677;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=65;PP=1523;ReadPosRankSum=0.007;SC=CCTCCTGAGCGAGACTAGGGC;SOR=0.909;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=171;TCF=32;TCR=139;TR=75;WE=148921740;WS=148921722;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:121,106:0.47:227
chr7	148936762	rs111428978	A	ACGG,ACGGCGGCGG	3380.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=24;NF=7,7;NR=21,21;PP=803,863;SC=TGGCATCAACACGGCGGCGGC;SOR=0.719;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=35;TCF=7;TCR=28;TR=28,28;WE=148936770;WS=148936758;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.62,0.38:78
chr7	148936878	rs11548535	G	T	765.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-2.080;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.988;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=10;PP=471;ReadPosRankSum=0.008;SC=CCATGGCGGAGTCGGCGCCTG;SOR=0.549;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=46;TCF=31;TCR=15;TR=26;WE=148936886;WS=148936868;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,34:0.56:61
chr7	148937136	rs1202427	C	A	1771.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=1.221;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=41;PP=995;ReadPosRankSum=1.316;SC=ACTTCTCTGACGCTTGCTTTA;SOR=0.706;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=123;TCF=41;TCR=82;TR=61;WE=148937144;WS=148937126;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,82:0.53:155
chr7	148950023	rs10487889	G	A	162.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=2.079;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.793;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=8;PP=136;ReadPosRankSum=1.514;SC=CTTTATGATTGTCGTTAGTTC;SOR=2.160;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=0;TCR=15;TR=8;WE=148950031;WS=148950013;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,8:0.35:23
chr7	148950817	.	GA	G	3526.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=2.034;ClippingRankSum=0.000;DP=231;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.025;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.824;NF=28;NR=30;PP=2268;ReadPosRankSum=0.318;SC=AGGTCCTGGGGACTCTACTCT;SOR=0.782;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=106;TCF=46;TCR=60;TR=58;WE=148950825;WS=148950807;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:118,108:0.48:226
chr7	148979323	rs61735518	C	T	8119.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=3.320;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=696;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=93;NR=122;PP=2962;ReadPosRankSum=1.519;SC=ACCACCTGGCCGTGCACATGC;SOR=0.721;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=376;TCF=161;TCR=215;TR=215;WE=148979331;WS=148979313;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:315,377:0.54:692
chr7	148982455	rs34979431	G	C	342.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=0.096;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=2;PP=210;ReadPosRankSum=0.064;SC=GTCCGTGCGGGGAAAGCAGGG;SOR=0.483;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=23;TCF=21;TCR=2;TR=13;WE=148982463;WS=148982445;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,14:0.56:25
chr7	148985897	rs17630156	C	T	1795.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.676;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.082;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=31;PP=855;ReadPosRankSum=1.895;SC=TCCTGCCCTTCGCGTGGTGCC;SOR=0.608;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=124;TCF=53;TCR=71;TR=59;WE=148985905;WS=148985887;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:117,90:0.43:207
chr7	148991624	rs76675865	C	T	2528.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.410;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.837;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=39;PP=1296;ReadPosRankSum=-0.975;SC=GGCCTCCCTCCCTCCAGGCCC;SOR=0.655;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=152;TCF=77;TCR=75;TR=72;WE=148991632;WS=148991614;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:102,113:0.53:215
chr7	148991712	rs13236978	A	G	8173.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.870;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=325;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=110;NR=103;PP=2965;ReadPosRankSum=0.464;SC=AGCTTCGGCCAGAAGGAGCTC;SOR=0.732;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=213;TCF=110;TCR=103;TR=213;WE=148991720;WS=148991702;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,312:0.99:314
chr7	149129829	rs17852167	C	T	1955.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.119;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.806;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=37;PP=1117;ReadPosRankSum=-1.002;SC=CTTTTCACTGCGGGGTTTCCT;SOR=0.832;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=143;TCF=68;TCR=75;TR=70;WE=149129837;WS=149129819;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:92,90:0.49:182
chr7	149148319	rs4727071	T	C	4258.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=37;NR=99;PP=2467;SC=GAGACCACAATGGAAAACCGC;SOR=1.730;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=136;TCF=37;TCR=99;TR=136;WE=149148327;WS=149148309;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,162:1.00:162
chr7	149152770	rs3735319	A	G	3804.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=55;NR=59;PP=2514;SC=GAGAAGGGAGACTTCTTGTTC;SOR=1.072;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=119;TCF=57;TCR=62;TR=114;WE=149152778;WS=149152760;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,134:1.00:134
chr7	149152906	rs3735318	G	A	6831.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=255;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=93;NR=93;PP=2965;SC=TGTGGCATCCGGCCAGAAGTC;SOR=0.701;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=187;TCF=94;TCR=93;TR=186;WE=149152914;WS=149152896;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,251:1.00:251
chr7	149174542	rs4727073	G	A	2088.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=42;NR=15;PP=1181;SC=TTCTAAAGTTGTCAGGCCGGA;SOR=1.739;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=57;TCF=42;TCR=15;TR=57;WE=149174550;WS=149174532;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr7	149174740	rs145793561	G	A	2317.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.919;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=37;PP=1005;ReadPosRankSum=1.651;SC=CTGGCTGCCCGGCTGCCCACG;SOR=0.669;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=129;TCF=57;TCR=72;TR=67;WE=149174748;WS=149174730;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:107,112:0.51:219
chr7	149190098	rs13311996	T	C	2313.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.547;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.392;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQ=59.94;MQRankSum=1.462;NF=37;NR=29;PP=914;ReadPosRankSum=-0.301;SC=TTTGCCACGTTCCAGTCAAAG;SOR=0.690;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=135;TCF=66;TCR=69;TR=66;WE=149190106;WS=149190088;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:109,115:0.51:224
chr7	149191460	rs112293204	G	A	2836.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.748;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=338;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.400;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-1.901;NF=55;NR=53;PP=1468;ReadPosRankSum=1.151;SC=CGAACTCCACGGCTGTCTTCT;SOR=0.662;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=246;TCF=129;TCR=117;TR=108;WE=149191468;WS=149191450;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:184,146:0.44:330
chr7	149256086	rs1978186	C	T	420.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-1.673;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=14;PP=285;ReadPosRankSum=0.064;SC=GGCCAGGAGTCTGAGAGCAGC;SOR=0.495;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=31;TCF=4;TCR=27;TR=16;WE=149256094;WS=149256076;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,18:0.53:34
chr7	149317216	rs354056	A	G	1920.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.187;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.686;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=39;PP=965;ReadPosRankSum=-0.606;SC=GTCTAGAAACAAAATCTCCTG;SOR=0.905;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=115;TCF=48;TCR=67;TR=64;WE=149317224;WS=149317206;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,92:0.54:170
chr7	149426305	rs11424737	G	GC	7033.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=42;NR=42;PP=2936;SC=CTGCGAGTCAGCCGTCTCGGG;SOR=1.162;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=87;TCF=44;TCR=43;TR=84;WE=149426313;WS=149426295;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,199:1.00:199
chr7	149427409	rs709065	T	G	12888.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.064;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=485;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=182;NR=176;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.260;SC=CAGAGCCTGATCTCTGGAAGC;SOR=0.243;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=359;TCF=183;TCR=176;TR=358;WE=149427417;WS=149427399;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,477:1.00:478
chr7	149461487	rs73168053	T	G	705.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=2.739;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=6;PP=441;ReadPosRankSum=-1.377;SC=TTTAAGTACATAAATAACCAC;SOR=0.793;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=48;TCF=36;TCR=12;TR=25;WE=149461495;WS=149461477;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,30:0.49:61
chr7	149476666	rs57553723	G	GC	7044.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=234;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=28;NR=77;PP=2966;SC=GGCTGTGACAGCCCCTGGGGC;SOR=0.730;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=112;TCF=30;TCR=82;TR=105;WE=149476674;WS=149476656;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,218:1.00:218
chr7	149484798	rs62490656	C	T	1819.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.283;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=234;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.957;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=25;PP=872;ReadPosRankSum=0.931;SC=CGCTGTGGGGCGCTGCTGCAG;SOR=0.890;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=145;TCF=80;TCR=65;TR=62;WE=149484806;WS=149484788;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:138,94:0.41:232
chr7	149486574	rs855694	G	C	1824.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=23;NR=26;PP=999;SC=TCACCTCCCCGCTCCTTTGCC;SOR=0.723;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=49;TCF=23;TCR=26;TR=49;WE=149486582;WS=149486564;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr7	149498990	rs189214453	G	A	2918.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.785;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=347;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.302;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.868;NF=45;NR=51;PP=1444;ReadPosRankSum=-1.261;SC=TCTGCTGAGCGGCGCTGTGAC;SOR=0.602;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=229;TCF=101;TCR=128;TR=96;WE=149498998;WS=149498980;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:191,146:0.43:337
chr7	149499115	rs61047652	CAT	C	2133.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-1.510;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.612;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQ=60.13;MQRankSum=1.822;NF=4;NR=26;PP=1269;ReadPosRankSum=-0.414;SC=CCCCGGCCCCCATGCCCCTGC;SOR=0.749;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=71;TCF=10;TCR=61;TR=30;WE=149499124;WS=149499105;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:98,60:0.38:158
chr7	149499318	rs2074690	C	T	202.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=5;PP=106;SC=AGCCTTCCCTCGGGAAAGCCC;SOR=1.863;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=1;TCR=5;TR=6;WE=149499326;WS=149499308;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr7	149500013	rs2074693	C	G	2821.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.777;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=237;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.388;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=28;PP=1209;ReadPosRankSum=0.683;SC=CTGGTGGACCCACATGCTACC;SOR=1.080;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=135;TCF=82;TCR=53;TR=80;WE=149500021;WS=149500003;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:97,137:0.59:234
chr7	149500472	rs10952229	A	G	8819.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=329;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=110;NR=114;PP=2965;SC=GGACTGTGGGATGCCCACACA;SOR=0.744;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=224;TCF=110;TCR=114;TR=224;WE=149500480;WS=149500462;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,322:1.00:322
chr7	149500992	rs4725830	A	G	1012.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=0.876;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.019;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=14;PP=744;ReadPosRankSum=0.282;SC=GCGATAGTGGAAAGATGGTGG;SOR=0.919;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=57;TCF=33;TCR=24;TR=36;WE=149501000;WS=149500982;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,39:0.63:62
chr7	149502827	rs12668484	G	A	468.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=4.294;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.514;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=9;PP=367;ReadPosRankSum=1.516;SC=CCCAGCCATCGCGCAGGAAGC;SOR=0.357;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=47;TCF=29;TCR=18;TR=19;WE=149502835;WS=149502819;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,20:0.38:52
chr7	149503843	rs10260959	T	G	6780.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.275;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=646;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.095;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=1.002;NF=103;NR=95;PP=2962;ReadPosRankSum=0.965;SC=AGAGAACATGTTGTTCCGCTC;SOR=0.582;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=390;TCF=214;TCR=176;TR=198;WE=149503851;WS=149503833;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:321,322:0.50:643
chr7	149503916	rs72359812	GGATA	G	8767.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.638;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=502;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.445;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.051;NF=18;NR=96;PP=2970;ReadPosRankSum=0.119;SC=CAGGGCCCCGGGATAGATAGA;SOR=0.872;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=256;TCF=47;TCR=209;TR=114;WE=149503927;WS=149503906;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:250,228:0.48:478
chr7	149504116	rs4461809	C	T	722.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.626;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=24;PP=428;ReadPosRankSum=-0.972;SC=GGAGAGGGGCCGGGGATCTAG;SOR=0.651;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=66;TCF=13;TCR=53;TR=30;WE=149504124;WS=149504106;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,36:0.42:85
chr7	149506071	.	G	A	852.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-3.876;ClippingRankSum=0.000;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=17.726;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=9;PP=493;ReadPosRankSum=-1.868;SC=GGTGGGAGGAGGAGAAGGTGG;SOR=0.048;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=64;TCF=46;TCR=18;TR=31;WE=149506079;WS=149506061;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,39:0.59:66
chr7	149506211	rs71194663	G	GC	10842.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=300;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=35;NR=79;PP=2974;SC=CGAGGCAGCAGCTGCGCAGCC;SOR=0.735;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=119;TCF=39;TCR=80;TR=114;WE=149506219;WS=149506201;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,290:1.00:290
chr7	149506471	rs6953743	C	T	973.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.703;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FS=3.852;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.14;ReadPosRankSum=-0.635;SOR=1.112;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:50,46:0.48:96
chr7	149507861	rs55866915	A	C	2739.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=56;NR=23;PP=1620;SC=AGGAGGGCAGAGGGGAGAGCT;SOR=1.659;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=79;TCF=56;TCR=23;TR=79;WE=149507869;WS=149507851;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr7	149507964	rs55776327	C	T	8702.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=333;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=116;NR=101;PP=2965;SC=AGGCCCAGCCCATCTGGAGCC;SOR=0.809;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=217;TCF=116;TCR=101;TR=217;WE=149507972;WS=149507954;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,326:1.00:326
chr7	149508703	rs55649542	G	C	5259.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-3.062;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=548;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=78;NR=66;PP=1720;ReadPosRankSum=0.350;SC=AGGGTTTGGGGGGCCACAATG;SOR=0.655;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=316;TCF=171;TCR=145;TR=144;WE=149508711;WS=149508693;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:279,265:0.49:544
chr7	149509419	rs740109	C	T	415.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-3.412;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.463;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=4;PP=214;ReadPosRankSum=-1.495;SC=GGGAGGCCTGCGGAGCCGGAC;SOR=0.330;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=32;TCF=25;TCR=7;TR=15;WE=149509427;WS=149509409;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,19:0.50:38
chr7	149509807	rs740110	C	T	3204.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.17;SOR=2.925;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr7	149509817	rs740111	G	T	2907.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.43;SOR=3.258;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr7	149510936	rs62492760	C	T	428.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-5.854;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.258;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=13;PP=237;ReadPosRankSum=-0.192;SC=GCAGGAGTTGCCCCACTTCAT;SOR=0.278;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=36;TCF=2;TCR=34;TR=14;WE=149510944;WS=149510926;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,18:0.47:38
chr7	149511333	rs62492761	G	A	827.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-3.274;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=11.117;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=11;PP=321;ReadPosRankSum=0.031;SC=ATGAGGGGAGGGGAGAGGCAG;SOR=0.137;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=46;TCF=30;TCR=16;TR=25;WE=149511341;WS=149511323;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,40:0.58:69
chr7	149511509	rs79503371	G	A	2758.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.491;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=282;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.428;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=48;PP=1442;ReadPosRankSum=1.343;SC=GGGGGGCCTGGGACCGGGCAA;SOR=0.756;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=175;TCF=86;TCR=89;TR=91;WE=149511517;WS=149511499;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:141,135:0.49:276
chr7	149511902	rs62492762	C	T	6778.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.568;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=650;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.520;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=99;NR=124;PP=2962;ReadPosRankSum=0.621;SC=GGTCTCCCTGCGACATGTGCT;SOR=0.660;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=436;TCF=193;TCR=243;TR=223;WE=149511910;WS=149511892;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:313,329:0.51:642
chr7	149511985	rs10952230	A	G	11265.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=401;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=97;NR=152;PP=2965;SC=TGCCCTGGGAACCACACGCAG;SOR=1.048;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=249;TCF=97;TCR=152;TR=249;WE=149511993;WS=149511975;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,397:1.00:397
chr7	149512177	rs11979187	C	T	2410.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.604;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.571;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=31;PP=1122;ReadPosRankSum=0.435;SC=GTGGCGGGTCCGAATGGGCGC;SOR=0.610;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=124;TCF=69;TCR=55;TR=69;WE=149512185;WS=149512167;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,106:0.61:175
chr7	149512674	rs2074694	G	A	185.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-2.856;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.643;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=1;PP=115;ReadPosRankSum=-0.681;SC=GCCATGCGGTGGAGGCAAGAG;SOR=0.156;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=23;TCF=17;TCR=6;TR=7;WE=149512682;WS=149512670;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,9:0.41:22
chr7	149512911	rs2074695	A	G	9113.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.027;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=350;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=115;NR=92;PP=2965;ReadPosRankSum=0.051;SC=GGCGCATAGAACCCAGGAGGG;SOR=0.878;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=207;TCF=115;TCR=92;TR=207;WE=149512919;WS=149512901;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,339:0.99:343
chr7	149513077	rs2240362	G	C	3260.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.144;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=332;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.744;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=54;PP=1592;ReadPosRankSum=0.095;SC=GCAGTGTTTCGTGTGGGGGCG;SOR=0.898;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=212;TCF=100;TCR=112;TR=92;WE=149513085;WS=149513067;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:170,155:0.48:325
chr7	149513152	rs7791767	C	T	3281.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.462;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=310;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.898;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=58;PP=1500;ReadPosRankSum=0.864;SC=GCCAGAGCCGCACATGCAGCA;SOR=0.824;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=204;TCF=94;TCR=110;TR=103;WE=149513160;WS=149513142;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:146,158:0.52:304
chr7	149513288	rs7778489	T	C	3035.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=31;NR=76;PP=2410;SC=CCACCTGTCCTCCAGTGCCCT;SOR=3.342;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=107;TCF=31;TCR=76;TR=107;WE=149513296;WS=149513278;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr7	149513395	rs7795784	G	T	649.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-2.567;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.720;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=12;PP=491;ReadPosRankSum=-0.667;SC=CAGGTGAAAGGCACTCCCTGA;SOR=1.062;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=62;TCF=32;TCR=30;TR=30;WE=149513403;WS=149513385;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,30:0.42:71
chr7	149513560	rs12674102	T	C	6223.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=1.091;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=252;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=75;NR=66;PP=2432;ReadPosRankSum=-1.872;SC=GCTGCTTCTCTGAGGGCTGCG;SOR=0.761;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=141;TCF=75;TCR=66;TR=141;WE=149513568;WS=149513550;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,240:0.98:244
chr7	149513780	rs2074688	A	G	1108.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-1.822;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=27;PP=741;ReadPosRankSum=-0.513;SC=TGACAGCGTCAGGGGCAGGCA;SOR=1.051;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=37;TCF=9;TCR=28;TR=36;WE=149513788;WS=149513770;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,39:0.98:40
chr7	149514651	rs77636271	C	G	343.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-4.309;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=2;PP=184;ReadPosRankSum=-1.714;SC=CGCACAGCCCCGGGTGGGTGG;SOR=0.382;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=25;TCF=22;TCR=3;TR=14;WE=149514659;WS=149514641;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,17:0.61:28
chr7	149515103	rs10250401	C	T	1687.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.426;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.472;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=41;PP=871;ReadPosRankSum=-1.807;SC=GAGGGCTGGGCACCCGTACCC;SOR=0.896;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=139;TCF=46;TCR=93;TR=59;WE=149515111;WS=149515093;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:122,86:0.41:208
chr7	149515188	rs60594151	TA	T	2149.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=30;PP=1379;SC=GGACCTCGAGTAACTGCCCCA;SOR=1.733;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=35;TCF=4;TCR=31;TR=34;WE=149515196;WS=149515178;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
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chr7	149515775	rs1557955	C	G	1978.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.610;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.200;HP=1;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=19;PP=1099;ReadPosRankSum=-1.372;SC=GGTCCCCCTGCTCCAGAAGCT;SOR=1.112;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=138;TCF=92;TCR=46;TR=67;WE=149515783;WS=149515765;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:106,91:0.46:197
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chr7	149517978	rs12536873	G	T	1551.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.130;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.041;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=29;PP=1024;ReadPosRankSum=-0.747;SC=CCCTGGAGCAGGATGGTGGCT;SOR=0.479;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=166;TCF=99;TCR=67;TR=63;WE=149517986;WS=149517968;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:140,77:0.35:217
chr7	149518148	rs10233245	A	G	7184.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.569;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=286;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=76;NR=101;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.578;SC=GCCTGGAGCCACTGGTCGGCC;SOR=0.319;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=178;TCF=76;TCR=102;TR=177;WE=149518156;WS=149518138;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,274:1.00:275
chr7	149518532	rs11353848	TC	T	1102.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.63;BaseQRankSum=0.221;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=13;PP=438;ReadPosRankSum=0.426;SC=GGAGGAGCAGTCCCAGAGCCA;SOR=0.617;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=28;TCF=2;TCR=26;TR=14;WE=149518540;WS=149518522;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,39:0.46:84
chr7	149518961	rs1008335	T	C	7624.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.780;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=291;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=90;NR=84;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.774;SC=TGCCTGAGGCTTGGACGCTGT;SOR=0.743;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=174;TCF=90;TCR=84;TR=174;WE=149518969;WS=149518951;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,285:0.99:287
chr7	149519184	rs1008336	C	T	3832.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=1.794;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=379;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=52;PP=1867;ReadPosRankSum=-0.393;SC=CCTGGCCTCTCGCTCTGGGTC;SOR=0.703;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=221;TCF=120;TCR=101;TR=115;WE=149519192;WS=149519174;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:194,180:0.48:374
chr7	149520413	rs59644006	A	C	1217.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=2.365;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=13;PP=523;ReadPosRankSum=-0.129;SC=GTTCCCCCACAAGCCTGCCTC;SOR=0.640;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=73;TCF=44;TCR=29;TR=32;WE=149520421;WS=149520403;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,58:0.46:127
chr7	149521106	rs59605875	C	A	8020.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=-1.365;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=765;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.092;HP=4;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=100;NR=114;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.730;SC=GCATGACCACCCCCACCCCCC;SOR=0.633;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=418;TCF=205;TCR=213;TR=214;WE=149521118;WS=149521096;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:369,392:0.52:761
chr7	149521183	rs4389841	G	A	5516.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=1.480;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=593;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.215;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=83;NR=93;PP=2803;ReadPosRankSum=-0.582;SC=AGTGAATGCCGGCGTGGGGAG;SOR=0.951;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=361;TCF=173;TCR=188;TR=176;WE=149521191;WS=149521173;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:312,280:0.47:592
chr7	149521544	rs12673475	C	T	6192.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=-0.252;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=564;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=82;NR=75;PP=2266;ReadPosRankSum=-0.376;SC=TGCCGCCCAGCGCCCTGGCCC;SOR=0.690;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=302;TCF=158;TCR=144;TR=157;WE=149521552;WS=149521534;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:257,298:0.54:555
chr7	149522162	rs62617122	G	T	1740.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.184;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.541;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=22;PP=931;ReadPosRankSum=-0.675;SC=GGAGGAGGCTGCCGGGAGCCA;SOR=0.763;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=130;TCF=79;TCR=51;TR=59;WE=149522170;WS=149522152;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:106,84:0.44:190
chr7	149522366	rs2074697	T	G	11487.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.999;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=426;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=131;NR=133;PP=2965;ReadPosRankSum=1.314;SC=GTCGTCAGGTTAGAGCTGCGA;SOR=0.233;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=265;TCF=131;TCR=134;TR=264;WE=149522374;WS=149522356;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,419:1.00:420
chr7	149523137	rs62492769	G	A	4093.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-1.084;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=408;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.521;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=55;PP=1867;ReadPosRankSum=-0.712;SC=CCTGACTGGAGCCCTTTGTGC;SOR=0.618;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=240;TCF=131;TCR=109;TR=121;WE=149523145;WS=149523127;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:202,200:0.50:402
chr7	149523277	rs1004200	A	G	9365.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.254;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=380;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=102;NR=141;PP=2965;ReadPosRankSum=1.777;SC=ATGGAGCGACATCGGACTTGT;SOR=0.950;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=248;TCF=104;TCR=144;TR=243;WE=149523285;WS=149523267;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:6,364:0.98:370
chr7	149523584	rs62492839	C	T	3711.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-0.065;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=456;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=45;PP=1513;ReadPosRankSum=-0.145;SC=ACCTCATGCCCGTGCCTCTGC;SOR=0.694;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=249;TCF=142;TCR=107;TR=105;WE=149523592;WS=149523574;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:254,195:0.43:449
chr7	149524913	rs12534509	G	A	5021.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.830;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=485;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.452;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=73;NR=73;PP=2236;ReadPosRankSum=1.560;SC=GGGGCTCTGCGAGCAGACGTG;SOR=0.518;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=281;TCF=151;TCR=130;TR=146;WE=149524921;WS=149524903;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:236,247:0.51:483
chr7	149528262	rs10261977	C	T	4155.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=0.697;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=401;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.635;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=55;PP=1708;ReadPosRankSum=1.327;SC=CACGGAGCTTCGAAACTTCAC;SOR=0.795;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=204;TCF=96;TCR=108;TR=100;WE=149528270;WS=149528252;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:192,205:0.52:397
chr7	149528392	rs10262226	C	T	1792.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.926;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.161;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=46;PP=965;ReadPosRankSum=-0.856;SC=AGGGGAATCACGTTGGCCAGT;SOR=0.808;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=152;TCF=49;TCR=103;TR=65;WE=149528400;WS=149528382;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:109,88:0.45:197
chr7	149530894	rs6960187	G	A	5045.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-1.082;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=504;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=83;NR=64;PP=2165;ReadPosRankSum=-1.290;SC=CGTGTCCCCTGGGAGGTGACT;SOR=0.670;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=298;TCF=170;TCR=128;TR=147;WE=149530902;WS=149530884;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:252,251:0.50:503
chr7	149543084	rs79028448	G	A	796.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-4.961;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.790;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=10;PP=570;ReadPosRankSum=0.969;SC=GAACCACTGTGCTGAACCACC;SOR=0.216;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=58;TCF=45;TCR=13;TR=37;WE=149543092;WS=149543074;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,36:0.62:58
chr7	149543219	rs34196240	C	CT	1067.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.159;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=270;ExcessHet=3.0103;FS=0.552;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.43;ReadPosRankSum=-0.531;SOR=0.746;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:150,91:0.38:241
chr7	149543269	rs62621204	C	T	1904.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.772;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=251;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.186;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=42;PP=981;ReadPosRankSum=0.592;SC=TGAGCTGTTCCGCAAGTTCGG;SOR=0.846;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=150;TCF=63;TCR=87;TR=68;WE=149543277;WS=149543259;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:148,100:0.40:248
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chr7	149559465	rs2074701	C	T	7806.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.333;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=812;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=107;NR=124;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.349;SC=CTGTGAACGGCGTGGCCGTCA;SOR=0.708;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=496;TCF=231;TCR=265;TR=231;WE=149559473;WS=149559455;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:413,387:0.48:800
chr7	149561049	rs3857764	C	G	34.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.115;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.67;ReadPosRankSum=-1.781;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,3:0.23:13
chr7	149572842	rs10240203	G	C	3943.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.065;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=371;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=74;PP=2023;ReadPosRankSum=-0.007;SC=AATGCCTCTTGAAAGGCTGAA;SOR=0.684;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=248;TCF=95;TCR=153;TR=121;WE=149572850;WS=149572832;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:171,182:0.52:353
chr7	149575707	rs6946997	C	G	783.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=4.070;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.214;HP=3;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-1.878;NF=24;NR=4;PP=606;ReadPosRankSum=0.699;SC=ACCGAGGCCTCCCCTGGGTGT;SOR=1.473;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=60;TCF=48;TCR=12;TR=28;WE=149575715;WS=149575697;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,31:0.46:67
chr7	149575725	rs6947011	C	T	995.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=2.122;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.101;HP=2;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-1.438;NF=30;NR=8;PP=676;ReadPosRankSum=-0.517;SC=TGTGGGAGGACCCTCCTGTGC;SOR=1.101;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=78;TCF=58;TCR=20;TR=38;WE=149575733;WS=149575715;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,44:0.49:90
chr7	149575747	rs5888369	TG	T	2148.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.765;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.250;HP=1;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=12;PP=1294;ReadPosRankSum=0.173;SC=AGGCTCACCATGCTTTGCTGT;SOR=1.037;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=73;TCF=39;TCR=34;TR=34;WE=149575755;WS=149575737;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,64:0.48:134
chr7	149575884	rs10246226	T	C	1633.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=-0.076;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=224;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=11.124;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=35;PP=769;ReadPosRankSum=-3.291;SC=ACCCAGGTACTGTGTGGGCGA;SOR=0.908;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=136;TCF=54;TCR=82;TR=54;WE=149575892;WS=149575874;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:132,92:0.41:224
chr7	149576818	rs7785847	A	G	2195.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-2.058;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=224;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.711;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=51;PP=1210;ReadPosRankSum=0.608;SC=CGGGGGAGTCAGTGCCCAGTC;SOR=0.562;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=169;TCF=56;TCR=113;TR=78;WE=149576826;WS=149576808;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:115,105:0.48:220
chr7	149588429	rs4725317	G	A	630.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=52.49;QD=26.28;SOR=1.802;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr7	149589343	rs2626759	G	A	2821.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=74;NR=35;PP=2312;SC=TAGAGAAGCAGACACCTGTCG;SOR=1.839;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=111;TCF=75;TCR=36;TR=109;WE=149589351;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr7	149589496	rs11428600	A	AC	7495.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.956;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=414;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.581;HP=6;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=12.590;NF=24;NR=135;PP=2987;ReadPosRankSum=0.886;SC=ACCTTAAAAAAACACACACAC;SOR=0.787;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=161;TCF=25;TCR=136;TR=159;WE=149589505;WS=149589480;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,328:0.87:375
chr7	149589599	rs4725318	C	A	2113.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=1.769;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=5.449;HP=1;HapScore=1;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=-1.144;NF=20;NR=56;PP=1518;ReadPosRankSum=0.830;SC=TGTTAGGGCTCCATGTGGGGT;SOR=2.215;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=80;TCF=22;TCR=58;TR=76;WE=149589607;WS=149589589;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,79:0.95:83
chr7	149744835	rs141816877	C	T	2273.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=44;NR=20;PP=1446;SC=CCTGCGCCGCCGTCCTCCTCG;SOR=1.387;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=64;TCF=44;TCR=20;TR=64;WE=149744843;WS=149744825;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr7	149744897	rs190438755	C	T	1497.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-1.290;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.632;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.605;NF=25;NR=17;PP=561;ReadPosRankSum=-1.011;SC=GGGGAAGGACCTCGAGGTGTT;SOR=0.783;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=95;TCF=50;TCR=45;TR=42;WE=149744905;WS=149744887;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:101,75:0.43:176
chr7	149981830	rs4725334	T	G	7583.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=2.889;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=273;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=8.807;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=-1.210;NF=155;NR=99;PP=2965;ReadPosRankSum=0.667;SC=ACCTTACCCATGCAGCTCATA;SOR=1.183;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=258;TCF=155;TCR=103;TR=254;WE=149981838;WS=149981820;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,270:0.99:272
chr7	149981856	rs117425825	G	A	3508.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.536;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=354;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.267;NF=78;NR=63;PP=1857;ReadPosRankSum=-0.572;SC=TACAGCGGACGCCGCACATCG;SOR=0.703;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=300;TCF=165;TCR=135;TR=141;WE=149981864;WS=149981846;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:175,176:0.50:351
chr7	149990080	rs149246619	C	T	2571.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.049;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=289;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.94;MQRankSum=-5.737;QD=8.93;ReadPosRankSum=-1.874;SOR=0.671;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:148,140:0.49:288
chr7	149992184	rs2261646	C	G	539.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-3.185;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.197;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-4.364;NF=28;NR=0;PP=472;ReadPosRankSum=-0.563;SC=CATGGGACACCTTCCCTATAG;SOR=2.762;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=54;TCF=51;TCR=3;TR=28;WE=149992192;WS=149992180;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,25:0.46:54
chr7	150035526	rs4721	T	G	2071.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=0.797;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.541;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=36;PP=1050;ReadPosRankSum=-2.734;SC=GCACCACGCATCTCTAGACAA;SOR=0.750;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=140;TCF=66;TCR=74;TR=67;WE=150035534;WS=150035516;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,97:0.53:183
chr7	150093701	rs940453	A	C	4785.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=57;NR=46;PP=2146;SC=AGGAGAACATATTTCAGCAGC;SOR=0.762;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=103;TCF=57;TCR=46;TR=103;WE=150093709;WS=150093691;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,178:1.00:178
chr7	150094851	rs13225910	A	G	2716.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.231;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=289;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.349;HP=2;HapScore=4;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=70;NR=33;PP=2962;ReadPosRankSum=0.444;SC=GGCCCGGGACACGCTGTGGGG;SOR=0.896;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=207;TCF=135;TCR=72;TR=103;WE=150094861;WS=150094841;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:146,136:0.48:282
chr7	150094853	rs7780011	G	A	3219.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.328;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=295;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.313;HP=2;HapScore=4;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=40;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.470;SC=CCCGGGACACGCTGTGGGGCC;SOR=0.514;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=209;TCF=136;TCR=73;TR=106;WE=150094861;WS=150094841;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:139,150:0.52:289
chr7	150095271	rs7393	T	C	1230.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=3.727;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.834;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=34;PP=738;ReadPosRankSum=-2.102;SC=TTGCTGGCTCTTAGAACCCCT;SOR=1.089;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=97;TCF=16;TCR=81;TR=38;WE=150095279;WS=150095261;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,53:0.41:128
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chr7	150217248	rs3735081	A	G	2802.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.427;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=307;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.879;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=38;PP=1333;ReadPosRankSum=-1.797;SC=TTCTTGTTGTAGACACTCCAG;SOR=0.765;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=196;TCF=104;TCR=92;TR=86;WE=150217256;WS=150217238;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:163,137:0.46:300
chr7	150217335	rs3735079	G	T	3744.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-2.106;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=352;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.243;HP=4;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=57;PP=1831;ReadPosRankSum=2.970;SC=CCTGCCCAGGGCCCCATGCTA;SOR=0.617;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=231;TCF=111;TCR=120;TR=120;WE=150217343;WS=150217325;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:168,179:0.52:347
chr7	150269087	rs13242186	G	C	566.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-4.216;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.131;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=5;PP=409;ReadPosRankSum=-0.751;SC=ATCTCTGAGTGCAGCAGTAAC;SOR=0.154;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=35;TCF=29;TCR=6;TR=24;WE=150269095;WS=150269077;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,25:0.64:39
chr7	150269542	rs2293172	G	T	3508.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.079;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=329;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.298;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=61;PP=2006;ReadPosRankSum=0.687;SC=GTTACACTGAGGAAGAGCACA;SOR=0.498;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=251;TCF=134;TCR=117;TR=125;WE=150269550;WS=150269532;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:163,159:0.49:322
chr7	150327234	rs71893458	CAA	C	237.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.817;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=6.99;ReadPosRankSum=-0.215;SOR=1.140;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,18:0.53:34
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chr7	150384193	.	CGTGTGTGTGT	C,CGTGT	1024.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.73;QD=48.80;SOR=0.784;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:0,14,7:0.67,0.33:21
chr7	150389677	rs6952002	G	C	1587.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=2.046;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.930;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=29;PP=926;ReadPosRankSum=-0.768;SC=GCTACTTGCTGTCTGCACCAG;SOR=0.749;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=123;TCF=62;TCR=61;TR=54;WE=150389685;WS=150389667;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:93,74:0.44:167
chr7	150416050	rs72264755	GGTGGTTATGCCTATTT	G	962.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.726;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=1.165;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.89;ReadPosRankSum=1.293;SOR=0.994;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,26:0.46:57
chr7	150434472	rs6965571	G	A	536.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=4.482;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=1;PP=344;ReadPosRankSum=-0.389;SC=GCAGCACATCGCTGCATTCGG;SOR=0.399;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=33;TCF=32;TCR=1;TR=19;WE=150434480;WS=150434462;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,21:0.60:35
chr7	150437927	rs9657894	C	T	1188.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.318;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.684;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=7;PP=543;ReadPosRankSum=2.096;SC=AGCTCCCAAACGTACATCTGC;SOR=0.902;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=72;TCF=55;TCR=17;TR=35;WE=150437935;WS=150437917;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,55:0.52:106
chr7	150438089	rs4725936	T	C	3692.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.078;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=373;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=59;PP=1668;ReadPosRankSum=0.979;SC=TCTACCCCCATCTAAAACACA;SOR=0.685;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=221;TCF=101;TCR=120;TR=111;WE=150438097;WS=150438079;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:188,183:0.49:371
chr7	150438161	rs9657898	T	G	1459.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.536;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.044;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=40;PP=936;ReadPosRankSum=-0.574;SC=ACGTGTGTGTTATCAAACCAT;SOR=0.977;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=111;TCF=40;TCR=71;TR=60;WE=150438179;WS=150438151;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,70:0.49:144
chr7	150439500	rs759011	C	T	4419.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.316;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=475;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=63;PP=1921;ReadPosRankSum=-1.947;SC=AGTCACAGGCCGATACCCAAG;SOR=0.673;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=305;TCF=151;TCR=154;TR=129;WE=150439508;WS=150439490;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:249,216:0.46:465
chr7	150440043	rs1046355	C	T	2869.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.331;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=317;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=47;PP=1540;ReadPosRankSum=1.288;SC=ACAAGGCGCTCCTCAGAGTCA;SOR=0.685;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=208;TCF=105;TCR=103;TR=94;WE=150440051;WS=150440033;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:174,139:0.44:313
chr7	150440192	rs9657881	G	A	1531.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-2.156;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.490;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=28;PP=666;ReadPosRankSum=-2.306;SC=TCACCCCATGGAGTCATTGTT;SOR=0.552;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=84;TCF=24;TCR=60;TR=37;WE=150440200;WS=150440182;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,67:0.53:126
chr7	150440243	rs10361	G	C	739.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=1.196;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.040;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=23;PP=496;ReadPosRankSum=-0.320;SC=CGTGGTCTATGGAGCATGCTG;SOR=0.990;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=51;TCF=14;TCR=37;TR=31;WE=150440251;WS=150440233;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,35:0.55:64
chr7	150446703	rs2058450	A	T	2433.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.741;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.407;HP=4;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=28;PP=1204;ReadPosRankSum=0.744;SC=ATGGTGCTTTAGGGGAAGAAG;SOR=0.493;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=146;TCF=98;TCR=48;TR=79;WE=150446711;WS=150446693;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,111:0.57:195
chr7	150446792	rs2058449	G	A	5120.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=1.828;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=524;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.094;HP=4;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=70;NR=69;PP=2053;ReadPosRankSum=-0.591;SC=CAACTCTCCCGCGCCCACCTT;SOR=0.610;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=281;TCF=146;TCR=135;TR=139;WE=150446800;WS=150446782;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:269,253:0.48:522
chr7	150446820	rs2058448	C	T	5049.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-1.416;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=538;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.102;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=68;NR=76;PP=1935;ReadPosRankSum=-1.215;SC=TCTCCTCTAGCACAATGAAGC;SOR=0.754;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=302;TCF=146;TCR=156;TR=144;WE=150446828;WS=150446810;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:281,256:0.48:537
chr7	150446936	rs2058447	A	G	2676.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.149;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=246;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.566;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=50;PP=1242;ReadPosRankSum=2.453;SC=CTCACTGAAAATCTGAGAAGC;SOR=0.592;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=164;TCF=57;TCR=107;TR=76;WE=150446944;WS=150446926;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:119,126:0.51:245
chr7	150447071	rs2058446	G	A	540.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=1.523;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=11;PP=269;ReadPosRankSum=0.559;SC=AAAACTATGGGCAAACTGGAG;SOR=0.755;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=55;TCF=23;TCR=32;TR=19;WE=150447079;WS=150447061;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,29:0.36:80
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chr7	150488616	rs2302479	A	G	628.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.036;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.325;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=6;PP=328;ReadPosRankSum=0.339;SC=GGTCTTTGGCAGCTCACAGGA;SOR=1.061;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=38;TCF=26;TCR=12;TR=20;WE=150488624;WS=150488606;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,31:0.55:56
chr7	150489373	rs58004396	C	G	965.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=2.549;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.111;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=30;PP=659;ReadPosRankSum=-1.051;SC=CTTGCTGCTCCCACCACAGCT;SOR=1.637;SbPval=0.96;Source=Platypus;TC=85;TCF=14;TCR=71;TR=32;WE=150489381;WS=150489363;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,39:0.41:95
chr7	150490075	rs10215370	T	C	834.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.238;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.460;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=9;PP=522;ReadPosRankSum=0.365;SC=CAGCATGAAGTCCAAGCTCAA;SOR=0.371;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=58;TCF=45;TCR=13;TR=31;WE=150490083;WS=150490065;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,38:0.49:77
chr7	150490130	rs10215721	A	C	1644.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-2.981;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.089;HP=5;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=19;PP=887;ReadPosRankSum=1.168;SC=TCCCTGGGAAAAAAGAGCTGT;SOR=0.514;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=117;TCF=83;TCR=34;TR=59;WE=150490138;WS=150490120;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,79:0.49:160
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chr7	150490431	rs2072442	C	G	1233.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.017;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FS=0.832;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.86;ReadPosRankSum=1.493;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:55,34:0.38:89
chr7	150490436	rs10215048	C	T	1218.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.787;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.01;ReadPosRankSum=1.192;SOR=0.623;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:54,33:0.38:87
chr7	150490475	rs10215382	T	C	1153.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.994;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.300;HP=3;HapScore=2;MGOF=31;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=14;PP=412;ReadPosRankSum=-1.187;SC=CCGCCTCAAATCCCTCTCCTC;SOR=0.374;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=59;TCF=24;TCR=35;TR=27;WE=150490483;WS=150490465;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,33:0.46:72
chr7	150490497	rs10215385	T	C	1274.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.498;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.796;HP=3;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=12;PP=481;ReadPosRankSum=0.468;SC=TCCCCAGCCCTTGTCCAGGAA;SOR=0.939;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=68;TCF=36;TCR=32;TR=29;WE=150490505;WS=150490487;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,39:0.44:88
chr7	150491084	rs3173833	T	G	8057.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.649;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=803;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=147;NR=115;PP=2962;ReadPosRankSum=1.953;SC=CCTGAGGCACTCAGCACAGTC;SOR=0.684;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=507;TCF=289;TCR=218;TR=262;WE=150491092;WS=150491074;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:391,400:0.51:791
chr7	150491775	rs139123517	TC	T	687.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=3.397;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.318;HP=6;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=3;PP=710;ReadPosRankSum=1.475;SC=GCCTGGGAGCTCCCCCACTGG;SOR=1.990;SbPval=0.96;Source=Platypus;TC=67;TCF=49;TCR=18;TR=24;WE=150491783;WS=150491765;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,30:0.35:85
chr7	150491995	rs145375921	CCACACACA	C,CCACACACACACACACACA	2371.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.06;QD=34.88;SOR=0.997;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:0,48,20:0.71,0.29:68
chr7	150493442	rs2075080	C	G	3311.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=48;NR=24;PP=1505;SC=CCCCGCACCACCCCAGTCTTA;SOR=1.274;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=73;TCF=48;TCR=25;TR=72;WE=150493450;WS=150493432;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr7	150498508	rs1108578	G	T	1280.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-3.554;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.542;NF=42;NR=10;PP=899;ReadPosRankSum=0.766;SC=CTGTGACCAGGACAGCCATTC;SOR=0.616;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=104;TCF=88;TCR=16;TR=52;WE=150498516;WS=150498498;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,56:0.46:121
chr7	150498836	rs2075079	C	G	2545.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=65;PP=1834;SC=CCTGCCTCGTCGGGCGGCGGG;SOR=3.312;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=77;TCF=12;TCR=65;TR=77;WE=150498844;WS=150498826;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr7	150499164	.	T	TTTCTCTTCTC	1354.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.619;ClippingRankSum=0.000;DP=92;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.35;MQRankSum=1.225;QD=16.13;ReadPosRankSum=1.931;SOR=0.739;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:48,36:0.43:84
chr7	150499267	rs12668797	C	A	3624.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.216;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=379;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.713;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.038;NF=66;NR=45;PP=1542;ReadPosRankSum=-0.284;SC=GGCAGGTCCACCTAGGAGCCG;SOR=0.836;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=251;TCF=142;TCR=109;TR=111;WE=150499275;WS=150499257;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:193,181:0.48:374
chr7	150500356	rs741068	T	C	4825.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=65;NR=44;PP=1845;SC=TATCTTACCATGGATAATAAA;SOR=0.971;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=109;TCF=65;TCR=44;TR=109;WE=150500364;WS=150500346;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,185:1.00:185
chr7	150500455	rs741067	A	G	5282.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.672;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=65;PP=2473;ReadPosRankSum=-1.071;SC=CATTTCCTGTACTAAGCCTGC;SOR=0.723;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=131;TCF=65;TCR=66;TR=129;WE=150500463;WS=150500445;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,201:0.99:203
chr7	150500576	rs741065	A	G	786.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.355;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.891;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=18;PP=478;ReadPosRankSum=0.409;SC=GGAGGGGACCAGGTTCAGGCT;SOR=0.477;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=61;TCF=25;TCR=36;TR=32;WE=150500584;WS=150500566;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,38:0.49:77
chr7	150500729	rs741064	A	G	2955.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=40;NR=42;PP=1559;SC=GACTCTGCTAACGCTGGCAGC;SOR=0.711;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=82;TCF=40;TCR=42;TR=82;WE=150500737;WS=150500719;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr7	150501455	rs10378	G	T	1843.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.806;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.629;HP=4;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=21;PP=794;ReadPosRankSum=-1.883;SC=CCCAGGCCTTGTTCAGAACCC;SOR=0.495;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=134;TCF=86;TCR=48;TR=54;WE=150501463;WS=150501445;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:94,89:0.49:183
chr7	150501516	rs9088	A	G	8181.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.701;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=313;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=109;NR=97;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.810;SC=GGCATCTCTGACCCCTCTGTG;SOR=0.766;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=210;TCF=110;TCR=100;TR=206;WE=150501524;WS=150501506;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,309:0.99:311
chr7	150501635	rs12112782	C	T	1543.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.945;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.783;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=37;PP=849;ReadPosRankSum=0.688;SC=GGACAGTGGACAGTTTGGGGA;SOR=0.946;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=114;TCF=40;TCR=74;TR=55;WE=150501643;WS=150501625;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:95,74:0.44:169
chr7	150554887	rs2071514	G	A	4015.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=3.087;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=407;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.363;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=71;NR=74;PP=2459;ReadPosRankSum=0.280;SC=ACTTCTATGCGGGGCTGAAGG;SOR=0.725;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=280;TCF=138;TCR=142;TR=145;WE=150554895;WS=150554877;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:208,187:0.47:395
chr7	150555810	rs45455308	G	A	2667.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.355;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=264;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.109;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=36;PP=1375;ReadPosRankSum=-0.377;SC=TTCAGTTCTGGCAGCTTGATT;SOR=0.571;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=188;TCF=115;TCR=73;TR=92;WE=150555818;WS=150555800;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:128,130:0.50:258
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chr7	150556055	rs6943147	CG	GC	7974.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.855;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=300;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=74;NR=93;PP=2947;ReadPosRankSum=0.094;SC=CACAAGCGCACGTACCGCCTG;SOR=0.898;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=171;TCF=74;TCR=97;TR=167;WE=150556064;WS=150556045;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,298:0.99:300
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chr7	150557471	rs2071515	G	C	1567.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.902;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.784;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=18;PP=900;ReadPosRankSum=0.059;SC=CAGATGATCTGTCATCTTGGG;SOR=0.935;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=129;TCF=83;TCR=46;TR=56;WE=150557479;WS=150557461;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:93,76:0.45:169
chr7	150557622	rs12179	G	A	2725.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.858;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=280;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=50;PP=1323;ReadPosRankSum=0.713;SC=ACCGGGAGTCGGAGCTGTGCA;SOR=0.718;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=186;TCF=83;TCR=103;TR=88;WE=150557630;WS=150557612;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:142,133:0.48:275
chr7	150557665	rs1049793	C	G	3026.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.592;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=294;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=51;PP=1602;ReadPosRankSum=-0.509;SC=CGACCCCTGGCACCCGCCCGT;SOR=0.705;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=177;TCF=77;TCR=100;TR=89;WE=150557673;WS=150557655;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:151,141:0.48:292
chr7	150557748	rs3735076	G	A	1360.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.029;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=30;PP=834;ReadPosRankSum=0.168;SC=AGCCCTGCCCGGTGCTGGCCC;SOR=0.647;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=104;TCF=45;TCR=59;TR=53;WE=150557756;WS=150557738;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,67:0.46:145
chr7	150558366	rs12539	C	T	2836.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.168;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=318;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=1.157;NF=35;NR=66;PP=1630;ReadPosRankSum=0.594;SC=GACAATAAACCCTCAGAGCCT;SOR=0.703;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=221;TCF=76;TCR=145;TR=101;WE=150558374;WS=150558356;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:180,136:0.43:316
chr7	150558399	rs2071517	G	A	2170.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=2.779;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.411;HP=3;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-1.129;NF=15;NR=54;PP=1327;ReadPosRankSum=0.469;SC=TGCTTCTTGCGGGGAGGCACA;SOR=0.895;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=132;TCF=32;TCR=100;TR=69;WE=150558407;WS=150558389;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,90:0.57:159
chr7	150558444	rs34090933	G	GCA	2535.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=32;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=34;PP=1918;SC=GAACAGACGTGCACACACACA;SOR=2.448;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=52;TCF=4;TCR=48;TR=38;WE=150558452;WS=150558434;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr7	150642752	rs41313071	C	A	668.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-1.722;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=17;PP=372;ReadPosRankSum=-0.778;SC=CTGGAGGGGACAAGAGCCAAG;SOR=0.843;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=45;TCF=12;TCR=33;TR=23;WE=150642760;WS=150642742;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,31:0.53:59
chr7	150644394	rs3815459	C	T	1247.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.518;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.800;HP=6;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=9;PP=568;ReadPosRankSum=-0.897;SC=CGTGCCCCCCCACCCCACCTG;SOR=0.812;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=53;TCF=37;TCR=16;TR=33;WE=150644402;WS=150644384;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,58:0.61:95
chr7	150645534	rs1805123	T	G	1358.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.453;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.537;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=39;PP=1160;ReadPosRankSum=0.810;SC=CGCCTCACCCTTGTCCGTGCG;SOR=0.637;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=150;TCF=59;TCR=91;TR=63;WE=150645542;WS=150645524;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:109,94:0.46:203
chr7	150645682	rs2968860	G	A	9951.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=381;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=107;NR=141;PP=2965;SC=CTGCCCCACCGGGGTCAGGCC;SOR=0.922;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=251;TCF=109;TCR=142;TR=248;WE=150645690;WS=150645672;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,375:1.00:375
chr7	150647969	rs2072413	CC	TG	1765.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.106;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;JOINED;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=8;PP=1539;ReadPosRankSum=1.334;SC=CCCCACTCTTCCCAGCCTGCC;SOR=0.804;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=69;TCF=54;TCR=15;TR=37;WE=150647978;WS=150647965;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,46:0.57:81
chr7	150648198	rs1137617	A	G	8252.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=321;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=79;NR=116;PP=2965;SC=AGATGCTAGCATACATGAGGG;SOR=0.938;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=195;TCF=79;TCR=116;TR=195;WE=150648206;WS=150648188;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,317:1.00:317
chr7	150648789	rs1805121	T	C	3698.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.286;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=304;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.398;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-1.227;NF=48;NR=52;PP=1731;ReadPosRankSum=-1.178;SC=AGATGCAGGCTAGCCAGTGCG;SOR=0.605;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=173;TCF=80;TCR=93;TR=100;WE=150648797;WS=150648779;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:127,168:0.57:295
chr7	150648986	rs2072411	G	C	1083.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.101;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.709;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=22;PP=637;ReadPosRankSum=0.901;SC=AGGAGGGGAGGTGCTGCGGCC;SOR=0.473;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=64;TCF=26;TCR=38;TR=38;WE=150648994;WS=150648976;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,50:0.54:93
chr7	150649531	rs1805120	G	A	2884.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.715;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=314;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.519;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=30;PP=1354;ReadPosRankSum=-0.100;SC=AGCCAGAGCCGAAGATGAGCA;SOR=0.564;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=217;TCF=146;TCR=71;TR=91;WE=150649539;WS=150649521;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:170,143:0.46:313
chr7	150649603	rs740952	G	A	5540.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.329;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=613;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.106;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-2.175;NF=102;NR=64;PP=2418;ReadPosRankSum=-1.863;SC=AGTGGACGGCGATGCGGCCGG;SOR=0.787;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=374;TCF=219;TCR=155;TR=166;WE=150649611;WS=150649593;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:330,280:0.46:610
chr7	150652286	rs887586	C	G	826.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=19;NR=8;PP=572;SC=GTCCCAGCAACGGAAACTCTG;SOR=1.765;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=19;TCR=8;TR=27;WE=150652294;WS=150652276;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
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chr7	150655624	rs758891	T	C	146.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.273;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=3.702;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.67;ReadPosRankSum=0.793;SOR=0.211;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:47,8:0.15:55
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chr7	150706436	rs142498418	G	GC	720.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.66;BaseQRankSum=3.875;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.722;HP=8;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.581;NF=2;NR=47;PP=2936;ReadPosRankSum=-0.575;SC=ACATTCTCCCGCCCCCACCCC;SOR=1.189;SbPval=0.98;Source=Platypus;TC=136;TCF=18;TCR=118;TR=49;WE=150706444;WS=150706426;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:93,38:0.29:131
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chr7	150709571	rs7830	G	T	1656.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.418;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.526;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=31;PP=703;ReadPosRankSum=0.482;SC=GTGAGGCTGGGGACTAAAGGA;SOR=0.743;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=119;TCF=53;TCR=66;TR=56;WE=150709579;WS=150709561;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:108,87:0.45:195
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chr7	150713902	rs11393607	G	GC	2086.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQ=60.18;NF=6;NR=19;PP=1130;SC=GGCCAGGAAGGCTCAGGCTGG;SOR=0.728;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=6;TCR=19;TR=25;WE=150713910;WS=150713892;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr7	150715817	rs1835428	A	G	4989.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=2.628;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=426;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.487;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=99;PP=2805;ReadPosRankSum=-0.167;SC=CGAAGAGTGCACCCGCGAAGA;SOR=0.888;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=295;TCF=110;TCR=185;TR=155;WE=150715825;WS=150715807;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:201,216:0.52:417
chr7	150720902	rs13307588	A	G	9418.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-0.399;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=880;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.092;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=137;NR=136;PP=2962;ReadPosRankSum=1.026;SC=CCAGCCTGGGATAAGTACTGG;SOR=0.603;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=508;TCF=265;TCR=243;TR=273;WE=150720910;WS=150720892;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:425,451:0.51:876
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chr7	150752066	rs891507	T	C	8468.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.596;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=796;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=130;NR=151;PP=2962;ReadPosRankSum=1.558;SC=CAAAACTCCATGGACTCTCCC;SOR=0.662;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=497;TCF=224;TCR=273;TR=281;WE=150752074;WS=150752056;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:369,423:0.53:792
chr7	150759562	rs35483318	AC	A	1366.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.633;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.585;HP=4;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=16;PP=1272;ReadPosRankSum=1.372;SC=CCACGTGGCCACCGCTCCACA;SOR=0.502;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=97;TCF=57;TCR=40;TR=40;WE=150759572;WS=150759551;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,47:0.44:108
chr7	150761150	rs6464122	C	G	275.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=0.119;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=2;PP=91;ReadPosRankSum=-1.314;SC=CTGCTGGGGGCATATAGAGCC;SOR=0.486;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=18;TCF=13;TCR=5;TR=6;WE=150761158;WS=150761140;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,14:0.42:33
chr7	150761597	rs34262985	C	T	531.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.474;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.768;HP=4;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=4;PP=335;ReadPosRankSum=-0.074;SC=CAGCCAAGTCCCCCTCCTCCC;SOR=1.781;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=50;TCF=35;TCR=15;TR=20;WE=150761605;WS=150761587;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,24:0.39:62
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chr7	150763655	rs2229549	T	A	544.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-0.458;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=5;PP=208;ReadPosRankSum=-1.529;SC=CCAGTGGCACTGCAGGGGGTG;SOR=0.798;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=32;TCF=22;TCR=10;TR=15;WE=150763663;WS=150763645;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,28:0.47:59
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chr7	150767540	rs2303934	C	T	2622.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.002;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=278;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.451;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=46;PP=1314;ReadPosRankSum=2.087;SC=TCTGTGTCCCCCAGCGTGAGC;SOR=0.630;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=179;TCF=91;TCR=88;TR=90;WE=150767548;WS=150767530;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:142,129:0.48:271
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chr7	150768786	rs2303937	G	A	3008.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.519;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=300;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.383;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=43;PP=1464;ReadPosRankSum=-0.766;SC=GAGAGAAGACGCAGGACCTGA;SOR=0.792;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=186;TCF=98;TCR=88;TR=94;WE=150768794;WS=150768776;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:148,147:0.50:295
chr7	150773072	rs2303939	G	C	2313.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.865;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.351;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=21;PP=1505;ReadPosRankSum=-0.783;SC=TAGGGAGGAAGCTGGGCTCAC;SOR=0.950;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=161;TCF=118;TCR=43;TR=85;WE=150773080;WS=150773062;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:109,104:0.49:213
chr7	150773807	rs7262	A	T	329.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.692;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=3;PP=229;ReadPosRankSum=-1.111;SC=CCCCACATCAACCCCTCAGCC;SOR=0.519;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=19;TCF=15;TCR=4;TR=13;WE=150773815;WS=150773797;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,14:0.61:23
chr7	150775306	rs2303942	G	A	184.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.385;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=5;PP=77;ReadPosRankSum=0.842;SC=CAGTCCCTCCGGCCTCACAGT;SOR=0.446;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=2;TCR=15;TR=5;WE=150775314;WS=150775296;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,10:0.43:23
chr7	150783756	.	TGCC	T	717.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.65;BaseQRankSum=-0.462;ClippingRankSum=0.000;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQ=60.55;MQRankSum=1.244;NF=0;NR=7;PP=283;ReadPosRankSum=0.864;SC=CGCTCGCCGCTGCCGCCGCCG;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=0;TCR=10;TR=7;WE=150783766;WS=150783746;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,20:0.59:34
chr7	150783900	.	C	CG	682.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.48;QD=56.89;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr7	150783903	.	T	G	1051.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.71;QD=55.36;SOR=0.793;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr7	150783906	.	C	G	1321.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.78;QD=52.87;SOR=1.358;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr7	150783908	.	C	CG	1672.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.82;QD=55.76;SOR=1.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr7	150783911	.	A	G	1906.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.86;QD=47.67;SOR=2.419;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr7	150783917	.	T	G	2626.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.89;QD=52.54;SOR=3.171;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr7	150783919	.	GTCT	G	2876.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.91;QD=48.76;SOR=3.538;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr7	150783922	.	T	TGGGG	2876.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.91;QD=48.76;SOR=3.538;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr7	150784407	rs13239507	T	C	856.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=1.770;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.921;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=31;PP=835;ReadPosRankSum=1.663;SC=GTGGTGTCGCTTGGGGGGGCC;SOR=0.964;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=87;TCF=27;TCR=60;TR=46;WE=150784415;WS=150784395;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,43:0.51:85
chr7	150812493	rs6971966	G	C	356.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.664;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.72;ReadPosRankSum=-0.588;SOR=0.509;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,18:0.69:26
chr7	150825567	rs2288650	C	T	1011.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.423;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.19;ReadPosRankSum=-1.257;SOR=0.467;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,45:0.54:83
chr7	150837135	.	G	A	4488.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.173;ClippingRankSum=0.000;DP=443;ExcessHet=3.0103;FS=1.100;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.16;ReadPosRankSum=0.751;SOR=0.802;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:213,229:0.52:442
chr7	150884266	rs372716545	CAG	C	873.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.890;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=457;ExcessHet=3.0103;FS=1.134;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.21;ReadPosRankSum=2.018;SOR=0.653;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:336,60:0.15:396
chr7	150915071	rs1122979	G	A	2904.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.392;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=276;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=69;NR=41;PP=1718;ReadPosRankSum=1.029;SC=GGGTACTCAGGCCCTCCCAAA;SOR=0.664;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=208;TCF=135;TCR=73;TR=110;WE=150915079;WS=150915061;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:127,135:0.52:262
chr7	150915948	rs7782699	C	T	3746.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.581;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=500;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.534;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=69;PP=1830;ReadPosRankSum=-0.033;SC=GACCAAACCTCGCAATGTAGT;SOR=0.633;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=328;TCF=151;TCR=177;TR=135;WE=150915956;WS=150915938;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:300,195:0.39:495
chr7	150916114	rs35656219	CAGG	C	3405.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.223;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=236;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.341;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=2.330;NF=17;NR=42;PP=2340;ReadPosRankSum=1.603;SC=TTCTTTCAGACAGGAGGCCAT;SOR=0.538;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=137;TCF=37;TCR=100;TR=59;WE=150916124;WS=150916104;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:124,93:0.43:217
chr7	150916228	rs6949587	G	A	2147.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=3.745;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=304;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.419;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=1.845;NF=36;NR=40;PP=1269;ReadPosRankSum=0.478;SC=GCGTCTTCACGTACTGATCAT;SOR=0.793;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=163;TCF=80;TCR=83;TR=76;WE=150916236;WS=150916218;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:189,112:0.37:301
chr7	150918914	rs4726007	G	C	2110.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=43;PP=1347;SC=CCTAAGCCACGACTCGACAAT;SOR=1.997;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=55;TCF=12;TCR=43;TR=55;WE=150918922;WS=150918904;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr7	150919829	rs7812088	G	A	903.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=1.456;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.383;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=25;PP=589;ReadPosRankSum=1.251;SC=ATCAATTTTAGGCTCTATACC;SOR=1.081;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=54;TCF=14;TCR=40;TR=32;WE=150919837;WS=150919819;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,38:0.61:62
chr7	150921296	.	A	AT	172.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.993;ClippingRankSum=0.000;DP=336;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.03;MQRankSum=2.069;QD=0.69;ReadPosRankSum=-0.634;SOR=0.722;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:207,45:0.18:252
chr7	150921950	rs6464133	A	G	8779.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=334;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=97;NR=105;PP=2965;SC=CATGAAAGGTAAGTGAGAGGT;SOR=0.736;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=203;TCF=97;TCR=106;TR=202;WE=150921958;WS=150921940;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,331:1.00:331
chr7	150931268	rs2608293	C	G	6255.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.097;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=578;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.732;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=85;NR=87;PP=2584;ReadPosRankSum=0.671;SC=ATCCAGATTCCAGAGCTCGGC;SOR=0.601;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=329;TCF=168;TCR=161;TR=172;WE=150931276;WS=150931258;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:265,308:0.54:573
chr7	150934162	rs2446065	G	C	88.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.642;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.69;ReadPosRankSum=-0.115;SOR=0.620;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,9:0.27:33
chr7	150934975	rs2487154	C	G	4627.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.027;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=471;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=79;NR=72;PP=2229;ReadPosRankSum=-1.628;SC=TCCTCGAGGCCTTTGCAGCCA;SOR=0.703;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=286;TCF=148;TCR=138;TR=151;WE=150934983;WS=150934965;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:237,230:0.49:467
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chr7	151048484	rs449081	G	A	821.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=1.195;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.421;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=18;PP=555;ReadPosRankSum=1.319;SC=ATTCAAGTACGTTTTACTTTG;SOR=0.343;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=62;TCF=37;TCR=25;TR=39;WE=151048492;WS=151048474;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,38:0.56:68
chr7	151049002	rs3838706	A	AAC,ATCACACAC	1324.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-0.670;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=3;MGOF=17;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=21,30;NR=5,5;PP=792,518;ReadPosRankSum=0.950;SC=CCATCTGTAAAACACACACAC;SOR=0.900;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=34;TCF=27;TCR=7;TR=26,35;WE=151049010;WS=151048992;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.41,0.52:44
chr7	151049025	rs379931	T	C	1292.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-1.231;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.402;HP=2;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.887;NF=23;NR=9;PP=544;ReadPosRankSum=-0.095;SC=ACACACACGTTTGCCACATAC;SOR=0.240;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=62;TCF=47;TCR=15;TR=32;WE=151049033;WS=151049015;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,42:0.58:73
chr7	151049231	rs366355	C	T	1611.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.170;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.070;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=29;PP=839;ReadPosRankSum=-0.822;SC=GCGTAGAAGACCCTGTGGATC;SOR=0.452;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=130;TCF=53;TCR=77;TR=55;WE=151049239;WS=151049221;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:123,84:0.41:207
chr7	151049337	rs394259	A	G	661.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.885;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.032;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=18;PP=380;ReadPosRankSum=1.497;SC=ATGGATCTACAGCACTGTGGT;SOR=1.678;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=50;TCF=18;TCR=32;TR=24;WE=151049345;WS=151049327;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,33:0.43:76
chr7	151049739	rs141818509	G	T	89.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.914;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.059;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=2;PP=22;ReadPosRankSum=-1.723;SC=CTGTTGCCCAGGCTGGTCTTG;SOR=0.283;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=10;TCF=6;TCR=4;TR=4;WE=151049747;WS=151049729;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,6:0.40:15
chr7	151049818	rs444648	C	T	311.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.853;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=4;PP=147;ReadPosRankSum=1.429;SC=CGTGAGCCACCGGGCCTGGCT;SOR=0.671;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=36;TCF=23;TCR=13;TR=12;WE=151049826;WS=151049808;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,18:0.33:54
chr7	151053043	rs446886	A	G	1763.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.691;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.169;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=37;PP=1049;ReadPosRankSum=-0.529;SC=AGAGGTACCCAGAGCTCTGGG;SOR=0.815;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=146;TCF=72;TCR=74;TR=71;WE=151053051;WS=151053033;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:92,85:0.48:177
chr7	151057396	rs3217033	AC	A	4618.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.430;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=320;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.422;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.910;NF=8;NR=64;PP=2481;ReadPosRankSum=-0.822;SC=TATACAGAACACCCTGCCATG;SOR=0.747;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=139;TCF=15;TCR=124;TR=72;WE=151057404;WS=151057386;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:143,159:0.53:302
chr7	151064064	rs386956	C	T	1766.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.564;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.389;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=25;PP=933;ReadPosRankSum=-0.643;SC=TGGATAACTACGCCGTCCTCC;SOR=0.948;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=135;TCF=82;TCR=53;TR=67;WE=151064072;WS=151064054;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:97,88:0.48:185
chr7	151064305	rs367191	A	G	364.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=1.478;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.075;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=13;PP=272;ReadPosRankSum=0.418;SC=GCCAGAAGGTAATTTCATTTT;SOR=2.494;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=1;TCR=21;TR=13;WE=151064313;WS=151064295;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,14:0.61:23
chr7	151073658	rs736469	C	G	1609.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-2.297;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.787;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=23;PP=1019;ReadPosRankSum=1.934;SC=ACTCGTATGGCTGACGGGGGT;SOR=0.269;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=97;TCF=68;TCR=29;TR=64;WE=151073666;WS=151073648;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,70:0.62:112
chr7	151074015	rs2240629	G	C	984.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.267;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=16;PP=752;ReadPosRankSum=-0.788;SC=ACGTCACCGGGCCGGCCACCT;SOR=0.793;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=78;TCF=46;TCR=32;TR=40;WE=151074023;WS=151074005;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,41:0.50:82
chr7	151074296	rs2159158	A	G	614.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.938;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=18;PP=389;ReadPosRankSum=1.509;SC=GGAAGTCAGCAACAAAGAAAA;SOR=0.785;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=54;TCF=16;TCR=38;TR=24;WE=151074304;WS=151074286;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,29:0.45:65
chr7	151078735	rs4141455	A	G	700.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=7;PP=433;SC=GAGGCTGCGCATGGGCGGAGG;SOR=1.220;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=21;TCF=13;TCR=8;TR=20;WE=151078743;WS=151078725;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr7	151097323	rs11767693	A	G	4876.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.865;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=67;PP=2340;ReadPosRankSum=1.535;SC=CATAGCTTTCATGTCCTGCAG;SOR=0.818;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=125;TCF=58;TCR=67;TR=125;WE=151097331;WS=151097313;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,185:0.99:187
chr7	151106066	rs12533730	C	T	2150.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.787;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.596;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=33;PP=944;ReadPosRankSum=-1.667;SC=CAAGCGTCTACTGTTGCTGTG;SOR=0.584;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=146;TCF=77;TCR=69;TR=67;WE=151106074;WS=151106056;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:118,111:0.48:229
chr7	151108411	rs917613	T	A	1132.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.970;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.546;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=21;PP=445;ReadPosRankSum=2.140;SC=GAGGACAGACTCGGTATAGTG;SOR=0.870;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=70;TCF=27;TCR=43;TR=33;WE=151108419;WS=151108401;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,56:0.51:109
chr7	151164348	rs17635434	G	A	2733.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=0.794;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=275;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.023;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=37;PP=1049;ReadPosRankSum=0.112;SC=GCCGAACTCCGAGAGTATTTT;SOR=0.761;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=141;TCF=68;TCR=73;TR=69;WE=151164356;WS=151164338;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:135,137:0.50:272
chr7	151168415	rs35526149	CAAT	C	659.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=1.876;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.311;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=1.278;NF=12;NR=3;PP=575;ReadPosRankSum=-0.196;SC=GACATCAGAACAATAATTAAA;SOR=0.998;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=32;TCF=22;TCR=10;TR=15;WE=151168425;WS=151168405;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,19:0.40:48
chr7	151168534	rs6956899	G	A	1760.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.552;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.965;NF=32;NR=27;PP=862;ReadPosRankSum=-2.177;SC=TATTCTATTTGTAAGAAAAAA;SOR=0.730;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=104;TCF=56;TCR=48;TR=59;WE=151168542;WS=151168524;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,88:0.52:168
chr7	151195328	rs11772458	G	C	1072.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=2.946;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=31;PP=772;ReadPosRankSum=1.160;SC=GGAAGAGGAAGAGAAGCAGCT;SOR=0.648;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=78;TCF=13;TCR=65;TR=38;WE=151195336;WS=151195318;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,44:0.47:94
chr7	151216353	rs6948477	G	A	363.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-1.037;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=6;PP=113;ReadPosRankSum=0.167;SC=CAGCTACCGCGGCTCCTCCAC;SOR=0.666;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=33;TCF=19;TCR=14;TR=13;WE=151216361;WS=151216343;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,22:0.43:51
chr7	151267237	.	G	GA	62.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.239;ClippingRankSum=0.000;DP=84;ExcessHet=3.0103;FS=1.137;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.80;ReadPosRankSum=1.261;SOR=0.976;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:64,14:0.18:78
chr7	151432869	rs1547470	T	C	1380.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-1.942;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.952;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=9;PP=931;ReadPosRankSum=0.117;SC=TGATGTTATATCCCAGTTGGA;SOR=0.103;SbPval=0.24;Source=Platypus;TC=77;TCF=67;TCR=10;TR=51;WE=151432877;WS=151432867;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,56:0.68:82
chr7	151483445	rs12671980	A	G	4699.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=80;NR=45;PP=2648;SC=GTGCAAGCGGACATGCGGGTG;SOR=1.192;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=125;TCF=80;TCR=45;TR=125;WE=151483453;WS=151483435;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,169:1.00:169
chr7	151504019	rs9648725	T	C	967.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.113;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.377;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=1.233;NF=25;NR=12;PP=516;ReadPosRankSum=1.475;SC=ACCATTGCACTCCAGCCTGGG;SOR=1.021;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=88;TCF=56;TCR=32;TR=37;WE=151504038;WS=151504009;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,50:0.40:124
chr7	151504499	rs10257529	G	A	5469.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.872;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=74;NR=46;PP=2456;ReadPosRankSum=0.670;SC=TGTGGGTGACGGTCATACTTT;SOR=1.040;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=124;TCF=76;TCR=48;TR=120;WE=151504507;WS=151504489;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,205:0.99:207
chr7	151668221	rs71884562	TAGAA	T	287.75	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=4;PP=187;SC=GATAGATAGATAGAAAGAAAA;SOR=1.863;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=4;WE=151668233;WS=151668211;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr7	151668225	.	A	T	93	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;FR=0.5000;HP=2;HapScore=4;MGOF=8;MMLQ=28;MQ=58.59;NF=0;NR=4;PP=93;QD=31.9428031368;SC=GATAGATAGAAAGAAAACAGT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=1;TCR=9;TR=4;WE=151668233;WS=151668211;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:6,4:0.40:10
chr7	151680072	rs6960270	T	C	12697.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.657;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=499;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=154;NR=168;PP=2965;ReadPosRankSum=2.383;SC=TGCCTGCAGGTGTCTTCAAAA;SOR=0.748;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=324;TCF=155;TCR=169;TR=322;WE=151680080;WS=151680062;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,489:1.00:491
chr7	151684168	rs4726127	C	A	755.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=14;NR=8;PP=437;SC=TTTAGGAATACGTCATAATGA;SOR=1.179;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=22;TCF=14;TCR=8;TR=22;WE=151684176;WS=151684158;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr7	151684256	rs61729490	A	G	513.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=3.295;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.108;HP=4;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=7;PP=420;ReadPosRankSum=-0.402;SC=GATTTGAAAGAAAAACTAGAC;SOR=0.892;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=43;TCF=29;TCR=14;TR=22;WE=151684264;WS=151684246;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,22:0.42:52
chr7	151723022	rs72200904	TGCG	T	2765.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.293;NF=4;NR=27;PP=1503;SC=CCTCGAGAGCTGCGGCGGCGG;SOR=0.341;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=36;TCF=4;TCR=32;TR=31;WE=151723032;WS=151723012;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,64:0.98:65
chr7	151818235	rs12531704	C	T	183.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=0.794;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=5;PP=103;ReadPosRankSum=-0.629;SC=TCTAGAGATACACCTGTGATA;SOR=0.859;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=3;TCR=8;TR=7;WE=151818243;WS=151818225;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,9:0.53:17
chr7	151818777	rs967093	T	C	2390.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=22;NR=57;PP=1414;SC=GATGCTGTGGTGGGAACGTTG;SOR=1.770;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=79;TCF=22;TCR=57;TR=79;WE=151818785;WS=151818767;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr7	151850997	.	A	C	604.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.634;ClippingRankSum=0.000;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=3;PP=402;ReadPosRankSum=0.412;SC=CTTTATCCTCAGTGATCCTGT;SOR=0.516;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=37;TCF=33;TCR=4;TR=23;WE=151851005;WS=151850987;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,25:0.64:39
chr7	151873853	rs6464211	C	T	3284.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.482;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=398;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.198;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=43;PP=1404;ReadPosRankSum=1.421;SC=GAGTGGATGCCTGAATGACAT;SOR=0.631;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=222;TCF=122;TCR=100;TR=93;WE=151873861;WS=151873843;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:219,167:0.43:386
chr7	151891358	.	T	TA	63.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.084;ClippingRankSum=0.000;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=6.615;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.20;ReadPosRankSum=1.124;SOR=0.930;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,8:0.28:29
chr7	151945007	rs137949498	C	T	3262.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.447;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=588;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-1.362;NF=79;NR=33;PP=1447;ReadPosRankSum=0.937;SC=CGAGGTCTACCAGGAGAAAAT;SOR=0.706;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=379;TCF=256;TCR=123;TR=112;WE=151945015;WS=151944997;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:399,187:0.32:586
chr7	151945071	rs150073007	G	GT	4998.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.962;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=937;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.24;MQRankSum=1.954;QD=5.40;ReadPosRankSum=1.370;SOR=0.692;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:713,213:0.23:926
chr7	151945140	rs57648310	C	T	1711.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.369;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=878;ExcessHet=3.0103;FS=5.718;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.38;MQRankSum=0.038;QD=1.96;ReadPosRankSum=-1.279;SOR=1.143;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:714,158:0.18:872
chr7	151945167	rs2537264	G	T	507.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.785;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=705;ExcessHet=3.0103;FS=6.923;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.86;MQRankSum=-2.296;QD=0.72;ReadPosRankSum=-2.410;SOR=1.442;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:609,94:0.13:703
chr7	151945204	rs4024453	G	A	1142.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.382;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=487;ExcessHet=3.0103;FS=69.820;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.24;MQRankSum=-13.906;QD=2.36;ReadPosRankSum=-0.049;SOR=6.081;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:414,70:0.14:484
chr7	151962068	.	T	C	3259.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.252;ClippingRankSum=0.000;DP=236;ExcessHet=3.0103;FS=12.959;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.25;MQRankSum=-11.732;QD=14.49;ReadPosRankSum=-9.044;SOR=1.563;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:145,80:0.36:225
chr7	151962077	rs62478355	C	G	2869.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.750;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=322;ExcessHet=3.0103;FS=4.590;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.82;MQRankSum=-12.824;QD=9.35;ReadPosRankSum=-7.369;SOR=0.986;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:183,124:0.40:307
chr7	151962176	rs62478356	T	A	5138.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-6.402;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=2073;ExcessHet=3.0103;FS=0.631;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.71;MQRankSum=-11.001;QD=2.48;ReadPosRankSum=-0.743;SOR=0.617;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1607,464:0.22:2071
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chr7	152143044	rs148564556	G	A	4901.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-0.321;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=461;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-10.652;NF=74;NR=79;PP=2350;ReadPosRankSum=1.933;SC=TGGAAGATCCGTCCTGGGCCC;SOR=0.684;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=278;TCF=132;TCR=146;TR=153;WE=152143052;WS=152143034;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:207,233:0.53:440
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chr7	152511598	rs112910296	C	T	2994.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=81;NR=18;PP=2237;SC=ACATGAAATTCGGGTAAACAC;SOR=2.742;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=99;TCF=81;TCR=18;TR=99;WE=152511606;WS=152511588;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
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chr7	152549107	rs6944646	C	T	1397.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=0.373;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.696;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=14;PP=936;ReadPosRankSum=-0.340;SC=GCCGATGTGTCGTGCCCACAA;SOR=0.941;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=97;TCF=71;TCR=26;TR=55;WE=152549115;WS=152549097;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,61:0.55:110
chr7	152550499	rs4726215	T	C	1200.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.314;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.610;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=20;PP=594;ReadPosRankSum=0.757;SC=TGGGTGCAGCTGTGGTCTCGT;SOR=0.526;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=75;TCF=46;TCR=29;TR=47;WE=152550507;WS=152550489;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,57:0.55:103
chr7	153749753	rs1974615	C	T	238.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=2.278;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.159;HP=1;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=2;PP=159;ReadPosRankSum=-0.588;SC=GAGGAGCGGCCGCCGGCGCTG;SOR=1.691;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=32;TCF=22;TCR=10;TR=11;WE=153749761;WS=153749751;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,13:0.32:41
chr7	153749772	rs374262699	TTGC	T	831.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=2.591;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.426;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=10;PP=636;ReadPosRankSum=-0.176;SC=TGGGCTTGCCTTGCTGCTGCT;SOR=1.167;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=31;TCF=17;TCR=14;TR=20;WE=153749782;WS=153749762;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,23:0.42:55
chr7	153749805	rs4015718	CT	C	422.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.160;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.08;MQRankSum=1.678;QD=5.56;ReadPosRankSum=0.350;SOR=0.602;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,41:0.54:76
chr7	153750096	rs2533730	G	A	49.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.646;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=1.534;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.91;MQRankSum=-6.192;QD=1.24;ReadPosRankSum=0.559;SOR=0.399;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,8:0.20:40
chr7	153750160	rs199977459	TC	T	534.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.068;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=1.480;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.041;QD=15.28;ReadPosRankSum=1.007;SOR=0.365;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,18:0.51:35
chr7	153750167	.	C	CG	245.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.690;ClippingRankSum=0.000;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=7.067;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.78;ReadPosRankSum=-0.163;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,12:0.43:28
chr7	153750262	.	G	C	44	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;FR=0.5000;HP=9;HapScore=2;MGOF=18;MMLQ=27;MQ=52.35;NF=0;NR=5;PP=44;QD=15.7542425094;SC=CCCTCCCCCCGCCCACGACTC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=3;TCR=8;TR=5;WE=153750270;WS=153750252;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:6,5:0.45:11
chr7	153750319	.	G	GC	113	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=5;PP=200;SC=CGCGGTCACCGCGTCCCGGAG;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=5;WE=153750327;WS=153750309;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr7	154143443	rs2291538	C	T	1274.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.550;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=27;PP=615;ReadPosRankSum=1.920;SC=AAAAGCAAGTCGCTGTCAGAG;SOR=0.656;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=86;TCF=30;TCR=56;TR=43;WE=154143451;WS=154143433;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,64:0.45:142
chr7	154429560	rs11243339	C	T	2329.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=-2.110;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=22;PP=802;ReadPosRankSum=-0.645;SC=CTGGATATTACGTCCTGAGCA;SOR=0.260;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=49;TCF=27;TCR=22;TR=48;WE=154429568;WS=154429550;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,90:0.99:91
chr7	154429657	rs6972501	T	C	2601.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=0.759;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=22;PP=1030;ReadPosRankSum=1.237;SC=GGACGAGCTGTTTAACCCTTA;SOR=0.754;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=51;TCF=28;TCR=23;TR=48;WE=154429665;WS=154429647;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,99:0.98:101
chr7	154461112	rs3807218	A	G	8251.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-1.627;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=324;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=94;NR=88;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.556;SC=GCAATGCAAAACTTCAGTATG;SOR=0.241;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=183;TCF=95;TCR=88;TR=182;WE=154461120;WS=154461102;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,317:1.00:318
chr7	154461248	rs35719981	TTGTG	T,TTG	1222.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.940;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FS=2.479;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=27.17;ReadPosRankSum=1.275;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:3,9,33:0.20,0.73:45
chr7	154564677	.	C	CA	547.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.002;ClippingRankSum=0.000;DP=109;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.10;MQRankSum=0.833;QD=7.40;ReadPosRankSum=-0.096;SOR=0.612;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,39:0.53:74
chr7	154587507	rs3778731	G	A	2115.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.577;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FS=3.932;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.67;ReadPosRankSum=-0.600;SOR=0.983;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:53,114:0.68:167
chr7	154596517	rs2280659	G	A	2697.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.426;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=266;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.004;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=26;PP=1470;ReadPosRankSum=-0.600;SC=ACTCCCTGCAGGCCATGGGCG;SOR=0.771;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=185;TCF=127;TCR=58;TR=87;WE=154596525;WS=154596507;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:128,123:0.49:251
chr7	154598908	rs2293357	A	G	3346.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=31;NR=96;PP=2947;SC=GGGAGGGGGCAGCGGCTGTGG;SOR=1.493;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=128;TCF=31;TCR=97;TR=127;WE=154598916;WS=154598891;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr7	154645406	rs6962284	A	G	6377.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.742;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=72;NR=42;PP=1754;ReadPosRankSum=-1.592;SC=TCTACGTGGCATAAGAAAAGC;SOR=1.117;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=116;TCF=73;TCR=43;TR=114;WE=154645427;WS=154645396;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,144:0.99:146
chr7	154645419	rs145928686	G	GTTTTC	7953.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.518;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=49;PP=2966;ReadPosRankSum=-1.724;SC=AGAAAAGCCTGTTTTCTTGTT;SOR=1.034;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=89;TCF=37;TCR=52;TR=78;WE=154645427;WS=154645396;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,174:0.99:176
chr7	154667628	rs2293353	A	G	1494.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.330;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=19;PP=503;ReadPosRankSum=-2.288;SC=ATGGCACCCCAGGCAGCCAGA;SOR=0.706;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=94;TCF=50;TCR=44;TR=41;WE=154667636;WS=154667618;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,76:0.54:141
chr7	154667842	rs10257999	G	A	419.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-1.573;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.660;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=11;PP=220;ReadPosRankSum=-0.770;SC=AGGAGAGGCCGGGAGGGGACG;SOR=0.361;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=33;TCF=10;TCR=23;TR=18;WE=154667850;WS=154667832;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,22:0.49:45
chr7	154672474	.	T	C	552.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-1.829;ClippingRankSum=0.000;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.699;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=4;PP=430;ReadPosRankSum=-0.036;SC=ATGCTAAGGTTGCTTTTTATT;SOR=0.185;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=45;TCF=39;TCR=6;TR=26;WE=154672482;WS=154672464;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,25:0.56:45
chr7	154672551	rs4960632	G	C	4623.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=59;NR=43;PP=2047;SC=AGACAAAGTGGCAGCAGGATG;SOR=0.851;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=103;TCF=60;TCR=43;TR=102;WE=154672559;WS=154672541;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,175:1.00:175
chr7	154672646	rs3817522	T	C	5207.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.796;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=32;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=70;PP=2193;ReadPosRankSum=1.709;SC=TGGCCGTGTTTGGGAAGGTGA;SOR=0.909;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=125;TCF=55;TCR=70;TR=124;WE=154672654;WS=154672636;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,202:0.99:204
chr7	154672679	rs3817520	A	T	3867.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=32;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=49;NR=61;PP=1762;SC=CTGGTCTGAAAACCCCTCAGT;SOR=0.875;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=111;TCF=50;TCR=61;TR=110;WE=154672687;WS=154672669;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,153:1.00:153
chr7	154672717	rs3817519	G	A	3355.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=40;NR=57;PP=1906;SC=CATTACCCACGTCTAATCCTG;SOR=1.057;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=97;TCF=40;TCR=57;TR=97;WE=154672725;WS=154672707;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr7	154672839	rs3817517	C	T	822.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=16;PP=437;SC=AGCTCATTTTCCTAAGTTTCT;SOR=1.473;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=7;TCR=16;TR=23;WE=154672847;WS=154672829;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr7	154679302	rs4960642	T	C	4147.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=92;NR=19;PP=2820;SC=CCGCACCCGGTCCAGGGCCCT;SOR=2.602;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=111;TCF=92;TCR=19;TR=111;WE=154679310;WS=154679292;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,134:1.00:134
chr7	154679447	rs940378	G	A	15021.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=580;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=152;NR=162;PP=2965;SC=CATACGAGGTGTGTATGGGCA;SOR=0.693;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=315;TCF=152;TCR=163;TR=314;WE=154679455;WS=154679437;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,574:1.00:574
chr7	154679591	rs77297860	G	A	3436.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-1.075;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=36;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=80;PP=2321;ReadPosRankSum=-1.668;SC=AGAAACCTCCGAAGGATCATT;SOR=1.255;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=94;TCF=12;TCR=82;TR=92;WE=154679599;WS=154679581;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,113:0.98:115
chr7	154679610	rs2316537	GA	CC	3273.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-0.905;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=56;PP=2922;ReadPosRankSum=-1.133;SC=TTCCACCAGAGAGTGGATTGA;SOR=1.839;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=65;TCF=7;TCR=58;TR=63;WE=154679619;WS=154679600;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,77:0.97:79
chr7	154681142	.	CTT	C,CT	2616.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.345;ClippingRankSum=0.000;DP=320;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.03;MQRankSum=0.518;QD=10.14;ReadPosRankSum=1.100;SOR=0.690;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:45,89,124:0.34,0.48:258
chr7	154684153	rs3734960	T	C	3772.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.759;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=399;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.366;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=74;PP=1742;ReadPosRankSum=-0.604;SC=GACAAACTGCTGACAGTCACA;SOR=0.669;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=273;TCF=115;TCR=158;TR=131;WE=154684161;WS=154684143;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:203,189:0.48:392
chr7	154735950	rs930436	C	T	596.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-1.781;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=15;PP=322;ReadPosRankSum=1.816;SC=CAACATTCATCATCCAGTTTC;SOR=0.625;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=45;TCF=16;TCR=29;TR=24;WE=154735958;WS=154735940;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,29:0.54:54
chr7	154738409	rs3501	T	C	3863.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-1.255;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=372;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.584;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=63;PP=1501;ReadPosRankSum=-1.221;SC=TTGTGCTCCATGAGCTTCCGG;SOR=0.515;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=225;TCF=103;TCR=122;TR=123;WE=154738417;WS=154738399;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:174,193:0.53:367
chr7	154748908	rs3817480	G	A	890.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-1.639;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=11;PP=284;ReadPosRankSum=-0.096;SC=AGCCAGCAATGAAAAATTTAA;SOR=0.699;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=58;TCF=32;TCR=26;TR=24;WE=154748916;WS=154748898;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,48:0.48:100
chr7	154751774	rs2272174	G	A	118.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.847;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=4;PP=88;ReadPosRankSum=-0.579;SC=AAGGATAAATGTAAGTACTAT;SOR=0.784;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=16;TCF=4;TCR=12;TR=5;WE=154751782;WS=154751764;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,7:0.32:22
chr7	154759671	rs893942	T	C	2507.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=20;NR=46;PP=1417;SC=ATGAATATGCTTGCACAAAAG;SOR=1.557;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=66;TCF=20;TCR=46;TR=66;WE=154759679;WS=154759661;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr7	154760369	rs935037	A	G	3384.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=51;NR=36;PP=1884;SC=GGAGCTGGGCAAGCTGCTGCT;SOR=0.958;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=87;TCF=51;TCR=36;TR=87;WE=154760377;WS=154760359;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr7	154760666	rs61752011	C	T	5401.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=65;NR=83;PP=2965;SC=GGTGTAAAACCGGGTGCTGCT;SOR=0.935;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=150;TCF=66;TCR=84;TR=148;WE=154760679;WS=154760656;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,191:1.00:191
chr7	154785362	rs306281	A	G	14453.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=0.660;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=578;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=212;NR=130;PP=2965;ReadPosRankSum=2.116;SC=TTTTCACTCCATTAACTATCA;SOR=1.065;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=344;TCF=212;TCR=132;TR=342;WE=154785370;WS=154785352;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,569:1.00:571
chr7	154862591	rs1800883	GC	CT	20537.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=0.923;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1130;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.522;HP=2;HapScore=2;JOINED;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=190;NR=157;PP=2944;ReadPosRankSum=1.582;SC=GTACCCCAGGGCGGTCTCCTG;SOR=0.759;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=711;TCF=396;TCR=315;TR=347;WE=154862600;WS=154862581;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:592,535:0.47:1127
chr7	154862621	rs6320	T	A	14091.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=0.437;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1353;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.516;HP=2;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=205;NR=187;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.600;SC=TGGATTTACCTGTGAACCTAA;SOR=0.648;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=810;TCF=425;TCR=385;TR=392;WE=154862629;WS=154862611;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:665,682:0.51:1347
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chr7	154989982	rs28664023	G	A	6846.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.154;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=698;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=103;NR=114;PP=2962;ReadPosRankSum=-2.140;SC=GGCTCACCCCGAATCACTCAG;SOR=0.685;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=447;TCF=210;TCR=237;TR=217;WE=154989990;WS=154989972;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:354,342:0.49:696
chr7	155094172	rs9718441	C	T	809.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.284;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.888;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=20;PP=471;ReadPosRankSum=-0.425;SC=GCTTACTTAACTTTCATTAAA;SOR=0.836;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=62;TCF=18;TCR=44;TR=26;WE=155094180;WS=155094162;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,37:0.47:79
chr7	155094592	rs9768652	C	T	919.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=1.837;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.765;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=29;PP=553;ReadPosRankSum=0.246;SC=CTAAAACTTGCGTCTCTTTAC;SOR=0.966;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=83;TCF=20;TCR=63;TR=36;WE=155094600;WS=155094582;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,45:0.43:104
chr7	155095436	rs9768687	C	A	919.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=2.674;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=10;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=5;PP=826;ReadPosRankSum=0.233;SC=TTAAAAAAAACAACAAAAACC;SOR=0.646;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=67;TCF=58;TCR=9;TR=39;WE=155095444;WS=155095426;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,36:0.54:67
chr7	155095686	.	CTTTT	C	1733.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;DP=156;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.07;QD=20.89;SOR=2.531;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,60:0.72:83
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chr7	155150472	rs3922604	G	A	8975.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.717;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=352;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=138;NR=106;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.021;SC=CTGTTTCCCCGCAGGGCTGCC;SOR=0.917;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=248;TCF=140;TCR=108;TR=244;WE=155150480;WS=155150462;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,343:0.99:345
chr7	155150560	rs6605563	A	G	13508.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.455;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=494;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=162;NR=154;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.257;SC=AAGGACTCCAAGGGAAATGTC;SOR=0.295;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=317;TCF=162;TCR=155;TR=316;WE=155150568;WS=155150550;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,491:1.00:492
chr7	155150602	rs6605562	T	C	14488.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.931;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=562;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=192;NR=173;PP=2965;ReadPosRankSum=1.574;SC=GTGTACTTCCTCCGGGGCTGC;SOR=0.770;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=367;TCF=193;TCR=174;TR=365;WE=155150610;WS=155150591;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,540:1.00:542
chr7	155150765	rs7456618	C	T	19757.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.575;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=766;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=209;NR=242;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.772;SC=CAAGGCCCTCCGTCTGGGAAA;SOR=0.786;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=454;TCF=209;TCR=245;TR=451;WE=155150773;WS=155150755;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,760:1.00:762
chr7	155251433	rs3735653	C	T	1969.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=22;NR=38;PP=1340;SC=CTCGGAGCAGCTCTTGGGCTC;SOR=1.296;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=60;TCF=22;TCR=38;TR=60;WE=155251441;WS=155251423;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr7	155255332	rs2361689	T	C	4710.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.167;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=511;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=79;PP=2170;ReadPosRankSum=0.576;SC=GGCACAGGGCTTGTACAACCA;SOR=0.690;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=304;TCF=135;TCR=169;TR=143;WE=155255340;WS=155255322;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:267,237:0.47:504
chr7	155295804	.	G	GA	477.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.400;ClippingRankSum=0.000;DP=564;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.02;MQRankSum=0.000;QD=0.97;ReadPosRankSum=-1.907;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:395,98:0.20:493
chr7	155295854	rs7804744	G	A	7593.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=287;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=76;NR=153;PP=2965;SC=ACTCCAGCCCGTTAAGTCATT;SOR=1.379;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=230;TCF=76;TCR=154;TR=229;WE=155295862;WS=155295844;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,284:1.00:284
chr7	155437475	rs7786826	T	C	536.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=4;PP=226;SC=CCCTCCCTTCTCTGTCCTCCG;SOR=1.127;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=7;TCR=4;TR=11;WE=155437483;WS=155437465;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr7	155465422	rs7811556	C	G	629.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=21;NR=3;PP=564;SC=CTGGGCAACACGGTGAGGCTT;SOR=3.716;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=26;TCF=21;TCR=5;TR=24;WE=155465430;WS=155465412;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr7	155465438	rs10599668	CAAA	C	663.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.517;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=3.736;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.58;ReadPosRankSum=-0.869;SOR=2.494;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,25:0.93:27
chr7	155473263	rs73500194	T	G	1584.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=1.213;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=10;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=12;PP=1054;ReadPosRankSum=1.364;SC=TGCTTTTTTTTTTTATTTTCG;SOR=0.768;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=111;TCF=86;TCR=25;TR=57;WE=155473271;WS=155473245;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,68:0.54:125
chr7	155503844	rs200646328	G	GT	250.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.108;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.29;ReadPosRankSum=0.670;SOR=0.628;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:153,41:0.21:194
chr7	155503920	rs7800753	A	T	8390.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=3.510;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=333;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=6.237;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=139;NR=98;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.967;SC=CTCCACCGCCACCGCCGCCTC;SOR=0.164;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=248;TCF=145;TCR=103;TR=237;WE=155503928;WS=155503910;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:6,320:0.98:326
chr7	155593438	rs1233560	G	A	1891.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.794;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.591;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=45;PP=1033;ReadPosRankSum=2.744;SC=GAGGCCCTGCGCCATCCACCT;SOR=0.611;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=124;TCF=38;TCR=86;TR=67;WE=155593446;WS=155593428;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,89:0.53:169
chr7	155595470	rs112020900	A	ATTATTC	151.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.989;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=15.563;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=12.64;ReadPosRankSum=2.219;SOR=3.590;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,5:0.42:12
chr7	155747865	rs7798508	C	G	5176.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=109;NR=31;PP=2965;SC=TGACCATTCTCAGGCTGTCAG;SOR=2.066;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=144;TCF=110;TCR=34;TR=140;WE=155747873;WS=155747855;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,172:1.00:172
chr7	155747907	rs7810074	T	C	3623.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=2.242;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=325;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=82;NR=46;PP=2166;ReadPosRankSum=0.509;SC=CACAGGGGAGTATGAAGCCGG;SOR=0.707;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=236;TCF=151;TCR=85;TR=128;WE=155747915;WS=155747897;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:150,164:0.52:314
chr7	155749951	rs35655547	C	T	2955.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=1.288;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=375;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.219;HP=3;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=33;PP=1037;ReadPosRankSum=-1.263;SC=GAAACGTCAGCGGTAACATGC;SOR=0.807;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=204;TCF=106;TCR=98;TR=75;WE=155749959;WS=155749941;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:219,155:0.41:374
chr7	155749974	rs10440919	GC	AA	7772.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-2.651;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=332;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.315;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=59;PP=2944;ReadPosRankSum=1.399;SC=GGGCAGTGCAGCCAGCTCCAC;SOR=0.685;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=187;TCF=94;TCR=93;TR=112;WE=155749983;WS=155749964;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:132,199:0.60:331
chr7	155750033	rs10256182	A	G	4994.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=46;NR=78;PP=2270;SC=TGGCCACCTCAGATTTTAAAA;SOR=1.109;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=125;TCF=46;TCR=79;TR=124;WE=155750041;WS=155750023;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,192:1.00:192
chr7	155755336	rs7807731	C	T	1534.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.922;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.395;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=23;PP=818;ReadPosRankSum=1.034;SC=TTTAGGAGCACGGGTACTACT;SOR=0.472;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=87;TCF=54;TCR=33;TR=57;WE=155755344;WS=155755326;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,72:0.59:122
chr7	155755826	rs2007015	A	G	2932.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=31;NR=49;PP=1458;SC=CCAGATTCTCATGTAGGCTGG;SOR=1.209;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=80;TCF=31;TCR=49;TR=80;WE=155755834;WS=155755816;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr7	155757502	rs1551630	T	C	3761.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=27;NR=68;PP=2381;SC=TCGCTTGCTGTCACTGCCTGG;SOR=1.646;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=95;TCF=27;TCR=68;TR=95;WE=155757510;WS=155757492;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,129:1.00:129
chr7	156433332	rs183147461	GC	AA	1262.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.113;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.54;ReadPosRankSum=0.557;SOR=0.608;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,34:0.47:72
chr7	156436769	rs7804211	C	T	642.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.400;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=17;PP=295;ReadPosRankSum=-0.125;SC=CAATCTCTGGCGATATTTACT;SOR=0.746;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=53;TCF=13;TCR=40;TR=22;WE=156436777;WS=156436759;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,33:0.45:74
chr7	156473779	rs71838136	T	TA	641.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.705;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.83;ReadPosRankSum=-0.413;SOR=0.683;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,41:0.50:82
chr7	156518007	rs2072468	T	C	555.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=2.722;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.579;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=5;PP=395;ReadPosRankSum=-0.178;SC=CCAGTTTGTGTTTACGCAACT;SOR=1.161;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=53;TCF=41;TCR=12;TR=24;WE=156518015;WS=156517997;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,25:0.42:60
chr7	156529062	rs10640672	C	CAGT	1929.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=0.340;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.614;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=8;PP=1690;ReadPosRankSum=1.908;SC=AGCTTGCATTCATTATTTAGT;SOR=1.244;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=66;TCF=50;TCR=16;TR=36;WE=156529070;WS=156529052;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,48:0.56:85
chr7	156685519	rs200299453	G	GC	1931.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=25;NR=12;PP=1689;SC=GGCGCGAGGCGAGGCCCGGAG;SOR=3.080;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=38;TCF=26;TCR=12;TR=37;WE=156685527;WS=156685508;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr7	156685545	rs200101319	A	AC	2617.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.892;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=29.75;ReadPosRankSum=0.070;SOR=1.556;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,86:0.98:88
chr7	156755350	rs12672076	T	C	6128.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=80;NR=74;PP=2800;SC=GCCTCCCTGTTGGAGTGAGTC;SOR=0.729;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=156;TCF=82;TCR=74;TR=154;WE=156755358;WS=156755340;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,228:1.00:228
chr7	156759127	rs374152737	C	T	2866.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.386;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.823;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=60;PP=1404;ReadPosRankSum=-0.187;SC=CAGTTACGTCCGCTCTACTAT;SOR=0.966;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=158;TCF=52;TCR=106;TR=85;WE=156759135;WS=156759117;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:104,130:0.56:234
chr7	156759597	rs34856615	ATATAT	A	5980.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=55;NR=24;PP=2969;SC=GTTGTTAGTGATATATTATAG;SOR=2.233;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=90;TCF=63;TCR=27;TR=79;WE=156759609;WS=156759587;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,134:1.00:134
chr7	156761751	rs9969350	C	T	1412.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=39;NR=6;PP=1004;SC=ATCAGTGTAACTTTATTTTTC;SOR=3.611;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=45;TCF=39;TCR=6;TR=45;WE=156761759;WS=156761741;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr7	156761818	rs2302445	G	A	4583.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=80;NR=42;PP=2383;SC=CCCAGAGTCCGTTTTTTACGA;SOR=1.240;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=122;TCF=80;TCR=42;TR=122;WE=156761826;WS=156761808;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,170:1.00:170
chr7	156761913	rs2302444	C	T	8606.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=343;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=93;NR=104;PP=2965;SC=CCCTTTCCGACGAGACATGGA;SOR=0.735;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=199;TCF=95;TCR=104;TR=197;WE=156761921;WS=156761903;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,339:1.00:339
chr7	156762224	rs2302443	G	C	3462.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=50;NR=32;PP=1585;SC=CCTTTCCAGAGTATCTGACAA;SOR=1.033;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=82;TCF=50;TCR=32;TR=82;WE=156762232;WS=156762214;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,134:1.00:134
chr7	156762248	rs12919	G	A	4148.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.584;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=44;PP=1733;ReadPosRankSum=2.319;SC=AAAGCTGGGGGTGTTACGTGA;SOR=0.872;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=99;TCF=55;TCR=44;TR=99;WE=156762256;WS=156762238;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,168:0.98:172
chr7	156762446	rs3087905	G	T	838.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=23;PP=666;SC=AAATGTCCTTGGTAAACCCAA;SOR=2.833;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=28;TCF=5;TCR=23;TR=28;WE=156762454;WS=156762436;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr7	156802526	.	AGCC	A	49.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.787;ClippingRankSum=0.000;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=2.004;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.60;ReadPosRankSum=-0.092;SOR=0.317;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,4:0.13:31
chr7	156802643	.	A	AGCGGCG	494.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=58.44;QD=38.06;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr7	156932094	rs200844106	G	GGGACTCGGGGTT	7669.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=269;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=7;NR=100;PP=2900;SC=GCTCGGGGCTGGGACTCGGGG;SOR=1.184;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=123;TCF=7;TCR=116;TR=107;WE=156932102;WS=156932084;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,211:1.00:211
chr7	156967831	.	CTT	C	139.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.324;ClippingRankSum=0.000;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.23;MQRankSum=0.000;QD=4.66;ReadPosRankSum=-1.202;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,11:0.37:30
chr7	156971581	rs870745	T	C	2210.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.823;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=287;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.995;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=41;PP=876;ReadPosRankSum=0.614;SC=CTCAGCATCCTGATGGGGAGT;SOR=0.816;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=186;TCF=88;TCR=98;TR=74;WE=156971589;WS=156971571;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:167,117:0.41:284
chr7	157009700	rs80106199	A	G	983.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=1.045;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=26;PP=663;ReadPosRankSum=-0.236;SC=ATTTATCATTAAAAAATACAT;SOR=0.614;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=63;TCF=19;TCR=44;TR=38;WE=157009708;WS=157009690;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,42:0.59:71
chr7	157049530	rs1182373	T	G	2481.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=52;NR=18;PP=1529;SC=TTTCCGTGGGTGTCTGGACCA;SOR=1.863;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=70;TCF=52;TCR=18;TR=70;WE=157049538;WS=157049520;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr7	157151234	rs3802100	C	T	513.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=4;PP=216;SC=CCTGTTTTTACTTGCAGGACC;SOR=1.402;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=13;TCF=9;TCR=4;TR=13;WE=157151242;WS=157151224;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr7	157156151	rs3802096	C	T	1269.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=35;PP=930;SC=TAGGTAACCACGAGTGCTGGG;SOR=3.516;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=38;TCF=3;TCR=35;TR=38;WE=157156159;WS=157156141;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr7	157159423	rs3779591	G	A	1571.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=43;PP=1246;SC=GCATTTAAAAGTCTTTTACGA;SOR=6.518;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=45;TCF=2;TCR=43;TR=45;WE=157159431;WS=157159413;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr7	157162068	rs9692250	T	C	6356.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=249;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=71;NR=78;PP=2440;SC=GGGCAGTGTTTGGGTTGAAGT;SOR=0.760;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=149;TCF=71;TCR=78;TR=149;WE=157162076;WS=157162058;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,246:1.00:246
chr7	157162103	rs12672981	A	G	4940.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=49;NR=70;PP=2158;SC=GGTGATTCTCATGGTGACCAA;SOR=0.991;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=119;TCF=49;TCR=70;TR=119;WE=157162111;WS=157162093;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,189:1.00:189
chr7	157208617	rs1009135	C	T	1405.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-1.089;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.942;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=14;PP=492;ReadPosRankSum=-1.769;SC=GCTTTTTGTTCTTAACATGGG;SOR=0.484;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=91;TCF=61;TCR=30;TR=36;WE=157208625;WS=157208607;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,70:0.45:154
chr7	157234117	rs60644045	C	T	6759.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.888;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=259;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=72;NR=111;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.978;SC=TTCTGGGCGGCGCCTGACGTA;SOR=1.091;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=186;TCF=73;TCR=113;TR=183;WE=157234125;WS=157234107;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,253:0.99:255
chr7	157234816	rs12698062	A	G	1368.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.65;QD=25.35;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr7	157234912	rs12669046	A	G	2197.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=45;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=24;NR=24;PP=992;SC=GTGGTGGGCTATTCCACGCGG;SOR=0.693;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=48;TCF=24;TCR=24;TR=48;WE=157234920;WS=157234902;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr7	157234955	.	GGGGCGGCGCCTGGCGTAGCGTCTGTGGTGGGCTCTTCC	G	645	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;FR=0.5000;HP=3;HapScore=1;MGOF=59;MMLQ=23;MQ=59.17;NF=1;NR=18;PP=645;QD=35.7368421053;SC=TGGGCTGTTCGGGGCGGCGCC;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=24;TCF=1;TCR=23;TR=19;WE=157235001;WS=157234945;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:5,19:0.79:24
chr7	157234970	rs139606018	G	A	1796.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=63.69;QD=44.92;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr7	157234992	.	CCGGGCGGCGCCTGGCATAGCGTCTGTGG	C	1470.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=62.27;QD=44.57;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr7	157235024	.	GCTCTTCCGGT	G	1380.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=61.74;QD=44.54;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr7	157235229	rs6974109	T	C	1068.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=14;PP=469;SC=TCGGGGCGGGTGCCTGATGTA;SOR=0.741;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=29;TCF=14;TCR=15;TR=28;WE=157235237;WS=157235219;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr7	157261138	rs73744914	C	T	370.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-5.810;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.130;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=0;PP=229;ReadPosRankSum=-1.662;SC=GCCCGGCCAGCCTGCCTCGTC;SOR=0.088;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=43;TCF=43;TCR=0;TR=15;WE=157261146;WS=157261128;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,17:0.39:44
chr7	157261201	rs4716743	T	G	1126.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.049;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=17;PP=771;ReadPosRankSum=0.071;SC=CACCGTCACCTTCACGGGAGA;SOR=0.686;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=124;TCF=85;TCR=39;TR=56;WE=157261209;WS=157261191;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,58:0.40:145
chr7	157261258	rs4716744	C	T	6635.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.146;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=319;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=33;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=46;PP=1628;ReadPosRankSum=-1.449;SC=GGGACCATCCCTCACCTTTGG;SOR=0.716;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=214;TCF=119;TCR=95;TR=110;WE=157261266;WS=157261248;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:153,166:0.52:319
chr7	157261275	rs4716745	C	T	7846.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.264;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=386;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.368;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=71;NR=56;PP=2962;ReadPosRankSum=0.536;SC=TTGGTTTGCCCGCGTTCTCAC;SOR=0.727;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=239;TCF=129;TCR=110;TR=127;WE=157261300;WS=157261265;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:187,199:0.52:386
chr7	157261287	rs113234474	C	T	4472.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.175;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=443;ExcessHet=3.0103;FS=1.101;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.12;ReadPosRankSum=1.468;SOR=0.825;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:219,223:0.50:442
chr7	157261292	rs4716746	A	G	8916.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.364;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=458;ExcessHet=3.0103;FS=1.730;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.55;ReadPosRankSum=1.965;SOR=0.803;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:222,234:0.51:456
chr7	157261945	rs2109830	A	G	1018.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-4.107;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.470;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.981;NF=26;NR=8;PP=421;ReadPosRankSum=-0.585;SC=CAGCAGGGGCAGGACCCTCGG;SOR=0.233;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=82;TCF=65;TCR=17;TR=34;WE=157261961;WS=157261935;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,52:0.50:104
chr7	157261953	rs11449038	C	CG	4565.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=47;NR=20;PP=2876;SC=GCAGGACCCTCGGCCTGGCCA;SOR=2.086;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=74;TCF=51;TCR=23;TR=67;WE=157261961;WS=157261935;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr7	157262170	rs7801907	T	C	1444.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.514;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.936;HP=6;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.159;NF=20;NR=40;PP=761;ReadPosRankSum=0.223;SC=GAGTAGGGGGTGCAGACCCGG;SOR=1.014;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=148;TCF=51;TCR=97;TR=60;WE=157262178;WS=157262160;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:100,76:0.43:176
chr7	157262226	rs7778458	G	A	733.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.757;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.793;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=25;PP=532;ReadPosRankSum=0.105;SC=AGGACATGCCGGCATCGGAGG;SOR=0.351;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=70;TCF=12;TCR=58;TR=30;WE=157262234;WS=157262216;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,34:0.47:72
chr7	157262920	rs7806450	T	C	217.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.434;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.220;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=1;PP=103;ReadPosRankSum=-0.349;SC=GCACTGGGTCTGCTCCCTGCA;SOR=1.329;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=21;TCF=16;TCR=5;TR=8;WE=157262928;WS=157262910;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,12:0.34:35
chr7	157263025	rs7783247	GA	CG	520.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.553;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=6.806;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.96;MQRankSum=-1.916;QD=12.40;ReadPosRankSum=1.122;SOR=1.392;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,15:0.36:42
chr7	157263050	rs7802789	A	G	476.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.067;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=9.995;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.64;MQRankSum=-0.870;QD=11.35;ReadPosRankSum=-0.614;SOR=1.665;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,14:0.33:42
chr7	157263349	.	C	T	578	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=53;MMLQ=24;MQ=59.07;NF=26;NR=8;PP=578;QD=18.022682722;SC=GTGTCCGGCGCTGGCCTGCAT;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=58;TCF=38;TCR=20;TR=34;WE=157263357;WS=157263339;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:24,34:0.59:58
chr7	157263370	rs13244155	T	C	2539.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=48;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=38;NR=28;PP=1113;SC=TGGGTGTGTCTGTGTGTCCGG;SOR=0.863;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=71;TCF=42;TCR=29;TR=66;WE=157263378;WS=157263360;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr7	157263391	.	G	T	596	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=43;MMLQ=25;MQ=59.37;NF=25;NR=16;PP=596;QD=15.3846637207;SC=CGCTGGCCTGGGTTGGGTGTG;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=76;TCF=43;TCR=33;TR=41;WE=157263399;WS=157263381;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:35,41:0.54:76
chr7	157318438	.	G	C	350	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=24;MMLQ=24;MQ=58.11;NF=16;NR=6;PP=350;QD=17.4896005703;SC=GCCGTGTGCAGTGTCGCAGGG;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=58;TCF=40;TCR=18;TR=22;WE=157318446;WS=157318428;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:36,22:0.38:58
chr7	157318501	rs117224154	G	A	1554.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.642;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.385;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.222;NF=34;NR=21;PP=859;ReadPosRankSum=-0.556;SC=GTGCAGTGTCGGAAGGAAAAG;SOR=0.840;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=107;TCF=64;TCR=43;TR=55;WE=157318509;WS=157318491;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,78:0.57:136
chr7	157318712	rs62475320	C	T	4230.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.972;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=457;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.094;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=61;PP=1969;ReadPosRankSum=1.047;SC=TCTGCACATCCCTATTCATTG;SOR=0.619;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=267;TCF=141;TCR=126;TR=127;WE=157318720;WS=157318702;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:246,206:0.46:452
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chr7	157341556	rs3214337	GC	G	431.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-0.709;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=3;PP=327;ReadPosRankSum=0.724;SC=ATTAAACCAGGCCCTCCCCGT;SOR=0.807;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=27;TCF=19;TCR=8;TR=11;WE=157341564;WS=157341546;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,16:0.47:34
chr7	157361564	rs7789467	C	T	2561.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.541;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=241;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.201;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=33;PP=1432;ReadPosRankSum=-0.028;SC=AGCTCTGAGCCGCAACAAAGC;SOR=0.329;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=186;TCF=127;TCR=59;TR=90;WE=157361572;WS=157361554;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:112,117:0.51:229
chr7	157361734	rs221294	T	C	14857.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=561;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=131;NR=181;PP=2965;SC=TAGTGACAGTTCATTTCCTTC;SOR=0.901;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=313;TCF=131;TCR=182;TR=312;WE=157361742;WS=157361724;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,557:1.00:557
chr7	157367205	rs146248159	T	TGA	729.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.700;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.58;ReadPosRankSum=0.481;SOR=0.732;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,29:0.46:63
chr7	157369285	rs111620339	C	T	1246.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.835;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=14;PP=729;ReadPosRankSum=0.671;SC=ACTGCCCTGCCGGCGGGCCGC;SOR=0.693;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=110;TCF=79;TCR=31;TR=47;WE=157369293;WS=157369275;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:94,61:0.39:155
chr7	157369564	rs221301	C	G	2197.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=51;PP=1510;SC=CACGTCTGACCAGAGAAGGGG;SOR=2.802;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=61;TCF=10;TCR=51;TR=61;WE=157369572;WS=157369554;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr7	157370645	rs736940	G	A	382.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.014;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.414;HP=1;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=4;PP=195;ReadPosRankSum=-0.057;SC=AATCCCATTCGGAGGAGGAGC;SOR=0.469;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=22;TCF=17;TCR=5;TR=13;WE=157370653;WS=157370635;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,18:0.55:33
chr7	157370688	rs122004	C	G	2096.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=35;NR=11;PP=1107;SC=GTGGGTCCTGCCCTGGGTGGC;SOR=1.850;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=46;TCF=35;TCR=11;TR=46;WE=157370696;WS=157370678;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr7	157396697	rs17853260	G	A	4242.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.798;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=498;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=72;PP=2114;ReadPosRankSum=-1.231;SC=CACTTACGATGGGGCTAGCGT;SOR=0.667;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=295;TCF=133;TCR=162;TR=131;WE=157396705;WS=157396687;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:280,214:0.43:494
chr7	157406819	rs10247739	A	C	1599.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.894;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FS=0.609;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.41;ReadPosRankSum=1.538;SOR=0.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:85,85:0.50:170
chr7	157462117	rs5888726	G	GCA	3650.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.780;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.182;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.788;NF=53;NR=11;PP=2450;ReadPosRankSum=0.323;SC=GTTTGCACGCGCACACACACA;SOR=1.863;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=80;TCF=62;TCR=18;TR=64;WE=157462125;WS=157462107;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:7,105:0.94:112
chr7	157462425	rs755703	T	C	2365.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-1.797;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=60;PP=1414;ReadPosRankSum=-0.818;SC=CTTCTAAATGTGGAACAGTCT;SOR=1.350;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=77;TCF=15;TCR=62;TR=75;WE=157462433;WS=157462415;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,90:0.99:91
chr7	157462464	rs1079359	A	G	405.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-2.566;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.420;HP=5;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=15;PP=284;ReadPosRankSum=-1.176;SC=GTAGGAAAAAAGCGGCCTCTC;SOR=0.217;SbPval=0.23;Source=Platypus;TC=38;TCF=2;TCR=36;TR=17;WE=157462472;WS=157462454;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,18:0.44:41
chr7	157691590	rs191306100	A	G	448.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=2.801;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=14;PP=327;ReadPosRankSum=-1.454;SC=TAGAACCTGCACGAGGCCCCA;SOR=0.458;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=39;TCF=7;TCR=32;TR=18;WE=157691598;WS=157691580;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,19:0.44:43
chr7	157800838	rs143545915	AGT	A	3017.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-3.547;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=13.624;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=1.319;NF=24;NR=23;PP=1903;ReadPosRankSum=-1.746;SC=CACATGTGTGAGTGTGTGTGG;SOR=0.226;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=109;TCF=62;TCR=47;TR=47;WE=157800847;WS=157800828;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,89:0.54:165
chr7	157800899	rs12666418	C	T	3429.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.447;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=409;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.522;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=1.605;NF=66;NR=53;PP=1623;ReadPosRankSum=1.843;SC=TGGGCATGTGCATACACACTG;SOR=0.651;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=250;TCF=139;TCR=111;TR=119;WE=157800907;WS=157800889;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:229,179:0.44:408
chr7	157873975	rs3800863	T	C	1995.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.277;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=22;PP=965;ReadPosRankSum=-0.656;SC=TACGTGTGTGTGGAAACAGCC;SOR=0.410;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=58;TCF=36;TCR=22;TR=57;WE=157873983;WS=157873965;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,78:0.99:79
chr7	157903478	rs3800861	A	G	6209.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-0.882;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=726;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=98;NR=85;PP=2553;ReadPosRankSum=0.392;SC=CTCTGCGACCAAGCAACAGGA;SOR=0.723;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=397;TCF=212;TCR=185;TR=183;WE=157903486;WS=157903468;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:396,326:0.45:722
chr7	157929223	rs3800858	G	A	3804.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=85;NR=18;PP=2417;SC=GAGATTATGAGGGGTTTCTCC;SOR=2.303;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=104;TCF=86;TCR=18;TR=103;WE=157929231;WS=157929213;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chr7	157929246	rs3839696	G	GA	5414.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.829;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.279;NF=70;NR=39;PP=2979;ReadPosRankSum=2.404;SC=AATTTTCTGGGAAAAAAACTT;SOR=1.621;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=133;TCF=85;TCR=48;TR=109;WE=157929254;WS=157929236;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,212:0.99:214
chr7	157930974	rs3752366	C	T	2939.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.54;SOR=1.574;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr7	157930979	rs3752367	C	G	3276.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.89;SOR=1.516;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr7	157931003	rs77347072	C	T	970.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.193;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.573;HP=2;HapScore=2;MGOF=41;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=14;PP=547;ReadPosRankSum=0.667;SC=GCTGTCTCCACGGAGGGTGGC;SOR=0.445;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=80;TCF=52;TCR=28;TR=36;WE=157931011;WS=157930993;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,49:0.44:111
chr7	157931119	rs1130500	A	G	11013.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=266;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=95;NR=74;PP=2965;SC=CCATCAGCTCAGCCATGCCGT;SOR=0.855;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=169;TCF=95;TCR=74;TR=169;WE=157931127;WS=157931109;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,264:1.00:264
chr7	157931144	rs1130499	C	T	11078.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=269;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=94;NR=79;PP=2965;SC=CTCCAGGCCACTCAGGCCCCT;SOR=0.786;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=174;TCF=95;TCR=79;TR=173;WE=157931152;WS=157931134;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,268:1.00:268
chr7	157931263	rs3752371	G	C	5453.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=51;NR=84;PP=2173;SC=GCAAAGGTGAGGGCCTCCAGA;SOR=1.104;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=135;TCF=51;TCR=84;TR=135;WE=157931271;WS=157931253;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,211:1.00:211
chr7	157959636	rs1130498	G	A	798.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.62;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=13;NR=3;PP=328;SC=CGCCTGTGCTGGAGGGGTCTT;SOR=1.681;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=16;TCF=13;TCR=3;TR=16;WE=157959644;WS=157959626;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr7	157959911	rs1130495	A	G	6719.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=259;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=87;NR=75;PP=2965;SC=TGGGTCCGGGACCCGGGAGGG;SOR=0.774;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=162;TCF=87;TCR=75;TR=162;WE=157959919;WS=157959901;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,256:1.00:256
chr7	157984992	rs3800856	G	A	542.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=3.818;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=1;PP=431;ReadPosRankSum=0.229;SC=AGCCAACCCCGGCCCGGGGAG;SOR=0.289;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=39;TCF=38;TCR=1;TR=22;WE=157985000;WS=157984982;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,22:0.55:40
chr7	157985149	rs3800855	C	G	5285.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.193;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=492;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.439;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=88;NR=85;PP=2542;ReadPosRankSum=2.780;SC=GCCCTCCCGACTGTACCTCCT;SOR=0.511;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=323;TCF=176;TCR=147;TR=173;WE=157985157;WS=157985139;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:238,250:0.51:488
chr7	158325310	rs55857496	C	CAA	8870.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=46;NR=54;PP=2969;SC=AAGAAAAGACCAAAAACGTCA;SOR=1.350;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=115;TCF=56;TCR=59;TR=100;WE=158325324;WS=158325300;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,189:1.00:189
chr7	158325316	rs34189096	C	A	9428.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=111;NR=64;PP=2965;SC=AGACCAAAAACGTCACTAAAC;SOR=1.284;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=176;TCF=112;TCR=64;TR=175;WE=158325324;WS=158325300;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,223:1.00:223
chr7	158325338	rs12670231	G	A	8246.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.939;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=318;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=33;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=136;NR=88;PP=2965;ReadPosRankSum=0.024;SC=TCAAAAACCCGGGACATGATG;SOR=1.085;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=228;TCF=138;TCR=90;TR=224;WE=158325346;WS=158325328;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,310:0.99:312
chr7	158325572	rs4909238	T	C	1289.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=32;PP=819;SC=CAGACCATCTTGATGGCTCAG;SOR=2.608;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=40;TCF=7;TCR=33;TR=39;WE=158325580;WS=158325562;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr7	158380131	.	T	TC	1051.82	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.288;ClippingRankSum=0.000;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.39;MQRankSum=0.000;QD=43.83;ReadPosRankSum=-1.012;SOR=2.670;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,23:0.96:24
chr7	158380138	rs200168427	G	GA	1569.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.564;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.78;MQRankSum=0.316;QD=38.29;ReadPosRankSum=-1.313;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,40:0.98:41
chr7	158384290	rs143467327	C	T	519.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-0.244;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=32;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=8;PP=338;ReadPosRankSum=-1.010;SC=GGTGCAGAGGCGTGTCTGTGT;SOR=0.669;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=67;TCF=47;TCR=20;TR=25;WE=158384298;WS=158384280;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,29:0.32:90
chr7	158384305	rs67404380	CTGTG	C	4549.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.966;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.493;NF=35;NR=25;PP=2948;ReadPosRankSum=-0.266;SC=CTGTGTCTGTCTGTGTAAGAA;SOR=1.423;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=64;TCF=38;TCR=26;TR=60;WE=158384316;WS=158384295;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,109:0.98:111
chr7	158384590	rs10277152	T	C	1726.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=7;NR=41;PP=1257;SC=TGGGTTATTCTTTGATTACAA;SOR=3.098;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=48;TCF=7;TCR=41;TR=48;WE=158384598;WS=158384580;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr7	158415033	rs56821222	T	G	4321.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=2.903;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=578;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-1.064;NF=77;NR=55;PP=2095;ReadPosRankSum=-0.453;SC=TTTCTTCAGATAGCCAGTTTT;SOR=0.679;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=356;TCF=212;TCR=144;TR=132;WE=158415041;WS=158415023;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:354,219:0.38:573
chr7	158415690	rs144130573	T	A	1255.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=2.360;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.545;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.957;NF=15;NR=43;PP=972;ReadPosRankSum=-1.040;SC=GTATACTTCCTGTTTTGGGAG;SOR=1.275;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=138;TCF=42;TCR=96;TR=58;WE=158415698;WS=158415680;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:96,60:0.38:156
chr7	158424508	rs11973267	A	G	647.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=18;PP=484;SC=GTTTGCAACCATGCATTTAAA;SOR=3.258;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=3;TCR=18;TR=21;WE=158424516;WS=158424498;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr7	158434251	rs200241139	GA	G,GAA	329.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.417;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=5.994;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.23;MQRankSum=-1.416;QD=9.70;ReadPosRankSum=1.305;SOR=1.931;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:10,11,13:0.32,0.38:34
chr7	158434272	rs6947008	T	C	242.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=0.289;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.301;HP=3;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.711;NF=2;NR=18;PP=295;ReadPosRankSum=0.428;SC=AAAAAGGAAATGAATAAAAAG;SOR=2.133;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=38;TCF=7;TCR=31;TR=20;WE=158434280;WS=158434262;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,11:0.38:29
chr7	158438186	rs2290393	G	A	2562.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-2.034;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=301;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.970;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=34;PP=1190;ReadPosRankSum=0.563;SC=CCACCTTCCAGATGACAGAGG;SOR=0.564;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=178;TCF=109;TCR=69;TR=80;WE=158438194;WS=158438176;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:164,131:0.44:295
chr7	158444924	rs139598561	T	C	604.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=2.392;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.429;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=4;PP=412;ReadPosRankSum=-1.349;SC=TGCATCTGTGTAGGTGTAGCC;SOR=1.069;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=52;TCF=41;TCR=11;TR=23;WE=158444932;WS=158444914;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,27:0.44:61
chr7	158444975	rs1466210	T	G	3248.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=51;NR=31;PP=1511;SC=TCCTGGGGAGTTCTGAGTACC;SOR=1.142;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=82;TCF=51;TCR=31;TR=82;WE=158444983;WS=158444965;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr7	158449194	rs140018046	C	A	4916.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.501;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=439;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.521;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=68;NR=64;PP=2104;ReadPosRankSum=-0.456;SC=ATTTCTAATACACAGTTATCC;SOR=0.628;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=259;TCF=138;TCR=121;TR=132;WE=158449202;WS=158449184;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:200,232:0.54:432
chr7	158450965	rs12533939	A	T	2693.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-2.998;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=289;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.917;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=37;PP=1222;ReadPosRankSum=0.447;SC=ACATGAATTAATAATTCAGCA;SOR=0.621;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=189;TCF=115;TCR=74;TR=92;WE=158450973;WS=158450955;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:143,137:0.49:280
chr7	158455089	rs4484634	G	A	2691.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=29;NR=37;PP=1269;SC=ATTGTGAAAGGATCTAATCAT;SOR=0.880;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=66;TCF=29;TCR=37;TR=66;WE=158455097;WS=158455079;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr7	158456710	rs10227735	C	T	724.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=2;PP=469;SC=CTACAAAGGACATATAGCAAT;SOR=3.014;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=20;TCF=18;TCR=2;TR=20;WE=158456718;WS=158456700;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr7	158457095	rs2290392	G	C	175.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-3.138;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=8;PP=123;ReadPosRankSum=1.749;SC=CTATTTTAAGGGAAATCATTC;SOR=1.038;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=21;TCF=3;TCR=18;TR=9;WE=158457103;WS=158457085;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,9:0.45:20
chr7	158457458	rs3816466	A	G	3195.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.090;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=322;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.411;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=51;PP=1370;ReadPosRankSum=-1.278;SC=CAAAAAGCACATATGCAGAAG;SOR=0.653;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=208;TCF=92;TCR=116;TR=93;WE=158457466;WS=158457448;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:155,158:0.50:313
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chr7	158526880	rs3750051	G	A	1258.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.859;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=20;PP=703;ReadPosRankSum=2.171;SC=TGAAGAGGACGCCTCCTGCCT;SOR=0.717;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=87;TCF=51;TCR=36;TR=47;WE=158526888;WS=158526870;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,63:0.47:134
chr7	158527051	rs3750052	T	C	2297.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.042;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=37;PP=751;ReadPosRankSum=-1.519;SC=CACTACCCACTGGGCGGGGAA;SOR=0.714;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=132;TCF=62;TCR=70;TR=68;WE=158527059;WS=158527041;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:89,113:0.56:202
chr7	158527260	rs3763413	T	G	432.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.448;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.279;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=13;PP=248;ReadPosRankSum=-1.948;SC=TGGGAGGATCTCTTAAGCCCA;SOR=0.946;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=36;TCF=9;TCR=27;TR=17;WE=158527268;WS=158527250;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,20:0.47:43
chr7	158528158	rs3816461	C	G	4234.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=59;NR=32;PP=1928;SC=ATTTTACAAACTGCAGGAACT;SOR=1.100;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=91;TCF=59;TCR=32;TR=91;WE=158528178;WS=158528148;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,155:1.00:155
chr7	158528170	rs7787974	G	A	4488.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=61;NR=37;PP=1952;SC=GCAGGAACTGGTTGAGGATTC;SOR=1.017;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=98;TCF=61;TCR=37;TR=98;WE=158528178;WS=158528148;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,168:1.00:168
chr7	158528233	rs3816462	A	G	1959.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.951;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.088;HP=3;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=25;PP=793;ReadPosRankSum=-2.817;SC=GGAAGCCGCCACTGTTCTTCA;SOR=0.641;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=121;TCF=61;TCR=60;TR=54;WE=158528241;WS=158528211;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:102,99:0.49:201
chr7	158528443	rs3816463	T	G	343.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=2.014;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=10;PP=240;ReadPosRankSum=-0.106;SC=CCTAATGTTTTAATCTGGCAT;SOR=0.368;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=16;TCF=1;TCR=15;TR=11;WE=158528451;WS=158528433;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,13:0.72:18
chr7	158529560	rs6961811	C	T	490.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-0.792;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=1;PP=379;ReadPosRankSum=-0.836;SC=TTTAGAGCTTCTACATGAAGG;SOR=0.389;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=49;TCF=47;TCR=2;TR=21;WE=158529568;WS=158529552;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,20:0.41:49
chr7	158529668	rs73526313	C	G	3661.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.571;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=340;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.398;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=42;PP=1718;ReadPosRankSum=0.120;SC=CACTCAAAGGCACCATTTAGG;SOR=0.653;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=227;TCF=138;TCR=89;TR=108;WE=158529676;WS=158529658;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:164,174:0.51:338
chr7	158529704	rs6960873	G	A	4959.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.051;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=470;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.520;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=79;NR=62;PP=2060;ReadPosRankSum=-0.855;SC=CACTTCAACCGGGCAGTCTAT;SOR=0.731;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=285;TCF=159;TCR=126;TR=141;WE=158529712;WS=158529694;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:221,243:0.52:464
chr7	158529889	rs2305467	T	G	1697.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=1.974;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=43;PP=1067;ReadPosRankSum=-0.339;SC=ACAAACCAGATAAGACGAGGT;SOR=0.648;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=116;TCF=32;TCR=84;TR=60;WE=158529897;WS=158529879;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,73:0.54:135
chr7	158531641	rs7803766	G	A	676.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=1.438;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=5;PP=479;ReadPosRankSum=-1.008;SC=TCCTAAAGGCGGTGTCTACAT;SOR=0.585;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=53;TCF=44;TCR=9;TR=28;WE=158531649;WS=158531631;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,31:0.52:60
chr7	158531692	rs7804970	C	T	1397.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.068;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.519;HP=4;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=12;PP=904;ReadPosRankSum=-1.093;SC=CAGCAGCGGGCGCGTGGGACC;SOR=0.895;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=112;TCF=84;TCR=28;TR=54;WE=158531700;WS=158531682;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,64:0.47:136
chr7	158531888	rs7780879	G	A	3134.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.315;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FS=0.629;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=20.49;ReadPosRankSum=1.694;SOR=0.784;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:70,83:0.54:153
chr7	158531893	rs7800556	A	G	3038.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.228;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=21.40;ReadPosRankSum=1.827;SOR=0.700;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:65,77:0.54:142
chr7	158532007	rs7804422	T	C	233.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=3.724;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.350;HP=4;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=8;PP=190;ReadPosRankSum=0.707;SC=GGGTTCAATATAAATTAATTA;SOR=1.802;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=17;TCF=3;TCR=14;TR=9;WE=158532015;WS=158531997;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,9:0.47:19
chr7	158534163	rs66689505	T	TG	303.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=8;NR=0;PP=244;SC=CAGCGTGGGGTGGGGGGCGCT;SOR=3.442;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=12;TCR=0;TR=8;WE=158534171;WS=158534153;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr7	158534372	rs57686648	G	A	8686.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.784;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=541;ExcessHet=3.0103;FS=1.106;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.18;ReadPosRankSum=-1.750;SOR=0.779;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:309,228:0.42:537
chr7	158534381	rs59980573	G	C	8870.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.715;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=585;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.27;ReadPosRankSum=-0.571;SOR=0.710;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:335,246:0.42:581
chr7	158534690	rs34849374	CTT	C	951.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.493;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.093;NF=1;NR=18;PP=665;ReadPosRankSum=0.008;SC=TTCTTTAAAACTTAGCTCAAA;SOR=0.737;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=41;TCF=1;TCR=40;TR=19;WE=158534699;WS=158534680;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,26:0.47:55
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chr7	158536154	rs2305472	A	G	270.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.175;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.799;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=4;PP=131;ReadPosRankSum=0.333;SC=CCCGGGGCCCATGAGTATCCC;SOR=0.339;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=38;TCF=29;TCR=9;TR=13;WE=158536162;WS=158536144;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,17:0.33:52
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chr7	158536429	rs61362305	A	G	1544.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.170;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FS=0.654;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.36;ReadPosRankSum=0.210;SOR=0.805;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:119,46:0.28:165
chr7	158536465	rs66795622	T	G	530.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.551;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FS=0.752;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.25;ReadPosRankSum=-1.425;SOR=0.797;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:91,34:0.27:125
chr7	158552331	rs896859	C	G	2024.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.091;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=43;PP=969;ReadPosRankSum=-0.710;SC=GATACTATTTCTATCTGATTG;SOR=0.726;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=139;TCF=46;TCR=93;TR=64;WE=158552339;WS=158552321;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:123,100:0.45:223
chr7	158552398	rs896860	C	T	600.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.039;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.557;HP=3;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=21;PP=419;ReadPosRankSum=-0.271;SC=ATCCATGCAACAGAGACAGAA;SOR=1.167;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=62;TCF=17;TCR=45;TR=27;WE=158552406;WS=158552388;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,29:0.41:71
chr7	158555706	rs844521	C	T	2045.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.694;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.555;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=27;PP=974;ReadPosRankSum=0.761;SC=TTAAAACATACTTTTGATTAT;SOR=0.751;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=120;TCF=73;TCR=47;TR=69;WE=158555714;WS=158555696;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,98:0.55:179
chr7	158560621	rs2602542	A	C	1477.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=1.748;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=42;PP=1050;ReadPosRankSum=-0.751;SC=TACAACCTGCATTTCAATTCT;SOR=0.724;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=94;TCF=22;TCR=72;TR=56;WE=158560629;WS=158560611;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,63:0.55:114
chr7	158566138	rs842447	T	C	2416.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.892;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=257;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.514;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=41;PP=932;ReadPosRankSum=-0.132;SC=TTCCAATTATTGAATCAGGTG;SOR=0.799;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=156;TCF=66;TCR=90;TR=68;WE=158566146;WS=158566128;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:133,120:0.47:253
chr7	158566217	rs842448	C	T	965.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.999;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.716;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=21;PP=471;ReadPosRankSum=-0.039;SC=CTTCATCCTTCGTAATATACC;SOR=0.566;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=81;TCF=29;TCR=52;TR=34;WE=158566225;WS=158566207;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,50:0.42:118
chr7	158586138	rs2602552	T	C	741.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=21;NR=1;PP=540;SC=TTATTTAACATATTTTATGAA;SOR=4.174;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=23;TCF=22;TCR=1;TR=22;WE=158586146;WS=158586136;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr7	158590512	rs2788501	T	A	1785.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=41;NR=18;PP=1165;SC=GCCACTGCACTCCAGCCTGGG;SOR=1.609;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=61;TCF=42;TCR=19;TR=59;WE=158590520;WS=158590502;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr7	158590547	rs11404991	G	GA	1097.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.441;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=1.390;QD=8.44;ReadPosRankSum=0.235;SOR=0.746;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:44,86:0.66:130
chr7	158591851	rs2709855	C	T	1226.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=33;PP=859;SC=TCTCATCATACGTCCTATGTT;SOR=3.365;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=37;TCF=4;TCR=33;TR=37;WE=158591859;WS=158591841;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr7	158621637	rs4599756	G	A	469.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-0.247;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.301;HP=4;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=6;PP=264;ReadPosRankSum=-2.274;SC=GGGTGGGTGGGGGACTACGAA;SOR=0.141;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=30;TCF=17;TCR=13;TR=17;WE=158621645;WS=158621628;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,21:0.72:29
chr7	158622481	rs74811915	T	C	396.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-1.007;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.456;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=3;PP=284;ReadPosRankSum=-1.115;SC=CTGCGTCCCCTCGAGCCCCAC;SOR=1.508;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=32;TCF=25;TCR=7;TR=17;WE=158622489;WS=158622471;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,17:0.47:36
chr7	158649280	rs2788473	T	C	582.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.155;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=4;PP=164;ReadPosRankSum=2.253;SC=TGGGCAGTGCTTCTGGGCCCT;SOR=0.815;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=16;TCF=11;TCR=5;TR=12;WE=158649288;WS=158649270;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,16:0.62:26
chr7	158649304	rs2788472	T	C	660.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=0.187;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=4;PP=188;ReadPosRankSum=0.039;SC=CTGCTCCTGCTTGTCGGTTGC;SOR=0.859;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=16;TCF=10;TCR=6;TR=11;WE=158649312;WS=158649294;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,19:0.59:32
chr7	158649373	rs2657385	A	G	284.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=2.871;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.301;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=6;PP=162;ReadPosRankSum=-0.323;SC=TTCGGGGTGGACCGCGCCTGG;SOR=0.999;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=18;TCF=7;TCR=11;TR=9;WE=158649381;WS=158649363;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,15:0.42:36
chr7	158662511	rs3057377	T	TTTTAAAC	631.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.195;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.19;MQRankSum=1.415;QD=11.49;ReadPosRankSum=-0.177;SOR=0.712;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,19:0.35:55
chr7	158662698	rs842696	T	C	1544.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-3.661;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=28;PP=422;ReadPosRankSum=0.153;SC=ACTTTGGTTATGTGTGCCTCA;SOR=0.693;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=92;TCF=34;TCR=58;TR=45;WE=158662706;WS=158662688;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,84:0.50:168
chr7	158672476	rs2709859	C	G	6596.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=252;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.18;SOR=0.939;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,252:1.00:252
chr7	158672619	rs2788478	A	G	2597.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.772;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=303;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.421;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=45;PP=1137;ReadPosRankSum=-0.097;SC=GAGAGGCACCAAAGCAACGTG;SOR=0.745;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=183;TCF=88;TCR=95;TR=83;WE=158672627;WS=158672609;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:163,136:0.45:299
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chr7	158684152	rs12672574	A	G	2560.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.724;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=275;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.450;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=49;PP=1038;ReadPosRankSum=0.557;SC=GAACATGAGCATGAAGGGACA;SOR=0.655;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=166;TCF=62;TCR=104;TR=78;WE=158684160;WS=158684142;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:138,130:0.49:268
chr7	158704054	rs3815215	G	A	379.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-3.203;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=2;PP=223;ReadPosRankSum=0.788;SC=TCACACACCAGGTTCCCACGA;SOR=0.352;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=16;TCF=14;TCR=2;TR=12;WE=158704062;WS=158704053;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,15:0.79:19
chr7	158711295	rs2301900	T	C	242.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-1.313;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.906;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=3;PP=162;ReadPosRankSum=0.154;SC=CCGTATCGTTTTTCTTGTAGT;SOR=0.330;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=24;TCF=19;TCR=5;TR=12;WE=158711303;WS=158711285;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,12:0.48:25
chr7	158711643	rs3216979	AT	A	187.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.903;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.533;HP=8;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=6;PP=148;ReadPosRankSum=0.675;SC=ATAATATTTTATTTTAATGTG;SOR=1.129;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=1;TCR=21;TR=6;WE=158711651;WS=158711633;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,11:0.34:32
chr7	158715219	rs2730238	A	G	3194.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=22;NR=53;PP=1655;SC=GGCCACAGAAAGTTCTGATAT;SOR=1.412;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=75;TCF=22;TCR=53;TR=75;WE=158715227;WS=158715209;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr7	158715264	rs6459913	A	G	521.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=1.127;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.111;HP=2;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=16;PP=338;ReadPosRankSum=-2.095;SC=TGAGAGTCGCACGTTTGATGG;SOR=0.513;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=49;TCF=10;TCR=39;TR=21;WE=158715272;WS=158715254;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,25:0.40:62
chr7	158718793	rs2527188	A	G	852.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-3.073;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.029;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=6;PP=385;ReadPosRankSum=-0.997;SC=ACCCAGAAGCACCTCGTGTTT;SOR=0.414;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=67;TCF=53;TCR=14;TR=29;WE=158718801;WS=158718783;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,43:0.50:86
chr7	158719084	rs2244789	C	T	3146.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=29;NR=53;PP=1668;SC=TTGTTTCTGTCTTCATCAGAA;SOR=1.188;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=83;TCF=29;TCR=54;TR=82;WE=158719092;WS=158719074;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr7	158723014	rs2730241	T	C	372.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=2.783;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=1;PP=241;ReadPosRankSum=0.322;SC=GGATGCTGTGTATTGATTTGC;SOR=1.276;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=27;TCF=24;TCR=3;TR=13;WE=158723022;WS=158723004;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,15:0.50:30
chr7	158726798	rs34181207	T	TC	1898.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.61;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=13;NR=9;PP=868;SC=CATCTGTTCATTTTGTTACTT;SOR=1.426;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=23;TCF=14;TCR=9;TR=22;WE=158726806;WS=158726788;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr7	158727015	rs35962377	C	CT	3240.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=55;NR=29;PP=2971;SC=TTACTCTTTTCTTTATAAAGT;SOR=1.769;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=99;TCF=62;TCR=37;TR=84;WE=158727023;WS=158727005;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr7	158727276	rs2657331	T	A	1524.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-3.404;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.430;HP=6;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=38;PP=939;ReadPosRankSum=1.709;SC=CCAATTCTTCTTTTTTTGTTT;SOR=0.327;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=87;TCF=20;TCR=67;TR=51;WE=158727284;WS=158727266;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,65:0.61:106
chr7	158727303	rs2657332	G	T	1068.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-4.873;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.171;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=31;PP=714;ReadPosRankSum=-1.403;SC=ACAGGGTCTTGCTCTGTCACC;SOR=0.118;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=53;TCF=8;TCR=45;TR=38;WE=158727311;WS=158727293;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,44:0.71:62
chr7	158827401	rs1017033	A	G	2011.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=17;NR=42;PP=1232;SC=ACAGGTACAGAAGAATGAGCG;SOR=1.609;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=59;TCF=17;TCR=42;TR=59;WE=158827409;WS=158827391;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr7	158829285	rs2730223	T	C	732.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=17;NR=5;PP=441;SC=ATGTGTTGTTTGTAGGAGCCT;SOR=1.981;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=17;TCR=5;TR=22;WE=158829293;WS=158829275;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr7	158835631	rs2540353	A	G	2135.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=34;NR=16;PP=1087;SC=CCCTGACAGGAACCCTGCACC;SOR=1.194;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=50;TCF=34;TCR=16;TR=50;WE=158835639;WS=158835621;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr7	158851234	rs2098349	T	G	7918.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=298;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=103;NR=91;PP=2965;SC=TGTAGCCCAGTGTATAAATGG;SOR=0.784;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=194;TCF=103;TCR=91;TR=194;WE=158851242;WS=158851224;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,297:1.00:297
chr7	158851804	rs2730257	C	T	1886.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=33;NR=12;PP=1018;SC=TTAGCAAGGTCCATGGCTTGA;SOR=1.681;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=45;TCF=33;TCR=12;TR=45;WE=158851812;WS=158851794;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr7	158935333	rs439204	G	C	1692.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=46;PP=1376;SC=AACCTCACAGGTTTAAACTGC;SOR=3.872;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=52;TCF=6;TCR=46;TR=52;WE=158935341;WS=158935323;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr8	182794	rs150067010	G	T	112.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.235;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=4.242;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=44.72;MQRankSum=2.802;QD=5.94;ReadPosRankSum=0.323;SOR=0.180;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,8:0.42:19
chr8	182807	rs145388347	A	G	187.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.101;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=8.820;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=43.84;MQRankSum=-4.101;QD=11.05;ReadPosRankSum=-1.791;SOR=3.056;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,9:0.53:17
chr8	362999	rs71223333	T	TAATG	320.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=44.13;QD=64.15;SOR=3.611;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr8	363192	rs10090550	G	A	2941.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=44;NR=34;PP=1363;SC=GAGAATAACCGTTGTAACATC;SOR=0.903;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=79;TCF=44;TCR=35;TR=78;WE=363200;WS=363182;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr8	400199	rs3841577	AAAT	A	277.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=5;PP=207;SC=ACAATTGTGTAAATAATGTGA;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=5;WE=400209;WS=400189;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr8	401493	rs6651443	T	C	1568.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=33;PP=1028;SC=CACTCTGTTTTTATATTACAG;SOR=1.651;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=46;TCF=13;TCR=33;TR=46;WE=401501;WS=401483;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr8	418993	rs8049	G	C	198.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=8;PP=155;SC=CAGAGGCCAAGGAAATCATTT;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=8;WE=419001;WS=418983;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr8	441457	rs1064416	C	T	1481.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=30;NR=13;PP=927;SC=GCTCTCAAACCGGTCGTCGAT;SOR=1.609;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=43;TCF=30;TCR=13;TR=43;WE=441465;WS=441447;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
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chr8	566417	rs13276545	C	T	634.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=14;NR=2;PP=376;SC=TGAGGCTGACCGAACCCCGCA;SOR=2.303;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=16;TCF=14;TCR=2;TR=16;WE=566440;WS=566407;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
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chr8	566460	rs13276586	C	G	1322.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=38;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=22;NR=11;PP=677;SC=GCGGATTCAGCGCTGGCCAAC;SOR=1.251;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=33;TCF=22;TCR=11;TR=33;WE=566468;WS=566450;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
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chr8	566660	rs35578938	C	T	853.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.11;SOR=0.811;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
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chr8	577249	rs12547464	G	C	2538.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-1.259;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=42;PP=1332;ReadPosRankSum=-1.637;SC=CTGGAAGTTGGAGATAAGAAC;SOR=1.203;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=70;TCF=27;TCR=43;TR=67;WE=577257;WS=577239;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,94:0.98:96
chr8	607380	rs1669658	A	G	486.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=5;PP=351;SC=TCTGGTCGGAAGGGAGGTTAT;SOR=1.371;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=11;TCR=5;TR=16;WE=607388;WS=607377;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr8	607766	rs4735812	C	G	5489.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=75;NR=58;PP=2776;SC=TTAAAGGACTCAGTAATGTGC;SOR=0.864;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=133;TCF=75;TCR=58;TR=133;WE=607787;WS=607756;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,200:1.00:200
chr8	607779	rs4735813	G	T	5810.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=89;NR=58;PP=2727;SC=TAATGTGCAGGAATTCCTTGC;SOR=1.005;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=147;TCF=89;TCR=58;TR=147;WE=607787;WS=607756;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,218:1.00:218
chr8	608034	rs10090260	T	C	7520.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=298;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=90;NR=97;PP=2956;SC=CCACGGACCATGTTTGAGAGA;SOR=0.763;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=187;TCF=90;TCR=97;TR=187;WE=608042;WS=608024;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,294:1.00:294
chr8	608110	rs35319084	C	T	5931.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.078;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=234;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=74;PP=2503;ReadPosRankSum=0.822;SC=TTCTTCGTGCCCAAGTGGCCT;SOR=0.634;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=128;TCF=53;TCR=75;TR=127;WE=608118;WS=608100;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:5,228:0.98:233
chr8	608153	rs10090386	T	G	3898.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=0.764;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=32;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=53;PP=1627;ReadPosRankSum=0.493;SC=CTTCCAGGGCTTCGGCTGCAG;SOR=1.041;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=87;TCF=34;TCR=53;TR=87;WE=608161;WS=608143;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,151:0.99:153
chr8	608279	rs1703925	A	G	334.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=9;PP=221;SC=CTGGGGAGAGAGGCTGGTTCC;SOR=2.670;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=1;TCR=9;TR=10;WE=608287;WS=608269;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr8	618728	rs2271263	A	G	2771.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=22;NR=63;PP=1845;SC=TGTGTGACGCAAGGCGGTCCA;SOR=1.921;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=85;TCF=22;TCR=63;TR=85;WE=618736;WS=618718;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr8	623156	rs6559065	G	C	460.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=15;NR=2;PP=349;SC=ACTTATATTAGTTGCCTTACA;SOR=3.500;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=17;TCF=15;TCR=2;TR=17;WE=623164;WS=623146;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr8	676191	rs12549425	A	G	7473.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=298;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=143;NR=77;PP=2965;SC=AATCTGAGCCAGCATCTTCAG;SOR=1.305;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=221;TCF=144;TCR=77;TR=220;WE=676199;WS=676181;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,291:1.00:291
chr8	676277	rs12549443	A	G	18018.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-2.588;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=695;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=191;NR=183;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.145;SC=ACACCACACAAGGACACACAC;SOR=0.115;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=375;TCF=192;TCR=183;TR=374;WE=676285;WS=676267;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,690:1.00:692
chr8	676339	rs12549459	A	G	11882.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-0.622;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=457;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=120;NR=165;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.769;SC=GCAGGCACACAACACACAGGC;SOR=0.507;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=287;TCF=121;TCR=166;TR=285;WE=676347;WS=676329;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,453:0.99:456
chr8	677063	rs11782509	G	A	1917.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.300;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=12;PP=1029;ReadPosRankSum=-0.820;SC=ATGCACACACGTACACATACA;SOR=0.780;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=52;TCF=40;TCR=12;TR=51;WE=677071;WS=677053;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,71:0.99:72
chr8	681206	rs11781283	G	C	9511.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=367;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=119;NR=110;PP=2965;SC=GCGGTCCTGAGCTGAGCGCCG;SOR=0.745;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=230;TCF=119;TCR=111;TR=229;WE=681214;WS=681196;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,357:1.00:357
chr8	947641	rs10092583	C	T	785.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=21;NR=2;PP=623;SC=GGAACTCATTCCTATGCTTCA;SOR=4.091;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=23;TCF=21;TCR=2;TR=23;WE=947649;WS=947631;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr8	947863	rs34575802	CACAA	C	6019.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.79;QD=43.94;SOR=0.864;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,137:1.00:137
chr8	948085	rs10093097	C	A	7965.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.396;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=328;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=17.603;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=91;NR=106;PP=2965;ReadPosRankSum=4.289;SC=GTGCACACACCCGTGTCTGCA;SOR=0.228;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=198;TCF=91;TCR=107;TR=197;WE=948093;WS=948075;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:9,317:0.97:326
chr8	1496767	rs2906568	C	G	13225.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.952;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=307;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=113;NR=77;PP=2965;ReadPosRankSum=0.903;SC=TCCGGGTGTTCAATGCCGTTT;SOR=0.928;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=191;TCF=114;TCR=77;TR=190;WE=1496775;WS=1496757;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,300:0.99:304
chr8	1496788	rs2906569	A	G	14700.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.869;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=374;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=119;NR=105;PP=2965;ReadPosRankSum=0.306;SC=CTGTTTCCCCACAGACCCGCA;SOR=0.773;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=226;TCF=120;TCR=106;TR=224;WE=1496796;WS=1496778;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:6,364:0.98:370
chr8	1514009	rs2301963	C	A	3875.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-2.178;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=57;PP=1756;ReadPosRankSum=-1.116;SC=GCAATCCTACCAGAGCCGCTG;SOR=0.382;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=94;TCF=35;TCR=59;TR=92;WE=1514017;WS=1513999;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,147:0.99:148
chr8	1626460	rs200151488	T	TCAC	16608.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=391;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=73;NR=105;PP=2967;SC=CCAGGCCACATCACCACGGAG;SOR=0.925;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=202;TCF=87;TCR=115;TR=178;WE=1626468;WS=1626450;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,371:1.00:371
chr8	1749388	rs7017381	C	T	3316.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=34;NR=34;PP=1305;SC=CACTCAGAAGCGGACTCCCTG;SOR=0.709;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=69;TCF=35;TCR=34;TR=68;WE=1749396;WS=1749378;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,129:1.00:129
chr8	1749410	rs7003112	T	A	3552.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=34;NR=36;PP=1365;SC=CCTGCTAAACTACCCTTGAAA;SOR=0.801;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=70;TCF=34;TCR=36;TR=70;WE=1749418;WS=1749400;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,135:1.00:135
chr8	1749513	rs12541297	C	T	1298.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=9;NR=22;PP=692;SC=GTGACTTGCACGTATATGCCC;SOR=1.345;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=9;TCR=22;TR=31;WE=1749521;WS=1749503;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr8	1806041	rs370008181	GATCGATCT	G	748.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5348;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;NF=22;NR=3;PP=704;SC=AACATAGATCGATCGATCTAT;SOR=3.816;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=25;TCF=22;TCR=3;TR=25;WE=1806060;WS=1806031;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr8	1806309	.	A	AGTCCCCAGGTGGGTCCCCAGGTGG	568.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=2;NR=11;PP=1793;SC=TCCCCAGGTGAGTCCCCAGGT;SOR=1.911;SbPval=0.23;Source=Platypus;TC=29;TCF=2;TCR=27;TR=13;WE=1806317;WS=1806299;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr8	1814588	rs57422654	GAC	G	1404.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.62;QD=30.54;SOR=1.040;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr8	1817640	rs111801715	C	G	1172.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=27;PP=828;SC=TTACTTATCCCAAGCAAACAG;SOR=2.833;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=6;TCR=27;TR=33;WE=1817648;WS=1817630;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr8	1830928	rs4543586	A	G	1629.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=14;NR=31;PP=930;SC=CCGTGCCTGCAGGTCTTCTTG;SOR=1.493;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=53;TCF=14;TCR=39;TR=45;WE=1830936;WS=1830918;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr8	1830956	rs34599746	TG	T	520.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=3;NR=11;PP=305;SC=GACACGGGGTTGGGGGGGGCG;SOR=0.793;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=23;TCF=3;TCR=20;TR=14;WE=1830964;WS=1830946;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr8	1846562	rs755543	C	T	4747.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=92;NR=40;PP=2734;SC=GGCATGGCAGCCCTGCAGGGA;SOR=1.487;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=132;TCF=92;TCR=40;TR=132;WE=1846570;WS=1846552;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,169:1.00:169
chr8	1870956	rs4242549	G	A	112.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=0;PP=63;SC=TTCCAAATAAGTGTTAGAAAA;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=4;TCR=0;TR=4;WE=1870964;WS=1870946;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr8	1870992	rs17830000	T	C	395.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=2;PP=205;SC=TGCTTGAAAATGTCCACTTTT;SOR=1.911;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=11;TCF=9;TCR=2;TR=11;WE=1871000;WS=1870982;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr8	1873540	rs2272613	C	T	1966.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=16;NR=26;PP=844;SC=GACACATGCCCGTGATGGTGG;SOR=1.061;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=42;TCF=16;TCR=26;TR=42;WE=1873548;WS=1873530;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr8	1882252	rs3758021	A	T	467.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=7;PP=214;SC=TGTAATGCCAACACTCTGGGA;SOR=1.244;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=3;TCR=7;TR=10;WE=1882260;WS=1882242;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr8	2005414	rs7833424	C	T	640.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=20;NR=2;PP=490;SC=TCGGGGGCCACGTGGTTTTCT;SOR=4.003;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=22;TCF=20;TCR=2;TR=22;WE=2005422;WS=2005404;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr8	2005624	rs3765206	G	A	8331.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.747;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=320;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=105;NR=81;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.181;SC=TCTCAGGGTGGCTGGGTGTCT;SOR=0.836;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=186;TCF=105;TCR=81;TR=186;WE=2005632;WS=2005614;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,313:0.99:315
chr8	2005676	rs3765208	A	G	7889.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=302;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=101;NR=100;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.549;SC=CATGGTGCTCAAGGGGCCGAG;SOR=0.700;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=201;TCF=101;TCR=100;TR=201;WE=2005684;WS=2005666;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,299:0.99:301
chr8	2007116	rs7461903	A	G	1314.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=35;NR=2;PP=1017;SC=ACCAGTGCGAACTCTGGGCCT;SOR=5.084;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=37;TCF=35;TCR=2;TR=37;WE=2007124;WS=2007111;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr8	2007230	rs6558591	A	C	7005.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=265;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=104;NR=65;PP=2965;SC=CACACACAAAATACAACTCTG;SOR=1.096;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=169;TCF=104;TCR=65;TR=169;WE=2007238;WS=2007220;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,256:1.00:256
chr8	2020377	rs150521018	G	GATGCTCTCTGCCCTTCGGCCATGAAAGCCTCCATCGTTTC	3702.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.69;QD=97.44;SOR=4.407;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr8	2024207	rs7822836	A	C	2462.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=49;NR=19;PP=1541;SC=TGCCTTTTCTATCCCTGCCCC;SOR=1.609;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=69;TCF=49;TCR=20;TR=68;WE=2024215;WS=2024197;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr8	2024405	rs3817698	G	A	3273.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=31;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=25;NR=54;PP=1756;SC=CGTTCCGCATGGAATCTTACC;SOR=1.329;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=79;TCF=25;TCR=54;TR=79;WE=2024413;WS=2024395;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr8	2024437	rs3817699	C	T	2540.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.35;SOR=2.080;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr8	2024446	rs3817700	CG	TA	2426.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;JOINED;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.94;SOR=2.480;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr8	2033579	rs59220531	A	G	1948.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=36;PP=1022;SC=CCCCACTGTCATGATCTCTGT;SOR=1.545;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=51;TCF=15;TCR=36;TR=51;WE=2033587;WS=2033569;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr8	2033641	rs62478375	T	C	615.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=42;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=16;PP=407;SC=TCGTGATCTCTGCGTGGCCCC;SOR=2.400;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=4;TCR=16;TR=20;WE=2033649;WS=2033631;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr8	2040337	rs6420202	T	C	2592.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=23;NR=52;PP=1312;SC=ACAAGCCCATTGGATACAACA;SOR=1.426;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=75;TCF=23;TCR=52;TR=75;WE=2040345;WS=2040327;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr8	2040415	rs893877	G	A	784.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=23;PP=644;SC=AGGTCCCTGTGGCCCTGGCAC;SOR=3.098;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=27;TCF=4;TCR=23;TR=27;WE=2040423;WS=2040405;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr8	2042070	rs7828132	T	C	1677.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=47;PP=1071;SC=TGAAGCCTCTTGGTTGGCTGC;SOR=2.566;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=59;TCF=12;TCR=47;TR=59;WE=2042078;WS=2042060;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr8	2044363	rs7834633	A	G	2133.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=14;NR=49;PP=1278;SC=ACATTAGATAATTTGATACAG;SOR=2.185;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=63;TCF=14;TCR=49;TR=63;WE=2044385;WS=2044353;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr8	2044376	rs7815778	GG	AC	3009.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=8;NR=43;PP=2448;SC=TGATACAGACGGAAAAATGGA;SOR=2.704;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=51;TCF=8;TCR=43;TR=51;WE=2044385;WS=2044353;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr8	2044426	rs7820357	C	A	822.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=75;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=17;PP=456;SC=TTTTGGAGCTCAAAAGATCCT;SOR=3.690;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=18;TCF=1;TCR=17;TR=18;WE=2044434;WS=2044416;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr8	2046526	rs7817175	T	C	1220.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=27;NR=4;PP=771;SC=TGCAGCTCGTTGGCCACATCG;SOR=2.476;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=27;TCR=4;TR=31;WE=2046534;WS=2046516;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr8	2046880	rs2294067	G	C	665.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=19;PP=579;SC=GCCTCTGTGGGTGCGACTCTG;SOR=2.737;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=4;TCR=19;TR=23;WE=2046888;WS=2046870;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr8	2048640	rs3779838	C	A	3120.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=64;NR=27;PP=2090;SC=ATGCGCGCAGCAACAAGGTGG;SOR=1.568;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=92;TCF=65;TCR=27;TR=91;WE=2048648;WS=2048630;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr8	2048811	rs4876227	A	C	9518.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=351;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=83;NR=115;PP=2965;SC=GGATCACTGTAAATCAGACGA;SOR=0.906;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=198;TCF=83;TCR=115;TR=198;WE=2048819;WS=2048801;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,350:1.00:350
chr8	2050383	rs2294070	A	T	1281.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.533;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=11;PP=660;ReadPosRankSum=-0.676;SC=CCCTATTCACAATAAAATGTG;SOR=0.555;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=34;TCF=23;TCR=11;TR=33;WE=2050391;WS=2050373;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,47:0.98:48
chr8	2054012	rs12677887	C	T	1196.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=26;NR=8;PP=872;SC=AGCCGCTCACCTCATACTCTT;SOR=2.133;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=26;TCR=8;TR=34;WE=2054020;WS=2054002;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr8	2054476	rs33927116	GA	G	699.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=23;PP=679;SC=TACTTGCTTAGAAAAAAAGAC;SOR=2.621;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=25;TCF=1;TCR=24;TR=24;WE=2054484;WS=2054466;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr8	2056569	rs1978898	C	T	5335.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=59;NR=54;PP=1943;SC=ACTTTTTCTTCGTTTTAGAGC;SOR=0.703;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=114;TCF=59;TCR=55;TR=113;WE=2056577;WS=2056559;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,205:1.00:205
chr8	2057090	rs2280895	C	T	492.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=12;NR=4;PP=319;SC=TCTCAAAAATCTAATAACTAG;SOR=1.863;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=12;TCR=4;TR=16;WE=2057098;WS=2057080;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr8	2071002	rs6558607	T	C	858.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=24;NR=1;PP=650;SC=CGTCTGAGACTGTCTATAGTA;SOR=5.211;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=26;TCF=25;TCR=1;TR=25;WE=2071010;WS=2070996;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr8	2071261	rs71270475	A	AGAC	7807.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.28;QD=44.87;SOR=0.976;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,174:1.00:174
chr8	2071306	rs6998711	A	G	4980.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.29;QD=44.08;SOR=0.862;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr8	2071309	rs6998712	A	T	4938.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.29;QD=44.49;SOR=0.907;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr8	2071673	rs2280898	T	C	1497.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=0.888;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=35;PP=1046;ReadPosRankSum=1.867;SC=CTTTGGTTGCTTTCAGAGTTT;SOR=2.066;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=5;TCR=35;TR=40;WE=2071681;WS=2071663;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,48:0.98:49
chr8	2077072	rs2280902	A	G	4525.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=74;NR=37;PP=2249;SC=TCACACAGCAAGCACTCCTTT;SOR=1.256;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=111;TCF=74;TCR=37;TR=111;WE=2077080;WS=2077062;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,166:1.00:166
chr8	2088896	rs3736659	G	A	899.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=9;NR=22;PP=731;SC=TATGAATACAGGAGACAATAT;SOR=1.839;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=9;TCR=22;TR=31;WE=2088904;WS=2088886;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr8	2091184	rs2280904	T	C	2648.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.454;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=21;PP=1324;ReadPosRankSum=-0.687;SC=AACATATAAATCTTTTTCTTT;SOR=0.507;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=70;TCF=49;TCR=21;TR=68;WE=2091192;WS=2091174;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,103:0.99:104
chr8	2112080	rs33945248	G	GTT,GTTT	4725.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.357;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FS=2.353;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=29.35;ReadPosRankSum=2.747;SOR=0.760;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:3,120,38:0.75,0.24:161
chr8	2112130	rs1036689	G	A	5273.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.632;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=71;PP=2503;ReadPosRankSum=-0.945;SC=CCTCCTGTGGGCTACACCATG;SOR=0.703;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=139;TCF=67;TCR=72;TR=136;WE=2112138;WS=2112120;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,205:0.99:207
chr8	2148368	.	G	GTC	297	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;FR=1.0000;HP=2;HapScore=4;MGOF=40;MMLQ=28;MQ=53.09;NF=6;NR=0;PP=297;QD=53.0;SC=GTATAGTTGTGTGTGTGCATG;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=6;WE=2148378;WS=2148362;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr8	2148370	.	G	C	153	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;FR=1.0000;HP=2;HapScore=4;MGOF=40;MMLQ=28;MQ=54.02;NF=6;NR=0;PP=153;QD=31.2952020912;SC=ATAGTTGTGTGTGTGCATGTG;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=7;TCR=1;TR=6;WE=2148378;WS=2148362;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:2,6:0.75:8
chr8	2148550	rs2618845	G	A	2992.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.64;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=29;NR=28;PP=967;SC=TGTGCATGCTGTATTTATGTG;SOR=0.779;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=57;TCF=29;TCR=28;TR=57;WE=2148558;WS=2148540;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr8	2148771	rs7008255	C	T	2059.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=30;NR=23;PP=944;SC=CATGTGTTTGCGTCTGTGTGC;SOR=0.824;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=53;TCF=30;TCR=23;TR=53;WE=2148779;WS=2148761;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr8	2796277	rs585000	C	T	7084.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=279;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=78;NR=92;PP=2965;SC=CTAAGGAAAACAGAAAACAAA;SOR=0.826;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=171;TCF=79;TCR=92;TR=170;WE=2796285;WS=2796267;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,271:1.00:271
chr8	2806920	rs5741961	G	GAAAGAAAAGA,GAAAGA	3646.73	.	AC=2,0;AF=1.00,0.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3,3;NR=25,25;PP=1382,47;SC=TGACACATAGGAAAGAAAAGA;SOR=0.968;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=40;TCF=3;TCR=37;TR=28,28;WE=2806928;WS=2806910;set=Intersection	GT:AF:DP	1/1:1.00:83
chr8	2832139	rs667595	C	G	6873.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.983;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=262;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=97;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.697;SC=GGTGTCCACACGATATAGCTT;SOR=0.346;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=164;TCF=65;TCR=99;TR=162;WE=2832147;WS=2832129;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,254:1.00:255
chr8	2836102	rs615578	C	G	2298.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=48;NR=14;PP=1455;SC=GCAGGGGTCTCTGCACAGAAA;SOR=2.043;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=63;TCF=48;TCR=15;TR=62;WE=2836110;WS=2836092;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr8	2909992	rs6558702	G	A	2311.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=43;NR=18;PP=1069;SC=ACGCTTACACGTGGGCGGCTT;SOR=1.504;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=61;TCF=43;TCR=18;TR=61;WE=2910000;WS=2909982;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr8	2910020	rs6558703	A	G	3275.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=52;NR=24;PP=1670;SC=TTACTCCACAACCCATCTTCT;SOR=1.309;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=77;TCF=52;TCR=25;TR=76;WE=2910028;WS=2910010;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr8	2910223	rs6420209	C	T	1615.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=12;NR=33;PP=944;SC=TATTTTCCAGCTATTAAAACC;SOR=1.733;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=45;TCF=12;TCR=33;TR=45;WE=2910231;WS=2910213;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr8	2910289	rs7004774	A	G	881.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=63;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=3;NR=19;PP=487;SC=TGTGAATTATATTTCTTTTTT;SOR=3.528;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=3;TCR=19;TR=22;WE=2910297;WS=2910279;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr8	2954348	rs3112	C	A	644.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=18;NR=4;PP=466;SC=GGTCACTGCTCTACAAAGATT;SOR=2.833;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=22;TCF=18;TCR=4;TR=22;WE=2954356;WS=2954338;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr8	2964003	rs10503192	T	C	2690.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=40;NR=29;PP=1520;SC=AATACAATTTTCCATGTTGAA;SOR=0.930;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=69;TCF=40;TCR=29;TR=69;WE=2964011;WS=2963993;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr8	2965122	rs113534820	C	CTGTTTT	646.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=11;NR=2;PP=809;SC=TTCTTTGTTTCTGTTTTTGTT;SOR=3.126;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=16;TCF=13;TCR=3;TR=13;WE=2965130;WS=2965112;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr8	2965209	rs1531351	A	G	2247.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=28;NR=28;PP=953;SC=GTCGTGCTGAATTCATGGTAT;SOR=0.716;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=56;TCF=28;TCR=28;TR=56;WE=2965217;WS=2965199;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr8	2965244	rs3824271	T	C	2936.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.779;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.200;NF=31;NR=33;PP=1169;ReadPosRankSum=-0.982;SC=TATTACCTATTTCGAAATCAT;SOR=0.237;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=65;TCF=31;TCR=34;TR=64;WE=2965252;WS=2965234;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,114:0.99:115
chr8	2966072	rs3802291	G	T	1033.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=19;NR=11;PP=523;SC=AACACTGCAGGAAACACCACA;SOR=1.151;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=19;TCR=11;TR=30;WE=2966080;WS=2966062;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr8	2967639	rs898512	G	T	1086.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=22;NR=8;PP=664;SC=CAGAATTGTTGATCACAATTA;SOR=1.670;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=22;TCR=8;TR=30;WE=2967647;WS=2967629;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr8	3038525	rs259859	T	A	1243.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=31;NR=5;PP=853;SC=TTTCACAGTTTTAGAAAAATA;SOR=3.056;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=36;TCF=31;TCR=5;TR=36;WE=3038533;WS=3038515;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr8	3045428	rs142880495	A	G	2932.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=35;NR=45;PP=1425;SC=TCACATCCCCACCATCGTGGA;SOR=0.907;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=80;TCF=35;TCR=45;TR=80;WE=3045436;WS=3045418;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr8	3059365	rs5888954	TA	T	619.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=24;PP=679;SC=AAGAATTTGGTAAAAAAATAA;SOR=3.690;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=31;TCF=1;TCR=30;TR=25;WE=3059373;WS=3059355;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr8	3141555	rs10099968	A	G	625.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=6;PP=353;SC=AATTAGGCTCAATAAATTGCA;SOR=1.519;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=13;TCR=6;TR=19;WE=3141563;WS=3141545;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr8	3141586	rs4875508	T	A	1210.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=19;NR=8;PP=603;SC=GAGACGCTGGTGAATATAAAT;SOR=1.230;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=19;TCR=8;TR=27;WE=3141594;WS=3141576;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr8	3165207	rs10103770	A	G	3269.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=54;NR=21;PP=1716;SC=AACCAAAATAAAACAAGTACC;SOR=1.412;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=77;TCF=55;TCR=22;TR=75;WE=3165215;WS=3165197;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr8	3165814	rs1393843	A	C	1691.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=42;NR=9;PP=1233;SC=GCACAATGGTATGACTGCTTC;SOR=2.604;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=51;TCF=42;TCR=9;TR=51;WE=3165822;WS=3165804;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr8	3201012	rs156075	C	T	3549.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=26;NR=56;PP=1572;SC=TATGCCTTCACTGGATTCTTA;SOR=1.329;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=83;TCF=27;TCR=56;TR=82;WE=3201020;WS=3201002;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,134:1.00:134
chr8	3201034	rs156076	G	T	2363.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=20;NR=45;PP=1243;SC=GTTAGCAATGGTAATAAACAA;SOR=1.481;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=66;TCF=21;TCR=45;TR=65;WE=3201042;WS=3201024;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr8	3216945	rs10103950	T	C	1537.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=28.48;SOR=1.118;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr8	3224451	rs10092967	G	T	1045.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=1;PP=440;SC=AAACACACACGGATGCACACA;SOR=3.258;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=19;TCF=17;TCR=2;TR=18;WE=3224459;WS=3224441;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr8	3224476	rs4875702	A	C	1397.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=37.78;SOR=2.494;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr8	3224561	rs4875703	T	C	3664.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=55;NR=29;PP=1506;SC=TACCTGAAAATGTGATATTGA;SOR=1.195;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=84;TCF=55;TCR=29;TR=84;WE=3224569;WS=3224551;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,139:1.00:139
chr8	3224818	rs10096251	G	A	1337.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.89;SOR=0.841;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr8	3224878	rs10096279	G	A	709.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=20;PP=567;SC=AGATGACAGAGATGGAGAGGA;SOR=1.445;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=28;TCF=8;TCR=20;TR=28;WE=3224886;WS=3224868;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr8	3226696	rs7002678	C	T	1242.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=31;NR=8;PP=848;SC=TTGTTTACACCGTAATATGTT;SOR=2.584;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=39;TCF=31;TCR=8;TR=39;WE=3226704;WS=3226686;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr8	3226741	rs6984292	A	T	2554.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=54;NR=29;PP=1624;SC=CTCATTTATTAGTCTGTATGT;SOR=1.414;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=83;TCF=54;TCR=29;TR=83;WE=3226749;WS=3226731;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr8	3226899	rs6984477	A	T	6116.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=240;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=58;NR=83;PP=2670;SC=AGAGCTTAAAATAATAAAGAG;SOR=0.905;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=141;TCF=58;TCR=83;TR=141;WE=3226907;WS=3226889;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,237:1.00:237
chr8	3226919	rs270096	C	T	4970.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=46;NR=72;PP=2132;SC=GAGATGATTACAGCACTAAAG;SOR=0.958;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=119;TCF=46;TCR=73;TR=118;WE=3226927;WS=3226909;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,193:1.00:193
chr8	3226994	rs6984628	A	G	1677.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=37;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=8;NR=37;PP=1192;SC=AGGATTAACAAATTTAATGTC;SOR=2.387;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=46;TCF=9;TCR=37;TR=45;WE=3227002;WS=3226984;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr8	3263813	rs10110730	G	T	1928.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=40.18;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr8	3263821	rs10098063	A	C	1669.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.13;SOR=4.351;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr8	3265590	rs10088378	C	T	9945.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.145;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=390;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.734;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=150;NR=91;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.638;SC=GAAAGTCAAACTGAGGCTCAA;SOR=0.753;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=243;TCF=150;TCR=93;TR=241;WE=3265598;WS=3265580;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,377:1.00:378
chr8	3266909	rs10094820	G	T	2075.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=0.882;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=26;PP=1219;ReadPosRankSum=-0.829;SC=ATCCTTGCAGGACAGGAGGGA;SOR=1.096;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=68;TCF=41;TCR=27;TR=66;WE=3266917;WS=3266899;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,80:0.98:82
chr8	3351264	rs9314495	G	A	3789.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=32;NR=59;PP=1988;SC=TACAAGGTACGAAACAGTGAC;SOR=1.220;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=91;TCF=32;TCR=59;TR=91;WE=3351272;WS=3351254;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,138:1.00:138
chr8	3432692	.	TAAA	T,TA	728.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.983;ClippingRankSum=0.000;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=6.368;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=26.03;ReadPosRankSum=0.601;SOR=2.526;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:1,15,12:0.54,0.43:28
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chr8	3474342	rs2291221	C	T	7317.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=294;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=73;NR=122;PP=2965;SC=GAAACATTGTCAAAATGCTGT;SOR=1.133;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=195;TCF=73;TCR=122;TR=195;WE=3474350;WS=3474332;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,275:1.00:275
chr8	3566106	rs10105577	T	C	4193.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=38;NR=82;PP=2509;SC=ATAACTGCTTTCTATCAACCC;SOR=1.517;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=120;TCF=38;TCR=82;TR=120;WE=3566114;WS=3566096;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,151:1.00:151
chr8	3566161	rs10105599	T	G	1783.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=11;NR=45;PP=1244;SC=ACCAAGTCAATGAAGTCAAAG;SOR=2.494;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=56;TCF=11;TCR=45;TR=56;WE=3566169;WS=3566151;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr8	3611416	.	G	GT	63.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.439;ClippingRankSum=0.000;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=1.405;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.25;MQRankSum=1.898;QD=1.45;ReadPosRankSum=-1.724;SOR=0.963;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,10:0.23:44
chr8	3807319	rs2740867	C	G	620.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=17;NR=0;PP=484;SC=GCCTCTAACACATGGAAAGCT;SOR=4.514;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=17;TCR=0;TR=17;WE=3807327;WS=3807309;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr8	3807486	rs28484850	C	A	4983.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.091;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=57;PP=2277;ReadPosRankSum=1.939;SC=GCCAGCAGAGCGACGTGTCTC;SOR=0.381;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=116;TCF=58;TCR=58;TR=114;WE=3807494;WS=3807476;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,188:0.98:191
chr8	3807667	rs2627515	C	T	1284.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=27;PP=774;SC=CATTTATACACCAGCTGACTT;SOR=2.110;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=32;TCF=5;TCR=27;TR=32;WE=3807675;WS=3807657;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr8	3855302	rs1863475	G	A	601.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=16;NR=2;PP=416;SC=AGAGCAAGGCGAAAAAAGGAA;SOR=3.160;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=18;TCF=16;TCR=2;TR=18;WE=3855310;WS=3855292;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr8	6264358	.	CCTCCCCCGCTGCCTGTCCCACCAAAACCCCCTGCTCCTGCTCT	C	732.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=9;PP=1542;SC=CCGCCTCCTTCCTCCCCCGCT;SOR=4.712;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=23;TCF=0;TCR=23;TR=9;WE=6264408;WS=6264348;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr8	6272185	rs2440437	G	T	397.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=11;NR=0;PP=289;SC=TCTGTCAGATGTTGAGAAACA;SOR=3.767;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=11;TCR=0;TR=11;WE=6272193;WS=6272177;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr8	6272399	rs2305022	G	T	2911.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=25;NR=42;PP=1227;SC=TGCTCTGGGTGGAAAAGTAAG;SOR=0.990;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=67;TCF=25;TCR=42;TR=67;WE=6272407;WS=6272389;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr8	6272477	rs2515415	A	G	1218.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=38.09;SOR=2.165;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr8	6272481	rs2442545	C	G	1136.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=51.67;SOR=2.737;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr8	6272532	rs2515417	T	A	331.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.47;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr8	6272540	rs3214738	TG	T	322.75	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=40.34;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr8	6272543	rs55687318	A	C	331.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.47;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr8	6288879	rs2251956	A	T	400.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=11;NR=1;PP=290;SC=TTGTATTTGCAGTTGTATTTA;SOR=3.767;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=12;TCF=11;TCR=1;TR=12;WE=6288887;WS=6288869;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr8	6296550	rs2442513	G	T	1528.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=23;NR=19;PP=752;SC=TTAATAGTAGGCACCACAGCG;SOR=0.760;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=43;TCF=23;TCR=20;TR=42;WE=6296558;WS=6296540;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr8	6299532	rs2053618	A	G	6218.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.812;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=250;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=99;NR=64;PP=2866;ReadPosRankSum=-1.553;SC=TGCTGGCTTCATCTGCTAAGA;SOR=1.043;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=165;TCF=99;TCR=66;TR=163;WE=6299540;WS=6299522;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,243:0.99:245
chr8	6302183	rs930557	G	C	5804.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=86;NR=59;PP=2965;SC=AGTCACCCCTGACCAAAAGCA;SOR=0.991;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=147;TCF=87;TCR=60;TR=145;WE=6302191;WS=6302173;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,212:1.00:212
chr8	6302418	rs2515569	A	G	5442.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=69;NR=70;PP=2965;SC=AGGTCGGAAGACAGGCTGCAG;SOR=0.748;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=139;TCF=69;TCR=70;TR=139;WE=6302426;WS=6302408;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,185:1.00:185
chr8	6303025	rs2584	G	A	4578.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.976;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=69;PP=2092;ReadPosRankSum=2.098;SC=ACATGGAGACGTCTACAGAAG;SOR=0.439;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=108;TCF=38;TCR=70;TR=107;WE=6303033;WS=6303015;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,172:0.99:173
chr8	6312880	rs2515575	C	T	521.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=14;PP=367;SC=GTCTTTTATTCTAAAAAATTG;SOR=3.500;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=16;TCF=2;TCR=14;TR=16;WE=6312888;WS=6312870;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr8	6390027	rs2515481	A	G	3292.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=35;NR=72;PP=2081;SC=GAACAGTGTTAGAAGGCAGTC;SOR=1.297;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=109;TCF=35;TCR=74;TR=107;WE=6390035;WS=6390017;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr8	6390079	rs2515482	G	A	1204.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=51;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=3;NR=43;PP=1140;SC=AATGTTTGTCGTCTCCTCCCT;SOR=3.664;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=48;TCF=3;TCR=45;TR=46;WE=6390087;WS=6390069;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr8	6390095	rs10662997	T	TAAA	349.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;QD=34.97;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr8	6420534	rs3739391	A	G	576.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=13;PP=414;SC=GCTGCCGTCTAAAACGCAGGG;SOR=2.833;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=2;TCR=13;TR=15;WE=6420542;WS=6420524;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr8	6479261	rs41306051	C	G	3912.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=34;NR=76;PP=2448;SC=GATCTGTGGACAGGTTTCCAG;SOR=1.575;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=111;TCF=35;TCR=76;TR=110;WE=6479269;WS=6479251;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,137:1.00:137
chr8	6500544	rs1057091	C	T	7638.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=292;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=90;NR=93;PP=2965;SC=GGTCTGTGCCCCTGAAAACTA;SOR=0.700;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=184;TCF=90;TCR=94;TR=183;WE=6500552;WS=6500534;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,287:1.00:287
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chr8	6673377	rs11338621	CA	C	15182.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=399;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=40;NR=119;PP=2965;SC=GGCTGGTCCACAGATGCCCCC;SOR=0.762;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=163;TCF=42;TCR=121;TR=159;WE=6673385;WS=6673367;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,391:1.00:391
chr8	6686791	rs2741087	C	T	2785.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=31;NR=30;PP=1200;SC=AGGCCTTCTTCTGTCATCTCA;SOR=0.731;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=61;TCF=31;TCR=30;TR=61;WE=6686799;WS=6686781;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr8	6690173	rs2978902	G	C	2003.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=32;NR=22;PP=1086;SC=TCCACATGGAGAGAAGATTCC;SOR=0.984;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=54;TCF=32;TCR=22;TR=54;WE=6690181;WS=6690163;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr8	6690215	rs2978901	G	C	3506.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=49;NR=33;PP=1531;SC=GTGCTCCAGAGGTGAAAGAGG;SOR=0.925;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=82;TCF=49;TCR=33;TR=82;WE=6690223;WS=6690205;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr8	6690276	rs2741098	T	C	4739.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=55;NR=48;PP=2069;SC=TGCAGCATCATCAAGGAGCAA;SOR=0.774;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=103;TCF=55;TCR=48;TR=103;WE=6690284;WS=6690266;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,177:1.00:177
chr8	6692909	rs2978895	G	C	739.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=3;PP=333;SC=GCGCCGGGGTGGGGTTAGGGG;SOR=1.528;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=12;TCR=3;TR=15;WE=6692917;WS=6692899;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr8	6692968	rs2977806	C	T	1084.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=21;NR=5;PP=609;SC=GCGCGCTCTGCTCGGCCGCCT;SOR=1.923;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=21;TCR=5;TR=26;WE=6692976;WS=6692958;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr8	6735300	rs2293958	T	A	4724.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=68;NR=45;PP=2163;SC=GGGAAACTCTTGCAGGTACCA;SOR=0.969;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=115;TCF=68;TCR=47;TR=113;WE=6735308;WS=6735290;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,178:1.00:178
chr8	6735423	rs1800972	C	G	6297.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.27;SOR=1.156;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,149:1.00:149
chr8	6735431	rs1799946	C	T	5991.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.05;SOR=1.312;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,133:1.00:133
chr8	6793540	rs736227	C	T	6501.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.716;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=260;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.160;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=83;NR=69;PP=2508;ReadPosRankSum=-0.731;SC=GACAGCAGAACGTTAATCGAC;SOR=0.500;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=155;TCF=84;TCR=71;TR=152;WE=6793548;WS=6793530;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,256:0.99:259
chr8	6793581	rs2738100	A	G	6365.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.049;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=256;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=73;NR=84;PP=2831;ReadPosRankSum=0.097;SC=AACTCACACCACCAATGAGGC;SOR=0.519;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=160;TCF=74;TCR=86;TR=157;WE=6793589;WS=6793571;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:5,250:0.98:255
chr8	6794207	rs2239667	G	A	3797.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=62;NR=35;PP=1805;SC=TCTCCCATCCGTCTCTCTAGA;SOR=1.139;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=97;TCF=62;TCR=35;TR=97;WE=6794215;WS=6794197;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,143:1.00:143
chr8	7308386	rs1042797	T	C	6818.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.309;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=281;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=-3.554;NF=121;NR=141;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.408;SC=TTGCTGCATATGGCAGATGGT;SOR=0.716;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=269;TCF=124;TCR=145;TR=262;WE=7308394;WS=7308376;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:6,269:0.98:275
chr8	7308729	rs2294141	G	C	5639.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.121;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=-0.919;NF=53;NR=83;PP=2738;ReadPosRankSum=-1.157;SC=GCACTAGAAGGAAACAAAGGG;SOR=0.683;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=137;TCF=53;TCR=84;TR=136;WE=7308737;WS=7308719;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:5,216:0.98:221
chr8	7308798	rs4840280	A	G	1706.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=42;PP=1207;SC=AAGGAAATTAAAGGTATTAAC;SOR=2.958;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=49;TCF=7;TCR=42;TR=48;WE=7308806;WS=7308788;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr8	7343806	rs148956195	C	G	547.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=45.72;QD=24.90;SOR=1.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr8	7673308	rs78936136	A	G	71.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=39.00;QD=17.76;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr8	7686323	rs201085281	G	A	566.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=45.16;QD=24.64;SOR=0.776;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr8	7752282	rs117708479	G	A	5103.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=94;NR=87;PP=2965;SC=TATTCCTGATGCCTCTTCCAG;SOR=0.722;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=182;TCF=95;TCR=87;TR=181;WE=7752290;WS=7752272;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,207:1.00:207
chr8	8176221	rs13269488	C	T	4589.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=37;NR=69;PP=1982;SC=TTTGGGGTGCCGCCCGGCTTC;SOR=1.128;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=106;TCF=37;TCR=69;TR=106;WE=8176229;WS=8176211;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,179:1.00:179
chr8	8176387	rs143409664	C	CGGGGCG	1575.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.26;QD=47.75;SOR=7.054;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr8	8176554	rs12549973	C	T	7388.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-2.172;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=289;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.136;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=87;NR=79;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.705;SC=TCGGGCTCCGCCTGGTGGCTG;SOR=0.327;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=168;TCF=88;TCR=80;TR=166;WE=8176562;WS=8176544;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,279:1.00:280
chr8	8176825	rs6601691	A	G	2326.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=16;NR=35;PP=984;SC=AGATCTGTGGAGAGAAGAAGA;SOR=1.204;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=52;TCF=16;TCR=36;TR=51;WE=8176833;WS=8176815;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr8	8643387	rs10903311	G	A	500.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=12;NR=4;PP=328;SC=TTCCCCAGTCGTCCAAAAAGC;SOR=2.093;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=12;TCR=4;TR=16;WE=8643395;WS=8643385;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr8	8643582	rs2271340	C	G	8085.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=319;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=81;NR=89;PP=2965;SC=GGGTGGACAACAAGAAAGCAC;SOR=0.766;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=173;TCF=82;TCR=91;TR=170;WE=8643590;WS=8643572;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,309:1.00:309
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chr8	8655023	rs3748144	C	T	2672.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=17;NR=48;PP=1383;SC=GAGAGAAAAACGTGTTAGGGA;SOR=1.562;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=65;TCF=17;TCR=48;TR=65;WE=8655031;WS=8655013;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
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chr8	9619159	.	G	GA	266.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.299;ClippingRankSum=0.000;DP=114;ExcessHet=3.0103;FS=0.931;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.72;ReadPosRankSum=0.229;SOR=0.566;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:69,29:0.30:98
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chr8	10467124	rs4841399	G	C	4489.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=59;NR=64;PP=2249;SC=CCCCTGGGTGGGTTGGGCCTG;SOR=0.792;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=124;TCF=59;TCR=65;TR=123;WE=10467132;WS=10467114;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,168:1.00:168
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chr8	10467653	.	C	A	808.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-3.073;ClippingRankSum=0.000;DP=1093;ExcessHet=3.0103;FS=7.437;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.33;MQRankSum=-1.431;QD=14.44;ReadPosRankSum=1.242;SOR=0.654;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,34:0.61:56
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chr8	10530218	rs11250058	C	T	4141.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=48;NR=45;PP=1646;SC=AGTCTTCCAACTTCAGGTGAA;SOR=0.718;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=94;TCF=48;TCR=46;TR=93;WE=10530226;WS=10530208;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,160:1.00:160
chr8	10532188	rs61729951	T	C	4829.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=69;NR=42;PP=2088;SC=TGCGGAGGCTTCTGAACTGGG;SOR=1.042;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=111;TCF=69;TCR=42;TR=111;WE=10532196;WS=10532178;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,184:1.00:184
chr8	10532355	rs4841419	T	C	2694.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=23;NR=54;PP=1342;SC=AAAGGTATGGTGTGTCCAGGG;SOR=1.436;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=77;TCF=23;TCR=54;TR=77;WE=10532363;WS=10532345;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr8	10532401	rs4840505	A	G	1553.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=8;NR=34;PP=1010;SC=TGGGGTGGGTACACATAGAAC;SOR=2.584;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=42;TCF=8;TCR=34;TR=42;WE=10532409;WS=10532391;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
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chr8	11058892	.	CG	C	105.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.355;ClippingRankSum=0.000;DP=86;ExcessHet=3.0103;FS=5.119;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.71;MQRankSum=0.000;QD=4.07;ReadPosRankSum=0.056;SOR=0.043;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,8:0.31:26
chr8	11142389	rs3021505	C	CG	4554.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=24;NR=36;PP=2266;SC=GCTCCGGCCGCGGGGGAGCAT;SOR=1.002;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=67;TCF=29;TCR=38;TR=60;WE=11142397;WS=11142379;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,146:1.00:146
chr8	11142625	rs2272594	T	C	2166.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=12;NR=47;PP=1459;SC=CGGGGGTCCCTTGTGGGCGCC;SOR=2.147;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=59;TCF=12;TCR=47;TR=59;WE=11142633;WS=11142615;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr8	11152957	rs2245937	C	T	102.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=5;PP=105;SC=CCTGGTTCATCGTCATATGAG;SOR=1.981;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=1;TCR=5;TR=6;WE=11152965;WS=11152947;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr8	11155613	rs2409754	A	G	921.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=26;PP=714;SC=GCAATAAGTTAGTGAAGCTTT;SOR=3.056;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=5;TCR=26;TR=31;WE=11155621;WS=11155603;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr8	11157371	rs2736387	A	C	459.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=1;PP=366;SC=AATCAGCTTCAGTAAGACTAA;SOR=4.047;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=15;TCF=14;TCR=1;TR=15;WE=11157379;WS=11157364;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr8	11162496	rs2164272	A	C	5359.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.168;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=99;PP=2965;ReadPosRankSum=0.546;SC=TCCCAGTACTAAGCTATTACC;SOR=0.465;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=156;TCF=54;TCR=102;TR=153;WE=11162516;WS=11162486;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,196:0.99:197
chr8	11162609	rs2060465	T	C	851.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=25;PP=658;SC=GCTCTCTGTCTGTTCACTGAA;SOR=3.056;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=5;TCR=25;TR=30;WE=11162617;WS=11162599;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr8	11164012	rs17797443	T	C	427.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=12;PP=344;SC=TCAAATTAACTTCTGCATTAA;SOR=2.985;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=14;TCF=2;TCR=12;TR=14;WE=11164020;WS=11164002;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr8	11174484	rs11784572	G	C	2745.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=1.014;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.713;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=51;PP=1574;ReadPosRankSum=-1.071;SC=CCTAGGAGACGACGATTTGGA;SOR=1.732;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=67;TCF=16;TCR=51;TR=67;WE=11174492;WS=11174474;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,99:0.98:101
chr8	11177410	rs2293855	G	A	4108.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=47;NR=61;PP=1857;SC=GCCTGTGAGTGTGTGCTGTTG;SOR=0.892;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=108;TCF=47;TCR=61;TR=108;WE=11177418;WS=11177400;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,163:1.00:163
chr8	11177447	rs2293856	C	T	2841.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=27;NR=49;PP=1520;SC=GTGAGCTGGACGTGGCCCTCA;SOR=1.189;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=76;TCF=27;TCR=49;TR=76;WE=11177455;WS=11177437;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr8	11204165	rs2572387	C	T	4712.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=56;NR=51;PP=1928;SC=CAAAACGAGACAGATTTCACA;SOR=0.808;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=107;TCF=56;TCR=51;TR=107;WE=11204173;WS=11204155;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,182:1.00:182
chr8	11204755	rs11777746	T	C	14428.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=-1.782;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=540;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=187;NR=125;PP=2965;ReadPosRankSum=1.368;SC=CTCAAGGTCTTCCAACACCCG;SOR=0.371;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=314;TCF=188;TCR=126;TR=312;WE=11204763;WS=11204745;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,534:1.00:535
chr8	11292542	rs2280803	C	T	3863.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.65;BaseQRankSum=0.532;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=27;PP=1455;ReadPosRankSum=-0.756;SC=CTGCCTCCCCCCCTCACTCAA;SOR=0.895;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=69;TCF=41;TCR=28;TR=68;WE=11292550;WS=11292532;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,150:0.99:152
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chr8	11296091	rs1057750	G	A	1038.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=5;NR=20;PP=599;SC=TTCCTATTTTGGAAACTTCGA;SOR=2.012;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=5;TCR=20;TR=25;WE=11296099;WS=11296081;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
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chr8	11418773	rs4841561	C	T	7995.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=295;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=92;NR=104;PP=2965;SC=GGCGTGGAGGCCCCCAGGCTG;SOR=0.765;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=197;TCF=93;TCR=104;TR=196;WE=11418781;WS=11418763;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,288:1.00:288
chr8	11421321	rs13248757	T	C	2974.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=1.921;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=5.339;HP=3;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=67;NR=24;PP=1852;ReadPosRankSum=1.660;SC=GTCCCTTGCCTGGGCCCACTG;SOR=1.834;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=91;TCF=67;TCR=24;TR=91;WE=11421329;WS=11421311;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,105:0.99:106
chr8	11421358	rs10097005	C	A	5357.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=96;NR=45;PP=2860;SC=CAGGGCCCCCCACCCACCGAG;SOR=1.393;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=141;TCF=96;TCR=45;TR=141;WE=11421366;WS=11421348;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,198:1.00:198
chr8	11421384	rs10097015	C	T	7168.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=272;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=118;NR=72;PP=2965;SC=CAGCCCCTCACCCCCGCTTGC;SOR=1.104;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=190;TCF=118;TCR=72;TR=190;WE=11421392;WS=11421374;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,269:1.00:269
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chr8	11606312	rs3735819	T	C	851.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=22;NR=2;PP=600;SC=TGGTCTTCTCTTTCCAAGGAA;SOR=3.258;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=24;TCF=22;TCR=2;TR=24;WE=11606320;WS=11606308;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr8	11612698	rs804280	C	A	2175.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=15;NR=37;PP=997;SC=CTCAGAGTGCCTAAGAATCAT;SOR=1.445;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=52;TCF=15;TCR=37;TR=52;WE=11612706;WS=11612688;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr8	11614316	rs3729853	T	C	832.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-1.726;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=4;PP=639;ReadPosRankSum=-1.106;SC=GATAAGGACCTCTGCTGCTGT;SOR=1.802;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=30;TCF=26;TCR=4;TR=29;WE=11614324;WS=11614306;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,31:0.97:32
chr8	11618998	rs804285	G	C	444.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=6;NR=3;PP=154;SC=CCCAGCTACTGGGGAAGCGGA;SOR=1.179;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=6;TCR=3;TR=9;WE=11619006;WS=11618988;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr8	11619261	rs2740431	T	A	7945.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=302;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=112;NR=79;PP=2965;SC=TTGGAGTGGGTCTGGGTGTTC;SOR=0.961;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=191;TCF=112;TCR=79;TR=191;WE=11619269;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,300:1.00:300
chr8	11619334	rs811966	C	T	8644.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=323;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=104;NR=103;PP=2965;SC=GTTTGCATCCCTGCCTTGCTT;SOR=0.706;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=207;TCF=104;TCR=103;TR=207;WE=11619342;WS=11619324;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,320:1.00:320
chr8	11619635	rs2645455	T	A	2492.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.930;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=37;PP=1261;ReadPosRankSum=1.669;SC=AGAAAAAATCTTCAAAGCGAA;SOR=1.053;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=57;TCF=20;TCR=37;TR=57;WE=11619643;WS=11619625;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,95:0.98:97
chr8	11629119	rs804269	T	C	6601.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.01;SOR=0.895;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,150:1.00:150
chr8	11629129	rs804268	C	G	6554.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.29;SOR=0.930;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,148:1.00:148
chr8	11629241	rs804267	G	A	1195.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=10;NR=25;PP=718;SC=TCAGTCTCACGTGTCTCAGCC;SOR=1.775;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=35;TCF=10;TCR=25;TR=35;WE=11629249;WS=11629231;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr8	11640796	rs149829247	C	T	6386.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.663;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=246;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=82;NR=67;PP=2757;ReadPosRankSum=-0.815;SC=TGGTCACACCCACCTGTGACA;SOR=0.842;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=149;TCF=82;TCR=67;TR=149;WE=11640804;WS=11640786;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,243:0.99:245
chr8	11643915	rs804292	G	A	200.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=7;PP=161;SC=TATAATATTCGTCTCCCTGGA;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=7;WE=11643923;WS=11643905;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr8	11660051	rs2645429	A	G	6353.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=236;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=65;NR=92;PP=2965;SC=GAGCTTCTAGAGTGTTATCAC;SOR=0.909;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=158;TCF=65;TCR=93;TR=157;WE=11660059;WS=11660041;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,233:1.00:233
chr8	11660764	rs2280922	G	C	2170.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.84;SOR=0.954;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr8	11660916	rs2252567	C	T	1228.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=20;PP=538;SC=CGCCTTGCTGCCTTCCATCGC;SOR=1.464;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=9;TCR=20;TR=29;WE=11660924;WS=11660906;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr8	11665959	rs1032577	C	T	589.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=10;NR=7;PP=284;SC=CCGTCCCGCCCCTCGTCGGGC;SOR=1.085;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=10;TCR=7;TR=17;WE=11665967;WS=11665949;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr8	11666218	rs71711801	GTCCCAC	G	23073.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=0.818;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=820;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.577;NF=56;NR=197;PP=2990;ReadPosRankSum=-2.556;SC=GCCTGCCCCAGTCCCACTCCC;SOR=0.767;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=340;TCF=95;TCR=245;TR=253;WE=11666251;WS=11666208;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,695:0.99:699
chr8	11666451	rs1616534	C	T	4716.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=42;NR=95;PP=2878;SC=TGTCCGGGACCTTTGAGTGTG;SOR=1.742;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=137;TCF=42;TCR=95;TR=137;WE=11666459;WS=11666441;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,166:1.00:166
chr8	11667179	rs8417	C	T	2628.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=42;NR=22;PP=1251;SC=TTTACAGCAACGCAGTGTGCA;SOR=1.179;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=64;TCF=42;TCR=22;TR=64;WE=11667187;WS=11667155;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr8	11683653	rs904011	T	C	3477.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=35;NR=52;PP=1741;SC=GGGCCTGTTTTTGCAGAAAAC;SOR=0.988;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=88;TCF=36;TCR=52;TR=87;WE=11683661;WS=11683643;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,129:1.00:129
chr8	11687938	rs1293313	G	C	1135.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=31;PP=716;SC=AGGTAGGGAAGGGGGCTCCTC;SOR=2.200;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=9;TCR=31;TR=40;WE=11687946;WS=11687928;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr8	11687959	rs2294137	C	T	879.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=24;PP=655;SC=TGGGTGGATACGGGGCTAAAG;SOR=2.985;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=28;TCF=4;TCR=24;TR=28;WE=11687967;WS=11687949;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr8	11689119	rs9205	G	C	4395.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=39;NR=58;PP=2041;SC=CAGTGACCCTGATGATGGATG;SOR=0.999;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=97;TCF=39;TCR=58;TR=97;WE=11689127;WS=11689109;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,162:1.00:162
chr8	11689228	rs2409836	T	G	1497.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=10;NR=28;PP=765;SC=CTTTTATGATTTAGTAATGTC;SOR=1.739;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=38;TCF=10;TCR=28;TR=38;WE=11689236;WS=11689218;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr8	11695872	rs10903343	T	C	3421.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=80;NR=29;PP=2217;SC=ATAGCACTTATCATTTTTTCC;SOR=1.876;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=109;TCF=80;TCR=29;TR=109;WE=11695880;WS=11695862;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr8	11704457	rs1692816	A	C	1695.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=35;NR=17;PP=1026;SC=CCAGCCCCTCACCTGCCTGCC;SOR=1.329;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=52;TCF=35;TCR=17;TR=52;WE=11704465;WS=11704447;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr8	11705139	rs2294138	C	T	2355.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=51;NR=17;PP=1417;SC=AGGGATGCAGCAGCTCCCCAG;SOR=1.939;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=68;TCF=51;TCR=17;TR=68;WE=11705147;WS=11705129;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr8	11705342	rs1736088	G	C	6427.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=2.440;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=245;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=162;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.197;NF=58;NR=71;PP=2339;ReadPosRankSum=1.014;SC=CTGATGGGACGCGGGAGAAAG;SOR=0.316;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=131;TCF=58;TCR=73;TR=129;WE=11705350;WS=11705332;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,242:1.00:243
chr8	11705380	rs149445749	A	AAGCCCCAGCTGGGCGAGGC	6988.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=45;PP=2967;SC=CCCCACGGAGAAGACCTGGGG;SOR=1.750;SbPval=0.26;Source=Platypus;TC=72;TCF=7;TCR=65;TR=52;WE=11705388;WS=11705370;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,157:1.00:157
chr8	11705442	rs2294139	G	T	1342.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=243;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=17;NR=35;PP=999;SC=CCTGCCAGAGGCCTGTGCACC;SOR=1.659;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=52;TCF=17;TCR=35;TR=52;WE=11705450;WS=11705432;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr8	11705677	rs2294140	C	G	7115.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.559;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=258;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.912;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=107;NR=61;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.017;SC=AAGACAGCCTCTAATGAAAAC;SOR=0.881;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=170;TCF=107;TCR=63;TR=168;WE=11705685;WS=11705667;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,255:1.00:256
chr8	11706581	rs13332	T	G	6648.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=0.723;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=254;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=66;PP=2440;ReadPosRankSum=-0.996;SC=TGCCACAGCATGTGAGCAGGT;SOR=0.767;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=122;TCF=55;TCR=67;TR=119;WE=11706589;WS=11706571;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,249:0.99:251
chr8	11708355	rs2272766	G	A	1625.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=38;NR=15;PP=1013;SC=GCGCTTCCCCGCCAGCCAGCA;SOR=1.850;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=53;TCF=38;TCR=15;TR=53;WE=11708363;WS=11708345;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr8	11710301	rs1293291	A	G	3198.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=26;NR=66;PP=2194;SC=AAAACCAGAGACCCTACCCAA;SOR=1.765;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=92;TCF=26;TCR=66;TR=92;WE=11710309;WS=11710291;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr8	11710888	rs12338	G	C	7830.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.722;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=309;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=86;NR=112;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.022;SC=TCATCCGACAGGGGATGGAAA;SOR=0.884;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=201;TCF=88;TCR=113;TR=198;WE=11710896;WS=11710878;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,307:0.99:309
chr8	11711059	rs2272767	C	T	862.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=23;PP=614;SC=ACAGGGGCACCGTCTCGGGCA;SOR=3.407;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=24;TCF=1;TCR=23;TR=24;WE=11711067;WS=11711049;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr8	11831948	rs7461062	T	C	3301.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.167;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=27;PP=1870;ReadPosRankSum=1.790;SC=GGTGGCCCATTTGATATTGGT;SOR=1.417;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=86;TCF=57;TCR=29;TR=83;WE=11831956;WS=11831938;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,117:0.98:119
chr8	11832079	rs10108075	A	G	5810.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.813;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=74;PP=2607;ReadPosRankSum=2.320;SC=TCACCAGGAAAAAGAGTAATG;SOR=0.938;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=129;TCF=54;TCR=75;TR=126;WE=11832087;WS=11832069;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,216:0.99:218
chr8	11853596	rs11250186	A	G	4923.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.951;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=87;NR=43;PP=2728;ReadPosRankSum=3.167;SC=GCTTTTTTCTAGCTTGAAAAT;SOR=1.278;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=132;TCF=87;TCR=45;TR=130;WE=11853604;WS=11853586;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,178:0.99:180
chr8	11872723	rs11784716	A	G	189.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.72;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr8	12584628	.	C	CT	198.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.344;ClippingRankSum=0.000;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=4.419;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.42;MQRankSum=0.808;QD=9.46;ReadPosRankSum=0.784;SOR=0.643;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,14:0.67:21
chr8	12584659	rs10095845	C	T	1602.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.17;QD=25.44;SOR=0.933;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr8	12592956	rs13251315	C	A	3472.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=37;NR=58;PP=1710;SC=AAACTATCCACTGAAAAGCTT;SOR=1.110;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=95;TCF=37;TCR=58;TR=95;WE=12592964;WS=12592946;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,129:1.00:129
chr8	12593045	rs13272425	A	G	1096.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=2;NR=28;PP=758;SC=GAGGAGAGAAAGGGCAGTGAT;SOR=3.383;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=30;TCF=2;TCR=28;TR=30;WE=12593053;WS=12593035;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
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chr8	12598608	rs4831354	C	T	820.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=19;PP=598;SC=AGTGCCGATTCTGGGCCGGGT;SOR=2.753;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=6;TCR=19;TR=25;WE=12598616;WS=12598598;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
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chr8	13258936	rs289583	T	A	587.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=1;PP=367;SC=AGGTCAAGAGTTACGACTCCT;SOR=3.056;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=15;TCF=14;TCR=1;TR=15;WE=13258944;WS=13258926;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr8	13356424	rs3736135	G	T	662.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=16;NR=2;PP=423;SC=GTGGGTAGTCGTTGAATTACA;SOR=3.258;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=19;TCF=16;TCR=3;TR=18;WE=13356432;WS=13356421;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr8	13356802	rs3816747	G	A	9752.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=369;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=32;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=106;NR=115;PP=2965;SC=TGTGCAAGGAGTATCCAAGAA;SOR=0.761;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=221;TCF=106;TCR=115;TR=221;WE=13356810;WS=13356792;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,366:1.00:366
chr8	13356818	rs11203494	TT	CG	15944.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=359;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;JOINED;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=102;NR=107;PP=2947;SC=AAGAACTCATTTTGTACTACA;SOR=0.774;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=219;TCF=105;TCR=114;TR=209;WE=13356827;WS=13356808;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,356:1.00:356
chr8	13357587	rs1383942	G	A	2884.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=24;NR=58;PP=1543;SC=ACATGTCATCGTAGTTTAACA;SOR=1.588;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=82;TCF=24;TCR=58;TR=82;WE=13357595;WS=13357577;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr8	13424583	rs13273355	C	T	6060.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-2.192;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=236;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.203;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=79;NR=69;PP=2775;ReadPosRankSum=1.429;SC=TTGAAGAACTCTACTGATGAG;SOR=0.378;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=149;TCF=79;TCR=70;TR=148;WE=13424591;WS=13424573;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,229:1.00:230
chr8	13425353	rs11203497	T	A	7163.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=269;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=56;NR=119;PP=2965;SC=AGAGCAGAAGTTGCAGCGAGA;SOR=1.311;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=179;TCF=60;TCR=119;TR=175;WE=13425361;WS=13425343;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,260:1.00:260
chr8	13959749	rs1973167	A	G	380.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=7;NR=5;PP=209;SC=ACCTAATATTACTTTCCTAAG;SOR=0.941;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=12;TCF=7;TCR=5;TR=12;WE=13959757;WS=13959739;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr8	13965581	rs11336839	AT	A	1968.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=18;NR=10;PP=1140;SC=TGGGAGAAACATTTGTCTAGT;SOR=1.493;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=31;TCF=19;TCR=12;TR=28;WE=13965589;WS=13965571;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr8	14095250	rs1478030	A	T	2155.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=55;PP=1530;SC=TTACAAAAAAATATACTGCAT;SOR=2.712;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=67;TCF=12;TCR=55;TR=67;WE=14095258;WS=14095240;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr8	15095085	rs4831331	C	G	3833.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=51;NR=44;PP=1669;SC=CGCCCGGACCCGCACGTACCT;SOR=0.806;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=95;TCF=51;TCR=44;TR=95;WE=15095093;WS=15095075;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,148:1.00:148
chr8	15095296	rs11782187	A	G	567.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=13;PP=382;SC=GGTTAAAAATAAGGAAAATAA;SOR=2.419;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=16;TCF=3;TCR=13;TR=16;WE=15095304;WS=15095286;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr8	15095332	rs11782191	A	G	155.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=2;NR=4;PP=108;SC=AATTCACTTTATTTTACTTCC;SOR=1.329;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=6;TCF=2;TCR=4;TR=6;WE=15095340;WS=15095322;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr8	15508200	rs1035972	T	C	5590.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=74;NR=60;PP=2567;SC=CCATTATTCTTATCAGGCAAG;SOR=0.844;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=134;TCF=74;TCR=60;TR=134;WE=15508208;WS=15508190;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,211:1.00:211
chr8	15606182	rs7820648	G	A	4770.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=47;NR=64;PP=2187;SC=CTGACAGCATGTAGTTTCTTT;SOR=0.911;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=111;TCF=47;TCR=64;TR=111;WE=15606190;WS=15606172;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,180:1.00:180
chr8	15615179	rs3834708	CCT	C	1222.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=21;NR=1;PP=1022;SC=TCGTCTATCCCCTGTCTTATC;SOR=4.407;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=22;TCF=21;TCR=1;TR=22;WE=15615188;WS=15615169;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr8	15978063	rs4338104	C	T	6192.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.46;SOR=0.763;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,234:1.00:234
chr8	16850498	rs1721100	C	G	2551.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=52;NR=18;PP=1389;SC=TTGAACGTCTCCTTGGGTCAT;SOR=1.533;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=76;TCF=52;TCR=24;TR=70;WE=16850506;WS=16850488;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr8	16859398	rs10448135	C	G	2923.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=58;NR=22;PP=1724;SC=GCCCGCCGCGCGCGCTCCGCT;SOR=1.779;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=80;TCF=58;TCR=22;TR=80;WE=16859406;WS=16859388;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr8	16885222	rs186438301	G	A	192.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=4;PP=113;SC=CCTTCGTGCCGGGTACGCAGG;SOR=1.609;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=5;TCF=1;TCR=4;TR=5;WE=16885230;WS=16885212;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr8	16935234	rs10098337	G	C	660.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=13;NR=8;PP=394;SC=ACATGTTTTTGATCTATTTTA;SOR=1.136;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=13;TCR=8;TR=21;WE=16935242;WS=16935224;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr8	16942837	rs2285264	C	T	4303.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=39;NR=61;PP=1850;SC=GGTATGTATACTAGATGCTGC;SOR=1.026;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=100;TCF=39;TCR=61;TR=100;WE=16942857;WS=16942827;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,164:1.00:164
chr8	16942849	rs2285265	C	T	3629.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.11;SOR=1.076;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,139:1.00:139
chr8	17042129	rs75130109	C	CCT	1657.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=19;NR=7;PP=1216;SC=TTTCCTGCACCCTCTCCACAC;SOR=2.531;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=29;TCF=20;TCR=9;TR=26;WE=17042137;WS=17042119;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr8	17067574	rs73198534	C	T	2815.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-2.059;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=48;PP=1408;ReadPosRankSum=-0.548;SC=CAAGGTACTTCTTTGTTAAAA;SOR=0.492;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=71;TCF=22;TCR=49;TR=70;WE=17067582;WS=17067564;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,107:0.99:108
chr8	17067959	rs190630185	C	G	5694.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.742;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=76;PP=2407;ReadPosRankSum=0.161;SC=CAAGCATCTACTCCTGCAGGG;SOR=0.971;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=131;TCF=54;TCR=77;TR=129;WE=17067967;WS=17067949;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,217:0.99:219
chr8	17074640	rs3213600	C	G	2076.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=28;NR=24;PP=932;SC=CCTATTTGTTCAAAAGCAACC;SOR=0.796;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=52;TCF=28;TCR=24;TR=52;WE=17074648;WS=17074630;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr8	17092164	rs2959606	G	T	11945.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=458;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=140;NR=116;PP=2965;SC=GCCTAGGCTCGCATGACAGTC;SOR=0.814;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=257;TCF=140;TCR=117;TR=256;WE=17092172;WS=17092154;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,452:1.00:452
chr8	17100357	rs2904701	C	T	1272.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.69;QD=25.97;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr8	17100456	.	GA	G	98.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.580;ClippingRankSum=0.000;DP=109;ExcessHet=3.0103;FS=3.574;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.00;ReadPosRankSum=1.159;SOR=0.936;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:75,24:0.24:99
chr8	17105770	rs77478205	CTTTT	C	75.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.068;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=6.88;ReadPosRankSum=0.144;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,4:0.36:11
chr8	17125768	rs11555738	T	C	119.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.98;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr8	17142065	rs2285269	C	T	789.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=13;NR=10;PP=379;SC=TTGCAGAAGACTTCTTGGAGG;SOR=1.044;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=23;TCF=13;TCR=10;TR=23;WE=17142073;WS=17142055;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr8	17143830	rs3793427	G	C	2087.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=37;NR=20;PP=955;SC=AAAAGTGACTGGTATTTTCAA;SOR=1.207;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=60;TCF=38;TCR=22;TR=57;WE=17143838;WS=17143820;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr8	17144020	rs3793428	C	A	1070.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=10;NR=25;PP=713;SC=GCCTGTTCATCAGCCTTAAGC;SOR=1.730;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=35;TCF=10;TCR=25;TR=35;WE=17144028;WS=17144010;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr8	17157259	rs6992513	G	A	936.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=23;NR=6;PP=653;SC=CTGCATTAAAGTAGTTCTCAA;SOR=2.448;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=23;TCR=6;TR=29;WE=17157267;WS=17157249;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr8	17159812	rs6587028	G	A	6447.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=248;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=58;NR=76;PP=2644;SC=GCAAAGCGTCGTGATACCACC;SOR=0.859;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=134;TCF=58;TCR=76;TR=134;WE=17159820;WS=17159802;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,245:1.00:245
chr8	17159960	rs7007043	T	C	835.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=24;PP=670;SC=ATGTTTTTTTTCTTGGGTCAG;SOR=3.690;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=27;TCF=3;TCR=24;TR=27;WE=17159968;WS=17159950;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr8	17166765	rs1548353	A	G	1362.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=27;NR=9;PP=813;SC=AACATTCAAAACAGTCTTAAA;SOR=1.708;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=36;TCF=27;TCR=9;TR=36;WE=17166773;WS=17166755;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr8	17170645	rs4921749	T	A	1503.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=34;NR=11;PP=974;SC=CGCAAAATCATATCTTCAGCG;SOR=1.938;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=45;TCF=34;TCR=11;TR=45;WE=17170653;WS=17170635;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr8	17170687	rs10113185	T	C	2861.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=53;NR=23;PP=1502;SC=AAGCTGGCTATCCAGTCAGTG;SOR=1.418;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=76;TCF=53;TCR=23;TR=76;WE=17170695;WS=17170677;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr8	17170740	rs10096063	C	G	4558.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=66;NR=47;PP=2100;SC=GAGGGATACCCATTTTGAAGT;SOR=0.917;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=114;TCF=67;TCR=47;TR=113;WE=17170748;WS=17170730;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,176:1.00:176
chr8	17206588	rs2285291	G	A	4939.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.972;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=59;PP=2202;ReadPosRankSum=-0.763;SC=AAGAGTCACAGACCTGTCACC;SOR=0.255;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=114;TCF=54;TCR=60;TR=113;WE=17206596;WS=17206578;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,187:0.99:188
chr8	17230644	rs7388581	G	C	6735.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=268;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=81;NR=80;PP=2618;SC=TCTTTTCTTGGGTCAGGTGAA;SOR=0.701;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=163;TCF=82;TCR=81;TR=161;WE=17230652;WS=17230634;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,263:1.00:263
chr8	17270763	rs2073694	G	C	6053.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=0.872;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=245;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=58;PP=2308;ReadPosRankSum=0.864;SC=CTCCGCCCGCGCTGGTGTCAC;SOR=0.745;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=122;TCF=62;TCR=60;TR=117;WE=17270771;WS=17270753;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,234:0.98:238
chr8	17270787	rs67972978	A	G	10381.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=249;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=57;NR=60;PP=2423;SC=CCTTGGGCGTACGGATGTGCT;SOR=0.734;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=118;TCF=58;TCR=60;TR=117;WE=17270795;WS=17270777;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,245:1.00:245
chr8	17270837	rs72607374	G	C	3499.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=0.709;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=37;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=48;PP=1316;ReadPosRankSum=0.755;SC=GGGCGGGCGCGGCCTCACGCA;SOR=0.953;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=82;TCF=33;TCR=49;TR=80;WE=17270845;WS=17270827;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,136:0.99:138
chr8	17401364	rs368416506	CCTT	C	998.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=19;PP=877;SC=GAAAATGTCTCCTTCTAATTA;SOR=4.892;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=0;TCR=19;TR=19;WE=17401374;WS=17401354;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr8	17401878	rs2517252	G	A	3648.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=65;NR=31;PP=1966;SC=GTGAACTCATGTTTATCCTAT;SOR=1.424;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=96;TCF=65;TCR=31;TR=96;WE=17401886;WS=17401868;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,134:1.00:134
chr8	17406183	rs737039	A	G	3538.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.928;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=70;NR=33;PP=1892;ReadPosRankSum=-1.004;SC=CCCTTTTTCCATAGGTCTTTT;SOR=1.431;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=104;TCF=71;TCR=33;TR=103;WE=17406191;WS=17406173;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,140:0.99:142
chr8	17406367	rs11373918	GT	G	1706.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.037;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=11;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.221;NF=5;NR=47;PP=844;ReadPosRankSum=0.856;SC=AATATTTGAGGTTTTTTTTTT;SOR=0.641;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=71;TCF=6;TCR=65;TR=52;WE=17406375;WS=17406357;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,84:0.99:85
chr8	17419689	.	ATTTTTTTTTT	A	253.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.373;ClippingRankSum=-0.000;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=16.154;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.14;MQRankSum=0.473;QD=23.07;ReadPosRankSum=1.922;SOR=4.163;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,7:0.64:11
chr8	17421279	rs2588173	T	C	9680.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=378;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=91;NR=173;PP=2965;SC=GAGAGAAACATGCCCTCTCCC;SOR=1.302;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=265;TCF=91;TCR=174;TR=264;WE=17421287;WS=17421269;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,375:1.00:375
chr8	17486282	rs2229084	T	C	2345.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=16;NR=62;PP=1521;SC=AGCTGCTCTATGTGGCGGGTA;SOR=2.468;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=78;TCF=16;TCR=62;TR=78;WE=17486290;WS=17486272;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr8	17500223	rs4705	T	C	5074.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=75;NR=48;PP=2306;SC=TGGAAGACTTTGAGACGATTG;SOR=1.090;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=123;TCF=75;TCR=48;TR=123;WE=17500231;WS=17500213;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,188:1.00:188
chr8	17503431	rs1043883	G	C	332.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=2;PP=209;SC=ACTTTGGGGAGGTGTCATCTG;SOR=2.670;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=11;TCF=9;TCR=2;TR=11;WE=17503439;WS=17503421;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr8	17532573	rs2269698	T	C	1487.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=39;NR=7;PP=1123;SC=GCCCAGATACTAGACAGGGAG;SOR=3.126;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=46;TCF=39;TCR=7;TR=46;WE=17532581;WS=17532563;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr8	17532619	rs2269699	C	T	3077.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=58;NR=24;PP=1692;SC=CCAGCCACAACGCAGACAGGA;SOR=1.547;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=82;TCF=58;TCR=24;TR=82;WE=17532627;WS=17532609;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr8	17533568	rs2301541	A	T	482.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=14;NR=0;PP=327;SC=TAAAAAAAAAATGAAGAATTT;SOR=5.549;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=14;TCR=0;TR=14;WE=17533576;WS=17533563;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr8	17533633	rs2301542	A	G	1714.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=34;NR=14;PP=910;SC=AGCTCCCACCACATCCTGATC;SOR=1.609;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=48;TCF=34;TCR=14;TR=48;WE=17533641;WS=17533623;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr8	17539206	rs2410495	C	T	9001.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=349;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=100;NR=109;PP=2965;SC=TCTTTATGTACGGCTACAGCA;SOR=0.765;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=209;TCF=100;TCR=109;TR=209;WE=17539214;WS=17539196;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,346:1.00:346
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chr8	17539315	rs2410497	A	G	1709.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=48;PP=1324;SC=ACAAAATAACATGAGTTACGT;SOR=3.076;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=58;TCF=10;TCR=48;TR=58;WE=17539337;WS=17539293;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
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chr8	17732084	rs2517294	GC	CA	3742.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;JOINED;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=46;PP=2585;SC=TTCTCCCCCCGCCTTAGGGAG;SOR=2.387;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=59;TCF=11;TCR=48;TR=57;WE=17732093;WS=17732074;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
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chr8	17739538	rs3739406	T	C	5055.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=56;NR=64;PP=1950;SC=CCAAGATCAATGACAGTATTC;SOR=0.798;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=121;TCF=56;TCR=65;TR=120;WE=17739546;WS=17739528;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,198:1.00:198
chr8	17742929	rs2073562	A	G	3052.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.534;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=18;PP=1784;ReadPosRankSum=0.952;SC=TATAGGTTTAATGCAAAATGA;SOR=0.844;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=80;TCF=62;TCR=18;TR=79;WE=17742937;WS=17742919;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,107:0.99:108
chr8	17743020	rs484373	G	A	9052.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=355;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.57;SOR=0.739;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,354:1.00:354
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chr8	17753657	rs500282	G	A	2424.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=0.641;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=27;PP=1072;ReadPosRankSum=-0.761;SC=TCCATTAATCGTATTGTGTAA;SOR=0.870;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=66;TCF=38;TCR=28;TR=64;WE=17753665;WS=17753647;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,96:0.98:98
chr8	17753873	rs3896063	C	T	1072.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=10;NR=13;PP=461;SC=TCTTCCTGTCCTTCACGTGGA;SOR=0.902;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=24;TCF=10;TCR=14;TR=23;WE=17753881;WS=17753863;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr8	17793084	rs916550	A	G	5307.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=91;NR=44;PP=2764;SC=CTCAGTTCTTAACTTGTTTCG;SOR=1.232;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=140;TCF=92;TCR=48;TR=135;WE=17793092;WS=17793074;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,195:1.00:195
chr8	17796226	rs2285301	T	C	2035.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=45;NR=17;PP=1289;SC=GTTTGTGTGATTTGATTTCTT;SOR=1.885;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=63;TCF=45;TCR=18;TR=62;WE=17796234;WS=17796216;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr8	17796382	rs412750	AC	GT	14601.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=340;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;JOINED;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=99;NR=87;PP=2947;SC=GCATCTACAAACCCCCCAAAC;SOR=0.808;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=196;TCF=105;TCR=91;TR=186;WE=17796391;WS=17796372;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,328:1.00:328
chr8	17797409	rs2285303	A	G	609.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=8;NR=8;PP=444;SC=TTATTTTTGTAGTATCTCAGT;SOR=0.793;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=8;TCR=8;TR=16;WE=17797417;WS=17797399;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr8	17813217	.	G	GT	60.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.042;ClippingRankSum=-0.000;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.60;MQRankSum=0.728;QD=4.05;ReadPosRankSum=1.529;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,7:0.47:15
chr8	17814680	rs11777618	G	C	617.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=20;NR=3;PP=551;SC=AATGTGCTTGGTTTGGTGTTA;SOR=3.258;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=23;TCF=20;TCR=3;TR=23;WE=17814688;WS=17814670;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr8	17814915	rs208753	A	G	4068.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=52;NR=60;PP=2101;SC=GGCTCTAAACATGCCTCCTTC;SOR=0.814;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=112;TCF=52;TCR=60;TR=112;WE=17814923;WS=17814905;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,155:1.00:155
chr8	17818042	.	C	CTTTTTTTTTTTT	297.76	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.77;QD=37.22;SOR=4.407;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr8	17819572	rs3780103	C	T	11549.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=445;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=146;NR=110;PP=2965;SC=GTAACTGTCCCACCAAAAAAT;SOR=0.925;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=256;TCF=146;TCR=110;TR=256;WE=17819580;WS=17819562;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,438:1.00:438
chr8	17819761	rs208060	A	G	1416.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=2;NR=37;PP=1008;SC=GCACATCTCAAGAAAGGAAAC;SOR=4.317;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=39;TCF=2;TCR=37;TR=39;WE=17819769;WS=17819751;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr8	17827260	rs3214087	A	AC	5415.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=68;PP=2957;SC=AAACCAAGGTACTGATTGTAA;SOR=1.410;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=77;TCF=4;TCR=73;TR=72;WE=17827268;WS=17827250;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,147:1.00:147
chr8	17829756	rs34990698	C	CAA	682.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=10;NR=1;PP=447;SC=TAAATCTACTCGAGTAGACTA;SOR=3.258;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=13;TCF=11;TCR=2;TR=11;WE=17829764;WS=17829746;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr8	17851248	rs429633	C	A	308.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=10;PP=228;SC=AAAACTATCACCCATAATTTT;SOR=4.977;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=0;TCR=10;TR=10;WE=17851256;WS=17851238;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr8	17868029	rs2467556	C	A	1090.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=19;NR=11;PP=517;SC=GTCTATAATCCCAGTACTTTG;SOR=1.127;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=19;TCR=11;TR=30;WE=17868037;WS=17868019;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr8	17868245	rs2467555	C	A	735.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=13;PP=295;SC=TAATCGCAGCCCTTTGGGAGG;SOR=1.460;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=20;TCF=6;TCR=14;TR=19;WE=17868253;WS=17868235;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr8	17871598	rs13266287	T	A	416.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.78;SOR=2.448;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr8	17871619	rs28551649	A	C	231.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=28.97;SOR=4.407;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr8	17885091	rs3213605	T	C	259.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=6;NR=3;PP=177;SC=AGAACAATGTTAAATTCTAGT;SOR=1.085;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=6;TCR=3;TR=9;WE=17885099;WS=17885081;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr8	17891259	rs17635795	C	T	875.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=12;NR=3;PP=333;SC=TTGGTTTTAACCTACAATTCC;SOR=1.542;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=12;TCR=3;TR=15;WE=17891267;WS=17891249;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr8	17916224	rs420610	A	C	335.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=1;PP=262;SC=TTAATAAAAAATCAGTCCTAA;SOR=3.611;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=12;TCF=11;TCR=1;TR=12;WE=17916232;WS=17916214;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr8	17916553	rs7465164	C	T	5789.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=53;NR=92;PP=2827;SC=CTGTTAGAAACACAGGTAACA;SOR=1.184;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=145;TCF=53;TCR=92;TR=145;WE=17916561;WS=17916543;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,216:1.00:216
chr8	17916598	rs33985304	CT	C	1958.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=58;PP=1858;SC=TCTCCTTCCCCTTTTTTAAAT;SOR=2.613;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=61;TCF=1;TCR=60;TR=59;WE=17916606;WS=17916588;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr8	17918934	rs10103355	A	G	5370.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.364;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.118;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=58;PP=2438;ReadPosRankSum=-0.476;SC=TATCCACATGACATCTTTCTT;SOR=0.317;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=123;TCF=64;TCR=59;TR=122;WE=17918942;WS=17918924;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,204:1.00:205
chr8	17920807	rs7824644	A	G	3554.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=31;NR=56;PP=1676;SC=TGGACAATTAATTTTGATTAA;SOR=1.213;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=87;TCF=31;TCR=56;TR=87;WE=17920815;WS=17920797;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,135:1.00:135
chr8	17921921	rs2073574	T	C	3469.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=50;NR=44;PP=1742;SC=GATTTTTCTTTATGTAGTGCT;SOR=0.754;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=95;TCF=50;TCR=45;TR=94;WE=17921929;WS=17921911;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,134:1.00:134
chr8	17924609	.	T	TGCACCTGTGCTGTATATCTAAGACATACA	1473.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=92.11;SOR=4.174;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr8	17927184	rs2427746	A	G	827.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=15;NR=5;PP=421;SC=ACAGTGAGCTAGATTCATGCA;SOR=1.688;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=21;TCF=15;TCR=6;TR=20;WE=17927192;WS=17927174;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr8	17927248	rs4921567	A	C	1343.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=52;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=17;NR=15;PP=556;SC=TAAATAAATAACAGCGCATTT;SOR=0.853;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=32;TCF=17;TCR=15;TR=32;WE=17927256;WS=17927238;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr8	17927280	rs2106037	G	T	2608.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=40;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=14;NR=19;PP=609;SC=AACATTTATTGTGAGAAATAA;SOR=0.760;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=14;TCR=19;TR=33;WE=17927302;WS=17927270;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr8	17927294	rs4921834	C	T	2631.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=40;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=19;PP=606;SC=GAAATAATATCTCTTACCAAT;SOR=0.793;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=15;TCR=19;TR=34;WE=17927302;WS=17927270;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr8	17927327	rs1049874	T	C	1748.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.63;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=50;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=19;PP=582;SC=ACCTGCATAATTTTTCCACTT;SOR=0.957;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=11;TCR=19;TR=30;WE=17927335;WS=17927317;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr8	17928762	rs138422571	T	TATA	3071.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.16;QD=44.52;SOR=1.897;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr8	17928811	rs1071645	C	T	4927.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=83;NR=47;PP=2281;SC=TAGCATACCACTGGTGCCTTG;SOR=1.119;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=131;TCF=84;TCR=47;TR=130;WE=17928819;WS=17928801;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,188:1.00:188
chr8	17928920	rs12547845	T	C	4902.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=61;NR=86;PP=2728;SC=AGGTGTATCATCTTGAAATGA;SOR=0.982;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=147;TCF=61;TCR=86;TR=147;WE=17928928;WS=17928910;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,186:1.00:186
chr8	17928999	rs12549594	G	A	1276.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=35;PP=996;SC=AGTCTTAACAGCAGTGTAGAA;SOR=2.833;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=6;TCR=35;TR=41;WE=17929007;WS=17928989;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr8	17930605	rs6586686	A	C	225.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=28.22;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr8	17930727	rs6586687	G	A	3708.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.68;SOR=0.928;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr8	17930734	rs7461977	C	A	3840.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.68;SOR=0.935;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr8	17930772	rs3753115	C	T	2210.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=28;NR=25;PP=802;SC=CACCTTATAACAGCAGGGAAG;SOR=0.716;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=53;TCF=28;TCR=25;TR=53;WE=17930780;WS=17930762;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr8	18074536	rs7387461	G	A	3122.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=31;NR=37;PP=1273;SC=CTCCAGTTTCGCATACAAAAA;SOR=0.814;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=68;TCF=31;TCR=37;TR=68;WE=18074544;WS=18074526;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr8	18077007	rs10106882	G	C	3113.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=39;NR=42;PP=1269;SC=AGGTATTAAGGGCCTTTCTGA;SOR=0.743;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=82;TCF=39;TCR=43;TR=81;WE=18077015;WS=18076997;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr8	18257854	rs1801280	T	C	5686.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=68;NR=73;PP=2965;SC=CAGGTGACCATTGACGGCAGG;SOR=0.764;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=141;TCF=68;TCR=73;TR=141;WE=18257862;WS=18257844;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,203:1.00:203
chr8	18257994	rs1799929	C	T	4724.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.038;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=71;PP=2817;ReadPosRankSum=0.488;SC=AATCTGGTACCTGGACCAAAT;SOR=0.882;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=132;TCF=60;TCR=72;TR=130;WE=18258002;WS=18257984;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,171:0.99:173
chr8	18413875	rs2260920	A	G	2289.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=23;NR=47;PP=1287;SC=GCAGGAAATCATGATGCCATT;SOR=1.402;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=70;TCF=23;TCR=47;TR=70;WE=18413883;WS=18413865;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr8	18414870	rs2717725	T	A	257.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=2;PP=170;SC=ATTTTTTACATAAACAGAAAA;SOR=2.093;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=6;TCR=2;TR=8;WE=18414878;WS=18414860;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr8	18415081	rs2634454	G	T	956.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=8;NR=14;PP=403;SC=AAAAGCAGAGGACACGAATGG;SOR=0.984;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=22;TCF=8;TCR=14;TR=22;WE=18415089;WS=18415071;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr8	18432578	rs2248559	C	G	2264.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=48;NR=22;PP=1564;SC=TTGTTCCTTGCAATAAAGTAG;SOR=1.522;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=71;TCF=48;TCR=23;TR=70;WE=18432586;WS=18432568;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
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chr8	18656601	rs2248631	G	A	376.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=0;PP=285;SC=CCAGACACCAGGACGATGGAT;SOR=5.283;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=12;TCR=0;TR=12;WE=18656609;WS=18656591;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
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chr8	18658750	rs1386692	A	G	454.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=54;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=8;NR=2;PP=272;SC=TTGATATAAAAAAGAAATTCA;SOR=1.609;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=8;TCR=2;TR=10;WE=18658758;WS=18658740;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr8	18658929	rs1386691	C	A	923.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=9;NR=16;PP=519;SC=GTGAAATTTTCGAAAATGCTA;SOR=1.085;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=9;TCR=16;TR=25;WE=18658937;WS=18658919;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr8	18659019	rs1386690	C	T	208.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=6;PP=106;SC=ATGAAGTTATCTCCCCCCAAA;SOR=2.093;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=1;TCR=6;TR=7;WE=18659027;WS=18659009;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr8	18659765	rs2638646	A	G	1573.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.64;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=8;PP=558;SC=TAGGAAGTGTATCAAAAACCA;SOR=1.047;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=17;TCR=8;TR=25;WE=18659773;WS=18659755;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
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chr8	18660007	rs2638647	A	G	826.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=62.03;QD=39.37;SOR=2.636;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr8	18660016	rs2632846	A	C	728.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=48.58;SOR=3.126;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr8	18661932	rs60951997	TAA	T	1008.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=12;HapScore=3;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=8;PP=425;SC=CATGGAGGTTTAAAAAAAAAA;SOR=1.911;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=31;TCF=18;TCR=13;TR=20;WE=18661942;WS=18661922;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr8	18666210	rs2638653	G	A	4312.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.620;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=50;PP=1967;ReadPosRankSum=2.410;SC=ACAAGAACCGGAATTGCTCCT;SOR=0.805;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=109;TCF=57;TCR=52;TR=107;WE=18666218;WS=18666200;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,167:0.99:169
chr8	18725072	rs1009482	T	C	1384.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=1.739;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.885;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=6;PP=968;ReadPosRankSum=-1.236;SC=CATTTGCTTATGTCCACAGAA;SOR=3.126;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=48;TCF=40;TCR=8;TR=45;WE=18725080;WS=18725062;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,49:0.96:51
chr8	18729817	rs7016219	GT	AG	10917.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=253;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;JOINED;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=92;NR=81;PP=2947;SC=AGCAGGGAGCGTTTTGTTGAC;SOR=0.832;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=179;TCF=95;TCR=84;TR=173;WE=18729826;WS=18729807;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,244:1.00:244
chr8	18793697	rs10092681	T	A	3392.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=26;NR=57;PP=1722;SC=AATACATCATTAAAAAACACA;SOR=1.342;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=83;TCF=26;TCR=57;TR=83;WE=18793705;WS=18793687;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr8	18941575	rs9657494	G	A	463.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=11;NR=3;PP=279;SC=GGAAGGCTGCGGCTCGTGGGT;SOR=2.179;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=11;TCR=3;TR=14;WE=18941583;WS=18941572;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr8	19221700	rs34608771	G	A	4669.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.694;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=75;NR=49;PP=2199;ReadPosRankSum=-0.994;SC=AGGCTGCAAAGCCCCTTGCGT;SOR=0.993;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=126;TCF=76;TCR=50;TR=124;WE=19221708;WS=19221690;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,180:0.99:182
chr8	19230955	.	G	GTATA,GTA	383.73	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.701;ClippingRankSum=-0.000;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.493;NF=2,2;NR=4,4;PP=104,169;ReadPosRankSum=0.728;SC=ATGTGTGTGTGTATATATATA;SOR=0.223;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=10;TCF=5;TCR=5;TR=6,6;WE=19230963;WS=19230945;set=Intersection	GT:AF:DP	0/1:0.85:13
chr8	19277735	rs7016592	A	G	550.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=2;PP=411;SC=TTGCTATTGAAGTAAAACAGG;SOR=2.833;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=17;TCF=15;TCR=2;TR=17;WE=19277743;WS=19277725;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr8	19277817	rs6999786	G	A	1846.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=25;NR=15;PP=783;SC=GAGGGCTGGGGGCCACCTGAG;SOR=0.941;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=41;TCF=26;TCR=15;TR=40;WE=19277825;WS=19277807;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr8	19297583	rs13278459	A	G	1491.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=40;PP=1099;ReadPosRankSum=0.788;SC=GGGAATCCAGAACCTTTCTGG;SOR=1.473;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=47;TCF=5;TCR=42;TR=45;WE=19297591;WS=19297573;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,50:0.96:52
chr8	19315034	rs10888163	G	T	358.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=10;NR=1;PP=255;SC=TGAGGCAGGAGAATTACCTGA;SOR=2.833;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=12;TCF=10;TCR=2;TR=11;WE=19315042;WS=19315024;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr8	19316086	rs12155539	G	A	7092.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.761;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=282;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=82;NR=93;PP=2965;ReadPosRankSum=0.373;SC=GTTTGAATTCGTGTTTGTGGT;SOR=0.809;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=177;TCF=83;TCR=94;TR=175;WE=19316094;WS=19316076;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,271:0.99:273
chr8	19362768	rs7017776	C	T	7835.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.910;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=308;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=124;NR=78;PP=2965;ReadPosRankSum=0.287;SC=CTCTGCAGGACTGTTCAGGGT;SOR=1.076;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=206;TCF=127;TCR=79;TR=202;WE=19362776;WS=19362758;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,292:0.99:294
chr8	19363425	rs6984644	C	T	2650.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=9;NR=67;PP=1889;SC=CTGGGCTAGACCACAGGAAGC;SOR=3.535;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=76;TCF=9;TCR=67;TR=76;WE=19363433;WS=19363415;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr8	19456473	rs4244454	C	T	2798.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=51;NR=16;PP=1378;SC=CAGGAACACACTACCATTGAG;SOR=1.609;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=68;TCF=51;TCR=17;TR=67;WE=19456481;WS=19456463;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr8	19680736	rs12547934	T	C	1273.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=25;NR=8;PP=643;SC=AAATGAACTCTGAAAGCTTTT;SOR=1.708;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=25;TCR=8;TR=33;WE=19680744;WS=19680726;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr8	19680979	rs4464983	C	T	1048.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=23;PP=713;SC=TGTACTTTTACTTAAATAGGC;SOR=1.493;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=34;TCF=10;TCR=24;TR=33;WE=19680987;WS=19680969;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr8	19681647	rs2410612	G	A	645.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=13;PP=387;SC=GTAATGCGTAGGTATAGTTTT;SOR=2.303;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=4;TCR=13;TR=17;WE=19681655;WS=19681637;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr8	19682545	rs3816246	A	G	4331.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=32;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=39;NR=70;PP=2337;SC=TGGTAAGGAAAATGAAAGTGT;SOR=1.143;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=109;TCF=39;TCR=70;TR=109;WE=19682553;WS=19682535;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,158:1.00:158
chr8	19682577	rs6997363	G	A	2829.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=44;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=24;NR=62;PP=1990;SC=TGCTGGATCCGAATAACTGTG;SOR=1.784;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=87;TCF=24;TCR=63;TR=86;WE=19682585;WS=19682567;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr8	19682592	rs7018076	A	G	2293.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=47;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=16;NR=55;PP=1627;SC=ACTGTGGGGCAGTACCAGTCC;SOR=2.245;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=71;TCF=16;TCR=55;TR=71;WE=19682600;WS=19682582;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr8	19689633	rs4434638	T	C	3208.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=40;NR=36;PP=1377;SC=TAGAGTATTATACATATTTTA;SOR=0.742;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=76;TCF=40;TCR=36;TR=76;WE=19689641;WS=19689623;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr8	19689821	rs4615593	G	A	801.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-1.795;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=18;PP=518;ReadPosRankSum=-0.669;SC=CGTGGCTTACGCCTGTAATCC;SOR=0.914;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=24;TCF=5;TCR=19;TR=23;WE=19689829;WS=19689811;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,29:0.97:30
chr8	19700244	rs115468458	T	G	1305.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=40;NR=7;PP=924;SC=ATTGTGTGACTGTTGCATATT;SOR=3.126;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=48;TCF=40;TCR=8;TR=47;WE=19700252;WS=19700234;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr8	19803996	rs56321069	T	A	2207.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=28;NR=27;PP=1104;SC=AAATGCCTATTCTTTCACTGT;SOR=0.718;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=55;TCF=28;TCR=27;TR=55;WE=19804004;WS=19803986;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr8	19810826	rs248	G	A	6285.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=259;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=89;NR=61;PP=2946;SC=CAAAGGAGGAGTTTAACTACC;SOR=0.966;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=151;TCF=90;TCR=61;TR=150;WE=19810834;WS=19810816;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,246:1.00:246
chr8	19816934	rs301	T	C	2227.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=17;NR=48;PP=1409;SC=CCAGTCCCTCTCCTGCCATAA;SOR=1.966;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=65;TCF=17;TCR=48;TR=65;WE=19816942;WS=19816924;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr8	19818436	rs316	C	A	1599.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-2.018;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=14;PP=772;ReadPosRankSum=-0.545;SC=CAAATAAGACCTACTCCTTCC;SOR=0.456;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=42;TCF=28;TCR=14;TR=41;WE=19818444;WS=19818426;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,61:0.98:62
chr8	19819536	rs327	T	G	3610.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=2.730;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.593;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=69;NR=30;PP=2034;ReadPosRankSum=-1.141;SC=TGATCATGTATTATTTAAACA;SOR=0.341;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=100;TCF=70;TCR=30;TR=99;WE=19819544;WS=19819526;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,129:0.98:131
chr8	19822830	rs4922115	G	A	4504.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.820;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=60;PP=2155;ReadPosRankSum=1.969;SC=GAAACTGGGCGAATCTACAGA;SOR=0.816;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=110;TCF=49;TCR=61;TR=109;WE=19822838;WS=19822820;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,170:0.99:172
chr8	20007100	rs60330468	CCT	C	349.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.125;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.35;MQRankSum=2.172;QD=5.93;ReadPosRankSum=-0.119;SOR=0.752;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,21:0.36:59
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chr8	20073811	rs201704225	A	ATGT	1116.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=19;NR=2;PP=1024;SC=CTTCTAAGTAATGTTACAGGT;SOR=3.442;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=23;TCF=21;TCR=2;TR=21;WE=20073819;WS=20073801;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr8	20107143	rs904003	A	G	1869.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=36;NR=15;PP=1144;SC=GCGTCTCTCAAAGGGGTCTGA;SOR=1.539;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=51;TCF=36;TCR=15;TR=51;WE=20107151;WS=20107133;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr8	21550741	rs73552629	G	A	5057.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=99;NR=34;PP=2817;SC=TCAGGCGGCTGTTCTTGTCTG;SOR=1.828;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=133;TCF=99;TCR=34;TR=133;WE=21550749;WS=21550731;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,182:1.00:182
chr8	21550768	rs15881	A	C	7003.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.976;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=255;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=123;NR=60;PP=2965;ReadPosRankSum=1.509;SC=TTTCAAAAATATTCTGACTCG;SOR=0.573;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=185;TCF=123;TCR=62;TR=183;WE=21550776;WS=21550758;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,249:1.00:250
chr8	21550987	rs73552633	C	A	4039.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=35;NR=81;PP=2589;SC=GCCTGGGACCCGGCAGAGAAA;SOR=1.678;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=118;TCF=37;TCR=81;TR=116;WE=21550995;WS=21550977;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,140:1.00:140
chr8	21552189	rs28564089	G	T	1011.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=32;PP=909;SC=CAGCACAAAAGGCTTCTGCCC;SOR=3.675;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=36;TCF=4;TCR=32;TR=36;WE=21552197;WS=21552179;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr8	21766900	rs17853066	G	A	3429.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.717;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=26;PP=1552;ReadPosRankSum=0.815;SC=AATCCTGCCCGGCTGGCTGGA;SOR=0.437;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=77;TCF=51;TCR=26;TR=75;WE=21766908;WS=21766890;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,127:0.99:128
chr8	21767275	rs2242240	C	G	6519.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.357;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=105;NR=77;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.142;SC=GGGGCAGCGACGCGGGGATTG;SOR=0.358;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=183;TCF=106;TCR=77;TR=182;WE=21767283;WS=21767265;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,227:1.00:228
chr8	21767493	rs368685616	AT	A	380.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.051;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FS=1.871;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.11;MQRankSum=1.151;QD=2.95;ReadPosRankSum=-1.254;SOR=0.957;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:81,48:0.37:129
chr8	21768380	rs142797319	AAGAG	A	5783.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.07;QD=44.15;SOR=1.323;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr8	21771309	.	C	CT	413.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.227;ClippingRankSum=0.000;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.35;ReadPosRankSum=0.339;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:5,26:0.84:31
chr8	21824547	rs4872191	A	G	1964.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-1.908;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=39;PP=1114;ReadPosRankSum=0.445;SC=AAAGGATAACAGGCGCTTCGG;SOR=0.906;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=51;TCF=11;TCR=40;TR=50;WE=21824555;WS=21824537;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,70:0.99:71
chr8	21827162	rs2291317	C	T	4110.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=31;NR=102;PP=2836;SC=GTCAAATGTACGTGTTTGTTC;SOR=2.088;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=134;TCF=31;TCR=103;TR=133;WE=21827170;WS=21827152;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,148:1.00:148
chr8	21827833	rs4871903	A	G	3643.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=32;NR=70;PP=1898;SC=TACAGTGTATATATTTGATGT;SOR=1.398;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=103;TCF=32;TCR=71;TR=102;WE=21827841;WS=21827823;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,138:1.00:138
chr8	21827880	rs140784168	A	AACAC,AAC	1543.73	.	AC=2,0;AF=1.00,0.00;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.385;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=8.451;HP=2;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQ=60.18;MQRankSum=0.000;NF=0,0;NR=36,36;PP=126,1352;ReadPosRankSum=1.690;SC=CATATATATAAACACACACAC;SOR=3.656;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=43;TCF=1;TCR=42;TR=36,36;WE=21827888;WS=21827870;set=Intersection	GT:AF:DP	1/1:0.97:36
chr8	21833965	rs2306641	C	T	2787.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.265;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=38;PP=1207;ReadPosRankSum=1.583;SC=TTGACTTCATCGGCACTTCCA;SOR=0.361;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=62;TCF=23;TCR=39;TR=61;WE=21833973;WS=21833955;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,107:0.99:108
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chr8	21845428	rs2306645	T	C	6064.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=54;NR=80;PP=2186;SC=AACTGTAAAATGTGATCTTGG;SOR=0.988;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=135;TCF=54;TCR=81;TR=134;WE=21845436;WS=21845418;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,237:1.00:237
chr8	21846586	rs2306646	G	C	9964.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.639;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=393;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=127;NR=109;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.871;SC=TCAATGACCTGTCCATTGGAT;SOR=0.798;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=239;TCF=128;TCR=111;TR=236;WE=21846594;WS=21846576;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,379:0.99:381
chr8	21849566	rs17296501	C	T	4006.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=44;NR=73;PP=2231;SC=TGACTGTAAACTATCCACTGC;SOR=1.156;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=117;TCF=44;TCR=73;TR=117;WE=21849574;WS=21849556;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,149:1.00:149
chr8	21857267	rs17616085	G	A	2072.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=36;PP=1111;SC=TCTTGCCCCAGTGTCCAAAAA;SOR=1.432;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=53;TCF=17;TCR=36;TR=53;WE=21857275;WS=21857257;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr8	21859485	rs11785657	G	A	483.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=6;PP=337;SC=GAGGTTAAGAGGTTAACAGGA;SOR=1.493;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=18;TCF=12;TCR=6;TR=18;WE=21859493;WS=21859475;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr8	21861663	rs10866837	G	C	778.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=10;NR=17;PP=505;SC=GCAATGCAATGCAATAGAAAA;SOR=1.255;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=27;TCF=10;TCR=17;TR=27;WE=21861671;WS=21861653;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr8	21862430	rs10548676	TA	T	521.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.196;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=8.321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.05;MQRankSum=0.759;QD=10.43;ReadPosRankSum=0.249;SOR=0.064;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,40:0.80:50
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chr8	21890581	rs1947985	T	C	1610.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=32;NR=10;PP=927;SC=TGCCTGAGGCTAGTCCCCGAG;SOR=1.773;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=42;TCF=32;TCR=10;TR=42;WE=21890589;WS=21890571;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr8	21891939	rs10089142	G	A	2107.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=38;NR=21;PP=1164;SC=GGAGCTCAGCGGGGACCTTGT;SOR=1.252;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=59;TCF=38;TCR=21;TR=59;WE=21891947;WS=21891929;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr8	21891968	rs4871915	C	G	2683.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=42;NR=25;PP=1393;SC=GGAATCTGTTCTGGCTCTGGA;SOR=1.190;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=67;TCF=42;TCR=25;TR=67;WE=21891976;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr8	21895146	rs11992609	A	G	3903.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=43;NR=55;PP=1741;SC=CACACAGATGAGCCCTACACT;SOR=0.848;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=98;TCF=43;TCR=55;TR=98;WE=21895154;WS=21895136;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,151:1.00:151
chr8	21904212	rs1078363	T	C	1891.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=16;NR=37;PP=864;SC=TAGGGCATCATGCTCCCCTCT;SOR=1.457;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=53;TCF=16;TCR=37;TR=53;WE=21904220;WS=21904202;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr8	21924297	rs9657287	C	T	210.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.42;SOR=1.402;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr8	21924743	rs11135821	G	A	5866.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=54;NR=98;PP=2965;SC=GGCTGCTAGCGTGCCTTCCCG;SOR=1.233;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=152;TCF=54;TCR=98;TR=152;WE=21924751;WS=21924733;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,213:1.00:213
chr8	21924778	rs11135822	T	G	3868.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=30;NR=82;PP=2608;SC=TGGTGGTCCCTCCGGTGCTGG;SOR=1.963;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=112;TCF=30;TCR=82;TR=112;WE=21924786;WS=21924768;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chr8	21924944	rs11135823	A	G	4399.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=80;NR=40;PP=2308;SC=ATGGCGGTCCATTTTCTTGGT;SOR=1.262;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=122;TCF=82;TCR=40;TR=120;WE=21924952;WS=21924934;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,169:1.00:169
chr8	21925214	rs6997244	C	G	2968.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=26;NR=64;PP=1952;SC=TCCTCTTGGGCAGGACTCCGG;SOR=1.655;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=90;TCF=26;TCR=64;TR=90;WE=21925222;WS=21925204;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr8	21927137	rs12680100	G	A	13953.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=527;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=133;NR=196;PP=2965;SC=CTCGCCTCAGGGCTAAGTAGG;SOR=0.968;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=332;TCF=135;TCR=197;TR=329;WE=21927145;WS=21927127;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,515:1.00:515
chr8	21927211	rs12681799	C	G	5258.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=63;NR=92;PP=2965;SC=CTCCCCCAGCCGGAAAAGTGT;SOR=1.026;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=155;TCF=63;TCR=92;TR=155;WE=21927219;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,178:1.00:178
chr8	21927460	rs7386762	C	G	11638.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=0.757;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=447;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=105;NR=172;PP=2965;ReadPosRankSum=0.938;SC=TGAGGGCGCCCCTGGCTCACC;SOR=1.072;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=277;TCF=105;TCR=172;TR=277;WE=21927468;WS=21927450;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,437:1.00:439
chr8	21930007	rs3824334	G	A	1587.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=24;PP=680;SC=CAGGAGTCTCGCTCTGTTGCC;SOR=1.214;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=40;TCF=16;TCR=24;TR=40;WE=21930015;WS=21929997;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr8	21930068	rs3824336	A	G	488.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=54;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=11;PP=304;SC=CTCCGCTCCCAGGTTCAAGTG;SOR=2.419;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=15;TCF=4;TCR=11;TR=14;WE=21930076;WS=21930058;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr8	21931141	rs143269534	CAAAAA	C,CA	1947.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.686;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=2.329;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=59.81;MQRankSum=-0.416;QD=31.93;ReadPosRankSum=1.696;SOR=0.697;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:3,44,14:0.72,0.23:61
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chr8	21937667	rs6557781	T	C	10731.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=403;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=131;NR=89;PP=2965;SC=GGGACTGAACTCAGGACCTTT;SOR=0.960;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=220;TCF=131;TCR=89;TR=220;WE=21937675;WS=21937657;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,402:1.00:402
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chr8	21955116	rs11352	C	T	2981.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=37;NR=31;PP=1412;SC=ACCTCAGCGTCCACAGGCCTG;SOR=0.786;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=68;TCF=37;TCR=31;TR=68;WE=21955124;WS=21955106;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
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chr8	21958333	rs1552283	T	C	18320.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=681;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=226;NR=209;PP=2965;SC=ACTGGTGCCGTACTGCTCTGC;SOR=0.745;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=435;TCF=226;TCR=209;TR=435;WE=21958341;WS=21958323;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,667:1.00:667
chr8	21958831	rs1968870	C	G	836.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=21;NR=6;PP=621;SC=ACCGTGCCTGCCCTGAGTTTT;SOR=1.942;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=21;TCR=6;TR=27;WE=21958851;WS=21958828;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr8	21958843	rs71544853	C	CTCTT	1614.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=19;NR=5;PP=1241;SC=CTGAGTTTTACTCTTTGGCCA;SOR=2.833;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=25;TCF=19;TCR=6;TR=24;WE=21958851;WS=21958828;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr8	21959191	rs6557810	A	G	7971.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.053;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=307;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=1.844;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=147;NR=100;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.179;SC=CCCCAGGCCCACTGCCTCTAC;SOR=0.880;SbPval=0.56;Source=Platypus;TCF=149;TR=247;WE=21959199;WS=21959181;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:5,293:0.98:298
chr8	21959638	rs13267096	AC	GT	10099.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.151;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=243;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=97;NR=67;PP=2947;ReadPosRankSum=2.740;SC=GTGCAAAAATACTCACCAGCC;SOR=0.605;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=176;TCF=105;TCR=71;TR=164;WE=21959647;WS=21959628;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,230:0.99:233
chr8	21959877	rs7812435	T	G	4508.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=52;NR=50;PP=2020;SC=GGAGGGGACATCAGGGAAAGG;SOR=0.820;SbPval=0.03;Source=Platypus;TC=147;TCF=52;TCR=95;TR=102;WE=21959885;WS=21959867;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,149:1.00:149
chr8	21964802	rs1552286	C	T	3028.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=53;NR=29;PP=1619;SC=TGTCACCTCCCCCACCTCTCT;SOR=1.350;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=83;TCF=54;TCR=29;TR=82;WE=21964810;WS=21964792;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr8	21965113	rs3739435	T	C	6629.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.371;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=248;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=74;NR=85;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.553;SC=CTCTGCTCCATAGGGTCGAGG;SOR=0.752;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=161;TCF=75;TCR=86;TR=159;WE=21965121;WS=21965103;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,243:0.98:247
chr8	21966700	rs57316099	GC	G	2604.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=13;PP=1000;SC=TTCTTCCGCAGCCCGCACGGG;SOR=0.831;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=25;TCF=12;TCR=13;TR=25;WE=21966715;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr8	21966707	rs58343576	CG	C	2614.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=14;PP=894;SC=GCAGCCCGCACGGGGCGCCGG;SOR=0.760;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=26;TCF=11;TCR=15;TR=24;WE=21966715;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr8	22020294	rs2070684	C	A	3760.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=35;NR=60;PP=2001;SC=TGCCAGACAGCGGGGCTAGGT;SOR=1.092;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=96;TCF=36;TCR=60;TR=95;WE=22020302;WS=22020284;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,140:1.00:140
chr8	22021933	rs1126931	C	T	2588.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.162;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=56;PP=1518;ReadPosRankSum=-0.626;SC=GCAGAGGTGGCGCCCAGGGGC;SOR=0.848;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=76;TCF=19;TCR=57;TR=75;WE=22021941;WS=22021923;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,94:0.99:95
chr8	22053123	rs4075478	T	C	3822.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.866;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=50;PP=1486;ReadPosRankSum=-0.375;SC=AGACTGCCTCTGACCCTGTTC;SOR=0.967;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=82;TCF=32;TCR=50;TR=82;WE=22053131;WS=22053113;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,146:0.99:148
chr8	22053701	rs80055120	T	G	7235.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.774;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=279;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=83;NR=97;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.837;SC=CAGGGTGTTATGATCTACAGG;SOR=0.793;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=180;TCF=83;TCR=97;TR=180;WE=22053709;WS=22053691;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,271:0.99:273
chr8	22053778	rs79619458	G	A	4588.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=39;NR=73;PP=2479;SC=GAGATGCTGGGGACAGCACTC;SOR=1.222;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=113;TCF=40;TCR=73;TR=112;WE=22053786;WS=22053768;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,161:1.00:161
chr8	22054197	rs2229777	T	C	4246.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.38;SOR=1.373;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,161:1.00:161
chr8	22066855	rs4463424	C	T	974.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=25;NR=3;PP=691;SC=GTGGCCTTCACCCAGGCCTCC;SOR=3.258;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=28;TCF=25;TCR=3;TR=28;WE=22066863;WS=22066845;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr8	22079355	rs4872422	A	G	5884.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=60;NR=85;PP=2857;SC=CGTGGCTGCCACTGTTGTCCT;SOR=0.963;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=145;TCF=60;TCR=85;TR=145;WE=22079363;WS=22079345;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,223:1.00:223
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chr8	22084503	rs11547656	C	T	5954.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.134;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=237;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=70;NR=97;PP=2959;ReadPosRankSum=-0.730;SC=TCATGGGCAGCGGCACTGCCT;SOR=0.531;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=171;TCF=72;TCR=99;TR=167;WE=22084511;WS=22084493;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,228:0.99:231
chr8	22105502	rs1126677	T	C	3914.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=52;NR=55;PP=1862;SC=AGGGCCCAGCTGAAATGATGA;SOR=0.763;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=108;TCF=52;TCR=56;TR=107;WE=22105510;WS=22105492;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,147:1.00:147
chr8	22262098	rs896375	A	G	1195.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=37;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=32;NR=6;PP=987;SC=GGAGCAGAGAAGCAGAGACTG;SOR=2.891;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=32;TCR=6;TR=38;WE=22262106;WS=22262088;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr8	22262142	rs896376	G	A	2762.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=39;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=64;NR=12;PP=1884;SC=TGTGTGGCGGGCGGGCCTGGC;SOR=2.461;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=76;TCF=64;TCR=12;TR=76;WE=22262150;WS=22262132;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr8	22262183	rs896377	G	C	5511.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=47;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=103;NR=48;PP=2965;SC=AGAGGCCTCAGCTTCACCTGC;SOR=1.396;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=152;TCF=103;TCR=49;TR=151;WE=22262191;WS=22262173;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,201:1.00:201
chr8	22262228	rs111662782	AGCTGCT	A	11984.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=282;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=31;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=41;NR=76;PP=2982;SC=GTCACCATGAAGCTGCTGCTG;SOR=0.997;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=138;TCF=49;TCR=89;TR=117;WE=22262241;WS=22262218;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,268:1.00:268
chr8	22262321	rs896378	T	C	10945.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=424;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=37;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=119;NR=145;PP=2965;SC=GCTTCATCCCTGGGTGCACCA;SOR=0.813;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=264;TCF=119;TCR=145;TR=264;WE=22262329;WS=22262311;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,422:1.00:422
chr8	22262379	rs33999442	C	T	9490.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=356;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=95;NR=128;PP=2965;SC=ATCGGTATGGCGAGGGTGACA;SOR=0.875;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=224;TCF=96;TCR=128;TR=223;WE=22262387;WS=22262369;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,356:1.00:356
chr8	22262418	rs2293144	A	G	6999.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=253;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=66;NR=101;PP=2965;SC=TGAAGGCCCTACTCAACCACC;SOR=1.028;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=168;TCF=66;TCR=102;TR=167;WE=22262426;WS=22262408;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,253:1.00:253
chr8	22266054	rs3817445	G	T	1019.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=27;PP=740;SC=CATCTCGCCCGCGTCTCACAA;SOR=3.258;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=4;TCR=27;TR=31;WE=22266062;WS=22266044;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr8	22273687	rs6558052	T	C	3339.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=34;NR=51;PP=1891;SC=ACGGCCTCCATAATTTCATCG;SOR=1.034;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=85;TCF=34;TCR=51;TR=85;WE=22273695;WS=22273677;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr8	22277040	rs10101909	G	A	9715.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=396;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=109;NR=99;PP=2965;SC=AATTGCAGCTGTGTTGTTTCT;SOR=0.752;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=209;TCF=109;TCR=100;TR=208;WE=22277048;WS=22277030;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,385:1.00:385
chr8	22298801	rs28513286	C	G	632.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=19;NR=4;PP=444;SC=GCTGAGGAGCCGGGGCCGGGC;SOR=2.925;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=19;TCR=4;TR=23;WE=22298809;WS=22298791;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr8	22298839	rs9886589	A	G	1549.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=28;NR=15;PP=873;SC=CCGGGCAGCTAAGGCTGCCCG;SOR=1.199;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=44;TCF=28;TCR=16;TR=43;WE=22298847;WS=22298829;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr8	22385148	rs373674026	AT	A	33.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.777;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.17;MQRankSum=1.625;QD=0.72;ReadPosRankSum=-0.628;SOR=0.414;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,11:0.23:47
chr8	22388897	rs17060900	C	G	10528.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.943;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=415;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=123;NR=136;PP=2965;ReadPosRankSum=3.960;SC=CCACCATAGTCTATTGGTTAG;SOR=0.781;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=259;TCF=123;TCR=136;TR=259;WE=22388905;WS=22388887;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,403:0.99:407
chr8	22389900	rs2449340	T	G	2938.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=19;NR=58;PP=1842;SC=AGTTTTTTTATAATTGGAATG;SOR=1.832;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=77;TCF=19;TCR=58;TR=77;WE=22389908;WS=22389890;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr8	22396781	rs5890041	TC	T	251.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.97;SOR=1.402;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr8	22398414	rs7430	G	C	467.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=13;PP=365;SC=CAACTTCAACGTGGAGGTGCA;SOR=3.258;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=2;TCR=13;TR=15;WE=22398422;WS=22398404;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr8	22398462	rs7431	G	A	216.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=5;PP=104;SC=TAAAAAGGTGGCTGTTTTATA;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=5;WE=22398470;WS=22398452;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr8	22419191	rs2469764	T	C	2112.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-0.825;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=13;PP=1465;ReadPosRankSum=-0.764;SC=ATGTAGTAAATGTCGTAAAGC;SOR=1.481;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=64;TCF=51;TCR=13;TR=63;WE=22419199;WS=22419185;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,73:0.99:74
chr8	22421355	rs2449336	A	G	693.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=19;NR=0;PP=547;SC=CCACAGTTTAATCTTGCTTCC;SOR=4.712;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=19;TCR=0;TR=19;WE=22421363;WS=22421345;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr8	22421395	rs2469762	G	A	1309.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=34;NR=7;PP=897;SC=CAGAGGCAGAGTAGACCCCAC;SOR=2.737;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=34;TCR=7;TR=41;WE=22421403;WS=22421385;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr8	22424489	rs11779261	A	G	822.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=14;NR=7;PP=504;SC=GGGGTGAGAGAACTGGGGTGT;SOR=1.382;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=14;TCR=7;TR=21;WE=22424497;WS=22424479;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr8	22426859	rs13258049	G	C	578.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=12;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=2;NR=13;PP=397;SC=ACTAAAAACAGTTTTTTTTTT;SOR=2.531;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=17;TCF=2;TCR=15;TR=15;WE=22426867;WS=22426849;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr8	22428658	rs2449331	T	C	14258.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=2.265;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=537;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=153;NR=165;PP=2965;ReadPosRankSum=0.419;SC=GCTGACCCCATCGACTTGGGG;SOR=0.267;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=319;TCF=153;TCR=166;TR=318;WE=22428666;WS=22428648;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,533:1.00:534
chr8	22429178	rs2294045	T	G	13519.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=513;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=188;NR=135;PP=2965;SC=CAGGCTTACATGTACCCATCG;SOR=0.939;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=324;TCF=188;TCR=136;TR=323;WE=22429186;WS=22429168;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,506:1.00:506
chr8	22429373	rs2280889	G	C	4010.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=25;NR=94;PP=2317;SC=GACGTGGGGGGGGTCACTGGC;SOR=2.211;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=119;TCF=25;TCR=94;TR=119;WE=22429381;WS=22429363;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,152:1.00:152
chr8	22430651	rs57425551	C	CA	502.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=12;NR=3;PP=611;SC=CCTGGCAGCCCACCCTTCCTG;SOR=2.985;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=12;TCR=3;TR=15;WE=22430659;WS=22430641;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr8	22442287	rs4872003	A	G	4875.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=71;NR=43;PP=2216;SC=TGGGGGTTGCAGGGTGCAGGG;SOR=1.022;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=114;TCF=71;TCR=43;TR=114;WE=22442295;WS=22442277;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,187:1.00:187
chr8	22442661	rs2294047	A	G	12133.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=463;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=125;NR=158;PP=2965;SC=CTGGAGAGGCAGCCATCAGCC;SOR=0.879;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=283;TCF=125;TCR=158;TR=283;WE=22442669;WS=22442651;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,455:1.00:455
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chr8	22462346	rs11555543	T	G	1250.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=15;NR=26;PP=813;SC=GTCGCTGCCCTGGCCCGCAGG;SOR=1.203;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=41;TCF=15;TCR=26;TR=41;WE=22462354;WS=22462336;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
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chr8	22571018	rs1047398	A	G	3629.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=38;NR=38;PP=1684;SC=CCAGGTGGAAACGGTTCAGAA;SOR=0.693;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=76;TCF=38;TCR=38;TR=76;WE=22571026;WS=22571008;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr8	22571113	rs2280106	G	A	2407.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=26;NR=39;PP=1218;SC=AAGCTGGCAGGGGCCTGAGAG;SOR=1.071;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=65;TCF=26;TCR=39;TR=65;WE=22571121;WS=22571103;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr8	22582274	rs1877673	C	T	1106.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=22;NR=9;PP=644;SC=GTCAAGGCCCCAATTTCCCCG;SOR=1.501;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=22;TCR=9;TR=31;WE=22582282;WS=22582264;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
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chr8	22785159	rs2175192	G	A	8511.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-2.018;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=331;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=99;NR=98;PP=2965;ReadPosRankSum=1.035;SC=TCTCATCCTCGTCTCCAGTGA;SOR=0.233;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=198;TCF=99;TCR=99;TR=197;WE=22785167;WS=22785149;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,327:1.00:328
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chr8	22863191	rs2430812	C	T	671.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=16;PP=423;SC=GATTGAGTTCCAGCTCTGTGC;SOR=2.400;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=18;TCF=2;TCR=16;TR=18;WE=22863199;WS=22863181;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr8	22864622	rs2466178	T	C	17447.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=648;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=196;NR=199;PP=2965;SC=TCTCCACCTCTTCCTCCAAGT;SOR=0.706;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=395;TCF=196;TCR=199;TR=395;WE=22864630;WS=22864612;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,636:1.00:636
chr8	22865320	rs2430815	T	G	2981.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=30;NR=41;PP=1489;SC=ATTGCCTGTCTGTCTCAGCTC;SOR=0.849;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=71;TCF=30;TCR=41;TR=71;WE=22865328;WS=22865310;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr8	22881852	rs6557609	T	C	8641.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=326;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=81;NR=96;PP=2965;SC=ACCAGCCAGCTCTGAGACCTG;SOR=0.796;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=177;TCF=81;TCR=96;TR=177;WE=22881860;WS=22881842;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,324:1.00:324
chr8	22885109	rs1105944	A	G	3097.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.785;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=76;NR=17;PP=1937;ReadPosRankSum=-0.818;SC=AGCCCAGAGCACCCAGGCCAC;SOR=1.276;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=94;TCF=77;TCR=17;TR=93;WE=22885117;WS=22885099;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,116:0.99:117
chr8	22886020	rs13265018	A	G	6088.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=71;NR=79;PP=2965;SC=CACAGCTGGGACTTCCCCACT;SOR=0.757;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=150;TCF=71;TCR=79;TR=150;WE=22886028;WS=22886010;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,223:1.00:223
chr8	22886130	rs2293399	A	G	2507.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=20;NR=49;PP=1433;SC=GTACACACACAGAGGGAGAGG;SOR=1.662;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=69;TCF=20;TCR=49;TR=69;WE=22886138;WS=22886120;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr8	22887013	rs6420148	C	G	1491.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=26;NR=17;PP=843;SC=GCAGCCACAGCCTCAAGGATG;SOR=1.077;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=43;TCF=26;TCR=17;TR=43;WE=22887021;WS=22887003;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr8	22888407	rs10866818	G	A	1327.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=23;PP=680;SC=GAGAAAAGCCGGTGAATGAAA;SOR=1.270;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=10;TCR=23;TR=33;WE=22888415;WS=22888397;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr8	22926313	rs1129424	G	A	9164.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=353;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=108;NR=84;PP=2965;SC=GGGGACCCGGGGCCCAGGCCT;SOR=0.809;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=193;TCF=109;TCR=84;TR=192;WE=22926321;WS=22926303;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,345:1.00:345
chr8	22989735	rs5890091	C	CA	42.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.136;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.37;ReadPosRankSum=0.401;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,8:0.44:18
chr8	22990193	rs10586037	TTGTG	T,TTG	1161.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.205;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.24;MQRankSum=0.446;QD=25.82;ReadPosRankSum=2.004;SOR=0.656;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:3,15,27:0.33,0.60:45
chr8	22995324	rs78341389	C	T	363.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=11;NR=1;PP=300;SC=TTCCAGGCTGCTTCCCTTTGT;SOR=3.611;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=12;TCF=11;TCR=1;TR=12;WE=22995332;WS=22995314;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr8	23001988	rs1133782	A	G	5998.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.775;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=237;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=87;NR=68;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.652;SC=CTCCTCTGGCAACTCTACAGT;SOR=0.294;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=159;TCF=90;TCR=69;TR=155;WE=23001996;WS=23001978;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,228:1.00:229
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chr8	23059324	rs20575	C	G	6104.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=75;NR=67;PP=2636;SC=GTCTCACCCTCTGCTGCACTT;SOR=0.793;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=144;TCF=76;TCR=68;TR=142;WE=23059332;WS=23059314;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,229:1.00:229
chr8	23060256	rs17620	T	C	3105.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-1.898;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=79;PP=1787;ReadPosRankSum=0.424;SC=GGCTCCAGGATGTTCTGATCT;SOR=1.051;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=104;TCF=24;TCR=80;TR=103;WE=23060264;WS=23060246;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,121:0.99:122
chr8	23114203	rs368357831	G	GTTT	747.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.30;QD=33.99;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr8	23116431	rs4872098	C	T	2123.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=40;NR=22;PP=1433;SC=TTAACGAAACCTGACTTGTGA;SOR=1.340;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=62;TCF=40;TCR=22;TR=62;WE=23116439;WS=23116421;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr8	23116675	rs367886737	ATT	A	199.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.036;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=14.27;ReadPosRankSum=1.036;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,9:0.64:14
chr8	23145320	rs11777755	A	G	1000.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=27;NR=0;PP=795;SC=CCAACATGGAAGAAAAAAAGA;SOR=6.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=27;TCF=27;TCR=0;TR=27;WE=23145328;WS=23145310;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr8	23146095	rs11546682	A	G	9524.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.922;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=369;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.142;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=114;NR=124;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.544;SC=GACTTCGTCCACCGGATCCAG;SOR=0.329;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=239;TCF=115;TCR=124;TR=238;WE=23146103;WS=23146085;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,366:1.00:367
chr8	23147564	rs3808536	G	A	10430.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=393;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=110;NR=112;PP=2965;SC=GTGCTGCGCAGGCAGGAAGAA;SOR=0.714;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=222;TCF=110;TCR=112;TR=222;WE=23147572;WS=23147554;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,388:1.00:388
chr8	23148003	rs4469460	G	A	698.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=6;NR=15;PP=472;SC=TCTTGAGCCCGAAAAGGGAGG;SOR=1.609;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=21;TCF=6;TCR=15;TR=21;WE=23148011;WS=23147993;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr8	23148930	rs2272762	A	G	4316.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.32;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr8	23148940	rs2272761	G	A	4117.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.76;SOR=0.737;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr8	23148978	rs2272760	G	T	1600.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=2.177;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=43;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=22;PP=797;ReadPosRankSum=-0.591;SC=TTGCCCACGTGGTAGAGATCT;SOR=0.235;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=44;TCF=22;TCR=22;TR=43;WE=23148986;WS=23148968;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,65:0.98:66
chr8	23149089	rs2272759	A	G	372.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=9;PP=253;SC=AGAGGAGCTAAGATACTTCTC;SOR=2.147;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=12;TCF=3;TCR=9;TR=12;WE=23149097;WS=23149079;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr8	23150671	rs11135720	A	G	584.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=15;NR=3;PP=408;SC=GCTGCAAATGATTGTCTCCGT;SOR=2.531;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=15;TCR=3;TR=18;WE=23150679;WS=23150661;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr8	23150772	rs72237352	CTGCT	C	5517.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=15;NR=30;PP=2297;SC=AGGAGTTTGACTGCTTGCTTT;SOR=1.022;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=48;TCF=16;TCR=32;TR=45;WE=23150783;WS=23150762;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr8	23150878	rs13530	T	G	4231.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=47;NR=49;PP=1786;SC=TTTCCCTGCCTGGCCTCAGGT;SOR=0.717;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=97;TCF=48;TCR=49;TR=96;WE=23150886;WS=23150868;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,166:1.00:166
chr8	23151000	rs3860836	A	G	919.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=25;PP=712;SC=CTGAGCCAGTAGGCTCTGGGG;SOR=2.765;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=5;TCR=25;TR=30;WE=23151008;WS=23150990;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr8	23152334	rs15946	A	G	8836.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=340;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=100;NR=95;PP=2965;SC=GGCCCCTCACACAGGGAACCA;SOR=0.747;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=197;TCF=102;TCR=95;TR=195;WE=23152342;WS=23152324;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,339:1.00:339
chr8	23152410	rs137952235	CTG	C	105.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.027;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.77;ReadPosRankSum=0.108;SOR=0.718;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:122,16:0.12:138
chr8	23152756	rs11783381	G	A	198.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=0;PP=159;SC=GGTCCGCTCCGGGACCCCCAA;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=7;TCR=0;TR=7;WE=23152764;WS=23152746;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr8	23153022	rs1002792	T	C	4143.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=43;NR=62;PP=2143;SC=TTCAAAGTAGTAACTAGTAAA;SOR=0.988;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=105;TCF=43;TCR=62;TR=105;WE=23153030;WS=23153012;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,152:1.00:152
chr8	23156281	rs62503960	C	T	785.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-1.671;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=5.740;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=6;PP=520;ReadPosRankSum=-0.669;SC=TAGGAAGCTGCCTCTGGGTCC;SOR=2.142;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=20;TCR=6;TR=26;WE=23156289;WS=23156271;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,29:0.97:30
chr8	23160778	rs3765215	C	G	3701.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=77;NR=39;PP=2236;SC=TCCCATCCCCCCACTCCGCTC;SOR=1.340;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=116;TCF=77;TCR=39;TR=116;WE=23160786;WS=23160768;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,140:1.00:140
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chr8	23226014	rs6999447	C	T	2253.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=40;PP=1088;SC=AGAGAACCAGCGATTTCATAC;SOR=1.375;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=58;TCF=18;TCR=40;TR=58;WE=23226022;WS=23226004;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr8	23282441	rs11276760	GCATTATACAA	G	8202.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-1.377;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQ=60.06;MQRankSum=0.154;NF=39;NR=54;PP=2940;ReadPosRankSum=1.423;SC=TAACATAATGGCATTATACAA;SOR=1.317;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=101;TCF=44;TCR=57;TR=93;WE=23282458;WS=23282431;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,189:0.99:191
chr8	23292044	rs139348326	GCA	G	106.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.299;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FS=5.716;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.30;ReadPosRankSum=0.701;SOR=1.798;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:69,13:0.16:82
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chr8	23302164	rs2272640	A	G	2202.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=20;NR=48;PP=1311;SC=TATTTTAGCTATAACATGTGA;SOR=1.668;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=68;TCF=20;TCR=48;TR=68;WE=23302172;WS=23302154;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
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chr8	23429448	rs59804560	A	AT	800.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.940;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=3;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=29;PP=390;ReadPosRankSum=1.011;SC=CACGTAGATCATTTTTTTTTT;SOR=1.022;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=39;TCF=0;TCR=39;TR=29;WE=23429456;WS=23429438;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:5,43:0.90:48
chr8	23431045	rs1810193	T	C	1673.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=36;NR=20;PP=1134;SC=TGGTGCATCTTACCGAGGAGG;SOR=1.460;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=56;TCF=36;TCR=20;TR=56;WE=23431053;WS=23431035;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr8	23431407	rs3174040	A	G	12616.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.235;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=482;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=134;NR=162;PP=2965;ReadPosRankSum=0.802;SC=AGTCCACGCTACTGTTGAAAA;SOR=0.848;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=304;TCF=136;TCR=168;TR=296;WE=23431415;WS=23431397;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,470:0.99:474
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chr8	23432326	rs1398232	T	A	1564.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=49;PP=1321;SC=CAGTGTAACCTTTGCACGTAC;SOR=6.593;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=55;TCF=6;TCR=49;TR=55;WE=23432334;WS=23432304;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr8	23540417	rs11781886	C	T	1304.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=28;PP=834;SC=GCGGCCCCGCCTTGGCCTGAA;SOR=1.519;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=42;TCF=14;TCR=28;TR=42;WE=23540425;WS=23540407;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
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chr8	24193264	rs4872222	T	C	2597.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=24;NR=56;PP=1396;SC=TTAGAAGCTTTGAACTCAAAA;SOR=1.586;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=80;TCF=24;TCR=56;TR=80;WE=24193272;WS=24193254;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr8	24207452	.	A	G	5005.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.831;ClippingRankSum=0.000;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=52;PP=2079;ReadPosRankSum=-0.588;SC=ATCCGGCACCAGAGCTCCAGA;SOR=0.253;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=112;TCF=60;TCR=52;TR=111;WE=24207460;WS=24207442;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,195:0.99:196
chr8	24208649	rs10092862	C	T	557.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=1;PP=296;SC=AAGAAAGACACAATGGGAAAA;SOR=2.531;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=14;TCF=13;TCR=1;TR=13;WE=24208657;WS=24208639;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr8	24208934	rs5012230	C	A	3072.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.907;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=50;PP=1600;ReadPosRankSum=-0.871;SC=TTTGCAGTAACACATTCAGAA;SOR=1.179;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=76;TCF=26;TCR=50;TR=76;WE=24208942;WS=24208924;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,113:0.98:115
chr8	24211278	rs7815643	C	T	4503.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=56;NR=49;PP=2034;SC=TTATAATTAACGTAGCATAAA;SOR=0.789;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=105;TCF=56;TCR=49;TR=105;WE=24211286;WS=24211268;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,172:1.00:172
chr8	24211331	rs7814768	G	A	4512.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=54;NR=60;PP=2074;SC=GGATAATCCAGTGTCTACACC;SOR=0.764;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=114;TCF=54;TCR=60;TR=114;WE=24211339;WS=24211321;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,174:1.00:174
chr8	24211884	rs10694022	A	ATGTC	1562.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.540;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=16;PP=969;ReadPosRankSum=-0.142;SC=TTTAGAAGTTATGTCTTTTTT;SOR=1.123;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=30;TCF=13;TCR=17;TR=29;WE=24211897;WS=24211874;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,59:0.97:61
chr8	24211993	rs10610134	ACTAT	A	3919.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=9;NR=29;PP=1809;SC=AGAGAAATATACTATCTATCT;SOR=0.739;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=9;TCR=29;TR=38;WE=24212004;WS=24211983;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr8	24333601	rs10100176	G	A	1010.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=4;NR=18;PP=506;SC=AGCTTTAATAGGTTTGTTTCA;SOR=1.739;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=23;TCF=5;TCR=18;TR=22;WE=24333609;WS=24333591;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr8	24339896	rs11348969	GA	G	996.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-1.184;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.302;NF=1;NR=27;PP=624;ReadPosRankSum=1.618;SC=AAAATTAACAGAAAAAAAACA;SOR=0.836;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=32;TCF=1;TCR=31;TR=28;WE=24339904;WS=24339886;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,44:0.98:45
chr8	24348221	rs1492401	T	A	3009.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=69;NR=21;PP=2006;SC=TTTAACTCTATCAGAATCCAC;SOR=2.442;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=90;TCF=69;TCR=21;TR=90;WE=24348229;WS=24348211;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr8	24348425	rs200976746	G	GT	265.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.422;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=338;ExcessHet=3.0103;FS=0.601;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.97;ReadPosRankSum=-0.598;SOR=0.783;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:227,48:0.17:275
chr8	24349395	rs12542421	C	G	3576.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.781;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=67;NR=38;PP=2058;ReadPosRankSum=3.442;SC=AGGATTTAGTCTCTTTGTTTT;SOR=1.112;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=105;TCF=67;TCR=38;TR=105;WE=24349403;WS=24349385;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,134:0.99:136
chr8	24350188	rs1352952	C	T	2496.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=21;NR=27;PP=1016;SC=TGTCCCCAGACCTGTTAATCT;SOR=0.757;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=48;TCF=21;TCR=27;TR=48;WE=24350196;WS=24350178;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr8	24350715	rs12547971	G	A	3207.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=30;NR=57;PP=1750;SC=GCCTGGTGGCGTCAGGAACAA;SOR=1.142;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=87;TCF=30;TCR=57;TR=87;WE=24350723;WS=24350705;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr8	24363792	rs6982442	G	A	1020.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=20;PP=606;SC=ATAGCTCTCTGATCGGAGGTA;SOR=1.179;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=32;TCF=11;TCR=21;TR=31;WE=24363800;WS=24363782;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr8	24365157	rs34338646	TCA	T	2477.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=38;PP=1789;SC=TCTGTACTTATCACAACAGAT;SOR=2.107;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=39;TCF=0;TCR=39;TR=38;WE=24365166;WS=24365147;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr8	24365181	rs11307556	AT	A	201.82	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.976;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=2.869;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.09;ReadPosRankSum=1.012;SOR=1.942;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,17:0.85:20
chr8	24774683	rs196864	C	A	7533.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=293;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=90;NR=87;PP=2965;SC=GATTCAGAAACCCAAGGTGGA;SOR=0.707;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=177;TCF=90;TCR=87;TR=177;WE=24774691;WS=24774673;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,288:1.00:288
chr8	24811064	rs11300136	AG	A	2828.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=23;NR=23;PP=1267;SC=TCTCCTTCAGAGGGGGGGCTC;SOR=1.119;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=49;TCF=25;TCR=24;TR=46;WE=24811072;WS=24811054;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr8	25156296	rs2956656	T	G	1123.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=25;NR=3;PP=746;SC=GCCCAGGCTGTTCTCAAATTC;SOR=2.774;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=28;TCF=25;TCR=3;TR=28;WE=25156304;WS=25156291;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr8	25158026	rs2709639	G	A	5362.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=89;NR=55;PP=2581;SC=AGTCTATACTGAGGGTAGCCT;SOR=1.040;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=148;TCF=89;TCR=59;TR=144;WE=25158034;WS=25158016;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,205:1.00:205
chr8	25158072	rs5890219	AT	A	6366.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=301;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=29;NR=92;PP=2634;SC=ATTAAGAGCAATTTTTTTTTC;SOR=0.758;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=128;TCF=32;TCR=96;TR=121;WE=25158081;WS=25158062;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,293:1.00:293
chr8	25159665	rs868335	T	C	743.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=22;NR=1;PP=586;SC=AAGTCATGTTTTCTGATGCCA;SOR=4.892;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=24;TCF=22;TCR=2;TR=23;WE=25159673;WS=25159655;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr8	25160084	rs2709638	CA	TG	974.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;JOINED;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=15;PP=873;SC=TGCCCTGCTTCAAAACAATCA;SOR=4.003;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=18;TCF=1;TCR=17;TR=16;WE=25160093;WS=25160074;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr8	25174495	rs2666169	C	T	5014.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=73;NR=46;PP=2241;SC=CTCTCAGCAACACTCACAGCA;SOR=1.041;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=119;TCF=73;TCR=46;TR=119;WE=25174503;WS=25174485;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,191:1.00:191
chr8	25174710	rs2709627	C	T	1020.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=30;PP=830;SC=ACGATAGAATCTTGGCCGTAT;SOR=4.112;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=33;TCF=3;TCR=30;TR=33;WE=25174731;WS=25174700;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr8	25174723	rs2666168	T	C	951.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=27;PP=789;SC=GGCCGTATTTTAATTCTTCTT;SOR=4.479;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=29;TCF=2;TCR=27;TR=29;WE=25174731;WS=25174700;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr8	25181356	rs2666174	C	T	1326.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=23;NR=12;PP=719;SC=GTCTTTCTGCCTTTTCAGCCA;SOR=1.179;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=35;TCF=23;TCR=12;TR=35;WE=25181364;WS=25181346;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr8	25182969	rs2666172	C	T	4164.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=43;NR=54;PP=1787;SC=TTCAAGCATCCAAAAACCTGG;SOR=0.839;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=97;TCF=43;TCR=54;TR=97;WE=25182977;WS=25182959;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,159:1.00:159
chr8	25200148	rs10110351	A	G	851.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=23;PP=677;SC=TGCATGCTGAAATGACAGCCC;SOR=3.767;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=25;TCF=2;TCR=23;TR=25;WE=25200156;WS=25200138;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr8	25202915	rs2468901	A	G	2133.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=46;NR=17;PP=1409;SC=CTGGTCGAGGAAGAGTTGCAG;SOR=1.771;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=63;TCF=46;TCR=17;TR=63;WE=25202923;WS=25202905;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr8	25203022	rs2468902	A	G	5942.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=234;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=78;NR=75;PP=2747;SC=CACTGCTGACAGACCAGCTCA;SOR=0.729;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=153;TCF=78;TCR=75;TR=153;WE=25203030;WS=25203012;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,228:1.00:228
chr8	25216620	rs17053446	A	T	8524.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=329;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=80;NR=100;PP=2965;SC=AGACTTCTTAAATTTGGTTTA;SOR=0.803;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=180;TCF=80;TCR=100;TR=180;WE=25216628;WS=25216610;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,325:1.00:325
chr8	25222165	rs2271111	A	G	5054.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=77;NR=54;PP=2381;SC=GCTATAAATCAGTTTGCTGAA;SOR=0.955;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=131;TCF=77;TCR=54;TR=131;WE=25222173;WS=25222155;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,195:1.00:195
chr8	25227229	rs2048083	T	G	701.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.28;SOR=3.383;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr8	25227234	rs2048082	A	G	636.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.48;SOR=2.985;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr8	25227255	rs2659578	C	T	284.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=62;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=9;PP=187;SC=TGAGTAGTCTCAGAGTCACTA;SOR=3.442;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=9;WE=25227263;WS=25227245;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr8	25230168	rs2271108	C	T	4162.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.62;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=41;NR=39;PP=1517;SC=ACCTGCTGGACTATAGAACCA;SOR=0.705;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=80;TCF=41;TCR=39;TR=80;WE=25230176;WS=25230158;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,161:1.00:161
chr8	25230267	rs2271106	T	C	2078.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=22;PP=879;SC=GATGGGAGGGTACTGTCAGGC;SOR=0.832;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=40;TCF=18;TCR=22;TR=40;WE=25230275;WS=25230257;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr8	25231044	rs12676152	T	G	838.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=22;NR=6;PP=592;SC=AAGTGAAACTTTTGAAAAGCA;SOR=2.468;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=28;TCF=22;TCR=6;TR=28;WE=25231052;WS=25231034;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr8	25231117	rs3215159	C	CT	1910.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=46;NR=13;PP=1424;SC=TTCTGTGATCCTTTTTTTTCC;SOR=2.660;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=69;TCF=53;TCR=16;TR=59;WE=25231125;WS=25231107;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr8	25231385	rs2271105	T	C	3185.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=26;NR=63;PP=1854;SC=TGAGGTCATGTCAGGGATCAG;SOR=1.651;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=89;TCF=26;TCR=63;TR=89;WE=25231393;WS=25231375;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr8	25234858	rs2659585	A	G	4404.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=53;NR=50;PP=2048;SC=TTGCTTCAGAAGGACAGTTAC;SOR=0.693;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=103;TCF=53;TCR=50;TR=103;WE=25234866;WS=25234848;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,170:1.00:170
chr8	25246481	rs2709602	G	A	426.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=12;NR=1;PP=312;SC=TAGATTTTCAGTGAGAACTTG;SOR=3.912;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=13;TCF=12;TCR=1;TR=13;WE=25246489;WS=25246471;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr8	25257531	rs3763520	A	G	3253.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=33;NR=41;PP=1435;SC=GCTTTCCTCTACACTCCCAGG;SOR=0.968;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=74;TCF=33;TCR=41;TR=74;WE=25257539;WS=25257521;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr8	25267622	rs2709618	A	G	13292.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=514;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=162;NR=136;PP=2965;SC=TAGGCTCCCCATCGTTGCAGA;SOR=0.809;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=298;TCF=162;TCR=136;TR=298;WE=25267630;WS=25267612;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,510:1.00:510
chr8	25280666	rs2709608	A	C	2574.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=49;NR=28;PP=1470;SC=TAAATTGAATAAAATCACTAT;SOR=1.167;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=77;TCF=49;TCR=28;TR=77;WE=25280674;WS=25280656;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr8	25280800	rs6185	C	G	5327.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=71;NR=75;PP=2563;SC=TTCCACGCACCAAGTCAGTAG;SOR=0.743;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=147;TCF=72;TCR=75;TR=146;WE=25280808;WS=25280790;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,205:1.00:205
chr8	25287556	rs965130	A	G	2664.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=36;NR=37;PP=1357;SC=TTTCTGCTCAAAATGATTTCT;SOR=0.754;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=73;TCF=36;TCR=37;TR=73;WE=25287564;WS=25287546;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr8	25317691	rs6987936	A	T	3529.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=66;NR=34;PP=2259;SC=TGAATAAGGTACGTGATCGAA;SOR=1.407;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=100;TCF=66;TCR=34;TR=100;WE=25317699;WS=25317681;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr8	25323777	rs10108752	T	C	3234.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=32;NR=40;PP=1192;SC=TAAAGGAAAATGAGAAAATGA;SOR=0.840;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=72;TCF=32;TCR=40;TR=72;WE=25323785;WS=25323767;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,129:1.00:129
chr8	25365278	rs8537	G	A	1768.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=13;NR=33;PP=978;SC=CAGAGTCTGTGGCAAGAGGGA;SOR=1.503;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=46;TCF=13;TCR=33;TR=46;WE=25365286;WS=25365268;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr8	25708267	rs10866845	T	C	2616.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=26;NR=38;PP=1029;SC=CGGTGGGACTTGATGACATGA;SOR=0.973;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=65;TCF=26;TCR=39;TR=64;WE=25708275;WS=25708257;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr8	25744257	rs6557865	G	A	7658.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=293;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=111;NR=75;PP=2965;SC=TCTTGGAATCGTTTTCTCACC;SOR=0.971;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=186;TCF=111;TCR=75;TR=186;WE=25744265;WS=25744247;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,290:1.00:290
chr8	25766177	rs74844693	T	G	643.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=18;PP=486;SC=ATTTCAGATCTGGGGAATTTC;SOR=3.258;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=22;TCF=4;TCR=18;TR=21;WE=25766185;WS=25766167;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr8	25890478	rs1872497	G	C	2681.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=59;NR=25;PP=1710;SC=TGTTGGATGAGCTTAGTGACT;SOR=1.784;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=84;TCF=59;TCR=25;TR=84;WE=25890486;WS=25890468;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr8	26363027	rs2197181	C	T	1598.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=8;NR=34;PP=947;SC=GTGGTGCTACCGCTTTTAAAA;SOR=2.221;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=42;TCF=8;TCR=34;TR=42;WE=26363035;WS=26363017;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr8	26481771	rs327222	T	C	3343.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=36;NR=45;PP=1379;SC=TGGACATCAGTGAGTGGCATA;SOR=0.859;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=81;TCF=36;TCR=45;TR=81;WE=26481779;WS=26481761;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chr8	26483998	rs72335916	AACACACACAC	A,AAC	1662.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.23;QD=39.59;SOR=3.365;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:0,10,32:0.24,0.76:42
chr8	26484064	rs4872457	T	G	4194.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.778;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.154;NF=91;NR=53;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.667;SC=GTATTATCACTTTCTTATCCC;SOR=0.522;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=147;TCF=94;TCR=53;TR=144;WE=26484072;WS=26484054;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,168:0.99:169
chr8	26510792	rs708621	T	C	5736.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=89;NR=65;PP=2542;SC=ATGACGGACCTGTGTGTGAAG;SOR=0.921;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=154;TCF=89;TCR=65;TR=154;WE=26510800;WS=26510782;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,221:1.00:221
chr8	26636773	rs199650588	C	CT	6271.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.642;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=272;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.20;MQRankSum=0.238;QD=23.58;ReadPosRankSum=1.079;SOR=0.553;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:3,263:0.99:266
chr8	26716472	rs536401	A	G	1902.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=41;NR=6;PP=1211;SC=CCTTAGTGGAAAGAAGCTTGG;SOR=2.658;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=47;TCF=41;TCR=6;TR=47;WE=26716480;WS=26716462;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr8	26943929	rs1814489	T	C	1010.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=7;NR=20;PP=689;SC=CGCGGAGGCTTACCCCTGTAA;SOR=1.739;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=7;TCR=20;TR=27;WE=26943937;WS=26943919;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr8	26944600	rs2028908	A	G	3355.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=62;NR=35;PP=1966;SC=CCAATGACAAAGCCATTATTC;SOR=1.244;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=99;TCF=63;TCR=36;TR=97;WE=26944608;WS=26944590;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr8	27094548	rs10217008	A	G	2700.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=21;NR=38;PP=1153;SC=CTCTGTCTGCAAAGGCATCCC;SOR=1.072;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=59;TCF=21;TCR=38;TR=59;WE=27094556;WS=27094538;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr8	27096634	rs1542185	C	T	2975.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.611;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=31;PP=1262;ReadPosRankSum=2.621;SC=CCAGGGCCTACGCAACATTCA;SOR=0.960;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=77;TCF=46;TCR=31;TR=76;WE=27096642;WS=27096624;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,116:0.98:118
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chr8	27147716	rs12386801	A	C	2630.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.70;SOR=1.138;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
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chr8	27204857	rs4629818	A	G	2143.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=35;NR=28;PP=1092;SC=AGATCCACCCACCTCGGCCTC;SOR=0.843;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=63;TCF=35;TCR=28;TR=63;WE=27204865;WS=27204847;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr8	27205046	rs57735330	AG	A	5479.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=15;NR=54;PP=2833;SC=GTTTCTTCTGAGGCCTCTCTA;SOR=0.748;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=70;TCF=16;TCR=54;TR=69;WE=27205054;WS=27205036;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,148:1.00:148
chr8	27277537	rs1030526	G	A	5119.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=48;NR=68;PP=2244;SC=CACAGATGACGGTGGGTGAGG;SOR=0.941;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=116;TCF=48;TCR=68;TR=116;WE=27277545;WS=27277527;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,196:1.00:196
chr8	27279705	rs2241652	G	A	3129.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.247;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FS=2.664;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=27.94;ReadPosRankSum=1.424;SOR=1.697;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,110:0.98:112
chr8	27288033	rs7827965	T	C	1496.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=12;NR=27;PP=856;SC=GAAGCCAGGGTATCTGCGCGG;SOR=1.329;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=39;TCF=12;TCR=27;TR=39;WE=27288041;WS=27288023;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr8	27289612	rs11988406	C	T	1168.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=35;NR=1;PP=931;SC=AGATTGGACACCCCTGAACTA;SOR=5.031;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=37;TCF=36;TCR=1;TR=36;WE=27289620;WS=27289604;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr8	27289935	rs2303881	T	C	1730.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=9;NR=43;PP=1321;SC=TAATGGCAGATTGGGAGCTCT;SOR=2.917;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=52;TCF=9;TCR=43;TR=52;WE=27289943;WS=27289925;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr8	27289963	rs2303882	T	C	874.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=28;PP=660;SC=ACCAAAAGTCTGTGACACACA;SOR=4.047;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=31;TCF=3;TCR=28;TR=31;WE=27289971;WS=27289953;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr8	27291210	rs200517835	G	GT	1137.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=21;PP=1085;SC=GAAGCTTCCAGTGGGCCCATC;SOR=1.911;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=26;TCF=3;TCR=23;TR=24;WE=27291218;WS=27291200;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr8	27291557	rs919493	T	C	3287.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=41;NR=23;PP=1296;SC=CAGTCACCCATCCAGGTCCCT;SOR=1.039;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=64;TCF=41;TCR=23;TR=64;WE=27291565;WS=27291547;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr8	27291749	rs12056620	C	T	1293.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=28;PP=747;SC=TAGTTTCTGGCTTTCAGGCCC;SOR=1.659;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=38;TCF=10;TCR=28;TR=38;WE=27291757;WS=27291739;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr8	27292287	rs1896959	A	G	3469.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.71;QD=42.84;SOR=2.274;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr8	27292292	rs1896960	A	G	3328.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.68;QD=45.60;SOR=2.400;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr8	27293308	rs41276291	G	T	7559.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=1.160;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=300;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=89;NR=55;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.141;SC=CGAAGGCCCGGAGGTAGGTTC;SOR=0.991;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=147;TCF=91;TCR=56;TR=144;WE=27293316;WS=27293298;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,288:0.99:292
chr8	27293865	rs7005936	C	T	1913.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=20;NR=21;PP=778;SC=ACACAAATCACGTGAGTTCTA;SOR=0.720;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=41;TCF=20;TCR=21;TR=41;WE=27293873;WS=27293855;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr8	27293989	rs2241654	G	A	511.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=5;NR=12;PP=327;SC=GTCCCTAAGGGCCTCTTGTCC;SOR=1.609;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=17;TCF=5;TCR=12;TR=17;WE=27293997;WS=27293979;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr8	27294532	rs2163176	C	G	2097.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=47;NR=17;PP=1387;SC=GGAGAAAGGGCCCTTTCCTGG;SOR=1.842;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=64;TCF=47;TCR=17;TR=64;WE=27294540;WS=27294522;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr8	27294606	rs7005954	G	C	4691.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=65;NR=52;PP=2382;SC=CACTGGGCTGGACCAAGGGGT;SOR=0.851;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=117;TCF=65;TCR=52;TR=117;WE=27294614;WS=27294596;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,175:1.00:175
chr8	27294823	rs6996922	T	C	7154.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=270;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=105;NR=81;PP=2965;SC=GAGGAGGGGTTCCCGTCCTCC;SOR=0.887;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=186;TCF=105;TCR=81;TR=186;WE=27294831;WS=27294813;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,257:1.00:257
chr8	27295109	rs2288617	A	G	959.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=22;PP=695;SC=TCTGTGTTCCACTGAAATAAG;SOR=3.056;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=27;TCF=5;TCR=22;TR=27;WE=27295117;WS=27295099;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr8	27297696	rs2241657	T	C	1799.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=43;NR=10;PP=1222;SC=CGATGGTGCTTCTGGGTGGGA;SOR=2.604;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=54;TCF=43;TCR=11;TR=53;WE=27297704;WS=27297686;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr8	27303126	rs4733064	A	G	721.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=22;NR=2;PP=531;SC=GAGAGGCTGCACTGCTCCACC;SOR=3.180;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=24;TCF=22;TCR=2;TR=24;WE=27303134;WS=27303116;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr8	27303206	.	C	G	3159.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.164;ClippingRankSum=0.000;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=68;NR=22;PP=1662;ReadPosRankSum=-1.171;SC=GCCCCATTCCCTGTGGTGCTC;SOR=1.053;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=94;TCF=71;TCR=23;TR=90;WE=27303214;WS=27303196;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,123:0.98:126
chr8	27308538	rs751018	G	A	5137.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=68;NR=62;PP=2404;SC=TTAGTCCTTCGCTCTTGTTTC;SOR=0.811;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=130;TCF=68;TCR=62;TR=130;WE=27308546;WS=27308528;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,195:1.00:195
chr8	27310546	rs3735758	A	G	547.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=12;NR=1;PP=363;SC=GTAGAGGGGAAGGGGCTCATT;SOR=3.383;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=13;TCF=12;TCR=1;TR=13;WE=27310554;WS=27310536;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
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chr8	27312040	rs10093964	C	T	2905.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.91;SOR=1.402;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr8	27312135	rs7007145	G	A	4738.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=43;NR=53;PP=1777;SC=AGAGGTGAGCGTCCCATTCCA;SOR=0.834;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=96;TCF=43;TCR=53;TR=96;WE=27312143;WS=27312125;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,180:1.00:180
chr8	27315726	rs1879183	T	C	1362.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=28;NR=14;PP=792;SC=TTGGCCAGCATGCAGGTGGAC;SOR=1.436;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=42;TCF=28;TCR=14;TR=42;WE=27315734;WS=27315716;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr8	27315876	rs1879182	A	G	3272.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=33;NR=36;PP=1337;SC=TGCGGCTGGCACAGCAGAACG;SOR=0.774;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=69;TCF=33;TCR=36;TR=69;WE=27315884;WS=27315866;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
chr8	27315900	rs1879181	A	G	2837.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=29;NR=35;PP=1287;SC=TGACCTCCCTAAGTGAGGAGT;SOR=0.853;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=64;TCF=29;TCR=35;TR=64;WE=27315908;WS=27315890;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr8	27321597	rs3735757	G	C	1357.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=8;NR=30;PP=919;SC=AGGGGAACCCGAAGAACCAAG;SOR=2.461;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=38;TCF=8;TCR=30;TR=38;WE=27321605;WS=27321587;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr8	27348964	rs17057245	C	G	358.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=2;NR=9;PP=292;SC=GAAGACCTGGCCCTGAAGTCC;SOR=2.147;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=11;TCF=2;TCR=9;TR=11;WE=27348972;WS=27348954;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr8	27358505	rs41507953	A	G	4920.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-1.252;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=97;PP=2926;ReadPosRankSum=1.534;SC=CGGCTTATGAAAGGAGAGATC;SOR=0.719;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=136;TCF=38;TCR=98;TR=135;WE=27358513;WS=27358495;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,175:0.99:176
chr8	27361311	rs17057262	C	T	325.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=8;PP=182;SC=AATCTCAGGCCGAACCACCCA;SOR=2.670;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=8;WE=27361319;WS=27361301;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr8	27369334	rs7816586	A	G	4788.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=79;NR=37;PP=2416;SC=CTCTCTCACTATACCTTTCCT;SOR=1.375;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=117;TCF=79;TCR=38;TR=116;WE=27369342;WS=27369324;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,172:1.00:172
chr8	27373923	rs4149243	T	C	1484.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.974;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=25;PP=720;ReadPosRankSum=-0.671;SC=CCGGTGGGTGTGCTGTCTTGC;SOR=1.123;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=39;TCF=14;TCR=25;TR=39;WE=27373931;WS=27373913;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,59:0.97:61
chr8	27394366	rs13439459	C	T	1158.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.65;SOR=0.823;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr8	27396111	rs4149252	G	T	3261.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=56;NR=35;PP=1670;SC=AGGGTTTTCAGATGAGCATAT;SOR=1.096;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=91;TCF=56;TCR=35;TR=91;WE=27396119;WS=27396101;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr8	27401964	rs1126452	A	C	4001.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=44;NR=40;PP=1626;SC=CCCCCAGGCCAACCGAGGTGA;SOR=0.719;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=84;TCF=44;TCR=40;TR=84;WE=27401972;WS=27401954;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,152:1.00:152
chr8	27402074	rs1042032	A	G	1109.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=25;PP=683;SC=CAGGTGTGCCATCCTTCCACC;SOR=1.556;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=36;TCF=11;TCR=25;TR=36;WE=27402082;WS=27402064;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr8	27402132	rs1042064	T	C	316.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=40;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=13;PP=284;SC=ACACACATCTTGCATGGATGG;SOR=5.136;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=0;TCR=13;TR=13;WE=27402140;WS=27402122;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr8	27456253	rs2279590	T	C	1026.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=23;PP=646;SC=TCCTCCTGCTTCTCCAAGGAA;SOR=2.584;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=26;TCF=3;TCR=23;TR=26;WE=27456261;WS=27456243;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr8	27461772	rs3216167	CA	C	2008.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-0.976;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.275;NF=23;NR=12;PP=1529;ReadPosRankSum=0.802;SC=CACAAGGGATCAGGGGGGACG;SOR=1.022;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=37;TCF=24;TCR=13;TR=35;WE=27461780;WS=27461762;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,53:0.98:54
chr8	27462481	rs7982	A	G	5590.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=59;NR=51;PP=1995;SC=AGGCCGGGCTATGGAAGTGGA;SOR=0.693;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=113;TCF=59;TCR=54;TR=110;WE=27462489;WS=27462471;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,212:1.00:212
chr8	27467821	rs2070926	C	G	1455.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=39;NR=2;PP=1184;SC=CCAGGGGCCTCGGAGCTGAGG;SOR=4.174;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=44;TCF=41;TCR=3;TR=41;WE=27467829;WS=27467813;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr8	27593650	rs10081527	T	C	382.96	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=1.385;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.9997;FS=3.096;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=2;PP=218;ReadPosRankSum=0.080;SC=GTATTTTATATTTCAGAACAC;SOR=2.049;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=14;TCF=11;TCR=3;TR=12;WE=27593658;WS=27593640;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,16:0.89:18
chr8	27598172	rs7842672	A	G	863.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=21;PP=579;SC=TAATCTCTGCACTCAAGGAGA;SOR=2.093;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=6;TCR=21;TR=27;WE=27598180;WS=27598162;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr8	27609830	rs4732744	A	G	1944.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=49;NR=9;PP=1481;SC=CAAAATGACAAGGGTGGGGAG;SOR=3.150;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=58;TCF=49;TCR=9;TR=58;WE=27609838;WS=27609823;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr8	27614138	rs2280884	A	G	725.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-1.795;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=4;PP=474;ReadPosRankSum=1.240;SC=TTTGCGTACCAACTTATTACT;SOR=1.371;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=27;TCF=23;TCR=4;TR=26;WE=27614146;WS=27614128;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,29:0.97:30
chr8	27630152	rs7842666	G	A	1030.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=13;NR=20;PP=595;SC=CCTGGCCCCCGGAACTCCTCC;SOR=1.151;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=33;TCF=13;TCR=20;TR=33;WE=27630160;WS=27630142;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr8	27641609	rs1824449	G	A	3546.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQ=60.08;NF=34;NR=46;PP=1526;SC=TCCAAGCCTTGTAAATTATAC;SOR=0.867;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=80;TCF=34;TCR=46;TR=80;WE=27641617;WS=27641599;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,135:1.00:135
chr8	27641706	rs145374594	TATTG	T	1434.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=18;PP=859;SC=AGGAGAATAATATTGAGAATA;SOR=1.981;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=0;TCR=18;TR=18;WE=27641717;WS=27641696;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
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chr8	27649426	rs11402833	G	GT	2380.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=47;NR=12;PP=978;SC=TTTAATGTTGGTTTTTTTTCC;SOR=2.535;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=74;TCF=55;TCR=19;TR=59;WE=27649434;WS=27649416;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
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chr8	27729642	.	GAAGA	G	8044.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.896;ClippingRankSum=0.000;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.261;NF=10;NR=78;PP=2972;ReadPosRankSum=1.447;SC=GCGAGAAGGAGAAGAGAGAGC;SOR=0.425;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=90;TCF=10;TCR=80;TR=88;WE=27729653;WS=27729632;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,187:0.99:188
chr8	27729713	rs11776426	G	A	1976.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=34;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=44;PP=1214;SC=GCTTCCAGCTGCCCTCTCCAC;SOR=1.708;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=61;TCF=17;TCR=44;TR=61;WE=27729721;WS=27729703;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr8	27737198	rs4732610	A	G	14633.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=549;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=155;NR=162;PP=2965;SC=CGGTGCCCCAACGCCGGTCGT;SOR=0.734;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=317;TCF=155;TCR=162;TR=317;WE=27737206;WS=27737188;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,543:1.00:543
chr8	27743535	rs2685381	T	C	3809.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=51;NR=58;PP=1735;SC=TACCATGCATTGAGCAAAGTC;SOR=0.792;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=109;TCF=51;TCR=58;TR=109;WE=27743543;WS=27743525;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,147:1.00:147
chr8	27762537	rs939706	A	G	476.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=10;PP=289;SC=TGGGTACCCCAAGAAGGAGGA;SOR=1.739;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=3;TCR=10;TR=13;WE=27762545;WS=27762527;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr8	27779545	rs10103504	C	T	8799.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=341;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=131;NR=97;PP=2965;SC=GCAGCCCCCACAGCGCGCCCT;SOR=0.974;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=229;TCF=131;TCR=98;TR=228;WE=27779562;WS=27779535;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,336:1.00:336
chr8	27779811	rs4732613	C	T	4854.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=42;NR=95;PP=2945;SC=GGAGGAAGGCCCCGGGTGACA;SOR=1.623;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=137;TCF=42;TCR=95;TR=137;WE=27779819;WS=27779801;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,170:1.00:170
chr8	27779880	rs61455593	T	TA	1857.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=27;PP=1144;SC=GATAGACGAATAAAATCACAG;SOR=3.365;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=37;TCF=1;TCR=36;TR=28;WE=27779893;WS=27779870;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr8	27779885	rs59195507	T	G	1866.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=28;PP=830;SC=ACGAATAAAATCACAGGTGGT;SOR=3.365;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=35;TCF=5;TCR=30;TR=33;WE=27779893;WS=27779870;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr8	27898452	rs12675621	A	G	1082.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=27;NR=6;PP=685;SC=ATGAGCCGCCATGCCCGGCCC;SOR=2.247;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=27;TCR=6;TR=33;WE=27898460;WS=27898442;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr8	27903069	rs13279787	C	T	860.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=18;NR=10;PP=554;SC=GGAGTTGAAACTATCTGTGAG;SOR=1.284;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=28;TCF=18;TCR=10;TR=28;WE=27903077;WS=27903059;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr8	27915830	rs4336563	T	C	5167.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=64;NR=51;PP=2119;SC=AATTACTTAATTTTTACTATG;SOR=0.842;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=116;TCF=65;TCR=51;TR=115;WE=27915838;WS=27915820;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,200:1.00:200
chr8	27918057	rs7817227	T	C	5760.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=63;NR=78;PP=2299;SC=TTCGTGGGCTTGCCCCCCAGA;SOR=0.856;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=141;TCF=63;TCR=78;TR=141;WE=27918065;WS=27918047;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,223:1.00:223
chr8	27927849	rs6998705	C	G	2067.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=38;PP=1127;SC=TTTTCTCGTTCGTTCTTTATA;SOR=1.547;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=51;TCF=13;TCR=38;TR=51;WE=27927857;WS=27927839;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr8	27957529	rs2290370	C	T	2938.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-2.009;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=48;PP=1531;ReadPosRankSum=-0.761;SC=GGTATCTGTTCTGGCAGAAGT;SOR=0.435;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=79;TCF=30;TCR=49;TR=78;WE=27957537;WS=27957519;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,107:0.99:108
chr8	27957556	rs2290369	G	A	1712.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.844;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=35;PP=999;ReadPosRankSum=0.304;SC=TCCATGTGACGCCCGTGTAGT;SOR=0.741;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=48;TCF=12;TCR=36;TR=47;WE=27957564;WS=27957546;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,63:0.98:64
chr8	27964056	rs61714722	CAAAAAAAAAAAAAAA	C	818.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=58.55;QD=43.09;SOR=1.292;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr8	27967856	rs3213997	A	G	6385.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=0.643;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=248;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=78;NR=49;PP=2478;ReadPosRankSum=-0.961;SC=TTTTAATTCAATGTGGGCATA;SOR=0.948;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=130;TCF=80;TCR=50;TR=127;WE=27967864;WS=27967846;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,244:0.99:246
chr8	28013579	rs4732832	A	C	7481.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=282;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=87;NR=103;PP=2965;SC=TCAGGCCACAACTGTTGAGAA;SOR=0.823;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=190;TCF=87;TCR=103;TR=190;WE=28013587;WS=28013569;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,277:1.00:277
chr8	28016002	rs149274779	AAATAAAG	A	1226.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=25;NR=16;PP=2431;SC=GTTTAAATAAAAATAAAGATT;SOR=0.826;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=42;TCF=26;TCR=16;TR=41;WE=28016016;WS=28015992;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr8	28210613	rs6558057	G	C	893.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=20;NR=4;PP=596;SC=AGGGTCCCCTGCTCTCCACGG;SOR=2.621;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=20;TCR=4;TR=24;WE=28210621;WS=28210603;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr8	28214096	rs2272749	T	C	834.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=25;NR=2;PP=667;SC=ATTGCCAGGCTGGTGACATAG;SOR=4.332;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=27;TCF=25;TCR=2;TR=27;WE=28214104;WS=28214088;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr8	28286071	rs11895	T	C	914.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=7;PP=647;SC=TAAAAGTCTTTCCATGTTCAG;SOR=1.609;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=18;TCR=7;TR=25;WE=28286079;WS=28286061;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr8	28286174	rs1055741	T	G	2769.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=41;NR=32;PP=1392;SC=GGTGGCAGTGTCTGGGAGTCC;SOR=0.896;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=73;TCF=41;TCR=32;TR=73;WE=28286182;WS=28286164;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr8	28286342	rs2270654	G	A	1164.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=28;PP=799;SC=GACATAAAACGATTTTACAAA;SOR=1.721;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=41;TCF=13;TCR=28;TR=41;WE=28286350;WS=28286332;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr8	28286885	rs57374675	C	T	5063.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=50;NR=71;PP=2159;SC=ATATCACAACCGAAACTCACA;SOR=0.908;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=121;TCF=50;TCR=71;TR=121;WE=28286893;WS=28286875;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,193:1.00:193
chr8	28287025	rs12334678	C	T	473.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=11;PP=283;SC=AAAGTTCGCCCTTATCTTGGT;SOR=1.609;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=4;TCR=11;TR=15;WE=28287033;WS=28287015;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr8	28304769	rs1390963	C	T	2608.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=24;NR=33;PP=1114;SC=AGTCTGGGGTCATTTGGTTTC;SOR=0.866;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=57;TCF=24;TCR=33;TR=57;WE=28304777;WS=28304759;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
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chr8	28692783	rs28522383	C	T	3652.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.572;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=42;PP=1743;ReadPosRankSum=-0.934;SC=TACAGTCTCTCGGTAAGAGAG;SOR=0.857;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=98;TCF=55;TCR=43;TR=96;WE=28692791;WS=28692773;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,143:0.99:145
chr8	28707570	rs4732887	C	T	1348.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=36;NR=10;PP=910;SC=TTAAAAACAGCAGTTACCATG;SOR=2.030;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=48;TCF=36;TCR=12;TR=46;WE=28707578;WS=28707560;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr8	28707622	.	GA	G	139.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.993;ClippingRankSum=0.000;DP=126;ExcessHet=3.0103;FS=0.860;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.17;ReadPosRankSum=-0.199;SOR=0.579;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:89,30:0.25:119
chr8	28979949	rs4732905	C	A	1837.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=31;NR=15;PP=994;SC=TATGACACACCAATCAGTCCG;SOR=1.508;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=47;TCF=32;TCR=15;TR=46;WE=28979957;WS=28979939;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr8	28984572	rs3763566	G	A	963.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=24;NR=8;PP=670;SC=AGTTTCGTACGGGTTCCAAAA;SOR=2.115;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=24;TCR=8;TR=32;WE=28984580;WS=28984562;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr8	29005093	rs6986672	A	G	6636.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=261;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=62;NR=83;PP=2662;SC=TGTTGTTCTAAGCTGTTTAAT;SOR=0.877;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=146;TCF=62;TCR=84;TR=145;WE=29005101;WS=29005083;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,258:1.00:258
chr8	29023421	.	T	TTCGACTGTAGATCGAAGTACC	2196.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=39;PP=2654;SC=TGACATCTACTTCGATTGTAG;SOR=2.760;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=45;TCF=0;TCR=45;TR=39;WE=29023429;WS=29023408;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr8	29033422	rs6558098	C	T	1134.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=32;NR=3;PP=883;SC=AAAAAACCTACGTTTATTCCA;SOR=4.407;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=35;TCF=32;TCR=3;TR=35;WE=29033430;WS=29033412;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr8	29045925	rs17455794	G	T	119.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=4;NR=1;PP=78;SC=CTTTCTGAAAGCAAAAACAAC;SOR=1.981;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=5;TCF=4;TCR=1;TR=5;WE=29045933;WS=29045915;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr8	29048320	rs1551480	C	T	915.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=16;NR=3;PP=438;SC=CAGTGTCTGCCGCTTGGGGTG;SOR=1.751;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=19;TCF=16;TCR=3;TR=19;WE=29048328;WS=29048310;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr8	29048477	rs1551479	C	T	3148.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.568;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=43;PP=1413;ReadPosRankSum=-0.784;SC=CCCTCTTCTACACCATCAGTA;SOR=0.709;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=88;TCF=44;TCR=44;TR=86;WE=29048485;WS=29048467;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,125:0.98:127
chr8	29053761	rs75490504	TAAA	T,TA	3528.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.410;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FS=3.014;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.05;MQRankSum=0.298;QD=19.50;ReadPosRankSum=-0.438;SOR=1.410;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:37,47,97:0.26,0.54:181
chr8	29053778	rs56951850	T	G	7548.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=1.566;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.549;HP=16;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQ=60.06;MQRankSum=0.173;NF=29;NR=80;PP=2133;ReadPosRankSum=-1.150;SC=AAAAAAAAAATTTAGTTTAGA;SOR=1.232;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=112;TCF=31;TCR=81;TR=109;WE=29053786;WS=29053748;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,178:0.98:181
chr8	29107388	rs2954794	G	A	1845.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=40;NR=10;PP=1172;SC=ATGGTCAACTGGCATTAAAGT;SOR=2.231;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=50;TCF=40;TCR=10;TR=50;WE=29107396;WS=29107378;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr8	29923732	rs2271367	G	A	1314.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=24;PP=688;SC=TTCCTAAACTGTCAGAAAAAA;SOR=1.345;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=35;TCF=11;TCR=24;TR=35;WE=29923740;WS=29923722;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr8	29927300	rs6468093	C	G	4004.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=54;NR=47;PP=2246;SC=AGACTACAAACGCGATCCCAA;SOR=0.766;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=101;TCF=54;TCR=47;TR=101;WE=29927308;WS=29927290;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,141:1.00:141
chr8	29927321	rs6468094	A	G	3869.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=55;NR=47;PP=2066;SC=GGAGTACCACAATGGTAATCA;SOR=0.823;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=102;TCF=55;TCR=47;TR=102;WE=29927329;WS=29927311;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,145:1.00:145
chr8	29931375	rs986636	T	C	4277.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=62;NR=38;PP=2274;SC=AGACTGCCATTACTGTAGTGG;SOR=1.065;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=100;TCF=62;TCR=38;TR=100;WE=29931383;WS=29931365;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,155:1.00:155
chr8	29935696	rs71204259	GA	G	817.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.523;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.18;MQRankSum=0.386;QD=14.60;ReadPosRankSum=-0.254;SOR=0.884;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:4,52:0.93:56
chr8	29940271	rs13279112	A	G	828.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=21;NR=2;PP=565;SC=AGGCTCCGGGAAGACGGCGCA;SOR=3.258;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=23;TCF=21;TCR=2;TR=23;WE=29940279;WS=29940261;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr8	29953256	rs56969689	C	T	1849.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=39;NR=15;PP=1070;SC=GGCTTCGCCCCGCAGCCCCCA;SOR=1.609;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=55;TCF=39;TCR=16;TR=54;WE=29953264;WS=29953246;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr8	29989399	rs13272159	G	A	1044.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=26;NR=8;PP=677;SC=TTATCGATGCGTCATCTGGCA;SOR=2.073;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=26;TCR=8;TR=34;WE=29989407;WS=29989389;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr8	29989564	rs7844812	A	G	6625.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=248;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=104;NR=70;PP=2965;SC=GAGAGGAGAGACTCCTGACCT;SOR=1.022;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=174;TCF=104;TCR=70;TR=174;WE=29989572;WS=29989554;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,243:1.00:243
chr8	29996158	rs4733141	A	G	1816.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=24;PP=783;SC=CTTGCTGAGGAGCCAGGGAAC;SOR=1.054;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=14;TCR=24;TR=38;WE=29996166;WS=29996148;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
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chr8	30242747	rs7813046	G	C	3243.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.54;SOR=1.299;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
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chr8	30494374	.	TA	T	172.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.128;ClippingRankSum=0.000;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=5.121;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.42;MQRankSum=1.575;QD=3.60;ReadPosRankSum=-0.454;SOR=1.428;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,22:0.46:48
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chr8	30539623	rs2250192	T	G	1529.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=11;NR=28;PP=839;SC=CTGTCTGTTTTAACATAGCTA;SOR=1.371;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=39;TCF=11;TCR=28;TR=39;WE=30539631;WS=30539613;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr8	30541915	rs1465477	C	T	881.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=23;PP=604;SC=ACACCTGTAACCCCAGAACTT;SOR=3.407;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=25;TCF=2;TCR=23;TR=25;WE=30541923;WS=30541905;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr8	30546636	rs2551715	T	C	3302.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=59;NR=17;PP=1795;SC=ATAAGACTCCTAGTAGATTCA;SOR=1.713;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=76;TCF=59;TCR=17;TR=76;WE=30546644;WS=30546626;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr8	30567423	.	TA	T	775.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.718;ClippingRankSum=0.000;DP=224;ExcessHet=3.0103;FS=0.733;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.19;MQRankSum=2.020;QD=5.42;ReadPosRankSum=-0.577;SOR=0.736;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:64,79:0.55:143
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chr8	30601805	rs2278092	C	T	6165.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.750;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=242;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=71;NR=72;PP=2659;ReadPosRankSum=-0.893;SC=GTAAGTGTGACTTTTTCCCTT;SOR=0.719;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=147;TCF=72;TCR=75;TR=143;WE=30601813;WS=30601795;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,235:0.99:237
chr8	30608773	rs1991111	A	G	386.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=8;NR=2;PP=269;SC=GCTCATGCCTATAATCCTAGC;SOR=1.609;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=8;TCR=2;TR=10;WE=30608781;WS=30608763;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr8	30608976	rs2911690	C	T	3950.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.65;SOR=0.719;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,154:1.00:154
chr8	30609061	rs2911689	T	G	2744.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=34;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=17;NR=44;PP=1233;SC=ATTCTACCCTTTTATACCATT;SOR=1.863;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=62;TCF=18;TCR=44;TR=61;WE=30609069;WS=30609051;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr8	30609078	rs2911688	A	T	2269.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=36;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=11;NR=35;PP=946;SC=CATTCTACTCAAATTTATTTA;SOR=2.170;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=46;TCF=11;TCR=35;TR=46;WE=30609086;WS=30609068;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr8	30620840	rs11388922	G	GT	3509.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=28;NR=38;PP=2659;SC=TGAGGAGAAGGTTTTGAAGTC;SOR=1.082;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=71;TCF=29;TCR=42;TR=66;WE=30620848;WS=30620830;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr8	30620964	rs2956010	T	C	3806.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=31;NR=59;PP=1911;SC=GTCATCTGCATCTCCCATCAG;SOR=1.195;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=90;TCF=31;TCR=59;TR=90;WE=30620972;WS=30620954;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,139:1.00:139
chr8	30623996	rs2956016	T	C	1244.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=9;NR=24;PP=695;SC=CAAATCACACTATACCTTGAT;SOR=1.609;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=9;TCR=24;TR=33;WE=30624004;WS=30623986;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr8	30695226	rs2720593	C	T	9190.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=347;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=114;NR=106;PP=2965;SC=TCTGCAAAAGCGTCCCATGGT;SOR=0.722;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=221;TCF=114;TCR=107;TR=220;WE=30695234;WS=30695216;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,345:1.00:345
chr8	30854033	rs2725371	A	G	1389.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=21;NR=7;PP=603;SC=CTGAGGCCTTACATTCATGAT;SOR=1.473;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=28;TCF=21;TCR=7;TR=28;WE=30854041;WS=30854023;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr8	30916085	rs2737316	T	C	795.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=17;PP=373;SC=ACTATTCTTTTGGGTGAGAAA;SOR=1.681;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=6;TCR=17;TR=23;WE=30916093;WS=30916075;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr8	30922346	rs2725346	C	T	377.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=11;NR=3;PP=293;SC=TACAAATTTACACATAAACAT;SOR=2.303;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=11;TCR=3;TR=14;WE=30922354;WS=30922336;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr8	30924557	rs1800389	C	T	3888.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=65;NR=35;PP=1848;SC=AGCTGAAATGCACAGAGACCT;SOR=1.119;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=100;TCF=65;TCR=35;TR=100;WE=30924565;WS=30924547;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,149:1.00:149
chr8	30933816	rs370040831	CT	C	149.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.721;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FS=2.452;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.20;ReadPosRankSum=-0.547;SOR=0.391;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:49,19:0.28:68
chr8	30933859	rs4733221	C	T	1034.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=11;NR=24;PP=665;SC=ATTTTTTTATCACATTTTCCT;SOR=1.552;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=35;TCF=11;TCR=24;TR=35;WE=30933867;WS=30933849;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr8	30941317	rs2737325	T	C	1413.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.103;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=2.935;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=43.56;MQRankSum=-2.355;QD=26.18;ReadPosRankSum=-1.069;SOR=1.893;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,52:0.96:54
chr8	30958353	rs3087419	CT	C	2414.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=12;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=32;NR=23;PP=1519;SC=ATGTGTTTTTCTTTTTTTACA;SOR=1.496;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=64;TCF=41;TCR=23;TR=55;WE=30958361;WS=30958343;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
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chr8	30999122	rs3024239	C	T	5657.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=55;NR=77;PP=2630;SC=AAAAGGTAAACGGTGTAGGAG;SOR=0.954;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=133;TCF=55;TCR=78;TR=132;WE=30999130;WS=30999112;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,213:1.00:213
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chr8	32406382	rs73234136	T	C	2256.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=14;NR=46;PP=1421;SC=ACGATCCTCCTCCTGCTCCTC;SOR=1.966;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=60;TCF=14;TCR=46;TR=60;WE=32406390;WS=32406372;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
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chr8	32505909	rs146965117	TAG	T	118.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.662;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FS=2.153;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.68;ReadPosRankSum=-0.789;SOR=0.971;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:156,18:0.10:174
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chr8	32585434	rs3735776	C	A	3792.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.639;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=34;PP=1618;ReadPosRankSum=-1.058;SC=AAAAAAAGTCCATGTTAACCT;SOR=0.997;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=90;TCF=55;TCR=35;TR=88;WE=32585442;WS=32585412;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,148:0.99:150
chr8	32613829	rs4733376	A	G	1774.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=39;NR=13;PP=1192;SC=ACTGCCTTGAACTACTCATAG;SOR=1.850;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=52;TCF=39;TCR=13;TR=52;WE=32613837;WS=32613819;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr8	33353203	.	ATTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTT	A,AT	2571.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=103;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.21;QD=39.57;SOR=2.564;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:0,49,16:0.75,0.25:65
chr8	33451026	rs2044162	C	T	1791.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.182;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=13;PP=1147;ReadPosRankSum=-0.642;SC=CCTGTTCTTTCCTGCTCCCAG;SOR=0.765;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=54;TCF=41;TCR=13;TR=53;WE=33451034;WS=33451016;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,64:0.98:65
chr8	35093427	rs10694226	C	CAGCT	322.75	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=5;PP=329;SC=GCGGAGCGGGCAGCTGGGGGC;SOR=1.863;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=1;TCR=5;TR=6;WE=35093435;WS=35093417;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr8	35425870	rs2589340	T	A	1326.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=25;PP=702;SC=AAATGAGAGGTCTTAAATTTA;SOR=1.609;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=34;TCF=9;TCR=25;TR=34;WE=35425878;WS=35425860;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr8	36698552	.	GT	G	222.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.239;ClippingRankSum=0.000;DP=204;ExcessHet=3.0103;FS=1.020;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.05;MQRankSum=-0.593;QD=2.30;ReadPosRankSum=0.979;SOR=0.487;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:57,40:0.41:97
chr8	37455990	rs1008547	G	C	9765.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-2.287;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=375;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=100;NR=99;PP=2965;ReadPosRankSum=0.762;SC=CCCACACACAGAGGAGCCACA;SOR=0.223;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=203;TCF=103;TCR=100;TR=199;WE=37455998;WS=37455978;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,370:1.00:371
chr8	37555584	.	T	TCGCACCTCGGCGGCTCCAGCTGCTCCACCTGCAGCGCGCCGA	2841.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.367;ClippingRankSum=0.000;DP=395;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=36.91;ReadPosRankSum=1.186;SOR=1.641;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:3,74:0.96:77
chr8	37593486	rs112819064	GA	G	79.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.851;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.07;MQRankSum=2.164;QD=0.62;ReadPosRankSum=-0.169;SOR=0.721;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:106,23:0.18:129
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chr8	37686749	rs6468442	A	G	5394.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=67;NR=51;PP=2227;SC=CCACGTGGCCAACATGCTGAG;SOR=0.843;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=118;TCF=67;TCR=51;TR=118;WE=37686757;WS=37686739;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,213:1.00:213
chr8	37687345	rs117467032	G	A	1505.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=1.126;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=20;PP=942;ReadPosRankSum=0.639;SC=GCTCTGCTCCGTGACCCCTCT;SOR=0.960;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=50;TCF=29;TCR=21;TR=48;WE=37687353;WS=37687335;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,57:0.97:59
chr8	37693302	rs10101560	T	C	1797.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=9;NR=43;PP=1322;SC=AGGGACTGAATTCCCCGCCCC;SOR=2.644;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=52;TCF=9;TCR=43;TR=52;WE=37693310;WS=37693292;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr8	37699195	rs4976898	C	G	2733.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=23;NR=29;PP=1091;SC=TCGGGGAGGGCCCCCCCTCCC;SOR=0.842;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=53;TCF=23;TCR=30;TR=52;WE=37699203;WS=37699185;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr8	37699516	rs7010546	C	T	2816.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.844;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=38;PP=1268;ReadPosRankSum=-1.044;SC=GCGAGAGCGGCAGTCTGCACA;SOR=0.849;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=68;TCF=29;TCR=39;TR=66;WE=37699524;WS=37699506;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,108:0.98:110
chr8	37706057	rs11777510	A	T	5132.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.908;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.910;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=95;NR=58;PP=2965;ReadPosRankSum=0.679;SC=GAGCCACAGCACCTGGCCTAG;SOR=0.884;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=155;TCF=95;TCR=60;TR=153;WE=37706065;WS=37706047;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,186:0.99:187
chr8	37706267	rs12541064	C	A	2270.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=17;NR=54;PP=1670;SC=AAATTCAAATCATTGAGCATC;SOR=2.155;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=71;TCF=17;TCR=54;TR=71;WE=37706275;WS=37706257;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr8	37728017	rs7817179	A	G	2671.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.53;SOR=0.986;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr8	37728017	.	ATT	GTG	792	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;FR=1.0000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=14;NR=23;PP=792;QD=22.8504831044;SC=CTTGGTGGCCATTGCATTCAT;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=39;TCF=14;TCR=25;TR=37;WE=37728027;WS=37728007;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:2,37:0.95:39
chr8	37728019	rs7820872	T	G	2671.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.53;SOR=0.986;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
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chr8	37730368	rs12541651	G	A	4123.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=48;NR=44;PP=1903;SC=TGATCCCAGGGCAGAAGAACC;SOR=0.706;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=93;TCF=49;TCR=44;TR=92;WE=37730376;WS=37730358;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,155:1.00:155
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chr8	37964024	.	CT	C	67.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.101;ClippingRankSum=0.000;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=1.792;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.51;ReadPosRankSum=0.098;SOR=1.204;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,12:0.44:27
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chr8	37986561	rs2517394	G	C	1945.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=19;NR=39;PP=1137;SC=TAGGAACTGAGCCACAGCTCA;SOR=1.362;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=58;TCF=19;TCR=39;TR=58;WE=37986569;WS=37986551;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr8	38003787	rs2720050	T	C	12597.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=476;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=156;NR=155;PP=2965;SC=CCCTGCCACCTGCACCTGGAC;SOR=0.697;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=311;TCF=156;TCR=155;TR=311;WE=38003795;WS=38003777;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,471:1.00:471
chr8	38005835	rs2229620	T	C	4205.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.030;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=63;PP=2092;ReadPosRankSum=1.441;SC=GAGTCTCTTCTAGCCGAGAAC;SOR=0.424;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=105;TCF=41;TCR=64;TR=104;WE=38005843;WS=38005825;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,155:0.99:156
chr8	38006330	rs35520501	TC	T	5953.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=9;NR=68;PP=2951;SC=GATGGACCACTCCCACCCCCT;SOR=1.172;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=78;TCF=9;TCR=69;TR=77;WE=38006338;WS=38006320;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,170:1.00:170
chr8	38028726	rs2843739	T	C	282.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=7;PP=212;SC=CGGAACTGCTTTGAAGTCATT;SOR=2.303;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=8;WE=38028734;WS=38028716;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr8	38245598	.	CTT	C,CT	2118.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.064;ClippingRankSum=0.000;DP=312;ExcessHet=3.0103;FS=3.724;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.10;MQRankSum=0.820;QD=9.33;ReadPosRankSum=0.807;SOR=1.113;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:50,68,109:0.30,0.48:227
chr8	38369831	rs4733951	A	C	1616.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=32;NR=13;PP=859;SC=GAGAGGAATAAGAAGGAATTC;SOR=1.460;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=45;TCF=32;TCR=13;TR=45;WE=38369839;WS=38369821;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr8	38370200	rs146268311	GAGACACAGAC	G	529.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=9;PP=2986;SC=ACATGCAGTGGAGACACAGAC;SOR=2.147;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=14;TCF=1;TCR=13;TR=10;WE=38370217;WS=38370190;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr8	38385795	rs2445020	T	C	2211.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=61;NR=5;PP=1633;SC=ATTACACACATGGAATGACTC;SOR=4.235;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=67;TCF=62;TCR=5;TR=66;WE=38385803;WS=38385785;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr8	38458552	.	G	GTCT	8989.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=18;NR=77;PP=2970;SC=TTCTGGCCGTGCCAGCCACTG;SOR=0.819;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=98;TCF=18;TCR=80;TR=95;WE=38458560;WS=38458542;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,200:1.00:200
chr8	38458659	rs327934	C	T	3552.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=33;NR=55;PP=1707;SC=TCGCGCCCGCCCCGCCCCGCT;SOR=1.055;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=89;TCF=34;TCR=55;TR=88;WE=38458667;WS=38458649;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,133:1.00:133
chr8	38458802	rs327935	A	C	377.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=7;PP=175;SC=TATTACCAAGACGCTCCCACT;SOR=1.765;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=2;TCR=7;TR=9;WE=38458810;WS=38458792;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr8	38696162	rs147826161	A	G	3478.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=32;NR=57;PP=1823;SC=CACAGAACCAAGTGTTGAGAG;SOR=1.179;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=89;TCF=32;TCR=57;TR=89;WE=38696170;WS=38696152;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chr8	38705639	rs71721705	G	GA	111.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.184;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=289;ExcessHet=3.0103;FS=0.711;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.04;MQRankSum=2.407;QD=0.46;ReadPosRankSum=-0.925;SOR=0.598;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:201,41:0.17:242
chr8	38801542	rs116823722	A	T	1132.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=25;PP=721;SC=TGTTAATAACATAAGGACAGA;SOR=3.086;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=5;TCR=25;TR=30;WE=38801550;WS=38801532;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr8	38809663	rs6984871	A	C	2909.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=56;NR=24;PP=1720;SC=AGGCGCTGATACTGACACTGT;SOR=1.542;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=80;TCF=56;TCR=24;TR=80;WE=38809671;WS=38809653;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr8	38826290	rs6996274	G	A	1566.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=36;PP=982;SC=TGGTCCCGAGGTGCAGCTGAA;SOR=1.961;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=49;TCF=13;TCR=36;TR=49;WE=38826298;WS=38826280;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr8	38827185	rs5891050	GC	G	4197.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=55;PP=2508;SC=GGAGGGCAGCGCCTCCTGGGG;SOR=1.412;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=60;TCF=4;TCR=56;TR=59;WE=38827193;WS=38827175;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr8	38835456	rs4733960	T	C	533.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=12;NR=2;PP=319;SC=CCCCATCCCTTTTTGGGCACG;SOR=1.981;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=14;TCF=12;TCR=2;TR=14;WE=38835464;WS=38835446;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr8	38835666	rs4733961	T	C	1738.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=19;NR=26;PP=667;SC=CCACAATTAATGTAAGTCACT;SOR=0.910;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=45;TCF=19;TCR=26;TR=45;WE=38835674;WS=38835656;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr8	38839302	.	A	AT	37.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.873;ClippingRankSum=0.000;DP=229;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.19;ReadPosRankSum=0.152;SOR=0.671;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:169,30:0.15:199
chr8	38840591	rs7814264	C	T	7682.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=1.013;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=302;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=86;NR=87;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.530;SC=AGGCCTTTGTCATCTACCTTT;SOR=0.735;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=177;TCF=88;TCR=89;TR=173;WE=38840599;WS=38840581;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,294:0.99:298
chr8	38845638	rs66513029	A	C	1867.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=35.92;SOR=1.480;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr8	38845644	.	T	TAAA	1504.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;QD=37.62;SOR=2.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr8	38845716	rs7823125	A	G	38.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=2;PP=21;SC=AAGTTTTTGGATCTTTTTCTT;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=2;TCF=0;TCR=2;TR=2;WE=38845724;WS=38845706;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr8	38848850	rs4733895	C	T	1452.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=1.356;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.168;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=8;PP=890;ReadPosRankSum=-0.956;SC=GGCAGCTCTTCTTAGTAAACA;SOR=2.049;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=43;TCF=33;TCR=10;TR=40;WE=38848858;WS=38848840;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,52:0.96:54
chr8	38853620	rs6991968	G	A	4077.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.347;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=91;NR=39;PP=2521;ReadPosRankSum=1.366;SC=AACGACCTCAGAGAGGCAGGG;SOR=1.112;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=133;TCF=93;TCR=40;TR=130;WE=38853628;WS=38853610;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,152:0.98:155
chr8	38853983	rs7840270	C	A	5249.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=45;NR=90;PP=2826;SC=GAGCGGAGACCCGGCCTCAAC;SOR=1.329;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=135;TCF=45;TCR=90;TR=135;WE=38853991;WS=38853973;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,190:1.00:190
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chr8	38912121	rs59803430	G	GA	517.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.054;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FS=3.610;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.40;MQRankSum=1.970;QD=6.90;ReadPosRankSum=1.128;SOR=0.324;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,45:0.60:75
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chr8	38975580	.	C	CT	95.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.579;ClippingRankSum=0.000;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.23;MQRankSum=1.350;QD=2.52;ReadPosRankSum=-1.915;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,11:0.29:38
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chr8	38991720	rs6997278	A	G	3323.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.62;BaseQRankSum=1.510;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=36;PP=1495;ReadPosRankSum=1.190;SC=TCAGGATGTAATCTGTTGGGG;SOR=0.723;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=74;TCF=38;TCR=36;TR=74;WE=38991728;WS=38991710;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:8,132:0.94:140
chr8	39068890	rs11786404	A	G	958.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=8;NR=21;PP=582;SC=TATTGTTTTAATTTATCTTTT;SOR=1.675;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=8;TCR=21;TR=29;WE=39068898;WS=39068880;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr8	39080632	rs7845771	C	G	5301.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=60;NR=64;PP=2329;SC=TGTAATGGAACCTCACCAGAA;SOR=0.733;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=125;TCF=61;TCR=64;TR=124;WE=39080640;WS=39080622;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,202:1.00:202
chr8	39080824	rs4476978	T	A	499.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=3;NR=14;PP=382;SC=GATAATGGGGTATATTTTCAT;SOR=2.712;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=3;TCR=14;TR=17;WE=39080832;WS=39080814;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr8	39091526	rs4515515	T	C	9149.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.567;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=367;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=105;NR=102;PP=2965;ReadPosRankSum=2.982;SC=TATGCATAACTGTAGACTACA;SOR=0.715;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=207;TCF=105;TCR=102;TR=207;WE=39091534;WS=39091516;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,360:0.99:362
chr8	39114676	rs200807312	GT	G	1021.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.734;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=3.691;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.42;MQRankSum=0.719;QD=13.62;ReadPosRankSum=-1.021;SOR=0.207;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:9,66:0.88:75
chr8	39114949	rs73608630	C	T	1004.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=6;NR=24;PP=738;SC=AGTAGCAATACTTTACATATC;SOR=2.115;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=30;TCF=6;TCR=24;TR=30;WE=39114957;WS=39114939;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr8	39128387	rs4733994	C	T	2186.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=25;NR=21;PP=891;SC=TTTTCAATTTCTTTTTAGATC;SOR=0.765;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=47;TCF=25;TCR=22;TR=46;WE=39128395;WS=39128377;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr8	39128510	rs11347842	AT	A	592.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=17;PP=326;SC=TTTATTTCCAATTTTTTTTTG;SOR=1.863;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=0;TCR=19;TR=17;WE=39128518;WS=39128500;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr8	39133206	rs4733913	C	G	1221.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=21;NR=6;PP=635;SC=ATTTAGTAGTCTTTTGAAATT;SOR=1.775;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=21;TCR=6;TR=27;WE=39133214;WS=39133196;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr8	39311600	rs7813010	C	T	1708.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=22;NR=12;PP=661;SC=CTGTTACTACCGCTGTCTTCT;SOR=1.044;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=22;TCR=12;TR=34;WE=39311608;WS=39311590;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr8	39311677	rs7834545	T	C	1547.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=22;NR=24;PP=814;SC=TCAAGAAAAGTTTAAAAAGCT;SOR=0.796;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=46;TCF=22;TCR=24;TR=46;WE=39311685;WS=39311667;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr8	39312886	rs10097769	G	A	885.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.84;SOR=1.352;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr8	39349277	.	T	TA	35.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.596;ClippingRankSum=0.000;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.47;MQRankSum=-5.230;QD=0.62;ReadPosRankSum=-0.159;SOR=0.725;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:47,11:0.19:58
chr8	39442292	rs7007924	T	G	4485.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=36;NR=80;PP=2425;SC=ACCCTCCCCCTCTCCCTTCTG;SOR=1.367;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=116;TCF=36;TCR=80;TR=116;WE=39442300;WS=39442282;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,166:1.00:166
chr8	39463063	rs4236751	T	C	148.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=21.26;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr8	39463266	rs12156300	T	G	42.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=21.37;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr8	39487022	rs3735881	C	T	3734.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=45;NR=41;PP=1638;SC=AAGAACTTTCCTTCTTGCATT;SOR=0.707;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=87;TCF=45;TCR=42;TR=86;WE=39487030;WS=39487012;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,139:1.00:139
chr8	39495325	rs3824144	G	A	1066.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=29;PP=840;SC=AGCCCCTTTGGAAGTGTTTAA;SOR=3.737;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=32;TCF=3;TCR=29;TR=32;WE=39495333;WS=39495315;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr8	39496029	rs12708194	T	C	1608.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=18;PP=494;SC=TTCCTGGCACTGTATGCAATA;SOR=0.787;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=33;TCF=15;TCR=18;TR=33;WE=39496037;WS=39496019;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr8	39496202	rs13278646	G	A	111.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=4;PP=85;SC=TTATTTTATTGGGACAAAATT;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=0;TCR=4;TR=4;WE=39496210;WS=39496192;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
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chr8	39505826	rs3735880	C	A	1335.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=19;NR=18;PP=650;SC=TTTTATTAGCCAGGCTTATTT;SOR=0.853;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=19;TCR=18;TR=37;WE=39505834;WS=39505816;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr8	39521419	rs6988389	T	C	2415.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=26;NR=27;PP=1023;SC=GGTAAGTTACTAACATTCATT;SOR=0.758;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=53;TCF=26;TCR=27;TR=53;WE=39521427;WS=39521409;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr8	39525750	rs2305392	C	A	4363.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=36;NR=77;PP=2442;SC=TTTTACCTTACATTTGCATCT;SOR=1.463;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=113;TCF=36;TCR=77;TR=113;WE=39525758;WS=39525740;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,156:1.00:156
chr8	39607105	rs112217136	C	CATGT	1564.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.110;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=36.39;ReadPosRankSum=0.694;SOR=0.760;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,40:0.93:43
chr8	39682513	rs7845026	G	A	382.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=30;NF=0;NR=9;PP=234;SC=GACACAGAAAGAGCAAGAGAA;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=9;WE=39682521;WS=39682503;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr8	39695535	rs7844819	T	G	1071.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=19;NR=8;PP=461;SC=TTGGAATTGCTGAGTTGGAAA;SOR=1.402;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=19;TCR=8;TR=27;WE=39695543;WS=39695525;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr8	39776286	.	AAAC	A	257.76	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.172;ClippingRankSum=0.000;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=3.256;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.41;ReadPosRankSum=-2.130;SOR=0.105;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,12:0.86:14
chr8	39780922	rs67116979	CAA	C	1817.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.126;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.49;MQRankSum=1.051;QD=20.42;ReadPosRankSum=0.913;SOR=0.602;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:14,75:0.84:89
chr8	39785321	rs3739319	G	A	2398.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.900;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=20;PP=1247;ReadPosRankSum=0.773;SC=TGTGACCTCCGTATTTCCTCT;SOR=0.602;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=67;TCF=47;TCR=20;TR=66;WE=39785329;WS=39785311;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,91:0.99:92
chr8	39840234	rs4736794	A	G	3873.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.792;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=53;PP=2066;ReadPosRankSum=2.496;SC=GCTCCCTCCTATCCTGGTCCA;SOR=0.749;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=114;TCF=60;TCR=54;TR=113;WE=39840242;WS=39840224;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,146:0.99:148
chr8	39842405	rs62513785	G	C	1194.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=14;PP=509;SC=AAAATGTGGGGTTGTGGTAAA;SOR=0.780;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=11;TCR=14;TR=25;WE=39842413;WS=39842395;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr8	39843139	rs2729472	A	G	481.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=13;PP=324;SC=TATATGTATAATATAATATCA;SOR=2.833;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=16;TCF=3;TCR=13;TR=16;WE=39843147;WS=39843129;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr8	39871036	rs2955897	A	G	862.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=28;NR=1;PP=618;SC=AAAATATACCATTACCTCCCT;SOR=3.611;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=30;TCF=29;TCR=1;TR=29;WE=39871044;WS=39871026;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr8	39871298	rs5891075	T	TTTAA	4119.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.35;QD=36.14;SOR=1.262;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr8	39872668	rs2955902	C	T	2617.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=52;NR=16;PP=1405;SC=AGCAAGATCTCATCTAGAGAA;SOR=1.821;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=70;TCF=52;TCR=18;TR=68;WE=39872684;WS=39872658;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr8	39872676	rs5891076	GA	G	1830.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.380;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=11;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQ=60.22;MQRankSum=0.335;NF=29;NR=16;PP=777;ReadPosRankSum=0.760;SC=CTCATCTAGAGAAAAAAAAAA;SOR=0.914;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=57;TCF=35;TCR=22;TR=45;WE=39872684;WS=39872658;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,91:0.96:95
chr8	39872866	rs2981161	A	C	12377.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.224;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=466;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=159;NR=157;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.229;SC=ACATCCTGTCATCTGGACAGG;SOR=0.223;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=319;TCF=160;TCR=159;TR=316;WE=39872874;WS=39872856;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,462:1.00:463
chr8	39872935	rs4503083	T	A	10718.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-2.945;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=416;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.996;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=116;NR=146;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.978;SC=TGCGGAGCTATCACATCACCA;SOR=0.297;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=269;TCF=118;TCR=151;TR=262;WE=39872943;WS=39872925;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:7,405:0.98:412
chr8	39873188	rs2981162	C	T	429.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=3;NR=10;PP=243;SC=GAATGAGGGTCAGGGTTCTGC;SOR=2.049;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=3;TCR=10;TR=13;WE=39873196;WS=39873178;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr8	40011079	rs6474226	G	A	3315.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=69;NR=26;PP=1929;SC=CCACCAAGCCGTCATCATGTC;SOR=1.590;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=95;TCF=69;TCR=26;TR=95;WE=40011087;WS=40011069;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr8	40389842	rs1429966	T	C	6441.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=254;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=56;NR=144;PP=2965;SC=CCCCTGTCTCTCTTCTACTTC;SOR=4.088;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=201;TCF=56;TCR=145;TR=200;WE=40389850;WS=40389832;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,249:1.00:249
chr8	40389933	rs4038741	TAA	T	3511.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=67;PP=2893;SC=CCTGTATATATAAAATATCTC;SOR=8.789;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=74;TCF=1;TCR=73;TR=67;WE=40389942;WS=40389923;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr8	40554742	rs11781516	C	T	2793.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=43;NR=27;PP=1296;SC=GGTCTCCCCACGATCACTGTT;SOR=1.072;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=70;TCF=43;TCR=27;TR=70;WE=40554750;WS=40554732;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr8	40554994	rs12546561	C	G	428.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=13;PP=326;SC=CTTACCCAGACGAACTAGTGT;SOR=5.421;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=0;TCR=13;TR=13;WE=40555002;WS=40554984;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr8	40665997	rs1512214	A	G	2021.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=40;NR=10;PP=1142;SC=CTAACGGTTGACAATGCAGTA;SOR=1.778;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=50;TCF=40;TCR=10;TR=50;WE=40666005;WS=40665987;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr8	41132742	rs6998772	A	T	1738.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=20;NR=27;PP=888;SC=GAGCTTTATGATTCATACAGC;SOR=0.976;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=20;TCR=27;TR=47;WE=41132750;WS=41132732;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr8	41132888	rs10111098	C	G	202.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=6;PP=174;SC=GAGACAGATACCAGACCACAC;SOR=1.863;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=9;TCF=3;TCR=6;TR=8;WE=41132896;WS=41132878;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr8	41297486	rs10637700	T	TTTTG	3281.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.61;BaseQRankSum=0.361;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.231;NF=2;NR=30;PP=1709;ReadPosRankSum=1.050;SC=AAGGGTATGTTTTTGTTTGTT;SOR=0.522;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=54;TCF=4;TCR=50;TR=32;WE=41297494;WS=41297476;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,75:0.99:76
chr8	41387921	rs7819949	C	T	539.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=13;PP=362;SC=TTGGGGCTTACTTTAGAACAG;SOR=2.833;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=2;TCR=13;TR=15;WE=41387929;WS=41387911;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr8	41391588	rs10096250	A	G	343.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=2;PP=289;SC=GGGCGGACACACTTCAGCCCG;SOR=2.833;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=11;TCR=2;TR=13;WE=41391596;WS=41391578;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr8	41391704	rs10096369	A	G	1157.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=15;NR=15;PP=454;SC=GGGGGATGTCATGAGGCCAGG;SOR=0.735;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=30;TCF=15;TCR=15;TR=30;WE=41391712;WS=41391694;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr8	41391936	rs33975171	TA	T	97.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.005;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.24;MQRankSum=1.360;QD=2.33;ReadPosRankSum=-1.077;SOR=0.511;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,13:0.31:42
chr8	41392020	rs143463173	T	G	319.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.758;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=8.129;HP=4;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.577;NF=3;NR=11;PP=285;ReadPosRankSum=0.669;SC=TATACTAATATAAACTTCCAC;SOR=3.590;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=15;TCF=4;TCR=11;TR=14;WE=41392028;WS=41392010;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,12:0.92:13
chr8	41393799	rs11779810	T	C	1171.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=30;NR=6;PP=891;SC=TCCCTGGTTTTCGTTGGACTT;SOR=2.833;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=36;TCF=30;TCR=6;TR=36;WE=41393807;WS=41393789;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr8	41466789	rs12708212	T	C	2112.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=45;NR=10;PP=1359;SC=GGAGAGGTGGTTTGAGTTTCC;SOR=2.206;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=55;TCF=45;TCR=10;TR=55;WE=41466797;WS=41466779;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr8	41472375	rs11995712	G	A	1673.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=34;NR=12;PP=1003;SC=TCTTACTGGAGGAACCATTAG;SOR=1.688;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=46;TCF=34;TCR=12;TR=46;WE=41472383;WS=41472365;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr8	41517958	rs59908561	A	AG	4348.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=28;NR=28;PP=2683;SC=TCCCACCCCGAGTATCCTGTA;SOR=1.329;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=58;TCF=30;TCR=28;TR=56;WE=41517966;WS=41517948;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr8	41519248	rs516946	T	C	9259.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=350;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=110;NR=146;PP=2965;SC=GGAGGTGTCATGCAGACGGCC;SOR=0.888;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=257;TCF=110;TCR=147;TR=256;WE=41519256;WS=41519238;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,345:1.00:345
chr8	41519462	rs515071	A	G	6896.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=258;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=61;NR=90;PP=2965;SC=CGAATGATCTAGGAAAGGAAG;SOR=1.028;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=154;TCF=61;TCR=93;TR=151;WE=41519470;WS=41519452;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,253:1.00:253
chr8	41529856	rs508112	A	G	7484.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=288;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=122;NR=68;PP=2965;SC=CCCTGCTCCCACAGTCAAGCT;SOR=1.228;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=190;TCF=122;TCR=68;TR=190;WE=41529864;WS=41529846;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,284:1.00:284
chr8	41553835	rs2304883	G	A	1482.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=32;NR=12;PP=908;SC=CGTGGCCTCCGTGGCACAGGG;SOR=1.791;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=44;TCF=32;TCR=12;TR=44;WE=41553843;WS=41553825;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr8	41555740	rs492008	A	G	1790.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=45;PP=1308;SC=TTTCCACTCCAGAGCCTGACT;SOR=2.157;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=60;TCF=15;TCR=45;TR=60;WE=41555748;WS=41555730;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr8	41573488	rs473235	G	A	825.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=18;PP=526;SC=AGGTCACACAGCTAAGAAGAT;SOR=1.942;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=24;TCF=6;TCR=18;TR=24;WE=41573496;WS=41573478;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr8	41574736	rs575817	A	C	968.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=24;PP=592;SC=TGTGTGCATGAGCATGTATGT;SOR=1.802;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=9;TCR=24;TR=33;WE=41574744;WS=41574726;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr8	41615429	rs486223	G	A	781.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=16;NR=7;PP=419;SC=CCACAGGCAGGAGCCCTGGGG;SOR=1.329;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=16;TCR=7;TR=23;WE=41615437;WS=41615419;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr8	41798202	rs2929896	G	T	389.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=10;NR=3;PP=260;SC=AATGTTCACTGGGAAGATCTT;SOR=2.303;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=10;TCR=3;TR=13;WE=41798210;WS=41798192;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr8	41834902	rs34473679	T	C	1256.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=32;PP=1005;SC=GTAAGGTTCCTTTTTAATACA;SOR=3.202;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=6;TCR=32;TR=38;WE=41834910;WS=41834892;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr8	42013563	rs150778126	T	TATG	12221.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=281;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQ=60.08;NF=14;NR=78;PP=2973;SC=AAAACGTAAGTATAAGTCCCA;SOR=0.833;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=99;TCF=16;TCR=83;TR=92;WE=42013571;WS=42013553;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,272:1.00:272
chr8	42037924	rs2020922	T	A	6036.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=2.060;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=68;PP=2745;ReadPosRankSum=1.278;SC=TTAGAATGCTTTTTTTGCTGT;SOR=0.227;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=134;TCF=65;TCR=69;TR=133;WE=42037932;WS=42037914;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,225:1.00:226
chr8	42040457	rs138407110	C	G	2046.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=14;NR=38;PP=1059;SC=TTCTGAAGCACGCAAGTCAGG;SOR=1.578;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=52;TCF=14;TCR=38;TR=52;WE=42040465;WS=42040447;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr8	42044954	rs1058720	G	A	4421.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=48;NR=60;PP=1813;SC=GCCTGATGGCGTCTGGCCTCC;SOR=0.910;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=108;TCF=48;TCR=60;TR=108;WE=42044962;WS=42044944;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,171:1.00:171
chr8	42045655	rs2070713	C	T	1303.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.361;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.407;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=34;PP=920;ReadPosRankSum=0.987;SC=GTGGAACACGCGTATACCAGT;SOR=2.208;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=46;TCF=11;TCR=35;TR=44;WE=42045663;WS=42045645;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,48:0.96:50
chr8	42172017	rs7814513	C	G	3737.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=38;NR=70;PP=2185;SC=TCTTGGCTGGCCGTGGTGGCT;SOR=1.393;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=108;TCF=38;TCR=70;TR=108;WE=42172025;WS=42172007;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,135:1.00:135
chr8	42175303	rs2294100	A	T	4978.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=49;NR=71;PP=2297;SC=AGAATTTGTTATGTTTTGTTT;SOR=0.938;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=120;TCF=49;TCR=71;TR=120;WE=42175311;WS=42175293;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,189:1.00:189
chr8	42186579	rs2272732	T	C	1916.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=46;NR=11;PP=1238;SC=TATTTTAAAATAGCAGTGTTA;SOR=2.406;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=57;TCF=46;TCR=11;TR=57;WE=42186587;WS=42186569;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr8	42188550	rs1057741	A	G	1702.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=40;PP=1128;SC=GGCCTTGTGCAGTGGGGGGAC;SOR=2.342;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=52;TCF=12;TCR=40;TR=52;WE=42188558;WS=42188540;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr8	42196441	rs3136717	C	T	3812.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=56;NR=54;PP=2371;SC=GTCACTGTCTCTTAGAGGCTG;SOR=0.708;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=110;TCF=56;TCR=54;TR=110;WE=42196449;WS=42196431;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,133:1.00:133
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chr8	42323207	rs376182049	CA	C	275.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.055;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FS=1.123;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.93;MQRankSum=1.446;QD=3.78;ReadPosRankSum=1.125;SOR=0.437;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:44,29:0.40:73
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chr8	43157099	rs117582559	T	C	431.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=6;PP=310;SC=GGAGAAATTATCTCTATATTA;SOR=1.244;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=10;TCR=6;TR=16;WE=43157107;WS=43157089;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
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chr8	48866788	rs1231203	T	G	144.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=28.98;SOR=3.611;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr8	49831217	rs147930178	GGT	G	141.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.738;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=3.632;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.36;ReadPosRankSum=0.060;SOR=0.197;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:50,10:0.17:60
chr8	51306962	rs77748232	T	C	1760.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.064;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.337;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=37;PP=1093;ReadPosRankSum=0.540;SC=TCCTTCCAGATTACGTTCTCC;SOR=2.157;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=46;TCF=8;TCR=38;TR=44;WE=51306970;WS=51306952;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,62:0.97:64
chr8	51362462	rs1481475	A	G	2441.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=18;NR=48;PP=1417;SC=CTCCTGTGGGAGAGGACTTCT;SOR=1.691;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=66;TCF=18;TCR=48;TR=66;WE=51362470;WS=51362452;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr8	51363078	rs7817955	C	T	781.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=19;NR=5;PP=532;SC=ATAACAAAAACAGTCAATGCA;SOR=2.147;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=19;TCR=5;TR=24;WE=51363086;WS=51363068;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr8	51363428	rs200347053	TA	T	209.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQ=61.53;NF=0;NR=5;PP=148;SC=AATGTTCTCTTAATTTTTTTT;SOR=2.584;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=5;WE=51363436;WS=51363418;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr8	51569543	rs79666619	G	A	2532.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=30;NR=32;PP=995;SC=CGACCTTCCTGGCCCTGAGGG;SOR=0.693;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=62;TCF=30;TCR=32;TR=62;WE=51569551;WS=51569533;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr8	51571172	rs1911830	G	A	5185.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=66;NR=38;PP=1959;SC=GGGACTGGACGAGAGCAGAGA;SOR=1.040;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=105;TCF=66;TCR=39;TR=104;WE=51571180;WS=51571162;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,198:1.00:198
chr8	51571370	rs1911831	G	A	1244.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=8;NR=27;PP=820;SC=AAAATAAACTGGACAAAAAAG;SOR=1.954;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=36;TCF=9;TCR=27;TR=35;WE=51571378;WS=51571360;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr8	51617430	rs7003356	T	A	1451.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=33;PP=949;SC=CTTGACCTCATATACATTCTA;SOR=2.004;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=43;TCF=10;TCR=33;TR=43;WE=51617438;WS=51617420;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr8	52284654	rs5891410	C	CA	696.50	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.054;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=1.727;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.51;ReadPosRankSum=0.428;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,40:0.83:48
chr8	52321243	rs2977020	T	C	7849.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.785;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=300;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=83;NR=118;PP=2965;ReadPosRankSum=0.349;SC=TCCGTGGCCATCCTGTTGTGT;SOR=0.969;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=203;TCF=84;TCR=119;TR=201;WE=52321251;WS=52321233;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,292:0.99:294
chr8	52325879	rs1560511	T	G	4428.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=31;NR=81;PP=2382;SC=GGCATGATATTATATGAATGG;SOR=1.509;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=112;TCF=31;TCR=81;TR=112;WE=52325887;WS=52325869;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,162:1.00:162
chr8	52336041	rs2060107	G	C	1970.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=48;NR=14;PP=1358;SC=AAGTATAAGAGAGCATGATTA;SOR=2.303;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=62;TCF=48;TCR=14;TR=62;WE=52336049;WS=52336031;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr8	52361772	rs1431636	G	A	1031.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=28;PP=797;SC=TATGTCATGTGATCAGAATTT;SOR=3.611;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=31;TCF=3;TCR=28;TR=31;WE=52361780;WS=52361762;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr8	52366200	rs6473599	G	A	5460.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.784;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=70;NR=67;PP=2738;ReadPosRankSum=-0.071;SC=ACGTTGCCACGTGCCTGGATC;SOR=0.231;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=138;TCF=71;TCR=67;TR=137;WE=52366208;WS=52366190;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,202:1.00:203
chr8	52721958	rs13252785	T	C	485.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=11;PP=261;SC=GAGCAGCAGCTGCAGCTGCAG;SOR=1.609;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=5;TCR=11;TR=16;WE=52721966;WS=52721948;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr8	52730521	rs4401853	C	T	15127.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=578;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=135;NR=274;PP=2965;SC=ATGATACTTACTGTTTTAACT;SOR=1.376;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=409;TCF=135;TCR=274;TR=409;WE=52730529;WS=52730511;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,553:1.00:553
chr8	52733050	rs12335014	T	A	3049.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=36;NR=32;PP=2649;SC=CTCTTCTTTGTTATCCTCTTC;SOR=0.744;SbPval=0.21;Source=Platypus;TC=88;TCF=54;TCR=34;TR=68;WE=52733063;WS=52733027;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr8	52733076	.	T	C	779	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=31;MMLQ=25;MQ=51.8;NF=35;NR=14;PP=779;QD=16.6075757663;SC=TTTCATCCTCTTCACTGTCTA;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=115;TCF=70;TCR=45;TR=49;WE=52733087;WS=52733066;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:66,49:0.43:115
chr8	52733121	.	G	A	226.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.469;ClippingRankSum=0.000;DP=168;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.48;MQRankSum=-3.330;QD=1.37;ReadPosRankSum=-0.791;SOR=0.689;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:148,17:0.10:165
chr8	52733128	rs62506083	T	G	2303.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.614;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FS=3.678;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.35;MQRankSum=-7.756;QD=14.05;ReadPosRankSum=3.372;SOR=1.009;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:80,84:0.51:164
chr8	52733143	rs111785933	A	G	250.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.023;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.05;MQRankSum=-2.940;QD=1.61;ReadPosRankSum=1.016;SOR=0.626;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:139,17:0.11:156
chr8	52733209	rs202074278	A	G	136.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.135;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.38;MQRankSum=-1.798;QD=1.29;ReadPosRankSum=1.606;SOR=0.769;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:95,11:0.10:106
chr8	52733214	rs200377849	A	C	142.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.227;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.58;MQRankSum=-1.892;QD=1.43;ReadPosRankSum=0.904;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:89,11:0.11:100
chr8	52733228	rs73592211	G	A	360.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.767;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FS=13.785;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.00;MQRankSum=-2.195;QD=4.29;ReadPosRankSum=-0.900;SOR=2.603;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:68,16:0.19:84
chr8	52733231	rs75748152	G	A	81.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.883;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FS=13.199;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.07;MQRankSum=-1.596;QD=1.04;ReadPosRankSum=-1.559;SOR=2.781;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:68,11:0.14:79
chr8	52733340	rs35006940	A	AT	421.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=9;PP=309;SC=TCTATTGTTTATTTTTTTCAT;SOR=1.179;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=11;TCF=2;TCR=9;TR=11;WE=52733348;WS=52733330;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr8	52746153	rs9298462	C	T	5357.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=70;NR=61;PP=2425;SC=GGTCTTTCTGCACTCCAGCTC;SOR=0.806;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=132;TCF=70;TCR=62;TR=131;WE=52746161;WS=52746143;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,203:1.00:203
chr8	52811681	rs10106734	A	G	1983.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=24;NR=26;PP=800;SC=TGCGCAGAGAACCACGGGCAC;SOR=0.772;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=50;TCF=24;TCR=26;TR=50;WE=52811689;WS=52811671;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr8	52811758	rs13263909	C	T	910.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=16;PP=440;SC=GCCCCGCCCCCCTCAGGGCTC;SOR=1.609;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=5;TCR=16;TR=21;WE=52811766;WS=52811748;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr8	53455013	.	G	GA	52.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.228;ClippingRankSum=0.000;DP=89;ExcessHet=3.0103;FS=4.706;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.64;ReadPosRankSum=-0.045;SOR=0.230;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:68,14:0.17:82
chr8	53570529	rs12708142	C	A	2124.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=23;NR=37;PP=1427;SC=ACACTAATGACGAAAACTGTT;SOR=1.195;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=60;TCF=23;TCR=37;TR=60;WE=53570537;WS=53570519;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
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chr8	53595940	rs75006081	T	C	40.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=0;PP=23;SC=GTAGAATAACTAGCAATGTAT;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=2;TCF=2;TCR=0;TR=2;WE=53595948;WS=53595939;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
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chr8	56911861	rs2175487	A	G	679.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=22;NR=3;PP=513;SC=CCTGGGTGACAAGAGTGAAAC;SOR=3.611;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=25;TCF=22;TCR=3;TR=25;WE=56911869;WS=56911851;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr8	57125270	rs6474051	T	C	1498.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=26;NR=8;PP=840;SC=CTCGATGTTGTAATTCAGCCC;SOR=1.609;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=26;TCR=8;TR=34;WE=57125278;WS=57125260;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr8	57129291	rs62515433	A	T	2432.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=16;NR=42;PP=1323;SC=CCTCTAAGCTATAAGAATGCA;SOR=1.455;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=58;TCF=16;TCR=42;TR=58;WE=57129299;WS=57129281;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr8	57295200	rs7002482	C	T	3582.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=28;NR=71;PP=2028;SC=TATAAATGCACTTTGTCAATA;SOR=1.574;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=99;TCF=28;TCR=71;TR=99;WE=57295208;WS=57295190;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
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chr8	57353826	rs3839874	AG	A	1697.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.981;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.275;NF=17;NR=14;PP=1344;ReadPosRankSum=-1.252;SC=TAGTGGGAAAAGATATTAAAA;SOR=0.569;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=34;TCF=19;TCR=15;TR=31;WE=57353834;WS=57353816;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,53:0.98:54
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chr8	59571856	rs59606339	A	C	4944.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.068;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.587;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=77;NR=52;PP=2592;ReadPosRankSum=-0.726;SC=GCACTGCCGGATAGCTCGGCA;SOR=0.658;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=131;TCF=78;TCR=53;TR=129;WE=59571864;WS=59571846;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,184:0.99:185
chr8	59720604	rs2726600	G	A	1808.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=33;NR=23;PP=1455;SC=GGAAACAAGAGAACGATCAAC;SOR=1.085;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=57;TCF=33;TCR=24;TR=56;WE=59720612;WS=59720594;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr8	61139280	rs12549573	C	T	1096.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=25;NR=8;PP=632;SC=TGCTTTTTGACCTATTTCTTT;SOR=1.981;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=34;TCF=25;TCR=9;TR=33;WE=61139288;WS=61139270;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr8	61178676	rs5891756	CT	C	758.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-0.566;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=11;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=31;PP=435;ReadPosRankSum=-0.496;SC=ACATTAGAGACTTTTTTTTTT;SOR=0.709;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=44;TCF=0;TCR=44;TR=31;WE=61178684;WS=61178666;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:5,44:0.90:49
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chr8	61193453	rs7002846	A	G	567.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=18;NR=2;PP=465;SC=CCCGAAACGCACCAGGGGAGT;SOR=3.816;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=20;TCF=18;TCR=2;TR=20;WE=61193461;WS=61193452;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr8	61193522	rs7002871	A	G	2969.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=61;NR=19;PP=1603;SC=CGGAGCGCGCAGCGGCAGCAG;SOR=1.877;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=80;TCF=61;TCR=19;TR=80;WE=61193530;WS=61193512;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr8	61193570	rs74792169	C	T	8611.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=326;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=124;NR=64;PP=2965;SC=CTGACGCCGCCGCGGGACCCC;SOR=1.136;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=189;TCF=124;TCR=65;TR=188;WE=61193578;WS=61193560;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,322:1.00:322
chr8	61193760	rs10101374	T	G	4427.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=27;NR=96;PP=2776;SC=GCGCCTTCGCTGGGCGCGGGG;SOR=2.012;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=123;TCF=27;TCR=96;TR=123;WE=61193768;WS=61193750;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,154:1.00:154
chr8	61193809	rs10086341	A	G	2337.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=59;PP=1727;SC=GAGTGTGAGCACGCGTGAGCG;SOR=3.198;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=69;TCF=9;TCR=60;TR=68;WE=61193817;WS=61193799;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr8	61655690	rs7836586	G	A	2873.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=85;PP=2261;SC=CTGCATTGCAGTGTGAAATTC;SOR=3.868;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=93;TCF=8;TCR=85;TR=93;WE=61655698;WS=61655680;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr8	61707725	rs4540437	G	A	4428.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=46;NR=72;PP=2411;SC=TTGGTTATTTGGCATGGGTAA;SOR=1.063;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=118;TCF=46;TCR=72;TR=118;WE=61707733;WS=61707715;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,162:1.00:162
chr8	61713126	rs5891777	A	ATGGACT	5304.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=38;PP=2957;SC=CATTTTAAAGATGGACTAGAA;SOR=1.003;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=52;TCF=11;TCR=41;TR=49;WE=61713134;WS=61713116;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
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chr8	61714190	rs41272438	A	T	4609.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.251;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.736;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=76;PP=2239;ReadPosRankSum=-0.842;SC=TGTGAGGTGTATGTGACTCTT;SOR=0.273;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=112;TCF=34;TCR=78;TR=110;WE=61714198;WS=61714180;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,175:0.99:177
chr8	61714245	rs10448027	A	G	1918.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.81;SOR=2.406;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
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chr8	61734295	rs4509369	A	G	1647.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.957;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=19;PP=927;ReadPosRankSum=-0.610;SC=ATATATGTATATGTATGTATG;SOR=0.385;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=49;TCF=30;TCR=19;TR=48;WE=61734303;WS=61734285;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,62:0.98:63
chr8	61748893	rs7005873	C	A	559.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=11;PP=326;SC=AATTACCTTCCCAGGGGTCCA;SOR=1.721;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=3;TCR=11;TR=14;WE=61748901;WS=61748883;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr8	61750860	rs7844902	A	G	3751.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=39;NR=60;PP=2054;SC=GAAGCATGACAGAGTTCATGT;SOR=1.032;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=99;TCF=39;TCR=60;TR=99;WE=61750868;WS=61750850;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,141:1.00:141
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chr8	62003453	rs1367972	A	G	7153.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.553;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=283;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=6.906;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.152;NF=99;NR=78;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.775;SC=TGAAGCTGTAATGAGTTAAGA;SOR=0.481;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=179;TCF=99;TCR=80;TR=177;WE=62003461;WS=62003443;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,272:0.99:274
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chr8	62411925	rs71559334	G	GAAAT	6632.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=35;NR=38;PP=2032;SC=ATTAAAAAGAGAAATATAAAA;SOR=1.296;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=82;TCF=39;TCR=43;TR=73;WE=62411933;WS=62411915;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,140:1.00:140
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chr8	62475276	rs3802286	C	T	2417.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQ=59.96;NF=46;NR=22;PP=1331;SC=CTTAATTTGACGTAGTTAATA;SOR=1.364;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=68;TCF=46;TCR=22;TR=68;WE=62475284;WS=62475266;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr8	62475518	rs3824269	G	C	766.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=21;PP=606;SC=TAAGTCATGAGAGACTATTCA;SOR=3.014;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=4;TCR=21;TR=25;WE=62475526;WS=62475508;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr8	62479934	rs10090754	C	T	4445.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=38;NR=75;PP=2271;SC=TTTGTAATTACCCAAAATATT;SOR=1.278;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=113;TCF=38;TCR=75;TR=113;WE=62479942;WS=62479924;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,165:1.00:165
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chr8	62545288	rs2882462	C	T	2485.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=18;NR=41;PP=1194;SC=AGGCATCCCACATATAACTAA;SOR=1.305;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=59;TCF=18;TCR=41;TR=59;WE=62545296;WS=62545278;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr8	62550936	rs998427	A	C	2618.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.983;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.18;ReadPosRankSum=1.734;SOR=0.322;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,102:0.98:104
chr8	62563764	rs7016141	A	G	713.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=6;NR=14;PP=414;SC=TGACATTGGTACATACACATT;SOR=1.445;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=6;TCR=14;TR=20;WE=62563772;WS=62563754;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr8	62593664	rs62505969	T	G	786.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=9;NR=15;PP=478;SC=TATTATAACTTAGTGAAGTCA;SOR=1.609;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=9;TCR=15;TR=24;WE=62593672;WS=62593654;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr8	62595068	rs3750278	C	T	4001.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=42;NR=63;PP=2010;SC=AACATGAAAACTGTTATTTGT;SOR=1.003;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=106;TCF=43;TCR=63;TR=105;WE=62595076;WS=62595058;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,153:1.00:153
chr8	63296132	rs10808724	T	G	3073.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=-1.823;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=33;PP=1058;ReadPosRankSum=-0.483;SC=CCTTTTGGTTTGAAGAACATG;SOR=0.273;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=62;TCF=28;TCR=34;TR=61;WE=63296140;WS=63296122;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,121:0.99:122
chr8	63659635	rs4739003	G	A	2564.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.149;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=34;PP=1185;ReadPosRankSum=-1.265;SC=AGGCTGCATCGTTGACTTCCA;SOR=0.433;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=69;TCF=33;TCR=36;TR=66;WE=63659643;WS=63659625;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,99:0.97:102
chr8	63659754	rs16929506	T	C	1225.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.898;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.114;HP=1;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=24;PP=640;ReadPosRankSum=-0.035;SC=TTTCTCCACATCTACCTGATA;SOR=1.069;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=37;TCF=13;TCR=24;TR=36;WE=63659762;WS=63659744;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,48:0.98:49
chr8	63659801	rs72538970	CAG	C	375.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=10;PP=437;SC=GAACATCCAACAGAAATAGAA;SOR=4.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=0;TCR=10;TR=10;WE=63659810;WS=63659791;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr8	63891308	rs112823315	A	G	1951.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.54;QD=44.36;SOR=0.990;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
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chr8	63891319	rs113984807	G	A	1988.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.55;QD=43.23;SOR=0.874;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr8	63891336	rs7015120	A	G	1305.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=67;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=24;NR=17;PP=785;SC=AAAAACTCCTACAGCTAGCTC;SOR=1.007;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=24;TCR=17;TR=41;WE=63891344;WS=63891326;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr8	63891368	rs6997520	T	C	1847.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=59;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=28;NR=20;PP=912;SC=AAATGGCCACTCAGTTTTGTG;SOR=0.941;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=48;TCF=28;TCR=20;TR=48;WE=63891376;WS=63891358;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr8	63891446	rs7015302	A	G	1825.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=37;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=18;NR=23;PP=728;SC=TGCGAAGACCATGGGAAAAGC;SOR=0.840;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=41;TCF=18;TCR=23;TR=41;WE=63891454;WS=63891436;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
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chr8	63902886	rs17193714	C	T	2268.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=22;NR=38;PP=1127;SC=GAGTGTCATTCTAAACCCCAG;SOR=1.347;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=60;TCF=22;TCR=38;TR=60;WE=63902894;WS=63902876;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
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chr8	63927746	rs17279558	T	C	530.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=10;NR=3;PP=252;SC=GTTATATAAATAGTCACATAC;SOR=1.721;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=10;TCR=3;TR=13;WE=63927754;WS=63927736;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
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chr8	63948073	rs12682204	C	G	1172.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=25;NR=7;PP=589;SC=CCAGGTTGGCCTGGCTGGTCT;SOR=1.609;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=25;TCR=7;TR=32;WE=63948081;WS=63948063;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr8	63948134	rs6998383	A	G	2414.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=45;NR=20;PP=1192;SC=AAAGTGCTAGAATTACAGGCA;SOR=1.346;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=65;TCF=45;TCR=20;TR=65;WE=63948142;WS=63948124;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr8	63948185	rs199816014	TAA	T	6826.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=16;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=19;NR=44;PP=946;SC=TTATACAGAGTAAAAAAAAAA;SOR=0.881;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=80;TCF=30;TCR=50;TR=63;WE=63948209;WS=63948175;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,154:0.99:155
chr8	63948198	rs34099334	A	C	7381.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=15;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=58;NR=48;PP=2145;SC=AAAAAAAAAAAAAACACTGAA;SOR=0.851;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=110;TCF=61;TCR=49;TR=106;WE=63948209;WS=63948175;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,175:1.00:175
chr8	63951237	rs11545077	C	T	13040.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=0.646;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=500;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=137;NR=142;PP=2965;ReadPosRankSum=2.299;SC=GGCTTCTTGGCGGTGTCGCCG;SOR=0.722;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=280;TCF=138;TCR=142;TR=279;WE=63951245;WS=63951227;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,495:1.00:497
chr8	63951312	rs1800909	A	G	8633.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.660;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=336;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=98;NR=127;PP=2965;ReadPosRankSum=1.480;SC=CACAGCAGGCAGCCCGGACTG;SOR=0.918;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=226;TCF=98;TCR=128;TR=225;WE=63951320;WS=63951302;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,332:0.99:334
chr8	63978658	rs5891887	TA	T	4520.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=95;PP=2375;SC=CCCAGTGTGCTAAAAAAAATA;SOR=1.423;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=108;TCF=7;TCR=101;TR=102;WE=63978666;WS=63978648;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,195:1.00:195
chr8	64088033	rs147688304	A	C	818.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=15;PP=455;SC=GTATTAGTTGATTTTTCAAAT;SOR=1.536;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=5;TCR=15;TR=20;WE=64088041;WS=64088023;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr8	64098729	rs58419856	A	AG	2304.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=17;NR=14;PP=1375;SC=CACCAATGTCAATCCATACAT;SOR=1.382;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=17;TCR=14;TR=31;WE=64098737;WS=64098719;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr8	65290650	rs298212	C	T	5752.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=51;NR=59;PP=2442;SC=AAGACCAGCTCTCAGCTCTCT;SOR=0.869;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=111;TCF=51;TCR=60;TR=110;WE=65290658;WS=65290640;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,220:1.00:220
chr8	65493429	rs7016250	T	G	4580.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.45;SOR=0.965;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,180:1.00:180
chr8	65494020	.	G	GGCA	6082.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.793;ClippingRankSum=0.000;DP=218;ExcessHet=3.0103;FR=0.7069;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.865;NF=17;NR=46;PP=2964;ReadPosRankSum=-0.969;SC=CGGCAGCGGCGGCAGCAGCAG;SOR=0.569;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=79;TCF=19;TCR=60;TR=63;WE=65494028;WS=65494010;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,158:0.91:173
chr8	65537168	rs73237769	T	C	1352.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.673;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=34;PP=1013;ReadPosRankSum=-1.362;SC=ACAGGTGGTTTATTTACTGAA;SOR=1.938;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=38;TCF=4;TCR=34;TR=37;WE=65537176;WS=65537158;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,45:0.98:46
chr8	66439551	rs7825011	T	C	2227.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.975;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=18;PP=1122;ReadPosRankSum=-0.700;SC=TGAGCCACCATGCCCAGCCCT;SOR=1.609;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=65;TCF=46;TCR=19;TR=63;WE=66439559;WS=66439541;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,85:0.98:87
chr8	66651705	rs10089128	C	G	1547.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.675;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=19;PP=746;ReadPosRankSum=0.620;SC=AAATGTAAATCTTGTTACTGT;SOR=0.865;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=45;TCF=25;TCR=20;TR=43;WE=66651713;WS=66651695;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,61:0.97:63
chr8	67068131	rs2446433	T	C	1962.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=14;NR=47;PP=1404;SC=AAGACCTCTTTCTGAGGAGAA;SOR=2.338;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=61;TCF=14;TCR=47;TR=61;WE=67068139;WS=67068121;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr8	67352279	rs149451812	C	A	1001.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=21;NR=10;PP=621;SC=CTGCCAAGAACTACCAATTTG;SOR=1.432;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=31;TCF=21;TCR=10;TR=31;WE=67352287;WS=67352269;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr8	67411019	rs2251827	T	C	1291.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=21;NR=12;PP=616;SC=AAATTTAAAATCTATGAAATA;SOR=1.051;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=21;TCR=12;TR=33;WE=67411027;WS=67411009;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr8	67743588	.	G	GT	38.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.592;ClippingRankSum=0.000;DP=78;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.61;ReadPosRankSum=1.171;SOR=0.517;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:53,11:0.17:64
chr8	67753176	.	C	CA	72.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.554;ClippingRankSum=-0.000;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.37;MQRankSum=-0.000;QD=2.80;ReadPosRankSum=-0.707;SOR=0.569;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,10:0.38:26
chr8	67755920	rs7008720	C	A	869.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=12;PP=380;SC=TGAACCCAAACCCACATTAGG;SOR=1.022;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=21;TCF=8;TCR=13;TR=20;WE=67755928;WS=67755910;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr8	67759411	rs374703407	CT	C	71.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.611;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FS=2.555;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.87;ReadPosRankSum=1.068;SOR=1.120;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:64,18:0.22:82
chr8	67796120	rs17332410	C	G	8002.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-2.394;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=312;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.124;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=84;NR=94;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.040;SC=TTACAATTTGCTCAAGCTCTG;SOR=0.317;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=180;TCF=86;TCR=94;TR=178;WE=67796128;WS=67796110;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,309:1.00:310
chr8	67813633	rs2358008	A	G	2096.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=9;NR=49;PP=1444;SC=TTCAAATGATATGTTTAATTA;SOR=2.649;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=58;TCF=9;TCR=49;TR=58;WE=67813641;WS=67813623;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr8	67969596	.	T	TA	72.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.026;ClippingRankSum=0.000;DP=143;ExcessHet=3.0103;FS=1.828;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.54;ReadPosRankSum=0.026;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:110,25:0.19:135
chr8	67973984	rs7812572	C	A	3482.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=1.330;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.432;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=79;NR=23;PP=2112;ReadPosRankSum=-0.961;SC=CTGTCCCCCTCCCAGTCGGTG;SOR=2.210;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=104;TCF=80;TCR=24;TR=102;WE=67973992;WS=67973974;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,125:0.98:127
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chr8	68981979	rs6990381	T	C	796.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=7;PP=516;SC=TTCTAAAATATTGACAGTGAA;SOR=1.688;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=18;TCR=7;TR=25;WE=68981987;WS=68981969;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr8	68984675	rs6985922	C	T	2332.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=48;NR=19;PP=1290;SC=TGCTTACCTACCCTCTTGCTT;SOR=1.637;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=67;TCF=48;TCR=19;TR=67;WE=68984683;WS=68984665;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr8	68993013	rs12682458	AT	GC	3017.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=27;NR=29;PP=1032;SC=ATGGCTTTGGATTAGAAGACA;SOR=0.750;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=58;TCF=28;TCR=30;TR=56;WE=68993022;WS=68993003;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr8	68993188	rs12682493	A	G	236.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=8;PP=186;SC=TATCTTTATCAAACATAATGT;SOR=3.056;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=9;WE=68993196;WS=68993178;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr8	68995404	rs1030751	C	T	1041.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=18;NR=5;PP=464;SC=TTTCATATTCCAATTTTGTGA;SOR=2.030;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=23;TCF=18;TCR=5;TR=23;WE=68995418;WS=68995394;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr8	68995410	rs79583091	TG	T	1090.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=14;NR=5;PP=790;SC=ATTCCAATTTTGTGAAAAACT;SOR=2.303;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=20;TCF=14;TCR=6;TR=19;WE=68995418;WS=68995394;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr8	68995468	rs1030752	C	T	1505.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=32;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=30;NR=13;PP=821;SC=TGTAATTTCTCTCTTAGATGG;SOR=1.342;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=44;TCF=30;TCR=14;TR=43;WE=68995476;WS=68995458;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr8	68995633	rs1030753	A	G	2349.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=24;NR=33;PP=1049;SC=AGTAAGTTGTATGATTTATGT;SOR=0.965;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=57;TCF=24;TCR=33;TR=57;WE=68995641;WS=68995623;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr8	69002965	rs12544121	A	G	1863.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=17;NR=35;PP=1096;SC=GTGGCCCTTCAGATAATCTGG;SOR=1.352;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=52;TCF=17;TCR=35;TR=52;WE=69002973;WS=69002955;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr8	69003009	rs34882769	GT	G	1030.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=22;PP=917;SC=GACCTAAGGGGTTGAGGTGGG;SOR=2.621;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=24;TCF=1;TCR=23;TR=23;WE=69003017;WS=69002999;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr8	69009268	rs3812458	C	T	4362.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.079;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=40;PP=1943;ReadPosRankSum=0.730;SC=TTGACAAATTCAACACTATGG;SOR=0.915;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=95;TCF=55;TCR=40;TR=95;WE=69009276;WS=69009258;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,167:0.98:171
chr8	69009561	rs5892134	C	CT	79.27	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.623;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=7.93;ReadPosRankSum=0.524;SOR=0.473;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,8:0.80:10
chr8	69012364	rs1529819	G	A	1308.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=16;NR=22;PP=716;SC=TGGGCATTGAGTGCAGACCAC;SOR=1.007;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=38;TCF=16;TCR=22;TR=38;WE=69012372;WS=69012354;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr8	69013818	rs10097733	C	T	1622.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=33;PP=908;SC=AAAACATGACCGTGCTTTGAA;SOR=1.571;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=48;TCF=14;TCR=34;TR=46;WE=69013826;WS=69013808;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr8	69013865	rs10098030	G	A	690.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=18;PP=505;SC=AAATGCAAACGAAAATGCTAA;SOR=2.833;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=22;TCF=4;TCR=18;TR=22;WE=69013873;WS=69013855;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr8	69015242	rs1014663	T	C	2472.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=18;NR=59;PP=1444;SC=GTTTTACATTTGTTCTTCTGC;SOR=1.945;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=78;TCF=19;TCR=59;TR=77;WE=69015250;WS=69015232;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr8	69016055	rs13262734	A	G	1494.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=31;PP=982;SC=TCCTATGCTGACTCCGCCTTT;SOR=1.609;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=45;TCF=14;TCR=31;TR=45;WE=69016063;WS=69016045;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr8	69020496	rs4260880	T	C	7768.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=309;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=85;NR=130;PP=2965;SC=CTTTGGGAAGTGCATTTGGTG;SOR=1.027;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=216;TCF=86;TCR=130;TR=215;WE=69020504;WS=69020486;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,302:1.00:302
chr8	69021138	rs1434761	A	C	228.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=8;NR=0;PP=184;SC=TGACAACATAAATGAACCTGG;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=8;TCR=0;TR=8;WE=69021146;WS=69021135;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr8	69031299	rs7015786	A	T	1128.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=7;NR=31;PP=836;SC=AGAGAAACAGATTGATATAAT;SOR=2.419;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=7;TCR=31;TR=38;WE=69031307;WS=69031289;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr8	69104521	rs6472389	A	G	3893.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=61;NR=34;PP=1927;SC=TATCTAAAAGAATTTTACTAA;SOR=1.132;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=96;TCF=61;TCR=35;TR=95;WE=69104529;WS=69104511;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,145:1.00:145
chr8	69143712	rs10581964	CTT	C	129.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.044;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FS=1.337;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.95;ReadPosRankSum=1.173;SOR=0.399;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,12:0.27:44
chr8	69217174	rs2692030	T	A	2651.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=21;NR=41;PP=1215;SC=CTATTCTACATCACAGTGAGT;SOR=1.167;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=63;TCF=21;TCR=42;TR=62;WE=69217182;WS=69217164;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr8	69351982	rs2591004	C	T	1157.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=31;PP=850;SC=TAGATAGTTACCAAAGGTTTC;SOR=4.351;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=33;TCF=2;TCR=31;TR=33;WE=69351990;WS=69351972;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr8	69688772	rs7833828	G	T	932.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=25;PP=696;SC=CCATCTACTTGTAGGGTTTCT;SOR=3.126;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=28;TCF=3;TCR=25;TR=28;WE=69688780;WS=69688762;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr8	70539661	rs5892211	C	CA	228.25	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.133;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.27;ReadPosRankSum=0.305;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,14:0.88:16
chr8	70539911	rs4738002	G	A	757.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=24;NR=1;PP=637;SC=ATGAATAGCTGTTATTACAGA;SOR=4.977;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=26;TCF=24;TCR=2;TR=25;WE=70539919;WS=70539908;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr8	70540216	rs3802275	C	T	1869.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=18;NR=37;PP=1099;SC=TCATAGAGTACGATAACCTAA;SOR=1.445;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=55;TCF=18;TCR=37;TR=55;WE=70540224;WS=70540206;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr8	70550678	rs149790744	G	A	1916.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=44;NR=12;PP=1221;SC=GGAATGGCAAGCCTGCCTAAG;SOR=1.981;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=57;TCF=45;TCR=12;TR=56;WE=70550686;WS=70550668;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr8	70571313	rs3802278	G	A	8634.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=324;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=103;NR=132;PP=2965;SC=CAGCCCATTCGCAGGCACCCG;SOR=0.872;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=237;TCF=103;TCR=134;TR=235;WE=70571321;WS=70571303;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,314:1.00:314
chr8	70571531	rs6990375	G	A	5136.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=43;NR=81;PP=2592;SC=AGAAGGCAGCGCCTCCTCTTC;SOR=1.289;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=124;TCF=43;TCR=81;TR=124;WE=70571539;WS=70571521;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,192:1.00:192
chr8	70588741	rs10448033	T	C	2228.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=47;NR=12;PP=1295;SC=TAAAATCTTATTCATGGTAAT;SOR=2.055;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=60;TCF=47;TCR=13;TR=59;WE=70588749;WS=70588731;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr8	70588878	rs10448034	T	C	6957.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=272;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=78;NR=76;PP=2450;SC=GCATTCCCAGTGCAAAAGGTC;SOR=0.708;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=155;TCF=78;TCR=77;TR=154;WE=70588886;WS=70588868;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,270:1.00:270
chr8	70964399	rs10089937	A	G	1034.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=22;NR=13;PP=665;SC=AGCAGCCATCATCCTCCTTGT;SOR=1.387;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=35;TCF=22;TCR=13;TR=35;WE=70964407;WS=70964389;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr8	70967607	rs3750225	T	C	6244.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=242;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=64;NR=79;PP=2804;SC=GGCTGGAAGATTGAGAGAAAC;SOR=0.836;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=143;TCF=64;TCR=79;TR=143;WE=70967615;WS=70967597;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,238:1.00:238
chr8	70967727	rs3750226	T	C	981.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=3;NR=26;PP=774;SC=AGAGAAGAACTCTTTTCCAAT;SOR=2.833;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=30;TCF=3;TCR=27;TR=29;WE=70967735;WS=70967717;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr8	70967744	rs201316659	CTT	C	222.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.967;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=15.91;ReadPosRankSum=0.967;SOR=3.056;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,8:0.57:14
chr8	71037103	.	T	TA	47.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.356;ClippingRankSum=0.000;DP=133;ExcessHet=3.0103;FS=1.010;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.43;ReadPosRankSum=-0.710;SOR=0.886;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:94,18:0.16:112
chr8	71068183	rs11786991	C	T	3051.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=57;NR=18;PP=1577;SC=AGTACACCTGCGAGAAGATGT;SOR=1.786;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=75;TCF=57;TCR=18;TR=75;WE=71068191;WS=71068173;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr8	71075145	.	A	ATT	694.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.72;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr8	71075146	rs201423895	A	T	703.77	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=28.15;SOR=1.136;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr8	71082718	rs2958370	A	G	927.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=24;PP=661;SC=ATTCACACACAGATAGAAAAG;SOR=2.765;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=28;TCF=4;TCR=24;TR=28;WE=71082726;WS=71082708;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr8	71129120	rs71558586	A	AAC	582.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=13;PP=567;SC=ACCAGTAATTAACATTGTTTT;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=0;TCR=16;TR=13;WE=71129128;WS=71129110;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr8	71486568	rs268566	G	C	2742.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=34;NR=25;PP=1121;SC=GTGTTGTAACGATTATTATGT;SOR=0.876;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=59;TCF=34;TCR=25;TR=59;WE=71486576;WS=71486558;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr8	71506634	rs3816745	G	C	241.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=2;PP=134;SC=GTTGAGGTAAGAAGAATGGAG;SOR=1.085;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=7;TCF=5;TCR=2;TR=6;WE=71506642;WS=71506624;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr8	71510093	rs268626	A	G	3982.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=50;NR=38;PP=1671;SC=AATCTTAGATAAGGAAGGAGA;SOR=0.883;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=88;TCF=50;TCR=38;TR=88;WE=71510101;WS=71510083;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,147:1.00:147
chr8	71512349	rs268592	A	T	5225.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=78;NR=61;PP=2547;SC=GATCAAGTCAATTTGTGACCC;SOR=0.877;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=139;TCF=78;TCR=61;TR=139;WE=71512357;WS=71512339;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,199:1.00:199
chr8	71550058	rs268571	G	C	741.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=13;NR=7;PP=386;SC=ACCATTCTCTGAAAGCAAAAT;SOR=1.179;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=13;TCR=7;TR=20;WE=71550066;WS=71550048;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr8	71550895	rs11399242	C	CT	396.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=62.65;QD=20.88;SOR=2.670;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr8	71573259	rs35863913	C	T	1900.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=30;NR=17;PP=919;SC=AAGCAATCCACACACCTTGAC;SOR=1.073;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=30;TCR=17;TR=47;WE=71573267;WS=71573249;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr8	71574251	rs17760050	A	T	1295.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=23;PP=757;SC=TTTAACATGCACAAAAACCAG;SOR=2.356;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=6;TCR=23;TR=29;WE=71574259;WS=71574241;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr8	71593425	rs6991329	G	A	2739.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-0.994;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=27;PP=1196;ReadPosRankSum=-0.530;SC=GTGCTTTAGCGTTAAGCTTTA;SOR=0.332;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=66;TCF=39;TCR=27;TR=65;WE=71593433;WS=71593415;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,104:0.99:105
chr8	71593663	rs71560435	CTTA	C	662.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=10;PP=441;SC=ACAAAGATCCCTTATTTGCAT;SOR=3.383;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=13;TCF=1;TCR=12;TR=11;WE=71593673;WS=71593653;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr8	71595728	.	C	CT	81.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.575;ClippingRankSum=0.000;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.21;ReadPosRankSum=-0.569;SOR=0.551;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,10:0.27:37
chr8	72181862	rs2053664	C	T	779.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=2.437;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=6.854;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=0;PP=589;ReadPosRankSum=-0.093;SC=TATAGTTCTTCTCCATTTATA;SOR=4.255;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=26;TCF=24;TCR=2;TR=23;WE=72181870;WS=72181852;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,26:0.93:28
chr8	72211834	rs3779747	A	C	1068.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=20;NR=9;PP=671;SC=GTTGCATTTAAAGATATTTTT;SOR=1.387;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=20;TCR=9;TR=29;WE=72211842;WS=72211824;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr8	72935039	rs10085964	C	T	1441.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=46.51;SOR=2.694;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr8	72935045	rs10086177	G	C	1541.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=40.57;SOR=2.554;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr8	72935944	rs959975	T	C	128.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=4;NR=0;PP=70;SC=TAAAGCAAGATAATATATAAA;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=4;TCR=0;TR=4;WE=72935952;WS=72935934;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
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chr8	72962985	rs2120474	G	A	874.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=19;NR=8;PP=509;SC=GCATAAACCCGGGAAGAATTT;SOR=1.352;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=19;TCR=8;TR=27;WE=72962993;WS=72962975;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr8	72963258	rs1025928	T	C	515.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=13;PP=274;SC=GGAACCAACATGTAAAGCAAG;SOR=1.508;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=18;TCF=5;TCR=13;TR=18;WE=72963266;WS=72963248;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr8	72963296	rs1025929	A	G	395.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=3;NR=10;PP=243;SC=ATCCTTGCCCATTAATGGACA;SOR=1.911;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=3;TCR=10;TR=13;WE=72963304;WS=72963286;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr8	72965973	rs3735942	G	A	1734.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=28;NR=17;PP=919;SC=TAAGCATGAGGACCGCAGTAC;SOR=1.092;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=45;TCF=28;TCR=17;TR=45;WE=72965981;WS=72965963;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr8	72966002	rs3735943	G	A	1936.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=28;NR=20;PP=1014;SC=TCTTCATCCAGGCGATCTGTG;SOR=0.971;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=48;TCF=28;TCR=20;TR=48;WE=72966010;WS=72965992;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr8	72966124	rs3735944	A	G	1020.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=7;NR=24;PP=663;SC=TTAAGAAAAGATGTGTGCATA;SOR=2.012;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=7;TCR=24;TR=31;WE=72966132;WS=72966114;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr8	72969263	rs3779752	A	C	476.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.8374;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=7;NR=6;PP=170;SC=CTAAAAAAAAACACTATGTAA;SOR=0.892;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=14;TCF=7;TCR=7;TR=13;WE=72969271;WS=72969253;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr8	72971459	rs12541196	T	C	119.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=32;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=1;PP=73;SC=CGTATTCATATGCAATATACT;SOR=1.981;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=5;TCF=4;TCR=1;TR=5;WE=72971467;WS=72971449;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr8	72971502	rs12541199	T	C	421.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.18;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr8	72971505	rs12541200	T	G	470.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=39.23;SOR=1.445;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr8	72971527	rs12548486	C	T	342.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=39;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=7;NR=4;PP=199;SC=AGCAAGAAATCAAAATTTGCT;SOR=1.179;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=7;TCR=4;TR=11;WE=72971535;WS=72971517;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr8	72971570	rs9298198	C	T	875.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=46.09;SOR=0.793;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr8	72971579	rs28736596	A	C	875.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.70;SOR=0.784;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr8	72975619	rs34929058	GA	G	1410.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=15;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=21;NR=17;PP=644;SC=CATCTCAAAAGAAAAAAAAAA;SOR=1.445;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=41;TCF=23;TCR=18;TR=38;WE=72975627;WS=72975609;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr8	72975801	rs7819749	T	G	2140.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=12;NR=40;PP=1080;SC=TAGCTCCTTTTTTAAGCTGGA;SOR=1.765;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=52;TCF=12;TCR=40;TR=52;WE=72975809;WS=72975791;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr8	72981327	rs1811457	A	G	6765.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=260;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=70;NR=79;PP=2923;SC=AGTTTCGGAGATTTGGGTTTG;SOR=0.749;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=149;TCF=70;TCR=79;TR=149;WE=72981335;WS=72981317;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,255:1.00:255
chr8	72981584	rs1373297	C	T	201.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=1;NR=5;PP=105;SC=TCAGTTCTAACGAAACATTTA;SOR=1.863;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=1;TCR=5;TR=6;WE=72981592;WS=72981574;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr8	72987369	rs2278654	C	T	4164.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=70;NR=46;PP=2122;SC=AAAGCAGGCGCTGTGTGGGCG;SOR=1.088;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=117;TCF=71;TCR=46;TR=116;WE=72987377;WS=72987359;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,159:1.00:159
chr8	72987384	rs2278653	A	T	5106.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=72;NR=56;PP=2367;SC=TGGGCGCGTCATTAGTAGGGT;SOR=0.933;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=128;TCF=72;TCR=56;TR=128;WE=72987392;WS=72987374;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,193:1.00:193
chr8	73117525	rs1842716	T	G	8220.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.431;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=333;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.811;NF=120;NR=77;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.660;SC=GGGGAGGCACTGCACTTACCT;SOR=1.019;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=198;TCF=121;TCR=77;TR=197;WE=73117533;WS=73117515;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,329:0.99:333
chr8	73142382	rs12541758	C	T	6162.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.428;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=237;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.172;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=-1.234;NF=71;NR=58;PP=2629;ReadPosRankSum=0.502;SC=AGGTCCCCTTCATTCAGAAGC;SOR=0.514;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=131;TCF=71;TCR=60;TR=129;WE=73142390;WS=73142372;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,232:0.99:235
chr8	73146170	rs375770708	A	AT	1024.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=7;NR=11;PP=587;SC=TAATCATATGATTTTTTCAAC;SOR=1.292;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=20;TCF=8;TCR=12;TR=18;WE=73146178;WS=73146160;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr8	73152837	rs4559286	A	G	1035.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=28;NR=4;PP=708;SC=GCTTTTGTAAATAATAATAAT;SOR=2.649;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=33;TCF=28;TCR=5;TR=32;WE=73152845;WS=73152827;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr8	73156976	rs2017235	C	T	682.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=20;NR=3;PP=523;SC=TATCATTTGACCTGGAAGCTC;SOR=3.352;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=23;TCF=20;TCR=3;TR=23;WE=73156984;WS=73156967;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr8	73850203	rs11782118	G	A	9326.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.741;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=355;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=120;NR=110;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.391;SC=ACCATGCTGTGAGTGAAGTCA;SOR=0.764;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=234;TCF=121;TCR=113;TR=230;WE=73850211;WS=73850193;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,350:0.99:352
chr8	73921534	rs113373855	G	GGAGGTCGGGAGA	3249.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.61;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=17;PP=2972;SC=CGTCGCCGAGGGAGGGGCTGC;SOR=0.721;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=28;TCF=8;TCR=20;TR=25;WE=73921542;WS=73921524;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr8	73983988	rs5892392	T	TA	1345.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.361;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FS=2.592;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.28;MQRankSum=1.316;QD=9.68;ReadPosRankSum=-0.332;SOR=0.971;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:44,95:0.68:139
chr8	74203576	rs4394387	G	A	998.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=23;PP=704;SC=GCTGTGAGATGAAAACATAAC;SOR=2.049;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=9;TCR=23;TR=32;WE=74203584;WS=74203566;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr8	74204653	rs2070764	A	T	5331.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=58;NR=74;PP=2391;SC=GAAAACCAATAATCAGTTATT;SOR=0.861;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=133;TCF=59;TCR=74;TR=132;WE=74204661;WS=74204643;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,204:1.00:204
chr8	74209746	rs34188852	T	C	1225.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=23;PP=547;SC=AGTGCCAGCCTGAAAGCAACC;SOR=1.426;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=10;TCR=23;TR=33;WE=74209754;WS=74209736;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr8	74233349	rs3830704	T	TA	3895.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.415;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.771;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.206;NF=2;NR=53;PP=2531;ReadPosRankSum=-1.091;SC=ATAAAAAGAATATGTTGGGAG;SOR=1.473;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=57;TCF=2;TCR=55;TR=55;WE=74233357;WS=74233339;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,107:0.99:108
chr8	74332207	rs6998213	A	G	1733.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=1.082;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.635;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=14;PP=1086;ReadPosRankSum=1.104;SC=AATCATTAAAAACAACCCTAG;SOR=1.685;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=51;TCF=37;TCR=14;TR=50;WE=74332215;WS=74332197;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,63:0.97:65
chr8	74334947	rs150343947	AAAAC	A	3031.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=19;PP=1122;SC=CCTAAAAATGAAAACAAACAG;SOR=0.874;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=23;TCF=2;TCR=21;TR=21;WE=74334958;WS=74334937;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr8	74335014	rs60338415	T	TAGAAAGAC	905.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=39;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=13;PP=893;SC=AAAGCTGAGATAGAAAGACTC;SOR=1.828;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=14;TCF=1;TCR=13;TR=14;WE=74335022;WS=74335004;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr8	74440125	rs143916422	T	TCAGGAAAATTCAAATAATTTA	5034.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=32;PP=2965;SC=GGTCTAGATTTCACAGAACAC;SOR=1.807;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=58;TCF=4;TCR=54;TR=34;WE=74440133;WS=74440115;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr8	74463089	rs3088139	T	G	2308.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=29;NR=32;PP=1118;SC=TTCGGTGAAGTGAAAAAAAAA;SOR=0.786;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=63;TCF=29;TCR=34;TR=61;WE=74463097;WS=74463079;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr8	74463724	rs79320778	TTTAA	T	2454.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=1.149;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQ=60.18;MQRankSum=0.279;NF=10;NR=22;PP=1523;ReadPosRankSum=-0.289;SC=AAATATCATGTTTAATTAACT;SOR=0.997;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=38;TCF=12;TCR=26;TR=32;WE=74463735;WS=74463714;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,58:0.97:60
chr8	74463797	rs10112019	T	C	2656.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.967;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.285;HP=3;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=29;PP=1354;ReadPosRankSum=0.975;SC=ATACTAGCAATAGAATGCAAA;SOR=0.456;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=62;TCF=32;TCR=30;TR=61;WE=74463805;WS=74463787;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,97:0.99:98
chr8	74473876	rs28418483	G	A	6796.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=259;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=77;NR=87;PP=2965;SC=AATGTCTACCGCAGCAGCTTC;SOR=0.799;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=165;TCF=77;TCR=88;TR=164;WE=74473884;WS=74473866;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,257:1.00:257
chr8	74495118	.	G	GA	52.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.168;ClippingRankSum=0.000;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=1.348;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.19;MQRankSum=2.023;QD=0.98;ReadPosRankSum=0.388;SOR=0.933;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:43,11:0.20:54
chr8	74527996	rs949493	C	T	1430.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=19;NR=20;PP=746;SC=TCATCATCCACATCCTTTCCT;SOR=0.767;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=39;TCF=19;TCR=20;TR=39;WE=74528004;WS=74527986;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr8	74581290	rs11419133	A	AG	12278.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=313;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQ=60.03;NF=38;NR=84;PP=2957;SC=CAAGGAAAAGACATCTCCTTG;SOR=0.774;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=126;TCF=39;TCR=87;TR=122;WE=74581298;WS=74581280;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,306:1.00:306
chr8	74744721	rs7842946	T	C	1794.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=32;NR=14;PP=987;SC=ATTAAAAAAATAGCTTTGAAG;SOR=1.445;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=46;TCF=32;TCR=14;TR=46;WE=74744729;WS=74744711;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr8	74917084	rs6472812	A	G	3721.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=54;NR=42;PP=1860;SC=AGAATTGAAAAGATCCAAAGG;SOR=0.829;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=97;TCF=55;TCR=42;TR=96;WE=74917092;WS=74917074;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,139:1.00:139
chr8	75262798	rs7828201	G	C	8130.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=311;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=71;NR=81;PP=2965;SC=GGACGCATTCGTTCAGCTCTC;SOR=0.788;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=152;TCF=71;TCR=81;TR=152;WE=75262806;WS=75262788;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,308:1.00:308
chr8	75262841	rs4321999	G	A	6238.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=246;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=50;NR=77;PP=2578;SC=GGCGGAGGGTGGCGCGGATCG;SOR=0.991;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=129;TCF=52;TCR=77;TR=127;WE=75262849;WS=75262831;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,242:1.00:242
chr8	75274141	rs11554166	T	G	5856.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.896;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=248;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=1.788;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=85;NR=72;PP=2965;ReadPosRankSum=0.740;SC=ACACAGAGTCTGAGCTGAAGA;SOR=0.692;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=163;TCF=87;TCR=76;TR=157;WE=75274149;WS=75274131;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:5,231:0.98:236
chr8	75275312	rs4463412	C	T	1238.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=12;NR=15;PP=513;SC=TATATTCTTTCTCTCTTTTCA;SOR=0.866;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=12;TCR=15;TR=27;WE=75275320;WS=75275302;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr8	75460789	.	A	AG	51	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;FR=0.9998;HP=2;HapScore=4;MGOF=7;MMLQ=23;MQ=60.0;NF=1;NR=1;PP=51;QD=47.0;SC=GTTTTTGAAGAGTATTGCCAC;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=3;TCF=1;TCR=2;TR=2;WE=75460797;WS=75460774;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:1,2:0.67:3
chr8	75614617	rs2162147	A	G	3341.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.776;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=30;PP=1699;ReadPosRankSum=-0.493;SC=TTGCCAGCTGAAGCTATGCCA;SOR=0.414;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=84;TCF=53;TCR=31;TR=82;WE=75614625;WS=75614607;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,122:0.99:123
chr8	75618116	rs34916429	CT	C	1159.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=27;PP=1169;SC=AAAAACTAAACTTCTGAAATG;SOR=3.126;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=28;TCF=0;TCR=28;TR=27;WE=75618124;WS=75618106;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr8	75664516	rs34347449	CA	C	108.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.650;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.49;MQRankSum=0.696;QD=6.04;ReadPosRankSum=0.625;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,11:0.61:18
chr8	75664694	rs34841297	CA	C	9796.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.61;BaseQRankSum=0.605;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=385;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.208;NF=33;NR=83;PP=2967;ReadPosRankSum=0.806;SC=TCAGTCCAGCCACCAGATCAA;SOR=0.731;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=121;TCF=33;TCR=88;TR=116;WE=75664702;WS=75664684;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,377:0.99:379
chr8	75737770	rs36083765	C	CT	962.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.076;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FS=1.226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.30;MQRankSum=0.876;QD=12.50;ReadPosRankSum=0.049;SOR=1.015;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,59:0.77:77
chr8	75737818	rs1991860	C	T	1130.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=44;PP=1082;SC=TATTGTACATCTGCAGAATCT;SOR=2.531;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=51;TCF=7;TCR=44;TR=51;WE=75737826;WS=75737808;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr8	75756075	rs71565416	AG	A	1114.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=4;PP=814;SC=ACTCCACTCCAGCCCGGGCAG;SOR=3.098;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=15;TCR=4;TR=19;WE=75756085;WS=75756065;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr8	75756077	rs201514302	C	T	1123.77	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=17;NR=4;PP=507;SC=TCCACTCCAGCCCGGGCAGAA;SOR=3.098;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=26;TCF=21;TCR=5;TR=21;WE=75756085;WS=75756065;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr8	75761295	rs34728422	C	T	2271.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=43;NR=26;PP=1325;SC=TAAGGACAATCTACTTTTAAA;SOR=1.367;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=69;TCF=43;TCR=26;TR=69;WE=75761303;WS=75761285;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
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chr8	75925045	rs75126481	A	G	1907.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=43;NR=1;PP=1306;SC=CTACCAAATTATACCAATGTA;SOR=3.804;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=44;TCF=43;TCR=1;TR=44;WE=75925053;WS=75925035;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr8	75929371	rs75402710	T	C	1647.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=19;NR=22;PP=897;SC=AATGTAATTATTTGAGGATAG;SOR=0.793;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=19;TCR=22;TR=41;WE=75929379;WS=75929361;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
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chr8	76468309	.	G	GT	43.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.164;ClippingRankSum=0.000;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.56;ReadPosRankSum=-1.598;SOR=0.877;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,7:0.25:28
chr8	77690727	.	TCA	T	53	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=0;NR=2;PP=53;QD=30.5;SC=CACCACTTCATCACACACACA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=1;TCR=13;TR=2;WE=77690736;WS=77690717;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:12,2:0.14:14
chr8	77694336	.	ATT	A	169.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.421;ClippingRankSum=0.000;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=7.649;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.85;ReadPosRankSum=-0.416;SOR=0.072;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,12:0.41:29
chr8	77745635	rs2733733	G	A	5349.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=52;NR=71;PP=2445;SC=AGTTGAGATCGACCTCAGGTA;SOR=0.952;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=123;TCF=52;TCR=71;TR=123;WE=77745643;WS=77745625;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,197:1.00:197
chr8	77755152	rs2248913	T	C	4773.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=53;NR=131;PP=2965;SC=CTACTATTCATTGCATGTGCA;SOR=3.812;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=192;TCF=61;TCR=131;TR=184;WE=77755160;WS=77755142;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,174:1.00:174
chr8	77765865	rs2728455	C	T	10058.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.152;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=396;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.254;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=150;NR=112;PP=2965;ReadPosRankSum=1.771;SC=TTACTGACTACCAGCTTAGGG;SOR=0.333;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=269;TCF=154;TCR=115;TR=262;WE=77765873;WS=77765855;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:7,375:0.98:382
chr8	77879257	rs7000529	T	C	925.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=19;PP=580;SC=CCATTGCCTTTTCCTTTGGTA;SOR=1.542;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=7;TCR=19;TR=26;WE=77879265;WS=77879247;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr8	77895865	rs10087163	A	G	8656.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=344;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=146;NR=89;PP=2965;SC=CCAACTTCACATATGTTTTGA;SOR=1.135;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=236;TCF=146;TCR=90;TR=235;WE=77895873;WS=77895855;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,334:1.00:334
chr8	77911986	rs137919839	CTG	C	4080.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=24;NR=31;PP=2675;SC=TCAACTGCAGCTGTGTGTGTG;SOR=1.423;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=58;TCF=27;TCR=31;TR=55;WE=77911995;WS=77911976;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr8	79591017	rs28429528	G	C	716.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=19;PP=543;SC=ACAATTATCTGCTACATTAAG;SOR=6.358;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=0;TCR=19;TR=19;WE=79591025;WS=79591007;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr8	79598666	rs142222654	GTTTA	G	4875.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.367;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.295;NF=28;NR=36;PP=2994;ReadPosRankSum=0.975;SC=GATACTGTTTGTTTATTTATT;SOR=0.479;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=69;TCF=29;TCR=40;TR=64;WE=79598681;WS=79598656;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,111:0.99:112
chr8	79601420	rs1872072	T	C	361.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=12;NR=0;PP=298;SC=TTTCAAGTACTATGCTATTAA;SOR=5.136;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=12;TCR=0;TR=12;WE=79601428;WS=79601410;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr8	79610710	rs1054283	A	G	5491.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.557;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=63;PP=2297;ReadPosRankSum=0.840;SC=TTCAGACCTTATCTCCCTCTC;SOR=0.712;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=125;TCF=62;TCR=63;TR=124;WE=79610718;WS=79610700;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,214:0.99:216
chr8	79629586	rs77219198	C	T	6920.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.652;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=273;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=93;NR=74;PP=2961;ReadPosRankSum=2.680;SC=TGTGCATCTTCCCTTAATGGT;SOR=0.821;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=171;TCF=94;TCR=77;TR=167;WE=79629594;WS=79629576;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,264:0.99:266
chr8	79629738	rs5892663	C	CA	1013.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.425;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FS=5.400;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.10;MQRankSum=0.000;QD=11.79;ReadPosRankSum=0.346;SOR=1.152;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,64:0.74:86
chr8	80523667	rs35479042	G	C	355.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=11;PP=227;SC=AGGTAGAAGCGGGTAAGTTGC;SOR=2.985;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=12;TCF=1;TCR=11;TR=12;WE=80523675;WS=80523657;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr8	80553512	rs13269060	G	A	1890.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=46;NR=5;PP=1328;SC=CCTATCTCCCGGAATAACAAC;SOR=3.442;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=51;TCF=46;TCR=5;TR=51;WE=80553520;WS=80553502;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr8	80575745	rs13263753	G	A	134.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=2;PP=80;SC=TCAGTATTATGATATAAAGAA;SOR=1.329;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=6;TCF=4;TCR=2;TR=6;WE=80575753;WS=80575735;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr8	80575954	rs13266097	T	A	267.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=6;PP=133;SC=ATCTTAAAATTTCAATTCAAT;SOR=1.270;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=3;TCR=6;TR=9;WE=80575962;WS=80575944;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr8	80576923	rs375568053	C	CCTCT	1126.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=13;NR=4;PP=915;SC=CCCATATTTTCCTTCTGAAAT;SOR=2.494;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=13;TCR=4;TR=17;WE=80576931;WS=80576913;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr8	80576942	rs34059899	T	C	928.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=35;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=22;NR=6;PP=526;SC=ATGGGAAAAATTCATAAAAGT;SOR=1.949;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=28;TCF=22;TCR=6;TR=28;WE=80576950;WS=80576932;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr8	80678122	rs57799278	G	A	884.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=26;PP=751;SC=CAACAGTCAGGGGTTCTTCCG;SOR=3.334;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=4;TCR=26;TR=30;WE=80678130;WS=80678112;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr8	80678493	rs142613628	AGGCATGT	A	9536.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.077;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.394;HP=3;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.194;NF=13;NR=89;PP=2965;ReadPosRankSum=0.955;SC=TTTCCTCAAGAGGCATGTGGC;SOR=0.837;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=106;TCF=13;TCR=93;TR=102;WE=80678517;WS=80678483;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,218:0.99:221
chr8	80678532	rs139971115	CA	C	3735.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=0.064;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=39;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=88;PP=2969;ReadPosRankSum=0.480;SC=TCCCGTATACCAAAAATAAGA;SOR=0.862;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=104;TCF=12;TCR=92;TR=100;WE=80678540;WS=80678522;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,144:0.98:147
chr8	80831393	rs201430403	TA	T	58.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.329;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FS=1.252;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.24;MQRankSum=2.614;QD=0.88;ReadPosRankSum=-1.740;SOR=0.454;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:53,14:0.21:67
chr8	80950222	.	G	A	705.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=14;NR=3;PP=368;SC=CAAACTATTTGGTCAAAGGAA;SOR=1.981;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=14;TCR=3;TR=17;WE=80950230;WS=80950221;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
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chr8	80965070	rs3780010	C	A	1532.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=30.05;SOR=2.540;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr8	80965739	rs2303446	C	T	785.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=23;PP=632;SC=CACAGAACTACATCCAAAATT;SOR=3.611;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=26;TCF=3;TCR=23;TR=26;WE=80965747;WS=80965729;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr8	81733727	rs3907424	C	A	11624.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.003;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=448;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=145;NR=136;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.599;SC=TTGGTGTCTGCTGTTTTCACA;SOR=0.725;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=283;TCF=146;TCR=137;TR=281;WE=81733735;WS=81733717;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,441:0.99:445
chr8	81892766	rs2241972	G	A	7328.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=288;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=79;NR=101;PP=2965;SC=AAGTAATTCAGCGTTAACAAT;SOR=0.894;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=181;TCF=79;TCR=102;TR=180;WE=81892774;WS=81892756;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,282:1.00:282
chr8	82586291	rs3214541	G	GA	1580.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=29;PP=1264;SC=ACAATGGACTGAAATGGCTAA;SOR=1.445;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=32;TCF=1;TCR=31;TR=30;WE=82586299;WS=82586281;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr8	82590822	rs2932222	C	G	462.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQ=58.72;NF=7;NR=2;PP=205;SC=ACCTACTTGGCAGGCTGAGGC;SOR=1.371;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=7;TCR=2;TR=9;WE=82590830;WS=82590812;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr8	82590861	rs2991004	G	A	536.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=11;NR=3;PP=285;SC=CGGGAGGTGGGGGTTGCAGTG;SOR=1.721;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=11;TCR=3;TR=14;WE=82590869;WS=82590851;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr8	82590927	.	T	TA	35.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.860;ClippingRankSum=0.000;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.92;ReadPosRankSum=1.777;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,8:0.21:39
chr8	82598324	rs79040192	T	C	1334.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=29;PP=859;SC=CCAGGGCAGCTCCGGATAACG;SOR=2.636;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=8;TCR=29;TR=37;WE=82598332;WS=82598314;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr8	82606416	rs6995098	T	C	4400.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.159;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=47;PP=1911;ReadPosRankSum=-1.350;SC=GGAATGTACCTGACAACCCTA;SOR=0.870;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=114;TCF=65;TCR=49;TR=110;WE=82606424;WS=82606406;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,170:0.98:174
chr8	82607068	rs78323957	C	G	2631.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=31;NR=44;PP=1432;SC=GTAGCTTGAACTTACAAGGAT;SOR=0.957;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=75;TCF=31;TCR=44;TR=75;WE=82607076;WS=82607058;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr8	82627395	rs58900840	A	C	4077.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=32;NR=80;PP=2438;SC=CAGACCTAAAACAAATCAATG;SOR=1.577;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=113;TCF=32;TCR=81;TR=112;WE=82627403;WS=82627385;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,146:1.00:146
chr8	82713832	.	CAA	C,CAAAA	679.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.320;ClippingRankSum=0.000;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.78;ReadPosRankSum=-1.058;SOR=0.818;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:4,11,31:0.24,0.67:46
chr8	82713930	rs61516400	A	AGAGT	676.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=21;PP=1146;SC=CCTTATAGAAAATTTACATAC;SOR=4.174;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=22;TCF=1;TCR=21;TR=22;WE=82713938;WS=82713920;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr8	82715211	rs5892778	GC	G	1441.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=20;NR=6;PP=1028;SC=TATGCCAAAAGCCTACAACTT;SOR=2.419;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=28;TCF=21;TCR=7;TR=26;WE=82715219;WS=82715201;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr8	82727515	rs2635482	C	T	8177.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.088;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FS=1.866;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.05;MQRankSum=0.197;QD=43.04;ReadPosRankSum=-0.266;SOR=0.957;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:5,185:0.97:190
chr8	82727520	rs2600606	A	T	8273.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.269;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FS=1.857;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.05;MQRankSum=0.192;QD=41.16;ReadPosRankSum=-0.127;SOR=0.909;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:5,196:0.98:201
chr8	82727640	rs55997432	GA	G	3198.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.358;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.307;NF=6;NR=73;PP=1411;ReadPosRankSum=-0.130;SC=CTTTTCAAAGGAAAAAAAAAA;SOR=0.738;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=86;TCF=7;TCR=79;TR=79;WE=82727649;WS=82727630;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,152:0.98:155
chr8	82741576	rs34550849	C	CA	735.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=8;NR=5;PP=550;SC=GAATTTGACTCATTAACAAAG;SOR=1.508;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=13;TCF=8;TCR=5;TR=13;WE=82741584;WS=82741566;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr8	82751822	rs1814534	T	G	797.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=23;NR=3;PP=629;SC=CTTTGTAGTGTTATACAGCAG;SOR=3.611;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=26;TCF=23;TCR=3;TR=26;WE=82751830;WS=82751812;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr8	82752291	rs12056632	A	G	2750.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=20;NR=49;PP=1408;SC=TATGCAATCCATTATTTTCTT;SOR=1.477;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=69;TCF=20;TCR=49;TR=69;WE=82752299;WS=82752281;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr8	85441856	rs13248532	T	A	724.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=4;NR=21;PP=566;SC=TGTTCATATATCTGGAAATTG;SOR=3.528;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=4;TCR=21;TR=25;WE=85441864;WS=85441846;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr8	85716963	rs11784597	C	A	370.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=3;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=8;NR=6;PP=235;SC=GAATATACAGCAAATTTTTAT;SOR=0.818;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=14;TCF=8;TCR=6;TR=14;WE=85716986;WS=85716953;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr8	85716976	rs148241211	TAAA	T	772.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.93;SOR=0.914;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr8	85785413	rs3780004	A	G	1135.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=24;NR=6;PP=671;SC=GTCCTATGTGATTTGACACAG;SOR=2.133;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=30;TCF=24;TCR=6;TR=30;WE=85785421;WS=85785403;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr8	85799827	rs10712255	TC	T	536.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.224;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5003;FS=2.063;HP=10;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=5;PP=178;ReadPosRankSum=0.364;SC=ATTTGCTTTCTCCCCCCCCCA;SOR=1.445;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=18;TCF=10;TCR=8;TR=12;WE=85799835;WS=85799817;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,22:0.79:28
chr8	86021994	rs62525422	G	A	3051.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.941;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=42;PP=1410;ReadPosRankSum=-0.572;SC=ACAAAACTGTGCACATTAAAT;SOR=0.267;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=78;TCF=35;TCR=43;TR=77;WE=86022002;WS=86021984;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,116:0.99:117
chr8	86042370	rs11312968	AT	A	140.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.100;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.82;ReadPosRankSum=-0.640;SOR=0.914;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,12:0.67:18
chr8	86048000	rs36102162	AT	A	840.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.579;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.11;ReadPosRankSum=-1.615;SOR=1.220;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,43:0.98:44
chr8	86057707	rs62525428	A	G	1575.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.62;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=12;PP=509;SC=AAATTAAGCAACTTGCTTTTG;SOR=0.725;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=29;TCF=16;TCR=13;TR=28;WE=86057715;WS=86057697;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr8	86089787	rs12926	C	G	1436.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.64;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=17;NR=12;PP=457;SC=TCGGGGGCGCCGGGGGCGGCA;SOR=0.841;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=17;TCR=12;TR=29;WE=86089795;WS=86089777;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr8	86114525	rs3217409	T	TTTA	656.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=11;PP=456;SC=TTCTGAAACCTTTTTTCTTCT;SOR=2.584;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=0;TCR=13;TR=11;WE=86114533;WS=86114515;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr8	86121311	rs3808538	G	T	858.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=22;NR=7;PP=730;SC=CTGTCTTATTGTACTGTCTTA;SOR=2.468;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=30;TCF=23;TCR=7;TR=29;WE=86121319;WS=86121301;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr8	86126827	rs112611553	C	CAACATT	3659.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.61;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=21;PP=1830;SC=GTAGCTTCATCAACTGGTTTG;SOR=0.768;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=31;TCF=8;TCR=23;TR=26;WE=86126835;WS=86126817;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr8	86134784	rs12550160	C	A	1137.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=28;NR=7;PP=787;SC=ACCAACCAACCGTGTGATCTT;SOR=2.613;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=35;TCF=28;TCR=7;TR=35;WE=86134792;WS=86134774;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr8	86135096	rs2132589	A	G	1882.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=45;PP=1389;SC=CAATGAGAGCAACACACACAA;SOR=2.658;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=54;TCF=9;TCR=45;TR=54;WE=86135104;WS=86135086;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr8	86135132	rs1021583	A	G	1075.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=27;PP=825;SC=CAGACCAGAGAACTCTGATGC;SOR=3.321;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=29;TCF=2;TCR=27;TR=29;WE=86135140;WS=86135122;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr8	86158217	rs34150174	TTAAAC	T	3382.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=39;PP=2145;SC=CGGTTCCTCTTTAAACTAAGC;SOR=1.966;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=42;TCF=2;TCR=40;TR=41;WE=86158229;WS=86158207;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr8	86158249	rs17740658	C	T	1332.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=36;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=27;PP=830;SC=GAGCCCAGTGCGAGAAGCGGA;SOR=1.708;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=37;TCF=10;TCR=27;TR=37;WE=86158257;WS=86158239;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr8	86161990	rs62527224	A	G	1680.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=32;NR=16;PP=918;SC=CAGGAATAGTAGAGAGAATAA;SOR=1.498;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=48;TCF=32;TCR=16;TR=48;WE=86161998;WS=86161980;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr8	86163230	.	CTT	C	1217.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.285;ClippingRankSum=0.000;DP=137;ExcessHet=3.0103;FS=7.215;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.81;ReadPosRankSum=0.000;SOR=2.910;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:18,59:0.77:77
chr8	86171786	rs4739698	T	C	2419.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=25;NR=35;PP=1073;SC=ATAAGACATATCTGTGATTCA;SOR=0.929;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=62;TCF=26;TCR=36;TR=60;WE=86171794;WS=86171776;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr8	86171816	rs4739699	A	G	2005.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=18;NR=32;PP=928;SC=CACATGGTGGAATTTAAGGGG;SOR=1.108;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=50;TCF=18;TCR=32;TR=50;WE=86171824;WS=86171806;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr8	86180906	rs10712447	CT	C	427.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.485;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FS=1.257;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.38;ReadPosRankSum=1.699;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,46:0.69:67
chr8	86180944	rs2006767	A	G	1113.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=0.442;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=45;PP=1253;ReadPosRankSum=1.037;SC=CTTAATTTCTACTGTGTTTTG;SOR=2.200;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=51;TCF=5;TCR=46;TR=50;WE=86180952;WS=86180934;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,38:0.97:39
chr8	86250709	rs4740049	T	C	5201.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=45;NR=77;PP=2724;SC=AAAATCAATGTCTTATCAAAT;SOR=1.090;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=122;TCF=45;TCR=77;TR=122;WE=86250717;WS=86250699;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,188:1.00:188
chr8	86253707	rs142346369	T	TA	543.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=15;NR=2;PP=651;SC=TATAATTATTTAAAGCAGACA;SOR=3.716;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=19;TCF=17;TCR=2;TR=17;WE=86253715;WS=86253697;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr8	86351997	rs20571	G	A	3053.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=35;NR=39;PP=1304;SC=CCAGTCGCCCGTTGAGCTGCA;SOR=0.762;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=74;TCF=35;TCR=39;TR=74;WE=86352005;WS=86351987;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr8	86360458	rs11340759	TC	T	2245.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=30;PP=1421;SC=CTTCTGGTGCTCCTTACTCCA;SOR=1.143;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=34;TCF=4;TCR=30;TR=33;WE=86360466;WS=86360448;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr8	86388228	rs2307075	A	C	983.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.102;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=27;PP=767;ReadPosRankSum=0.525;SC=GTAGAATATTACTTAAATATT;SOR=2.242;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=32;TCF=4;TCR=28;TR=31;WE=86388236;WS=86388218;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,32:0.97:33
chr8	86389195	rs11780942	C	T	843.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=21;NR=5;PP=551;SC=GTTAATTTCTCTTTATTTTGT;SOR=2.019;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=21;TCR=5;TR=26;WE=86389203;WS=86389185;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr8	86389403	rs703	T	C	7178.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=2.439;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=281;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=81;NR=83;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.481;SC=TCCTGAATCCTTGGATTACTG;SOR=0.223;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=169;TCF=85;TCR=84;TR=164;WE=86389411;WS=86389393;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,274:1.00:275
chr8	87111368	rs11382900	G	GA	154.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.435;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FS=4.189;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.13;MQRankSum=0.000;QD=1.02;ReadPosRankSum=-1.221;SOR=1.142;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:121,31:0.20:152
chr8	87151606	rs2466326	G	C	704.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=17;NR=4;PP=442;SC=TGTACCTAAAGAGTGTGTGTT;SOR=2.303;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=22;TCF=17;TCR=5;TR=21;WE=87151614;WS=87151596;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr8	87155094	rs1483779	T	C	949.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=6;PP=394;SC=TATGATCTTTTTTCTTTTTAA;SOR=1.148;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=13;TCR=6;TR=19;WE=87155102;WS=87155084;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr8	87155274	rs11317974	AT	A	587.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=14;PP=266;SC=TTATCTTTGAATTTTTTTTTA;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=1;TCR=15;TR=14;WE=87155282;WS=87155264;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr8	87226553	rs16899642	G	A	734.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=19;NR=4;PP=497;SC=ATTTCACCATGAATGTTCTAT;SOR=2.670;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=19;TCR=4;TR=23;WE=87226561;WS=87226543;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr8	87227995	rs6992769	C	T	221.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=5;PP=111;SC=TTTATCATCTCATGGCTCAGT;SOR=1.609;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=1;TCR=5;TR=6;WE=87228003;WS=87227985;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr8	87241847	rs7814198	G	A	8112.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.861;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=311;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=123;NR=74;PP=2965;ReadPosRankSum=2.162;SC=AGCATGCCCCGCCTGAATATG;SOR=1.056;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=199;TCF=124;TCR=75;TR=197;WE=87241855;WS=87241837;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,306:0.99:308
chr8	87440101	.	C	CT	97.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.506;ClippingRankSum=0.000;DP=130;ExcessHet=3.0103;FS=3.848;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.93;ReadPosRankSum=-0.481;SOR=0.309;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:85,20:0.19:105
chr8	87443026	rs76615540	CCATATATATATA	C	232.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=53;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=4;PP=723;SC=ATATATCTCTCCATATATATA;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=0;TCR=4;TR=4;WE=87443045;WS=87443016;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr8	87452766	rs4961191	A	G	625.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=9;NR=7;PP=314;SC=GCCCCTTGTAAGAACCTTATT;SOR=0.859;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=16;TCF=9;TCR=7;TR=16;WE=87452774;WS=87452756;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr8	87567031	rs2304790	G	A	3271.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=60;NR=26;PP=1786;SC=TAAACACATTGTGCTTGAGAA;SOR=1.421;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=86;TCF=60;TCR=26;TR=86;WE=87567039;WS=87567021;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
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chr8	87568644	rs2304787	T	G	3495.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=34;NR=59;PP=1740;SC=AGGCAGTTGATTAGGTGTGCA;SOR=1.136;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=94;TCF=34;TCR=60;TR=93;WE=87568652;WS=87568634;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,133:1.00:133
chr8	87570665	rs1062850	A	C	9200.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.734;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=350;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=73;NR=117;PP=2965;ReadPosRankSum=0.825;SC=CTTTTGTGTTATGTGGAGCAA;SOR=1.028;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=194;TCF=74;TCR=120;TR=190;WE=87570673;WS=87570655;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,342:0.99:344
chr8	87570728	rs1062851	C	T	3347.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=2.010;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=67;PP=1929;ReadPosRankSum=-0.760;SC=CTTTTTACCCCCAGCATTTAT;SOR=0.614;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=97;TCF=29;TCR=68;TR=96;WE=87570736;WS=87570718;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,123:0.99:124
chr8	87581682	rs10660354	T	TCA	2614.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=34;PP=1726;SC=ACATGCACACTCACACACACC;SOR=1.352;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=43;TCF=4;TCR=39;TR=37;WE=87581690;WS=87581672;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr8	87581710	rs148839267	CCA	C	810.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=41;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=1;NR=25;PP=840;SC=TCACACATGCCCACACACACA;SOR=3.442;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=27;TCF=1;TCR=26;TR=26;WE=87581719;WS=87581700;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr8	87588519	rs974279	T	C	414.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=9;PP=176;SC=TATCATTTGATGAAGTTTCTG;SOR=1.739;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=11;TCF=2;TCR=9;TR=11;WE=87588527;WS=87588509;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr8	87666251	rs4961206	T	G	4040.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=51;NR=43;PP=1941;SC=TGAAATTTTGTAGAAGTCCTG;SOR=0.816;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=94;TCF=51;TCR=43;TR=94;WE=87666259;WS=87666241;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,153:1.00:153
chr8	87679098	rs3735967	G	A	619.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=15;NR=3;PP=419;SC=ACTTTTTGTAGCCCAATTAGA;SOR=2.636;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=15;TCR=3;TR=18;WE=87679106;WS=87679088;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr8	87679303	rs6471482	A	C	3185.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=36;NR=37;PP=1418;SC=GTGGTATAAAACAGCAGTTCC;SOR=0.710;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=73;TCF=36;TCR=37;TR=73;WE=87679311;WS=87679293;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr8	87680112	rs7815125	T	A	1892.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=42;NR=13;PP=1130;SC=TGCAGGTTATTTAATTTAAAT;SOR=2.105;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=55;TCF=42;TCR=13;TR=55;WE=87680120;WS=87680102;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr8	87683465	rs1441242	C	T	165.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=0;NR=7;PP=158;SC=ACAATTCAAACATTAGGTTTA;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=7;WE=87683473;WS=87683455;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr8	87751848	.	G	GTT	56.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.329;ClippingRankSum=0.000;DP=86;ExcessHet=3.0103;FS=2.255;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.13;MQRankSum=1.574;QD=0.80;ReadPosRankSum=1.595;SOR=1.005;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:50,21:0.30:71
chr8	87899871	rs66493340	T	G	2845.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=2.514;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.050;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=37;PP=1321;ReadPosRankSum=-0.526;SC=TTTTCTGTCATTCAAATGAAT;SOR=0.281;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=78;TCF=40;TCR=38;TR=77;WE=87899879;WS=87899861;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,110:0.99:111
chr8	87899960	rs67958512	A	G	1340.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=34;PP=901;SC=TATCACACAGATAAAAACAGT;SOR=2.078;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=44;TCF=10;TCR=34;TR=44;WE=87899968;WS=87899950;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr8	87917236	rs10504828	T	G	621.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=17;NR=1;PP=486;SC=ACGTATATATTGAGTTAAAAA;SOR=4.514;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=18;TCF=17;TCR=1;TR=18;WE=87917244;WS=87917226;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr8	87951714	rs4644279	A	C	321.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=10;NR=1;PP=258;SC=TCTGAAAATGACAAATTTTCT;SOR=2.494;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=11;TCF=10;TCR=1;TR=11;WE=87951722;WS=87951704;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr8	88440715	.	C	CTATCTTTT	672	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.64;FR=1.0000;HP=6;HapScore=2;MGOF=1;MMLQ=28;MQ=60.0;NF=4;NR=4;PP=672;QD=87.875;SC=AGCAATTGCTCTTTTTATGAA;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=10;TCF=5;TCR=5;TR=8;WE=88440725;WS=88440705;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:2,8:0.80:10
chr8	88440716	.	T	TA	1425.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=50.92;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr8	88440717	.	T	A	237	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.64;FR=1.0000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MMLQ=25;MQ=60.0;NF=10;NR=5;PP=237;QD=18.1180808365;SC=CAATTGCTCTTTTTATGAAGA;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=22;TCF=14;TCR=8;TR=15;WE=88440725;WS=88440705;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:7,15:0.68:22
chr8	88440717	.	T	TCTTTTTA	1425.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.99;SOR=1.839;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr8	88622001	rs9692781	C	T	1931.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=26;NR=24;PP=824;SC=TCTTCAACACCGAAAATTCTA;SOR=0.719;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=50;TCF=26;TCR=24;TR=50;WE=88622009;WS=88621991;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr8	88622043	rs9694259	T	G	1977.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=21;NR=25;PP=858;SC=TCAGATTGCATCATGGACAAA;SOR=0.832;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=46;TCF=21;TCR=25;TR=46;WE=88622051;WS=88622033;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr8	88622592	rs72670872	A	G	1091.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=24;NR=8;PP=652;SC=CATGAATTTCAGAAGCCTTTG;SOR=1.900;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=33;TCF=25;TCR=8;TR=32;WE=88622600;WS=88622582;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr8	89068596	rs2616495	C	T	621.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.420;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=19;PP=462;ReadPosRankSum=2.244;SC=ATATTAAATACATATTATACA;SOR=2.584;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=22;TCF=2;TCR=20;TR=21;WE=89068604;WS=89068586;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,22:0.96:23
chr8	89081541	rs2664347	A	T	676.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=18;NR=3;PP=526;SC=TTTGGTGTTTACGAATGCAAT;SOR=3.258;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=18;TCR=3;TR=21;WE=89081549;WS=89081531;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr8	89081730	rs2616490	T	C	5856.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.763;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=75;PP=2574;ReadPosRankSum=-0.605;SC=TCTTGGATTATAGATAGAGTG;SOR=0.301;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=129;TCF=53;TCR=76;TR=128;WE=89081738;WS=89081720;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,223:1.00:224
chr8	89198831	.	CAAA	C,CAA	755.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.352;ClippingRankSum=0.000;DP=105;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.10;MQRankSum=0.338;QD=20.99;ReadPosRankSum=1.109;SOR=0.516;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:1,22,13:0.61,0.36:36
chr8	90948315	.	CT	C	45.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.309;ClippingRankSum=0.000;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=1.719;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.18;ReadPosRankSum=1.245;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,9:0.43:21
chr8	91094086	rs7815279	A	C	955.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=25;NR=7;PP=676;SC=CCCCTTTCCCATTTCTCTGTA;SOR=2.049;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=34;TCF=27;TCR=7;TR=32;WE=91094094;WS=91094076;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr8	91094983	rs3087750	G	A	1997.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=17;NR=37;PP=1115;SC=GTCCGCGCGAGGGGGAGTGAG;SOR=1.426;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=54;TCF=17;TCR=37;TR=54;WE=91094991;WS=91094973;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr8	91967658	rs2677572	T	C	935.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=22;NR=9;PP=625;SC=GCACCTTGAATGTTCTTTGCC;SOR=1.819;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=22;TCR=9;TR=31;WE=91967666;WS=91967648;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr8	91973099	rs2740780	A	G	1266.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=14;NR=19;PP=564;SC=AACATCAAATATAATGTTAGG;SOR=0.859;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=14;TCR=19;TR=33;WE=91973107;WS=91973089;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr8	91992746	rs2740774	C	T	1067.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=12;NR=22;PP=617;SC=AGATGCTTTACATGTATACAA;SOR=1.445;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=12;TCR=22;TR=34;WE=91992754;WS=91992736;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr8	92021036	rs2054805	C	T	1741.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=20;NR=23;PP=667;SC=GTAAAATAAACAAAGAGAGGA;SOR=0.781;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=43;TCF=20;TCR=23;TR=43;WE=92021044;WS=92021026;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr8	92082753	rs3808378	C	T	1129.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=20;PP=600;SC=GGGCGCGTGGCGGGTCGATTC;SOR=1.259;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=30;TCF=10;TCR=20;TR=30;WE=92082761;WS=92082743;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr8	92083230	rs28429767	C	T	581.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=21;NR=2;PP=497;SC=TCTGTAGCTGCCTGTTACGTG;SOR=3.056;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=23;TCF=21;TCR=2;TR=23;WE=92083238;WS=92083220;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr8	92083424	rs11557571	A	G	9663.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=364;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=119;NR=116;PP=2965;SC=GGAGGAAGCAACTCACCGAAG;SOR=0.744;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=235;TCF=119;TCR=116;TR=235;WE=92083432;WS=92083414;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,359:1.00:359
chr8	92083592	rs5893159	CT	C	357.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.684;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.25;ReadPosRankSum=-2.310;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,25:0.93:27
chr8	92090573	rs11786324	G	C	2664.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=50;NR=21;PP=1554;SC=CATGCATTCTGCTTTTCTTAG;SOR=1.396;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=73;TCF=50;TCR=23;TR=71;WE=92090581;WS=92090563;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr8	92130316	rs55762572	A	G	3176.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=45;NR=33;PP=1414;SC=ATACTAAAAAATTAAATATAG;SOR=0.950;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=78;TCF=45;TCR=33;TR=78;WE=92130324;WS=92130306;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr8	92136728	rs11785003	C	T	1502.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=16;NR=14;PP=525;SC=CAGTTGACAACACTAAATCTG;SOR=0.796;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=30;TCF=16;TCR=14;TR=30;WE=92136736;WS=92136718;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr8	92139254	rs12544236	T	C	1458.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=1.360;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=1;PP=978;ReadPosRankSum=0.688;SC=TGTAGAAAAGTAGAAAAGTGA;SOR=2.970;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=38;TCF=37;TCR=1;TR=37;WE=92139262;WS=92139244;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,46:0.98:47
chr8	92145322	.	G	GT	197.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.914;ClippingRankSum=0.000;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.63;ReadPosRankSum=0.170;SOR=1.061;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,13:0.76:17
chr8	92301249	rs4734009	G	A	1587.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=40;NR=7;PP=1141;SC=TGTTGAGCAAGTAGAATAAAG;SOR=3.056;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=40;TCR=7;TR=47;WE=92301257;WS=92301239;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr8	92307978	rs10107822	C	T	1080.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=28;PP=743;SC=CACAGCGGCACAGGGAAGGCA;SOR=3.797;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=30;TCF=2;TCR=28;TR=30;WE=92307986;WS=92307968;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr8	92352887	rs7012287	C	T	2019.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=15;NR=33;PP=843;SC=CCTAACTGTACAGCAAGAGTG;SOR=1.252;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=48;TCF=15;TCR=33;TR=48;WE=92352895;WS=92352877;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr8	92972780	rs2977676	G	A	4164.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=36;NR=71;PP=2208;SC=AAGATCCCAAGTTAATACACT;SOR=1.294;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=107;TCF=36;TCR=71;TR=107;WE=92972788;WS=92972770;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,153:1.00:153
chr8	93088151	rs13252280	C	T	4101.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=79;NR=39;PP=2264;SC=TTTTCTGGTACGTAAGTAAAT;SOR=1.402;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=118;TCF=79;TCR=39;TR=118;WE=93088159;WS=93088141;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,152:1.00:152
chr8	93328805	rs13267622	T	G	252.22	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=1.676;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=4;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=3;PP=162;ReadPosRankSum=-0.844;SC=GAAGTAGAAGTAGAAGGAGAA;SOR=0.804;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=27;TCF=19;TCR=8;TR=12;WE=93328813;WS=93328783;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,11:0.85:13
chr8	93904087	rs3780016	T	C	345.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=9;NR=0;PP=233;SC=CAAAAACCTTTAAGTCTGGCA;SOR=2.670;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=10;TCR=0;TR=9;WE=93904095;WS=93904077;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr8	94359032	rs12677732	A	G	2837.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=36;NR=30;PP=1250;SC=ATTATCTCACACCAGCAGGAA;SOR=0.865;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=66;TCF=36;TCR=30;TR=66;WE=94359040;WS=94359022;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr8	94715965	rs6997642	C	G	594.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=10;PP=300;SC=CTGGCAAAGACTATGAGGTTT;SOR=1.329;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=5;TCR=10;TR=15;WE=94715973;WS=94715955;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr8	94740320	rs77899597	CA	C	492.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=2;NR=4;PP=225;SC=ATGACATGGACATTTTTTTGA;SOR=0.693;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=6;TCF=2;TCR=4;TR=6;WE=94740328;WS=94740310;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr8	94746698	rs3133974	G	T	7783.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.409;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=287;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=125;NR=117;PP=2965;ReadPosRankSum=1.164;SC=AGTCCTCCTCGGGGAGCTGCC;SOR=0.722;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=249;TCF=128;TCR=121;TR=242;WE=94746706;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,282:0.99:286
chr8	94794620	rs3097427	C	T	1318.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=16;NR=12;PP=552;SC=TATTTTGCTGCAGCTTTGTCC;SOR=0.818;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=28;TCF=16;TCR=12;TR=28;WE=94794628;WS=94794610;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr8	94800261	rs376142937	CT	C	52.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.601;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.26;ReadPosRankSum=0.936;SOR=1.033;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,12:0.29:42
chr8	94808165	rs3134031	A	G	8195.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=315;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=89;NR=89;PP=2965;SC=GCCAATGCCAATTCAGGAAGA;SOR=0.700;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=178;TCF=89;TCR=89;TR=178;WE=94808173;WS=94808155;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,311:1.00:311
chr8	95160947	.	TTG	T	333.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.809;ClippingRankSum=0.000;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=3.245;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.21;MQRankSum=0.000;QD=17.57;ReadPosRankSum=0.773;SOR=0.297;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,17:0.89:19
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chr8	95172487	rs11785909	A	T	860.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=22;PP=661;SC=GACACAAGTCATAGTTTGCAT;SOR=2.910;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=25;TCF=3;TCR=22;TR=25;WE=95172495;WS=95172477;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
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chr8	95658287	rs149099719	A	AT	260.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=10;NR=0;PP=367;SC=TAAATTTTAAATTTTTCCATT;SOR=4.977;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=11;TCR=1;TR=10;WE=95658295;WS=95658278;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
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chr8	95658562	rs57602858	A	AAAAT	2797.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=29;PP=1888;SC=GTTCCAGAAAAGGTAATTCAA;SOR=1.467;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=35;TCF=3;TCR=32;TR=31;WE=95658570;WS=95658552;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
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chr8	95718131	rs61112381	CTTTT	C	1708.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;QD=39.74;SOR=1.061;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr8	95718314	rs11785	T	C	718.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=13;PP=348;SC=AAATTTGAGCTAGTGAAGCCA;SOR=1.981;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=18;TCF=5;TCR=13;TR=18;WE=95718322;WS=95718304;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr8	95732283	rs13267007	G	C	1426.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=19;NR=20;PP=730;SC=GCTGCCAGTGGTCTCGGGAAG;SOR=0.767;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=39;TCF=19;TCR=20;TR=39;WE=95732291;WS=95732273;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr8	95738717	rs7816645	A	G	683.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=11;PP=316;SC=AATAGTTTACACTAGAAAGTA;SOR=0.922;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=19;TCF=8;TCR=11;TR=19;WE=95738725;WS=95738707;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
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chr8	95750546	rs201512830	CA	C	62.27	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.319;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=7.78;ReadPosRankSum=-0.887;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,7:0.88:8
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chr8	95854820	rs11786389	G	C	525.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=13;PP=367;SC=TCTGCCTTGCGTTTCTGTGCC;SOR=2.303;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=16;TCF=3;TCR=13;TR=16;WE=95854828;WS=95854810;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
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chr8	95896096	rs28399581	C	T	3436.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=41;NR=41;PP=1537;SC=TGGAATTAAACTTCAATTCTG;SOR=0.693;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=82;TCF=41;TCR=41;TR=82;WE=95896104;WS=95896086;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chr8	95902820	.	T	TA,TATA	2714.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.050;ClippingRankSum=0.000;DP=136;ExcessHet=3.0103;FS=6.124;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=31.57;ReadPosRankSum=1.305;SOR=1.643;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:3,36,47:0.42,0.55:86
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chr8	95902826	.	T	A	1153.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.155;ClippingRankSum=0.000;DP=132;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.82;ReadPosRankSum=0.285;SOR=0.713;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,74:0.82:90
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chr8	96070181	rs2678832	T	C	1853.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=16;NR=32;PP=1013;SC=TTTCATGGCATTGATGTTAAT;SOR=1.318;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=48;TCF=16;TCR=32;TR=48;WE=96070189;WS=96070171;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
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chr8	97245322	.	C	CA	32.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.133;ClippingRankSum=0.000;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.71;ReadPosRankSum=-0.442;SOR=0.558;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,10:0.22:46
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chr8	97256341	rs6993518	T	A	1040.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=25;PP=761;SC=TGAATCGTTATGTAGAAATAG;SOR=1.949;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=35;TCF=9;TCR=26;TR=34;WE=97256349;WS=97256331;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr8	97257982	rs871798	T	C	1277.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=33;NR=4;PP=925;SC=AATAACTTATTTTAAAGTCTA;SOR=3.664;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=37;TCF=33;TCR=4;TR=37;WE=97257990;WS=97257972;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr8	97258719	rs1878638	C	T	1052.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=9;NR=23;PP=627;SC=GTGATAAACACTTACATTCTT;SOR=1.609;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=9;TCR=23;TR=32;WE=97258727;WS=97258709;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
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chr8	97321898	rs961075	T	A	1728.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=17;NR=37;PP=968;SC=TAAGCCCTAATTTTATTTGGG;SOR=1.473;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=54;TCF=17;TCR=37;TR=54;WE=97321906;WS=97321888;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
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chr8	98289986	rs28669903	C	T	7919.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.61;BaseQRankSum=-1.966;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=302;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=72;NR=76;PP=2803;ReadPosRankSum=1.400;SC=GGGCGTCGTCCGGAGCAGGGC;SOR=0.226;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=151;TCF=73;TCR=78;TR=148;WE=98289994;WS=98289976;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,297:1.00:298
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chr8	98817552	.	C	CT	314.25	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.104;ClippingRankSum=0.000;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.24;ReadPosRankSum=1.972;SOR=0.723;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,26:0.76:34
chr8	98827376	rs115284743	A	T	228.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=2;PP=143;SC=AAGAACAAACATTAAAAAAAT;SOR=1.402;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=7;TCF=5;TCR=2;TR=7;WE=98827384;WS=98827366;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr8	98837520	rs28498698	C	T	1303.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.132;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.730;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=28;PP=811;ReadPosRankSum=0.718;SC=AAAGATTCATCTTAGTTATCA;SOR=1.755;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=38;TCF=10;TCR=28;TR=38;WE=98837528;WS=98837510;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,49:0.96:51
chr8	98943446	rs2290470	T	C	8443.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=325;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=96;NR=114;PP=2965;SC=GCACCATGACTGGGCTGGCCA;SOR=0.803;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=211;TCF=96;TCR=115;TR=210;WE=98943454;WS=98943436;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,323:1.00:323
chr8	99118622	rs2242197	A	C	906.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.67;SOR=1.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr8	99118654	rs2242196	C	T	448.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=3;NR=11;PP=284;SC=CTTAAATAGCCTATGTTGCAG;SOR=2.179;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=15;TCF=4;TCR=11;TR=14;WE=99118662;WS=99118644;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr8	99120794	rs77539382	T	TC	1292.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=29;NR=2;PP=1395;SC=ATAAAACAAATCAGGCAAGTG;SOR=4.235;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=32;TCF=30;TCR=2;TR=31;WE=99120802;WS=99120791;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr8	99121035	rs34451943	GC	G	3998.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.149;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=43.46;ReadPosRankSum=-0.622;SOR=0.602;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,91:0.99:92
chr8	99121036	.	CTA	TAG	2637	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;FR=1.0000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MMLQ=23;MQ=60.0;NF=20;NR=46;PP=2637;QD=20;SC=AAATTCAATGCTAGAAGACTT;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=74;TCF=21;TCR=53;TR=66;WE=99121046;WS=99121025;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:8,66:0.89:74
chr8	99121038	rs34397714	A	AG	3998.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.353;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=43.46;ReadPosRankSum=-0.509;SOR=0.602;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,91:0.99:92
chr8	99121075	rs35654897	TAA	T	815.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-1.218;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=13;HapScore=4;MGOF=72;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=31;PP=465;ReadPosRankSum=-0.415;SC=GTATAAATTGTAAAAAAAAAA;SOR=1.685;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=45;TCF=6;TCR=39;TR=36;WE=99121085;WS=99121065;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,30:0.91:33
chr8	99140544	rs2447508	G	A	1208.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=26;NR=13;PP=778;SC=TTATTCTCCAGTGTTAATTCA;SOR=1.609;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=39;TCF=26;TCR=13;TR=39;WE=99140552;WS=99140534;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr8	99162888	rs4735530	A	G	2344.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=23;NR=39;PP=1179;SC=GGCTTCTCTAATTTGATAATG;SOR=1.046;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=62;TCF=23;TCR=39;TR=62;WE=99162896;WS=99162878;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr8	99205111	rs3735885	T	C	2556.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=57;NR=14;PP=1709;SC=TAGCACATGTTAGCTTATAAA;SOR=2.223;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=71;TCF=57;TCR=14;TR=71;WE=99205119;WS=99205101;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr8	99205612	rs3735887	C	T	8983.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.900;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=348;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=123;NR=98;PP=2965;ReadPosRankSum=1.717;SC=CATTCACTCACCTCCAAGCCT;SOR=0.292;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=225;TCF=125;TCR=100;TR=221;WE=99205620;WS=99205602;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,342:1.00:343
chr8	99208065	rs13264255	T	C	665.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=11;NR=5;PP=354;SC=GAAACTGATGTTTCTTATATT;SOR=1.270;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=11;TCR=5;TR=16;WE=99208073;WS=99208055;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr8	99208190	rs3779721	A	C	1735.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=16;NR=23;PP=630;SC=ATATAAATACAGTGAGAAAAG;SOR=0.880;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=39;TCF=16;TCR=23;TR=39;WE=99208198;WS=99208180;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr8	99224534	rs1542289	C	A	816.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=14;NR=10;PP=466;SC=AAATATAAACCATGAGAAAGG;SOR=1.044;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=24;TCF=14;TCR=10;TR=24;WE=99224542;WS=99224524;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr8	100026275	rs12547849	T	C	862.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=26;PP=629;SC=TTTCTACTGATGTATTTTGAG;SOR=2.517;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=34;TCF=6;TCR=28;TR=32;WE=100026283;WS=100026265;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr8	100160282	.	ATTT	A,AT	1280.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.905;ClippingRankSum=0.000;DP=80;ExcessHet=3.0103;FS=7.984;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.14;MQRankSum=0.305;QD=23.29;ReadPosRankSum=-0.315;SOR=3.392;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:5,22,28:0.40,0.51:55
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chr8	100975002	rs6468700	A	G	3094.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=27;NR=43;PP=1500;SC=AAGCCTGCACAAAAATAAAAG;SOR=1.054;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=70;TCF=27;TCR=43;TR=70;WE=100975010;WS=100974992;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
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chr8	101721870	rs146609644	G	A	1180.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=3.316;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=410;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.088;HP=2;HapScore=1;MGOF=33;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-10.837;NF=28;NR=68;PP=1201;ReadPosRankSum=-3.708;SC=CAATTCTACCGTTCATTTCTG;SOR=1.377;SbPval=0.94;Source=Platypus;TC=327;TCF=136;TCR=191;TR=96;WE=101721878;WS=101721860;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:317,89:0.22:406
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chr8	101937455	rs964917	T	C	44.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=58;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=2;PP=27;SC=GGCAGCAATATTTTAAGTTTG;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=2;TCF=0;TCR=2;TR=2;WE=101937463;WS=101937445;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
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chr8	102701456	rs375965103	CA	C	350.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.039;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=265;ExcessHet=3.0103;FS=0.661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.08;MQRankSum=2.447;QD=1.55;ReadPosRankSum=-0.515;SOR=0.602;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:162,64:0.28:226
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chr8	103541502	rs66648401	A	G	2522.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.535;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.98;ReadPosRankSum=0.525;SOR=0.888;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,99:0.98:101
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chr8	103573006	rs2916569	G	A	34403.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.631;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=783;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=44.22;ReadPosRankSum=0.935;SOR=0.724;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,776:1.00:778
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chr8	104922269	rs72681370	A	C	877.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=2.005;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.140;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=6;PP=663;ReadPosRankSum=-0.282;SC=TTGAGACCAGACAGGATCACA;SOR=0.960;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=57;TCF=46;TCR=11;TR=34;WE=104922277;WS=104922259;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,37:0.58:64
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chr8	105264087	rs34085789	C	CA,CAA	1761.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.386;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FS=8.028;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.21;MQRankSum=0.571;QD=12.41;ReadPosRankSum=0.226;SOR=0.205;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:32,43,67:0.30,0.47:142
chr8	105361095	rs3088027	C	T	7736.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.555;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=659;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=113;NR=107;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.475;SC=GCACAGGGATCGTCATCTTGG;SOR=0.720;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=419;TCF=213;TCR=206;TR=220;WE=105361103;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:283,364:0.56:647
chr8	105361354	rs67114147	G	C	5884.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.016;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=486;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=91;NR=106;PP=2962;ReadPosRankSum=1.228;SC=CAGCAAAGGGGAAGTCCTGAG;SOR=0.740;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=351;TCF=163;TCR=188;TR=197;WE=105361362;WS=105361344;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:212,264:0.55:476
chr8	105367096	rs2458431	T	C	2618.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=54;NR=19;PP=1717;SC=TTTTATTCTTTCATTTTAGAA;SOR=1.828;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=73;TCF=54;TCR=19;TR=73;WE=105367104;WS=105367086;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr8	105367121	rs3802204	A	G	1798.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.859;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.139;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=16;PP=1104;ReadPosRankSum=-1.533;SC=GGAACTCAAGATATTATCCAT;SOR=1.006;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=115;TCF=83;TCR=32;TR=64;WE=105367129;WS=105367111;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,80:0.54:149
chr8	105368408	rs4734780	A	G	3731.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.150;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=474;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=88;PP=1968;ReadPosRankSum=-0.622;SC=TGGACATGGCAAGTGCAGACA;SOR=0.675;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=344;TCF=113;TCR=231;TR=130;WE=105368416;WS=105368398;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:278,188:0.40:466
chr8	105393687	rs2253336	G	A	994.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=27;PP=857;SC=GGCCTTTCACGGAAATTCCTG;SOR=3.545;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=33;TCF=6;TCR=27;TR=31;WE=105393695;WS=105393677;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr8	105463690	rs2669429	A	G	1402.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-1.042;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=28;PP=675;ReadPosRankSum=-1.480;SC=TAAGTCATTTATCATCTTGAA;SOR=0.668;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=73;TCF=27;TCR=46;TR=44;WE=105463698;WS=105463680;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,63:0.67:94
chr8	105479149	rs2959023	A	G	1109.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.698;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FS=0.638;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.04;ReadPosRankSum=-0.506;SOR=0.622;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:82,56:0.41:138
chr8	105503818	rs201824078	T	TA	784.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.157;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FS=5.171;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.57;ReadPosRankSum=-0.066;SOR=1.638;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,55:0.67:82
chr8	105511750	rs200847463	G	GA	1537.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=0.220;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.701;HP=9;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=52;PP=830;ReadPosRankSum=-0.261;SC=CCTGAAAACTGAAAAAAAAAT;SOR=0.801;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=114;TCF=4;TCR=110;TR=54;WE=105511758;WS=105511740;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,86:0.58:149
chr8	105601198	.	A	ACGCCGCCGC	2913.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.355;ClippingRankSum=0.000;DP=259;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.725;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=2.781;NF=2;NR=41;PP=2991;ReadPosRankSum=0.298;SC=GACGACGCCGACGCCGCCGCC;SOR=0.610;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=136;TCF=5;TCR=131;TR=43;WE=105601208;WS=105601188;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,80:0.57:140
chr8	105845706	rs145596017	T	TTTTTTTTC	1414.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.62;BaseQRankSum=-2.278;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.845;HP=7;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQ=60.11;MQRankSum=1.088;NF=0;NR=9;PP=407;ReadPosRankSum=2.151;SC=AATTTTTTCCTTTTTTTTCTA;SOR=0.876;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=29;TCF=3;TCR=26;TR=9;WE=105845714;WS=105845696;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,38:0.47:81
chr8	105845742	rs1380689	G	A	449.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.64;BaseQRankSum=0.435;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.201;HP=3;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=9;PP=166;ReadPosRankSum=0.180;SC=TGTTTTGCCCGGGCTCATCTC;SOR=1.064;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=33;TCF=14;TCR=19;TR=14;WE=105845750;WS=105845732;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,25:0.42:60
chr8	105845812	rs1380688	C	T	73.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=2.130;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=5;PP=81;ReadPosRankSum=-1.323;SC=GGATTACAGGCGTGAGCCACG;SOR=0.846;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=20;TCF=6;TCR=14;TR=6;WE=105845820;WS=105845802;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,6:0.23:26
chr8	105907461	rs2290865	G	T	1141.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=33;NR=4;PP=895;SC=CAAAAGAAAAGTAGCTGCAGG;SOR=3.556;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=37;TCF=33;TCR=4;TR=37;WE=105907469;WS=105907454;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr8	105907786	rs3214884	GT	G	5704.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=7;NR=87;PP=2951;SC=ATGGAAAACAGTTAATTTTAA;SOR=1.536;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=95;TCF=7;TCR=88;TR=94;WE=105907794;WS=105907776;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,158:1.00:158
chr8	106331094	.	G	GGCGGCGGGA	3699.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=95;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=63.97;QD=46.83;SOR=0.813;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr8	106430676	rs1383592	G	A	182.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.709;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=1.214;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.32;ReadPosRankSum=-0.473;SOR=1.008;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,14:0.25:55
chr8	106431029	rs11783971	AT	GC	1737.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=3.026;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.418;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=13;PP=1248;ReadPosRankSum=2.432;SC=TCTTTACCAGATAGTTAATTC;SOR=0.857;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=86;TCF=49;TCR=37;TR=31;WE=106431038;WS=106431019;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:92,48:0.34:140
chr8	106431290	rs3214948	CA	C	410.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=2.051;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.975;HP=9;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=10;PP=445;ReadPosRankSum=1.106;SC=ACCACTGTAACAAAAAAAGGC;SOR=0.467;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=66;TCF=35;TCR=31;TR=22;WE=106431298;WS=106431280;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,29:0.34:85
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chr8	107371935	rs117341867	G	A	2734.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.333;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.305;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=72;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.765;SC=TGAGGGAGTCGTACAGGCAGA;SOR=0.859;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=153;TCF=34;TCR=119;TR=91;WE=107371943;WS=107371914;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,116:0.61:190
chr8	107691271	rs28921395	C	T	181.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.817;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=3.233;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=11.36;ReadPosRankSum=-0.876;SOR=0.105;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,9:0.56:16
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chr8	107757885	rs1681905	G	A	122.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.383;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5016;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=2;PP=108;ReadPosRankSum=1.180;SC=CCTTCTGTGCGGAGCTTTTTG;SOR=1.609;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=9;TCF=7;TCR=2;TR=7;WE=107757893;WS=107757875;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,6:0.67:9
chr8	107782065	rs13259080	A	G	5194.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.599;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=698;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.775;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=67;NR=111;PP=2520;ReadPosRankSum=-0.294;SC=CTCCTCTCTCATAAGTCTTGC;SOR=0.808;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=435;TCF=177;TCR=258;TR=178;WE=107782073;WS=107782055;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:409,272:0.40:681
chr8	107782395	rs11996466	G	A	1639.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.069;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=31;PP=729;ReadPosRankSum=-0.740;SC=GGCCCTCCCCGCTTTCCTTTT;SOR=0.658;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=143;TCF=61;TCR=82;TR=54;WE=107782403;WS=107782385;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:118,83:0.41:201
chr8	108315277	rs4472483	T	G	693.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=20;NR=1;PP=532;SC=AAAAGGTGTGTGGATTGGGGA;SOR=4.003;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=21;TCF=20;TCR=1;TR=21;WE=108315285;WS=108315274;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr8	108315599	.	C	CAAA	40.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.952;ClippingRankSum=0.000;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=4.590;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.20;ReadPosRankSum=0.024;SOR=0.733;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,5:0.15:34
chr8	108335042	rs7009753	C	T	454.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.893;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.826;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=6;PP=134;ReadPosRankSum=-0.147;SC=CAGCAATATACATTCTCAATC;SOR=0.708;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=52;TCF=26;TCR=26;TR=13;WE=108335050;WS=108335032;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,29:0.30:97
chr8	108359026	rs10156232	G	A	278.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-1.938;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=1;PP=155;ReadPosRankSum=0.159;SC=AGCATGTCAGGCAGTCATTGT;SOR=0.430;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=13;TCF=12;TCR=1;TR=9;WE=108359034;WS=108359016;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,12:0.75:16
chr8	108970264	rs3039298	T	TCA	9375.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.023;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=388;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.816;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQ=60.06;MQRankSum=1.116;NF=50;NR=57;PP=2927;ReadPosRankSum=1.013;SC=GCGGGAGAATTCAGGAAGCAC;SOR=0.629;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=189;TCF=97;TCR=92;TR=107;WE=108970272;WS=108970254;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:145,235:0.62:380
chr8	108970367	rs601558	A	G	9716.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.567;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=750;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.106;NF=145;NR=149;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.539;SC=GGTTGGACACAGTATTGTGTC;SOR=0.656;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=479;TCF=240;TCR=239;TR=294;WE=108970375;WS=108970357;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:278,457:0.62:735
chr8	109009081	rs1369068	T	C	2833.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=0.114;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=72;NR=16;PP=2035;ReadPosRankSum=1.480;SC=AAAAGCATTGTTTTATTTACT;SOR=1.336;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=89;TCF=73;TCR=16;TR=88;WE=109009089;WS=109009071;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,98:0.99:99
chr8	109009180	rs716149	G	A	5589.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-2.411;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=446;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.543;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=96;NR=71;PP=2487;ReadPosRankSum=2.356;SC=CCCTACACACGAGGAATTCCC;SOR=0.631;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=275;TCF=162;TCR=113;TR=167;WE=109009188;WS=109009170;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:160,277:0.63:437
chr8	109215368	rs630492	T	C	2956.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=3.006;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=402;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.695;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=43;PP=1350;ReadPosRankSum=1.717;SC=CACAGGGAAATTGATCCTATA;SOR=0.648;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=196;TCF=101;TCR=95;TR=83;WE=109215376;WS=109215358;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:239,155:0.39:394
chr8	109215910	rs617285	T	C	362.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=3.592;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=13;PP=255;ReadPosRankSum=-0.862;SC=TATTGACTTGTACTATGCACG;SOR=0.671;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=37;TCF=2;TCR=35;TR=13;WE=109215918;WS=109215900;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,15:0.38:39
chr8	109245991	rs612744	G	A	491.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.274;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.047;HP=2;HapScore=2;MGOF=35;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=9;PP=195;ReadPosRankSum=1.221;SC=TCTCTTGAGCGCAAGAGTTCA;SOR=0.741;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=44;TCF=20;TCR=24;TR=17;WE=109245999;WS=109245981;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,26:0.48:54
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chr8	109254262	rs615233	C	T	253.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.237;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=4.769;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.45;ReadPosRankSum=-0.109;SOR=0.241;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:43,14:0.25:57
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chr8	109498717	rs34429579	C	CT,CTTT	878.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.187;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FS=2.969;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.14;MQRankSum=0.572;QD=12.38;ReadPosRankSum=0.561;SOR=0.356;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:17,25,29:0.35,0.41:71
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chr8	110402491	rs9642806	C	T	113.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=0.598;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=0;PP=48;ReadPosRankSum=-0.000;SC=CACCTTATTACGTATATTTTT;SOR=1.445;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=7;TCR=1;TR=4;WE=110402499;WS=110402481;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,6:0.50:12
chr8	110412519	rs1379369	G	A	2540.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.618;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=441;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.883;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=60;PP=1333;ReadPosRankSum=-0.942;SC=TCTACATCAAGGGTGATGACC;SOR=0.867;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=305;TCF=129;TCR=176;TR=96;WE=110412527;WS=110412509;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:291,144:0.33:435
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chr8	110413824	rs2061294	C	T	1529.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.028;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=241;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=34;PP=704;ReadPosRankSum=-0.243;SC=AAGAGTAAGGCTTTTTCCTGT;SOR=0.726;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=162;TCF=67;TCR=95;TR=57;WE=110413832;WS=110413814;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:155,85:0.35:240
chr8	110416813	rs1457286	C	T	1014.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.514;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=7;PP=515;ReadPosRankSum=-0.835;SC=TGCAGGAGTACAGATTAAGTG;SOR=0.703;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=81;TCF=63;TCR=18;TR=33;WE=110416821;WS=110416803;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,49:0.47:104
chr8	110418461	rs12679728	G	T	574.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-3.830;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.886;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=5;PP=384;ReadPosRankSum=-0.310;SC=CAGAGTATAGGTGCTTTAAAA;SOR=0.333;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=56;TCF=47;TCR=9;TR=26;WE=110418469;WS=110418451;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,27:0.44:61
chr8	110420245	rs16879470	T	C	1023.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.003;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=6;PP=685;ReadPosRankSum=0.556;SC=TATTAGTTAATGTCTACAAAT;SOR=0.707;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=101;TCF=87;TCR=14;TR=42;WE=110420253;WS=110420235;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,47:0.41:115
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chr8	110420429	rs13252234	A	G	3912.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.466;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=519;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.531;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=73;PP=1768;ReadPosRankSum=0.032;SC=GGTCATCAGAAGCTGAAGTAC;SOR=0.642;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=328;TCF=136;TCR=192;TR=125;WE=110420437;WS=110420419;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:315,204:0.39:519
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chr8	110460488	rs1673407	G	T	4043.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-1.104;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=521;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=63;PP=1866;ReadPosRankSum=1.372;SC=TGATAGTGTGGTGCAGTGCAT;SOR=0.667;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=308;TCF=157;TCR=151;TR=126;WE=110460496;WS=110460478;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:296,214:0.42:510
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chr8	110465060	rs1673404	G	C	3619.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.031;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=436;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=63;PP=1798;ReadPosRankSum=0.367;SC=AGACCATTCTGCTGGATCAAA;SOR=0.697;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=267;TCF=126;TCR=141;TR=121;WE=110465068;WS=110465050;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:244,187:0.43:431
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chr8	110471796	rs5893958	TA	T	596.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.799;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FS=2.059;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.12;MQRankSum=1.337;QD=6.63;ReadPosRankSum=1.448;SOR=0.947;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:57,33:0.37:90
chr8	110473907	rs1026439	T	C	283.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-0.161;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.550;NF=10;NR=0;PP=156;ReadPosRankSum=0.539;SC=TGAGATCATATGTGAATCAAA;SOR=0.449;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=38;TCF=38;TCR=0;TR=10;WE=110473915;WS=110473897;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,15:0.31:49
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chr8	110473966	rs1026438	A	T	2699.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=2.544;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.774;HP=7;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.186;NF=35;NR=10;PP=1524;ReadPosRankSum=0.315;SC=GATTCCGACAATTTTTTTAAT;SOR=1.123;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=129;TCF=91;TCR=38;TR=45;WE=110473974;WS=110473955;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:104,74:0.42:178
chr8	110476993	rs1673398	A	G	3128.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.175;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=454;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.137;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=51;PP=1527;ReadPosRankSum=0.765;SC=CAGTGCCTGCACCTGCAATAT;SOR=0.733;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=282;TCF=140;TCR=142;TR=110;WE=110477001;WS=110476983;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:279,171:0.38:450
chr8	110535444	rs10573846	CT	C	209.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.542;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.12;ReadPosRankSum=0.928;SOR=0.774;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:70,29:0.29:99
chr8	110570060	rs2844232	A	G	3691.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=3.785;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=489;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.526;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=74;PP=1860;ReadPosRankSum=1.386;SC=AATTAATGCTATTTGTTTGCA;SOR=0.866;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=298;TCF=123;TCR=175;TR=121;WE=110570068;WS=110570050;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:295,190:0.39:485
chr8	110575806	.	CT	C	145.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.497;ClippingRankSum=0.000;DP=73;ExcessHet=3.0103;FS=2.356;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.86;ReadPosRankSum=0.088;SOR=0.183;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,21:0.41:51
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chr8	110656746	rs59295888	TC	T	6375.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.61;BaseQRankSum=2.118;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=744;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.566;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQ=60.01;MQRankSum=1.481;NF=44;NR=49;PP=2972;ReadPosRankSum=0.084;SC=CACCACCACCTCCTTCCACCT;SOR=0.758;SbPval=0.24;Source=Platypus;TC=278;TCF=112;TCR=166;TR=93;WE=110656754;WS=110656736;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:507,232:0.31:739
chr8	110656773	rs11774663	T	C	5213.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.62;BaseQRankSum=0.174;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1002;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=83;NR=68;PP=1613;ReadPosRankSum=-0.136;SC=AGACTCTAAATGTCACCCCTC;SOR=0.655;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=486;TCF=265;TCR=221;TR=151;WE=110656781;WS=110656763;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:678,321:0.32:999
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chr8	110703333	rs13266567	A	T	557.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=1.477;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.237;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=5;PP=464;ReadPosRankSum=-0.489;SC=CCAATCAAACAGGAGGGCCTT;SOR=0.432;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=78;TCF=67;TCR=11;TR=28;WE=110703341;WS=110703323;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,28:0.33:84
chr8	113241088	rs1592624	T	G	912.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.487;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.598;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=18;PP=393;ReadPosRankSum=0.760;SC=TGAGGTTGATTTGAAGAATTT;SOR=0.526;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=67;TCF=31;TCR=36;TR=36;WE=113241096;WS=113241078;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,49:0.49:101
chr8	113254070	rs371891542	TGC	T	763.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.134;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.09;ReadPosRankSum=0.112;SOR=0.628;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:45,39:0.46:84
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chr8	113254087	rs28698529	G	A	542.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.453;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=0.954;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.10;ReadPosRankSum=0.599;SOR=0.498;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,30:0.45:67
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chr8	113420495	rs35988509	TG	T	5918.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=44;NR=43;PP=2967;SC=GAATACATCATGGGAAAATTA;SOR=1.262;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=90;TCF=44;TCR=46;TR=87;WE=113420503;WS=113420485;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,169:1.00:169
chr8	113485014	rs11783041	A	C	913.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=0.638;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=27;PP=541;ReadPosRankSum=-0.992;SC=TCTTCATATAAAAAATATATG;SOR=0.649;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=93;TCF=22;TCR=71;TR=34;WE=113485022;WS=113485004;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,45:0.39:114
chr8	113516209	rs10955625	G	A	421.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.660;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FS=9.834;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.59;ReadPosRankSum=1.745;SOR=1.671;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:127,36:0.22:163
chr8	113585637	rs7014796	A	G	594.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=1.488;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.156;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=5;PP=360;ReadPosRankSum=0.529;SC=TAATAATCAAATATTGGATAT;SOR=0.435;SbPval=0.22;Source=Platypus;TC=53;TCF=45;TCR=8;TR=21;WE=113585645;WS=113585627;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,27:0.41:66
chr8	113599196	rs7463547	T	C	490.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-2.144;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.969;HP=2;HapScore=4;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=1;PP=427;ReadPosRankSum=-0.746;SC=GTTAATACTATATACATACAC;SOR=0.180;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=19;TCF=18;TCR=1;TR=11;WE=113599215;WS=113599186;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,13:0.62:21
chr8	113599207	rs7460155	A	G	478.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-1.436;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=4;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=1;PP=427;ReadPosRankSum=0.625;SC=ATACATACACATATATATATA;SOR=0.693;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=20;TCF=19;TCR=1;TR=11;WE=113599215;WS=113599186;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,13:0.50:26
chr8	113655596	rs10505169	A	G	204.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=0.616;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=2;PP=108;ReadPosRankSum=0.167;SC=AGGTTAGACTATATTACCTTG;SOR=0.693;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=39;TCF=29;TCR=10;TR=10;WE=113655604;WS=113655586;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,13:0.28:47
chr8	113655643	rs112584207	A	AC	692.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.111;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.604;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=4;PP=362;ReadPosRankSum=0.505;SC=CCTTCATGTAAATTTGCTACA;SOR=1.170;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=31;TCF=13;TCR=18;TR=9;WE=113655652;WS=113655633;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,20:0.29:68
chr8	113655644	rs55980973	A	T	701.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.800;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=2.190;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.03;ReadPosRankSum=-0.044;SOR=1.104;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:48,22:0.31:70
chr8	113655752	rs10505168	T	C	886.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-1.012;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.881;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=10;PP=308;ReadPosRankSum=-2.328;SC=TTAATTAACATTTGCAACCTG;SOR=0.421;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=44;TCF=18;TCR=26;TR=20;WE=113655760;WS=113655742;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,43:0.51:85
chr8	113662299	rs6992564	T	G	409.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=2.841;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=2;PP=322;ReadPosRankSum=-0.258;SC=AAACCTAAAATATTTATAATT;SOR=0.846;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=28;TCF=25;TCR=3;TR=16;WE=113662307;WS=113662289;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,16:0.53:30
chr8	113697567	rs7839990	A	G	327.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-1.430;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=5;PP=224;ReadPosRankSum=-0.779;SC=ACCAATATACATGATCACTTT;SOR=0.716;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=46;TCF=35;TCR=11;TR=20;WE=113697575;WS=113697557;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,19:0.40:48
chr8	113842039	rs10106945	G	A	8886.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=338;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=69;NR=154;PP=2965;SC=ACAGAAACATGCACCTTAAAT;SOR=1.254;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=226;TCF=70;TCR=156;TR=223;WE=113842047;WS=113842029;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,326:1.00:326
chr8	113842114	rs140103189	GCACACACACA	GCA,G	769.73	.	AC=2,0;AF=1.00,0.00;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=0.964;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=11.139;HP=1;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQ=60.18;MQRankSum=0.400;NF=0,0;NR=29,29;PP=165,1152;ReadPosRankSum=-1.828;SC=TTGTCTCTCTGCACACACACA;SOR=5.053;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=51;TCF=0;TCR=51;TR=29,29;WE=113842131;WS=113842104;set=Intersection	GT:AF:DP	1/1:0.97:31
chr8	114448786	rs10682578	C	CCTT	520.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=1.767;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.251;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=0;PP=473;ReadPosRankSum=0.345;SC=TGAATCAACTCCTTTAGTATT;SOR=1.802;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=31;TCF=27;TCR=4;TR=12;WE=114448794;WS=114448776;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,15:0.38:39
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chr8	118533382	rs7015216	T	A	1561.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.010;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.389;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=40;PP=892;ReadPosRankSum=-1.227;SC=GTGGATGTCATCGGGGCTGCC;SOR=1.028;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=99;TCF=28;TCR=71;TR=54;WE=118533390;WS=118533372;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,70:0.54:130
chr8	118819578	rs7837891	C	T	7768.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-3.176;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=609;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.524;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=97;NR=143;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.379;SC=CCACAATCCTCTCAGGGAAGC;SOR=0.551;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=419;TCF=162;TCR=257;TR=240;WE=118819586;WS=118819568;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:241,360:0.60:601
chr8	118825354	rs4382503	C	T	551.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.363;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.791;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=17;PP=370;ReadPosRankSum=0.845;SC=CATTTCCCATCAATGCAGATG;SOR=1.251;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=37;TCF=6;TCR=31;TR=20;WE=118825362;WS=118825344;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,24:0.48:50
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chr8	118834952	rs4355803	C	T	393.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.770;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=2.680;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.69;ReadPosRankSum=0.196;SOR=0.257;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,17:0.85:20
chr8	118844039	rs12682457	T	C	420.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=4.488;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.039;HP=6;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=15;PP=295;ReadPosRankSum=-0.062;SC=GGAGGAGCAATAAAATAGCTT;SOR=1.562;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=50;TCF=7;TCR=43;TR=16;WE=118844047;WS=118844029;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,19:0.31:62
chr8	119209773	rs2514743	C	T	2500.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-2.318;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.052;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=20;PP=1360;ReadPosRankSum=-0.210;SC=CACAGCAAAGCAAGATTTTTC;SOR=0.545;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=126;TCF=96;TCR=30;TR=80;WE=119209781;WS=119209763;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,110:0.61:179
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chr8	119964283	rs2073617	G	A	799.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-1.360;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=23;PP=459;ReadPosRankSum=-1.220;SC=AAGCTCCAGGGTTAACGCTTT;SOR=0.673;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=57;TCF=15;TCR=42;TR=32;WE=119964291;WS=119964273;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,36:0.64:56
chr8	120220775	rs71302978	CG	C	7337.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=20;NR=50;PP=2670;SC=CCCGCCGCCCCGGGGTCACCC;SOR=0.789;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=77;TCF=22;TCR=55;TR=70;WE=120220783;WS=120220765;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,216:1.00:216
chr8	120233910	rs34920533	C	T	4308.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.664;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=596;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=76;NR=79;PP=1975;ReadPosRankSum=1.022;SC=TGTTTGTGTCCGTGACAGCGT;SOR=0.716;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=387;TCF=191;TCR=196;TR=155;WE=120233918;WS=120233900;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:353,234:0.40:587
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chr8	120429024	rs2279112	G	A	5965.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.276;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=800;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.534;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=89;NR=121;PP=2962;ReadPosRankSum=1.183;SC=TGCCCGGGCCGGTGCCCTGCG;SOR=0.723;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=536;TCF=235;TCR=301;TR=210;WE=120429032;WS=120429014;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:486,310:0.39:796
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chr8	120795607	rs13268676	G	A	2048.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-3.546;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=277;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.910;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=29;PP=979;ReadPosRankSum=-0.738;SC=CCTTTATGCTGTATATAATCT;SOR=0.414;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=199;TCF=135;TCR=64;TR=78;WE=120795615;WS=120795597;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:165,110:0.40:275
chr8	120800858	rs1976575	C	T	102.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.158;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.141;HP=3;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=0;PP=107;ReadPosRankSum=-1.425;SC=ATTCTGAGTCCCCAGAAATCT;SOR=2.437;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=26;TCF=17;TCR=9;TR=5;WE=120800866;WS=120800848;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,7:0.23:30
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chr8	120803637	rs9297605	C	G	1630.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.159;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.350;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=26;PP=865;ReadPosRankSum=0.580;SC=CTGAAACATACTGTAGTATTC;SOR=0.937;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=119;TCF=64;TCR=55;TR=59;WE=120803645;WS=120803627;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:103,82:0.44:185
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chr8	120814172	rs61753749	G	A	3321.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.484;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=462;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=68;PP=1518;ReadPosRankSum=-0.379;SC=CCACCAAATCGCCATTAGAAA;SOR=0.705;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=288;TCF=126;TCR=162;TR=120;WE=120814180;WS=120814162;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:270,182:0.40:452
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chr8	120818483	rs4871634	G	A	1111.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=2.235;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.278;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=13;PP=632;ReadPosRankSum=-0.039;SC=TGAATCTAACGTGATTTTAGT;SOR=0.817;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=139;TCF=96;TCR=43;TR=45;WE=120818491;WS=120818473;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:125,62:0.33:187
chr8	120818709	rs71571631	CTT	C	555.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.539;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FS=5.330;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.99;MQRankSum=-0.558;QD=11.34;ReadPosRankSum=-1.309;SOR=0.105;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,26:0.53:49
chr8	120843779	rs12542706	G	A	309.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-0.126;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=5;PP=213;ReadPosRankSum=-2.912;SC=TAATCATACAGACCCTAATTT;SOR=0.532;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=33;TCF=23;TCR=10;TR=15;WE=120843787;WS=120843769;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,16:0.43:37
chr8	120844590	rs10505374	T	C	235.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.507;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=1.385;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.55;ReadPosRankSum=1.034;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,13:0.36:36
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chr8	120847123	rs1055131	C	T	1128.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.846;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.330;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=11;PP=396;ReadPosRankSum=-0.812;SC=AAGAAAAGACCGTTGTTCTTT;SOR=0.816;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=80;TCF=47;TCR=33;TR=30;WE=120847131;WS=120847113;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,60:0.42:142
chr8	120847188	rs1055130	T	C	1210.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.781;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FS=0.570;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.16;ReadPosRankSum=0.800;SOR=0.644;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:100,69:0.41:169
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chr8	120940652	rs16893299	C	T	5549.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.612;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=473;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=121;NR=61;PP=2922;ReadPosRankSum=-0.330;SC=TCAGGCTGCACGAAGAAAAGG;SOR=0.698;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=324;TCF=219;TCR=105;TR=182;WE=120940660;WS=120940642;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:207,258:0.55:465
chr8	120940867	rs28461628	G	A	6377.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.513;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=273;ExcessHet=3.0103;FS=3.184;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.25;ReadPosRankSum=-1.741;SOR=0.494;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:98,165:0.63:263
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chr8	120942300	rs17820797	T	C	471.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=3.660;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.131;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=16;PP=306;ReadPosRankSum=2.858;SC=TAACTGTTCTTTTCCATATGA;SOR=0.881;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=71;TCF=10;TCR=61;TR=18;WE=120942308;WS=120942290;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,24:0.27:90
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chr8	121267617	rs993823	C	T	5121.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=48;NR=88;PP=2832;SC=CCATCACTTACGTTTTTGTCA;SOR=1.216;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=136;TCF=48;TCR=88;TR=136;WE=121267625;WS=121267607;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,186:1.00:186
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chr8	121293142	rs3054972	CTT	C	581.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.943;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FS=4.530;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.51;ReadPosRankSum=1.212;SOR=0.956;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:94,35:0.27:129
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chr8	121296045	rs16893819	A	G	1753.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=5.553;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.160;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=56;PP=1386;ReadPosRankSum=-1.058;SC=GATCACATTCACATATACATG;SOR=1.012;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=103;TCF=11;TCR=92;TR=62;WE=121296053;WS=121296035;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,65:0.60:109
chr8	121298046	rs73329045	C	A	299.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.285;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.637;HP=8;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=3;PP=175;ReadPosRankSum=0.584;SC=TTTTAGAAAACAAAATTCACC;SOR=0.368;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=21;TCF=16;TCR=5;TR=11;WE=121298054;WS=121298036;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,15:0.54:28
chr8	121298156	rs17833992	G	C	828.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.335;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=13;PP=349;ReadPosRankSum=-0.113;SC=TTTTCAAACTGTTACTTTCGA;SOR=0.675;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=45;TCF=23;TCR=22;TR=27;WE=121298164;WS=121298146;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,41:0.59:70
chr8	121309679	rs7357581	A	T	284.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=2.744;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5033;FS=2.622;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=2;PP=197;ReadPosRankSum=1.564;SC=TATATAATACATAACATAAAA;SOR=1.981;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=14;TCF=11;TCR=3;TR=11;WE=121309687;WS=121309669;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,11:0.69:16
chr8	121309862	rs2219241	A	T	1327.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=0.557;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=18;PP=518;ReadPosRankSum=-1.172;SC=TTGATTTTTTAAATTGTATTT;SOR=0.804;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=35;TCF=16;TCR=19;TR=33;WE=121309870;WS=121309852;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,55:0.96:57
chr8	121326122	rs3217653	CAG	C	902.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.226;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.157;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.488;NF=8;NR=6;PP=539;ReadPosRankSum=-1.268;SC=TTCTAGATGTCAGAGAGTCTA;SOR=1.127;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=41;TCF=22;TCR=19;TR=14;WE=121326131;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,28:0.32:88
chr8	121326427	rs10505379	G	T	451.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=12;PP=292;SC=AGCCATTTTTGTGTCCAATGA;SOR=3.258;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=13;TCF=1;TCR=12;TR=13;WE=121326435;WS=121326417;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
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chr8	121383048	rs4463470	T	C	4538.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=37;NR=63;PP=2226;SC=TCCCTGCTCTTCCCTGGTGAT;SOR=1.124;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=100;TCF=37;TCR=63;TR=100;WE=121383056;WS=121383038;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,164:1.00:164
chr8	121383082	rs6469922	A	T	1987.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=22;NR=40;PP=1240;SC=GAGATTTTTTAAAAAAATTTC;SOR=1.101;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=62;TCF=22;TCR=40;TR=62;WE=121383090;WS=121383072;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr8	121408195	rs6650	T	C	5977.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=100;NR=53;PP=2965;SC=TGAAGGACTATACCTTCCTGA;SOR=1.159;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=154;TCF=101;TCR=53;TR=153;WE=121408203;WS=121408185;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,226:1.00:226
chr8	121426425	rs68086071	AGT	A	412.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=8;PP=349;SC=ATACTTCATAAGTGTTAAAAA;SOR=4.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=8;WE=121426434;WS=121426415;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr8	121455558	rs5894521	G	GA	2236.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.791;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=279;ExcessHet=3.0103;FS=10.335;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.73;MQRankSum=0.649;QD=9.99;ReadPosRankSum=-0.261;SOR=0.244;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:81,143:0.64:224
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chr8	121483019	rs7832491	C	G	562.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.280;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.217;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=9;PP=373;ReadPosRankSum=1.076;SC=AAGAATGAATCTCAATGTGCA;SOR=0.379;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=55;TCF=38;TCR=17;TR=26;WE=121483027;WS=121483009;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,29:0.43:67
chr8	121483196	rs13248998	G	A	1968.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=19;NR=41;PP=1208;SC=TACATGTTTCGGTTGTTTTAA;SOR=1.609;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=61;TCF=20;TCR=41;TR=60;WE=121483204;WS=121483186;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr8	121509825	rs35918868	C	CTTT	688.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=14;PP=746;SC=AATTTTAGTTCGTGTGTGTGT;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=0;TCR=16;TR=14;WE=121509833;WS=121509815;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr8	121530061	rs13258768	C	T	5375.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-1.077;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=119;NR=34;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.744;SC=GCTTAATCTACGTTCTTGATT;SOR=1.043;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=156;TCF=120;TCR=36;TR=153;WE=121530069;WS=121530051;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,191:0.99:192
chr8	121530190	rs13258848	A	G	18833.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.393;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=726;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=218;NR=223;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.922;SC=CACAAACAGAACGGTCCTTAC;SOR=0.242;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=446;TCF=220;TCR=226;TR=441;WE=121530198;WS=121530180;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,718:1.00:719
chr8	121530384	rs34340354	CTT	C	2882.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=57;PP=2288;SC=CATAGGAAGACTTTTTAAATT;SOR=3.826;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=63;TCF=0;TCR=63;TR=57;WE=121530393;WS=121530374;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr8	121531154	rs13269481	G	A	2578.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=8;NR=71;PP=2004;SC=TACTGAGAGCGTATACTTGCT;SOR=3.535;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=79;TCF=8;TCR=71;TR=79;WE=121531162;WS=121531144;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr8	121551200	rs146212838	G	C	858.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.466;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=20;PP=342;ReadPosRankSum=-1.386;SC=CAGGAATGAAGGTCCAGTTGC;SOR=0.732;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=88;TCF=38;TCR=50;TR=35;WE=121551208;WS=121551190;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:91,51:0.36:142
chr8	121583488	rs72680558	T	C	3744.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.449;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=22;PP=985;ReadPosRankSum=-0.560;SC=CATTTCAAGATGCTTGGGTCC;SOR=0.663;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=144;TCF=100;TCR=44;TR=73;WE=121583496;WS=121583478;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:91,92:0.50:183
chr8	121583533	rs72680559	G	A	6559.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-2.530;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=313;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.930;HP=2;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=74;NR=39;PP=1612;ReadPosRankSum=-0.311;SC=TCCAGTGACTGTGGTCTAATC;SOR=0.828;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=208;TCF=131;TCR=77;TR=113;WE=121583541;WS=121583523;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:140,166:0.54:306
chr8	121583562	rs72680560	C	T	8422.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.049;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=402;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.364;HP=4;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=73;NR=56;PP=1907;ReadPosRankSum=0.551;SC=GTTTCTGTTGCGGGAATGTCT;SOR=0.718;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=245;TCF=135;TCR=110;TR=129;WE=121583570;WS=121583552;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:184,210:0.53:394
chr8	121583603	rs72680561	G	A	8254.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.938;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=414;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=30;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=71;PP=2032;ReadPosRankSum=1.366;SC=CACGGATGAGGACTGTGGATG;SOR=0.699;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=262;TCF=118;TCR=144;TR=133;WE=121583611;WS=121583593;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:199,210:0.51:409
chr8	121583635	rs73707305	G	T	6225.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.525;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=313;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.859;HP=1;HapScore=2;MGOF=36;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=61;PP=1478;ReadPosRankSum=-0.917;SC=AAGCAATAGCGATTGGGCCGA;SOR=0.748;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=214;TCF=85;TCR=129;TR=104;WE=121583643;WS=121583625;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:148,161:0.52:309
chr8	121583719	rs200630168	G	T	1309.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.193;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=20.79;ReadPosRankSum=2.830;SOR=0.582;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,37:0.59:63
chr8	121583725	rs201354068	T	G	1206.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.014;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=3.035;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=28.06;ReadPosRankSum=0.507;SOR=0.877;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,31:0.72:43
chr8	121587165	rs6984991	G	T	537.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-2.755;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.341;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=1;PP=429;ReadPosRankSum=0.651;SC=GGCCATAAATGATCATTAATC;SOR=1.765;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=49;TCF=45;TCR=4;TR=22;WE=121587173;WS=121587155;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,22:0.44:50
chr8	123683642	.	GA	G	129.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.542;ClippingRankSum=0.000;DP=134;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.16;MQRankSum=2.561;QD=1.05;ReadPosRankSum=0.234;SOR=0.696;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:90,33:0.27:123
chr8	123966159	rs3802265	G	C	1642.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.417;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=288;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.330;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=34;PP=1023;ReadPosRankSum=0.704;SC=AGGAGGATGCGATCTCAGATA;SOR=0.478;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=181;TCF=79;TCR=102;TR=67;WE=123966167;WS=123966149;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:194,89:0.31:283
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chr8	124095147	rs62520599	G	C	121.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-2.834;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=9;PP=98;ReadPosRankSum=0.327;SC=AGCTTGAGGGGGCAGTCCCCA;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=27;TCF=1;TCR=26;TR=9;WE=124095155;WS=124095137;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,8:0.31:26
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chr8	124096690	.	G	A	1115.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.114;ClippingRankSum=0.000;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.231;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=33;PP=739;ReadPosRankSum=-0.013;SC=TTGTAGCTCTGTAACTCAGCA;SOR=1.104;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=77;TCF=18;TCR=59;TR=43;WE=124096698;WS=124096680;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,48:0.55:88
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chr8	124114348	rs142425839	ACTTCT	A	2777.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.857;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=280;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.496;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=20;PP=1911;ReadPosRankSum=3.473;SC=TGCATGCCTCACTTCTCTTCT;SOR=0.747;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=141;TCF=73;TCR=68;TR=42;WE=124114360;WS=124114338;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:195,81:0.29:276
chr8	124114560	rs10956117	T	C	3482.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.017;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=411;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQ=60.05;MQRankSum=1.657;NF=37;NR=60;PP=1613;ReadPosRankSum=-1.501;SC=CTTCCAAGATTACATGAGATT;SOR=0.746;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=249;TCF=99;TCR=150;TR=97;WE=124114568;WS=124114550;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:236,173:0.42:409
chr8	124114589	rs12550310	G	A	2236.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.259;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=302;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.437;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=2.153;NF=23;NR=49;PP=2100;ReadPosRankSum=-0.933;SC=TTGGAGTGGCGTTTGCCACCT;SOR=0.790;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=202;TCF=70;TCR=132;TR=72;WE=124114618;WS=124114579;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:182,119:0.40:301
chr8	124114598	rs146629815	C	CT	1488.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-2.061;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=254;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.525;HP=7;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=2.174;NF=1;NR=38;PP=2114;ReadPosRankSum=-1.062;SC=CGTTTGCCACCTTTTTTTATT;SOR=0.749;SbPval=0.96;Source=Platypus;TC=128;TCF=11;TCR=117;TR=39;WE=124114618;WS=124114579;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:132,85:0.39:217
chr8	124121798	rs16897969	A	G	3436.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.889;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=492;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.123;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=51;PP=1462;ReadPosRankSum=0.490;SC=CTCATGTGGCATTTCTCAACC;SOR=0.758;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=308;TCF=159;TCR=149;TR=114;WE=124121806;WS=124121788;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:296,187:0.39:483
chr8	124138936	rs73339621	C	T	3152.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.796;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=463;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.552;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=67;PP=1517;ReadPosRankSum=-2.002;SC=AGGTAACGGTCCTTGTTCTTA;SOR=0.747;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=283;TCF=98;TCR=185;TR=100;WE=124138944;WS=124138926;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:293,164:0.36:457
chr8	124140805	rs148339992	C	CATA	1296.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-1.191;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.747;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=1.933;NF=2;NR=17;PP=721;ReadPosRankSum=-0.271;SC=ATGTTATAAACATAAGAAAGT;SOR=0.320;SbPval=0.25;Source=Platypus;TC=59;TCF=3;TCR=56;TR=19;WE=124140813;WS=124140795;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,36:0.46:79
chr8	124142489	rs2272724	T	C	3419.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.081;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=499;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=58;PP=1393;ReadPosRankSum=1.136;SC=ACTTACAAGATGCTGCAAGAA;SOR=0.675;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=281;TCF=146;TCR=135;TR=122;WE=124142497;WS=124142479;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:304,192:0.39:496
chr8	124152970	rs62521803	A	C	272.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.236;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.417;HP=2;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=3;PP=160;ReadPosRankSum=0.826;SC=TATATAAATTAGTGATTTTTT;SOR=0.336;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=38;TCF=32;TCR=6;TR=13;WE=124152978;WS=124152960;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,17:0.37:46
chr8	124154737	rs56870006	A	AT	296.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.454;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.18;MQRankSum=1.242;QD=8.24;ReadPosRankSum=1.483;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,13:0.36:36
chr8	124154756	rs10101435	A	G	302.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=0.743;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.642;HP=3;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.415;NF=1;NR=10;PP=175;ReadPosRankSum=0.876;SC=TTTTTTTTAAAAGACAGAGTC;SOR=1.154;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=33;TCF=5;TCR=28;TR=11;WE=124154764;WS=124154744;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,13:0.35:37
chr8	124157166	.	AT	A	43.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.576;ClippingRankSum=0.000;DP=211;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.29;ReadPosRankSum=-0.262;SOR=0.769;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:120,29:0.19:149
chr8	124194181	rs11780863	T	C	2705.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.680;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=385;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.383;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=38;PP=1277;ReadPosRankSum=-2.134;SC=CATTGCCAGATCACGATCTGA;SOR=0.665;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=258;TCF=155;TCR=103;TR=97;WE=124194189;WS=124194171;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:229,148:0.39:377
chr8	124194740	rs11988157	C	T	821.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-3.338;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=3;PP=549;ReadPosRankSum=-0.565;SC=GGGAGAGTTGCGAAACCCAGC;SOR=0.802;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=80;TCF=70;TCR=10;TR=33;WE=124194748;WS=124194730;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,38:0.42:91
chr8	124195017	rs28694222	C	T	1344.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=1.804;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.331;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=35;PP=924;ReadPosRankSum=-1.000;SC=CCCACTCCTCCGTGGTGTGTT;SOR=0.811;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=138;TCF=51;TCR=87;TR=53;WE=124195025;WS=124195007;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,61:0.40:151
chr8	124195034	rs16898097	G	C	980.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.091;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.455;HP=3;HapScore=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=29;ReadPosRankSum=0.805;SC=TGTTCCATTTGCTTCCCACAT;SOR=1.364;SbPval=0.85;Source=Platypus;TCF=45;TR=41;WE=124195042;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,43:0.34:126
chr8	124219498	.	C	T	8414.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.776;ClippingRankSum=0.000;DP=629;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.549;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=169;NR=110;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.295;SC=CTCTACGCCTCCTCCAAGCCT;SOR=0.898;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=443;TCF=258;TCR=185;TR=279;WE=124219506;WS=124219488;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:236,373:0.61:609
chr8	124228190	.	T	TA	53.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.668;ClippingRankSum=0.000;DP=223;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.29;ReadPosRankSum=0.112;SOR=0.639;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:154,29:0.16:183
chr8	124228255	rs116855193	G	A	409.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=2.106;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.948;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=14;PP=302;ReadPosRankSum=-0.613;SC=TCTGGGGATCGGGAGCATCTT;SOR=0.180;SbPval=0.1;Source=Platypus;TC=47;TCF=3;TCR=44;TR=17;WE=124228263;WS=124228245;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,18:0.38:47
chr8	124232550	.	G	GA	195.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.049;ClippingRankSum=0.000;DP=231;ExcessHet=3.0103;FS=0.757;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.02;ReadPosRankSum=-1.235;SOR=0.552;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:158,34:0.18:192
chr8	124359749	rs9297666	C	G	3160.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=17;NR=64;PP=1792;SC=AAAAATCAGCCTCGGAATATA;SOR=1.849;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=81;TCF=17;TCR=64;TR=81;WE=124359757;WS=124359739;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
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chr8	124440336	rs10628888	A	AAG,AAAG	3031.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.39;QD=38.87;SOR=1.478;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:0,40,38:0.51,0.49:78
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chr8	124449672	rs11991520	T	G	1095.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.419;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-2.060;NF=15;NR=25;PP=543;ReadPosRankSum=0.233;SC=GTTCTTTGAATAAAACTCCAT;SOR=0.709;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=127;TCF=47;TCR=80;TR=40;WE=124449680;WS=124449662;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:134,63:0.32:197
chr8	124449712	rs11987798	G	A	527.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.662;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-3.215;NF=7;NR=16;PP=296;ReadPosRankSum=0.287;SC=GGGAGGCCGAGGTGGGCGGAT;SOR=0.678;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=85;TCF=26;TCR=59;TR=23;WE=124449720;WS=124449702;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,32:0.28:113
chr8	124449742	rs11987776	C	G	319.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-2.494;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.111;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-2.184;NF=5;NR=11;PP=163;ReadPosRankSum=-1.407;SC=AGGAGATAGACACCATCCTGG;SOR=0.446;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=55;TCF=16;TCR=39;TR=16;WE=124449750;WS=124449732;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,20:0.29:68
chr8	124450364	rs3765212	G	T	1572.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.910;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.538;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=23;PP=783;ReadPosRankSum=0.089;SC=TCTCATTTATGTGCTTTTAGG;SOR=0.767;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=118;TCF=63;TCR=55;TR=51;WE=124450372;WS=124450354;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:113,79:0.41:192
chr8	124450631	rs11992509	T	C	431.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.041;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.216;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-1.096;NF=5;NR=13;PP=300;ReadPosRankSum=-0.375;SC=CGTGGTGGCTTATGCCTGTAA;SOR=1.072;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=36;TCF=12;TCR=24;TR=18;WE=124450639;WS=124450621;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,20:0.43:46
chr8	124453543	rs4416808	T	A	1028.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-2.293;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.620;HP=6;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=13;PP=548;ReadPosRankSum=-0.837;SC=TATATTTTTTTAGATTCCAAA;SOR=0.622;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=130;TCF=96;TCR=34;TR=44;WE=124453551;WS=124453533;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:121,58:0.32:179
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chr8	124453799	rs1045270	A	G	1051.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.880;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.542;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=32;PP=605;ReadPosRankSum=1.464;SC=ATCTGAGTGAATACAAATATA;SOR=0.512;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=112;TCF=27;TCR=85;TR=44;WE=124453807;WS=124453789;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,54:0.39:138
chr8	124526607	rs2294088	G	A	1348.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.895;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.891;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=32;PP=661;ReadPosRankSum=1.450;SC=CAGGCTTAGAGTACAGAGATA;SOR=0.976;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=111;TCF=38;TCR=73;TR=44;WE=124526615;WS=124526597;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:94,68:0.42:162
chr8	124658203	rs72711231	T	C	4129.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.080;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=604;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=69;NR=62;PP=1832;ReadPosRankSum=0.554;SC=CTCCGGTCTTTCATGTCCGCA;SOR=0.676;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=367;TCF=191;TCR=176;TR=131;WE=124658211;WS=124658193;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:374,224:0.37:598
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chr8	124659329	rs11991744	C	A	2002.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.918;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.462;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=42;PP=1046;ReadPosRankSum=-0.167;SC=GTAGTAATTACGAGGGTGAAC;SOR=0.492;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=102;TCF=31;TCR=71;TR=63;WE=124659337;WS=124659319;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,88:0.67:132
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chr8	124663895	rs16898689	G	A	4790.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.897;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=627;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=89;NR=75;PP=2348;ReadPosRankSum=-0.147;SC=CAGCGACTGCGGGGTGGAGCA;SOR=0.747;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=380;TCF=204;TCR=176;TR=164;WE=124663903;WS=124663885;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:363,251:0.41:614
chr8	124663987	rs16898691	C	G	3552.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.851;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=448;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.774;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=66;PP=1794;ReadPosRankSum=0.319;SC=AGCTCCTGCCCTTCTCCAATC;SOR=0.532;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=305;TCF=136;TCR=169;TR=128;WE=124663995;WS=124663977;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:257,181:0.41:438
chr8	124664130	rs11780509	C	T	5646.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.452;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=489;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.753;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=106;NR=77;PP=2751;ReadPosRankSum=-1.529;SC=GACCAGACTCCTCCCTGAGCT;SOR=0.851;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=326;TCF=178;TCR=148;TR=183;WE=124664138;WS=124664120;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:211,271:0.56:482
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chr8	124710729	rs2294013	C	T	9176.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-1.126;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=783;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.114;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=141;NR=114;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.055;SC=CTCGCTGGGACGGTCCAGAAG;SOR=0.583;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=444;TCF=257;TCR=187;TR=255;WE=124710737;WS=124710719;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:333,444:0.57:777
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chr8	124749651	rs11331268	TC	T	5323.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.024;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=651;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.134;HP=6;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.793;NF=16;NR=83;PP=2334;ReadPosRankSum=1.888;SC=ACAACAGTTTTCCCCCCGGAC;SOR=0.598;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=265;TCF=38;TCR=227;TR=99;WE=124749659;WS=124749641;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:384,240:0.38:624
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chr8	124792557	rs72715030	G	A	294.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.479;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.906;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=4;PP=102;ReadPosRankSum=0.181;SC=GCAGGAAACCGAGATTTAAAA;SOR=0.317;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=30;TCF=21;TCR=9;TR=10;WE=124792565;WS=124792547;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,17:0.41:41
chr8	124792899	rs72715031	G	A	246.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.487;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=2.889;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.94;ReadPosRankSum=1.442;SOR=0.311;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,16:0.32:50
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chr8	124810624	.	C	T	568.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.613;ClippingRankSum=0.000;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.158;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=16;PP=310;ReadPosRankSum=-1.498;SC=ATGATATGTTCAATTTGTGGA;SOR=0.999;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=41;TCF=7;TCR=34;TR=18;WE=124810632;WS=124810614;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,27:0.46:59
chr8	124817605	rs71576705	CT	C	517.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.807;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FS=0.765;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.08;ReadPosRankSum=-0.713;SOR=0.684;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:72,55:0.43:127
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chr8	124824826	rs1946586	G	A	6132.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=82;NR=80;PP=2965;SC=CAGTCATCGTGTGCTGACATG;SOR=0.738;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=162;TCF=82;TCR=80;TR=162;WE=124824834;WS=124824816;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,225:1.00:225
chr8	124982125	rs7008210	A	C	1664.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.705;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=2.635;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.61;ReadPosRankSum=0.188;SOR=0.205;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:3,62:0.95:65
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chr8	124985780	rs10102622	A	C	7412.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.047;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=279;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.717;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=74;NR=109;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.522;SC=CCCCATCTGTATCTCACTTGT;SOR=0.744;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=185;TCF=75;TCR=110;TR=183;WE=124985788;WS=124985770;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,272:1.00:273
chr8	124987478	rs7465584	T	C	6884.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=0.689;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=266;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=82;NR=60;PP=2473;ReadPosRankSum=1.078;SC=GTGACATCAGTGTCATGGGAA;SOR=0.855;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=147;TCF=85;TCR=62;TR=142;WE=124987486;WS=124987468;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,264:0.99:266
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chr8	125035533	rs4521739	G	A	431.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-4.520;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.859;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=4;PP=290;ReadPosRankSum=0.389;SC=TGATGGCATAGATGTTTCAGT;SOR=0.195;SbPval=0.11;Source=Platypus;TC=45;TCF=41;TCR=4;TR=20;WE=125035541;WS=125035523;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,21:0.39:54
chr8	125035788	rs4358790	G	C	2139.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.537;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=300;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.464;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=58;PP=1060;ReadPosRankSum=0.286;SC=CCCCTGTCGCGGGGCAGATGG;SOR=1.031;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=194;TCF=71;TCR=123;TR=86;WE=125035796;WS=125035778;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:175,116:0.40:291
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chr8	125107201	rs6470219	G	A	5560.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.154;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=337;ExcessHet=3.0103;FS=2.945;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.60;ReadPosRankSum=-1.193;SOR=0.546;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:187,148:0.44:335
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chr8	125463250	rs3812475	T	C	3972.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=2.294;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=325;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.951;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=71;NR=50;PP=1891;ReadPosRankSum=-1.634;SC=GACTGAGCCTTGGTTTACCCA;SOR=0.990;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=208;TCF=113;TCR=95;TR=121;WE=125463258;WS=125463240;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:132,182:0.58:314
chr8	125498547	rs3812471	C	T	3589.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.681;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=295;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.638;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=67;NR=46;PP=1814;ReadPosRankSum=0.195;SC=ATCGAATTTACGGATTACAGT;SOR=0.945;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=196;TCF=109;TCR=87;TR=113;WE=125498555;WS=125498537;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:125,164:0.57:289
chr8	125501033	rs6997089	A	G	889.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-1.390;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.914;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=16;PP=395;ReadPosRankSum=0.132;SC=AAATATTGGCACACCTTTAAT;SOR=0.446;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=53;TCF=19;TCR=34;TR=26;WE=125501041;WS=125501023;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,44:0.53:83
chr8	125501064	rs146994194	T	TTAAG	987.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.644;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.659;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=12;PP=537;ReadPosRankSum=0.694;SC=TTAACAGTTATTAAGTTTTTC;SOR=0.340;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=28;TCF=0;TCR=28;TR=12;WE=125501072;WS=125501054;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,26:0.54:48
chr8	125507538	rs3812470	A	G	70.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.098;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.123;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=0;PP=46;ReadPosRankSum=1.377;SC=AATCATTTGCATATGTTTTTC;SOR=2.030;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=10;TCR=1;TR=5;WE=125507546;WS=125507528;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,5:0.38:13
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chr8	125562029	rs10195	C	T	2692.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.823;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=259;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.456;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=33;PP=1176;ReadPosRankSum=1.461;SC=GGAAACGCCACCTGGTGGTCC;SOR=0.729;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=133;TCF=75;TCR=58;TR=76;WE=125562037;WS=125562019;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:121,132:0.52:253
chr8	125565328	rs3829037	T	C	3952.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=3.536;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=340;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.408;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=80;NR=43;PP=2288;ReadPosRankSum=1.248;SC=CCTTGTGGAGTATCCCTTGGG;SOR=0.842;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=230;TCF=143;TCR=87;TR=123;WE=125565336;WS=125565318;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:152,175:0.54:327
chr8	125568162	rs12375359	A	G	2910.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.074;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=503;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=50;PP=1504;ReadPosRankSum=0.507;SC=GTTGGAGGAGAGAAATACACA;SOR=0.712;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=339;TCF=178;TCR=161;TR=109;WE=125568170;WS=125568152;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:337,166:0.33:503
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chr8	125589956	rs7002655	A	G	313.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-2.387;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.431;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=12;PP=211;ReadPosRankSum=1.678;SC=CCCTGGGCTTAGCCTCGAAGA;SOR=0.277;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=40;TCF=8;TCR=32;TR=16;WE=125589964;WS=125589946;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,16:0.38:42
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chr8	125739749	rs891542	A	G	8148.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=309;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=121;NR=75;PP=2965;SC=CCGTGCCCGGAGGAATCAGGT;SOR=0.970;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=196;TCF=121;TCR=75;TR=196;WE=125739757;WS=125739739;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,299:1.00:299
chr8	125877486	rs11994907	G	A	10251.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=251;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=85;NR=79;PP=2838;SC=ACTGTGTACCGTGTTCTCCCT;SOR=0.717;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=165;TCF=85;TCR=80;TR=164;WE=125877494;WS=125877476;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,251:1.00:251
chr8	125877536	rs72072035	CCT	C	6989.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.337;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.54;MQRankSum=0.000;QD=41.85;ReadPosRankSum=1.111;SOR=1.040;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,165:0.99:167
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chr8	126369898	rs2293890	G	C	2215.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.417;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=377;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.395;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=38;PP=1150;ReadPosRankSum=0.569;SC=GGACGAAACAGCTACTGGAAG;SOR=0.739;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=236;TCF=132;TCR=104;TR=87;WE=126369906;WS=126369888;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:245,129:0.34:374
chr8	126443348	rs2385113	C	T	1467.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=-1.668;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=258;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.272;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=35;PP=799;ReadPosRankSum=-1.426;SC=CGCCCTGCAGCCCGCAGCCCC;SOR=0.866;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=161;TCF=62;TCR=99;TR=53;WE=126443356;WS=126443338;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:168,89:0.35:257
chr8	126445505	rs13277396	G	C	5807.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.224;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=119;NR=45;PP=2965;ReadPosRankSum=1.351;SC=CAGGGGTTTGGGAGGCTGCCT;SOR=0.828;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=165;TCF=120;TCR=45;TR=164;WE=126445513;WS=126445495;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,204:1.00:205
chr8	128099242	rs13257371	C	A	7384.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-2.966;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=570;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.127;NF=140;NR=110;PP=2962;ReadPosRankSum=0.072;SC=AGGTGAACGTCTCTTGGTGAC;SOR=0.695;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=404;TCF=228;TCR=176;TR=250;WE=128099250;WS=128099232;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:224,344:0.61:568
chr8	128099269	rs4571699	A	G	18593.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=697;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=258;NR=212;PP=2965;SC=GCTTCTTTGGAAGGTGGAGAA;SOR=0.858;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=471;TCF=258;TCR=213;TR=470;WE=128099277;WS=128099259;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,693:1.00:693
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chr8	128099457	rs61262194	CGTG	C	7641.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=18;NR=73;PP=2983;SC=AGTCCTTCGTCGTGGTGGTGG;SOR=1.453;SbPval=0.25;Source=Platypus;TC=113;TCF=18;TCR=95;TR=91;WE=128099467;WS=128099445;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,175:1.00:175
chr8	128428061	rs4871789	A	G	524.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.238;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.957;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=8;PP=303;ReadPosRankSum=0.227;SC=ATGAAAAGTAACATAATTGCT;SOR=0.839;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=40;TCF=24;TCR=16;TR=20;WE=128428069;WS=128428051;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,27:0.43:63
chr8	128428751	rs13274084	A	G	1961.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-0.412;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-6.555;NF=30;NR=42;PP=1316;ReadPosRankSum=0.689;SC=AGCTGACAACAATGAAAATCT;SOR=0.709;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=120;TCF=51;TCR=69;TR=72;WE=128428759;WS=128428747;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,82:0.61:134
chr8	128428795	rs6998254	G	A	986.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-1.268;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.344;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=2.796;NF=18;NR=24;PP=707;ReadPosRankSum=0.203;SC=CCCTCATGCAGGCCCGAAAGA;SOR=0.819;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=105;TCF=52;TCR=53;TR=42;WE=128428803;WS=128428785;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,47:0.35:133
chr8	128428823	rs7002225	G	C	1312.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.195;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.526;NF=34;NR=20;PP=848;ReadPosRankSum=-0.070;SC=AACCAGTATCGAGAACCGAGT;SOR=0.654;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=142;TCF=93;TCR=49;TR=54;WE=128428831;WS=128428813;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:124,66:0.35:190
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chr8	128750540	rs4645959	A	G	5649.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=2.625;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=688;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.111;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=91;NR=84;PP=2827;ReadPosRankSum=0.197;SC=ACCAACAGGAACTATGACCTC;SOR=0.701;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=415;TCF=208;TCR=207;TR=175;WE=128750548;WS=128750530;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:401,282:0.41:683
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chr8	130772882	rs11276511	T	TGCCTGAGTCTTTCCCATA	2876.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-0.511;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=330;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.334;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=33;PP=2967;ReadPosRankSum=3.807;SC=AGGTTATTCCTGCCTGAACCT;SOR=0.953;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=113;TCF=11;TCR=102;TR=37;WE=130772890;WS=130772872;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:119,129:0.52:248
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chr8	131127831	rs2305513	T	C	3142.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=0.662;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.174;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=78;NR=35;PP=2036;ReadPosRankSum=0.788;SC=ACTAGAAAAGTTGGGGTAGTT;SOR=0.466;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=187;TCF=134;TCR=53;TR=113;WE=131127839;WS=131127821;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,137:0.61:225
chr8	131164836	rs78606256	CT	C	101.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.491;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=5.630;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.28;ReadPosRankSum=1.330;SOR=2.262;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,14:0.45:31
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chr8	131192905	rs28495072	G	C	1449.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-1.680;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.961;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=12;PP=987;ReadPosRankSum=0.600;SC=TAATCAAACAGAGTCTGCCTT;SOR=1.039;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=90;TCF=70;TCR=20;TR=57;WE=131192913;WS=131192895;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,62:0.61:101
chr8	131193153	rs71572332	T	TA	1247.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.325;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.738;HP=12;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=47;PP=549;ReadPosRankSum=-0.699;SC=TGTCATTATTTAAAAAAAAAA;SOR=0.808;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=93;TCF=9;TCR=84;TR=53;WE=131193161;WS=131193143;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,78:0.58:135
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chr8	131373887	rs10091130	C	G	15516.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=582;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=220;NR=141;PP=2965;SC=TCTGCAATTACAATTTCAAAG;SOR=1.026;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=366;TCF=223;TCR=143;TR=361;WE=131373895;WS=131373877;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,566:1.00:566
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chr8	131922214	rs28416041	T	C	419.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-1.705;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=18;PP=322;ReadPosRankSum=-0.484;SC=GACGGAGTTTTGCTCTGTCGC;SOR=0.756;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=40;TCF=8;TCR=32;TR=23;WE=131922222;WS=131922204;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,23:0.45:51
chr8	132916459	rs28627763	T	C	295.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-0.201;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=1;PP=130;ReadPosRankSum=-0.081;SC=TTCGCCTCGTTCCGGCCTCCG;SOR=0.573;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=16;TCF=13;TCR=3;TR=8;WE=132916467;WS=132916449;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,14:0.54:26
chr8	132947786	rs16904553	C	T	2467.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.060;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.549;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=51;PP=1221;ReadPosRankSum=1.064;SC=ATATGTCAGTCAATTTCTATT;SOR=0.777;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=134;TCF=46;TCR=88;TR=76;WE=132947794;WS=132947776;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,113:0.58:195
chr8	132947818	rs68090127	TGA	T	1308.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-2.814;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.683;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=17;PP=627;ReadPosRankSum=0.167;SC=GAGAATTAAATGAGAGAATTG;SOR=0.296;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=61;TCF=0;TCR=61;TR=17;WE=132947827;WS=132947808;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,38:0.38:100
chr8	132952727	rs34080810	A	AT	1172.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.778;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.95;ReadPosRankSum=1.098;SOR=0.637;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:107,90:0.46:197
chr8	132958673	rs12549192	C	T	578.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=1.597;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.908;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=5;PP=396;ReadPosRankSum=0.026;SC=ATGTAAAGCACTTAGGAGAAT;SOR=0.859;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=80;TCF=60;TCR=20;TR=24;WE=132958681;WS=132958663;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,31:0.32:98
chr8	132966028	rs10755935	T	C	540.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.034;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.081;HP=6;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=4;PP=273;ReadPosRankSum=1.783;SC=ATAATTTTTTTATGGCTCATT;SOR=0.460;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=60;TCF=47;TCR=13;TR=20;WE=132966036;WS=132966018;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,27:0.40:68
chr8	132966265	rs143158233	A	G	440.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.456;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.352;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=15;PP=264;ReadPosRankSum=0.571;SC=ATATATATGTATGTGTGTTTC;SOR=0.363;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=64;TCF=15;TCR=49;TR=21;WE=132966273;WS=132966255;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,24:0.32:76
chr8	132971691	rs3750270	T	C	51.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=0;PP=25;ReadPosRankSum=0.619;SC=TTCATGAAGTTCATTACTTAA;SOR=0.368;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=8;TCR=0;TR=3;WE=132971699;WS=132971681;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,3:0.38:8
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chr8	132980781	rs2270879	C	T	403.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-3.954;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.239;HP=2;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=15;PP=283;ReadPosRankSum=-0.309;SC=TATTTCTACACATTTTTCGGT;SOR=0.138;SbPval=0.25;Source=Platypus;TC=45;TCF=6;TCR=39;TR=19;WE=132980789;WS=132980771;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,19:0.42:45
chr8	132982824	rs1051221	A	G	2693.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.848;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=432;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.832;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=49;PP=1170;ReadPosRankSum=0.796;SC=AGGCAGTGTCAACTTAAATAC;SOR=0.763;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=256;TCF=127;TCR=129;TR=90;WE=132982832;WS=132982814;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:276,154:0.36:430
chr8	132988478	rs2270876	T	A	81.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=3.467;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=7;PP=117;ReadPosRankSum=-0.564;SC=TGTTTTTTTTTAAAAATCATT;SOR=1.371;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=1;TCR=20;TR=7;WE=132988486;WS=132988468;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,8:0.32:25
chr8	132996599	rs16904564	A	C	50.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=0.054;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=4;PP=32;ReadPosRankSum=0.366;SC=AAAGCAGACAACATCTTTGAA;SOR=0.412;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=0;TCR=10;TR=4;WE=132996607;WS=132996589;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,4:0.40:10
chr8	132997353	rs10085968	T	C	1378.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-2.303;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.715;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=37;PP=656;ReadPosRankSum=-0.727;SC=TGTACAAAATTGCTAATTTTA;SOR=0.591;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=99;TCF=32;TCR=67;TR=56;WE=132997361;WS=132997343;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,67:0.56:119
chr8	132998635	rs141130288	GTCATTTAAT	G	227.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=0.448;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.279;NF=1;NR=5;PP=2061;ReadPosRankSum=-0.290;SC=TTTTGTGTCTGTCATTTAATT;SOR=0.399;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=18;TCF=3;TCR=15;TR=6;WE=132998651;WS=132998625;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,8:0.42:19
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chr8	133023163	rs4736529	G	C	12022.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=442;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=83;NR=166;PP=2965;SC=AAGACCTCAGGATATGATTTG;SOR=1.179;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=249;TCF=83;TCR=166;TR=249;WE=133023171;WS=133023153;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,438:1.00:438
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chr8	133107830	rs7833441	T	C	6317.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=97;NR=51;PP=2965;SC=TGGCGGGGTCTACTGTCTTCA;SOR=1.194;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=148;TCF=97;TCR=51;TR=148;WE=133107838;WS=133107820;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,227:1.00:227
chr8	133107893	rs10956634	A	G	10075.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=390;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=141;NR=98;PP=2965;SC=CACACAGACCAGCCCTGCAAC;SOR=0.967;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=240;TCF=142;TCR=98;TR=239;WE=133107901;WS=133107883;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,385:1.00:385
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chr8	133111181	rs72715366	G	A	7871.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=305;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=110;NR=93;PP=2965;SC=GGTTAAGCGCGGACAGATCGA;SOR=0.859;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=206;TCF=112;TCR=94;TR=203;WE=133111189;WS=133111171;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,297:1.00:297
chr8	133112392	rs1370568	G	A	7481.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.688;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=291;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=69;NR=120;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.636;SC=CTGGGAAGGAGACAGTTTTCA;SOR=0.410;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=190;TCF=69;TCR=121;TR=189;WE=133112400;WS=133112382;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,284:1.00:285
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chr8	133117603	rs71526236	G	A	8786.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=338;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=70;NR=125;PP=2965;SC=AGAACAGTGCGTGAGGAATCA;SOR=1.076;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=195;TCF=70;TCR=125;TR=195;WE=133117611;WS=133117593;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,335:1.00:335
chr8	133175805	rs17653354	G	A	2090.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.411;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=378;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.940;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQ=59.99;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=30;PP=1023;ReadPosRankSum=-1.471;SC=ATCCTTCCTCGAAAGATTGCT;SOR=0.940;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=236;TCF=134;TCR=102;TR=78;WE=133175813;WS=133175795;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:251,122:0.33:373
chr8	133175971	rs893391	G	C	1826.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=49;PP=1474;SC=TTTTCAGCCAGTCATTCATTC;SOR=5.136;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=51;TCF=2;TCR=49;TR=51;WE=133175979;WS=133175961;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
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chr8	133492917	.	A	ACC	350.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.939;ClippingRankSum=0.000;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.53;ReadPosRankSum=-0.277;SOR=1.501;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,13:0.46:28
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chr8	133764321	rs1469265	G	A	118.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=1.210;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=4;PP=54;ReadPosRankSum=-1.349;SC=TCATCACTGTGAAGGAAAATA;SOR=1.445;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=2;TCR=8;TR=4;WE=133764329;WS=133764311;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,6:0.50:12
chr8	133769625	rs11778229	T	C	909.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=1.258;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=28;PP=696;ReadPosRankSum=0.359;SC=ATATGTATAATTGCAAACAGT;SOR=0.619;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=51;TCF=9;TCR=42;TR=35;WE=133769633;WS=133769615;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,37:0.64:58
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chr8	133854714	rs71276510	A	AT	139.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.580;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.05;MQRankSum=0.000;QD=0.64;ReadPosRankSum=1.466;SOR=0.676;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:177,40:0.18:217
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chr8	133920411	rs2261147	T	C	5397.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-2.525;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=398;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.791;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=101;NR=62;PP=2638;ReadPosRankSum=-0.599;SC=CCTCTGCTGATCTCTGGTGCT;SOR=0.500;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=264;TCF=170;TCR=94;TR=163;WE=133920419;WS=133920401;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:140,247:0.64:387
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chr8	133920624	rs853318	C	G	1925.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-2.350;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.674;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=51;PP=1227;ReadPosRankSum=0.226;SC=GGCTTGGACTCAACTCAGGGT;SOR=0.627;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=118;TCF=28;TCR=90;TR=69;WE=133920632;WS=133920614;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,82:0.56:147
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chr8	133960991	rs2246624	C	T	420.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=0.104;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=1;PP=268;ReadPosRankSum=0.384;SC=CTCCATCACACTGACCTCTCC;SOR=0.756;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=30;TCF=28;TCR=2;TR=15;WE=133960999;WS=133960981;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,18:0.51:35
chr8	133961237	rs2246611	G	C	4807.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.746;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=330;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.845;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.725;NF=66;NR=88;PP=2580;ReadPosRankSum=1.515;SC=CTCTTCACACGAGCAAGGCCC;SOR=0.892;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=232;TCF=100;TCR=132;TR=154;WE=133961245;WS=133961227;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:111,215:0.66:326
chr8	133961279	rs2246608	C	T	2887.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.018;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=11.583;HP=2;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.748;NF=38;NR=70;PP=1796;ReadPosRankSum=-0.924;SC=CTCCTTGTGGCCTGAGGAGCT;SOR=1.256;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=164;TCF=62;TCR=102;TR=108;WE=133961287;WS=133961269;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,127:0.65:196
chr8	133961299	rs144296671	GAA	G	989.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.051;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FS=9.849;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.16;MQRankSum=0.739;QD=9.80;ReadPosRankSum=0.136;SOR=1.909;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:57,44:0.44:101
chr8	133975283	rs2069561	G	A	3728.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.616;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=265;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=68;NR=45;PP=1891;ReadPosRankSum=-0.528;SC=ATGTAGAAAAGACACAGTGCC;SOR=0.710;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=169;TCF=102;TCR=67;TR=113;WE=133975291;WS=133975273;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:92,167:0.64:259
chr8	133975406	rs2687814	C	T	4007.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.059;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=311;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.103;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=77;PP=1858;ReadPosRankSum=-1.126;SC=AATGAACGGACGTATTGACAT;SOR=1.102;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=187;TCF=73;TCR=114;TR=117;WE=133975414;WS=133975396;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:119,186:0.61:305
chr8	133978709	rs138876980	C	CTG	664.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.200;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.201;NF=24;NR=11;PP=1989;ReadPosRankSum=2.403;SC=CTGTCTCTCTCTCTGTGTGTG;SOR=0.633;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=60;TCF=36;TCR=24;TR=35;WE=133978720;WS=133978699;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,35:0.42:83
chr8	133978711	rs28452373	C	G	2069.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.955;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.834;NF=33;NR=15;PP=1973;ReadPosRankSum=2.445;SC=GTCTCTCTCTCTGTGTGTGTG;SOR=0.787;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=81;TCF=55;TCR=26;TR=48;WE=133978720;WS=133978699;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,59:0.63:94
chr8	133979872	rs2249869	C	T	762.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-4.769;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.025;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=5;PP=533;ReadPosRankSum=-0.107;SC=AGAACCCCAGCGTTTTTGCAT;SOR=0.231;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=46;TCF=40;TCR=6;TR=28;WE=133979880;WS=133979866;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,30:0.64:47
chr8	133984058	rs2076740	C	T	5986.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.815;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=522;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.522;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=107;NR=88;PP=2725;ReadPosRankSum=-0.123;SC=ATGTGAACGACGGTGCGATGC;SOR=0.643;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=347;TCF=191;TCR=156;TR=195;WE=133984066;WS=133984048;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:224,291:0.57:515
chr8	133984814	rs150963971	G	GT	321.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.885;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FS=13.048;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.55;MQRankSum=8.833;QD=2.82;ReadPosRankSum=2.492;SOR=1.781;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:81,33:0.29:114
chr8	133984821	rs1554541	G	T	630.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.358;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FS=12.243;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.52;MQRankSum=6.422;QD=5.39;ReadPosRankSum=3.219;SOR=1.487;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:84,33:0.28:117
chr8	133985115	rs1403486	A	G	593.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-0.702;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.191;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=19;PP=400;ReadPosRankSum=0.058;SC=CAACAGAAATAGATTCTGTTT;SOR=1.455;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=45;TCF=10;TCR=35;TR=22;WE=133985123;WS=133985105;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,25:0.53:47
chr8	133995475	rs10105779	A	G	878.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=5.737;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.410;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=3;PP=651;ReadPosRankSum=0.379;SC=GGTTGGGACAATCTGTCTGCC;SOR=1.147;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=74;TCF=65;TCR=9;TR=32;WE=133995483;WS=133995465;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,33:0.44:75
chr8	134025781	rs10105991	A	T	3162.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.652;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FS=1.354;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=21.37;ReadPosRankSum=-0.141;SOR=0.832;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:68,80:0.54:148
chr8	134025781	.	AGA	TGG	2115	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;FR=0.5000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MMLQ=26;MQ=60.0;NF=40;NR=16;PP=2115;QD=38.7226406225;SC=GATGACTGGAAGAATGCATGA;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=104;TCF=72;TCR=32;TR=56;WE=134025791;WS=134025771;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:48,56:0.54:104
chr8	134025783	rs10105992	A	G	3162.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.997;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FS=1.321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=20.81;ReadPosRankSum=-0.452;SOR=0.818;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:69,83:0.55:152
chr8	134050678	rs3739266	A	G	1191.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-5.701;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=14.622;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=15;PP=820;ReadPosRankSum=0.541;SC=TGAGGCTCCCAGGGATCAGGG;SOR=0.092;SbPval=0.18;Source=Platypus;TC=85;TCF=68;TCR=17;TR=56;WE=134050686;WS=134050668;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,56:0.63:89
chr8	134052198	rs3835182	G	GCACA	1984.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.916;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.26;MQRankSum=1.558;QD=14.38;ReadPosRankSum=1.133;SOR=0.750;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:81,57:0.41:138
chr8	134060061	rs72729509	T	C	2155.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.504;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=30;PP=742;ReadPosRankSum=-0.797;SC=AAAGATGAGTTGGGGGCCACT;SOR=0.658;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=110;TCF=53;TCR=57;TR=59;WE=134060069;WS=134060051;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,105:0.59:177
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chr8	134062983	rs2252805	C	T	3040.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-1.874;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=428;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=68;NR=30;PP=1341;ReadPosRankSum=0.246;SC=ACCACTCTAGCTAACAATCAA;SOR=0.694;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=274;TCF=186;TCR=88;TR=98;WE=134062991;WS=134062973;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:266,161:0.38:427
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chr8	134146001	rs34419422	C	T	590.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-1.357;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=18;PP=431;ReadPosRankSum=0.604;SC=GCATTGGAGCCAAGGGGTCAC;SOR=0.982;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=32;TCF=4;TCR=28;TR=21;WE=134146009;WS=134145991;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,24:0.62:39
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chr8	134225396	rs55733525	T	TC	17612.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=514;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=38;NR=175;PP=2967;SC=CGTAAGTGAGTCCTCCATACC;SOR=0.895;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=223;TCF=39;TCR=184;TR=213;WE=134225404;WS=134225386;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,498:1.00:498
chr8	134225434	rs13258091	T	C	10485.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=385;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=96;NR=163;PP=2965;SC=GCACCCCCAGTTCTGGCCCCA;SOR=1.221;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=259;TCF=96;TCR=163;TR=259;WE=134225442;WS=134225416;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,380:1.00:380
chr8	134237578	rs2280834	G	C	754.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-1.377;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.179;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=10;PP=517;ReadPosRankSum=0.709;SC=TGAAAGTGAGGGTTGGGGGCT;SOR=0.301;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=57;TCF=44;TCR=13;TR=34;WE=134237586;WS=134237568;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,34:0.56:61
chr8	134251449	rs2929976	T	C	2264.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=19;NR=40;PP=1408;SC=ACATGCTCTTTTACGTGCCAG;SOR=1.493;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=59;TCF=19;TCR=40;TR=59;WE=134251457;WS=134251439;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr8	134274226	rs2233324	C	G	21920.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=817;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=287;NR=172;PP=2965;SC=GAGCAAAGCACCTGAACCCCT;SOR=1.036;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=461;TCF=289;TCR=172;TR=459;WE=134274234;WS=134274216;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,808:1.00:808
chr8	134292288	rs2977507	T	C	1098.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=30;NR=3;PP=860;SC=TCCTGATTCTTTGGCCAGCAC;SOR=3.737;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=33;TCF=30;TCR=3;TR=33;WE=134292296;WS=134292278;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr8	134292516	rs2272653	A	G	6478.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=241;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=67;NR=106;PP=2965;SC=ATGGTCTGTGAAAAGACAAAA;SOR=1.037;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=174;TCF=67;TCR=107;TR=173;WE=134292530;WS=134292506;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,240:1.00:240
chr8	134308600	rs4236901	T	C	6647.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=146;NR=39;PP=2965;SC=CTCGCCCAGGTCACTTCTCCC;SOR=2.347;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=186;TCF=147;TCR=39;TR=185;WE=134308608;WS=134308590;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,218:1.00:218
chr8	134308858	rs71526287	A	C	2827.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.102;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=260;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=72;PP=1463;ReadPosRankSum=-1.701;SC=CCCCCTCTCCAGCCTCCTTGC;SOR=0.694;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=186;TCF=49;TCR=137;TR=99;WE=134308866;WS=134308848;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:120,135:0.53:255
chr8	134314037	rs112386359	CCAT	C	233.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.336;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=3.654;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.33;MQRankSum=1.451;QD=8.06;ReadPosRankSum=-1.088;SOR=1.483;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,10:0.34:29
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chr8	134474148	rs1048479	C	T	9608.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=356;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=132;NR=90;PP=2965;SC=AGAAGATGACCGAGAGGATGC;SOR=1.001;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=223;TCF=132;TCR=91;TR=222;WE=134474156;WS=134474138;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,354:1.00:354
chr8	135490680	rs148077944	G	A	1352.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-2.246;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.096;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=10;PP=986;ReadPosRankSum=2.015;SC=GGTGCCTGCAGAGCCTGGCAG;SOR=0.909;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=74;TCF=59;TCR=15;TR=50;WE=135490688;WS=135490670;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,53:0.65:81
chr8	135577530	rs6999469	G	A	6495.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.652;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=298;ExcessHet=3.0103;FS=0.426;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=22.02;ReadPosRankSum=0.584;SOR=0.737;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:129,166:0.56:295
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chr8	135724961	.	CGCGGCCGGCGGCCG	C	335.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-1.769;ClippingRankSum=0.000;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.834;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=1.632;NF=10;NR=7;PP=2656;ReadPosRankSum=-2.298;SC=CGGATCCCTCCGCGGCCGGCG;SOR=1.100;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=41;TCF=27;TCR=14;TR=17;WE=135724982;WS=135724954;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,11:0.46:24
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chr8	136561153	rs11166602	A	G	6561.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=256;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=64;NR=103;PP=2965;SC=TGTTAGTACCATTTTTCTTGA;SOR=1.076;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=168;TCF=64;TCR=104;TR=167;WE=136561161;WS=136561143;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,249:1.00:249
chr8	136657233	rs6984897	C	T	3096.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=61;NR=24;PP=1771;SC=TTTTACAATACGTTATTGAAT;SOR=1.631;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=85;TCF=61;TCR=24;TR=85;WE=136657241;WS=136657223;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr8	139149510	rs6577877	A	C	21082.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.710;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=804;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=202;NR=252;PP=2965;ReadPosRankSum=1.981;SC=AGCCCTGTAAAAATTAGCCAG;SOR=0.857;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=457;TCF=203;TCR=254;TR=454;WE=139149518;WS=139149500;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,788:1.00:790
chr8	139151375	rs4634694	C	T	3237.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.899;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.09;MQRankSum=0.182;QD=26.54;ReadPosRankSum=0.696;SOR=0.770;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,121:0.99:122
chr8	139151421	rs4634695	C	T	1707.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=5;NR=29;PP=766;SC=GTGAGATGAACGTTAAACTGA;SOR=2.726;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=5;TCR=29;TR=34;WE=139151436;WS=139151411;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr8	139151428	rs35147483	C	CTG	1620.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=24;PP=1181;SC=GAACGTTAAACTGAATTTTAG;SOR=3.026;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=27;TCF=0;TCR=27;TR=24;WE=139151436;WS=139151411;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr8	139153374	rs4909738	G	C	1986.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-1.967;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=9;PP=803;ReadPosRankSum=1.259;SC=AAGTACCTGTGCCCGGTTTCA;SOR=0.569;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=34;TCF=25;TCR=9;TR=33;WE=139153393;WS=139153364;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,53:0.98:54
chr8	139153385	.	C	T	871.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=0.940;ClippingRankSum=0.000;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=7;PP=454;ReadPosRankSum=-0.510;SC=CCCGGTTTCACGCCCCAGAGG;SOR=0.668;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=39;TCF=28;TCR=11;TR=24;WE=139153393;WS=139153364;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,39:0.63:62
chr8	139158317	rs7006664	T	C	13479.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=516;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=134;NR=149;PP=2965;SC=ATAACCCCCATCCCAGTCCCG;SOR=0.749;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=285;TCF=135;TCR=150;TR=283;WE=139158325;WS=139158307;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,512:1.00:512
chr8	139164192	rs3750306	G	A	11594.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.350;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=467;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=135;NR=175;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.132;SC=CTATGTATCCGGGGCCCTGCT;SOR=0.488;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=316;TCF=140;TCR=176;TR=310;WE=139164200;WS=139164182;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,447:0.99:450
chr8	139165068	rs3763590	C	T	7933.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=291;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=108;NR=101;PP=2965;SC=TGTAGGTCAGCACTGGGGCCT;SOR=0.714;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=210;TCF=109;TCR=101;TR=209;WE=139165076;WS=139165058;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,285:1.00:285
chr8	139165272	rs7835712	TG	CA	26574.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-1.828;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=604;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=147;NR=184;PP=2947;ReadPosRankSum=0.699;SC=CATTCTCACCTGGCTCTGGAC;SOR=0.425;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=350;TCF=156;TCR=194;TR=331;WE=139165281;WS=139165262;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,599:1.00:600
chr8	139165289	rs7835830	T	C	14657.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.662;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=558;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=36;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=141;NR=192;PP=2965;ReadPosRankSum=1.109;SC=GGACACCTTATAACTTCTTCA;SOR=0.898;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=336;TCF=142;TCR=194;TR=333;WE=139165297;WS=139165279;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,554:1.00:556
chr8	139165463	rs11311519	CA	C	670.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=0.688;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=11;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=25;PP=438;ReadPosRankSum=-0.380;SC=TTATGCCCTACAAAAAAAAAA;SOR=1.067;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=31;TCF=1;TCR=30;TR=26;WE=139165471;WS=139165453;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,34:0.94:36
chr8	139189502	rs6985633	T	A	1345.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.063;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=19;PP=785;ReadPosRankSum=1.032;SC=TCTCCTTCACTTCCAGTGAGA;SOR=0.733;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=116;TCF=75;TCR=41;TR=54;WE=139189510;WS=139189492;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:107,69:0.39:176
chr8	139190957	rs4909747	T	G	860.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.699;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.622;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=12;PP=364;ReadPosRankSum=-0.103;SC=AAAGGTGGTATTCAAGGCTCC;SOR=0.465;SbPval=0.24;Source=Platypus;TC=72;TCF=30;TCR=42;TR=25;WE=139190965;WS=139190947;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,44:0.40:109
chr8	139269052	rs1512403	A	G	7616.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=281;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=71;NR=127;PP=2965;SC=ATCTTGTCCAAATGAAATACT;SOR=1.174;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=201;TCF=74;TCR=127;TR=198;WE=139269060;WS=139269042;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,275:1.00:275
chr8	139321179	rs6577909	A	G	3369.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-1.106;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=529;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.802;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=51;PP=1457;ReadPosRankSum=-0.301;SC=CCCTGAGAGCAGGTTCCTCAA;SOR=0.858;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=300;TCF=159;TCR=141;TR=117;WE=139321187;WS=139321169;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:334,191:0.36:525
chr8	139323246	rs56096441	A	G	1356.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=7;NR=23;PP=691;SC=TAATCCTGAAAGCCATAGGAA;SOR=1.562;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=7;TCR=23;TR=30;WE=139323254;WS=139323236;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr8	139380103	rs370836089	AAC	A	315.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.030;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FS=6.566;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.59;ReadPosRankSum=-0.584;SOR=1.545;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:99,23:0.19:122
chr8	139614436	rs4394401	G	A	10102.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=374;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=115;NR=155;PP=2965;SC=TCATTGCCCCGGGCCCTCTGC;SOR=0.928;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=279;TCF=115;TCR=164;TR=270;WE=139614444;WS=139614426;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,367:1.00:367
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chr8	139617046	rs12546923	A	C	9396.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.013;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=368;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=130;NR=103;PP=2965;ReadPosRankSum=0.442;SC=GTGGCTCTGCAGCATCAGCCC;SOR=0.841;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=235;TCF=131;TCR=104;TR=233;WE=139617054;WS=139617036;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,359:0.99:361
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chr8	139631650	rs7009396	A	G	1846.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=33;NR=10;PP=1119;SC=AGAGCCATGTAGCTGATGGGC;SOR=1.765;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=43;TCF=33;TCR=10;TR=43;WE=139631658;WS=139631640;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr8	139635883	rs7836250	A	C	5283.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=85;NR=37;PP=2725;SC=TATCTTCGAGACTGGTTCAAA;SOR=1.362;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=122;TCF=85;TCR=37;TR=122;WE=139635891;WS=139635873;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,190:1.00:190
chr8	139635920	rs7839790	T	A	7222.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=277;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=105;NR=72;PP=2965;SC=AGTAGTTGTTTTTGACATGTA;SOR=0.971;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=177;TCF=105;TCR=72;TR=177;WE=139635928;WS=139635910;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,274:1.00:274
chr8	139638307	rs3924860	T	C	806.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=21;NR=2;PP=581;SC=GTTTCTAATTTTCTACAACAC;SOR=3.611;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=23;TCF=21;TCR=2;TR=23;WE=139638315;WS=139638297;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr8	139647262	rs10091563	A	G	9255.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.353;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=368;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=26.07;ReadPosRankSum=-0.581;SOR=0.306;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,354:1.00:355
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chr8	139658747	rs4909439	C	T	1888.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=37;NR=11;PP=1121;SC=TGCTTAGACCCAGAACAGGGG;SOR=1.758;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=48;TCF=37;TCR=11;TR=48;WE=139658755;WS=139658737;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr8	139668032	rs11166832	T	C	4015.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=82;NR=27;PP=2460;SC=GCTGTTATCGTTAATACTACC;SOR=1.921;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=109;TCF=82;TCR=27;TR=109;WE=139668040;WS=139668022;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,138:1.00:138
chr8	139668300	rs12675091	C	T	6830.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=251;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=69;NR=111;PP=2965;SC=TGACACACTGCGCCGTGCGTG;SOR=1.120;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=180;TCF=69;TCR=111;TR=180;WE=139668308;WS=139668290;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,249:1.00:249
chr8	139672602	rs4072506	T	C	2927.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=69;NR=19;PP=2119;SC=CCTCTTGAACTTTCTGAGTTG;SOR=2.303;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=89;TCF=70;TCR=19;TR=88;WE=139672610;WS=139672592;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr8	139672671	rs3935045	T	C	7596.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.563;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=296;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.781;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=118;NR=75;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.897;SC=AACCATAAGATGACATACCGG;SOR=0.789;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=194;TCF=119;TCR=75;TR=193;WE=139672679;WS=139672661;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,288:1.00:289
chr8	139674213	rs11780732	C	T	1972.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=48;NR=10;PP=1315;SC=TGGTGGAGGGCGGGCTTTCAG;SOR=2.483;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=58;TCF=48;TCR=10;TR=58;WE=139674221;WS=139674203;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr8	139675869	rs11166835	G	T	2871.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=62;NR=21;PP=1797;SC=AGTTTTTGGTGCTTCCCATTT;SOR=1.969;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=83;TCF=62;TCR=21;TR=83;WE=139675877;WS=139675859;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr8	139676082	rs4410946	A	G	5997.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=63;NR=90;PP=2928;SC=CAGTTGTCCTAGGAGGAGTCA;SOR=0.970;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=153;TCF=63;TCR=90;TR=153;WE=139676090;WS=139676072;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,226:1.00:226
chr8	139688697	.	A	AAAGG	1425.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=70.00;QD=28.51;SOR=1.051;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr8	139696502	.	G	GA	215.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.706;ClippingRankSum=0.000;DP=154;ExcessHet=3.0103;FS=4.233;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.21;MQRankSum=2.782;QD=1.63;ReadPosRankSum=-0.089;SOR=1.248;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:99,33:0.25:132
chr8	139696635	rs4506262	T	C	11924.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=467;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=142;NR=146;PP=2965;SC=CGGCAACTCGTGGCACCCACA;SOR=0.747;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=288;TCF=142;TCR=146;TR=288;WE=139696643;WS=139696625;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,456:1.00:456
chr8	139697478	rs9644500	T	C	13030.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=506;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=170;NR=140;PP=2965;SC=CTTTTCCGGGTGGCCCAGGGA;SOR=0.807;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=310;TCF=170;TCR=140;TR=310;WE=139697486;WS=139697468;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,499:1.00:499
chr8	139712323	rs4909835	A	G	7181.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=274;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=136;NR=56;PP=2965;SC=GCCGAGGCACACTGGGCACCC;SOR=1.557;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=192;TCF=136;TCR=56;TR=192;WE=139712331;WS=139712313;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,268:1.00:268
chr8	139727808	rs5895555	AT	A	71.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.068;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=4.555;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.49;ReadPosRankSum=2.414;SOR=1.461;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,16:0.33:48
chr8	139727811	rs143920292	TTAA	T	195.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.057;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FS=4.416;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.43;ReadPosRankSum=-0.401;SOR=1.414;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,16:0.28:57
chr8	139728430	.	C	T	3702.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.394;ClippingRankSum=0.000;DP=280;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.464;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=73;NR=41;PP=1831;ReadPosRankSum=-1.267;SC=TGGAGATGGGCGAGGTTCCTG;SOR=0.740;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=183;TCF=115;TCR=68;TR=114;WE=139728438;WS=139728420;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:100,171:0.63:271
chr8	139734462	rs12678237	T	C	6513.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=239;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=49;NR=108;PP=2965;SC=GCTCTTTGATTAGCAGGGCCC;SOR=1.425;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=157;TCF=49;TCR=108;TR=157;WE=139734470;WS=139734452;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,234:1.00:234
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chr8	139767349	rs2318338	T	C	4548.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=98;NR=25;PP=2730;SC=CCAAACCCATTGGTAAGAGAA;SOR=2.198;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=125;TCF=99;TCR=26;TR=123;WE=139767357;WS=139767339;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,155:1.00:155
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chr8	139824057	rs10101430	G	A	1105.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.61;BaseQRankSum=-0.356;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=9;PP=423;ReadPosRankSum=-0.349;SC=CTCCAGCTGGGCAGGAGCAGT;SOR=0.652;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=52;TCF=28;TCR=24;TR=25;WE=139824065;WS=139824047;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,49:0.58:85
chr8	139825393	rs6577951	A	G	1791.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=42;PP=1198;SC=AGTCCACCCCAGGATACCCCT;SOR=2.231;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=53;TCF=11;TCR=42;TR=52;WE=139825401;WS=139825383;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
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chr8	141293914	.	TA	T	123.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.525;ClippingRankSum=0.000;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=2.202;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.55;ReadPosRankSum=-1.010;SOR=1.000;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:58,22:0.28:80
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chr8	141436826	rs6998221	C	T	397.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.780;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=12;PP=241;ReadPosRankSum=1.060;SC=TCATAATTCACATAGCCTAGA;SOR=0.784;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=39;TCF=10;TCR=29;TR=16;WE=141436834;WS=141436816;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,20:0.41:49
chr8	141445349	rs11267571	AAGAAAACAAAAAACAAAAACC	A	13541.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.823;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=476;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.978;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.184;NF=5;NR=136;PP=2926;ReadPosRankSum=0.519;SC=GCTGGGCATTAAGAAAACAAA;SOR=1.903;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=175;TCF=6;TCR=169;TR=141;WE=141445401;WS=141445339;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,303:0.99:305
chr8	141461062	rs3735803	G	A	5611.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-2.199;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=465;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=93;NR=78;PP=2655;ReadPosRankSum=-1.342;SC=AGTCCTCGTAGTTGGGGTAGA;SOR=0.675;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=285;TCF=154;TCR=131;TR=171;WE=141461070;WS=141461052;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:195,266:0.58:461
chr8	141461185	rs3735802	A	G	6068.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.984;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=552;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.519;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=97;NR=93;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.767;SC=GGAACTTCTCAAAGGTCTGTG;SOR=0.635;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=348;TCF=184;TCR=164;TR=190;WE=141461193;WS=141461175;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:254,291:0.53:545
chr8	141461266	rs3735801	A	G	5603.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.413;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=489;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.948;HP=5;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=113;NR=80;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.295;SC=TCTGGAAGTCACCCCACTCGT;SOR=0.991;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=357;TCF=197;TCR=160;TR=193;WE=141461274;WS=141461256;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:221,265:0.55:486
chr8	141525465	rs2231527	T	C	1046.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-2.722;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.096;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=32;PP=624;ReadPosRankSum=0.978;SC=AGTTCCAGTGTGTGGTATTCT;SOR=1.022;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=59;TCF=12;TCR=47;TR=40;WE=141525473;WS=141525455;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,50:0.68:74
chr8	141549346	rs35387146	CT	C	391.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.222;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FS=2.440;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.40;ReadPosRankSum=-1.188;SOR=1.181;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:70,19:0.21:89
chr8	141557497	rs2292782	T	C	915.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-1.177;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=40;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=8;PP=657;ReadPosRankSum=1.371;SC=CCCTGCATACTGCACCCCACC;SOR=0.662;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=114;TCF=95;TCR=19;TR=44;WE=141557505;WS=141557487;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,43:0.35:124
chr8	141559358	rs2292781	G	A	3627.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.829;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=457;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.527;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=62;PP=1941;ReadPosRankSum=1.213;SC=TGGGCATGCCGGCGTCTCTCG;SOR=0.700;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=276;TCF=138;TCR=138;TR=127;WE=141559366;WS=141559348;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:261,190:0.42:451
chr8	141561393	rs2292779	G	C	1236.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.004;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.254;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=15;PP=551;ReadPosRankSum=-0.977;SC=CTGCCTGTGGGGGGCTTACTT;SOR=0.591;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=131;TCF=89;TCR=42;TR=44;WE=141561401;WS=141561383;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:111,65:0.37:176
chr8	141565892	rs4961270	A	C	771.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=3.215;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.131;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=4;PP=549;ReadPosRankSum=-1.960;SC=ATTCTCCTGCATGGAACACAG;SOR=0.911;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=74;TCF=64;TCR=10;TR=31;WE=141565900;WS=141565887;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,34:0.41:83
chr8	141566311	rs2271738	C	T	2312.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.391;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=289;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.434;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=42;PP=1166;ReadPosRankSum=1.058;SC=ACCTAGCAGTCGCTCTGATCA;SOR=0.727;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=199;TCF=97;TCR=102;TR=82;WE=141566319;WS=141566301;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:168,118:0.41:286
chr8	141566487	rs2271736	G	A	724.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=1.215;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=21;PP=430;ReadPosRankSum=-0.596;SC=GCTTGGGACCGTCTCTGCCTC;SOR=0.626;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=66;TCF=15;TCR=51;TR=27;WE=141566495;WS=141566477;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,35:0.41:86
chr8	141568622	rs2292778	G	A	4367.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.696;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=618;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.786;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=82;PP=2077;ReadPosRankSum=-0.204;SC=CATTGCAGACGCGGTACTTCC;SOR=0.827;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=385;TCF=171;TCR=214;TR=142;WE=141568630;WS=141568612;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:375,233:0.38:608
chr8	141568699	rs2292777	A	G	2618.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.189;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=326;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.418;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=63;PP=1341;ReadPosRankSum=-1.332;SC=AGGCATCGGCATCGGGGCTGT;SOR=0.802;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=225;TCF=68;TCR=157;TR=86;WE=141568707;WS=141568689;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:190,132:0.41:322
chr8	141568725	rs2292776	G	A	1871.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.530;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.864;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=53;PP=1219;ReadPosRankSum=-1.161;SC=CCTGAGTGCAGGCGCCACTTG;SOR=0.846;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=168;TCF=41;TCR=127;TR=66;WE=141568733;WS=141568715;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:130,87:0.40:217
chr8	141582896	rs13276958	T	C	1028.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=0.060;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.504;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=7;PP=629;ReadPosRankSum=0.511;SC=ACCAAGGGCATCCCGGCGAGC;SOR=0.364;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=60;TCF=49;TCR=11;TR=32;WE=141582904;WS=141582886;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,43:0.57:75
chr8	141583108	rs11293451	AT	A	877.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.950;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FS=0.716;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.10;MQRankSum=1.310;QD=5.81;ReadPosRankSum=1.538;SOR=0.778;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:65,86:0.57:151
chr8	141672789	rs202056008	AGTCAAT	A	6525.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.228;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=326;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.868;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.297;NF=14;NR=59;PP=2942;ReadPosRankSum=0.225;SC=GTCCTTCAGAAGTCAATGTCC;SOR=0.640;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=130;TCF=21;TCR=109;TR=73;WE=141672802;WS=141672779;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:139,167:0.55:306
chr8	141744917	rs45613837	G	A	4573.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=44;NR=81;PP=2326;SC=GGTGGCAAAGGTCAGGAAAGG;SOR=1.240;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=125;TCF=44;TCR=81;TR=125;WE=141744925;WS=141744907;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,170:1.00:170
chr8	141749052	rs11464275	A	AT	1070.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=7;PP=344;SC=AAAAGAGATAATTTTTTTTTG;SOR=1.508;SbPval=0.25;Source=Platypus;TC=23;TCF=11;TCR=12;TR=18;WE=141749060;WS=141749042;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr8	141754888	rs372806706	GA	G	213.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.034;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.93;ReadPosRankSum=0.995;SOR=0.715;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:74,37:0.33:111
chr8	141762558	rs6578132	G	A	1554.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=32;PP=923;SC=GAATGAGAGGGATACTTAAAA;SOR=2.584;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=6;TCR=32;TR=38;WE=141762566;WS=141762548;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr8	141774282	rs7840381	A	C	2100.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=27;NR=20;PP=884;SC=TTTTAAATGCAAGGAGGCATC;SOR=0.995;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=27;TCR=20;TR=47;WE=141774290;WS=141774272;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr8	141774576	rs4378011	A	G	409.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=11;PP=293;SC=ATCATTGTCCAATACGTTATA;SOR=1.911;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=4;TCR=11;TR=15;WE=141774584;WS=141774566;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr8	141779826	rs10875458	C	A	1094.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-0.747;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=37;PP=855;ReadPosRankSum=-1.218;SC=AAATAAAAAACAATTACCCCC;SOR=0.859;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=45;TCF=5;TCR=40;TR=42;WE=141779834;WS=141779815;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,49:0.94:52
chr8	141780818	rs79812711	T	C	1191.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-2.808;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.560;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=15;PP=324;ReadPosRankSum=-2.512;SC=GCAGTACCCGTAGAAGGAGGA;SOR=0.750;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=99;TCF=51;TCR=48;TR=32;WE=141780826;WS=141780808;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:108,70:0.39:178
chr8	141840645	rs4246127	G	A	2732.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=31;NR=39;PP=1296;SC=AAAAAGAAGCGTATTAACAAA;SOR=0.900;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=70;TCF=31;TCR=39;TR=70;WE=141840653;WS=141840635;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr8	141840739	rs4246128	G	A	753.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=20;PP=572;SC=ATATTATTTAGGAAGGAAACA;SOR=3.014;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=4;TCR=20;TR=24;WE=141840747;WS=141840729;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr8	141919446	rs56386028	C	T	339.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=1.632;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=11;PP=213;ReadPosRankSum=-0.892;SC=TGAGCCATTACGTACTTTCCA;SOR=0.910;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=23;TCF=5;TCR=18;TR=14;WE=141919454;WS=141919436;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,15:0.62:24
chr8	141931068	rs183484896	C	T	3175.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.290;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=247;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=64;PP=1553;ReadPosRankSum=2.728;SC=CCCAGTTCCTCGCTGTGATAG;SOR=0.689;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=168;TCF=58;TCR=110;TR=98;WE=141931076;WS=141931058;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:100,143:0.59:243
chr8	141994240	rs13258775	T	C	448.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.216;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.332;HP=4;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=7;PP=243;ReadPosRankSum=-1.799;SC=GCAGCCTGGGTGACACAGCAA;SOR=1.069;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=33;TCF=19;TCR=14;TR=19;WE=141994248;WS=141994230;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,21:0.58:36
chr8	141994271	rs13250222	CA	AC	763.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.528;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.86;MQRankSum=-0.777;QD=21.21;ReadPosRankSum=-1.104;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,22:0.61:36
chr8	141994297	rs4961311	A	G	1442.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=37;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=14;NR=18;PP=617;SC=AGCATTACATAATCATGTAGT;SOR=0.798;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=34;TCF=15;TCR=19;TR=32;WE=141994305;WS=141994287;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr8	141994393	rs11781807	T	G	257.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=-0.068;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.869;HP=3;HapScore=2;MGOF=40;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.452;NF=3;NR=9;PP=209;ReadPosRankSum=0.138;SC=TGACCCCAACTCCATGCCCTT;SOR=0.184;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=16;TCF=3;TCR=13;TR=12;WE=141994401;WS=141994383;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,11:0.73:15
chr8	142138860	rs3739232	C	G	2662.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=39;NR=30;PP=1390;SC=TGCTGGAGCTCTGCGCGCTGC;SOR=0.866;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=69;TCF=39;TCR=30;TR=69;WE=142138868;WS=142138850;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr8	142146708	rs307772	T	C	12886.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=519;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.14;SOR=0.799;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,493:1.00:493
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chr8	142154291	rs307761	G	A	2143.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.651;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=343;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=33;PP=835;ReadPosRankSum=-1.438;SC=GAAGTGGACAGTCATATAAAA;SOR=0.710;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=200;TCF=101;TCR=99;TR=68;WE=142154299;WS=142154281;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:214,121:0.36:335
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chr8	142175563	.	CT	C	82.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.342;ClippingRankSum=0.000;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=1.775;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.36;ReadPosRankSum=1.838;SOR=0.336;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,14:0.40:35
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chr8	142200205	rs144741369	T	TCATGTTTG	267.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.193;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.70;ReadPosRankSum=-0.667;SOR=0.648;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,9:0.19:47
chr8	142200467	rs1045303	G	A	2100.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.471;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=326;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.396;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.338;NF=30;NR=39;PP=813;ReadPosRankSum=0.387;SC=TCCAGCTGCCGCGAGGTGGCC;SOR=0.457;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=223;TCF=89;TCR=134;TR=69;WE=142200475;WS=142200457;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:204,115:0.36:319
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chr8	142202884	rs7014062	T	C	4203.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=3.062;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=522;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.125;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=73;NR=78;PP=2333;ReadPosRankSum=0.748;SC=CCTCTCAGGGTTCCCCTCCTA;SOR=0.572;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=372;TCF=171;TCR=201;TR=151;WE=142202892;WS=142202874;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:308,208:0.40:516
chr8	142204326	rs1045248	C	G	1175.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.107;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.274;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=27;PP=608;ReadPosRankSum=0.757;SC=TTTGGAAAGGCGAATAAACGT;SOR=0.586;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=117;TCF=48;TCR=69;TR=48;WE=142204334;WS=142204316;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:96,63:0.40:159
chr8	142221874	rs3739239	A	G	782.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.715;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.722;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=16;PP=337;ReadPosRankSum=0.034;SC=GATAAGACTTAGCAGAGAATG;SOR=0.341;SbPval=0.19;Source=Platypus;TC=98;TCF=35;TCR=63;TR=30;WE=142221882;WS=142221864;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:95,46:0.33:141
chr8	142222261	rs3824235	A	G	31.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.989;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=2.65;ReadPosRankSum=0.160;SOR=0.551;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,3:0.25:12
chr8	142222374	rs7017848	A	G	1214.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.401;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.710;HP=5;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=14;PP=707;ReadPosRankSum=-0.659;SC=CGCTGTTCCCACCGGCCCTGC;SOR=0.932;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=128;TCF=86;TCR=42;TR=47;WE=142222382;WS=142222364;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:123,68:0.36:191
chr8	142222445	rs3739238	T	C	3687.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.263;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=417;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.154;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=89;NR=40;PP=2180;ReadPosRankSum=0.155;SC=TCTGACACGTTGGGATAGATC;SOR=0.824;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=277;TCF=189;TCR=88;TR=129;WE=142222453;WS=142222435;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:240,174:0.42:414
chr8	142226108	rs892364	C	T	2054.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.881;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=239;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.526;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=60;PP=1237;ReadPosRankSum=-0.358;SC=AGTGGGCAGGCGGCTGGCTCC;SOR=0.747;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=180;TCF=47;TCR=133;TR=81;WE=142226116;WS=142226098;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:130,99:0.43:229
chr8	142228077	rs3842198	AGAGCGGCCCCGCTCCGGT	A	2865.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.362;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.870;NF=4;NR=24;PP=2970;ReadPosRankSum=0.712;SC=GTGGGCAGAGAGAGCGGCCCC;SOR=0.712;SbPval=0.94;Source=Platypus;TC=71;TCF=19;TCR=52;TR=28;WE=142228102;WS=142228067;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,77:0.47:165
chr8	142228809	rs753779	T	C	3608.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.062;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=508;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.133;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=73;NR=61;PP=1785;ReadPosRankSum=0.230;SC=GCACGTGCAATGCCGAGTCGC;SOR=0.633;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=335;TCF=194;TCR=141;TR=134;WE=142228817;WS=142228799;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:299,193:0.39:492
chr8	142228909	rs753778	G	A	4948.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.945;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=738;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=105;NR=90;PP=2792;ReadPosRankSum=0.519;SC=GACGCCGTGCGGCTCGCCCCC;SOR=0.692;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=512;TCF=274;TCR=238;TR=195;WE=142228917;WS=142228899;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:458,267:0.37:725
chr8	142229145	rs3739235	A	G	1413.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-2.674;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.923;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=39;PP=730;ReadPosRankSum=-0.128;SC=GGGAGGAAGCAGCAGCCGGTG;SOR=0.547;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=162;TCF=45;TCR=117;TR=56;WE=142229153;WS=142229135;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:134,72:0.35:206
chr8	142229178	rs3739234	G	A	821.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=2.995;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.151;HP=6;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=29;PP=566;ReadPosRankSum=1.629;SC=CAGGCCACAGGGGGGGAAGCT;SOR=1.178;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=100;TCF=18;TCR=82;TR=34;WE=142229186;WS=142229168;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,41:0.32:127
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chr8	142229946	rs4961256	G	A	1224.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.126;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.402;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.193;NF=17;NR=32;PP=776;ReadPosRankSum=-0.515;SC=GAGCACACGGGAGGGCGGTCA;SOR=0.565;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=113;TCF=37;TCR=76;TR=49;WE=142229954;WS=142229936;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,59:0.42:141
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chr8	142266958	rs71504829	CT	C	378.74	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.616;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.42;MQRankSum=0.596;QD=10.52;ReadPosRankSum=-1.129;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,30:0.83:36
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chr8	142367559	rs11785629	G	A	14231.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=521;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=149;NR=189;PP=2965;SC=GGGAGCCTTCGGGCCGCACGA;SOR=0.879;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=341;TCF=152;TCR=189;TR=338;WE=142367567;WS=142367549;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,514:1.00:514
chr8	142368150	rs7388121	T	G	1370.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.473;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.06;ReadPosRankSum=1.555;SOR=0.767;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:52,39:0.43:91
chr8	142368156	rs7388122	T	A	1332.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.248;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FS=0.868;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.87;ReadPosRankSum=2.132;SOR=0.871;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:48,36:0.43:84
chr8	142444234	rs371671775	GGGGT	G	1362.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.29;SOR=1.542;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr8	142444240	rs28490954	G	C	1370.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.54;SOR=1.542;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr8	142444254	rs28372340	T	G	783.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=46.10;SOR=3.383;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr8	142444526	rs10104447	G	C	1592.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=47;NR=5;PP=1112;SC=ATGCTGGGTAGGGGGGGCAGG;SOR=4.215;SbPval=0.97;Source=Platypus;TC=59;TCF=47;TCR=12;TR=52;WE=142444534;WS=142444516;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr8	142444780	rs10104806	G	C	5060.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.832;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=82;PP=2857;ReadPosRankSum=1.024;SC=CTGGGGGGCTGTAGCCCACCC;SOR=1.038;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=137;TCF=54;TCR=83;TR=136;WE=142444788;WS=142444770;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,186:0.99:188
chr8	142445055	rs13250250	G	C	1876.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=19;NR=30;PP=1057;SC=ACCTGGCTGGGACGGGCTGGG;SOR=1.179;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=49;TCF=19;TCR=30;TR=49;WE=142445070;WS=142445045;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr8	142445062	rs35650977	T	TG	1623.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=25;PP=1163;SC=TGGGACGGGCTGGGGGCCCTG;SOR=1.179;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=36;TCF=6;TCR=30;TR=31;WE=142445070;WS=142445045;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr8	142445095	rs28592919	C	T	1969.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.77;SOR=0.829;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr8	142445095	.	CCA	TCT	1769	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;FR=1.0000;HP=3;HapScore=1;MGOF=36;MMLQ=28;MQ=60.0;NF=15;NR=18;PP=1769;QD=55.2262992382;SC=TCCTCCAGCCCCAGTTTGCCT;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=39;TCF=19;TCR=20;TR=33;WE=142445105;WS=142445085;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:6,33:0.85:39
chr8	142445097	rs28590477	A	T	1969.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.81;SOR=0.739;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr8	142445538	rs11785585	T	C	12864.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=1.175;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=476;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=139;NR=119;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.179;SC=CCCAGGCTGGTCTGCCCGCGG;SOR=0.918;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=347;TCF=180;TCR=167;TR=258;WE=142445548;WS=142445528;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,430:1.00:432
chr8	142445540	rs143051012	T	TGCCCGCGGCCCTGGCCC	10773.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=0.960;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=483;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=72;PP=2954;ReadPosRankSum=1.094;SC=CAGGCTGGTCTGCCCGCGGCC;SOR=0.992;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=185;TCF=49;TCR=136;TR=100;WE=142445548;WS=142445528;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,368:0.99:370
chr8	142445557	.	CT	C	1071	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.6;FR=0.5000;HP=2;HapScore=1;MGOF=142;MMLQ=24;MQ=59.99;NF=28;NR=73;PP=1071;QD=10.8613861386;SC=GGCCCTGGCCCTGCCCCTTCC;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=240;TCF=85;TCR=155;TR=101;WE=142445565;WS=142445547;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:139,101:0.42:240
chr8	142445680	rs11784911	A	T	20281.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.837;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=773;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=249;NR=232;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.238;SC=CACAGTCCATATTCACACAAG;SOR=0.726;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=481;TCF=249;TCR=232;TR=481;WE=142445688;WS=142445670;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,748:1.00:750
chr8	142446923	rs11782383	C	T	4032.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=41;NR=53;PP=1836;SC=TGGAAGAAGCCGTCGAGCAAG;SOR=0.848;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=94;TCF=41;TCR=53;TR=94;WE=142446931;WS=142446913;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,151:1.00:151
chr8	142451177	rs7459842	G	A	2530.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=43;NR=25;PP=1301;SC=TTCTGCTGGGGTGTCAAGGAG;SOR=1.167;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=69;TCF=44;TCR=25;TR=68;WE=142451185;WS=142451167;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr8	142457961	rs13259488	A	C	854.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=2.016;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.965;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=9;PP=542;ReadPosRankSum=1.855;SC=GCGGAACCCTATGTGTGTCTG;SOR=0.864;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=68;TCF=49;TCR=19;TR=33;WE=142457969;WS=142457951;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,38:0.51:75
chr8	142458053	rs6578185	A	G	2992.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=1.733;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=284;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.912;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=37;PP=1247;ReadPosRankSum=-1.553;SC=TGCTTGGGCTAGGGCTCGCTG;SOR=0.834;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=164;TCF=85;TCR=79;TR=84;WE=142458061;WS=142458043;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:137,146:0.52:283
chr8	142459814	rs7003306	C	T	2862.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=18;NR=57;PP=1690;SC=CGTGGGCTGCCCAGCCCCCAG;SOR=1.855;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=75;TCF=18;TCR=57;TR=75;WE=142459822;WS=142459804;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
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chr8	142477752	rs11775650	T	C	3845.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=36;NR=65;PP=1648;SC=CCCAGGATCTTGCAAGTCTCT;SOR=1.097;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=101;TCF=36;TCR=65;TR=101;WE=142477760;WS=142477742;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,150:1.00:150
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chr8	142487856	rs11779508	A	G	2743.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-1.123;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=400;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.661;HP=4;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=38;PP=995;ReadPosRankSum=0.490;SC=TGCCCGCCTCACCCAGGGCCT;SOR=0.707;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=212;TCF=107;TCR=105;TR=80;WE=142487864;WS=142487846;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:243,156:0.39:399
chr8	142487895	rs147691391	T	A	2551.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-2.479;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=370;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.750;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=45;PP=940;ReadPosRankSum=0.238;SC=CTGGAGGAGCTCAGAGGTCTG;SOR=0.586;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=214;TCF=95;TCR=119;TR=84;WE=142487903;WS=142487885;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:224,144:0.39:368
chr8	142488662	rs2613643	C	T	3749.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=67;NR=41;PP=1924;SC=GTCCGGGACTCGGTCTTGGTG;SOR=1.117;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=110;TCF=67;TCR=43;TR=108;WE=142488670;WS=142488652;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,144:1.00:144
chr8	142488837	rs12547980	G	A	736.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.748;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=22;PP=430;ReadPosRankSum=-0.694;SC=GGTGCTGCTGGCCCATTTCCA;SOR=0.622;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=99;TCF=34;TCR=65;TR=35;WE=142488845;WS=142488827;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,42:0.34:124
chr8	142489410	rs2748418	A	G	2128.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.262;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.331;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=43;PP=1087;ReadPosRankSum=1.666;SC=CGCCAGCCCCAAGGTCAGAGC;SOR=0.838;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=101;TCF=29;TCR=72;TR=58;WE=142489418;WS=142489400;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,93:0.59:157
chr8	142489981	rs2748417	C	T	6766.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=252;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=127;NR=60;PP=2965;SC=CAGGTGGTGGCGGGGACAGGG;SOR=1.416;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=187;TCF=127;TCR=60;TR=187;WE=142489989;WS=142489971;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,247:1.00:247
chr8	142490079	rs2613641	G	A	14839.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=553;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=31;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQ=60.08;NF=156;NR=161;PP=2965;SC=CCGTGGCACCGTTTTTTTCAG;SOR=0.734;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=320;TCF=156;TCR=164;TR=317;WE=142490087;WS=142490069;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,553:1.00:553
chr8	142490120	rs2748416	G	T	13318.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=493;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=37;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQ=60.09;NF=120;NR=158;PP=2965;SC=TAGGTAAACAGGAAGGCCTGT;SOR=0.892;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=279;TCF=120;TCR=159;TR=278;WE=142490128;WS=142490110;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,493:1.00:493
chr8	142490160	rs146578467	A	AC	1964.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.210;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=345;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.265;HP=8;HapScore=2;MGOF=41;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=56;PP=2980;ReadPosRankSum=1.006;SC=CCTGTGCTTGACCCCCCCCAA;SOR=1.016;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=161;TCF=20;TCR=141;TR=65;WE=142490176;WS=142490150;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:197,115:0.37:312
chr8	142490166	rs7838192	C	T	3664.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.236;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=328;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.315;HP=7;HapScore=2;MGOF=41;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-2.418;NF=49;NR=67;PP=2962;ReadPosRankSum=0.278;SC=CTTGACCCCCCCCAAGGTGGC;SOR=0.498;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=227;TCF=92;TCR=135;TR=116;WE=142490176;WS=142490150;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:152,176:0.54:328
chr8	142490214	rs58431362	G	C	1502.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.515;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.490;HP=1;HapScore=2;MGOF=34;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.083;NF=16;NR=46;PP=901;ReadPosRankSum=0.424;SC=TGACCACACTGGCTTGGCCTC;SOR=1.270;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=129;TCF=40;TCR=89;TR=62;WE=142490222;WS=142490204;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,75:0.47:161
chr8	142505038	rs6578193	T	C	7977.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=307;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=93;NR=107;PP=2965;SC=TGCTGGAGATTTGTGGATGGC;SOR=0.754;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=207;TCF=93;TCR=114;TR=200;WE=142505046;WS=142505028;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,305:1.00:305
chr8	142505056	rs2246587	T	C	9768.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=274;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=36.18;SOR=0.818;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,270:1.00:270
chr8	142505057	rs2246586	G	T	3381.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.172;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=269;ExcessHet=3.0103;FS=0.460;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.71;ReadPosRankSum=-1.029;SOR=0.656;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:100,166:0.62:266
chr8	142505578	rs2748404	C	A	3551.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-1.367;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=42;PP=1475;ReadPosRankSum=-0.677;SC=ATCTTGAAGCCGGTGGCTAAG;SOR=0.319;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=71;TCF=29;TCR=42;TR=71;WE=142505586;WS=142505568;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,136:0.99:137
chr8	142506461	rs2613637	A	G	4017.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.480;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=69;NR=40;PP=2298;ReadPosRankSum=1.843;SC=GTGCTCCTGTAGCATCAGTGT;SOR=0.495;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=110;TCF=70;TCR=40;TR=109;WE=142506469;WS=142506451;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,141:0.99:142
chr8	142517130	rs11355664	TG	T	2775.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.310;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FS=8.405;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.54;ReadPosRankSum=-0.519;SOR=0.348;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:88,117:0.57:205
chr8	142517137	.	G	GGC	3095.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.425;ClippingRankSum=0.000;DP=218;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.575;HP=8;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=66;PP=2080;ReadPosRankSum=1.659;SC=CGGTGGGGGGGGGTCAGGGGG;SOR=1.263;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=127;TCF=51;TCR=76;TR=111;WE=142517145;WS=142517119;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:129,88:0.41:217
chr8	142517222	rs2748421	A	G	8318.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.240;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=370;ExcessHet=3.0103;FS=0.379;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=22.54;ReadPosRankSum=-1.514;SOR=0.722;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:158,211:0.57:369
chr8	142517227	rs2613648	C	T	4986.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.560;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=369;ExcessHet=3.0103;FS=0.381;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.66;ReadPosRankSum=-1.124;SOR=0.726;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:160,205:0.56:365
chr8	142528250	rs79124969	C	T	417.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.633;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=7.062;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.85;ReadPosRankSum=-1.085;SOR=1.840;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:47,14:0.23:61
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chr8	143257568	rs73375434	A	G	713.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=1.010;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.092;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=9;PP=410;ReadPosRankSum=-0.461;SC=TCGGCTCACAACATTTATAAA;SOR=0.471;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=54;TCF=36;TCR=18;TR=25;WE=143257576;WS=143257558;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,32:0.48:67
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chr8	143382124	rs140537326	G	GGACGATCTGGGTCTGAGGC	2424.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.050;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FS=15.431;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.25;MQRankSum=1.815;QD=21.46;ReadPosRankSum=1.550;SOR=2.235;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:50,63:0.56:113
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chr8	143425720	rs10100935	T	C	5044.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.571;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=379;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.816;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=68;NR=81;PP=2175;ReadPosRankSum=0.083;SC=GCCCGGGTAGTGCTGGGCCCC;SOR=0.416;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=246;TCF=106;TCR=140;TR=149;WE=143425728;WS=143425710;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:138,236:0.63:374
chr8	143447503	rs7388487	C	T	682.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-0.674;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.408;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=22;PP=542;ReadPosRankSum=0.442;SC=GTTCATGCCACTCTCCAGCCT;SOR=1.121;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=43;TCF=8;TCR=35;TR=27;WE=143447511;WS=143447493;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,27:0.57:47
chr8	143559431	rs10481394	T	C	3234.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=72;NR=16;PP=1985;SC=GGTGTTCTCATCTATGTCCCA;SOR=2.345;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=88;TCF=72;TCR=16;TR=88;WE=143559439;WS=143559421;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr8	143560504	rs13279697	A	G	1917.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=1.789;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.676;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=11;PP=1352;ReadPosRankSum=-1.082;SC=CTGATGACTGATTTCTCCTCT;SOR=2.376;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=56;TCF=45;TCR=11;TR=56;WE=143560512;WS=143560503;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,64:0.97:66
chr8	143560555	rs13252518	T	C	4519.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.765;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=74;NR=47;PP=2332;ReadPosRankSum=0.917;SC=TGCCCCACATTCCTGGGTCCC;SOR=1.093;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=121;TCF=74;TCR=47;TR=121;WE=143560563;WS=143560545;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,169:0.99:171
chr8	143560895	rs12682337	G	A	4431.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.33;QD=45.69;SOR=2.093;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr8	143560898	rs12680973	T	C	4431.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.32;QD=44.32;SOR=2.165;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr8	143560996	rs66517676	AGCCAGCT	A	9552.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.908;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=380;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.236;NF=66;NR=101;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.645;SC=CACCTTCCAGAGCCAGCTGCC;SOR=1.169;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=176;TCF=72;TCR=104;TR=167;WE=143561010;WS=143560986;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,369:0.99:371
chr8	143561206	rs4509377	G	A	5619.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=43;NR=114;PP=2965;SC=CTGTCCTCACGGTGATGCCCA;SOR=1.697;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=159;TCF=44;TCR=115;TR=157;WE=143561214;WS=143561196;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,194:1.00:194
chr8	143563087	rs11782438	C	G	2469.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.005;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=314;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.880;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=47;PP=1111;ReadPosRankSum=-0.546;SC=GCTCCCCGAGCGGCATTTTGG;SOR=0.628;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=202;TCF=85;TCR=117;TR=86;WE=143563095;WS=143563077;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:181,128:0.41:309
chr8	143563161	rs11776057	G	A	767.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=3.522;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=23;PP=489;ReadPosRankSum=-0.086;SC=CCCCAACCCTGGCCACAGCCC;SOR=0.646;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=72;TCF=10;TCR=62;TR=27;WE=143563169;WS=143563151;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,33:0.40:83
chr8	143569940	rs13255287	T	C	1279.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=2.970;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=34;PP=817;ReadPosRankSum=0.503;SC=GTCACCACCCTTCTGGAGTCT;SOR=0.659;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=67;TCF=8;TCR=59;TR=39;WE=143569948;WS=143569930;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,49:0.60:82
chr8	143570281	rs73714305	G	A	1691.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=2.318;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.245;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=17;PP=1098;ReadPosRankSum=0.493;SC=GGCCCTGGACGCGACCTTGAA;SOR=0.797;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=161;TCF=122;TCR=39;TR=73;WE=143570289;WS=143570271;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:115,83:0.42:198
chr8	143570921	rs7825551	A	G	16012.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=599;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=140;NR=263;PP=2965;SC=TTCGAGAGCTACTTTTATCCC;SOR=1.258;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=404;TCF=141;TCR=263;TR=403;WE=143570929;WS=143570911;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,580:1.00:580
chr8	143599631	rs13281622	A	G	22152.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=508;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.13;SOR=1.118;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,502:1.00:502
chr8	143599634	rs13254098	T	G	21973.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=489;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.49;SOR=1.132;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,483:1.00:483
chr8	143599651	rs13281652	A	C	11256.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=401;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=68;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=91;NR=181;PP=2965;SC=CTCCTGCATCACACGCCTCTT;SOR=1.252;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=272;TCF=91;TCR=181;TR=272;WE=143599673;WS=143599641;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,398:1.00:398
chr8	143599665	rs13254123	T	C	9553.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=330;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=68;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=67;NR=163;PP=2965;SC=GCCTCTTCCCTTGAAGGTCAC;SOR=1.449;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=230;TCF=67;TCR=163;TR=230;WE=143599673;WS=143599641;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,329:1.00:329
chr8	143599704	rs13281694	A	C	4365.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=119;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=21;NR=98;PP=2965;SC=CCCTCCCTCCATTTGTCCTCA;SOR=2.551;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=119;TCF=21;TCR=98;TR=119;WE=143599724;WS=143599694;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,140:1.00:140
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chr8	143599734	rs13281922	A	C	2203.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=141;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=59;PP=1767;SC=TCACCTCCGCATTTGCCACGG;SOR=4.680;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=62;TCF=3;TCR=59;TR=62;WE=143599761;WS=143599724;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
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chr8	143746069	rs3735999	T	C	4021.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.427;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=544;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=35;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.989;NF=89;NR=64;PP=2031;ReadPosRankSum=0.446;SC=GGTCAGCTTTTGGAGTCTTTT;SOR=0.705;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=354;TCF=196;TCR=158;TR=153;WE=143746077;WS=143746059;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:331,211:0.39:542
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chr8	143746416	rs754957	A	G	3721.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.257;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=498;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.475;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=62;PP=1785;ReadPosRankSum=1.305;SC=TGTAGCGGGCATGGGGGCCCT;SOR=0.651;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=305;TCF=158;TCR=147;TR=123;WE=143746424;WS=143746406;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:287,199:0.41:486
chr8	143746701	rs3802232	A	G	2760.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.014;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=360;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.763;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=41;PP=1066;ReadPosRankSum=0.654;SC=CCACCCAGGCATTCCCCTGGG;SOR=0.595;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=238;TCF=129;TCR=109;TR=85;WE=143746709;WS=143746691;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:207,147:0.42:354
chr8	143747271	rs2978973	C	G	3011.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.387;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=413;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=52;PP=1531;ReadPosRankSum=0.630;SC=TGTTGGAGTCCGAGCTGGCGA;SOR=0.673;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=258;TCF=137;TCR=121;TR=108;WE=143747279;WS=143747261;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:245,161:0.40:406
chr8	143761931	rs2294008	C	T	3674.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=40;NR=35;PP=1433;SC=CCAGTGACCACGAAGGCTGTG;SOR=0.780;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=75;TCF=40;TCR=35;TR=75;WE=143761939;WS=143761921;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,142:1.00:142
chr8	143762135	rs2920279	A	C	792.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=8;NR=14;PP=459;SC=TCCTCCAGGGAAGCTCTTGGC;SOR=0.997;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=22;TCF=8;TCR=14;TR=22;WE=143762143;WS=143762125;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
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chr8	143762807	rs3736001	G	A	2396.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.821;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=307;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.580;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=35;PP=1002;ReadPosRankSum=0.434;SC=CCTGCAGGTGGAGAACTGCAC;SOR=0.493;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=171;TCF=95;TCR=76;TR=69;WE=143762815;WS=143762797;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:173,125:0.42:298
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chr8	143763547	rs1045531	C	A	13831.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.309;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=506;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=221;NR=171;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.463;SC=CCGGCCAGCTCTAGGCTCTGG;SOR=0.506;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=402;TCF=224;TCR=178;TR=392;WE=143763563;WS=143763537;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,497:0.99:500
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chr8	143763690	rs10216533	G	A	22222.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.206;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=853;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=47;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=387;NR=374;PP=2965;ReadPosRankSum=0.219;SC=GTATGTCTGCGCCCCTGTCCC;SOR=2.043;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=773;TCF=396;TCR=377;TR=761;WE=143763698;WS=143763680;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:5,843:0.99:848
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chr8	143763757	rs1045547	T	G	41162.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.378;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=970;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=42.74;ReadPosRankSum=-0.275;SOR=0.614;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:8,955:0.99:963
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chr8	143764001	rs2976396	G	A	7198.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=257;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=55;NR=140;PP=2965;SC=CTGGAGGACAGGAGTCGACGT;SOR=1.563;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=200;TCF=60;TCR=140;TR=195;WE=143764009;WS=143763991;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,254:1.00:254
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chr8	143781858	rs1048831	G	A	950.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=3.936;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.828;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=4;PP=667;ReadPosRankSum=0.051;SC=GGCCAGACCCGGGGAGAGGCG;SOR=0.246;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=89;TCF=82;TCR=7;TR=38;WE=143781866;WS=143781848;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,42:0.44:95
chr8	143782044	rs2585174	A	G	4578.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=-0.004;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=634;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=69;PP=1888;ReadPosRankSum=0.220;SC=ACTCCCAGCGAACGGGTGAGC;SOR=0.706;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=321;TCF=141;TCR=180;TR=121;WE=143782052;WS=143782034;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:385,245:0.39:630
chr8	143783164	rs6987246	G	A	664.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=1.382;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.981;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=23;PP=441;ReadPosRankSum=2.210;SC=GGGACCCAAAGGCAGGTGAAC;SOR=0.830;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=75;TCF=15;TCR=60;TR=28;WE=143783172;WS=143783154;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,32:0.38:84
chr8	143783240	rs368843262	CTT	C	65.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.061;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=4.70;ReadPosRankSum=-1.145;SOR=0.269;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,5:0.36:14
chr8	143784275	rs2294012	C	T	2892.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=2.847;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=492;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.176;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=39;PP=1269;ReadPosRankSum=-0.843;SC=CCCCTAGACCCGCATTCCCAG;SOR=0.778;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=289;TCF=161;TCR=128;TR=94;WE=143784283;WS=143784265;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:325,160:0.33:485
chr8	143808667	rs2257796	T	C	225.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.851;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=2;PP=129;ReadPosRankSum=2.094;SC=GCTGCGCTCGTGAGTTCCCAG;SOR=0.804;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=23;TCF=19;TCR=4;TR=10;WE=143808675;WS=143808657;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,11:0.38:29
chr8	143808951	rs2585138	C	T	4334.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-1.676;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=766;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.554;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=69;NR=80;PP=1915;ReadPosRankSum=-1.739;SC=GGACCTGCTGCTGCACATGAA;SOR=0.756;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=430;TCF=213;TCR=217;TR=149;WE=143808959;WS=143808941;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:507,254:0.33:761
chr8	143809193	rs2257840	C	T	1335.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.882;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.947;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=22;PP=505;ReadPosRankSum=-0.173;SC=TGCGGGACGGCTTCGTGTGCG;SOR=0.898;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=99;TCF=44;TCR=55;TR=37;WE=143809201;WS=143809183;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:97,71:0.42:168
chr8	143816702	rs3736009	A	C	1737.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=-0.406;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=12;PP=703;ReadPosRankSum=-0.657;SC=AGAGGTGGGAAGGCCGTAGCT;SOR=0.700;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=112;TCF=81;TCR=31;TR=47;WE=143816710;WS=143816692;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:107,85:0.44:192
chr8	143823863	rs13254346	G	C	11934.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.807;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=448;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=113;NR=177;PP=2965;ReadPosRankSum=1.311;SC=TTATACCCAGGCCCTTGGGCA;SOR=1.056;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=290;TCF=113;TCR=177;TR=290;WE=143823884;WS=143823853;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,441:1.00:443
chr8	143823876	rs13254358	G	A	5161.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.172;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=396;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.223;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=97;PP=2661;ReadPosRankSum=-0.713;SC=CTTGGGCACCGGCTTCTGGGC;SOR=0.623;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=256;TCF=95;TCR=161;TR=157;WE=143823884;WS=143823853;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:160,232:0.59:392
chr8	143832709	.	C	T	1178.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-2.179;ClippingRankSum=0.000;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.907;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=20;PP=464;ReadPosRankSum=-0.266;SC=AGATGCCTACCAGCCAAAACT;SOR=0.534;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=48;TCF=16;TCR=32;TR=31;WE=143832717;WS=143832699;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,55:0.67:82
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chr8	143845953	rs2717554	T	C	2397.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.216;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FS=4.078;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=21.22;ReadPosRankSum=0.043;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:48,65:0.58:113
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chr8	143867841	rs2717607	C	G	1233.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=3.005;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.643;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.386;NF=30;NR=44;PP=1170;ReadPosRankSum=1.831;SC=ACACAGGCCACAGCCGCCCAC;SOR=1.362;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=189;TCF=82;TCR=107;TR=74;WE=143867853;WS=143867831;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:129,61:0.32:190
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chr8	143921812	rs3750247	A	G	3989.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.704;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=342;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.02;ReadPosRankSum=-0.098;SOR=0.709;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:215,117:0.35:332
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chr8	143956925	rs6392	T	C	154.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.024;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.537;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-1.344;NF=3;NR=7;PP=103;ReadPosRankSum=0.157;SC=AAGGACATGCTCCACGTTAAT;SOR=1.071;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=29;TCF=10;TCR=19;TR=10;WE=143956933;WS=143956915;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,10:0.33:30
chr8	143956965	rs6391	A	G	39.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.139;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=2.932;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.13;MQRankSum=-1.046;QD=3.31;ReadPosRankSum=1.408;SOR=1.828;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,3:0.25:12
chr8	143957405	rs6471570	A	C	5733.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-1.090;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=685;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=70;NR=95;PP=2429;ReadPosRankSum=0.203;SC=ATACCCTGAGAACGACAGAGC;SOR=0.677;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=390;TCF=165;TCR=225;TR=165;WE=143957413;WS=143957395;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:388,294:0.43:682
chr8	143957518	rs62524999	A	T	1160.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=2.542;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.225;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=34;PP=792;ReadPosRankSum=0.486;SC=CGTGTTTATCACATCACAATC;SOR=0.903;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=125;TCF=44;TCR=81;TR=51;WE=143957526;WS=143957508;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:89,55:0.38:144
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chr8	143957886	rs10105643	A	C	1394.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.121;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.614;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.258;NF=15;NR=31;PP=706;ReadPosRankSum=-1.688;SC=TCCTGCCCAGACTGCCCCGAC;SOR=0.770;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=115;TCF=41;TCR=74;TR=46;WE=143957894;WS=143957876;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,66:0.43:154
chr8	143958427	rs6387	C	T	2177.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.174;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=325;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.060;NF=47;NR=42;ReadPosRankSum=2.140;SC=GATCTTCCCACGTGGCCCACA;SOR=0.690;Source=Platypus;TCF=111;TR=89;WE=143958435;WS=143958417;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:198,122:0.38:320
chr8	143959067	rs80101721	G	A	265.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.915;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=1.579;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.77;MQRankSum=-2.566;QD=6.04;ReadPosRankSum=-0.921;SOR=1.127;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,14:0.32:44
chr8	143959219	rs11775687	G	A	4873.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.040;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=368;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.270;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=7.366;NF=73;NR=58;PP=1886;ReadPosRankSum=-0.974;SC=CCAGGGAATGGTGGGGAGGAA;SOR=0.775;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=223;TCF=119;TCR=104;TR=131;WE=143959227;WS=143959209;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:138,229:0.62:367
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chr8	143959289	rs7818953	T	C	1893.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=3.558;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=346;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.843;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-9.390;NF=27;NR=38;PP=964;ReadPosRankSum=-1.685;SC=CAGCTGGCTGTTGTGAGCTGT;SOR=0.916;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=185;TCF=84;TCR=101;TR=65;WE=143959297;WS=143959279;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:239,105:0.31:344
chr8	143959412	rs28551743	G	A	348.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=0.834;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.431;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=9;PP=140;ReadPosRankSum=-0.750;SC=CACCCATGCCGGCACCTGCAC;SOR=0.089;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=30;TCF=1;TCR=29;TR=9;WE=143959420;WS=143959402;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,16:0.41:39
chr8	143960597	rs5283	G	A	11703.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.969;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1630;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.534;HP=2;HapScore=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=199;NR=182;PP=2962;ReadPosRankSum=2.295;SC=CTCCTCCCAAGTCGTACCTGT;SOR=0.773;SbPval=0.61;Source=Platypus;TCR=486;TR=381;WE=143960605;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:990,626:0.39:1616
chr8	143961005	rs6410	T	C	4356.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=2.593;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=568;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.534;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=93;NR=70;PP=2474;ReadPosRankSum=1.961;SC=AAATGGGCCCTAGTTCCTGGA;SOR=0.619;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=421;TCF=244;TCR=177;TR=163;WE=143961013;WS=143960995;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:323,219:0.40:542
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chr8	143994321	rs6435	T	C	3103.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.076;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=1.705;NF=27;NR=56;PP=1888;ReadPosRankSum=1.776;SC=GGGGCATCCATAGAAAGGGTC;SOR=1.466;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=83;TCF=27;TCR=56;TR=83;WE=143994329;WS=143994311;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,111:0.98:113
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chr8	143994702	rs4538	G	T	1314.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=3.382;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.071;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-1.543;NF=39;NR=12;PP=850;ReadPosRankSum=-0.223;SC=AGCACCCACCGCAAGGTCTCC;SOR=0.384;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=122;TCF=99;TCR=23;TR=51;WE=143994710;WS=143994692;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,58:0.41:143
chr8	143994944	rs13252628	T	G	6094.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.825;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=494;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=37;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=84;NR=115;PP=2962;ReadPosRankSum=0.370;SC=CAGGACAACCTCCCTCTGAGG;SOR=0.696;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=334;TCF=141;TCR=193;TR=199;WE=143994952;WS=143994934;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:203,280:0.58:483
chr8	143994978	.	CAAA	C,CAA	13947.73	.	AC=2,0;AF=1.00,0.00;ALERT;AN=2;BRF=0.46;DP=334;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=18;NR=134;PP=2969;SC=ATGCCCTGAGCAAAAACAGAG;SOR=1.371;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=162;TCF=18;TCR=144;TR=152;WE=143994990;WS=143994968;set=Intersection	GT:AF:DP	1/1:1.00:313
chr8	143994981	.	AA	CG	2947	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;FR=1.0000;HP=4;HapScore=1;MGOF=12;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=67;NR=132;PP=2947;QD=20;SC=CCCTGAGCAAAAACAGAGCCC;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=208;TCF=69;TCR=139;TR=199;WE=143994990;WS=143994968;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:9,199:0.96:208
chr8	143994982	.	A	ACG	8407.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.983;ClippingRankSum=0.000;DP=308;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=27.66;ReadPosRankSum=-0.619;SOR=1.376;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,302:0.99:304
chr8	143995761	rs4536	C	T	9031.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=350;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=116;NR=106;PP=2965;SC=ACAGGAGCTCCGCCACGATGC;SOR=0.741;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=224;TCF=117;TCR=107;TR=222;WE=143995769;WS=143995751;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,342:1.00:342
chr8	143996059	rs6434	A	G	49.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.264;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=10.306;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.33;MQRankSum=-3.373;QD=1.61;ReadPosRankSum=0.384;SOR=0.616;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,5:0.16:31
chr8	143996363	rs6418	A	G	3053.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.443;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FS=6.682;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.09;MQRankSum=-7.788;QD=13.69;ReadPosRankSum=1.695;SOR=0.681;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:139,84:0.38:223
chr8	143996363	.	AGG	GGA	1766	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;FR=0.5000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MMLQ=24;MQ=57.47;NF=28;NR=24;PP=1766;QD=34.9897668243;SC=AGGCAGCCCCAGGCCTCCTGG;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=137;TCF=64;TCR=73;TR=52;WE=143996373;WS=143996353;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:85,52:0.38:137
chr8	143996365	rs6399	G	A	3053.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.532;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FS=5.695;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.23;MQRankSum=-8.145;QD=13.63;ReadPosRankSum=1.989;SOR=0.754;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:141,83:0.37:224
chr8	143996539	rs4539	T	C	3941.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.649;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=288;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.446;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.359;NF=46;NR=35;PP=2810;ReadPosRankSum=2.252;SC=CACCTTCTTCTTCAGGGCCTG;SOR=0.652;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=201;TCF=114;TCR=87;TR=81;WE=143996561;WS=143996529;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:173,109:0.39:282
chr8	143996553	rs4546	G	A	4120.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-2.326;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=320;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.460;NF=46;NR=40;PP=2810;ReadPosRankSum=1.419;SC=GGGCCTGGGAGAAGTCCCTGG;SOR=0.683;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=211;TCF=116;TCR=95;TR=86;WE=143996561;WS=143996529;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:196,120:0.38:316
chr8	143997131	rs10086846	C	T	332.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=2;PP=194;SC=GGGGCAGCAGCCTCTGCCTGT;SOR=1.609;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=11;TCF=9;TCR=2;TR=11;WE=143997139;WS=143997121;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr8	143997309	rs13257680	C	T	2769.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=-0.387;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=-1.713;NF=32;NR=28;PP=905;ReadPosRankSum=-1.657;SC=TATTTATGTCCAGCTGGCTGC;SOR=0.663;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=123;TCF=62;TCR=61;TR=60;WE=143997317;WS=143997299;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:99,136:0.58:235
chr8	143997795	rs11781816	C	T	5964.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.795;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=510;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.528;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=3.713;NF=100;NR=64;PP=2668;ReadPosRankSum=-0.293;SC=CATCCTCATCCAGTCCTTCCC;SOR=0.750;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=276;TCF=168;TCR=108;TR=164;WE=143997810;WS=143997785;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:228,280:0.55:508
chr8	143997877	rs7461740	C	G	2641.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=1.936;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=483;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.560;HP=3;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-7.131;NF=44;NR=49;PP=1254;ReadPosRankSum=0.511;SC=CCTGACCAGGCGCCACCCTCT;SOR=0.612;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=289;TCF=135;TCR=154;TR=93;WE=143997885;WS=143997867;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:326,153:0.32:479
chr8	143997935	rs10099658	T	C	342.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.781;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=276;ExcessHet=3.0103;FS=9.005;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.20;MQRankSum=-9.881;QD=1.24;ReadPosRankSum=-5.231;SOR=1.411;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:233,43:0.16:276
chr8	143998426	rs13268153	C	T	2537.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=6.185;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.323;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-1.136;NF=78;NR=4;PP=1879;ReadPosRankSum=0.013;SC=CCCCTACACCCAGGCTGCCCA;SOR=1.084;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=141;TCF=131;TCR=10;TR=82;WE=143998434;WS=143998416;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,92:0.61:152
chr8	143998662	rs13276226	G	A	14022.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.454;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1016;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.156;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=187;NR=258;PP=2962;ReadPosRankSum=1.627;SC=CCTGCTGGACGGGGTCATGTC;SOR=0.817;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=696;TCF=304;TCR=392;TR=445;WE=143998670;WS=143998652;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:370,639:0.63:1009
chr8	143998677	rs61757315	G	A	5909.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=2.066;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=873;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.546;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=99;NR=128;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.887;SC=CATGTCCCTCGTGGCCCCACC;SOR=0.638;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=647;TCF=275;TCR=372;TR=227;WE=143998685;WS=143998667;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:554,316:0.36:870
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chr8	144097362	rs62525086	G	C	1535.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.805;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FS=0.653;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.04;ReadPosRankSum=1.126;SOR=0.702;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:108,45:0.29:153
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chr8	144295321	rs13253453	C	G	1101.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=30;NF=6;NR=28;PP=879;SC=CCCCAGCCCACAGCAGCATGG;SOR=2.712;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=35;TCF=7;TCR=28;TR=34;WE=144295329;WS=144295311;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
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chr8	144332082	rs11136275	T	C	5130.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.313;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=414;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.111;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=72;NR=84;PP=2032;ReadPosRankSum=1.589;SC=TGCAGAAGAGTGCGCTCAGAG;SOR=0.737;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=262;TCF=127;TCR=135;TR=156;WE=144332090;WS=144332072;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:167,243:0.59:410
chr8	144351394	rs7819483	A	G	1079.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-5.335;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.140;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=11;PP=566;ReadPosRankSum=-0.775;SC=CTGTGGGTTCATCCTCCATCC;SOR=0.272;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=114;TCF=93;TCR=21;TR=47;WE=144351402;WS=144351384;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,56:0.44:128
chr8	144351632	rs6558341	A	G	16616.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=635;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=186;NR=221;PP=2965;SC=TCTCATCACCAGGGACACCTG;SOR=0.804;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=409;TCF=187;TCR=222;TR=407;WE=144351640;WS=144351622;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,627:1.00:627
chr8	144357213	rs3817675	G	C	9598.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=2.771;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=788;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.526;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=168;NR=128;PP=2962;ReadPosRankSum=0.447;SC=GTGGCCCCACGTGGACTCCTG;SOR=0.654;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=531;TCF=309;TCR=222;TR=296;WE=144357221;WS=144357203;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:343,436:0.56:779
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chr8	144357975	rs2293924	C	T	6674.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=98;NR=42;PP=2707;SC=TAAGCCCCCCCGTCCAGCTCT;SOR=1.504;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=141;TCF=99;TCR=42;TR=140;WE=144357983;WS=144357965;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,176:1.00:176
chr8	144357992	rs2293923	A	G	3049.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.046;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=239;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.689;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=71;NR=36;PP=1594;ReadPosRankSum=1.294;SC=CTCTGCTCTCACTCCCCGTCC;SOR=0.835;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=166;TCF=109;TCR=57;TR=107;WE=144358000;WS=144357982;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,141:0.61:231
chr8	144358302	rs1056146	C	T	545.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=0.431;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.115;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=12;PP=385;ReadPosRankSum=0.038;SC=AAGCAGCGGCCGGGCCCGAGG;SOR=0.174;SbPval=0.08;Source=Platypus;TC=65;TCF=45;TCR=20;TR=25;WE=144358310;WS=144358292;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,26:0.35:75
chr8	144358381	rs1056148	G	A	3840.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-3.409;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=256;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.032;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=81;NR=37;PP=2090;ReadPosRankSum=2.115;SC=CGCGCGGGGGGCCAAGCCGCA;SOR=0.461;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=183;TCF=128;TCR=55;TR=118;WE=144358389;WS=144358371;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,165:0.67:248
chr8	144378184	rs2235115	C	G	5963.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.250;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=404;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.104;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=105;NR=84;PP=2962;ReadPosRankSum=0.002;SC=CAGGCCCCGGCGCAGAGGGCG;SOR=0.524;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=284;TCF=164;TCR=120;TR=189;WE=144378192;WS=144378174;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:130,262:0.67:392
chr8	144378868	rs7386259	A	G	17989.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=665;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=167;NR=222;PP=2965;SC=GGCACCAGCGACTCCACACGG;SOR=0.867;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=389;TCF=167;TCR=222;TR=389;WE=144378876;WS=144378858;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,657:1.00:657
chr8	144391452	rs11136285	G	A	1575.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-3.304;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=1.173;NF=48;NR=12;PP=1159;ReadPosRankSum=-1.869;SC=CAAAGTGCTGGGATTACAGGT;SOR=0.622;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=108;TCF=88;TCR=20;TR=60;WE=144391460;WS=144391442;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,64:0.57:112
chr8	144391537	rs117108116	A	G	2990.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.110;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=444;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.88;ReadPosRankSum=0.199;SOR=0.666;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:271,164:0.38:435
chr8	144391728	rs7386475	A	G	4347.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.927;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=321;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.438;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=102;PP=2395;ReadPosRankSum=1.250;SC=GGGAGGCAGCATCAGCCCAGG;SOR=0.728;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=235;TCF=69;TCR=166;TR=146;WE=144391736;WS=144391718;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:122,194:0.61:316
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chr8	144391873	rs10105378	A	G	1529.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-4.652;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=16;PP=981;ReadPosRankSum=-0.768;SC=CACCCCACGCATGCCGCCACC;SOR=0.743;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=88;TCF=60;TCR=28;TR=55;WE=144391881;WS=144391863;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,67:0.64:104
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chr8	144399885	.	AG	CT	1069	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MMLQ=27;MQ=60.24;NF=24;NR=7;PP=1069;QD=36.2086411246;SC=GGTGTGGGGCAGGCTCACCGC;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=62;TCF=45;TCR=17;TR=31;WE=144399894;WS=144399875;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:31,31:0.50:62
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chr8	144403485	rs11544482	G	C	3421.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-1.596;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=492;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=78;PP=1842;ReadPosRankSum=-1.860;SC=CGTGCTCCACGCGGAGGGAAC;SOR=0.674;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=305;TCF=114;TCR=191;TR=125;WE=144403493;WS=144403475;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:293,183:0.38:476
chr8	144406705	rs11544484	C	T	5633.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.918;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=737;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.113;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=93;NR=85;PP=2470;ReadPosRankSum=-2.043;SC=GAGTTCTGAACGCTCTCGGTC;SOR=0.593;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=440;TCF=238;TCR=202;TR=178;WE=144406713;WS=144406695;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:436,296:0.40:732
chr8	144406881	rs12680498	G	A	4520.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.174;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=357;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.389;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=99;PP=2406;ReadPosRankSum=0.593;SC=CTGGTCAACCGTCCCACGTGG;SOR=0.844;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=231;TCF=77;TCR=154;TR=144;WE=144406889;WS=144406871;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:142,208:0.59:350
chr8	144408616	rs3829019	G	A	783.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.171;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.403;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=24;PP=509;ReadPosRankSum=0.084;SC=CGCCATGTCCGACGGAGGCGT;SOR=0.347;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=75;TCF=12;TCR=63;TR=29;WE=144408624;WS=144408606;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,36:0.41:88
chr8	144409934	rs35096181	C	A	10358.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=235;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQ=60.05;NF=129;NR=51;PP=2965;SC=TGGCATCAGGCCAAAGAAGAG;SOR=1.695;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=185;TCF=131;TCR=54;TR=180;WE=144409946;WS=144409924;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,228:1.00:228
chr8	144409938	rs11424162	A	AG	10707.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=250;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=91;NR=57;PP=2969;SC=ATCAGGCCAAAGAAGAGGGTC;SOR=1.689;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=153;TCF=93;TCR=60;TR=148;WE=144409946;WS=144409924;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,243:1.00:243
chr8	144411759	rs3812436	T	C	778.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.292;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=4.985;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.12;ReadPosRankSum=0.869;SOR=2.189;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,20:0.65:31
chr8	144411767	rs2467894	C	A	778.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.066;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=4.985;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.12;ReadPosRankSum=0.845;SOR=2.189;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,20:0.65:31
chr8	144417051	rs2956274	A	G	3082.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=69;PP=2089;SC=TCCGGGAAAGAGCGACAAGCT;SOR=2.701;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=82;TCF=13;TCR=69;TR=82;WE=144417059;WS=144417041;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr8	144425247	rs7837655	C	A	2332.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=52;NR=12;PP=1506;SC=CTTATTTCACCATAAAATCTT;SOR=2.274;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=64;TCF=52;TCR=12;TR=64;WE=144425255;WS=144425237;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr8	144457678	rs72703712	G	A	1146.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.901;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=13;PP=674;ReadPosRankSum=2.727;SC=AGCCTGGTGCGGGCGCCACGG;SOR=0.743;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=112;TCF=78;TCR=34;TR=45;WE=144457686;WS=144457668;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,57:0.42:135
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chr8	144459233	rs3889112	C	T	2710.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-0.760;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=20;PP=1018;ReadPosRankSum=0.029;SC=TGTGTGTGCGCGTGTGTGTGT;SOR=0.311;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=57;TCF=32;TCR=25;TR=49;WE=144459241;WS=144459224;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,62:0.98:63
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chr8	144463267	rs13275994	C	T	4403.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=105;NR=15;PP=2965;SC=CAGAGGGGGCCGTGTGTTCAG;SOR=3.393;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=122;TCF=106;TCR=16;TR=120;WE=144463275;WS=144463257;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,138:1.00:138
chr8	144463686	rs3817720	C	T	2586.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=46;NR=32;PP=1745;SC=GCTAGTCAGGCGGGGTCTCCT;SOR=0.990;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=79;TCF=47;TCR=32;TR=78;WE=144463694;WS=144463676;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr8	144511389	rs7386685	C	G	319.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.68;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=1;PP=118;SC=AGACTTGGCACCGGGGCCAGC;SOR=1.085;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=5;TCF=4;TCR=1;TR=5;WE=144511397;WS=144511385;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr8	144511953	rs141816879	ATGG	A	16434.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.738;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=514;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.47;MQRankSum=0.394;QD=43.48;ReadPosRankSum=2.253;SOR=0.627;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:3,375:0.99:378
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chr8	144520147	rs2294117	G	A	2732.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-2.627;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=234;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.727;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=32;PP=1617;ReadPosRankSum=0.538;SC=GCCCTCCTGTGGGGTAGAGTG;SOR=0.553;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=172;TCF=119;TCR=53;TR=96;WE=144520155;WS=144520137;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:98,127:0.56:225
chr8	144522387	rs2272754	GA	TT	3560.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.059;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FS=2.035;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=22.97;ReadPosRankSum=2.164;SOR=0.750;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:62,93:0.60:155
chr8	144523018	rs2294115	G	A	243.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.157;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=0;PP=93;ReadPosRankSum=2.564;SC=TGGAGTTGGCGGGAGCTCAAC;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=12;TCR=0;TR=6;WE=144523026;WS=144523008;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,12:0.50:24
chr8	144523323	rs2294114	G	A	2305.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.957;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.617;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=44;PP=1139;ReadPosRankSum=-2.027;SC=TGGGTGGGCCGGCTGGAGGCT;SOR=0.617;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=119;TCF=49;TCR=70;TR=75;WE=144523331;WS=144523313;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,107:0.66:162
chr8	144618379	rs11774857	A	G	977.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=18;NR=7;PP=432;SC=AGCATATCCCATCAGGCAGGC;SOR=1.552;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=18;TCR=7;TR=25;WE=144618387;WS=144618369;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr8	144620183	rs4874147	T	C	6796.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=258;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=108;NR=64;PP=2965;SC=CTTGTGCTGCTGCGTCTCCGG;SOR=1.087;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=173;TCF=109;TCR=64;TR=172;WE=144620191;WS=144620173;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,255:1.00:255
chr8	144641161	rs4292703	A	G	2737.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.162;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=44;PP=1217;ReadPosRankSum=0.020;SC=GGGTCCCTGCACCACGCTCAG;SOR=0.695;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=124;TCF=50;TCR=74;TR=74;WE=144641169;WS=144641151;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,123:0.63:195
chr8	144641753	rs4874151	A	C	12828.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=500;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=134;NR=234;PP=2965;SC=GCAGAGCCCCAGGGAGGCTGG;SOR=1.241;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=371;TCF=134;TCR=237;TR=368;WE=144641761;WS=144641743;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,491:1.00:491
chr8	144642178	rs11774948	T	C	6983.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=250;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=57;NR=110;PP=2965;SC=GGGCCCCACCTACCCCAAGCA;SOR=1.221;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=168;TCF=58;TCR=110;TR=167;WE=144642186;WS=144642168;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,245:1.00:245
chr8	144642596	rs7835865	T	C	2330.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.970;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=293;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.432;HP=2;HapScore=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=37;ReadPosRankSum=-1.965;SC=AGTCCACCTTTCCTCATGGGG;SOR=0.595;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=176;TCF=92;TCR=84;TR=76;WE=144642604;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:173,116:0.40:289
chr8	144642626	rs7831485	A	G	7996.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=304;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=94;NR=75;PP=2965;SC=CGTGGGGAGCACACGGAGAGG;SOR=0.820;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=169;TCF=94;TCR=75;TR=169;WE=144642634;WS=144642616;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,300:1.00:300
chr8	144642986	rs11136298	T	C	2915.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=45;NR=37;PP=1993;SC=CACGTGGGCATGCGGCGGCGG;SOR=1.037;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=82;TCF=45;TCR=37;TR=82;WE=144642994;WS=144642976;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr8	144643321	rs12541790	A	G	2473.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=2.245;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=382;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.439;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=52;PP=1225;ReadPosRankSum=-1.454;SC=TGGCAGAGAAACAGGGAGGCC;SOR=0.553;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=269;TCF=92;TCR=177;TR=82;WE=144643329;WS=144643311;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:239,128:0.35:367
chr8	144644405	rs11551198	G	A	3360.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.347;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=269;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.965;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=48;PP=1943;ReadPosRankSum=0.973;SC=GCCTTGGGCCGGTGGAGCCCC;SOR=0.768;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=182;TCF=99;TCR=83;TR=107;WE=144644413;WS=144644395;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:105,156:0.60:261
chr8	144644583	rs1349806	G	C	1818.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=2.219;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=271;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.571;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=43;PP=1540;ReadPosRankSum=0.221;SC=CCCGGTGGGCGTTCAGAAACC;SOR=0.610;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=276;TCF=137;TCR=139;TR=94;WE=144644591;WS=144644573;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:162,96:0.37:258
chr8	144644787	rs1377663	T	A	4085.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=2.669;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=549;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=67;PP=1879;ReadPosRankSum=-0.607;SC=AGGCACAAGATGCCCAGATTT;SOR=0.700;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=333;TCF=156;TCR=177;TR=125;WE=144644795;WS=144644777;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:333,211:0.39:544
chr8	144645265	rs55851711	T	TCTGG	1300.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=2.190;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.004;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=7;PP=665;ReadPosRankSum=-1.431;SC=GGGTCCTGGATCTGGGGTAGG;SOR=0.344;SbPval=0.24;Source=Platypus;TC=25;TCF=7;TCR=18;TR=12;WE=144645273;WS=144645255;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,33:0.65:51
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chr8	144649550	rs7010602	A	G	2091.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=35;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=22;NR=13;PP=772;SC=AGCCCCGGGCACGGGCCAGCA;SOR=1.061;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=35;TCF=22;TCR=13;TR=35;WE=144649558;WS=144649531;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
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chr8	144654582	rs4874154	C	A	27896.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=624;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.85;SOR=0.844;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,622:1.00:622
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chr8	144654693	rs4873804	G	C	12777.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.830;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=494;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=134;NR=192;PP=2965;ReadPosRankSum=-2.046;SC=CTGCCTCAGAGGGGGCGGTGA;SOR=0.999;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=328;TCF=135;TCR=193;TR=326;WE=144654701;WS=144654683;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,490:1.00:492
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chr8	144659608	rs12678314	A	G	1559.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=40;PP=1179;SC=CAGGGTGAGGATCACTAGGCC;SOR=3.745;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=46;TCF=6;TCR=40;TR=46;WE=144659616;WS=144659598;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr8	144660189	rs896953	A	G	1578.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.812;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.644;HP=6;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=43;PP=1071;ReadPosRankSum=-0.730;SC=CCACGGGGGGACAAGGACTTC;SOR=1.006;SbPval=0.43;Source=Platypus;TCF=46;TR=67;WE=144660197;WS=144660179;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,66:0.61:108
chr8	144660523	rs4475500	A	G	1859.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=17;NR=37;PP=1106;SC=CCCCGCCCCGACCCCGTGACG;SOR=1.508;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=54;TCF=17;TCR=37;TR=54;WE=144660531;WS=144660513;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr8	144662353	rs1062391	G	A	3955.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.64;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=31;NR=43;PP=1572;SC=CCTCCAGCTGGGCCATGTCCG;SOR=0.883;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=75;TCF=32;TCR=43;TR=74;WE=144662361;WS=144662343;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,147:1.00:147
chr8	144668590	rs11780087	T	C	293.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=5;PP=170;SC=AACGAGAGCTTGGCGGGCCAG;SOR=0.693;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=5;TCR=5;TR=10;WE=144668598;WS=144668580;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
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chr8	144671685	rs6985081	G	C	15313.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=552;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=216;NR=159;PP=2965;SC=TGCGGCTGCCGTCGGGGGCCA;SOR=0.967;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=375;TCF=216;TCR=159;TR=375;WE=144671695;WS=144671675;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,549:1.00:549
chr8	144671922	rs3812448	G	A	13099.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.885;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=490;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=145;NR=194;PP=2965;ReadPosRankSum=1.906;SC=CCAGCCACACGCGTTCGGCCG;SOR=0.955;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=339;TCF=145;TCR=194;TR=339;WE=144671930;WS=144671912;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,487:1.00:489
chr8	144672541	rs751932	T	C	1526.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=25;PP=895;SC=ATGAACAATATATAATTTTGT;SOR=1.402;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=39;TCF=13;TCR=26;TR=38;WE=144672549;WS=144672531;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
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chr8	144681777	rs10282929	G	T	6543.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.812;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=251;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=91;NR=101;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.426;SC=CCTCTGCCATGGGGGGCGGAG;SOR=0.760;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=194;TCF=92;TCR=102;TR=192;WE=144681785;WS=144681767;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,246:0.99:248
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chr8	144776109	rs11786757	A	G	10066.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=383;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=106;NR=153;PP=2965;SC=TAGAGCTGTCATTCATCTGCG;SOR=1.002;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=262;TCF=107;TCR=155;TR=259;WE=144776117;WS=144776099;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,375:1.00:375
chr8	144776713	rs7464270	A	C	11308.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=436;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=104;NR=174;PP=2965;SC=GCGCCCGAAGAGTGGGGTGCT;SOR=1.126;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=278;TCF=104;TCR=174;TR=278;WE=144776721;WS=144776703;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,428:1.00:428
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chr8	144801347	rs5895782	AC	A	3873.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.021;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.257;NF=29;NR=81;PP=2768;ReadPosRankSum=-1.413;SC=GACATCCCCAACCCCCCCTCC;SOR=1.110;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=131;TCF=40;TCR=91;TR=110;WE=144801355;WS=144801335;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,129:0.99:130
chr8	144801681	rs11778657	G	A	1928.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=13;NR=41;PP=1423;SC=GCTGGGCACCGGGAATGCTGC;SOR=1.963;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=56;TCF=15;TCR=41;TR=54;WE=144801689;WS=144801671;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr8	144803616	rs11783357	C	T	10792.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.958;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=904;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.464;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=180;NR=183;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.214;SC=ACGCGGAGCACGGCCCGGGCC;SOR=0.519;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=654;TCF=346;TCR=308;TR=363;WE=144803624;WS=144803606;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:393,496:0.56:889
chr8	144808003	rs4875045	G	C	3015.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=63;NR=25;PP=1933;SC=TGCTCAAGCAGATGAGCAGGG;SOR=1.747;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=88;TCF=63;TCR=25;TR=88;WE=144808011;WS=144807993;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
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chr8	144809804	rs13254035	G	A	6098.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=234;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=71;NR=59;PP=2467;SC=CGTCGTCTTCGTAAGCCTCCG;SOR=0.811;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=131;TCF=71;TCR=60;TR=130;WE=144809812;WS=144809794;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,231:1.00:231
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chr8	144825035	rs4074642	T	G	14552.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=557;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=193;NR=185;PP=2965;SC=GTCACGGTGCTAAGGGGCCTG;SOR=0.723;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=378;TCF=193;TCR=185;TR=378;WE=144825043;WS=144825025;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,550:1.00:550
chr8	144873666	rs9314416	G	C	5290.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=56;NR=80;PP=2554;SC=AAACCACCCAGGTGGACGGGT;SOR=0.925;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=137;TCF=56;TCR=81;TR=136;WE=144873674;WS=144873656;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,199:1.00:199
chr8	144873779	rs9314417	G	A	4205.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=62;NR=50;PP=2632;SC=GAGCGGATGGGGGCGGTGGCA;SOR=0.821;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=113;TCF=63;TCR=50;TR=112;WE=144873787;WS=144873769;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,147:1.00:147
chr8	144873997	rs6982642	A	C	2351.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.72;SOR=3.962;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
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chr8	144874554	rs6991873	T	C	1193.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.053;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.419;HP=11;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=15;PP=927;ReadPosRankSum=1.283;SC=CTCCCAGGGGTGGGGGGGACG;SOR=1.981;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=58;TCF=37;TCR=21;TR=52;WE=144874562;WS=144874544;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,54:0.93:58
chr8	144875310	.	G	C	642.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-0.693;ClippingRankSum=0.000;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.001;HP=2;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=15;PP=348;ReadPosRankSum=-1.138;SC=CTGCAGCTGTGTGCAACTCAC;SOR=0.119;SbPval=0.18;Source=Platypus;TC=38;TCF=8;TCR=30;TR=22;WE=144875318;WS=144875300;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,27:0.61:44
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chr8	144877835	rs34691721	G	A	1534.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=39;PP=1064;SC=GGCTGACCGCGTGGCTGGGGC;SOR=2.833;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=45;TCF=6;TCR=39;TR=45;WE=144877843;WS=144877825;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr8	144885580	rs13281371	A	G	5041.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=94;NR=47;PP=2574;SC=TGCTGGCCTCAAAGCCGTCAC;SOR=1.325;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=141;TCF=94;TCR=47;TR=141;WE=144885588;WS=144885570;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,195:1.00:195
chr8	144887656	rs7830442	A	G	4346.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.240;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=305;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.451;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=94;PP=2475;ReadPosRankSum=1.896;SC=CGCCACAGACAGCCACGTGCT;SOR=0.655;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=225;TCF=78;TCR=147;TR=145;WE=144887664;WS=144887646;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:107,190:0.64:297
chr8	144889172	rs10866915	A	G	13749.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=523;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=155;NR=149;PP=2965;SC=GCCGCAGGATAGTGAGGGTCA;SOR=0.701;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=304;TCF=155;TCR=149;TR=304;WE=144889180;WS=144889162;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,520:1.00:520
chr8	144890873	rs10098508	A	T	13057.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.296;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=493;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=26.59;ReadPosRankSum=-0.021;SOR=0.230;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,490:1.00:491
chr8	144892984	rs148555909	C	T	9194.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.382;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=717;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.119;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=153;NR=138;PP=2962;ReadPosRankSum=0.344;SC=TGCCCAGCATCCTCTGCAGCA;SOR=0.781;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=458;TCF=235;TCR=223;TR=291;WE=144892992;WS=144892974;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:281,413:0.60:694
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chr8	144894641	rs4875061	C	T	4629.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=32;NR=91;PP=2613;SC=TCAAGGCAGACAGCAAGGCCC;SOR=1.695;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=123;TCF=32;TCR=91;TR=123;WE=144894649;WS=144894631;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,169:1.00:169
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chr8	144911360	rs7461986	A	G	1779.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=34;NR=13;PP=900;SC=AGACCGCCGCATTCTTGGGAG;SOR=1.644;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=34;TCR=13;TR=47;WE=144911368;WS=144911350;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr8	144917533	rs7465214	G	A	2976.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=59;NR=21;PP=1831;SC=CAGTGGCCCCGGCCAGGCAGC;SOR=1.841;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=81;TCF=59;TCR=22;TR=80;WE=144917541;WS=144917523;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
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chr8	144993931	rs35261863	C	G	6083.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-1.065;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=488;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.769;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=98;NR=64;PP=2962;ReadPosRankSum=1.026;SC=GCAGCCACTGCCCTGCAGCAG;SOR=0.853;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=282;TCF=163;TCR=119;TR=162;WE=144993939;WS=144993921;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:198,275:0.58:473
chr8	144995736	rs11777402	G	A	11870.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=1.064;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=890;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=161;NR=163;PP=2962;ReadPosRankSum=0.537;SC=TCACAGCCTCGTTGACGGTCA;SOR=0.651;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=517;TCF=263;TCR=254;TR=324;WE=144995744;WS=144995726;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:342,544:0.61:886
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chr8	144999621	rs55646585	C	T	8263.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-1.623;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=396;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=71;NR=49;PP=1759;ReadPosRankSum=-2.318;SC=CCTCCTCCTGCGCCTGTCGCT;SOR=0.680;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=225;TCF=131;TCR=94;TR=120;WE=144999629;WS=144999611;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:176,214:0.55:390
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chr8	145000056	rs7002152	T	C	2362.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.253;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.571;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=36;PP=845;ReadPosRankSum=0.234;SC=CCAGCCTCTGTGGCCACAGCA;SOR=0.806;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=126;TCF=54;TCR=72;TR=62;WE=145000064;WS=145000046;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:120,116:0.49:236
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chr8	145001372	rs11782890	T	C	3483.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.869;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=289;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.908;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=73;NR=55;PP=1991;ReadPosRankSum=0.801;SC=GCCATCATCCTGGCAACGGTC;SOR=0.780;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=222;TCF=124;TCR=98;TR=128;WE=145001380;WS=145001362;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:129,158:0.55:287
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chr8	145001588	rs11136334	C	T	4791.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.696;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=402;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.764;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=79;PP=2295;ReadPosRankSum=0.126;SC=CTGCTCCTGCCGCAGCTGCTC;SOR=0.652;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=274;TCF=124;TCR=150;TR=140;WE=145001596;WS=145001578;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:172,221:0.56:393
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chr8	145106938	rs60949781	GCC	G	12676.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=307;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=45;NR=81;PP=2976;SC=TGCCCCCCGAGCCCCCCGCCG;SOR=0.978;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=137;TCF=52;TCR=85;TR=126;WE=145106947;WS=145106928;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,300:1.00:300
chr8	145107795	rs11136253	G	A	15812.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=585;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=264;NR=172;PP=2965;SC=AGTCAAACACGGCGCTGCCCT;SOR=1.122;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=437;TCF=265;TCR=172;TR=436;WE=145107803;WS=145107785;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,576:1.00:576
chr8	145109873	rs371475686	TG	T	161.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.655;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.84;ReadPosRankSum=-0.133;SOR=0.092;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:44,13:0.23:57
chr8	145138477	rs11546475	G	C	3421.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.709;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=329;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.413;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=80;PP=2266;ReadPosRankSum=0.944;SC=GTATCACCTTGCGGGGGTGTC;SOR=0.644;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=255;TCF=99;TCR=156;TR=131;WE=145138485;WS=145138467;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:166,156:0.48:322
chr8	145149823	rs13256214	G	T	472.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=4;PP=276;SC=GCGTGGGGAGGCAGGCGGTGC;SOR=0.914;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=14;TCR=4;TR=18;WE=145149831;WS=145149822;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr8	145149860	rs6984764	A	G	907.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=17;NR=13;PP=622;SC=CGCGACCGGGACCAGCGCGCT;SOR=1.308;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=17;TCR=13;TR=30;WE=145149868;WS=145149850;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr8	145150101	rs11541475	T	G	1177.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=16;PP=593;SC=GCAGCGCGCGTCCCGGGCAGC;SOR=0.784;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=30;TCF=14;TCR=16;TR=30;WE=145150109;WS=145150091;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr8	145150832	rs7820984	A	G	8306.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=312;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=124;NR=81;PP=2965;SC=GGGGCTGGCCATGGCTCTGCA;SOR=1.017;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=205;TCF=124;TCR=81;TR=205;WE=145150840;WS=145150822;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,310:1.00:310
chr8	145151665	rs200379271	TGGCAGTGGGCATGTGGAATACTTCTCC	TCAGTGGGCATGTGGAATACTTCTCC,T	14358.73	.	AC=2,0;AF=1.00,0.00;ALERT;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=377;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=12;NR=107;PP=2918;SC=GCCTCCAGTCTGGCAGTGGGC;SOR=1.580;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=125;TCF=12;TCR=113;TR=119;WE=145151701;WS=145151655;set=Intersection	GT:AF:DP	1/1:1.00:321
chr8	145151668	.	CAGTGGGCATGTGGAATACTTCTCCA	C	14317.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DP=332;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.05;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,325:1.00:325
chr8	145151693	.	A	C	2965	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;FR=1.0000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MMLQ=23;MQ=60.0;NF=76;NR=109;PP=2965;QD=20;SC=ATACTTCTCCACTACCCCCAG;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=211;TCF=76;TCR=135;TR=185;WE=145151701;WS=145151655;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:26,185:0.88:211
chr8	145154257	rs11541804	C	G	3856.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-2.360;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=601;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.144;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=54;PP=1560;ReadPosRankSum=-0.813;SC=AGAGGCAAGGCTGCGCTCAGG;SOR=0.740;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=321;TCF=162;TCR=159;TR=116;WE=145154265;WS=145154247;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:382,215:0.36:597
chr8	145158446	rs12549149	C	T	3950.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=43;NR=36;PP=1507;SC=CGCCCTCCGCCCCCACTCACC;SOR=0.821;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=79;TCF=43;TCR=36;TR=79;WE=145158454;WS=145158436;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,147:1.00:147
chr8	145158503	rs11136254	G	T	4421.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=49;NR=48;PP=1775;SC=CGCCCAGGCCGCTCAGGGTCC;SOR=0.729;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=97;TCF=49;TCR=48;TR=97;WE=145158511;WS=145158493;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,169:1.00:169
chr8	145160646	rs11136256	T	C	9534.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=360;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=137;NR=115;PP=2965;SC=CTGTGGAGACTGGAGATGCCC;SOR=0.850;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=252;TCF=137;TCR=115;TR=252;WE=145160654;WS=145160636;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,354:1.00:354
chr8	145161823	rs11546144	G	A	5840.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=224;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=62;NR=57;PP=2262;SC=AAGCAGAAGCGGGGGCAGTGG;SOR=0.739;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=119;TCF=62;TCR=57;TR=119;WE=145161831;WS=145161813;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,223:1.00:223
chr8	145161896	rs13263342	T	C	6217.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=235;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=65;NR=72;PP=2871;SC=ACCCGGGTCCTTGAAGCCTGG;SOR=0.755;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=137;TCF=65;TCR=72;TR=137;WE=145161904;WS=145161886;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,231:1.00:231
chr8	145162598	rs10091401	G	C	6321.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=239;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=119;NR=48;PP=2965;SC=CTGCCGCTGCGGGCCGTGACC;SOR=1.599;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=167;TCF=119;TCR=48;TR=167;WE=145162606;WS=145162588;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,228:1.00:228
chr8	145163414	rs4977196	C	G	5565.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=61;NR=60;PP=2378;SC=GGCGCCTGTCCGGCTTACGGG;SOR=0.712;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=121;TCF=61;TCR=60;TR=121;WE=145163422;WS=145163404;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,210:1.00:210
chr8	145163621	rs72695434	A	G	1673.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-0.171;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=267;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=16;PP=782;ReadPosRankSum=0.564;SC=GGAGATGAACAGCAGCCTGGC;SOR=0.711;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=144;TCF=103;TCR=41;TR=56;WE=145163629;WS=145163611;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:165,93:0.36:258
chr8	145163647	rs4977195	T	C	8434.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=320;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=121;NR=56;PP=2965;SC=GGCAGTTCCGTTCAGGTGGTC;SOR=1.216;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=177;TCF=121;TCR=56;TR=177;WE=145163655;WS=145163637;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,308:1.00:308
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chr8	145164847	rs13250446	A	G	16453.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.62;DB;DP=621;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=151;NR=153;PP=2965;SC=ACGGATCTCGAAGGCGCCTTC;SOR=0.719;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=309;TCF=151;TCR=158;TR=304;WE=145164855;WS=145164837;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,618:1.00:618
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chr8	145171201	rs1132230	A	G	20437.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=766;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=175;NR=252;PP=2965;SC=AGCTGACCGGACTGGTGGCCT;SOR=0.907;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=427;TCF=175;TCR=252;TR=427;WE=145171209;WS=145171191;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,760:1.00:760
chr8	145223191	rs6982878	G	A	394.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=10;NR=1;PP=245;SC=AGGCTTTGTCGCTGCAGAGCT;SOR=2.985;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=11;TCF=10;TCR=1;TR=11;WE=145223199;WS=145223181;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr8	145223288	rs34819224	C	T	2547.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=44;NR=19;PP=1287;SC=CTCGGGGAGGCGCGGCCGGTG;SOR=1.420;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=63;TCF=44;TCR=19;TR=63;WE=145223296;WS=145223278;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr8	145223499	rs6558308	G	A	899.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=7;NR=21;PP=592;SC=CTATGTCAGGGTGGGTAACCT;SOR=1.981;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=28;TCF=7;TCR=21;TR=28;WE=145223507;WS=145223489;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr8	145234508	rs7842771	G	C	13213.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.677;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=520;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=151;NR=175;PP=2965;ReadPosRankSum=0.820;SC=CAGGCCCTCTGGCCTCGCAGA;SOR=0.816;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=332;TCF=153;TCR=179;TR=326;WE=145234516;WS=145234497;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,514:1.00:516
chr8	145245631	rs6558318	T	C	2592.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=59;NR=15;PP=1567;SC=ACATAGGTGCTGAGGATCGTC;SOR=2.303;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=74;TCF=59;TCR=15;TR=74;WE=145245639;WS=145245621;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr8	145245647	rs13267392	C	T	2423.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.839;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.684;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=19;PP=1115;ReadPosRankSum=-0.611;SC=TCGTCACAAACCCATGGCCTG;SOR=0.583;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=112;TCF=82;TCR=30;TR=71;WE=145245655;WS=145245637;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,107:0.69:156
chr8	145245944	rs10108542	A	G	3851.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=23;NR=84;PP=2646;SC=TTGCATTGGCAAGCAGAGGTG;SOR=2.081;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=107;TCF=23;TCR=84;TR=107;WE=145245952;WS=145245934;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,133:1.00:133
chr8	145247168	rs6988451	G	A	125.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=0.238;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=2;PP=52;ReadPosRankSum=-1.602;SC=CAGTTCGGGCGGCTGGAGGTA;SOR=0.527;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=11;TCF=7;TCR=4;TR=5;WE=145247176;WS=145247164;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,7:0.47:15
chr8	145254159	rs7464776	T	C	5423.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.753;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=93;PP=2517;ReadPosRankSum=1.127;SC=ACAGGGTCACTGCCTGCTGTA;SOR=0.501;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=141;TCF=45;TCR=96;TR=136;WE=145254167;WS=145254149;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,207:1.00:208
chr8	145255553	rs6558320	C	G	2603.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=22;NR=37;PP=1157;SC=GCTTTGAATTCTCTAGAAAGA;SOR=1.112;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=59;TCF=22;TCR=37;TR=59;WE=145255561;WS=145255543;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr8	145536169	rs35680822	C	G	756.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-3.312;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=3;PP=431;ReadPosRankSum=-0.170;SC=TCAGCCACCCCTCCTGCTGCC;SOR=0.716;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=72;TCF=64;TCR=8;TR=30;WE=145536177;WS=145536159;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,38:0.42:90
chr8	145537328	rs62530368	T	G	1986.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.310;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.73;MQRankSum=0.000;QD=10.80;ReadPosRankSum=1.499;SOR=0.703;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:105,79:0.43:184
chr8	145537361	.	C	CCCGCA	1388.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.203;ClippingRankSum=0.000;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=65;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=35;PP=2690;ReadPosRankSum=-1.593;SC=TCCCCGCCTCCCCGCCTCCCC;SOR=0.602;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=94;TCF=5;TCR=89;TR=35;WE=145537382;WS=145537351;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,39:0.48:82
chr8	145537367	.	T	C	1476.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.592;ClippingRankSum=0.000;DP=84;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.28;MQRankSum=0.000;QD=21.10;ReadPosRankSum=1.993;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,39:0.56:70
chr8	145537369	.	C	G	1476.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.452;ClippingRankSum=0.000;DP=82;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.26;MQRankSum=0.000;QD=22.38;ReadPosRankSum=2.062;SOR=0.957;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,37:0.56:66
chr8	145537372	.	G	T	1389.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.697;ClippingRankSum=0.000;DP=78;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.22;MQRankSum=0.000;QD=23.16;ReadPosRankSum=1.710;SOR=1.071;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,35:0.58:60
chr8	145537374	.	G	C,A	2490.77	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.48;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=79;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=24;NF=0;NR=26;PP=1987;SC=GCCTCCCCGCGCCGCCTCCCC;SOR=8.086;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=59;TCF=0;TCR=59;TR=26;WE=145537382;WS=145537351;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.59,0.41:56
chr8	145537395	.	G	A	373.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.63;BaseQRankSum=-4.357;ClippingRankSum=0.000;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=267;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=11;PP=321;ReadPosRankSum=-2.265;SC=GCCTCCCCGCGCCGCCTCCCC;SOR=0.169;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=37;TCF=0;TCR=37;TR=11;WE=145537403;WS=145537385;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,8:0.29:28
chr8	145550338	rs6599571	T	C	120.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=4;PP=90;SC=AGCGTGGGCCTGCCGGGTTCG;SOR=1.981;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=5;TCF=1;TCR=4;TR=5;WE=145550346;WS=145550328;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr8	145557497	rs7013127	A	C	2105.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=28;NR=16;PP=708;SC=GCGGCGGCAGAGCCGGCATTG;SOR=0.995;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=44;TCF=28;TCR=16;TR=44;WE=145557505;WS=145557487;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr8	145625524	.	GCCC	G	1026.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.068;ClippingRankSum=0.000;DP=93;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.81;MQRankSum=0.000;QD=25.67;ReadPosRankSum=1.618;SOR=3.500;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:4,36:0.90:40
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chr8	145639521	rs4992316	T	C	2825.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=37;NR=39;PP=1623;SC=GGTCCCAGGGTGCCTCCCACC;SOR=0.884;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=78;TCF=37;TCR=41;TR=76;WE=145639529;WS=145639511;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
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chr8	145654794	rs3862193	G	A	638.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=6;NR=10;PP=266;SC=AGGCTCCAGGGAACAAACTCG;SOR=1.022;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=6;TCR=10;TR=16;WE=145654802;WS=145654784;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr8	145660833	rs1010427	G	A	3966.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=54;NR=38;PP=1779;SC=GGTGGGCTGCGGGGTAGGGCA;SOR=0.909;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=92;TCF=54;TCR=38;TR=92;WE=145660841;WS=145660823;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,151:1.00:151
chr8	145663814	rs13255086	A	G	5675.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=130;NR=48;PP=2965;SC=CAGCTCCTCCATGCTAGGCAG;SOR=1.830;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=178;TCF=130;TCR=48;TR=178;WE=145663822;WS=145663804;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,215:1.00:215
chr8	145665407	rs2229315	C	T	5426.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.940;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=85;NR=42;PP=2649;ReadPosRankSum=-1.107;SC=CCCTCACCGCCCTCTGAGAGC;SOR=1.256;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=132;TCF=86;TCR=46;TR=127;WE=145665415;WS=145665397;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,197:0.99:199
chr8	145665516	rs2306383	T	C	12014.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=453;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=142;NR=123;PP=2965;SC=TGAGCTCCCGTAGTCTGGTTT;SOR=0.773;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=265;TCF=142;TCR=123;TR=265;WE=145665524;WS=145665506;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,443:1.00:443
chr8	145665637	rs2620650	A	G	7033.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=250;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=74;NR=100;PP=2965;SC=GGGGCTGTGGACGCAGAGAAA;SOR=0.937;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=174;TCF=74;TCR=100;TR=174;WE=145665645;WS=145665627;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,245:1.00:245
chr8	145665761	rs2229313	G	A	6192.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.916;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=68;PP=2884;ReadPosRankSum=0.216;SC=GGGCCTGCTGGGCACAGCTGA;SOR=0.785;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=132;TCF=63;TCR=69;TR=130;WE=145665769;WS=145665751;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,226:0.99:228
chr8	145667405	rs2242264	C	G	2840.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=73;NR=5;PP=2091;SC=GCCCCATTCGCACCCCCAGGC;SOR=4.382;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=79;TCF=74;TCR=5;TR=78;WE=145667413;WS=145667395;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr8	145668042	rs741969	G	A	8076.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=309;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=85;NR=102;PP=2965;SC=TCCCTCCTGGGGCGGGGCAGG;SOR=0.789;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=187;TCF=85;TCR=102;TR=187;WE=145668050;WS=145668032;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,304:1.00:304
chr8	145677469	rs2245052	A	G	3644.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=81;NR=25;PP=2318;SC=CCTTGCAGGGATGGTGAAGCC;SOR=2.226;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=106;TCF=81;TCR=25;TR=106;WE=145677477;WS=145677459;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr8	145677973	rs2256094	C	T	6960.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=260;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=55;NR=138;PP=2965;SC=GCAGGTACATCACTCACAGAC;SOR=1.687;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=193;TCF=55;TCR=138;TR=193;WE=145677981;WS=145677963;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,249:1.00:249
chr8	145678020	rs1871538	C	T	3216.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=77;PP=2267;SC=AGCTGTCCTCCCATATGGCTT;SOR=2.790;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=93;TCF=16;TCR=77;TR=93;WE=145678028;WS=145678010;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
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chr8	145690308	rs2721166	C	T	11638.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=441;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=163;NR=124;PP=2965;SC=GCAGTATGTACGAGGACACAG;SOR=0.898;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=287;TCF=163;TCR=124;TR=287;WE=145690316;WS=145690298;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,437:1.00:437
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chr8	145691915	rs112422823	G	C	8556.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=337;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=94;NR=128;PP=2965;SC=AGCGGGGCTGGCCGTGCAGCC;SOR=0.958;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=222;TCF=94;TCR=128;TR=222;WE=145691923;WS=145691905;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,320:1.00:320
chr8	145692110	rs2306388	C	T	544.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=5;PP=419;SC=CTGCCTGCCCCCCTCCTCAGG;SOR=1.493;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=10;TCR=5;TR=15;WE=145692118;WS=145692100;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
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chr8	145692385	rs2250891	C	T	8727.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=332;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=104;NR=88;PP=2965;SC=CAGCCGAGGGCCGCGCGGCCG;SOR=0.782;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=192;TCF=104;TCR=88;TR=192;WE=145692393;WS=145692375;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,328:1.00:328
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chr8	145736324	rs35440532	G	A	7261.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.989;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=558;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.128;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=123;NR=87;PP=2962;ReadPosRankSum=1.236;SC=GAGACCACGGGGCTGGGGCTG;SOR=0.820;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=357;TCF=205;TCR=152;TR=210;WE=145736332;WS=145736299;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:228,323:0.59:551
chr8	145736353	rs375403219	C	T	6853.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.245;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=506;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.122;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=114;NR=83;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.269;SC=TGACCTTGACCGTGACCCCCA;SOR=0.806;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=339;TCF=191;TCR=148;TR=197;WE=145736361;WS=145736343;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:200,300:0.60:500
chr8	145737636	rs4925828	A	G	22356.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=0.963;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=843;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=246;NR=251;PP=2965;ReadPosRankSum=0.610;SC=TCAGCGGTCAAGTCCCCCGGG;SOR=0.693;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=501;TCF=248;TCR=253;TR=497;WE=145737644;WS=145737626;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,834:1.00:838
chr8	145738581	rs71320828	TGG	T,TG	1244.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.236;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.40;ReadPosRankSum=1.432;SOR=6.273;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:1,22,26:0.45,0.53:49
chr8	145738767	rs11342077	CG	C	30250.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=828;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=102;NR=191;PP=2951;SC=CACCACCACCCGGCAACTGGC;SOR=0.849;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=307;TCF=107;TCR=200;TR=293;WE=145738775;WS=145738757;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,809:1.00:809
chr8	145739218	rs13267993	A	T,G	258.77	.	AC=2,0;AF=1.00,0.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=3;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=12;NF=4,10;NR=17,1;PP=395,90;SC=GGGGAGTGAGAAGGGGTCGGC;SOR=2.303;SbPval=0.96;Source=Platypus;TC=38;TCF=14;TCR=24;TR=21,11;WE=145739226;WS=145739208;set=Intersection	GT:AF:DP	1/1:1.00:10
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chr8	145742716	rs2721189	C	A	715.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=8;PP=525;SC=TGCCCCACGGCGGCCTGGCCG;SOR=1.051;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=12;TCR=8;TR=20;WE=145742724;WS=145742706;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr8	145745182	rs2721172	T	C	19384.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=728;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=267;NR=191;PP=2965;SC=GGCCCTGCCCTTGCTGCCACG;SOR=0.950;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=458;TCF=267;TCR=191;TR=458;WE=145745190;WS=145745172;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,721:1.00:721
chr8	145754073	.	GC	G	104.27	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.566;ClippingRankSum=-0.000;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=13.03;ReadPosRankSum=-1.465;SOR=2.584;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,7:0.88:8
chr8	145756170	rs873884	G	A	6721.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=264;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=65;NR=111;PP=2965;SC=CCTCGGGGCTGTCGTAGTGCG;SOR=1.127;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=176;TCF=65;TCR=111;TR=176;WE=145756178;WS=145756160;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,262:1.00:262
chr8	145771211	rs2721161	C	G	197.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.618;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=3.382;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.82;ReadPosRankSum=-1.014;SOR=0.263;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,11:0.32:34
chr8	145806681	rs2620647	A	G	2720.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=23;NR=38;PP=1276;SC=GACAGGGTTAAGGCGGCTGGA;SOR=1.145;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=61;TCF=23;TCR=38;TR=61;WE=145806689;WS=145806671;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr8	145830757	rs4541972	A	G	3006.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=68;NR=20;PP=1715;SC=TGAGGGCTGCACTGTGCACAG;SOR=1.991;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=88;TCF=68;TCR=20;TR=88;WE=145830765;WS=145830747;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr8	145830894	rs5895822	CT	C	14612.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=393;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=58;NR=115;PP=2951;SC=GCCCGGGCAGCTTCCGCAGGT;SOR=0.762;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=175;TCF=58;TCR=117;TR=173;WE=145830902;WS=145830884;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,391:1.00:391
chr8	146000095	rs2958493	A	G	282.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-3.493;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.250;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=12;PP=197;ReadPosRankSum=-1.767;SC=TCATCTCCAAAGTCCCAACAG;SOR=0.223;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=40;TCF=4;TCR=36;TR=14;WE=146000103;WS=146000085;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,14:0.34:41
chr8	146003514	rs201500666	G	A	4079.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-3.962;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=604;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=80;PP=1870;ReadPosRankSum=-0.640;SC=CCTCCCGGGAGAGGTACACAG;SOR=0.646;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=397;TCF=168;TCR=229;TR=140;WE=146003522;WS=146003504;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:372,227:0.38:599
chr8	146003567	rs2294120	A	G	2500.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=2.242;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=351;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.409;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=62;PP=1402;ReadPosRankSum=0.267;SC=GACAGGGACTACTGCAGCCCA;SOR=0.725;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=280;TCF=107;TCR=173;TR=98;WE=146003575;WS=146003557;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:222,127:0.36:349
chr8	146028061	rs2958527	A	G	1461.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=31;NR=4;PP=1011;SC=GTGAGAGCCAAAAAACATTGG;SOR=2.935;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=36;TCF=32;TCR=4;TR=35;WE=146028069;WS=146028051;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr8	146033347	rs2976653	T	C	8158.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=300;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=117;NR=90;PP=2965;SC=GACGGCGGCGTGGGGCAGGGC;SOR=0.928;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=208;TCF=118;TCR=90;TR=207;WE=146033355;WS=146033337;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,291:1.00:291
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chr8	146054703	rs1735157	C	T	150.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-1.276;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.800;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=1;PP=67;ReadPosRankSum=-1.981;SC=TTCCTTCCTCCTCCCCGAGAC;SOR=1.356;SbPval=0.94;Source=Platypus;TC=23;TCF=14;TCR=9;TR=6;WE=146054711;WS=146054693;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,8:0.32:25
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chr8	146115367	rs2735906	A	G	5564.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.824;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=629;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.113;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=97;NR=91;PP=2832;ReadPosRankSum=0.324;SC=TTCTGTAGAGACCCCTCTGAG;SOR=0.592;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=420;TCF=224;TCR=196;TR=188;WE=146115375;WS=146115357;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:349,275:0.44:624
chr8	146203412	rs2979109	A	G	8099.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.045;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=734;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.451;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=148;NR=107;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.601;SC=GTTTTTCCACACCCAGTACTC;SOR=0.871;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=461;TCF=255;TCR=206;TR=255;WE=146203420;WS=146203402;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:333,390:0.54:723
chr8	146221823	rs2978409	A	T	2483.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=59;NR=20;PP=1634;SC=AGTTGTTGCAAGTATCTTCTT;SOR=2.076;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=79;TCF=59;TCR=20;TR=79;WE=146221831;WS=146221813;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr9	154795	rs2785333	T	C	2008.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=25;NR=35;PP=1040;SC=AAGCAACTTGTCTAAAATAGC;SOR=0.798;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=63;TCF=25;TCR=38;TR=60;WE=154803;WS=154785;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr9	271572	rs75169267	T	C	773.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=16;NR=6;PP=391;SC=CATCTAAAATTGTGATGATTT;SOR=1.863;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=22;TCF=16;TCR=6;TR=22;WE=271580;WS=271562;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr9	289481	rs34722895	C	CAT	9225.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=25;NR=67;PP=2965;SC=CCAGTAATAACGTGTTTATTT;SOR=0.815;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=93;TCF=26;TCR=67;TR=92;WE=289489;WS=289471;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,206:1.00:206
chr9	365574	rs35000707	CT	C	106.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.499;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FS=3.011;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.71;ReadPosRankSum=1.394;SOR=0.422;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:117,33:0.22:150
chr9	370420	.	G	C	575.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=19;PP=429;SC=GAGGGGCAAAGGAAATCCATG;SOR=3.912;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=20;TCF=1;TCR=19;TR=20;WE=370428;WS=370410;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr9	379965	rs10758420	T	C	2811.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-1.654;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=5.019;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=65;PP=1617;ReadPosRankSum=-0.589;SC=GGGACTCTGGTGGGCGGGGCA;SOR=1.632;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=91;TCF=26;TCR=65;TR=90;WE=379973;WS=379955;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,107:0.99:108
chr9	406805	rs35423045	G	GC	559.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=12;NR=0;PP=509;SC=TCTGGCACCAGAGTACCTACC;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=12;TCR=0;TR=12;WE=406813;WS=406799;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr9	407157	rs72543680	T	TA	996.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=1;NR=23;PP=825;SC=TCACACTTGGTAAAAAACTCT;SOR=1.730;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=25;TCF=1;TCR=24;TR=24;WE=407165;WS=407147;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr9	407227	rs4741867	A	G	237.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=31;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=2;NR=7;PP=195;SC=GGTACCCATAAGCACAAGGCA;SOR=2.093;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=2;TCR=7;TR=9;WE=407235;WS=407217;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr9	417918	rs7024113	A	G	741.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=20;NR=2;PP=587;SC=GTGTTTTCCTATAGGTGATAG;SOR=3.442;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=22;TCF=20;TCR=2;TR=22;WE=417926;WS=417908;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr9	417990	rs7027996	T	C	5692.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=52;NR=26;PP=1599;SC=GACTGAGAAGTATCAGTCTCT;SOR=1.051;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=78;TCF=52;TCR=26;TR=78;WE=418011;WS=417980;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chr9	418003	rs10814836	T	C	6163.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=56;NR=31;PP=1714;SC=CAGTCTCTTATTGGGTAGGGG;SOR=0.987;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=88;TCF=57;TCR=31;TR=87;WE=418011;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,145:1.00:145
chr9	418272	rs7031432	T	C	1447.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.58;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr9	418276	rs12352911	T	G	1366.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.09;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr9	426740	rs10974366	G	C	1433.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=27;NR=12;PP=858;SC=CACCTGCACTGTAGTTACTCA;SOR=1.436;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=39;TCF=27;TCR=12;TR=39;WE=426748;WS=426730;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr9	429577	rs10974393	A	G	376.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=10;NR=0;PP=273;SC=CATTATCTTTATGGAATAATG;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=10;TCR=0;TR=10;WE=429585;WS=429575;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr9	429719	rs7854035	T	C	3524.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=54;NR=37;PP=1444;SC=ACTTACTCTTTGAAGAGGAGG;SOR=0.953;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=91;TCF=54;TCR=37;TR=91;WE=429727;WS=429709;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,136:1.00:136
chr9	429940	rs16906738	T	G	723.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=3;NR=14;PP=427;SC=ATAAGGAAATTTTGCAGTATT;SOR=2.215;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=3;TCR=14;TR=17;WE=429948;WS=429930;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr9	432081	rs1329377	T	C	825.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=23;NR=4;PP=651;SC=GAGGAGTTGTTTGTGTCTGGC;SOR=3.180;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=27;TCF=23;TCR=4;TR=27;WE=432089;WS=432071;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr9	432140	rs34439675	CTT	C	1397.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.737;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.05;MQRankSum=0.331;QD=22.19;ReadPosRankSum=-1.992;SOR=1.347;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:10,53:0.84:63
chr9	432330	rs7036567	C	G	6016.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=70;NR=79;PP=2965;SC=CCCAGGTACACCGAAGCACAT;SOR=0.778;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=149;TCF=70;TCR=79;TR=149;WE=432338;WS=432320;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,219:1.00:219
chr9	432503	rs7046598	T	C	628.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=17;PP=472;SC=AATACATCCATCACTGTCCCC;SOR=5.994;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=0;TCR=18;TR=17;WE=432511;WS=432493;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr9	433697	rs7020380	T	A	724.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=3;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=17;NR=2;PP=440;SC=TCTCATAAACTCCTGGGCTGG;SOR=4.091;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=19;TCF=17;TCR=2;TR=19;WE=433716;WS=433687;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr9	433708	rs7041371	C	T	903.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=3;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=21;NR=5;PP=533;SC=CCTGGGCTGGCGAAGATGAAA;SOR=2.765;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=21;TCR=5;TR=26;WE=433716;WS=433687;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr9	433978	rs2360712	A	G	3157.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=27;NR=44;PP=1474;SC=ATGTACAGGTAAGCTTTCCTG;SOR=1.093;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=71;TCF=27;TCR=44;TR=71;WE=433986;WS=433968;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr9	439102	rs10733508	G	C	411.88	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=2.934;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=1;PP=285;ReadPosRankSum=-0.653;SC=AGATACTCTCGGGGTAGAATT;SOR=2.584;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=14;TCF=13;TCR=1;TR=13;WE=439110;WS=439092;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,14:0.93:15
chr9	441827	rs10974467	C	T	1200.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=22;NR=8;PP=698;SC=CTCAGTGGCTCCTCAGGATGA;SOR=1.556;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=22;TCR=8;TR=30;WE=441835;WS=441817;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr9	441952	rs1887957	G	A	4122.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=57;NR=40;PP=1925;SC=ATGAACAGGAGTTTGTCTACA;SOR=0.923;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=97;TCF=57;TCR=40;TR=97;WE=441960;WS=441942;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,152:1.00:152
chr9	442030	rs1887958	C	T	4853.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=55;NR=64;PP=2130;SC=TGATTCTGTGCGCCTGACCTG;SOR=0.782;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=119;TCF=55;TCR=64;TR=119;WE=442038;WS=442020;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,186:1.00:186
chr9	449798	rs10491684	G	A	1099.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=20;NR=13;PP=606;SC=TTTTGACACCGATTGAAGTTG;SOR=1.055;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=33;TCF=20;TCR=13;TR=33;WE=449806;WS=449788;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr9	449956	rs12351520	C	T	1019.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=10;NR=15;PP=485;SC=GGCAGCTCCTCTGGTTCTTAT;SOR=1.022;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=10;TCR=15;TR=25;WE=449964;WS=449946;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr9	450060	rs10121936	A	G	92.94	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=0;NR=6;PP=106;SC=CCTACACTTAACCTGAACACC;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=6;WE=450068;WS=450050;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr9	451923	rs371042110	ATATG	A	1132.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=134;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=19;NR=5;PP=1817;SC=ATATACATATATATGTATGTG;SOR=2.670;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=19;TCR=5;TR=24;WE=451934;WS=451913;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr9	451945	.	G	GCATATACA	1312.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=3;MGOF=107;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=14;NR=5;PP=895;SC=ATATATATATGTGTGTGTGTG;SOR=2.753;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=19;TCF=14;TCR=5;TR=19;WE=451957;WS=451935;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr9	451947	.	G	A	1419.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=57.86;QD=52.58;SOR=2.753;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr9	451949	.	G	A	1284.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=58.08;QD=42.83;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr9	451973	.	ATATATTTTTTTTTT	A	1043.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.540;ClippingRankSum=0.000;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.85;MQRankSum=0.085;QD=24.85;ReadPosRankSum=1.748;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,34:0.81:42
chr9	452149	rs16909246	G	C	3350.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=40;NR=54;PP=1762;SC=AATTTCAGTAGAGCAGTGGTT;SOR=0.933;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=94;TCF=40;TCR=54;TR=94;WE=452157;WS=452139;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chr9	676820	rs1570474	A	G	1911.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=31;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=50;NR=13;PP=1227;SC=CTTTGTAAACAGAAGTCTAAG;SOR=2.368;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=63;TCF=50;TCR=13;TR=63;WE=676828;WS=676810;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr9	676837	rs3831027	T	TG	4036.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=48;NR=17;PP=2703;SC=TAAGATTTAGTTTGTACATTT;SOR=2.350;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=65;TCF=48;TCR=17;TR=65;WE=676845;WS=676827;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr9	676954	rs2296055	T	C	8336.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=330;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQ=60.03;NF=103;NR=101;PP=2965;SC=TCTGGATCTCTCATTGGACTC;SOR=0.699;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=205;TCF=104;TCR=101;TR=204;WE=676962;WS=676944;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,325:1.00:325
chr9	712060	rs4465020	G	C	5554.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=74;NR=70;PP=2965;SC=GACACTTGTTGAGATGAGAAA;SOR=0.713;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=145;TCF=74;TCR=71;TR=144;WE=712068;WS=712050;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,200:1.00:200
chr9	712599	rs11789987	C	T	2769.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=38;NR=30;PP=1327;SC=AGTCTGTGAACGACCTCACAC;SOR=0.863;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=68;TCF=38;TCR=30;TR=68;WE=712607;WS=712589;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr9	732302	rs10815562	T	C	199.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=1;PP=105;SC=AATTAGCAAATCCCTTCATAG;SOR=1.863;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=5;TCR=1;TR=6;WE=732310;WS=732292;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr9	732779	rs10815563	A	G	264.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=8;PP=205;SC=GCAGAGTATTACAACTCTTAG;SOR=3.056;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=9;WE=732787;WS=732769;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr9	734665	rs142267604	C	CA	575.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.725;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.289;HP=10;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=6;PP=381;ReadPosRankSum=0.834;SC=GACCCTGTCTCAAAAAAAAAA;SOR=2.147;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=23;TCF=15;TCR=8;TR=18;WE=734687;WS=734655;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,28:0.93:30
chr9	734679	rs10429625	G	T	1156.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=24;NR=8;SC=AAAAAAATTAGATATTTGGGT;SOR=2.038;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=24;TCR=8;TR=32;WE=734687;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr9	735654	rs7872783	C	A	1964.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=29;NR=19;PP=860;SC=AACTATGCATCTACTTTAAAT;SOR=0.984;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=48;TCF=29;TCR=19;TR=48;WE=735662;WS=735644;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr9	738238	rs2296052	G	A	1410.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.66;SOR=1.702;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr9	740769	.	CTTTTTTT	C,CT	13560.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;ClippingRankSum=0.000;DP=394;ExcessHet=3.0103;FS=4.001;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.05;MQRankSum=0.122;QD=37.56;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:4,69,288:0.19,0.80:361
chr9	740972	rs7032867	G	C	4779.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=24;NR=105;PP=2965;SC=GAATGCACCCGTAACCAGCAG;SOR=2.509;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=129;TCF=24;TCR=105;TR=129;WE=740980;WS=740962;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,155:1.00:155
chr9	741001	rs7027152	T	C	2432.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=35;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=7;NR=62;PP=1985;SC=GCGGTGGCCATTCTGGCAGAG;SOR=3.797;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=69;TCF=7;TCR=62;TR=69;WE=741009;WS=740991;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr9	742342	rs10733535	A	G	4165.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=44;NR=72;PP=2335;SC=GCGAGCACGGACACGTGGAGA;SOR=1.135;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=116;TCF=44;TCR=72;TR=116;WE=742350;WS=742332;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,155:1.00:155
chr9	842315	rs56130013	AC	A	187.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=0;NR=9;PP=329;SC=GCTCACTGCAACCTCCGCTTC;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=9;WE=842323;WS=842305;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr9	1056728	rs3824419	G	C	14838.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.650;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=566;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=180;NR=178;PP=2965;ReadPosRankSum=1.241;SC=CTTGAAGGGAGCACGAGTCCA;SOR=0.246;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=361;TCF=180;TCR=181;TR=358;WE=1056736;WS=1056718;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,550:1.00:551
chr9	1057318	rs9140	A	G	2206.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=17;NR=36;PP=1018;SC=GTCTTAGAGCATTATAGCCAT;SOR=1.395;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=53;TCF=17;TCR=36;TR=53;WE=1057326;WS=1057308;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr9	2039593	rs146359524	G	T	7370.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=-2.223;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=286;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=82;PP=2711;ReadPosRankSum=-0.834;SC=CAGGTGATCCGCAGGCCATGA;SOR=0.301;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=144;TCF=61;TCR=83;TR=143;WE=2039601;WS=2039583;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,280:1.00:281
chr9	2097548	.	G	GA	39.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.096;ClippingRankSum=0.000;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=6.444;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.95;ReadPosRankSum=0.747;SOR=0.138;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,9:0.21:42
chr9	2170512	rs3793511	G	C	4027.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=47;NR=53;PP=1896;SC=CTAAATACAGGTATCCCTCGT;SOR=0.788;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=100;TCF=47;TCR=53;TR=100;WE=2170520;WS=2170502;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,153:1.00:153
chr9	2182062	rs2281786	A	G	1022.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=25;NR=11;PP=613;SC=AGGGAAAATCAGGCTTTGTTA;SOR=1.666;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=36;TCF=25;TCR=11;TR=36;WE=2182070;WS=2182052;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr9	2622121	rs12379259	A	G	5998.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=47;NR=48;PP=2268;SC=TTTCGGAAGGACTGGTAACTT;SOR=1.273;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=96;TCF=47;TCR=49;TR=95;WE=2622165;WS=2622111;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,136:1.00:136
chr9	2622134	rs34881325	C	T	6305.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=49;NR=53;PP=2160;SC=GGTAACTTGTCGTGCGGAGCG;SOR=1.218;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=102;TCF=49;TCR=53;TR=102;WE=2622165;WS=2622111;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,148:1.00:148
chr9	2622146	rs369552432	ACGGCGGCGG	A	5393.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQ=60.07;NF=8;NR=48;PP=2993;SC=TGCGGAGCGAACGGCGGCGGC;SOR=1.188;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=64;TCF=8;TCR=56;TR=56;WE=2622165;WS=2622111;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr9	2622278	rs2219143	G	A	1353.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=64;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=33;PP=926;SC=ACCGGTGAGTGAGGACGCGCC;SOR=2.737;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=39;TCF=6;TCR=33;TR=39;WE=2622286;WS=2622268;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr9	2644002	rs10967320	C	T	1916.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.59;SOR=2.461;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr9	2644008	rs10967321	C	A	1811.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.29;SOR=2.948;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr9	2717676	rs11793555	T	G	3076.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-0.245;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=20;PP=1201;ReadPosRankSum=1.858;SC=CTAGAGGCAGTGAGCAGGTGA;SOR=0.481;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=57;TCF=37;TCR=20;TR=56;WE=2717684;WS=2717666;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,70:0.99:71
chr9	2717698	rs7029012	C	G	3684.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=51;NR=25;PP=1528;SC=GGACCCCTACCACAGCCAGGA;SOR=1.414;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=76;TCF=51;TCR=25;TR=76;WE=2717706;WS=2717688;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr9	2717922	rs10967705	C	G	8245.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=306;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=82;NR=116;PP=2965;SC=ACGAAGACGGCGAGGAGGAGG;SOR=0.925;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=198;TCF=82;TCR=116;TR=198;WE=2717930;WS=2717912;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,304:1.00:304
chr9	2718534	rs12237048	C	G	5308.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=68;NR=57;PP=2262;SC=TCGGGGTGGCCTCCAGCACCT;SOR=0.784;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=125;TCF=68;TCR=57;TR=125;WE=2718542;WS=2718524;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,205:1.00:205
chr9	2811505	rs2270888	G	A	6253.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.560;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=242;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=74;NR=90;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.577;SC=CTTCTTGGGCGTGTTCTTGCA;SOR=0.292;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=165;TCF=74;TCR=91;TR=164;WE=2811513;WS=2811495;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,236:1.00:237
chr9	2820201	.	CAA	C	41.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.323;ClippingRankSum=0.000;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.61;ReadPosRankSum=1.456;SOR=0.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,4:0.25:16
chr9	2828765	rs2173904	C	G	1719.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=19;NR=20;PP=666;SC=GTCCAGAGTTCGGTGATCTGC;SOR=0.723;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=39;TCF=19;TCR=20;TR=39;WE=2828773;WS=2828755;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr9	2831149	rs2292000	A	C	1782.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.771;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=17;PP=854;ReadPosRankSum=1.993;SC=GGAGAAGACAAACCTAAACAA;SOR=0.319;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=42;TCF=25;TCR=17;TR=41;WE=2831157;WS=2831139;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,67:0.99:68
chr9	2833267	rs10217194	T	C	1314.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.83;SOR=1.007;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr9	3228700	rs643429	A	C	130.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=0;PP=100;SC=TGGAGAAATAATGAAAAGACA;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=5;TCR=0;TR=5;WE=3228708;WS=3228690;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr9	3262803	rs635647	T	C	1010.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=27;NR=6;PP=774;SC=AACTCCTCTCTTTCAGAACAC;SOR=2.584;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=34;TCF=28;TCR=6;TR=33;WE=3262811;WS=3262793;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr9	3263224	rs633893	T	C	818.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=20;PP=583;SC=TGAGAGAGTTTACTTGTAAAT;SOR=3.528;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=22;TCF=2;TCR=20;TR=22;WE=3263232;WS=3263214;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr9	3452432	rs117354426	T	C	720.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.337;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=8;PP=277;ReadPosRankSum=-0.669;SC=GTCTATAAAATAATAAAAATA;SOR=0.250;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=18;TCF=10;TCR=8;TR=17;WE=3452440;WS=3452422;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,29:0.97:30
chr9	3855963	rs34461578	C	CA	6258.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=39;NR=44;PP=2965;SC=AGCAACAGCACAATGTCACTT;SOR=1.139;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=87;TCF=40;TCR=47;TR=83;WE=3855971;WS=3855953;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,197:1.00:197
chr9	3879693	rs4740742	C	T	2056.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=20;NR=39;PP=1133;SC=GAGGGGCTTGCTTGTTTTTCT;SOR=1.300;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=59;TCF=20;TCR=39;TR=59;WE=3879701;WS=3879683;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr9	3898509	rs10758532	A	T	628.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=20;NR=2;PP=492;SC=TTATGAGAAAAAACAATCTGC;SOR=3.258;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=22;TCF=20;TCR=2;TR=22;WE=3898517;WS=3898499;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr9	3932521	rs587571	T	C	4944.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=42;NR=94;PP=2965;SC=ATAAAGGTAATTGGGGAATGT;SOR=1.502;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=136;TCF=42;TCR=94;TR=136;WE=3932529;WS=3932511;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,173:1.00:173
chr9	3937255	rs676935	T	A	1527.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.242;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=20.93;ReadPosRankSum=-0.492;SOR=0.584;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:5,68:0.93:73
chr9	3937288	rs10974212	G	A	1455.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=34;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=13;NR=23;PP=775;SC=GTACTTTGCCGAAAATGATAA;SOR=1.061;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=36;TCF=13;TCR=23;TR=36;WE=3937296;WS=3937278;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr9	3937351	rs570820	A	G	374.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=44;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=9;PP=258;SC=ATATCCGAATATTTATGTGAA;SOR=1.765;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=12;TCF=3;TCR=9;TR=12;WE=3937359;WS=3937341;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr9	4117713	rs927315	C	T	1500.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=43;NR=7;PP=1146;SC=AACACACGTACGCAAAGCAAG;SOR=3.215;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=50;TCF=43;TCR=7;TR=50;WE=4117721;WS=4117703;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr9	4118111	rs6415788	G	T	1644.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=3.022;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FS=94.855;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.93;MQRankSum=-0.463;QD=13.59;ReadPosRankSum=-0.226;SOR=1.508;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:23,98:0.81:121
chr9	4118208	rs806052	A	G	4224.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=42;NR=52;PP=1850;SC=AGGCCGGCCGACTGGCTGTCG;SOR=0.843;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=94;TCF=42;TCR=52;TR=94;WE=4118216;WS=4118198;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,155:1.00:155
chr9	4119049	rs13301186	C	T	462.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=14;PP=357;SC=CCAAGGCTTCCAGTTCCAGGT;SOR=5.549;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=0;TCR=15;TR=14;WE=4119057;WS=4119039;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr9	4285986	rs10758591	G	C	9603.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=363;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=120;NR=123;PP=2965;SC=AATGGGATGGGGGAGAAAAAA;SOR=0.710;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=243;TCF=120;TCR=123;TR=243;WE=4285994;WS=4285976;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,359:1.00:359
chr9	4490880	rs12002726	T	C	1349.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=37;PP=1035;SC=GCAGGGTCCCTCGATGCCCCC;SOR=4.664;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=38;TCF=1;TCR=37;TR=38;WE=4490888;WS=4490870;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr9	4564495	.	C	T	2581.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=23;NR=37;PP=1198;SC=CAAGGGCATGCGGATAGCAGC;SOR=1.067;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=60;TCF=23;TCR=37;TR=60;WE=4564503;WS=4564485;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr9	4576451	rs2072657	T	G	1259.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=34;NR=6;PP=833;SC=TTTACTTTTCTCGACAAGATT;SOR=2.786;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=41;TCF=35;TCR=6;TR=40;WE=4576459;WS=4576441;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr9	4646363	rs301469	C	T	544.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=6;PP=384;SC=TATAAACTTACAGACACATAA;SOR=1.721;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=14;TCR=6;TR=20;WE=4646371;WS=4646353;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr9	4655915	rs7869353	G	C	347.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=1;PP=240;SC=ATTTTACGTAGGCTGTCTTGA;SOR=3.611;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=11;TCF=10;TCR=1;TR=11;WE=4655923;WS=4655905;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr9	4661749	rs143968076	T	TCCGACTGCGGTTTTGCTTCAAGG	767.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=0;PP=2900;SC=AAGCAAGTGTTCCGACTGCGG;SOR=4.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=13;TCR=1;TR=8;WE=4661757;WS=4661746;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr9	4661853	rs301489	C	T	3897.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-1.578;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=23;PP=1775;ReadPosRankSum=-0.648;SC=TAAGAACTCTCAGGTTATCTT;SOR=0.484;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=81;TCF=58;TCR=23;TR=80;WE=4661861;WS=4661843;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,145:0.99:146
chr9	4662369	rs301487	A	C	1592.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=12;NR=6;PP=308;SC=CCGGGCCGCCAGCTGCGATGC;SOR=1.121;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=18;TCF=12;TCR=6;TR=18;WE=4662377;WS=4662359;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr9	4662394	rs34250374	A	G	1760.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.61;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=9;PP=377;SC=TCCCCGGAGGAGCATGGAGGG;SOR=0.883;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=12;TCR=9;TR=21;WE=4662402;WS=4662384;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr9	4701841	rs71497545	GT	G	336.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-0.898;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.7015;FS=0.000;HP=14;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.474;NF=9;NR=3;PP=138;ReadPosRankSum=1.202;SC=CACAGTCTTTGTTTTTTTTTT;SOR=0.582;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=16;TCF=11;TCR=5;TR=12;WE=4701849;WS=4701831;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,20:0.91:22
chr9	4713213	rs296827	G	T	1918.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.898;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=38;PP=1185;ReadPosRankSum=0.591;SC=GGTAAGTATAGATTTGTGTAA;SOR=1.288;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=62;TCF=24;TCR=38;TR=62;WE=4713221;WS=4713203;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,74:0.97:76
chr9	4718667	rs465514	A	T	152.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=5;PP=105;SC=AACTTTTAAAAAAATGGAATC;SOR=2.303;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=1;TCR=5;TR=6;WE=4718675;WS=4718657;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr9	4793254	rs841990	G	A	6016.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.697;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=234;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=26.27;ReadPosRankSum=-0.216;SOR=0.958;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,227:0.99:229
chr9	4833436	rs463578	GC	AT	1181.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=19;PP=1067;SC=CAGTGATGTTGCACTTCTTTT;SOR=3.690;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=21;TCF=2;TCR=19;TR=21;WE=4833445;WS=4833426;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr9	4834034	rs466547	A	G	379.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=11;NR=3;PP=277;SC=TGGAAGAGCTATGCCTTGTAA;SOR=2.303;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=11;TCR=3;TR=14;WE=4834042;WS=4834024;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr9	4844507	rs295259	G	T	2061.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=26;NR=23;PP=846;SC=CTCAGTGTTTGTGCCTTTGTA;SOR=0.796;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=49;TCF=26;TCR=23;TR=49;WE=4844515;WS=4844497;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr9	4844704	rs2236497	T	C	780.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=8;NR=16;PP=516;SC=CTTCCTCTGATAGAGGAGTGA;SOR=1.179;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=24;TCF=8;TCR=16;TR=24;WE=4844712;WS=4844694;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr9	4849647	rs17803780	T	C	2812.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=27;NR=58;PP=1429;SC=GCCTGCACTATGAACACCTGC;SOR=1.423;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=86;TCF=28;TCR=58;TR=85;WE=4849655;WS=4849637;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr9	4850421	rs455864	C	G	1570.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.45;SOR=0.984;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr9	4850436	rs462480	G	T	1504.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.26;SOR=1.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr9	5231712	rs12720	T	A	3446.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=32;NR=52;PP=1551;SC=AATCTGGACGTCCCAAAGGTG;SOR=1.044;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=84;TCF=32;TCR=52;TR=84;WE=5231720;WS=5231702;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chr9	5231788	rs41298167	G	A	1035.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=26;PP=715;SC=CTCATTGACTGCCTGTAGTCA;SOR=2.649;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=4;TCR=26;TR=30;WE=5231796;WS=5231778;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr9	5335639	rs2146074	C	T	1186.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=1.116;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=31;PP=805;ReadPosRankSum=1.672;SC=GGCGTATTCACGTCAAAGAGC;SOR=2.352;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=34;TCF=2;TCR=32;TR=33;WE=5335647;WS=5335629;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,41:0.98:42
chr9	5557672	rs7854303	T	C	7440.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=275;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=111;NR=74;PP=2965;SC=TTCATCCCCTTCTGCATCATT;SOR=1.016;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=186;TCF=111;TCR=75;TR=185;WE=5557680;WS=5557662;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,275:1.00:275
chr9	5656558	.	C	CT	162.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.024;ClippingRankSum=0.000;DP=88;ExcessHet=3.0103;FS=3.468;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.37;MQRankSum=2.743;QD=1.89;ReadPosRankSum=1.739;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:64,22:0.26:86
chr9	5732532	.	G	GT	182.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.330;ClippingRankSum=0.000;DP=128;ExcessHet=3.0103;FS=3.908;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.08;MQRankSum=0.000;QD=1.79;ReadPosRankSum=-0.010;SOR=1.296;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:76,26:0.25:102
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chr9	5923326	rs7045445	C	T	2196.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=16;NR=58;PP=1580;SC=ATTATAAAAACGGGCATTTTG;SOR=2.554;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=75;TCF=16;TCR=59;TR=74;WE=5923334;WS=5923316;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr9	5929167	rs7029054	T	C	1765.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.792;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=30;PP=950;ReadPosRankSum=1.404;SC=TCCCTAAAAATAATGTTTAAA;SOR=1.098;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=48;TCF=18;TCR=30;TR=48;WE=5929175;WS=5929157;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,68:0.97:70
chr9	5968416	rs3739649	A	G	8837.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=329;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=112;NR=98;PP=2965;SC=CACCTGGACTAAGAGGCTCTC;SOR=0.756;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=210;TCF=112;TCR=98;TR=210;WE=5968424;WS=5968406;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,326:1.00:326
chr9	5969249	rs10739080	A	G	5492.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=76;NR=69;PP=2965;SC=CAACGTTCCAATTCGTAAAAG;SOR=0.789;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=147;TCF=78;TCR=69;TR=145;WE=5969257;WS=5969239;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,195:1.00:195
chr9	5969517	rs7030731	C	T	1165.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=28;PP=836;SC=TTATCTTTAGCCAAAAAGGCA;SOR=3.202;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=33;TCF=5;TCR=28;TR=33;WE=5969525;WS=5969507;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr9	5988333	rs2291055	C	T	4095.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=71;NR=36;PP=2266;SC=GAATTTTTTTCTTAACATTTA;SOR=1.390;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=107;TCF=71;TCR=36;TR=107;WE=5988341;WS=5988315;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,143:1.00:143
chr9	6007500	rs1061767	G	A	14876.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.949;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=562;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=178;NR=161;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.280;SC=GGGCGGTGAGGCCCCGGTGCT;SOR=0.197;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=341;TCF=178;TCR=163;TR=339;WE=6007508;WS=6007490;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,548:1.00:550
chr9	6254694	rs7857724	A	C	375.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=9;PP=235;SC=AAGCACAATCACTTACTACAA;SOR=3.767;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=1;TCR=9;TR=10;WE=6254702;WS=6254684;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr9	6254738	rs150599805	G	C	162.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=4;PP=87;SC=AGGGAGGAAAGTGGCATGTAT;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=0;TCR=4;TR=4;WE=6254746;WS=6254728;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr9	6255881	rs1332290	T	G	3215.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=77;NR=14;PP=2213;SC=TAAATAAGTATTCCCCTTTAG;SOR=2.768;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=91;TCF=77;TCR=14;TR=91;WE=6255889;WS=6255871;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr9	6328947	rs3847262	T	C	3129.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=33;NR=49;PP=1588;SC=GTCGGCCACATTCAGATCTTT;SOR=1.022;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=82;TCF=33;TCR=49;TR=82;WE=6328955;WS=6328937;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr9	6330915	rs1037885	G	A	507.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=5;PP=284;SC=TCTCAACTCCGTAAAAGTAGT;SOR=1.402;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=11;TCR=5;TR=16;WE=6330923;WS=6330905;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr9	6602377	.	AT	A	36.74	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.566;ClippingRankSum=-0.000;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=5.25;ReadPosRankSum=-1.981;SOR=0.180;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,5:0.71:7
chr9	6874931	.	TA	T	439.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.341;ClippingRankSum=0.000;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=6.267;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.37;ReadPosRankSum=-0.183;SOR=0.215;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,42:0.61:69
chr9	6875085	rs60286758	C	T	1981.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=35;PP=1064;SC=CTGACATAGCCTTCCTTCCCA;SOR=1.516;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=51;TCF=16;TCR=35;TR=51;WE=6875093;WS=6875075;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr9	6986267	rs912207	T	G	499.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=49;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=14;NR=2;PP=393;SC=TACAGAATCATTTGGGAATAG;SOR=3.258;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=16;TCF=14;TCR=2;TR=16;WE=6986275;WS=6986257;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr9	6986291	rs3750488	C	G	773.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=32;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=22;NR=4;PP=626;SC=ACCAATTCTACTTAGTAGTAA;SOR=3.098;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=22;TCR=4;TR=26;WE=6986299;WS=6986281;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr9	6990351	.	GT	G	888.82	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-1.314;ClippingRankSum=0.000;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.6019;FS=1.428;HP=12;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.449;NF=8;NR=15;PP=303;ReadPosRankSum=-0.396;SC=GAACTGTAGGGTTTTTTTTTT;SOR=0.381;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=29;TCF=12;TCR=17;TR=23;WE=6990359;WS=6990341;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,55:0.86:64
chr9	6990548	.	ATTT	A,AT	1875.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=125;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;QD=22.33;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:12,27,45:0.32,0.54:84
chr9	7016001	rs818883	G	T	3330.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=34;NR=56;PP=1736;SC=TTAAGTCTAGGGAAAAGATAA;SOR=1.170;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=90;TCF=34;TCR=56;TR=90;WE=7016009;WS=7015991;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr9	7076371	rs1570511	T	C	2000.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=42;NR=11;PP=1277;SC=CCCATGCTATTTTCACTATAA;SOR=2.235;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=54;TCF=42;TCR=12;TR=53;WE=7076379;WS=7076361;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr9	7076463	rs1570512	G	A	7551.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.627;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=303;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=102;NR=76;PP=2965;ReadPosRankSum=1.023;SC=CACAGCAACAGTAACAACAAC;SOR=0.920;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=182;TCF=103;TCR=79;TR=178;WE=7076471;WS=7076453;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,290:0.99:292
chr9	7076586	rs1570513	G	A	5125.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-1.666;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=80;PP=2359;ReadPosRankSum=-0.627;SC=AGCCAGCATCGTGTTTAGGAT;SOR=0.452;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=126;TCF=44;TCR=82;TR=124;WE=7076594;WS=7076576;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,194:0.99:195
chr9	7105548	rs10758825	G	C	6523.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=254;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=62;NR=78;PP=2750;SC=TAAGTTCAGAGAGGTTTAATT;SOR=0.866;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=140;TCF=62;TCR=78;TR=140;WE=7105556;WS=7105538;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,248:1.00:248
chr9	7105651	rs1407863	C	G	1459.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=30;PP=886;SC=ATTCCAAACCCCAAACCTCAA;SOR=2.124;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=36;TCF=6;TCR=30;TR=36;WE=7105659;WS=7105641;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr9	7174673	rs913588	G	A	3751.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=39;NR=67;PP=1922;SC=GGCCGACCCTGTATACCGCAC;SOR=1.260;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=107;TCF=39;TCR=68;TR=106;WE=7174681;WS=7174663;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,143:1.00:143
chr9	7174773	rs913589	G	A	874.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=7;NR=19;PP=509;SC=TGGGTTGGAAGAGAGAAGATG;SOR=1.751;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=7;TCR=19;TR=26;WE=7174781;WS=7174763;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr9	7798435	rs1254	C	T	2414.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=46;NR=24;PP=1450;SC=CGATTTTCTTCTCAGTCTTGT;SOR=1.356;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=71;TCF=46;TCR=25;TR=70;WE=7798443;WS=7798425;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr9	7798518	rs4742410	G	C	5616.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=63;NR=58;PP=2451;SC=CATGCCTGCTGTGTGTGTCAC;SOR=0.712;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=122;TCF=63;TCR=59;TR=121;WE=7798526;WS=7798508;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,212:1.00:212
chr9	8338778	rs35311961	T	TA	71.75	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=2.100;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.332;HP=10;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=2;PP=74;ReadPosRankSum=1.242;SC=ATATTAAACATAAAAAAAAAC;SOR=2.303;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=8;TCF=6;TCR=2;TR=7;WE=8338786;WS=8338768;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,6:0.75:8
chr9	8338847	.	C	CAGAGAGAGAG,CAGAGAGAGAGAG	1490.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.693;ClippingRankSum=0.000;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=4.210;HP=2;HapScore=3;MGOF=11;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=9,9;NR=9,9;PP=209,88;ReadPosRankSum=-1.076;SC=GTGCTTCTCCCAGAGAGAGAG;SOR=1.174;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=19;TCF=9;TCR=10;TR=18,18;WE=8338855;WS=8338837;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.31,0.66:32
chr9	8340168	rs4742483	C	A	305.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=10;NR=0;PP=253;SC=TAAATTTAAACACTTGATGTG;SOR=4.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=10;TCR=0;TR=10;WE=8340176;WS=8340165;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr9	8436703	rs1359118	C	G	4084.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=44;NR=67;PP=2085;SC=TTGAAAAAAGCAAAGAAGAAA;SOR=1.079;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=112;TCF=45;TCR=67;TR=111;WE=8436711;WS=8436693;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,156:1.00:156
chr9	8451755	rs10977117	T	C	4678.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=73;NR=42;PP=2095;SC=TTGGCAAGGATGCATTTCTTT;SOR=1.108;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=115;TCF=73;TCR=42;TR=115;WE=8451763;WS=8451745;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,175:1.00:175
chr9	8451816	rs4742505	TT	AC	10150.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=70;NR=63;PP=2419;SC=TCCCTTCCCATTGTGGCTCTG;SOR=0.784;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=139;TCF=74;TCR=65;TR=133;WE=8451825;WS=8451806;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,228:1.00:228
chr9	8454566	rs7031287	T	C	7084.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.758;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=269;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=91;NR=94;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.299;SC=AGGGGTTTGTTCTCTATTCCT;SOR=0.739;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=188;TCF=93;TCR=95;TR=185;WE=8454574;WS=8454556;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,264:0.99:266
chr9	8460277	rs72692939	T	C	1283.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=29;NR=5;PP=789;SC=ATGTAAACACTTTTCCAAAAA;SOR=2.687;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=29;TCR=5;TR=34;WE=8460285;WS=8460267;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr9	8460591	rs34577174	A	G	2927.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=20;NR=68;PP=1936;SC=AGCAGAGTCTATTTCAGTTAT;SOR=2.303;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=88;TCF=20;TCR=68;TR=88;WE=8460599;WS=8460581;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr9	8497250	rs72694737	T	C	2511.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=31;NR=33;PP=1345;SC=ACATGTTCAGTAGTATCATCA;SOR=0.714;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=64;TCF=31;TCR=33;TR=64;WE=8497258;WS=8497240;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr9	8525217	rs35751005	AT	A	1320.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.200;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=14;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.423;NF=0;NR=44;PP=466;ReadPosRankSum=-1.373;SC=TATAGAGATTATTTTTTTTTT;SOR=0.638;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=63;TCF=0;TCR=63;TR=44;WE=8525226;WS=8525207;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:11,84:0.88:95
chr9	12775861	.	T	TGGCGGC	5783.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.359;ClippingRankSum=0.000;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.208;NF=19;NR=45;PP=2983;ReadPosRankSum=-0.248;SC=GCGGTGGTGGTGGCGGCGGCG;SOR=0.357;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=87;TCF=28;TCR=59;TR=64;WE=12775869;WS=12775851;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,128:0.99:129
chr9	12776121	rs112112353	G	A	738.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=20;PP=521;SC=GACGGCAGGGGCTGCAGAGCG;SOR=2.670;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=4;TCR=20;TR=24;WE=12776129;WS=12776111;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr9	13109111	rs10732331	C	T	979.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=5;NR=24;PP=661;SC=AAAAACTATACATATATGTTA;SOR=2.694;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=5;TCR=24;TR=29;WE=13109119;WS=13109101;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr9	13112116	rs10809904	A	G	3811.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=34;NR=60;PP=2025;SC=CTCCTCCAGCAATGCTGATTC;SOR=1.171;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=95;TCF=34;TCR=61;TR=94;WE=13112124;WS=13112106;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,140:1.00:140
chr9	13125201	rs2297003	T	C	465.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=10;NR=4;PP=323;SC=CTCTCATGAGTCCAGAGGCCT;SOR=1.609;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=10;TCR=4;TR=14;WE=13125209;WS=13125191;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr9	13126470	rs10738323	C	G	1368.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=39;NR=8;PP=950;SC=TAATCATGCCCAAGGATGGGC;SOR=2.790;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=39;TCR=8;TR=47;WE=13126478;WS=13126460;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr9	13165218	rs10960959	C	T	1197.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=36;NR=4;PP=1002;SC=TATGTTCTTACTTAAACAAAG;SOR=3.967;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=40;TCF=36;TCR=4;TR=40;WE=13165226;WS=13165208;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr9	13175715	rs3831219	TGAG	T	2522.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=27;NR=10;PP=1806;SC=TCAAGGGGGTTGAGGAGTAGG;SOR=2.468;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=46;TCF=33;TCR=13;TR=37;WE=13175725;WS=13175705;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr9	13192320	rs1331676	C	G	3123.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=24;NR=69;PP=2053;SC=CATTGTCCAACAAACAACACT;SOR=1.835;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=94;TCF=25;TCR=69;TR=93;WE=13192328;WS=13192310;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr9	13206106	rs368811859	TA	T	197.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.843;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.05;MQRankSum=1.857;QD=1.28;ReadPosRankSum=-0.118;SOR=0.623;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:112,42:0.27:154
chr9	13927980	rs35960404	C	A	1143.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.42;SOR=0.737;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr9	13928028	rs2382427	T	C	884.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=39;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=17;PP=487;SC=AATCTTCTAATATTTTAAATG;SOR=1.352;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=8;TCR=17;TR=25;WE=13928036;WS=13928018;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr9	13928080	rs147030758	TATTC	T	682.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=42;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=10;PP=475;SC=ATTTAAAACATATTCAATTTG;SOR=2.049;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=0;TCR=10;TR=10;WE=13928091;WS=13928070;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr9	14120655	rs6474818	A	G	2285.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=19;NR=34;PP=971;SC=AGATTGACTCATCAGCTGGTT;SOR=1.055;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=53;TCF=19;TCR=34;TR=53;WE=14120663;WS=14120645;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr9	14155769	rs12349255	T	C	1034.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=17;NR=8;PP=517;SC=GTTCAAAATATAAAGTATTTT;SOR=1.292;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=26;TCF=18;TCR=8;TR=25;WE=14155777;WS=14155759;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr9	14306087	rs72700519	A	C	731.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=21;PP=612;SC=ATTCAGTAATAACATCATCTT;SOR=4.804;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=22;TCF=1;TCR=21;TR=22;WE=14306095;WS=14306077;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr9	14306944	rs4741362	A	G	1131.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=23;NR=8;PP=678;SC=GGAGATTTGTAGGCGGTGTTT;SOR=1.788;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=32;TCF=24;TCR=8;TR=31;WE=14306952;WS=14306934;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
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chr9	14618856	rs3802482	C	T	2600.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=49;NR=24;PP=1348;SC=ATGCCTAAGACTGGTGGGTGG;SOR=1.345;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=73;TCF=49;TCR=24;TR=73;WE=14618864;WS=14618846;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr9	14619168	rs10810187	A	G	433.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=11;PP=278;SC=AACAATACAGATTGGCTGGGG;SOR=2.584;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=12;TCF=1;TCR=11;TR=12;WE=14619176;WS=14619158;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr9	14640055	rs6474849	C	T	1044.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.30;SOR=0.739;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr9	14690419	rs10961672	T	C	1643.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=12;NR=25;PP=816;SC=AATCAGAAGCTTGGTTGACAT;SOR=1.255;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=37;TCF=12;TCR=25;TR=37;WE=14690427;WS=14690409;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr9	14690447	rs2382477	G	T	1268.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=23;PP=636;SC=GAGCATTTTAGGTTAGATTTA;SOR=1.426;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=9;TCR=23;TR=32;WE=14690455;WS=14690437;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr9	14693270	rs71476227	G	A	652.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.62;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=6;PP=287;SC=TCTCCCGACCGCCAGCAGCTC;SOR=1.220;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=11;TCR=6;TR=17;WE=14693278;WS=14693260;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr9	14737506	rs10961689	T	G	2492.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=31;NR=38;PP=1270;SC=CTTGGAGCGTTGAGAGGGCCC;SOR=0.874;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=69;TCF=31;TCR=38;TR=69;WE=14737514;WS=14737496;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr9	14737616	rs10961690	A	G	2199.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=19;NR=30;PP=1016;SC=AAAAGAATGTACCAATTACTT;SOR=1.058;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=49;TCF=19;TCR=30;TR=49;WE=14737624;WS=14737606;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr9	14737743	rs10511596	C	A	316.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=8;PP=202;SC=CTCTAAGACACAAACGGTCAA;SOR=4.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=8;WE=14737751;WS=14737733;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr9	14746306	rs41265300	T	A	2285.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=36;NR=28;PP=1135;SC=AATAGAGAAATAGAGAAAAGA;SOR=0.863;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=65;TCF=36;TCR=29;TR=64;WE=14746314;WS=14746296;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr9	14746846	rs17290109	G	A	345.80	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-2.295;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5026;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=2;PP=260;ReadPosRankSum=1.026;SC=TCATGCACCAGATGGTTCCCC;SOR=0.776;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=16;TCF=14;TCR=2;TR=14;WE=14746854;WS=14746836;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,15:0.88:17
chr9	14759725	rs7045154	A	G	3685.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=62;NR=39;PP=1931;SC=ACACCAAAGAACAACATAAGT;SOR=1.092;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=102;TCF=63;TCR=39;TR=101;WE=14759733;WS=14759715;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,140:1.00:140
chr9	14770521	rs17218977	G	A	332.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=10;NR=2;PP=245;SC=AAATGGGCCTGCACTTAATTA;SOR=2.670;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=10;TCR=2;TR=12;WE=14770529;WS=14770511;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr9	14770658	rs17219005	G	T	2179.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=28;NR=23;PP=929;SC=TTTTAAAGATGATCTGATCGT;SOR=0.843;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=52;TCF=28;TCR=24;TR=51;WE=14770666;WS=14770648;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr9	14774329	rs7018782	T	C	954.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=26;PP=787;SC=AGTTGTAGGCTTTAAGAGAAA;SOR=3.912;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=29;TCF=3;TCR=26;TR=29;WE=14774337;WS=14774319;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr9	14775853	rs1032474	A	G	6891.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.64;SOR=1.706;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,151:1.00:151
chr9	14775859	rs10733289	G	A	7227.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.28;SOR=1.581;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,167:1.00:167
chr9	14776027	rs2131880	C	T	9570.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.774;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=354;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=133;NR=120;PP=2965;ReadPosRankSum=1.877;SC=TGAGGTTCTCCGCAGGTGTAT;SOR=0.759;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=261;TCF=136;TCR=125;TR=253;WE=14776035;WS=14776017;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:6,345:0.98:351
chr9	14816829	rs7041710	G	C	7245.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=282;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=83;NR=99;PP=2965;SC=ACCTCCAAGAGTAGGTCATCC;SOR=0.841;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=182;TCF=83;TCR=99;TR=182;WE=14816837;WS=14816819;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,273:1.00:273
chr9	14824799	rs12236053	G	A	2004.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=48;NR=19;PP=1382;SC=GATACCTGTGGCTGAAGGAGA;SOR=1.852;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=67;TCF=48;TCR=19;TR=67;WE=14824807;WS=14824789;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr9	14846036	rs2779500	C	G	4152.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=42;NR=63;PP=2068;SC=TTGTCGACAACCTGAAACTGT;SOR=0.980;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=105;TCF=42;TCR=63;TR=105;WE=14846044;WS=14846026;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,156:1.00:156
chr9	14846122	rs2642404	C	G	1037.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=25;PP=714;SC=GTGTTGGTATCATAGACTGGA;SOR=3.611;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=27;TCF=2;TCR=25;TR=27;WE=14846130;WS=14846112;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr9	14851617	rs2818940	T	C	4621.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=32;NR=80;PP=2605;SC=TTTTGAAGGATAGAGAAAATA;SOR=1.524;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=112;TCF=32;TCR=80;TR=112;WE=14851625;WS=14851607;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,163:1.00:163
chr9	14851703	rs729492	G	A	932.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=24;PP=648;SC=CCACAGCCTAGCGTCTAGCAG;SOR=2.833;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=5;TCR=24;TR=29;WE=14851711;WS=14851693;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr9	15000551	rs7029527	T	C	1622.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=23;NR=19;PP=824;SC=TAAAGGATCTTTTCTTTGCCT;SOR=0.760;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=43;TCF=23;TCR=20;TR=42;WE=15000559;WS=15000541;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr9	15000684	rs1829852	A	C	552.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=6;NR=13;PP=397;SC=TTACCATTTTAACCTTCCCTA;SOR=1.508;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=6;TCR=13;TR=19;WE=15000692;WS=15000674;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr9	15017410	rs1047677	G	T	2303.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=38;NR=33;PP=1302;SC=GATGAGAGACGAAAAGCTTTT;SOR=0.892;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=74;TCF=39;TCR=35;TR=71;WE=15017418;WS=15017400;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr9	15183462	.	C	CA	398.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.212;ClippingRankSum=0.000;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=1.345;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.21;MQRankSum=0.697;QD=8.86;ReadPosRankSum=-0.961;SOR=0.531;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,29:0.64:45
chr9	15190494	rs475932	A	C	1275.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=31;NR=7;PP=873;SC=CAGGTGTAACACACCATGTCT;SOR=2.252;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=31;TCR=7;TR=38;WE=15190502;WS=15190484;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr9	15192720	rs566820	A	G	2466.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=22;NR=45;PP=1346;SC=AAGTGACAGCATAAGTTGACC;SOR=1.460;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=67;TCF=22;TCR=45;TR=67;WE=15192728;WS=15192710;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr9	15199813	rs41265314	C	T	605.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=10;PP=473;SC=CAAAGGAGTACACAGCACAAA;SOR=1.426;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=24;TCF=14;TCR=10;TR=24;WE=15199821;WS=15199803;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr9	15203775	rs11789697	G	A	10517.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.938;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=415;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=135;NR=107;PP=2965;ReadPosRankSum=3.295;SC=ATGCAGCACTGGCAGTCTTCC;SOR=0.836;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=244;TCF=136;TCR=108;TR=242;WE=15203783;WS=15203765;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,403:0.99:407
chr9	15214313	.	AGT	A	137.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.214;ClippingRankSum=0.000;DP=94;ExcessHet=3.0103;FS=2.320;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.75;ReadPosRankSum=-1.726;SOR=0.160;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,12:0.24:50
chr9	15447361	rs3830477	A	AACT	663.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQ=60.45;NF=0;NR=13;PP=600;SC=GATTCCATCAAACTACACTAT;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=1;TCR=19;TR=13;WE=15447369;WS=15447351;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr9	15457853	rs10756669	G	A	1108.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=30;NR=5;PP=912;SC=AAAATTGAAAGTATCTATTTT;SOR=2.774;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=35;TCF=30;TCR=5;TR=35;WE=15457861;WS=15457843;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr9	15458080	rs35960449	A	AT	1678.74	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.058;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FS=1.876;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.41;MQRankSum=0.896;QD=12.44;ReadPosRankSum=0.778;SOR=0.947;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,103:0.76:135
chr9	15468268	rs78054686	C	T	5350.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=84;NR=60;PP=2628;SC=GGCTACTGTACGCTATTTTAC;SOR=0.968;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=144;TCF=84;TCR=60;TR=144;WE=15468276;WS=15468258;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,203:1.00:203
chr9	15468414	rs34331255	CCTT	C	6631.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.806;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.173;NF=10;NR=63;PP=2948;ReadPosRankSum=0.064;SC=ATGGTTTCTGCCTTAGAAGTC;SOR=1.149;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=74;TCF=10;TCR=64;TR=73;WE=15468424;WS=15468404;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,151:0.99:153
chr9	15468480	rs4741507	T	C	1597.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=1.974;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=33;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=30;PP=1125;ReadPosRankSum=-0.213;SC=AGTCCTTCAATAGGCCCATCA;SOR=1.101;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=51;TCF=20;TCR=31;TR=49;WE=15468488;WS=15468470;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,56:0.97:58
chr9	15473902	.	C	CA	35.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.629;ClippingRankSum=0.000;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=6.166;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.38;ReadPosRankSum=-0.308;SOR=0.069;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,5:0.33:15
chr9	15486958	rs2737828	A	T	1301.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=12;NR=22;PP=663;SC=ATTAATTTCAAAAAATAAGTT;SOR=1.157;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=12;TCR=22;TR=34;WE=15486966;WS=15486948;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr9	15623473	.	G	GCACACACACA	493.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.35;QD=41.14;SOR=2.584;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr9	15678995	rs7037893	C	A	666.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.61;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=10;PP=295;SC=TAATAGTATGCAAGTTATTTT;SOR=0.941;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=5;TCR=10;TR=15;WE=15679003;WS=15678985;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr9	15695418	rs1355172	G	A	3803.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=34;NR=59;PP=1838;SC=GATGCCTCTTGTAGTCCCTCA;SOR=1.187;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=93;TCF=34;TCR=59;TR=93;WE=15695426;WS=15695408;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,141:1.00:141
chr9	15729855	.	C	CT	31.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.063;ClippingRankSum=0.000;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.84;ReadPosRankSum=1.506;SOR=0.914;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,8:0.21:38
chr9	15784496	rs2382540	C	G	4853.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=83;NR=38;PP=2603;SC=CCCCTCTCCTCCTTTTTACAG;SOR=1.334;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=122;TCF=83;TCR=39;TR=121;WE=15784504;WS=15784486;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,177:1.00:177
chr9	15784631	rs1539172	A	G	7017.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=266;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=69;NR=101;PP=2965;SC=TTGAATTATAAACTTGAATTG;SOR=0.953;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=170;TCF=69;TCR=101;TR=170;WE=15784639;WS=15784621;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,265:1.00:265
chr9	15883017	.	TCCCCTCCCC	T	124.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;ClippingRankSum=-0.000;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=4.771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.00;MQRankSum=-0.000;QD=20.79;SOR=3.258;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,4:0.67:6
chr9	15883029	.	C	CTT	124.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.834;ClippingRankSum=-0.000;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=4.771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.92;MQRankSum=-0.000;QD=20.79;ReadPosRankSum=-0.842;SOR=3.258;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,4:0.67:6
chr9	16430193	.	G	GA	68.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.048;ClippingRankSum=0.000;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.82;ReadPosRankSum=-0.332;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,7:0.39:18
chr9	16431230	rs9298764	A	G	704.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=17;NR=2;PP=481;SC=CAATGATAAGAAATATTAGGA;SOR=2.925;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=19;TCF=17;TCR=2;TR=19;WE=16431238;WS=16431220;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr9	16582890	rs149223772	G	GAC	1165.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.970;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FS=7.160;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.22;ReadPosRankSum=0.967;SOR=1.692;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,53:0.65:82
chr9	16664871	rs35822374	T	TG	282.75	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=2;PP=296;SC=ACCTATACCATAAGCATTGTG;SOR=2.833;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=9;TCF=7;TCR=2;TR=8;WE=16664879;WS=16664861;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr9	16685539	rs7046068	T	C	10804.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=404;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=118;NR=140;PP=2965;SC=GTTAAGACTCTAACCTGGACT;SOR=0.826;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=258;TCF=118;TCR=140;TR=258;WE=16685547;WS=16685529;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,397:1.00:397
chr9	16685724	rs113805969	C	T	1156.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=34;PP=901;SC=ATCCCAACTGCGGGTCTCTAA;SOR=3.556;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=38;TCF=4;TCR=34;TR=38;WE=16685732;WS=16685714;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr9	16699287	rs10738447	C	T	9873.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.555;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=244;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=42.20;ReadPosRankSum=-0.437;SOR=0.580;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:3,231:0.99:234
chr9	16699292	rs10738448	C	T	9588.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.479;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=43.78;ReadPosRankSum=-0.245;SOR=0.624;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:3,216:0.99:219
chr9	16727698	rs1360285	G	A	836.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=18;NR=6;PP=484;SC=ATTTTAAAAAGTATTTAGAAA;SOR=2.019;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=24;TCF=18;TCR=6;TR=24;WE=16727706;WS=16727688;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr9	16738269	rs7858914	G	T	1988.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=37;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=36;NR=15;PP=1040;SC=GTGGCAGAAAGAAGAGGTGAG;SOR=1.578;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=51;TCF=36;TCR=15;TR=51;WE=16738277;WS=16738259;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr9	16738307	rs7858709	A	C	6685.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.87;SOR=1.233;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,149:1.00:149
chr9	16738312	rs7858712	A	G	6782.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.07;QD=43.76;SOR=1.246;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,155:1.00:155
chr9	16738338	rs35475650	GA	G	3969.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-1.656;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=1;MGOF=44;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.375;NF=22;NR=45;PP=1222;ReadPosRankSum=0.446;SC=CTTAAAGGGGGAAAAAAAAAA;SOR=0.976;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=75;TCF=23;TCR=52;TR=67;WE=16738346;WS=16738328;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,192:0.98:196
chr9	16738556	rs4007684	C	CTTTT	367.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=6;PP=266;SC=TACATCAAAACTTTAAGAAAT;SOR=3.056;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=0;TCR=10;TR=6;WE=16738564;WS=16738546;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
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chr9	17135434	rs12003380	G	C	7838.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.31;SOR=0.950;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,181:1.00:181
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chr9	17309336	rs10756860	T	C	751.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=5;NR=18;PP=519;SC=AAAATTTAAATATATTTGCAT;SOR=2.303;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=23;TCF=5;TCR=18;TR=23;WE=17309344;WS=17309326;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr9	17309374	rs6475126	T	A	333.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=38;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=9;PP=235;SC=GTGTGCAGATTGTTTTGCATT;SOR=3.442;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=1;TCR=9;TR=10;WE=17309382;WS=17309364;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr9	17332484	rs3084508	ATT	A	1513.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.17;QD=24.82;SOR=1.788;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:7,54:0.89:61
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chr9	17342517	rs10756869	A	G	1042.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=23;PP=682;SC=AAAAGCTATTAAAGAAACACT;SOR=2.649;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=27;TCF=4;TCR=23;TR=27;WE=17342525;WS=17342507;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr9	17366568	rs4961548	A	T	563.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=14;NR=5;PP=437;SC=TGATTTTTTTAAATAAAACAA;SOR=1.721;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=19;TCF=14;TCR=5;TR=19;WE=17366576;WS=17366558;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr9	17394465	rs7035357	G	A	104.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=20.98;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr9	17394536	rs7035276	C	T	384.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=3;PP=194;SC=CTTTAGGTCACTGAGTTGGAA;SOR=1.112;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=7;TCR=3;TR=10;WE=17394544;WS=17394526;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr9	17394996	rs3739489	T	C	8596.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=319;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=74;NR=120;PP=2965;SC=TTCTCAATCATTCCATCAAGG;SOR=0.998;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=194;TCF=74;TCR=120;TR=194;WE=17395004;WS=17394986;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,312:1.00:312
chr9	17395108	rs3739488	C	T	3091.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=19;NR=56;PP=1583;SC=GGGGACACTGCGCATATGTAA;SOR=1.695;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=75;TCF=19;TCR=56;TR=75;WE=17395116;WS=17395098;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr9	17409366	rs2780211	G	A	4530.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=50;NR=46;PP=1791;SC=TAAGTCCTACGGAAGATGGAA;SOR=0.764;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=97;TCF=50;TCR=47;TR=96;WE=17409374;WS=17409356;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,174:1.00:174
chr9	17409556	rs2584549	C	T	350.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=11;PP=277;SC=AATGTTACTACTGATTTAATT;SOR=3.611;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=12;TCF=1;TCR=11;TR=12;WE=17409564;WS=17409546;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr9	17457512	rs35399020	TA	T	833.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=21;NR=6;PP=604;SC=TTTCTTTTTTTAAAAAAAAGA;SOR=1.923;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=32;TCF=26;TCR=6;TR=27;WE=17457520;WS=17457502;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr9	17464402	rs1442532	G	C	388.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=9;NR=3;PP=226;SC=CATTTAAAAAGTAACAGTAGG;SOR=1.911;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=12;TCF=9;TCR=3;TR=12;WE=17464410;WS=17464392;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr9	17494792	rs72614236	G	A	49.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=0;PP=46;SC=GAAAAGTATAGCGTATACAAT;SOR=1.179;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=2;TCF=2;TCR=0;TR=2;WE=17494800;WS=17494785;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr9	17494866	rs77867050	A	G	106.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=21.38;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr9	17494874	rs35224903	CT	C	32	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=8.00;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr9	17579190	rs4961573	C	G	9281.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.84;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,207:1.00:207
chr9	17579198	rs4961574	T	G	10019.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=248;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.92;SOR=0.864;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,239:1.00:239
chr9	17747173	rs3780226	C	A	2476.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.506;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=35;PP=1101;ReadPosRankSum=-0.768;SC=TTGACATAAACATGTCTACCA;SOR=0.842;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=62;TCF=27;TCR=35;TR=62;WE=17747181;WS=17747163;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,99:0.98:101
chr9	17775367	rs2209429	C	T	2142.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=25;NR=30;PP=1059;SC=AGTGGGAAAACAGAGAAAAAA;SOR=0.850;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=55;TCF=25;TCR=30;TR=55;WE=17775375;WS=17775357;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr9	17781810	rs9407871	G	A	9098.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.610;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=357;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=98;NR=97;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.740;SC=CTTTCAGAAAGCCCAGCTCGA;SOR=0.693;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=195;TCF=98;TCR=97;TR=195;WE=17781818;WS=17781800;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,352:0.99:354
chr9	18504916	rs2277160	T	A	3733.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.090;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=79;PP=2500;ReadPosRankSum=-0.348;SC=CCTGCGGGGGTGGGGCCTCCT;SOR=1.558;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=112;TCF=33;TCR=79;TR=112;WE=18504924;WS=18504906;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,136:0.99:138
chr9	18573360	rs13299349	G	A	5171.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=68;NR=63;PP=2520;SC=TGTTAGAATAGGGGCAATAAC;SOR=0.703;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=132;TCF=68;TCR=64;TR=131;WE=18573368;WS=18573350;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,195:1.00:195
chr9	18573918	rs13300372	G	C	627.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=2;PP=386;SC=ATCATGACCAGGACATTTGTT;SOR=2.737;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=17;TCF=15;TCR=2;TR=17;WE=18573926;WS=18573908;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr9	18574406	rs1341069	G	C	1092.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=29;PP=952;SC=GAAAATTAAGGTATGATTTCA;SOR=3.321;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=33;TCF=4;TCR=29;TR=33;WE=18574414;WS=18574396;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr9	18657558	rs776776	A	G	1256.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=29;NR=7;PP=840;SC=GCACTACCATATACTCTTGTT;SOR=2.726;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=36;TCF=29;TCR=7;TR=36;WE=18657566;WS=18657548;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr9	18661848	rs41268977	T	G	1095.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=1.071;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=3;PP=881;ReadPosRankSum=0.645;SC=ATAATTTCCATTGATGTGAGC;SOR=2.419;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=34;TCF=31;TCR=3;TR=33;WE=18661856;WS=18661838;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,35:0.97:36
chr9	18680679	rs1412672	C	G	1487.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=34;PP=956;SC=CCAGCATGACCAAAAGTAAAT;SOR=2.540;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=7;TCR=34;TR=41;WE=18680687;WS=18680669;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr9	18681741	rs72688674	G	T	1291.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=35;NR=17;PP=904;SC=AAAAGTTTTCGATGGGAAGTG;SOR=1.708;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=55;TCF=36;TCR=19;TR=52;WE=18681749;WS=18681731;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr9	18684613	rs144949229	G	T	922.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=28;NR=5;PP=724;SC=ATTCGTGTTGGTCAACGTAGT;SOR=3.126;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=33;TCF=28;TCR=5;TR=33;WE=18684621;WS=18684603;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr9	18717903	rs530120	G	A	384.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=13;NR=1;PP=303;SC=CAAAGTTGGAGTGTTGGCACT;SOR=3.912;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=14;TCF=13;TCR=1;TR=14;WE=18717911;WS=18717893;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr9	18718114	rs4977339	A	C	5155.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=80;NR=54;PP=2779;SC=CAGTTGTTCCATTGTCTTGCT;SOR=0.935;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=135;TCF=80;TCR=55;TR=134;WE=18718122;WS=18718104;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,191:1.00:191
chr9	18718139	rs532101	C	G	5649.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=89;NR=74;PP=2932;SC=TTTTGACCTTCTTCCTTCCCT;SOR=0.780;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=163;TCF=89;TCR=74;TR=163;WE=18718147;WS=18718129;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,213:1.00:213
chr9	18770943	rs16937047	C	T	351.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=9;PP=244;SC=TAGCTTTTAACGAGGCTGCAG;SOR=1.765;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=12;TCF=3;TCR=9;TR=12;WE=18770951;WS=18770933;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr9	18775810	rs934472	C	A	9784.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=382;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=114;NR=114;PP=2965;SC=GAAAACCGGCCTCTCAACGGT;SOR=0.715;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=229;TCF=114;TCR=115;TR=228;WE=18775818;WS=18775800;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,372:1.00:372
chr9	18776840	rs1549986	A	C	8115.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=288;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=131;NR=55;PP=2965;SC=AGGTCTACATACAGACTCGCA;SOR=1.441;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=187;TCF=131;TCR=56;TR=186;WE=18776848;WS=18776830;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,286:1.00:286
chr9	18777368	rs7033684	T	C	8386.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=318;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=93;NR=117;PP=2965;SC=CGCAGGACTCTGCGGAAAGGA;SOR=0.849;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=210;TCF=93;TCR=117;TR=210;WE=18777376;WS=18777358;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,315:1.00:315
chr9	18817246	rs1433809	A	C	4089.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=33;NR=69;PP=2221;SC=GTGAGAAATTAATGTTCATTT;SOR=1.355;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=102;TCF=33;TCR=69;TR=102;WE=18817254;WS=18817236;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,149:1.00:149
chr9	18817372	rs7873880	C	T	649.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=16;PP=447;SC=ACCTCAGTCGCTCTGAAAGTA;SOR=2.400;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=4;TCR=16;TR=20;WE=18817380;WS=18817362;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr9	18826261	rs35525189	GT	G	3304.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.378;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=284;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.81;ReadPosRankSum=1.646;SOR=0.691;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:48,210:0.81:258
chr9	18826500	rs934469	T	C	2673.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=18;NR=58;PP=1739;SC=CTGCACCCTGTTGGGAGTGAC;SOR=2.059;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=76;TCF=18;TCR=58;TR=76;WE=18826508;WS=18826490;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr9	18829952	rs41304755	A	G	8440.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.844;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=320;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=86;NR=104;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.605;SC=CTGGTCCTGGATCCTGGGAAT;SOR=0.814;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=192;TCF=87;TCR=105;TR=190;WE=18829960;WS=18829942;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,312:0.99:314
chr9	18830087	rs7026429	G	A	2557.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=15;NR=53;PP=1596;SC=GGCCAACAGGGAATCACTAAA;SOR=2.120;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=68;TCF=15;TCR=53;TR=68;WE=18830095;WS=18830077;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr9	18890446	rs7026374	A	G	3377.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=64;NR=26;PP=1753;SC=GCACTGGTGCAGTGCTGAGAG;SOR=1.470;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=91;TCF=65;TCR=26;TR=90;WE=18890454;WS=18890436;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr9	18907049	rs5896821	A	AT	7047.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=250;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQ=60.04;NF=18;NR=106;PP=2936;SC=GGAGTTGAGCATTTCAGTGGG;SOR=1.164;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=132;TCF=19;TCR=113;TR=124;WE=18907057;WS=18907039;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,239:1.00:239
chr9	18907122	rs1327506	T	C	2635.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=27;NR=51;PP=1421;SC=AGGGCTTCCATGATCTCCATC;SOR=1.384;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=78;TCF=27;TCR=51;TR=78;WE=18907130;WS=18907112;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr9	18950787	rs6475273	G	A	2774.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=30;NR=39;PP=1281;SC=ATTGGTATAGGCCCTTTCTGG;SOR=0.853;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=69;TCF=30;TCR=39;TR=69;WE=18950795;WS=18950777;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr9	18950895	rs7021572	T	C	1146.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=16;PP=580;SC=TTCTCTGTTTTATCATAAATC;SOR=1.206;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=24;TCF=8;TCR=16;TR=24;WE=18950903;WS=18950885;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr9	18950980	rs6475274	A	T	365.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=6;PP=161;SC=TTGGGAGAAAAAAACCCAATT;SOR=1.329;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=2;TCR=6;TR=8;WE=18950988;WS=18950970;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr9	19032907	rs17810415	A	G	8860.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=334;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=98;NR=114;PP=2965;SC=TCGTCTTCATAGGGGCGATCC;SOR=0.781;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=212;TCF=98;TCR=114;TR=212;WE=19032915;WS=19032897;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,332:1.00:332
chr9	19033006	rs10963921	G	T	3725.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=28;NR=58;PP=1707;SC=CAGGCTCGAGGGTCTTGGCAG;SOR=1.203;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=86;TCF=28;TCR=58;TR=86;WE=19033014;WS=19032996;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,142:1.00:142
chr9	19033035	rs7035738	G	A	2107.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=31;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=38;PP=1125;SC=TTTACTCGAAGGAAAATTTAA;SOR=1.949;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=49;TCF=11;TCR=38;TR=49;WE=19033043;WS=19033025;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr9	19058483	rs150852615	C	A	2831.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.859;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=54.41;MQRankSum=-0.825;QD=27.49;ReadPosRankSum=-0.594;SOR=0.769;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,102:0.99:103
chr9	19058921	rs62622380	G	A	1690.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=20;NR=27;PP=977;SC=TCTATGTTCAGCATCCATTTG;SOR=0.941;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=20;TCR=27;TR=47;WE=19058929;WS=19058911;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr9	19086979	rs2171957	C	T	367.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=5;NR=4;PP=192;SC=CATCATCTGGCTATTGATATA;SOR=0.693;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=9;TCF=5;TCR=4;TR=9;WE=19086987;WS=19086969;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr9	19089375	rs41269007	A	C	1385.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=31;NR=15;PP=768;SC=TTCAAAAGAAAGAAATTATTT;SOR=1.402;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=46;TCF=31;TCR=15;TR=46;WE=19089383;WS=19089365;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr9	19093287	rs41269011	A	G	2771.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.93;QD=25.90;SOR=0.872;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr9	19096832	rs4977495	A	T	734.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=8;NR=11;PP=297;SC=CATCATCAAAAGCTGAGTAAG;SOR=0.826;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=19;TCF=8;TCR=11;TR=19;WE=19096840;WS=19096822;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
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chr9	19295941	rs10757051	A	G	1212.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=32;NR=6;PP=932;SC=TGTAATAAGAAAAAAAGAGAA;SOR=3.258;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=32;TCR=6;TR=38;WE=19295949;WS=19295931;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr9	19299362	rs10738535	T	C	840.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=12;NR=16;PP=517;SC=GATTAGTATATTATTAATATA;SOR=0.941;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=28;TCF=12;TCR=16;TR=28;WE=19299370;WS=19299352;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
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chr9	19550308	rs4977555	A	T	3614.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.144;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.706;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=69;PP=1911;ReadPosRankSum=1.005;SC=ACAAAAAAATAAAATGTACAC;SOR=1.426;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=94;TCF=25;TCR=69;TR=93;WE=19550316;WS=19550298;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,132:0.99:133
chr9	19573483	rs66707311	AACACACACACACACACACACACACAC	AAC,A	1250.73	.	AC=2,0;AF=1.00,0.00;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=1.325;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=5.035;HP=2;HapScore=3;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;MQRankSum=3.005;NF=0,0;NR=21,21;PP=239,75;ReadPosRankSum=2.609;SC=ATATAATTTAAACACACACAC;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=31;TCF=1;TCR=30;TR=21,21;WE=19573536;WS=19573473;set=Intersection	GT:AF:DP	1/1:0.94:32
chr9	19576815	rs2247818	C	T	1476.77	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=22;NR=3;PP=634;SC=TGTGCTGCAGCGGTGTGTGTG;SOR=3.258;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=28;TCF=25;TCR=3;TR=25;WE=19576825;WS=19576805;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr9	19576816	rs56172301	GGT	G	1467.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=18;NR=4;PP=1047;SC=GTGCTGCAGCGGTGTGTGTGT;SOR=2.899;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=23;TCF=18;TCR=5;TR=22;WE=19576825;WS=19576805;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr9	19576949	rs2383101	T	G	5334.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=63;NR=61;PP=2216;SC=CCATTCTGCCTCTCGTTCTCA;SOR=0.732;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=125;TCF=64;TCR=61;TR=124;WE=19576957;WS=19576939;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,210:1.00:210
chr9	19619509	rs1885220	C	T	2902.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.902;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=5.446;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=23;PP=1643;ReadPosRankSum=-1.178;SC=AGCACAAACACGTTTTATGCA;SOR=1.373;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=82;TCF=58;TCR=24;TR=81;WE=19619517;WS=19619499;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,110:0.97:113
chr9	19622072	rs4977307	A	G	869.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=22;NR=4;PP=524;SC=GCATGTGTCCATGAATGCCAG;SOR=2.517;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=22;TCR=4;TR=26;WE=19622080;WS=19622062;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr9	19622268	rs4977308	T	C	4500.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.472;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=65;PP=1779;ReadPosRankSum=-1.042;SC=CCGGTAGAGTTGGTTCATCCT;SOR=0.774;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=123;TCF=57;TCR=66;TR=121;WE=19622276;WS=19622258;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,179:0.99:181
chr9	20621901	rs376536186	CGT	C	127.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.556;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FS=2.051;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.75;ReadPosRankSum=1.005;SOR=0.447;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:152,19:0.11:171
chr9	20720599	rs4977898	A	C	2228.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=2.013;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.407;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=45;PP=1402;ReadPosRankSum=1.260;SC=TCACTAAATCACTATTAAGAG;SOR=1.243;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=68;TCF=23;TCR=45;TR=67;WE=20720607;WS=20720589;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,79:0.99:80
chr9	20778631	rs7875153	A	G	4273.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=70;NR=55;PP=2236;SC=CAAAGCCATGATTCTGGGAAC;SOR=0.895;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=125;TCF=70;TCR=55;TR=125;WE=20778639;WS=20778621;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,161:1.00:161
chr9	20862515	rs4977780	A	C	4322.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=73;NR=35;PP=2206;SC=AGTACTCTTAATTAATGGCTT;SOR=1.319;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=108;TCF=73;TCR=35;TR=108;WE=20862523;WS=20862505;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,160:1.00:160
chr9	20866974	rs7875872	C	G	5729.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=40;NR=84;PP=2965;SC=GCCAACTTTACTGCAGGAGAA;SOR=0.989;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=127;TCF=43;TCR=84;TR=124;WE=20866982;WS=20866964;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,221:1.00:221
chr9	20882117	rs7026225	T	C	619.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=15;PP=440;SC=ACTTCCACTTTCAAGTAGGAT;SOR=3.716;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=16;TCF=1;TCR=15;TR=16;WE=20882125;WS=20882107;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr9	20988426	rs4977881	A	G	99.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=19.98;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr9	21350620	rs2988573	G	A	39.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=13.09;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr9	25677953	rs34498078	T	C	42.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=21.37;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr9	26116150	rs7019716	G	T	39.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.524;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=7.95;ReadPosRankSum=0.842;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,3:0.60:5
chr9	26982270	rs57511456	CT	C	682.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=17;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=11;PP=292;SC=AGCTTTTTTTCTTTTTTTTTT;SOR=0.957;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=5;TCR=11;TR=16;WE=26982278;WS=26982260;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr9	27047246	rs10812520	T	C	2216.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=41;NR=23;PP=1202;SC=TCAGCAGTAATCTCTCTTATG;SOR=1.320;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=64;TCF=41;TCR=23;TR=64;WE=27047254;WS=27047236;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr9	27047460	rs16910953	T	C	1236.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=25;PP=590;SC=GGCTCACTATTGTATCTTCTC;SOR=1.708;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=34;TCF=9;TCR=25;TR=34;WE=27047468;WS=27047450;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr9	27061142	rs34615635	GGT	G	742.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;QD=32.29;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr9	27168315	rs10511802	G	A	499.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=14;NR=4;PP=369;SC=CAGATTCTTAGAAAGGTACAT;SOR=2.303;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=14;TCR=4;TR=18;WE=27168323;WS=27168305;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr9	27168704	rs10967753	T	C	53.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=2;PP=27;SC=GGGCAGATGTTTGAATTAAAG;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=2;TCF=0;TCR=2;TR=2;WE=27168712;WS=27168694;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr9	27172838	rs3739542	C	A	776.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=20;PP=545;SC=TGGGAATGGACGCTAAATGGC;SOR=2.753;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=24;TCF=4;TCR=20;TR=23;WE=27172846;WS=27172828;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr9	27173062	rs3824410	G	T	262.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=0;PP=130;SC=TTCATTATCAGTAAAATGGGC;SOR=4.615;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=9;TCR=0;TR=8;WE=27173070;WS=27173061;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr9	27183463	rs682632	A	C	3481.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=50;NR=35;PP=1382;SC=TCAGGCATACAGAGGATGACC;SOR=0.978;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=86;TCF=50;TCR=36;TR=85;WE=27183471;WS=27183453;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,133:1.00:133
chr9	27202870	rs639225	A	G	4372.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=74;NR=47;PP=2094;SC=CACACTCCTCAGCTGTGATTT;SOR=1.034;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=121;TCF=74;TCR=47;TR=121;WE=27202878;WS=27202860;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,174:1.00:174
chr9	27203134	rs638203	A	G	3412.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=25;NR=45;PP=1406;SC=TGAATGGACAAGTATTTACAT;SOR=1.051;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=70;TCF=25;TCR=45;TR=70;WE=27203142;WS=27203124;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chr9	27213580	rs3737188	T	C	4668.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.950;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=63;PP=1773;ReadPosRankSum=0.174;SC=AAGAGGTGTATGTGAAAAAGA;SOR=0.816;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=120;TCF=55;TCR=65;TR=116;WE=27213588;WS=27213570;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,187:0.98:191
chr9	27217516	rs5897224	CTGTT	C	592.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=7;NR=1;PP=411;SC=AGGACTTATACTGTTTGTTTG;SOR=2.985;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=10;TCF=8;TCR=2;TR=8;WE=27217530;WS=27217506;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr9	27217522	rs5004610	G	A	601.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=8;NR=1;PP=196;SC=TATACTGTTTGTTTGCATGTT;SOR=2.985;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=12;TCF=11;TCR=1;TR=9;WE=27217530;WS=27217506;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr9	27217791	rs1923331	T	TC	1263.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=1;NR=20;PP=870;SC=GGATTTTTTTTCCCTCCCAGA;SOR=1.236;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=22;TCF=1;TCR=21;TR=21;WE=27217799;WS=27217781;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr9	27217822	rs681754	G	A	501.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=36;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=3;NR=13;PP=307;SC=TTTGACAGAGGTTTTAAAAAG;SOR=2.419;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=17;TCF=4;TCR=13;TR=16;WE=27217830;WS=27217812;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr9	27217851	rs681707	G	C	291.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=54;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=1;NR=8;PP=198;SC=ATGTCCTGTAGCTCTCGGGAA;SOR=3.258;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=9;WE=27217859;WS=27217841;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr9	27218726	rs667250	C	T	1708.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=33;NR=20;PP=975;SC=GGAAAATGAGCGGTGACTCTG;SOR=1.078;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=53;TCF=33;TCR=20;TR=53;WE=27218734;WS=27218716;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr9	27228022	rs2273717	A	G	501.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=12;NR=3;PP=318;SC=TAAATCTATGAGGAGTTGAAA;SOR=2.712;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=12;TCR=3;TR=15;WE=27228030;WS=27228014;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr9	27284708	rs1057524	T	A	5238.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=90;NR=53;PP=2810;SC=CTTCACCGGGTTCCTTGATTT;SOR=1.179;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=143;TCF=90;TCR=53;TR=143;WE=27284716;WS=27284698;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,193:1.00:193
chr9	27289812	rs1980661	T	C	795.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=4;NR=11;PP=337;SC=TGTATAATTATAGTACCCAGT;SOR=1.721;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=4;TCR=11;TR=15;WE=27289820;WS=27289802;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr9	27289832	rs1980660	G	T	589.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=8;PP=247;SC=TGTGTGTACAGTCTGTTCTCA;SOR=1.765;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=3;TCR=8;TR=11;WE=27289840;WS=27289822;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr9	27290984	rs2383724	T	C	1436.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.66;SOR=0.841;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr9	27296595	rs7044345	C	G	262.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=2;PP=149;SC=CATTTCTATTCACTTTAAAGA;SOR=1.609;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=6;TCR=2;TR=8;WE=27296603;WS=27296585;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr9	27297260	rs7875090	A	T	324.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=9;PP=226;SC=GTTTTTAGTTATTTTTTAAAT;SOR=3.442;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=9;WE=27297268;WS=27297250;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr9	27455095	rs12379154	G	C	1871.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=31;NR=18;PP=773;SC=AGATTGTGCAGGTGACAAAAA;SOR=1.032;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=49;TCF=31;TCR=18;TR=49;WE=27455103;WS=27455085;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr9	27455585	rs10757661	G	A	882.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=3;NR=17;PP=443;SC=TGCAGGAAGCGAAAAGGCACC;SOR=2.165;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=3;TCR=17;TR=20;WE=27455593;WS=27455575;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr9	27524731	rs700785	A	G	4308.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=41;NR=54;PP=2032;SC=GGAGGAAGACAAGAATGAAAA;SOR=0.866;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=96;TCF=41;TCR=55;TR=95;WE=27524739;WS=27524721;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,161:1.00:161
chr9	27561465	rs3063748	A	ATGT	502.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=1;PP=152;SC=CAAATACGTAATGTCCCTAGA;SOR=1.802;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=5;TCF=3;TCR=2;TR=4;WE=27561473;WS=27561455;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr9	27562352	rs2589050	T	C	1059.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=19;NR=9;PP=516;SC=ACTCATAAAGTGTATAATTGC;SOR=1.387;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=28;TCF=19;TCR=9;TR=28;WE=27562360;WS=27562342;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr9	28863459	rs13285849	A	T	2873.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=59;NR=20;PP=1723;SC=TGTTTGACACAGGTTTGATCA;SOR=1.779;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=79;TCF=59;TCR=20;TR=79;WE=28863467;WS=28863449;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr9	28889060	rs7043805	C	G	618.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=15;PP=441;SC=CAGCAGCTTGCCTGGTGCTTG;SOR=2.200;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=4;TCR=15;TR=19;WE=28889068;WS=28889050;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr9	32384825	rs882812	G	A	2242.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-1.526;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.515;HP=3;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=33;PP=835;ReadPosRankSum=-0.146;SC=TTACCGAGGTGCCCGAGGCAG;SOR=0.620;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=122;TCF=53;TCR=69;TR=59;WE=32384833;WS=32384815;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:98,107:0.52:205
chr9	32384843	rs913762	A	C	5936.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=44;NR=62;PP=2037;SC=CAGTGGCGGCACGGGGGACAC;SOR=1.040;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=107;TCF=44;TCR=63;TR=106;WE=32384851;WS=32384833;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,165:1.00:165
chr9	32405639	rs41298178	T	G	1778.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=2.118;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.651;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=53;PP=1254;ReadPosRankSum=-1.136;SC=GAATCTCATTTGCACAATGAT;SOR=0.259;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=102;TCF=15;TCR=87;TR=65;WE=32405647;WS=32405629;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,72:0.62:116
chr9	32418237	rs2026739	G	T	7064.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=261;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=109;NR=67;PP=2965;SC=TTTCTTTGTAGGCAGGGTACG;SOR=1.080;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=177;TCF=109;TCR=68;TR=176;WE=32418245;WS=32418227;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,259:1.00:259
chr9	32424675	rs45450994	C	T	785.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.104;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.733;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=23;PP=449;ReadPosRankSum=-0.244;SC=TAGGGGCCTGCGGGAAGAGGT;SOR=0.827;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=88;TCF=31;TCR=57;TR=35;WE=32424683;WS=32424665;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,43:0.37:117
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chr9	32427592	rs72561746	C	G	1962.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.709;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=40.89;ReadPosRankSum=-1.044;SOR=1.781;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,47:0.98:48
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chr9	32448850	rs118188918	G	C	2436.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.538;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.187;HP=7;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=24;PP=1012;ReadPosRankSum=0.157;SC=TGTATCCAAAGAAAAGATTGG;SOR=0.803;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=108;TCF=68;TCR=40;TR=67;WE=32448858;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,115:0.62:185
chr9	32450187	rs12985	T	C	402.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.541;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=15;PP=235;ReadPosRankSum=-0.626;SC=GAGGCCTCCCTGGCTGCCTCT;SOR=0.852;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=42;TCF=9;TCR=33;TR=18;WE=32450195;WS=32450177;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,21:0.42:50
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chr9	32466277	rs45589431	C	T	3340.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.101;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=495;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.142;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=42;PP=1277;ReadPosRankSum=-0.389;SC=GGAAGAATAACGTAGACTTAC;SOR=0.592;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=272;TCF=150;TCR=122;TR=92;WE=32466285;WS=32466267;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:299,184:0.38:483
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chr9	32492352	rs17289927	T	C	1603.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.657;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.262;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=13;PP=772;ReadPosRankSum=-0.756;SC=AATGAGCGAGTCCTAAGTAGA;SOR=0.368;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=119;TCF=89;TCR=30;TR=48;WE=32492360;WS=32492342;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,75:0.47:160
chr9	32498291	rs2777725	A	G	5265.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=76;NR=48;PP=2531;SC=TGGGTCCCATAGAAAGGCATG;SOR=1.026;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=124;TCF=76;TCR=48;TR=124;WE=32498299;WS=32498281;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,192:1.00:192
chr9	32525969	rs2777729	C	A	3682.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=2.033;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=26;PP=1708;ReadPosRankSum=-0.701;SC=CTGGCAGGCTCTCTGCATTGA;SOR=0.540;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=93;TCF=65;TCR=28;TR=90;WE=32525977;WS=32525959;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,138:0.99:139
chr9	32526146	rs10813831	G	A	1593.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=2.059;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.033;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=39;PP=876;ReadPosRankSum=0.937;SC=TGCAGGCTGCGTCGCTGCTCG;SOR=1.281;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=85;TCF=26;TCR=59;TR=52;WE=32526154;WS=32526136;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,73:0.60:122
chr9	32526233	rs3739674	G	C	552.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=14;PP=453;SC=AGCCGGGTAGGAGGAGGGCGT;SOR=3.383;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=15;TCF=1;TCR=14;TR=15;WE=32526241;WS=32526223;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr9	32551709	rs72712913	A	G	930.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=2.869;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.948;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=7;PP=706;ReadPosRankSum=2.340;SC=CGCCCACCAAACTGCCGTGCT;SOR=0.925;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=97;TCF=76;TCR=21;TR=39;WE=32551717;WS=32551699;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,41:0.39:104
chr9	32552164	rs35002468	T	TCTC	1757.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.125;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.727;HP=2;HapScore=4;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=33;PP=1510;ReadPosRankSum=-0.250;SC=GCCTATCTCCTTAGTTGGCAA;SOR=0.814;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=87;TCF=49;TCR=38;TR=74;WE=32552183;WS=32552154;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,47:0.39:120
chr9	32552172	.	CAA	C,CA	1669.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.159;ClippingRankSum=0.000;DP=159;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.16;MQRankSum=0.791;QD=11.84;ReadPosRankSum=0.920;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:19,57,65:0.40,0.46:141
chr9	32559114	rs10813835	C	T	78.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=1.839;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=4;PP=69;ReadPosRankSum=1.557;SC=AGCTATCAAACAGGCATCTCA;SOR=1.179;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=13;TCF=3;TCR=10;TR=5;WE=32559122;WS=32559104;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,5:0.26:19
chr9	32567655	rs67236328	T	G	853.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.506;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FS=3.640;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.87;MQRankSum=0.000;QD=8.05;ReadPosRankSum=-0.413;SOR=0.658;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:61,45:0.42:106
chr9	32571152	rs75143049	A	G	270.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=1.080;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=10;PP=240;ReadPosRankSum=1.285;SC=ACTATTTTACAAAACTCTAAA;SOR=0.901;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=32;TCF=13;TCR=19;TR=16;WE=32571160;WS=32571142;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,15:0.41:37
chr9	32973709	.	CAA	C,CA	1246.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.384;ClippingRankSum=0.000;DP=142;ExcessHet=3.0103;FS=2.367;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.23;MQRankSum=0.794;QD=11.99;ReadPosRankSum=1.639;SOR=1.098;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:16,34,54:0.33,0.52:104
chr9	32974372	rs4878522	C	T	2551.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=45;NR=28;PP=1267;SC=TGAGGTCAGACTGTTATTCAG;SOR=1.099;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=73;TCF=45;TCR=28;TR=73;WE=32974380;WS=32974362;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr9	32974570	rs34600530	G	GA,GAA	996.73	.	AC=2,0;AF=1.00,0.00;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=0.563;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.4976,0.5024;FS=0.000;HP=12;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=1,1;NR=27,27;PP=5,318;ReadPosRankSum=-0.145;SC=CTAGTTGAAAGAAAAAAAAAC;SOR=0.735;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=32;TCF=1;TCR=31;TR=28,28;WE=32974578;WS=32974560;set=Intersection	GT:AF:DP	1/1:0.98:46
chr9	32986040	rs1981011	A	C	394.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-1.145;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=23.22;ReadPosRankSum=0.748;SOR=1.473;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,15:0.88:17
chr9	32986041	rs10123944	C	A	394.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.151;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=20.78;ReadPosRankSum=0.333;SOR=1.371;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,17:0.89:19
chr9	33034440	rs145189723	T	C	882.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=0.536;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.514;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=24;PP=556;ReadPosRankSum=0.124;SC=AGAACCTATTTCTCAGGAAGA;SOR=0.255;SbPval=0.26;Source=Platypus;TC=69;TCF=17;TCR=52;TR=35;WE=33034448;WS=33034430;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,40:0.54:74
chr9	33076645	rs41274015	A	G	6369.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=2.178;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=966;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=103;NR=131;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.168;SC=GCTCTCCCTCAAGGCCAGTCG;SOR=0.669;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=613;TCF=269;TCR=344;TR=234;WE=33076653;WS=33076635;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:604,346:0.36:950
chr9	33104820	.	CT	C	133.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.182;ClippingRankSum=0.000;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.57;ReadPosRankSum=1.781;SOR=0.700;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,18:0.35:52
chr9	33116238	rs34433922	AT	A	1351.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.061;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FS=2.042;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.21;MQRankSum=0.428;QD=17.33;ReadPosRankSum=-0.244;SOR=1.476;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:5,73:0.94:78
chr9	33120706	rs3818593	A	G	373.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.349;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.505;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=8;PP=145;ReadPosRankSum=-0.704;SC=TCACTAGGAAACTCTTGGGCC;SOR=0.123;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=23;TCF=4;TCR=19;TR=11;WE=33120714;WS=33120696;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,17:0.59:29
chr9	33135085	rs913214	G	A	3763.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.805;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=472;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.134;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=79;NR=42;PP=1621;ReadPosRankSum=-1.882;SC=AGTGCCAGGTGTCTGTGAAAT;SOR=0.796;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=320;TCF=200;TCR=120;TR=121;WE=33135093;WS=33135075;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:269,197:0.42:466
chr9	33264540	rs1071545	C	G	4395.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=19;NR=96;PP=2954;SC=GGTGGACGCCCAGAGGGAGGC;SOR=2.544;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=115;TCF=19;TCR=96;TR=115;WE=33264548;WS=33264530;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,144:1.00:144
chr9	33270479	rs844239	A	G	569.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=10;NR=3;PP=287;SC=GTTTTTGCCAATTTTTCTGCG;SOR=1.721;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=10;TCR=3;TR=13;WE=33270487;WS=33270469;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr9	33270748	rs831271	G	T	3301.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=33;NR=45;PP=1525;SC=GTTATTTCATGTATTTATTCT;SOR=0.981;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=78;TCF=33;TCR=45;TR=78;WE=33270756;WS=33270738;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr9	33290532	rs830576	A	G	14956.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=573;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=174;NR=140;PP=2965;SC=GACAGTGCTGACTTGGCTGTA;SOR=0.820;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=314;TCF=174;TCR=140;TR=314;WE=33290540;WS=33290522;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,566:1.00:566
chr9	33290688	rs4879682	G	C	8302.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.210;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=311;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=123;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.705;SC=CTCATATCGCGAGAGTAGCAC;SOR=0.473;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=185;TCF=61;TCR=124;TR=184;WE=33290696;WS=33290678;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,302:1.00:303
chr9	33311294	.	C	CT	53.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.192;ClippingRankSum=0.000;DP=114;ExcessHet=3.0103;FS=4.859;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.61;ReadPosRankSum=2.372;SOR=0.238;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:73,15:0.17:88
chr9	33313696	rs140790123	A	G	4080.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.558;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=336;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.836;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=66;PP=2086;ReadPosRankSum=-1.447;SC=CACTGTTCTAACCCATGTGAG;SOR=0.758;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=199;TCF=94;TCR=105;TR=123;WE=33313704;WS=33313686;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:143,190:0.57:333
chr9	33338476	.	G	GT	64.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.116;ClippingRankSum=0.000;DP=275;ExcessHet=3.0103;FS=1.481;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.04;MQRankSum=2.501;QD=0.25;ReadPosRankSum=-1.915;SOR=0.555;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:221,39:0.15:260
chr9	33344252	rs642157	T	A	2614.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=59;PP=1894;SC=CCTGCTGTGTTACTGTCTTCA;SOR=2.625;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=71;TCF=12;TCR=59;TR=71;WE=33344260;WS=33344242;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr9	33354070	rs145934546	TTTTTA	T	9304.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=38;NR=67;PP=2975;SC=TTCCCTTTCTTTTTTATATTT;SOR=1.022;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=110;TCF=38;TCR=72;TR=105;WE=33354082;WS=33354060;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,208:1.00:208
chr9	33385600	rs117066088	G	A	114.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.485;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=3.955;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.84;MQRankSum=-5.356;QD=2.09;ReadPosRankSum=0.848;SOR=0.212;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:48,7:0.13:55
chr9	33385602	rs145413647	AC	CT	111.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.323;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=4.114;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.94;MQRankSum=-5.462;QD=1.96;ReadPosRankSum=1.070;SOR=0.192;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:50,7:0.12:57
chr9	33385863	rs62542746	G	T	35.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.007;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FS=4.859;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.92;MQRankSum=-7.985;QD=0.49;ReadPosRankSum=0.678;SOR=0.543;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:62,11:0.15:73
chr9	33386144	.	G	A	926.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.416;ClippingRankSum=0.000;DP=247;ExcessHet=3.0103;FS=17.198;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.12;MQRankSum=-14.112;QD=3.75;ReadPosRankSum=-2.928;SOR=1.911;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:210,37:0.15:247
chr9	33386146	rs76608797	C	A	999.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.507;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=250;ExcessHet=3.0103;FS=19.060;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.14;MQRankSum=-13.981;QD=4.00;ReadPosRankSum=-2.846;SOR=2.005;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:212,38:0.15:250
chr9	33386167	rs79172651	G	C	1660.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.564;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=355;ExcessHet=3.0103;FS=15.471;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.57;MQRankSum=-11.500;QD=4.69;ReadPosRankSum=-4.190;SOR=1.448;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:276,78:0.22:354
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chr9	33386378	rs74462413	C	T	584.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.050;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FS=9.300;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.98;MQRankSum=-5.822;QD=3.77;ReadPosRankSum=1.848;SOR=1.727;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:131,24:0.15:155
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chr9	33386399	.	CA	TG	509.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.231;ClippingRankSum=0.000;DP=169;ExcessHet=3.0103;FS=4.255;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.28;MQRankSum=-7.480;QD=3.02;ReadPosRankSum=0.477;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:146,23:0.14:169
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chr9	33386510	rs77962308	CA	TG	1442.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.827;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=256;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.957;HP=3;HapScore=1;JOINED;MGOF=28;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=-14.259;NF=29;NR=26;PP=1481;ReadPosRankSum=3.154;SC=GCACAGTTAGCAAAGGTCACA;SOR=0.542;SbPval=0.23;Source=Platypus;TC=173;TCF=76;TCR=97;TR=55;WE=33386519;WS=33386500;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:205,50:0.20:255
chr9	33386526	rs79202054	G	A	548.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-2.555;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.012;HP=2;HapScore=1;MGOF=31;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=-12.985;NF=27;NR=28;PP=543;ReadPosRankSum=4.537;SC=TCACAGCTGCGTTCATGTGGG;SOR=0.524;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=156;TCF=68;TCR=88;TR=55;WE=33386534;WS=33386516;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:170,50:0.23:220
chr9	33395031	rs72707429	G	A	1490.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.968;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FS=29.570;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.13;MQRankSum=-7.767;QD=7.81;ReadPosRankSum=2.022;SOR=2.459;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:144,47:0.25:191
chr9	33395039	rs72707431	C	T	1468.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FS=35.321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.26;MQRankSum=-8.285;QD=6.62;ReadPosRankSum=2.560;SOR=2.435;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:173,49:0.22:222
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chr9	33441710	rs377623543	CA	C	960.76	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.681;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=30.99;ReadPosRankSum=0.116;SOR=0.760;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,29:0.94:31
chr9	33442952	rs2228332	G	A	6673.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=256;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=73;NR=120;PP=2965;SC=GGTTGTCGGCGAAGTGCCAGA;SOR=1.255;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=193;TCF=73;TCR=120;TR=193;WE=33442960;WS=33442942;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,246:1.00:246
chr9	33442986	rs2231231	A	C	4145.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=32;NR=87;PP=2704;SC=CAGATTAGACACACAGTGAGT;SOR=1.989;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=119;TCF=32;TCR=87;TR=119;WE=33442994;WS=33442976;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,142:1.00:142
chr9	33444000	rs2227285	G	C	387.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=2.157;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.228;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=14;PP=315;ReadPosRankSum=-1.366;SC=AGGACTAGAGGCGCTTCCTGG;SOR=1.819;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=28;TCF=5;TCR=23;TR=16;WE=33444008;WS=33443990;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,16:0.53:30
chr9	33447306	rs517210	C	G	4981.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=88;NR=37;PP=2903;SC=GTGGGGGTCACAGCTGGGGAG;SOR=1.489;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=125;TCF=88;TCR=37;TR=125;WE=33447314;WS=33447296;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,172:1.00:172
chr9	33447424	rs591810	C	G	9122.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=356;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=113;NR=107;PP=2965;SC=CACTCACCACCAGGATGAGGG;SOR=0.716;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=220;TCF=113;TCR=107;TR=220;WE=33447432;WS=33447414;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,348:1.00:348
chr9	33447547	rs12555686	G	T	2871.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-1.549;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.272;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=54;PP=1376;ReadPosRankSum=0.604;SC=AGGCGGCGGCGCTGTCGGGCG;SOR=0.452;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=127;TCF=43;TCR=84;TR=87;WE=33447555;WS=33447537;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,130:0.63:205
chr9	33447579	rs17553719	T	C	774.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.905;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.531;HP=4;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=22;PP=296;ReadPosRankSum=-0.741;SC=CGGGAGGCGGTGGCGCAGCGA;SOR=0.878;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=94;TCF=26;TCR=68;TR=28;WE=33447587;WS=33447569;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:94,44:0.32:138
chr9	33464247	rs117093047	G	A	989.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-0.296;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.585;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=28;PP=553;ReadPosRankSum=-0.279;SC=TGCCCCCAACGGCTGCTCATC;SOR=0.448;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=109;TCF=25;TCR=84;TR=36;WE=33464255;WS=33464237;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,51:0.38:133
chr9	33465182	rs2785210	G	A	1634.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.595;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=245;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.067;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=25;PP=991;ReadPosRankSum=0.373;SC=CTTCTCAGCTGGGGAAAAAGT;SOR=0.917;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=178;TCF=117;TCR=61;TR=74;WE=33465190;WS=33465172;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:148,90:0.38:238
chr9	33465651	rs560833	T	C	178.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.660;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FS=1.213;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.59;ReadPosRankSum=-1.200;SOR=1.069;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:55,14:0.20:69
chr9	33466844	rs148429248	T	TGAG	1973.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.648;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.469;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=13;PP=1366;ReadPosRankSum=1.297;SC=TGGCCAAGGCTGAGAGGACTC;SOR=0.540;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=71;TCF=40;TCR=31;TR=29;WE=33466852;WS=33466834;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,51:0.38:133
chr9	33467595	rs3860990	C	T	3248.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.477;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=355;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=46;PP=1552;ReadPosRankSum=0.402;SC=TAGCTAGAAACGCCTAGCTGG;SOR=0.682;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=227;TCF=131;TCR=96;TR=109;WE=33467603;WS=33467585;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:182,163:0.47:345
chr9	33467983	rs679644	G	A	6013.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=108;NR=60;PP=2965;SC=CTGTAGCCCCGAAGAGACAGG;SOR=1.238;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=169;TCF=109;TCR=60;TR=168;WE=33467991;WS=33467973;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,216:1.00:216
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chr9	33469427	rs10813983	G	A	2534.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.373;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=365;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.395;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=47;PP=1297;ReadPosRankSum=0.335;SC=TGAGGCCTCCGTGCCTCTGTG;SOR=0.652;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=264;TCF=148;TCR=116;TR=103;WE=33469435;WS=33469417;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:223,136:0.38:359
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chr9	33567151	rs141182994	G	A	1114.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=2.697;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.563;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.738;NF=34;NR=11;PP=798;ReadPosRankSum=-0.154;SC=AGGATAATACGGCTTCACTAA;SOR=1.686;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=68;TCF=48;TCR=20;TR=45;WE=33567159;WS=33567141;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,50:0.57:87
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chr9	33573377	rs597219	T	C	996.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=8;NR=27;PP=790;SC=GATTAGTCTCTCTGCAGCCTC;SOR=2.517;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=35;TCF=8;TCR=27;TR=35;WE=33573385;WS=33573367;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr9	33617691	rs147881110	TGGATGTAACACG	T	2789.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=16;NR=15;PP=2937;SC=GGCAGAGAGATGGATGTAACA;SOR=1.685;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=35;TCF=19;TCR=16;TR=31;WE=33617710;WS=33617681;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
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chr9	33618358	rs855512	A	G	18766.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=704;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=209;NR=183;PP=2965;SC=GCTGATGGCAACTTCCAATGA;SOR=0.779;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=392;TCF=209;TCR=183;TR=392;WE=33618366;WS=33618348;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,701:1.00:701
chr9	33618460	rs966447	A	T	9121.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=339;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=84;NR=157;PP=2965;SC=GACAGTGACCAGTGCCCATCC;SOR=1.285;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=241;TCF=84;TCR=157;TR=241;WE=33618468;WS=33618450;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,333:1.00:333
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chr9	33750748	rs10971678	G	T	379.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.915;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.142;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=4;PP=197;ReadPosRankSum=-0.214;SC=TACCCGCAGGGGGCTTGAAAC;SOR=1.048;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=30;TCF=20;TCR=10;TR=14;WE=33750756;WS=33750738;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,20:0.40:50
chr9	33794797	.	TGA	T	730.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.158;ClippingRankSum=0.000;DP=503;ExcessHet=3.0103;FS=4.343;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.88;MQRankSum=-15.655;QD=1.51;ReadPosRankSum=0.066;SOR=1.186;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:433,52:0.11:485
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chr9	33794890	.	T	A	286.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.874;ClippingRankSum=0.000;DP=500;ExcessHet=3.0103;FS=3.499;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.35;MQRankSum=-12.054;QD=0.57;ReadPosRankSum=1.933;SOR=0.991;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:453,46:0.09:499
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chr9	33794929	.	A	T	601.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.658;ClippingRankSum=0.000;DP=303;ExcessHet=3.0103;FS=44.489;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.31;MQRankSum=-7.427;QD=1.99;ReadPosRankSum=-1.332;SOR=3.662;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:267,35:0.12:302
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chr9	33794955	.	G	T	336.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.523;ClippingRankSum=0.000;DP=208;ExcessHet=3.0103;FS=16.813;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.36;MQRankSum=-6.178;QD=1.62;ReadPosRankSum=-3.702;SOR=2.386;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:185,23:0.11:208
chr9	33794956	.	G	C	339.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.929;ClippingRankSum=0.000;DP=207;ExcessHet=3.0103;FS=14.795;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.41;MQRankSum=-5.877;QD=1.64;ReadPosRankSum=-3.506;SOR=2.256;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:185,22:0.11:207
chr9	33794965	.	A	C	272.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.040;ClippingRankSum=0.000;DP=180;ExcessHet=3.0103;FS=7.325;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.38;MQRankSum=-5.312;QD=1.52;ReadPosRankSum=-4.353;SOR=1.712;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:162,18:0.10:180
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chr9	33797930	.	GAC	G	20188.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.634;ClippingRankSum=0.000;DP=1763;ExcessHet=3.0103;FS=1.934;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.33;MQRankSum=-34.597;QD=11.48;ReadPosRankSum=0.268;SOR=0.881;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1227,532:0.30:1759
chr9	33797951	rs150316320	A	C	25876.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=2.379;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=2028;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=74;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-35.040;NF=277;NR=235;PP=2962;ReadPosRankSum=2.183;SC=CAATGACATCATGCTGATCAA;SOR=0.728;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=1266;TCF=666;TCR=600;TR=512;WE=33798007;WS=33797941;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1331,692:0.34:2023
chr9	33797962	rs374178684	A	G	28305.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.163;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=2123;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=74;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-34.713;NF=291;NR=270;PP=2962;ReadPosRankSum=3.023;SC=TGCTGATCAAACTCTCCTCAC;SOR=0.687;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=1310;TCF=669;TCR=641;TR=561;WE=33798007;WS=33797941;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1349,768:0.36:2117
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chr9	33797978	rs145485932	G	A	2673.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.679;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=2148;ExcessHet=3.0103;FS=0.949;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.41;MQRankSum=-12.594;QD=1.25;ReadPosRankSum=2.698;SOR=0.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1940,202:0.09:2142
chr9	33797987	rs137945391	G	T	21357.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.788;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=2115;ExcessHet=3.0103;FS=0.574;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.44;MQRankSum=-27.558;QD=10.13;ReadPosRankSum=1.992;SOR=0.775;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1496,613:0.29:2109
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chr9	33798017	rs855581	A	G	44702.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=1.780;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1711;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.789;HP=6;HapScore=1;MGOF=94;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=11.344;NF=392;NR=575;PP=2962;ReadPosRankSum=-10.145;SC=TCTGCCCACCACCCCTCCAGC;SOR=0.957;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=1182;TCF=501;TCR=681;TR=967;WE=33798025;WS=33798006;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:215,1490:0.87:1705
chr9	33798037	.	T	C	11945.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.152;ClippingRankSum=0.000;DP=1387;ExcessHet=3.0103;FS=2.942;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.35;MQRankSum=-18.923;QD=8.64;ReadPosRankSum=0.549;SOR=0.969;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1027,355:0.26:1382
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chr9	33798073	.	C	T	12600.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.466;ClippingRankSum=0.000;DP=774;ExcessHet=3.0103;FS=1.244;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.57;MQRankSum=-14.881;QD=16.36;ReadPosRankSum=-2.489;SOR=0.812;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:436,334:0.43:770
chr9	33798073	.	CTT	TTC	2944	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;FR=0.5000;HP=3;HapScore=1;MGOF=95;MMLQ=28;MQ=56.7;NF=61;NR=196;PP=2944;QD=20;SC=ACACTCTGAGCTTTGGTGGTG;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=616;TCF=153;TCR=463;TR=257;WE=33798087;WS=33798063;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:359,257:0.42:616
chr9	33798075	.	T	C	12466.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.573;ClippingRankSum=0.000;DP=748;ExcessHet=3.0103;FS=0.586;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.55;MQRankSum=-14.801;QD=16.76;ReadPosRankSum=-2.201;SOR=0.764;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:426,318:0.43:744
chr9	33798079	rs144845866	T	C	1699.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.377;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=694;ExcessHet=3.0103;FS=0.728;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.38;MQRankSum=-10.838;QD=2.47;ReadPosRankSum=-1.077;SOR=0.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:544,145:0.21:689
chr9	33798112	.	C	T	2334.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-6.694;ClippingRankSum=0.000;DP=319;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.540;HP=5;HapScore=1;MGOF=86;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-12.439;NF=10;NR=106;PP=2410;ReadPosRankSum=-0.657;SC=TCTACTTCCCCCCATCCTCAC;SOR=1.334;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=305;TCF=30;TCR=275;TR=116;WE=33798120;WS=33798102;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:227,89:0.28:316
chr9	33799163	rs376841271	C	A	225.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.644;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=645;ExcessHet=3.0103;FS=2.309;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.89;MQRankSum=-24.574;QD=0.35;ReadPosRankSum=1.571;SOR=1.074;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:596,49:0.08:645
chr9	33799218	.	G	A	186.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.306;ClippingRankSum=0.000;DP=433;ExcessHet=3.0103;FS=5.130;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.60;MQRankSum=-19.475;QD=0.44;ReadPosRankSum=-2.266;SOR=0.661;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:385,35:0.08:420
chr9	33799224	.	C	G	190.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.585;ClippingRankSum=0.000;DP=399;ExcessHet=3.0103;FS=3.395;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.56;MQRankSum=-18.580;QD=0.49;ReadPosRankSum=-2.094;SOR=0.433;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:354,32:0.08:386
chr9	33799230	.	C	CTG	226.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.527;ClippingRankSum=0.000;DP=371;ExcessHet=3.0103;FS=3.492;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.83;MQRankSum=-18.025;QD=0.62;ReadPosRankSum=-1.942;SOR=0.439;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:336,30:0.08:366
chr9	33912102	rs71845301	G	GT	212.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.136;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=373;ExcessHet=3.0103;FS=1.399;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.09;MQRankSum=2.246;QD=0.73;ReadPosRankSum=0.141;SOR=0.839;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:239,51:0.18:290
chr9	33926692	rs2296364	G	A	4118.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.184;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=325;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.412;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=73;PP=2111;ReadPosRankSum=-1.234;SC=TGTATTTTAGGAACCACATAC;SOR=0.735;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=227;TCF=104;TCR=123;TR=133;WE=33926700;WS=33926682;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:131,190:0.59:321
chr9	33927899	rs307692	G	A	5367.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=66;NR=60;PP=2301;SC=GGACAGGCTGGCGCCTGAGGA;SOR=0.733;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=127;TCF=66;TCR=61;TR=126;WE=33927907;WS=33927889;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,204:1.00:204
chr9	33932688	rs307648	G	C	2441.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.969;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.089;HP=2;HapScore=4;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=43;PP=2221;ReadPosRankSum=-1.857;SC=TGAACAAGACGCACGTGGGTC;SOR=0.588;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=142;TCF=60;TCR=82;TR=77;WE=33932710;WS=33932678;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,117:0.57:207
chr9	33932702	rs307649	G	T	1796.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.774;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.562;HP=1;HapScore=4;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=39;PP=2221;ReadPosRankSum=-1.537;SC=GTGGGTCAGTGAGCTAGATTC;SOR=0.743;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=126;TCF=51;TCR=75;TR=65;WE=33932710;WS=33932678;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,89:0.52:171
chr9	33933705	rs874572	A	G	846.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.345;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.876;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=14;PP=284;ReadPosRankSum=0.440;SC=AATATGCTCAATATCTTGTGA;SOR=0.848;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=52;TCF=21;TCR=31;TR=22;WE=33933713;WS=33933695;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,42:0.55:76
chr9	33935736	rs307652	A	G	11846.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=448;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=144;NR=129;PP=2965;SC=TTTAACGAATAAGCCATTGAC;SOR=0.811;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=273;TCF=144;TCR=129;TR=273;WE=33935744;WS=33935726;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,445:1.00:445
chr9	33938793	rs10577457	CAA	C	928.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.450;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FS=8.363;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.45;MQRankSum=0.890;QD=14.74;ReadPosRankSum=-1.117;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,41:0.65:63
chr9	33939062	rs2307692	TCC	T	1309.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=1.127;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=29;PP=1055;ReadPosRankSum=0.879;SC=CATGGAAAGCTCCCCATTTTA;SOR=0.458;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=42;TCF=0;TCR=42;TR=29;WE=33939071;WS=33939052;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,33:0.72:46
chr9	33941759	rs307658	T	C	3018.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=1.981;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.645;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=48;PP=1548;ReadPosRankSum=-1.560;SC=ACTAGCAGAATTCAGTGATGA;SOR=0.585;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=131;TCF=57;TCR=74;TR=89;WE=33941767;WS=33941749;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:89,139:0.61:228
chr9	33941913	rs33950531	TA	T	155.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.774;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.16;ReadPosRankSum=1.146;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,13:0.76:17
chr9	33948652	rs307654	T	C	2005.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=38;PP=1095;SC=CTTTAAAACATATCAAGTATT;SOR=1.852;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=48;TCF=10;TCR=38;TR=48;WE=33948660;WS=33948642;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr9	33952629	rs16935299	T	C	112.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.406;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=2.199;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.94;ReadPosRankSum=-0.141;SOR=0.260;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,7:0.37:19
chr9	33960778	.	C	CA	180.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.009;ClippingRankSum=0.000;DP=439;ExcessHet=3.0103;FS=6.421;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.12;MQRankSum=4.943;QD=0.46;ReadPosRankSum=0.357;SOR=1.149;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:323,73:0.18:396
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chr9	33971740	rs3739690	A	G	5059.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-2.441;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=715;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=75;NR=112;PP=2519;ReadPosRankSum=2.424;SC=AATAGTCTGCAGGATTAAATG;SOR=0.655;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=447;TCF=175;TCR=272;TR=187;WE=33971748;WS=33971730;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:418,275:0.40:693
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chr9	34125385	.	A	C	742.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.088;ClippingRankSum=0.000;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.719;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=14;PP=305;ReadPosRankSum=3.474;SC=ATTTACAAACAACACAAATAC;SOR=0.810;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=79;TCF=31;TCR=48;TR=22;WE=34125393;WS=34125375;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,41:0.34:122
chr9	34211942	rs1556439	T	C	1860.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.427;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=29;PP=854;ReadPosRankSum=-0.194;SC=AAAAATAGAATATCACTGATA;SOR=0.685;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=106;TCF=54;TCR=52;TR=60;WE=34211950;WS=34211932;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,93:0.58:160
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chr9	34256347	rs10814083	C	T	5659.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=4.430;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=431;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.232;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=102;NR=75;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.888;SC=CAACTGGGCCCCCTGTGCTCT;SOR=0.930;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=324;TCF=174;TCR=150;TR=177;WE=34256355;WS=34256337;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:179,243:0.58:422
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chr9	34306410	rs17350674	C	A	3280.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.036;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=485;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.538;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=65;PP=1647;ReadPosRankSum=1.276;SC=CATCTCAGTCCAAGGATTCTG;SOR=0.734;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=303;TCF=132;TCR=171;TR=116;WE=34306418;WS=34306400;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:294,176:0.37:470
chr9	34310927	rs10972048	T	C	9811.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.799;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=814;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.528;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=144;NR=164;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.077;SC=TCTGGTAGCATGTGTTCTAGC;SOR=0.747;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=528;TCF=255;TCR=273;TR=308;WE=34310935;WS=34310917;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:319,473:0.60:792
chr9	34343033	rs143309441	G	GA	148.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.684;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FS=4.626;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.29;ReadPosRankSum=0.125;SOR=1.238;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:91,24:0.21:115
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chr9	34372783	rs4879781	G	C	8911.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=331;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=95;NR=118;PP=2965;SC=GCGGCTTCAGGTCTTTGGAAG;SOR=0.850;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=214;TCF=95;TCR=119;TR=213;WE=34372791;WS=34372773;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,326:1.00:326
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chr9	34381192	rs3753033	C	A	1968.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=2.922;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.720;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=50;PP=1429;ReadPosRankSum=1.901;SC=GGGAAGAGGCCGAGTCACGGA;SOR=0.392;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=111;TCF=31;TCR=80;TR=72;WE=34381200;WS=34381182;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,78:0.61:128
chr9	34382726	rs3808876	A	G	1853.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.273;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.068;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=23;PP=1006;ReadPosRankSum=-0.191;SC=CAGTCCCCAGACGTCTGTGCT;SOR=0.989;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=109;TCF=64;TCR=45;TR=62;WE=34382734;WS=34382716;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,84:0.59:142
chr9	34397545	rs11790577	A	G	7999.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.854;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=301;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=99;NR=107;PP=2965;ReadPosRankSum=1.807;SC=GTGGGTCCTTATAGACCTCCT;SOR=0.756;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=206;TCF=99;TCR=107;TR=206;WE=34397553;WS=34397535;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,295:0.99:297
chr9	34402173	rs10738926	A	G	1696.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=38;NR=13;PP=1176;SC=ACAGCAGACAACGCAGGCCCC;SOR=2.107;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=51;TCF=38;TCR=13;TR=51;WE=34402181;WS=34402163;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
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chr9	34500879	rs10814116	C	T	648.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-2.263;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.129;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=13;PP=284;ReadPosRankSum=-0.924;SC=CCCTGAGTGCCCTCTACATCC;SOR=0.293;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=42;TCF=10;TCR=32;TR=17;WE=34500887;WS=34500869;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,30:0.55:55
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chr9	34637690	rs1800866	T	G	2946.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=0.695;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.174;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=66;PP=1677;ReadPosRankSum=0.738;SC=CACGGCCCACTGCATCCCGGC;SOR=0.588;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=160;TCF=54;TCR=106;TR=101;WE=34637698;WS=34637680;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,131:0.65:203
chr9	34650279	rs56121779	C	CA	324.74	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.463;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.17;MQRankSum=0.000;QD=7.55;ReadPosRankSum=-1.267;SOR=0.551;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,28:0.65:43
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chr9	34655734	rs11575576	G	T	1128.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.037;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.005;HP=7;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=23;PP=529;ReadPosRankSum=-0.715;SC=CTCATGTCCCGCCCCTCCCAT;SOR=0.476;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=101;TCF=41;TCR=60;TR=40;WE=34655742;WS=34655724;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,60:0.40:150
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chr9	34665586	.	T	C	2211.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.61;BaseQRankSum=5.476;ClippingRankSum=0.000;DP=207;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=39;PP=1206;ReadPosRankSum=1.230;SC=TGGTTCCTCCTCCGCAGAACC;SOR=0.660;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=99;TCF=28;TCR=71;TR=51;WE=34665594;WS=34665576;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:93,104:0.53:197
chr9	34725368	rs151104708	A	G	148.03	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.180;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=8.451;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=44.22;MQRankSum=-1.465;QD=21.15;ReadPosRankSum=-1.465;SOR=3.897;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,6:0.86:7
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chr9	34726418	rs2937382	T	C	54.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.567;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=393;ExcessHet=3.0103;FS=20.715;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.18;MQRankSum=-9.736;QD=0.14;ReadPosRankSum=-1.872;SOR=1.682;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:345,42:0.11:387
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chr9	34726671	rs1854574	G	A	1603.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=1.201;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.680;NF=32;NR=23;PP=1007;ReadPosRankSum=1.606;SC=ATCTGCATACGTTGACTGGGC;SOR=0.629;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=80;TCF=48;TCR=32;TR=55;WE=34726679;WS=34726661;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,65:0.66:99
chr9	34727001	rs12343844	C	T	6068.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.212;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=927;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=83;NR=120;PP=2479;ReadPosRankSum=1.217;SC=AAGGGAAACACGGCAAAATTA;SOR=0.658;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=573;TCF=234;TCR=339;TR=203;WE=34727009;WS=34726991;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:579,341:0.37:920
chr9	34727016	rs12348612	T	C	5440.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.467;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=821;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.542;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=75;NR=118;PP=2079;ReadPosRankSum=-0.129;SC=AAATTAACGATGGAGTGACAT;SOR=0.648;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=530;TCF=205;TCR=325;TR=193;WE=34727024;WS=34727006;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:509,305:0.37:814
chr9	34728065	rs75766630	G	A	860.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.034;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=13;PP=324;ReadPosRankSum=-0.004;SC=GCTTCTTCCCGGGAACGTCTC;SOR=0.706;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=66;TCF=34;TCR=32;TR=27;WE=34728073;WS=34728055;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,47:0.43:110
chr9	34729392	rs12337278	A	G	842.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-0.584;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.463;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-3.062;NF=6;NR=26;PP=595;ReadPosRankSum=-1.136;SC=AGGGATATCCAACTTCCCACA;SOR=0.362;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=73;TCF=11;TCR=62;TR=32;WE=34729400;WS=34729382;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,36:0.44:81
chr9	34977759	rs2297647	C	T	3963.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-2.933;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=313;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.919;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=94;PP=2301;ReadPosRankSum=0.599;SC=AGAAACCAGGCTCCAAGAGTG;SOR=0.630;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=228;TCF=79;TCR=149;TR=148;WE=34977767;WS=34977749;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:116,187:0.62:303
chr9	34990427	.	A	T	2344.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.348;ClippingRankSum=0.000;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.893;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=22;PP=1030;ReadPosRankSum=-0.083;SC=ACAGCCAGCCAGACACTGCTG;SOR=0.549;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=111;TCF=75;TCR=36;TR=65;WE=34990435;WS=34990417;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,108:0.59:184
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chr9	35043291	rs615474	G	T	14169.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=527;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=190;NR=159;PP=2965;SC=CCTCTGAAGTGGTCTGTTTGT;SOR=0.819;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=349;TCF=190;TCR=159;TR=349;WE=35043299;WS=35043281;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,519:1.00:519
chr9	35060302	rs684562	T	C	4726.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=74;NR=45;PP=2470;SC=CAGCCTATTGTAGCTCACCTT;SOR=1.065;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=119;TCF=74;TCR=45;TR=119;WE=35060310;WS=35060292;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,174:1.00:174
chr9	35060746	rs562381	A	G	6575.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=249;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=95;NR=60;PP=2965;SC=GATCACCCAGATCAATTACAA;SOR=1.046;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=155;TCF=95;TCR=60;TR=155;WE=35060754;WS=35060736;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,241:1.00:241
chr9	35060955	rs2258240	T	C	7627.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=283;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=97;NR=89;PP=2965;SC=ATGAGACTTATCAAGGGAGGG;SOR=0.769;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=187;TCF=98;TCR=89;TR=186;WE=35060963;WS=35060945;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,272:1.00:272
chr9	35061693	rs11272867	G	GACAGTACACAA	9476.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=264;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=9;NR=51;PP=2900;SC=CGACCTGTGGGACAGTACACA;SOR=1.129;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=86;TCF=11;TCR=75;TR=60;WE=35061701;WS=35061683;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,206:1.00:206
chr9	35062972	rs514492	C	T	7513.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=293;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=87;NR=88;PP=2965;SC=CCAAATATCTCACCATTGATC;SOR=0.693;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=176;TCF=88;TCR=88;TR=175;WE=35062980;WS=35062962;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,288:1.00:288
chr9	35066579	rs35504855	T	TA	763.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.466;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FS=8.019;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.30;MQRankSum=0.683;QD=11.07;ReadPosRankSum=0.775;SOR=1.775;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,47:0.68:69
chr9	35068201	rs10972300	C	T	1571.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.140;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.760;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=32;PP=1175;ReadPosRankSum=-1.442;SC=GGGAAAATCCCTCAAGTAAGT;SOR=0.820;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=91;TCF=39;TCR=52;TR=55;WE=35068209;WS=35068191;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,60:0.59:101
chr9	35074917	rs587118	T	C	2230.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=3.562;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=319;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=31;PP=1179;ReadPosRankSum=1.640;SC=CATGCAAGTATACATACCTGG;SOR=0.680;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=213;TCF=124;TCR=89;TR=75;WE=35074925;WS=35074907;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:202,115:0.36:317
chr9	35077203	rs17885726	G	A	2392.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.256;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=49;PP=1528;ReadPosRankSum=-1.957;SC=CAAGAGAGAGGGCATGAGTCT;SOR=0.742;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=147;TCF=63;TCR=84;TR=85;WE=35077211;WS=35077193;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,102:0.59:172
chr9	35077441	rs554098	T	C	9876.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=379;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=91;NR=119;PP=2965;SC=TACAACCTCCTCGTCTTCTCC;SOR=0.879;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=212;TCF=92;TCR=120;TR=210;WE=35077449;WS=35077431;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,372:1.00:372
chr9	35079361	rs504082	G	T	24570.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=3.423;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=936;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=316;NR=256;PP=2965;ReadPosRankSum=1.693;SC=CCTCCCCATCGGTTGGGGTAA;SOR=0.192;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=582;TCF=318;TCR=264;TR=572;WE=35079369;WS=35079351;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:5,923:0.99:928
chr9	35089048	rs556766	A	C	3078.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=74;NR=13;PP=2196;SC=CACTGTTCTCAAGCACTCTCT;SOR=3.148;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=87;TCF=74;TCR=13;TR=87;WE=35089056;WS=35089038;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr9	35090782	rs505297	A	C	1542.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=14;NR=33;PP=986;SC=TACACACTCAAATGCCTATCA;SOR=1.697;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=48;TCF=14;TCR=34;TR=47;WE=35090790;WS=35090772;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr9	35091880	rs10814196	C	T	6736.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-2.132;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=645;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=103;NR=117;PP=2962;ReadPosRankSum=-2.246;SC=CTCCATACCACAAATTCTTGG;SOR=0.737;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=423;TCF=204;TCR=219;TR=220;WE=35091888;WS=35091870;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:307,328:0.52:635
chr9	35093020	rs568300	T	C	1112.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-1.614;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=15.883;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=11;PP=638;ReadPosRankSum=-0.978;SC=CCAGCCCGCTTACCTACCTGC;SOR=0.120;SbPval=0.16;Source=Platypus;TC=102;TCF=83;TCR=19;TR=41;WE=35093028;WS=35093010;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,51:0.43:120
chr9	35100002	rs664357	T	C	6295.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=244;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=97;NR=63;PP=2965;SC=GCTTCCTTGTTCCCAGACTCC;SOR=1.070;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=160;TCF=97;TCR=63;TR=160;WE=35100010;WS=35099992;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,234:1.00:234
chr9	35100569	rs586017	A	G	1119.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=29;NR=2;PP=857;SC=CCAGTGCTCTATGCTGGGTCC;SOR=4.174;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=31;TCF=29;TCR=2;TR=31;WE=35100577;WS=35100559;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr9	35101383	rs34240345	GCA	G	10991.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=255;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=25;NR=107;PP=2957;SC=TGGTACTGGAGCACCCTGAGG;SOR=1.007;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=133;TCF=25;TCR=108;TR=132;WE=35101392;WS=35101373;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,246:1.00:246
chr9	35101870	rs693325	C	G	8614.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.985;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=316;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=101;NR=106;PP=2965;ReadPosRankSum=0.741;SC=GAGGGCAACTCAAAAGGCTGG;SOR=0.700;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=209;TCF=102;TCR=107;TR=207;WE=35101878;WS=35101860;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,307:0.99:309
chr9	35107316	.	CAA	C	197.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=6.166;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.37;MQRankSum=0.849;QD=7.91;ReadPosRankSum=-0.368;SOR=2.712;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,10:0.40:25
chr9	35107765	rs13287211	C	A	5279.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-3.862;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=651;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=92;NR=109;PP=2633;ReadPosRankSum=0.928;SC=CCCCCAGGGACCCCTGTCCCC;SOR=0.718;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=430;TCF=196;TCR=234;TR=201;WE=35107773;WS=35107755;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:348,291:0.46:639
chr9	35107858	rs7039828	C	T	11614.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=427;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=116;NR=155;PP=2965;SC=TCCAGGCCCCCGAAGTCCAAG;SOR=0.921;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=272;TCF=117;TCR=155;TR=271;WE=35107866;WS=35107848;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,426:1.00:426
chr9	35259202	rs68023360	GCTGT	G	495.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.058;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.071;NF=0;NR=8;PP=282;ReadPosRankSum=-1.683;SC=TTCTCTGATGGCTGTCTATCT;SOR=0.324;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=0;TCR=20;TR=8;WE=35259213;WS=35259192;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,14:0.50:28
chr9	35295984	rs661712	T	C	788.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.575;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.814;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=23;PP=512;ReadPosRankSum=2.016;SC=CATGATGCAATTGGCAAGAAG;SOR=0.872;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=71;TCF=20;TCR=51;TR=31;WE=35295992;WS=35295974;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,39:0.38:102
chr9	35364644	.	ATG	A	115.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.945;ClippingRankSum=0.000;DP=83;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.84;ReadPosRankSum=-2.997;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:53,10:0.16:63
chr9	35378401	rs55720245	C	T	6167.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-1.565;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=534;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=85;NR=82;PP=2362;ReadPosRankSum=0.985;SC=TTTTTGGAAACTTGAATCCTG;SOR=0.693;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=300;TCF=152;TCR=148;TR=167;WE=35378409;WS=35378391;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:228,302:0.57:530
chr9	35381504	rs2281999	C	T	2938.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.931;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=318;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.885;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=37;PP=1645;ReadPosRankSum=-0.031;SC=TTGTTTTTGTCTTTCATATGT;SOR=0.803;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=209;TCF=130;TCR=79;TR=101;WE=35381512;WS=35381494;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:172,143:0.45:315
chr9	35382559	rs199694785	AT	A	209.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.535;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FS=4.259;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.14;MQRankSum=1.126;QD=2.28;ReadPosRankSum=0.206;SOR=0.287;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:62,30:0.33:92
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chr9	35546735	rs1535422	A	G	20101.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=734;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=238;NR=211;PP=2965;SC=CCTGCACTCTACTCCAGGAGG;SOR=0.750;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=455;TCF=238;TCR=217;TR=449;WE=35546743;WS=35546725;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,722:1.00:722
chr9	35555823	rs946483	T	C	1865.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=42;NR=15;PP=1348;SC=CATCCCTCCCTCAGCATCTGT;SOR=2.056;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=57;TCF=42;TCR=15;TR=57;WE=35555831;WS=35555813;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr9	35556250	rs870978	G	C	4719.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=77;NR=53;PP=2965;SC=CACTGAACTGGCCTGGAACTC;SOR=1.082;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=130;TCF=77;TCR=53;TR=130;WE=35556258;WS=35556240;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,161:1.00:161
chr9	35556527	rs150786704	A	ACCTCTAAGTGCTGGCTGGGC	2345.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=16;PP=2900;SC=CCAGTCTGAAACCTCTAAGTG;SOR=2.746;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=48;TCF=1;TCR=47;TR=17;WE=35556535;WS=35556517;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr9	35559213	rs2295842	C	T	6072.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.629;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=435;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.545;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=100;NR=82;PP=2731;ReadPosRankSum=0.142;SC=CTTCACCTGTCTCCCTACAGC;SOR=0.736;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=272;TCF=149;TCR=123;TR=182;WE=35559221;WS=35559203;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:149,281:0.65:430
chr9	35559369	rs4879906	G	A	846.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=2.623;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.430;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=29;PP=567;ReadPosRankSum=-0.591;SC=GGTGGGGAGGGGGACCACACA;SOR=1.025;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=121;TCF=38;TCR=83;TR=39;WE=35559377;WS=35559359;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:103,45:0.30:148
chr9	35559905	rs12338773	T	C	1445.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=2.415;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.894;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=7;PP=900;ReadPosRankSum=-1.807;SC=TACATGCAAGTTGACTAGTGC;SOR=0.507;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=98;TCF=84;TCR=14;TR=47;WE=35559913;WS=35559895;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,60:0.50:120
chr9	35561912	.	CCCCACCCT	C	151	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;FR=0.5000;HP=4;HapScore=1;MGOF=13;MMLQ=23;MQ=60.0;NF=0;NR=3;PP=151;QD=55.3333333333;SC=CTTTGTGTTCCCCCACCCTCC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=0;TCR=17;TR=3;WE=35561927;WS=35561902;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:14,3:0.18:17
chr9	35562328	rs5897609	TACAA	T	2080.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.595;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FS=1.258;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.06;MQRankSum=1.408;QD=11.96;ReadPosRankSum=0.747;SOR=0.806;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:115,59:0.34:174
chr9	35562549	rs755774	G	A	3715.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.991;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=512;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.532;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=73;NR=55;PP=1634;ReadPosRankSum=-0.987;SC=GGAAGCGGGCGCAGGGCACAT;SOR=0.631;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=348;TCF=199;TCR=149;TR=128;WE=35562557;WS=35562539;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:298,199:0.40:497
chr9	35606738	rs7028425	C	G	821.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=2.822;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.239;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=6;PP=660;ReadPosRankSum=0.536;SC=CCTATGACCTCTGTGATCCTC;SOR=0.976;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=54;TCF=45;TCR=9;TR=34;WE=35606746;WS=35606728;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,32:0.55:58
chr9	35606884	rs2275422	G	A	3457.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.102;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=269;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.456;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=48;PP=1657;ReadPosRankSum=-1.434;SC=CTGAACCCCTGTCCTGGCCGG;SOR=0.737;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=174;TCF=93;TCR=81;TR=103;WE=35606892;WS=35606874;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:105,160:0.60:265
chr9	35610523	rs71940749	CCCCTGCTCTGAGT	C	703.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=2.772;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=14.308;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=1;PP=2975;ReadPosRankSum=1.661;SC=GGCCCCTGGGCCCCTGCTCTG;SOR=3.091;SbPval=0.96;Source=Platypus;TC=35;TCF=28;TCR=7;TR=15;WE=35610543;WS=35610513;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,20:0.38:53
chr9	35610912	rs4879913	A	G	578.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=2.128;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=21;PP=467;ReadPosRankSum=-0.038;SC=ACTAAAACAGACTTTAGAACC;SOR=0.606;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=67;TCF=16;TCR=51;TR=29;WE=35610920;WS=35610902;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,27:0.42:65
chr9	35615896	rs869487	C	G	1115.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=0.320;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.117;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=6;PP=797;ReadPosRankSum=1.635;SC=TATCTCCTTGCTCCAATCCAT;SOR=0.494;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=76;TCF=65;TCR=11;TR=39;WE=35615904;WS=35615886;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,44:0.52:85
chr9	35616583	rs2095858	A	T	2572.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.384;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=292;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.178;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=37;PP=907;ReadPosRankSum=-1.096;SC=GGAAGTAGGGACAGCCTTACT;SOR=0.617;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=164;TCF=86;TCR=78;TR=71;WE=35616591;WS=35616573;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:159,133:0.46:292
chr9	35618523	rs10814260	G	A	3849.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.327;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=334;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=73;PP=1874;ReadPosRankSum=0.931;SC=GGGCCAGAGGGGCCACGGAGG;SOR=0.693;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=215;TCF=69;TCR=146;TR=106;WE=35618531;WS=35618513;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:156,172:0.52:328
chr9	35650458	rs2297880	G	A	13902.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=511;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=189;NR=153;PP=2965;SC=CTCGGTAAGAGAGAACTCTCA;SOR=0.861;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=342;TCF=189;TCR=153;TR=342;WE=35650466;WS=35650448;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,499:1.00:499
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chr9	35663228	rs10814266	G	C	2086.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.151;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.165;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=32;PP=957;ReadPosRankSum=-0.804;SC=GTGGAAGATAGGGTCATACCA;SOR=0.572;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=125;TCF=68;TCR=57;TR=69;WE=35663236;WS=35663218;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,100:0.55:181
chr9	35664624	rs1361338	C	A	659.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-2.565;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.813;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=13;PP=352;ReadPosRankSum=-0.113;SC=ATGCTAAGGCCCTGGGCCAAG;SOR=0.509;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=67;TCF=31;TCR=36;TR=26;WE=35664632;WS=35664614;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,34:0.42:81
chr9	35674053	rs2071676	G	A	7797.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.103;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=592;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.530;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=106;NR=116;PP=2962;ReadPosRankSum=1.313;SC=GCTGCTTCTGGTGCCTGTCCA;SOR=0.745;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=370;TCF=179;TCR=191;TR=222;WE=35674061;WS=35674043;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:234,355:0.60:589
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chr9	35677711	rs35212337	AC	A	871.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=0.568;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.958;HP=6;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=2.011;NF=17;NR=8;PP=592;ReadPosRankSum=0.900;SC=GTCTATGGGAACCCCCCTTCA;SOR=1.000;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=60;TCF=36;TCR=24;TR=25;WE=35677719;WS=35677692;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,37:0.44:85
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chr9	35801856	rs7034957	C	A	11470.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-2.222;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=998;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.100;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=164;NR=159;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.937;SC=TAATGATAGCCCCTGCACTAC;SOR=0.635;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=597;TCF=296;TCR=301;TR=323;WE=35801864;WS=35801846;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:440,549:0.56:989
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chr9	35802583	rs5812	C	T	7006.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.345;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=541;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.783;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=91;NR=118;PP=2962;ReadPosRankSum=-2.108;SC=TCACTGAATACTGTCCTCGTG;SOR=0.838;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=352;TCF=162;TCR=190;TR=209;WE=35802591;WS=35802573;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:207,326:0.61:533
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chr9	35807542	rs13294264	C	T	733.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.658;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=20;PP=426;ReadPosRankSum=-1.427;SC=GAGTGTACTTCGTAGACAGAT;SOR=0.454;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=34;TCF=4;TCR=30;TR=23;WE=35807550;WS=35807532;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,29:0.73:40
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chr9	35825541	rs201802596	TTTC	T	186.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.642;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FS=2.149;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.04;ReadPosRankSum=-0.194;SOR=1.047;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:163,17:0.09:180
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chr9	35826058	rs13294256	T	C	1998.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.834;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.025;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=37;PP=878;ReadPosRankSum=-0.632;SC=TTCAGAGATATGGTTCTCCTG;SOR=1.019;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=97;TCF=41;TCR=56;TR=57;WE=35826066;WS=35826048;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,93:0.61:153
chr9	35829390	rs2381409	C	T	1178.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=13;NR=21;PP=740;SC=GAGCCGCGGGCCAGCTCTGCG;SOR=1.203;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=35;TCF=13;TCR=22;TR=34;WE=35829398;WS=35829380;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr9	35834942	rs2236291	T	G	1882.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.103;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FS=4.430;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.76;ReadPosRankSum=-0.148;SOR=0.441;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:119,96:0.45:215
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chr9	35841783	rs2236293	G	A	4732.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.529;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=551;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.526;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=75;PP=2133;ReadPosRankSum=-0.773;SC=CTGTGTGTGCGGTTGCAAGGT;SOR=0.769;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=336;TCF=162;TCR=174;TR=140;WE=35841791;WS=35841773;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:311,236:0.43:547
chr9	35842301	rs2236294	G	A	2461.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=3.687;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.343;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=68;NR=24;PP=1647;ReadPosRankSum=0.745;SC=CACTCTTTGCGAAATCCTGTC;SOR=1.027;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=158;TCF=114;TCR=44;TR=92;WE=35842309;WS=35842291;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:94,108:0.53:202
chr9	35845929	rs7848557	A	C	2323.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=39;NR=19;PP=1283;SC=GTGGGTGGAGATGGAGGATGT;SOR=1.275;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=58;TCF=39;TCR=19;TR=58;WE=35845937;WS=35845919;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr9	35852670	rs12346647	T	C	644.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.238;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=2;PP=417;ReadPosRankSum=1.359;SC=TTCTCAGGATTTGGGGAGTCA;SOR=0.651;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=33;TCF=30;TCR=3;TR=21;WE=35852678;WS=35852663;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,25:0.68:37
chr9	35870001	rs7044405	T	C	6890.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.939;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=505;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.790;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=122;NR=88;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.692;SC=CATGAGCACGTGGTACCTGAG;SOR=0.852;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=331;TCF=187;TCR=144;TR=210;WE=35870009;WS=35869991;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:187,306:0.62:493
chr9	35906471	rs76452347	C	T	4844.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.226;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=423;ExcessHet=3.0103;FS=0.525;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.62;ReadPosRankSum=-0.097;SOR=0.653;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:182,235:0.56:417
chr9	35906519	rs79284865	G	A	3817.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.316;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=393;ExcessHet=3.0103;FS=1.272;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.98;MQRankSum=0.000;QD=10.40;ReadPosRankSum=-2.533;SOR=0.625;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:174,193:0.53:367
chr9	35906601	.	C	CCCACCGCCACCCCCACCACACCCCTCACCACCTCCACCACCACCACCCCCACCACACCCCTCACCACCTCCACCACCACCACCACCACCA	2211.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.638;ClippingRankSum=0.000;DP=137;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.60;MQRankSum=-2.554;QD=26.02;ReadPosRankSum=-1.444;SOR=0.203;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:58,27:0.32:85
chr9	35910690	rs10491554	G	A	2963.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.954;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=409;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=58;PP=1351;ReadPosRankSum=0.455;SC=TTCATGTGACGCCCGAGTCCC;SOR=0.733;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=237;TCF=102;TCR=135;TR=101;WE=35910698;WS=35910680;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:246,158:0.39:404
chr9	35910801	rs10814296	G	A	652.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.652;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=22;PP=396;ReadPosRankSum=-0.180;SC=TTCCCCTCCAGTAACCTGTGA;SOR=0.593;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=81;TCF=23;TCR=58;TR=31;WE=35910809;WS=35910791;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,35:0.36:96
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chr9	35957669	rs2233564	T	C	14577.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.806;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=562;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=178;NR=192;PP=2965;ReadPosRankSum=2.394;SC=GCCATGGGCATGTAGGCAGCC;SOR=0.737;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=373;TCF=180;TCR=193;TR=370;WE=35957677;WS=35957659;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,552:1.00:554
chr9	35958047	rs2233558	T	C	15817.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.570;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=601;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=159;NR=216;PP=2965;ReadPosRankSum=1.010;SC=GCAGAGAGCCTCAGGAGAACG;SOR=0.316;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=376;TCF=159;TCR=217;TR=375;WE=35958055;WS=35958037;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,595:1.00:596
chr9	36037065	rs201017437	G	T	2140.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.698;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=298;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.947;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=29;PP=973;ReadPosRankSum=-0.796;SC=GGTCGCGGAGGTGGCAGGGGG;SOR=0.930;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=181;TCF=98;TCR=83;TR=72;WE=36037077;WS=36037042;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:180,115:0.39:295
chr9	36063688	rs10814326	A	G	702.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=3.675;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=4;PP=522;ReadPosRankSum=0.911;SC=CAGTTTTCTTATGGACAGCTG;SOR=0.619;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=56;TCF=48;TCR=8;TR=27;WE=36063696;WS=36063678;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,28:0.48:58
chr9	36063743	rs942478	C	G	4352.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=75;NR=39;PP=2087;SC=CATGCTATCTCTTTTTATTGC;SOR=1.179;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=120;TCF=75;TCR=45;TR=114;WE=36063751;WS=36063733;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,163:1.00:163
chr9	36105264	rs11788747	A	G	2359.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-2.090;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=330;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.679;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=42;PP=999;ReadPosRankSum=-1.063;SC=CCTGTCTTCCATACTTTTGTG;SOR=0.517;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=210;TCF=97;TCR=113;TR=85;WE=36105272;WS=36105254;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:193,132:0.41:325
chr9	36109947	rs10972726	C	A	2134.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.574;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=315;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQ=60.03;MQRankSum=-0.775;NF=50;NR=35;PP=1215;ReadPosRankSum=1.638;SC=CTTTCTGTTTCTGTCAGGTCA;SOR=0.680;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=204;TCF=123;TCR=81;TR=85;WE=36109955;WS=36109937;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:190,116:0.38:306
chr9	36110063	rs10972727	T	A	1810.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-2.603;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.953;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=33;PP=768;ReadPosRankSum=-0.685;SC=AAGATGACCGTCGTACCTTCA;SOR=0.446;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=138;TCF=50;TCR=88;TR=56;WE=36110071;WS=36110053;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:112,92:0.45:204
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chr9	36117210	rs2274521	C	G	2829.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.541;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=63;PP=1527;ReadPosRankSum=-1.226;SC=AAGTACACTACGGATAAAATT;SOR=0.648;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=136;TCF=37;TCR=99;TR=87;WE=36117218;WS=36117200;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,122:0.65:187
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chr9	36136566	rs16932974	A	C	670.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=1.561;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.342;HP=3;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=3;PP=304;ReadPosRankSum=-1.359;SC=GCAGTCGCGGAGCTGCTTCCC;SOR=1.112;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=22;TCF=17;TCR=5;TR=15;WE=36136574;WS=36136556;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,20:0.53:38
chr9	36136587	rs3739614	T	G	620.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.449;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.267;HP=2;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=5;PP=264;ReadPosRankSum=-0.614;SC=AGGGGTGAGCTCTCCGGGAGG;SOR=1.015;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=26;TCF=18;TCR=8;TR=17;WE=36136595;WS=36136577;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,18:0.45:40
chr9	36141817	.	AT	A	100.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.736;ClippingRankSum=0.000;DP=229;ExcessHet=3.0103;FS=4.897;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.05;MQRankSum=2.250;QD=0.46;ReadPosRankSum=1.424;SOR=1.198;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:171,47:0.22:218
chr9	36151164	rs2277172	G	A	63.79	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=1.150;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=0.5103;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=4;PP=65;ReadPosRankSum=-0.674;SC=TCCCTCTGAGGGCCACCAGCT;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=4;WE=36151172;WS=36151154;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,3:0.75:4
chr9	36162226	rs71531216	C	T	494.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.988;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.091;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=3;PP=288;ReadPosRankSum=-1.082;SC=CCTTCCCCTGCAGGGGGTCTG;SOR=1.514;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=38;TCF=30;TCR=8;TR=18;WE=36162234;WS=36162216;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,23:0.50:46
chr9	36216324	.	A	ATGTGTGTGTGTGTGTGTGTG	632.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.432;ClippingRankSum=0.000;DP=112;ExcessHet=3.0103;FS=11.600;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.94;ReadPosRankSum=1.456;SOR=2.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,19:0.36:53
chr9	36276857	rs7875447	A	G	2815.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.212;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=263;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=37;PP=1504;ReadPosRankSum=-1.031;SC=TGCAATTTCAATAATAAAGCT;SOR=0.680;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=184;TCF=118;TCR=66;TR=102;WE=36276865;WS=36276847;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:121,135:0.53:256
chr9	36369646	rs59794829	CAA	C,CA	3258.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.463;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FS=2.458;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.06;MQRankSum=0.309;QD=18.73;ReadPosRankSum=-0.710;SOR=0.428;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:13,84,77:0.48,0.44:174
chr9	36372737	rs12001805	C	A	332.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=10;PP=273;SC=TTTCAAAGAACTCAAAGCTAA;SOR=1.981;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=3;TCR=10;TR=13;WE=36372745;WS=36372727;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr9	36378853	rs12379930	G	A	2661.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.304;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.05;MQRankSum=0.860;QD=12.56;ReadPosRankSum=-1.341;SOR=0.700;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:89,123:0.58:212
chr9	36378901	rs35905528	C	CT	1010.92	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.988;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FS=1.326;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.10;MQRankSum=0.000;QD=13.30;ReadPosRankSum=0.346;SOR=0.425;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,63:0.83:76
chr9	36669228	rs3780133	C	A	998.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=18;NR=9;PP=497;SC=AATGTGATACCTGCATTATTA;SOR=1.329;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=27;TCF=18;TCR=9;TR=27;WE=36669236;WS=36669218;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr9	36674842	rs2274473	C	T	4362.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.938;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.472;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=72;NR=39;PP=2080;ReadPosRankSum=-1.105;SC=TTCACTATAACGTGACTACAA;SOR=0.991;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=112;TCF=73;TCR=39;TR=111;WE=36674850;WS=36674832;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,168:0.98:171
chr9	36840623	rs3780135	G	A	7242.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.046;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=278;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.463;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=114;NR=88;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.383;SC=CGCTATAATAGTAGGGGGAGC;SOR=0.564;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=203;TCF=114;TCR=89;TR=202;WE=36840631;WS=36840613;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,272:1.00:273
chr9	36864066	rs4378045	G	A	393.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.200;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=7;PP=291;ReadPosRankSum=-1.190;SC=AGATTGCACCGCTACATTCCA;SOR=0.859;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=43;TCF=32;TCR=11;TR=21;WE=36864074;WS=36864056;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,19:0.59:32
chr9	36864119	rs4289895	A	G	467.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.976;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.824;HP=7;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=11;PP=321;ReadPosRankSum=-0.222;SC=CCGCCCCCCCAATAAAAGTGC;SOR=0.322;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=51;TCF=24;TCR=27;TR=17;WE=36864127;WS=36864109;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,28:0.44:64
chr9	36882264	.	TAC	T	1477.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.625;ClippingRankSum=0.000;DP=141;ExcessHet=3.0103;FS=6.505;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.15;MQRankSum=1.216;QD=15.39;ReadPosRankSum=-1.928;SOR=0.182;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,59:0.61:96
chr9	37020622	rs2297105	A	C	4209.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=2.865;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=322;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.898;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=77;NR=38;PP=2002;ReadPosRankSum=1.180;SC=GCCTCGAGCTACTGCCTTTAC;SOR=0.832;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=200;TCF=127;TCR=73;TR=115;WE=37020630;WS=37020612;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:135,186:0.58:321
chr9	37302155	rs10814518	C	T	542.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.875;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.43;ReadPosRankSum=0.610;SOR=0.757;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:65,35:0.35:100
chr9	37304168	rs11422051	A	AT	1891.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.495;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=280;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.634;HP=9;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQ=60.04;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=29;PP=827;ReadPosRankSum=2.345;SC=TTAATTCTTGATTTTTTTTTC;SOR=0.497;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=175;TCF=87;TCR=88;TR=59;WE=37304176;WS=37304158;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:158,115:0.42:273
chr9	37305829	rs3837244	GATAT	G	791.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=0.931;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.246;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=30;PP=929;ReadPosRankSum=-1.456;SC=TACTCCGTGAGATATATATAT;SOR=1.402;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=61;TCF=1;TCR=60;TR=31;WE=37305840;WS=37305819;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,22:0.45:49
chr9	37305852	rs3780333	A	G	400.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-0.117;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=31;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=18;PP=363;ReadPosRankSum=-0.665;SC=ATATATAGTCATGTCCATTTT;SOR=0.275;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=50;TCF=2;TCR=48;TR=19;WE=37305860;WS=37305842;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,18:0.36:50
chr9	37426524	rs2736664	C	T	14070.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-3.329;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=549;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=160;NR=147;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.729;SC=CACCAGATGTCTGATTCGTAG;SOR=0.750;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=309;TCF=161;TCR=148;TR=307;WE=37426532;WS=37426514;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,539:1.00:541
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chr9	37486603	rs1571234	A	G	8165.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.636;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1120;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.536;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=131;NR=138;PP=2962;ReadPosRankSum=1.720;SC=CCCCATTCTGACACTCCCTCC;SOR=0.622;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=653;TCF=304;TCR=349;TR=269;WE=37486611;WS=37486593;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:674,438:0.39:1112
chr9	37486629	rs192323920	C	G	12021.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.924;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=939;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.123;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=143;NR=197;PP=2962;ReadPosRankSum=1.109;SC=ACAGTCTAGTCCCACCGTACA;SOR=0.785;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=602;TCF=266;TCR=336;TR=340;WE=37486637;WS=37486619;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:380,547:0.59:927
chr9	37486916	rs913278	G	C	1202.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=3;NR=35;PP=977;SC=AGCAAATGGAGCTTTGAAGAA;SOR=4.407;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=38;TCF=3;TCR=35;TR=38;WE=37486924;WS=37486906;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr9	37488009	rs10758432	C	T	1301.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-2.389;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.081;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=47;PP=1062;ReadPosRankSum=1.071;SC=ACTGCTGTTTCCTGTCTGTTT;SOR=1.566;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=89;TCF=10;TCR=79;TR=52;WE=37488017;WS=37487999;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,52:0.54:96
chr9	37489232	.	CA	C	30.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.625;ClippingRankSum=0.000;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=2.863;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.57;ReadPosRankSum=0.583;SOR=1.154;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,13:0.24:54
chr9	37489298	rs3758223	T	C	2475.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.865;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.736;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=22;PP=1368;ReadPosRankSum=-0.529;SC=TTGTATTATTTCTTCTTTATT;SOR=0.994;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=154;TCF=103;TCR=51;TR=77;WE=37489306;WS=37489288;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:101,119:0.54:220
chr9	37489562	rs7860865	C	T	852.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-4.597;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.708;NF=3;NR=26;PP=618;ReadPosRankSum=1.131;SC=TTTATATACACACTGTTTTTT;SOR=0.527;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=46;TCF=4;TCR=42;TR=29;WE=37489570;WS=37489552;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,34:0.64:53
chr9	37492367	rs10758433	C	T	3133.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=2.179;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=271;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.373;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=38;PP=1244;ReadPosRankSum=0.945;SC=GGTGAACTGACCTGGGGCAAG;SOR=0.571;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=135;TCF=70;TCR=65;TR=76;WE=37492375;WS=37492357;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:118,148:0.56:266
chr9	37492440	rs10814562	C	T	2012.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=2.790;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.562;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=33;PP=1066;ReadPosRankSum=-0.572;SC=GCTGGATGACCGCTTGATTTG;SOR=0.515;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=121;TCF=54;TCR=67;TR=64;WE=37492448;WS=37492430;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,93:0.51:183
chr9	37492492	rs10814563	G	A	1245.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-1.807;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=27;PP=837;ReadPosRankSum=-0.937;SC=TACTAAAGCTGCATATTAAAT;SOR=0.656;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=94;TCF=46;TCR=48;TR=52;WE=37492500;WS=37492482;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,56:0.52:107
chr9	37492679	rs3739576	G	T	4777.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.191;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=440;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=75;NR=67;PP=2082;ReadPosRankSum=1.278;SC=GTGAACTGGCGCTAGAGAGTC;SOR=0.715;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=278;TCF=146;TCR=132;TR=142;WE=37492687;WS=37492669;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:206,231:0.53:437
chr9	37492866	rs3739574	G	A	804.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-2.293;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=28;PP=627;ReadPosRankSum=0.242;SC=GTTTGTACCTGCAGAAGCCTC;SOR=0.750;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=63;TCF=13;TCR=50;TR=35;WE=37492874;WS=37492856;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,35:0.55:64
chr9	37493529	rs10814566	C	T	2444.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.031;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.258;HP=3;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=26;PP=1421;ReadPosRankSum=0.874;SC=GTCCTGTCCCCAGTAACCAGG;SOR=0.568;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=136;TCF=96;TCR=40;TR=84;WE=37493537;WS=37493519;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,108:0.59:182
chr9	37493548	rs10814567	A	G	2934.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.538;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=256;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.967;HP=1;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=71;NR=36;PP=1425;ReadPosRankSum=2.013;SC=GGTTTATCTCATAAACAGATG;SOR=0.510;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=185;TCF=123;TCR=62;TR=107;WE=37493556;WS=37493538;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:107,144:0.57:251
chr9	37493588	rs10758434	C	T	4892.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.323;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=385;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.696;HP=3;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=94;NR=62;PP=2466;ReadPosRankSum=-0.107;SC=TTGGTACCACCAAACAGAAGC;SOR=0.789;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=256;TCF=151;TCR=105;TR=156;WE=37493596;WS=37493578;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:159,224:0.58:383
chr9	37498295	rs10973374	G	A	562.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.961;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=14;PP=330;ReadPosRankSum=-0.292;SC=GATGAGTTCTGATGAGAGAAG;SOR=0.559;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=32;TCF=8;TCR=24;TR=20;WE=37498303;WS=37498285;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,24:0.60:40
chr9	37498334	rs6476635	C	T	204.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-2.947;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.935;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=7;PP=111;ReadPosRankSum=-0.272;SC=CAAGTCTTTACTGTCAACTGT;SOR=0.320;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=22;TCF=5;TCR=17;TR=10;WE=37498342;WS=37498324;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,11:0.48:23
chr9	37500895	rs2277161	T	C	1198.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=3.038;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.351;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=24;PP=734;ReadPosRankSum=0.119;SC=AGCACTTTACTTGCTTGACCT;SOR=1.009;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=71;TCF=31;TCR=40;TR=41;WE=37500903;WS=37500885;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,56:0.48:116
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chr9	37729853	rs200933804	A	G	1549.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.931;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=247;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.876;HP=3;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=43;PP=854;ReadPosRankSum=-0.533;SC=TCCAGCAGGTAGGGAGGACTG;SOR=1.006;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=167;TCF=50;TCR=117;TR=58;WE=37729861;WS=37729843;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:165,82:0.33:247
chr9	37732142	rs7035345	T	C	324.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-1.959;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.935;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=2;PP=168;ReadPosRankSum=2.757;SC=ACCAAATGCTTGGAGAGTCTT;SOR=0.073;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=17;TCF=15;TCR=2;TR=10;WE=37732150;WS=37732135;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,14:0.67:21
chr9	37737283	rs2296552	A	G	1112.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=2.414;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=35;PP=874;ReadPosRankSum=1.024;SC=GGCCCCTTTCACTGGCCTTGT;SOR=0.586;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=81;TCF=15;TCR=66;TR=45;WE=37737291;WS=37737273;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,47:0.50:94
chr9	37740637	rs2281872	T	C	3095.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.169;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=272;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.116;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=71;PP=1805;ReadPosRankSum=-0.608;SC=GCAGCCACGCTGACTACTACA;SOR=0.953;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=208;TCF=91;TCR=117;TR=122;WE=37740645;WS=37740627;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:124,144:0.54:268
chr9	37745413	rs3747541	G	A	5429.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-2.711;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=408;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.138;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=86;NR=81;PP=2623;ReadPosRankSum=1.187;SC=TTCAGGAGGAGTCTAGGAAGG;SOR=0.609;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=271;TCF=143;TCR=128;TR=167;WE=37745421;WS=37745403;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:149,254:0.63:403
chr9	37769811	rs10973531	T	G	3102.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=0.785;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=-0.071;NF=74;NR=13;PP=2269;ReadPosRankSum=-0.696;SC=TGTTGCCCAGTCTGGTCTCGA;SOR=1.669;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=88;TCF=75;TCR=13;TR=87;WE=37769819;WS=37769801;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,101:0.99:102
chr9	37782111	rs7158	C	T	2880.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.120;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=303;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.147;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=34;PP=1272;ReadPosRankSum=-1.365;SC=CAACCACAAACTGGCCATAGA;SOR=0.897;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=191;TCF=107;TCR=84;TR=87;WE=37782119;WS=37782101;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:154,143:0.48:297
chr9	37860058	rs118047034	A	G	6382.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.048;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=472;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=99;NR=69;PP=2769;ReadPosRankSum=0.048;SC=TTTCACCACGAAATAGTCTTG;SOR=0.728;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=276;TCF=161;TCR=115;TR=168;WE=37860066;WS=37860048;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:172,295:0.63:467
chr9	37887570	.	T	TA	1189.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.598;ClippingRankSum=0.000;DP=208;ExcessHet=3.0103;FS=1.417;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.47;MQRankSum=2.332;QD=6.16;ReadPosRankSum=0.129;SOR=0.538;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:92,101:0.52:193
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chr9	38395928	rs2073477	C	T	4077.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.252;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=552;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.123;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=72;NR=68;PP=2076;ReadPosRankSum=0.928;SC=ACCCTACCACCGGGGAGGTCA;SOR=0.606;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=359;TCF=173;TCR=186;TR=140;WE=38395948;WS=38395918;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:331,215:0.39:546
chr9	38395940	rs2228094	T	C	17351.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=515;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=165;NR=181;PP=2965;SC=GGGAGGTCATTGGGCACGTGG;SOR=0.774;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=346;TCF=165;TCR=181;TR=346;WE=38395948;WS=38395918;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,512:1.00:512
chr9	38396002	rs2228093	C	T	3449.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-2.899;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=431;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.528;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=72;NR=64;PP=1806;ReadPosRankSum=-0.054;SC=GCCCGGGAAGCCTTCCGCCTG;SOR=0.767;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=310;TCF=160;TCR=150;TR=136;WE=38396019;WS=38395992;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:253,175:0.41:428
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chr9	38397355	rs3043	G	C	493.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=4.537;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=20;PP=449;ReadPosRankSum=0.983;SC=CCACCTTGACGAATGCTTGCC;SOR=0.859;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=54;TCF=4;TCR=50;TR=22;WE=38397363;WS=38397345;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,21:0.32:66
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chr9	38571986	rs55960030	C	G	2121.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.316;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-2.000;NF=22;NR=14;PP=1548;ReadPosRankSum=-0.466;SC=TTAATCTCTTCATTAGATGTG;SOR=0.723;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=78;TCF=47;TCR=31;TR=36;WE=38571994;WS=38571966;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,58:0.50:115
chr9	38573141	rs1974262	T	A	743.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.670;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.40;ReadPosRankSum=1.157;SOR=0.811;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,34:0.57:60
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chr9	38603131	rs3005823	G	A	4686.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-0.668;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=389;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.694;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-8.105;NF=57;NR=62;PP=1907;ReadPosRankSum=1.502;SC=TACATGGTTAGGAGTAGAGAA;SOR=0.601;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=207;TCF=106;TCR=101;TR=119;WE=38603139;WS=38603121;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:166,220:0.57:386
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chr9	43816656	rs199925161	T	C	4248.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=40.64;QD=30.79;SOR=2.593;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,138:1.00:138
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chr9	66457030	.	T	G	162.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.228;ClippingRankSum=0.000;DP=128;ExcessHet=3.0103;FS=6.605;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.15;MQRankSum=-2.916;QD=1.27;ReadPosRankSum=1.693;SOR=1.733;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:115,13:0.10:128
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chr9	66457060	.	C	T	383.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.738;ClippingRankSum=0.000;DP=213;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.61;MQRankSum=-8.843;QD=1.80;ReadPosRankSum=2.036;SOR=0.697;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:189,24:0.11:213
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chr9	66457077	.	T	C	242.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.361;ClippingRankSum=0.000;DP=276;ExcessHet=3.0103;FS=1.659;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.65;MQRankSum=-9.354;QD=0.89;ReadPosRankSum=2.306;SOR=0.933;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:246,27:0.10:273
chr9	66457106	rs200733760	C	T	126.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=4.325;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=369;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=117;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-11.366;NF=57;NR=41;PP=1494;ReadPosRankSum=1.702;SC=CTGAGGGGTTCTGTCTGCAGC;SOR=0.654;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=310;TCF=175;TCR=135;TR=98;WE=66457114;WS=66457086;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:330,36:0.10:366
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chr9	66457126	.	TGC	T	282.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.047;ClippingRankSum=0.000;DP=410;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.17;MQRankSum=-1.890;QD=0.69;ReadPosRankSum=2.014;SOR=0.781;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:374,34:0.08:408
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chr9	66457209	.	AG	A	2874.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-2.061;ClippingRankSum=0.000;DP=231;ExcessHet=3.0103;FS=5.839;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.73;MQRankSum=-8.845;QD=13.13;ReadPosRankSum=7.525;SOR=0.566;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:140,79:0.36:219
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chr9	66457233	.	G	C	2939.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.171;ClippingRankSum=0.000;DP=159;ExcessHet=3.0103;FS=11.269;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.04;MQRankSum=-7.287;QD=18.72;ReadPosRankSum=6.047;SOR=0.260;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:83,74:0.47:157
chr9	66457237	.	G	A	1107.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.009;ClippingRankSum=0.000;DP=161;ExcessHet=3.0103;FS=6.327;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.75;MQRankSum=-4.914;QD=6.97;ReadPosRankSum=3.326;SOR=0.354;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:107,52:0.33:159
chr9	66457253	.	A	C,G	3624.77	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.377;ClippingRankSum=0.000;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=15.223;HP=3;HapScore=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-5.807;NF=56,27;NR=50,34;PP=2962,479;ReadPosRankSum=1.434;SC=AAGAGAGAGCACCACAGTAGA;SOR=0.150;Source=Platypus;TCF=122;TR=106,61;WE=66457286;WS=66457243;set=Intersection	GT:AF:DP	0/1:0.62:138
chr9	66457265	.	C	A	3479.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.459;ClippingRankSum=0.000;DP=176;ExcessHet=3.0103;FS=17.005;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.33;MQRankSum=-5.295;QD=19.77;ReadPosRankSum=0.645;SOR=0.206;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:86,90:0.51:176
chr9	66457270	.	G	A	3507.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.227;ClippingRankSum=0.000;DP=179;ExcessHet=3.0103;FS=15.016;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.58;MQRankSum=-5.322;QD=19.60;ReadPosRankSum=0.170;SOR=0.232;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:90,89:0.50:179
chr9	66457278	.	G	A	2514.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.269;ClippingRankSum=0.000;DP=178;ExcessHet=3.0103;FS=19.503;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.46;MQRankSum=-3.950;QD=14.21;ReadPosRankSum=-0.856;SOR=0.146;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:92,85:0.48:177
chr9	66457310	rs75999199	T	G	1297.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.325;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.63;MQRankSum=-3.931;QD=6.98;ReadPosRankSum=-0.621;SOR=0.692;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:145,41:0.22:186
chr9	66457313	rs79959518	G	A	3164.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.429;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FS=6.011;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.72;MQRankSum=-8.991;QD=17.11;ReadPosRankSum=0.912;SOR=0.382;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:82,103:0.56:185
chr9	66457317	rs77524857	C	T	1386.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.748;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FS=2.426;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.68;MQRankSum=-4.630;QD=7.26;ReadPosRankSum=-1.811;SOR=0.485;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:146,45:0.24:191
chr9	66457324	rs80001863	G	A	1433.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.741;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FS=1.517;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.74;MQRankSum=-4.912;QD=6.86;ReadPosRankSum=-1.272;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:162,47:0.22:209
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chr9	66457399	rs78461570	T	G	6067.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=7.262;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=468;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.559;HP=1;HapScore=1;MGOF=70;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=-14.056;NF=136;NR=89;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.717;SC=GGTGGAGGGTTCTTGGGCCGG;SOR=0.924;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=447;TCF=262;TCR=185;TR=225;WE=66457412;WS=66457377;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:242,216:0.47:458
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chr9	66457465	rs11262297	T	G	6801.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-1.695;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=528;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.517;HP=1;HapScore=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-12.837;NF=206;NR=167;PP=2962;ReadPosRankSum=2.552;SC=GCCCTGAGACTTGTTTTTTTC;SOR=0.752;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=568;TCF=309;TCR=259;TR=373;WE=66457488;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:269,258:0.49:527
chr9	66457467	.	G	GTGTGT	1657.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.126;ClippingRankSum=0.000;DP=534;ExcessHet=3.0103;FS=5.226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.22;MQRankSum=-9.033;QD=3.12;ReadPosRankSum=4.794;SOR=1.263;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:458,74:0.14:532
chr9	66457475	rs55747937	C	T	12092.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.080;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=546;ExcessHet=3.0103;FS=0.542;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.51;MQRankSum=-8.953;QD=22.19;ReadPosRankSum=1.522;SOR=0.697;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:200,345:0.63:545
chr9	66457475	.	CCTTGG	TCTTGA,TCTTGG	2944	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.54;FR=0.5000,0.5000;HP=7;HapScore=2;MGOF=79;MMLQ=24;MQ=51.38;NF=165,249;NR=137,212;PP=2944,1865;QD=20;SC=TTGTTTTTTTCCTTGGATTGG;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=573;TCF=304;TCR=269;TR=302,461;WE=66457488;WS=66457430;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.53:573
chr9	66457480	rs77629849	G	A	1922.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.242;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=575;ExcessHet=3.0103;FS=5.088;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.69;MQRankSum=-11.338;QD=3.37;ReadPosRankSum=4.984;SOR=1.199;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:489,82:0.14:571
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chr9	68415193	rs80256038	T	A	3217.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=2.070;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.797;HP=2;HapScore=1;MGOF=34;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=-3.725;NF=92;NR=41;PP=2349;ReadPosRankSum=-1.038;SC=TAATTAATAATTGCATTTTGT;SOR=0.571;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=205;TCF=140;TCR=65;TR=133;WE=68415201;WS=68415176;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,119:0.57:209
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chr9	68427956	rs4316243	T	C	3001.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=3.589;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=5.954;HP=2;HapScore=1;MGOF=35;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-3.735;NF=28;NR=64;PP=1772;ReadPosRankSum=-0.175;SC=ATATATTCAATTGCTACTAAA;SOR=1.444;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=114;TCF=35;TCR=79;TR=92;WE=68427965;WS=68427928;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,96:0.76:126
chr9	68427957	.	T	A	81.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.179;ClippingRankSum=0.000;DP=126;ExcessHet=3.0103;FS=1.348;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.38;MQRankSum=-1.742;QD=0.65;ReadPosRankSum=-0.203;SOR=0.383;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:115,11:0.09:126
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chr9	68433456	.	C	T	2383.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.495;ClippingRankSum=0.000;DP=1027;ExcessHet=3.0103;FS=0.649;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.06;MQRankSum=-2.009;QD=2.33;ReadPosRankSum=3.300;SOR=0.587;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:809,214:0.21:1023
chr9	68433462	rs111392331	T	C	11629.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-3.741;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1009;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=56;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-3.350;NF=157;NR=144;PP=2962;ReadPosRankSum=4.758;SC=ATGTCATCATTACCTTGATCA;SOR=0.677;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=752;TCF=397;TCR=355;TR=301;WE=68433489;WS=68433446;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:593,412:0.41:1005
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chr9	68433468	rs75281072	G	C	10091.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.853;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=988;ExcessHet=3.0103;FS=1.179;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.31;MQRankSum=-7.184;QD=10.28;ReadPosRankSum=-4.330;SOR=0.646;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:658,324:0.33:982
chr9	68433481	rs112175502	T	TCTC	1179.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=10.210;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=938;ExcessHet=3.0103;FS=9.506;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.45;MQRankSum=-14.174;QD=1.29;ReadPosRankSum=-6.823;SOR=1.557;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:812,105:0.11:917
chr9	68433522	rs75582795	G	A	2965.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.310;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=731;ExcessHet=3.0103;FS=9.773;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.27;MQRankSum=-10.197;QD=4.10;ReadPosRankSum=1.353;SOR=0.778;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:531,192:0.27:723
chr9	68433523	rs62543350	T	C	14321.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=8.761;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=735;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.522;HP=1;HapScore=1;MGOF=46;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-16.662;NF=220;NR=204;PP=2962;ReadPosRankSum=-5.060;SC=TGCTTCATTGTATCTAATAAA;SOR=0.756;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=640;TCF=339;TCR=301;TR=424;WE=68433545;WS=68433500;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:335,393:0.54:728
chr9	68433537	rs74819687	T	G	16774.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=6.965;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=701;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.497;HP=1;HapScore=1;MGOF=46;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-18.865;NF=241;NR=236;PP=2962;ReadPosRankSum=-4.429;SC=TAATAAAGCATCTATTTGAGG;SOR=0.847;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=642;TCF=322;TCR=320;TR=477;WE=68433545;WS=68433500;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:272,412:0.60:684
chr9	68433548	.	C	T	114.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.031;ClippingRankSum=0.000;DP=771;ExcessHet=3.0103;FS=3.772;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.70;MQRankSum=-5.914;QD=0.15;ReadPosRankSum=6.103;SOR=1.250;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:697,55:0.07:752
chr9	68433550	rs144797473	A	G	132.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.095;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=778;ExcessHet=3.0103;FS=3.831;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.69;MQRankSum=-5.903;QD=0.17;ReadPosRankSum=6.509;SOR=1.288;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:704,55:0.07:759
chr9	68433556	rs76632075	G	T	8000.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-1.330;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=784;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.375;HP=3;HapScore=1;MGOF=72;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.766;NF=123;NR=87;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.905;SC=GGCCAACAAAGCCATTTTCCC;SOR=1.033;SbPval=0.17;Source=Platypus;TC=693;TCF=339;TCR=354;TR=210;WE=68433586;WS=68433546;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:456,296:0.39:752
chr9	68433578	rs80303737	A	G	1300.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.756;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=776;ExcessHet=3.0103;FS=0.673;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.76;MQRankSum=-0.839;QD=1.73;ReadPosRankSum=5.468;SOR=0.684;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:608,142:0.19:750
chr9	68433620	rs62543351	C	T	8528.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-3.221;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=690;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.209;HP=4;HapScore=1;MGOF=65;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.487;NF=128;NR=133;PP=2962;ReadPosRankSum=4.484;SC=GTAGAAGAAACATTAAGTGTT;SOR=0.456;SbPval=0.21;Source=Platypus;TC=607;TCF=253;TCR=354;TR=261;WE=68433634;WS=68433602;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:282,363:0.56:645
chr9	68433641	rs78330154	G	T	1484.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=1.149;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=544;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=15.454;HP=2;HapScore=1;MGOF=63;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-14.747;NF=58;NR=135;PP=2709;ReadPosRankSum=7.495;SC=TAGACTGAATGAATTTTTCCT;SOR=1.892;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=516;TCF=191;TCR=325;TR=193;WE=68433649;WS=68433631;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:425,80:0.16:505
chr9	68433701	rs62543352	A	G	1217.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.202;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.251;HP=2;HapScore=1;MGOF=54;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=6.405;NF=4;NR=52;PP=1169;ReadPosRankSum=1.763;SC=CCTGAAAAATATAATACAAGA;SOR=1.082;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=196;TCF=19;TCR=177;TR=56;WE=68433709;WS=68433691;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:144,60:0.29:204
chr9	69002193	rs75969422	T	C	540.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-3.267;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=2;PP=363;ReadPosRankSum=-0.391;SC=AATGATTGTCTGTCAAACAGG;SOR=0.866;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=72;TCF=63;TCR=9;TR=23;WE=69002208;WS=69002187;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,26:0.33:79
chr9	69002200	rs10908046	C	T	157.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.085;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.79;ReadPosRankSum=0.457;SOR=0.511;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:72,16:0.18:88
chr9	69002294	rs79965448	C	T	3287.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.381;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=346;ExcessHet=3.0103;FS=1.448;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.76;ReadPosRankSum=-1.832;SOR=0.811;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:242,95:0.28:337
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chr9	69002317	rs76266132	T	C	4039.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.424;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=447;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.575;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=36;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.030;SC=AACACTGCCATGAGGGTCTTA;SOR=0.721;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=223;TCF=110;TCR=113;TR=76;WE=69002325;WS=69002284;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:306,128:0.29:434
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chr9	71002554	rs2480145	G	C	894.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.154;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.8608;FS=2.610;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=-0.962;NF=12;NR=22;PP=597;ReadPosRankSum=-0.577;SC=ATTGAGACCTGTACACCTGTT;SOR=0.280;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=37;TCF=12;TCR=25;TR=34;WE=71002562;WS=71002544;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,34:0.92:37
chr9	71538069	rs2027208	A	G	465.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=5;PP=257;SC=CCTGGGCCCCACGGGCTACAG;SOR=1.609;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=11;TCR=5;TR=16;WE=71538077;WS=71538059;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
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chr9	71555522	rs10746974	C	T	1306.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=25;NR=12;PP=785;SC=CTGCATTTATCCTTGAGATTC;SOR=1.378;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=37;TCF=25;TCR=12;TR=37;WE=71555530;WS=71555512;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr9	71628207	rs3730386	G	C	2580.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.814;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=36;PP=1386;ReadPosRankSum=0.013;SC=CGCAGCAGATGCTTGAGGTCA;SOR=0.778;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=67;TCF=31;TCR=36;TR=67;WE=71628215;WS=71628197;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,96:0.98:98
chr9	71650752	rs2481598	A	G	1004.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=14;NR=11;PP=428;SC=CACCCAGCCCAGCCCAGGCCC;SOR=0.793;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=14;TCR=11;TR=25;WE=71650760;WS=71650742;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr9	71650906	.	G	GGCCGCAC	232.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=4;PP=274;SC=GCACGCCGCGGGCCGCACGCC;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=4;WE=71650914;WS=71650896;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr9	71650964	.	A	G	125.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=58;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=3;PP=55;SC=CGCTCCGGGTACGCGCGCTGG;SOR=1.981;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=1;TCR=3;TR=4;WE=71650972;WS=71650954;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr9	71668197	rs3829062	T	C	717.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.319;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=3.291;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=22.43;ReadPosRankSum=-0.449;SOR=0.525;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,31:0.97:32
chr9	71686181	rs9314854	T	C	1823.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=23;NR=20;PP=769;SC=GATGGTTTGGTTCACTCATTT;SOR=0.781;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=43;TCF=23;TCR=20;TR=43;WE=71686189;WS=71686171;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr9	71687400	rs3066313	C	CTG	547.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=8;NR=1;PP=425;SC=CAGATATACACTAGCTCATTT;SOR=2.833;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=8;TCR=1;TR=9;WE=71687408;WS=71687390;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr9	71687440	rs7025834	C	T	496.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=34;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=11;NR=3;PP=289;SC=TTACTCCAGTCAATTTCTTGG;SOR=1.863;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=11;TCR=3;TR=14;WE=71687448;WS=71687430;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr9	71687755	rs146039377	TTTG	T	167.87	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=0;NR=4;PP=156;SC=AGGTCTGTTTTTTGTTGTTGT;SOR=1.981;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=0;TCR=4;TR=4;WE=71687765;WS=71687745;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr9	71820008	rs2498440	A	G	164.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=1;PP=89;SC=ACGTAACCACATGGAGTGATG;SOR=2.584;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=5;TCR=1;TR=6;WE=71820016;WS=71819998;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr9	71831398	rs2498417	T	C	416.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=10;PP=259;SC=CCTCCCTCGCTCCGCAGCCCC;SOR=1.911;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=2;TCR=10;TR=12;WE=71831406;WS=71831388;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr9	71843023	rs2309428	C	A	1634.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-2.296;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=21;PP=610;ReadPosRankSum=1.195;SC=ACCAAGAGGACCCCCCAGGTG;SOR=0.322;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=39;TCF=17;TCR=22;TR=38;WE=71843031;WS=71843013;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,65:0.98:66
chr9	71849314	rs202100183	CT	C	248.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.67;QD=16.58;SOR=0.818;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr9	71850853	rs2275431	G	A	670.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=14;NR=5;PP=375;SC=GAAGGTAAAGGGGAGATCAGA;SOR=1.609;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=19;TCF=14;TCR=5;TR=19;WE=71850861;WS=71850843;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr9	71854737	rs72187140	TAAAC	T	547.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=6;NR=1;PP=366;SC=CCCAAATAAGTAAACAAACAA;SOR=2.833;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=8;TCF=6;TCR=2;TR=7;WE=71854748;WS=71854727;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr9	71854769	rs2993823	C	G	757.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=16;NR=5;PP=403;SC=ATATCTCATACAGCCTTTACT;SOR=1.609;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=16;TCR=5;TR=21;WE=71854777;WS=71854759;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr9	71865932	rs2282335	G	A	1690.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=27;NR=15;PP=753;SC=GGGTGAAAACGTGTCATTGCT;SOR=1.162;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=42;TCF=27;TCR=15;TR=42;WE=71865940;WS=71865922;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr9	71986315	rs1034239	TG	CA	1366.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;JOINED;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=19;NR=7;PP=537;SC=TTTAAAAAAATGTTCTCTTGG;SOR=2.093;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=27;TCF=20;TCR=7;TR=26;WE=71986324;WS=71986305;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr9	71990645	rs4351475	C	T	1350.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.039;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.597;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=7;PP=696;ReadPosRankSum=-0.666;SC=ACCTTTCCTCCGTTAAGGTGG;SOR=1.391;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=31;TCF=23;TCR=8;TR=30;WE=71990653;WS=71990635;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,48:0.98:49
chr9	72000679	rs369091837	CTTT	C	270.87	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=20.84;SOR=0.399;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,11:0.85:13
chr9	72003036	rs867366	T	C	1846.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.123;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=24;PP=907;ReadPosRankSum=-0.299;SC=TCAAAAGGGGTTGGCCAATGG;SOR=0.990;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=45;TCF=19;TCR=26;TR=42;WE=72003044;WS=72003026;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,67:0.97:69
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chr9	72132199	rs11139063	G	A	382.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=10;PP=232;SC=CACTGGGCTGGAAAAACAAGA;SOR=2.448;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=2;TCR=10;TR=12;WE=72132207;WS=72132189;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
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chr9	72373775	rs72268955	TAAA	T	137.92	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.967;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=22.99;ReadPosRankSum=1.383;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,5:0.83:6
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chr9	72472746	rs35585376	TA	T	785.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=5;PP=580;SC=GCCCAGCCCCTAAATTAGTTT;SOR=1.802;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=18;TCF=13;TCR=5;TR=16;WE=72472754;WS=72472736;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr9	72473053	rs1133275	TG	CA	781.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=12;PP=713;SC=TCCTTTCACATGCACAACATT;SOR=2.303;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=4;TCR=12;TR=16;WE=72473062;WS=72473043;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
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chr9	72501962	rs4548246	T	C	244.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=9;PP=197;SC=ATTGGAATCATGACAATGTTT;SOR=3.258;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=1;TCR=9;TR=10;WE=72501970;WS=72501952;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr9	72740974	rs1927112	A	G	1927.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.459;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=23.51;ReadPosRankSum=0.694;SOR=0.826;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:3,79:0.96:82
chr9	72741312	rs1998972	G	A	547.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=13;PP=329;SC=GTCGAGTTCAGTGCTCCTTAC;SOR=1.828;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=4;TCR=13;TR=17;WE=72741320;WS=72741302;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr9	72783608	rs10780871	T	C	1200.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=25;NR=10;PP=649;SC=TTTATTTTTATGAATTTCAGG;SOR=1.464;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=35;TCF=25;TCR=10;TR=35;WE=72783616;WS=72783598;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr9	72785653	rs4744587	T	G	74.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=2;PP=23;SC=CTTGTGTCTATAATGAAATGC;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=2;TCF=0;TCR=2;TR=2;WE=72785661;WS=72785643;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr9	72893298	rs10714271	GT	G	146.92	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.126;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.9784;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=9;NR=0;PP=160;ReadPosRankSum=-0.674;SC=TATCTCAAATGTTTTTTTTAA;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=10;TCR=0;TR=9;WE=72893306;WS=72893288;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,9:0.90:10
chr9	72897434	rs1180116	G	A	234.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=4;PP=104;SC=GCAGATTCCTGTAACATGTCG;SOR=0.693;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=4;TCR=4;TR=8;WE=72897442;WS=72897424;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr9	72901096	rs1180123	T	C	1661.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=48;PP=1467;SC=TCCCCCCCTCTCCCCGGTTTA;SOR=3.947;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=55;TCF=7;TCR=48;TR=55;WE=72901104;WS=72901086;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr9	72929503	rs10868801	T	C	250.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=1;PP=108;SC=TACAGTATTATCACAGTAAAA;SOR=1.609;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=5;TCR=1;TR=6;WE=72929511;WS=72929493;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr9	72933958	rs7025228	G	C	531.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=9;PP=263;SC=AATAACAACAGCATTTCCACA;SOR=1.721;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=11;TCF=2;TCR=9;TR=11;WE=72933966;WS=72933948;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr9	72965438	rs1536957	A	G	244.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=6;PP=145;SC=ATCTCCTGTGACATAATCATA;SOR=2.093;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=2;TCR=6;TR=8;WE=72965446;WS=72965428;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr9	73002648	rs7020167	C	G	1680.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.61;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=20;NR=12;PP=581;SC=GAGTACTTTTCTCCTTTCGGG;SOR=0.966;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=32;TCF=20;TCR=12;TR=32;WE=73002656;WS=73002638;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr9	73150873	rs17535963	T	G	2092.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=2.062;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=24;PP=1020;ReadPosRankSum=0.591;SC=GAAGGTTTAGTTGTGCTTGCT;SOR=0.255;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=52;TCF=28;TCR=24;TR=51;WE=73150881;WS=73150863;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,79:0.99:80
chr9	73150918	rs41287373	C	T	2340.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.577;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=25;PP=1265;ReadPosRankSum=-0.594;SC=TCTGGACAGTCTCCTCATGGA;SOR=0.344;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=63;TCF=38;TCR=25;TR=62;WE=73150926;WS=73150908;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,87:0.99:88
chr9	73151715	rs7033976	C	T	2149.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=29;NR=22;PP=1061;SC=TTGGCTCGCCCAGCCCAAGGA;SOR=0.881;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=52;TCF=29;TCR=23;TR=51;WE=73151723;WS=73151705;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr9	73213610	rs4744605	A	G	770.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=9;NR=15;PP=430;SC=AGGAGAGCAGAGTTAGGTCTG;SOR=1.255;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=9;TCR=15;TR=24;WE=73213618;WS=73213600;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr9	73213644	rs4744606	A	C	290.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=9;PP=179;SC=TTTTCAGCCCAGTTGGGAAGT;SOR=1.981;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=12;TCF=3;TCR=9;TR=12;WE=73213652;WS=73213634;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr9	73234066	rs7849400	G	A	350.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=10;PP=275;SC=GACTTATAAGGTAAAAGTGGA;SOR=2.670;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=2;TCR=10;TR=12;WE=73234074;WS=73234056;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr9	73240312	rs7035025	C	G	972.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=13;PP=569;SC=AGGGATTCTACTTCACGTATT;SOR=0.811;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=25;TCF=12;TCR=13;TR=25;WE=73240320;WS=73240302;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
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chr9	73255432	rs1538669	G	C	1630.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=29;NR=15;PP=911;SC=AATACCCTTGGCCAACCAAAG;SOR=1.316;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=44;TCF=29;TCR=15;TR=44;WE=73255440;WS=73255422;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
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chr9	73442724	rs1034538	C	T	2500.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=38;NR=24;PP=1117;SC=TTCAGCATACCTCCTACGAGC;SOR=1.061;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=64;TCF=38;TCR=26;TR=62;WE=73442732;WS=73442714;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
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chr9	73458045	rs3833697	T	TA	501.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.720;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.9986;FS=0.000;HP=10;HapScore=3;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=12;PP=128;ReadPosRankSum=1.847;SC=GAATAACACCTAAAAAAAAAA;SOR=0.963;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=16;TCF=1;TCR=15;TR=13;WE=73458053;WS=73458035;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,28:0.88:32
chr9	73461337	rs7862440	T	A	3851.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.717;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=46;PP=1789;ReadPosRankSum=-0.721;SC=CAGTTGTCATTGCTGCTTTGA;SOR=0.720;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=95;TCF=48;TCR=47;TR=93;WE=73461345;WS=73461327;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,148:0.99:150
chr9	73461558	rs10868907	G	C	412.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=11;PP=295;SC=ACTGGCTGAGGCTGGTTATCT;SOR=1.911;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=4;TCR=11;TR=15;WE=73461566;WS=73461548;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr9	73479213	rs10780981	C	T	40.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.524;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=8.15;ReadPosRankSum=1.645;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,3:0.60:5
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chr9	74326961	rs3739781	A	G	1038.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=1.221;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.675;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=12;PP=701;ReadPosRankSum=1.550;SC=TCCTTTTTTCACCATAGTCAC;SOR=1.721;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=41;TCF=28;TCR=13;TR=39;WE=74326969;WS=74326951;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,42:0.95:44
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chr9	74349917	rs71353514	CAA	C	1365.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.452;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FS=2.204;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=22.03;ReadPosRankSum=2.331;SOR=0.544;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:13,49:0.79:62
chr9	74477617	rs10573097	TAAGA	T	322.75	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=6;PP=304;SC=AAATCACTCTTAAGATTTTGT;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=6;WE=74477628;WS=74477607;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr9	74526540	rs4744647	T	A	1176.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=26;NR=9;PP=710;SC=AGGCTGCGTTTGTTTCTTCCG;SOR=1.609;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=35;TCF=26;TCR=9;TR=35;WE=74526548;WS=74526530;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr9	74526978	rs10580392	GCA	G	53.70	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=2;PP=61;SC=TTAACTAATTGCACAGAGTGA;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=0;TCR=3;TR=2;WE=74526987;WS=74526968;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr9	74561883	rs10120169	G	A	407.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.49;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
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chr9	74828718	rs200145454	CAAAAAAA	C	438.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=17;HapScore=3;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;NF=6;NR=2;PP=202;SC=GACTCCGTCTCAAAAAAAAAA;SOR=3.258;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=12;TCF=9;TCR=3;TR=8;WE=74828734;WS=74828708;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr9	74834384	rs10869148	C	T	648.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.280;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=22.37;ReadPosRankSum=-0.478;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,28:0.97:29
chr9	74845989	rs10869150	C	A	1539.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=25;NR=14;PP=722;SC=TTTATTGGAACCACATGGATC;SOR=1.085;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=39;TCF=25;TCR=14;TR=39;WE=74845997;WS=74845979;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr9	74846104	rs17057536	A	G	1471.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=12;NR=23;PP=675;SC=ACAGGTTAGTAGTTCACCATT;SOR=1.061;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=37;TCF=13;TCR=24;TR=35;WE=74846112;WS=74846094;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr9	74846187	rs34627726	TA	T	89.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=2.398;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=6.41;ReadPosRankSum=1.184;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,10:0.71:14
chr9	74974534	rs3012505	C	T	434.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=7;PP=156;SC=TAGAATATTTCCAAAATGAGC;SOR=0.914;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=12;TCF=5;TCR=7;TR=12;WE=74974542;WS=74974524;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr9	74975136	rs2809270	T	C	636.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=7;NR=4;PP=203;SC=CACTAGCTGTTCCTATTTAAA;SOR=0.941;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=7;TCR=4;TR=11;WE=74975144;WS=74975126;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr9	74975711	rs1853276	T	C	1553.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.62;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=14;NR=19;PP=424;SC=CTGCTATAGATGAAACGAAAT;SOR=0.966;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=14;TCR=19;TR=33;WE=74975719;WS=74975701;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
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chr9	75539077	rs3739962	G	A	448.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=4;NR=11;PP=326;SC=AAAAGTTACAGTATAAGAATT;SOR=2.179;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=4;TCR=11;TR=15;WE=75539085;WS=75539067;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr9	75540276	rs8187932	AT	A	221.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=6;NR=0;PP=191;SC=TGCTAAATGTATTCCCCCCAC;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=6;WE=75540284;WS=75540266;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr9	75541942	rs2303317	G	T	233.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=2;PP=136;SC=AAATACATAAGCATCCATCTG;SOR=2.093;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=6;TCR=2;TR=8;WE=75541950;WS=75541932;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr9	75543974	rs8187922	T	TAA	1428.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=0;NR=17;PP=760;SC=TAAAATTCCATAAGTTTTAGA;SOR=1.949;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=0;TCR=20;TR=17;WE=75543982;WS=75543964;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr9	75544038	rs2288087	A	T	73.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=49;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=0;NR=3;PP=52;SC=AATTTTTGAAATAGAAGAAAT;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=0;TCR=3;TR=3;WE=75544046;WS=75544028;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr9	75545882	rs13959	G	A	2159.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=26;NR=22;PP=937;SC=TACGCCACGGGGATCCAATCT;SOR=0.793;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=48;TCF=26;TCR=22;TR=48;WE=75545890;WS=75545872;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr9	75554895	rs33988381	A	AT	34.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.383;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=3.522;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=3.86;ReadPosRankSum=-1.180;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,5:0.56:9
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chr9	75554982	rs348449	G	A	1228.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=26;NR=9;PP=698;SC=GTCTTTTGGAGCTTGCAATGG;SOR=1.345;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=35;TCF=26;TCR=9;TR=35;WE=75554990;WS=75554972;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr9	75782510	rs1342017	G	A	572.94	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-2.156;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5015;FS=3.080;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=8;PP=211;ReadPosRankSum=0.297;SC=CTTAGAGGAAGAATTATTTGT;SOR=0.138;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=16;TCF=6;TCR=10;TR=14;WE=75782518;WS=75782500;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,26:0.93:28
chr9	75783937	rs3739959	A	G	1925.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=26;NR=14;PP=809;SC=ACCCTCATTTATTTTGGCCAG;SOR=1.085;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=40;TCF=26;TCR=14;TR=40;WE=75783945;WS=75783927;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr9	77230423	rs3904059	A	T	616.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=14;NR=6;PP=333;SC=GCCTGTTGGGATTGAAGTTGT;SOR=1.519;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=14;TCR=6;TR=20;WE=77230431;WS=77230413;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr9	77230477	rs3904058	A	G	959.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=17;NR=10;PP=561;SC=AGTGAAAAGTATCATATTTTT;SOR=1.148;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=27;TCF=17;TCR=10;TR=27;WE=77230485;WS=77230467;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr9	77245162	rs2146777	A	T	1548.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=22;NR=14;PP=710;SC=GAAAGAAAACATCTGTATGCT;SOR=0.997;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=36;TCF=22;TCR=14;TR=36;WE=77245170;WS=77245152;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr9	77282927	rs1327838	T	C	416.84	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=2.911;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5169;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=12;PP=312;ReadPosRankSum=-0.414;SC=AACAGAGCTATATTTTCTTTA;SOR=1.863;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=17;TCF=2;TCR=15;TR=13;WE=77282935;WS=77282917;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,14:0.88:16
chr9	77286876	rs3818559	A	C	705.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=7;NR=16;PP=535;SC=AGCAAAAAGGACTGCTTATAA;SOR=1.519;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=7;TCR=16;TR=23;WE=77286884;WS=77286866;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr9	77397519	rs12339024	T	C	975.82	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.249;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.606;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=17;PP=610;ReadPosRankSum=0.106;SC=ATTTAGATGATTGTTTTTCAG;SOR=0.453;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=35;TCF=18;TCR=17;TR=33;WE=77397527;WS=77397509;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,41:0.91:45
chr9	77407736	rs7858755	A	G	1328.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=7;NR=22;PP=666;SC=TAACTAAAATAGTGACAAGCA;SOR=1.659;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=7;TCR=22;TR=29;WE=77407744;WS=77407726;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr9	77415535	rs10617132	TAA	T	39.75	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.150;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=9.94;ReadPosRankSum=1.150;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,3:0.75:4
chr9	77683986	rs138360599	C	T	2299.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=1.908;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=30;PP=980;ReadPosRankSum=-1.030;SC=ATCAAAGTATCCCGGAGAGTC;SOR=0.997;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=48;TCF=18;TCR=30;TR=48;WE=77683994;WS=77683976;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,88:0.98:90
chr9	77745406	rs41287441	C	G	777.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-0.395;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=10;PP=518;ReadPosRankSum=-0.468;SC=TTTTGTAGAACAGGTACTCCC;SOR=0.487;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=28;TCF=18;TCR=10;TR=27;WE=77745414;WS=77745396;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,29:0.97:30
chr9	77745424	rs2295861	T	C	947.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=19;NR=12;PP=601;SC=CCCTAGGAGCTAGATAATTTG;SOR=1.209;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=31;TCF=19;TCR=12;TR=31;WE=77745432;WS=77745414;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr9	77752293	.	G	T	25	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;FR=0.9998;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=2;NR=0;PP=25;QD=29.8856062736;SC=CCCATCTCTTGAGTCTCCTTT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=2;TCF=2;TCR=0;TR=2;WE=77752301;WS=77752283;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr9	77752675	rs2025159	A	G	885.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=21;PP=632;SC=GTATCATGGAATAGTTATGAT;SOR=2.694;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=5;TCR=21;TR=26;WE=77752683;WS=77752665;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr9	78601259	rs78036350	C	T	196.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=39.38;SOR=3.611;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr9	78601268	rs1538843	G	A	196.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=39.38;SOR=3.611;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr9	78686818	rs2297344	G	T	1218.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.421;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=19;PP=600;ReadPosRankSum=0.145;SC=TAGAATGGTAGGTTTTAAAAG;SOR=0.909;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=34;TCF=14;TCR=20;TR=32;WE=78686826;WS=78686808;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,49:0.92:53
chr9	78748973	rs3739728	C	T	1608.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=34.97;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr9	78790143	.	GAATGGAATGA	G	442.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.953;ClippingRankSum=0.000;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=5.740;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.57;MQRankSum=4.009;QD=29.52;ReadPosRankSum=1.739;SOR=2.225;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,14:0.93:15
chr9	78799566	rs1537183	C	T	397.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=8;NR=5;PP=188;SC=AACTGATTTACAACTTTCTCT;SOR=0.941;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=13;TCF=8;TCR=5;TR=13;WE=78799574;WS=78799556;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
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chr9	78819998	rs10869732	T	C	2883.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=51;NR=30;PP=1532;SC=CTTTCCACACTCTCACCATAT;SOR=1.127;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=81;TCF=51;TCR=30;TR=81;WE=78820019;WS=78819988;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr9	78820011	rs7851394	G	A	3219.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.76;SOR=1.082;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
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chr9	78848542	rs903545	C	G	579.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=14;PP=384;SC=CCGTCTTCTGCACCCCAAACC;SOR=1.828;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=6;TCR=14;TR=20;WE=78848550;WS=78848532;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr9	78911794	rs11407417	C	CA	251.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=10;PP=315;SC=ATGTGCCCCCCAAAAAAGAGG;SOR=3.442;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=0;TCR=10;TR=10;WE=78911802;WS=78911784;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr9	78917015	rs11451259	T	TA	321.94	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.841;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.624;NF=3;NR=4;PP=120;ReadPosRankSum=-1.133;SC=CTTTTTGCATTAAAAAAAAAC;SOR=1.371;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=11;TCF=4;TCR=7;TR=7;WE=78917023;WS=78917005;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,17:0.89:19
chr9	78925814	rs2257775	C	A	243.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=8;PP=169;SC=TCACTCTCCTCTGGTACTTTG;SOR=2.303;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=2;TCR=8;TR=10;WE=78925822;WS=78925804;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr9	78965993	rs2257220	G	A	183.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=3;NR=5;PP=104;SC=ACCTTCTACCGTTGCATCATG;SOR=1.179;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=3;TCR=5;TR=8;WE=78966001;WS=78965983;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr9	78969059	rs7036921	C	A	1985.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=22;NR=31;PP=991;SC=ACATGGACGACAGCCACTGCC;SOR=0.920;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=53;TCF=22;TCR=31;TR=53;WE=78969067;WS=78969049;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr9	78973463	rs17721466	T	G	2630.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=38;NR=31;PP=1268;SC=AGGTTAGGCCTGCAACTGAGC;SOR=0.753;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=69;TCF=38;TCR=31;TR=69;WE=78973471;WS=78973453;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr9	79003324	rs2501926	G	A	221.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=2;NR=3;PP=83;SC=AAAGAAGATAGATTCACGTAA;SOR=0.892;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=5;TCF=2;TCR=3;TR=5;WE=79003332;WS=79003314;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr9	79003440	rs2501924	G	A	168.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=3;PP=133;SC=AGCAGTAGTAGTATTTAAGAA;SOR=0.693;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=6;TCF=3;TCR=3;TR=6;WE=79003448;WS=79003435;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr9	79009106	rs2490582	A	C	1481.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=17;PP=613;SC=CCGCTCGGGGAATGGGCTGCG;SOR=0.800;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=32;TCF=15;TCR=17;TR=32;WE=79009114;WS=79009096;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr9	79118661	rs1057419	A	G	523.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=12;PP=324;SC=CCTTGTCAGCATCGGGAAGAT;SOR=1.981;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=3;TCR=12;TR=15;WE=79118669;WS=79118651;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr9	79240050	rs700809	T	C	559.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=12;PP=285;SC=ATGATTTAAATGACAGTCAAA;SOR=1.609;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=3;TCR=12;TR=15;WE=79240058;WS=79240040;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr9	79256917	.	TA	T	220.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.867;ClippingRankSum=0.000;DP=108;ExcessHet=3.0103;FS=15.796;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.11;ReadPosRankSum=-0.179;SOR=1.932;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:45,26:0.37:71
chr9	79307176	rs500952	G	C	296.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=6;PP=149;SC=TGCAGCCGCTGTGGCTAGGGG;SOR=1.802;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=2;TCR=6;TR=8;WE=79307184;WS=79307166;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr9	79318375	rs11267615	GGTGACAGCCTGCAAC	G	3375.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=31;PP=2933;SC=CATTGTCATGGGTGACAGCCT;SOR=0.984;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=42;TCF=8;TCR=34;TR=39;WE=79318397;WS=79318365;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr9	79318471	rs560094	C	T	1859.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=163;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=24;NR=22;PP=938;SC=CCTCTAGTGCCAAAGATTCTA;SOR=0.722;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=46;TCF=24;TCR=22;TR=46;WE=79318479;WS=79318461;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr9	79318677	rs561970	T	C	2300.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=24;NR=28;PP=1066;SC=CTCGTATCGCTTTTAGAAGAC;SOR=0.716;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=52;TCF=24;TCR=28;TR=52;WE=79318685;WS=79318667;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr9	79318998	rs620552	A	G	604.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=13;PP=367;SC=TCCAATTCTGATATTTCCTTG;SOR=1.329;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=7;TCR=13;TR=20;WE=79319006;WS=79318988;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr9	79319050	rs620476	A	C	322.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=35;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=9;PP=267;SC=AAGAGGAGAAAAAGGTTTAAT;SOR=1.445;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=13;TCF=4;TCR=9;TR=13;WE=79319058;WS=79319040;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr9	79319130	rs59728338	AT	A	98.25	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=32.75;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr9	79320095	rs3739524	T	G	2905.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.886;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=27;PP=1215;ReadPosRankSum=-1.076;SC=GCTCTCTCAGTAAATCTTCAT;SOR=0.859;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=68;TCF=40;TCR=28;TR=66;WE=79320103;WS=79320085;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,115:0.97:119
chr9	79320640	rs512110	C	T	2364.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=25;NR=43;PP=1439;SC=TTATGAGAGGCGGGCTGAGAG;SOR=1.165;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=68;TCF=25;TCR=43;TR=68;WE=79320648;WS=79320630;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
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chr9	79321276	rs517634	T	C	2880.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=32;NR=29;PP=1224;SC=GTAAAGGCTGTGTCCGGATGA;SOR=0.749;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=61;TCF=32;TCR=29;TR=61;WE=79321284;WS=79321266;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
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chr9	79820141	.	C	CT	487.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=2;PP=171;SC=ATTATCTCTTCAATGCCTGAC;SOR=1.179;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=5;TCF=3;TCR=2;TR=5;WE=79820149;WS=79820131;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr9	79827791	rs10869912	G	A	353.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=4;PP=197;SC=TCATGAAAGGGACATTGGTCT;SOR=1.329;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=8;TCR=4;TR=12;WE=79827799;WS=79827781;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr9	79888396	rs2050831	A	G	41.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=50;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=1;PP=24;SC=TCCTTTTAAAATCTAGGTTCT;SOR=0.693;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=3;TCF=1;TCR=2;TR=2;WE=79888404;WS=79888386;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
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chr9	79922845	rs3216012	C	CT	213.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=11;HapScore=4;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=9;NR=1;PP=167;SC=AAGAACAAATCTTTTTTTTTT;SOR=3.442;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=12;TCF=11;TCR=1;TR=10;WE=79922853;WS=79922829;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr9	79954410	rs55937672	G	T	93.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.483;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=7.21;ReadPosRankSum=0.710;SOR=0.818;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,8:0.62:13
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chr9	79974399	rs7043232	G	A	264.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=7;PP=175;SC=TTTAAATGTTGGACAAGTCAA;SOR=3.056;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=7;WE=79974407;WS=79974389;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr9	79986057	rs3737289	A	G	1204.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=17;PP=529;SC=CATTTCAGGGAATAAAAAGGT;SOR=1.280;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=6;TCR=17;TR=23;WE=79986065;WS=79986047;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr9	80022415	rs2025846	A	T	103.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=3;PP=51;SC=CAACCAGATTATCTTTTTAAT;SOR=1.022;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=5;TCF=2;TCR=3;TR=5;WE=80022423;WS=80022405;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
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chr9	80049565	rs2281938	G	A	431.41	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=1.784;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.135;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=12;PP=271;ReadPosRankSum=0.000;SC=GGCGTGGTGGGCACCCTCCCA;SOR=2.712;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=17;TCF=4;TCR=13;TR=15;WE=80049573;WS=80049555;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,17:0.89:19
chr9	80537112	.	T	A	62.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.499;ClippingRankSum=0.000;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=3.307;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.08;MQRankSum=-7.075;QD=1.21;ReadPosRankSum=-3.098;SOR=0.237;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:42,10:0.19:52
chr9	82187750	rs1934610	A	G	14370.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=554;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=154;NR=163;PP=2965;SC=CCAGACACCCAGTGAGTGCGG;SOR=0.749;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=317;TCF=154;TCR=163;TR=317;WE=82187758;WS=82187740;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,553:1.00:553
chr9	82189914	rs2791566	T	C	4426.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=55;NR=73;PP=2108;SC=AACAAGAATATGTTTAAATTG;SOR=0.954;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=128;TCF=55;TCR=73;TR=128;WE=82189922;WS=82189904;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,170:1.00:170
chr9	82264838	.	G	GT,GTT	2581.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.164;ClippingRankSum=0.000;DP=167;ExcessHet=3.0103;FS=2.597;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.13;MQRankSum=0.214;QD=21.70;ReadPosRankSum=0.085;SOR=0.213;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:3,95,21:0.80,0.18:119
chr9	82267732	rs2297499	C	G	4969.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=55;NR=70;PP=2431;SC=CTTGGAATGCCAATCTGAGAT;SOR=0.865;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=125;TCF=55;TCR=70;TR=125;WE=82267740;WS=82267722;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,187:1.00:187
chr9	82286286	rs1475674	C	G	4246.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.264;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=71;PP=2395;ReadPosRankSum=0.361;SC=CTGACGAGCTCAACGAGTGGC;SOR=0.773;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=111;TCF=39;TCR=72;TR=110;WE=82286294;WS=82286276;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:5,159:0.97:164
chr9	82286352	rs2297498	G	A	1531.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=9;NR=39;PP=1108;SC=TTTTATTTTCGTGTCAGATTA;SOR=2.437;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=48;TCF=9;TCR=39;TR=48;WE=82286360;WS=82286342;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr9	82308390	rs11138336	G	A	2046.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=42;NR=14;PP=1120;SC=TTGCTTGTACGCATTAGGTTG;SOR=1.704;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=56;TCF=42;TCR=14;TR=56;WE=82308398;WS=82308380;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr9	82308670	rs7025437	A	G	1538.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=40;PP=1121;SC=TGTCCTTCGAACCATATTTAG;SOR=2.179;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=54;TCF=13;TCR=41;TR=53;WE=82308678;WS=82308660;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr9	82320887	rs4877147	A	T	4665.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=49;NR=79;PP=2378;SC=AATTTTTTGCACTTGCCCAGC;SOR=1.060;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=128;TCF=49;TCR=79;TR=128;WE=82320895;WS=82320877;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,176:1.00:176
chr9	82335293	rs71979610	GT	G	1001.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=32.31;SOR=0.756;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr9	82335295	.	GTGTGTGT	G,GGT	961.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;ALERT;AN=2;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;QD=73.98;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:0,6,7:0.46,0.54:13
chr9	84202822	.	C	CGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTCATCCCGCCTGT	391.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.311;ClippingRankSum=0.000;DP=256;ExcessHet=3.0103;FS=1.695;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=62.12;MQRankSum=1.924;QD=4.66;ReadPosRankSum=-0.866;SOR=0.360;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:64,20:0.24:84
chr9	84202884	rs11792087	T	C	521.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-0.761;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.187;HP=2;HapScore=2;MGOF=124;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=31;PP=490;ReadPosRankSum=1.507;SC=TCTGCTGATGTGCAAGATCAA;SOR=2.557;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=48;TCF=3;TCR=45;TR=33;WE=84202892;WS=84202874;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,25:0.81:31
chr9	84214974	rs7039820	T	G	2698.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.166;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.553;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=41;PP=1262;ReadPosRankSum=1.287;SC=GGACCTAACTTCCTCTATCAA;SOR=0.613;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=131;TCF=69;TCR=62;TR=86;WE=84214982;WS=84214964;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,126:0.65:194
chr9	84248203	.	CGTGTGTGTGT	C,CGTGTGTGTGTGT	639.73	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-0.414;ClippingRankSum=0.000;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=1,1;NR=11,11;PP=1170,144;ReadPosRankSum=1.533;SC=AGAAGGGGACCGTGTGTGTGT;SOR=0.582;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=14;TCF=2;TCR=12;TR=12,12;WE=84248224;WS=84248193;set=Intersection	GT:AF:DP	0/1:0.71:24
chr9	84267021	rs149671487	T	TACACAC,TACAC	1259.73	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.413;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=3;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=18,18;NR=9,9;PP=465,296;ReadPosRankSum=-0.307;SC=AACGTTAAGATACACACACAC;SOR=1.981;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=30;TCF=19;TCR=11;TR=27,27;WE=84267029;WS=84267011;set=Intersection	GT:AF:DP	0/1:0.79:42
chr9	84267147	rs2228173	T	C	4239.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=55;NR=51;PP=2135;SC=TGGCATTCAATTCTGCCATGG;SOR=0.786;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=106;TCF=55;TCR=51;TR=106;WE=84267155;WS=84267137;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,155:1.00:155
chr9	84268716	rs144566392	TAC	T	432.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-1.285;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.873;NF=7;NR=1;PP=276;ReadPosRankSum=-1.690;SC=TCACCATTTCTACAGTGTGCC;SOR=1.371;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=14;TCF=12;TCR=2;TR=8;WE=84268725;WS=84268706;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,12:0.63:19
chr9	84268878	rs2796447	A	G	469.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.682;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=13;PP=252;ReadPosRankSum=0.568;SC=CAGCTGAACAATTTTACTTAC;SOR=0.796;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=65;TCF=31;TCR=34;TR=25;WE=84268886;WS=84268868;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,28:0.34:83
chr9	84275014	rs2627002	C	A	1360.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-1.900;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=5;PP=954;ReadPosRankSum=1.507;SC=AGCTTTCTACCTAAAAGCCTT;SOR=2.303;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=43;TCF=38;TCR=5;TR=42;WE=84275022;WS=84275004;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,47:0.98:48
chr9	84275095	rs2796450	C	T	5393.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.970;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=79;NR=48;PP=2330;ReadPosRankSum=-0.253;SC=ATTTCTTTGCCGTACCTCCCC;SOR=1.036;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=131;TCF=81;TCR=50;TR=127;WE=84275103;WS=84275085;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,207:0.98:211
chr9	84303026	rs2279353	G	A	6176.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=0.821;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=410;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.209;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=97;NR=74;PP=2850;ReadPosRankSum=1.043;SC=CACCGCTGAGGGCGAGAAGGT;SOR=0.812;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=232;TCF=129;TCR=103;TR=171;WE=84303034;WS=84303016;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:123,278:0.69:401
chr9	84562902	rs202044281	A	T	1892.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=2.883;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=369;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.875;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-8.190;NF=41;NR=42;PP=1090;ReadPosRankSum=1.247;SC=TATGAAGCCCATATTAAATCT;SOR=0.610;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=270;TCF=125;TCR=145;TR=83;WE=84562910;WS=84562892;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:256,111:0.30:367
chr9	85597720	rs66792515	CAGAG	C,CAGAGAGAG	2907.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.686;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=1.625;HP=2;HapScore=3;MGOF=11;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.363;NF=2,2;NR=69,69;PP=2997,1960;ReadPosRankSum=-1.054;SC=TAGAGAGAGACAGAGAGAGAG;SOR=1.291;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=115;TCF=2;TCR=113;TR=71,71;WE=85597733;WS=85597710;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.37,0.55:104
chr9	85619330	.	T	TTTTATTCTATTA	353.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=0.752;ClippingRankSum=0.000;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.015;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=2;PP=614;ReadPosRankSum=-1.343;SC=TATTCTATTATTTTAATCCAC;SOR=1.609;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=32;TCF=20;TCR=12;TR=8;WE=85619338;WS=85619319;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,10:0.28:36
chr9	85619351	rs141850659	ATTTAC	A	460.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-0.194;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=3;PP=50;ReadPosRankSum=-0.111;SC=CTCCAAGGAAATTTACTTTCC;SOR=0.612;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=34;TCF=16;TCR=18;TR=7;WE=85619363;WS=85619341;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,15:0.25:59
chr9	85627408	rs4146960	G	A	552.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.541;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FS=1.704;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.42;ReadPosRankSum=0.375;SOR=0.629;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:69,33:0.32:102
chr9	85627540	rs10121395	A	C	200.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.950;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=4;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=6;PP=209;ReadPosRankSum=-0.471;SC=CCAATTTTCAACATTATGCAA;SOR=0.223;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=22;TCF=3;TCR=19;TR=7;WE=85627562;WS=85627530;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,7:0.33:21
chr9	85627554	rs4146961	C	T	178.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-3.315;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=5;PP=209;ReadPosRankSum=-0.059;SC=TATGCAACTTCATAAATCATT;SOR=0.260;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=17;TCF=2;TCR=15;TR=6;WE=85627562;WS=85627530;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,6:0.35:17
chr9	85630621	rs1976455	C	T	802.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.497;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FS=2.242;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.28;ReadPosRankSum=1.257;SOR=0.506;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:103,49:0.32:152
chr9	85677254	rs142099428	AGG	A,AG	4365.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.243;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=5.080;HP=10;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.261;NF=51,51;NR=34,34;PP=419,1020;ReadPosRankSum=-0.398;SC=AGAGAAGACTAGGGGGGGGGG;SOR=0.163;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=100;TCF=58;TCR=42;TR=85,85;WE=85677263;WS=85677244;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.44,0.53:154
chr9	85862792	rs11292389	CT	C	997.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-0.376;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=5;PP=602;ReadPosRankSum=-1.712;SC=AAAGAAATCACTAGCATTGAA;SOR=0.671;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=25;TCF=17;TCR=8;TR=16;WE=85862800;WS=85862782;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,30:0.73:41
chr9	85863091	rs10114696	A	G	1552.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-2.700;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.257;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=29;PP=802;ReadPosRankSum=-0.105;SC=TCAGAATGTCATAGCTCCACG;SOR=0.503;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=165;TCF=102;TCR=63;TR=68;WE=85863099;WS=85863081;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:122,84:0.41:206
chr9	85905666	rs942283	A	G	2094.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=20;NR=27;PP=745;SC=CAAGCCAGACAGAGTTGGTTT;SOR=0.987;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=20;TCR=27;TR=47;WE=85905674;WS=85905656;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
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chr9	85964450	rs4877253	A	G	425.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.748;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.199;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=5;PP=309;ReadPosRankSum=-0.744;SC=GTGTAAGAGAAGCATTCCAAG;SOR=0.902;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=37;TCF=26;TCR=11;TR=19;WE=85964458;WS=85964440;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,21:0.47:45
chr9	85987879	rs142451460	G	GA	140.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.552;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=247;ExcessHet=3.0103;FS=1.554;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.04;MQRankSum=2.111;QD=0.64;ReadPosRankSum=0.371;SOR=0.536;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:182,37:0.17:219
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chr9	86238086	rs2811903	T	C	1426.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=25;NR=12;PP=852;SC=GAGCTTGGGTTATGGCGGCGC;SOR=1.270;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=37;TCF=25;TCR=12;TR=37;WE=86238094;WS=86238076;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr9	86241489	rs2780977	A	G	373.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=6;NR=2;PP=127;SC=GCACCACCACACCCAGCTAAG;SOR=1.473;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=6;TCR=2;TR=8;WE=86241497;WS=86241479;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr9	86243933	rs2811905	G	T	2893.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=19;NR=54;PP=1676;SC=GGATGAGCTCGCTACAGCACT;SOR=1.832;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=73;TCF=19;TCR=54;TR=73;WE=86243941;WS=86243923;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr9	86256381	rs66822704	CATGAT	C	2934.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.024;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=280;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.117;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQ=60.04;MQRankSum=1.511;NF=10;NR=30;PP=1935;ReadPosRankSum=2.458;SC=CATTTGTGAACATGATATAAC;SOR=0.549;SbPval=0.96;Source=Platypus;TC=117;TCF=48;TCR=69;TR=40;WE=86256393;WS=86256371;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:192,85:0.31:277
chr9	86256431	rs2811917	T	A	1664.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.195;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=288;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.956;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.403;NF=29;NR=30;PP=789;ReadPosRankSum=-1.531;SC=GAAGTCACGTTGTGTCTGGGT;SOR=0.705;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=171;TCF=89;TCR=82;TR=59;WE=86256439;WS=86256421;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:187,96:0.34:283
chr9	86278773	rs9314722	T	C	598.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.930;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.07;ReadPosRankSum=-0.795;SOR=0.756;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:80,38:0.32:118
chr9	86278817	rs7866234	C	A	1944.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-1.615;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.413;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=28;PP=1123;ReadPosRankSum=0.339;SC=CAAGAGCCTGCAGCATCTGCT;SOR=0.939;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=87;TCF=48;TCR=39;TR=67;WE=86278825;WS=86278807;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,88:0.68:129
chr9	86279015	rs2781003	C	T	1581.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5003;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=29;PP=409;SC=GAAGCCAGTCCGTAAATCAGT;SOR=1.702;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=11;TCR=29;TR=40;WE=86279033;WS=86279005;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr9	86279025	rs2781002	T	C	114.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.675;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.19;ReadPosRankSum=-0.179;SOR=0.614;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,9:0.25:36
chr9	86279814	rs10868037	G	A	132.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=3.268;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=18;NR=0;PP=345;ReadPosRankSum=0.155;SC=TAGCCTAGGCGAAGGGCGAGA;SOR=1.863;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=35;TCF=31;TCR=4;TR=18;WE=86279822;WS=86279804;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,6:0.50:12
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chr9	86281195	rs12344615	A	G	524.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=2.558;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.757;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=4;PP=420;ReadPosRankSum=-0.840;SC=AAGAGCAAGGAAAAATGTTTA;SOR=1.814;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=62;TCF=46;TCR=16;TR=25;WE=86281203;WS=86281185;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,25:0.34:73
chr9	86284178	rs1044175	C	A	7054.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.865;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=284;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.106;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=79;NR=77;PP=2836;ReadPosRankSum=-0.641;SC=TGTTTTGCATCAGTTGTGGGT;SOR=0.438;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=159;TCF=80;TCR=79;TR=156;WE=86284186;WS=86284168;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,279:0.99:282
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chr9	86327898	rs10119344	C	T	8398.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.251;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=333;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=92;NR=101;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.039;SC=GGATTTTATACGACAGCCAGT;SOR=0.445;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=196;TCF=93;TCR=103;TR=193;WE=86327906;WS=86327888;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,325:0.99:328
chr9	86354511	rs4750	G	C	162.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.152;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=12.52;ReadPosRankSum=2.034;SOR=0.627;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,8:0.62:13
chr9	86354663	.	TA	T	179.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.310;ClippingRankSum=0.000;DP=107;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.89;ReadPosRankSum=2.206;SOR=0.657;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:66,29:0.31:95
chr9	86354810	rs2287373	T	C	187.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=1.893;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=7;PP=145;ReadPosRankSum=0.210;SC=CTACATACTGTTACATTATTT;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=0;TCR=10;TR=7;WE=86354818;WS=86354800;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,7:0.70:10
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chr9	86399815	rs7021357	C	T	602.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.826;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=1.144;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.06;ReadPosRankSum=1.913;SOR=0.435;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,29:0.58:50
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chr9	86894087	rs11309306	CA	C	79.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.023;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.73;ReadPosRankSum=-0.147;SOR=0.437;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,16:0.35:46
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chr9	86920117	rs36082472	GA	G	525.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.754;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=1.394;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.62;MQRankSum=1.330;QD=8.09;ReadPosRankSum=0.641;SOR=0.420;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,47:0.72:65
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chr9	87360106	rs144586764	ACACCT	A	357.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.338;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=3.675;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.18;MQRankSum=1.902;QD=6.17;ReadPosRankSum=1.399;SOR=1.408;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:45,13:0.22:58
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chr9	88275838	rs606606	T	A	702.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.228;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=11;PP=340;ReadPosRankSum=-0.332;SC=ATTTCTAGTATTTAAAAACTT;SOR=0.634;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=34;TCF=18;TCR=16;TR=25;WE=88275846;WS=88275828;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,33:0.69:48
chr9	88287647	rs58395641	AT	A	116.14	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.964;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.30;ReadPosRankSum=-1.108;SOR=0.760;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,11:0.79:14
chr9	88356820	.	A	AGGCGGC	755.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-0.491;ClippingRankSum=0.000;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQ=60.98;MQRankSum=1.219;NF=0;NR=7;PP=323;ReadPosRankSum=1.948;SC=GGCGAGGCGGAGGCGGCGGCG;SOR=0.582;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=0;TCR=11;TR=7;WE=88356828;WS=88356810;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,21:0.70:30
chr9	88618462	rs1328923	C	G	920.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.31;SOR=1.148;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr9	88650586	rs375193474	TA	T	88.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.020;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=1.377;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.13;MQRankSum=1.226;QD=2.22;ReadPosRankSum=0.292;SOR=0.908;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,16:0.40:40
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chr9	88667628	rs11794444	C	T	271.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=2.397;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.088;HP=1;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=12;PP=175;ReadPosRankSum=0.129;SC=GGAAGGAGCTCGCACTCAGCG;SOR=1.431;SbPval=0.92;Source=Platypus;TC=53;TCF=15;TCR=38;TR=14;WE=88667636;WS=88667618;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,18:0.24:75
chr9	88882750	rs34344174	T	TA	48.74	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.383;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=8.12;ReadPosRankSum=-1.383;SOR=0.707;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,5:0.83:6
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chr9	88924057	rs4520250	A	C	1649.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.78;SOR=1.044;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr9	88924985	rs5898925	C	CT	565.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.142;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.36;MQRankSum=0.922;QD=12.04;ReadPosRankSum=0.227;SOR=0.683;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,36:0.77:47
chr9	88925534	rs5898926	ATG	A	1312.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=8;NR=9;PP=786;SC=GATGAAATGAATGTGACTTCT;SOR=1.536;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=19;TCF=10;TCR=9;TR=17;WE=88925543;WS=88925524;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr9	88931992	rs35842173	A	AT	129.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-1.496;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.951;HP=8;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=1;PP=29;ReadPosRankSum=-0.151;SC=GCATCTAAGGATTTTTTTTAT;SOR=0.250;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=19;TCF=13;TCR=6;TR=4;WE=88932000;WS=88931982;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,10:0.37:27
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chr9	88934624	rs700760	G	T	111.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.482;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=1.594;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.61;ReadPosRankSum=1.741;SOR=0.668;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,9:0.29:31
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chr9	90588814	rs570184	C	G	8719.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=342;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=121;NR=84;PP=2965;SC=GTGAGAATACCATGCCCCCCC;SOR=0.928;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=205;TCF=121;TCR=84;TR=205;WE=90588822;WS=90588804;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,338:1.00:338
chr9	90588903	rs665983	C	T	8909.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=336;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=100;NR=123;PP=2965;SC=GGAAGCCGTCCTCCAACCGCC;SOR=0.853;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=224;TCF=100;TCR=124;TR=223;WE=90588911;WS=90588893;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,335:1.00:335
chr9	90654517	rs11789224	C	G	6427.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=246;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=63;NR=107;PP=2965;SC=TATGGCAGACCTGTTTTCCTG;SOR=1.165;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=170;TCF=63;TCR=107;TR=170;WE=90654525;WS=90654507;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,244:1.00:244
chr9	90747372	rs200394656	C	G	1754.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.051;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FS=1.903;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.91;MQRankSum=0.253;QD=17.37;ReadPosRankSum=0.037;SOR=0.460;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,74:0.73:101
chr9	90748837	rs10868714	T	C	629.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=14;PP=334;SC=TTTGGGAGGCTGAGGCAGGTG;SOR=1.609;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=19;TCF=5;TCR=14;TR=19;WE=90748845;WS=90748827;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr9	91083260	rs376917926	CT	C	446.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.113;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.45;ReadPosRankSum=1.059;SOR=0.631;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:113,69:0.38:182
chr9	91262296	rs4543636	G	A	3141.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.112;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.167;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.448;NF=44;NR=50;PP=1395;ReadPosRankSum=1.243;SC=CACTGGTGCCGTCATCATTCA;SOR=0.719;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=143;TCF=69;TCR=74;TR=94;WE=91262304;WS=91262286;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,148:0.66:224
chr9	91262343	rs5899049	A	ATGG	4470.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.346;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.605;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.536;NF=9;NR=48;PP=2805;ReadPosRankSum=-0.949;SC=CTCTGGACACATGGAGAAGAT;SOR=0.835;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=90;TCF=16;TCR=74;TR=57;WE=91262351;WS=91262333;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,113:0.63:178
chr9	91262493	rs72751473	AG	CT	3536.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.049;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.286;HP=2;HapScore=2;JOINED;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=24;PP=1905;ReadPosRankSum=1.099;SC=ACACATTTCCAGGTCTCAGCA;SOR=0.569;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=95;TCF=52;TCR=43;TR=52;WE=91262502;WS=91262483;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,91:0.59:154
chr9	91262597	rs7862585	A	G	802.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.589;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.740;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=22;PP=457;ReadPosRankSum=-1.287;SC=AGGAGAGAGAATAAGTGTCTA;SOR=1.529;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=50;TCF=13;TCR=37;TR=26;WE=91262605;WS=91262587;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,35:0.56:62
chr9	91360612	rs28624420	T	C	535.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.387;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.958;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=6;PP=216;ReadPosRankSum=-1.942;SC=CCATAAAAGATGTCTATGTTG;SOR=0.334;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=25;TCF=18;TCR=7;TR=18;WE=91360620;WS=91360602;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,24:0.80:30
chr9	91606203	rs4877039	C	G	203.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=2.417;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=4;PP=171;ReadPosRankSum=0.662;SC=GCGGGGCGCACGGAGACCAGG;SOR=0.512;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=23;TCF=10;TCR=13;TR=7;WE=91606211;WS=91606193;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,10:0.36:28
chr9	91628546	rs944483	A	C	4635.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=53;NR=70;PP=2339;SC=AAAAAGAGAAAATGGTTTGCT;SOR=0.877;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=123;TCF=53;TCR=70;TR=123;WE=91628554;WS=91628536;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,175:1.00:175
chr9	91652414	rs2282125	A	T	3982.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.821;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=295;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=68;PP=1860;ReadPosRankSum=-1.583;SC=AGTGCCAGGGATGGCCAACAT;SOR=0.707;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=192;TCF=86;TCR=106;TR=120;WE=91652422;WS=91652404;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:103,188:0.65:291
chr9	91653257	rs144228410	TAAA	T	604.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.419;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=6.368;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.28;ReadPosRankSum=1.472;SOR=2.617;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,22:0.63:35
chr9	91653287	rs944481	G	C	412.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.434;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=33;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=16;PP=399;ReadPosRankSum=0.904;SC=TACAGTGAGAGAGATGGAAAT;SOR=0.892;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=29;TCF=2;TCR=27;TR=18;WE=91653295;WS=91653277;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,17:0.68:25
chr9	91656963	rs3750399	T	C	3700.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=0.699;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=246;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.509;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=52;PP=1388;ReadPosRankSum=-0.091;SC=GGTCTTTCCTTGGGCTGCTCT;SOR=0.625;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=134;TCF=63;TCR=71;TR=100;WE=91656971;WS=91656953;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,171:0.70:245
chr9	91666812	rs7021743	C	A	653.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-3.426;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.217;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=7;PP=495;ReadPosRankSum=-0.545;SC=CATATCCCAGCACCGACCAGG;SOR=0.132;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=33;TCF=26;TCR=7;TR=27;WE=91666820;WS=91666802;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,27:0.82:33
chr9	91667136	rs7025214	C	T	785.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-1.920;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=22;PP=522;ReadPosRankSum=-0.615;SC=ACCTGGGCTCCTCTACAAAGA;SOR=0.776;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=32;TCF=5;TCR=27;TR=26;WE=91667144;WS=91667126;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,32:0.84:38
chr9	91680531	rs3818668	C	G	2469.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=22;NR=45;PP=1478;SC=TGTCACTAATCACAAGTGAGA;SOR=1.338;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=67;TCF=22;TCR=45;TR=67;WE=91680539;WS=91680521;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr9	91680600	rs9410455	A	G	1076.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=25;PP=706;SC=CTCAACCACCAAACAGCTAAA;SOR=2.712;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=5;TCR=25;TR=30;WE=91680608;WS=91680590;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
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chr9	92020153	rs73654775	C	A	1664.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.078;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FS=3.483;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.81;ReadPosRankSum=0.812;SOR=0.412;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:92,49:0.35:141
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chr9	94486321	rs10761129	C	T	2784.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=33;NR=40;PP=1557;SC=TTGACGGGGACGTAGAGCTGC;SOR=0.859;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=73;TCF=33;TCR=40;TR=73;WE=94486329;WS=94486311;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
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chr9	94487459	rs10992065	C	T	2157.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.439;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.799;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=46;PP=1045;ReadPosRankSum=-0.020;SC=GCAGAGCAGCCGGGAGGAGTG;SOR=0.420;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=91;TCF=21;TCR=70;TR=62;WE=94487467;WS=94487449;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,93:0.71:131
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chr9	94518328	rs12683181	C	T	6197.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=242;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=79;NR=67;PP=2571;SC=CAGCAGAACACGGCTTGGGGA;SOR=0.826;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=146;TCF=79;TCR=67;TR=146;WE=94518336;WS=94518318;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,239:1.00:239
chr9	94939615	rs4744122	T	C	3971.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=59;NR=38;SC=CTCATGATTTTGTCAATCCAG;SOR=1.037;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=97;TCF=59;TCR=38;TR=97;WE=94939623;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,146:1.00:146
chr9	94939679	rs80312504	G	A	5129.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=90;NR=51;PP=2715;SC=GATGCCGGCAGTCCAGGCCCC;SOR=1.167;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=142;TCF=90;TCR=52;TR=141;WE=94939687;WS=94939669;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,192:1.00:192
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chr9	94972916	rs1058751	T	A	442.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=14;NR=2;PP=371;SC=TACTGTGAGGTCTCAAGTTAC;SOR=3.126;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=16;TCF=14;TCR=2;TR=16;WE=94972924;WS=94972906;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr9	94972966	rs1058726	A	G	1502.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=39;NR=9;PP=930;SC=TCCAAGCAGCATATTTTACAC;SOR=2.428;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=48;TCF=39;TCR=9;TR=48;WE=94972974;WS=94972956;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr9	94985637	rs556155	T	C	4680.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=68;NR=53;PP=2325;SC=CCTTGTGGCTTTGCATTCAGG;SOR=0.865;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=121;TCF=68;TCR=53;TR=121;WE=94985645;WS=94985627;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,174:1.00:174
chr9	94991112	rs72190547	AATGAGGAGGC	A	1805.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.622;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.305;NF=24;NR=4;PP=2964;ReadPosRankSum=-0.851;SC=CACATGACACAATGAGGAGGC;SOR=2.833;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=29;TCF=25;TCR=4;TR=28;WE=94991129;WS=94991108;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,43:0.98:44
chr9	94991509	rs1175931	A	T	955.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=0.576;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=27;PP=708;ReadPosRankSum=-0.786;SC=AAGCCCTAATATTTTTCCTTT;SOR=2.303;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=31;TCF=3;TCR=28;TR=30;WE=94991517;WS=94991499;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,33:0.97:34
chr9	95002842	.	CT	C	83.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.374;ClippingRankSum=-0.000;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=2.363;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=5.98;ReadPosRankSum=-1.987;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,8:0.57:14
chr9	95004421	rs41280213	G	C	3148.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=51;NR=28;PP=1601;SC=TAGTTCAGTGGAACTCAGGAC;SOR=1.179;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=79;TCF=51;TCR=28;TR=79;WE=95004429;WS=95004411;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr9	95030690	rs2295939	T	C	1266.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=36;PP=812;SC=CCAAACACTCTGGAAACGTGG;SOR=3.033;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=43;TCF=7;TCR=36;TR=43;WE=95030698;WS=95030680;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr9	95042917	rs3736835	G	C	667.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-1.985;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=2;PP=518;ReadPosRankSum=-0.540;SC=AAGTCAGATTGTTTTCAAATA;SOR=2.670;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=21;TCR=2;TR=22;WE=95042925;WS=95042907;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,23:0.96:24
chr9	95048976	rs41276829	T	C	560.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=15;PP=322;SC=TTATTTCTGTTGTCATCACAA;SOR=2.303;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=3;TCR=15;TR=18;WE=95048984;WS=95048966;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr9	95142012	rs41278665	A	G	1607.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.52;SOR=1.092;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr9	95163414	.	A	C	509.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-2.594;ClippingRankSum=0.000;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=5;PP=164;ReadPosRankSum=0.030;SC=TTATTGCCTCATCTTTTTGTA;SOR=0.588;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=18;TCF=9;TCR=9;TR=11;WE=95163422;WS=95163404;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,25:0.78:32
chr9	95219597	rs4744132	G	A	3816.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=43;NR=43;PP=1483;SC=CAAGCTGAACGCTCATTCTGC;SOR=0.734;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=86;TCF=43;TCR=43;TR=86;WE=95219605;WS=95219587;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,149:1.00:149
chr9	95222745	rs187314779	G	A	953.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.019;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FS=8.579;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.09;ReadPosRankSum=-1.321;SOR=1.226;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:172,61:0.26:233
chr9	95374856	rs141428465	T	C	1654.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.054;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.367;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=24;PP=734;ReadPosRankSum=-2.267;SC=ATGGGAAGGTTTTTCCAAAGC;SOR=0.583;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=135;TCF=66;TCR=69;TR=51;WE=95374864;WS=95374846;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:134,85:0.39:219
chr9	95572247	rs10821018	G	A	959.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=12;NR=21;PP=643;SC=GGGCACCCTCGGAGCCGCGGA;SOR=1.308;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=12;TCR=21;TR=33;WE=95572255;WS=95572237;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr9	95580726	rs143411689	TTTTG	T	8057.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.687;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.51;MQRankSum=0.261;QD=43.09;ReadPosRankSum=1.380;SOR=0.449;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,186:0.99:187
chr9	95580745	rs71364316	GT	G	2162.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.164;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FS=1.037;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.23;MQRankSum=0.000;QD=14.71;ReadPosRankSum=-1.685;SOR=0.531;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:17,130:0.88:147
chr9	95618605	rs56121719	T	TA	1068.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.448;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.19;ReadPosRankSum=0.865;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:8,58:0.88:66
chr9	95618657	rs56233957	CA	C	312.94	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=0.429;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5451;FS=0.000;HP=11;HapScore=3;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=27;PP=272;ReadPosRankSum=0.062;SC=TATTTGAATTCAAAAAAAAAA;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=29;TCF=0;TCR=29;TR=27;WE=95618666;WS=95618647;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,19:0.90:21
chr9	95738781	rs3802381	C	A	7577.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=288;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=101;NR=105;PP=2965;SC=TCGACAGTCCCTCCTCCAGTG;SOR=0.722;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=206;TCF=101;TCR=105;TR=206;WE=95738789;WS=95738771;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,282:1.00:282
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chr9	95772738	rs36150183	GGAGA	G	640.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.503;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=4.297;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.16;MQRankSum=-0.653;QD=10.86;ReadPosRankSum=-0.929;SOR=0.287;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:40,19:0.32:59
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chr9	95875556	rs2298242	G	A	857.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=17;PP=505;SC=TAAATGTTCAGGTTCTCTCAG;SOR=1.942;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=21;TCF=4;TCR=17;TR=21;WE=95875564;WS=95875546;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
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chr9	95888630	rs35551956	C	T	2710.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.561;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=31;PP=1455;ReadPosRankSum=-2.318;SC=CTGTCCCAGGCGATGCGAGCA;SOR=0.661;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=165;TCF=113;TCR=52;TR=95;WE=95888638;WS=95888620;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:96,125:0.57:221
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chr9	96015377	rs4744202	A	G	2059.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=50;PP=1422;SC=GAGTCAGAGCATCACTCCCAC;SOR=3.040;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=57;TCF=7;TCR=50;TR=57;WE=96015385;WS=96015367;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
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chr9	96021312	rs10761203	G	A	41671.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.63;BaseQRankSum=1.162;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1633;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=459;NR=407;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.054;SC=TGTGCCTCCCGTGCCACCACC;SOR=0.417;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=876;TCF=466;TCR=410;TR=866;WE=96021320;WS=96021302;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:8,1607:1.00:1615
chr9	96021423	rs45534637	C	T	5119.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=-3.895;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=885;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.885;HP=5;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=89;NR=128;PP=2962;ReadPosRankSum=3.616;SC=GCCCCACCCCCCTGGGGCGCC;SOR=0.543;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=625;TCF=266;TCR=359;TR=217;WE=96021431;WS=96021408;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:561,295:0.34:856
chr9	96024794	rs7854000	T	C	847.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=20;NR=2;PP=556;SC=TGACGCCCCCTGGGTCGTACC;SOR=3.258;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=22;TCF=20;TCR=2;TR=22;WE=96024802;WS=96024784;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr9	96024859	rs1936403	A	G	3077.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=51;NR=29;PP=1650;SC=GGGCTGAGGAAGTGGGGAGGG;SOR=1.189;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=80;TCF=51;TCR=29;TR=80;WE=96024867;WS=96024849;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr9	96025717	rs10649709	C	CAG	2788.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=24;NR=12;PP=1757;SC=TCGCACAGGACGGGCTGCCTC;SOR=1.765;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=36;TCF=24;TCR=12;TR=36;WE=96025725;WS=96025707;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr9	96025771	rs6479467	G	A	3856.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=59;NR=33;PP=1897;SC=GACTGTTCCAGATAAGCTGAC;SOR=1.123;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=92;TCF=59;TCR=33;TR=92;WE=96025779;WS=96025761;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,142:1.00:142
chr9	96026122	rs147436035	T	TG	993.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=20;NR=0;PP=934;SC=GGGGGAGGGGTACTTGGGGGT;SOR=6.518;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=20;TCR=0;TR=20;WE=96026130;WS=96026112;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr9	96030230	rs7856268	T	C	6714.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=251;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=74;NR=100;PP=2965;SC=TGGGAGGTGGTGAGAGTGCAG;SOR=0.934;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=176;TCF=74;TCR=102;TR=174;WE=96030238;WS=96030220;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,247:1.00:247
chr9	96031262	rs1936401	T	C	3953.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=32;NR=64;PP=2190;SC=CCCCACCAAGTAGGTGGCTCG;SOR=1.260;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=96;TCF=32;TCR=64;TR=96;WE=96031270;WS=96031252;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,143:1.00:143
chr9	96051521	rs2169756	A	G	7240.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=255;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=103;NR=74;PP=2965;SC=CCTTGGGTCAACCTGCTCCCC;SOR=0.947;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=177;TCF=103;TCR=74;TR=177;WE=96051529;WS=96051511;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,253:1.00:253
chr9	96052179	rs2306183	G	A	1668.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=27;NR=12;PP=788;SC=TGAGATGAGGGGAGTGGATTT;SOR=1.270;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=39;TCF=27;TCR=12;TR=39;WE=96052187;WS=96052169;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr9	96079951	rs34038932	G	A	12837.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.943;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=894;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.42;ReadPosRankSum=2.103;SOR=0.748;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:294,596:0.67:890
chr9	96097673	rs62574460	G	A	1148.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.161;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FS=1.959;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.81;MQRankSum=-0.050;QD=6.21;ReadPosRankSum=-1.323;SOR=0.519;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:124,61:0.33:185
chr9	96097747	rs78436873	C	T	4550.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.477;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=297;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.512;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-4.756;NF=90;NR=89;PP=2845;ReadPosRankSum=-2.100;SC=TTGGGGCTGCCGCTCTGGGCC;SOR=0.798;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=261;TCF=136;TCR=125;TR=179;WE=96097755;WS=96097737;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,207:0.70:297
chr9	96209943	rs10821128	T	C	2227.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-0.915;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.273;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=35;PP=952;ReadPosRankSum=1.781;SC=GTGGTTTTCTTTGAGACTTTG;SOR=0.833;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=92;TCF=36;TCR=56;TR=56;WE=96209951;WS=96209933;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,106:0.64:166
chr9	96214928	rs1055710	G	A	2551.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-0.340;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.926;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=36;PP=1112;ReadPosRankSum=0.389;SC=GGCTGGGAGAGAGCCCCGGAC;SOR=0.730;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=91;TCF=43;TCR=48;TR=65;WE=96214936;WS=96214918;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,115:0.68:168
chr9	96238578	rs10821135	C	T	2858.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.882;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=43;PP=1237;ReadPosRankSum=-0.781;SC=CTTCCTTTCACTGGAGTTTAC;SOR=0.731;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=111;TCF=49;TCR=62;TR=76;WE=96238586;WS=96238568;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,131:0.69:190
chr9	96238731	rs10821136	C	T	349.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-2.457;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=13;PP=256;ReadPosRankSum=-1.529;SC=GTTAGCAATACCATGTTTTCC;SOR=0.420;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=23;TCF=3;TCR=20;TR=16;WE=96238739;WS=96238721;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,15:0.62:24
chr9	96289269	rs10739950	C	T	363.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=2.069;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.917;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=2;PP=255;ReadPosRankSum=-0.142;SC=ATCACCTACCCTTTTGAAGCA;SOR=0.197;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=22;TCF=20;TCR=2;TR=14;WE=96289277;WS=96289268;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,15:0.62:24
chr9	96292025	rs10761232	A	T	98.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.465;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.522;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=4;PP=48;ReadPosRankSum=-0.316;SC=AAAGATGAACATTTATAACTG;SOR=0.204;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=13;TCF=3;TCR=10;TR=6;WE=96292033;WS=96292015;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,6:0.46:13
chr9	96392182	rs10992812	G	A	4530.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=53;NR=54;PP=1847;SC=TCTCCCTAGAGCTTCGCAGAT;SOR=0.727;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=107;TCF=53;TCR=54;TR=107;WE=96392190;WS=96392172;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,177:1.00:177
chr9	96398508	rs2398851	A	G	686.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=2;PP=454;SC=AGGTCGAGGTAGGGGGTTGAC;SOR=2.737;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=17;TCF=15;TCR=2;TR=17;WE=96398516;WS=96398498;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr9	96407822	rs6479500	A	G	2024.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=37;NR=21;PP=1012;SC=ACCCAGGCTCACCTCTCCAGC;SOR=1.096;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=58;TCF=37;TCR=21;TR=58;WE=96407830;WS=96407812;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr9	96407848	rs7851271	A	G	3116.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=0.741;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=30;PP=1291;ReadPosRankSum=-1.058;SC=GGCCCTGTCCACACCTGTCCC;SOR=0.945;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=75;TCF=45;TCR=30;TR=75;WE=96407856;WS=96407838;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,122:0.98:124
chr9	96415653	rs3750354	C	T	1888.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=38;PP=1111;SC=TCAAGGTGAGCCACGCCCCTC;SOR=1.644;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=53;TCF=15;TCR=38;TR=53;WE=96415661;WS=96415643;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr9	96420390	rs3763605	A	G	3310.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=32;NR=33;PP=1178;SC=TGTGGGCAGCAGGCACCCACC;SOR=0.859;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=65;TCF=32;TCR=33;TR=65;WE=96420398;WS=96420380;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chr9	96422420	rs10992836	T	C	8102.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=306;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=116;NR=78;PP=2965;SC=GTGGACCGTCTTGGGCCACAG;SOR=1.000;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=194;TCF=116;TCR=78;TR=194;WE=96422428;WS=96422410;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,303:1.00:303
chr9	96425138	rs3750358	T	C	947.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=23;NR=2;PP=680;SC=TCAAGAGAGTTCCACCAGCCC;SOR=3.407;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=25;TCF=23;TCR=2;TR=25;WE=96425146;WS=96425128;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr9	96425363	rs3750359	G	A	3894.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=53;NR=72;PP=2134;SC=GTGAGTGTGAGCAGAGGTGAA;SOR=0.923;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=125;TCF=53;TCR=72;TR=125;WE=96425371;WS=96425353;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,152:1.00:152
chr9	96425777	rs7036592	C	T	801.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=18;NR=5;PP=455;SC=GGCTCAGGGACGGCCCTGGTC;SOR=1.942;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=23;TCF=18;TCR=5;TR=23;WE=96425785;WS=96425767;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr9	96426049	rs112327078	T	TCACA	807.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQ=60.43;NF=0;NR=13;PP=668;SC=ACTCTGCATCTCACACACACC;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=0;TCR=18;TR=13;WE=96426057;WS=96426039;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr9	96428457	rs10992840	A	G	576.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=13;PP=375;SC=ATGAGATGGCAAAGGGGCCCC;SOR=2.093;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=16;TCF=3;TCR=13;TR=16;WE=96428465;WS=96428447;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
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chr9	97191379	rs7036474	G	A	1097.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-2.060;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.203;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=2.109;NF=31;NR=7;PP=632;ReadPosRankSum=0.304;SC=TCATTGCAGGGCTCATTTATG;SOR=0.505;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=58;TCF=47;TCR=11;TR=38;WE=97191387;WS=97191369;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,45:0.68:66
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chr9	97218342	rs2277182	C	T	254.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.475;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.048;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=2;PP=191;ReadPosRankSum=0.000;SC=CCATTCGTTTCCTCCAGTGTC;SOR=1.473;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=20;TCF=16;TCR=4;TR=12;WE=97218350;WS=97218332;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,12:0.55:22
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chr9	97219735	rs112270671	A	AT	1192.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.041;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=10;HapScore=4;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=17;PP=473;ReadPosRankSum=0.285;SC=TATTCATTGCATTTTTTTTTT;SOR=0.764;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=55;TCF=29;TCR=26;TR=35;WE=97219743;WS=97219725;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,68:0.67:101
chr9	97221434	rs9409765	G	A	3573.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.303;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=260;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.602;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=46;PP=1429;ReadPosRankSum=1.315;SC=TGTTTTCCACGTTCAACAGGG;SOR=0.579;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=154;TCF=82;TCR=72;TR=95;WE=97221442;WS=97221424;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,165:0.65:252
chr9	97321127	rs1048510	T	C	1340.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.375;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.642;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=12;PP=717;ReadPosRankSum=-0.166;SC=TTACCTTTTGTATACTCATAG;SOR=0.342;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=55;TCF=39;TCR=16;TR=39;WE=97321135;WS=97321117;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,57:0.73:78
chr9	97329737	rs10657369	C	CAG	1618.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.420;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.292;HP=5;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.437;NF=3;NR=13;PP=543;ReadPosRankSum=-0.030;SC=AGCCAGGAAACAAGCCAACCG;SOR=0.488;SbPval=0.17;Source=Platypus;TC=56;TCF=5;TCR=51;TR=16;WE=97329745;WS=97329727;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:95,47:0.33:142
chr9	97329822	rs2987883	A	G	252.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=2.856;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=10;PP=190;ReadPosRankSum=0.808;SC=GTCACTCTGAACCTGCTCTTT;SOR=0.610;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=37;TCF=7;TCR=30;TR=12;WE=97329830;WS=97329812;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,13:0.30:43
chr9	97349666	rs573212	C	G	534.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.318;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FS=3.711;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.49;ReadPosRankSum=-0.482;SOR=0.647;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:85,34:0.29:119
chr9	97365642	rs9695	G	A	939.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=0.228;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.034;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=9;PP=439;ReadPosRankSum=0.467;SC=GCAATTCTCCGGATGCAGGCA;SOR=0.994;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=46;TCF=30;TCR=16;TR=29;WE=97365650;WS=97365632;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,44:0.61:72
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chr9	97369083	rs2297084	G	A	877.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.334;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.109;HP=4;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=9;PP=533;ReadPosRankSum=-0.795;SC=CACCCTCCCCGGGCCCTCACT;SOR=0.922;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=50;TCF=36;TCR=14;TR=33;WE=97369091;WS=97369073;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,39:0.66:59
chr9	97369149	rs1769259	C	T	5225.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=33.29;SOR=0.870;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,157:1.00:157
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chr9	97369151	rs1042144	G	A	916.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.820;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FS=1.305;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.62;ReadPosRankSum=0.383;SOR=0.826;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:109,54:0.33:163
chr9	97380043	rs8192689	G	A	2645.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.677;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=423;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.148;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=42;PP=1059;ReadPosRankSum=-1.188;SC=AAGATATCACGTTTTACCTTT;SOR=0.734;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=263;TCF=133;TCR=130;TR=90;WE=97380051;WS=97380033;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:270,151:0.36:421
chr9	97426330	.	TA	T	164.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.365;ClippingRankSum=0.000;DP=131;ExcessHet=3.0103;FS=1.933;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.35;ReadPosRankSum=-2.136;SOR=0.983;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:90,32:0.26:122
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chr9	97768286	rs10761364	T	C	1463.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.68;SOR=0.960;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
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chr9	98221861	rs2236406	T	C	169.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.150;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.195;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=7;NR=0;PP=131;ReadPosRankSum=-0.000;SC=TTCCCAGACCTCCCGATAAAA;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=10;TCR=2;TR=7;WE=98221869;WS=98221851;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,7:0.58:12
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chr9	98229297	rs2274693	G	A	470.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-4.006;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=1;PP=300;ReadPosRankSum=0.444;SC=ACACGTCAGTGTTACATTCTA;SOR=0.818;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=19;TCF=18;TCR=1;TR=15;WE=98229305;WS=98229287;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,18:0.72:25
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chr9	98230924	rs35352942	AT	A	189.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.091;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.25;MQRankSum=1.189;QD=4.52;ReadPosRankSum=-1.999;SOR=0.586;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,20:0.48:42
chr9	98238358	rs2066836	G	A	2175.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.747;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.639;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=22;PP=1048;ReadPosRankSum=0.562;SC=GGATTAACGCGGCCATGAAGA;SOR=0.783;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=100;TCF=66;TCR=34;TR=65;WE=98238366;WS=98238348;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,98:0.64:152
chr9	98240120	rs2297086	G	A	571.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=0.356;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.614;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=16;PP=417;ReadPosRankSum=-1.010;SC=TACATCAAGGGCGTCACATAA;SOR=1.775;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=41;TCF=16;TCR=25;TR=22;WE=98240128;WS=98240110;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,24:0.53:45
chr9	98242112	rs2274694	A	G	615.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=1.561;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=4;PP=406;ReadPosRankSum=1.353;SC=ATTTCTTAATATTCTATGACG;SOR=0.856;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=27;TCF=21;TCR=6;TR=20;WE=98242120;WS=98242102;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,24:0.75:32
chr9	98242925	rs2297087	A	G	1469.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.442;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.110;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=29;PP=776;ReadPosRankSum=-1.002;SC=AACGCATCGTAAAGTAACACG;SOR=0.395;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=71;TCF=25;TCR=46;TR=46;WE=98242933;WS=98242915;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,65:0.70:93
chr9	98242984	rs2297088	G	A	542.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-0.422;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.163;HP=2;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=19;PP=410;ReadPosRankSum=0.137;SC=CAATGCTGCAGTTCTGGGACT;SOR=2.066;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=24;TCF=0;TCR=24;TR=19;WE=98242992;WS=98242974;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,21:0.72:29
chr9	98244242	rs1805154	T	C	4003.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.884;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=272;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.474;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=69;NR=48;PP=1802;ReadPosRankSum=0.679;SC=GGAGGTATGCTGTCCCAGACT;SOR=0.733;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=168;TCF=98;TCR=70;TR=117;WE=98244250;WS=98244232;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,182:0.67:270
chr9	98270320	rs148507954	AGTGAGTGT	A	1017.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.954;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.740;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.241;NF=6;NR=9;PP=915;ReadPosRankSum=1.513;SC=GAGAGGTGTGAGTGAGTGTGT;SOR=1.460;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=19;TCF=8;TCR=11;TR=15;WE=98270335;WS=98270310;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,27:0.75:36
chr9	98270646	.	T	TGCC	525.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.62;BaseQRankSum=-1.609;ClippingRankSum=0.000;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=4;PP=182;ReadPosRankSum=0.546;SC=GAGGCCATGTTGCCGCCGCCG;SOR=0.976;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=1;TCR=9;TR=4;WE=98270654;WS=98270636;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,14:0.64:22
chr9	98278644	rs28591501	C	A	511.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.559;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=1;PP=278;ReadPosRankSum=-1.219;SC=GCTCGCTCCTCCGTCCGCCGC;SOR=0.957;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=26;TCF=23;TCR=3;TR=15;WE=98278652;WS=98278634;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,22:0.61:36
chr9	98668846	rs75504620	C	T	330.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-0.529;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.064;HP=6;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=6;PP=156;ReadPosRankSum=0.243;SC=AGGAAGTTTTCTTCTGATTGC;SOR=0.473;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=57;TCF=39;TCR=18;TR=18;WE=98668854;WS=98668836;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,21:0.31:67
chr9	98669620	.	G	GTTTTT	31.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.068;ClippingRankSum=-0.000;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=5.441;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.84;MQRankSum=-1.068;QD=4.53;ReadPosRankSum=-1.068;SOR=0.027;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,2:0.29:7
chr9	98678164	rs683829	G	T	179.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-2.880;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.805;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=9;PP=95;ReadPosRankSum=0.221;SC=AGCTGAATACGGTCTTGTTTG;SOR=0.330;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=29;TCF=6;TCR=23;TR=12;WE=98678172;WS=98678154;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,12:0.40:30
chr9	98685797	rs3824492	A	G	229.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.663;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=8;PP=130;ReadPosRankSum=-0.454;SC=AAGTGGTGCAATTGTATCAGC;SOR=0.724;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=1;TCR=18;TR=8;WE=98685805;WS=98685787;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,11:0.39:28
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chr9	98694641	rs10760675	T	C	232.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.213;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=6.113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.23;ReadPosRankSum=0.227;SOR=1.126;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,16:0.29:55
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chr9	100194406	rs2045732	T	C	8889.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-0.268;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=343;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=103;NR=89;PP=2965;ReadPosRankSum=2.511;SC=GGAAACTCTGTTGGAGTTAAG;SOR=0.402;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=194;TCF=105;TCR=89;TR=192;WE=100194414;WS=100194396;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,335:0.99:338
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chr9	100433233	rs2805837	G	A	623.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-2.495;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.999;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=6;PP=403;ReadPosRankSum=-0.198;SC=GGGGTCCATTGTTCCTATCAG;SOR=0.473;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=81;TCF=65;TCR=16;TR=27;WE=100433241;WS=100433223;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,32:0.34:94
chr9	100459578	rs1800975	T	C	1155.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.660;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FS=1.726;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.03;ReadPosRankSum=-0.589;SOR=0.656;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:156,74:0.32:230
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chr9	100616700	rs71369530	AGCCGCC	A	881.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.344;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=1.619;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=20.99;ReadPosRankSum=-0.723;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,28:0.67:42
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chr9	100684645	rs3824496	C	T	7278.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=276;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=93;NR=77;PP=2965;SC=CAACGAAGTCCGCTGCCTGGG;SOR=0.816;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=171;TCF=93;TCR=78;TR=170;WE=100684653;WS=100684635;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,274:1.00:274
chr9	100684719	rs3183928	A	C	6082.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=65;NR=90;PP=2965;SC=GAGCCGGCTTAACGCAGCCGC;SOR=0.917;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=155;TCF=65;TCR=90;TR=155;WE=100684727;WS=100684709;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,225:1.00:225
chr9	100684757	rs3183927	A	G	4804.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=41;NR=74;PP=2525;SC=CGAGGCCCCGACTCCTCCAAG;SOR=1.133;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=115;TCF=41;TCR=74;TR=115;WE=100684765;WS=100684747;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,172:1.00:172
chr9	100692237	rs79474766	T	TA	942.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-0.186;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=0;PP=1070;ReadPosRankSum=1.161;SC=TAACAGGGAATACCCAGGATT;SOR=5.283;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=27;TCF=27;TCR=0;TR=25;WE=100692245;WS=100692227;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,27:0.96:28
chr9	100700242	rs199724877	C	CT	148.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.830;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=1.685;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.96;ReadPosRankSum=-0.861;SOR=1.426;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,15:0.50:30
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chr9	100774646	rs987142	A	T	854.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=17;NR=9;PP=461;SC=TTTGTACTATATGCACTTTTC;SOR=1.473;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=17;TCR=9;TR=26;WE=100774654;WS=100774636;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr9	100777705	rs76167314	G	A	211.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.024;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=3.528;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.03;MQRankSum=-5.200;QD=5.29;ReadPosRankSum=0.132;SOR=0.260;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,8:0.20:40
chr9	100777710	rs112073824	T	A	217.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.103;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=3.633;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.98;MQRankSum=-5.051;QD=5.73;ReadPosRankSum=0.407;SOR=0.242;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,8:0.21:38
chr9	100777717	.	C	T	232.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.972;ClippingRankSum=0.000;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=1.651;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.78;MQRankSum=-4.572;QD=7.27;ReadPosRankSum=-0.073;SOR=0.330;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,8:0.25:32
chr9	100777718	.	C	G	235.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.687;ClippingRankSum=0.000;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=1.651;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.78;MQRankSum=-4.572;QD=7.37;ReadPosRankSum=-0.256;SOR=0.330;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,8:0.25:32
chr9	100777730	.	C	A	241.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.307;ClippingRankSum=0.000;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=3.638;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.66;MQRankSum=-4.311;QD=8.34;ReadPosRankSum=0.578;SOR=0.250;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,8:0.28:29
chr9	100777743	rs76372730	G	A	208.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.954;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=1.796;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.15;MQRankSum=-3.954;QD=8.03;ReadPosRankSum=1.485;SOR=0.330;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,7:0.27:26
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chr9	100823135	rs1058446	G	C	437.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.497;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FS=0.753;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.34;ReadPosRankSum=0.286;SOR=0.680;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:98,33:0.25:131
chr9	100839084	rs141471464	C	T	597.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-1.135;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=11;PP=340;ReadPosRankSum=2.011;SC=AGTTGCTGAGCGTCCCTCTAC;SOR=0.664;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=71;TCF=45;TCR=26;TR=28;WE=100839092;WS=100839074;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,33:0.38:87
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chr9	100854765	rs10818475	C	G	321.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.822;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.62;ReadPosRankSum=-1.350;SOR=0.776;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:67,22:0.25:89
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chr9	100881525	rs2761063	C	G	1960.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=-0.707;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.565;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=25;PP=664;ReadPosRankSum=-0.753;SC=CCAAGGGAAACCGAAACCTCG;SOR=0.633;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=87;TCF=37;TCR=50;TR=46;WE=100881533;WS=100881515;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,94:0.55:171
chr9	100889340	rs942165	G	T	285.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.938;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=4.465;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.91;ReadPosRankSum=0.188;SOR=0.177;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,14:0.58:24
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chr9	100965472	rs3739667	C	T	3362.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=57;NR=29;PP=1642;SC=AATGGAAGCCCGAGAGATTCC;SOR=1.304;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=89;TCF=58;TCR=31;TR=86;WE=100965480;WS=100965462;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr9	100970881	rs10985441	A	G	238.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.88;SOR=1.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr9	100971348	rs3739666	T	C	6605.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=260;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=62;NR=91;PP=2482;SC=GTGACTCCAATGCCTGGATCT;SOR=0.941;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=153;TCF=62;TCR=91;TR=153;WE=100971356;WS=100971338;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,259:1.00:259
chr9	100973178	rs3832623	A	AGAGGCCT	1187.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.081;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.90;ReadPosRankSum=0.991;SOR=0.634;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:85,35:0.29:120
chr9	100975694	rs7854249	G	A	550.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.761;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=16;PP=351;ReadPosRankSum=0.380;SC=GCATGATGTGGTAAAGGGACC;SOR=1.022;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=25;TCF=3;TCR=22;TR=18;WE=100975702;WS=100975684;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,23:0.70:33
chr9	100983566	rs7855855	C	G	587.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.300;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.743;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=18;PP=401;ReadPosRankSum=-0.566;SC=CTGGGCGCCACAGTGGGGTAT;SOR=0.836;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=89;TCF=34;TCR=55;TR=28;WE=100983574;WS=100983556;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:94,36:0.28:130
chr9	100991430	rs1573025	C	A	399.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.894;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=12;PP=203;ReadPosRankSum=0.143;SC=TGGCTCTCTCCCTGCTCAAGA;SOR=0.684;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=57;TCF=20;TCR=37;TR=19;WE=100991438;WS=100991420;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,26:0.30:88
chr9	100995721	rs879369	A	G	1246.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-3.335;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.807;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=23;PP=721;ReadPosRankSum=2.936;SC=GTCAGAGGCCAAGGGCTGCTC;SOR=0.457;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=135;TCF=89;TCR=46;TR=57;WE=100995729;WS=100995711;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:99,68:0.41:167
chr9	100995758	rs879368	G	T	2066.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-3.461;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=311;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.958;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=33;PP=805;ReadPosRankSum=0.892;SC=CCACTCTGTGGAGAATCTTCC;SOR=0.585;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=194;TCF=112;TCR=82;TR=74;WE=100995766;WS=100995748;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:187,117:0.38:304
chr9	101006210	rs10818666	T	C	484.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.338;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.76;ReadPosRankSum=1.647;SOR=0.735;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,14:0.37:38
chr9	101006216	rs10818667	A	G	490.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.326;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.26;ReadPosRankSum=0.109;SOR=0.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,14:0.38:37
chr9	101006436	rs10818668	C	A	1603.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.311;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FS=2.314;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.15;ReadPosRankSum=2.265;SOR=0.837;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:86,46:0.35:132
chr9	101006443	rs10818669	T	C	1709.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.189;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FS=1.410;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.05;ReadPosRankSum=-0.975;SOR=0.832;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:81,50:0.38:131
chr9	101014315	rs140182714	G	GA	69.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=0.101;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=10;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=8;PP=74;ReadPosRankSum=2.065;SC=TCTTTCCCAGGAAAAAAAAAA;SOR=0.495;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=24;TCF=1;TCR=23;TR=8;WE=101014323;WS=101014305;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,8:0.33:24
chr9	101053076	rs5010004	C	G	534.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.097;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=11;PP=248;ReadPosRankSum=1.940;SC=GGTAGCTGGGCGCTTACCAGA;SOR=0.660;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=51;TCF=25;TCR=26;TR=22;WE=101053084;WS=101053052;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,32:0.36:89
chr9	101056009	rs10818743	T	G	484.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.018;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FS=1.893;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.62;ReadPosRankSum=0.359;SOR=0.457;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:73,32:0.30:105
chr9	101056122	rs10985765	T	C	2062.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=2.349;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=388;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.401;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=34;PP=1134;ReadPosRankSum=-0.062;SC=GAGGGCTCTGTTGTGTTCCAC;SOR=0.737;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=238;TCF=129;TCR=109;TR=75;WE=101056130;WS=101056112;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:264,118:0.31:382
chr9	101061639	rs970388	C	G	139.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-1.926;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.415;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=6;PP=70;ReadPosRankSum=1.048;SC=TATCCAGCTACAAGACAAAGG;SOR=0.411;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=34;TCF=12;TCR=22;TR=10;WE=101061647;WS=101061629;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,11:0.29:38
chr9	101216587	.	A	G	1059.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=0.535;ClippingRankSum=0.000;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=27;PP=610;ReadPosRankSum=-1.026;SC=CTATTCTTCAATGCCCACAGG;SOR=0.865;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=53;TCF=10;TCR=43;TR=32;WE=101216595;WS=101216577;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,44:0.65:68
chr9	101243021	rs2779547	T	C	617.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=18;NR=1;PP=456;SC=TCCTCGATGATGGTATTGTTC;SOR=3.816;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=19;TCF=18;TCR=1;TR=19;WE=101243029;WS=101243012;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr9	101243364	rs2808557	T	G	3045.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=20;NR=68;PP=2122;SC=CAACATTCCTTCACCTCTGGC;SOR=2.063;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=88;TCF=20;TCR=68;TR=88;WE=101243372;WS=101243354;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr9	101258803	rs16916507	G	A	311.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.965;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FS=0.994;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.00;ReadPosRankSum=-2.412;SOR=0.489;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:56,22:0.28:78
chr9	101258881	rs1000440	T	C	55.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.778;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=2.501;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.80;ReadPosRankSum=-1.501;SOR=1.911;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,5:0.16:31
chr9	101340301	rs2808536	A	C	9074.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=343;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=117;NR=98;PP=2965;SC=TCAAGTGGTTAGGCCCGTATT;SOR=0.797;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=216;TCF=117;TCR=99;TR=215;WE=101340309;WS=101340291;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,343:1.00:343
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chr9	101340425	rs3750343	A	G	4244.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=31;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=30;NR=74;PP=2282;SC=GAGCCCAACAAACAAATCTTT;SOR=1.460;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=105;TCF=31;TCR=74;TR=104;WE=101340433;WS=101340415;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,153:1.00:153
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chr9	101606549	rs1885608	G	T	236.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.065;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.688;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=10;PP=148;ReadPosRankSum=0.668;SC=AAATTAAATAGTTGAATTTTT;SOR=0.357;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=35;TCF=6;TCR=29;TR=13;WE=101606557;WS=101606539;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,13:0.35:37
chr9	101778265	rs2297603	G	T	3459.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-1.827;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=257;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=47;PP=1663;ReadPosRankSum=0.046;SC=CAGGGTCCTGGTGATGAAGAA;SOR=0.717;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=171;TCF=98;TCR=73;TR=111;WE=101778273;WS=101778255;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:95,161:0.63:256
chr9	101782592	rs137989541	AG	A	948.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=1.133;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.642;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=7;PP=765;ReadPosRankSum=-1.432;SC=GACCAGGACCAGGGAATGTCA;SOR=1.325;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=32;TCF=19;TCR=13;TR=22;WE=101782600;WS=101782582;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,32:0.62:52
chr9	101796906	rs11281933	T	TCTCCCTC	82.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.431;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.674;NF=0;NR=19;PP=558;ReadPosRankSum=-0.000;SC=AGAACTTTCTTCTCCCTCCTC;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=39;TCF=0;TCR=39;TR=19;WE=101796914;WS=101796896;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,2:0.50:4
chr9	101814626	rs4142986	C	G	437.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.783;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.146;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=3;PP=221;ReadPosRankSum=-0.370;SC=GCAAACACCACGGCAGAGCTT;SOR=0.889;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=35;TCF=27;TCR=8;TR=14;WE=101814634;WS=101814616;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,21:0.41:51
chr9	101984048	rs35055733	G	C	2040.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.62;BaseQRankSum=0.491;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=332;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.419;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=24;PP=727;ReadPosRankSum=-0.581;SC=CGCTACACCCGCGCGCCTGCA;SOR=0.666;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=150;TCF=74;TCR=76;TR=50;WE=101984056;WS=101984038;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:217,112:0.34:329
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chr9	102068344	rs790287	C	G	1021.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=14;PP=737;SC=ATGACCTAAGCCGCACAAAGA;SOR=0.693;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=28;TCF=14;TCR=14;TR=28;WE=102068352;WS=102068334;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr9	102068832	rs170462	G	A	2697.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=35;NR=25;PP=1243;SC=GTGGTTGTGAGGAAGATCGAG;SOR=0.909;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=61;TCF=36;TCR=25;TR=60;WE=102068840;WS=102068822;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr9	102068912	rs182704	C	T	1251.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.456;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.821;HP=3;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=17;PP=410;ReadPosRankSum=0.453;SC=GGCAGCCCCACCCCGCCTGCC;SOR=0.516;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=55;TCF=23;TCR=32;TR=30;WE=102068920;WS=102068902;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,60:0.67:89
chr9	102589219	rs3832634	G	GT	4445.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-2.019;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=62;PP=2123;ReadPosRankSum=1.312;SC=AAAAACCGCCGTTTTTTACCA;SOR=0.423;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=72;TCF=2;TCR=70;TR=64;WE=102589227;WS=102589209;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,172:0.99:173
chr9	102590927	rs140220595	C	T	1974.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.273;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.410;HP=5;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=28;PP=841;ReadPosRankSum=1.042;SC=CGCATCCCCCCGCGCCCAGCC;SOR=0.799;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=85;TCF=40;TCR=45;TR=50;WE=102590935;WS=102590917;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,90:0.65:139
chr9	102591042	rs12344570	A	G	2668.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=32;NR=39;PP=1478;SC=CGCGCTTGAGAGCCACCCGTA;SOR=0.848;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=73;TCF=33;TCR=40;TR=71;WE=102591050;WS=102591032;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr9	102595685	rs10988904	C	T	8131.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=300;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=88;NR=90;PP=2965;SC=TGATGAATGCCCTTGTCCGAG;SOR=0.707;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=179;TCF=88;TCR=91;TR=178;WE=102595693;WS=102595675;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,296:1.00:296
chr9	102625834	rs7032301	T	C	3173.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=56;NR=27;PP=1644;SC=AGACCTCAATTAGGGATTCAA;SOR=1.412;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=83;TCF=56;TCR=27;TR=83;WE=102625842;WS=102625824;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr9	102690883	rs6478987	A	G	180.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=0;PP=146;SC=TTTGTATGCAACATTCTTAAT;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=6;WE=102690891;WS=102690873;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr9	102691042	rs145402404	CTTCT	C	2348.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=6;NR=16;PP=1073;SC=TAATACCTCCCTTCTTTCTTT;SOR=0.808;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=23;TCF=6;TCR=17;TR=22;WE=102691053;WS=102691032;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
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chr9	104130338	rs73657933	C	T	1104.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.408;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.102;HP=7;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=13;PP=590;ReadPosRankSum=-1.290;SC=TGTCTTTTAACAAAAACAAAA;SOR=1.145;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=62;TCF=39;TCR=23;TR=39;WE=104130346;WS=104130328;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,51:0.57:89
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chr9	104184022	rs4577	G	A	1287.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.198;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FS=2.890;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.70;ReadPosRankSum=-0.059;SOR=1.101;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,60:0.64:94
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chr9	105757756	rs1341205	A	G	900.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=20;PP=519;SC=ATGAAGAGATATTTATTATAT;SOR=3.056;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=21;TCF=1;TCR=20;TR=21;WE=105757764;WS=105757746;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
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chr9	106857908	rs3739736	G	A	2872.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=21;NR=47;PP=1476;SC=GAGACGTCCCGATATTCTCTT;SOR=1.314;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=69;TCF=21;TCR=48;TR=68;WE=106857916;WS=106857898;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr9	106860969	rs10991107	T	C	169.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=4;PP=61;SC=ACTATTGTGCTGTGTCCGGCC;SOR=1.863;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=5;TCF=1;TCR=4;TR=5;WE=106860977;WS=106860959;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr9	106878318	rs35784229	TCTC	T	772.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=13;NR=0;PP=589;SC=AATGGCAGCATCTCCTTTTTC;SOR=5.892;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=14;TCR=0;TR=13;WE=106878328;WS=106878313;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
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chr9	106885616	rs10991114	A	G	1421.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=35;PP=1041;SC=TATATATGATAAAGTTTATTT;SOR=3.912;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=38;TCF=3;TCR=35;TR=38;WE=106885624;WS=106885606;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr9	106888838	rs146077014	ATTAT	A	673.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=11;NR=3;PP=664;SC=GCATGAGATTATTATTTATTT;SOR=2.584;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=16;TCF=13;TCR=3;TR=14;WE=106888849;WS=106888828;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr9	106894211	rs3780535	A	C	211.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=0;PP=129;SC=AATAATGAAAACTGTTTATTT;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=6;WE=106894219;WS=106894201;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr9	106896809	rs7872034	G	A	4348.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=129;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=41;NR=57;PP=1891;SC=AGGTTGCCTTGGGAAATACCT;SOR=0.895;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=98;TCF=41;TCR=57;TR=98;WE=106896817;WS=106896799;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,161:1.00:161
chr9	106896874	rs11281153	T	TATATTATAA	3035.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQ=60.13;NF=2;NR=32;PP=2967;SC=ATCACTTTGCTATATTATAAT;SOR=1.542;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=43;TCF=2;TCR=41;TR=34;WE=106896882;WS=106896864;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
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chr9	107266774	rs1949755	C	G	9555.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=368;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=106;NR=130;PP=2965;SC=CCTCTTCTGCCCTCTCTCCAA;SOR=0.841;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=236;TCF=106;TCR=130;TR=236;WE=107266782;WS=107266764;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,359:1.00:359
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chr9	107266943	rs1403811	G	A	6021.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.796;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=86;NR=73;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.937;SC=GAGATACCCTGTCATCATGAA;SOR=0.765;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=159;TCF=86;TCR=73;TR=159;WE=107266951;WS=107266933;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,228:0.99:230
chr9	107267304	rs7030820	C	T	1670.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.428;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=412;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.14;ReadPosRankSum=2.092;SOR=0.672;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:296,108:0.27:404
chr9	107267352	rs7847413	TA	CG	9816.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.069;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=376;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.209;HP=4;HapScore=1;JOINED;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=67;NR=111;PP=2944;ReadPosRankSum=-0.671;SC=TCACAGGAAATAGACAAATTT;SOR=1.041;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=260;TCF=108;TCR=152;TR=178;WE=107267361;WS=107267342;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:125,244:0.66:369
chr9	107298444	rs41305445	C	T	6440.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.794;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=484;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.531;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=107;NR=94;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.450;SC=CAGCACAGGCCAGCTTGAGGA;SOR=0.636;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=324;TCF=176;TCR=148;TR=201;WE=107298452;WS=107298434;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:186,287:0.61:473
chr9	107331504	rs7026705	C	A	3746.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-2.690;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=251;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=79;NR=41;PP=1998;ReadPosRankSum=-1.194;SC=GGGCTTTCTGCCCACCCAAAG;SOR=0.713;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=186;TCF=122;TCR=64;TR=120;WE=107331512;WS=107331494;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,162:0.66:245
chr9	107360768	rs11314210	GT	G	2316.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-1.047;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=1.415;NF=23;NR=17;PP=1506;ReadPosRankSum=-1.486;SC=TTCTCAGTAGGTGTTTTACTG;SOR=0.653;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=61;TCF=36;TCR=25;TR=40;WE=107360776;WS=107360758;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,67:0.68:99
chr9	107360826	rs1851725	A	G	2763.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.235;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.392;NF=56;NR=40;PP=1334;ReadPosRankSum=2.363;SC=AGGATTCATCATGGGAGTCAT;SOR=0.669;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=138;TCF=81;TCR=57;TR=96;WE=107360834;WS=107360816;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,131:0.68:193
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chr9	107360922	rs1851724	A	G	3286.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-1.903;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.518;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=55;PP=1648;ReadPosRankSum=2.284;SC=CTTCATGTACATGAGGAAGAT;SOR=0.656;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=156;TCF=77;TCR=79;TR=107;WE=107360930;WS=107360912;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,153:0.67:227
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chr9	107457275	rs10820709	A	C	1732.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.593;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=26;PP=1028;ReadPosRankSum=-1.645;SC=CCCTATTGCAAACAGTTCTGA;SOR=0.676;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=87;TCF=45;TCR=42;TR=54;WE=107457283;WS=107457265;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,71:0.62:114
chr9	107457332	rs61742675	C	T	2431.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.875;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.733;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=23;PP=1087;ReadPosRankSum=-0.434;SC=ATCATATTACCTGTGAAATTT;SOR=0.921;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=115;TCF=70;TCR=45;TR=65;WE=107457340;WS=107457322;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,110:0.62:176
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chr9	107510145	rs3753024	G	C	617.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.758;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FS=0.741;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.19;MQRankSum=1.996;QD=5.52;ReadPosRankSum=0.932;SOR=0.593;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:74,38:0.34:112
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chr9	107553478	rs4149331	A	T	343.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.933;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=13;PP=280;ReadPosRankSum=0.305;SC=TCATAATGGGACCATTTTAAG;SOR=0.929;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=22;TCF=3;TCR=19;TR=15;WE=107553486;WS=107553468;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,14:0.67:21
chr9	107554069	rs2066720	C	T	1019.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.429;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.608;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=6;PP=617;ReadPosRankSum=3.036;SC=CAGGGTCCCTCTCTTCTCGAT;SOR=1.270;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=53;TCF=42;TCR=11;TR=33;WE=107554077;WS=107554059;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,42:0.65:65
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chr9	107560647	rs60690601	A	G	1073.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=1.488;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.811;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=13;PP=564;ReadPosRankSum=1.376;SC=TCTTATCCATATCAATCCATG;SOR=0.946;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=59;TCF=37;TCR=22;TR=37;WE=107560655;WS=107560637;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,49:0.58:85
chr9	107562804	rs2230808	T	C	1453.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.182;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=254;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=19;PP=745;ReadPosRankSum=-2.145;SC=GACATTATTTTTGGTGTCCAG;SOR=0.683;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=146;TCF=94;TCR=52;TR=54;WE=107562812;WS=107562794;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:169,83:0.33:252
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chr9	107568705	rs2066716	C	T	2123.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.63;BaseQRankSum=1.129;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.642;HP=4;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=24;PP=669;ReadPosRankSum=0.223;SC=CCTGGCAGGGCGTGTCTCTGC;SOR=0.775;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=65;TCF=29;TCR=36;TR=43;WE=107568713;WS=107568695;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,100:0.67:149
chr9	107581749	rs2254884	A	C	463.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.560;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.737;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=2;PP=219;ReadPosRankSum=-1.516;SC=CTCTTCTGTGATAACAGAAGA;SOR=0.223;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=15;TCF=13;TCR=2;TR=12;WE=107581757;WS=107581739;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,19:0.86:22
chr9	107593182	rs4743763	A	T	2588.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=42;NR=21;PP=1208;SC=ACTGGTTAAAAACAGTGGCTT;SOR=1.214;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=63;TCF=42;TCR=21;TR=63;WE=107593190;WS=107593172;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr9	107593430	rs34121951	TA	T	146.74	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.150;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.34;MQRankSum=0.319;QD=6.67;ReadPosRankSum=0.172;SOR=0.634;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,15:0.68:22
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chr9	107599438	rs4149346	G	GC	920.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=18;PP=808;SC=GACAATGAGCGTTTGGCTCCT;SOR=2.494;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=19;TCF=1;TCR=18;TR=19;WE=107599446;WS=107599428;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr9	107602678	rs2274873	G	A	8602.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.636;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=335;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=92;NR=100;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.078;SC=CCCCTCCCTCGGGATGCCCGC;SOR=0.749;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=196;TCF=93;TCR=103;TR=192;WE=107602686;WS=107602668;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,327:0.99:329
chr9	107620867	rs2230806	C	T	4335.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=68;NR=42;PP=2135;SC=CAGTTTCTCCCTTGGTAGGCC;SOR=1.172;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=111;TCF=68;TCR=43;TR=110;WE=107620875;WS=107620857;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,160:1.00:160
chr9	107621140	rs2243313	A	C	1145.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=31;PP=959;SC=CTTTACTGAAACTCAGAATGT;SOR=3.500;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=34;TCF=3;TCR=31;TR=34;WE=107621148;WS=107621130;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr9	107624029	rs2230805	C	T	2555.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=32;NR=40;PP=1322;SC=GGTTGTGATACAGGAACCCAG;SOR=0.892;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=72;TCF=32;TCR=40;TR=72;WE=107624037;WS=107624019;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr9	107624123	rs34203904	CA	C	177.92	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.509;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.47;ReadPosRankSum=-0.224;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,15:0.88:17
chr9	107651526	rs2275545	A	G	578.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.421;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=13;PP=352;ReadPosRankSum=-1.273;SC=TAATATGGATATCCAATGCCA;SOR=0.784;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=57;TCF=27;TCR=30;TR=24;WE=107651534;WS=107651516;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,32:0.34:95
chr9	107665739	rs2575876	G	A	530.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.635;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.680;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=5;PP=279;ReadPosRankSum=-2.369;SC=TGCCATATCCGGACCACACAG;SOR=0.306;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=48;TCF=39;TCR=9;TR=21;WE=107665747;WS=107665729;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,27:0.47:58
chr9	108007006	.	C	CCAGCCGCCGCTG	342.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-0.469;ClippingRankSum=0.000;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=4;PP=914;ReadPosRankSum=-0.204;SC=CTCTTGAGTACCAGCCGCCGC;SOR=0.743;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=4;WE=108007014;WS=108006996;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,9:0.41:22
chr9	108059561	rs327993	C	T	75.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.405;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FS=1.131;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.90;ReadPosRankSum=-0.246;SOR=0.935;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:70,14:0.17:84
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chr9	108060515	rs2036876	G	A	1854.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=17;NR=30;PP=970;SC=CTAGGAACAAGATGAAAATGC;SOR=1.131;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=17;TCR=30;TR=47;WE=108060523;WS=108060505;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
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chr9	108402607	rs1854125	G	A	211.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=2.008;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.392;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=7;PP=137;ReadPosRankSum=1.140;SC=TAAGGCAGGTGGATCACTTGA;SOR=1.552;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=13;TCF=2;TCR=11;TR=8;WE=108402615;WS=108402597;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,9:0.53:17
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chr9	109691676	rs3814538	A	G	4147.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=2.388;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=292;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.862;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=72;PP=2388;ReadPosRankSum=0.186;SC=GAGAGAGGCAACTTTGAGAAA;SOR=0.479;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=216;TCF=98;TCR=118;TR=138;WE=109691684;WS=109691666;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:104,180:0.63:284
chr9	109773145	rs10217192	A	T	931.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=1.724;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.573;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=16;PP=481;ReadPosRankSum=-1.401;SC=GAAGAAATCCACCCAAAAGAG;SOR=0.777;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=144;TCF=81;TCR=63;TR=41;WE=109773153;WS=109773135;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:148,58:0.28:206
chr9	110047132	rs10733562	G	C	3954.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=44;NR=57;PP=1966;SC=GCAAATTACGGTTAGTTTCAT;SOR=0.895;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=101;TCF=44;TCR=57;TR=101;WE=110047140;WS=110047122;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,150:1.00:150
chr9	110047316	rs10739234	A	G	78.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.601;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=6.56;ReadPosRankSum=-1.566;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,5:0.42:12
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chr9	110081018	rs1805335	A	G	758.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.608;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=1.058;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.24;ReadPosRankSum=0.651;SOR=0.520;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,38:0.61:62
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chr9	110093970	rs3056494	CA	C,CAA	3510.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.039;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=292;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.04;MQRankSum=0.368;QD=12.67;ReadPosRankSum=1.789;SOR=0.728;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:27,167,83:0.60,0.30:277
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chr9	111616818	rs3750466	T	C	257.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=28.64;SOR=2.093;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr9	111625913	rs4978370	A	G	9283.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-2.317;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=361;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=95;NR=123;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.890;SC=GCTTCTGAACAGCGACGAGGA;SOR=0.294;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=219;TCF=95;TCR=124;TR=218;WE=111625921;WS=111625903;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,358:1.00:359
chr9	111637331	rs1981268	CC	AG	6265.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;JOINED;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=36;NR=54;PP=2947;SC=AATCCCTACCCCCAGAAAACA;SOR=1.108;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=96;TCF=38;TCR=58;TR=90;WE=111637340;WS=111637321;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,141:1.00:141
chr9	111641627	rs2275496	C	T	1392.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=39;NR=11;PP=1003;SC=ATTCTCCCCACTCCCACTACA;SOR=2.215;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=50;TCF=39;TCR=11;TR=50;WE=111641635;WS=111641617;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr9	111653574	rs1063110	C	G	5955.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=58;NR=76;PP=2640;SC=TGCCACATGTCAGAAAGGCTG;SOR=0.856;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=134;TCF=58;TCR=76;TR=134;WE=111653582;WS=111653564;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,223:1.00:223
chr9	111661947	.	TA	T	73.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.824;ClippingRankSum=0.000;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=2.762;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.17;ReadPosRankSum=0.596;SOR=1.493;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,12:0.35:34
chr9	111670513	rs2304779	T	C	4130.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=80;NR=30;PP=2262;SC=AGAACTGTTATCAGATGGCTG;SOR=1.563;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=110;TCF=80;TCR=30;TR=110;WE=111670521;WS=111670503;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,151:1.00:151
chr9	111680926	rs35212638	G	GA	211.84	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.419;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.02;MQRankSum=0.820;QD=13.24;ReadPosRankSum=1.013;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,13:0.81:16
chr9	111712910	rs2780334	G	C	4035.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=45;NR=44;PP=1738;SC=ACGAGCACAGGATCCCTCACT;SOR=0.720;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=89;TCF=45;TCR=44;TR=89;WE=111712932;WS=111712900;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,150:1.00:150
chr9	111712924	rs2289481	G	C	3674.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.383;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=42;PP=1579;ReadPosRankSum=-0.532;SC=CCTCACTTCTGTCTGCTGCCT;SOR=0.241;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=88;TCF=43;TCR=45;TR=84;WE=111712932;WS=111712900;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,139:0.99:140
chr9	111727670	rs7021366	C	G	3220.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQ=59.96;NF=43;NR=28;PP=1346;SC=CGTCTTCCTTCAAACACGTCA;SOR=1.010;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=71;TCF=43;TCR=28;TR=71;WE=111727678;WS=111727660;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr9	111754288	rs838836	T	C	1276.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.60;SOR=0.776;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr9	111755008	rs2297581	C	T	9516.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-2.150;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=371;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.046;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=108;NR=113;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.538;SC=CAGCCTTTATCACTCCTGTTT;SOR=0.258;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=223;TCF=109;TCR=114;TR=221;WE=111755016;WS=111754998;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,364:1.00:365
chr9	111775502	rs7856626	C	G	3357.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=80;NR=30;PP=2083;SC=GGCTGCCTCCCGTCCGGTCGT;SOR=1.863;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=110;TCF=80;TCR=30;TR=110;WE=111775510;WS=111775492;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chr9	111782670	rs10816767	G	A	2739.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=39;NR=32;PP=1329;SC=GAAGGGCAGAGGGCCACAGCT;SOR=0.830;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=71;TCF=39;TCR=32;TR=71;WE=111782678;WS=111782660;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr9	111798751	rs2256253	C	T	1762.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-1.818;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=37;PP=1043;ReadPosRankSum=1.826;SC=TCCTCAACAACTTCCAACAAA;SOR=0.843;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=51;TCF=13;TCR=38;TR=50;WE=111798759;WS=111798741;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,64:0.98:65
chr9	111800234	rs534286	G	A	2232.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=52;NR=13;PP=1497;SC=TTTCCTAGATGTATGTAAAAT;SOR=2.425;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=66;TCF=53;TCR=13;TR=65;WE=111800242;WS=111800224;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr9	111812825	rs614253	C	T	6400.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=3.500;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=274;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=14.375;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=102;NR=68;PP=2812;ReadPosRankSum=-1.313;SC=GGAAATATGACGTGTACTTAT;SOR=0.568;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=177;TCF=102;TCR=75;TR=170;WE=111812833;WS=111812815;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,264:0.99:268
chr9	111822866	rs3750451	C	T	1099.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=10;NR=22;PP=601;SC=AGCCATATTACGTTCTTTCCT;SOR=1.501;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=10;TCR=22;TR=32;WE=111822874;WS=111822856;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr9	111843055	rs497196	A	T	639.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=8;NR=3;PP=226;SC=GCTAGCTTTTAATCCAGACTA;SOR=1.136;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=8;TCR=3;TR=11;WE=111843063;WS=111843045;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr9	111868885	rs2271878	G	A	4679.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=42;NR=69;PP=2361;SC=AGCCAGCCAGGGATGCTGCAA;SOR=1.044;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=113;TCF=44;TCR=69;TR=111;WE=111868893;WS=111868875;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,170:1.00:170
chr9	111881856	rs1051474	T	C	3304.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=53;NR=35;PP=1554;SC=GTGCGCGCGGTGCAGGCGCTG;SOR=1.071;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=89;TCF=54;TCR=35;TR=88;WE=111881864;WS=111881846;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr9	111881927	rs6825	T	C	5603.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=78;NR=61;PP=2889;SC=AAGTGCCGCATAGCACGGCCC;SOR=0.884;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=139;TCF=78;TCR=61;TR=139;WE=111881935;WS=111881917;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,204:1.00:204
chr9	111882167	rs12001627	G	C	2770.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=26;NR=45;PP=1558;SC=GGCTTGGCGCGTCCTTAGGGC;SOR=1.237;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=71;TCF=26;TCR=45;TR=71;WE=111882175;WS=111882157;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr9	111882355	rs10710804	GA	G	492.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=1;NR=8;PP=341;SC=TCCCGAAGGGGAAATGGGGAA;SOR=1.981;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=9;WE=111882363;WS=111882345;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr9	111899928	rs10759329	A	G	1502.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=10;NR=37;PP=958;SC=AAAAGAGAAGAGCAGGGGCAA;SOR=2.179;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=49;TCF=11;TCR=38;TR=47;WE=111899936;WS=111899918;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
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chr9	111929624	rs75742991	C	G	39.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.126;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=7.95;ReadPosRankSum=-0.000;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,3:0.60:5
chr9	111936732	rs10733569	G	A	2132.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=38;NR=13;PP=1068;SC=TGGGCGAACAGAGCACACACT;SOR=1.609;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=52;TCF=38;TCR=14;TR=51;WE=111936740;WS=111936722;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr9	111945049	rs3750450	T	G	6088.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.905;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=245;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=66;PP=2359;ReadPosRankSum=-0.091;SC=AGGAAACGGGTTCATTGTATC;SOR=0.736;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=130;TCF=64;TCR=66;TR=130;WE=111945057;WS=111945039;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,237:0.98:241
chr9	111945166	rs10122682	A	G	2966.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.914;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=50;PP=1602;ReadPosRankSum=2.314;SC=AAATGGAACCAAAGGATTCAG;SOR=1.189;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=78;TCF=28;TCR=50;TR=78;WE=111945174;WS=111945156;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,111:0.98:113
chr9	111962418	rs7864511	G	C	1971.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=45;NR=16;PP=1344;SC=TTTGGGGGCTGCTCCCTGGGA;SOR=1.863;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=61;TCF=45;TCR=16;TR=61;WE=111962426;WS=111962408;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr9	112020713	rs893917	A	G	2474.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.486;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=40;PP=1289;ReadPosRankSum=-0.790;SC=TCCTTTCGGGAAGACTTAACT;SOR=0.466;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=64;TCF=23;TCR=41;TR=63;WE=112020721;WS=112020703;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,92:0.99:93
chr9	112025473	rs1982226	C	A	574.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=14;PP=353;SC=AAAGGTAGCGCTATTTAGATA;SOR=3.056;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=15;TCF=1;TCR=14;TR=15;WE=112025481;WS=112025463;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr9	112041925	rs2014890	A	T	2064.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-0.185;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=18;PP=1291;ReadPosRankSum=-0.673;SC=GGCATCCTACAAGCATTGTGA;SOR=1.038;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=71;TCF=52;TCR=19;TR=69;WE=112041933;WS=112041915;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,72:0.99:73
chr9	112069477	rs13290752	T	A	145.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.646;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=1.768;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.63;ReadPosRankSum=-1.095;SOR=0.269;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,10:0.45:22
chr9	112082760	.	GCGCTGCCGCTGC	G	209.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-0.586;ClippingRankSum=0.000;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=2;PP=978;ReadPosRankSum=2.754;SC=TCCGCCCCCTGCGCTGCCGCT;SOR=0.941;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=2;WE=112082779;WS=112082750;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,7:0.30:23
chr9	112151349	rs1371787	C	T	496.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=3.517;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=1;PP=378;ReadPosRankSum=0.174;SC=AGGGCTGAGCCTCCCGTCACT;SOR=1.382;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=30;TCF=28;TCR=2;TR=18;WE=112151357;WS=112151344;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,19:0.63:30
chr9	112170701	rs35463120	T	TAAAC	4204.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=0;NR=54;PP=2379;SC=TTTTTTAAGTTAAACAAACAA;SOR=1.784;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=75;TCF=0;TCR=75;TR=54;WE=112170709;WS=112170691;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr9	112172477	rs2275699	T	G	3864.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=40;NR=50;PP=1944;SC=GCCCTGGGTGTGTGGATCACC;SOR=0.877;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=92;TCF=42;TCR=50;TR=90;WE=112172485;WS=112172467;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,140:1.00:140
chr9	112182649	rs4077728	T	C	396.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=1.445;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=7;PP=261;ReadPosRankSum=0.961;SC=CCTGAGCAAATTCCGCAACAG;SOR=0.896;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=31;TCF=18;TCR=13;TR=18;WE=112182657;WS=112182639;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,20:0.50:40
chr9	112184972	rs111591001	C	CA	298.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.132;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=2.892;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.36;MQRankSum=1.342;QD=5.06;ReadPosRankSum=1.291;SOR=0.361;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,25:0.42:59
chr9	112199408	rs10979864	A	G	128.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=-0.462;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=6;PP=94;ReadPosRankSum=-1.324;SC=CTACTAAAGCAAGTTTTTATT;SOR=1.085;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=1;TCR=15;TR=6;WE=112199416;WS=112199398;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,6:0.38:16
chr9	112207438	rs138487090	C	A	1150.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-1.247;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=7;PP=656;ReadPosRankSum=-1.367;SC=GGGACTTGGTCAAGCAGGAGG;SOR=0.784;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=50;TCF=39;TCR=11;TR=35;WE=112207446;WS=112207428;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,49:0.78:63
chr9	112211182	.	CAA	C	34.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.780;ClippingRankSum=0.000;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.04;ReadPosRankSum=1.110;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,5:0.29:17
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chr9	112225552	.	T	TA	101.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.048;ClippingRankSum=0.000;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=3.992;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.16;ReadPosRankSum=1.046;SOR=0.207;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,14:0.30:47
chr9	112225774	rs2274786	T	C	1373.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.456;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=235;ExcessHet=3.0103;FS=1.680;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.97;ReadPosRankSum=-1.747;SOR=0.576;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:148,82:0.36:230
chr9	112225832	rs3808877	C	G	712.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.294;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.629;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=19;PP=357;ReadPosRankSum=1.153;SC=TACTGTCTGACGGACTCACAG;SOR=0.413;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=102;TCF=36;TCR=66;TR=30;WE=112225840;WS=112225822;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,41:0.34:122
chr9	112625187	rs10816901	A	T	2951.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.952;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.511;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=43;PP=1258;ReadPosRankSum=1.633;SC=AGATCAGGAGACTGCAAGTAG;SOR=0.655;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=121;TCF=56;TCR=65;TR=82;WE=112625195;WS=112625177;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,140:0.64:219
chr9	112629397	rs7044189	G	A	703.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.718;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FS=2.326;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.41;ReadPosRankSum=-1.146;SOR=0.595;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:85,45:0.35:130
chr9	112629444	rs72383578	CTGTGTGTG	C,CTGTGTGTGTGTGTG	946.73	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;NF=1,1;NR=21,21;PP=360,1420;SC=ACATGGTTCTCTGTGTGTGTG;SOR=1.371;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=46;TCF=3;TCR=43;TR=22,22;WE=112629461;WS=112629434;set=Intersection	GT:AF:DP	0/1:0.83:30
chr9	112629858	rs2769154	A	G	1986.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=30;PP=905;SC=CAAGGTAAGCAGCTGATCCCA;SOR=1.288;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=44;TCF=14;TCR=30;TR=44;WE=112629866;WS=112629848;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr9	112778444	rs10116779	A	C	190.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=2.298;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=7;PP=104;ReadPosRankSum=-1.578;SC=CTCTCTACTCACTGAGGTCTT;SOR=0.307;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=23;TCF=2;TCR=21;TR=7;WE=112778452;WS=112778434;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,9:0.38:24
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chr9	112899361	rs4978872	A	C	708.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=2.481;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.493;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=12;PP=371;ReadPosRankSum=-0.655;SC=GCTGCTGCAGAAGCAGTTACA;SOR=0.864;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=84;TCF=43;TCR=41;TR=27;WE=112899379;WS=112899351;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:91,38:0.29:129
chr9	112900341	rs150402481	G	GGAAGCT	1408.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=1.532;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.527;HP=1;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=22;PP=1551;ReadPosRankSum=-1.296;SC=CGACTGTAGAGGAAGCTGAAG;SOR=0.529;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=100;TCF=29;TCR=71;TR=28;WE=112900349;WS=112900331;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:91,41:0.31:132
chr9	112900785	rs3739456	A	G	287.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=3.218;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.169;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=10;PP=152;ReadPosRankSum=1.267;SC=ATGCCCCATCACTGCCCTCCA;SOR=1.230;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=39;TCF=5;TCR=34;TR=11;WE=112900793;WS=112900775;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,15:0.28:53
chr9	112918531	rs10759392	A	G	263.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.539;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=4;PP=155;ReadPosRankSum=0.323;SC=TTTATTTGCCAGTTTTCTTTC;SOR=0.622;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=50;TCF=36;TCR=14;TR=14;WE=112918539;WS=112918521;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,18:0.27:67
chr9	112918581	rs7862044	T	C	1018.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.832;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.197;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=6;PP=491;ReadPosRankSum=-1.053;SC=AAAGGGTATTTTCTTCGTGTT;SOR=0.944;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=101;TCF=70;TCR=31;TR=29;WE=112918589;WS=112918571;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:106,53:0.33:159
chr9	112924558	rs2148989	A	T	223.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.200;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=7;PP=147;ReadPosRankSum=-0.934;SC=CTGTTCTGAAATATGGGACTG;SOR=0.527;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=30;TCF=8;TCR=22;TR=10;WE=112924566;WS=112924548;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,14:0.33:42
chr9	112963504	rs10120707	A	G	2320.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.742;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=417;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=43;PP=1015;ReadPosRankSum=0.302;SC=GGAGCCTTTGATCAGATCCCA;SOR=0.723;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=277;TCF=140;TCR=137;TR=87;WE=112963512;WS=112963494;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:278,134:0.33:412
chr9	113006420	rs5843	A	G	481.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.635;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FS=7.659;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.52;ReadPosRankSum=-1.931;SOR=0.294;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:101,36:0.26:137
chr9	113007289	rs4135220	T	G	776.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.246;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.707;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQ=60.08;MQRankSum=1.390;NF=13;NR=22;PP=403;ReadPosRankSum=-0.297;SC=TATAATGGCATTACAAAAGCC;SOR=0.836;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=104;TCF=41;TCR=63;TR=35;WE=113007297;WS=113007279;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,44:0.35:127
chr9	113007319	rs4135219	TGAA	T	697.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=0.642;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.508;NF=1;NR=18;PP=706;ReadPosRankSum=-1.021;SC=ATATTCTCAATGAAGAAGTTT;SOR=0.765;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=61;TCF=3;TCR=58;TR=19;WE=113007329;WS=113007309;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,22:0.31:70
chr9	113128844	.	GA	G	269.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.586;ClippingRankSum=0.000;DP=138;ExcessHet=3.0103;FS=2.328;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.08;MQRankSum=0.000;QD=2.52;ReadPosRankSum=-2.446;SOR=0.386;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:72,35:0.33:107
chr9	113132221	rs17204533	G	A	1118.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=14;PP=385;ReadPosRankSum=-1.880;SC=GTTATGTCCCGTCCAAGAAGA;SOR=0.734;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=129;TCF=74;TCR=55;TR=36;WE=113132229;WS=113132211;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:146,68:0.32:214
chr9	113137745	.	TAAAA	T	630.86	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.635;ClippingRankSum=0.000;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.26;ReadPosRankSum=1.134;SOR=0.569;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,21:0.81:26
chr9	113139713	rs7873506	T	C	1872.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.038;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.772;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=36;PP=966;ReadPosRankSum=-1.091;SC=GAAAATAGAATTGCCCCTTTA;SOR=0.870;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=80;TCF=30;TCR=50;TR=57;WE=113139721;WS=113139703;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,82:0.70:117
chr9	113139783	rs2077800	G	A	650.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=1.152;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=21;PP=498;ReadPosRankSum=0.601;SC=TCGAATCTCAGGAGGGAATTT;SOR=0.671;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=34;TCF=5;TCR=29;TR=25;WE=113139791;WS=113139773;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,25:0.74:34
chr9	113166697	rs1410049	T	A	3304.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.395;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=249;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.490;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=28;PP=1259;ReadPosRankSum=-1.212;SC=CGTCCCCATGTACAAGTATAT;SOR=0.748;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=145;TCF=92;TCR=53;TR=79;WE=113166705;WS=113166687;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:91,153:0.63:244
chr9	113168344	rs7850488	G	C	2914.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.645;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.690;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=18;PP=1446;ReadPosRankSum=0.174;SC=GTTCAGAGATGATGTTTTCTT;SOR=0.920;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=119;TCF=85;TCR=34;TR=74;WE=113168352;WS=113168334;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,124:0.64:195
chr9	113169630	rs7046213	TG	CA	9110.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.494;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=348;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=75;PP=2944;ReadPosRankSum=3.208;SC=AGTCAGAGCCTGCTAGAATGT;SOR=0.711;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=221;TCF=107;TCR=114;TR=138;WE=113169639;WS=113169620;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:115,226:0.66:341
chr9	113192403	.	G	GGT	259.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.696;ClippingRankSum=-0.000;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=12.37;ReadPosRankSum=-1.208;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,10:0.48:21
chr9	113192427	rs3739450	T	C	392.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=0.532;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.922;HP=3;HapScore=2;MGOF=27;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=7;PP=126;ReadPosRankSum=0.153;SC=GGGTCATGTTTAAACATGAGC;SOR=1.508;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=20;TCF=6;TCR=14;TR=10;WE=113192435;WS=113192417;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,11:0.55:20
chr9	113192655	rs2986671	T	G	462.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.218;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=7;PP=208;ReadPosRankSum=-0.253;SC=AAATGTGACTTCGGCACCTAC;SOR=0.747;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=70;TCF=42;TCR=28;TR=18;WE=113192663;WS=113192645;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,29:0.27:108
chr9	113192785	rs3739447	A	T	517.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.145;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FS=2.507;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.92;ReadPosRankSum=0.158;SOR=0.940;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:96,36:0.27:132
chr9	113196733	rs7852962	A	C	1565.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.622;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.923;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=30;PP=858;ReadPosRankSum=-1.222;SC=CCTGGCTTTAAATCTTCAGAT;SOR=0.929;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=61;TCF=19;TCR=42;TR=43;WE=113196741;WS=113196723;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,65:0.71:91
chr9	113207962	rs7847560	A	C	1213.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=32;NR=0;PP=830;SC=TACGTTCTTAAAGAACTTGTT;SOR=5.084;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=32;TCF=32;TCR=0;TR=32;WE=113207970;WS=113207959;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr9	113208250	rs7863519	T	G	1786.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=2.008;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.635;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=44;PP=1003;ReadPosRankSum=-1.003;SC=GATGGGAGCATGCCATCTAGC;SOR=1.130;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=100;TCF=27;TCR=73;TR=57;WE=113208258;WS=113208240;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,77:0.60:128
chr9	113212205	rs2095294	G	A	1145.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=30;NR=2;PP=803;SC=GGAATATTCAGCTGTAGCCTA;SOR=4.351;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=32;TCF=30;TCR=2;TR=32;WE=113212213;WS=113212202;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr9	113213726	rs4421419	A	G	12036.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=450;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=107;NR=177;PP=2965;SC=AACTTGACAGAACTTTAAGAC;SOR=1.061;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=285;TCF=108;TCR=177;TR=284;WE=113213734;WS=113213716;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,442:1.00:442
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chr9	113220820	rs10980398	C	T	1681.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.845;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=34;PP=811;ReadPosRankSum=-1.361;SC=TTTCCTCTGCCGCTGAGAAAG;SOR=0.668;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=142;TCF=61;TCR=81;TR=60;WE=113220828;WS=113220810;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:114,86:0.43:200
chr9	113221247	rs7038903	T	C	1815.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.149;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.144;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=27;PP=831;ReadPosRankSum=-0.793;SC=CATTCTGTGATGGATCTGGAA;SOR=0.532;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=97;TCF=61;TCR=36;TR=65;WE=113221255;WS=113221237;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,86:0.60:144
chr9	113228098	rs10980401	G	T	916.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.080;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=14;PP=503;ReadPosRankSum=2.000;SC=TTCATGCATAGAACCTAGTAG;SOR=0.731;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=116;TCF=75;TCR=41;TR=40;WE=113228106;WS=113228088;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:99,51:0.34:150
chr9	113233720	rs10980402	G	A	2189.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.451;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=375;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.973;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=42;PP=1186;ReadPosRankSum=1.088;SC=AATTGCTGTCGGCTATAAGTA;SOR=0.640;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=262;TCF=127;TCR=135;TR=86;WE=113233728;WS=113233710;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:242,121:0.33:363
chr9	113233956	rs7860284	C	T	800.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=22;PP=581;SC=TTTTACCAAACAGAAATACTT;SOR=2.833;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=25;TCF=3;TCR=22;TR=25;WE=113233964;WS=113233946;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr9	113243810	rs3841727	CCTGTCTA	C	1127.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=3.331;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.825;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.619;NF=0;NR=15;PP=1274;ReadPosRankSum=-2.099;SC=AAGGACTCCTCCTGTCTATCG;SOR=2.765;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=0;TCR=22;TR=15;WE=113243828;WS=113243800;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,29:0.76:38
chr9	113243820	rs3818766	G	A	60.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-2.591;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.499;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=5;PP=379;ReadPosRankSum=1.299;SC=CCTGTCTATCGCTATTTCTAG;SOR=0.105;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=23;TCF=4;TCR=19;TR=7;WE=113243828;WS=113243800;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,7:0.21:33
chr9	113259152	rs10817033	T	G	1295.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-1.897;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=291;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=23;PP=549;ReadPosRankSum=0.551;SC=TGGCAGAATCTTGCTGTTCCA;SOR=0.664;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=152;TCF=78;TCR=74;TR=47;WE=113259160;WS=113259142;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:201,86:0.30:287
chr9	113308284	rs2991363	A	T	3043.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=67;NR=22;PP=1999;SC=TGTGCCACTGACCCCACACAC;SOR=2.215;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=89;TCF=67;TCR=22;TR=89;WE=113308292;WS=113308274;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr9	113312231	rs61751937	G	C	3881.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.803;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=267;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.010;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=54;PP=1893;ReadPosRankSum=-0.174;SC=TTCAGCTCTCGAATGTTCCCT;SOR=0.606;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=178;TCF=95;TCR=83;TR=115;WE=113312239;WS=113312221;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,176:0.67:262
chr9	113449271	rs7869057	G	C	456.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=11;NR=1;PP=269;SC=TTATTCAGAAGTCACTCAAGT;SOR=3.258;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=12;TCF=11;TCR=1;TR=12;WE=113449279;WS=113449269;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr9	113457799	rs35176182	A	G	2018.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.635;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.628;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=39;PP=1030;ReadPosRankSum=-0.456;SC=AAAGGGAGACAGCCCTCTCAG;SOR=0.613;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=98;TCF=37;TCR=61;TR=64;WE=113457807;WS=113457789;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,94:0.62:151
chr9	113459655	rs41279051	C	T	3280.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.033;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=48;PP=1275;ReadPosRankSum=0.087;SC=GGATTCATAACGTACAAAAGG;SOR=0.681;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=147;TCF=72;TCR=75;TR=94;WE=113459663;WS=113459645;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,157:0.67:235
chr9	113490776	rs10817087	C	T	807.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=18;NR=4;PP=443;SC=TGTCATTTAACAGTTTGCTTT;SOR=2.226;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=22;TCF=18;TCR=4;TR=22;WE=113490784;WS=113490766;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr9	113490925	rs12551974	G	A	195.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.768;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FS=1.991;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.62;ReadPosRankSum=1.093;SOR=0.961;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:100,21:0.17:121
chr9	113538122	rs2274419	G	A	1465.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.964;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=13;PP=552;ReadPosRankSum=0.299;SC=GGCTGGTAATGGAAGAGAAGA;SOR=0.735;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=61;TCF=35;TCR=26;TR=33;WE=113538130;WS=113538112;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,67:0.66:102
chr9	113547001	rs572189	A	C	1075.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=1.584;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=5;PP=682;ReadPosRankSum=1.174;SC=TAAATATATTATTATCATGAA;SOR=0.569;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=46;TCF=39;TCR=7;TR=34;WE=113547009;WS=113546991;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,41:0.80:51
chr9	113547322	rs484010	T	C	899.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-2.695;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=31;PP=588;ReadPosRankSum=0.291;SC=CAGCTAACCATGTGTAGTAAT;SOR=0.804;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=51;TCF=5;TCR=46;TR=34;WE=113547330;WS=113547312;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,40:0.67:60
chr9	113548111	rs60715454	CAT	C	150.84	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-0.180;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=6;PP=211;ReadPosRankSum=0.792;SC=TATACACACACATATATATAT;SOR=2.584;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=6;WE=113548120;WS=113548101;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,6:0.86:7
chr9	113550168	rs2766999	T	C	4516.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.536;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=320;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.893;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=59;PP=2211;ReadPosRankSum=0.235;SC=ACAGAGGCTTTCCAAGTTTTT;SOR=0.653;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=189;TCF=95;TCR=94;TR=119;WE=113550176;WS=113550158;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:113,197:0.64:310
chr9	113563143	rs578430	G	T	3479.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.643;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=246;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.051;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=62;PP=1815;ReadPosRankSum=-1.690;SC=GAACTGCCCCGTGGAGCTGTA;SOR=0.791;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=166;TCF=74;TCR=92;TR=109;WE=113563151;WS=113563133;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,157:0.66:239
chr9	113800931	rs77865995	C	T	8172.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.62;BaseQRankSum=0.325;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=629;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.537;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=95;NR=112;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.968;SC=GGACCCCTTACCTGGTGTGGC;SOR=0.761;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=319;TCF=152;TCR=167;TR=207;WE=113800939;WS=113800921;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:224,384:0.63:608
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chr9	114170785	rs79202070	TA	T	387.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.255;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.37;ReadPosRankSum=0.789;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:68,47:0.41:115
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chr9	114311918	rs76345666	G	A	324.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.471;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.115;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=4;PP=131;ReadPosRankSum=0.899;SC=GGCAGCGGTCGTGGTGGTGGT;SOR=0.976;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=42;TCF=25;TCR=17;TR=13;WE=114311926;WS=114311908;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,18:0.33:55
chr9	114326557	rs138247149	T	TTTA	458.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.528;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=2.602;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=20.85;ReadPosRankSum=0.041;SOR=2.049;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,14:0.64:22
chr9	114341033	rs17320021	T	C	162.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=2.521;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=3;PP=146;ReadPosRankSum=1.041;SC=CTTTATATAGTACTTCCATAA;SOR=0.850;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=26;TCF=18;TCR=8;TR=10;WE=114341041;WS=114341023;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,10:0.26:38
chr9	114341239	rs375892629	GA	G	391.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.019;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=325;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.10;MQRankSum=3.042;QD=1.36;ReadPosRankSum=1.566;SOR=0.745;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:210,79:0.27:289
chr9	114348513	rs2273786	G	A	200.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.523;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.630;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=9;PP=148;ReadPosRankSum=1.503;SC=GAGTCAGGATGCTGTGTGGTT;SOR=1.059;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=26;TCF=5;TCR=21;TR=11;WE=114348521;WS=114348503;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,11:0.33:33
chr9	114356659	rs3739703	C	T	1943.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=13;NR=42;PP=1099;SC=GTTGAGAAACCACCCATGAGG;SOR=1.842;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=55;TCF=13;TCR=42;TR=55;WE=114356667;WS=114356649;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr9	114359624	rs1053959	C	A	2359.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=42;NR=20;PP=1120;SC=GGGAGCTCAGCTGTCTTCAAC;SOR=1.295;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=62;TCF=42;TCR=20;TR=62;WE=114359632;WS=114359614;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr9	114365951	rs12236422	A	G	1536.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-1.776;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.714;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=11;PP=832;ReadPosRankSum=-0.284;SC=GGGCAGTTTCAGAAGCAAATA;SOR=0.953;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=86;TCF=66;TCR=20;TR=54;WE=114365959;WS=114365941;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,72:0.63:115
chr9	114365996	rs10980959	A	T	2966.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.374;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.808;HP=2;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=34;PP=1471;ReadPosRankSum=0.471;SC=CAGGAAACTGAAAGTCTGAGA;SOR=0.871;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=142;TCF=91;TCR=51;TR=98;WE=114366004;WS=114365986;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,138:0.65:211
chr9	114366028	rs966626	T	C	1372.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.879;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=281;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.649;HP=1;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=22;PP=599;ReadPosRankSum=1.451;SC=GTAGACAAGATCACATAGCTA;SOR=0.506;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=177;TCF=107;TCR=70;TR=50;WE=114366036;WS=114366018;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:196,83:0.30:279
chr9	114366094	rs966627	G	C	9749.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=356;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=102;NR=113;PP=2965;SC=CTACACTTTTGTCTGTTCCAT;SOR=0.757;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=216;TCF=102;TCR=114;TR=215;WE=114366102;WS=114366084;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,355:1.00:355
chr9	114371322	rs4978450	T	A,C	3749.77	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=26;NF=20,49;NR=12,29;PP=328,1359;SC=TTTCTGTTCATTCTGGGCTTC;SOR=1.157;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=110;TCF=69;TCR=41;TR=32,78;WE=114371330;WS=114371312;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.36,0.64:159
chr9	114371493	rs12351897	C	T	790.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.227;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=19;PP=406;ReadPosRankSum=1.044;SC=CTTCTCACATCGTTGTTGGGG;SOR=0.675;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=107;TCF=46;TCR=61;TR=34;WE=114371501;WS=114371483;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:114,51:0.31:165
chr9	114375519	rs10980969	G	A	1139.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=1.053;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.558;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=35;PP=842;ReadPosRankSum=0.861;SC=AAACTTCCAGGAAGGACATGA;SOR=1.102;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=58;TCF=5;TCR=53;TR=38;WE=114375527;WS=114375509;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,42:0.64:66
chr9	114411891	rs1322259	C	T	937.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.643;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.361;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=20;PP=368;ReadPosRankSum=-0.416;SC=AAATTCGTGACGAGGAGGAGA;SOR=0.826;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=101;TCF=45;TCR=56;TR=34;WE=114411899;WS=114411881;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,53:0.37:143
chr9	114449219	rs10537471	CT	C	461.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.061;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.05;ReadPosRankSum=-0.618;SOR=1.102;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,39:0.76:51
chr9	114454580	rs1475110	A	G	1527.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=21;NR=27;PP=1097;SC=GTCATTCAAAATGGTGGTTTT;SOR=0.931;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=48;TCF=21;TCR=27;TR=48;WE=114454588;WS=114454570;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr9	114462322	rs6477845	A	G	423.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=-1.145;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.022;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=7;PP=96;ReadPosRankSum=-0.242;SC=TTCTGTAAGCAGATACCTACA;SOR=0.478;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=37;TCF=14;TCR=23;TR=12;WE=114462330;WS=114462312;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,26:0.37:71
chr9	114464487	rs1407390	T	C	177.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-0.060;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.232;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=9;PP=112;ReadPosRankSum=-2.048;SC=TGCCTTCTCATAATTCAATTC;SOR=0.938;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=48;TCF=15;TCR=33;TR=13;WE=114464495;WS=114464477;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,14:0.24:59
chr9	114467442	rs72047905	AAT	A	134.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.503;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.35;ReadPosRankSum=0.063;SOR=0.569;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,10:0.32:31
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chr9	114469078	rs10125413	T	G	230.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=1.759;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.654;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=10;PP=157;ReadPosRankSum=-1.100;SC=GTTATTATTTTGTTGAACTAT;SOR=1.609;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=29;TCF=6;TCR=23;TR=11;WE=114469086;WS=114469068;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,13:0.37:35
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chr9	114804173	rs3849117	G	A	435.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.695;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FS=0.898;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.19;ReadPosRankSum=0.900;SOR=0.830;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:78,26:0.25:104
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chr9	114937659	rs7024998	C	G	95.78	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=11.97;ReadPosRankSum=-0.000;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,6:0.75:8
chr9	114982463	rs7855745	T	C	5944.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.413;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=390;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=89;NR=70;PP=2576;ReadPosRankSum=1.879;SC=CAATTTTTTGTCCAAAAATAT;SOR=0.691;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=225;TCF=125;TCR=100;TR=159;WE=114982471;WS=114982453;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:109,273:0.71:382
chr9	114982549	rs7869523	C	T	4493.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.237;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=292;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.475;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=81;PP=2188;ReadPosRankSum=-2.092;SC=CACGGAGACACTGAAAAGAAC;SOR=0.745;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=195;TCF=78;TCR=117;TR=134;WE=114982557;WS=114982539;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,203:0.70:288
chr9	114986021	rs34621641	C	CAGAA	817.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=0.035;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=1;PP=997;ReadPosRankSum=0.501;SC=ATATCAAACTCAGAGTTATTT;SOR=0.743;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=29;TCF=28;TCR=1;TR=18;WE=114986029;WS=114986014;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,21:0.70:30
chr9	114990841	rs111362962	T	TTATACTATA	355.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-0.298;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.836;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.791;NF=0;NR=3;PP=1105;ReadPosRankSum=-0.426;SC=AAGGCATTTCTTACTCTCCCT;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=3;WE=114990849;WS=114990831;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,10:0.71:14
chr9	114993508	rs943620	C	T	260.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.112;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.431;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=2;PP=125;ReadPosRankSum=-0.930;SC=TAAATCATCACTGTAATTACT;SOR=1.041;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=26;TCF=18;TCR=8;TR=9;WE=114993516;WS=114993498;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,14:0.42:33
chr9	114993790	rs943621	G	A	172.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.467;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.688;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=7;PP=123;ReadPosRankSum=0.132;SC=TTATTTTAAAGCATGGTTTTA;SOR=1.911;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=14;TCF=3;TCR=11;TR=8;WE=114993798;WS=114993780;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,8:0.57:14
chr9	114997288	rs2274519	C	T	620.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-1.320;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.889;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=15;PP=337;ReadPosRankSum=1.091;SC=GATTCTGTTACGGAGTAAAGA;SOR=0.044;SbPval=0.26;Source=Platypus;TC=30;TCF=7;TCR=23;TR=22;WE=114997296;WS=114997278;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,27:0.77:35
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chr9	115014820	.	T	C	155.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.728;ClippingRankSum=-0.000;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=2;PP=107;ReadPosRankSum=-1.687;SC=CATGGAATCATACACTTTAAA;SOR=0.223;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=11;TCF=9;TCR=2;TR=8;WE=115014828;WS=115014810;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,7:0.70:10
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chr9	115052104	rs10121087	A	G	121.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=1;NR=4;PP=76;SC=CAAATTATTCAGTTTGTTAGC;SOR=1.981;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=5;TCF=1;TCR=4;TR=5;WE=115052112;WS=115052094;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr9	115052167	rs7047691	T	C	56.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=2;PP=25;SC=TATTTGTAAATCAATTAGATT;SOR=1.179;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=3;TCF=1;TCR=2;TR=3;WE=115052175;WS=115052157;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr9	115060100	rs34861385	A	AC	1338.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.408;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.74;ReadPosRankSum=1.491;SOR=0.968;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,43:0.83:52
chr9	115060682	rs3808881	G	A	462.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=1.200;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.671;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=4;PP=315;ReadPosRankSum=0.037;SC=GATCTTTAATGCAGACTATTT;SOR=1.358;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=31;TCF=23;TCR=8;TR=19;WE=115060690;WS=115060672;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,20:0.61:33
chr9	115092577	rs2418204	G	A	113.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-2.655;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=0;PP=80;ReadPosRankSum=-0.210;SC=AAAATCCAAAGTTACCTCAGG;SOR=0.892;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=9;TCR=0;TR=5;WE=115092585;WS=115092567;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,5:0.56:9
chr9	115092624	rs2900539	T	A	243.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-2.367;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.199;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=3;PP=123;ReadPosRankSum=-0.141;SC=ATTAAAGACTTTTACACAATA;SOR=0.235;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=17;TCF=13;TCR=4;TR=11;WE=115092632;WS=115092614;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,12:0.63:19
chr9	115095743	rs7040447	T	C	3690.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.076;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=272;ExcessHet=3.0103;FS=2.125;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.72;ReadPosRankSum=0.307;SOR=0.572;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:96,173:0.64:269
chr9	115142330	rs35979933	CG	C	608.27	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.783;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=20.97;ReadPosRankSum=1.634;SOR=0.573;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:4,25:0.86:29
chr9	115142507	rs7867831	A	G	2083.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=26;NR=27;PP=975;SC=CGGGCGAAGGACGCGTCTCGG;SOR=0.693;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=53;TCF=26;TCR=27;TR=53;WE=115142515;WS=115142497;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr9	115179316	rs11447018	A	AT	743.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.936;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.844;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.075;NF=0;NR=13;PP=468;ReadPosRankSum=1.750;SC=CAATCTGCACATAACATTCAT;SOR=0.139;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=37;TCF=0;TCR=37;TR=13;WE=115179324;WS=115179306;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,26:0.48:54
chr9	115216222	rs10538330	GATTA	G	3866.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=25;NR=17;PP=2126;SC=CTGTCCTGCTGATTAATTAAT;SOR=1.927;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=49;TCF=28;TCR=21;TR=42;WE=115216233;WS=115216212;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr9	115249262	rs6477940	T	C	1111.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=22;NR=9;PP=637;SC=CACTTACCTTTGGTGCCCGGC;SOR=1.788;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=22;TCR=9;TR=31;WE=115249270;WS=115249252;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr9	115249433	rs7031191	T	C	4744.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=62;NR=65;PP=1819;SC=CGGGGACGAGTGCGCCGACGC;SOR=0.782;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=128;TCF=62;TCR=66;TR=127;WE=115249441;WS=115249423;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,186:1.00:186
chr9	115450087	rs12346474	T	C	396.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.236;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=4.500;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.73;MQRankSum=0.901;QD=15.87;ReadPosRankSum=1.799;SOR=0.115;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,18:0.72:25
chr9	115450093	rs786970	C	T	953.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=58.67;QD=39.74;SOR=1.270;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr9	115567015	rs139599865	A	ATG	1819.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=17;NR=7;PP=1134;SC=ACTCTCCAGTATGTTTTCATT;SOR=2.303;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=25;TCF=17;TCR=8;TR=24;WE=115567023;WS=115567005;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr9	115567184	rs1891402	T	C	3284.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=39;NR=39;PP=1316;SC=TCGTTATAGTTGATGATCCCA;SOR=0.725;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=78;TCF=39;TCR=39;TR=78;WE=115567192;WS=115567174;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr9	115580008	rs10117709	G	C	3198.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=44;NR=31;PP=1534;SC=AGTTTGACCTGCCAGAATATT;SOR=0.973;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=75;TCF=44;TCR=31;TR=75;WE=115580016;WS=115579998;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr9	115598447	rs6477961	C	T	948.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=27;NR=2;PP=794;SC=TAGTCCTGCCCATGTGAGTGA;SOR=4.479;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=29;TCF=27;TCR=2;TR=29;WE=115598455;WS=115598442;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr9	115600848	rs7023478	T	C	2473.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=35;NR=35;PP=1197;SC=GTGAGCTGGCTGAACCCCTGG;SOR=0.693;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=71;TCF=35;TCR=36;TR=70;WE=115600856;WS=115600838;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr9	115649520	rs3802493	C	T	903.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-3.498;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=13.568;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=8;PP=397;ReadPosRankSum=-1.123;SC=GGAACTGTCTCAAGTGCCTTC;SOR=0.056;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=37;TCF=28;TCR=9;TR=25;WE=115649528;WS=115649510;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,39:0.75:52
chr9	115652836	rs3802492	G	A	577.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.624;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FS=2.234;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.30;ReadPosRankSum=0.084;SOR=0.519;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:133,42:0.24:175
chr9	115652881	rs3802491	G	T	1553.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.342;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.720;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=32;PP=801;ReadPosRankSum=-1.797;SC=CCTGGGACGAGGCCACCACGG;SOR=1.378;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=71;TCF=25;TCR=46;TR=46;WE=115652889;WS=115652871;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,65:0.66:98
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chr9	115931703	rs3810910	G	A	3872.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.685;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=251;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.383;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=53;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.353;SC=GTCAGGGACAGTCTTGTGGAG;SOR=0.575;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=150;TCF=78;TCR=72;TR=106;WE=115931711;WS=115931682;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,170:0.70:244
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chr9	115934022	rs5900041	A	AACCTGGATT	2464.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=2;NR=35;PP=2234;SC=TGGCCTCAGGAACCAGGTGAA;SOR=2.712;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=44;TCF=2;TCR=42;TR=37;WE=115934030;WS=115934012;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
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chr9	115946892	rs10118429	T	A	4683.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=2.355;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=318;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.141;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=82;NR=49;PP=2285;ReadPosRankSum=0.292;SC=ATGCAGGAAATCAAAGAAGAG;SOR=0.953;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=195;TCF=117;TCR=78;TR=131;WE=115946900;WS=115946882;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:98,204:0.68:302
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chr9	115952895	rs12684417	T	C	1896.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=2.149;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.400;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=41;PP=1084;ReadPosRankSum=0.857;SC=TCACTGTGATTAAAGCTCATC;SOR=0.986;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=88;TCF=26;TCR=62;TR=56;WE=115952903;WS=115952885;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,80:0.61:132
chr9	115959199	rs7866432	G	C	6120.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.810;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=398;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.397;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=98;NR=80;PP=2932;ReadPosRankSum=0.515;SC=AAAACACAGAGAGTTTCACTC;SOR=0.649;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=257;TCF=144;TCR=113;TR=178;WE=115959207;WS=115959189;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:120,275:0.70:395
chr9	115961059	rs7874583	G	A	1347.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-2.626;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.168;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=12;PP=746;ReadPosRankSum=-0.404;SC=ATAAAAAAAGGAATTCCACAA;SOR=0.455;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=59;TCF=44;TCR=15;TR=43;WE=115961067;WS=115961049;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,57:0.76:75
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chr9	115962377	rs55660432	G	A	60.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.016;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=6.08;ReadPosRankSum=1.309;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,4:0.40:10
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chr9	115965339	rs67487726	GA	G	1318.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.394;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FS=2.335;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.07;MQRankSum=0.788;QD=9.22;ReadPosRankSum=0.225;SOR=0.514;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:56,87:0.61:143
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chr9	115968797	rs1133618	C	T	1505.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.059;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.601;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=27;PP=631;ReadPosRankSum=-0.093;SC=ACCTCTCTGGCTGTGTGGTTC;SOR=0.750;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=92;TCF=42;TCR=50;TR=49;WE=115968805;WS=115968787;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,73:0.49:148
chr9	115968932	rs142259071	ACAGAAGTGGGAACAACAGTCATTCAGCCTCTAGG	A	804.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.127;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=1.586;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.92;MQRankSum=-0.789;QD=22.35;ReadPosRankSum=0.594;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,21:0.58:36
chr9	115968991	rs150300022	AATTTTTTT	A	394.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.551;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.70;MQRankSum=0.000;QD=30.36;ReadPosRankSum=-1.512;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,12:0.92:13
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chr9	115969433	rs5900043	T	TAGA	2906.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=40;NR=10;PP=2636;SC=CGAGAAAAAGTAGCTTAACTG;SOR=2.658;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=52;TCF=41;TCR=11;TR=50;WE=115969441;WS=115969413;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr9	116046476	rs117326898	G	A	311.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-1.734;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.153;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=0;PP=146;ReadPosRankSum=-2.508;SC=GGTTAAAACTGAAAAGCTGCT;SOR=1.241;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=49;TCF=42;TCR=7;TR=12;WE=116046484;WS=116046466;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,17:0.29:59
chr9	116050720	.	C	CT	69.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.258;ClippingRankSum=-0.000;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=4.98;ReadPosRankSum=0.376;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,7:0.50:14
chr9	116091342	rs3810921	T	C	3999.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.082;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=326;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=74;PP=1575;ReadPosRankSum=-1.008;SC=ACTCCCTCTCTGCTCAGGAAC;SOR=0.672;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=205;TCF=87;TCR=118;TR=131;WE=116091350;WS=116091332;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:125,194:0.61:319
chr9	116093126	rs66790147	C	A	1013.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.649;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.073;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=7;PP=721;ReadPosRankSum=1.689;SC=GGATTTAAATCCAGTCTTTCT;SOR=0.965;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=60;TCF=49;TCR=11;TR=37;WE=116093134;WS=116093116;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,42:0.58:73
chr9	116116483	rs10981762	A	G	549.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=1.127;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=5;PP=386;ReadPosRankSum=-1.365;SC=GCTCAGGTACATGGACCAAGA;SOR=0.898;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=32;TCF=24;TCR=8;TR=22;WE=116116491;WS=116116473;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,24:0.69:35
chr9	116116626	rs10981763	C	G	2202.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.565;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.218;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=33;PP=1032;ReadPosRankSum=-0.750;SC=GTGGTAATTCCTCTTCTTTCC;SOR=0.585;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=103;TCF=55;TCR=48;TR=68;WE=116116634;WS=116116616;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,103:0.60:171
chr9	116122954	rs752757	A	G	1086.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.904;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.823;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=18;PP=456;ReadPosRankSum=-0.800;SC=CGCTGCAGAAACTTGACACCA;SOR=0.833;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=50;TCF=18;TCR=32;TR=27;WE=116122962;WS=116122944;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,50:0.57:87
chr9	116124523	rs7041125	C	G	1475.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.156;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.566;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=17;PP=880;ReadPosRankSum=-1.344;SC=TTATGCTGGTCTTAAAGACTA;SOR=1.162;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=84;TCF=54;TCR=30;TR=55;WE=116124531;WS=116124513;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,65:0.66:98
chr9	116130510	rs113186853	ATC	A	2593.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.192;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=20;PP=1249;ReadPosRankSum=0.877;SC=ACCATCCTGAATCTCTGTCTC;SOR=0.702;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=101;TCF=42;TCR=59;TR=32;WE=116130519;WS=116130500;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:144,75:0.34:219
chr9	116131873	rs3827661	A	C	2341.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.126;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.372;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=27;PP=1300;ReadPosRankSum=1.570;SC=GCCCTCGGCAACTCTGAGAAT;SOR=0.545;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=117;TCF=78;TCR=39;TR=75;WE=116131881;WS=116131863;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,101:0.65:156
chr9	116132275	rs3750529	G	A	1385.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.501;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=268;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.011;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=35;PP=689;ReadPosRankSum=-0.654;SC=CAGCCCAGCTGGGTGTAGTGC;SOR=0.904;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=174;TCF=69;TCR=105;TR=55;WE=116132283;WS=116132265;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:178,81:0.31:259
chr9	116136155	rs17765613	G	A	6763.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=2.163;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=468;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=100;NR=96;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.976;SC=CAGCAGCCTCGGAGGTCAGCA;SOR=0.670;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=304;TCF=158;TCR=146;TR=196;WE=116136163;WS=116136145;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:158,300:0.66:458
chr9	116136198	rs1043836	C	T	2664.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.836;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=465;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=59;PP=1346;ReadPosRankSum=-0.169;SC=GCCAAGGCCCCCCAGGATGCC;SOR=0.724;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=290;TCF=123;TCR=167;TR=102;WE=116136206;WS=116136188;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:310,151:0.33:461
chr9	116151191	rs1805313	A	G	2625.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.467;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.968;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=27;PP=1345;ReadPosRankSum=0.239;SC=GTCGTTCCCCAATCTAGGCAG;SOR=0.871;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=130;TCF=84;TCR=46;TR=87;WE=116151199;WS=116151181;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,123:0.66:186
chr9	116152891	rs8177807	A	G	4488.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.894;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=314;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=62;PP=1813;ReadPosRankSum=0.721;SC=GCATACGCCAATGCCACCTCA;SOR=0.695;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=166;TCF=76;TCR=90;TR=112;WE=116152899;WS=116152881;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:104,206:0.66:310
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chr9	116153066	rs8177805	G	A	1746.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=0.535;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.428;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=32;PP=1198;ReadPosRankSum=-0.907;SC=TGGTGGGAGGGAGGGAACTCA;SOR=0.650;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=111;TCF=57;TCR=54;TR=63;WE=116153074;WS=116153056;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,74:0.58:127
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chr9	116185569	rs41312200	A	G	727.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=2.106;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.767;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=9;PP=432;ReadPosRankSum=-1.635;SC=GCTAAAAAGAATGCTTTGGAG;SOR=0.844;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=95;TCF=64;TCR=31;TR=30;WE=116185577;WS=116185559;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,38:0.32:117
chr9	116187302	rs111748634	C	G	1179.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.271;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=278;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.048;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=23;PP=653;ReadPosRankSum=0.639;SC=TCTCCAGAGACCAGCACTGCG;SOR=0.701;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=159;TCF=79;TCR=80;TR=47;WE=116187310;WS=116187292;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:199,74:0.27:273
chr9	116187645	.	G	GGCA	1315.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.285;ClippingRankSum=0.000;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.442;NF=4;NR=13;PP=625;ReadPosRankSum=0.408;SC=CAGCAGCAGCGGCAGCAGCAG;SOR=0.770;SbPval=0.24;Source=Platypus;TC=48;TCF=7;TCR=41;TR=17;WE=116187653;WS=116187635;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,40:0.34:117
chr9	116187810	rs111500435	A	T	116.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.268;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.519;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=4;PP=78;ReadPosRankSum=-0.953;SC=GTTATAGATAAAAAGTTCTTG;SOR=0.420;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=30;TCF=17;TCR=13;TR=7;WE=116187818;WS=116187800;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,8:0.22:37
chr9	116191205	rs111841972	A	C	1140.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.188;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.146;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=21;PP=575;ReadPosRankSum=-1.114;SC=CCAAAGATGAACTACTATGAC;SOR=0.589;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=138;TCF=77;TCR=61;TR=44;WE=116191213;WS=116191195;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:142,68:0.32:210
chr9	116191244	rs78738447	G	A	2931.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.186;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.079;HP=5;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=49;PP=1434;ReadPosRankSum=0.977;SC=AGTGTAAAAAGTAAGTTACTA;SOR=0.709;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=147;TCF=72;TCR=75;TR=95;WE=116191252;WS=116191234;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,136:0.62:218
chr9	116223943	rs112723896	C	T	879.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.815;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FS=0.599;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.09;ReadPosRankSum=-0.037;SOR=0.636;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:118,55:0.32:173
chr9	116224171	rs143610280	CT	C	331.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.124;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.375;NF=1;NR=12;PP=347;ReadPosRankSum=0.738;SC=ATCACCTTCCCTTTTCCCTGT;SOR=0.773;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=40;TCF=5;TCR=35;TR=13;WE=116224179;WS=116224161;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,18:0.36:50
chr9	116226317	rs113163961	G	A	470.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=1.572;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.898;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=15;PP=323;ReadPosRankSum=1.468;SC=CTGCCCAGGAGGGGCTCAGGG;SOR=0.296;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=41;TCF=4;TCR=37;TR=17;WE=116226325;WS=116226307;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,20:0.45:44
chr9	116327460	rs3747813	C	T	342.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.910;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.936;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=6;PP=221;ReadPosRankSum=2.563;SC=GCATGTAACCCGGGAGCCAGC;SOR=0.891;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=73;TCF=47;TCR=26;TR=19;WE=116327468;WS=116327450;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,23:0.25:93
chr9	116346780	rs201381238	TGAG	T	108.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.943;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.547;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQ=60.65;MQRankSum=3.104;NF=0;NR=5;PP=103;ReadPosRankSum=-2.197;SC=CTGCAGGGAATGAGAAGTCAC;SOR=1.467;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=23;TCF=0;TCR=23;TR=5;WE=116346790;WS=116346770;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,6:0.18:33
chr9	116356373	rs12350531	G	C	8152.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.172;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=548;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.547;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=93;NR=115;PP=2962;ReadPosRankSum=0.072;SC=GGCTCCTCCTGTCTGAGTCCC;SOR=0.766;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=332;TCF=152;TCR=180;TR=208;WE=116356381;WS=116356363;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:183,354:0.66:537
chr9	116356516	rs12341266	A	G	7197.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=265;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=79;NR=113;PP=2962;SC=GGTGCCTCCTACAGACCAATC;SOR=1.042;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=194;TCF=79;TCR=115;TR=192;WE=116356537;WS=116356506;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,257:1.00:257
chr9	116356529	rs10817493	C	G	3494.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.577;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=262;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.981;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=66;PP=1955;ReadPosRankSum=-0.561;SC=GACCAATCTGCGGCCCCAAGG;SOR=0.774;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=188;TCF=81;TCR=107;TR=113;WE=116356537;WS=116356506;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:103,151:0.59:254
chr9	116357408	rs884992	C	T	516.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-2.165;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=16;PP=321;ReadPosRankSum=-0.244;SC=GGGCTGAGCCCAAGCTGAGGC;SOR=0.818;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=41;TCF=13;TCR=28;TR=23;WE=116357416;WS=116357398;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,24:0.56:43
chr9	116359270	rs41276823	G	A	1502.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.005;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=40;PP=877;ReadPosRankSum=2.336;SC=CACACCAGGCGGGCTGGGTCC;SOR=0.687;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=141;TCF=42;TCR=99;TR=59;WE=116359278;WS=116359260;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:114,76:0.40:190
chr9	116359339	rs1051013	T	C	598.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-3.714;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.503;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=21;PP=374;ReadPosRankSum=0.558;SC=CCCCAGAGGCTGTGTCTCTGG;SOR=0.148;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=48;TCF=5;TCR=43;TR=25;WE=116359347;WS=116359329;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,28:0.53:53
chr9	116764832	rs148995274	TTTTGCAC	T	9796.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=0.611;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=399;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.373;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=72;PP=2964;ReadPosRankSum=1.735;SC=CCATGTTCTCTTTTGCACTTG;SOR=0.670;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=117;TCF=14;TCR=103;TR=79;WE=116764846;WS=116764822;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:149,248:0.62:397
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chr9	116769515	rs4979321	C	T	3091.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=2.462;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.991;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=70;NR=27;PP=1726;ReadPosRankSum=-1.115;SC=TTCCTCCCTCCGCTAGCCAGA;SOR=1.114;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=145;TCF=98;TCR=47;TR=97;WE=116769523;WS=116769505;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,127:0.69:185
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chr9	116858625	rs6478062	T	G	10266.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=392;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;NR=104;PP=2965;SC=GACCCTTGCTTGGTGGCCCCG;SOR=0.747;Source=Platypus;TCR=105;WE=116858633;WS=116858615;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,382:1.00:382
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chr9	116930194	rs2567706	A	G	1546.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-2.064;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=354;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.896;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=33;PP=650;ReadPosRankSum=-2.265;SC=GTCCGCAGCCAGAAACGCAAG;SOR=0.627;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=204;TCF=98;TCR=106;TR=62;WE=116930202;WS=116930184;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:247,101:0.29:348
chr9	116931099	rs2241671	G	A	23695.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.927;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=894;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=281;NR=292;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.098;SC=CTCCCGTCCCGCAGAGAAGCC;SOR=0.709;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=576;TCF=283;TCR=293;TR=573;WE=116931107;WS=116931089;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,873:1.00:875
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chr9	116945454	rs10759688	A	C	393.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.219;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.9999;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=11;PP=256;ReadPosRankSum=1.698;SC=GCTTCAGGGGAACTGAGGGGG;SOR=0.990;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=15;TCF=3;TCR=12;TR=14;WE=116945462;WS=116945444;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,16:0.94:17
chr9	116958144	rs10982097	C	T	1044.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.235;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=12;PP=522;ReadPosRankSum=-1.593;SC=TTGGAAACAACCAGCCATTGG;SOR=0.700;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=110;TCF=73;TCR=37;TR=39;WE=116958152;WS=116958134;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:103,56:0.35:159
chr9	116958216	rs2567711	C	T	7695.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=309;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=102;NR=84;PP=2965;SC=TCCTGCCTCACCCACCTTGTC;SOR=0.819;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=187;TCF=102;TCR=85;TR=186;WE=116958224;WS=116958206;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,302:1.00:302
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chr9	116967952	rs2567720	T	C	618.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.085;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.10;ReadPosRankSum=0.063;SOR=0.731;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:109,42:0.28:151
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chr9	117073006	rs1249756	C	T	1045.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.301;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.750;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=30;PP=636;ReadPosRankSum=-1.243;SC=CTAGGCCTCACGGAGGAGGGA;SOR=0.594;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=96;TCF=26;TCR=70;TR=42;WE=117073014;WS=117072996;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,50:0.43:117
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chr9	117085635	rs74594458	T	C	27390.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.182;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1134;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=-0.665;NF=337;NR=388;PP=2965;ReadPosRankSum=1.522;SC=CGGCTCTGCCTTTTTCTCTTC;SOR=0.741;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=775;TCF=360;TCR=415;TR=725;WE=117085643;WS=117085625;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:62,1064:0.94:1126
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chr9	117086226	rs1111796	A	G,T	33337.77	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.214;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1716;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.980;HP=4;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-3.211;NF=439,82;NR=583,85;PP=2962,580;ReadPosRankSum=2.031;SC=CTCTTGCCCCAGGACTGTGAT;SOR=0.624;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=1283;TCF=561;TCR=722;TR=1022,167;WE=117086234;WS=117086216;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.78,0.14:1699
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chr9	117110046	rs3748178	C	T	726.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=1.588;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.617;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=8;PP=438;ReadPosRankSum=1.567;SC=GTCTGCTGGCCGGCCGCGGGT;SOR=1.241;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=39;TCF=26;TCR=13;TR=27;WE=117110054;WS=117110036;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,33:0.65:51
chr9	117121840	rs2787348	A	C	1289.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.496;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=267;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=22;PP=566;ReadPosRankSum=-1.558;SC=TAGGGTGGAAACAAACATTCT;SOR=0.716;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=148;TCF=79;TCR=69;TR=45;WE=117121848;WS=117121830;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:185,80:0.30:265
chr9	117127034	rs2787351	C	G	183.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-0.326;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=7;PP=111;ReadPosRankSum=0.353;SC=AGCATGGAGACGTGGGTGCTG;SOR=0.495;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=24;TCF=8;TCR=16;TR=11;WE=117127042;WS=117127024;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,11:0.41:27
chr9	117150070	rs1324632	G	A	673.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.382;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.720;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=11;PP=352;ReadPosRankSum=0.729;SC=GGACTGTCCCGGAGAGTCTGT;SOR=0.462;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=84;TCF=58;TCR=26;TR=30;WE=117150078;WS=117150060;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,38:0.36:107
chr9	117166311	rs34963246	G	A	1952.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.281;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=387;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.940;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=38;PP=1067;ReadPosRankSum=1.075;SC=CACTGTCCTCGCTTAGAGTCT;SOR=0.761;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=225;TCF=112;TCR=113;TR=83;WE=117166319;WS=117166301;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:264,118:0.31:382
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chr9	117170310	rs2274160	C	T	1760.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.006;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.134;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=23;PP=781;ReadPosRankSum=0.663;SC=TAGAAATGGACGAGAAAGCAA;SOR=0.882;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=81;TCF=44;TCR=37;TR=53;WE=117170318;WS=117170300;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,85:0.60:142
chr9	117186677	rs4979387	A	G	325.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.61;BaseQRankSum=-1.523;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=4;PP=105;ReadPosRankSum=1.025;SC=AGACGCTGCCACCACGGTACT;SOR=0.693;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=33;TCF=22;TCR=11;TR=12;WE=117186685;WS=117186667;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,22:0.32:68
chr9	117188566	rs10817610	C	T	2807.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=43;NR=26;PP=1279;SC=GGTGCGGGCACGGGGCAGCCT;SOR=1.106;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=69;TCF=43;TCR=26;TR=69;WE=117188574;WS=117188556;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr9	117266337	rs35122928	TA	T	985.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.915;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FS=2.436;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.08;ReadPosRankSum=-1.465;SOR=0.313;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:5,65:0.93:70
chr9	117266965	rs2297815	C	T	1104.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-2.127;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.594;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=13;PP=319;ReadPosRankSum=0.051;SC=GCAGCTGGCGCACGTTGGCAG;SOR=0.559;SbPval=0.14;Source=Platypus;TC=106;TCF=45;TCR=61;TR=30;WE=117266973;WS=117266955;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:120,65:0.35:185
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chr9	117430524	rs2296947	G	A	1764.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.473;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.699;HP=7;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=12;PP=665;ReadPosRankSum=-0.451;SC=GCTCTTTTTTGTCTGGATCAG;SOR=1.017;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=71;TCF=45;TCR=26;TR=40;WE=117430532;WS=117430514;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,80:0.70:114
chr9	117430611	rs1359992	A	T	2458.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.899;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=29;PP=856;ReadPosRankSum=2.087;SC=CTTCTGAAGCAGCAAATCTGG;SOR=0.663;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=103;TCF=51;TCR=52;TR=58;WE=117430619;WS=117430601;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,114:0.64:177
chr9	117430743	rs2418316	A	T	779.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=0.032;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=19;PP=401;ReadPosRankSum=0.021;SC=GTGGGGGTGTACCTGAAACTA;SOR=0.586;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=43;TCF=11;TCR=32;TR=25;WE=117430751;WS=117430733;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,35:0.66:53
chr9	117433685	rs2296948	C	T	1578.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.056;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.737;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=18;PP=680;ReadPosRankSum=0.098;SC=GCTTGTGCTCCTGGGTTTGAC;SOR=0.792;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=68;TCF=40;TCR=28;TR=45;WE=117433693;WS=117433675;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,73:0.65:112
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chr9	117552885	rs3810936	T	C	770.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.152;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.604;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=19;PP=383;ReadPosRankSum=-0.593;SC=CTACTTCGCATACAGACTTGG;SOR=0.789;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=122;TCF=56;TCR=66;TR=33;WE=117552893;WS=117552875;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:141,51:0.27:192
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chr9	117783551	rs5900112	TA	T	231.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.632;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=1.779;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.26;ReadPosRankSum=-0.261;SOR=0.349;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,19:0.51:37
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chr9	117797359	rs3215885	A	AT	224.80	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-0.521;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5020;FS=0.000;HP=10;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.641;NF=6;NR=1;PP=102;ReadPosRankSum=1.561;SC=GTCTCTACTAATTTTTTTTTT;SOR=0.693;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=13;TCF=10;TCR=3;TR=7;WE=117797367;WS=117797349;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,13:0.81:16
chr9	117797597	rs12347433	T	C	1043.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.050;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.995;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=19;PP=428;ReadPosRankSum=-0.695;SC=CAGTCAAGTCTCTTGGAGAAT;SOR=1.044;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=50;TCF=19;TCR=31;TR=28;WE=117797605;WS=117797587;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,49:0.64:77
chr9	117800417	rs2274751	T	A	488.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-1.499;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=3;PP=310;ReadPosRankSum=0.169;SC=TACTGGCCTTTTCAACCTACC;SOR=0.826;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=27;TCF=22;TCR=5;TR=17;WE=117800425;WS=117800407;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,20:0.67:30
chr9	117803185	rs35141770	A	AACAC	1539.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=2.280;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.812;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=5;PP=833;ReadPosRankSum=0.321;SC=GAAAAATAGTAACACACACAC;SOR=2.059;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=42;TCF=31;TCR=11;TR=24;WE=117803196;WS=117803175;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,40:0.69:58
chr9	117808785	rs2104772	T	A	1913.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.437;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=32;PP=992;ReadPosRankSum=-0.196;SC=AGACCTGTTATGTCCCTGGTA;SOR=0.740;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=78;TCF=38;TCR=40;TR=62;WE=117808793;WS=117808775;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,86:0.70:122
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chr9	117819748	rs139652669	GTTAA	G	1249.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=0.834;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.188;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.364;NF=2;NR=19;PP=847;ReadPosRankSum=1.673;SC=ATAAATTTGAGTTAATTATTT;SOR=1.031;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=32;TCF=3;TCR=29;TR=21;WE=117819759;WS=117819738;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,33:0.63:52
chr9	117836188	rs2210108	A	G	1475.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=10;NR=27;PP=832;SC=AGGCTGCAAGACAGGGCTGCT;SOR=1.609;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=37;TCF=10;TCR=27;TR=37;WE=117836196;WS=117836178;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr9	117838624	rs2274835	C	G	634.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-2.214;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=33.637;HP=2;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=4;PP=498;ReadPosRankSum=0.260;SC=CTTTAAGGGCCCTCTAGGGCT;SOR=3.145;SbPval=0.98;Source=Platypus;TC=41;TCF=27;TCR=14;TR=27;WE=117838632;WS=117838614;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,27:0.64:42
chr9	117840061	rs2988577	A	G	42.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=14.09;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr9	117844239	rs2989519	G	A	167.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=1.032;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=5;PP=57;ReadPosRankSum=-0.870;SC=GTAAGAGTTAGGGGAGGTGCC;SOR=0.836;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=27;TCF=9;TCR=18;TR=7;WE=117844247;WS=117844229;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,10:0.33:30
chr9	117846450	rs1755639	A	G	1409.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=32;NR=5;PP=784;SC=GTGGGCTGACATCAGGTGAGG;SOR=2.259;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=32;TCR=5;TR=37;WE=117846458;WS=117846440;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr9	117846580	rs1061494	T	C	2093.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.171;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=337;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.541;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=25;PP=1011;ReadPosRankSum=-0.666;SC=CTCCAGCTCCTGGATGATGGT;SOR=0.840;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=227;TCF=143;TCR=84;TR=75;WE=117846588;WS=117846570;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:217,113:0.34:330
chr9	117848112	rs1617917	A	T	1674.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.594;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=265;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=21;PP=652;ReadPosRankSum=0.148;SC=CATCATGGCCATTATATGCTG;SOR=0.685;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=153;TCF=96;TCR=57;TR=54;WE=117848120;WS=117848102;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:165,93:0.36:258
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chr9	117848394	rs1757095	T	C	12951.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=488;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=159;NR=152;PP=2965;SC=ACAGCGACCCTGGCCATGGCA;SOR=0.727;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=311;TCF=159;TCR=152;TR=311;WE=117848402;WS=117848384;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,482:1.00:482
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chr9	119382768	rs2295741	A	G	5943.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.061;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=110;PP=2965;ReadPosRankSum=2.919;SC=ACAACAGGGGAGAGATTGAGA;SOR=1.449;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=158;TCF=47;TCR=111;TR=157;WE=119382776;WS=119382758;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,214:0.99:216
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chr9	119903807	rs57782747	A	C	2311.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=17;NR=43;PP=1295;SC=CACCCTCAGCACCTAGAGCAC;SOR=1.875;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=60;TCF=17;TCR=43;TR=60;WE=119903815;WS=119903797;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
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chr9	119977077	rs4543613	T	C	1048.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=26;PP=651;SC=AATCGAGGGCTGCAGGGGATT;SOR=2.191;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=32;TCF=6;TCR=26;TR=32;WE=119977085;WS=119977067;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
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chr9	122001000	rs2274157	G	A	2898.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-2.273;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=28;PP=1147;ReadPosRankSum=-0.640;SC=GATTGTCATAGCTGTTACAGC;SOR=0.230;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=61;TCF=33;TCR=28;TR=60;WE=122001008;WS=122000990;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,111:0.99:112
chr9	122004545	rs3831067	GAGGACAGGGAT	G	907.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=13;PP=2967;SC=TTTCATGTGAGAGGACAGGGA;SOR=1.828;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=2;TCR=13;TR=15;WE=122004563;WS=122004535;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr9	122257627	rs10984560	C	T	225.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-1.471;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.072;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=2;PP=94;ReadPosRankSum=-1.172;SC=CACAGAAACGCGGGCTACAGC;SOR=0.184;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=25;TCF=20;TCR=5;TR=8;WE=122257635;WS=122257617;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,12:0.40:30
chr9	122275247	rs10984573	A	T	498.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.374;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.886;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=8;PP=210;ReadPosRankSum=-1.372;SC=CAGAATTGCTACCGCAGGAAA;SOR=0.527;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=50;TCF=28;TCR=22;TR=17;WE=122275255;WS=122275237;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,28:0.35:81
chr9	123151679	rs4836820	A	G	1529.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.314;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.650;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=26;PP=720;ReadPosRankSum=-0.835;SC=TGCTTTCAAAAACATAGTTTG;SOR=0.465;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=73;TCF=26;TCR=47;TR=45;WE=123151687;WS=123151669;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,68:0.64:107
chr9	123152099	rs2297457	C	G	3132.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.261;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.951;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=38;PP=1263;ReadPosRankSum=-0.796;SC=ATGATTAGGGCCATGGATATC;SOR=0.596;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=110;TCF=55;TCR=55;TR=79;WE=123152107;WS=123152089;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,144:0.72:200
chr9	123152241	rs2297456	A	C	667.78	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=1.613;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5174;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=23;PP=593;ReadPosRankSum=0.447;SC=ACCCATCACAAACCCCAGGGC;SOR=1.473;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=28;TCF=2;TCR=26;TR=25;WE=123152249;WS=123152231;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,23:0.88:26
chr9	123156761	rs4410972	G	C	1818.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-0.635;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.529;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=16;PP=709;ReadPosRankSum=-1.909;SC=AAGTGGTCAGGCATAGCGGCC;SOR=1.048;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=69;TCF=41;TCR=28;TR=45;WE=123156769;WS=123156751;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,83:0.67:123
chr9	123170733	rs4837768	C	G	1583.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.021;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=22;PP=756;ReadPosRankSum=-1.566;SC=CTCAACTTCACCTCCTCCTGC;SOR=0.683;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=74;TCF=38;TCR=36;TR=46;WE=123170741;WS=123170723;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,73:0.60:122
chr9	123280950	rs2095064	T	C	2865.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=32;NR=48;PP=1409;SC=AGAAGCAAGATGAGCTAATTT;SOR=0.976;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=80;TCF=32;TCR=48;TR=80;WE=123280958;WS=123280940;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr9	123287407	rs77536827	C	G	1583.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-0.546;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=224;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=31;PP=746;ReadPosRankSum=-1.424;SC=GCTCTCCTCTCTGCACAGCCC;SOR=0.709;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=161;TCF=74;TCR=87;TR=57;WE=123287415;WS=123287397;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:139,85:0.38:224
chr9	123291036	rs4836822	C	G	2106.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=32;NR=21;PP=1084;SC=ATCCTCTCTTCAAAGCTGTTT;SOR=0.984;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=53;TCF=32;TCR=21;TR=53;WE=123291044;WS=123291026;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr9	123313246	rs954214	T	C	1035.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=3;NR=28;PP=811;SC=AGATAGTACATACATTAGTCG;SOR=3.611;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=31;TCF=3;TCR=28;TR=31;WE=123313254;WS=123313236;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr9	123330813	rs4837782	T	C	1638.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=7;NR=38;PP=1217;SC=GATTTACTGATTTTGCTCCAG;SOR=2.833;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=45;TCF=7;TCR=38;TR=45;WE=123330821;WS=123330803;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr9	123342259	rs932975	C	A	5469.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=45;NR=94;PP=2739;SC=TCCATCATGGCTACAGAGGTG;SOR=1.325;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=139;TCF=45;TCR=94;TR=139;WE=123342267;WS=123342249;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,203:1.00:203
chr9	123342275	rs932974	A	G	4378.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=30;NR=82;PP=2393;SC=AGGTGGCGACAGCGTTGGTGT;SOR=1.702;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=112;TCF=30;TCR=82;TR=112;WE=123342283;WS=123342265;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,157:1.00:157
chr9	123370345	rs991121	C	G	1887.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=11;NR=41;PP=1370;SC=ATTAAAAATGCAAAACAACTA;SOR=2.119;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=52;TCF=11;TCR=41;TR=52;WE=123370353;WS=123370335;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr9	123374639	rs2416760	T	C	2937.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=48;NR=27;PP=1460;SC=GATTTTTTTTTCCCTCTAAAA;SOR=1.209;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=76;TCF=49;TCR=27;TR=75;WE=123374647;WS=123374620;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr9	123476542	rs369989873	ACGGCGG	A	9053.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=246;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=25;NR=63;PP=2992;SC=GGCTGAGGCGACGGCGGCGGC;SOR=1.050;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=117;TCF=29;TCR=88;TR=88;WE=123476558;WS=123476532;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,213:1.00:213
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chr9	123580476	.	G	C	1288.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=0.420;ClippingRankSum=0.000;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.027;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=33;PP=838;ReadPosRankSum=-0.082;SC=CAATTCCCCTGAGTGGAAGTT;SOR=0.569;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=66;TCF=16;TCR=50;TR=44;WE=123580484;WS=123580466;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,52:0.68:76
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chr9	123636121	rs10985070	C	A	277.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=1.508;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=1;PP=152;ReadPosRankSum=-1.157;SC=ATCATCATCACAGGTGGGCTT;SOR=1.244;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=15;TCF=13;TCR=2;TR=9;WE=123636129;WS=123636111;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,12:0.60:20
chr9	123670505	rs7866003	A	T	267.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-3.189;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.884;HP=6;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-1.227;NF=7;NR=1;PP=141;ReadPosRankSum=-0.160;SC=TATCTAAAAAATTTTTTAACT;SOR=0.120;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=14;TCF=13;TCR=1;TR=8;WE=123670513;WS=123670495;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,12:0.67:18
chr9	123671520	rs2239657	G	A	885.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.179;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.358;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=12;PP=438;ReadPosRankSum=0.866;SC=TGTTCCGGAAGGGCCACGGCA;SOR=0.254;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=46;TCF=29;TCR=17;TR=27;WE=123671528;WS=123671510;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,40:0.62:64
chr9	123676396	rs2416804	G	C	1092.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-2.913;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.994;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=12;PP=469;ReadPosRankSum=-3.220;SC=TTAGTACAAAGGACATCCAGA;SOR=0.512;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=49;TCF=31;TCR=18;TR=31;WE=123676404;WS=123676386;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,50:0.69:72
chr9	123676482	rs2416805	T	C	1558.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.052;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.781;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=22;PP=733;ReadPosRankSum=2.407;SC=CCATAGTGGATAGATCTCCTT;SOR=0.696;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=67;TCF=33;TCR=34;TR=43;WE=123676490;WS=123676472;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,72:0.69:105
chr9	123676699	rs758959	C	T	162.03	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-1.534;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5565;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=7;PP=138;ReadPosRankSum=-0.674;SC=ACTTTGCACACTGCTGTTCCC;SOR=1.402;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=8;WE=123676707;WS=123676689;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,7:0.88:8
chr9	123751800	rs3764912	A	G	460.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=2.620;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.609;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=1;PP=306;ReadPosRankSum=0.789;SC=TAAAAATATTAGTTTAGAATC;SOR=2.200;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=22;TCF=19;TCR=3;TR=14;WE=123751808;WS=123751790;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,18:0.72:25
chr9	123758425	rs10760134	T	C	697.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.073;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.186;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=7;PP=390;ReadPosRankSum=-1.902;SC=TTTTAGACAATTCACTTTCTG;SOR=0.963;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=38;TCF=25;TCR=13;TR=23;WE=123758433;WS=123758415;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,31:0.65:48
chr9	123760086	rs34704763	AT	A	123.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.221;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=11.25;ReadPosRankSum=0.313;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,5:0.45:11
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chr9	123762336	rs201981532	C	CAA	156.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.22;QD=19.59;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,6:0.75:8
chr9	123769200	rs17611	C	T	1609.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=-1.434;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.689;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=19;PP=524;ReadPosRankSum=-1.180;SC=GAAATGCCAACGCCTTGAATT;SOR=0.483;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=55;TCF=30;TCR=25;TR=38;WE=123769208;WS=123769190;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,78:0.70:111
chr9	123780005	rs25681	G	A	4579.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=2.994;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=345;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.327;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=68;PP=2189;ReadPosRankSum=-0.784;SC=CTGTGACGATGTAATAGACCA;SOR=0.603;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=204;TCF=98;TCR=106;TR=134;WE=123780013;WS=123779995;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:128,211:0.62:339
chr9	123787697	rs140753263	T	TACACACAC	361.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.745;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=1.721;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.06;ReadPosRankSum=-0.163;SOR=1.204;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,18:0.60:30
chr9	123789634	rs2416811	C	T	284.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=3.193;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5003;FS=5.740;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=11;PP=226;ReadPosRankSum=1.139;SC=TTTGAAATTACGTAAAGCACT;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=1;TCR=14;TR=11;WE=123789642;WS=123789624;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,11:0.73:15
chr9	123850770	rs10818503	G	A	5153.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=1.294;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=387;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.819;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=81;PP=2095;ReadPosRankSum=1.650;SC=GTGTGAGCAAGTTGAGATTGC;SOR=0.762;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=201;TCF=79;TCR=122;TR=134;WE=123850778;WS=123850760;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:134,241:0.64:375
chr9	123857085	rs10760146	C	T	141.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=-0.765;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=0;PP=31;ReadPosRankSum=0.812;SC=ATCAAACAGACCCTGATGCAC;SOR=0.368;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=5;TCR=0;TR=3;WE=123857093;WS=123857078;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,7:0.78:9
chr9	123860689	rs10818504	C	T	2640.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=2.904;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.142;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=27;PP=1367;ReadPosRankSum=1.004;SC=AAGTTGAAACCGCTTCAAGAT;SOR=0.786;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=132;TCF=84;TCR=48;TR=77;WE=123860697;WS=123860679;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,116:0.59:195
chr9	123888242	rs10760150	G	T	1089.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=1.129;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=21;PP=525;ReadPosRankSum=-0.490;SC=CCTATTTTCCGTAGCTTCATA;SOR=0.726;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=40;TCF=9;TCR=31;TR=27;WE=123888250;WS=123888232;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,44:0.70:63
chr9	123903083	rs10985164	C	T	1270.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.074;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.750;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=26;PP=628;ReadPosRankSum=1.029;SC=AAAGCAAGACCTCCAAGTCTA;SOR=0.804;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=68;TCF=27;TCR=41;TR=43;WE=123903091;WS=123903073;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,61:0.59:103
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chr9	123914874	rs9408926	C	T	884.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.308;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.974;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=29;PP=559;ReadPosRankSum=1.320;SC=AATGGAAGAACTGCATCATAA;SOR=0.904;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=143;TCF=60;TCR=83;TR=47;WE=123914882;WS=123914864;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:139,57:0.29:196
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chr9	123922729	rs35562325	A	ATGT	143	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=35.75;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
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chr9	123924667	rs10586591	CAT	C	1128.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-0.191;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQ=60.27;MQRankSum=0.646;NF=0;NR=25;PP=1017;ReadPosRankSum=0.595;SC=AACTTGGTATCATAATACATT;SOR=0.509;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=33;TCF=0;TCR=33;TR=25;WE=123924676;WS=123924657;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,29:0.74:39
chr9	123927477	rs4836841	T	A	1545.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=1.771;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.849;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.785;NF=17;NR=44;PP=1081;ReadPosRankSum=0.824;SC=ATGAGCATGGTGTTTCTTTCT;SOR=0.908;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=98;TCF=28;TCR=70;TR=61;WE=123927485;WS=123927467;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,65:0.63:103
chr9	123928486	rs2273988	T	C	1366.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.724;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.759;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=21;PP=702;ReadPosRankSum=0.523;SC=AATATTCTAGTAGTATACTGA;SOR=0.598;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=64;TCF=33;TCR=31;TR=42;WE=123928494;WS=123928476;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,64:0.63:102
chr9	123928569	rs1535655	G	A	628.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.186;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.036;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=13;PP=353;ReadPosRankSum=-1.391;SC=AGCAGATACCGTAGGGCCATT;SOR=0.553;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=38;TCF=14;TCR=24;TR=23;WE=123928577;WS=123928559;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,30:0.55:55
chr9	123929710	rs10818513	A	G	1667.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.651;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.429;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=15;PP=766;ReadPosRankSum=1.270;SC=ATTGGCACTGACCACCTCTAG;SOR=0.875;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=83;TCF=54;TCR=29;TR=46;WE=123929718;WS=123929700;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,77:0.57:134
chr9	123937601	rs3789310	T	C	861.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=0.161;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.551;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=16;PP=504;ReadPosRankSum=0.136;SC=CTGGAGTGCATTGGTACCATC;SOR=0.404;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=35;TCF=11;TCR=24;TR=24;WE=123937609;WS=123937591;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,39:0.71:55
chr9	123939336	rs3838267	T	TA	443.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.225;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=2;PP=508;ReadPosRankSum=0.636;SC=TCCAAAGAGGTACTCAAATAT;SOR=1.022;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=19;TCF=16;TCR=3;TR=13;WE=123939344;WS=123939326;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,15:0.68:22
chr9	123943884	rs2296078	C	T	2320.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.130;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.175;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=53;PP=1342;ReadPosRankSum=-0.690;SC=ATTGGAGAACCACAGTTTTCT;SOR=1.039;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=105;TCF=35;TCR=70;TR=76;WE=123943892;WS=123943874;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,103:0.67:154
chr9	123945505	rs3215744	C	CA	951.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-1.254;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.189;HP=9;HapScore=3;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=12;PP=378;ReadPosRankSum=-0.200;SC=AAAAAAAATGCAAAAAAAAAC;SOR=0.393;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=53;TCF=33;TCR=20;TR=31;WE=123945513;WS=123945482;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,56:0.64:88
chr9	123955756	rs10818516	G	A	581.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.367;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=20.06;ReadPosRankSum=-0.643;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,16:0.55:29
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chr9	124043867	rs10985200	C	T	5366.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.213;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=378;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.784;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=73;NR=73;PP=2345;ReadPosRankSum=-0.271;SC=AGACACCTGTCGTCCTCTTAA;SOR=0.601;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=221;TCF=114;TCR=107;TR=146;WE=124043875;WS=124043857;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:129,243:0.65:372
chr9	124073176	rs306785	T	C	953.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=22;PP=598;SC=CCTGGTCTGATCAGGGACTTG;SOR=2.517;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=27;TCF=5;TCR=22;TR=27;WE=124073184;WS=124073166;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr9	124083471	rs16910509	C	T	140.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.369;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=1;PP=106;ReadPosRankSum=0.624;SC=ACCTACCACACTGCGGTTTCC;SOR=0.602;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=36;TCF=30;TCR=6;TR=11;WE=124083479;WS=124083461;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,11:0.30:37
chr9	124088768	rs306769	T	C	1675.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=27;NR=13;PP=691;SC=GTCCCTGACTTGCTCTCCTGT;SOR=1.179;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=27;TCR=13;TR=40;WE=124088776;WS=124088758;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr9	124089173	rs216784	C	T	866.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=24;PP=642;SC=ACACTTTGCACAGTGGACAGC;SOR=3.407;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=27;TCF=3;TCR=24;TR=27;WE=124089181;WS=124089163;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr9	124091135	rs306771	G	A	2088.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=44;NR=19;PP=1297;SC=GGGTGATGGCGTCCCTTGGCA;SOR=1.488;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=63;TCF=44;TCR=19;TR=63;WE=124091143;WS=124091125;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr9	124094590	rs7039494	A	T	508.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=4.653;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.728;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=3;PP=384;ReadPosRankSum=-0.230;SC=GGGGGTGGGCAGTAGGGACAG;SOR=1.292;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=69;TCF=57;TCR=12;TR=23;WE=124094598;WS=124094580;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,24:0.30:79
chr9	124218133	rs3747845	C	T	617.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=0.518;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=8;PP=362;ReadPosRankSum=1.736;SC=GAAGAAAAAACAGCAACATTA;SOR=0.784;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=29;TCF=19;TCR=10;TR=23;WE=124218141;WS=124218123;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,27:0.77:35
chr9	124218276	rs76295567	G	A	191.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.101;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=6;PP=113;ReadPosRankSum=0.677;SC=CAGGCAGCTGGGGAGATGGGG;SOR=0.871;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=43;TCF=20;TCR=23;TR=11;WE=124218284;WS=124218266;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,14:0.24:58
chr9	124222267	rs2289068	A	G	1301.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=2.396;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.667;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=6;PP=943;ReadPosRankSum=2.230;SC=CTAATATGCTAAGGCTCTTTC;SOR=0.293;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=60;TCF=53;TCR=7;TR=43;WE=124222275;WS=124222264;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,48:0.73:66
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chr9	124229981	rs10818542	A	G	234.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=1.627;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.868;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=2;PP=203;ReadPosRankSum=-0.497;SC=AGGGCTTAGGAATTCAGGAAG;SOR=2.093;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=18;TCF=13;TCR=5;TR=12;WE=124229989;WS=124229971;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,11:0.61:18
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chr9	124854880	rs10818624	C	T	44.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.370;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=5.251;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.79;ReadPosRankSum=0.723;SOR=0.093;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,6:0.24:25
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chr9	124967119	rs60359238	C	G	435.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.397;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FS=0.886;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.45;ReadPosRankSum=-0.266;SOR=0.512;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:51,29:0.36:80
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chr9	124976475	rs62574050	C	G	1814.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=23;NR=38;PP=1789;SC=CCGGGTCCGGCCCGAGGGGCG;SOR=1.692;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=61;TCF=23;TCR=38;TR=61;WE=124976483;WS=124976465;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr9	124990773	rs113188211	C	CG	224.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.791;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=6.397;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.80;MQRankSum=0.965;QD=8.64;ReadPosRankSum=-0.031;SOR=0.061;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,14:0.54:26
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chr9	125289083	rs16911867	A	G	3698.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=3.517;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=585;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.554;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=67;NR=62;PP=2111;ReadPosRankSum=0.774;SC=CAGAAGGACAACCGAGCCATG;SOR=0.629;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=361;TCF=192;TCR=169;TR=129;WE=125289091;WS=125289073;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:389,195:0.33:584
chr9	125289521	rs10818708	G	A	554.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=0.079;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.778;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=16;PP=355;ReadPosRankSum=-0.712;SC=TGCTCTGGAGGCGCTGATATT;SOR=0.544;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=91;TCF=32;TCR=59;TR=25;WE=125289529;WS=125289511;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,34:0.28:122
chr9	125315376	rs11412445	C	CT	329.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.388;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=7.059;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.59;ReadPosRankSum=0.495;SOR=0.107;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:40,19:0.32:59
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chr9	125315557	rs1831370	T	C	2363.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.764;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=369;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.358;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=40;PP=1198;ReadPosRankSum=1.620;SC=ACTCTCTGAGTGGCCAGAGGA;SOR=0.827;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=264;TCF=150;TCR=114;TR=97;WE=125315565;WS=125315547;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:228,128:0.36:356
chr9	125315778	rs1411271	G	C	2462.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.312;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=463;ExcessHet=3.0103;FS=0.577;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.47;ReadPosRankSum=-0.826;SOR=0.795;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:312,138:0.31:450
chr9	125316033	rs1341042	T	C	3822.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.896;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=302;ExcessHet=3.0103;FS=0.438;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.74;ReadPosRankSum=1.157;SOR=0.650;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:194,106:0.35:300
chr9	125316042	rs1341043	T	C	4002.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.080;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=325;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=37;PP=1196;ReadPosRankSum=0.111;SC=ATTGTGATCCTAGTGCTCTCC;SOR=0.719;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=207;TCF=111;TCR=96;TR=80;WE=125316050;WS=125316035;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:204,117:0.36:321
chr9	125316179	rs1341044	T	G	1726.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.651;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=263;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.474;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=35;PP=996;ReadPosRankSum=-1.294;SC=GCTGTGTTTGTCATCTCATCT;SOR=0.747;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=201;TCF=101;TCR=100;TR=71;WE=125316187;WS=125316169;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:167,91:0.35:258
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chr9	125316455	rs7039436	C	T	454.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.547;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FS=1.663;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.64;ReadPosRankSum=0.383;SOR=0.522;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:92,33:0.26:125
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chr9	125377087	rs972925	A	G	8625.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=333;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=118;NR=76;PP=2965;SC=CCAGAAGAGCAAATCCCACTC;SOR=0.980;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=194;TCF=118;TCR=76;TR=194;WE=125377095;WS=125377077;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,330:1.00:330
chr9	125377505	rs1329957	A	G	7542.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=274;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=76;NR=91;PP=2965;SC=CCTTTCTCATAGGCCAACTAA;SOR=0.801;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=168;TCF=77;TCR=91;TR=167;WE=125377513;WS=125377495;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,272:1.00:272
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chr9	125390874	rs1556189	A	C	1576.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=26;NR=16;PP=870;SC=GTCTACCTTCACCCATTCAAG;SOR=1.085;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=42;TCF=26;TCR=16;TR=42;WE=125390882;WS=125390864;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr9	125391026	rs1476858	A	C	4800.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=70;NR=53;PP=2445;SC=GGAAGTAGACACAAATGATGG;SOR=0.950;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=124;TCF=70;TCR=54;TR=123;WE=125391034;WS=125391016;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,181:1.00:181
chr9	125391127	rs1476859	C	T	2122.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.146;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=349;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.333;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=31;PP=675;ReadPosRankSum=-0.378;SC=CGTAGAATAGCGGCCCCAATT;SOR=0.735;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=193;TCF=97;TCR=96;TR=60;WE=125391135;WS=125391117;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:223,122:0.35:345
chr9	125391241	rs1476860	G	A	1379.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.629;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=25;PP=699;ReadPosRankSum=2.351;SC=CAAGAGGCTCGCAGAAGTGGC;SOR=0.698;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=143;TCF=67;TCR=76;TR=46;WE=125391249;WS=125391231;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:137,74:0.35:211
chr9	125391369	rs1536929	A	G	4632.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.897;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=67;PP=2546;ReadPosRankSum=-0.819;SC=CACCCAGCTCAAGGCTAGTAA;SOR=0.751;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=127;TCF=60;TCR=67;TR=127;WE=125391377;WS=125391359;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,175:0.99:177
chr9	125391409	rs1536928	A	G	2352.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.379;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.893;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=37;PP=1224;ReadPosRankSum=0.812;SC=TTCATTACCAAAGCATAGTGC;SOR=0.550;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=120;TCF=55;TCR=65;TR=70;WE=125391417;WS=125391399;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,106:0.60:177
chr9	125391677	rs12347681	T	C	767.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.436;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.400;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=16;PP=324;ReadPosRankSum=0.537;SC=GCAGCACCAGTGTCACATTCC;SOR=0.923;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=86;TCF=41;TCR=45;TR=27;WE=125391685;WS=125391667;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,43:0.34:128
chr9	125391770	rs11421222	C	CA	1604.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.616;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.642;HP=7;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=27;PP=906;ReadPosRankSum=0.102;SC=ACCCAAGGAGCAAAAAAACCG;SOR=0.526;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=56;TCF=12;TCR=44;TR=36;WE=125391778;WS=125391760;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,77:0.69:111
chr9	125391917	rs1329951	A	G	663.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=19;PP=560;SC=TTACGTTACTAAAGATCGTTA;SOR=3.160;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=3;TCR=19;TR=22;WE=125391925;WS=125391907;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr9	125391940	rs7037571	C	G	239.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=0.067;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.166;HP=2;HapScore=2;MGOF=31;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=9;PP=173;ReadPosRankSum=1.533;SC=GACCTAGATTCGAACTTGACC;SOR=2.712;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=16;TCF=3;TCR=13;TR=10;WE=125391948;WS=125391930;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,10:0.67:15
chr9	125424507	rs70156	A	C	11410.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=2.434;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=808;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.813;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=155;NR=180;PP=2962;ReadPosRankSum=0.890;SC=TCTGTGCCTCAAATGTCATCC;SOR=0.735;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=518;TCF=249;TCR=269;TR=335;WE=125424515;WS=125424497;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:290,508:0.64:798
chr9	125438390	.	GGT	G	141.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.381;ClippingRankSum=0.000;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=1.941;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.67;ReadPosRankSum=0.643;SOR=0.252;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,8:0.32:25
chr9	125486156	rs16912140	T	C	1816.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-2.874;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.975;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=15;PP=1035;ReadPosRankSum=-1.957;SC=CGAAGTATAATAGCAGTAAGA;SOR=0.206;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=83;TCF=65;TCR=18;TR=58;WE=125486164;WS=125486146;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,76:0.73:104
chr9	125486968	rs2215530	G	A	8232.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=299;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=61;NR=119;PP=2965;SC=CTCTGCAGCCGGGAAGTGGAA;SOR=1.179;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=180;TCF=61;TCR=119;TR=180;WE=125486976;WS=125486958;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,298:1.00:298
chr9	125512193	rs10760252	C	A	14916.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.076;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=567;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=-0.278;NF=196;NR=195;PP=2965;ReadPosRankSum=1.464;SC=TTCCAACCCTCAGCTGCAGAA;SOR=0.252;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=393;TCF=196;TCR=197;TR=391;WE=125512201;WS=125512183;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,559:1.00:560
chr9	125512575	rs4838012	G	A	17538.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=654;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=213;NR=250;PP=2965;SC=TTGGGTTCTTGCAGCATCTCC;SOR=0.887;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=463;TCF=213;TCR=250;TR=463;WE=125512583;WS=125512565;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,652:1.00:652
chr9	125512770	rs10985760	T	C	1642.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=27;NR=26;PP=1341;SC=TTCCTGTGTATCATCTTCTCC;SOR=0.804;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=53;TCF=27;TCR=26;TR=53;WE=125512778;WS=125512760;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr9	125512788	rs10818740	G	A	2884.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=55.89;QD=44.38;SOR=0.723;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr9	125512795	rs10818741	G	C	2961.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=56.41;QD=43.56;SOR=0.814;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr9	125512826	rs28670025	G	A	3168.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=38;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=41;NR=39;PP=1622;SC=CTCTGCAGCCGGGAAGTGGAA;SOR=0.710;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=80;TCF=41;TCR=39;TR=80;WE=125512834;WS=125512816;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr9	125620105	rs5900549	C	CA	695.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=16;NR=3;PP=753;SC=CAAACCACTGCAAATATCCAA;SOR=3.528;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=23;TCF=18;TCR=5;TR=19;WE=125620113;WS=125620095;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr9	125637471	rs2596699	A	T	4236.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=74;NR=33;PP=2144;SC=TTCTCTAGGCACTTCAAGTGG;SOR=1.390;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=107;TCF=74;TCR=33;TR=107;WE=125637479;WS=125637461;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,154:1.00:154
chr9	125637648	rs2596698	T	C	3446.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=23;NR=58;PP=1899;SC=GGGGTTACACTTATGTAAGAT;SOR=1.495;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=81;TCF=23;TCR=58;TR=81;WE=125637656;WS=125637638;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr9	125659520	rs2793005	T	C	2128.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=42;NR=19;PP=1275;SC=ATAGTGATTATTTTTGCACCA;SOR=1.519;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=61;TCF=42;TCR=19;TR=61;WE=125659528;WS=125659510;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr9	125673051	rs1147321	T	G	2080.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.300;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.568;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=14;PP=1266;ReadPosRankSum=2.594;SC=TAATACAAACTTTATATAACA;SOR=2.303;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=69;TCF=55;TCR=14;TR=67;WE=125673059;WS=125673041;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,82:0.98:84
chr9	125747038	rs614274	G	T	3689.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=33;NR=55;PP=1667;SC=GAAGGTTATTGTTTTTAATAT;SOR=1.059;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=88;TCF=33;TCR=55;TR=88;WE=125747046;WS=125747028;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,138:1.00:138
chr9	125759861	rs138316961	TTTTC	T	1814.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.96;QD=42.20;SOR=2.147;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr9	125760863	rs587364	T	C	3836.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.826;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=37;PP=2003;ReadPosRankSum=-0.736;SC=AGCCTCTCTCTTTCTTTGTTT;SOR=1.139;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=102;TCF=65;TCR=37;TR=102;WE=125760871;WS=125760853;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,143:0.99:145
chr9	125761051	rs605546	G	A	1937.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=12;NR=45;PP=1251;SC=AACAGGTACTGTATTTTTCTA;SOR=2.483;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=57;TCF=12;TCR=45;TR=57;WE=125761059;WS=125761041;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr9	125777927	rs673977	T	C	1349.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=1.829;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=29;PP=765;ReadPosRankSum=2.736;SC=TAAGTTATGATAGAATAGTTT;SOR=0.698;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=49;TCF=11;TCR=38;TR=39;WE=125777935;WS=125777917;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,57:0.69:83
chr9	125797918	rs61634863	CGTGTGTGTGTGT	C,CGT	1012.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;QD=40.51;SOR=3.528;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:0,11,14:0.44,0.56:25
chr9	125832879	rs803733	T	C	972.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=4;NR=28;PP=821;SC=GGAGGAGATATATGATGAGAA;SOR=3.477;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=32;TCF=4;TCR=28;TR=32;WE=125832887;WS=125832869;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr9	125861695	rs700080	T	C	622.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=15;NR=5;PP=347;SC=GCTTCCACTATGGAATTTATG;SOR=1.802;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=15;TCR=5;TR=20;WE=125861703;WS=125861685;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr9	125861888	rs700081	A	G	1108.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=11;NR=18;PP=559;SC=TGGCTGTATAAACAGGTTTTG;SOR=1.127;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=29;TCF=11;TCR=18;TR=29;WE=125861896;WS=125861878;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr9	125884719	rs66492320	TA	T	165.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.282;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=6.990;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.27;MQRankSum=0.126;QD=12.75;ReadPosRankSum=-0.385;SOR=3.020;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,12:0.92:13
chr9	125920376	rs803736	G	A	4422.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.018;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=52;PP=1889;ReadPosRankSum=-1.291;SC=TGTAAATCTGGCCAAAGGCTG;SOR=0.716;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=109;TCF=54;TCR=55;TR=104;WE=125920384;WS=125920366;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,172:0.98:176
chr9	125920807	rs142605162	GA	G	770.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.587;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.74;MQRankSum=0.688;QD=17.13;ReadPosRankSum=0.200;SOR=1.519;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:4,41:0.91:45
chr9	125922854	rs11437080	C	CA	817.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=21;PP=609;SC=ATCAGGCAAACAAAAAAATCA;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=26;TCF=0;TCR=26;TR=21;WE=125922862;WS=125922844;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr9	125932152	rs147443012	C	CAT,CATAT	2715.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.047;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=2.980;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=17,17;NR=31,31;PP=635,1017;ReadPosRankSum=1.386;SC=CAAATATATACATATATATAT;SOR=0.875;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=62;TCF=18;TCR=44;TR=48,48;WE=125932163;WS=125932142;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.30,0.57:114
chr9	126118471	rs35454517	G	T	247.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.842;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=6;PP=160;ReadPosRankSum=-0.036;SC=AGGGACGAGGGGGGTGCGGAG;SOR=0.824;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=48;TCF=29;TCR=19;TR=14;WE=126118479;WS=126118458;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,16:0.28:57
chr9	126118517	rs72433015	AGCAGAGC	A	2578.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=1.479;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.779;NF=11;NR=18;PP=1689;ReadPosRankSum=0.553;SC=ACAGCAGCCGAGCAGAGCGCA;SOR=0.730;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=50;TCF=19;TCR=31;TR=29;WE=126118531;WS=126118507;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,66:0.63:104
chr9	126125318	rs2808415	C	A	7909.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=288;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=87;NR=95;PP=2965;SC=CCAGATCCCACCGGCTTCCGC;SOR=0.743;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=182;TCF=87;TCR=95;TR=182;WE=126125326;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,287:1.00:287
chr9	126128211	rs1105223	T	C	2240.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.295;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.056;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=35;PP=1019;ReadPosRankSum=0.979;SC=ACCTGCGAGATGGAGGTGGAC;SOR=0.538;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=110;TCF=54;TCR=56;TR=73;WE=126128219;WS=126128201;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,102:0.64:159
chr9	126128253	rs1105222	G	C	2225.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.252;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.609;HP=4;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=34;PP=1047;ReadPosRankSum=1.608;SC=CTGCACGGGGGCTCGTGCCTG;SOR=0.760;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=100;TCF=49;TCR=51;TR=68;WE=126128261;WS=126128243;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,99:0.63:156
chr9	126128679	rs11790447	G	C	1098.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.068;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.303;HP=5;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=21;PP=631;ReadPosRankSum=-0.514;SC=CTGGCGGGGGGAGGGGTAGGT;SOR=0.293;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=46;TCF=16;TCR=30;TR=34;WE=126128687;WS=126128669;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,46:0.75:61
chr9	126129351	rs10760281	G	A	1904.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.507;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=25;PP=1214;ReadPosRankSum=0.121;SC=GGCTTATTCCGAGCTGCGGTC;SOR=0.610;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=97;TCF=65;TCR=32;TR=74;WE=126129359;WS=126129341;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,83:0.75:110
chr9	126129904	rs10818812	C	T	1059.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.794;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.033;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=16;PP=428;ReadPosRankSum=0.823;SC=CATGCCTCAACGGAGGCCACT;SOR=0.481;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=42;TCF=24;TCR=18;TR=33;WE=126129912;WS=126129894;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,52:0.69:75
chr9	126131110	rs2488603	T	C	1262.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=20;NR=16;PP=573;SC=GAGCTCTGCCTCCTCCCCACT;SOR=0.952;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=36;TCF=20;TCR=16;TR=36;WE=126131118;WS=126131100;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
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chr9	126133252	rs55965026	C	T	1105.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.970;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=279;ExcessHet=3.0103;FS=4.698;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.04;ReadPosRankSum=1.164;SOR=0.718;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:201,73:0.27:274
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chr9	126135715	rs2488601	A	G	2047.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=41;NR=13;PP=1053;SC=CCCGGCGGCCACCACCTCGCG;SOR=1.670;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=54;TCF=41;TCR=13;TR=54;WE=126135723;WS=126135705;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr9	126135936	rs2488600	G	C	1232.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.534;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=283;ExcessHet=3.0103;FS=4.630;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.53;ReadPosRankSum=0.040;SOR=0.520;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:197,75:0.28:272
chr9	126136247	rs2488599	A	G	438.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=2.534;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.141;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=17;PP=310;ReadPosRankSum=-1.954;SC=CCCTGGGGCTATGGTGGGGCA;SOR=1.083;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=69;TCF=17;TCR=52;TR=21;WE=126136255;WS=126136237;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,25:0.27:93
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chr9	126139065	rs10760283	G	A	45.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.967;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=7.63;ReadPosRankSum=0.842;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,4:0.67:6
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chr9	126144758	rs2808409	T	C	4773.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=67;NR=59;PP=2227;SC=CGAGCAGGGCTGAGGGCTTCT;SOR=0.750;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=127;TCF=67;TCR=60;TR=126;WE=126144766;WS=126144736;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,179:1.00:179
chr9	126145907	rs2797946	C	A	3284.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=64;NR=25;PP=1840;SC=GGCCCCCGGCCGATACCCTCC;SOR=1.552;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=89;TCF=64;TCR=25;TR=89;WE=126145915;WS=126145897;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr9	126146197	rs2808411	C	G	6073.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=62;NR=88;PP=2783;SC=TGCGGCCTGTCGGGGACAGAG;SOR=0.999;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=150;TCF=62;TCR=88;TR=150;WE=126146205;WS=126146187;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,229:1.00:229
chr9	126202551	rs10739633	A	C	963.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=18;NR=9;PP=560;SC=AACTGAAATGAAAAACCGTCT;SOR=1.308;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=27;TCF=18;TCR=9;TR=27;WE=126202559;WS=126202541;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr9	126220283	rs71390436	C	CT	371.82	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.457;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.94;ReadPosRankSum=1.403;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,26:0.76:34
chr9	126770250	rs10818907	C	G	3212.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=0.600;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=248;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=50;PP=1808;ReadPosRankSum=1.225;SC=CCAAATCCGGCGTTTTCTCTG;SOR=0.694;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=160;TCF=88;TCR=72;TR=106;WE=126770258;WS=126770240;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:96,144:0.60:240
chr9	126783433	rs1042486	G	C	9352.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.804;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=643;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=161;NR=123;PP=2962;ReadPosRankSum=1.137;SC=AGCCATACCCGAGCAGCCAGA;SOR=0.657;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=414;TCF=240;TCR=174;TR=284;WE=126783441;WS=126783423;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:216,416:0.66:632
chr9	126794648	rs28649641	G	A	1200.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.510;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=15;PP=699;ReadPosRankSum=0.524;SC=CAGTCGGGGGGATGCTCTGCC;SOR=0.616;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=73;TCF=48;TCR=25;TR=42;WE=126794656;WS=126794638;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,55:0.59:93
chr9	127101924	rs10760354	C	T	10905.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=412;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=107;NR=137;PP=2965;SC=CATCTGGTCCCTGGGCTGTCT;SOR=0.862;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=245;TCF=107;TCR=138;TR=244;WE=127101932;WS=127101914;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,408:1.00:408
chr9	127177736	rs2236386	G	C	4075.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=39;NR=69;PP=1951;SC=GGTCGGAGGCGGGTGCAAACA;SOR=1.135;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=108;TCF=39;TCR=69;TR=108;WE=127177744;WS=127177726;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,155:1.00:155
chr9	127215167	rs59108500	C	T	167.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-1.267;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.475;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=3;PP=67;ReadPosRankSum=-0.664;SC=GACTCTTGGGCAGGGGAACTC;SOR=0.412;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=23;TCF=10;TCR=13;TR=7;WE=127215175;WS=127215157;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,10:0.31:32
chr9	127215344	rs7861556	A	G	751.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=1.044;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=11;PP=357;ReadPosRankSum=0.807;SC=CTGGTGTTCGACGAGAGGACG;SOR=0.658;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=69;TCF=38;TCR=31;TR=24;WE=127215352;WS=127215334;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,42:0.35:119
chr9	127215772	rs72616654	C	G	2226.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.958;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.02;ReadPosRankSum=1.546;SOR=0.726;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:138,64:0.32:202
chr9	127215778	rs67997410	C	T	2236.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.355;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.18;ReadPosRankSum=2.171;SOR=0.665;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:136,64:0.32:200
chr9	127220952	rs12347840	T	C	2047.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.580;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=350;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=37;PP=926;ReadPosRankSum=1.416;SC=GGGACGTCACTGGAGAGGTCA;SOR=0.699;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=241;TCF=129;TCR=112;TR=80;WE=127220960;WS=127220942;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:229,116:0.34:345
chr9	127228596	rs4838184	A	G	3697.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=56;NR=43;PP=1765;SC=GGGCCACCACAGGCTGCTCCG;SOR=0.852;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=99;TCF=56;TCR=43;TR=99;WE=127228604;WS=127228586;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,147:1.00:147
chr9	127228824	rs4838185	T	C	913.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=27;PP=675;SC=CAGGGCTGCATGCAGTAGTTC;SOR=2.432;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=35;TCF=8;TCR=27;TR=35;WE=127228832;WS=127228814;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr9	127230118	rs10818977	C	T	841.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=0.956;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=14;PP=428;ReadPosRankSum=0.370;SC=GGAGAGTTCACCACTGTAGCC;SOR=0.643;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=57;TCF=28;TCR=29;TR=28;WE=127230126;WS=127230108;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,40:0.52:77
chr9	127230891	rs10760365	G	A	1705.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.426;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.179;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=34;PP=757;ReadPosRankSum=2.213;SC=GTGGAGGAAGGTGGTAGCTGT;SOR=0.903;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=96;TCF=42;TCR=54;TR=56;WE=127230899;WS=127230881;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,83:0.60:139
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chr9	127561559	rs2281923	C	T	2892.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.847;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.597;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=30;PP=1486;ReadPosRankSum=0.393;SC=CTGCCCCCTCCGCAGAGCATC;SOR=1.058;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=118;TCF=71;TCR=47;TR=82;WE=127561567;WS=127561549;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,126:0.67:187
chr9	127563364	rs913231	G	A	3029.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.849;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.194;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=47;PP=1282;ReadPosRankSum=-1.851;SC=GTGAGCAGGTGGAGGAGGCTG;SOR=0.966;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=130;TCF=57;TCR=73;TR=74;WE=127563372;WS=127563354;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,137:0.66:207
chr9	127566378	rs7874348	A	G	2950.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.992;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.749;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=43;PP=1610;ReadPosRankSum=2.211;SC=TGCAGACAACACCCTCCAGGG;SOR=0.796;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=146;TCF=76;TCR=70;TR=95;WE=127566386;WS=127566368;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,134:0.64:211
chr9	127572710	rs7020260	C	G	6620.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=240;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=51;NR=124;PP=2965;SC=CTGTGCTCCCCGGAGAGGGGC;SOR=1.620;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=175;TCF=51;TCR=124;TR=175;WE=127572718;WS=127572700;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,236:1.00:236
chr9	127615705	rs10986467	A	G	92.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=2.189;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=1;PP=64;ReadPosRankSum=-0.180;SC=CGCCCCGATTACCATGGAGAC;SOR=0.223;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=8;TCF=7;TCR=1;TR=5;WE=127615713;WS=127615701;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,4:0.57:7
chr9	127615976	rs3814132	G	A	2275.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.318;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=21;PP=603;ReadPosRankSum=-2.063;SC=TCTGGGCAGTGGCTCAGGACA;SOR=0.723;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=63;TCF=30;TCR=33;TR=39;WE=127615984;WS=127615966;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,67:0.65:103
chr9	127615995	rs3814131	A	G	1808.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.349;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=17;PP=452;ReadPosRankSum=-0.735;SC=CATTGAGTCCAGAGTAGACTT;SOR=0.674;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=50;TCF=23;TCR=27;TR=32;WE=127616003;WS=127615985;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,47:0.60:78
chr9	127616323	rs10760380	G	C	773.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=5.302;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.463;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=2;PP=621;ReadPosRankSum=0.244;SC=TACGGGACTCGAGAGAGGGCC;SOR=2.584;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=47;TCF=43;TCR=4;TR=29;WE=127616331;WS=127616321;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,28:0.61:46
chr9	127616537	rs12375547	A	G	7453.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.846;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=500;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.200;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=92;NR=122;PP=2962;ReadPosRankSum=0.115;SC=CAGGCTCAGAAGATGGCTGCG;SOR=0.806;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=319;TCF=142;TCR=177;TR=214;WE=127616545;WS=127616527;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:158,339:0.68:497
chr9	127618776	rs2274970	A	G	5104.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=63;NR=54;PP=2353;SC=TCCACCGTACACATCTGGGAC;SOR=0.800;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=119;TCF=65;TCR=54;TR=117;WE=127618784;WS=127618766;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,194:1.00:194
chr9	127618839	rs10760381	C	G	7227.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=267;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=97;NR=74;PP=2965;SC=GGACACAGTGCCAACATCAGC;SOR=0.892;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=172;TCF=98;TCR=74;TR=171;WE=127618847;WS=127618829;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,262:1.00:262
chr9	127619553	rs10819000	C	G	100.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.791;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=2;PP=103;ReadPosRankSum=1.018;SC=GAAGACTCATCTCATATTTTG;SOR=0.784;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=17;TCF=13;TCR=4;TR=7;WE=127619561;WS=127619543;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,6:0.32:19
chr9	127619625	rs35041146	G	GC	2633.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=26;NR=20;PP=1534;SC=TTCCTGACATGCCCCCCTCCT;SOR=1.477;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=50;TCF=28;TCR=22;TR=46;WE=127619633;WS=127619615;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr9	127619922	rs944952	T	C	5898.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=49;NR=93;PP=2965;SC=CCAACCACCTTAGATGGTGCC;SOR=1.217;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=143;TCF=49;TCR=94;TR=142;WE=127619930;WS=127619912;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,209:1.00:209
chr9	127620480	rs10593927	CAT	C	1145.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=8;PP=790;SC=GCAGGCCACACATGTCACTAA;SOR=1.101;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=21;TCF=13;TCR=8;TR=18;WE=127620489;WS=127620470;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr9	127637215	rs581558	T	G	1058.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=21;NR=6;PP=733;SC=GGCGGTGCCTTCGCAGCTCTG;SOR=2.235;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=21;TCR=6;TR=27;WE=127637223;WS=127637205;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr9	127643456	rs687434	T	C	3786.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=0.658;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=303;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=46;PP=1580;ReadPosRankSum=-2.276;SC=CTACCTTATATTCCAGAGTTT;SOR=0.690;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=158;TCF=87;TCR=71;TR=99;WE=127643464;WS=127643446;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:114,180:0.61:294
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chr9	127644882	rs596231	G	A	12998.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=503;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=121;NR=162;PP=2965;SC=AAAGCCAATCGTTAGATGCAT;SOR=0.857;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=283;TCF=121;TCR=162;TR=283;WE=127644890;WS=127644872;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,498:1.00:498
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chr9	127715356	rs185483860	A	G	461.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.470;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.909;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=16;PP=302;ReadPosRankSum=0.999;SC=TCTTATTAATATATTTGTTGA;SOR=1.349;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=33;TCF=3;TCR=30;TR=16;WE=127715364;WS=127715346;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,20:0.54:37
chr9	127733926	rs2289631	C	T	943.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.825;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.960;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=15;PP=477;ReadPosRankSum=0.852;SC=TTCTGTTAAACGTGCAGTTAG;SOR=1.082;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=117;TCF=65;TCR=52;TR=40;WE=127733934;WS=127733916;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:110,53:0.33:163
chr9	127757310	rs6478690	C	T	1295.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=2.016;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.212;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=27;PP=587;ReadPosRankSum=-1.149;SC=AAAACAACAACGAAGAACTGT;SOR=0.594;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=133;TCF=45;TCR=88;TR=42;WE=127757318;WS=127757300;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:117,69:0.37:186
chr9	127764305	rs764304	G	A	1062.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=1.242;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.902;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=14;PP=355;ReadPosRankSum=-1.384;SC=TCAGAAGCACGCTATTGGCAG;SOR=0.723;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=105;TCF=51;TCR=54;TR=29;WE=127764313;WS=127764295;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:129,63:0.33:192
chr9	127765856	.	G	GA	140.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.738;ClippingRankSum=0.000;DP=341;ExcessHet=3.0103;FS=2.077;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.45;ReadPosRankSum=0.634;SOR=0.603;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:262,54:0.17:316
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chr9	127818276	rs589292	C	T	3551.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-2.009;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=259;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=57;PP=1479;ReadPosRankSum=0.100;SC=TCTTTAAGAGCAAATTCAGTC;SOR=0.717;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=151;TCF=59;TCR=92;TR=92;WE=127818284;WS=127818266;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:91,163:0.64:254
chr9	127904740	rs974826	G	C	381.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-1.273;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=1;PP=296;ReadPosRankSum=-0.752;SC=ATCGACTGTAGAGGTAGTAAT;SOR=1.721;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=22;TCF=20;TCR=2;TR=15;WE=127904748;WS=127904730;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,15:0.68:22
chr9	127911967	.	C	T	3305.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.309;ClippingRankSum=0.000;DP=237;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.074;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=42;PP=1659;ReadPosRankSum=0.152;SC=GGAAATATGGCGTTGTCGTTC;SOR=0.589;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=156;TCF=97;TCR=59;TR=104;WE=127911975;WS=127911957;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,148:0.64:231
chr9	127923013	rs4837010	TG	CT	867.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-1.568;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.021;HP=1;HapScore=2;JOINED;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=2;PP=350;ReadPosRankSum=-1.556;SC=TTTAATATACTGAAATAGGGA;SOR=0.327;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=14;TCF=11;TCR=3;TR=9;WE=127923022;WS=127923003;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,21:0.81:26
chr9	127951072	rs57163595	C	CAATAAT,CAAT	187.87	.	AC=2,0;AF=1.00,0.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001,0.4999;FS=0.000;HP=7;HapScore=3;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3,3;NR=1,1;PP=140,26;SC=CAGTTAAAAACAATAATAATA;SOR=1.981;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=5;TCF=3;TCR=2;TR=4,4;WE=127951080;WS=127951062;set=Intersection	GT:AF:DP	1/1:1.00:5
chr9	127951863	rs466994	G	A	2767.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-1.204;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.559;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=38;PP=1516;ReadPosRankSum=1.062;SC=CTGGAGAAAGGAAGGGCCGGC;SOR=0.747;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=151;TCF=90;TCR=61;TR=98;WE=127951871;WS=127951853;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,125:0.65:193
chr9	127962916	rs501963	G	A	3212.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=2.536;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=73;NR=32;PP=1825;ReadPosRankSum=1.222;SC=GGTCTATCACGGTCTCGGGCA;SOR=0.697;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=149;TCF=103;TCR=46;TR=105;WE=127962924;WS=127962906;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,137:0.71:194
chr9	127969785	rs420423	G	A	1386.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.611;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.850;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=15;PP=803;ReadPosRankSum=-1.971;SC=AATGGAAAGAGCACACTACTG;SOR=1.008;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=64;TCF=41;TCR=23;TR=44;WE=127969793;WS=127969775;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,60:0.66:91
chr9	127975583	rs359588	T	C	1350.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=28;NR=12;PP=874;SC=ATGACCCTCCTCAAGTGTGCC;SOR=1.659;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=41;TCF=29;TCR=12;TR=40;WE=127975591;WS=127975573;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr9	127982775	rs35811664	CT	C	4554.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-1.660;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=488;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.556;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=3.546;NF=24;NR=49;PP=2532;ReadPosRankSum=0.256;SC=TCAGAAGCCCCTCTACCTGGA;SOR=0.642;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=229;TCF=87;TCR=142;TR=73;WE=127982783;WS=127982765;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:321,155:0.33:476
chr9	128064242	.	CT	C	163.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.602;ClippingRankSum=0.000;DP=73;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.52;ReadPosRankSum=1.041;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:40,25:0.38:65
chr9	128070227	rs1333055	G	C	152.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=3.062;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=9;PP=120;ReadPosRankSum=1.261;SC=TGTTATTGCTGAGTGTTTTGG;SOR=0.836;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=45;TCF=6;TCR=39;TR=10;WE=128070235;WS=128070217;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,10:0.20:51
chr9	128072273	rs568409	G	C	1313.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.750;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.208;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=26;PP=632;ReadPosRankSum=-1.303;SC=TCATATTACAGTAGTAACCCC;SOR=0.831;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=105;TCF=46;TCR=59;TR=44;WE=128072281;WS=128072263;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:105,70:0.40:175
chr9	128074807	rs432757	T	C	5719.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-2.237;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=72;NR=69;PP=2565;ReadPosRankSum=-0.521;SC=AAGAAACCATTCAGGAGGTGC;SOR=0.246;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=142;TCF=73;TCR=69;TR=141;WE=128074815;WS=128074797;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,222:1.00:223
chr9	128097667	rs13288223	A	T	368.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-1.274;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.623;HP=11;HapScore=4;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=7;PP=118;ReadPosRankSum=0.599;SC=TTTTTTTTTTAAAAATGGGGC;SOR=1.179;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=21;TCF=7;TCR=14;TR=9;WE=128097675;WS=128097645;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,13:0.52:25
chr9	128116817	rs937482	A	G	260.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=4.339;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=0;PP=213;ReadPosRankSum=1.027;SC=CAGACATGCTACTTTGTAAAA;SOR=1.352;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=20;TCR=0;TR=10;WE=128116825;WS=128116811;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,10:0.43:23
chr9	128201098	rs7864593	A	G	1923.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=35;NR=18;PP=1010;SC=CACCGGGTGGACTCTAGGGCA;SOR=1.244;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=53;TCF=35;TCR=18;TR=53;WE=128201106;WS=128201088;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
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chr9	128209870	rs10986761	G	C	403.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-1.013;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.692;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=13;PP=279;ReadPosRankSum=-0.718;SC=CTCGCTAGCAGCCCTGTTTCG;SOR=0.241;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=36;TCF=4;TCR=32;TR=16;WE=128209878;WS=128209860;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,18:0.42:43
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chr9	128711809	rs13298715	A	G	460.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=1.286;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.617;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=14;PP=338;ReadPosRankSum=-0.964;SC=TATACTGTGTATATATATATA;SOR=1.220;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=25;TCF=3;TCR=22;TR=15;WE=128711819;WS=128711797;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,20:0.59:34
chr9	128724304	rs888230	A	C	2020.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=2.801;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.808;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=20;PP=1063;ReadPosRankSum=-1.467;SC=ACTTTTTCTCATCTCCCTGCC;SOR=1.079;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=107;TCF=65;TCR=42;TR=59;WE=128724312;WS=128724294;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,92:0.58:159
chr9	129089099	.	TCCG	T	88.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.908;ClippingRankSum=0.000;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.93;ReadPosRankSum=0.073;SOR=0.307;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,4:0.22:18
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chr9	129183952	rs147012800	TC	T	403.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.653;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.292;NF=12;NR=2;PP=411;ReadPosRankSum=0.876;SC=ACTTCCAAATTCCTTGAGAGG;SOR=0.340;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=38;TCF=34;TCR=4;TR=14;WE=129183960;WS=129183942;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,15:0.39:38
chr9	129184091	rs2286888	T	C	11938.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-1.232;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=471;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=177;NR=112;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.704;SC=TCTTGGGGAATGCTCCTTGTA;SOR=1.038;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=293;TCF=179;TCR=114;TR=289;WE=129184099;WS=129184081;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,454:0.99:458
chr9	129246177	rs2286886	T	C	5316.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=66;NR=57;PP=2564;SC=GGTGTTACCATTGTCATGCAT;SOR=0.809;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=123;TCF=66;TCR=57;TR=123;WE=129246185;WS=129246167;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,199:1.00:199
chr9	129265629	rs112355931	C	T	1220.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=3.712;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=37;PP=860;ReadPosRankSum=-0.006;SC=CTGCCGCCTCCGCCAGCCCTC;SOR=0.864;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=68;TCF=12;TCR=56;TR=45;WE=129265637;WS=129265619;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,49:0.66:74
chr9	129377855	rs1336980	G	C	5793.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.205;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=431;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=68;NR=93;PP=2685;ReadPosRankSum=1.985;SC=AACAGTAAGCGCTTCTCGTCC;SOR=0.674;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=262;TCF=111;TCR=151;TR=161;WE=129377863;WS=129377845;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:158,264:0.63:422
chr9	129453229	rs2277158	A	G	10275.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.693;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=393;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=133;NR=124;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.723;SC=GCGTGTGTGAACGGCAGCTAC;SOR=0.741;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=258;TCF=133;TCR=125;TR=257;WE=129453237;WS=129453219;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,385:0.99:387
chr9	129455372	rs34682917	C	T	254.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.63;BaseQRankSum=0.918;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=1;PP=110;ReadPosRankSum=-0.401;SC=AGGCTGAGGCCTGGGCTGCCC;SOR=1.179;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=10;TCF=7;TCR=3;TR=5;WE=129455380;WS=129455362;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,11:0.58:19
chr9	129455587	rs13295990	G	C	1840.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-0.935;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.537;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=22;PP=759;ReadPosRankSum=-0.714;SC=AGGTCTCGTCGAAGCCTTGCC;SOR=0.650;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=39;TCF=17;TCR=22;TR=38;WE=129455595;WS=129455577;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,69:0.99:70
chr9	129458092	rs3737048	G	T	1896.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.424;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.673;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=15;PP=897;ReadPosRankSum=-0.126;SC=ACCAGGCCAGGGGGTGAAGGC;SOR=1.100;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=90;TCF=61;TCR=29;TR=55;WE=129458100;WS=129458082;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,84:0.67:125
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chr9	129728012	rs10819257	T	A	772.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.035;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=8;PP=439;ReadPosRankSum=-0.332;SC=AGAAGCCATTTTTTATTGTAC;SOR=0.735;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=47;TCF=33;TCR=14;TR=28;WE=129728020;WS=129728002;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,35:0.58:60
chr9	129728336	rs480796	G	A	746.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-3.720;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.825;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=21;PP=484;ReadPosRankSum=-1.807;SC=TATATGCCCAGCAAGAGGGGA;SOR=0.280;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=37;TCF=7;TCR=30;TR=27;WE=129728344;WS=129728326;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,31:0.74:42
chr9	129740101	rs10819259	G	T	3959.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.777;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=285;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.706;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=67;PP=2029;ReadPosRankSum=0.042;SC=CTGTTAGAGTGTCTCAGTTTC;SOR=0.552;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=189;TCF=88;TCR=101;TR=130;WE=129740109;WS=129740091;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:100,182:0.65:282
chr9	129752239	rs10819260	C	T	4700.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.300;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=345;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.689;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=82;PP=2171;ReadPosRankSum=-0.614;SC=CCACATGACACGTTGCAGTTC;SOR=0.933;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=221;TCF=100;TCR=121;TR=138;WE=129752247;WS=129752229;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:123,219:0.64:342
chr9	129831659	rs1281158	T	A	7853.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=309;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=78;NR=112;PP=2965;SC=TTGGCTTATTTTTTTTTAAGA;SOR=0.937;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=190;TCF=78;TCR=112;TR=190;WE=129831667;WS=129831649;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,299:1.00:299
chr9	129856223	rs867382	C	G	207.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-1.238;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=8;PP=142;ReadPosRankSum=-0.451;SC=CACAGACATGCATATACATCA;SOR=0.657;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=25;TCF=6;TCR=19;TR=10;WE=129856231;WS=129856213;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,11:0.38:29
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chr9	130242166	rs1539567	A	G	4101.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-3.410;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=288;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.289;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=70;NR=53;PP=1867;ReadPosRankSum=1.122;SC=GCGCCACCTCAACGCAGAGCG;SOR=0.443;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=186;TCF=112;TCR=74;TR=123;WE=130242174;WS=130242156;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,190:0.69:277
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chr9	130269786	rs2245051	A	G	621.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.984;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FS=2.749;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.90;ReadPosRankSum=-0.792;SOR=1.027;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:92,35:0.28:127
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chr9	130331257	rs151147273	CCCGCTCCCG	C	387.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.509;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.25;MQRankSum=1.356;QD=12.12;ReadPosRankSum=0.721;SOR=0.616;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,12:0.38:32
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chr9	130341253	rs4240420	A	G	2167.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.440;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=250;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.471;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=43;PP=1095;ReadPosRankSum=-0.675;SC=AGGGACCGGAACTGGCCCAGT;SOR=0.632;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=157;TCF=66;TCR=91;TR=76;WE=130341261;WS=130341243;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:134,110:0.45:244
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chr9	130425345	rs139895327	T	A	701.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=2.623;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.597;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=3;PP=510;ReadPosRankSum=0.227;SC=AGTTCCCAAGTGTTTAGCACA;SOR=1.112;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=38;TCF=34;TCR=4;TR=25;WE=130425353;WS=130425335;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,28:0.64:44
chr9	130446493	rs4836575	A	G	124.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.410;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=2;PP=86;ReadPosRankSum=1.528;SC=ATGTGTGTTCATGCGCGCTTG;SOR=0.616;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=22;TCF=18;TCR=4;TR=9;WE=130446501;WS=130446483;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,8:0.36:22
chr9	130457332	rs138071672	T	TTGA	817.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.118;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=351;ExcessHet=3.0103;FS=1.997;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.34;MQRankSum=5.926;QD=6.01;ReadPosRankSum=-0.204;SOR=0.970;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:102,34:0.25:136
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chr9	130475011	rs522328	T	C	2333.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=1.110;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=407;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=33;PP=904;ReadPosRankSum=1.067;SC=AAGAGGACAGTGACGTTGACG;SOR=0.692;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=212;TCF=116;TCR=96;TR=72;WE=130475019;WS=130475001;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:268,134:0.33:402
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chr9	130486915	rs2256139	T	C	353.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.871;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.291;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=4;PP=263;ReadPosRankSum=-0.494;SC=GGACGGAGACTGCGGCGGGGG;SOR=1.007;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=69;TCF=50;TCR=19;TR=18;WE=130486923;WS=130486905;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,21:0.26:82
chr9	130488494	rs538927	C	T	892.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.666;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=15;PP=514;ReadPosRankSum=0.917;SC=CTCATAGCAGCTTGGGACCCA;SOR=0.717;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=110;TCF=68;TCR=42;TR=38;WE=130488502;WS=130488484;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:119,52:0.30:171
chr9	130489189	rs578997	C	T	1299.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.635;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.144;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=21;PP=598;ReadPosRankSum=1.672;SC=AGGGCAGCATCGTGCTGTCTG;SOR=0.595;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=131;TCF=79;TCR=52;TR=50;WE=130489197;WS=130489179;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:126,74:0.37:200
chr9	130489558	rs472144	A	G	614.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.102;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.726;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=15;PP=336;ReadPosRankSum=0.555;SC=GGATGCTTAAACGGCACGAGT;SOR=0.602;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=86;TCF=44;TCR=42;TR=30;WE=130489566;WS=130489548;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,38:0.32:120
chr9	130489743	rs13298768	A	G	629.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.256;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FS=0.627;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.28;ReadPosRankSum=-2.283;SOR=0.761;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:147,45:0.23:192
chr9	130491726	rs555022	T	C	352.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-3.165;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=3;PP=231;ReadPosRankSum=-0.156;SC=CCCACCCCACTCTAACCTGGC;SOR=0.446;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=42;TCF=36;TCR=6;TR=16;WE=130491734;WS=130491716;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,17:0.38:45
chr9	130491976	.	CAGGAAGCTA	C	648.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=0.890;ClippingRankSum=0.000;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.068;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.581;NF=2;NR=13;PP=2954;ReadPosRankSum=1.407;SC=CGCCAGGCCTCAGGAAGCTAA;SOR=0.518;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=44;TCF=3;TCR=41;TR=15;WE=130492006;WS=130491966;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,20:0.29:68
chr9	130491998	rs557630	A	G	373.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-1.838;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.989;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQ=60.21;MQRankSum=1.285;NF=3;NR=14;PP=1273;ReadPosRankSum=-0.212;SC=GCAGCAGGGTAGTCAAAGCTC;SOR=0.287;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=44;TCF=8;TCR=36;TR=17;WE=130492006;WS=130491966;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,20:0.39:51
chr9	130492039	rs557749	G	A	200.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.850;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=2.430;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.49;MQRankSum=1.187;QD=9.13;ReadPosRankSum=-0.733;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,10:0.45:22
chr9	130493513	rs482095	A	G	1411.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=2.682;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.120;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=25;PP=818;ReadPosRankSum=1.267;SC=GCCTCAGCAAAACTGAGTATG;SOR=0.604;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=158;TCF=75;TCR=83;TR=49;WE=130493521;WS=130493503;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:147,70:0.32:217
chr9	130493724	rs505268	C	T	1131.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.607;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=23;PP=391;ReadPosRankSum=0.933;SC=GGGGAGGGGACGAGTTCTACC;SOR=0.660;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=127;TCF=48;TCR=79;TR=36;WE=130493732;WS=130493714;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:134,67:0.33:201
chr9	130494667	rs534652	G	A	161.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.031;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.791;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=6;PP=73;ReadPosRankSum=1.333;SC=TCCCTCAGCCGCCTTCTGGGT;SOR=2.028;SbPval=0.97;Source=Platypus;TC=21;TCF=9;TCR=12;TR=7;WE=130494675;WS=130494657;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,9:0.38:24
chr9	130494811	rs515182	T	C	344.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.807;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=4;PP=190;ReadPosRankSum=-0.366;SC=GGGGTGAAGCTGCCCGGGAGG;SOR=0.796;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=49;TCF=35;TCR=14;TR=15;WE=130494819;WS=130494801;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,19:0.31:62
chr9	130494957	rs538066	T	C	11168.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=437;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=117;NR=115;PP=2965;SC=TTGATCTGCTTGCCACCCGTG;SOR=0.702;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=232;TCF=117;TCR=115;TR=232;WE=130494965;WS=130494947;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,436:1.00:436
chr9	130495633	rs564754	C	G	1218.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.378;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=262;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.026;HP=6;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=28;PP=780;ReadPosRankSum=0.225;SC=AGTGGCCCCCCCACTGTGCCC;SOR=0.727;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=187;TCF=93;TCR=94;TR=62;WE=130495641;WS=130495623;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:184,76:0.29:260
chr9	130495890	rs3739812	A	C	142.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=4.046;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.478;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=7;PP=115;ReadPosRankSum=0.277;SC=CTCCCCCAACACCAGACCTCT;SOR=2.215;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=23;TCF=4;TCR=19;TR=7;WE=130495898;WS=130495880;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,7:0.29:24
chr9	130496415	rs482712	G	A	150.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.313;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.763;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=3;PP=88;ReadPosRankSum=-0.584;SC=TCCCTGCCAGGTAGAATGACA;SOR=0.307;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=31;TCF=25;TCR=6;TR=10;WE=130496423;WS=130496410;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,10:0.29:34
chr9	130504070	rs514024	G	A	1657.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.875;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=256;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.019;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=21;PP=807;ReadPosRankSum=-0.392;SC=TCAGTACCTGGGCCATGTCCA;SOR=0.782;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=170;TCF=104;TCR=66;TR=60;WE=130504078;WS=130504060;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:157,91:0.37:248
chr9	130507125	rs2233512	T	C	3624.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=3.170;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=284;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.025;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=62;PP=1967;ReadPosRankSum=-1.198;SC=CTGCCCACTCTCGGCTGCCAC;SOR=0.844;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=175;TCF=75;TCR=100;TR=103;WE=130507133;WS=130507115;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:121,159:0.57:280
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chr9	130524817	rs3962613	C	T	7811.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=300;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=69;NR=161;PP=2965;SC=GCCAAAAACCCTGTGGTCCTT;SOR=1.522;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=235;TCF=73;TCR=162;TR=230;WE=130524825;WS=130524799;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,293:1.00:293
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chr9	130634944	rs743537	T	C	1491.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.632;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.934;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=18;PP=866;ReadPosRankSum=0.935;SC=ATCCCCTGCCTCTCACCCCAC;SOR=0.548;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=71;TCF=49;TCR=22;TR=53;WE=130634952;WS=130634934;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,63:0.72:88
chr9	130635540	rs2767398	A	G	4019.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=62;NR=40;PP=2282;SC=GTCAGGGAAGAGAGGGTGCTC;SOR=1.054;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=104;TCF=64;TCR=40;TR=102;WE=130635548;WS=130635530;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,140:1.00:140
chr9	130648680	rs913983	G	A	6673.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=262;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.87;SOR=0.971;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,258:1.00:258
chr9	130649111	rs4837202	G	A	1886.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=43;PP=1248;SC=GGTGAGCGCTGGCAGGGTCCT;SOR=2.267;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=53;TCF=10;TCR=43;TR=53;WE=130649119;WS=130649101;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr9	130657020	rs5900777	GC	G	2496.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQ=60.12;NF=0;NR=45;PP=1626;SC=CAGGCTCAGCGCCCCCACCTC;SOR=2.425;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=49;TCF=1;TCR=48;TR=45;WE=130657028;WS=130657010;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr9	130670652	rs1043012	A	G	913.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=25;NR=2;PP=698;SC=CGGCATGGCGACTGGCAGGAC;SOR=3.841;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=27;TCF=25;TCR=2;TR=27;WE=130670660;WS=130670642;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr9	130670903	rs10760511	C	A	2662.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=25;NR=48;PP=1547;SC=AGAACCCACTCGCCTCCGGCC;SOR=1.313;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=73;TCF=25;TCR=48;TR=73;WE=130670911;WS=130670893;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr9	130672106	rs7026378	A	G	3672.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=84;NR=12;PP=2540;SC=TATCTGTGCTATGGTCACCCA;SOR=3.106;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=96;TCF=84;TCR=12;TR=96;WE=130672114;WS=130672096;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr9	130672221	rs10739700	C	T	12251.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=479;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=144;NR=146;PP=2965;SC=CCGGCCTGGCCGGTCTGACCT;SOR=0.706;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=292;TCF=144;TCR=148;TR=290;WE=130672229;WS=130672211;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,471:1.00:471
chr9	130690412	rs10760515	G	C	3325.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=29;NR=47;PP=1501;SC=CGGGGCCCAGGGCAGCCTGAT;SOR=1.135;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=76;TCF=29;TCR=47;TR=76;WE=130690420;WS=130690402;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chr9	130698029	rs7997	G	C	4888.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=67;NR=40;PP=2104;SC=CACTCTCTTGGTCTTCAGCAT;SOR=1.018;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=107;TCF=67;TCR=40;TR=107;WE=130698051;WS=130698019;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,182:1.00:182
chr9	130698043	rs6781	A	G	5606.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=71;NR=54;PP=2151;SC=TCAGCATCACATAGGAGATGA;SOR=0.849;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=125;TCF=71;TCR=54;TR=125;WE=130698051;WS=130698019;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,218:1.00:218
chr9	130699917	rs2274424	G	A	2398.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=35;NR=25;PP=1382;SC=AGATGGTAGAGGGCTGACTAG;SOR=1.048;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=60;TCF=35;TCR=25;TR=60;WE=130699925;WS=130699907;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr9	130700251	rs6478802	T	C	2089.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=7;NR=51;PP=1502;SC=CGCCTCCTCTTCTTTGCATAT;SOR=3.784;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=58;TCF=7;TCR=51;TR=58;WE=130700259;WS=130700241;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr9	130707081	rs2274426	A	G	8937.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=334;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=106;NR=77;PP=2965;SC=CATCTGTGAAATCCTGGCTCT;SOR=0.893;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=183;TCF=106;TCR=77;TR=183;WE=130707089;WS=130707071;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,326:1.00:326
chr9	130708044	rs200475137	G	A	360.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=0.494;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.363;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=8;PP=157;ReadPosRankSum=0.352;SC=TGGAAGGCAGGAAGGGGCAGG;SOR=0.990;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=19;TCF=5;TCR=14;TR=10;WE=130708052;WS=130708034;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,18:0.55:33
chr9	130710726	rs4837212	A	G	6216.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=54;NR=85;PP=2921;SC=CTATGCCCTGACCACCCACAG;SOR=1.061;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=139;TCF=54;TCR=85;TR=139;WE=130710734;WS=130710716;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,226:1.00:226
chr9	130710791	rs4837213	T	C	2250.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=50;PP=1230;SC=CAGAAGGGCTTGGATTCCAAT;SOR=1.967;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=65;TCF=15;TCR=50;TR=65;WE=130710799;WS=130710781;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr9	130715922	rs2417062	A	G	10469.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=407;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=112;NR=126;PP=2965;SC=AGTTGACTGCAGAATCCCAGG;SOR=0.781;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=239;TCF=112;TCR=127;TR=238;WE=130715930;WS=130715912;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,403:1.00:403
chr9	130829039	rs1539350	A	G	6894.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=265;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=97;NR=69;PP=2965;SC=GGCCACCGCCACCACTGCCAC;SOR=0.902;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=166;TCF=97;TCR=69;TR=166;WE=130829047;WS=130829029;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,261:1.00:261
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chr9	130868312	rs7864867	G	C	1906.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=20;NR=36;PP=1439;SC=GGCTCACCACGAGTTCCTTAC;SOR=1.292;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=56;TCF=20;TCR=36;TR=56;WE=130868320;WS=130868302;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
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chr9	130883511	rs2040004	C	T	5426.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.63;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=63;NR=41;PP=1924;SC=GGTCATCGAACGCATCCAGCC;SOR=0.915;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=104;TCF=63;TCR=41;TR=104;WE=130883519;WS=130883501;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,207:1.00:207
chr9	130884753	rs13283456	C	T	3487.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=-1.044;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=643;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.184;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=67;PP=1468;ReadPosRankSum=1.872;SC=GTCCTGGAGGCGGTGCCTGGG;SOR=0.583;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=384;TCF=166;TCR=218;TR=127;WE=130884761;WS=130884743;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:423,207:0.33:630
chr9	130886906	rs4837241	A	G	1141.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=16;PP=486;SC=TTAACAAGACACTCTGGGCAT;SOR=0.929;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=11;TCR=16;TR=27;WE=130886914;WS=130886896;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr9	130889571	rs4837242	A	G	1093.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=24;NR=11;PP=734;SC=TTTTACACAAAAGAATACAGA;SOR=1.788;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=36;TCF=25;TCR=11;TR=35;WE=130889579;WS=130889561;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr9	130889600	rs4837243	C	T	1930.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=33;NR=22;PP=993;SC=AGACTTCAGACCAAGTCACTC;SOR=1.091;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=56;TCF=34;TCR=22;TR=55;WE=130889608;WS=130889590;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr9	130889705	rs4837244	G	A	5174.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.63;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=44;NR=47;PP=1868;SC=TCCCCGGCCGGGCCAGGCCTT;SOR=0.777;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=91;TCF=44;TCR=47;TR=91;WE=130889713;WS=130889695;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,196:1.00:196
chr9	130890449	rs11283643	A	AGGTGCGCGGC	14423.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=306;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=49;NR=73;PP=2900;SC=ACCCGGCACCAGGTGTTGCGG;SOR=1.268;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=137;TCF=56;TCR=81;TR=122;WE=130890457;WS=130890439;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,302:1.00:302
chr9	130913608	rs12006030	G	C	230.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.219;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.49;ReadPosRankSum=0.044;SOR=0.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,14:0.33:42
chr9	130914170	rs11794980	C	G	1268.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.414;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.765;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=23;PP=774;ReadPosRankSum=-0.085;SC=GACCCCTCACCGTCCACGCCT;SOR=0.825;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=69;TCF=34;TCR=35;TR=49;WE=130914178;WS=130914160;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,59:0.64:92
chr9	130914434	rs2232629	A	G	3511.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=46;NR=37;PP=1454;SC=GGTGTCTGCCAGCCACTCACT;SOR=0.816;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=83;TCF=46;TCR=37;TR=83;WE=130914442;WS=130914424;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,136:1.00:136
chr9	130922952	rs1539351	G	C	2866.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=27;NR=46;PP=1539;SC=CCCCGTGAGAGCTGCAGGTCA;SOR=1.146;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=73;TCF=27;TCR=46;TR=73;WE=130922960;WS=130922942;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr9	130931586	rs10987905	C	A	490.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.293;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=16;PP=402;ReadPosRankSum=-0.817;SC=TCCAGACCCGCTGTGAGTTTG;SOR=0.788;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=74;TCF=21;TCR=53;TR=22;WE=130931594;WS=130931576;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,24:0.31:77
chr9	130932396	rs144699223	AAC	A	3110.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=0.989;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=239;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.532;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQ=60.09;MQRankSum=-1.784;NF=7;NR=43;PP=2096;ReadPosRankSum=0.190;SC=CCTGAATGACAACAGTCAAAG;SOR=0.996;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=89;TCF=19;TCR=70;TR=50;WE=130932405;WS=130932386;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:89,142:0.61:231
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chr9	130940822	rs3892074	C	T	2089.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-2.420;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.707;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=46;PP=1234;ReadPosRankSum=-0.707;SC=CAAGAGCTGCCTTCTCCGTCC;SOR=0.936;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=93;TCF=26;TCR=67;TR=62;WE=130940830;WS=130940812;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,85:0.70:122
chr9	130941741	rs11788797	C	G	584.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.759;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.700;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=16;PP=320;ReadPosRankSum=-0.614;SC=CAAAGAGGCCCCAGGGGCTCC;SOR=1.343;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=69;TCF=21;TCR=48;TR=20;WE=130941749;WS=130941731;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,29:0.32:92
chr9	130942972	rs45585631	T	C	2007.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=0.074;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.627;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=24;PP=1194;ReadPosRankSum=-0.052;SC=CATGTCCCTCTGAAGGGCCAG;SOR=0.906;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=101;TCF=65;TCR=36;TR=68;WE=130942980;WS=130942962;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,83:0.70:119
chr9	130980937	rs2229917	G	A	3180.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.808;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.342;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=61;PP=1681;ReadPosRankSum=4.192;SC=TCGAGGCCGAGACCGACAGGG;SOR=0.551;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=161;TCF=62;TCR=99;TR=104;WE=130980945;WS=130980927;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,142:0.62:229
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chr9	130988615	rs77264652	C	A	701.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-2.492;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=17;PP=419;ReadPosRankSum=1.722;SC=GCACTCATGACCCCTCCAGGC;SOR=0.651;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=26;TCF=3;TCR=23;TR=19;WE=130988623;WS=130988605;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,27:0.77:35
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chr9	131001846	rs34036148	CGT	C	554.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.972;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.41;ReadPosRankSum=1.413;SOR=0.656;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,34:0.52:66
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chr9	131019738	rs2240961	T	C	505.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-1.535;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.267;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=6;PP=268;ReadPosRankSum=-0.668;SC=GCCAGGAATCTGCCATGCCAC;SOR=1.092;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=73;TCF=52;TCR=21;TR=23;WE=131019746;WS=131019728;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,28:0.31:91
chr9	131020382	rs41276652	C	G	3358.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.131;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.804;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=83;PP=2375;ReadPosRankSum=-0.176;SC=GCAGGTGAGCCAGGCGCCGGC;SOR=0.837;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=183;TCF=59;TCR=124;TR=120;WE=131020390;WS=131020372;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,137:0.63:218
chr9	131020400	rs41276654	C	G	3604.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.748;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=235;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.710;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=68;PP=2193;ReadPosRankSum=0.090;SC=GGCAGCGCACCCTTTGCTCCT;SOR=0.574;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=171;TCF=67;TCR=104;TR=114;WE=131020408;WS=131020390;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,153:0.66:232
chr9	131020795	rs112603354	GCCT	G	2229.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.206;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=-2.962;NF=7;NR=40;PP=2272;ReadPosRankSum=0.498;SC=TACTGCCACCGCCTCCTCCTC;SOR=0.836;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=51;TCF=7;TCR=44;TR=47;WE=131020808;WS=131020785;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,91:0.96:95
chr9	131023105	rs12347709	A	G	521.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.862;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FS=3.200;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.25;ReadPosRankSum=-1.763;SOR=0.409;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:43,29:0.40:72
chr9	131023141	rs12338625	C	T	382.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.929;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=4.017;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.22;ReadPosRankSum=-0.012;SOR=0.279;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,23:0.43:53
chr9	131027963	rs12335848	A	G	901.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.511;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.102;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=17;PP=518;ReadPosRankSum=-0.628;SC=CCAGATCTTCAGACTCTCCTG;SOR=0.449;Source=Platypus;TCR=69;TR=35;WE=131027971;WS=131027953;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:109,50:0.31:159
chr9	131028226	rs12345218	G	A	1980.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.479;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=499;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.98;ReadPosRankSum=-0.204;SOR=0.703;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:367,131:0.26:498
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chr9	131038401	rs16930333	T	A	499.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=1.260;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.974;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=9;PP=220;ReadPosRankSum=-2.762;SC=CAATGAGAAATATGAAGCGGA;SOR=0.600;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=58;TCF=31;TCR=27;TR=16;WE=131038409;WS=131038391;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,27:0.36:76
chr9	131041056	rs199995498	G	GT	852.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.011;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.20;MQRankSum=0.000;QD=10.15;ReadPosRankSum=1.009;SOR=0.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,50:0.60:84
chr9	131073329	rs111383751	TG	T	1453.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.137;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.410;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.825;NF=4;NR=28;PP=1100;ReadPosRankSum=0.528;SC=GGGCTGCAGCTGGGTGGCCCA;SOR=0.392;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=55;TCF=5;TCR=50;TR=32;WE=131073337;WS=131073319;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,50:0.61:82
chr9	131074053	.	CTCAGAAAGA	C	1681	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=17;MMLQ=28;MQ=60.0;NF=1;NR=26;PP=1681;QD=64.4454073629;SC=AGCACTGGACCTCAGAAAGAT;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=47;TCF=2;TCR=45;TR=27;WE=131074076;WS=131074043;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:20,27:0.57:47
chr9	131074054	rs371914138	TCAGAAAGA	T	1928.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.570;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FS=2.174;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.73;ReadPosRankSum=0.115;SOR=1.044;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,50:0.64:78
chr9	131074063	rs375078342	TA	T	1941.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=2.298;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=26.60;ReadPosRankSum=0.683;SOR=0.749;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,50:0.68:73
chr9	131074066	rs369645449	TGGA	T	1897.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=2.799;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=26;PP=1688;ReadPosRankSum=0.953;SC=AGAAAGATACTGGATCTCAGA;SOR=0.643;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=42;TCF=2;TCR=40;TR=27;WE=131074076;WS=131074043;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,46:0.69:67
chr9	131076155	rs41306706	C	T	3047.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=1.960;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.523;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=37;PP=1324;ReadPosRankSum=-1.879;SC=CAGGAGGCCACGCACTGTGTA;SOR=0.770;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=133;TCF=74;TCR=59;TR=84;WE=131076163;WS=131076145;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,138:0.64:215
chr9	131085373	rs3003601	G	C	8955.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=362;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=89;NR=127;PP=2965;SC=CTGCAGAAAGGGCTGTTGGCC;SOR=0.927;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=216;TCF=89;TCR=127;TR=216;WE=131085381;WS=131085363;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,349:1.00:349
chr9	131087367	rs117432527	C	T	3537.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.238;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=279;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=38;PP=1279;ReadPosRankSum=-0.256;SC=CAGACCAGGTCAGCTAACTTA;SOR=0.679;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=162;TCF=90;TCR=72;TR=85;WE=131087375;WS=131087357;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:113,166:0.59:279
chr9	131087575	rs7022308	C	G	518.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.775;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=16;PP=356;ReadPosRankSum=0.159;SC=TCTGACCTCTCTAGAATCACA;SOR=1.255;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=29;TCF=4;TCR=25;TR=18;WE=131087583;WS=131087565;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,21:0.60:35
chr9	131095112	rs7850697	A	C	1950.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.403;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.123;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=18;PP=892;ReadPosRankSum=1.382;SC=ACCTCCCAACACATCCCTCAC;SOR=0.938;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=93;TCF=55;TCR=38;TR=53;WE=131095120;WS=131095102;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,89:0.63:142
chr9	131103046	rs113785080	C	T	428.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-0.789;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.744;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=9;PP=169;ReadPosRankSum=-0.213;SC=CGGCTAATGCCCCTCACGCTG;SOR=0.482;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=59;TCF=33;TCR=26;TR=17;WE=131103054;WS=131103036;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,30:0.27:112
chr9	131190444	rs112220391	G	C	383.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.200;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.987;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=3;PP=216;ReadPosRankSum=0.093;SC=TTCTCCCTCTGGTCCCACAGG;SOR=1.414;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=36;TCF=26;TCR=10;TR=15;WE=131190452;WS=131190434;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,18:0.42:43
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chr9	131197896	rs7040989	G	A	3807.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.831;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=250;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.676;HP=5;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=45;PP=1478;ReadPosRankSum=-1.193;SC=GTAGGGGCCCGCCTCAATCCC;SOR=0.777;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=139;TCF=71;TCR=68;TR=96;WE=131197904;WS=131197886;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,175:0.70:250
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chr9	131331320	rs2152833	C	T	529.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=5;NR=13;PP=323;SC=AGAAGTTACCCGAATCCTGCC;SOR=1.721;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=18;TCF=5;TCR=13;TR=18;WE=131331328;WS=131331310;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
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chr9	131389060	rs10694437	C	CAA	1839.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=21;PP=1290;SC=CACGACAAGACGAGCAGGATG;SOR=1.556;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=31;TCF=6;TCR=25;TR=27;WE=131389068;WS=131389050;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
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chr9	131392553	rs7866175	G	A	2448.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=23;NR=30;PP=1008;SC=CTGAGCTCTCGGCCAGCTGGG;SOR=0.919;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=54;TCF=24;TCR=30;TR=53;WE=131392561;WS=131392543;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr9	131395125	rs145054594	T	C	1143.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.290;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=277;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.16;ReadPosRankSum=0.035;SOR=0.723;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:197,78:0.28:275
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chr9	131398343	rs947182	T	A	756.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=11;NR=11;PP=572;SC=CACAGCCCCCTGTCCTGGCCC;SOR=0.765;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=22;TCF=11;TCR=11;TR=22;WE=131398351;WS=131398333;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr9	131398636	rs10760570	C	T	5055.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=64;NR=67;PP=2545;SC=CGGCCGACGGCTGCTGGGGAC;SOR=0.757;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=132;TCF=64;TCR=68;TR=131;WE=131398644;WS=131398626;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,192:1.00:192
chr9	131403096	rs2298045	A	G	9565.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=365;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=102;NR=140;PP=2965;SC=TGGGTATGTCATACTGGGACG;SOR=0.917;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=242;TCF=102;TCR=140;TR=242;WE=131403104;WS=131403086;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,363:1.00:363
chr9	131418828	rs4837292	A	C	1869.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=36;NR=17;PP=980;SC=ACCGTCTCCCAGCGGATGCCC;SOR=1.276;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=53;TCF=36;TCR=17;TR=53;WE=131418836;WS=131418818;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr9	131452121	.	C	CG	682.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=24;NR=7;PP=809;SC=GCCTGGGTGGCCCGCGCCGCG;SOR=0.818;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=24;TCR=7;TR=31;WE=131452145;WS=131452111;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr9	131452126	.	GCC	G	847.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=47.10;SOR=0.914;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr9	131452137	.	C	CG	864.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=25;NR=19;PP=909;SC=CCGCGGCGGCCGCGCTGCGAG;SOR=1.127;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=45;TCF=25;TCR=20;TR=44;WE=131452145;WS=131452111;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr9	131453331	rs4837293	G	A	1342.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.34;SOR=0.808;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr9	131455760	rs10739728	C	T	1511.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=38;NR=8;PP=1047;SC=CTACCTGCTGCACAGTTTTAT;SOR=2.970;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=46;TCF=38;TCR=8;TR=46;WE=131455768;WS=131455750;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr9	131455903	rs4836618	C	T	6008.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=72;NR=77;PP=2872;SC=AAAGCTCTTCCGGTATTCATT;SOR=0.748;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=150;TCF=72;TCR=78;TR=149;WE=131455911;WS=131455893;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,224:1.00:224
chr9	131456385	rs10637043	G	GTA	1636.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.391;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.395;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=29;PP=1237;ReadPosRankSum=-0.360;SC=ATTTTGGGGTGTATATATATA;SOR=0.408;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=45;TCF=5;TCR=40;TR=34;WE=131456394;WS=131456375;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,59:0.73:81
chr9	131465167	rs1572915	A	G	1144.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.44;SOR=1.038;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr9	131465284	rs3750321	G	T	338.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-1.527;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=4;PP=104;ReadPosRankSum=-1.863;SC=TCGCCCCGGAGCCCCGAACCG;SOR=0.446;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=13;TCF=6;TCR=7;TR=8;WE=131465292;WS=131465274;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,16:0.76:21
chr9	131468251	rs1572916	T	C	5719.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=60;NR=102;PP=2965;SC=GAGACACCATTCCAGCCTGCA;SOR=1.147;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=162;TCF=60;TCR=102;TR=162;WE=131468259;WS=131468241;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,215:1.00:215
chr9	131475951	rs4837297	T	C	3832.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=41;NR=68;PP=1762;SC=TCTGACTTGGTGGGACCCTGG;SOR=1.097;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=109;TCF=41;TCR=68;TR=109;WE=131475959;WS=131475941;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,150:1.00:150
chr9	131477544	rs7854055	G	A	4155.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=65;NR=49;PP=2267;SC=GGTATGGGACGGGATTGGGGG;SOR=0.875;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=115;TCF=66;TCR=49;TR=114;WE=131477552;WS=131477534;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,153:1.00:153
chr9	131479023	rs10739729	T	C	8272.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=302;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=122;NR=74;PP=2965;SC=CTCTCTCCTGTAGCCTGTACT;SOR=1.111;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=196;TCF=122;TCR=74;TR=196;WE=131479031;WS=131479013;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,299:1.00:299
chr9	131482467	rs3750325	T	C	7339.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=287;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=98;NR=76;PP=2918;SC=AGTGAGCGCCTGTCCTATTGC;SOR=0.884;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=174;TCF=98;TCR=76;TR=174;WE=131482475;WS=131482457;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,283:1.00:283
chr9	131483749	rs2900268	T	A	3001.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=35;NR=38;PP=1537;SC=CCGCAACCACTGACCCCAGGG;SOR=0.767;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=73;TCF=35;TCR=38;TR=73;WE=131483757;WS=131483739;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr9	131484410	rs41275916	A	G	4505.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-1.769;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=304;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.455;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=61;PP=1700;ReadPosRankSum=0.027;SC=CTTGGGAGACAGATGGCATTG;SOR=0.726;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=165;TCF=78;TCR=87;TR=115;WE=131484418;WS=131484400;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,210:0.70:300
chr9	131497832	rs3750329	C	T	240.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.476;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.151;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=7;PP=106;ReadPosRankSum=0.724;SC=GGCAGGATGCCAGGGAGAAGG;SOR=1.302;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=22;TCF=8;TCR=14;TR=9;WE=131497840;WS=131497822;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,13:0.42:31
chr9	131502112	rs2298044	A	G	1293.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=31;NR=9;PP=975;SC=GACCAGAAGGAAGGTGGGAGC;SOR=2.356;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=31;TCR=9;TR=40;WE=131502120;WS=131502111;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr9	131502440	rs3818931	G	C	4818.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=41;NR=76;PP=2577;SC=CACTCCCCCAGTTTCTCTTCA;SOR=1.179;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=117;TCF=41;TCR=76;TR=117;WE=131502448;WS=131502430;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,173:1.00:173
chr9	131502460	rs7027146	G	T	3612.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=38;NR=63;PP=1903;SC=AGATACCAGCGGCAGGACCCC;SOR=1.136;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=101;TCF=38;TCR=63;TR=101;WE=131502468;WS=131502450;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,133:1.00:133
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chr9	131513370	rs13284665	A	G	509.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.757;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.481;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=2;PP=260;ReadPosRankSum=-0.472;SC=GGGGAGGGACAGGAGGCCAAG;SOR=1.075;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=32;TCF=26;TCR=6;TR=17;WE=131513378;WS=131513360;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,24:0.62:39
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chr9	131570178	rs45609236	T	C	1910.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.608;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=304;ExcessHet=3.0103;FS=0.436;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.39;ReadPosRankSum=0.210;SOR=0.728;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:188,111:0.37:299
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chr9	131570274	rs3750323	C	T	762.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=1.087;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.761;HP=2;HapScore=2;MGOF=35;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.742;NF=3;NR=27;PP=588;ReadPosRankSum=0.746;SC=AGGATCGGCCCGAGACCCAGG;SOR=1.379;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=45;TCF=6;TCR=39;TR=30;WE=131570282;WS=131570264;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,31:0.67:46
chr9	131580998	rs2293969	C	T	36.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.63;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=2;PP=24;ReadPosRankSum=1.497;SC=ACCCTGGCGTCGGGCGCGGGG;SOR=0.784;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=12;TCF=7;TCR=5;TR=5;WE=131581006;WS=131580988;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,5:0.22:23
chr9	131583170	rs2280845	T	C	682.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-0.720;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.838;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=23;PP=379;ReadPosRankSum=1.178;SC=CCCACTCACCTGAGGCCCCTA;SOR=0.542;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=87;TCF=22;TCR=65;TR=31;WE=131583178;WS=131583160;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,38:0.36:105
chr9	131585069	rs2280843	A	G	1021.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.844;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.037;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=21;PP=434;ReadPosRankSum=-0.295;SC=ACCCGCCTGGATGAGGCCAGG;SOR=0.382;SbPval=0.22;Source=Platypus;TC=114;TCF=42;TCR=72;TR=39;WE=131585077;WS=131585059;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:105,58:0.36:163
chr9	131585205	rs2997919	T	C	328.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.63;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=9;PP=203;SC=GCCCGAGACCTGGCCCACTGG;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=9;WE=131585224;WS=131585195;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr9	131585216	rs2977994	G	T	192.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.63;BaseQRankSum=-1.098;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=4;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=4;PP=78;ReadPosRankSum=0.405;SC=GGCCCACTGGGGTCCCCTGTC;SOR=0.760;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=4;WE=131585224;WS=131585195;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,9:0.64:14
chr9	131585994	rs2997918	T	C	3367.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=55;NR=28;PP=1525;SC=AAGGCCCCAGTGGCTGGCAGT;SOR=1.244;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=83;TCF=55;TCR=28;TR=83;WE=131586002;WS=131585984;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr9	131586374	rs7033070	G	A	2587.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.039;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.887;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=25;PP=1349;ReadPosRankSum=0.603;SC=GCTGGGCAGAGGCCACATCTG;SOR=1.049;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=117;TCF=75;TCR=42;TR=76;WE=131586382;WS=131586364;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,113:0.66:170
chr9	131587240	rs2293968	G	A	1124.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.941;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.670;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=30;PP=731;ReadPosRankSum=-0.113;SC=CAGGGGTTGGGGAACCTTCCA;SOR=0.775;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=105;TCF=34;TCR=71;TR=44;WE=131587248;WS=131587230;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,55:0.40:137
chr9	131588652	rs2997914	T	C	6735.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=254;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=117;NR=50;PP=2965;SC=GGCGGGCCCATACAGCGTTAC;SOR=1.426;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=167;TCF=117;TCR=50;TR=167;WE=131588660;WS=131588642;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,248:1.00:248
chr9	131588813	rs6478853	C	G	6542.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.278;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=476;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=84;NR=108;PP=2962;ReadPosRankSum=2.258;SC=GGAGTGACCCCCTTACTGTGG;SOR=0.659;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=290;TCF=123;TCR=167;TR=192;WE=131588821;WS=131588803;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:171,300:0.64:471
chr9	131588888	rs6478854	G	C	4361.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=1.515;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=289;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=69;PP=2118;ReadPosRankSum=1.147;SC=CCCAACTCCTGTGAATTCCCC;SOR=0.672;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=166;TCF=60;TCR=106;TR=112;WE=131588896;WS=131588878;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:99,188:0.66:287
chr9	131589234	rs2977991	C	G	4208.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=90;NR=33;PP=2787;SC=GTGGACGGGGCCATGGTGAAG;SOR=1.908;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=123;TCF=90;TCR=33;TR=123;WE=131589242;WS=131589224;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,144:1.00:144
chr9	131591894	rs112086410	G	C	1227.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-1.100;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=6;PP=935;ReadPosRankSum=1.184;SC=ACCTTCGGGGGCTTCCGGCCT;SOR=0.924;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=67;TCF=58;TCR=9;TR=45;WE=131591902;WS=131591884;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,46:0.69:67
chr9	131592193	rs2997906	T	C	8565.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=317;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=75;NR=148;PP=2965;SC=GCTGCAGGGGTACGCGGGCTG;SOR=1.314;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=223;TCF=75;TCR=148;TR=223;WE=131592201;WS=131592183;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,308:1.00:308
chr9	131599008	rs2759009	C	T	215.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-2.248;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.491;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=2;PP=77;ReadPosRankSum=-0.129;SC=ACCAGGCCTGCGCTGACTCTC;SOR=0.237;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=39;TCF=34;TCR=5;TR=9;WE=131599016;WS=131598998;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,14:0.26:54
chr9	131600111	rs2280841	T	C	1430.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.367;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=285;ExcessHet=3.0103;FS=4.336;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.20;ReadPosRankSum=-1.483;SOR=0.878;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:186,89:0.32:275
chr9	131670457	rs3750320	T	C	17239.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.162;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=648;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=218;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.442;SC=TCTGCATGTATACACTGTGGT;SOR=0.696;Source=Platypus;TCF=220;WE=131670465;WS=131670447;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,637:0.99:641
chr9	131671561	rs35266233	C	G	7061.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.490;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=402;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.758;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=135;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.315;SC=ACATCGGCCTCCTGCAGAACC;SOR=0.543;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=268;TCF=82;TCR=186;TR=197;WE=131671569;WS=131671551;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:89,298:0.77:387
chr9	131715001	rs371313511	CA	C	311.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.239;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FS=4.706;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.05;MQRankSum=1.601;QD=1.62;ReadPosRankSum=0.985;SOR=0.372;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:138,55:0.28:193
chr9	131726643	rs375961026	CT	C	42.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.003;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=3.058;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.02;ReadPosRankSum=0.822;SOR=1.445;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,12:0.29:42
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chr9	131745162	rs145885567	A	T	3736.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.332;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=264;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.170;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=47;PP=1520;ReadPosRankSum=-0.675;SC=GTGAGGTCACAGGCTGTCTTT;SOR=0.560;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=154;TCF=83;TCR=71;TR=98;WE=131745170;WS=131745152;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:93,170:0.65:263
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chr9	131846774	rs10988199	G	A	134.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-2.149;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.067;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=2;PP=91;ReadPosRankSum=0.467;SC=ATCACGTATGGCTGTGACTGA;SOR=0.127;SbPval=0.25;Source=Platypus;TC=37;TCF=33;TCR=4;TR=9;WE=131846782;WS=131846764;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,9:0.22:40
chr9	131846957	rs11541836	T	C	1371.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.542;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=279;ExcessHet=3.0103;FS=0.472;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.01;ReadPosRankSum=-1.129;SOR=0.735;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:187,87:0.32:274
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chr9	131860901	rs3118635	G	T	6788.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=258;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=70;NR=82;PP=2945;SC=AGGGGCACCAGGGGAGACCGC;SOR=0.782;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=152;TCF=70;TCR=82;TR=152;WE=131860909;WS=131860891;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,255:1.00:255
chr9	131862073	rs3118638	G	A	3932.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=65;NR=26;PP=2015;SC=TTCTCTATAAGCTGGTCTATC;SOR=1.464;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=91;TCF=65;TCR=26;TR=91;WE=131862081;WS=131862063;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,142:1.00:142
chr9	131862730	rs10819462	C	T	233.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=2.991;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.514;NF=11;NR=1;PP=132;ReadPosRankSum=-0.232;SC=CAGGAAGTCCCGAGGCTGCAG;SOR=0.453;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=49;TCF=43;TCR=6;TR=12;WE=131862738;WS=131862720;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,13:0.24:55
chr9	131862781	rs10988204	G	A	524.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.850;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FS=0.795;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.08;MQRankSum=-0.552;QD=3.89;ReadPosRankSum=0.341;SOR=0.800;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:102,33:0.24:135
chr9	131863079	rs7866897	T	C	1575.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=6;NR=38;PP=1078;SC=CATTTGTACCTCTCTGGGATG;SOR=3.014;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=44;TCF=6;TCR=38;TR=44;WE=131863087;WS=131863069;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr9	131864950	rs746873	C	T	844.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-4.755;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.084;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=27;PP=604;ReadPosRankSum=2.175;SC=CACAGTGTCCCTGCTCCCACT;SOR=0.133;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=42;TCF=5;TCR=37;TR=32;WE=131864958;WS=131864940;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,34:0.77:44
chr9	131865493	rs3124498	C	T	561.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=3.610;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.321;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=18;PP=386;ReadPosRankSum=0.507;SC=GAGGGGCCTGCGAGTCCCAGC;SOR=1.688;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=29;TCF=2;TCR=27;TR=19;WE=131865501;WS=131865483;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,22:0.67:33
chr9	131866388	rs2768630	C	T	520.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=1.478;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.985;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=2;PP=361;ReadPosRankSum=0.136;SC=TAAACAGGGTCGGGGCCCCTC;SOR=2.189;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=28;TCF=23;TCR=5;TR=17;WE=131866396;WS=131866378;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,20:0.65:31
chr9	131871144	rs2768629	A	G	3555.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=43;NR=44;PP=1734;SC=CTACAAAGTGAGTGAGCAGAA;SOR=0.757;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=87;TCF=43;TCR=44;TR=87;WE=131871152;WS=131871134;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chr9	131871249	rs2541163	A	C	1862.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=19;NR=32;PP=1269;SC=GCTGTGGTGGAATCGGGGGTT;SOR=1.160;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=51;TCF=19;TCR=32;TR=51;WE=131871257;WS=131871239;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr9	131871435	rs2541162	A	C	3620.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=46;NR=38;PP=1774;SC=GGGAGTCAGGACAAAAGGTAA;SOR=0.802;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=84;TCF=46;TCR=38;TR=84;WE=131871443;WS=131871425;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,133:1.00:133
chr9	131872847	rs11278777	GCGCCGC	G	2114.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.018;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.848;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.316;NF=1;NR=32;PP=1693;ReadPosRankSum=1.729;SC=GGCAAAGTCCGCGCCGCCGCC;SOR=1.092;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=59;TCF=2;TCR=57;TR=33;WE=131872860;WS=131872837;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,56:0.54:103
chr9	131873222	rs3814492	G	A	600.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-1.549;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.818;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=7;PP=255;ReadPosRankSum=-1.287;SC=AGGGCCGAGGGCGAGTCATTG;SOR=0.858;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=78;TCF=50;TCR=28;TR=23;WE=131873230;WS=131873212;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,34:0.34:100
chr9	131873256	rs3118625	A	C	2003.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.529;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.482;HP=4;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=25;PP=841;ReadPosRankSum=-1.235;SC=AGGAAGGAGGAGGTCACCGTC;SOR=0.882;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=90;TCF=50;TCR=40;TR=59;WE=131873264;WS=131873246;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,90:0.68:133
chr9	131873638	rs3124501	T	G	257.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=5;PP=213;SC=CGTCGCCCGGTTCCGCGCGTC;SOR=0.693;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=12;TCF=7;TCR=5;TR=12;WE=131873646;WS=131873635;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr9	131882706	rs3124504	G	A	587.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.47;QD=25.56;SOR=2.030;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr9	131882761	rs9409311	T	C	2341.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=39;NR=24;PP=1245;SC=ATTCTATTTATCTGTTTGTTT;SOR=0.836;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=63;TCF=39;TCR=24;TR=63;WE=131882769;WS=131882751;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr9	131882961	rs3739843	G	A	485.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-3.520;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.811;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=10;PP=171;ReadPosRankSum=2.419;SC=GACGGGCGGTGAGTTCCTGGC;SOR=0.223;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=53;TCF=17;TCR=36;TR=17;WE=131882969;WS=131882951;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,28:0.39:72
chr9	131885279	rs3118628	G	A	1601.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.311;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.386;HP=6;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=19;PP=865;ReadPosRankSum=1.168;SC=CAGGTGGGGCGGGGGGGTCTG;SOR=0.338;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=82;TCF=55;TCR=27;TR=56;WE=131885287;WS=131885269;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,74:0.71:104
chr9	131891152	rs7023900	C	G	134.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.967;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.18;ReadPosRankSum=-0.605;SOR=0.502;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,8:0.31:26
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chr9	131897221	rs7019373	C	T	165.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-0.639;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.721;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=5;PP=86;ReadPosRankSum=1.430;SC=GAGGGGCCATCTGTTTCCTCC;SOR=0.374;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=21;TCF=5;TCR=16;TR=7;WE=131897229;WS=131897211;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,9:0.36:25
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chr9	131905814	rs913272	T	C	759.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=19;PP=461;SC=CGGGGAAGGGTGCCAGAGGCC;SOR=2.546;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=3;TCR=19;TR=22;WE=131905822;WS=131905804;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr9	131940019	rs184457	G	A	529.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.198;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=1.205;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.04;ReadPosRankSum=0.198;SOR=1.054;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,23:0.52:44
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chr9	132374601	rs78833435	C	A	1178.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.225;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=234;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=24;PP=626;ReadPosRankSum=0.501;SC=CCCATGTGTGCCCCTGGCCTT;SOR=0.657;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=159;TCF=81;TCR=78;TR=48;WE=132374609;WS=132374591;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:161,70:0.30:231
chr9	132374678	rs3087721	T	C	3336.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.721;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=50;PP=1583;ReadPosRankSum=-0.401;SC=ATGGTACCCCTTAGGGCAGCC;SOR=0.657;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=139;TCF=65;TCR=74;TR=95;WE=132374686;WS=132374668;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,149:0.66:225
chr9	132375432	rs2302779	C	T	818.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=3.832;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.644;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=17;PP=478;ReadPosRankSum=-0.586;SC=GAGGCTGCTTCGCGGCCTCTG;SOR=0.624;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=97;TCF=47;TCR=50;TR=33;WE=132375440;WS=132375422;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:110,46:0.29:156
chr9	132377728	rs918166	C	T	1443.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.290;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=273;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.428;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=32;PP=781;ReadPosRankSum=-0.615;SC=CTAGAACTTTCGGGAGTCTCG;SOR=0.523;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=155;TCF=86;TCR=69;TR=63;WE=132377736;WS=132377718;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:187,85:0.31:272
chr9	132377900	rs918165	C	T	648.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.928;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.712;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=19;PP=435;ReadPosRankSum=2.485;SC=AGCCTTGAGCCTGGGGACCTG;SOR=0.365;SbPval=0.18;Source=Platypus;TC=100;TCF=35;TCR=65;TR=35;WE=132377908;WS=132377890;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:110,41:0.27:151
chr9	132381749	rs4240434	G	A	1404.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-1.139;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=8;PP=648;ReadPosRankSum=-0.153;SC=AAGAAGGAAAGAAATGCCCCT;SOR=0.616;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=45;TCF=36;TCR=9;TR=34;WE=132381757;WS=132381739;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,59:0.69:86
chr9	132382253	rs7467760	C	T	835.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-2.668;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.959;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=8;PP=572;ReadPosRankSum=0.675;SC=ATCCTTCTAGCCTGGGTGGTG;SOR=1.356;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=37;TCF=24;TCR=13;TR=28;WE=132382261;WS=132382243;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,33:0.70:47
chr9	132382596	rs111606531	C	A	114.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.430;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=5;PP=53;ReadPosRankSum=0.871;SC=CCCGCCGGGTCGCGGTGAGCA;SOR=0.791;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=4;TCR=16;TR=5;WE=132382604;WS=132382586;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,8:0.26:31
chr9	132396281	rs10819551	G	C	3706.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=60;NR=35;PP=2013;SC=AGGAAGGGCCGCACGTGCGGT;SOR=1.129;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=96;TCF=61;TCR=35;TR=95;WE=132396289;WS=132396271;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,135:1.00:135
chr9	132396655	rs1558873	A	G	2032.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=24;NR=39;PP=1179;SC=ATAAGGTGTCAGGACCAGGGC;SOR=1.194;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=63;TCF=24;TCR=39;TR=63;WE=132396663;WS=132396645;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr9	132400480	rs3739851	G	A	6759.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=2.227;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=435;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=97;NR=101;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.323;SC=AGTTGTAGGCGGCTCCGGACT;SOR=0.699;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=294;TCF=146;TCR=148;TR=198;WE=132400488;WS=132400470;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:135,289:0.68:424
chr9	132401027	rs147281908	C	CA	362.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=1.731;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.090;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=14;PP=487;ReadPosRankSum=0.901;SC=TCCAGACACTCAGAGGATCAG;SOR=2.235;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=44;TCF=1;TCR=43;TR=14;WE=132401035;WS=132401017;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,16:0.25:63
chr9	132401824	rs2302780	G	A	1960.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=16;NR=31;PP=857;SC=GGTCCTATCTGTCCGCATTCT;SOR=1.091;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=48;TCF=16;TCR=32;TR=47;WE=132401832;WS=132401814;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr9	132402908	rs2241247	C	G	3912.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=48;NR=32;PP=1733;SC=GGGCGTTGCTCACGCCTTCCT;SOR=0.915;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=81;TCF=48;TCR=33;TR=80;WE=132402929;WS=132402898;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,147:1.00:147
chr9	132404304	rs4837396	C	G	2406.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=25;NR=39;PP=1144;SC=GCAGCAGGGCCGTCGCGCTTT;SOR=1.061;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=64;TCF=25;TCR=39;TR=64;WE=132404312;WS=132404294;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr9	132569553	rs1043178	C	T	2833.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=2.355;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.512;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=42;PP=1350;ReadPosRankSum=0.626;SC=AATTGCACCCCGGGATCATTG;SOR=0.680;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=134;TCF=66;TCR=68;TR=84;WE=132569561;WS=132569543;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,130:0.61:214
chr9	132572628	.	GT	G	77.74	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.169;ClippingRankSum=-0.000;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=7.07;ReadPosRankSum=-1.637;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,5:0.45:11
chr9	132580901	rs1801968	C	G	1426.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.716;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=336;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.28;ReadPosRankSum=0.820;SOR=0.665;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:240,93:0.28:333
chr9	132615077	rs2296786	C	T	923.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=8;NR=20;PP=581;SC=GGCCGCCTTCCGGAGGCTCTG;SOR=1.751;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=28;TCF=8;TCR=20;TR=28;WE=132615085;WS=132615067;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr9	132618578	rs4836674	T	C	6442.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=244;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=84;NR=58;PP=2721;SC=TCCTCTCAACTCACACAGGGA;SOR=0.910;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=142;TCF=84;TCR=58;TR=142;WE=132618586;WS=132618568;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,242:1.00:242
chr9	132618807	rs7862315	G	A	1827.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=10;NR=38;PP=1155;SC=CAAAGTCAGCGAATCCTGGGC;SOR=2.019;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=48;TCF=10;TCR=38;TR=48;WE=132618815;WS=132618797;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr9	132620224	rs2417150	A	G	5196.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=82;NR=44;PP=2678;SC=TGTGGCCCCTATTCAGGAGAG;SOR=1.228;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=127;TCF=82;TCR=45;TR=126;WE=132620232;WS=132620214;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,187:1.00:187
chr9	132620364	rs10819568	T	C	8581.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=332;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=94;NR=119;PP=2965;SC=GAGAATCCTTTGCTGACCACA;SOR=0.905;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=215;TCF=94;TCR=121;TR=213;WE=132620372;WS=132620354;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,330:1.00:330
chr9	132620458	rs10819569	C	A	4447.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.96;SOR=1.677;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr9	132620464	rs10760638	C	T	4215.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.82;SOR=2.059;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr9	132620620	rs2174156	T	C	1636.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=35;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=40;NR=15;PP=1322;SC=AAGCAAAATTTGAGCTTCCGG;SOR=1.981;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=55;TCF=40;TCR=15;TR=55;WE=132620628;WS=132620610;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr9	132620707	rs2134601	T	C	5110.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=75;NR=50;PP=2591;SC=CTTGTTAGGCTAGAGTGCCCT;SOR=1.045;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=125;TCF=75;TCR=50;TR=125;WE=132620715;WS=132620697;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,189:1.00:189
chr9	132620990	rs2174157	T	C	1378.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=10;NR=30;PP=975;SC=GGTGTCTGTTTCTGGGTCAGT;SOR=1.931;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=40;TCF=10;TCR=30;TR=40;WE=132620998;WS=132620980;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr9	132623293	rs1503375	C	T	5237.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=49;NR=98;PP=2965;SC=AGTCAGAGGACGATGACCTGA;SOR=2.232;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=151;TCF=52;TCR=99;TR=147;WE=132623301;WS=132623283;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,200:1.00:200
chr9	132623868	rs10115249	T	C	9262.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-2.126;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=368;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.429;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=91;NR=121;PP=2965;ReadPosRankSum=2.054;SC=ACATGAACGCTGCCCTGCAGG;SOR=0.537;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=213;TCF=92;TCR=121;TR=212;WE=132623876;WS=132623858;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,358:1.00:359
chr9	132623917	rs10124224	C	A	6122.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.785;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=98;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.622;SC=GTCCGAGGGCCGAGAGCTGTC;SOR=0.479;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=153;TCF=54;TCR=99;TR=149;WE=132623925;WS=132623907;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,224:1.00:225
chr9	132625417	rs4837419	CA	TG	1200.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=17;NR=5;PP=929;SC=TAAACTGCCGCATGCCTCATT;SOR=1.781;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=25;TCF=19;TCR=6;TR=22;WE=132625426;WS=132625407;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr9	132625602	rs2900279	T	C	7866.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.738;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=303;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=100;NR=82;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.591;SC=TCCCTAGCCTTGGGCGGTGTG;SOR=0.820;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=186;TCF=101;TCR=85;TR=182;WE=132625610;WS=132625592;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,298:0.99:300
chr9	132627480	rs913319	C	T	2552.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=55;NR=17;PP=1511;SC=TGTCAGGAAACGCCACACTCT;SOR=2.154;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=72;TCF=55;TCR=17;TR=72;WE=132627488;WS=132627470;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr9	132627723	rs913320	G	A	3526.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=29;NR=72;PP=2150;SC=TGACTTTGACGCCAAAACCAG;SOR=1.628;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=101;TCF=29;TCR=72;TR=101;WE=132627731;WS=132627713;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chr9	132630231	rs913325	A	G	2415.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=37;NR=22;PP=1184;SC=GGCGCTGGAGACTGGTTCCTC;SOR=1.141;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=59;TCF=37;TCR=22;TR=59;WE=132630239;WS=132630221;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr9	132630664	rs10602985	TGAC	T	7520.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=61;PP=2967;SC=TGGCTGCCCTTGACGACCAGC;SOR=1.075;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=72;TCF=9;TCR=63;TR=70;WE=132630674;WS=132630654;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,170:1.00:170
chr9	132631680	rs6478920	T	C	11359.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.711;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=438;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=117;NR=127;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.376;SC=TTCTCAGCCTTGTGCAGTGTC;SOR=0.721;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=249;TCF=118;TCR=131;TR=244;WE=132631688;WS=132631670;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,436:1.00:438
chr9	132632162	rs5900871	G	GC	1203.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=26;PP=1124;SC=CATGGGCTGGGCCTGTCCTGG;SOR=2.649;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=27;TCF=1;TCR=26;TR=27;WE=132632170;WS=132632152;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr9	132635653	rs1809959	A	G	6779.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.501;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=278;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQ=59.98;MQRankSum=-0.071;NF=118;NR=66;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.314;SC=ATGAGCCACCATGCCCAGCCA;SOR=0.712;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=188;TCF=121;TCR=67;TR=184;WE=132635661;WS=132635643;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,266:0.99:269
chr9	132635944	rs2296787	C	G	6485.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=245;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=81;NR=79;PP=2965;SC=GCCCTGATGCCGGACACTGAT;SOR=0.718;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=160;TCF=81;TCR=79;TR=160;WE=132635952;WS=132635934;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,241:1.00:241
chr9	132636031	rs4332226	A	G	8618.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.66;SOR=0.883;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,193:1.00:193
chr9	132636031	.	AGT	GGC	2947	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;FR=1.0000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=49;NR=64;PP=2947;QD=20;SC=GAGGTGAGCCAGTGGCCTCGG;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=113;TCF=49;TCR=64;TR=113;WE=132636041;WS=132636021;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr9	132636033	rs4415421	T	C	8618.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.89;SOR=0.896;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,192:1.00:192
chr9	132637712	rs735115	G	A	6372.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.268;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=476;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.812;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=108;NR=62;PP=2935;ReadPosRankSum=-1.775;SC=ACACCTTCGCGGAGCCAGGCC;SOR=0.854;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=282;TCF=172;TCR=110;TR=170;WE=132637720;WS=132637702;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:185,290:0.61:475
chr9	132640726	rs2296788	T	G	1008.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.986;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.947;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=13;PP=321;ReadPosRankSum=-0.056;SC=AACGGTGAGCTGAGGGGGGAC;SOR=0.460;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=45;TCF=21;TCR=24;TR=27;WE=132640734;WS=132640716;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,50:0.64:78
chr9	132652677	rs60841376	G	GGA	374.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=2;PP=479;SC=GGAGCATGCTGGAGAGAGAGA;SOR=2.494;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=11;TCF=8;TCR=3;TR=9;WE=132652685;WS=132652667;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr9	132658044	rs2047837	T	C	1863.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=47;NR=14;PP=1227;SC=GTAACAGTCATGGTTGTGGGG;SOR=2.165;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=61;TCF=47;TCR=14;TR=61;WE=132658052;WS=132658034;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr9	132658078	rs71738364	G	GT	465.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.957;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FS=10.801;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.56;ReadPosRankSum=0.275;SOR=1.753;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:86,45:0.34:131
chr9	132662786	rs1023000	C	T	526.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.461;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.695;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=10;PP=241;ReadPosRankSum=-2.109;SC=CGCCTGCTCGCTGCGTGCTGG;SOR=0.648;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=63;TCF=30;TCR=33;TR=23;WE=132662794;WS=132662776;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,33:0.33:99
chr9	132671359	rs3215850	T	TG	831.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=15;PP=519;SC=CCTGCAGCCATGGGGGGTGCA;SOR=1.863;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=20;TCF=1;TCR=19;TR=16;WE=132671367;WS=132671349;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
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chr9	132678195	rs7867211	G	A	5814.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.96;SOR=0.973;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,224:1.00:224
chr9	132681277	rs5900875	C	CT	123.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.706;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.62;ReadPosRankSum=-1.119;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,11:0.50:22
chr9	132681619	rs1054874	C	T	428.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=2;NR=12;PP=299;SC=CAAAATCTTTCGGTCAACTTT;SOR=3.126;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=14;TCF=2;TCR=12;TR=14;WE=132681627;WS=132681609;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr9	132686186	rs4836680	A	G	2172.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.50;SOR=1.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr9	132689671	rs4837429	A	G	4009.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=16;NR=85;PP=2498;SC=ATTATTAAACAAAGTTGTTTT;SOR=2.409;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=101;TCF=16;TCR=85;TR=101;WE=132689679;WS=132689661;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,136:1.00:136
chr9	132719627	rs139055249	C	T	624.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.416;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.784;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=7;PP=344;ReadPosRankSum=-2.057;SC=CACACTTGAGCTTTCACCTCA;SOR=0.855;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=92;TCF=66;TCR=26;TR=28;WE=132719635;WS=132719617;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:89,37:0.29:126
chr9	132720720	rs11394970	G	GA	2512.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=0.9999;FS=0.000;HP=18;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=26;NR=23;PP=601;SC=CAAAAAAAAAGAAAAAAAAAT;SOR=1.190;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=63;TCF=36;TCR=27;TR=49;WE=132720728;WS=132720709;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr9	132816398	rs5900882	T	TC	6803.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=22;NR=70;PP=2966;SC=CCGAGGCCACTCCCCGGGTTT;SOR=0.760;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=96;TCF=23;TCR=73;TR=92;WE=132816406;WS=132816388;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,213:1.00:213
chr9	132838063	rs11446412	C	CT	362.74	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.708;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FS=2.560;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.93;MQRankSum=0.000;QD=8.44;ReadPosRankSum=1.501;SOR=2.124;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,29:0.67:43
chr9	132841808	rs6478942	G	C	214.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=0;PP=144;SC=TGTAGAACATGATAAGGACTG;SOR=2.584;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=6;WE=132841816;WS=132841798;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr9	132845723	rs7855078	T	A	1155.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=33;NR=1;PP=952;SC=GTCCCCAAGATTATTTTGTTT;SOR=5.784;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=34;TCF=33;TCR=1;TR=34;WE=132845731;WS=132845713;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr9	132845986	rs10819597	T	C	3974.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-2.879;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.689;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=72;PP=1758;ReadPosRankSum=-0.607;SC=CATACATGCATGCACAGACAC;SOR=0.295;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=105;TCF=31;TCR=74;TR=103;WE=132845994;WS=132845976;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,158:0.99:160
chr9	132848653	rs11399718	C	CT	1917.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=19;NR=9;PP=1159;SC=AATTAGCATGCTTCTATGCCG;SOR=1.498;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=32;TCF=23;TCR=9;TR=28;WE=132848661;WS=132848643;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr9	132862830	rs10081664	AA	TC	3367.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=39;NR=17;PP=2339;SC=TAATTTCCCAAATGGGTCCAA;SOR=1.771;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=59;TCF=42;TCR=17;TR=56;WE=132862839;WS=132862820;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr9	132863035	rs2277196	G	C	2487.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=24;NR=48;PP=1182;SC=CAAGACAAGGGGGGTGGGCAA;SOR=1.313;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=72;TCF=24;TCR=48;TR=72;WE=132863043;WS=132863025;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr9	132866883	rs7868997	T	C	1799.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=10;NR=43;PP=1303;SC=TCAAGCCCAATAGCTGAACTG;SOR=2.381;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=53;TCF=10;TCR=43;TR=53;WE=132866891;WS=132866873;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr9	132866906	rs887536	C	T	1220.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=31;PP=879;SC=CATTCCCAAACTGATCTCAGT;SOR=2.726;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=6;TCR=31;TR=37;WE=132866914;WS=132866896;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr9	132872686	rs4837460	A	G	5853.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=76;NR=63;PP=2761;SC=GAGCGAATCTAAGAGCAGGAA;SOR=0.840;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=140;TCF=76;TCR=64;TR=139;WE=132872694;WS=132872676;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,217:1.00:217
chr9	132887249	rs11316087	TAA	TA,T	395.73	.	AC=2,0;AF=1.00,0.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5083,0.4917;FS=0.000;HP=14;HapScore=3;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;NF=0,0;NR=14,14;PP=148,11;SC=TCTTGGTAAGTAAAAAAAAAA;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=0;TCR=17;TR=14,14;WE=132887258;WS=132887239;set=Intersection	GT:AF:DP	1/1:1.00:21
chr9	132891113	rs2286794	G	A	1773.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.26;SOR=1.501;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr9	132891113	.	GGT	AGC	1086	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;FR=1.0000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=6;NR=18;PP=1086;QD=47.4778281193;SC=GTGTGAATCGGGTCGGCTGCT;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=25;TCF=7;TCR=18;TR=24;WE=132891123;WS=132891103;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:1,24:0.96:25
chr9	132891115	rs7853219	T	C	1773.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.34;SOR=1.445;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr9	132897231	rs1003416	G	A	2969.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.402;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=37;PP=1448;ReadPosRankSum=0.162;SC=CCTAATCACCGTGCTGTGGCA;SOR=0.714;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=153;TCF=93;TCR=60;TR=97;WE=132897239;WS=132897221;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,141:0.67:212
chr9	132903767	rs11299315	TA	T	162.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.277;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.62;ReadPosRankSum=2.232;SOR=0.809;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,24:0.39:62
chr9	132935037	rs181147470	C	A	558.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.529;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.62;ReadPosRankSum=0.412;SOR=0.758;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:80,41:0.34:121
chr9	132962801	rs7037407	A	T	2899.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=2.604;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.865;HP=13;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=29;PP=1733;ReadPosRankSum=0.175;SC=AGCTCCCCCCACCCCCCCACA;SOR=0.214;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=85;TCF=55;TCR=30;TR=82;WE=132962809;WS=132962790;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,108:0.98:110
chr9	132962816	rs7022964	T	C	3543.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.05;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr9	132963115	rs887534	T	G	2586.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.398;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.357;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=17;PP=1148;ReadPosRankSum=-0.774;SC=GAGCAGGCCGTTGCCCGGGGA;SOR=1.222;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=52;TCF=34;TCR=18;TR=51;WE=132963137;WS=132963105;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,59:0.98:60
chr9	132963129	rs887535	G	A	2962.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.572;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.352;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=20;PP=1306;ReadPosRankSum=0.293;SC=CCGGGGACATGGCCGTGGGGA;SOR=1.207;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=62;TCF=41;TCR=21;TR=61;WE=132963137;WS=132963105;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,78:0.99:79
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chr9	132988709	rs2277200	T	G	1036.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.787;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FS=1.244;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.17;ReadPosRankSum=-0.468;SOR=0.801;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:106,62:0.37:168
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chr9	133057105	rs34014907	C	T	1152.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.189;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.636;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=15;PP=544;ReadPosRankSum=-1.164;SC=GGGCACCTGCCGGCATCAGCT;SOR=0.627;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=97;TCF=58;TCR=39;TR=38;WE=133057113;WS=133057095;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,59:0.42:140
chr9	133058082	rs10739777	G	A	8047.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=308;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=79;NR=101;PP=2965;SC=GAGAAAGGTCGACTAGCTTTA;SOR=0.834;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=180;TCF=79;TCR=101;TR=180;WE=133058090;WS=133058072;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,302:1.00:302
chr9	133058181	rs12348163	G	A	382.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=1.046;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=41;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=16;PP=284;ReadPosRankSum=1.660;SC=TGATGTGGTCGTATCAATAGA;SOR=0.773;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=65;TCF=13;TCR=52;TR=20;WE=133058189;WS=133058171;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,21:0.30:71
chr9	133058197	rs7045548	C	A	1668.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=31;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=42;PP=1265;SC=ATAGAAGTAACGGGTCAAGGA;SOR=3.570;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=48;TCF=6;TCR=42;TR=48;WE=133058205;WS=133058187;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr9	133058892	rs34511011	G	A	785.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-2.112;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.786;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=11;PP=400;ReadPosRankSum=0.833;SC=GTCACCTCCTGCCCTAAGCTG;SOR=0.473;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=79;TCF=57;TCR=22;TR=31;WE=133058900;WS=133058882;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,40:0.40:101
chr9	133069946	rs28435140	A	C	925.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=18;PP=554;SC=GGAGAGCTGGAAGGTTCTGCT;SOR=2.376;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=3;TCR=18;TR=21;WE=133069954;WS=133069936;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr9	133231452	rs58522320	G	GC	1018.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.366;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.009;HP=7;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=12;PP=554;ReadPosRankSum=0.787;SC=AGGTTGACACGCCCCCCTCCC;SOR=0.853;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=40;TCF=15;TCR=25;TR=20;WE=133231460;WS=133231442;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,40:0.65:62
chr9	133235901	rs61748916	C	A	2400.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.059;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.294;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=36;PP=994;ReadPosRankSum=0.478;SC=CCGCATTGAGCAAGCCCAGCT;SOR=0.773;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=102;TCF=49;TCR=53;TR=67;WE=133235909;WS=133235891;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,112:0.67:167
chr9	133235927	rs61748897	C	T	2275.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.392;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.305;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=35;PP=984;ReadPosRankSum=0.615;SC=ATGCTGGGAGCTACCGCTGTG;SOR=0.813;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=99;TCF=47;TCR=52;TR=65;WE=133235935;WS=133235917;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,104:0.66:158
chr9	133260316	rs7858563	T	G	4076.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=32;NR=79;PP=2438;SC=CCCGCACAGATCAGCTCTGAG;SOR=1.609;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=111;TCF=32;TCR=79;TR=111;WE=133260324;WS=133260306;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,145:1.00:145
chr9	133260353	rs11244109	G	A	2212.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=14;NR=56;PP=1606;SC=ACGGGCCCCAGGAGCCTGGCT;SOR=2.494;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=73;TCF=17;TCR=56;TR=70;WE=133260361;WS=133260343;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr9	133263923	rs7849839	T	C	5466.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=51;NR=85;PP=2298;SC=ACAGGATGCCTGTGGGTGAGC;SOR=1.089;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=136;TCF=51;TCR=85;TR=136;WE=133263931;WS=133263913;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,212:1.00:212
chr9	133264059	rs35750041	GC	G	646.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.998;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=11;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=20;PP=312;ReadPosRankSum=0.064;SC=GTGCCGTGTTGCCCCCCCCCC;SOR=1.839;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=24;TCF=1;TCR=23;TR=21;WE=133264067;WS=133264049;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,26:0.96:27
chr9	133270719	rs116972695	C	T	870.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.718;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.918;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=19;PP=382;ReadPosRankSum=0.173;SC=GGCACCGAGACGGCATTGTGC;SOR=0.499;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=110;TCF=45;TCR=65;TR=35;WE=133270727;WS=133270709;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:122,52:0.30:174
chr9	133270740	rs6597641	T	C	4525.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=35;NR=59;PP=1569;SC=TGCAGGTGGGTGCCAGGCAGG;SOR=1.069;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=94;TCF=35;TCR=59;TR=94;WE=133270748;WS=133270730;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,141:1.00:141
chr9	133280580	rs1475732	C	G	1352.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=34;PP=1008;SC=CGGGTACAGACAGCCAGAACT;SOR=2.885;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=6;TCR=34;TR=40;WE=133280588;WS=133280570;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr9	133281691	rs11244201	C	T	1629.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=11;NR=29;PP=840;SC=GGTCTTCCAACGTGGCCCTAT;SOR=1.498;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=11;TCR=29;TR=40;WE=133281699;WS=133281681;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr9	133283060	rs117097880	G	A	3097.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.106;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=50;PP=1513;ReadPosRankSum=-0.260;SC=AGAGTGGGCCGCACGCAGGCG;SOR=0.695;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=159;TCF=79;TCR=80;TR=98;WE=133283068;WS=133283050;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,146:0.65:223
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chr9	133284310	rs10793975	G	A	1861.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=14;NR=45;PP=1291;SC=CTGACCATCCGCAGGACTGAG;SOR=2.035;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=59;TCF=14;TCR=45;TR=59;WE=133284318;WS=133284300;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
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chr9	133346983	rs641510	A	G	4221.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.838;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=74;PP=2185;ReadPosRankSum=-1.145;SC=TGATGTATTTATAGCCTAATT;SOR=1.164;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=118;TCF=44;TCR=74;TR=118;WE=133346991;WS=133346973;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,157:0.99:159
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chr9	133355371	rs540140	G	T	2170.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=57;PP=1501;SC=AGGCTCCGTGGTCCTTAGCCT;SOR=2.613;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=72;TCF=15;TCR=57;TR=72;WE=133355379;WS=133355361;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr9	133488447	rs2304812	G	A	525.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=3.316;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.270;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=24;PP=471;ReadPosRankSum=0.395;SC=TATCAATTTTGTAGAAATCAG;SOR=1.519;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=85;TCF=22;TCR=63;TR=29;WE=133488455;WS=133488437;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,29:0.28:103
chr9	133489919	.	C	T	139.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=1.769;ClippingRankSum=-0.000;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=5;PP=72;ReadPosRankSum=-0.983;SC=CTTAAATACACGAGATATCAC;SOR=1.179;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=5;WE=133489927;WS=133489909;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,7:0.47:15
chr9	133498017	rs35428077	CA	C	552.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.252;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=1.273;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.53;ReadPosRankSum=-0.393;SOR=0.499;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,44:0.76:58
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chr9	133505952	rs2304810	C	G	273.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-1.609;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=2;PP=111;ReadPosRankSum=0.514;SC=GCCAAGTGCCCCAGAGCCTCA;SOR=0.603;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=32;TCF=26;TCR=6;TR=11;WE=133505960;WS=133505942;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,16:0.39:41
chr9	133510021	rs2304808	T	C	66.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.608;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.85;ReadPosRankSum=-0.470;SOR=0.395;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,7:0.19:36
chr9	133511393	rs76482042	C	T	1659.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=1.675;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=312;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=26;PP=713;ReadPosRankSum=1.842;SC=CAGGTCACGCCGCCAGCGCTG;SOR=0.703;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=184;TCF=101;TCR=83;TR=58;WE=133511401;WS=133511383;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:210,97:0.32:307
chr9	133573185	.	G	GT	54.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.368;ClippingRankSum=0.000;DP=94;ExcessHet=3.0103;FS=8.136;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.23;MQRankSum=1.861;QD=0.91;ReadPosRankSum=-0.720;SOR=0.132;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:47,13:0.22:60
chr9	133710072	rs3134875	G	C	323.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-4.279;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=2;PP=249;ReadPosRankSum=0.444;SC=TTCGCAGCCTGACCTCATATC;SOR=0.416;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=39;TCF=35;TCR=4;TR=15;WE=133710080;WS=133710062;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,15:0.35:43
chr9	133710246	rs2987902	A	T	1887.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.340;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=328;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.391;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=33;PP=765;ReadPosRankSum=-1.410;SC=GCAGAGGAATATGCATTTTCA;SOR=0.633;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=201;TCF=98;TCR=103;TR=67;WE=133710254;WS=133710236;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:215,111:0.34:326
chr9	133710722	rs11433465	G	GC	637.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=54;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=3;PP=679;SC=GGTGAGGGCGGCTGGCGGGGC;SOR=2.448;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=12;TCR=3;TR=15;WE=133710730;WS=133710712;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr9	133710740	rs11433464	G	GC	954.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=39.78;SOR=1.802;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr9	133710804	rs7866590	T	C	4516.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=51;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=38;NR=19;PP=1135;SC=GGGAGAGGGGTTCCGGCCCCC;SOR=1.134;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=57;TCF=38;TCR=19;TR=57;WE=133710812;WS=133710794;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr9	133710819	rs11433463	T	TC	5153.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=36;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=20;NR=22;PP=1931;SC=GCCCCCGACGTGCTGGCGCGG;SOR=1.309;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=44;TCF=22;TCR=22;TR=42;WE=133710827;WS=133710809;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr9	133748083	rs2070997	A	G	100.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-3.067;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=1;PP=49;ReadPosRankSum=-1.541;SC=TGTCCCTCCCACACGAGCACA;SOR=0.223;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=12;TCF=11;TCR=1;TR=6;WE=133748091;WS=133748073;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,6:0.55:11
chr9	133755754	rs12005009	T	C	243.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=2.059;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.954;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=2;PP=130;ReadPosRankSum=0.658;SC=GTTTCTCCGGTATCCACGTGC;SOR=0.184;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=28;TCF=23;TCR=5;TR=8;WE=133755762;WS=133755744;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,12:0.34:35
chr9	133761001	rs1056171	A	G	1351.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.078;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=290;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.73;ReadPosRankSum=0.780;SOR=0.713;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:201,85:0.30:286
chr9	133769169	rs3847193	G	A	2045.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.061;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=293;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=44;PP=1131;ReadPosRankSum=0.081;SC=CCAGTAGAGGGAAGCAGGCGC;SOR=0.718;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=177;TCF=78;TCR=99;TR=78;WE=133769177;WS=133769159;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:183,107:0.37:290
chr9	133779448	rs11792889	A	G	1495.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-0.680;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=247;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.306;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=22;PP=637;ReadPosRankSum=1.964;SC=AAGGTGCACCAGTCTAGCGGT;SOR=0.886;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=143;TCF=81;TCR=62;TR=51;WE=133779456;WS=133779438;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:154,85:0.36:239
chr9	133787225	rs6597650	A	G	686.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.218;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=14;PP=313;ReadPosRankSum=-0.239;SC=CTCGGTACGCATCCCAGCCCC;SOR=0.686;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=71;TCF=37;TCR=34;TR=29;WE=133787233;WS=133787215;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,41:0.36:113
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chr9	133884820	rs3739512	T	G	9673.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=363;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=138;NR=85;PP=2965;SC=CGGGGGCTCATTGCCAGCGCT;SOR=1.071;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=225;TCF=139;TCR=86;TR=223;WE=133884828;WS=133884810;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,351:1.00:351
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chr9	133914570	rs2293518	G	A	2558.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.399;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=407;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.791;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=47;PP=1274;ReadPosRankSum=1.827;SC=GCAAGCCCACGGTGACTGGCT;SOR=0.636;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=259;TCF=119;TCR=140;TR=90;WE=133914578;WS=133914560;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:261,139:0.35:400
chr9	133924358	rs2275138	C	T	407.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.351;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.151;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=7;PP=277;ReadPosRankSum=1.249;SC=CTGGAGACCACCCTCCGGGGC;SOR=0.317;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=24;TCF=15;TCR=9;TR=16;WE=133924366;WS=133924348;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,18:0.58:31
chr9	133927878	rs10901333	A	G	2322.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.438;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.440;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=31;PP=1060;ReadPosRankSum=-1.022;SC=TTGTCTTCAGAGAAGTTCCTG;SOR=0.391;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=91;TCF=54;TCR=37;TR=68;WE=133927886;WS=133927868;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,105:0.71:147
chr9	133928345	rs12349966	C	T	4959.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=-0.002;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=346;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.487;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=75;PP=2147;ReadPosRankSum=0.240;SC=CCGGCCCCAGCCCTGCCGGTC;SOR=0.923;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=188;TCF=84;TCR=104;TR=129;WE=133928353;WS=133928335;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:113,227:0.67:340
chr9	133936381	rs3824398	G	A	4809.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.050;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=80;NR=34;PP=2427;ReadPosRankSum=-1.135;SC=CCATCTCTGGGCATTCTGGGT;SOR=1.398;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=114;TCF=80;TCR=34;TR=114;WE=133936389;WS=133936371;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,171:0.99:173
chr9	133936571	rs3739510	C	G	7044.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=262;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=71;NR=113;PP=2965;SC=CCCAGAGAGCCGGGAGGTGGT;SOR=1.036;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=185;TCF=72;TCR=113;TR=184;WE=133936579;WS=133936561;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,261:1.00:261
chr9	133942624	rs3765569	A	G	1812.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=37;PP=1110;SC=CCAGGGTGGCACATGGTGGGC;SOR=2.872;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=45;TCF=8;TCR=37;TR=45;WE=133942632;WS=133942614;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr9	133944522	rs2275142	C	T	890.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.42;SOR=3.160;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr9	133944525	rs2275141	A	C	859.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.99;SOR=3.056;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr9	133948049	rs2275140	A	G	493.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=11;NR=4;PP=318;SC=GCAGATGATGAGCCTCGAGGG;SOR=1.493;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=11;TCR=4;TR=15;WE=133948057;WS=133948039;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr9	133962930	rs7024108	C	T	2436.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.544;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=361;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.350;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=49;PP=1184;ReadPosRankSum=2.745;SC=ACCAGCCAGACGCAAGCCACG;SOR=0.569;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=236;TCF=105;TCR=131;TR=94;WE=133962938;WS=133962920;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:223,132:0.37:355
chr9	133963058	rs6597675	C	A	2351.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.461;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=270;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.446;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=40;PP=1300;ReadPosRankSum=0.669;SC=CCTGGCAGCCCGGGTGGGGAC;SOR=0.662;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=188;TCF=99;TCR=89;TR=84;WE=133963066;WS=133963048;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:151,116:0.43:267
chr9	133967295	rs710074	C	A	3652.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=38;NR=73;PP=2092;SC=TGTGAACTCGCCCCCGTGTGG;SOR=1.410;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=111;TCF=38;TCR=73;TR=111;WE=133967303;WS=133967285;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,136:1.00:136
chr9	133967310	rs10696088	T	TCA	3707.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=58;PP=2957;SC=GTGTGGATAGTCACTCCCTGC;SOR=2.652;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=65;TCF=2;TCR=63;TR=59;WE=133967318;WS=133967300;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr9	133981634	rs77108388	G	A	742.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-2.014;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=12;PP=254;ReadPosRankSum=-0.738;SC=ACAGCTGCTTGCTGGCTCTGC;SOR=0.657;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=87;TCF=48;TCR=39;TR=26;WE=133981642;WS=133981624;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,45:0.35:128
chr9	133986836	rs353528	C	T	677.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=18;NR=4;PP=496;SC=CTCCAAGGGGCGACAGGAAGC;SOR=2.833;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=22;TCF=18;TCR=4;TR=22;WE=133986856;WS=133986826;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr9	133986848	rs353527	G	A	775.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=20;NR=6;PP=588;SC=ACAGGAAGCCGGGGTGAACAA;SOR=2.387;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=20;TCR=6;TR=26;WE=133986856;WS=133986826;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr9	133986980	rs353526	T	G	4863.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=61;NR=51;PP=2161;SC=TCTCACCTCTTTAGGAGTTTC;SOR=0.832;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=112;TCF=61;TCR=51;TR=112;WE=133986988;WS=133986970;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,182:1.00:182
chr9	133987060	rs353525	G	A	4537.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=51;NR=68;PP=2226;SC=GGTAAGCTGGGGCGGGCTGCC;SOR=0.882;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=119;TCF=51;TCR=68;TR=119;WE=133987068;WS=133987050;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,171:1.00:171
chr9	133996439	rs2281906	C	T	584.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-3.077;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.947;HP=2;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=4;PP=286;ReadPosRankSum=-0.547;SC=GCTTCGGAGGCAGAAGTGAGG;SOR=0.246;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=22;TCF=17;TCR=5;TR=16;WE=133996447;WS=133996429;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,25:0.74:34
chr9	133996460	.	TG	GG	602	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;FR=0.5000,0.5000;HP=5;HapScore=1;MGOF=16;MMLQ=23;MQ=60.0;NF=8,9;NR=3,6;PP=91,602;QD=11.4337465952;SC=CCTGGGGTTTTGGGGGAAAGG;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=32;TCF=23;TCR=9;TR=11,15;WE=133996468;WS=133996450;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:21,11:0.34:32
chr9	133996460	.	TG	TGG	602	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;FR=0.5000,0.5000;HP=5;HapScore=1;MGOF=16;MMLQ=23;MQ=60.0;NF=8,9;NR=3,6;PP=91,602;QD=11.4337465952;SC=CCTGGGGTTTTGGGGGAAAGG;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=32;TCF=23;TCR=9;TR=11,15;WE=133996468;WS=133996450;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:10,15:0.60:25
chr9	133996460	rs353511	T	G,TG	1283.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;QD=29.18;SOR=1.828;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:0,11,33:0.25,0.75:44
chr9	133996503	rs353510	T	A	627.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.091;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.846;HP=2;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=6;PP=237;ReadPosRankSum=-1.356;SC=TTTAGGGAGGTTACTGAGGGG;SOR=0.803;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=62;TCF=43;TCR=19;TR=21;WE=133996511;WS=133996493;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,33:0.36:91
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chr9	134010236	rs16922	T	C	684.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.881;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=5;PP=463;ReadPosRankSum=2.359;SC=CTGTGGGATCTGAGAAAAATT;SOR=0.938;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=37;TCF=30;TCR=7;TR=27;WE=134010244;WS=134010226;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,29:0.69:42
chr9	134015781	rs2281903	A	G	238.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=1.559;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.9970;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=9;NR=0;PP=201;ReadPosRankSum=-1.050;SC=CTGGTGCACGAAAGGCTGTTC;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=10;TCR=0;TR=9;WE=134015789;WS=134015771;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,9:0.69:13
chr9	134015899	rs2281902	C	G	1588.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.701;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.752;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=14;PP=698;ReadPosRankSum=-0.896;SC=CCCTTAAATTCACTTGGTTTT;SOR=0.801;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=67;TCF=42;TCR=25;TR=40;WE=134015907;WS=134015889;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,71:0.65:109
chr9	134016121	rs2281901	C	T	1331.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=1.141;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.907;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=30;PP=745;ReadPosRankSum=-2.009;SC=CCTGCTTTATCAGTAAGGGAA;SOR=0.898;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=64;TCF=21;TCR=43;TR=44;WE=134016129;WS=134016111;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,57:0.67:85
chr9	134020092	rs103612	C	T	2463.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.044;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=478;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.207;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=49;PP=1289;ReadPosRankSum=2.367;SC=AGCAATGAAGCCCTCCTTCCC;SOR=0.558;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=295;TCF=130;TCR=165;TR=96;WE=134020100;WS=134020082;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:331,145:0.30:476
chr9	134021630	rs2296710	A	G	7105.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.664;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=602;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=91;NR=104;PP=2962;ReadPosRankSum=1.049;SC=GCCACCCCACACCTCTCTCAG;SOR=0.751;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=340;TCF=164;TCR=176;TR=195;WE=134021638;WS=134021620;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:257,341:0.57:598
chr9	134025595	rs11244305	A	G	293.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=1.263;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.199;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=1;PP=161;ReadPosRankSum=0.049;SC=ATTCGTTACAATGAGTGAAGA;SOR=1.473;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=16;TCF=13;TCR=3;TR=9;WE=134025603;WS=134025585;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,12:0.63:19
chr9	134062609	rs77246077	T	A	2481.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.894;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=423;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=32;PP=1101;ReadPosRankSum=0.647;SC=GAAGGTTGGCTTGAGAATGAA;SOR=0.719;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=239;TCF=154;TCR=85;TR=87;WE=134062617;WS=134062599;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:274,144:0.34:418
chr9	134062770	.	CT	C	199.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.945;ClippingRankSum=0.000;DP=145;ExcessHet=3.0103;FS=3.415;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.27;ReadPosRankSum=2.989;SOR=1.121;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:55,33:0.38:88
chr9	134064345	rs2274427	T	C	596.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.539;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.255;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=3;PP=413;ReadPosRankSum=0.414;SC=TTGCTTATTTTAAATTATATT;SOR=0.998;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=63;TCF=53;TCR=10;TR=23;WE=134064353;WS=134064335;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,27:0.40:67
chr9	134067795	rs4602942	G	A	1651.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=44;PP=1234;SC=AGTTCTTACCGTGGCAGTAAT;SOR=3.422;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=50;TCF=6;TCR=44;TR=50;WE=134067803;WS=134067785;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr9	134076950	rs56349054	C	CA	118.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.676;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.90;ReadPosRankSum=0.628;SOR=0.839;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,14:0.34:41
chr9	134103759	rs11244329	G	A	1092.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-3.365;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.821;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=26;PP=575;ReadPosRankSum=1.442;SC=CCACACGCCAGCCAAAAAGCA;SOR=0.314;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=53;TCF=12;TCR=41;TR=35;WE=134103767;WS=134103749;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,46:0.72:64
chr9	134136515	rs352952	A	G	9291.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=346;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=110;NR=114;PP=2965;SC=CCCGGTAGATATTGGTGAGCT;SOR=0.699;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=224;TCF=110;TCR=114;TR=224;WE=134136523;WS=134136505;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,337:1.00:337
chr9	134136677	rs352951	A	G	5552.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=65;NR=93;PP=2896;SC=AGTTCACCCCATCCGAGTCGC;SOR=0.991;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=158;TCF=65;TCR=93;TR=158;WE=134136685;WS=134136667;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,212:1.00:212
chr9	134140113	rs7859822	C	T	178.84	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.488;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=6.956;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.59;ReadPosRankSum=-3.391;SOR=0.078;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,14:0.36:39
chr9	134145883	rs150139888	G	A	4641.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.221;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=325;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=83;PP=2324;ReadPosRankSum=0.591;SC=CTTGGAAGGTGGATGAGGGCT;SOR=0.690;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=202;TCF=78;TCR=124;TR=135;WE=134145891;WS=134145873;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:109,210:0.66:319
chr9	134165368	rs7029366	G	C	1859.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-0.826;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=310;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.035;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=23;PP=553;ReadPosRankSum=-1.970;SC=GGCCTTCTCGGGGTGAGCGAG;SOR=0.558;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=175;TCF=106;TCR=69;TR=54;WE=134165376;WS=134165358;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:197,105:0.35:302
chr9	134165888	rs11244356	T	C	209.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-1.682;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.568;HP=2;HapScore=3;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=12;PP=406;ReadPosRankSum=-1.155;SC=GGAGGCAGCCTGGCCTGCCCA;SOR=1.008;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=39;TCF=6;TCR=33;TR=14;WE=134165907;WS=134165878;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,14:0.33:42
chr9	134165899	rs11244357	A	G	182.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=4.684;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.568;HP=4;HapScore=3;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=30;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=9;PP=406;ReadPosRankSum=1.174;SC=GGCCTGCCCAACCCCACCCTG;SOR=1.819;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=32;TCF=3;TCR=29;TR=9;WE=134165907;WS=134165878;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,9:0.26:34
chr9	134183379	rs2966332	C	T	5710.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=1.553;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=382;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.840;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=77;NR=70;PP=2413;ReadPosRankSum=3.107;SC=CCGTACGAGACGAGCCCCAGC;SOR=0.751;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=195;TCF=101;TCR=94;TR=147;WE=134183387;WS=134183369;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:116,257:0.69:373
chr9	134183503	rs2986606	T	C	6041.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.163;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=423;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.622;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=90;NR=87;PP=2558;ReadPosRankSum=0.173;SC=TGCCCCTGCGTGTGCTGCTGG;SOR=0.515;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=272;TCF=145;TCR=127;TR=177;WE=134183511;WS=134183493;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:140,274:0.66:414
chr9	134305447	rs112930686	CT	C	45.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.201;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FS=1.093;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.60;ReadPosRankSum=2.868;SOR=0.984;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:60,16:0.21:76
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chr9	134350458	rs10751478	C	T	6259.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-1.693;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.049;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=81;NR=79;PP=2965;ReadPosRankSum=1.549;SC=GAGCAGAGCCCCACGGCAGAA;SOR=0.266;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=163;TCF=81;TCR=82;TR=160;WE=134350466;WS=134350448;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,225:1.00:226
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chr9	134351065	rs7858488	G	T	6117.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.822;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=80;NR=78;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.929;SC=CCAACAAGGGGTGCTCTGAGG;SOR=0.702;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=160;TCF=81;TCR=79;TR=158;WE=134351073;WS=134351055;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,231:0.99:233
chr9	134353724	rs4076428	C	T	858.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=20;NR=7;PP=577;SC=AGATCAGAGGCGGCCTGAGAA;SOR=1.839;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=20;TCR=7;TR=27;WE=134353732;WS=134353714;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
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chr9	134358657	rs10901061	G	C	1446.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=23;NR=14;PP=643;SC=TTTTGAGTCGGGGAAACTGCA;SOR=1.101;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=37;TCF=23;TCR=14;TR=37;WE=134358665;WS=134358647;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr9	134359918	rs10751480	G	C	775.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=15;NR=3;PP=370;SC=ACACGGAGCTGTAGGTGCTTT;SOR=2.147;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=19;TCF=15;TCR=4;TR=18;WE=134359926;WS=134359908;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr9	134360015	rs10793874	G	T	3313.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=49;NR=31;PP=1406;SC=GGATGGGTTTGGGCAAAGCCA;SOR=0.993;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=80;TCF=49;TCR=31;TR=80;WE=134360023;WS=134360005;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
chr9	134361318	rs3808829	C	A	1968.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.233;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=20;PP=1352;ReadPosRankSum=-0.742;SC=CGTGTGCTTCCGGCACACAGG;SOR=0.593;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=60;TCF=40;TCR=20;TR=59;WE=134361326;WS=134361308;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,68:0.99:69
chr9	134361581	rs10793875	T	A	7209.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=281;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=61;NR=98;PP=2965;SC=TGACAGCAGCTAGCCAGGTGG;SOR=0.997;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=159;TCF=61;TCR=98;TR=159;WE=134361589;WS=134361571;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,268:1.00:268
chr9	134361627	rs10901062	G	A	3397.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=25;NR=60;PP=1804;SC=CCAGTGCAGGGCGGAATTGGC;SOR=1.495;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=85;TCF=25;TCR=60;TR=85;WE=134361635;WS=134361617;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr9	134382673	rs6597501	C	T	2019.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=34;NR=15;PP=1022;SC=AACATGACGGCGCTATGTGAA;SOR=1.371;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=49;TCF=34;TCR=15;TR=49;WE=134382681;WS=134382663;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr9	134384277	rs11243404	T	C	4569.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=85;NR=36;PP=2337;SC=AAAATTGACATGTGTTTCCTC;SOR=1.540;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=121;TCF=85;TCR=36;TR=121;WE=134384285;WS=134384267;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,167:1.00:167
chr9	134384500	rs11999204	C	T	5380.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=24;NR=74;PP=2110;SC=TTTTTTGTTTCGTTTTGTGAG;SOR=1.816;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=98;TCF=24;TCR=74;TR=98;WE=134384521;WS=134384490;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
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chr9	134385599	rs2018621	A	G	7297.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=269;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=84;NR=80;PP=2965;SC=AGAGGTGGGTACGCTTTTCCA;SOR=0.732;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=164;TCF=84;TCR=80;TR=164;WE=134385607;WS=134385589;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,263:1.00:263
chr9	134386675	rs4740163	T	G	1998.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=35;NR=15;PP=1058;SC=TGGCTTAGGGTCATTTTTCTT;SOR=1.308;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=50;TCF=35;TCR=15;TR=50;WE=134386683;WS=134386665;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr9	134386744	rs10901065	T	C	2863.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=38;NR=39;PP=1451;SC=CTCGGATCACTCAGGGTCAGC;SOR=0.750;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=77;TCF=38;TCR=39;TR=77;WE=134386752;WS=134386734;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr9	134386903	rs10901066	G	A	2174.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=21;NR=30;PP=870;SC=TTATTTGCTCGTAGATTTGCT;SOR=1.048;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=51;TCF=21;TCR=30;TR=51;WE=134386911;WS=134386893;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
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chr9	134387488	rs3739494	T	C	6409.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=254;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=64;NR=88;PP=2395;SC=CCTTCAAAGATGTCAATAACT;SOR=0.930;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=152;TCF=64;TCR=88;TR=152;WE=134387496;WS=134387478;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,251:1.00:251
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chr9	134398534	rs3739495	T	C	1795.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=24;NR=28;PP=759;SC=GGGGTCGGGATGAGGTTGAAG;SOR=0.779;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=52;TCF=24;TCR=28;TR=52;WE=134398542;WS=134398524;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr9	134401335	rs2296957	C	T	5581.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=224;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=70;NR=59;PP=2362;SC=CCACTCCTCGCGGGATGATCA;SOR=0.818;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=129;TCF=70;TCR=59;TR=129;WE=134401343;WS=134401325;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,219:1.00:219
chr9	134404199	rs4740260	A	G	1478.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=38;NR=11;PP=948;SC=GTATGTGGCCATAATGAGCCA;SOR=2.522;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=49;TCF=38;TCR=11;TR=49;WE=134404207;WS=134404189;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr9	134404784	rs2296956	G	C	2262.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.323;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=26;PP=1584;ReadPosRankSum=2.282;SC=AACCAACCGGGGGAGGCCTGC;SOR=0.410;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=69;TCF=43;TCR=26;TR=67;WE=134404792;WS=134404774;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,78:0.99:79
chr9	134406071	rs7867616	C	G	3515.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=35;NR=68;PP=1978;SC=TGGAACCGCTCGTCCTGTGAC;SOR=1.335;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=103;TCF=35;TCR=68;TR=103;WE=134406079;WS=134406061;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,129:1.00:129
chr9	134406131	rs3904960	G	T	1396.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=9;NR=36;PP=1033;SC=CCCCTGGGGGGTATGCTCGGA;SOR=2.786;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=45;TCF=9;TCR=36;TR=45;WE=134406139;WS=134406121;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr9	134406647	rs4740261	A	G	107.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=35.76;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr9	134406650	rs7041225	C	T	107.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=35.76;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr9	134463039	rs11794453	A	T	178.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.177;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=2;PP=120;ReadPosRankSum=-0.553;SC=CCTACCATTCAAGCTCCCTGC;SOR=1.022;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=21;TCF=15;TCR=6;TR=9;WE=134463047;WS=134463029;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,9:0.41:22
chr9	134465398	rs3818581	T	C	810.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.329;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.536;HP=2;HapScore=4;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=19;PP=1013;ReadPosRankSum=1.042;SC=AGCCATGTGGTCGGCTGAGGG;SOR=0.476;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=72;TCF=28;TCR=44;TR=34;WE=134465418;WS=134465388;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,43:0.39:110
chr9	134465410	rs3818580	G	C	736.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.086;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.648;HP=1;HapScore=4;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=17;PP=1013;ReadPosRankSum=-1.336;SC=GGCTGAGGGTGGTGGAGTGGA;SOR=0.535;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=62;TCF=24;TCR=38;TR=30;WE=134465418;WS=134465388;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,40:0.40:99
chr9	134467578	rs3215862	GA	G	743.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-2.116;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=13;PP=373;ReadPosRankSum=-0.492;SC=AATCTAGAGGGAAAAAACAAT;SOR=0.711;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=61;TCF=18;TCR=43;TR=18;WE=134467586;WS=134467568;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,47:0.36:132
chr9	134467754	rs11794623	T	A	40.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-0.195;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=4;PP=21;ReadPosRankSum=1.092;SC=CCCAGAGAAGTCACACGTCCT;SOR=0.631;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=1;TCR=18;TR=4;WE=134467762;WS=134467744;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,4:0.19:21
chr9	134477579	rs13301422	T	C	748.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.613;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FS=1.490;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.09;ReadPosRankSum=-0.665;SOR=0.870;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:78,45:0.37:123
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chr9	134480272	.	GGTGTGT	GGTGTGTGT,G	454.73	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.941;ClippingRankSum=0.000;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.199;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=9;PP=155;ReadPosRankSum=0.933;SC=CATGTGCAGGGGTGTGTGTGT;SOR=1.022;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=37;TCF=14;TCR=23;TR=14;WE=134480289;WS=134480262;set=Intersection	GT:AF:DP	0/1:0.43:51
chr9	134497450	rs7023385	C	A,G	1788.77	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=26;NF=6,10;NR=15,28;PP=268,707;SC=CCCCTCCCCCCATTCTTCCCA;SOR=1.819;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=59;TCF=16;TCR=43;TR=21,38;WE=134497458;WS=134497440;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.34,0.66:70
chr9	134505545	rs11243457	A	C	497.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.65;SOR=0.914;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr9	134505597	.	C	T	496.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-1.297;ClippingRankSum=0.000;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.876;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=9;PP=376;ReadPosRankSum=0.630;SC=GTGACACCCGCGACACGAGGG;SOR=0.858;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=99;TCF=69;TCR=30;TR=32;WE=134505605;WS=134505587;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,29:0.32:91
chr9	134518575	rs7854489	T	C	137.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-3.268;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=0;PP=100;ReadPosRankSum=-0.637;SC=ACCAAGATGCTTCTAAGGCTT;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=12;TCR=0;TR=6;WE=134518583;WS=134518569;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,6:0.50:12
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chr9	134612965	rs7034382	C	A	680.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.525;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=20;PP=326;ReadPosRankSum=0.113;SC=GGCCTCAGGTCTTTCTCCCAA;SOR=0.650;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=91;TCF=21;TCR=70;TR=25;WE=134612973;WS=134612955;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:89,39:0.30:128
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chr9	135105964	rs4962173	A	G	5564.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=89;NR=50;PP=2759;SC=CACAGGTGCCACTGCAGGTTC;SOR=1.168;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=139;TCF=89;TCR=50;TR=139;WE=135105972;WS=135105954;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,212:1.00:212
chr9	135106054	rs2274854	T	A	11456.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=2.384;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=439;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=121;NR=128;PP=2965;ReadPosRankSum=0.877;SC=TGGAAAAAGCTGGAGAGAAAA;SOR=0.234;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=251;TCF=121;TCR=130;TR=249;WE=135106062;WS=135106044;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,436:1.00:437
chr9	135152543	rs34769225	TA	T	62.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.984;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=263;ExcessHet=3.0103;FS=0.729;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.04;MQRankSum=2.128;QD=0.29;ReadPosRankSum=-2.215;SOR=0.822;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:180,37:0.17:217
chr9	135158547	rs374507994	C	CA	57.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.488;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.13;ReadPosRankSum=-0.075;SOR=0.728;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:40,11:0.22:51
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chr9	135203409	rs1185193	A	C	7211.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.619;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=259;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=97;NR=92;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.631;SC=TTCCCACAAGATCTCTCTTAT;SOR=0.239;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=191;TCF=99;TCR=92;TR=189;WE=135203417;WS=135203399;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,257:1.00:258
chr9	135206460	rs9411449	A	G	1614.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=30;NR=15;PP=958;SC=TTTCAGGATTATAATTGTATA;SOR=1.316;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=46;TCF=31;TCR=15;TR=45;WE=135206468;WS=135206450;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr9	135211609	rs111938515	AAC	A	1611.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.822;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.324;NF=16;NR=9;PP=1108;ReadPosRankSum=-0.315;SC=CAGCCTGGGCAACAGAGTGAG;SOR=0.732;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=26;TCF=17;TCR=9;TR=25;WE=135211618;WS=135211599;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,38:0.97:39
chr9	135221597	rs497650	G	A	768.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=13;NR=4;PP=337;SC=AATTCTTATGGTACTAAAATA;SOR=1.460;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=13;TCR=4;TR=17;WE=135221605;WS=135221587;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr9	135263573	rs556386	G	T	9149.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=344;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=71;NR=121;PP=2965;SC=TGCCATAGTAGATACGCCGAC;SOR=1.075;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=192;TCF=71;TCR=121;TR=192;WE=135263581;WS=135263563;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,342:1.00:342
chr9	135265876	rs471890	T	C	1670.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=31;NR=15;PP=960;SC=CTAGACACGATTGTTCTTGAC;SOR=1.392;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=48;TCF=32;TCR=16;TR=46;WE=135265884;WS=135265866;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr9	135271987	rs1166321	T	C	5455.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=50;NR=83;PP=2190;SC=TATAACAACATGAACTATCCT;SOR=1.036;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=134;TCF=50;TCR=84;TR=133;WE=135271995;WS=135271977;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,214:1.00:214
chr9	135272061	rs5900975	GT	G	571.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.626;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.75;MQRankSum=-0.296;QD=10.79;ReadPosRankSum=-0.453;SOR=0.784;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,40:0.75:53
chr9	135273507	rs569288	G	A	2843.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=53;NR=17;PP=1603;SC=ATGGTCAAAGGGTGATTGTTT;SOR=1.863;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=70;TCF=53;TCR=17;TR=70;WE=135273515;WS=135273497;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr9	135273607	rs504525	C	G	8192.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.702;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=318;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=102;NR=90;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.845;SC=CCGTGTACAGCAGCTTGTCTG;SOR=0.802;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=194;TCF=103;TCR=91;TR=192;WE=135273615;WS=135273597;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,308:0.99:310
chr9	135273759	rs5900976	G	GA	2719.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQ=60.14;NF=4;NR=48;PP=2518;SC=TGTTAATAATGACAAAAGCAA;SOR=2.179;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=55;TCF=4;TCR=51;TR=52;WE=135273767;WS=135273749;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr9	135276710	rs553323	C	T	781.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=24;NR=3;PP=606;SC=CAAATCTCCACCTCAAAAATA;SOR=3.690;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=27;TCF=24;TCR=3;TR=27;WE=135276718;WS=135276700;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr9	135277000	rs146548922	A	G	4013.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.206;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=299;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.441;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=55;PP=1841;ReadPosRankSum=-1.722;SC=AATCATCACCAGACACTCGTG;SOR=0.661;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=181;TCF=99;TCR=82;TR=120;WE=135277008;WS=135276990;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:105,189:0.64:294
chr9	135470176	rs306549	C	G	499.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=97;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=10;NR=4;PP=342;SC=TTTTCACAAGCCTCCTCTGAC;SOR=1.739;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=10;TCR=4;TR=14;WE=135470184;WS=135470166;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr9	135470414	rs306547	T	C	4165.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=46;NR=47;PP=1612;SC=ACCTTGGCGATGTCGGCCTCC;SOR=0.756;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=94;TCF=47;TCR=47;TR=93;WE=135470422;WS=135470404;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,161:1.00:161
chr9	135507624	rs35126244	CGT	C	751.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=65.18;QD=39.56;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr9	135522454	rs140712462	AAAGT	A	2966.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.053;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=323;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.957;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=33;PP=1710;ReadPosRankSum=-0.826;SC=ACCTTGGATAAAAGTAAGAAG;SOR=0.786;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=149;TCF=33;TCR=116;TR=42;WE=135522465;WS=135522444;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:230,88:0.28:318
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chr9	135702490	rs13299768	T	C	217.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.074;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=7;PP=71;ReadPosRankSum=2.384;SC=AGGGGCCCTGTGGGCGCTGCT;SOR=0.527;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=28;TCF=8;TCR=20;TR=10;WE=135702498;WS=135702480;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,14:0.36:39
chr9	135730078	rs214640	T	G	843.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=2.269;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.063;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=6;PP=582;ReadPosRankSum=-1.119;SC=CCTTTTCCTTTGACAAAAGCA;SOR=0.493;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=116;TCF=101;TCR=15;TR=37;WE=135730086;WS=135730068;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,39:0.32:122
chr9	135739214	rs2285938	C	T	297.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.382;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.95;ReadPosRankSum=2.193;SOR=0.818;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,15:0.65:23
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chr9	135764081	rs1062218	A	G	234.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.375;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=1.131;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.73;ReadPosRankSum=-0.848;SOR=0.880;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:46,17:0.27:63
chr9	135764162	rs146375638	C	CT	46.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=1.394;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5002;FS=2.363;HP=12;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=4;PP=35;ReadPosRankSum=2.346;SC=GCTTTAACTTCTTTTTTTTTT;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=0;TCR=13;TR=4;WE=135764170;WS=135764152;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,6:0.43:14
chr9	135776034	rs1076160	C	T	276.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-3.929;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=0;PP=221;ReadPosRankSum=0.396;SC=CTATGCCATGCGGGAGACATA;SOR=1.051;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=34;TCF=33;TCR=1;TR=14;WE=135776042;WS=135776024;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,14:0.39:36
chr9	135776341	rs7020438	C	A	1661.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.124;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.932;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=39;PP=1008;ReadPosRankSum=1.903;SC=CAAAATAAACCAGTCCCATGG;SOR=0.895;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=74;TCF=21;TCR=53;TR=55;WE=135776349;WS=135776331;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,67:0.71:94
chr9	135776845	rs7020175	G	A	879.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-1.364;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.114;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=8;PP=417;ReadPosRankSum=-0.489;SC=GACTATGGGGGCAGCAGAACC;SOR=0.437;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=63;TCF=46;TCR=17;TR=28;WE=135776853;WS=135776835;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,40:0.53:75
chr9	135777121	rs11243931	A	G	1814.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=2.700;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.795;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=42;PP=1140;ReadPosRankSum=1.524;SC=AGTTTGAGGAACACCAACAGG;SOR=0.961;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=85;TCF=30;TCR=55;TR=65;WE=135777129;WS=135777111;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,77:0.72:107
chr9	135780006	rs67465842	TACACTGG	T	760.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=0.895;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.725;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=14;PP=772;ReadPosRankSum=-0.773;SC=AGGAGAAGCCTACACTGGACA;SOR=1.179;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=25;TCF=0;TCR=25;TR=14;WE=135780020;WS=135779996;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,20:0.59:34
chr9	135781563	rs10901220	G	A	316.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.578;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=7;PP=186;ReadPosRankSum=1.359;SC=AATGGCAGTCGGTATTCCACC;SOR=0.527;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=15;TCF=4;TCR=11;TR=10;WE=135781571;WS=135781553;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,14:0.67:21
chr9	135782026	rs7870151	C	A	615.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-1.571;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.224;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-1.355;NF=21;NR=3;PP=482;ReadPosRankSum=0.498;SC=AAGAAAAATCCAGCAAGCCTG;SOR=1.765;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=36;TCF=31;TCR=5;TR=24;WE=135782034;WS=135782016;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,24:0.67:36
chr9	135782221	rs7862221	T	C	3735.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.413;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=279;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=62;PP=1820;ReadPosRankSum=-0.941;SC=CAGGTGGCTCTTCTGAAGAGA;SOR=0.711;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=172;TCF=75;TCR=97;TR=110;WE=135782229;WS=135782211;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:102,173:0.63:275
chr9	135782277	rs7872606	G	C	2184.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.396;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.692;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=47;PP=1236;ReadPosRankSum=0.446;SC=ATCCCTGTAAGTGTAAAACTG;SOR=0.602;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=104;TCF=32;TCR=72;TR=70;WE=135782285;WS=135782267;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,92:0.66:140
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chr9	135961809	rs679779	T	C	4693.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=3.583;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=274;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.743;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-3.335;NF=42;NR=106;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.121;SC=TCTCTAAGGCTATGACCGCCT;SOR=0.865;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=218;TCF=63;TCR=155;TR=148;WE=135961817;WS=135961777;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,182:0.68:267
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chr9	135976826	rs641999	G	A	3244.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.809;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=590;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.561;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=65;PP=1579;ReadPosRankSum=0.844;SC=TAGACCCCGGGAGGGCAGGGA;SOR=0.728;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=375;TCF=188;TCR=187;TR=126;WE=135976834;WS=135976816;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:398,184:0.32:582
chr9	135977583	rs2519091	C	T	446.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.782;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.658;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=13;PP=274;ReadPosRankSum=1.525;SC=CCCAACCCCACAGCCCCTGCA;SOR=1.189;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=44;TCF=16;TCR=28;TR=18;WE=135977591;WS=135977573;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,23:0.40:58
chr9	135978153	rs694881	G	C	946.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.620;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=18;PP=507;ReadPosRankSum=1.225;SC=CCCATTTGCTGCCCCGGCCTC;SOR=0.725;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=94;TCF=52;TCR=42;TR=39;WE=135978161;WS=135978143;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,51:0.37:138
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chr9	135979751	rs598499	C	G	367.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-0.150;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.812;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=10;PP=161;ReadPosRankSum=1.315;SC=CAGCAAGGCCCTATCCCCTCA;SOR=0.806;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=63;TCF=28;TCR=35;TR=16;WE=135979759;WS=135979741;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,28:0.25:113
chr9	135982088	rs2073822	A	C	4057.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=-0.587;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=279;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.008;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=45;PP=1296;ReadPosRankSum=-0.149;SC=TCTGCAGGGCAGAGAGGATGG;SOR=0.615;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=141;TCF=76;TCR=65;TR=97;WE=135982096;WS=135982078;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,190:0.70:273
chr9	135983504	rs2285375	T	C	3318.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.156;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=239;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.491;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=59;PP=1474;ReadPosRankSum=0.095;SC=ATGGAACTGGTGCTGGAGCTG;SOR=0.732;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=146;TCF=62;TCR=84;TR=105;WE=135983512;WS=135983494;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,153:0.64:239
chr9	135983902	rs34479413	G	A	327.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.349;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=1.851;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.66;ReadPosRankSum=-0.781;SOR=0.269;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,17:0.71:24
chr9	135985166	rs3747817	G	A	2714.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.612;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.359;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=52;PP=1360;ReadPosRankSum=-1.353;SC=AGGCCCAGGAGGGCAGGGATT;SOR=0.826;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=105;TCF=31;TCR=74;TR=73;WE=135985182;WS=135985156;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,112:0.68:164
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chr9	136081598	rs28507496	C	T	2472.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.037;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.587;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=31;PP=1259;ReadPosRankSum=-1.680;SC=TCGGGGCACACGGGGAATGCG;SOR=0.755;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=141;TCF=91;TCR=50;TR=88;WE=136081606;WS=136081588;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,113:0.63:178
chr9	136081829	rs11244037	C	T	478.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.286;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=14;PP=244;ReadPosRankSum=2.326;SC=CCAGGTGAGCCGACGTGGGGA;SOR=0.749;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=60;TCF=18;TCR=42;TR=20;WE=136081837;WS=136081819;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,27:0.33:81
chr9	136083580	rs2073870	T	G	1874.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=20;NR=26;PP=915;SC=TGGATGCACCTATCCTCCCTC;SOR=0.779;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=46;TCF=20;TCR=26;TR=46;WE=136083588;WS=136083570;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr9	136083801	rs4310274	A	G	2480.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=36;NR=26;PP=1193;SC=CACCAGGTGGATCTGGGGAGG;SOR=0.883;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=62;TCF=36;TCR=26;TR=62;WE=136083809;WS=136083791;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr9	136084424	.	C	A	33.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.663;ClippingRankSum=0.000;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=2.782;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.96;MQRankSum=0.502;QD=1.35;ReadPosRankSum=-1.053;SOR=1.911;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,3:0.12:25
chr9	136131289	rs8176748	C	T	9232.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.158;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=353;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.289;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=134;NR=112;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.386;SC=AGCCGCTGCACCTCTTGCACC;SOR=0.671;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=249;TCF=136;TCR=113;TR=246;WE=136131321;WS=136131279;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,348:0.99:351
chr9	136131347	rs8176745	G	A	8759.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.054;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=390;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=120;NR=114;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.434;SC=CCTCGTCCTTGGGGATGTAGG;SOR=0.884;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=245;TCF=129;TCR=116;TR=234;WE=136131355;WS=136131337;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,375:0.99:379
chr9	136131437	rs8176742	C	T	9123.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.838;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=349;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=106;NR=127;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.181;SC=TGCCGAACAGCGGAGTCAGGA;SOR=0.291;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=234;TCF=106;TCR=128;TR=233;WE=136131445;WS=136131427;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,344:1.00:345
chr9	136131472	rs8176740	A	T	10690.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.655;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=403;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=110;NR=124;PP=2965;ReadPosRankSum=0.637;SC=TGGTCGCGGAACTCCATGTCC;SOR=0.761;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=239;TCF=112;TCR=127;TR=234;WE=136131480;WS=136131462;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,395:0.99:397
chr9	136131783	rs8176737	C	T	4041.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.00;SOR=1.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr9	136131783	.	CGT	TGC	2303	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;FR=1.0000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=27;NR=38;PP=2303;QD=36.253351921;SC=AGCCGCCGGCCGTGCACCCCT;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=68;TCF=28;TCR=40;TR=65;WE=136131793;WS=136131773;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:3,65:0.96:68
chr9	136131785	rs8176736	T	C	4041.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=47.00;SOR=1.065;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr9	136131846	rs7873416	T	C	1209.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=41;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=10;NR=26;PP=859;SC=TTGGAAGGCTTAGAGCAGCAG;SOR=1.666;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=36;TCF=10;TCR=26;TR=36;WE=136131854;WS=136131836;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr9	136132608	rs8176726	C	T	938.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=39;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=19;NR=2;PP=464;SC=ACCGACCTGGCGAGCCCACGA;SOR=3.258;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=21;TCF=19;TCR=2;TR=21;WE=136132616;WS=136132605;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr9	136132633	rs2073824	A	G	1353.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=29;NR=6;PP=728;SC=ACGAGCCCACATGAGCTCAGT;SOR=2.554;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=35;TCF=29;TCR=6;TR=35;WE=136132641;WS=136132623;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr9	136132707	rs2073825	A	T	3964.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=58;NR=40;PP=1760;SC=CCGCCACCCCACTCTGTCTTG;SOR=1.017;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=99;TCF=58;TCR=41;TR=98;WE=136132715;WS=136132697;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,147:1.00:147
chr9	136132873	rs8176720	T	C	3224.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=32;NR=48;PP=1288;SC=CGATGTTGAATGTGCCCTCCC;SOR=1.082;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=80;TCF=32;TCR=48;TR=80;WE=136132881;WS=136132863;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr9	136132957	rs8176718	C	T	945.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=26;PP=666;SC=CGTGCGGTCACATGGAGCTGG;SOR=2.517;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=5;TCR=26;TR=31;WE=136132965;WS=136132947;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr9	136137646	rs8176694	T	C	3409.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=33;NR=57;PP=1479;SC=TGTCCCGCCTTGTAATTCAGG;SOR=1.187;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=90;TCF=33;TCR=57;TR=90;WE=136137654;WS=136137636;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr9	136185077	rs9411507	T	G	388.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=1.321;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5003;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=3;PP=224;ReadPosRankSum=-0.098;SC=TCTCCAGCCTTTGGGGTGCGG;SOR=1.179;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=15;TCF=11;TCR=4;TR=12;WE=136185085;WS=136185067;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,16:0.76:21
chr9	136185358	rs544622	T	C	628.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=6;NR=15;PP=473;SC=CTTCCCTTTCTCCACCCAGGA;SOR=1.179;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=21;TCF=6;TCR=15;TR=21;WE=136185366;WS=136185348;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr9	136201470	rs563666	C	A	696.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.073;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=15;PP=404;ReadPosRankSum=1.364;SC=GTTAAGTCCCCATCTCATGGC;SOR=1.112;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=21;TCF=5;TCR=16;TR=20;WE=136201478;WS=136201460;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,25:0.96:26
chr9	136211248	rs9645009	A	G	121.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.696;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=5;PP=63;ReadPosRankSum=1.024;SC=CTTGCCTACAAGTAGCTGATG;SOR=0.582;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=31;TCF=8;TCR=23;TR=7;WE=136211256;WS=136211238;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,8:0.23:35
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chr9	136215549	rs28496755	G	T	251.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-2.551;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=2;PP=166;ReadPosRankSum=-1.436;SC=GTGGTCTCGGGCTTAGCCTTG;SOR=0.465;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=23;TCF=19;TCR=4;TR=11;WE=136215557;WS=136215545;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,12:0.44:27
chr9	136215642	rs7019683	T	C	940.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=2.022;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.192;HP=6;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=16;PP=630;ReadPosRankSum=-0.845;SC=TGCTGGGGGGTTGCAGAAAGC;SOR=0.926;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=101;TCF=62;TCR=39;TR=44;WE=136215650;WS=136215632;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:96,52:0.35:148
chr9	136216882	rs7700	G	A	84.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=1.888;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.666;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=2;PP=59;ReadPosRankSum=1.742;SC=ACGTCCCAACGAAGAGACCAC;SOR=1.853;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=37;TCF=21;TCR=16;TR=8;WE=136216890;WS=136216872;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,9:0.18:50
chr9	136217958	rs28693986	A	G	342.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-3.690;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.298;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=5;PP=223;ReadPosRankSum=1.677;SC=AAATACTGTCATTCACAAATC;SOR=1.042;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=39;TCF=25;TCR=14;TR=16;WE=136217966;WS=136217951;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,17:0.41:41
chr9	136218081	rs71503185	G	A	1207.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.566;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FS=4.057;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.54;ReadPosRankSum=3.117;SOR=0.476;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:144,74:0.34:218
chr9	136218590	rs484248	CA	AG	256.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.319;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5002;FS=7.368;HP=1;HapScore=2;JOINED;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=7;NR=1;PP=331;ReadPosRankSum=1.306;SC=ATGTAACTTGCATATCAAGTT;SOR=2.541;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=10;TCF=8;TCR=2;TR=8;WE=136218599;WS=136218583;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,7:0.70:10
chr9	136223221	.	GCCCCGCACCCCGCACCCCGCA	GCCCCGCACCCCGCA,G	53.70	.	AC=2,0;AF=1.00,0.00;AN=2;BRF=0.3;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=3;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2,2;NR=5,5;PP=587,1034;SC=CCCTCCCCGCGCCCCGCACCC;SOR=0.693;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=10;TCF=2;TCR=8;TR=7,7;WE=136223249;WS=136223211;set=Intersection	GT:AF:DP	1/1:1.00:2
chr9	136223366	rs523304	G	A	162.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=1.045;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=1.987;NF=4;NR=4;PP=135;ReadPosRankSum=0.000;SC=GGACGCAGGAGGCATCTGCAT;SOR=0.693;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=11;TCR=10;TR=8;WE=136223374;WS=136223356;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,10:0.36:28
chr9	136224438	.	A	G	238.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.852;ClippingRankSum=0.000;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.173;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=5;PP=124;ReadPosRankSum=-0.338;SC=TTCCCCACCCAGCTTCAGAGT;SOR=0.491;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=45;TCF=33;TCR=12;TR=15;WE=136224446;WS=136224428;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,17:0.30:56
chr9	136227017	rs2296809	G	A	4147.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.086;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=281;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.734;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=55;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.196;SC=TAAGCAGAACGGGCCCTGCTT;SOR=0.532;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=179;TCF=101;TCR=78;TR=119;WE=136227027;WS=136227007;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:102,178:0.64:280
chr9	136227019	rs56677055	G	C	1971.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.263;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=285;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.903;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=22;PP=2043;ReadPosRankSum=-0.085;SC=AGCAGAACGGGCCCTGCTTCT;SOR=0.974;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=182;TCF=104;TCR=78;TR=61;WE=136227027;WS=136227007;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:180,104:0.37:284
chr9	136227260	rs12763	A	G	3019.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=21;NR=64;PP=1873;SC=CACTGATGAGAGCAGGAGAGA;SOR=1.970;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=85;TCF=21;TCR=64;TR=85;WE=136227268;WS=136227250;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr9	136228006	rs34939258	G	A	1638.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.708;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=317;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=31;PP=691;ReadPosRankSum=1.488;SC=CCTGTAAACAGCCAGGTTAAT;SOR=0.695;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=184;TCF=86;TCR=98;TR=57;WE=136228014;WS=136227996;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:208,100:0.32:308
chr9	136232746	rs28693733	T	A	532.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.604;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=5;PP=283;ReadPosRankSum=0.816;SC=GCACTTCCTTTGAGCGTCATG;SOR=0.805;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=54;TCF=40;TCR=14;TR=21;WE=136232754;WS=136232736;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,29:0.37:79
chr9	136234124	rs1179033	A	G	4699.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=61;NR=44;PP=2198;SC=ACCACCCGCAAAGCCACTCAC;SOR=0.880;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=105;TCF=61;TCR=44;TR=105;WE=136234132;WS=136234114;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,173:1.00:173
chr9	136245903	rs7852803	A	G	217.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.356;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.35;ReadPosRankSum=-1.485;SOR=0.653;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:47,18:0.28:65
chr9	136251358	rs34399743	G	A	2064.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.232;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=406;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.16;ReadPosRankSum=-1.564;SOR=0.702;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:275,125:0.31:400
chr9	136256602	rs11340207	AG	A	1140.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.954;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.148;HP=6;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.494;NF=2;NR=25;PP=767;ReadPosRankSum=-1.362;SC=GTTGTGGGAGAGGGGGTTGGC;SOR=1.161;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=85;TCF=10;TCR=75;TR=27;WE=136256610;WS=136256592;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:114,52:0.31:166
chr9	136256626	rs4962134	G	A	1362.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.825;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FS=4.582;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.40;ReadPosRankSum=0.291;SOR=1.118;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:89,42:0.32:131
chr9	136256630	rs4962135	C	T	1260.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.252;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FS=5.016;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.51;ReadPosRankSum=1.325;SOR=1.217;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:83,37:0.31:120
chr9	136260721	rs41297211	G	A	459.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=1.226;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.539;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=5;PP=227;ReadPosRankSum=0.104;SC=TCCTCTCTCCGTGCAGGGCAC;SOR=0.234;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=63;TCF=51;TCR=12;TR=22;WE=136260729;WS=136260711;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,25:0.37:68
chr9	136261030	rs57394597	G	A	114.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-0.339;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=6;PP=66;ReadPosRankSum=-0.134;SC=CTGCACAGCTGGGCTTTGCCC;SOR=0.483;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=32;TCF=9;TCR=23;TR=9;WE=136261038;WS=136261020;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,9:0.25:36
chr9	136266792	rs144943703	CTGTGAGCCT	C	681.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-1.578;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=3.055;NF=15;NR=1;PP=2970;ReadPosRankSum=-1.794;SC=ATCCCCCAGCCTGTGAGCCTT;SOR=0.293;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=51;TCF=44;TCR=7;TR=16;WE=136266808;WS=136266782;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,21:0.37:57
chr9	136267173	rs7025970	G	A	263.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-2.708;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=11;PP=173;ReadPosRankSum=0.379;SC=CACCCCAAATGCTGGTCGCAT;SOR=0.776;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=36;TCF=4;TCR=32;TR=12;WE=136267181;WS=136267163;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,13:0.33:39
chr9	136267869	rs4962139	A	G	343.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-0.542;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=7;PP=208;ReadPosRankSum=2.069;SC=TCAGGGCTCCATTGAGTGCAC;SOR=0.770;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=52;TCF=33;TCR=19;TR=20;WE=136267877;WS=136267859;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,21:0.33:63
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chr9	136268084	rs3124747	A	G	982.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.973;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.649;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=21;PP=467;ReadPosRankSum=-1.158;SC=CAGCTCCCTCAAAAGCAGGGA;SOR=0.623;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=90;TCF=32;TCR=58;TR=34;WE=136268092;WS=136268074;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,54:0.38:141
chr9	136268897	rs36079470	G	A	1953.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.560;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=313;ExcessHet=3.0103;FS=0.428;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.34;ReadPosRankSum=0.962;SOR=0.655;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:195,113:0.37:308
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chr9	136268952	rs33919837	G	T	2376.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.270;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FS=0.562;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.06;ReadPosRankSum=-0.013;SOR=0.786;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:113,69:0.38:182
chr9	136268962	rs28714280	G	A	2270.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.565;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FS=0.592;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.68;ReadPosRankSum=-0.252;SOR=0.784;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:104,62:0.37:166
chr9	136269143	rs17150554	G	A	94.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.308;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FS=1.060;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.02;ReadPosRankSum=0.848;SOR=0.861;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:78,15:0.16:93
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chr9	136272787	rs3214115	AT	A	613.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.058;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FS=0.655;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.06;MQRankSum=1.395;QD=3.51;ReadPosRankSum=1.304;SOR=0.789;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:119,56:0.32:175
chr9	136273106	rs28556828	C	T	469.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=3.671;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.854;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=13;PP=269;ReadPosRankSum=-3.983;SC=CTCACCCAAGCGACCTACAGT;SOR=0.174;SbPval=0.14;Source=Platypus;TC=60;TCF=11;TCR=49;TR=19;WE=136273114;WS=136273096;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,23:0.34:68
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chr9	136274057	.	TG	T	191.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=2.212;ClippingRankSum=-0.000;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=65.57;MQRankSum=0.180;QD=13.70;ReadPosRankSum=-0.250;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,6:0.43:14
chr9	136274059	.	TGTGTG	T	191.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.864;ClippingRankSum=-0.000;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=65.57;MQRankSum=0.180;QD=13.70;ReadPosRankSum=-0.250;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,6:0.43:14
chr9	136274109	rs7860836	G	A	196.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=3.481;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=44;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=6;PP=138;ReadPosRankSum=0.868;SC=TGTGTGTGACGGAGTCTTGCT;SOR=0.269;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=26;TCF=8;TCR=18;TR=9;WE=136274117;WS=136274099;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,5:0.36:14
chr9	136274127	rs35920297	C	G	140.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=2.670;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.802;HP=2;HapScore=2;MGOF=53;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=7;PP=104;ReadPosRankSum=-0.000;SC=GCTCTGTCACCCAGGCTGGAA;SOR=0.093;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=24;TCF=7;TCR=17;TR=9;WE=136274135;WS=136274117;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,5:0.42:12
chr9	136277381	rs2285485	A	G	40.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=3.466;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=0;PP=47;ReadPosRankSum=0.519;SC=TCCAGTTACTACTTTCCCTTC;SOR=0.223;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=24;TCF=23;TCR=1;TR=4;WE=136277389;WS=136277371;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,4:0.17:24
chr9	136277480	rs2285486	A	G	5931.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=32.41;SOR=1.376;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,183:1.00:183
chr9	136277480	.	AGT	GGC,GGT	1544	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.46;FR=0.5000,0.5000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MMLQ=24;MQ=59.99;NF=28,89;NR=12,46;PP=488,1544;QD=13.5366968716;SC=TCACGGGCTCAGTTGGTTTGA;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=138;TCF=91;TCR=47;TR=40,135;WE=136277490;WS=136277470;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.29:138
chr9	136277482	rs2285487	T	C	1092.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.048;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.00;ReadPosRankSum=0.817;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:122,60:0.33:182
chr9	136277664	rs28513445	T	A	738.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.034;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.10;ReadPosRankSum=-0.967;SOR=0.698;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:130,50:0.28:180
chr9	136277796	rs28729896	C	T	1311.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.185;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FS=1.125;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.16;ReadPosRankSum=0.651;SOR=0.785;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:141,72:0.34:213
chr9	136277854	rs2285488	G	A	2655.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.116;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=449;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=37;PP=1184;ReadPosRankSum=0.633;SC=CGCCCTCCACGGCTAAGCATC;SOR=0.718;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=257;TCF=150;TCR=107;TR=88;WE=136277862;WS=136277844;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:291,151:0.34:442
chr9	136279935	rs6597630	C	T	860.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.737;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.627;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=18;PP=421;ReadPosRankSum=-1.463;SC=TACTGGCGCCCTCCTGTCCAT;SOR=0.619;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=102;TCF=51;TCR=51;TR=36;WE=136279943;WS=136279925;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:102,52:0.34:154
chr9	136287582	rs34024143	C	T	940.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.795;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FS=1.177;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.34;ReadPosRankSum=-1.200;SOR=0.580;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:156,61:0.28:217
chr9	136289423	rs35410697	C	T	68.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.980;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.618;HP=2;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=0;PP=65;ReadPosRankSum=0.386;SC=GCCCTCTGCTCTCCCTCTCCC;SOR=2.546;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=14;TCR=4;TR=5;WE=136289431;WS=136289413;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,5:0.20:25
chr9	136290672	rs28571612	G	A	1617.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.975;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.306;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=23;PP=585;ReadPosRankSum=-1.305;SC=TTCGGGACCCGTCCCTGGGGG;SOR=0.447;SbPval=0.26;Source=Platypus;TC=101;TCF=58;TCR=43;TR=45;WE=136290680;WS=136290662;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:102,81:0.44:183
chr9	136291063	rs3118667	C	T	7250.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=271;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=114;NR=74;PP=2965;SC=CGCAGGGTGCCCCAAATATCA;SOR=1.022;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=188;TCF=114;TCR=74;TR=188;WE=136291071;WS=136291053;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,264:1.00:264
chr9	136291361	rs34054981	C	T	2220.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=1.283;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=406;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.762;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=47;PP=1099;ReadPosRankSum=-0.347;SC=AGGTGCGGGGCGTCACCCAGC;SOR=0.590;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=245;TCF=103;TCR=142;TR=85;WE=136291369;WS=136291351;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:267,129:0.33:396
chr9	136291469	rs36219245	T	G	904.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=4.246;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.850;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=26;PP=672;ReadPosRankSum=2.144;SC=GGCACAGGTATGTAGCCCCAC;SOR=0.996;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=116;TCF=43;TCR=73;TR=39;WE=136291477;WS=136291459;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:136,51:0.27:187
chr9	136291539	rs3118668	A	G	2076.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=23;NR=33;PP=1133;SC=AGGTGGTCTTAGCAAGCAGTG;SOR=0.984;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=56;TCF=23;TCR=33;TR=56;WE=136291547;WS=136291529;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
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chr9	136298729	rs739469	G	C	3985.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.311;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=269;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.570;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=62;PP=2003;ReadPosRankSum=-0.910;SC=TCACCCTGCTGTCTCACCCTC;SOR=0.824;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=176;TCF=84;TCR=92;TR=114;WE=136298737;WS=136298719;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:89,177:0.67:266
chr9	136301982	rs2301612	C	G	767.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.63;BaseQRankSum=-0.366;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.681;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=15;PP=571;ReadPosRankSum=0.252;SC=GTTCATGTCGCAACAGTGCGC;SOR=0.818;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=79;TCF=34;TCR=45;TR=25;WE=136301990;WS=136301972;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:95,44:0.32:139
chr9	136303253	rs2028002	T	C	1282.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-1.404;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.286;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=22;PP=734;ReadPosRankSum=-0.451;SC=TGGGGTGCTATAGAAGTGTTG;SOR=0.368;SbPval=0.24;Source=Platypus;TC=116;TCF=76;TCR=40;TR=52;WE=136303261;WS=136303243;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,65:0.45:146
chr9	136304497	rs3124768	A	G	4394.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.188;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=323;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.435;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=60;PP=1791;ReadPosRankSum=-1.185;SC=AATATGTCACATTTCTGACAG;SOR=0.602;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=179;TCF=94;TCR=85;TR=124;WE=136304505;WS=136304487;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:103,208:0.67:311
chr9	136305439	rs2073932	G	A	5325.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.989;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=354;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.902;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=100;NR=58;PP=2740;ReadPosRankSum=0.958;SC=AGCTCCACACGGCTAACAGGG;SOR=0.779;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=231;TCF=144;TCR=87;TR=158;WE=136305447;WS=136305429;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:106,237:0.69:343
chr9	136305530	rs28647808	C	G	2495.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.105;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=695;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.61;ReadPosRankSum=1.094;SOR=0.703;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:515,176:0.25:691
chr9	136311017	rs652600	G	A	1229.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.934;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=28;PP=621;ReadPosRankSum=0.685;SC=GCCTCGTTCTGAAAAGCATTT;SOR=0.723;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=130;TCF=55;TCR=75;TR=48;WE=136311025;WS=136311007;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:159,73:0.31:232
chr9	136313904	rs2769073	C	T	232.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.997;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=6;PP=118;ReadPosRankSum=0.000;SC=GTGGGAGACCCGAGCCTTGGC;SOR=0.593;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=16;TCF=3;TCR=13;TR=8;WE=136313912;WS=136313894;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,11:0.48:23
chr9	136319489	rs36023469	T	C	876.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.166;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FS=4.776;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.31;ReadPosRankSum=0.972;SOR=1.274;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:60,25:0.29:85
chr9	136319496	rs34100568	G	A	917.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.070;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FS=0.869;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.20;ReadPosRankSum=-1.254;SOR=0.812;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:61,29:0.32:90
chr9	136319600	rs34934621	G	A	943.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.913;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.632;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=19;PP=452;ReadPosRankSum=1.320;SC=CTAGACGCTCGGTGGCCTGTG;SOR=0.629;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=97;TCF=48;TCR=49;TR=39;WE=136319608;WS=136319590;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:89,54:0.38:143
chr9	136328657	rs3124765	T	C	13131.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.876;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=512;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=127;NR=209;PP=2965;ReadPosRankSum=1.525;SC=CTCTGAACATTGCGGCCGGCG;SOR=1.062;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=336;TCF=127;TCR=209;TR=336;WE=136328665;WS=136328647;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,504:1.00:506
chr9	136338187	rs3124762	A	C	526.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-0.778;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.978;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=1;PP=94;ReadPosRankSum=-0.200;SC=GGCCAGTCAGAGAGGGCCTAG;SOR=0.534;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=32;TCF=24;TCR=8;TR=8;WE=136338195;WS=136338177;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,28:0.43:65
chr9	136339181	rs28584627	C	T	384.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.415;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=2.010;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.13;ReadPosRankSum=-0.921;SOR=0.455;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:49,26:0.35:75
chr9	136340200	rs2073935	T	G	3524.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.62;BaseQRankSum=0.807;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=38;PP=1338;ReadPosRankSum=0.649;SC=GGCACACGTGTGGGGCCCGTG;SOR=0.693;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=75;TCF=37;TCR=38;TR=75;WE=136340208;WS=136340190;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,140:0.97:144
chr9	136340325	rs28681345	C	A	381.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-3.453;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.281;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=8;PP=248;ReadPosRankSum=-1.941;SC=GTGTGGGAGACCTCCTTTTTC;SOR=0.916;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=34;TCF=18;TCR=16;TR=19;WE=136340333;WS=136340315;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,21:0.55:38
chr9	136340436	rs28393320	T	C	670.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.424;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.881;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=10;PP=311;ReadPosRankSum=1.958;SC=ACTGTGGTCCTGTCTTCCAGG;SOR=0.527;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=47;TCF=28;TCR=19;TR=24;WE=136340444;WS=136340426;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,34:0.44:77
chr9	136343587	rs34008151	C	T	291.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.693;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FS=0.976;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.21;ReadPosRankSum=-1.115;SOR=0.885;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:70,21:0.23:91
chr9	136379890	rs17758315	A	G	4835.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=48;NR=56;PP=1900;SC=AGCTGTGGACATAAGTGTAGT;SOR=0.857;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=105;TCF=48;TCR=57;TR=104;WE=136379898;WS=136379880;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,182:1.00:182
chr9	136385437	rs9802272	A	G	11262.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.651;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=289;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=75;NR=117;PP=2965;ReadPosRankSum=0.990;SC=AGGTGGTCACAGCACAAAGAG;SOR=0.618;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=193;TCF=75;TCR=118;TR=192;WE=136385445;WS=136385427;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,282:0.99:285
chr9	136385453	rs9802273	A	G	9720.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.944;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=98;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.066;SC=AAGAGGCCAGAGCTGGTCCCC;SOR=0.466;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=159;TCF=60;TCR=99;TR=158;WE=136385461;WS=136385443;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,214:1.00:215
chr9	136389751	rs73553561	A	C	910.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.261;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.72;ReadPosRankSum=0.353;SOR=0.680;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:69,49:0.42:118
chr9	136390015	rs13300181	A	G	103.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-1.694;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=4;PP=35;ReadPosRankSum=-1.537;SC=CTGGTGTCCCAGGTCCCCAGC;SOR=0.321;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=15;TCF=2;TCR=13;TR=5;WE=136390023;WS=136390005;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,7:0.32:22
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chr9	136412041	rs11507719	C	T	397.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-1.337;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.477;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=1;PP=154;ReadPosRankSum=-0.796;SC=TTTCCTGTCTCGGGAGCATTT;SOR=0.380;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=41;TCF=38;TCR=3;TR=12;WE=136412049;WS=136412031;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,20:0.37:54
chr9	136412170	rs2073874	C	T	1733.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.763;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=453;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.85;ReadPosRankSum=1.834;SOR=0.671;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:331,119:0.26:450
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chr9	136412382	rs2073879	T	C	143.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=2.502;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=6;PP=66;ReadPosRankSum=0.132;SC=CTGGGCACTGTTTCCCCAGAA;SOR=0.458;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=30;TCF=4;TCR=26;TR=7;WE=136412390;WS=136412372;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,8:0.26:31
chr9	136501941	rs2797849	G	C	439.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=1.627;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=14;PP=244;ReadPosRankSum=-0.665;SC=TCTGTCACCTGTCAGTGTTTG;SOR=0.641;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=62;TCF=14;TCR=48;TR=17;WE=136501949;WS=136501931;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,22:0.31:70
chr9	136505114	rs1108580	A	G	1626.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.726;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=321;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.445;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=33;PP=887;ReadPosRankSum=0.515;SC=ACCTCATTGAAGTAAGGGGTG;SOR=0.718;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=173;TCF=85;TCR=88;TR=63;WE=136505122;WS=136505104;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:218,96:0.31:314
chr9	136509312	rs1611125	C	T	1041.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.357;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.317;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=9;PP=465;ReadPosRankSum=-0.555;SC=AGGACACACCCGTCTGTCTGA;SOR=0.843;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=128;TCF=88;TCR=40;TR=38;WE=136509320;WS=136509302;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:122,57:0.32:179
chr9	136509514	rs1611128	G	A	1658.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.728;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=305;ExcessHet=3.0103;FS=2.838;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.68;ReadPosRankSum=-0.766;SOR=0.520;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:197,95:0.33:292
chr9	136512906	rs3025411	G	A	769.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=1.380;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.974;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=15;PP=504;ReadPosRankSum=-0.204;SC=TAATCTGTCCGCAGGGGGAAG;SOR=0.943;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=121;TCF=80;TCR=41;TR=42;WE=136512914;WS=136512896;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:141,51:0.27:192
chr9	136518097	rs77905	A	G	1369.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.736;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=272;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.472;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=27;PP=706;ReadPosRankSum=-0.317;SC=CGTACAACACAGAAGACCGGG;SOR=0.734;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=161;TCF=91;TCR=70;TR=60;WE=136518105;WS=136518087;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:185,87:0.32:272
chr9	136522187	rs1611131	A	G	1763.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.686;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=414;ExcessHet=3.0103;FS=1.991;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.33;ReadPosRankSum=-0.730;SOR=0.889;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:292,115:0.28:407
chr9	136523669	rs129882	C	T	410.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=1.589;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=12;PP=274;ReadPosRankSum=2.675;SC=CAGCCCTGCACGCCCAGGATG;SOR=0.627;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=20;TCF=4;TCR=16;TR=15;WE=136523677;WS=136523659;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,17:0.74:23
chr9	136532107	rs7854480	G	C	1441.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=43;PP=1016;SC=CGTGGCTCCAGGCAGATAGGG;SOR=3.570;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=48;TCF=5;TCR=43;TR=48;WE=136532115;WS=136532097;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr9	136536633	rs2797840	G	A	1416.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=21;NR=28;PP=1114;SC=CCCCCGCCCCGTGCTGTCCAG;SOR=1.394;SbPval=0.11;Source=Platypus;TC=65;TCF=37;TCR=28;TR=49;WE=136536641;WS=136536623;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr9	136536679	rs129932	G	A	4168.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=50;NR=52;PP=2248;SC=TCAGGGAGTCGATGGCGCGGT;SOR=0.902;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=108;TCF=55;TCR=53;TR=102;WE=136536687;WS=136536669;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,166:1.00:166
chr9	136536793	rs2519123	C	G	6604.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=258;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=66;NR=91;PP=2950;SC=CCAGCTCCCCCACAAAGGACA;SOR=0.852;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=157;TCF=66;TCR=91;TR=157;WE=136536801;WS=136536783;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,255:1.00:255
chr9	136555629	rs886016	T	C	817.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.283;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.28;ReadPosRankSum=0.040;SOR=0.736;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:137,54:0.28:191
chr9	136559460	rs2073817	C	T	660.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.686;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FS=0.735;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.90;ReadPosRankSum=-1.852;SOR=0.558;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:71,41:0.37:112
chr9	136561303	rs2502739	A	T	2845.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=67;NR=22;PP=1958;SC=GGCTGTGCCCATGGAGTGACA;SOR=2.160;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=89;TCF=67;TCR=22;TR=89;WE=136561311;WS=136561293;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr9	136561567	rs2427998	G	T	2133.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=11;NR=44;PP=1330;SC=CGGGGGCTGTGTCCAACACAC;SOR=2.271;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=55;TCF=11;TCR=44;TR=55;WE=136561575;WS=136561557;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr9	136570005	rs2510247	T	C	1003.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=18;NR=9;PP=571;SC=ACGGGGCACGTGGAGGGGCAA;SOR=1.483;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=27;TCF=18;TCR=9;TR=27;WE=136570013;WS=136569995;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr9	136573648	rs495464	A	T	1507.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=36;PP=1003;SC=GGTCCCCTGCACCAGAGTCCC;SOR=2.393;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=42;TCF=6;TCR=36;TR=42;WE=136573656;WS=136573638;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr9	136594864	rs2427988	A	G	5530.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=80;NR=69;PP=2587;SC=AGACTGACACAGAACCCGGGG;SOR=0.874;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=149;TCF=80;TCR=69;TR=149;WE=136594872;WS=136594854;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,214:1.00:214
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chr9	136629298	rs2797825	A	G	3645.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=32;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=40;NR=61;PP=1885;SC=GTGCATGTCTATGTTGGGGTG;SOR=1.043;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=102;TCF=40;TCR=62;TR=101;WE=136629306;WS=136629288;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,137:1.00:137
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chr9	136641313	rs2077065	G	C	2154.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.296;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=38;PP=875;ReadPosRankSum=0.080;SC=CTGCCCTGGAGGGGACTGTCT;SOR=0.650;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=98;TCF=41;TCR=57;TR=66;WE=136641321;WS=136641303;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,99:0.69:143
chr9	136642678	rs56327511	C	T	750.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=2.427;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=20;PP=456;ReadPosRankSum=1.075;SC=ATGCCAATCCCGCTCCTGGAG;SOR=0.693;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=50;TCF=12;TCR=38;TR=26;WE=136642686;WS=136642668;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,34:0.50:68
chr9	136643908	rs56233098	G	A	1202.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.355;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=242;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.203;HP=5;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=24;PP=557;ReadPosRankSum=-0.087;SC=ACTCAGGGTCGCCCCTCAGCA;SOR=0.495;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=152;TCF=90;TCR=62;TR=51;WE=136643916;WS=136643898;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:158,74:0.32:232
chr9	136643994	rs602990	T	C	2131.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.384;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=360;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=37;PP=901;ReadPosRankSum=-1.130;SC=TAATTCTGCATGGCCACCATC;SOR=0.701;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=202;TCF=101;TCR=101;TR=74;WE=136644002;WS=136643984;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:231,123:0.35:354
chr9	136645137	rs12555811	G	A	1269.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.736;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=235;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=29;PP=647;ReadPosRankSum=0.515;SC=AACGCACCCCGCCCTCCCTGT;SOR=0.706;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=151;TCF=64;TCR=87;TR=50;WE=136645145;WS=136645127;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:156,74:0.32:230
chr9	136648535	rs2488563	T	C	843.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=50;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=26;NR=1;PP=588;SC=CCGTGGGAGATGGTGCCCGAG;SOR=5.353;SbPval=0.97;Source=Platypus;TC=30;TCF=26;TCR=4;TR=27;WE=136648543;WS=136648525;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr9	136648565	rs680458	G	A	1441.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=50;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=39;NR=11;PP=961;SC=CAGGTGGTAGGGGGCAGAAGT;SOR=3.300;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=52;TCF=39;TCR=13;TR=50;WE=136648573;WS=136648555;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr9	136648606	rs1468128	G	A	2659.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.54;SOR=2.121;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr9	136648611	rs56145872	A	AG	3736.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=30.63;SOR=1.688;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr9	136648746	rs13283160	G	C	3119.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.946;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=247;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.883;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.169;NF=47;NR=52;PP=1469;ReadPosRankSum=1.065;SC=TGAGGTCGAGGCTGGGGTCGG;SOR=0.520;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=156;TCF=70;TCR=86;TR=99;WE=136648754;WS=136648736;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:99,147:0.60:246
chr9	136651125	rs56072078	GGTGCCT	G	1384.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.574;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.732;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=13;PP=761;ReadPosRankSum=0.144;SC=TATGTGCACAGGTGCCTGTGC;SOR=0.262;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=26;TCF=2;TCR=24;TR=15;WE=136651138;WS=136651115;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,35:0.71:49
chr9	136651185	rs2023664	G	A	475.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-1.066;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.656;HP=2;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=13;PP=268;ReadPosRankSum=-0.366;SC=TGCCCATGCTGTACGTGCACA;SOR=0.212;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=22;TCF=3;TCR=19;TR=16;WE=136651193;WS=136651175;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,20:0.77:26
chr9	136652465	rs2258889	A	G	1119.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.465;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=20;PP=558;ReadPosRankSum=3.071;SC=CGCAGTGTGGAGGCGCCAGGA;SOR=0.789;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=46;TCF=20;TCR=26;TR=35;WE=136652473;WS=136652455;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,49:0.74:66
chr9	136654366	rs45607334	C	T	806.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=1.774;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=13;PP=459;ReadPosRankSum=-2.915;SC=GCCCACAACACGCGCCCTGCT;SOR=0.719;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=115;TCF=70;TCR=45;TR=36;WE=136654374;WS=136654356;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:120,49:0.29:169
chr9	136654497	rs2072059	G	A	1520.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-1.510;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=245;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.489;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=30;PP=620;ReadPosRankSum=-1.888;SC=GTCAGCCGGGGCTGGAGCAGC;SOR=0.742;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=143;TCF=61;TCR=82;TR=50;WE=136654505;WS=136654487;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:158,87:0.36:245
chr9	136654553	rs10821524	A	C	606.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=2.598;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.009;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=16;PP=341;ReadPosRankSum=-0.760;SC=TCGTGCACCCAAGGGAACTCC;SOR=1.115;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=78;TCF=25;TCR=53;TR=21;WE=136654561;WS=136654543;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,31:0.30:102
chr9	136662928	rs7865299	A	G	2167.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-1.153;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=411;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.557;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=32;PP=744;ReadPosRankSum=1.617;SC=CGTAGATCAGAAGCCTGGACG;SOR=0.697;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=222;TCF=112;TCR=110;TR=64;WE=136662936;WS=136662918;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:278,130:0.32:408
chr9	136672493	rs2510246	A	G	608.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.61;BaseQRankSum=-0.661;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.714;HP=6;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=10;PP=166;ReadPosRankSum=1.275;SC=GCTGTTGCCCACCCTCTCAAG;SOR=0.618;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=62;TCF=26;TCR=36;TR=18;WE=136672501;WS=136672483;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,38:0.30:126
chr9	136672529	rs2428089	A	G	560.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.595;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FS=2.705;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.29;ReadPosRankSum=0.025;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:70,36:0.34:106
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chr9	136898627	rs433402	A	G	2314.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.673;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.163;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=25;PP=982;ReadPosRankSum=1.175;SC=ACCATGGAACAGAAGTAGTAA;SOR=0.820;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=111;TCF=70;TCR=41;TR=71;WE=136898635;WS=136898617;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,116:0.60:192
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chr9	137007298	rs28648812	G	A	495.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.067;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.36;ReadPosRankSum=-0.890;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,26:0.96:27
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chr9	137271318	rs35196866	C	A	3760.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=37;NR=39;PP=1353;SC=TGGAGGAGGGCCCCCAGGACC;SOR=0.749;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=76;TCF=37;TCR=39;TR=76;WE=137271326;WS=137271308;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,146:1.00:146
chr9	137271408	rs34133915	G	C	1424.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=26;PP=620;SC=TCGGCCTCATGGGGGGCTTGC;SOR=1.342;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=12;TCR=26;TR=38;WE=137271416;WS=137271398;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr9	137271454	rs34189335	A	G	655.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=17;PP=453;SC=GCTCCCTGACAGCCGCAGGGT;SOR=3.258;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=18;TCF=1;TCR=17;TR=18;WE=137271462;WS=137271444;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr9	137293761	rs2234753	G	A	4691.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=28;NR=142;PP=2965;SC=GGGAGGGGGTGGGGCCTGGGG;SOR=2.989;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=179;TCF=30;TCR=149;TR=170;WE=137293769;WS=137293751;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,169:1.00:169
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chr9	137300725	rs1805349	G	A	633.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.361;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.435;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=2;PP=334;ReadPosRankSum=0.294;SC=CGTTGGATGGGGGGTGGGCTC;SOR=1.247;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=26;TCF=21;TCR=5;TR=17;WE=137300733;WS=137300715;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,27:0.66:41
chr9	137320855	rs3118570	G	T	2896.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=68;NR=14;PP=1944;SC=AGGATGGGTCGGTGACATGCT;SOR=2.737;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=83;TCF=68;TCR=15;TR=82;WE=137320863;WS=137320845;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
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chr9	137328286	rs1805343	G	A	6500.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.819;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=254;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=106;NR=50;PP=2965;ReadPosRankSum=0.192;SC=CCCCTTGCCCGGCCCTCACCA;SOR=1.264;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=158;TCF=107;TCR=51;TR=156;WE=137328294;WS=137328276;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,247:0.99:249
chr9	137328466	rs61751480	C	T	2140.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.968;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=312;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.932;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=44;PP=1004;ReadPosRankSum=0.672;SC=CTTAGGCCTGCGGGCCCATCC;SOR=0.583;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=196;TCF=82;TCR=114;TR=81;WE=137328474;WS=137328456;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:192,120:0.38:312
chr9	137592961	rs4341231	T	C	1318.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.373;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.052;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=15;PP=638;ReadPosRankSum=0.275;SC=GCAGCAAAATTGCTTGAGCTG;SOR=0.495;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=57;TCF=39;TCR=18;TR=43;WE=137592969;WS=137592951;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,55:0.73:75
chr9	137600270	rs4841925	T	G	895.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=3;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=25;NR=6;PP=367;SC=ACTCCCGGGGTGGGGGCTCTG;SOR=2.093;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=35;TCF=28;TCR=7;TR=31;WE=137600278;WS=137600255;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
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chr9	137619195	rs3124299	C	T	4688.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=49;NR=48;PP=1629;SC=ACTGTGACACCGCAGTACCTG;SOR=0.726;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=97;TCF=49;TCR=48;TR=97;WE=137619203;WS=137619185;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,181:1.00:181
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chr9	137623303	rs76548907	G	A	990.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=3.911;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.437;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=9;PP=677;ReadPosRankSum=2.496;SC=TGCCTGGTGCGTTTGCGAGGC;SOR=1.130;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=167;TCF=130;TCR=37;TR=50;WE=137623311;WS=137623293;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:138,55:0.28:193
chr9	137623555	rs3109675	T	C	4432.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=37;NR=110;PP=2495;SC=GGGGGGCTGGTGGGGCATCAT;SOR=1.947;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=149;TCF=37;TCR=112;TR=147;WE=137623563;WS=137623545;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,174:1.00:174
chr9	137623601	rs3124310	C	G	2506.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=11;NR=66;PP=1953;SC=CAGGGGTGGGCCTCTACGGGC;SOR=3.373;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=77;TCF=11;TCR=66;TR=77;WE=137623609;WS=137623591;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr9	137645792	.	G	A	3499.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.255;ClippingRankSum=0.000;DP=226;ExcessHet=3.0103;FS=1.153;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.69;ReadPosRankSum=-1.375;SOR=0.594;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:63,160:0.72:223
chr9	137672012	rs3124932	C	T	4848.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=43;NR=64;PP=1984;SC=TCCTTGCAGCCACGGGGCCCC;SOR=0.932;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=109;TCF=43;TCR=66;TR=107;WE=137672020;WS=137672002;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,184:1.00:184
chr9	137709529	rs145359576	CCA	C	135.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.952;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FS=2.440;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.05;ReadPosRankSum=1.523;SOR=0.395;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:114,15:0.12:129
chr9	137715150	rs3128599	AT	TG	10199.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=81;NR=60;PP=2947;SC=GCTGTGGCTGATAGGGCCACC;SOR=0.842;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=150;TCF=85;TCR=65;TR=141;WE=137715159;WS=137715140;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,228:1.00:228
chr9	137717610	rs7868111	T	C	3916.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=57;NR=45;PP=1608;SC=TGACTCTGCCTGCCTCCCTCC;SOR=0.832;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=105;TCF=59;TCR=46;TR=102;WE=137717618;WS=137717600;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,152:1.00:152
chr9	137727025	.	T	C	4112.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=2.207;ClippingRankSum=0.000;DP=295;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.446;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=75;PP=2207;ReadPosRankSum=0.359;SC=AACCCCTACATCCGCGCCCTG;SOR=0.652;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=196;TCF=81;TCR=115;TR=130;WE=137727033;WS=137727015;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:106,186:0.64:292
chr9	137741291	.	A	G	2586.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.103;ClippingRankSum=0.000;DP=306;ExcessHet=3.0103;FS=26.448;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.47;MQRankSum=-11.108;QD=8.57;ReadPosRankSum=-6.684;SOR=1.481;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:225,77:0.25:302
chr9	137741297	rs201757360	A	G	1917.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.554;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=287;ExcessHet=3.0103;FS=25.717;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.53;MQRankSum=-11.705;QD=6.78;ReadPosRankSum=-7.934;SOR=1.585;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:227,56:0.20:283
chr9	137741299	rs371945436	T	G	1563.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.976;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=279;ExcessHet=3.0103;FS=31.824;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.88;MQRankSum=-11.375;QD=5.69;ReadPosRankSum=-6.834;SOR=1.875;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:229,46:0.17:275
chr9	137741315	.	A	G	169.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.390;ClippingRankSum=0.000;DP=267;ExcessHet=3.0103;FS=56.196;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.42;MQRankSum=-11.708;QD=0.65;ReadPosRankSum=-6.206;SOR=4.708;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:242,21:0.08:263
chr9	137741411	rs139588734	G	A	4517.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.61;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=53;NR=79;PP=2608;SC=ACCTCCCAGGGAGCACAGGAT;SOR=1.044;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=133;TCF=54;TCR=79;TR=132;WE=137741433;WS=137741401;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,170:1.00:170
chr9	137741480	rs113454901	G	A	1812.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=41.54;QD=32.37;SOR=1.412;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr9	137741585	.	A	AGGATCACACCTCCCAGGAAGCACG	2895.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.588;ClippingRankSum=0.000;DP=150;ExcessHet=3.0103;FS=1.912;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=51.85;MQRankSum=-1.329;QD=44.55;ReadPosRankSum=0.271;SOR=0.337;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:5,60:0.92:65
chr9	137742018	.	A	ATATCACACCTCCCAGGAAGCACGG	13035.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.655;ClippingRankSum=0.000;DP=597;ExcessHet=3.0103;FS=4.076;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.48;MQRankSum=-13.176;QD=26.93;ReadPosRankSum=1.469;SOR=0.975;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:228,256:0.53:484
chr9	137742124	rs62571442	G	A	13502.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=0.025;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1075;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.546;HP=3;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-14.282;NF=200;NR=221;PP=2962;ReadPosRankSum=0.431;SC=GGATCACACCGCTCAGGAAGA;SOR=0.658;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=736;TCF=356;TCR=380;TR=421;WE=137742132;WS=137742114;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:359,642:0.64:1001
chr9	137742257	.	A	G	9295.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.757;ClippingRankSum=0.000;DP=844;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.86;MQRankSum=3.054;QD=11.19;ReadPosRankSum=4.152;SOR=0.705;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:384,447:0.54:831
chr9	137742496	.	TGGGATCAGACCTCCCAGGGAGCACGGGATCACACCTCCCAGGAAAGCAC	T	8780.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.303;ClippingRankSum=0.000;DP=689;ExcessHet=3.0103;FS=2.445;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.62;MQRankSum=-6.448;QD=19.56;ReadPosRankSum=-0.702;SOR=0.821;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:217,232:0.52:449
chr9	137742538	.	GA	G	2948	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;FR=0.5000;HP=3;HapScore=1;MGOF=17;MMLQ=24;MQ=58.03;NF=20;NR=37;PP=2948;QD=20;SC=CACCTCCCAGGAAAGCACGGG;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=168;TCF=49;TCR=119;TR=57;WE=137742553;WS=137742528;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:111,57:0.34:168
chr9	137742597	rs72502717	A	G	3465.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-2.718;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=592;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.618;HP=3;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=4.828;NF=70;NR=77;PP=2072;ReadPosRankSum=-1.058;SC=CGAGTGTGGGATCACACCTCC;SOR=0.588;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=365;TCF=165;TCR=200;TR=147;WE=137742605;WS=137742587;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:385,199:0.34:584
chr9	137742694	rs72502718	T	C	3484.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.372;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=576;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.611;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.642;NF=73;NR=62;PP=1915;ReadPosRankSum=0.447;SC=AAGCACAGGATCACACCTCCC;SOR=0.794;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=390;TCF=190;TCR=200;TR=135;WE=137742702;WS=137742684;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:366,192:0.34:558
chr9	137772664	rs17514136	A	G	936.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.910;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=253;ExcessHet=3.0103;FS=0.528;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.73;ReadPosRankSum=-0.078;SOR=0.683;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:186,65:0.26:251
chr9	137772792	rs3128627	C	T	2235.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=15;NR=44;PP=1294;SC=GGGCCTCCTCCTGGAAACTTC;SOR=1.639;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=59;TCF=15;TCR=44;TR=59;WE=137772800;WS=137772782;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr9	137775084	rs7024491	A	G	1082.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.200;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.549;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=16;PP=378;ReadPosRankSum=-1.116;SC=CGCCAGCTCCAGGGTGGGCCC;SOR=0.768;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=122;TCF=67;TCR=55;TR=38;WE=137775092;WS=137775074;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:135,67:0.33:202
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chr9	137779306	rs4521835	T	G	741.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.153;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FS=3.413;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.79;ReadPosRankSum=2.520;SOR=0.452;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:84,44:0.34:128
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chr9	137801800	rs1071583	T	C	8787.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.420;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=335;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.214;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=115;NR=99;PP=2965;ReadPosRankSum=1.078;SC=ACCAGGCTCCTTGGAACTTCT;SOR=0.382;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=214;TCF=115;TCR=99;TR=214;WE=137801808;WS=137801790;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,326:1.00:327
chr9	137804360	rs2274845	A	G	9207.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=365;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.95;QD=25.44;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,362:1.00:362
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chr9	137806329	rs11421281	T	TC	11362.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=275;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=17;NR=94;PP=2936;SC=GAAAGGCTGGTCCAGAGTGGG;SOR=1.048;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=121;TCF=17;TCR=104;TR=111;WE=137806352;WS=137806319;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,253:1.00:253
chr9	137806334	rs2989721	A	G	11462.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=257;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.31;SOR=1.028;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,253:1.00:253
chr9	137806344	rs3012788	C	T	10580.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.61;SOR=0.984;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,232:1.00:232
chr9	137806487	rs2989722	G	A	1129.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=12;NR=19;PP=746;SC=CTCTGTTGCCGTGTCTCTCTG;SOR=1.121;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=31;TCF=12;TCR=19;TR=31;WE=137806495;WS=137806485;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr9	137806783	rs3012789	G	A	4519.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=48;NR=62;PP=1897;SC=GGTTCCAGGAGCTCTCAGAAT;SOR=0.956;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=110;TCF=48;TCR=62;TR=110;WE=137806791;WS=137806773;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,177:1.00:177
chr9	137808427	rs2382714	T	A	1211.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=8;NR=27;PP=796;SC=GAGGCGGAGATGTGATGGGGG;SOR=2.007;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=36;TCF=9;TCR=27;TR=35;WE=137808435;WS=137808417;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr9	137809685	rs10858293	C	A	855.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.589;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.997;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=15;PP=441;ReadPosRankSum=0.956;SC=GGACAGCGAGCCCCCGGGCCA;SOR=0.858;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=112;TCF=60;TCR=52;TR=36;WE=137809693;WS=137809675;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:136,53:0.28:189
chr9	137809861	rs10117466	G	T	41.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.662;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.09;ReadPosRankSum=0.320;SOR=0.330;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,4:0.20:20
chr9	137967701	rs730539	T	C	2889.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.132;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=510;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=58;PP=1351;ReadPosRankSum=-0.882;SC=GCCCGGCCCCTCGGGAGCCCC;SOR=0.657;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=314;TCF=128;TCR=186;TR=98;WE=137967709;WS=137967691;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:336,168:0.33:504
chr9	137968919	rs61043559	G	GAA	11712.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=270;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=38;NR=92;PP=2967;SC=CTCTAGGAGAGGTTTTCTTGG;SOR=0.813;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=133;TCF=38;TCR=95;TR=130;WE=137968927;WS=137968909;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,263:1.00:263
chr9	137968996	.	G	GCA	3555.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.968;ClippingRankSum=0.000;DP=234;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.237;HP=1;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-2.753;NF=11;NR=73;PP=2392;ReadPosRankSum=0.634;SC=TCATTCATGTGCACACACACA;SOR=0.592;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=110;TCF=15;TCR=95;TR=84;WE=137969007;WS=137968986;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,120:0.61:196
chr9	137978360	rs11103667	C	T	189.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.870;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=1.606;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.78;ReadPosRankSum=1.217;SOR=0.392;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,12:0.43:28
chr9	137978552	rs4446800	A	G	2837.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=28;NR=37;PP=1258;SC=CCTGCGCTTCAGGTGGGACTG;SOR=0.892;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=65;TCF=28;TCR=37;TR=65;WE=137978560;WS=137978542;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr9	137978638	rs695156	T	G	1108.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=13;NR=25;PP=780;SC=CCTGCCTCTGTGCCTGGGCGC;SOR=1.552;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=13;TCR=25;TR=38;WE=137978646;WS=137978628;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr9	137982127	rs500461	T	C	4226.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=48;NR=44;PP=1842;SC=CAGTGGTCGCTCCACAGCAGA;SOR=0.718;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=92;TCF=48;TCR=44;TR=92;WE=137982135;WS=137982117;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,162:1.00:162
chr9	137982232	rs56337838	T	G	1728.74	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.300;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=62.06;MQRankSum=0.572;QD=27.01;ReadPosRankSum=0.422;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,57:0.89:64
chr9	137982234	rs10672761	G	GTT	1343.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.390;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=62.06;MQRankSum=0.768;QD=20.36;ReadPosRankSum=-0.078;SOR=0.706;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,46:0.70:66
chr9	137988675	rs655559	T	C	4191.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=48;NR=50;PP=1667;SC=AAGAGAGAGATGCCAGCCTCC;SOR=0.705;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=98;TCF=48;TCR=50;TR=98;WE=137988683;WS=137988665;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,161:1.00:161
chr9	138236031	rs914398	A	G	6826.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.257;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=456;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.560;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=98;NR=91;PP=2913;ReadPosRankSum=0.055;SC=CCGGACGCCCAGTCCTGGGCT;SOR=0.746;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=285;TCF=145;TCR=140;TR=189;WE=138236039;WS=138236021;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:142,310:0.69:452
chr9	138236212	rs914397	T	G	5260.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=44;NR=96;PP=2965;SC=ACCGCCCCAATGGGGTTGGTT;SOR=1.454;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=141;TCF=45;TCR=96;TR=140;WE=138236220;WS=138236202;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,192:1.00:192
chr9	138378856	rs2078266	A	G	569.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=1.464;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.519;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=19;PP=437;ReadPosRankSum=-0.695;SC=AGTGGACAGCAACGACAGCAT;SOR=1.981;SbPval=0.92;Source=Platypus;TC=41;TCF=8;TCR=33;TR=21;WE=138378864;WS=138378846;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,22:0.50:44
chr9	138379002	rs1975518	T	G	3534.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=48;NR=34;PP=1377;SC=GGAAGGAGCCTGCCCCACCGC;SOR=0.949;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=82;TCF=48;TCR=34;TR=82;WE=138379010;WS=138378992;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,138:1.00:138
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chr9	138438190	rs200992384	AAGGCTGGCTTCTGACCCCGTGCTCCC	A	284.74	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=0;NR=3;PP=1434;SC=GGTGTCACTGAAGGCTGGCTT;SOR=0.941;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=3;WE=138438223;WS=138438179;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr9	138439005	rs504061	A	C	1836.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.858;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.578;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=-0.190;NF=39;NR=19;PP=1181;ReadPosRankSum=1.874;SC=CCGCTGCCCGAGTGTCTCCTG;SOR=1.363;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=58;TCF=39;TCR=19;TR=58;WE=138439013;WS=138438995;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,65:0.98:66
chr9	138440525	rs2590500	C	G	5419.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.165;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=56.12;MQRankSum=-1.307;QD=42.34;ReadPosRankSum=-0.366;SOR=1.345;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:3,125:0.98:128
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chr9	138440527	rs2590501	T	C	5419.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.628;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=56.15;MQRankSum=-1.299;QD=42.01;ReadPosRankSum=-0.360;SOR=1.305;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:3,126:0.98:129
chr9	138440641	rs2853652	T	C	16699.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=641;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=199;NR=161;PP=2965;SC=GACATTTTCATGCCCCTGCAG;SOR=0.808;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=361;TCF=200;TCR=161;TR=360;WE=138440649;WS=138440631;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,639:1.00:639
chr9	138440726	rs3827838	C	T	16942.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.577;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=387;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=44.12;ReadPosRankSum=0.281;SOR=0.381;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,383:1.00:384
chr9	138440726	.	CCA	TCG	2947	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;FR=1.0000;HP=4;HapScore=1;MGOF=28;MMLQ=23;MQ=59.85;NF=109;NR=148;PP=2947;QD=20;SC=CCCATGACCCCCATGTCCTCC;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=272;TCF=115;TCR=157;TR=257;WE=138440736;WS=138440716;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:15,257:0.94:272
chr9	138440728	rs3827839	A	G	16967.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.553;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=372;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=45.98;ReadPosRankSum=0.373;SOR=0.393;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,368:1.00:369
chr9	138440756	rs3827841	G	A	11440.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.429;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=256;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=51;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=134;PP=2965;ReadPosRankSum=1.823;SC=CGCATTCCCCGTGTGCCCCGA;SOR=0.664;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=197;TCF=60;TCR=137;TR=194;WE=138440764;WS=138440746;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,254:1.00:255
chr9	138441081	rs2590502	C	T	2514.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=46.07;QD=27.63;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr9	138453811	rs697448	A	G	1390.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=21;NR=31;PP=985;SC=GCGGGCAGGCAGGAAGCCCAG;SOR=0.994;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=53;TCF=21;TCR=32;TR=52;WE=138453819;WS=138453801;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr9	138515929	rs12336965	G	T	280.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-1.905;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=3;PP=171;ReadPosRankSum=-1.069;SC=CCAGCTGTATGCTGGTGATAA;SOR=0.857;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=32;TCF=23;TCR=9;TR=12;WE=138515937;WS=138515919;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,14:0.37:38
chr9	138516119	rs17040344	G	A	1630.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.120;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=253;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.011;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=29;PP=795;ReadPosRankSum=0.271;SC=TGTCCAAACGGGATGCAAGCT;SOR=0.615;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=164;TCF=89;TCR=75;TR=60;WE=138516127;WS=138516109;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:158,90:0.36:248
chr9	138516190	rs35762223	T	C	1087.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.825;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FS=1.807;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.06;ReadPosRankSum=-1.910;SOR=0.869;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:147,68:0.32:215
chr9	138516531	rs7466817	G	C	1081.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=9;NR=25;PP=670;SC=GAAACACACAGTGGGGAAGAA;SOR=2.012;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=36;TCF=9;TCR=27;TR=34;WE=138516539;WS=138516521;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr9	138516570	rs58631066	CTTTTTTTTTTTTT	C	325.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=40.72;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr9	138517853	rs1333241	G	C	621.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.458;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=8;PP=325;ReadPosRankSum=0.734;SC=GAGGTTAAAGGCTCGTGAATG;SOR=0.830;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=49;TCF=32;TCR=17;TR=24;WE=138517861;WS=138517843;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,31:0.50:62
chr9	138518010	rs1333240	A	G	2974.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=35;NR=45;PP=1463;SC=CCCATAGGACAGGAGCGAGCC;SOR=0.965;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=80;TCF=35;TCR=45;TR=80;WE=138518018;WS=138518000;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr9	138518114	rs11103106	G	A	150.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.220;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=5;PP=46;ReadPosRankSum=2.259;SC=AGCAGGTGCCGAGCAGTAATG;SOR=0.495;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=27;TCF=5;TCR=22;TR=6;WE=138518122;WS=138518104;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,10:0.28:36
chr9	138523332	rs1333234	C	A	1449.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.438;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=338;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.319;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=32;PP=572;ReadPosRankSum=0.908;SC=TTCCTGGATACAAAGAGAAAA;SOR=0.904;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=195;TCF=91;TCR=104;TR=55;WE=138523340;WS=138523322;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:240,94:0.28:334
chr9	138523411	rs1333233	C	T	517.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.019;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FS=3.732;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.41;ReadPosRankSum=0.100;SOR=1.141;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:116,36:0.24:152
chr9	138555237	rs200437673	A	G	3854.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.240;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=293;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=54;PP=1736;ReadPosRankSum=-2.500;SC=CCACACCGTTATGCAGAGGAA;SOR=0.667;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=172;TCF=84;TCR=88;TR=106;WE=138555245;WS=138555227;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:110,178:0.62:288
chr9	138557256	rs492708	C	T	3460.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=41;NR=48;PP=1494;SC=CTCTGAAGTCCGGCCCAACCC;SOR=0.836;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=90;TCF=41;TCR=49;TR=89;WE=138557264;WS=138557246;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,133:1.00:133
chr9	138586198	rs572335	G	A	7516.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=291;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=96;NR=73;PP=2965;SC=GTGCTTACGCGGGGGGACCAG;SOR=0.918;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=169;TCF=96;TCR=73;TR=169;WE=138586206;WS=138586188;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,283:1.00:283
chr9	138586309	rs484524	A	G	12218.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=470;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=113;NR=139;PP=2965;SC=CAGACCTGGAAGCGACAAGCT;SOR=0.811;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=252;TCF=113;TCR=139;TR=252;WE=138586317;WS=138586299;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,466:1.00:466
chr9	138586966	rs3119932	GC	AA	3970.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;JOINED;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.12;SOR=1.166;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr9	138587203	rs2769033	A	G	551.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=17;PP=459;SC=GTCCACTCACACTGACCGAGC;SOR=4.407;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=18;TCF=1;TCR=17;TR=18;WE=138587211;WS=138587193;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr9	138587220	rs2483364	T	C	447.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=31;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=14;PP=369;SC=GAGCACCTGCTCTGCTGCCTG;SOR=4.047;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=15;TCF=1;TCR=14;TR=15;WE=138587228;WS=138587210;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr9	138588531	.	C	T	1913.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.248;ClippingRankSum=0.000;DP=335;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=23;PP=858;ReadPosRankSum=-1.863;SC=TGCCCAGGGACGTGCAGCTCG;SOR=0.693;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=213;TCF=138;TCR=75;TR=65;WE=138588539;WS=138588521;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:220,109:0.33:329
chr9	138589311	rs7036532	G	A	660.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=18;NR=2;PP=491;SC=CTGCTCCCAGGGTCACCCAGC;SOR=3.258;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=20;TCF=18;TCR=2;TR=20;WE=138589319;WS=138589301;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr9	138590138	rs506498	T	C	4406.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=69;NR=40;PP=2038;SC=ATCACCGTGATGCCGGAGGAC;SOR=1.186;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=109;TCF=69;TCR=40;TR=109;WE=138590146;WS=138590128;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,161:1.00:161
chr9	138590347	rs529976	C	T	5171.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=34;NR=75;PP=2430;SC=GAAACAAATACCTCTGGGCCC;SOR=1.248;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=109;TCF=34;TCR=75;TR=109;WE=138590355;WS=138590337;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,186:1.00:186
chr9	138590680	rs474061	G	C	1232.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=27;NR=11;PP=678;SC=TTCCCCAACAGGGCTTTTCTG;SOR=1.714;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=38;TCF=27;TCR=11;TR=38;WE=138590688;WS=138590670;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr9	138590928	rs471525	C	T	2956.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=29;NR=49;PP=1475;SC=GCCCGAGCCCCGGGCCGAGTC;SOR=1.168;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=78;TCF=29;TCR=49;TR=78;WE=138590936;WS=138590918;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr9	138591230	rs558113	C	T	6182.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=235;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=72;NR=67;PP=2621;SC=ACCCCTTGGCCGCCAGCCCAA;SOR=0.702;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=140;TCF=72;TCR=68;TR=139;WE=138591238;WS=138591220;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,231:1.00:231
chr9	138591266	rs559326	A	G	6034.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=60;NR=74;PP=2585;SC=CCCTGACGGTAGGGATTCTGG;SOR=0.842;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=134;TCF=60;TCR=74;TR=134;WE=138591274;WS=138591256;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,228:1.00:228
chr9	138594266	rs5901089	A	AC	2291.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=28;PP=1208;SC=CTAACCTAAGACCCCCAAGTT;SOR=0.836;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=37;TCF=4;TCR=33;TR=32;WE=138594274;WS=138594256;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr9	138634454	rs60345996	CCCCCAG	C	4280.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.790;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.532;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.250;NF=48;NR=8;PP=2975;ReadPosRankSum=1.558;SC=AGGTCCGGGCCCCCCAGAGCC;SOR=2.903;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=59;TCF=49;TCR=10;TR=56;WE=138634467;WS=138634444;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,101:0.98:103
chr9	138662309	rs10776844	A	G	2270.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.585;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=377;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.399;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=59;PP=1254;ReadPosRankSum=0.450;SC=GCCGGGCTGCATCCACAGGGC;SOR=0.648;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=257;TCF=100;TCR=157;TR=98;WE=138662317;WS=138662299;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:241,129:0.35:370
chr9	138662661	rs10858172	G	A	512.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.525;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.560;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=7;PP=251;ReadPosRankSum=-0.032;SC=GGGACAGGGCGGGTGAGCGGC;SOR=0.340;SbPval=0.23;Source=Platypus;TC=60;TCF=46;TCR=14;TR=21;WE=138662669;WS=138662651;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,28:0.36:78
chr9	138676328	.	GCTCCCTCCCTCCCTCCCTCC	G	900	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;FR=0.5000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MMLQ=21;MQ=56.75;NF=0;NR=2;PP=900;QD=452.5;SC=CCTCACTGTGGCTCCCTCCCT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=2;WE=138676355;WS=138676318;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:4,2:0.33:6
chr9	138707727	rs913342	C	G	1485.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.836;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.510;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=16;PP=675;ReadPosRankSum=2.263;SC=GGAGGGCGAACGCCGTCACCT;SOR=0.561;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=74;TCF=45;TCR=29;TR=40;WE=138707735;WS=138707717;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,68:0.59:115
chr9	138754582	rs2039330	A	C	929.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=2.540;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=10.039;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=22;PP=623;ReadPosRankSum=0.670;SC=CAATTGCAATAATCTAGAAAG;SOR=1.740;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=31;TCF=9;TCR=22;TR=29;WE=138754590;WS=138754572;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,35:0.95:37
chr9	138816898	rs4842048	T	C	6251.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.63;SOR=1.082;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,137:1.00:137
chr9	138816906	rs4842049	T	C	6557.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.31;SOR=0.998;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,155:1.00:155
chr9	138817142	rs11103226	C	T	265.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.262;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.605;HP=2;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=9;PP=190;ReadPosRankSum=-0.941;SC=TCCCAGGTGCCCACTTGTTTC;SOR=1.038;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=32;TCF=6;TCR=26;TR=11;WE=138817150;WS=138817132;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,12:0.33:36
chr9	138817178	rs10776854	C	A	596.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=1.873;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=16;PP=439;ReadPosRankSum=0.000;SC=GTGAACCTCGCACACACAGCT;SOR=1.358;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=20;TCF=2;TCR=18;TR=18;WE=138817186;WS=138817168;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,20:0.95:21
chr9	138825238	rs151159711	A	G	1994.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-2.699;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=323;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.375;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=36;PP=868;ReadPosRankSum=2.080;SC=CGAGTGGAACAACGCCACCTA;SOR=0.614;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=199;TCF=111;TCR=88;TR=75;WE=138825246;WS=138825228;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:203,117:0.37:320
chr9	138830081	rs35005080	C	T	1945.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.885;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=417;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.228;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=36;PP=1067;ReadPosRankSum=1.025;SC=GCAATGTTTTCGGGTTGGTCA;SOR=0.780;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=244;TCF=125;TCR=119;TR=81;WE=138830089;WS=138830071;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:288,119:0.29:407
chr9	138837705	rs140179403	G	A	913.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=1.984;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=11;PP=461;ReadPosRankSum=0.002;SC=AGGTGTCTCCGGCAAGGGAAG;SOR=0.652;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=123;TCF=85;TCR=38;TR=36;WE=138837713;WS=138837695;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:110,51:0.32:161
chr9	138837958	rs2297691	C	T	4322.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.272;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.750;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=90;PP=2711;ReadPosRankSum=0.299;SC=CCCTCAGGCACATCAACAGGA;SOR=1.752;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=124;TCF=33;TCR=91;TR=122;WE=138837966;WS=138837948;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,154:0.99:156
chr9	138838140	rs7028495	T	C	2660.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=39;NR=24;PP=1207;SC=ACAATTCCACTGCATCTGGGT;SOR=1.059;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=64;TCF=39;TCR=25;TR=63;WE=138838148;WS=138838130;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr9	138839888	rs2297689	C	T	861.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.593;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.756;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=28;PP=684;ReadPosRankSum=1.389;SC=CCTTGATGAGCTGGGGGAGCC;SOR=2.712;SbPval=0.95;Source=Platypus;TC=44;TCF=7;TCR=37;TR=30;WE=138839896;WS=138839878;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,32:0.71:45
chr9	138852789	rs35679979	G	A	40.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.603;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=2.632;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.94;ReadPosRankSum=0.375;SOR=1.432;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,4:0.19:21
chr9	138898893	rs4842070	C	G	2076.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=39;NR=20;PP=1272;SC=CCATCCAAATCTTCAAGTCAA;SOR=1.457;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=59;TCF=39;TCR=20;TR=59;WE=138898901;WS=138898883;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr9	138899253	rs56162840	G	GCA	8622.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=256;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=42;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=120;PP=2969;SC=ACACGCACGTGCACACAGACG;SOR=1.959;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=144;TCF=12;TCR=132;TR=132;WE=138899261;WS=138899243;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,213:1.00:213
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chr9	138899301	rs56188305	GCA	G	1184.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.845;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.58;ReadPosRankSum=-1.332;SOR=0.762;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:74,38:0.34:112
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chr9	138905884	rs11103273	T	C	1191.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.717;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=27.09;ReadPosRankSum=-1.104;SOR=0.330;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,43:0.98:44
chr9	138905907	rs72656977	T	G	342.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.319;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=42.85;ReadPosRankSum=1.534;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,7:0.88:8
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chr9	138927183	rs149084098	T	C	1309.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=47.54;QD=25.19;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr9	139096622	rs369430724	T	C	1519.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.678;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=11;PP=894;ReadPosRankSum=0.234;SC=CCCGCCACCCTGGGATCTGGA;SOR=0.597;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=75;TCF=60;TCR=15;TR=50;WE=139096630;WS=139096612;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,63:0.67:94
chr9	139137626	rs79849109	C	T	3859.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=37;NR=53;PP=1620;SC=GGCTGCGCGCCACCGCCGCCC;SOR=0.934;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=90;TCF=37;TCR=53;TR=90;WE=139137634;WS=139137616;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,155:1.00:155
chr9	139142710	rs62579871	G	A	3566.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=34;NR=57;PP=2094;SC=GCTCCCGGGCGAGGGGTGTCT;SOR=1.143;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=91;TCF=34;TCR=57;TR=91;WE=139142718;WS=139142700;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr9	139142808	rs66470520	T	C	4398.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=54;NR=48;PP=2117;SC=GTAGAGGGCCTTGGCAGCTCC;SOR=0.782;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=102;TCF=54;TCR=48;TR=102;WE=139142816;WS=139142798;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,163:1.00:163
chr9	139222174	rs28495820	T	C	924.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=18;PP=426;SC=GCCCCGCCCGTGGCCGACGAG;SOR=0.859;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=30;TCF=12;TCR=18;TR=30;WE=139222182;WS=139222164;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr9	139230292	rs28447209	T	G	1000.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=23;NR=7;PP=738;SC=ATCACCTCAGTGGTTGCAGGC;SOR=2.165;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=23;TCR=7;TR=30;WE=139230300;WS=139230282;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr9	139232913	rs117586655	G	A	460.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.384;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.44;ReadPosRankSum=1.379;SOR=0.631;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:150,39:0.21:189
chr9	139243334	rs28429551	T	A	3823.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=37;NR=62;PP=1915;SC=TGGGAGATAATTGTGCCCTCC;SOR=1.101;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=100;TCF=37;TCR=63;TR=99;WE=139243342;WS=139243324;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,143:1.00:143
chr9	139249991	.	T	C	480	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MMLQ=23;MQ=57.17;NF=22;NR=3;PP=480;QD=20.5908485019;SC=GGTGACACGTTCTGGGGGAGG;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=34;TCF=30;TCR=4;TR=25;WE=139249999;WS=139249987;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:9,25:0.74:34
chr9	139252495	rs3812547	G	A	7950.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=-1.304;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=531;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.579;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=90;NR=90;PP=2535;ReadPosRankSum=1.306;SC=AGCGCTGCCCGCCACCTGACG;SOR=0.648;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=255;TCF=125;TCR=130;TR=180;WE=139252503;WS=139252485;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:152,377:0.71:529
chr9	139257411	rs10870202	T	C	1513.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.439;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=259;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=24;PP=666;ReadPosRankSum=-0.578;SC=TGGGTGGCCTTCTGGCCCAGC;SOR=0.708;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=162;TCF=94;TCR=68;TR=58;WE=139257419;WS=139257401;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:170,87:0.34:257
chr9	139258186	rs201269237	C	CGCCCTGCCCCG	1037.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.63;BaseQRankSum=0.415;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.502;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.942;NF=1;NR=14;PP=2967;ReadPosRankSum=-0.599;SC=CGGCTCCGTCCGCCCTGCCCC;SOR=1.302;SbPval=0.95;Source=Platypus;TC=21;TCF=4;TCR=17;TR=15;WE=139258194;WS=139258176;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,27:0.73:37
chr9	139258462	rs1135314	A	G	868.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=3.868;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.856;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=15;PP=543;ReadPosRankSum=1.741;SC=CACTAATACAATGCATGCATG;SOR=0.965;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=138;TCF=78;TCR=60;TR=38;WE=139258470;WS=139258452;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:150,52:0.26:202
chr9	139261435	rs144972289	CAG	C	412.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-1.956;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.362;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=5;PP=251;ReadPosRankSum=0.128;SC=CTCAGAGACTCAGGTGCCCAG;SOR=0.283;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=22;TCF=4;TCR=18;TR=7;WE=139261444;WS=139261425;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,12:0.40:30
chr9	139265230	.	C	T	2176.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.892;ClippingRankSum=0.000;DP=319;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.877;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=56;PP=1339;ReadPosRankSum=2.590;SC=CCGACCGCCCCGGCCTGCAGA;SOR=0.922;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=257;TCF=119;TCR=138;TR=97;WE=139265238;WS=139265220;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:197,114:0.37:311
chr9	139273402	rs3812567	C	T	5436.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=90;NR=61;PP=2965;SC=GTTTGGCTGCCGCGGGGGCCC;SOR=1.003;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=151;TCF=90;TCR=61;TR=151;WE=139273410;WS=139273392;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,197:1.00:197
chr9	139276407	rs34569521	C	T	1647.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.799;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.059;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.680;NF=12;NR=47;PP=1108;ReadPosRankSum=-0.796;SC=TCTCCAGCGCCGCTGCCCACT;SOR=1.204;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=100;TCF=23;TCR=77;TR=59;WE=139276415;WS=139276397;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,69:0.58:119
chr9	139276430	rs34850728	G	A	3249.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=31;NR=60;PP=2019;SC=GGGTGGCTCTGTGCCGTAGCC;SOR=1.469;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=93;TCF=31;TCR=62;TR=91;WE=139276438;WS=139276420;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
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chr9	139302094	rs4880155	C	G	1067.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=22;NR=25;PP=1037;SC=TTCTGCCTCGCAACAAGAAGA;SOR=0.746;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=48;TCF=22;TCR=26;TR=47;WE=139302102;WS=139302084;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
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chr9	139397557	rs34383263	C	G	13589.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.164;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=514;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=145;NR=177;PP=2965;ReadPosRankSum=1.759;SC=CTGGCACAAACAGCCAGCGTG;SOR=0.824;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=325;TCF=147;TCR=178;TR=322;WE=139397565;WS=139397547;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,503:0.99:507
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chr9	139402663	rs3124597	T	C	2806.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=35;NR=40;PP=1447;SC=GGACCCGAGCTGGGTGGGCAC;SOR=0.712;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=75;TCF=35;TCR=40;TR=75;WE=139402671;WS=139402653;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
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chr9	139403268	rs3125000	T	C	791.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=20;NR=2;PP=604;SC=CTCCCGCAGGTAGGCACCCAC;SOR=3.098;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=22;TCF=20;TCR=2;TR=22;WE=139403288;WS=139403258;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
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chr9	139404988	rs11574896	C	T	218.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.103;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=2;PP=162;ReadPosRankSum=0.413;SC=CAACCCTCCCCGGCCACACTC;SOR=1.022;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=24;TCF=20;TCR=4;TR=11;WE=139404996;WS=139404978;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,11:0.37:30
chr9	139405093	rs36119806	G	A	732.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=3.053;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=12;PP=461;ReadPosRankSum=-1.837;SC=CCAGAGCCGCGGGGCTACTCA;SOR=0.655;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=88;TCF=58;TCR=30;TR=31;WE=139405101;WS=139405083;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,39:0.32:121
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chr9	139410424	rs3125006	A	G	1813.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-2.714;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.407;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=22;PP=690;ReadPosRankSum=-0.036;SC=GGTGGGCGCCAGCCCGCACCT;SOR=0.477;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=85;TCF=55;TCR=30;TR=56;WE=139410432;WS=139410414;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,89:0.67:133
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chr9	139413908	rs2229975	C	T	1918.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.690;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=346;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.939;HP=5;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=28;PP=868;ReadPosRankSum=-0.358;SC=TCCACTCTGGCGGGCAGCGGC;SOR=0.827;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=223;TCF=134;TCR=89;TR=74;WE=139413916;WS=139413898;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:224,111:0.33:335
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chr9	139572068	rs2236514	C	G	3352.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.303;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FS=2.391;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=26.19;ReadPosRankSum=0.349;SOR=0.821;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:3,125:0.98:128
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chr9	139617626	rs7038042	G	A	2403.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-2.203;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=335;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.855;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=39;PP=1135;ReadPosRankSum=-0.814;SC=ACCTCACCGAGGGCGTGCCGC;SOR=0.662;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=204;TCF=106;TCR=98;TR=79;WE=139617634;WS=139617616;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:203,127:0.38:330
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chr9	139618283	rs6873	A	G	141.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.480;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=3;PP=25;ReadPosRankSum=0.351;SC=CCAGGGTCCAACCCTCCCTCA;SOR=0.693;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=12;TCF=4;TCR=8;TR=4;WE=139618291;WS=139618273;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,8:0.50:16
chr9	139620695	rs2275161	C	T	238.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=3.272;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.694;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=9;PP=124;ReadPosRankSum=-1.133;SC=GGACAGCATCCGCAGGGCAGC;SOR=1.829;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=38;TCF=13;TCR=25;TR=12;WE=139620703;WS=139620685;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,15:0.25:59
chr9	139621120	rs10781513	A	G	309.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=2.857;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.370;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=1;PP=169;ReadPosRankSum=1.346;SC=CCAGCGCGAGAGTTAGAAAGC;SOR=0.175;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=44;TCF=41;TCR=3;TR=12;WE=139621128;WS=139621110;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,15:0.31:48
chr9	139621168	rs2275160	G	A	1796.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=1.755;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.776;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=18;PP=1108;ReadPosRankSum=1.180;SC=AGATACCAGCGAAGGAAAACA;SOR=1.038;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=90;TCF=64;TCR=26;TR=64;WE=139621176;WS=139621158;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,77:0.68:114
chr9	139634495	rs9886752	G	A	1611.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.963;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=303;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.137;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=39;PP=691;ReadPosRankSum=-0.481;SC=GAAACATTCTGCCTATCTGAG;SOR=0.836;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=184;TCF=65;TCR=119;TR=56;WE=139634503;WS=139634485;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:202,94:0.32:296
chr9	139635199	rs145287279	C	CTCCTGGG	243.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.773;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=5.944;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.94;ReadPosRankSum=0.173;SOR=2.093;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,9:0.22:41
chr9	139635430	rs7848807	C	T	767.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.998;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FS=2.038;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.96;ReadPosRankSum=1.248;SOR=0.889;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:142,52:0.27:194
chr9	139635877	rs12345308	C	T	1315.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=1.318;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.993;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=43;PP=871;ReadPosRankSum=-1.353;SC=TGCCAGCCACCGAGCCCCACC;SOR=0.548;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=165;TCF=46;TCR=119;TR=59;WE=139635885;WS=139635867;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:125,70:0.36:195
chr9	139639004	rs7848644	A	G	1448.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-1.245;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=259;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.618;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=17;PP=563;ReadPosRankSum=-0.540;SC=GCCAGAATCAACCCCAGGGTC;SOR=0.814;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=162;TCF=97;TCR=65;TR=49;WE=139639012;WS=139638994;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:170,85:0.33:255
chr9	139639532	rs145717467	CGGCCCACGCACCACACAGCTCCCAACGTGGGCCCCGAGT	C	3559.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-1.730;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=7.348;NF=22;NR=19;PP=2974;ReadPosRankSum=0.625;SC=GGCCCCCAAGCGGCCCACGCA;SOR=0.737;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=85;TCF=49;TCR=36;TR=41;WE=139639578;WS=139639522;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,93:0.62:151
chr9	139639621	rs148227688	C	A	5976.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.278;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=412;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=31;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=4.934;NF=92;NR=88;PP=2962;ReadPosRankSum=0.473;SC=AGCACACTTACTGTACAGCTC;SOR=0.676;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=274;TCF=145;TCR=129;TR=180;WE=139639629;WS=139639611;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:133,272:0.67:405
chr9	139642961	rs2811728	G	A	4849.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.066;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=302;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.466;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=67;PP=2131;ReadPosRankSum=-1.204;SC=CTGCGCCGCAGGCCCAGGATG;SOR=0.736;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=184;TCF=86;TCR=98;TR=126;WE=139642969;WS=139642951;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,214:0.72:299
chr9	139648915	rs143742468	C	T	1601.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.615;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FS=3.414;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.24;ReadPosRankSum=0.837;SOR=1.166;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:45,76:0.63:121
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chr9	139650060	rs2784068	C	A	4311.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-3.652;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=332;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.410;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=79;NR=58;PP=2253;ReadPosRankSum=0.243;SC=ATCCTGCCCCCACCCAGTCCC;SOR=0.740;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=223;TCF=127;TCR=96;TR=137;WE=139650068;WS=139650050;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:131,197:0.60:328
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chr9	139656706	rs2297723	A	C	2305.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=0.700;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.988;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=30;PP=1070;ReadPosRankSum=-1.214;SC=TCCTGGAAGGACTTCAGAGCC;SOR=0.896;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=111;TCF=55;TCR=56;TR=67;WE=139656714;WS=139656696;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,108:0.63:172
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chr9	139685722	rs2784043	T	C	882.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.483;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FS=2.047;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.93;ReadPosRankSum=0.473;SOR=0.536;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:124,55:0.31:179
chr9	139686289	rs2811788	A	G	1107.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=2.792;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.252;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=21;PP=597;ReadPosRankSum=0.979;SC=CCCTGCCCTGACTCCCCAGCA;SOR=0.573;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=137;TCF=69;TCR=68;TR=39;WE=139686297;WS=139686279;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:127,58:0.31:185
chr9	139686357	rs2784042	T	C	1034.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.677;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.198;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=17;PP=462;ReadPosRankSum=1.177;SC=GGGCCCTGGCTATCCCCGGGT;SOR=0.570;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=121;TCF=60;TCR=61;TR=34;WE=139686365;WS=139686347;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:135,62:0.31:197
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chr9	139690738	rs2784034	C	G	638.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.728;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.582;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=9;PP=366;ReadPosRankSum=-0.972;SC=AATCCTGGCTCTCATCATAAT;SOR=1.214;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=37;TCF=22;TCR=15;TR=25;WE=139690746;WS=139690728;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,31:0.53:59
chr9	139690840	rs1055995	G	A	952.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-1.923;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=15;PP=388;ReadPosRankSum=1.515;SC=TGGGGGGCCTGAGAGCAGCCA;SOR=0.681;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=38;TCF=17;TCR=21;TR=28;WE=139690848;WS=139690830;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,46:0.71:65
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chr9	139693596	rs945386	T	C	1120.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.553;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.851;NF=16;NR=16;PP=316;ReadPosRankSum=1.276;SC=AAAGAGAATATGGACCAGAAC;SOR=0.693;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=100;TCF=50;TCR=50;TR=32;WE=139693604;WS=139693586;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:108,64:0.37:172
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chr9	139694569	rs7859194	A	C	1064.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.601;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.708;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=19;PP=483;ReadPosRankSum=-1.747;SC=CTGGAGCTGGACAGCCTGCGG;SOR=0.594;SbPval=0.24;Source=Platypus;TC=87;TCF=26;TCR=61;TR=31;WE=139694577;WS=139694559;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,49:0.42:116
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chr9	139694822	rs57277737	C	T	1213.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.034;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=235;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.523;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=20;PP=645;ReadPosRankSum=1.142;SC=CCTCTCACTGCGCCCTCGGTC;SOR=0.761;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=171;TCF=103;TCR=68;TR=52;WE=139694830;WS=139694812;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:161,73:0.31:234
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chr9	139701983	rs3739944	C	G	2426.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=37;NR=21;PP=1181;SC=CTGCGCCTAGCTGGGCTAGCC;SOR=1.141;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=58;TCF=37;TCR=21;TR=58;WE=139701991;WS=139701973;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr9	139702908	rs7864908	C	T	661.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=4;NR=14;PP=375;SC=GCCCGCCGGGCGCTCCGGGAG;SOR=1.893;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=19;TCF=4;TCR=15;TR=18;WE=139702916;WS=139702898;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr9	139726239	rs2811748	A	G	4322.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=47;NR=46;PP=1894;SC=GCGTGCTGGGAAACTACCGGG;SOR=0.705;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=93;TCF=47;TCR=46;TR=93;WE=139726247;WS=139726229;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,163:1.00:163
chr9	139730129	rs2811744	T	C	1038.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=16;NR=9;PP=496;SC=ATTCAGGGGCTGTGGGGCTGG;SOR=1.096;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=16;TCR=9;TR=25;WE=139730137;WS=139730119;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr9	139731969	rs2811742	C	T	1498.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=29;PP=1060;SC=CCCTCAATGCCGCCCCACCAT;SOR=1.981;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=41;TCF=12;TCR=29;TR=41;WE=139731977;WS=139731959;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr9	139732331	rs2811741	G	C	413.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=3;PP=220;SC=CCCGGCCGCAGAGGGCCCAGC;SOR=1.609;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=12;TCF=9;TCR=3;TR=12;WE=139732339;WS=139732321;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr9	139732462	rs2811740	C	T	473.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.865;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=10;PP=297;ReadPosRankSum=0.569;SC=AGCAGGACAGCGACAGGTGAG;SOR=0.754;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=50;TCF=28;TCR=22;TR=23;WE=139732470;WS=139732452;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,27:0.34:79
chr9	139739643	rs10870132	T	C	1126.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=26;NR=5;PP=713;SC=GGCCCCTGCCTGGGCCCCGGG;SOR=2.554;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=26;TCR=5;TR=31;WE=139739651;WS=139739633;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr9	139744807	rs872463	A	G	2859.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=63;NR=21;PP=2125;SC=ACACCCCCAGACATGGCCGGC;SOR=2.085;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=84;TCF=63;TCR=21;TR=84;WE=139744815;WS=139744797;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr9	139746992	rs10123375	G	A	4174.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=32;NR=63;PP=2076;SC=GGCAGTGACGGACACCAGGGC;SOR=1.216;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=95;TCF=32;TCR=63;TR=95;WE=139747000;WS=139746982;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,153:1.00:153
chr9	139749067	rs7869864	C	T	5580.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=88;NR=45;PP=2863;SC=GGAACCACCGCGCTGGTGGTC;SOR=1.236;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=133;TCF=88;TCR=45;TR=133;WE=139749075;WS=139749057;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,203:1.00:203
chr9	139752899	rs2275156	T	G	13494.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.778;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=527;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=147;NR=183;PP=2965;ReadPosRankSum=1.668;SC=CCACCTGGCCTGGCCCGGCCT;SOR=0.879;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=330;TCF=147;TCR=183;TR=330;WE=139752907;WS=139752889;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,514:1.00:516
chr9	139760830	rs76229681	CG	C	3180.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQ=60.18;NF=3;NR=80;PP=2618;SC=TGGCTGCACGCGGGGGGCGGG;SOR=3.724;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=93;TCF=3;TCR=90;TR=83;WE=139760838;WS=139760820;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr9	139793030	rs117439227	C	T	619.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-0.287;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.178;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=2;PP=419;ReadPosRankSum=0.592;SC=TGCGATTCTGCTTCTCTGAGT;SOR=2.419;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=34;TCF=29;TCR=5;TR=22;WE=139793038;WS=139793020;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,25:0.68:37
chr9	139804274	rs4567138	G	A	1998.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=49;NR=11;PP=1344;SC=GTGCTCCTGCGGCCCCTCGGC;SOR=2.551;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=60;TCF=49;TCR=11;TR=60;WE=139804282;WS=139804264;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr9	139804346	rs4448378	C	T	7544.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=285;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=112;NR=67;PP=2965;SC=CGTCCACCCTCACACTCCTGA;SOR=1.072;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=180;TCF=112;TCR=68;TR=179;WE=139804354;WS=139804336;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,282:1.00:282
chr9	139815053	rs10781522	G	A	824.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=20;PP=588;SC=AGCAGGTCCTGGAGCTTTAGA;SOR=2.753;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=5;TCR=20;TR=25;WE=139815061;WS=139815043;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr9	139818169	rs17250631	CTT	C	1079.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=19;NR=3;PP=890;SC=GGAAAAAAAACTTTTCTTTGC;SOR=3.014;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=23;TCF=20;TCR=3;TR=22;WE=139818178;WS=139818159;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr9	139820421	rs7852970	G	A	5785.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=60;NR=99;PP=2965;SC=GGGCCACCACGCTGGGCCAGG;SOR=1.064;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=160;TCF=60;TCR=100;TR=159;WE=139820429;WS=139820411;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,212:1.00:212
chr9	139836362	rs7040705	G	A	559.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=14;NR=4;PP=458;SC=CCCAGGTCTGGGCTTGTGACC;SOR=2.303;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=14;TCR=4;TR=18;WE=139836370;WS=139836352;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr9	139837700	.	ACC	A,AC	445.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;QD=24.76;SOR=0.914;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:0,8,10:0.44,0.56:18
chr9	139837990	rs2271872	G	C	1231.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=23;PP=602;SC=TCCTGGGCCCGGGCCTTCCTC;SOR=1.514;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=33;TCF=9;TCR=24;TR=32;WE=139837998;WS=139837980;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr9	139839904	rs2071006	T	G	9335.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=369;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.30;SOR=0.940;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,369:1.00:369
chr9	139840471	rs7862602	G	T	5649.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=2.066;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=103;NR=72;PP=2965;ReadPosRankSum=1.216;SC=GGGCTGCAGGGCATGTGGGTG;SOR=0.347;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=175;TCF=103;TCR=72;TR=175;WE=139840479;WS=139840461;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,213:1.00:214
chr9	139840543	rs7850844	A	G	9783.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=370;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=125;NR=105;PP=2965;SC=CCAGCCCGAGACGCCCGAGGG;SOR=0.802;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=232;TCF=126;TCR=106;TR=230;WE=139840551;WS=139840533;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,365:1.00:365
chr9	139840859	rs908830	T	C	14285.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=513;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=184;NR=154;PP=2965;SC=AGACCCCGTTTCCAGAGCCCT;SOR=0.857;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=338;TCF=184;TCR=154;TR=338;WE=139840867;WS=139840849;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,511:1.00:511
chr9	139847570	rs884218	T	C	2695.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=23;NR=65;PP=1799;SC=CCATGGGCCCTGTCCCAGCAC;SOR=1.935;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=88;TCF=23;TCR=65;TR=88;WE=139847578;WS=139847560;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr9	139848273	rs2271869	A	G	10016.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.674;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=235;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=42.99;ReadPosRankSum=-0.170;SOR=0.830;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,231:0.99:233
chr9	139848278	rs2271868	T	C	9863.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.685;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=44.43;ReadPosRankSum=-0.035;SOR=0.869;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,220:0.99:222
chr9	139848688	rs4880175	C	T	8196.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=310;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=99;NR=95;PP=2965;SC=ATGACAACATCGTCTTCCCAG;SOR=0.733;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=195;TCF=99;TCR=96;TR=194;WE=139848696;WS=139848678;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,306:1.00:306
chr9	139872048	rs4880179	A	G	3651.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=50;NR=26;PP=1551;SC=CTCATCACACACTGTGGATGG;SOR=1.108;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=77;TCF=50;TCR=27;TR=76;WE=139872056;WS=139872038;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,141:1.00:141
chr9	139875318	rs146717258	C	CCATT,CCATTCATT	2507.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.322;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2,2;NR=32,32;PP=511,1180;ReadPosRankSum=0.909;SC=GTGAGCCACTCCATTCATTCA;SOR=1.251;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=74;TCF=4;TCR=70;TR=34,34;WE=139875326;WS=139875308;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.34,0.62:65
chr9	139877698	rs968516	A	C	14163.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=546;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=150;NR=145;PP=2965;SC=TCCCCCAACAATCCCCAGGGC;SOR=0.708;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=296;TCF=151;TCR=145;TR=295;WE=139877706;WS=139877688;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,540:1.00:540
chr9	139878828	rs4880082	T	C	1879.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=33;NR=21;PP=1095;SC=CCATGTCCTCTAAGGATTGTG;SOR=1.085;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=54;TCF=33;TCR=21;TR=54;WE=139878836;WS=139878818;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr9	139879067	rs2049042	T	C	2894.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=61;NR=27;PP=1779;SC=GGAGGCTGCATGGACTGCTGG;SOR=1.728;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=88;TCF=61;TCR=27;TR=88;WE=139879075;WS=139879057;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr9	139879113	rs2049041	G	A	4888.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=88;NR=57;PP=2599;SC=GGGGTGCCACGCTCGGGGGGG;SOR=1.179;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=146;TCF=88;TCR=58;TR=145;WE=139879121;WS=139879103;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,183:1.00:183
chr9	139887042	rs10870159	G	C	2141.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=29;NR=23;PP=846;SC=GGGAGGTAGGGGTGCAGGGAG;SOR=0.846;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=52;TCF=29;TCR=23;TR=52;WE=139887050;WS=139887032;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr9	139887298	rs3833710	C	CT	674.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.806;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FS=0.850;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.37;ReadPosRankSum=-0.344;SOR=0.844;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:78,28:0.26:106
chr9	139902214	rs10870161	A	G	687.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=16;NR=8;PP=461;SC=CGCAGTGACCACAGGGCATGG;SOR=1.445;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=24;TCF=16;TCR=8;TR=24;WE=139902222;WS=139902204;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr9	139902712	rs4880185	A	G	8731.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=329;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=114;NR=79;PP=2965;SC=CTCCAGGCCTATCTGCAAGTG;SOR=0.879;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=195;TCF=115;TCR=80;TR=193;WE=139902720;WS=139902702;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,326:1.00:326
chr9	139902786	rs4880186	G	C	10714.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=404;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=142;NR=116;PP=2965;SC=GTTCTCCCCCGACCCCACCCG;SOR=0.819;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=258;TCF=142;TCR=116;TR=258;WE=139902805;WS=139902776;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,402:1.00:402
chr9	139902797	rs4880187	C	G	10923.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=414;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=138;NR=122;PP=2965;SC=ACCCCACCCGCGGCTGGAGCC;SOR=0.768;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=262;TCF=140;TCR=122;TR=260;WE=139902805;WS=139902776;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,411:1.00:411
chr9	139903352	rs59031144	G	GC	5937.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.248;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.683;HP=8;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=106;PP=2134;ReadPosRankSum=-0.860;SC=GCCTGGCAGCGCCCCCCCACC;SOR=2.451;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=164;TCF=43;TCR=121;TR=115;WE=139903373;WS=139903342;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,198:0.99:201
chr9	139904037	rs7048567	A	G	12752.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-0.405;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=499;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=145;NR=128;PP=2965;ReadPosRankSum=1.442;SC=TGATGAGGTCAAGGATGAGGT;SOR=0.440;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=278;TCF=149;TCR=129;TR=273;WE=139904045;WS=139904027;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,491:0.99:494
chr9	139905141	rs112887513	G	A	2254.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=-0.026;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=413;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.565;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=41;PP=1096;ReadPosRankSum=1.002;SC=GCCGCTCACTGGCCACGTCCA;SOR=0.786;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=209;TCF=80;TCR=129;TR=65;WE=139905149;WS=139905131;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:274,131:0.32:405
chr9	139906359	rs2271862	G	A	9556.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-1.492;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=369;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=109;NR=107;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.598;SC=CAAACTGCAGGTGCTTGGCCT;SOR=0.223;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=217;TCF=109;TCR=108;TR=216;WE=139906367;WS=139906349;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,364:1.00:365
chr9	139906513	rs2271863	T	C	6015.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=236;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=53;NR=77;PP=2376;SC=GGGGCTGCAGTGCCCACCTGC;SOR=0.958;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=130;TCF=53;TCR=77;TR=130;WE=139906521;WS=139906503;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,227:1.00:227
chr9	139906686	rs45540434	G	A	537.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-1.880;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=13.089;HP=8;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=29;PP=732;ReadPosRankSum=0.707;SC=GCTCCTCCCCGCCCCGCCCCG;SOR=3.352;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=50;TCF=5;TCR=45;TR=29;WE=139906694;WS=139906676;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,42:0.65:65
chr9	139907842	rs4880188	T	C	1693.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=38;PP=1127;SC=CTCGCCCGCCTGGCCCACCAA;SOR=2.730;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=46;TCF=8;TCR=38;TR=46;WE=139907850;WS=139907832;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr9	139908139	rs10870162	A	G	682.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=13;NR=7;PP=596;SC=AGGAGACAGGACTCCCGGATG;SOR=1.609;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=13;TCR=7;TR=20;WE=139908147;WS=139908129;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr9	139908265	rs10781531	T	C	4355.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=83;NR=40;PP=2337;SC=CCAGCACCCCTGTCCAGCCGG;SOR=1.383;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=123;TCF=83;TCR=40;TR=123;WE=139908273;WS=139908255;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,159:1.00:159
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chr9	139912178	rs879854	G	A	7389.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.012;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=270;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=99;NR=98;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.974;SC=GGCAGGCCCCGGGGAGGACGC;SOR=0.716;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=199;TCF=100;TCR=99;TR=197;WE=139912186;WS=139912168;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,267:0.99:269
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chr9	139926402	rs7469569	T	C	14053.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=527;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=192;NR=159;PP=2965;SC=TGTCCCCAGCTTGGGCCTCCC;SOR=0.697;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=353;TCF=194;TCR=159;TR=351;WE=139926410;WS=139926392;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,525:1.00:525
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chr9	139943549	rs7390981	G	A	6198.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=245;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=99;NR=82;PP=2965;SC=GCGGGACACCGTCAGGCAGGC;SOR=0.867;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=181;TCF=99;TCR=82;TR=181;WE=139943557;WS=139943539;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,235:1.00:235
chr9	139944496	rs10870169	T	C	2741.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=26;NR=28;PP=879;SC=GAGCACCTGCTGCCACCCGCC;SOR=0.814;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=54;TCF=26;TCR=28;TR=54;WE=139944517;WS=139944486;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr9	139944509	rs10735661	T	C	2404.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=24;NR=24;PP=882;SC=CACCCGCCTGTCCCTACTCAC;SOR=0.981;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=50;TCF=25;TCR=25;TR=48;WE=139944517;WS=139944486;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr9	139944548	.	T	C	461	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;FR=1.0000;HP=3;HapScore=2;MGOF=43;MMLQ=28;MQ=47.67;NF=9;NR=16;PP=461;QD=19.8308485019;SC=CCGCCTGCCCTTACCCACGAC;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=26;TCF=10;TCR=16;TR=25;WE=139944556;WS=139944538;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:1,25:0.96:26
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chr9	139946905	rs34679600	C	CA	1527.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=23;PP=546;SC=CTCCCCCCCCCACCCAGTCAT;SOR=2.115;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=27;TCF=1;TCR=26;TR=23;WE=139946924;WS=139946895;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr9	139946916	rs11145979	G	A	1525.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=24;PP=598;SC=ACCCAGTCATGTGCCAAGCCT;SOR=2.584;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=28;TCF=4;TCR=24;TR=28;WE=139946924;WS=139946895;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr9	139960178	rs2176674	A	G	7942.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=308;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=106;NR=109;PP=2965;SC=ACACGTCCACACATGCATGAG;SOR=0.719;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=215;TCF=106;TCR=109;TR=215;WE=139960186;WS=139960168;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,308:1.00:308
chr9	139960894	rs72763246	C	T	2175.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=27;NR=32;PP=1075;SC=TGAGGTGCAGCGGCCTCCACA;SOR=0.928;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=59;TCF=27;TCR=32;TR=59;WE=139960902;WS=139960884;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr9	139973186	rs7390974	T	C	2009.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=49;PP=1450;SC=GGGAGCGTAGTTGGGGGTCCA;SOR=3.091;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=56;TCF=7;TCR=49;TR=56;WE=139973194;WS=139973176;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr9	139973629	rs7390710	A	C	6696.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.066;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=263;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=95;NR=115;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.438;SC=GGCGCCCCGCACCCGAGGCTG;SOR=0.727;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=213;TCF=96;TCR=117;TR=210;WE=139973637;WS=139973619;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,248:0.99:251
chr9	139973652	rs7390711	A	G	8377.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=55;NR=109;PP=2965;SC=CCCGCCCCTCACGGAGCCCCG;SOR=1.498;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=172;TCF=63;TCR=109;TR=164;WE=139973660;WS=139973642;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,207:1.00:207
chr9	139973820	rs7037849	C	T	7618.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=291;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=74;NR=89;PP=2965;SC=CAGCTACGTGCCTCCGACGGG;SOR=0.794;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=163;TCF=74;TCR=89;TR=163;WE=139973828;WS=139973810;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,290:1.00:290
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chr9	139975195	rs41302685	C	T	8343.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.042;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=334;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=1.729;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=81;NR=97;PP=2965;ReadPosRankSum=2.253;SC=CACTGAAGAACGCAGAGCCAG;SOR=0.585;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=179;TCF=82;TCR=97;TR=178;WE=139975203;WS=139975185;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:5,323:0.98:328
chr9	139977195	rs4390039	T	C	1757.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=0.779;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=35;PP=1344;ReadPosRankSum=-1.750;SC=GCCCAGACTGTCCCCAGACTC;SOR=1.015;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=60;TCF=22;TCR=38;TR=55;WE=139977203;WS=139977184;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:5,70:0.93:75
chr9	139981241	rs968732	GT	CG	4232.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=24;NR=44;PP=2816;SC=AGCTACGCTCGTAGCACACCT;SOR=1.313;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=72;TCF=24;TCR=48;TR=68;WE=139981250;WS=139981231;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr9	139981627	rs968733	A	G	3221.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=28;NR=38;PP=1599;SC=TTTGGCGAGAACTATGACAAC;SOR=0.951;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=67;TCF=29;TCR=38;TR=66;WE=139981635;WS=139981617;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr9	139982868	rs3750518	C	T	4255.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-1.584;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.094;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=71;PP=2317;ReadPosRankSum=-0.644;SC=CTGATATGTCCAGCCTCCCTT;SOR=1.014;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=113;TCF=41;TCR=72;TR=111;WE=139982876;WS=139982858;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,153:0.99:154
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chr9	139994102	rs4880200	G	A	1708.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=40;NR=13;PP=1077;SC=CTGTGCCGACGCCAGGACCAC;SOR=2.080;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=53;TCF=40;TCR=13;TR=53;WE=139994110;WS=139994092;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
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chr9	140008899	rs10870183	G	A	1680.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.271;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.12;ReadPosRankSum=-0.650;SOR=0.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:46,73:0.61:119
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chr9	140109730	rs61466113	G	A	628.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.379;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FS=1.631;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.69;ReadPosRankSum=-0.505;SOR=0.487;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:99,35:0.26:134
chr9	140110274	rs7390663	T	C	7153.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=269;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=85;NR=98;PP=2965;SC=ACCCAGGGTCTCCGGGCAGGG;SOR=0.831;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=183;TCF=85;TCR=98;TR=183;WE=140110282;WS=140110264;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,261:1.00:261
chr9	140119572	rs7389591	C	T	1428.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.747;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.793;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=16;PP=815;ReadPosRankSum=-0.858;SC=GAGCCCCGCCCCATGGCCCCG;SOR=0.860;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=167;TCF=114;TCR=53;TR=57;WE=140119580;WS=140119562;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:149,77:0.34:226
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chr9	140120396	rs6606566	C	T	3703.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.974;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=26.27;ReadPosRankSum=2.334;SOR=1.154;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,139:0.99:141
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chr9	140147094	rs71387813	C	CCT	5459.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.944;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.658;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.495;NF=36;NR=47;PP=2927;ReadPosRankSum=0.122;SC=CCCTGCAGCCCGTCTCCTACC;SOR=1.268;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=124;TCF=50;TCR=74;TR=83;WE=140147102;WS=140147084;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,137:0.65:212
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chr9	140148051	rs28631372	A	G	1571.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-4.274;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.262;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=41;PP=1072;ReadPosRankSum=0.128;SC=TGCCCCTGAAAGGTGCTCTCT;SOR=0.260;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=75;TCF=14;TCR=61;TR=52;WE=140148059;WS=140148041;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,62:0.70:88
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chr9	140157460	rs13296455	T	C	2824.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-2.844;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.275;HP=5;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=39;PP=1251;ReadPosRankSum=-0.205;SC=CAGGACGGTCTGGGGGCCTGA;SOR=0.484;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=154;TCF=96;TCR=58;TR=96;WE=140157468;WS=140157450;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,133:0.62:213
chr9	140157701	rs56368095	C	T	2503.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-2.589;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.580;HP=5;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=69;PP=1573;ReadPosRankSum=1.239;SC=TCCTTCCCCCCTACCCTCCTG;SOR=0.624;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=169;TCF=59;TCR=110;TR=101;WE=140157709;WS=140157691;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,125:0.64:194
chr9	140158650	rs9695897	C	T	2110.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.790;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.656;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=23;PP=741;ReadPosRankSum=-1.431;SC=GGTCTCTGGTCATCCTGGGAG;SOR=0.696;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=82;TCF=41;TCR=41;TR=48;WE=140158658;WS=140158640;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,96:0.67:143
chr9	140158871	rs13295537	T	C	417.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.64;BaseQRankSum=-1.937;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=7;PP=118;ReadPosRankSum=-0.451;SC=GGTCTGCGCTTGCTGTGTTTT;SOR=0.608;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=13;TCF=1;TCR=12;TR=8;WE=140158879;WS=140158861;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,19:0.73:26
chr9	140161334	rs9330192	C	T	180.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.966;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=0;PP=77;ReadPosRankSum=-0.148;SC=GTGTGTGTCACGTCAGGGTGG;SOR=0.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=12;TCR=3;TR=6;WE=140161342;WS=140161324;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,9:0.53:17
chr9	140161631	.	TGTGGGGCTGAG	T	2987	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;FR=0.5000;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=3;NR=11;PP=2987;QD=20;SC=CAGGGGTCGGTGTGGGGCTGA;SbPval=0.22;Source=Platypus;TC=35;TCF=4;TCR=31;TR=14;WE=140161655;WS=140161621;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:21,14:0.40:35
chr9	140161634	.	GGGGCT	G	1618.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.129;ClippingRankSum=0.000;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=0.960;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.53;ReadPosRankSum=0.000;SOR=0.551;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,42:0.64:66
chr9	140161641	.	AGGTGGG	A	1607.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.788;ClippingRankSum=0.000;DP=72;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=22.33;ReadPosRankSum=-0.484;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,44:0.61:72
chr9	140161647	.	G	A	1675	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;FR=0.5000;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MMLQ=28;MQ=60.0;NF=7;NR=11;PP=1675;QD=94.987289586;SC=GCTGAGGTGGGGCTGAGGTGG;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=52;TCF=23;TCR=29;TR=18;WE=140161655;WS=140161621;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:34,18:0.35:52
chr9	140161871	rs9802270	C	T	614.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-0.230;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.730;HP=4;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=15;PP=296;ReadPosRankSum=-1.183;SC=GCCCAGGGTGCGGGCCCCAGG;SOR=0.897;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=32;TCF=13;TCR=19;TR=23;WE=140161879;WS=140161861;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,27:0.77:35
chr9	140161909	rs9802698	G	T	372.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-2.382;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=11.879;HP=3;HapScore=2;MGOF=34;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=14;PP=235;ReadPosRankSum=-0.283;SC=TGTCTCCCCAGCCCACCTCCA;SOR=2.541;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=26;TCF=5;TCR=21;TR=16;WE=140161917;WS=140161899;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,16:0.67:24
chr9	140167022	rs3204123	G	A	2648.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.157;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=34;PP=1087;ReadPosRankSum=2.498;SC=GGGTGGCCCCGTCTAAGCTGG;SOR=0.594;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=111;TCF=60;TCR=51;TR=73;WE=140167030;WS=140167012;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,122:0.63:193
chr9	140202194	rs13288421	T	C	1848.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=12;NR=31;PP=980;SC=CTGAGCACAGTCACCTCATGG;SOR=1.437;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=43;TCF=12;TCR=31;TR=43;WE=140202202;WS=140202184;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr9	140218025	.	C	T	754	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;FR=0.9995;HP=2;HapScore=1;MGOF=30;MMLQ=24;MQ=59.69;NF=34;NR=7;PP=754;QD=19.2383222572;SC=GAGGGATGCTCTGCCGACACC;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=45;TCF=35;TCR=10;TR=41;WE=140218033;WS=140218015;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:4,41:0.91:45
chr9	140218025	.	C	CTGCCGACACCTCACCCCGGACCACGAGGGATGCTT	1756.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=57.16;QD=117.12;SOR=4.047;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr9	140243844	rs28545754	C	T	7912.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.757;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=310;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.174;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=84;NR=98;PP=2965;ReadPosRankSum=0.626;SC=CTGCTCCTCGCAGAGCGGCCT;SOR=0.517;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=185;TCF=86;TCR=99;TR=182;WE=140243852;WS=140243834;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,304:0.99:307
chr9	140246050	rs11534416	T	G	3051.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=21;NR=63;PP=1921;SC=AGCCTGGAGGTCCTGAGCAGC;SOR=1.893;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=84;TCF=21;TCR=63;TR=84;WE=140246058;WS=140246040;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr9	140247143	rs7020732	T	G	3185.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=39;NR=26;PP=1317;SC=GCAGCAAGAGTTCCATGGCAC;SOR=0.892;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=65;TCF=39;TCR=26;TR=65;WE=140247151;WS=140247133;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr9	140247365	rs28688712	C	T	110.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=3.661;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=4;PP=59;ReadPosRankSum=0.967;SC=GAGGGGCAGCCGTCCACCTGA;SOR=0.693;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=17;TCF=3;TCR=14;TR=5;WE=140247373;WS=140247355;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,6:0.30:20
chr9	140249253	rs11537108	AG	CA	1504.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;JOINED;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=9;NR=19;PP=1240;SC=CTCAGCACTGAGGGCTCAGGG;SOR=1.483;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=32;TCF=12;TCR=20;TR=28;WE=140249262;WS=140249243;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr9	140250633	rs13293922	G	A	656.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=19;NR=2;PP=494;SC=CCTGAACAACGGGCAGCCCCA;SOR=3.912;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=21;TCF=19;TCR=2;TR=21;WE=140250641;WS=140250625;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr9	140250818	rs7389423	C	T	4469.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=43;NR=46;PP=1723;SC=CTCAGGGTACCGTCTGTGGGG;SOR=0.753;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=89;TCF=43;TCR=46;TR=89;WE=140250826;WS=140250808;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,169:1.00:169
chr9	140262218	rs11533157	T	C	866.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=23;NR=5;PP=611;SC=GGTCAGCCCATGAGGAGGATG;SOR=2.621;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=28;TCF=23;TCR=5;TR=28;WE=140262226;WS=140262208;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr9	140262426	rs11533158	C	T	5674.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=54;NR=68;PP=2081;SC=TTCAACGTCGCGCCCAGCGTG;SOR=0.807;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=122;TCF=54;TCR=68;TR=122;WE=140262434;WS=140262416;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,220:1.00:220
chr9	140267650	rs28688091	T	C	861.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.729;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=18;PP=534;ReadPosRankSum=-0.657;SC=CATCGGGTGGTCTGCAGGGCT;SOR=0.446;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=30;TCF=11;TCR=19;TR=29;WE=140267658;WS=140267640;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,33:0.97:34
chr9	140268129	rs34481427	GTTT	G	5113.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.851;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.564;HP=6;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.740;NF=3;NR=59;PP=2096;ReadPosRankSum=-1.550;SC=CCGCAGAGAGGTTTTTTAAAA;SOR=0.789;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=96;TCF=6;TCR=90;TR=62;WE=140268139;WS=140268119;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,128:0.65:196
chr9	140268183	rs6606585	T	C	1833.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=54;PP=1270;SC=AGCCGCCATCTGCGCCTCCGT;SOR=2.704;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=67;TCF=13;TCR=54;TR=67;WE=140268191;WS=140268173;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr9	140277826	rs13291830	C	T	3551.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=27;NR=47;PP=1585;SC=GAGGGGGTCCCGGCCTGTGGA;SOR=1.078;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=74;TCF=27;TCR=47;TR=74;WE=140277834;WS=140277816;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr9	140289696	rs9695232	A	C	1814.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=32;NR=25;PP=1395;SC=CCCCATGCACACCCACGCACC;SOR=1.179;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=58;TCF=33;TCR=25;TR=57;WE=140289704;WS=140289686;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr9	140322645	rs35406628	G	A	303.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=0.164;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5958;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=5;PP=138;ReadPosRankSum=-0.464;SC=GTCCACGGGCGGTGGCACTGT;SOR=0.458;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=10;TCF=4;TCR=6;TR=9;WE=140322653;WS=140322635;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,13:0.81:16
chr9	140327663	rs34155071	C	T	2825.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.432;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.484;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=43;PP=1232;ReadPosRankSum=1.156;SC=ACAGGGCTGCCGGCAATGGGG;SOR=0.520;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=104;TCF=45;TCR=59;TR=76;WE=140327671;WS=140327653;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,125:0.77:163
chr9	140330976	rs13297080	T	C	4308.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=71;NR=40;PP=2281;SC=AGCTGACCTGTACCAGCCCCA;SOR=1.150;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=111;TCF=71;TCR=40;TR=111;WE=140330984;WS=140330966;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,156:1.00:156
chr9	140331833	rs9414731	A	G	739.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=21;PP=536;SC=CCCCAAAGACATGACCACCTC;SOR=4.174;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=22;TCF=1;TCR=21;TR=22;WE=140331841;WS=140331823;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr9	140332478	rs6606582	A	G	17019.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=662;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=190;NR=168;PP=2965;SC=CTTGTTCGCCAGCCACTGATA;SOR=0.762;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=358;TCF=190;TCR=168;TR=358;WE=140332486;WS=140332468;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,658:1.00:658
chr9	140344204	rs41309970	C	T	1200.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.650;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.584;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=10;PP=711;ReadPosRankSum=0.135;SC=GGAGCAGGGCCCACCCTCTTT;SOR=1.334;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=71;TCF=49;TCR=22;TR=42;WE=140344212;WS=140344194;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,51:0.61:83
chr9	140348401	rs9410194	T	C	263.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.571;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=8;PP=113;ReadPosRankSum=-0.878;SC=CTAAGGCACATGAAGCAGACA;SOR=0.603;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=30;TCF=9;TCR=21;TR=12;WE=140348409;WS=140348391;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,16:0.36:44
chr9	140349161	rs116914963	C	T	2968.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.154;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=455;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.545;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=65;PP=1448;ReadPosRankSum=0.350;SC=GAGCTGCATTCCCAGGCTCTG;SOR=0.753;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=292;TCF=120;TCR=172;TR=108;WE=140349169;WS=140349151;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:292,158:0.35:450
chr9	140356374	rs4962240	C	A	1547.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.373;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=18;PP=853;ReadPosRankSum=2.143;SC=TCCGGACGCCCGTACTCACCG;SOR=0.743;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=72;TCF=47;TCR=25;TR=51;WE=140356382;WS=140356364;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,66:0.68:97
chr9	140356422	rs28452008	G	C	4882.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=67;NR=37;PP=2282;SC=GCTGGTCGCGGAGCATCTTCT;SOR=1.108;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=105;TCF=67;TCR=38;TR=104;WE=140356430;WS=140356412;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,175:1.00:175
chr9	140357848	rs2275781	G	C	811.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.217;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FS=0.615;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.59;ReadPosRankSum=-1.492;SOR=0.774;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:126,51:0.29:177
chr9	140357972	rs1891627	A	G	6628.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=259;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=68;NR=71;PP=2513;SC=CGCACGTACCACCACAGGGAG;SOR=0.733;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=140;TCF=68;TCR=72;TR=139;WE=140357980;WS=140357962;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,255:1.00:255
chr9	140373607	rs61747526	C	T	679.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=0.004;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.557;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=7;PP=239;ReadPosRankSum=-1.256;SC=CCACGGTGCGCGCTGGCGCCG;SOR=0.516;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=63;TCF=37;TCR=26;TR=16;WE=140373615;WS=140373597;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,40:0.33:120
chr9	140374861	rs1891630	A	G	3661.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=46;NR=33;PP=1571;SC=CGTGCCATCTACCTGGTAGAG;SOR=0.849;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=80;TCF=46;TCR=34;TR=79;WE=140374869;WS=140374851;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,136:1.00:136
chr9	140379301	.	CGCCTGGCCCTCCCGCCTCCCCAGTCCTGAGGCT	C	467	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;FR=0.5000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MMLQ=24;MQ=63.61;NF=1;NR=9;PP=467;QD=50.0;SC=CACCAGAGGCCGCCTGGCCCT;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=27;TCF=1;TCR=26;TR=10;WE=140379341;WS=140379291;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:17,10:0.37:27
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chr9	140483076	rs2259657	G	A	2075.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=39;NR=18;PP=1164;SC=CACTGACCACGAGCATCAGGG;SOR=1.519;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=57;TCF=39;TCR=18;TR=57;WE=140483084;WS=140483066;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr9	140509302	rs35018943	G	T	4655.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.454;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=330;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.919;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=69;NR=66;PP=2237;ReadPosRankSum=3.103;SC=CCCTCAGGATGGCAGCCCTGC;SOR=0.570;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=213;TCF=112;TCR=101;TR=135;WE=140509310;WS=140509292;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:116,208:0.64:324
chr9	140605202	rs11791658	A	G	354.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=1.810;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=4;PP=252;ReadPosRankSum=1.012;SC=ACTGTCTTCAAAAATAGAAAT;SOR=0.495;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=26;TCF=21;TCR=5;TR=15;WE=140605210;WS=140605192;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,15:0.52:29
chr9	140605334	rs7039441	T	C	2099.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.976;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.552;HP=5;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=32;PP=1217;ReadPosRankSum=0.453;SC=GTAACTACGATTTTTTGACTT;SOR=0.750;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=130;TCF=74;TCR=56;TR=75;WE=140605342;WS=140605324;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,99:0.56:178
chr9	140605355	rs4072654	A	C	2467.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.137;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=34;PP=1162;ReadPosRankSum=0.308;SC=TTTCCAAATGATGTCCATTTG;SOR=0.686;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=141;TCF=78;TCR=63;TR=77;WE=140605363;WS=140605345;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:91,118:0.56:209
chr9	140611436	rs3812497	T	C	2473.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-2.240;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.085;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=45;PP=1161;ReadPosRankSum=0.806;SC=CTTCGCTGCCTGGCCATGCTG;SOR=0.992;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=105;TCF=45;TCR=60;TR=75;WE=140611444;WS=140611426;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,111:0.69:160
chr9	140638330	rs369709381	G	A	498.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=0.118;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.298;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=3;PP=359;ReadPosRankSum=0.075;SC=CCTGCCTTGGGGTATACACCT;SOR=1.802;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=27;TCF=22;TCR=5;TR=19;WE=140638338;WS=140638320;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,20:0.67:30
chr9	140638461	rs1129768	T	C	1948.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.936;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.185;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=28;PP=718;ReadPosRankSum=-0.830;SC=ACGGCCATGGTGCAGAGCAGG;SOR=0.455;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=90;TCF=47;TCR=43;TR=53;WE=140638469;WS=140638451;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,92:0.65:141
chr9	140638607	rs4979643	A	T	704.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-3.157;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.310;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=15;PP=369;ReadPosRankSum=1.481;SC=CGTGGTTCTGAAAATTAACAG;SOR=0.250;SbPval=0.23;Source=Platypus;TC=36;TCF=10;TCR=26;TR=24;WE=140638615;WS=140638597;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,33:0.63:52
chr9	140705796	rs11789631	G	A	676.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=3;PP=362;SC=TGCTGCGGACGGCCACGCATG;SOR=2.494;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=14;TCR=3;TR=17;WE=140705804;WS=140705786;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr9	140706127	rs11789684	G	A	3855.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=35;NR=68;PP=2111;SC=CGCCCAGAGAGACCGCTTGAC;SOR=1.414;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=103;TCF=35;TCR=68;TR=103;WE=140706135;WS=140706117;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,139:1.00:139
chr9	140708768	rs7851955	T	G	8040.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.923;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=304;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=127;NR=68;PP=2965;ReadPosRankSum=0.536;SC=GTGGTGCCTTTGAGAAGCACT;SOR=1.202;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=197;TCF=128;TCR=69;TR=195;WE=140708776;WS=140708758;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,291:0.99:293
chr9	140732819	rs34999753	ACT	A	1944.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.451;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=366;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.416;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=29;PP=1710;ReadPosRankSum=1.333;SC=ATTACCAAAAACTCAACGCAC;SOR=0.726;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=155;TCF=59;TCR=96;TR=47;WE=140732828;WS=140732808;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:251,109:0.30:360
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chr9	140740886	.	A	T	1008	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;FR=1.0000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MMLQ=22;MQ=58.16;NF=33;NR=26;PP=1008;QD=17.6740883483;SC=TCCCCCAGGAATCCTCCTAAG;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=59;TCF=33;TCR=26;TR=59;WE=140740894;WS=140740876;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr9	140777306	rs4422842	C	G	6566.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.861;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=513;ExcessHet=3.0103;FS=0.545;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.32;ReadPosRankSum=0.847;SOR=0.794;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:201,292:0.59:493
chr9	140777370	rs1110146	A	C	2124.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-3.914;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.432;HP=3;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=55;PP=1460;ReadPosRankSum=-1.797;SC=CCAGCGTGTGAGGCCCGGGCG;SOR=0.569;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=139;TCF=32;TCR=107;TR=74;WE=140777378;WS=140777360;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,99:0.57:173
chr9	140786918	rs4076712	T	C	339.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.864;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.400;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=12;PP=187;ReadPosRankSum=0.817;SC=TTAGATGGTTTGATGTCTGCA;SOR=0.434;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=39;TCF=9;TCR=30;TR=17;WE=140786926;WS=140786908;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,18:0.44:41
chr9	140846956	rs41277867	G	A	290.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.226;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.309;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=12;PP=205;ReadPosRankSum=1.831;SC=GTTGCCCCTGGTGTTCTGGGT;SOR=0.280;SbPval=0.23;Source=Platypus;TC=46;TCF=7;TCR=39;TR=16;WE=140846964;WS=140846946;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,16:0.30:53
chr9	140881314	rs7034745	A	C	7119.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.663;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=277;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=97;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.975;SC=CAGGTAAGGCACCTGCTCTGC;SOR=0.955;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=162;TCF=65;TCR=97;TR=162;WE=140881322;WS=140881304;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,272:0.99:274
chr9	140901146	rs2290580	A	G	1391.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=36;NR=6;PP=876;SC=ACATGCACTCATGTGGGTGGG;SOR=2.584;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=42;TCF=36;TCR=6;TR=42;WE=140901154;WS=140901136;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr9	140904640	rs7040050	G	A	1749.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=12;NR=35;PP=1127;SC=GCGTTGCCTTGGGTCCTGGCG;SOR=2.147;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=12;TCR=35;TR=47;WE=140904648;WS=140904630;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr9	140911670	rs7028989	C	T	3371.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=43;NR=36;PP=1609;SC=CGCTCTGCTACGATATTCCAT;SOR=0.826;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=79;TCF=43;TCR=36;TR=79;WE=140911678;WS=140911660;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr9	140911822	rs7042117	T	C	1535.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=38;PP=929;SC=TGCTCCCTGATGTCCCCAAGT;SOR=1.773;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=53;TCF=15;TCR=38;TR=53;WE=140911830;WS=140911812;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr9	140917779	rs7873074	G	T	2484.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.88;SOR=0.735;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr9	140918170	rs145816559	TGGAGAAGGAGACCAC	T	3913.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=27;PP=2973;SC=CACGAGGCTGTGGAGAAGGAG;SOR=0.855;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=41;TCF=12;TCR=29;TR=36;WE=140918192;WS=140918160;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr9	140918300	rs6559259	G	C	1127.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=72;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=22;PP=674;SC=GGAGGGAAGGGTTGGCCGGGG;SOR=1.347;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=10;TCR=22;TR=32;WE=140918308;WS=140918290;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr9	140938183	rs3750506	A	G	2844.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=1.403;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.166;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=67;NR=19;PP=1742;ReadPosRankSum=-0.983;SC=CGTGGGCTTCATGTGCACTAC;SOR=2.036;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=87;TCF=68;TCR=19;TR=86;WE=140938191;WS=140938173;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,109:0.98:111
chr9	140942057	rs1547504	A	G	1002.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=23;PP=673;SC=TGTGCTCAGCACATGAACATG;SOR=2.517;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=28;TCF=5;TCR=23;TR=28;WE=140942065;WS=140942047;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr9	140946674	.	C	CTGTGTGTGTGCG	2470	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;FR=0.5000;HP=1;HapScore=1;MGOF=23;MMLQ=24;MQ=61.75;NF=0;NR=14;PP=2470;QD=177.5;SC=GAGGGATGTGCTGTGTGTGTG;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=30;TCF=4;TCR=26;TR=14;WE=140946682;WS=140946664;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:16,14:0.47:30
chr9	140946701	rs140068697	C	CGTGTGTGCGTGTGT	698.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.079;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=62.91;MQRankSum=1.632;QD=22.54;ReadPosRankSum=1.199;SOR=0.760;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,23:0.74:31
chr9	140997349	rs35796437	AG	A	1349.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=29;PP=1167;SC=TCTCCCTTTCAGGGTGCCCGG;SOR=2.670;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=34;TCF=1;TCR=33;TR=30;WE=140997357;WS=140997339;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr9	141015869	.	CT	C	412.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.463;ClippingRankSum=0.000;DP=92;ExcessHet=3.0103;FS=0.988;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.12;MQRankSum=1.086;QD=5.58;ReadPosRankSum=0.380;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,43:0.58:74
chr9	141069844	rs62581042	T	C	2494.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.405;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FS=14.069;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.81;MQRankSum=-4.135;QD=12.66;ReadPosRankSum=-2.324;SOR=1.489;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:90,107:0.54:197
chr9	141069952	rs9410185	T	C	17553.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.611;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=679;ExcessHet=3.0103;FS=9.855;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.17;MQRankSum=-4.397;QD=26.52;ReadPosRankSum=2.869;SOR=0.300;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:167,495:0.75:662
chr9	141069977	.	G	GAGA	18609.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.213;ClippingRankSum=0.000;DP=549;ExcessHet=3.0103;FS=10.042;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.35;MQRankSum=-1.782;QD=34.72;ReadPosRankSum=0.650;SOR=0.221;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:105,431:0.80:536
chr9	141069978	.	C	CCCCCGTCCTTCTCCCACCCAACGTGTACCACCACGAGGCCAGCGGTGA	18510.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=1.582;ClippingRankSum=0.000;DP=530;ExcessHet=3.0103;FS=11.869;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.21;MQRankSum=-1.673;QD=35.80;ReadPosRankSum=-3.438;SOR=0.215;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:102,415:0.80:517
chr9	141069993	rs200245769	C	T	6584.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.69;BaseQRankSum=-1.773;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=245;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.129;HP=4;HapScore=1;MGOF=54;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-2.900;NF=51;NR=115;PP=2962;ReadPosRankSum=2.286;SC=CCCGTCCTTCCCCCACCGCCC;SOR=0.319;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=234;TCF=79;TCR=155;TR=166;WE=141070001;WS=141069983;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,161:0.69:234
chr10	95096	rs11251929	A	G	812.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=10;PP=442;SC=GGCCCGGGCTAGGCCCTCAGA;SOR=0.892;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=23;TCF=13;TCR=10;TR=23;WE=95104;WS=95086;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr10	95226	rs6560829	A	T	2066.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.97;SOR=0.919;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr10	95229	rs6560830	C	T	2066.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.93;SOR=0.976;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr10	282897	rs4600135	C	T	3913.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-2.313;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.162;NF=38;NR=56;PP=1679;ReadPosRankSum=-1.085;SC=TCCCAAAACACATTTTACTAT;SOR=0.368;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=95;TCF=38;TCR=57;TR=94;WE=282905;WS=282887;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,152:0.99:153
chr10	285200	rs7919436	T	G	1607.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=31;NR=9;PP=975;SC=TATACTATATTATTAAAACCG;SOR=2.137;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=31;TCR=9;TR=40;WE=285208;WS=285190;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr10	285479	rs10655220	G	GTGTT,GTGTTT	5838.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=61.74;QD=36.04;SOR=1.201;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:0,67,95:0.41,0.59:162
chr10	292927	rs2303990	C	A	691.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=16;PP=429;SC=AGTGTGTCTCCGGAAGGAAGT;SOR=2.215;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=20;TCF=3;TCR=17;TR=19;WE=292935;WS=292917;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr10	294953	rs1017361	A	G	5403.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=45;NR=65;PP=1968;SC=AGTGTAAGGAAGAATTTGTAG;SOR=0.905;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=110;TCF=45;TCR=65;TR=110;WE=294961;WS=294943;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,206:1.00:206
chr10	323283	rs3740304	A	G	1837.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.303;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=241;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.662;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=37;PP=978;ReadPosRankSum=1.559;SC=TGTAGGCCACATAGATGGGGT;SOR=0.485;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=168;TCF=91;TCR=77;TR=71;WE=323291;WS=323273;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:143,98:0.41:241
chr10	329182	rs66861796	TG	T	1396.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=27;NR=2;PP=566;SC=GCCCATCTGTTGGGGGGGGGC;SOR=3.398;SbPval=0.97;Source=Platypus;TC=36;TCF=29;TCR=7;TR=29;WE=329190;WS=329172;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr10	329487	rs2303991	A	G	1387.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.562;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FS=0.836;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.46;ReadPosRankSum=1.616;SOR=0.846;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:55,41:0.43:96
chr10	329493	rs3815985	C	A	1284.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.747;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FS=2.030;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.06;ReadPosRankSum=2.710;SOR=0.990;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:46,34:0.43:80
chr10	370977	rs3123241	A	G	1493.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=35.57;SOR=3.716;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr10	370977	.	AGGCGGATCAT	GGGCGGATCAC,GGGCGGATCAT	363	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.31;FR=0.5000,0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=3,4;NR=7,34;PP=62,363;QD=11.5467874862;SC=AGGCAAAGGAAGGCGGATCAT;SbPval=0.08;Source=Platypus;TC=38;TCF=4;TCR=34;TR=10,38;WE=370995;WS=370967;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.26:38
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chr10	387060	rs7904155	G	A	1301.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=1.953;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=15;PP=747;ReadPosRankSum=1.472;SC=GCAGTGCTTAGGTTGCCTGGC;SOR=0.320;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=38;TCF=23;TCR=15;TR=36;WE=387068;WS=387050;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,47:0.98:48
chr10	394714	rs4880610	G	A	5601.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=62;NR=74;PP=2494;SC=TACACAAGGAGAGAAACATCA;SOR=0.818;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=136;TCF=62;TCR=74;TR=136;WE=394722;WS=394704;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,219:1.00:219
chr10	395266	rs4880611	T	C	5899.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=96;NR=56;PP=2840;SC=ACCCTGCGCCTGTACCTGGGG;SOR=1.205;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=152;TCF=96;TCR=56;TR=152;WE=395274;WS=395256;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,218:1.00:218
chr10	395302	rs45485096	G	A	1720.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.298;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=323;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=26;PP=808;ReadPosRankSum=-0.156;SC=CGTGGTCGCCGTCCTGAAGGT;SOR=0.704;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=201;TCF=121;TCR=80;TR=65;WE=395310;WS=395292;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:219,101:0.32:320
chr10	395463	rs4242754	G	A	5244.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=44;NR=93;PP=2825;SC=GAGCGCGCACGCGTCATACAA;SOR=1.387;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=138;TCF=44;TCR=94;TR=137;WE=395471;WS=395453;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,192:1.00:192
chr10	410825	rs10795053	G	A	938.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=23;NR=1;PP=652;SC=CCAATCAGCAGTAACTGATTA;SOR=3.912;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=24;TCF=23;TCR=1;TR=24;WE=410833;WS=410815;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr10	412449	rs1133113	A	G	3182.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-1.867;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=74;PP=2106;ReadPosRankSum=0.816;SC=ACCAGTGAACAGGAATGGGGT;SOR=1.318;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=89;TCF=14;TCR=75;TR=88;WE=412457;WS=412439;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,110:0.99:111
chr10	428503	rs4881200	A	G	3419.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=64;NR=31;PP=1634;SC=CCTCAGCATCAACTGTTAGGA;SOR=1.256;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=96;TCF=64;TCR=32;TR=95;WE=428511;WS=428493;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,135:1.00:135
chr10	429903	.	GAA	G,GA	406.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.294;ClippingRankSum=0.000;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.39;MQRankSum=0.416;QD=14.53;ReadPosRankSum=0.181;SOR=2.985;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:2,11,15:0.39,0.54:28
chr10	436848	rs10904093	A	G	2553.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=24;NR=46;PP=1417;SC=GACCTGCCCCACTCCGCCCAG;SOR=1.329;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=70;TCF=24;TCR=46;TR=70;WE=436856;WS=436838;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr10	445017	rs147223687	G	A	1331.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.085;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=325;ExcessHet=3.0103;FS=0.938;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.11;ReadPosRankSum=-0.597;SOR=0.632;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:233,91:0.28:324
chr10	445061	rs6560837	C	T	9086.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=354;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=96;NR=103;PP=2965;SC=TCCTGGTGAGCGGCACCTCGA;SOR=0.751;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=199;TCF=96;TCR=103;TR=199;WE=445069;WS=445051;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,352:1.00:352
chr10	468748	rs4881290	C	T	377.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=9;NR=3;PP=222;SC=AGAAAGACACCGTGAAGCGTG;SOR=1.765;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=12;TCF=9;TCR=3;TR=12;WE=468756;WS=468738;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr10	530644	rs1539231	G	A	224.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.442;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.359;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=2;PP=76;ReadPosRankSum=-1.640;SC=ACGTCTGTACGGGATGGCACT;SOR=0.457;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=36;TCF=28;TCR=8;TR=9;WE=530652;WS=530634;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,14:0.30:47
chr10	687569	rs1631975	C	T	3019.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=34;NR=28;PP=1087;SC=CACTGCCAGGCTACCCATGAG;SOR=0.838;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=62;TCF=34;TCR=28;TR=62;WE=687577;WS=687559;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr10	696237	rs10904535	G	A	6409.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=109;NR=67;PP=2965;SC=TCAGGGCCAGGGACCATGGTG;SOR=1.134;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=176;TCF=109;TCR=67;TR=176;WE=696245;WS=696227;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,226:1.00:226
chr10	707911	rs41289273	G	A	2705.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=3.434;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.082;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=68;NR=21;PP=1598;ReadPosRankSum=-0.533;SC=GCACTGAATCGCTCAGCTCAC;SOR=1.144;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=139;TCF=102;TCR=37;TR=89;WE=707919;WS=707901;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,114:0.63:181
chr10	708192	rs3853289	A	G	3287.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=13;NR=80;PP=2370;SC=TCCTGAAGGTACTGTATGAGG;SOR=3.237;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=93;TCF=13;TCR=80;TR=93;WE=708200;WS=708182;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr10	1018585	rs4880745	T	G	1599.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=3.881;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=255;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.283;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=25;PP=935;ReadPosRankSum=-1.036;SC=TCCATTTCTATGTAAGCCGTT;SOR=0.836;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=167;TCF=86;TCR=81;TR=57;WE=1018593;WS=1018575;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:167,82:0.33:249
chr10	1042023	rs10665098	A	AAAC	7671.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=41;NR=46;PP=2975;SC=AGTGGAAAAAATAATATTTTT;SOR=0.851;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=90;TCF=42;TCR=48;TR=87;WE=1042031;WS=1042013;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,175:1.00:175
chr10	1043058	rs1250887	T	C	2078.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=55;NR=9;PP=1547;SC=AATATCACCATAGGCCTGGAC;SOR=3.643;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=64;TCF=55;TCR=9;TR=64;WE=1043066;WS=1043048;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr10	1046712	rs2306409	G	A	1010.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=3.164;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.625;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=19;PP=776;ReadPosRankSum=0.782;SC=TCCGTGCTGCGGTCCTGTATG;SOR=1.003;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=155;TCF=91;TCR=64;TR=51;WE=1046720;WS=1046702;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:147,58:0.28:205
chr10	1052950	rs2306408	G	A	1404.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.424;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FS=0.738;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.77;ReadPosRankSum=0.226;SOR=0.815;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,69:0.63:110
chr10	1054276	rs10904595	T	C	1397.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=35;NR=9;PP=1016;SC=ACCTGGGAGGTGGAGGTTGCA;SOR=2.511;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=46;TCF=35;TCR=11;TR=44;WE=1054284;WS=1054266;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr10	1054343	.	C	CA	57.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.817;ClippingRankSum=0.000;DP=136;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.08;MQRankSum=0.000;QD=0.45;ReadPosRankSum=0.179;SOR=0.613;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:105,23:0.18:128
chr10	1056310	rs3765102	G	C	451.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-0.960;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.657;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=3;PP=306;ReadPosRankSum=-0.172;SC=CGTAGTACTTGAAGATATTAA;SOR=1.329;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=28;TCF=22;TCR=6;TR=17;WE=1056318;WS=1056300;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,20:0.65:31
chr10	1061625	.	GCTGAGCA	G	1192	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;FR=1.0000;HP=2;HapScore=1;MGOF=62;MMLQ=24;MQ=59.14;NF=15;NR=7;PP=1192;QD=55.3636363636;SC=GGTCCTGAGCGCTGAGCACTG;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=28;TCF=20;TCR=8;TR=22;WE=1061639;WS=1061615;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:6,22:0.79:28
chr10	1061862	rs2306406	A	G	2388.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.328;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.618;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=45;PP=1210;ReadPosRankSum=0.002;SC=GTGTAATGTAATAAAATGACA;SOR=0.799;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=109;TCF=43;TCR=66;TR=75;WE=1061870;WS=1061852;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,107:0.66:162
chr10	1068802	rs3750729	G	A	1335.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=0.781;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=31;PP=857;ReadPosRankSum=0.368;SC=TCTGTTTCTCGTAGAAAAGCC;SOR=0.621;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=64;TCF=24;TCR=40;TR=50;WE=1068810;WS=1068792;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,57:0.78:73
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chr10	1070710	rs12357207	C	G	5394.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.890;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=400;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.714;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=96;PP=2381;ReadPosRankSum=-1.109;SC=ACAAATGCCTCTTTATGTGAA;SOR=0.800;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=251;TCF=104;TCR=147;TR=161;WE=1070718;WS=1070700;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:143,252:0.64:395
chr10	1081882	rs7075695	T	C	6176.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=2.115;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=427;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.389;NF=74;NR=98;PP=2476;ReadPosRankSum=3.170;SC=GAGAGGGAACTGTCTGTACAC;SOR=0.681;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=250;TCF=103;TCR=147;TR=172;WE=1081890;WS=1081872;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:136,285:0.68:421
chr10	1081944	rs11396609	G	GT,GTT	1782.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.066;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FS=2.791;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.29;MQRankSum=0.000;QD=12.47;ReadPosRankSum=-2.341;SOR=0.457;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:35,72,36:0.50,0.25:143
chr10	1087551	rs12768746	T	C	59.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.148;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.60;ReadPosRankSum=-0.247;SOR=0.465;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,6:0.26:23
chr10	1089616	rs11250238	T	C	5079.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=51;NR=75;PP=2062;SC=TGAAGGCACATGCTTCCCTGC;SOR=1.014;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=126;TCF=51;TCR=75;TR=126;WE=1089624;WS=1089606;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,198:1.00:198
chr10	1093992	rs4880759	A	G	519.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.36;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr10	1142208	rs10794716	T	C	4653.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=49;NR=54;PP=1663;SC=TCCTTACCTGTGAATGTGTAG;SOR=0.784;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=103;TCF=49;TCR=54;TR=103;WE=1142216;WS=1142198;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,182:1.00:182
chr10	1230968	rs2271275	C	T	1013.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=2.065;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.972;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=18;PP=464;ReadPosRankSum=3.025;SC=CGCGCCTCGGCGTCACTCACG;SOR=0.874;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=37;TCF=11;TCR=26;TR=26;WE=1230976;WS=1230958;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,45:0.65:69
chr10	1232500	rs7924253	G	A	1713.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.016;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=262;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.547;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=31;PP=641;ReadPosRankSum=-1.196;SC=ATGCCTCCTCGCAGATCAGCT;SOR=0.822;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=140;TCF=62;TCR=78;TR=51;WE=1232508;WS=1232490;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:163,97:0.37:260
chr10	1245893	rs1983028	A	C	831.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=21;NR=5;PP=551;SC=GCCCCCGGGAAGGGGGTTCTT;SOR=2.546;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=21;TCR=5;TR=26;WE=1245901;WS=1245883;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr10	1263076	rs3750677	C	T	2306.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=1.670;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.300;HP=7;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=50;PP=1293;ReadPosRankSum=-1.302;SC=GATAAAAGGGCGGGGAGGGGT;SOR=0.856;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=120;TCF=47;TCR=73;TR=82;WE=1263084;WS=1263066;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,104:0.64:163
chr10	1279598	rs67687625	G	A	855.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.248;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.391;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=7;PP=467;ReadPosRankSum=-0.145;SC=GGAGCTGGGGGCTGTTGGCCT;SOR=1.163;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=44;TCF=31;TCR=13;TR=28;WE=1279606;WS=1279588;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,38:0.63:60
chr10	1421516	rs10794748	A	G	8012.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.977;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=319;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=127;NR=104;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.416;SC=AATATCTGACAGCATTTTATC;SOR=0.877;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=235;TCF=128;TCR=107;TR=231;WE=1421524;WS=1421506;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,306:0.99:308
chr10	1598718	rs10903484	G	A	494.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.723;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.481;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=9;PP=302;ReadPosRankSum=0.597;SC=CTGTGCATTCGAATCACCTGG;SOR=0.265;SbPval=0.18;Source=Platypus;TC=54;TCF=37;TCR=17;TR=20;WE=1598726;WS=1598708;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,27:0.34:80
chr10	1779349	rs3750684	G	A	5084.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.696;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=352;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.872;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=80;PP=2154;ReadPosRankSum=0.516;SC=GGCCATGGCCGAGACCCAGGC;SOR=0.628;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=209;TCF=83;TCR=126;TR=135;WE=1779357;WS=1779339;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:115,230:0.67:345
chr10	3124516	rs4881074	G	A	4546.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.493;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.546;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=43;PP=1929;ReadPosRankSum=1.189;SC=GTCATGGGTAGTTAGTGGCAG;SOR=0.629;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=108;TCF=64;TCR=44;TR=107;WE=3124524;WS=3124506;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,180:0.99:181
chr10	3143054	.	C	CAAAATAAAAA	421.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.867;ClippingRankSum=0.000;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.28;MQRankSum=0.000;QD=11.40;ReadPosRankSum=-1.391;SOR=0.722;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,13:0.35:37
chr10	3143283	rs55882340	T	A	88.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.734;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=3.851;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.70;ReadPosRankSum=0.624;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,8:0.33:24
chr10	3143643	rs4881080	A	C	3572.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=32;NR=48;PP=1509;SC=TGCTGCAGCGAGGCATCACCA;SOR=0.937;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=80;TCF=32;TCR=48;TR=80;WE=3143651;WS=3143633;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,135:1.00:135
chr10	3145885	rs10903966	T	C	2105.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=41;NR=17;PP=1138;SC=TCTCTACCCATGGCCATTCTG;SOR=1.463;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=59;TCF=42;TCR=17;TR=58;WE=3145893;WS=3145875;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr10	3145906	rs11251719	A	C	2904.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=53;NR=27;PP=1514;SC=CCTCACCCCTAGTGGGGCACC;SOR=1.244;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=80;TCF=53;TCR=27;TR=80;WE=3145914;WS=3145896;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr10	3146155	rs2306293	C	G	1620.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.626;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=290;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.762;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=44;PP=960;ReadPosRankSum=0.011;SC=CTCAGAGGAACCGGCGGGAGG;SOR=0.885;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=185;TCF=82;TCR=103;TR=75;WE=3146163;WS=3146145;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:191,95:0.33:286
chr10	3146180	rs2306294	C	T	3250.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.446;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.962;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=61;PP=1480;ReadPosRankSum=1.187;SC=TGGGGCCCGACGTGTGCCCAG;SOR=0.449;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=168;TCF=64;TCR=104;TR=102;WE=3146188;WS=3146170;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,151:0.67:226
chr10	3147096	rs4424569	C	G	1307.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.10;SOR=3.334;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr10	3147099	rs4469783	G	A	1307.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.59;SOR=3.407;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr10	3147192	rs4256893	G	A	5779.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=0.813;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=85;NR=41;PP=2630;ReadPosRankSum=-1.107;SC=TGGCTAACTCGGCTGTCAAAG;SOR=1.168;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=127;TCF=86;TCR=41;TR=126;WE=3147200;WS=3147182;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,217:0.99:219
chr10	3147456	rs4271292	C	T	889.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=7;NR=20;PP=683;SC=GTGGAAAGTCCTGAAGGGGCC;SOR=1.942;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=7;TCR=20;TR=27;WE=3147464;WS=3147446;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
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chr10	3151704	rs78296009	C	A	1990.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.162;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.884;HP=5;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=46;PP=1193;ReadPosRankSum=-0.164;SC=AAGGGCAGGGCGGAGACGGCT;SOR=0.454;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=97;TCF=32;TCR=65;TR=69;WE=3151712;WS=3151694;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,86:0.74:116
chr10	3155173	rs7896691	C	T	2117.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=36;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=49;NR=17;PP=1432;SC=GCACATGGAACCCTGGGGCCT;SOR=2.271;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=66;TCF=49;TCR=17;TR=66;WE=3155181;WS=3155163;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr10	3155217	rs6602023	T	C	4154.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.132;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=40;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=81;NR=40;PP=2469;ReadPosRankSum=2.419;SC=GCAGACACATTGAGTGCTGGC;SOR=1.531;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=121;TCF=81;TCR=40;TR=121;WE=3155225;WS=3155207;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,149:0.99:151
chr10	3155237	rs6602024	A	G	4972.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.928;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=38;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=96;NR=57;PP=2959;ReadPosRankSum=0.908;SC=CAGATAAGCCACCTTTTCTCC;SOR=1.258;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=153;TCF=96;TCR=57;TR=153;WE=3155245;WS=3155227;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,192:0.99:194
chr10	3155263	rs7906901	T	C	6581.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.765;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=261;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=35;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=102;NR=79;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.863;SC=AGCCCTGAGTTGTGTCCGGTA;SOR=0.892;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=181;TCF=102;TCR=79;TR=181;WE=3155271;WS=3155253;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,251:0.99:253
chr10	3155408	rs3816700	C	T	6984.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.059;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=265;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=99;NR=95;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.253;SC=CGCGATGCCCCGACCTCTCCT;SOR=0.377;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=198;TCF=101;TCR=97;TR=194;WE=3155416;WS=3155398;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,254:0.99:257
chr10	3155428	rs3816701	C	T	6255.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.557;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.122;HP=3;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=82;NR=89;PP=2965;ReadPosRankSum=0.052;SC=TGCGGGCCTCCCCTCATGGCC;SOR=0.456;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=175;TCF=84;TCR=91;TR=171;WE=3155436;WS=3155418;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,221:0.99:224
chr10	3155540	rs4881085	A	G	9149.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.905;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=357;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.023;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=115;NR=114;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.994;SC=GTGACCCAGCACTCACCTGCC;SOR=0.241;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=230;TCF=115;TCR=115;TR=229;WE=3155548;WS=3155530;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,352:1.00:353
chr10	3155620	rs1052309	A	G	8928.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-2.108;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=347;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=86;NR=110;PP=2965;ReadPosRankSum=1.676;SC=GGATGAACGCAGCCGTACGCT;SOR=0.282;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=197;TCF=86;TCR=111;TR=196;WE=3155628;WS=3155610;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,345:1.00:346
chr10	3155753	rs4881087	G	C	1379.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=32;PP=933;SC=CACCCTGGCTGTGAGCACAGT;SOR=2.935;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=36;TCF=4;TCR=32;TR=36;WE=3155761;WS=3155743;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr10	3158848	rs7086902	C	T	1869.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=1.246;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.950;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=11;PP=1025;ReadPosRankSum=0.637;SC=CTGTCTCATACGCCTCTCAAA;SOR=1.897;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=52;TCF=40;TCR=12;TR=50;WE=3158856;WS=3158838;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,69:0.97:71
chr10	3160917	rs3829913	T	C	1580.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=25;NR=18;PP=711;SC=CGTGGCGTCCTGCGGACCGCG;SOR=0.941;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=43;TCF=25;TCR=18;TR=43;WE=3160925;WS=3160907;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr10	3161131	rs3829914	C	T	3010.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=36;NR=47;PP=1557;SC=AAACATTAAGCTACTTGTTGG;SOR=0.946;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=83;TCF=36;TCR=47;TR=83;WE=3161139;WS=3161121;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr10	3161216	rs3829916	A	G	968.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=36;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=25;PP=737;SC=GCAGGATAGCAGGTGGTAAGA;SOR=2.765;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=6;TCR=25;TR=31;WE=3161224;WS=3161206;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr10	3161236	rs17285851	C	A	668.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=43;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=18;PP=501;SC=ACGTGGCCTACGAGTGGCCCA;SOR=3.258;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=3;TCR=18;TR=21;WE=3161244;WS=3161226;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr10	3161269	rs3829917	G	C	320.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=49;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=9;PP=244;SC=CAACTTAACCGAGAAGCAAAA;SOR=2.494;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=11;TCF=2;TCR=9;TR=11;WE=3161277;WS=3161259;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr10	3162033	rs6602025	T	C	2150.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=41;NR=9;PP=1141;SC=AGCGAGACCCTCTCCTCCCCA;SOR=1.863;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=50;TCF=41;TCR=9;TR=50;WE=3162041;WS=3162023;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr10	3167463	rs2306309	T	C	1553.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.565;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=237;ExcessHet=3.0103;FS=1.047;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.05;MQRankSum=1.329;QD=6.58;ReadPosRankSum=-1.554;SOR=0.780;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:150,86:0.36:236
chr10	3167463	.	TCA	CCG	664	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;FR=0.5000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MMLQ=24;MQ=60.04;NF=20;NR=31;PP=664;QD=14.0679975463;SC=CCGTTTCCTCTCATTGCTTTT;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=139;TCF=54;TCR=85;TR=51;WE=3167473;WS=3167453;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:88,51:0.37:139
chr10	3167465	rs3816703	A	G	7620.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.05;QD=32.99;SOR=1.064;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,231:1.00:231
chr10	3167527	rs142773253	ATTC	A	467.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.248;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.202;HP=5;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.803;NF=0;NR=21;PP=403;ReadPosRankSum=0.952;SC=AGCCGGATTTATTCTTCTTCT;SOR=0.954;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=43;TCF=0;TCR=43;TR=21;WE=3167537;WS=3167517;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,16:0.24:66
chr10	3167591	rs147437896	A	AT	188.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.774;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=14;PP=234;ReadPosRankSum=0.066;SC=ACAGGGTAAAATTTTTTTAGC;SOR=0.793;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=0;TCR=14;TR=14;WE=3167599;WS=3167581;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,11:0.73:15
chr10	3171995	rs2279211	G	T	2509.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=46;NR=14;PP=1321;SC=GTGACTGATCGCTTCTCTGTG;SOR=1.900;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=63;TCF=46;TCR=17;TR=60;WE=3172003;WS=3171985;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr10	3172121	rs1052333	C	T	7149.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=275;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=84;NR=73;PP=2754;SC=GGCTCGCGGCCGGAGCTGATG;SOR=0.730;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=159;TCF=85;TCR=74;TR=157;WE=3172129;WS=3172111;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,273:1.00:273
chr10	3172145	rs1052337	C	T	4064.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-1.225;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=257;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.908;HP=4;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=60;PP=1722;ReadPosRankSum=2.298;SC=CATACATTTTCGAAGAGCCCT;SOR=0.742;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=146;TCF=71;TCR=75;TR=112;WE=3172153;WS=3172135;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,184:0.72:256
chr10	3172229	rs4598574	G	A	1052.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-2.810;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.032;HP=1;HapScore=1;MGOF=43;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=16;PP=350;ReadPosRankSum=1.118;SC=ACTGGGTGCTGCGGAGTGAAT;SOR=0.533;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=87;TCF=35;TCR=52;TR=30;WE=3172237;WS=3172219;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:104,60:0.37:164
chr10	3172267	rs4381274	A	G	3288.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=34;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=27;NR=47;PP=1490;SC=TTTGCTTTCCAAGGGGCATGG;SOR=1.046;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=74;TCF=27;TCR=47;TR=74;WE=3172275;WS=3172257;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr10	3172299	rs4390256	T	C	1911.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=38;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=38;PP=942;SC=CTACAGAACATGCCACGCTTG;SOR=1.609;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=52;TCF=14;TCR=38;TR=52;WE=3172307;WS=3172289;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr10	3175360	rs66787824	C	G	694.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.079;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=10;PP=422;ReadPosRankSum=1.740;SC=GCCCACTGCACGCTAAACAAA;SOR=0.783;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=32;TCF=18;TCR=14;TR=23;WE=3175368;WS=3175350;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,28:0.76:37
chr10	3175541	rs3740613	C	A	1994.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=24;PP=806;SC=CCACAAAGCCCCTGTCATGTG;SOR=0.992;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=17;TCR=24;TR=41;WE=3175549;WS=3175531;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr10	3175600	rs72074210	ATAAG	A	646.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-2.249;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.688;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.600;NF=1;NR=4;PP=166;ReadPosRankSum=-1.865;SC=GGAAAAATGTATAAGTAAATT;SOR=0.339;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=18;TCF=2;TCR=16;TR=5;WE=3175611;WS=3175590;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,20:0.45:44
chr10	3176611	rs200439920	TTTCTATTTA	T	598.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.506;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=1.295;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.60;ReadPosRankSum=-1.082;SOR=1.061;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,16:0.39:41
chr10	3176625	rs375079219	C	T	604.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.430;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=2.853;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.40;ReadPosRankSum=-0.269;SOR=1.387;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,17:0.40:42
chr10	3176627	.	A	AC	721.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.200;ClippingRankSum=0.000;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=4.439;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.40;ReadPosRankSum=0.193;SOR=1.411;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,17:0.39:44
chr10	3176629	.	G	C	730.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=1.630;ClippingRankSum=0.000;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=6.465;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.55;ReadPosRankSum=-0.615;SOR=1.739;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,20:0.43:47
chr10	3176630	.	TG	T	763.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=3.281;ClippingRankSum=0.000;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=6.465;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.25;ReadPosRankSum=-0.636;SOR=1.739;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,20:0.43:47
chr10	3176634	.	A	G	775.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.386;ClippingRankSum=0.000;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=8.613;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.51;ReadPosRankSum=-1.446;SOR=1.950;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,21:0.45:47
chr10	3176638	rs147431012	T	TTAAATAGAA	1166.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.098;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=8.560;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=23.81;ReadPosRankSum=-0.940;SOR=1.967;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,21:0.43:49
chr10	3177817	rs2306316	G	A	1292.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=2.342;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.844;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=11;PP=748;ReadPosRankSum=-0.475;SC=CTTCCAGGCCGGGTTCAGCAT;SOR=1.329;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=65;TCF=45;TCR=20;TR=42;WE=3177825;WS=3177807;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,56:0.63:89
chr10	3177876	rs2306317	C	G	5180.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.702;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FS=0.546;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.90;ReadPosRankSum=2.071;SOR=0.617;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:72,128:0.64:200
chr10	3177876	.	CAC	GAT	2608	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;FR=0.5000;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=45;NR=32;PP=2608;QD=20;SC=TCTGCTCCCCCACCTGCCCAT;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=124;TCF=75;TCR=49;TR=77;WE=3177886;WS=3177866;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:47,77:0.62:124
chr10	3177878	rs2306318	C	T	5180.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.011;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FS=0.543;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.52;ReadPosRankSum=2.324;SOR=0.625;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:72,131:0.65:203
chr10	3178596	rs45590841	C	T	732.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.088;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.557;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=11;PP=286;ReadPosRankSum=-0.136;SC=AGGCATCTCCCGCCAGTGACT;SOR=0.454;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=90;TCF=56;TCR=34;TR=27;WE=3178604;WS=3178586;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,41:0.34:119
chr10	3178814	rs1052929	T	A	1329.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.244;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=25;PP=1490;ReadPosRankSum=0.604;SC=GTGGACTGTCTGTTTTTGTAA;SOR=0.643;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=54;TCF=20;TCR=34;TR=39;WE=3178823;WS=3178804;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,55:0.72:76
chr10	3178815	rs9063	G	C	354.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.925;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=9;PP=514;ReadPosRankSum=-0.692;SC=TGGACTGTCTGTTTTTGTAAC;SOR=0.745;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=54;TCF=20;TCR=34;TR=15;WE=3178823;WS=3178804;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,21:0.28:76
chr10	3178905	rs7673	T	A	752.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=34.22;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr10	3178905	.	TGCT	AGCC,AGCT	204	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.41;FR=0.5000,0.5000;HP=2;HapScore=3;MGOF=29;MMLQ=26;MQ=60.0;NF=0,3;NR=4,13;PP=18,204;QD=17.8669687156;SC=CTGCCCCACCTGCTCCAGTGC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=3;TCR=13;TR=4,16;WE=3178916;WS=3178895;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.25:16
chr10	3178908	rs542	T	C	90.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.610;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.13;ReadPosRankSum=1.485;SOR=0.846;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,6:0.27:22
chr10	3178964	rs71497863	GAATT	G	166.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.981;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=61;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=4;PP=156;ReadPosRankSum=-0.792;SC=CATATGAGCAGAATTAATTAA;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=4;WE=3178975;WS=3178954;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,5:0.71:7
chr10	3179618	rs138746278	ACT	A	1035.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.213;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.595;HP=2;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.884;NF=9;NR=7;PP=694;ReadPosRankSum=0.644;SC=CCAAAAACAAACTCTGTTTGG;SOR=0.399;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=25;TCF=16;TCR=9;TR=16;WE=3179627;WS=3179608;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,29:0.74:39
chr10	3179703	rs4881107	C	T	5961.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.08;QD=44.49;SOR=1.153;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,134:1.00:134
chr10	3179708	rs4881108	A	G	6134.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.08;QD=43.20;SOR=1.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,142:1.00:142
chr10	3179968	rs9129	G	C	371.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=0.106;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.768;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=9;PP=219;ReadPosRankSum=-0.271;SC=ATTCTAGAATGAGGTAAAACG;SOR=0.283;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=22;TCF=6;TCR=16;TR=14;WE=3179976;WS=3179958;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,17:0.63:27
chr10	3180175	rs12678	C	T	798.89	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.691;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.9993;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=6;PP=461;ReadPosRankSum=-1.320;SC=ATATTCAGCTCGGAGGTGTAT;SOR=0.368;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=27;TCF=21;TCR=6;TR=25;WE=3180183;WS=3180165;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,31:0.91:34
chr10	3180227	rs6901	T	C	2212.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=36;NR=16;PP=944;SC=GGCTGCTCATTGGATGATCCA;SOR=1.367;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=52;TCF=36;TCR=16;TR=52;WE=3180235;WS=3180217;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr10	3180316	rs11414	T	C	4138.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=55;NR=38;PP=1901;SC=TGCCGAGGTATCTGAGAGGAA;SOR=0.920;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=93;TCF=55;TCR=38;TR=93;WE=3180324;WS=3180306;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,154:1.00:154
chr10	3180343	rs2388559	A	G	4294.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=53;NR=44;PP=1948;SC=CGTGGTCAGCAAGGACTGGCT;SOR=0.836;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=97;TCF=53;TCR=44;TR=97;WE=3180351;WS=3180333;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,163:1.00:163
chr10	3181003	rs2279217	A	G	3390.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=64;NR=32;PP=2024;SC=ACCAGAAGCTAGTGCTCCTGC;SOR=1.402;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=96;TCF=64;TCR=32;TR=96;WE=3181011;WS=3180993;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr10	3181282	rs2279220	G	A	4675.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=37;NR=67;PP=2059;SC=CATTTTACCAGTGGACAAGTT;SOR=1.116;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=104;TCF=37;TCR=67;TR=104;WE=3181290;WS=3181272;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,178:1.00:178
chr10	3183747	rs7094698	A	G	6743.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=262;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=100;NR=67;PP=2965;SC=GAACAGGGCCAATTTCCTCTG;SOR=1.007;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=167;TCF=100;TCR=67;TR=167;WE=3183755;WS=3183737;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,260:1.00:260
chr10	3185393	rs4881110	A	G	318.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=2.630;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.044;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=2;PP=240;ReadPosRankSum=1.849;SC=TGGCTCTAAAACTGGGTCTCT;SOR=0.299;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=34;TCF=30;TCR=4;TR=14;WE=3185401;WS=3185383;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,14:0.38:37
chr10	3185439	.	T	C	500.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=2.502;ClippingRankSum=0.000;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=4;PP=374;ReadPosRankSum=0.702;SC=GGAGCACTCGTAGACTCACAC;SOR=0.557;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=60;TCF=49;TCR=11;TR=20;WE=3185447;WS=3185429;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,25:0.32:79
chr10	3185798	rs3736093	T	C	4913.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=85;NR=49;PP=2569;SC=TCCCACGCACTGCCCACGGCA;SOR=1.265;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=134;TCF=85;TCR=49;TR=134;WE=3185806;WS=3185788;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,177:1.00:177
chr10	3186458	rs3752803	C	G	499.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-0.922;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.937;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=8;PP=183;ReadPosRankSum=0.203;SC=CACCCGCTGGCAACCCGGATG;SOR=0.426;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=61;TCF=38;TCR=23;TR=17;WE=3186466;WS=3186448;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,30:0.31:97
chr10	3186701	rs150074614	A	AAAAAT	352.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.178;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=2.350;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.64;ReadPosRankSum=-0.341;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,10:0.50:20
chr10	3186723	rs9423496	G	C	534.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=9;PP=300;SC=AGGCTGGGCAGAGTGGCTCAT;SOR=1.292;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=13;TCF=4;TCR=9;TR=13;WE=3186731;WS=3186713;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr10	3187749	rs3758632	A	G	282.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=5;NR=3;PP=101;SC=TCTGGCACCCACCAGGCGCTC;SOR=1.445;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=5;TCR=3;TR=8;WE=3187757;WS=3187739;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr10	3187924	rs3758631	T	C	379.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.74;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr10	3188071	rs3758630	T	G	56.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=18.76;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr10	3189380	rs3740607	C	T	1475.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.351;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=243;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.489;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=21;PP=540;ReadPosRankSum=-0.994;SC=TCTTGATACGCGGGAGCTTCC;SOR=0.653;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=127;TCF=74;TCR=53;TR=47;WE=3189388;WS=3189370;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:156,86:0.36:242
chr10	3190013	rs10508248	G	C	1390.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.662;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.216;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=25;PP=839;ReadPosRankSum=-0.348;SC=TAAGTTTTCAGAGTACTTTAA;SOR=0.455;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=62;TCF=27;TCR=35;TR=47;WE=3190021;WS=3190003;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,60:0.77:78
chr10	3190166	rs59486411	C	A	1369.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.912;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.734;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=18;PP=779;ReadPosRankSum=0.055;SC=ACAACTCTTGCAAATAAAGTT;SOR=0.251;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=63;TCF=39;TCR=24;TR=43;WE=3190174;WS=3190156;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,60:0.73:82
chr10	3190265	rs4881111	A	G	1195.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=0.041;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=261;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=20;PP=515;ReadPosRankSum=-1.977;SC=CCTGAACCAAAGAAAACACAG;SOR=0.725;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=139;TCF=78;TCR=61;TR=44;WE=3190273;WS=3190255;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:182,76:0.29:258
chr10	3190298	rs4881112	C	T	1340.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-0.440;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=267;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.483;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=21;PP=473;ReadPosRankSum=-0.055;SC=AGGGCCGAATCGAACAGTGAC;SOR=0.745;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=148;TCF=79;TCR=69;TR=46;WE=3190306;WS=3190288;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:178,84:0.32:262
chr10	3191823	rs2388556	C	T	608.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.582;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.083;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=10;PP=258;ReadPosRankSum=0.311;SC=TTGGTGAGGACGCTGCAGAAG;SOR=0.617;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=33;TCF=16;TCR=17;TR=20;WE=3191831;WS=3191813;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,29:0.57:51
chr10	3193292	rs17287235	C	G	342.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.978;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=2;PP=229;ReadPosRankSum=-0.445;SC=GCAGAAGAATCGTGTAGAGCG;SOR=1.179;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=22;TCF=17;TCR=5;TR=13;WE=3193300;WS=3193282;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,14:0.67:21
chr10	3193557	rs60985673	TAAAAAAGAAACAA	T	1852.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.154;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.637;HP=6;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=5.100;NF=1;NR=24;PP=2972;ReadPosRankSum=-1.021;SC=ATTCTAGACCTAAAAAAGAAA;SOR=0.754;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=70;TCF=4;TCR=66;TR=25;WE=3193577;WS=3193547;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:93,55:0.37:148
chr10	3197856	rs3765101	C	G	1546.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.066;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=287;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.538;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=18;PP=519;ReadPosRankSum=-0.446;SC=TGGCTTCCACCTGTGCCTGCT;SOR=0.820;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=162;TCF=90;TCR=72;TR=47;WE=3197864;WS=3197846;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:178,94:0.35:272
chr10	3199555	rs7086470	A	T	854.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=22;NR=5;PP=599;SC=AATATCAAAAAGCCAGTTAAG;SOR=2.546;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=27;TCF=22;TCR=5;TR=27;WE=3199563;WS=3199545;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr10	3200155	rs9423705	G	C	117.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.931;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=1.708;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.06;ReadPosRankSum=-0.565;SOR=0.273;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,9:0.31:29
chr10	3200292	rs3182535	G	A	2755.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=43;NR=34;PP=1423;SC=GTCTTTCTCCGCAATCCCTTG;SOR=0.856;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=77;TCF=43;TCR=34;TR=77;WE=3200300;WS=3200282;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr10	3201010	rs3814592	C	T	958.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=27;NR=2;PP=700;SC=GTTCCAGACACTGTCAAGTGT;SOR=3.611;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=29;TCF=27;TCR=2;TR=29;WE=3201018;WS=3201000;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr10	3201072	rs3814593	G	T	383.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.526;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.62;ReadPosRankSum=0.168;SOR=0.643;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:79,27:0.25:106
chr10	3201097	rs3814594	T	C	3740.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.098;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.98;ReadPosRankSum=1.771;SOR=0.467;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,143:0.99:144
chr10	3202065	rs4242746	T	C	5472.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.438;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.673;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=89;NR=58;PP=2370;ReadPosRankSum=1.822;SC=CTAACGCTGATGGTTGTTTGT;SOR=0.717;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=148;TCF=90;TCR=58;TR=147;WE=3202073;WS=3202055;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,211:1.00:212
chr10	3202140	rs4242747	C	T	8268.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.241;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=315;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=102;NR=101;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.661;SC=TGTAAAATGACGTGACGTTGT;SOR=0.233;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=203;TCF=102;TCR=101;TR=203;WE=3202148;WS=3202130;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,313:1.00:314
chr10	3205851	rs6602034	C	G	1174.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=23;NR=7;PP=657;SC=ATGCCATAAACTGTTAAGAAC;SOR=1.775;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=23;TCR=7;TR=30;WE=3205859;WS=3205841;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr10	3206027	rs4609511	A	G	1718.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=21;NR=32;PP=947;SC=ACGTGTGGTCAGGAAGAAGTC;SOR=1.078;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=53;TCF=21;TCR=32;TR=53;WE=3206035;WS=3206017;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr10	3207632	rs3814596	A	G	3368.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=1.641;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=252;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.490;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=49;PP=1572;ReadPosRankSum=-1.696;SC=TAAACATGGGAAAAAGGTGGC;SOR=0.746;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=135;TCF=64;TCR=71;TR=92;WE=3207640;WS=3207621;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,162:0.66:246
chr10	3208557	rs12359035	A	G	1400.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=17;PP=581;SC=CCATGGGAGTAGTACGGAACT;SOR=0.853;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=14;TCR=20;TR=29;WE=3208575;WS=3208547;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr10	3208567	.	T	TGCACGCTAGGGAAGAGAGAGGAATG	2814	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;FR=1.0000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MMLQ=24;MQ=60.2;NF=0;NR=5;PP=2814;QD=20;SC=AGTACGGAACTGCACGCTAGG;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=1;TCR=14;TR=5;WE=3208575;WS=3208547;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:10,5:0.33:15
chr10	3208581	rs58131139	G	GA	495.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=22.53;SOR=0.874;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr10	3208583	.	A	C	164	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;FR=1.0000;HP=3;HapScore=2;MGOF=101;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=5;NR=10;PP=164;QD=13.2514141698;SC=CTAGGGAAGGAGAATGACCAG;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=5;TCR=10;TR=15;WE=3208591;WS=3208573;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr10	3208583	.	A	AGAGGAATGGCACGCTAGGGAAGGC	559.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=21.53;SOR=0.963;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr10	3209015	rs56658860	G	A	1292.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.912;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.091;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=12;PP=901;ReadPosRankSum=1.396;SC=TATTTTATGCGTGGCCTAAGA;SOR=0.476;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=71;TCF=55;TCR=16;TR=50;WE=3209023;WS=3209005;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,54:0.68:79
chr10	3212425	rs17133560	T	G	995.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.612;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.622;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=18;PP=428;ReadPosRankSum=1.175;SC=CTAAGTTAGATGAGTTGCAGG;SOR=0.633;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=94;TCF=42;TCR=52;TR=34;WE=3212433;WS=3212415;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:94,55:0.37:149
chr10	3214369	rs4880599	A	G	1870.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=30;NR=13;PP=856;SC=GCGCTGAACTATTACCTTATA;SOR=1.352;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=44;TCF=30;TCR=14;TR=43;WE=3214377;WS=3214359;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr10	3214516	rs4881118	A	G	2557.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=28;NR=40;PP=1210;SC=GACTTTAAGTATGGGCTGTGG;SOR=1.014;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=68;TCF=28;TCR=40;TR=68;WE=3214524;WS=3214506;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr10	3214995	rs34460808	AC	A	12106.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=397;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=27;NR=114;PP=2974;SC=CTGGCGAGGAACCCCCTCTTA;SOR=0.726;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=143;TCF=27;TCR=116;TR=141;WE=3215003;WS=3214985;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,372:1.00:372
chr10	4867313	rs2961562	A	T	1993.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.964;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=33;PP=909;ReadPosRankSum=-1.001;SC=GCTCACATTGAGGAGATGGAT;SOR=1.432;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=48;TCF=14;TCR=34;TR=46;WE=4867321;WS=4867303;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,76:0.97:78
chr10	4868303	rs11252766	T	A	83.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.791;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.19;ReadPosRankSum=0.413;SOR=0.454;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,6:0.30:20
chr10	4868445	rs2924275	G	T	1708.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.62;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=14;NR=21;PP=663;SC=CGCCAGCGCCGCAGTAGCTCG;SOR=0.886;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=36;TCF=14;TCR=22;TR=35;WE=4868453;WS=4868435;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr10	4877814	rs150127444	T	TTTTTG	2360.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.771;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.584;HP=7;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.504;NF=3;NR=17;PP=1065;ReadPosRankSum=-1.616;SC=CACATGGTTTTTTTTGTTTTG;SOR=0.800;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=37;TCF=6;TCR=31;TR=20;WE=4877822;WS=4877804;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,59:0.70:84
chr10	4879465	rs2961584	T	C	351.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=4;PP=198;SC=CCCAGCATCCTCTAGCCAGAA;SOR=1.329;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=8;TCR=4;TR=12;WE=4879473;WS=4879455;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr10	4884784	rs2924269	T	C	4699.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=43;NR=85;PP=2189;SC=GCCTCAGGGTTGCGGAGCTTG;SOR=1.291;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=128;TCF=43;TCR=85;TR=128;WE=4884792;WS=4884774;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,179:1.00:179
chr10	4889403	rs12240276	C	T	3034.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=1.466;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=532;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.153;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=53;PP=1318;ReadPosRankSum=2.014;SC=CAGGAATCTCCGACTGGCCAT;SOR=0.662;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=291;TCF=143;TCR=148;TR=104;WE=4889411;WS=4889393;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:350,178:0.34:528
chr10	4889525	rs2961597	T	C	4371.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=30;NR=81;PP=2711;SC=TTAATTAAACTTTCTCATTAT;SOR=1.790;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=111;TCF=30;TCR=81;TR=111;WE=4889533;WS=4889515;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,150:1.00:150
chr10	5005549	rs7069696	G	C	3152.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.561;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.399;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.205;NF=77;NR=25;PP=1803;ReadPosRankSum=-0.163;SC=CCAGCAGACAGTGTGCTCAGG;SOR=1.093;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=161;TCF=118;TCR=43;TR=102;WE=5005557;WS=5005539;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,134:0.62:215
chr10	5008383	rs7908994	C	T	726.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.694;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FS=0.585;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.97;MQRankSum=0.000;QD=3.43;ReadPosRankSum=2.015;SOR=0.638;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:159,53:0.25:212
chr10	5008987	rs10562538	GAAGA	G	203.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-0.619;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.319;NF=5;NR=0;PP=197;ReadPosRankSum=-0.566;SC=GGCATCACAAGAAGAGAGAGA;SOR=1.863;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=5;WE=5008998;WS=5008977;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,6:0.75:8
chr10	5009347	rs4445550	A	G	523.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.084;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=10;PP=175;ReadPosRankSum=-2.609;SC=ATTATAACATAGAAGAAGAAT;SOR=0.693;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=53;TCF=22;TCR=31;TR=17;WE=5009355;WS=5009337;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,32:0.33:98
chr10	5009364	rs2904802	T	C	2034.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=16;NR=28;PP=826;SC=GAATCCTAAATCTAACTCCTA;SOR=1.079;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=44;TCF=16;TCR=28;TR=44;WE=5009372;WS=5009354;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr10	5009449	rs7076886	T	C	66.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-0.558;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=35;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=4;PP=51;ReadPosRankSum=-0.676;SC=AGTGCAGAACTCTCAAAGCCT;SOR=0.283;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=12;TCF=3;TCR=9;TR=6;WE=5009457;WS=5009439;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,5:0.38:13
chr10	5010367	rs12250190	C	T	531.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=49.41;QD=29.54;SOR=1.863;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr10	5010390	rs200246244	A	G	186.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.695;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.06;MQRankSum=-1.248;QD=10.99;ReadPosRankSum=0.285;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,9:0.53:17
chr10	5010572	rs1138600	A	G	342.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=41.36;QD=28.56;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr10	5014545	rs67671072	T	TA	5606.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=254;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=9;NR=83;PP=1551;SC=ACCGGTTTGATAAAAAAAATT;SOR=1.022;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=100;TCF=10;TCR=90;TR=92;WE=5014553;WS=5014535;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,229:1.00:229
chr10	5018132	rs201420087	A	G	107.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=37.81;QD=35.76;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr10	5018146	rs199593717	T	A	107.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=37.81;QD=35.76;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr10	5018174	rs200458191	C	T	107.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=37.81;QD=35.76;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr10	5018178	rs201224840	G	A	107.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=37.81;QD=35.76;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr10	5018204	rs199601200	A	G	62.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=36.67;QD=31.37;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr10	5018224	rs200577408	C	T	62.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=36.67;QD=31.37;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr10	5019959	rs8483	G	A	522.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=-0.706;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.677;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.682;NF=8;NR=16;PP=319;ReadPosRankSum=0.123;SC=CATGAGGTCTGCCAGAAGGCC;SOR=1.329;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=75;TCF=33;TCR=42;TR=24;WE=5019967;WS=5019949;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,30:0.32:94
chr10	5032284	rs12774733	C	T	2381.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=1.708;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.285;NF=28;NR=37;PP=1082;ReadPosRankSum=1.530;SC=CCGTTACTAGCCCGTAGCGCA;SOR=0.742;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=95;TCF=41;TCR=54;TR=65;WE=5032292;WS=5032274;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,110:0.64:171
chr10	5041296	rs35767584	C	A	96.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.970;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=44.85;MQRankSum=0.973;QD=4.03;ReadPosRankSum=0.733;SOR=0.864;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,7:0.29:24
chr10	5041398	rs56259037	T	C	105.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.392;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=10.945;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=39.60;MQRankSum=-0.679;QD=2.52;ReadPosRankSum=0.495;SOR=3.291;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,8:0.19:42
chr10	5043504	rs67362530	G	A	275.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-4.863;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=1;PP=198;ReadPosRankSum=-0.182;SC=GCACTTTGAAGGCATGAATTG;SOR=0.223;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=37;TCF=35;TCR=2;TR=13;WE=5043512;WS=5043500;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,13:0.33:39
chr10	5045862	rs67165977	A	G	968.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.984;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=44.31;MQRankSum=-2.059;QD=17.94;ReadPosRankSum=0.496;SOR=0.576;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,34:0.63:54
chr10	5120157	rs4881396	G	T	371.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.221;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=6;PP=171;ReadPosRankSum=-0.280;SC=CAAGAAGGATGCAAATATCAC;SOR=0.741;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=39;TCF=21;TCR=18;TR=11;WE=5120165;WS=5120147;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,23:0.32:72
chr10	5120227	rs11252921	C	T	117.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.584;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.93;ReadPosRankSum=-1.753;SOR=0.582;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:49,12:0.20:61
chr10	5136651	rs12529	C	G	458.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.875;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FS=2.678;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.76;ReadPosRankSum=1.630;SOR=0.925;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:90,32:0.26:122
chr10	5139685	rs12387	G	A	1994.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.198;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=322;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.428;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=29;PP=877;ReadPosRankSum=-1.560;SC=ACTCACTGAAGAAAGCTCAAT;SOR=0.724;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=199;TCF=110;TCR=89;TR=68;WE=5139693;WS=5139675;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:206,109:0.35:315
chr10	5139815	rs2245191	C	A	938.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-2.658;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.745;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=21;PP=378;ReadPosRankSum=-0.262;SC=GATAGTTGAACAGAGCTTTTT;SOR=0.586;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=88;TCF=26;TCR=62;TR=29;WE=5139823;WS=5139805;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,48:0.40:119
chr10	5139886	rs2298305	C	A	696.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-1.463;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.570;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=20;PP=439;ReadPosRankSum=1.348;SC=ACCTAATTTCCTTTCTTTCGA;SOR=1.371;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=34;TCF=8;TCR=26;TR=26;WE=5139894;WS=5139876;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,29:0.69:42
chr10	5147909	rs2275928	G	A	143.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.663;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=1.247;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.61;ReadPosRankSum=-4.213;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:43,12:0.22:55
chr10	5149413	.	T	C	35	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;FR=0.5000;HP=1;HapScore=3;MGOF=0;MMLQ=25;MQ=60.0;NF=2;NR=1;PP=35;QD=23.2570708491;SC=AGGAATATACTTGAATATTTG;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=12;TCF=10;TCR=2;TR=3;WE=5149435;WS=5149411;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:9,3:0.25:12
chr10	5149427	.	T	C	35	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;FR=0.5000;HP=2;HapScore=3;MGOF=0;MMLQ=28;MQ=60.0;NF=2;NR=1;PP=35;QD=23.2570708491;SC=ATATTTGACTTTGTGTGTTTT;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=16;TCF=14;TCR=2;TR=3;WE=5149435;WS=5149411;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:13,3:0.19:16
chr10	5149703	rs3209896	G	A	456.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.313;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FS=0.809;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.08;ReadPosRankSum=1.861;SOR=0.843;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:82,30:0.27:112
chr10	5196273	rs1781930	A	G	346.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.841;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.636;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=4;PP=100;ReadPosRankSum=-2.428;SC=ATCAAATACTAAAATCCTCTC;SOR=0.375;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=29;TCF=19;TCR=10;TR=10;WE=5196281;WS=5196263;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,20:0.47:43
chr10	5197881	rs1781931	A	G	344.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=2.176;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.410;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=3;PP=228;ReadPosRankSum=0.610;SC=ATTGTAACTTATCATATCGGA;SOR=1.073;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=30;TCF=22;TCR=8;TR=14;WE=5197889;WS=5197871;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,16:0.43:37
chr10	5199934	rs1781935	G	C	1829.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.324;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=331;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=26;PP=715;ReadPosRankSum=-3.177;SC=CCTGGGCTTCGACTGTGTTTC;SOR=0.676;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=191;TCF=99;TCR=92;TR=54;WE=5199942;WS=5199924;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:222,108:0.33:330
chr10	5200059	rs1761601	T	C	575.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.929;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.805;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=18;PP=238;ReadPosRankSum=0.608;SC=ATCTACAGTGTGCTGCTCCTT;SOR=1.022;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=83;TCF=29;TCR=54;TR=26;WE=5200067;WS=5200049;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,34:0.32:107
chr10	5200638	rs1781937	G	A	92.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=3.481;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=0;PP=41;ReadPosRankSum=-0.444;SC=TGTTGGTGACGTTTAAGCTCA;SOR=1.022;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=12;TCR=1;TR=5;WE=5200646;WS=5200628;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,5:0.36:14
chr10	5200739	rs5782810	T	TAGG	1143.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.614;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.803;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=6;PP=629;ReadPosRankSum=-1.091;SC=TTCGCTTTAATAGTTTTTCAG;SOR=0.818;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=44;TCF=21;TCR=23;TR=14;WE=5200747;WS=5200729;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,33:0.33:101
chr10	5202104	rs2801889	C	T	2202.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=37;NR=22;PP=1184;SC=GGGCTTGTACCTGAGCCCTGG;SOR=1.207;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=62;TCF=40;TCR=22;TR=59;WE=5202112;WS=5202094;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr10	5202221	rs41460145	G	A	1081.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.863;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FS=15.154;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.82;ReadPosRankSum=-1.531;SOR=1.797;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:146,40:0.22:186
chr10	5202241	rs1761599	C	T	964.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.771;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FS=7.662;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.71;ReadPosRankSum=-0.312;SOR=1.383;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:136,33:0.20:169
chr10	5202343	rs138192813	G	GA	277.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.654;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.630;HP=9;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=15;PP=242;ReadPosRankSum=1.278;SC=TCTAGAATGGGAAAAAAAAAT;SOR=0.110;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=29;TCF=1;TCR=28;TR=16;WE=5202351;WS=5202333;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,17:0.63:27
chr10	5202925	rs7067921	G	A	1869.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-2.243;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.408;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=31;PP=840;ReadPosRankSum=0.543;SC=AAGGAGCTCGGCCAAACAACC;SOR=0.571;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=88;TCF=33;TCR=55;TR=52;WE=5202933;WS=5202915;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,83:0.62:134
chr10	5203748	rs3750573	A	G	1044.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.453;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=11;PP=690;ReadPosRankSum=1.593;SC=CCAAGCTAGAATTAGATAATT;SOR=0.576;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=51;TCF=38;TCR=13;TR=35;WE=5203756;WS=5203738;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,42:0.66:64
chr10	5203772	rs77303730	C	G	1719.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.253;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.811;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=18;PP=907;ReadPosRankSum=-1.089;SC=ATGCTTATAACCATGATGAAA;SOR=0.876;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=69;TCF=45;TCR=24;TR=50;WE=5203780;WS=5203762;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,73:0.70:105
chr10	5204676	rs7080497	A	C	57.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.960;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=0;PP=34;ReadPosRankSum=-0.674;SC=TCAGAGTAAGAAAGTCTTTTC;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=3;WE=5204684;WS=5204666;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,3:0.50:6
chr10	5241971	rs61854739	T	G	625.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=2.605;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=3;PP=465;ReadPosRankSum=-0.887;SC=CAACGGGTCATAGTCCCACAA;SOR=0.425;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=30;TCF=26;TCR=4;TR=20;WE=5241979;WS=5241961;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,23:0.68:34
chr10	5242004	rs55961423	C	T	409.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.397;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=6;PP=233;ReadPosRankSum=-0.452;SC=TGTATGCTCCCCTAGAGGTCT;SOR=0.719;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=46;TCF=30;TCR=16;TR=17;WE=5242012;WS=5241994;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,22:0.35:62
chr10	5242037	rs55695566	C	T	449.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.202;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.867;HP=2;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=9;PP=282;ReadPosRankSum=0.918;SC=CCTGAAGAAGCGAGCCACACC;SOR=0.582;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=57;TCF=35;TCR=22;TR=22;WE=5242045;WS=5242027;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,27:0.31:87
chr10	5242164	rs17306779	A	G	4878.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=72;NR=41;PP=2550;SC=ACAGAGCTGTAGAGGTCACCA;SOR=1.165;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=113;TCF=72;TCR=41;TR=113;WE=5242172;WS=5242154;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,172:1.00:172
chr10	5242346	rs7099651	G	A	11543.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=446;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=116;NR=129;PP=2965;SC=ATGCACATGTGTTTAATGGGA;SOR=0.758;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=245;TCF=116;TCR=129;TR=245;WE=5242354;WS=5242336;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,444:1.00:444
chr10	5244313	.	C	T	211.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.588;ClippingRankSum=0.000;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=1.341;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.88;ReadPosRankSum=0.132;SOR=0.412;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,14:0.39:36
chr10	5246626	rs56015013	G	A	1614.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=1.230;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=265;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=25;PP=608;ReadPosRankSum=0.671;SC=CTTCTGTAACGTATGATGACA;SOR=0.674;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=147;TCF=66;TCR=81;TR=45;WE=5246634;WS=5246616;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:171,91:0.35:262
chr10	5246670	rs1413781	A	C	2856.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.289;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.205;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=46;PP=1329;ReadPosRankSum=1.401;SC=AAAGCCTCTGATTCAAAAATT;SOR=0.825;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=111;TCF=43;TCR=68;TR=74;WE=5246678;WS=5246660;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,125:0.66:190
chr10	5246753	rs10600924	CACAGAT	C	887.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=1.782;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.736;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.980;NF=0;NR=16;PP=810;ReadPosRankSum=-2.209;SC=TTAGGATCTTCACAGATACAG;SOR=1.915;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=35;TCF=0;TCR=35;TR=16;WE=5246766;WS=5246743;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,24:0.53:45
chr10	5247631	rs3750568	G	A	1697.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.705;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=26.53;ReadPosRankSum=-0.222;SOR=0.552;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,43:0.67:64
chr10	5247634	rs3750567	G	A	1691.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.197;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.63;ReadPosRankSum=0.780;SOR=0.713;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,42:0.64:66
chr10	5247701	rs7921838	G	A	2689.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.031;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=34;PP=1549;ReadPosRankSum=-0.187;SC=TGACACTAAAGTGACTGCTTC;SOR=0.685;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=140;TCF=89;TCR=51;TR=91;WE=5247709;WS=5247691;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,129:0.63:205
chr10	5247784	rs3829125	C	G	4485.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.077;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=300;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=64;PP=1982;ReadPosRankSum=1.357;SC=GTGGATCTCTCTGCCACATGG;SOR=0.681;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=179;TCF=81;TCR=98;TR=121;WE=5247792;WS=5247774;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:97,201:0.67:298
chr10	5254820	rs4098025	AC	CG	1846.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.608;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.488;HP=2;HapScore=2;JOINED;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=9;PP=1328;ReadPosRankSum=-1.078;SC=CTTATGAGATACCAGGTGATG;SOR=0.350;SbPval=0.26;Source=Platypus;TC=63;TCF=49;TCR=14;TR=31;WE=5254829;WS=5254810;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,46:0.53:86
chr10	5254847	rs1832007	A	G	1527.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.015;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.727;HP=3;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=14;PP=990;ReadPosRankSum=0.126;SC=CTGTTCAGGGACCTCACTTGA;SOR=0.599;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=95;TCF=69;TCR=26;TR=52;WE=5254855;WS=5254837;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,65:0.55:119
chr10	5255025	rs4880718	A	G	4596.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.04;SOR=1.139;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,170:1.00:170
chr10	5258955	rs2050309	C	G	284.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=7;PP=162;SC=GGGTCAGCATCGGTCAACCTG;SOR=1.270;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=3;TCR=7;TR=10;WE=5258963;WS=5258945;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr10	5260548	rs141745211	C	CAT	498.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.224;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.139;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=5;PP=510;ReadPosRankSum=2.366;SC=TCATGAAAGACATTCTACAAA;SOR=0.120;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=25;TCF=17;TCR=8;TR=11;WE=5260556;WS=5260538;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,14:0.45:31
chr10	5260682	rs17134592	C	G	1963.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.895;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.185;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=1.071;NF=32;NR=29;PP=912;ReadPosRankSum=0.147;SC=TCTTTTCAGTCTTATGGACCA;SOR=0.511;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=96;TCF=53;TCR=43;TR=61;WE=5260690;WS=5260672;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,93:0.64:145
chr10	5260786	rs141695403	GTC	G	1336.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-0.338;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.147;HP=2;HapScore=2;MGOF=27;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.757;NF=1;NR=19;PP=852;ReadPosRankSum=-1.986;SC=TGCAGAGGATGTCTCTATGCT;SOR=0.485;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=35;TCF=2;TCR=33;TR=20;WE=5260795;WS=5260776;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,35:0.66:53
chr10	5260812	rs2398157	A	G	1129.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=31;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=29;PP=795;SC=CTGGACACACAGCCTCTGGTT;SOR=1.721;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=42;TCF=13;TCR=29;TR=42;WE=5260820;WS=5260802;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr10	5435918	rs7097775	G	A	1543.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.711;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=248;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.777;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=33;PP=739;ReadPosRankSum=0.721;SC=ACTCAAAGCAGGCAGTGGTGA;SOR=0.951;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=161;TCF=72;TCR=89;TR=54;WE=5435926;WS=5435908;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:160,84:0.34:244
chr10	5436260	rs7910290	A	G	3572.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=49;NR=46;PP=1825;SC=GCTCTACCACAGCAGTGGAGA;SOR=0.693;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=95;TCF=49;TCR=46;TR=95;WE=5436268;WS=5436250;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,136:1.00:136
chr10	5436487	rs6601957	A	G	2279.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-2.383;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=37;PP=1084;ReadPosRankSum=-0.761;SC=TGAATTGGACAGTAGTGGCAG;SOR=0.341;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=65;TCF=27;TCR=38;TR=64;WE=5436495;WS=5436477;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,89:0.99:90
chr10	5437365	rs11253156	A	G	5952.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.735;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=77;NR=78;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.850;SC=CGTAATTGTTAGCAGCATCCT;SOR=0.711;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=155;TCF=77;TCR=78;TR=155;WE=5437373;WS=5437355;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,224:0.99:226
chr10	5446632	rs10904491	G	A	309.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.678;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=3;PP=114;ReadPosRankSum=0.014;SC=AGAAACAAATGTTTCTTTACA;SOR=0.892;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=34;TCF=25;TCR=9;TR=12;WE=5446640;WS=5446622;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,15:0.35:43
chr10	5446794	rs7477466	C	T	3971.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=46;NR=53;PP=1777;SC=GTAGTAATGACTGAGGAGCCT;SOR=0.816;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=99;TCF=46;TCR=53;TR=99;WE=5446802;WS=5446784;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,153:1.00:153
chr10	5446942	rs4881435	C	T	473.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=13;PP=357;SC=CTGAACAACCCGGGATAAAGT;SOR=2.712;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=16;TCF=3;TCR=13;TR=15;WE=5446950;WS=5446932;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr10	5446965	rs4881436	G	A	57.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.483;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=4.44;ReadPosRankSum=0.543;SOR=0.180;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,4:0.31:13
chr10	5471200	rs4604777	C	T	1918.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=18;PP=655;SC=AAGGTAAGCCCTGCTGCCCTG;SOR=0.720;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=34;TCF=16;TCR=18;TR=34;WE=5471208;WS=5471190;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr10	5495218	rs4567355	T	C	3179.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.06;SOR=0.986;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr10	5498248	rs4242790	G	T	274.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=1.730;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.273;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=10;PP=179;ReadPosRankSum=-3.096;SC=TAAAATGCAGGCCTTCAATAA;SOR=2.749;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=28;TCF=5;TCR=23;TR=10;WE=5498256;WS=5498238;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,13:0.34:38
chr10	5541181	rs10904516	T	C	5631.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.299;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FS=0.510;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.14;ReadPosRankSum=0.088;SOR=0.739;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:83,141:0.63:224
chr10	5541181	.	TTC	CTT	2944	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;FR=0.5000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MMLQ=28;MQ=60.0;NF=51;NR=29;PP=2944;QD=20;SC=CCTGGCCTTCTTCGCCGCCGT;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=134;TCF=84;TCR=50;TR=80;WE=5541191;WS=5541171;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:54,80:0.60:134
chr10	5541183	rs10904517	C	T	5631.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.165;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.70;ReadPosRankSum=0.454;SOR=0.684;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:85,143:0.63:228
chr10	5541230	rs11546426	T	C	3811.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.448;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=286;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.940;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=69;NR=49;PP=1697;ReadPosRankSum=0.456;SC=TCGCCGTCGCTGTCAACCTCG;SOR=0.627;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=187;TCF=113;TCR=74;TR=118;WE=5541238;WS=5541220;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:108,175:0.62:283
chr10	5558145	rs5782832	G	GC	10371.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.622;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=295;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.209;NF=33;NR=88;PP=2936;ReadPosRankSum=1.020;SC=AATCAAACAGGCACCTGGGCA;SOR=0.729;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=127;TCF=37;TCR=90;TR=121;WE=5558153;WS=5558135;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,281:0.99:283
chr10	5558349	rs4072067	G	A	989.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=28;PP=756;SC=GAGGCTTGACGGGGAAAGAAG;SOR=2.899;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=37;TCF=6;TCR=31;TR=33;WE=5558357;WS=5558339;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr10	5682641	rs7896492	C	T	2525.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=42;NR=20;PP=1258;SC=ACGGGGGCAGCCACGGTCCGG;SOR=1.305;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=63;TCF=43;TCR=20;TR=62;WE=5682649;WS=5682631;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr10	5682855	rs4427479	TG	CC	3086.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=16;NR=38;PP=2107;SC=ACACCTGCAATGGAACACAAA;SOR=1.545;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=56;TCF=17;TCR=39;TR=54;WE=5682864;WS=5682845;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr10	5684342	rs6602421	C	G	685.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=20;NR=2;PP=431;SC=TCTTGCGGGCCCAGGACGGAG;SOR=3.098;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=22;TCF=20;TCR=2;TR=22;WE=5684350;WS=5684332;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr10	5684534	rs61006671	T	TA	275.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.811;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.174;HP=9;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=13;PP=137;ReadPosRankSum=-2.201;SC=AAAGTAAAGGTAAAAAAAAAT;SOR=0.414;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=29;TCF=1;TCR=28;TR=14;WE=5684542;WS=5684524;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,23:0.50:46
chr10	5684553	rs12268809	A	T	971.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.610;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.184;HP=9;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=11;PP=235;ReadPosRankSum=-2.320;SC=ATTTTTTTTTAAAAAAAAGAG;SOR=0.502;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=33;TCF=10;TCR=23;TR=17;WE=5684561;WS=5684543;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,28:0.61:46
chr10	5684616	rs56802263	G	GT	149.25	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.282;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=6.990;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=14.92;ReadPosRankSum=0.674;SOR=3.020;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,9:0.90:10
chr10	5693379	rs6602483	A	G	7007.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=266;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=72;NR=105;PP=2965;SC=CACGCAACCCACTTTCCCATC;SOR=0.953;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=177;TCF=72;TCR=105;TR=177;WE=5693387;WS=5693369;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,265:1.00:265
chr10	5708311	rs6602610	G	A	898.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=20;NR=4;PP=523;SC=CGGCACCACTGGGACCCTGCT;SOR=1.981;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=20;TCR=4;TR=24;WE=5708319;WS=5708301;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr10	5708420	rs6602613	T	C	2430.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.65;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=26;PP=746;SC=GCGGCCGGCCTCAGGAGCCGG;SOR=0.999;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=41;TCF=15;TCR=26;TR=41;WE=5708428;WS=5708410;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr10	5762766	rs201959475	G	GT	109.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.604;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.74;ReadPosRankSum=0.093;SOR=0.650;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:49,14:0.22:63
chr10	5766337	rs10737018	G	A	541.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.65;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=3;PP=172;SC=CAAATTGACTGTAAGTACATA;SOR=1.329;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=12;TCF=9;TCR=3;TR=12;WE=5766345;WS=5766327;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr10	5766597	rs139204494	TAG	T	97.76	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-0.842;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=5;PP=187;ReadPosRankSum=1.282;SC=TATATATATATAGATAGATAG;SOR=1.981;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=5;WE=5766606;WS=5766587;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,4:0.80:5
chr10	5781628	rs2254067	T	G	5388.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=89;NR=49;PP=2829;SC=TTCAAGAGGTTGTCAAGAAGA;SOR=1.306;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=138;TCF=89;TCR=49;TR=138;WE=5781636;WS=5781618;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,196:1.00:196
chr10	5781969	rs2797486	A	T	4638.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=1.916;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=62;PP=2671;ReadPosRankSum=-0.526;SC=CAGACTTAACAGTTAGCCAAG;SOR=0.242;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=126;TCF=64;TCR=62;TR=126;WE=5781977;WS=5781959;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,169:0.99:170
chr10	5784509	rs2797488	G	A	2023.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=0.930;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=47;PP=1307;ReadPosRankSum=0.237;SC=GCTGAATACCGTTAAATGTTG;SOR=1.426;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=62;TCF=14;TCR=48;TR=61;WE=5784517;WS=5784499;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,75:0.96:78
chr10	5788110	rs200661404	A	AT	239.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.368;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.56;ReadPosRankSum=-1.215;SOR=0.631;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,17:0.61:28
chr10	5788608	rs2797491	G	C	10144.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.073;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=389;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=119;NR=132;PP=2965;ReadPosRankSum=1.214;SC=GCTGATGAACGTACAACCTTT;SOR=0.412;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=252;TCF=119;TCR=133;TR=251;WE=5788616;WS=5788598;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,375:0.99:378
chr10	5790420	rs2669142	T	C	9030.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=346;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=101;NR=130;PP=2965;SC=GCAGAGCCAGTGTTTCAAGCA;SOR=0.862;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=231;TCF=101;TCR=130;TR=231;WE=5790428;WS=5790410;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,343:1.00:343
chr10	5804455	rs3736462	A	G	80.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=62.65;QD=26.76;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr10	5804471	rs148906161	G	GTTTT	40.70	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=63.51;QD=20.35;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr10	5804474	rs59569509	G	T	49.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=63.51;QD=24.87;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr10	5804531	rs2797501	G	A	598.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=12;NR=13;PP=510;SC=TTTGAAAATAGTGGAATCCTT;SOR=0.859;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=25;TCF=12;TCR=13;TR=25;WE=5804539;WS=5804521;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr10	5828091	rs143103652	A	AATT	748.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=0.046;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=13;PP=524;ReadPosRankSum=-1.262;SC=GCAAAGTTTAAACATGCCTTG;SOR=0.941;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=0;TCR=17;TR=13;WE=5828099;WS=5828081;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,19:0.83:23
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chr10	5853923	rs146282355	T	TA	77.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.346;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=8.269;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.16;ReadPosRankSum=-0.579;SOR=0.117;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,12:0.33:36
chr10	5919947	rs2985043	C	T	1012.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=24;NR=7;PP=649;SC=AACTCCTCAGCAGGAGTGGAA;SOR=2.774;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=32;TCF=25;TCR=7;TR=31;WE=5919955;WS=5919937;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr10	5920121	rs1052420	T	C	7202.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=281;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=85;NR=70;PP=2810;SC=GCCAGAGCCCTGAAGGACATC;SOR=0.768;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=155;TCF=85;TCR=70;TR=155;WE=5920129;WS=5920111;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,274:1.00:274
chr10	5922186	rs811561	T	A	600.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=15;NR=4;PP=414;SC=ATTAAAATCATTGTTTTAAAT;SOR=2.200;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=20;TCF=16;TCR=4;TR=19;WE=5922194;WS=5922176;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr10	5924942	rs617165	C	G	5961.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.877;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=97;NR=59;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.929;SC=CAGGGAAGCTCGGACAACGTT;SOR=1.127;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=159;TCF=97;TCR=62;TR=156;WE=5924950;WS=5924932;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,218:0.99:220
chr10	5925971	rs631947	C	A	6344.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=246;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=80;NR=81;PP=2965;SC=CGTCGATGTGCCCACACTGGA;SOR=0.735;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=161;TCF=80;TCR=81;TR=161;WE=5925979;WS=5925961;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,241:1.00:241
chr10	5926079	rs3750657	AT	CC	1827.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.786;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.021;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=25;PP=1288;ReadPosRankSum=-2.567;SC=AGAAAATTCAATACCTCAAAC;SOR=0.964;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=105;TCF=39;TCR=66;TR=38;WE=5926088;WS=5926069;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:107,53:0.33:160
chr10	5926131	rs7919785	G	A	465.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=3.795;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=11.431;HP=1;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=17;PP=337;ReadPosRankSum=-0.081;SC=GGTGAACTGCGTGTGTGCAAA;SOR=2.153;SbPval=0.96;Source=Platypus;TC=55;TCF=18;TCR=37;TR=20;WE=5926139;WS=5926121;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,24:0.32:75
chr10	5926154	rs7907053	A	G	279.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=2.909;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.994;HP=1;HapScore=2;MGOF=27;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=11;PP=206;ReadPosRankSum=-0.919;SC=ACCTGTGAGCATGGAGCTCTC;SOR=2.235;SbPval=0.98;Source=Platypus;TC=35;TCF=10;TCR=25;TR=12;WE=5926162;WS=5926144;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,14:0.33:42
chr10	5932187	rs2253422	C	A	186.41	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-1.593;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5731;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=7;NR=1;PP=133;ReadPosRankSum=-0.282;SC=AGGAAGTCGGCGGGCGTCTCG;SOR=1.609;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=9;TCF=8;TCR=1;TR=8;WE=5932195;WS=5932177;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,8:0.89:9
chr10	5932475	rs10905405	T	C	243.22	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-0.696;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5564;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=5;PP=122;ReadPosRankSum=2.672;SC=GGCTCGGCCGTCCGGGCCGTG;SOR=0.293;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=10;TCF=4;TCR=6;TR=9;WE=5932483;WS=5932465;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,11:0.92:12
chr10	5936425	rs12781700	C	G	616.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.980;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=13;PP=313;ReadPosRankSum=-0.314;SC=GTCAGGAGACCCGGGTTCTTG;SOR=0.665;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=74;TCF=39;TCR=35;TR=26;WE=5936433;WS=5936415;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,35:0.33:106
chr10	5948638	rs7082434	C	T	523.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-0.884;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.607;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=15;PP=242;ReadPosRankSum=-0.424;SC=TCTAAAAGCACGTAACTTTGC;SOR=0.341;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=71;TCF=21;TCR=50;TR=23;WE=5948646;WS=5948628;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,30:0.36:84
chr10	5951025	rs595923	T	C	3020.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.697;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=276;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.538;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=47;PP=1538;ReadPosRankSum=0.878;SC=TACGGTGAGCTTTGCCTGTGC;SOR=0.571;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=176;TCF=93;TCR=83;TR=93;WE=5951033;WS=5951015;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:125,143:0.53:268
chr10	5952854	rs7067928	C	T	121.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.293;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=2.492;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.68;ReadPosRankSum=-2.761;SOR=0.157;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,8:0.31:26
chr10	5957270	rs10508298	C	T	175.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=0.846;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=0;PP=123;ReadPosRankSum=-0.049;SC=GCTCTCAAGACAGAGGTGTGA;SOR=0.188;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=29;TCF=29;TCR=0;TR=9;WE=5957278;WS=5957260;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,9:0.30:30
chr10	5960209	rs2387092	C	T	541.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=2.854;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.043;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=3;PP=382;ReadPosRankSum=1.168;SC=TCCAGTGTGCCCTGGCTTAGC;SOR=1.402;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=53;TCF=41;TCR=12;TR=21;WE=5960217;WS=5960199;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,25:0.38:65
chr10	5966190	rs2274029	G	A	531.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.647;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=20.45;ReadPosRankSum=1.393;SOR=0.487;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,21:0.81:26
chr10	5966190	.	GCA	ACG	329	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=17;NR=2;PP=329;QD=20.1298881506;SC=CTGCTCTTGCGCAGCTGCTTA;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=26;TCF=23;TCR=3;TR=19;WE=5966200;WS=5966180;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:7,19:0.73:26
chr10	5966192	rs2274030	A	G	1086.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=40.25;SOR=3.690;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr10	5967158	rs2669126	C	T	440.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=2.129;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=4.337;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=0;PP=341;ReadPosRankSum=0.062;SC=TTTTCTGTTCCCGACAGTTGT;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=18;TCR=0;TR=15;WE=5967166;WS=5967152;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,16:0.80:20
chr10	5967176	rs11255971	C	T	73.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.708;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=4.843;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.73;ReadPosRankSum=-1.887;SOR=0.127;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,7:0.26:27
chr10	5978411	rs646406	T	C	2459.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=47;NR=26;PP=1656;SC=TCGCTCTTTCTTTCTCAGGAG;SOR=1.295;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=74;TCF=48;TCR=26;TR=73;WE=5978419;WS=5978401;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr10	5990899	rs4367845	C	T	664.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-1.727;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.838;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=3;PP=389;ReadPosRankSum=0.021;SC=TTATACAAGGCACAATGTCAA;SOR=1.542;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=30;TCF=25;TCR=5;TR=22;WE=5990907;WS=5990889;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,27:0.73:37
chr10	5998285	rs3136627	G	A	2569.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.021;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.642;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=29;PP=1264;ReadPosRankSum=0.482;SC=GCCAGGTGCAGCTCTTTTCTC;SOR=0.898;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=129;TCF=81;TCR=48;TR=81;WE=5998293;WS=5998275;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,119:0.63:188
chr10	6000259	rs17320853	T	C	2008.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.724;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.297;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=29;PP=861;ReadPosRankSum=-1.310;SC=TATGTTTATTTATACAGTCTC;SOR=0.587;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=94;TCF=46;TCR=48;TR=60;WE=6000267;WS=6000249;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,95:0.62:153
chr10	6000409	rs12260233	T	C	396.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.357;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=11;PP=228;ReadPosRankSum=-0.109;SC=AGTGCAGTGGTGTGATCACAG;SOR=0.807;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=22;TCF=7;TCR=15;TR=16;WE=6000417;WS=6000399;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,18:0.75:24
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chr10	6002368	rs2228059	T	G	2886.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.107;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=36;PP=1229;ReadPosRankSum=-0.261;SC=GAGTTCCCAGTTCTTGGCTGT;SOR=0.703;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=117;TCF=67;TCR=50;TR=84;WE=6002376;WS=6002358;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,136:0.69:196
chr10	6005674	rs3136614	G	A	1678.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.997;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.945;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=19;PP=767;ReadPosRankSum=-1.001;SC=GGGAGGGAATGAATGTCCTCG;SOR=0.853;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=65;TCF=37;TCR=28;TR=48;WE=6005682;WS=6005664;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,77:0.73:105
chr10	6019698	rs8177628	C	T	396.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.115;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.275;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=10;PP=163;ReadPosRankSum=-0.492;SC=CCCCTGTCCCCGGGACGCATG;SOR=0.484;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=31;TCF=6;TCR=25;TR=13;WE=6019706;WS=6019688;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,20:0.45:44
chr10	6041854	rs41294645	C	T	1092.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.778;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.453;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=14;PP=645;ReadPosRankSum=0.116;SC=TTTCCTCCTTCCCGTGGGCAG;SOR=0.947;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=133;TCF=80;TCR=53;TR=42;WE=6041862;WS=6041844;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:145,63:0.30:208
chr10	6042034	rs10795731	C	T	1614.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.965;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FS=5.535;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.68;ReadPosRankSum=0.960;SOR=0.333;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,70:0.68:103
chr10	6054765	rs12722600	C	T	970.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.921;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.166;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=8;PP=569;ReadPosRankSum=-0.023;SC=CCTTTGATTTCACTTGGGCTT;SOR=1.019;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=110;TCF=78;TCR=32;TR=35;WE=6054773;WS=6054755;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:112,51:0.31:163
chr10	6061277	rs7069976	G	A	1653.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=37;NR=10;PP=1074;SC=CAACCTACCAGTCAACCAACT;SOR=2.107;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=37;TCR=10;TR=47;WE=6061285;WS=6061267;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr10	6061781	rs10752175	T	C	6617.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=258;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=84;NR=58;PP=2781;SC=CCTGGTCACCTCTGCCCTTTT;SOR=0.958;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=142;TCF=84;TCR=58;TR=142;WE=6061789;WS=6061771;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,252:1.00:252
chr10	6062051	rs9804284	T	A	587.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=17;PP=436;SC=ATGCCACCCCTCATGGTTCCA;SOR=3.716;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=19;TCF=2;TCR=17;TR=19;WE=6062059;WS=6062041;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr10	6063674	rs942200	T	C	3544.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=2.040;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=66;PP=1705;ReadPosRankSum=-0.572;SC=ATGGAAGGAATGCTCTGAAGG;SOR=0.547;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=100;TCF=33;TCR=67;TR=98;WE=6063682;WS=6063664;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,136:0.99:137
chr10	6066200	rs11256369	C	G	2723.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=0.879;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=31;PP=1665;ReadPosRankSum=-1.233;SC=ACAGATTCATCTCTCACCTGG;SOR=0.680;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=133;TCF=90;TCR=43;TR=94;WE=6066208;WS=6066190;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,112:0.72:156
chr10	6131029	rs3750669	G	T	167.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=0.045;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=2;PP=45;ReadPosRankSum=-1.149;SC=GCCGCCGAGCGCCCTGAGGAC;SOR=0.743;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=16;TCF=11;TCR=5;TR=6;WE=6131037;WS=6131019;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,10:0.45:22
chr10	6150828	rs374720400	GCTCTGTC	G	652.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.833;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=4;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=9;PP=1660;ReadPosRankSum=1.429;SC=AGCCTGCCTGGCTCTGTCACC;SOR=0.432;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=0;TCR=14;TR=9;WE=6150859;WS=6150818;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,17:0.68:25
chr10	6150837	.	C	T	661.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.257;ClippingRankSum=0.000;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=26.47;ReadPosRankSum=1.372;SOR=0.432;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,17:0.68:25
chr10	6150843	.	G	A	703.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.720;ClippingRankSum=0.000;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=27.07;ReadPosRankSum=1.113;SOR=0.491;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,18:0.69:26
chr10	6150844	.	C	A	703.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.852;ClippingRankSum=0.000;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=1.978;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=31.99;ReadPosRankSum=0.627;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,16:0.73:22
chr10	6150845	.	C	T	703.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.038;ClippingRankSum=0.000;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=1.978;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=31.99;ReadPosRankSum=0.590;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,16:0.73:22
chr10	6150848	rs75593307	ACCTG	A	616.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.822;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.978;HP=3;HapScore=4;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=9;PP=1318;ReadPosRankSum=0.627;SC=CTGAGGCCGCACCTGGATCTC;SOR=0.368;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=0;TCR=13;TR=9;WE=6150859;WS=6150818;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,16:0.73:22
chr10	6152220	rs41295353	C	G	729.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-2.253;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.974;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=22;PP=452;ReadPosRankSum=0.160;SC=CACACGGTACCTGCCTCAATC;SOR=0.432;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=69;TCF=20;TCR=49;TR=34;WE=6152228;WS=6152210;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,37:0.45:83
chr10	6156118	rs10795823	T	C	3959.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=49;NR=46;PP=1477;SC=GAAGTAAGAGTGTTTTCTTTT;SOR=0.732;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=96;TCF=50;TCR=46;TR=95;WE=6156126;WS=6156108;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,157:1.00:157
chr10	6187115	rs11256972	A	G	242.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.214;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=7;PP=158;ReadPosRankSum=0.042;SC=GCCCGGGGCCAAGCGAGACGC;SOR=0.722;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=16;TCF=5;TCR=11;TR=11;WE=6187123;WS=6187105;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,12:0.57:21
chr10	6188543	rs943119	C	T	660.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.420;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=19;PP=411;ReadPosRankSum=-0.521;SC=CTGCAGGGGACAATCATTTAT;SOR=0.718;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=71;TCF=26;TCR=45;TR=30;WE=6188551;WS=6188533;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,38:0.36:105
chr10	6188591	rs7074372	A	G	612.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-0.895;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.744;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=14;PP=332;ReadPosRankSum=0.795;SC=TTGTCGATGTAGGCTCTGGTT;SOR=0.307;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=41;TCF=13;TCR=28;TR=23;WE=6188599;WS=6188581;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,28:0.60:47
chr10	6258015	rs2148293	T	C	2648.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=32.70;SOR=1.668;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr10	6258015	.	TG	CA,CG	744	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.44;FR=0.5000,0.5000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MMLQ=23;MQ=60.0;NF=12,42;NR=3,18;PP=111,744;QD=10.9645249908;SC=TGTCGGGGCGTGTCGGGAGTT;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=65;TCF=47;TCR=18;TR=15,60;WE=6258024;WS=6258005;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.23:65
chr10	6258016	rs35710132	G	A	352.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.597;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FS=9.224;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.96;ReadPosRankSum=-0.367;SOR=1.965;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:66,23:0.26:89
chr10	6258052	rs2148294	G	A	2494.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.573;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.372;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=32;PP=1170;ReadPosRankSum=1.221;SC=CGGATGCACCGGCGCTGACAT;SOR=0.402;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=112;TCF=68;TCR=44;TR=75;WE=6258060;WS=6258042;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,114:0.73:157
chr10	6258300	rs2516622	A	C	1343.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=28;PP=628;SC=CTCAGGAAGGAGGATGTGGGG;SOR=4.680;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=30;TCF=2;TCR=28;TR=30;WE=6258319;WS=6258290;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr10	6258311	rs2516623	T	C	1305.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=25;PP=561;SC=GGATGTGGGGTGGACTCAGGG;SOR=4.479;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=27;TCF=2;TCR=25;TR=27;WE=6258319;WS=6258290;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr10	6258492	rs147522693	C	CG	296.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.831;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=2;PP=307;ReadPosRankSum=0.644;SC=TTGGTAGTTGCGGGAGGCCTG;SOR=0.905;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=36;TCF=29;TCR=7;TR=12;WE=6258500;WS=6258482;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,14:0.32:44
chr10	6258796	rs2182412	T	C	3152.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=28;NR=64;PP=2130;SC=AGGAAAAGGCTTCAGGAAGCG;SOR=1.893;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=92;TCF=28;TCR=64;TR=92;WE=6258804;WS=6258786;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr10	6258840	rs5782881	GC	G	1635.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQ=60.23;NF=4;NR=30;PP=1391;SC=CCCTCCTGCTGCCCATGTTCC;SOR=2.560;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=34;TCF=4;TCR=30;TR=34;WE=6258848;WS=6258830;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr10	6258937	rs2765827	A	G	2418.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-1.682;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.212;NF=58;NR=20;PP=1669;ReadPosRankSum=-0.585;SC=CTTGGGGGCCATGGGGCGTTC;SOR=1.081;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=81;TCF=61;TCR=20;TR=78;WE=6258945;WS=6258927;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,89:0.99:90
chr10	6259239	rs2516624	G	A	2696.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=68;PP=2034;SC=GACCGGGTCCGGCTCGGAAGC;SOR=3.365;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=77;TCF=9;TCR=68;TR=77;WE=6259247;WS=6259229;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr10	6261704	rs1557111	T	C	516.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=2.259;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.682;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=15;PP=365;ReadPosRankSum=-1.400;SC=TGAGGGTTCTTACTGAATTCT;SOR=1.814;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=23;TCF=3;TCR=20;TR=17;WE=6261712;WS=6261694;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,18:0.78:23
chr10	6264737	rs146137754	C	T	923.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.413;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=12;PP=504;ReadPosRankSum=0.104;SC=GCTCTCTGGCCGGTCTGATGC;SOR=0.767;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=55;TCF=36;TCR=19;TR=33;WE=6264745;WS=6264727;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,43:0.54:79
chr10	6319884	.	G	GT	97.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.769;ClippingRankSum=0.000;DP=72;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.75;ReadPosRankSum=2.629;SOR=0.852;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:42,14:0.25:56
chr10	6368707	rs7087657	C	T	182.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.317;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.35;ReadPosRankSum=-1.807;SOR=0.646;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,13:0.31:42
chr10	6368721	rs7074209	G	T	1287.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.93;SOR=1.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr10	6368724	rs7074211	G	T	1258.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.96;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr10	6392848	rs744254	G	A	381.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-0.769;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=11;PP=227;ReadPosRankSum=-1.547;SC=AGCTGAACCAGATTGGTGTCA;SOR=0.551;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=41;TCF=11;TCR=30;TR=15;WE=6392856;WS=6392838;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,19:0.40:47
chr10	6472962	rs601150	T	G	3487.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=21;NR=82;PP=2484;SC=CATCAGGAGGTCGTGGTGCTT;SOR=2.514;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=103;TCF=21;TCR=82;TR=103;WE=6472970;WS=6472952;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr10	6498799	rs2296123	C	G	1339.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.174;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=27;PP=648;ReadPosRankSum=-0.251;SC=TGAAGCAAATCTCACATTAAT;SOR=0.668;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=56;TCF=16;TCR=40;TR=38;WE=6498807;WS=6498789;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,59:0.67:88
chr10	6504126	rs604663	T	C	1189.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.548;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FS=0.848;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.37;ReadPosRankSum=1.089;SOR=0.887;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:56,33:0.37:89
chr10	6504136	rs678304	C	G	1307.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.006;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FS=3.774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.11;ReadPosRankSum=1.195;SOR=1.106;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:69,39:0.36:108
chr10	6521147	rs643610	G	A	958.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=2.573;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.867;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=25;PP=470;ReadPosRankSum=-0.178;SC=GAGGGAAGAAGTAACTTTATT;SOR=1.063;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=115;TCF=37;TCR=78;TR=33;WE=6521155;WS=6521137;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:128,55:0.30:183
chr10	6527143	rs2236379	G	A	3376.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=1.161;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=288;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.436;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=45;PP=1443;ReadPosRankSum=-0.553;SC=TAAACATGGCGGCCTTGCTTC;SOR=0.646;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=158;TCF=77;TCR=81;TR=87;WE=6527151;WS=6527133;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:123,158:0.56:281
chr10	6527344	rs661891	A	C	177.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=4.185;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=8;PP=139;ReadPosRankSum=0.246;SC=CATAGGGTCAACAAAGATCTC;SOR=0.818;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=0;TCR=21;TR=8;WE=6527352;WS=6527334;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,8:0.33:24
chr10	6533625	rs527611	T	A	164.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-2.006;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=1;PP=84;ReadPosRankSum=-1.919;SC=CGGGCCATGCTCATCCCCCAC;SOR=0.527;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=38;TCF=33;TCR=5;TR=9;WE=6533633;WS=6533615;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,11:0.25:44
chr10	6533877	rs3815975	A	G	1371.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=2.539;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.388;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=32;PP=826;ReadPosRankSum=2.150;SC=TAATGAAAACACTGGCATTGT;SOR=1.044;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=85;TCF=30;TCR=55;TR=47;WE=6533885;WS=6533867;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,63:0.52:122
chr10	6533900	rs3815974	C	T	1096.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.020;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.755;HP=3;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=28;PP=702;ReadPosRankSum=1.226;SC=GCATTTTAAACCATCATTGTC;SOR=1.329;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=61;TCF=17;TCR=44;TR=36;WE=6533908;WS=6533890;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,47:0.59:80
chr10	7230524	rs2462712	G	T	387.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-0.568;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.634;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=0;PP=291;ReadPosRankSum=0.542;SC=AAGTGGCAAGGTTCAAAGTAG;SOR=3.375;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=32;TCF=29;TCR=3;TR=15;WE=7230532;WS=7230514;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,16:0.46:35
chr10	7230824	rs2762607	A	C	454.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=1.728;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.360;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=15;PP=243;ReadPosRankSum=0.245;SC=AAGTGAAGAAACGTGATTAAG;SOR=1.039;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=58;TCF=11;TCR=47;TR=18;WE=7230832;WS=7230814;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,24:0.32:74
chr10	7239386	rs2762604	C	T	880.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.153;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.574;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=12;PP=387;ReadPosRankSum=1.050;SC=ATGGAGAGAACGGAGGTCTCG;SOR=0.406;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=86;TCF=60;TCR=26;TR=32;WE=7239394;WS=7239376;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,48:0.39:124
chr10	7244421	rs1830807	G	A	1325.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.010;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.169;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=19;PP=599;ReadPosRankSum=0.989;SC=AGTGTAGTCTGGAGGGGAAAA;SOR=0.799;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=118;TCF=67;TCR=51;TR=46;WE=7244429;WS=7244411;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:112,73:0.39:185
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chr10	7318724	rs7075434	G	A	857.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.030;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.557;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=12;PP=461;ReadPosRankSum=-0.180;SC=TCCTGATGTCGTGATCCGCCC;SOR=0.370;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=48;TCF=32;TCR=16;TR=32;WE=7318732;WS=7318714;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,39:0.68:57
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chr10	7423984	rs2254760	G	T	555.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.75;SOR=5.283;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
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chr10	7605067	rs3824658	C	T	2143.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.511;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.678;HP=3;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=30;PP=1130;ReadPosRankSum=1.004;SC=GGACATTCCCCGGCCAAGTGT;SOR=0.824;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=108;TCF=61;TCR=47;TR=72;WE=7605085;WS=7605057;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,94:0.68:139
chr10	7605077	rs61199416	TC	T	5280.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQ=60.07;NF=28;NR=50;PP=2962;SC=CGGCCAAGTGTCCATCCCTGT;SOR=0.854;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=81;TCF=30;TCR=51;TR=78;WE=7605085;WS=7605057;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,145:1.00:145
chr10	7605101	rs10795551	A	G	4732.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=40;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=66;NR=57;PP=2601;SC=AAATGGATGGAATGCCAGGTA;SOR=0.752;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=123;TCF=66;TCR=57;TR=123;WE=7605109;WS=7605091;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,173:1.00:173
chr10	7605457	rs10737022	G	A	1386.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=11;NR=20;PP=587;SC=GCCACAGCCCGAGACTGGACT;SOR=1.094;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=11;TCR=20;TR=31;WE=7605465;WS=7605447;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr10	7614918	rs11255194	T	C	408.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.909;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.781;HP=4;HapScore=2;MGOF=28;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=0;PP=329;ReadPosRankSum=-1.628;SC=TTTTTGTATTTTTAGTAGAGA;SOR=1.954;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=27;TCF=24;TCR=3;TR=13;WE=7614926;WS=7614917;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,16:0.52:31
chr10	7614936	rs10737023	T	G	1475.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=38;NR=3;PP=1157;SC=AGACGAGGTTTCACCATGTTG;SOR=4.271;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=41;TCF=38;TCR=3;TR=41;WE=7614944;WS=7614926;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr10	7615195	rs4747517	C	A	398.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.454;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FS=1.679;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.81;ReadPosRankSum=0.734;SOR=0.937;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:111,31:0.22:142
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chr10	7618686	rs2275069	T	G	4441.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=2.534;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=358;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.775;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=73;NR=65;PP=2273;ReadPosRankSum=0.876;SC=ATGTGGTTGGTGTCCCCCTCT;SOR=0.728;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=236;TCF=121;TCR=115;TR=138;WE=7618694;WS=7618676;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:147,201:0.58:348
chr10	7618993	rs10458802	G	A	2348.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.671;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=27.00;ReadPosRankSum=1.113;SOR=0.620;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,61:0.70:87
chr10	7618997	rs10458803	G	A	2300.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.564;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=29.88;ReadPosRankSum=0.052;SOR=0.586;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,55:0.71:77
chr10	7621578	rs11255201	C	A	551.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=4.054;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.597;NF=22;NR=2;PP=363;ReadPosRankSum=-0.340;SC=CATGGTGACACCTCCCATTGC;SOR=0.471;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=83;TCF=75;TCR=8;TR=24;WE=7621586;WS=7621577;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,28:0.28:101
chr10	7622047	rs12256183	A	G	699.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=14;PP=410;SC=ACCAACACGGAACAGCTCAAG;SOR=1.802;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=3;TCR=14;TR=17;WE=7622055;WS=7622037;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr10	7622075	rs12262854	G	C	437.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=32;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=2;NR=9;PP=222;SC=ACTCACCTCCGCACTCTGATT;SOR=1.609;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=11;TCF=2;TCR=9;TR=11;WE=7622083;WS=7622065;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr10	7627746	rs12413114	C	T	247.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=2.163;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=2.350;NF=13;NR=2;PP=207;ReadPosRankSum=-2.146;SC=TGCAGTCTCCCTTCCTGCCAT;SOR=0.509;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=52;TCF=40;TCR=12;TR=15;WE=7627754;WS=7627736;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,12:0.38:32
chr10	7627792	.	A	AAAAC	312.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.567;ClippingRankSum=0.000;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=2.080;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.43;MQRankSum=0.493;QD=4.28;ReadPosRankSum=0.517;SOR=1.024;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:48,25:0.34:73
chr10	7627804	rs12218509	C	A	1762.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.289;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.61;MQRankSum=2.820;QD=16.63;ReadPosRankSum=2.160;SOR=0.717;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:59,47:0.44:106
chr10	7627812	.	A	AG	1765.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.385;ClippingRankSum=0.000;DP=124;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.44;MQRankSum=2.727;QD=14.24;ReadPosRankSum=3.345;SOR=0.633;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:73,51:0.41:124
chr10	7629168	rs945149	C	A	666.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=18;NR=2;PP=489;SC=CAGGGATGCTCAGTGATAACA;SOR=3.912;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=20;TCF=18;TCR=2;TR=20;WE=7629176;WS=7629158;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr10	7629203	rs4747526	C	T	198.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.747;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=3.039;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.42;ReadPosRankSum=-1.396;SOR=0.272;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,14:0.31:45
chr10	7629411	rs4747527	T	G	958.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.647;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FS=4.459;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.98;ReadPosRankSum=-1.877;SOR=0.355;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:50,30:0.38:80
chr10	7629417	rs4747528	A	C	878.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.942;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FS=5.005;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.21;ReadPosRankSum=-1.219;SOR=0.308;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:48,24:0.33:72
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chr10	7679393	rs6602256	C	T	1323.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.171;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.174;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=21;PP=613;ReadPosRankSum=1.255;SC=CGGCTTTGTCCTTGCTGGGAA;SOR=0.594;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=129;TCF=59;TCR=70;TR=39;WE=7679401;WS=7679383;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:122,68:0.36:190
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chr10	7769604	rs2277226	A	G	4430.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=86;NR=39;PP=2686;SC=CTGAATCCAGAATGGGATTTT;SOR=1.594;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=126;TCF=86;TCR=40;TR=125;WE=7769612;WS=7769594;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,156:1.00:156
chr10	7773976	rs7098319	A	G	4013.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=31;NR=72;PP=2090;SC=CCACTTATCCATTTATTCTAT;SOR=1.414;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=103;TCF=31;TCR=72;TR=103;WE=7773984;WS=7773966;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,150:1.00:150
chr10	7776831	rs1926937	C	T	2069.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-2.208;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.195;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=26;PP=1244;ReadPosRankSum=-0.655;SC=AGCTGACTTGCGCTCCCCCTC;SOR=0.365;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=106;TCF=74;TCR=32;TR=79;WE=7776839;WS=7776821;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,89:0.74:121
chr10	7785017	rs3736965	T	C	120.85	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-1.383;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=0.5165;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=0;PP=87;ReadPosRankSum=-0.674;SC=ATATTTGTTCTGATTAAATTA;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=5;WE=7785025;WS=7785007;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,5:0.83:6
chr10	7788495	rs7912419	T	C	2304.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=36;NR=19;PP=995;SC=GAGTCAATAATGAGCCTCTTT;SOR=1.218;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=55;TCF=36;TCR=19;TR=55;WE=7788503;WS=7788485;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr10	7795911	rs7342066	A	G	8785.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=352;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=127;NR=90;PP=2965;SC=GTTTGGCACCATACCTGTGTC;SOR=0.915;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=217;TCF=127;TCR=90;TR=217;WE=7795919;WS=7795901;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,347:1.00:347
chr10	7797903	rs138937189	C	CAACT	322.75	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=1;PP=203;SC=TTTAGCTGAACAACTATACAG;SOR=2.833;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=5;TCF=3;TCR=2;TR=4;WE=7797911;WS=7797893;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr10	7798150	rs41290295	C	T	1281.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=21;PP=657;SC=ACACATATTCCTAAAAGACAA;SOR=1.007;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=35;TCF=14;TCR=21;TR=35;WE=7798158;WS=7798140;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr10	7804308	rs1980856	C	T	1257.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=24;NR=5;PP=668;SC=GCAGTTAATGCCGCCAAGACA;SOR=2.252;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=24;TCR=5;TR=29;WE=7804316;WS=7804298;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr10	7808086	rs3736968	T	C	1428.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=21;PP=706;SC=ACATAATGTCTTAAATTATCT;SOR=1.077;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=34;TCF=13;TCR=21;TR=34;WE=7808094;WS=7808076;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr10	7816662	rs45516304	G	A	802.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.68;SOR=1.688;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr10	7817807	rs41290297	C	T	551.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.621;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=8;PP=226;ReadPosRankSum=1.244;SC=ATTGCACTTACTATCACCATT;SOR=0.791;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=55;TCF=29;TCR=26;TR=18;WE=7817815;WS=7817797;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,30:0.33:91
chr10	7820704	rs111726843	A	AAACAAC	3248.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5174;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;NF=25;NR=8;PP=1145;SC=TCCATCTCCAAAACAACAACA;SOR=2.457;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=50;TCF=34;TCR=16;TR=33;WE=7820712;WS=7820694;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr10	7830064	rs2070594	A	T	6046.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.284;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=73;NR=82;PP=2965;ReadPosRankSum=0.095;SC=CGTAGCGCGAAGAAACGAGAC;SOR=0.426;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=158;TCF=74;TCR=84;TR=155;WE=7830072;WS=7830054;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,222:0.99:225
chr10	7830319	rs1475406	G	C	1707.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=18;NR=38;PP=1136;SC=GGGGGCAGATGTGGGGTCGCA;SOR=1.536;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=56;TCF=18;TCR=38;TR=56;WE=7830327;WS=7830309;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr10	7838208	rs1244418	A	G	1947.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.924;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=24;PP=676;ReadPosRankSum=3.418;SC=GCTTTAGCCCATTGTGTATTT;SOR=0.850;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=45;TCF=20;TCR=25;TR=42;WE=7838216;WS=7838198;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,80:0.95:84
chr10	7844195	rs932971	C	T	1310.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=29;NR=12;PP=829;SC=CTATTCCTTCCATATAACTTG;SOR=1.514;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=42;TCF=29;TCR=13;TR=41;WE=7844203;WS=7844185;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr10	7844906	rs1244431	T	G	2346.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=19;NR=49;PP=1443;SC=TTTCGTTTTTTTCTTTTGAAG;SOR=1.939;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=68;TCF=19;TCR=49;TR=68;WE=7844914;WS=7844896;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr10	7846152	rs914609	T	C	5538.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=56;NR=93;PP=2469;SC=ACCCACAGAGTGCAGAATACT;SOR=1.091;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=151;TCF=56;TCR=95;TR=149;WE=7846160;WS=7846142;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,217:1.00:217
chr10	7849054	rs2853759	G	T	1039.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-2.086;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.222;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=19;PP=572;ReadPosRankSum=-0.605;SC=AGTAATCCTAGAATTGTCCTC;SOR=0.453;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=37;TCF=18;TCR=19;TR=35;WE=7849062;WS=7849044;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,41:0.98:42
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chr10	7866268	rs7070208	C	G	8852.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=328;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=131;NR=75;PP=2965;SC=ATTTGCTTTTCACTTTGTTTC;SOR=1.089;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=206;TCF=131;TCR=75;TR=206;WE=7866276;WS=7866258;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,325:1.00:325
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chr10	8093185	rs485411	T	C	486.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.286;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FS=1.551;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.53;ReadPosRankSum=-1.610;SOR=0.738;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:102,36:0.26:138
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chr10	8111409	rs422628	C	T	1751.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.402;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=297;ExcessHet=3.0103;FS=0.932;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.02;ReadPosRankSum=0.378;SOR=0.758;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:188,103:0.35:291
chr10	8115668	rs373223232	TA	T	130.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.109;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FS=3.206;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.27;MQRankSum=3.664;QD=0.87;ReadPosRankSum=0.756;SOR=0.400;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:111,39:0.26:150
chr10	9449328	.	C	CCGCCTCAGCGGGATCCTACACACAGAG	2410.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.409;ClippingRankSum=0.000;DP=519;ExcessHet=3.0103;FS=1.142;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.98;MQRankSum=-6.010;QD=9.53;ReadPosRankSum=0.643;SOR=0.583;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:191,62:0.25:253
chr10	9449628	.	A	G	2965	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.69;FR=1.0000;HP=3;HapScore=1;MGOF=29;MMLQ=23;MQ=51.39;NF=78;NR=154;PP=2965;QD=20;SC=TGCAGAGCCCATCAGTGGGTT;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=234;TCF=78;TCR=156;TR=232;WE=9449636;WS=9449618;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:2,232:0.99:234
chr10	11047207	rs2773499	C	G	1313.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=31.28;SOR=3.056;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr10	11047218	.	GGAGAGA	G	365.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.979;ClippingRankSum=0.000;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.34;MQRankSum=0.000;QD=6.53;ReadPosRankSum=-1.206;SOR=0.593;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,19:0.34:56
chr10	11290997	rs2653522	A	C	1481.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=40;NR=5;PP=1042;SC=TACCTGGAGAAGTCTTGTTGT;SOR=3.745;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=45;TCF=40;TCR=5;TR=45;WE=11291005;WS=11290987;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr10	11299607	rs56183744	A	G	680.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.034;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=15;PP=264;ReadPosRankSum=1.205;SC=TTGGTCTCACATGGCTGGGGC;SOR=0.718;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=76;TCF=27;TCR=49;TR=23;WE=11299615;WS=11299593;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,38:0.36:105
chr10	11299735	rs2277212	A	T	1120.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.625;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.772;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=16;PP=473;ReadPosRankSum=1.142;SC=TAGGAATGGTATCGAAGAAAT;SOR=0.687;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=55;TCF=28;TCR=27;TR=31;WE=11299743;WS=11299725;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,54:0.56:96
chr10	11308790	rs72051267	TTC	T	1522.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.35;QD=34.61;SOR=3.816;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr10	11316813	rs67013685	TAGTG	T	732.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=4;PP=642;SC=GCAGCAGTGTTAGTGAGTTTC;SOR=2.303;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=15;TCF=11;TCR=4;TR=14;WE=11316824;WS=11316803;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr10	11316909	rs2244576	G	C	2199.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=35;NR=19;PP=1216;SC=CATCAGTAGGGAGTAGCAACC;SOR=1.207;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=54;TCF=35;TCR=19;TR=54;WE=11316917;WS=11316899;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr10	11316987	rs2244573	G	A	4377.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.792;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=48;PP=2125;ReadPosRankSum=-0.998;SC=TGCTCTCACCGTCTCCACTTT;SOR=0.957;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=116;TCF=67;TCR=49;TR=114;WE=11316995;WS=11316977;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,168:0.99:170
chr10	11330525	rs2277214	G	A	9015.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.896;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=333;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=85;NR=168;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.409;SC=GGTGAGTGTGGGGGGTGCTCT;SOR=1.358;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=255;TCF=87;TCR=168;TR=253;WE=11330533;WS=11330515;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,330:0.99:332
chr10	11356093	rs5783207	T	TTTTG	2748.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=24;NR=12;PP=1675;SC=TCTGTTTTCCTTTTTTCAGTG;SOR=2.187;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=37;TCF=25;TCR=12;TR=36;WE=11356101;WS=11356083;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr10	11360673	rs2279809	A	G	1676.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=0.585;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.865;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=19;PP=1074;ReadPosRankSum=-1.253;SC=TTTGGCAAAAAGGAGAAAGAG;SOR=0.313;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=84;TCF=59;TCR=25;TR=59;WE=11360681;WS=11360663;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,69:0.73:94
chr10	11361074	rs185757990	G	A	6822.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.126;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=487;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=99;NR=101;PP=2962;ReadPosRankSum=0.702;SC=GCGAGTCGCCGCTCCTCTCCC;SOR=0.688;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=295;TCF=147;TCR=148;TR=200;WE=11361082;WS=11361064;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:165,315:0.66:480
chr10	11361182	rs11596315	A	T	3411.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.629;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=295;ExcessHet=3.0103;FS=1.509;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.72;ReadPosRankSum=-0.844;SOR=0.588;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:190,101:0.35:291
chr10	11361186	rs11596316	A	G	3305.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.971;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=276;ExcessHet=3.0103;FS=3.610;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.15;ReadPosRankSum=-0.620;SOR=0.494;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:178,94:0.35:272
chr10	11362789	rs35548374	GT	G	2444.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.221;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=337;ExcessHet=3.0103;FS=2.635;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.06;MQRankSum=0.918;QD=8.37;ReadPosRankSum=0.123;SOR=0.840;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:87,205:0.70:292
chr10	11505175	rs3740204	A	G	1467.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.580;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=241;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.506;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=20;PP=749;ReadPosRankSum=-0.121;SC=TTCTCGGGCTAGGAGGGTAAA;SOR=0.737;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=162;TCF=97;TCR=65;TR=52;WE=11505183;WS=11505165;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:161,78:0.33:239
chr10	11532758	rs882206	C	A	1608.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.045;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.450;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=29;PP=834;ReadPosRankSum=2.059;SC=GAAATGTGCCCACAGGGCCCT;SOR=0.551;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=81;TCF=36;TCR=45;TR=55;WE=11532766;WS=11532748;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,75:0.60:125
chr10	11543086	rs3781056	C	T	83.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.659;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=1.824;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.64;ReadPosRankSum=0.910;SOR=0.330;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,7:0.30:23
chr10	11653772	rs145486773	C	CGCGGCCCCGG	450.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.093;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.615;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=5;PP=2723;ReadPosRankSum=1.807;SC=GCCATATTGGCGCGGCCCCTT;SOR=1.819;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=22;TCF=5;TCR=17;TR=6;WE=11653780;WS=11653762;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,12:0.39:31
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chr10	11784480	rs76272655	C	T	181.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.159;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.10;ReadPosRankSum=1.807;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,10:0.56:18
chr10	11784969	rs61846247	G	A	381.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=38.18;SOR=1.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr10	11784978	rs7076220	C	T	350.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=38.98;SOR=1.402;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr10	11789290	rs4750089	G	C	853.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=24;NR=5;PP=666;SC=GGAATCGCAGGGGTCCTCACT;SOR=2.833;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=24;TCR=5;TR=29;WE=11789298;WS=11789280;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr10	11789382	rs4750090	G	A	4006.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=70;NR=37;PP=2021;SC=GAAGAGGAACGCGTTGTCACT;SOR=1.233;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=107;TCF=70;TCR=37;TR=107;WE=11789390;WS=11789372;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,149:1.00:149
chr10	11789405	rs4750091	G	A	4831.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=73;NR=48;PP=2184;SC=CAATGCTGAAGTCTCTCCAAA;SOR=0.971;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=122;TCF=73;TCR=49;TR=121;WE=11789413;WS=11789395;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,185:1.00:185
chr10	11789511	rs4750092	C	G	4380.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=38;NR=73;PP=2356;SC=GCAGTGCCCACAAGAGCTTTC;SOR=1.244;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=111;TCF=38;TCR=73;TR=111;WE=11789519;WS=11789501;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,160:1.00:160
chr10	11789637	rs4750093	G	A	590.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=18;PP=521;SC=TGGTCCTAACGCTATTAACTG;SOR=5.994;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=0;TCR=18;TR=18;WE=11789645;WS=11789627;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr10	11791741	rs58243400	CCCAGCAAT	C	1812.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.40;QD=44.21;SOR=2.038;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr10	11791772	.	CTTTTTTTTTTTTTTTTTTTT	C,CTT	1720	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.12;FR=0.5000,0.5000;HP=20;HapScore=1;MGOF=155;MMLQ=25;MQ=55.85;NF=2,2;NR=17,17;PP=1720,185;QD=90.6842105263;SC=TGGTTTAGACCTTTTTTTTTT;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=19;TCF=2;TCR=17;TR=19,19;WE=11791799;WS=11791762;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:1.00:19
chr10	11797322	.	CAAA	C,CA	2372.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.561;ClippingRankSum=0.000;DP=136;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.16;MQRankSum=0.512;QD=22.81;ReadPosRankSum=0.109;SOR=0.658;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:10,36,58:0.35,0.56:104
chr10	11797436	rs7899215	T	C	16930.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=0.657;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=648;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=166;NR=167;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.813;SC=ACCACCCCGTTCCCGTCATTG;SOR=0.751;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=335;TCF=167;TCR=168;TR=333;WE=11797444;WS=11797426;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,638:1.00:640
chr10	11797467	rs7910140	G	A	14512.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=0.518;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=574;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=151;NR=167;PP=2965;ReadPosRankSum=0.117;SC=TGGCCTGGCCGCGGCTGCCGG;SOR=0.759;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=323;TCF=155;TCR=168;TR=318;WE=11797475;WS=11797457;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,562:1.00:564
chr10	11797500	rs35986488	G	A	2519.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=0.384;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=464;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.911;HP=1;HapScore=1;MGOF=34;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=56;PP=1243;ReadPosRankSum=-0.739;SC=TGCCAGCTGCGACATTGCCGT;SOR=0.892;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=274;TCF=115;TCR=159;TR=92;WE=11797508;WS=11797490;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:313,145:0.32:458
chr10	11797619	rs902892	C	G	3849.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=29;NR=70;PP=2252;SC=TAATTTAACTCCCCCCACCCA;SOR=1.441;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=99;TCF=29;TCR=70;TR=99;WE=11797627;WS=11797609;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,135:1.00:135
chr10	11805339	rs17850531	C	T	2729.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.355;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.542;HP=1;HapScore=1;MGOF=30;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=45;PP=1425;ReadPosRankSum=-0.515;SC=CCATGCGGATCGCTAGGAAGA;SOR=0.530;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=146;TCF=67;TCR=79;TR=86;WE=11805347;WS=11805329;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,120:0.62:194
chr10	11805354	rs12258196	A	G	8309.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.68;SOR=0.829;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,186:1.00:186
chr10	11805357	rs10906011	G	A	8423.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.57;SOR=0.815;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,189:1.00:189
chr10	11894221	rs142313031	GAC	G	3321.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.351;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.421;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.779;NF=8;NR=31;PP=1639;ReadPosRankSum=0.373;SC=TTTGGTGAGTGACAGTTTTTC;SOR=0.566;SbPval=0.16;Source=Platypus;TC=60;TCF=8;TCR=52;TR=39;WE=11894230;WS=11894211;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,84:0.63:133
chr10	11911425	rs72775915	G	C	1139.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-0.552;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.789;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=10;PP=752;ReadPosRankSum=-0.436;SC=TTCAGCGAGAGGGAACTTCAT;SOR=0.970;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=94;TCF=70;TCR=24;TR=46;WE=11911433;WS=11911415;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,51:0.50:103
chr10	11911764	rs117789748	G	A	2736.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.246;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.542;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=51;PP=1578;ReadPosRankSum=-0.918;SC=GGGCCGGCCCGGGGAGTGGAG;SOR=0.468;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=142;TCF=60;TCR=82;TR=91;WE=11911772;WS=11911754;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,120:0.65:186
chr10	11912228	rs74657303	G	A	1446.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.62;BaseQRankSum=1.387;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=21;PP=575;ReadPosRankSum=1.751;SC=TGCCCAGCACGCGGGCCCGTC;SOR=0.657;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=52;TCF=24;TCR=28;TR=39;WE=11912236;WS=11912218;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,69:0.70:98
chr10	11912431	rs12253600	C	T	2930.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.05;SOR=0.781;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr10	11978499	rs7921794	T	G	1032.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.815;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.609;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=15;PP=608;ReadPosRankSum=-0.289;SC=AACCTAACTGTATAACTCACA;SOR=0.764;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=109;TCF=68;TCR=41;TR=39;WE=11978507;WS=11978489;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:109,57:0.34:166
chr10	12046546	rs7079388	T	C	1116.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.198;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.96;ReadPosRankSum=0.368;SOR=0.653;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,50:0.62:80
chr10	12068445	rs72777744	A	C	1337.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=3.358;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=7;PP=964;ReadPosRankSum=2.354;SC=GGAGGTATTTAACATGGAGAC;SOR=0.807;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=65;TCF=55;TCR=10;TR=43;WE=12068453;WS=12068435;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,51:0.64:80
chr10	12068645	.	C	CT	332.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.837;ClippingRankSum=0.000;DP=173;ExcessHet=3.0103;FS=2.463;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.06;MQRankSum=1.021;QD=3.91;ReadPosRankSum=-1.401;SOR=1.139;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:50,35:0.41:85
chr10	12071397	rs11257490	G	A	1419.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.479;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=302;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.76;ReadPosRankSum=-1.730;SOR=0.666;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:214,84:0.28:298
chr10	12111090	rs1279138	T	C	5013.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.98;SOR=0.703;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,193:1.00:193
chr10	12123666	rs10906066	C	T	1508.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-3.833;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.682;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=46;PP=1056;ReadPosRankSum=-1.633;SC=CGGAGCTGCACACCAGGCCAG;SOR=0.366;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=77;TCF=18;TCR=59;TR=62;WE=12123674;WS=12123656;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,63:0.77:82
chr10	12126490	rs11257527	A	T	319.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=2.497;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=2;PP=247;ReadPosRankSum=0.126;SC=ACATCATGTTAAGGAACATGA;SOR=1.473;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=16;TCF=13;TCR=3;TR=11;WE=12126498;WS=12126480;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,12:0.75:16
chr10	12131081	rs3740015	T	G	7258.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=1.217;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=548;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=109;NR=91;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.021;SC=TGTGGACCTGTACTTTGGGGC;SOR=0.749;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=323;TCF=172;TCR=151;TR=200;WE=12131089;WS=12131071;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:211,332:0.61:543
chr10	12140030	rs10906076	C	G	3031.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=29;NR=58;PP=1911;SC=TATTGCTTCTCCTTCCTGCTC;SOR=1.544;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=88;TCF=29;TCR=59;TR=87;WE=12140038;WS=12140020;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr10	12142286	.	G	GTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTT	639.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=49.21;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr10	12143105	rs2062988	C	G	5390.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=61;NR=64;PP=2466;SC=GGCATGCAATCGTGGTTTGCC;SOR=0.703;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=125;TCF=61;TCR=64;TR=125;WE=12143113;WS=12143095;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,203:1.00:203
chr10	12148259	rs1701472	A	C	4192.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=58;NR=53;PP=2057;SC=GCAACAGCCCACTGTCAGAAG;SOR=0.757;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=111;TCF=58;TCR=53;TR=111;WE=12148267;WS=12148249;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,159:1.00:159
chr10	12148286	rs1615510	T	C	4366.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=58;NR=58;PP=1754;SC=TCCTGGGATTTGAATATGGGA;SOR=0.693;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=116;TCF=58;TCR=58;TR=116;WE=12148294;WS=12148276;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,168:1.00:168
chr10	12149939	rs1722462	C	T	4799.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.481;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=58;PP=2129;ReadPosRankSum=-0.649;SC=AAAGCGGCATCGTCATCCTCC;SOR=0.250;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=122;TCF=64;TCR=58;TR=122;WE=12149947;WS=12149929;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,184:0.99:185
chr10	12159647	rs2399771	A	G	7212.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=267;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=101;NR=72;PP=2965;SC=TGCTTGCTGGATGTGTGGCCT;SOR=0.915;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=173;TCF=101;TCR=72;TR=173;WE=12159655;WS=12159637;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,267:1.00:267
chr10	12159845	rs34396265	ATCTCCCCTCTCC	A	1485.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.79;QD=43.70;SOR=3.258;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr10	12159859	rs376672314	ATT	A	1482.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.95;QD=43.61;SOR=3.258;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr10	12160602	rs11257543	T	C	1171.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=54.85;QD=40.41;SOR=2.910;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr10	12160602	.	TGATT	CGATC,CGATT	334	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.35;FR=0.5000,0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=47;MMLQ=24;MQ=55.89;NF=14,22;NR=2,2;PP=334,124;QD=24.2167421789;SC=AGGATGGTCTTGATTTCCTGA;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=25;TCF=22;TCR=3;TR=16,24;WE=12160614;WS=12160595;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.64:25
chr10	12160606	rs11257544	T	C	476.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.366;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=2.034;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.13;MQRankSum=-1.923;QD=15.89;ReadPosRankSum=0.341;SOR=0.292;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,19:0.63:30
chr10	12160623	rs11257545	C	T	1113.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.463;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=43;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=-0.359;NF=25;NR=4;PP=703;ReadPosRankSum=0.682;SC=CCTCGTGATCCGCCCGCCTTG;SOR=1.559;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=32;TCF=27;TCR=5;TR=29;WE=12160631;WS=12160613;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,37:0.97:38
chr10	12162338	.	C	CT	31.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.503;ClippingRankSum=0.000;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=8.664;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.79;MQRankSum=0.645;QD=1.09;ReadPosRankSum=-0.442;SOR=0.033;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,7:0.24:29
chr10	12171740	rs11257552	G	A	1173.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=0.819;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=20;PP=518;ReadPosRankSum=-1.404;SC=TCGAGCGAAGGCAGCGCCGAG;SOR=0.737;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=40;TCF=16;TCR=24;TR=33;WE=12171748;WS=12171730;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,51:0.76:67
chr10	12172775	rs7070684	G	A	641.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.631;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=14;PP=348;ReadPosRankSum=0.820;SC=AAGTAATTGCGGTTTTCAATT;SOR=0.622;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=45;TCF=18;TCR=27;TR=24;WE=12172783;WS=12172765;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,31:0.51:61
chr10	12191933	rs10466280	C	T	1443.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.311;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=295;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.574;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=37;PP=708;ReadPosRankSum=1.287;SC=AAATGGGTGCCGGAATCTGTC;SOR=0.569;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=182;TCF=63;TCR=119;TR=58;WE=12191941;WS=12191923;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:203,88:0.30:291
chr10	12195881	rs2895501	G	A	199.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.080;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.214;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=7;PP=95;ReadPosRankSum=1.003;SC=TTTCATTCACGTGGTTAGTGT;SOR=1.414;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=29;TCF=10;TCR=19;TR=9;WE=12195889;WS=12195871;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,12:0.31:39
chr10	12197259	rs10906089	A	G	287.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-2.338;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=4;PP=90;ReadPosRankSum=-0.539;SC=TATTCTGTACACATTTTATAG;SOR=0.646;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=13;TCF=8;TCR=5;TR=10;WE=12197267;WS=12197249;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,15:0.83:18
chr10	12198019	rs3758376	G	A	204.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.034;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=8;PP=120;ReadPosRankSum=2.068;SC=GCCTAGAGCCGTTCTGGTTTG;SOR=0.368;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=22;TCF=1;TCR=21;TR=9;WE=12198027;WS=12198009;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,10:0.40:25
chr10	12200125	rs4750175	C	T	783.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-3.145;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.557;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=22;PP=386;ReadPosRankSum=1.312;SC=TGTTTATTTACATTATTTATA;SOR=0.496;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=99;TCF=25;TCR=74;TR=31;WE=12200133;WS=12200115;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:93,46:0.33:139
chr10	12202866	rs10906092	A	T	695.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.035;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=7;PP=271;ReadPosRankSum=0.692;SC=GTTTGAAGTGACATGCAAATG;SOR=0.646;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=65;TCF=46;TCR=19;TR=23;WE=12202874;WS=12202856;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,39:0.38:103
chr10	12203197	rs2399784	C	G	612.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=13;PP=382;SC=AGCACTTTGGCAGGCTGAGGC;SOR=1.828;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=16;TCF=3;TCR=13;TR=16;WE=12203205;WS=12203187;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr10	12209752	rs6686	T	C	1851.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.494;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=279;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.950;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=25;PP=544;ReadPosRankSum=1.172;SC=CATGTTTCAGTGCTAGAGCGT;SOR=0.614;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=157;TCF=88;TCR=69;TR=56;WE=12209760;WS=12209742;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:169,105:0.38:274
chr10	12209936	rs71513318	GT	G	132.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=1.238;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.862;HP=8;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=13;PP=142;ReadPosRankSum=2.022;SC=TGGTGATAACGTTTTTTTTGG;SOR=1.194;SbPval=0.16;Source=Platypus;TC=42;TCF=2;TCR=40;TR=15;WE=12209944;WS=12209926;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,15:0.26:57
chr10	12212186	rs11257577	T	A	3454.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=1.129;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.123;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=78;PP=2094;ReadPosRankSum=-0.266;SC=AATTATACAATGCATCTACAT;SOR=0.590;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=180;TCF=68;TCR=112;TR=126;WE=12212194;WS=12212176;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,153:0.68:226
chr10	12215870	rs35088067	CT	C	361.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.101;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=1.885;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.20;MQRankSum=0.654;QD=10.34;ReadPosRankSum=-0.755;SOR=0.269;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,26:0.74:35
chr10	12226870	.	G	GA	144.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.464;ClippingRankSum=0.000;DP=80;ExcessHet=3.0103;FS=1.013;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.88;ReadPosRankSum=-1.150;SOR=0.875;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:59,18:0.23:77
chr10	12227067	rs2140660	C	G	848.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=10;NR=19;PP=530;SC=CAATAATCATCTTTCCTTCCC;SOR=1.352;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=29;TCF=10;TCR=19;TR=29;WE=12227075;WS=12227057;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr10	12238325	rs141093124	TGGGA	T	3907.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.965;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.549;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQ=60.12;MQRankSum=1.262;NF=10;NR=35;PP=1928;ReadPosRankSum=0.074;SC=AGAGGTGAGATGGGAGGGGGT;SOR=0.746;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=68;TCF=15;TCR=53;TR=45;WE=12238336;WS=12238315;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,101:0.56:180
chr10	12252217	rs2271804	G	A	908.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=25;NR=4;PP=727;SC=ATTTTTAGATGGAGCACTGCT;SOR=3.334;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=29;TCF=25;TCR=4;TR=29;WE=12252225;WS=12252207;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr10	12288302	rs36042706	A	G	5682.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=57;NR=72;PP=2482;SC=GACAGATACAATGTAAACCTT;SOR=0.900;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=129;TCF=57;TCR=72;TR=129;WE=12288310;WS=12288292;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,210:1.00:210
chr10	12292286	rs12779647	C	G	5366.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=72;NR=46;PP=2375;SC=GCTATTTTAACATCCCCTTGG;SOR=0.996;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=120;TCF=74;TCR=46;TR=118;WE=12292294;WS=12292276;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,201:1.00:201
chr10	12292344	rs10951	A	G	5913.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=56;NR=69;PP=2604;SC=TGATGAGCGTACTGGAACTGG;SOR=0.817;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=125;TCF=56;TCR=69;TR=125;WE=12292352;WS=12292334;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,221:1.00:221
chr10	12292454	rs1051055	A	G	2053.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.054;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=39;PP=1177;ReadPosRankSum=-0.909;SC=GACATCAGCCACTTTTTATAT;SOR=1.609;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=51;TCF=12;TCR=39;TR=51;WE=12292462;WS=12292444;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,76:0.97:78
chr10	12595037	rs2815629	G	C	920.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=17;NR=9;PP=500;SC=CCACTGCGCCGGGCTGCCCCT;SOR=1.244;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=17;TCR=9;TR=26;WE=12595045;WS=12595028;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr10	12595427	rs1077745	G	A	114.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.760;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=6;PP=95;ReadPosRankSum=-0.126;SC=GTCCTGCCCCGGAGGCAGACT;SOR=1.085;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=17;TCF=2;TCR=15;TR=7;WE=12595435;WS=12595417;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,7:0.27:26
chr10	12695177	rs7896283	A	G	217.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.331;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FS=4.338;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.66;ReadPosRankSum=-1.650;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:108,23:0.18:131
chr10	12833003	rs10717134	TA	T	912.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.098;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.340;HP=11;HapScore=3;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=1.471;NF=23;NR=22;PP=447;ReadPosRankSum=0.060;SC=TTCCTTCCTTTAAAAAAAAAA;SOR=0.329;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=84;TCF=46;TCR=38;TR=45;WE=12833012;WS=12832993;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,65:0.58:112
chr10	12856057	rs10795984	G	A	2139.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=51;NR=18;PP=1560;SC=CAAATTGCTGGGATTACCTGC;SOR=1.874;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=69;TCF=51;TCR=18;TR=69;WE=12856065;WS=12856047;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr10	12866356	rs2482023	A	C	565.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=33.28;SOR=3.383;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr10	12866356	.	ACGACTGAGCC	CCGACTGAGCC,CCGACTGAGCG	263	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.24;FR=0.5000,0.5000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=15,5;NR=2,0;PP=263,31;QD=17.5159536792;SC=CACCCTGTCCACGACTGAGCC;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=17;TCF=15;TCR=2;TR=17,5;WE=12866374;WS=12866355;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:1.00:17
chr10	12866366	rs12768271	C	G	78.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.658;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=2.788;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.75;ReadPosRankSum=1.165;SOR=1.730;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,6:0.29:21
chr10	12867598	rs1757051	C	G	3464.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.902;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=266;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.459;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=48;PP=1525;ReadPosRankSum=2.690;SC=CGGCCGTCGTCAGACATATGA;SOR=0.654;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=155;TCF=85;TCR=70;TR=103;WE=12867606;WS=12867588;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:101,164:0.62:265
chr10	12870642	rs55888132	G	GA	165.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5576;FS=0.000;HP=14;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=2;PP=123;SC=TCCATCTCAAGAAAAAAAAAA;SOR=1.402;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=14;TCF=10;TCR=4;TR=10;WE=12870650;WS=12870632;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr10	12870714	rs2482075	A	G	1891.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=38;NR=24;PP=1082;SC=AGTGGGAAGCAGGGTGAGAAT;SOR=0.898;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=62;TCF=38;TCR=24;TR=62;WE=12870722;WS=12870704;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr10	12940377	rs10752280	T	C	841.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=22;NR=1;PP=617;SC=TCAATTACCGTCAGGATTGGC;SOR=3.690;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=23;TCF=22;TCR=1;TR=23;WE=12940385;WS=12940367;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr10	12940455	rs10906249	A	G	2251.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=47;NR=20;PP=1220;SC=GCCCCCGGGCATTGATGTGCG;SOR=1.609;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=67;TCF=47;TCR=20;TR=67;WE=12940463;WS=12940445;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr10	13152504	rs34617995	GT	G	95.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.062;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=2.392;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.46;MQRankSum=1.540;QD=5.63;ReadPosRankSum=-0.282;SOR=1.552;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,9:0.53:17
chr10	13158262	rs2244380	C	T	4461.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=50;NR=41;PP=1603;SC=TTTCTGTTTTCACAGGAAGGA;SOR=0.801;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=91;TCF=50;TCR=41;TR=91;WE=13158270;WS=13158252;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,173:1.00:173
chr10	13164332	rs765884	T	C	338.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=0.179;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=3;PP=242;ReadPosRankSum=1.211;SC=ATAATTGCTATTTCTCTTAAA;SOR=1.078;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=23;TCF=18;TCR=5;TR=15;WE=13164340;WS=13164322;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,15:0.65:23
chr10	13164596	rs489040	A	G	1287.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.481;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.795;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=24;PP=534;ReadPosRankSum=-0.613;SC=TATAGAAATCATGTTGATATT;SOR=0.550;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=62;TCF=21;TCR=41;TR=37;WE=13164604;WS=13164586;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,62:0.63:99
chr10	13166076	rs523747	A	G	4553.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=43;NR=62;PP=2077;SC=AAAACTCAGCAAAGCTGAGCT;SOR=0.963;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=105;TCF=43;TCR=62;TR=105;WE=13166084;WS=13166066;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,173:1.00:173
chr10	13167860	rs676302	G	T	1082.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=21;NR=5;PP=641;SC=TTTTTCTACTGGAGTGTTCAG;SOR=1.863;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=21;TCR=5;TR=26;WE=13167868;WS=13167850;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr10	13206233	rs7090944	A	T	8596.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=332;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=85;NR=114;PP=2965;SC=GTTTTCTGTTACTCTGTTTCA;SOR=0.879;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=199;TCF=85;TCR=114;TR=199;WE=13206241;WS=13206223;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,326:1.00:326
chr10	13212884	rs2147279	C	T	655.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.209;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FS=3.170;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.77;ReadPosRankSum=1.534;SOR=0.986;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:130,44:0.25:174
chr10	13214812	rs6602637	A	G	183.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.579;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=7;PP=134;ReadPosRankSum=-0.930;SC=GTATGTGTTTATGTGTGTGGG;SOR=0.321;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=21;TCF=4;TCR=17;TR=9;WE=13214820;WS=13214802;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,9:0.39:23
chr10	13230837	rs6602641	A	G	1365.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=28;NR=11;PP=769;SC=GCTGTTTCCCAGCCTGTTGCC;SOR=1.402;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=39;TCF=28;TCR=11;TR=39;WE=13230845;WS=13230827;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr10	13230950	rs2296222	C	T	3057.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-2.452;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=38;PP=1228;ReadPosRankSum=-1.480;SC=GCGTGCGGATCTGCAGTCCAC;SOR=0.672;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=128;TCF=67;TCR=61;TR=79;WE=13230958;WS=13230940;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,144:0.65:221
chr10	13231194	rs2296221	A	G	552.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=11;PP=279;SC=TTTATCTTTCATAACTCACTA;SOR=1.329;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=6;TCR=11;TR=17;WE=13231202;WS=13231184;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr10	13237015	rs10796036	G	A	3824.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.991;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=67;NR=29;PP=2047;ReadPosRankSum=-0.779;SC=CCCTGTTTGCGTATTTTGACT;SOR=1.481;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=96;TCF=67;TCR=29;TR=96;WE=13237023;WS=13237005;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,143:0.99:145
chr10	13239651	rs2274110	A	G	896.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.382;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.578;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=17;PP=495;ReadPosRankSum=-0.654;SC=TTAAGGGCAAAAGGCCAGGTT;SOR=0.782;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=138;TCF=75;TCR=63;TR=39;WE=13239659;WS=13239641;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:148,56:0.27:204
chr10	13239917	rs35803060	AT	A	156.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.531;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=8.25;ReadPosRankSum=-3.195;SOR=0.250;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,15:0.79:19
chr10	13240887	rs4750317	G	C	676.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.558;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.080;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=13;PP=278;ReadPosRankSum=-0.753;SC=GACCAAGAATGTGTTGTTTGT;SOR=0.381;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=63;TCF=22;TCR=41;TR=22;WE=13240895;WS=13240877;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,34:0.39:87
chr10	13271513	rs112352250	GA	G	803.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.208;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.12;MQRankSum=0.000;QD=9.68;ReadPosRankSum=-2.136;SOR=0.722;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,58:0.70:83
chr10	13275437	rs41291315	A	G	410.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-1.169;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=1;PP=232;ReadPosRankSum=1.637;SC=CTTCGTGCCCAGCTGCATCCT;SOR=1.022;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=18;TCF=16;TCR=2;TR=13;WE=13275445;WS=13275427;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,18:0.75:24
chr10	13275510	rs7893239	C	G	3235.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.57;SOR=1.545;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr10	13275514	rs4750327	A	G	3397.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.95;SOR=1.416;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr10	13275553	rs3829925	T	G	3964.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.64;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=41;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=48;NR=32;PP=1495;SC=ACCTCATCTCTGGACTTGGGG;SOR=0.998;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=80;TCF=48;TCR=32;TR=80;WE=13275561;WS=13275543;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,155:1.00:155
chr10	13275643	rs4750328	G	A	7545.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=0.726;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=291;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=90;NR=70;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.295;SC=TCTGAAACCCGGGAGAGGCCT;SOR=0.842;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=162;TCF=91;TCR=71;TR=160;WE=13275651;WS=13275633;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,286:0.99:288
chr10	13275676	rs3829926	T	C	7683.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.678;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=304;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=102;NR=82;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.211;SC=GTGGGGGTGCTGGGGCTGCTG;SOR=0.828;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=187;TCF=103;TCR=84;TR=184;WE=13275684;WS=13275666;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,297:0.99:299
chr10	13276013	rs145048266	G	GT	1383.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-1.596;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.914;HP=7;HapScore=3;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.738;NF=13;NR=13;PP=893;ReadPosRankSum=-0.234;SC=TTTCTTTACTGTTTTTTATTA;SOR=0.142;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=44;TCF=26;TCR=18;TR=26;WE=13276028;WS=13276003;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,35:0.67:52
chr10	13276020	rs117607981	A	T	1418.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=2.271;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.913;HP=8;HapScore=3;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.789;NF=19;NR=13;PP=1416;ReadPosRankSum=0.308;SC=ACTGTTTTTTATTATTATTAT;SOR=0.229;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=48;TCF=32;TCR=16;TR=32;WE=13276028;WS=13276003;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,37:0.64:58
chr10	13276179	rs942418	A	G	3798.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=29;NR=51;PP=1645;SC=AACACCCTCCACCTTGACCCT;SOR=1.058;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=80;TCF=29;TCR=51;TR=80;WE=13276187;WS=13276169;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,145:1.00:145
chr10	13276368	rs2399954	G	A	54.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.197;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.22;ReadPosRankSum=1.702;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,5:0.29:17
chr10	13320411	rs825625	A	T	2294.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=25;NR=38;PP=1164;SC=GCCCTCCATTAACCTTCAATT;SOR=1.065;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=63;TCF=25;TCR=38;TR=63;WE=13320419;WS=13320401;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr10	13334058	rs1408364	A	G	264.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=8;PP=172;SC=TTGCAAACAAAGCATGAAAAA;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=8;WE=13334066;WS=13334048;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr10	13337319	rs654536	A	C	517.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=3;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=13;NR=2;PP=334;SC=CAGAGTGAGAACCTTTCTCTA;SOR=2.712;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=13;TCR=2;TR=15;WE=13337338;WS=13337309;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr10	13337330	rs654553	T	C	640.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=3;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=17;NR=3;PP=468;SC=CCTTTCTCTATAAAAAATAAA;SOR=2.737;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=17;TCR=3;TR=20;WE=13337338;WS=13337309;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr10	13337588	rs1747682	G	A	1413.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=10;NR=29;PP=797;SC=GGGTTAGAACGTTATTATCCA;SOR=1.848;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=39;TCF=10;TCR=29;TR=39;WE=13337596;WS=13337578;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr10	13340293	rs7916926	A	G	1829.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=18;NR=26;PP=864;SC=AAGGCCAGGCACGGTGGCTCA;SOR=0.941;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=44;TCF=18;TCR=26;TR=44;WE=13340301;WS=13340283;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr10	13340339	rs10796054	G	A	924.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=6;NR=20;PP=624;SC=GGCTGAGGCAGGAGGATTACT;SOR=2.165;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=27;TCF=7;TCR=20;TR=26;WE=13340347;WS=13340329;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr10	13341836	rs511959	G	C	337.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=2;PP=225;SC=AGGCGGGGACGCGGCGCTGAG;SOR=2.670;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=11;TCF=9;TCR=2;TR=11;WE=13341844;WS=13341827;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr10	13341900	rs512109	A	G	1125.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=25;NR=8;PP=653;SC=CACCCGGACCAGGGCCACCAC;SOR=1.954;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=25;TCR=8;TR=33;WE=13341908;WS=13341890;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr10	13361421	rs10906347	C	T	2064.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.883;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=44;PP=1278;ReadPosRankSum=-0.971;SC=GCCTCTGCTGCTTCTGCAGAG;SOR=0.776;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=62;TCF=17;TCR=45;TR=61;WE=13361429;WS=13361411;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,74:0.99:75
chr10	13364143	rs149378948	CT	C	248.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.759;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.02;ReadPosRankSum=0.636;SOR=0.551;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,22:0.71:31
chr10	13370315	rs3740211	C	T	790.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=15;NR=6;PP=442;SC=CTGTCTTGGACCCCTGGGACC;SOR=1.460;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=21;TCF=15;TCR=6;TR=21;WE=13370323;WS=13370312;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr10	13375906	rs10752297	T	C	3877.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=44;NR=46;PP=1410;SC=CTGTTACAGATGTTCCTGCTT;SOR=0.706;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=90;TCF=44;TCR=46;TR=90;WE=13375914;WS=13375896;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,153:1.00:153
chr10	13378445	rs2275128	A	G	6968.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=266;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=71;NR=108;PP=2965;SC=GAGAACGTGGAGACTTTCCAG;SOR=1.036;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=180;TCF=71;TCR=109;TR=179;WE=13378453;WS=13378435;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,261:1.00:261
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chr10	13483868	rs7902755	C	G	1367.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-2.566;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.954;HP=5;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=35;PP=859;ReadPosRankSum=2.397;SC=TGTAGCCCCCCAAAAGAAGAA;SOR=0.338;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=65;TCF=15;TCR=50;TR=48;WE=13483876;WS=13483858;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,58:0.74:78
chr10	13489148	rs10675399	T	TGCAGA	1916.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-2.034;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.776;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=11;PP=1329;ReadPosRankSum=-0.121;SC=CCTGGTCCACTGCAGAAGCAG;SOR=0.393;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=48;TCF=34;TCR=14;TR=32;WE=13489156;WS=13489138;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,46:0.74:62
chr10	13489201	rs11408564	A	AT	3258.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.733;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.623;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.476;NF=18;NR=30;PP=1829;ReadPosRankSum=1.463;SC=ATCGTTTTCAATGCAAATAGT;SOR=0.757;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=73;TCF=32;TCR=41;TR=48;WE=13489209;WS=13489191;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,102:0.65:156
chr10	13494396	rs3832669	TAA	T	372.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=2.283;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=0;PP=457;ReadPosRankSum=1.774;SC=AATAAGACTTTAAGAGAGCAA;SOR=0.507;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=27;TCF=27;TCR=0;TR=12;WE=13494405;WS=13494395;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,12:0.44:27
chr10	13494594	rs2277222	T	C	2059.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=2.106;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=327;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.893;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=34;PP=986;ReadPosRankSum=-0.693;SC=GTAGAATCTGTACCCAATCTC;SOR=0.769;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=177;TCF=82;TCR=95;TR=62;WE=13494602;WS=13494584;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:205,112:0.35:317
chr10	13534851	rs2251555	A	G	2903.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-2.848;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.586;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=50;PP=1365;ReadPosRankSum=-0.400;SC=GGGAAATTGGAGGTTGTTGTC;SOR=0.510;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=136;TCF=56;TCR=80;TR=88;WE=13534859;WS=13534841;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,130:0.65:201
chr10	13538928	rs5783327	CA	C	960.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.090;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.58;ReadPosRankSum=2.293;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:56,56:0.50:112
chr10	13541724	rs113234105	T	TAAAAC	1962.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=1.877;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.772;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.938;NF=13;NR=13;PP=1457;ReadPosRankSum=0.012;SC=TATTTAGAAATAGAACAGTAC;SOR=0.997;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=49;TCF=23;TCR=26;TR=26;WE=13541732;WS=13541714;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,50:0.54:92
chr10	13570522	.	G	C	336.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.622;ClippingRankSum=0.000;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=170;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.910;NF=6;NR=5;PP=159;ReadPosRankSum=0.178;SC=TTTTCCTCTCGGAGAACTCCA;SOR=0.527;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=19;TCF=11;TCR=8;TR=11;WE=13570530;WS=13570512;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,17:0.59:29
chr10	13570569	.	GGCGGCAGCGGCGGCA	G	1391.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.62;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=9;PP=2984;SC=CTGAGGAGGCGGCGGCAGCGG;SOR=0.957;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=13;TCF=3;TCR=10;TR=12;WE=13570591;WS=13570559;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr10	13570673	rs10906401	A	G	560.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=104;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=5;NR=7;PP=178;SC=GGAGTCGGCGAGGGGAGGCCG;SOR=0.990;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=12;TCF=5;TCR=7;TR=12;WE=13570681;WS=13570663;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr10	13633928	.	G	GT	247.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.007;ClippingRankSum=0.000;DP=196;ExcessHet=3.0103;FS=0.797;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.11;MQRankSum=1.713;QD=1.60;ReadPosRankSum=-0.981;SOR=0.787;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:116,39:0.25:155
chr10	13653490	rs2478121	C	A	307.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.391;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.643;HP=1;HapScore=2;MGOF=28;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=1;PP=185;ReadPosRankSum=0.323;SC=AAATTCCATCCGATTTTTAAG;SOR=1.938;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=18;TCF=16;TCR=2;TR=11;WE=13653498;WS=13653480;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,13:0.59:22
chr10	13653653	rs1135102	A	G	4322.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.635;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=269;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=70;NR=57;PP=2063;ReadPosRankSum=-0.207;SC=ATGATCATAAAGACATGGACA;SOR=0.683;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=166;TCF=92;TCR=74;TR=127;WE=13653661;WS=13653643;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,197:0.74:266
chr10	13658335	rs2253308	G	A	2707.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.354;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.085;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=21;PP=1125;ReadPosRankSum=0.230;SC=AATACTTTCAGTAAGAATTTG;SOR=0.804;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=136;TCF=92;TCR=44;TR=73;WE=13658343;WS=13658325;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:93,126:0.58:219
chr10	13696570	rs10906442	A	G	1036.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.488;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.912;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=27;PP=643;ReadPosRankSum=-2.789;SC=CACAGGTGAAAGAGCTTGCGA;SOR=1.284;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=46;TCF=10;TCR=36;TR=33;WE=13696578;WS=13696560;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,43:0.72:60
chr10	13702231	rs74123100	C	T	194.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.879;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=1.231;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.09;ReadPosRankSum=-0.259;SOR=0.996;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:49,14:0.22:63
chr10	13702668	rs10796105	T	C	278.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=1.567;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5008;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=9;PP=208;ReadPosRankSum=0.650;SC=AACCCACACCTTCACCCCTGT;SOR=1.781;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=14;TCF=3;TCR=11;TR=11;WE=13702676;WS=13702658;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,11:0.79:14
chr10	13705298	rs10796108	G	T	1027.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-3.699;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=1;PP=1480;ReadPosRankSum=-1.044;SC=CCCAACCAAAGAGGTGAATAC;SOR=1.241;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=33;TCF=30;TCR=3;TR=21;WE=13705316;WS=13705288;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,25:0.68:37
chr10	13705307	rs55876188	ACT	A	1169.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.140;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.709;NF=21;NR=2;PP=1472;ReadPosRankSum=-1.257;SC=AGAGGTGAATACTGGGAAATG;SOR=1.038;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=35;TCF=31;TCR=4;TR=23;WE=13705316;WS=13705288;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,30:0.70:43
chr10	13717076	rs3814663	C	G	2252.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-0.092;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.601;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=41;PP=1053;ReadPosRankSum=0.853;SC=ACTTGGCCAGCTGACAGGGGA;SOR=0.631;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=101;TCF=34;TCR=67;TR=63;WE=13717084;WS=13717066;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,103:0.62:166
chr10	13735587	rs737376	G	A	409.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=4.831;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.386;NF=14;NR=0;PP=213;ReadPosRankSum=-1.333;SC=TGACATTCCCGACAGCTTGCC;SOR=0.929;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=38;TCF=37;TCR=1;TR=14;WE=13735595;WS=13735577;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,12:0.36:33
chr10	13735603	rs943090	G	C	536.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.340;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=1.284;NF=19;NR=3;PP=373;ReadPosRankSum=-1.544;SC=TTGCCATGGGGATTGTGAAAC;SOR=0.713;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=57;TCF=49;TCR=8;TR=22;WE=13735611;WS=13735593;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,17:0.40:43
chr10	13735685	.	C	CT	949.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.271;ClippingRankSum=0.000;DP=171;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.13;MQRankSum=0.000;QD=5.90;ReadPosRankSum=-0.203;SOR=0.674;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:85,76:0.47:161
chr10	13743646	rs1541005	G	C	600.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=3;NR=15;PP=398;SC=TGCGCACACAGCTTACAGACA;SOR=2.419;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=3;TCR=15;TR=18;WE=13743654;WS=13743636;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr10	13749228	rs11258541	G	A	451.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=2.204;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.287;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=14;PP=280;ReadPosRankSum=0.705;SC=AACAGAGACCGTAGTCTGTGC;SOR=2.276;SbPval=0.94;Source=Platypus;TC=33;TCF=6;TCR=27;TR=15;WE=13749236;WS=13749218;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,20:0.50:40
chr10	13782110	rs11258567	A	C	1762.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.399;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FS=4.193;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.37;ReadPosRankSum=1.687;SOR=0.298;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,71:0.78:91
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chr10	13782605	rs6602679	G	A	6466.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=250;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=73;NR=80;PP=2869;SC=GAATGCTGTTGTTGGAGTCTC;SOR=0.743;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=153;TCF=73;TCR=80;TR=153;WE=13782613;WS=13782595;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,244:1.00:244
chr10	13838604	rs3740121	A	G	4908.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=46;NR=79;PP=2343;SC=GAAAATAGAGACAAATTGGTT;SOR=1.061;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=127;TCF=48;TCR=79;TR=125;WE=13838612;WS=13838594;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,188:1.00:188
chr10	14372306	rs35432616	G	GA	251.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.031;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.16;MQRankSum=1.001;QD=5.72;ReadPosRankSum=1.478;SOR=0.582;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,20:0.45:44
chr10	14478462	rs10906676	A	G	358.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=29.90;SOR=5.136;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr10	14569998	rs57985098	CT	C	114.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.622;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=3.362;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.28;MQRankSum=1.485;QD=3.19;ReadPosRankSum=-0.463;SOR=0.283;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,16:0.44:36
chr10	14572644	rs7922221	G	A	1196.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=30;PP=794;SC=CTGGGGCATCGCTGATAAATA;SOR=2.356;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=7;TCR=30;TR=37;WE=14572652;WS=14572634;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr10	14595392	rs11259179	A	G	344.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.928;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=11;PP=332;ReadPosRankSum=0.276;SC=TTCTCCTTTAAAAAAAAAACA;SOR=0.605;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=57;TCF=30;TCR=27;TR=22;WE=14595400;WS=14595380;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,30:0.32:93
chr10	14882060	rs3830599	AT	A	435.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.137;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.27;ReadPosRankSum=-0.174;SOR=0.616;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,28:0.60:47
chr10	14884509	rs12770830	G	A	3901.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.988;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=291;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=45;PP=1676;ReadPosRankSum=0.627;SC=ATATTTAAAGGCCTATGTTGC;SOR=0.704;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=176;TCF=104;TCR=72;TR=111;WE=14884517;WS=14884499;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:102,180:0.64:282
chr10	14920685	rs200159062	T	TG	425.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-0.811;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.910;NF=14;NR=0;PP=486;ReadPosRankSum=-0.379;SC=TCCTCGCGCTTGGGGCCGGGC;SOR=0.356;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=30;TCF=29;TCR=1;TR=14;WE=14920693;WS=14920675;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,17:0.59:29
chr10	14941055	rs7896464	T	G	152.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.242;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5002;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=2;PP=114;ReadPosRankSum=0.854;SC=AATCAACCAGTTACAGTTAAT;SOR=0.269;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=8;TCF=6;TCR=2;TR=6;WE=14941063;WS=14941045;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,6:0.75:8
chr10	14941654	rs17353856	C	T	4387.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.061;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=335;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=67;PP=1745;ReadPosRankSum=-1.708;SC=CGGCTCGATACGGCAATGTGT;SOR=0.702;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=200;TCF=87;TCR=113;TR=118;WE=14941662;WS=14941644;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:123,208:0.63:331
chr10	14974843	rs35927251	G	A	4939.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.707;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=382;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=71;PP=2109;ReadPosRankSum=1.717;SC=GGAATCACTTGCACACGTACC;SOR=0.705;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=235;TCF=114;TCR=121;TR=135;WE=14974851;WS=14974833;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:147,228:0.61:375
chr10	14974905	rs12768894	T	C	2950.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.757;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=236;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.625;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=63;PP=1350;ReadPosRankSum=-0.217;SC=TGTGAGATGATGAAGGATCTC;SOR=0.589;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=176;TCF=70;TCR=106;TR=106;WE=14974913;WS=14974895;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:93,142:0.60:235
chr10	14976310	rs41297034	T	A	436.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=3.744;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.771;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.638;NF=25;NR=1;PP=593;ReadPosRankSum=0.370;SC=CTGGGCAACATAGCAAGACTC;SOR=2.948;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=36;TCF=34;TCR=2;TR=26;WE=14976318;WS=14976300;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,16:0.67:24
chr10	14976414	rs7076862	G	A	4096.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.502;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=320;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.487;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.334;NF=94;NR=56;PP=2441;ReadPosRankSum=-1.245;SC=TTGGTGAACAGATATTCATAG;SOR=0.931;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=245;TCF=147;TCR=98;TR=150;WE=14976422;WS=14976404;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:126,188:0.60:314
chr10	14978451	rs12245497	A	G	484.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=1.520;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.708;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=5;PP=373;ReadPosRankSum=0.300;SC=CCAGCCCCCTATTAATTTTAG;SOR=1.432;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=23;TCF=16;TCR=7;TR=18;WE=14978459;WS=14978441;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,20:0.69:29
chr10	15008493	rs4750568	A	C	1630.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=2.237;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.144;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=18;PP=679;ReadPosRankSum=-0.546;SC=GTAAAACCAAAATCAGTAAGT;SOR=0.369;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=41;TCF=22;TCR=19;TR=40;WE=15008501;WS=15008483;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,65:0.98:66
chr10	15014369	rs1935401	C	A	801.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=33;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=20;NR=2;PP=605;SC=TTGTGGGTATCATACTTTAAA;SOR=3.611;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=22;TCF=20;TCR=2;TR=22;WE=15014377;WS=15014359;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr10	15014418	rs1935400	C	G	2744.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=48;NR=16;PP=1546;SC=TACTTTGTTTCTGTAAGTCAT;SOR=1.821;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=64;TCF=48;TCR=16;TR=64;WE=15014426;WS=15014408;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr10	15014440	rs1935399	A	G	4055.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=66;NR=29;PP=2036;SC=CTTTTTAACTATTTGATAGTA;SOR=1.438;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=96;TCF=66;TCR=30;TR=95;WE=15014448;WS=15014430;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,146:1.00:146
chr10	15014698	rs4418687	C	T	1724.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.07;SOR=4.073;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr10	15014702	rs4295952	A	G	1692.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=48.36;SOR=3.737;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr10	15057374	rs2007712	G	A	6283.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=237;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=80;NR=65;PP=2928;SC=TGTACCTTGGGGTGCCACCAT;SOR=0.859;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=145;TCF=80;TCR=65;TR=145;WE=15057382;WS=15057364;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,232:1.00:232
chr10	15058862	.	GA	G	122.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.229;ClippingRankSum=0.000;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=5.398;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.72;ReadPosRankSum=0.552;SOR=2.494;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,16:0.62:26
chr10	15106441	rs10906818	A	G	5232.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.781;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=60;PP=2393;ReadPosRankSum=-0.604;SC=CACTAGGTCTAAAAGAAAACA;SOR=0.223;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=123;TCF=62;TCR=61;TR=122;WE=15106449;WS=15106431;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,198:0.99:199
chr10	15106599	rs150103830	G	A	164.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.527;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.009;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=8;PP=125;ReadPosRankSum=1.124;SC=TTCTGGTCCAGTATGATGATG;SOR=1.445;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=24;TCF=4;TCR=20;TR=9;WE=15106607;WS=15106589;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,9:0.32:28
chr10	15107546	rs201818306	T	C	1110.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.136;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.714;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=5;PP=762;ReadPosRankSum=0.073;SC=GTGTGTTATATGAAATATCAG;SOR=1.234;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=67;TCF=56;TCR=11;TR=41;WE=15107554;WS=15107536;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,47:0.59:80
chr10	15113876	rs141112464	G	C	603.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.151;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=20;PP=309;ReadPosRankSum=0.785;SC=GGACATGGAAGGTGAAATTAT;SOR=0.642;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=96;TCF=38;TCR=58;TR=33;WE=15113884;WS=15113866;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:99,40:0.29:139
chr10	15121267	rs148135660	C	CT	84.14	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.872;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.47;MQRankSum=0.396;QD=6.47;ReadPosRankSum=0.007;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,9:0.69:13
chr10	15154974	rs7072269	A	G	2817.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=35;NR=45;PP=1376;SC=TAGGAGCAAAAGTGCTGTCAG;SOR=0.865;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=80;TCF=35;TCR=45;TR=80;WE=15154982;WS=15154964;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr10	15210717	.	A	ACGCCC	645.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-0.800;ClippingRankSum=0.000;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.150;HP=1;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-1.609;NF=0;NR=20;PP=522;ReadPosRankSum=0.287;SC=CCCGGGCGCTACGCCCCGCCC;SOR=0.088;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=74;TCF=0;TCR=74;TR=20;WE=15210725;WS=15210707;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,20:0.38:52
chr10	15256194	rs3814165	G	A	3353.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.711;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=236;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=46;PP=1546;ReadPosRankSum=-0.875;SC=GCCTTTAAGGGAAAAACCTCC;SOR=0.725;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=147;TCF=70;TCR=77;TR=87;WE=15256202;WS=15256184;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,150:0.65:232
chr10	15256757	.	C	CTT	73.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.657;ClippingRankSum=0.000;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=1.922;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.69;ReadPosRankSum=0.077;SOR=0.250;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,9:0.45:20
chr10	15263100	rs6602828	C	T	2550.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.664;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.147;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=47;PP=1154;ReadPosRankSum=0.513;SC=AAGCACACCACGCTCCTTTGT;SOR=0.806;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=126;TCF=52;TCR=74;TR=78;WE=15263108;WS=15263090;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,121:0.62:195
chr10	15296572	rs3824620	A	T	789.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=21;NR=5;PP=552;SC=ACAGTTTCAAAGCACTTGAAC;SOR=2.468;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=21;TCR=5;TR=26;WE=15296580;WS=15296564;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr10	15317834	rs45612734	GA	G	269.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.749;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.748;HP=7;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQ=60.14;MQRankSum=1.552;NF=5;NR=5;PP=128;ReadPosRankSum=-1.297;SC=AATAAAAACTGAAAAAAATAT;SOR=0.225;SbPval=0.26;Source=Platypus;TC=43;TCF=28;TCR=15;TR=10;WE=15317842;WS=15317824;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,22:0.30:73
chr10	15413071	rs192904368	G	A	1869.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.61;SOR=1.103;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr10	15573050	rs1041135	A	G	4080.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=54;NR=42;PP=1902;SC=GATACTCACTACTATGCTTCC;SOR=0.873;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=96;TCF=54;TCR=42;TR=96;WE=15573058;WS=15573040;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,155:1.00:155
chr10	15590372	rs9333229	G	T	948.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=22;NR=2;PP=619;SC=ATTAGAAATCGCTATGAAAAG;SOR=3.912;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=24;TCF=22;TCR=2;TR=24;WE=15590380;WS=15590362;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr10	15600271	rs2277204	A	G	651.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.193;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=13;PP=308;ReadPosRankSum=-0.431;SC=TTTAGCCTTGAACTCTAGGCA;SOR=0.759;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=46;TCF=16;TCR=30;TR=21;WE=15600279;WS=15600261;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,34:0.43:79
chr10	15628804	rs137884078	C	A	158.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-3.152;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.102;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=6;PP=116;ReadPosRankSum=-0.976;SC=ATTCATTCTCCAAAATCGTAA;SOR=0.082;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=19;TCF=2;TCR=17;TR=7;WE=15628812;WS=15628794;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,7:0.39:18
chr10	15648243	rs2282383	C	T	1333.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.639;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=245;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.046;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=22;PP=581;ReadPosRankSum=-1.610;SC=CCCCAGAGAGCTTGCTTGAGA;SOR=0.601;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=136;TCF=73;TCR=63;TR=44;WE=15648251;WS=15648233;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:164,81:0.33:245
chr10	15650401	rs3041592	TAC	T	76.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.242;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=9.59;ReadPosRankSum=-0.566;SOR=0.148;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,4:0.50:8
chr10	15658596	rs7099530	G	A	1884.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=2.393;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.663;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=37;PP=988;ReadPosRankSum=-0.027;SC=TGCGTGAATCGTATAGAAACA;SOR=0.813;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=89;TCF=30;TCR=59;TR=55;WE=15658604;WS=15658586;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,83:0.60:138
chr10	15658659	rs7083600	T	C	579.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.156;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.890;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=22;PP=377;ReadPosRankSum=0.345;SC=TACATGCTGATGGTACGAGAG;SOR=1.609;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=42;TCF=8;TCR=34;TR=26;WE=15658667;WS=15658649;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,28:0.56:50
chr10	15685983	rs4748191	A	T	1760.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=38;NR=13;PP=1052;SC=AATGGACTCTATTTCAGGACG;SOR=1.765;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=51;TCF=38;TCR=13;TR=51;WE=15685991;WS=15685973;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr10	15713507	rs7100228	A	G	914.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=2.620;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.709;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=11;PP=547;ReadPosRankSum=-0.495;SC=CCTTTGGTATAGCAAATAAAA;SOR=0.812;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=117;TCF=80;TCR=37;TR=40;WE=15713515;WS=15713497;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,46:0.34:136
chr10	15713541	rs6602051	T	C	1258.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.606;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=256;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.510;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=24;PP=721;ReadPosRankSum=0.851;SC=AAAAACTTTATATGCCATTTT;SOR=0.645;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=168;TCF=99;TCR=69;TR=56;WE=15713549;WS=15713531;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:168,75:0.31:243
chr10	15713667	rs7100510	C	G	1473.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.343;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=265;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.491;HP=6;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=32;PP=700;ReadPosRankSum=1.953;SC=GAAAAAGAAACAAACTAATCA;SOR=0.654;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=177;TCF=68;TCR=109;TR=52;WE=15713675;WS=15713657;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:172,83:0.33:255
chr10	15729923	rs1954181	C	T	10318.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=407;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=117;NR=122;PP=2965;SC=CACAAGCCCACGGCTCATACT;SOR=0.693;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=241;TCF=119;TCR=122;TR=239;WE=15729931;WS=15729913;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,402:1.00:402
chr10	15761527	rs9333070	T	C	3779.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=68;NR=34;PP=2213;SC=AGCGCCTTCGTCCCCGCGCGC;SOR=1.389;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=102;TCF=68;TCR=34;TR=102;WE=15761535;WS=15761517;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr10	15824085	rs11818243	A	G	2902.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.551;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FS=0.720;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.46;ReadPosRankSum=0.324;SOR=0.784;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,73:0.64:114
chr10	15824092	rs7912258	C	T	2986.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.283;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FS=0.705;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.68;ReadPosRankSum=1.372;SOR=0.828;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:44,77:0.64:121
chr10	15879441	rs7903095	G	A	615.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.149;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=7;PP=295;ReadPosRankSum=0.879;SC=GTTTTGGGACGTTTCTAAATT;SOR=0.515;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=25;TCF=15;TCR=10;TR=17;WE=15879449;WS=15879431;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,27:0.77:35
chr10	15883377	rs7097118	A	C	746.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-1.291;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.248;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=5;PP=608;ReadPosRankSum=0.758;SC=AGATTCATTAAAACAAAGGAA;SOR=1.911;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=47;TCF=38;TCR=9;TR=31;WE=15883385;WS=15883367;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,31:0.60:52
chr10	15902303	rs2297882	A	G	3655.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.762;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=47;PP=1554;ReadPosRankSum=-0.782;SC=GGACATGATGAGGAACCGGCG;SOR=0.985;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=81;TCF=33;TCR=48;TR=79;WE=15902311;WS=15902293;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,138:0.99:140
chr10	16526840	rs2275731	G	A	467.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=1.238;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.565;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=17;PP=324;ReadPosRankSum=1.631;SC=TTCTTTGACAGTATTTGTTCA;SOR=2.055;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=41;TCF=3;TCR=38;TR=17;WE=16526848;WS=16526830;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,20:0.43:47
chr10	16547058	rs7904014	A	G	2864.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-1.858;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=376;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.253;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=40;PP=1214;ReadPosRankSum=-0.196;SC=AGTTTGCTCAACTTGGCTGCT;SOR=0.573;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=220;TCF=130;TCR=90;TR=91;WE=16547066;WS=16547048;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:220,151:0.41:371
chr10	16556710	rs7909832	T	C	9400.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=374;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=81;NR=150;PP=2965;SC=CACGCACCTATGTGAAACAGA;SOR=1.132;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=231;TCF=81;TCR=150;TR=231;WE=16556718;WS=16556700;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,363:1.00:363
chr10	16562600	rs72772306	G	A	2078.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.202;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=355;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.855;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=44;PP=1160;ReadPosRankSum=-0.937;SC=TGGGGTCGTAGTGGTTTCCGA;SOR=0.642;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=224;TCF=114;TCR=110;TR=87;WE=16562608;WS=16562590;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:226,118:0.34:344
chr10	16736977	rs3740173	T	C	1741.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=36;NR=18;PP=1156;SC=TTATAAATACTATAAAATCAC;SOR=1.573;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=54;TCF=36;TCR=18;TR=54;WE=16736985;WS=16736967;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr10	16737165	rs72451149	G	GAA	929.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.116;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FS=4.009;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.57;ReadPosRankSum=0.204;SOR=1.047;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,66:0.75:88
chr10	16737166	rs3837313	G	A	3516.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.797;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FS=6.527;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=36.63;ReadPosRankSum=-0.077;SOR=0.380;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:3,93:0.97:96
chr10	16737289	rs3740172	A	C	583.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=15;PP=429;SC=GATGTCTTTTAAATTTCTTAA;SOR=2.948;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=17;TCF=2;TCR=15;TR=17;WE=16737297;WS=16737279;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr10	16794819	.	A	G	1145.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.729;ClippingRankSum=0.000;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.946;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=29;PP=868;ReadPosRankSum=0.462;SC=GTTTATTCCCACAAAACAAAC;SOR=1.139;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=59;TCF=24;TCR=35;TR=44;WE=16794827;WS=16794809;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,45:0.73:62
chr10	16876922	rs703060	A	G	48.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=2.638;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=0;PP=25;ReadPosRankSum=-0.157;SC=GAATCATATAATATTAGCAGC;SOR=0.223;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=10;TCR=0;TR=3;WE=16876930;WS=16876918;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,3:0.30:10
chr10	16878204	rs703062	T	C	1068.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-0.779;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.113;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=10;PP=703;ReadPosRankSum=2.112;SC=GGCAGCTTTTTTGAATAAAAG;SOR=0.418;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=60;TCF=46;TCR=14;TR=37;WE=16878212;WS=16878194;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,46:0.59:78
chr10	16882518	rs703064	T	C	730.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-4.529;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.159;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=19;PP=359;ReadPosRankSum=-0.835;SC=TTGCATTGTATGTTCCACCAC;SOR=0.129;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=39;TCF=6;TCR=33;TR=24;WE=16882526;WS=16882508;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,34:0.71:48
chr10	16943371	rs2796835	G	C	7092.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=261;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=73;NR=116;PP=2965;SC=CTCCAACAGCGAAGAGCAGTG;SOR=1.152;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=189;TCF=73;TCR=116;TR=189;WE=16943379;WS=16943361;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,255:1.00:255
chr10	16945905	rs5783520	TG	T	62.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=0.259;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=2.893;NF=4;NR=0;PP=27;ReadPosRankSum=-1.467;SC=GAAATCTTTATGGAAAAAAAT;SOR=0.336;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=23;TCF=22;TCR=1;TR=4;WE=16945913;WS=16945895;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,5:0.21:24
chr10	16948177	rs780807	A	G	421.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=0.838;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=6;PP=222;ReadPosRankSum=-0.201;SC=ATAAATGGGAAAACGCATTCT;SOR=0.614;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=77;TCF=54;TCR=23;TR=22;WE=16948185;WS=16948167;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,26:0.29:89
chr10	16949401	rs780805	G	A	282.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-1.545;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.062;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=4;PP=102;ReadPosRankSum=-2.062;SC=AAGATTTCAAGTATCACTAAA;SOR=0.531;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=52;TCF=37;TCR=15;TR=13;WE=16949409;WS=16949391;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,19:0.28:67
chr10	16949447	rs780804	A	C	817.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.252;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.454;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=9;PP=342;ReadPosRankSum=-1.058;SC=TTGGCAGTAGATGGGGGCATC;SOR=0.866;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=81;TCF=46;TCR=35;TR=24;WE=16949455;WS=16949437;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,46:0.35:132
chr10	16967401	rs1276712	C	T	6239.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=239;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=58;NR=98;PP=2965;SC=GGGTGGAGAACAGATATCAGG;SOR=1.089;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=157;TCF=59;TCR=98;TR=156;WE=16967409;WS=16967391;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,236:1.00:236
chr10	16967445	rs1276713	T	G	4203.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.93;QD=35.93;SOR=1.843;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr10	16967445	.	TCA	GCA,GCC	922	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.44;FR=0.5000,0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=20;MMLQ=26;MQ=59.63;NF=26,7;NR=69,30;PP=922,702;QD=10.0712759215;SC=AATTAAAATTTCATCAACTCC;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=95;TCF=26;TCR=69;TR=95,37;WE=16967455;WS=16967428;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:1.00:95
chr10	16967447	rs75312629	A	C	1215.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.935;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FS=1.666;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.93;MQRankSum=0.933;QD=10.66;ReadPosRankSum=0.495;SOR=0.960;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:62,52:0.46:114
chr10	16967586	rs62619939	C	G	543.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-1.560;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=5;PP=350;ReadPosRankSum=1.137;SC=GACCTACCACCAAGTAATCCC;SOR=0.631;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=36;TCF=27;TCR=9;TR=21;WE=16967594;WS=16967576;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,24:0.62:39
chr10	17007818	rs57634749	C	CT	207.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.752;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=2;PP=222;ReadPosRankSum=-0.659;SC=CTGATAGGTACTTAAATACAT;SOR=1.179;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=25;TCF=18;TCR=7;TR=10;WE=17007826;WS=17007808;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,10:0.38:26
chr10	17007847	rs61151602	T	TA	624.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.976;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.353;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.415;NF=13;NR=5;PP=618;ReadPosRankSum=0.403;SC=ATTTGATTCTTACAGTTCCAC;SOR=1.638;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=43;TCF=27;TCR=16;TR=18;WE=17007855;WS=17007837;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,23:0.34:67
chr10	17008171	rs1687708	A	G	419.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.138;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=1.180;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.50;ReadPosRankSum=-0.398;SOR=0.504;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:42,14:0.25:56
chr10	17008174	rs1687707	T	C	425.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.615;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=1.289;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.35;ReadPosRankSum=-0.380;SOR=0.385;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,13:0.25:51
chr10	17008183	rs1687706	C	T	310.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.345;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.88;ReadPosRankSum=0.599;SOR=0.484;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,8:0.23:35
chr10	17024503	rs1801231	G	A	1218.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=25;NR=10;PP=680;SC=GAGTCTTGTGGTTCAAGATCA;SOR=1.559;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=35;TCF=25;TCR=10;TR=35;WE=17024511;WS=17024493;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr10	17024615	rs1801229	A	T	3281.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=2.435;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=37;PP=1495;ReadPosRankSum=-0.837;SC=TTGGAGAATGAATCTCTCCAC;SOR=0.278;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=84;TCF=47;TCR=37;TR=83;WE=17024623;WS=17024605;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,126:0.99:127
chr10	17026010	rs2291523	A	C	1670.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=40;NR=14;PP=1286;SC=ACTAAGTTATAAGTGTGTAGC;SOR=1.961;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=54;TCF=40;TCR=14;TR=54;WE=17026018;WS=17026000;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr10	17026384	rs3012494	A	G	40.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=2;PP=23;SC=TATGATTATTAGAGATTGAAA;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=2;TCF=0;TCR=2;TR=2;WE=17026392;WS=17026374;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr10	17032559	rs925522	A	C	1116.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.95;SOR=5.136;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr10	17032559	.	ACA	CCG	1205	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;FR=1.0000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=1;NR=21;PP=1205;QD=57.203085221;SC=GGGCAACAGCACATGGAAAAT;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=24;TCF=1;TCR=23;TR=22;WE=17032569;WS=17032549;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:2,22:0.92:24
chr10	17032561	rs925523	A	G	1116.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=46.53;SOR=4.977;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr10	17062148	rs35013380	A	G	222.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.360;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=6;PP=141;ReadPosRankSum=0.000;SC=AAAAATTGATAATTGCATAGA;SOR=0.368;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=10;TCF=2;TCR=8;TR=8;WE=17062156;WS=17062138;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,10:0.83:12
chr10	17065357	rs11254331	G	A	623.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-3.952;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=1;PP=467;ReadPosRankSum=-0.760;SC=TAATAAATGTGTAGAACAATG;SOR=0.968;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=29;TCF=28;TCR=1;TR=23;WE=17065365;WS=17065356;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,24:0.83:29
chr10	17065378	rs137856627	GA	G	335.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.670;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.17;MQRankSum=1.096;QD=5.69;ReadPosRankSum=-0.378;SOR=0.793;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,31:0.53:59
chr10	17088006	rs1801228	T	C	2726.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.196;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.542;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=51;PP=1383;ReadPosRankSum=-0.490;SC=ATTTTAACCATAGTTTGTTAC;SOR=0.624;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=132;TCF=50;TCR=82;TR=83;WE=17088014;WS=17087996;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,125:0.62:200
chr10	17110474	rs4747297	C	T	572.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=14;NR=4;PP=436;SC=AGAAAATATACATTCTTTGTC;SOR=2.419;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=14;TCR=4;TR=18;WE=17110482;WS=17110464;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr10	17110595	rs10795440	G	A	4140.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.13;QD=25.10;SOR=0.807;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,165:1.00:165
chr10	17113563	rs1801225	C	T	2176.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.135;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=260;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.950;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=31;PP=721;ReadPosRankSum=4.417;SC=GAAAAAAAGGCGAGCGAATGA;SOR=0.765;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=143;TCF=69;TCR=74;TR=56;WE=17113571;WS=17113553;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:146,114:0.44:260
chr10	17130199	rs41289311	G	A	2131.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.785;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.691;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=24;PP=966;ReadPosRankSum=2.737;SC=CATGGTGCTCGAGGCTCAAGG;SOR=0.834;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=76;TCF=45;TCR=31;TR=59;WE=17130207;WS=17130189;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,97:0.70:139
chr10	17141952	rs1033765	C	A	316.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=1.252;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=3;PP=214;ReadPosRankSum=-0.733;SC=TGATTAAGAACACTTAATAAC;SOR=0.495;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=27;TCF=22;TCR=5;TR=13;WE=17141960;WS=17141942;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,15:0.45:33
chr10	17146652	rs7068549	C	A	1161.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.832;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.292;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=33;PP=763;ReadPosRankSum=-1.350;SC=TGGATAGACACTAAACTTTAA;SOR=0.990;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=50;TCF=6;TCR=44;TR=38;WE=17146660;WS=17146642;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,47:0.72:65
chr10	17146667	rs4748353	C	T	1803.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=35;PP=969;SC=CTTTAATCAACCCAAATAATA;SOR=3.564;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=37;TCF=2;TCR=35;TR=37;WE=17146675;WS=17146657;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr10	17147521	rs1801224	G	T	1764.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.629;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=336;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.900;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=31;PP=802;ReadPosRankSum=0.466;SC=CATCCATTTGGCCCATAACCA;SOR=0.765;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=195;TCF=96;TCR=99;TR=59;WE=17147529;WS=17147511;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:229,103:0.31:332
chr10	17156151	rs1801222	A	G	2778.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=38;NR=28;PP=1450;SC=GTTGGGTGAAAACATCCACCC;SOR=0.909;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=66;TCF=38;TCR=28;TR=66;WE=17156159;WS=17156141;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr10	17157402	rs45498199	G	A	367.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.592;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=4;PP=274;ReadPosRankSum=1.283;SC=TATGCAGTGGGCATAGGAGGA;SOR=0.668;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=25;TCF=19;TCR=6;TR=16;WE=17157410;WS=17157392;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,16:0.64:25
chr10	17157572	rs41289313	G	A	2196.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.388;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=33;PP=1008;ReadPosRankSum=-0.594;SC=ACTGGGGTCCGTACGTCTCAG;SOR=0.720;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=108;TCF=53;TCR=55;TR=65;WE=17157580;WS=17157562;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,103:0.62:166
chr10	17157630	rs2295813	C	T	2839.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=31;NR=45;PP=1425;SC=TGTCAGGGCACGCGCTTTGGG;SOR=1.028;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=77;TCF=31;TCR=46;TR=76;WE=17157638;WS=17157620;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr10	17164625	rs7070148	A	C	2134.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.181;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.401;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=36;PP=798;ReadPosRankSum=1.619;SC=GCTTTTCTTCAGTTAAGTAAA;SOR=0.567;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=91;TCF=40;TCR=51;TR=67;WE=17164633;WS=17164615;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,102:0.69:148
chr10	17164760	rs11409967	A	AC	1030.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=4;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=17;NR=11;PP=1328;SC=TCAAAAATATACTGATATTTA;SOR=1.688;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=30;TCF=18;TCR=12;TR=28;WE=17164780;WS=17164750;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr10	17165545	rs41289315	G	A	3801.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.589;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.22;ReadPosRankSum=1.055;SOR=0.740;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:61,96:0.61:157
chr10	17165552	rs2273737	T	G	3888.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.312;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=23.15;ReadPosRankSum=0.486;SOR=0.716;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:65,103:0.61:168
chr10	17171265	rs2281648	G	C	5479.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=44;NR=68;PP=2441;SC=TAATTCAAACGAGAGAATGCA;SOR=0.954;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=112;TCF=44;TCR=68;TR=112;WE=17171273;WS=17171255;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,204:1.00:204
chr10	17195428	rs2273736	G	C	1780.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.821;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=314;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=31;PP=874;ReadPosRankSum=0.667;SC=GTTTAGGCAAGTCCTAGACAC;SOR=0.720;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=210;TCF=115;TCR=95;TR=69;WE=17195436;WS=17195418;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:207,104:0.33:311
chr10	17199419	rs2295810	C	G	5942.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=87;NR=48;PP=2805;SC=GATACAGGATCAATAGATCTT;SOR=1.127;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=135;TCF=87;TCR=48;TR=135;WE=17199427;WS=17199409;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,218:1.00:218
chr10	17199830	rs7894268	A	C	119.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=2.881;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=5;PP=86;ReadPosRankSum=-0.765;SC=TGCATTAAAAATAAGAGAAAT;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=0;TCR=10;TR=5;WE=17199838;WS=17199820;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,5:0.50:10
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chr10	17216419	rs2273735	T	C	884.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-3.890;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.191;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=7;PP=506;ReadPosRankSum=0.476;SC=AATGTTAATCTCCTTCTCCTG;SOR=0.175;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=46;TCF=37;TCR=9;TR=30;WE=17216427;WS=17216409;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,38:0.69:55
chr10	17216556	rs2273734	C	T	3652.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.946;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=278;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.497;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=48;PP=1541;ReadPosRankSum=0.783;SC=TCACTTCAATCGTCTTGGCAA;SOR=0.602;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=174;TCF=92;TCR=82;TR=101;WE=17216564;WS=17216546;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:102,169:0.62:271
chr10	17243406	rs1885395	C	G	1418.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=123;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=30;NR=8;PP=820;SC=GGGGTGGACACGGCGGCGCGC;SOR=2.303;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=38;TCF=30;TCR=8;TR=38;WE=17243414;WS=17243396;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr10	17243443	rs11271712	G	GCCGCCCCACAGTGT	2934.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.63;BaseQRankSum=0.470;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.822;HP=2;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.834;NF=5;NR=9;PP=2964;ReadPosRankSum=0.944;SC=ACAACCGAGGGCCGCCCCACA;SOR=0.875;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=42;TCF=19;TCR=23;TR=14;WE=17243451;WS=17243433;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,59:0.60:98
chr10	17243480	rs1885394	T	A	6652.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.63;DB;DP=266;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=54;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=80;NR=51;PP=2317;SC=GTCCGCCCCTTGCGTCTCGCC;SOR=0.972;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=131;TCF=80;TCR=51;TR=131;WE=17243488;WS=17243470;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,265:1.00:265
chr10	17271400	rs3758410	G	C	677.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=1.915;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=4.836;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=5;PP=460;ReadPosRankSum=-1.169;SC=CGCCGCCCAGGCCATCGCCAC;SOR=2.147;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=27;TCF=21;TCR=6;TR=24;WE=17271408;WS=17271390;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,28:0.82:34
chr10	17272091	rs148498270	C	CG	111.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=1.135;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=9;PP=138;ReadPosRankSum=-1.677;SC=GGGATGTGGCCGGGGGGAGGC;SOR=0.954;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=27;TCF=1;TCR=26;TR=9;WE=17272099;WS=17272081;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,8:0.26:31
chr10	17276066	rs57465155	C	T	565.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.939;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=15;PP=325;ReadPosRankSum=-0.791;SC=ATTGTGTTTGCCACCACAGCC;SOR=0.598;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=27;TCF=5;TCR=22;TR=18;WE=17276074;WS=17276056;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,24:0.71:34
chr10	17278171	rs165531	C	G	68.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=0.791;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=0;PP=40;ReadPosRankSum=1.044;SC=AATTATTTGGCGAGTAGTACT;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=13;TCR=1;TR=4;WE=17278179;WS=17278161;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,4:0.29:14
chr10	17365012	rs7085734	TT	AA	810.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=0.404;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.076;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=3;PP=198;ReadPosRankSum=-0.305;SC=GAGAAACATGTTGAACAATGA;SOR=0.915;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=27;TCF=15;TCR=12;TR=7;WE=17365021;WS=17365002;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,21:0.40:52
chr10	17365044	rs7085750	T	G	425.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=0.071;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.900;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=5;PP=109;ReadPosRankSum=1.880;SC=TGATCAGTTATGTAACTTGCA;SOR=0.846;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=43;TCF=22;TCR=21;TR=11;WE=17365052;WS=17365034;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,26:0.33:78
chr10	17365228	rs376930214	GCA	G	38.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.903;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=3.87;ReadPosRankSum=-0.454;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,3:0.30:10
chr10	17373518	rs45579542	T	C	2192.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.420;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=396;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.785;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=42;PP=888;ReadPosRankSum=-0.922;SC=CAACAAAGTTTTGAACAGCAT;SOR=0.704;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=262;TCF=135;TCR=127;TR=79;WE=17373526;WS=17373508;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:260,129:0.33:389
chr10	17373617	rs2120716	G	A	1304.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.094;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FS=1.116;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.62;ReadPosRankSum=-0.528;SOR=0.593;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:157,75:0.32:232
chr10	17495709	rs45551937	G	C	899.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=-0.039;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.366;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=13;PP=323;ReadPosRankSum=0.548;SC=GGAGCTGTTGGCTGAAAGGCT;SOR=0.559;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=85;TCF=39;TCR=46;TR=26;WE=17495717;WS=17495699;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:97,51:0.34:148
chr10	17636182	rs2272144	G	C	144.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.465;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.522;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=0;PP=77;ReadPosRankSum=-1.507;SC=TCAAATCAAAGTACTAATAAG;SOR=1.688;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=8;TCR=1;TR=5;WE=17636190;WS=17636172;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,7:0.54:13
chr10	17636309	rs1053926	G	A	1173.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.915;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FS=0.871;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.81;ReadPosRankSum=-1.491;SOR=0.700;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,58:0.68:85
chr10	17645814	rs2252808	C	T	2019.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=31;NR=24;PP=1091;SC=TCAACATTGGCATTCAGCAAA;SOR=0.955;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=55;TCF=31;TCR=24;TR=55;WE=17645822;WS=17645804;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr10	17659131	rs11254692	C	A	6744.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=39;NR=49;PP=1664;SC=GTGGCCAAGACCCCCAGGCGC;SOR=0.815;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=88;TCF=39;TCR=49;TR=88;WE=17659139;WS=17659121;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,172:1.00:172
chr10	17659149	rs7895850	C	T	5704.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=30;NR=41;PP=1360;SC=CGCCTCCGCTCGCCGGGAGCC;SOR=0.882;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=71;TCF=30;TCR=41;TR=71;WE=17659157;WS=17659139;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr10	17742413	rs77158233	A	G	375.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.153;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=13;PP=266;ReadPosRankSum=-0.177;SC=TTCAAGCAATATAGACGATGC;SOR=1.112;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=22;TCF=3;TCR=19;TR=15;WE=17742421;WS=17742403;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,16:0.70:23
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chr10	17751046	rs942775	T	C	1805.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=8;NR=45;PP=1315;SC=CTAATAAATATCTGTGGTCAG;SOR=3.076;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=54;TCF=8;TCR=46;TR=53;WE=17751054;WS=17751036;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr10	17875857	rs56278466	T	G	3818.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=2.804;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.901;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=-0.539;NF=41;NR=66;PP=1989;ReadPosRankSum=-1.056;SC=ATGAAAAGTCTCAAGTAAAAT;SOR=0.196;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=108;TCF=41;TCR=67;TR=107;WE=17875865;WS=17875847;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,149:0.99:151
chr10	18087545	.	C	T	6335.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.117;ClippingRankSum=0.000;DP=444;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-6.234;NF=115;NR=75;PP=2962;ReadPosRankSum=1.591;SC=GAGAATTTGACGTTGTGTTAT;SOR=0.649;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=287;TCF=172;TCR=115;TR=190;WE=18087553;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:140,304:0.68:444
chr10	18122716	rs111490411	A	G	1707.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=28;NR=19;PP=803;SC=CGTGGCACCAAGCGAGGAAAA;SOR=0.925;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=48;TCF=28;TCR=20;TR=47;WE=18122724;WS=18122706;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr10	18138386	.	G	A	293.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=10;NR=0;PP=239;SC=AAAACTAAATGTTACCTTTAT;SOR=4.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=10;TCR=0;TR=10;WE=18138394;WS=18138376;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr10	18183335	.	T	C	187.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.261;ClippingRankSum=0.000;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=40.89;MQRankSum=0.941;QD=14.44;ReadPosRankSum=1.209;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,10:0.77:13
chr10	18242304	rs691112	T	C	9201.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.992;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=263;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=36.37;ReadPosRankSum=-0.154;SOR=0.701;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:4,249:0.98:253
chr10	18242304	.	TAGCAGAA	CAGCAGAA,CAGCAGAG	1471	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.5;FR=0.5000,0.5000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MMLQ=26;MQ=59.95;NF=80,47;NR=78,46;PP=878,1471;QD=5.77703299081;SC=CAGCCCAGGATAGCAGAAGCC;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=161;TCF=81;TCR=80;TR=158,93;WE=18242319;WS=18242294;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.98:161
chr10	18242311	rs10764176	A	G	3255.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.898;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=262;ExcessHet=3.0103;FS=0.469;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.97;ReadPosRankSum=-0.968;SOR=0.733;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:98,153:0.61:251
chr10	18254655	rs11011754	C	T	1510.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-2.460;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.731;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=35;PP=725;ReadPosRankSum=-1.881;SC=TTCCAAGTCACACCTGCTAAA;SOR=1.075;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=82;TCF=35;TCR=47;TR=58;WE=18254663;WS=18254645;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,73:0.63:116
chr10	18266783	rs1926740	G	T	566.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.520;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.9999;FS=2.178;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=6;PP=410;ReadPosRankSum=-0.042;SC=GTGACTATTCGGAACTTATCT;SOR=1.552;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=26;TCF=19;TCR=7;TR=23;WE=18266791;WS=18266773;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,23:0.82:28
chr10	18266989	rs2478568	G	A	3148.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.022;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.006;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=47;PP=1304;ReadPosRankSum=-1.122;SC=GGATGGTCCAGTTTCCTGGGA;SOR=0.648;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=138;TCF=68;TCR=70;TR=86;WE=18266997;WS=18266979;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,145:0.65:222
chr10	18267096	rs2437260	G	A	1193.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-2.050;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.885;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=26;PP=551;ReadPosRankSum=-0.660;SC=AACTTAAAGAGTATTGTGTAT;SOR=0.542;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=64;TCF=17;TCR=47;TR=35;WE=18267104;WS=18267086;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,55:0.62:88
chr10	18270208	rs11011850	G	A	701.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=-0.408;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.131;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=4;PP=297;ReadPosRankSum=-1.243;SC=AATATGCTGAGATTAGTAACA;SOR=0.960;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=32;TCF=22;TCR=10;TR=17;WE=18270216;WS=18270198;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,32:0.62:52
chr10	18270422	rs1926739	G	A	741.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.300;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.620;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=17;PP=433;ReadPosRankSum=0.751;SC=AGTAAGTTCTGGATCTTCCTT;SOR=0.392;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=32;TCF=10;TCR=22;TR=27;WE=18270430;WS=18270412;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,32:0.80:40
chr10	18276586	rs17658718	C	T	1625.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.665;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=28;PP=808;ReadPosRankSum=1.575;SC=CTCAGGTAATCTGGTCTTTTC;SOR=0.678;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=90;TCF=40;TCR=50;TR=51;WE=18276594;WS=18276576;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,76:0.57:133
chr10	18276682	rs10508555	G	C	417.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=1.625;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=11;PP=244;ReadPosRankSum=0.296;SC=TTCAAAGAGAGAGTATCGTGG;SOR=0.753;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=42;TCF=13;TCR=29;TR=16;WE=18276690;WS=18276672;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,21:0.38:55
chr10	18280054	rs140784602	C	CT	287.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.011;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.99;ReadPosRankSum=0.140;SOR=0.665;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,29:0.81:36
chr10	18289821	rs16916742	G	T	1034.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.265;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=27;PP=626;ReadPosRankSum=0.286;SC=TCCAGCTATGGTTTACTAGGA;SOR=0.741;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=51;TCF=12;TCR=39;TR=37;WE=18289829;WS=18289811;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,45:0.65:69
chr10	18292035	rs11012030	G	A	1503.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=2.127;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.343;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=7;PP=977;ReadPosRankSum=-0.885;SC=CTAATAGTGCGTTACTTTAGC;SOR=1.110;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=79;TCF=65;TCR=14;TR=52;WE=18292043;WS=18292025;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,62:0.69:90
chr10	18439747	rs61545603	C	T	265.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.768;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.29;ReadPosRankSum=-0.834;SOR=0.507;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,13:0.65:20
chr10	18550450	rs951046	G	A	282.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=2;NR=7;PP=188;SC=GTTTTTATCTGTCTTTTGTGC;SOR=2.303;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=2;TCR=7;TR=9;WE=18550458;WS=18550440;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr10	18551154	rs10764369	G	A	105.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=0.584;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=5;PP=75;ReadPosRankSum=0.637;SC=TGGAAAATTGGCCACAGAAAA;SOR=1.911;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=1;TCR=9;TR=5;WE=18551162;WS=18551144;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,5:0.50:10
chr10	18787195	rs11014511	T	C	317.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=2.915;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=4;PP=235;ReadPosRankSum=-0.053;SC=ATTACAGTAGTTATTCAGTAT;SOR=0.612;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=49;TCF=37;TCR=12;TR=15;WE=18787203;WS=18787185;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,17:0.27:62
chr10	18789724	rs4485000	T	G	586.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=2.300;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=4;PP=351;ReadPosRankSum=2.247;SC=TTTTAATGCTTTTGATTTTGT;SOR=0.799;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=61;TCF=48;TCR=13;TR=20;WE=18789732;WS=18789714;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,29:0.33:88
chr10	18795596	rs10741088	G	A	911.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.725;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=23;PP=541;ReadPosRankSum=-0.907;SC=GATGTTAAAAGGAATCAGAAG;SOR=0.665;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=54;TCF=12;TCR=42;TR=29;WE=18795604;WS=18795586;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,41:0.62:66
chr10	18816633	rs4314963	C	T	2564.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.090;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.489;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=52;PP=1306;ReadPosRankSum=-0.026;SC=TTAGGTAAGTCTGTGCAATGA;SOR=0.761;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=157;TCF=67;TCR=90;TR=92;WE=18816641;WS=18816623;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:104,124:0.54:228
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chr10	18828486	rs61733968	C	G	6256.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.958;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=396;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.348;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=76;NR=103;PP=2764;ReadPosRankSum=-0.785;SC=CAGGGAGTCCCGGCACCGTTC;SOR=0.929;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=260;TCF=118;TCR=142;TR=179;WE=18828494;WS=18828476;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:110,280:0.72:390
chr10	18828635	rs58225473	T	G	1040.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.175;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.835;HP=1;HapScore=1;MGOF=29;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=25;PP=439;ReadPosRankSum=-0.401;SC=GGAACAGGGATGTTTACATCC;SOR=0.952;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=125;TCF=53;TCR=72;TR=42;WE=18828643;WS=18828625;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:103,62:0.38:165
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chr10	18828669	rs141925255	GTT	G,GT	2812.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.672;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.12;MQRankSum=0.295;QD=59.85;ReadPosRankSum=-1.476;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:1,27,19:0.57,0.40:47
chr10	18834797	.	T	TAAAAAAAA	267	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;FR=0.5000;HP=13;HapScore=2;MGOF=6;MMLQ=28;MQ=58.7;NF=3;NR=1;PP=267;QD=68.0;SC=ACACTTTGGTTAAAAAAAAAA;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=7;TCF=6;TCR=1;TR=4;WE=18834805;WS=18834787;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:3,4:0.57:7
chr10	18836957	rs4747353	C	T	981.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.386;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.520;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=6;PP=576;ReadPosRankSum=-0.431;SC=TTTTACTTATCTCTTCGTTAA;SOR=1.559;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=39;TCF=30;TCR=9;TR=30;WE=18836965;WS=18836947;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,39:0.78:50
chr10	18840919	rs12767546	T	A	760.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-1.612;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=22;PP=490;ReadPosRankSum=0.818;SC=AGAATTATAATCATGTTTACT;SOR=0.713;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=45;TCF=8;TCR=37;TR=27;WE=18840927;WS=18840909;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,33:0.61:54
chr10	18875051	.	G	GA	139.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.661;ClippingRankSum=0.000;DP=87;ExcessHet=3.0103;FS=1.106;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.12;MQRankSum=1.863;QD=1.89;ReadPosRankSum=1.537;SOR=0.889;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:57,17:0.23:74
chr10	18875109	rs12772522	G	A	607.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-2.041;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.596;NF=4;NR=17;PP=470;ReadPosRankSum=0.593;SC=AGAAAAACATGAAAAATTATG;SOR=0.551;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=28;TCF=5;TCR=23;TR=21;WE=18875117;WS=18875099;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,23:0.79:29
chr10	18884992	rs78634075	T	C	104.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-0.176;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=0;PP=55;ReadPosRankSum=-0.279;SC=CTGAGCTTAATATGTAGTGAC;SOR=0.836;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=26;TCF=24;TCR=2;TR=6;WE=18885000;WS=18884991;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,7:0.24:29
chr10	18898701	rs4748493	T	A	55.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.431;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=5.58;ReadPosRankSum=-0.728;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,4:0.40:10
chr10	18898729	rs34349692	G	GT	210.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-0.463;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=2;PP=194;ReadPosRankSum=-0.247;SC=ATTCACTGATGTATGTTTCAA;SOR=0.693;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=13;TCF=9;TCR=4;TR=6;WE=18898737;WS=18898719;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,7:0.50:14
chr10	18898960	rs4748494	A	G	778.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.125;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=20;PP=447;ReadPosRankSum=1.868;SC=AAGATGCTCTATCTTTTTAAG;SOR=0.804;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=49;TCF=17;TCR=32;TR=30;WE=18898968;WS=18898950;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,38:0.54:71
chr10	18903281	rs11405681	C	CA	1189.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=2.462;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=1.778;HP=11;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.624;NF=35;NR=6;PP=686;ReadPosRankSum=-2.031;SC=GGATTTATACCAAAAAAAAAA;SOR=1.270;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=50;TCF=43;TCR=7;TR=41;WE=18903290;WS=18903271;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:9,61:0.87:70
chr10	18903605	rs4636555	A	C	293.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=2.482;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=12;PP=247;ReadPosRankSum=1.424;SC=CGTGAAAATTATTTGAGCTAG;SOR=1.493;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=0;TCR=18;TR=12;WE=18903613;WS=18903595;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,12:0.67:18
chr10	18931512	rs7907153	T	C	746.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.613;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=14;PP=399;ReadPosRankSum=0.657;SC=GATTATAAAGTAATCCATACA;SOR=0.783;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=40;TCF=17;TCR=23;TR=24;WE=18931520;WS=18931502;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,36:0.55:66
chr10	18931580	rs7897159	C	T	432.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-2.376;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=11.977;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=8;PP=209;ReadPosRankSum=0.865;SC=CAGCATGAAGCCCTAGTAGCT;SOR=0.029;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=17;TCF=5;TCR=12;TR=13;WE=18931588;WS=18931570;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,20:0.77:26
chr10	18937566	rs143404181	A	G	188.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.838;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=4.877;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.20;MQRankSum=-0.526;QD=3.56;ReadPosRankSum=0.362;SOR=1.659;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:40,13:0.25:53
chr10	18937579	rs45468894	A	AAAG	886.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.804;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.695;NF=0;NR=16;PP=1140;ReadPosRankSum=1.364;SC=CACAATCTAAAAAGAAGTTCA;SOR=0.657;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=0;TCR=22;TR=16;WE=18937587;WS=18937556;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,23:0.72:32
chr10	18940185	rs140572895	G	GT	148.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.071;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FS=1.029;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.98;ReadPosRankSum=0.962;SOR=0.874;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:57,18:0.24:75
chr10	18957699	rs34027786	CT	C	117.92	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.530;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=1.643;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.93;ReadPosRankSum=0.000;SOR=1.112;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,15:0.50:30
chr10	19338097	rs149714466	A	G	222.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.204;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.594;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=10;PP=130;ReadPosRankSum=-0.927;SC=TCCAATTTCAATTCCCCGTAC;SOR=1.165;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=49;TCF=14;TCR=35;TR=13;WE=19338105;WS=19338087;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,16:0.23:69
chr10	19376734	rs112293611	G	GT	1485.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.353;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.366;HP=9;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.913;NF=18;NR=24;PP=645;ReadPosRankSum=1.121;SC=ATTCTTTCTGGTTTTTTTTTG;SOR=0.539;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=78;TCF=32;TCR=46;TR=42;WE=19376742;WS=19376724;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,83:0.56:148
chr10	19392857	rs10159517	T	C	1364.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.104;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.83;ReadPosRankSum=0.568;SOR=0.781;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,63:0.68:92
chr10	19413368	rs10450317	T	C	986.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.587;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=11;PP=472;ReadPosRankSum=0.538;SC=GTATATAAGCTTTTTGGTTGA;SOR=0.743;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=45;TCF=28;TCR=17;TR=30;WE=19413376;WS=19413358;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,46:0.71:65
chr10	19417181	rs11008573	T	C	1307.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.913;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.515;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=25;PP=763;ReadPosRankSum=1.099;SC=CTAAGCATGGTTTCACTCTTA;SOR=0.740;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=137;TCF=76;TCR=61;TR=55;WE=19417189;WS=19417171;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:146,76:0.34:222
chr10	19492702	rs16918344	C	T	4029.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.957;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=319;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=71;NR=50;PP=1899;ReadPosRankSum=-0.373;SC=TGGTTTGAAGCAATTAGTGGT;SOR=0.692;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=198;TCF=116;TCR=82;TR=121;WE=19492710;WS=19492692;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:126,191:0.60:317
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chr10	19493215	rs202203955	T	TG	1531.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.527;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=15.570;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.48;MQRankSum=0.894;QD=23.21;ReadPosRankSum=0.613;SOR=0.868;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,53:0.80:66
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chr10	19498278	rs2358355	G	A	3444.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.788;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=267;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.532;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=43;PP=1684;ReadPosRankSum=-0.385;SC=TGGACCAGGAGCCAGGGTCCA;SOR=0.592;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=172;TCF=105;TCR=67;TR=108;WE=19498286;WS=19498268;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:103,161:0.61:264
chr10	19498722	rs2245136	A	G	507.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-0.035;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=17;PP=354;ReadPosRankSum=1.947;SC=TCAAAGTTACATTGAGACACA;SOR=1.255;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=26;TCF=4;TCR=22;TR=20;WE=19498730;WS=19498712;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,21:0.78:27
chr10	19546796	rs10763903	T	C	1409.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.172;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=32;PP=833;ReadPosRankSum=0.840;SC=AAATTTCCAATATGACCTTGC;SOR=0.612;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=62;TCF=17;TCR=45;TR=45;WE=19546804;WS=19546786;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,60:0.72:83
chr10	19546877	rs10508582	C	A	186.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-2.200;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5002;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=7;PP=169;ReadPosRankSum=-0.812;SC=AATTAGTTTTCAAGTGTCAAA;SOR=2.093;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=7;WE=19546885;WS=19546867;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,7:0.78:9
chr10	19571941	rs2499066	A	G	1071.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.669;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.284;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=15;PP=468;ReadPosRankSum=-1.078;SC=GTTCTACCCCATCCAAGTTAT;SOR=0.549;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=109;TCF=69;TCR=40;TR=38;WE=19571949;WS=19571931;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:108,61:0.36:169
chr10	19616735	rs1577289	T	C	647.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-4.213;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.864;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=26;PP=457;ReadPosRankSum=-1.124;SC=GTGGACACCATGCTTAACACT;SOR=0.418;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=42;TCF=4;TCR=38;TR=30;WE=19616743;WS=19616725;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,30:0.67:45
chr10	19620407	rs7100382	A	C	3602.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.63;BaseQRankSum=-0.934;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=290;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.438;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=35;PP=1024;ReadPosRankSum=-0.645;SC=AAGTGTACTGATCATGAATTC;SOR=0.640;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=134;TCF=60;TCR=74;TR=65;WE=19620415;WS=19620397;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:116,171:0.60:287
chr10	19620439	rs7100403	A	G	3023.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.63;BaseQRankSum=-0.386;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=249;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.473;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=33;PP=846;ReadPosRankSum=-0.630;SC=TAAGCACTGCATTGCCAAAGA;SOR=0.649;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=128;TCF=57;TCR=71;TR=61;WE=19620447;WS=19620429;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:99,147:0.60:246
chr10	19620559	rs7082205	G	A	544.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-3.298;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.481;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=15;PP=326;ReadPosRankSum=0.745;SC=AACTCCCACAGCCTTACTCAA;SOR=0.392;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=34;TCF=8;TCR=26;TR=21;WE=19620567;WS=19620549;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,24:0.62:39
chr10	19636869	rs1609746	G	T	2276.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-3.037;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.955;HP=4;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=37;PP=1144;ReadPosRankSum=2.232;SC=TCTTTATAAAGAGTTTGTTTC;SOR=0.547;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=123;TCF=69;TCR=54;TR=79;WE=19636877;WS=19636859;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,106:0.62:171
chr10	19637088	rs1577307	G	A	447.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.526;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.444;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=15;PP=329;ReadPosRankSum=-1.099;SC=TATGTGAAGGGGGGAAAAAAT;SOR=0.119;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=27;TCF=5;TCR=22;TR=20;WE=19637096;WS=19637078;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,19:0.70:27
chr10	19641035	rs10827306	T	C	2757.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.407;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=30;PP=1377;ReadPosRankSum=0.441;SC=AACCTCACTGTAGAACAAGGC;SOR=0.700;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=127;TCF=79;TCR=48;TR=80;WE=19641043;WS=19641025;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,120:0.67:180
chr10	19641231	rs7092566	A	G	3833.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.394;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=259;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.810;NF=40;NR=66;PP=1723;ReadPosRankSum=-0.044;SC=CAACAGGTACATTCTAATCTG;SOR=0.666;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=159;TCF=59;TCR=100;TR=106;WE=19641248;WS=19641221;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,176:0.69:256
chr10	19641239	rs10616221	CTG	C	8611.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=83;PP=2986;SC=ACATTCTAATCTGTGTGTGTG;SOR=1.227;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=101;TCF=6;TCR=95;TR=89;WE=19641248;WS=19641221;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,215:1.00:215
chr10	19678286	rs10763974	C	T	4525.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=71;NR=63;PP=2601;SC=TCAGATCATACGAATTGTAAT;SOR=0.805;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=134;TCF=71;TCR=63;TR=134;WE=19678294;WS=19678276;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,167:1.00:167
chr10	19678449	rs78832888	A	G	684.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.389;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=19;PP=338;ReadPosRankSum=-0.613;SC=CAGGAGTACCATGTGGCGAGA;SOR=0.639;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=110;TCF=44;TCR=66;TR=32;WE=19678457;WS=19678439;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:116,46:0.28:162
chr10	19678497	rs10763975	G	A	2094.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=19;NR=38;PP=1158;SC=CTGGTATTTCGTATCTGCAAA;SOR=1.358;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=57;TCF=19;TCR=38;TR=57;WE=19678505;WS=19678487;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr10	19678602	rs7896087	T	C	278.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=1;NR=9;PP=242;SC=AGGGTCTTGCTCTGTCACTCA;SOR=3.056;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=1;TCR=9;TR=10;WE=19678610;WS=19678592;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr10	19739459	rs6415957	T	G	930.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.536;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=21;PP=485;ReadPosRankSum=-0.819;SC=AAGCACATTTTTAATCTAGCC;SOR=0.717;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=52;TCF=18;TCR=34;TR=33;WE=19739467;WS=19739449;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,44:0.67:66
chr10	19777907	rs112165212	C	T	2964.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=-0.045;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=31;PP=1397;ReadPosRankSum=-0.527;SC=GAGGAGAAGGCGGGCTCCCAA;SOR=0.657;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=127;TCF=80;TCR=47;TR=82;WE=19777915;WS=19777897;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,134:0.64:210
chr10	19777982	rs72788548	G	A	6100.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.61;BaseQRankSum=-2.386;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=403;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.203;HP=3;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=65;PP=2184;ReadPosRankSum=0.500;SC=AGGGTGGAGGGGCGGCAGCGC;SOR=0.567;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=200;TCF=105;TCR=95;TR=131;WE=19777990;WS=19777972;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:126,275:0.69:401
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chr10	19884264	rs10827628	G	A	5139.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=65;NR=64;PP=2469;SC=TGTCCTCTCAGCCCCACCCCT;SOR=0.724;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=130;TCF=66;TCR=64;TR=129;WE=19884272;WS=19884254;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,193:1.00:193
chr10	19896830	rs7909976	C	A	3110.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=32;NR=48;PP=1567;SC=CCAGCTGCTCCGGTACCCCAT;SOR=0.973;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=81;TCF=33;TCR=48;TR=80;WE=19896838;WS=19896820;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr10	19904870	rs10580913	ATT	A	2701.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.668;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=11;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=24;PP=772;ReadPosRankSum=1.441;SC=GCATTGTTTAATTTTTTTTTT;SOR=0.307;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=31;TCF=4;TCR=27;TR=28;WE=19904887;WS=19904860;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,64:0.98:65
chr10	19904879	rs62881061	T	G	2759.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.566;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=41.19;ReadPosRankSum=1.552;SOR=0.337;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,66:0.99:67
chr10	20105936	rs989767	T	C	2054.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.460;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=11;PP=1449;ReadPosRankSum=-0.931;SC=GGCCCGGTCGTGCCTATTGCA;SOR=1.759;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=60;TCF=49;TCR=11;TR=59;WE=20105944;WS=20105926;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,68:0.99:69
chr10	20105996	rs63234960	TGGC	T	4180.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=2.716;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.545;HP=4;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.678;NF=29;NR=31;PP=2507;ReadPosRankSum=0.081;SC=GGTAGGGAGGTGGCGGCGGCG;SOR=1.141;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=108;TCF=49;TCR=59;TR=60;WE=20106006;WS=20105986;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,109:0.59:184
chr10	20290956	rs1409344	T	A	111.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.65;BaseQRankSum=-2.100;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5103;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=3;PP=59;ReadPosRankSum=0.414;SC=ATTAATGAATTTATTTCATGT;SOR=0.269;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=5;TCF=1;TCR=4;TR=4;WE=20290964;WS=20290946;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,6:0.75:8
chr10	20336112	rs10740961	G	T	324.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=9;PP=216;SC=AATTTAGATTGATTACTGCAT;SOR=4.977;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=9;WE=20336120;WS=20336102;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr10	20357183	rs7072650	A	G	1206.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=1.367;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=239;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.717;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=24;PP=564;ReadPosRankSum=-1.860;SC=GTGGTTTTCTACCCATTCACC;SOR=0.835;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=123;TCF=54;TCR=69;TR=39;WE=20357191;WS=20357173;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:165,73:0.31:238
chr10	20436838	rs4626974	G	C	3537.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.463;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=249;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.026;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=56;PP=1813;ReadPosRankSum=-1.091;SC=AGAAGTAAGTGATGCGTTGAT;SOR=0.594;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=165;TCF=75;TCR=90;TR=107;WE=20436846;WS=20436828;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,160:0.65:247
chr10	20453583	rs372373417	TA	T	345.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.412;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.985;HP=10;HapScore=3;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=16;PP=188;ReadPosRankSum=1.468;SC=GTACCTGAATTAAAAAAAAAA;SOR=0.330;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=38;TCF=1;TCR=37;TR=17;WE=20453591;WS=20453573;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,24:0.51:47
chr10	20500710	rs12259741	G	A	1969.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.234;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.707;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=36;PP=937;ReadPosRankSum=0.850;SC=TCATATACATGTGTTTTAACT;SOR=0.598;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=83;TCF=28;TCR=55;TR=57;WE=20500718;WS=20500700;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,87:0.66:131
chr10	20500743	rs10827997	T	G	393.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.142;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.361;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=15;PP=232;ReadPosRankSum=-0.617;SC=TATTCAAAATTTATGCCCTAA;SOR=1.143;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=67;TCF=22;TCR=45;TR=19;WE=20500751;WS=20500733;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,25:0.29:86
chr10	20506326	rs12783379	T	C	3691.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=34.83;SOR=1.480;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr10	20506326	.	TTTGTTTTC	CTTGTTTTC,CTTGTTTTT	893	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.53;FR=0.5000,0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MMLQ=25;MQ=60.0;NF=51,21;NR=24,12;PP=893,498;QD=12.370282834;SC=GATCACTCCATTTGTTTTCCT;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=75;TCF=51;TCR=24;TR=75,33;WE=20506342;WS=20506316;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:1.00:75
chr10	20506334	.	C	T	946.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.185;ClippingRankSum=0.000;DP=129;ExcessHet=3.0103;FS=1.497;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.57;ReadPosRankSum=0.469;SOR=0.558;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:75,50:0.40:125
chr10	20506418	rs3817405	G	A	8820.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=246;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=36.15;SOR=0.760;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,244:1.00:244
chr10	20506418	.	GTAGGAGC	ATAGGAGC,ATAGGAGT	1025	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.51;FR=0.5000,0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=20;MMLQ=13;MQ=59.62;NF=70,41;NR=69,37;PP=553,1025;QD=4.22856987444;SC=CACCACAACCGTAGGAGCGAC;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=145;TCF=70;TCR=75;TR=139,78;WE=20506433;WS=20506408;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.96:145
chr10	20506425	rs201940365	C	T	2858.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.009;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=237;ExcessHet=3.0103;FS=1.605;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.16;ReadPosRankSum=0.983;SOR=0.796;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:97,138:0.59:235
chr10	20507790	rs11011879	A	G	346.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=3;PP=236;SC=AAATCTTGACATTACAATCTC;SOR=2.303;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=11;TCR=3;TR=14;WE=20507798;WS=20507789;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr10	20534333	rs2778979	A	G	430.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.356;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.062;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=11;PP=236;ReadPosRankSum=-1.101;SC=TGGCCTCATCATTGGAATCCT;SOR=0.412;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=52;TCF=22;TCR=30;TR=22;WE=20534341;WS=20534323;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,26:0.36:72
chr10	20568524	rs2681949	T	C	387.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.105;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=4;PP=177;ReadPosRankSum=-1.236;SC=GATAATTTAATGTGTTAATTA;SOR=0.852;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=40;TCF=31;TCR=9;TR=16;WE=20568532;WS=20568514;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,20:0.39:51
chr10	20841150	rs2496601	C	T	286.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-1.050;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=9;PP=184;ReadPosRankSum=-0.591;SC=ATCCCGGCTACTCACCCTTGG;SOR=1.148;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=14;TCF=2;TCR=12;TR=10;WE=20841158;WS=20841140;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,12:0.71:17
chr10	21076307	rs2296607	C	T	1107.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.116;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=274;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.310;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=28;PP=495;ReadPosRankSum=-1.265;SC=CCCAAACCCTCAGAGTGATGT;SOR=0.871;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=161;TCF=72;TCR=89;TR=47;WE=21076315;WS=21076297;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:197,75:0.28:272
chr10	21104694	rs4748727	A	T	1129.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=11;NR=17;PP=581;SC=TCAATTCAACAAAGAGACTTA;SOR=1.022;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=28;TCF=11;TCR=17;TR=28;WE=21104702;WS=21104684;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr10	21108247	rs1006362	C	T	823.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=17;NR=4;PP=438;SC=TTTGGTTTTACGTTCCTGTGT;SOR=2.303;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=22;TCF=17;TCR=5;TR=21;WE=21108255;WS=21108237;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr10	21112111	rs11012353	A	T	129.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.691;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=10.81;ReadPosRankSum=-2.744;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,8:0.67:12
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chr10	21115347	rs71578946	A	G	618.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.492;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=7;PP=353;ReadPosRankSum=0.536;SC=TGCTTTTAGAAAAGATAATTA;SOR=0.575;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=34;TCF=23;TCR=11;TR=20;WE=21115355;WS=21115337;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,27:0.60:45
chr10	21115608	rs10828139	A	C	51.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.515;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=5.75;ReadPosRankSum=0.210;SOR=0.283;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,3:0.33:9
chr10	21120116	rs10491056	A	G	8641.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.678;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=345;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=102;NR=83;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.114;SC=ATCTTCATTCATGACCAACCT;SOR=0.811;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=185;TCF=102;TCR=83;TR=185;WE=21120124;WS=21120106;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,339:0.99:341
chr10	21129588	rs41277368	T	C	791.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.650;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.203;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=8;PP=426;ReadPosRankSum=1.826;SC=TATAGATGTATAGAACCTTTG;SOR=0.454;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=40;TCF=28;TCR=12;TR=25;WE=21129596;WS=21129578;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,35:0.67:52
chr10	21134282	rs41277370	C	G	936.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.868;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=15;PP=502;ReadPosRankSum=-0.075;SC=TTCTCAAAATCCTCTTTGTAA;SOR=0.650;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=50;TCF=25;TCR=25;TR=31;WE=21134290;WS=21134272;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,45:0.51:89
chr10	21139389	rs4025981	T	C	934.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.094;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.200;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=15;PP=378;ReadPosRankSum=-0.934;SC=AATTCAAGCATTGGCTTTCCC;SOR=0.484;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=37;TCF=14;TCR=23;TR=25;WE=21139397;WS=21139379;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,42:0.75:56
chr10	21141440	rs3831100	AG	A	404.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.938;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=3;PP=250;ReadPosRankSum=-1.247;SC=GGTTGCTGGCAGGGAGGGTAG;SOR=0.859;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=15;TCF=8;TCR=7;TR=8;WE=21141448;WS=21141430;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,15:0.48:31
chr10	21141469	rs703089	T	C	1096.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=19;NR=11;PP=494;SC=CGGGCAAGTGTGTACCTGACT;SOR=1.127;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=19;TCR=11;TR=30;WE=21141477;WS=21141459;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr10	21157492	rs2296609	T	C	666.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.538;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=5;PP=386;ReadPosRankSum=-0.749;SC=CTCTGTTTATTCTTGCAATTA;SOR=0.569;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=34;TCF=26;TCR=8;TR=21;WE=21157500;WS=21157482;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,29:0.66:44
chr10	21157763	rs5783755	CA	C	277.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;BaseQRankSum=1.211;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.6320;FS=6.422;HP=14;HapScore=3;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=16;PP=198;ReadPosRankSum=-0.224;SC=TGACATTAGCCAAAAAAAAAA;SOR=4.047;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=1;TCR=20;TR=16;WE=21157772;WS=21157753;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,19:0.90:21
chr10	21176945	rs703100	G	A	229.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.288;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.51;ReadPosRankSum=0.357;SOR=0.540;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,15:0.29:51
chr10	21185821	rs788971	A	C	3859.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.957;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.119;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=69;NR=39;PP=2195;ReadPosRankSum=0.653;SC=CAGCTCTATGACTCTATAACA;SOR=1.033;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=109;TCF=69;TCR=40;TR=108;WE=21185829;WS=21185811;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,141:0.99:142
chr10	21188197	rs788976	T	A	429.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.641;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.947;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=7;PP=303;ReadPosRankSum=1.371;SC=TTTCTAGGAGTGTAGGGAGAA;SOR=0.902;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=63;TCF=44;TCR=19;TR=22;WE=21188205;WS=21188187;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,25:0.30:84
chr10	21414892	rs625223	C	G	1968.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.434;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=352;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.416;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=42;PP=990;ReadPosRankSum=-1.036;SC=TTGCCTGGATCTGGTTCAGGA;SOR=0.686;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=229;TCF=114;TCR=115;TR=80;WE=21414900;WS=21414882;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:231,113:0.33:344
chr10	21415006	rs11591355	T	C	1602.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-2.367;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.473;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=33;PP=686;ReadPosRankSum=0.234;SC=ACCAGCTTCCTGGGAGGCCTC;SOR=0.530;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=131;TCF=48;TCR=83;TR=56;WE=21415014;WS=21414996;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:119,86:0.42:205
chr10	21435340	rs72102767	ACACT	A	3719.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.142;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=426;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.590;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=3.290;NF=9;NR=43;PP=2207;ReadPosRankSum=1.220;SC=TAAAGCACAAACACTCTCTCT;SOR=0.716;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=178;TCF=40;TCR=138;TR=52;WE=21435351;WS=21435330;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:303,113:0.27:416
chr10	21461232	rs35856892	G	A	632.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-2.110;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=5;PP=319;ReadPosRankSum=1.291;SC=CAGTGAGTCAGTTCTTCAAAA;SOR=0.651;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=69;TCF=55;TCR=14;TR=24;WE=21461240;WS=21461222;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,33:0.34:96
chr10	21461410	rs11413698	G	GA	493.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.998;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FS=0.731;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.23;MQRankSum=2.086;QD=3.21;ReadPosRankSum=-0.319;SOR=0.781;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:105,49:0.32:154
chr10	21805466	rs112207161	C	CCCTCCT	1723.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.638;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.884;HP=5;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.987;NF=9;NR=18;PP=1417;ReadPosRankSum=-0.525;SC=CCCGCTGCCCCCCTCCTCCTC;SOR=0.843;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=51;TCF=16;TCR=35;TR=27;WE=21805474;WS=21805456;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,38:0.52:73
chr10	21805720	.	ATGG	A	273.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.345;ClippingRankSum=0.000;DP=207;ExcessHet=3.0103;FS=2.034;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.92;MQRankSum=-1.643;QD=1.58;ReadPosRankSum=0.357;SOR=0.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:154,19:0.11:173
chr10	21806832	rs946711	A	C	1920.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.554;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.412;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=37;PP=870;ReadPosRankSum=1.072;SC=GTTAATCCTCAGCCAGATGCT;SOR=0.539;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=96;TCF=40;TCR=56;TR=67;WE=21806840;WS=21806822;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,91:0.65:140
chr10	21827796	rs1802669	G	A	4812.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.008;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=356;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.402;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=72;NR=61;PP=1928;ReadPosRankSum=1.853;SC=CCACTGGACCGTGGTTTTGCA;SOR=0.662;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=203;TCF=110;TCR=93;TR=133;WE=21827804;WS=21827786;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:125,227:0.64:352
chr10	21884471	rs11592565	A	G	827.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-1.373;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=26;PP=597;ReadPosRankSum=-0.040;SC=AAATCCAGGGAGATTTGGAAA;SOR=0.683;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=55;TCF=11;TCR=44;TR=32;WE=21884479;WS=21884461;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,35:0.56:62
chr10	21901255	rs369797804	CT	C	198.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.536;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.37;ReadPosRankSum=2.117;SOR=0.670;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:110,35:0.24:145
chr10	22193422	rs792455	T	C	194.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.610;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=3;PP=139;ReadPosRankSum=0.579;SC=TTATATGACATTGTTAAAACA;SOR=0.836;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=18;TCF=13;TCR=5;TR=11;WE=22193430;WS=22193412;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,10:0.53:19
chr10	22498749	rs2478476	A	T	9164.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=338;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=100;NR=132;PP=2965;SC=TTTTTCAATGACCTTAACATC;SOR=0.923;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=232;TCF=100;TCR=132;TR=232;WE=22498757;WS=22498739;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,335:1.00:335
chr10	22605398	rs11552445	C	G	3999.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.67;BaseQRankSum=-1.676;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=286;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.534;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=41;PP=1094;ReadPosRankSum=1.670;SC=GGCGGATCCCCGCTCCTTCGA;SOR=0.580;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=115;TCF=53;TCR=62;TR=79;WE=22605406;WS=22605388;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,195:0.68:285
chr10	22653681	.	A	AT	426.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.979;ClippingRankSum=0.000;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.863;HP=6;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=1;PP=540;ReadPosRankSum=-0.557;SC=ATTTTTACTGATTTTTTCCCT;SOR=1.863;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=30;TCF=27;TCR=3;TR=19;WE=22653689;WS=22653671;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,21:0.70:30
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chr10	22701544	rs11813246	G	A	83.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=2.655;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=4;PP=55;ReadPosRankSum=0.589;SC=TCTGTCTCCAGGCTGGAGTGC;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=1;TCR=9;TR=4;WE=22701552;WS=22701534;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,4:0.44:9
chr10	22826093	rs1053454	A	C	2271.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.226;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.669;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=27;PP=1144;ReadPosRankSum=1.712;SC=ACCTCTGTCCATCCAATGTTC;SOR=0.882;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=83;TCF=50;TCR=33;TR=69;WE=22826101;WS=22826083;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,99:0.77:129
chr10	22828835	rs146089705	AGAGAGG	A	1729.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.756;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FS=1.812;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.07;MQRankSum=-1.615;QD=15.04;ReadPosRankSum=-2.303;SOR=0.499;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,78:0.68:115
chr10	22828841	rs150482394	GGA	G	183.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.705;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FS=2.611;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.07;MQRankSum=0.618;QD=1.73;ReadPosRankSum=3.650;SOR=1.207;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:90,16:0.15:106
chr10	22830719	rs943192	G	C	9066.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=341;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=125;NR=103;PP=2965;SC=AGGGTCCACAGTAATCAAACT;SOR=0.871;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=228;TCF=125;TCR=103;TR=228;WE=22830727;WS=22830709;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,340:1.00:340
chr10	22839463	rs10047326	C	A	175.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-1.647;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=1;PP=95;ReadPosRankSum=0.483;SC=TCTGACTTCCCTAAGGTAGAG;SOR=1.270;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=12;TCF=10;TCR=2;TR=7;WE=22839471;WS=22839462;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,8:0.62:13
chr10	22839628	rs2230469	T	C	1320.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.933;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.329;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=16;PP=811;ReadPosRankSum=2.462;SC=GACCTTCTTGTTGTTGTCATC;SOR=0.547;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=102;TCF=71;TCR=31;TR=48;WE=22839636;WS=22839618;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:92,65:0.41:157
chr10	22856946	rs2296624	C	T	297.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=2.662;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=10;PP=165;ReadPosRankSum=0.557;SC=GCAGCCCATGCGGAATGGGCT;SOR=0.713;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=29;TCF=3;TCR=26;TR=11;WE=22856954;WS=22856936;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,14:0.42:33
chr10	22896779	rs2765997	C	T	5006.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=68;NR=36;PP=2154;SC=GACAAAAATACAGATCCCAAT;SOR=1.107;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=105;TCF=68;TCR=37;TR=104;WE=22896787;WS=22896769;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,187:1.00:187
chr10	23297301	rs11817610	C	T	1197.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=16;NR=11;PP=489;SC=AAGAAAAGAACAAGTAAGAAA;SOR=1.022;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=16;TCR=11;TR=27;WE=23297309;WS=23297291;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr10	23297336	rs11819616	A	T	957.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=11;NR=13;PP=421;SC=GTATGCAAACAGCTTCCCCTT;SOR=0.693;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=24;TCF=11;TCR=13;TR=24;WE=23297344;WS=23297326;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr10	23303253	rs1054052	T	A	872.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=23;PP=608;SC=TCAATGTGCGTCCCTTCTCTC;SOR=3.841;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=25;TCF=2;TCR=23;TR=25;WE=23303261;WS=23303243;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr10	23408139	rs2296468	A	G	2442.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=29;NR=43;PP=1485;SC=GAGTGGGAACAGATCCTGCTG;SOR=1.022;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=72;TCF=29;TCR=43;TR=72;WE=23408147;WS=23408129;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr10	23408278	rs7427	C	T	2952.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=40;NR=43;PP=1516;SC=CTTCGTTTTCCGAGGCTCATG;SOR=0.693;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=85;TCF=40;TCR=45;TR=83;WE=23408286;WS=23408268;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr10	23482635	rs7918487	T	C	1849.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=2.613;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=15;PP=1262;ReadPosRankSum=0.292;SC=CTGTCCAGGGTCCCCCTCCCC;SOR=0.783;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=105;TCF=82;TCR=23;TR=69;WE=23482643;WS=23482625;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,75:0.62:120
chr10	23622202	rs4259746	G	A	258.88	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.143;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5032;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=8;PP=156;ReadPosRankSum=0.959;SC=AAATCATATCGTATTTTAAGT;SOR=1.445;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=14;TCF=5;TCR=9;TR=12;WE=23622210;WS=23622192;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,12:0.86:14
chr10	23632970	rs11013408	T	G	1166.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.484;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FS=0.908;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.40;ReadPosRankSum=0.110;SOR=0.884;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,55:0.68:81
chr10	23633025	rs56317783	C	T	360.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.636;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.43;ReadPosRankSum=-1.094;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,18:0.72:25
chr10	23633566	rs2036917	C	A	1417.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.417;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=15;PP=622;ReadPosRankSum=-1.267;SC=CGCAGCAGACCCGCAGCTCGG;SOR=0.668;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=66;TCF=42;TCR=24;TR=39;WE=23633574;WS=23633556;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,68:0.59:115
chr10	24498289	rs11451939	G	GA	100.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.071;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.80;ReadPosRankSum=0.741;SOR=0.793;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,11:0.31:36
chr10	24498403	rs72774807	G	A	104.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=3;PP=78;SC=TTCTTAAGCAGCAAAAGAGGT;SOR=1.609;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=1;TCR=3;TR=4;WE=24498411;WS=24498393;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr10	24544276	rs67303587	GCTGA	G	263.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.593;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.529;NF=7;NR=1;PP=279;ReadPosRankSum=0.000;SC=ATCCTGAGCGGCTGACTGTCA;SOR=0.446;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=24;TCF=23;TCR=1;TR=8;WE=24544287;WS=24544266;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,9:0.32:28
chr10	24564831	rs10764458	C	T	3186.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=32;NR=49;PP=1517;SC=CCTTCTGGTCCTGATATTCCT;SOR=1.052;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=81;TCF=32;TCR=49;TR=81;WE=24564839;WS=24564821;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr10	24722205	rs2274830	T	C	616.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=14;PP=455;SC=GAGGGGTTTTTTTTTACCCAC;SOR=2.531;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=17;TCF=3;TCR=14;TR=16;WE=24722213;WS=24722195;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr10	24784014	rs11341951	TA	T	54.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.260;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.61;ReadPosRankSum=2.195;SOR=0.610;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:70,19:0.21:89
chr10	24790393	rs1112284	A	G	3961.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=32;NR=66;PP=2035;SC=TGGGCACCTCAGCCATCCACA;SOR=1.276;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=98;TCF=32;TCR=66;TR=98;WE=24790401;WS=24790383;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,144:1.00:144
chr10	24790491	rs2366916	GC	TT	1543.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=19;PP=1055;SC=CTCATGCACGGCGGCCTCTGT;SOR=1.675;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=7;TCR=19;TR=26;WE=24790500;WS=24790481;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr10	24832885	rs3748218	C	T	2290.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=1.866;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.640;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=38;PP=1364;ReadPosRankSum=1.027;SC=AGGACGCGACCGATGACCAGT;SOR=0.609;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=116;TCF=63;TCR=53;TR=81;WE=24832893;WS=24832875;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,97:0.66:148
chr10	24833137	rs2250411	C	T	6214.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.087;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=93;NR=73;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.450;SC=AGCCCAGCATCGAGAGTACAT;SOR=0.505;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=169;TCF=95;TCR=74;TR=166;WE=24833145;WS=24833127;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,224:0.99:227
chr10	24878129	rs7478260	G	A	2430.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=33;NR=26;PP=999;SC=ATGCATTTGTGTATCAACCAT;SOR=0.874;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=60;TCF=33;TCR=27;TR=59;WE=24878137;WS=24878119;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr10	24879281	rs10734053	A	G	7507.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.941;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=296;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=95;NR=67;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.240;SC=AGAATCGGGGATTTCTGCAGA;SOR=0.922;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=168;TCF=99;TCR=69;TR=162;WE=24879289;WS=24879271;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,288:0.99:292
chr10	25140413	.	G	GA	166.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.213;ClippingRankSum=0.000;DP=119;ExcessHet=3.0103;FS=0.937;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.09;MQRankSum=1.890;QD=1.65;ReadPosRankSum=0.826;SOR=0.560;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:80,21:0.21:101
chr10	25231171	rs3748223	A	G	1287.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.444;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.845;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=14;PP=576;ReadPosRankSum=1.103;SC=GCAGCTCAGGAATAGGGTCCT;SOR=0.481;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=62;TCF=41;TCR=21;TR=39;WE=25231179;WS=25231161;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,59:0.65:91
chr10	25273311	rs5783912	G	GA	156.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.515;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.24;ReadPosRankSum=-1.419;SOR=0.551;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,16:0.43:37
chr10	25701321	.	T	C	790.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.277;ClippingRankSum=0.000;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.186;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=23;PP=406;ReadPosRankSum=-0.270;SC=ATTTACGACTTGCCATCATCT;SOR=1.060;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=101;TCF=42;TCR=59;TR=34;WE=25701329;WS=25701311;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:103,48:0.32:151
chr10	25701341	rs2480345	C	G	3169.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=32;NR=50;PP=1746;SC=TCCTTCCAAGCCCTGTGTATG;SOR=1.129;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=82;TCF=32;TCR=50;TR=82;WE=25701349;WS=25701331;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr10	25755732	rs67115852	CACAT	C	112.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.421;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.47;MQRankSum=-0.527;QD=5.37;ReadPosRankSum=0.702;SOR=0.346;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,6:0.29:21
chr10	25877859	rs144466352	TAAAC	T	1725.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.904;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.291;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.962;NF=21;NR=7;PP=1201;ReadPosRankSum=1.161;SC=TGTTGAATAATAAACAAAATG;SOR=1.123;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=45;TCF=32;TCR=13;TR=28;WE=25877870;WS=25877849;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,44:0.70:63
chr10	25888180	rs10828833	A	G	1646.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.484;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.757;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=33;PP=804;ReadPosRankSum=0.996;SC=GAAAGAAGAGATCTGGGATAG;SOR=0.562;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=77;TCF=24;TCR=53;TR=49;WE=25888188;WS=25888170;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,74:0.64:115
chr10	26286367	rs7911700	G	A	234.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=5;PP=103;SC=AGAAGAAAGGGTAACTTCTTT;SOR=2.093;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=1;TCR=5;TR=6;WE=26286375;WS=26286357;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr10	26310410	rs3737275	T	C	6331.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.825;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=245;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=98;NR=51;PP=2838;ReadPosRankSum=-0.845;SC=TTTCACCTTTTGATGGTGTGG;SOR=1.218;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=149;TCF=98;TCR=51;TR=149;WE=26310418;WS=26310400;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,237:0.99:239
chr10	26310679	rs17666079	A	C	1479.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=30;PP=1004;SC=GATATATTCCAACAAGTTGGG;SOR=1.656;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=42;TCF=12;TCR=30;TR=42;WE=26310687;WS=26310669;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr10	26312824	rs1339814	G	A	2577.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-2.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=9;PP=1686;ReadPosRankSum=-0.643;SC=TCTTGGAATTGGGAAAAGATG;SOR=1.958;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=73;TCF=64;TCR=9;TR=71;WE=26312832;WS=26312814;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,87:0.99:88
chr10	26355771	rs3824703	C	A	434.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=47;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=13;NR=1;PP=321;SC=ATATATTAGGCTATTTTCTGG;SOR=4.047;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=14;TCF=13;TCR=1;TR=14;WE=26355779;WS=26355761;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr10	26355862	rs3824702	G	T	4159.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=46.22;SOR=1.364;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr10	26355872	rs3824701	A	G	4514.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.42;SOR=1.200;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr10	26355906	rs3824700	G	A	4286.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=51;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=58;NR=43;PP=1793;SC=CTCCACAGACGTGAACGTATT;SOR=0.915;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=101;TCF=58;TCR=43;TR=101;WE=26355914;WS=26355896;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,167:1.00:167
chr10	26355992	rs3824699	A	G	4103.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=68;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=46;NR=54;PP=1857;SC=AACCCTAGAAATTTTGGATGA;SOR=0.857;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=102;TCF=46;TCR=56;TR=100;WE=26356000;WS=26355982;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,156:1.00:156
chr10	26356014	rs3824698	CA	TG	5821.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;JOINED;MGOF=54;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=35;NR=48;PP=2947;SC=GTAAGAATTTCAGTTTAATTA;SOR=1.005;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=86;TCF=36;TCR=50;TR=83;WE=26356023;WS=26356004;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chr10	26356037	rs3824696	C	T	2535.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=70;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=24;NR=48;PP=1364;SC=CTTAGACATTCCAGATGTTTT;SOR=1.420;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=72;TCF=24;TCR=48;TR=72;WE=26356045;WS=26356027;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr10	26356066	rs3824695	C	T	1559.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=68;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=11;NR=38;PP=1015;SC=ATAGAAGACACGGGTATTGGT;SOR=2.221;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=50;TCF=12;TCR=38;TR=49;WE=26356074;WS=26356056;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr10	26357625	rs3817421	T	C	1283.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=33;NR=9;PP=918;SC=CTGTTTATTATTGTTTACTTT;SOR=2.303;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=42;TCF=33;TCR=9;TR=42;WE=26357633;WS=26357615;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr10	26357747	rs35379457	CG	TA	12758.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.906;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=288;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=100;NR=76;PP=2947;ReadPosRankSum=1.277;SC=ATCAGATCTACGTCTATGTGG;SOR=0.883;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=190;TCF=106;TCR=84;TR=176;WE=26357756;WS=26357737;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,285:0.99:287
chr10	26357820	rs3817419	C	T	6554.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.186;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=251;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=70;NR=99;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.644;SC=AAAGGTATGTCGTATGGGGTG;SOR=0.326;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=171;TCF=70;TCR=101;TR=169;WE=26357828;WS=26357810;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,249:1.00:250
chr10	26359180	rs3758441	T	G	1490.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=21;NR=16;PP=630;SC=AATTTACCTCTTAGTTACTTA;SOR=0.950;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=21;TCR=16;TR=37;WE=26359188;WS=26359170;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr10	26359200	rs3834403	T	TA	1817.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=11;NR=16;PP=1127;SC=AAATGTCACTTAATTTTGAGG;SOR=0.914;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=30;TCF=12;TCR=18;TR=27;WE=26359208;WS=26359190;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr10	26436287	rs2368158	G	T	2114.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=46;NR=13;PP=1380;SC=TGTTGTTGATGATGATGATGG;SOR=2.336;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=59;TCF=46;TCR=13;TR=59;WE=26436295;WS=26436277;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr10	26443646	rs3818956	G	A	4102.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=49;NR=45;PP=1943;SC=TAGATACCAAGGCATCACTGT;SOR=0.772;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=94;TCF=49;TCR=45;TR=94;WE=26443654;WS=26443636;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,156:1.00:156
chr10	26446312	rs3758449	G	A	5460.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=70;NR=65;PP=2471;SC=AAACCAAATAGTGAGCGTCAG;SOR=0.742;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=135;TCF=70;TCR=65;TR=135;WE=26446320;WS=26446302;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,209:1.00:209
chr10	26457536	rs1342320	C	T	187.88	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=0.660;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5268;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=3;PP=108;ReadPosRankSum=-0.301;SC=CAGTGATTTCCAAAATCTCAA;SOR=1.402;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=11;TCF=7;TCR=4;TR=9;WE=26457544;WS=26457526;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,9:0.82:11
chr10	26462790	rs3740232	G	A	1809.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.755;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.549;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=22;PP=797;ReadPosRankSum=-0.268;SC=ATGAGGAAGAGGTTAAGCAAG;SOR=0.375;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=88;TCF=52;TCR=36;TR=49;WE=26462798;WS=26462780;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,82:0.63:130
chr10	26463043	rs3740231	A	T	4460.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.627;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=325;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.933;HP=6;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=67;NR=60;PP=2235;ReadPosRankSum=-0.674;SC=CTTTAAAAAAACTTTGGAACC;SOR=0.590;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=201;TCF=110;TCR=91;TR=127;WE=26463051;WS=26463033;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:114,202:0.64:316
chr10	26463130	rs1999240	C	A	4934.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.823;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=350;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.417;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=78;NR=68;PP=2593;ReadPosRankSum=-1.409;SC=AGTTACCCAGCGTGCACCGAT;SOR=0.735;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=229;TCF=123;TCR=106;TR=146;WE=26463138;WS=26463120;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:115,220:0.66:335
chr10	26463569	rs3758448	G	A	381.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=2.745;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=13;PP=295;ReadPosRankSum=-0.049;SC=ATTAATAACTGGTAGATTGTT;SOR=0.859;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=20;TCF=1;TCR=19;TR=14;WE=26463577;WS=26463559;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,14:0.74:19
chr10	26463587	rs3758447	C	G	256.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=2.014;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=10;PP=202;ReadPosRankSum=1.574;SC=GTTTTATCTGCGTTGATGGGC;SOR=0.610;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=16;TCF=1;TCR=15;TR=11;WE=26463595;WS=26463577;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,11:0.69:16
chr10	26500721	rs375741244	C	T	804.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.623;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FS=1.496;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.24;ReadPosRankSum=0.074;SOR=0.515;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:82,47:0.36:129
chr10	26512615	rs112861572	GGT	G	68.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.330;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=2.635;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.64;ReadPosRankSum=-0.870;SOR=1.702;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,5:0.19:26
chr10	26569755	rs8190748	A	G	418.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=1.378;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=4;PP=281;ReadPosRankSum=-0.356;SC=CGCACTATATACGTGTAATAA;SOR=1.085;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=22;TCF=16;TCR=6;TR=16;WE=26569763;WS=26569745;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,17:0.71:24
chr10	26581321	rs3824694	G	C	1372.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.440;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=12;PP=506;ReadPosRankSum=-0.435;SC=GCAGGATGACGGTCAGTCTCC;SOR=0.754;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=72;TCF=47;TCR=25;TR=36;WE=26581329;WS=26581311;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,64:0.58:111
chr10	26781157	rs74869251	C	T	632.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.559;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=2;PP=352;ReadPosRankSum=0.668;SC=ACTTAGCTGCCCATGGATGGG;SOR=0.705;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=45;TCF=37;TCR=8;TR=18;WE=26781165;WS=26781147;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,29:0.43:68
chr10	26781388	rs1775246	G	A	708.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.745;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.376;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=20;PP=403;ReadPosRankSum=0.433;SC=GAATTTCATTGTAATATGACA;SOR=1.193;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=57;TCF=19;TCR=38;TR=27;WE=26781396;WS=26781378;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,34:0.47:72
chr10	26856213	.	CCCG	C	67.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.207;ClippingRankSum=0.000;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.69;ReadPosRankSum=0.065;SOR=0.826;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,5:0.12:40
chr10	26990849	rs1677726	T	G	165.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=0.302;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.421;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=3;PP=70;ReadPosRankSum=0.602;SC=AGCCACAGAGTCAGAGCCACC;SOR=0.426;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=18;TCF=12;TCR=6;TR=7;WE=26990857;WS=26990839;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,11:0.31:35
chr10	26991037	rs1677725	A	G	210.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.036;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.13;ReadPosRankSum=0.424;SOR=0.587;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:87,12:0.12:99
chr10	26991045	rs1780186	T	C	219.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.230;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.27;ReadPosRankSum=-0.422;SOR=0.585;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:85,12:0.12:97
chr10	26991067	rs71403882	CG	C	156.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.478;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FS=1.336;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.87;ReadPosRankSum=-0.659;SOR=0.831;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:75,9:0.11:84
chr10	26993597	rs34296355	AT	A	127.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.562;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=1.435;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.12;ReadPosRankSum=2.237;SOR=1.046;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,10:0.24:41
chr10	26993725	rs1677730	G	A	437.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=3;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=6;PP=246;SC=TAAATTTATTGTTGTTTAAAA;SOR=1.179;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=3;TCR=6;TR=9;WE=26993745;WS=26993715;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr10	26993737	rs1780193	A	T	397.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=3;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=4;PP=168;SC=TGTTTAAAAAATTTTTTTTGT;SOR=0.941;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=7;TCF=3;TCR=4;TR=7;WE=26993745;WS=26993715;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr10	26994150	rs1780192	A	C	1798.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=0.891;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=12;PP=817;ReadPosRankSum=-0.979;SC=ATCTGAGTCTACTAAATATAT;SOR=1.179;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=39;TCF=26;TCR=13;TR=38;WE=26994158;WS=26994140;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,68:0.97:70
chr10	26998739	rs2368183	G	C	1548.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.479;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=30;PP=806;ReadPosRankSum=1.965;SC=TTATATTTGGGAAGTCTTTCT;SOR=0.698;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=137;TCF=61;TCR=76;TR=52;WE=26998747;WS=26998729;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:148,83:0.36:231
chr10	27009334	rs1780196	A	G	374.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.695;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.213;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=13;PP=239;ReadPosRankSum=0.960;SC=TGAATCACACACTTTTCGGAC;SOR=1.069;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=59;TCF=29;TCR=30;TR=21;WE=27009342;WS=27009324;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,27:0.26:105
chr10	27031392	rs34974619	AGATT	A	847.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.021;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=1.569;NF=6;NR=8;PP=539;ReadPosRankSum=0.947;SC=AGAAATAAATAGATTTTCTCA;SOR=0.620;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=46;TCF=24;TCR=22;TR=14;WE=27031403;WS=27031382;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,26:0.30:88
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chr10	27054375	rs7915128	C	T	71.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.479;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=2.884;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.22;ReadPosRankSum=0.425;SOR=0.160;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,5:0.29:17
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chr10	27318371	rs1963735	G	A	310.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=2.447;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.545;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=6;PP=137;ReadPosRankSum=0.320;SC=AAACCTTATCGGAACACAGTC;SOR=1.126;SbPval=0.96;Source=Platypus;TC=31;TCF=12;TCR=19;TR=7;WE=27318379;WS=27318361;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,17:0.34:50
chr10	27326014	rs11015469	C	T	209.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.771;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=1;PP=82;ReadPosRankSum=-1.914;SC=TAAAAATCCTCGACACTTTCC;SOR=0.368;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=10;TCF=9;TCR=1;TR=6;WE=27326022;WS=27326004;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,10:0.62:16
chr10	27326999	rs7096505	T	C	1060.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=10;NR=22;PP=731;SC=GTTAAATATGTTTATCTTAAA;SOR=1.552;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=10;TCR=22;TR=32;WE=27327007;WS=27326989;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr10	27333121	rs113123391	TA	T	60.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.439;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.41;ReadPosRankSum=0.938;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,11:0.26:43
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chr10	27366192	rs11015504	A	C	1198.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=2.781;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.891;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=9;PP=707;ReadPosRankSum=-0.986;SC=TGATCATCTCAATAGATGCAT;SOR=0.926;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=66;TCF=48;TCR=18;TR=39;WE=27366200;WS=27366182;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,52:0.59:88
chr10	27368126	rs3737055	A	C	5052.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.17;SOR=1.216;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,186:1.00:186
chr10	27371623	rs10829173	G	A	878.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=12;NR=8;PP=374;SC=CTGTTGGGACGACTATATGGA;SOR=0.941;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=12;TCR=8;TR=20;WE=27371631;WS=27371613;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
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chr10	27375377	rs10443987	A	T	1955.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=28;NR=18;PP=879;SC=ACTGATTTTTAAAACTGCTTT;SOR=1.002;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=46;TCF=28;TCR=18;TR=46;WE=27375385;WS=27375367;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr10	27381397	rs41279942	C	T	1237.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-2.109;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=17;PP=443;ReadPosRankSum=1.453;SC=CCACCATTTGCTGCTTTTTTC;SOR=0.671;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=55;TCF=30;TCR=25;TR=37;WE=27381405;WS=27381387;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,60:0.74:81
chr10	27382240	rs2297147	T	C	1488.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=41;NR=8;PP=1098;SC=AACAAACGCATTTCAAATACT;SOR=3.442;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=49;TCF=41;TCR=8;TR=49;WE=27382248;WS=27382230;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr10	27389197	rs7897309	T	C	2487.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=18;NR=53;PP=1333;SC=GCTGCTCCTCTGCCGCCGCGC;SOR=1.790;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=71;TCF=18;TCR=53;TR=71;WE=27389205;WS=27389187;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr10	27400861	rs9833	G	A	2659.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=41;NR=32;PP=1373;SC=AATGCTACTTGTATTCTTGCA;SOR=0.884;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=73;TCF=41;TCR=32;TR=73;WE=27400869;WS=27400851;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr10	27405310	rs2480718	C	G	2343.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=43;PP=1407;SC=AAAAAATAAGCAAAGAGGCTG;SOR=1.554;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=61;TCF=18;TCR=43;TR=61;WE=27405318;WS=27405300;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr10	27405331	rs7901976	C	T	1242.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.004;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=24;PP=741;ReadPosRankSum=0.375;SC=GGTGCGGTGGCTCACGCCTGA;SOR=1.298;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=40;TCF=15;TCR=25;TR=38;WE=27405339;WS=27405321;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,48:0.96:50
chr10	27409555	rs10829190	G	A	4316.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=49;NR=55;PP=2006;SC=CCCTAATGACGTGACTGGGAA;SOR=0.782;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=104;TCF=49;TCR=55;TR=104;WE=27409563;WS=27409545;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,163:1.00:163
chr10	27436295	rs3780926	A	C	1207.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=26;NR=12;PP=842;SC=ACAAACAAAGAAACTAGACTG;SOR=1.556;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=26;TCR=12;TR=38;WE=27436303;WS=27436285;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr10	27444303	rs3824593	G	A	344.88	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-1.575;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=60;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=2;PP=214;ReadPosRankSum=-0.488;SC=GTTGGCGGGAGTGGCTGCTCG;SOR=1.508;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=15;TCF=13;TCR=2;TR=14;WE=27444311;WS=27444301;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,17:0.94:18
chr10	27444328	rs7919803	CT	AC	1470.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=23;NR=3;PP=562;SC=GGGGCAGTGTCTGCGGGGCCG;SOR=3.545;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=29;TCF=26;TCR=3;TR=26;WE=27444337;WS=27444318;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr10	27444344	rs7907988	T	G	1463.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=38;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=30;NR=9;PP=908;SC=GGCCGCTGTATGCTGTCCAGC;SOR=2.256;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=39;TCF=30;TCR=9;TR=39;WE=27444352;WS=27444334;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr10	27454111	rs7068375	A	T	7600.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.990;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=303;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=80;NR=102;PP=2965;ReadPosRankSum=0.163;SC=TAAGTACTTGAGAAGAAAATT;SOR=0.838;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=182;TCF=80;TCR=102;TR=182;WE=27454119;WS=27454101;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,294:0.99:298
chr10	27456003	rs788238	G	A	3519.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=48;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQ=60.24;NF=61;NR=26;PP=1764;SC=GCTGTAACATGGAATTCAATA;SOR=1.358;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=88;TCF=62;TCR=26;TR=87;WE=27456011;WS=27455993;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,133:1.00:133
chr10	27459670	rs1981296	C	T	4937.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=87;NR=51;PP=2842;SC=ATAGAAGCATCAAAGAATCCT;SOR=1.185;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=138;TCF=87;TCR=51;TR=138;WE=27459678;WS=27459660;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,176:1.00:176
chr10	27461953	rs6482600	T	A	797.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=19;NR=6;PP=489;SC=TAGTAGCCTATGAGCTAGTTA;SOR=2.226;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=19;TCR=6;TR=25;WE=27461961;WS=27461943;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr10	27475444	rs10741130	T	C	8931.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=358;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=91;NR=140;PP=2965;SC=AGCACCTGACTGTATCTGGAT;SOR=1.043;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=231;TCF=91;TCR=140;TR=231;WE=27475452;WS=27475434;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,349:1.00:349
chr10	27475494	rs10764686	T	C	3935.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=24;NR=91;PP=2264;SC=AGTCTAGCCTTGTGTTATAGA;SOR=2.255;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=115;TCF=24;TCR=91;TR=115;WE=27475502;WS=27475484;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,147:1.00:147
chr10	27497074	rs7919523	C	T	2186.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=34;NR=19;PP=1081;SC=CTAAAAAAATCAGTAAAATAC;SOR=1.165;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=53;TCF=34;TCR=19;TR=53;WE=27497082;WS=27497064;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr10	27506854	rs1775355	C	T	2454.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=36;NR=18;PP=1055;SC=CCTATAATTACTAAAAGACTA;SOR=1.095;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=54;TCF=36;TCR=18;TR=54;WE=27506862;WS=27506844;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr10	27508758	rs10764690	T	C	7762.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.690;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=309;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=75;NR=111;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.548;SC=TTTTGGCGTTTGGAGTAGAAG;SOR=0.521;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=189;TCF=76;TCR=113;TR=186;WE=27508766;WS=27508748;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,305:0.99:308
chr10	27508837	rs788213	T	C	2757.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=15;NR=64;PP=1873;SC=TACAATAATGTCATAATTTCC;SOR=2.327;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=79;TCF=15;TCR=64;TR=79;WE=27508845;WS=27508827;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr10	27529549	rs2797078	C	A	11446.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=0.720;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=434;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=123;NR=123;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.253;SC=CCTCCTCCCCCGGGGCGTGAC;SOR=0.707;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=248;TCF=125;TCR=123;TR=246;WE=27529557;WS=27529539;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,429:1.00:431
chr10	27529565	rs2489372	T	C	13718.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.62;DB;DP=502;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=135;NR=125;PP=2965;SC=GTGACTAAGGTCACGAATCCG;SOR=0.721;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=260;TCF=135;TCR=125;TR=260;WE=27529573;WS=27529555;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,499:1.00:499
chr10	27539507	rs7896532	C	T	834.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=16;NR=11;PP=561;SC=GTTCACGCTCCGTAGGATGAC;SOR=1.071;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=16;TCR=11;TR=27;WE=27539515;WS=27539497;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr10	27570130	rs1252880	C	T	317.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=54.98;QD=26.48;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr10	27577568	rs2780686	G	A	3079.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=43;NR=38;PP=1507;SC=TCTCCACACTGTAGCTTACAT;SOR=0.762;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=81;TCF=43;TCR=38;TR=81;WE=27577576;WS=27577558;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr10	27577615	rs11015640	T	G	2867.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=34;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=35;NR=42;PP=1508;SC=GGAAGAGTGCTGAAAAGATTG;SOR=0.849;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=77;TCF=35;TCR=42;TR=77;WE=27577623;WS=27577605;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr10	27577640	rs3818746	G	T	2499.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=35;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=31;NR=45;PP=1487;SC=AACTGTTAGCGATAGCTCCTC;SOR=1.038;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=76;TCF=31;TCR=45;TR=76;WE=27577648;WS=27577630;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr10	27595356	rs7085523	C	T	1851.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=22;NR=42;PP=1272;SC=GACAAATTTTCGCAGTAAAAA;SOR=1.263;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=65;TCF=23;TCR=42;TR=64;WE=27595364;WS=27595346;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr10	27623140	rs7088108	T	C	344.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.797;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.007;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.887;NF=6;NR=13;PP=269;ReadPosRankSum=0.058;SC=CTTTTGTTTATATTCCAAAAG;SOR=0.994;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=64;TCF=23;TCR=41;TR=19;WE=27623148;WS=27623130;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,24:0.26:93
chr10	27687225	rs2505323	A	G	3407.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.153;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=43;PP=1683;ReadPosRankSum=-0.604;SC=CGTCGTAATTAGAATAACAAT;SOR=0.276;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=95;TCF=51;TCR=44;TR=93;WE=27687233;WS=27687215;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,132:0.99:133
chr10	27687775	rs1638630	T	C	8612.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=318;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=128;NR=83;PP=2965;SC=AAAACAAACTTATTGGATGGA;SOR=1.026;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=212;TCF=128;TCR=84;TR=211;WE=27687783;WS=27687765;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,309:1.00:309
chr10	27687965	rs2505327	A	G	8281.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=311;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=106;NR=120;PP=2965;SC=TAACAGGGTCATTCCTGTATA;SOR=0.810;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=226;TCF=106;TCR=120;TR=226;WE=27687973;WS=27687955;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,305:1.00:305
chr10	27687994	rs2484173	A	G	8357.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=321;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=108;NR=115;PP=2965;SC=AACATTGTACAGACCTAAAAG;SOR=0.765;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=223;TCF=108;TCR=115;TR=223;WE=27688002;WS=27687984;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,313:1.00:313
chr10	27688109	rs2429485	T	C	5503.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.776;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=26.46;ReadPosRankSum=-0.089;SOR=0.713;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,206:0.99:208
chr10	27688188	rs368432311	AG	A	86.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.183;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.34;ReadPosRankSum=-1.427;SOR=0.703;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,14:0.38:37
chr10	27688189	rs2484174	G	A	378.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.336;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.24;ReadPosRankSum=1.458;SOR=0.683;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,23:0.62:37
chr10	27692307	rs11599425	A	G	1440.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.062;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.559;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=33;PP=717;ReadPosRankSum=-0.793;SC=GGAGGGAAAAATCATGGAATT;SOR=0.631;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=125;TCF=47;TCR=78;TR=53;WE=27692315;WS=27692297;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:107,75:0.41:182
chr10	27700887	rs2429499	G	A	96.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.597;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.30;ReadPosRankSum=0.918;SOR=0.826;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,9:0.21:42
chr10	27702042	.	T	TA	1288.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.003;ClippingRankSum=0.000;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=6;PP=570;ReadPosRankSum=0.856;SC=GTCTTCCTCATCCCTCTCACC;SOR=0.743;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=63;TCF=38;TCR=25;TR=18;WE=27702050;WS=27702032;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,42:0.35:120
chr10	27702726	rs11015753	G	A	1575.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.280;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=320;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.687;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=32;PP=832;ReadPosRankSum=1.343;SC=CCGGTGCCCAGCGCGGCTGTC;SOR=0.548;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=203;TCF=91;TCR=112;TR=63;WE=27702734;WS=27702716;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:220,94:0.30:314
chr10	27703234	rs7071851	A	G	693.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.517;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=18;PP=444;ReadPosRankSum=-1.305;SC=GCAGCTGCGGAGATCCCACCA;SOR=0.646;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=52;TCF=16;TCR=36;TR=26;WE=27703242;WS=27703224;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,31:0.52:60
chr10	27815665	rs2642273	A	G	354.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=2.115;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.876;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=3;PP=239;ReadPosRankSum=1.002;SC=GGCATTTGATAATAGTGACTT;SOR=1.739;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=24;TCF=17;TCR=7;TR=14;WE=27815673;WS=27815655;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,15:0.54:28
chr10	28032136	rs2252651	C	T	1321.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=19;NR=11;PP=502;SC=GCGGGCAGGGCCCCCAGGGGA;SOR=1.201;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=19;TCR=11;TR=30;WE=28032144;WS=28032126;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr10	28149810	rs77530863	T	C	128.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=0.876;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.226;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=8;PP=73;ReadPosRankSum=1.936;SC=ATCTGTGCATTGTAATGACCC;SOR=1.981;SbPval=0.93;Source=Platypus;TC=37;TCF=10;TCR=27;TR=9;WE=28149818;WS=28149800;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,10:0.24:41
chr10	28225897	rs2297646	G	T	1939.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.791;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=37;PP=989;ReadPosRankSum=0.766;SC=CTAGTAGCTAGGAAACTTCTT;SOR=1.257;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=59;TCF=21;TCR=38;TR=57;WE=28225905;WS=28225887;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,73:0.97:75
chr10	28228865	rs7893462	A	G	447.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.047;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.488;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=17;PP=290;ReadPosRankSum=0.826;SC=GCAGCTGCTCATTCTCACTAT;SOR=0.788;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=106;TCF=55;TCR=51;TR=31;WE=28228873;WS=28228855;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:116,35:0.23:151
chr10	28233120	rs3824590	A	C	161.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=2.504;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.126;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=1;PP=88;ReadPosRankSum=0.448;SC=GGCTGGCACTAGATGACGATG;SOR=1.460;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=17;TCF=14;TCR=3;TR=7;WE=28233128;WS=28233110;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,8:0.36:22
chr10	28233732	rs41283706	C	G	843.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.480;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.670;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=10;PP=413;ReadPosRankSum=-1.573;SC=TCCAAGGTGACAGAGCCACTC;SOR=0.606;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=116;TCF=82;TCR=34;TR=32;WE=28233740;WS=28233722;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:113,48:0.30:161
chr10	28233931	rs34717952	G	A	2312.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.111;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=259;ExcessHet=3.0103;FS=3.207;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.11;ReadPosRankSum=0.077;SOR=0.922;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:184,70:0.28:254
chr10	28233933	rs34084011	A	G	2312.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.335;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=249;ExcessHet=3.0103;FS=1.774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.44;ReadPosRankSum=-0.127;SOR=0.852;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:176,69:0.28:245
chr10	28270612	rs9334541	C	T	693.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.613;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.172;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=16;PP=347;ReadPosRankSum=-0.178;SC=TTTTCATCTCCGAAGGATCTA;SOR=1.038;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=37;TCF=15;TCR=22;TR=26;WE=28270620;WS=28270602;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,33:0.66:50
chr10	28358548	rs2763318	CA	AC	751.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;JOINED;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=39.57;SOR=3.611;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr10	28378758	rs2997211	T	C	2806.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=15;NR=54;PP=1652;SC=ACGAAAACTTTTTCTAAAACC;SOR=1.863;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=70;TCF=15;TCR=55;TR=69;WE=28378766;WS=28378748;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr10	28822373	rs12767429	A	C	3108.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=71;NR=10;PP=2144;SC=CTGGGAGCTGATGAGAGTCGC;SOR=3.477;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=81;TCF=71;TCR=10;TR=81;WE=28822381;WS=28822363;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr10	28872481	rs35140807	C	CA	173.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.541;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=1.603;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.78;ReadPosRankSum=0.595;SOR=1.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,17:0.37:46
chr10	28899841	rs11371837	A	AT	743.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.006;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.33;ReadPosRankSum=-0.959;SOR=0.662;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,44:0.61:72
chr10	28903400	rs71391055	G	GTCTTCTTTAAAACA	674.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.318;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=3;PP=2897;ReadPosRankSum=0.422;SC=GAACTTGACTGCCACATTTTA;SOR=0.560;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=17;TCF=13;TCR=4;TR=10;WE=28903408;WS=28903390;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,16:0.62:26
chr10	28905079	rs332176	A	G	979.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=1.885;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=9;PP=642;ReadPosRankSum=-0.690;SC=TAAACATACTACACATTCAAT;SOR=0.757;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=48;TCF=36;TCR=12;TR=33;WE=28905087;WS=28905069;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,41:0.65:63
chr10	29136129	rs813935	A	G	5563.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=68;NR=53;PP=2426;SC=CTGAGCTCAAATAGTCCTCCT;SOR=0.844;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=122;TCF=69;TCR=53;TR=121;WE=29136137;WS=29136119;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,211:1.00:211
chr10	29137085	rs787323	C	T	514.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=11;NR=1;PP=269;SC=CTCTTGTGCACGGGATGGGGA;SOR=2.419;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=12;TCF=11;TCR=1;TR=12;WE=29137093;WS=29137075;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr10	29162295	.	GTA	G	174	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=22;MMLQ=28;MQ=60.0;NF=2;NR=14;PP=174;QD=11.375;SC=AAGTTTTCTAGTATATATATA;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=27;TCF=2;TCR=25;TR=16;WE=29162304;WS=29162285;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:11,16:0.59:27
chr10	29162324	rs35236571	TAC	T	974.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=37.49;SOR=1.697;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr10	29577924	rs2768670	G	C	36.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=18.37;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr10	29578084	rs17851935	A	G	1451.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=17;NR=14;PP=557;SC=TCACCGACTAAGTGGAGCAGT;SOR=0.728;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=17;TCR=14;TR=31;WE=29578092;WS=29578074;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr10	29578180	.	A	ATGAAGCCAACTGTCTC	1147.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=2;PP=2957;SC=AATTACTCTTATGAGAACCAG;SOR=1.127;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=17;TCF=10;TCR=7;TR=8;WE=29578188;WS=29578170;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr10	29578346	rs11347424	CT	C	48.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.971;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=2.114;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.03;ReadPosRankSum=1.088;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,10:0.42:24
chr10	29580735	rs2148901	C	T	2626.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=56.35;QD=44.52;SOR=1.123;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr10	29580743	rs2148902	G	A	2626.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=56.11;QD=43.78;SOR=1.071;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr10	29581309	rs1751955	C	T	1661.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=46;NR=8;PP=1272;SC=GCCCCCTGGGCGCATGCCCGC;SOR=3.180;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=54;TCF=46;TCR=8;TR=54;WE=29581317;WS=29581299;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr10	29581440	rs3818550	C	T	10453.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=403;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=120;NR=105;PP=2965;SC=TGGCTTTCCCCCCTCCAGGGA;SOR=0.833;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=228;TCF=122;TCR=106;TR=225;WE=29581448;WS=29581430;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,396:1.00:396
chr10	29598896	rs2796293	A	G	7786.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=293;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.04;SOR=1.260;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,288:1.00:288
chr10	29759427	rs2274492	G	A	1496.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=1.153;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.080;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=35;PP=908;ReadPosRankSum=-0.239;SC=AGGGGGCACCGGCGGCGCGGA;SOR=0.493;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=66;TCF=16;TCR=50;TR=46;WE=29759435;WS=29759417;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,60:0.74:81
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chr10	29783908	rs78773460	A	G	623.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.365;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FS=9.715;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.39;MQRankSum=-0.589;QD=2.97;ReadPosRankSum=-2.592;SOR=0.971;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:159,51:0.24:210
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chr10	29784072	rs2368406	G	C	1103.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=46.83;QD=29.05;SOR=1.493;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
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chr10	29784190	rs2368400	A	G	65.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.465;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=3.680;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.03;MQRankSum=-0.180;QD=9.40;ReadPosRankSum=-0.842;SOR=0.086;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,3:0.43:7
chr10	29785191	rs11007625	G	A	352.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.096;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=5;PP=195;ReadPosRankSum=0.732;SC=TTGATTGATGGTGTCAATAAA;SOR=0.763;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=24;TCF=15;TCR=9;TR=14;WE=29785199;WS=29785181;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,17:0.55:31
chr10	29812602	rs7070678	G	T	4441.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=2.863;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=269;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.064;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=78;NR=58;PP=2447;ReadPosRankSum=-0.076;SC=TCCCTGGCTCGGTTCAGGATG;SOR=0.807;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=191;TCF=107;TCR=84;TR=136;WE=29812610;WS=29812592;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,186:0.72:260
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chr10	29818827	rs3780843	C	T	909.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.063;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=16;PP=389;ReadPosRankSum=0.617;SC=GAGCTGGGCACGGTGGCTCAC;SOR=0.569;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=42;TCF=18;TCR=24;TR=29;WE=29818835;WS=29818817;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,43:0.74:58
chr10	29820070	rs11819202	G	A	512.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-2.602;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=3;PP=320;ReadPosRankSum=1.916;SC=TGCAGCAAAGGGAGACACTGT;SOR=0.826;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=20;TCF=17;TCR=3;TR=17;WE=29820078;WS=29820060;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,21:0.81:26
chr10	29821089	rs17756919	C	T	958.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.141;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.334;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=23;PP=608;ReadPosRankSum=-1.196;SC=CCGACCTCTCCACCCGTGATT;SOR=0.446;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=51;TCF=18;TCR=33;TR=38;WE=29821097;WS=29821079;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,43:0.69:62
chr10	29821523	rs1328323	T	C	2513.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.311;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.028;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=21;PP=1257;ReadPosRankSum=-0.296;SC=CGACAGAGACTTTTGTGTCCA;SOR=0.975;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=105;TCF=73;TCR=32;TR=71;WE=29821531;WS=29821513;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,108:0.66:164
chr10	29822032	rs1247696	C	T	5821.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=77;NR=61;PP=2720;SC=GACTCGCAGACATGGAGAACT;SOR=0.838;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=140;TCF=79;TCR=61;TR=138;WE=29822040;WS=29822022;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,219:1.00:219
chr10	29822159	rs7076239	T	C	4109.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.030;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=279;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=71;NR=55;PP=2244;ReadPosRankSum=1.147;SC=CTGGCGTCACTAGCTTGGCGG;SOR=0.699;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=197;TCF=111;TCR=86;TR=126;WE=29822167;WS=29822149;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:98,179:0.65:277
chr10	29839864	rs1270874	A	C	5698.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-1.550;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=413;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.161;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=70;NR=87;PP=2234;ReadPosRankSum=0.756;SC=ACAGAGAACTAGCATCTCTGC;SOR=0.589;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=242;TCF=104;TCR=138;TR=157;WE=29839872;WS=29839854;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:145,266:0.65:411
chr10	29932841	rs2488690	C	T	535.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=1.142;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5002;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=6;PP=360;ReadPosRankSum=0.776;SC=GTGAACTTGCCAGGGGTGAGC;SOR=1.139;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=25;TCF=18;TCR=7;TR=21;WE=29932849;WS=29932831;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,22:0.79:28
chr10	29932918	rs2488689	G	A	1349.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.377;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=17;PP=527;ReadPosRankSum=1.374;SC=GCAACATCGCGTTCCTGGACA;SOR=0.594;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=52;TCF=29;TCR=23;TR=36;WE=29932926;WS=29932908;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,62:0.74:84
chr10	30306804	rs2478839	G	A	1439.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.622;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=25;PP=575;ReadPosRankSum=0.658;SC=AGCTCCACCGGCATTTCATCA;SOR=0.719;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=73;TCF=31;TCR=42;TR=42;WE=30306812;WS=30306794;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,68:0.64:107
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chr10	30316208	rs2185724	T	C	3502.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.392;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=511;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=48;PP=1573;ReadPosRankSum=-1.344;SC=TCCAGGTGTCTCTTCTCTGCA;SOR=0.721;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=302;TCF=170;TCR=132;TR=109;WE=30316216;WS=30316198;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:316,189:0.37:505
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chr10	30615638	rs1029172	A	G	948.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=30;PP=820;SC=TTTGTAAAAGAATGCTCTAAA;SOR=5.486;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=31;TCF=1;TCR=30;TR=31;WE=30615646;WS=30615628;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr10	30626003	rs12221163	C	T	353.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-1.032;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=2.865;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=8;PP=174;ReadPosRankSum=-1.153;SC=AAGTACAGGTCGCATAAAAAG;SOR=0.144;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=15;TCF=4;TCR=11;TR=12;WE=30626011;WS=30625993;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,16:0.84:19
chr10	30629082	rs2689215	C	T	1202.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=31;NR=4;PP=790;SC=GTAGCTTGAACATTTTACAGG;SOR=2.948;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=35;TCF=31;TCR=4;TR=35;WE=30629090;WS=30629072;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr10	30629136	rs1047988	G	A	1036.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.788;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.699;HP=1;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=13;PP=572;ReadPosRankSum=0.263;SC=TAAAAGTTGAGGTACACCTAA;SOR=0.593;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=92;TCF=65;TCR=27;TR=39;WE=30629144;WS=30629126;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,52:0.41:128
chr10	30629226	rs1047991	G	A	2183.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=2.531;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=310;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.899;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=34;PP=967;ReadPosRankSum=0.254;SC=GACCGTACGCGTGACCGTTCA;SOR=0.771;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=187;TCF=102;TCR=85;TR=75;WE=30629234;WS=30629216;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:187,116:0.38:303
chr10	30629434	rs36002941	CTATTT	C	784.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.534;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.410;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=15;PP=581;ReadPosRankSum=-0.031;SC=ATCTAACATACTATTTTAGCT;SOR=1.170;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=48;TCF=3;TCR=45;TR=15;WE=30629446;WS=30629424;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,23:0.32:71
chr10	30637995	rs10826783	C	G	1829.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-3.184;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.962;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=11;PP=1208;ReadPosRankSum=-0.505;SC=CCCGTGATCCCAGACTCCTCG;SOR=0.565;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=100;TCF=85;TCR=15;TR=70;WE=30638003;WS=30637985;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,81:0.70:115
chr10	30638208	.	T	TAAA	453.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.985;ClippingRankSum=-0.000;DP=179;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.06;MQRankSum=-0.000;QD=8.90;ReadPosRankSum=-0.513;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,25:0.49:51
chr10	30653561	rs7094285	C	G	478.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-1.408;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=5;PP=218;ReadPosRankSum=1.433;SC=TTGGAGAGAGCGGGGCGGGGA;SOR=0.527;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=23;TCF=17;TCR=6;TR=16;WE=30653569;WS=30653551;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,22:0.69:32
chr10	30728101	rs1042058	T	C	4052.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-0.469;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=321;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.384;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=47;PP=1509;ReadPosRankSum=-1.336;SC=CAGTCAGATATGGAACTGTGG;SOR=0.611;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=183;TCF=104;TCR=79;TR=108;WE=30728109;WS=30728091;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:120,192:0.62:312
chr10	30728250	rs2907	A	G	4957.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-1.009;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=362;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.310;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQ=60.03;MQRankSum=0.743;NF=52;NR=72;PP=1932;ReadPosRankSum=-0.587;SC=CAGCTTTCCTACTGCAGCTTC;SOR=0.614;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=202;TCF=84;TCR=118;TR=124;WE=30728258;WS=30728240;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:126,232:0.65:358
chr10	30739058	rs303428	A	G	245.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-3.901;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=1;PP=169;ReadPosRankSum=1.406;SC=TGGGCAGTCCATTTTCACACA;SOR=0.368;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=20;TCF=19;TCR=1;TR=12;WE=30739066;WS=30739048;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,12:0.60:20
chr10	30747197	rs146674517	C	CGG	421.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.81;QD=30.12;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr10	30749895	rs3034	G	A	511.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=15;PP=383;SC=CCTGTGACCCGTGAATGTGCC;SOR=2.833;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=3;TCR=15;TR=18;WE=30749903;WS=30749885;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr10	30901722	rs3832672	GC	G	629.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-2.011;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.230;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-1.242;NF=17;NR=4;PP=669;ReadPosRankSum=0.647;SC=GCCCATGACAGCCCAAGTCTT;SOR=0.067;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=56;TCF=49;TCR=7;TR=21;WE=30901730;WS=30901712;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,24:0.38:63
chr10	30901756	rs9954	G	A	865.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.609;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FS=11.931;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.71;ReadPosRankSum=0.725;SOR=0.199;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:82,47:0.36:129
chr10	30915618	rs3852488	G	A	576.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-1.743;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.442;HP=3;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-5.834;NF=21;NR=4;PP=463;ReadPosRankSum=-0.417;SC=GGTAGTTGGGGAGACACAGCA;SOR=1.061;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=63;TCF=50;TCR=13;TR=25;WE=30915626;WS=30915608;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,26:0.38:68
chr10	30915637	rs3864847	A	G	907.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=2.816;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.796;HP=1;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-6.190;NF=25;NR=12;PP=651;ReadPosRankSum=-0.482;SC=CAGGGAGTGTAGCCAGGACCT;SOR=0.853;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=90;TCF=58;TCR=32;TR=37;WE=30915645;WS=30915627;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,41:0.41:99
chr10	30915898	rs61844263	C	T	169.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.123;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FS=2.664;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.97;MQRankSum=-4.455;QD=1.60;ReadPosRankSum=-2.946;SOR=1.157;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:92,14:0.13:106
chr10	30918486	rs75095145	G	A	2552.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.310;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=249;ExcessHet=3.0103;FS=1.686;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.02;MQRankSum=-6.715;QD=10.34;ReadPosRankSum=1.304;SOR=0.825;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:173,74:0.30:247
chr10	30918492	rs76101300	G	T	2579.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.643;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=241;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.95;MQRankSum=-6.266;QD=10.79;ReadPosRankSum=2.436;SOR=0.720;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:165,74:0.31:239
chr10	30918549	rs201069868	G	C	1100.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.676;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.559;HP=3;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-3.190;NF=26;NR=31;PP=829;ReadPosRankSum=2.303;SC=GGTGCCTGCCGCAGAGGCTGA;SOR=0.764;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=154;TCF=62;TCR=92;TR=57;WE=30918557;WS=30918539;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:141,65:0.32:206
chr10	30918597	rs74551644	T	C	352.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.493;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FS=9.400;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.51;MQRankSum=-3.304;QD=3.21;ReadPosRankSum=-1.739;SOR=1.895;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:88,22:0.20:110
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chr10	30978282	rs11008182	G	T	1233.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=1.128;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.293;HP=3;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=8.051;NF=25;NR=20;PP=1524;ReadPosRankSum=-1.522;SC=CCTCGGCCACGCCAAGCCTGA;SOR=0.699;SbPval=0.26;Source=Platypus;TC=127;TCF=60;TCR=67;TR=45;WE=30978296;WS=30978264;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:126,69:0.35:195
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chr10	30982475	rs7084628	A	G	247.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=3.319;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=11.609;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-8.842;NF=19;NR=4;PP=344;ReadPosRankSum=-2.132;SC=CCCAAGCGCCAGGTTCAGGCC;SOR=2.139;SbPval=0.93;Source=Platypus;TC=64;TCF=44;TCR=20;TR=23;WE=30982483;WS=30982465;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,20:0.22:92
chr10	30982526	rs7068784	T	G	1144.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.305;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.772;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-4.703;NF=33;NR=18;PP=741;ReadPosRankSum=-3.290;SC=AGAGAAGATCTCCTTCAGGAA;SOR=1.325;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=100;TCF=58;TCR=42;TR=51;WE=30982534;WS=30982516;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,61:0.41:147
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chr10	30986240	rs138927815	C	T	511.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=58.79;QD=42.65;SOR=2.670;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
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chr10	30986244	rs11007616	A	G	511.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=58.79;QD=42.65;SOR=2.670;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr10	30986253	rs4747726	G	A	606.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=57.65;QD=40.45;SOR=3.126;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
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chr10	30986364	rs7078530	G	A	1451.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.526;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=14;PP=525;ReadPosRankSum=0.434;SC=CAATAGTGGGGACTGCTTCCT;SOR=0.641;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=58;TCF=35;TCR=23;TR=34;WE=30986372;WS=30986354;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,69:0.60:115
chr10	30989188	rs10740829	G	C	10643.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=398;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=104;NR=140;PP=2965;SC=CCGCTTATCCGCAGGTACTAC;SOR=0.921;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=245;TCF=105;TCR=140;TR=244;WE=30989196;WS=30989178;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,397:1.00:397
chr10	30993404	rs11008192	G	A	4008.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=2.018;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=309;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.419;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=50;PP=1648;ReadPosRankSum=0.646;SC=TGCCCCAGACGACAGCAGGTG;SOR=0.662;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=163;TCF=84;TCR=79;TR=102;WE=30993412;WS=30993394;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:124,185:0.60:309
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chr10	31001494	rs1826619	A	C	12619.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.680;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=479;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=134;NR=134;PP=2965;ReadPosRankSum=0.478;SC=CAGGAAAAAAATCTCAAGAAG;SOR=0.702;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=270;TCF=135;TCR=135;TR=268;WE=31001502;WS=31001484;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,476:1.00:478
chr10	31134214	rs3740236	A	G	1679.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.226;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=324;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=34;PP=787;ReadPosRankSum=-1.596;SC=TTGGACATGCATGTGATTCCT;SOR=0.534;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=208;TCF=114;TCR=94;TR=66;WE=31134222;WS=31134204;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:216,101:0.32:317
chr10	31137481	rs142346319	C	T	1963.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.070;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.859;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=18;PP=969;ReadPosRankSum=-0.199;SC=TCCCTCCATGCCTCGCACACT;SOR=0.911;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=78;TCF=53;TCR=25;TR=60;WE=31137489;WS=31137471;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,88:0.77:115
chr10	31146615	rs16932010	T	C	6154.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=244;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=83;NR=58;PP=2686;SC=TTACTATCCATAGGACTCTGA;SOR=0.925;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=141;TCF=83;TCR=58;TR=141;WE=31146623;WS=31146605;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,237:1.00:237
chr10	31791501	rs2839664	A	G	784.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.122;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.758;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=20;PP=457;ReadPosRankSum=1.393;SC=CTACCATTCTACTATGGGAAC;SOR=0.570;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=84;TCF=26;TCR=58;TR=29;WE=31791509;WS=31791491;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,41:0.35:118
chr10	31803516	rs220060	G	A	1792.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=21;NR=19;PP=768;SC=TAAAATACCAGTTCTTTTCTT;SOR=0.781;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=21;TCR=19;TR=40;WE=31803524;WS=31803506;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr10	32103077	rs2799012	C	T	193.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.420;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=7;NR=1;PP=164;ReadPosRankSum=-1.248;SC=CTGCACAGCCCTTTTGTAACA;SOR=0.495;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=12;TCF=11;TCR=1;TR=8;WE=32103085;WS=32103067;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,8:0.67:12
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chr10	32115133	rs2255544	A	G	759.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=1.913;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=1;PP=523;ReadPosRankSum=-1.286;SC=CACACTAGCTATAACTATAAG;SOR=0.560;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=33;TCF=32;TCR=1;TR=24;WE=32115141;WS=32115129;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,27:0.75:36
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chr10	32306872	rs211376	G	A	522.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-0.305;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.506;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=1;PP=365;ReadPosRankSum=-0.917;SC=AAATGGCTCAGGGTATAAAAA;SOR=2.303;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=29;TCF=26;TCR=3;TR=18;WE=32306880;WS=32306862;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,20:0.65:31
chr10	32307534	rs11428920	T	TA	1342.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=23;PP=915;SC=TTTTATTCTGTATATTGTACT;SOR=3.056;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=25;TCF=0;TCR=25;TR=23;WE=32307544;WS=32307524;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr10	32307536	rs55938482	T	A	1351.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=22;PP=605;SC=TTATTCTGTATATTGTACTTA;SOR=2.985;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=4;TCR=22;TR=26;WE=32307544;WS=32307524;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr10	32309005	rs1775715	A	G	228.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-2.068;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=14.346;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=8;PP=125;ReadPosRankSum=1.784;SC=CTGTTATCCTATACCCTATGG;SOR=0.012;SbPval=0.14;Source=Platypus;TC=30;TCF=2;TCR=28;TR=10;WE=32309013;WS=32308995;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,12:0.35:34
chr10	32311969	rs176924	A	G	5449.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=45;NR=82;PP=2700;SC=AGGCTGCTGTAAGGAAAAAGT;SOR=1.150;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=127;TCF=45;TCR=82;TR=127;WE=32311977;WS=32311959;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,198:1.00:198
chr10	32321495	rs398686	C	T	327.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=0.959;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.205;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=1;PP=199;ReadPosRankSum=-0.372;SC=TAAAAATTCACTTTATCCATG;SOR=1.493;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=17;TCF=15;TCR=2;TR=11;WE=32321503;WS=32321485;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,14:0.64:22
chr10	32323591	rs211277	G	T	1366.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.335;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.47;ReadPosRankSum=1.089;SOR=0.665;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,63:0.76:83
chr10	32327779	rs45615333	C	G	679.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.063;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.938;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=13;PP=369;ReadPosRankSum=0.188;SC=TAAAAAAACACCGATCAACTA;SOR=0.563;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=43;TCF=24;TCR=19;TR=27;WE=32327787;WS=32327769;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,34:0.53:64
chr10	32328389	rs41289023	A	C	650.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-0.718;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.258;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=15;PP=391;ReadPosRankSum=1.207;SC=AGACTTCTTAAATAAATTATA;SOR=0.446;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=43;TCF=18;TCR=25;TR=29;WE=32328397;WS=32328379;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,32:0.58:55
chr10	32337283	rs887492	A	C	527.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.442;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.708;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=3;PP=341;ReadPosRankSum=-0.402;SC=TCTGCAATTAACTTAGAAGAA;SOR=0.223;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=27;TCF=24;TCR=3;TR=18;WE=32337291;WS=32337273;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,20:0.71:28
chr10	32561858	rs11594459	A	C	295.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-1.721;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=4;PP=168;ReadPosRankSum=-1.805;SC=TCAGACGGGAAGACAGTATCT;SOR=0.527;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=46;TCF=34;TCR=12;TR=15;WE=32561866;WS=32561848;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,17:0.33:51
chr10	32575793	rs2986931	A	G	2343.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-1.834;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=28;PP=1211;ReadPosRankSum=0.162;SC=AATCCAAATTATTTAATTTTG;SOR=0.710;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=106;TCF=65;TCR=41;TR=73;WE=32575801;WS=32575783;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,100:0.69:145
chr10	32635834	rs11597888	G	A	896.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.951;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.643;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=28;PP=484;ReadPosRankSum=-0.495;SC=CGAAACGACAGTTTACTCATC;SOR=0.924;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=134;TCF=55;TCR=79;TR=43;WE=32635842;WS=32635824;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:151,62:0.29:213
chr10	32667234	rs11443059	G	GA	99.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=0;PP=93;SC=CTTTAACAATGAAAAAAAAAA;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=11;TCR=0;TR=5;WE=32667242;WS=32667229;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr10	32742234	rs2505335	A	G	633.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.762;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5002;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=7;PP=323;ReadPosRankSum=1.995;SC=ATTTTAAACTATTAAAGTATC;SOR=1.008;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=27;TCF=18;TCR=9;TR=22;WE=32742242;WS=32742224;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,29:0.76:38
chr10	32742256	rs2490505	T	G	1603.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=2.401;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.748;HP=3;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=12;PP=617;ReadPosRankSum=1.625;SC=AATTGGCTTTTATTTTTTTTT;SOR=0.802;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=37;TCF=24;TCR=13;TR=36;WE=32742265;WS=32742246;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,63:0.98:64
chr10	32745248	rs56391924	A	C	603.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=0.370;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=9;PP=247;ReadPosRankSum=1.509;SC=AGAAGCACTTAAAGAAGAACA;SOR=0.657;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=43;TCF=22;TCR=21;TR=18;WE=32745256;WS=32745238;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,34:0.39:87
chr10	32745396	rs2244153	A	G	404.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=7;PP=170;SC=GCATTGGAAAACATTATTTAT;SOR=1.911;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=8;WE=32745404;WS=32745386;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr10	32751526	rs12416437	A	T	42.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.515;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=4.75;ReadPosRankSum=0.812;SOR=0.283;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,3:0.33:9
chr10	32751901	rs2505380	G	A	1931.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=24;NR=30;PP=939;SC=TGCAATTTAAGTAGTCACTAT;SOR=0.864;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=54;TCF=24;TCR=30;TR=54;WE=32751922;WS=32751891;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr10	32806972	rs2990984	C	T	487.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-0.403;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.860;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=13;PP=297;ReadPosRankSum=0.904;SC=TAGAAATTGTCAGGATACATA;SOR=0.560;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=61;TCF=27;TCR=34;TR=26;WE=32806980;WS=32806962;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,29:0.34:85
chr10	32832214	rs2990986	G	A	240.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.813;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.180;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=5;PP=92;ReadPosRankSum=1.310;SC=TCTGGCTTATGTAAAATTATA;SOR=0.293;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=19;TCF=12;TCR=7;TR=10;WE=32832222;WS=32832204;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,14:0.45:31
chr10	32854400	rs3824591	T	C	128.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.195;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=5.815;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.78;ReadPosRankSum=-1.288;SOR=0.072;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,8:0.42:19
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chr10	32856934	.	GTTT	G	100.50	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.674;ClippingRankSum=-0.000;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=66.83;MQRankSum=0.967;QD=16.75;ReadPosRankSum=-0.674;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,5:0.83:6
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chr10	33018351	rs1414548	G	C	879.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=8;NR=10;PP=410;SC=AATCTCAAACGAAGAAACTTC;SOR=0.818;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=18;TCF=8;TCR=10;TR=18;WE=33018359;WS=33018341;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr10	33093858	rs35054696	TAC	T	1521.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;QD=31.70;SOR=1.127;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
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chr10	33123824	rs4448627	G	C	1595.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.74;SOR=0.758;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
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chr10	33137515	rs2488294	T	G	641.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.334;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.59;ReadPosRankSum=0.232;SOR=0.826;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,30:0.68:44
chr10	33137551	rs2504011	T	C	835.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.62;BaseQRankSum=-1.494;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=8;PP=218;ReadPosRankSum=-0.486;SC=AACAAAGATATGTCCGTACAA;SOR=0.755;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=30;TCF=17;TCR=13;TR=19;WE=33137559;WS=33137541;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,41:0.64:64
chr10	33143396	rs1418538	G	A	1622.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=25;NR=20;PP=893;SC=GACCAATACAGTTGGAAAACC;SOR=0.826;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=45;TCF=25;TCR=20;TR=45;WE=33143404;WS=33143386;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr10	33144132	rs34544892	GT	G	106.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.397;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=2.017;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.62;ReadPosRankSum=-0.777;SOR=0.243;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,10:0.53:19
chr10	33165226	rs2488305	G	A	709.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.62;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=5;PP=393;SC=TATATCAACTGGAGTAAAATT;SOR=1.697;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=17;TCF=12;TCR=5;TR=17;WE=33165234;WS=33165216;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr10	33190567	rs2153875	C	A	468.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.904;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=1.119;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.72;MQRankSum=1.869;QD=9.77;ReadPosRankSum=1.003;SOR=0.882;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,25:0.52:48
chr10	33196108	rs80132666	GA	G	66.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.407;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.78;ReadPosRankSum=0.674;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,8:0.33:24
chr10	33200468	rs17851763	G	A	1040.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=3.910;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.492;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.683;NF=35;NR=10;PP=557;ReadPosRankSum=-2.428;SC=CACCACACTCGCAGATGCCCC;SOR=1.372;SbPval=0.93;Source=Platypus;TC=153;TCF=101;TCR=52;TR=45;WE=33200476;WS=33200458;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:143,61:0.30:204
chr10	33201123	rs72784068	A	G	533.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-2.937;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.355;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=17;PP=845;ReadPosRankSum=-0.195;SC=ATGGCCAAACAGGAACAGCTC;SOR=0.180;SbPval=0.21;Source=Platypus;TC=76;TCF=17;TCR=59;TR=25;WE=33201136;WS=33201113;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,29:0.35:83
chr10	33201128	rs2504020	C	G	1177.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=0.254;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.759;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=36;PP=2047;ReadPosRankSum=1.119;SC=CAAACAGGAACAGCTCTAGTC;SOR=1.569;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=68;TCF=15;TCR=53;TR=44;WE=33201136;WS=33201113;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,47:0.63:75
chr10	33209266	rs2230396	G	T	6351.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=241;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=70;NR=74;PP=2778;SC=TTATTGTTACGCCTTCTGACA;SOR=0.718;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=144;TCF=70;TCR=74;TR=144;WE=33209274;WS=33209256;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,239:1.00:239
chr10	33211440	rs2252752	T	C	732.31	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.579;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5026;FS=6.405;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=10;PP=428;ReadPosRankSum=0.070;SC=TAAAAATTAATATAAACCACT;SOR=0.183;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=24;TCF=11;TCR=13;TR=21;WE=33211448;WS=33211430;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,29:0.91:32
chr10	33219008	rs2256455	T	G	548.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=15;PP=376;SC=TAAATGAAAATTGTAATGGTC;SOR=3.056;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=3;TCR=15;TR=18;WE=33219016;WS=33218998;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr10	33545464	rs10827221	G	C	509.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.489;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.119;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=18;PP=421;ReadPosRankSum=-0.612;SC=GCAAGAATTAGCATTTACAAA;SOR=3.160;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=24;TCF=0;TCR=24;TR=18;WE=33545472;WS=33545454;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,18:0.69:26
chr10	33552696	rs7079053	A	G	6969.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=273;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=76;NR=70;PP=2926;SC=CATCTTTGGCACAAAGACAAT;SOR=0.716;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=147;TCF=76;TCR=71;TR=146;WE=33552704;WS=33552686;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,267:1.00:267
chr10	33619562	rs1411924	C	T	671.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=16;NR=3;PP=494;SC=TTGTACACACCGACTTCCCCC;SOR=3.258;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=19;TCF=16;TCR=3;TR=19;WE=33619570;WS=33619552;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr10	34408745	rs3004928	A	C	645.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.111;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.625;HP=2;HapScore=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=11;PP=206;ReadPosRankSum=0.221;SC=CTCCATTTCGATTCTTATGAA;SOR=0.307;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=62;TCF=15;TCR=47;TR=15;WE=34408753;WS=34408735;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,33:0.38:87
chr10	34420607	rs970166	G	A	1332.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-1.476;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=38;PP=796;ReadPosRankSum=0.610;SC=GTGAAATGACGCCATTTAAGA;SOR=0.647;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=84;TCF=20;TCR=64;TR=51;WE=34420615;WS=34420597;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,61:0.57:107
chr10	34619946	rs10740885	A	C	692.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=2.033;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=6;PP=472;ReadPosRankSum=0.076;SC=CTCAGAGATTACCCTGAAGAA;SOR=0.622;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=73;TCF=57;TCR=16;TR=28;WE=34619954;WS=34619936;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,32:0.43:75
chr10	34620220	rs3781128	C	T	992.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.508;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=11.193;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=21;PP=444;ReadPosRankSum=0.773;SC=GACTCTCCAACGAGCTTGACT;SOR=0.251;SbPval=0.12;Source=Platypus;TC=101;TCF=29;TCR=72;TR=36;WE=34620228;WS=34620210;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:91,54:0.37:145
chr10	34663981	.	AACAC	A	195.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.142;ClippingRankSum=-0.000;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=17.79;ReadPosRankSum=-0.175;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,6:0.55:11
chr10	34666864	rs10740890	C	T	489.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-0.269;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=8;PP=250;ReadPosRankSum=0.975;SC=TTTCAAGAATCAGGGAACATC;SOR=0.614;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=41;TCF=25;TCR=16;TR=19;WE=34666872;WS=34666854;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,25:0.45:56
chr10	34688287	rs2796011	G	A	6807.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=253;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=87;NR=69;PP=2907;SC=AAGGCACTACGTGGATTCCCA;SOR=0.792;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=158;TCF=87;TCR=71;TR=156;WE=34688295;WS=34688277;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,252:1.00:252
chr10	34985197	rs5784425	C	CA	1711.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.570;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.466;HP=12;HapScore=3;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=29;PP=547;ReadPosRankSum=0.299;SC=CCCTAGTCCTCAAAAAAAAAA;SOR=0.861;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=83;TCF=37;TCR=46;TR=53;WE=34985205;WS=34985187;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,106:0.64:165
chr10	35314130	rs58779572	TA	T	51.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.101;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=2.72;ReadPosRankSum=-0.660;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,9:0.47:19
chr10	35324076	rs2244174	A	G	3005.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=56;NR=26;PP=1487;SC=GGAGGAAAACATTGCAGTTTC;SOR=1.453;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=82;TCF=56;TCR=26;TR=82;WE=35324084;WS=35324066;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr10	35495698	rs80311009	A	G	143.03	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.366;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.5254;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=0;PP=82;ReadPosRankSum=1.465;SC=CAGAATAATTATCTTAAACAT;SOR=1.179;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=5;WE=35495706;WS=35495688;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,6:0.86:7
chr10	35625845	rs59114674	C	G	1176.77	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=3;PP=347;SC=GGCCGGCCGCCGTTCCGCCCC;SOR=2.215;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=23;TCF=19;TCR=4;TR=18;WE=35625854;WS=35625838;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr10	35625846	.	G	GC	1167.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BRF=0.4;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=3;PP=684;SC=GCCGGCCGCCGTTCCGCCCCC;SOR=2.387;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=11;TCR=3;TR=14;WE=35625854;WS=35625838;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr10	35818799	.	CA	C	42.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.745;ClippingRankSum=0.000;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.25;ReadPosRankSum=-0.254;SOR=0.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,7:0.37:19
chr10	35894666	rs627267	A	G	1869.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=20;NR=23;PP=778;SC=TCAGTGTGCAAGCACCAAGCT;SOR=0.776;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=43;TCF=20;TCR=23;TR=43;WE=35894674;WS=35894656;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr10	35894761	rs637881	G	A	574.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=34;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=14;PP=440;SC=GAATGGTTCCGCGGTTCCTCC;SOR=2.948;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=3;TCR=14;TR=17;WE=35894769;WS=35894751;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr10	35897125	rs75803523	G	C	4006.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.929;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=337;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.419;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=64;PP=1696;ReadPosRankSum=0.964;SC=GCAGGAGGCCGGGACCCCCCA;SOR=0.759;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=208;TCF=92;TCR=116;TR=125;WE=35897133;WS=35897115;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:149,186:0.56:335
chr10	35897304	rs141883026	C	T	255.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.254;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.11;ReadPosRankSum=0.539;SOR=0.686;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:96,25:0.21:121
chr10	35928224	rs625858	C	G	3021.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=68;NR=58;PP=2464;SC=CTGCACTTGGCTCTCCTCGCC;SOR=3.357;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=126;TCF=68;TCR=58;TR=126;WE=35928232;WS=35928214;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr10	35928408	.	CCCG	C	246.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.139;ClippingRankSum=-0.000;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=4.771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.27;MQRankSum=0.431;QD=20.56;ReadPosRankSum=0.568;SOR=3.056;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,8:0.67:12
chr10	35930412	rs142623421	C	CG	309.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.381;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.9999;FS=0.000;HP=10;HapScore=3;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.603;NF=0;NR=15;PP=160;ReadPosRankSum=1.938;SC=AGAGGGGTGCCGGGGGGGGGG;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=23;TCF=0;TCR=23;TR=15;WE=35930420;WS=35930402;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,14:0.93:15
chr10	36811706	rs112915774	GCA	G	37.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.549;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.21;MQRankSum=0.900;QD=1.64;ReadPosRankSum=-1.390;SOR=0.869;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,4:0.17:23
chr10	36812362	rs2503084	C	T	9848.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.275;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=392;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=3.455;NF=154;NR=121;PP=2965;ReadPosRankSum=3.271;SC=TTTTCTCACACGCATTATAAA;SOR=0.843;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=276;TCF=154;TCR=122;TR=275;WE=36812370;WS=36812352;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,370:0.99:374
chr10	36813180	rs2503083	T	A	7113.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQ=59.97;NF=42;NR=60;PP=1912;SC=GCCAGGGGCGTGCGCGCCGGG;SOR=0.947;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=103;TCF=43;TCR=60;TR=102;WE=36813188;WS=36813170;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,174:1.00:174
chr10	36813198	rs2503082	A	G	6530.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=35;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=34;NR=55;PP=1599;SC=GGGCTGGCCCAGCAGGGAAAG;SOR=1.092;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=91;TCF=35;TCR=56;TR=89;WE=36813206;WS=36813188;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,142:1.00:142
chr10	36813218	rs2505569	C	G	4635.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=42;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=22;NR=54;PP=1555;SC=GCCCCGCTCACTCTCCACTGC;SOR=1.633;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=76;TCF=22;TCR=54;TR=76;WE=36813226;WS=36813208;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr10	36813298	rs10764092	G	A	568.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-2.221;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=47;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-1.291;NF=5;NR=16;PP=363;ReadPosRankSum=-0.496;SC=GGAAGGGCATGCGCTCGCCGG;SOR=0.598;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=29;TCF=6;TCR=23;TR=21;WE=36813306;WS=36813288;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,23:0.77:30
chr10	37425759	.	GTA	G	135.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.857;ClippingRankSum=-0.000;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=7;PP=194;ReadPosRankSum=-2.670;SC=GTGTGTGTGTGTATATATATA;SOR=0.569;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=1;TCR=16;TR=7;WE=37425768;WS=37425749;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,6:0.46:13
chr10	37433853	.	T	C	79	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=68;MMLQ=28;MQ=52.2;NF=5;NR=0;PP=79;QD=22.7542425094;SC=TGAAAATAGATTTGTATATGT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=16;TCR=5;TR=5;WE=37433861;WS=37433843;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:16,5:0.24:21
chr10	37434077	rs115413281	A	C	58.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.580;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.74;MQRankSum=-3.756;QD=3.67;ReadPosRankSum=1.309;SOR=0.260;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,3:0.19:16
chr10	37434082	rs201494283	C	A	61.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.921;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.66;MQRankSum=-3.618;QD=4.12;ReadPosRankSum=1.204;SOR=0.307;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,3:0.20:15
chr10	37434091	rs199688969	G	C	64.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.543;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.46;MQRankSum=-3.323;QD=4.98;ReadPosRankSum=0.941;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,3:0.23:13
chr10	37482182	.	AG	A	3166.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=0.694;ClippingRankSum=0.000;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.386;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-1.108;NF=4;NR=39;PP=1733;ReadPosRankSum=1.551;SC=AAACTTTCAAAGCAGGTAAAT;SOR=0.859;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=59;TCF=5;TCR=54;TR=43;WE=37482190;WS=37482172;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,107:0.69:155
chr10	37508450	rs1148259	A	C	4104.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=1.193;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=67;PP=2046;ReadPosRankSum=-0.873;SC=TCAATTATGCAGGAGATGCTC;SOR=1.100;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=109;TCF=41;TCR=68;TR=107;WE=37508458;WS=37508440;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,155:0.99:157
chr10	38245843	rs9299755	C	CA	646.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.686;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.31;MQRankSum=0.892;QD=7.70;ReadPosRankSum=0.838;SOR=1.051;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,56:0.67:84
chr10	38246545	rs2799499	A	G	744.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=20;PP=553;SC=AGACATGTGAACTAGCTCTTA;SOR=2.303;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=6;TCR=20;TR=26;WE=38246553;WS=38246535;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
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chr10	38306128	rs2738208	A	G	1344.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=36;NR=7;PP=968;SC=TTCCACTGGCAACTCGAAGCA;SOR=3.080;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=43;TCF=36;TCR=7;TR=43;WE=38306136;WS=38306118;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr10	38385316	rs2474572	A	G	527.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=2.012;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=2;PP=412;ReadPosRankSum=-1.189;SC=TACAGCATAAATTGTTTTTAA;SOR=0.402;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=28;TCF=26;TCR=2;TR=20;WE=38385324;WS=38385307;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,20:0.71:28
chr10	38385441	rs2474573	G	A	2911.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.388;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.613;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=37;PP=1396;ReadPosRankSum=-0.997;SC=ATGTTTTGCCGGCTGCGAAGT;SOR=0.783;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=118;TCF=66;TCR=52;TR=87;WE=38385449;WS=38385431;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,133:0.73:183
chr10	38407519	rs176889	A	G	778.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-1.836;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.606;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=19;PP=440;ReadPosRankSum=-1.013;SC=GTCAGAAGTCAGCCCTAATTG;SOR=0.899;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=55;TCF=27;TCR=28;TR=33;WE=38407527;WS=38407509;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,35:0.59:59
chr10	38537070	rs1780145	A	G	623.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.169;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.928;NF=1;NR=19;PP=438;ReadPosRankSum=0.202;SC=AAGAGAATATATAAACACACA;SOR=0.693;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=30;TCF=2;TCR=28;TR=20;WE=38537078;WS=38537060;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,24:0.69:35
chr10	38599101	rs34686283	C	CT	1006.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.047;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-5.351;NF=10;NR=22;PP=1136;ReadPosRankSum=0.466;SC=GACATAGTGTCTTCCCATTGG;SOR=0.684;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=50;TCF=14;TCR=36;TR=32;WE=38599109;WS=38599091;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,39:0.57:68
chr10	38645343	rs75687299	C	T	98.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.056;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FS=1.818;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.18;MQRankSum=-4.960;QD=0.63;ReadPosRankSum=0.436;SOR=0.482;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:132,24:0.15:156
chr10	38645403	rs72639552	T	C	2045.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=1.958;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.226;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-6.199;NF=30;NR=32;PP=1068;ReadPosRankSum=2.039;SC=TGGTTTTGATTACCGGGGCTA;SOR=0.635;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=103;TCF=49;TCR=54;TR=62;WE=38645411;WS=38645393;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,95:0.58:164
chr10	38645424	rs117839956	C	T	2050.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-0.581;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=-5.671;NF=27;NR=31;PP=832;ReadPosRankSum=0.351;SC=GCAGGTGAGGCTCCTTTGTGT;SOR=0.650;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=94;TCF=43;TCR=51;TR=58;WE=38645432;WS=38645414;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,99:0.65:153
chr10	38647171	rs2800473	C	G	526.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-4.016;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.582;NF=21;NR=2;PP=376;ReadPosRankSum=-0.147;SC=TTTTCTGAACCAGAGAGAAAT;SOR=0.788;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=37;TCF=34;TCR=3;TR=23;WE=38647179;WS=38647168;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,24:0.63:38
chr10	38647463	rs35215821	A	AT	1607.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.464;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=10;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=47;PP=585;ReadPosRankSum=1.014;SC=TTGCTGATGGATTTTTTTTTT;SOR=0.664;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=106;TCF=6;TCR=100;TR=50;WE=38647477;WS=38647453;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,101:0.54:186
chr10	38650104	rs2804643	A	G	258.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=1.454;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-1.039;NF=10;NR=2;PP=193;ReadPosRankSum=-0.172;SC=CAATGGATGAACTCACACTAT;SOR=1.112;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=25;TCF=19;TCR=6;TR=12;WE=38650112;WS=38650094;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,11:0.58:19
chr10	38654940	rs2804645	T	G	833.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-3.004;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.009;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.127;NF=11;NR=31;PP=692;ReadPosRankSum=0.322;SC=CTCGGAGAACTTAAGTCATTT;SOR=1.302;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=59;TCF=17;TCR=42;TR=42;WE=38654948;WS=38654930;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,36:0.73:49
chr10	38667003	rs2804622	A	G	1110.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.257;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FS=0.889;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.33;MQRankSum=-1.415;QD=14.24;ReadPosRankSum=0.703;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,48:0.62:78
chr10	38740353	rs2754385	T	C	463.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.026;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.994;NF=8;NR=8;PP=168;ReadPosRankSum=0.403;SC=GTCCCGAAGTTGGCCTCTCCA;SOR=0.776;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=25;TCF=13;TCR=12;TR=16;WE=38740361;WS=38740343;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,23:0.66:35
chr10	38740382	rs2754386	T	C	508.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.423;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.831;NF=9;NR=8;PP=217;ReadPosRankSum=-0.962;SC=TCCGGCCTCCTGGCGGCCTTT;SOR=0.527;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=23;TCF=12;TCR=11;TR=17;WE=38740390;WS=38740372;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,24:0.73:33
chr10	42379948	.	C	A	75.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.651;ClippingRankSum=-0.000;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=2.398;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.85;MQRankSum=-3.087;QD=6.31;ReadPosRankSum=-1.876;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,4:0.33:12
chr10	42380038	rs9731223	G	C	142.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.539;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=45.96;MQRankSum=4.647;QD=2.34;ReadPosRankSum=4.346;SOR=0.773;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:50,11:0.18:61
chr10	42905431	rs3004228	A	T	830.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=23;NR=5;PP=605;SC=TTTCTTCTTTAGAAAATACCA;SOR=2.468;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=28;TCF=23;TCR=5;TR=28;WE=42905439;WS=42905421;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr10	42905510	rs2419684	A	C	3154.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=46;NR=36;PP=1558;SC=TCAGATGTTAAATTACTCCTC;SOR=0.795;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=82;TCF=46;TCR=36;TR=82;WE=42905518;WS=42905500;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr10	42907201	rs2505860	G	A	9243.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.425;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=357;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.047;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=99;NR=100;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.194;SC=AATACAGGCCGTTGTTGTGTG;SOR=0.259;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=201;TCF=100;TCR=101;TR=199;WE=42907209;WS=42907191;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,356:1.00:357
chr10	42907260	rs2505861	T	C	6368.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.871;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=250;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=104;PP=2815;ReadPosRankSum=-0.249;SC=CTGTTAGTAATGCTGTTATTA;SOR=1.067;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=170;TCF=65;TCR=105;TR=168;WE=42907268;WS=42907250;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,248:0.99:250
chr10	42920832	rs2505872	G	A	1873.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=23;NR=20;PP=1053;SC=CAAATCTGAAGATCAATTTGT;SOR=0.723;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=43;TCF=23;TCR=20;TR=43;WE=42920840;WS=42920822;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr10	42920884	rs2489720	C	T	1727.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=20;NR=20;PP=876;SC=AACCTCTTTTCGCTGAAAGAA;SOR=0.723;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=40;TCF=20;TCR=20;TR=40;WE=42920892;WS=42920874;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr10	42922568	rs2489723	A	G	421.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.60;QD=42.18;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr10	42922579	rs80120306	C	T	421.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.60;QD=42.18;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr10	42922595	rs2489725	A	G	411.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.66;QD=41.18;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr10	42922618	rs61096506	C	CAA	50.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.135;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=4.260;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=6.34;ReadPosRankSum=2.369;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,5:0.62:8
chr10	42924560	rs6143878	TCACCTTTGCTTGATATGATAATATAGTGCCAAGG	T	3608.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=8;NR=25;PP=2957;SC=TTAAAAAAGCTCACCTTTGCT;SOR=1.124;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=8;TCR=25;TR=33;WE=42924601;WS=42924550;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
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chr10	42928874	.	T	TGA	57.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.211;ClippingRankSum=0.000;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.69;MQRankSum=-7.444;QD=1.01;ReadPosRankSum=0.091;SOR=0.625;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:51,6:0.11:57
chr10	42928879	.	G	A	81.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.167;ClippingRankSum=0.000;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.40;MQRankSum=-6.956;QD=1.64;ReadPosRankSum=-1.240;SOR=0.501;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:44,6:0.12:50
chr10	42928885	.	G	A	97.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.649;ClippingRankSum=0.000;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.30;MQRankSum=-6.735;QD=2.08;ReadPosRankSum=-1.738;SOR=0.499;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,6:0.13:47
chr10	42941685	rs11455507	T	TA	750.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.89;SOR=0.906;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
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chr10	42949664	rs2490085	A	T	8772.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.886;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=325;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=120;NR=84;PP=2965;ReadPosRankSum=0.864;SC=CTCACCAGCTACAAAAGTCAC;SOR=0.941;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=211;TCF=122;TCR=89;TR=204;WE=42949672;WS=42949654;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,322:0.99:324
chr10	42965636	rs1255411	C	T	1130.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=1.792;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.637;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-1.344;NF=22;NR=13;PP=448;ReadPosRankSum=-0.187;SC=TAAATCTCTCCGGGCTCTGGG;SOR=1.097;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=100;TCF=56;TCR=44;TR=35;WE=42965644;WS=42965626;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:114,62:0.35:176
chr10	43078525	rs41301639	A	G	190.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=2.164;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.794;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=7;PP=83;ReadPosRankSum=-2.392;SC=CAGCACTGCAAGGGTTTAATC;SOR=1.551;SbPval=0.96;Source=Platypus;TC=38;TCF=18;TCR=20;TR=9;WE=43078533;WS=43078523;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,13:0.22:59
chr10	43089965	rs210280	G	A	1854.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.120;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-1.510;NF=24;NR=21;PP=689;ReadPosRankSum=0.699;SC=CTCATTCCACGTGAGTCATAC;SOR=0.722;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=80;TCF=41;TCR=39;TR=45;WE=43089973;WS=43089955;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,87:0.64:136
chr10	43119123	rs158377	G	T	1561.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.457;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FS=0.881;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.27;ReadPosRankSum=1.380;SOR=0.516;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,71:0.74:96
chr10	43119159	rs158378	T	C	1209.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.198;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=24;PP=647;ReadPosRankSum=-0.203;SC=GGCAATACAGTTTCTGTTTGA;SOR=0.693;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=18;TCR=29;TR=39;WE=43119167;WS=43119149;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,55:0.76:72
chr10	43128395	rs209391	C	G	1273.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=34;PP=910;SC=AAATGGCCTGCTGCTGTCTTG;SOR=3.417;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=38;TCF=4;TCR=34;TR=38;WE=43128403;WS=43128385;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr10	43132232	rs209387	A	G	1096.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=3.130;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.122;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=11;PP=745;ReadPosRankSum=1.506;SC=ACAGAGATGGAGACACTGCGC;SOR=1.002;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=53;TCF=38;TCR=15;TR=39;WE=43132240;WS=43132222;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,43:0.67:64
chr10	43232450	rs702370	G	A	3922.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.316;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=268;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.628;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.973;NF=75;NR=42;PP=1917;ReadPosRankSum=-0.890;SC=ACCTTTTAATGTGAAAATGTG;SOR=0.831;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=170;TCF=106;TCR=64;TR=117;WE=43232458;WS=43232440;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,176:0.68:260
chr10	43280057	rs55869085	CTT	C	8872.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=282;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQ=60.04;NF=13;NR=98;PP=2979;SC=TCCATTGATTCTTTTTTTAAA;SOR=1.057;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=116;TCF=13;TCR=103;TR=111;WE=43280066;WS=43280047;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,254:1.00:254
chr10	43292647	rs787795	A	G	733.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.125;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=18;PP=427;ReadPosRankSum=0.719;SC=GAAGATTACAAGGAAGAAAAT;SOR=0.722;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=59;TCF=20;TCR=39;TR=27;WE=43292655;WS=43292637;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,36:0.44:82
chr10	43572950	rs12246855	A	G	651.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=40.74;SOR=2.049;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr10	43572950	.	AA	GC	161	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;FR=1.0000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=3;NR=9;PP=161;QD=17.8723229052;SC=GCGGCGGGCGAAGGGCAGGAC;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=15;TCF=3;TCR=12;TR=12;WE=43572959;WS=43572940;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:3,12:0.80:15
chr10	43572951	rs12246856	A	C	651.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=40.74;SOR=2.049;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr10	43595781	rs2565206	G	T	733.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=17;NR=7;PP=492;SC=GAGTGTTCATGTTCTCAGGAA;SOR=1.697;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=17;TCR=7;TR=24;WE=43595789;WS=43595771;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr10	43595836	rs57003029	AT	A	379.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.454;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=1.256;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.23;ReadPosRankSum=0.354;SOR=1.044;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,34:0.56:61
chr10	43595968	rs1800858	A	G	6688.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.722;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=262;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=83;NR=76;PP=2906;ReadPosRankSum=-0.028;SC=TGGACCAGGCAGCCGGCACGC;SOR=0.772;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=162;TCF=85;TCR=77;TR=159;WE=43595976;WS=43595958;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,260:0.99:262
chr10	43604390	rs1864404	A	T	1318.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=29;NR=11;PP=823;SC=CACCAGTGTGAGTGCAGGGCT;SOR=1.562;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=29;TCR=11;TR=40;WE=43604398;WS=43604380;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr10	43606687	rs1800860	A	G	2699.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-2.518;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=475;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.165;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=44;PP=961;ReadPosRankSum=-0.377;SC=ACTGCCAGGCATTCAGTGGCA;SOR=0.583;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=278;TCF=148;TCR=130;TR=89;WE=43606695;WS=43606677;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:308,163:0.35:471
chr10	43607756	rs3026750	G	A	1024.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-2.096;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=4;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=14;PP=899;ReadPosRankSum=-1.082;SC=CCAGCCTGGGGTGGCTCTCCC;SOR=0.495;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=29;TCF=9;TCR=20;TR=20;WE=43607767;WS=43607746;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,26:0.70:37
chr10	43607759	rs34827976	GC	G	1015.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-3.057;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.640;HP=1;HapScore=4;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.654;NF=0;NR=14;PP=901;ReadPosRankSum=-0.945;SC=GCCTGGGGTGGCTCTCCCTGC;SOR=0.375;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=1;TCR=20;TR=14;WE=43607767;WS=43607746;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,26:0.70:37
chr10	43612226	rs760466	C	T	41.88	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.319;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=10.47;ReadPosRankSum=1.150;SOR=0.916;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,3:0.75:4
chr10	43613843	rs1800861	G	T	2760.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=1.056;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=34;PP=1227;ReadPosRankSum=1.159;SC=CGAGTGAGCTGCGAGACCTGC;SOR=0.676;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=103;TCF=55;TCR=48;TR=72;WE=43613851;WS=43613833;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,123:0.67:183
chr10	43614885	rs111264957	C	T	54.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.708;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=4.56;ReadPosRankSum=1.471;SOR=0.551;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,4:0.33:12
chr10	43615094	rs1800862	C	T	553.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.910;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FS=4.101;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.08;ReadPosRankSum=-0.473;SOR=1.082;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:134,46:0.26:180
chr10	43619360	rs201104591	TG	T	174.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=1.290;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.362;HP=7;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=9;PP=160;ReadPosRankSum=-0.279;SC=CCAGGAGAAGTGGGGGGTGGG;SOR=1.066;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=34;TCF=2;TCR=32;TR=9;WE=43619368;WS=43619350;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,12:0.22:55
chr10	43620551	rs2742236	G	A	376.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.271;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.207;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=12;PP=246;ReadPosRankSum=-0.998;SC=GGATTGTGCAGAGAGAGAGAG;SOR=1.508;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=20;TCF=2;TCR=18;TR=13;WE=43620559;WS=43620541;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,16:0.64:25
chr10	43622217	rs2075912	T	C	9474.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=370;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=93;NR=98;PP=2965;SC=GCTGTCCCCTTTGCACTATCC;SOR=0.744;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=193;TCF=93;TCR=100;TR=191;WE=43622225;WS=43622207;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,361:1.00:361
chr10	43650915	rs41298781	C	T	1793.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.046;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=387;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.343;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=40;PP=1049;ReadPosRankSum=-0.175;SC=GGGCTAATGGCATAGGCTATC;SOR=0.606;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=269;TCF=144;TCR=125;TR=83;WE=43650923;WS=43650905;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:274,109:0.28:383
chr10	43654194	rs35718664	A	G	445.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.582;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FS=0.717;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.95;ReadPosRankSum=0.210;SOR=0.831;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:115,36:0.24:151
chr10	43657811	rs2257767	T	G	1042.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=7;NR=24;PP=751;SC=ATGGCCAGGTTGGGTGGGGGT;SOR=2.368;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=7;TCR=24;TR=31;WE=43657819;WS=43657801;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr10	43659536	rs2503865	C	T	1669.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=1.782;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.507;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=32;PP=798;ReadPosRankSum=-0.544;SC=GAATTTAGAACGTTGTCAGCA;SOR=0.949;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=69;TCF=22;TCR=47;TR=46;WE=43659544;WS=43659526;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,75:0.64:117
chr10	43671378	rs61579799	GT	G	1223.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.581;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.22;MQRankSum=0.305;QD=26.04;ReadPosRankSum=1.695;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,46:0.98:47
chr10	43671383	rs370983026	T	C	259.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.524;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=1.198;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.22;MQRankSum=-0.663;QD=5.41;ReadPosRankSum=0.712;SOR=0.469;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,16:0.33:48
chr10	43694363	rs35825252	C	CA	902.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.091;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.332;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=9;PP=541;ReadPosRankSum=2.101;SC=GCAGCTGTGACGGGGCTCAGG;SOR=0.364;SbPval=0.17;Source=Platypus;TC=52;TCF=30;TCR=22;TR=15;WE=43694371;WS=43694353;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,31:0.33:93
chr10	43695049	rs1254964	T	C	2016.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.063;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=295;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.036;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=28;PP=920;ReadPosRankSum=-1.378;SC=CATCATCTAATTCCTGGGGCA;SOR=0.576;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=187;TCF=118;TCR=69;TR=69;WE=43695057;WS=43695039;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:183,109:0.37:292
chr10	43695112	rs41301581	A	G	2001.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.983;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=342;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=36;PP=923;ReadPosRankSum=0.390;SC=CATGTCTGCCATGGGCACTTA;SOR=0.719;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=226;TCF=118;TCR=108;TR=74;WE=43695120;WS=43695102;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:223,113:0.34:336
chr10	43696279	rs41301585	A	G	1365.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.177;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=276;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.577;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=24;PP=506;ReadPosRankSum=-0.323;SC=CGGGCAGCCAAGGACAGCAAC;SOR=0.708;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=161;TCF=82;TCR=79;TR=45;WE=43696287;WS=43696269;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:190,85:0.31:275
chr10	43698980	rs1254961	C	G	196.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=2.163;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=8;PP=108;ReadPosRankSum=0.856;SC=CCGCCGGTCCCGAGGCCATGC;SOR=0.859;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=35;TCF=8;TCR=27;TR=10;WE=43698988;WS=43698970;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,11:0.31:36
chr10	43869097	rs10899795	C	A	2326.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=59;NR=14;PP=1659;SC=TGCCTCCTCTCGCTGACCAAT;SOR=2.642;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=74;TCF=59;TCR=15;TR=73;WE=43869105;WS=43869087;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr10	43869312	rs79954618	G	A	5347.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.175;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=405;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.144;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=92;PP=2533;ReadPosRankSum=-0.684;SC=CATCTCCTTTGGGAGTCTGGT;SOR=0.604;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=246;TCF=93;TCR=153;TR=151;WE=43869320;WS=43869302;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:157,246:0.61:403
chr10	43871158	rs41307500	G	A	1084.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.934;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=309;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=24;PP=549;ReadPosRankSum=-1.159;SC=AAATGCAAATGCAAGAGCAGC;SOR=0.693;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=173;TCF=88;TCR=85;TR=49;WE=43871166;WS=43871148;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:232,76:0.25:308
chr10	43883342	rs1126487	T	A	2858.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.920;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.325;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=53;PP=1488;ReadPosRankSum=1.627;SC=TGGACACTTGTCAGGGTGGGT;SOR=1.178;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=77;TCF=23;TCR=54;TR=75;WE=43883350;WS=43883332;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,110:0.99:111
chr10	43883388	.	G	GA	83.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.682;ClippingRankSum=0.000;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=1.586;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.78;ReadPosRankSum=0.141;SOR=0.292;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,11:0.23:47
chr10	43932227	rs116994053	G	A	183.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.762;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=2;PP=134;ReadPosRankSum=-1.510;SC=AGTGGCTAGGGCCTGCCCTCC;SOR=0.478;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=33;TCF=26;TCR=7;TR=9;WE=43932235;WS=43932217;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,11:0.28:40
chr10	43932479	rs2244396	A	G	1058.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=23;PP=623;SC=GGGAGCAGCAAGGCTTCCGGA;SOR=1.730;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=9;TCR=23;TR=32;WE=43932487;WS=43932469;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr10	43932542	rs114589475	C	T	252.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-2.286;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5005;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=9;PP=189;ReadPosRankSum=0.705;SC=AGGCCCCGCCCCTCGGCGGCC;SOR=1.329;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=12;TCF=1;TCR=11;TR=10;WE=43932550;WS=43932532;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,10:0.83:12
chr10	43971248	rs11816311	C	G	1636.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.228;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=297;ExcessHet=3.0103;FS=1.478;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.57;ReadPosRankSum=1.283;SOR=0.708;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:195,99:0.34:294
chr10	43971579	rs41306552	T	G	745.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.580;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FS=1.356;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.39;ReadPosRankSum=-0.850;SOR=0.862;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:123,47:0.28:170
chr10	43977412	rs117420679	T	A	751.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.573;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.050;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=14;PP=287;ReadPosRankSum=-2.055;SC=AGACCAATATTCATTGTTCAT;SOR=0.344;SbPval=0.25;Source=Platypus;TC=66;TCF=21;TCR=45;TR=24;WE=43977420;WS=43977402;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,42:0.40:105
chr10	43977893	rs61859970	A	G	1660.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.846;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=287;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.512;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=33;PP=983;ReadPosRankSum=-1.222;SC=ACTTTTGGATATAGGTCATGC;SOR=0.816;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=193;TCF=100;TCR=93;TR=73;WE=43977901;WS=43977883;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:193,94:0.33:287
chr10	44052903	rs2230661	A	C	7414.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=274;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=95;NR=95;PP=2965;SC=CACTGACTACATTCGTATTGT;SOR=0.716;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=190;TCF=95;TCR=95;TR=190;WE=44052911;WS=44052893;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,269:1.00:269
chr10	44053013	rs2230660	G	C	9292.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=344;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=114;NR=112;PP=2965;SC=CTCTGTATGAGCTCTCTGCTG;SOR=0.728;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=226;TCF=114;TCR=112;TR=226;WE=44053021;WS=44053003;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,344:1.00:344
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chr10	44103923	rs3128239	G	C	1135.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=20;NR=7;PP=657;SC=CACATCCCCTGAGCCCTCAGC;SOR=1.445;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=20;TCR=7;TR=27;WE=44103931;WS=44103913;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
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chr10	44340865	rs4948785	G	A	2789.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.663;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.920;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=40;PP=1242;ReadPosRankSum=-1.181;SC=GGTACTTCCTGTCCAGACGGG;SOR=0.629;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=130;TCF=65;TCR=65;TR=78;WE=44340873;WS=44340855;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,127:0.67:189
chr10	44341072	rs10535963	CATTGATT	C	4002.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.382;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.093;NF=5;NR=36;PP=2163;ReadPosRankSum=1.736;SC=TTATCGGTCTCATTGATTATT;SOR=0.662;SbPval=0.18;Source=Platypus;TC=70;TCF=5;TCR=65;TR=41;WE=44341086;WS=44341062;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,101:0.63:160
chr10	44793355	rs56043323	G	A	4017.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-1.137;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=57;PP=1818;ReadPosRankSum=-0.631;SC=ACTCCAAGGAGGAAAGAGAGA;SOR=0.450;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=87;TCF=30;TCR=57;TR=87;WE=44793363;WS=44793345;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,151:0.99:152
chr10	44868856	rs266091	A	C	9102.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=334;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=85;NR=118;PP=2965;SC=CCAGCTCCAGAAGGACAGCGG;SOR=0.926;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=203;TCF=85;TCR=118;TR=203;WE=44868864;WS=44868846;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,331:1.00:331
chr10	44871548	rs2297630	G	A	3779.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=32;NR=42;PP=1556;SC=GTCTGCATAAGATTTAACACT;SOR=0.976;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=74;TCF=32;TCR=42;TR=74;WE=44871556;WS=44871538;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,142:1.00:142
chr10	44873992	rs2839694	C	CCT	8845.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=39;NR=60;PP=2973;SC=GTTAAGGCCCCCTCCCCCACG;SOR=1.036;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=103;TCF=42;TCR=61;TR=99;WE=44874000;WS=44873982;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,207:1.00:207
chr10	44874216	rs2236533	G	A	2558.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=22;NR=57;PP=1760;SC=ACAGGAGGAAGGCGCGGCTGC;SOR=1.890;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=79;TCF=22;TCR=57;TR=79;WE=44874224;WS=44874206;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr10	45423282	rs10900131	C	G	693.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=1.764;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=5;PP=460;ReadPosRankSum=-1.027;SC=AGGAAGAAGACTCACTCCACA;SOR=0.724;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=41;TCF=32;TCR=9;TR=24;WE=45423290;WS=45423272;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,28:0.58:48
chr10	45430462	rs17417442	C	T	3184.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.424;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=235;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.299;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=53;PP=1352;ReadPosRankSum=1.057;SC=CCTCCCTCGCCGAAGGTCTGG;SOR=0.853;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=143;TCF=56;TCR=87;TR=84;WE=45430470;WS=45430452;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,146:0.62:234
chr10	45496326	rs73283471	T	G	341.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.844;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.981;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=13;PP=200;ReadPosRankSum=1.768;SC=GCTCCGCCACTTTCCTAGAGC;SOR=0.524;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=68;TCF=21;TCR=47;TR=20;WE=45496334;WS=45496316;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,23:0.26:87
chr10	45924023	rs1565096	G	A	1914.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.038;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.783;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=21;PP=830;ReadPosRankSum=-1.336;SC=TTTTTGGTCCGTCTGCTGAGC;SOR=0.588;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=78;TCF=51;TCR=27;TR=56;WE=45924031;WS=45924013;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,86:0.72:119
chr10	45924256	rs1565097	T	C	648.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-3.576;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.275;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=21;PP=352;ReadPosRankSum=-1.061;SC=CTCAGTCCTCTGCGATCCAGG;SOR=0.517;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=48;TCF=9;TCR=39;TR=26;WE=45924264;WS=45924246;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,31:0.58:53
chr10	45935744	rs3780914	C	T	370.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.653;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.076;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=5;PP=240;ReadPosRankSum=1.030;SC=TTACCCCCTCCAGGCTCTTCT;SOR=0.105;SbPval=0.25;Source=Platypus;TC=30;TCF=24;TCR=6;TR=17;WE=45935752;WS=45935734;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,17:0.57:30
chr10	45938692	rs56067550	G	A	1765.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-2.404;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=287;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.454;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=40;PP=834;ReadPosRankSum=-1.963;SC=GGTGGTCCTGGGGGAGGAGCC;SOR=0.635;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=200;TCF=83;TCR=117;TR=71;WE=45938700;WS=45938682;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:181,102:0.36:283
chr10	45939136	rs7900977	T	C	5387.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=-2.050;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=360;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.349;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=70;NR=56;PP=2060;ReadPosRankSum=-2.456;SC=CCTGGGGTCCTCAGGGACTGG;SOR=0.775;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=199;TCF=106;TCR=93;TR=126;WE=45939144;WS=45939114;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:111,246:0.69:357
chr10	45953767	rs7908745	A	G	3671.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.503;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=262;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.220;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=59;PP=1841;ReadPosRankSum=-1.127;SC=CAGATTCCATATCCATGTTTA;SOR=0.551;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=183;TCF=96;TCR=87;TR=119;WE=45953775;WS=45953757;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:89,166:0.65:255
chr10	45958856	rs2291428	G	C	5522.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.718;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=372;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.602;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=74;NR=92;PP=2962;ReadPosRankSum=0.159;SC=CCAGCTCATGGAACCTGTGCA;SOR=0.524;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=254;TCF=110;TCR=144;TR=166;WE=45958864;WS=45958846;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:124,238:0.66:362
chr10	45958881	rs2291429	A	C	4509.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.242;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=309;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=84;PP=2514;ReadPosRankSum=-0.079;SC=GCTGGCGCTCAAGCCGTGCGA;SOR=0.721;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=209;TCF=83;TCR=126;TR=137;WE=45958889;WS=45958871;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:108,193:0.64:301
chr10	46143958	rs17854567	T	G	2302.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.708;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.711;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=50;PP=1154;ReadPosRankSum=2.286;SC=CTCTGCCATCTTCCTAAGTGG;SOR=0.599;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=101;TCF=29;TCR=72;TR=71;WE=46143966;WS=46143948;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,102:0.70:145
chr10	46222724	rs10793625	C	G	111.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=0.227;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=1;PP=35;ReadPosRankSum=-1.113;SC=GGTCCTCGGCCTGTGCTGGCA;SOR=1.022;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=13;TCF=9;TCR=4;TR=5;WE=46222732;WS=46222714;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,7:0.47:15
chr10	46960084	rs9422009	G	A	1966.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=2.236;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-2.831;NF=17;NR=47;PP=1157;ReadPosRankSum=-1.448;SC=ACAGCTTTGCGGACTACTTTG;SOR=0.674;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=148;TCF=39;TCR=109;TR=64;WE=46960092;WS=46960074;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:123,92:0.43:215
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chr10	46963951	rs55945664	G	A	3963.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.836;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=737;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.186;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.048;NF=71;NR=91;PP=2001;ReadPosRankSum=0.744;SC=ATGGAGCCCAGCACAGCTGAA;SOR=0.834;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=499;TCF=234;TCR=265;TR=162;WE=46963959;WS=46963941;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:488,229:0.32:717
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chr10	46965727	rs1889849	G	A	3200.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=3.153;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=405;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.244;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=74;NR=51;PP=1967;ReadPosRankSum=1.067;SC=CCAGGCTCTCGGCCTCCAGGT;SOR=0.856;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=256;TCF=147;TCR=109;TR=125;WE=46965735;WS=46965717;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:234,162:0.41:396
chr10	46965887	rs112965082	T	TG	1114.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.400;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=268;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.161;HP=7;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=39;PP=823;ReadPosRankSum=1.357;SC=GCTGGACACCTGGGGGGGACA;SOR=0.815;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=137;TCF=10;TCR=127;TR=43;WE=46965899;WS=46965877;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:164,69:0.30:233
chr10	46967672	rs2152530	C	T	5666.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.982;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=647;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.525;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=80;NR=105;PP=2737;ReadPosRankSum=-1.076;SC=TTTTGTCCTCCGGGAACTTGT;SOR=0.792;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=421;TCF=189;TCR=232;TR=185;WE=46967680;WS=46967662;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:356,286:0.45:642
chr10	46968762	rs3127790	C	G	2672.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.887;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=273;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=42;PP=1145;ReadPosRankSum=0.459;SC=GGTGGCAAGTCAATGGTGTGG;SOR=0.709;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=145;TCF=66;TCR=79;TR=74;WE=46968770;WS=46968752;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:133,132:0.50:265
chr10	46968879	rs10588658	AAC	A	193.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.502;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=3.010;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.75;ReadPosRankSum=-1.089;SOR=1.880;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,10:0.40:25
chr10	46969496	rs3127792	A	G	4231.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.945;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=420;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.528;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=93;PP=2315;ReadPosRankSum=1.219;SC=TGCCTGGGAAAGCCACTCTCC;SOR=0.739;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=303;TCF=119;TCR=184;TR=150;WE=46969504;WS=46969486;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:211,202:0.49:413
chr10	46970573	rs6587511	C	G	83.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.690;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.64;ReadPosRankSum=1.267;SOR=0.648;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,10:0.20:51
chr10	46970654	rs915449	C	A	935.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=1.061;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.167;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=11;PP=404;ReadPosRankSum=1.253;SC=CGCCCCAGCCCGTCCCTGGCC;SOR=0.933;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=42;TCF=23;TCR=19;TR=27;WE=46970662;WS=46970644;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,44:0.66:67
chr10	46970792	rs915450	G	C	337.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-0.330;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.170;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=8;PP=118;ReadPosRankSum=-0.415;SC=GGGCAGGGTGGGGTGAGAGTA;SOR=1.444;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=22;TCF=9;TCR=13;TR=11;WE=46970800;WS=46970782;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,18:0.55:33
chr10	46998719	rs201733825	GTCAC	G	1791.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-1.149;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=6;PP=1462;ReadPosRankSum=-0.167;SC=CTGGTGTCTTGTCACTCACTG;SOR=0.560;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=66;TCF=55;TCR=11;TR=31;WE=46998730;WS=46998711;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,46:0.57:80
chr10	46998795	rs3127677	A	G	2909.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.390;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=284;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=38;PP=1366;ReadPosRankSum=1.348;SC=TGAACCTAGCACTGTGGGAGT;SOR=0.669;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=187;TCF=118;TCR=69;TR=100;WE=46998803;WS=46998785;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:133,148:0.53:281
chr10	46998894	rs3127817	G	A	5155.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=2.399;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=574;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=83;NR=77;PP=2430;ReadPosRankSum=-0.431;SC=AGCTCCAGCCGCCCCGAGCCG;SOR=0.707;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=333;TCF=172;TCR=161;TR=160;WE=46998902;WS=46998884;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:314,257:0.45:571
chr10	46998995	rs4926045	C	G	5184.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.519;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=546;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.457;HP=1;HapScore=4;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=76;NR=95;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.633;SC=GAGGCCAGAGCTCCGCAAGAC;SOR=0.837;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=351;TCF=169;TCR=182;TR=171;WE=46999007;WS=46998985;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:291,250:0.46:541
chr10	46998999	rs3127818	G	A	10640.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.489;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=549;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.037;HP=3;HapScore=4;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=90;NR=84;PP=2962;ReadPosRankSum=0.965;SC=CCAGAGCTCCGCAAGACTGCC;SOR=0.549;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=342;TCF=162;TCR=180;TR=174;WE=46999007;WS=46998985;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:253,292:0.54:545
chr10	46999019	rs3127819	G	A	6509.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.234;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=567;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.742;HP=2;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=95;NR=91;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.614;SC=CAGCAGCACCGTGTGGCAGGC;SOR=0.636;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=350;TCF=169;TCR=181;TR=186;WE=46999038;WS=46999009;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:245,316:0.56:561
chr10	46999030	rs4925989	C	T	5062.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.676;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=570;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.104;HP=2;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=73;NR=84;PP=2962;ReadPosRankSum=0.459;SC=TGTGGCAGGCCCAGCTGGGCG;SOR=0.733;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=355;TCF=173;TCR=182;TR=157;WE=46999038;WS=46999009;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:318,249:0.44:567
chr10	46999151	rs3127820	T	C	4220.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.913;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=401;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.754;HP=4;HapScore=2;MGOF=37;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=67;NR=85;PP=2084;ReadPosRankSum=-0.619;SC=AGGCCACTGGTGGAGCAGCAC;SOR=0.875;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=291;TCF=136;TCR=155;TR=152;WE=46999159;WS=46999141;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:194,201:0.51:395
chr10	46999178	rs7090312	A	C	3971.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.930;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=353;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.265;HP=4;HapScore=4;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=67;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.912;SC=CAATGTGTCCACCATGGGCGG;SOR=0.607;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=263;TCF=126;TCR=137;TR=132;WE=46999206;WS=46999168;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:162,187:0.54:349
chr10	46999189	rs3127678	C	T	6022.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.823;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=363;ExcessHet=3.0103;FS=3.378;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.68;ReadPosRankSum=1.418;SOR=0.844;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:196,165:0.46:361
chr10	46999190	rs3127679	A	G	12602.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=361;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=35.11;SOR=0.756;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,359:1.00:359
chr10	46999198	rs3127680	G	T	6043.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.557;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=357;ExcessHet=3.0103;FS=2.250;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.98;ReadPosRankSum=-0.034;SOR=0.823;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:190,166:0.47:356
chr10	46999465	rs3127682	A	G	3593.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.268;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=327;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.312;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=2.921;NF=59;NR=57;PP=1787;ReadPosRankSum=0.734;SC=GTCAGTTGTCAGTGCCACCAC;SOR=0.633;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=224;TCF=110;TCR=114;TR=116;WE=46999473;WS=46999455;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:156,169:0.52:325
chr10	46999484	rs11204658	G	T	3124.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-2.713;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=309;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-4.483;NF=47;NR=52;PP=1541;ReadPosRankSum=-2.538;SC=ACTAGACCTGGGGGACACAAC;SOR=0.708;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=206;TCF=101;TCR=105;TR=99;WE=46999492;WS=46999474;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:158,149:0.49:307
chr10	46999577	rs11204659	G	T	3442.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.309;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=379;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.199;HP=1;HapScore=4;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-5.327;NF=59;NR=45;PP=2962;ReadPosRankSum=2.414;SC=GCCCCCAGCTGCTCTACTCTG;SOR=0.828;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=225;TCF=123;TCR=102;TR=104;WE=46999612;WS=46999567;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:214,163:0.43:377
chr10	46999591	rs112620425	C	CATGAGGGAG	4787.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.279;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=384;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.720;HP=2;HapScore=4;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=5.456;NF=18;NR=47;PP=2954;ReadPosRankSum=0.067;SC=TACTCTGTGGCATGAGGGAGG;SOR=0.605;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=172;TCF=60;TCR=112;TR=65;WE=46999612;WS=46999567;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:168,193:0.53:361
chr10	46999596	rs7895979	G	A	6526.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.178;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=409;ExcessHet=3.0103;FS=1.750;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.79;MQRankSum=-5.135;QD=16.12;ReadPosRankSum=-0.521;SOR=0.861;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:223,182:0.45:405
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chr10	46999732	rs4579877	G	A	5354.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.721;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=499;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-1.754;NF=76;NR=82;PP=2606;ReadPosRankSum=-0.694;SC=GGTTGTCTGGGGGGCTCCCTG;SOR=0.675;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=322;TCF=154;TCR=168;TR=158;WE=46999740;WS=46999722;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:245,251:0.51:496
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chr10	46999922	rs4926046	G	T	591.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.199;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=268;ExcessHet=3.0103;FS=3.695;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.23;ReadPosRankSum=0.243;SOR=0.943;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:217,48:0.18:265
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chr10	47000071	rs4244614	G	A	5255.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=1.123;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=447;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.109;HP=1;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=75;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.563;SC=ACGGAGCTGCGGTGGACCTGG;SOR=0.811;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=248;TCF=116;TCR=132;TR=134;WE=47000087;WS=47000061;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:194,250:0.56:444
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chr10	47000146	rs3127684	C	T	2434.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.059;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=295;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=32;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=47;PP=1052;ReadPosRankSum=-0.234;SC=AGCGGGCGCCCGCCAGCGAGG;SOR=0.694;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=173;TCF=62;TCR=111;TR=73;WE=47000154;WS=47000136;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:164,125:0.43:289
chr10	47000188	rs3127824	A	G	4331.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=34;NR=73;PP=2376;SC=GGAGGGGGCCACTGCGGGCTG;SOR=1.364;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=107;TCF=34;TCR=73;TR=107;WE=47000196;WS=47000178;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,155:1.00:155
chr10	47000239	rs7912299	C	T	436.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=3.090;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=14;PP=288;ReadPosRankSum=2.143;SC=GCGGCTGCTCCGGCGCGGCCC;SOR=0.790;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=53;TCF=14;TCR=39;TR=18;WE=47000247;WS=47000229;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,22:0.34:65
chr10	47087371	rs1048156	G	A	1083.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.978;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=662;ExcessHet=3.0103;FS=0.694;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.68;ReadPosRankSum=-0.403;SOR=0.634;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:536,111:0.17:647
chr10	47087474	rs1129838	C	T	11585.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.122;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=639;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.643;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=156;NR=167;PP=2962;ReadPosRankSum=1.279;SC=GGGCTTCATCCTGGTCTGTTA;SOR=0.703;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=408;TCF=198;TCR=210;TR=323;WE=47087482;WS=47087464;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:133,504:0.79:637
chr10	47087501	rs3824733	C	T	3605.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.617;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=658;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.880;HP=3;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=71;NR=85;PP=1993;ReadPosRankSum=0.236;SC=CATCTACCGGCGCCTGCAGAG;SOR=0.740;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=431;TCF=213;TCR=218;TR=156;WE=47087509;WS=47087491;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:441,212:0.32:653
chr10	47087608	rs1936339	T	C	16796.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=631;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=222;NR=208;PP=2965;SC=TGGCCTTTGCTGTGCTCTGGC;SOR=0.739;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=430;TCF=222;TCR=208;TR=430;WE=47087616;WS=47087598;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,620:1.00:620
chr10	47087680	rs1048157	C	T	13236.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.938;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=692;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.500;HP=3;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.455;NF=207;NR=171;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.612;SC=CCATCTGCCACGGGAACCTCA;SOR=0.757;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=469;TCF=249;TCR=220;TR=378;WE=47087688;WS=47087670;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:115,566:0.83:681
chr10	47087731	rs1048158	C	T	15531.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.278;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=833;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.709;HP=2;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQ=60.01;MQRankSum=0.457;NF=219;NR=200;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.325;SC=CCTCCACCTGCGTCAACCCAT;SOR=0.753;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=510;TCF=264;TCR=246;TR=419;WE=47087739;WS=47087721;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:139,676:0.83:815
chr10	47087830	rs1129839	G	A	12837.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.289;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=659;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=130;NR=215;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.243;SC=TGGAGGAGTCGGAGCATCTGC;SOR=0.694;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=408;TCF=155;TCR=253;TR=345;WE=47087838;WS=47087820;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:103,552:0.84:655
chr10	47405767	rs199589563	T	A	84.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.803;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=39.65;MQRankSum=0.366;QD=10.60;ReadPosRankSum=-1.068;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,4:0.50:8
chr10	47416867	rs28407202	G	A	654.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.267;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=963;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.60;MQRankSum=0.630;QD=0.68;ReadPosRankSum=-0.576;SOR=0.718;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:826,136:0.14:962
chr10	47663461	rs4074140	G	A	753.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=2.153;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.992;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=24;PP=584;ReadPosRankSum=0.491;SC=GGGTGGGCGTGGGAGTCCTTC;SOR=1.675;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=36;TCF=6;TCR=30;TR=28;WE=47663469;WS=47663451;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,29:0.74:39
chr10	47664973	rs41284475	A	G	3816.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.949;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=272;ExcessHet=3.0103;FS=3.604;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.04;MQRankSum=-1.308;QD=14.40;ReadPosRankSum=1.895;SOR=0.932;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:97,168:0.63:265
chr10	47667164	rs4076960	C	T	173.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-2.697;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=0;PP=57;ReadPosRankSum=1.133;SC=GGAGGACTGGCGCAAAGAACA;SOR=1.179;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=15;TCR=1;TR=5;WE=47667172;WS=47667160;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,8:0.40:20
chr10	47667380	rs4076959	C	T	2105.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.615;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=271;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.466;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=38;PP=891;ReadPosRankSum=-0.720;SC=AACCCTAACCCTAACCTACAA;SOR=0.913;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=156;TCF=69;TCR=87;TR=64;WE=47667388;WS=47667370;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:154,107:0.41:261
chr10	47667508	rs34058224	C	A	540.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-1.825;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=16;PP=351;ReadPosRankSum=0.071;SC=TGCCGTCCCCCTGGTGGTCCT;SOR=1.008;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=33;TCF=7;TCR=26;TR=20;WE=47667516;WS=47667498;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,23:0.61:38
chr10	47668707	rs4409768	T	C	210.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.386;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.76;ReadPosRankSum=-0.152;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:43,13:0.23:56
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chr10	47668721	rs4570521	G	A	129.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-2.339;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=8;PP=584;ReadPosRankSum=0.441;SC=GTAATTCCAAGCAGGTAACCA;SOR=0.527;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=37;TCF=5;TCR=32;TR=9;WE=47668729;WS=47668697;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,9:0.23:39
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chr10	47669320	rs113650392	G	A	253.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.315;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=3.872;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.23;MQRankSum=-3.891;QD=6.19;ReadPosRankSum=-1.039;SOR=1.508;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,9:0.22:41
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chr10	47673864	rs57149643	C	A	3853.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.583;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FS=0.705;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=27.53;ReadPosRankSum=1.291;SOR=0.590;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:40,100:0.71:140
chr10	47677955	rs6602879	A	G	1477.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.493;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.586;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=17;PP=779;ReadPosRankSum=0.263;SC=CCACAGGGTCAGCCCTGCATG;SOR=0.520;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=86;TCF=61;TCR=25;TR=53;WE=47677963;WS=47677945;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,71:0.60:118
chr10	47680513	rs10572939	GCC	G	509.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.133;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.952;HP=6;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-2.161;NF=0;NR=16;PP=394;ReadPosRankSum=2.128;SC=ACATGTGACTGCCCCCCGTGA;SOR=1.852;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=53;TCF=1;TCR=52;TR=16;WE=47680522;WS=47680503;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,17:0.30:57
chr10	47701275	rs10906952	G	A	1845.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.550;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=478;ExcessHet=3.0103;FS=4.924;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.15;ReadPosRankSum=-0.796;SOR=1.190;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:324,121:0.27:445
chr10	47701302	rs7091749	G	C	7995.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.64;DB;DP=351;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=36;NR=159;PP=2965;SC=CACTCCCCCCGTCAGAGCCCA;SOR=4.047;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=196;TCF=37;TCR=159;TR=195;WE=47701310;WS=47701292;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,321:1.00:321
chr10	47756004	rs3013885	T	C	3120.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=50;NR=39;PP=1774;SC=AGCTGGCCTGTCTTACAGAGC;SOR=0.960;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=89;TCF=50;TCR=39;TR=89;WE=47756012;WS=47755994;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr10	47756145	rs200192962	T	C	1845.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=22;NR=35;PP=864;SC=ATCTGGACTCTGGCTCCTCTG;SOR=1.257;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=57;TCF=22;TCR=35;TR=57;WE=47756153;WS=47756135;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr10	48370595	rs11204210	G	A	1126.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.435;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=19;PP=579;ReadPosRankSum=0.671;SC=TGGCAGCTGGGAAGGGAGCCC;SOR=0.714;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=130;TCF=73;TCR=57;TR=42;WE=48370603;WS=48370585;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:147,68:0.32:215
chr10	48386110	rs2070706	T	C	495.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.097;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=15;PP=256;ReadPosRankSum=0.177;SC=GCAGGCGCCATGGGAAATATT;SOR=1.092;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=25;TCF=3;TCR=22;TR=16;WE=48386118;WS=48386100;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,23:0.68:34
chr10	48389247	rs41284962	C	T	1380.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.619;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.509;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=22;PP=418;ReadPosRankSum=-0.920;SC=CGTGGCGGTGCGGTGGCTGGT;SOR=0.770;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=148;TCF=73;TCR=75;TR=42;WE=48389255;WS=48389237;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:150,79:0.34:229
chr10	48390890	rs41284964	G	A	611.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.088;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FS=1.522;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.08;ReadPosRankSum=1.725;SOR=0.882;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:111,39:0.26:150
chr10	48414570	rs7923671	A	G	1134.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=24;PP=681;SC=GTCTGTTTCCATGACACTGAA;SOR=1.845;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=7;TCR=24;TR=31;WE=48414578;WS=48414560;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr10	48426798	rs743509	C	T	1721.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=7;NR=44;PP=1143;SC=ACCTCAGCTCCGCCCTCACCC;SOR=2.910;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=52;TCF=7;TCR=45;TR=51;WE=48426806;WS=48426788;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr10	48429650	rs2236723	G	A	1633.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=13;NR=31;PP=832;SC=AGGAGCAAACGCCCACCGATC;SOR=1.688;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=46;TCF=13;TCR=33;TR=44;WE=48429658;WS=48429640;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr10	48438734	rs1126827	C	T	1941.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=18;NR=25;PP=710;SC=CGGCAAAGGGCCGAAGTCCAG;SOR=1.022;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=43;TCF=18;TCR=25;TR=43;WE=48438742;WS=48438724;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr10	49392575	rs931743	C	G	2770.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-1.155;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=23;PP=1820;ReadPosRankSum=1.606;SC=AACAGGGGAGCCTCTTAAGCT;SOR=0.859;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=89;TCF=65;TCR=24;TR=87;WE=49392583;WS=49392565;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,98:0.99:99
chr10	49419975	rs17770021	C	T	236.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-2.427;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.917;HP=2;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=3;PP=77;ReadPosRankSum=1.497;SC=CAACACCTCTCTCCAGGTCAG;SOR=0.169;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=23;TCF=18;TCR=5;TR=9;WE=49419983;WS=49419965;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,13:0.45:29
chr10	49420008	rs1864345	T	C	1329.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=26;NR=11;PP=642;SC=CTCAAGAACTTCAGCTCAGCA;SOR=1.270;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=39;TCF=26;TCR=13;TR=37;WE=49420016;WS=49419998;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr10	49420066	rs17011019	A	G	408.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.424;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=7;PP=164;ReadPosRankSum=-0.985;SC=CTGAGACTTCAACCTGGACCC;SOR=0.760;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=67;TCF=39;TCR=28;TR=18;WE=49420074;WS=49420056;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,28:0.29:95
chr10	49420205	rs72792229	C	T	955.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=1.160;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=19;PP=506;ReadPosRankSum=-1.890;SC=GGCCGGGGGACTCTGAGAGGA;SOR=0.686;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=51;TCF=19;TCR=32;TR=30;WE=49420213;WS=49420195;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,42:0.63:67
chr10	49440346	rs6537556	C	T	3193.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.833;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=41;PP=1267;ReadPosRankSum=-0.955;SC=AAAACAACAACAGTATCAATT;SOR=1.004;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=64;TCF=23;TCR=41;TR=63;WE=49440354;WS=49440336;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,123:0.98:125
chr10	49446204	rs905184	T	C	598.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-2.225;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.718;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=21;PP=405;ReadPosRankSum=-1.242;SC=CACTTAGCAATGGCAAGGGCT;SOR=1.270;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=36;TCF=5;TCR=31;TR=23;WE=49446212;WS=49446194;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,27:0.66:41
chr10	49446236	rs78304649	C	T	444.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=4.158;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=16;PP=357;ReadPosRankSum=1.820;SC=AAAGACCACCCGCACAGGGGC;SOR=1.358;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=26;TCF=2;TCR=24;TR=17;WE=49446244;WS=49446226;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,17:0.63:27
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chr10	49450443	rs280612	A	G	1625.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=3.028;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=47;PP=1157;ReadPosRankSum=-0.241;SC=CAGAGCTGCCACTACGAGGCC;SOR=0.688;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=75;TCF=11;TCR=64;TR=55;WE=49450451;WS=49450433;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,61:0.74:82
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chr10	49659691	rs115507432	C	A	1811.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.236;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=14.369;HP=3;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=61;PP=1485;ReadPosRankSum=1.228;SC=ACACAATGCACCCCGCCCACC;SOR=2.376;SbPval=0.98;Source=Platypus;TC=111;TCF=33;TCR=78;TR=72;WE=49659699;WS=49659681;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,85:0.77:110
chr10	49661341	rs7092959	A	G	3281.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=55;NR=37;PP=1689;SC=TACACCTCCCACTTACCTTCC;SOR=0.958;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=92;TCF=55;TCR=37;TR=92;WE=49661349;WS=49661331;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr10	49662884	rs11101327	A	G	478.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=9;PP=445;SC=TCCCCCACCCAAGCAGGATGC;SOR=0.874;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=20;TCF=11;TCR=9;TR=18;WE=49662892;WS=49662874;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr10	49663184	rs72796308	G	A	938.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.61;BaseQRankSum=-1.516;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=13;PP=245;ReadPosRankSum=-0.744;SC=TGTGCTGTGGGGGGGAAGAGG;SOR=0.674;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=36;TCF=8;TCR=28;TR=15;WE=49663192;WS=49663174;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,45:0.56:80
chr10	49667713	rs1867575	G	A	13465.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=516;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=178;NR=128;PP=2965;SC=CCTTACCCCCGATCACAAGCT;SOR=0.897;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=306;TCF=178;TCR=128;TR=306;WE=49667721;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,514:1.00:514
chr10	49667795	rs3853761	T	C	10487.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.693;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=414;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=119;NR=154;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.825;SC=TGGCCTGGCCTGGCATGCGGA;SOR=0.919;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=275;TCF=120;TCR=155;TR=273;WE=49667803;WS=49667785;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,410:1.00:412
chr10	49687556	rs4240511	A	C	1110.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=25;NR=10;PP=762;SC=CTGCTGTGAGAAGCACAGGAT;SOR=1.730;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=35;TCF=25;TCR=10;TR=35;WE=49687564;WS=49687546;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr10	49687594	rs4838601	G	A	2194.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=35;NR=23;PP=1092;SC=AGTGAGCAGGGTCTTTGGGGC;SOR=1.022;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=58;TCF=35;TCR=23;TR=58;WE=49687602;WS=49687584;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr10	49687800	rs4080665	G	A	428.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=2.932;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=18.430;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=11;PP=275;ReadPosRankSum=0.393;SC=CCCGCTCCCCGGCACCACCTG;SOR=0.951;SbPval=0.07;Source=Platypus;TC=60;TCF=37;TCR=23;TR=18;WE=49687808;WS=49687790;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,21:0.31:67
chr10	49687964	rs4240513	A	C	12779.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.630;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=296;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=43.17;ReadPosRankSum=1.110;SOR=0.778;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,294:0.99:296
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chr10	49688014	rs4838602	C	A	6734.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.657;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=264;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=86;NR=94;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.575;SC=TTTTTCCCTTCGTCTCACTTT;SOR=0.791;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=183;TCF=88;TCR=95;TR=180;WE=49688022;WS=49688004;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,256:0.99:258
chr10	49690351	rs1445157	T	C	7906.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.709;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=306;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=98;NR=74;PP=2965;ReadPosRankSum=2.984;SC=GTTCATTCTTTTGCATATGCA;SOR=0.852;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=178;TCF=98;TCR=80;TR=172;WE=49690359;WS=49690341;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,296:0.99:298
chr10	49701384	rs11812546	G	A	2512.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.791;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.346;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=31;PP=1234;ReadPosRankSum=0.555;SC=ACCTGGTTGCGGCCACCAAAC;SOR=0.543;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=102;TCF=65;TCR=37;TR=77;WE=49701392;WS=49701374;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,115:0.69:166
chr10	49701445	rs9663545	C	T	971.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.443;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FS=1.809;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.32;ReadPosRankSum=0.334;SOR=0.831;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:162,63:0.28:225
chr10	49732141	rs7089439	C	T	1314.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.68;BaseQRankSum=-0.731;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.565;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=14;PP=357;ReadPosRankSum=0.056;SC=TGCAGCAGCACAGCCCCATGG;SOR=0.552;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=38;TCF=17;TCR=21;TR=28;WE=49732149;WS=49732131;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,65:0.61:107
chr10	49763418	rs6143892	GAGGAGTGTCACGA	G	426.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-0.157;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.873;NF=4;NR=2;PP=2257;ReadPosRankSum=-1.581;SC=GCTCCTGCGGGAGGAGTGTCA;SOR=0.741;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=14;TCF=9;TCR=5;TR=6;WE=49763438;WS=49763408;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,12:0.63:19
chr10	49763618	rs1838570	C	T	1551.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.474;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FS=0.612;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.56;ReadPosRankSum=2.935;SOR=0.601;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:67,80:0.54:147
chr10	49763677	rs1838569	A	C	993.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.179;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=4;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=21;PP=950;ReadPosRankSum=-0.491;SC=TGGAGAGGAGAGGTTAGGACC;SOR=0.704;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=56;TCF=21;TCR=35;TR=34;WE=49763698;WS=49763667;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,49:0.58:85
chr10	49763690	rs1838568	G	C	888.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.503;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=4;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=18;PP=950;ReadPosRankSum=-0.954;SC=TTAGGACCTGGGGCCCTCCAG;SOR=0.668;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=49;TCF=19;TCR=30;TR=30;WE=49763698;WS=49763667;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,43:0.58:74
chr10	49763709	rs1445148	T	A	910.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.877;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=1.201;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.97;ReadPosRankSum=-0.381;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,26:0.54:48
chr10	49763717	rs7098068	C	T	910.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.453;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=20.70;ReadPosRankSum=0.584;SOR=0.906;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,22:0.50:44
chr10	49790972	rs2289808	C	T	2597.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.552;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.405;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=33;PP=1472;ReadPosRankSum=1.371;SC=ACGATGCCCACGGCACACCGG;SOR=0.449;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=127;TCF=84;TCR=43;TR=90;WE=49790980;WS=49790962;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,113:0.73:155
chr10	49804554	rs10776627	A	G	2470.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=42;NR=34;PP=1839;SC=CCTCACTGAGAGGTGGAGTGT;SOR=0.934;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=76;TCF=42;TCR=34;TR=76;WE=49804562;WS=49804544;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr10	49804785	rs10745280	T	G	4594.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=41;NR=78;PP=2574;SC=CCCATTCTGGTGTCTCTCTCG;SOR=1.234;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=119;TCF=41;TCR=78;TR=119;WE=49804793;WS=49804775;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,167:1.00:167
chr10	49860130	rs2377612	G	C	542.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.934;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=3;PP=234;ReadPosRankSum=-0.566;SC=CCATTTCCAGGAGCTGAAGGA;SOR=0.756;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=23;TCF=18;TCR=5;TR=12;WE=49860138;WS=49860120;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,23:0.64:36
chr10	49860153	rs2377613	G	A	683.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.452;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.234;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=5;PP=335;ReadPosRankSum=0.361;SC=TCAGAACCCTGACCACAGATG;SOR=0.973;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=32;TCF=24;TCR=8;TR=19;WE=49860161;WS=49860143;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,30:0.64:47
chr10	49860258	rs2377614	A	G	1852.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.098;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.708;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=18;PP=880;ReadPosRankSum=0.164;SC=TTTCCCACATAGAACATAAAA;SOR=0.622;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=89;TCF=59;TCR=30;TR=55;WE=49860266;WS=49860248;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,84:0.66:127
chr10	49929491	rs10857625	A	C	2961.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.873;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.696;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=57;PP=1580;ReadPosRankSum=-0.518;SC=GGGTGGTGGCATATCCCAAGA;SOR=0.906;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=119;TCF=42;TCR=77;TR=88;WE=49929499;WS=49929481;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,128:0.67:192
chr10	49944315	rs1871600	A	T	356.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=11;PP=312;SC=TTTCTTTGCAACATACAGTCC;SOR=3.611;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=12;TCF=1;TCR=11;TR=12;WE=49944323;WS=49944305;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr10	49968577	.	C	T	558.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.449;ClippingRankSum=0.000;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.345;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=14;PP=280;ReadPosRankSum=1.441;SC=TCCTTTTGTCCGTGTCTTCAG;SOR=1.158;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=32;TCF=10;TCR=22;TR=20;WE=49968585;WS=49968567;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,26:0.63:41
chr10	49983890	rs1871604	G	T	4169.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=38;NR=84;PP=2581;SC=TTAATGGGAAGTAAAAGATGA;SOR=1.517;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=122;TCF=38;TCR=84;TR=122;WE=49983898;WS=49983880;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,151:1.00:151
chr10	50013402	rs2170132	T	C	10096.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.642;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=385;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=97;NR=118;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.215;SC=CTCCAAGATCTCCACCATCAT;SOR=0.797;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=218;TCF=98;TCR=120;TR=215;WE=50013410;WS=50013392;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,381:0.99:383
chr10	50025396	rs7097397	G	A	12837.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.787;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=492;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQ=60.02;MQRankSum=0.097;NF=139;NR=152;PP=2965;ReadPosRankSum=0.598;SC=CCAGCGTGGCGAGCCCCGGAG;SOR=0.736;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=294;TCF=140;TCR=154;TR=291;WE=50025404;WS=50025386;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,480:1.00:482
chr10	50030730	rs10857651	G	A	685.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=4;NR=16;PP=423;SC=TTAGTCCCAGGTAATACCTGG;SOR=2.215;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=4;TCR=16;TR=20;WE=50030738;WS=50030720;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr10	50038720	rs3747875	G	T	726.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=18;NR=3;PP=498;SC=GCCATCCTGAGTGTGCCATGT;SOR=2.584;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=18;TCR=3;TR=21;WE=50038728;WS=50038710;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr10	50038800	rs3747874	A	G	2658.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=32;NR=24;PP=1137;SC=TGGTGGCACAAAGGCAGCAGA;SOR=0.892;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=56;TCF=32;TCR=24;TR=56;WE=50038808;WS=50038790;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr10	50040562	rs3747873	A	G	10030.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.784;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=373;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=162;NR=98;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.146;SC=AGCTAGCTATAAAAATAGTGT;SOR=1.106;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=262;TCF=163;TCR=99;TR=260;WE=50040570;WS=50040552;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,371:0.99:373
chr10	50040610	rs3747872	T	G	14783.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.966;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=560;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=206;NR=148;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.335;SC=TTGCTTCCCTTCCCTCAGCAT;SOR=0.622;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=361;TCF=209;TCR=152;TR=354;WE=50040618;WS=50040600;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:5,553:0.99:558
chr10	50075216	rs56031039	A	AAAAATAAAATAAAAT	434.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.9993;FS=0.000;HP=5;HapScore=3;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=0;PP=54;SC=CTGTGTCTCAAAAAATAAAAT;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=2;TCR=2;TR=1;WE=50075224;WS=50075206;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr10	50075461	rs2663019	G	A	565.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=4;NR=14;PP=384;SC=TAATTGGAAGGGCCTTTGGTT;SOR=2.093;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=4;TCR=14;TR=18;WE=50075469;WS=50075451;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr10	50083111	rs2620881	T	C	4646.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.501;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.82;ReadPosRankSum=-0.507;SOR=0.246;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,179:0.99:180
chr10	50085267	rs1904595	C	G	825.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=6;NR=12;PP=354;SC=ATTGCAATAGCCTTTAAGATT;SOR=1.214;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=18;TCF=6;TCR=12;TR=18;WE=50085275;WS=50085257;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr10	50108145	rs2671693	G	C	304.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=7;NR=3;PP=146;SC=TCAAAAGGACGACCCAGGAAG;SOR=1.445;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=7;TCR=3;TR=10;WE=50108153;WS=50108135;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr10	50109902	rs2663046	G	A	4535.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=55;NR=62;PP=2036;SC=GACACCCTCAGTCTAAGGTAA;SOR=0.813;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=118;TCF=55;TCR=63;TR=117;WE=50109910;WS=50109892;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,174:1.00:174
chr10	50110015	rs7068839	A	T	670.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-1.926;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=21;PP=485;ReadPosRankSum=-0.586;SC=CATGCCCAACAGTTTCCCTCA;SOR=3.611;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=23;TCF=1;TCR=22;TR=22;WE=50110023;WS=50110005;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,24:0.96:25
chr10	50121784	rs10776653	T	C	5743.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=81;NR=72;PP=2820;SC=GGGCCCCCAGTGTGGTGGGCA;SOR=0.740;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=155;TCF=83;TCR=72;TR=153;WE=50121792;WS=50121766;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,215:1.00:215
chr10	50122181	rs7094610	C	A	3633.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=35;NR=47;PP=1584;SC=GCCCTTGGGGCCTTTCTCACC;SOR=0.985;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=82;TCF=35;TCR=47;TR=82;WE=50122189;WS=50122171;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,138:1.00:138
chr10	50149674	rs2671717	A	G	1353.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=31;NR=10;PP=996;SC=GGGTGGGGCAAGAAGAGCTGG;SOR=2.059;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=41;TCF=31;TCR=10;TR=41;WE=50149682;WS=50149664;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr10	50154768	rs2663066	A	T	2188.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=47;NR=12;PP=1410;SC=TGAATGTTTTACTTTAGGTCT;SOR=2.271;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=59;TCF=47;TCR=12;TR=59;WE=50154776;WS=50154758;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr10	50155036	.	TAC	T	242.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.591;ClippingRankSum=0.000;DP=84;ExcessHet=3.0103;FS=5.872;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.58;ReadPosRankSum=-2.134;SOR=0.156;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,16:0.30:53
chr10	50165411	rs3750867	T	C	1980.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=16;NR=55;PP=1397;SC=CAACATCATCTGGACCTTTGC;SOR=2.400;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=71;TCF=16;TCR=55;TR=71;WE=50165419;WS=50165401;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr10	50186317	rs2292585	G	A	7576.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=298;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.77;SOR=0.792;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,294:1.00:294
chr10	50190923	rs61366126	G	GA	692.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.381;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.16;MQRankSum=0.541;QD=13.32;ReadPosRankSum=-0.365;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,38:0.73:52
chr10	50227785	rs1913525	T	C	1785.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=23;NR=26;PP=947;SC=TCAGCTCCAGTTCGGCATAGG;SOR=0.784;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=49;TCF=23;TCR=26;TR=49;WE=50227793;WS=50227775;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr10	50227870	rs1913524	C	T	1086.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=7;NR=19;PP=518;SC=ACCACAGGAGCTCTACATCAC;SOR=1.387;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=7;TCR=19;TR=26;WE=50227878;WS=50227860;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr10	50227927	rs1913523	C	A	273.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=35;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=0;NR=8;PP=204;SC=TGGGATTCAGCGAGGGATAAG;SOR=3.056;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=8;WE=50227935;WS=50227917;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr10	50256803	rs117907996	G	T	71.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.429;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=6.52;ReadPosRankSum=-1.354;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,4:0.36:11
chr10	50339754	rs73302786	G	T	2824.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.433;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=580;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.565;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=54;PP=1296;ReadPosRankSum=0.677;SC=CCAGCTGTTGGTCATGTGCTT;SOR=0.634;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=361;TCF=199;TCR=162;TR=115;WE=50339762;WS=50339744;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:396,176:0.31:572
chr10	50339962	rs75297145	A	T	1208.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.370;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=268;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=30;PP=631;ReadPosRankSum=0.256;SC=GCAGCACTCCAGCAGGTCTAT;SOR=0.709;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=183;TCF=83;TCR=100;TR=53;WE=50339970;WS=50339952;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:194,73:0.27:267
chr10	50342079	rs7097375	G	A	280.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.295;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=10;PP=173;ReadPosRankSum=0.695;SC=GCTCCCCATGGTCGCTAAGAT;SOR=0.631;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=26;TCF=6;TCR=20;TR=13;WE=50342087;WS=50342069;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,14:0.42:33
chr10	50374819	rs9418839	T	C	981.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.739;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.058;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=18;PP=524;ReadPosRankSum=-1.558;SC=GGCTCTGCGCTTGTGGGTTCA;SOR=0.535;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=117;TCF=62;TCR=55;TR=36;WE=50374827;WS=50374809;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:114,54:0.32:168
chr10	50376106	rs2466756	A	C	1122.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=2.367;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.882;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=26;PP=564;ReadPosRankSum=-1.180;SC=CCATGTACCCACCAGGAGCAC;SOR=0.851;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=122;TCF=45;TCR=77;TR=38;WE=50376114;WS=50376096;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:140,64:0.31:204
chr10	50531604	rs7093235	T	C	4667.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=46;NR=66;PP=2222;SC=AGAACAGACTTGCAGCAGGGG;SOR=0.976;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=112;TCF=46;TCR=66;TR=112;WE=50531612;WS=50531594;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,174:1.00:174
chr10	50532683	rs7921186	T	C	3753.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=47;NR=42;PP=1886;SC=CAGAAATTCTTCCCAGGGCCC;SOR=0.783;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=91;TCF=47;TCR=44;TR=89;WE=50532691;WS=50532673;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,138:1.00:138
chr10	50533617	rs2377940	T	C	14186.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=547;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=165;NR=163;PP=2965;SC=TACCCGAGGGTGACATAGAAG;SOR=0.723;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=330;TCF=165;TCR=165;TR=328;WE=50533625;WS=50533607;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,536:1.00:536
chr10	50533776	rs10857471	C	G	4535.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.744;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=328;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.389;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=70;NR=74;PP=2371;ReadPosRankSum=-1.330;SC=CCGGCTCCCCCGGGGAGAGCA;SOR=0.608;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=225;TCF=108;TCR=117;TR=144;WE=50533784;WS=50533766;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:114,203:0.64:317
chr10	50534599	rs10857472	G	A	5838.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.308;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=434;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=92;NR=94;PP=2962;ReadPosRankSum=0.388;SC=GCTGTACCCCGGCTTCCAGCC;SOR=0.684;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=285;TCF=143;TCR=142;TR=186;WE=50534607;WS=50534589;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:164,264:0.62:428
chr10	50534862	rs12411843	T	C	1867.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.101;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=289;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.449;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=42;PP=865;ReadPosRankSum=1.916;SC=TCTCCACTGATGACCTAGAGG;SOR=0.726;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=179;TCF=77;TCR=102;TR=73;WE=50534870;WS=50534852;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:179,102:0.36:281
chr10	50534969	.	A	AACACACAC	1245.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;QD=69.21;SOR=1.270;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr10	50535186	rs71500272	C	T	300.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.260;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=5.295;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.99;ReadPosRankSum=1.066;SOR=0.198;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,17:0.40:43
chr10	50594509	rs12261515	C	A	150.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-0.266;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.739;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=0;PP=26;ReadPosRankSum=-0.454;SC=CCAGCCCAGCCGAACCCAAAC;SOR=1.306;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=15;TCR=6;TR=5;WE=50594517;WS=50594499;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,9:0.32:28
chr10	50666808	rs4253231	A	G	1189.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.918;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.075;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=8;PP=548;ReadPosRankSum=-3.385;SC=TAAATTAATAATCAGAAATGC;SOR=0.387;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=65;TCF=49;TCR=16;TR=33;WE=50666816;WS=50666798;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,53:0.59:90
chr10	50681033	rs2229760	G	A	683.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.108;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.446;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.563;NF=15;NR=15;PP=285;ReadPosRankSum=-0.970;SC=CACCTAAGCCGCCCACCCGCG;SOR=0.620;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=102;TCF=55;TCR=47;TR=30;WE=50681041;WS=50681023;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:103,43:0.29:146
chr10	50683438	rs4838522	T	C	1717.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.403;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.677;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=25;PP=793;ReadPosRankSum=2.266;SC=TAGTTTGCATTCCCTTTCCTG;SOR=0.425;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=69;TCF=39;TCR=30;TR=52;WE=50683446;WS=50683428;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,80:0.69:116
chr10	50686600	rs369906037	TA	T	36.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.260;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.50;ReadPosRankSum=-1.348;SOR=0.701;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:59,14:0.19:73
chr10	50691009	rs4240506	C	T	458.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=14;PP=364;SC=CACATTTACTCATCATTCTTG;SOR=3.258;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=16;TCF=2;TCR=14;TR=16;WE=50691017;WS=50690999;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr10	50691360	rs4253162	T	C	5453.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=89;NR=53;PP=2904;SC=TCTTCTCCACTTGGAAATCTC;SOR=1.140;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=142;TCF=89;TCR=53;TR=142;WE=50691368;WS=50691350;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,202:1.00:202
chr10	50701156	rs4253132	G	A	3822.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=62;NR=24;PP=1885;SC=CTGAAATATTGTGTTACCTTT;SOR=1.527;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=86;TCF=62;TCR=24;TR=86;WE=50701164;WS=50701146;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,140:1.00:140
chr10	50723684	rs4253073	G	A	11434.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=434;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=142;NR=145;PP=2965;SC=TGTAAGACCAGTTCGAAACAG;SOR=0.717;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=289;TCF=142;TCR=147;TR=287;WE=50723692;WS=50723674;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,427:1.00:427
chr10	50724016	rs4253072	C	T	7520.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=280;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=71;NR=120;PP=2965;SC=CAGTGGAACTCTGTCAATGTG;SOR=1.098;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=191;TCF=71;TCR=120;TR=191;WE=50724024;WS=50724006;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,278:1.00:278
chr10	50740876	rs2228524	G	C	12468.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.305;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=465;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=141;NR=147;PP=2965;ReadPosRankSum=0.611;SC=AACGAAAGGAGAGGTACTCCT;SOR=0.423;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=289;TCF=142;TCR=147;TR=288;WE=50740884;WS=50740866;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,455:0.99:458
chr10	50818762	rs1880675	C	T	1107.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=25;NR=2;PP=782;SC=CGGAGGCGTCCTCGGAAGAGC;SOR=3.383;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=27;TCF=25;TCR=2;TR=27;WE=50818770;WS=50818752;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr10	50820345	rs8187730	C	A	11290.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=430;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=120;NR=124;PP=2965;SC=CCTTTTGATGCGTGCGAGGAC;SOR=0.693;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=246;TCF=121;TCR=125;TR=244;WE=50820353;WS=50820335;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,426:1.00:426
chr10	50822192	rs7903315	G	C	89.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.523;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=7.48;ReadPosRankSum=-0.998;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,6:0.50:12
chr10	50822226	rs7923716	T	G	278.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.63;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=0;PP=37;SC=GGCGGGGAGCTGGGGAAGGGA;SOR=1.270;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=5;TCR=4;TR=5;WE=50822234;WS=50822216;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr10	50824117	rs1880676	G	A	2807.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-1.274;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.232;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=33;PP=1106;ReadPosRankSum=0.317;SC=GGAATGCAGAGATGAAGCACT;SOR=0.594;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=102;TCF=59;TCR=43;TR=75;WE=50824125;WS=50824107;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,133:0.70:190
chr10	50824619	rs3810950	G	A	6717.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-0.295;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=435;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.933;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=75;NR=71;PP=2513;ReadPosRankSum=-0.362;SC=CCGTAAGATGGCAGCAAAAAC;SOR=0.558;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=223;TCF=120;TCR=103;TR=146;WE=50824631;WS=50824609;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:128,304:0.70:432
chr10	50828506	rs1880677	G	A	6020.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=95;NR=53;PP=2965;SC=GACTGTTTGGGGGGATGTGAC;SOR=1.163;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=148;TCF=95;TCR=53;TR=148;WE=50828514;WS=50828496;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,224:1.00:224
chr10	50856652	rs4838544	G	A	3904.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.629;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=56;PP=1733;ReadPosRankSum=0.675;SC=GCTCAAGCACGTGTGAGTCTG;SOR=0.816;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=107;TCF=50;TCR=57;TR=105;WE=50856660;WS=50856642;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,153:0.99:155
chr10	50856772	rs10580502	TAC	T	387.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;QD=32.31;SOR=1.270;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr10	50863147	rs8178992	T	C	5402.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.533;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=389;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.813;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=78;NR=65;PP=2152;ReadPosRankSum=1.340;SC=GCAGGCTCCATCGAAGACTGG;SOR=0.631;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=229;TCF=126;TCR=103;TR=143;WE=50863155;WS=50863137;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:131,251:0.66:382
chr10	50863565	rs7076926	C	T	1648.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=1.850;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.795;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=49;PP=1090;ReadPosRankSum=0.868;SC=ATGGGCACCACGGCATAAGAC;SOR=0.944;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=95;TCF=24;TCR=71;TR=64;WE=50863573;WS=50863555;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,72:0.65:111
chr10	50863623	rs7094421	A	G	690.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=4.839;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=24;PP=564;ReadPosRankSum=0.000;SC=TGGCAAGGCCACTTCACCACT;SOR=1.547;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=36;TCF=0;TCR=36;TR=24;WE=50863631;WS=50863613;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,24:0.67:36
chr10	50887651	rs1153781	G	C	1513.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.047;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.687;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=21;PP=633;ReadPosRankSum=-1.084;SC=GGCCCCGCCCGGCGCGTAGCG;SOR=0.475;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=76;TCF=47;TCR=29;TR=51;WE=50887659;WS=50887641;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,71:0.67:106
chr10	50901809	rs1153797	T	G	442.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.062;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=4.777;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.07;ReadPosRankSum=0.285;SOR=0.239;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,21:0.52:40
chr10	50901938	rs1133837	C	T	1035.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.782;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.810;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=13;PP=369;ReadPosRankSum=0.508;SC=ACTTGGAGTTCGGTAAGCCCT;SOR=0.727;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=54;TCF=27;TCR=27;TR=27;WE=50901946;WS=50901928;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,50:0.57:87
chr10	50902469	rs2278561	T	G	1551.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=2.276;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.735;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=12;PP=777;ReadPosRankSum=0.612;SC=TAGTTAACATTTTACCAGCCC;SOR=1.013;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=71;TCF=46;TCR=25;TR=40;WE=50902477;WS=50902459;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,65:0.63:103
chr10	50902684	rs1055421	C	T	1395.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.353;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.682;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=30;PP=702;ReadPosRankSum=-2.199;SC=GTCGGCACAACAGCAGCTGCC;SOR=0.922;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=76;TCF=23;TCR=53;TR=40;WE=50902692;WS=50902674;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,63:0.60:105
chr10	50916484	rs1258236	A	G	4622.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.658;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=75;NR=37;PP=2434;ReadPosRankSum=-0.549;SC=CAGCCCGTGTAGGATGAAAGT;SOR=0.487;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=113;TCF=76;TCR=37;TR=112;WE=50916492;WS=50916474;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,166:0.99:167
chr10	50916542	rs4838554	C	T	3219.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=3.115;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=240;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.025;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=47;PP=1538;ReadPosRankSum=-0.688;SC=CTGACTTGTACTGTATTGGCC;SOR=0.606;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=155;TCF=82;TCR=73;TR=97;WE=50916550;WS=50916532;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,149:0.62:239
chr10	50916834	rs6537550	G	A	115.03	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.792;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=16.43;ReadPosRankSum=-0.566;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,6:0.86:7
chr10	50943186	rs1258256	C	T	484.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.119;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.788;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=7;PP=213;ReadPosRankSum=0.936;SC=AGCCCCTCTCCTGGGCAGGAG;SOR=0.781;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=74;TCF=47;TCR=27;TR=20;WE=50943194;WS=50943176;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,32:0.29:112
chr10	50944009	rs1258257	T	C	1134.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=33;NR=4;PP=854;SC=ATGGGACAGATGGAGCCAGGA;SOR=3.500;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=37;TCF=33;TCR=4;TR=37;WE=50944017;WS=50943999;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr10	50944613	rs1258258	C	T	1287.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.394;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.244;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=31;PP=615;ReadPosRankSum=-0.460;SC=CCCAGAGGGGCTGGGGCAGCT;SOR=0.589;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=134;TCF=48;TCR=86;TR=50;WE=50944621;WS=50944603;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:105,68:0.39:173
chr10	50947918	rs1258259	A	G	2326.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=20;NR=47;PP=1387;SC=CTTGCTGCACACAGTCACCAA;SOR=1.501;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=67;TCF=20;TCR=47;TR=67;WE=50947926;WS=50947908;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr10	50952851	rs1268723	C	T	430.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=1.951;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.935;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=17;PP=243;ReadPosRankSum=-0.584;SC=CGCAGCCAGACGCCCAGTCCA;SOR=0.976;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=82;TCF=24;TCR=58;TR=22;WE=50952859;WS=50952841;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,28:0.27:102
chr10	50960209	rs1258184	G	A	2741.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.517;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=472;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.398;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=38;PP=1227;ReadPosRankSum=-1.251;SC=CCCGCAGAGAGAGGGTGTTTT;SOR=0.644;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=272;TCF=132;TCR=140;TR=83;WE=50960217;WS=50960199;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:304,157:0.34:461
chr10	51051526	rs146508219	TGA	T	2317.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-1.395;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.097;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.568;NF=15;NR=16;PP=1282;ReadPosRankSum=1.197;SC=GTAGACAGAATGAGAGTGTGT;SOR=0.299;SbPval=0.26;Source=Platypus;TC=45;TCF=26;TCR=19;TR=31;WE=51051535;WS=51051516;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,59:0.78:76
chr10	51537292	rs4131357	C	A	290.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-1.147;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=13;PP=176;ReadPosRankSum=-0.335;SC=ACAATAGAGTCTTTTAATCTA;SOR=0.735;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=67;TCF=21;TCR=46;TR=17;WE=51537300;WS=51537282;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,21:0.24:89
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chr10	51540291	rs11006274	T	C	593.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.116;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.793;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=13;PP=278;ReadPosRankSum=-0.707;SC=CTGTGGGATCTCCCGCATGAA;SOR=0.591;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=68;TCF=27;TCR=41;TR=23;WE=51540299;WS=51540281;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,34:0.34:99
chr10	51549496	rs10993994	T	C	837.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.386;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=246;ExcessHet=3.0103;FS=4.147;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.43;ReadPosRankSum=1.485;SOR=0.780;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:181,63:0.26:244
chr10	51549545	rs4935176	G	T	5374.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=53;NR=78;PP=2504;SC=ATGCAGCTTTGCCTGGATGTA;SOR=1.004;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=131;TCF=53;TCR=78;TR=131;WE=51549553;WS=51549535;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,204:1.00:204
chr10	51568378	rs10761581	T	G	1005.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.259;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.257;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=25;PP=433;ReadPosRankSum=0.670;SC=GTTGACCACTTTTGCTCTAGC;SOR=1.265;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=102;TCF=43;TCR=59;TR=36;WE=51568386;WS=51568368;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:112,59:0.35:171
chr10	51573474	rs72795888	G	A	255.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=1.399;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.223;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=5;PP=121;ReadPosRankSum=-0.377;SC=TTTACAGACGGTCTAATGCAG;SOR=0.709;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=19;TCF=11;TCR=8;TR=10;WE=51573482;WS=51573464;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,15:0.35:43
chr10	51582894	rs41306524	C	T	1501.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.123;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-1.238;NF=20;NR=29;PP=757;ReadPosRankSum=2.527;SC=CCAGCACCGACCCCCAGGACT;SOR=0.760;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=76;TCF=32;TCR=44;TR=49;WE=51582902;WS=51582884;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,71:0.61:116
chr10	51583018	rs34542065	CATT	C	149.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-0.484;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.697;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.853;NF=0;NR=4;PP=110;ReadPosRankSum=-2.365;SC=TACTATGTGTCATTGTTAACT;SOR=1.112;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=2;TCR=14;TR=4;WE=51583028;WS=51583008;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,7:0.24:29
chr10	51592727	rs72797707	C	G	604.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-0.993;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.602;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=13;PP=341;ReadPosRankSum=0.296;SC=CACGGTGGCTCAGGTAATCCC;SOR=1.276;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=26;TCF=7;TCR=19;TR=16;WE=51592735;WS=51592717;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,24:0.71:34
chr10	51592744	rs10995796	T	G	181.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=2.518;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=6;PP=166;ReadPosRankSum=0.804;SC=TCCCAGCACTTCGGGAGGCCG;SOR=0.399;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=24;TCF=6;TCR=18;TR=9;WE=51592752;WS=51592734;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,9:0.32:28
chr10	51603257	.	T	TA	57.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.382;ClippingRankSum=0.000;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.39;MQRankSum=-0.576;QD=1.52;ReadPosRankSum=-0.741;SOR=0.818;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,9:0.24:38
chr10	51620317	rs200147310	A	G	223.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.301;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=3.140;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=44.95;MQRankSum=0.729;QD=13.16;ReadPosRankSum=-2.211;SOR=0.132;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,10:0.59:17
chr10	51620361	rs148307270	G	C	106.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.217;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.09;MQRankSum=-4.059;QD=0.94;ReadPosRankSum=-0.259;SOR=0.772;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:96,18:0.16:114
chr10	51620499	rs78584401	G	A	315.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.021;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=2.393;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.71;MQRankSum=-3.126;QD=10.19;ReadPosRankSum=-1.584;SOR=0.231;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,14:0.45:31
chr10	51623004	rs201547968	T	C	1056.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.710;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.394;HP=3;HapScore=3;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-7.722;NF=44;NR=21;PP=2420;ReadPosRankSum=0.473;SC=AGCTTGTAAATGCCAGCAAGG;SOR=0.981;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=146;TCF=98;TCR=48;TR=65;WE=51623032;WS=51622994;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,52:0.40:129
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chr10	51623024	rs146205287	A	C	1509.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.301;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FS=3.804;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.46;MQRankSum=-8.921;QD=7.99;ReadPosRankSum=2.100;SOR=0.996;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:106,83:0.44:189
chr10	51623024	.	A	AC	2443	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;FR=0.5000;HP=9;HapScore=3;MGOF=24;MMLQ=26;MQ=42.26;NF=38;NR=44;PP=2443;QD=29.9390243902;SC=GAAAAAAAAAACAACAACATA;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=135;TCF=61;TCR=74;TR=82;WE=51623032;WS=51622994;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:53,82:0.61:135
chr10	51623052	rs143647852	C	CT	5049.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.677;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=292;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-9.777;NF=28;NR=61;PP=2933;ReadPosRankSum=0.185;SC=GGACGCGCAACTTAGTGTAGA;SOR=0.707;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=175;TCF=70;TCR=105;TR=89;WE=51623069;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:161,131:0.45:292
chr10	51623061	rs115719811	G	A	5216.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.397;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=318;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.407;HP=2;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-9.467;NF=69;NR=54;PP=2962;ReadPosRankSum=1.313;SC=ACTTAGTGTAGACGCAAGAAC;SOR=0.729;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=268;TCF=158;TCR=110;TR=123;WE=51623069;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:175,143:0.45:318
chr10	51623147	rs373071373	C	T	1503.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.545;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FS=1.255;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.99;MQRankSum=-8.284;QD=9.00;ReadPosRankSum=-0.636;SOR=0.829;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:92,75:0.45:167
chr10	51623174	rs141118546	C	A	574.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.614;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FS=0.982;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.29;MQRankSum=-4.783;QD=7.66;ReadPosRankSum=0.698;SOR=0.890;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:45,30:0.40:75
chr10	51623190	rs137912947	T	C	305.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.053;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=1.448;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=45.36;MQRankSum=-2.812;QD=7.28;ReadPosRankSum=-0.899;SOR=1.002;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,17:0.40:42
chr10	51623647	rs377343859	CG	C	243.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=47.52;QD=27.08;SOR=3.056;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr10	51623866	rs374725846	A	G	901.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=46.46;QD=26.52;SOR=1.418;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr10	51631812	rs200391397	A	G	5101.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.536;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=411;ExcessHet=3.0103;FS=0.381;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.49;MQRankSum=-7.187;QD=12.92;ReadPosRankSum=-1.170;SOR=0.734;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:161,234:0.59:395
chr10	51632906	rs146420399	G	A	772.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.126;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FS=1.814;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=45.89;MQRankSum=-7.288;QD=7.97;ReadPosRankSum=-0.073;SOR=0.504;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:57,40:0.41:97
chr10	51632971	rs200644678	A	G	2208.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.502;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=315;ExcessHet=3.0103;FS=0.417;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.23;MQRankSum=-11.027;QD=7.03;ReadPosRankSum=0.766;SOR=0.723;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:188,126:0.40:314
chr10	51633027	rs115081809	T	C	3183.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.622;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=420;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-9.556;NF=59;NR=80;PP=1727;ReadPosRankSum=-0.325;SC=AGTAACTATTTGGGTAGGTAG;SOR=0.693;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=323;TCF=134;TCR=189;TR=139;WE=51633035;WS=51633017;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:242,178:0.42:420
chr10	51827763	rs4935425	A	G	120.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=1.392;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=2;PP=81;ReadPosRankSum=0.799;SC=CCGGGCGGCTAGGATGGTGAG;SOR=0.791;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=27;TCF=20;TCR=7;TR=8;WE=51827771;WS=51827753;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,8:0.26:31
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chr10	51974489	.	T	C	140.79	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.812;ClippingRankSum=-0.000;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=42.55;MQRankSum=-2.200;QD=15.64;ReadPosRankSum=-2.200;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,7:0.78:9
chr10	51974685	rs201931325	C	T	568.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.255;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=2.725;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.00;MQRankSum=-2.452;QD=11.15;ReadPosRankSum=0.604;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,27:0.53:51
chr10	52000164	rs200608523	T	A	66.96	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.842;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=6.990;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=46.48;MQRankSum=-1.282;QD=13.39;ReadPosRankSum=-0.842;SOR=3.229;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,4:0.80:5
chr10	52002852	rs1436217	A	G	505.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=1.605;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=5;PP=334;ReadPosRankSum=0.381;SC=ATTGAAGGTAATAGAATTTCA;SOR=0.551;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=68;TCF=53;TCR=15;TR=23;WE=52002860;WS=52002842;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,25:0.33:75
chr10	52002980	rs3739979	T	G	2345.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=2.109;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=411;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.556;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=34;PP=1054;ReadPosRankSum=1.653;SC=TGAGCCTTTGTGATACCATGC;SOR=0.794;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=220;TCF=113;TCR=107;TR=75;WE=52002988;WS=52002970;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:273,133:0.33:406
chr10	52004877	rs7096899	A	G	323.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=3.566;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.100;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=1;PP=194;ReadPosRankSum=0.800;SC=TAAAAAGCTAAAAGAAGATAA;SOR=1.785;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=38;TCF=31;TCR=7;TR=12;WE=52004885;WS=52004867;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,14:0.34:41
chr10	52005153	rs7097319	A	G	473.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.678;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.914;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=17;PP=346;ReadPosRankSum=0.202;SC=AGCGTTGGGCAGCTGTGGAGC;SOR=0.926;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=64;TCF=20;TCR=44;TR=24;WE=52005161;WS=52005143;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,27:0.30:91
chr10	52005303	rs7097483	A	G	135.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=0.399;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=4;PP=58;ReadPosRankSum=-1.818;SC=GCTCAGGTTCATAAGGAAAAC;SOR=0.527;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=16;TCF=5;TCR=11;TR=6;WE=52005311;WS=52005293;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,8:0.40:20
chr10	52005350	rs7090968	C	T	69.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.534;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=8.72;ReadPosRankSum=-1.029;SOR=0.818;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,3:0.38:8
chr10	52005353	rs7077551	G	A	69.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.309;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=9.97;ReadPosRankSum=-0.431;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,2:0.29:7
chr10	52008140	rs7071083	C	T	944.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.701;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=9;PP=617;ReadPosRankSum=-1.173;SC=CTTAAGTACACGTAGAACTAT;SOR=0.591;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=51;TCF=39;TCR=12;TR=35;WE=52008148;WS=52008130;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,41:0.64:64
chr10	52086939	rs2246994	C	G	5980.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.646;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=74;NR=58;PP=2510;ReadPosRankSum=2.365;SC=AAACAGAAAGCGAAATTACAG;SOR=0.821;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=133;TCF=74;TCR=59;TR=132;WE=52086947;WS=52086929;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,230:0.99:232
chr10	52103707	rs10763354	A	G	2273.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=34;NR=30;PP=1332;SC=GCCGCTGCCCATTGTCAGAGG;SOR=0.818;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=64;TCF=34;TCR=30;TR=64;WE=52103715;WS=52103697;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr10	52566432	rs201036765	CT	C	98.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.686;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=1.406;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.45;MQRankSum=2.338;QD=2.19;ReadPosRankSum=1.057;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,14:0.31:45
chr10	52576068	rs4245008	G	A	1723.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.862;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=40;PP=1057;ReadPosRankSum=-0.569;SC=AAATATCAACGCGAGATGATA;SOR=0.788;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=57;TCF=16;TCR=41;TR=56;WE=52576076;WS=52576058;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,65:0.98:66
chr10	52601702	rs141891504	A	G	1137.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=0.159;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.953;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=24;PP=661;ReadPosRankSum=-0.829;SC=CATATCCTCTATTGTTGCCAT;SOR=0.765;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=68;TCF=33;TCR=35;TR=43;WE=52601710;WS=52601692;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,53:0.62:86
chr10	52610352	.	TTG	T	231.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.793;ClippingRankSum=0.000;DP=191;ExcessHet=3.0103;FS=0.882;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.06;MQRankSum=2.571;QD=1.26;ReadPosRankSum=-0.932;SOR=0.521;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:157,27:0.15:184
chr10	52751070	.	A	AGCCGCCGCCGCC	1492.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=1.601;ClippingRankSum=0.000;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.350;HP=3;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=13;PP=492;ReadPosRankSum=2.775;SC=CTGCCGTCCCAGCCGCCGCCG;SOR=1.112;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=34;TCF=16;TCR=18;TR=23;WE=52751078;WS=52751060;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,42:0.65:65
chr10	52751088	rs35361017	C	CGCT	694.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.613;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FS=3.292;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.31;ReadPosRankSum=-0.854;SOR=0.399;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:66,29:0.31:95
chr10	53059201	rs10762013	G	A	686.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.767;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=3.108;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.61;ReadPosRankSum=-0.609;SOR=1.270;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,18:0.41:44
chr10	53059209	rs10762014	A	G	677.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.224;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=4.590;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.29;ReadPosRankSum=-0.021;SOR=1.563;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,20:0.39:51
chr10	53059406	rs2043556	T	C	411.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=1.314;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=7;PP=134;ReadPosRankSum=0.601;SC=AGATTTAGAATCAAGTTAGGA;SOR=0.781;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=52;TCF=24;TCR=28;TR=12;WE=53059414;WS=53059396;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,26:0.28:92
chr10	53667443	rs10823860	C	T	1953.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=12;NR=41;PP=1136;SC=TAAAAAATTTCTAAGCTCTGG;SOR=1.931;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=53;TCF=12;TCR=41;TR=53;WE=53667451;WS=53667433;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr10	53667476	rs7081919	G	A	1297.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=28;PP=744;SC=ATTTGGCTTCGTATAGAAAGC;SOR=2.303;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=33;TCF=5;TCR=28;TR=33;WE=53667484;WS=53667466;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr10	53814229	rs1904010	G	T	941.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.275;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.386;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=13;PP=547;ReadPosRankSum=0.904;SC=TTTTCTTATTGTTTCTACTTT;SOR=0.882;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=109;TCF=72;TCR=37;TR=40;WE=53814237;WS=53814219;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:100,52:0.34:152
chr10	53814383	rs12778630	C	T	1050.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.228;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=23;PP=392;ReadPosRankSum=-0.194;SC=TTAGTAACTCCAGTAGGAACA;SOR=0.689;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=124;TCF=45;TCR=79;TR=36;WE=53814391;WS=53814373;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:138,63:0.31:201
chr10	53841337	rs1904024	A	G	623.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.708;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.741;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=7;PP=195;ReadPosRankSum=0.523;SC=AATACTTACCATATGCCATGT;SOR=0.572;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=75;TCF=50;TCR=25;TR=22;WE=53841345;WS=53841327;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,39:0.32:123
chr10	53841639	rs5784902	AG	A	339.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=6;PP=200;SC=TCCTGACAATAGGGGTCTCAT;SOR=2.494;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=6;WE=53841647;WS=53841629;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
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chr10	53921754	rs10824173	C	A	664.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=15;PP=444;SC=ATTTTGATTGCAAAATGATTT;SOR=1.519;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=21;TCF=6;TCR=15;TR=21;WE=53921762;WS=53921744;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr10	54050079	rs10762675	G	A	1285.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=7;NR=21;PP=609;SC=TTATAATTGTGTGACATAATT;SOR=1.514;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=28;TCF=7;TCR=21;TR=28;WE=54050087;WS=54050069;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr10	54528266	rs930507	G	C	856.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.995;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.277;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=22;PP=489;ReadPosRankSum=-3.008;SC=GAGAGAAGGTGAGCCCTAAAA;SOR=1.175;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=109;TCF=45;TCR=64;TR=33;WE=54528274;WS=54528256;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:114,48:0.30:162
chr10	54528298	rs930508	G	C	480.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=2.036;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.769;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=14;PP=279;ReadPosRankSum=0.500;SC=GGGTGAAACTGACTCATCCTT;SOR=1.003;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=84;TCF=35;TCR=49;TR=22;WE=54528306;WS=54528288;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:91,30:0.25:121
chr10	54528353	rs930509	C	G	327.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-1.014;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=10;PP=150;ReadPosRankSum=0.578;SC=TTCTAGAGTACAGTTGCCGGA;SOR=0.848;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=50;TCF=14;TCR=36;TR=13;WE=54528361;WS=54528343;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,16:0.30:53
chr10	54530636	rs1982266	A	G	155.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.65;BaseQRankSum=0.037;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=4;PP=48;ReadPosRankSum=0.754;SC=CTCAGGAGAAAGGAGACCTTG;SOR=0.951;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=16;TCF=7;TCR=9;TR=6;WE=54530644;WS=54530626;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,10:0.37:27
chr10	54530694	rs1982267	G	T	166.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=1;NR=4;PP=75;SC=CTGTATGGTGGGCACCTGAGA;SOR=1.609;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=5;TCF=1;TCR=4;TR=5;WE=54530702;WS=54530684;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr10	55585030	.	CA	C	29	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;FR=0.9998;HP=8;HapScore=2;MGOF=0;MMLQ=26;MQ=60.0;NF=0;NR=2;PP=29;QD=23.0;SC=GTACGTATATCAAAAAAAAGG;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=2;TCF=0;TCR=2;TR=2;WE=55585038;WS=55585020;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr10	55588137	rs4570494	G	A	466.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.457;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=5;PP=254;ReadPosRankSum=0.744;SC=TTTCACATTTGTGCAAGTTAC;SOR=0.818;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=21;TCF=15;TCR=6;TR=17;WE=55588145;WS=55588127;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,21:0.78:27
chr10	55616946	rs111033496	T	A	831.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.299;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=9;PP=430;ReadPosRankSum=-1.835;SC=CTGTAAGATCTTCTATCTTTT;SOR=0.804;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=40;TCF=28;TCR=12;TR=29;WE=55616954;WS=55616936;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,38:0.68:56
chr10	55617177	rs7083307	T	C	175.74	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.967;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.6268;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=6;PP=108;ReadPosRankSum=0.589;SC=TTTAATTATATGATCTACACA;SOR=1.609;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=7;WE=55617185;WS=55617167;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,8:0.89:9
chr10	55626367	rs10825135	A	G	562.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.783;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=3;PP=256;ReadPosRankSum=-1.243;SC=CTAGTATCGTAGCTACTTCCC;SOR=0.627;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=47;TCF=37;TCR=10;TR=17;WE=55626375;WS=55626357;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,28:0.41:68
chr10	55663198	rs10740559	A	C	2707.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.98;SOR=1.366;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr10	55663202	rs2593124	T	C	2594.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.52;SOR=1.238;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr10	55663264	rs16937823	C	T	204.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.596;HP=1;HapScore=2;MGOF=44;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=8;PP=150;ReadPosRankSum=-0.619;SC=GATGCCATGCCTAGCACCCCC;SOR=1.802;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=16;TCF=3;TCR=13;TR=9;WE=55663272;WS=55663254;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,9:0.56:16
chr10	55719652	rs2593107	C	T	3519.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=34;NR=65;PP=1842;SC=GTAAGAACAGCGTAACAGCAC;SOR=1.341;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=100;TCF=34;TCR=66;TR=99;WE=55719660;WS=55719642;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr10	55779909	rs2660169	G	C	1502.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.771;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=14;PP=1897;ReadPosRankSum=3.305;SC=CCTACATGTAGAGAGAGCAAA;SOR=0.650;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=69;TCF=50;TCR=19;TR=48;WE=55779923;WS=55779899;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,65:0.70:93
chr10	55779915	rs3812658	G	A	505.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.817;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.835;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=6;PP=692;ReadPosRankSum=-2.403;SC=TGTAGAGAGAGCAAAGCAGGC;SOR=0.830;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=79;TCF=56;TCR=23;TR=24;WE=55779923;WS=55779899;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,31:0.28:109
chr10	55782991	rs57385317	C	T	629.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=2.914;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=21;PP=463;ReadPosRankSum=-1.104;SC=AAAAAATTCACGTAAGTTTTG;SOR=0.651;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=30;TCF=2;TCR=28;TR=23;WE=55782999;WS=55782981;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,24:0.77:31
chr10	55838950	rs1911433	A	G	1351.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=36;NR=5;PP=1064;SC=TAGCCTGTTGAAGAAAAGAGC;SOR=3.767;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=36;TCR=5;TR=41;WE=55838958;WS=55838940;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr10	55943184	rs7093302	T	C	4032.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=77;NR=30;PP=2387;SC=AGTGTACACTTATATTATGTG;SOR=1.626;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=108;TCF=78;TCR=30;TR=107;WE=55943192;WS=55943174;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,143:1.00:143
chr10	55973889	rs10763086	G	A	882.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=6;NR=18;PP=476;SC=CCCTTCATCAGCTGAGGAACA;SOR=1.609;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=24;TCF=6;TCR=18;TR=24;WE=55973897;WS=55973879;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr10	55996761	rs721825	C	T	3026.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQ=60.09;NF=21;NR=66;PP=1776;SC=GAGACAGATGCTTTAGTTTGG;SOR=1.981;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=87;TCF=21;TCR=66;TR=87;WE=55996769;WS=55996751;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr10	56076975	rs10763098	A	C	340.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.61;BaseQRankSum=0.438;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=3;PP=173;ReadPosRankSum=-0.639;SC=CTTGAACATGATCCCATTGGG;SOR=0.507;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=25;TCF=19;TCR=6;TR=13;WE=56076983;WS=56076965;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,18:0.46:39
chr10	56077209	rs10740579	G	A	771.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.288;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.507;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=14;PP=309;ReadPosRankSum=0.376;SC=GTCCTGTTAGGGAGAAAAACA;SOR=0.508;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=75;TCF=28;TCR=47;TR=24;WE=56077217;WS=56077199;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,43:0.33:130
chr10	56089223	rs11004240	A	G	62.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=0.967;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=1;PP=32;ReadPosRankSum=-0.241;SC=TATTATATATAAACACCAAGG;SOR=1.179;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=9;TCF=6;TCR=3;TR=4;WE=56089231;WS=56089213;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,4:0.44:9
chr10	56089263	rs857395	G	A	195.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-1.132;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=2;PP=90;ReadPosRankSum=-0.672;SC=GAAGTGAGTGGCACAGAGCTC;SOR=1.022;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=16;TCF=11;TCR=5;TR=8;WE=56089271;WS=56089253;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,10:0.56:18
chr10	56335067	rs7070440	A	G	74.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.524;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=4.98;ReadPosRankSum=-0.644;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,6:0.40:15
chr10	56335099	rs10825362	C	T	55.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.591;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.49;ReadPosRankSum=1.083;SOR=0.921;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,5:0.31:16
chr10	56345303	rs4570492	T	C	814.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.292;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.621;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=9;PP=370;ReadPosRankSum=-0.488;SC=ACTTCATAGCTGTAGGCTAAC;SOR=0.462;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=89;TCF=60;TCR=29;TR=30;WE=56345311;WS=56345293;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,43:0.38:112
chr10	56345374	rs71901521	GT	G	661.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.289;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.07;MQRankSum=1.178;QD=4.56;ReadPosRankSum=1.400;SOR=0.713;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:80,65:0.45:145
chr10	56345491	rs2026411	C	G	378.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=0.284;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.046;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.708;NF=1;NR=14;PP=254;ReadPosRankSum=-1.178;SC=CCACAGATAACAGCCGCAATC;SOR=1.560;SbPval=0.99;Source=Platypus;TC=49;TCF=13;TCR=36;TR=15;WE=56345499;WS=56345481;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,21:0.36:59
chr10	58118630	rs2241666	T	C	2575.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.118;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=540;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.566;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=49;PP=943;ReadPosRankSum=1.000;SC=TGAAACACCCTGTCAAGCTCC;SOR=0.738;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=304;TCF=150;TCR=154;TR=95;WE=58118638;WS=58118620;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:373,162:0.30:535
chr10	58119829	rs116106811	T	G	2137.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.460;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.267;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=31;PP=904;ReadPosRankSum=-1.125;SC=AGTGTCCTCCTGAGCCAGGAT;SOR=0.634;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=87;TCF=44;TCR=43;TR=59;WE=58119837;WS=58119819;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,100:0.68:146
chr10	58119976	rs3861049	G	A	7407.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=273;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=126;NR=73;PP=2965;SC=CTCTCTGCCAGTGCTGCCCTG;SOR=1.209;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=199;TCF=126;TCR=73;TR=199;WE=58119984;WS=58119966;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,269:1.00:269
chr10	59064371	rs1275284	C	G	103.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=1;NR=2;PP=21;SC=ACATGTATCTCTCTGTGTGTA;SOR=1.022;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=3;TCF=1;TCR=2;TR=3;WE=59064379;WS=59064361;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr10	60095143	rs1905456	T	C	639.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=10;PP=315;SC=CCAGCGGGCATCGGACAGGTG;SOR=1.426;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=4;TCR=10;TR=14;WE=60095151;WS=60095133;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr10	60127732	rs61749178	C	G	490.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.193;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.675;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=11;PP=183;ReadPosRankSum=-1.191;SC=CAGATGACCCCTTAGTACCAG;SOR=0.859;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=70;TCF=35;TCR=35;TR=19;WE=60127740;WS=60127722;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,33:0.30:110
chr10	60145342	rs1937	G	C	1465.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.612;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=242;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=27;PP=679;ReadPosRankSum=-0.872;SC=GGCGTGCTGAGTGCCCTGGGA;SOR=0.691;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=150;TCF=66;TCR=84;TR=49;WE=60145350;WS=60145332;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:160,80:0.33:240
chr10	60145842	.	GTC	G	36	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MMLQ=28;MQ=60.0;NF=2;NR=0;PP=36;QD=34.5;SC=GTTTTAATAAGTCTCTAGCAT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=8;TCR=2;TR=2;WE=60145851;WS=60145832;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:8,2:0.20:10
chr10	60148692	rs2306604	A	G	30.78	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.967;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=10.26;ReadPosRankSum=-0.000;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,2:0.67:3
chr10	60160226	rs2170778	G	A	397.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.153;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FS=3.068;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.88;MQRankSum=0.000;QD=4.57;ReadPosRankSum=1.036;SOR=0.556;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:60,27:0.31:87
chr10	60160312	.	G	GT	55.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.868;ClippingRankSum=0.000;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.72;MQRankSum=0.000;QD=2.14;ReadPosRankSum=1.668;SOR=0.919;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,8:0.31:26
chr10	60273121	rs7100474	T	C	4947.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.850;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=378;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.723;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=78;PP=2190;ReadPosRankSum=0.102;SC=TCTCGGACTCTCCGACTGAGC;SOR=0.792;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=227;TCF=97;TCR=130;TR=133;WE=60273129;WS=60273111;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:148,227:0.61:375
chr10	60273155	rs7079648	C	A	3261.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.385;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=269;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.456;HP=3;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=59;PP=1427;ReadPosRankSum=0.232;SC=TCGGACATCCCCACCGCGCGC;SOR=0.745;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=170;TCF=63;TCR=107;TR=94;WE=60273163;WS=60273145;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:115,153:0.57:268
chr10	60273189	rs10571555	ACGGC	A	2773.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.855;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.540;HP=1;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=38;PP=1719;ReadPosRankSum=-0.790;SC=ACTCCAGCCTACGGCCGGCCG;SOR=1.133;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=81;TCF=3;TCR=78;TR=39;WE=60273200;WS=60273179;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,72:0.54:133
chr10	60546652	rs139602546	CA	C	1893.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.014;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=18;PP=1324;ReadPosRankSum=-0.612;SC=CTTTTGCATACATCAAGTAAT;SOR=0.789;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=53;TCF=26;TCR=27;TR=32;WE=60546660;WS=60546642;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,55:0.57:96
chr10	60546934	.	C	CA	524.50	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-2.737;ClippingRankSum=0.000;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=5.433;HP=11;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.526;NF=2;NR=22;PP=387;ReadPosRankSum=-0.780;SC=AGAGGTGAGACAAAAAAAAAA;SOR=0.086;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=34;TCF=3;TCR=31;TR=24;WE=60546942;WS=60546924;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:5,28:0.85:33
chr10	60558125	rs2393503	A	T	2071.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=3.790;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.471;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=17;PP=1244;ReadPosRankSum=1.949;SC=TCTTAAATTTATGTGAATTGA;SOR=1.262;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=111;TCF=77;TCR=34;TR=67;WE=60558133;WS=60558115;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,89:0.57:157
chr10	60559047	rs2893789	G	C	755.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=4.677;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.972;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=22;PP=533;ReadPosRankSum=3.282;SC=TGTGTGATCTGTACTGTTTGT;SOR=1.641;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=42;TCF=4;TCR=38;TR=23;WE=60559055;WS=60559037;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,27:0.59:46
chr10	60566137	rs3740451	G	A	751.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-1.702;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.350;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=6;PP=503;ReadPosRankSum=-0.192;SC=CAGAAGTGGTGATTTATTATT;SOR=1.096;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=47;TCF=38;TCR=9;TR=31;WE=60566145;WS=60566127;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,33:0.61:54
chr10	60573753	rs9416746	G	T	5593.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.722;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=372;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=79;NR=68;PP=2542;ReadPosRankSum=-2.070;SC=TCAAGTGAGCGTTGTGTTTTA;SOR=0.711;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=218;TCF=117;TCR=101;TR=147;WE=60573761;WS=60573743;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:114,251:0.69:365
chr10	60577393	rs4344442	T	C	2915.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.073;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.292;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=39;PP=1491;ReadPosRankSum=-0.042;SC=TGGCTGTAACTTAAATAGCTC;SOR=0.856;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=124;TCF=66;TCR=58;TR=86;WE=60577401;WS=60577383;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,130:0.71:182
chr10	60588553	rs4948550	T	C	2985.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.280;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.538;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=36;PP=1171;ReadPosRankSum=-0.019;SC=GCTTTTTGAATCGCCAAATGC;SOR=0.654;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=115;TCF=60;TCR=55;TR=75;WE=60588561;WS=60588543;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,137:0.66:207
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chr10	61005244	rs2452505	G	C	2333.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.371;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=320;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.383;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=38;PP=1229;ReadPosRankSum=-0.536;SC=GGATCTTTCTGTGGGCACCGT;SOR=0.726;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=215;TCF=107;TCR=108;TR=79;WE=61005252;WS=61005234;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:198,118:0.37:316
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chr10	61007592	rs2446724	G	A	362.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=2.521;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=13;PP=266;ReadPosRankSum=0.390;SC=ATACTGTAACGGCCTCCACTT;SOR=0.327;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=29;TCF=3;TCR=26;TR=15;WE=61007600;WS=61007582;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,15:0.50:30
chr10	61014056	rs1903252	C	A	269.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.217;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.17;ReadPosRankSum=0.064;SOR=0.659;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:64,21:0.25:85
chr10	61028454	rs188509656	G	A	266.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.476;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=9.412;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.53;ReadPosRankSum=0.591;SOR=0.076;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,15:0.54:28
chr10	61043244	rs61738820	G	A	533.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.823;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FS=0.658;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.98;ReadPosRankSum=-0.112;SOR=0.625;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:139,40:0.22:179
chr10	61083690	rs34090373	A	AGTTG	3422.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.463;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.427;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=24;PP=2259;ReadPosRankSum=0.605;SC=GCAAGCACACAGCATTTCTGA;SOR=0.848;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=66;TCF=25;TCR=41;TR=39;WE=61083698;WS=61083680;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,84:0.63:134
chr10	61111975	rs284606	G	C	989.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=19;NR=4;PP=534;SC=GAACCGTGTGGCCTAGCCTAA;SOR=2.303;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=19;TCR=4;TR=23;WE=61111983;WS=61111965;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr10	61122268	rs3078330	T	TTA	4441.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQ=60.51;NF=5;NR=47;PP=2656;SC=TCTCCGGGAGTGAGCACATAC;SOR=1.519;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=53;TCF=5;TCR=48;TR=52;WE=61122276;WS=61122258;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr10	61443751	rs7071865	T	C	273.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-1.040;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.430;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=4;PP=171;ReadPosRankSum=-0.864;SC=AGATATGTTATACTTTGAAAA;SOR=0.393;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=45;TCF=35;TCR=10;TR=15;WE=61443759;WS=61443741;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,16:0.31:52
chr10	61444091	rs34715719	C	T	227.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-0.912;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=9;PP=154;ReadPosRankSum=-1.391;SC=AGGTCCTAAACAAAAACAAAC;SOR=0.904;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=22;TCF=4;TCR=18;TR=10;WE=61444099;WS=61444081;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,11:0.46:24
chr10	61552692	rs1053266	G	T	1386.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.508;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.532;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=34;PP=656;ReadPosRankSum=0.225;SC=TGGGAGGAGGGGTGCGCCGAA;SOR=0.637;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=162;TCF=58;TCR=104;TR=54;WE=61552700;WS=61552682;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:136,77:0.36:213
chr10	61552774	rs1053265	C	T	592.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=3.004;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.461;HP=4;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=20;PP=365;ReadPosRankSum=0.628;SC=GAGGTGGAGGCGGAGGTGGCT;SOR=1.336;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=83;TCF=30;TCR=53;TR=26;WE=61552782;WS=61552764;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,35:0.28:125
chr10	61564028	rs201940302	TGAGA	T	1599.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.347;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.985;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=9;PP=1131;ReadPosRankSum=-0.138;SC=CTCTTAGCCTTGAGAGTGATG;SOR=0.846;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=41;TCF=24;TCR=17;TR=23;WE=61564039;WS=61564018;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,41:0.59:69
chr10	61564121	.	T	C	1287.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=1.033;ClippingRankSum=0.000;DP=262;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.038;HP=3;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=23;PP=625;ReadPosRankSum=-0.716;SC=ACAGTCAGGGTTGCCTATTCA;SOR=0.593;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=136;TCF=76;TCR=60;TR=48;WE=61564129;WS=61564111;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:182,79:0.30:261
chr10	61564136	rs12262905	G	A	4162.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.552;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=277;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.879;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=40;PP=1481;ReadPosRankSum=0.499;SC=TATTCAATGTGCCAGGAATCA;SOR=0.698;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=139;TCF=73;TCR=66;TR=91;WE=61564144;WS=61564126;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,192:0.70:276
chr10	61574357	.	AAC	A	453.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.772;ClippingRankSum=0.000;DP=180;ExcessHet=3.0103;FS=1.729;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.06;MQRankSum=2.126;QD=2.87;ReadPosRankSum=2.384;SOR=0.520;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:126,32:0.20:158
chr10	61592272	rs116915594	C	G	215.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=2.854;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.938;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=1;PP=169;ReadPosRankSum=-0.534;SC=GGAAGAGCTACAGGTGCTTAC;SOR=1.151;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=24;TCF=22;TCR=2;TR=10;WE=61592280;WS=61592262;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,10:0.33:30
chr10	61592547	rs6479654	A	G	1750.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=15;NR=35;PP=889;SC=ATGTGCAAGTATATACCTAGT;SOR=1.542;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=50;TCF=15;TCR=35;TR=50;WE=61592555;WS=61592537;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr10	61612466	rs3215226	TA	T	362.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=12;HapScore=3;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;NF=1;NR=10;PP=139;SC=GCTTGCTGTTTAAAAAAAAAA;SOR=0.990;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=15;TCF=2;TCR=13;TR=11;WE=61612475;WS=61612456;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,21:0.91:23
chr10	61802342	rs2393603	C	A	5584.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.916;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=35;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=109;NR=45;PP=2965;ReadPosRankSum=0.758;SC=AAGGAAAGGACGGGGAAAATC;SOR=1.553;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=154;TCF=109;TCR=45;TR=154;WE=61802361;WS=61802332;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,206:0.99:208
chr10	61802353	rs2393604	A	T	6243.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.998;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=236;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=35;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=116;NR=50;PP=2965;ReadPosRankSum=0.496;SC=GGGGAAAATCAGAATCACTTA;SOR=0.940;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=171;TCF=117;TCR=54;TR=166;WE=61802361;WS=61802332;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,225:0.99:228
chr10	61802374	rs2393605	AA	TT	14071.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.832;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=328;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;JOINED;MGOF=31;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=123;NR=78;PP=2947;ReadPosRankSum=-1.175;SC=TTTAGTGAAAAATATAAGTTT;SOR=1.139;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=213;TCF=129;TCR=84;TR=201;WE=61802383;WS=61802364;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,315:0.99:317
chr10	61802550	rs9888033	A	T	3248.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-3.060;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.621;HP=1;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.938;NF=30;NR=62;PP=1550;ReadPosRankSum=-1.038;SC=AAGATTTCACAGTGAAACAGT;SOR=0.408;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=137;TCF=41;TCR=96;TR=92;WE=61802569;WS=61802540;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,144:0.70:206
chr10	61802561	rs2393607	G	T	4753.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=38;NR=85;PP=2881;SC=GTGAAACAGTGTTAGTTATAA;SOR=1.415;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=123;TCF=38;TCR=85;TR=123;WE=61802569;WS=61802540;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,175:1.00:175
chr10	61802577	rs5785427	T	TC	4306.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=66;PP=2884;SC=TATAAAGCAGTCCATTCTGAT;SOR=1.831;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=72;TCF=1;TCR=71;TR=67;WE=61802585;WS=61802567;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr10	61815367	rs4948384	C	T	71.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.425;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=1;PP=38;ReadPosRankSum=-0.753;SC=AAGTAAAGCACCGATACTTTC;SOR=0.368;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=23;TCF=21;TCR=2;TR=6;WE=61815375;WS=61815357;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,6:0.23:26
chr10	61819024	rs34010158	TA	T	1454.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=2.627;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.027;HP=5;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.895;NF=32;NR=15;PP=1457;ReadPosRankSum=1.117;SC=AAGTCACCACTAAAAAGCATG;SOR=1.234;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=85;TCF=52;TCR=33;TR=47;WE=61819032;WS=61819014;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,70:0.56:124
chr10	61819049	rs10733757	T	G	1420.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-3.359;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.942;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.829;NF=43;NR=19;PP=780;ReadPosRankSum=0.197;SC=TAAGATAAACTATTAACAAGT;SOR=0.522;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=151;TCF=108;TCR=43;TR=62;WE=61819057;WS=61819039;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:112,79:0.41:191
chr10	61831271	rs10821668	T	C	4134.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.071;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=267;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.486;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=68;NR=70;PP=2316;ReadPosRankSum=0.780;SC=TTGTACTGTCTTACATTCCTG;SOR=0.746;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=196;TCF=97;TCR=99;TR=138;WE=61831279;WS=61831261;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,183:0.69:264
chr10	61831290	rs28932171	T	C	1160.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.716;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=292;ExcessHet=3.0103;FS=0.478;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.04;ReadPosRankSum=1.119;SOR=0.681;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:206,81:0.28:287
chr10	61831744	rs10740006	A	G	6141.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.837;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=443;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.550;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=87;NR=93;PP=2748;ReadPosRankSum=0.099;SC=TCCTCTCATCAGCAACTCTGA;SOR=0.653;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=277;TCF=135;TCR=142;TR=180;WE=61831752;WS=61831734;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:144,292:0.67:436
chr10	61831984	rs11599164	G	T	1262.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.937;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=269;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.78;ReadPosRankSum=0.437;SOR=0.704;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:188,76:0.29:264
chr10	61834573	rs17208576	G	A	788.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=1.398;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=18;PP=484;ReadPosRankSum=1.050;SC=TTTCGGAGGCGGCTTTTGCTT;SOR=0.693;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=135;TCF=70;TCR=65;TR=38;WE=61834583;WS=61834563;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:142,50:0.26:192
chr10	61840460	rs2241540	G	A	528.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=1.334;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.972;HP=3;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.712;NF=6;NR=20;PP=410;ReadPosRankSum=1.508;SC=AGGATGGCATGTTGATAACTT;SOR=1.712;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=59;TCF=16;TCR=43;TR=26;WE=61840468;WS=61840450;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,25:0.42:60
chr10	61846677	.	C	CT	39.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.469;ClippingRankSum=0.000;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.46;MQRankSum=0.000;QD=1.59;ReadPosRankSum=1.514;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,7:0.28:25
chr10	61871430	rs10821675	C	G	946.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.30;SOR=1.209;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr10	61871598	rs4369346	A	G	708.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.974;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=11;PP=388;ReadPosRankSum=-0.559;SC=GAAAATGTCAATGACAAGCAA;SOR=0.689;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=40;TCF=21;TCR=19;TR=22;WE=61871606;WS=61871588;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,33:0.55:60
chr10	61893898	rs3213829	T	G	857.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=20;NR=2;PP=452;SC=TTTAACTGGCTAGTACCAGAA;SOR=3.528;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=22;TCF=20;TCR=2;TR=22;WE=61893906;WS=61893889;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr10	61900356	rs6479694	A	C	972.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=30;NF=5;NR=38;PP=1106;SC=TCAGGCCCCCAAAAAAATCTT;SOR=3.664;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=45;TCF=5;TCR=40;TR=43;WE=61900364;WS=61900346;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr10	61926728	rs11814723	A	G	2015.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=11;NR=38;PP=1071;SC=TTATCTCTGAATTAATCAGTT;SOR=1.810;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=49;TCF=11;TCR=38;TR=49;WE=61926736;WS=61926718;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr10	62021659	rs117266082	C	T	1723.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.165;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.106;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=18;PP=756;ReadPosRankSum=-1.872;SC=TTAACAGCAACGTGGCTACAT;SOR=1.039;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=89;TCF=50;TCR=39;TR=51;WE=62021667;WS=62021649;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,85:0.61:139
chr10	62039654	rs1380451	G	C	1347.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.347;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.023;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=15;PP=846;ReadPosRankSum=-0.161;SC=TAAAGTATAGGCACCTTAAAT;SOR=0.558;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=72;TCF=52;TCR=20;TR=50;WE=62039662;WS=62039644;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,56:0.71:79
chr10	62540063	rs2448344	T	A	95.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.100;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=3.332;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=11.97;ReadPosRankSum=-0.619;SOR=0.105;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,6:0.75:8
chr10	62548098	rs2456772	G	C	503.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-2.425;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.653;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=11;PP=246;ReadPosRankSum=-2.585;SC=CTACTCTGTGGCAGTATCAAT;SOR=0.069;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=28;TCF=4;TCR=24;TR=14;WE=62548106;WS=62548088;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,22:0.59:37
chr10	62551889	rs2456777	AA	GT	5425.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.198;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.639;HP=5;HapScore=1;JOINED;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=34;PP=2944;ReadPosRankSum=0.702;SC=AGAAATTTTTAATTTCCTGTT;SOR=0.614;Source=Platypus;TCR=53;TR=91;WE=62551898;WS=62551879;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,133:0.74:180
chr10	62553763	rs1871446	A	G	407.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=1.801;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.886;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=13;PP=255;ReadPosRankSum=-0.050;SC=CATATGTTATATCAACAGATA;SOR=1.432;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=34;TCF=12;TCR=22;TR=18;WE=62553771;WS=62553753;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,20:0.50:40
chr10	62671305	rs2271126	G	A	6098.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-2.335;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=471;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=86;NR=105;PP=2962;ReadPosRankSum=-2.842;SC=GTCCATTTATGAAACTCTGTA;SOR=0.702;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=311;TCF=139;TCR=172;TR=191;WE=62671313;WS=62671295;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:180,282:0.61:462
chr10	62671374	rs2271127	A	G	3260.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.179;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.446;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=72;PP=1939;ReadPosRankSum=0.134;SC=TCAAAGACGTAAGAGGTTCAG;SOR=0.531;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=172;TCF=54;TCR=118;TR=108;WE=62671382;WS=62671364;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,144:0.63:230
chr10	63170292	rs7083475	A	G	12075.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=2.115;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=853;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=150;NR=161;PP=2962;ReadPosRankSum=1.497;SC=TAGAGTTGCAACACCACCACG;SOR=0.648;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=470;TCF=223;TCR=247;TR=311;WE=63170305;WS=63170282;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:308,540:0.64:848
chr10	63175677	rs12766100	A	T	218.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=-0.454;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.774;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=1;PP=86;ReadPosRankSum=-0.979;SC=TCATATGTTTAAGGACTATAA;SOR=0.223;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=9;TCF=8;TCR=1;TR=6;WE=63175685;WS=63175667;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,10:0.77:13
chr10	63422754	rs151189963	G	GGGGCCGACCCCGGCA	8309.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.66;BaseQRankSum=-1.626;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.154;NF=10;NR=34;PP=2969;ReadPosRankSum=1.456;SC=CGACTCCCTGGGGGCCGACCC;SOR=0.337;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=57;TCF=14;TCR=43;TR=44;WE=63422762;WS=63422744;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,168:0.99:169
chr10	63422876	rs71490861	A	G	1389.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.63;BaseQRankSum=0.375;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.458;NF=18;NR=26;PP=643;ReadPosRankSum=2.432;SC=GTCTGCGGCCAAGCCAAATCC;SOR=0.702;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=113;TCF=47;TCR=66;TR=44;WE=63422884;WS=63422866;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:144,77:0.35:221
chr10	63519674	rs2588915	G	A	1704.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-1.012;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.284;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=15;PP=1168;ReadPosRankSum=2.452;SC=AGGACAAAAAGGGCAATGGCA;SOR=1.165;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=85;TCF=64;TCR=21;TR=63;WE=63519682;WS=63519664;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,72:0.71:101
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chr10	63700228	rs4360655	A	T	1688.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=10;NR=38;PP=1019;SC=TTTTCGGTTGAAGATTTTTCT;SOR=1.981;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=48;TCF=10;TCR=38;TR=48;WE=63700236;WS=63700218;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr10	63700245	rs4562771	A	G	1115.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=27;PP=749;SC=TTCTGGAAACACTATCATTTA;SOR=2.362;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=34;TCF=7;TCR=27;TR=34;WE=63700253;WS=63700235;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr10	63818920	rs3832683	GA	G	546.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=9;PP=270;SC=CTTTCTCGTTGAAAAAAAAAA;SOR=1.302;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=22;TCF=11;TCR=11;TR=16;WE=63818928;WS=63818910;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr10	63829539	rs76296217	C	T	2800.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-1.362;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.488;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=43;PP=1053;ReadPosRankSum=-1.407;SC=CCACTTGTACCCGCAGACATT;SOR=0.730;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=124;TCF=51;TCR=73;TR=73;WE=63829547;WS=63829529;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:94,136:0.59:230
chr10	63943986	rs11297358	GT	G	591.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=4;PP=427;SC=AAGGAGACGCGTTGTCTTTTC;SOR=1.739;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=7;TCR=4;TR=11;WE=63943994;WS=63943976;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr10	63944176	rs3125730	A	C	1998.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=25;NR=27;PP=959;SC=ACCTTTAGTCACCCACAGAGG;SOR=0.719;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=53;TCF=25;TCR=28;TR=52;WE=63944196;WS=63944166;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr10	63944188	rs7903510	A	G	2065.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=26;NR=30;PP=1066;SC=CCACAGAGGTAAAGAGAAAAC;SOR=0.744;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=56;TCF=26;TCR=30;TR=56;WE=63944196;WS=63944166;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr10	63964653	rs41274060	C	T	2272.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.098;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=27;PP=997;ReadPosRankSum=1.462;SC=CTTCCATCCACTTCTGAAGAT;SOR=0.664;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=97;TCF=58;TCR=39;TR=67;WE=63964661;WS=63964643;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,107:0.68:157
chr10	63974950	rs4559572	C	G	284.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=9;PP=235;SC=CATTTTTACTCCTCAGCTATT;SOR=4.615;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=0;TCR=10;TR=9;WE=63974958;WS=63974940;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr10	63976912	rs149331212	TAGCTTC	T	6906.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=3.223;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=300;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.287;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQ=60.04;MQRankSum=0.821;NF=34;NR=71;PP=2942;ReadPosRankSum=2.507;SC=GGTTCCACTTTAGCTTCAATT;SOR=0.907;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=134;TCF=43;TCR=91;TR=105;WE=63976925;WS=63976902;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:116,175:0.60:291
chr10	63977011	rs148142088	GAAAAA	G	8452.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=273;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;QD=38.08;SOR=1.298;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,221:1.00:222
chr10	63977069	rs1432414	A	T	2998.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=27;NR=75;PP=2058;SC=CACTTTAAATACATCAAAATA;SOR=1.813;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=102;TCF=27;TCR=75;TR=102;WE=63977077;WS=63977059;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr10	63978077	rs11355398	GA	G	1177.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.256;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.14;MQRankSum=0.263;QD=19.96;ReadPosRankSum=-0.618;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,58:0.98:59
chr10	63982984	rs10740069	A	G	1814.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=33;NR=18;PP=904;SC=AGTAAAATATATACTGTACTT;SOR=1.410;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=51;TCF=33;TCR=18;TR=51;WE=63982992;WS=63982974;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr10	63995983	rs3852448	C	T	1434.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=21;PP=621;SC=AGCAACTATACACTTCCACCT;SOR=0.970;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=34;TCF=13;TCR=21;TR=34;WE=63995991;WS=63995973;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr10	64000878	rs1368158	T	G	1328.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.61;SOR=0.846;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr10	64005582	rs34205992	T	TA	93.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=1.812;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=0;PP=181;ReadPosRankSum=2.198;SC=TCTTAAACTCTAAAGTTCTAT;SOR=1.402;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=13;TCR=1;TR=6;WE=64005590;WS=64005572;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,6:0.43:14
chr10	64005711	rs3815999	C	T	2200.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=27;NR=27;PP=910;SC=CATGTAGTTACGTTATAGAAT;SOR=0.693;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=54;TCF=27;TCR=27;TR=54;WE=64005719;WS=64005701;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr10	64019037	rs10675790	A	ATAAAT	1860.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=8;NR=13;PP=1214;SC=CTTTTTCTTAATACTCAGTCT;SOR=0.892;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=22;TCF=9;TCR=13;TR=21;WE=64019045;WS=64019027;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr10	64136751	rs1873686	G	C	213.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=7;PP=186;SC=CACCCCAATCGCCTTACAAGC;SOR=2.584;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=8;WE=64136759;WS=64136741;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr10	64148125	rs3852424	C	A	4482.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=58;NR=29;PP=1646;SC=TTATATTTCCCTTTTGTGTTC;SOR=1.120;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=87;TCF=58;TCR=29;TR=87;WE=64148133;WS=64148115;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,171:1.00:171
chr10	64148369	rs2893897	A	G	1218.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=7;NR=31;PP=835;SC=CGAGTGTAAGATCCCTGTGGT;SOR=2.356;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=7;TCR=31;TR=38;WE=64148377;WS=64148359;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr10	64159333	rs3758490	G	T	7537.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=297;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=85;NR=72;PP=2965;SC=TGATCTCAAGGCCCATTTCCA;SOR=0.779;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=157;TCF=85;TCR=72;TR=157;WE=64159341;WS=64159323;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,288:1.00:288
chr10	64415031	rs10822043	G	A	528.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-2.672;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.251;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=4;PP=355;ReadPosRankSum=0.251;SC=AAAACAATGGGAGATGAGATT;SOR=0.465;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=44;TCF=36;TCR=8;TR=21;WE=64415039;WS=64415021;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,25:0.45:56
chr10	64415184	rs7076156	A	G	2341.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.489;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=416;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.444;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=45;PP=1334;ReadPosRankSum=-2.283;SC=AGACCATCTCACCTTCCAACC;SOR=0.493;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=278;TCF=160;TCR=118;TR=98;WE=64415192;WS=64415174;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:268,136:0.34:404
chr10	64426056	rs4746516	G	T	1076.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.414;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.210;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=22;PP=486;ReadPosRankSum=-0.109;SC=GTCATGGGCTGAATTGCATCC;SOR=0.594;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=113;TCF=48;TCR=65;TR=39;WE=64426064;WS=64426046;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:120,63:0.34:183
chr10	64564892	rs2236295	G	T	626.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.161;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FS=0.812;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.40;ReadPosRankSum=-3.354;SOR=0.593;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:63,35:0.36:98
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chr10	64912097	rs7910827	C	T	753.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-0.101;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.432;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=26;PP=449;ReadPosRankSum=-0.386;SC=CACTTCACAACGGAAATTAAA;SOR=0.199;SbPval=0.15;Source=Platypus;TC=99;TCF=20;TCR=79;TR=37;WE=64912105;WS=64912087;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,40:0.37:107
chr10	64914016	rs35751397	T	TA	266.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.891;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=1.113;NF=0;NR=5;PP=129;ReadPosRankSum=1.858;SC=GAGGAAATAATACAGTAATCG;SOR=0.506;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=1;TCR=21;TR=5;WE=64914024;WS=64914006;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,12:0.26:47
chr10	64927823	rs1935	C	G	983.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.284;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.590;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=20;PP=493;ReadPosRankSum=0.456;SC=CTTCCATATCCTCTACTTCAT;SOR=0.678;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=108;TCF=56;TCR=52;TR=38;WE=64927831;WS=64927813;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:115,59:0.34:174
chr10	64937314	rs35854283	G	A	228.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-1.142;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=2;PP=157;ReadPosRankSum=1.103;SC=TTTCAAAGAGGAGCAAGAGAA;SOR=0.892;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=15;TCF=12;TCR=3;TR=10;WE=64937322;WS=64937304;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,10:0.67:15
chr10	64944317	rs10740107	T	A	4277.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.951;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=71;NR=39;PP=2159;ReadPosRankSum=1.685;SC=GCAAAAATTTTAAAAAATCCA;SOR=0.469;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=111;TCF=72;TCR=39;TR=110;WE=64944325;WS=64944307;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,161:0.99:162
chr10	64945364	rs3211105	G	A	4273.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=43;NR=53;PP=1727;SC=CTGAAGGCCAGTCTTTCAATT;SOR=0.836;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=96;TCF=43;TCR=53;TR=96;WE=64945372;WS=64945354;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,163:1.00:163
chr10	64950569	rs111971590	C	G	342.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=1.251;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=4;PP=229;ReadPosRankSum=0.261;SC=CATCAGCATACTGGGTAGTTC;SOR=0.693;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=46;TCF=35;TCR=11;TR=16;WE=64950577;WS=64950559;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,18:0.32:56
chr10	64953311	rs4747098	G	A	540.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=5;NR=15;PP=389;SC=ACAATATTTTGTATTATAATT;SOR=2.093;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=5;TCR=15;TR=20;WE=64953319;WS=64953301;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr10	64953959	rs2306264	C	G	433.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-2.482;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=4;PP=283;ReadPosRankSum=-0.125;SC=TCTCTCCACCCTGTTATATTT;SOR=0.826;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=33;TCF=25;TCR=8;TR=20;WE=64953967;WS=64953949;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,21:0.64:33
chr10	64960536	rs10465990	G	A	1050.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=26;PP=743;SC=GTGATGATACGGTAAGACTTT;SOR=3.258;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=29;TCF=3;TCR=26;TR=28;WE=64960544;WS=64960526;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr10	64967445	rs1904294	A	T	11935.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=434;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=142;NR=131;PP=2965;SC=TTTCACTAACACGATCTTTAG;SOR=0.721;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=274;TCF=142;TCR=132;TR=273;WE=64967453;WS=64967435;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,430:1.00:430
chr10	64974537	rs10761725	A	T	2666.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=35;NR=32;PP=1312;SC=TGTTCTGACGAATGAATAATC;SOR=0.797;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=67;TCF=35;TCR=32;TR=67;WE=64974545;WS=64974527;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr10	65139945	rs7477425	T	C	1276.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=32;NR=10;PP=945;SC=TTCAAGCAATTGTCCTGCTTC;SOR=1.931;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=42;TCF=32;TCR=10;TR=42;WE=65139953;WS=65139935;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr10	65225244	rs1061259	GA	CG	6320.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=81;NR=27;PP=2947;SC=GGGGGGCGCTGACTCTCTTAC;SOR=2.032;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=118;TCF=88;TCR=30;TR=108;WE=65225253;WS=65225234;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,141:1.00:141
chr10	65225450	rs1054693	C	T	7725.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.986;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=524;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.166;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=113;NR=111;PP=2962;ReadPosRankSum=1.185;SC=CGGCCGCTGCCTCCTCCAGTG;SOR=0.594;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=332;TCF=169;TCR=163;TR=224;WE=65225458;WS=65225440;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:171,346:0.67:517
chr10	65281137	rs377532429	T	C	678.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.42;SOR=3.258;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr10	65322464	rs36027145	A	ATCAG	3879.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.456;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=3.087;NF=10;NR=40;PP=2429;ReadPosRankSum=1.728;SC=CTCTGCAGCAATCAATCAATT;SOR=0.676;SbPval=0.18;Source=Platypus;TC=93;TCF=13;TCR=80;TR=50;WE=65322472;WS=65322454;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,99:0.58:170
chr10	65383515	.	A	ATGTG	413.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=34.48;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr10	65928826	rs10740151	T	C	5616.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=224;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=74;NR=61;PP=2339;SC=CACTCTTTTCTGTATAGCTTG;SOR=0.829;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=136;TCF=75;TCR=61;TR=135;WE=65928834;WS=65928816;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,218:1.00:218
chr10	68040325	rs4548513	C	T	1149.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.499;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.775;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=21;PP=556;ReadPosRankSum=0.142;SC=ATTCAATGAGCTTTTGCTTAA;SOR=0.840;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=54;TCF=21;TCR=33;TR=34;WE=68040333;WS=68040315;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,54:0.56:97
chr10	68535082	rs5785786	C	CT	4925.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=1.353;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.504;HP=8;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQ=60.05;MQRankSum=0.000;NF=79;NR=36;PP=2979;ReadPosRankSum=-0.102;SC=TATATTTACTCTTTTTTTCCT;SOR=2.253;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=144;TCF=93;TCR=51;TR=115;WE=68535090;WS=68535072;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,194:0.99:196
chr10	68685929	rs7902006	G	C	3955.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=2.089;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=65;PP=2162;ReadPosRankSum=0.635;SC=AACTGCTGGGGTATGGAATAC;SOR=0.647;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=143;TCF=55;TCR=88;TR=107;WE=68685937;WS=68685919;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,161:0.77:210
chr10	69583206	rs962608	G	A	2762.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=28;NR=60;PP=1833;SC=AGTGACTCACGCCTATAATCT;SOR=1.516;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=88;TCF=28;TCR=60;TR=88;WE=69583214;WS=69583196;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr10	69647332	rs932657	G	T	1144.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=22;PP=714;SC=TAAATGTACGGTTTTTGGTTT;SOR=1.402;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=12;TCR=22;TR=34;WE=69647340;WS=69647322;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr10	69648569	rs2236318	T	A	1065.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-1.234;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=9;PP=731;ReadPosRankSum=-1.743;SC=GCTAACTCATTACTTCAGAAA;SOR=0.859;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=58;TCF=46;TCR=12;TR=42;WE=69648577;WS=69648559;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,45:0.70:64
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chr10	69699478	rs111550670	G	GAT	41.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.431;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=3;PP=120;ReadPosRankSum=0.497;SC=TTTACTTATGGATATATATAT;SOR=0.283;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=0;TCR=14;TR=3;WE=69699486;WS=69699468;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,3:0.33:9
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chr10	69716602	.	T	TA	62.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.526;ClippingRankSum=0.000;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=2.758;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.00;ReadPosRankSum=-0.753;SOR=0.358;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:51,12:0.19:63
chr10	69750213	rs11422655	G	GAA	168.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.643;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.42;MQRankSum=0.873;QD=8.88;ReadPosRankSum=0.127;SOR=0.741;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,12:0.63:19
chr10	69750788	rs5785841	GA	G	4482.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.741;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=297;ExcessHet=3.0103;FS=1.325;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.18;MQRankSum=0.418;QD=18.76;ReadPosRankSum=-0.355;SOR=0.465;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:12,227:0.95:239
chr10	69755112	rs2308195	C	CCTAT	322.75	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=4;PP=198;SC=TTAGTTTCTCCCTATTATATA;SOR=1.863;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=6;TCF=1;TCR=5;TR=5;WE=69755120;WS=69755102;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr10	69773931	rs35133402	A	G	1360.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-1.776;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.095;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=24;PP=480;ReadPosRankSum=2.395;SC=GAACAAAAGCAGAAGTGTGCT;SOR=0.593;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=117;TCF=48;TCR=69;TR=42;WE=69773939;WS=69773921;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:138,79:0.36:217
chr10	69902549	rs3814180	T	C	443.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=12;NR=1;PP=338;SC=CTTCTCACTGTTACAAAAAAA;SOR=4.047;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=13;TCF=12;TCR=1;TR=13;WE=69902557;WS=69902541;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr10	69905257	rs144764983	C	T	381.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.815;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=7;PP=173;ReadPosRankSum=-0.584;SC=ACTCAGAAGGCGACCCTAACA;SOR=0.638;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=35;TCF=19;TCR=16;TR=14;WE=69905265;WS=69905247;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,20:0.38:53
chr10	69921335	rs10823142	T	A	142.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=1;PP=110;SC=CCTGTCCCTGTTGAGATCATC;SOR=2.303;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=5;TCR=1;TR=6;WE=69921343;WS=69921328;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr10	69925123	rs10823146	C	T	408.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.837;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.757;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.902;NF=11;NR=3;PP=216;ReadPosRankSum=1.178;SC=GTAGGAGAATCGCTTGAACCT;SOR=1.230;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=22;TCF=16;TCR=6;TR=14;WE=69925131;WS=69925113;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,18:0.69:26
chr10	69925176	rs10823147	T	C	1035.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.605;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.133;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.986;NF=20;NR=9;PP=477;ReadPosRankSum=0.404;SC=GCCACTGCGCTCCAGCCTGGG;SOR=0.999;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=44;TCF=29;TCR=15;TR=29;WE=69925184;WS=69925166;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,46:0.67:69
chr10	69926097	rs2673794	T	C	4847.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.460;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=310;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=79;NR=55;PP=2314;ReadPosRankSum=-0.616;SC=CAGCCAACTCTACCACCAACC;SOR=0.700;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=196;TCF=115;TCR=81;TR=134;WE=69926105;WS=69926087;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:94,216:0.70:310
chr10	69926334	rs10823148	C	G	5146.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.031;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=323;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.035;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=70;NR=86;PP=2705;ReadPosRankSum=0.209;SC=CCGATTCTTTCCAGGAGAGGT;SOR=0.567;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=214;TCF=91;TCR=123;TR=156;WE=69926342;WS=69926324;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:98,223:0.69:321
chr10	69933921	rs10997975	G	A	6015.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.389;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=447;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.533;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=88;NR=74;PP=2786;ReadPosRankSum=-1.480;SC=TTTCCTTTCAGCATGACTGTT;SOR=0.747;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=274;TCF=147;TCR=127;TR=162;WE=69933929;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:164,271:0.62:435
chr10	69933969	rs7916821	G	A	6041.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.924;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=458;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.790;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=89;NR=79;PP=2820;ReadPosRankSum=1.595;SC=ACAACATCCAGTAAGCAGGTG;SOR=0.705;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=276;TCF=139;TCR=137;TR=168;WE=69933977;WS=69933959;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:173,275:0.61:448
chr10	69934258	rs3814182	C	G	11251.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=1.905;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=784;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=152;NR=140;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.345;SC=CCATCCCCAGCGGAAACCAGT;SOR=0.720;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=460;TCF=239;TCR=221;TR=292;WE=69934266;WS=69934248;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:276,506:0.65:782
chr10	69934467	rs3814183	A	G	3087.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=70;PP=2120;SC=GTCGATGTGCACATTGAATAG;SOR=2.977;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=81;TCF=11;TCR=70;TR=81;WE=69934475;WS=69934457;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr10	69934535	rs7917519	G	A	1047.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=26;PP=714;SC=ATTCTCTTAGGCACAGAATGG;SOR=2.712;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=5;TCR=26;TR=31;WE=69934543;WS=69934525;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr10	69935059	rs7097776	A	G	2738.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.466;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.561;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=35;PP=1127;ReadPosRankSum=-3.018;SC=TGGGTGTGTCAGGTGTGGATT;SOR=0.636;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=111;TCF=61;TCR=50;TR=76;WE=69935067;WS=69935049;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,128:0.67:192
chr10	69935235	rs6480306	T	C	4005.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=43;NR=67;PP=2110;SC=TTGTTGGATTTAGAAGGTTTA;SOR=1.097;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=110;TCF=43;TCR=67;TR=110;WE=69935243;WS=69935225;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,150:1.00:150
chr10	69948844	rs10733838	T	C	3522.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=29;NR=57;PP=1876;SC=GCTCTCCAGTTACATTCACCT;SOR=1.262;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=86;TCF=29;TCR=57;TR=86;WE=69948852;WS=69948834;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr10	69954290	rs7081213	G	A	1247.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-3.335;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.291;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=29;PP=728;ReadPosRankSum=1.727;SC=AGGGTTCTGCGCTGTGCTGCA;SOR=0.421;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=49;TCF=11;TCR=38;TR=38;WE=69954298;WS=69954280;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,51:0.76:67
chr10	69955140	rs7069569	T	A	1269.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.274;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=13;PP=790;ReadPosRankSum=1.262;SC=GGTCCAGAAATTTTTATGTAA;SOR=0.795;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=72;TCF=51;TCR=21;TR=45;WE=69955148;WS=69955130;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,57:0.63:91
chr10	69956999	rs34524918	C	CA	89.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.424;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=6.41;ReadPosRankSum=0.469;SOR=1.002;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,9:0.64:14
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chr10	69957350	rs7095607	G	A	526.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.443;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=22.90;ReadPosRankSum=0.379;SOR=1.292;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,14:0.61:23
chr10	69957375	rs7095492	C	T	460.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=2.899;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.166;HP=7;HapScore=2;MGOF=36;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=7;PP=128;ReadPosRankSum=-1.416;SC=CACTTTTTTTCATCATAAGGC;SOR=2.712;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=2;TCR=10;TR=7;WE=69957383;WS=69957365;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,10:0.67:15
chr10	69959097	rs7079549	G	T	718.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.124;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.302;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=6;PP=447;ReadPosRankSum=-0.542;SC=CATCAGTCATGTGCCTCAGCT;SOR=1.503;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=39;TCF=30;TCR=9;TR=27;WE=69959105;WS=69959087;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,29:0.66:44
chr10	69959242	rs7079481	C	A	3803.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.882;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=314;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.887;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=1.169;NF=61;NR=52;PP=1668;ReadPosRankSum=3.947;SC=GCTCATTGACCCACTCACTCA;SOR=0.617;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=180;TCF=98;TCR=82;TR=113;WE=69959250;WS=69959232;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:123,182:0.60:305
chr10	69959345	rs11279655	GCTGGGA	G	3252.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.587;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.938;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.286;NF=6;NR=38;PP=2392;ReadPosRankSum=0.332;SC=AAGGTTTGCTGCTGGGACCCC;SOR=1.105;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=81;TCF=11;TCR=70;TR=44;WE=69959358;WS=69959335;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,84:0.55:152
chr10	69959397	rs7079974	G	A	1170.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-0.035;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=35;PP=794;ReadPosRankSum=0.130;SC=AAGAGGCAGAGCCTCTGCCAG;SOR=0.781;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=85;TCF=26;TCR=59;TR=50;WE=69959405;WS=69959387;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,52:0.57:92
chr10	69961470	rs7913133	A	G	730.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.459;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.9994;FS=1.953;HP=1;HapScore=1;MGOF=43;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=10;PP=491;ReadPosRankSum=1.490;SC=GGGTGCAGGCAGAGGTTGCAG;SOR=0.349;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=32;TCF=22;TCR=10;TR=29;WE=69961478;WS=69961460;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,32:0.86:37
chr10	69961501	rs7913146	A	G	1409.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=35;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=32;NR=16;PP=943;SC=TCTTGCCACCACACTCCAGCC;SOR=1.524;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=50;TCF=34;TCR=16;TR=48;WE=69961509;WS=69961491;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr10	69961537	rs370818222	CA	C	112.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.527;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FS=1.005;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.20;MQRankSum=1.775;QD=1.08;ReadPosRankSum=0.373;SOR=0.525;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:78,26:0.25:104
chr10	69966392	rs3814185	T	G	289.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=8;NR=1;PP=240;SC=CTGCTCTTCTTTGACGTCTTC;SOR=3.056;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=8;TCR=1;TR=9;WE=69966400;WS=69966391;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr10	69969986	rs10998022	C	T	58.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.748;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.20;ReadPosRankSum=-1.065;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,4:0.29:14
chr10	70045201	rs7909365	C	A	4523.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=31;NR=77;PP=2424;SC=AGACAATCCCCAAGAAAACAG;SOR=1.402;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=108;TCF=31;TCR=77;TR=108;WE=70045209;WS=70045191;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,163:1.00:163
chr10	70045264	rs3816299	A	C	1734.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=13;NR=34;PP=1057;SC=TCCAGTTTGAATAAACTCTAG;SOR=1.609;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=13;TCR=34;TR=47;WE=70045272;WS=70045254;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr10	70051810	rs3835100	A	G	1610.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=27;NR=10;PP=844;SC=GATGGGGGGAAAAAAAACAAA;SOR=1.342;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=37;TCF=27;TCR=10;TR=37;WE=70051818;WS=70051800;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr10	70051928	rs10823171	A	G	3854.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=50;NR=54;PP=1891;SC=GGACGATGCCATCCTCTGCTC;SOR=0.763;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=104;TCF=50;TCR=54;TR=104;WE=70051936;WS=70051918;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,147:1.00:147
chr10	70056600	rs2394470	C	T	2444.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=49;NR=25;PP=1366;SC=CACTCCAGCCCGTGCGACAGA;SOR=1.364;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=75;TCF=49;TCR=26;TR=74;WE=70056608;WS=70056590;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr10	70105560	rs1162753	G	A	7974.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=307;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=110;NR=66;PP=2965;SC=TGAATGAGCAGTGCATGACAG;SOR=1.012;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=176;TCF=110;TCR=66;TR=176;WE=70105568;WS=70105550;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,300:1.00:300
chr10	70143774	rs7899885	C	T	3324.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=28;NR=60;PP=1910;SC=ATTTCTGACACGAGATTGTCT;SOR=1.402;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=88;TCF=28;TCR=60;TR=88;WE=70143782;WS=70143764;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr10	70156556	rs201556684	T	C	517.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.025;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.70;ReadPosRankSum=0.685;SOR=0.651;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:151,41:0.21:192
chr10	70166913	rs59831114	T	G	2008.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=17;NR=40;PP=1244;SC=ACTGAGGGCCTAGCGTTCGGT;SOR=3.174;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=58;TCF=18;TCR=40;TR=57;WE=70166921;WS=70166903;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr10	70174707	rs1801041	T	A	745.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.239;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=8;PP=276;ReadPosRankSum=-1.901;SC=AAATACTGCATTAAATTTTGT;SOR=0.869;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=17;TCR=12;TR=19;WE=70174715;WS=70174697;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,35:0.74:47
chr10	70210007	rs34191745	GA	G	65.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.910;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.19;MQRankSum=1.674;QD=1.83;ReadPosRankSum=-0.530;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,10:0.28:36
chr10	70252822	.	G	GA	125.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.591;ClippingRankSum=0.000;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=1.705;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.37;MQRankSum=1.281;QD=4.66;ReadPosRankSum=-0.395;SOR=0.321;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,11:0.41:27
chr10	70266546	rs2275716	G	T	297.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=9;PP=215;SC=GACAATCACAGATAAAGATTA;SOR=2.494;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=11;TCF=2;TCR=9;TR=11;WE=70266554;WS=70266536;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr10	70276728	rs2664412	G	A	932.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=8;NR=20;PP=534;SC=TGCCCACAGCGTATAGATATG;SOR=1.675;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=28;TCF=8;TCR=20;TR=28;WE=70276736;WS=70276718;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr10	70332066	rs3814177	C	T	185.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-3.171;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=1;PP=134;ReadPosRankSum=-0.832;SC=CTGTTTCCTGCGCCCTTTCAT;SOR=0.455;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=40;TCF=36;TCR=4;TR=11;WE=70332074;WS=70332056;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,11:0.26:42
chr10	70332580	rs10823229	A	G	1910.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.628;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=421;ExcessHet=3.0103;FS=1.236;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.64;ReadPosRankSum=-0.452;SOR=0.588;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:295,117:0.28:412
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chr10	70405855	rs3998860	A	G	9401.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=342;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=134;NR=101;PP=2965;SC=AGGGCACAATACAACAGAAAC;SOR=0.935;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=235;TCF=134;TCR=101;TR=235;WE=70405863;WS=70405845;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,339:1.00:339
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chr10	70497482	rs1162961	A	G	464.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=17;NR=4;PP=404;SC=TCAATGCCACACCAGAACAGA;SOR=2.833;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=21;TCF=17;TCR=4;TR=21;WE=70497490;WS=70497472;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr10	70497799	rs1149679	C	T	365.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=5;PP=161;SC=AAAAAAGGAACGTCTCCAAGG;SOR=0.976;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=9;TCF=4;TCR=5;TR=9;WE=70497807;WS=70497789;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr10	70502288	rs1300253	G	A	7135.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=2.140;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=275;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.739;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=107;PP=2965;ReadPosRankSum=1.192;SC=TACATGATACGTTTGGATTTG;SOR=0.760;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=175;TCF=66;TCR=109;TR=172;WE=70502296;WS=70502278;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,271:1.00:272
chr10	70502426	rs1300252	T	C	738.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=20;PP=482;SC=TGGACACAGTTGTGCAATCTC;SOR=3.611;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=23;TCF=3;TCR=20;TR=23;WE=70502434;WS=70502416;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr10	70520636	rs58477996	CAAA	C	932.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.32;QD=31.09;SOR=0.784;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr10	70525591	rs1149688	G	A	1632.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=34;NR=14;PP=869;SC=TCTTGCACATGTATATACATC;SOR=1.647;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=48;TCF=34;TCR=14;TR=48;WE=70525599;WS=70525581;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr10	70531217	rs10823258	C	T	1819.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=20;NR=34;PP=1057;SC=GTAATAACAACCTGCTTTAGA;SOR=1.098;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=54;TCF=20;TCR=34;TR=54;WE=70531225;WS=70531207;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr10	70532990	rs12570981	G	A	88.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-0.566;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=3;PP=60;ReadPosRankSum=0.108;SC=TCTTCAGTGAGAAAGTTTTTC;SOR=0.223;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=7;TCF=1;TCR=6;TR=4;WE=70532998;WS=70532980;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,4:0.57:7
chr10	70534744	rs1782323	A	C	779.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.047;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=3.136;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=22.28;ReadPosRankSum=-0.516;SOR=0.405;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,34:0.97:35
chr10	70641860	rs1341667	T	C	5340.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=50;NR=79;PP=2755;SC=GATGAAACATTACCCAGGTAG;SOR=1.071;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=130;TCF=50;TCR=80;TR=129;WE=70641868;WS=70641850;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,196:1.00:196
chr10	70652559	rs41278534	A	C	65.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.352;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.13;ReadPosRankSum=1.752;SOR=0.655;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,5:0.24:21
chr10	70673430	rs5030891	G	A	903.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-0.683;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=25;PP=662;ReadPosRankSum=-0.489;SC=TGTCCCCTGCGTTCTAACAAA;SOR=1.863;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=29;TCF=3;TCR=26;TR=28;WE=70673438;WS=70673420;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,32:0.97:33
chr10	70696009	rs7084726	T	C	1329.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=29;PP=753;SC=TTTGGGAGGCTGAGGCGGGCA;SOR=1.609;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=41;TCF=12;TCR=29;TR=41;WE=70696017;WS=70695999;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr10	70696713	rs5030895	C	T	412.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=11;NR=4;PP=328;SC=CCGTTTCTTACGCTGCTGTTG;SOR=1.911;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=11;TCR=4;TR=15;WE=70696721;WS=70696703;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr10	70696908	rs1539166	G	T	1336.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=20;NR=22;PP=687;SC=TTGAACATAGGAAATATTGTA;SOR=0.770;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=42;TCF=20;TCR=22;TR=42;WE=70696916;WS=70696898;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr10	70700944	rs5030900	A	G	2855.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.649;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=32;PP=1280;ReadPosRankSum=-0.827;SC=TCCTGAAAGGAAATATGGTAG;SOR=0.865;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=81;TCF=47;TCR=34;TR=78;WE=70700952;WS=70700934;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,111:0.98:113
chr10	70716106	rs5030896	A	G	4761.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=42;NR=79;PP=2293;SC=GGGACGCTGAATGGAGCGGAA;SOR=1.244;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=121;TCF=42;TCR=79;TR=121;WE=70716114;WS=70716096;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,178:1.00:178
chr10	70722939	rs5030897	T	C	1163.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=33;NR=4;PP=874;SC=GAAGGTAGAATTCCTTAATTC;SOR=3.556;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=37;TCF=33;TCR=4;TR=37;WE=70722947;WS=70722929;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr10	70723857	.	G	GA	215.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.907;ClippingRankSum=0.000;DP=82;ExcessHet=3.0103;FS=2.829;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.00;ReadPosRankSum=0.426;SOR=1.327;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:47,25:0.35:72
chr10	70725128	rs3898314	A	G	2168.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=1.404;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.315;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=21;PP=1187;ReadPosRankSum=0.324;SC=ATTTTTCTTTATCAGGTACTG;SOR=0.977;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=88;TCF=58;TCR=30;TR=64;WE=70725136;WS=70725118;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,96:0.67:143
chr10	70733266	rs5030899	T	G	1226.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.819;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=16;PP=646;ReadPosRankSum=0.173;SC=CTCTCTTTTTTGGTTTAGTGT;SOR=0.580;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=55;TCF=34;TCR=21;TR=41;WE=70733274;WS=70733256;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,55:0.73:75
chr10	70734599	rs5030902	A	T	2837.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.953;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=27.29;ReadPosRankSum=1.134;SOR=0.612;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,103:0.99:104
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chr10	70748784	rs2255607	G	A	988.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.261;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.240;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=17;PP=538;ReadPosRankSum=-0.760;SC=GGCCGAGGACGGCCCGGGTGC;SOR=0.659;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=101;TCF=56;TCR=45;TR=35;WE=70748792;WS=70748774;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,50:0.36:138
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chr10	70992912	rs5030970	A	T	2147.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-3.479;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.983;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=40;PP=1026;ReadPosRankSum=-0.051;SC=GGGAAGCAGCAGTGCAGGAAT;SOR=0.478;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=114;TCF=46;TCR=68;TR=70;WE=70992920;WS=70992902;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,101:0.64:157
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chr10	70992970	rs5030972	G	A	1878.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=0.038;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=30;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=31;PP=731;ReadPosRankSum=-0.237;SC=CTGCACGCAGGAGAGAACAGC;SOR=0.720;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=70;TCF=16;TCR=54;TR=38;WE=70992978;WS=70992960;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,48:0.59:82
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chr10	70998909	rs5030973	C	T	286.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=1.306;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.445;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=14;PP=225;ReadPosRankSum=-0.294;SC=GAATTCACCTCGGTGTGGGAG;SOR=1.055;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=54;TCF=17;TCR=37;TR=19;WE=70998917;WS=70998899;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,18:0.29:62
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chr10	71008105	rs7903151	T	C	606.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.037;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.977;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.145;NF=16;NR=9;PP=390;ReadPosRankSum=0.880;SC=GGACTGGGTTTACTGCTGCCC;SOR=0.502;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=54;TCF=36;TCR=18;TR=25;WE=71008113;WS=71008095;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,29:0.45:65
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chr10	71016947	rs2279930	C	G	1344.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.658;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.561;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=24;PP=856;ReadPosRankSum=1.059;SC=CCCCTCTGCTCTGCCATCCTC;SOR=0.768;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=138;TCF=80;TCR=58;TR=57;WE=71016955;WS=71016937;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:123,68:0.36:191
chr10	71018660	rs1111335	T	C	1836.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=20;NR=35;PP=945;SC=AGATGACATCTGGACCCGATA;SOR=1.195;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=55;TCF=20;TCR=35;TR=55;WE=71018668;WS=71018650;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
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chr10	71027231	rs2611	G	C	996.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=1.499;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.915;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=12;PP=583;ReadPosRankSum=1.289;SC=TGTGTTGCAGGTGTTGATAGT;SOR=0.905;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=53;TCF=33;TCR=20;TR=34;WE=71027239;WS=71027221;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,45:0.61:74
chr10	71052083	rs4746836	C	T	666.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.682;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=10;PP=239;ReadPosRankSum=0.150;SC=CCTGCCTCAGCCTCCTAAAGT;SOR=0.619;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=65;TCF=37;TCR=28;TR=23;WE=71052091;WS=71052073;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,37:0.43:87
chr10	71055232	rs2894081	T	C	87.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=3;NR=1;PP=52;SC=ATCCAGAGAATTGGTAATCAT;SOR=1.609;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=3;TCR=1;TR=4;WE=71055240;WS=71055229;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr10	71055459	rs4746837	T	C	2353.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.15;SOR=0.948;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr10	71060610	rs906220	A	G	3346.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=35;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=41;NR=34;PP=1251;SC=AGAGCCCTGCATGATTTTGTA;SOR=0.802;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=75;TCF=41;TCR=34;TR=75;WE=71060618;WS=71060600;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,133:1.00:133
chr10	71060634	rs906221	G	A	3160.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=40;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=31;NR=37;PP=1361;SC=AGAAAATCCTGGAATACCCAC;SOR=0.836;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=70;TCF=32;TCR=38;TR=68;WE=71060642;WS=71060624;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr10	71060696	rs906222	G	A	1487.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=35;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=14;NR=28;PP=863;SC=AGGATACAAGGTTAATATACA;SOR=1.445;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=42;TCF=14;TCR=28;TR=42;WE=71060715;WS=71060686;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr10	71060707	rs906223	T	A	1179.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=35;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=13;NR=24;PP=805;SC=TTAATATACATAAATCAATTG;SOR=1.402;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=37;TCF=13;TCR=24;TR=37;WE=71060715;WS=71060686;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr10	71098195	rs906216	G	T	209.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=1.633;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.427;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=3;PP=179;ReadPosRankSum=-0.154;SC=GGTTTGAGAGGGAGCATTTGA;SOR=1.112;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=41;TCF=29;TCR=12;TR=13;WE=71098203;WS=71098185;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,12:0.28:43
chr10	71098295	rs7912524	T	A	643.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=2.057;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.713;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=11;PP=325;ReadPosRankSum=0.754;SC=CAGCTGGAAGTGGTGCTGTGC;SOR=0.631;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=60;TCF=28;TCR=32;TR=23;WE=71098303;WS=71098285;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,35:0.38:93
chr10	71098436	rs10578071	AGT	A	227.75	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=1;NR=7;PP=480;SC=TGGAGATGTGAGTGTGTGTGT;SOR=1.863;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=12;TCF=1;TCR=11;TR=8;WE=71098445;WS=71098426;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr10	71103597	rs1133189	C	G	399.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.182;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.489;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=9;PP=248;ReadPosRankSum=1.123;SC=ACAAGTATCTCTATGCCATGC;SOR=0.365;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=59;TCF=40;TCR=19;TR=22;WE=71103605;WS=71103587;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,24:0.31:77
chr10	71142420	rs748235	G	A	2947.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.371;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=249;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.405;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=42;PP=1219;ReadPosRankSum=-0.165;SC=ACCTCACCAAGGACATGCTGC;SOR=0.470;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=130;TCF=51;TCR=79;TR=77;WE=71142428;WS=71142410;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:104,141:0.58:245
chr10	71144702	rs749105	G	A	1146.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=0.859;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.959;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=31;PP=791;ReadPosRankSum=0.307;SC=CTCAGTGATCGGGCAGCACTG;SOR=0.558;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=68;TCF=18;TCR=50;TR=44;WE=71144710;WS=71144692;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,49:0.60:81
chr10	71168685	rs55953810	A	T	1482.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.68;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=20;NR=14;PP=1321;SC=CACCTTCTTCATGGCCTGCAG;SOR=0.800;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=36;TCF=21;TCR=15;TR=34;WE=71168693;WS=71168675;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr10	71243323	rs10823396	C	G	220.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-3.318;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.269;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=2;PP=140;ReadPosRankSum=-0.569;SC=CTAACAGGGCCCTTTCTGTGC;SOR=0.276;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=25;TCF=22;TCR=3;TR=12;WE=71243331;WS=71243313;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,12:0.48:25
chr10	71244832	rs2305201	C	A	1176.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.286;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.241;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=19;PP=588;ReadPosRankSum=0.525;SC=CAGATGGTGCCTCCCCTGTAC;SOR=0.578;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=119;TCF=73;TCR=46;TR=47;WE=71244840;WS=71244822;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:105,66:0.39:171
chr10	71267412	rs1665583	T	G	138.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.239;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=12.372;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.02;ReadPosRankSum=4.180;SOR=2.584;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,18:0.39:46
chr10	71267417	rs3750790	T	G	178.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.431;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=12.385;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.26;ReadPosRankSum=3.000;SOR=2.531;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,20:0.48:42
chr10	71332204	rs4536103	A	G	4258.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=48;NR=40;PP=1860;SC=GCAGGCGGAAAAGGTGGCCCC;SOR=0.889;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=88;TCF=48;TCR=40;TR=88;WE=71332212;WS=71332194;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,154:1.00:154
chr10	71332842	rs144643855	CTG	C	2692.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=33;PP=1547;SC=GAGTCCGTCACTGGGCGCAGT;SOR=1.839;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=34;TCF=1;TCR=33;TR=34;WE=71332851;WS=71332832;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr10	71390392	rs1947741	C	T	4566.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=62;NR=42;PP=2026;SC=TTTCGGCATACATGTCACCAG;SOR=0.935;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=105;TCF=62;TCR=43;TR=104;WE=71390400;WS=71390382;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,173:1.00:173
chr10	71391707	rs2262274	C	T	3223.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.085;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.792;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.358;NF=12;NR=45;PP=1265;ReadPosRankSum=0.925;SC=CTGAAGCCCTCTTTGCAGAGA;SOR=1.788;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=58;TCF=12;TCR=46;TR=57;WE=71391727;WS=71391697;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,82:0.98:84
chr10	71391719	rs144716370	C	CTGGGTAAGACT	3151.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.318;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.822;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.380;NF=2;NR=30;PP=2028;ReadPosRankSum=1.530;SC=TTGCAGAGAGCTGGGGAAGAT;SOR=1.810;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=42;TCF=2;TCR=40;TR=32;WE=71391727;WS=71391697;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,73:0.97:75
chr10	71391774	rs10998886	G	A	274.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-2.570;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=484;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=8;PP=124;ReadPosRankSum=-0.743;SC=TTCTCCAGGCGCCTCCCCAGA;SOR=0.368;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=0;TCR=17;TR=8;WE=71391782;WS=71391764;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,12:0.52:23
chr10	71392495	rs2616089	T	A	4034.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.33;SOR=1.338;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr10	71392501	rs2616088	G	C	4299.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.00;SOR=1.408;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr10	71392557	rs12020	C	T	4748.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.809;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=72;NR=52;PP=2255;ReadPosRankSum=2.242;SC=GCTTCTTCAACAGGGGCCATG;SOR=0.339;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=125;TCF=73;TCR=52;TR=124;WE=71392565;WS=71392547;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,182:0.99:183
chr10	71392692	rs1052152	T	C	6225.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.213;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=249;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.138;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=75;NR=78;PP=2697;ReadPosRankSum=0.212;SC=AGTGGCATCTTGGCAACCATG;SOR=0.474;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=158;TCF=77;TCR=81;TR=153;WE=71392700;WS=71392682;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,237:0.99:240
chr10	71562437	rs10998973	G	A	529.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.389;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FS=1.314;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.55;ReadPosRankSum=0.564;SOR=0.846;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:162,46:0.22:208
chr10	71582371	rs8181302	G	A	157.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.845;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.617;HP=5;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=7;PP=126;ReadPosRankSum=2.798;SC=TGCCTGCCCCGCATCCATCAG;SOR=1.022;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=25;TCF=6;TCR=19;TR=9;WE=71582379;WS=71582361;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,9:0.29:31
chr10	71583757	rs11598684	C	T	687.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.450;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=8;PP=430;ReadPosRankSum=1.013;SC=CAATGACAACCGATTTTTGCT;SOR=0.632;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=94;TCF=70;TCR=24;TR=29;WE=71583765;WS=71583747;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:103,40:0.28:143
chr10	71620388	rs10762320	G	A	157.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.68;BaseQRankSum=1.447;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.351;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=3;PP=26;ReadPosRankSum=2.536;SC=TCGGGTTGTCGTTCCTCTTGC;SOR=0.454;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=21;TCF=13;TCR=8;TR=5;WE=71620396;WS=71620378;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,11:0.26:42
chr10	71620436	rs67173564	A	AC	587.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.312;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FS=0.829;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.65;ReadPosRankSum=-1.091;SOR=0.590;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:77,27:0.26:104
chr10	71637832	rs41277952	A	G	3564.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.106;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=242;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.722;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=73;PP=1931;ReadPosRankSum=1.038;SC=GTGAGTCCACACTTTCCCCTT;SOR=0.562;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=156;TCF=53;TCR=103;TR=116;WE=71637840;WS=71637822;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,159:0.67:238
chr10	71637905	rs10823446	C	A	287.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-3.465;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.529;HP=6;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=12;PP=170;ReadPosRankSum=0.845;SC=AGCCCTCCCCCCCATGAAAGC;SOR=0.225;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=58;TCF=8;TCR=50;TR=15;WE=71637913;WS=71637895;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,17:0.28:61
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chr10	71649064	rs143450012	GGGGGGCAGGGAGGAGCACA	G	683.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-1.004;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=4.141;NF=2;NR=5;PP=1911;ReadPosRankSum=-0.750;SC=GGAGGAGCACGGGGGGCAGGG;SOR=0.603;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=21;TCF=7;TCR=14;TR=7;WE=71649090;WS=71649054;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,22:0.42:53
chr10	71649309	rs2683572	A	G	1334.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-1.307;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.017;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=20;PP=573;ReadPosRankSum=-0.977;SC=ATGGCTGTCCATGCTGGTCAC;SOR=0.541;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=62;TCF=29;TCR=33;TR=40;WE=71649317;WS=71649299;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,62:0.69:90
chr10	71654602	rs10999018	G	A	129.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=1.309;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=5;PP=88;ReadPosRankSum=-0.792;SC=TAATAGATTCGGTTGACACCG;SOR=1.179;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=6;WE=71654610;WS=71654592;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,6:0.60:10
chr10	71655443	rs1227744	G	A	3058.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=27;NR=49;PP=1445;SC=TCATGGGGGAGCAGGAGCACC;SOR=1.160;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=78;TCF=29;TCR=49;TR=76;WE=71655451;WS=71655433;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr10	71657272	rs1227746	A	G	14345.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=544;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=163;NR=159;PP=2965;SC=GCTCCAGCCAAATAATTGCCC;SOR=0.716;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=328;TCF=168;TCR=160;TR=322;WE=71657280;WS=71657262;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,540:1.00:540
chr10	71658512	rs1227747	G	A	13716.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=530;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=157;NR=175;PP=2965;SC=AAAGGCGGACGTTCCAGGTAG;SOR=0.780;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=333;TCF=157;TCR=176;TR=332;WE=71658520;WS=71658502;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,528:1.00:528
chr10	71664661	.	CTT	C	583.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.317;ClippingRankSum=0.000;DP=129;ExcessHet=3.0103;FS=2.458;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.90;ReadPosRankSum=1.115;SOR=1.029;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:62,37:0.37:99
chr10	71665676	rs2683575	G	C	710.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=19;PP=472;SC=TTCCAACCTAGGTGGCTGTGC;SOR=2.066;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=6;TCR=19;TR=25;WE=71665684;WS=71665666;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr10	71677997	rs2274182	C	T	167.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=1.546;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.512;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=0;PP=109;ReadPosRankSum=-0.266;SC=GCTGCCCCCTCGCTGCAGAAT;SOR=3.056;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=11;TCR=3;TR=6;WE=71678005;WS=71677987;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,9:0.47:19
chr10	71678058	rs2274181	C	G	197.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.443;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=3.179;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.65;ReadPosRankSum=1.091;SOR=0.510;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,13:0.37:35
chr10	71681530	rs2274180	C	A	801.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-2.186;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.651;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=13;PP=440;ReadPosRankSum=0.424;SC=GCAGGGGCACCGAGGCAGGAG;SOR=0.198;SbPval=0.17;Source=Platypus;TC=57;TCF=40;TCR=17;TR=32;WE=71681538;WS=71681520;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,38:0.54:71
chr10	71681766	rs4237324	A	G	1122.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.083;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.948;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=27;PP=532;ReadPosRankSum=-2.386;SC=ACATCCACACAGGCCCCAGCA;SOR=0.862;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=119;TCF=45;TCR=74;TR=39;WE=71681774;WS=71681756;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:119,63:0.35:182
chr10	71689966	rs59283631	TG	T	671.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=3;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=9;NR=13;PP=361;SC=GAAGGGGAGATGGGGGGGGGC;SOR=1.609;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=25;TCF=10;TCR=15;TR=22;WE=71689974;WS=71689955;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr10	71696413	rs12571041	C	T	3466.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=-2.193;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.443;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=27;PP=1200;ReadPosRankSum=-0.760;SC=CCATACTCTGCACCCAAAACC;SOR=0.561;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=67;TCF=39;TCR=28;TR=66;WE=71696421;WS=71696403;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,136:0.99:137
chr10	71697229	rs3750782	A	G	598.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=16;NR=1;PP=407;SC=AACTGAGGCGAGAGTAGGCTA;SOR=3.056;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=17;TCF=16;TCR=1;TR=17;WE=71697237;WS=71697225;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr10	71697516	rs3750781	G	C	2502.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=29;NR=44;PP=1119;SC=TGATGGGCCAGGGGTGTGGGC;SOR=1.090;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=73;TCF=29;TCR=44;TR=73;WE=71697524;WS=71697506;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr10	71703995	rs3750780	A	G	778.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.705;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.849;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=18;PP=418;ReadPosRankSum=-0.147;SC=CTGGGACCCAACACCAGGGGT;SOR=0.330;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=29;TCF=3;TCR=26;TR=21;WE=71704003;WS=71703985;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,31:0.76:41
chr10	71851429	rs72075869	CA	C	262.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.326;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=2.171;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.16;MQRankSum=1.083;QD=4.04;ReadPosRankSum=-0.549;SOR=0.451;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,29:0.45:65
chr10	71868763	rs2271698	G	A	4611.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=61;NR=48;PP=2102;SC=GAAATAACCCGCGGCATTTTC;SOR=0.904;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=109;TCF=61;TCR=48;TR=109;WE=71868771;WS=71868753;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,175:1.00:175
chr10	71876382	rs2394656	C	T	1876.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=39;NR=15;PP=1025;SC=GCTCACCAAACGCTTTGCGGT;SOR=1.643;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=55;TCF=39;TCR=16;TR=54;WE=71876390;WS=71876372;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr10	71880757	rs4746962	A	C	6074.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=100;NR=64;PP=2965;SC=GCTCTGAGTAACCCCGTGGCC;SOR=1.105;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=164;TCF=100;TCR=64;TR=164;WE=71880765;WS=71880747;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,228:1.00:228
chr10	71880791	rs73273531	C	G	2400.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-2.426;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=365;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=36;PP=1008;ReadPosRankSum=1.002;SC=CCTAGGCATCCCCAAGGCTGT;SOR=0.691;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=216;TCF=124;TCR=92;TR=84;WE=71880799;WS=71880781;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:223,139:0.38:362
chr10	71880858	rs10999147	A	G	5923.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.513;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=450;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.537;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=74;NR=90;PP=2431;ReadPosRankSum=1.887;SC=CTGCCTCACCATGTCCTCATA;SOR=0.751;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=257;TCF=117;TCR=140;TR=164;WE=71880866;WS=71880848;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:166,280:0.63:446
chr10	71905569	rs3750774	C	A	4270.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=64;NR=42;PP=2166;SC=CGGTGCCGGGCAGGCAGCGTG;SOR=1.060;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=106;TCF=64;TCR=42;TR=106;WE=71905577;WS=71905559;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,157:1.00:157
chr10	71906150	rs4746970	T	C	5230.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=76;NR=51;PP=2647;SC=CCGGCCGCGGTCAGGACTTCG;SOR=1.022;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=127;TCF=76;TCR=51;TR=127;WE=71906158;WS=71906140;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,187:1.00:187
chr10	71921591	rs2271690	G	A	1780.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.523;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=27;PP=857;ReadPosRankSum=1.303;SC=TTTGAAACCTGTATTTCAAGG;SOR=0.869;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=49;TCF=22;TCR=27;TR=49;WE=71921599;WS=71921581;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,72:0.97:74
chr10	71970259	rs3969945	G	A	732.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=14;PP=380;SC=GGATAGTACAGGCACTGTACA;SOR=1.781;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=19;TCF=5;TCR=14;TR=19;WE=71970267;WS=71970249;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr10	71974468	rs7911572	C	T	1297.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=11;NR=24;PP=611;SC=TCTTTATTCGCATTTAAGAAT;SOR=1.270;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=35;TCF=11;TCR=24;TR=35;WE=71974476;WS=71974458;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
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chr10	71990186	rs142621061	A	G	118.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.195;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=3.876;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.24;ReadPosRankSum=-1.608;SOR=1.004;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,8:0.29:28
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chr10	72037687	rs35789490	T	TG	2577.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.229;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.731;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.141;NF=12;NR=26;PP=1359;ReadPosRankSum=-0.370;SC=CTCTAGATGTTGGGGAAGACT;SOR=0.497;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=54;TCF=20;TCR=34;TR=38;WE=72037695;WS=72037677;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,93:0.76:122
chr10	72043389	rs1889394	T	G	10282.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=402;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=87;NR=114;PP=2965;SC=GTCGGTACCCTGCCCCACGGC;SOR=0.836;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=202;TCF=87;TCR=115;TR=201;WE=72043397;WS=72043379;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,401:1.00:401
chr10	72043460	rs10999239	T	G	2407.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=-0.364;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=44;PP=1182;ReadPosRankSum=-0.346;SC=GCTCCGGCGGTCTCCGATGGC;SOR=0.685;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=109;TCF=36;TCR=73;TR=66;WE=72043468;WS=72043450;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,107:0.65:165
chr10	72061079	rs10740336	C	T	1147.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=23;NR=15;PP=763;SC=GTGGCCTCTGCCCCTTGCTGG;SOR=0.788;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=38;TCF=23;TCR=15;TR=38;WE=72061087;WS=72061069;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr10	72061420	rs4746997	A	G	1227.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=13;NR=26;PP=681;SC=AGCCCTGTGCAAAGGGCCATC;SOR=1.514;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=39;TCF=13;TCR=26;TR=39;WE=72061428;WS=72061410;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr10	72083835	rs3750764	C	A	418.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=1.149;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=14;PP=314;ReadPosRankSum=0.606;SC=GGGGGCCACCCCGAGACCACA;SOR=0.679;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=63;TCF=17;TCR=46;TR=20;WE=72083843;WS=72083825;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,24:0.26:92
chr10	72164470	rs3750766	C	T	34.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.978;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.93;ReadPosRankSum=-1.078;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,4:0.22:18
chr10	72179746	rs1043098	C	T	3035.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.245;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=394;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.708;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=43;PP=1300;ReadPosRankSum=0.270;SC=CACCCTGCCACCTGCCCAATA;SOR=0.643;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=234;TCF=115;TCR=119;TR=93;WE=72179754;WS=72179736;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:227,159:0.41:386
chr10	72181460	rs3793809	G	T	438.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.880;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=14;PP=232;ReadPosRankSum=1.001;SC=TCATTTTATTGGTCCTAACTA;SOR=0.665;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=65;TCF=25;TCR=40;TR=23;WE=72181468;WS=72181450;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,27:0.32:84
chr10	72195439	rs1904589	T	C	1002.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.522;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.350;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=25;PP=466;ReadPosRankSum=0.468;SC=GGCCCCAGGGTGCTTCAGCCA;SOR=0.956;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=151;TCF=75;TCR=76;TR=46;WE=72195447;WS=72195429;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:148,62:0.30:210
chr10	72195844	rs7909303	T	G	617.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=1.346;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.183;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=16;PP=373;ReadPosRankSum=-0.409;SC=TTACCTTATATAGAATTACCT;SOR=0.297;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=36;TCF=6;TCR=30;TR=20;WE=72195852;WS=72195834;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,26:0.58:45
chr10	72201219	rs10999338	G	A	237.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.614;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.831;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=4;PP=191;ReadPosRankSum=0.337;SC=CGCGGCACGCGGCACTGCCTA;SOR=1.747;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=38;TCF=22;TCR=16;TR=14;WE=72201227;WS=72201209;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,14:0.29:49
chr10	72207517	rs34717077	AC	A	2154.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=24;NR=14;PP=1489;SC=CCACCAGCCTACCAGATTGTG;SOR=1.812;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=39;TCF=24;TCR=15;TR=38;WE=72207525;WS=72207507;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr10	72288900	.	G	A	274	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=105;MMLQ=25;MQ=57.75;NF=17;NR=4;PP=274;QD=14.7033910737;SC=GTTTTCCTGCGGTGGGCTCTG;SbPval=0.94;Source=Platypus;TC=67;TCF=44;TCR=23;TR=21;WE=72288908;WS=72288890;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:46,21:0.31:67
chr10	72288964	.	GCCCC	G	302.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.311;ClippingRankSum=0.000;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=6.166;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.47;MQRankSum=0.000;QD=20.18;ReadPosRankSum=1.900;SOR=2.712;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,10:0.67:15
chr10	72288970	.	C	A	311.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.447;ClippingRankSum=0.000;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=2.702;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.47;MQRankSum=0.000;QD=18.34;ReadPosRankSum=3.132;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,10:0.59:17
chr10	72289126	rs10823560	T	C	140.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.380;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=5;PP=47;ReadPosRankSum=0.549;SC=GCCTGCTGCCTCCCACCCCTA;SOR=0.871;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=28;TCF=8;TCR=20;TR=7;WE=72289134;WS=72289116;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,11:0.27:41
chr10	72289701	rs2275059	G	A	914.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.722;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.207;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=21;PP=532;ReadPosRankSum=0.543;SC=TGGGCACCGTGGGAAGCTGTG;SOR=0.836;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=159;TCF=81;TCR=78;TR=46;WE=72289709;WS=72289691;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:150,58:0.28:208
chr10	72289778	rs2275060	C	T	3854.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.369;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=268;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=55;PP=1769;ReadPosRankSum=0.948;SC=CCCAGCCTCTCAGGGTTCAGG;SOR=0.682;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=157;TCF=74;TCR=83;TR=105;WE=72289786;WS=72289768;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,177:0.67:264
chr10	72293850	rs869574	C	T	129.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.176;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.60;ReadPosRankSum=1.082;SOR=0.580;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:68,13:0.16:81
chr10	72298631	rs1122918	T	C	11365.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=442;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=163;NR=121;PP=2965;SC=GTCCCAGGCTTGGTGCTCTCC;SOR=0.913;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=292;TCF=167;TCR=125;TR=284;WE=72298639;WS=72298621;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,429:1.00:429
chr10	72300743	rs12776085	C	G	1321.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-4.226;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.701;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=12;PP=745;ReadPosRankSum=0.281;SC=GCTTGGGAGCCTGACAATTTC;SOR=0.372;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=71;TCF=57;TCR=14;TR=52;WE=72300751;WS=72300740;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,59:0.73:81
chr10	72306967	rs3824764	C	T	1923.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.865;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.899;HP=2;HapScore=3;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=11;PP=1458;ReadPosRankSum=-0.492;SC=GGGCCTTAGGCCTGGTGTGGC;SOR=1.340;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=60;TCF=39;TCR=21;TR=39;WE=72306986;WS=72306957;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,50:0.61:82
chr10	72306978	rs3824763	C	A	2068.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.116;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.162;HP=4;HapScore=3;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=13;PP=1458;ReadPosRankSum=0.517;SC=CTGGTGTGGCCTTTTGGTGAG;SOR=1.218;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=67;TCF=43;TCR=24;TR=43;WE=72306986;WS=72306957;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,54:0.59:91
chr10	72307101	rs3740447	C	T	1419.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-0.774;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=250;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.029;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=23;PP=523;ReadPosRankSum=-0.182;SC=CGATGGGCACCGTGTGAAGAA;SOR=0.671;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=132;TCF=69;TCR=63;TR=46;WE=72307109;WS=72307091;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:162,83:0.34:245
chr10	72324143	rs7093516	A	G	3603.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=57;NR=29;PP=1806;SC=AAGAGGCGCAAGAAATGCGGA;SOR=1.214;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=86;TCF=57;TCR=29;TR=86;WE=72324151;WS=72324133;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chr10	72326163	rs4747057	G	C	289.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-4.320;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.171;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=1;PP=177;ReadPosRankSum=-0.500;SC=CTGTGAGGTAGAGTCTTTTCC;SOR=0.105;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=22;TCF=21;TCR=1;TR=11;WE=72326171;WS=72326153;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,13:0.54:24
chr10	72358577	rs885822	G	A	9153.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.724;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=350;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=109;NR=99;PP=2965;ReadPosRankSum=2.246;SC=CCACTTCCGAGTGGCGCTCCC;SOR=0.771;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=208;TCF=109;TCR=99;TR=208;WE=72358585;WS=72358567;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,345:0.99:347
chr10	72432438	rs373452188	AGGCGGCAGC	A	648.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.084;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.512;NF=4;NR=3;PP=1736;ReadPosRankSum=1.484;SC=GAGGCGGCTGAGGCGGCAGCG;SOR=0.892;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=23;TCF=11;TCR=12;TR=7;WE=72432454;WS=72432428;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,18:0.49:37
chr10	72432498	rs12762780	C	A	1353.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.62;BaseQRankSum=0.460;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=35;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.186;NF=24;NR=18;PP=597;ReadPosRankSum=-0.192;SC=CTAGCCTCGCCGCCCTCAGCC;SOR=0.657;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=71;TCF=41;TCR=30;TR=42;WE=72432506;WS=72432488;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,66:0.59:111
chr10	72432521	rs12762616	A	C	1890.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.65;BaseQRankSum=2.615;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.194;HP=4;HapScore=2;MGOF=27;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.337;NF=28;NR=19;PP=811;ReadPosRankSum=1.352;SC=GGACTTGGGGATCGGGCGCTT;SOR=0.792;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=78;TCF=46;TCR=32;TR=47;WE=72432529;WS=72432511;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,90:0.53:169
chr10	72434194	rs614201	G	A	577.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-1.924;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.938;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=12;PP=334;ReadPosRankSum=0.731;SC=TCAGGCTAAGGGGCCCACCTA;SOR=0.394;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=93;TCF=62;TCR=31;TR=30;WE=72434202;WS=72434184;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,35:0.32:111
chr10	72468584	rs117280157	C	G	134.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.148;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=12.454;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.49;ReadPosRankSum=1.005;SOR=3.912;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,12:0.40:30
chr10	72492212	rs2587478	T	C	2034.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=10;NR=45;PP=1302;SC=TTGGCCTGGTTCCAGTGTCCT;SOR=2.439;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=56;TCF=10;TCR=46;TR=55;WE=72492220;WS=72492202;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr10	72492244	rs10740357	A	C	1265.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=34;PP=972;SC=GAGGAGCTGGACTGCCACTGC;SOR=5.838;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=34;TCF=0;TCR=34;TR=34;WE=72492252;WS=72492234;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr10	72493876	rs10740358	T	C	2530.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=30;NR=54;PP=1320;SC=TTCCCCACGTTGCCCCTGGCT;SOR=1.261;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=84;TCF=30;TCR=54;TR=84;WE=72493884;WS=72493866;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr10	72494778	rs12765664	G	A	1845.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=36;NR=12;PP=892;SC=AAGGCAGCCCGTCCTCCCTGG;SOR=1.542;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=48;TCF=36;TCR=12;TR=48;WE=72494786;WS=72494768;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr10	72496375	rs1861517	A	G	2411.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=48;NR=16;PP=1425;SC=CTCCATCACTACCCTTTGTTC;SOR=2.010;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=64;TCF=48;TCR=16;TR=64;WE=72496383;WS=72496365;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr10	72500763	rs10823607	T	C	8096.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=314;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=104;NR=90;PP=2965;SC=GGAGGCCGCCTGTGCTTAGGG;SOR=0.786;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=195;TCF=105;TCR=90;TR=194;WE=72500771;WS=72500753;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,312:1.00:312
chr10	72500863	rs10999500	C	G	5880.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=60;NR=92;PP=2942;SC=AGCGCAACTCCTACTATGTGC;SOR=1.035;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=152;TCF=60;TCR=92;TR=152;WE=72500871;WS=72500853;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,221:1.00:221
chr10	72503344	rs10999502	G	A	3675.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.594;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=276;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.523;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=51;PP=1706;ReadPosRankSum=-0.135;SC=CGGCGGACACGGGGGACGTGG;SOR=0.654;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=166;TCF=83;TCR=83;TR=107;WE=72503352;WS=72503334;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:98,171:0.64:269
chr10	72503810	rs41307559	C	A	959.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-1.501;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=14;PP=380;ReadPosRankSum=-0.018;SC=CTGACCTCACCTCTGGCCTCA;SOR=0.696;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=85;TCF=50;TCR=35;TR=34;WE=72503818;WS=72503800;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,54:0.39:137
chr10	72504956	rs11599374	G	T	249.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.592;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.80;ReadPosRankSum=-2.843;SOR=0.602;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,16:0.31:52
chr10	72505315	rs2791183	A	G	287.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.348;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=7;PP=132;ReadPosRankSum=-0.340;SC=CCCTGGGGGCAGTTTTCTTCC;SOR=0.551;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=13;TCF=2;TCR=11;TR=9;WE=72505323;WS=72505305;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,13:0.62:21
chr10	72511778	rs10999511	T	C	1207.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-3.466;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.088;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=13;PP=609;ReadPosRankSum=-2.361;SC=CCACAGGTACTGCCCCTGAGG;SOR=0.314;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=57;TCF=42;TCR=15;TR=41;WE=72511786;WS=72511768;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,51:0.73:70
chr10	72517837	rs6480463	C	T	766.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=3.054;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.896;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=11;PP=457;ReadPosRankSum=1.090;SC=GCAGCCTGCCCGCCTGTGGAG;SOR=1.432;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=69;TCF=40;TCR=29;TR=31;WE=72517845;WS=72517827;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,37:0.39:95
chr10	72518075	rs4747097	C	T	641.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.591;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=21;PP=454;ReadPosRankSum=1.578;SC=CCCTGCTCCCCAGACCTTTCA;SOR=0.643;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=120;TCF=51;TCR=69;TR=38;WE=72518083;WS=72518065;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:140,44:0.24:184
chr10	72520330	rs10823615	A	G	10890.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.180;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=741;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=164;NR=144;PP=2962;ReadPosRankSum=1.197;SC=CAGATGCTGCAGAGCCTCCTG;SOR=0.673;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=457;TCF=244;TCR=213;TR=308;WE=72520338;WS=72520320;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:243,489:0.67:732
chr10	72520567	rs10823616	A	G	2257.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=3.191;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=414;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.554;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=55;PP=1246;ReadPosRankSum=1.215;SC=AAGACCTGAGACATCCCGGCA;SOR=1.014;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=251;TCF=96;TCR=155;TR=84;WE=72520575;WS=72520557;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:285,125:0.30:410
chr10	72532106	rs3832689	ATAAATATTTGT	A	3249.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.960;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.379;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.364;NF=15;NR=30;PP=2954;ReadPosRankSum=0.392;SC=TGGGTGCTCGATAAATATTTG;SOR=1.141;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=77;TCF=24;TCR=53;TR=45;WE=72532124;WS=72532096;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,83:0.62:133
chr10	72532443	rs10823618	G	A	558.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=0.402;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=14;PP=338;ReadPosRankSum=-1.083;SC=CTGCTCCAGGGAGAGGCAAGA;SOR=1.092;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=26;TCF=5;TCR=21;TR=16;WE=72532451;WS=72532433;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,23:0.68:34
chr10	72533910	rs7077672	C	T	1227.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=29;NR=7;PP=755;SC=CCAGGTCCCACTGGCCTCACC;SOR=2.200;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=36;TCF=29;TCR=7;TR=36;WE=72533918;WS=72533900;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr10	72534212	rs7078118	C	T	450.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-3.257;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.682;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=12;PP=260;ReadPosRankSum=-0.922;SC=GCAGCTTTCTCTAAGCATCCC;SOR=0.223;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=19;TCF=3;TCR=16;TR=15;WE=72534220;WS=72534202;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,19:0.83:23
chr10	72535007	rs2254174	C	T	9059.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=338;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=108;NR=91;PP=2965;SC=TTCCAGGATCCGACACAGGAG;SOR=0.805;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=201;TCF=108;TCR=93;TR=199;WE=72535015;WS=72534997;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,338:1.00:338
chr10	72536288	rs7897034	T	C	1012.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.20;SOR=3.442;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr10	72536293	rs2254308	T	C	988.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.94;SOR=3.912;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr10	72536779	rs2254422	A	C	1572.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=38;NR=10;PP=1096;SC=TGCTGACTCCACAGGGCTGGA;SOR=2.137;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=48;TCF=38;TCR=10;TR=48;WE=72536787;WS=72536769;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr10	72536936	rs2254433	A	G	7827.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.760;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=304;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=94;NR=82;PP=2965;ReadPosRankSum=0.194;SC=GAAGGAGGAAAGCCTGGACTC;SOR=0.771;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=179;TCF=95;TCR=84;TR=176;WE=72536944;WS=72536926;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,293:0.99:295
chr10	72537450	rs2254445	T	C	1206.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=33;NR=2;PP=942;SC=TAGGTCCTCCTTGCTGCTCCT;SOR=4.407;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=36;TCF=34;TCR=2;TR=35;WE=72537458;WS=72537440;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr10	72614421	rs2171157	T	C	2624.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=62;NR=17;PP=1673;SC=CTGTCTCTACTGTACTCTTGC;SOR=2.329;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=79;TCF=62;TCR=17;TR=79;WE=72614429;WS=72614411;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr10	72617256	rs2297842	A	T	1433.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=33;NR=9;PP=878;SC=TTGGGTTTCCACTCAACATTT;SOR=1.893;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=43;TCF=34;TCR=9;TR=42;WE=72617264;WS=72617246;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr10	72619205	rs827255	C	T	8814.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.829;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=349;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=94;NR=95;PP=2965;ReadPosRankSum=1.024;SC=AGGCAGAAATCGTGAGGATAG;SOR=0.699;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=191;TCF=95;TCR=96;TR=189;WE=72619213;WS=72619195;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,341:0.99:345
chr10	72629683	rs75121822	G	A	329.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=0.593;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.839;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=14;PP=229;ReadPosRankSum=2.029;SC=CCCACTGTCTGTGCTGGGCCC;SOR=1.179;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=49;TCF=9;TCR=40;TR=16;WE=72629691;WS=72629673;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,18:0.30:60
chr10	72633458	rs10762410	C	T	658.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=18;PP=496;SC=TTGTCTCCTGCGATATAGAGG;SOR=3.258;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=3;TCR=18;TR=21;WE=72633466;WS=72633448;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr10	72636450	rs923177	T	G	8619.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=3.198;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=331;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=6.414;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=91;NR=104;PP=2965;ReadPosRankSum=0.364;SC=TTTCTTCTCTTGGAAATTTAG;SOR=0.283;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=196;TCF=91;TCR=105;TR=195;WE=72636458;WS=72636440;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,326:0.99:328
chr10	72643671	rs9712	C	T	3367.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=44;NR=28;PP=1431;SC=TCAGTCACCCCTTCCCCCGGA;SOR=1.075;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=73;TCF=44;TCR=29;TR=72;WE=72643679;WS=72643661;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
chr10	72648083	rs2854614	TC	GT	1622.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.872;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=27.05;ReadPosRankSum=0.047;SOR=0.841;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,41:0.68:60
chr10	72648086	rs827239	A	G	2407.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=38.22;SOR=1.366;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr10	72648134	rs827238	A	G	3024.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=36;NR=30;PP=1153;SC=CCCCGCCGCCAGCGACAGAGA;SOR=0.745;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=67;TCF=36;TCR=31;TR=66;WE=72648142;WS=72648124;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr10	72813306	rs10762420	G	A	5100.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=62;NR=54;PP=2123;SC=GCCTCTGTCTGTGTTCCTGGG;SOR=0.703;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=118;TCF=63;TCR=55;TR=116;WE=72813314;WS=72813296;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,199:1.00:199
chr10	72813361	rs10740361	A	G	3902.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=34;NR=49;PP=1684;SC=ATCTAATTGCAGGGTCACCCA;SOR=0.963;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=85;TCF=35;TCR=50;TR=83;WE=72813369;WS=72813351;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,148:1.00:148
chr10	73039860	rs4415677	C	T	1912.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=17;NR=40;PP=1205;SC=GAGGCACAGGCCTAGCTCCAT;SOR=1.478;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=57;TCF=17;TCR=40;TR=57;WE=73039868;WS=73039850;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr10	73044382	rs10823716	T	A	837.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=21;NR=5;PP=589;SC=TGGGCAAGAGTGCCAGCAGGA;SOR=2.546;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=21;TCR=5;TR=26;WE=73044390;WS=73044372;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr10	73044413	rs10762434	G	C	1945.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=39;NR=11;PP=1204;SC=AAGGCCGGGGGTGTCCTGTGC;SOR=1.999;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=50;TCF=39;TCR=11;TR=50;WE=73044421;WS=73044403;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr10	73044580	rs12770025	G	A	6745.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=-0.131;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=477;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.558;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=95;NR=78;PP=2778;ReadPosRankSum=0.836;SC=GGAGCTCCGCGGGCACCACCA;SOR=0.625;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=260;TCF=146;TCR=114;TR=173;WE=73044588;WS=73044570;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:156,315:0.67:471
chr10	73044674	rs10999762	G	A	12632.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=478;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=120;NR=169;PP=2965;SC=CCATCCCTGAGGATGCTGGAG;SOR=0.935;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=292;TCF=123;TCR=169;TR=289;WE=73044682;WS=73044664;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,476:1.00:476
chr10	73044924	rs7350453	A	G	2357.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=46.23;SOR=3.486;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr10	73044930	rs7350455	C	T	2527.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.13;SOR=2.722;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr10	73044954	rs6480503	A	G	2490.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=32;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=57;NR=18;PP=1506;SC=GAAATTTCCCAGGCAAAGGCC;SOR=2.085;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=77;TCF=58;TCR=19;TR=75;WE=73044962;WS=73044944;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr10	73047593	rs7074280	G	A	7203.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=267;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=60;NR=121;PP=2965;SC=TGCCAGAGCCGGGACAGCCAT;SOR=1.294;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=181;TCF=60;TCR=121;TR=181;WE=73047601;WS=73047583;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,266:1.00:266
chr10	73050983	rs3740462	C	T	2002.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=15;NR=49;PP=1551;SC=CCAGAGTTTGCTCTAGAGATA;SOR=2.303;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=65;TCF=15;TCR=50;TR=64;WE=73050991;WS=73050973;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
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chr10	73104056	rs2243540	A	G	11487.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.924;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=446;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=129;NR=135;PP=2965;ReadPosRankSum=0.481;SC=CAGGTAGGCGACTCTCTTCCC;SOR=0.749;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=266;TCF=130;TCR=136;TR=264;WE=73104064;WS=73104046;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,438:0.99:442
chr10	73111258	rs780667	G	T	748.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-4.259;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.940;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=10;PP=437;ReadPosRankSum=1.123;SC=TGGCTCACCAGCCCCAGCCCA;SOR=0.418;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=85;TCF=64;TCR=21;TR=33;WE=73111266;WS=73111248;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,40:0.38:106
chr10	73111408	rs780668	C	T	3388.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.123;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=505;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=52;PP=1644;ReadPosRankSum=0.237;SC=GTGGACACTTCCTCCTGGACC;SOR=0.725;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=326;TCF=179;TCR=147;TR=117;WE=73111416;WS=73111398;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:313,182:0.37:495
chr10	73115941	rs2252997	TG	CA	8982.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=66;NR=63;PP=2947;SC=TGACGGCCACTGTCTTCCTCG;SOR=0.723;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=135;TCF=69;TCR=66;TR=129;WE=73115950;WS=73115931;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,201:1.00:201
chr10	73121768	rs61737431	C	T	1160.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.562;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=296;ExcessHet=3.0103;FS=0.509;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.04;ReadPosRankSum=0.587;SOR=0.741;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:214,73:0.25:287
chr10	73121779	rs79737301	T	C	1298.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.923;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=344;ExcessHet=3.0103;FS=0.463;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.94;ReadPosRankSum=0.035;SOR=0.657;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:245,85:0.26:330
chr10	73121913	rs2487068	A	G	16979.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=666;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=232;NR=206;PP=2965;SC=CTACCCCGCCATCTGCACCAA;SOR=0.813;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=438;TCF=232;TCR=206;TR=438;WE=73121921;WS=73121903;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,653:1.00:653
chr10	73121945	rs1084004	T	C	18159.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=675;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=218;NR=217;PP=2965;SC=TCAACAAGGGTTCGGGCTCAC;SOR=0.705;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=437;TCF=218;TCR=219;TR=435;WE=73121953;WS=73121935;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,658:1.00:658
chr10	73122489	rs117406077	C	T	133.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=1.944;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.983;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=7;PP=86;ReadPosRankSum=1.276;SC=AGAGCACACTCGGGCCTCATC;SOR=1.501;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=26;TCF=6;TCR=20;TR=8;WE=73122497;WS=73122479;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,8:0.29:28
chr10	73157033	rs147915565	C	CCGAGG	617.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.098;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.09;MQRankSum=2.036;QD=5.83;ReadPosRankSum=1.083;SOR=0.763;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:85,21:0.20:106
chr10	73199501	rs4747153	C	A	2195.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.041;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.220;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=34;PP=1007;ReadPosRankSum=-0.131;SC=CTCTCTGGAGCTGCAGAGGTG;SOR=0.551;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=159;TCF=93;TCR=66;TR=78;WE=73199509;WS=73199491;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:122,112:0.48:234
chr10	73269714	rs2297953	T	C	358.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-3.249;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=1;PP=190;ReadPosRankSum=-0.899;SC=TGTGATGATCTGTGGCCTGCT;SOR=0.795;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=51;TCF=44;TCR=7;TR=14;WE=73269722;WS=73269704;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,18:0.31:59
chr10	73270906	rs3802720	T	C	2169.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=-1.063;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=377;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=32;PP=592;ReadPosRankSum=0.642;SC=ACATCCAGGTTGGGGATGTGA;SOR=0.699;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=191;TCF=87;TCR=104;TR=59;WE=73270914;WS=73270896;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:249,126:0.34:375
chr10	73270982	rs3802719	G	A	1905.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.185;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=224;ExcessHet=3.0103;FS=1.154;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.51;ReadPosRankSum=-0.564;SOR=0.792;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:161,63:0.28:224
chr10	73270995	rs3802718	A	G	787.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.105;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.15;ReadPosRankSum=-2.424;SOR=0.704;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:138,52:0.27:190
chr10	73337850	rs6480531	G	A	2466.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=1.037;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.293;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=62;PP=1541;ReadPosRankSum=-0.912;SC=AGAGGTCTGCGGGCATGTGGG;SOR=0.917;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=128;TCF=36;TCR=92;TR=83;WE=73337858;WS=73337840;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,103:0.66:157
chr10	73377263	rs75714857	C	T	1916.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.024;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=36;PP=914;ReadPosRankSum=-0.733;SC=TGCGGCACCCCACTCCTGGTA;SOR=0.650;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=99;TCF=38;TCR=61;TR=60;WE=73377271;WS=73377253;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,89:0.58:154
chr10	73377314	rs7903772	C	G	895.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.182;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=24;PP=518;ReadPosRankSum=0.978;SC=AATCACTAGTCTCTACTTTTG;SOR=0.808;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=55;TCF=16;TCR=39;TR=34;WE=73377322;WS=73377304;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,40:0.62:65
chr10	73403490	rs10823810	A	G	1680.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=0.068;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.650;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=19;PP=749;ReadPosRankSum=-0.338;SC=CTAGGGTGTGATCCTGGGGTC;SOR=0.603;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=99;TCF=67;TCR=32;TR=54;WE=73403498;WS=73403480;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,79:0.55:143
chr10	73406599	rs2305210	G	A	396.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.529;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.922;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=9;PP=174;ReadPosRankSum=0.297;SC=GAGGGGTGACGAGACTGAGCT;SOR=1.329;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=22;TCF=4;TCR=18;TR=11;WE=73406607;WS=73406589;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,16:0.53:30
chr10	73434888	rs1227049	G	C	1526.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.907;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=26;PP=667;ReadPosRankSum=0.277;SC=AATGATGCAGGCACCTTTGGG;SOR=0.702;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=135;TCF=64;TCR=71;TR=51;WE=73434896;WS=73434878;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:128,83:0.39:211
chr10	73434906	rs10999947	G	A	2338.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.388;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=42;PP=1069;ReadPosRankSum=0.659;SC=GGGGAAGTCAGCTACTTCTTC;SOR=0.725;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=129;TCF=60;TCR=69;TR=77;WE=73434914;WS=73434896;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,114:0.58:195
chr10	73439101	rs1227042	T	C	9581.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=-1.361;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=384;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.252;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=82;NR=154;PP=2965;ReadPosRankSum=1.295;SC=TGGCCCCCAGTCTCCTGCAGG;SOR=1.111;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=238;TCF=83;TCR=155;TR=236;WE=73439109;WS=73439091;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,361:1.00:362
chr10	73455201	rs3752752	T	C	6807.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.856;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=565;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.120;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=105;NR=95;PP=2467;ReadPosRankSum=1.231;SC=TGGACATCAATGACAACCACC;SOR=0.708;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=353;TCF=179;TCR=174;TR=200;WE=73455209;WS=73455191;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:230,332:0.59:562
chr10	73455273	rs3752751	T	C	4468.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.737;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=340;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.060;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=95;PP=1998;ReadPosRankSum=0.474;SC=CAGACTCTGATGTGACCACGG;SOR=0.544;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=240;TCF=87;TCR=153;TR=154;WE=73455281;WS=73455263;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:127,213:0.63:340
chr10	73455308	rs3752750	T	C	2858.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.738;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=70;PP=1438;ReadPosRankSum=0.513;SC=GCAGCAGAACTGCCAGGCGGC;SOR=0.700;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=163;TCF=55;TCR=108;TR=106;WE=73455316;WS=73455298;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,134:0.64:209
chr10	73492079	rs1227065	A	G	7239.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.089;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=508;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=84;NR=118;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.253;SC=GTACCGCTTCAACGCCTACAC;SOR=0.677;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=295;TCF=123;TCR=172;TR=202;WE=73492087;WS=73492069;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:170,330:0.66:500
chr10	73494159	rs1227062	T	A	705.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.126;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.606;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=11;PP=458;ReadPosRankSum=-0.851;SC=TGACACTTCCTAACCCATGTC;SOR=0.459;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=40;TCF=20;TCR=20;TR=24;WE=73494167;WS=73494149;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,29:0.62:47
chr10	73494229	rs1227061	T	C	829.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=1.212;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.548;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=6;PP=644;ReadPosRankSum=1.962;SC=AGCCTGAGGCTTCGCCATGTC;SOR=1.129;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=62;TCF=49;TCR=13;TR=32;WE=73494237;WS=73494219;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,32:0.51:63
chr10	73499561	rs10762474	C	G	2064.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.480;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.467;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=31;PP=1100;ReadPosRankSum=0.231;SC=ACTGAGAGACCACTGGCTAAG;SOR=0.617;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=93;TCF=46;TCR=47;TR=64;WE=73499569;WS=73499551;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,94:0.69:137
chr10	73501374	rs1227052	C	T	2584.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=1.414;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.491;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=26;PP=1572;ReadPosRankSum=-0.376;SC=GGGGAGCCTTCGGGCTACAGG;SOR=0.858;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=123;TCF=84;TCR=39;TR=85;WE=73501382;WS=73501364;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,105:0.70:150
chr10	73501556	rs1227051	G	A	7561.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-0.227;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=526;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.850;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=91;NR=114;PP=2962;ReadPosRankSum=2.076;SC=CAAGGACATGGCCTTCCGCAT;SOR=0.811;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=302;TCF=139;TCR=163;TR=205;WE=73501564;WS=73501546;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:178,340:0.66:518
chr10	73515103	rs3747858	G	T	3593.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=56;NR=30;PP=1698;SC=CCCAGGCAGGGAGGAATACTC;SOR=1.196;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=86;TCF=56;TCR=30;TR=86;WE=73515111;WS=73515093;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,134:1.00:134
chr10	73520391	rs10999987	C	T	615.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.375;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.224;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=4;PP=405;ReadPosRankSum=0.160;SC=CAAGGCACAGCCACTCCAGAG;SOR=1.402;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=28;TCF=22;TCR=6;TR=21;WE=73520399;WS=73520381;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,27:0.68:40
chr10	73520632	rs3747869	A	C	3336.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=42;NR=37;PP=1707;SC=TACTTTCACTATCCTGGGAGG;SOR=0.743;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=80;TCF=42;TCR=38;TR=79;WE=73520640;WS=73520622;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr10	73521371	rs3747867	C	T	1595.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.329;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.62;ReadPosRankSum=0.282;SOR=0.597;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,77:0.80:96
chr10	73533177	rs3747862	A	G	3171.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.582;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=477;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=58;PP=1459;ReadPosRankSum=0.843;SC=GCCGGCCTCCAGGGCCGTGGG;SOR=0.666;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=277;TCF=127;TCR=150;TR=108;WE=73533185;WS=73533167;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:289,173:0.37:462
chr10	73533220	rs190144328	A	G	4029.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=2.732;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=331;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.869;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=81;PP=2138;ReadPosRankSum=-0.935;SC=GCGCAGAGGAACTTCTGGTGC;SOR=0.814;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=221;TCF=89;TCR=132;TR=133;WE=73533228;WS=73533210;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:138,186:0.57:324
chr10	73537388	rs7917781	T	C	669.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=0.774;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.548;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=2;PP=382;ReadPosRankSum=-0.717;SC=GGATCCACCTTGGTCCCTCTG;SOR=1.508;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=29;TCF=23;TCR=6;TR=18;WE=73537396;WS=73537378;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,26:0.70:37
chr10	73537614	rs17712523	G	A	1622.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.253;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=316;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.337;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=27;PP=660;ReadPosRankSum=0.622;SC=CTATGCCATCGTCGCAGGCAA;SOR=0.806;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=178;TCF=87;TCR=91;TR=58;WE=73537622;WS=73537604;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:213,97:0.31:310
chr10	73537821	rs10999996	G	T	1596.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-2.412;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.743;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=21;PP=961;ReadPosRankSum=-2.014;SC=TGGAGCCTGGGCTAGGGGGTG;SOR=0.842;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=90;TCF=53;TCR=37;TR=54;WE=73537829;WS=73537811;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,67:0.61:109
chr10	73537978	rs10762480	C	T	4647.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.214;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=332;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.874;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=71;PP=2048;ReadPosRankSum=-0.535;SC=AGCTGGACTACGAGATCAGCC;SOR=0.753;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=205;TCF=96;TCR=109;TR=132;WE=73537986;WS=73537968;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:115,212:0.65:327
chr10	73538109	rs10740390	C	G	1445.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=2.553;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.730;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=39;PP=913;ReadPosRankSum=-0.435;SC=TGGAGGTTGGCGAAGGATGGG;SOR=0.954;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=85;TCF=22;TCR=63;TR=51;WE=73538117;WS=73538099;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,62:0.58:106
chr10	73538896	rs6480555	T	A	1119.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=34;NR=2;PP=908;SC=CATATCCGACTTCCCATATGA;SOR=4.351;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=36;TCF=34;TCR=2;TR=36;WE=73538904;WS=73538886;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr10	73545236	rs3802709	G	T	3196.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=75;NR=18;PP=1997;SC=GGTCACTCTCGCCCCGGCGAG;SOR=2.509;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=95;TCF=75;TCR=20;TR=93;WE=73545244;WS=73545226;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr10	73550117	rs11592462	C	G	10453.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=396;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=118;NR=104;PP=2965;SC=GCCGTGGTGACCTACCAGCTG;SOR=0.766;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=222;TCF=118;TCR=104;TR=222;WE=73550125;WS=73550107;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,396:1.00:396
chr10	73571581	rs140848302	C	CCT	1280.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.688;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.795;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.313;NF=18;NR=19;PP=1417;ReadPosRankSum=-0.299;SC=CCCACCGGAGCCACAAGCCTG;SOR=0.800;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=108;TCF=55;TCR=53;TR=37;WE=73571589;WS=73571571;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,36:0.38:96
chr10	73578704	rs142614739	AAGTCTC	A	865.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-0.651;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.362;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=9;PP=823;ReadPosRankSum=1.974;SC=CCCCACGGCCAAGTCTCAGAG;SOR=0.357;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=46;TCF=27;TCR=19;TR=17;WE=73578717;WS=73578694;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,24:0.41:59
chr10	73583520	rs2249814	G	C	626.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.717;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FS=1.854;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.50;ReadPosRankSum=-1.609;SOR=0.467;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:78,36:0.32:114
chr10	73583573	rs56911723	C	CA	1043.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.267;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=265;ExcessHet=3.0103;FS=0.543;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.11;ReadPosRankSum=2.478;SOR=0.773;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:164,90:0.35:254
chr10	73591829	rs41306532	G	A	2193.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=19;NR=41;PP=1283;SC=CACCCTGCATGAGCAGCGCTG;SOR=1.358;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=60;TCF=19;TCR=41;TR=60;WE=73591837;WS=73591819;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr10	73594358	rs3878001	C	T	965.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=8;NR=15;PP=506;SC=TGTCCTTGAGCTGGACTCTGC;SOR=1.061;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=8;TCR=15;TR=23;WE=73594366;WS=73594348;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr10	73822507	rs1530803	C	T	396.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.841;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.910;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=3;PP=212;ReadPosRankSum=-0.315;SC=GCAGCCGGCTCCTGAGGGCGT;SOR=0.151;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=50;TCF=44;TCR=6;TR=16;WE=73822515;WS=73822497;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,20:0.36:56
chr10	73822957	rs1530802	G	A	281.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.729;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.298;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=16;PP=274;ReadPosRankSum=-0.395;SC=CAGAGCAGGGGCCCAGGCTGT;SOR=1.442;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=72;TCF=25;TCR=47;TR=21;WE=73822965;WS=73822947;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,21:0.24:86
chr10	73823019	rs1668172	A	G	125.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=4.154;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.170;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=7;PP=109;ReadPosRankSum=-0.380;SC=AGAAGTCTATACACCCCCAGA;SOR=1.999;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=24;TCF=3;TCR=21;TR=7;WE=73823027;WS=73823009;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,7:0.23:30
chr10	73824170	rs2242250	G	A	215.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.901;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=4;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=7;PP=302;ReadPosRankSum=-1.403;SC=TCTATGGCACGAAAACGCTCA;SOR=0.840;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=29;TCF=11;TCR=18;TR=11;WE=73824189;WS=73824160;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,13:0.32:41
chr10	73824181	rs2242251	C	G	159.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.188;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=4;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=5;PP=302;ReadPosRankSum=-2.085;SC=AAAACGCTCACTCTCTATTTA;SOR=0.973;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=21;TCF=9;TCR=12;TR=8;WE=73824189;WS=73824160;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,10:0.32:31
chr10	73824203	rs2242252	T	C	46.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.637;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.483;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=4;PP=44;ReadPosRankSum=-0.471;SC=GGGAGCTCATTCCACAGCTGT;SOR=1.833;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=17;TCF=6;TCR=11;TR=5;WE=73824211;WS=73824193;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,5:0.19:26
chr10	73827292	rs1530804	A	G	707.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=17;NR=2;PP=440;SC=ACAAGGGCAGACTGGCCCAGC;SOR=3.014;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=19;TCF=17;TCR=2;TR=19;WE=73827300;WS=73827285;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr10	73832859	rs896074	C	T	159.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.821;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=6;PP=70;ReadPosRankSum=1.215;SC=AGTATTCTTACGTCTTCATCA;SOR=0.458;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=24;TCF=5;TCR=19;TR=8;WE=73832867;WS=73832849;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,9:0.36:25
chr10	73846826	rs1245546	C	T	86.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.891;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.55;ReadPosRankSum=-0.623;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,7:0.21:34
chr10	73848105	rs10713496	TG	T	193.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=0.091;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.344;NF=0;NR=7;PP=110;ReadPosRankSum=0.026;SC=GGGTTCGACCTGGGGGGGTCT;SOR=0.551;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=0;TCR=22;TR=7;WE=73848113;WS=73848095;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,10:0.38:26
chr10	73856984	rs3312	A	G	828.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.963;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=14;PP=497;ReadPosRankSum=-0.321;SC=ACCACCCAGGAAAGTCACCAT;SOR=0.703;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=122;TCF=84;TCR=38;TR=42;WE=73856992;WS=73856974;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:105,49:0.32:154
chr10	73862032	rs1668154	C	T	1369.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.755;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=278;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.00;ReadPosRankSum=-0.060;SOR=0.706;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:189,85:0.31:274
chr10	73964004	rs4237336	C	T	726.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=3;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=16;NR=2;PP=409;SC=CGAGACTCTGCCTCAAAAAAT;SOR=2.303;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=18;TCF=16;TCR=2;TR=18;WE=73964025;WS=73963994;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr10	74035041	rs1053639	T	A	359.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=1.801;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=9;PP=192;ReadPosRankSum=-0.734;SC=GACTGATTCCTGTGGTTGGAA;SOR=0.631;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=29;TCF=10;TCR=19;TR=13;WE=74035049;WS=74035031;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,18:0.43:42
chr10	74100642	rs9416018	G	A	145.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.489;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.76;ReadPosRankSum=0.832;SOR=0.704;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:68,15:0.18:83
chr10	74139200	rs11000276	T	G	3880.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=68;NR=36;PP=1950;SC=TAACCATTCCTTTTTCTGCAT;SOR=1.248;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=105;TCF=68;TCR=37;TR=104;WE=74139208;WS=74139190;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,150:1.00:150
chr10	74182917	rs10823922	T	C	4015.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=72;NR=36;PP=1967;SC=CTCATCATTATGTTAATACCT;SOR=1.298;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=109;TCF=73;TCR=36;TR=108;WE=74182925;WS=74182907;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,148:1.00:148
chr10	74183251	rs7069357	G	A	772.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=20;PP=522;SC=TATTTTTGAGGTACAATTCTC;SOR=3.611;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=21;TCF=1;TCR=20;TR=21;WE=74183259;WS=74183241;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr10	74234817	rs915432	T	C	1904.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=28;NR=17;PP=979;SC=TGCCCATCAGTTCCACATGTG;SOR=1.117;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=45;TCF=28;TCR=17;TR=45;WE=74234825;WS=74234807;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr10	74235192	.	A	AT	31	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;FR=0.9998;HP=12;HapScore=2;MGOF=5;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=0;NR=2;PP=31;QD=18.5;SC=GCTTACAACAATTTTTTTTTT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=2;WE=74235200;WS=74235182;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:3,2:0.40:5
chr10	74235771	rs11000322	G	A	1455.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=7;NR=38;PP=1173;SC=GATCACCTGCGGTCAGGAGTT;SOR=3.516;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=45;TCF=7;TCR=38;TR=45;WE=74235779;WS=74235761;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr10	74268031	rs3793927	T	C	1471.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.629;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=26;PP=797;ReadPosRankSum=-0.616;SC=AAATTTTCTATAGAATGTATG;SOR=0.593;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=39;TCF=12;TCR=27;TR=38;WE=74268039;WS=74268021;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,54:0.98:55
chr10	74293584	rs10509343	A	T	2596.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=18;NR=21;PP=636;SC=AGCTACTGATAATAACTCAAG;SOR=0.790;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=39;TCF=18;TCR=21;TR=39;WE=74293592;WS=74293574;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr10	74293601	rs11818304	T	A	2385.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=15;NR=19;PP=569;SC=CAAGTGAAATTTATAAAATGA;SOR=0.846;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=15;TCR=19;TR=34;WE=74293609;WS=74293591;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr10	74452931	rs112298026	AGT	A	56.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.893;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=4;PP=43;ReadPosRankSum=2.014;SC=CTCTTGGGTGAGTGTGTGTGT;SOR=0.252;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=0;TCR=22;TR=4;WE=74452940;WS=74452921;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,5:0.25:20
chr10	74690437	rs368917423	CT	C	163.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.980;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FS=5.959;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.89;MQRankSum=0.000;QD=2.92;ReadPosRankSum=1.211;SOR=0.809;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,26:0.46:56
chr10	74695287	rs2461917	T	C	415.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=12;NR=2;PP=256;SC=GTTGGAAGAATGAATGAGTCA;SOR=2.584;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=14;TCF=12;TCR=2;TR=14;WE=74695295;WS=74695277;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr10	74874097	.	C	CT	33.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.584;ClippingRankSum=0.000;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.94;ReadPosRankSum=-0.988;SOR=0.813;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,9:0.25:36
chr10	74886544	rs17658872	A	G	1406.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.625;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=260;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.479;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=25;PP=508;ReadPosRankSum=0.513;SC=TGGCTCACTCATGATTGCTTG;SOR=0.683;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=160;TCF=79;TCR=81;TR=50;WE=74886552;WS=74886534;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:173,87:0.33:260
chr10	74906122	.	T	TA	101.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.963;ClippingRankSum=0.000;DP=208;ExcessHet=3.0103;FS=0.758;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.55;ReadPosRankSum=1.287;SOR=0.808;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:154,30:0.16:184
chr10	74928066	.	TGAG	T	50	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;FR=0.5000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MMLQ=24;MQ=59.72;NF=0;NR=3;PP=50;QD=18.6666666667;SC=CGGCCGCGGCTGAGGAGGAGG;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=5;TCR=13;TR=3;WE=74928079;WS=74928056;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:15,3:0.17:18
chr10	75135833	.	TA	T	119.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.403;ClippingRankSum=0.000;DP=135;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.94;ReadPosRankSum=-0.142;SOR=0.681;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:101,27:0.21:128
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chr10	75283642	rs371483348	TTA	T	171.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=34.37;SOR=3.611;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr10	75406912	rs34163229	G	T	1319.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-1.381;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=26;PP=774;ReadPosRankSum=1.350;SC=AGGCCCCTGGGATTGGGCCTT;SOR=0.733;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=150;TCF=80;TCR=70;TR=56;WE=75406920;WS=75406902;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:135,72:0.35:207
chr10	75407290	rs3812629	G	A	1378.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.991;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FS=3.833;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.79;ReadPosRankSum=1.702;SOR=0.439;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:105,72:0.41:177
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chr10	75415677	rs60632610	C	T	2246.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.361;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=335;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.420;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=46;PP=1126;ReadPosRankSum=0.682;SC=TCCTCAGCACCCATCGCTCAG;SOR=0.737;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=202;TCF=85;TCR=117;TR=79;WE=75415685;WS=75415667;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:201,120:0.37:321
chr10	75490217	rs11814282	T	C	154.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=1.691;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5436;FS=2.817;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=1;PP=118;ReadPosRankSum=-0.305;SC=GGCACCGAACTTGCTCACAAC;SOR=2.066;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=8;TCF=7;TCR=1;TR=7;WE=75490225;WS=75490207;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,7:0.58:12
chr10	75506674	rs2306325	T	C	2248.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.256;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=381;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.821;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=37;PP=809;ReadPosRankSum=-1.223;SC=AGTCCAGCTATGGTGGGCAAT;SOR=0.717;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=245;TCF=123;TCR=122;TR=76;WE=75506682;WS=75506664;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:245,129:0.34:374
chr10	75519322	rs10740418	T	C	6196.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=237;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=75;NR=57;PP=2770;SC=GACACTTCTGTAGACTTCAAA;SOR=0.859;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=133;TCF=75;TCR=58;TR=132;WE=75519330;WS=75519312;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,232:1.00:232
chr10	75525999	rs3849969	A	G	3606.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=32;NR=58;PP=1972;SC=GTGTTTCCTGAGGTTAATGAT;SOR=1.187;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=90;TCF=32;TCR=58;TR=90;WE=75526007;WS=75525989;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr10	75527708	rs4746147	A	G	368.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=0.633;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.951;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=10;PP=167;ReadPosRankSum=-0.464;SC=ATGTGGCCACACTCTCTGTTG;SOR=0.843;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=59;TCF=25;TCR=34;TR=17;WE=75527716;WS=75527698;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,23:0.31:74
chr10	75530013	rs3088070	C	T	530.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.469;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.578;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=6;PP=331;ReadPosRankSum=-0.879;SC=CCTTGGTAACCTTTTGCTCCC;SOR=1.540;SbPval=0.93;Source=Platypus;TC=70;TCF=41;TCR=29;TR=23;WE=75530021;WS=75530003;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,29:0.32:92
chr10	75532848	rs145929404	GCCAGGACTCCAGGTGTCCAGGACTCCAGGTGT	G	1215.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=2.644;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.652;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=2.387;NF=6;NR=8;PP=2970;ReadPosRankSum=-0.936;SC=GCGGGTTGAGGCCAGGACTCC;SOR=0.943;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=38;TCF=13;TCR=25;TR=14;WE=75532887;WS=75532838;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,33:0.69:48
chr10	75545251	rs12256103	A	G	1844.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=31.27;SOR=4.840;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr10	75549916	rs2292307	C	A	1533.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.196;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=298;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.076;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=35;PP=930;ReadPosRankSum=-0.365;SC=TGACTGACTGCCTGTCATCCT;SOR=0.512;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=206;TCF=90;TCR=116;TR=69;WE=75549924;WS=75549906;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:202,89:0.31:291
chr10	75558867	rs2271271	G	A	6494.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=252;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=75;NR=82;PP=2965;SC=GGTTCTGGCTGTATGAGCAAA;SOR=0.751;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=159;TCF=75;TCR=84;TR=157;WE=75558875;WS=75558857;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,247:1.00:247
chr10	75559077	rs11000780	G	A	1590.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=2.669;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=320;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.761;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=25;PP=909;ReadPosRankSum=0.360;SC=GTTTATACCCGGGTCCAGGAC;SOR=0.886;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=203;TCF=120;TCR=83;TR=66;WE=75559085;WS=75559067;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:217,91:0.30:308
chr10	75559662	rs141230821	C	CTCTA	2463.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.626;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.004;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=8;PP=1900;ReadPosRankSum=-0.210;SC=CAGAGCGAGACTCTATCTCAA;SOR=0.972;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=72;TCF=56;TCR=16;TR=34;WE=75559670;WS=75559652;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,61:0.64:95
chr10	75560383	rs145031720	T	TTATC	2562.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.401;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=270;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.051;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=24;PP=1343;ReadPosRankSum=1.970;SC=GTGCCCACCCTTATCTATCTC;SOR=0.620;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=115;TCF=33;TCR=82;TR=31;WE=75560391;WS=75560373;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:183,75:0.29:258
chr10	75561582	rs16930909	T	C	449.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.486;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=3.609;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.03;ReadPosRankSum=-0.375;SOR=0.351;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,25:0.39:64
chr10	75562161	rs13013	C	A	264.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-2.167;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5010;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=3;PP=212;ReadPosRankSum=0.603;SC=TCTGGACCTGCCCCTTAGGGA;SOR=1.802;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=12;TCF=8;TCR=4;TR=10;WE=75562169;WS=75562151;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,11:0.85:13
chr10	75564660	rs112868774	A	AT	110.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.661;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=1.346;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.46;ReadPosRankSum=0.492;SOR=0.984;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,15:0.33:45
chr10	75565935	rs4746150	A	G	262.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=0.086;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.425;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=7;PP=117;ReadPosRankSum=0.955;SC=TCTACCCCCAATTATGTACCC;SOR=1.706;SbPval=0.97;Source=Platypus;TC=16;TCF=6;TCR=10;TR=8;WE=75565943;WS=75565925;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,11:0.58:19
chr10	75566829	rs4114992	A	G	495.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.492;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FS=2.867;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.63;ReadPosRankSum=-1.111;SOR=0.415;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:77,30:0.28:107
chr10	75575127	.	G	GCC	286.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.324;ClippingRankSum=0.000;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=11;HapScore=4;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=13;PP=545;ReadPosRankSum=0.447;SC=TCCAAGTACCGCCCCCCCCCA;SOR=0.352;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=45;TCF=2;TCR=43;TR=13;WE=75575146;WS=75575117;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,12:0.39:31
chr10	75575138	rs113799665	C	T	284.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.179;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.90;ReadPosRankSum=-0.546;SOR=0.399;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,13:0.41:32
chr10	75578720	rs4746151	G	T	280.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.748;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=9;PP=125;ReadPosRankSum=-0.512;SC=CTACTGCCTTGTCTTTTATCT;SOR=0.569;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=31;TCF=8;TCR=23;TR=11;WE=75578728;WS=75578710;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,16:0.43:37
chr10	75597289	rs2242255	T	A	2284.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=0.723;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=384;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.273;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=30;PP=838;ReadPosRankSum=1.132;SC=CAAAGAGGAATATCAAGTCTC;SOR=0.787;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=197;TCF=102;TCR=95;TR=67;WE=75597297;WS=75597279;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:252,130:0.34:382
chr10	75607696	rs67135801	CA	C	2384.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=36;NR=8;PP=1872;SC=GCCCGAGGAGCAAGGACATCT;SOR=3.293;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=50;TCF=39;TCR=11;TR=44;WE=75607704;WS=75607686;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
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chr10	75620757	rs2664282	T	C	1825.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=2.738;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=46;PP=1266;ReadPosRankSum=0.403;SC=TTGTGATGATTTGCTGAAGTA;SOR=0.657;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=99;TCF=24;TCR=75;TR=61;WE=75620765;WS=75620747;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,73:0.63:115
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chr10	75673731	rs2227566	C	T	3071.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=49;NR=30;PP=1457;SC=GGTATCTTCTCCCACAGTGAT;SOR=1.003;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=81;TCF=49;TCR=32;TR=79;WE=75673739;WS=75673721;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr10	75674740	rs2227571	C	T	4596.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-2.214;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=81;PP=2393;ReadPosRankSum=0.183;SC=ATGAGCCCAGCGTGATCAAGG;SOR=1.127;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=132;TCF=50;TCR=82;TR=130;WE=75674748;WS=75674730;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,174:0.99:176
chr10	75832703	.	C	CT	47.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.610;ClippingRankSum=0.000;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.51;ReadPosRankSum=-0.424;SOR=0.648;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,7:0.37:19
chr10	75863750	rs2270552	C	T	1370.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=8;NR=36;PP=998;SC=GAAATTGGAGCGGGACTGGTT;SOR=2.786;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=44;TCF=8;TCR=36;TR=44;WE=75863758;WS=75863740;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr10	75865065	rs767809	G	A	820.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=15;PP=471;SC=CCATCTCCCCGATGGTGATGG;SOR=1.863;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=4;TCR=15;TR=19;WE=75865073;WS=75865055;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr10	75866929	rs2131957	C	A	1574.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=34;NR=13;PP=992;SC=TGCTGCTGCACAGACAGTGCT;SOR=1.692;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=34;TCR=13;TR=47;WE=75866937;WS=75866919;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr10	75871735	rs2131956	C	G	7001.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=259;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=99;NR=64;PP=2965;SC=ATGCTGCTGGCTTCCCTGTCC;SOR=1.022;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=163;TCF=99;TCR=64;TR=163;WE=75871743;WS=75871725;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,257:1.00:257
chr10	75874166	rs372451454	CGT	C	115.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.826;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.31;ReadPosRankSum=0.579;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,11:0.22:50
chr10	75874192	rs28639484	T	C	1502.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.83;SOR=1.473;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr10	75889760	rs35456205	GA	G	3213.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.181;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.077;HP=13;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.280;NF=5;NR=62;PP=1214;ReadPosRankSum=-0.397;SC=CCTGAAGAAAGAAAAAAAAAA;SOR=0.231;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=73;TCF=5;TCR=68;TR=67;WE=75889768;WS=75889750;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:5,155:0.97:160
chr10	75896601	rs10762576	A	C	1734.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=14;NR=25;PP=780;SC=ATGGAAGGCAAAAAGAAAGGC;SOR=1.033;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=39;TCF=14;TCR=25;TR=39;WE=75896609;WS=75896591;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr10	75936611	rs10824095	C	T	5264.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-2.180;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=57;PP=2214;ReadPosRankSum=-0.690;SC=CGCCGTGGCGCTGGGCAGGAG;SOR=0.252;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=122;TCF=65;TCR=57;TR=118;WE=75936619;WS=75936601;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,201:1.00:202
chr10	76158177	rs2126763	C	T	745.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=13;NR=6;PP=355;SC=TCTATTGAAACATATGCTAAG;SOR=1.179;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=13;TCR=6;TR=19;WE=76158185;WS=76158167;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr10	76429870	rs10740443	T	C	1074.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.716;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FS=2.673;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.48;ReadPosRankSum=0.387;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:130,66:0.34:196
chr10	76854564	rs3088142	C	T	9441.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=379;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=108;NR=92;PP=2965;SC=CATGTTCTCACAGATCATGAG;SOR=0.819;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=200;TCF=108;TCR=92;TR=200;WE=76854572;WS=76854554;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,368:1.00:368
chr10	76855326	rs3740318	A	G	1982.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=40;NR=17;PP=1271;SC=CTGATCCAGAAGTGCACCTTG;SOR=1.576;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=57;TCF=40;TCR=17;TR=57;WE=76855334;WS=76855316;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr10	76855412	rs3740317	G	A	5567.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=78;NR=59;PP=2513;SC=AGGGGTTGTCGTCCGCCTCGA;SOR=0.854;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=137;TCF=78;TCR=59;TR=137;WE=76855420;WS=76855402;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,212:1.00:212
chr10	76857364	rs3824742	C	G	4691.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.392;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=87;NR=37;PP=2630;ReadPosRankSum=-0.701;SC=GGGAGGCAAGCGTGCCACCTC;SOR=0.651;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=124;TCF=87;TCR=37;TR=124;WE=76857372;WS=76857354;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,170:0.99:171
chr10	76861680	rs6480771	T	C	1229.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=21;NR=10;PP=537;SC=TTCGTGCTGCTGGCTTTCAGC;SOR=1.251;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=31;TCF=21;TCR=10;TR=31;WE=76861688;WS=76861670;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr10	76865668	rs140321335	G	A	1188.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.862;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.452;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=29;PP=724;ReadPosRankSum=-2.474;SC=CCCACACACCGGCCCACCCAC;SOR=1.294;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=57;TCF=17;TCR=40;TR=40;WE=76865676;WS=76865658;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,53:0.56:94
chr10	76867899	rs7912300	T	C	2115.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=16;NR=39;PP=1264;SC=GTAGAGGCCCTTGTGGGCGGC;SOR=1.516;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=55;TCF=16;TCR=39;TR=55;WE=76867907;WS=76867889;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr10	76971844	rs2804535	C	T	503.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=12;NR=5;PP=314;SC=CGTTATAGTTCTATTGTAGCT;SOR=1.609;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=17;TCF=12;TCR=5;TR=17;WE=76971852;WS=76971834;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr10	76982265	rs142315471	G	C	3153.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=2.834;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.222;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=71;PP=1909;ReadPosRankSum=0.246;SC=ACAGTCCCCAGTTTACAGATA;SOR=0.835;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=155;TCF=49;TCR=106;TR=101;WE=76982273;WS=76982255;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,132:0.66:201
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chr10	77312183	rs56910833	TC	T	119.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.361;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=443;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.30;ReadPosRankSum=0.485;SOR=0.673;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:331,67:0.17:398
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chr10	78839127	.	A	AGTGTGTGT,AGTGTGT	82.73	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=0.674;ClippingRankSum=-0.000;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=0;PP=297;ReadPosRankSum=-1.465;SC=GGCATGTGAGAGTGTGTGTGT;SOR=1.329;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=8;TCR=3;TR=5;WE=78839135;WS=78839117;set=Intersection	GT:AF:DP	0/1:0.40:10
chr10	78844579	rs34592624	G	GA	59.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.758;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.71;ReadPosRankSum=-0.140;SOR=0.793;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:68,16:0.19:84
chr10	78850320	rs11002011	C	G	777.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.355;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.148;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=22;PP=540;ReadPosRankSum=0.348;SC=CAGGACCCTGCATCCCACCCC;SOR=0.926;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=42;TCF=8;TCR=34;TR=27;WE=78850328;WS=78850310;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,32:0.57:56
chr10	78868165	rs138226779	CAAA	C	6196.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.793;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=15;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.180;NF=19;NR=53;PP=786;ReadPosRankSum=-1.512;SC=AAACAAGAGCCAAAAAAAAAA;SOR=0.273;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=81;TCF=25;TCR=56;TR=72;WE=78868176;WS=78868155;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:8,189:0.96:197
chr10	78872077	rs12355548	G	T	1989.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.800;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.668;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=24;PP=948;ReadPosRankSum=1.977;SC=CTCAGAGAGGGTCTTGTTGCA;SOR=0.624;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=87;TCF=56;TCR=31;TR=62;WE=78872085;WS=78872067;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,92:0.66:139
chr10	78872281	rs12778504	C	T	535.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=0.147;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.927;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=15;PP=316;ReadPosRankSum=1.373;SC=TAACAGCACCCGCTTAGCAGG;SOR=0.346;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=27;TCF=5;TCR=22;TR=19;WE=78872289;WS=78872271;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,23:0.74:31
chr10	78944590	rs1131824	G	A	3026.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-0.045;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=224;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=34;PP=1108;ReadPosRankSum=-1.122;SC=CCCGCAAGCCGAAGTAGAGAA;SOR=0.725;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=114;TCF=60;TCR=54;TR=72;WE=78944598;WS=78944580;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,146:0.65:224
chr10	78944796	rs150813973	AC	A	667.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=0.432;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.870;NF=0;NR=14;PP=504;ReadPosRankSum=-1.786;SC=ATAAAAGAAAACATTTGGTCT;SOR=0.551;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=0;TCR=18;TR=14;WE=78944804;WS=78944786;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,22:0.76:29
chr10	78977190	rs16934368	A	C	4774.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.733;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=362;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.813;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=82;NR=66;PP=2429;ReadPosRankSum=-0.364;SC=CACATGGCCAACTTCTCCCAA;SOR=0.797;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=220;TCF=119;TCR=101;TR=148;WE=78977198;WS=78977180;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:129,220:0.63:349
chr10	79396463	rs12217221	C	T	237.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=2.138;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=11;PP=165;ReadPosRankSum=-1.007;SC=CCTGTTATCTCGGGCCATGCT;SOR=0.563;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=37;TCF=5;TCR=32;TR=13;WE=79396471;WS=79396453;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,13:0.33:39
chr10	79552092	rs2165046	C	T	671.88	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=1.003;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5013;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=2;PP=430;ReadPosRankSum=1.059;SC=ATCCTTCCCCCGCATGTTCAT;SOR=1.061;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=27;TCF=23;TCR=4;TR=22;WE=79552100;WS=79552082;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,24:0.89:27
chr10	79552151	rs1058202	T	C	2449.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=44;NR=22;PP=1233;SC=CTGAGTCTGGTGTCCCCTCAG;SOR=1.312;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=66;TCF=44;TCR=22;TR=66;WE=79552159;WS=79552141;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr10	79553673	rs2812425	T	C	4778.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=88;NR=40;PP=2399;SC=ATGTAGAAAGTGCGGGCTTCT;SOR=1.342;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=129;TCF=89;TCR=40;TR=128;WE=79553681;WS=79553663;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,175:1.00:175
chr10	79553688	rs2579150	G	A	1460.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.815;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=242;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.992;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=23;PP=769;ReadPosRankSum=-0.500;SC=GCTTCTCCACGGCTAAGAAAA;SOR=0.461;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=165;TCF=113;TCR=52;TR=62;WE=79553696;WS=79553678;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:150,84:0.36:234
chr10	79565655	rs2289311	G	A	710.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=0.986;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=16;PP=420;ReadPosRankSum=1.885;SC=CAGGGCCATCGAGACCCTGCT;SOR=0.569;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=46;TCF=15;TCR=31;TR=24;WE=79565663;WS=79565645;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,31:0.55:56
chr10	79566480	rs58116353	CT	C	601.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.413;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.031;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=14;PP=622;ReadPosRankSum=-0.224;SC=TCGGCGACCCCTGCCCCACCC;SOR=2.636;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=23;TCF=6;TCR=17;TR=14;WE=79566488;WS=79566470;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,18:0.78:23
chr10	79566632	rs1058198	G	A	5409.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.61;BaseQRankSum=0.067;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=400;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.381;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=70;NR=66;PP=2192;ReadPosRankSum=-0.062;SC=AGAGGATGTCGTCCTTCTTAA;SOR=0.651;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=201;TCF=103;TCR=98;TR=136;WE=79566640;WS=79566622;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:139,254:0.65:393
chr10	79571108	rs2289309	C	T	699.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=-2.144;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=10;PP=229;ReadPosRankSum=-1.584;SC=TAGCCCTGCACCCTGTGCCCT;SOR=0.711;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=25;TCF=10;TCR=15;TR=17;WE=79571116;WS=79571098;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,33:0.75:44
chr10	79571893	rs1248625	C	G	586.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.507;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FS=2.698;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.97;ReadPosRankSum=0.217;SOR=0.450;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:83,35:0.30:118
chr10	79575879	rs1248638	A	G	3734.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=41;NR=38;PP=1443;SC=GGTGCCAGCCACTAACCACGT;SOR=0.749;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=79;TCF=41;TCR=38;TR=79;WE=79575887;WS=79575869;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,144:1.00:144
chr10	79577408	rs10824577	G	C	486.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.647;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.601;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=1;PP=314;ReadPosRankSum=-1.371;SC=GTAGAGAAATGAGCTCAGTCC;SOR=0.278;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=22;TCF=21;TCR=1;TR=16;WE=79577416;WS=79577398;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,20:0.80:25
chr10	79579047	rs1248635	A	G	8124.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=320;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=77;NR=87;PP=2965;SC=GGGCAGCTGGAGTACAGAGAA;SOR=0.759;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=164;TCF=77;TCR=87;TR=164;WE=79579055;WS=79579037;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,312:1.00:312
chr10	79579222	rs1248634	G	A	431.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.999;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.337;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=12;PP=206;ReadPosRankSum=0.038;SC=GGGGAACAGTGCCTAGAAATG;SOR=0.409;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=42;TCF=11;TCR=31;TR=18;WE=79579230;WS=79579212;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,24:0.39:61
chr10	79579251	rs2289308	G	A	626.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.715;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=15;PP=305;ReadPosRankSum=2.124;SC=GAGAAAAGACGCCCCAAAGGA;SOR=0.591;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=31;TCF=6;TCR=25;TR=19;WE=79579259;WS=79579241;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,28:0.64:44
chr10	79584178	rs1248629	G	C	3530.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=60;NR=41;PP=1968;SC=CCTGGCAGCTGCGCAGCAGAG;SOR=1.005;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=101;TCF=60;TCR=41;TR=101;WE=79584186;WS=79584168;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chr10	79588534	rs2801822	C	G	971.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=1.068;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.302;NF=31;NR=12;PP=761;ReadPosRankSum=1.142;SC=ACAATGCCCACAACAAGGAAA;SOR=0.657;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=103;TCF=74;TCR=29;TR=43;WE=79588542;WS=79588524;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,49:0.38:130
chr10	79588620	rs66642452	GCTCCAGC	G	3741.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=2.378;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=342;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.423;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=2.948;NF=12;NR=35;PP=2357;ReadPosRankSum=0.102;SC=GATGACCCTGGCTCCAGCCTT;SOR=0.649;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=142;TCF=44;TCR=98;TR=47;WE=79588634;WS=79588610;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:232,108:0.32:340
chr10	79589402	rs35069099	G	A	300.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-2.359;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.376;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=10;PP=206;ReadPosRankSum=0.442;SC=TCACATACACGCTCAGAAAAT;SOR=0.241;SbPval=0.16;Source=Platypus;TC=33;TCF=5;TCR=28;TR=14;WE=79589410;WS=79589392;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,16:0.37:43
chr10	79589904	rs55854323	C	T	613.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-3.058;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=2;PP=373;ReadPosRankSum=0.796;SC=TGCTACCTGGCTCTCTTCGGG;SOR=0.509;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=28;TCF=26;TCR=2;TR=20;WE=79589912;WS=79589894;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,26:0.74:35
chr10	79590685	rs10824579	C	T	617.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=3.441;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.476;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=21;PP=452;ReadPosRankSum=-1.259;SC=AACATCCCACCGCGTAACGGC;SOR=2.058;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=36;TCF=6;TCR=30;TR=23;WE=79590693;WS=79590675;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,25:0.64:39
chr10	79590726	rs1248663	C	G	452.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=13;PP=355;SC=CCATTTGAAACAGCTAAAATG;SOR=3.126;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=14;TCF=1;TCR=13;TR=14;WE=79590734;WS=79590716;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr10	79595417	rs1248661	C	T	594.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=17;NR=0;PP=475;SC=TAAATGATTCCGACCCTCCCA;SOR=5.892;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=17;TCR=0;TR=17;WE=79595425;WS=79595414;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr10	79595473	rs1781797	G	A	289.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=3.047;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.541;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=1;PP=160;ReadPosRankSum=2.200;SC=GCAAGCCCACGCCAGCTTGAG;SOR=1.066;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=44;TCF=38;TCR=6;TR=13;WE=79595481;WS=79595463;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,16:0.31:51
chr10	79606441	rs1248676	A	C	600.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.019;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.09;ReadPosRankSum=1.272;SOR=0.624;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:83,35:0.30:118
chr10	79614189	rs1248692	A	G	4537.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=44;NR=66;PP=2327;SC=GGATAGAGGAACCAGGTCCTG;SOR=0.979;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=110;TCF=44;TCR=66;TR=110;WE=79614197;WS=79614179;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,172:1.00:172
chr10	79616605	rs1248696	T	C	2051.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=26;NR=36;PP=879;SC=ATTCACTTGCTGGTCAGTGAG;SOR=0.987;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=62;TCF=26;TCR=36;TR=62;WE=79616613;WS=79616595;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr10	79628875	rs1248655	A	G	1892.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-1.907;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=15;PP=896;ReadPosRankSum=1.564;SC=CTCCCCAGACAGTGGTACTCA;SOR=0.522;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=51;TCF=36;TCR=15;TR=50;WE=79628883;WS=79628865;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,75:0.99:76
chr10	79629085	rs1248656	G	A	607.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.458;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.764;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=13;PP=187;ReadPosRankSum=0.802;SC=CCACATCCACGGGCCAAGCAG;SOR=0.815;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=69;TCF=27;TCR=42;TR=18;WE=79629093;WS=79629075;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,37:0.34:108
chr10	79629127	rs1248657	T	C	388.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.527;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=0.976;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.80;ReadPosRankSum=-0.678;SOR=0.862;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:43,24:0.36:67
chr10	79777222	.	AT	A	442.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.168;ClippingRankSum=0.000;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=2.515;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.77;ReadPosRankSum=0.133;SOR=0.395;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,19:0.33:57
chr10	79779150	rs1863898	G	A	258.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-2.156;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.996;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=10;PP=167;ReadPosRankSum=3.013;SC=ATCCTGGGCAGCCTGCTGCCT;SOR=1.179;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=28;TCF=4;TCR=24;TR=11;WE=79779158;WS=79779140;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,12:0.40:30
chr10	79793688	rs3740253	C	T	3170.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.224;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=544;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=69;PP=1571;ReadPosRankSum=-0.020;SC=CCCGTGCAGTCATCTGCCGCG;SOR=0.692;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=337;TCF=142;TCR=195;TR=119;WE=79793696;WS=79793678;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:360,180:0.33:540
chr10	79797660	.	CTT	C	81.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.553;ClippingRankSum=-0.000;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=5.84;ReadPosRankSum=1.658;SOR=0.790;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,7:0.50:14
chr10	79797690	rs147388032	CCT	C	551.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.897;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.04;ReadPosRankSum=0.295;SOR=0.650;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:43,18:0.30:61
chr10	80288406	rs1865706	T	G	2827.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.61;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=39;NR=17;PP=1251;SC=TGAATATTTGTGTTGTTTCCA;SOR=1.179;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=56;TCF=39;TCR=17;TR=56;WE=80288414;WS=80288396;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr10	80310465	rs2670191	T	C	5290.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=72;NR=60;PP=2179;SC=TGGGTGTTGTTGGAACCTACT;SOR=0.839;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=132;TCF=72;TCR=60;TR=132;WE=80310473;WS=80310455;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,204:1.00:204
chr10	80310636	rs7090749	G	A	4778.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=63;NR=62;PP=2297;SC=TCCAATGTAAGTGTGGAAAAA;SOR=0.715;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=125;TCF=63;TCR=62;TR=125;WE=80310644;WS=80310626;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,182:1.00:182
chr10	80762022	rs200386474	GGAAAGAAAGAAA	G	254.76	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=36.39;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr10	80763534	rs10762829	A	G	1494.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=25;PP=737;SC=AAATTGGCCTAGCTTCCTAAC;SOR=1.412;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=35;TCF=10;TCR=25;TR=35;WE=80763542;WS=80763524;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr10	80961519	rs2802371	T	C	619.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-1.866;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=23;PP=382;ReadPosRankSum=-1.268;SC=GGGCATCTGGTGGGTTCTGGC;SOR=0.722;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=78;TCF=13;TCR=65;TR=26;WE=80961527;WS=80961509;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,32:0.37:87
chr10	80968367	rs35380943	TC	T	1420.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.148;NF=2;NR=31;PP=1014;ReadPosRankSum=-1.531;SC=ATTTGGTGTGTCCCCCACGTG;SOR=0.669;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=54;TCF=4;TCR=50;TR=33;WE=80968375;WS=80968357;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,53:0.71:75
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chr10	81204896	.	A	ACGGTGGGG	391.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.807;ClippingRankSum=0.000;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=0;PP=549;ReadPosRankSum=-1.217;SC=ACGGCCCGCCACGGTGGGGCG;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=14;TCR=1;TR=5;WE=81204904;WS=81204886;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,11:0.50:22
chr10	81266411	rs1010929	T	C	2946.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=3.346;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=490;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-2.024;NF=59;NR=61;PP=1815;ReadPosRankSum=2.332;SC=AGACCTACAGTTGCAGAAGGT;SOR=0.694;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=354;TCF=177;TCR=177;TR=120;WE=81266419;WS=81266401;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:322,157:0.33:479
chr10	81267591	rs1250778	C	T	1011.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.917;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.305;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-1.971;NF=9;NR=23;PP=387;ReadPosRankSum=-0.996;SC=GGGGACTCTCCAGTGCAAGAG;SOR=0.844;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=109;TCF=37;TCR=72;TR=32;WE=81267599;WS=81267581;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:113,58:0.34:171
chr10	81286345	rs200769428	CG	C	564.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.746;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FS=2.554;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.68;MQRankSum=-9.958;QD=3.19;ReadPosRankSum=0.296;SOR=1.005;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:145,32:0.18:177
chr10	81286374	rs1250962	A	C	204.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.383;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FS=11.806;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.65;MQRankSum=-11.906;QD=1.33;ReadPosRankSum=-1.343;SOR=1.882;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:132,22:0.14:154
chr10	81317045	rs1965708	G	T	2139.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-2.420;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=348;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.073;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-1.177;NF=42;NR=30;PP=961;ReadPosRankSum=1.641;SC=TCCACACACTGCTCTTTTCCC;SOR=0.545;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=213;TCF=133;TCR=80;TR=72;WE=81317053;WS=81317035;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:227,118:0.34:345
chr10	81318545	rs2217231	A	T	1173.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.931;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FS=3.274;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.81;ReadPosRankSum=-0.979;SOR=0.372;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,55:0.65:85
chr10	81318621	rs17884396	C	T	1287.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.161;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=235;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=22;PP=696;ReadPosRankSum=1.151;SC=TTCCACTGCCCACCTGCCCCG;SOR=0.727;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=158;TCF=94;TCR=64;TR=54;WE=81318629;WS=81318611;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:159,73:0.31:232
chr10	81318820	rs17880349	G	A	1149.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.499;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.943;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-1.236;NF=10;NR=32;PP=760;ReadPosRankSum=0.932;SC=GTTGGAGCTAGTGAGACTCGA;SOR=0.963;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=69;TCF=17;TCR=52;TR=42;WE=81318828;WS=81318810;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,49:0.56:87
chr10	81318930	rs1250943	C	G	416.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=7;NR=7;PP=375;SC=GAACCCACCACCCCTGCAGAC;SOR=0.976;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=7;TCR=7;TR=14;WE=81318938;WS=81318925;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr10	81319214	rs1059046	G	T	516.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.453;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=13.893;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-9.608;NF=17;NR=41;PP=1009;ReadPosRankSum=-4.026;SC=CAAGATGAGGGTGAGGGCCAG;SOR=1.912;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=131;TCF=51;TCR=80;TR=58;WE=81319222;WS=81319204;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:108,32:0.23:140
chr10	81319267	rs1650232	C	T	1903.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=27;NR=49;PP=1662;SC=CTGCTCCTGCCGGAGGGATGG;SOR=1.196;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=77;TCF=27;TCR=50;TR=76;WE=81319275;WS=81319257;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr10	81319400	rs17882203	A	T	213.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=4.726;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=29;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-5.918;NF=9;NR=7;PP=237;ReadPosRankSum=-1.900;SC=GACCCGAAGCACCCGGGAAAA;SOR=0.632;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=58;TCF=31;TCR=27;TR=16;WE=81319408;WS=81319390;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,13:0.21:62
chr10	81319423	rs1975008	C	T	1863.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=30;NR=27;PP=1118;SC=CCAAGCATCACCTGGCACCTG;SOR=0.811;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=57;TCF=30;TCR=27;TR=57;WE=81319431;WS=81319413;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr10	81319458	rs17883613	C	T	151.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.704;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=1.146;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.01;MQRankSum=-4.230;QD=2.33;ReadPosRankSum=0.873;SOR=0.929;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:51,14:0.22:65
chr10	81319483	rs1975007	A	G	1946.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=26;NR=28;PP=1134;SC=GGGTCTCAAGACTGCTGAGGA;SOR=0.722;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=54;TCF=26;TCR=28;TR=54;WE=81319491;WS=81319473;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr10	81342369	rs34032311	G	T	3472.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=37;NR=61;PP=1643;SC=TCCGCTCACCGTTGGTCATGA;SOR=1.105;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=98;TCF=37;TCR=61;TR=98;WE=81342377;WS=81342359;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,136:1.00:136
chr10	81342469	rs2678654	A	G	468.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=42.65;QD=31.25;SOR=4.047;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr10	81343036	rs3855862	G	A	680.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=48.00;QD=28.37;SOR=1.519;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr10	81343060	.	G	GCCAAGAACACATTATGGGCAGAGAGAAAGCTCACACTT	272.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.844;ClippingRankSum=0.000;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=8.235;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.96;MQRankSum=-2.112;QD=11.36;ReadPosRankSum=-1.101;SOR=1.086;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,6:0.25:24
chr10	81371049	rs4253511	C	T	707.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.133;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.535;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=11;PP=306;ReadPosRankSum=-1.098;SC=AGGCTGCGGGCCCCGTTCATC;SOR=0.548;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=78;TCF=49;TCR=29;TR=26;WE=81371057;WS=81371039;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,40:0.32:125
chr10	81371698	rs72659390	C	T	1609.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.63;BaseQRankSum=-1.879;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.973;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=3.638;NF=16;NR=30;PP=560;ReadPosRankSum=1.054;SC=CTGGATCCCACGGCCTGCCAG;SOR=0.304;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=107;TCF=32;TCR=75;TR=46;WE=81371706;WS=81371688;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,80:0.56:142
chr10	81371729	rs1136450	C	G	746.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=4.206;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=31.195;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-6.410;NF=4;NR=34;PP=759;ReadPosRankSum=-0.124;SC=GAGAGATGGTCTCAAAGGAGA;SOR=3.572;SbPval=0.97;Source=Platypus;TC=71;TCF=16;TCR=55;TR=38;WE=81371737;WS=81371719;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,34:0.37:91
chr10	81372231	rs4253514	CG	C	702.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=2.280;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.959;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=15;PP=475;ReadPosRankSum=-0.207;SC=ATGGGCACAGCGACCCTGAAG;SOR=0.939;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=52;TCF=2;TCR=50;TR=15;WE=81372239;WS=81372221;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,26:0.28:94
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chr10	81374651	rs1250991	C	T	1407.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-1.563;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.979;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=25;PP=716;ReadPosRankSum=1.144;SC=GGCATTCACACCACCCCCCAC;SOR=0.339;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=133;TCF=83;TCR=50;TR=57;WE=81374659;WS=81374641;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:97,74:0.43:171
chr10	81667323	rs2250135	A	G	46.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.349;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=4.25;ReadPosRankSum=1.434;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,4:0.36:11
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chr10	81681454	rs2257414	A	G	59.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.420;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=11.847;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.16;MQRankSum=-2.256;QD=3.32;ReadPosRankSum=-1.963;SOR=0.009;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,5:0.28:18
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chr10	81698097	rs2819098	G	A	55.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.827;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.74;ReadPosRankSum=-0.027;SOR=0.512;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,6:0.19:32
chr10	81701722	rs2243639	T	C	543.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.63;BaseQRankSum=2.909;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.848;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=7;PP=295;ReadPosRankSum=0.113;SC=GCTGCCCCTGTGTTTCCAGGG;SOR=1.007;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=58;TCF=39;TCR=19;TR=22;WE=81701730;WS=81701712;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,30:0.30:99
chr10	81706324	rs721917	A	G	1292.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.683;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=251;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.369;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=27;PP=558;ReadPosRankSum=-1.430;SC=AGCACTGGGCATTGTTCTGTG;SOR=0.889;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=156;TCF=73;TCR=83;TR=47;WE=81706332;WS=81706314;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:162,77:0.32:239
chr10	81841421	.	C	CAA	641.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.582;ClippingRankSum=0.000;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=2.951;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.24;MQRankSum=0.744;QD=14.92;ReadPosRankSum=-1.906;SOR=1.300;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,29:0.67:43
chr10	81841692	rs1932574	G	T	707.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.466;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=17;PP=346;ReadPosRankSum=-1.058;SC=ACACCCTCCTGTGCAATGGGT;SOR=0.663;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=63;TCF=22;TCR=41;TR=26;WE=81841700;WS=81841682;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,37:0.42:88
chr10	81915790	rs2789687	T	C	377.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=2.853;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=14;PP=259;ReadPosRankSum=-0.471;SC=GGGAATTTTCTCCCACTGCAG;SOR=0.627;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=49;TCF=8;TCR=41;TR=16;WE=81915798;WS=81915780;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,18:0.34:53
chr10	81923205	rs2236558	T	G	1524.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.055;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.612;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=19;PP=694;ReadPosRankSum=0.902;SC=CCTTCCCCATTTATTTTCCCT;SOR=0.598;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=88;TCF=54;TCR=34;TR=45;WE=81923213;WS=81923195;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,73:0.49:148
chr10	81925768	rs143105746	A	ACACGCATGCGCGCGTGCG	642.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=1.344;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=30;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=5;PP=1002;ReadPosRankSum=0.110;SC=CTGTGTGTCCACACGCATGCG;SOR=0.716;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=15;TCR=5;TR=20;WE=81925776;WS=81925758;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,11:0.44:25
chr10	81925788	.	A	ACGCATGCGCGCGTGCG	385	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.6;FR=0.5000;HP=2;HapScore=3;MGOF=19;MMLQ=24;MQ=59.01;NF=22;NR=18;PP=385;QD=10.275;SC=GCGCGTGCGCACACACGCGCG;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=49;TCF=28;TCR=21;TR=40;WE=81925807;WS=81925778;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:9,40:0.82:49
chr10	81925796	.	G	GCA	601.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=-2.226;ClippingRankSum=0.000;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.916;HP=2;HapScore=3;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=18;PP=385;ReadPosRankSum=-1.342;SC=GCACACACGCGCGCACACACA;SOR=0.436;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=52;TCF=30;TCR=22;TR=39;WE=81925807;WS=81925778;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,39:0.39:101
chr10	81925798	rs3000941	G	A	2286.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=-0.080;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=3;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=13;PP=376;ReadPosRankSum=2.181;SC=ACACACGCGCGCACACACACA;SOR=0.645;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=80;TCF=53;TCR=27;TR=38;WE=81925807;WS=81925778;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,67:0.61:109
chr10	81930442	rs2819953	C	A	580.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=3.448;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.808;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=1;PP=432;ReadPosRankSum=-0.647;SC=ACACACTACACACCACAGCAA;SOR=2.387;SbPval=0.96;Source=Platypus;TC=37;TCF=31;TCR=6;TR=19;WE=81930450;WS=81930441;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,23:0.56:41
chr10	81930461	rs2789689	T	C	807.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=2.218;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.246;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=7;PP=545;ReadPosRankSum=-0.916;SC=AACACACACATAGACAACTCT;SOR=1.402;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=54;TCF=38;TCR=16;TR=30;WE=81930469;WS=81930451;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,35:0.60:58
chr10	81932790	rs2236556	T	C	1194.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=31;PP=713;SC=CTCCTGCTGGTGCCTCCAGCT;SOR=2.303;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=39;TCF=8;TCR=31;TR=39;WE=81932798;WS=81932780;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr10	81995007	rs1250973	A	G	740.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.580;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FS=6.938;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.81;MQRankSum=2.850;QD=3.49;ReadPosRankSum=1.533;SOR=0.348;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:157,55:0.26:212
chr10	81995032	rs2789657	C	G	2375.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.309;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=280;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-2.199;NF=52;NR=33;PP=1145;ReadPosRankSum=0.476;SC=TATACTTAACCAGATGGAGTT;SOR=0.676;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=196;TCF=122;TCR=74;TR=85;WE=81995040;WS=81995022;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:154,126:0.45:280
chr10	81995058	rs2678622	G	A	4892.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.215;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=306;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.184;HP=4;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-4.234;NF=93;NR=70;PP=2578;ReadPosRankSum=2.913;SC=CGGAGCTGCCGAAAACTGTCA;SOR=0.712;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=216;TCF=121;TCR=95;TR=163;WE=81995066;WS=81995048;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,225:0.74:306
chr10	81995190	rs377584813	CG	C	274.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.124;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FS=3.872;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.30;MQRankSum=-2.805;QD=3.23;ReadPosRankSum=-0.346;SOR=0.323;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:68,17:0.20:85
chr10	82009543	rs115968930	C	G	1842.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.123;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-2.841;NF=44;NR=42;PP=1185;ReadPosRankSum=1.115;SC=GGAAGGCTGCCGGCAAGCAGC;SOR=0.735;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=149;TCF=80;TCR=69;TR=86;WE=82009551;WS=82009533;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,96:0.58:166
chr10	82013134	rs1298908	C	T	5821.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-2.238;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=383;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.321;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=121;NR=72;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.094;SC=CTTCAATAATCTCCATTTGTG;SOR=0.792;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=284;TCF=178;TCR=106;TR=193;WE=82013154;WS=82013124;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:129,244:0.65:373
chr10	82013146	rs2573326	T	C	6238.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=3.169;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=412;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.767;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=132;NR=74;PP=2962;ReadPosRankSum=1.075;SC=CCATTTGTGGTCCCTGGGACT;SOR=0.813;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=308;TCF=195;TCR=113;TR=206;WE=82013154;WS=82013124;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:140,257:0.65:397
chr10	82013165	rs62621256	T	C	3307.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.274;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=526;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.552;HP=1;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=73;NR=46;PP=1706;ReadPosRankSum=-1.026;SC=CTTCAGCCACTTCCTCCACCA;SOR=0.647;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=357;TCF=217;TCR=140;TR=119;WE=82013173;WS=82013155;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:328,174:0.35:502
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chr10	82034842	rs10887711	A	G	977.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=-1.694;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.870;HP=1;HapScore=4;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=9;PP=1227;ReadPosRankSum=-0.059;SC=CAGCATATGCAGCTGAGCGGT;SOR=0.469;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=53;TCF=37;TCR=16;TR=28;WE=82034862;WS=82034832;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,49:0.58:84
chr10	82034854	rs10788546	T	C	1775.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=-2.371;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.603;HP=1;HapScore=4;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=13;PP=1227;ReadPosRankSum=-2.451;SC=CTGAGCGGTCTACCTTGGTGT;SOR=0.502;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=67;TCF=46;TCR=21;TR=40;WE=82034862;WS=82034832;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,82:0.68:121
chr10	82036397	rs116031102	C	T	4120.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.191;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=271;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=85;PP=2132;ReadPosRankSum=1.215;SC=TGAGGCTGAGCGAACGGCACA;SOR=0.706;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=205;TCF=79;TCR=126;TR=138;WE=82036405;WS=82036387;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,184:0.69:267
chr10	82040052	rs1143694	A	G	2335.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.712;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=40;PP=1093;ReadPosRankSum=-0.517;SC=TCTCGTCGGTAGCATAGCCGA;SOR=0.688;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=119;TCF=52;TCR=67;TR=70;WE=82040060;WS=82040042;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,109:0.62:176
chr10	82040123	rs41284066	G	A	1216.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-2.715;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=31;PP=776;ReadPosRankSum=0.433;SC=CAAGAGGACCGCAGCTCTCTC;SOR=0.667;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=63;TCF=16;TCR=47;TR=42;WE=82040131;WS=82040113;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,51:0.67:76
chr10	82040346	rs2282367	A	G	5551.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.136;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=395;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.302;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=123;NR=73;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.795;SC=GTGCTAGGACAAGAATCCACC;SOR=0.773;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=298;TCF=185;TCR=113;TR=196;WE=82040354;WS=82040336;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:127,253:0.67:380
chr10	82040652	rs77828941	C	G	885.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=2.483;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.542;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=28;PP=643;ReadPosRankSum=0.615;SC=TTGGTGTCAGCGTGGGGGTTC;SOR=0.452;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=51;TCF=8;TCR=43;TR=34;WE=82040660;WS=82040642;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,35:0.66:53
chr10	82045354	rs10887721	G	C	2412.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.097;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.791;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=33;PP=1036;ReadPosRankSum=0.659;SC=ATCTGGACAAGAGCAAATATG;SOR=0.487;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=102;TCF=44;TCR=58;TR=63;WE=82045362;WS=82045344;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,111:0.64:173
chr10	82048978	rs3862534	C	T	823.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.151;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.172;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=7;PP=425;ReadPosRankSum=-0.983;SC=CACACGGTACCCCATAAATAT;SOR=0.518;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=37;TCF=27;TCR=10;TR=25;WE=82048986;WS=82048968;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,37:0.69:54
chr10	82049251	rs145126070	T	TTTCTTC	1512.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.866;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.374;HP=8;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=23;PP=1024;ReadPosRankSum=1.781;SC=TGAGTTTTTTTTTCTTCTTCT;SOR=1.179;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=56;TCF=2;TCR=54;TR=24;WE=82049259;WS=82049241;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,41:0.71:58
chr10	82095968	rs1340383	T	G	581.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.151;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=11;PP=226;ReadPosRankSum=2.460;SC=AAGTAAATATTCCTTAATACA;SOR=0.836;Source=Platypus;TCF=15;TR=19;WE=82095976;WS=82095958;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,30:0.67:45
chr10	82112488	rs1572819	A	G	580.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-0.773;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=19;PP=408;ReadPosRankSum=-0.446;SC=GACACCTCCCATTGGGGGTGT;SOR=0.793;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=28;TCF=0;TCR=28;TR=19;WE=82112496;WS=82112478;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,22:0.71:31
chr10	82126808	rs1047952	C	G	184.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-2.638;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=7;PP=142;ReadPosRankSum=0.903;SC=AAGGCAAGTTCAGGGACTCTC;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=0;TCR=10;TR=7;WE=82126816;WS=82126798;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,7:0.70:10
chr10	82182296	rs1870142	G	A	2602.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.846;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.372;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.631;NF=35;NR=47;PP=1359;ReadPosRankSum=0.519;SC=TTCAGAGAAAGGGATCCTGGC;SOR=0.825;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=112;TCF=50;TCR=62;TR=82;WE=82182304;WS=82182286;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,118:0.72:163
chr10	82182405	rs5786455	C	CT	522.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.376;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.35;MQRankSum=0.609;QD=18.67;ReadPosRankSum=-0.981;SOR=1.139;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,22:0.79:28
chr10	82191643	rs6585994	A	G	2500.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.033;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=33;PP=1268;ReadPosRankSum=0.207;SC=GTCCTTTGCTATTCAAGCAAA;SOR=0.659;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=126;TCF=76;TCR=50;TR=82;WE=82191651;WS=82191633;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,112:0.69:162
chr10	82269238	rs10785897	C	T	893.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.668;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.081;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=22;PP=537;ReadPosRankSum=-0.944;SC=GTAAGCACCTCCCCAGCGGGC;SOR=0.937;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=43;TCF=13;TCR=30;TR=32;WE=82269246;WS=82269228;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,40:0.67:60
chr10	82331292	rs72805712	G	A	1814.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.354;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.703;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=32;PP=869;ReadPosRankSum=0.698;SC=AAGACCGCAAGGCTGCCAAAG;SOR=0.601;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=79;TCF=25;TCR=54;TR=48;WE=82331300;WS=82331282;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,80:0.63:127
chr10	82363300	rs34533074	G	A	333.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.060;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=3.623;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.33;ReadPosRankSum=1.160;SOR=0.310;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:54,23:0.30:77
chr10	82363340	rs7069048	C	A	1665.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-0.295;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=27;PP=1009;ReadPosRankSum=-0.276;SC=TCCAGTGCGCCGGTCCAAGGC;SOR=0.631;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=87;TCF=52;TCR=35;TR=64;WE=82363348;WS=82363330;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,75:0.73:103
chr10	82363404	rs7075840	A	G	1919.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=2.367;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.652;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=35;PP=2519;ReadPosRankSum=2.165;SC=GAGTACCGACACCACTCGCTC;SOR=0.595;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=101;TCF=54;TCR=47;TR=72;WE=82363413;WS=82363394;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,86:0.62:138
chr10	82363405	rs1913762	C	T	966.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-3.212;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.652;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=12;PP=841;ReadPosRankSum=-1.610;SC=AGTACCGACACCACTCGCTCC;SOR=0.801;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=101;TCF=54;TCR=47;TR=29;WE=82363413;WS=82363394;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,52:0.38:138
chr10	82363567	rs41300223	G	A	917.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.109;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=25;PP=561;ReadPosRankSum=0.800;SC=TCCAGGCTCCGTGTTGGTGTG;SOR=0.770;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=49;TCF=14;TCR=35;TR=35;WE=82363575;WS=82363557;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,43:0.70:61
chr10	82369219	rs17107368	T	A	3329.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.251;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=269;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=75;NR=40;PP=1728;ReadPosRankSum=1.235;SC=TCTCCAGAGATGTCATCGTCC;SOR=0.665;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=196;TCF=127;TCR=69;TR=115;WE=82369227;WS=82369209;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:102,159:0.61:261
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chr10	84711147	rs4933861	C	T	1419.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.036;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.742;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=19;PP=703;ReadPosRankSum=0.034;SC=CTCCTACCAGCTCAGAAGTAC;SOR=0.605;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=72;TCF=42;TCR=30;TR=44;WE=84711155;WS=84711137;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,66:0.62:107
chr10	84739018	rs78638961	A	G	47.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.927;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=2.963;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=3.41;ReadPosRankSum=-0.599;SOR=0.084;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,5:0.36:14
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chr10	85902394	rs3816716	G	C	5150.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=65;NR=51;PP=2237;SC=ACGTGTCTTTGTTTGCATGTG;SOR=0.881;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=118;TCF=65;TCR=53;TR=116;WE=85902402;WS=85902384;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,195:1.00:195
chr10	85908688	rs7069909	G	A	2134.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=15;NR=49;PP=1365;SC=TGGAATTTAAGCCTCATGTTT;SOR=2.073;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=64;TCF=15;TCR=49;TR=64;WE=85908696;WS=85908678;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr10	85936160	rs4348833	T	C	5133.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=95;NR=46;PP=2681;SC=TCCTGAGCCCTGTGCCTTGGA;SOR=1.417;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=141;TCF=95;TCR=46;TR=141;WE=85936168;WS=85936150;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,189:1.00:189
chr10	85944313	rs12250279	A	T	3973.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=28.80;SOR=1.542;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,138:1.00:138
chr10	85944322	rs35568118	T	A	4110.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.033;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.32;ReadPosRankSum=0.242;SOR=0.620;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,168:0.99:169
chr10	85955440	rs11592361	C	T	935.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.332;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.300;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=24;PP=450;ReadPosRankSum=2.524;SC=CAAGTTGCTGCGCGCGCCCGG;SOR=0.306;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=102;TCF=25;TCR=77;TR=34;WE=85955448;WS=85955430;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,50:0.38:130
chr10	85957681	rs11200915	A	C	805.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=13;PP=373;SC=CCAAGCCTTCATGGGGGCTTT;SOR=1.214;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=6;TCR=13;TR=19;WE=85957689;WS=85957671;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr10	85958658	rs113539611	AAGAG	A	475.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.807;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=5.403;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.52;ReadPosRankSum=0.198;SOR=1.880;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,14:0.37:38
chr10	85958739	rs11200917	T	C	525.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.810;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=9;PP=288;ReadPosRankSum=-0.370;SC=CCATTCATCCTTCAGAAGGTC;SOR=0.744;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=64;TCF=38;TCR=26;TR=23;WE=85958747;WS=85958729;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,32:0.30:105
chr10	85960274	rs11200920	A	C	2345.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.954;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=22;PP=1105;ReadPosRankSum=-0.094;SC=CCCCGACCCCACTGCTGCATG;SOR=0.883;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=65;TCF=41;TCR=24;TR=59;WE=85960282;WS=85960264;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,90:0.96:94
chr10	85960296	rs10788334	C	T	694.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.641;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FS=0.698;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.34;ReadPosRankSum=1.437;SOR=0.776;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:89,41:0.32:130
chr10	85960395	rs4933975	A	G	1049.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=1.169;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.570;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=23;PP=508;ReadPosRankSum=3.649;SC=AGGTCCATGCAGTGGACAGGG;SOR=0.770;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=99;TCF=43;TCR=56;TR=39;WE=85960403;WS=85960385;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:123,63:0.34:186
chr10	85961758	rs11200922	A	G	956.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-2.180;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.627;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=21;PP=455;ReadPosRankSum=-0.873;SC=GGGGAGTGGGAGCAGTTTGGA;SOR=0.374;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=91;TCF=28;TCR=63;TR=33;WE=85961766;WS=85961748;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,50:0.38:131
chr10	85962650	rs7073076	T	G	463.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.007;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FS=0.850;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.10;ReadPosRankSum=0.970;SOR=0.800;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:85,28:0.25:113
chr10	85965819	rs10788335	A	G	758.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=21;PP=595;SC=GAGCACCTGCACCAGACATGA;SOR=2.584;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=4;TCR=21;TR=25;WE=85965827;WS=85965809;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr10	85974236	rs3814213	T	C	14533.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.726;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=555;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=169;NR=208;PP=2965;ReadPosRankSum=1.307;SC=CCGTGCCTACTGTCTCTGGCT;SOR=0.285;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=378;TCF=169;TCR=209;TR=377;WE=85974244;WS=85974226;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,550:1.00:551
chr10	85974381	rs3814212	A	G	6457.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=60;NR=102;PP=2965;SC=CTTCTAGTGTATGCCCTATGA;SOR=1.264;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=162;TCF=60;TCR=102;TR=162;WE=85974389;WS=85974371;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,234:1.00:234
chr10	85978809	rs4562752	T	G	482.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=2.413;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.272;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=6;PP=286;ReadPosRankSum=-0.748;SC=AGAACACTAATGTACTATTAT;SOR=0.105;SbPval=0.18;Source=Platypus;TC=50;TCF=40;TCR=10;TR=19;WE=85978817;WS=85978799;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,22:0.40:55
chr10	85978939	rs4244947	G	A	2786.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-2.005;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=456;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=45;PP=1017;ReadPosRankSum=0.480;SC=GCCAGGGTCTGTTCTTGCATC;SOR=0.668;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=267;TCF=139;TCR=128;TR=92;WE=85978947;WS=85978929;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:291,163:0.36:454
chr10	85981801	rs6585847	T	G	1753.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.911;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=285;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.459;HP=5;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=38;PP=909;ReadPosRankSum=0.238;SC=GCTGCAGGGGTGCAGCTGGGG;SOR=0.727;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=185;TCF=79;TCR=106;TR=64;WE=85981809;WS=85981791;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:184,95:0.34:279
chr10	85981842	rs12217769	A	G	1224.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.300;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.788;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=25;PP=614;ReadPosRankSum=0.050;SC=GCCGCGCAGGACCCACTTGCT;SOR=0.572;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=158;TCF=72;TCR=86;TR=47;WE=85981850;WS=85981832;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:148,68:0.31:216
chr10	85981889	rs12218853	G	A	1244.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.793;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.789;HP=4;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=26;PP=660;ReadPosRankSum=0.865;SC=AGGCATAGGCGCCCACAGGCA;SOR=0.562;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=148;TCF=66;TCR=82;TR=49;WE=85981897;WS=85981879;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:149,69:0.32:218
chr10	85984323	rs11200925	G	A	1115.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.721;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=259;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.38;ReadPosRankSum=-0.074;SOR=0.722;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:181,74:0.29:255
chr10	85984423	rs11200926	C	T	1360.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.388;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=267;ExcessHet=3.0103;FS=0.488;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.23;ReadPosRankSum=0.220;SOR=0.650;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:180,80:0.31:260
chr10	85984723	rs11200928	G	A	1247.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.448;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=29;PP=696;ReadPosRankSum=-0.977;SC=TGTTAAAATTGAGCCAGAGGT;SOR=0.721;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=148;TCF=74;TCR=74;TR=57;WE=85984731;WS=85984713;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:124,71:0.36:195
chr10	85992478	rs3814210	T	C	6072.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.729;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=375;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.419;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=74;NR=79;PP=2726;ReadPosRankSum=2.224;SC=CCCATAGTGCTCCTGGGCTCC;SOR=0.739;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=213;TCF=104;TCR=109;TR=153;WE=85992486;WS=85992468;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:104,268:0.72:372
chr10	85992511	rs3814209	T	C	5772.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.596;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=359;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.434;HP=4;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=70;NR=84;PP=2080;ReadPosRankSum=-1.287;SC=TGGAAGTCGGTGGCTCAGTGA;SOR=0.742;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=206;TCF=95;TCR=111;TR=154;WE=85992519;WS=85992501;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:96,261:0.73:357
chr10	85993822	.	C	G	77.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.147;ClippingRankSum=0.000;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.36;ReadPosRankSum=0.339;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,7:0.21:33
chr10	85993836	rs4933986	A	G	1186.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=3;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=23;NR=8;PP=620;SC=TACCTGTACCATTAAGGGGCC;SOR=1.666;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=23;TCR=8;TR=31;WE=85993844;WS=85993812;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr10	85993910	rs3814206	G	A	3121.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.090;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=1.879;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=25;PP=1501;ReadPosRankSum=0.509;SC=CAGCGTAGCAGTGCTGTGCCA;SOR=1.207;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=77;TCF=52;TCR=25;TR=76;WE=85993918;WS=85993900;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,122:0.97:126
chr10	85994142	rs3829858	A	G	4931.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=44;NR=76;PP=2493;SC=GCCCTGCAGGAGTAAAAAAGA;SOR=1.117;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=120;TCF=44;TCR=76;TR=120;WE=85994150;WS=85994132;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,183:1.00:183
chr10	85997105	rs11200933	G	T	394.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.099;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.16;ReadPosRankSum=1.121;SOR=0.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:68,27:0.28:95
chr10	86001255	rs3841414	G	GGCCCAGCAA	1213.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=22;PP=2900;SC=CCGTCCCACCGGCCCAGCAAG;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=29;TCF=0;TCR=29;TR=22;WE=86001263;WS=86001245;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr10	86004736	rs2279228	A	G	542.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=6;PP=266;SC=CCAAGGTCCAACATAATAACC;SOR=1.230;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=10;TCR=6;TR=16;WE=86004744;WS=86004726;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr10	86004873	rs2279227	T	C	1375.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=17;PP=461;SC=CCCTGCCCACTGGCTTCGGGG;SOR=0.765;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=14;TCR=17;TR=31;WE=86004881;WS=86004863;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr10	86018460	rs3526	A	G	489.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.865;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.279;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=11;PP=204;ReadPosRankSum=-2.276;SC=CAGCAGCCTCAGTGGCCAAGC;SOR=0.492;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=30;TCF=5;TCR=25;TR=13;WE=86018468;WS=86018450;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,23:0.53:43
chr10	86131059	rs3814205	A	G	1589.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.493;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.623;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=18;PP=713;ReadPosRankSum=-0.409;SC=GAGCCTAACAATACTCAAAAT;SOR=0.880;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=74;TCF=40;TCR=34;TR=41;WE=86131067;WS=86131049;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,70:0.65:107
chr10	86185654	rs1336202	T	G	2423.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=20;NR=43;PP=1255;SC=GAGCAGGTAATTACTGTTCTG;SOR=1.481;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=63;TCF=20;TCR=43;TR=63;WE=86185662;WS=86185644;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr10	86198220	rs147451516	AATTGT	A	1314.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.477;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=8.062;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.18;MQRankSum=0.823;QD=23.90;ReadPosRankSum=1.604;SOR=2.123;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,34:0.62:55
chr10	86198533	rs34484957	T	A	800.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=0.666;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.890;HP=7;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.682;NF=12;NR=31;PP=795;ReadPosRankSum=0.265;SC=TAGTTTTTTTTAAAAAAATAC;SOR=0.321;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=61;TCF=15;TCR=46;TR=43;WE=86198541;WS=86198523;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,41:0.67:61
chr10	86223795	rs11598369	G	A	1234.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.057;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=29;PP=711;ReadPosRankSum=2.221;SC=AGTCATGCTGGATTTTTCAAA;SOR=0.632;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=76;TCF=27;TCR=49;TR=45;WE=86223803;WS=86223785;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,57:0.60:95
chr10	86237505	rs11594873	G	A	2003.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.969;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=44;PP=1097;ReadPosRankSum=-0.696;SC=AATCTCTAATGATTTTGAATC;SOR=0.690;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=107;TCF=34;TCR=73;TR=64;WE=86237513;WS=86237495;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,89:0.62:144
chr10	86273249	rs11557865	T	C	3191.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.309;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=236;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=36;PP=1363;ReadPosRankSum=-2.875;SC=GACCCACAGATCACACCCAGG;SOR=0.665;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=136;TCF=79;TCR=57;TR=84;WE=86273257;WS=86273239;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,146:0.62:236
chr10	87362579	rs60453921	T	A	100.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.880;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=5;PP=76;ReadPosRankSum=1.550;SC=TGGGCGAGTATCCCTTTCATG;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=5;WE=87362587;WS=87362569;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,5:0.45:11
chr10	87966028	rs56757884	T	C	507.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.816;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.692;HP=4;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=2;PP=279;ReadPosRankSum=1.025;SC=AGACCACCCCTGACCGGTCCA;SOR=1.143;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=29;TCF=25;TCR=4;TR=17;WE=87966036;WS=87966018;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,21:0.58:36
chr10	88024443	rs2607863	T	C	3205.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=65;NR=22;PP=1758;SC=CCATGTCCCATGCAGGAGCCG;SOR=1.849;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=87;TCF=65;TCR=22;TR=87;WE=88024451;WS=88024433;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr10	88024553	rs10887569	C	T	10909.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=415;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=137;NR=101;PP=2965;SC=ACCTCCCACACGCTCGTCTGT;SOR=0.893;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=238;TCF=137;TCR=101;TR=238;WE=88024561;WS=88024543;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,414:1.00:414
chr10	88125921	rs10887587	C	T	1024.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=28;NR=5;PP=721;SC=CGGTGCACAGCTCCTCCGCCG;SOR=2.833;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=33;TCF=28;TCR=5;TR=33;WE=88125929;WS=88125911;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr10	88126056	rs11202000	T	G	6385.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=251;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=70;NR=66;PP=2364;SC=CGGCCCGGCCTCCAGCCGCGC;SOR=0.726;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=137;TCF=71;TCR=66;TR=136;WE=88126064;WS=88126046;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,248:1.00:248
chr10	88203068	rs7094132	T	C	7400.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=290;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=78;NR=82;PP=2678;SC=GAAGTAGTGCTGTGTAGGAGG;SOR=0.707;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=162;TCF=79;TCR=83;TR=160;WE=88203076;WS=88203058;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,288:1.00:288
chr10	88203208	rs7094269	T	C	1640.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=34;PP=1072;SC=ATCTTTACTTTAAAACTGCTA;SOR=2.437;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=41;TCF=7;TCR=34;TR=40;WE=88203216;WS=88203198;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr10	88220866	rs7922658	C	T	1593.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=42;NR=9;PP=1145;SC=TTTTGAAGTACGTCAATGGAG;SOR=2.753;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=51;TCF=42;TCR=9;TR=51;WE=88220874;WS=88220856;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr10	88230874	rs2288362	G	A	4350.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=33;NR=63;PP=1919;SC=CAAGAAAATAGAGCAGGTTAG;SOR=1.130;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=97;TCF=33;TCR=64;TR=96;WE=88230882;WS=88230864;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,162:1.00:162
chr10	88233628	rs3758520	C	G	4591.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=69;NR=38;PP=2303;SC=AAGTACAGTTCACTTACTGTG;SOR=1.165;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=107;TCF=69;TCR=38;TR=107;WE=88233636;WS=88233618;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,167:1.00:167
chr10	88256943	rs4934215	C	T	3253.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=54;NR=30;PP=1530;SC=AAATCACTGACAGTGCTTTAC;SOR=1.179;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=84;TCF=54;TCR=30;TR=84;WE=88256951;WS=88256933;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr10	88281346	rs4934218	A	G	2757.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=41;NR=35;PP=1449;SC=GGCCGGGCCCAGGCCTAGCTC;SOR=0.752;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=76;TCF=41;TCR=35;TR=76;WE=88281354;WS=88281336;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr10	88445385	rs3740345	G	C	7026.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=259;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=106;NR=65;PP=2965;SC=ACTGCCCCTGGTGGAGCCTCT;SOR=1.060;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=171;TCF=106;TCR=65;TR=171;WE=88445393;WS=88445375;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,252:1.00:252
chr10	88458996	rs139252694	TTCTCTC	T	2052.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.203;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FS=1.025;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=20.73;ReadPosRankSum=2.069;SOR=0.542;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,71:0.72:99
chr10	88486102	rs34647099	CT	C	1844.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.843;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.844;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=23;PP=911;ReadPosRankSum=-1.614;SC=CCTTGCCACGCTAGCTTTCTG;SOR=0.849;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=41;TCF=1;TCR=40;TR=24;WE=88486110;WS=88486092;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,53:0.61:87
chr10	88492235	rs7916248	A	G	827.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.978;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.198;HP=1;HapScore=2;MGOF=41;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.680;NF=17;NR=7;PP=417;ReadPosRankSum=1.041;SC=CCTTTTCTCTAGAATGCATGG;SOR=1.154;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=43;TCF=28;TCR=15;TR=24;WE=88492243;WS=88492225;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,39:0.53:74
chr10	88492253	rs71487280	CTGTTTGTT	C	1200.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.087;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.924;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.803;NF=3;NR=9;PP=1868;ReadPosRankSum=0.107;SC=TGGGGCAAGGCTGTTTGTTTG;SOR=0.880;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=26;TCF=7;TCR=19;TR=12;WE=88492268;WS=88492243;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,33:0.49:67
chr10	88492362	rs7899324	G	A	508.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-1.015;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=10;PP=251;ReadPosRankSum=1.666;SC=GGGTTCAAGAGATTCTTCTGC;SOR=0.546;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=10;TCR=17;TR=16;WE=88492370;WS=88492352;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,24:0.69:35
chr10	88492409	rs7899337	G	C	600.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-0.081;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=9;PP=269;ReadPosRankSum=-1.092;SC=CAGGCACATGGCAACATGCCC;SOR=0.446;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=21;TCF=7;TCR=14;TR=14;WE=88492417;WS=88492399;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,23:0.77:30
chr10	88635779	rs11528010	C	A	474.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.811;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.679;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-1.242;NF=13;NR=0;PP=269;ReadPosRankSum=-0.666;SC=TTGAACAATGCCTCAGCTATA;SOR=0.249;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=21;TCR=0;TR=13;WE=88635787;WS=88635769;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,19:0.73:26
chr10	88676749	rs112738256	C	CA	130.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.836;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=4.347;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.22;ReadPosRankSum=-0.348;SOR=1.358;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:44,15:0.25:59
chr10	88679356	.	TG	T	63	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;FR=1.0000;HP=7;HapScore=2;MGOF=15;MMLQ=22;MQ=60.0;NF=0;NR=3;PP=63;QD=28.0;SC=AATGTATAGTTGGGGGGGATT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=1;TCR=3;TR=3;WE=88679364;WS=88679346;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:1,3:0.75:4
chr10	88683122	rs7074064	T	C	590.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.887;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=1;PP=426;ReadPosRankSum=-0.258;SC=TGTTTTCTCATTCCCTTATAG;SOR=1.244;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=24;TCR=1;TR=21;WE=88683130;WS=88683112;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,22:0.79:28
chr10	88702350	rs4934281	G	C	4123.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=30;NR=71;PP=2413;SC=TGGAGGCCGTGAAGGGAGGCG;SOR=1.350;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=101;TCF=30;TCR=71;TR=101;WE=88702358;WS=88702340;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,146:1.00:146
chr10	88702390	rs10887673	G	A	772.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=2.006;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.734;HP=1;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=21;PP=539;ReadPosRankSum=-0.586;SC=CCCCGGCCTCGGCCTCGCAGC;SOR=0.787;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=78;TCF=25;TCR=53;TR=31;WE=88702398;WS=88702380;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,40:0.33:120
chr10	88717140	rs4244973	T	A	883.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=20;NR=7;PP=500;SC=CTTACCGTCCTACGGGGTCCT;SOR=1.751;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=20;TCR=7;TR=27;WE=88717162;WS=88717130;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr10	88717154	rs3750823	C	T	965.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=20;NR=9;PP=580;SC=GGGTCCTTGCCGGTGTCCTCA;SOR=1.483;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=20;TCR=9;TR=29;WE=88717162;WS=88717130;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr10	88718436	rs1800373	A	C	1021.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=22;NR=4;PP=652;SC=CTGCAGCAGCACAACCCTGCA;SOR=2.115;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=22;TCR=4;TR=26;WE=88718444;WS=88718426;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr10	88730106	rs2279602	C	T	6479.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=0.614;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=488;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.133;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=95;NR=74;PP=2892;ReadPosRankSum=1.541;SC=CACATCCTCTCCTCTGCAGAG;SOR=0.582;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=270;TCF=155;TCR=115;TR=169;WE=88730114;WS=88730096;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:191,294:0.61:485
chr10	88730177	rs2279601	A	G	6323.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-0.228;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=491;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.135;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=104;NR=97;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.966;SC=CTAAGCCTACAGGCACTGTGG;SOR=0.585;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=326;TCF=173;TCR=153;TR=201;WE=88730185;WS=88730167;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:188,299:0.61:487
chr10	88730312	rs4869	T	C	6098.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-1.829;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=452;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=77;NR=93;PP=2372;ReadPosRankSum=0.205;SC=TCTCTGGGATTGGGAAAAAAT;SOR=0.662;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=276;TCF=126;TCR=150;TR=170;WE=88730320;WS=88730302;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:163,284:0.64:447
chr10	88730374	rs7960	C	T	4612.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.400;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=350;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.846;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=68;NR=93;PP=2643;ReadPosRankSum=0.183;SC=CCTGAAATGACAGCAGGGAGA;SOR=0.756;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=252;TCF=108;TCR=144;TR=161;WE=88730382;WS=88730364;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:132,207:0.61:339
chr10	88768253	rs2641563	A	G	7212.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.085;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=479;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-1.600;NF=94;NR=115;PP=2962;ReadPosRankSum=1.063;SC=ACCCACGCCCATTTGCAAGCA;SOR=0.733;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=299;TCF=135;TCR=164;TR=209;WE=88768261;WS=88768243;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:141,333:0.70:474
chr10	88768657	rs1745901	C	T	4805.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.727;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=339;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.887;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-0.354;NF=91;NR=67;PP=2204;ReadPosRankSum=-1.545;SC=CCAATTCAGACATCGGGCTGG;SOR=0.767;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=239;TCF=136;TCR=103;TR=158;WE=88768665;WS=88768647;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:111,224:0.67:335
chr10	88935590	rs11202370	C	G	859.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=19;NR=8;PP=534;SC=TAATCTGATACTAAGCCTAGA;SOR=1.609;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=28;TCF=20;TCR=8;TR=27;WE=88935598;WS=88935580;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr10	88939962	rs7081609	T	C	3423.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=23;NR=62;PP=1890;SC=TATATACTGGTTGTGCAAAAT;SOR=1.571;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=85;TCF=23;TCR=62;TR=85;WE=88939970;WS=88939952;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
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chr10	89269267	rs3843598	G	A	238.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-0.827;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.528;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=2;PP=171;ReadPosRankSum=-0.507;SC=AGGCTAATGTGGTGAACATCC;SOR=1.402;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=28;TCF=23;TCR=5;TR=13;WE=89269275;WS=89269257;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,13:0.38:34
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chr10	89420789	rs2762528	A	G	2715.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.595;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.950;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=37;PP=1143;ReadPosRankSum=-0.140;SC=TCTCTAGTAGATAGACGTGCA;SOR=0.388;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=99;TCF=42;TCR=57;TR=69;WE=89420797;WS=89420779;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,125:0.71:177
chr10	89420898	rs10595979	TAA	T	758.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=1.265;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.9710;FS=2.240;HP=11;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=17;PP=273;ReadPosRankSum=1.414;SC=GGGAGAGGTTTAAAAAAAAAA;SOR=1.659;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=27;TCF=2;TCR=25;TR=18;WE=89420907;WS=89420888;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,28:0.85:33
chr10	89463460	rs7923151	G	C	1084.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.285;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.277;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=9;PP=328;ReadPosRankSum=-0.265;SC=CTCCAAAATCGATACTCATGC;SOR=0.843;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=94;TCF=57;TCR=37;TR=28;WE=89463468;WS=89463450;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:106,60:0.36:166
chr10	89463480	rs7923162	G	A	1148.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-1.847;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.189;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=11;PP=339;ReadPosRankSum=0.458;SC=CTACTCCGATGCATGCTACAG;SOR=0.790;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=103;TCF=61;TCR=42;TR=32;WE=89463488;WS=89463470;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:116,67:0.37:183
chr10	89469083	rs72025574	CATAT	C	1574.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.308;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.091;NF=1;NR=25;PP=1231;ReadPosRankSum=0.952;SC=ATGTCATGTTCATATATATAT;SOR=0.743;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=41;TCF=1;TCR=40;TR=26;WE=89469094;WS=89469073;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,41:0.64:64
chr10	89472721	rs148721342	CT	C	635.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.559;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.14;MQRankSum=0.822;QD=8.36;ReadPosRankSum=0.673;SOR=0.752;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,50:0.66:76
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chr10	89475640	rs3214322	GA	G	487.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.305;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=11;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.772;NF=0;NR=12;PP=126;ReadPosRankSum=-0.379;SC=TGTTGTTAAGGAAAAAAAAAA;SOR=0.635;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=25;TCF=0;TCR=25;TR=12;WE=89475648;WS=89475630;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,32:0.65:49
chr10	89475692	rs2302406	A	G	354.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.035;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.048;HP=3;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=9;PP=178;ReadPosRankSum=-0.198;SC=GTTAGTCTTTAGTTTGCAAAT;SOR=1.473;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=20;TCF=5;TCR=15;TR=11;WE=89475700;WS=89475682;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,12:0.55:22
chr10	89475717	rs2302407	G	A	205.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=27;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=6;PP=100;ReadPosRankSum=-0.449;SC=TTGCAAAACTGTTTGGATCAT;SOR=0.859;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=0;TCR=10;TR=6;WE=89475725;WS=89475707;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,6:0.55:11
chr10	89530722	rs144419191	T	A	3408.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.907;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=41;PP=1543;ReadPosRankSum=-1.058;SC=CTGGTTGATATGAAATCTTGT;SOR=0.705;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=140;TCF=81;TCR=59;TR=97;WE=89530730;WS=89530712;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,153:0.67:228
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chr10	90074145	rs11202711	A	G	840.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.598;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=5.551;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.36;ReadPosRankSum=-0.730;SOR=0.247;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:43,25:0.37:68
chr10	90305177	rs11202769	C	T	822.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.082;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FS=4.362;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.14;ReadPosRankSum=2.620;SOR=1.102;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:87,47:0.35:134
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chr10	90365290	rs2274312	A	G	629.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=2.094;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.545;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=11;PP=298;ReadPosRankSum=0.431;SC=ATACCAGCAGACCCAGTACAA;SOR=0.523;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=84;TCF=50;TCR=34;TR=24;WE=90365298;WS=90365280;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:96,38:0.28:134
chr10	90425327	rs814624	T	C	5254.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.386;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=380;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.314;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=68;NR=74;PP=2068;ReadPosRankSum=-1.044;SC=GTAGGTTAAGTGTCCTCACTT;SOR=0.619;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=225;TCF=112;TCR=113;TR=142;WE=90425335;WS=90425317;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:129,245:0.66:374
chr10	90429652	rs814628	A	G	3976.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.945;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=293;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.009;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=45;PP=1768;ReadPosRankSum=-0.167;SC=TGTAAAGAAAACTGGACAGAA;SOR=0.583;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=170;TCF=103;TCR=67;TR=110;WE=90429660;WS=90429642;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:111,181:0.62:292
chr10	90435280	rs17333900	G	T	67.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.952;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=1.991;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.95;ReadPosRankSum=-0.179;SOR=0.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,6:0.26:23
chr10	90438207	rs1228187	A	G	4953.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=2.238;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=361;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.283;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=73;NR=52;PP=2418;ReadPosRankSum=-0.478;SC=TCTAGTCCCAACCTCCCTACT;SOR=0.623;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=203;TCF=121;TCR=82;TR=125;WE=90438215;WS=90438197;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:141,214:0.60:355
chr10	90484243	rs376036	C	T	1977.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=35;NR=15;PP=1129;SC=AATTTCACTTCGTAGAATTTA;SOR=1.451;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=50;TCF=35;TCR=15;TR=50;WE=90484251;WS=90484233;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
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chr10	90484422	rs11358016	GA	G	4086.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=44;PP=1323;SC=CATTTATTCAGAAAAAAATGC;SOR=1.119;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=47;TCF=3;TCR=44;TR=47;WE=90484430;WS=90484410;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
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chr10	90534135	rs34165732	G	A	206.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-0.188;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=2;PP=94;ReadPosRankSum=2.141;SC=CAAAGCCCCAGTCTTGTTTGC;SOR=0.776;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=40;TCF=28;TCR=12;TR=9;WE=90534143;WS=90534125;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,13:0.27:48
chr10	90534968	rs34593176	A	G	108.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.559;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.35;ReadPosRankSum=-1.758;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,7:0.28:25
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chr10	90574222	rs303524	C	G	183.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.467;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.342;HP=6;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=4;PP=117;ReadPosRankSum=-0.584;SC=AACCTGGTGTCGGGGGGAGCT;SOR=0.446;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=51;TCF=38;TCR=13;TR=13;WE=90574230;WS=90574212;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,13:0.24:55
chr10	90588154	rs1977537	A	G	700.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.010;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.22;ReadPosRankSum=-0.144;SOR=0.657;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,18:0.34:53
chr10	90588161	rs1029025	C	T	691.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.975;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.53;ReadPosRankSum=-0.194;SOR=0.607;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,21:0.35:60
chr10	90591791	rs201805869	G	A	260.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=4.828;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.988;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=13;PP=245;ReadPosRankSum=-0.932;SC=GGGCTGGGTCGGGAAAAACAA;SOR=2.657;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=41;TCF=6;TCR=35;TR=13;WE=90591799;WS=90591781;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,12:0.29:42
chr10	90665355	rs17114071	G	A	644.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-1.711;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.470;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=20;PP=314;ReadPosRankSum=1.378;SC=AGAGGATGGCGTCTGTGTATT;SOR=0.475;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=109;TCF=36;TCR=73;TR=32;WE=90665363;WS=90665345;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:95,42:0.31:137
chr10	90673024	rs12254856	G	A	4369.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.956;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=342;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.851;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=76;NR=53;PP=2194;ReadPosRankSum=-2.213;SC=CAAATGCGAAGTCAGCAAACC;SOR=0.763;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=211;TCF=122;TCR=89;TR=129;WE=90673032;WS=90673014;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:133,198:0.60:331
chr10	90676607	rs374980049	G	T	2519.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.068;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.514;HP=8;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=52;PP=1284;ReadPosRankSum=1.325;SC=CAGTTTTTTTGTGTGTGTGGC;SOR=0.758;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=146;TCF=58;TCR=88;TR=87;WE=90676615;WS=90676589;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,122:0.58:212
chr10	90680951	rs139970435	T	TA	489.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.875;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=9;HapScore=3;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=7;PP=318;ReadPosRankSum=-0.081;SC=TGGTAAAAACTAAAAAAAAAC;SOR=0.850;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=44;TCF=30;TCR=14;TR=24;WE=90680959;WS=90680941;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,31:0.57:54
chr10	90683124	rs1530281	T	C	245.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.282;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=7;PP=118;ReadPosRankSum=-1.265;SC=TTATTGCTGTTGCACATTTTA;SOR=0.765;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=16;TCF=3;TCR=13;TR=8;WE=90683132;WS=90683114;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,12:0.60:20
chr10	90701308	rs41284110	G	A	479.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=0.037;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.644;HP=3;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=12;PP=288;ReadPosRankSum=-0.127;SC=GACAGGGCTCGGGGAAGATGA;SOR=0.160;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=21;TCF=4;TCR=17;TR=16;WE=90701316;WS=90701298;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,19:0.79:24
chr10	90733148	rs111980233	T	C	618.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.665;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.430;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=18;PP=454;ReadPosRankSum=0.164;SC=AAATCTTTCATAGAGTTCCCG;SOR=0.463;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=38;TCF=10;TCR=28;TR=25;WE=90733156;WS=90733138;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,26:0.67:39
chr10	90767395	rs2031611	G	C	441.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=18;NR=1;PP=456;SC=TCCCTCTATAGTTCCCACCCT;SOR=4.174;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=21;TCR=1;TR=19;WE=90767403;WS=90767385;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr10	90767482	rs2229521	A	G	946.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.317;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.673;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=7;PP=421;ReadPosRankSum=-1.173;SC=GGGACTGCACAGTCAATGGGG;SOR=1.241;SbPval=0.94;Source=Platypus;TC=92;TCF=58;TCR=34;TR=31;WE=90767490;WS=90767472;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,52:0.38:137
chr10	90770439	rs2296600	C	G	4568.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-2.919;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=304;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.955;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=78;PP=2451;ReadPosRankSum=-0.621;SC=CTCTTGATTACTAGAAAGTCC;SOR=0.764;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=214;TCF=101;TCR=113;TR=143;WE=90770447;WS=90770429;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:93,199:0.68:292
chr10	90771829	rs2234978	T	C	3400.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.403;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.01;ReadPosRankSum=-1.050;SOR=0.754;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,134:0.99:136
chr10	90773303	rs1571019	A	G	481.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=11;PP=281;SC=TTTATAATGAATACTCATAGT;SOR=1.739;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=3;TCR=11;TR=14;WE=90773311;WS=90773293;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr10	90966393	rs17382301	G	A	3750.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.509;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=253;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.729;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=70;NR=58;PP=2118;ReadPosRankSum=1.417;SC=ACCAAGGGAAGTTGTAGCCGG;SOR=0.648;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=184;TCF=94;TCR=90;TR=128;WE=90966401;WS=90966383;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,166:0.68:243
chr10	90975649	rs3802656	G	A	3047.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=0.229;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=37;PP=1340;ReadPosRankSum=0.681;SC=TGGCTTTCTTGATGAGTTTTC;SOR=0.685;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=115;TCF=65;TCR=50;TR=83;WE=90975657;WS=90975639;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,142:0.68:209
chr10	90983629	rs1556478	C	T	2277.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.662;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.198;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=39;PP=1040;ReadPosRankSum=-1.435;SC=CAGCATTTCACTCTGGTGCAT;SOR=0.817;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=111;TCF=44;TCR=67;TR=64;WE=90983637;WS=90983619;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,104:0.59:177
chr10	90984787	rs2297473	T	G	118.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.501;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=7.92;ReadPosRankSum=0.632;SOR=0.818;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,6:0.40:15
chr10	90984990	rs2297472	G	A	3397.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.811;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=243;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=50;PP=1571;ReadPosRankSum=-0.499;SC=TAAAACCTGTGAGAACAAAGG;SOR=0.699;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=154;TCF=72;TCR=82;TR=94;WE=90984998;WS=90984980;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,156:0.65:239
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chr10	91066446	rs41284134	G	C	929.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.713;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.847;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=21;PP=439;ReadPosRankSum=2.294;SC=GAAAGCCCCAGGTGTAACAGA;SOR=0.811;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=161;TCF=82;TCR=79;TR=45;WE=91066468;WS=91066436;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:170,60:0.26:230
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chr10	91066769	rs1727	C	A	6810.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=251;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=88;NR=79;PP=2965;SC=AGTATGAAGACGCAGAGTATT;SOR=0.751;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=167;TCF=88;TCR=79;TR=167;WE=91066777;WS=91066759;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,247:1.00:247
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chr10	91099657	rs17119665	A	G	1761.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.076;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=294;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.484;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=31;PP=922;ReadPosRankSum=0.239;SC=AAAATGCACCAAATTATTGGT;SOR=0.758;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=199;TCF=100;TCR=99;TR=67;WE=91099665;WS=91099647;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:192,98:0.34:290
chr10	91099943	rs10749607	C	G	1343.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=15;NR=25;PP=809;SC=ACGGGTAGGACGATAGGAAGA;SOR=1.112;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=15;TCR=25;TR=40;WE=91099951;WS=91099933;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr10	91137826	rs304504	T	C	8021.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=309;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=113;NR=96;PP=2965;SC=ACTCTGTGGATGAACCTTGAA;SOR=0.824;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=209;TCF=113;TCR=96;TR=209;WE=91137834;WS=91137816;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,307:1.00:307
chr10	91143529	rs304494	T	A	6228.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.983;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=84;NR=69;PP=2965;ReadPosRankSum=1.431;SC=CGAAGTGTGGTGGAAAGAATT;SOR=0.896;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=155;TCF=86;TCR=69;TR=153;WE=91143537;WS=91143519;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,225:0.99:227
chr10	91152321	rs74945792	C	CTTA	1523.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=11;NR=8;PP=975;SC=ACACCCACAGCTTACACCATT;SOR=1.352;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=22;TCF=13;TCR=9;TR=19;WE=91152329;WS=91152311;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr10	91152593	rs303218	G	A	356.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=10;PP=242;SC=CTCGATTTGAGTATCTGCTTA;SOR=2.147;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=3;TCR=10;TR=13;WE=91152601;WS=91152583;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr10	91162497	rs303211	A	G	6230.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=224;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=77;NR=92;PP=2965;SC=GTGGAGGAAAAAATTATGAAC;SOR=0.856;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=171;TCF=79;TCR=92;TR=169;WE=91162505;WS=91162487;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,223:1.00:223
chr10	91162677	rs303210	C	T	3618.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=63;NR=47;PP=2299;SC=TAAATCCAGACAATGGATATA;SOR=0.988;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=111;TCF=64;TCR=47;TR=110;WE=91162685;WS=91162667;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,129:1.00:129
chr10	91172556	rs79242890	AG	A	1193.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=8;NR=8;PP=690;SC=ACCAGAAGGAAGAAACTCCAG;SOR=1.244;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=17;TCF=9;TCR=8;TR=16;WE=91172564;WS=91172546;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr10	91172663	rs304439	C	G	1379.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=15;NR=18;PP=703;SC=CTTGAAGTCACCAAGACCAAA;SOR=0.813;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=33;TCF=15;TCR=18;TR=33;WE=91172671;WS=91172653;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr10	91174674	rs304434	C	G	1652.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.62;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=22;PP=736;SC=GGCCGAGCCCCTCGCGCCCAG;SOR=1.044;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=36;TCF=14;TCR=22;TR=36;WE=91174682;WS=91174664;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr10	91178000	rs304448	C	T	12291.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=475;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=135;NR=177;PP=2965;SC=CCAACATGTACGCTGAAGGAG;SOR=0.887;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=312;TCF=135;TCR=177;TR=312;WE=91178008;WS=91177990;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,459:1.00:459
chr10	91344169	rs1063943	G	A	4086.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-2.203;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=298;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=68;NR=59;PP=1853;ReadPosRankSum=-0.622;SC=GTCTCTACTTGTCATCAGTCA;SOR=0.708;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=184;TCF=97;TCR=87;TR=127;WE=91344177;WS=91344159;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:99,191:0.66:290
chr10	91352650	rs17481096	C	T	2349.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.823;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.557;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=47;PP=1182;ReadPosRankSum=0.096;SC=AGACCTTTTCCTCACATTTCA;SOR=0.974;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=116;TCF=42;TCR=74;TR=70;WE=91352658;WS=91352640;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,107:0.60:179
chr10	91352850	rs10160034	C	A	897.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=-1.861;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=11;PP=485;ReadPosRankSum=-1.197;SC=TAAAGGGAAGCTTTCCTAAGG;SOR=0.821;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=44;TCF=27;TCR=17;TR=29;WE=91352858;WS=91352840;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,40:0.65:62
chr10	91352966	rs2296616	G	A	3165.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=31;NR=39;PP=1203;SC=CATTCAACGCGCACATCCGAG;SOR=0.848;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=70;TCF=31;TCR=39;TR=70;WE=91352974;WS=91352956;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr10	91358943	rs62620049	C	A	460.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=2.400;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=2;PP=334;ReadPosRankSum=-1.133;SC=ATATAAATAACCTTTTACTAT;SOR=1.287;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=23;TCF=21;TCR=2;TR=18;WE=91358951;WS=91358942;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,18:0.72:25
chr10	91371329	rs41297163	A	G	94.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.470;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.197;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=1;PP=79;ReadPosRankSum=0.514;SC=AAACTGAGGCACAGAGCGGTG;SOR=1.402;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=18;TCF=14;TCR=4;TR=8;WE=91371337;WS=91371319;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,7:0.41:17
chr10	91371445	rs7896079	C	A	1297.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.309;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.045;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=13;PP=754;ReadPosRankSum=1.369;SC=AAGACAAACCCGACCTACCAT;SOR=1.161;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=65;TCF=43;TCR=22;TR=42;WE=91371453;WS=91371435;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,57:0.60:95
chr10	91371844	rs3802655	C	T	892.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=1.042;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=26;PP=553;ReadPosRankSum=-1.416;SC=GAATGCTATGCGTGCAAAGAA;SOR=0.612;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=48;TCF=8;TCR=40;TR=31;WE=91371852;WS=91371834;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,38:0.69:55
chr10	91373511	rs7079690	T	C	240.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-2.435;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5005;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=1;PP=173;ReadPosRankSum=0.705;SC=CTGGTCATCCTCATTTGTTGA;SOR=1.329;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=12;TCF=11;TCR=1;TR=10;WE=91373519;WS=91373509;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,10:0.83:12
chr10	91373624	rs7091626	G	A	1134.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=2.995;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.643;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=14;PP=598;ReadPosRankSum=1.058;SC=GCCCCAGACTGGGATTCGGAA;SOR=0.929;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=57;TCF=32;TCR=25;TR=35;WE=91373632;WS=91373614;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,53:0.54:98
chr10	91373847	rs7076397	A	G	585.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.937;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.461;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=13;PP=284;ReadPosRankSum=-2.154;SC=AGTCTTTTTCAGTGGAGTTTT;SOR=1.255;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=23;TCF=6;TCR=17;TR=16;WE=91373855;WS=91373837;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,26:0.68:38
chr10	91404448	rs11185826	C	G	1108.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=16;NR=9;PP=455;SC=GCTGCGGCTGCAGCTCCGGCA;SOR=1.005;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=16;TCR=9;TR=25;WE=91404456;WS=91404438;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
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chr10	91469576	rs10881631	T	C	355.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-0.837;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=1;PP=225;ReadPosRankSum=0.281;SC=GTGGCACCTATTTTAAGAATG;SOR=0.859;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=17;TCF=16;TCR=1;TR=12;WE=91469584;WS=91469570;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,14:0.74:19
chr10	91470660	rs7089473	T	G	192.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.270;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=7;NR=1;PP=137;ReadPosRankSum=0.586;SC=AATAAACAAGTAAAGTTTCCT;SOR=0.495;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=12;TCF=11;TCR=1;TR=8;WE=91470668;WS=91470650;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,8:0.67:12
chr10	91470834	rs1048057	A	C	1337.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-2.032;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.905;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=22;PP=405;ReadPosRankSum=1.870;SC=AGAATACTTAAGGTTATCATC;SOR=0.856;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=50;TCF=19;TCR=31;TR=34;WE=91470842;WS=91470824;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,64:0.73:88
chr10	91470953	rs10881632	A	G	207.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.584;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.85;ReadPosRankSum=0.000;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,10:0.67:15
chr10	91473887	rs11185853	G	A	778.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=0.567;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=17;PP=427;ReadPosRankSum=0.844;SC=ATTATATGAAGTACACTTGAA;SOR=0.793;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=47;TCF=19;TCR=28;TR=28;WE=91473895;WS=91473877;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,36:0.59:61
chr10	91473975	rs11185854	T	C	267.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-2.847;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.685;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=7;PP=125;ReadPosRankSum=-0.620;SC=CGGTGGCTCATGCCTGTAATC;SOR=0.346;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=21;TCF=8;TCR=13;TR=12;WE=91473983;WS=91473965;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,14:0.58:24
chr10	91474699	rs57304303	C	CT	149.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.788;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=11.52;ReadPosRankSum=1.911;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,9:0.69:13
chr10	91475098	rs3758384	A	G	45.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.921;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=3;PP=50;ReadPosRankSum=0.921;SC=ATGTTTTGGTATATTTATTAA;SOR=1.270;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=3;WE=91475106;WS=91475088;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,3:0.38:8
chr10	91476128	.	G	GATT	108.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.153;ClippingRankSum=-0.000;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=9.88;ReadPosRankSum=-0.179;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,4:0.36:11
chr10	91479085	rs980520	G	T	87.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-1.834;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=1;PP=59;ReadPosRankSum=0.842;SC=ACACTTGAGTGTTCATTTGAC;SOR=0.368;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=6;TCF=5;TCR=1;TR=4;WE=91479093;WS=91479079;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,4:0.67:6
chr10	91483908	rs7079174	G	C	344.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.461;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=4;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=-1.135;NF=8;NR=9;PP=322;ReadPosRankSum=0.631;SC=ATTTTATTTAGTTTTTTAGTT;SOR=0.627;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=28;TCF=12;TCR=16;TR=17;WE=91483924;WS=91483898;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,20:0.59:34
chr10	91483916	rs201777411	G	GT	61.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.259;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=11;HapScore=4;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.697;NF=0;NR=5;PP=126;ReadPosRankSum=1.489;SC=TAGTTTTTTAGTTTTTTTTTT;SOR=0.846;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=1;TCR=14;TR=5;WE=91483924;WS=91483898;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,8:0.28:29
chr10	91484780	rs8181361	G	A	1912.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.581;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=15;PP=912;ReadPosRankSum=0.023;SC=TTTGAAGGGAGACTCTGCTTC;SOR=0.712;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=80;TCF=55;TCR=25;TR=51;WE=91484788;WS=91484770;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,89:0.67:132
chr10	91485950	rs10881639	A	G	202.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=0.492;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=2;PP=116;ReadPosRankSum=0.963;SC=TCAAGTGATGAATTTTTTGCT;SOR=0.569;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=9;TCF=7;TCR=2;TR=7;WE=91485958;WS=91485940;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,9:0.69:13
chr10	91497631	rs1062465	T	A	1548.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-0.712;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.477;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=31;PP=830;ReadPosRankSum=-0.572;SC=ATCTCAGGGATCTGTCAAATG;SOR=0.855;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=88;TCF=40;TCR=48;TR=55;WE=91497639;WS=91497621;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,75:0.65:116
chr10	91497902	rs144593231	C	CTAAAAG	1641.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.666;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.945;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=7;PP=1223;ReadPosRankSum=2.153;SC=AAACAATAGACTAAAGGAGAA;SOR=0.859;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=40;TCF=24;TCR=16;TR=21;WE=91497910;WS=91497892;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,42:0.60:70
chr10	91498127	rs1886996	T	C	1139.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.742;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.887;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=24;PP=562;ReadPosRankSum=1.753;SC=GAAAGTTGAATGTAGTCATTC;SOR=0.850;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=63;TCF=28;TCR=35;TR=42;WE=91498135;WS=91498117;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,54:0.67:81
chr10	91498254	rs1886997	A	G	1171.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.065;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.753;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=20;PP=522;ReadPosRankSum=0.389;SC=AAAGATTTAAATGTAAAGGAA;SOR=0.626;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=55;TCF=27;TCR=28;TR=37;WE=91498262;WS=91498244;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,56:0.62:91
chr10	91498318	rs1886998	A	G	1026.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.494;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FS=0.839;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.08;ReadPosRankSum=-0.197;SOR=0.564;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,52:0.61:85
chr10	91503660	rs1126480	A	G	1434.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.889;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.793;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=18;PP=609;ReadPosRankSum=-0.490;SC=TAGATATGAAACAGCGAACCA;SOR=0.702;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=52;TCF=27;TCR=25;TR=38;WE=91503668;WS=91503650;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,66:0.67:99
chr10	91503750	rs10881648	G	T	781.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.806;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.07;ReadPosRankSum=0.231;SOR=0.573;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,35:0.85:41
chr10	91510982	rs1326201	T	C	144.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=2.625;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=0;PP=106;ReadPosRankSum=-0.605;SC=AAAGTTTCTGTCTATATGGAA;SOR=0.859;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=11;TCR=0;TR=6;WE=91510990;WS=91510977;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,6:0.55:11
chr10	91518388	rs2026549	A	G	328.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=1.984;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=2;PP=219;ReadPosRankSum=-1.077;SC=GGTGTTACATATAATAATTTC;SOR=0.616;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=27;TCF=22;TCR=5;TR=12;WE=91518396;WS=91518378;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,14:0.48:29
chr10	91522605	rs3740038	G	C	2357.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.289;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.299;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=52;PP=1368;ReadPosRankSum=0.074;SC=AAATACTTAAGTGATGAGTAA;SOR=0.504;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=112;TCF=38;TCR=74;TR=82;WE=91522613;WS=91522595;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,104:0.69:151
chr10	91522707	rs12767644	C	G	566.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-2.485;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=20;PP=455;ReadPosRankSum=-0.437;SC=TGTTAGAGACCAAAATCACAA;SOR=1.230;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=29;TCF=2;TCR=27;TR=22;WE=91522715;WS=91522697;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,22:0.71:31
chr10	91528441	rs3824609	T	C	369.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-2.262;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.368;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=7;PP=198;ReadPosRankSum=0.458;SC=TGGCCATAACTATTTCCTTCT;SOR=0.027;SbPval=0.25;Source=Platypus;TC=19;TCF=12;TCR=7;TR=14;WE=91528449;WS=91528431;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,18:0.78:23
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chr10	92503619	rs3740048	T	C	2988.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=2.010;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.132;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=39;PP=1749;ReadPosRankSum=0.006;SC=AGTGCAAAAGTATTCACAGCT;SOR=0.597;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=151;TCF=93;TCR=58;TR=98;WE=92503627;WS=92503609;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,130:0.63:207
chr10	92638707	rs75192201	C	CAGT	67.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=2.566;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.187;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=1;PP=92;ReadPosRankSum=1.076;SC=GCAGAAATGTCAGTATATTAG;SOR=1.473;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=13;TCF=5;TCR=8;TR=3;WE=92638715;WS=92638697;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,4:0.16:25
chr10	92672564	rs3939	T	C	550.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-1.580;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=9;PP=356;ReadPosRankSum=-0.414;SC=GTCTCTTCTCTTGGGCCATGC;SOR=0.590;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=76;TCF=55;TCR=21;TR=28;WE=92672572;WS=92672554;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,32:0.33:97
chr10	92678740	rs72003210	AATAAATAAATATATATAT	A	3049.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.067;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.455;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=34;PP=2976;ReadPosRankSum=1.737;SC=CTAAAGCCAAAATAAATAAAT;SOR=0.726;SbPval=0.09;Source=Platypus;TC=103;TCF=23;TCR=80;TR=51;WE=92678773;WS=92678730;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:98,79:0.45:177
chr10	92678765	rs56177217	A	G	3246.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.599;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.944;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=32;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.423;SC=ATATATATATATATATATAGC;SOR=0.526;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=150;TCF=74;TCR=76;TR=68;WE=92678773;WS=92678730;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,88:0.53:165
chr10	92680929	rs10881855	A	G	362.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=1.936;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=13;PP=267;ReadPosRankSum=-0.180;SC=TAACACTCCCACCCCCATTAG;SOR=0.368;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=28;TCF=3;TCR=25;TR=15;WE=92680937;WS=92680919;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,15:0.52:29
chr10	92912588	rs12266933	G	A	4350.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.483;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=309;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.904;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=72;NR=71;PP=2274;ReadPosRankSum=2.667;SC=AATCATCCACGTAGCCTTTAT;SOR=0.618;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=221;TCF=115;TCR=106;TR=143;WE=92912596;WS=92912578;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:111,195:0.64:306
chr10	92912773	rs17553262	A	C	2241.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.691;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=51;PP=1034;ReadPosRankSum=0.978;SC=TATTCTCCACAGTCCTTCCTT;SOR=0.724;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=115;TCF=34;TCR=81;TR=72;WE=92912781;WS=92912763;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,107:0.60:179
chr10	93000211	rs10881907	G	A	83.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.817;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.86;ReadPosRankSum=-0.035;SOR=0.834;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,9:0.20:45
chr10	93170250	rs7081569	C	G	1037.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.65;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=9;NR=10;PP=278;SC=GGTGGCGGCGCCCGCGCCTGA;SOR=0.788;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=19;TCF=9;TCR=10;TR=19;WE=93170258;WS=93170240;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr10	93170365	rs71025355	CG	C	1453.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=36.34;SOR=0.793;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr10	93390149	rs1044563	C	T	4633.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.249;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=328;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.158;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=73;NR=70;PP=2401;ReadPosRankSum=-0.519;SC=GCTCTTGCAACGAGCAGTTCT;SOR=0.631;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=211;TCF=103;TCR=108;TR=143;WE=93390157;WS=93390139;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:111,211:0.66:322
chr10	93572984	rs11186694	C	T	1047.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=1.097;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=27;PP=613;ReadPosRankSum=-0.656;SC=TTTACTTTTCCGACTTTTACT;SOR=0.610;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=58;TCF=16;TCR=42;TR=37;WE=93572992;WS=93572974;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,45:0.66:68
chr10	93577141	rs1539041	T	G	497.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=1.728;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=16;PP=374;ReadPosRankSum=0.726;SC=GCTGACATTTTATTCTCCTCT;SOR=0.965;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=28;TCF=6;TCR=22;TR=20;WE=93577149;WS=93577131;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,20:0.69:29
chr10	93579117	.	CT	C	205.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.141;ClippingRankSum=0.000;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=2.750;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.27;ReadPosRankSum=1.040;SOR=1.132;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,26:0.41:63
chr10	93582248	rs61874701	G	A	366.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-2.719;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=12;PP=266;ReadPosRankSum=-0.593;SC=GTATTTATAAGCATTATAAAA;SOR=1.179;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=0;TCR=20;TR=12;WE=93582256;WS=93582238;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,15:0.60:25
chr10	93588201	rs1572933	G	C	2625.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.988;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FS=0.763;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.19;MQRankSum=1.143;QD=23.66;ReadPosRankSum=1.853;SOR=0.593;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:43,68:0.61:111
chr10	93588208	rs1572934	G	A	2677.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.054;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FS=1.750;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.20;MQRankSum=1.055;QD=25.26;ReadPosRankSum=0.922;SOR=0.512;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,69:0.65:106
chr10	93588247	rs3832677	AT	A	753.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.445;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.301;HP=7;HapScore=2;MGOF=36;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQ=60.34;MQRankSum=0.931;NF=1;NR=22;PP=574;ReadPosRankSum=-0.247;SC=TAGAACTAGCATTTTTTTGAG;SOR=1.094;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=36;TCF=1;TCR=35;TR=23;WE=93588255;WS=93588237;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,40:0.71:56
chr10	93593527	rs1770474	G	T	398.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-1.637;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.069;HP=4;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=3;PP=239;ReadPosRankSum=1.409;SC=AGACTTAAAAGTAGTAAAAAG;SOR=0.273;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=23;TCF=19;TCR=4;TR=14;WE=93593535;WS=93593517;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,17:0.63:27
chr10	93600297	rs111962010	ATGTTG	A	2829.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.005;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.893;NF=18;NR=18;PP=1764;ReadPosRankSum=1.161;SC=AGTATCATGTATGTTGTGTTT;SOR=0.704;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=51;TCF=29;TCR=22;TR=36;WE=93600309;WS=93600287;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,71:0.72:98
chr10	93601285	rs1772182	G	C	137.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=0.619;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=5;PP=94;ReadPosRankSum=-0.992;SC=CTAGTATAAAGTTAAACTAGT;SOR=0.693;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=6;WE=93601293;WS=93601275;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,6:0.75:8
chr10	93605405	rs1770466	A	G	844.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=1.451;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=7;PP=565;ReadPosRankSum=0.332;SC=CATTTCCAGAATAAGTTTGAA;SOR=0.733;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=36;TCF=28;TCR=8;TR=29;WE=93605413;WS=93605395;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,34:0.74:46
chr10	93608035	rs1538831	G	A	455.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-2.482;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=2;PP=285;ReadPosRankSum=-0.125;SC=TGATAGTACTGGCACAAATTG;SOR=0.544;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=28;TCF=24;TCR=4;TR=15;WE=93608043;WS=93608025;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,20:0.61:33
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chr10	93617306	rs1340420	A	G	3319.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.986;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=256;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.855;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=60;PP=1591;ReadPosRankSum=-0.945;SC=CCTCCCCACCAACTCTACCAC;SOR=0.882;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=153;TCF=66;TCR=87;TR=103;WE=93617314;WS=93617296;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:96,157:0.62:253
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chr10	93695310	rs72823185	C	T	185.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-3.069;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.245;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=2;PP=115;ReadPosRankSum=0.545;SC=TTTATGTTAGCGTAGGTCTTC;SOR=0.086;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=19;TCF=17;TCR=2;TR=10;WE=93695318;WS=93695300;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,10:0.53:19
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chr10	93719475	rs5786980	A	ATGTG	126.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.769;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=1.922;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.09;ReadPosRankSum=-1.484;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,6:0.19:31
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chr10	93719499	rs28696856	A	G	109.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.952;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=1.921;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.81;ReadPosRankSum=-0.506;SOR=1.421;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,6:0.15:39
chr10	93719501	rs369413838	A	G	202.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.049;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.54;ReadPosRankSum=-2.485;SOR=0.791;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,8:0.26:31
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chr10	93749380	rs41287646	T	G	982.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.320;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.157;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=22;PP=568;ReadPosRankSum=1.203;SC=AATAACCTTTTAAATTTGTTT;SOR=0.518;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=44;TCF=14;TCR=30;TR=33;WE=93749388;WS=93749370;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,43:0.73:59
chr10	93752074	rs112721454	GT	G	170.74	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.486;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.27;ReadPosRankSum=-0.370;SOR=0.475;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,16:0.40:40
chr10	93756883	rs10591030	ACT	A	1909.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.275;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.809;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=17;PP=1154;ReadPosRankSum=1.327;SC=ATCAGTAGAAACTCTGGTTCA;SOR=0.481;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=44;TCF=18;TCR=26;TR=26;WE=93756892;WS=93756873;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,53:0.60:88
chr10	93768094	rs113804327	T	TG	116.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.575;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.57;MQRankSum=0.776;QD=7.30;ReadPosRankSum=1.780;SOR=0.814;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,7:0.44:16
chr10	93768096	rs11186794	G	C	162.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.008;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=1.957;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.57;MQRankSum=-0.674;QD=9.04;ReadPosRankSum=-0.138;SOR=0.569;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,9:0.50:18
chr10	93778520	rs140447601	CT	C	690.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.117;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FS=0.596;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.65;ReadPosRankSum=-0.557;SOR=0.766;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:131,58:0.31:189
chr10	93786557	rs61876492	A	C	536.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=2.103;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.787;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=19;PP=374;ReadPosRankSum=-1.200;SC=ATGAAAATATACTCCCCCAGA;SOR=1.135;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=85;TCF=31;TCR=54;TR=27;WE=93786565;WS=93786547;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:107,35:0.25:142
chr10	93788516	.	AT	A	110.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.559;ClippingRankSum=0.000;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.15;MQRankSum=1.696;QD=1.58;ReadPosRankSum=0.652;SOR=0.703;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:50,20:0.29:70
chr10	93812334	rs1711841	G	A	1408.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=31;PP=959;SC=ACTGGATGGTGGTTGAGAGCA;SOR=3.467;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=34;TCF=3;TCR=31;TR=34;WE=93812342;WS=93812324;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr10	93841227	rs2676811	A	G	5526.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=66;NR=83;PP=2543;SC=AGACACCACCATACAAACGGT;SOR=0.840;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=151;TCF=66;TCR=85;TR=149;WE=93841235;WS=93841217;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,217:1.00:217
chr10	93851714	rs1229578	T	C	7726.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=304;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=89;NR=121;PP=2965;SC=GAAAAAAAGTTGTTTACTTGG;SOR=0.961;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=211;TCF=89;TCR=122;TR=210;WE=93851722;WS=93851704;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,300:1.00:300
chr10	93870699	rs1557178	C	A	335.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=1.637;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=4;PP=244;ReadPosRankSum=0.745;SC=GAAAGTCCAACTCTACTGCAT;SOR=0.651;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=38;TCF=29;TCR=9;TR=16;WE=93870707;WS=93870689;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,16:0.40:40
chr10	93999850	rs3824734	A	G	4771.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=40;NR=63;PP=2242;SC=GCTGCTGAGGAGGCTGATGGA;SOR=1.057;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=103;TCF=40;TCR=63;TR=103;WE=93999858;WS=93999840;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,171:1.00:171
chr10	94070878	rs142934556	CTT	C	766.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=1.632;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.103;HP=5;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=1.778;NF=8;NR=5;PP=352;ReadPosRankSum=-0.398;SC=ATCCTTTTCTCTTTTAATTTA;SOR=1.049;SbPval=0.24;Source=Platypus;TC=52;TCF=24;TCR=28;TR=13;WE=94070887;WS=94070868;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,25:0.25:102
chr10	94229912	rs4646957	C	T	952.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.276;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=11;PP=617;ReadPosRankSum=-0.439;SC=CTAATGTGTTCCTTATCACAC;SOR=0.660;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=84;TCF=57;TCR=27;TR=37;WE=94229920;WS=94229902;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,45:0.42:108
chr10	94238929	rs35864975	T	TA	327.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.815;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.119;HP=10;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=4;PP=132;ReadPosRankSum=-1.728;SC=CCATAAAGATTAAAAAAAAAA;SOR=0.309;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=34;TCF=21;TCR=13;TR=10;WE=94238937;WS=94238919;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,21:0.49:43
chr10	94268316	rs33917554	G	GA	201.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.441;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.19;MQRankSum=0.319;QD=11.87;ReadPosRankSum=-0.875;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,14:0.82:17
chr10	94294291	rs4646955	A	G	2133.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.712;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=11;PP=1087;ReadPosRankSum=-0.998;SC=TATTAATGTGATAAGTACACA;SOR=0.773;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=52;TCF=41;TCR=11;TR=51;WE=94294299;WS=94294281;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,77:0.99:78
chr10	94353278	rs12256435	G	T	633.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-2.317;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.007;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=9;PP=192;ReadPosRankSum=-1.225;SC=GCGCGGTCCAGGGAGAGGGAT;SOR=0.489;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=35;TCF=14;TCR=21;TR=16;WE=94353286;WS=94353268;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,32:0.54:59
chr10	94366861	rs113442397	AAG	A	1063.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.796;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.224;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.179;NF=0;NR=7;PP=228;ReadPosRankSum=-0.113;SC=GTCTATCACTAAGAGTCATAT;SOR=0.560;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=0;TCR=17;TR=7;WE=94366870;WS=94366851;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,28:0.61:46
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chr10	94369058	.	A	AGAGT	54.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.171;ClippingRankSum=-0.000;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=5.47;ReadPosRankSum=0.984;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,3:0.30:10
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chr10	94409800	rs6583833	C	T	764.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.944;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.914;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=24;PP=545;ReadPosRankSum=1.859;SC=CTTGATGTGGCTGACTTCATG;SOR=1.832;SbPval=0.97;Source=Platypus;TC=50;TCF=7;TCR=43;TR=25;WE=94409808;WS=94409790;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,31:0.52:60
chr10	94452430	rs2275729	T	G	1769.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.765;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.471;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=23;PP=906;ReadPosRankSum=-0.980;SC=GCGGGCTCGTTGCAAGTTTTC;SOR=0.620;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=80;TCF=41;TCR=39;TR=51;WE=94452438;WS=94452420;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,77:0.65:119
chr10	94490174	rs2488075	T	C	872.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.872;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.22;ReadPosRankSum=-0.476;SOR=0.694;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:149,58:0.28:207
chr10	94507612	rs2488066	A	G	10112.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=398;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=146;NR=108;PP=2965;SC=CACCACTACCACTGTCAGCCC;SOR=0.916;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=254;TCF=146;TCR=108;TR=254;WE=94507620;WS=94507602;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,394:1.00:394
chr10	94511683	rs2096177	G	T	11775.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=462;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=164;NR=132;PP=2965;SC=ATATTTGTATGAAGGCTGCAG;SOR=0.866;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=296;TCF=164;TCR=132;TR=296;WE=94511691;WS=94511673;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,448:1.00:448
chr10	94594416	rs11408607	A	AT	551.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.952;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FS=0.827;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.02;ReadPosRankSum=1.118;SOR=0.792;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:68,42:0.38:110
chr10	94594565	rs2490741	G	A	8096.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=324;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=92;NR=118;PP=2965;SC=CGAACTGCCTGTTGAAGCTAC;SOR=0.900;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=211;TCF=93;TCR=118;TR=210;WE=94594573;WS=94594555;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,316:1.00:316
chr10	94695617	rs1326331	C	T	517.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.232;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=13;PP=245;ReadPosRankSum=1.544;SC=AAGAATCTTACTGTAATATTT;SOR=0.681;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=71;TCF=33;TCR=38;TR=24;WE=94695625;WS=94695607;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,34:0.30:113
chr10	94700460	.	CT	C	138.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.499;ClippingRankSum=0.000;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.20;ReadPosRankSum=0.593;SOR=0.811;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,22:0.35:63
chr10	94714427	rs11187225	C	G	357.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.763;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FS=0.824;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.41;ReadPosRankSum=0.286;SOR=0.574;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:77,28:0.27:105
chr10	94774082	.	C	CT	73.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.892;ClippingRankSum=0.000;DP=328;ExcessHet=3.0103;FS=0.688;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.03;MQRankSum=0.000;QD=0.29;ReadPosRankSum=1.214;SOR=0.799;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:218,40:0.16:258
chr10	94816807	rs60582805	G	GA	2603.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=45;PP=1985;SC=AGTATATTCTGAAACTTTTTT;SOR=1.863;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=54;TCF=3;TCR=51;TR=47;WE=94816815;WS=94816797;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr10	94820860	rs1538648	A	G	5288.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=78;NR=55;PP=2539;SC=GTCTGTTTTTAGAACAGAGTT;SOR=0.985;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=133;TCF=78;TCR=55;TR=133;WE=94820868;WS=94820850;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,200:1.00:200
chr10	94822686	rs55843714	C	T	8429.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=315;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=103;NR=105;PP=2965;SC=TGGCCCGGACCTTCGAGCAGC;SOR=0.700;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=208;TCF=103;TCR=105;TR=208;WE=94822694;WS=94822676;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,311:1.00:311
chr10	94822895	rs12263200	G	T	2090.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=21;NR=37;PP=1163;SC=GGTGGGAGGCGTTGTGGCGGT;SOR=1.194;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=58;TCF=21;TCR=37;TR=58;WE=94822903;WS=94822885;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr10	94826081	.	TCCTGCCG	T	2384.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=28;PP=1637;SC=GCCTCCTGCCTCCTGCCGCCT;SOR=1.877;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=36;TCF=0;TCR=36;TR=28;WE=94826095;WS=94826071;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr10	94834437	.	G	A	615.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-0.181;ClippingRankSum=0.000;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.780;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=14;PP=362;ReadPosRankSum=-0.690;SC=CTCGGAGAGTGCCATGTGTCT;SOR=0.784;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=80;TCF=37;TCR=43;TR=26;WE=94834445;WS=94834427;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,33:0.32:102
chr10	95070037	rs2761286	A	G	2617.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=22;NR=44;PP=1446;SC=GTCAAGAAAAAATACTGTTCC;SOR=1.265;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=68;TCF=22;TCR=46;TR=66;WE=95070045;WS=95070027;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr10	95070076	rs117078251	C	G	846.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.082;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.28;ReadPosRankSum=0.326;SOR=0.784;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,34:0.69:49
chr10	95070080	rs2797581	C	T	1900.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=40.44;SOR=1.659;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr10	95070526	rs787661	G	A	947.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=6;NR=27;PP=708;SC=ATTGCCTTCAGTTTTCCTCAA;SOR=2.833;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=6;TCR=27;TR=33;WE=95070534;WS=95070516;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr10	95072906	rs787666	T	C	5713.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=79;NR=74;PP=2872;SC=TCATGTCCAATCTGCATTTCT;SOR=0.730;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=153;TCF=79;TCR=74;TR=153;WE=95072914;WS=95072896;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,218:1.00:218
chr10	95073046	rs787667	A	G	369.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.012;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FS=0.907;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.25;ReadPosRankSum=-1.879;SOR=0.566;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:62,25:0.29:87
chr10	95083204	rs148815470	ATTTC	A	727.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=12;PP=677;SC=AGATGAAACTATTTCTTTCTT;SOR=1.739;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=0;TCR=13;TR=12;WE=95083215;WS=95083194;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
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chr10	95095600	rs787689	G	C	3832.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-2.539;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=288;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.528;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=82;NR=47;PP=2151;ReadPosRankSum=-2.246;SC=CCTCCCTAGAGCCTGGTTGTC;SOR=0.598;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=206;TCF=134;TCR=72;TR=129;WE=95095608;WS=95095590;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:102,176:0.63:278
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chr10	95119919	rs787634	T	C	678.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=1.467;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=20;PP=562;ReadPosRankSum=-0.686;SC=TCATTCCCATTCAGCTCCTCA;SOR=3.442;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=0;TCR=21;TR=20;WE=95119927;WS=95119909;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,22:0.96:23
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chr10	95132905	rs787647	C	T	1380.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=39;PP=1057;SC=GGAGAGGGACCGAAGACCCTG;SOR=3.564;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=43;TCF=4;TCR=39;TR=43;WE=95132913;WS=95132895;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr10	95134461	rs1886076	C	T	350.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.844;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=1.228;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.16;ReadPosRankSum=2.344;SOR=0.478;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,19:0.39:49
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chr10	95152624	rs788084	T	C	754.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=1.875;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.801;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=10;PP=439;ReadPosRankSum=1.509;SC=CTTAATAAGATAATATTAGCT;SOR=1.289;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=39;TCF=23;TCR=16;TR=26;WE=95152632;WS=95152614;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,33:0.72:46
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chr10	95162496	rs701875	A	T	290.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=1.754;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.837;HP=6;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=5;PP=241;ReadPosRankSum=-1.292;SC=AATATTTTTTAAAAAATTCCT;SOR=1.244;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=21;TCF=13;TCR=8;TR=15;WE=95162504;WS=95162486;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,16:0.73:22
chr10	95162525	rs3841653	TC	T	714.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=1.648;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.438;HP=7;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=6;PP=339;ReadPosRankSum=-0.047;SC=AATTCTTTGATCCCCCCCAAA;SOR=1.161;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=20;TCF=11;TCR=9;TR=15;WE=95162533;WS=95162515;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,28:0.72:39
chr10	95163809	rs12262721	G	T	617.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.513;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.506;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=9;PP=299;ReadPosRankSum=0.767;SC=CAATCTGCCCGCAGAGAGTGA;SOR=0.980;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=82;TCF=48;TCR=34;TR=25;WE=95163817;WS=95163799;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:91,38:0.29:129
chr10	95164040	rs788088	A	G	1063.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=9;NR=19;PP=745;SC=GGAATCTGATACTATAATTTT;SOR=1.432;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=28;TCF=9;TCR=19;TR=28;WE=95164048;WS=95164030;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr10	95164060	rs12262755	C	T	157.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.256;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=1.489;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.78;ReadPosRankSum=0.382;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,12:0.36:33
chr10	95168715	rs12243458	C	T	210.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=1.892;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=10;PP=165;ReadPosRankSum=1.866;SC=TTTCCCAGCACGTGGGATCCT;SOR=0.769;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=43;TCF=11;TCR=32;TR=13;WE=95168723;WS=95168705;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,13:0.30:43
chr10	95216590	rs17481945	C	T	1052.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=1.287;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=17;PP=554;ReadPosRankSum=-0.912;SC=ATAGGACAATCAGAAATAGCT;SOR=0.739;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=37;TCF=18;TCR=19;TR=33;WE=95216598;WS=95216580;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,43:0.91:47
chr10	95237861	rs2096181	C	T	525.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=41;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=14;NR=2;PP=364;SC=GGTTGTTTATCTTATGTCTAC;SOR=2.419;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=16;TCF=14;TCR=2;TR=16;WE=95237869;WS=95237851;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr10	95237899	rs58873758	ATAT	A	1132.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.57;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr10	95237963	rs3938769	A	G	1819.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.61;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=20;NR=13;PP=678;SC=ACTGTTTGGAAGAATCATCAA;SOR=0.880;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=33;TCF=20;TCR=13;TR=33;WE=95237971;WS=95237953;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr10	95238050	rs6583893	C	T	1210.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=17;PP=502;SC=CCTGGCTGTCCGCATGGAACT;SOR=0.776;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=32;TCF=15;TCR=17;TR=32;WE=95238058;WS=95238040;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
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chr10	95259775	rs41290212	C	T	237.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.001;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.06;ReadPosRankSum=0.095;SOR=0.573;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,14:0.30:47
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chr10	95279506	rs2293277	A	T	2368.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=1.085;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.160;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=36;PP=1074;ReadPosRankSum=0.222;SC=CATCAATTGCATGTAATTCTT;SOR=0.583;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=115;TCF=49;TCR=66;TR=66;WE=95279514;WS=95279496;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,112:0.60:188
chr10	95279653	rs7068719	A	G	484.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=14;PP=382;SC=ACAGCTTAACACACAGCTAGC;SOR=3.258;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=16;TCF=2;TCR=14;TR=16;WE=95279661;WS=95279643;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr10	95287643	rs34668129	G	GA	569.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=3.859;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.63;ReadPosRankSum=1.501;SOR=1.253;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,38:0.58:66
chr10	95359968	rs10882282	G	C	529.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-1.116;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.812;HP=4;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=3;PP=387;ReadPosRankSum=0.211;SC=TTTGGGGAGGGGGTAGGTAGC;SOR=0.354;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=43;TCF=38;TCR=5;TR=21;WE=95359976;WS=95359958;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,22:0.48:46
chr10	95360027	rs36014035	A	C	1766.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.054;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=20;PP=949;ReadPosRankSum=0.349;SC=CGGGTTCCTGACACTTCCAGA;SOR=0.651;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=108;TCF=74;TCR=34;TR=60;WE=95360035;WS=95360017;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,80:0.58:137
chr10	95372734	rs1131978	G	A	3203.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.639;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.373;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=38;PP=1377;ReadPosRankSum=-0.598;SC=ACAGGGCCCTGCAGAGGCTGG;SOR=0.825;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=112;TCF=62;TCR=50;TR=88;WE=95372742;WS=95372724;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,143:0.77:185
chr10	95380790	rs1223306	G	A	1511.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=12;NR=33;PP=913;SC=TGACAAAGCCGCCCAGAGACA;SOR=1.835;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=45;TCF=12;TCR=33;TR=45;WE=95380798;WS=95380780;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr10	95394455	rs1856563	T	C	2211.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=53;NR=16;PP=1459;SC=TCCTGTGAATTTATGATTATT;SOR=2.103;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=70;TCF=53;TCR=17;TR=69;WE=95394463;WS=95394445;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr10	95395247	rs616522	A	G	2463.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=55;NR=14;PP=1361;SC=CCTTTTATCCATTTCAGACTC;SOR=2.044;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=70;TCF=55;TCR=15;TR=69;WE=95395255;WS=95395237;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr10	95400510	rs12780304	T	C	436.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=1.871;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=10;PP=242;ReadPosRankSum=-1.244;SC=CTTACCTTCTTAAAGGAAGGT;SOR=1.022;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=22;TCF=8;TCR=14;TR=15;WE=95400518;WS=95400508;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,16:0.67:24
chr10	95405665	rs3831275	CTA	C	958.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=2.209;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.619;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=2;PP=909;ReadPosRankSum=1.244;SC=TTGTATGAACCTATGTGTAAT;SOR=2.093;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=33;TCF=30;TCR=3;TR=22;WE=95405674;WS=95405655;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,25:0.58:43
chr10	95405814	rs1409332	C	A	4001.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.774;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=260;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.687;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=57;PP=1819;ReadPosRankSum=-0.231;SC=GGTACGTAAACCTCTCTTTAG;SOR=0.677;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=151;TCF=75;TCR=76;TR=110;WE=95405822;WS=95405804;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,181:0.71:254
chr10	95421683	rs2422324	G	C	125.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-2.967;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=0;PP=43;ReadPosRankSum=1.403;SC=CTTTTTAAAAGTTAAGAGCAT;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=31;TCF=29;TCR=2;TR=6;WE=95421691;WS=95421678;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,8:0.22:36
chr10	95422245	rs10882298	A	G	391.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.146;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5002;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=10;PP=347;ReadPosRankSum=-0.679;SC=AAAAAAAGTTATCAGGACAAA;SOR=0.582;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=28;TCF=14;TCR=14;TR=19;WE=95422253;WS=95422235;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,21:0.70:30
chr10	95432968	rs1572773	T	C	6117.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-2.018;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.572;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=101;NR=44;PP=2965;ReadPosRankSum=0.079;SC=AAAAATCTGTTTTTGGGCAGT;SOR=0.191;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=150;TCF=104;TCR=46;TR=145;WE=95432976;WS=95432958;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,219:0.99:222
chr10	95433124	rs1326214	A	G	6441.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=1.556;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=468;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.231;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=70;NR=108;PP=2945;ReadPosRankSum=-0.406;SC=CAGTTCCTCCAACATTCTTCC;SOR=0.970;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=287;TCF=121;TCR=166;TR=178;WE=95433132;WS=95433114;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:169,295:0.64:464
chr10	95443688	rs8181435	C	G	1188.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.658;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.904;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=11;PP=566;ReadPosRankSum=0.253;SC=GACAATGCCACATTTTCTACA;SOR=0.519;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=58;TCF=38;TCR=20;TR=32;WE=95443696;WS=95443678;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,53:0.65:82
chr10	95444931	rs767701	T	G	1028.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=2.890;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.779;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=8;PP=683;ReadPosRankSum=-0.608;SC=ATTTGAATTTTAAAGTCTATA;SOR=1.333;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=56;TCF=40;TCR=16;TR=34;WE=95444939;WS=95444921;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,41:0.61:67
chr10	95454449	rs11187593	C	T	100.85	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-1.383;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=93;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=26;NR=4;PP=535;ReadPosRankSum=-0.674;SC=CCAGCCTGGGCGACAGAGTGA;SOR=2.303;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=37;TCF=32;TCR=5;TR=30;WE=95454457;WS=95454439;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,5:0.83:6
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chr10	95454768	rs3215997	TA	T	250.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=0.537;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.732;HP=8;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.861;NF=0;NR=15;PP=256;ReadPosRankSum=-1.107;SC=TGATTGGTGGTAAAAAAAAGC;SOR=2.187;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=0;TCR=21;TR=15;WE=95454776;WS=95454758;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,15:0.62:24
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chr10	95658258	rs11187724	C	G	3021.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=60;NR=13;PP=1832;SC=CCATTTTTCTCAGTTTCTAAG;SOR=2.165;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=75;TCF=60;TCR=15;TR=73;WE=95658266;WS=95658240;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr10	95718474	rs829225	A	G	725.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.176;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=14;PP=582;ReadPosRankSum=1.482;SC=TATTTAGGCTATAATGATTAC;SOR=0.690;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=110;TCF=72;TCR=38;TR=41;WE=95718482;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:100,43:0.30:143
chr10	95791613	rs17109671	T	C	1206.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=2.183;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=289;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.087;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=26;PP=728;ReadPosRankSum=0.499;SC=AAGGCTCTTGTGAGAAGGTTG;SOR=0.498;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=188;TCF=119;TCR=69;TR=60;WE=95791621;WS=95791603;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:204,75:0.27:279
chr10	95791763	rs17109674	G	A	1936.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-2.758;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=305;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.662;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=39;PP=1090;ReadPosRankSum=1.052;SC=GCAAAAAGGAGCGATCCACTT;SOR=0.536;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=213;TCF=98;TCR=115;TR=78;WE=95791771;WS=95791753;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:188,105:0.36:293
chr10	95987313	rs11187825	C	T	255.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-2.627;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=9;PP=171;ReadPosRankSum=0.061;SC=AGCCAGGTAACTGGAAATGAT;SOR=1.061;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=0;TCR=17;TR=9;WE=95987321;WS=95987303;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,10:0.59:17
chr10	95993979	rs61751496	G	A	911.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.886;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=21;PP=499;ReadPosRankSum=0.555;SC=TCTGTGGGGTGTTTCTGAAGG;SOR=0.662;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=65;TCF=28;TCR=37;TR=36;WE=95993987;WS=95993969;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,47:0.59:79
chr10	96013824	rs1408820	C	T	204.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=0.892;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=1;PP=113;ReadPosRankSum=-0.866;SC=AGGTCTTTACCGGTTTTACCA;SOR=0.392;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=20;TCF=18;TCR=2;TR=8;WE=96013832;WS=96013814;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,10:0.42:24
chr10	96014622	rs10786156	C	G	584.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.089;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.610;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=6;PP=236;ReadPosRankSum=-0.467;SC=CTGAGTCATTCTCTCTTTTCT;SOR=0.874;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=68;TCF=45;TCR=23;TR=23;WE=96014630;WS=96014612;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,36:0.30:119
chr10	96018510	rs4918182	A	T	400.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=3.274;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.355;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=1;PP=209;ReadPosRankSum=-0.274;SC=ACAGAATCACAACAGTGGCCT;SOR=1.101;SbPval=0.94;Source=Platypus;TC=47;TCF=38;TCR=9;TR=14;WE=96018518;WS=96018500;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,19:0.33:57
chr10	96022618	rs11307441	GT	G	202.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.756;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=1.496;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.75;ReadPosRankSum=-2.302;SOR=0.360;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,19:0.35:54
chr10	96030458	rs1969867	G	T	346.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.802;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=9;PP=168;ReadPosRankSum=-1.155;SC=ACAGAGTCTCGCTCTCTCACC;SOR=0.612;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=42;TCF=13;TCR=29;TR=13;WE=96030466;WS=96030448;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,19:0.36:53
chr10	96039597	rs2274224	G	C	1099.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.060;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=25;PP=539;ReadPosRankSum=0.268;SC=GCCAACCCCCGACCTGCCAAT;SOR=0.671;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=107;TCF=45;TCR=62;TR=43;WE=96039605;WS=96039587;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:91,60:0.40:151
chr10	96039708	rs2274225	C	T	148.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.707;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=11.553;HP=4;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=9;PP=128;ReadPosRankSum=0.521;SC=CAGGAAAATTCTTGGATGATT;SOR=3.486;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=30;TCF=7;TCR=23;TR=9;WE=96039716;WS=96039698;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,9:0.28:32
chr10	96043732	rs7084339	A	G	1351.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.469;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=27;PP=685;ReadPosRankSum=-0.647;SC=GTTTCAGATGAGATTCCACTT;SOR=0.697;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=120;TCF=57;TCR=63;TR=50;WE=96043740;WS=96043722;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:103,71:0.41:174
chr10	96044734	rs3736901	C	A	794.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.722;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=17;PP=469;ReadPosRankSum=0.886;SC=TAAGATTAGGCAATATCATCT;SOR=0.644;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=31;TCF=7;TCR=24;TR=23;WE=96044742;WS=96044724;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,32:0.70:46
chr10	96076495	rs942676	C	G	3023.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.858;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.06;ReadPosRankSum=-0.549;SOR=0.679;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:70,145:0.67:215
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chr10	96201615	rs10882455	A	G	1116.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=0.793;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=12;PP=774;ReadPosRankSum=2.031;SC=CTCTCTGGTTACAAAAAACAC;SOR=0.582;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=54;TCF=39;TCR=15;TR=41;WE=96201623;WS=96201605;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,45:0.75:60
chr10	96201839	rs200847130	CTT	C	693.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.639;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.09;MQRankSum=1.106;QD=8.26;ReadPosRankSum=2.807;SOR=0.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:47,37:0.44:84
chr10	96271298	rs2860761	A	C	1389.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=22;NR=10;PP=607;SC=AACTTAGAGAAAATTATTTGT;SOR=1.179;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=22;TCR=10;TR=32;WE=96271306;WS=96271288;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr10	96305504	rs2274096	T	C	190.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.255;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=2.581;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.53;ReadPosRankSum=1.040;SOR=1.384;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,15:0.28:54
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chr10	96313960	rs11188019	A	C	300.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=0.278;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=7;PP=141;ReadPosRankSum=-0.157;SC=AAAGCAATATATACTCCAAAT;SOR=0.714;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=20;TCF=8;TCR=12;TR=11;WE=96313968;WS=96313950;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,15:0.60:25
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chr10	96353201	rs3781262	G	A	629.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.347;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.569;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=10;PP=415;ReadPosRankSum=-0.168;SC=TTCTCCTTCAGTCTTGTTGGT;SOR=0.870;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=108;TCF=78;TCR=30;TR=36;WE=96353209;WS=96353191;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:108,40:0.27:148
chr10	96353422	rs11346357	AT	A	66.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.970;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.18;MQRankSum=1.518;QD=1.63;ReadPosRankSum=-1.841;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,13:0.32:41
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chr10	96466824	rs7904929	C	T	459.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=51;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=14;PP=353;SC=TATGTACTTACCATGTGTATA;SOR=4.047;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=0;TCR=14;TR=14;WE=96466832;WS=96466814;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr10	96495232	rs2860840	C	T	2339.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.544;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=48;PP=1201;ReadPosRankSum=-0.569;SC=TGCTCCTGTGCTGTCACCTGC;SOR=0.680;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=107;TCF=35;TCR=72;TR=70;WE=96495240;WS=96495222;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,103:0.71:146
chr10	96740908	rs9332197	T	C	5139.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.276;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=369;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.398;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=84;NR=52;PP=2492;ReadPosRankSum=1.731;SC=ATTTTTCTCCTTTTCCATCAG;SOR=0.722;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=211;TCF=130;TCR=81;TR=136;WE=96740916;WS=96740898;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:131,231:0.64:362
chr10	96954298	rs591157	A	G	1788.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.254;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=23;PP=1017;ReadPosRankSum=-0.806;SC=CTGGGATTTGAAGCCTGCTGC;SOR=0.518;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=103;TCF=65;TCR=38;TR=60;WE=96954306;WS=96954288;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,82:0.61:135
chr10	96954360	rs11188225	T	A	3368.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.833;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=241;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.644;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=41;PP=1654;ReadPosRankSum=0.625;SC=TGACTCCAGGTGCCTAGTCCA;SOR=0.796;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=144;TCF=78;TCR=66;TR=95;WE=96954368;WS=96954350;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,153:0.64:238
chr10	96954473	rs592041	A	T	3653.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.180;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FS=0.699;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=26.87;ReadPosRankSum=2.438;SOR=0.625;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,95:0.70:136
chr10	96954479	rs592055	G	A	3602.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.079;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FS=0.722;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=27.50;ReadPosRankSum=2.451;SOR=0.584;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:40,91:0.69:131
chr10	96954511	rs681838	T	A	1888.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=15;NR=44;PP=1338;SC=ATGAGATTCATATCCCATCTA;SOR=1.963;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=59;TCF=15;TCR=44;TR=59;WE=96954519;WS=96954501;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr10	96961184	rs602941	G	A	696.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.374;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=7;PP=388;ReadPosRankSum=-0.808;SC=CTGTTTCTGAGTTATTTCCCA;SOR=0.602;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=38;TCF=28;TCR=10;TR=25;WE=96961192;WS=96961174;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,31:0.69:45
chr10	96966954	rs58102963	GT	G	2478.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=2.147;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.466;HP=7;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQ=60.05;MQRankSum=0.789;NF=28;NR=37;PP=1495;ReadPosRankSum=2.319;SC=TTCTTTTGTGGTTTTTTTCAG;SOR=0.891;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=101;TCF=42;TCR=59;TR=65;WE=96966962;WS=96966944;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,130:0.62:209
chr10	96970361	rs16872	A	C	4199.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.344;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=305;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.441;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=44;PP=1488;ReadPosRankSum=-2.506;SC=ACTTAATCAGAGAACCTAAAT;SOR=0.662;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=172;TCF=105;TCR=67;TR=110;WE=96970369;WS=96970351;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:106,194:0.65:300
chr10	96972889	rs17524438	G	A	994.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=0.943;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.222;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=28;PP=694;ReadPosRankSum=0.140;SC=TCCATATCTTGACCCAGAACA;SOR=1.069;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=54;TCF=11;TCR=43;TR=35;WE=96972897;WS=96972879;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,39:0.63:62
chr10	96974518	rs595478	A	T	254.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-2.847;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=0;PP=195;ReadPosRankSum=0.287;SC=TATTGGAATAACTGCATCATT;SOR=1.179;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=19;TCR=0;TR=11;WE=96974526;WS=96974508;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,11:0.61:18
chr10	96974552	rs595420	C	T	639.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=0.168;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.659;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=4;PP=430;ReadPosRankSum=-1.065;SC=TTCTAACAGACCTGTTATTGG;SOR=1.209;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=39;TCF=32;TCR=7;TR=26;WE=96974560;WS=96974542;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,27:0.69:39
chr10	96974803	rs594448	A	G	1696.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=0.936;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.273;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=38;PP=1000;ReadPosRankSum=-0.238;SC=CACACTGTCAAAGCACTAAGC;SOR=1.019;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=107;TCF=46;TCR=61;TR=63;WE=96974811;WS=96974793;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,75:0.59:128
chr10	96979504	rs11188228	T	C	583.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=0.872;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.522;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=2;PP=399;ReadPosRankSum=-1.990;SC=CACTCCTGCTTGATTTTTTTT;SOR=2.066;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=28;TCF=24;TCR=4;TR=20;WE=96979512;WS=96979494;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,22:0.71:31
chr10	96979775	rs11188229	C	G	1285.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.510;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=34;PP=818;ReadPosRankSum=-0.545;SC=TAAGTGAGCTCTTACAGTTGT;SOR=0.840;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=68;TCF=20;TCR=48;TR=48;WE=96979783;WS=96979765;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,55:0.70:79
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chr10	96997609	rs11872	G	A	1372.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.713;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=15;PP=754;ReadPosRankSum=0.468;SC=TTTCAAGAGAGGAGAGGGCCA;SOR=0.712;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=71;TCF=48;TCR=23;TR=47;WE=96997617;WS=96997599;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,62:0.67:93
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chr10	97127462	rs6583998	C	A	953.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.576;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.964;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=21;PP=404;ReadPosRankSum=-2.260;SC=GAGCTCTGTACATGTCCAAAA;SOR=0.990;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=105;TCF=43;TCR=62;TR=31;WE=97127483;WS=97127452;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:114,54:0.32:168
chr10	97137105	rs1536556	A	G	1249.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.307;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=23;PP=494;ReadPosRankSum=0.551;SC=TACTTACAACACAGTTAACAT;SOR=0.682;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=124;TCF=54;TCR=70;TR=40;WE=97137113;WS=97137095;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:125,72:0.37:197
chr10	97141523	rs2274490	G	A	1034.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.256;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.390;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=23;PP=464;ReadPosRankSum=0.426;SC=ATTTTCTTGTGTCTACTTTCT;SOR=0.870;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=98;TCF=36;TCR=62;TR=33;WE=97141531;WS=97141513;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:93,53:0.36:146
chr10	97154682	rs55688714	A	T	114.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.925;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=1.390;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.25;ReadPosRankSum=0.354;SOR=0.351;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:40,11:0.22:51
chr10	97154698	rs11188311	G	A	158.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.788;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.30;ReadPosRankSum=0.845;SOR=0.628;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:55,14:0.20:69
chr10	97158713	rs2274489	G	A	263.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.406;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=4;PP=199;ReadPosRankSum=0.539;SC=TGTACTCAGAGTGTACACTTG;SOR=0.693;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=44;TCF=31;TCR=13;TR=15;WE=97158721;WS=97158703;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,16:0.29:56
chr10	97181855	rs17849163	T	C	1636.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.020;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=26;PP=966;ReadPosRankSum=0.533;SC=GGAAAAAATCTCTCACTCACA;SOR=0.618;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=81;TCF=45;TCR=36;TR=57;WE=97181863;WS=97181845;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,73:0.67:109
chr10	97192324	rs943542	A	G	5608.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=75;NR=56;PP=2479;SC=GATTTTTGTAAGATCCATGTC;SOR=0.856;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=133;TCF=75;TCR=58;TR=131;WE=97192332;WS=97192314;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,210:1.00:210
chr10	97366746	rs7099284	C	T	761.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-1.697;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=20;PP=479;ReadPosRankSum=-0.669;SC=CCAGCCTCTGCTTCCTGTCCA;SOR=1.371;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=24;TCF=3;TCR=21;TR=23;WE=97366754;WS=97366736;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,29:0.97:30
chr10	97369939	rs10882640	C	T	4113.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=-0.710;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.214;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=39;PP=1728;ReadPosRankSum=2.408;SC=TCTTCCCAACCAGAGTCTTTC;SOR=0.565;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=92;TCF=51;TCR=41;TR=90;WE=97369947;WS=97369929;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,159:0.98:162
chr10	97370989	rs2296691	T	A	477.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.063;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=5;PP=243;ReadPosRankSum=0.000;SC=AGACACTGTATGCGGGAAGCA;SOR=0.515;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=26;TCF=20;TCR=6;TR=17;WE=97370997;WS=97370979;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,23:0.57:40
chr10	97371317	rs11188399	A	G	872.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=37.95;SOR=2.400;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr10	97371317	.	AACAACTGAAC	GACAACTGAAC,GACAACTGAAG	195	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.28;FR=0.5000,0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=5,3;NR=17,10;PP=80,195;QD=5.2168732976;SC=CTGTAGCCTCAACAACTGAAC;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=5;TCR=17;TR=22,13;WE=97371335;WS=97371307;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:1.00:22
chr10	97371327	rs11188400	C	G	344.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.302;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.67;ReadPosRankSum=-1.109;SOR=1.292;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,15:0.68:22
chr10	97373966	rs2296692	A	C	1986.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=39;PP=1217;ReadPosRankSum=-0.779;SC=TGACCACACAAAATATAAAAA;SOR=1.075;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=47;TCF=7;TCR=40;TR=46;WE=97373974;WS=97373956;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,66:0.99:67
chr10	97385014	rs57670810	T	C	1032.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.830;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.492;HP=6;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=16;PP=618;ReadPosRankSum=0.845;SC=ATTTCTTTTATAAAAATCCTT;SOR=0.374;SbPval=0.19;Source=Platypus;TC=110;TCF=81;TCR=29;TR=46;WE=97385022;WS=97385004;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:94,56:0.37:150
chr10	97388162	rs2275272	G	A	1562.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.322;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=270;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.864;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=20;PP=576;ReadPosRankSum=1.737;SC=TCTAGACTTGGTTCCAAATGT;SOR=0.532;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=155;TCF=92;TCR=63;TR=46;WE=97388170;WS=97388152;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:180,89:0.33:269
chr10	97392969	rs3750701	G	A	2178.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.453;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.875;HP=3;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=31;PP=836;ReadPosRankSum=2.103;SC=TCTGTCTGCAGAACACACTGT;SOR=0.498;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=67;TCF=23;TCR=44;TR=49;WE=97392977;WS=97392959;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,62:0.68:91
chr10	97392993	rs3750700	T	C	1951.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.156;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=31;PP=841;ReadPosRankSum=-0.730;SC=CTGGCAATCCTTTTTCCAAAC;SOR=0.873;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=54;TCF=15;TCR=39;TR=42;WE=97393001;WS=97392983;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,48:0.80:60
chr10	97397227	rs2275273	T	C	1637.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.578;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=33;PP=971;ReadPosRankSum=1.247;SC=GACTGTAAGTTACCGTACTGT;SOR=0.746;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=79;TCF=27;TCR=52;TR=50;WE=97397235;WS=97397217;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,71:0.61:117
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chr10	97605057	rs7074403	C	G	854.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=2.445;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.031;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=6;PP=498;ReadPosRankSum=-0.142;SC=CCAATAGATACTATGAAAAGC;SOR=0.976;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=51;TCF=37;TCR=14;TR=27;WE=97605065;WS=97605047;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,36:0.55:66
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chr10	97681714	rs11594853	T	C	267.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.451;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=4;PP=125;ReadPosRankSum=-0.032;SC=ATAATAATAATAAAAGATGTT;SOR=0.763;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=56;TCF=38;TCR=18;TR=14;WE=97681722;WS=97681704;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,20:0.26:76
chr10	97687184	rs56365500	A	G	2562.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.275;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=51;PP=1397;ReadPosRankSum=-1.708;SC=CGGGAGATAAAGTTTTATTAT;SOR=0.715;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=113;TCF=39;TCR=74;TR=79;WE=97687192;WS=97687174;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,113:0.67:169
chr10	97698338	rs35298116	G	A	498.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.426;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=5.572;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.07;ReadPosRankSum=1.990;SOR=0.252;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,27:0.49:55
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chr10	97748040	rs7900838	G	A	2421.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=26;NR=21;PP=897;SC=GGAGGTATCCGTTTCAGATGT;SOR=0.852;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=47;TCF=26;TCR=21;TR=47;WE=97748048;WS=97748030;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr10	97769856	rs4145209	G	C	693.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=3;NR=17;PP=490;SC=TGTCTCTGGAGAGTTCTTTAG;SOR=3.258;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=3;TCR=17;TR=20;WE=97769864;WS=97769846;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr10	97772253	rs3748224	C	T	929.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=19;NR=9;PP=602;SC=GAGAACAATACAGTACAATTC;SOR=1.418;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=28;TCF=19;TCR=9;TR=28;WE=97772261;WS=97772243;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr10	97772358	rs17383738	A	G	621.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.925;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.535;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=11;PP=319;ReadPosRankSum=-0.785;SC=AATGTTTCCCAACCGAAGAAT;SOR=0.980;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=68;TCF=38;TCR=30;TR=27;WE=97772366;WS=97772348;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,38:0.32:120
chr10	97772496	rs10748652	T	A	1186.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=12;NR=27;PP=833;SC=TGTAAGTTATTATTATTTTTA;SOR=1.845;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=39;TCF=12;TCR=27;TR=39;WE=97772504;WS=97772486;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr10	97778853	rs1414922	C	T	423.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=10;NR=5;PP=284;SC=TATAAGCCACCACACTCCACT;SOR=1.244;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=10;TCR=5;TR=15;WE=97778861;WS=97778849;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr10	97779219	rs1414921	G	A	543.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=11;PP=312;SC=ATGGGGCCGGGGCAATCTTTT;SOR=1.402;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=5;TCR=11;TR=16;WE=97779227;WS=97779209;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr10	97792352	rs10509698	G	A	304.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=3.853;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.979;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=0;PP=213;ReadPosRankSum=1.691;SC=GAAGCTGCTCGAGTGGAAAAC;SOR=2.448;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=20;TCR=2;TR=11;WE=97792360;WS=97792342;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,12:0.60:20
chr10	97804051	.	G	C	425.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-4.675;ClippingRankSum=0.000;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=0;PP=305;ReadPosRankSum=0.802;SC=CCCCCGGGGAGGGGGCGCAGA;SOR=0.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=25;TCF=25;TCR=0;TR=15;WE=97804059;WS=97804042;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,17:0.61:28
chr10	97816420	rs7099399	G	A	14766.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=561;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=171;NR=138;PP=2965;SC=TCACTTGCCTGACATTTTCTC;SOR=0.834;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=311;TCF=171;TCR=140;TR=309;WE=97816428;WS=97816410;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,557:1.00:557
chr10	97917843	rs61731060	C	T	4465.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.231;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=313;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.427;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=67;NR=65;PP=2092;ReadPosRankSum=0.882;SC=AGAGTCACCCCGAGGTATTAG;SOR=0.616;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=203;TCF=100;TCR=103;TR=132;WE=97917851;WS=97917833;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:107,201:0.65:308
chr10	97919550	rs61729856	T	G	2344.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.483;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.677;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=39;PP=1216;ReadPosRankSum=1.901;SC=TGACTGCTGCTAATAATCTGT;SOR=0.611;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=112;TCF=57;TCR=55;TR=74;WE=97919558;WS=97919540;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,108:0.64:170
chr10	97919839	rs41291606	A	T	874.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-2.159;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=21;PP=683;ReadPosRankSum=0.066;SC=TTCCAAAAAAATTTTTTCAAA;SOR=0.798;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=54;TCF=25;TCR=29;TR=40;WE=97919847;WS=97919829;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,45:0.74:61
chr10	97920099	rs67530050	T	TC	12085.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=328;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=27;NR=100;PP=2957;SC=TTGTGAAATGTCTAGGAGAAA;SOR=0.693;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=129;TCF=28;TCR=101;TR=127;WE=97920107;WS=97920089;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,322:1.00:322
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chr10	97964154	rs10748665	C	T	1906.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.40;SOR=2.780;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
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chr10	97987144	rs2305846	C	G	1314.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-2.132;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=11;PP=848;ReadPosRankSum=-1.407;SC=GGCCGAGTGCCCAGGTCTGCG;SOR=0.720;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=68;TCF=54;TCR=14;TR=52;WE=97987152;WS=97987134;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,58:0.75:77
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chr10	98006857	rs2168732	A	T	1480.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=24;NR=25;PP=844;SC=CTGACTTTTTAAAAAAAGTCT;SOR=0.723;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=50;TCF=25;TCR=25;TR=49;WE=98006865;WS=98006847;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
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chr10	98064501	rs12772674	G	A	246.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-2.115;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.876;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=5;PP=48;ReadPosRankSum=0.972;SC=CAGAGGCTTTGTGAACAGCTT;SOR=0.193;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=20;TCF=4;TCR=16;TR=7;WE=98064509;WS=98064491;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,13:0.46:28
chr10	98078127	rs7081385	C	T	1981.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=50;NR=13;PP=1474;SC=TCACCCACATCGTAGCAGAGA;SOR=2.372;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=63;TCF=50;TCR=13;TR=63;WE=98078135;WS=98078117;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr10	98078239	rs6584066	A	G	7142.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=278;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=89;NR=81;PP=2965;SC=CGAATGCATAAGAGCAGGGAA;SOR=0.785;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=170;TCF=89;TCR=81;TR=170;WE=98078247;WS=98078229;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,272:1.00:272
chr10	98082517	rs7097016	T	G	575.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=9;PP=248;SC=TATTGAAAATTGTTTTTCAGT;SOR=1.179;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=14;TCF=5;TCR=9;TR=14;WE=98082525;WS=98082507;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr10	98084231	rs2181320	A	G	1761.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=11;NR=35;PP=1122;SC=TGCAACTCCAATCTGGGAGAG;SOR=1.688;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=46;TCF=11;TCR=35;TR=46;WE=98084239;WS=98084221;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr10	98088387	rs10882773	A	C	172.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.590;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=7;NR=1;PP=126;ReadPosRankSum=2.612;SC=CTATGTTGCAAATCTTAAGCA;SOR=0.836;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=13;TCF=12;TCR=1;TR=8;WE=98088395;WS=98088377;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,8:0.53:15
chr10	98095794	rs10736102	T	C	4059.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=34;NR=62;PP=2018;SC=CCCCCGAGCTTTTTTCATGGA;SOR=1.194;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=97;TCF=34;TCR=63;TR=96;WE=98095802;WS=98095784;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,149:1.00:149
chr10	98097998	rs2273891	T	A	207.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=2.188;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.824;HP=6;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=9;PP=148;ReadPosRankSum=-0.838;SC=GTTGTCAACATTTTTTTCCTA;SOR=2.081;SbPval=0.95;Source=Platypus;TC=29;TCF=8;TCR=21;TR=10;WE=98098006;WS=98097988;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,12:0.29:41
chr10	98105618	rs56148171	A	C	1061.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=3.563;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.520;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=4;PP=1699;ReadPosRankSum=0.612;SC=GCAGCTTGGCATCTTTCCTCT;SOR=1.112;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=48;TCF=43;TCR=5;TR=35;WE=98105630;WS=98105608;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,40:0.71:56
chr10	98105622	rs3814224	T	C	333.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.715;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=1;PP=546;ReadPosRankSum=-0.063;SC=CTTGGCATCTTTCCTCTCCAA;SOR=0.582;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=52;TCF=46;TCR=6;TR=14;WE=98105630;WS=98105608;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,17:0.27:62
chr10	98105673	rs3841416	TCTG	T	1350.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.112;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.489;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=9;PP=850;ReadPosRankSum=0.905;SC=CAGTGCCAGGTCTGCTGCTCC;SOR=0.894;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=78;TCF=40;TCR=38;TR=21;WE=98105683;WS=98105663;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:111,41:0.27:152
chr10	98113272	rs12572329	A	G	1967.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.359;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=330;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=36;PP=805;ReadPosRankSum=-0.295;SC=GGCAAAGCAAAATGGTTGGTT;SOR=0.718;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=197;TCF=95;TCR=102;TR=69;WE=98113280;WS=98113262;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:213,113:0.35:326
chr10	98113333	rs12571241	T	C	901.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.535;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FS=1.234;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.49;ReadPosRankSum=-1.667;SOR=0.817;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:141,60:0.30:201
chr10	98116076	rs2861575	C	T	257.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-1.172;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.838;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=3;PP=162;ReadPosRankSum=-0.589;SC=ACAATGCATTCATTAAGTTTT;SOR=0.132;SbPval=0.2;Source=Platypus;TC=31;TCF=27;TCR=4;TR=12;WE=98116084;WS=98116066;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,13:0.36:36
chr10	98127809	rs41291624	A	C	1356.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.348;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.709;HP=7;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=17;PP=834;ReadPosRankSum=0.343;SC=CAAAACAAAAAAAATTCTCAG;SOR=0.803;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=93;TCF=64;TCR=29;TR=54;WE=98127817;WS=98127799;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,66:0.54:122
chr10	98144312	rs7085022	G	A	1854.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=42;NR=9;PP=1165;SC=CCTCACTCGCGCTGCATCAGC;SOR=2.412;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=51;TCF=42;TCR=9;TR=51;WE=98144320;WS=98144302;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr10	98180613	rs3789951	A	G	152.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=3.339;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=0;PP=114;ReadPosRankSum=1.604;SC=GCCGTGCTAGAAGCATGCAGA;SOR=0.919;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=27;TCF=26;TCR=1;TR=8;WE=98180621;WS=98180603;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,8:0.26:31
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chr10	98240035	rs2281801	A	T	905.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=26;NR=2;PP=666;SC=TGACTCGTGGACCACATCTCC;SOR=3.477;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=28;TCF=26;TCR=2;TR=28;WE=98240043;WS=98240025;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
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chr10	98319367	rs3818389	A	T	2260.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=26;NR=28;PP=975;SC=ATGTTTGTTGAACGAATTGGT;SOR=0.693;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=55;TCF=26;TCR=29;TR=54;WE=98319375;WS=98319357;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr10	98319503	rs3818390	A	T	617.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.922;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=16;PP=432;ReadPosRankSum=1.045;SC=CCTAAAAAAAATTTTTTCATT;SOR=1.382;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=22;TCF=6;TCR=16;TR=22;WE=98319511;WS=98319493;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,29:0.94:31
chr10	98321928	rs7094142	A	T	943.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.76;SOR=1.418;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr10	98336613	rs35616822	T	TA	95.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.033;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.14;MQRankSum=1.840;QD=1.62;ReadPosRankSum=-1.022;SOR=0.610;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:46,13:0.22:59
chr10	98346411	rs11188836	A	C	883.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=20;NR=4;PP=538;SC=GCCGCCGGGCACTCCAGGCTG;SOR=2.376;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=20;TCR=4;TR=24;WE=98346419;WS=98346401;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr10	98380074	rs78780339	T	C	1140.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.695;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=11;PP=504;ReadPosRankSum=-0.217;SC=AGTGGGGAAATAGACATGAAA;SOR=0.693;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=51;TCF=33;TCR=18;TR=31;WE=98380082;WS=98380064;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,52:0.68:77
chr10	98380277	rs3748234	C	T	1126.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=16;PP=424;SC=CATATATACTCGACTGGGGCC;SOR=1.055;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=10;TCR=16;TR=26;WE=98380285;WS=98380267;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr10	98380363	rs7910630	A	G	244.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=6;PP=145;SC=ACTGGGGACCACTCACCAGAA;SOR=2.093;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=1;TCR=6;TR=7;WE=98380371;WS=98380353;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr10	98383329	rs4917745	G	T	2604.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=53;PP=1656;SC=TACTGAAAAAGTATCAAAATC;SOR=1.855;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=71;TCF=18;TCR=53;TR=71;WE=98383337;WS=98383319;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr10	98386433	rs1469847	C	A	1311.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=33;NR=4;PP=944;SC=GCTCCAAAGACCCAGTTGGAC;SOR=3.109;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=37;TCF=33;TCR=4;TR=37;WE=98386441;WS=98386423;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr10	98386558	rs4344416	G	A	6649.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=254;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=84;NR=71;PP=2965;SC=CTGCTGGCCAGGTCCACAGAA;SOR=0.801;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=156;TCF=85;TCR=71;TR=155;WE=98386566;WS=98386548;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,251:1.00:251
chr10	98392872	rs6584092	A	C	284.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=11;PP=295;SC=TTCCAGGGTCACCATGAGAGG;SOR=4.615;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=0;TCR=11;TR=11;WE=98392880;WS=98392862;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr10	98408714	rs912483	A	G	1185.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=31;PP=832;SC=GGCAACAGAAAGCACTCAGCC;SOR=3.556;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=35;TCF=4;TCR=31;TR=35;WE=98408722;WS=98408704;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr10	98410901	rs3748232	A	G	176.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-0.586;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.337;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=1;PP=90;ReadPosRankSum=-0.556;SC=GAAGGGACCCAGAAGAGTTAC;SOR=1.329;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=37;TCF=29;TCR=8;TR=10;WE=98410909;WS=98410891;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,12:0.29:42
chr10	98416533	rs3748231	C	T	1150.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=24;NR=9;PP=697;SC=CATCCAGCTACCAGGCCCCCA;SOR=1.556;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=24;TCR=9;TR=33;WE=98416541;WS=98416523;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr10	98469507	rs3748229	C	A	2475.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=2.609;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.486;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=33;PP=1155;ReadPosRankSum=0.265;SC=GGCAGCAAGGCGGGCTTGTGG;SOR=0.486;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=115;TCF=50;TCR=65;TR=60;WE=98469515;WS=98469497;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,106:0.60:178
chr10	98469693	rs17112076	C	T	851.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.916;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FS=5.049;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.07;ReadPosRankSum=0.474;SOR=0.385;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:116,52:0.31:168
chr10	98797351	rs2805586	A	G	2778.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=53;NR=23;PP=1388;SC=GAAAAGAAGCAGGATCTGCCC;SOR=1.380;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=77;TCF=54;TCR=23;TR=76;WE=98797359;WS=98797341;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr10	98797647	rs34707456	G	T	96.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-2.076;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=6;PP=53;ReadPosRankSum=-0.158;SC=TAGGCCACACGATGGGCCCAG;SOR=0.473;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=30;TCF=7;TCR=23;TR=8;WE=98797655;WS=98797637;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,8:0.27:30
chr10	98808866	rs2805588	C	G	7184.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=276;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=66;NR=80;PP=2772;SC=AAGGGTTCTGCGCCAGGTGCC;SOR=0.800;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=146;TCF=66;TCR=80;TR=146;WE=98808874;WS=98808856;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,274:1.00:274
chr10	98816786	rs2817675	T	C	441.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-2.439;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.545;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=7;PP=276;ReadPosRankSum=-0.110;SC=CTCTACCTCCTTCTCTAGCCT;SOR=0.340;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=32;TCF=22;TCR=10;TR=19;WE=98816794;WS=98816776;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,20:0.61:33
chr10	98817687	rs7914872	A	G	1147.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.444;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FS=2.616;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.68;ReadPosRankSum=-0.879;SOR=0.895;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:136,66:0.33:202
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chr10	98820528	rs33970910	C	G	1591.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.596;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=250;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=27;PP=853;ReadPosRankSum=-1.129;SC=TGGGCACGCGCCCCGCTTCTC;SOR=0.682;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=171;TCF=97;TCR=74;TR=62;WE=98820536;WS=98820518;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:157,88:0.36:245
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chr10	98989454	rs2297987	A	G	1616.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=1.476;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.850;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=15;PP=986;ReadPosRankSum=0.685;SC=AGATGACAGTATATCAATTTT;SOR=0.546;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=87;TCF=63;TCR=24;TR=54;WE=98989462;WS=98989444;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,66:0.65:102
chr10	98995076	rs946981	A	G	755.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.791;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.724;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=28;PP=586;ReadPosRankSum=1.955;SC=TATTAAACTAAAAGAAAACAT;SOR=0.586;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=113;TCF=34;TCR=79;TR=43;WE=98995084;WS=98995066;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:95,43:0.31:138
chr10	99003613	rs793528	A	C	297.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=9;NR=1;PP=235;SC=GACAAGCCTGATTTCTCAGCT;SOR=3.258;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=9;TCR=1;TR=10;WE=99003621;WS=99003603;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr10	99006083	rs13439	G	A	1112.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.162;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.169;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=23;PP=518;ReadPosRankSum=-0.989;SC=ACTCCCGAATGTAAGCAGGAG;SOR=0.590;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=119;TCF=53;TCR=66;TR=43;WE=99006091;WS=99006073;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:129,67:0.34:196
chr10	99019144	rs3740522	C	T	3241.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.243;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=243;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=36;PP=1555;ReadPosRankSum=1.237;SC=CTTTACTCTTCCCGTCAACAC;SOR=0.689;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=149;TCF=89;TCR=60;TR=89;WE=99019152;WS=99019134;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:96,147:0.60:243
chr10	99019177	rs2253301	A	G	7691.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=296;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=103;NR=79;PP=2965;SC=GCCACAGGACATGGGGTGCAA;SOR=0.877;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=183;TCF=103;TCR=80;TR=182;WE=99019185;WS=99019167;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,293:1.00:293
chr10	99024572	rs793524	A	G	602.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=2.109;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.869;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=6;PP=393;ReadPosRankSum=0.137;SC=TAAAATTTCAAGTAGTCTTAC;SOR=0.918;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=75;TCF=53;TCR=22;TR=25;WE=99024580;WS=99024562;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,31:0.32:98
chr10	99025611	rs10882884	T	A	1991.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-5.015;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.421;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=11;PP=1131;ReadPosRankSum=-2.295;SC=CAAACACATCTCCTACCCTTT;SOR=0.199;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=79;TCF=66;TCR=13;TR=59;WE=99025619;WS=99025601;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,82:0.81:101
chr10	99030554	rs793519	C	G	146.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.110;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=8;PP=115;ReadPosRankSum=2.151;SC=TCTGAGCACTCATCTGCAAGA;SOR=0.776;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=38;TCF=9;TCR=29;TR=10;WE=99030562;WS=99030544;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,11:0.22:49
chr10	99079023	rs11189127	G	A	308.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.240;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.154;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=1;PP=209;ReadPosRankSum=-0.043;SC=GAGCCGGCAGGATTCCGGCTC;SOR=1.828;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=18;TCF=15;TCR=3;TR=11;WE=99079031;WS=99079017;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,13:0.59:22
chr10	99094083	rs181573119	C	T	93.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.560;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=0;PP=72;ReadPosRankSum=1.531;SC=GCCTTGTCCGCCGGCACCGCC;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=8;TCR=2;TR=5;WE=99094091;WS=99094073;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,5:0.36:14
chr10	99094436	rs1890966	G	A	319.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.716;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.600;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=11;PP=200;ReadPosRankSum=-0.153;SC=CGCGGAAGCCGGAGCCCGCCA;SOR=1.222;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=42;TCF=17;TCR=25;TR=16;WE=99094444;WS=99094426;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,18:0.37:49
chr10	99117120	rs10882905	G	A	320.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=2.324;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=10;PP=220;ReadPosRankSum=-0.558;SC=GCTTCCACACGGCTCATGTCC;SOR=0.892;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=0;TCR=14;TR=10;WE=99117128;WS=99117110;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,12:0.75:16
chr10	99118929	rs66531566	G	A	338.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.797;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=11;PP=214;ReadPosRankSum=-0.256;SC=CTTCCTCGAGGAGGGACTGTC;SOR=0.542;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=36;TCF=5;TCR=31;TR=13;WE=99118937;WS=99118919;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,15:0.36:42
chr10	99125949	rs2275580	C	T	7219.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=0.648;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=279;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=93;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.257;SC=ACCTTGAAGCCGTGGTCCTTC;SOR=0.951;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=161;TCF=67;TCR=94;TR=159;WE=99125957;WS=99125939;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,276:0.99:278
chr10	99130161	rs149757559	CCCCA	C	5423.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=1.018;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.543;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.607;NF=26;NR=34;PP=2674;ReadPosRankSum=-1.482;SC=GGGTGCTTCCCCCCACCCAGT;SOR=0.744;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=105;TCF=50;TCR=55;TR=60;WE=99130172;WS=99130151;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,137:0.67:206
chr10	99132083	rs6584123	C	T	62.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.595;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.30;ReadPosRankSum=-3.462;SOR=0.287;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,5:0.26:19
chr10	99160965	rs2275091	A	G	10868.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.62;DB;DP=420;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=106;NR=98;PP=2965;SC=AGACACCAGAAGGCAACTTTC;SOR=0.727;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=204;TCF=106;TCR=98;TR=204;WE=99160973;WS=99160955;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,413:1.00:413
chr10	99185690	.	TCCGCCCT	GCCGCCCG,GCCGCCCT	152	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.57;FR=0.5000,0.5000;HP=5;HapScore=3;MGOF=46;MMLQ=24;MQ=52.09;NF=0,0;NR=2,9;PP=66,152;QD=59.7339374311;SC=CCCGCCGCCCTCCGCCCTCCG;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=0;TCR=12;TR=2,9;WE=99185705;WS=99185680;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.17:12
chr10	99205686	rs2297666	A	G	4016.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.257;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=335;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.822;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=61;PP=1939;ReadPosRankSum=-0.906;SC=CCTATCCAGGACTCTGTACGG;SOR=0.586;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=206;TCF=94;TCR=112;TR=117;WE=99205694;WS=99205676;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:145,186:0.56:331
chr10	99215953	rs3818909	G	C	663.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=3.219;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.180;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=18;PP=445;ReadPosRankSum=1.287;SC=ATTTGAACCAGAAAGGCTTGA;SOR=1.022;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=52;TCF=10;TCR=42;TR=21;WE=99215961;WS=99215943;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,28:0.42:66
chr10	99219885	rs2152092	G	A	1178.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.458;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.560;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=20;PP=647;ReadPosRankSum=0.265;SC=TCCGCACTTCGGCATGGCCAG;SOR=0.635;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=114;TCF=69;TCR=45;TR=46;WE=99219893;WS=99219875;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:127,66:0.34:193
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chr10	99225738	rs2236575	T	A	6481.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.500;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=439;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.182;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=87;NR=100;PP=2954;ReadPosRankSum=-1.531;SC=AGACAAAGGTTTACTGTGTGA;SOR=0.736;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=277;TCF=133;TCR=144;TR=187;WE=99225746;WS=99225728;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:138,296:0.68:434
chr10	99226370	rs29001315	A	C	833.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.153;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.398;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=17;PP=415;ReadPosRankSum=0.183;SC=CATGAATCTCATCTTTCTTCC;SOR=0.832;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=77;TCF=35;TCR=42;TR=33;WE=99226378;WS=99226360;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:89,49:0.36:138
chr10	99226747	.	AT	A	34.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.148;ClippingRankSum=0.000;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.24;ReadPosRankSum=-0.274;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,7:0.25:28
chr10	99229489	rs11592973	G	A	773.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-2.072;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=19;PP=383;ReadPosRankSum=1.548;SC=TTCTGCCAAGGAAACCGCTGC;SOR=0.661;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=73;TCF=32;TCR=41;TR=34;WE=99229497;WS=99229479;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,42:0.44:96
chr10	99230330	rs11593116	G	A	109.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-1.958;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=1;PP=35;ReadPosRankSum=0.061;SC=ATAGGTGTGTGCCACTGAATC;SOR=0.446;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=14;TCF=12;TCR=2;TR=5;WE=99230338;WS=99230320;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,6:0.43:14
chr10	99240048	rs7897727	C	T	257.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.247;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=7;PP=161;ReadPosRankSum=0.432;SC=TTTGGAGCCCCGCTCTGTCTC;SOR=0.554;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=28;TCF=12;TCR=16;TR=13;WE=99240056;WS=99240038;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,15:0.35:43
chr10	99240758	rs2275586	G	C	1980.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=25;NR=29;PP=1047;SC=AAGCTGGATTGCTCGTGCCCG;SOR=0.774;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=54;TCF=25;TCR=29;TR=54;WE=99240766;WS=99240748;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr10	99258223	rs3750558	T	G	1088.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.116;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FS=3.400;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.11;ReadPosRankSum=-1.313;SOR=0.966;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:148,65:0.31:213
chr10	99337473	rs10786357	T	C	2115.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=27;NR=18;PP=932;SC=GGAGGATGTCTCTGTGGGGTG;SOR=0.941;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=45;TCF=27;TCR=18;TR=45;WE=99337481;WS=99337463;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr10	99337572	rs7094973	G	A	2114.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=24;NR=22;PP=790;SC=CCGAGGAGACGCACGCCAGAA;SOR=0.742;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=46;TCF=24;TCR=22;TR=46;WE=99337580;WS=99337562;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr10	99349538	rs11540693	G	T	197.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.373;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=2;PP=77;ReadPosRankSum=-0.257;SC=ATCACCCAGCGTGCTCTTAGC;SOR=0.743;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=13;TCF=9;TCR=4;TR=7;WE=99349546;WS=99349532;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,9:0.60:15
chr10	99350017	rs7093840	G	C	1803.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.025;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=308;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.057;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=33;PP=748;ReadPosRankSum=-1.562;SC=CCACTGATGAGGCCACGTGGG;SOR=0.494;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=182;TCF=75;TCR=107;TR=62;WE=99350025;WS=99350007;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:200,103:0.34:303
chr10	99350128	rs7093643	A	G	1039.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.146;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.577;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=23;PP=539;ReadPosRankSum=0.534;SC=CAGGTCACCTAGAGTCCAAGG;SOR=0.787;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=136;TCF=64;TCR=72;TR=43;WE=99350136;WS=99350118;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:133,59:0.31:192
chr10	99358511	rs11817730	A	G	1425.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=3.080;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=281;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.426;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=21;PP=777;ReadPosRankSum=1.173;SC=GGAAGGAGTTAGTCAGCTGTG;SOR=0.970;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=179;TCF=100;TCR=79;TR=55;WE=99358519;WS=99358501;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:194,84:0.30:278
chr10	99359412	rs7078003	C	T	369.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.035;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=5;PP=249;ReadPosRankSum=0.704;SC=CCCTCTCCTGCTTTTCTCTGC;SOR=0.784;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=71;TCF=51;TCR=20;TR=20;WE=99359420;WS=99359402;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,25:0.27:91
chr10	99359739	rs2297644	T	C	3228.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.057;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=480;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.170;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=82;NR=46;PP=1729;ReadPosRankSum=0.748;SC=CTTTGAGCACTGGGCTTTCAT;SOR=0.852;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=335;TCF=206;TCR=129;TR=128;WE=99359747;WS=99359729;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:302,169:0.36:471
chr10	99376092	rs3814555	T	C	677.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.180;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.844;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=12;PP=307;ReadPosRankSum=1.742;SC=ACTTCTCACGTCGCAGCAGCT;SOR=0.513;SbPval=0.25;Source=Platypus;TC=60;TCF=35;TCR=25;TR=23;WE=99376100;WS=99376082;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,37:0.38:98
chr10	99376152	rs3814556	A	G	500.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.832;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.946;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=13;PP=263;ReadPosRankSum=-0.394;SC=GAGAACCATCAGGGAAAGTCA;SOR=1.033;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=60;TCF=26;TCR=34;TR=20;WE=99376160;WS=99376142;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,28:0.35:81
chr10	99376843	rs4919121	A	C	2589.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=0.021;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=17;PP=1678;ReadPosRankSum=-0.802;SC=ACTACTTATTACTCATCTGTG;SOR=1.101;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=77;TCF=60;TCR=17;TR=76;WE=99376851;WS=99376833;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,90:0.99:91
chr10	99393234	rs11189303	G	A	2430.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.64;BaseQRankSum=-0.166;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=428;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.175;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=35;PP=892;ReadPosRankSum=-0.431;SC=CCCACTTGACGCCGCCATCCT;SOR=0.569;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=202;TCF=84;TCR=118;TR=64;WE=99393242;WS=99393224;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:285,141:0.33:426
chr10	99410790	rs7915721	T	C	609.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.491;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=15;PP=286;ReadPosRankSum=-1.569;SC=TGTGCTGTCCTTGCTGCTTTG;SOR=0.728;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=95;TCF=43;TCR=52;TR=27;WE=99410798;WS=99410780;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:93,41:0.31:134
chr10	99416303	rs1889475	T	C	184.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.142;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=7;PP=122;ReadPosRankSum=0.451;SC=CTGTCTTCCTTATTTCTGTCA;SOR=0.963;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=24;TCF=8;TCR=16;TR=10;WE=99416311;WS=99416293;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,10:0.38:26
chr10	99422648	rs7905087	A	G	3733.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.898;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=559;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.531;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=56;PP=1349;ReadPosRankSum=-0.479;SC=TGCTAACTTTATATTTCTGTT;SOR=0.654;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=321;TCF=156;TCR=165;TR=111;WE=99422656;WS=99422638;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:345,212:0.38:557
chr10	99426415	rs3750562	G	A	193.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.710;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=7.219;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.46;ReadPosRankSum=-1.023;SOR=0.076;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,13:0.43:30
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chr10	99437822	rs3750564	A	G	675.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=1.203;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.783;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=17;PP=353;ReadPosRankSum=-0.541;SC=CATCAATAGGAAGAATGGAAT;SOR=0.968;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=64;TCF=26;TCR=38;TR=26;WE=99437830;WS=99437812;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,36:0.40:89
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chr10	100012011	rs10748722	C	T	1955.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=34;NR=14;PP=1007;SC=TCCAGGTGCCCTGGGCTGCTG;SOR=1.512;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=49;TCF=35;TCR=14;TR=48;WE=100012019;WS=100012001;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
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chr10	100015603	rs3763689	G	T	3037.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.544;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.011;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=73;PP=1774;ReadPosRankSum=-2.171;SC=GTTGTGTCCAGCCTGGGCCTG;SOR=0.953;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=151;TCF=35;TCR=116;TR=91;WE=100015611;WS=100015593;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,124:0.66:188
chr10	100022446	rs10736125	A	G	1110.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=27;NR=11;PP=735;SC=AGCCCAGCCCAAGAAGACTGT;SOR=1.721;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=38;TCF=27;TCR=11;TR=38;WE=100022454;WS=100022436;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr10	100022917	rs112780536	A	ATG	926.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.310;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=4.238;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.31;MQRankSum=0.408;QD=31.96;ReadPosRankSum=0.302;SOR=2.753;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,27:0.93:29
chr10	100022937	.	GCA	G	30.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.071;ClippingRankSum=0.000;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.43;MQRankSum=-0.333;QD=2.05;ReadPosRankSum=0.297;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,3:0.20:15
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chr10	100146895	rs2296438	T	C	1080.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=20;NR=12;PP=720;SC=AGAGAGGTCATAGCCAGGAAG;SOR=1.236;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=32;TCF=20;TCR=12;TR=32;WE=100146903;WS=100146885;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
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chr10	100147097	rs4400721	G	A	1962.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.300;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FS=0.583;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.82;ReadPosRankSum=0.661;SOR=0.606;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:68,98:0.59:166
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chr10	100148058	rs4539242	T	C	3819.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=79;NR=36;PP=2196;SC=CAGGCCCAGTTGGGTCGCATG;SOR=1.525;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=116;TCF=80;TCR=36;TR=115;WE=100148066;WS=100148048;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,137:1.00:137
chr10	100148176	rs2147896	A	G	8931.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=346;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=107;NR=104;PP=2965;SC=CGTATAGGGCATGTACTGAGT;SOR=0.711;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=212;TCF=108;TCR=104;TR=211;WE=100148184;WS=100148166;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,345:1.00:345
chr10	100148308	rs2147895	T	G	3093.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.432;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.968;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=63;PP=1821;ReadPosRankSum=-0.725;SC=AGAGCAGCAGTGCGGAGGGTA;SOR=1.598;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=86;TCF=23;TCR=63;TR=85;WE=100148316;WS=100148298;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,112:0.99:113
chr10	100148353	rs2182168	C	G	1287.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-0.083;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=5.836;HP=2;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=31;PP=881;ReadPosRankSum=1.809;SC=CAGTGGAGGCCCTGAGATGAC;SOR=2.170;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=40;TCF=9;TCR=31;TR=39;WE=100148361;WS=100148343;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,45:0.98:46
chr10	100150938	rs17109620	G	A	238.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.064;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.419;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=6;PP=90;ReadPosRankSum=-0.767;SC=CGCTCCCTCCGGAAATCCTCT;SOR=1.112;SbPval=0.92;Source=Platypus;TC=22;TCF=7;TCR=15;TR=7;WE=100150946;WS=100150928;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,13:0.37:35
chr10	100152177	rs41290480	C	T	584.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.106;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.40;ReadPosRankSum=-0.245;SOR=0.621;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:99,34:0.26:133
chr10	100152373	rs6584192	T	G	6423.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=245;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=61;NR=101;PP=2965;SC=GGGAAATCCATGTTAGATCTT;SOR=1.131;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=162;TCF=61;TCR=101;TR=162;WE=100152381;WS=100152363;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,238:1.00:238
chr10	100152560	rs60153449	C	A	407.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-0.646;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.577;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=6;PP=164;ReadPosRankSum=0.628;SC=GACTGCATGACCTTAATCTCT;SOR=0.172;SbPval=0.25;Source=Platypus;TC=43;TCF=30;TCR=13;TR=14;WE=100152568;WS=100152550;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,21:0.41:51
chr10	100155296	rs11189591	T	G	1129.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=7;NR=21;PP=570;SC=GCATGGAGGATGCTGAGACTT;SOR=1.845;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=28;TCF=7;TCR=21;TR=28;WE=100155304;WS=100155286;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr10	100157329	rs61159293	AC	A	3798.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=58;PP=1630;SC=ATGGCCTGTCACCCCCCCACA;SOR=1.463;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=62;TCF=0;TCR=62;TR=58;WE=100157337;WS=100157319;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr10	100157368	rs10786418	C	T	1692.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=35;PP=941;SC=CCTCATTCCCCGCTGTGGCCC;SOR=2.226;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=6;TCR=35;TR=41;WE=100157376;WS=100157358;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr10	100167236	rs10883090	G	C	2023.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.309;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=29.33;ReadPosRankSum=0.409;SOR=0.542;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,49:0.71:69
chr10	100167239	rs10883091	C	T	2052.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.596;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=28.51;ReadPosRankSum=-0.204;SOR=0.601;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,52:0.72:72
chr10	100167276	rs10883092	A	C	2549.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=2.541;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.731;HP=2;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=22;PP=1606;ReadPosRankSum=-1.379;SC=GACCCCCCACACAGGTTGGGA;SOR=0.787;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=120;TCF=89;TCR=31;TR=86;WE=100167284;WS=100167266;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,105:0.71:147
chr10	100167322	rs11189595	C	T	5212.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.239;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=350;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.896;HP=2;HapScore=1;MGOF=31;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=94;NR=63;PP=2480;ReadPosRankSum=1.449;SC=GCAATCGGGCCGGCGGGGGGG;SOR=0.640;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=228;TCF=137;TCR=91;TR=157;WE=100167330;WS=100167312;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:105,233:0.69:338
chr10	100167396	.	G	A	2962	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;FR=0.5000;HP=2;HapScore=1;MGOF=45;MMLQ=24;MQ=59.73;NF=132;NR=122;PP=2962;QD=20;SC=GGTAGGACGCGCGGGAGAACT;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=371;TCF=194;TCR=177;TR=254;WE=100167404;WS=100167386;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:117,254:0.68:371
chr10	100167436	.	T	C	2962	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;FR=0.5000;HP=1;HapScore=1;MGOF=36;MMLQ=24;MQ=59.24;NF=111;NR=91;PP=2962;QD=20;SC=CGATGAAGACTGTCACCAGGG;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=333;TCF=171;TCR=162;TR=202;WE=100167474;WS=100167422;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:131,202:0.61:333
chr10	100167451	.	C	G	2962	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;FR=0.5000;HP=1;HapScore=1;MGOF=36;MMLQ=28;MQ=59.04;NF=99;NR=77;PP=2962;QD=20;SC=CCAGGGGTCACCAGGGATGAG;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=296;TCF=150;TCR=146;TR=176;WE=100167474;WS=100167422;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:120,176:0.59:296
chr10	100167466	.	G	A	2962	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;FR=0.5000;HP=2;HapScore=1;MGOF=36;MMLQ=26;MQ=58.84;NF=90;NR=64;PP=2962;QD=20;SC=GATGAGGACCGTCACCAGGGG;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=270;TCF=139;TCR=131;TR=154;WE=100167474;WS=100167422;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:116,154:0.57:270
chr10	100167501	.	A	AGGGGTCAGCAGGGATGGAGACCGTCACCC	317.94	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.593;ClippingRankSum=-0.000;DP=88;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.17;MQRankSum=0.282;QD=35.33;ReadPosRankSum=-0.967;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,8:0.89:9
chr10	100167530	.	C	A	1083	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;FR=0.5000;HP=4;HapScore=2;MGOF=73;MMLQ=28;MQ=56.8;NF=19;NR=35;PP=1083;QD=20.699466899;SC=GACCGTCACCCGGGGTCAGCA;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=174;TCF=79;TCR=95;TR=54;WE=100167538;WS=100167529;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:120,54:0.31:174
chr10	100167553	.	G	A	1424	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=55;MMLQ=28;MQ=56.6;NF=29;NR=42;PP=1424;QD=20.5460734162;SC=GATGGAGACCGTCACCCGGGG;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=157;TCF=62;TCR=95;TR=71;WE=100167561;WS=100167543;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:86,71:0.45:157
chr10	100167605	.	G	A	2962	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;FR=0.5000;HP=1;HapScore=1;MGOF=28;MMLQ=28;MQ=59.22;NF=77;NR=86;PP=2962;QD=20;SC=AGCAGGGATGGAGACTGTCAC;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=235;TCF=116;TCR=119;TR=163;WE=100167613;WS=100167595;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:72,163:0.69:235
chr10	100167860	rs942810	G	C	3223.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-1.180;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=56;PP=1818;ReadPosRankSum=-0.753;SC=GCCAGTATGGGCCACACCCCA;SOR=0.643;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=80;TCF=23;TCR=57;TR=79;WE=100167868;WS=100167850;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,114:0.99:115
chr10	100167951	rs17109675	T	C	207.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=3.315;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.014;HP=1;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=9;PP=169;ReadPosRankSum=0.703;SC=TCGCCTTTTCTAGATGTCCTC;SOR=1.565;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=29;TCF=5;TCR=24;TR=10;WE=100167959;WS=100167941;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,10:0.30:33
chr10	100170507	rs7896828	A	T	3660.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=1.059;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=74;NR=37;PP=2239;ReadPosRankSum=0.506;SC=TGTGATGTCCACAGCTGGCTG;SOR=1.437;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=114;TCF=75;TCR=39;TR=111;WE=100170515;WS=100170497;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,132:0.99:134
chr10	100170762	rs3814140	C	T	2075.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.069;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.466;HP=6;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=41;PP=1016;ReadPosRankSum=-1.143;SC=GGTCAGCGGGCGGGCAGACAG;SOR=0.552;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=99;TCF=29;TCR=70;TR=58;WE=100170770;WS=100170752;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,91:0.64:142
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chr10	100177957	rs116698870	C	T	3233.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.61;BaseQRankSum=0.970;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=581;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.163;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=51;PP=1158;ReadPosRankSum=-1.779;SC=CCCAGCATGCCGATAGGCACT;SOR=0.814;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=297;TCF=146;TCR=151;TR=94;WE=100177965;WS=100177947;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:388,191:0.33:579
chr10	100179851	rs2296436	T	C	1644.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.296;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=391;ExcessHet=3.0103;FS=3.713;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.27;ReadPosRankSum=-0.107;SOR=0.899;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:277,108:0.28:385
chr10	100182285	rs2296435	T	C	3989.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.422;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=283;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.034;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=60;PP=1899;ReadPosRankSum=1.620;SC=AGGTCTGAGTTAAGGTGCTTA;SOR=0.477;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=172;TCF=77;TCR=95;TR=117;WE=100182293;WS=100182275;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:97,181:0.65:278
chr10	100183570	rs2296434	G	C	1038.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.558;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.376;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=27;PP=613;ReadPosRankSum=0.977;SC=TCCCCTGCTGGGGGCTGTGGT;SOR=0.829;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=101;TCF=42;TCR=59;TR=46;WE=100183578;WS=100183560;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,55:0.40:137
chr10	100183774	rs10883093	A	G	708.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=16;PP=508;SC=GGACCACCCCACTCTTGTACC;SOR=2.124;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=5;TCR=16;TR=21;WE=100183782;WS=100183764;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr10	100184062	rs2296433	CC	AG	3170.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.004;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.645;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=28;PP=1825;ReadPosRankSum=0.192;SC=CTGAGGCCCACCACTCACTCC;SOR=0.796;Source=Platypus;TCF=47;TR=58;WE=100184071;WS=100184052;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,80:0.59:136
chr10	100185250	rs41317034	C	T	263.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.189;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=3;PP=135;ReadPosRankSum=1.515;SC=ACCCTGCTGCCAGCCCTGCCT;SOR=0.755;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=37;TCF=25;TCR=12;TR=12;WE=100185258;WS=100185240;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,15:0.35:43
chr10	100189138	rs1061135	A	G	271.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.670;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=4;PP=96;ReadPosRankSum=0.966;SC=GGTCTTAACAATCCTTGAGTT;SOR=0.754;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=20;TCF=13;TCR=7;TR=10;WE=100189146;WS=100189128;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,14:0.47:30
chr10	100189242	rs34533614	G	A	1499.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.368;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FS=7.106;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.54;ReadPosRankSum=-1.514;SOR=1.287;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:87,43:0.33:130
chr10	100189252	rs1061134	G	A	1626.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.700;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FS=2.260;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.79;ReadPosRankSum=-2.785;SOR=0.916;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:89,49:0.36:138
chr10	100195130	rs11539873	G	A	1498.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=0.751;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=292;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.548;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=24;PP=625;ReadPosRankSum=-0.531;SC=CCTCGCTCTCGGTGTGGTCAC;SOR=0.585;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=150;TCF=83;TCR=67;TR=48;WE=100195138;WS=100195120;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:189,89:0.32:278
chr10	100219314	rs10883099	G	A	3309.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=57;NR=41;PP=1781;SC=ACTGGTAGCCGTGAGTGTGAG;SOR=0.993;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=98;TCF=57;TCR=41;TR=98;WE=100219322;WS=100219304;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
chr10	100219374	rs10883100	T	A	5122.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=69;NR=64;PP=2505;SC=CTTGACCACATAAAAGCCCAT;SOR=0.735;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=133;TCF=69;TCR=64;TR=133;WE=100219382;WS=100219364;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,194:1.00:194
chr10	100219519	rs11189618	G	A	2569.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=23;NR=38;PP=1287;SC=AAAACAGTATGGGACTCATTA;SOR=1.085;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=62;TCF=24;TCR=38;TR=61;WE=100219527;WS=100219509;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr10	100249764	rs184533841	G	A	873.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-1.446;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.425;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=16;PP=483;ReadPosRankSum=-0.586;SC=GTATGGGGTGGGAGCCCCTCA;SOR=0.568;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=107;TCF=66;TCR=41;TR=40;WE=100249772;WS=100249754;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,50:0.37:135
chr10	100250019	rs59184373	GACACACACACAC	GAC,G	1681.73	.	AC=2,0;AF=1.00,0.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5039,0.4961;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;NF=0,0;NR=21,21;PP=1078,15;SC=GAGTAAACATGACACACACAC;SOR=2.242;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=31;TCF=1;TCR=30;TR=21,21;WE=100250038;WS=100250009;set=Intersection	GT:AF:DP	1/1:1.00:43
chr10	100481315	rs147098746	A	AAAAT	316.75	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.69;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=1;PP=216;SC=TCTTAAGACCAAAATAAATAA;SOR=1.609;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=3;TCR=1;TR=4;WE=100481323;WS=100481305;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr10	100991971	.	TACACAC	T,TACAC	1133.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-1.233;ClippingRankSum=0.000;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.21;MQRankSum=0.394;QD=26.99;ReadPosRankSum=0.443;SOR=0.399;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:2,21,19:0.50,0.45:42
chr10	100991978	.	A	G	556.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=2.191;ClippingRankSum=0.000;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=1.328;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.23;MQRankSum=-0.722;QD=12.95;ReadPosRankSum=0.214;SOR=0.458;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,16:0.37:43
chr10	100991981	.	C	T	553.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.488;ClippingRankSum=0.000;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.21;MQRankSum=-0.685;QD=12.04;ReadPosRankSum=0.750;SOR=0.741;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,16:0.35:46
chr10	101090428	rs2862600	T	G	6539.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=97;NR=60;PP=2965;SC=GCACCAAAGTTGTGGAGGAGG;SOR=1.028;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=157;TCF=97;TCR=60;TR=157;WE=101090436;WS=101090418;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,232:1.00:232
chr10	101120787	rs3763792	C	T	1194.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.446;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.905;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=24;PP=620;ReadPosRankSum=0.714;SC=GGGTGGGACCCAGGCACCAAT;SOR=0.525;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=57;TCF=18;TCR=39;TR=36;WE=101120795;WS=101120777;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,54:0.66:82
chr10	101137063	rs3829211	G	A	1851.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=39;PP=1096;SC=CCATTCCTAGGAGGGATGTGT;SOR=1.716;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=54;TCF=15;TCR=39;TR=54;WE=101137071;WS=101137053;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr10	101150256	rs3793931	A	G	442.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=13;PP=324;SC=GGGAGGAGCCATGGACTCCTC;SOR=2.584;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=16;TCF=3;TCR=13;TR=16;WE=101150264;WS=101150246;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr10	101293035	rs41290504	C	A	5284.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=2.080;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=319;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.103;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=104;PP=2962;ReadPosRankSum=1.830;SC=TGCTGGCCGCCGCTGAGGGGA;SOR=0.830;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=235;TCF=93;TCR=142;TR=170;WE=101293043;WS=101293025;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,225:0.71:315
chr10	101372411	rs880568	T	C	464.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.604;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.812;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=16;PP=378;ReadPosRankSum=0.821;SC=GACCAACTCATTGAGGTCCCC;SOR=0.941;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=77;TCF=27;TCR=50;TR=23;WE=101372419;WS=101372401;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,29:0.27:108
chr10	101420283	rs10595744	GCACACA	G,GCA	526.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;QD=35.12;SOR=1.473;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:0,10,5:0.67,0.33:15
chr10	101420291	rs200367050	A	G	300.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.636;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=1.744;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.08;ReadPosRankSum=1.210;SOR=1.402;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,10:0.43:23
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chr10	101420316	.	CAC	GAG	232	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;FR=1.0000;HP=2;HapScore=2;MGOF=47;MMLQ=28;MQ=60.48;NF=1;NR=4;PP=232;QD=57.0935749724;SC=CACACACACACACAGAGATAT;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=10;TCF=3;TCR=7;TR=5;WE=101420326;WS=101420306;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:5,5:0.50:10
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chr10	101439252	rs3740079	G	A	540.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.675;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.832;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=18;PP=302;ReadPosRankSum=-0.053;SC=TTTGTTGTCAGTCTCTTTTAA;SOR=0.859;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=85;TCF=27;TCR=58;TR=26;WE=101439260;WS=101439242;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,32:0.29:111
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chr10	101451259	rs11190245	T	C	235.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.162;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.13;ReadPosRankSum=-0.649;SOR=0.766;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,15:0.33:46
chr10	101462193	rs10748790	C	T	156.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.415;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=1;PP=76;ReadPosRankSum=0.587;SC=TGTGGGAATACGGAGTGGCTT;SOR=0.409;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=18;TCF=16;TCR=2;TR=5;WE=101462201;WS=101462183;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,9:0.35:26
chr10	101473218	rs2231687	A	G	540.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-1.517;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=13;PP=180;ReadPosRankSum=-1.698;SC=TTAAAAGTAAAGTTGAATAAG;SOR=0.646;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=71;TCF=26;TCR=45;TR=20;WE=101473226;WS=101473208;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,33:0.32:103
chr10	101474499	rs11190255	T	C	126.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=3.820;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.843;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=6;PP=109;ReadPosRankSum=1.258;SC=AAGAAGGCAATAGGAAAGGCA;SOR=2.925;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=4;TCR=13;TR=6;WE=101474507;WS=101474489;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,6:0.30:20
chr10	101480549	rs56288771	T	TG	214.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.67;BaseQRankSum=3.399;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.775;HP=4;HapScore=4;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=1;PP=222;ReadPosRankSum=0.636;SC=TGTTCAATATTTTTGTTCAAT;SOR=2.066;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=7;TCF=5;TCR=2;TR=4;WE=101480558;WS=101480539;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,7:0.37:19
chr10	101480550	rs3740077	T	G	223.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.67;BaseQRankSum=3.426;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.722;HP=4;HapScore=4;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=1;PP=218;ReadPosRankSum=1.421;SC=GTTCAATATTTTTGTTCAATT;SOR=2.129;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=11;TCF=8;TCR=3;TR=6;WE=101480558;WS=101480539;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,7:0.33:21
chr10	101480604	rs3832650	C	CAG	1157.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.61;BaseQRankSum=-0.522;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=7;PP=507;ReadPosRankSum=0.239;SC=GAACAGGAAACAGGGTGAAGA;SOR=0.573;SbPval=0.2;Source=Platypus;TC=24;TCF=15;TCR=9;TR=13;WE=101480612;WS=101480594;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,31:0.50:62
chr10	101489216	rs145861614	CAAA	C	442.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.067;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=1.330;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.24;MQRankSum=0.975;QD=11.97;ReadPosRankSum=0.488;SOR=0.963;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,21:0.57:37
chr10	101492241	rs2231675	G	A	473.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=1.995;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=13;PP=317;ReadPosRankSum=0.541;SC=CGTAGTCAGTGGTGATTTCTT;SOR=0.976;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=28;TCF=8;TCR=20;TR=18;WE=101492249;WS=101492231;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,20:0.59:34
chr10	101510104	.	G	GT	105.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.907;ClippingRankSum=0.000;DP=157;ExcessHet=3.0103;FS=0.824;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.71;ReadPosRankSum=0.329;SOR=0.559;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:122,26:0.18:148
chr10	101514219	rs17112219	G	A	336.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=2.217;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.426;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=4;PP=225;ReadPosRankSum=0.973;SC=GTAAGCAGTCGTTACTATTCC;SOR=1.136;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=56;TCF=41;TCR=15;TR=18;WE=101514227;WS=101514209;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,20:0.29:69
chr10	101515316	rs3184991	T	C	108.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.383;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=3.010;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=12.09;ReadPosRankSum=-0.531;SOR=0.160;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,6:0.67:9
chr10	101542578	rs717620	C	T	2413.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.654;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.910;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=31;PP=1027;ReadPosRankSum=1.379;SC=GAAGAGTCTTCGTTCCAGACG;SOR=0.480;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=106;TCF=58;TCR=48;TR=65;WE=101542586;WS=101542568;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,110:0.66:166
chr10	101544447	rs927344	A	T	6665.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-2.114;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=261;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.986;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=99;NR=76;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.327;SC=CCCTTGGGCTACCTATGGCTC;SOR=0.148;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=178;TCF=101;TCR=77;TR=175;WE=101544455;WS=101544437;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,255:0.99:257
chr10	101551902	rs2756108	C	T	447.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=3;PP=313;SC=CTGCATACCGCTTTTCCTATC;SOR=2.584;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=16;TCF=13;TCR=3;TR=16;WE=101551910;WS=101551892;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr10	101553259	rs2804400	C	T	549.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=2.712;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.575;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=1;PP=489;ReadPosRankSum=1.584;SC=CCCCTCAGTCCTCGGTTAGTG;SOR=2.712;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=28;TCF=26;TCR=2;TR=21;WE=101553267;WS=101553249;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,20:0.69:29
chr10	101571528	rs3740074	C	T	161.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-2.178;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=8;PP=121;ReadPosRankSum=0.302;SC=AGCAAAGGTTCTCAGCCCCTT;SOR=1.259;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=26;TCF=2;TCR=24;TR=8;WE=101571536;WS=101571518;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,8:0.31:26
chr10	101576960	rs3740073	T	C	291.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=0.342;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=3;PP=216;ReadPosRankSum=-0.138;SC=CACAGTTATTTAAATTTAAGC;SOR=0.733;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=43;TCF=35;TCR=8;TR=15;WE=101576968;WS=101576950;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,15:0.33:46
chr10	101591944	rs4148396	T	C	205.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=5.363;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.523;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=11;PP=186;ReadPosRankSum=0.000;SC=ATCTTTCTGATAGGGAGGAAT;SOR=2.599;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=43;TCF=5;TCR=38;TR=11;WE=101591952;WS=101591934;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,11:0.21:53
chr10	101595925	rs144192700	C	T	1206.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.303;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=10;PP=477;ReadPosRankSum=-2.169;SC=CTCACTTCAGCGAGACCGTAT;SOR=0.737;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=60;TCF=41;TCR=19;TR=31;WE=101595933;WS=101595915;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,57:0.54:105
chr10	101603781	rs3740067	C	G	475.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=1.646;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.949;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=17;PP=421;ReadPosRankSum=0.352;SC=AGTTTCCTTTCCTCTAACTCA;SOR=3.056;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=24;TCF=1;TCR=23;TR=18;WE=101603789;WS=101603771;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,17:0.68:25
chr10	101604207	rs3740066	C	T	1927.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.275;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=28;PP=736;ReadPosRankSum=-1.273;SC=CTTGTGACATCGGTAGCATGG;SOR=0.676;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=94;TCF=41;TCR=53;TR=49;WE=101604215;WS=101604197;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,92:0.60:154
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chr10	101639877	rs11190305	A	C	3068.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.299;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.631;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=51;PP=1675;ReadPosRankSum=0.005;SC=TTCCTTGGTCACATTCTTTTG;SOR=0.460;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=163;TCF=74;TCR=89;TR=100;WE=101639885;WS=101639867;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:91,138:0.60:229
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chr10	101690379	rs10883428	A	G	4259.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.664;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=278;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.470;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=71;PP=2287;ReadPosRankSum=-0.300;SC=CTGGGATCCAAGTCATTTTCT;SOR=0.648;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=194;TCF=89;TCR=105;TR=130;WE=101690387;WS=101690369;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:89,184:0.67:273
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chr10	101715899	rs2862923	G	A	2483.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=0.932;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.673;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=45;PP=1419;ReadPosRankSum=-1.218;SC=GAAGAAGGTCGGGGTACTGTT;SOR=0.806;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=117;TCF=56;TCR=61;TR=86;WE=101715907;WS=101715889;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,110:0.72:152
chr10	101731631	rs11593499	A	G	315.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.105;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=13;HapScore=3;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=3;PP=165;ReadPosRankSum=0.255;SC=TTTTTTTTTTAAGACAGGGTC;SOR=0.446;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=22;TCF=17;TCR=5;TR=11;WE=101731639;WS=101731621;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,11:0.65:17
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chr10	101825160	rs3829161	C	G	1843.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.304;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.865;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=46;PP=1162;ReadPosRankSum=0.782;SC=CGGTGAAGGGCCAACTGGGGC;SOR=0.971;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=85;TCF=22;TCR=63;TR=61;WE=101825168;WS=101825150;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,75:0.70:107
chr10	101841153	rs10883439	A	G	1010.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=27;NR=4;PP=757;SC=AGCTGTTCAGAACTTACAGGG;SOR=3.193;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=27;TCR=4;TR=31;WE=101841161;WS=101841143;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
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chr10	101977883	rs2230804	C	T	3206.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-3.690;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.040;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=54;PP=1357;ReadPosRankSum=1.522;SC=GGTTCTACTACTAAACTAGAA;SOR=0.342;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=127;TCF=46;TCR=81;TR=88;WE=101977891;WS=101977873;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,146:0.73:201
chr10	101980459	rs986266	A	G	1597.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=38;PP=1132;SC=AATATACTTTAAAGTAACAGA;SOR=2.480;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=48;TCF=10;TCR=38;TR=48;WE=101980467;WS=101980449;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr10	101992923	.	TA	T	73.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.187;ClippingRankSum=0.000;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.17;ReadPosRankSum=1.408;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,12:0.35:34
chr10	101995285	rs12771909	T	A	435.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=1.973;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=6;PP=268;ReadPosRankSum=-2.524;SC=GTCATATATGTAAACATCTGC;SOR=0.796;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=42;TCF=28;TCR=14;TR=19;WE=101995293;WS=101995275;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,21:0.46:46
chr10	102003579	rs35616070	C	G	4254.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.877;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=303;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.914;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=73;PP=2130;ReadPosRankSum=-0.098;SC=CCAAGCACTACAGCATATAAT;SOR=0.617;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=196;TCF=79;TCR=117;TR=123;WE=102003587;WS=102003569;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:111,190:0.63:301
chr10	102006429	rs4919438	T	C	594.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-1.188;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.599;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=3;PP=435;ReadPosRankSum=0.096;SC=TTTCTAAACATCATCATGATT;SOR=0.197;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=31;TCF=28;TCR=3;TR=23;WE=102006437;WS=102006419;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,24:0.75:32
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chr10	102009980	rs7072367	T	C	2763.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.002;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.308;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=28;PP=1264;ReadPosRankSum=1.671;SC=AATATCAACCTTCCACCAAAT;SOR=0.944;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=121;TCF=73;TCR=48;TR=77;WE=102009988;WS=102009970;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,127:0.63:203
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chr10	102048208	rs12782963	G	T	1211.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=1.105;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.815;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=28;PP=827;ReadPosRankSum=2.094;SC=CTCCTCTAAGGCTTCCTCTTC;SOR=0.582;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=73;TCF=33;TCR=40;TR=53;WE=102048216;WS=102048198;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,55:0.62:89
chr10	102048269	rs2305386	G	A	1380.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.044;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.098;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=26;PP=727;ReadPosRankSum=-0.923;SC=ATGGGTGCTAGCAACAAATCT;SOR=1.071;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=56;TCF=23;TCR=33;TR=42;WE=102048277;WS=102048259;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,60:0.73:82
chr10	102048979	rs12765052	G	T	383.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-2.481;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=14;PP=315;ReadPosRankSum=0.898;SC=ATTAGGAGGTGGGGCCTTTGG;SOR=1.022;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=22;TCF=3;TCR=19;TR=16;WE=102048987;WS=102048969;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,15:0.68:22
chr10	102050242	rs6584356	C	A	2186.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.206;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=11.579;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=39;PP=1092;ReadPosRankSum=1.010;SC=CACAATAGATCGGCCTAGTTT;SOR=0.219;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=104;TCF=38;TCR=66;TR=68;WE=102050250;WS=102050232;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,98:0.67:146
chr10	102050344	rs6584357	A	T	657.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.715;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=31.32;ReadPosRankSum=1.264;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,16:0.76:21
chr10	102050347	rs2242053	T	C	657.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.692;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=29.90;ReadPosRankSum=0.854;SOR=1.714;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,17:0.77:22
chr10	102050971	rs5787377	A	AG	718.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=2.111;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.416;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=4;PP=744;ReadPosRankSum=1.244;SC=GAGAGTTTTCAGGTGGGTTTG;SOR=1.516;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=36;TCF=29;TCR=7;TR=21;WE=102050979;WS=102050961;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,25:0.58:43
chr10	102051244	rs35423189	G	T	937.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-0.849;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=25;PP=576;ReadPosRankSum=0.820;SC=CTCAGTTATGGACTTCCTCAC;SOR=0.846;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=48;TCF=12;TCR=36;TR=33;WE=102051252;WS=102051234;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,40:0.70:57
chr10	102052884	rs35662118	C	T	1493.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.511;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=27;PP=808;ReadPosRankSum=0.684;SC=ATCCCTGGCCCCCAGCCCCAC;SOR=0.630;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=90;TCF=43;TCR=47;TR=53;WE=102052892;WS=102052874;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,68:0.59:115
chr10	102054615	.	G	A	745.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=2.336;ClippingRankSum=0.000;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.321;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=16;PP=519;ReadPosRankSum=0.000;SC=AGACACGCACGTACCCATCTT;SOR=1.071;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=38;TCF=15;TCR=23;TR=25;WE=102054623;WS=102054606;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,29:0.69:42
chr10	102056970	rs2278841	A	G	2004.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.307;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FS=1.759;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=21.33;ReadPosRankSum=1.422;SOR=0.986;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:43,51:0.54:94
chr10	102056970	.	AGG	GGT	1912	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;FR=0.5000;HP=5;HapScore=1;MGOF=12;MMLQ=28;MQ=60.0;NF=11;NR=29;PP=1912;QD=49.1366968716;SC=ACCAGCCTATAGGGGGAGGGG;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=67;TCF=20;TCR=47;TR=40;WE=102056980;WS=102056960;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:27,40:0.60:67
chr10	102056972	rs2278840	G	T	2004.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.243;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FS=1.730;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=21.56;ReadPosRankSum=0.798;SOR=0.896;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,52:0.56:93
chr10	102057005	rs2278839	G	A	932.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.525;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.070;HP=2;HapScore=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=24;ReadPosRankSum=0.197;SC=TGGAGCCTTCGCTGGGACGGC;SOR=0.972;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=49;TCF=17;TCR=32;TR=36;WE=102057013;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,36:0.61:59
chr10	102088906	rs3829159	C	T	3832.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=63;NR=42;PP=1834;SC=AATGTTTATACATATAGTGCA;SOR=1.052;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=106;TCF=63;TCR=43;TR=105;WE=102088914;WS=102088896;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,147:1.00:147
chr10	102104521	rs735877	C	T	567.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.352;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.73;ReadPosRankSum=0.364;SOR=0.674;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:83,37:0.31:120
chr10	102107251	rs1054411	C	G	2777.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.63;BaseQRankSum=-0.844;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.548;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=24;PP=961;ReadPosRankSum=-0.059;SC=TCCCGGCATCCGAGAGCCAAG;SOR=0.748;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=93;TCF=59;TCR=34;TR=65;WE=102107259;WS=102107241;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,133:0.66:201
chr10	102116208	rs111712956	ATCCCC	A	4600.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-1.120;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.178;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=2.022;NF=31;NR=33;PP=2954;ReadPosRankSum=2.197;SC=AAGACAGCCCATCCCCTCCCA;SOR=0.826;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=109;TCF=53;TCR=56;TR=64;WE=102116220;WS=102116186;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,118:0.60:196
chr10	102116311	rs2234970	A	C	3601.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.457;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=298;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.532;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=1.703;NF=61;NR=62;PP=2194;ReadPosRankSum=-0.612;SC=TGGCTTGCTGATGATGTGCTT;SOR=0.606;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=199;TCF=101;TCR=98;TR=123;WE=102116319;WS=102116301;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:130,164:0.56:294
chr10	102259706	rs2273696	T	G	279.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-0.442;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.322;HP=5;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=6;PP=170;ReadPosRankSum=-0.517;SC=AACCTAGAAATAATTAATGTG;SOR=0.374;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=43;TCF=30;TCR=13;TR=16;WE=102259714;WS=102259696;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,16:0.36:44
chr10	102265056	rs140191147	AAC	A	199.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.63;BaseQRankSum=-0.654;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.832;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=4;PP=143;ReadPosRankSum=0.119;SC=AGGCTTCACAAACACACACAC;SOR=0.550;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=24;TCF=8;TCR=16;TR=7;WE=102265067;WS=102265046;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,13:0.24:54
chr10	102286653	rs200488528	A	AAACT	345.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.956;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=1.375;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.06;ReadPosRankSum=-0.814;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,12:0.24:49
chr10	102286656	.	G	GTAACTTTAGCTC	386.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.468;ClippingRankSum=0.000;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=1.362;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.44;ReadPosRankSum=0.033;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:40,12:0.23:52
chr10	102295645	.	G	GT	424.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.864;ClippingRankSum=0.000;DP=257;ExcessHet=3.0103;FS=2.221;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.08;MQRankSum=2.522;QD=1.91;ReadPosRankSum=-0.279;SOR=0.752;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:166,56:0.25:222
chr10	102295836	rs2295778	C	G	2087.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.194;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=334;ExcessHet=3.0103;FS=0.415;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.31;ReadPosRankSum=0.663;SOR=0.721;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:213,118:0.36:331
chr10	102506070	rs4472867	G	C	11650.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=1.032;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=465;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=113;NR=156;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.178;SC=CGTGAGTACCGGCGCCCGGCT;SOR=0.937;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=271;TCF=114;TCR=157;TR=269;WE=102506078;WS=102506060;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,454:0.99:458
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chr10	102568983	rs1800898	A	C	2132.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.215;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=346;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.408;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=37;PP=766;ReadPosRankSum=0.376;SC=AGACATACCCAGTTGTGACTG;SOR=0.667;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=209;TCF=95;TCR=114;TR=71;WE=102568991;WS=102568973;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:217,122:0.36:339
chr10	102584597	rs11190717	G	A	2544.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.050;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=411;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=48;PP=1413;ReadPosRankSum=1.045;SC=AGGCTGGGGTGGGGGGAGACA;SOR=0.699;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=261;TCF=125;TCR=136;TR=95;WE=102584605;WS=102584586;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:267,136:0.34:403
chr10	102676996	rs41291454	C	T	646.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.186;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=17;PP=358;ReadPosRankSum=-0.567;SC=AAATATAAACCAAGGCAGGAA;SOR=0.917;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=35;TCF=9;TCR=26;TR=23;WE=102677004;WS=102676986;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,29:0.63:46
chr10	102678212	rs144515302	T	G	892.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.261;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.395;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=18;PP=426;ReadPosRankSum=-1.685;SC=GAATCAAAATTAAATTTATGG;SOR=0.370;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=45;TCF=14;TCR=31;TR=27;WE=102678220;WS=102678202;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,41:0.66:62
chr10	102716129	rs140616237	G	C	356.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.405;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=4;PP=198;ReadPosRankSum=-0.568;SC=AAATGATTTAGTTGTTCTAGC;SOR=0.551;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=22;TCF=16;TCR=6;TR=13;WE=102716137;WS=102716119;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,17:0.57:30
chr10	102766409	rs183305963	C	T	698.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.730;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=14;PP=324;ReadPosRankSum=0.279;SC=TACAGGAGGCCGCCCGAGCTC;SOR=0.749;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=41;TCF=20;TCR=21;TR=28;WE=102766417;WS=102766399;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,35:0.61:57
chr10	102770082	rs807023	T	G	3540.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=0.815;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=269;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.457;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=46;PP=1362;ReadPosRankSum=0.212;SC=GCCACTGGGGTTCTTCATGGC;SOR=0.736;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=143;TCF=70;TCR=73;TR=88;WE=102770090;WS=102770072;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:103,163:0.61:266
chr10	102770293	rs200896335	T	TGCTGCG	1994.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.257;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.977;HP=1;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=2.383;NF=4;NR=11;PP=1081;ReadPosRankSum=2.308;SC=TGACCCCGGCTGCTGCGGCTG;SOR=0.633;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=28;TCF=6;TCR=22;TR=15;WE=102770301;WS=102770283;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,50:0.69:72
chr10	102770327	rs807022	A	G	1030.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.66;BaseQRankSum=-0.696;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=44;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.653;NF=13;NR=12;PP=529;ReadPosRankSum=0.749;SC=GGCTGCGGCTACGGCTCTGAG;SOR=0.735;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=37;TCF=18;TCR=19;TR=25;WE=102770335;WS=102770317;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,47:0.72:65
chr10	102775349	rs34125357	CT	C	4119.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.66;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=22;PP=1286;SC=GGCTGGGTGACTGAAGGACCG;SOR=0.712;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=8;TCR=22;TR=30;WE=102775357;WS=102775339;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr10	102777151	.	C	CT	40.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.720;ClippingRankSum=-0.000;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=3.13;ReadPosRankSum=-1.298;SOR=0.283;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,5:0.38:13
chr10	102777461	rs10786615	T	C	704.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=13;PP=333;SC=GAGGATCGCTTGAGCGTGGGA;SOR=0.997;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=23;TCF=9;TCR=14;TR=22;WE=102777469;WS=102777451;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr10	102777768	rs11190793	C	G	1349.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.256;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.796;NF=31;NR=21;PP=833;ReadPosRankSum=-0.428;SC=GCTGGTAAGACGCGGTGTGGG;SOR=0.658;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=74;TCF=46;TCR=28;TR=52;WE=102777776;WS=102777758;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,60:0.62:96
chr10	102780265	rs7075659	G	A	477.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.832;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.331;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=4;PP=232;ReadPosRankSum=-1.158;SC=AAAATGCTGGGATTACAGGTG;SOR=0.404;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=30;TCF=24;TCR=6;TR=15;WE=102780273;WS=102780255;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,22:0.51:43
chr10	102780312	rs7075685	G	T	1009.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.907;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.791;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=13;PP=472;ReadPosRankSum=-0.247;SC=TCTTCAGAGAGCCGGGCCCCA;SOR=0.815;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=66;TCF=41;TCR=25;TR=36;WE=102780320;WS=102780302;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,50:0.54:92
chr10	102780354	rs77484072	TG	T	2722.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.685;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.920;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.282;NF=17;NR=22;PP=1335;ReadPosRankSum=-0.107;SC=CCTCCAACCTTGGGAGATCTG;SOR=0.860;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=70;TCF=26;TCR=44;TR=39;WE=102780362;WS=102780344;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,93:0.55:168
chr10	102783678	rs6584410	T	C	8023.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-2.223;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=309;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=103;NR=74;PP=2965;ReadPosRankSum=0.295;SC=CTGGGGGTTCTGCTTACCTGC;SOR=0.309;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=178;TCF=104;TCR=74;TR=177;WE=102783686;WS=102783668;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,302:1.00:303
chr10	102792295	rs807014	G	A	2380.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=33;NR=28;PP=1068;SC=CAGAGAAGGAGGCCTGCCTTG;SOR=0.829;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=61;TCF=33;TCR=28;TR=61;WE=102792303;WS=102792285;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr10	102798401	rs149861682	G	A	2494.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.321;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=314;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.019;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=31;PP=1118;ReadPosRankSum=-1.482;SC=TCTCCACAGCGCCGCCCCTGG;SOR=0.904;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=173;TCF=93;TCR=80;TR=76;WE=102798409;WS=102798391;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:179,131:0.42:310
chr10	102893840	rs12415670	G	A	3825.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-2.221;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=269;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.187;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=87;NR=37;PP=2177;ReadPosRankSum=0.849;SC=TTGGGCCTGGGACGCTTCCTG;SOR=0.512;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=185;TCF=135;TCR=50;TR=124;WE=102893848;WS=102893830;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,165:0.65:252
chr10	102997581	rs678741	G	A	1636.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=33;NR=17;PP=1021;SC=GCCTGTGTTGGGACCTAAGGA;SOR=1.355;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=50;TCF=33;TCR=17;TR=50;WE=102997589;WS=102997571;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr10	103221870	rs5787432	CAGG	C	3909.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=6;NR=32;PP=1864;SC=AAACAAAAGACAGGAGGAAAC;SOR=0.693;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=43;TCF=6;TCR=37;TR=38;WE=103221880;WS=103221860;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr10	103281634	rs6584429	C	G	2565.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=14;NR=38;PP=1098;SC=CCAGGTATGTCTACAAGTGTT;SOR=1.641;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=52;TCF=14;TCR=38;TR=52;WE=103281642;WS=103281624;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr10	103281676	rs6584430	G	A	1333.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=4;NR=22;PP=648;SC=GATGATAAGAGAACTAGATCT;SOR=2.621;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=27;TCF=4;TCR=23;TR=26;WE=103281684;WS=103281666;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr10	103290938	rs11816753	T	A	400.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.458;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=1.585;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.82;ReadPosRankSum=-0.999;SOR=1.140;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,18:0.62:29
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chr10	103340144	rs3730476	A	G	1924.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-2.164;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=32;PP=776;ReadPosRankSum=1.065;SC=ACAGCAGCCCAGAGTTAAAGG;SOR=0.649;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=110;TCF=52;TCR=58;TR=61;WE=103340152;WS=103340134;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,96:0.55:173
chr10	103340179	rs3730475	A	G	1445.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.590;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.687;HP=3;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=29;PP=736;ReadPosRankSum=1.861;SC=TGGACCTGGGAAAGAGAGCGG;SOR=0.608;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=87;TCF=33;TCR=54;TR=47;WE=103340187;WS=103340169;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,68:0.56:122
chr10	103340235	rs3730474	T	C	716.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=1.388;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.308;HP=1;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=21;PP=517;ReadPosRankSum=-2.122;SC=CCCACAGCAGTACAAGGGCCT;SOR=0.448;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=44;TCF=11;TCR=33;TR=29;WE=103340243;WS=103340225;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,30:0.60:50
chr10	103343533	rs3730465	A	G	618.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.877;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=17;PP=405;ReadPosRankSum=0.346;SC=GCAGATGCTGACATAAAAGCC;SOR=0.877;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=37;TCF=9;TCR=28;TR=23;WE=103343541;WS=103343523;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,27:0.56:48
chr10	103345940	rs3730462	CTGTTG	C	526.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-0.458;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=13;PP=645;ReadPosRankSum=-0.274;SC=CAGATGACTACTGTTGTAACT;SOR=1.402;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=0;TCR=20;TR=13;WE=103345952;WS=103345930;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,14:0.64:22
chr10	103354554	rs7911520	A	G	2111.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.492;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=51;PP=1264;ReadPosRankSum=0.130;SC=CATAAGCACAATGAACACTCC;SOR=0.709;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=104;TCF=27;TCR=77;TR=70;WE=103354562;WS=103354544;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,89:0.67:132
chr10	103361088	rs7874	C	T	1731.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.016;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.630;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=27;PP=629;ReadPosRankSum=3.356;SC=GAACAACCAACAAGAAGTGAG;SOR=0.763;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=84;TCF=39;TCR=45;TR=48;WE=103361096;WS=103361078;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,86:0.61:142
chr10	103368654	rs7006	T	C	10361.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.867;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=405;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=144;NR=107;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.146;SC=GATGACGCCTTGCTGAGCTTT;SOR=0.914;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=258;TCF=146;TCR=112;TR=251;WE=103368662;WS=103368644;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,398:0.99:402
chr10	103454402	rs61382490	A	T	2880.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.61;BaseQRankSum=0.343;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=34;PP=1044;ReadPosRankSum=-1.007;SC=CGCCATGGCCACCCCTGTCCC;SOR=0.700;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=104;TCF=50;TCR=54;TR=63;WE=103454410;WS=103454392;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,132:0.64:206
chr10	103542959	rs935445	CC	GG	5164.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.307;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=599;ExcessHet=3.0103;FS=2.016;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.67;ReadPosRankSum=-0.252;SOR=0.850;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:440,156:0.26:596
chr10	103573222	rs11191118	C	T	327.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.286;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.710;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=2;PP=88;ReadPosRankSum=0.562;SC=CAAAATGCACCTGGGCTATTC;SOR=1.199;SbPval=0.93;Source=Platypus;TC=37;TCF=23;TCR=14;TR=10;WE=103573230;WS=103573212;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,20:0.33:61
chr10	103577629	rs35402016	C	T	523.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-2.590;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.953;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=4;PP=275;ReadPosRankSum=0.878;SC=GCAGCCCCGGCCACCGCCGCT;SOR=0.314;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=22;TCF=18;TCR=4;TR=16;WE=103577637;WS=103577619;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,23:0.77:30
chr10	103717493	rs376923161	T	TA	527.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.551;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=2.609;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.51;ReadPosRankSum=0.655;SOR=0.323;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,40:0.65:62
chr10	103793181	.	C	CT	62.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.983;ClippingRankSum=0.000;DP=96;ExcessHet=3.0103;FS=4.523;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.85;ReadPosRankSum=0.009;SOR=1.395;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:60,14:0.19:74
chr10	103825929	rs36078476	T	G	5904.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.417;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=392;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.827;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=79;NR=78;PP=2501;ReadPosRankSum=0.420;SC=GCCCCACGGCTTGGTCTCTCC;SOR=0.637;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=237;TCF=121;TCR=116;TR=157;WE=103825937;WS=103825919;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:120,269:0.69:389
chr10	103870247	rs56892378	C	A	1257.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.032;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.346;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=9;PP=558;ReadPosRankSum=1.671;SC=GAATCAAACCCAGGTGCCATG;SOR=1.200;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=55;TCF=38;TCR=17;TR=36;WE=103870255;WS=103870237;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,58:0.68:85
chr10	103904763	rs11357964	TC	T	3950.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.525;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.24;ReadPosRankSum=2.267;SOR=0.615;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:3,160:0.98:163
chr10	103909510	rs190800763	A	C	415.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=0.560;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.579;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=1;PP=264;ReadPosRankSum=-0.058;SC=AAAAAGACCCAAGGGGTGGGA;SOR=1.136;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=25;TCF=21;TCR=4;TR=13;WE=103909518;WS=103909500;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,19:0.58:33
chr10	103920475	rs1049455	T	C	4882.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.768;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=326;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.428;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=74;PP=2287;ReadPosRankSum=-1.907;SC=AGCAGCTCTATCTCTGCCTGC;SOR=0.786;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=202;TCF=94;TCR=108;TR=140;WE=103920483;WS=103920465;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:101,220:0.69:321
chr10	103991381	rs2281983	G	A	1989.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.091;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.477;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=26;PP=1014;ReadPosRankSum=-0.507;SC=TCCACACGGCGATCTCCTCGC;SOR=0.480;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=97;TCF=60;TCR=37;TR=65;WE=103991389;WS=103991371;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,89:0.69:129
chr10	104110843	.	C	CA	42.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.923;ClippingRankSum=-0.000;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=5.021;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=2.85;ReadPosRankSum=0.674;SOR=0.557;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,7:0.47:15
chr10	104111540	rs144741702	T	TACC	2152.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.421;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FS=0.615;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.71;ReadPosRankSum=-2.481;SOR=0.620;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:101,56:0.36:157
chr10	104128954	rs7902882	T	A	4177.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=66;NR=40;PP=1974;SC=GTCTGTTCTCTTCCTCTTTTC;SOR=1.074;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=107;TCF=66;TCR=41;TR=106;WE=104128962;WS=104128944;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,158:1.00:158
chr10	104135450	rs77733074	C	T	889.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-0.989;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=21;PP=503;ReadPosRankSum=-1.659;SC=TTAAACAGCCCTGGCTCCTGC;SOR=0.622;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=42;TCF=12;TCR=30;TR=30;WE=104135458;WS=104135440;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,38:0.79:48
chr10	104136469	rs2180707	T	C	6961.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=279;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=85;NR=100;PP=2965;SC=TGTCCTTCATTGTGCGTGATG;SOR=0.829;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=187;TCF=86;TCR=101;TR=185;WE=104136477;WS=104136459;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,265:1.00:265
chr10	104140355	rs112809254	C	T	6959.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.533;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=473;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.168;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=87;NR=128;PP=2962;ReadPosRankSum=1.315;SC=GAGGCGGCCCCTCGGCCCTCT;SOR=0.804;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=321;TCF=134;TCR=187;TR=215;WE=104140363;WS=104140345;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:162,309:0.66:471
chr10	104140962	rs372369241	C	T	2415.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.781;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=36;PP=1018;ReadPosRankSum=0.502;SC=GACACTAGGACACCTGGCCAT;SOR=0.669;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=135;TCF=69;TCR=66;TR=74;WE=104140970;WS=104140952;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:94,117:0.55:211
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chr10	104157727	rs4919632	C	T	152.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=2.104;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=4;PP=123;ReadPosRankSum=1.472;SC=AATCCATATCCCACTCCATAG;SOR=0.821;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=35;TCF=21;TCR=14;TR=10;WE=104157735;WS=104157717;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,12:0.21:58
chr10	104158972	rs11331332	CA	C	54.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.622;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.13;MQRankSum=0.000;QD=0.68;ReadPosRankSum=0.474;SOR=0.671;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:59,21:0.26:80
chr10	104159196	rs4919633	A	G	2885.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=41;NR=22;PP=1289;SC=CCGCGGAGCCAAGCGCCCCCT;SOR=1.069;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=63;TCF=41;TCR=22;TR=63;WE=104159204;WS=104159186;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr10	104160434	rs4919634	A	G	3030.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=33;NR=39;PP=1325;SC=TACACCTGGCAGTCCGAGCCC;SOR=0.800;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=72;TCF=33;TCR=39;TR=72;WE=104160442;WS=104160424;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr10	104161796	rs11574853	T	A	8600.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=1.305;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=661;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.532;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=100;NR=116;PP=2962;ReadPosRankSum=0.599;SC=CATTCCTCTGTCTTCTCAGCT;SOR=0.729;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=364;TCF=178;TCR=186;TR=216;WE=104161804;WS=104161786;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:265,393:0.60:658
chr10	104161967	rs7077329	T	C	14867.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=581;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=165;NR=174;PP=2965;SC=GCCGGAGGCCTGAGGCTTTGA;SOR=0.751;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=339;TCF=165;TCR=174;TR=339;WE=104161975;WS=104161957;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,566:1.00:566
chr10	104163489	rs7068416	G	A	2297.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=43;NR=29;PP=1285;SC=TGAGGCTTAGGTTAAGCAACC;SOR=1.090;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=72;TCF=43;TCR=29;TR=72;WE=104163497;WS=104163479;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr10	104164852	rs113136188	C	T	2016.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=0.631;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=369;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.364;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=41;PP=1172;ReadPosRankSum=3.067;SC=CAAATGCAGCCTGGCCCAGCC;SOR=0.599;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=222;TCF=120;TCR=102;TR=79;WE=104164860;WS=104164842;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:247,115:0.32:362
chr10	104174895	rs2282295	G	A	2072.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=3.711;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=445;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=44;PP=1201;ReadPosRankSum=-0.646;SC=CTGTCTCGGAGTACTTGGCTG;SOR=0.736;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=281;TCF=134;TCR=147;TR=84;WE=104174903;WS=104174885;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:319,125:0.28:444
chr10	104181006	rs111522958	G	C	2903.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.841;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.571;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=49;PP=1755;ReadPosRankSum=0.270;SC=CCGGGGCTGGGTCTGGGGGCC;SOR=0.759;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=145;TCF=67;TCR=78;TR=90;WE=104181014;WS=104180996;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,117:0.65:181
chr10	104196465	rs2224374	T	C	359.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=8;PP=258;SC=TAACTTTGACTCGGGCTACTC;SOR=1.981;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=2;TCR=8;TR=10;WE=104196473;WS=104196455;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr10	104210735	rs2281878	C	A	301.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.083;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=4.103;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.80;ReadPosRankSum=-1.471;SOR=1.345;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,19:0.37:52
chr10	104211800	.	ATTT	A	79.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.748;ClippingRankSum=-0.000;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=7.25;ReadPosRankSum=0.355;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,6:0.55:11
chr10	104211822	.	G	T	82.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.736;ClippingRankSum=-0.000;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=6.37;ReadPosRankSum=0.433;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,6:0.46:13
chr10	104214080	.	C	CT	53.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.151;ClippingRankSum=0.000;DP=176;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.41;ReadPosRankSum=0.540;SOR=0.678;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:110,22:0.17:132
chr10	104229057	rs35597970	C	CA	934.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=20;PP=905;SC=CCCACCCAGTCAGAGGCCTGG;SOR=5.136;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=23;TCF=0;TCR=23;TR=20;WE=104229065;WS=104229047;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr10	104229785	rs41306870	C	T	8483.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.426;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=325;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=117;NR=85;PP=2965;ReadPosRankSum=1.551;SC=TCAATGACCCCCTCTTCGGTT;SOR=0.335;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=206;TCF=119;TCR=87;TR=202;WE=104229793;WS=104229775;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,317:1.00:318
chr10	104230012	rs3808937	C	T	1566.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=41;PP=1195;SC=TGGCCTTGGACGTACACTTGC;SOR=3.442;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=47;TCF=6;TCR=41;TR=47;WE=104230020;WS=104230002;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr10	104230930	rs68007409	TTCGGTGCTGGG	T	3972.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=36;PP=2938;SC=TAAGTCTGATTTCGGTGCTGG;SOR=1.636;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=46;TCF=8;TCR=38;TR=42;WE=104230948;WS=104230920;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr10	104231054	rs11191295	A	G	2629.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=36;NR=38;PP=1310;SC=AGCTGCTTGTAGGCAGTGAGG;SOR=0.775;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=74;TCF=36;TCR=38;TR=74;WE=104231062;WS=104231044;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr10	104231234	rs913028	T	C	496.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=13;PP=275;SC=GCTGGGAACTTGGCCACGCAT;SOR=1.721;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=18;TCF=5;TCR=13;TR=18;WE=104231242;WS=104231224;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr10	104231651	rs7081110	A	G	924.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=3;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=12;NR=5;PP=325;SC=TTCCCTCCCTATGTGATCTTA;SOR=1.508;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=17;TCF=12;TCR=5;TR=17;WE=104231670;WS=104231641;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr10	104231662	rs7081467	G	C	1048.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=3;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=6;PP=311;SC=TGTGATCTTAGGCAGGTCTCA;SOR=1.101;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=18;TCF=12;TCR=6;TR=18;WE=104231670;WS=104231641;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr10	104232716	rs3740415	G	A	11133.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.065;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=433;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=101;NR=162;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.099;SC=GGGTGAGTGTGGACCTTGGGT;SOR=1.049;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=268;TCF=105;TCR=163;TR=263;WE=104232724;WS=104232706;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,416:0.99:420
chr10	104232809	rs3740414	T	G	2614.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=19;NR=55;PP=1821;SC=GGTCTCCATTTCCCGACCCAG;SOR=2.022;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=74;TCF=19;TCR=55;TR=74;WE=104232817;WS=104232799;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr10	104235799	rs35640162	G	GT	1168.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.50;QD=24.87;SOR=1.378;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr10	104241683	rs2296580	G	T	1402.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=18;NR=16;PP=652;SC=AGAACTTCAAGTCAATTCTCA;SOR=0.808;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=34;TCF=18;TCR=16;TR=34;WE=104241691;WS=104241673;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr10	104250278	rs17709610	A	G	3508.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-1.862;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=45;PP=1618;ReadPosRankSum=1.634;SC=ATGAGCCTCCAAAACGTCTAA;SOR=0.247;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=88;TCF=41;TCR=47;TR=86;WE=104250286;WS=104250268;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,136:0.99:137
chr10	104264107	rs2274351	C	T	9035.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-0.252;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=364;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=93;NR=128;PP=2965;ReadPosRankSum=2.602;SC=CTCTGGGCCGCGGGGAGACGG;SOR=0.519;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=226;TCF=95;TCR=131;TR=221;WE=104264115;WS=104264097;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,356:0.99:359
chr10	104269217	rs2281880	G	A	750.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=18;PP=517;SC=GGTGGTCCTCGTTAACACCTG;SOR=3.098;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=3;TCR=18;TR=21;WE=104269225;WS=104269207;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr10	104356822	rs10786690	A	G	1928.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=44;NR=19;PP=1209;SC=CTGTAAGAGCAGTGGCTGAAA;SOR=1.609;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=63;TCF=44;TCR=19;TR=63;WE=104356830;WS=104356812;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr10	104387019	rs12414407	T	C	3701.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.674;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=52;PP=1880;ReadPosRankSum=-0.826;SC=GTTTGACTTTTCCTGACAACA;SOR=0.842;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=100;TCF=47;TCR=53;TR=98;WE=104387027;WS=104387009;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,142:0.99:144
chr10	104389932	rs4917980	T	G	4348.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=33;NR=65;PP=1987;SC=GGCCCTGCAGTGGCCAGCAGG;SOR=1.236;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=98;TCF=33;TCR=65;TR=98;WE=104389940;WS=104389922;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,162:1.00:162
chr10	104404335	rs4146426	A	T	1106.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-0.404;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.687;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=18;PP=615;ReadPosRankSum=-0.361;SC=GGGGCTGGGGAGTCGGGGAGG;SOR=0.600;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=104;TCF=65;TCR=39;TR=46;WE=104404343;WS=104404325;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,55:0.44:124
chr10	104414709	rs2286748	C	A	914.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=21;NR=9;PP=642;SC=GCAGGTCAGACCTTGCCCTTG;SOR=1.609;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=21;TCR=9;TR=30;WE=104414717;WS=104414699;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr10	104415720	rs4274160	T	C	1887.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=51;NR=8;PP=1505;SC=TGGCCACCCCTACCCCTGCCA;SOR=3.370;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=59;TCF=51;TCR=8;TR=59;WE=104415728;WS=104415719;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr10	104449586	rs71019603	C	CA	53.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.522;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.07;ReadPosRankSum=0.116;SOR=0.922;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,7:0.27:26
chr10	104459079	rs59504153	TAA	T	1929.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=14;NR=13;PP=1099;SC=TCCATGTTTCTAACACATGGC;SOR=1.364;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=27;TCF=14;TCR=13;TR=27;WE=104459088;WS=104459069;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr10	104473813	rs2248684	C	A	2509.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=54;NR=22;PP=1560;SC=GCCTCGGACCCGCTGCAAGCC;SOR=1.662;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=76;TCF=54;TCR=22;TR=76;WE=104473821;WS=104473803;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr10	104474107	rs2248679	G	A	4407.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=32;NR=72;PP=2149;SC=CTGCGGCGCCGCCCCCGACGT;SOR=1.324;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=105;TCF=32;TCR=73;TR=104;WE=104474115;WS=104474097;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,163:1.00:163
chr10	104487072	rs2244518	G	T	401.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=11;PP=278;SC=TTTAACCCTCGCAACAACCCT;SOR=2.985;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=12;TCF=1;TCR=11;TR=12;WE=104487080;WS=104487062;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr10	104491702	rs3802676	G	A	1997.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.334;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=26;PP=1242;ReadPosRankSum=-1.075;SC=GTTCAGAACAGGCCCCTTCTC;SOR=0.326;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=59;TCF=33;TCR=26;TR=58;WE=104491710;WS=104491692;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,72:0.99:73
chr10	104572276	rs284861	A	G	2887.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=58;NR=18;PP=1857;SC=CAATGCAAATATTCAGTGGGA;SOR=2.019;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=76;TCF=58;TCR=18;TR=76;WE=104572284;WS=104572266;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr10	104572963	rs284860	T	C	5645.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=60;NR=64;PP=2513;SC=CCTCTGTCAGTCCTCTGAGGA;SOR=0.732;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=124;TCF=60;TCR=64;TR=124;WE=104572971;WS=104572953;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,210:1.00:210
chr10	104633032	.	T	TTTA	488.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.728;ClippingRankSum=0.000;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.617;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.255;NF=0;NR=9;PP=617;ReadPosRankSum=-0.245;SC=GCCCATTTTCTTTATTATTAT;SOR=0.350;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=39;TCF=2;TCR=37;TR=9;WE=104633040;WS=104633022;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,14:0.41:34
chr10	104638421	rs3740391	A	C	355.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=3.699;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.697;HP=6;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=5;PP=403;ReadPosRankSum=0.283;SC=GTAACCCCCCAAAAATTTTGA;SOR=0.399;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=29;TCF=22;TCR=7;TR=18;WE=104638429;WS=104638416;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,18:0.62:29
chr10	104687266	rs143934882	C	T	212.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.657;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=4.490;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.73;ReadPosRankSum=1.146;SOR=0.257;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,16:0.28:57
chr10	104860395	rs2863727	T	G	1401.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=30;NR=13;PP=799;SC=AAATCTTGCCTGGCCTGGGAA;SOR=1.609;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=43;TCF=30;TCR=13;TR=43;WE=104860403;WS=104860385;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr10	105039579	rs1163086	A	G	563.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=0.466;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=7;PP=380;ReadPosRankSum=0.056;SC=TATCATTCAAATAAGTACTTC;SOR=0.941;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=36;TCF=25;TCR=11;TR=24;WE=105039587;WS=105039569;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,24:0.67:36
chr10	105046689	rs3740381	G	C	334.89	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.027;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5341;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=1;PP=111;ReadPosRankSum=-1.213;SC=AAGTTCATTAGATGATTTTAA;SOR=1.473;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=9;TCF=7;TCR=2;TR=7;WE=105046697;WS=105046679;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,15:0.88:17
chr10	105063897	rs34732054	C	CT	63.86	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.068;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=9.12;ReadPosRankSum=-0.366;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,6:0.86:7
chr10	105108455	rs4917387	T	C	105.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.054;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.424;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=1;PP=83;ReadPosRankSum=-0.723;SC=ACAATTGTAATTTATATATTC;SOR=2.179;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=10;TCF=9;TCR=1;TR=7;WE=105108463;WS=105108445;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,6:0.55:11
chr10	105108810	.	CT	C	40.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.257;ClippingRankSum=0.000;DP=149;ExcessHet=3.0103;FS=2.194;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.35;ReadPosRankSum=0.630;SOR=0.389;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:92,23:0.20:115
chr10	105110740	rs113359610	A	AGGAGGC	3283.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.61;BaseQRankSum=-0.301;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.129;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.012;NF=7;NR=20;PP=1657;ReadPosRankSum=0.926;SC=GCGGGGAGACAGGAGGCGGAG;SOR=0.978;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=53;TCF=12;TCR=41;TR=27;WE=105110748;WS=105110730;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,77:0.63:123
chr10	105127708	rs10883858	G	A	280.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-1.237;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.574;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=0;PP=225;ReadPosRankSum=0.159;SC=TGGCGAAAATGCAATCACGCT;SOR=3.967;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=14;TCR=1;TR=11;WE=105127716;WS=105127698;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,11:0.65:17
chr10	105128134	rs10883859	T	G	1375.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.298;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FS=43.437;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.66;ReadPosRankSum=1.388;SOR=0.206;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:58,71:0.55:129
chr10	105133368	.	C	CAT	424.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.965;ClippingRankSum=0.000;DP=110;ExcessHet=3.0103;FS=4.048;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.18;ReadPosRankSum=1.137;SOR=1.380;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:61,21:0.26:82
chr10	105144986	rs7069667	A	G	907.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=16;NR=3;PP=449;SC=ATAGTCAAATATATATAAAAT;SOR=2.019;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=19;TCF=16;TCR=3;TR=19;WE=105144994;WS=105144976;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
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chr10	105165615	rs7919031	G	A	1549.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=35;NR=15;PP=1032;SC=TGTGGCTTAAGGTTTAATGTG;SOR=1.651;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=50;TCF=35;TCR=15;TR=50;WE=105165623;WS=105165605;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr10	105173702	rs41287494	C	A	2442.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.120;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.187;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=36;PP=1252;ReadPosRankSum=0.438;SC=GGCTTATCCTCAATCACTTGG;SOR=0.576;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=137;TCF=78;TCR=59;TR=84;WE=105173710;WS=105173692;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,115:0.62:185
chr10	105176179	rs7894407	T	C	788.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.170;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.687;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=10;PP=389;ReadPosRankSum=1.330;SC=GTTTAAGAGGTTGCAGAGACC;SOR=0.519;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=84;TCF=58;TCR=26;TR=29;WE=105176187;WS=105176169;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,41:0.39:106
chr10	105179214	rs3740382	C	T	146.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.624;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=2;PP=83;ReadPosRankSum=2.460;SC=CAGTTCTGTCCTTCTCTGTGG;SOR=0.631;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=13;TCF=9;TCR=4;TR=7;WE=105179222;WS=105179204;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,8:0.42:19
chr10	105191755	rs80307802	C	CAA	584.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=1.437;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.447;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=0;PP=564;ReadPosRankSum=0.376;SC=AGGAGAGAAACGGCCTTGGAG;SOR=1.646;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=23;TCF=21;TCR=2;TR=14;WE=105191763;WS=105191745;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,15:0.56:27
chr10	105194086	rs2986014	C	T	3298.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.787;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.159;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=66;PP=1802;ReadPosRankSum=-1.353;SC=CTCCAAGACCCTCTTATGTCT;SOR=0.793;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=154;TCF=59;TCR=95;TR=106;WE=105194094;WS=105194076;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,144:0.69:210
chr10	105201565	rs2281861	G	A	1976.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.321;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=3;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=9;PP=1795;ReadPosRankSum=-0.831;SC=TTTCTTTAGCGCCTCTGTGTT;SOR=0.765;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=66;TCF=52;TCR=14;TR=40;WE=105201585;WS=105201555;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,51:0.59:86
chr10	105201577	rs2281860	C	T	2339.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.359;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.791;HP=1;HapScore=3;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=11;PP=1795;ReadPosRankSum=-1.077;SC=CTCTGTGTTCCTCCAGGAGAA;SOR=0.954;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=79;TCF=61;TCR=18;TR=50;WE=105201585;WS=105201555;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,65:0.62:105
chr10	105204454	rs942900	T	C	694.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-0.043;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=21;PP=366;ReadPosRankSum=0.153;SC=GTGGGGCAGCTGGCCAAGGCC;SOR=0.754;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=53;TCF=18;TCR=35;TR=31;WE=105204462;WS=105204444;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,36:0.53:68
chr10	105205302	rs7831	A	C	1377.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.461;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=30;PP=741;ReadPosRankSum=0.054;SC=GTGCTAGAGGACTAGTGGCAG;SOR=0.781;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=61;TCF=19;TCR=42;TR=42;WE=105205310;WS=105205292;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,59:0.75:79
chr10	105206874	rs6580	T	C	1590.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.563;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=18;PP=998;ReadPosRankSum=-1.513;SC=TGGGACCAAGTAGTGCCATTT;SOR=0.793;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=75;TCF=49;TCR=26;TR=51;WE=105206882;WS=105206864;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,68:0.69:99
chr10	105214932	rs729211	T	C	413.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-1.079;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.029;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=1;PP=148;ReadPosRankSum=-1.385;SC=TGCCCAGCACTGAAACCCTTC;SOR=0.865;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=34;TCF=29;TCR=5;TR=12;WE=105214940;WS=105214922;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,23:0.35:66
chr10	105215016	rs2986016	A	G	3330.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.038;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=26;PP=1712;ReadPosRankSum=-1.033;SC=AGCTGGCCACACCTCACACTT;SOR=1.384;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=88;TCF=62;TCR=26;TR=88;WE=105215024;WS=105215006;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,129:0.98:131
chr10	105218252	rs2986017	A	G	15079.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.715;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=483;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=31.95;ReadPosRankSum=-0.350;SOR=0.409;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:3,469:0.99:472
chr10	105218252	.	AGC	GGC,GGT	2631	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.55;FR=0.5000,0.5000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=152,46;NR=144,53;PP=2631,1282;QD=20;SC=CCGGCGGCCCAGCGGCCGCTT;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=298;TCF=152;TCR=146;TR=296,99;WE=105218262;WS=105218242;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.99:298
chr10	105218254	rs4918016	C	T	2716.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.277;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=479;ExcessHet=3.0103;FS=1.868;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.79;ReadPosRankSum=0.296;SOR=0.722;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:316,153:0.33:469
chr10	105218359	rs2986018	T	C	10131.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.758;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=394;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=109;NR=147;PP=2965;ReadPosRankSum=0.427;SC=CGCTGTAGGCTGCATTGTAGC;SOR=0.318;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=257;TCF=110;TCR=147;TR=256;WE=105218367;WS=105218349;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,387:1.00:388
chr10	105233110	rs2986035	C	T	7716.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.093;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=294;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=103;NR=81;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.285;SC=AGGAGGCGGTCCACCTGCTCC;SOR=0.842;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=187;TCF=105;TCR=82;TR=184;WE=105233118;WS=105233100;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,286:0.99:290
chr10	105254090	rs2986041	G	T	4048.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=78;NR=46;PP=2216;SC=GCACCTCAGCGCCTGCCCGGC;SOR=1.324;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=126;TCF=78;TCR=48;TR=124;WE=105254098;WS=105254080;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,147:1.00:147
chr10	105330947	rs12253987	T	A	187.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.319;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=14.291;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=12;PP=217;ReadPosRankSum=0.829;SC=CTCTGGACTCTGCCCCTCAGC;SOR=2.694;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=36;TCF=8;TCR=28;TR=12;WE=105330955;WS=105330937;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,18:0.28:64
chr10	105344756	rs2236209	T	C	3051.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.432;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.682;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=34;PP=1324;ReadPosRankSum=0.654;SC=CCGACCTGCCTTTCAGCCCTG;SOR=0.562;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=130;TCF=72;TCR=58;TR=74;WE=105344764;WS=105344746;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,136:0.61:222
chr10	105349161	rs2236210	G	A	2616.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-3.204;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.434;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=20;PP=1312;ReadPosRankSum=0.197;SC=TCTTGGCCCTGTGGCTGGGCT;SOR=0.438;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=115;TCF=87;TCR=28;TR=78;WE=105349169;WS=105349151;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,114:0.71:161
chr10	105361816	rs4918031	T	G	7165.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=269;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=76;NR=90;PP=2965;SC=GGGACACGGGTATGCTGTTGC;SOR=0.803;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=166;TCF=76;TCR=90;TR=166;WE=105361824;WS=105361806;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,266:1.00:266
chr10	105362104	rs11191741	G	A	2018.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=2.316;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=322;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.865;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=33;PP=977;ReadPosRankSum=0.346;SC=AGGTCTTGCCGAAGCCCCCGG;SOR=0.552;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=186;TCF=102;TCR=84;TR=64;WE=105362112;WS=105362094;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:211,109:0.34:320
chr10	105362209	rs4917396	T	C	11700.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=431;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=161;NR=116;PP=2965;SC=GGCTGTCTGATTTGCCTTCGT;SOR=0.962;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=277;TCF=161;TCR=116;TR=277;WE=105362217;WS=105362199;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,425:1.00:425
chr10	105365386	rs7088714	A	G	836.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=21;NR=7;PP=515;SC=AGTTTAGGCCATGGCACTGGC;SOR=1.911;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=30;TCF=23;TCR=7;TR=28;WE=105365394;WS=105365376;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr10	105428453	rs10533306	CAG	C	16598.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=473;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=31;NR=139;PP=2982;SC=AGAGGAGAACCAGAGAGAGAG;SOR=0.874;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=187;TCF=32;TCR=155;TR=170;WE=105428462;WS=105428443;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,419:1.00:419
chr10	105614884	rs4918064	A	G	4258.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=111;NR=16;PP=2678;SC=TGGGAGGGGCAAGGGGCCATC;SOR=3.378;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=127;TCF=111;TCR=16;TR=127;WE=105614892;WS=105614874;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,156:1.00:156
chr10	105615105	rs10883929	G	C	11210.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=439;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=107;NR=163;PP=2965;SC=TCCAGCTGCCGGGGTCCCGGG;SOR=1.039;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=270;TCF=107;TCR=163;TR=270;WE=105615113;WS=105615095;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,433:1.00:433
chr10	105657316	rs10786775	G	C	302.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=0.921;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.257;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=3;PP=189;ReadPosRankSum=-1.283;SC=TTGGTCGGAGGAGGCACTGTG;SOR=1.358;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=44;TCF=31;TCR=13;TR=14;WE=105657324;WS=105657306;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,17:0.28:60
chr10	105657363	rs11191853	C	G	473.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.378;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.067;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=11;PP=171;ReadPosRankSum=-1.561;SC=GCAAAGACTCCACCATTTCCA;SOR=0.475;SbPval=0.22;Source=Platypus;TC=76;TCF=44;TCR=32;TR=20;WE=105657371;WS=105657353;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,33:0.27:121
chr10	105658588	rs2902639	G	C	415.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.161;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=6;PP=272;ReadPosRankSum=0.398;SC=AGCTGCTTCAGTTTTCTGCCG;SOR=0.826;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=42;TCF=28;TCR=14;TR=18;WE=105658596;WS=105658578;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,22:0.35:62
chr10	105659826	rs2487999	T	C	630.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.584;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.926;HP=3;HapScore=2;MGOF=33;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=12;PP=362;ReadPosRankSum=1.805;SC=TTACAGTAAGTGGTGGCATGA;SOR=0.636;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=53;TCF=30;TCR=23;TR=23;WE=105659834;WS=105659816;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,34:0.40:86
chr10	105727656	rs67597452	AAG	A	3300.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=47;PP=2248;SC=TGTACAAGGTAAGAGGGGGAA;SOR=2.012;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=48;TCF=1;TCR=47;TR=48;WE=105727665;WS=105727646;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr10	105768158	rs805664	A	T	1563.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-2.670;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=59;PP=1187;ReadPosRankSum=0.034;SC=CTTTTTTTTTAAAAAAATTGT;SOR=0.880;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=76;TCF=14;TCR=62;TR=73;WE=105768166;WS=105768147;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,71:0.97:73
chr10	105781532	rs10883961	C	T	4530.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=48;NR=46;PP=1723;SC=TGTGTGTACTCGTCCGTCTAC;SOR=0.716;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=94;TCF=48;TCR=46;TR=94;WE=105781540;WS=105781522;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,176:1.00:176
chr10	105792205	rs813943	A	C	2397.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=1.148;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=45;PP=1532;ReadPosRankSum=1.125;SC=GCCCCATTTCAACACCAGCTT;SOR=1.339;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=71;TCF=26;TCR=45;TR=71;WE=105792213;WS=105792195;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,81:0.98:83
chr10	105793173	rs1747675	T	G	1195.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=30;PP=886;SC=AGCAGGGATCTCCCAGTACCC;SOR=2.891;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=37;TCF=6;TCR=31;TR=36;WE=105793181;WS=105793163;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr10	105796399	rs2274098	G	C	1937.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-0.262;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=5.039;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=44;PP=1326;ReadPosRankSum=-1.527;SC=CCCTGGAGAGGAGAGGATGCA;SOR=1.660;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=62;TCF=17;TCR=45;TR=60;WE=105796409;WS=105796389;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,66:0.99:67
chr10	105796449	rs2476957	A	G	904.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=30;PP=832;SC=CGCAGCCATGATCCAGCCACA;SOR=4.479;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=32;TCF=2;TCR=30;TR=32;WE=105796457;WS=105796439;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr10	105796738	rs805714	A	C	173.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=2;PP=141;SC=CAAGGTTTGCATGACGAGTGA;SOR=0.941;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=5;TCF=3;TCR=2;TR=5;WE=105796746;WS=105796728;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr10	105796819	rs2476958	A	G	1123.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=22;NR=7;PP=676;SC=GCACAGCCAGAATGTCTTCAG;SOR=1.788;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=22;TCR=7;TR=29;WE=105796827;WS=105796809;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr10	105797045	rs34553613	A	AT,ATT	440.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;QD=22.04;SOR=1.402;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:0,9,11:0.45,0.55:20
chr10	105797378	rs2282437	G	A	1661.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=34;NR=14;PP=870;SC=GGTGCAGGGCGTGGGGAAGGG;SOR=1.681;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=48;TCF=34;TCR=14;TR=48;WE=105797386;WS=105797368;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr10	105797693	rs61382109	TA	T	769.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=0;NR=19;PP=771;SC=GTCCTTCCCCTAAATTACAGA;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=0;TCR=19;TR=19;WE=105797701;WS=105797683;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr10	105797989	.	TACACACACACACACACACACAC	T,TAC	1105.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;ClippingRankSum=0.000;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=5.371;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=62.72;MQRankSum=0.711;QD=35.67;SOR=1.914;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:1,6,24:0.19,0.77:31
chr10	105798872	rs2274100	T	C	3549.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=36;NR=58;PP=1692;SC=CTGGAACACCTGGATCACCTG;SOR=1.066;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=94;TCF=36;TCR=58;TR=94;WE=105798880;WS=105798862;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,136:1.00:136
chr10	105799216	rs2296219	G	T	1589.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-1.908;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=17;PP=972;ReadPosRankSum=0.489;SC=TGTCACCTTTGGGTCCCTGGG;SOR=0.646;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=55;TCF=38;TCR=17;TR=54;WE=105799224;WS=105799206;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,59:0.98:60
chr10	105799550	rs376820281	ACACG	A	92.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=2.103;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FS=1.388;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.86;MQRankSum=0.514;QD=1.82;ReadPosRankSum=0.025;SOR=0.821;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:42,9:0.18:51
chr10	105799552	rs67083195	ACG	A	728.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-3.087;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.488;HP=2;HapScore=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.415;NF=17;NR=19;PP=1160;ReadPosRankSum=0.263;SC=ACACACACACACGCACACGCA;SOR=0.881;Source=Platypus;TR=36;WS=105799540;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,32:0.65:49
chr10	105799599	rs11191905	C	A	4063.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=63;NR=47;PP=2438;SC=TCAACCATTCCTAGAGAAACA;SOR=0.912;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=110;TCF=63;TCR=47;TR=110;WE=105799607;WS=105799589;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,149:1.00:149
chr10	105800321	rs12763538	C	T	946.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=61.07;QD=22.54;SOR=1.900;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr10	105800348	rs139480552	ATGGATGGATAGG	A	500.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=1;NR=35;PP=2993;SC=GGATGGATGGATGGATGGATA;SOR=0.818;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=41;TCF=1;TCR=40;TR=36;WE=105800367;WS=105800338;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr10	105801253	rs4918079	G	A	4916.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=43;NR=72;PP=2136;SC=CTGGTGGCCCGCGTGGGCCGG;SOR=1.081;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=117;TCF=43;TCR=74;TR=115;WE=105801261;WS=105801243;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,192:1.00:192
chr10	105803080	rs2147269	A	G	388.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=11;NR=1;PP=273;SC=GTGAAGTAGGATAACTGATCT;SOR=2.985;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=12;TCF=11;TCR=1;TR=12;WE=105803088;WS=105803070;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr10	105805310	rs805719	G	A	561.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=29.57;SOR=3.611;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr10	105805436	rs805720	G	A	2870.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=47;NR=38;PP=1555;SC=TGGCCAGAGAGAGGCCTCCTC;SOR=0.827;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=86;TCF=48;TCR=38;TR=85;WE=105805444;WS=105805426;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr10	105805497	rs813944	C	T	723.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.077;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=14;PP=326;ReadPosRankSum=-0.155;SC=AAAGAAATCTCATTTGGAAAT;SOR=0.648;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=101;TCF=54;TCR=47;TR=29;WE=105805505;WS=105805487;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:111,45:0.29:156
chr10	105806310	rs805721	C	A	669.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=1.015;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.224;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=6;PP=418;ReadPosRankSum=-1.310;SC=CATTTCTACTCGAATGGTGTT;SOR=1.402;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=33;TCF=23;TCR=10;TR=23;WE=105806318;WS=105806300;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,28:0.70:40
chr10	105809671	rs10883963	T	C	517.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-3.559;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.844;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=2;PP=424;ReadPosRankSum=-1.162;SC=TCTGGATACCTCCTTATCCTC;SOR=0.223;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=27;TCF=25;TCR=2;TR=18;WE=105809679;WS=105809661;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,19:0.63:30
chr10	105809727	rs34422866	A	G	634.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.685;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=6;PP=374;ReadPosRankSum=0.078;SC=CTAGATCACAAGTTCCCTGAA;SOR=0.648;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=54;TCF=40;TCR=14;TR=22;WE=105809735;WS=105809717;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,30:0.39:76
chr10	105810400	rs805722	T	C	515.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.666;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=4;PP=143;ReadPosRankSum=-0.027;SC=GGTGGTCCCATTGGTCCTTTG;SOR=0.580;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=35;TCF=22;TCR=13;TR=10;WE=105810408;WS=105810390;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,27:0.40:68
chr10	105810879	rs805723	C	A	220.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=4.547;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=11.339;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=10;PP=184;ReadPosRankSum=1.793;SC=AACACATTGTCGAGTCTTGGC;SOR=3.325;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=32;TCF=7;TCR=25;TR=10;WE=105810887;WS=105810869;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,10:0.30:33
chr10	105812690	rs2274101	G	C	1479.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.486;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.900;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=10;PP=822;ReadPosRankSum=-0.127;SC=ATGAAGGAAGGGGGGAGAAAC;SOR=1.338;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=78;TCF=58;TCR=20;TR=46;WE=105812698;WS=105812680;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,60:0.62:96
chr10	105813001	rs11191909	C	T	680.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-3.495;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=22;PP=487;ReadPosRankSum=-0.889;SC=TCCCTGGCCTCCCTGCTTGCT;SOR=0.674;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=40;TCF=3;TCR=37;TR=24;WE=105813009;WS=105812991;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,26:0.60:43
chr10	105814826	rs805691	C	A	989.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.513;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.611;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=18;PP=397;ReadPosRankSum=-0.352;SC=CCATACTCTGCCTTGTATTTT;SOR=0.707;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=119;TCF=57;TCR=62;TR=39;WE=105814834;WS=105814816;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:143,63:0.31:206
chr10	105814937	rs805692	C	T	402.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.253;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.917;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=9;ReadPosRankSum=0.380;SC=CATTGCTGGGCTTCTCTTAGA;SOR=0.882;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=79;TCF=45;TCR=34;TR=23;WE=105814945;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,24:0.27:90
chr10	105815116	rs17821926	A	G	2168.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-1.008;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=309;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.847;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=36;PP=776;ReadPosRankSum=0.087;SC=ACAAGGTTCAATCCATGGCAA;SOR=0.671;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=179;TCF=83;TCR=96;TR=65;WE=105815124;WS=105815106;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:188,119:0.39:307
chr10	105815202	.	T	TCTCA	409.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.095;ClippingRankSum=0.000;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.72;ReadPosRankSum=3.731;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:42,19:0.31:61
chr10	105815241	rs1747677	A	C	360.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.214;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=21.22;ReadPosRankSum=-1.656;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,9:0.53:17
chr10	105816685	rs805696	T	C	340.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=0;PP=197;SC=GCAGTGGGGCTGGCCTGCCTC;SOR=2.670;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=8;TCR=0;TR=8;WE=105816693;WS=105816675;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr10	105816916	rs805698	C	T	5778.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=60;NR=62;PP=2069;SC=CCACTGCTGCCGTAGCTGTGG;SOR=0.720;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=125;TCF=61;TCR=64;TR=122;WE=105816924;WS=105816906;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,221:1.00:221
chr10	105817043	rs805699	C	T	1206.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=31;PP=808;SC=TGGGGGCTTTCAAGTTCCTGT;SOR=2.584;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=36;TCF=5;TCR=31;TR=36;WE=105817051;WS=105817033;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr10	105817891	rs11191910	G	A	995.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.774;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.772;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=15;PP=418;ReadPosRankSum=-0.016;SC=CAGGGTTCGCGGTTCTCACCC;SOR=0.796;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=61;TCF=34;TCR=27;TR=34;WE=105817899;WS=105817881;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,50:0.54:93
chr10	105819956	rs805701	G	A	1185.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-1.725;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=17;PP=453;ReadPosRankSum=-0.259;SC=TCTCCTTCTTGGCAGGTGTGT;SOR=0.689;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=120;TCF=68;TCR=52;TR=39;WE=105819964;WS=105819946;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:140,71:0.34:211
chr10	105821136	rs805704	A	T	2379.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=25;NR=21;PP=1012;SC=ACCAGCCTGAACCCTGGCAGC;SOR=0.812;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=46;TCF=25;TCR=21;TR=46;WE=105821144;WS=105821126;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr10	105821294	rs805705	A	G	1609.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=15;NR=26;PP=799;SC=GAGAAGCCTGATCAGCCCTGG;SOR=1.160;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=41;TCF=15;TCR=26;TR=41;WE=105821302;WS=105821284;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr10	105821836	rs805706	C	T	1378.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-0.215;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=8;PP=887;ReadPosRankSum=-0.619;SC=ACAGCCTTCCCTGTGTGCTTG;SOR=1.179;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=41;TCF=33;TCR=8;TR=40;WE=105821844;WS=105821826;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,50:0.98:51
chr10	105824333	rs805708	G	A	960.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.243;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=14;PP=372;ReadPosRankSum=0.206;SC=ATCCAGGATCGTTGCATCGTA;SOR=0.704;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=97;TCF=56;TCR=41;TR=33;WE=105824341;WS=105824323;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,52:0.39:135
chr10	105831714	rs141284620	GCA	G	107.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.407;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=3.282;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.66;ReadPosRankSum=-0.963;SOR=1.508;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:55,10:0.15:65
chr10	105837000	rs2274106	A	G	925.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=20;NR=3;PP=579;SC=GCTGCCCAATAGCTGTGTGTT;SOR=2.376;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=23;TCF=20;TCR=3;TR=23;WE=105837008;WS=105836990;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr10	105883395	rs1338777	A	C	447.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.261;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=3.091;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.10;ReadPosRankSum=-0.514;SOR=0.293;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,22:0.59:37
chr10	105885525	.	C	CT	162.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.222;ClippingRankSum=0.000;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=3.229;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.78;ReadPosRankSum=-1.244;SOR=0.252;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,16:0.37:43
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chr10	105938913	rs200538630	CAGAG	C,CAG	1833.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.212;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FS=3.736;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.12;MQRankSum=0.280;QD=30.06;ReadPosRankSum=-0.767;SOR=0.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:1,33,27:0.54,0.44:61
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chr10	105942304	rs569856	T	C	1148.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=3.390;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=31;PP=854;ReadPosRankSum=0.633;SC=ACAGAGGCTATAAAAATCATA;SOR=0.723;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=59;TCF=11;TCR=48;TR=39;WE=105942312;WS=105942294;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,43:0.66:65
chr10	105942337	rs569967	G	C	694.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=1.646;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=18;PP=434;ReadPosRankSum=-1.307;SC=ACATTTAGCTGTATTATTTTC;SOR=0.871;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=32;TCF=7;TCR=25;TR=23;WE=105942345;WS=105942327;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,27:0.75:36
chr10	105945985	rs479879	A	C	780.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=3.545;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5002;FS=4.267;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=25;PP=625;ReadPosRankSum=-0.492;SC=TGTAAATAAAATGATATGGCA;SOR=2.765;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=31;TCF=1;TCR=30;TR=25;WE=105945993;WS=105945975;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,27:0.79:34
chr10	105956776	rs584309	A	G	790.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-1.284;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.161;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=17;PP=414;ReadPosRankSum=1.122;SC=CCAGTGTGCCAATGATTTAGT;SOR=0.460;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=50;TCF=19;TCR=31;TR=30;WE=105956784;WS=105956766;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,38:0.61:62
chr10	105957561	rs678292	G	A	283.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-3.169;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=1;PP=182;ReadPosRankSum=-1.402;SC=TCTGCCTCCTGTTCGCATTGC;SOR=2.049;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=15;TCF=14;TCR=1;TR=11;WE=105957569;WS=105957551;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,12:0.75:16
chr10	105957613	rs677904	G	A	805.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.106;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.19;ReadPosRankSum=-0.442;SOR=0.846;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,36:0.86:42
chr10	105967624	rs11191948	C	T	2802.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.828;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.463;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=60;PP=1446;ReadPosRankSum=0.378;SC=AAAACAATCACGGCTAAAAGC;SOR=0.530;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=146;TCF=48;TCR=98;TR=93;WE=105967632;WS=105967614;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,131:0.61:216
chr10	105973981	rs584082	C	G	3696.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=2.036;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=279;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.463;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=71;NR=45;PP=2090;ReadPosRankSum=0.210;SC=CAAACAAAGACCACCATGTTG;SOR=0.735;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=178;TCF=109;TCR=69;TR=116;WE=105973989;WS=105973971;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:102,165:0.62:267
chr10	105978690	rs606697	A	T	439.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.350;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.66;ReadPosRankSum=-1.717;SOR=0.986;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,21:0.70:30
chr10	105991884	rs789577	T	G	2711.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=44;NR=25;PP=1304;SC=AGGAGGGGACTTGGGGCAGGA;SOR=1.094;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=69;TCF=44;TCR=25;TR=69;WE=105991892;WS=105991874;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr10	106014764	rs144343542	CCGG	C	3102.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=2.218;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.554;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=50;PP=2713;ReadPosRankSum=-0.520;SC=TCGGCGACCCCCGGCGGCATG;SOR=1.188;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=69;TCF=15;TCR=54;TR=63;WE=106014774;WS=106014753;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,100:0.97:103
chr10	106022789	rs4925	C	A	1984.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.664;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=28;PP=918;ReadPosRankSum=2.675;SC=GAAGACTATGCTGGCCTAAAA;SOR=0.824;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=53;TCF=25;TCR=28;TR=53;WE=106022797;WS=106022779;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,79:0.98:81
chr10	106028154	rs45596840	G	A	15217.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.885;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=350;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=43.73;ReadPosRankSum=-0.187;SOR=0.867;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,346:0.99:348
chr10	106028157	rs641071	G	T	15111.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-3.229;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=344;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=44.19;ReadPosRankSum=-0.054;SOR=0.898;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,340:0.99:342
chr10	106034491	rs2297235	A	G	298.78	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.292;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5005;FS=5.304;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=0;PP=176;ReadPosRankSum=-1.013;SC=CCCAGGTTAAATTACCCTAGC;SOR=3.442;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=9;TCR=1;TR=8;WE=106034499;WS=106034481;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,11:0.85:13
chr10	106037894	rs157077	T	C	515.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=2.223;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=16;PP=357;ReadPosRankSum=0.523;SC=ATTTAAAAAGTCACTCACACT;SOR=0.551;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=0;TCR=22;TR=16;WE=106037902;WS=106037884;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,19:0.76:25
chr10	106039185	rs156697	A	G	1369.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=2.209;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.679;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=25;PP=758;ReadPosRankSum=1.437;SC=AGAATGCACTAATCTGAAGGC;SOR=0.913;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=71;TCF=31;TCR=40;TR=44;WE=106039193;WS=106039175;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,62:0.63:99
chr10	106039303	rs276203	A	G	407.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-0.921;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=11;PP=228;ReadPosRankSum=-0.026;SC=TGGTCACTCTAACACCAGCTT;SOR=0.473;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=26;TCF=6;TCR=20;TR=15;WE=106039311;WS=106039293;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,18:0.64:28
chr10	106116433	rs111813538	A	AT	178.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=1.575;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5167;FS=2.141;HP=11;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=1;PP=124;ReadPosRankSum=-2.092;SC=TTTTTCTGAGATTTTTTTTTT;SOR=1.685;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=13;TCF=12;TCR=1;TR=9;WE=106116441;WS=106116423;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,12:0.57:21
chr10	106159305	rs10509772	G	A	296.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.019;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=9;PP=172;ReadPosRankSum=0.474;SC=AACAGACACGGGTATTTAATT;SOR=0.532;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=29;TCF=9;TCR=20;TR=14;WE=106159313;WS=106159295;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,16:0.43:37
chr10	106160731	rs41317250	T	C	198.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.403;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.828;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=4;PP=43;ReadPosRankSum=-1.365;SC=CACTTCGTAGTCATGCTTGTT;SOR=0.250;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=18;TCF=5;TCR=13;TR=5;WE=106160739;WS=106160721;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,11:0.44:25
chr10	106163753	rs7087640	T	C	143.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.028;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.447;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=4;PP=56;ReadPosRankSum=0.566;SC=AAATTGAGTTTTCTCAGAACC;SOR=0.132;SbPval=0.26;Source=Platypus;TC=12;TCF=2;TCR=10;TR=6;WE=106163761;WS=106163743;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,8:0.50:16
chr10	106582029	rs1490182	C	T	348.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=9;PP=217;SC=GAAGGACTGCCGTGTCCCTTT;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=9;WE=106582037;WS=106582019;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr10	106602496	rs5787553	C	CT	830.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.748;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=14;PP=460;ReadPosRankSum=0.647;SC=AGTAAGCTTCCTTTTTTCCCT;SOR=0.660;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=82;TCF=31;TCR=51;TR=21;WE=106602504;WS=106602486;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:108,52:0.32:160
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chr10	106907440	rs791125	C	T	1638.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.762;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.460;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=18;PP=725;ReadPosRankSum=-2.960;SC=GGAACCAGAACGACACGTACA;SOR=0.874;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=68;TCF=38;TCR=30;TR=43;WE=106907448;WS=106907430;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,76:0.61:125
chr10	106907586	rs791126	C	G	1169.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.227;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.813;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=24;PP=531;ReadPosRankSum=-1.116;SC=TCCCTTGGGTCTGTCTCTCTT;SOR=0.963;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=68;TCF=27;TCR=41;TR=38;WE=106907594;WS=106907576;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,55:0.62:89
chr10	106916819	rs2297500	G	A	1193.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=3.587;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=11.495;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=8;PP=947;ReadPosRankSum=1.079;SC=GAAATTCTGCGGCTTCTCTAA;SOR=2.215;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=61;TCF=48;TCR=13;TR=46;WE=106916827;WS=106916809;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,47:0.69:68
chr10	106924208	rs12249990	A	G	1303.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-0.256;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=35;PP=853;ReadPosRankSum=-0.614;SC=TCTCCATCCTATAGATTCTCA;SOR=0.614;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=63;TCF=15;TCR=48;TR=48;WE=106924216;WS=106924198;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,54:0.69:78
chr10	106970848	rs3214966	AG	A	2214.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.410;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.853;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.724;NF=22;NR=13;PP=1354;ReadPosRankSum=-0.340;SC=CGGTTATTTTAGCGTTTGTAC;SOR=0.877;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=52;TCF=31;TCR=21;TR=35;WE=106970856;WS=106970838;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,65:0.67:97
chr10	106974123	rs113804925	A	AACACAC	5444.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.764;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=362;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.465;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQ=60.03;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=56;PP=2989;ReadPosRankSum=-2.361;SC=TTCCCTTTATAACACACACAC;SOR=0.649;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=153;TCF=63;TCR=90;TR=82;WE=106974134;WS=106974113;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:158,181:0.53:339
chr10	106982814	rs3750260	G	A	1520.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-3.356;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.183;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=20;PP=823;ReadPosRankSum=0.882;SC=ATCTAGGGGTGTGATACAGTT;SOR=0.381;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=86;TCF=60;TCR=26;TR=59;WE=106982822;WS=106982804;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,71:0.68:104
chr10	108371571	rs137930414	A	AGTTT	666.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.087;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.367;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=5;PP=436;ReadPosRankSum=-0.725;SC=CTGCTGGGTTAGTTTGTTTGT;SOR=0.375;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=45;TCF=20;TCR=25;TR=12;WE=108371579;WS=108371561;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,22:0.25:87
chr10	108380006	rs112818359	C	CAG	803.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.026;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.108;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=1;PP=469;ReadPosRankSum=0.509;SC=GGAGAGGGGCCAGAGAGAGAG;SOR=1.308;SbPval=0.94;Source=Platypus;TC=35;TCF=29;TCR=6;TR=16;WE=108380015;WS=108379998;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,30:0.59:51
chr10	108380213	rs4917481	G	A	5428.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.622;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=389;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.388;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=73;NR=78;PP=2348;ReadPosRankSum=-1.453;SC=ACCACCACACGTAAGTGAGGG;SOR=0.733;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=236;TCF=113;TCR=123;TR=151;WE=108380221;WS=108380203;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:132,251:0.66:383
chr10	108388923	rs1885351	T	C	895.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.246;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.328;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=17;PP=598;ReadPosRankSum=2.473;SC=ACACAATATTTAAGATAGGTC;SOR=0.468;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=105;TCF=67;TCR=38;TR=41;WE=108388931;WS=108388913;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,49:0.35:139
chr10	108389249	rs1322004	T	C	618.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=21;PP=472;SC=TCAGGCATGATGGCAGCCCTG;SOR=4.003;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=23;TCF=2;TCR=21;TR=23;WE=108389257;WS=108389239;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr10	108427682	rs66783381	CA	C	193.50	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.418;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=4.027;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.09;ReadPosRankSum=2.297;SOR=2.670;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,14:0.88:16
chr10	108432828	rs11193010	C	T	421.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=0.870;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.744;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=15;PP=344;ReadPosRankSum=0.480;SC=GGGGCGTTCACCCTGAGCTAA;SOR=1.179;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=31;TCF=6;TCR=25;TR=18;WE=108432836;WS=108432818;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,17:0.59:29
chr10	108439103	rs821929	A	C	3115.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=35;NR=50;PP=1392;SC=AGAAAGAGAAAGGTGCCATTA;SOR=0.986;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=85;TCF=35;TCR=50;TR=85;WE=108439111;WS=108439093;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr10	108447836	rs821935	C	T	2737.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=49;NR=25;PP=1222;SC=CCCTTCCCCACTCCCTTTTGT;SOR=1.287;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=75;TCF=50;TCR=25;TR=74;WE=108447844;WS=108447826;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr10	108466412	rs2756231	C	T	4354.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.835;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=80;PP=2238;ReadPosRankSum=1.530;SC=AAAAACAAGACTGTAAGAAGC;SOR=0.670;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=128;TCF=47;TCR=81;TR=127;WE=108466420;WS=108466402;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,173:0.98:176
chr10	108469161	rs2756232	C	G	4288.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=34;NR=84;PP=2517;SC=CAGAGATTTACAGTCAGGGTG;SOR=1.364;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=126;TCF=38;TCR=88;TR=118;WE=108469169;WS=108469151;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,155:1.00:155
chr10	111440605	rs7898586	A	G	960.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.157;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=17;PP=592;ReadPosRankSum=0.989;SC=TTCATTACAGAAAGAGATTAG;SOR=0.696;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=100;TCF=57;TCR=43;TR=40;WE=111440613;WS=111440595;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:91,50:0.35:141
chr10	111440719	rs7915504	T	A	1117.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.552;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.533;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.127;NF=19;NR=22;PP=481;ReadPosRankSum=-0.836;SC=TCTAGTCACTTGTAAACAATG;SOR=0.684;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=130;TCF=65;TCR=65;TR=41;WE=111440727;WS=111440709;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:149,69:0.32:218
chr10	111625108	rs483072	T	C	992.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=21;PP=612;SC=TATTCACCACTACATCTTTAA;SOR=2.517;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=24;TCF=3;TCR=21;TR=24;WE=111625116;WS=111625098;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr10	111630731	rs612155	G	C	2423.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=24;NR=46;PP=1391;SC=ATTATGTGTGGCTCCAGAACG;SOR=1.295;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=70;TCF=24;TCR=46;TR=70;WE=111630739;WS=111630721;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr10	111633025	rs642938	A	C	589.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=4;PP=434;SC=TTACTACCCCACATGTAATTT;SOR=2.200;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=16;TCR=4;TR=20;WE=111633033;WS=111633015;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr10	111646147	rs623980	A	G	4840.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.882;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=63;PP=2016;ReadPosRankSum=0.930;SC=CCCAGAAAGCAGTAGGAACCC;SOR=0.437;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=116;TCF=52;TCR=64;TR=115;WE=111646155;WS=111646137;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,190:0.98:193
chr10	111647738	rs472049	C	T	902.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=16;NR=7;PP=420;SC=GAGGACGAGGCTGGAGACAAT;SOR=1.483;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=16;TCR=7;TR=23;WE=111647746;WS=111647728;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr10	111667702	rs686155	T	C	433.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=11;PP=296;SC=TTCAAATTGATCACTCCACCA;SOR=2.448;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=2;TCR=11;TR=13;WE=111667710;WS=111667692;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr10	111683280	rs145751207	CGGCG	C	1272.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=13;PP=685;SC=GCGCGAGAGCCGGCGGGCGGG;SOR=0.976;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=18;TCF=1;TCR=17;TR=14;WE=111683291;WS=111683270;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr10	112004562	rs199913141	CT	C	111.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.016;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=1.359;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.10;ReadPosRankSum=0.792;SOR=1.071;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,13:0.36:36
chr10	112266771	rs1889567	C	T	1860.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.613;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=401;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.350;HP=1;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=32;PP=877;ReadPosRankSum=1.637;SC=CCTCGCCAACCTGCACATCAC;SOR=0.838;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=226;TCF=121;TCR=105;TR=71;WE=112266779;WS=112266761;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:281,117:0.29:398
chr10	112266822	rs1889566	GC	AT	16748.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-2.481;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=378;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=95;NR=113;PP=2947;ReadPosRankSum=0.884;SC=CGAGGCCTGCGCGACCCACCT;SOR=0.277;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=213;TCF=96;TCR=117;TR=208;WE=112266831;WS=112266812;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,375:1.00:376
chr10	112327678	rs55750861	C	CA	2669.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.329;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.576;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.262;NF=5;NR=34;PP=1367;ReadPosRankSum=-0.462;SC=CGCAGCCTCTCCCCTGTCTCC;SOR=0.870;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=58;TCF=8;TCR=50;TR=39;WE=112327686;WS=112327668;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,76:0.66:115
chr10	112328617	rs147510961	AAAAC	A	323.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-1.611;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.155;HP=4;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=3;PP=197;ReadPosRankSum=-0.572;SC=CATTAAATGAAAAACAAGAAA;SOR=0.157;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=25;TCF=19;TCR=6;TR=9;WE=112328628;WS=112328607;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,10:0.33:30
chr10	112328650	rs149144103	A	AT	288.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-1.107;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.409;HP=8;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=7;PP=137;ReadPosRankSum=-0.369;SC=AAAAATGTTAATTTTTTTTGT;SOR=0.346;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=34;TCF=16;TCR=18;TR=11;WE=112328658;WS=112328640;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,20:0.33:61
chr10	112328838	rs4917577	C	G	1076.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=9;NR=23;PP=668;SC=CTGTCCATTTCTATATTGGCT;SOR=1.501;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=9;TCR=23;TR=32;WE=112328846;WS=112328828;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr10	112337702	rs7914351	T	G	57.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.605;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.20;ReadPosRankSum=-0.799;SOR=0.818;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:40,8:0.17:48
chr10	112338377	rs78663177	T	C	270.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.619;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=1.264;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.94;ReadPosRankSum=-0.360;SOR=0.882;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,16:0.41:39
chr10	112340871	rs7911129	A	G	309.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.945;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=10;PP=182;ReadPosRankSum=-1.964;SC=GTAGGTGTTTAGTATATGACA;SOR=0.704;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=39;TCF=8;TCR=31;TR=12;WE=112340879;WS=112340861;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,15:0.38:40
chr10	112341673	rs199906378	C	CTT	641.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.529;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.813;HP=7;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=3;PP=438;ReadPosRankSum=-0.294;SC=CTCCCCATTTCTTTTAAGAGG;SOR=1.211;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=44;TCF=28;TCR=16;TR=13;WE=112341681;WS=112341663;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,23:0.33:70
chr10	112342306	rs11380915	G	GT	344.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.825;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=10;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=7;PP=188;ReadPosRankSum=0.763;SC=ATGATAAGTTGTTTTTTTTCT;SOR=0.681;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=26;TCF=11;TCR=15;TR=12;WE=112342314;WS=112342296;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,23:0.43:53
chr10	112343116	rs11815960	A	G	78.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=2.253;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=0;PP=50;ReadPosRankSum=-1.231;SC=TAATTGCCTTATTTTCTGTTT;SOR=0.330;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=10;TCR=0;TR=4;WE=112343124;WS=112343106;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,4:0.36:11
chr10	112349204	rs2419572	A	G	307.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.581;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=3;PP=126;ReadPosRankSum=-1.225;SC=TTAAGACAATAAACACGTTTA;SOR=0.741;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=22;TCF=15;TCR=7;TR=10;WE=112349212;WS=112349194;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,16:0.47:34
chr10	112349422	.	T	C	35	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=2;NR=1;PP=35;QD=23.2570708491;SC=ACAGAAAATATTACGAAGTAA;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=18;TCF=8;TCR=10;TR=3;WE=112349430;WS=112349412;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:15,3:0.17:18
chr10	112349879	rs3737294	A	G	316.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=2.185;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=10;PP=238;ReadPosRankSum=-0.484;SC=ATTATCTTCTAAATATGAAAT;SOR=0.551;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=48;TCF=15;TCR=33;TR=15;WE=112349887;WS=112349869;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,18:0.25:71
chr10	112356331	rs7075340	G	A	1703.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=41;PP=1126;SC=TTTGTGCATAGTGATAGATAT;SOR=2.265;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=50;TCF=9;TCR=41;TR=50;WE=112356339;WS=112356321;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr10	112360315	.	G	GT	333.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.942;ClippingRankSum=0.000;DP=143;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.30;MQRankSum=2.082;QD=2.80;ReadPosRankSum=-0.095;SOR=0.663;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:81,38:0.32:119
chr10	112361870	rs2419565	A	G	2492.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=37;NR=27;PP=1161;SC=GTTACAAATCAATCATGGAAC;SOR=0.870;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=64;TCF=37;TCR=27;TR=64;WE=112361878;WS=112361860;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr10	112362019	rs2039874	G	T	988.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=26;PP=748;SC=TTTTAAAGCTGTTTTCCTCAT;SOR=2.303;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=8;TCR=26;TR=34;WE=112362027;WS=112362009;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr10	112543217	rs6585012	G	A	1617.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=26;NR=21;PP=779;SC=AGGCTCATGCGTAGGCTCAAC;SOR=0.865;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=47;TCF=26;TCR=21;TR=47;WE=112543225;WS=112543207;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr10	112543345	rs1570426	G	A	78.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.807;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=5;PP=50;ReadPosRankSum=-0.204;SC=CAGGGGCCAGGGAGATGATAA;SOR=0.941;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=31;TCF=11;TCR=20;TR=7;WE=112543353;WS=112543335;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,7:0.23:31
chr10	112544344	rs7073950	C	T	1069.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=15;NR=18;PP=842;SC=TGCATTGGGCCTGCTGTCTGG;SOR=0.869;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=33;TCF=15;TCR=18;TR=33;WE=112544352;WS=112544334;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr10	112544655	rs7077757	C	T	7534.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.044;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=293;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=70;NR=123;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.903;SC=ACTGTGAGTACGGAAACATTT;SOR=0.687;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=196;TCF=71;TCR=125;TR=193;WE=112544663;WS=112544645;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,287:0.99:290
chr10	112570243	rs11195338	T	C	1662.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.943;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.690;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=36;PP=896;ReadPosRankSum=-0.267;SC=GCCCCAAGTCTCCAGGCAGGT;SOR=0.439;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=86;TCF=25;TCR=61;TR=53;WE=112570251;WS=112570233;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,74:0.64:115
chr10	112572458	rs1417635	G	C	12300.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=471;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=109;NR=162;PP=2965;SC=AAAGCCAAGTGGGACAAGTAT;SOR=0.955;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=271;TCF=109;TCR=162;TR=271;WE=112572466;WS=112572448;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,469:1.00:469
chr10	112572852	rs181546453	C	T	272.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-2.866;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.269;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=8;PP=143;ReadPosRankSum=-1.207;SC=GACACTTTATCTCAATGAACT;SOR=0.191;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=23;TCF=4;TCR=19;TR=11;WE=112572860;WS=112572842;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,13:0.52:25
chr10	112579663	rs11195343	C	T	1017.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=26;NR=0;PP=690;SC=ATCTATAAAACGAAGATGCTG;SOR=4.743;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=27;TCF=27;TCR=0;TR=26;WE=112579671;WS=112579657;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr10	112580880	rs10787283	C	T	157.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=2.631;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.999;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=1;PP=117;ReadPosRankSum=0.401;SC=GAGTTGGTGCCGTGGGACTTG;SOR=1.214;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=24;TCF=18;TCR=6;TR=8;WE=112580888;WS=112580870;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,8:0.33:24
chr10	112583189	rs202034773	CTTTTTTTTTTTTT	C	2035.94	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.832;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FS=7.462;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.59;MQRankSum=0.832;QD=29.94;ReadPosRankSum=1.940;SOR=2.065;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,61:0.90:68
chr10	112590810	rs7070640	G	C	7988.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=307;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.63;SOR=0.881;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,300:1.00:300
chr10	112595719	rs942077	G	C	3040.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=22;NR=48;PP=1490;SC=GCCACGCTTCGAAAGGAAAAA;SOR=1.315;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=71;TCF=22;TCR=49;TR=70;WE=112595727;WS=112595709;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr10	112641053	rs7081726	A	G	4137.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=79;NR=42;PP=2370;SC=GACTGAGGAAATAAAGAATGA;SOR=1.355;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=121;TCF=79;TCR=42;TR=121;WE=112641061;WS=112641043;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,149:1.00:149
chr10	112667273	rs34559519	G	GA	219.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.894;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.48;ReadPosRankSum=1.403;SOR=0.593;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,21:0.43:49
chr10	112696347	rs376101415	CT	C	549.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.842;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=2.808;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.48;ReadPosRankSum=1.899;SOR=0.868;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,44:0.76:58
chr10	112764594	rs1980869	T	C	52.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.150;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=5.698;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.82;ReadPosRankSum=-1.321;SOR=0.096;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,6:0.21:29
chr10	113913222	rs2297991	T	C	933.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.536;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.707;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=9;PP=525;ReadPosRankSum=0.828;SC=GACCCTGCGATGGCACCTTCA;SOR=1.035;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=83;TCF=59;TCR=24;TR=36;WE=113913230;WS=113913212;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,45:0.41:109
chr10	113915574	rs5787948	C	CA	74.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.365;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.40;ReadPosRankSum=-0.444;SOR=0.754;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,8:0.36:22
chr10	113917085	rs2254537	T	A	1670.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.587;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=341;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.902;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=41;PP=893;ReadPosRankSum=-0.060;SC=ACAAAGGTTCTGGAAGCTTCT;SOR=0.769;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=243;TCF=109;TCR=134;TR=73;WE=113917093;WS=113917075;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:232,103:0.31:335
chr10	113917982	rs6585140	C	G	928.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.995;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.802;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=11;PP=658;ReadPosRankSum=-0.398;SC=TGCCACCATGCCTGGCCAATT;SOR=1.194;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=88;TCF=59;TCR=29;TR=39;WE=113917990;WS=113917972;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,45:0.38:120
chr10	113920465	rs2277207	G	A	1874.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.051;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=408;ExcessHet=3.0103;FS=0.396;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.75;ReadPosRankSum=-2.931;SOR=0.667;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:277,118:0.30:395
chr10	113920652	rs3824626	T	C	796.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.606;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FS=9.278;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.32;ReadPosRankSum=0.393;SOR=0.247;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:79,47:0.37:126
chr10	113921354	rs2250802	G	A	268.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.247;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.07;ReadPosRankSum=0.277;SOR=0.776;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:49,17:0.26:66
chr10	113923595	rs10736219	C	G	3578.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.348;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=434;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.121;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=60;PP=1687;ReadPosRankSum=1.625;SC=TTTCAAAAATCAACACACAAC;SOR=0.799;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=250;TCF=113;TCR=137;TR=105;WE=113923603;WS=113923585;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:249,179:0.42:428
chr10	113926012	rs10749108	G	A	417.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-5.073;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=1;PP=323;ReadPosRankSum=-0.298;SC=AAAAATTTAGGCAACACCACC;SOR=0.223;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=32;TCF=31;TCR=1;TR=17;WE=113926020;WS=113926002;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,17:0.52:33
chr10	113928487	rs2251579	A	C	452.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=2.079;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=4;PP=318;ReadPosRankSum=0.928;SC=TACCAAACTCAAGCAATAATC;SOR=0.789;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=42;TCF=33;TCR=9;TR=18;WE=113928495;WS=113928477;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,21:0.43:49
chr10	113935379	rs10787428	T	C	1056.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=-0.319;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.576;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=19;PP=478;ReadPosRankSum=0.671;SC=CAGCACATTTTCAGTCACATT;SOR=0.610;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=89;TCF=48;TCR=41;TR=40;WE=113935387;WS=113935369;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:117,63:0.35:180
chr10	113937941	rs2487294	G	T	93.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.504;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=6.70;ReadPosRankSum=0.470;SOR=0.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,6:0.43:14
chr10	113940329	rs2792751	T	C	1691.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.466;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=294;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.459;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=43;PP=750;ReadPosRankSum=-0.792;SC=GATCTGAAGATGGTGGGTCTA;SOR=0.646;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=179;TCF=63;TCR=116;TR=69;WE=113940337;WS=113940319;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:189,98:0.34:287
chr10	114043371	rs41313475	T	C	51.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.189;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=7.40;ReadPosRankSum=0.697;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,3:0.43:7
chr10	114043596	rs41314509	G	A	1128.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.645;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.581;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=16;PP=486;ReadPosRankSum=0.085;SC=CCATTTTCCTGGGACGAAAAG;SOR=0.601;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=106;TCF=50;TCR=56;TR=33;WE=114043604;WS=114043586;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:122,60:0.33:182
chr10	114053546	rs726009	C	G	3302.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=43;NR=35;PP=1513;SC=TGGAGGCATCCGAAATCGGTT;SOR=0.774;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=78;TCF=43;TCR=35;TR=78;WE=114053554;WS=114053536;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
chr10	114059064	rs41306846	A	G	545.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=16;NR=1;PP=454;SC=AAGTTGGAGAAGGGATGAACA;SOR=4.294;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=17;TCF=16;TCR=1;TR=17;WE=114059072;WS=114059054;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr10	114059330	rs11279253	TCTCTGTTTTC	T	6304.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=47;PP=2982;SC=GGAGTAAGCGTCTCTGTTTTC;SOR=1.313;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=61;TCF=7;TCR=54;TR=53;WE=114059347;WS=114059320;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,141:1.00:141
chr10	114061979	rs10749114	G	A	2587.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=30;NF=16;NR=46;PP=1484;SC=CTTTGGCCCCGGCAAAACTTT;SOR=1.662;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=63;TCF=16;TCR=47;TR=62;WE=114061987;WS=114061969;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
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chr10	114154815	rs11195943	C	T	4122.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.873;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=278;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=82;PP=2191;ReadPosRankSum=0.074;SC=GACCTCAACCCGTCTTACCTC;SOR=0.719;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=206;TCF=82;TCR=124;TR=136;WE=114154823;WS=114154805;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,186:0.68:273
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chr10	114171385	rs3831106	T	TAC	117.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.354;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.36;ReadPosRankSum=-2.588;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,8:0.23:35
chr10	114181683	rs2255740	A	G	5671.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=70;NR=56;PP=2410;SC=TTTCTCAGCTAATTCAGCACG;SOR=0.819;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=126;TCF=70;TCR=56;TR=126;WE=114181691;WS=114181673;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,217:1.00:217
chr10	114185856	rs34341101	T	TG	912.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=25;NR=1;PP=1020;SC=TACAGTTCCATGGTGTTGAAA;SOR=5.136;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=27;TCF=25;TCR=2;TR=26;WE=114185864;WS=114185846;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr10	114186157	rs11195955	C	T	1130.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-1.136;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=29;PP=621;ReadPosRankSum=0.481;SC=CACCCATGGGCCCATCGTGGA;SOR=0.833;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=59;TCF=17;TCR=42;TR=41;WE=114186165;WS=114186147;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,51:0.74:69
chr10	114186624	rs2256368	G	A	3506.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=39;NR=50;PP=1728;SC=ACAGGTGTGTGCTACCACTGA;SOR=0.929;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=89;TCF=39;TCR=50;TR=89;WE=114186632;WS=114186614;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chr10	114192285	rs2306158	G	A	611.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=0.959;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.805;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=24;PP=438;ReadPosRankSum=-2.244;SC=CGAACCTGTCGTCAGTGATCA;SOR=1.362;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=90;TCF=31;TCR=59;TR=33;WE=114192293;WS=114192275;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,35:0.33:107
chr10	114200355	rs2306159	G	A	1781.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.083;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=269;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.812;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=32;PP=891;ReadPosRankSum=0.869;SC=AGGCAAACAAGGTGGTAGCAA;SOR=0.764;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=157;TCF=78;TCR=79;TR=57;WE=114200363;WS=114200345;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:170,96:0.36:266
chr10	114202219	rs11195961	C	T	39.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=3.180;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=4;PP=21;ReadPosRankSum=-0.160;SC=CCATGAGCTACGAGAGAATTA;SOR=0.631;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=2;TCR=18;TR=4;WE=114202227;WS=114202209;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,4:0.19:21
chr10	114224502	rs3740143	C	G	1958.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=13;NR=50;PP=1394;SC=AATGCACAGTCTTTTGGGCTC;SOR=2.584;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=64;TCF=13;TCR=51;TR=63;WE=114224510;WS=114224492;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr10	114496687	rs12770115	A	G	528.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.764;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.181;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=14;PP=280;ReadPosRankSum=0.618;SC=CTTGGCAAGGATGCTATCAAA;SOR=0.487;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=40;TCF=10;TCR=30;TR=19;WE=114496695;WS=114496677;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,25:0.45:55
chr10	114901194	rs60649625	TG	T	810.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.973;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.489;HP=9;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=19;PP=871;ReadPosRankSum=0.160;SC=GGAACGGTGGTGGGGGGGCCC;SOR=1.050;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=58;TCF=0;TCR=58;TR=19;WE=114901209;WS=114901184;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,24:0.32:75
chr10	114901201	rs56913138	G	T	819.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-3.970;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=19;PP=858;ReadPosRankSum=0.641;SC=TGGTGGGGGGGCCCCTGTTGC;SOR=0.911;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=55;TCF=3;TCR=52;TR=20;WE=114901209;WS=114901184;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,24:0.33:73
chr10	114903859	.	CTGTGTGTGTG	C	203.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.678;ClippingRankSum=0.000;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.84;ReadPosRankSum=1.476;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,7:0.27:26
chr10	114910667	rs113579124	G	GT	140.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.048;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FS=2.416;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.64;ReadPosRankSum=0.806;SOR=0.478;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:184,37:0.17:221
chr10	114919603	rs370157477	C	T	78.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=19.51;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr10	115312811	rs2240879	T	C	2417.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=45;NR=21;PP=1314;SC=CTGACATTTTTCCCCCCTAAA;SOR=1.338;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=66;TCF=45;TCR=21;TR=66;WE=115312819;WS=115312801;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr10	115334124	rs3740530	C	T	1025.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.414;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=27;PP=472;ReadPosRankSum=0.899;SC=CACTTACCCACGCTGAGAATC;SOR=0.656;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=143;TCF=57;TCR=86;TR=46;WE=115334132;WS=115334109;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:138,63:0.31:201
chr10	115335843	rs911709	A	G	2762.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=18;NR=51;PP=1564;SC=AGCACTGCGCAATGCCATGGA;SOR=1.784;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=69;TCF=18;TCR=51;TR=69;WE=115335851;WS=115335833;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr10	115336758	rs2302374	A	C	855.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.892;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=6;PP=530;ReadPosRankSum=-0.581;SC=AATTAGACAGAAGCCTTGTCC;SOR=0.785;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=73;TCF=59;TCR=14;TR=31;WE=115336766;WS=115336748;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,38:0.42:90
chr10	115338615	rs11575684	A	G	469.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.171;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.190;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=13;PP=220;ReadPosRankSum=-0.097;SC=AAAACAGATCATTGAAATTCA;SOR=0.284;SbPval=0.25;Source=Platypus;TC=67;TCF=19;TCR=48;TR=21;WE=115338623;WS=115338605;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,27:0.34:79
chr10	115340492	rs2286742	G	A	617.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=3.321;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.661;HP=6;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=19;PP=375;ReadPosRankSum=1.346;SC=GGGTGGGGGGGATGGAGATTT;SOR=1.285;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=83;TCF=25;TCR=58;TR=25;WE=115340500;WS=115340482;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,30:0.28:108
chr10	115341545	rs2181082	G	C	410.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-2.586;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.684;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=3;PP=285;ReadPosRankSum=-0.405;SC=CTGCTCAGCTGTTGGGCTCAG;SOR=0.283;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=37;TCF=32;TCR=5;TR=17;WE=115341553;WS=115341535;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,18:0.44:41
chr10	115341753	rs2245056	G	A	3184.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.044;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=236;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=49;PP=1592;ReadPosRankSum=-2.560;SC=GAGGCTTTAAGAGCACGGCGG;SOR=0.667;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=156;TCF=74;TCR=82;TR=92;WE=115341761;WS=115341743;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,145:0.62:232
chr10	115341846	rs2245058	G	A	1724.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.998;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=34;PP=918;ReadPosRankSum=2.944;SC=GTGGTGGGGCGCTGATCCACC;SOR=0.641;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=85;TCF=30;TCR=55;TR=53;WE=115341854;WS=115341836;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,76:0.65:117
chr10	115343803	rs911703	C	T	447.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-2.419;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.347;HP=5;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=5;PP=246;ReadPosRankSum=1.937;SC=ATGGTGGGGGCAGGTGGGGCT;SOR=0.372;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=43;TCF=35;TCR=8;TR=20;WE=115343811;WS=115343793;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,23:0.46:50
chr10	115343831	rs911701	A	T	729.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.936;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.198;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=12;PP=342;ReadPosRankSum=0.619;SC=GGCCACCTTCATGAGCAAGTT;SOR=0.377;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=69;TCF=45;TCR=24;TR=31;WE=115343839;WS=115343821;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,38:0.44:87
chr10	115343852	rs911700	C	G	948.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-2.291;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.576;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=16;PP=433;ReadPosRankSum=1.615;SC=GGAGCTGGTGCTTCTCTGACA;SOR=0.369;SbPval=0.24;Source=Platypus;TC=90;TCF=60;TCR=30;TR=38;WE=115343860;WS=115343842;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,50:0.40:126
chr10	115345850	rs3781378	T	C	293.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=0.348;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.103;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=9;PP=180;ReadPosRankSum=0.155;SC=CCCCTGGCCCTCTGGTGCATC;SOR=0.317;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=19;TCF=3;TCR=16;TR=11;WE=115345858;WS=115345840;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,13:0.59:22
chr10	115348726	rs3832698	GA	G	2717.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.930;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.024;NF=4;NR=22;PP=903;ReadPosRankSum=0.984;SC=AATCAGGGTGGACATGGCTCA;SOR=0.649;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=65;TCF=17;TCR=48;TR=26;WE=115348734;WS=115348716;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,81:0.49:164
chr10	115349397	rs11196388	AG	A	2334.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQ=60.15;NF=23;NR=15;PP=1476;SC=CTTGCAAGCCAGGGGTGGCTT;SOR=1.512;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=41;TCF=25;TCR=16;TR=38;WE=115349405;WS=115349387;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr10	115350597	rs1885434	G	A	5249.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=2.139;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=382;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.804;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=69;PP=2264;ReadPosRankSum=1.284;SC=TCGACACTGCGGTACCCGATC;SOR=0.631;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=218;TCF=96;TCR=122;TR=128;WE=115350605;WS=115350587;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:141,236:0.63:377
chr10	115355328	rs11196391	A	G	1127.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.447;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.588;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=16;PP=521;ReadPosRankSum=0.936;SC=CACATTGGGCACAGATCATTT;SOR=0.910;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=56;TCF=31;TCR=25;TR=37;WE=115355336;WS=115355318;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,57:0.55:104
chr10	115357078	rs12241995	G	A	812.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=0.083;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.952;NF=9;NR=23;PP=490;ReadPosRankSum=-1.110;SC=CTTCTTGGTAGGTACCTAACA;SOR=0.608;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=73;TCF=21;TCR=52;TR=32;WE=115357086;WS=115357068;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,40:0.45:89
chr10	115357131	rs113389465	CA	C	283.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.389;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQ=61.11;MQRankSum=2.342;NF=0;NR=10;PP=272;ReadPosRankSum=-2.573;SC=TGATATGGAACATTTTACAGG;SOR=0.664;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=26;TCF=0;TCR=26;TR=10;WE=115357139;WS=115357121;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,11:0.38:29
chr10	115370113	rs11333099	TA	T	198.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.735;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.25;MQRankSum=0.828;QD=4.97;ReadPosRankSum=-0.290;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,22:0.55:40
chr10	115370254	rs12243176	A	G	12791.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=305;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=89;NR=87;PP=2965;SC=TCCTCCCTTCAATCTCTAACG;SOR=0.700;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=179;TCF=89;TCR=90;TR=176;WE=115370262;WS=115370244;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,299:1.00:299
chr10	115370274	rs10749138	T	C	12615.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=300;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=85;NR=94;PP=2879;SC=GTGCCTGGAATGACACATGCA;SOR=0.748;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=179;TCF=85;TCR=94;TR=179;WE=115370282;WS=115370264;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,296:1.00:296
chr10	115371873	.	G	T	34	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;FR=0.5032;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=3;NR=0;PP=34;QD=22.9237375157;SC=TTCAAAATAAGACTTGGGTTT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=4;TCR=0;TR=3;WE=115371881;WS=115371868;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:1,3:0.75:4
chr10	115373851	rs2419850	T	C	1288.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=37;NR=3;PP=938;SC=CCAATACCCATGTCCAGAAGG;SOR=4.174;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=40;TCF=37;TCR=3;TR=40;WE=115373859;WS=115373841;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr10	115374670	rs3121453	A	G	3169.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.323;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.531;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=53;PP=1318;ReadPosRankSum=-0.991;SC=TATAGCCACCATCTCGAAGTT;SOR=0.621;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=140;TCF=60;TCR=80;TR=93;WE=115374678;WS=115374660;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,149:0.68:220
chr10	115375528	rs11196397	C	A	556.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.535;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=9;PP=175;ReadPosRankSum=-0.827;SC=GGTCAGCAGTCGGTGTGTAAT;SOR=0.749;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=75;TCF=41;TCR=34;TR=20;WE=115375536;WS=115375518;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,35:0.33:107
chr10	115381747	rs868738	G	A	3628.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.990;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=243;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.512;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=37;PP=1623;ReadPosRankSum=1.242;SC=TGAGCTTTGCGGGCATGCACG;SOR=0.830;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=152;TCF=82;TCR=70;TR=91;WE=115381755;WS=115381737;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,157:0.65:241
chr10	115392919	rs2270182	T	A	3930.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.125;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=269;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.577;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=50;PP=1849;ReadPosRankSum=0.541;SC=ATTCAACTTATTTTTCTCATA;SOR=0.810;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=174;TCF=95;TCR=79;TR=115;WE=115392927;WS=115392909;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,178:0.67:265
chr10	115393929	rs3189030	G	A	1434.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.125;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.366;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=24;PP=569;ReadPosRankSum=-1.473;SC=GTCAGTCACCGAGCTGTACTT;SOR=0.524;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=152;TCF=88;TCR=64;TR=52;WE=115393937;WS=115393919;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:142,84:0.37:226
chr10	115394046	rs10885481	A	G	3267.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-1.532;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=237;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.516;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=65;PP=1563;ReadPosRankSum=0.914;SC=CCCAAGCCCAATAAAGTGGCA;SOR=0.622;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=168;TCF=68;TCR=100;TR=110;WE=115394054;WS=115394036;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,154:0.67:231
chr10	115400958	rs1539592	C	T	224.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-1.249;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.702;HP=1;HapScore=4;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=4;PP=361;ReadPosRankSum=1.261;SC=TCTTACCTAGCCTTGGTTGTA;SOR=0.275;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=30;TCF=22;TCR=8;TR=11;WE=115400980;WS=115400948;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,12:0.39:31
chr10	115400972	rs1539593	G	A	207.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.372;HP=3;HapScore=4;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=5;PP=361;ReadPosRankSum=1.962;SC=GGTTGTATCCGCTAACATTTA;SOR=0.412;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=39;TCF=26;TCR=13;TR=12;WE=115400980;WS=115400948;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,13:0.31:42
chr10	115401031	rs5788038	AT	A	2056.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQ=60.12;NF=21;NR=30;PP=1026;SC=TAGAAGACAGATTTTTTTTTA;SOR=1.179;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=61;TCF=28;TCR=33;TR=51;WE=115401039;WS=115401021;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr10	115401081	rs3127105	T	C	1366.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.194;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.547;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.778;NF=27;NR=21;PP=485;ReadPosRankSum=0.930;SC=CTTCATGCCCTGCCCCACTCC;SOR=0.624;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=132;TCF=77;TCR=55;TR=48;WE=115401089;WS=115401071;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:119,74:0.38:193
chr10	115401264	rs3121465	A	G	390.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.341;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FS=1.886;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.72;ReadPosRankSum=-1.655;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:78,27:0.26:105
chr10	115405615	rs3127106	T	C	571.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.844;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.14;MQRankSum=2.356;QD=3.74;ReadPosRankSum=-0.686;SOR=0.667;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:112,41:0.27:153
chr10	115405664	rs3121478	C	T	807.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.741;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FS=1.246;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.17;MQRankSum=2.790;QD=4.21;ReadPosRankSum=-0.198;SOR=0.799;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:138,54:0.28:192
chr10	115405703	rs35741231	G	GAA	713.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.270;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FS=2.543;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.26;MQRankSum=3.018;QD=4.79;ReadPosRankSum=-0.619;SOR=0.926;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:101,48:0.32:149
chr10	115405791	rs3121479	A	T	187.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.474;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.183;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.862;NF=4;NR=12;PP=211;ReadPosRankSum=0.305;SC=CTTAATGTCAACATTTACTTA;SOR=0.858;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=57;TCF=15;TCR=42;TR=16;WE=115405799;WS=115405781;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,15:0.23:65
chr10	115406485	rs3121483	C	T	95.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-2.830;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=0;PP=63;ReadPosRankSum=-0.263;SC=GCTATGCTGGCTGTCCGTGTC;SOR=0.368;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=13;TCR=0;TR=5;WE=115406493;WS=115406479;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,5:0.38:13
chr10	115409840	rs2275799	C	T	3153.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-2.570;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.091;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=56;PP=1360;ReadPosRankSum=0.481;SC=ATGCCCTCAGCTCCAATGGCT;SOR=0.603;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=149;TCF=61;TCR=88;TR=97;WE=115409848;WS=115409830;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,150:0.66:227
chr10	115410234	rs2185913	T	C	1232.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.875;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=17;PP=524;ReadPosRankSum=0.204;SC=GGCTATCTGATAGGCGGGTGT;SOR=0.668;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=133;TCF=82;TCR=51;TR=42;WE=115410242;WS=115410224;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:130,68:0.34:198
chr10	115411598	rs4918861	C	A	2874.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.564;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.311;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=38;PP=1115;ReadPosRankSum=-0.771;SC=TGCTCCGTAGCAGCTCAGGAG;SOR=0.498;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=126;TCF=68;TCR=58;TR=78;WE=115411606;WS=115411588;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,136:0.66:207
chr10	115411614	rs2154028	A	G	5625.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=63;NR=65;PP=2212;SC=AGGAGTATCCACCACCGTGGA;SOR=0.693;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=128;TCF=63;TCR=65;TR=128;WE=115411622;WS=115411604;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,220:1.00:220
chr10	115412686	rs3121488	G	A	2488.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=36;NR=22;PP=1206;SC=AAGCACCCAGGCACTCACTTG;SOR=1.061;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=58;TCF=36;TCR=22;TR=58;WE=115412694;WS=115412676;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr10	115412793	rs3737322	A	G	1548.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.936;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.885;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=19;PP=858;ReadPosRankSum=1.461;SC=AGTCTTCTGTATATTCCTGTT;SOR=0.748;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=73;TCF=38;TCR=35;TR=46;WE=115412801;WS=115412783;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,69:0.63:110
chr10	115413901	rs41310308	T	C	3607.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.863;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=291;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.617;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=60;PP=1354;ReadPosRankSum=0.527;SC=AGGAAGCACATGAAGGGATAC;SOR=0.740;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=172;TCF=84;TCR=88;TR=110;WE=115413909;WS=115413891;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:114,175:0.61:289
chr10	115417289	rs1891762	G	A	9380.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=372;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=92;NR=116;PP=2965;SC=TCATGTCCCAGTGAAAAACTG;SOR=0.870;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=208;TCF=92;TCR=116;TR=208;WE=115417297;WS=115417279;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,366:1.00:366
chr10	115422277	rs10430683	G	A	1455.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-2.895;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.270;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=5;PP=1037;ReadPosRankSum=1.680;SC=TAACTCCCAAGCTCAAACCAT;SOR=1.098;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=66;TCF=60;TCR=6;TR=48;WE=115422285;WS=115422267;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,55:0.65:85
chr10	115422474	rs3127122	A	G	6723.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=0.742;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=515;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.545;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=86;NR=106;PP=2792;ReadPosRankSum=0.866;SC=TCACATTTAGATTTAATGGAG;SOR=0.618;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=298;TCF=131;TCR=167;TR=192;WE=115422482;WS=115422464;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:178,318:0.64:496
chr10	115423094	rs12770981	G	C	1713.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.061;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=377;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.412;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=31;PP=607;ReadPosRankSum=-0.934;SC=GTAGTGGTGGGGGCATCAAAC;SOR=0.722;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=222;TCF=111;TCR=111;TR=64;WE=115423102;WS=115423084;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:261,110:0.30:371
chr10	115439530	rs28411397	G	C	263.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.380;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=21.905;HP=2;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=5;PP=145;ReadPosRankSum=-0.230;SC=GCGGGGACACGGGTCGCTTTG;SOR=0.252;SbPval=0.1;Source=Platypus;TC=33;TCF=26;TCR=7;TR=12;WE=115439538;WS=115439520;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,15:0.41:37
chr10	115439569	rs7921977	C	T	1682.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=32;NR=17;PP=905;SC=GAGCGCACTACCCCGAGCCAG;SOR=1.078;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=50;TCF=33;TCR=17;TR=49;WE=115439577;WS=115439559;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr10	115481018	rs3814231	C	T	448.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-1.488;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.136;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=11;PP=155;ReadPosRankSum=2.268;SC=CTGCACCTACCTACTGTGGCA;SOR=0.408;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=50;TCF=13;TCR=37;TR=15;WE=115481026;WS=115481008;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,26:0.33:78
chr10	115489152	rs2227310	C	G	3569.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.188;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=370;ExcessHet=3.0103;FS=0.872;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.70;ReadPosRankSum=-0.127;SOR=0.750;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:261,107:0.29:368
chr10	115489167	rs2227309	G	A	4159.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.996;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=418;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.559;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=30;PP=1065;ReadPosRankSum=-2.150;SC=AAATCATGCAGATCCTCACCA;SOR=0.732;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=259;TCF=153;TCR=106;TR=77;WE=115489175;WS=115489157;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:283,132:0.32:415
chr10	115515120	rs3981351	G	A	1659.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.170;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=26;PP=694;ReadPosRankSum=0.184;SC=AATGCCCCACGGTTTCCTTCA;SOR=0.692;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=63;TCF=27;TCR=36;TR=46;WE=115515128;WS=115515110;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,75:0.70:107
chr10	115525175	rs4631835	T	C	4217.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.482;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=288;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.472;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=67;NR=57;PP=1774;ReadPosRankSum=-0.620;SC=TCTGAATCTCTGATGTATTTT;SOR=0.751;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=181;TCF=95;TCR=86;TR=124;WE=115525183;WS=115525165;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,194:0.69:280
chr10	115526177	rs10885500	A	G	3417.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.277;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=37;PP=1695;ReadPosRankSum=-0.166;SC=TAGGCAAACAATTTACATTTT;SOR=0.728;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=152;TCF=98;TCR=54;TR=103;WE=115526185;WS=115526167;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,147:0.70:209
chr10	115527217	.	A	G	1222.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.405;ClippingRankSum=0.000;DP=289;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=31;PP=633;ReadPosRankSum=-0.046;SC=AACAGGGAATACTTCCTCATT;SOR=0.674;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=197;TCF=97;TCR=100;TR=59;WE=115527225;WS=115527207;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:204,80:0.28:284
chr10	115528428	rs10885501	G	A	392.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=2.292;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.500;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=4;PP=236;ReadPosRankSum=0.335;SC=TGGAGGTGGCGAGGCCATTTA;SOR=1.085;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=31;TCF=22;TCR=9;TR=16;WE=115528436;WS=115528418;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,17:0.52:33
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chr10	115609915	rs3750898	C	G	7667.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=290;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=83;NR=103;PP=2965;SC=TGTGAATCATCCGGTTTTTCA;SOR=0.990;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=188;TCF=85;TCR=103;TR=186;WE=115609923;WS=115609905;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,281:1.00:281
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chr10	115644040	rs7913176	G	A	4325.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.45;SOR=0.816;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,170:1.00:170
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chr10	115804036	rs1801252	A	G	2174.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.956;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.610;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=28;PP=1214;ReadPosRankSum=-1.454;SC=CGCCAGCGAAAGCCCCGAGCC;SOR=0.777;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=107;TCF=65;TCR=42;TR=72;WE=115804044;WS=115804026;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,99:0.62:159
chr10	115805056	rs1801253	G	C	16014.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=1.009;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=626;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=167;NR=222;PP=2965;ReadPosRankSum=1.810;SC=GGCCTTCCAGGGACTGCTCTG;SOR=0.876;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=393;TCF=169;TCR=224;TR=389;WE=115805064;WS=115805046;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,616:0.99:620
chr10	115889872	rs606682	A	G	1168.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=31;PP=833;SC=GCAGAGGGCTATGTCATTCAT;SOR=2.948;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=36;TCF=5;TCR=31;TR=36;WE=115889880;WS=115889862;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr10	115904185	rs71303586	A	AC	366.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-0.298;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.357;HP=9;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=2.244;NF=8;NR=5;PP=278;ReadPosRankSum=0.083;SC=CGTCTCAAAAAAAAAACAAAA;SOR=0.357;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=36;TCF=24;TCR=12;TR=13;WE=115904193;WS=115904175;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,15:0.29:51
chr10	115910928	rs7095762	G	T	636.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.111;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.822;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=17;PP=330;ReadPosRankSum=-0.787;SC=GCTATTAGTTGATCTCTGGAA;SOR=0.804;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=63;TCF=23;TCR=40;TR=26;WE=115910936;WS=115910918;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,35:0.39:90
chr10	115922492	rs12782946	C	T	585.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.081;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.10;ReadPosRankSum=-2.081;SOR=0.743;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:104,39:0.27:143
chr10	115922774	rs1061159	G	A	962.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.341;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.909;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=19;PP=636;ReadPosRankSum=0.402;SC=TTCTGAGCCTGTGTCTGTTTT;SOR=0.975;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=126;TCF=72;TCR=54;TR=49;WE=115922782;WS=115922764;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:116,55:0.32:171
chr10	115932965	rs11196648	A	G	2222.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.405;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=44;PP=1184;ReadPosRankSum=0.073;SC=CAAGATTATCAAGTGAAAGAA;SOR=0.648;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=108;TCF=38;TCR=70;TR=69;WE=115932973;WS=115932955;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,101:0.62:163
chr10	115933087	rs12767831	C	A	123.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-3.192;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=7;PP=87;ReadPosRankSum=0.402;SC=CTAAGCAATACTCACACCTGC;SOR=0.582;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=23;TCF=0;TCR=23;TR=7;WE=115933095;WS=115933077;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,7:0.28:25
chr10	115962953	rs17091414	A	G	756.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-0.312;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=22;PP=505;ReadPosRankSum=-0.303;SC=TTTTTCTTCAATCTCCATAGA;SOR=0.807;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=48;TCF=9;TCR=39;TR=26;WE=115962961;WS=115962943;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,31:0.56:55
chr10	115963126	rs11313522	CT	C	418.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.485;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.770;HP=10;HapScore=3;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=13;PP=241;ReadPosRankSum=0.733;SC=AATTATTCCTCTTTTTTTTTA;SOR=0.601;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=67;TCF=34;TCR=33;TR=23;WE=115963134;WS=115963116;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,36:0.30:120
chr10	115963813	rs10885537	C	T	33.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.362;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.99;ReadPosRankSum=0.160;SOR=0.658;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,6:0.18:34
chr10	115966147	rs17091424	C	G	337.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=0.836;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.416;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=15;PP=237;ReadPosRankSum=-1.457;SC=GACCATCTACCTACTAAACAA;SOR=1.519;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=64;TCF=21;TCR=43;TR=19;WE=115966155;WS=115966137;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,21:0.27:79
chr10	115973032	rs34518857	TG	T	214.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.877;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.831;HP=5;HapScore=4;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=0;PP=379;ReadPosRankSum=0.041;SC=AAGTTTACCTTGGGGGAAATT;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=19;TCR=2;TR=7;WE=115973048;WS=115973022;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,7:0.35:20
chr10	115973040	rs17715067	A	G	217.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=4.011;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.793;HP=2;HapScore=4;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=0;PP=375;ReadPosRankSum=0.405;SC=CTTGGGGGAAATTAGGAGCTA;SOR=1.828;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=20;TCR=2;TR=7;WE=115973048;WS=115973022;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,7:0.30:23
chr10	115978429	rs642602	C	T	118.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=1.390;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=4;PP=53;ReadPosRankSum=-0.360;SC=GTTAACATTTCGTGTGAGTTA;SOR=0.892;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=4;WE=115978437;WS=115978419;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,6:0.55:11
chr10	115980324	rs35826066	T	C	889.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.196;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=14;PP=418;ReadPosRankSum=-1.733;SC=CCTTATTTTCTAGATATACAG;SOR=0.657;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=127;TCF=82;TCR=45;TR=37;WE=115980332;WS=115980314;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:119,52:0.30:171
chr10	115985784	rs34291959	C	T	520.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.865;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=9;PP=304;ReadPosRankSum=-0.375;SC=TAAGTTCTTACCTGAGATTTC;SOR=0.750;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=92;TCF=59;TCR=33;TR=25;WE=115985792;WS=115985774;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:95,34:0.26:129
chr10	115986065	rs12265237	G	A	531.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-1.309;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.351;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=14;PP=253;ReadPosRankSum=0.278;SC=AATCAAATGGGTATTTCCAGT;SOR=0.186;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=40;TCF=7;TCR=33;TR=17;WE=115986073;WS=115986055;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,25:0.52:48
chr10	115987931	rs11196661	A	C	99.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=1.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=3;PP=35;ReadPosRankSum=0.765;SC=GTGATCACCAATAGGACATCT;SOR=0.941;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=1;TCR=6;TR=3;WE=115987939;WS=115987921;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,5:0.56:9
chr10	115991124	rs34511189	G	A	64.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.828;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.63;ReadPosRankSum=0.897;SOR=0.425;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,3:0.21:14
chr10	115991133	rs35101269	C	T	87.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.507;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.16;ReadPosRankSum=-0.170;SOR=0.465;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,4:0.24:17
chr10	115991227	rs66725970	AT	A	192.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.641;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FS=1.972;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.72;ReadPosRankSum=1.242;SOR=0.933;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:88,24:0.21:112
chr10	116008331	rs71484935	T	C	511.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-1.307;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=3;PP=365;ReadPosRankSum=0.115;SC=TTTCTAGTTATTGTGGTGAGG;SOR=0.446;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=43;TCF=38;TCR=5;TR=22;WE=116008339;WS=116008321;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,23:0.51:45
chr10	116008497	rs9664945	G	A	1520.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.167;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=379;ExcessHet=3.0103;FS=3.788;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.03;ReadPosRankSum=-1.608;SOR=0.872;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:276,101:0.27:377
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chr10	116013367	rs59164459	CT	C	7517.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.986;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=361;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.294;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=1.346;NF=14;NR=80;PP=2964;ReadPosRankSum=-0.268;SC=GCCTCCTCCCCTCTCAGCATT;SOR=0.771;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=146;TCF=27;TCR=119;TR=94;WE=116013375;WS=116013357;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:132,221:0.63:353
chr10	116020974	rs71484937	C	G	1610.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.728;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=296;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.753;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=23;PP=749;ReadPosRankSum=1.078;SC=AGTTCAGTTCCACTCCTCATC;SOR=0.874;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=184;TCF=109;TCR=75;TR=64;WE=116020982;WS=116020964;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:194,96:0.33:290
chr10	116032519	rs597371	A	G	3506.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.442;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.549;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=39;PP=1538;ReadPosRankSum=-0.414;SC=ACGGAGACGGAACTTGCTCTG;SOR=0.780;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=137;TCF=78;TCR=59;TR=93;WE=116032527;WS=116032509;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,158:0.71:221
chr10	116058933	rs1889450	G	A	662.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=19;NR=4;PP=466;SC=TTGAGAAGGTGTGGTGACAGC;SOR=2.925;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=19;TCR=4;TR=23;WE=116058941;WS=116058923;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr10	116060194	rs3214266	A	AG	7503.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=25;NR=75;PP=2936;SC=CCTGCAGGGGAGGCCTGTACC;SOR=0.741;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=102;TCF=26;TCR=76;TR=100;WE=116060202;WS=116060184;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,213:1.00:213
chr10	116060387	rs2286396	T	C	10858.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.901;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=421;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=126;NR=128;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.082;SC=CCAGGTACACTCGGTCAGATT;SOR=0.727;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=257;TCF=127;TCR=130;TR=254;WE=116060395;WS=116060377;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,413:0.99:417
chr10	116062257	.	A	G	931.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.222;ClippingRankSum=0.000;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.651;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=21;PP=455;ReadPosRankSum=3.356;SC=GAACGAGGCCAAGAGAGACAT;SOR=0.616;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=114;TCF=44;TCR=70;TR=36;WE=116062265;WS=116062247;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:100,49:0.33:149
chr10	116068176	rs581327	A	G	2337.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=1.372;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.452;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=17;PP=1488;ReadPosRankSum=-0.787;SC=TTCCCCTCCCAACCACATGAT;SOR=2.226;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=81;TCF=63;TCR=18;TR=78;WE=116068184;WS=116068166;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,91:0.98:93
chr10	116073696	rs3813722	C	T	6635.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=260;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=98;NR=71;PP=2918;SC=CATTCATCGGCGTGATCTTCA;SOR=0.918;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=169;TCF=98;TCR=71;TR=169;WE=116073704;WS=116073686;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,254:1.00:254
chr10	116075228	rs694883	A	G	1018.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=24;NR=4;PP=613;SC=GAAACCTCTGAGGTCAGGGAC;SOR=2.368;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=28;TCF=24;TCR=4;TR=28;WE=116075236;WS=116075218;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr10	116075271	rs377755078	T	TCC	2475.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=13;PP=980;SC=CCCTGCCCCTTCCCCAAGGAG;SOR=1.649;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=32;TCF=18;TCR=14;TR=30;WE=116075279;WS=116075261;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr10	116079505	rs10885547	G	A	2540.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=19;NR=49;PP=1374;SC=AGACCCAGATGTGGCAACTCG;SOR=1.536;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=68;TCF=19;TCR=49;TR=68;WE=116079513;WS=116079495;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr10	116085639	rs75926928	G	A	304.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.619;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=10.381;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.35;MQRankSum=0.569;QD=5.17;ReadPosRankSum=-1.742;SOR=0.100;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:40,19:0.32:59
chr10	116085784	rs74928179	C	CCCG	6624.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.64;BaseQRankSum=0.695;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=264;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=55;PP=2184;ReadPosRankSum=-0.521;SC=GAGATCTGGCCCAAGGTCAGG;SOR=0.733;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=85;TCF=26;TCR=59;TR=80;WE=116085792;WS=116085772;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,255:0.99:257
chr10	116091555	rs10787524	T	C	3026.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=30;NR=39;PP=1197;SC=CCTGAACTGATGCTTACCATC;SOR=0.914;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=69;TCF=30;TCR=39;TR=69;WE=116091563;WS=116091545;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr10	116100320	rs4752395	T	G	3018.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=57;NR=31;PP=1667;SC=AACCATCTCTTTTGGCGTGGA;SOR=1.365;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=88;TCF=57;TCR=31;TR=88;WE=116100328;WS=116100310;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr10	116196198	rs74160409	G	A	448.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-1.900;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.659;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=17;PP=248;ReadPosRankSum=-0.186;SC=GGCCTTGAGCGTTGCTCTATA;SOR=0.235;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=69;TCF=16;TCR=53;TR=24;WE=116196206;WS=116196188;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,26:0.33:78
chr10	116199175	rs941853	G	A	184.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=1.993;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=8;PP=140;ReadPosRankSum=0.593;SC=TTGCTGTATAGGAACAGGAAT;SOR=0.892;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=23;TCF=3;TCR=20;TR=9;WE=116199183;WS=116199165;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,9:0.35:26
chr10	116209970	rs11384652	T	TA	49.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.864;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=1.941;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.99;ReadPosRankSum=0.818;SOR=0.252;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,7:0.28:25
chr10	116209978	.	A	AAC	37.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.414;ClippingRankSum=0.000;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=5.704;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.51;ReadPosRankSum=0.260;SOR=2.428;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,4:0.16:25
chr10	116222749	rs7920878	G	A	239.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.216;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=5;PP=117;ReadPosRankSum=0.500;SC=CCTTCCCAGGGTGCTAATAAA;SOR=0.646;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=51;TCF=29;TCR=22;TR=13;WE=116222757;WS=116222739;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,19:0.25:77
chr10	116225365	rs7899255	G	A	339.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.870;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=4;PP=156;ReadPosRankSum=-0.076;SC=ATGTTTAGTCGTTGATTTTTC;SOR=0.573;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=37;TCF=28;TCR=9;TR=14;WE=116225373;WS=116225355;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,19:0.36:53
chr10	116228048	rs1815248	G	T	204.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.489;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.045;HP=6;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=7;PP=99;ReadPosRankSum=0.712;SC=TTGTTTGTTTGTTTGAGATGG;SOR=0.227;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=41;TCF=8;TCR=33;TR=10;WE=116228056;WS=116228038;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,14:0.25:55
chr10	116304958	rs10885579	C	T	243.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-1.697;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=3;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=8;PP=123;ReadPosRankSum=2.168;SC=AAGGGCAGGACATATTTCTCC;SOR=0.737;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=34;TCF=5;TCR=29;TR=9;WE=116304979;WS=116304948;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,13:0.32:40
chr10	116304971	rs2483595	T	C	793.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=3;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=19;PP=563;SC=ATTTCTCCCCTGCCCAGTGTT;SOR=4.091;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=20;TCF=1;TCR=19;TR=20;WE=116304979;WS=116304948;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr10	116307340	rs41284354	C	G	1049.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-2.494;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.855;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=13;PP=589;ReadPosRankSum=0.505;SC=CCCCTGAGACCAGGACCTGCA;SOR=0.304;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=60;TCF=42;TCR=18;TR=41;WE=116307348;WS=116307330;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,50:0.68:73
chr10	116307504	rs2247528	A	G	6517.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.696;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=261;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=83;NR=80;PP=2801;ReadPosRankSum=-0.265;SC=GCGCCTGCCCATTCTTGATAT;SOR=0.709;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=166;TCF=84;TCR=82;TR=163;WE=116307512;WS=116307494;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,254:0.99:256
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chr10	116734256	rs111781475	A	T	415.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=0.865;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=8;PP=175;ReadPosRankSum=-2.726;SC=TAGGAACTGAACTCTTGCTGC;SOR=0.904;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=32;TCF=13;TCR=19;TR=12;WE=116734264;WS=116734246;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,23:0.37:62
chr10	116853177	rs2484265	C	G	300.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=1;PP=206;SC=CCCTCCTCCTCCCGGTCAGGT;SOR=3.258;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=8;TCR=1;TR=9;WE=116853185;WS=116853169;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr10	116853692	rs74561952	G	A	3049.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.427;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.534;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=48;PP=1411;ReadPosRankSum=-1.329;SC=CCCAGTCCAAGCCGTGCGAGA;SOR=0.651;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=135;TCF=62;TCR=73;TR=90;WE=116853700;WS=116853682;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,141:0.67:210
chr10	116856543	rs1264777	T	C	572.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=1;NR=14;PP=363;SC=TCTTCTGTTTTCATTTGAAAA;SOR=3.056;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=15;TCF=1;TCR=14;TR=15;WE=116856551;WS=116856533;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr10	116931101	rs3086141	C	CTT	2004.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=25;PP=1347;SC=ATGTTTTTCTCTAATAAAATC;SOR=1.863;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=30;TCF=1;TCR=29;TR=26;WE=116931109;WS=116931091;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr10	117075175	rs1953758	G	A	2397.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=20;NR=35;PP=1135;SC=ATGCACCACAGTGAGATGGTT;SOR=1.216;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=56;TCF=20;TCR=36;TR=55;WE=117075183;WS=117075165;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr10	117093983	rs112900527	A	G	692.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.908;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.791;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=19;PP=355;ReadPosRankSum=1.566;SC=AAAGATAATTAAGAAAGCAGC;SOR=0.495;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=82;TCF=27;TCR=55;TR=30;WE=117093991;WS=117093973;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,37:0.39:95
chr10	117228794	rs10885721	A	G	1138.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-0.119;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.739;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=14;PP=384;ReadPosRankSum=1.232;SC=CTAACATTACATTCTATGTGT;SOR=0.585;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=46;TCF=25;TCR=21;TR=29;WE=117228802;WS=117228784;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,55:0.61:90
chr10	117278988	rs6421370	G	C	331.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=0;NR=10;PP=277;SC=TCCCACAGAGGAGAGGTAACA;SOR=4.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=0;TCR=10;TR=10;WE=117278996;WS=117278978;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr10	117309098	rs1336108	G	A	148.79	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.812;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=16.53;ReadPosRankSum=0.319;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,7:0.78:9
chr10	117357169	rs11197326	G	A	146.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.759;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.12;ReadPosRankSum=-0.182;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,10:0.42:24
chr10	117357264	rs11197327	G	A	64.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.61;BaseQRankSum=2.932;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=31;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=2;PP=46;ReadPosRankSum=0.803;SC=CACCATGTTGGCCAGACTGGA;SOR=1.022;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=11;TCF=6;TCR=5;TR=5;WE=117357272;WS=117357254;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,5:0.29:17
chr10	117486763	rs2254619	G	T	4569.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.330;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=325;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.536;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=48;PP=1737;ReadPosRankSum=1.704;SC=TCCAGCAACTGCTTCGAGAAC;SOR=0.781;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=171;TCF=89;TCR=82;TR=106;WE=117486771;WS=117486753;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:110,212:0.66:322
chr10	117856379	rs66851912	TGCACAC	T	253.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.542;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.455;HP=1;HapScore=4;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=14;PP=506;ReadPosRankSum=-0.790;SC=TGCCTTTTTCTGCACACGCAC;SOR=0.403;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=37;TCF=1;TCR=36;TR=14;WE=117856400;WS=117856369;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,12:0.29:42
chr10	117856392	rs7910122	G	A	437.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.388;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.286;HP=2;HapScore=4;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=21;PP=1111;ReadPosRankSum=1.426;SC=ACACGCACACGCACACACACA;SOR=0.495;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=49;TCF=14;TCR=35;TR=31;WE=117856400;WS=117856369;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,22:0.52:42
chr10	117884950	rs2245020	G	A	927.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-0.770;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.575;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=17;PP=363;ReadPosRankSum=0.175;SC=TGCAGACATCGTTGGACACGC;SOR=0.623;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=107;TCF=58;TCR=49;TR=34;WE=117884958;WS=117884940;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:129,60:0.32:189
chr10	117971016	rs7090693	T	C	3049.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=48;NR=21;PP=1478;SC=CCTCATGGTGTCCCTGAGGGC;SOR=1.371;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=69;TCF=48;TCR=21;TR=69;WE=117971024;WS=117971006;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr10	117986207	rs7094346	G	T	993.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.84;SOR=1.151;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr10	118031376	rs2532691	C	A	3805.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.37;SOR=0.834;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,150:1.00:150
chr10	118031619	rs2577360	G	A	317.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=7;PP=245;SC=GGAGCTCAGCGTGCAGCGATC;SOR=1.179;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=4;TCR=7;TR=11;WE=118031627;WS=118031609;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr10	118101487	rs139493735	AT	A	36.70	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.67;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=0;PP=51;SC=ATTTTAAATAATTAAGGAAAA;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=2;TCF=2;TCR=0;TR=2;WE=118101495;WS=118101477;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr10	118187399	rs10787669	T	G	556.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.83;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr10	118187405	rs10787670	T	C	556.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.83;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr10	118196141	rs11197681	T	G	322.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.955;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=2;PP=177;ReadPosRankSum=-1.544;SC=CAAAATTAAATTCTACTTTAA;SOR=0.807;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=39;TCF=29;TCR=10;TR=12;WE=118196149;WS=118196131;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,16:0.36:44
chr10	118215150	rs34077637	C	CT	355.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.281;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.9999;FS=0.000;HP=10;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.471;NF=6;NR=1;PP=104;ReadPosRankSum=1.659;SC=CATGTTGATCCTTTTTTTTTT;SOR=1.609;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=11;TCF=9;TCR=2;TR=7;WE=118215158;WS=118215140;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,18:0.95:19
chr10	118228763	rs7077408	T	C	1369.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.148;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.877;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=18;PP=684;ReadPosRankSum=0.752;SC=TAGATTTCACTTCAAAAATAT;SOR=0.846;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=64;TCF=35;TCR=29;TR=45;WE=118228771;WS=118228753;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,63:0.66:95
chr10	118231305	rs10510020	A	G	1788.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=0.937;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.336;HP=2;HapScore=2;MGOF=29;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=22;PP=766;ReadPosRankSum=-2.802;SC=TGTCTGTTAAACTCAGTGGAA;SOR=0.597;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=66;TCF=34;TCR=32;TR=42;WE=118231313;WS=118231295;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,82:0.64:128
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chr10	118231363	rs1897519	A	G	5521.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.89;SOR=0.709;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr10	118231406	rs10749217	A	C	782.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.024;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.560;HP=2;HapScore=3;MGOF=35;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=16;PP=815;ReadPosRankSum=0.333;SC=GCAGAGTGAGAAACTGACGCT;SOR=0.966;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=69;TCF=30;TCR=39;TR=26;WE=118231421;WS=118231396;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,42:0.40:105
chr10	118231413	rs10885939	C	T	1335.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.370;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.005;HP=1;HapScore=3;MGOF=35;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=20;PP=1378;ReadPosRankSum=-0.410;SC=GAGAAACTGACGCTTTGCACA;SOR=0.356;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=65;TCF=27;TCR=38;TR=39;WE=118231421;WS=118231396;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,62:0.60:103
chr10	118310802	rs34277255	CA	C	1018.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.163;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FS=4.090;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.12;MQRankSum=0.000;QD=14.55;ReadPosRankSum=0.462;SOR=0.734;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:6,64:0.91:70
chr10	118313116	rs2915749	T	C	761.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-1.200;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.432;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=16;PP=428;ReadPosRankSum=-0.955;SC=TATGTAAATATACTTTATGAT;SOR=0.540;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=98;TCF=59;TCR=39;TR=37;WE=118313124;WS=118313106;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:96,47:0.33:143
chr10	118313265	rs2915748	T	C	1453.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.842;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=287;ExcessHet=3.0103;FS=2.836;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.14;ReadPosRankSum=-0.138;SOR=0.904;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:195,88:0.31:283
chr10	118313456	rs376199043	T	TA	72.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.501;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.16;ReadPosRankSum=1.616;SOR=1.460;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,9:0.39:23
chr10	118351905	rs1867991	A	C	2332.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=47;NR=22;PP=1460;SC=CGAAAACATGAAGCACTTCTG;SOR=1.423;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=69;TCF=47;TCR=22;TR=69;WE=118351913;WS=118351895;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr10	118355695	rs2915765	A	T	13830.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.289;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=526;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=198;NR=124;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.986;SC=ACAGCAAAAAATGTCCTGAAA;SOR=0.788;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=323;TCF=198;TCR=125;TR=322;WE=118355703;WS=118355685;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,521:0.99:524
chr10	118357490	rs2915764	C	T	9397.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.665;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=361;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.223;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=100;NR=118;PP=2965;ReadPosRankSum=0.853;SC=GCTGTGAGCACGCACAACTGT;SOR=0.388;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=218;TCF=100;TCR=118;TR=218;WE=118357498;WS=118357480;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,354:1.00:355
chr10	118359461	rs17735613	A	G	940.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=23;NR=4;PP=669;SC=TTCTGAAAATACGGTCCTACT;SOR=2.694;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=27;TCF=23;TCR=4;TR=27;WE=118359469;WS=118359451;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr10	118359548	rs3816355	T	C	3562.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=63;NR=39;PP=1865;SC=TCTCCTTATTTGTTTTCCCAG;SOR=1.078;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=102;TCF=63;TCR=39;TR=102;WE=118359556;WS=118359538;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr10	118363642	rs3010501	T	C	3792.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=36;NR=64;PP=2081;SC=ACCAGTACAGTATCTTCAGGT;SOR=1.195;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=100;TCF=36;TCR=64;TR=100;WE=118363650;WS=118363632;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,139:1.00:139
chr10	118364818	rs2915754	G	T	654.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=20;NR=0;PP=552;SC=TAATCTAGAAGAGAAAACAGC;SOR=6.184;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=20;TCR=0;TR=20;WE=118364826;WS=118364814;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr10	118364842	rs2915753	A	G	1216.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=31;NR=6;PP=959;SC=CTGGCATTGTATGGTAATTAG;SOR=2.891;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=31;TCR=6;TR=37;WE=118364850;WS=118364832;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr10	118368493	rs201976882	CCAAAA	C	9344.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=252;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=63.83;QD=38.30;SOR=0.850;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,244:1.00:244
chr10	118368606	rs1049125	T	C	9649.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.770;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=394;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.960;NF=109;NR=131;PP=2965;ReadPosRankSum=0.933;SC=GAAGACACGCTGCTCACCCTC;SOR=0.831;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=243;TCF=111;TCR=132;TR=240;WE=118368614;WS=118368596;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,385:0.99:389
chr10	118380345	rs12415178	C	T	1768.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=28;NR=20;PP=788;SC=TATGTGTTTACGATAAGTTAG;SOR=0.941;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=49;TCF=29;TCR=20;TR=48;WE=118380353;WS=118380335;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr10	118380387	rs12412456	A	G	2638.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=33;NR=31;PP=1085;SC=TGCCTTATCTATCCTGCCCCG;SOR=0.732;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=64;TCF=33;TCR=31;TR=64;WE=118380395;WS=118380377;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr10	118380511	rs3010502	A	G	1960.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.80;SOR=0.984;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr10	118380629	rs3214321	TC	T	1059.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=8;PP=799;SC=GCTGTCTAACTCCCTGTGCAC;SOR=1.402;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=13;TCR=8;TR=21;WE=118380637;WS=118380619;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr10	118383382	rs12256398	C	T	2812.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=1.108;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.210;NF=50;NR=34;PP=1733;ReadPosRankSum=-0.416;SC=CTCTGTCCTGCAGAGTTTTCC;SOR=1.103;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=84;TCF=50;TCR=34;TR=84;WE=118383390;WS=118383372;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,102:0.98:104
chr10	118383463	rs56189579	A	AG	7559.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=26;NR=63;PP=2957;SC=CTAGGAAAAGAGTCTGCTACG;SOR=0.817;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=89;TCF=26;TCR=63;TR=89;WE=118383471;WS=118383453;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,204:1.00:204
chr10	118383703	rs2286776	C	T	538.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=16;PP=445;SC=AGTCACTGCCCTGGAATTTTC;SOR=3.500;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=18;TCF=2;TCR=16;TR=18;WE=118383711;WS=118383693;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr10	118386325	rs9787637	C	A	2045.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=27;NR=23;PP=1089;SC=GGGGTGTGCACCTGGGGGCTG;SOR=0.892;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=50;TCF=27;TCR=23;TR=50;WE=118386333;WS=118386315;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr10	118387137	rs7092580	A	G	690.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=19;NR=3;PP=563;SC=TGCAAATAGGAAGCGGGGTCG;SOR=3.258;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=19;TCR=3;TR=22;WE=118387160;WS=118387127;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr10	118387148	rs12768167	C	T	1096.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.87;SOR=3.014;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr10	118387152	rs12768516	G	A	1152.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.70;SOR=2.753;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr10	118387282	rs11544712	A	G	4730.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=64;NR=52;PP=2245;SC=AGACGCAGCTAGGGTACAGCC;SOR=0.825;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=117;TCF=64;TCR=53;TR=116;WE=118387290;WS=118387272;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,175:1.00:175
chr10	118387454	rs12768804	C	T	815.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=25;PP=685;SC=CCTCGGCCAGCGCCTTTCCGA;SOR=3.690;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=28;TCF=3;TCR=25;TR=28;WE=118387462;WS=118387444;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
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chr10	118391063	rs10885995	C	A	723.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=16;PP=458;SC=ACTGAGGATCCGAAAAATTAC;SOR=2.215;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=4;TCR=16;TR=20;WE=118391071;WS=118391053;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr10	118394551	rs2286779	G	C	1726.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=29;PP=933;SC=TAGAACAGAAGAAAGAGATGT;SOR=1.270;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=43;TCF=14;TCR=29;TR=43;WE=118394559;WS=118394541;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr10	118396278	rs11197776	G	T	1456.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.607;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=4;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=18;PP=617;ReadPosRankSum=-0.693;SC=ACAAATTATGGTTTTTTTTTT;SOR=0.501;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=53;TCF=34;TCR=19;TR=49;WE=118396286;WS=118396266;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:6,66:0.92:72
chr10	118397884	rs4751995	A	G	2260.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.48;SOR=0.770;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr10	118397894	rs4751996	A	G	2326.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.62;SOR=0.900;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr10	118397971	rs10885997	A	G	1310.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=37;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=17;NR=22;PP=693;SC=ATGAAAACTCAAAACAATATG;SOR=0.900;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=39;TCF=17;TCR=22;TR=39;WE=118397979;WS=118397961;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr10	118398046	rs7910135	C	A	727.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=6;NR=15;PP=405;SC=ATTATTCAAACTTGATTGAGT;SOR=1.382;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=21;TCF=6;TCR=15;TR=21;WE=118398054;WS=118398036;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr10	118404620	rs2301179	A	G	3817.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.335;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=261;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=61;PP=1862;ReadPosRankSum=0.892;SC=AACGTGGTGCAGCTATTGCGG;SOR=0.703;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=178;TCF=90;TCR=88;TR=124;WE=118404628;WS=118404596;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,177:0.69:258
chr10	118404700	rs2301178	G	A	2704.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.982;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.060;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=48;PP=1194;ReadPosRankSum=1.305;SC=TTCTGGGTTCGCATTTCAGAA;SOR=0.888;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=103;TCF=35;TCR=68;TR=70;WE=118404708;WS=118404690;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,122:0.69:177
chr10	118436068	rs2166634	G	T	730.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.119;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.259;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=22;PP=450;ReadPosRankSum=-0.365;SC=ACGATACCCAGGCTTATCTGC;SOR=1.082;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=99;TCF=39;TCR=60;TR=31;WE=118436076;WS=118436058;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:110,45:0.29:155
chr10	118451699	rs740595	T	C	622.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.616;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.864;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=2;PP=294;ReadPosRankSum=-0.701;SC=AGGAAAGGGATGGCTCCTTGT;SOR=1.418;SbPval=0.93;Source=Platypus;TC=33;TCF=25;TCR=8;TR=17;WE=118451707;WS=118451689;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,29:0.60:48
chr10	118451810	rs733216	A	G	3399.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.355;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=263;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.473;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=29;PP=1401;ReadPosRankSum=-0.082;SC=ACCACCCTGGACATCTTGAGT;SOR=0.748;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=147;TCF=90;TCR=57;TR=81;WE=118451818;WS=118451800;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:98,156:0.61:254
chr10	118452044	rs2240711	G	T	1666.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.873;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.719;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=43;PP=1019;ReadPosRankSum=-0.484;SC=GCCTCCTGTGGCTTCACTGAA;SOR=0.828;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=96;TCF=32;TCR=64;TR=62;WE=118452052;WS=118452034;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,75:0.61:123
chr10	118452099	rs2240710	C	G	654.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=2.978;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.345;HP=4;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=21;PP=500;ReadPosRankSum=1.970;SC=GTTTCAGGGTCCCCCAAACTT;SOR=2.833;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=39;TCF=6;TCR=33;TR=23;WE=118452107;WS=118452089;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,24:0.57:42
chr10	118466662	rs144733258	GCGCACA	G	514.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.197;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=21.45;ReadPosRankSum=1.690;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,18:0.75:24
chr10	118501765	rs3095121	A	C	712.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=8;PP=318;SC=GGTCCACCGGACCCCGGCCCC;SOR=0.765;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=8;TCR=8;TR=16;WE=118501773;WS=118501755;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr10	118616110	rs7083543	C	T	2419.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=2.103;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=42;PP=1180;ReadPosRankSum=-0.063;SC=TGAGCACCGCCGTGCAGTGGG;SOR=0.654;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=112;TCF=46;TCR=66;TR=72;WE=118616118;WS=118616100;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,111:0.60:186
chr10	118620459	rs11197835	A	C	2123.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=2.862;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=370;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=29;PP=1095;ReadPosRankSum=-1.241;SC=ATATCGCTCTACTGAAGCACA;SOR=0.716;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=237;TCF=144;TCR=93;TR=77;WE=118620467;WS=118620449;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:245,116:0.32:361
chr10	118628036	rs1637571	G	A	312.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=0.521;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.620;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=1;PP=168;ReadPosRankSum=1.065;SC=GTGTGTGTGCGTGTATGTGTG;SOR=0.138;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=37;TCF=36;TCR=1;TR=13;WE=118628044;WS=118628026;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,16:0.38:42
chr10	118633548	rs1637574	A	G	2713.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=54;NR=15;PP=1646;SC=TGAATTCATTATTTATCCCTT;SOR=1.906;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=69;TCF=54;TCR=15;TR=69;WE=118633556;WS=118633538;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr10	118643670	rs2257791	G	A	1080.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.975;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.592;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=15;PP=550;ReadPosRankSum=1.338;SC=TAAGCAGGACGTATGTAAGTT;SOR=0.766;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=117;TCF=75;TCR=42;TR=41;WE=118643678;WS=118643660;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:117,60:0.34:177
chr10	118645834	rs17095398	G	A	630.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-1.104;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.257;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=4;PP=439;ReadPosRankSum=-1.338;SC=TTCCAAACATGTCAGGCTTCT;SOR=1.427;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=80;TCF=61;TCR=19;TR=27;WE=118645842;WS=118645824;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,31:0.35:89
chr10	118646129	rs2531685	G	C	964.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.227;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.376;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=21;PP=432;ReadPosRankSum=-0.900;SC=AGAGAAAATAGTTGTCTCTGA;SOR=0.306;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=92;TCF=18;TCR=74;TR=28;WE=118646137;WS=118646119;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,47:0.38:125
chr10	118667346	rs2531690	A	C	2490.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.450;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=480;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=45;PP=995;ReadPosRankSum=-2.248;SC=TTGTCCACCAAGGCTAATAAT;SOR=0.694;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=290;TCF=161;TCR=129;TR=99;WE=118667354;WS=118667336;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:319,151:0.32:470
chr10	118708315	rs10595325	GAGA	G	1312.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=7;NR=9;PP=764;SC=CACAATATAGGAGAAGATTTT;SOR=1.329;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=19;TCF=9;TCR=10;TR=16;WE=118708325;WS=118708305;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr10	118711531	rs147897295	G	GA	911.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-2.487;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.961;HP=11;HapScore=3;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQ=60.66;MQRankSum=1.456;NF=0;NR=29;PP=543;ReadPosRankSum=-0.467;SC=CATTTTTAAAGAAAAAAAATA;SOR=0.249;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=54;TCF=0;TCR=54;TR=29;WE=118711539;WS=118711521;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,47:0.73:64
chr10	118891992	.	GA	G	65.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.031;ClippingRankSum=0.000;DP=95;ExcessHet=3.0103;FS=2.608;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.11;MQRankSum=1.953;QD=0.88;ReadPosRankSum=0.259;SOR=0.360;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:59,16:0.21:75
chr10	118897621	rs115988300	A	G	224.10	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.455;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.19;ReadPosRankSum=-1.596;SOR=0.914;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,18:0.82:22
chr10	119001151	rs2619094	A	C	754.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=7;PP=407;SC=TGGGGGGTCCACGGCCGCCTT;SOR=1.609;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=15;TCR=7;TR=22;WE=119001159;WS=119001141;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr10	119013079	.	GT	G	24	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;FR=0.5000;HP=7;HapScore=4;MGOF=7;MMLQ=24;MQ=58.13;NF=3;NR=0;PP=24;QD=13.6666666667;SC=GGCGGGGGGGGTCGTGGTTGG;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=7;TCR=0;TR=3;WE=119013088;WS=119013069;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:4,3:0.43:7
chr10	119013080	rs2256299	T	G	90.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.108;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=11.35;ReadPosRankSum=-0.703;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,5:0.62:8
chr10	119014023	rs2072362	C	T	1233.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=11;NR=25;PP=660;SC=GTAAGGCCCCCGTGTAGGCAA;SOR=1.414;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=36;TCF=11;TCR=25;TR=36;WE=119014031;WS=119014013;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr10	119014929	rs363419	C	T	1105.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.797;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FS=1.125;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.98;ReadPosRankSum=-0.653;SOR=0.586;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:153,69:0.31:222
chr10	119014931	rs363420	C	T	5839.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.404;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.160;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=64;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.695;SC=TGCTGGCACGCGCTTGGGCCA;SOR=0.809;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=152;TCF=70;TCR=82;TR=115;WE=119014939;WS=119014919;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,155:0.71:218
chr10	119014948	rs363343	C	A	5742.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.300;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=63;PP=1898;ReadPosRankSum=-1.674;SC=GCCACACCTGCTTTCTGAAGA;SOR=0.657;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=143;TCF=62;TCR=81;TR=110;WE=119014956;WS=119014938;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,147:0.72:204
chr10	119026401	rs363266	T	C	1739.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=19;NR=33;PP=1197;SC=TTTCTGCCTTTGCTGTTACAA;SOR=1.292;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=52;TCF=19;TCR=33;TR=52;WE=119026409;WS=119026391;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr10	119026566	rs363227	T	C	3278.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=40;NR=55;PP=1527;SC=AGATGGCATTTGACAAGTGGG;SOR=0.954;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=96;TCF=41;TCR=55;TR=95;WE=119026574;WS=119026556;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
chr10	119027123	rs363228	C	A	671.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=16;NR=4;PP=443;SC=TCAAGACTTTCCGAGATGATT;SOR=1.893;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=22;TCF=17;TCR=5;TR=20;WE=119027131;WS=119027113;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr10	119027411	rs363271	G	T	593.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=16;PP=426;SC=TCCGTGTAAAGACACCTGCTT;SOR=2.636;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=19;TCF=3;TCR=16;TR=19;WE=119027419;WS=119027401;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr10	119029515	rs363230	C	T	306.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=1.345;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=4;PP=160;ReadPosRankSum=-0.115;SC=AGACACACTCCCTGATATTCG;SOR=0.601;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=52;TCF=39;TCR=13;TR=15;WE=119029523;WS=119029505;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,18:0.27:66
chr10	119029744	rs363272	G	A	6230.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=80;NR=78;PP=2965;SC=ACCTCAATACGTAATGGATAA;SOR=0.693;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=158;TCF=80;TCR=78;TR=158;WE=119029752;WS=119029734;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,230:1.00:230
chr10	119042761	rs363293	C	T	5007.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=69;NR=46;PP=2212;SC=CATTTGAAAGCTTAAATAGAC;SOR=0.927;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=115;TCF=69;TCR=46;TR=115;WE=119042769;WS=119042751;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,188:1.00:188
chr10	119133968	rs3814230	G	C	4794.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.840;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=356;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.965;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=59;PP=1644;ReadPosRankSum=0.249;SC=CTTCAAACTGGGAGCGCACCT;SOR=0.551;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=192;TCF=105;TCR=87;TR=122;WE=119133976;WS=119133958;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:127,223:0.64:350
chr10	119134058	rs3814229	T	C	4583.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.826;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=339;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.076;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=68;PP=2072;ReadPosRankSum=-0.929;SC=AGCGCAGCCTTCCCACCACGC;SOR=0.784;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=206;TCF=94;TCR=112;TR=121;WE=119134066;WS=119134048;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:121,207:0.63:328
chr10	119307524	rs2240776	T	A	716.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=19;NR=4;PP=514;SC=AGGCACTTGATAGAAGGGTGC;SOR=2.925;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=24;TCF=19;TCR=5;TR=23;WE=119307532;WS=119307514;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr10	119768551	rs7923321	C	T	8100.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=310;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=116;NR=84;PP=2965;SC=ATGGTTCATACGGCACTCTGA;SOR=0.923;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=200;TCF=116;TCR=84;TR=200;WE=119768559;WS=119768541;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,306:1.00:306
chr10	119793442	rs11198243	G	A	755.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=0.147;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.059;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=7;PP=286;ReadPosRankSum=2.518;SC=GCTATTCCTCGTCAGGTGGGC;SOR=0.951;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=33;TCF=20;TCR=13;TR=21;WE=119793450;WS=119793432;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,36:0.63:57
chr10	119793629	rs2928118	C	T	781.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=9;NR=15;PP=503;SC=ACGCTACCACCGTACACAATT;SOR=1.179;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=9;TCR=15;TR=24;WE=119793637;WS=119793619;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr10	120070843	rs34120011	G	GA,GGA	510.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=10;HapScore=3;MGOF=2;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=23;NF=1,1;NR=12,12;PP=274,267;SC=TTACAAAGGAGAAAAAAAAAG;SOR=1.022;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=13;TCF=1;TCR=12;TR=13,13;WE=120070851;WS=120070833;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.50,0.50:26
chr10	120081948	rs853911	C	T	4702.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=50;NR=81;PP=2517;SC=TAACCTAAAACTAATCATGAG;SOR=1.121;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=131;TCF=50;TCR=81;TR=131;WE=120081956;WS=120081938;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,176:1.00:176
chr10	120095037	rs34302018	GA	G	3253.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.571;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.362;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=25;PP=1314;ReadPosRankSum=1.438;SC=GCATTAGCACGACGAACAACC;SOR=0.692;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=55;TCF=12;TCR=43;TR=33;WE=120095045;WS=120095027;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,93:0.64:145
chr10	120353910	rs1613448	T	C	5281.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=79;NR=59;PP=2965;SC=ACCACCACGATCACCACCAGC;SOR=0.976;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=139;TCF=79;TCR=60;TR=138;WE=120353918;WS=120353900;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,190:1.00:190
chr10	120354818	rs3740551	C	T	556.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-4.099;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.324;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=18;PP=341;ReadPosRankSum=-0.593;SC=ATCCGACCTCCTACACCAGCC;SOR=0.207;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=48;TCF=7;TCR=41;TR=22;WE=120354826;WS=120354808;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,26:0.49:53
chr10	120460715	rs2274314	G	T	2434.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=43;NR=20;PP=1271;SC=TTCAGAAGATGTTAACATTGG;SOR=1.321;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=63;TCF=43;TCR=20;TR=63;WE=120460723;WS=120460705;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr10	120803746	rs3740553	T	C	1365.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=7;NR=33;PP=1035;SC=TTTGTACTTATAACAATATGA;SOR=2.687;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=7;TCR=33;TR=40;WE=120803754;WS=120803736;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr10	120817450	rs10886375	A	G	5012.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=90;NR=37;PP=2965;SC=ATTTTTTAATAACTAAGATGC;SOR=1.542;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=127;TCF=90;TCR=37;TR=127;WE=120817458;WS=120817440;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,173:1.00:173
chr10	120818609	rs6585524	C	T	694.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=16;NR=4;PP=415;SC=CTATAGGAAACATATCATAAA;SOR=2.494;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=16;TCR=4;TR=20;WE=120818617;WS=120818599;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr10	120819453	rs10787901	A	G	363.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=40.42;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr10	120819458	rs10787902	T	C	331.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.47;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr10	120820224	rs3740555	C	A	1297.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=22;NR=7;PP=592;SC=GAGCACATAACATCACAAAAC;SOR=1.562;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=30;TCF=22;TCR=8;TR=29;WE=120820232;WS=120820214;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr10	120828969	rs7908387	A	G	721.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=18;NR=2;PP=378;SC=TTTGCATCTCATCTTGTGTGA;SOR=2.147;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=21;TCF=18;TCR=3;TR=20;WE=120828977;WS=120828959;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr10	120832872	rs1397616	T	C	288.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=1;PP=224;SC=AAACATCTACTTCAAAAGGAA;SOR=3.258;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=9;TCR=1;TR=10;WE=120832880;WS=120832862;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr10	120864868	rs1511033	T	C	793.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=20;NR=7;PP=586;SC=AGCGCAATCATCGCTCTCTGC;SOR=1.863;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=20;TCR=7;TR=27;WE=120864876;WS=120864858;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr10	120883117	rs372448900	CT	C	1741.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.665;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=367;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.06;MQRankSum=1.183;QD=6.50;ReadPosRankSum=-1.297;SOR=0.671;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:94,174:0.65:268
chr10	120896027	rs11198799	G	A	4652.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.62;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=55;NR=65;PP=2005;SC=ACCTAGCACCGTTTTCAGAAG;SOR=0.821;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=120;TCF=55;TCR=65;TR=120;WE=120896035;WS=120896017;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,181:1.00:181
chr10	120905940	.	CGTGTGT	C,CGT	4147.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.52;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=35;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=22;NF=2,2;NR=55,55;PP=425,1181;SC=TGAATCAGGGCGTGTGTGTGT;SOR=1.586;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=67;TCF=2;TCR=65;TR=57,57;WE=120905957;WS=120905930;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.25,0.75:110
chr10	120905972	rs7075068	T	C	1575.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.814;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.962;HP=2;HapScore=1;MGOF=46;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=37;PP=1138;ReadPosRankSum=-1.934;SC=TGTGTGTGTGTGCACGTGTGT;SOR=1.229;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=84;TCF=21;TCR=63;TR=47;WE=120905984;WS=120905962;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,74:0.61:121
chr10	120905976	rs33947324	C	CGT	3559.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.699;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=46;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=61;PP=2681;ReadPosRankSum=-0.739;SC=TGTGTGTGCACGTGTGTGTGT;SOR=0.965;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=64;TCF=2;TCR=62;TR=63;WE=120905984;WS=120905962;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:6,98:0.94:104
chr10	120917269	rs2420494	A	T	3821.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=90;NR=30;PP=2646;SC=AAAGTACTTAATTAGCAAATA;SOR=2.197;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=120;TCF=90;TCR=30;TR=120;WE=120917277;WS=120917259;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr10	120917445	rs2275111	G	A	11650.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.721;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=448;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=135;NR=169;PP=2965;ReadPosRankSum=1.484;SC=AAAACCTGCCGAGAGGGGCAA;SOR=0.839;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=308;TCF=137;TCR=171;TR=304;WE=120917453;WS=120917435;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,438:1.00:440
chr10	120919179	rs3740558	G	A	4420.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.886;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=73;NR=38;PP=2274;ReadPosRankSum=-0.923;SC=CTGAGGTTAGGAGGAGAGTGG;SOR=1.172;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=111;TCF=73;TCR=38;TR=111;WE=120919187;WS=120919169;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,165:0.99:167
chr10	120919246	rs2181118	T	C	6742.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=260;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=90;NR=75;PP=2866;SC=TCACCGTGGGTGCCATGAAAG;SOR=0.765;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=166;TCF=90;TCR=76;TR=165;WE=120919254;WS=120919236;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,257:1.00:257
chr10	120920588	rs10749291	T	C	4148.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=32;NR=70;PP=2345;SC=TCCAAGCTTCTTGTATCTTAA;SOR=1.366;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=102;TCF=32;TCR=70;TR=102;WE=120920596;WS=120920578;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,147:1.00:147
chr10	120923780	rs59832388	C	CT,CTTT	465.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.320;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.52;ReadPosRankSum=-0.208;SOR=0.653;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:6,13,11:0.43,0.37:30
chr10	120924874	rs933092	G	C	6233.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=69;NR=51;PP=2568;SC=TGCGTCCCCTGCCGCGCCCTA;SOR=0.870;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=120;TCF=69;TCR=51;TR=120;WE=120924882;WS=120924864;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,231:1.00:231
chr10	120928938	rs2271362	C	T	456.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-0.554;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=15;PP=270;ReadPosRankSum=-0.752;SC=GTCTTTAATTCTCCTTTTAAT;SOR=0.693;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=59;TCF=18;TCR=41;TR=21;WE=120928946;WS=120928928;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,25:0.37:68
chr10	120933324	rs3758609	G	A	544.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=12;NR=5;PP=298;SC=CACAGTTCACGTCGTGAAATT;SOR=1.508;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=17;TCF=12;TCR=5;TR=17;WE=120933332;WS=120933314;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr10	121093160	rs10886461	A	C	1238.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=19;NR=8;PP=531;SC=CAGGGAGACTACTTAGGTGCT;SOR=1.251;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=19;TCR=8;TR=27;WE=121093168;WS=121093150;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr10	121140321	rs2275036	C	T	592.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.610;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.114;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=7;PP=306;ReadPosRankSum=-0.096;SC=CTTTTCTTGTCTCCAGACAGA;SOR=1.044;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=31;TCF=20;TCR=11;TR=21;WE=121140329;WS=121140311;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,28:0.55:51
chr10	121140511	rs4751714	A	G	3871.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=28;NR=44;PP=1402;SC=CAAAGGAAAAAATAGATCTCA;SOR=1.044;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=73;TCF=29;TCR=44;TR=72;WE=121140519;WS=121140501;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr10	121140534	rs2275037	C	G	3269.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=22;NR=41;PP=1139;SC=GGTTAGAAGACTGAGGAATAA;SOR=1.340;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=63;TCF=22;TCR=41;TR=63;WE=121140542;WS=121140524;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr10	121156151	rs41284420	C	T	561.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.482;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.826;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=7;PP=142;ReadPosRankSum=0.932;SC=GGTTCTGTAACTATAAGAAGC;SOR=0.580;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=52;TCF=31;TCR=21;TR=17;WE=121156159;WS=121156141;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,32:0.36:89
chr10	121190113	rs915120	T	C	440.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=12;PP=281;SC=TCAGTGGCCTTGGGGCTATCA;SOR=2.179;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=3;TCR=12;TR=15;WE=121190121;WS=121190103;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr10	121199189	rs2245364	T	C	10081.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=376;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=138;NR=84;PP=2965;SC=GATGCCAGTGTATCCTACCTG;SOR=1.004;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=222;TCF=138;TCR=84;TR=222;WE=121199197;WS=121199179;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,373:1.00:373
chr10	121199437	rs915116	T	C	1686.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=46;PP=1113;SC=AAGCTGTGAGTGTGAACAGAG;SOR=2.658;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=57;TCF=11;TCR=46;TR=57;WE=121199445;WS=121199427;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr10	121201616	rs2275043	C	T	1589.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.115;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=32;PP=1719;ReadPosRankSum=1.622;SC=TGCTGGGCTGCCTGTGTCAAT;SOR=0.663;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=128;TCF=50;TCR=78;TR=54;WE=121201634;WS=121201606;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:120,81:0.40:201
chr10	121201626	rs2275044	T	C	2174.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.643;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=42;PP=2374;ReadPosRankSum=-0.092;SC=CCTGTGTCAATGCACCTTGAG;SOR=0.704;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=117;TCF=45;TCR=72;TR=67;WE=121201634;WS=121201606;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,106:0.59:181
chr10	121287019	rs3009921	G	A	1300.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=9;NR=24;PP=689;SC=CAGCACTGCCGTCACCATCAC;SOR=1.473;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=9;TCR=24;TR=33;WE=121287027;WS=121287009;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr10	121301983	rs12265024	C	T	274.79	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-1.723;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5002;FS=3.136;HP=4;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=5;PP=122;ReadPosRankSum=-1.055;SC=TGCGGTCGGCCGGGGCTCCAG;SOR=0.136;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=13;TCF=8;TCR=5;TR=11;WE=121301991;WS=121301973;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,13:0.87:15
chr10	121302216	.	CGAG	C	25	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;FR=0.5000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=3;NR=1;PP=25;QD=10.5;SC=CGGAGGAAGGCGAGGAGGAGG;SbPval=0.15;Source=Platypus;TC=19;TCF=7;TCR=12;TR=4;WE=121302226;WS=121302206;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:15,4:0.21:19
chr10	121338401	rs4752334	T	A	3325.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=27;NR=54;PP=1643;SC=AATAAGACTCTGTAAGATGAA;SOR=1.355;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=82;TCF=28;TCR=54;TR=81;WE=121338409;WS=121338391;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr10	121347839	rs146020828	TTTTC	T	1075.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.030;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.67;MQRankSum=1.860;QD=20.69;ReadPosRankSum=-0.705;SOR=0.979;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,32:0.62:52
chr10	121429633	rs2234962	T	C	2404.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.490;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.550;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=42;PP=911;ReadPosRankSum=-1.018;SC=AGATAAACAGTGTGGACAGGT;SOR=0.746;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=116;TCF=45;TCR=71;TR=67;WE=121429641;WS=121429623;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,115:0.61:188
chr10	121435955	rs196294	A	C	3275.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.512;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=244;ExcessHet=3.0103;FS=0.501;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.59;ReadPosRankSum=0.247;SOR=0.646;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:82,159:0.66:241
chr10	121436362	rs196295	A	G	3375.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=3.284;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.489;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=44;PP=1758;ReadPosRankSum=0.525;SC=TGGAGAAGGTACAGGGGCTGG;SOR=0.763;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=147;TCF=76;TCR=71;TR=92;WE=121436370;WS=121436352;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,147:0.62:237
chr10	121551581	rs2289306	A	C	5122.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.448;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=333;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.435;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=87;PP=2473;ReadPosRankSum=-0.167;SC=CAGGGTTTGCACTTGGGAAGA;SOR=0.726;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=203;TCF=82;TCR=121;TR=146;WE=121551589;WS=121551571;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:101,226:0.69:327
chr10	121557940	rs35547475	CTT	C	528.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-0.249;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.236;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.738;NF=8;NR=2;PP=340;ReadPosRankSum=0.481;SC=TTTAGACAATCTTAGTTCATT;SOR=1.569;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=13;TCF=10;TCR=3;TR=10;WE=121557949;WS=121557930;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,15:0.71:21
chr10	121565015	rs2273749	C	G	739.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.190;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FS=3.988;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.13;ReadPosRankSum=0.181;SOR=0.946;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:51,40:0.44:91
chr10	121571507	rs3781503	T	C	834.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-1.712;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=27;PP=504;ReadPosRankSum=-0.320;SC=CTTGCTTAACTGATGTTGGGA;SOR=0.869;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=51;TCF=8;TCR=43;TR=31;WE=121571515;WS=121571497;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,38:0.66:58
chr10	121586827	rs56055506	A	G	4297.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=2.083;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=305;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.415;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=77;NR=52;PP=2252;ReadPosRankSum=-2.142;SC=CAGAGACCAGATCTGTGTCTC;SOR=0.790;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=207;TCF=122;TCR=85;TR=129;WE=121586835;WS=121586817;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:116,188:0.62:304
chr10	121586939	rs150134182	G	T	2490.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.187;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=510;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=41;PP=1232;ReadPosRankSum=0.299;SC=GCAATTAGATGTCTCTCTTTC;SOR=0.699;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=315;TCF=169;TCR=146;TR=92;WE=121586947;WS=121586929;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:352,149:0.30:501
chr10	121591511	rs2273747	G	A	7555.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.782;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=479;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.590;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=109;NR=111;PP=2962;ReadPosRankSum=-2.208;SC=AATAATGGACGTGCGCCACTT;SOR=0.726;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=298;TCF=148;TCR=150;TR=220;WE=121591519;WS=121591501;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:127,346:0.73:473
chr10	121596498	rs34118671	C	T	4991.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.376;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=373;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.810;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=78;PP=2201;ReadPosRankSum=0.098;SC=AATCCACCTTCTGCCACGTTA;SOR=0.743;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=218;TCF=97;TCR=121;TR=140;WE=121596506;WS=121596488;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:136,234:0.63:370
chr10	121601895	rs61869087	A	G	734.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.566;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=29.39;ReadPosRankSum=-0.030;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,18:0.72:25
chr10	121601898	rs61869088	C	A	734.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.606;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=28.26;ReadPosRankSum=-0.116;SOR=1.270;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,19:0.73:26
chr10	121601977	rs7088166	C	G	1322.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.091;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.772;HP=1;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=17;PP=749;ReadPosRankSum=0.760;SC=CAGGATACAGCACTTACACTG;SOR=0.868;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=62;TCF=38;TCR=24;TR=45;WE=121601985;WS=121601967;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,61:0.60:101
chr10	121607324	rs17099343	C	T	362.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-1.150;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=9;PP=183;ReadPosRankSum=-1.495;SC=GATCAGGAAACAGACCTTAAA;SOR=0.458;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=26;TCF=8;TCR=18;TR=14;WE=121607332;WS=121607314;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,17:0.61:28
chr10	121618787	rs71924981	TAC	T	153.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;QD=19.22;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr10	121632139	rs11556854	C	G	2238.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.409;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.657;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=35;PP=925;ReadPosRankSum=-0.651;SC=CGGAGGCGATCCGCGGGCCGA;SOR=0.808;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=94;TCF=40;TCR=54;TR=60;WE=121632147;WS=121632129;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,102:0.68:149
chr10	121657801	rs144326454	CTG	C	419.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.476;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.628;HP=6;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.044;NF=11;NR=0;PP=388;ReadPosRankSum=-0.431;SC=AAAGAAAAAACTGTTTTTTTC;SOR=2.786;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=18;TCR=3;TR=11;WE=121657810;WS=121657791;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,12:0.52:23
chr10	121663483	rs2475304	C	T	307.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=5;PP=236;ReadPosRankSum=1.171;SC=CCACCTCTCTCGGCCTCCCAG;SOR=0.532;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=28;TCF=19;TCR=9;TR=14;WE=121663491;WS=121663473;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,16:0.43:37
chr10	121674228	rs142923544	A	AT	3311.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-3.044;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=293;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.669;HP=8;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=2.300;NF=21;NR=46;PP=1340;ReadPosRankSum=-0.071;SC=AGGTTTAAAAATTTTTTTTGA;SOR=0.459;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=131;TCF=55;TCR=76;TR=67;WE=121674236;WS=121674218;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:110,173:0.61:283
chr10	121677604	rs45590041	A	G	616.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-0.937;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=16;PP=341;ReadPosRankSum=-1.923;SC=TTGTTGAGTCATAACTGCTTT;SOR=0.527;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=28;TCF=6;TCR=22;TR=21;WE=121677612;WS=121677594;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,27:0.75:36
chr10	121678110	.	T	TTTTGTTTGTTTG	907.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.152;ClippingRankSum=0.000;DP=93;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.12;MQRankSum=0.771;QD=27.51;ReadPosRankSum=2.140;SOR=0.593;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,22:0.67:33
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chr10	121679013	rs2475298	A	G	5996.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=235;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=69;NR=64;PP=2636;SC=TGTTGAAAATAAAGAAGTCCT;SOR=0.773;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=134;TCF=70;TCR=64;TR=133;WE=121679021;WS=121679003;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,231:1.00:231
chr10	121685448	rs6585564	A	T	194.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=1.422;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=2;PP=123;ReadPosRankSum=0.764;SC=CCTAAGAAGTAGCTAATCATT;SOR=0.616;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=21;TCF=18;TCR=3;TR=10;WE=121685456;WS=121685438;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,10:0.40:25
chr10	121717932	rs11199132	G	A	2361.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.612;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.219;NF=36;NR=30;PP=1221;ReadPosRankSum=1.169;SC=CCAAGGGAATGTGAGCCTCTG;SOR=0.826;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=68;TCF=37;TCR=31;TR=66;WE=121717940;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,94:0.98:96
chr10	121717956	rs34665773	GT	G	1523.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.362;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=11;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.407;NF=14;NR=30;PP=714;ReadPosRankSum=-0.538;SC=GCAAGTGATGGTTTTTTTTTT;SOR=0.693;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=48;TCF=15;TCR=33;TR=44;WE=121717975;WS=121717946;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:6,86:0.93:92
chr10	121718112	rs11199134	C	T	3290.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=38;NR=38;PP=1512;SC=GCAGAAGTCACGAGCAGGGTG;SOR=0.709;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=76;TCF=38;TCR=38;TR=76;WE=121718120;WS=121718102;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr10	122216790	rs10886691	A	T	3722.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=72;NR=37;PP=2202;SC=GCACCAGCTGACGCCGCGGGA;SOR=1.393;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=109;TCF=72;TCR=37;TR=109;WE=122216798;WS=122216780;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,135:1.00:135
chr10	122263555	rs2478418	A	T	1308.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=11;NR=33;PP=964;SC=AAAGAGAAGGAGAGCAGCCCA;SOR=2.303;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=44;TCF=11;TCR=33;TR=44;WE=122263563;WS=122263545;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr10	122273276	rs5788426	CT	C	1393.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-1.022;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=5;PP=1103;ReadPosRankSum=-1.081;SC=ATACATCATCCTTTTTTTTTT;SOR=2.274;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=71;TCF=65;TCR=6;TR=61;WE=122273284;WS=122273266;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,67:0.97:69
chr10	122334561	rs4751791	C	T	3471.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=73;NR=30;PP=2074;SC=GTGTGCAAGACGGCAGACGGA;SOR=1.705;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=103;TCF=73;TCR=30;TR=103;WE=122334569;WS=122334551;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr10	122618148	rs2241846	G	C	2305.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-2.680;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.589;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=24;PP=999;ReadPosRankSum=0.609;SC=ATTTCTTCTTGATACAGGTTA;SOR=0.266;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=106;TCF=71;TCR=35;TR=63;WE=122618156;WS=122618138;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,105:0.68:154
chr10	122619466	rs10563638	TACAC	T	937.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=0.102;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.826;NF=15;NR=6;PP=872;ReadPosRankSum=-1.881;SC=GGAATATTGATACACACACAC;SOR=0.883;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=31;TCF=22;TCR=9;TR=21;WE=122619479;WS=122619456;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,32:0.68:47
chr10	122622121	rs3816173	A	C	127.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-1.834;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=1;PP=81;ReadPosRankSum=0.264;SC=TATGTTATGAATGCATAACAT;SOR=0.569;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=9;TCF=8;TCR=1;TR=7;WE=122622129;WS=122622116;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,7:0.70:10
chr10	122624679	rs10886789	G	A	3301.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.951;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.526;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=43;PP=1361;ReadPosRankSum=-1.531;SC=TGAATCAGACGGTGGGTGTGA;SOR=0.746;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=127;TCF=62;TCR=65;TR=83;WE=122624687;WS=122624669;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,152:0.68:222
chr10	122626038	rs2289335	C	T	2242.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.202;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.880;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=24;PP=1210;ReadPosRankSum=2.360;SC=GTAGTGGTATCGATATGGCTG;SOR=0.533;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=90;TCF=63;TCR=27;TR=74;WE=122626046;WS=122626028;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,95:0.79:121
chr10	122638073	rs1992274	T	A	320.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=0.358;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=7;PP=139;ReadPosRankSum=0.885;SC=AATTTTTTTTTATATTTCATG;SOR=0.573;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=15;TCF=4;TCR=11;TR=10;WE=122638081;WS=122638063;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,14:0.74:19
chr10	122640168	rs11453234	C	CA	221.79	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.892;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.06;ReadPosRankSum=-0.361;SOR=0.593;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,12:0.92:13
chr10	122640243	rs4751805	T	A	464.31	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.617;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=2.648;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.57;ReadPosRankSum=1.929;SOR=1.170;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,22:0.88:25
chr10	122643597	rs4752469	C	A	709.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.090;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.099;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=5;PP=334;ReadPosRankSum=-1.639;SC=CATATTAGTGCAATTCCAATT;SOR=1.329;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=33;TCF=21;TCR=12;TR=20;WE=122643605;WS=122643587;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,32:0.63:51
chr10	122643699	rs4752470	G	C	1286.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.105;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.30;ReadPosRankSum=0.504;SOR=0.758;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,62:0.69:90
chr10	122645376	rs7899928	A	T	875.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.946;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=4.582;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.83;ReadPosRankSum=0.559;SOR=0.416;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,43:0.58:74
chr10	122646113	rs7079527	C	T	639.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-4.969;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=3;MGOF=26;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.710;NF=20;NR=1;PP=1127;ReadPosRankSum=-1.953;SC=CCTCTTAATGCGTCTGTACTT;SOR=0.396;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=31;TCF=30;TCR=1;TR=21;WE=122646134;WS=122646103;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,24:0.71:34
chr10	122646126	rs7079781	G	A	858.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-2.231;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.536;HP=2;HapScore=3;MGOF=26;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.708;NF=25;NR=7;PP=1156;ReadPosRankSum=-0.946;SC=CTGTACTTTGGGCAAGTTAAT;SOR=0.346;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=47;TCF=38;TCR=9;TR=32;WE=122646134;WS=122646103;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,34:0.69:49
chr10	122646160	rs11395714	G	GA	926.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.673;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.958;HP=9;HapScore=3;MGOF=27;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=1.447;NF=21;NR=14;PP=545;ReadPosRankSum=0.983;SC=CACTCTAGGGGAAAAAAAAAC;SOR=0.921;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=69;TCF=40;TCR=29;TR=35;WE=122646168;WS=122646150;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,54:0.63:86
chr10	122646379	rs7079830	A	G	2335.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-3.257;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=49;PP=1153;ReadPosRankSum=-0.872;SC=ATCTTCATCAAGAAGATTTTG;SOR=0.733;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=117;TCF=39;TCR=78;TR=72;WE=122646387;WS=122646369;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,106:0.67:158
chr10	122648750	rs141904743	T	TTTTTGTTTTG	1270.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.515;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.907;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.606;NF=0;NR=11;PP=2978;ReadPosRankSum=-0.331;SC=AAATGAAATCTTTTTGTTTTG;SOR=0.223;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=35;TCF=0;TCR=35;TR=11;WE=122648758;WS=122648740;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,33:0.77:43
chr10	122659490	rs2289336	C	T	1567.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-1.427;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.751;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=16;PP=837;ReadPosRankSum=-1.561;SC=TGAAGCTTCACTGTAGTATAA;SOR=1.024;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=88;TCF=58;TCR=30;TR=55;WE=122659498;WS=122659480;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,71:0.66:108
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chr10	122663585	rs1652727	G	A	1497.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.163;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.745;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=18;PP=621;ReadPosRankSum=-0.930;SC=GGGTTAATCTGCAGGAAGTGA;SOR=0.608;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=65;TCF=37;TCR=28;TR=43;WE=122663593;WS=122663575;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,70:0.65:108
chr10	122664388	rs10886798	C	T	3217.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.283;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.627;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=68;PP=1725;ReadPosRankSum=1.294;SC=AGCAAAGTATCTGATTAGTAG;SOR=0.785;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=131;TCF=39;TCR=92;TR=96;WE=122664396;WS=122664378;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,138:0.73:190
chr10	122664694	rs10788127	G	A	134.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-1.237;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=2;PP=84;ReadPosRankSum=-1.408;SC=TTATGTTTCAGAATTTAAATC;SOR=0.495;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=10;TCF=8;TCR=2;TR=7;WE=122664702;WS=122664684;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,7:0.58:12
chr10	122664967	rs1866516	C	T	1189.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.61;BaseQRankSum=-0.203;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=16;PP=419;ReadPosRankSum=2.084;SC=CCTCAACATTCGGGATAGAAA;SOR=0.677;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=43;TCF=19;TCR=24;TR=30;WE=122664975;WS=122664957;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,57:0.64:89
chr10	122665285	rs1652726	A	C	926.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=16;NR=5;PP=460;SC=CAAGCAGAGCATAGCCTGTAT;SOR=1.542;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=16;TCR=5;TR=21;WE=122665293;WS=122665275;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr10	122665310	rs3740306	T	A	643.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=-0.271;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.317;HP=1;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=5;PP=302;ReadPosRankSum=-2.671;SC=TAGAAACAGATCTCACTTTAA;SOR=1.151;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=28;TCF=20;TCR=8;TR=20;WE=122665318;WS=122665300;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,29:0.66:44
chr10	122665459	rs3740307	C	G	1636.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.228;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=29;PP=777;ReadPosRankSum=0.406;SC=CTCCACAAGTCAATCAGAAAT;SOR=0.631;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=68;TCF=31;TCR=37;TR=53;WE=122665467;WS=122665449;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,75:0.72:104
chr10	123239112	rs1047057	G	A	2381.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.691;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.544;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=39;PP=970;ReadPosRankSum=-0.121;SC=TCCACAGCCAGTACGCACGGC;SOR=0.535;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=99;TCF=43;TCR=56;TR=71;WE=123239120;WS=123239102;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,108:0.75:144
chr10	123243197	rs2278202	G	A	1538.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-1.087;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=22;PP=813;ReadPosRankSum=-0.181;SC=GGGGCTTCTAGAAGGAAGTTC;SOR=0.751;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=67;TCF=38;TCR=29;TR=52;WE=123243205;WS=123243187;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,70:0.76:92
chr10	123246732	rs148450955	TTTCTAAGGCCAGCTCCTGCACC	T	185.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.676;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.307;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=0;PP=967;ReadPosRankSum=0.624;SC=AAATCTGTCCTTTCTAAGGCC;SOR=1.721;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=6;TCR=2;TR=2;WE=123246761;WS=123246722;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,6:0.38:16
chr10	123247037	rs2981461	C	T	447.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.098;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.93;ReadPosRankSum=-0.747;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,19:0.63:30
chr10	123247044	rs2981460	T	C	1153.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=38.46;SOR=1.536;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr10	123247550	rs35337478	G	A	1442.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.780;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.350;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=27;PP=726;ReadPosRankSum=-0.076;SC=TATCTCTGGCGAGTCCAAAGT;SOR=0.681;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=136;TCF=67;TCR=69;TR=58;WE=123247558;WS=123247540;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:143,83:0.37:226
chr10	123247669	rs111564057	AC	A	454.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=1.433;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.167;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=11;PP=428;ReadPosRankSum=0.132;SC=TAATTTCAAAACACCGCCAGA;SOR=0.460;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=39;TCF=1;TCR=38;TR=12;WE=123247677;WS=123247659;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,19:0.30:64
chr10	123257973	rs138860989	A	G	1595.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-1.448;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=263;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.192;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=26;PP=583;ReadPosRankSum=-0.260;SC=CAAACTGCAGAGTATTTGGGC;SOR=0.553;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=154;TCF=91;TCR=63;TR=57;WE=123257981;WS=123257963;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:165,94:0.36:259
chr10	123277666	rs60468962	G	GTA	1774.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.633;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=18;PP=860;ReadPosRankSum=0.097;SC=GTAGCGTCCAGTAGTACATTC;SOR=0.676;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=35;TCF=3;TCR=32;TR=19;WE=123277674;WS=123277656;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,45:0.66:68
chr10	123277742	rs2420942	C	T	800.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=19;PP=510;SC=AAGGATCAACCATGCAACCAA;SOR=2.833;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=21;TCF=2;TCR=19;TR=21;WE=123277750;WS=123277732;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr10	123279745	rs2981448	C	T	648.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=0;NR=18;PP=473;SC=AATAAATAAGCTGTGTTGTCC;SOR=4.712;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=0;TCR=18;TR=18;WE=123279753;WS=123279735;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr10	123298158	rs1047100	T	C	7273.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=274;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=81;NR=92;PP=2965;SC=CATTCTCCACTACACAGGTAT;SOR=0.778;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=174;TCF=81;TCR=93;TR=173;WE=123298166;WS=123298148;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,267:1.00:267
chr10	123503187	rs10886973	T	C	728.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=2.925;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.739;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=2;PP=400;ReadPosRankSum=-1.096;SC=CCGGCAGAGGTGAACAGGTCA;SOR=0.252;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=49;TCF=45;TCR=4;TR=21;WE=123503195;WS=123503177;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,28:0.49:57
chr10	123596254	rs4237536	T	C	560.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=5;PP=194;SC=TCTTGGGACATGAATGAATGT;SOR=0.693;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=13;TCF=8;TCR=5;TR=13;WE=123596262;WS=123596244;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr10	123673339	rs10749435	T	C	11270.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=432;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=111;NR=145;PP=2965;SC=CCCCTTTAGCTAGAAATTTCA;SOR=0.865;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=256;TCF=111;TCR=145;TR=256;WE=123673347;WS=123673329;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,426:1.00:426
chr10	123687282	rs77778376	G	C	269.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.854;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=3;PP=171;ReadPosRankSum=-0.572;SC=CGGCCCCCTCGCGTCCTCGCT;SOR=0.836;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=21;TCF=15;TCR=6;TR=11;WE=123687290;WS=123687272;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,13:0.59:22
chr10	123719928	rs41287994	C	T	848.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.461;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.869;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=14;PP=369;ReadPosRankSum=-0.891;SC=CATCCTAAAACGAAAACATGA;SOR=0.843;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=47;TCF=22;TCR=25;TR=25;WE=123719936;WS=123719918;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,41:0.55:75
chr10	123722951	rs59415272	CT	C,CTT	433.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.778;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.72;ReadPosRankSum=-0.098;SOR=0.784;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:4,10,23:0.27,0.62:37
chr10	123724767	rs4752626	T	G	4448.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.984;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.287;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=79;NR=35;PP=2486;ReadPosRankSum=0.975;SC=TTAACTTTAATGTGTTTTTTT;SOR=1.144;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=116;TCF=80;TCR=36;TR=114;WE=123724775;WS=123724757;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,160:0.99:161
chr10	123730579	.	G	A	2419.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.561;ClippingRankSum=0.000;DP=187;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.30;ReadPosRankSum=0.573;SOR=0.653;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:69,113:0.62:182
chr10	123730685	rs58195348	T	TA	300.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=1.251;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.9999;FS=0.000;HP=15;HapScore=3;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=19;PP=212;ReadPosRankSum=0.866;SC=CCCACTGGACTAAAAAAAAAA;SOR=0.976;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=27;TCF=1;TCR=26;TR=20;WE=123730693;WS=123730675;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,20:0.67:30
chr10	123734492	.	G	A	2498.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.581;ClippingRankSum=0.000;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.087;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=42;PP=1188;ReadPosRankSum=0.466;SC=TCTCGTCCCCGGAATCCGACG;SOR=0.864;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=118;TCF=57;TCR=61;TR=72;WE=123734500;WS=123734482;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,117:0.59:197
chr10	123781339	rs2461221	A	G	398.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=4.242;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=1;PP=283;ReadPosRankSum=2.011;SC=ATGTGACCGTAGAGATAAACA;SOR=1.077;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=41;TCF=37;TCR=4;TR=15;WE=123781347;WS=123781329;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,16:0.39:41
chr10	123842065	rs2459103	A	G	504.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=2.559;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.571;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=2;PP=326;ReadPosRankSum=1.697;SC=AGGGCACTTGATGCCCTTTTG;SOR=1.082;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=31;TCF=25;TCR=6;TR=17;WE=123842073;WS=123842055;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,21:0.51:41
chr10	123842368	rs376962666	C	T	3026.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=0.669;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=494;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=44;PP=1276;ReadPosRankSum=-1.709;SC=GAGTGTCCCCCGGAAGGTTGC;SOR=0.676;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=275;TCF=148;TCR=127;TR=94;WE=123842376;WS=123842358;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:322,169:0.34:491
chr10	123845322	rs7073433	T	C	6457.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=258;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=67;NR=75;PP=2543;SC=AATGGAGTGCTGGGCCACTTC;SOR=0.742;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=143;TCF=68;TCR=75;TR=142;WE=123845330;WS=123845312;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,248:1.00:248
chr10	123846179	rs61753074	A	G	2166.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.127;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=355;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.619;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=39;PP=904;ReadPosRankSum=-1.378;SC=AGCAGGGCACATCAGGTGGTG;SOR=0.616;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=208;TCF=109;TCR=99;TR=76;WE=123846187;WS=123846169;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:224,125:0.36:349
chr10	123847870	rs11442094	A	AT	158.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.210;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=15.87;ReadPosRankSum=-0.210;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,9:0.90:10
chr10	123891969	rs59118737	G	A	410.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-3.069;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=3;PP=251;ReadPosRankSum=0.117;SC=GAGGCCAAGGGAGGAGAATTG;SOR=0.399;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=21;TCF=17;TCR=4;TR=14;WE=123891977;WS=123891959;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,17:0.68:25
chr10	123892027	rs149502897	GC	G	686.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=2.137;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.459;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=4;PP=561;ReadPosRankSum=1.133;SC=TCGCGCCATTGCCCTCCAGCC;SOR=1.173;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=58;TCF=41;TCR=17;TR=19;WE=123892035;WS=123892017;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,28:0.31:90
chr10	123902994	.	G	GAATGGGT	438.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.634;ClippingRankSum=0.000;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.96;ReadPosRankSum=-1.215;SOR=0.273;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:50,13:0.21:63
chr10	123902995	.	GC	G	438.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=5.068;ClippingRankSum=0.000;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.65;ReadPosRankSum=-1.020;SOR=0.332;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:51,15:0.23:66
chr10	123976391	rs10444046	C	A	4660.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.113;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=324;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=102;PP=2733;ReadPosRankSum=0.174;SC=CTCGGAGAATCCTGCCCCTAG;SOR=0.710;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=234;TCF=85;TCR=149;TR=162;WE=123976399;WS=123976381;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:105,209:0.67:314
chr10	124001451	rs150502387	C	T	873.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.515;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FS=0.600;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.08;ReadPosRankSum=1.462;SOR=0.768;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:116,56:0.33:172
chr10	124009261	rs10887111	G	C	472.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-0.917;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.702;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=14;PP=368;ReadPosRankSum=1.141;SC=GACAGGCTGGGCTTCCCTGGC;SOR=0.346;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=28;TCF=6;TCR=22;TR=19;WE=124009269;WS=124009251;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,20:0.65:31
chr10	124034528	rs7096744	G	T	4629.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=83;NR=44;PP=2643;SC=TATGGAAAATGTCACCTTTAC;SOR=1.297;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=127;TCF=83;TCR=44;TR=127;WE=124034536;WS=124034518;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,169:1.00:169
chr10	124034703	rs7080859	T	C	5655.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.325;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=1.864;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=91;PP=2965;ReadPosRankSum=0.971;SC=GGGGCTGGGTTCTGCACCACC;SOR=1.195;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=147;TCF=54;TCR=93;TR=143;WE=124034711;WS=124034693;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,207:0.98:211
chr10	124036141	rs6585808	T	C	880.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=22;NR=5;PP=648;SC=TGGAATACAGTGTCTTTGCCT;SOR=2.546;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=27;TCF=22;TCR=5;TR=27;WE=124036149;WS=124036131;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr10	124036190	rs7086389	T	C	2154.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=44;NR=18;PP=1315;SC=TGTTCAAAAATTAACCAGCAC;SOR=1.670;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=62;TCF=44;TCR=18;TR=62;WE=124036198;WS=124036180;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr10	124036226	rs7086403	T	C	3816.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=58;NR=40;PP=1902;SC=GATTTCCTTCTTGCTATACAA;SOR=1.063;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=99;TCF=59;TCR=40;TR=98;WE=124036234;WS=124036216;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,143:1.00:143
chr10	124036494	rs7090214	T	C	682.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=3;NR=19;PP=561;SC=AATGGCCCATTATTCCTGGGA;SOR=3.258;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=3;TCR=19;TR=22;WE=124036502;WS=124036484;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr10	124036543	rs7072288	C	G	155.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=1;NR=5;PP=113;SC=TGATTGGCTGCAGTGGCTGTC;SOR=2.303;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=1;TCR=5;TR=6;WE=124036551;WS=124036533;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr10	124045488	rs2181161	C	T	1024.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=27;NR=6;PP=794;SC=TCTGAGATGCCTGGGGAGGCT;SOR=2.833;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=27;TCR=6;TR=33;WE=124045496;WS=124045478;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr10	124050575	rs11592545	G	A	1166.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=23;NR=11;PP=672;SC=CAGATGGCTCGCTTGGCTGTG;SOR=1.455;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=23;TCR=11;TR=34;WE=124050583;WS=124050565;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr10	124066652	rs7082865	G	A	1763.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=23;NR=14;PP=663;SC=TACAAGCAGCGTGATTTTGTG;SOR=0.949;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=37;TCF=23;TCR=14;TR=37;WE=124066660;WS=124066642;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr10	124089036	rs2421013	G	A	5398.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-2.075;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=60;PP=2296;ReadPosRankSum=-0.514;SC=GACATAGGACGGAGCTTGAGG;SOR=0.247;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=121;TCF=60;TCR=61;TR=119;WE=124089044;WS=124089026;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,208:1.00:209
chr10	124091855	rs5788544	A	AG	830.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=19;NR=4;PP=891;SC=AAACCTGGTGAGGGGGGCAGG;SOR=2.833;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=24;TCR=5;TR=23;WE=124091863;WS=124091845;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr10	124091921	rs4627016	C	T	2376.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=43;NR=27;PP=1267;SC=AGGATCCCACCGTGGTCAGCT;SOR=1.166;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=71;TCF=43;TCR=28;TR=70;WE=124091929;WS=124091911;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr10	124094283	rs10788282	C	T	3401.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-1.045;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.178;NF=65;NR=37;PP=1954;ReadPosRankSum=-0.578;SC=ATGATCTGCCCGCCTCAGCCT;SOR=0.451;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=106;TCF=67;TCR=39;TR=102;WE=124094291;WS=124094273;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,126:0.99:127
chr10	124095982	rs3817280	A	G	3660.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.926;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=41;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=76;NR=28;PP=2021;ReadPosRankSum=-0.620;SC=TTGCAGTTCCACCTAAGGTGA;SOR=0.747;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=105;TCF=77;TCR=28;TR=104;WE=124095990;WS=124095972;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,141:0.99:142
chr10	124096035	rs3817281	T	C	11439.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.750;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=264;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=43.83;ReadPosRankSum=1.627;SOR=1.059;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,259:0.99:261
chr10	124096041	rs1129973	T	C	11440.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.348;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=263;ExcessHet=3.0103;FS=3.619;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=44.00;ReadPosRankSum=0.466;SOR=0.676;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,259:1.00:260
chr10	124096061	rs1048347	A	C	7393.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.380;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=286;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.348;HP=3;HapScore=1;MGOF=43;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=104;NR=83;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.550;SC=GAGCACAACCACGTCAGCCTG;SOR=0.481;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=188;TCF=104;TCR=84;TR=187;WE=124096069;WS=124096051;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,280:1.00:281
chr10	124096209	rs3817284	C	T	5346.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.657;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=89;PP=2621;ReadPosRankSum=0.650;SC=CAAGTGTTCACGTTGTCTTTT;SOR=1.098;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=144;TCF=54;TCR=90;TR=142;WE=124096217;WS=124096199;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,208:0.99:210
chr10	124096306	rs3817285	T	C	916.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=26;PP=643;SC=TGAAGATCCCTGGAAAATCTG;SOR=2.899;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=4;TCR=26;TR=30;WE=124096314;WS=124096296;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr10	124097755	rs2271597	G	A	2120.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=50;PP=1453;SC=ATTTGAGGGTGGAACGTGCCA;SOR=2.899;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=62;TCF=12;TCR=50;TR=61;WE=124097763;WS=124097745;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr10	124152936	rs3838776	G	GA	632.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=13;PP=568;SC=ACAGGCTTTAGATTTGTCTTC;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=0;TCR=14;TR=13;WE=124152944;WS=124152926;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr10	124175273	rs4751892	G	A	263.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=8;NR=1;PP=214;SC=ATCTGTTTCTGACTAATCTAA;SOR=3.056;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=8;TCR=1;TR=9;WE=124175281;WS=124175263;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr10	124176452	rs4612730	G	A	2004.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=23;NR=22;PP=821;SC=TGAGGGCAGGGGTTTCTTACT;SOR=0.719;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=45;TCF=23;TCR=22;TR=45;WE=124176460;WS=124176442;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr10	124183732	rs4405249	T	C	1449.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=20;NR=17;PP=608;SC=AACCTCTTCGTGTAATACCAC;SOR=1.047;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=37;TCF=20;TCR=17;TR=37;WE=124183740;WS=124183722;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr10	124186714	rs2292626	C	T	623.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=15;PP=400;SC=TTTAATGCTTCCTTGTAGTAT;SOR=2.303;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=4;TCR=15;TR=19;WE=124186722;WS=124186704;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr10	124189010	rs10591719	TTGTGTG	T	784.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.844;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=5.085;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=-2.077;NF=9;NR=11;PP=607;ReadPosRankSum=-1.011;SC=GCTGCTGCCTTTGTGTGTGTG;SOR=1.635;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=25;TCF=11;TCR=14;TR=20;WE=124189025;WS=124189000;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,21:0.58:36
chr10	124189040	.	GTGTGTGTTTTA	G	554.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.799;ClippingRankSum=0.000;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=2.604;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.15;MQRankSum=3.449;QD=10.27;ReadPosRankSum=0.725;SOR=0.327;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,17:0.31:54
chr10	124189197	rs1045216	A	G	7144.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.697;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=287;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.127;NF=102;NR=67;PP=2965;ReadPosRankSum=1.710;SC=CAACGCAGCCACCGCCACCTC;SOR=0.957;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=169;TCF=102;TCR=67;TR=169;WE=124189205;WS=124189187;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,279:0.99:281
chr10	124266991	rs147948338	GTTGT	G	2963.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.489;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.38;MQRankSum=0.280;QD=41.74;ReadPosRankSum=-1.701;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,70:0.99:71
chr10	124269792	.	T	A	1236.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=2.705;ClippingRankSum=0.000;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.729;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=35;PP=738;ReadPosRankSum=-1.060;SC=TTTCTGCTTATAATGAAGTAG;SOR=0.995;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=138;TCF=46;TCR=92;TR=49;WE=124269800;WS=124269782;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:117,64:0.35:181
chr10	124271589	rs2672586	G	A	5332.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.01;SOR=0.793;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr10	124271595	rs2272599	G	A	5217.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.37;SOR=0.820;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr10	124320194	rs2981745	T	C	1538.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.042;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.797;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=18;PP=818;ReadPosRankSum=-2.144;SC=ATAGCAGCAGTAGAAATATAC;SOR=0.502;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=67;TCF=43;TCR=24;TR=46;WE=124320202;WS=124320184;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,68:0.69:99
chr10	124325409	rs3019515	T	G	3303.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.318;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=265;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.466;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=47;PP=1520;ReadPosRankSum=1.852;SC=ACGGTGAAGCTAAAGCCAATT;SOR=0.658;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=168;TCF=94;TCR=74;TR=106;WE=124325417;WS=124325399;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:97,162:0.63:259
chr10	124325569	rs3019516	A	G	1039.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.272;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.846;HP=1;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=28;PP=665;ReadPosRankSum=0.064;SC=CTCCTCTGCTACTGTTGGCTA;SOR=0.338;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=53;TCF=10;TCR=43;TR=35;WE=124325577;WS=124325559;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,44:0.71:62
chr10	124325631	rs2981768	T	C	583.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=36;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=18;PP=425;SC=CCTTGTCGAATGCAGGAATGC;SOR=2.737;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=3;TCR=18;TR=21;WE=124325639;WS=124325621;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr10	124329580	rs11524819	C	A	2006.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.227;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FS=5.195;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=26.40;ReadPosRankSum=-0.240;SOR=1.500;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,49:0.64:76
chr10	124329583	rs11524820	G	A	2028.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.935;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FS=6.389;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.74;ReadPosRankSum=0.670;SOR=1.479;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,53:0.65:82
chr10	124329672	rs3740220	TC	CT	5410.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.419;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;JOINED;MGOF=27;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=41;PP=2944;ReadPosRankSum=0.621;SC=CTTTTCCACCTCGCAGCTTCA;SOR=0.661;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=129;TCF=64;TCR=65;TR=82;WE=124329681;WS=124329662;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,136:0.70:195
chr10	124329710	rs11523871	C	A	2633.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-2.380;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.903;HP=1;HapScore=1;MGOF=41;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=43;PP=1223;ReadPosRankSum=0.155;SC=GCCCTTGGATCCAACTGTAGC;SOR=0.871;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=118;TCF=53;TCR=65;TR=76;WE=124329718;WS=124329700;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,122:0.65:187
chr10	124329746	rs3740222	A	T	1776.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=2.007;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.621;HP=3;HapScore=1;MGOF=38;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=35;PP=989;ReadPosRankSum=-1.305;SC=TTATGGGGGAACCCTGTGGGC;SOR=0.768;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=97;TCF=39;TCR=58;TR=59;WE=124329754;WS=124329736;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,83:0.57:145
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chr10	124330427	rs3013236	C	T	5100.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.609;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=323;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.039;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=2.152;NF=59;NR=85;PP=2383;ReadPosRankSum=2.048;SC=CCCTCGGAGTCGACCCTGGAG;SOR=0.577;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=214;TCF=85;TCR=129;TR=144;WE=124330435;WS=124330417;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:97,223:0.70:320
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chr10	124331944	rs2277229	C	T	5199.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.895;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=54;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.902;SC=TCATCTCTGACCCAGATGAGG;SOR=0.671;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=133;TCF=52;TCR=81;TR=90;WE=124331971;WS=124331934;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,137:0.66:209
chr10	124331957	rs2277230	T	C	5017.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.012;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=27.27;ReadPosRankSum=-2.806;SOR=0.735;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:62,122:0.66:184
chr10	124331963	rs2277231	A	G	4664.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.784;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FS=1.265;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=26.81;ReadPosRankSum=-2.724;SOR=0.825;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:60,114:0.66:174
chr10	124332035	rs2277232	T	C	781.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=1.168;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=39;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=21;PP=477;ReadPosRankSum=1.048;SC=TATGTGCAACTCTGAGTCCAT;SOR=0.853;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=39;TCF=7;TCR=32;TR=26;WE=124332043;WS=124332025;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,32:0.65:49
chr10	124333308	rs2277235	G	A	2091.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.841;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.554;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=34;PP=924;ReadPosRankSum=-0.999;SC=ATCCCTGTAGGCTCATTACCC;SOR=0.769;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=122;TCF=54;TCR=68;TR=59;WE=124333316;WS=124333298;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,100:0.56:179
chr10	124335866	rs1985025	C	T	2091.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.103;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.162;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=20;PP=1042;ReadPosRankSum=-0.133;SC=GCCCTGAGACCTTGTGCCTCA;SOR=1.061;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=90;TCF=58;TCR=32;TR=62;WE=124335874;WS=124335856;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,94:0.64:146
chr10	124338476	rs1985796	G	A	67.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=2.246;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.008;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=4;PP=51;ReadPosRankSum=-0.906;SC=AAGATCATTAGGAATCATTAG;SOR=2.621;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=3;TCR=9;TR=4;WE=124338484;WS=124338466;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,4:0.29:14
chr10	124344707	rs28432265	C	T	2368.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.431;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=360;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-2.590;NF=44;NR=31;PP=850;ReadPosRankSum=-0.010;SC=TCATGATGCTCGCCTTCTCCG;SOR=0.692;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=230;TCF=131;TCR=99;TR=75;WE=124344715;WS=124344697;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:220,132:0.38:352
chr10	124344995	rs11528754	T	C	260.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=0.190;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=10;PP=166;ReadPosRankSum=-1.253;SC=GGTCTGATGTTGGAGGCTGGA;SOR=0.927;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=29;TCF=6;TCR=23;TR=12;WE=124345003;WS=124344985;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,14:0.39:36
chr10	124347917	.	G	GA	134.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.851;ClippingRankSum=0.000;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.95;ReadPosRankSum=2.901;SOR=0.547;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:52,17:0.25:69
chr10	124356566	rs181123368	T	G	85.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.150;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=40.00;MQRankSum=-0.000;QD=21.43;ReadPosRankSum=-0.319;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,3:0.75:4
chr10	124356572	.	T	TGA	85.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=40.00;MQRankSum=-0.000;QD=21.43;ReadPosRankSum=-0.319;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,3:0.75:4
chr10	124356576	rs376412183	T	G	94.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.150;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=40.00;MQRankSum=-0.000;QD=23.69;ReadPosRankSum=-0.319;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,3:0.75:4
chr10	124356578	.	C	CCAGG	85.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=40.00;MQRankSum=-0.000;QD=21.43;ReadPosRankSum=-0.319;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,3:0.75:4
chr10	124356581	.	A	AG	85.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=40.00;MQRankSum=-0.000;QD=21.43;ReadPosRankSum=-0.319;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,3:0.75:4
chr10	124356583	.	T	TGA	85.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=40.00;MQRankSum=-0.000;QD=21.43;ReadPosRankSum=-0.674;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,3:0.75:4
chr10	124379556	rs77713747	C	T	535.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.972;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=6;PP=340;ReadPosRankSum=-0.405;SC=GGACATCTCACACTTCAGAGG;SOR=0.671;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=73;TCF=56;TCR=17;TR=25;WE=124379564;WS=124379546;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,28:0.32:87
chr10	124395814	rs55888207	C	T	333.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-2.375;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.299;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=12;PP=232;ReadPosRankSum=1.859;SC=AATGAAGGAACCCTTTCAGGT;SOR=1.609;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=21;TCF=4;TCR=17;TR=14;WE=124395822;WS=124395804;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,15:0.65:23
chr10	124402677	rs1052715	A	G	5425.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.144;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=429;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.805;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=98;NR=64;PP=2379;ReadPosRankSum=-1.401;SC=ACTCCTCGCCATCTCTTCGCA;SOR=0.854;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=270;TCF=156;TCR=114;TR=162;WE=124402685;WS=124402667;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:162,258:0.61:420
chr10	124402944	rs8441	G	A	164.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=2.020;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.782;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=8;PP=130;ReadPosRankSum=-1.854;SC=ACTGTCCACCGGGGCGCAGAC;SOR=1.911;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=2;TCR=20;TR=8;WE=124402952;WS=124402934;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,8:0.32:25
chr10	124436530	rs3019500	G	T	757.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.948;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.934;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=19;PP=395;ReadPosRankSum=-0.497;SC=ACAATTTGACGACATTTTCAC;SOR=1.248;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=32;TCF=7;TCR=25;TR=23;WE=124436538;WS=124436520;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,33:0.69:48
chr10	124457452	rs2947594	C	T	6903.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=258;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=87;NR=86;PP=2965;SC=GGTTTCTTTGCGGGGAGGAAT;SOR=0.749;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=173;TCF=87;TCR=86;TR=173;WE=124457460;WS=124457442;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,255:1.00:255
chr10	124457906	rs2901343	C	T	2121.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.597;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=319;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.887;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=35;PP=762;ReadPosRankSum=-0.477;SC=GTTTGTAGTCCGGAGACAGCA;SOR=0.766;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=181;TCF=82;TCR=99;TR=63;WE=124457914;WS=124457896;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:196,117:0.37:313
chr10	124459139	rs11813597	T	C	439.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.391;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.441;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=5;PP=277;ReadPosRankSum=-1.005;SC=ACCGCAACGGTGAAGCAGAAC;SOR=0.404;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=41;TCF=30;TCR=11;TR=16;WE=124459147;WS=124459129;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,22:0.39:57
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chr10	124594153	rs11248321	A	G	980.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=23;NR=2;PP=701;SC=AACACAAAAAATTACTTTATT;SOR=2.765;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=25;TCF=23;TCR=2;TR=25;WE=124594161;WS=124594143;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
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chr10	124648285	rs10902839	G	A	1928.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=1.233;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.528;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=47;PP=1203;ReadPosRankSum=-0.856;SC=TGGTAGGTGGGAGAATTAGAT;SOR=1.210;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=105;TCF=28;TCR=77;TR=58;WE=124648293;WS=124648275;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,82:0.56:146
chr10	124653996	rs12255784	T	C	1160.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.156;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.07;ReadPosRankSum=1.864;SOR=0.648;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,55:0.71:77
chr10	124654345	rs35248586	CT	C	969.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.063;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.9999;FS=0.000;HP=11;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=30;PP=431;ReadPosRankSum=-0.049;SC=TGTAACTACACTTTTTTTTTT;SOR=0.693;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=44;TCF=1;TCR=43;TR=31;WE=124654353;WS=124654335;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,52:0.93:56
chr10	124697198	rs10794580	G	A	4903.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.643;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=331;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.571;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=93;NR=65;PP=2571;ReadPosRankSum=0.402;SC=ATCGAAACTCGTATGTCTTAA;SOR=0.549;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=232;TCF=141;TCR=91;TR=158;WE=124697206;WS=124697188;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:109,219:0.67:328
chr10	124711632	rs9804347	T	A	142.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.611;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=6;PP=104;ReadPosRankSum=-0.921;SC=CAGAACAATATTGAAATCCTA;SOR=1.863;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=6;WE=124711640;WS=124711622;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,6:0.75:8
chr10	124740239	.	C	CGCGGGGCGGGGCGGGGCGGGGCGGG	238.06	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.84;QD=39.68;SOR=3.912;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr10	124742586	rs3736585	G	A	674.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=20;PP=561;SC=ACTTATTCACGTATCAAAAAC;SOR=2.400;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=4;TCR=20;TR=24;WE=124742594;WS=124742576;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr10	124742683	rs3736584	C	T	573.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=16;NR=3;PP=465;SC=GTATTGCAAACGGAGTTTTTC;SOR=2.948;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=19;TCF=16;TCR=3;TR=19;WE=124742691;WS=124742673;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr10	124742792	rs3736583	G	A	2874.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=43;NR=29;PP=1413;SC=TTTCAGATTCGTTGGGCTTTT;SOR=0.956;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=72;TCF=43;TCR=29;TR=72;WE=124742800;WS=124742782;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr10	124742858	rs45498396	G	A	611.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.764;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.190;HP=2;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=16;PP=327;ReadPosRankSum=-0.299;SC=ATGGCCAGAGGCCACAGGCAC;SOR=1.051;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=82;TCF=39;TCR=43;TR=24;WE=124742866;WS=124742848;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,37:0.30:122
chr10	124742895	rs3736582	G	C	1995.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=25;NR=38;PP=1024;SC=CCACCTGATGGGAAGAAAGCT;SOR=1.003;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=63;TCF=25;TCR=38;TR=63;WE=124742903;WS=124742885;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr10	124746801	rs7096614	T	G	2118.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=2.020;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.791;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=21;PP=1095;ReadPosRankSum=1.697;SC=TGAAGAAAATTTAAGTAAGGT;SOR=0.824;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=57;TCF=35;TCR=22;TR=56;WE=124746809;WS=124746791;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,78:0.99:79
chr10	124749740	rs11190	A	C	1026.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.534;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.720;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=17;PP=492;ReadPosRankSum=0.955;SC=AGAACTTAACAAGCTCAAAGC;SOR=0.534;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=60;TCF=28;TCR=32;TR=35;WE=124749748;WS=124749730;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,51:0.55:92
chr10	124768583	rs12263012	G	A	650.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=2.240;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.022;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=13;PP=408;ReadPosRankSum=-0.668;SC=CGCGGCAGCAGGCTGGTGAGT;SOR=0.862;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=33;TCF=14;TCR=19;TR=23;WE=124768591;WS=124768573;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,30:0.55:55
chr10	124787047	rs10794584	T	C	2853.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=32;NR=33;PP=1200;SC=CTGCTGCTGCTATGTAAGAAG;SOR=0.748;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=65;TCF=32;TCR=33;TR=65;WE=124787055;WS=124787037;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr10	124787118	rs10902863	G	A	1485.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=13;NR=29;PP=802;SC=TGTAAGTCCAGTTAAACCTCT;SOR=1.487;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=42;TCF=13;TCR=29;TR=42;WE=124787126;WS=124787108;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr10	124810704	rs77550691	TAAAAA	T	281.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;QD=16.57;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,7:0.41:17
chr10	124812487	rs2421166	A	G	2356.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=54;NR=15;PP=1679;SC=CACTAACAGTAAATCCATGTT;SOR=2.365;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=69;TCF=54;TCR=15;TR=69;WE=124812495;WS=124812477;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr10	124812685	rs11307362	AT	A	2511.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.908;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=12;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQ=60.06;MQRankSum=0.311;NF=2;NR=63;PP=1008;ReadPosRankSum=1.576;SC=TGGTAAATAGATTTTTTTTTT;SOR=0.949;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=82;TCF=3;TCR=79;TR=65;WE=124812694;WS=124812675;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:10,141:0.93:151
chr10	125425822	rs10902974	T	G	188.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=3;PP=78;SC=CTGGGGCCGGTGGTCGCCGGG;SOR=0.693;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=6;TCF=3;TCR=3;TR=6;WE=125425830;WS=125425819;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr10	125426412	rs12263344	A	G	4227.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=64;NR=56;PP=2238;SC=GCCGGCGGCCAGACGAGCGCC;SOR=0.784;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=120;TCF=64;TCR=56;TR=120;WE=125426420;WS=125426402;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,159:1.00:159
chr10	125426565	rs4980313	G	C	6456.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=255;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=55;NR=67;PP=2056;SC=TGCAGACGCTGGTGCTGCTGG;SOR=0.792;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=122;TCF=55;TCR=67;TR=122;WE=125426573;WS=125426555;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,252:1.00:252
chr10	125426627	rs3808964	G	T	3489.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=18;NR=58;PP=1809;SC=GGGAACAGCCGCGCGGGATCT;SOR=1.536;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=76;TCF=18;TCR=58;TR=76;WE=125426635;WS=125426617;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr10	125447705	rs1878166	A	G	4689.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=29.13;ReadPosRankSum=-0.847;SOR=0.425;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,160:0.99:161
chr10	125506302	rs7088479	T	C	4833.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=92;NR=32;PP=2574;SC=TCGTCTCTTCTGCCCCCGCAG;SOR=1.781;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=124;TCF=92;TCR=32;TR=124;WE=125506310;WS=125506292;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,172:1.00:172
chr10	125521533	rs10794566	G	A	4504.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.857;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=326;ExcessHet=3.0103;FS=4.592;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.03;ReadPosRankSum=-0.288;SOR=0.485;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:113,208:0.65:321
chr10	125521590	rs10794567	G	A	4717.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.143;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=366;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.386;HP=3;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=67;NR=75;PP=2173;ReadPosRankSum=-1.469;SC=GGTCGTAGGGGTACGCCACCA;SOR=0.730;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=236;TCF=112;TCR=124;TR=142;WE=125521598;WS=125521580;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:146,219:0.60:365
chr10	125521626	rs62640889	G	A	2351.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.157;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=303;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.402;HP=5;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=43;PP=916;ReadPosRankSum=-0.146;SC=GCAGGTTGCCGCCCAGCACAA;SOR=0.612;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=186;TCF=73;TCR=113;TR=74;WE=125521634;WS=125521616;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:181,121:0.40:302
chr10	125521721	rs10751743	G	A	1714.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.548;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.056;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=41;PP=1065;ReadPosRankSum=-0.606;SC=AAAATAAGCAGGAAGTCATTT;SOR=0.407;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=85;TCF=22;TCR=63;TR=56;WE=125521729;WS=125521711;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,73:0.68:107
chr10	125521751	rs10794568	C	G	907.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-0.786;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=26;PP=643;ReadPosRankSum=-1.387;SC=AGCTGTCAAACAGGGACATAG;SOR=0.821;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=50;TCF=11;TCR=39;TR=33;WE=125521759;WS=125521741;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,37:0.62:60
chr10	125526689	rs1896392	G	A	337.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.314;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=10;PP=190;ReadPosRankSum=-0.311;SC=GTGAGAGTGTGAAGAATGCAC;SOR=0.693;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=22;TCF=2;TCR=20;TR=11;WE=125526697;WS=125526679;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,15:0.50:30
chr10	125527964	rs1219727	G	A	242.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.266;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.22;ReadPosRankSum=-0.219;SOR=0.737;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,9:0.23:39
chr10	125528007	rs1219726	A	G	699.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.105;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.43;ReadPosRankSum=-0.661;SOR=0.651;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:61,22:0.27:83
chr10	125528048	rs1219725	G	A	940.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.010;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FS=3.622;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.72;ReadPosRankSum=0.367;SOR=1.052;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:104,36:0.26:140
chr10	125528297	rs1219724	T	G	576.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=1.078;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.944;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=16;PP=310;ReadPosRankSum=-2.152;SC=GGCCAAACGGTGCTTGTCACA;SOR=0.520;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=62;TCF=16;TCR=46;TR=22;WE=125528305;WS=125528287;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,30:0.37:81
chr10	125530746	rs727416	C	T	318.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-3.298;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.855;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=13;PP=196;ReadPosRankSum=-0.314;SC=GGATAATGCCCACTTTCCTTC;SOR=0.175;SbPval=0.18;Source=Platypus;TC=55;TCF=11;TCR=44;TR=19;WE=125530754;WS=125530736;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,20:0.32:63
chr10	125602948	rs5788632	A	AT	1076.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.752;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FS=3.129;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.17;MQRankSum=2.325;QD=7.75;ReadPosRankSum=0.262;SOR=1.141;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:46,93:0.67:139
chr10	125622250	rs11299200	CA	C	8710.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=266;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=22;NR=95;PP=2951;SC=CTGGAAAGGACAAATGCTTGT;SOR=0.827;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=120;TCF=24;TCR=96;TR=117;WE=125622258;WS=125622240;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,252:1.00:252
chr10	125651228	.	C	T	493.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.772;ClippingRankSum=0.000;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.35;ReadPosRankSum=-0.644;SOR=0.862;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,22:0.59:37
chr10	125673492	rs7893288	A	G	2376.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.770;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.269;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=36;PP=1128;ReadPosRankSum=0.870;SC=AGTGAGCACCAGAGTCAGGCC;SOR=0.571;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=108;TCF=60;TCR=48;TR=77;WE=125673500;WS=125673482;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,112:0.66:170
chr10	125673547	rs4329614	T	G	2301.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.060;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=36;PP=1299;ReadPosRankSum=-0.550;SC=AATCCAACCTTAAAGGCAGGA;SOR=0.657;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=104;TCF=54;TCR=50;TR=73;WE=125673555;WS=125673537;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,102:0.66:155
chr10	125780752	rs5788645	CG	C	436.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.158;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.92;ReadPosRankSum=1.522;SOR=1.044;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,27:0.68:40
chr10	125801761	rs28698985	A	T	523.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=3.860;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.738;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=1;PP=422;ReadPosRankSum=1.036;SC=GCCTGGAGCCAGAGCCAGGAC;SOR=2.400;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=29;TCF=26;TCR=3;TR=19;WE=125801769;WS=125801751;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,19:0.66:29
chr10	125801809	rs28716482	C	A	1488.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.113;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=13;PP=747;ReadPosRankSum=-0.812;SC=GTGACACAGACGCCTTACCGA;SOR=0.806;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=64;TCF=44;TCR=20;TR=44;WE=125801817;WS=125801799;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,66:0.72:92
chr10	126086730	rs2459217	G	A	1570.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=11;NR=29;PP=888;SC=ATCCCTTGCCGTATGTATGGG;SOR=1.609;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=11;TCR=29;TR=40;WE=126086738;WS=126086720;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr10	126089656	rs2459215	T	G	656.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=10;NR=12;PP=401;SC=CTAGATAAAATACCAGAGGAA;SOR=0.941;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=23;TCF=10;TCR=13;TR=22;WE=126089664;WS=126089646;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr10	126089703	rs2491158	G	A	422.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=12;PP=261;SC=GCCTGTATTAGTTTCTAATTA;SOR=1.739;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=4;TCR=12;TR=16;WE=126089711;WS=126089693;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr10	126090430	rs17619406	A	G	2294.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=-0.433;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=401;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.801;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=35;PP=716;ReadPosRankSum=2.565;SC=TCAATTCACCATGTCATTTCT;SOR=0.750;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=195;TCF=84;TCR=111;TR=57;WE=126090438;WS=126090420;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:262,134:0.34:396
chr10	126090465	rs17681531	T	A	1584.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=-0.930;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=290;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.460;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=28;PP=566;ReadPosRankSum=1.869;SC=CTACTAAGCATCCTTTTCCCC;SOR=0.731;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=158;TCF=64;TCR=94;TR=44;WE=126090473;WS=126090455;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:193,93:0.33:286
chr10	126090562	rs2491159	T	C	209.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.144;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.28;ReadPosRankSum=-0.182;SOR=0.680;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:48,16:0.25:64
chr10	126091814	rs2240882	A	C	2114.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=3.076;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.596;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=60;PP=1592;ReadPosRankSum=-1.627;SC=CTCACCAACTATTTCCTTTGT;SOR=0.368;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=97;TCF=12;TCR=85;TR=70;WE=126091822;WS=126091804;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,78:0.74:106
chr10	126093939	rs113080459	T	C	423.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-1.164;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.187;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=9;PP=283;ReadPosRankSum=-0.418;SC=GTACTTTTAATTCATATATTC;SOR=0.174;SbPval=0.24;Source=Platypus;TC=49;TCF=34;TCR=15;TR=22;WE=126093947;WS=126093929;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,24:0.44:55
chr10	126093991	rs9422807	T	C	2693.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=51;NR=25;PP=1433;SC=AGCACTATGATGCTAGTGAAA;SOR=1.384;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=76;TCF=51;TCR=25;TR=76;WE=126093999;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr10	126097716	rs7923012	G	A	188.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=1.298;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5002;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=7;PP=146;ReadPosRankSum=0.508;SC=GAATTACTAAGAATTGTATTT;SOR=2.093;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=7;WE=126097724;WS=126097706;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,7:0.78:9
chr10	126100523	rs10794058	G	A	2248.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.643;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.227;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=28;PP=1254;ReadPosRankSum=-1.197;SC=GGGAAAAGACGGATTAATTTG;SOR=0.597;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=116;TCF=72;TCR=44;TR=73;WE=126100531;WS=126100513;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,104:0.60:172
chr10	126150338	rs2459213	C	T	323.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.98;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr10	126150388	rs2491156	C	A	480.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=5;PP=189;SC=GCGCCGGCGCCGGCGTCGGTT;SOR=0.892;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=13;TCF=8;TCR=5;TR=13;WE=126150396;WS=126150378;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr10	126172863	rs6597801	A	G	4140.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=48;NR=50;PP=1838;SC=CTGAAGGAGCAAGGCCTGCGA;SOR=0.706;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=98;TCF=48;TCR=50;TR=98;WE=126172871;WS=126172853;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,159:1.00:159
chr10	126187451	.	CT	C	37.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.166;ClippingRankSum=-0.000;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=3.14;ReadPosRankSum=1.506;SOR=0.269;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,6:0.50:12
chr10	126302009	.	C	T	541.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-3.403;ClippingRankSum=0.000;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=27;PP=637;ReadPosRankSum=-0.329;SC=GCCTCTCCTCCACCCGCCCAG;SOR=0.693;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=41;TCF=2;TCR=39;TR=29;WE=126302017;WS=126301999;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,28:0.68:41
chr10	126384610	rs10901807	G	A	70.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=2.465;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=0;PP=46;ReadPosRankSum=0.206;SC=GAAGAGTCCCGGGGCTGCTCT;SOR=1.071;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=16;TCR=1;TR=5;WE=126384618;WS=126384600;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,5:0.26:19
chr10	126395123	rs7897256	T	C	5569.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=75;NR=53;PP=2610;SC=TTTGCTAAGCTTAGGTGCTCA;SOR=0.952;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=128;TCF=75;TCR=53;TR=128;WE=126395131;WS=126395113;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,206:1.00:206
chr10	126471382	rs35267378	C	CA	44.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.156;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.63;ReadPosRankSum=-1.266;SOR=1.112;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,6:0.35:17
chr10	126480556	rs10901821	T	C	229.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-3.468;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=8;PP=111;ReadPosRankSum=1.283;SC=CGACGCCCTCTGCTCTACCCC;SOR=0.481;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=0;TCR=15;TR=8;WE=126480564;WS=126480546;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,11:0.65:17
chr10	126505062	rs11451694	T	TA	568.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=1.030;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=6;PP=234;ReadPosRankSum=1.852;SC=AGATTTTGATTAAAAAAAAAA;SOR=1.528;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=18;TCF=10;TCR=8;TR=14;WE=126505070;WS=126505052;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,27:0.93:29
chr10	126517989	rs2303611	G	A	3747.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.580;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=298;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.909;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=64;PP=1893;ReadPosRankSum=0.977;SC=AGGATGGAGTGATGAAAGACA;SOR=0.757;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=183;TCF=77;TCR=106;TR=108;WE=126517997;WS=126517979;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:119,171:0.59:290
chr10	126629167	rs143159305	A	AT	927.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.875;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=21;PP=523;ReadPosRankSum=0.847;SC=TCTTATAGTGATTTTTTTTTC;SOR=0.489;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=35;TCF=5;TCR=30;TR=25;WE=126629175;WS=126629157;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,42:0.98:43
chr10	126629204	rs7074163	G	A	1078.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=9;NR=19;PP=646;SC=CACTATAAATGGTGTATGGAC;SOR=1.236;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=28;TCF=9;TCR=19;TR=28;WE=126629212;WS=126629194;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr10	126660781	rs3802700	A	T	1111.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=29;PP=798;SC=GAAAGCACATAACATAGCTAC;SOR=3.086;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=33;TCF=4;TCR=29;TR=33;WE=126660789;WS=126660771;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr10	126662451	rs3740534	C	T	410.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=11;PP=270;SC=TTCACTGTTACAGAGTGAACA;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=0;TCR=11;TR=11;WE=126662459;WS=126662441;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr10	126670356	rs17152433	G	A	3074.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.771;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=33;PP=1605;ReadPosRankSum=1.761;SC=GAGAAGAACAGTGGCAAGAAG;SOR=0.997;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=80;TCF=47;TCR=33;TR=80;WE=126670364;WS=126670346;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,118:0.98:120
chr10	126671673	rs2241541	T	C	2065.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=43;NR=17;PP=1267;SC=GGGGAGGTAGTATTGTTTTTT;SOR=1.708;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=61;TCF=43;TCR=18;TR=60;WE=126671681;WS=126671663;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr10	126686827	rs1982225	T	A	1729.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=37;PP=1007;SC=CTCCTGAGACTCGGTTGTTGG;SOR=2.157;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=46;TCF=9;TCR=37;TR=46;WE=126686835;WS=126686817;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr10	126692193	rs750599	C	T	64.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.803;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=8.10;ReadPosRankSum=-0.566;SOR=0.148;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,4:0.50:8
chr10	126714714	rs2946994	G	C	1878.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.801;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=18;PP=751;ReadPosRankSum=-0.016;SC=GCCACCTTCTGGTACGGTGAG;SOR=0.723;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=76;TCF=47;TCR=29;TR=47;WE=126714722;WS=126714704;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,86:0.69:125
chr10	126714966	rs3012075	A	G	2013.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=2.451;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.496;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=44;PP=1163;ReadPosRankSum=1.149;SC=TGCAGGGGGTACGTGGGGCTC;SOR=1.119;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=98;TCF=36;TCR=62;TR=67;WE=126714974;WS=126714956;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,87:0.65:133
chr10	126715154	rs3781412	A	G	779.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-1.787;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.927;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=11;PP=307;ReadPosRankSum=-0.742;SC=TGCTGTCTGCAGAGGAGCCGC;SOR=0.569;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=45;TCF=24;TCR=21;TR=24;WE=126715162;WS=126715144;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,38:0.58:66
chr10	126715629	rs3781409	C	T	1161.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.820;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FS=0.554;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.64;ReadPosRankSum=-0.643;SOR=0.629;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:139,67:0.33:206
chr10	126716346	rs2938006	C	T	1703.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.466;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.391;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=40;PP=892;ReadPosRankSum=0.241;SC=AAAATGACTGCGGATGAGGCA;SOR=0.946;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=87;TCF=26;TCR=61;TR=58;WE=126716354;WS=126716336;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,79:0.62:128
chr10	126721441	rs2839737	C	A	3346.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.664;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=254;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.33;ReadPosRankSum=0.370;SOR=0.702;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:92,159:0.63:251
chr10	127265374	rs11244568	T	C	351.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.931;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=6;PP=193;ReadPosRankSum=-0.602;SC=ATGGACTGGGTCCTCACCGGC;SOR=0.777;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=64;TCF=38;TCR=26;TR=16;WE=127265382;WS=127265364;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,24:0.26:92
chr10	127344489	rs41307583	C	T	2025.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.136;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.968;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=21;PP=1070;ReadPosRankSum=-1.476;SC=AGTGAAGAAACAACCTTTTTG;SOR=0.482;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=87;TCF=62;TCR=25;TR=68;WE=127344497;WS=127344479;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,87:0.77:113
chr10	127426430	rs3740181	A	G	2655.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=50;NR=27;PP=1538;SC=AACAAAAACAATATGTTGACC;SOR=1.378;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=77;TCF=50;TCR=27;TR=77;WE=127426438;WS=127426420;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr10	127426588	rs3740180	C	A	3257.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=23;NR=49;PP=1571;SC=TCACTTTTTTCGTAAAGTTTG;SOR=1.258;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=73;TCF=24;TCR=49;TR=72;WE=127426596;WS=127426578;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr10	127426835	rs3943225	G	T	2860.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=57;NR=28;PP=1645;SC=AAGTTAGATAGATAGTGAATG;SOR=1.418;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=85;TCF=57;TCR=28;TR=85;WE=127426843;WS=127426825;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr10	127436411	rs2296832	T	C	7231.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.102;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=274;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.526;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=98;NR=68;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.588;SC=ATTTTTTTCTTCCCCCTCAAA;SOR=0.609;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=170;TCF=99;TCR=71;TR=166;WE=127436419;WS=127436401;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,267:1.00:268
chr10	127441573	rs10751530	G	T	2298.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.479;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.245;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=51;PP=1542;ReadPosRankSum=-0.234;SC=TATGTGTGTGGGTATATATAC;SOR=1.662;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=73;TCF=21;TCR=52;TR=71;WE=127441581;WS=127441561;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,90:0.96:94
chr10	127445408	rs4962313	G	T	1659.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=2.180;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=26;PP=737;ReadPosRankSum=1.471;SC=TTGAGACAAGGTCTCACTCTG;SOR=0.395;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=42;TCF=16;TCR=26;TR=42;WE=127445416;WS=127445398;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,65:0.98:66
chr10	127460952	rs10901424	G	T	1963.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=18;NR=37;PP=1209;SC=CACACCATGGGTGCTGGGTGA;SOR=1.362;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=55;TCF=18;TCR=37;TR=55;WE=127460960;WS=127460942;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr10	127462525	rs10901425	A	G	11896.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=1.184;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=477;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=128;NR=151;PP=2965;ReadPosRankSum=1.034;SC=CTGGTCGGCCACGGACAGTTG;SOR=0.838;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=282;TCF=130;TCR=152;TR=279;WE=127462533;WS=127462515;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:6,455:0.99:461
chr10	127462833	rs28381281	C	T	2072.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=27;NR=27;PP=1052;SC=ACCTGCGCACCGCCTCGGCCA;SOR=0.770;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=55;TCF=28;TCR=27;TR=54;WE=127462841;WS=127462823;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr10	127483573	rs3740179	G	A	4964.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=47;NR=72;PP=2265;SC=AACAAGATCAGTCCTTGCCAT;SOR=1.038;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=119;TCF=47;TCR=72;TR=119;WE=127483581;WS=127483563;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,186:1.00:186
chr10	127484617	rs2281955	C	G	1089.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=24;NR=4;PP=674;SC=CCTTCACCCTCTGCTTCCCCA;SOR=2.432;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=28;TCF=24;TCR=4;TR=28;WE=127484625;WS=127484607;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr10	127484653	rs2281954	G	A	1740.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=31;NR=18;PP=887;SC=TGCCAGAACCGCCCCCAAACG;SOR=1.162;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=49;TCF=31;TCR=18;TR=49;WE=127484661;WS=127484643;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr10	127491732	rs74366862	CT	C	3244.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=40;PP=1715;SC=AGCTCTGTTCCTTATGGACAA;SOR=1.481;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=42;TCF=2;TCR=40;TR=42;WE=127491740;WS=127491722;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr10	127500718	rs10901444	C	G	2610.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=50;NR=15;PP=1555;SC=CTGAGTTAAACTGTTTTTTAA;SOR=1.890;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=65;TCF=50;TCR=15;TR=65;WE=127500726;WS=127500708;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr10	127504660	rs2366044	A	G	3034.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=47;NR=23;PP=1538;SC=ATAAAATAAGAAGACAGTAAA;SOR=1.365;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=70;TCF=47;TCR=23;TR=70;WE=127504668;WS=127504650;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr10	127515069	rs10159992	C	T	865.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=21;NR=5;PP=577;SC=TTGTATTCTTCACAGATGGCA;SOR=2.303;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=21;TCR=5;TR=26;WE=127515077;WS=127515059;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr10	127520313	rs11596442	A	G	452.98	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.189;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=14;PP=349;ReadPosRankSum=-0.318;SC=AGGGGAGTGGAAGAAACATCC;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=0;TCR=15;TR=14;WE=127520321;WS=127520303;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,15:0.94:16
chr10	127522572	rs3740206	T	G	495.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=13;PP=328;SC=TGAAAATGATTTATCAAGATT;SOR=3.383;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=14;TCF=1;TCR=13;TR=14;WE=127522580;WS=127522562;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr10	127524612	rs4075326	C	T	3034.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=66;NR=22;PP=1863;SC=TGCCGTAGATCAAATGGGTTT;SOR=1.947;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=89;TCF=66;TCR=23;TR=88;WE=127524620;WS=127524602;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr10	127530325	rs3208565	T	C	5447.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=73;NR=38;PP=2212;SC=TTACCATGGCTGCGATTGTTA;SOR=1.157;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=111;TCF=73;TCR=38;TR=111;WE=127530333;WS=127530315;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,206:1.00:206
chr10	127548587	rs1539315	C	G	956.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=27;PP=738;SC=CTTATGCTAACTCATGCAAAA;SOR=3.193;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=4;TCR=27;TR=31;WE=127548595;WS=127548577;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr10	127584957	.	A	T	531.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-1.492;ClippingRankSum=0.000;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.033;HP=2;HapScore=1;MGOF=62;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.723;NF=27;NR=3;PP=462;ReadPosRankSum=1.160;SC=GGAGGGCGCGACCGCCTGACC;SOR=1.347;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=108;TCF=92;TCR=16;TR=30;WE=127584965;WS=127584955;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,29:0.25:117
chr10	127584978	rs5006357	A	G	3751.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=2.764;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.495;HP=3;HapScore=1;MGOF=57;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-5.469;NF=89;NR=20;PP=1948;ReadPosRankSum=3.585;SC=GGGCTTCAGGAGCAGTGTCCT;SOR=0.889;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=152;TCF=122;TCR=30;TR=109;WE=127584991;WS=127584968;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,120:0.69:175
chr10	127584983	rs77434588	T	C	130.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.191;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.49;MQRankSum=-2.746;QD=0.72;ReadPosRankSum=1.796;SOR=0.686;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:157,25:0.14:182
chr10	127585015	rs79042596	G	T	4741.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.462;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=261;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.087;HP=2;HapScore=1;MGOF=89;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-8.291;NF=75;NR=38;PP=1776;ReadPosRankSum=3.674;SC=CGCTACCCTCGCTCAGTGTCC;SOR=0.793;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=223;TCF=147;TCR=76;TR=113;WE=127585023;WS=127585005;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:98,121:0.55:219
chr10	127585035	rs113524015	C	G	4801.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.728;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=301;ExcessHet=3.0103;FS=1.423;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.69;MQRankSum=-8.383;QD=16.39;ReadPosRankSum=1.503;SOR=0.797;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:157,136:0.46:293
chr10	127585040	rs5006358	G	A	6750.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.035;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=326;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.77;MQRankSum=-11.324;QD=21.23;ReadPosRankSum=2.136;SOR=0.699;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:143,175:0.55:318
chr10	127585090	rs74635147	C	A	7712.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.441;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=485;ExcessHet=3.0103;FS=1.762;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.50;MQRankSum=-19.405;QD=15.94;ReadPosRankSum=0.390;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:275,209:0.43:484
chr10	127585097	rs78188902	T	C	7813.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.699;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=479;ExcessHet=3.0103;FS=1.768;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.49;MQRankSum=-19.848;QD=16.35;ReadPosRankSum=0.953;SOR=0.841;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:278,200:0.42:478
chr10	127585099	rs79920605	A	G	7823.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.878;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=480;ExcessHet=3.0103;FS=1.755;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.58;MQRankSum=-19.561;QD=16.33;ReadPosRankSum=1.016;SOR=0.845;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:278,201:0.42:479
chr10	127585112	rs72832617	T	C	7457.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.356;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=463;ExcessHet=3.0103;FS=1.756;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.69;MQRankSum=-18.997;QD=16.18;ReadPosRankSum=3.184;SOR=0.759;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:269,192:0.42:461
chr10	127585120	rs80288044	G	C	7226.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.084;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=458;ExcessHet=3.0103;FS=0.525;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.82;MQRankSum=-17.802;QD=15.88;ReadPosRankSum=2.915;SOR=0.763;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:256,199:0.44:455
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chr10	127585179	rs74162871	G	C	3902.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.963;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=365;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.244;HP=4;HapScore=1;MGOF=80;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-11.882;NF=100;NR=119;PP=2396;ReadPosRankSum=2.808;SC=GGAGTCCGGGGGTTCGCCCGC;SOR=0.571;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=334;TCF=146;TCR=188;TR=219;WE=127585187;WS=127585159;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:169,194:0.53:363
chr10	127585288	.	C	A	570	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;FR=0.5000;HP=2;HapScore=1;MGOF=68;MMLQ=28;MQ=55.74;NF=7;NR=28;PP=570;QD=17.2791775013;SC=TCCCCGGGAACGAGTGTGGGC;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=106;TCF=16;TCR=90;TR=35;WE=127585296;WS=127585278;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:71,35:0.33:106
chr10	127585307	rs74579856	C	T	671.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=5.632;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.738;HP=2;HapScore=2;MGOF=69;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.050;NF=1;NR=22;PP=269;ReadPosRankSum=-0.071;SC=GCGCCCCGCGCGCGACTCCGC;SOR=2.012;SbPval=0.95;Source=Platypus;TC=74;TCF=10;TCR=64;TR=23;WE=127585324;WS=127585294;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,30:0.41:73
chr10	127585360	rs78190003	C	A	123.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.103;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.70;MQRankSum=-1.235;QD=5.38;ReadPosRankSum=-0.272;SOR=0.330;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,5:0.22:23
chr10	127585363	rs74162872	G	A	123.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.379;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.50;MQRankSum=-1.137;QD=5.63;ReadPosRankSum=-0.670;SOR=0.199;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,5:0.23:22
chr10	127668317	rs11244744	G	A	3269.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=52;NR=32;PP=1510;SC=TACAGCATAGGTGTCAACCCT;SOR=1.133;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=85;TCF=52;TCR=33;TR=84;WE=127668325;WS=127668307;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr10	127668431	rs11244745	A	G	6978.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.686;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=272;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=76;NR=77;PP=2883;ReadPosRankSum=3.010;SC=AGCAGGTCAAATACAACCTTA;SOR=0.708;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=153;TCF=76;TCR=77;TR=153;WE=127668439;WS=127668421;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,266:0.99:268
chr10	127668487	rs2176097	G	A	4883.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.668;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=74;PP=2476;ReadPosRankSum=-0.929;SC=CAGTGGGGGTGGTATGATATT;SOR=0.929;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=129;TCF=55;TCR=74;TR=129;WE=127668495;WS=127668477;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,186:0.99:188
chr10	127668610	rs2138275	C	T	1749.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=29;NR=25;PP=1299;SC=GAGGTATGCTCATATGTGTGC;SOR=0.762;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=54;TCF=29;TCR=25;TR=54;WE=127668618;WS=127668600;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr10	127677374	rs2280173	A	G	2114.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=13;NR=53;PP=1480;SC=AAACACTGCAATAATATTTGC;SOR=2.400;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=66;TCF=13;TCR=53;TR=66;WE=127677382;WS=127677364;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr10	127685091	rs3736477	T	C	8389.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.546;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=336;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=108;NR=95;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.825;SC=ACTGAGCATGTTTATCTCTTT;SOR=0.776;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=205;TCF=109;TCR=96;TR=203;WE=127685099;WS=127685081;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,323:0.99:325
chr10	127693432	rs2138283	C	T	2408.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=39;NR=25;PP=1161;SC=TGTCAAATGCCGCTTCTTCCA;SOR=0.990;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=64;TCF=39;TCR=25;TR=64;WE=127693440;WS=127693422;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr10	127697165	rs2292690	T	G	1649.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=14;NR=26;PP=771;SC=GTGGAATTAATGTCAGAGCTT;SOR=1.057;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=40;TCF=14;TCR=26;TR=40;WE=127697173;WS=127697155;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr10	127706028	rs3781001	C	T	566.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=16;PP=430;SC=TGTCAGATACCACTGCCCCTC;SOR=3.611;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=18;TCF=2;TCR=16;TR=18;WE=127706036;WS=127706018;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr10	127708091	rs2176099	AG	GT	1676.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;JOINED;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=28;NR=2;PP=1480;SC=ATAAGCTCACAGGGACTGCTT;SOR=4.407;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=32;TCF=30;TCR=2;TR=30;WE=127708100;WS=127708088;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr10	127708428	rs2138280	A	T	1826.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=12;NR=37;PP=1120;SC=AGGGTCACTTACCAGGAGCCA;SOR=1.839;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=49;TCF=12;TCR=37;TR=49;WE=127708436;WS=127708418;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr10	127708468	rs35835884	G	A	973.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=35;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=10;NR=20;PP=576;SC=AGGGCCTGCCGCTTGGCACAG;SOR=1.371;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=30;TCF=10;TCR=20;TR=30;WE=127708476;WS=127708458;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr10	127708503	rs2292694	G	C	534.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=41;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=15;PP=429;SC=ATATCATCCTGTCACCATACA;SOR=3.383;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=17;TCF=2;TCR=15;TR=17;WE=127708511;WS=127708493;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr10	127730972	rs150225509	CTGTG	C	103.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.187;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.41;ReadPosRankSum=1.806;SOR=0.728;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,6:0.14:43
chr10	127730991	rs45535336	A	G	65.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-0.422;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=5;PP=47;ReadPosRankSum=1.306;SC=TGTAAATCTTAGCGAGATCAC;SOR=0.798;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=26;TCF=6;TCR=20;TR=6;WE=127730999;WS=127730981;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,6:0.20:30
chr10	127731012	rs11244780	T	A	46.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-2.233;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=5;PP=28;ReadPosRankSum=0.967;SC=ATTAGGCAAATTACTTAACTT;SOR=0.404;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=0;TCR=19;TR=5;WE=127731020;WS=127731002;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,5:0.23:22
chr10	127731535	rs7911793	TG	CA	385.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=0.302;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=1;PP=323;ReadPosRankSum=-0.094;SC=CCTGCACCCATGCTGACAGCT;SOR=0.567;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=36;TCF=31;TCR=5;TR=10;WE=127731544;WS=127731525;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,12:0.33:36
chr10	127734486	rs1710312	C	T	259.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.031;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.641;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=1;PP=91;ReadPosRankSum=-0.635;SC=GAAATGAATACCTTTAGAAGA;SOR=0.317;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=26;TCF=22;TCR=4;TR=8;WE=127734494;WS=127734476;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,14:0.40:35
chr10	127734513	rs1710313	A	C	418.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-2.999;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.969;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=3;PP=132;ReadPosRankSum=1.573;SC=TTCAAACACAATAACTGCTCT;SOR=0.317;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=46;TCF=37;TCR=9;TR=13;WE=127734521;WS=127734503;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,24:0.36:67
chr10	127753359	rs56076315	T	C	1028.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.378;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.351;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=9;PP=577;ReadPosRankSum=-1.171;SC=ATGCCGAGCTTGTGGCGGCCA;SOR=1.179;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=44;TCF=31;TCR=13;TR=34;WE=127753367;WS=127753349;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,43:0.78:55
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chr10	127759943	rs7903316	T	A	694.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-3.608;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=5;PP=501;ReadPosRankSum=0.465;SC=CTTCCTGAGTTCTAGTACTTT;SOR=0.571;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=86;TCF=76;TCR=10;TR=34;WE=127759951;WS=127759933;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,35:0.37:95
chr10	127786969	rs2290842	A	G	3405.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=43;NR=46;PP=1622;SC=ACCAGCTCCCAATGCCCTTGG;SOR=0.756;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=89;TCF=43;TCR=46;TR=89;WE=127786977;WS=127786959;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chr10	127829012	rs1551678	C	G	253.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.030;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.19;ReadPosRankSum=-0.913;SOR=0.770;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,13:0.42:31
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chr10	127829304	rs17154306	G	A	323.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-0.732;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=9;PP=159;ReadPosRankSum=1.755;SC=GTCTCATTAAGTGTTTAAACA;SOR=1.058;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=21;TCF=5;TCR=16;TR=11;WE=127829312;WS=127829294;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,15:0.62:24
chr10	127843641	rs1466358	T	C	375.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=1.301;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=1;PP=298;ReadPosRankSum=0.420;SC=GGATTTATAATAGAACGCCTA;SOR=0.997;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=42;TCF=38;TCR=4;TR=17;WE=127843649;WS=127843631;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,17:0.38:45
chr10	127843740	rs1466359	G	T	931.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.760;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=274;ExcessHet=3.0103;FS=3.265;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.49;ReadPosRankSum=-3.799;SOR=0.501;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:199,68:0.25:267
chr10	127843756	rs1466360	G	A	1170.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.994;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=345;ExcessHet=3.0103;FS=2.175;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.48;ReadPosRankSum=-2.086;SOR=0.549;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:254,82:0.24:336
chr10	127843921	rs1466361	T	C	859.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.942;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FS=4.001;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.34;ReadPosRankSum=-0.817;SOR=0.443;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:147,51:0.26:198
chr10	128019025	rs3740199	C	G	3609.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.199;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.361;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=58;PP=1891;ReadPosRankSum=0.803;SC=TCCCCACTCCCAACAGAGGCA;SOR=0.772;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=99;TCF=41;TCR=58;TR=98;WE=128019033;WS=128019015;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,139:0.98:142
chr10	128147884	rs7077404	C	A	4050.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.713;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=296;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.453;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=68;NR=64;PP=2065;ReadPosRankSum=0.199;SC=GCAAGCACAACACTCAGAGAC;SOR=0.645;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=207;TCF=103;TCR=104;TR=132;WE=128147892;WS=128147874;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:106,184:0.63:290
chr10	128147905	rs55945416	G	A	4202.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.940;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=284;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.454;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=62;ReadPosRankSum=-1.292;SC=CAAAAGCCACGGTGCAAAAGT;SOR=0.581;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=198;TCF=96;TCR=102;TR=126;WE=128147913;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:96,183:0.66:279
chr10	128148056	rs7098669	T	C	4463.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=3.134;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=372;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.385;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=77;NR=69;PP=2222;ReadPosRankSum=-1.732;SC=AAGCTGGGAGTGCAGAGGCAA;SOR=0.739;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=248;TCF=130;TCR=118;TR=146;WE=128148064;WS=128148046;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:154,206:0.57:360
chr10	128153623	rs7079392	G	A	392.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-2.224;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=11;PP=229;ReadPosRankSum=-1.727;SC=GACTTCTACCGCACATGGTGC;SOR=0.627;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=25;TCF=5;TCR=20;TR=14;WE=128153631;WS=128153613;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,17:0.63:27
chr10	128192985	rs11245007	C	T	3319.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-3.430;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=242;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.028;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=62;PP=1832;ReadPosRankSum=0.056;SC=TAGATTGAATCTGGACACTGC;SOR=0.829;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=163;TCF=76;TCR=87;TR=111;WE=128192993;WS=128192975;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,148:0.63:234
chr10	128193368	rs11245008	C	T	4455.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.077;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=340;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.388;HP=6;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=75;PP=2171;ReadPosRankSum=-0.402;SC=AAACCCTCTGCGGGGGCCCCC;SOR=0.827;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=225;TCF=106;TCR=119;TR=137;WE=128193376;WS=128193358;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:130,205:0.61:335
chr10	128193754	rs10901623	A	C	313.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.891;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=9;PP=202;ReadPosRankSum=0.453;SC=CACTGGGTTCATAACACTCAG;SOR=1.314;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=16;TCF=4;TCR=12;TR=12;WE=128193762;WS=128193744;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,13:0.68:19
chr10	128202435	rs1436803	T	C	1131.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.196;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FS=4.417;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.05;ReadPosRankSum=-2.136;SOR=1.010;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:119,68:0.36:187
chr10	128209769	rs2099552	T	C	193.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.242;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.597;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=2;PP=92;ReadPosRankSum=-0.346;SC=TGGGGCCTCATACAGTACTGG;SOR=1.609;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=32;TCF=20;TCR=12;TR=9;WE=128209777;WS=128209759;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,14:0.26:54
chr10	128209797	rs2099553	C	T	281.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.295;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.784;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=2;PP=141;ReadPosRankSum=1.523;SC=AGATACTCAGCGTGGACAGAA;SOR=2.164;SbPval=0.95;Source=Platypus;TC=44;TCF=29;TCR=15;TR=13;WE=128209805;WS=128209787;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,16:0.24:66
chr10	128209959	rs4962342	G	T	399.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.156;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.932;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=10;PP=131;ReadPosRankSum=-0.180;SC=TGTATTTGGCGACATGAAAGA;SOR=0.971;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=56;TCF=21;TCR=35;TR=14;WE=128209967;WS=128209949;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,26:0.30:88
chr10	128335225	rs2842149	T	C	1893.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=28.27;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr10	128806831	rs10542991	ATAACT	A	301.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=1.115;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=1;PP=227;ReadPosRankSum=-0.284;SC=GCATTTTCTGATAACTTAATT;SOR=0.818;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=16;TCF=13;TCR=3;TR=5;WE=128806843;WS=128806821;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,9:0.41:22
chr10	128806888	rs9418761	G	C	725.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.453;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.457;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=9;PP=471;ReadPosRankSum=-0.622;SC=TGAGAAAACAGCTTTTGCTGT;SOR=1.155;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=42;TCF=28;TCR=14;TR=29;WE=128806896;WS=128806878;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,33:0.61:54
chr10	128810642	rs9418773	C	T	3257.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.628;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=273;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.698;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=50;PP=1299;ReadPosRankSum=-0.693;SC=GGGCAGGGTACGTATTTTCCT;SOR=0.863;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=158;TCF=72;TCR=86;TR=87;WE=128810650;WS=128810632;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:111,158:0.59:269
chr10	128810669	rs9418691	C	T	2187.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.430;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.831;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=41;PP=952;ReadPosRankSum=-2.766;SC=TTTCTATCAGCGTGTATTTGC;SOR=0.844;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=114;TCF=45;TCR=69;TR=64;WE=128810677;WS=128810659;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,105:0.56:186
chr10	128821616	rs9418791	T	G	1487.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.793;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=269;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.316;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=31;PP=706;ReadPosRankSum=1.931;SC=GGCTCATCTGTAGTGTTTCAG;SOR=0.423;SbPval=0.2;Source=Platypus;TC=170;TCF=59;TCR=111;TR=55;WE=128821624;WS=128821606;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:175,89:0.34:264
chr10	128821636	rs9418698	C	T	1280.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-3.099;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.821;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=27;PP=592;ReadPosRankSum=-0.778;SC=GTTTTACTTGCCAAGTGCTCA;SOR=0.366;SbPval=0.22;Source=Platypus;TC=127;TCF=37;TCR=90;TR=43;WE=128821644;WS=128821626;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:116,70:0.38:186
chr10	128822842	rs9418706	G	A	450.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.974;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=2.456;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.78;ReadPosRankSum=0.409;SOR=1.911;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,19:0.79:24
chr10	128822873	rs3818879	A	G	69.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.637;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=1.820;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.94;ReadPosRankSum=-1.511;SOR=0.260;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,8:0.22:36
chr10	128822886	rs3818880	G	A	235.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.805;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.72;ReadPosRankSum=-2.154;SOR=0.573;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,15:0.30:50
chr10	128830592	rs9418802	C	T	503.88	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-1.667;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5002;FS=6.214;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=9;PP=232;ReadPosRankSum=2.237;SC=ACGGTGCGTTCGAGAGGAGAA;SOR=0.072;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=20;TCF=8;TCR=12;TR=17;WE=128830600;WS=128830582;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,21:0.88:24
chr10	128836112	rs56038046	CT	C	135.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.997;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.99;ReadPosRankSum=2.485;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,19:0.56:34
chr10	128836214	rs7085407	G	C	562.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=13;PP=313;SC=TAGTGACATAGGGATTGGGTG;SOR=1.708;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=4;TCR=13;TR=17;WE=128836222;WS=128836204;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr10	128840842	rs880272	A	G	1950.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=39;NR=21;PP=1328;SC=TGTGTGGGGGAAGTCCGGTGG;SOR=1.445;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=61;TCF=40;TCR=21;TR=60;WE=128840850;WS=128840832;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr10	128850789	rs57319275	CAA	C	89.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.748;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=3.424;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=8.16;ReadPosRankSum=1.383;SOR=2.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,6:0.55:11
chr10	128850841	rs9418817	T	C	1278.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=35;NR=8;PP=1002;SC=TACTGATAGATGGAAACCAAA;SOR=2.352;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=43;TCF=35;TCR=8;TR=43;WE=128850849;WS=128850831;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr10	128859743	rs4751523	C	T	669.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.762;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.107;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=5;PP=542;ReadPosRankSum=-0.464;SC=TGTGGAGGCACGCTGCCTTGG;SOR=0.154;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=32;TCF=27;TCR=5;TR=26;WE=128859751;WS=128859733;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,26:0.76:34
chr10	128923954	rs1186355	A	C	4707.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-2.338;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=75;PP=1850;ReadPosRankSum=-0.588;SC=TAAAAATGAAAGGTCTTGATT;SOR=0.410;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=122;TCF=46;TCR=76;TR=121;WE=128923962;WS=128923944;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,187:0.99:188
chr10	128925761	rs1153016	A	T	1032.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=24;NR=7;PP=668;SC=ATTAATAAAAACCCCTGAGTT;SOR=2.242;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=24;TCR=7;TR=31;WE=128925769;WS=128925751;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr10	128926013	rs1060561	A	G	4202.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=41;NR=59;PP=1962;SC=CCATGGGACGAGATTCTGAAC;SOR=1.008;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=100;TCF=41;TCR=59;TR=100;WE=128926021;WS=128926003;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,158:1.00:158
chr10	128952219	rs34225417	C	T	3550.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.688;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=254;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=55;PP=1607;ReadPosRankSum=-0.698;SC=GCATTACAAGCGGTGGCTGGG;SOR=0.699;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=164;TCF=76;TCR=88;TR=102;WE=128952227;WS=128952209;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,164:0.66:250
chr10	128952265	rs7068954	A	G	4938.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=42;NR=88;PP=2893;SC=CCTCAAATCAAATGCCTTCCC;SOR=1.356;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=132;TCF=44;TCR=88;TR=130;WE=128952273;WS=128952255;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,176:1.00:176
chr10	128974220	rs11594560	G	A	4776.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.222;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=366;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=82;PP=2211;ReadPosRankSum=-0.696;SC=CTTCTCTTTCGCATCTGTTAG;SOR=0.683;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=242;TCF=105;TCR=137;TR=143;WE=128974228;WS=128974210;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:141,218:0.61:359
chr10	128974621	rs2489386	C	T	2091.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.001;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=329;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.373;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=39;PP=949;ReadPosRankSum=0.943;SC=CACTCTCCGACGTTGTGAGTA;SOR=0.772;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=198;TCF=96;TCR=102;TR=74;WE=128974629;WS=128974611;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:207,117:0.36:324
chr10	128974713	rs2489385	C	T	1812.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.370;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FS=3.969;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.48;ReadPosRankSum=-0.810;SOR=1.066;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:118,55:0.32:173
chr10	128974716	rs2489384	A	G	1848.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.090;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FS=5.390;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.55;ReadPosRankSum=-0.493;SOR=1.189;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:110,50:0.31:160
chr10	129046407	rs3740013	T	C	2184.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.223;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.125;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=40;PP=868;ReadPosRankSum=-0.768;SC=CACATAACCATGTTTTAGGGC;SOR=0.426;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=103;TCF=38;TCR=65;TR=66;WE=129046415;WS=129046397;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,104:0.67:155
chr10	129160313	rs2296636	C	T	2993.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=54;NR=28;PP=1578;SC=GAATATTGTACCTCTTTTTTC;SOR=1.295;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=83;TCF=54;TCR=29;TR=82;WE=129160324;WS=129160303;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr10	129160458	rs2296635	G	A	4217.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=52;NR=62;PP=2175;SC=AATTCCATTCGACCCGAAGCT;SOR=0.826;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=114;TCF=52;TCR=62;TR=114;WE=129160466;WS=129160448;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,158:1.00:158
chr10	129179426	rs7099958	T	C	1046.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=32;NR=0;PP=869;SC=TTATGAACATTGTAAAAAGGA;SOR=7.054;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=32;TCF=32;TCR=0;TR=32;WE=129179434;WS=129179416;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr10	129183015	rs878562	T	G	1699.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=43;NR=2;PP=1317;SC=CCCTGGGTGTTTCCGCCTCGG;SOR=4.534;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=45;TCF=43;TCR=2;TR=45;WE=129183023;WS=129183005;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr10	129207514	rs2296629	G	A	3924.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.046;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=268;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.872;HP=5;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=58;PP=1842;ReadPosRankSum=-0.105;SC=TGGGTGTGGTGGGGGGCCTCT;SOR=0.798;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=160;TCF=78;TCR=82;TR=109;WE=129207522;WS=129207504;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,178:0.67:266
chr10	129207564	rs12774391	C	T	1180.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.496;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.962;HP=4;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=25;PP=611;ReadPosRankSum=-1.102;SC=GATCCTTAACCCCCTCACCTC;SOR=0.517;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=127;TCF=50;TCR=77;TR=45;WE=129207572;WS=129207554;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:116,64:0.36:180
chr10	129208894	rs6482874	A	G	611.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=18;NR=3;PP=381;SC=GAGGGTTGGCAGGGACAGGGA;SOR=2.584;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=18;TCR=3;TR=21;WE=129208902;WS=129208887;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
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chr10	129208965	rs11017944	A	G	708.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.339;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.660;HP=3;HapScore=4;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=8;PP=975;ReadPosRankSum=-0.042;SC=GGGAGAGGACACCAAGGCGAT;SOR=0.921;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=77;TCF=53;TCR=24;TR=29;WE=129208973;WS=129208944;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,41:0.38:107
chr10	129209084	rs2296628	A	G	2941.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.345;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.415;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=41;PP=1384;ReadPosRankSum=-1.562;SC=ATATCTAATGATCTGTCTGTC;SOR=0.699;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=141;TCF=71;TCR=70;TR=87;WE=129209092;WS=129209074;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,136:0.63:216
chr10	129209213	rs11017952	C	A	381.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.138;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FS=2.802;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.05;ReadPosRankSum=1.324;SOR=0.997;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:96,29:0.23:125
chr10	129209237	rs10830001	G	A	387.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.104;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.36;ReadPosRankSum=0.009;SOR=0.708;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:65,24:0.27:89
chr10	129209256	rs11017953	C	T	226.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=0.041;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.133;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=10;PP=152;ReadPosRankSum=0.400;SC=AGAACTGCCACTGGAGAAGCG;SOR=0.904;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=56;TCF=18;TCR=38;TR=14;WE=129209264;WS=129209246;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,16:0.24:67
chr10	129213586	rs3736940	C	T	1996.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=0.491;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=48;PP=1089;ReadPosRankSum=0.014;SC=GCTCATGCCCCGTGGTCACTG;SOR=0.712;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=117;TCF=35;TCR=82;TR=67;WE=129213594;WS=129213576;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,89:0.61:145
chr10	129213631	rs3736939	A	G	2155.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=52;PP=1426;SC=TACAGTTCCCATAACCACCCC;SOR=2.334;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=65;TCF=13;TCR=52;TR=65;WE=129213639;WS=129213621;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr10	129216658	rs2229600	T	C	5233.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.426;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=388;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=75;NR=68;PP=1836;ReadPosRankSum=0.005;SC=AGAATGCCATTGAGACCATGC;SOR=0.672;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=223;TCF=117;TCR=106;TR=143;WE=129216666;WS=129216648;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:141,246:0.64:387
chr10	129237572	rs1926427	G	A	1853.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=9;NR=37;PP=1222;SC=CAGGGCTGACGGTGGGCTCTT;SOR=2.019;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=47;TCF=10;TCR=37;TR=46;WE=129237580;WS=129237562;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr10	129242515	rs11371	G	A	2463.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.760;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=551;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.228;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=45;PP=1083;ReadPosRankSum=0.687;SC=TTACACCAAGGGCCAAGCTCA;SOR=0.559;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=297;TCF=133;TCR=164;TR=89;WE=129242523;WS=129242505;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:389,158:0.29:547
chr10	129242555	rs2275053	G	A	9507.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.169;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=376;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=88;NR=137;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.253;SC=TAAGTGGAACGCTCCCCACAT;SOR=0.695;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=230;TCF=90;TCR=140;TR=225;WE=129242563;WS=129242545;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:5,367:0.99:372
chr10	129245628	rs869800	G	A	558.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.785;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FS=1.575;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.11;ReadPosRankSum=-2.407;SOR=0.863;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:99,37:0.27:136
chr10	129245684	rs869801	G	A	3259.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.283;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.986;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=47;PP=1697;ReadPosRankSum=-2.100;SC=CATGACGGGGGCGGACGTGGC;SOR=0.445;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=142;TCF=80;TCR=62;TR=100;WE=129245692;WS=129245674;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,142:0.66:216
chr10	129245922	rs72843745	A	G	948.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=0.877;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.239;HP=3;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=28;PP=681;ReadPosRankSum=0.067;SC=CACATGAGGAAAACCATGTAT;SOR=1.085;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=51;TCF=7;TCR=44;TR=32;WE=129245930;WS=129245912;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,38:0.60:63
chr10	129249662	rs2229603	G	A	7249.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=269;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=101;NR=68;PP=2962;SC=TCGCAAGCAGGCATCGGTGGA;SOR=1.075;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=169;TCF=101;TCR=68;TR=169;WE=129249684;WS=129249652;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,268:1.00:268
chr10	129249676	rs2229604	C	T	741.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.501;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=298;ExcessHet=3.0103;FS=1.126;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.50;ReadPosRankSum=1.099;SOR=0.797;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:237,60:0.20:297
chr10	129249693	rs2229605	G	A	1103.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.845;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=351;ExcessHet=3.0103;FS=2.790;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.16;ReadPosRankSum=-0.280;SOR=0.875;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:268,81:0.23:349
chr10	129249701	rs2229606	C	G	11152.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=370;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=122;NR=101;PP=2269;SC=ACGTCGCAAGCCTCTCTGGAA;SOR=0.869;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=224;TCF=122;TCR=102;TR=223;WE=129249709;WS=129249683;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,368:1.00:368
chr10	129249914	rs3824814	T	C	302.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=3.633;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.946;HP=1;HapScore=3;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=12;PP=455;ReadPosRankSum=0.326;SC=CGGGATGTGCTATCGTAGTTA;SOR=1.730;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=42;TCF=7;TCR=35;TR=13;WE=129249933;WS=129249904;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,14:0.30:46
chr10	129249925	rs10765104	T	C	202.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=3.063;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=3;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=8;PP=455;ReadPosRankSum=-0.241;SC=ATCGTAGTTATCAGAGTTGGG;SOR=0.693;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=28;TCF=3;TCR=25;TR=9;WE=129249933;WS=129249904;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,10:0.31:32
chr10	129534475	.	C	CGCGG	76.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.328;ClippingRankSum=-0.000;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=10.96;ReadPosRankSum=0.328;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,3:0.43:7
chr10	129534476	.	CCA	C	76.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=1.006;ClippingRankSum=-0.000;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=10.96;ReadPosRankSum=0.328;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,3:0.43:7
chr10	129534478	rs147236104	A	AGCGCGGC	121.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.217;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=17.39;ReadPosRankSum=-0.328;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,4:0.57:7
chr10	129534679	rs4751501	T	C	3473.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=53;NR=34;PP=1694;SC=AGCTTGGCGCTCTCCGCTCTG;SOR=1.005;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=87;TCF=53;TCR=34;TR=87;WE=129534687;WS=129534669;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chr10	129534722	rs79103670	C	T	776.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-2.031;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.589;HP=6;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=14;PP=742;ReadPosRankSum=-0.510;SC=AGAAACCTGGCGGGGCCCCGG;SOR=0.639;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=119;TCF=71;TCR=48;TR=33;WE=129534747;WS=129534712;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:139,54:0.28:193
chr10	129534739	rs4751502	C	G	3195.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.293;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=40;PP=2537;ReadPosRankSum=0.704;SC=CCGGACTCCCCGGCTTGGGAA;SOR=0.692;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=130;TCF=74;TCR=56;TR=92;WE=129534747;WS=129534712;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,148:0.70:210
chr10	129534864	rs4751503	A	C	10894.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=415;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=160;NR=120;PP=2965;SC=GGGTTGAGGGAGCGAGGACTC;SOR=0.919;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=281;TCF=161;TCR=120;TR=280;WE=129534872;WS=129534854;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,410:1.00:410
chr10	129535455	rs77244569	G	A	121.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.781;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.35;ReadPosRankSum=0.000;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,8:0.29:28
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chr10	129536648	rs7085544	G	T	776.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.118;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=2.634;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=28.77;ReadPosRankSum=1.553;SOR=0.275;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,20:0.74:27
chr10	129682249	rs10765177	T	C	787.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.622;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.741;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=25;PP=464;ReadPosRankSum=1.170;SC=TTGTTGGATGTCAGTTAGAGA;SOR=0.800;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=105;TCF=30;TCR=75;TR=33;WE=129682257;WS=129682239;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,43:0.33:131
chr10	129682311	rs7082389	G	A	372.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=4.085;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=15;PP=279;ReadPosRankSum=-0.779;SC=CCCCACTGGAGGCTGGTTGTT;SOR=0.582;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=48;TCF=3;TCR=45;TR=16;WE=129682319;WS=129682301;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,16:0.36:44
chr10	129690837	rs35890579	G	T	5057.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=1.240;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=381;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.309;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=82;NR=44;PP=2122;ReadPosRankSum=-0.015;SC=CTTTTTCTTTGGTTCTGCAAG;SOR=0.825;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=196;TCF=126;TCR=70;TR=126;WE=129690845;WS=129690827;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:139,230:0.62:369
chr10	129763277	rs4751554	C	T	4072.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=1.442;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=307;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=51;PP=1656;ReadPosRankSum=2.246;SC=GAAGGCATTTCGGTTTTAAGC;SOR=0.684;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=166;TCF=81;TCR=85;TR=100;WE=129763285;WS=129763267;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:115,188:0.62:303
chr10	129845547	rs4262642	A	C	1379.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=23;NR=11;PP=650;SC=ACTTTACAAAATATAGTTTGG;SOR=1.220;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=23;TCR=11;TR=34;WE=129845555;WS=129845537;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr10	129846010	rs7911904	G	A	7141.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=277;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=89;NR=80;PP=2965;SC=GAAACCTAACGCATCCTGTGT;SOR=0.792;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=169;TCF=89;TCR=80;TR=169;WE=129846018;WS=129846000;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,273:1.00:273
chr10	129899578	rs8473	T	C	764.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=1.360;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.422;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=12;PP=491;ReadPosRankSum=0.398;SC=TGCACAGATTTGCTCTCCAAA;SOR=0.984;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=96;TCF=63;TCR=33;TR=37;WE=129899586;WS=129899568;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:94,43:0.31:137
chr10	129899778	rs11106	G	C	1560.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.557;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=270;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.564;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=33;PP=884;ReadPosRankSum=0.505;SC=TTTGTTCTCAGTGACTTTGTC;SOR=0.820;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=163;TCF=78;TCR=85;TR=59;WE=129899786;WS=129899768;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:175,90:0.34:265
chr10	129900858	rs3191122	C	T	1046.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.132;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.477;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=11;PP=646;ReadPosRankSum=0.401;SC=TTTCAGGGACCGAGTCTTGTA;SOR=1.029;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=142;TCF=88;TCR=54;TR=40;WE=129900866;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:152,60:0.28:212
chr10	129901501	rs2071496	G	C	1309.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.315;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=398;ExcessHet=3.0103;FS=1.976;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.32;ReadPosRankSum=0.503;SOR=0.659;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:303,92:0.23:395
chr10	129901747	rs10764749	C	T	1302.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=1.873;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.910;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=19;PP=794;ReadPosRankSum=0.906;SC=TGCTCTTGGCCGTCTCCTGCT;SOR=1.112;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=133;TCF=75;TCR=58;TR=52;WE=129901755;WS=129901737;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:95,61:0.39:156
chr10	129902281	rs1063535	G	A	1817.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.859;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=315;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.441;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=32;PP=806;ReadPosRankSum=0.051;SC=TTCTTTCCTGGGACGTGTCTT;SOR=0.794;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=193;TCF=93;TCR=100;TR=59;WE=129902289;WS=129902271;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:208,102:0.33:310
chr10	129903016	rs7071768	T	C	2674.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.447;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=494;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=54;PP=1413;ReadPosRankSum=0.580;SC=TTTCCTGAGGTTTCTCTTGGG;SOR=0.717;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=334;TCF=162;TCR=172;TR=104;WE=129903024;WS=129903006;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:333,154:0.32:487
chr10	129903165	rs111515190	T	C	1366.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.459;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=27;PP=910;ReadPosRankSum=-0.334;SC=CCAGGTCTTCTAGAGCCTGGG;SOR=0.696;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=163;TCF=82;TCR=81;TR=54;WE=129903173;WS=129903155;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:144,68:0.32:212
chr10	129903465	rs2857028	A	G	1552.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.570;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=279;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-2.072;NF=27;NR=40;PP=873;ReadPosRankSum=0.010;SC=TAGTTTTCTCATGAGTCGTGG;SOR=0.702;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=215;TCF=85;TCR=130;TR=67;WE=129903473;WS=129903455;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:187,87:0.32:274
chr10	129904917	rs1894410	G	A	4099.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=2.781;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=294;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.299;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=72;PP=2183;ReadPosRankSum=-0.857;SC=TAGTTTTTTCGTTAGTCATTG;SOR=0.842;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=201;TCF=95;TCR=106;TR=129;WE=129904925;WS=129904907;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:110,181:0.62:291
chr10	129905712	rs141046519	T	C	4610.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.476;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=275;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.017;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=67;NR=80;PP=2820;ReadPosRankSum=-0.406;SC=CCAGGTCTTCTAGGGGTTGGG;SOR=0.507;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=214;TCF=92;TCR=122;TR=147;WE=129905720;WS=129905702;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,190:0.71:268
chr10	129905896	rs3740423	T	A	1964.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.215;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=312;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=34;PP=808;ReadPosRankSum=1.251;SC=GGCTGAGAGCTCCTTCTGTAC;SOR=0.702;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=189;TCF=89;TCR=100;TR=63;WE=129905904;WS=129905886;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:202,110:0.35:312
chr10	129906980	rs2152143	C	T	3165.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.620;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=645;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=68;NR=64;PP=1655;ReadPosRankSum=1.874;SC=GTGAACTTGCCGACTGCTAGG;SOR=0.719;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=385;TCF=193;TCR=192;TR=132;WE=129906988;WS=129906970;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:444,190:0.30:634
chr10	129907741	rs2065718	G	A	1703.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=8;NR=38;PP=1089;SC=CATGTCAATCGAGTATTACAG;SOR=2.187;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=46;TCF=8;TCR=38;TR=46;WE=129907749;WS=129907731;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr10	129911919	rs12255393	T	A	240.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=1.902;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=8;PP=116;ReadPosRankSum=0.846;SC=ATACCAAGACTAGTGATTTAT;SOR=0.693;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=38;TCF=9;TCR=29;TR=10;WE=129911927;WS=129911909;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,13:0.32:41
chr10	129917560	rs2071498	T	C	765.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.545;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.766;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=11;PP=286;ReadPosRankSum=0.617;SC=CTTCCTTCCATTCTGAAGACT;SOR=0.601;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=54;TCF=29;TCR=25;TR=23;WE=129917568;WS=129917550;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,41:0.43:95
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chr10	131334789	rs10734087	T	C	1029.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=29;PP=639;SC=CTCAAAACAGTGTGCTGCGAC;SOR=1.981;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=11;TCR=29;TR=40;WE=131334797;WS=131334779;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
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chr10	132915050	rs2298192	G	A	1261.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.607;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.180;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=19;PP=586;ReadPosRankSum=1.736;SC=CCCCTCAGCCGCTGTGCCTTA;SOR=0.599;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=120;TCF=74;TCR=46;TR=47;WE=132915058;WS=132915040;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:117,70:0.37:187
chr10	132915202	rs2298193	A	G	1266.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.562;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=245;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.680;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=28;PP=650;ReadPosRankSum=-0.662;SC=TCGGTCCTTCAGGAACACAAG;SOR=0.831;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=156;TCF=72;TCR=84;TR=51;WE=132915210;WS=132915192;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:164,77:0.32:241
chr10	132961555	rs11416735	C	CA	432.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.341;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.611;HP=6;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=10;PP=285;ReadPosRankSum=0.977;SC=GAGGAATAAACAAATCTCCTG;SOR=1.529;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=26;TCF=2;TCR=24;TR=10;WE=132961563;WS=132961545;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,22:0.36:61
chr10	133109602	rs148913526	G	A	433.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.482;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=8;PP=176;ReadPosRankSum=0.177;SC=CGGCGGCGGCGGAGTCTGGCG;SOR=0.656;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=19;TCF=7;TCR=12;TR=13;WE=133109610;WS=133109592;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,20:0.71:28
chr10	133109961	rs4993310	G	A	47.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.450;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=5.97;ReadPosRankSum=-0.108;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,4:0.50:8
chr10	133607892	rs4897739	T	C	390.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=3;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=12;NR=1;PP=312;SC=GGACGTGGGCTTCTGTGTCAC;SOR=3.767;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=13;TCF=12;TCR=1;TR=13;WE=133607912;WS=133607882;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr10	133607904	rs4897781	G	A	398.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=3;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=12;NR=2;PP=304;SC=CTGTGTCACCGCCTCAGGGCC;SOR=2.985;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=14;TCF=12;TCR=2;TR=14;WE=133607912;WS=133607882;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr10	133607937	rs4897782	G	A	1490.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.85;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr10	133607947	rs4897740	T	G	1634.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.92;SOR=1.387;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr10	133608210	rs4897741	A	G	4971.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=34;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=65;NR=64;PP=2515;SC=GGCCCAGGGCACAGGCTGCAT;SOR=0.725;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=130;TCF=65;TCR=65;TR=129;WE=133608218;WS=133608200;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,187:1.00:187
chr10	133608237	rs4897783	G	A	5211.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=40;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=61;NR=61;PP=2436;SC=AGGCCCCTCCGCAGAGAGGCG;SOR=0.693;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=122;TCF=61;TCR=61;TR=122;WE=133608245;WS=133608227;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,194:1.00:194
chr10	133608291	rs4897742	TT	GG	9250.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=60;NR=67;PP=2947;SC=CTGGCTGGGCTTCTGCACAGT;SOR=0.742;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=134;TCF=65;TCR=69;TR=127;WE=133608300;WS=133608281;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,207:1.00:207
chr10	133608495	rs4897744	A	T	1069.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=24;PP=633;SC=GGTGGCCACGACTTTGAGGAC;SOR=1.609;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=34;TCF=10;TCR=24;TR=34;WE=133608503;WS=133608485;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr10	133748121	rs72856070	A	G	1397.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=2.008;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.833;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=36;PP=751;ReadPosRankSum=-0.392;SC=ATAACTTAGAAGGGAGGAAGC;SOR=1.219;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=137;TCF=50;TCR=87;TR=50;WE=133748129;WS=133748111;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:116,71:0.38:187
chr10	133761285	rs34473884	G	A	5092.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.583;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=379;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.709;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=65;PP=2022;ReadPosRankSum=2.243;SC=TTGCTGGAACGGTTCGGATAG;SOR=0.506;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=207;TCF=92;TCR=115;TR=124;WE=133761293;WS=133761275;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:141,235:0.62:376
chr10	133786586	rs1050704	T	C	1562.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.741;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=304;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.022;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-1.103;NF=29;NR=34;PP=794;ReadPosRankSum=-1.211;SC=TTTCAGAAGCTCTGTTGGTAT;SOR=0.456;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=192;TCF=78;TCR=114;TR=63;WE=133786594;WS=133786576;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:202,95:0.32:297
chr10	133948439	rs11146206	C	T	206.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.038;HP=3;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=3;PP=232;ReadPosRankSum=-1.234;SC=GAGGTAAAGGCGCGCGTCCCA;SOR=1.292;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=42;TCF=29;TCR=13;TR=13;WE=133948447;WS=133948429;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,13:0.28:46
chr10	133948456	rs2637643	C	T	248.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.989;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.551;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=4;PP=206;ReadPosRankSum=-0.691;SC=CCCACGGCAGCGTTTTTGTTC;SOR=1.143;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=48;TCF=30;TCR=18;TR=14;WE=133948464;WS=133948446;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,16:0.27:59
chr10	133948634	rs2814182	T	C	515.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.65;BaseQRankSum=2.557;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.200;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=13;PP=288;ReadPosRankSum=0.582;SC=AGGACCGCAATGCATTGCTGT;SOR=1.103;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=41;TCF=15;TCR=26;TR=19;WE=133948642;WS=133948624;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,28:0.36:77
chr10	133948689	rs2637644	C	T	192.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.909;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=1.657;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.41;ReadPosRankSum=-1.275;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,11:0.42:26
chr10	133951501	rs57086821	CA	C	188.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=0.720;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.223;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=1;PP=165;ReadPosRankSum=0.063;SC=GGTGTGGGGACAAGCCAGCCC;SOR=1.329;SbPval=0.94;Source=Platypus;TC=36;TCF=25;TCR=11;TR=8;WE=133951509;WS=133951491;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,11:0.19:57
chr10	133953847	.	G	A	116.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.402;ClippingRankSum=0.000;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=3.058;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.34;ReadPosRankSum=-1.481;SOR=0.312;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,11:0.22:50
chr10	133954011	rs2818387	C	T	1240.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.550;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.123;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=23;PP=516;ReadPosRankSum=2.542;SC=TGGAATCCGACGGCTCCTCCG;SOR=0.787;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=127;TCF=67;TCR=60;TR=51;WE=133954019;WS=133954001;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:129,74:0.36:203
chr10	133954111	rs9733324	G	C	255.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.894;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=1.232;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.34;ReadPosRankSum=-0.428;SOR=0.476;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:40,19:0.32:59
chr10	133955427	rs11592585	A	G	1628.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.891;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=349;ExcessHet=3.0103;FS=3.209;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.09;MQRankSum=0.123;QD=4.82;ReadPosRankSum=-1.265;SOR=0.758;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:236,102:0.30:338
chr10	133955569	rs5789117	C	CCG	4699.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=50;PP=2777;SC=GTGACTTCCACCGCGCGTTCC;SOR=1.290;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=73;TCF=7;TCR=66;TR=57;WE=133955577;WS=133955559;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr10	133961494	rs2818384	C	T	834.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.777;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.611;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=14;PP=268;ReadPosRankSum=0.532;SC=GGCTCAGACACGAGGTGCAGG;SOR=0.624;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=97;TCF=54;TCR=43;TR=29;WE=133961502;WS=133961484;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:110,54:0.33:164
chr10	133961564	rs2818383	T	C	599.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.588;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.71;ReadPosRankSum=-1.849;SOR=0.771;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:68,37:0.35:105
chr10	133961636	rs111344225	C	CTGAACA	45.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=0.787;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=5;PP=139;ReadPosRankSum=2.816;SC=ACACAAAGCCCTGAACATGAA;SOR=0.069;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=25;TCF=0;TCR=25;TR=5;WE=133961644;WS=133961626;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,3:0.18:17
chr10	133963042	rs112941338	GC	G	629.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=-0.161;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.476;HP=7;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=34;PP=884;ReadPosRankSum=-0.860;SC=TGCCCACTCCGCCCCCACCTC;SOR=0.394;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=93;TCF=0;TCR=93;TR=34;WE=133963050;WS=133963032;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,31:0.28:109
chr10	133963096	.	C	CT	490	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;FR=0.5000;HP=5;HapScore=2;MGOF=26;MMLQ=24;MQ=59.28;NF=0;NR=16;PP=490;QD=32.25;SC=GCCCCACCCCCCTCCGCCCCC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=36;TCF=0;TCR=36;TR=16;WE=133963104;WS=133963086;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:20,16:0.44:36
chr10	133963466	rs9419380	A	G	435.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.624;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.43;ReadPosRankSum=-0.214;SOR=0.633;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:96,31:0.24:127
chr10	133967593	rs7906747	C	T	375.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-3.207;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.522;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=14;PP=243;ReadPosRankSum=-0.624;SC=CCCATGTGGGCCAGGTCGCAG;SOR=0.970;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=42;TCF=3;TCR=39;TR=15;WE=133967601;WS=133967583;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,18:0.33:54
chr10	133976706	rs12776458	G	T	605.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.195;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FS=0.901;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.41;ReadPosRankSum=0.253;SOR=0.538;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:40,32:0.44:72
chr10	133981414	rs2637651	C	T	5112.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.496;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FS=0.623;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.36;MQRankSum=-3.965;QD=29.38;ReadPosRankSum=2.434;SOR=0.596;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:49,125:0.72:174
chr10	133981422	rs2637650	C	T	5377.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.139;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FS=0.560;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.30;MQRankSum=-3.806;QD=26.23;ReadPosRankSum=1.573;SOR=0.628;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:61,144:0.70:205
chr10	133981682	rs4880338	G	A	924.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.793;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FS=1.978;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.65;ReadPosRankSum=1.679;SOR=0.904;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:144,55:0.28:199
chr10	133981983	rs2814172	T	C	1045.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=1.519;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.214;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=26;PP=702;ReadPosRankSum=-0.866;SC=CCCCGACGCCTCAGGGGCCCC;SOR=1.077;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=49;TCF=13;TCR=36;TR=34;WE=133981991;WS=133981973;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,42:0.71:59
chr10	134000498	rs71905561	TCCCCCCGCCCGC	T	566.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-3.219;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.268;HP=6;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.796;NF=0;NR=85;PP=1149;ReadPosRankSum=0.105;SC=GGCTCACGCGTCCCCCCGCCC;SOR=0.170;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=87;TCF=0;TCR=87;TR=85;WE=134000517;WS=134000488;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,21:0.25:85
chr10	134000501	.	CCCCGCCCG	C	2365.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=4.065;ClippingRankSum=0.000;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=11.883;HP=5;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.862;NF=0;NR=85;PP=2989;ReadPosRankSum=0.237;SC=TCACGCGTCCCCCCGCCCGCC;SOR=4.439;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=90;TCF=0;TCR=90;TR=85;WE=134000517;WS=134000488;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,60:0.74:81
chr10	134010224	rs1552681	C	G	446.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=1;PP=284;SC=GGGACTGCTCCCAGGGCTGGC;SOR=2.712;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=13;TCF=12;TCR=1;TR=13;WE=134010232;WS=134010214;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr10	134010435	rs78726081	AG	A	6591.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.845;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=279;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.035;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.069;NF=17;NR=62;PP=2915;ReadPosRankSum=-1.262;SC=AGGTAAGGGCAGGCGTGGGGA;SOR=0.618;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=113;TCF=23;TCR=90;TR=79;WE=134010443;WS=134010425;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,200:0.73:275
chr10	134013856	rs871883	G	T	1965.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-2.106;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=314;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.792;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=28;PP=948;ReadPosRankSum=0.165;SC=GCCTCGTGCTGCAGGGGTGGT;SOR=0.483;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=199;TCF=129;TCR=70;TR=70;WE=134013864;WS=134013846;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:198,109:0.36:307
chr10	134013990	rs2247705	G	A	18108.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=-0.532;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=695;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=154;NR=194;PP=2965;ReadPosRankSum=1.276;SC=CCACCACGGCGGACCACCTCA;SOR=0.524;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=353;TCF=159;TCR=194;TR=348;WE=134013998;WS=134013980;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,692:1.00:695
chr10	134014653	rs11592988	T	C	159.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-4.313;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.680;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=6;PP=52;ReadPosRankSum=1.379;SC=CTCAGACACGTGGTTCTGGCC;SOR=0.113;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=19;TCF=1;TCR=18;TR=7;WE=134014661;WS=134014643;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,9:0.43:21
chr10	134016115	rs2637629	G	A	1071.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=31;NR=2;PP=804;SC=GGGCCCCAGCGTGGAGGCACT;SOR=3.855;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=33;TCF=31;TCR=2;TR=33;WE=134016123;WS=134016105;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr10	134016396	rs3736258	G	A	5174.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-2.232;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=86;PP=2521;ReadPosRankSum=1.480;SC=GGCCCAGAACGCACCCCTGGT;SOR=0.392;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=146;TCF=58;TCR=88;TR=144;WE=134016404;WS=134016386;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,196:0.99:197
chr10	134017295	rs12313	A	G	3686.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=66;NR=51;PP=2322;SC=TGCCCCGTGGACTGTATGACG;SOR=0.723;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=117;TCF=66;TCR=51;TR=117;WE=134017303;WS=134017285;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr10	134017388	rs1052556	C	G	4655.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.367;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=381;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=67;NR=64;PP=2121;ReadPosRankSum=-1.338;SC=AGATCTCCGTCCCTCCTGTGC;SOR=0.702;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=215;TCF=109;TCR=106;TR=131;WE=134017396;WS=134017378;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:161,217:0.57:378
chr10	134021740	rs923659	G	A	1886.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=18;NR=32;PP=922;SC=GGCTCATGGGGTAGGCCATGG;SOR=1.179;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=50;TCF=18;TCR=32;TR=50;WE=134021748;WS=134021730;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr10	134021810	rs923660	T	C	590.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=33;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=15;PP=428;SC=ATGCTCCCGATACACTGGCAG;SOR=4.407;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=16;TCF=1;TCR=15;TR=16;WE=134021818;WS=134021800;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr10	134036053	rs2814197	G	A	1656.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=47.34;SOR=2.649;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr10	134036057	rs2637635	C	T	1689.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.24;SOR=2.670;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr10	134036073	rs2814196	G	A	1535.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=44;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=36;NR=9;PP=936;SC=GTCCCCACACGCCTTGCTCGG;SOR=2.179;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=45;TCF=36;TCR=9;TR=45;WE=134036081;WS=134036063;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
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chr10	134038031	rs45527342	G	C	2475.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-1.399;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.554;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=35;PP=1178;ReadPosRankSum=0.863;SC=AGGGCCTCTGGAGACAGGGAG;SOR=0.644;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=119;TCF=62;TCR=57;TR=72;WE=134038039;WS=134038021;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,116:0.63:185
chr10	134038715	rs902629	A	G	1899.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=45;NR=17;PP=1250;SC=AGCCAAGCCCAGGGGCTGCAG;SOR=1.917;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=63;TCF=46;TCR=17;TR=62;WE=134038723;WS=134038705;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr10	134039132	rs2130893	G	C	7246.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.967;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=509;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.174;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=93;NR=105;PP=2688;ReadPosRankSum=1.290;SC=TGTGCAGAGAGGGGTCAGGTG;SOR=0.588;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=288;TCF=132;TCR=156;TR=198;WE=134039140;WS=134039122;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:164,338:0.67:502
chr10	134039242	rs2130894	C	T	3915.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.855;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=234;ExcessHet=3.0103;FS=4.622;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.40;ReadPosRankSum=0.870;SOR=0.412;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:54,171:0.76:225
chr10	134040290	rs2306982	C	A	5027.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.223;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=331;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.024;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=90;NR=53;PP=2427;ReadPosRankSum=-0.077;SC=CCGTCTGCCACGCACACACCT;SOR=0.847;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=204;TCF=126;TCR=78;TR=143;WE=134040298;WS=134040280;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:101,224:0.69:325
chr10	134137638	rs11146329	G	A	990.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-3.124;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=8;PP=654;ReadPosRankSum=1.487;SC=CACAGCAGCTGGGAAAATGGA;SOR=0.693;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=61;TCF=48;TCR=13;TR=37;WE=134137646;WS=134137628;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,42:0.66:64
chr10	134145314	rs11146335	A	G	4088.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=-0.376;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=243;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.609;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=57;PP=1607;ReadPosRankSum=1.271;SC=TTGCCCGTCGACCACCACCCC;SOR=0.510;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=135;TCF=54;TCR=81;TR=101;WE=134145322;WS=134145304;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,179:0.75:239
chr10	134161633	rs2474328	A	G	2889.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.208;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=39;PP=1507;ReadPosRankSum=1.942;SC=GCTTTCTCCCACCTGTGGAAA;SOR=0.656;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=126;TCF=75;TCR=51;TR=92;WE=134161641;WS=134161623;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,135:0.69:196
chr10	134165291	rs2261222	C	G	1420.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=3.673;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.106;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=39;PP=898;ReadPosRankSum=1.051;SC=CCGCACAGCCCGCCCAGTGCA;SOR=0.937;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=75;TCF=14;TCR=61;TR=48;WE=134165299;WS=134165281;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,56:0.66:85
chr10	134180353	rs45626936	C	T	5049.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.474;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=355;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.867;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=86;NR=46;PP=2293;ReadPosRankSum=-1.436;SC=CTCCTAGAGCCGGAGATGGGA;SOR=0.808;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=222;TCF=137;TCR=85;TR=132;WE=134180361;WS=134180343;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:123,223:0.64:346
chr10	134188874	rs1054038	G	A	235.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-3.892;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.863;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=6;PP=143;ReadPosRankSum=-0.959;SC=CTGATTTCGCGCAGCCTGTTG;SOR=0.031;SbPval=0.17;Source=Platypus;TC=18;TCF=4;TCR=14;TR=10;WE=134188882;WS=134188864;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,11:0.58:19
chr10	134210943	rs188071015	T	G	58.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.903;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=2;PP=31;ReadPosRankSum=0.594;SC=CGCCTCCGGGTTGGGGGTGGC;SOR=0.693;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=8;TCF=4;TCR=4;TR=4;WE=134210951;WS=134210933;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,4:0.40:10
chr10	134218269	rs11146363	C	T	3064.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.319;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.090;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=72;PP=2159;ReadPosRankSum=-1.037;SC=CCCTCCTGCCCGCGGGGTTCA;SOR=0.386;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=211;TCF=101;TCR=110;TR=136;WE=134218277;WS=134218259;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,144:0.71:203
chr10	134218296	rs10747057	C	G	2344.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.134;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.851;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=69;PP=1916;ReadPosRankSum=0.927;SC=CGAGACCACCCGCCCCGAGCC;SOR=0.476;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=162;TCF=59;TCR=103;TR=112;WE=134218304;WS=134218286;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,113:0.71:160
chr10	134237240	rs1881746	T	C	2315.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.076;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.052;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=15;PP=2504;ReadPosRankSum=-1.064;SC=GCTGTGTGTGTGTGTGTGGCT;SOR=0.499;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=72;TCF=50;TCR=22;TR=52;WE=134237284;WS=134237230;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,58:0.75:77
chr10	134237249	rs150298334	C	CTGTG	2531.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.634;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FS=0.927;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=28.45;ReadPosRankSum=0.543;SOR=0.569;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,64:0.72:89
chr10	134237276	rs1574449	T	G	3400.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.614;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FS=0.672;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.07;MQRankSum=0.655;QD=22.98;ReadPosRankSum=1.465;SOR=0.605;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:43,105:0.71:148
chr10	134237425	rs1574448	A	G	1864.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=1.047;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=34;PP=1005;ReadPosRankSum=0.870;SC=TGCCAGCTTCAGCCTGAAGAG;SOR=0.762;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=87;TCF=33;TCR=54;TR=55;WE=134237433;WS=134237415;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,84:0.63:134
chr10	134239228	rs12775406	T	C	2855.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.528;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.012;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-1.460;NF=34;NR=54;PP=1124;ReadPosRankSum=1.407;SC=TGTACCCACGTGTGCGCGTGC;SOR=1.035;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=120;TCF=49;TCR=71;TR=88;WE=134239236;WS=134239218;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,135:0.74:182
chr10	134351742	rs11146414	A	G	1957.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=2.784;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.695;HP=1;HapScore=1;MGOF=101;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=30;PP=908;ReadPosRankSum=0.169;SC=GGGGTCCCGAACTGCAAGCCT;SOR=0.623;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=74;TCF=35;TCR=39;TR=57;WE=134351750;WS=134351732;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,87:0.68:128
chr10	134351778	.	A	ACCCAGAGGC	1497.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=2.414;ClippingRankSum=0.000;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=16;PP=2971;ReadPosRankSum=0.788;SC=GAACCTCCAGACCCAGAGGCC;SOR=0.732;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=39;TCF=5;TCR=34;TR=19;WE=134351786;WS=134351768;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,38:0.67:57
chr10	134521802	rs41301113	G	C	1311.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.577;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.328;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=23;PP=711;ReadPosRankSum=-0.339;SC=TTTGTGTGACGTGTTTATTTT;SOR=0.436;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=150;TCF=94;TCR=56;TR=53;WE=134521810;WS=134521792;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:132,72:0.35:204
chr10	134540400	rs945943	C	T	1831.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=-0.494;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.358;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=19;PP=501;ReadPosRankSum=0.463;SC=ATTCCAAGTCCGTCGTGGAGG;SOR=0.397;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=68;TCF=28;TCR=40;TR=35;WE=134540408;WS=134540390;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,86:0.64:134
chr10	134563122	rs3829130	C	T	1927.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.027;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=26;ReadPosRankSum=1.398;SC=GGAAGGTGAGCGGGGCCTGTG;SOR=0.667;SbPval=0.53;Source=Platypus;TCR=53;TR=51;WE=134563130;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,93:0.53:175
chr10	134563366	rs3750578	A	G	2640.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.406;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.318;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=42;PP=1077;ReadPosRankSum=-0.789;SC=TTGTGGTCCAATGTGGCAGCT;SOR=0.908;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=119;TCF=52;TCR=67;TR=70;WE=134563374;WS=134563356;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,121:0.61:198
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chr10	134594316	rs3793687	A	G	5461.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.854;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=406;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=72;PP=2090;ReadPosRankSum=-1.680;SC=AGGGTGCCCCACCTCCCCACA;SOR=0.690;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=227;TCF=108;TCR=119;TR=138;WE=134594324;WS=134594306;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:143,257:0.64:400
chr10	134598628	rs2804003	A	G	4084.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=43;NR=60;PP=2185;SC=CGCCATCTCCACCGCGTGCCG;SOR=0.997;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=104;TCF=43;TCR=61;TR=103;WE=134598636;WS=134598618;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,148:1.00:148
chr10	134622408	rs2767434	T	C	860.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.396;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=19;PP=386;ReadPosRankSum=1.104;SC=AGAAGCCTCGTCTGTGGAGAA;SOR=0.640;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=82;TCF=28;TCR=54;TR=29;WE=134622416;WS=134622398;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,47:0.37:126
chr10	134622507	rs2767431	A	G	106.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=1.294;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=4;PP=49;ReadPosRankSum=0.363;SC=CAGCTGCTCCAACTGAGGGCG;SOR=1.179;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=1;TCR=11;TR=4;WE=134622515;WS=134622497;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,5:0.38:13
chr10	134623959	rs2254419	T	C	1347.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.543;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=282;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.634;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=23;PP=604;ReadPosRankSum=-0.911;SC=GGAGACGCACTGTTTCTCCAA;SOR=0.789;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=169;TCF=83;TCR=86;TR=51;WE=134623967;WS=134623949;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:199,82:0.29:281
chr10	134624225	rs12416624	G	A	2595.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.609;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FS=1.695;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.96;ReadPosRankSum=0.704;SOR=0.718;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,70:0.67:104
chr10	134624232	rs12416631	G	C	2484.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.021;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=27.61;ReadPosRankSum=0.270;SOR=0.697;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,60:0.67:90
chr10	134626453	rs3750586	C	T	649.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-2.587;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.131;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=23;PP=437;ReadPosRankSum=0.018;SC=CTGTACCAGACCCCACCGTGC;SOR=1.325;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=70;TCF=16;TCR=54;TR=27;WE=134626461;WS=134626443;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,30:0.38:79
chr10	134627593	rs11146529	G	A	512.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.360;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.153;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=5;PP=290;ReadPosRankSum=-1.364;SC=GGGGGCAGTGGCTCCCCGCTG;SOR=1.037;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=51;TCF=36;TCR=15;TR=21;WE=134627601;WS=134627583;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,27:0.39:70
chr10	134627882	rs7070307	G	T	378.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-1.753;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=15;PP=285;ReadPosRankSum=-0.532;SC=TGCCATGCCCGGGTGGGGTGA;SOR=0.836;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=32;TCF=5;TCR=27;TR=17;WE=134627890;WS=134627872;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,18:0.53:34
chr10	134646539	rs4880431	C	T	174.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=1.181;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.140;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=5;PP=93;ReadPosRankSum=1.305;SC=TGCAGTGGCGCCATCTCAGCT;SOR=2.368;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=19;TCF=6;TCR=13;TR=6;WE=134646547;WS=134646529;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,8:0.36:22
chr10	134646950	rs35232450	G	C	1293.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.987;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.663;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=19;PP=501;ReadPosRankSum=-1.192;SC=CGAACACAGAGAGACCTTCCA;SOR=0.820;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=67;TCF=30;TCR=37;TR=32;WE=134646958;WS=134646940;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,64:0.51:126
chr10	134646988	rs4880433	C	T	719.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.373;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.825;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=14;PP=298;ReadPosRankSum=0.190;SC=TGTCTGTCTGCGACCAGGACT;SOR=0.822;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=50;TCF=20;TCR=30;TR=21;WE=134646996;WS=134646978;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,37:0.44:85
chr10	134647453	rs3750583	C	T	671.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=2;PP=471;SC=CTGACCCCCCCTGGCGTTCCC;SOR=3.258;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=19;TCF=17;TCR=2;TR=19;WE=134647461;WS=134647443;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr10	134647771	rs3793690	G	T	297.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=1.193;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.475;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=11;PP=218;ReadPosRankSum=0.345;SC=TCCCACTGAGGTGGGGCCGGG;SOR=1.270;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=31;TCF=10;TCR=21;TR=15;WE=134647779;WS=134647761;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,15:0.45:33
chr10	134648048	rs3793688	C	T	1975.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-1.829;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=17;PP=678;ReadPosRankSum=-1.630;SC=GAGTCCTGAACAAAGGCGGCC;SOR=0.707;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=80;TCF=46;TCR=34;TR=42;WE=134648056;WS=134648038;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,90:0.65:138
chr10	134650251	rs7915312	G	C	341.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-2.101;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.890;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=5;PP=177;ReadPosRankSum=0.028;SC=GCAGCCCACGGCTGGGTCTCT;SOR=0.198;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=23;TCF=17;TCR=6;TR=14;WE=134650259;WS=134650241;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,17:0.59:29
chr10	134650440	rs3750580	T	C	1826.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-2.607;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.699;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=22;PP=604;ReadPosRankSum=0.833;SC=AAAACGGCCATCAGGGGATGC;SOR=0.606;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=73;TCF=36;TCR=37;TR=43;WE=134650448;WS=134650430;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,84:0.67:126
chr10	134659626	rs10870341	A	G	362.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.060;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.894;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=5;PP=157;ReadPosRankSum=1.120;SC=CTGTCTTGGCACCGGAGCTGG;SOR=0.805;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=53;TCF=33;TCR=20;TR=16;WE=134659634;WS=134659616;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,25:0.30:83
chr10	134659766	rs12260141	G	C	116.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.364;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FS=2.475;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.42;ReadPosRankSum=-0.276;SOR=1.089;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:68,14:0.17:82
chr10	134660951	rs2892211	A	C	821.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-1.556;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=25;PP=495;ReadPosRankSum=-1.156;SC=GGGGTACCGCAGGCCACAGCA;SOR=0.941;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=43;TCF=7;TCR=36;TR=29;WE=134660959;WS=134660941;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,36:0.72:50
chr10	134664875	rs7913626	A	G	4382.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.782;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=64;PP=2033;ReadPosRankSum=0.451;SC=ACATCCCCACAACTTGGATGA;SOR=0.374;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=104;TCF=39;TCR=65;TR=103;WE=134664883;WS=134664865;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,167:0.99:168
chr10	134674090	rs111435692	G	A	1855.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-2.034;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.725;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=35;PP=905;ReadPosRankSum=-0.805;SC=ATACAGGCCTGAGGACGGGCG;SOR=0.403;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=84;TCF=22;TCR=62;TR=50;WE=134674098;WS=134674080;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,80:0.65:123
chr10	134682701	rs12785166	C	T	156.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=2.100;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=0;PP=91;ReadPosRankSum=0.366;SC=AGAGGGTGGCCGCGCAGCTGG;SOR=1.863;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=8;TCR=0;TR=6;WE=134682709;WS=134682691;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,6:0.75:8
chr10	134682855	rs7908950	C	T	2582.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.856;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FS=2.175;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.37;ReadPosRankSum=0.952;SOR=0.519;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:47,121:0.72:168
chr10	134699247	.	T	TGGGGAGCACTCATAGGCGGTGG	581.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.116;ClippingRankSum=0.000;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.048;HP=5;HapScore=3;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=3.519;NF=7;NR=1;PP=369;ReadPosRankSum=2.252;SC=ACAGGCGGTGTGGGGAGCACT;SOR=1.473;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=19;TCF=15;TCR=4;TR=8;WE=134699255;WS=134699239;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,12:0.55:22
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chr10	134726108	.	CCTCTCTCT	C	1593.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.044;ClippingRankSum=0.000;DP=99;ExcessHet=3.0103;FS=0.973;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.83;MQRankSum=3.392;QD=20.97;ReadPosRankSum=0.120;SOR=0.554;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,53:0.70:76
chr10	134726864	rs11146591	A	G	1045.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.500;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.853;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=16;PP=492;ReadPosRankSum=0.557;SC=CTGCAGGGCAAGAAGTGGGAG;SOR=0.824;SbPval=0.01;Source=Platypus;TC=113;TCF=31;TCR=82;TR=33;WE=134726872;WS=134726854;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,48:0.60:80
chr10	134733109	rs34347971	A	G	433.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=2.641;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.938;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=15;PP=320;ReadPosRankSum=-0.968;SC=TGGCGGGTGCATGTCCCAGGG;SOR=3.990;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=1;TCR=20;TR=15;WE=134733117;WS=134733099;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,16:0.67:24
chr10	134733131	rs35970466	T	C	299.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=3.039;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=9;PP=218;ReadPosRankSum=-1.808;SC=CGGGCGCAGCTCTCCGCTCTC;SOR=1.473;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=14;TCF=1;TCR=13;TR=10;WE=134733139;WS=134733121;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,11:0.65:17
chr10	134735672	rs7915371	A	G	1801.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.623;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.624;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=24;PP=808;ReadPosRankSum=0.086;SC=CCAGGCCTGCATTCACCAGGA;SOR=0.892;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=81;TCF=45;TCR=36;TR=58;WE=134735680;WS=134735662;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,86:0.72:120
chr10	134736026	rs4880286	G	A	1153.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.133;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=10;PP=574;ReadPosRankSum=0.781;SC=CGCGCTCAGGGGCCTGGTATA;SOR=0.815;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=44;TCF=29;TCR=15;TR=30;WE=134736034;WS=134736016;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,48:0.66:73
chr10	134736052	rs4880287	G	T	1344.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=2.024;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=14;PP=677;ReadPosRankSum=1.636;SC=GTGCACAGACGCAGCCGGGTG;SOR=0.754;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=61;TCF=38;TCR=23;TR=38;WE=134736060;WS=134736042;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,57:0.61:93
chr10	134736076	rs4880288	T	G	1588.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=3.007;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=17;PP=915;ReadPosRankSum=-0.023;SC=GCCATCTGGATCCTGTCCCGG;SOR=0.636;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=71;TCF=46;TCR=25;TR=47;WE=134736084;WS=134736066;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,65:0.66:99
chr10	134738232	rs4075501	A	G	2130.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.752;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.779;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=27;PP=958;ReadPosRankSum=-0.610;SC=CCGCAACGCCAGCCAGGGGCT;SOR=0.971;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=106;TCF=60;TCR=46;TR=69;WE=134738240;WS=134738222;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,104:0.63:165
chr10	134740393	rs4295969	C	T	1607.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-3.241;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.436;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=14;PP=956;ReadPosRankSum=-0.707;SC=CACCTGAGAGCGGCACGGGAG;SOR=0.381;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=77;TCF=59;TCR=18;TR=57;WE=134740401;WS=134740383;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,67:0.76:88
chr10	134740618	rs7071677	G	C	3070.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.071;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=237;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=65;PP=1674;ReadPosRankSum=-1.393;SC=CCTTACAAAAGCTGGGGAGCA;SOR=0.676;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=178;TCF=68;TCR=110;TR=104;WE=134740626;WS=134740608;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:93,139:0.60:232
chr10	134740879	rs373983586	C	T	3444.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-2.004;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=275;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.934;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=1.240;NF=57;NR=52;PP=1472;ReadPosRankSum=1.210;SC=GCCTCCGTCCCGGGGAGCAGG;SOR=0.518;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=178;TCF=98;TCR=80;TR=109;WE=134740887;WS=134740869;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,173:0.67:259
chr10	134741099	rs11146048	A	G	695.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=2.219;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.965;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=21;PP=477;ReadPosRankSum=1.174;SC=CCATGCCACTAAGGAAGCCAT;SOR=1.578;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=41;TCF=4;TCR=37;TR=22;WE=134741107;WS=134741089;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,26:0.58:45
chr10	134748331	rs12781609	C	T	1847.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=1.269;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.699;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=31;PP=929;ReadPosRankSum=2.213;SC=CAGAATGACACTGATGTCACC;SOR=0.791;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=83;TCF=39;TCR=44;TR=57;WE=134748339;WS=134748321;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,84:0.67:126
chr10	134750604	rs10870211	C	A	1473.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=34;PP=1064;SC=TCAAACAATTCGGTAGAGGTT;SOR=2.448;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=42;TCF=8;TCR=34;TR=42;WE=134750612;WS=134750594;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr10	134752007	rs60993054	TC	T	1250.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=24;NR=5;PP=626;SC=GGAACTCCCGTCCCCCCCCCG;SOR=3.109;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=33;TCF=26;TCR=7;TR=29;WE=134752015;WS=134751997;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr10	134755298	rs4880292	C	G	1657.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.246;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.602;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=42;PP=1068;ReadPosRankSum=0.339;SC=GCACCACGGGCCCGCTTTCAG;SOR=0.996;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=92;TCF=30;TCR=62;TR=61;WE=134755306;WS=134755288;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,72:0.63:115
chr10	134755852	rs56100128	T	C	418.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-2.119;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.398;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=1;PP=21;ReadPosRankSum=0.143;SC=CGGGCTGGGATGAGAGGGTCC;SOR=0.223;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=16;TCF=14;TCR=2;TR=3;WE=134755860;WS=134755843;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,7:0.58:12
chr10	134755860	.	T	TCCGGGGCCTCCCCGGGGCGGGGATCGTGGCGGGTC	685.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.742;ClippingRankSum=0.000;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=38.10;ReadPosRankSum=0.282;SOR=0.818;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,11:0.61:18
chr10	134756013	rs7898115	T	C	1536.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.821;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.465;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=22;PP=705;ReadPosRankSum=-2.133;SC=GCTCGTCCGCTCTCTCCGGGG;SOR=0.681;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=71;TCF=36;TCR=35;TR=41;WE=134756021;WS=134756003;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,71:0.58:122
chr10	134884516	rs4271312	G	A	922.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.595;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=235;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.392;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=19;PP=432;ReadPosRankSum=0.006;SC=CACAGATGGCGCACGGTGCAC;SOR=0.554;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=135;TCF=75;TCR=60;TR=37;WE=134884524;WS=134884506;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:171,61:0.26:232
chr10	134884546	rs4576736	A	G	876.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.998;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.914;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=18;PP=454;ReadPosRankSum=0.265;SC=GGGGCCGGACACCACAGTCAC;SOR=0.605;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=126;TCF=68;TCR=58;TR=35;WE=134884554;WS=134884536;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:159,57:0.26:216
chr10	134884595	rs4271313	G	A	1071.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.614;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.914;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=19;PP=424;ReadPosRankSum=0.970;SC=CCACACCCGGGGCAGATGGAC;SOR=0.787;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=122;TCF=61;TCR=61;TR=34;WE=134884603;WS=134884585;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:129,62:0.32:191
chr10	134884610	rs4486541	C	G	1432.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-2.323;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=19;PP=433;ReadPosRankSum=-1.836;SC=ATGGACGTACCGGCCCATCGA;SOR=0.685;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=119;TCF=58;TCR=61;TR=37;WE=134884618;WS=134884600;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:118,77:0.39:195
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chr10	134886618	rs4838684	G	C	1175.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=0.089;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=24;PP=568;ReadPosRankSum=0.804;SC=GGAGCTGGGTGCCCAGGGCTG;SOR=0.680;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=96;TCF=34;TCR=62;TR=38;WE=134886626;WS=134886608;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:93,60:0.39:153
chr10	134894004	rs144784996	C	T	209.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.871;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.402;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=9;PP=134;ReadPosRankSum=-0.061;SC=CTTGGTGGTACGGAGACAGGA;SOR=1.118;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=29;TCF=6;TCR=23;TR=11;WE=134894012;WS=134893994;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,13:0.28:46
chr10	134895530	rs34883766	C	T	246.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-1.632;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.297;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=8;PP=114;ReadPosRankSum=0.100;SC=ATCCGCTCCCCTCCCCCACTC;SOR=0.441;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=30;TCF=8;TCR=22;TR=11;WE=134895538;WS=134895520;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,16:0.38:42
chr10	134898594	rs4838694	A	G	469.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=0.075;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=13;PP=253;ReadPosRankSum=-0.258;SC=ACCTGCCTCCAAGGGGCAAGC;SOR=0.631;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=58;TCF=19;TCR=39;TR=19;WE=134898602;WS=134898584;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,25:0.37:68
chr10	134902314	rs10745302	A	G	128.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-1.405;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=1;PP=82;ReadPosRankSum=-0.912;SC=TTGACCTTCCAGAGGCCATGG;SOR=0.693;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=19;TCF=17;TCR=2;TR=8;WE=134902322;WS=134902304;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,8:0.38:21
chr10	134902396	rs10776692	C	G	1060.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.713;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FS=2.973;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.94;ReadPosRankSum=0.589;SOR=0.397;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:66,31:0.32:97
chr10	134902396	.	CGC	GGT	374	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;FR=0.5000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=10;NR=6;PP=374;QD=26.7167421789;SC=CTCACGCTTCCGCAACTTTGC;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=65;TCF=42;TCR=23;TR=16;WE=134902406;WS=134902386;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:49,16:0.25:65
chr10	134902398	rs10776693	C	T	1060.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.475;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FS=2.819;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.50;ReadPosRankSum=0.332;SOR=0.442;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:68,33:0.33:101
chr10	134906343	rs5789150	G	GGGAA,GGGAAGGAAGGAAGGAA	615.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.935;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=58.41;MQRankSum=0.000;QD=26.77;ReadPosRankSum=-0.790;SOR=1.445;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:1,16,6:0.70,0.26:23
chr10	134910629	rs11101914	G	A	1202.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.457;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.555;HP=6;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=28;PP=600;ReadPosRankSum=1.487;SC=GGGCAAGGGCGCCCCCTGTGC;SOR=0.783;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=142;TCF=52;TCR=90;TR=42;WE=134910637;WS=134910619;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:144,66:0.31:210
chr10	134915832	rs9419103	C	T	1815.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.543;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=371;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=44;PP=871;ReadPosRankSum=0.840;SC=CCTTGGTGGACACCTATCCAG;SOR=0.688;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=234;TCF=106;TCR=128;TR=83;WE=134915840;WS=134915822;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:254,115:0.31:369
chr10	134915993	rs7905581	G	C	807.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=1.211;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=20;PP=494;ReadPosRankSum=0.854;SC=AGAAGGGGAGGAAAGCTGAGC;SOR=0.640;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=63;TCF=17;TCR=46;TR=28;WE=134916001;WS=134915983;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,35:0.43:81
chr10	134916121	rs7918862	T	A	294.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=2.133;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.295;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=4;PP=161;ReadPosRankSum=-0.748;SC=ATTCTTGAAGTTGCAAGCCCG;SOR=0.460;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=43;TCF=30;TCR=13;TR=12;WE=134916129;WS=134916111;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,15:0.32:47
chr10	134942166	rs2806452	A	G	1669.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=1.466;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=290;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.751;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=23;PP=874;ReadPosRankSum=-2.230;SC=TGGCGGTGTCACAGGGCCACT;SOR=0.869;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=187;TCF=111;TCR=76;TR=64;WE=134942174;WS=134942156;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:190,96:0.34:286
chr10	134942319	rs2806453	C	T	2299.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.381;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=391;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.779;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=49;PP=1346;ReadPosRankSum=1.234;SC=ACGCCCACCCCGCACTTGACG;SOR=0.591;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=264;TCF=137;TCR=127;TR=95;WE=134942327;WS=134942309;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:258,126:0.33:384
chr10	134973995	rs71503783	G	A	959.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.145;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=15;PP=340;ReadPosRankSum=-2.163;SC=ACCCGGCCGCGGCGGATCTTT;SOR=0.671;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=97;TCF=52;TCR=45;TR=31;WE=134974003;WS=134973985;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:105,57:0.35:162
chr10	134974187	rs56406605	A	T	113.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=2.770;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=5;PP=59;ReadPosRankSum=0.758;SC=GGCGCCCTCCATGGCCGAGGG;SOR=0.273;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=28;TCF=3;TCR=25;TR=6;WE=134974195;WS=134974177;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,8:0.22:37
chr10	134981690	rs2998152	T	C	1857.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.081;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=353;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.405;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=29;PP=997;ReadPosRankSum=-0.324;SC=CAGGCCCTTCTCAGCTGGCGG;SOR=0.796;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=251;TCF=148;TCR=103;TR=78;WE=134981698;WS=134981680;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:229,108:0.32:337
chr10	134981837	rs2998151	T	C	2581.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.092;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=446;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=53;PP=979;ReadPosRankSum=1.039;SC=GTGGGGGTAATGTGCCACACC;SOR=0.682;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=308;TCF=143;TCR=165;TR=98;WE=134981845;WS=134981827;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:291,150:0.34:441
chr10	134981942	rs3008303	C	T	555.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.993;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.675;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=21;PP=332;ReadPosRankSum=0.541;SC=GGAGCGGAGCCGCTGCTGCCC;SOR=0.907;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=98;TCF=31;TCR=67;TR=28;WE=134981950;WS=134981932;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:93,35:0.27:128
chr10	134997480	rs57510763	C	T	4400.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=42;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=43;NR=38;PP=1430;SC=TCGAGTCCTTCGGAGCGCTGC;SOR=0.776;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=81;TCF=43;TCR=38;TR=81;WE=134997488;WS=134997470;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,173:1.00:173
chr10	134997514	rs67800134	A	G	5718.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=31;NR=41;PP=1298;SC=GAACCCACACACGTGCATCCT;SOR=0.816;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=72;TCF=31;TCR=41;TR=72;WE=134997532;WS=134997504;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,136:1.00:136
chr10	134997524	rs138319019	T	TCTTG	5614.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=37;PP=2707;SC=ACGTGCATCCTCATGCACATA;SOR=0.791;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=45;TCF=6;TCR=39;TR=43;WE=134997532;WS=134997504;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr10	134999397	.	TGGGAGGAGAGGGGAGGGGC	T	784.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;ClippingRankSum=0.000;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.27;MQRankSum=0.000;QD=19.62;SOR=5.994;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,39:0.98:40
chr10	134999602	rs3008393	G	C	6436.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=244;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=77;NR=79;PP=2965;SC=AGTCTGAGACGAGCCGGGGCC;SOR=0.693;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=156;TCF=77;TCR=79;TR=156;WE=134999610;WS=134999592;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,236:1.00:236
chr10	135000148	rs3810965	T	C	19109.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=447;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=119;NR=159;PP=2965;SC=CAGAAGGAGCTAGGCAGCTGG;SOR=0.858;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=278;TCF=119;TCR=159;TR=278;WE=135000167;WS=135000138;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,444:1.00:444
chr10	135000159	rs3810964	A	G	18523.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=416;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=109;NR=157;PP=2965;SC=AGGCAGCTGGAAAGTGCAGCC;SOR=0.934;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=266;TCF=109;TCR=157;TR=266;WE=135000167;WS=135000138;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,413:1.00:413
chr10	135012162	rs2998139	T	C	2736.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=31;NR=37;PP=1509;SC=AAGCTCTCCCTGGAGGCCCAC;SOR=0.842;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=68;TCF=31;TCR=37;TR=68;WE=135012170;WS=135012152;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr10	135012429	rs3008390	TT	AC	16393.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=367;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=145;NR=85;PP=2947;SC=CCACCTGGAGTTGCTTCCGGG;SOR=1.055;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=238;TCF=149;TCR=89;TR=230;WE=135012438;WS=135012419;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,365:1.00:365
chr10	135012652	rs3008388	T	C	10105.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=391;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=122;NR=139;PP=2965;SC=CCTGCGTGGATGCCTCGCCAC;SOR=0.796;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=263;TCF=122;TCR=141;TR=261;WE=135012660;WS=135012642;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,387:1.00:387
chr10	135015427	rs9418941	C	A	6401.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=241;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=87;NR=73;PP=2965;SC=TTGGCACTGCCGGGTGGGGCA;SOR=0.847;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=160;TCF=87;TCR=73;TR=160;WE=135015435;WS=135015417;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,235:1.00:235
chr10	135015667	rs9419023	C	T	11450.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=433;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=135;NR=128;PP=2965;SC=CTCTCATGGTCGCCCGGGCGA;SOR=0.721;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=264;TCF=135;TCR=129;TR=263;WE=135015675;WS=135015657;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,432:1.00:432
chr10	135016089	rs3008386	T	C	9640.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=353;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=109;NR=90;PP=2965;SC=GAACCTCTCCTACCACCGTCT;SOR=0.838;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=199;TCF=109;TCR=90;TR=199;WE=135016097;WS=135016079;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,352:1.00:352
chr10	135016175	rs3008385	T	G	7855.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=309;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=85;NR=99;PP=2965;SC=TCCTCCTTGCTCCTCTCCTGC;SOR=0.791;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=184;TCF=85;TCR=99;TR=184;WE=135016183;WS=135016165;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,298:1.00:298
chr10	135020315	rs3008375	T	C	5091.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=73;NR=54;PP=2407;SC=TCCGAGACCCTGGCTGCAGGC;SOR=0.953;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=130;TCF=74;TCR=56;TR=127;WE=135020323;WS=135020305;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,188:1.00:188
chr10	135025208	rs41283313	A	G	1349.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.577;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=248;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.688;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=29;PP=699;ReadPosRankSum=1.117;SC=GGCTCTGCCAAGCACCTGCTG;SOR=0.566;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=162;TCF=67;TCR=95;TR=52;WE=135025216;WS=135025198;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:166,77:0.32:243
chr10	135032376	rs3008370	A	G	3171.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.088;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=240;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.269;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=33;PP=1395;ReadPosRankSum=-0.644;SC=TGATTGCAAAATCTTGCTATG;SOR=0.848;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=149;TCF=93;TCR=56;TR=91;WE=135032384;WS=135032366;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:91,147:0.62:238
chr10	135038088	rs11597218	C	T	975.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.056;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.322;HP=7;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=7;PP=635;ReadPosRankSum=0.931;SC=CCTAAGAACGCGGGGGGACTC;SOR=1.172;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=68;TCF=51;TCR=17;TR=34;WE=135038096;WS=135038078;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,42:0.53:79
chr10	135043802	rs7092433	C	A	186.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.63;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=3;PP=111;SC=GATGCTGCTCCGGCCCCGCAG;SOR=0.693;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=6;TCF=3;TCR=3;TR=6;WE=135043810;WS=135043792;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr10	135051562	rs2998143	A	G	1470.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.012;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.804;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.909;NF=21;NR=22;PP=586;ReadPosRankSum=-1.238;SC=TCCCTGGCCCAGGCCAGACAT;SOR=0.600;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=58;TCF=28;TCR=30;TR=43;WE=135051570;WS=135051552;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,71:0.70:101
chr10	135061112	rs12355840	C	T	4106.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.68;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=36;NR=35;PP=1198;SC=GAACGGCGGGCGGCTCTGAGG;SOR=0.744;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=71;TCF=36;TCR=35;TR=71;WE=135061120;WS=135061102;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,158:1.00:158
chr10	135076523	rs2995300	C	A	1583.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=36;NR=13;PP=996;SC=TAGATGCATTCCTGAGGTTAG;SOR=1.961;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=49;TCF=36;TCR=13;TR=49;WE=135076531;WS=135076513;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr10	135076596	rs2230576	T	C	4681.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=53;NR=37;PP=1602;SC=GACCGTGGAATGCTGGAACGC;SOR=0.923;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=90;TCF=53;TCR=37;TR=90;WE=135076604;WS=135076586;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,181:1.00:181
chr10	135076758	rs3008318	T	C	1629.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=8;NR=33;PP=1013;SC=GAAAAGATAATTGATGTTGAA;SOR=2.303;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=8;TCR=33;TR=41;WE=135076766;WS=135076748;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr10	135076903	rs3121298	A	G	119.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=4;PP=77;SC=GGCAGTCACAATATATACAGC;SOR=1.981;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=5;TCF=1;TCR=4;TR=5;WE=135076911;WS=135076893;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr10	135077121	rs3216041	C	CGTCAGCCCCGTGGGGAGGCCGTGCCACT	704.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.69;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=0;PP=1630;SC=GCAGTGCCACCGTCAGCCCCG;SOR=2.985;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=8;TCR=1;TR=4;WE=135077129;WS=135077111;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr10	135077311	rs2995301	C	G	5595.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=66;NR=56;PP=2335;SC=CCCCCAGGCACTCCCGGCTCT;SOR=0.761;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=123;TCF=66;TCR=57;TR=122;WE=135077319;WS=135077301;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,211:1.00:211
chr10	135080745	rs118007277	G	A	597.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.950;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.816;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=10;PP=339;ReadPosRankSum=-0.892;SC=TCTGTGTACAGCAGGGGCCAC;SOR=0.597;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=65;TCF=46;TCR=19;TR=29;WE=135080753;WS=135080735;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,35:0.37:95
chr10	135080826	rs2860375	A	C	1674.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=0.848;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=278;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.457;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=21;PP=505;ReadPosRankSum=-0.381;SC=CACCCTCAGAAGGCTTGGCCG;SOR=0.656;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=139;TCF=82;TCR=57;TR=50;WE=135080834;WS=135080816;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:180,98:0.35:278
chr10	135081684	rs2995309	T	C	2126.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=23;NR=24;PP=734;SC=CACCACACCCTGAGTCTCTCC;SOR=0.718;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=47;TCF=23;TCR=24;TR=47;WE=135081692;WS=135081674;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr10	135081754	rs11101672	G	C	469.22	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-1.508;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5169;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=13;PP=319;ReadPosRankSum=-0.660;SC=ATGAGAGACAGACAGGCCCAG;SOR=0.412;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=19;TCF=4;TCR=15;TR=17;WE=135081762;WS=135081744;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,20:0.91:22
chr10	135082346	rs2275720	A	G	7424.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-2.573;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=480;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.938;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=97;NR=102;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.077;SC=ACCACCACGAAGACGGGGAGG;SOR=0.546;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=290;TCF=137;TCR=153;TR=199;WE=135082354;WS=135082336;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:138,340:0.71:478
chr10	135082810	rs2995310	C	T	2945.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=50;NR=24;PP=1304;SC=TCTGCCTATACCTGTGTGTCG;SOR=1.295;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=77;TCF=50;TCR=27;TR=74;WE=135082818;WS=135082800;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr10	135082874	rs2995311	G	A	6101.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.62;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=58;NR=59;PP=2199;SC=CCGGGCCCGCGGCTTCTGCCT;SOR=0.693;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=117;TCF=58;TCR=59;TR=117;WE=135082882;WS=135082864;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,236:1.00:236
chr10	135083164	rs2275719	C	T	870.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=21;PP=603;SC=CCACATGCGCCGACGGCGAGG;SOR=2.621;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=4;TCR=21;TR=25;WE=135083172;WS=135083154;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr10	135083812	rs885023	C	A	1743.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=33;NR=16;PP=998;SC=CCACGTGGGGCACATGCCCGG;SOR=1.306;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=49;TCF=33;TCR=16;TR=49;WE=135083820;WS=135083802;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr10	135084232	rs5789159	C	CAGA	4750.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=26;PP=2007;SC=AGGGCGGTCTCAGCTCACCTG;SOR=0.946;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=46;TCF=19;TCR=27;TR=44;WE=135084240;WS=135084222;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr10	135084322	rs3008321	A	G	5538.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=75;NR=51;PP=2793;SC=GTGGGACCAGAAGCGGGTTAG;SOR=0.974;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=126;TCF=75;TCR=51;TR=126;WE=135084330;WS=135084312;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,199:1.00:199
chr10	135084601	rs2995314	T	C	9459.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=370;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=98;NR=120;PP=2965;SC=CAGCTCACCATGGGGACAGGT;SOR=0.832;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=219;TCF=98;TCR=121;TR=218;WE=135084609;WS=135084591;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,366:1.00:366
chr10	135085321	rs1131720	C	T	5573.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=58;NR=97;PP=2965;SC=CAATGCTGCCCGCCATGATGC;SOR=0.992;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=163;TCF=64;TCR=99;TR=155;WE=135085329;WS=135085311;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,219:1.00:219
chr10	135085426	rs1131719	A	G	10026.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=372;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=118;NR=100;PP=2965;SC=GGGCCATGGTACAGGCCACGC;SOR=0.783;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=219;TCF=119;TCR=100;TR=218;WE=135085434;WS=135085416;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,368:1.00:368
chr10	135085754	rs1131718	G	A	12246.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=465;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=119;NR=165;PP=2965;SC=CAAACCCCACGGTAGTCCCGG;SOR=0.914;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=285;TCF=120;TCR=165;TR=284;WE=135085762;WS=135085744;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,458:1.00:458
chr10	135086380	rs3008324	C	T	6689.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=273;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=106;NR=59;PP=2870;SC=ACTGGGGACACGAGACCCTCA;SOR=1.119;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=167;TCF=108;TCR=59;TR=165;WE=135086388;WS=135086370;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,266:1.00:266
chr10	135087521	rs3008326	G	A	9072.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=363;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=100;NR=92;PP=2965;SC=TGTAGCCGGAGCCCAGCAGGT;SOR=0.734;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=194;TCF=101;TCR=93;TR=192;WE=135087529;WS=135087511;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,351:1.00:351
chr10	135089035	rs2275725	A	G	6077.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=235;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=75;NR=83;PP=2965;SC=GGCAGACGCCACGGCAACACG;SOR=0.746;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=158;TCF=75;TCR=83;TR=158;WE=135089043;WS=135089025;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,232:1.00:232
chr10	135090183	rs2995317	A	G	2094.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=44;NR=18;PP=1316;SC=GCGGGGTGCGAGCAGGCCAGG;SOR=1.578;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=62;TCF=44;TCR=18;TR=62;WE=135090191;WS=135090173;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr10	135096784	rs2995325	A	G	2498.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=70;PP=1973;SC=CGGGCCCTGCATGCGCACGTG;SOR=3.638;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=81;TCF=11;TCR=70;TR=81;WE=135096792;WS=135096774;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr10	135097224	rs56403249	T	G	1280.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.74;SOR=2.468;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr10	135097227	.	CGCA	C	1311.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=46.85;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr10	135097232	.	T	TCG	1311.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.72;SOR=2.985;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr10	135097434	rs2995326	A	G	5574.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=63;NR=74;PP=2547;SC=CCATCACTTCAAACATCATGT;SOR=0.822;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=137;TCF=63;TCR=74;TR=137;WE=135097442;WS=135097424;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,213:1.00:213
chr10	135098672	rs3008334	G	A	7473.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=289;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=94;NR=75;PP=2965;SC=CGTGCTTGCAGTAGAACATGT;SOR=0.865;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=170;TCF=95;TCR=75;TR=169;WE=135098680;WS=135098662;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,287:1.00:287
chr10	135098830	rs3008335	T	C	10906.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.371;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=410;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=143;NR=118;PP=2965;ReadPosRankSum=0.574;SC=CGTGAATCTCTCGGACACTGA;SOR=0.458;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=267;TCF=147;TCR=120;TR=261;WE=135098838;WS=135098820;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,403:0.99:406
chr10	135098845	rs2995327	C	T	11451.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.168;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=434;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=144;NR=130;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.095;SC=CACTGAAGGCCGGGGAGAGCC;SOR=0.407;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=278;TCF=147;TCR=131;TR=274;WE=135098853;WS=135098835;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,425:0.99:428
chr10	135103311	rs141370078	C	CGCCCGCTGCGCCGCGGACGCCAAGTCCCT	1071.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.61;BaseQRankSum=-1.128;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=3;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-1.177;NF=6;NR=4;PP=1069;ReadPosRankSum=-0.109;SC=CCCAAGTCCCCGCCCGCTGCG;SOR=1.292;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=33;TCF=19;TCR=14;TR=10;WE=135103323;WS=135103301;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,13:0.62:21
chr10	135103315	.	C	CGCTGCGCCAAGGACCCCAGGTCCCTGCCT	616.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.61;BaseQRankSum=2.841;ClippingRankSum=0.000;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.125;HP=2;HapScore=3;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=3.768;NF=7;NR=4;PP=640;ReadPosRankSum=0.491;SC=AGTCCCCGCCCGCTGCGCCGC;SOR=2.007;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=37;TCF=23;TCR=14;TR=11;WE=135103323;WS=135103301;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,11:0.23:47
chr10	135105889	.	C	T	413	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;FR=0.5000;HP=3;HapScore=4;MGOF=232;MMLQ=26;MQ=43.94;NF=13;NR=2;PP=413;QD=29.8514141698;SC=CCCGTGTCCCCGTGTCCCGGG;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=29;TCF=22;TCR=7;TR=15;WE=135105897;WS=135105874;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:14,15:0.52:29
chr10	135105929	.	TGCACAC	CGCACCG,CGCGCCC	1078	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.42;FR=0.5000,0.5000;HP=1;HapScore=1;MGOF=206;MMLQ=24;MQ=57.16;NF=12,29;NR=6,13;PP=523,1078;QD=32.5815486035;SC=GAGGGCAGCATGCACACTCCG;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=76;TCF=52;TCR=24;TR=18,42;WE=135105943;WS=135105919;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.24:76
chr10	135105962	.	CCCCGTGTCCCTCCGTGT	C	2975	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;FR=1.0000;HP=3;HapScore=1;MGOF=44;MMLQ=24;MQ=62.09;NF=37;NR=41;PP=2975;QD=20;SC=CCCTCCGTGTCCCCGTGTCCC;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=88;TCF=41;TCR=47;TR=78;WE=135105999;WS=135105952;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:10,78:0.89:88
chr10	135105991	.	G	A	2123	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;FR=0.5000;HP=3;HapScore=1;MGOF=44;MMLQ=25;MQ=61.98;NF=68;NR=39;PP=2123;QD=20.1660860986;SC=CCCGTGTCCCGGGGAGCCCTA;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=150;TCF=94;TCR=56;TR=107;WE=135105999;WS=135105952;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:43,107:0.71:150
chr10	135107301	rs2860672	T	C	463.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.623;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.547;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=11;PP=157;ReadPosRankSum=-0.716;SC=GCTGTGGCTCTGCAGCCCCCA;SOR=0.342;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=47;TCF=17;TCR=30;TR=19;WE=135107309;WS=135107291;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,27:0.41:66
chr10	135141572	rs2298122	G	T	3054.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=28;NR=52;PP=1522;SC=GGACCCAAGAGAGCCCTGAAC;SOR=1.270;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=80;TCF=28;TCR=52;TR=80;WE=135141580;WS=135141562;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr10	135142320	rs41283333	G	A	300.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.391;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=6;PP=161;ReadPosRankSum=0.065;SC=GTTCCCAGGGGAGCCTGAGAA;SOR=0.610;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=30;TCF=18;TCR=12;TR=13;WE=135142328;WS=135142310;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,16:0.40:40
chr10	135160950	rs4838721	C	T	10949.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=421;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=113;NR=145;PP=2965;SC=CATCCCTGAGCCCCAATCCCC;SOR=0.890;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=258;TCF=113;TCR=145;TR=258;WE=135160958;WS=135160940;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,420:1.00:420
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chr10	135180430	rs2230261	A	G	3603.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=40;NR=34;PP=1402;SC=TCCGGTCACCAGTGAGGACCA;SOR=0.767;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=74;TCF=40;TCR=34;TR=74;WE=135180438;WS=135180420;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,139:1.00:139
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chr10	135194890	rs10745295	A	G	1984.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=49;NR=9;PP=1186;SC=GTGGGAACTCAGAGCACGTAT;SOR=2.463;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=59;TCF=49;TCR=10;TR=58;WE=135194898;WS=135194880;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
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chr10	135197376	rs11101731	G	A	757.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-3.151;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.995;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=6;PP=452;ReadPosRankSum=0.417;SC=ACACCAGCAGGGGAAATTGCT;SOR=0.328;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=41;TCF=33;TCR=8;TR=26;WE=135197384;WS=135197366;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,33:0.67:49
chr10	135197419	rs4240520	G	A	548.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-1.344;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=8;PP=304;ReadPosRankSum=-0.282;SC=GGACTTCCGTGGAGGGCTTTA;SOR=0.693;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=74;TCF=53;TCR=21;TR=27;WE=135197427;WS=135197409;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,31:0.34:92
chr10	135202379	rs57719627	T	C	646.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=1.531;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.808;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=2;PP=450;ReadPosRankSum=0.345;SC=GGGCTCTCTTTCTCCATGCAG;SOR=1.410;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=32;TCF=28;TCR=4;TR=21;WE=135202387;WS=135202369;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,25:0.68:37
chr10	135202594	rs10776679	T	C	5475.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-2.198;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=84;PP=2236;ReadPosRankSum=-0.721;SC=CCACACACGCTGGTTCCTGCC;SOR=0.351;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=142;TCF=57;TCR=85;TR=141;WE=135202602;WS=135202584;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,214:1.00:215
chr10	135204799	rs6537600	C	T	8911.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=335;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=101;NR=117;PP=2965;SC=CATTCTAACCCTGGCTCTTCT;SOR=0.808;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=221;TCF=102;TCR=119;TR=218;WE=135204807;WS=135204789;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,330:1.00:330
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chr10	135205009	rs1046178	C	G	3333.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.410;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=56;PP=1837;ReadPosRankSum=-1.076;SC=GGCTGGGACCCTCATTTCTTC;SOR=0.971;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=98;TCF=41;TCR=57;TR=96;WE=135205017;WS=135204999;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,128:0.97:132
chr10	135207936	rs10160083	T	C	1573.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=19;NR=17;PP=679;SC=TCCCGGTCGTTCTGGGCTGGC;SOR=0.693;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=36;TCF=19;TCR=17;TR=36;WE=135207944;WS=135207926;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr10	135209105	rs4838742	A	G	469.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=10;NR=4;PP=323;SC=TCCCTCAGATATAGTCTTTTT;SOR=1.609;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=10;TCR=4;TR=14;WE=135209113;WS=135209095;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr10	135211892	rs2252852	A	G	3827.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=73;NR=37;PP=2142;SC=TGACAGAGCCAAGACTCCAGT;SOR=1.366;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=110;TCF=73;TCR=37;TR=110;WE=135211900;WS=135211882;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,147:1.00:147
chr10	135213263	rs2814206	T	C	465.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=1.904;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=17;PP=347;ReadPosRankSum=0.585;SC=CCAGAGCACATCTTGTCTCGT;SOR=0.512;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=59;TCF=13;TCR=46;TR=22;WE=135213271;WS=135213253;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,22:0.35:62
chr10	135215756	rs145673810	CGGGGCT	C	2373.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=2.722;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=32.677;HP=4;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=2.145;NF=4;NR=40;PP=1973;ReadPosRankSum=1.888;SC=TGTGGTGAGCCGGGGCTGGGG;SOR=1.059;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=90;TCF=8;TCR=82;TR=44;WE=135215782;WS=135215746;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,85:0.65:131
chr10	135232934	rs2243619	C	T	332.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-1.586;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.278;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=8;PP=173;ReadPosRankSum=0.596;SC=TGGCTGGCCGCGCGGTGTCAG;SOR=0.289;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=41;TCF=26;TCR=15;TR=17;WE=135232942;WS=135232924;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,19:0.41:46
chr10	135233541	rs2255246	A	G	11734.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=453;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=125;NR=118;PP=2965;SC=TAACGTGAACATTATTCAGCC;SOR=0.725;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=243;TCF=125;TCR=118;TR=243;WE=135233549;WS=135233531;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,451:1.00:451
chr10	135237003	rs4077586	G	A	586.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.213;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.855;HP=3;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=12;PP=301;ReadPosRankSum=-0.227;SC=GCAGGGAGGAGCCCGGGGCAC;SOR=1.501;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=22;TCF=7;TCR=15;TR=16;WE=135237011;WS=135236993;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,28:0.80:35
chr10	135237060	rs2480253	A	G	780.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=9;PP=351;SC=CCCCGCGCGCACCCCCGCGGA;SOR=0.836;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=16;TCF=7;TCR=9;TR=16;WE=135237068;WS=135237050;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr10	135237166	rs2492666	G	A	183.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.432;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=3.352;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.34;ReadPosRankSum=1.092;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,12:0.41:29
chr10	135237196	rs4838682	C	T	156.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.519;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.603;HP=4;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.004;NF=3;NR=5;PP=71;ReadPosRankSum=0.505;SC=CTTCGTGGGGCTAAACCTGCG;SOR=1.085;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=19;TCF=9;TCR=10;TR=8;WE=135237204;WS=135237186;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,10:0.45:22
chr10	135267445	rs2253522	T	C	1755.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=43;NR=10;PP=1270;SC=CTGTGACCTCTGCCATTGCCC;SOR=2.644;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=53;TCF=43;TCR=10;TR=53;WE=135267453;WS=135267435;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr10	135267738	rs2253529	T	C	1322.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=36;PP=984;SC=TCCACATGGCTGGATCCCTGT;SOR=2.786;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=45;TCF=9;TCR=36;TR=45;WE=135267746;WS=135267728;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr10	135269788	rs68174897	G	A	6007.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.200;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=440;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.144;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=70;NR=69;PP=2252;ReadPosRankSum=0.033;SC=CACGTGCGACGGAGTGGTGTT;SOR=0.624;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=235;TCF=115;TCR=120;TR=139;WE=135269796;WS=135269778;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:155,278:0.64:433
chr10	135270837	rs144029024	TC	T	1386.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.386;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.876;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=9;PP=677;ReadPosRankSum=-0.598;SC=TGCGCGGGACTCCCCGAGATC;SOR=0.915;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=36;TCF=18;TCR=18;TR=22;WE=135270845;WS=135270827;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,48:0.59:81
chr10	135271130	rs10466128	C	T	2435.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.329;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.016;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=43;PP=1120;ReadPosRankSum=-1.987;SC=ATGCTGGGCCCGGACCTGGGG;SOR=0.470;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=114;TCF=49;TCR=65;TR=80;WE=135271138;WS=135271120;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,113:0.69:164
chr10	135271789	rs2480245	C	T	7717.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=292;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=78;NR=78;PP=2922;SC=TGAAGCCTTCCGCAGTCTGAG;SOR=0.700;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=157;TCF=78;TCR=79;TR=156;WE=135271797;WS=135271779;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,289:1.00:289
chr10	135272947	rs2257044	CC	AG	203.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.867;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.468;HP=2;HapScore=2;JOINED;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=4;PP=152;ReadPosRankSum=-1.576;SC=GGTCCTGGGTCCCTCCCGCTG;SOR=2.066;SbPval=0.93;Source=Platypus;TC=21;TCF=9;TCR=12;TR=5;WE=135272956;WS=135272937;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,7:0.27:26
chr10	135273463	rs731947	C	G	2094.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=23;NR=25;PP=1174;SC=ATGCCTGGGACCTGCGGGACG;SOR=0.776;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=48;TCF=23;TCR=25;TR=48;WE=135273471;WS=135273453;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr10	135278193	rs2492654	A	G	4060.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.913;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.300;NF=63;NR=45;PP=2056;ReadPosRankSum=-0.033;SC=CTGGGGCGCCATGTGCAGCAA;SOR=0.406;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=110;TCF=64;TCR=46;TR=108;WE=135278201;WS=135278183;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,155:0.99:156
chr10	135278244	rs111769579	CTGGGGTG	C	3818.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=2.217;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.837;HP=1;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=2.679;NF=11;NR=28;PP=1975;ReadPosRankSum=-0.745;SC=CTGCAAGCAGCTGGGGTGTGG;SOR=0.410;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=84;TCF=22;TCR=62;TR=39;WE=135278258;WS=135278234;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,100:0.62:161
chr10	135279283	rs2243812	T	C	729.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=3.051;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.696;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=7;PP=326;ReadPosRankSum=-0.764;SC=TTTTTGGGAATTCCCTTTTGT;SOR=0.828;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=76;TCF=45;TCR=31;TR=22;WE=135279291;WS=135279261;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:93,42:0.31:135
chr10	135279810	rs2243909	T	G	5833.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=86;NR=64;PP=2726;SC=CGTCCTGGGATCCCTTCTTGG;SOR=0.910;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=151;TCF=86;TCR=65;TR=150;WE=135279818;WS=135279800;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,222:1.00:222
chr10	135280765	rs2246634	C	T	5368.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=58;NR=68;PP=2177;SC=GAAATGCCGCCAGCAGGACTG;SOR=0.804;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=127;TCF=58;TCR=69;TR=126;WE=135280773;WS=135280755;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,207:1.00:207
chr10	135281333	rs35443213	C	T	1304.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.012;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=18;PP=754;ReadPosRankSum=1.326;SC=TTTGGTCACGCGGTGTCTCTT;SOR=0.621;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=79;TCF=52;TCR=27;TR=49;WE=135281341;WS=135281323;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,60:0.58:104
chr10	135281637	rs10776682	A	C	700.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-0.187;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.411;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=18;PP=417;ReadPosRankSum=-1.274;SC=CTGGCTCTAAACCTCATCCCC;SOR=0.264;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=35;TCF=7;TCR=28;TR=24;WE=135281645;WS=135281627;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,30:0.70:43
chr10	135340866	rs11445593	T	TC	1007.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=12;NR=5;PP=764;SC=CACAGGATTGTCTCCCGGGCT;SOR=2.468;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=18;TCF=13;TCR=5;TR=17;WE=135340874;WS=135340856;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
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chr10	135347533	rs943976	A	G	721.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.753;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=14;PP=396;ReadPosRankSum=-0.831;SC=TGAGATGGCTAGATGCACTGC;SOR=1.179;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=19;TCF=4;TCR=15;TR=18;WE=135347541;WS=135347523;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,26:0.96:27
chr10	135350490	rs147973606	A	AGATGGGTGGAT	975.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.290;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=5;PP=2983;ReadPosRankSum=0.420;SC=GTGATTGAATAGATGGGTGGA;SOR=1.292;SbPval=0.2;Source=Platypus;TC=14;TCF=9;TCR=5;TR=9;WE=135350498;WS=135350480;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,19:0.90:21
chr10	135351137	rs2070676	G	C	773.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=21;NR=3;PP=600;SC=TCCTTCAACTGGAAATATACT;SOR=3.528;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=24;TCF=21;TCR=3;TR=24;WE=135351145;WS=135351127;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr10	135351174	rs2070677	T	A	1592.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=38;NR=7;PP=1079;SC=TATTCAAAACTACATTCTTCA;SOR=2.712;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=45;TCF=38;TCR=7;TR=45;WE=135351182;WS=135351164;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr10	135351362	rs2515641	T	C	7151.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=268;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=73;NR=88;PP=2965;SC=ATGGAAAGTTTAAGTACAGTG;SOR=0.814;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=161;TCF=73;TCR=88;TR=161;WE=135351370;WS=135351352;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,261:1.00:261
chr10	135352153	rs2249694	A	G	1231.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=36;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=34;NR=1;PP=998;SC=TAGGCAGAGAAGGGTGAGTCC;SOR=5.838;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=35;TCF=34;TCR=1;TR=35;WE=135352161;WS=135352149;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr10	135352168	rs2249695	T	C	1444.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=31;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=40;NR=3;PP=1114;SC=GAGTCCTGCCTTGTGATGGCC;SOR=4.317;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=43;TCF=40;TCR=3;TR=43;WE=135352176;WS=135352158;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr10	135352509	rs2480257	T	A	3437.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.97;SOR=2.026;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr10	135352514	rs2480256	A	G	3324.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.93;SOR=2.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr10	135369054	rs3020514	A	G	2543.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=39;NR=29;PP=1363;SC=ATACAACATCAGTCATCTTCC;SOR=0.896;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=70;TCF=40;TCR=30;TR=68;WE=135369062;WS=135369044;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr10	135370060	rs2987791	G	C	376.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=1;PP=228;SC=ACTTGACCTTGGTCTCATCAG;SOR=2.147;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=10;TCF=9;TCR=1;TR=9;WE=135370068;WS=135370051;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr10	135371466	rs2987792	T	C	1133.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=13;NR=19;PP=693;SC=TGTCAAGGTATTGGGTTTTGG;SOR=0.954;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=13;TCR=19;TR=32;WE=135371474;WS=135371456;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr10	135381215	rs3020499	A	G	202.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=1;PP=61;SC=CTGGGCAGGCATGGGGAGCTG;SOR=1.402;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=5;TCR=1;TR=6;WE=135381223;WS=135381205;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr10	135381276	rs3020500	T	C	512.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.42;SOR=0.784;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr10	135381592	rs3020501	C	G	6524.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=255;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=96;NR=58;PP=2965;SC=CGAGCCCAGCCAGGCCTAGGG;SOR=1.107;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=154;TCF=96;TCR=58;TR=154;WE=135381600;WS=135381582;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,250:1.00:250
chr10	135381623	rs3020502	T	C	9265.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.61;DB;DP=362;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=105;NR=88;PP=2965;SC=CCCAGGGCACTGAGGGCGCCA;SOR=0.825;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=193;TCF=105;TCR=88;TR=193;WE=135381631;WS=135381613;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,354:1.00:354
chr10	135381766	rs3020503	C	T	7896.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-1.706;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=306;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.348;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=81;NR=106;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.241;SC=CCGCGTTCCCCGGGTCCCGCG;SOR=0.480;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=189;TCF=82;TCR=107;TR=187;WE=135381774;WS=135381756;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,293:1.00:294
chr10	135381927	rs2987800	T	G	2749.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.093;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=51;PP=1388;ReadPosRankSum=-0.548;SC=AGAGGAAGGCTGCCTCCTGTA;SOR=0.540;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=79;TCF=27;TCR=52;TR=78;WE=135381935;WS=135381917;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,103:0.99:104
chr10	135438888	rs150376644	C	T	729.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.165;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=512;ExcessHet=3.0103;FS=0.713;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.77;MQRankSum=-4.914;QD=1.43;ReadPosRankSum=-4.615;SOR=0.588;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:424,88:0.17:512
chr10	135438929	rs201901202	T	G	1495.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.972;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=666;ExcessHet=3.0103;FS=2.331;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.93;MQRankSum=-12.915;QD=2.25;ReadPosRankSum=5.220;SOR=0.621;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:540,125:0.19:665
chr10	135438951	rs200483318	G	A	3622.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.512;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=682;ExcessHet=3.0103;FS=2.323;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.97;MQRankSum=-15.185;QD=5.33;ReadPosRankSum=6.727;SOR=0.720;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:553,127:0.19:680
chr10	135438955	rs201563622	C	T	3627.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.894;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=677;ExcessHet=3.0103;FS=2.323;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.22;MQRankSum=-15.709;QD=5.37;ReadPosRankSum=6.221;SOR=0.722;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:548,127:0.19:675
chr10	135438967	rs145018822	C	T	3230.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.691;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=649;ExcessHet=3.0103;FS=1.459;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.32;MQRankSum=-17.554;QD=4.99;ReadPosRankSum=4.466;SOR=0.794;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:529,118:0.18:647
chr10	135438977	rs79631365	G	A	3250.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.067;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=631;ExcessHet=3.0103;FS=1.488;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.33;MQRankSum=-20.710;QD=5.18;ReadPosRankSum=2.064;SOR=0.840;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:512,115:0.18:627
chr10	135439338	rs200878503	C	T	76.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.803;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=3.522;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=40.53;MQRankSum=-1.465;QD=8.53;ReadPosRankSum=1.383;SOR=0.069;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,5:0.56:9
chr11	192997	rs2280540	G	A	985.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.460;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.620;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=13;PP=447;ReadPosRankSum=0.764;SC=GCTGGCTGCCGGGTCCTAATG;SOR=0.396;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=90;TCF=63;TCR=27;TR=36;WE=193005;WS=192987;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,52:0.43:121
chr11	193096	rs2280539	T	C	5042.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-1.595;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=344;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.509;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=84;NR=45;PP=2002;ReadPosRankSum=0.715;SC=CTGAGACTGCTGGCATGAAGG;SOR=0.845;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=205;TCF=119;TCR=86;TR=129;WE=193104;WS=193086;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:110,231:0.68:341
chr11	193112	rs7951297	C	T	1168.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.670;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=336;ExcessHet=3.0103;FS=0.986;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.97;MQRankSum=0.000;QD=3.52;ReadPosRankSum=-1.678;SOR=0.767;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:251,81:0.24:332
chr11	193194	rs2686896	T	C	1834.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.455;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FS=2.301;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.92;MQRankSum=0.000;QD=15.95;ReadPosRankSum=-1.732;SOR=0.464;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,91:0.79:115
chr11	193698	rs2294083	C	T	893.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.648;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=8;PP=318;ReadPosRankSum=0.749;SC=GGCATCATCTCGCTCGTGATG;SOR=0.799;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=75;TCF=52;TCR=23;TR=25;WE=193706;WS=193688;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,26:0.30:88
chr11	193722	rs2294082	A	G	1001.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-1.333;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=11;PP=272;ReadPosRankSum=0.715;SC=GGATGGCCACAGGGGAGGACA;SOR=0.637;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=102;TCF=67;TCR=35;TR=29;WE=193730;WS=193712;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:95,37:0.28:132
chr11	193863	rs2294081	T	C	6449.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.747;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=307;ExcessHet=3.0103;FS=5.631;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=21.43;ReadPosRankSum=-1.154;SOR=0.575;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:101,200:0.66:301
chr11	193863	.	TAT	CAG	984	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;FR=0.5000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MMLQ=28;MQ=60.0;NF=32;NR=32;PP=984;QD=16.2104355447;SC=TCAAGTCCTGTATAGATGGCC;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=191;TCF=90;TCR=101;TR=64;WE=193873;WS=193853;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:127,64:0.34:191
chr11	193865	rs2686894	T	G	2123.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.120;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=304;ExcessHet=3.0103;FS=1.990;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.13;ReadPosRankSum=-0.484;SOR=0.680;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:187,111:0.37:298
chr11	194640	rs2979429	G	A	669.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.278;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=2.070;NF=9;NR=17;PP=407;ReadPosRankSum=0.912;SC=AACACACTCGGGGCCACAGCC;SOR=0.610;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=57;TCF=19;TCR=38;TR=26;WE=194648;WS=194630;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,32:0.44:72
chr11	197337	rs3802984	G	A	2544.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.251;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.911;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=30;PP=1262;ReadPosRankSum=-1.156;SC=GTACCTGGAGGCCCCATCGCC;SOR=0.951;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=142;TCF=82;TCR=60;TR=78;WE=197345;WS=197327;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:96,119:0.55:215
chr11	197557	rs7103852	A	G	5808.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=106;NR=70;PP=2965;SC=CATTGCGTCCACAGGCTTCAT;SOR=1.132;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=176;TCF=106;TCR=70;TR=176;WE=197565;WS=197547;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,216:1.00:216
chr11	199256	rs3741411	G	A	969.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.249;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.987;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=9;PP=382;ReadPosRankSum=-0.164;SC=CTTGATGCACGGGCACCAACT;SOR=0.385;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=68;TCF=48;TCR=20;TR=28;WE=199264;WS=199246;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,48:0.49:97
chr11	199891	rs75155656	C	A	3228.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.961;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=374;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.257;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=96;NR=53;PP=2010;ReadPosRankSum=0.119;SC=AGGGCAGAGACCTGCAGGTGG;SOR=0.826;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=304;TCF=190;TCR=114;TR=149;WE=199907;WS=199881;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:195,176:0.47:371
chr11	207359	rs375304678	C	CGGCCACAGCCGCCTCAGACGT	2792.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.64;BaseQRankSum=0.903;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.955;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=23;PP=681;ReadPosRankSum=-0.892;SC=GACACCGACGCGGCCACAGCC;SOR=1.896;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=57;TCF=3;TCR=54;TR=24;WE=207374;WS=207349;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,96:0.98:98
chr11	207400	rs71487219	A	G	621.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.762;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FS=0.914;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.14;MQRankSum=1.258;QD=7.97;ReadPosRankSum=0.455;SOR=0.854;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:47,31:0.40:78
chr11	207462	rs11245998	A	G	166.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.410;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=1.697;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.43;MQRankSum=1.417;QD=6.67;ReadPosRankSum=-0.544;SOR=1.402;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,9:0.36:25
chr11	209002	rs2177173	A	G	3123.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.85;QD=29.19;SOR=1.211;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr11	209894	rs3832797	ACCC	A	5044.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=2.299;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=253;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.990;HP=6;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=2.468;NF=13;NR=52;PP=2129;ReadPosRankSum=0.225;SC=CCTGAAGGGAACCCCCCACCC;SOR=0.765;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=114;TCF=21;TCR=93;TR=65;WE=209904;WS=209884;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:110,130:0.54:240
chr11	214421	rs3216	G	C	6110.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.885;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=696;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=103;NR=102;PP=2523;ReadPosRankSum=0.306;SC=GTTGCAACCTGGGGAAGCCAC;SOR=0.706;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=446;TCF=223;TCR=223;TR=205;WE=214429;WS=214411;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:380,312:0.45:692
chr11	214544	rs10081	C	T	3705.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.411;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=369;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=78;PP=1822;ReadPosRankSum=-0.154;SC=TGGACTGCAACGGTCTTCTTG;SOR=0.683;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=263;TCF=99;TCR=164;TR=126;WE=214552;WS=214534;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:176,180:0.51:356
chr11	218617	.	C	T	526.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.437;ClippingRankSum=0.000;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=21.07;ReadPosRankSum=0.557;SOR=0.293;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,14:0.56:25
chr11	219089	rs511744	T	C	594.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=2.663;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=17;PP=403;ReadPosRankSum=-0.571;SC=CTTTACAAGCTCCTCAGGATG;SOR=0.527;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=52;TCF=12;TCR=40;TR=22;WE=219097;WS=219079;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,25:0.46:54
chr11	223796	rs72479380	A	G	5781.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.158;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=303;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.187;HP=1;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.819;NF=53;NR=84;PP=2193;ReadPosRankSum=1.768;SC=GGCCCATGAGATGACTCCTGT;SOR=1.053;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=242;TCF=97;TCR=145;TR=137;WE=223804;WS=223786;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:120,176:0.59:296
chr11	223823	rs149395025	G	A	4262.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.558;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FS=8.715;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.89;MQRankSum=-0.744;QD=26.31;ReadPosRankSum=3.074;SOR=1.328;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:59,103:0.64:162
chr11	223832	rs144507767	C	A	3372.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.040;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.165;HP=1;HapScore=2;MGOF=27;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.707;NF=40;NR=80;PP=1708;ReadPosRankSum=3.621;SC=TGCCCTCCAGCCTCCTCCCTG;SOR=1.494;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=120;TCF=40;TCR=80;TR=120;WE=223840;WS=223813;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,76:0.66:116
chr11	223976	.	ACTCCTCCCTGCACAGGCCTGCCGACAGCCCATGAGATGACTCCTGTACCCCTCCCTTCCCCTGCCCTCCAGC	A	683.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.954;ClippingRankSum=0.000;DP=189;ExcessHet=3.0103;FS=2.252;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.86;MQRankSum=1.094;QD=3.76;ReadPosRankSum=-2.681;SOR=0.937;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:141,41:0.23:182
chr11	224048	.	C	A	1232	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MMLQ=28;MQ=59.07;NF=27;NR=31;PP=1232;QD=21.840882975;SC=TGCCCTCCAGCCTCCTCCCTG;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=149;TCF=77;TCR=72;TR=58;WE=224056;WS=224038;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:91,58:0.39:149
chr11	230368	rs536715	C	T	4294.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=1.043;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=448;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.118;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=84;NR=43;PP=2028;ReadPosRankSum=-1.918;SC=ACTGTCCTTTCGAGACAATGC;SOR=0.827;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=260;TCF=164;TCR=96;TR=127;WE=230376;WS=230358;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:222,204:0.48:426
chr11	233067	rs11246020	C	T	1945.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.243;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.928;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=26;PP=791;ReadPosRankSum=-1.865;SC=TAGTGAGTGACGTTGGGCTTG;SOR=0.688;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=127;TCF=61;TCR=66;TR=58;WE=233075;WS=233057;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:98,99:0.50:197
chr11	233212	rs11555236	C	A	2013.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=2.435;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.864;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=34;PP=1282;ReadPosRankSum=0.414;SC=CACTCCCCGGCGATCTGCAGG;SOR=0.577;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=125;TCF=67;TCR=58;TR=69;WE=233220;WS=233202;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:89,87:0.49:176
chr11	233298	rs12365010	T	G	2519.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=2.514;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=268;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=38;PP=1534;ReadPosRankSum=0.270;SC=AGGGCAGGAGTCAGGGGAGGG;SOR=0.720;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=196;TCF=120;TCR=76;TR=96;WE=233306;WS=233288;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:137,120:0.47:257
chr11	235894	rs9795476	T	G	1638.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=43;NR=6;PP=1230;SC=CCCCCATAAGTGACGTCCACA;SOR=3.139;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=49;TCF=43;TCR=6;TR=49;WE=235902;WS=235884;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr11	236343	rs7118852	A	G	1882.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=89;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=16;NR=44;PP=1211;SC=CGCGCAGTCCAAGGAGTCCTC;SOR=2.412;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=60;TCF=16;TCR=44;TR=60;WE=236351;WS=236333;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr11	236370	.	C	CCGGCGCCCCGCCCG	1141.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=61.34;QD=43.91;SOR=6.593;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr11	236871	rs2272563	T	C	826.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=20;NR=3;PP=559;SC=GAGAGTTTTGTCCGGAGCGCA;SOR=3.180;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=23;TCF=20;TCR=3;TR=23;WE=236879;WS=236867;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
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chr11	244129	rs7116130	C	T	5191.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.755;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=36;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=62;PP=2346;ReadPosRankSum=-1.497;SC=TGATGCTCGGCGGTGCTCAAA;SOR=0.744;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=121;TCF=59;TCR=62;TR=121;WE=244149;WS=244083;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,199:0.99:201
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chr11	244167	rs1128320	C	T	6818.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.881;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=42.35;ReadPosRankSum=0.374;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,159:0.99:161
chr11	244171	rs1128321	T	C	6713.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.839;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=44.46;ReadPosRankSum=0.676;SOR=1.047;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,149:0.99:151
chr11	244197	rs1128322	T	C	2857.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=108;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=28;NR=53;PP=1450;SC=TCATTCTTCATGTAGTTAGAC;SOR=1.295;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=81;TCF=28;TCR=53;TR=81;WE=244205;WS=244187;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr11	244414	rs2272565	C	T	6092.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=94;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=90;NR=57;PP=2965;SC=CTGATTGTTCCTTCTTTTCCA;SOR=1.008;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=147;TCF=90;TCR=57;TR=147;WE=244422;WS=244404;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,223:1.00:223
chr11	244490	rs3830667	ATACCTTTTAG	A	11971.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=308;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=36;NR=82;PP=2981;SC=CATGTGGGCAATACCTTTTAG;SOR=0.911;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=139;TCF=43;TCR=96;TR=118;WE=244512;WS=244480;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,271:1.00:271
chr11	244552	rs2272566	A	G	7732.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.900;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=288;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.461;HP=2;HapScore=1;MGOF=178;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=-5.852;NF=131;NR=97;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.782;SC=CTCACTGTCCAGACCTTTAGA;SOR=0.562;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=229;TCF=131;TCR=98;TR=228;WE=244560;WS=244542;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,283:1.00:284
chr11	247200	rs3830001	G	T	1424.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=35;NR=6;PP=994;SC=CTAGGCAACAGAGTGAGACCC;SOR=2.833;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=35;TCR=6;TR=41;WE=247208;WS=247193;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr11	250877	rs12793187	C	T	2298.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.045;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=267;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.091;HP=2;HapScore=4;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=47;PP=2750;ReadPosRankSum=0.406;SC=TAAGCGAACACCCAGGAGCCA;SOR=0.840;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=183;TCF=81;TCR=102;TR=81;WE=250894;WS=250867;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:146,116:0.44:262
chr11	250886	rs3782114	C	T	2694.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-1.647;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=245;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.580;HP=1;HapScore=4;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=53;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.028;SC=ACCCAGGAGCCACTTTGTCTG;SOR=0.581;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=176;TCF=73;TCR=103;TR=93;WE=250894;WS=250867;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:109,131:0.55:240
chr11	252318	rs6598055	C	T	506.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-0.433;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.066;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=4;PP=297;ReadPosRankSum=0.717;SC=TTTTTTCTAACGTTCCTGTGA;SOR=0.252;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=44;TCF=36;TCR=8;TR=19;WE=252326;WS=252308;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,24:0.50:48
chr11	252649	rs6540	G	A	929.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.009;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.978;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=22;PP=476;ReadPosRankSum=-0.713;SC=TGAGAGAGGCGTTTGCAGCCA;SOR=1.038;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=64;TCF=19;TCR=45;TR=30;WE=252657;WS=252639;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,43:0.48:89
chr11	280221	rs6421985	A	C	5627.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=69;NR=66;PP=2933;SC=GGAGGAGGCGATGGGGCCCGC;SOR=0.723;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=135;TCF=69;TCR=66;TR=135;WE=280229;WS=280211;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,203:1.00:203
chr11	280673	rs12807092	C	T	2223.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=43;NR=17;PP=1306;SC=GGCTGCTGAGCAAGGCGCTGC;SOR=1.670;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=61;TCF=43;TCR=18;TR=60;WE=280681;WS=280663;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr11	280816	rs7482965	AT	TC	21306.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.849;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=482;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;JOINED;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=174;NR=97;PP=2947;ReadPosRankSum=0.092;SC=TTCTACAAGTATTTCCGGGAT;SOR=0.451;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=285;TCF=185;TCR=100;TR=271;WE=280825;WS=280806;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,475:1.00:476
chr11	284093	rs9734280	A	G	2047.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=47;NR=9;PP=1425;SC=AGGCTCTGCGAGGTCCAGGGA;SOR=2.670;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=56;TCF=47;TCR=9;TR=56;WE=284101;WS=284083;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr11	284538	rs6598047	T	C	9900.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=389;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=94;NR=107;PP=2965;SC=GGCAGAGCCCTGCCCTGACCA;SOR=0.752;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=202;TCF=94;TCR=108;TR=201;WE=284546;WS=284528;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,383:1.00:383
chr11	284716	rs760059	C	T	379.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.328;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=11;PP=244;ReadPosRankSum=-1.073;SC=CCTGGGGGCTCCCCCTGGACC;SOR=0.641;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=29;TCF=6;TCR=23;TR=15;WE=284724;WS=284706;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,19:0.42:45
chr11	290816	rs10902120	A	G	4695.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.053;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=61;PP=2243;ReadPosRankSum=0.575;SC=TCCTGACAGCAGTGGGCGGCA;SOR=0.760;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=121;TCF=59;TCR=62;TR=119;WE=290824;WS=290806;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,184:0.98:188
chr11	292798	rs11602423	A	G	454.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=2.180;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.289;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=10;PP=362;ReadPosRankSum=-0.941;SC=AGGTGTCTCAATGCCAGGCCT;SOR=0.448;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=34;TCF=14;TCR=20;TR=18;WE=292806;WS=292788;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,18:0.49:37
chr11	293001	rs35259273	A	AG	2580.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.313;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.676;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=1.207;NF=22;NR=28;PP=1750;ReadPosRankSum=1.231;SC=CTGAGGGGTGAGGCCATGGTG;SOR=0.566;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=130;TCF=55;TCR=75;TR=50;WE=293009;WS=292991;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:132,92:0.41:224
chr11	294512	rs149098966	A	ACCCCAGGCTGTCCCTCACCCCCAGACTGCCCTCTCAC	4327.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.406;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=337;ExcessHet=3.0103;FS=10.624;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=62.55;MQRankSum=15.214;QD=14.19;ReadPosRankSum=-2.074;SOR=1.215;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:205,100:0.33:305
chr11	298758	rs2293745	G	A	2058.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.177;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=224;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.058;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=43;PP=1061;ReadPosRankSum=-0.483;SC=ATGTGTCCTCGGGGCCTGGGG;SOR=0.804;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=144;TCF=56;TCR=88;TR=70;WE=298766;WS=298748;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:118,101:0.46:219
chr11	299411	rs57285449	C	G	1454.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.661;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.861;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=29;PP=777;ReadPosRankSum=-1.244;SC=GTGCGGGGCCCCCAGTGTGAG;SOR=0.558;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=116;TCF=45;TCR=71;TR=53;WE=299419;WS=299401;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:106,77:0.42:183
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chr11	308178	.	TCA	CCG	2947	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;FR=1.0000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MMLQ=24;MQ=59.96;NF=142;NR=95;PP=2947;QD=20;SC=GGTAACCCGATCACCGCTGGT;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=248;TCF=150;TCR=98;TR=237;WE=308188;WS=308168;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:11,237:0.96:248
chr11	308180	rs10398	A	G	17768.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.507;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=414;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.96;MQRankSum=-0.102;QD=43.98;ReadPosRankSum=-1.041;SOR=0.580;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:3,401:0.99:404
chr11	308290	rs1058900	T	C	17040.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.394;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=431;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=34;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=-0.396;NF=137;NR=166;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.622;SC=ATGCTGGGGGTGCCCCACAAC;SOR=0.280;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=304;TCF=137;TCR=167;TR=303;WE=308298;WS=308280;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,419:1.00:420
chr11	308314	rs14408	T	C	15372.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.911;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=357;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=-0.548;NF=122;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.221;SC=GCTCCCCCGATGTCCACCGTG;SOR=0.301;Source=Platypus;TCF=122;WE=308322;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,350:1.00:351
chr11	308363	rs1058935	G	C	6423.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=239;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=35;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=76;NR=124;PP=2965;SC=CTGACCATGTGGTCTGGTCCC;SOR=1.155;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=200;TCF=76;TCR=124;TR=200;WE=308371;WS=308353;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,238:1.00:238
chr11	308426	rs1058964	G	C	5407.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=59;NR=78;PP=2965;SC=TAGCATTCGCGTACTCCGTGA;SOR=0.870;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=137;TCF=59;TCR=78;TR=137;WE=308434;WS=308416;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,194:1.00:194
chr11	309127	rs1059091	A	G	11755.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.928;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=460;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=-0.134;NF=214;NR=124;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.623;SC=CATTCTGCTCATCATCATCCC;SOR=1.217;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=341;TCF=216;TCR=125;TR=338;WE=309135;WS=309117;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,453:1.00:455
chr11	314207	rs9667990	C	G	21555.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.331;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=817;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=237;NR=278;PP=2965;ReadPosRankSum=1.592;SC=TGTGCTGGGGCCACCCCCCAG;SOR=0.266;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=520;TCF=238;TCR=282;TR=515;WE=314215;WS=314197;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,808:1.00:809
chr11	320166	rs28655829	T	C	1033.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=46.76;QD=27.94;SOR=1.802;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr11	320237	rs28688930	C	G	2065.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=43.85;QD=27.92;SOR=1.842;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr11	372095	rs72847391	T	C	1394.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=1.863;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.479;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=11;PP=735;ReadPosRankSum=-0.029;SC=ACAGGCCTCATGTGCCACCTG;SOR=1.071;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=93;TCF=65;TCR=28;TR=45;WE=372103;WS=372085;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,63:0.51:124
chr11	372225	rs79491678	C	T	3072.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-0.970;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=358;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.761;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=48;PP=1208;ReadPosRankSum=0.500;SC=GAGCAGAGCCCTGGGGAGAAC;SOR=0.843;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=192;TCF=90;TCR=102;TR=83;WE=372233;WS=372215;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:193,158:0.45:351
chr11	373317	rs72847393	G	T	2198.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.357;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.741;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.015;NF=31;NR=50;PP=1341;ReadPosRankSum=0.040;SC=CCCTGGTGTCGTCCCGGGCCT;SOR=0.846;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=163;TCF=67;TCR=96;TR=81;WE=373325;WS=373307;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:102,101:0.50:203
chr11	373408	rs376849299	AC	A	2325.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.593;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=9.243;HP=11;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.324;NF=26;NR=66;PP=1740;ReadPosRankSum=0.598;SC=GAGAGAGTGAACCCCCCCCCC;SOR=4.034;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=120;TCF=39;TCR=81;TR=92;WE=373427;WS=373398;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,90:0.99:91
chr11	375804	rs61876283	G	A	4488.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.076;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=350;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.285;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=75;NR=64;PP=2359;ReadPosRankSum=-0.264;SC=GGGCGAGGGCGGGGGTGCCTG;SOR=0.782;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=235;TCF=125;TCR=110;TR=139;WE=375812;WS=375794;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:146,200:0.58:346
chr11	377437	rs61876284	T	C	589.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-3.970;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=18;PP=310;ReadPosRankSum=-0.392;SC=GGCCCAGTGGTGTACCGGCCT;SOR=0.651;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=33;TCF=4;TCR=29;TR=21;WE=377445;WS=377427;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,27:0.68:40
chr11	379598	rs1134699	A	G	1920.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.428;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=248;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.203;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=26;PP=912;ReadPosRankSum=-0.053;SC=AAAGTCCCGAACCCGCTCCCG;SOR=0.749;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=144;TCF=76;TCR=68;TR=58;WE=379606;WS=379588;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:144,99:0.41:243
chr11	379841	rs144602584	G	GCC	2596.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.295;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=343;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=36.410;HP=9;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=2.562;NF=10;NR=56;PP=1229;ReadPosRankSum=2.916;SC=TCGGCTCAGCGCCCCCCCCGC;SOR=1.622;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=198;TCF=70;TCR=128;TR=66;WE=379849;WS=379831;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:200,95:0.32:295
chr11	380242	rs111471551	G	A	8557.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=2.405;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=852;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.194;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=183;NR=137;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.803;SC=AAAACGGGGCGTGCCCGGGGA;SOR=0.913;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=650;TCF=357;TCR=293;TR=320;WE=380250;WS=380232;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:421,407:0.49:828
chr11	380461	rs111901818	T	TC	5548.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.026;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=420;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.766;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.380;NF=22;NR=110;PP=2933;ReadPosRankSum=0.533;SC=GCCCCGAGCGTCCCACCCTGT;SOR=0.991;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=285;TCF=59;TCR=226;TR=132;WE=380469;WS=380451;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:189,200:0.51:389
chr11	396701	rs11246147	C	T	3552.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=1.017;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=290;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.975;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=38;PP=1436;ReadPosRankSum=-2.481;SC=AGCGATGGGCCCAGCCCGAGG;SOR=0.820;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=159;TCF=85;TCR=74;TR=86;WE=396709;WS=396691;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:125,161:0.56:286
chr11	396915	rs12419281	C	T	2681.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=1.684;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=287;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.970;HP=5;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=52;PP=1282;ReadPosRankSum=-1.268;SC=CAGCCCACAACGGGGGCAGCG;SOR=0.944;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=187;TCF=83;TCR=104;TR=90;WE=396923;WS=396905;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:150,132:0.47:282
chr11	397706	rs9795298	T	C	1487.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=4.238;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.785;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=37;PP=991;ReadPosRankSum=0.749;SC=GGTGACCTCCTTCGTGGGCCC;SOR=0.941;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=91;TCF=24;TCR=67;TR=49;WE=397714;WS=397696;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,58:0.56:104
chr11	397732	rs9795299	T	G	1245.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=4.724;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.212;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=35;PP=921;ReadPosRankSum=-1.268;SC=CCTCCCACTGTCCTCTGCTCA;SOR=0.941;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=65;TCF=8;TCR=57;TR=39;WE=397740;WS=397722;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,46:0.62:74
chr11	400109	rs8858	A	G	647.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.979;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=14;PP=273;ReadPosRankSum=1.470;SC=CCTCGGAGGCAGAGATCTTCT;SOR=0.633;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=43;TCF=12;TCR=31;TR=20;WE=400117;WS=400099;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,33:0.45:73
chr11	403030	.	CCCGACCCG	C	482.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.532;ClippingRankSum=0.000;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=2.820;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.23;MQRankSum=1.125;QD=11.77;ReadPosRankSum=0.106;SOR=1.352;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,19:0.46:41
chr11	403040	.	TCACCCC	T	456.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.142;ClippingRankSum=0.000;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=3.869;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.18;MQRankSum=1.292;QD=8.46;ReadPosRankSum=0.744;SOR=1.251;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,21:0.39:54
chr11	403046	.	C	T	208	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.62;FR=0.5000;HP=3;HapScore=2;MGOF=22;MMLQ=26;MQ=60.11;NF=12;NR=2;PP=208;QD=17.3408008962;SC=CCGCTCACCCCGACCCCGCCG;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=40;TCF=30;TCR=10;TR=14;WE=403054;WS=403036;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:26,14:0.35:40
chr11	403939	rs7479832	A	G	2235.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.858;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=39;PP=1462;ReadPosRankSum=0.284;SC=CCGGCCTCCCACAGCCACGAA;SOR=0.673;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=152;TCF=75;TCR=77;TR=78;WE=403947;WS=403929;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:96,97:0.50:193
chr11	403980	rs11748	G	A	3043.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=2.886;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=258;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.038;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=51;PP=1871;ReadPosRankSum=-1.542;SC=AGAAGCTGCCGGGCAGCGTGG;SOR=0.464;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=181;TCF=99;TCR=82;TR=101;WE=403988;WS=403970;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:120,132:0.52:252
chr11	404317	rs1134578	C	T	4625.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.071;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=465;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=76;PP=2108;ReadPosRankSum=-0.423;SC=ACCGTGACTTCCGGGCGGTAC;SOR=0.705;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=283;TCF=118;TCR=165;TR=130;WE=404325;WS=404307;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:237,223:0.48:460
chr11	406043	rs7947	G	A	3521.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.897;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=369;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.960;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=59;PP=2022;ReadPosRankSum=1.106;SC=GCTCTCCAAAGACAGGCCCCC;SOR=0.704;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=266;TCF=131;TCR=135;TR=123;WE=406051;WS=406033;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:196,170:0.46:366
chr11	406473	rs3087588	A	C	5473.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.509;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=295;ExcessHet=3.0103;FS=2.549;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.88;ReadPosRankSum=-0.866;SOR=0.866;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:143,147:0.51:290
chr11	406483	rs3210908	T	C	5310.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.614;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=278;ExcessHet=3.0103;FS=3.308;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.38;ReadPosRankSum=-0.505;SOR=0.911;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:135,139:0.51:274
chr11	407236	rs7395890	T	C	170.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.655;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=8.921;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=13.14;ReadPosRankSum=0.483;SOR=3.841;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,8:0.62:13
chr11	407364	.	C	CATGGG	178.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-1.972;ClippingRankSum=0.000;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=64;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=0;PP=147;ReadPosRankSum=-0.754;SC=TGGGACGGAGCATGGGGCGGG;SOR=0.255;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=21;TCR=0;TR=6;WE=407372;WS=407354;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,6:0.33:18
chr11	407708	rs6421977	A	C	700.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=2.095;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.007;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=14;PP=496;ReadPosRankSum=0.695;SC=CGCACAGAGCACCCGGGGGCT;SOR=0.906;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=48;TCF=21;TCR=27;TR=25;WE=407716;WS=407698;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,29:0.51:57
chr11	409385	rs6421976	C	G	591.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-1.955;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.112;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=20;PP=440;ReadPosRankSum=-0.199;SC=TGGATGGGCACAGCTGGGAGC;SOR=2.468;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=43;TCF=4;TCR=39;TR=21;WE=409393;WS=409375;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,22:0.50:44
chr11	409720	rs6598024	T	G	2279.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.199;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=31;PP=1182;ReadPosRankSum=0.321;SC=AAGGGCCCAGTGGGAGGGGTG;SOR=0.678;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=150;TCF=87;TCR=63;TR=75;WE=409728;WS=409710;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:112,111:0.50:223
chr11	419557	rs186034538	G	A	2977.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-1.409;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=285;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.056;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=33;PP=1360;ReadPosRankSum=0.445;SC=TCTCCCAGGGGTCTCCAGACA;SOR=0.830;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=177;TCF=108;TCR=69;TR=91;WE=419565;WS=419547;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:126,143:0.53:269
chr11	428489	rs10794324	T	C	4062.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.672;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=483;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.454;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=67;PP=1501;ReadPosRankSum=3.199;SC=GTCATGATGATGATGGTCACA;SOR=0.621;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=274;TCF=141;TCR=133;TR=127;WE=428497;WS=428479;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:257,216:0.46:473
chr11	430024	rs138832470	G	A	694.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.969;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.966;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=13;PP=476;ReadPosRankSum=-1.032;SC=CCCCCGCTTCGGGTGGATGCA;SOR=0.495;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=54;TCF=31;TCR=23;TR=28;WE=430032;WS=430014;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,31:0.48:64
chr11	431577	.	T	A	122	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;FR=0.5000;HP=4;HapScore=2;MGOF=33;MMLQ=24;MQ=49.88;NF=8;NR=0;PP=122;QD=19.5964015684;SC=GTGTGGGGGCTCCCGCGGGTA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=14;TCR=2;TR=8;WE=431585;WS=431573;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:8,8:0.50:16
chr11	431622	.	C	T	237	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;FR=0.5000;HP=4;HapScore=2;MGOF=20;MMLQ=22;MQ=58.49;NF=17;NR=7;PP=237;QD=11.3238005228;SC=GGGGCGTCCGCGGGTATCTGG;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=53;TCF=39;TCR=14;TR=24;WE=431630;WS=431612;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:29,24:0.45:53
chr11	433387	rs7395065	A	G	13414.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=504;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=129;NR=130;PP=2965;SC=TCCAGGAGGAAAGTGCGGTAC;SOR=0.709;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=259;TCF=129;TCR=130;TR=259;WE=433395;WS=433377;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,502:1.00:502
chr11	460046	rs192603446	C	T	622.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=1.059;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=9;PP=450;ReadPosRankSum=0.625;SC=GCTAGGGACTCGCAGCCAGTT;SOR=0.804;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=49;TCF=34;TCR=15;TR=29;WE=460054;WS=460036;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,28:0.52:54
chr11	460101	rs148326945	G	A	1285.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=2.087;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=18;PP=718;ReadPosRankSum=0.926;SC=TCTCCTTGACGTAGAGAGGAT;SOR=0.693;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=89;TCF=54;TCR=35;TR=45;WE=460109;WS=460091;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,62:0.50:124
chr11	460303	rs11821341	T	C	4297.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=43;NR=79;PP=1938;SC=GCTGCCCTCTTGTCCTGCCTT;SOR=1.270;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=123;TCF=43;TCR=80;TR=122;WE=460311;WS=460293;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,167:1.00:167
chr11	486826	rs55653405	C	T	1931.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=58.14;QD=43.90;SOR=0.990;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr11	486835	rs55976759	G	A	2336.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=58.26;QD=49.72;SOR=1.132;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr11	486843	rs56352613	A	G	2497.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=58.46;QD=47.13;SOR=1.077;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr11	486855	rs55961417	T	A	1013.28	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=0.889;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.169;HP=11;HapScore=3;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.179;NF=28;NR=15;PP=433;ReadPosRankSum=1.140;SC=CTCAAAAAAATAAAATAAATA;SOR=0.986;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=47;TCF=30;TCR=17;TR=43;WE=486863;WS=486816;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,51:0.85:60
chr11	487101	rs61876332	C	T	2954.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=34;NR=52;PP=1628;SC=CTGAGGCGAGCCCCTCCCCAG;SOR=1.168;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=86;TCF=34;TCR=52;TR=86;WE=487109;WS=487091;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr11	487136	rs61876333	G	A	862.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-3.761;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.765;HP=3;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=24;PP=549;ReadPosRankSum=-1.413;SC=CGGACCAGGCGCCATCCACGC;SOR=0.248;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=59;TCF=17;TCR=42;TR=36;WE=487144;WS=487126;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,38:0.60:63
chr11	489537	rs61876336	C	T	15428.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=595;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=207;NR=172;PP=2965;SC=TGCCTCGCGACGGCGCGGCGG;SOR=0.854;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=380;TCF=208;TCR=172;TR=379;WE=489557;WS=489527;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,586:1.00:586
chr11	490035	rs61742833	C	T	10290.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.62;BaseQRankSum=-0.284;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=401;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=80;NR=113;PP=2965;ReadPosRankSum=0.527;SC=TCCGTCCTGGCGCTCACCTGG;SOR=0.475;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=196;TCF=81;TCR=115;TR=193;WE=490043;WS=490025;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,395:0.99:398
chr11	494662	rs10540	G	A	2667.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=48;NR=26;PP=1430;SC=GAGGCCGGTCGTCCAGGGAGA;SOR=1.284;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=74;TCF=48;TCR=26;TR=74;WE=494670;WS=494652;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr11	494873	rs144130620	G	A	1890.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.011;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=56;PP=1356;ReadPosRankSum=-0.703;SC=CGCCCAGCGCGTGCACATACA;SOR=0.673;SbPval=0.95;Source=Platypus;TC=197;TCF=81;TCR=116;TR=78;WE=494881;WS=494863;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:118,113:0.49:231
chr11	494942	rs7983	G	C	5907.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.928;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=92;PP=2472;ReadPosRankSum=-0.678;SC=GCAGGATGCCGGCGTCCCCCA;SOR=1.299;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=133;TCF=41;TCR=92;TR=133;WE=494950;WS=494932;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,227:0.99:229
chr11	495057	rs67912009	G	T	1986.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=21;NR=32;PP=1010;SC=GGCCAACCTGGGTGAAGCAGG;SOR=0.984;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=54;TCF=21;TCR=33;TR=53;WE=495065;WS=495047;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr11	495103	rs11246165	A	G	880.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=22;PP=699;SC=CTGGCACCGCACTGACCGGCA;SOR=1.609;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=9;TCR=22;TR=31;WE=495111;WS=495093;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr11	498442	rs35811812	G	A	7938.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=2.018;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=298;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.034;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=147;NR=76;PP=2965;ReadPosRankSum=0.369;SC=GCCCTGCCCCGACAGCCACAC;SOR=1.386;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=223;TCF=147;TCR=76;TR=223;WE=498450;WS=498432;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,293:0.99:297
chr11	498976	rs35608427	T	C	11652.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-1.707;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=509;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=158;NR=253;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.237;SC=GGACCCCCCCTAGCCCACACC;SOR=0.229;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=420;TCF=162;TCR=258;TR=411;WE=498984;WS=498965;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:8,454:0.98:462
chr11	499288	rs71278581	T	TCTC	2020.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=13;NR=23;PP=1960;SC=CCCTCAGTCTTCTGCCTGGGC;SOR=1.414;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=40;TCF=13;TCR=27;TR=36;WE=499296;WS=499278;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr11	500867	rs137907843	G	A	528.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.434;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-1.315;NF=6;NR=13;PP=239;ReadPosRankSum=1.221;SC=GGTGGCTCACGCCTGTAATCC;SOR=0.541;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=37;TCF=11;TCR=26;TR=19;WE=500875;WS=500857;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,26:0.53:49
chr11	502013	rs7930593	G	A	3358.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=59;NR=32;PP=1752;SC=GCCGCCACCCGCCAGCCTGCC;SOR=1.262;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=92;TCF=59;TCR=33;TR=91;WE=502021;WS=502003;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr11	502129	rs71462090	ACTGGATGTCCAGGCT	A	8573.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=13;NR=65;PP=2965;SC=AGCTCCTCACACTGGATGTCC;SOR=0.757;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=88;TCF=14;TCR=74;TR=78;WE=502151;WS=502119;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,192:1.00:192
chr11	502217	rs7944548	C	T	4447.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=159;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=48;NR=62;PP=2009;SC=ACGTCTTGGCCGAATCCCCTC;SOR=0.902;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=110;TCF=48;TCR=62;TR=110;WE=502225;WS=502207;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,166:1.00:166
chr11	533309	.	G	T	311.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.364;ClippingRankSum=0.000;DP=104;ExcessHet=3.0103;FS=0.937;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.00;ReadPosRankSum=0.069;SOR=0.551;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:81,23:0.22:104
chr11	534242	rs12628	A	G	5185.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.068;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=540;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.100;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=74;NR=68;PP=2099;ReadPosRankSum=2.075;SC=CGTCCACAAAATGGTTCTGGA;SOR=0.668;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=313;TCF=155;TCR=158;TR=142;WE=534250;WS=534232;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:277,260:0.48:537
chr11	534409	.	GCCCAGC	G	775.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=0.911;ClippingRankSum=0.000;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.430;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.262;NF=0;NR=19;PP=897;ReadPosRankSum=-0.814;SC=CCAGGCCCAGGCCCAGCCCCA;SOR=1.402;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=47;TCF=0;TCR=47;TR=19;WE=534422;WS=534399;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,22:0.40:55
chr11	549959	rs7942030	C	T	2884.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.104;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=255;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.638;HP=1;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=33;PP=1345;ReadPosRankSum=0.148;SC=GCTGTGGCCTCGCTGACCTGG;SOR=0.372;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=224;TCF=132;TCR=92;TR=93;WE=549967;WS=549949;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:124,131:0.51:255
chr11	550028	rs11246180	C	G	8742.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=328;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.74;SOR=1.955;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,327:1.00:327
chr11	550192	rs61736743	C	A	2986.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-2.193;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=318;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.374;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=59;PP=1525;ReadPosRankSum=-0.260;SC=GCGCTACTTGCAGCTGTGCCC;SOR=0.598;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=215;TCF=87;TCR=128;TR=100;WE=550200;WS=550182;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:162,144:0.47:306
chr11	551161	rs138291757	G	A	1800.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=1.056;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=28;PP=959;ReadPosRankSum=0.324;SC=CAGGGCAGAGGTGAGGAAGCT;SOR=0.701;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=137;TCF=69;TCR=68;TR=49;WE=551169;WS=551151;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:130,93:0.42:223
chr11	551405	rs7396875	G	A	4858.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=-0.198;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=438;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.791;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=83;PP=2209;ReadPosRankSum=1.665;SC=CATCTCATGCGCTTCTCCAGC;SOR=0.855;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=248;TCF=107;TCR=141;TR=141;WE=551413;WS=551395;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:188,239:0.56:427
chr11	551753	rs4963198	G	A	19387.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=768;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=236;NR=238;PP=2965;SC=CTGCTGGTCCGTGGGGGCCCC;SOR=0.707;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=477;TCF=238;TCR=239;TR=474;WE=551761;WS=551743;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,749:1.00:749
chr11	551881	rs12272001	C	T	6700.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.446;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=670;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.520;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=114;NR=101;PP=2962;ReadPosRankSum=0.601;SC=CGAACCAGGCCCAGCCATGCT;SOR=0.749;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=455;TCF=236;TCR=219;TR=215;WE=551889;WS=551871;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:346,310:0.47:656
chr11	552547	rs3740652	T	C	853.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=20;NR=5;PP=536;SC=GGCTGGAGCTTCTCCTCCTCT;SOR=2.019;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=20;TCR=5;TR=25;WE=552555;WS=552537;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr11	552756	rs12361381	T	C	10122.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=295;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=78;NR=78;PP=2962;SC=AACACCCCACTTCTATAGGGG;SOR=0.721;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=157;TCF=78;TCR=79;TR=156;WE=552776;WS=552746;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,292:1.00:292
chr11	552768	rs145766891	G	A	4758.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-0.660;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=269;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=45;PP=1131;ReadPosRankSum=0.371;SC=CTATAGGGGGGCCCTTACCCC;SOR=0.706;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=151;TCF=70;TCR=81;TR=85;WE=552776;WS=552746;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:132,135:0.51:267
chr11	552787	rs12361383	T	C	9879.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.70;SOR=0.900;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,221:1.00:221
chr11	552787	.	TG	CC,CG	1000	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.52;FR=0.5000,0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=35;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=24,56;NR=29,70;PP=790,1000;QD=15.9144882049;SC=CCAGATCAGATGTGTCAACCT;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=128;TCF=56;TCR=72;TR=53,126;WE=552796;WS=552777;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.41:128
chr11	552788	rs11246182	G	C	4012.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.517;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.24;ReadPosRankSum=-0.282;SOR=0.671;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:114,106:0.48:220
chr11	552875	rs28575794	A	G	1330.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=45;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=32;PP=998;SC=GCTCACGACCAAGGGAGGCCC;SOR=2.833;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=6;TCR=32;TR=38;WE=552883;WS=552865;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr11	553866	rs12792519	G	A	1979.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.052;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=12;PP=1354;ReadPosRankSum=-0.025;SC=CCACTGCCTCGGGGCTGCAGG;SOR=1.312;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=62;TCF=50;TCR=12;TR=61;WE=553874;WS=553856;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,71:0.99:72
chr11	554003	rs138194233	T	G	3969.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=-0.920;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=413;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=46;PP=1360;ReadPosRankSum=0.013;SC=TCCCTTCACCTCCCAAGCACC;SOR=0.674;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=196;TCF=100;TCR=96;TR=92;WE=554011;WS=553993;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:207,205:0.50:412
chr11	554166	rs10902170	C	G	5780.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=70;NR=62;PP=2896;SC=GGTGGCCTCACGCCTGAGCCC;SOR=0.783;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=132;TCF=70;TCR=62;TR=132;WE=554174;WS=554156;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,207:1.00:207
chr11	554214	rs10902171	G	C	3534.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=0.002;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=369;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.782;HP=2;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=45;PP=1656;ReadPosRankSum=1.651;SC=GCCAGCACCAGATGCAGCAGC;SOR=0.739;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=203;TCF=112;TCR=91;TR=101;WE=554222;WS=554204;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:195,174:0.47:369
chr11	554299	rs10902172	C	G	11466.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.61;DB;DP=437;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=101;NR=112;PP=2965;SC=TGCCAGGCTTCCCTGTGCTGG;SOR=0.764;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=213;TCF=101;TCR=112;TR=213;WE=554307;WS=554289;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,437:1.00:437
chr11	554389	rs11246183	G	A	1010.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-4.985;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=30;PP=656;ReadPosRankSum=-0.903;SC=GGAGTGCCTGGCCCTGGGGAG;SOR=0.665;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=76;TCF=17;TCR=59;TR=39;WE=554397;WS=554379;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,45:0.52:87
chr11	554968	rs12280283	A	G	1229.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=0.330;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=15;PP=524;ReadPosRankSum=-1.179;SC=TCCCGGCCCCACTCCTCCGCC;SOR=0.695;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=93;TCF=57;TCR=36;TR=39;WE=554976;WS=554958;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,67:0.45:150
chr11	555130	rs200292905	G	C	528.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.68;BaseQRankSum=1.403;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.137;HP=1;HapScore=2;MGOF=52;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=12;PP=664;ReadPosRankSum=2.038;SC=CGCGGGGGCTGAGAGGCGCGC;SOR=0.407;SbPval=0.12;Source=Platypus;TC=47;TCF=17;TCR=30;TR=25;WE=555138;WS=555120;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,26:0.40:65
chr11	555162	.	G	GGGAGGGGAGCGGCGA	168.74	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.674;ClippingRankSum=-0.000;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=28.12;ReadPosRankSum=0.674;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,5:0.83:6
chr11	555182	.	G	GGGAGGGGCGGGGAGGAGAGC	132	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=66.00;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr11	555223	rs55731724	AC	A	325.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=39;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=1;PP=903;SC=GGACGAGGAGACAGAGGGGAG;SOR=4.615;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=15;TCF=14;TCR=1;TR=13;WE=555239;WS=555213;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr11	555317	rs143504198	T	C	1360.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.882;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FS=5.802;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.53;ReadPosRankSum=-0.832;SOR=0.850;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:49,69:0.58:118
chr11	555835	rs181920428	A	C	658.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.594;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.874;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=9;PP=220;ReadPosRankSum=-1.821;SC=GCCCGGCCTCAGGGAGCGGGA;SOR=0.869;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=50;TCF=27;TCR=23;TR=22;WE=555843;WS=555825;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,35:0.47:75
chr11	555999	rs200729988	G	A	1844.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-0.071;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=22;PP=641;ReadPosRankSum=-1.619;SC=CACCGACCTCGCCCTTGGGGC;SOR=0.679;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=76;TCF=40;TCR=36;TR=46;WE=556007;WS=555989;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,89:0.63:142
chr11	556121	rs936467	G	A	1249.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=19;NR=18;PP=747;SC=CAGACCTGGAGGGGCGTGGAG;SOR=0.780;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=38;TCF=19;TCR=19;TR=37;WE=556129;WS=556111;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr11	556405	rs146478052	T	A	2614.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.702;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=261;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.715;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=41;PP=1196;ReadPosRankSum=-1.415;SC=TGTGAGGAGATGCGGCCGGTC;SOR=0.780;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=172;TCF=85;TCR=87;TR=84;WE=556413;WS=556395;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:127,132:0.51:259
chr11	556457	rs28407128	T	C	2638.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=2.687;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.277;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=39;PP=1420;ReadPosRankSum=-1.030;SC=CCAGCTCCAGTCCGGCGCCGG;SOR=0.575;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=158;TCF=74;TCR=84;TR=77;WE=556465;WS=556447;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:106,117:0.52:223
chr11	556521	rs28406183	C	G	6503.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=248;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=79;NR=77;PP=2965;SC=TCCAGTGGTCCGGGTCTGTGC;SOR=0.701;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=156;TCF=79;TCR=77;TR=156;WE=556529;WS=556511;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,245:1.00:245
chr11	556785	rs11246185	G	C	1453.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.098;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=14.099;HP=4;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=36;PP=674;ReadPosRankSum=0.746;SC=CAGCTCTGAGGGGGTGGAGGG;SOR=0.726;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=121;TCF=55;TCR=66;TR=62;WE=556793;WS=556775;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,80:0.51:156
chr11	556857	rs7938269	G	C	4296.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=49;NR=55;PP=2084;SC=TGCTGTAGCTGCCGGCCTGCA;SOR=0.718;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=105;TCF=49;TCR=56;TR=104;WE=556865;WS=556847;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,160:1.00:160
chr11	557342	rs936466	T	C	4788.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=68;NR=40;PP=2230;SC=GCGTCTTCACTTGCCAAGGTG;SOR=1.127;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=108;TCF=68;TCR=40;TR=108;WE=557350;WS=557332;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,174:1.00:174
chr11	557540	rs11825368	A	G	3132.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.237;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=317;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.857;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=44;PP=1517;ReadPosRankSum=1.275;SC=GGCTCCAGATACCAGACCACA;SOR=0.793;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=206;TCF=108;TCR=98;TR=99;WE=557548;WS=557530;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:165,150:0.48:315
chr11	557989	rs7129811	C	T	2840.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=0.145;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.672;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=24;PP=1216;ReadPosRankSum=0.870;SC=CCTCCATCTCCTGGAGCGTGC;SOR=0.838;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=130;TCF=85;TCR=45;TR=75;WE=557997;WS=557979;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:97,129:0.57:226
chr11	558884	rs2061586	C	T	7611.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=303;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=111;NR=97;PP=2965;SC=ACCACCGGTGCGGGGTGGGGC;SOR=0.791;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=209;TCF=112;TCR=97;TR=208;WE=558892;WS=558874;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,298:1.00:298
chr11	559016	rs3943356	C	T	10434.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=407;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.76;SOR=0.738;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,405:1.00:405
chr11	559126	rs139210903	C	T	1532.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-1.616;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.006;HP=2;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=44;PP=1216;ReadPosRankSum=1.382;SC=TTGGAGCAGCCCAGGCGTCAC;SOR=1.130;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=102;TCF=27;TCR=75;TR=59;WE=559134;WS=559116;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,59:0.54:110
chr11	560801	rs71462097	C	CG	716.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=19;PP=458;SC=CCTGTAGTCTCGGGGGGGGCG;SOR=1.981;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=30;TCF=1;TCR=29;TR=20;WE=560809;WS=560791;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr11	568211	rs7395206	G	A	702.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=15;PP=454;SC=GCGGGCGGAGGGATTGACCCC;SOR=2.066;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=22;TCF=7;TCR=15;TR=21;WE=568219;WS=568201;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr11	606656	rs936470	G	C	4295.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=38;NR=73;PP=2260;SC=CAGGCTGTTCGCAAGCACTCA;SOR=1.230;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=111;TCF=38;TCR=73;TR=111;WE=606664;WS=606646;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,159:1.00:159
chr11	610277	rs11246212	T	C	8592.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=335;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=82;NR=123;PP=2965;SC=GTCAGGCAGGTGTTCTCCGAG;SOR=1.010;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=205;TCF=82;TCR=123;TR=205;WE=610285;WS=610267;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,330:1.00:330
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chr11	616970	rs1610161	A	T	2757.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=24;NR=52;PP=1568;SC=GAGGTCTGAGATGAGCCGGGT;SOR=1.431;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=76;TCF=24;TCR=52;TR=76;WE=616978;WS=616960;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr11	617537	rs2740380	C	T	10409.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=-1.424;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=403;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=85;NR=122;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.943;SC=ACCCGCCCTCCGGCCGCCGCT;SOR=0.314;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=211;TCF=85;TCR=126;TR=207;WE=617545;WS=617527;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,399:1.00:400
chr11	617967	rs2740379	C	G	6847.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=143;NR=39;PP=2965;SC=AGCTTTGCCACAGCAGCACTT;SOR=2.139;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=182;TCF=143;TCR=39;TR=182;WE=617975;WS=617957;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,226:1.00:226
chr11	618172	rs6598008	A	G	12697.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.461;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=496;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=120;NR=202;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.442;SC=GGCATTTCCCATGCCAACCTG;SOR=0.650;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=326;TCF=121;TCR=205;TR=322;WE=618180;WS=618155;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,485:0.99:488
chr11	618998	rs2740375	G	A	5171.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.751;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.092;HP=6;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.029;NF=71;NR=75;PP=2564;ReadPosRankSum=0.243;SC=GCACCCGGGGGCCCCCCGGGT;SOR=0.422;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=148;TCF=72;TCR=76;TR=146;WE=619006;WS=618983;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,204:0.99:207
chr11	619789	rs2246614	T	G	6024.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=0.954;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=75;PP=2877;ReadPosRankSum=-0.899;SC=CACGATACAGTCTCTGGGGGA;SOR=0.992;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=124;TCF=48;TCR=76;TR=123;WE=619797;WS=619779;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,219:0.99:221
chr11	636496	rs936461	A	G	1764.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=32;NR=19;PP=1157;SC=AGCCGAACCTACTGTCCGGTC;SOR=1.197;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=51;TCF=32;TCR=19;TR=51;WE=636504;WS=636486;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr11	636689	rs747302	G	C	468.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=1.994;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=0.924;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.43;MQRankSum=0.000;QD=6.33;ReadPosRankSum=-1.756;SOR=0.569;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:49,25:0.34:74
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chr11	636701	rs3842250	CG	C	1928.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-1.234;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.52;MQRankSum=0.323;QD=34.44;ReadPosRankSum=-1.606;SOR=0.569;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,55:0.98:56
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chr11	636784	rs1800955	T	C	514.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=34;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=8;NR=24;PP=527;SC=GCGTGGAGGGTGCGCACGAGG;SOR=0.784;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=33;TCF=8;TCR=25;TR=32;WE=636792;WS=636774;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr11	639374	rs28540443	C	G	3771.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.939;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=5.254;HP=8;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=116;NR=27;PP=2423;ReadPosRankSum=-0.977;SC=AGAGTGGGGGCGGGTCACAAG;SOR=1.648;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=154;TCF=124;TCR=30;TR=143;WE=639382;WS=639362;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:13,156:0.92:169
chr11	640056	.	TCCCCGGGGTCCCTGCGGCCCCGACTGTGCGCCCGCCGCGCCCAGCCTC	T	614.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.291;ClippingRankSum=0.000;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.64;MQRankSum=0.000;QD=11.60;ReadPosRankSum=-0.943;SOR=0.646;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,19:0.36:53
chr11	640119	rs762502	C	T	1841.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.64;QD=31.22;SOR=0.871;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr11	644614	rs34114147	G	C	1263.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.009;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=25;PP=592;ReadPosRankSum=0.923;SC=GACGGTGACAGCTGCTGACTG;SOR=0.678;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=118;TCF=51;TCR=67;TR=44;WE=644622;WS=644604;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:119,70:0.37:189
chr11	654091	rs7112962	G	A	862.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.609;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FS=2.860;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.80;ReadPosRankSum=0.294;SOR=0.441;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:43,45:0.51:88
chr11	674454	rs11246258	G	T	730.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.349;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.82;ReadPosRankSum=0.167;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,19:0.46:41
chr11	674458	rs6597997	G	A	786.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.340;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.48;ReadPosRankSum=-0.455;SOR=0.641;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,22:0.49:45
chr11	674499	rs6597996	G	A	999.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.167;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.700;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=6;PP=476;ReadPosRankSum=-0.871;SC=GGGGTTACTCGGCACAGGTCG;SOR=0.313;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=62;TCF=49;TCR=13;TR=28;WE=674507;WS=674489;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,46:0.53:87
chr11	678561	rs10902190	C	T	1086.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=3.940;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.211;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=6;PP=729;ReadPosRankSum=2.483;SC=CACACTTTACCAGCCACTGAT;SOR=1.156;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=95;TCF=76;TCR=19;TR=42;WE=678569;WS=678551;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,46:0.43:107
chr11	679915	rs28392994	G	A	849.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-3.059;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQ=60.14;MQRankSum=0.974;NF=8;NR=28;PP=559;ReadPosRankSum=-1.164;SC=GGGGGCCTGGGCTGAAGGGCG;SOR=0.570;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=70;TCF=15;TCR=55;TR=36;WE=679923;WS=679905;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,39:0.53:74
chr11	680866	rs7483337	A	G	483.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.872;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=6;PP=283;ReadPosRankSum=-0.189;SC=TGTGCTTTAGAAGTGAGAATC;SOR=0.536;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=40;TCF=28;TCR=12;TR=18;WE=680874;WS=680856;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,23:0.47:49
chr11	685082	.	C	CT	164.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.002;ClippingRankSum=0.000;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=6.029;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.88;ReadPosRankSum=-0.683;SOR=0.157;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,17:0.61:28
chr11	686714	rs10794330	G	A	67.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=1.797;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=1;PP=62;ReadPosRankSum=-0.553;SC=TAAATCACTCGCCCAAGGCCA;SOR=0.307;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=25;TCF=23;TCR=2;TR=7;WE=686722;WS=686704;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,6:0.21:28
chr11	688091	rs12277188	C	T	1239.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.262;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.596;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=29;PP=639;ReadPosRankSum=0.004;SC=GGTGAGAGGCCGGACACCGGG;SOR=0.935;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=84;TCF=28;TCR=56;TR=40;WE=688099;WS=688081;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,57:0.52:109
chr11	691636	rs11246268	G	A	3493.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.898;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=416;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=74;PP=1735;ReadPosRankSum=0.256;SC=AGCAACAAAAGCCAGAATGGA;SOR=0.679;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=269;TCF=113;TCR=156;TR=126;WE=691644;WS=691626;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:223,181:0.45:404
chr11	698807	rs4963166	C	T	3171.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.291;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=274;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.448;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=46;PP=1516;ReadPosRankSum=-0.095;SC=CAGTGTGGAGCGAGACCCGGG;SOR=0.607;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=180;TCF=101;TCR=79;TR=103;WE=698815;WS=698797;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:122,152:0.55:274
chr11	700247	rs7482162	A	C	1772.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.990;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.531;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=38;PP=957;ReadPosRankSum=-0.966;SC=TAAGTCAGGGACGGGCACAGT;SOR=0.773;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=128;TCF=48;TCR=80;TR=59;WE=700255;WS=700237;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:108,89:0.45:197
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chr11	704753	rs7941896	G	A	3174.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=23;NR=72;PP=1999;SC=GGCCCGAGAGGCCAGCCTGGA;SOR=1.870;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=95;TCF=23;TCR=72;TR=95;WE=704761;WS=704743;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr11	709680	rs11605783	T	C	1397.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.211;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.203;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=36;PP=834;ReadPosRankSum=0.130;SC=GGGGGACAGCTGCTCCTGCCC;SOR=0.927;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=109;TCF=35;TCR=74;TR=52;WE=709688;WS=709670;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,70:0.48:147
chr11	710558	rs7395822	G	A	2884.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.482;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.42;ReadPosRankSum=-0.152;SOR=0.700;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:117,83:0.41:200
chr11	710567	rs7396652	A	C	2723.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.278;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.61;ReadPosRankSum=-1.904;SOR=0.705;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:92,72:0.44:164
chr11	720197	rs3087546	C	T	2846.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-1.524;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=249;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.642;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=61;PP=1366;ReadPosRankSum=-0.692;SC=CGACCAGTCGCTGCGGCTGCT;SOR=0.923;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=163;TCF=55;TCR=108;TR=87;WE=720205;WS=720187;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:112,133:0.54:245
chr11	720958	.	C	CCCGGCAGGGGAGGGGAGGAG	333.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.505;ClippingRankSum=0.000;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.54;ReadPosRankSum=-0.890;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,6:0.33:18
chr11	720978	rs5789193	G	GC	855.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.344;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.606;HP=2;HapScore=4;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=16;PP=1812;ReadPosRankSum=-0.039;SC=GAGGGGAGGAGCCGGCAGGGG;SOR=0.262;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=48;TCF=19;TCR=29;TR=29;WE=721013;WS=720968;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,21:0.42:50
chr11	721005	.	A	AG	1323.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.237;ClippingRankSum=0.000;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.163;HP=3;HapScore=4;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=28;PP=1852;ReadPosRankSum=-1.922;SC=GGAGCCCGGCAGGGAGGGAGG;SOR=0.404;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=64;TCF=18;TCR=46;TR=40;WE=721013;WS=720968;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,42:0.53:79
chr11	721570	rs7635	C	T	9489.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-2.716;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=893;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.522;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=135;NR=137;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.110;SC=CCCAGCAAATCCTCAACTGCG;SOR=0.642;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=500;TCF=255;TCR=245;TR=272;WE=721578;WS=721560;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:421,466:0.53:887
chr11	723429	rs4078520	C	T	1415.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=2.904;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.633;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=32;PP=685;ReadPosRankSum=-1.243;SC=CATATGGGTACGCTGCCACCA;SOR=0.915;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=115;TCF=40;TCR=75;TR=45;WE=723437;WS=723419;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:119,73:0.38:192
chr11	725877	rs66512023	G	GC	346.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-1.272;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.922;HP=5;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=4;PP=236;ReadPosRankSum=1.114;SC=TGGGGTCGCAGCCCCCAGCTT;SOR=1.329;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=16;TCF=9;TCR=7;TR=8;WE=725885;WS=725867;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,14:0.70:20
chr11	726178	rs28498399	G	C	16089.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=597;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=186;NR=153;PP=2965;SC=ACGGTGAGAGGTGCTGCTTCG;SOR=0.845;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=343;TCF=188;TCR=155;TR=339;WE=726186;WS=726168;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,590:1.00:590
chr11	763299	.	TCCCCGCCCTCACCTG	T	827	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;FR=0.5000;HP=4;HapScore=1;MGOF=7;MMLQ=18;MQ=58.99;NF=9;NR=4;PP=827;QD=66.2307692308;SC=CCCTCACCTGTCCCCGCCCTC;SbPval=0.22;Source=Platypus;TC=38;TCF=31;TCR=7;TR=13;WE=763321;WS=763289;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:25,13:0.34:38
chr11	771034	rs7930569	A	G	2260.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.658;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=247;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.991;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=42;PP=1230;ReadPosRankSum=1.194;SC=CGGCCGGGACAGTGGAGCTGG;SOR=0.609;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=175;TCF=93;TCR=82;TR=86;WE=771042;WS=771024;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:127,113:0.47:240
chr11	772490	rs12224894	G	A	7461.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=0.779;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=714;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.522;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=89;NR=116;PP=2962;ReadPosRankSum=0.317;SC=AGCACAGGGCGGCGACACCGT;SOR=0.773;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=377;TCF=169;TCR=208;TR=205;WE=772498;WS=772480;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:344,367:0.52:711
chr11	774982	rs7952095	C	A	846.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.530;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.051;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=11;PP=612;ReadPosRankSum=0.690;SC=CCTCCCAGGCCGCGGCGGCAG;SOR=1.094;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=65;TCF=43;TCR=22;TR=35;WE=774990;WS=774972;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,38:0.46:83
chr11	775275	rs7942564	A	G	722.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-4.192;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=15.559;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=22;PP=494;ReadPosRankSum=-2.662;SC=TACACCCAAGAACGACTACTT;SOR=0.057;SbPval=0.17;Source=Platypus;TC=57;TCF=10;TCR=47;TR=30;WE=775283;WS=775265;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,33:0.54:61
chr11	799670	rs28649421	G	C	748.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=2.879;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.095;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=15;PP=482;ReadPosRankSum=-0.742;SC=CTGGGGCCAGGTGCGGCCAGA;SOR=0.474;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=51;TCF=16;TCR=35;TR=23;WE=799678;WS=799660;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,29:0.51:57
chr11	800485	rs7121646	TC	AT	11382.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.876;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=571;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.520;HP=2;HapScore=2;JOINED;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=109;NR=89;PP=2944;ReadPosRankSum=2.104;SC=CAAGGAGGGCTCGGGGAGGAC;SOR=0.639;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=393;TCF=213;TCR=180;TR=198;WE=800494;WS=800475;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:269,293:0.52:562
chr11	801631	rs55974235	T	TG	2527.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.800;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.368;NF=7;NR=45;PP=1697;ReadPosRankSum=0.347;SC=GCCGCTGGGATGGGGGAGAGA;SOR=0.665;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=107;TCF=13;TCR=94;TR=52;WE=801639;WS=801621;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:93,101:0.52:194
chr11	801776	rs7479183	T	G	381.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.258;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FS=17.234;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.49;MQRankSum=0.536;QD=4.20;ReadPosRankSum=1.930;SOR=2.643;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:72,19:0.21:91
chr11	802115	rs7479101	A	G	4128.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.167;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=452;ExcessHet=3.0103;FS=0.523;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.18;ReadPosRankSum=-0.659;SOR=0.631;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:242,208:0.46:450
chr11	802125	rs28498421	T	C	14476.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=418;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=34.72;SOR=0.909;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,417:1.00:417
chr11	802379	rs10902221	T	C	758.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=0.296;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=13;PP=372;ReadPosRankSum=-0.530;SC=TGAGCAGCCTTGAGGGGTCAC;SOR=0.693;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=48;TCF=24;TCR=24;TR=26;WE=802387;WS=802369;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,36:0.55:66
chr11	802902	rs28360884	T	G	241.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-2.745;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.906;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=7;PP=86;ReadPosRankSum=-0.330;SC=CTGCGGGCAGTTGCTGGCTTA;SOR=0.330;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=21;TCF=3;TCR=18;TR=8;WE=802910;WS=802892;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,12:0.48:25
chr11	804212	rs7104785	C	A	3271.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.187;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=324;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.843;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=49;PP=1439;ReadPosRankSum=-0.475;SC=GCAGCAGCTGCAGAGGCTGCT;SOR=0.732;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=190;TCF=94;TCR=96;TR=95;WE=804220;WS=804202;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:161,160:0.50:321
chr11	822622	rs7942159	A	G	3963.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=22;NR=88;PP=2511;SC=CTCTGCTCCGAGGACTGTGGC;SOR=2.584;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=110;TCF=22;TCR=88;TR=110;WE=822630;WS=822612;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,133:1.00:133
chr11	823809	rs1135628	C	G	3110.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.132;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=307;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.039;HP=2;HapScore=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=74;PP=1966;ReadPosRankSum=-0.085;SC=CGCAGCTGCCCGGAGAAGATC;SOR=0.580;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=225;TCF=72;TCR=153;TR=109;WE=823817;WS=823799;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:151,154:0.50:305
chr11	824789	rs1138693	T	C	5885.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.832;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=519;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.108;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=107;NR=91;PP=2746;ReadPosRankSum=-2.065;SC=CAGCACCAGCTGGCCGGGCCT;SOR=0.584;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=354;TCF=197;TCR=157;TR=198;WE=824797;WS=824779;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:233,278:0.54:511
chr11	824987	rs66460720	CTGCA	C	6607.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.378;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=363;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.844;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=70;PP=2971;ReadPosRankSum=0.059;SC=CACTCACCAGCTGCATGCACT;SOR=0.597;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=161;TCF=13;TCR=148;TR=78;WE=824998;WS=824977;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:160,170:0.52:330
chr11	825110	rs1138714	A	G	590.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-4.576;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=22;PP=480;ReadPosRankSum=0.493;SC=TTTACTCCTGAGAACTTTGCA;SOR=1.022;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=38;TCF=1;TCR=37;TR=23;WE=825118;WS=825100;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,23:0.57:40
chr11	828784	rs28507876	A	G	9670.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=377;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=147;NR=106;PP=2965;SC=TGAGTCCCCCACCCCAAGAGA;SOR=0.953;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=253;TCF=147;TCR=106;TR=253;WE=828792;WS=828774;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,369:1.00:369
chr11	828916	rs7126805	G	A	15173.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.837;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=573;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=222;NR=186;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.074;SC=AGTCTGGACCGGGCTCACACT;SOR=0.470;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=412;TCF=225;TCR=187;TR=408;WE=828924;WS=828906;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,558:0.99:561
chr11	829539	rs28558789	A	G	2029.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=46;PP=1382;SC=GGTCCTGGGCAAGTGAGTCGG;SOR=1.965;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=60;TCF=14;TCR=46;TR=60;WE=829547;WS=829529;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr11	830487	rs4075290	C	T	28672.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.61;DB;DP=1089;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=254;NR=299;PP=2965;SC=CTGGGCCTCACGTATCACCCC;SOR=0.774;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=553;TCF=254;TCR=299;TR=553;WE=830495;WS=830477;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,1080:1.00:1080
chr11	830670	rs4075289	G	T	4742.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=38;NR=82;PP=2567;SC=GAGCTGCAGAGCCGCGAGCAG;SOR=1.352;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=120;TCF=38;TCR=82;TR=120;WE=830678;WS=830660;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,173:1.00:173
chr11	831122	rs7114218	C	T	3915.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=60;NR=40;PP=1997;SC=TCATCCCCATCTCAAGTCCCA;SOR=1.002;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=100;TCF=60;TCR=40;TR=100;WE=831130;WS=831112;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,146:1.00:146
chr11	836008	rs5030778	T	C	2433.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-2.322;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.825;HP=4;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=32;PP=1270;ReadPosRankSum=-2.466;SC=CCTATCCGTCTCCCAGTCAGG;SOR=0.558;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=134;TCF=83;TCR=51;TR=80;WE=836016;WS=835998;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,116:0.60:193
chr11	836023	rs28475448	C	T	6307.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=253;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=91;NR=59;PP=2865;SC=GTCAGGGGCCCGGTGCTGTGG;SOR=1.000;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=152;TCF=92;TCR=60;TR=150;WE=836031;WS=836013;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,236:1.00:236
chr11	836227	rs28434354	A	G	5611.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=247;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=41;NR=109;PP=2965;SC=GGCAGATGCGATGACCTTTGT;SOR=1.586;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=150;TCF=41;TCR=109;TR=150;WE=836235;WS=836217;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,200:1.00:200
chr11	836502	.	G	A	1539.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.956;ClippingRankSum=0.000;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.567;HP=2;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=1.080;NF=24;NR=26;PP=644;ReadPosRankSum=1.321;SC=GGAGGTTGTCGCTGCAGGCTT;SOR=0.641;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=122;TCF=55;TCR=67;TR=50;WE=836510;WS=836492;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:89,78:0.47:167
chr11	836539	rs56063221	TG	T	4532.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=2.611;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.252;NF=24;NR=48;PP=1226;ReadPosRankSum=0.922;SC=TGTGCTCACCTGGGGGGGGGG;SOR=0.450;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=89;TCF=28;TCR=61;TR=72;WE=836548;WS=836528;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,167:0.98:171
chr11	836971	rs28620453	G	C	989.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-2.371;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.113;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=30;PP=522;ReadPosRankSum=0.616;SC=ATGTGCCACTGGGCCCTGGAG;SOR=1.113;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=76;TCF=18;TCR=58;TR=37;WE=836979;WS=836961;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,47:0.55:86
chr11	837121	rs28655651	G	C	1276.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-2.128;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=9;PP=919;ReadPosRankSum=0.053;SC=ATGCCGAGGTGTGACCTCAGC;SOR=0.776;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=97;TCF=78;TCR=19;TR=47;WE=837129;WS=837111;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,51:0.50:103
chr11	837582	rs1130663	G	A	2915.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-2.568;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.700;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=65;PP=1486;ReadPosRankSum=0.989;SC=CTCTTTGTGGGCAGCGAGACC;SOR=0.584;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=170;TCF=55;TCR=115;TR=97;WE=837590;WS=837572;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:94,133:0.59:227
chr11	837662	rs67261431	TG	T	536.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.585;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=16;PP=381;ReadPosRankSum=-2.797;SC=TACGAGGTGGTGGGGGGGCAC;SOR=0.836;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=40;TCF=3;TCR=37;TR=18;WE=837670;WS=837652;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,23:0.49:47
chr11	838110	rs5030780	C	T	6112.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.087;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=588;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.101;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=109;NR=73;PP=2570;ReadPosRankSum=1.793;SC=CGTCTGCTTACGCCCACCCGG;SOR=0.788;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=348;TCF=203;TCR=145;TR=182;WE=838118;WS=838100;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:281,300:0.52:581
chr11	840319	rs3059	C	T	1384.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-3.110;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.285;HP=4;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=14;PP=655;ReadPosRankSum=0.741;SC=GAATTCGGGGCAGGACGCTCA;SOR=0.439;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=99;TCF=73;TCR=26;TR=48;WE=840327;WS=840309;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,67:0.49:136
chr11	840477	rs4895	A	G	3621.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.368;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=385;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.604;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=63;PP=1703;ReadPosRankSum=-0.864;SC=CATCCAGCGCATCCCTGTGTC;SOR=0.465;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=250;TCF=113;TCR=137;TR=126;WE=840485;WS=840467;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:198,184:0.48:382
chr11	840578	rs34627090	AC	A,ACC	3447.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.110;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9,9;NR=58,58;PP=701,733;ReadPosRankSum=2.577;SC=TGCTGGCCTCACCCCCCCCGC;SOR=1.170;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=78;TCF=9;TCR=69;TR=67,67;WE=840586;WS=840568;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.67,0.30:139
chr11	840604	rs28677123	C	G	1717.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-1.196;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.790;HP=3;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=34;PP=834;ReadPosRankSum=-2.402;SC=GCAAGGCGAACAGATTCACCC;SOR=0.493;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=77;TCF=22;TCR=55;TR=45;WE=840612;WS=840594;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,74:0.69:108
chr11	840639	rs28636471	T	A	641.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=3.874;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.023;HP=1;HapScore=2;MGOF=28;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=21;PP=472;ReadPosRankSum=0.360;SC=GATCTAGCAGTATGATCCTGG;SOR=1.279;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=52;TCF=13;TCR=39;TR=25;WE=840647;WS=840629;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,26:0.51:51
chr11	842543	rs28372895	C	G	4216.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.397;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=408;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.92;ReadPosRankSum=1.041;SOR=0.686;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:181,205:0.53:386
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chr11	842630	rs9704020	C	T	1699.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.668;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FS=14.142;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.32;ReadPosRankSum=0.715;SOR=2.690;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:44,44:0.50:88
chr11	842653	rs35249369	C	G	1878.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=42;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=36;PP=1034;SC=ACCGGCCCCGCCACCGCTGGC;SOR=2.880;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=43;TCF=6;TCR=37;TR=42;WE=842661;WS=842643;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr11	849090	rs28402197	C	G	1312.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=26;PP=779;SC=GGTGGGTGCGCGCGACTGCCC;SOR=2.059;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=7;TCR=26;TR=33;WE=849098;WS=849080;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr11	850170	rs28704105	T	G	10325.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=2.040;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=398;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.556;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=201;NR=84;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.853;SC=CGCCGGGGGCTCCTTCTTCGG;SOR=1.313;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=286;TCF=202;TCR=84;TR=285;WE=850178;WS=850160;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,393:1.00:394
chr11	850207	rs138052940	C	T	6646.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-2.211;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=649;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=134;NR=77;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.409;SC=GGCCCCAAGGCGGCCCAGGCG;SOR=0.710;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=413;TCF=258;TCR=155;TR=211;WE=850215;WS=850197;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:311,326:0.51:637
chr11	862505	rs56005156	T	C	900.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=22;NR=4;PP=613;SC=AGAGCTTGCATTGGGGCCTCA;SOR=2.694;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=22;TCR=4;TR=26;WE=862513;WS=862502;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr11	862652	rs28505621	T	C	8240.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=319;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=98;NR=84;PP=2965;SC=GGCTGCCAACTTGCTCATCAT;SOR=0.798;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=183;TCF=99;TCR=84;TR=182;WE=862660;WS=862642;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,318:1.00:318
chr11	864626	rs28377158	A	G	3284.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=23;NR=63;PP=1875;SC=CCTCACGGGCAGCCAGGACAG;SOR=1.609;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=86;TCF=23;TCR=63;TR=86;WE=864634;WS=864616;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr11	865447	rs28423070	G	A	1409.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=31;NR=10;PP=815;SC=GGGCCGGCGAGGGGGTCTGGA;SOR=1.848;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=41;TCF=31;TCR=10;TR=41;WE=865455;WS=865437;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr11	865503	rs28581489	G	A	2876.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=62;NR=20;PP=1669;SC=GACCCCCCCCGCACCCCCAGA;SOR=1.675;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=82;TCF=62;TCR=20;TR=82;WE=865511;WS=865493;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr11	866044	rs28457111	A	G	2829.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=31;NR=41;PP=1471;SC=CCACTTTGTTAGGACCTTCTG;SOR=0.900;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=72;TCF=31;TCR=41;TR=72;WE=866052;WS=866034;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr11	866183	rs28439203	T	C	519.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=3;NR=10;PP=307;SC=GGGCTCCCTCTTAGTGGACAG;SOR=1.609;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=3;TCR=10;TR=13;WE=866191;WS=866173;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr11	866498	rs28663055	T	C	6877.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=269;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=110;NR=60;PP=2965;SC=GGACAGGGACTGCTCTGGGCT;SOR=1.174;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=171;TCF=111;TCR=60;TR=170;WE=866506;WS=866488;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,255:1.00:255
chr11	870011	.	G	A	2193.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.200;ClippingRankSum=0.000;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.542;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=32;PP=1429;ReadPosRankSum=-1.215;SC=CCAACACCCAGGGATGTCCTC;SOR=0.765;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=161;TCF=92;TCR=69;TR=81;WE=870019;WS=870001;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,96:0.52:186
chr11	870446	rs6682	G	A	3114.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.763;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=42;PP=1311;ReadPosRankSum=-1.186;SC=GTGCTCTGAGGCCTGGCTGTC;SOR=0.910;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=75;TCF=32;TCR=43;TR=73;WE=870454;WS=870436;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,120:0.98:122
chr11	870524	rs10466744	G	A	621.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.388;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=12;PP=258;ReadPosRankSum=0.128;SC=ATATGGATTTGGGAGCCCACC;SOR=0.749;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=39;TCF=14;TCR=25;TR=18;WE=870532;WS=870514;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,29:0.56:52
chr11	900894	rs28454252	T	G	3860.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=79;NR=40;PP=2266;SC=ACCCCCGCAGTTTGAGCCATC;SOR=1.414;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=119;TCF=79;TCR=40;TR=119;WE=900902;WS=900884;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,139:1.00:139
chr11	900929	rs10794339	C	G	6120.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=234;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=96;NR=64;PP=2965;SC=TGGCCTGCCGCACTTACCTAT;SOR=1.009;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=160;TCF=96;TCR=64;TR=160;WE=900937;WS=900919;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,230:1.00:230
chr11	903070	rs28380110	G	C	11159.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=418;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=124;NR=148;PP=2965;SC=GGTCCGTCACGACCAAACCCC;SOR=0.821;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=273;TCF=124;TCR=149;TR=272;WE=903078;WS=903060;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,413:1.00:413
chr11	903781	.	C	CA	174.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.545;ClippingRankSum=0.000;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=1.108;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.01;ReadPosRankSum=0.984;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,17:0.29:58
chr11	993684	rs112511283	C	A	2434.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.466;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FS=4.428;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.17;ReadPosRankSum=1.577;SOR=1.232;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:65,62:0.49:127
chr11	993694	rs36081583	G	A	2683.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.594;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FS=10.248;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.77;ReadPosRankSum=1.632;SOR=1.506;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:84,76:0.47:160
chr11	993907	rs11538725	C	G	9517.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.850;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=867;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=138;NR=137;PP=2962;ReadPosRankSum=1.669;SC=ACAGCCAGCTCAGGAACGCAG;SOR=0.669;SbPval=0.5;Source=Platypus;TCF=271;TR=275;WE=993915;WS=993897;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:411,444:0.52:855
chr11	994065	rs200134001	T	C	6798.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.616;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=624;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.522;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=90;NR=113;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.296;SC=CCTGTGTTCTTTCCAAGGCGA;SOR=0.784;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=372;TCF=167;TCR=205;TR=203;WE=994073;WS=994055;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:306,314:0.51:620
chr11	994418	.	G	A	1255.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-2.367;ClippingRankSum=0.000;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.022;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=42;PP=884;ReadPosRankSum=-1.860;SC=TGCTGGACACGCTGCTGTCCT;SOR=0.945;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=82;TCF=15;TCR=67;TR=50;WE=994426;WS=994408;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,55:0.60:92
chr11	1009589	.	A	G	105	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;FR=0.5000;HP=4;HapScore=2;MGOF=32;MMLQ=24;MQ=58.02;NF=9;NR=1;PP=105;QD=13.9771212547;SC=CACGCAGCCCACGACCCAGCG;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=23;TCF=18;TCR=5;TR=10;WE=1009597;WS=1009579;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:13,10:0.43:23
chr11	1009622	rs28464902	C	T	457.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=2.717;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.540;HP=5;HapScore=4;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=3;PP=308;ReadPosRankSum=2.323;SC=GGGGCGGCCCCGGGGGACACG;SOR=2.197;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=32;TCF=25;TCR=7;TR=18;WE=1009630;WS=1009605;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,21:0.48:44
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chr11	1016802	rs77342817	T	A	1467.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.716;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1778;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.91;MQRankSum=-4.514;QD=0.83;ReadPosRankSum=2.240;SOR=0.680;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1619,152:0.09:1771
chr11	1016810	rs75998609	G	T	1250.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.916;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1955;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.95;MQRankSum=-3.366;QD=0.64;ReadPosRankSum=1.149;SOR=0.641;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1780,165:0.08:1945
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chr11	1016869	rs35469308	A	T	24672.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.906;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1842;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.108;HP=3;HapScore=1;MGOF=104;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-3.354;NF=392;NR=353;PP=2962;ReadPosRankSum=-5.094;SC=GTGGAAGAGAAGGGACTGCTC;SOR=0.640;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=1451;TCF=752;TCR=699;TR=745;WE=1016877;WS=1016859;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:932,735:0.44:1667
chr11	1016890	rs113508205	G	A	19177.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.018;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1592;ExcessHet=3.0103;FS=1.137;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.04;MQRankSum=-2.169;QD=12.18;ReadPosRankSum=4.567;SOR=0.779;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:983,592:0.38:1575
chr11	1016894	rs34281988	G	A	18160.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-8.863;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1509;ExcessHet=3.0103;FS=0.551;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.90;MQRankSum=-1.215;QD=12.25;ReadPosRankSum=-2.003;SOR=0.685;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:983,500:0.34:1483
chr11	1016910	rs113559934	G	A	11665.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.633;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1307;ExcessHet=3.0103;FS=1.271;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.60;MQRankSum=-3.752;QD=8.96;ReadPosRankSum=0.660;SOR=0.774;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:966,336:0.26:1302
chr11	1016914	rs74632841	G	T	14812.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.874;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1253;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=112;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=-0.559;NF=188;NR=257;PP=2962;ReadPosRankSum=1.631;SC=AAGGGTGTGGGTAGCCTGCTG;SOR=0.686;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=1331;TCF=628;TCR=703;TR=445;WE=1016941;WS=1016900;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:837,405:0.33:1242
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chr11	1016928	.	CTGGCC	GTGGCC,GTGGCT	2962	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.53;FR=0.5000,0.5000;HP=1;HapScore=1;MGOF=112;MMLQ=26;MQ=54.36;NF=503,169;NR=589,264;PP=2962,2944;QD=20;SC=CCTGCTGCTGCTGGCCGAGGT;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=1282;TCF=600;TCR=682;TR=1092,433;WE=1016941;WS=1016900;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.85:1282
chr11	1016933	rs199579978	C	T	11797.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.361;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1157;ExcessHet=3.0103;FS=0.574;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.48;MQRankSum=-1.960;QD=10.24;ReadPosRankSum=-0.114;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:821,331:0.29:1152
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chr11	1016988	rs72311383	ATGT	A	1512.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=2.963;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1004;ExcessHet=3.0103;FS=1.972;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.62;MQRankSum=-3.849;QD=1.52;ReadPosRankSum=-7.486;SOR=1.016;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:901,96:0.10:997
chr11	1016991	rs74788171	T	G	677.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=2.851;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=985;ExcessHet=3.0103;FS=5.024;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.59;MQRankSum=-17.579;QD=0.69;ReadPosRankSum=-6.012;SOR=1.333;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:889,87:0.09:976
chr11	1017023	rs78989655	G	A	2962.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.317;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=945;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.58;MQRankSum=-8.449;QD=3.16;ReadPosRankSum=-7.433;SOR=0.696;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:810,128:0.14:938
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chr11	1017169	rs200932890	G	A	398.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.491;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=863;ExcessHet=3.0103;FS=2.367;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.49;MQRankSum=-3.498;QD=0.46;ReadPosRankSum=-3.568;SOR=1.201;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:796,66:0.08:862
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chr11	1017317	rs33943903	G	T	14586.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.042;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1107;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.153;HP=3;HapScore=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-11.155;NF=150;NR=120;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.309;SC=GGTGTGATGGGGTTGGATAGG;SOR=0.792;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=732;TCF=404;TCR=328;TR=270;WS=1017307;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:712,394:0.36:1106
chr11	1017325	rs55903826	A	C	4030.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.796;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1185;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.91;MQRankSum=8.551;QD=3.40;ReadPosRankSum=1.323;SOR=0.686;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:896,288:0.24:1184
chr11	1017337	rs76686156	TC	CA	16715.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=2.209;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1285;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=56;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-11.141;NF=146;NR=139;PP=2944;ReadPosRankSum=4.069;SC=GTAGTGGTGGTCTGGAAGGAT;SOR=0.701;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=813;TCF=430;TCR=383;TR=285;WE=1017346;WS=1017307;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:826,454:0.35:1280
chr11	1017381	rs34912894	G	C	6288.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.784;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1333;ExcessHet=3.0103;FS=2.194;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.43;MQRankSum=-27.986;QD=4.74;ReadPosRankSum=1.175;SOR=0.853;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1045,282:0.21:1327
chr11	1017384	rs34095361	G	C	14232.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.504;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1315;ExcessHet=3.0103;FS=0.542;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.40;MQRankSum=-24.205;QD=10.86;ReadPosRankSum=2.434;SOR=0.713;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:832,478:0.36:1310
chr11	1017421	rs35549382	G	T	13900.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-2.232;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1225;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.821;HP=2;HapScore=1;MGOF=93;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=-11.609;NF=195;NR=164;PP=2962;ReadPosRankSum=0.979;SC=AAGGGTGTGGGTAGCCTGCTG;SOR=0.763;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=962;TCF=507;TCR=455;TR=359;WE=1017429;WS=1017411;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:773,426:0.36:1199
chr11	1017440	rs78729877	C	T	15479.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.756;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1188;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.58;MQRankSum=-15.189;QD=13.23;ReadPosRankSum=-0.069;SOR=0.684;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:751,419:0.36:1170
chr11	1017443	rs80266715	C	G	14612.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=3.657;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1195;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=102;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-15.994;NF=252;NR=213;PP=2962;ReadPosRankSum=2.190;SC=TGGTGGCCGACGTGGTGTGGG;SOR=0.728;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=988;TCF=523;TCR=465;TR=465;WE=1017451;WS=1017442;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:744,408:0.35:1152
chr11	1017458	.	A	G	713.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.288;ClippingRankSum=0.000;DP=1140;ExcessHet=3.0103;FS=2.268;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.21;MQRankSum=-6.680;QD=0.63;ReadPosRankSum=4.855;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1038,93:0.08:1131
chr11	1017461	rs77216712	G	T	4257.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.552;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1147;ExcessHet=3.0103;FS=4.850;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.16;MQRankSum=-6.709;QD=3.74;ReadPosRankSum=3.667;SOR=1.167;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:965,173:0.15:1138
chr11	1017464	rs112874139	T	C	5500.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.905;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1130;ExcessHet=3.0103;FS=4.270;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.33;MQRankSum=-11.849;QD=5.75;ReadPosRankSum=2.911;SOR=1.061;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:767,190:0.20:957
chr11	1017466	rs201054567	T	C	7244.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.702;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1119;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.32;MQRankSum=-15.096;QD=7.10;ReadPosRankSum=3.748;SOR=0.724;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:796,224:0.22:1020
chr11	1017470	rs75533660	G	T	10585.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.222;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1129;ExcessHet=3.0103;FS=0.582;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.35;MQRankSum=-16.638;QD=9.44;ReadPosRankSum=6.099;SOR=0.760;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:816,305:0.27:1121
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chr11	1017474	.	G	A	418.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.069;ClippingRankSum=0.000;DP=1139;ExcessHet=3.0103;FS=1.063;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.39;MQRankSum=-7.626;QD=0.37;ReadPosRankSum=3.606;SOR=0.972;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1046,87:0.08:1133
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chr11	1017498	rs76707565	C	G	6676.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-4.231;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1195;ExcessHet=3.0103;FS=0.638;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.48;MQRankSum=-13.624;QD=6.20;ReadPosRankSum=0.447;SOR=0.682;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:843,234:0.22:1077
chr11	1017514	rs79037833	A	G	16594.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-2.976;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1228;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.135;HP=3;HapScore=1;MGOF=101;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-24.027;NF=193;NR=179;PP=2962;ReadPosRankSum=5.215;SC=GTAGAAGTTGAGGTGACTTCA;SOR=0.661;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=892;TCF=470;TCR=422;TR=372;WE=1017522;WS=1017504;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:766,458:0.37:1224
chr11	1017529	rs200644196	G	A	302.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.736;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1271;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.74;MQRankSum=-2.601;QD=0.24;ReadPosRankSum=4.201;SOR=0.694;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1096,160:0.13:1256
chr11	1017744	rs200243990	T	C	565.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.052;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1538;ExcessHet=3.0103;FS=5.078;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.05;MQRankSum=-23.661;QD=0.37;ReadPosRankSum=3.335;SOR=1.449;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1386,131:0.09:1517
chr11	1017746	rs78848170	T	G	20861.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.329;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1542;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.518;HP=2;HapScore=1;MGOF=101;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-19.435;NF=233;NR=228;PP=2962;ReadPosRankSum=4.469;SC=TGGCTGTGTTTAATGAGCTCA;SOR=0.772;SbPval=0.48;Source=Platypus;TCR=545;TR=461;WE=1017754;WS=1017734;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:932,590:0.39:1522
chr11	1017767	rs75637734	G	C	12946.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.200;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1481;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.12;MQRankSum=-0.932;QD=8.77;ReadPosRankSum=3.490;SOR=0.700;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1091,385:0.26:1476
chr11	1017773	rs57384288	G	A	14035.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.010;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1417;ExcessHet=3.0103;FS=1.208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.18;MQRankSum=-16.124;QD=9.95;ReadPosRankSum=-0.878;SOR=0.758;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:987,424:0.30:1411
chr11	1017783	rs36101709	A	G	28594.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.049;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1369;ExcessHet=3.0103;FS=1.102;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.42;MQRankSum=-12.294;QD=20.99;ReadPosRankSum=2.107;SOR=0.697;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:639,723:0.53:1362
chr11	1017789	rs78819924	A	C	671.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.374;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1329;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.52;MQRankSum=2.977;QD=0.51;ReadPosRankSum=-0.252;SOR=0.738;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1151,172:0.13:1323
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chr11	1017797	rs76800954	C	G	3778.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.599;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1307;ExcessHet=3.0103;FS=1.687;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.43;MQRankSum=-25.494;QD=2.91;ReadPosRankSum=-2.928;SOR=0.813;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1127,173:0.13:1300
chr11	1017833	rs373775476	C	T	4810.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.543;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1288;ExcessHet=3.0103;FS=1.508;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.39;MQRankSum=-4.910;QD=3.75;ReadPosRankSum=-4.985;SOR=0.667;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1070,212:0.17:1282
chr11	1017834	rs201440145	G	A	2163.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.366;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1278;ExcessHet=3.0103;FS=1.772;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.35;MQRankSum=-19.154;QD=1.71;ReadPosRankSum=-3.131;SOR=0.887;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1108,154:0.12:1262
chr11	1017844	rs200752571	T	C	2743.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.528;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1212;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.33;MQRankSum=0.918;QD=2.27;ReadPosRankSum=-6.958;SOR=0.664;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1071,137:0.11:1208
chr11	1017845	rs74610224	C	G	16011.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.328;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1200;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.803;HP=1;HapScore=1;MGOF=87;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-15.718;NF=181;NR=264;PP=2962;ReadPosRankSum=-2.494;SC=GTGGAGGAATCGTGCCTGTTG;SOR=0.840;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=890;TCF=398;TCR=492;TR=445;WE=1017866;WS=1017823;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:734,445:0.38:1179
chr11	1017858	rs79583615	A	G	11616.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.323;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1124;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=87;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-14.507;NF=123;NR=186;PP=2962;ReadPosRankSum=-3.570;SC=GCCTGTTGGCATTGAGTGGAT;SOR=0.745;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=837;TCF=358;TCR=479;TR=309;WE=1017866;WS=1017823;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:779,338:0.30:1117
chr11	1017900	rs77920671	G	T	1252.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.590;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=796;ExcessHet=3.0103;FS=0.857;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.20;MQRankSum=-1.363;QD=1.61;ReadPosRankSum=4.609;SOR=0.914;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:686,91:0.12:777
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chr11	1017935	rs138784536	A	G	2596.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.599;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=516;ExcessHet=3.0103;FS=4.662;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.20;MQRankSum=-2.287;QD=5.28;ReadPosRankSum=-0.153;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:404,88:0.18:492
chr11	1017945	.	A	G	872.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.899;ClippingRankSum=0.000;DP=447;ExcessHet=3.0103;FS=4.589;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.71;MQRankSum=1.329;QD=1.96;ReadPosRankSum=-1.395;SOR=1.336;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:397,49:0.11:446
chr11	1017963	rs61869008	G	A	1422.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.165;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=358;ExcessHet=3.0103;FS=19.979;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.98;MQRankSum=4.711;QD=3.99;ReadPosRankSum=-2.866;SOR=0.763;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:303,54:0.15:357
chr11	1017968	rs61869009	T	A	1741.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.393;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=350;ExcessHet=3.0103;FS=25.700;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.90;MQRankSum=5.384;QD=5.03;ReadPosRankSum=-2.893;SOR=0.800;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:284,62:0.18:346
chr11	1017981	rs61869010	T	A	2197.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.086;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=335;ExcessHet=3.0103;FS=31.698;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.82;MQRankSum=6.937;QD=6.62;ReadPosRankSum=-1.138;SOR=0.807;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:253,79:0.24:332
chr11	1017988	rs112579249	G	T	585.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.904;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=335;ExcessHet=3.0103;FS=21.477;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.81;MQRankSum=-2.629;QD=1.76;ReadPosRankSum=-0.051;SOR=0.823;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:277,55:0.17:332
chr11	1018012	rs10751676	T	G	3390.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=4.354;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=298;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=91.089;HP=1;HapScore=2;MGOF=69;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-9.029;NF=19;NR=110;PP=2962;ReadPosRankSum=-3.558;SC=GTGGTGGTCTTGAAGGATGTT;SOR=2.594;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=298;TCF=118;TCR=180;TR=129;WE=1018067;WS=1018002;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:187,108:0.37:295
chr11	1018024	.	C	G	2660.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.531;ClippingRankSum=0.000;DP=294;ExcessHet=3.0103;FS=11.893;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.66;MQRankSum=-0.541;QD=9.14;ReadPosRankSum=-0.162;SOR=0.608;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:211,80:0.27:291
chr11	1018025	rs10751677	C	A	6184.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.870;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=286;ExcessHet=3.0103;FS=48.502;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.74;MQRankSum=-10.714;QD=21.85;ReadPosRankSum=-4.073;SOR=1.702;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:134,149:0.53:283
chr11	1018031	rs10751678	G	A	5609.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.307;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=281;ExcessHet=3.0103;FS=43.906;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.14;MQRankSum=-10.657;QD=20.18;ReadPosRankSum=-3.759;SOR=1.621;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:140,138:0.50:278
chr11	1018042	rs200364398	A	G	3214.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.729;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=288;ExcessHet=3.0103;FS=3.524;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.01;MQRankSum=-1.848;QD=11.28;ReadPosRankSum=0.748;SOR=0.587;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:195,90:0.32:285
chr11	1018048	rs12787400	A	G	3273.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.367;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=289;ExcessHet=3.0103;FS=2.785;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.45;MQRankSum=-2.078;QD=11.45;ReadPosRankSum=2.164;SOR=0.629;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:196,90:0.31:286
chr11	1018059	rs78336072	C	T	3329.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.865;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=306;ExcessHet=3.0103;FS=1.464;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.32;MQRankSum=-2.999;QD=11.06;ReadPosRankSum=2.719;SOR=0.797;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:202,99:0.33:301
chr11	1018116	rs10902269	T	G	4352.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.302;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=359;ExcessHet=3.0103;FS=1.290;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.64;MQRankSum=-5.298;QD=12.30;ReadPosRankSum=-0.681;SOR=0.767;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:222,132:0.37:354
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chr11	1018144	rs12807084	G	C	4179.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.925;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=375;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.54;MQRankSum=-7.863;QD=11.21;ReadPosRankSum=-1.630;SOR=0.694;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:254,119:0.32:373
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chr11	1018229	rs77630889	C	G	1261.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.281;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=282;ExcessHet=3.0103;FS=9.582;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.64;MQRankSum=-12.671;QD=4.51;ReadPosRankSum=1.150;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:234,46:0.16:280
chr11	1018232	rs113063572	G	T	1678.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.537;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=278;ExcessHet=3.0103;FS=1.168;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.57;MQRankSum=-14.180;QD=6.08;ReadPosRankSum=-0.306;SOR=0.787;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:222,54:0.20:276
chr11	1018237	rs79892432	GT	AG	1687.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.042;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=276;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.31;MQRankSum=-14.374;QD=6.16;ReadPosRankSum=-0.366;SOR=0.726;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:218,56:0.20:274
chr11	1018245	rs76423553	TT	GC	1772.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.661;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=266;ExcessHet=3.0103;FS=0.547;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.12;MQRankSum=-14.291;QD=6.72;ReadPosRankSum=-0.198;SOR=0.700;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:207,57:0.22:264
chr11	1018256	.	T	G	345.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.604;ClippingRankSum=0.000;DP=282;ExcessHet=3.0103;FS=17.947;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.23;MQRankSum=-7.603;QD=1.23;ReadPosRankSum=-0.491;SOR=2.120;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:252,28:0.10:280
chr11	1018266	.	G	A	328.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.917;ClippingRankSum=0.000;DP=284;ExcessHet=3.0103;FS=16.750;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.20;MQRankSum=-7.630;QD=1.16;ReadPosRankSum=-0.406;SOR=2.106;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:258,25:0.09:283
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chr11	1018279	rs201852389	C	T	772.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.659;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=270;ExcessHet=3.0103;FS=18.483;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.70;MQRankSum=-10.088;QD=3.14;ReadPosRankSum=1.267;SOR=2.054;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:213,33:0.13:246
chr11	1018281	.	C	A	208.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.744;ClippingRankSum=0.000;DP=275;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.71;MQRankSum=-4.820;QD=0.76;ReadPosRankSum=1.184;SOR=0.650;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:251,24:0.09:275
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chr11	1018290	.	G	C	331.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.700;ClippingRankSum=0.000;DP=264;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.78;MQRankSum=-5.750;QD=1.35;ReadPosRankSum=2.016;SOR=0.741;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:222,24:0.10:246
chr11	1018291	.	G	C	1669.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.833;ClippingRankSum=0.000;DP=262;ExcessHet=3.0103;FS=13.135;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.70;MQRankSum=-10.212;QD=6.37;ReadPosRankSum=2.162;SOR=1.474;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:207,55:0.21:262
chr11	1018295	rs73403297	T	C	1509.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-2.020;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=254;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.573;HP=1;HapScore=1;MGOF=87;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=-9.674;NF=38;NR=37;PP=822;ReadPosRankSum=0.786;SC=TGGTCGGCGTTATTGGTGGGG;SOR=0.778;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=219;TCF=102;TCR=117;TR=75;WE=1018303;WS=1018285;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:193,53:0.22:246
chr11	1018299	rs200809011	G	A	520.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.386;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=257;ExcessHet=3.0103;FS=18.426;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.64;MQRankSum=-8.392;QD=2.03;ReadPosRankSum=1.053;SOR=2.264;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:229,28:0.11:257
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chr11	1018329	.	T	G	459.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.528;ClippingRankSum=0.000;DP=248;ExcessHet=3.0103;FS=2.866;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.14;MQRankSum=-5.871;QD=1.89;ReadPosRankSum=0.832;SOR=1.083;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:206,37:0.15:243
chr11	1018340	rs77556339	TG	CA	1465.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.851;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=243;ExcessHet=3.0103;FS=12.424;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.84;MQRankSum=-10.321;QD=6.03;ReadPosRankSum=-1.054;SOR=1.477;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:193,50:0.21:243
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chr11	1018390	rs111785507	C	A	344.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.401;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FS=20.947;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.31;MQRankSum=-8.930;QD=2.04;ReadPosRankSum=0.329;SOR=2.517;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:149,20:0.12:169
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chr11	1018459	rs199760270	G	T	59.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.639;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.65;MQRankSum=-5.394;QD=0.35;ReadPosRankSum=0.288;SOR=0.681;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:157,16:0.09:173
chr11	1018483	rs78265558	C	G	1002.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.763;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FS=2.339;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.46;MQRankSum=-10.902;QD=5.17;ReadPosRankSum=1.306;SOR=0.927;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:158,36:0.19:194
chr11	1018496	rs67341709	G	T	658.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.297;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FS=1.481;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.75;MQRankSum=-10.248;QD=3.34;ReadPosRankSum=-0.541;SOR=0.869;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:162,35:0.18:197
chr11	1019375	rs9704308	C	T	5701.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=65;NR=76;PP=2626;SC=TGGCGGTCGACGCCGTGGCCC;SOR=0.799;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=142;TCF=66;TCR=76;TR=141;WE=1019383;WS=1019365;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,217:1.00:217
chr11	1020268	rs113111233	G	A	92.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=0.699;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=4;PP=55;ReadPosRankSum=-1.169;SC=CTGGGTGGGCGGACATGCCAT;SOR=0.527;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=11;TCF=2;TCR=9;TR=5;WE=1020276;WS=1020258;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,5:0.45:11
chr11	1021268	rs113451874	T	C	4910.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.364;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=614;ExcessHet=3.0103;FS=0.528;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.13;ReadPosRankSum=-1.581;SOR=0.760;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:352,252:0.42:604
chr11	1029135	rs59763899	C	T	2772.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.647;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=275;ExcessHet=3.0103;FS=6.497;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.27;ReadPosRankSum=-1.446;SOR=0.519;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:129,141:0.52:270
chr11	1030363	rs112111283	G	C	322.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.489;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.607;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=12;PP=215;ReadPosRankSum=1.763;SC=TCCGGTGAGAGGGTCCCACCC;SOR=1.911;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=25;TCF=5;TCR=20;TR=14;WE=1030371;WS=1030353;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,16:0.59:27
chr11	1075747	rs2856111	T	C	23468.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=-0.726;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=901;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQ=59.98;MQRankSum=-0.158;NF=241;NR=227;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.791;SC=TTCCCCGGCCTCTGCGACTAC;SOR=0.718;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=475;TCF=245;TCR=230;TR=468;WE=1075755;WS=1075737;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:6,887:0.99:893
chr11	1077493	rs34367348	C	T	2401.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=67;NR=8;PP=1773;SC=CCACCCCAGGCGCCCAGCTTC;SOR=3.781;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=76;TCF=67;TCR=9;TR=75;WE=1077501;WS=1077483;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr11	1078320	rs72652894	G	A	8456.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.919;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=889;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=117;NR=132;PP=2962;ReadPosRankSum=0.498;SC=CAACCAGCCCGATGTGGTGTG;SOR=0.714;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=510;TCF=243;TCR=267;TR=249;WE=1078328;WS=1078310;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:465,420:0.47:885
chr11	1078393	rs7104590	T	C	13706.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=523;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=159;NR=219;PP=2965;SC=CCCCTCGGTCTGGGGTGGGGG;SOR=0.968;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=378;TCF=159;TCR=219;TR=378;WE=1078401;WS=1078383;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,522:1.00:522
chr11	1078752	rs41500945	C	T	1293.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=37;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQ=59.68;NF=10;NR=20;PP=544;SC=GCTGTGTCTGCGCCGGGCACC;SOR=1.312;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=30;TCF=10;TCR=20;TR=30;WE=1078760;WS=1078742;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr11	1078784	rs186665652	C	T	349.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=3.282;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=13.397;HP=1;HapScore=4;MGOF=74;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-1.052;NF=0;NR=6;PP=290;ReadPosRankSum=0.220;SC=GGACACTCACCGCACCGGGCA;SOR=4.003;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=3;TCR=11;TR=6;WE=1078795;WS=1078774;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,10:0.43:23
chr11	1078785	.	GCAC	GAC,G	340.73	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;ALERT;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=3.207;ClippingRankSum=0.000;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.767;HP=3;HapScore=4;MGOF=74;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.900;NF=0;NR=6;PP=298;ReadPosRankSum=-0.888;SC=GACACTCACCGCACCGGGCAC;SOR=3.442;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=0;TCR=11;TR=6;WE=1078795;WS=1078774;set=Intersection	GT:AF:DP	0/1:0.50:20
chr11	1078787	.	ACC	A	352.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=3.988;ClippingRankSum=0.000;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=6.767;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.30;MQRankSum=-0.900;QD=17.64;ReadPosRankSum=-0.623;SOR=3.442;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,10:0.50:20
chr11	1079879	rs7127117	T	C	765.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.172;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.882;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=22;PP=349;ReadPosRankSum=-1.850;SC=ACGGCTCCGCTGGGTGGTGGG;SOR=0.877;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=57;TCF=15;TCR=42;TR=29;WE=1079887;WS=1079869;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,40:0.49:81
chr11	1080164	rs11245926	G	A	928.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=3.107;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=9;PP=579;ReadPosRankSum=1.662;SC=GACCGCAGGCGTCAGCACAGG;SOR=0.610;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=71;TCF=57;TCR=14;TR=36;WE=1080172;WS=1080154;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,42:0.48:87
chr11	1080223	rs41345548	G	T	2410.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.916;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=245;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=27;PP=1159;ReadPosRankSum=0.357;SC=GCCCCTCGGTGGGGATTCTGG;SOR=0.716;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=171;TCF=112;TCR=59;TR=81;WE=1080231;WS=1080213;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:123,117:0.49:240
chr11	1080391	rs41521547	G	A	3797.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.259;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=413;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.733;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=66;PP=1819;ReadPosRankSum=-0.295;SC=CAATGACTGCGAGCAGTGGTG;SOR=0.816;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=281;TCF=133;TCR=148;TR=121;WE=1080399;WS=1080381;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:214,187:0.47:401
chr11	1080576	rs41349846	G	A	2908.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=2.542;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=324;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.796;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=52;PP=1279;ReadPosRankSum=0.327;SC=ATGGGAAGACGTACACCTTCC;SOR=0.963;SbPval=0.73;Source=Platypus;TCF=84;TR=87;WE=1080584;WS=1080566;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:179,144:0.45:323
chr11	1080846	rs11245928	A	G	927.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-2.053;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.910;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=12;PP=564;ReadPosRankSum=-2.452;SC=GGCCCTCAGCAGCTGCACTGC;SOR=0.417;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=84;TCF=59;TCR=25;TR=37;WE=1080854;WS=1080836;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,46:0.47:97
chr11	1080954	rs11245929	G	A	3104.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.588;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=324;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=67;NR=44;PP=1702;ReadPosRankSum=-1.126;SC=GCCTGAAGACGGTGGTGCTGC;SOR=0.708;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=231;TCF=137;TCR=94;TR=111;WE=1080962;WS=1080944;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:171,151:0.47:322
chr11	1081001	rs111397309	C	CA	5923.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.226;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=418;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.527;HP=4;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=3.596;NF=24;NR=63;PP=2966;ReadPosRankSum=0.956;SC=GGTCCTGCCCCCTCCTTCTGG;SOR=0.623;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=187;TCF=55;TCR=132;TR=87;WE=1081009;WS=1080991;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:230,182:0.44:412
chr11	1081074	rs41411848	T	C	16574.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-2.064;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=495;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=37;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQ=60.22;MQRankSum=0.159;NF=136;NR=187;PP=2965;ReadPosRankSum=0.522;SC=TCCCTGCAGGTGGTGGTCTTC;SOR=0.328;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=324;TCF=136;TCR=188;TR=323;WE=1081082;WS=1081064;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,490:1.00:491
chr11	1081112	rs41345745	G	C	10553.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.397;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=385;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=37;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.180;NF=102;NR=158;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.234;SC=ACTGCTCAACGAGCTGCAGGT;SOR=0.389;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=261;TCF=102;TCR=159;TR=260;WE=1081120;WS=1081102;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,381:1.00:382
chr11	1081141	rs41375149	C	T	2101.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.342;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=298;ExcessHet=3.0103;FS=2.667;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.36;MQRankSum=4.078;QD=7.12;ReadPosRankSum=-1.970;SOR=0.871;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:182,113:0.38:295
chr11	1081151	rs41464048	T	C	8181.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.477;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=250;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=33.12;ReadPosRankSum=0.366;SOR=0.735;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:3,244:0.99:247
chr11	1081351	rs10902082	A	G	2857.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=38;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=62;NR=28;PP=1722;SC=CACCTGGGCCAGGCAGGTCCC;SOR=1.546;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=90;TCF=62;TCR=28;TR=90;WE=1081359;WS=1081341;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr11	1081381	rs10902083	A	G	4335.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.075;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=86;NR=45;PP=2432;ReadPosRankSum=2.337;SC=GCCCCTCGCCATGCCCCTTAC;SOR=1.367;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=131;TCF=86;TCR=45;TR=131;WE=1081400;WS=1081371;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,166:0.99:168
chr11	1081392	rs10902084	T	C	5721.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=101;NR=50;PP=2952;SC=TGCCCCTTACTGTGTCCCTCA;SOR=1.371;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=151;TCF=101;TCR=50;TR=151;WE=1081400;WS=1081371;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,207:1.00:207
chr11	1081577	rs12416873	G	A	18008.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.098;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=683;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=226;NR=217;PP=2965;ReadPosRankSum=1.588;SC=CCCCACCGGGGTTGCCCCAAC;SOR=0.459;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=447;TCF=229;TCR=218;TR=443;WE=1081585;WS=1081567;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:5,670:0.99:675
chr11	1081757	rs57737240	G	C	8662.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.841;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=326;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=78;NR=138;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.137;SC=GCACAGTCAAGCTGCCATGAC;SOR=1.197;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=218;TCF=79;TCR=139;TR=216;WE=1081765;WS=1081747;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,318:0.99:320
chr11	1082419	rs11820653	G	A	15089.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=448;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=34.53;SOR=0.735;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,437:1.00:437
chr11	1082419	.	GAGGTG	AAGGTA,AAGGTG	2214	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;FR=0.5000,0.5000;HP=1;HapScore=2;MMLQ=26;MQ=60.0;NF=69,137;SC=CCATGCCATCGAGGTGGACTC;Source=Platypus;TCF=137;WE=1082432;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.49:269
chr11	1082424	rs41401046	G	A	4058.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.823;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=429;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.73;ReadPosRankSum=0.664;SOR=0.684;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:217,200:0.48:417
chr11	1082520	rs11245930	A	G	14648.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.524;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=346;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=129;NR=125;PP=2965;ReadPosRankSum=2.356;SC=GTGAGCTTGCATCTGTGAGCG;SOR=0.729;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=256;TCF=130;TCR=126;TR=254;WE=1082541;WS=1082510;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,338:0.99:342
chr11	1082533	rs41343848	G	A	15995.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.291;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=401;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=147;NR=124;PP=2965;ReadPosRankSum=0.920;SC=TGTGAGCGCCGGGCCACACTC;SOR=0.817;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=273;TCF=148;TCR=125;TR=271;WE=1082541;WS=1082510;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,391:0.99:395
chr11	1082982	rs11245932	C	T	2864.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=3.648;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=276;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.566;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=74;NR=22;PP=1604;ReadPosRankSum=0.831;SC=GTGTGCACTCCCTGGCCCCCT;SOR=0.974;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=205;TCF=151;TCR=54;TR=96;WE=1082990;WS=1082972;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:142,125:0.47:267
chr11	1083293	rs7394853	T	C	6775.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.103;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=276;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=1.888;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=126;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.444;SC=AGGCGGGGGATGTGGTCGTCA;SOR=1.222;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=197;TCF=66;TCR=131;TR=191;WE=1083301;WS=1083283;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,268:0.99:272
chr11	1083364	rs7396030	G	A	2304.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.966;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.928;HP=1;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=53;PP=1682;ReadPosRankSum=0.802;SC=GGGCGGGGGAGCTCCTTCTGA;SOR=0.916;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=80;TCF=26;TCR=54;TR=78;WE=1083372;WS=1083354;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,83:0.99:84
chr11	1083495	rs11245933	G	T	2339.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=40;NR=27;PP=1248;SC=GGGAAGCTGCGGGCTGTCTGT;SOR=1.005;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=67;TCF=40;TCR=27;TR=67;WE=1083503;WS=1083485;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr11	1083700	rs11245934	C	T	2873.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=-1.161;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.191;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=45;PP=1723;ReadPosRankSum=-0.672;SC=CCTGAGACCCCCAGCTTCAGC;SOR=1.085;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=73;TCF=28;TCR=45;TR=66;WE=1083708;WS=1083690;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,125:0.99:126
chr11	1084144	rs55668297	C	T	709.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=17;NR=1;PP=441;SC=AGAGACTGCACGGTCAGGCCT;SOR=3.442;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=18;TCF=17;TCR=1;TR=18;WE=1084152;WS=1084140;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr11	1084362	rs11245936	G	A	2789.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.506;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=318;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.340;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=40;PP=1280;ReadPosRankSum=0.122;SC=GTATTCTTCCGGCGCCAAGAT;SOR=0.718;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=186;TCF=95;TCR=91;TR=86;WE=1084370;WS=1084352;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:173,142:0.45:315
chr11	1084511	rs117838357	C	T	714.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=2.808;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=22;PP=491;ReadPosRankSum=0.329;SC=CTGGGTCTTGCGAGATCCTGT;SOR=0.789;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=48;TCF=8;TCR=40;TR=25;WE=1084519;WS=1084501;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,29:0.57:51
chr11	1084821	rs10794288	T	C	18355.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.627;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=720;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.57;ReadPosRankSum=-0.833;SOR=0.710;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,716:1.00:718
chr11	1086554	.	CT	C	2221	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;FR=0.5000;HP=3;HapScore=4;MGOF=27;MMLQ=24;MQ=57.46;NF=9;NR=21;PP=2221;QD=75.4666666667;SC=TGACTGTGGGCTGGGGCCATG;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=38;TCF=11;TCR=27;TR=30;WE=1086562;WS=1086533;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:8,30:0.79:38
chr11	1086576	.	C	CTG	1003	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;FR=1.0000;HP=1;HapScore=1;MGOF=40;MMLQ=24;MQ=57.04;NF=5;NR=15;PP=1003;QD=52.3;SC=GCGGGGCCGACTAAGCAGAGC;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=22;TCF=5;TCR=17;TR=20;WE=1086587;WS=1086566;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:2,20:0.91:22
chr11	1086579	.	A	G	559	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;FR=1.0000;HP=1;HapScore=1;MGOF=40;MMLQ=28;MQ=56.19;NF=7;NR=14;PP=559;QD=28.2748196451;SC=GGGCCGACTAAGCAGAGCAGG;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=7;TCR=14;TR=21;WE=1086587;WS=1086566;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr11	1087410	rs10751639	G	C	5173.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.051;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=93;NR=45;PP=2936;ReadPosRankSum=1.222;SC=ATGAGGGCAGGACGGGCCCAG;SOR=0.833;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=141;TCF=95;TCR=46;TR=138;WE=1087418;WS=1087400;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,185:0.98:188
chr11	1087972	rs10902088	C	T	14570.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.143;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=651;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=23.46;ReadPosRankSum=-0.155;SOR=0.227;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:4,617:0.99:621
chr11	1088815	rs7103978	A	G	5348.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.896;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=638;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.525;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=82;NR=88;PP=2309;ReadPosRankSum=-1.102;SC=CACCTGGAGCATCGGTTCCCA;SOR=0.659;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=388;TCF=198;TCR=190;TR=170;WE=1088823;WS=1088805;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:353,280:0.44:633
chr11	1088835	rs41389046	C	T	5049.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.253;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=605;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.103;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=79;NR=92;PP=2476;ReadPosRankSum=1.232;SC=ACCGAGGAGACCTGCAAGTCC;SOR=0.760;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=392;TCF=194;TCR=198;TR=171;WE=1088843;WS=1088825;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:344,259:0.43:603
chr11	1088940	rs7121682	C	T	2499.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-1.545;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=301;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.024;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=56;PP=1322;ReadPosRankSum=-1.482;SC=GTACACAGTACACAGACACAC;SOR=0.580;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=226;TCF=75;TCR=151;TR=86;WE=1088948;WS=1088930;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:175,123:0.41:298
chr11	1090151	rs12221951	T	C	386.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=0.744;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.496;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=3;PP=320;ReadPosRankSum=-0.098;SC=GGCTTTTTCCTTCCTCTCCTC;SOR=1.002;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=29;TCF=24;TCR=5;TR=16;WE=1090159;WS=1090141;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,16:0.44:36
chr11	1090193	rs12222912	G	A	536.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-2.594;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.148;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=6;PP=339;ReadPosRankSum=0.747;SC=TTACAACCCAGTGGGGGGCTC;SOR=0.509;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=51;TCF=42;TCR=9;TR=25;WE=1090201;WS=1090183;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,28:0.46:61
chr11	1090343	rs12221966	T	C	2348.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=0.965;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=255;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.123;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=36;PP=1124;ReadPosRankSum=2.176;SC=GCAGCGTGTGTACCAACTCCT;SOR=0.552;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=133;TCF=58;TCR=75;TR=68;WE=1090351;WS=1090333;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:136,117:0.46:253
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chr11	1091455	rs41418747	T	C	982.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.068;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.886;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=9;PP=410;ReadPosRankSum=-2.872;SC=TCCTCTTTTCTTCCTGCTTTA;SOR=1.165;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=61;TCF=36;TCR=25;TR=27;WE=1091463;WS=1091445;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,50:0.49:102
chr11	1092388	rs111520984	A	C	3191.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.462;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=322;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=73;PP=1777;ReadPosRankSum=0.416;SC=CAGCCCTCCAACTACCACTCC;SOR=0.697;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=232;TCF=94;TCR=138;TR=124;WE=1092396;WS=1092378;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:155,160:0.51:315
chr11	1093354	rs56290335	T	A	8332.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.261;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=2384;ExcessHet=3.0103;FS=0.762;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.12;MQRankSum=6.910;QD=3.80;ReadPosRankSum=-0.792;SOR=0.817;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1870,322:0.15:2192
chr11	1093393	rs199525790	G	A	850.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.269;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=2134;ExcessHet=3.0103;FS=1.903;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.85;MQRankSum=-3.930;QD=0.42;ReadPosRankSum=1.507;SOR=0.986;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1811,221:0.11:2032
chr11	1093448	.	C	A	1195.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.194;ClippingRankSum=0.000;DP=1112;ExcessHet=3.0103;FS=4.874;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.09;MQRankSum=-7.254;QD=1.11;ReadPosRankSum=0.291;SOR=1.025;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:974,104:0.10:1078
chr11	1093452	rs34136803	G	A	2443.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.839;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1049;ExcessHet=3.0103;FS=6.007;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.74;MQRankSum=-10.388;QD=2.36;ReadPosRankSum=-1.750;SOR=1.147;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:922,112:0.11:1034
chr11	1093710	rs7944723	C	G	35732.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=-2.320;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1357;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=410;NR=396;PP=2965;ReadPosRankSum=1.269;SC=GCACAGCACCCATTGCTGAGT;SOR=0.283;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=809;TCF=412;TCR=397;TR=806;WE=1093718;WS=1093700;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,1351:1.00:1352
chr11	1093769	rs41361144	G	A	13124.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=2.178;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1455;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.518;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=189;NR=203;PP=2962;ReadPosRankSum=0.798;SC=CAGACCTCTCGGTCCACCTCT;SOR=0.731;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=842;TCF=410;TCR=432;TR=392;WE=1093777;WS=1093759;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:790,660:0.46:1450
chr11	1093945	rs7934606	T	C	6586.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=248;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=40;NR=161;PP=2965;SC=TAAGCAGAGCTGCTTGGTTCC;SOR=2.527;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=201;TCF=40;TCR=161;TR=201;WE=1093953;WS=1093935;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,244:1.00:244
chr11	1094629	rs11245950	T	C	532.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-2.132;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.126;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=4;PP=452;ReadPosRankSum=2.342;SC=AGATGTGCAATGTCTCAGCCC;SOR=0.054;SbPval=0.12;Source=Platypus;TC=54;TCF=50;TCR=4;TR=25;WE=1094637;WS=1094619;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,24:0.51:47
chr11	1094690	rs10794291	C	T	2077.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.774;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.690;HP=3;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=21;PP=1258;ReadPosRankSum=0.851;SC=GTACCACGACCGGGTCATCTT;SOR=0.837;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=173;TCF=124;TCR=49;TR=79;WE=1094698;WS=1094680;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:111,99:0.47:210
chr11	1094753	rs10794292	A	C	12104.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=2.119;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=467;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=177;NR=135;PP=2965;ReadPosRankSum=0.189;SC=CCTGGACCCCAACGCCGACCC;SOR=0.755;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=314;TCF=178;TCR=136;TR=312;WE=1094761;WS=1094743;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,462:1.00:464
chr11	1094868	rs35911093	C	G	3849.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-2.098;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=360;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=80;PP=2106;ReadPosRankSum=1.416;SC=ACCAGGTACTCAGGCTGTTCA;SOR=0.700;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=236;TCF=86;TCR=150;TR=127;WE=1094876;WS=1094858;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:173,181:0.51:354
chr11	1095082	rs6597999	A	C	4588.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=84;NR=40;PP=2813;SC=CTGCCTCCGGATAGCCCTGCC;SOR=1.424;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=125;TCF=85;TCR=40;TR=124;WE=1095090;WS=1095072;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,159:1.00:159
chr11	1096494	rs6421972	T	C	19470.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.709;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=740;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=200;NR=246;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.278;SC=AGGTGTCCTGTCCCCGCACCC;SOR=0.837;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=450;TCF=201;TCR=249;TR=446;WE=1096502;WS=1096484;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,727:1.00:729
chr11	1097975	rs10902090	C	T	2938.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-1.421;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=293;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.084;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=70;PP=1506;ReadPosRankSum=0.340;SC=GGCCTCTGTGCCCCAGCCCCC;SOR=0.945;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=212;TCF=72;TCR=140;TR=101;WE=1097983;WS=1097965;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:142,141:0.50:283
chr11	1098522	rs11245952	C	T	363.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-1.344;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=4;PP=194;ReadPosRankSum=-0.706;SC=CCATCAGCCACAGGCGCCTCT;SOR=0.760;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=42;TCF=32;TCR=10;TR=17;WE=1098530;WS=1098512;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,20:0.43:46
chr11	1098637	rs12418069	A	G	5924.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.769;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=85;NR=69;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.809;SC=CTCTCCCTGCACAGCCTGTTT;SOR=0.861;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=154;TCF=85;TCR=69;TR=154;WE=1098645;WS=1098627;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,230:0.99:232
chr11	1099308	rs7952343	C	T	3463.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.661;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=284;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.916;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=35;PP=1295;ReadPosRankSum=1.409;SC=CCACCAGGACCGTGGGCTCGC;SOR=0.764;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=174;TCF=100;TCR=74;TR=88;WE=1099316;WS=1099298;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:122,160:0.57:282
chr11	1100905	rs7396585	G	A	3699.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=83;NR=27;PP=2357;SC=GTTTCTCCCCGCTGACCACAG;SOR=2.027;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=110;TCF=83;TCR=27;TR=110;WE=1100913;WS=1100895;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chr11	1101078	rs11245954	A	G	4614.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.399;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=468;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.520;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=67;NR=83;PP=2042;ReadPosRankSum=1.092;SC=CAAGAGGTGCAGCCAGAAGCC;SOR=0.640;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=289;TCF=123;TCR=166;TR=150;WE=1101086;WS=1101068;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:236,229:0.49:465
chr11	1101536	rs7122456	C	T	1558.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.244;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.551;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=25;PP=874;ReadPosRankSum=-1.127;SC=CCCTCACGGCCGCGTGCACAC;SOR=0.755;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=138;TCF=81;TCR=57;TR=61;WE=1101544;WS=1101526;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:109,77:0.41:186
chr11	1101649	rs7480563	T	C	6765.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=259;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=62;NR=83;PP=2836;SC=GGTGCTGTCCTTTCTACTGGT;SOR=0.861;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=145;TCF=62;TCR=83;TR=145;WE=1101657;WS=1101639;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,256:1.00:256
chr11	1103100	rs7106709	C	T	1757.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=4.568;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.926;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=4;PP=1057;ReadPosRankSum=-2.289;SC=ACCAGGAAGCCTCCCCGGCCA;SOR=1.348;SbPval=0.95;Source=Platypus;TC=106;TCF=89;TCR=17;TR=52;WE=1103108;WS=1103090;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,70:0.55:128
chr11	1103296	rs7126405	T	C	7934.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.840;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=824;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=112;NR=129;PP=2901;ReadPosRankSum=-2.034;SC=GCCCCAACTTTGATGCCAGCA;SOR=0.710;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=485;TCF=226;TCR=259;TR=241;WE=1103304;WS=1103286;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:414,403:0.49:817
chr11	1103650	rs7106039	C	A	1535.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.359;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FS=1.167;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.53;ReadPosRankSum=-2.249;SOR=0.672;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:100,80:0.44:180
chr11	1103786	rs9988872	A	G	1884.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.169;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.170;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=28;PP=951;ReadPosRankSum=-0.943;SC=GCCCTGCCCTAAGCCGCTGCC;SOR=0.569;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=132;TCF=71;TCR=61;TR=60;WE=1103794;WS=1103776;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:89,89:0.50:178
chr11	1103873	rs11245957	C	T	4229.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.61;BaseQRankSum=0.013;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=431;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=41;PP=1393;ReadPosRankSum=-0.089;SC=AGGTTTCGTACGCCGGCTGCA;SOR=0.687;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=198;TCF=109;TCR=89;TR=92;WE=1103881;WS=1103863;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:217,212:0.49:429
chr11	1103991	rs41437546	G	C	3200.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.371;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=317;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.857;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=49;PP=1754;ReadPosRankSum=0.444;SC=CCAGGGAGGCGAGAGGCCAGC;SOR=0.754;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=234;TCF=128;TCR=106;TR=110;WE=1103999;WS=1103981;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:160,152:0.49:312
chr11	1104123	rs12270802	C	T	5284.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-1.839;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=554;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=69;NR=71;PP=2114;ReadPosRankSum=-0.709;SC=TGAGGTGGTCCTGAGCTGCCC;SOR=0.680;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=305;TCF=147;TCR=158;TR=140;WE=1104131;WS=1104113;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:276,262:0.49:538
chr11	1104296	rs7928098	G	C	2300.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.987;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.274;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=48;PP=1589;ReadPosRankSum=1.018;SC=CACTGCCCTCGACAGCTTTAC;SOR=0.554;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=164;TCF=70;TCR=94;TR=86;WE=1104304;WS=1104286;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:120,104:0.46:224
chr11	1104503	rs7924911	C	T	1057.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.963;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.60;ReadPosRankSum=1.426;SOR=0.703;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,27:0.63:43
chr11	1104508	rs7927882	G	A	1057.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.250;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.60;ReadPosRankSum=1.624;SOR=0.703;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,27:0.63:43
chr11	1151695	rs28737416	C	T	2751.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-2.046;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=252;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.134;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=41;PP=1046;ReadPosRankSum=0.946;SC=GCACCCGGCACACAGGTACGG;SOR=0.558;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=143;TCF=63;TCR=80;TR=77;WE=1151703;WS=1151685;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:116,134:0.54:250
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chr11	1155289	rs28468624	A	G	2771.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.466;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=252;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.704;HP=3;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=62;PP=1547;ReadPosRankSum=-0.521;SC=GGGTGGAGAGAGGCCCCAGCT;SOR=0.499;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=191;TCF=65;TCR=126;TR=99;WE=1155297;WS=1155279;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:115,128:0.53:243
chr11	1156646	rs35783651	C	G	2274.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=2.749;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=261;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.176;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=56;PP=1373;ReadPosRankSum=1.752;SC=CCGTGGTCAGCGAGCTCCTCT;SOR=0.847;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=176;TCF=61;TCR=115;TR=83;WE=1156654;WS=1156636;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:148,110:0.43:258
chr11	1156709	rs34664315	G	A	958.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=2.678;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=31;PP=717;ReadPosRankSum=-0.677;SC=GTCCCCTGGGGGCTCAGTGTT;SOR=1.051;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=83;TCF=22;TCR=61;TR=39;WE=1156717;WS=1156699;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,41:0.48:86
chr11	1156750	rs36021067	C	A	537.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-2.325;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.830;HP=3;HapScore=2;MGOF=28;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=20;PP=424;ReadPosRankSum=-1.882;SC=ACACTCCGGGCACACACATGC;SOR=1.773;SbPval=0.94;Source=Platypus;TC=45;TCF=6;TCR=39;TR=21;WE=1156758;WS=1156740;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,22:0.49:45
chr11	1157476	rs28707071	C	G	10878.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=412;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=158;NR=109;PP=2965;SC=TGCAGGCAGACCCCGCCTCTG;SOR=1.012;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=268;TCF=159;TCR=109;TR=267;WE=1157484;WS=1157466;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,400:1.00:400
chr11	1158073	rs28691231	T	C	5730.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.089;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=586;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.727;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=76;NR=103;PP=2193;ReadPosRankSum=-0.041;SC=GCTCCCCCTGTGCAGACACCT;SOR=0.804;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=355;TCF=159;TCR=196;TR=179;WE=1158081;WS=1158063;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:294,289:0.50:583
chr11	1159150	rs28542750	A	T	1257.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=4.774;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=21;PP=858;ReadPosRankSum=0.475;SC=GCCGGCAGGCACCCTCGTCTG;SOR=0.732;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=90;TCF=46;TCR=44;TR=44;WE=1159158;WS=1159140;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,51:0.50:103
chr11	1159209	rs55913171	G	A	1303.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=3.253;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.350;HP=2;HapScore=4;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=15;PP=1872;ReadPosRankSum=1.205;SC=GCCTCCTGACGCGGAGGCTGG;SOR=0.942;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=103;TCF=66;TCR=37;TR=45;WE=1159218;WS=1159199;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,57:0.46:123
chr11	1159210	rs56002968	C	T	1532.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-0.195;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.454;HP=3;HapScore=4;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=22;PP=2062;ReadPosRankSum=-0.942;SC=CCTCCTGACGCGGAGGCTGGA;SOR=0.529;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=106;TCF=68;TCR=38;TR=58;WE=1159218;WS=1159199;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,67:0.53:126
chr11	1159470	rs56026134	A	G	1699.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.593;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.453;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=47;PP=1117;ReadPosRankSum=0.324;SC=AGCCTCCCACAGGCTCCCCCA;SOR=0.901;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=116;TCF=33;TCR=83;TR=64;WE=1159478;WS=1159460;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,75:0.54:138
chr11	1161201	rs28653550	G	A	1016.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=2.066;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.817;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=12;PP=599;ReadPosRankSum=0.532;SC=CTGGTGTGTCGTGTTCCGCAG;SOR=0.950;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=64;TCF=44;TCR=20;TR=37;WE=1161209;WS=1161191;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,46:0.52:88
chr11	1161315	rs28403537	T	C	8283.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=314;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=114;NR=86;PP=2965;SC=CTGGATGGGGTGCAGACGGTG;SOR=0.905;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=200;TCF=114;TCR=86;TR=200;WE=1161323;WS=1161305;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,310:1.00:310
chr11	1161335	rs28663568	T	G	2987.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.903;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=340;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.288;HP=2;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=46;PP=1398;ReadPosRankSum=0.133;SC=GAGTGGAGCCTGGCAGGGCAA;SOR=0.624;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=211;TCF=116;TCR=95;TR=101;WE=1161343;WS=1161325;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:183,153:0.46:336
chr11	1161477	rs28464760	G	C	1940.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.237;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=39;PP=955;ReadPosRankSum=-1.532;SC=ATGGGTCCACGTGACTGTCCC;SOR=0.687;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=130;TCF=45;TCR=85;TR=59;WE=1161485;WS=1161467;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,89:0.51:173
chr11	1161713	rs28404876	G	C	1539.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=40;NR=5;PP=1158;SC=GCCGCAGCTGGAGGGAAAGGC;SOR=3.442;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=46;TCF=41;TCR=5;TR=45;WE=1161721;WS=1161703;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr11	1161935	rs34974357	C	A	13615.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=0.042;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1312;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=238;NR=185;PP=2962;ReadPosRankSum=1.176;SC=TGGGGTCCCGCCCCACAGCCC;SOR=0.731;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=802;TCF=443;TCR=359;TR=423;WE=1161943;WS=1161925;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:654,652:0.50:1306
chr11	1213204	rs72479396	C	G	127025.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.913;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=4959;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.64;MQRankSum=-8.797;QD=26.05;ReadPosRankSum=3.082;SOR=0.675;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1641,3235:0.66:4876
chr11	1213204	.	CTTTCTG	GTTTCCA,GTTTCTG	2962	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.64;FR=0.5000,0.5000;HP=4;HapScore=1;MGOF=127;MMLQ=25;MQ=59.32;NF=255,960;NR=281,941;PP=2934,2962;QD=20;SC=CACAAGCCATCTTTCTGTATC;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=3038;TCF=1531;TCR=1507;TR=536,1901;WE=1213218;WS=1213189;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.18:3038
chr11	1213209	rs377214284	TG	CA	30441.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.415;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=4892;ExcessHet=3.0103;FS=0.650;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.68;MQRankSum=-7.407;QD=6.32;ReadPosRankSum=3.853;SOR=0.788;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3810,1009:0.21:4819
chr11	1213245	rs67624660	T	A	131645.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=6.446;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=4654;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=85;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-1.689;NF=1122;NR=1104;PP=2962;ReadPosRankSum=-3.823;SC=CAGTCACCAGTGACTGTCATC;SOR=0.753;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=3144;TCF=1534;TCR=1610;TR=2226;WE=1213325;WS=1213235;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1332,3273:0.71:4605
chr11	1213257	rs76779582	T	C	134811.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.377;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=4452;ExcessHet=3.0103;FS=0.574;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.98;MQRankSum=0.000;QD=30.60;ReadPosRankSum=-1.283;SOR=0.743;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1264,3141:0.71:4405
chr11	1213259	rs75991767	T	G	133759.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.167;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=4417;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.98;MQRankSum=0.000;QD=30.61;ReadPosRankSum=-1.227;SOR=0.729;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1243,3127:0.72:4370
chr11	1213264	rs72846341	G	A	133059.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.064;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=4398;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.98;MQRankSum=0.000;QD=30.57;ReadPosRankSum=-1.382;SOR=0.707;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1206,3146:0.72:4352
chr11	1213272	rs78252457	A	C	78167.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.491;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=4423;ExcessHet=3.0103;FS=1.108;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.98;MQRankSum=0.000;QD=17.85;ReadPosRankSum=5.368;SOR=0.569;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2020,2358:0.54:4378
chr11	1213275	rs71251383	G	A	6400.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.065;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=4393;ExcessHet=3.0103;FS=0.702;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.98;MQRankSum=0.000;QD=1.47;ReadPosRankSum=3.025;SOR=0.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3601,745:0.17:4346
chr11	1213281	rs75618268	C	T	107463.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.115;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=4376;ExcessHet=3.0103;FS=1.800;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.98;MQRankSum=0.000;QD=24.81;ReadPosRankSum=4.139;SOR=0.549;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1698,2633:0.61:4331
chr11	1213287	rs112774721	G	A	22288.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.364;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=4431;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.98;MQRankSum=0.000;QD=5.08;ReadPosRankSum=-0.402;SOR=0.739;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3569,816:0.19:4385
chr11	1213293	rs77207494	C	T	67532.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=-2.157;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=4431;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.122;HP=2;HapScore=1;MGOF=85;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=577;NR=688;PP=2962;ReadPosRankSum=5.489;SC=ACGTGGACTTCCCATCCCCTG;SOR=0.597;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=2987;TCF=1443;TCR=1544;TR=1265;WE=1213325;WS=1213235;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2627,1761:0.40:4388
chr11	1213296	rs78466479	A	G	21953.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.034;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=4440;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.98;MQRankSum=0.000;QD=4.99;ReadPosRankSum=-5.163;SOR=0.810;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3627,770:0.18:4397
chr11	1213302	rs371630624	T	C	3477.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.076;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=4442;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.98;MQRankSum=0.000;QD=0.79;ReadPosRankSum=-3.326;SOR=0.740;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3766,631:0.14:4397
chr11	1213311	rs80058880	C	T	38064.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.265;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=4536;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.98;MQRankSum=0.000;QD=9.05;ReadPosRankSum=0.495;SOR=0.667;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2955,1252:0.30:4207
chr11	1213314	rs73395695	C	T	91983.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=2.370;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=4572;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.095;HP=6;HapScore=1;MGOF=85;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=789;NR=723;PP=2962;ReadPosRankSum=0.437;SC=GACCCCACGGCGGGGACAAGG;SOR=0.621;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=2880;TCF=1369;TCR=1511;TR=1512;WE=1213325;WS=1213235;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2087,2398:0.53:4485
chr11	1213317	rs76191775	G	A	29061.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.906;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=4551;ExcessHet=3.0103;FS=0.643;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.99;MQRankSum=0.000;QD=6.44;ReadPosRankSum=0.137;SOR=0.615;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3535,981:0.22:4516
chr11	1213405	rs67262263	G	A	39528.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-1.807;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=3601;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.101;HP=2;HapScore=1;MGOF=61;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=613;NR=706;PP=2962;ReadPosRankSum=3.043;SC=GTGCCGAGCCGAGAGCCACCC;SOR=0.613;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=2462;TCF=1106;TCR=1356;TR=1319;WE=1213448;WS=1213389;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1666,1854:0.53:3520
chr11	1213416	rs78511643	G	A	32415.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.074;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=3426;ExcessHet=3.0103;FS=1.103;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.66;ReadPosRankSum=0.870;SOR=0.620;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1778,1578:0.47:3356
chr11	1213424	rs61867531	A	G	115422.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.152;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=3304;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=35.58;ReadPosRankSum=2.383;SOR=0.760;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:536,2708:0.83:3244
chr11	1213428	rs61867532	T	C	114975.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.894;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=3282;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=35.59;ReadPosRankSum=2.544;SOR=0.769;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:533,2698:0.84:3231
chr11	1213440	rs61867533	T	C	109864.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.775;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=3126;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.724;HP=3;HapScore=1;MGOF=61;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=728;NR=1008;PP=2962;ReadPosRankSum=1.646;SC=AACACCTGGGTCAGGTGGTGC;SOR=0.802;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=2102;TCF=905;TCR=1197;TR=1736;WE=1213448;WS=1213389;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:496,2586:0.84:3082
chr11	1213461	rs61867534	T	G	39723.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=1.512;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=3042;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.440;HP=2;HapScore=1;MGOF=90;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=288;NR=458;PP=2962;ReadPosRankSum=2.041;SC=AGTGCAGCCGTGAAGAGGGCC;SOR=0.869;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=1871;TCF=770;TCR=1101;TR=746;WE=1213469;WS=1213451;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1104,1619:0.59:2723
chr11	1213481	rs201626282	G	A	14958.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.049;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=3024;ExcessHet=3.0103;FS=1.231;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.01;ReadPosRankSum=1.550;SOR=0.825;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2113,873:0.29:2986
chr11	1213533	rs73395699	C	T	46320.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.69;BaseQRankSum=-4.272;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=2868;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.362;HP=2;HapScore=1;MGOF=193;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-2.915;NF=149;NR=542;PP=2962;ReadPosRankSum=1.745;SC=ACGAGGTGCGCGTGCTCTGCT;SOR=0.880;SbPval=0.99;Source=Platypus;TC=1125;TCF=401;TCR=724;TR=691;WE=1213541;WS=1213523;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:723,2059:0.74:2782
chr11	1213806	rs28653192	T	C	4437.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.380;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=416;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.543;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=99;PP=2537;ReadPosRankSum=-0.601;SC=CAGTTTTTTATCCAGGAACGC;SOR=0.653;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=296;TCF=95;TCR=201;TR=145;WE=1213814;WS=1213796;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:199,202:0.50:401
chr11	1214924	rs2075841	C	T	861.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-0.142;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.971;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=29;PP=574;ReadPosRankSum=2.445;SC=GCAGCCGGGGCAGCCACTCCC;SOR=1.579;SbPval=0.93;Source=Platypus;TC=79;TCF=20;TCR=59;TR=34;WE=1214932;WS=1214914;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,41:0.42:98
chr11	1215271	rs71025716	GA	G	1962.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=33;NR=6;PP=1607;SC=CTGTTGGGAGGAAAGCCCCAG;SOR=3.422;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=45;TCF=35;TCR=10;TR=39;WE=1215279;WS=1215261;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr11	1215580	rs1132433	A	G	7602.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.808;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=306;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.17;ReadPosRankSum=-0.432;SOR=0.383;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,301:1.00:302
chr11	1215698	rs28452143	A	G	10465.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=397;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=134;NR=113;PP=2965;SC=CCCGTCGACCACGCCCTGCGT;SOR=0.806;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=247;TCF=134;TCR=113;TR=247;WE=1215706;WS=1215688;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,391:1.00:391
chr11	1216316	rs58550179	G	GC	20458.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=467;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=112;NR=139;PP=2965;SC=GAGATGTCCGGCTCTGGAACG;SOR=0.959;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=254;TCF=112;TCR=142;TR=251;WE=1216324;WS=1216306;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,454:1.00:454
chr11	1216333	rs60138698	TA	T	20473.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=463;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=108;NR=148;PP=2957;SC=AACGTGAGCATACCCTGACCA;SOR=0.988;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=261;TCF=111;TCR=150;TR=256;WE=1216341;WS=1216323;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,460:1.00:460
chr11	1217084	rs28652890	T	C	4222.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=0.430;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.268;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=81;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.710;SC=CCCAGCACCCTGCCCATCCCT;SOR=2.737;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=137;TCF=55;TCR=82;TR=134;WE=1217092;WS=1217074;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,166:0.99:168
chr11	1217228	rs28592983	T	C	9722.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=386;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=102;NR=143;PP=2965;SC=CGGCACTCTGTGCGTCCCACG;SOR=1.012;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=245;TCF=102;TCR=143;TR=245;WE=1217236;WS=1217218;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,379:1.00:379
chr11	1218128	rs28503875	G	A	9610.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.667;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=373;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=95;NR=129;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.976;SC=ACGGAGAGCCGGTGAAGGTGA;SOR=0.935;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=226;TCF=97;TCR=129;TR=224;WE=1218136;WS=1218118;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,366:0.99:368
chr11	1218613	rs28668687	A	G	361.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=3;PP=215;SC=TGGCTGCCCCAGCACTGCATG;SOR=1.609;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=8;TCR=3;TR=11;WE=1218621;WS=1218603;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr11	1218631	rs28429550	C	G	139.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-0.932;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=1;PP=36;ReadPosRankSum=-1.982;SC=ATGAGCCGGGCTGGCTGCTGC;SOR=0.382;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=16;TCF=12;TCR=4;TR=4;WE=1218639;WS=1218621;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,8:0.36:22
chr11	1218708	rs35779873	C	T	548.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.592;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=8;PP=308;ReadPosRankSum=-0.725;SC=GCCACACCGTCGGCATGGACT;SOR=0.580;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=50;TCF=30;TCR=20;TR=20;WE=1218716;WS=1218698;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,27:0.40:68
chr11	1219094	rs35700114	A	G	289.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.480;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=33;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=4;PP=221;ReadPosRankSum=1.152;SC=GGGGCGGGGGACAGACTCCTA;SOR=0.573;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=22;TCF=16;TCR=6;TR=13;WE=1219102;WS=1219084;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,14:0.54:26
chr11	1219118	rs28742281	T	C	1319.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=20;NR=11;PP=520;SC=GCCTCACTCCTGCCCCCGCAG;SOR=1.292;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=20;TCR=11;TR=31;WE=1219126;WS=1219108;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr11	1219151	rs35915689	C	G	599.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.671;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.150;HP=3;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=10;PP=286;ReadPosRankSum=-0.331;SC=GCCGCTGCCCCGCGCCCGTGG;SOR=0.285;SbPval=0.22;Source=Platypus;TC=42;TCF=27;TCR=15;TR=21;WE=1219159;WS=1219141;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,31:0.49:63
chr11	1219632	rs2075843	G	A	4134.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.567;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=400;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.795;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-1.018;NF=50;NR=73;PP=1901;ReadPosRankSum=-0.433;SC=ACTCCGGCCGGGGCCAGGGAC;SOR=0.874;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=238;TCF=104;TCR=134;TR=123;WE=1219640;WS=1219622;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:190,199:0.51:389
chr11	1219739	rs201738529	T	TGGCTCCGGGG	1093.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.003;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.246;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.966;NF=0;NR=18;PP=2979;ReadPosRankSum=2.466;SC=CTGGCCTGCCTGGCTCCGGGG;SOR=1.126;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=50;TCF=2;TCR=48;TR=18;WE=1219747;WS=1219729;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,29:0.54:54
chr11	1220171	rs34831688	C	T	6874.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=0.194;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=723;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=100;NR=69;PP=2490;ReadPosRankSum=0.065;SC=CCCCATCGGACGCGTTTGTGG;SOR=0.724;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=371;TCF=216;TCR=155;TR=169;WE=1220179;WS=1220148;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:373,344:0.48:717
chr11	1220462	rs35288961	G	T	604.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-2.570;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.230;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=22;PP=464;ReadPosRankSum=-0.020;SC=GAGCACTGGGGCATGTGGGGA;SOR=0.909;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=61;TCF=10;TCR=51;TR=26;WE=1220470;WS=1220452;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,26:0.39:67
chr11	1220519	rs35525357	GA	G	503.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.627;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.156;NF=5;NR=10;PP=444;ReadPosRankSum=0.309;SC=GGACTCTCTGGAAGCCCACGG;SOR=0.727;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=36;TCF=13;TCR=23;TR=15;WE=1220527;WS=1220511;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,18:0.45:40
chr11	1220599	rs28633254	T	C	3737.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=61;NR=30;PP=1660;SC=CCCTCCAGCCTGGCGAGACCT;SOR=1.237;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=94;TCF=62;TCR=32;TR=91;WE=1220607;WS=1220589;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,139:1.00:139
chr11	1220760	rs28514396	T	C	4572.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=52;NR=68;PP=2604;SC=GGCTTCACCCTTAGATGGGTT;SOR=0.931;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=120;TCF=52;TCR=68;TR=120;WE=1220768;WS=1220750;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,166:1.00:166
chr11	1220796	rs28502687	T	C	2983.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-1.528;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.705;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=50;PP=1493;ReadPosRankSum=1.170;SC=ATCCCTGCAGTGCCAGCAGAC;SOR=0.751;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=86;TCF=36;TCR=50;TR=85;WE=1220804;WS=1220786;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,114:0.99:115
chr11	1220923	rs1132435	C	T	1776.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.355;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.495;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=15;PP=1183;ReadPosRankSum=0.466;SC=CGGCACAGGACGAGGCCCGCA;SOR=0.525;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=133;TCF=104;TCR=29;TR=64;WE=1220931;WS=1220913;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,75:0.49:153
chr11	1220997	rs28457780	G	A	5396.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.011;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=558;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.127;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=109;NR=54;PP=2522;ReadPosRankSum=-2.303;SC=AACCGTGAGTGCCCAGCCTGC;SOR=0.801;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=366;TCF=237;TCR=129;TR=163;WE=1221005;WS=1220987;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:296,259:0.47:555
chr11	1221038	rs28439383	C	T	8177.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=0.057;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=857;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.097;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=138;NR=100;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.766;SC=CTCAGAGGTCCAGGAGCAGCT;SOR=0.791;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=505;TCF=284;TCR=221;TR=238;WE=1221046;WS=1221028;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:442,405:0.48:847
chr11	1221264	rs35968147	T	C	1311.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=4.388;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=38;PP=943;ReadPosRankSum=0.626;SC=CCCAGGGCTCTAGGTGCCAGA;SOR=0.768;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=90;TCF=14;TCR=76;TR=45;WE=1221272;WS=1221254;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,51:0.49:104
chr11	1221305	rs2075844	A	G	1535.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=38;PP=1171;SC=GAGGGGCCAGACAAAGGGCTC;SOR=2.701;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=46;TCF=8;TCR=38;TR=46;WE=1221313;WS=1221295;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr11	1221592	rs28728088	T	C	268.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.390;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=2;PP=165;ReadPosRankSum=0.000;SC=GCCCAGAGCTTGGCACGGCGC;SOR=0.821;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=20;TCF=18;TCR=2;TR=11;WE=1221600;WS=1221582;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,12:0.44:27
chr11	1221985	rs3087562	C	T	3010.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=3.262;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=290;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.982;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=61;PP=1530;ReadPosRankSum=-2.530;SC=CCTCTGAGCTCGGCTTCCAAG;SOR=0.822;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=178;TCF=69;TCR=109;TR=97;WE=1221993;WS=1221975;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:141,144:0.51:285
chr11	1246941	rs2672785	A	G	3128.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.188;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=328;ExcessHet=3.0103;FS=0.411;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.03;ReadPosRankSum=-0.622;SOR=0.649;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:161,151:0.48:312
chr11	1248197	rs908224	G	T	996.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=1.132;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=9;PP=1746;ReadPosRankSum=-0.822;SC=AGGGCTGGGGGGGGGTTGGGT;SOR=1.179;SbPval=0.01;Source=Platypus;TC=54;TCF=24;TCR=30;TR=32;WE=1248218;WS=1248187;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,38:0.97:39
chr11	1248491	rs908223	T	G	7687.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=282;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=112;NR=87;PP=2965;SC=GTTGCCAGTGTGGGGATCAGA;SOR=0.933;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=200;TCF=113;TCR=87;TR=199;WE=1248499;WS=1248479;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,276:1.00:276
chr11	1248731	rs2075854	A	G	1502.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-3.478;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.644;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=26;PP=1064;ReadPosRankSum=-0.680;SC=ACCGGGCACCAGGCAGGGAGG;SOR=0.297;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=90;TCF=53;TCR=37;TR=56;WE=1248739;WS=1248721;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,62:0.61:101
chr11	1248960	rs2075855	G	A	8966.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=1.191;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=862;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=111;NR=140;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.891;SC=ATGGGCCCACGGAGCAGTGCC;SOR=0.726;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=486;TCF=218;TCR=268;TR=251;WE=1248968;WS=1248950;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:415,435:0.51:850
chr11	1250068	rs144854459	T	TG	131.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.868;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.140;HP=5;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=0;PP=95;ReadPosRankSum=0.538;SC=TGGGGGCCACTGGGGGTGGGG;SOR=2.093;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=5;TCR=4;TR=3;WE=1250076;WS=1250058;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,7:0.41:17
chr11	1250384	rs2471912	A	G	5329.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=92;NR=58;PP=2764;SC=GCCCAGCCCCACCTCCTTTTG;SOR=1.070;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=150;TCF=92;TCR=58;TR=150;WE=1250392;WS=1250374;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,203:1.00:203
chr11	1250488	rs2075859	C	T	4258.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=0.187;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=392;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.761;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=62;PP=1688;ReadPosRankSum=-0.397;SC=CGCAGCTCTGCGAGGACCACT;SOR=0.646;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=205;TCF=91;TCR=114;TR=114;WE=1250496;WS=1250478;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:181,210:0.54:391
chr11	1250583	rs55684014	C	T	2026.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.155;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.264;HP=3;HapScore=2;MGOF=27;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=45;PP=978;ReadPosRankSum=-0.600;SC=CTCCCAACCCCGCCCCCAGCC;SOR=1.013;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=125;TCF=49;TCR=76;TR=68;WE=1250591;WS=1250573;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,100:0.53:187
chr11	1250603	rs2075860	G	C	4052.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=37;NR=64;PP=2113;SC=CTCATCAGGCGTGGAAGCAGA;SOR=1.171;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=101;TCF=37;TCR=64;TR=101;WE=1250611;WS=1250593;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,140:1.00:140
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chr11	1250696	rs10832955	C	T	299.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.600;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=35;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=10;PP=193;ReadPosRankSum=1.084;SC=CCTGCCGATGCGTGGAGGGAG;SOR=0.770;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=10;TCR=21;TR=15;WE=1250704;WS=1250686;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,16:0.47:34
chr11	1252047	rs2672807	T	C	2391.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=39;NR=20;PP=1352;SC=CAGGTCCAGGTCTGAGCTTCT;SOR=1.206;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=60;TCF=40;TCR=20;TR=59;WE=1252055;WS=1252037;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr11	1252708	rs2735709	G	C	18121.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=0.738;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=723;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=193;NR=217;PP=2965;ReadPosRankSum=1.922;SC=AGACAGGCCTGGGGCTGCAGC;SOR=0.517;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=415;TCF=194;TCR=221;TR=410;WE=1252716;WS=1252698;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:5,707:0.99:712
chr11	1253136	rs2735711	C	T	636.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=4.589;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.978;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=3;PP=428;ReadPosRankSum=0.738;SC=CCAGCCGTTCCACCCTGTGTG;SOR=1.223;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=60;TCF=49;TCR=11;TR=25;WE=1253144;WS=1253135;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,26:0.41:63
chr11	1253401	rs12421917	C	G	3959.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.822;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=378;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.269;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=62;PP=1899;ReadPosRankSum=1.995;SC=GTACTCCTCGCCCCCACCCCC;SOR=0.555;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=203;TCF=87;TCR=116;TR=115;WE=1253409;WS=1253391;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:187,189:0.50:376
chr11	1253856	rs1318321	T	C	13976.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.64;BaseQRankSum=0.398;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=553;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=51;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=145;NR=232;PP=2962;ReadPosRankSum=0.065;SC=GACGCCCCGATGCCTCCCACC;SOR=0.764;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=383;TCF=148;TCR=235;TR=377;WE=1253864;WS=1253846;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:5,532:0.99:537
chr11	1253942	rs908229	T	C	13311.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.861;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=515;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.95;ReadPosRankSum=1.020;SOR=0.227;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,511:1.00:513
chr11	1253969	rs72846370	A	G	3280.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.349;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=388;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.50;ReadPosRankSum=-4.665;SOR=0.691;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:279,107:0.28:386
chr11	1253976	rs76956995	A	G	3040.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.609;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=348;ExcessHet=3.0103;FS=2.756;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.79;ReadPosRankSum=-5.077;SOR=0.524;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:260,86:0.25:346
chr11	1253980	rs202127660	A	G	2725.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.869;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=327;ExcessHet=3.0103;FS=4.428;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.39;ReadPosRankSum=-5.867;SOR=0.461;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:246,79:0.24:325
chr11	1254599	rs2672806	T	C	1311.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=32;PP=785;SC=TTCTGAGACATGAGGGGCCAG;SOR=2.124;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=42;TCF=10;TCR=32;TR=42;WE=1254607;WS=1254589;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr11	1254940	rs2735719	G	A	2670.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=55;NR=30;PP=1556;SC=GAGGCCCAGCGTTCGGCGGGG;SOR=1.390;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=86;TCF=55;TCR=31;TR=85;WE=1254948;WS=1254930;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr11	1255089	rs147340559	CCCCTG	C	1972.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.847;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=35;PP=2500;ReadPosRankSum=2.057;SC=GTAAGTGCCACCCCTGCCCTG;SOR=1.252;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=64;TCF=11;TCR=53;TR=43;WE=1255101;WS=1255079;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,89:0.97:92
chr11	1257867	rs2672803	T	C	1292.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=11;NR=21;PP=743;SC=CCAGGTGGGGTCTGTGGGACT;SOR=1.280;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=11;TCR=21;TR=32;WE=1257875;WS=1257857;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr11	1258175	rs80092233	C	T	5575.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.476;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=938;ExcessHet=3.0103;FS=17.210;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.02;ReadPosRankSum=-8.028;SOR=1.995;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:741,185:0.20:926
chr11	1258192	rs76589014	AT	TC	6908.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.557;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1030;ExcessHet=3.0103;FS=10.859;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.78;ReadPosRankSum=-0.192;SOR=1.522;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:802,217:0.21:1019
chr11	1258197	rs78674028	A	G	7313.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.162;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1025;ExcessHet=3.0103;FS=7.796;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.21;ReadPosRankSum=0.712;SOR=1.364;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:789,225:0.22:1014
chr11	1258199	rs80200632	C	T	7844.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.060;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1036;ExcessHet=3.0103;FS=9.014;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.65;ReadPosRankSum=1.002;SOR=1.335;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:794,231:0.23:1025
chr11	1258217	rs74648489	T	G	9087.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.895;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1014;ExcessHet=3.0103;FS=8.414;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.04;ReadPosRankSum=1.485;SOR=1.282;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:735,270:0.27:1005
chr11	1258226	rs55700357	C	T	9177.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.302;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=976;ExcessHet=3.0103;FS=5.835;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.48;ReadPosRankSum=3.336;SOR=1.215;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:704,264:0.27:968
chr11	1258240	rs77287508	CA	TG	9673.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.362;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=922;ExcessHet=3.0103;FS=5.644;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.56;ReadPosRankSum=3.633;SOR=1.110;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:644,272:0.30:916
chr11	1258283	rs78669250	G	A	9437.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.140;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=692;ExcessHet=3.0103;FS=0.540;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.70;ReadPosRankSum=0.882;SOR=0.764;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:421,268:0.39:689
chr11	1258286	rs77996005	C	T	9981.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.377;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=682;ExcessHet=3.0103;FS=0.534;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.68;ReadPosRankSum=1.319;SOR=0.752;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:414,266:0.39:680
chr11	1258295	rs79118814	A	G	9289.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.621;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=644;ExcessHet=3.0103;FS=0.540;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.47;ReadPosRankSum=1.165;SOR=0.761;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:389,253:0.39:642
chr11	1260145	rs75799984	T	C	713.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.337;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=411;ExcessHet=3.0103;FS=20.048;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.99;MQRankSum=0.000;QD=1.77;ReadPosRankSum=-2.583;SOR=1.930;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:330,74:0.18:404
chr11	1260157	rs78678736	G	C	2163.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.769;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=409;ExcessHet=3.0103;FS=18.063;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.99;MQRankSum=0.000;QD=5.37;ReadPosRankSum=1.631;SOR=1.935;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:329,74:0.18:403
chr11	1260160	rs78177850	T	G	2170.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.063;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=411;ExcessHet=3.0103;FS=17.514;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.99;MQRankSum=0.000;QD=5.35;ReadPosRankSum=2.122;SOR=1.780;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:330,76:0.19:406
chr11	1260163	rs79220674	C	T	2185.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.430;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=413;ExcessHet=3.0103;FS=15.708;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.99;MQRankSum=0.000;QD=5.36;ReadPosRankSum=2.285;SOR=1.712;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:331,77:0.19:408
chr11	1260175	rs75760167	T	C	1019.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.643;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=413;ExcessHet=3.0103;FS=11.757;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.99;MQRankSum=0.000;QD=2.50;ReadPosRankSum=3.272;SOR=1.598;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:329,79:0.19:408
chr11	1260193	rs74763753	T	C	849.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.137;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=384;ExcessHet=3.0103;FS=14.116;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.99;MQRankSum=0.000;QD=2.24;ReadPosRankSum=1.883;SOR=1.382;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:304,75:0.20:379
chr11	1260214	rs79585387	C	T	1672.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.143;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=344;ExcessHet=3.0103;FS=11.851;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.91;ReadPosRankSum=-2.421;SOR=1.392;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:280,61:0.18:341
chr11	1260217	rs79638064	C	A	1681.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.081;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=344;ExcessHet=3.0103;FS=13.213;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.92;ReadPosRankSum=-3.073;SOR=1.382;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:281,61:0.18:342
chr11	1260219	rs75935363	CG	TA	1675.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.992;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=338;ExcessHet=3.0103;FS=11.999;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.99;ReadPosRankSum=-3.491;SOR=1.298;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:277,59:0.18:336
chr11	1260244	rs76590120	T	C	47.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.847;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=290;ExcessHet=3.0103;FS=21.643;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.17;ReadPosRankSum=-4.473;SOR=2.624;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:262,22:0.08:284
chr11	1260632	rs34074919	TG	T	3462.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.529;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=262;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.658;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=17;PP=2036;ReadPosRankSum=-0.727;SC=TGAGGGCTGGTGGGCGCCTCC;SOR=0.951;SbPval=0.93;Source=Platypus;TC=136;TCF=80;TCR=56;TR=59;WE=1260640;WS=1260622;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:134,122:0.48:256
chr11	1261640	rs2735733	C	T	12167.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.853;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=460;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=109;NR=194;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.484;SC=GGCCCAGTACCGTCTGGGTGA;SOR=1.159;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=306;TCF=110;TCR=196;TR=303;WE=1261648;WS=1261630;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,454:1.00:456
chr11	1262505	rs201753409	G	A	7897.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-1.496;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=892;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=110;NR=119;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.474;SC=CAACCGAAAAGACCACCCTAT;SOR=0.691;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=519;TCF=249;TCR=270;TR=229;WE=1262513;WS=1262495;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:475,407:0.46:882
chr11	1262907	rs2037089	T	C	19527.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.305;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=749;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=263;NR=206;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.340;SC=TCTGCTGCAGTGACGACCACT;SOR=0.477;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=473;TCF=266;TCR=207;TR=469;WE=1262915;WS=1262897;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,739:1.00:742
chr11	1263523	rs1541314	G	A	4198.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.287;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=478;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.522;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=68;NR=77;PP=2257;ReadPosRankSum=0.445;SC=AGGGGTTGCAGGCGGGGACAT;SOR=0.639;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=310;TCF=140;TCR=170;TR=145;WE=1263531;WS=1263513;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:257,205:0.44:462
chr11	1263776	rs2943510	C	T	12327.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.900;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=460;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=158;NR=153;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.243;SC=CCCAGTACCCCAGCCACCAGC;SOR=0.720;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=315;TCF=159;TCR=156;TR=311;WE=1263784;WS=1263766;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,448:1.00:450
chr11	1267325	rs55813014	T	C	27324.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.897;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=996;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=46.12;MQRankSum=-4.438;QD=28.26;ReadPosRankSum=-0.033;SOR=0.786;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:6,961:0.99:967
chr11	1271218	rs199629887	GCCA	G	20872.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=0.027;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1213;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.518;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-1.362;NF=42;NR=189;PP=2966;ReadPosRankSum=0.715;SC=GACCACGAAGGCCACCACGAC;SOR=0.643;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=532;TCF=98;TCR=434;TR=231;WE=1271228;WS=1271208;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:592,548:0.48:1140
chr11	1271321	rs2943517	C	G	13999.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-2.278;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=514;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.486;NF=138;NR=244;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.447;SC=ACAACTGCAGCCACTGGCCCC;SOR=0.141;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=386;TCF=138;TCR=248;TR=382;WE=1271329;WS=1271311;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,502:0.99:505
chr11	1272226	rs2943512	A	C	22671.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.841;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=647;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=-0.767;NF=257;NR=173;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.198;SC=AACACCCATCACCCCAGTGCT;SOR=0.616;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=436;TCF=261;TCR=175;TR=430;WE=1272234;WS=1272215;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:8,637:0.99:645
chr11	1272245	rs2943511	C	T	8061.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.769;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=812;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-1.184;NF=142;NR=103;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.636;SC=CTGACCAGCACGGCCACCACA;SOR=0.706;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=516;TCF=300;TCR=216;TR=245;WE=1272253;WS=1272235;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:414,394:0.49:808
chr11	1272709	rs3021155	G	A	3575.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=4.300;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=429;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.535;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=45;PP=1845;ReadPosRankSum=0.197;SC=CACGGCCACCGCCTCCTCCAC;SOR=0.753;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=266;TCF=157;TCR=109;TR=111;WE=1272717;WS=1272699;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:254,172:0.40:426
chr11	1272754	rs3021156	A	G	4093.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.396;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=513;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.115;HP=4;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=80;NR=54;PP=1906;ReadPosRankSum=0.664;SC=AGTGGTGACCACCATGGCCAC;SOR=0.763;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=309;TCF=183;TCR=126;TR=134;WE=1272762;WS=1272744;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:299,211:0.41:510
chr11	1275652	rs9919637	C	T	812.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=0.464;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.491;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=23;PP=496;ReadPosRankSum=0.683;SC=GACTGCAGGCCGGGGTGACCC;SOR=0.247;SbPval=0.26;Source=Platypus;TC=70;TCF=15;TCR=55;TR=32;WE=1275660;WS=1275642;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,37:0.48:77
chr11	1276554	rs149213102	CGCACGCACGCAGCTCCCTGGG	C	7897.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.854;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=525;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.185;NF=17;NR=80;PP=2979;ReadPosRankSum=2.336;SC=CCCGCATGCACGCACGCACGC;SOR=0.715;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=257;TCF=53;TCR=204;TR=97;WE=1276582;WS=1276544;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:293,210:0.42:503
chr11	1279486	rs2249550	A	G	5666.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.566;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=26.86;ReadPosRankSum=-0.421;SOR=2.187;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,210:1.00:211
chr11	1280301	rs2249686	G	A	3520.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=-0.818;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=381;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.379;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=68;PP=1515;ReadPosRankSum=-0.269;SC=GGTGAGACCCGAGGCACCTGC;SOR=0.660;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=233;TCF=86;TCR=147;TR=110;WE=1280309;WS=1280291;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:195,177:0.48:372
chr11	1281134	rs2857476	T	C	14279.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=548;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=168;NR=172;PP=2965;SC=TCACCCCCAATGGGGCTCTGC;SOR=0.719;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=341;TCF=168;TCR=173;TR=340;WE=1281142;WS=1281124;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,539:1.00:539
chr11	1284226	rs55766124	C	T	1044.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.180;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FS=0.722;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.67;ReadPosRankSum=0.972;SOR=0.565;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:55,53:0.49:108
chr11	1284226	.	CA	TG	468	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MMLQ=26;MQ=60.0;NF=21;NR=16;PP=468;QD=14.0937263476;SC=CTAGGCATAGCAGGATGCAGG;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=62;TCF=37;TCR=25;TR=37;WE=1284235;WS=1284216;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:25,37:0.60:62
chr11	1284227	rs12417955	A	G	3787.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=35.07;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr11	1284382	rs56255524	G	A	2254.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-1.532;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=234;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.015;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=27;PP=880;ReadPosRankSum=0.970;SC=ACCGGGGCCTGCCTCTGCCCT;SOR=0.786;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=144;TCF=79;TCR=65;TR=64;WE=1284390;WS=1284372;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:116,113:0.49:229
chr11	1304674	rs5743992	G	A	451.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.260;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=5;PP=247;ReadPosRankSum=0.708;SC=TGCCAGGGACGCCCCTGCTTA;SOR=0.498;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=21;TCF=15;TCR=6;TR=17;WE=1304682;WS=1304664;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,21:0.72:29
chr11	1304706	rs3838783	TG	T	1451.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=8;NR=13;PP=751;SC=TGCCTGGGCATGGGGGCTGGG;SOR=1.203;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=22;TCF=8;TCR=14;TR=21;WE=1304714;WS=1304696;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr11	1307122	rs5743978	G	A	182.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.103;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=3;PP=124;ReadPosRankSum=0.391;SC=ATTCTAGAATGGATGACGTCC;SOR=0.358;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=16;TCF=12;TCR=4;TR=9;WE=1307130;WS=1307112;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,9:0.50:18
chr11	1309775	rs5743971	G	A	925.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-2.272;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=5;PP=1474;ReadPosRankSum=0.999;SC=AAGAGACAAGGGTGTCTGTGG;SOR=0.724;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=64;TCF=55;TCR=9;TR=33;WE=1309791;WS=1309765;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,40:0.51:79
chr11	1309783	rs5743970	T	C	932.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=2.275;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=4;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=6;PP=1342;ReadPosRankSum=0.566;SC=AGGGTGTCTGTGGGGCGGCAT;SOR=0.765;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=74;TCF=59;TCR=15;TR=33;WE=1309791;WS=1309765;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,41:0.45:91
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chr11	1462217	rs9651643	C	T	761.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-1.266;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=24;PP=519;ReadPosRankSum=-0.363;SC=CAGTGCGCTACCACAGATGCC;SOR=0.495;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=54;TCF=10;TCR=44;TR=30;WE=1462225;WS=1462207;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,34:0.56:61
chr11	1464903	rs56896587	CG	C	2996.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=65;PP=1851;SC=CAGAGCGTGGCGGGGGGGCGC;SOR=2.208;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=80;TCF=3;TCR=77;TR=68;WE=1464911;WS=1464893;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr11	1471095	rs117021012	C	T	2559.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=0.027;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=281;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=60;PP=1386;ReadPosRankSum=-1.084;SC=CCACCCAGCTCGGATGCACAG;SOR=0.693;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=194;TCF=80;TCR=114;TR=91;WE=1471103;WS=1471085;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:139,139:0.50:278
chr11	1471154	rs11028332	C	T	3569.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=37;NR=77;PP=2351;SC=GGCAGCCTCGCGGACCCTGGG;SOR=2.376;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=117;TCF=40;TCR=77;TR=114;WE=1471162;WS=1471144;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chr11	1472050	rs61869028	A	G	3265.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=39;NR=61;PP=1903;SC=GAGGCGCCAGAGTGGGGCTGG;SOR=1.142;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=100;TCF=39;TCR=61;TR=100;WE=1472058;WS=1472040;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr11	1472475	rs3838784	TG	T	4863.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=43;NR=37;PP=2275;SC=CCAGTGCCCCTGGGGGGGCTG;SOR=1.290;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=91;TCF=50;TCR=41;TR=80;WE=1472483;WS=1472465;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,158:1.00:158
chr11	1475628	rs66529968	C	T	825.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=0.617;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.703;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=8;PP=440;ReadPosRankSum=-0.825;SC=TGGAAGATTCCGCCGTTCCAA;SOR=0.355;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=48;TCF=35;TCR=13;TR=27;WE=1475636;WS=1475618;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,36:0.57:63
chr11	1477768	rs67861777	C	T	5371.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.544;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=575;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=78;NR=97;PP=2406;ReadPosRankSum=-1.863;SC=GGTGAGCTGGCGCCCCCAGGG;SOR=0.675;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=383;TCF=172;TCR=211;TR=175;WE=1477776;WS=1477758;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:290,270:0.48:560
chr11	1481610	rs28555282	T	C	359.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=0.873;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.356;HP=3;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=8;PP=404;ReadPosRankSum=-2.272;SC=CGTCGAGGCCTCTTCGTTCAT;SOR=0.758;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=57;TCF=40;TCR=17;TR=24;WE=1481618;WS=1481600;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,18:0.53:34
chr11	1481690	rs150300634	CCTT	C	1446.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.744;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FS=8.399;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.86;ReadPosRankSum=3.576;SOR=0.194;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,45:0.56:81
chr11	1481930	rs4963048	A	G	477.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.767;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.38;ReadPosRankSum=0.000;SOR=0.593;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,20:0.48:42
chr11	1481962	rs34875491	GC	G	196.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.509;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=2.473;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.87;ReadPosRankSum=-0.343;SOR=0.211;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,14:0.56:25
chr11	1490643	rs71025733	TG	T	889.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-0.330;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.974;HP=11;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=10;PP=318;ReadPosRankSum=0.450;SC=GCCCACAGTGTGGGGGGGGGG;SOR=0.994;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=55;TCF=29;TCR=26;TR=27;WE=1490652;WS=1490633;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,42:0.54:78
chr11	1491096	rs9440	G	A	6235.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.224;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=653;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=93;NR=115;PP=2962;ReadPosRankSum=1.340;SC=GGGGCTGCACGGAGACCAGAG;SOR=0.730;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=433;TCF=207;TCR=226;TR=208;WE=1491104;WS=1491086;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:341,306:0.47:647
chr11	1492445	rs4881724	A	G	3920.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=85;NR=15;PP=2640;SC=CCGGCACAGGAGCTTGGTCAC;SOR=2.726;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=101;TCF=86;TCR=15;TR=100;WE=1492453;WS=1492435;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
chr11	1501670	rs10742185	G	C	8380.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=327;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=91;NR=94;PP=2965;SC=TGCAGAACTCGGAGATGGTGC;SOR=0.705;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=187;TCF=91;TCR=96;TR=185;WE=1501678;WS=1501660;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,324:1.00:324
chr11	1502097	rs10767696	A	G	6025.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=234;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=59;NR=84;PP=2632;SC=TCTTGCCATTAGGCTTGGCTT;SOR=0.922;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=143;TCF=59;TCR=84;TR=143;WE=1502105;WS=1502087;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,230:1.00:230
chr11	1502338	rs11030218	A	G	1020.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.138;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.859;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=9;PP=613;ReadPosRankSum=0.147;SC=TCCTGGGAAGAAGGGCTGGCG;SOR=0.466;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=79;TCF=60;TCR=19;TR=35;WE=1502346;WS=1502328;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,46:0.47:98
chr11	1502401	rs4881735	A	C	6710.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=256;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=93;NR=64;PP=2822;SC=CCCCTCACCAAGTCCTCCAAC;SOR=0.950;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=157;TCF=93;TCR=64;TR=157;WE=1502409;WS=1502391;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,251:1.00:251
chr11	1502638	rs11030226	C	T	213.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-2.913;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=9;PP=127;ReadPosRankSum=0.111;SC=CATCAGGCGGCAGCCTGGCCT;SOR=0.481;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=30;TCF=2;TCR=28;TR=9;WE=1502646;WS=1502628;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,11:0.33:33
chr11	1507512	rs1881502	T	C	1832.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=46;NR=4;PP=1324;SC=CCTGGACAGCTTGCGTGTGGC;SOR=3.767;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=50;TCF=46;TCR=4;TR=50;WE=1507520;WS=1507508;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr11	1507731	rs1881503	A	G	12608.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=489;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=126;NR=159;PP=2965;SC=TCCACTTTGCAGGGACTGGCC;SOR=0.833;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=285;TCF=126;TCR=159;TR=285;WE=1507739;WS=1507721;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,486:1.00:486
chr11	1507795	rs1110206	G	A	2697.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.413;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=61;PP=1530;ReadPosRankSum=-0.318;SC=ATGAGTGGGCGACGGGAAGGT;SOR=0.708;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=153;TCF=45;TCR=108;TR=86;WE=1507803;WS=1507785;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,119:0.57:209
chr11	1509143	rs1105871	T	C	3441.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-2.065;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=387;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.789;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=80;NR=47;PP=1479;ReadPosRankSum=-1.385;SC=CAGCAGAGGATGGCCCCAGGC;SOR=0.649;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=282;TCF=180;TCR=102;TR=127;WE=1509180;WS=1509133;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:206,175:0.46:381
chr11	1509238	rs2334554	T	C	20247.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=792;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQ=60.01;NF=231;NR=237;PP=2965;SC=CCCTAAGCCATGCTCTGAGCA;SOR=0.696;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=469;TCF=232;TCR=237;TR=468;WE=1509246;WS=1509228;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,783:1.00:783
chr11	1509421	rs2334553	G	A	799.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=3.875;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.497;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=24;PP=543;ReadPosRankSum=2.226;SC=CCAACAGCAGGGACACAGGTG;SOR=0.445;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=54;TCF=4;TCR=50;TR=27;WE=1509429;WS=1509411;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,32:0.49:65
chr11	1576005	rs59483236	T	C	251.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-2.884;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.005;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=12;PP=171;ReadPosRankSum=-1.832;SC=AACAGACATATGGGAGGCAAA;SOR=2.925;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=1;TCR=21;TR=12;WE=1576013;WS=1575995;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,13:0.54:24
chr11	1576137	rs11604635	C	T	104.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.166;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.88;ReadPosRankSum=-0.807;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,8:0.30:27
chr11	1576235	rs6578504	T	C	322.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=0.051;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.180;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=5;PP=120;ReadPosRankSum=-2.153;SC=GGCGGCTGGCTGGGGCGGGAT;SOR=1.258;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=37;TCF=20;TCR=17;TR=14;WE=1576243;WS=1576225;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,19:0.40:48
chr11	1576283	rs11603496	G	A	479.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-1.977;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.181;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=9;PP=231;ReadPosRankSum=2.035;SC=CTCAGGACTGGGTCCTGCCCT;SOR=1.051;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=37;TCF=19;TCR=18;TR=20;WE=1576291;WS=1576273;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,24:0.55:44
chr11	1576863	rs12576976	A	G	378.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.025;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.571;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=10;PP=200;ReadPosRankSum=-0.219;SC=CTCTCCTGCAATGGTGCCACC;SOR=1.262;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=20;TCF=7;TCR=13;TR=14;WE=1576871;WS=1576853;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,18:0.62:29
chr11	1585277	rs3740620	C	T	2071.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=0.449;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=260;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.509;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=32;PP=810;ReadPosRankSum=0.755;SC=GCCCTGGCCCCGTCCCAGATA;SOR=0.817;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=129;TCF=59;TCR=70;TR=57;WE=1585285;WS=1585267;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:150,110:0.42:260
chr11	1606120	.	ACCACAGCCACCCTTGGATCCCCCACAAGAG	A	817.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.466;ClippingRankSum=0.000;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.381;HP=2;HapScore=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=10.321;NF=0;NR=34;PP=2912;ReadPosRankSum=-0.355;SC=CACAGCCGGAACCACAGCCAC;SOR=1.415;SbPval=1.0;Source=Platypus;TR=34;WE=1606157;WS=1606110;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:110,51:0.32:161
chr11	1619172	.	ACCCCCACAGGAGCCACAGCCCCCCTTGGAG	A	2483.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.524;ClippingRankSum=0.000;DP=283;ExcessHet=3.0103;FS=0.801;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.81;MQRankSum=-0.374;QD=18.13;ReadPosRankSum=-0.071;SOR=0.847;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:61,76:0.55:137
chr11	1628844	rs1989592	A	G	4551.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=2.562;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=436;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.137;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=106;NR=54;PP=2585;ReadPosRankSum=0.979;SC=CACAGCTGCAATCATTCCTGG;SOR=0.839;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=318;TCF=205;TCR=113;TR=160;WE=1628852;WS=1628834;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:212,209:0.50:421
chr11	1628965	rs57186801	G	A	15015.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-4.332;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=852;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.825;NF=133;NR=143;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.395;SC=GCTTGCAGCAGCTGGACTGGC;SOR=0.671;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=535;TCF=254;TCR=281;TR=276;WE=1628973;WS=1628955;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:397,439:0.53:836
chr11	1628992	rs60210378	G	A	13422.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.799;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=763;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.521;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=1.148;NF=116;NR=130;PP=2962;ReadPosRankSum=1.160;SC=ATGACCCACAGCCTGAGGAGC;SOR=0.739;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=500;TCF=236;TCR=264;TR=246;WE=1629000;WS=1628982;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:356,391:0.52:747
chr11	1630342	rs10837527	T	A	903.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.015;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FS=4.303;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.44;ReadPosRankSum=-0.993;SOR=0.964;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,45:0.57:79
chr11	1651169	rs71454095	T	C	4634.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.353;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=241;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.07;MQRankSum=2.240;QD=19.39;ReadPosRankSum=-0.512;SOR=0.704;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:116,123:0.51:239
chr11	1651199	.	A	AGGCTGTGGCTCC	771.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.145;ClippingRankSum=0.000;DP=253;ExcessHet=3.0103;FS=9.558;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.85;MQRankSum=-4.858;QD=4.85;ReadPosRankSum=-3.413;SOR=1.359;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:128,31:0.19:159
chr11	1651435	rs201941213	G	C	478.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=-0.223;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=28;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.797;NF=16;NR=4;PP=390;ReadPosRankSum=1.548;SC=TGTGGCTCCTGTGGGGGGTCC;SOR=0.829;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=31;TCF=24;TCR=7;TR=20;WE=1651443;WS=1651425;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,19:0.58:33
chr11	1651540	rs61867581	C	G	2015.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.009;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FS=0.600;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.30;MQRankSum=-7.751;QD=9.08;ReadPosRankSum=2.208;SOR=0.762;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:164,58:0.26:222
chr11	1651550	rs61867582	C	T	2632.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.034;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=266;ExcessHet=3.0103;FS=1.811;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.17;MQRankSum=-9.094;QD=10.24;ReadPosRankSum=-0.007;SOR=0.851;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:184,73:0.28:257
chr11	1651555	rs147101544	C	A	2725.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.556;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=287;ExcessHet=3.0103;FS=1.710;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.23;MQRankSum=-8.741;QD=9.80;ReadPosRankSum=-0.688;SOR=0.852;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:198,80:0.29:278
chr11	1651594	.	AGTCC	A	4630.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=4.578;ClippingRankSum=0.000;DP=452;ExcessHet=3.0103;FS=1.929;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.48;MQRankSum=-5.261;QD=10.36;ReadPosRankSum=-1.933;SOR=0.891;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:298,149:0.33:447
chr11	1651599	.	AGCTGCTGTAAGCCTTACTGCTGCCAG	A	4469.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=3.982;ClippingRankSum=0.000;DP=514;ExcessHet=3.0103;FS=3.677;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.70;MQRankSum=-5.992;QD=8.80;ReadPosRankSum=-1.895;SOR=0.962;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:357,151:0.30:508
chr11	1651830	rs4752770	G	T	4745.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-2.677;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=398;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.378;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=102;PP=2572;ReadPosRankSum=1.473;SC=GAAGGGCCCGGCTGCCCAGCT;SOR=0.539;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=283;TCF=96;TCR=187;TR=162;WE=1651838;WS=1651820;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:172,216:0.56:388
chr11	1651917	rs4752769	C	T	1231.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-5.336;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.764;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=40;PP=946;ReadPosRankSum=-0.332;SC=CACCAGTGCTCCCGAAACTGA;SOR=0.259;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=65;TCF=1;TCR=64;TR=41;WE=1651925;WS=1651907;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,45:0.63:71
chr11	1718833	rs73404785	T	G	7400.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.052;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=780;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=128;NR=110;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.518;SC=GGCCAGCTGCTGTGTCCCCAT;SOR=0.715;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=504;TCF=272;TCR=232;TR=238;WE=1718841;WS=1718823;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:398,377:0.49:775
chr11	1776024	rs55725229	TC	T	2565.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=39;NR=12;PP=2065;SC=CTTGCCCAGCTCCCACTACTC;SOR=2.432;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=55;TCF=41;TCR=14;TR=51;WE=1776032;WS=1776014;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr11	1785462	.	C	G	1759.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.304;ClippingRankSum=0.000;DP=167;ExcessHet=3.0103;FS=0.626;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.86;ReadPosRankSum=0.294;SOR=0.773;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:82,80:0.49:162
chr11	1853107	rs616594	C	T	8908.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.972;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=374;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=105;NR=132;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.044;SC=TGGCCGGCCACAGGAAGTGGT;SOR=0.485;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=241;TCF=106;TCR=135;TR=237;WE=1853115;WS=1853097;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,365:0.99:368
chr11	1855854	rs2063551	G	C	5589.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=2.487;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.194;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=59;PP=2287;ReadPosRankSum=1.937;SC=TGTGGTGCGTGCTGGGGTAGA;SOR=0.373;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=123;TCF=64;TCR=59;TR=123;WE=1855862;WS=1855844;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,216:1.00:217
chr11	1857173	rs564271	T	C	8385.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=328;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=107;NR=96;PP=2965;SC=GCAATGGGGGTGCCTGCAGCT;SOR=0.763;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=203;TCF=107;TCR=96;TR=203;WE=1857181;WS=1857163;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,323:1.00:323
chr11	1858262	rs484955	C	T	4699.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=1.528;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=466;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.464;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=85;NR=48;PP=2119;ReadPosRankSum=1.151;SC=AAAAAGGGCACGGCGGCCCCC;SOR=0.896;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=272;TCF=164;TCR=108;TR=133;WE=1858270;WS=1858252;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:241,222:0.48:463
chr11	1861588	rs376367359	C	T	1242.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.439;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=30;PP=742;ReadPosRankSum=-0.298;SC=GGGGGTGCTCCAGGCCTGGAG;SOR=0.725;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=83;TCF=26;TCR=57;TR=44;WE=1861596;WS=1861578;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,55:0.55:100
chr11	1861760	rs907610	T	C	2253.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=0.753;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.088;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=35;PP=881;ReadPosRankSum=-1.759;SC=CACCGCAGAGTGTGATGCTGC;SOR=0.607;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=118;TCF=56;TCR=62;TR=69;WE=1861768;WS=1861750;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:91,111:0.55:202
chr11	1874221	rs907612	C	T	933.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=25;NR=6;PP=685;SC=CAAGCCGAGACAGGTTCCAAA;SOR=2.448;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=25;TCR=6;TR=31;WE=1874229;WS=1874211;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr11	1874292	rs907613	G	A	938.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.787;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.552;HP=6;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=14;PP=562;ReadPosRankSum=0.834;SC=CTCAGAAGCCGCCCCAGAAAG;SOR=1.037;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=79;TCF=50;TCR=29;TR=40;WE=1874300;WS=1874282;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,47:0.42:111
chr11	1880596	rs7929314	C	G	217.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=2.506;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=8;NR=1;PP=162;ReadPosRankSum=2.341;SC=CTCTCCTGCTCCATCCCTGGC;SOR=1.347;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=18;TCF=15;TCR=3;TR=9;WE=1880604;WS=1880586;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,9:0.50:18
chr11	1880730	rs75966923	C	A	1187.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.102;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.430;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=18;PP=619;ReadPosRankSum=-0.303;SC=GTTTCTGAGGCAAGGCTGCCT;SOR=0.897;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=72;TCF=38;TCR=34;TR=42;WE=1880738;WS=1880720;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,59:0.52:113
chr11	1880811	rs571122	G	A	3446.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=34;NR=42;PP=1376;SC=TAGCCAATTCGTTCCAGATGA;SOR=0.770;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=76;TCF=34;TCR=42;TR=76;WE=1880819;WS=1880801;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,133:1.00:133
chr11	1880956	.	C	T	48.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-1.836;ClippingRankSum=0.000;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=5;PP=209;ReadPosRankSum=-0.296;SC=CCCCCAGCACCCATGACCCAC;SOR=0.859;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=1;TCR=14;TR=5;WE=1880964;WS=1880946;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,6:0.33:18
chr11	1887806	rs7938342	T	A	2797.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.184;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=298;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.463;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=65;PP=1890;ReadPosRankSum=-0.866;SC=GCACACCTCATCCCAGCCTCC;SOR=0.809;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=248;TCF=112;TCR=136;TR=128;WE=1887814;WS=1887796;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:155,140:0.47:295
chr11	1890810	rs501124	G	A	1238.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.249;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=15;PP=628;ReadPosRankSum=0.585;SC=GGGAGGAGGGGTCTCTCCCAC;SOR=0.673;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=83;TCF=55;TCR=28;TR=42;WE=1890818;WS=1890800;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,55:0.51:108
chr11	1890990	rs592373	G	A	3576.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.30;QD=25.55;SOR=0.781;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,140:1.00:140
chr11	1891035	rs61278563	G	GA	2102.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=39;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=2;NR=47;PP=1210;SC=GGGCGTGGGGGGGGCTGGTTT;SOR=1.101;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=49;TCF=2;TCR=47;TR=49;WE=1891043;WS=1891025;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr11	1891599	rs7929436	A	C	1998.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.284;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.766;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=45;PP=1142;ReadPosRankSum=-1.429;SC=CCTGGGAAAGAAGTGCCGGCC;SOR=1.005;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=149;TCF=58;TCR=91;TR=68;WE=1891607;WS=1891589;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:119,96:0.45:215
chr11	1901467	rs2271439	A	C	2577.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=46;PP=1436;SC=GAGCAGCCCCATAACGCGTGC;SOR=1.863;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=57;TCF=11;TCR=46;TR=57;WE=1901475;WS=1901457;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr11	1902635	rs536462	G	T	2338.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=1.157;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=28;PP=987;ReadPosRankSum=0.196;SC=AGCCGCCCAGGCCTAAGCTCC;SOR=0.725;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=108;TCF=60;TCR=48;TR=63;WE=1902643;WS=1902625;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:93,110:0.54:203
chr11	1904736	rs61751880	G	A	1386.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=2.200;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=30;PP=785;ReadPosRankSum=-0.423;SC=CAGGCCCAGAGGACACTGTCC;SOR=0.674;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=85;TCF=26;TCR=59;TR=43;WE=1904744;WS=1904726;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,61:0.52:117
chr11	1905292	rs661348	T	C	7130.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.438;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=705;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=91;NR=97;PP=2956;ReadPosRankSum=-2.195;SC=TTCTCCCCTCTCCCGTACTCA;SOR=0.681;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=394;TCF=187;TCR=207;TR=188;WE=1905300;WS=1905282;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:348,352:0.50:700
chr11	1905653	rs56024612	G	C	1922.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.949;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.462;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=33;PP=824;ReadPosRankSum=1.044;SC=GACCGAGGGGGGCTCTGGGAG;SOR=0.641;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=170;TCF=81;TCR=89;TR=71;WE=1905661;WS=1905643;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:127,98:0.44:225
chr11	1910635	rs869444	C	T	3400.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=-0.998;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=255;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.990;HP=7;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=39;PP=1033;ReadPosRankSum=-1.300;SC=GTCCGGGAGGCGGGGGCCCGG;SOR=0.784;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=134;TCF=64;TCR=70;TR=73;WE=1910643;WS=1910625;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:96,159:0.62:255
chr11	1910707	rs613638	T	C	4666.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=49;NR=57;PP=1922;SC=TCTGTGGGGGTGGGCACCTCT;SOR=0.788;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=106;TCF=49;TCR=57;TR=106;WE=1910715;WS=1910697;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,174:1.00:174
chr11	1911115	rs11041692	T	C	1792.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.138;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.330;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=35;PP=817;ReadPosRankSum=0.222;SC=GCCTGGACTGTGGTGGGCAGT;SOR=0.404;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=139;TCF=58;TCR=81;TR=64;WE=1911123;WS=1911105;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:91,89:0.49:180
chr11	1944050	rs370860604	CCT	C	69.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.438;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=662;ExcessHet=3.0103;FS=0.939;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.02;MQRankSum=0.000;QD=0.11;ReadPosRankSum=-0.348;SOR=0.796;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:553,62:0.10:615
chr11	1944202	rs965912	A	G	4462.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.679;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=480;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.114;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=70;NR=88;PP=2365;ReadPosRankSum=-1.722;SC=AGCATGCGCTATCTTGCACAA;SOR=0.575;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=348;TCF=147;TCR=201;TR=158;WE=1944210;WS=1944192;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:252,215:0.46:467
chr11	1944636	rs2734500	A	T	1383.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=4.176;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=6;PP=939;ReadPosRankSum=0.477;SC=GCGCCTCCTCAGGGCCCGAGG;SOR=0.786;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=113;TCF=95;TCR=18;TR=49;WE=1944644;WS=1944626;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,58:0.48:122
chr11	1950302	rs629990	A	G	5948.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-0.089;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=662;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=91;NR=85;PP=2421;ReadPosRankSum=-0.354;SC=CCGCAGCCGCACTGGCTTTTC;SOR=0.685;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=385;TCF=198;TCR=187;TR=176;WE=1950310;WS=1950292;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:349,309:0.47:658
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chr11	1956212	rs513735	T	C	3858.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.132;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=406;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.084;NF=38;NR=79;PP=1927;ReadPosRankSum=0.484;SC=AGAGCAGCCATCTCCCTGCGT;SOR=0.686;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=256;TCF=84;TCR=172;TR=117;WE=1956220;WS=1956202;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:213,183:0.46:396
chr11	1960012	rs138544469	C	T	967.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.027;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=26;PP=605;ReadPosRankSum=-0.047;SC=AATGGCACAGCGTCCTGGTCA;SOR=0.711;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=68;TCF=25;TCR=43;TR=42;WE=1960020;WS=1960002;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,46:0.55:84
chr11	1961701	rs375322681	TCTCA	T	225.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.170;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=3;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=2;PP=405;ReadPosRankSum=2.980;SC=TCTCTCTCTCTCTCACACACA;SOR=0.784;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=23;TCF=20;TCR=3;TR=16;WE=1961712;WS=1961695;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,13:0.52:25
chr11	1961869	rs11041941	T	C	2640.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=-1.185;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=244;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.998;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=36;PP=1008;ReadPosRankSum=-1.562;SC=CATGGCTGTCTATGTAGATTA;SOR=0.706;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=123;TCF=61;TCR=62;TR=69;WE=1961877;WS=1961859;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:108,129:0.54:237
chr11	1968455	rs907601	C	G	263.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.445;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=1;PP=201;ReadPosRankSum=-0.646;SC=GGCACGGGCGCGCGGCACGGG;SOR=0.693;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=25;TCF=20;TCR=5;TR=11;WE=1968463;WS=1968447;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,11:0.50:22
chr11	1973205	rs217205	T	C	425.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-3.271;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=3;PP=255;ReadPosRankSum=1.543;SC=CTGCCTGGCCTCACTAGTGCC;SOR=0.527;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=30;TCF=24;TCR=6;TR=16;WE=1973213;WS=1973195;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,19:0.58:33
chr11	1976988	rs177720	A	G	5071.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=44;NR=79;PP=2636;SC=TGATTTATCAACTGCCGCACG;SOR=1.185;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=126;TCF=45;TCR=81;TR=123;WE=1976996;WS=1976978;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,186:1.00:186
chr11	1993975	rs190063	C	A	5181.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.129;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.077;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=64;PP=2454;ReadPosRankSum=1.854;SC=TCAGGATGGACGTCTTCTACT;SOR=0.288;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=126;TCF=62;TCR=64;TR=125;WE=1993983;WS=1993965;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,196:0.99:197
chr11	2005794	rs71455916	C	A	1386.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-3.041;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=15.834;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=45;PP=909;ReadPosRankSum=1.147;SC=CAAGGCCAGGCCCCCCTCGGG;SOR=2.355;SbPval=0.98;Source=Platypus;TC=105;TCF=10;TCR=95;TR=46;WE=2005802;WS=2005784;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,58:0.45:129
chr11	2016619	rs3741219	A	G	2338.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.952;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=40;PP=1272;ReadPosRankSum=0.911;SC=CGGGCCCTGCACAGGCACTTG;SOR=0.692;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=166;TCF=84;TCR=82;TR=83;WE=2016627;WS=2016609;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:108,110:0.50:218
chr11	2016659	rs2839704	T	C	5453.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.875;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=268;ExcessHet=3.0103;FS=0.444;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=20.50;ReadPosRankSum=0.382;SOR=0.659;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:126,140:0.53:266
chr11	2016662	rs2839703	T	C	5485.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.530;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=269;ExcessHet=3.0103;FS=0.445;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=20.55;ReadPosRankSum=0.411;SOR=0.736;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:126,141:0.53:267
chr11	2016908	rs217727	G	A	1369.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.714;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.004;HP=4;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=29;PP=686;ReadPosRankSum=-1.261;SC=TCAACCGTCCGCCGCAGGGGG;SOR=0.904;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=116;TCF=57;TCR=59;TR=53;WE=2016916;WS=2016898;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,71:0.45:157
chr11	2016924	rs10840159	A	G	2015.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.681;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.268;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=33;PP=853;ReadPosRankSum=-0.847;SC=GGGGGTGGCCATGAAGATGGA;SOR=0.587;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=122;TCF=58;TCR=64;TR=66;WE=2016932;WS=2016914;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,94:0.60:157
chr11	2017017	rs2839702	A	C	1784.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.299;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FS=3.618;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.26;ReadPosRankSum=-0.876;SOR=0.464;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:85,89:0.51:174
chr11	2017110	rs2839701	C	G	2968.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.071;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=246;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.474;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=40;PP=1392;ReadPosRankSum=-2.928;SC=GCTCACCTTCCAGAGCCGATT;SOR=0.653;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=171;TCF=98;TCR=73;TR=91;WE=2017118;WS=2017100;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:105,136:0.56:241
chr11	2017439	rs3024270	C	G	2393.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.950;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=247;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.575;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=47;PP=1358;ReadPosRankSum=-0.366;SC=AGACAGAGGTCGGGGCAGTGA;SOR=0.831;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=171;TCF=74;TCR=97;TR=79;WE=2017447;WS=2017429;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:133,108:0.45:241
chr11	2018168	rs2067051	C	T	9375.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.574;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=920;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.095;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=149;NR=140;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.964;SC=CTCCTGGTGACGTCCTGCTGC;SOR=0.592;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=539;TCF=284;TCR=255;TR=289;WE=2018176;WS=2018158;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:451,463:0.51:914
chr11	2018336	rs2075745	A	T	5255.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.719;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=572;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.525;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=86;NR=88;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.073;SC=GTCCCCTGCCATGTCCCTGTC;SOR=0.711;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=403;TCF=204;TCR=199;TR=174;WE=2018344;WS=2018326;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:315,243:0.44:558
chr11	2018449	rs2075744	A	G	8814.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.186;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=966;ExcessHet=3.0103;FS=1.104;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.27;ReadPosRankSum=2.094;SOR=0.701;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:514,437:0.46:951
chr11	2018853	rs2839698	G	A	11506.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=0.062;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1115;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.519;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=190;NR=158;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.192;SC=ATGCCTGGGCGCCTACTCCAC;SOR=0.650;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=728;TCF=402;TCR=326;TR=348;WE=2018861;WS=2018843;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:530,558:0.51:1088
chr11	2156536	rs3213225	G	A	2859.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=54;NR=21;PP=1493;SC=GAGGTTGGGCGTCCTCACCGG;SOR=1.725;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=75;TCF=54;TCR=21;TR=75;WE=2156544;WS=2156526;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr11	2161858	rs3741212	A	G	5491.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=71;NR=69;PP=2553;SC=CTTTCCCCACAAATGAGATCT;SOR=0.871;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=141;TCF=72;TCR=69;TR=140;WE=2161866;WS=2161848;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,218:1.00:218
chr11	2161955	rs12807478	C	T	1596.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=1.393;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.566;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=33;PP=866;ReadPosRankSum=0.277;SC=GCAGCCGTGTCCCGCGCCCCA;SOR=0.770;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=110;TCF=46;TCR=64;TR=54;WE=2161963;WS=2161945;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:95,78:0.45:173
chr11	2167543	rs1003483	T	G	13319.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=0.948;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=517;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=108;NR=153;PP=2965;ReadPosRankSum=1.774;SC=CCCAGCTCCTTTCTCCAAGGG;SOR=0.918;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=264;TCF=108;TCR=156;TR=261;WE=2167551;WS=2167533;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,510:0.99:514
chr11	2167618	rs1003484	A	G	5415.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=32;NR=86;PP=2583;SC=CCTTGCGCTCACTCCCCTCGC;SOR=1.537;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=118;TCF=32;TCR=86;TR=118;WE=2167626;WS=2167608;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,193:1.00:193
chr11	2169014	rs10770125	A	G	2270.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=26;NR=26;PP=906;SC=CTCCCACACAAGCTCGGTGGT;SOR=0.739;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=52;TCF=26;TCR=26;TR=52;WE=2169022;WS=2169004;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr11	2169110	rs3741211	A	G	403.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.528;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=9;PP=227;ReadPosRankSum=0.887;SC=ATACACCCCAAGCCTGAGCCC;SOR=0.859;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=25;TCF=10;TCR=15;TR=14;WE=2169118;WS=2169100;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,21:0.52:40
chr11	2181060	rs3842753	T	G	5198.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.705;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=54;PP=2247;ReadPosRankSum=-0.935;SC=GCGGCGGGTGTGGGGCTGCCT;SOR=0.856;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=121;TCF=66;TCR=55;TR=119;WE=2181068;WS=2181050;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,197:0.99:199
chr11	2182004	rs5506	A	G	6927.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=277;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=104;NR=76;PP=2965;SC=AGCAATGGGCAGTTGGCTCAC;SOR=0.970;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=180;TCF=104;TCR=76;TR=180;WE=2182012;WS=2181994;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,267:1.00:267
chr11	2182224	rs689	A	T	2520.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=10;NR=68;PP=1836;SC=GTGATCTGGGAGACAGGCAGG;SOR=3.509;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=78;TCF=10;TCR=68;TR=78;WE=2182232;WS=2182214;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr11	2186335	rs2070762	A	G	1783.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=42;NR=4;PP=1283;SC=GGCTGCTGCAACCAGGGGTCG;SOR=3.912;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=46;TCF=42;TCR=4;TR=46;WE=2186343;WS=2186325;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr11	2187071	rs6578990	T	C	7316.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=260;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=101;NR=103;PP=2965;SC=GTGACCAGGATACCACCCCCA;SOR=0.701;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=205;TCF=101;TCR=104;TR=204;WE=2187079;WS=2187061;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,251:1.00:251
chr11	2187398	rs4072823	T	G	1721.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=44;PP=1242;SC=GACACTTCCCTGGCGGCAGAG;SOR=3.690;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=50;TCF=6;TCR=44;TR=50;WE=2187406;WS=2187388;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr11	2187439	rs4072824	C	A	1297.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=52;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=28;PP=762;SC=ATCCGCACCTCCACCGGGCCT;SOR=4.112;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=31;TCF=3;TCR=28;TR=31;WE=2187447;WS=2187429;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr11	2188566	rs7925924	C	T	888.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=19;NR=5;PP=527;SC=TTAGTCTCTCCTGTTGTGCCA;SOR=2.019;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=19;TCR=5;TR=24;WE=2188574;WS=2188556;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr11	2189185	rs4074905	G	A	4249.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=49;NR=58;PP=2467;SC=GGGGATGCACGGGTCAGGAGG;SOR=0.820;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=107;TCF=49;TCR=58;TR=107;WE=2189193;WS=2189175;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,149:1.00:149
chr11	2190951	rs6356	C	T	2575.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=2.107;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=319;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.496;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=50;PP=1140;ReadPosRankSum=1.994;SC=AGGTTTAGCACGGCCTTCCCC;SOR=0.856;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=183;TCF=75;TCR=108;TR=81;WE=2190959;WS=2190941;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:180,130:0.42:310
chr11	2194175	rs10743149	T	C	4914.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=71;NR=50;PP=2087;SC=GGCCAGAGCCTGCCTTGACAA;SOR=0.956;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=122;TCF=72;TCR=50;TR=121;WE=2194183;WS=2194165;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,186:1.00:186
chr11	2194390	rs10840491	G	A	1125.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.133;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.781;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=26;PP=591;ReadPosRankSum=0.707;SC=CTGACTTCTCGAAGGCCTACC;SOR=0.581;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=73;TCF=23;TCR=50;TR=40;WE=2194398;WS=2194380;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,53:0.54:99
chr11	2194420	rs10770142	G	C	1980.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=11;NR=39;PP=1130;SC=CACTGTGGCAGCCAGAGCTGG;SOR=1.819;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=50;TCF=11;TCR=39;TR=50;WE=2194428;WS=2194410;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr11	2321042	.	ATGCACACACATCCACGTCTGCACACGCATCCACGCC	A	271.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=0.740;ClippingRankSum=0.000;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.720;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=3.495;NF=0;NR=7;PP=2657;ReadPosRankSum=-4.480;SC=ACACATATGCATGCACACACA;SOR=1.095;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=0;TCR=21;TR=7;WE=2321085;WS=2321032;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,12:0.43:28
chr11	2322829	rs11022157	C	A	2343.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=2.029;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.884;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=23;PP=1478;ReadPosRankSum=-0.868;SC=AAACCAACGACCTTCTCAAAA;SOR=0.882;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=166;TCF=122;TCR=44;TR=89;WE=2322837;WS=2322819;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:99,105:0.51:204
chr11	2323022	rs12276847	C	T	7007.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.212;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=811;ExcessHet=3.0103;FS=0.520;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.74;ReadPosRankSum=0.969;SOR=0.651;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:440,362:0.45:802
chr11	2323029	rs756924	T	C	13525.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.375;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=811;ExcessHet=3.0103;FS=0.524;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.80;ReadPosRankSum=1.574;SOR=0.735;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:439,366:0.45:805
chr11	2323528	rs2074021	T	C	337.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.743;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=36;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-1.062;NF=3;NR=10;PP=215;ReadPosRankSum=-0.307;SC=ACAGGGATTATCCCTCCCCTG;SOR=0.627;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=28;TCF=6;TCR=22;TR=13;WE=2323536;WS=2323518;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,16:0.44:36
chr11	2324041	rs2074022	A	G	2701.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-1.751;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=268;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=35;PP=1355;ReadPosRankSum=0.350;SC=CAGCAGTCCCATGCCCCACAC;SOR=0.716;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=204;TCF=132;TCR=72;TR=101;WE=2324049;WS=2324031;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:128,135:0.51:263
chr11	2324692	rs1501467	C	T	2174.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.115;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=249;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=36;PP=963;ReadPosRankSum=-2.369;SC=AGGGCCAGAGCCTGCTGGGGC;SOR=0.721;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=170;TCF=81;TCR=89;TR=68;WE=2324700;WS=2324682;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:135,110:0.45:245
chr11	2324852	rs2651824	A	C	436.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=2.208;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=14;PP=306;ReadPosRankSum=-2.064;SC=GAGGTCAGGGATACTGCCTTA;SOR=0.936;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=36;TCF=7;TCR=29;TR=17;WE=2324860;WS=2324842;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,19:0.45:42
chr11	2329894	rs34400624	GC	G	95.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.497;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=8.70;ReadPosRankSum=-1.542;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,6:0.55:11
chr11	2329995	rs11554947	C	T	2498.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.68;BaseQRankSum=0.011;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=244;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.594;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=16;PP=888;ReadPosRankSum=1.971;SC=TGGCGTTCTGCGCACAGGTGC;SOR=0.835;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=99;TCF=61;TCR=38;TR=49;WE=2330003;WS=2329985;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:108,125:0.54:233
chr11	2330077	rs2234297	C	G	1969.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.62;BaseQRankSum=0.439;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.072;HP=4;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=28;PP=795;ReadPosRankSum=-2.032;SC=AGTGGAGGGTCCCCCAGTAAG;SOR=0.791;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=106;TCF=47;TCR=59;TR=50;WE=2330085;WS=2330067;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:111,97:0.47:208
chr11	2330400	rs2521273	G	A	1084.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=1.346;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.506;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=14;PP=663;ReadPosRankSum=0.942;SC=CTTGGCCTTAGGGGTTGACTA;SOR=0.967;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=77;TCF=49;TCR=28;TR=43;WE=2330408;WS=2330390;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,52:0.48:108
chr11	2330479	rs2521274	G	A	1862.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=1.104;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.530;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=24;PP=1041;ReadPosRankSum=-1.479;SC=TGGGGCAGACGGTACCAGTGG;SOR=1.025;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=120;TCF=71;TCR=49;TR=66;WE=2330487;WS=2330469;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,87:0.53:165
chr11	2330563	rs2521275	C	T	2396.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.118;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.670;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=43;PP=1177;ReadPosRankSum=0.237;SC=CCCATCCTTCCGTCCTGGATG;SOR=0.765;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=136;TCF=66;TCR=70;TR=80;WE=2330571;WS=2330553;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:98,116:0.54:214
chr11	2334740	rs739546	G	A	570.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.583;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.163;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=2;PP=387;ReadPosRankSum=-1.006;SC=TCCGCTTTGGGGAGATCCACC;SOR=1.981;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=26;TCF=23;TCR=3;TR=18;WE=2334748;WS=2334730;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,22:0.63:35
chr11	2337012	rs11022252	G	C	917.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-3.227;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.646;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=6;PP=480;ReadPosRankSum=0.370;SC=GAACCAGGAAGCTGGGACTGT;SOR=0.193;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=54;TCF=44;TCR=10;TR=27;WE=2337020;WS=2337002;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,40:0.57:70
chr11	2356603	rs2651795	T	C	1764.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=3.062;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=247;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=11.066;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.229;NF=48;NR=21;PP=1039;ReadPosRankSum=-0.940;SC=TCCAACTTGTTGAGACTTGGC;SOR=1.299;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=176;TCF=108;TCR=68;TR=69;WE=2356611;WS=2356593;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:151,89:0.37:240
chr11	2356769	rs2651794	T	C	5691.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=2.605;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=530;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.752;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-2.812;NF=112;NR=74;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.540;SC=TACACCTGGATTACCTTGCCA;SOR=0.835;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=367;TCF=213;TCR=154;TR=186;WE=2356777;WS=2356759;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:250,260:0.51:510
chr11	2357108	rs2173888	C	G	1007.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=1.198;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=29;PP=655;ReadPosRankSum=0.737;SC=TGTTGGACATCCTCACCAACA;SOR=0.699;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=65;TCF=7;TCR=58;TR=32;WE=2357116;WS=2357098;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,39:0.55:71
chr11	2400338	rs2651796	C	G	1640.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.549;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.514;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=20;PP=651;ReadPosRankSum=2.138;SC=GGACCTCAGCCGTTGCTTAGT;SOR=0.763;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=111;TCF=60;TCR=51;TR=45;WE=2400346;WS=2400328;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:120,88:0.42:208
chr11	2405766	rs145228369	GGGTGGGGCATCTCGGGA	G	232.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.651;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=15.52;ReadPosRankSum=0.972;SOR=0.582;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,7:0.47:15
chr11	2407084	rs71029143	G	GT	7586.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.559;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=587;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.100;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=2.753;NF=18;NR=88;PP=2954;ReadPosRankSum=-0.519;SC=TACAAGAAACGTGCTAGAACA;SOR=0.791;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=232;TCF=39;TCR=193;TR=106;WE=2407092;WS=2407074;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:314,251:0.44:565
chr11	2424684	rs2234283	A	C	5588.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=67;NR=82;PP=2965;SC=TGGGGCAGCCACCATGGAGGC;SOR=0.890;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=149;TCF=67;TCR=82;TR=149;WE=2424692;WS=2424674;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,198:1.00:198
chr11	2426984	rs2301696	G	C	530.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=4.045;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.868;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=17;PP=429;ReadPosRankSum=-0.429;SC=AGGCTCCCGTGAGGCGTGTAG;SOR=0.320;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=39;TCF=3;TCR=36;TR=18;WE=2426992;WS=2426974;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,20:0.47:43
chr11	2427291	rs800342	A	C	9671.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.268;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=856;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.522;HP=5;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=138;NR=118;PP=2962;ReadPosRankSum=0.092;SC=GCTCTCTCAGACCCCCGAGGT;SOR=0.772;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=482;TCF=254;TCR=228;TR=256;WE=2427299;WS=2427281;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:401,455:0.53:856
chr11	2427364	rs61873460	T	C	6131.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.709;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=578;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.527;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=81;NR=122;PP=2434;ReadPosRankSum=-1.963;SC=GGCCACGCGGTGCTCTGCGTG;SOR=0.791;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=397;TCF=165;TCR=232;TR=203;WE=2427372;WS=2427354;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:273,304:0.53:577
chr11	2428341	rs11022676	G	A	438.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=2.705;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=1;PP=366;ReadPosRankSum=2.878;SC=GCTTGTGCTCGGCCTCACCCA;SOR=0.743;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=35;TCF=34;TCR=1;TR=19;WE=2428349;WS=2428331;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,19:0.44:43
chr11	2432820	rs2651822	A	G	4551.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.451;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=452;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=84;NR=70;PP=2176;ReadPosRankSum=-1.568;SC=CAGGCAGGGGATTGCTGTCCC;SOR=0.669;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=319;TCF=173;TCR=146;TR=154;WE=2432828;WS=2432810;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:225,222:0.50:447
chr11	2465923	.	G	A	284.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.254;ClippingRankSum=0.000;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.28;MQRankSum=-0.829;QD=8.38;ReadPosRankSum=-1.872;SOR=0.538;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,15:0.44:34
chr11	2542605	rs10400376	TA	GG	8012.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=74;NR=43;PP=2947;SC=CACTGTGTGTTATCCGGTGTC;SOR=1.166;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=120;TCF=76;TCR=44;TR=117;WE=2542614;WS=2542595;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,177:1.00:177
chr11	2549329	rs145292450	TGG	T	4309.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=63;PP=2278;SC=CCCCATAAGGTGGGGGGCAGA;SOR=2.235;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=68;TCF=1;TCR=67;TR=64;WE=2549338;WS=2549319;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr11	2683357	rs760419	A	G	1547.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.808;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.444;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=42;PP=969;ReadPosRankSum=-0.238;SC=AGGGGACTGGAGCTCAAGGAG;SOR=0.895;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=123;TCF=33;TCR=90;TR=54;WE=2683365;WS=2683347;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,68:0.45:150
chr11	2789856	rs163161	A	G	1047.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=23;NR=6;PP=629;SC=CCACTCACAGATGAGGTGAAA;SOR=2.432;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=30;TCF=23;TCR=7;TR=29;WE=2789864;WS=2789850;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr11	2797320	rs163150	A	G	750.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=0.051;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=18;PP=402;ReadPosRankSum=0.141;SC=GAGGGTGCCCAGGTCCTGCCC;SOR=0.581;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=52;TCF=19;TCR=33;TR=29;WE=2797328;WS=2797310;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,36:0.56:64
chr11	2798448	rs163148	A	G	1892.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=48;PP=1361;SC=TCCAAAGTACATTTTACAAAG;SOR=2.566;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=57;TCF=9;TCR=48;TR=57;WE=2798456;WS=2798438;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr11	2905204	rs34289096	G	GC	3180.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.557;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=318;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.423;HP=8;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.123;NF=10;NR=51;PP=1367;ReadPosRankSum=1.454;SC=GGCCCTCCGCGCCCCCCCAGG;SOR=0.734;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=148;TCF=23;TCR=125;TR=61;WE=2905212;WS=2905194;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:167,136:0.45:303
chr11	2906196	.	ACCGCGACCGGAG	A	678.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-1.078;ClippingRankSum=0.000;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.496;HP=2;HapScore=2;MGOF=33;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.885;NF=2;NR=2;PP=715;ReadPosRankSum=-0.992;SC=CAGGACCGCGACCGCGACCGG;SOR=0.379;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=15;TCF=7;TCR=8;TR=4;WE=2906215;WS=2906186;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,18:0.60:30
chr11	2929552	rs429886	A	G	4724.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=36;NR=61;PP=2168;SC=GCGGGCCGGTATTTGGCAGGT;SOR=1.047;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=97;TCF=36;TCR=61;TR=97;WE=2929574;WS=2929542;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,175:1.00:175
chr11	2930395	rs10832891	G	C	3476.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=38;NR=31;PP=1345;SC=GACCGCCTCCGTGAGGGTCCG;SOR=0.723;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=69;TCF=38;TCR=31;TR=69;WE=2930403;WS=2930385;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr11	2930594	rs67769451	CG	C	1785.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=24;PP=825;SC=CAGGTAGGGCCGGGGGGACTG;SOR=1.302;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=29;TCF=3;TCR=26;TR=26;WE=2930602;WS=2930584;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr11	2930656	rs2286660	T	G	798.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=14;PP=553;SC=CCGGGACACCTCCAGGGAGGT;SOR=0.836;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=27;TCF=13;TCR=14;TR=27;WE=2930664;WS=2930646;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr11	2930773	rs61871178	G	T	551.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=10;PP=364;SC=CCACCGAGGGGCTTTCGCCGC;SOR=0.784;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=18;TCF=8;TCR=10;TR=17;WE=2930781;WS=2930763;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr11	2930987	rs61871179	G	C	1203.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=17;NR=18;PP=540;SC=GGACGCCCGCGGCTGGGTCGG;SOR=0.693;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=35;TCF=17;TCR=18;TR=35;WE=2930995;WS=2930977;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr11	2939392	rs445679	G	A	12238.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=456;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=110;NR=176;PP=2965;SC=GCCAGGGCCCGGCCCTTCCTC;SOR=1.067;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=288;TCF=112;TCR=176;TR=286;WE=2939400;WS=2939382;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,448:1.00:448
chr11	2940492	rs450244	T	C	6582.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=251;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=96;NR=62;PP=2965;SC=GGCGCCAAGGTCGGGGTGTGG;SOR=0.995;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=158;TCF=96;TCR=62;TR=158;WE=2940500;WS=2940482;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,247:1.00:247
chr11	2943912	rs2411773	GT	AG	718.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;JOINED;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=56.42;QD=44.92;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr11	2943916	rs2411771	A	T	646.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=57.24;QD=49.75;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr11	2943921	rs1618222	A	G	331.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=58.65;QD=47.40;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr11	2979798	rs7940694	G	T	8449.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=324;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=75;NR=105;PP=2965;SC=ACAGCTGTCAGGAACACACAA;SOR=0.881;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=181;TCF=76;TCR=105;TR=180;WE=2979806;WS=2979788;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,322:1.00:322
chr11	2991219	rs2071110	C	G	681.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=2.384;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.152;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=21;PP=455;ReadPosRankSum=-0.520;SC=AACAATGCAGCGGCTTCACGT;SOR=0.976;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=45;TCF=9;TCR=36;TR=26;WE=2991227;WS=2991209;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,30:0.52:58
chr11	2999507	rs3814964	G	T	2536.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.400;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=259;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.455;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=43;PP=1030;ReadPosRankSum=0.710;SC=ATGTGCAGTGGACTGACCTGT;SOR=0.739;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=159;TCF=74;TCR=85;TR=79;WE=2999515;WS=2999497;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:126,129:0.51:255
chr11	3026570	rs933181	G	A	1253.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.587;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.87;ReadPosRankSum=-2.299;SOR=0.652;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:60,67:0.53:127
chr11	3026692	rs4758458	T	G	3073.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=27;NR=40;PP=1341;SC=GTGAGAAGAGTCTGGGCTCTG;SOR=0.922;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=67;TCF=27;TCR=40;TR=67;WE=3026700;WS=3026682;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr11	3027889	rs756693	A	G	790.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-2.762;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=6;PP=545;ReadPosRankSum=0.668;SC=GGGAGGTGACACCACCACACG;SOR=0.781;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=78;TCF=66;TCR=12;TR=36;WE=3027897;WS=3027886;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,38:0.45:84
chr11	3028140	rs729662	G	A	4222.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.931;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=444;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.105;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=81;PP=2287;ReadPosRankSum=1.178;SC=CCCCAAGCTCGGGCAGGATGT;SOR=0.620;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=275;TCF=109;TCR=166;TR=137;WE=3028148;WS=3028130;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:232,204:0.47:436
chr11	3028270	rs7950766	A	G	2254.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=18;NR=56;PP=1640;SC=GTGCTGGGGAAGGAGGGGCCG;SOR=2.155;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=74;TCF=18;TCR=56;TR=74;WE=3028278;WS=3028260;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr11	3050210	rs434114	A	G	333.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=3.706;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.056;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=3;PP=250;ReadPosRankSum=0.800;SC=TCCCTAGGGAAGGCCCTTGTG;SOR=1.664;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=49;TCF=34;TCR=15;TR=16;WE=3050218;WS=3050200;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,18:0.28:65
chr11	3061780	rs399565	C	T	1642.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=-0.142;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.364;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=20;PP=753;ReadPosRankSum=0.226;SC=CTGAGTGTCACGGGAACTCAG;SOR=0.558;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=87;TCF=55;TCR=32;TR=49;WE=3061788;WS=3061770;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,79:0.56:140
chr11	3061949	rs2285390	C	A	3444.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=35;NR=58;PP=1951;SC=TTACTTATGGCATTAAAATTT;SOR=1.170;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=93;TCF=35;TCR=58;TR=93;WE=3061957;WS=3061939;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr11	3061992	rs369461	T	C	453.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=0.018;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.908;HP=1;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=11;PP=354;ReadPosRankSum=0.966;SC=AATTCAGTCTTGATTCCTCAA;SOR=0.322;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=48;TCF=19;TCR=29;TR=21;WE=3062000;WS=3061982;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,21:0.38:55
chr11	3063660	.	C	CT	45.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.761;ClippingRankSum=0.000;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=4.685;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.76;ReadPosRankSum=-1.102;SOR=0.142;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,7:0.27:26
chr11	3076018	rs7934892	T	C	582.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=6;PP=253;SC=GAGCAGTGCCTGGCACAGACT;SOR=1.329;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=10;TCR=6;TR=16;WE=3076026;WS=3076008;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr11	3076257	rs7945933	C	T	1950.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=25;NR=26;PP=868;SC=CCTTCAAGACCGCAAAGGAAA;SOR=0.776;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=51;TCF=25;TCR=26;TR=51;WE=3076265;WS=3076247;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr11	3076285	rs406598	G	A	459.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.181;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.988;HP=2;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=7;PP=142;ReadPosRankSum=-0.668;SC=CACCCAGTGAGATCAGGAAAG;SOR=0.861;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=42;TCF=19;TCR=23;TR=13;WE=3076293;WS=3076275;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,24:0.39:61
chr11	3076395	.	AT	A	31.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.691;ClippingRankSum=-0.000;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=2.632;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=2.88;ReadPosRankSum=-2.260;SOR=0.180;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,5:0.45:11
chr11	3108506	rs8813	G	A	302.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=2.405;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.393;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=3;PP=187;ReadPosRankSum=-0.090;SC=GGCTCTGTACGTATATATATG;SOR=1.545;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=25;TCF=17;TCR=8;TR=13;WE=3108514;WS=3108496;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,15:0.48:31
chr11	3109403	rs2289999	A	G	3786.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.418;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FS=1.714;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.29;ReadPosRankSum=-0.011;SOR=0.852;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:108,99:0.48:207
chr11	3109408	rs2289998	C	T	3872.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.254;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FS=2.322;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.93;ReadPosRankSum=0.379;SOR=0.868;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:113,103:0.48:216
chr11	3109426	rs10160757	T	C	2193.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.295;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=236;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.572;HP=4;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=28;PP=929;ReadPosRankSum=0.513;SC=AGCTCTGCCCTCAGGGCTCCT;SOR=0.812;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=137;TCF=76;TCR=61;TR=67;WE=3109434;WS=3109416;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:124,112:0.47:236
chr11	3110956	rs895564	C	T	508.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=0.952;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.747;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=4;PP=307;ReadPosRankSum=1.112;SC=CTTGTGGGTTCCAGCTCCGAT;SOR=1.771;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=36;TCF=24;TCR=12;TR=19;WE=3110964;WS=3110946;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,22:0.54:41
chr11	3110976	rs895563	A	G	1633.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=25;NR=18;PP=722;SC=TGACAACCCCAGCCGCGGCCT;SOR=0.925;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=43;TCF=25;TCR=18;TR=43;WE=3110984;WS=3110966;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr11	3111255	rs7122180	G	A	384.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.182;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.575;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=9;PP=197;ReadPosRankSum=1.513;SC=GGGCTGGCACGTGGGTCACAG;SOR=1.473;SbPval=0.96;Source=Platypus;TC=28;TCF=8;TCR=20;TR=10;WE=3111263;WS=3111245;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,19:0.44:43
chr11	3114307	rs12362578	G	C	358.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.292;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=11;PP=232;ReadPosRankSum=0.624;SC=CCCATCCTGAGCCAGTGGCCC;SOR=0.627;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=33;TCF=5;TCR=28;TR=13;WE=3114315;WS=3114297;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,15:0.41:37
chr11	3115100	rs113189224	C	T	2584.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.902;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=282;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=61;PP=1403;ReadPosRankSum=-0.634;SC=GCCCAGTGAGCGGGGGCTGGG;SOR=0.682;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=190;TCF=68;TCR=122;TR=93;WE=3115108;WS=3115090;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:149,128:0.46:277
chr11	3115354	rs9795009	T	C	1022.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.338;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=5;PP=616;ReadPosRankSum=0.478;SC=CTGCTCCCCTTATGTGCACTG;SOR=0.732;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=64;TCF=52;TCR=12;TR=32;WE=3115362;WS=3115344;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,41:0.53:77
chr11	3121248	rs71035481	C	CA	149.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.408;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.24;MQRankSum=0.942;QD=3.74;ReadPosRankSum=0.768;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,17:0.43:40
chr11	3121521	rs17263699	C	T	1865.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-0.248;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.187;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=26;PP=621;ReadPosRankSum=-0.940;SC=CCAGTGAGTGCGGACAGCCCT;SOR=0.794;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=91;TCF=41;TCR=50;TR=47;WE=3121529;WS=3121511;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,91:0.53:171
chr11	3122817	rs7106225	A	G	2705.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-2.248;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=269;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.482;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=31;PP=1075;ReadPosRankSum=0.822;SC=GGGAGCGCCCAGGGTGACCCC;SOR=0.592;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=149;TCF=92;TCR=57;TR=75;WE=3122825;WS=3122807;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:129,137:0.52:266
chr11	3123001	rs7121251	C	T	2088.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.654;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.512;HP=4;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=41;PP=1146;ReadPosRankSum=1.054;SC=GCCCAGCTTCCCCCAAAAAAC;SOR=0.748;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=128;TCF=50;TCR=78;TR=66;WE=3123009;WS=3122991;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:106,100:0.49:206
chr11	3123047	rs67090912	A	G	1707.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.801;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.586;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=26;PP=680;ReadPosRankSum=-0.446;SC=TTCTCCCCCGATCCCAGGATT;SOR=0.350;SbPval=0.25;Source=Platypus;TC=81;TCF=26;TCR=55;TR=43;WE=3123055;WS=3123037;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,76:0.58:131
chr11	3123381	rs58467529	A	G	1489.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.387;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=22;PP=846;ReadPosRankSum=1.735;SC=AGAGCCCAGCACCCAGGCCGG;SOR=0.678;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=114;TCF=75;TCR=39;TR=63;WE=3123389;WS=3123371;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,79:0.54:146
chr11	3123399	rs58090999	A	G	6658.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=87;NR=59;PP=2524;SC=CGGTTGCAGCAGAGGTGCTCT;SOR=0.959;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=146;TCF=87;TCR=59;TR=146;WE=3123407;WS=3123389;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,209:1.00:209
chr11	3123540	rs56062540	G	A	4348.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-2.562;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=367;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.387;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=76;PP=1893;ReadPosRankSum=-0.885;SC=TGTGTGAGGAGCCAGGTGGGT;SOR=0.669;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=219;TCF=96;TCR=123;TR=137;WE=3123548;WS=3123530;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:146,215:0.60:361
chr11	3124435	rs1542188	G	A	3224.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.562;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=290;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.993;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=41;PP=1614;ReadPosRankSum=2.774;SC=CTCCTGGGCCGGAGCCCCACC;SOR=0.837;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=198;TCF=115;TCR=83;TR=103;WE=3124443;WS=3124425;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:135,148:0.52:283
chr11	3128915	rs3741351	T	C	4699.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.797;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=36.43;ReadPosRankSum=-0.661;SOR=0.424;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,128:0.99:129
chr11	3128915	.	TG	CA,CG	730	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.47;FR=0.5000,0.5000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MMLQ=28;MQ=60.0;NF=27,54;NR=14,31;PP=730,573;QD=19.1089725576;SC=ACCAGAGCAGTGGCTGGGGCT;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=88;TCF=57;TCR=31;TR=41,85;WE=3128924;WS=3128905;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.47:88
chr11	3128916	rs11025412	G	A	1547.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.093;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.00;ReadPosRankSum=0.006;SOR=0.723;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:59,70:0.54:129
chr11	3129027	rs3741350	G	A	6533.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=252;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=75;NR=76;PP=2948;SC=CTGGGTGGACGGTGGCTGAGG;SOR=0.701;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=151;TCF=75;TCR=76;TR=151;WE=3129035;WS=3129017;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,247:1.00:247
chr11	3129200	rs113370820	GCCCCAC	G	2639.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=31;PP=1696;SC=GGATGAGCATGCCCCACCCCC;SOR=1.942;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=39;TCF=2;TCR=37;TR=33;WE=3129213;WS=3129190;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr11	3140627	rs11025457	C	T	497.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=1.940;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=5;PP=277;ReadPosRankSum=0.445;SC=GGCCTGACTCCGAGCCGGGCT;SOR=0.906;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=39;TCF=28;TCR=11;TR=19;WE=3140635;WS=3140617;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,22:0.50:44
chr11	3141530	rs34752531	C	G	5477.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.063;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=287;ExcessHet=3.0103;FS=3.470;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.49;ReadPosRankSum=0.275;SOR=0.923;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:141,140:0.50:281
chr11	3141537	rs55862536	T	C	5806.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.456;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=319;ExcessHet=3.0103;FS=3.196;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.61;ReadPosRankSum=-0.019;SOR=0.886;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:154,158:0.51:312
chr11	3141744	rs34950527	C	T	5097.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-2.638;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=486;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.774;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=89;PP=2169;ReadPosRankSum=-2.195;SC=CGCAGCAGTGCAGCAGCACCG;SOR=0.545;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=296;TCF=106;TCR=190;TR=142;WE=3141752;WS=3141734;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:228,247:0.52:475
chr11	3143030	rs6578322	T	C	395.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=2;PP=323;SC=TTCCTACCACTGGTGTCCTTA;SOR=2.833;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=11;TCR=2;TR=13;WE=3143038;WS=3143028;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr11	3147589	rs11603057	C	G	2818.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=4.254;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=298;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.906;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=70;NR=26;PP=1760;ReadPosRankSum=-1.474;SC=TTCCCCCGAACAGGCTGGAAT;SOR=0.968;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=218;TCF=149;TCR=69;TR=96;WE=3147597;WS=3147579;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:159,128:0.45:287
chr11	3150391	rs2277300	C	T	529.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.67;BaseQRankSum=0.423;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.154;HP=5;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=7;PP=208;ReadPosRankSum=-0.502;SC=TGTGGGCGCTCGGGGGCTTCT;SOR=0.706;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=20;TCF=11;TCR=9;TR=13;WE=3150399;WS=3150381;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,26:0.57:46
chr11	3150482	rs11025526	A	G	775.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=10;PP=329;SC=GCCCCTGGCTAAGAAGTCCCC;SOR=0.826;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=18;TCF=8;TCR=10;TR=18;WE=3150490;WS=3150472;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr11	3187772	rs72848215	A	G	2647.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.898;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=299;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.193;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=41;PP=1440;ReadPosRankSum=1.315;SC=GATCACAGGAACCCACGGCTT;SOR=0.520;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=206;TCF=121;TCR=85;TR=91;WE=3187780;WS=3187762;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:167,129:0.44:296
chr11	3242833	rs7929163	G	C	2450.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=63;NR=16;PP=1785;SC=TGATAAGAGAGTTTTTCCTTC;SOR=2.503;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=79;TCF=63;TCR=16;TR=79;WE=3242841;WS=3242823;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr11	3242907	rs11602794	G	A	6476.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=239;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=109;NR=69;PP=2965;SC=CCAGAAATTCGGTCGTAAAGA;SOR=1.145;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=180;TCF=111;TCR=69;TR=178;WE=3242915;WS=3242897;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,237:1.00:237
chr11	3242933	rs10833491	C	T	8860.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=332;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=146;NR=90;PP=2965;SC=TTTCTCTTCACGTTTCTCAAA;SOR=1.133;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=237;TCF=146;TCR=91;TR=236;WE=3242941;WS=3242923;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,324:1.00:324
chr11	3243346	rs11026004	C	T	5042.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=84;PP=2425;SC=CTGGGTCCCTCCTGGCTGCCT;SOR=2.744;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=96;TCF=12;TCR=84;TR=96;WE=3243354;WS=3243336;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chr11	3243367	rs12280457	G	T	3965.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=33;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=58;PP=1619;SC=CACCATCAGGGGCGGGATGAG;SOR=3.180;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=65;TCF=7;TCR=58;TR=65;WE=3243375;WS=3243357;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr11	3243427	rs12275900	T	C	981.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=45;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=25;PP=736;SC=TGATCCCTCGTACATCCTCGA;SOR=5.353;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=25;TCF=0;TCR=25;TR=25;WE=3243435;WS=3243417;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr11	3249552	rs4391795	C	T	3883.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=65;NR=38;PP=2369;SC=GTGCAGGCGCCGCTGAGCAGC;SOR=1.196;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=103;TCF=65;TCR=38;TR=103;WE=3249560;WS=3249542;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,134:1.00:134
chr11	3249984	rs12295710	C	T	6142.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.720;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=234;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.598;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=71;NR=102;PP=2965;ReadPosRankSum=1.528;SC=TCCTGGGCGCCGTTGGCGGCC;SOR=0.663;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=173;TCF=71;TCR=102;TR=173;WE=3249992;WS=3249974;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,228:1.00:229
chr11	3361087	rs2073805	T	C	6499.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=252;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=68;NR=79;PP=2904;SC=TTGAAACATATTAATATGAGG;SOR=0.776;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=147;TCF=68;TCR=79;TR=147;WE=3361095;WS=3361077;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,248:1.00:248
chr11	3381798	rs369559162	GA	G	146.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.102;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FS=2.446;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.49;ReadPosRankSum=-0.045;SOR=0.340;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,20:0.34:59
chr11	3381843	rs2157763	A	G	1465.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=36;NR=22;PP=1430;SC=ACAGATGAATACACTTTATGA;SOR=1.755;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=59;TCF=37;TCR=22;TR=58;WE=3381851;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr11	3382069	rs6578335	C	G	4923.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=52;NR=85;PP=2830;SC=CCCACTGCAGCCCCCGCTCCT;SOR=1.128;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=138;TCF=53;TCR=85;TR=137;WE=3382077;WS=3382059;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,179:1.00:179
chr11	3382215	rs6578336	T	C	382.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=13;PP=274;SC=TTCTGCCCCCTGTGACACGGA;SOR=3.126;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=14;TCF=1;TCR=13;TR=14;WE=3382223;WS=3382205;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr11	3383962	rs10734319	T	C	705.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=14;PP=377;SC=CTAAAGTACATCTTTTCATTT;SOR=1.697;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=4;TCR=14;TR=18;WE=3383970;WS=3383952;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr11	3390006	rs7943767	T	C	4522.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=56;NR=58;PP=1896;SC=ATTAAACTCATGCATATCCAC;SOR=0.716;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=114;TCF=56;TCR=58;TR=114;WE=3390014;WS=3389996;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,174:1.00:174
chr11	3390173	rs1989786	A	T	1684.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=16;NR=33;PP=986;SC=AATCAAGCCTAAAATGTAAAA;SOR=1.430;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=49;TCF=16;TCR=33;TR=49;WE=3390181;WS=3390163;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr11	3390547	rs7925972	G	C	1194.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=30;NR=3;PP=814;SC=AAACCAGGGTGGGGGGGCGTT;SOR=3.556;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=33;TCF=30;TCR=3;TR=33;WE=3390555;WS=3390537;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr11	3392351	rs2269735	T	C	13228.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=308;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.66;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,303:1.00:303
chr11	3392357	rs2269734	T	G	12974.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=287;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.85;SOR=1.199;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,283:1.00:283
chr11	3392972	rs2269732	G	A	12797.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=492;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=120;NR=192;PP=2965;SC=TACTTGATTCGAGGTGAAATG;SOR=1.019;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=313;TCF=120;TCR=193;TR=312;WE=3392980;WS=3392962;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,478:1.00:478
chr11	3394894	rs10833820	G	A	11082.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.004;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=420;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=103;NR=207;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.896;SC=CACCTGCATCGTGAGAATATG;SOR=1.345;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=312;TCF=104;TCR=208;TR=310;WE=3394902;WS=3394884;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,406:1.00:408
chr11	3394960	rs10833821	A	G	6649.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=40;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=24;NR=105;PP=2965;SC=CCATCAACAGAAAGACCAAGA;SOR=2.273;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=129;TCF=24;TCR=105;TR=129;WE=3394968;WS=3394950;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,160:1.00:160
chr11	3398760	rs7932709	G	T	2692.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=47;NR=18;PP=1309;SC=CCTCTGACAGGGGCATGTGAT;SOR=1.496;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=65;TCF=47;TCR=18;TR=65;WE=3398768;WS=3398750;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr11	3398795	rs7932797	G	A	4030.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=64;NR=35;PP=2013;SC=TGTGTCTCCAGGGATTGAAAG;SOR=1.201;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=99;TCF=64;TCR=35;TR=99;WE=3398803;WS=3398785;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,152:1.00:152
chr11	3400334	rs7931660	A	G	4602.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=54;NR=70;PP=2521;SC=GGGTCACACGACCTACGGCTA;SOR=0.970;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=124;TCF=54;TCR=70;TR=124;WE=3400342;WS=3400324;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,169:1.00:169
chr11	3400422	rs6578342	C	T	1843.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=40;PP=1167;SC=GGAAGCCGTCCTCTCCTCTCC;SOR=1.963;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=53;TCF=13;TCR=40;TR=53;WE=3400430;WS=3400412;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr11	3661140	rs4910876	T	C	11644.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=448;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=154;NR=127;PP=2965;SC=GGACAGAGTCTCCCAGCCTCT;SOR=0.814;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=281;TCF=154;TCR=127;TR=281;WE=3661148;WS=3661130;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,437:1.00:437
chr11	3661585	rs3062849	A	ATGG	19216.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=457;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=27;NR=145;PP=2957;SC=CAGGGGCAGGATGGGAACAGC;SOR=0.986;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=183;TCF=28;TCR=155;TR=172;WE=3661593;WS=3661575;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,432:1.00:432
chr11	3663011	rs932097	G	A	1150.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=-0.054;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.906;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=17;PP=633;ReadPosRankSum=1.989;SC=CCCCCTTGGGGCTAGGAGATG;SOR=0.943;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=83;TCF=48;TCR=35;TR=43;WE=3663019;WS=3663001;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:93,61:0.40:154
chr11	3663170	rs7111519	G	C	1279.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=29;PP=765;SC=TCGAGGGGCTGGAGGCAGATC;SOR=1.981;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=8;TCR=29;TR=37;WE=3663178;WS=3663160;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr11	3663201	rs7128137	A	G	394.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=0.623;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=48;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.313;NF=5;NR=11;PP=273;ReadPosRankSum=0.429;SC=CTCCAGGCGCACGGGATCCCG;SOR=0.538;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=26;TCF=7;TCR=19;TR=16;WE=3663209;WS=3663191;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,18:0.56:32
chr11	3681051	rs61998205	C	G	6836.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=2.555;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=712;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.524;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=128;NR=95;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.083;SC=CTCAGCCCCACCCGTCCATCC;SOR=0.633;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=500;TCF=294;TCR=206;TR=223;WE=3681062;WS=3681041;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:385,318:0.45:703
chr11	3681054	rs2280133	G	A	7981.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.128;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=719;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.527;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=167;NR=113;PP=2962;ReadPosRankSum=1.170;SC=AGCCCCACCCGTCCATCCCCG;SOR=0.745;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=506;TCF=298;TCR=208;TR=280;WE=3681062;WS=3681041;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:326,384:0.54:710
chr11	3681115	rs35136756	A	G	8240.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.482;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=990;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=159;NR=137;PP=2962;ReadPosRankSum=1.092;SC=TGGCCTACACAGCCAACAGCC;SOR=0.733;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=641;TCF=340;TCR=301;TR=296;WE=3681123;WS=3681105;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:550,429:0.44:979
chr11	3681483	rs150574054	C	G	3679.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.261;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=465;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.120;HP=6;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=76;PP=1947;ReadPosRankSum=0.426;SC=CTGATCCCCCCCTTTGAGACC;SOR=0.804;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=301;TCF=132;TCR=169;TR=131;WE=3681491;WS=3681473;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:266,191:0.42:457
chr11	3681519	rs2280134	T	C	2688.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.114;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=345;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.606;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=64;PP=1251;ReadPosRankSum=-2.749;SC=GCCAGCAGACTGGCCCAGGGC;SOR=0.894;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=222;TCF=80;TCR=142;TR=95;WE=3681527;WS=3681509;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:200,144:0.42:344
chr11	3687626	rs2231547	T	G	4887.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-1.325;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=495;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=77;NR=75;PP=2372;ReadPosRankSum=0.862;SC=CCCACAGGGCTCCCCTCTTTC;SOR=0.670;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=306;TCF=155;TCR=151;TR=152;WE=3687634;WS=3687616;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:253,240:0.49:493
chr11	3687651	rs2231546	C	T	4943.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-1.528;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=500;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=70;NR=77;PP=2300;ReadPosRankSum=2.324;SC=ACGCACAGGCCCCGTGCCAGG;SOR=0.721;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=300;TCF=146;TCR=154;TR=147;WE=3687659;WS=3687641;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:257,240:0.48:497
chr11	3704704	rs7950171	T	C	2099.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.892;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=37;PP=1145;ReadPosRankSum=-0.245;SC=ATAAATCCCATCCTCATTCAT;SOR=0.556;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=58;TCF=19;TCR=39;TR=56;WE=3704712;WS=3704694;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,77:0.99:78
chr11	3704770	rs12293627	C	T	478.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.416;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=3.785;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.10;ReadPosRankSum=0.909;SOR=1.565;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,16:0.57:28
chr11	3704775	rs35532049	CT	C	367.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.485;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=3.274;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=15.32;ReadPosRankSum=0.392;SOR=2.712;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,15:0.62:24
chr11	3712835	rs12363836	G	A	430.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.385;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=1.657;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.95;ReadPosRankSum=0.834;SOR=1.402;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,12:0.44:27
chr11	3712835	.	GTG	ATA	406	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MMLQ=28;MQ=60.0;NF=3;NR=8;PP=406;QD=41.7698068057;SC=CCAGGCTGGAGTGCAGTGGGA;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=19;TCF=6;TCR=13;TR=11;WE=3712845;WS=3712825;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:8,11:0.58:19
chr11	3712837	rs12363837	G	A	430.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.701;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=1.657;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.95;ReadPosRankSum=1.022;SOR=1.402;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,12:0.44:27
chr11	3714396	rs3740670	C	T	955.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.189;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.090;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=13;PP=560;ReadPosRankSum=1.352;SC=TTCCTGGCTCCGCTTCAATTT;SOR=0.446;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=56;TCF=37;TCR=19;TR=36;WE=3714404;WS=3714386;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,43:0.61:71
chr11	3723781	rs35404087	G	C	3729.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.160;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=386;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.869;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=83;PP=2255;ReadPosRankSum=0.033;SC=CCATTCAGCTGTTCTCCACTA;SOR=0.897;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=286;TCF=135;TCR=151;TR=149;WE=3723789;WS=3723771;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:197,182:0.48:379
chr11	3727661	rs2060799	G	T	1901.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=1.225;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.101;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=18;PP=966;ReadPosRankSum=-1.340;SC=AAAAAAGGTGGGTTAGAACTT;SOR=1.092;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=109;TCF=67;TCR=42;TR=55;WE=3727669;WS=3727651;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:100,91:0.48:191
chr11	3740574	rs11029446	C	T	649.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.548;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.046;HP=2;HapScore=4;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=9;PP=961;ReadPosRankSum=0.631;SC=CATCTAAACACATTTATGTTT;SOR=0.465;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=42;TCF=28;TCR=14;TR=25;WE=3740596;WS=3740564;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,31:0.53:59
chr11	3740588	rs612785	G	T	724.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.146;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.895;HP=10;HapScore=4;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=6;PP=713;ReadPosRankSum=-0.509;SC=TATGTTTACAGAAAAAAAAAT;SOR=0.836;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=51;TCF=33;TCR=18;TR=20;WE=3740596;WS=3740564;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,36:0.49:74
chr11	3742062	.	C	CAA	459.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.572;ClippingRankSum=0.000;DP=92;ExcessHet=3.0103;FS=5.781;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.12;MQRankSum=0.000;QD=10.22;ReadPosRankSum=0.900;SOR=0.595;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,32:0.71:45
chr11	3746465	rs276901	C	G	543.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.087;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=9;PP=220;ReadPosRankSum=-0.486;SC=AACAAGAAACCAAAAGAAGAA;SOR=0.742;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=40;TCF=17;TCR=23;TR=15;WE=3746473;WS=3746455;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,29:0.43:68
chr11	3756581	rs370033397	AAT	A	59.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.926;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=8.129;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.98;ReadPosRankSum=-2.027;SOR=0.033;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,4:0.27:15
chr11	3789982	rs146552084	GAAAAAGAAAAA	G	704.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.225;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=1.623;NF=1;NR=12;PP=2980;ReadPosRankSum=0.833;SC=TACCTTTTAGGAAAAAGAAAA;SOR=1.022;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=27;TCF=1;TCR=26;TR=13;WE=3790000;WS=3789972;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,19:0.56:34
chr11	3799985	rs188044	G	A	1145.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=31;NR=13;PP=837;SC=CTCTTCCCTTGTTTTTGCCAT;SOR=1.721;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=44;TCF=31;TCR=13;TR=44;WE=3799993;WS=3799975;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr11	3829419	rs2278845	G	C	1994.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=28;NR=20;PP=878;SC=TTTCAGAAGGGCGAGGCTGGA;SOR=0.955;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=50;TCF=29;TCR=21;TR=48;WE=3829427;WS=3829409;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr11	3838899	rs61899363	A	T	1271.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.782;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=4;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=25;PP=1223;ReadPosRankSum=-0.342;SC=AGGGTAGGTAAGTCAGAGTCA;SOR=0.727;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=72;TCF=23;TCR=49;TR=36;WE=3838918;WS=3838889;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,61:0.54:113
chr11	3838910	rs7946577	G	C	1059.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.220;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=24;PP=1424;ReadPosRankSum=0.329;SC=GTCAGAGTCAGAGATAATTCA;SOR=0.681;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=67;TCF=21;TCR=46;TR=36;WE=3838918;WS=3838889;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,50:0.49:103
chr11	3838953	rs10835147	T	C	2159.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=19;NR=40;PP=1254;SC=AGAATCACAGTCCTCCCTGAG;SOR=1.379;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=60;TCF=19;TCR=41;TR=59;WE=3838961;WS=3838943;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr11	3839292	rs112928434	T	TA	284.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;QD=14.24;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:4,16:0.80:20
chr11	3844254	.	CTTTTTTTTTTTTT	C	1132.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.989;ClippingRankSum=0.000;DP=88;ExcessHet=3.0103;FS=7.832;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=28.32;ReadPosRankSum=1.260;SOR=2.670;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,32:0.80:40
chr11	4045360	rs10835508	A	T	279.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-1.468;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.617;HP=5;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=8;PP=142;ReadPosRankSum=-0.871;SC=AGTCACTAAAAAAGACTGAAT;SOR=0.350;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=29;TCF=6;TCR=23;TR=11;WE=4045368;WS=4045350;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,14:0.41:34
chr11	4103524	rs2304891	A	G	426.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.586;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=9;PP=166;ReadPosRankSum=-1.535;SC=TGGAGGTGCAATATTACAACA;SOR=0.616;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=40;TCF=19;TCR=21;TR=17;WE=4103532;WS=4103514;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,25:0.40:62
chr11	4104060	rs2898950	A	C	2303.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=47;NR=16;PP=1307;SC=TTTCTCATTTATTCCATTCTC;SOR=1.893;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=65;TCF=47;TCR=18;TR=63;WE=4104068;WS=4104050;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr11	4104087	rs10767828	T	C	2815.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-1.357;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=31;PP=1536;ReadPosRankSum=-0.487;SC=CTGCTCTTTTTGAGCTGGGGG;SOR=0.519;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=87;TCF=56;TCR=31;TR=86;WE=4104095;WS=4104077;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,104:0.99:105
chr11	4104319	rs2289571	A	C	2115.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-2.567;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.940;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=35;PP=828;ReadPosRankSum=-0.551;SC=GTGGAGGGACAGCTCTGGTCT;SOR=0.524;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=119;TCF=49;TCR=70;TR=63;WE=4104327;WS=4104309;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,98:0.57:172
chr11	4104355	rs894455	T	C	2772.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=35;NR=45;PP=1748;SC=ATTTATCTCCTGCCTTGCTCT;SOR=1.007;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=80;TCF=35;TCR=45;TR=80;WE=4104363;WS=4104345;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr11	4104745	rs2289570	C	G	5222.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=53;NR=82;PP=2549;SC=GACCTCTTTGCGGGGATGAAG;SOR=1.029;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=135;TCF=53;TCR=82;TR=135;WE=4104753;WS=4104735;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,197:1.00:197
chr11	4109709	rs10835604	A	T	488.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=2.252;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=3;PP=336;ReadPosRankSum=0.225;SC=CAGCAGAGCCACTCATATCCA;SOR=0.489;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=37;TCF=32;TCR=5;TR=19;WE=4109717;WS=4109702;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,20:0.53:38
chr11	4116335	rs12801088	A	C	691.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=16;PP=488;SC=TGATGCCCAGACCGCCCGCCC;SOR=3.014;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=18;TCF=2;TCR=16;TR=18;WE=4116343;WS=4116325;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr11	4123345	rs1348310	C	G	3272.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=37;NR=38;PP=1412;SC=TGGGTTCCTTCTTTCATGTGT;SOR=0.709;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=75;TCF=37;TCR=38;TR=75;WE=4123353;WS=4123335;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr11	4123427	rs232054	C	G	2014.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=17;NR=35;PP=948;SC=CTATGCCCTTCGATATAAAAT;SOR=1.223;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=52;TCF=17;TCR=35;TR=52;WE=4123435;WS=4123417;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr11	4128845	rs725518	G	A	718.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=14;PP=376;SC=TTTAAACACTGCAAAAGATAC;SOR=1.781;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=19;TCF=5;TCR=14;TR=19;WE=4128853;WS=4128835;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr11	4133317	rs56336381	C	A	5513.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=51;NR=78;PP=2625;SC=TAGGGAAATACGCCTTGACCT;SOR=1.004;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=131;TCF=53;TCR=78;TR=129;WE=4133325;WS=4133307;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,204:1.00:204
chr11	4141132	rs183484	C	A	6057.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=2.308;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=71;NR=67;PP=2693;ReadPosRankSum=-0.558;SC=CAACACAGCTCGATATGTGGA;SOR=0.230;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=141;TCF=74;TCR=67;TR=138;WE=4141140;WS=4141122;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,228:1.00:229
chr11	4153767	rs10835662	A	G	2639.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=18;NR=61;PP=1828;SC=AACTTTGATAAAGACAGTCAT;SOR=2.303;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=79;TCF=18;TCR=61;TR=79;WE=4153775;WS=4153757;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr11	4159457	rs9937	A	G	6820.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.87;SOR=1.240;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,152:1.00:152
chr11	4159466	rs1042858	G	A	6941.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.22;SOR=1.164;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,157:1.00:157
chr11	4159764	rs1042919	A	T	443.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=4;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=0;NR=15;PP=375;SC=GTTAATGATGATAATGATTTT;SOR=5.549;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=0;TCR=15;TR=15;WE=4159778;WS=4159754;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr11	4159770	rs866902	AT	A	170.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=17.07;SOR=4.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr11	4185463	rs979941	T	C	1117.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-0.956;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=12;PP=721;ReadPosRankSum=-0.760;SC=TGCTCAGCACTAGGGCAGATG;SOR=0.784;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=81;TCF=58;TCR=23;TR=42;WE=4185471;WS=4185453;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,51:0.52:99
chr11	4185595	rs979942	T	G	1964.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.707;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=39;PP=1121;ReadPosRankSum=2.192;SC=TCTGTAGAGGTCACCTTGCTC;SOR=0.715;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=156;TCF=73;TCR=83;TR=73;WE=4185603;WS=4185585;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:127,99:0.44:226
chr11	4185766	rs7948314	G	A	349.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.339;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.643;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=11;PP=202;ReadPosRankSum=0.889;SC=CATCTCCTTGGTTCTAGGTCT;SOR=1.402;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=27;TCF=6;TCR=21;TR=13;WE=4185774;WS=4185756;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,16:0.50:32
chr11	4388905	rs11031960	C	T	3092.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.318;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=323;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.017;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=50;PP=1480;ReadPosRankSum=-1.327;SC=AGACCACCGTCGACATTAGAA;SOR=0.615;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=224;TCF=107;TCR=117;TR=103;WE=4388913;WS=4388895;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:165,151:0.48:316
chr11	4389110	rs11031961	G	A	3557.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.197;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=350;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.906;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=36;PP=1588;ReadPosRankSum=-0.523;SC=CAGAGCATTTGTAAGAATGGT;SOR=1.018;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=221;TCF=123;TCR=98;TR=100;WE=4389118;WS=4389100;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:173,171:0.50:344
chr11	4389587	rs7929171	G	C	341.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.271;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.061;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=9;PP=137;ReadPosRankSum=-0.910;SC=GATAAAATCTGCAACATTCTT;SOR=0.859;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=34;TCF=10;TCR=24;TR=12;WE=4389595;WS=4389577;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,20:0.34:58
chr11	4389639	rs4910623	G	A	84.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.289;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.99;ReadPosRankSum=2.019;SOR=0.437;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,6:0.35:17
chr11	4406479	rs4144331	G	T	396.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-2.566;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=2;PP=256;ReadPosRankSum=-0.660;SC=GAGAAGCGGTGCCAATGGGGA;SOR=0.752;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=32;TCF=27;TCR=5;TR=14;WE=4406487;WS=4406469;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,18:0.46:39
chr11	4409386	rs2554933	C	T	241.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-3.045;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.925;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=2;PP=143;ReadPosRankSum=1.706;SC=GTCTTGAACGCGAACCTTTCA;SOR=0.138;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=24;TCF=21;TCR=3;TR=11;WE=4409394;WS=4409379;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,12:0.48:25
chr11	4409511	rs12805578	A	G	5947.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=106;NR=39;PP=2965;SC=TTGTAGAAGGAAACCCCTCCC;SOR=1.554;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=145;TCF=106;TCR=39;TR=145;WE=4409519;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,212:1.00:212
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chr11	4470522	rs73432766	G	C	1653.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-0.364;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=15;PP=1013;ReadPosRankSum=-0.054;SC=ATATTCTCTGGAAGGGCCCTG;SOR=0.651;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=128;TCF=94;TCR=34;TR=62;WE=4470530;WS=4470512;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,75:0.50:149
chr11	4471276	rs331537	G	A	3981.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.097;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=339;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.856;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=84;NR=53;PP=2189;ReadPosRankSum=0.474;SC=CAGGAGGCCCGCTACAAGGCA;SOR=0.771;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=247;TCF=148;TCR=99;TR=137;WE=4471284;WS=4471266;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:143,180:0.56:323
chr11	4471473	rs7934336	C	T	4265.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=2.082;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=374;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.884;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=107;PP=2508;ReadPosRankSum=-0.433;SC=CAAGCAAATCCGTGAGAGCAT;SOR=0.849;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=262;TCF=86;TCR=176;TR=159;WE=4471481;WS=4471463;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:161,201:0.56:362
chr11	4471500	rs117540999	A	G	2256.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.915;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=252;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=50;PP=1088;ReadPosRankSum=0.587;SC=AGTATTCCCAAGAAAGGATAT;SOR=0.690;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=180;TCF=53;TCR=127;TR=69;WE=4471508;WS=4471490;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:137,109:0.44:246
chr11	4471605	rs141369718	T	C	282.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=2.085;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=11;PP=203;ReadPosRankSum=-0.410;SC=GATCTTCATGTTTAGTTTTTT;SOR=0.495;SbPval=0.26;Source=Platypus;TC=32;TCF=4;TCR=28;TR=14;WE=4471613;WS=4471595;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,13:0.37:35
chr11	4471620	rs11409685	G	GA	98.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.389;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=4.94;ReadPosRankSum=0.669;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,9:0.45:20
chr11	4496492	rs28648512	C	T	8009.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.767;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=740;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.432;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.244;NF=132;NR=136;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.734;SC=TGCTGTGGCCCGGGCTGTGAC;SOR=0.606;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=517;TCF=266;TCR=251;TR=268;WE=4496500;WS=4496482;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:357,377:0.51:734
chr11	4510285	rs96489	A	G	3473.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.478;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=382;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.374;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=60;PP=1656;ReadPosRankSum=0.045;SC=TTCATTATCCAGGCTGATGCA;SOR=0.655;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=244;TCF=117;TCR=127;TR=118;WE=4510293;WS=4510275;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:196,178:0.48:374
chr11	4562905	rs12420623	C	T	1375.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.030;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.662;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=20;PP=509;ReadPosRankSum=-0.475;SC=AACAAGGAGACTGATGAAGCC;SOR=0.824;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=82;TCF=39;TCR=43;TR=36;WE=4562913;WS=4562895;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,63:0.50:126
chr11	4566377	rs2657168	C	T	1048.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.592;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=11;PP=639;ReadPosRankSum=-0.647;SC=AAACATCCTGCTGCGTTTAGT;SOR=0.668;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=72;TCF=52;TCR=20;TR=40;WE=4566385;WS=4566367;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,50:0.53:95
chr11	4566711	rs2709182	C	T	3109.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.944;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=340;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.796;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=59;PP=1555;ReadPosRankSum=2.279;SC=TTGGCCTGGACGCCTGCTTGG;SOR=0.587;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=245;TCF=116;TCR=129;TR=116;WE=4566719;WS=4566701;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:175,159:0.48:334
chr11	4566870	rs61747520	T	C	2738.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.229;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=305;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=51;PP=1565;ReadPosRankSum=2.056;SC=GGCTTGTTTCTCTCCTCCGGG;SOR=0.694;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=211;TCF=103;TCR=108;TR=99;WE=4566878;WS=4566860;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:167,132:0.44:299
chr11	4567335	rs2657167	C	G	2253.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.043;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=245;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.005;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=49;PP=1135;ReadPosRankSum=0.245;SC=TCCGAGAGAGCCTTCTCCAAA;SOR=0.612;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=158;TCF=56;TCR=102;TR=77;WE=4567343;WS=4567325;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:129,113:0.47:242
chr11	4592708	rs71280817	C	CAG	9216.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=31;NR=57;PP=2957;SC=ACGATCCATACAGTTTTTCCC;SOR=0.902;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=92;TCF=34;TCR=58;TR=88;WE=4592716;WS=4592698;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,208:1.00:208
chr11	4592923	rs71696960	C	CAA	433.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;QD=28.92;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr11	4593334	rs34520159	T	A	438.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=11;NR=2;PP=283;SC=GGTAAGACATTCCCCATAGAT;SOR=3.126;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=11;TCR=2;TR=13;WE=4593342;WS=4593324;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr11	4594739	rs919519	C	T	824.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=4;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=15;PP=427;SC=GCACAGGAGTCTTTTTTACCC;SOR=1.329;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=9;TCR=15;TR=24;WE=4594747;WS=4594727;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr11	4615234	rs4910511	A	G	23186.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.730;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=907;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=279;NR=294;PP=2965;ReadPosRankSum=1.437;SC=CTCTTACATCATCTATACATT;SOR=0.732;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=576;TCF=280;TCR=296;TR=573;WE=4615242;WS=4615224;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,895:1.00:897
chr11	4615390	rs2010722	C	T	8684.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=302;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=46.25;QD=29.54;SOR=0.778;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,294:1.00:294
chr11	4621485	rs2231978	C	G	906.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=20;NR=5;PP=547;SC=CCAAGCCTCTCTGGTTAGGGT;SOR=2.376;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=20;TCR=5;TR=25;WE=4621493;WS=4621475;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr11	4622159	rs2231972	T	C	4347.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=60;NR=67;PP=2407;SC=GATGAAGGGGTGAGGCTGGAT;SOR=0.810;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=127;TCF=60;TCR=67;TR=127;WE=4622167;WS=4622149;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,161:1.00:161
chr11	4623106	rs999818	T	C	584.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=13;PP=379;SC=AACTGGCCAATTTCAGGCTCC;SOR=1.721;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=18;TCF=5;TCR=13;TR=18;WE=4623114;WS=4623096;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr11	4624394	rs7943486	T	C	2888.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=52;NR=22;PP=1561;SC=TGCCTCACAGTGATGAGAATG;SOR=1.586;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=74;TCF=52;TCR=22;TR=74;WE=4624402;WS=4624384;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr11	4624432	rs17314159	C	A	5629.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=83;NR=47;PP=2691;SC=CAGGACCACACAGGACGACTG;SOR=1.162;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=130;TCF=83;TCR=47;TR=130;WE=4624440;WS=4624422;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,209:1.00:209
chr11	4673788	rs17224476	G	A	1493.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-2.313;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.755;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=18;PP=969;ReadPosRankSum=0.797;SC=AATGAATCCAGTGCTACATAC;SOR=0.555;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=92;TCF=67;TCR=25;TR=57;WE=4673796;WS=4673778;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,65:0.56:117
chr11	4674575	rs3817098	G	A	3610.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.753;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=333;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.810;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=54;PP=1608;ReadPosRankSum=0.139;SC=GTGACTCTCCGCTGCCCGTCA;SOR=0.766;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=199;TCF=100;TCR=99;TR=110;WE=4674583;WS=4674565;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:156,174:0.53:330
chr11	4703165	rs1123991	C	A	3491.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.934;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=360;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.748;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=73;NR=53;PP=2171;ReadPosRankSum=-2.126;SC=AGCGGTGTACCACTGAGAGGC;SOR=0.993;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=259;TCF=138;TCR=121;TR=126;WE=4703173;WS=4703155;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:192,165:0.46:357
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chr11	4712353	rs11033352	T	C	4334.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-1.207;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=419;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.437;NF=84;NR=79;PP=2038;ReadPosRankSum=-0.997;SC=TTGATTCTGGTGTCTGTGCAT;SOR=0.700;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=316;TCF=164;TCR=152;TR=163;WE=4712361;WS=4712343;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:204,209:0.51:413
chr11	4730985	rs4619142	C	T	19921.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.686;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=767;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQ=59.98;MQRankSum=0.000;NF=243;NR=231;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.011;SC=ACCCATGTATCATTTTCTCTC;SOR=0.745;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=475;TCF=244;TCR=231;TR=474;WE=4730993;WS=4730975;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,751:1.00:753
chr11	4731180	rs4432013	G	A	13325.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.923;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=503;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=152;NR=201;PP=2965;ReadPosRankSum=1.079;SC=CTTTATTGCCGTCTGTAACCC;SOR=0.947;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=359;TCF=155;TCR=204;TR=353;WE=4731188;WS=4731170;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,492:1.00:494
chr11	4731468	rs4436535	G	A	10828.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=397;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=126;NR=140;PP=2965;SC=TGTTCTGATCGTCCGCTCTGT;SOR=0.756;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=266;TCF=126;TCR=140;TR=266;WE=4731476;WS=4731458;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,392:1.00:392
chr11	4731583	rs4471413	C	T	12228.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=451;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=161;NR=153;PP=2965;SC=AGTTTGTCACCAGTGCACAGA;SOR=0.757;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=317;TCF=162;TCR=155;TR=314;WE=4731591;WS=4731573;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,448:1.00:448
chr11	4791111	rs17324812	T	C	2638.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.671;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=242;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.617;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=53;PP=1415;ReadPosRankSum=-0.186;SC=AACAAGAAGGTTGGAAATTTA;SOR=0.834;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=144;TCF=47;TCR=97;TR=77;WE=4791119;WS=4791101;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:114,121:0.51:235
chr11	4869649	rs12361955	G	A	2938.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.369;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=330;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.302;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=58;PP=1593;ReadPosRankSum=0.910;SC=AGTGCCAGGAGGATCATAGGG;SOR=0.932;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=199;TCF=88;TCR=111;TR=97;WE=4869657;WS=4869639;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:186,142:0.43:328
chr11	4869906	rs7117260	A	C	1295.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.894;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=24;PP=467;ReadPosRankSum=-0.250;SC=GACCTGTGGGAGGCAGTAGGG;SOR=0.722;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=113;TCF=52;TCR=61;TR=44;WE=4869914;WS=4869896;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:108,71:0.40:179
chr11	4870139	rs11602455	G	A	1393.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.734;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.213;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=18;PP=761;ReadPosRankSum=-1.419;SC=CTGAGGCAGGGACAGTGTGAG;SOR=0.810;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=120;TCF=74;TCR=46;TR=51;WE=4870147;WS=4870129;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:103,71:0.41:174
chr11	4870261	rs11602499	G	C	2576.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.512;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=246;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.465;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=39;PP=1246;ReadPosRankSum=0.733;SC=AGGGCGGGCTGCAGGGCAATG;SOR=0.632;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=153;TCF=74;TCR=79;TR=78;WE=4870269;WS=4870251;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:124,122:0.50:246
chr11	4870298	rs11601065	T	G	2866.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.510;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=285;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.897;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=43;PP=1230;ReadPosRankSum=0.601;SC=CATTTCCCAGTGCAGAGAGAA;SOR=0.637;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=153;TCF=70;TCR=83;TR=81;WE=4870306;WS=4870288;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:140,144:0.51:284
chr11	4880892	rs11034368	T	C	3438.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.235;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=318;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.416;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=33;PP=1468;ReadPosRankSum=-0.022;SC=TTCTTCAAATTTGCTTGGTCT;SOR=0.732;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=174;TCF=107;TCR=67;TR=90;WE=4880900;WS=4880882;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:143,167:0.54:310
chr11	4903500	rs78644275	G	A	3308.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-2.389;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=364;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.790;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=64;PP=1852;ReadPosRankSum=-2.983;SC=GCCTTTGACCGCTTCGTGGCT;SOR=0.493;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=262;TCF=105;TCR=157;TR=114;WE=4903508;WS=4903490;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:197,158:0.45:355
chr11	4928866	rs7941509	C	T	13994.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.436;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=531;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=196;NR=149;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.585;SC=TGTTCAATGCCATGGGAATTT;SOR=0.317;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=348;TCF=197;TCR=151;TR=345;WE=4928874;WS=4928856;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,518:1.00:519
chr11	4945229	rs10836954	G	A	2489.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.582;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=289;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=40;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.060;SC=CAGAACTGATGACTCCATTGA;SOR=0.689;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=183;TCF=96;TCR=87;TR=82;WE=4945244;WS=4945219;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:163,124:0.43:287
chr11	4945233	rs35264256	C	T	6209.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.084;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=287;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=21.79;ReadPosRankSum=0.993;SOR=0.672;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:127,158:0.55:285
chr11	4945236	rs35666095	T	C	6215.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.858;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=287;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=21.81;ReadPosRankSum=1.351;SOR=0.670;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:128,157:0.55:285
chr11	4945631	rs10836955	G	A	466.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.032;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.394;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=11;PP=270;ReadPosRankSum=0.206;SC=AAAGTGACAAGGCTGAATTCT;SOR=0.092;SbPval=0.19;Source=Platypus;TC=31;TCF=7;TCR=24;TR=17;WE=4945639;WS=4945621;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,22:0.52:42
chr11	4964649	rs2595992	G	T	271.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.658;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=1.102;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.18;ReadPosRankSum=0.637;SOR=0.492;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:47,18:0.28:65
chr11	4964753	rs2605301	A	G	1871.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.098;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=240;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.432;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=23;PP=786;ReadPosRankSum=-0.795;SC=ATTTTGTGCTAGATAATTCTT;SOR=0.968;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=157;TCF=87;TCR=70;TR=59;WE=4964761;WS=4964743;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:141,99:0.41:240
chr11	4964784	rs2605302	A	T	2127.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.491;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=268;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.709;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=25;PP=821;ReadPosRankSum=0.172;SC=GCTATCCTGTACATTAAAGAA;SOR=0.888;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=163;TCF=88;TCR=75;TR=62;WE=4964805;WS=4964774;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:155,113:0.42:268
chr11	4965239	rs2570581	G	A,T	2548.77	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.983;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=17,25;NR=14,16;PP=446,700;ReadPosRankSum=0.428;SC=CTGCCTATCCGCACACTGGGA;SOR=0.853;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=74;TCF=43;TCR=31;TR=31,41;WE=4965247;WS=4965229;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.36,0.62:108
chr11	4965301	rs2605303	G	T	2774.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=42;NR=38;PP=1498;SC=ACTACTGCTTGGTTGTACTAC;SOR=0.753;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=82;TCF=42;TCR=40;TR=80;WE=4965309;WS=4965291;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr11	4967468	rs28698374	G	A	6627.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.335;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=622;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.525;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-1.551;NF=115;NR=73;PP=2865;ReadPosRankSum=-0.558;SC=AATTGGGTTCGTCAGTGGAGG;SOR=0.762;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=383;TCF=227;TCR=156;TR=188;WE=4967476;WS=4967458;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:300,321:0.52:621
chr11	4967532	rs2595988	G	C	5277.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=3.520;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=702;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.118;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-6.774;NF=113;NR=97;PP=2801;ReadPosRankSum=-1.201;SC=GAGACATGCCGGGCAAAGCGG;SOR=0.786;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=468;TCF=250;TCR=218;TR=210;WE=4967540;WS=4967522;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:419,274:0.40:693
chr11	4968198	rs3845246	C	A	2335.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.775;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=259;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.829;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-3.871;NF=50;NR=58;PP=1835;ReadPosRankSum=0.394;SC=AGAATGGTGCCATTTCCTAGA;SOR=0.531;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=241;TCF=102;TCR=139;TR=108;WE=4968206;WS=4968188;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:148,108:0.42:256
chr11	4976086	rs2570572	C	T	5341.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.481;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=697;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.534;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-6.831;NF=115;NR=78;PP=2696;ReadPosRankSum=0.878;SC=GTTTCATCAGCGGAGGTACAA;SOR=0.742;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=439;TCF=262;TCR=177;TR=193;WE=4976094;WS=4976076;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:407,282:0.41:689
chr11	4976241	rs2570571	C	G	1743.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.365;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=483;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=20.502;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-19.822;NF=64;NR=88;PP=2826;ReadPosRankSum=-1.650;SC=GCCTTAAGCTCCTCCTTTTTG;SOR=2.111;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=371;TCF=170;TCR=201;TR=152;WE=4976249;WS=4976231;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:373,106:0.22:479
chr11	4976554	rs2595986	A	G	1894.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=5.199;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=303;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=21.043;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-1.582;NF=57;NR=46;PP=1875;ReadPosRankSum=-2.890;SC=ATCTCAGAGGATTGTGGATGG;SOR=1.621;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=253;TCF=136;TCR=117;TR=103;WE=4976562;WS=4976544;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:203,94:0.32:297
chr11	4976788	rs35318834	C	A	4779.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.634;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=412;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.970;NF=86;NR=100;PP=2846;ReadPosRankSum=0.216;SC=AGGGCTCTGTCTTGATGATAA;SOR=0.722;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=321;TCF=149;TCR=172;TR=186;WE=4976796;WS=4976778;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:181,227:0.56:408
chr11	4976811	rs28482315	C	A	2738.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.872;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=305;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.54;MQRankSum=-0.077;QD=8.98;ReadPosRankSum=0.837;SOR=0.706;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:175,130:0.43:305
chr11	4977026	rs10837027	C	A	3139.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQ=59.85;NF=27;NR=64;PP=1901;SC=GTAAAATAGGCATATCTGTAA;SOR=1.695;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=91;TCF=27;TCR=64;TR=91;WE=4977034;WS=4977016;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr11	5013421	rs5789346	G	GT	3120.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.839;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=1.714;HP=12;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=81;PP=980;ReadPosRankSum=0.519;SC=ATTTACTGTTGTTTTTTTTTT;SOR=0.344;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=105;TCF=5;TCR=100;TR=85;WE=5013429;WS=5013411;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:7,149:0.96:156
chr11	5020416	rs2445290	A	G	3675.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.263;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=324;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.835;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=48;PP=1880;ReadPosRankSum=1.018;SC=TTTCCATCTTAGCAGTGAATG;SOR=0.818;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=212;TCF=112;TCR=100;TR=107;WE=5020424;WS=5020406;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:157,165:0.51:322
chr11	5067984	rs2500016	A	G	6302.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.098;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=242;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=81;NR=86;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.344;SC=GGCCCTTTCTACAACCTCTGT;SOR=0.441;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=174;TCF=82;TCR=92;TR=167;WE=5067992;WS=5067974;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,235:0.99:238
chr11	5068137	rs2500017	G	A	8287.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=312;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=123;NR=97;PP=2965;SC=TTATGTGGCCGTCTGTGCTCC;SOR=0.899;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=220;TCF=123;TCR=97;TR=220;WE=5068145;WS=5068127;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,307:1.00:307
chr11	5068177	rs2500018	A	T	10271.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=2.116;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=397;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=139;NR=123;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.546;SC=TTGACATCCCAAGTGTTGGTG;SOR=0.267;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=266;TCF=141;TCR=125;TR=262;WE=5068185;WS=5068167;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,390:1.00:391
chr11	5068297	rs58664826	G	A	3977.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.652;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=394;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=59;PP=1840;ReadPosRankSum=-0.574;SC=CATTCCTACTGTGAGCACATG;SOR=0.714;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=264;TCF=133;TCR=131;TR=124;WE=5068305;WS=5068287;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:194,196:0.50:390
chr11	5068431	rs17350764	G	A	4926.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-2.296;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=462;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.523;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=91;NR=65;PP=2406;ReadPosRankSum=-1.356;SC=TCTCCGTGCTGTCTTCCGCCT;SOR=0.753;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=323;TCF=184;TCR=139;TR=156;WE=5068439;WS=5068421;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:228,231:0.50:459
chr11	5068661	rs2500019	A	G	10004.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=284;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=35.60;SOR=1.423;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,281:1.00:281
chr11	5068661	.	AC	GC,GT	1611	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.46;FR=0.5000,0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MMLQ=24;MQ=59.99;NF=59,22;NR=132,55;PP=1611,1181;QD=8.61660320705;SC=AGATTCGAGAACGAGTGCTCT;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=191;TCF=59;TCR=132;TR=191,77;WE=5068670;WS=5068651;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:1.00:191
chr11	5068662	rs57026471	C	T	2562.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.828;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=278;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.32;ReadPosRankSum=0.671;SOR=0.692;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:150,125:0.45:275
chr11	5079946	rs2445332	C	T	4059.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=62;NR=51;PP=2165;SC=ATATTTTCTTCACACATTTAT;SOR=0.832;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=114;TCF=63;TCR=51;TR=113;WE=5079954;WS=5079936;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,152:1.00:152
chr11	5080068	rs2500052	G	A	5033.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=83;NR=53;PP=2935;SC=CGGCCAAAGCGATGAGTCATA;SOR=1.154;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=136;TCF=83;TCR=53;TR=136;WE=5080076;WS=5080058;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,181:1.00:181
chr11	5080234	rs2445333	T	C	4076.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.229;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=416;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.102;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=69;PP=2235;ReadPosRankSum=0.253;SC=TGTCAAACACTAGATTACAAA;SOR=0.599;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=288;TCF=137;TCR=151;TR=135;WE=5080242;WS=5080224;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:214,195:0.48:409
chr11	5080337	rs61746343	T	C	3485.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-2.546;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=340;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=60;PP=1445;ReadPosRankSum=0.525;SC=GGGAATTACATGATTCCCACA;SOR=0.695;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=220;TCF=99;TCR=121;TR=106;WE=5080345;WS=5080327;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:163,174:0.52:337
chr11	5141902	rs10837374	T	C	1115.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.606;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FS=0.617;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.59;ReadPosRankSum=0.328;SOR=0.756;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:85,62:0.42:147
chr11	5141980	rs4426129	A	G	1631.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=0.741;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.045;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=19;PP=623;ReadPosRankSum=-0.598;SC=TGATATGTACATATGATGGGA;SOR=0.995;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=113;TCF=64;TCR=49;TR=50;WE=5141988;WS=5141970;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:121,85:0.41:206
chr11	5142270	rs10837375	T	G	5503.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.143;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=490;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.093;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=75;NR=89;PP=2635;ReadPosRankSum=-0.562;SC=GTAAGTGTGGTATATTAACTT;SOR=0.775;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=308;TCF=144;TCR=164;TR=164;WE=5142278;WS=5142260;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:221,258:0.54:479
chr11	5153834	.	C	T	4039.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.864;ClippingRankSum=0.000;DP=518;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=75;PP=1813;ReadPosRankSum=-0.055;SC=TTAGTATAAACGCAGAGGGCA;SOR=0.710;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=300;TCF=131;TCR=169;TR=131;WE=5153842;WS=5153824;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:306,211:0.41:517
chr11	5172786	rs10768611	A	G	10839.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=402;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQ=60.05;NF=146;NR=104;PP=2965;SC=ATATAAGGGGAGATGTGAGAC;SOR=0.955;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=251;TCF=146;TCR=105;TR=250;WE=5172803;WS=5172776;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,401:1.00:401
chr11	5172795	rs112098990	A	AC	4607.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.309;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=410;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.602;NF=29;NR=50;PP=2716;ReadPosRankSum=-0.982;SC=GAGATGTGAGACCCAAACCTA;SOR=0.673;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=191;TCF=82;TCR=109;TR=79;WE=5172803;WS=5172776;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:223,175:0.44:398
chr11	5199222	rs7924390	A	C	330.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=2.303;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.235;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.104;NF=11;NR=0;PP=193;ReadPosRankSum=1.607;SC=TGAAACACTGAGTGAAGGATC;SOR=0.288;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=25;TCF=24;TCR=1;TR=11;WE=5199230;WS=5199215;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,14:0.48:29
chr11	5199340	rs113029548	A	AATGCCC	3931.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=2.681;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.338;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.583;NF=25;NR=21;PP=2779;ReadPosRankSum=1.129;SC=CCAATCTGGCAATGTGCTCAC;SOR=0.878;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=107;TCF=52;TCR=55;TR=46;WE=5199348;WS=5199330;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:125,101:0.45:226
chr11	5199645	rs6578560	T	C	10498.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=379;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=94;NR=148;PP=2965;SC=GCCAGCACCTTAGGGGCTGCA;SOR=1.026;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=242;TCF=94;TCR=148;TR=242;WE=5199653;WS=5199635;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,372:1.00:372
chr11	5199660	rs6578561	T	C	8492.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=330;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=32;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=84;NR=136;PP=2965;SC=GCTGCAGCAGTGGCGAGCAGG;SOR=1.089;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=220;TCF=84;TCR=136;TR=220;WE=5199668;WS=5199650;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,325:1.00:325
chr11	5199675	rs6578562	C	T	2417.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.345;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=290;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.022;HP=2;HapScore=2;MGOF=41;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=1.170;NF=35;NR=47;PP=1142;ReadPosRankSum=-0.229;SC=AGCAGGAAGTCGGCTGAGGCC;SOR=0.494;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=195;TCF=73;TCR=122;TR=82;WE=5199683;WS=5199665;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:165,122:0.43:287
chr11	5199708	rs6578563	T	A	1765.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.170;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.274;HP=3;HapScore=2;MGOF=47;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQ=60.05;MQRankSum=1.153;NF=25;NR=37;PP=980;ReadPosRankSum=-0.063;SC=AAGAGATACATGGGCTCATGG;SOR=0.437;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=150;TCF=53;TCR=97;TR=62;WE=5199716;WS=5199698;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:111,85:0.43:196
chr11	5199817	rs5789371	GC	G	596.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.764;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.702;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.839;NF=1;NR=15;PP=542;ReadPosRankSum=-1.636;SC=AGGTATGCAAGCCTTCCAGCC;SOR=0.294;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=26;TCF=1;TCR=25;TR=16;WE=5199825;WS=5199807;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,20:0.62:32
chr11	5221645	rs11512276	C	G	14571.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=559;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=151;NR=175;PP=2965;SC=CGAATGATCCCCCACAGGATC;SOR=0.799;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=328;TCF=152;TCR=176;TR=326;WE=5221653;WS=5221635;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,554:1.00:554
chr11	5221825	rs11036212	G	A	5744.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=71;NR=90;PP=2965;SC=GGGATGGAAAGCCAGGGGTAT;SOR=0.908;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=161;TCF=71;TCR=90;TR=161;WE=5221833;WS=5221815;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,213:1.00:213
chr11	5222021	rs74882018	T	TA	537.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=18;PP=458;SC=CTTACTGACTTAAAAAAAACA;SOR=2.833;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=24;TCF=1;TCR=23;TR=19;WE=5222029;WS=5222011;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr11	5247141	rs1609812	G	A	676.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=18;PP=530;SC=TATATGCAGAGATATTGCTAT;SOR=4.712;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=19;TCF=1;TCR=18;TR=19;WE=5247149;WS=5247131;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr11	5247791	rs10768683	C	G	6897.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=265;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=96;NR=66;PP=2965;SC=AAACATCAAGCGTCCCATAGA;SOR=0.977;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=162;TCF=96;TCR=66;TR=162;WE=5247799;WS=5247781;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,261:1.00:261
chr11	5248243	rs713040	A	G	5678.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.807;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=99;PP=2844;ReadPosRankSum=0.101;SC=CAGGAGTCAGATGCACCATGG;SOR=1.293;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=154;TCF=54;TCR=100;TR=153;WE=5248251;WS=5248233;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,216:0.99:218
chr11	5263577	rs10128555	C	G	719.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=1;NR=17;PP=470;SC=CATCCTTTTTCACCAGAGTTT;SOR=2.925;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=18;TCF=1;TCR=17;TR=18;WE=5263585;WS=5263567;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr11	5269533	rs3841756	GT	G	3701.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=2.239;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=255;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.983;HP=4;HapScore=2;MGOF=46;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-8.585;NF=29;NR=35;PP=2346;ReadPosRankSum=1.361;SC=TTTATTATTTGTATTGCTTGC;SOR=0.608;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=128;TCF=57;TCR=71;TR=64;WE=5269541;WS=5269523;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:142,113:0.44:255
chr11	5269582	rs371855998	AG	A	18667.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=419;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=55.64;QD=45.53;SOR=0.884;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,410:1.00:410
chr11	5269584	rs1065686	T	A	18713.77	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=414;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=55.46;QD=45.20;SOR=0.882;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,414:1.00:414
chr11	5269586	rs371890964	A	AG	18816.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=417;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=55.42;QD=45.12;SOR=0.897;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,417:1.00:417
chr11	5269799	rs28440105	A	C	1965.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=49.50;QD=43.68;SOR=1.880;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr11	5269806	rs28379094	C	T	1994.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=51.52;QD=47.49;SOR=1.900;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr11	5270539	rs111624259	C	A	315.22	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.393;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.22;MQRankSum=-2.322;QD=21.01;ReadPosRankSum=-1.494;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,13:0.87:15
chr11	5270686	rs1061234	G	A	134.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=44.84;QD=26.98;SOR=3.611;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr11	5274717	rs2070972	A	C	1308.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.492;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=46.68;MQRankSum=0.773;QD=30.44;ReadPosRankSum=0.919;SOR=2.078;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,42:0.98:43
chr11	5275802	rs141669845	G	A	111.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=40.00;QD=27.76;SOR=3.258;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr11	5289896	rs3061750	A	AAAAC	5379.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.74;SOR=1.046;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr11	5322737	rs10837771	A	G	11101.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=426;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=147;NR=149;PP=2965;SC=AAAACCTCTCATCAGTACCCC;SOR=0.707;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=297;TCF=148;TCR=149;TR=296;WE=5322745;WS=5322727;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,421:1.00:421
chr11	5323071	rs7118113	C	T	7232.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=270;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=77;NR=97;PP=2965;SC=CCAAAAAGGACGGAGAAGTAG;SOR=0.862;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=174;TCF=77;TCR=97;TR=174;WE=5323079;WS=5323061;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,267:1.00:267
chr11	5344552	rs7934105	C	T	1725.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.25;SOR=1.552;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr11	5344561	rs7933257	G	A	1966.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=40.97;SOR=1.562;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr11	5344772	rs10742622	T	C	8726.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=346;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=110;NR=98;PP=2965;SC=AACCCATCACTGTAACATAGA;SOR=0.735;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=209;TCF=110;TCR=99;TR=208;WE=5344780;WS=5344762;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,339:1.00:339
chr11	5344847	rs10768793	A	G	8153.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=293;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=97;NR=104;PP=2965;SC=CTTCACCAGAAGCAATGCCTA;SOR=0.771;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=201;TCF=97;TCR=104;TR=201;WE=5344855;WS=5344837;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,291:1.00:291
chr11	5344902	rs7937237	C	G	7277.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=256;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=106;NR=95;PP=2965;SC=GATGATCAGACAGTCTAGGAA;SOR=0.809;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=201;TCF=106;TCR=95;TR=201;WE=5344910;WS=5344892;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,254:1.00:254
chr11	5345128	rs10837814	G	A	13582.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=499;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=149;NR=161;PP=2965;SC=GTATTGGTGAGAATGGAAGCA;SOR=0.760;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=310;TCF=149;TCR=161;TR=310;WE=5345136;WS=5345118;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,494:1.00:494
chr11	5345170	rs7952293	A	G	10990.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=412;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=132;NR=153;PP=2965;SC=GCAATGAAACAATCATATGCC;SOR=0.811;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=286;TCF=133;TCR=153;TR=285;WE=5345178;WS=5345160;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,409:1.00:409
chr11	5345486	rs4910750	G	A	3786.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=32;NR=59;PP=1913;SC=GCCCTGGAAAGCCAGTCAGCA;SOR=1.131;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=91;TCF=32;TCR=59;TR=91;WE=5345494;WS=5345476;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,140:1.00:140
chr11	5364276	rs4910551	G	A	8726.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=332;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=108;NR=119;PP=2965;SC=AAAATAGAGGGGCCTGATTGG;SOR=0.757;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=230;TCF=111;TCR=119;TR=227;WE=5364284;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,320:1.00:320
chr11	5364450	rs11036912	A	G	11012.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.855;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=410;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=134;NR=120;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.466;SC=AAGTGAGTGTATAAAGTAGGC;SOR=0.765;SbPval=0.53;Source=Platypus;TCF=135;TR=254;WE=5364458;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,404:1.00:406
chr11	5372690	rs4373970	A	G	458.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=2.400;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.047;HP=2;HapScore=2;MGOF=56;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.148;NF=12;NR=2;PP=354;ReadPosRankSum=0.601;SC=ACAACTGATTACTATTGCTTT;SOR=0.128;SbPval=0.19;Source=Platypus;TC=35;TCF=33;TCR=2;TR=14;WE=5372698;WS=5372680;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,19:0.45:42
chr11	5372718	rs4494330	G	T	800.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-2.015;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.002;HP=3;HapScore=2;MGOF=43;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.041;NF=20;NR=7;PP=532;ReadPosRankSum=-0.078;SC=GTAAATATTTGCCTCTTTGCA;SOR=0.540;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=57;TCF=44;TCR=13;TR=27;WE=5372726;WS=5372708;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,36:0.49:73
chr11	5372751	rs4910755	A	C	1047.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-2.220;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.656;HP=1;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.146;NF=30;NR=12;PP=553;ReadPosRankSum=1.520;SC=GGGCTCAATAAGTCTGCTTCC;SOR=0.473;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=93;TCF=70;TCR=23;TR=42;WE=5372759;WS=5372741;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,51:0.44:116
chr11	5372856	rs4910756	A	G	4157.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.777;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=441;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=73;NR=56;PP=1847;ReadPosRankSum=0.532;SC=CTTCTTGGCAATGGCACTCTT;SOR=0.656;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=254;TCF=144;TCR=110;TR=129;WE=5372864;WS=5372846;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:226,204:0.47:430
chr11	5373006	rs7483122	T	C	3216.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-1.172;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=288;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.343;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=58;PP=1791;ReadPosRankSum=-0.740;SC=CACAGGGAGATTGGCCATGGA;SOR=0.444;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=215;TCF=92;TCR=123;TR=109;WE=5373014;WS=5372996;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:136,147:0.52:283
chr11	5373104	rs5006889	A	G	4455.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.007;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.37;ReadPosRankSum=0.070;SOR=0.726;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:113,117:0.51:230
chr11	5373111	rs7479477	G	A	4556.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.648;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FS=2.233;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.90;ReadPosRankSum=0.724;SOR=0.722;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:114,115:0.50:229
chr11	5373114	rs5006888	G	A	4538.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.781;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=234;ExcessHet=3.0103;FS=1.581;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.48;ReadPosRankSum=0.399;SOR=0.648;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:115,118:0.51:233
chr11	5373129	rs5006887	C	T	2858.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.457;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=242;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.998;HP=1;HapScore=2;MGOF=39;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=36;PP=1476;ReadPosRankSum=-0.555;SC=TTAAGATATACCTCTATCCTG;SOR=0.790;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=161;TCF=89;TCR=72;TR=84;WE=5373137;WS=5373119;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:111,128:0.54:239
chr11	5373170	rs5006886	C	G	3393.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.174;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=308;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=30;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=40;PP=1779;ReadPosRankSum=0.530;SC=GATTGGTGTGCGGGTATTGAC;SOR=0.693;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=215;TCF=128;TCR=87;TR=101;WE=5373178;WS=5373160;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:153,153:0.50:306
chr11	5373242	rs5006885	T	G	8284.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.653;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=436;ExcessHet=3.0103;FS=1.097;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.18;ReadPosRankSum=-1.060;SOR=0.606;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:217,215:0.50:432
chr11	5373251	rs5006884	C	T	8476.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.498;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=455;ExcessHet=3.0103;FS=1.091;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.75;ReadPosRankSum=-0.785;SOR=0.608;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:225,227:0.50:452
chr11	5373311	rs5006883	T	C	4891.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.989;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=467;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.521;HP=2;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=78;NR=78;PP=2668;ReadPosRankSum=-0.760;SC=TGACATCACCTTCAACCGTCT;SOR=0.671;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=339;TCF=168;TCR=171;TR=156;WE=5373319;WS=5373301;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:239,224:0.48:463
chr11	5373334	rs5006882	A	G	4535.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.138;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=441;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.101;HP=1;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=77;NR=83;PP=2582;ReadPosRankSum=-0.670;SC=ATCCAGTTGTAGTTTTATTTG;SOR=0.672;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=334;TCF=168;TCR=166;TR=160;WE=5373342;WS=5373324;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:231,207:0.47:438
chr11	5373562	rs5024042	C	A	5583.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.154;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=601;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.953;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=105;NR=77;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.020;SC=TCACAATGAGCTACATCCACT;SOR=0.793;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=380;TCF=192;TCR=188;TR=182;WE=5373570;WS=5373552;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:324,273:0.46:597
chr11	5373646	rs5024041	T	C	4740.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.963;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=500;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.737;HP=2;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=83;NR=90;PP=2799;ReadPosRankSum=2.330;SC=GCATACTTCGTTTATTCTCTC;SOR=0.569;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=328;TCF=149;TCR=179;TR=173;WE=5373654;WS=5373636;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:259,233:0.47:492
chr11	5373713	rs12802177	A	T	2596.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-2.211;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=279;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=11.026;HP=4;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=49;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.294;SC=AATTCAGGGGACCTGGACAGG;SOR=0.335;SbPval=0.21;Source=Platypus;TC=186;TCF=56;TCR=130;TR=78;WE=5373746;WS=5373703;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:148,129:0.47:277
chr11	5373724	rs5024040	A	G	4960.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.023;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=240;ExcessHet=3.0103;FS=8.648;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=20.84;ReadPosRankSum=0.440;SOR=1.191;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:110,128:0.54:238
chr11	5373728	rs5024039	C	A	4958.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.414;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FS=10.303;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=21.84;ReadPosRankSum=-0.631;SOR=1.301;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:101,126:0.56:227
chr11	5373738	rs5024038	A	G	4660.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.317;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FS=6.283;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=22.85;ReadPosRankSum=-1.436;SOR=1.141;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:88,116:0.57:204
chr11	5373807	rs5024037	G	A	793.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=1.654;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.342;HP=1;HapScore=2;MGOF=39;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=27;PP=596;ReadPosRankSum=-1.037;SC=GTGGAAATCAGTCAATCCCTC;SOR=2.215;SbPval=0.99;Source=Platypus;TC=52;TCF=8;TCR=44;TR=28;WE=5373815;WS=5373797;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,33:0.53:62
chr11	5410934	rs1498467	T	G	5051.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.917;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=489;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=99;PP=2630;ReadPosRankSum=-1.846;SC=TTAACTCCCATAGTATCTACT;SOR=0.679;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=344;TCF=134;TCR=210;TR=164;WE=5410942;WS=5410924;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:240,238:0.50:478
chr11	5411031	rs1498468	C	T	3264.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.556;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=379;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.239;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=63;PP=1740;ReadPosRankSum=-0.535;SC=CTTTGACCGCCTTGTGGCCAT;SOR=0.775;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=256;TCF=115;TCR=141;TR=111;WE=5411039;WS=5411021;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:211,158:0.43:369
chr11	5411239	rs1498469	T	C	3491.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.260;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=362;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.789;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=55;PP=1672;ReadPosRankSum=1.351;SC=TGCACAGATATCACCTTCAAT;SOR=0.565;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=244;TCF=114;TCR=130;TR=109;WE=5411247;WS=5411229;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:185,172:0.48:357
chr11	5411395	rs9783355	C	A	2965.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-2.063;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=273;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.037;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=48;PP=1785;ReadPosRankSum=2.579;SC=TGCACCGCTCCTCTCTGTGCT;SOR=0.821;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=173;TCF=94;TCR=79;TR=109;WE=5411403;WS=5411385;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:127,140:0.52:267
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chr11	5423775	rs7481498	G	A	944.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-0.972;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.327;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=5;PP=582;ReadPosRankSum=-0.141;SC=CATCTCACTAGTTTGTTTCTA;SOR=1.409;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=70;TCF=55;TCR=15;TR=33;WE=5423783;WS=5423765;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,40:0.51:79
chr11	5423868	rs2647583	T	A	4105.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-2.651;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=403;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.537;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=92;NR=39;PP=2097;ReadPosRankSum=-0.798;SC=TACCTACGACTTTCATTTTGG;SOR=0.733;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=276;TCF=191;TCR=85;TR=131;WE=5423876;WS=5423858;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:208,194:0.48:402
chr11	5423931	rs2736526	C	T	6295.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=2.322;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=666;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.103;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=104;NR=87;PP=2719;ReadPosRankSum=0.437;SC=TCCCCTTCTCCCTGATATACA;SOR=0.617;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=421;TCF=231;TCR=190;TR=191;WE=5423939;WS=5423921;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:352,306:0.47:658
chr11	5424125	rs1909261	G	A	3440.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-2.719;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=367;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.382;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=61;PP=1922;ReadPosRankSum=-1.408;SC=CTTGAAGCTTGTCTTTTTCCA;SOR=0.731;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=247;TCF=124;TCR=123;TR=121;WE=5424133;WS=5424115;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:193,166:0.46:359
chr11	5424170	rs2647582	C	T	3069.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.673;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=370;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.383;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=46;PP=1655;ReadPosRankSum=0.639;SC=CATGATGGAGCCAGCTGTGCT;SOR=0.723;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=228;TCF=119;TCR=109;TR=96;WE=5424178;WS=5424160;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:218,149:0.41:367
chr11	5424232	rs1909260	C	T	3678.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.334;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=463;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.122;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=53;PP=1831;ReadPosRankSum=-1.404;SC=CACTGAGCTACACAGCTATCC;SOR=0.608;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=287;TCF=163;TCR=124;TR=115;WE=5424240;WS=5424222;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:274,184:0.40:458
chr11	5424387	rs113047337	T	TTATC	8803.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-1.482;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=622;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.118;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=1.657;NF=25;NR=73;PP=2971;ReadPosRankSum=0.603;SC=CACCCCAATCTTATCTATCTT;SOR=0.815;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=268;TCF=76;TCR=192;TR=98;WE=5424395;WS=5424377;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:317,232:0.42:549
chr11	5424504	rs872163	T	C	8554.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.030;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=523;ExcessHet=3.0103;FS=1.762;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.02;MQRankSum=1.148;QD=16.39;ReadPosRankSum=1.168;SOR=0.780;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:296,226:0.43:522
chr11	5424507	rs872164	A	G	8513.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.985;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=517;ExcessHet=3.0103;FS=1.104;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.02;MQRankSum=1.132;QD=16.50;ReadPosRankSum=0.613;SOR=0.806;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:289,227:0.44:516
chr11	5424532	rs872165	A	C	3820.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.115;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=470;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.188;NR=70;PP=1737;ReadPosRankSum=0.891;SC=TGGAGAAGGGAGGAAGAAGGC;SOR=0.703;Source=Platypus;TCR=155;WE=5424540;WS=5424522;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:273,195:0.42:468
chr11	5424552	rs872166	A	G	3941.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.783;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=483;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.527;HP=1;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NR=71;PP=1984;ReadPosRankSum=-0.767;SC=CACTCAACACATGTGGCTCAC;SOR=0.638;Source=Platypus;TCR=162;WE=5424560;WS=5424542;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:278,203:0.42:481
chr11	5424861	rs2647581	G	A	1148.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.065;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.487;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=37;PP=856;ReadPosRankSum=0.215;SC=CATGTTATGCGATTGATATCA;SOR=1.112;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=71;TCF=9;TCR=62;TR=43;WE=5424869;WS=5424851;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,46:0.57:80
chr11	5451374	rs76131528	A	T	759.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.601;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.63;ReadPosRankSum=1.507;SOR=0.741;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:48,40:0.45:88
chr11	5451875	rs1498474	G	A	2105.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-2.198;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.559;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=14;PP=927;ReadPosRankSum=-0.535;SC=CTGACTCCTTGCAGTGATTCA;SOR=0.621;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=124;TCF=93;TCR=31;TR=57;WE=5451883;WS=5451865;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:98,99:0.50:197
chr11	5461991	rs1498486	C	A	7648.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.010;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=288;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=92;NR=108;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.934;SC=ACATAAAAGGCCAGCACTGCA;SOR=0.813;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=201;TCF=93;TCR=108;TR=200;WE=5461999;WS=5461981;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,280:0.99:282
chr11	5474838	rs2030094	G	T	3412.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.739;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=300;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.001;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=73;NR=43;PP=1958;ReadPosRankSum=-0.616;SC=TGGCCCTTGGGGGAAATACAG;SOR=0.580;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=224;TCF=147;TCR=77;TR=116;WE=5474846;WS=5474828;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:141,154:0.52:295
chr11	5475118	rs12577167	A	G	4780.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=3.723;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=405;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.759;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=67;NR=82;PP=2800;ReadPosRankSum=0.527;SC=GCGCTATGCAACTGTGCTCAC;SOR=0.636;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=283;TCF=122;TCR=161;TR=149;WE=5475126;WS=5475108;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:190,206:0.52:396
chr11	5475431	rs35301588	T	TCA	8072.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.420;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=481;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.871;NF=24;NR=68;PP=2971;ReadPosRankSum=-1.927;SC=CTCAAAGCTCTCAACACATGT;SOR=0.691;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=219;TCF=50;TCR=169;TR=92;WE=5475439;WS=5475421;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:248,214:0.46:462
chr11	5475597	rs11037503	C	T	4143.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.449;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=463;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.520;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=68;PP=1845;ReadPosRankSum=1.144;SC=TCATTTATAGCGCCAAGACAA;SOR=0.773;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=257;TCF=124;TCR=133;TR=127;WE=5475605;WS=5475587;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:247,211:0.46:458
chr11	5510284	rs417425	A	G	10321.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=386;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=125;NR=138;PP=2965;SC=TGGAGTCCTCAATTCTACTTG;SOR=0.780;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=264;TCF=126;TCR=138;TR=263;WE=5510292;WS=5510274;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,380:1.00:380
chr11	5510341	rs404280	C	T	12369.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=473;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=146;NR=136;PP=2965;SC=CATTAAGGTACACAACCATTC;SOR=0.728;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=282;TCF=146;TCR=136;TR=282;WE=5510349;WS=5510331;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,464:1.00:464
chr11	5510497	rs2467219	T	C	8451.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=323;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=100;NR=123;PP=2965;SC=ATATGGGCATTGCCCGACTGG;SOR=0.870;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=223;TCF=100;TCR=123;TR=223;WE=5510505;WS=5510487;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,316:1.00:316
chr11	5510598	rs7950082	A	T	3189.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.573;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=334;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.351;HP=2;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=49;PP=1693;ReadPosRankSum=0.696;SC=GCCATTTCCTATGGCTTTATC;SOR=0.568;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=222;TCF=120;TCR=102;TR=101;WE=5510606;WS=5510588;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:181,152:0.46:333
chr11	5510626	rs444878	T	C	10732.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=397;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=142;NR=120;PP=2965;SC=CAGTCTTTCATCTTCCATCTC;SOR=0.845;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=262;TCF=142;TCR=120;TR=262;WE=5510634;WS=5510616;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,394:1.00:394
chr11	5510688	rs7101919	T	C	5200.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.405;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=532;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=79;NR=75;PP=2427;ReadPosRankSum=-0.653;SC=ATTGGCATCATCCTGGTTTTC;SOR=0.658;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=320;TCF=166;TCR=154;TR=154;WE=5510696;WS=5510678;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:268,259:0.49:527
chr11	5510928	rs392296	G	A	2874.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=24;NR=60;PP=1754;SC=AAAAAAAAGTGTAGGATGGCT;SOR=1.702;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=84;TCF=24;TCR=60;TR=84;WE=5510936;WS=5510907;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr11	5511003	rs426886	G	A	686.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=22;PP=550;SC=ATGGCAGGAAGCTCTGGAAGG;SOR=3.442;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=25;TCF=3;TCR=22;TR=25;WE=5511011;WS=5510993;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
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chr11	5529139	rs2234456	T	C	6000.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.097;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=541;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.095;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=92;NR=78;PP=2284;ReadPosRankSum=0.974;SC=TACCCGTCCCTGCTAGGCAAG;SOR=0.772;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=293;TCF=153;TCR=140;TR=170;WE=5529147;WS=5529129;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:239,295:0.55:534
chr11	5529865	rs186434	G	A	4294.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=50;NR=51;PP=2190;SC=CTCCATGTGTGGAAGTCCAGG;SOR=0.744;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=101;TCF=50;TCR=51;TR=101;WE=5529873;WS=5529855;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,158:1.00:158
chr11	5536415	rs10769023	C	T	1743.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-1.765;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.167;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=22;PP=785;ReadPosRankSum=0.417;SC=AGCTGCTCTGCTCATCTGACA;SOR=0.599;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=103;TCF=58;TCR=45;TR=49;WE=5536423;WS=5536405;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:92,85:0.48:177
chr11	5536537	rs393044	A	C	5708.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=66;NR=63;PP=2842;SC=GCTGGTATCCAAGCTGGCTGC;SOR=0.723;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=130;TCF=67;TCR=63;TR=129;WE=5536545;WS=5536527;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,205:1.00:205
chr11	5536848	rs2017433	G	A	1792.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=2.177;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.948;HP=1;HapScore=3;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=24;PP=2307;ReadPosRankSum=-2.147;SC=ATTGATATCAGCATAGTTCTG;SOR=0.868;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=143;TCF=75;TCR=68;TR=57;WE=5536860;WS=5536838;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:126,87:0.41:213
chr11	5536852	rs2017434	A	G	2777.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.642;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.870;HP=1;HapScore=3;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=46;PP=2962;ReadPosRankSum=2.090;SC=ATATCAGCATAGTTCTGACCC;SOR=0.626;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=147;TCF=76;TCR=71;TR=89;WE=5536860;WS=5536838;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,129:0.59:219
chr11	5537045	rs872751	T	G	3858.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.791;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=415;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=58;PP=1694;ReadPosRankSum=0.123;SC=GGGAAACTTCTGGGTTCTGCT;SOR=0.714;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=243;TCF=120;TCR=123;TR=115;WE=5537053;WS=5537035;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:216,192:0.47:408
chr11	5537161	rs2047456	A	G	2524.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.507;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.618;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=44;PP=1181;ReadPosRankSum=0.046;SC=TGTGCTTTGCACTCTGGGTGG;SOR=0.808;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=144;TCF=59;TCR=85;TR=70;WE=5537169;WS=5537151;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:109,116:0.52:225
chr11	5537780	rs1809862	C	A	350.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.317;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.869;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=11;PP=237;ReadPosRankSum=0.470;SC=GCTCTCAGGCCACAGGATAGT;SOR=2.409;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=1;TCR=17;TR=11;WE=5537788;WS=5537770;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,14:0.50:28
chr11	5549254	rs1498480	T	C	3959.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.867;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=71;NR=33;PP=1923;ReadPosRankSum=-0.969;SC=GCCTTGTCAGTGACCACCAGC;SOR=0.571;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=105;TCF=72;TCR=33;TR=104;WE=5549262;WS=5549244;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,144:0.99:145
chr11	5549316	rs1846317	A	G	7062.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=270;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=98;NR=84;PP=2965;SC=CAGGCACACAAGCACAGAGAG;SOR=0.788;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=182;TCF=98;TCR=84;TR=182;WE=5549324;WS=5549306;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,264:1.00:264
chr11	5549470	rs2840097	C	T	1557.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.211;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=38;PP=868;ReadPosRankSum=-0.876;SC=CTGCAGGATACAAATGGGGCC;SOR=0.682;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=121;TCF=47;TCR=74;TR=62;WE=5549478;WS=5549460;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,77:0.48:162
chr11	5549531	rs1560811	T	C	2761.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=21;NR=54;PP=1392;SC=GTGAGGGTGATGCTAGGGCTT;SOR=1.609;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=75;TCF=21;TCR=54;TR=75;WE=5549539;WS=5549521;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr11	5566030	rs1995158	A	G	7416.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=284;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=94;NR=97;PP=2965;SC=GCTTTCTGGCAGGCATCTTGG;SOR=0.707;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=191;TCF=94;TCR=97;TR=191;WE=5566038;WS=5566020;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,284:1.00:284
chr11	5566051	rs1995157	C	A	7396.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=270;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=96;NR=94;PP=2965;SC=GAGGGAAGGCCAAAGACAGCA;SOR=0.723;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=190;TCF=96;TCR=94;TR=190;WE=5566059;WS=5566041;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,270:1.00:270
chr11	5566112	rs1995156	C	T	6450.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=239;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=79;NR=92;PP=2965;SC=CTGAGATGACCGTCATGATGG;SOR=0.791;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=172;TCF=79;TCR=93;TR=171;WE=5566120;WS=5566102;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,233:1.00:233
chr11	5566365	rs1566275	T	C	7069.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=272;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=84;NR=89;PP=2965;SC=AGCTACATAGTGATCAAATGC;SOR=0.731;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=173;TCF=84;TCR=89;TR=173;WE=5566373;WS=5566355;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,267:1.00:267
chr11	5566489	rs10769054	C	T	5229.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=61;NR=70;PP=2527;SC=ATACTGAGTGCTTTAGGCACA;SOR=0.833;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=131;TCF=61;TCR=70;TR=131;WE=5566497;WS=5566479;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,197:1.00:197
chr11	5566789	rs12798586	A	G	359.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.034;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.509;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=14;PP=252;ReadPosRankSum=-1.375;SC=GTGATTAAGGATAGAGAAACT;SOR=1.410;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=42;TCF=12;TCR=30;TR=17;WE=5566797;WS=5566779;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,19:0.40:48
chr11	5566830	rs10838299	A	C	625.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=15;PP=392;SC=AACTAATTATAATTATTGCCT;SOR=2.737;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=3;TCR=15;TR=18;WE=5566838;WS=5566820;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr11	5573160	rs401835	G	C	1589.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.881;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=31;PP=796;ReadPosRankSum=1.013;SC=GCAAAAGACAGCACAGAGGAT;SOR=0.667;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=113;TCF=45;TCR=68;TR=51;WE=5573168;WS=5573150;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,76:0.48:158
chr11	5602275	rs1077126	A	G	4617.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.006;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=508;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.204;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=83;NR=67;PP=2103;ReadPosRankSum=-1.972;SC=CATGTACATCACTGCCCTGGA;SOR=0.797;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=343;TCF=173;TCR=170;TR=150;WE=5602283;WS=5602265;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:264,234:0.47:498
chr11	5602438	rs2341432	T	A	10037.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.074;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=369;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=133;NR=138;PP=2965;ReadPosRankSum=0.327;SC=GGTTATAGCCTCATTTCCTTT;SOR=0.721;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=271;TCF=133;TCR=138;TR=271;WE=5602446;WS=5602428;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,361:0.99:363
chr11	5602605	rs2341433	G	A	5752.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.970;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=529;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.96;ReadPosRankSum=-1.043;SOR=0.698;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:253,272:0.52:525
chr11	5602615	rs2341434	A	G	19280.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.261;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=553;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=194;NR=176;PP=2541;ReadPosRankSum=0.500;SC=GCCCTGAGCCACAGCTTCATC;SOR=0.424;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=373;TCF=195;TCR=178;TR=370;WE=5602623;WS=5602595;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,547:0.99:550
chr11	5602679	rs892336	T	C	19692.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.765;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=735;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=209;NR=205;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.222;SC=GCCAGATCAATATCATTGCAC;SOR=0.693;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=418;TCF=211;TCR=207;TR=414;WE=5602687;WS=5602669;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,732:1.00:734
chr11	5602790	rs2163946	A	G	11117.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=407;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=128;NR=154;PP=2965;SC=CCACAGGCCTAGACATCATGC;SOR=0.880;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=284;TCF=128;TCR=156;TR=282;WE=5602798;WS=5602780;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,394:1.00:394
chr11	5602928	rs10838375	G	C	8135.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=297;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=91;NR=118;PP=2965;SC=ATGTCCCTGCGCTTTTTTCTG;SOR=0.885;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=209;TCF=91;TCR=118;TR=209;WE=5602936;WS=5602918;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,294:1.00:294
chr11	5602968	rs10769086	G	A	6676.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=246;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=68;NR=102;PP=2965;SC=TGGGAGAAGCGTCCCATGCTA;SOR=0.998;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=170;TCF=68;TCR=102;TR=170;WE=5602976;WS=5602958;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,245:1.00:245
chr11	5603136	rs10838376	C	A	365.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.604;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.228;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=11;PP=210;ReadPosRankSum=-1.472;SC=TTAGTCTCAACCCTTTTCTAT;SOR=1.819;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=3;TCR=18;TR=11;WE=5603144;WS=5603126;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,16:0.53:30
chr11	5603163	rs10838377	G	A	410.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=9;PP=239;SC=CAATTGTCCCGTATTTAGCCC;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=9;WE=5603171;WS=5603153;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr11	5617987	rs12272467	G	A	2053.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=39;NR=22;PP=1184;SC=GAGCAGAGTCGTGCGTGGTTG;SOR=1.150;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=61;TCF=39;TCR=22;TR=61;WE=5617995;WS=5617977;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr11	5618298	rs146384026	A	ATTTTAT	774.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=12;PP=747;SC=GGTTAGAGACATTTTAATCAG;SOR=2.419;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=16;TCF=1;TCR=15;TR=13;WE=5618306;WS=5618288;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr11	5625603	rs7108470	A	G	377.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-0.852;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=4;PP=213;ReadPosRankSum=-2.955;SC=TTTTCATCCCATGTATATATA;SOR=0.941;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=31;TCF=22;TCR=9;TR=15;WE=5625611;WS=5625594;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,19:0.54:35
chr11	5625847	rs3751006	A	G	1896.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.984;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=33;PP=986;ReadPosRankSum=1.694;SC=GAGAGAAGAAAACATCCTGGA;SOR=0.672;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=95;TCF=33;TCR=62;TR=52;WE=5625855;WS=5625837;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,85:0.54:156
chr11	5629607	rs10769121	G	A	832.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.635;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=14;PP=448;ReadPosRankSum=0.023;SC=CCTAGGATGTGAGTGATGTCA;SOR=0.707;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=65;TCF=34;TCR=31;TR=30;WE=5629615;WS=5629597;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,43:0.41:106
chr11	5631622	rs7125403	G	T	2801.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=49;NR=33;PP=1617;SC=AGAAGATGCGGTTTGTATTTA;SOR=1.015;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=83;TCF=50;TCR=33;TR=82;WE=5631630;WS=5631612;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr11	5632212	rs10769124	G	A	8425.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.931;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=314;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=119;NR=102;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.720;SC=CCTGGATCCTGGGGGTATGCA;SOR=0.275;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=223;TCF=121;TCR=102;TR=221;WE=5632220;WS=5632202;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,304:1.00:305
chr11	5632681	rs72882004	T	C	2352.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.506;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FS=1.324;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.71;ReadPosRankSum=3.453;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:103,98:0.49:201
chr11	5653417	rs4287358	AT	GA	2826.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;JOINED;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=37;NR=16;PP=2271;SC=GCCAGTCTTTATTGTCTGTGC;SOR=1.573;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=54;TCF=37;TCR=17;TR=53;WE=5653426;WS=5653407;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr11	5654052	.	C	CT	99.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.586;ClippingRankSum=-0.000;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=6.23;ReadPosRankSum=-1.630;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,11:0.69:16
chr11	5655150	rs7941976	T	A	4301.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=55;NR=54;PP=2033;SC=ATTCTGAAGGTTTTCTGAGAC;SOR=0.693;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=109;TCF=55;TCR=54;TR=109;WE=5655158;WS=5655140;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,162:1.00:162
chr11	5655233	rs3824951	G	A	2192.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=22;NR=41;PP=1208;SC=GAGTCCTGAAGCCATTTGATT;SOR=1.367;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=64;TCF=22;TCR=42;TR=63;WE=5655241;WS=5655223;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr11	5655697	rs150979036	A	AAT	313.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.494;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.26;ReadPosRankSum=0.760;SOR=0.409;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,11:0.50:22
chr11	5655722	rs3060967	TAC	T	101.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.565;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=3.544;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.08;ReadPosRankSum=-0.283;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,10:0.30:33
chr11	5662319	rs7108834	C	T	2861.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=62;NR=23;PP=1824;SC=CATTTTTTTTCCTACTGTTCT;SOR=1.609;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=85;TCF=62;TCR=23;TR=85;WE=5662327;WS=5662300;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr11	5663575	rs12792498	T	C	202.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=6;NR=3;PP=121;SC=AAACCAGTGATGTGGGAGGGA;SOR=1.402;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=6;TCR=3;TR=9;WE=5663583;WS=5663565;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr11	5663920	rs66637086	CT	C	3674.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQ=60.08;NF=38;NR=38;PP=2812;SC=TCTGGTTTATCTTTTTAATTC;SOR=1.352;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=89;TCF=43;TCR=46;TR=76;WE=5663928;WS=5663910;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,138:1.00:138
chr11	5664355	.	A	ATATATTT	894.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.281;ClippingRankSum=0.000;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.37;MQRankSum=0.574;QD=30.85;ReadPosRankSum=-0.650;SOR=0.793;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,25:0.86:29
chr11	5664356	.	T	TATATATATA	157.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.173;ClippingRankSum=0.000;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.34;MQRankSum=-0.344;QD=4.93;ReadPosRankSum=-0.727;SOR=0.776;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,5:0.16:32
chr11	5664358	rs374386649	T	A	166.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.258;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=1.725;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.30;MQRankSum=-0.429;QD=4.76;ReadPosRankSum=-0.330;SOR=1.402;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,7:0.20:35
chr11	5664974	rs7109861	T	C	13702.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=538;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=132;NR=202;PP=2965;SC=CCCTTTGTCTTGACTTATCTC;SOR=0.985;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=336;TCF=132;TCR=204;TR=334;WE=5664982;WS=5664964;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,535:1.00:535
chr11	5687320	rs35734937	T	TA	475.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.502;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FS=0.710;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.10;MQRankSum=1.996;QD=2.78;ReadPosRankSum=-0.337;SOR=0.788;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:115,56:0.33:171
chr11	5691191	rs4309185	C	T	1176.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=24;NR=14;PP=674;SC=GGCAACAGAGCGAGACTTCAT;SOR=1.179;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=24;TCR=14;TR=38;WE=5691199;WS=5691181;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr11	5700340	rs3740995	T	C	5790.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.974;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.754;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=98;NR=65;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.646;SC=TGTCAGCTTCTAACTCTTCAG;SOR=0.773;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=164;TCF=98;TCR=66;TR=163;WE=5700348;WS=5700330;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,215:1.00:216
chr11	5701001	rs10838525	C	T	2922.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=60;NR=16;PP=1827;SC=TTGGTACTCCCGGGCAACCTC;SOR=2.141;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=76;TCF=60;TCR=16;TR=76;WE=5701009;WS=5700991;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
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chr11	5717762	rs10838543	T	C	3165.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.787;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=380;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=56;PP=1582;ReadPosRankSum=-0.250;SC=GTGAGCACCATGGAAAAAAAC;SOR=0.678;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=259;TCF=125;TCR=134;TR=109;WE=5717770;WS=5717752;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:211,159:0.43:370
chr11	5718517	rs7935564	G	A	1427.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-2.135;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.015;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=26;PP=653;ReadPosRankSum=0.200;SC=GATAAAGGAGGATCAAGAGGC;SOR=0.475;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=102;TCF=42;TCR=60;TR=47;WE=5718525;WS=5718507;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,70:0.50:141
chr11	5719750	rs1063303	G	C	1272.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.586;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.040;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=30;PP=576;ReadPosRankSum=1.524;SC=CGGAGGTTGAGGGGATCGTCA;SOR=1.112;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=86;TCF=36;TCR=50;TR=48;WE=5719758;WS=5719740;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,66:0.46:142
chr11	5719835	rs2291844	T	C	671.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.430;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=4;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=14;PP=705;ReadPosRankSum=-0.068;SC=GAGGCCGATTTTCCTTCCCTT;SOR=0.804;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=33;TCF=11;TCR=22;TR=20;WE=5719856;WS=5719825;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,30:0.62:48
chr11	5719848	rs7950912	C	T	601.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-2.179;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.317;HP=2;HapScore=4;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=15;PP=705;ReadPosRankSum=-0.862;SC=CTTCCCTTCCCAGTCTCTAGG;SOR=1.151;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=32;TCF=10;TCR=22;TR=20;WE=5719856;WS=5719825;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,29:0.66:44
chr11	5729580	rs2291845	T	C	2177.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.318;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=34;PP=1397;ReadPosRankSum=-0.348;SC=GAGGTTTTTTTAGGTTAGGAT;SOR=0.665;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=135;TCF=77;TCR=58;TR=74;WE=5729588;WS=5729570;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,94:0.55:171
chr11	5729946	rs35592896	CT	C	225.74	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.402;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.06;ReadPosRankSum=-0.501;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,21:0.75:28
chr11	5755605	rs1498552	A	G	715.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-3.498;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.233;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=21;PP=416;ReadPosRankSum=-1.436;SC=ATAGAGGATTAGAGGGCCTTT;SOR=0.475;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=54;TCF=9;TCR=45;TR=26;WE=5755613;WS=5755595;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,32:0.52:61
chr11	5758062	rs7397032	T	C	9840.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=364;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=120;NR=150;PP=2965;SC=CCTCCCTGAGTGCTTTGCTCA;SOR=0.874;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=271;TCF=120;TCR=151;TR=270;WE=5758070;WS=5758052;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,358:1.00:358
chr11	5758118	rs7396766	A	C	12954.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=2.145;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=480;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=156;NR=144;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.026;SC=CTGGTATCCTACTCTGCATGG;SOR=0.243;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=305;TCF=158;TCR=147;TR=300;WE=5758126;WS=5758108;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,469:1.00:470
chr11	5776093	rs185750636	G	A	3888.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.243;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=393;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.371;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=76;NR=60;PP=2258;ReadPosRankSum=-0.644;SC=TTGTGGCTATGGTAGGGAATT;SOR=0.729;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=282;TCF=155;TCR=127;TR=136;WE=5776101;WS=5776083;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:193,188:0.49:381
chr11	5776287	rs7936512	C	T	15080.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=575;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=190;NR=212;PP=2965;SC=ATGTTCTTCACCCACACCTTC;SOR=0.778;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=402;TCF=190;TCR=212;TR=402;WE=5776295;WS=5776277;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,563:1.00:563
chr11	5776470	rs7394584	T	G	10328.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=399;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=144;NR=148;PP=2965;SC=CTCACCAAGCTCCTGCCCTAC;SOR=0.714;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=292;TCF=144;TCR=148;TR=292;WE=5776478;WS=5776460;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,384:1.00:384
chr11	5776623	rs7396938	A	T	8581.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=317;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=103;NR=104;PP=2965;SC=TGTATCACCAACTCCTATACC;SOR=0.693;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=208;TCF=103;TCR=105;TR=207;WE=5776631;WS=5776613;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,312:1.00:312
chr11	5777023	rs10742782	C	T	1707.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=12;NR=41;PP=1136;SC=TTTCTGGAAGCACTGTATTGA;SOR=2.119;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=53;TCF=12;TCR=41;TR=53;WE=5777031;WS=5777013;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr11	5777053	rs10742783	A	G	820.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=21;PP=592;SC=GGAGTTTGTTAACTGGTGCAT;SOR=2.468;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=5;TCR=21;TR=26;WE=5777061;WS=5777043;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr11	5809308	rs7934670	A	T	7683.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=293;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=88;NR=99;PP=2965;SC=ATGGCACAGAAGTGGGCAGTG;SOR=0.811;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=187;TCF=88;TCR=99;TR=187;WE=5809316;WS=5809298;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,284:1.00:284
chr11	5809548	rs7948009	G	A	8281.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.929;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=314;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=112;NR=101;PP=2965;ReadPosRankSum=0.152;SC=TATGGAAGGCGCTTGGTGAGG;SOR=0.753;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=218;TCF=115;TCR=103;TR=213;WE=5809556;WS=5809538;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,309:0.99:311
chr11	5810105	rs61619938	TA	T	531.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=11;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=20;PP=443;SC=GAGCAGGAAATAAAAAAAAGA;SOR=4.977;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=24;TCF=1;TCR=23;TR=20;WE=5810113;WS=5810095;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr11	5841856	rs4758435	C	T	12139.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=461;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=177;NR=152;PP=2965;SC=TTGACTTTAACGCCTGCCTGG;SOR=0.810;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=330;TCF=177;TCR=153;TR=329;WE=5841864;WS=5841846;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,449:1.00:449
chr11	5842310	rs8181529	T	G	12412.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=435;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=166;NR=147;PP=2965;SC=TCACATGTGTTCCATTGTGAT;SOR=0.795;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=315;TCF=167;TCR=148;TR=313;WE=5842318;WS=5842300;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,431:1.00:431
chr11	5842356	rs8181512	A	G	15718.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=622;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=215;NR=170;PP=2965;SC=TTTTTCACTCATCGTTTTGTA;SOR=0.856;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=385;TCF=215;TCR=170;TR=385;WE=5842364;WS=5842346;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,608:1.00:608
chr11	5877909	rs12417880	C	T	674.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-2.197;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=2;PP=353;ReadPosRankSum=0.897;SC=ATGTTATTGGCTGCAGCATTC;SOR=0.795;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=62;TCF=52;TCR=10;TR=22;WE=5877917;WS=5877899;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,32:0.43:75
chr11	5877979	rs12419602	T	A	2221.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.751;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.276;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=28;PP=1004;ReadPosRankSum=-0.886;SC=CTCCAACTGGTTAGTGATTGG;SOR=0.558;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=168;TCF=105;TCR=63;TR=72;WE=5877987;WS=5877969;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:119,109:0.48:228
chr11	5905412	rs17233457	C	T	899.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=4.906;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.493;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=3;PP=703;ReadPosRankSum=-0.484;SC=ATACCATTACCTCTAGCACAC;SOR=1.022;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=64;TCF=57;TCR=7;TR=33;WE=5905420;WS=5905402;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,34:0.51:67
chr11	5906048	rs4758168	G	A	4659.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=2.413;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=399;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.365;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=72;NR=81;PP=2638;ReadPosRankSum=1.815;SC=GCATAACATCGTACCTCACAC;SOR=0.655;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=270;TCF=130;TCR=140;TR=153;WE=5906056;WS=5906038;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:185,208:0.53:393
chr11	5906073	rs4757986	G	T	4751.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-2.719;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=377;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.243;HP=3;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=82;NR=68;PP=2634;ReadPosRankSum=1.030;SC=TGTGAGCACAGGGGTCTGGCC;SOR=0.802;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=267;TCF=141;TCR=126;TR=150;WE=5906081;WS=5906063;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:168,206:0.55:374
chr11	5906143	rs11823809	T	C	5364.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.195;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=483;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.525;HP=2;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=110;NR=75;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.574;SC=TGATTTCTTATATTATTGTGG;SOR=0.774;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=350;TCF=207;TCR=143;TR=185;WE=5906151;WS=5906133;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:234,247:0.51:481
chr11	5906192	rs1453435	A	C	8317.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.569;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=787;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=135;NR=120;PP=2962;ReadPosRankSum=2.438;SC=GCTTATCCTTAGAGCTGTTTT;SOR=0.674;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=483;TCF=259;TCR=224;TR=255;WE=5906211;WS=5906182;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:384,401:0.51:785
chr11	5906203	rs11823828	T	G	9206.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=1.791;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=845;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=142;NR=128;PP=2962;ReadPosRankSum=2.382;SC=GAGCTGTTTTTCGCCTTCCCT;SOR=0.688;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=511;TCF=270;TCR=241;TR=270;WE=5906211;WS=5906182;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:409,433:0.51:842
chr11	5906291	rs11823842	T	C	9131.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.585;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=905;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=137;NR=161;PP=2962;ReadPosRankSum=0.275;SC=CACACCAGCATTTTTTTCTTT;SOR=0.728;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=573;TCF=266;TCR=307;TR=298;WE=5906299;WS=5906281;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:451,438:0.49:889
chr11	5922222	rs10160336	T	C	11859.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=449;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=146;NR=133;PP=2965;SC=CCGGCACTGATCTGGGCTTGT;SOR=0.754;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=279;TCF=146;TCR=133;TR=279;WE=5922230;WS=5922212;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,437:1.00:437
chr11	5922707	rs7106300	C	T	11295.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=414;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=136;NR=148;PP=2965;SC=GATGCCCGGCCTAAGGCACTC;SOR=0.770;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=286;TCF=136;TCR=150;TR=284;WE=5922715;WS=5922697;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,405:1.00:405
chr11	5923297	rs4601752	A	G	3305.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=33;NR=46;PP=1588;SC=TTACATATCCAAAGCTGAAGT;SOR=0.920;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=79;TCF=33;TCR=46;TR=79;WE=5923305;WS=5923287;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr11	5968728	rs1840178	T	C	9323.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.133;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=363;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=98;NR=177;PP=2965;ReadPosRankSum=1.322;SC=ACCCTCCTGATGACCATCTGG;SOR=1.238;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=278;TCF=100;TCR=178;TR=275;WE=5968736;WS=5968718;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,352:0.99:354
chr11	5969185	rs10769378	A	G	7852.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=2.364;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=698;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.518;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=124;NR=136;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.350;SC=ACCTTTACCAATTTGCTGGAG;SOR=0.734;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=491;TCF=241;TCR=250;TR=260;WE=5969193;WS=5969175;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:328,351:0.52:679
chr11	5989415	rs7114672	C	A	2379.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.459;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.081;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=44;PP=1177;ReadPosRankSum=0.343;SC=ATGATGAACACCTGAAGGAAG;SOR=0.604;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=140;TCF=60;TCR=80;TR=80;WE=5989423;WS=5989405;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:95,112:0.54:207
chr11	6007272	rs4237768	A	G	8383.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.592;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=338;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=102;NR=97;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.311;SC=AGGAGATACCATGTGGCCAGA;SOR=0.736;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=201;TCF=103;TCR=98;TR=199;WE=6007280;WS=6007262;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,331:0.99:333
chr11	6007613	rs4354673	T	G	12702.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=476;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=169;NR=119;PP=2965;SC=GAAGATAAGTTTTCCCAACAA;SOR=0.958;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=288;TCF=169;TCR=119;TR=288;WE=6007621;WS=6007603;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,472:1.00:472
chr11	6007680	rs4436524	A	G	13687.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=514;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=196;NR=168;PP=2965;SC=ATTCCGATGCACCCTATGACC;SOR=0.821;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=364;TCF=196;TCR=168;TR=364;WE=6007688;WS=6007670;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,511:1.00:511
chr11	6007743	rs4436525	A	G	13422.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=511;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=198;NR=179;PP=2965;SC=GCTACATAGCAATCCAGAGCC;SOR=0.789;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=377;TCF=198;TCR=179;TR=377;WE=6007751;WS=6007733;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,499:1.00:499
chr11	6007899	rs4501959	C	T	3504.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.903;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=375;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.797;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-1.586;NF=50;NR=83;PP=2199;ReadPosRankSum=1.431;SC=AGAACCAGGTCGATGGCAGCT;SOR=0.749;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=259;TCF=95;TCR=164;TR=133;WE=6007907;WS=6007889;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:208,165:0.44:373
chr11	6023581	rs11040248	A	G	4554.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.477;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=429;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.521;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=81;NR=69;PP=2445;ReadPosRankSum=-0.989;SC=CAATAAGGATAAGATCAGAGC;SOR=0.755;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=269;TCF=146;TCR=123;TR=150;WE=6023589;WS=6023571;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:206,217:0.51:423
chr11	6023640	rs11040249	T	C	4269.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.955;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=394;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.654;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=74;NR=68;PP=1929;ReadPosRankSum=1.246;SC=TTGAAAGTGATGTCATCACAA;SOR=0.723;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=259;TCF=130;TCR=129;TR=142;WE=6023648;WS=6023630;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:181,208:0.53:389
chr11	6023818	rs10839221	G	A	3028.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.456;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=294;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.564;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=57;PP=1449;ReadPosRankSum=0.217;SC=TGATAGACGGGTATCTCAATG;SOR=0.850;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=191;TCF=86;TCR=105;TR=99;WE=6023826;WS=6023808;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:139,146:0.51:285
chr11	6048056	rs11040335	T	C	3904.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.398;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=376;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.215;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=47;PP=1289;ReadPosRankSum=0.257;SC=TAGGGTTCAATGCAGGAGGAA;SOR=0.769;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=231;TCF=129;TCR=102;TR=111;WE=6048064;WS=6048046;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:179,195:0.52:374
chr11	6048408	rs151331727	C	A	1751.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.085;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=239;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.298;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=25;PP=920;ReadPosRankSum=-1.635;SC=ATTTTCCCCACAGTAATGGAG;SOR=0.886;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=167;TCF=99;TCR=68;TR=66;WE=6048416;WS=6048398;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:139,93:0.40:232
chr11	6129837	rs1462983	C	T	4001.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.925;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=431;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.746;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=69;PP=2090;ReadPosRankSum=0.643;SC=TCCCCTTATTCCTGTGTTCCT;SOR=0.561;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=272;TCF=122;TCR=150;TR=132;WE=6129845;WS=6129827;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:227,192:0.46:419
chr11	6150738	rs325637	A	G	820.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-3.217;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=25;PP=590;ReadPosRankSum=0.519;SC=AGCTGAGAGCAGGCTTCCAGA;SOR=0.667;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=58;TCF=13;TCR=45;TR=33;WE=6150746;WS=6150728;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,36:0.55:65
chr11	6173346	rs11826453	G	T	4652.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-3.066;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=393;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.761;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=72;NR=61;PP=1991;ReadPosRankSum=-0.894;SC=TCCCCAGATTGTCAGGGTCAT;SOR=0.637;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=270;TCF=146;TCR=124;TR=133;WE=6173372;WS=6173336;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:181,211:0.54:392
chr11	6173364	rs325695	T	A	11791.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=427;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=148;NR=139;PP=2965;SC=CATTTTTCCATTTACCATAGA;SOR=0.736;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=287;TCF=148;TCR=139;TR=287;WE=6173372;WS=6173336;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,425:1.00:425
chr11	6220376	rs325610	G	C	6568.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=252;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=123;NR=64;PP=2965;SC=GCCACTGTGAGACCCCCAAAA;SOR=1.358;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=189;TCF=124;TCR=65;TR=187;WE=6220384;WS=6220366;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,241:1.00:241
chr11	6221169	rs10839531	A	G	9401.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=358;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=106;NR=113;PP=2965;SC=CGGGAGGCCCATGCCAAGGCC;SOR=0.704;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=220;TCF=107;TCR=113;TR=219;WE=6221177;WS=6221159;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,354:1.00:354
chr11	6221214	rs11040799	T	A	9618.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=2.048;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=359;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.354;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=128;NR=106;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.741;SC=TGTGTCATTCTGGCCTTCTAC;SOR=0.483;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=235;TCF=128;TCR=107;TR=234;WE=6221222;WS=6221204;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,354:1.00:355
chr11	6227083	rs10742968	C	T	1142.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=26;PP=702;SC=TGGCACGAACCGCCCCATTTA;SOR=1.721;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=11;TCR=26;TR=37;WE=6227091;WS=6227073;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr11	6231731	rs10769671	C	T	12377.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=479;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=124;NR=170;PP=2965;SC=CACATCAGCACCTGCTGATAC;SOR=0.968;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=294;TCF=124;TCR=170;TR=294;WE=6231739;WS=6231721;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,465:1.00:465
chr11	6239103	rs147897958	G	C	6879.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-0.646;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=700;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=91;NR=109;PP=2657;ReadPosRankSum=0.606;SC=GGGCAGACCAGGTACGGCAGG;SOR=0.717;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=442;TCF=205;TCR=237;TR=200;WE=6239111;WS=6239093;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:345,345:0.50:690
chr11	6239344	rs3750944	G	A	1627.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.171;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.977;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=36;PP=894;ReadPosRankSum=-0.169;SC=GGGTACTGTCGTCACAGAAGA;SOR=0.522;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=121;TCF=44;TCR=77;TR=60;WE=6239352;WS=6239334;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,79:0.48:165
chr11	6243804	rs3750945	A	G	3858.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=45;NR=47;PP=1765;SC=AAAGTTCCAGATAGGCGGTAC;SOR=0.693;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=92;TCF=45;TCR=47;TR=92;WE=6243812;WS=6243794;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,146:1.00:146
chr11	6243843	rs3750946	C	G	3246.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=42;NR=41;PP=1597;SC=CAGAGGTCTGCACAAAAAGAA;SOR=0.693;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=83;TCF=42;TCR=41;TR=83;WE=6243851;WS=6243833;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr11	6243963	rs3750947	G	A	2899.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=45;NR=31;PP=1729;SC=TCTACCCACCGCCTCCTACGT;SOR=1.051;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=76;TCF=45;TCR=31;TR=76;WE=6243971;WS=6243953;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr11	6243982	rs325606	T	G	3388.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=47;NR=33;PP=1766;SC=GTTAGTCCTGTCACTGAGGTT;SOR=0.986;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=80;TCF=47;TCR=33;TR=80;WE=6243990;WS=6243972;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr11	6281108	rs2929180	T	G	1903.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=36;NR=10;PP=1113;SC=TGGAGCCGCGTTGGGAGCCCG;SOR=1.875;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=46;TCF=36;TCR=10;TR=46;WE=6281116;WS=6281098;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr11	6281400	rs11040819	T	C	11714.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.61;DB;DP=450;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=68;NR=188;PP=2965;SC=CACACTACCTTCTCAAACGTC;SOR=1.798;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=257;TCF=68;TCR=189;TR=256;WE=6281408;WS=6281390;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,436:1.00:436
chr11	6292837	rs10839535	CG	GA	6514.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=28;NR=93;PP=2947;SC=TCCAGACATACGAAACACAAA;SOR=2.255;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=126;TCF=30;TCR=96;TR=121;WE=6292846;WS=6292826;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,147:1.00:147
chr11	6340416	rs12294600	G	A	2394.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-2.053;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=262;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.958;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=31;PP=982;ReadPosRankSum=2.779;SC=TCCATTTGGAGCAGAGCTTCT;SOR=0.608;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=143;TCF=80;TCR=63;TR=67;WE=6340424;WS=6340406;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:136,121:0.47:257
chr11	6341684	rs2682123	C	G	3445.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=42;NR=56;PP=1819;SC=CACAGGCCCCCGCTCCAACGC;SOR=0.966;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=98;TCF=42;TCR=56;TR=98;WE=6341692;WS=6341674;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chr11	6411930	.	CCTGGTGCTGGCG	C	6021.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.172;ClippingRankSum=0.000;DP=518;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.534;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-3.360;NF=64;NR=122;PP=2934;ReadPosRankSum=1.142;SC=TTTGGATGGGCCTGGTGCTGG;SOR=0.754;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=240;TCF=79;TCR=161;TR=186;WE=6411949;WS=6411920;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:258,165:0.39:423
chr11	6411935	rs3838786	TGCTGGC	T	7634.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-2.366;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=474;ExcessHet=3.0103;FS=1.700;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.39;MQRankSum=3.835;QD=18.67;ReadPosRankSum=1.065;SOR=0.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:207,202:0.49:409
chr11	6412931	rs7951904	T	C	2328.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.348;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=262;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.597;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=50;PP=1744;ReadPosRankSum=-0.628;SC=TGCACTGGGATCATGACTACC;SOR=0.838;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=170;TCF=57;TCR=113;TR=73;WE=6412939;WS=6412921;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:143,108:0.43:251
chr11	6413543	rs67992843	G	C	829.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.612;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=3.139;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.78;ReadPosRankSum=-0.260;SOR=1.135;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,38:0.49:77
chr11	6413559	.	CTTT	C	96.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.843;ClippingRankSum=0.000;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=4.365;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.21;ReadPosRankSum=0.637;SOR=1.785;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,7:0.30:23
chr11	6415392	rs11601088	C	T	3566.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-2.877;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=409;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.758;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=72;NR=47;PP=1760;ReadPosRankSum=-1.199;SC=GTTACCCTTGCTCCTTGCCCC;SOR=0.741;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=263;TCF=156;TCR=107;TR=119;WE=6415400;WS=6415382;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:218,182:0.46:400
chr11	6416959	rs1800606	C	T	5027.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.031;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=469;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.522;HP=3;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=94;NR=68;PP=2358;ReadPosRankSum=-0.229;SC=GCAGTCACTCCCCAGCCTACC;SOR=0.642;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=312;TCF=183;TCR=129;TR=162;WE=6416967;WS=6416949;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:230,239:0.51:469
chr11	6417004	rs1799755	CTAG	C	10421.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.728;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=561;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.100;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=2.234;NF=40;NR=75;PP=2964;ReadPosRankSum=-0.807;SC=CACCACCCTACTAGTAGCTTA;SOR=0.826;SbPval=0.23;Source=Platypus;TC=232;TCF=68;TCR=164;TR=115;WE=6417014;WS=6416994;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:268,271:0.50:539
chr11	6424856	rs2682093	C	T	3963.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.311;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=404;ExcessHet=3.0103;FS=0.365;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.09;ReadPosRankSum=0.555;SOR=0.732;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:201,192:0.49:393
chr11	6461277	rs2682099	T	A	179.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=0.805;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.017;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=3;PP=118;ReadPosRankSum=1.037;SC=GGAGGGCACATGGGAAAGAAA;SOR=0.293;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=19;TCF=14;TCR=5;TR=9;WE=6461285;WS=6461267;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,9:0.47:19
chr11	6470057	rs2723636	G	A	839.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=21;NR=6;PP=671;SC=CACAGTCCAGGCTCACCCAGT;SOR=2.147;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=21;TCR=6;TR=27;WE=6470065;WS=6470047;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr11	6477176	rs139873545	TTAAGGAACGGTACTATCTG	T	597.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.794;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=12.195;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=0;PP=2631;ReadPosRankSum=-1.847;SC=TTCACTGCTCTTAAGGAACGG;SOR=2.948;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=16;TCR=2;TR=7;WE=6477202;WS=6477166;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,17:0.40:42
chr11	6477455	rs13343175	C	T	4931.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.220;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=509;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.735;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=101;NR=64;PP=2639;ReadPosRankSum=-1.675;SC=CAGAGGTCATCTTGAACCTCC;SOR=0.821;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=337;TCF=205;TCR=132;TR=165;WE=6477463;WS=6477445;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:264,240:0.48:504
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chr11	6478619	rs16913748	G	A	2104.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.062;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.520;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=36;PP=946;ReadPosRankSum=-0.884;SC=ACGCTGCACTGATCTGGGCCA;SOR=0.641;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=136;TCF=57;TCR=79;TR=62;WE=6478627;WS=6478609;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:97,103:0.51:200
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chr11	6499215	rs2303493	A	G	1436.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.299;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.482;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=32;ReadPosRankSum=-0.938;SC=CTAATGCCCAAATTTCCACCC;SOR=0.869;Source=Platypus;TCF=40;TR=50;WE=6499223;WS=6499205;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,63:0.52:120
chr11	6500309	rs2253104	A	G	1759.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.022;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.242;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=32;PP=1154;ReadPosRankSum=3.166;SC=ACGATCACGAAGAAAAGGGAA;SOR=0.518;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=110;TCF=60;TCR=50;TR=65;WE=6500325;WS=6500299;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,74:0.57:129
chr11	6502636	rs11600431	G	C	1016.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-5.812;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.334;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=8;PP=648;ReadPosRankSum=0.048;SC=TGACGTCGCAGCCAGGGCAGG;SOR=0.162;SbPval=0.19;Source=Platypus;TC=81;TCF=70;TCR=11;TR=40;WE=6502644;WS=6502626;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,45:0.52:87
chr11	6502727	rs11604726	C	G	3859.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=3.373;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=389;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.677;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=81;NR=47;PP=2132;ReadPosRankSum=-0.771;SC=AAGTGGCGTACGGCATGCGCC;SOR=0.797;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=265;TCF=163;TCR=102;TR=128;WE=6502735;WS=6502717;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:207,180:0.47:387
chr11	6502780	rs11555935	C	A	5531.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.277;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=585;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=90;NR=79;PP=2591;ReadPosRankSum=0.399;SC=ACAGCAACTGCGAAACGTAAG;SOR=0.682;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=343;TCF=183;TCR=160;TR=169;WE=6502788;WS=6502770;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:309,274:0.47:583
chr11	6519642	rs11604149	G	A	4497.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.700;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=418;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.445;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=83;NR=66;PP=2400;ReadPosRankSum=-0.668;SC=GCTGAGCTCCGAACTCTGTTC;SOR=0.831;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=282;TCF=149;TCR=133;TR=149;WE=6519650;WS=6519632;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:197,210:0.52:407
chr11	6520015	rs11040899	G	T	2532.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.075;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=272;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.774;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=45;PP=1327;ReadPosRankSum=-1.301;SC=CATTGACACTGCCTGAGCTAC;SOR=0.526;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=178;TCF=68;TCR=110;TR=78;WE=6520023;WS=6520005;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:140,119:0.46:259
chr11	6520164	rs2555158	T	A	2014.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=2.189;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.172;HP=4;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=35;PP=1076;ReadPosRankSum=0.394;SC=AATGCAGAGGTGGAGCCTGTT;SOR=0.792;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=108;TCF=47;TCR=61;TR=61;WE=6520172;WS=6520154;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,93:0.53:175
chr11	6520346	rs10769693	C	G	163.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.224;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=13.65;ReadPosRankSum=1.519;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,7:0.58:12
chr11	6524072	rs11605196	A	C	2006.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.036;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.070;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=29;PP=787;ReadPosRankSum=0.880;SC=CTGGATAGCCAGGTGATGACT;SOR=0.604;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=123;TCF=64;TCR=59;TR=59;WE=6524080;WS=6524062;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:105,102:0.49:207
chr11	6524253	rs11603067	C	T	280.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.362;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=10;PP=162;ReadPosRankSum=-0.674;SC=ACCCTTCTCCCTGTCCTTTCT;SOR=0.693;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=30;TCF=9;TCR=21;TR=13;WE=6524261;WS=6524243;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,16:0.46:35
chr11	6530106	rs11605607	A	G	633.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=2.771;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.586;HP=7;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=7;PP=431;ReadPosRankSum=-0.742;SC=CTCTTTTTTTAAAGGCCTTAC;SOR=0.378;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=59;TCF=46;TCR=13;TR=25;WE=6530114;WS=6530096;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,27:0.42:64
chr11	6532778	rs17244263	A	T	848.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.892;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.962;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=22;PP=580;ReadPosRankSum=2.638;SC=CTACAGTTGAATCAGAGCCAT;SOR=0.955;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=51;TCF=12;TCR=39;TR=28;WE=6532786;WS=6532768;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,38:0.52:73
chr11	6541225	rs11603869	C	G	2723.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.333;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=340;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.304;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=44;PP=1612;ReadPosRankSum=-0.361;SC=TCTCTCATCACAGCTGGTCTT;SOR=0.747;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=208;TCF=106;TCR=102;TR=95;WE=6541233;WS=6541215;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:196,141:0.42:337
chr11	6541580	rs2555143	T	G	2882.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=24;NR=47;PP=1595;SC=GCACAAGTACTAATGGCATGG;SOR=1.168;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=71;TCF=24;TCR=47;TR=71;WE=6541588;WS=6541570;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr11	6549667	rs4623884	A	G	131.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.084;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.66;ReadPosRankSum=0.055;SOR=0.614;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,9:0.25:36
chr11	6549668	rs4296019	C	T	130.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.110;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.63;ReadPosRankSum=-0.073;SOR=0.614;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,9:0.25:36
chr11	6549779	rs4633449	A	C	2946.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=39;NR=25;PP=1517;SC=GACTCAAAAGACGAATTTCTG;SOR=0.941;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=64;TCF=39;TCR=25;TR=64;WE=6549787;WS=6549769;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr11	6549995	rs7480644	A	G	5228.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.57;SOR=0.910;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr11	6550004	rs2344828	A	G	5083.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.45;SOR=0.896;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr11	6550309	rs2344829	G	A	2122.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=22;NR=30;PP=1030;SC=CACAAAAGGCGGGTTGCTGCT;SOR=0.908;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=52;TCF=22;TCR=30;TR=52;WE=6550317;WS=6550299;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr11	6555365	rs7103810	A	G	6188.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.092;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=731;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=90;NR=94;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.473;SC=ACAGTCAGCGACCTCAGTGAA;SOR=0.719;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=412;TCF=204;TCR=208;TR=184;WE=6555373;WS=6555355;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:418,310:0.43:728
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chr11	6565487	rs75814048	G	T	1715.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.296;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.582;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=40;PP=994;ReadPosRankSum=0.683;SC=GTAAGTGCAGGCCTCTAGCCA;SOR=0.770;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=122;TCF=43;TCR=79;TR=61;WE=6565495;WS=6565477;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:89,80:0.47:169
chr11	6567895	rs11270441	C	CTGCCCTACTGCA	5203.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.014;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=44;PP=2957;ReadPosRankSum=1.260;SC=ATTGAGGAGGCTGCCCTACTG;SOR=0.241;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=90;TCF=28;TCR=62;TR=66;WE=6567903;WS=6567885;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,175:0.99:176
chr11	6569896	rs11606889	G	A	1875.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-1.034;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.315;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=20;PP=929;ReadPosRankSum=-0.520;SC=CTTGTATGTGGTGGACCTGCT;SOR=0.554;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=119;TCF=82;TCR=37;TR=62;WE=6569904;WS=6569886;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,87:0.55:157
chr11	6578100	rs371880816	G	A	6031.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.842;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=547;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=99;NR=85;PP=2962;ReadPosRankSum=1.499;SC=TCACAGTCCTGGCCCTGGAAA;SOR=0.704;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=349;TCF=189;TCR=160;TR=184;WE=6578108;WS=6578090;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:255,284:0.53:539
chr11	6579106	rs11040920	C	A	3443.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.583;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=347;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.855;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=52;PP=1854;ReadPosRankSum=0.206;SC=GTTGAGCCCCCACCTGGCCCG;SOR=0.499;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=229;TCF=125;TCR=104;TR=104;WE=6579114;WS=6579096;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:179,159:0.47:338
chr11	6579354	rs16915382	G	C	3448.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.850;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=317;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=67;PP=2017;ReadPosRankSum=0.986;SC=CAGTGGCTCTGTTGGTACCCA;SOR=0.702;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=232;TCF=100;TCR=132;TR=116;WE=6579362;WS=6579344;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:155,158:0.50:313
chr11	6579539	rs10839583	A	G	652.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=1.936;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.920;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=14;PP=485;ReadPosRankSum=0.420;SC=TGAGGCCAAGAACCCCATATG;SOR=0.510;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=61;TCF=26;TCR=35;TR=27;WE=6579547;WS=6579529;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,30:0.42:71
chr11	6580495	rs72901756	G	A	2275.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.577;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.492;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=43;PP=1110;ReadPosRankSum=0.682;SC=TGGAACAGCAGCTGAAAGACT;SOR=0.649;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=149;TCF=59;TCR=90;TR=72;WE=6580503;WS=6580485;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:117,107:0.48:224
chr11	6585502	rs7107072	T	C	1135.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.758;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.759;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=10;PP=648;ReadPosRankSum=-2.785;SC=CCCTCTGCCATATCTCTGCCT;SOR=1.081;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=94;TCF=66;TCR=28;TR=42;WE=6585510;WS=6585492;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,52:0.46:113
chr11	6585670	rs16915423	C	T	4780.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=3.600;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=507;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.097;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=84;NR=69;PP=2404;ReadPosRankSum=0.501;SC=AGCTACTGGACGAGTGGTTAG;SOR=0.788;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=314;TCF=166;TCR=148;TR=153;WE=6585678;WS=6585660;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:265,233:0.47:498
chr11	6585838	rs11825255	G	A	4437.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.102;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=472;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.188;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=79;PP=2283;ReadPosRankSum=0.344;SC=AATCGGAGCAGTACCAGTGGG;SOR=0.808;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=308;TCF=148;TCR=160;TR=143;WE=6585846;WS=6585828;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:246,217:0.47:463
chr11	6587228	rs7947368	G	A	2401.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-3.596;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.426;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.006;NF=37;NR=71;PP=1595;ReadPosRankSum=0.656;SC=TGTGGTGAGAGCTGGTCCCCA;SOR=0.542;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=218;TCF=72;TCR=146;TR=108;WE=6587241;WS=6587218;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:112,114:0.50:226
chr11	6588228	rs10769699	G	A	3380.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.985;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=327;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.841;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=54;PP=1417;ReadPosRankSum=1.911;SC=TGCCAGCTGCGTGCTCATTGT;SOR=0.632;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=198;TCF=99;TCR=99;TR=103;WE=6588236;WS=6588218;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:157,166:0.51:323
chr11	6588553	rs56313830	C	T	1995.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.764;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=253;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.892;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=37;PP=1143;ReadPosRankSum=2.348;SC=GTGCATTGGGCGCTTTGGCTC;SOR=0.519;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=183;TCF=106;TCR=77;TR=80;WE=6588561;WS=6588543;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:148,100:0.40:248
chr11	6621516	rs11040933	G	A	2008.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.110;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.395;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=27;PP=953;ReadPosRankSum=2.662;SC=AAAAGACCCAGTGAGAACCAA;SOR=0.866;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=121;TCF=66;TCR=55;TR=65;WE=6621524;WS=6621506;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:104,98:0.49:202
chr11	6622714	rs2288283	G	A	1649.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.696;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.222;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=31;PP=942;ReadPosRankSum=-0.201;SC=ATCTTCTCTTGTTCTTTTGCC;SOR=0.576;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=126;TCF=49;TCR=77;TR=52;WE=6622722;WS=6622704;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:93,77:0.45:170
chr11	6630028	rs11314683	TC	T	21447.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.733;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=827;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=-23.180;NF=119;NR=210;PP=2974;ReadPosRankSum=0.232;SC=GAGGTCCATCTCCCCCATCCC;SOR=0.861;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=349;TCF=128;TCR=221;TR=329;WE=6630036;WS=6630018;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,807:1.00:809
chr11	6632857	rs1876300	A	T	4591.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=2.047;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=71;NR=51;PP=2507;ReadPosRankSum=-0.536;SC=GAAAGTTTTGACAGCAGGCTA;SOR=0.337;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=124;TCF=73;TCR=51;TR=122;WE=6632865;WS=6632847;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,168:0.99:169
chr11	6637518	rs7943955	A	G	2074.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=40;NR=28;PP=1223;SC=AGGTGTAAGCATTGTCTAAGT;SOR=1.136;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=68;TCF=40;TCR=28;TR=68;WE=6637526;WS=6637508;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr11	6637739	rs35039601	AT	A	815.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.824;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FS=1.047;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.09;MQRankSum=0.692;QD=8.68;ReadPosRankSum=0.172;SOR=0.512;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,72:0.77:94
chr11	6638174	rs1800710	A	G	4636.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.343;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=408;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.649;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=85;NR=69;PP=2284;ReadPosRankSum=0.227;SC=TGGGGAGGCTATGAGGACCCT;SOR=0.812;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=290;TCF=150;TCR=140;TR=154;WE=6638182;WS=6638164;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:179,213:0.54:392
chr11	6638506	rs1800738	A	T	7759.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=308;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=95;NR=135;PP=2965;SC=GTGTGCCCCAACCCCCATTCA;SOR=1.037;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=230;TCF=95;TCR=135;TR=230;WE=6638514;WS=6638496;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,301:1.00:301
chr11	6735835	rs7951709	C	T	2473.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.079;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=253;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.86;ReadPosRankSum=0.603;SOR=0.723;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:128,123:0.49:251
chr11	6736784	rs61735337	C	T	3103.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.162;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=359;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.829;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=59;PP=1454;ReadPosRankSum=0.720;SC=GCATGTCCCCCGCAATTTTAA;SOR=0.833;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=252;TCF=121;TCR=131;TR=108;WE=6736792;WS=6736774;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:197,157:0.44:354
chr11	6739109	rs7112561	G	A	5835.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-2.676;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=506;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.733;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=81;NR=84;PP=2766;ReadPosRankSum=0.171;SC=AATGCTCTTGGAGAAACTGAA;SOR=0.572;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=333;TCF=157;TCR=176;TR=165;WE=6739117;WS=6739099;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:235,270:0.53:505
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chr11	6739814	rs7114441	C	T	5233.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.880;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=479;ExcessHet=3.0103;FS=1.742;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.00;ReadPosRankSum=-1.688;SOR=0.647;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:229,247:0.52:476
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chr11	6806181	rs17264523	A	G	283.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=3.103;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=0;PP=225;ReadPosRankSum=-1.221;SC=ATGTCCTAAGAAGCCTCTGAT;SOR=1.751;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=21;TCR=1;TR=11;WE=6806189;WS=6806171;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,11:0.50:22
chr11	6806496	rs11041022	T	C	1574.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.134;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.224;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-1.032;NF=25;NR=34;PP=884;ReadPosRankSum=0.632;SC=TCACATCTGTTGTCACTCCCA;SOR=0.843;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=128;TCF=57;TCR=71;TR=59;WE=6806504;WS=6806486;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,77:0.47:165
chr11	6806827	rs2659880	G	T	5817.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.933;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=596;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.523;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=86;NR=109;PP=2962;ReadPosRankSum=0.081;SC=CTTGCTGAAGGTGGCCTGTGC;SOR=0.614;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=395;TCF=168;TCR=227;TR=195;WE=6806835;WS=6806817;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:307,276:0.47:583
chr11	6807163	rs2659879	C	G	2947.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=2.141;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=309;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.445;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=2.105;NF=50;NR=55;PP=1665;ReadPosRankSum=0.451;SC=GGAGGTCATGCGGGCCTTGAG;SOR=0.674;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=202;TCF=102;TCR=100;TR=105;WE=6807171;WS=6807153;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:165,144:0.47:309
chr11	6807243	rs497681	G	A	2532.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.353;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=256;ExcessHet=3.0103;FS=2.118;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.93;ReadPosRankSum=0.107;SOR=0.851;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:129,126:0.49:255
chr11	6816778	rs866347	A	G	14054.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.102;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=531;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=164;NR=182;PP=2965;ReadPosRankSum=-2.093;SC=TGTGGAGGGTAGAATGGTTCC;SOR=0.793;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=349;TCF=165;TCR=184;TR=346;WE=6816786;WS=6816768;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,523:0.99:527
chr11	6816875	rs7122644	G	A	3607.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.779;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=287;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.936;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=68;PP=1593;ReadPosRankSum=-1.684;SC=CTGTAGTGGCGCAGGAGCAGG;SOR=0.619;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=193;TCF=67;TCR=126;TR=105;WE=6816883;WS=6816865;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:120,164:0.58:284
chr11	6866815	rs2741801	C	T	1226.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.747;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=9;PP=740;ReadPosRankSum=2.314;SC=TTGCCTCTATCCCTGACATTA;SOR=0.759;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=71;TCF=55;TCR=16;TR=41;WE=6866823;WS=6866805;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,50:0.57:87
chr11	6866834	rs2595439	T	C	1455.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.083;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=15;PP=925;ReadPosRankSum=1.535;SC=TAAGAGAAAATCTGAAAAACA;SOR=0.725;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=98;TCF=73;TCR=25;TR=56;WE=6866842;WS=6866824;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,65:0.53:122
chr11	6867894	rs7105094	T	C	1863.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.592;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.165;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=44;PP=1121;ReadPosRankSum=0.978;SC=CTAAATTCTATTGAATGACAA;SOR=0.797;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=132;TCF=43;TCR=89;TR=65;WE=6867902;WS=6867884;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:104,86:0.45:190
chr11	6891385	rs2741764	G	A	8904.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-3.039;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=886;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.139;NF=147;NR=147;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.320;SC=ACTGGCTGCTGCCTCCTGGTT;SOR=0.685;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=578;TCF=291;TCR=287;TR=294;WE=6891393;WS=6891375;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:439,437:0.50:876
chr11	6891704	rs10839632	T	C	9718.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=1.641;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=897;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.519;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=132;NR=122;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.557;SC=CTTTTCTATATATCATTAAGC;SOR=0.633;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=510;TCF=268;TCR=242;TR=254;WE=6891712;WS=6891694;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:429,462:0.52:891
chr11	6898663	rs10839635	G	A	4669.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=2.189;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=478;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.522;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=68;NR=75;PP=2341;ReadPosRankSum=-1.075;SC=ACGTATTTCCGACCCCAATCC;SOR=0.767;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=284;TCF=139;TCR=145;TR=143;WE=6898671;WS=6898653;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:245,225:0.48:470
chr11	6913127	rs2741804	A	G	2581.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-2.556;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=274;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=46;PP=1217;ReadPosRankSum=-0.852;SC=CACAACCCCCATAAGAAAAAT;SOR=0.694;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=190;TCF=91;TCR=99;TR=88;WE=6913135;WS=6913117;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:136,132:0.49:268
chr11	6913244	rs1965208	A	G	7149.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=273;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=114;NR=97;PP=2965;SC=TAGCCTCAGTATGAAGGTGGT;SOR=0.840;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=211;TCF=114;TCR=97;TR=211;WE=6913252;WS=6913234;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,260:1.00:260
chr11	6942628	rs11605995	A	C	4084.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.640;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=414;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.100;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=66;PP=1513;ReadPosRankSum=0.468;SC=CGCTGCTGGCAGTGATGTCCT;SOR=0.804;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=256;TCF=121;TCR=135;TR=122;WE=6942636;WS=6942618;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:201,206:0.51:407
chr11	6942695	rs12806437	C	T	2862.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.222;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=273;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.655;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=56;PP=1685;ReadPosRankSum=-0.105;SC=CATGACACAACGGGTGTGTCT;SOR=0.562;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=210;TCF=99;TCR=111;TR=110;WE=6942703;WS=6942685;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:135,135:0.50:270
chr11	6942952	rs2035844	T	C	3612.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.768;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=359;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.799;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQ=60.03;MQRankSum=1.011;NF=62;NR=68;PP=1724;ReadPosRankSum=-0.092;SC=TTATCTCCACTGTTATCCAGA;SOR=0.740;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=264;TCF=128;TCR=136;TR=130;WE=6942960;WS=6942942;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:177,175:0.50:352
chr11	6943254	rs1388535	C	T	1915.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.268;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.759;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=38;PP=806;ReadPosRankSum=-1.192;SC=AGAGCTATGGCAACATTCTTT;SOR=0.570;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=132;TCF=47;TCR=85;TR=60;WE=6943262;WS=6943244;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:104,96:0.48:200
chr11	6962971	rs10839663	C	T	2090.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=11;NR=44;PP=1198;SC=GAACTTGTGCCAAACATGGTT;SOR=2.303;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=56;TCF=11;TCR=45;TR=55;WE=6962979;WS=6962961;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr11	6965012	rs2515947	C	G	1622.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=17;NR=35;PP=1035;SC=AGACATTATTCGCTTTTGTTC;SOR=1.609;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=52;TCF=17;TCR=35;TR=52;WE=6965020;WS=6965002;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr11	6976988	rs2239731	A	T	7991.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=306;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=101;NR=78;PP=2965;SC=CCGAAAGTGGACACCCTTCTT;SOR=0.902;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=179;TCF=101;TCR=78;TR=179;WE=6976996;WS=6976978;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,303:1.00:303
chr11	7022038	rs12575236	A	G	5513.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-2.080;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=523;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=75;NR=81;PP=2311;ReadPosRankSum=-2.376;SC=CTCTCTGATGAAAGTGAACTC;SOR=0.731;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=319;TCF=158;TCR=161;TR=156;WE=7022046;WS=7022028;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:245,268:0.52:513
chr11	7022160	rs2857919	A	G	10205.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.259;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=388;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.209;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=120;NR=139;PP=2965;ReadPosRankSum=1.414;SC=CATGCTTTACAGATGGAGCAT;SOR=0.377;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=261;TCF=122;TCR=139;TR=259;WE=7022168;WS=7022150;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,380:1.00:381
chr11	7022531	rs1156525	A	T	9395.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.999;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=356;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.244;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=118;NR=129;PP=2965;ReadPosRankSum=1.335;SC=TAAGTTCCTGAGACTTTTGCT;SOR=0.403;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=248;TCF=119;TCR=129;TR=247;WE=7022539;WS=7022521;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,343:1.00:344
chr11	7022717	rs1156526	T	C	8680.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.028;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=330;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=71;NR=117;PP=2965;ReadPosRankSum=1.684;SC=GCCTTGCCAGTAGGAAAAATT;SOR=0.615;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=189;TCF=71;TCR=118;TR=188;WE=7022725;WS=7022707;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,322:0.99:325
chr11	7059960	rs12801277	A	C	3450.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=54;NR=33;PP=1865;SC=ACACCCTGGAATGAAGTGAAG;SOR=1.125;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=87;TCF=54;TCR=33;TR=87;WE=7059968;WS=7059950;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr11	7063755	rs7123944	C	T	3704.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=53;NR=37;PP=1846;SC=AACACTTGTTCGATGTGGATG;SOR=0.994;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=90;TCF=53;TCR=37;TR=90;WE=7063763;WS=7063745;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,134:1.00:134
chr11	7065289	rs6578821	C	A	1656.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=38;PP=1090;SC=AGGGAGGAGGCGTTTAGCTGA;SOR=2.712;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=45;TCF=7;TCR=38;TR=45;WE=7065297;WS=7065279;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr11	7070866	rs1552727	G	A	2347.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-1.844;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=14;PP=1631;ReadPosRankSum=-0.710;SC=GAGAGAAATGGTTTTGTAATA;SOR=1.345;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=71;TCF=57;TCR=14;TR=70;WE=7070874;WS=7070856;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,81:0.99:82
chr11	7071031	rs1552726	G	A	10454.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=394;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=98;NR=114;PP=2965;SC=CATTGTGTGAGGCCTTGAAAC;SOR=0.778;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=214;TCF=100;TCR=114;TR=212;WE=7071039;WS=7071021;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,392:1.00:392
chr11	7079038	rs10839708	G	A	8224.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-2.819;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=319;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=85;NR=116;PP=2965;ReadPosRankSum=0.713;SC=GCTTTTGTGTGAGGCCTTAAG;SOR=0.932;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=203;TCF=86;TCR=117;TR=201;WE=7079046;WS=7079028;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,314:0.99:316
chr11	7091772	rs10769763	C	A	2823.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=24;NR=47;PP=1420;SC=CCTCAGAATCCACCTAATTGT;SOR=1.222;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=71;TCF=24;TCR=47;TR=71;WE=7091780;WS=7091762;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr11	7110363	rs4758158	G	A	5402.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=0.288;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=487;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=75;NR=67;PP=2149;ReadPosRankSum=0.641;SC=TGGTTGAAGCGGATCGCCCGG;SOR=0.709;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=271;TCF=145;TCR=126;TR=142;WE=7110371;WS=7110353;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:227,258:0.53:485
chr11	7110751	rs11041171	A	G	3070.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=26;NR=46;PP=1595;SC=CGGCGGCTACACGGCGGATTT;SOR=1.089;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=72;TCF=26;TCR=46;TR=72;WE=7110759;WS=7110741;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr11	7256057	rs143234363	C	G	2575.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.482;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=261;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.450;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=46;PP=1273;ReadPosRankSum=1.199;SC=GTAATAGCACCTACCTTATAG;SOR=0.662;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=176;TCF=86;TCR=90;TR=89;WE=7256065;WS=7256047;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:128,130:0.50:258
chr11	7324475	rs4412741	T	C	14809.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=556;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=148;NR=186;PP=2965;SC=ACTTCCTAGATCCTCCCACGC;SOR=0.858;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=335;TCF=149;TCR=186;TR=334;WE=7324483;WS=7324465;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,546:1.00:546
chr11	7335424	rs2035639	C	G	3226.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.690;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=368;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=41;PP=1529;ReadPosRankSum=0.137;SC=AGATTCTTAGCTAGCCCCTAA;SOR=0.709;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=228;TCF=137;TCR=91;TR=102;WE=7335432;WS=7335414;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:196,161:0.45:357
chr11	7439093	rs4757993	G	T	776.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=17;NR=1;PP=471;SC=AAGGAGTTCAGCATACCATAG;SOR=2.753;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=18;TCF=17;TCR=1;TR=18;WE=7439101;WS=7439083;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr11	7487951	rs5789520	C	CA,CAA	1027.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.124;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FS=14.813;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.12;MQRankSum=0.674;QD=12.23;ReadPosRankSum=-0.175;SOR=2.872;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:22,28,34:0.33,0.40:84
chr11	7570840	.	CT	C	493.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.107;ClippingRankSum=0.000;DP=254;ExcessHet=3.0103;FS=2.367;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.09;MQRankSum=2.062;QD=2.52;ReadPosRankSum=1.157;SOR=0.472;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:127,69:0.35:196
chr11	7598952	rs6578880	C	G	2338.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=19;NR=54;PP=1478;SC=GTGTGTGTGCCTGTGTGTGGT;SOR=2.010;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=73;TCF=19;TCR=54;TR=73;WE=7598960;WS=7598942;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr11	7614492	rs7115173	A	G	5834.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.918;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=98;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.133;SC=TTATCCTGTTACCTCCTACTA;SOR=1.179;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=161;TCF=61;TCR=100;TR=157;WE=7614500;WS=7614482;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,213:0.99:215
chr11	7614531	rs7129888	C	A	3092.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=25;NR=65;PP=1886;SC=GAAGGGAAGCCCAAGAGATTT;SOR=1.739;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=90;TCF=25;TCR=65;TR=90;WE=7614539;WS=7614521;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr11	7619518	rs4758206	T	C	1683.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=20;NR=30;PP=937;SC=CTTAATATTATATTTTTCCCA;SOR=1.127;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=50;TCF=20;TCR=30;TR=50;WE=7619526;WS=7619508;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr11	7619643	rs11604700	T	C	32.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.383;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=8.19;ReadPosRankSum=-0.674;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,2:0.50:4
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chr11	7642031	rs10769813	G	A	1177.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=2.579;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.749;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=13;PP=761;ReadPosRankSum=1.156;SC=AACAAGGGACGTGTTTAAAGA;SOR=0.475;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=94;TCF=69;TCR=25;TR=45;WE=7642039;WS=7642021;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,53:0.49:109
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chr11	7660921	rs11041491	C	T	2006.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.592;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.311;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=29;PP=1009;ReadPosRankSum=-0.135;SC=CTGAGGCTGACAGTTAAGTCG;SOR=0.852;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=150;TCF=90;TCR=60;TR=73;WE=7660929;WS=7660911;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:117,101:0.46:218
chr11	7662361	rs10839829	C	T	1088.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-1.496;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.802;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=30;PP=641;ReadPosRankSum=1.074;SC=CCTAACCCTCCCCTTCACCAG;SOR=0.783;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=87;TCF=19;TCR=68;TR=39;WE=7662369;WS=7662351;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,48:0.43:111
chr11	7662732	rs4643071	C	T	7352.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=281;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=101;NR=74;PP=2965;SC=GTGGCTGGGACGACACTGCTG;SOR=0.933;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=175;TCF=101;TCR=74;TR=175;WE=7662740;WS=7662722;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,276:1.00:276
chr11	7663726	rs4402283	T	C	2944.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=28;NR=47;PP=1437;SC=CAAACCTGCATGGGTGAATCT;SOR=1.101;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=75;TCF=28;TCR=47;TR=75;WE=7663743;WS=7663716;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr11	7663779	rs3861066	C	T	439.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.342;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.360;HP=3;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=14;PP=293;ReadPosRankSum=0.103;SC=TATTCTCTTCCCCAGTCAAGC;SOR=1.022;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=31;TCF=8;TCR=23;TR=18;WE=7663787;WS=7663769;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,20:0.51:39
chr11	7670160	rs4421737	T	C	3627.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-2.338;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=376;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.382;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=72;PP=1275;ReadPosRankSum=-1.010;SC=TAGGCATATATGTATTAAGAA;SOR=0.655;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=245;TCF=92;TCR=153;TR=116;WE=7670168;WS=7670150;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:183,186:0.50:369
chr11	7670249	rs4237757	A	G	2749.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=22;NR=59;PP=2138;SC=CCTTGTAAAAAGCAGAGGAAT;SOR=1.954;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=81;TCF=22;TCR=59;TR=81;WE=7670257;WS=7670239;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr11	7670305	rs4758008	C	A	1417.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-4.993;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.606;HP=1;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=15;PP=864;ReadPosRankSum=0.006;SC=ATATAATTTGCTCCCCTTTTT;SOR=0.542;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=94;TCF=64;TCR=30;TR=48;WE=7670313;WS=7670295;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,60:0.55:109
chr11	7670353	rs4758009	A	C	5750.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=108;NR=58;PP=2965;SC=GAATCCTGACACATCTGGGGT;SOR=1.303;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=166;TCF=108;TCR=58;TR=166;WE=7670361;WS=7670343;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,209:1.00:209
chr11	7670440	rs4758209	A	G	10257.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=401;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=113;NR=124;PP=2965;SC=TAGAGTTGACAGACGAATGCT;SOR=0.734;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=238;TCF=114;TCR=124;TR=237;WE=7670448;WS=7670430;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,396:1.00:396
chr11	7670943	rs10839831	G	A	1903.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-1.312;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.737;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=54;PP=1216;ReadPosRankSum=0.062;SC=CTGAAACATCGAGCATGAGCA;SOR=0.499;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=127;TCF=13;TCR=114;TR=61;WE=7670951;WS=7670933;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,78:0.49:159
chr11	7671974	rs11041497	C	T	455.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-3.730;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.377;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=3;PP=265;ReadPosRankSum=-1.054;SC=TGTTGTGATGCGTCTGGGGCA;SOR=0.187;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=32;TCF=28;TCR=4;TR=17;WE=7671982;WS=7671964;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,20:0.57:35
chr11	7672272	rs3923491	G	A	2147.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=12;NR=39;PP=1141;SC=TAAGGACAAGGCACAAAAGCT;SOR=1.704;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=51;TCF=12;TCR=39;TR=51;WE=7672280;WS=7672262;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr11	7673015	rs5864	G	A	10969.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=414;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=99;NR=189;PP=2965;SC=CTGAACAGGAGAAGCGAGAGA;SOR=1.264;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=290;TCF=99;TCR=191;TR=288;WE=7673023;WS=7673005;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,400:1.00:400
chr11	7673099	rs11041498	T	C	1887.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-6.229;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FS=1.257;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=20.30;ReadPosRankSum=1.572;SOR=0.419;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:42,51:0.55:93
chr11	7673106	rs11041499	T	C	1838.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.998;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=21.89;ReadPosRankSum=1.304;SOR=0.624;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,48:0.57:84
chr11	7674238	rs117115375	C	G	1443.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.717;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=18;PP=859;ReadPosRankSum=-1.505;SC=CATAATCTTGCATTTTCTGTG;SOR=0.737;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=108;TCF=70;TCR=38;TR=50;WE=7674246;WS=7674228;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,68:0.47:144
chr11	7686584	rs1128627	A	T	2680.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=1.053;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=255;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.105;HP=3;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.546;NF=43;NR=30;PP=1154;ReadPosRankSum=1.381;SC=GACATGCAAAATTGCTGAGCA;SOR=0.835;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=125;TCF=71;TCR=54;TR=73;WE=7686610;WS=7686574;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:121,132:0.52:253
chr11	7686596	rs13172	G	A	6364.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=0.525;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=254;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.222;NF=70;NR=57;PP=2753;ReadPosRankSum=-0.973;SC=TGCTGAGCACGTGGAGGTGTT;SOR=0.785;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=131;TCF=71;TCR=60;TR=127;WE=7686610;WS=7686574;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,249:0.99:251
chr11	7686602	rs16411	G	GTGTT	10138.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-0.710;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=248;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.275;NF=17;NR=54;PP=2971;ReadPosRankSum=-1.308;SC=GCACGTGGAGGTGTTAGTAGG;SOR=0.407;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=83;TCF=21;TCR=62;TR=71;WE=7686610;WS=7686574;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,229:0.99:232
chr11	7686674	rs13854	T	C	4908.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=40;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=48;NR=67;PP=2360;SC=CCGTCTGGATTAGTGGTGGCG;SOR=0.950;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=115;TCF=48;TCR=67;TR=115;WE=7686682;WS=7686664;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,181:1.00:181
chr11	7686810	rs55826178	C	G	425.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=1.247;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.365;HP=2;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=10;PP=296;ReadPosRankSum=0.099;SC=GCAAGCTGAGCGATGCCAGGT;SOR=1.179;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=30;TCF=13;TCR=17;TR=16;WE=7686818;WS=7686800;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,18:0.53:34
chr11	7686915	rs11041521	T	A	864.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-5.180;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=11.384;HP=4;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=7;PP=543;ReadPosRankSum=0.174;SC=GTACTACTGCTCCCTGCAAAA;SOR=0.109;SbPval=0.2;Source=Platypus;TC=59;TCF=50;TCR=9;TR=31;WE=7686923;WS=7686905;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,37:0.54:69
chr11	7686959	rs11041522	A	G	1689.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.167;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.202;HP=1;HapScore=3;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=23;PP=2395;ReadPosRankSum=-0.532;SC=CTCTGCAGCAATCACCCCAGG;SOR=0.452;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=113;TCF=75;TCR=38;TR=62;WE=7686978;WS=7686949;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,77:0.55:139
chr11	7686970	rs55635523	T	C	1890.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.288;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=3;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=27;PP=2395;ReadPosRankSum=0.459;SC=TCACCCCAGGTCCCAGGCTCA;SOR=0.708;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=129;TCF=79;TCR=50;TR=69;WE=7686978;WS=7686949;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,88:0.52:168
chr11	7687146	rs67173996	G	A	2860.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-0.977;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=304;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.426;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=43;PP=1027;ReadPosRankSum=-1.934;SC=GCTCAGTAGGGTAGCGCCCTC;SOR=0.744;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=156;TCF=66;TCR=90;TR=73;WE=7687154;WS=7687136;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:150,143:0.49:293
chr11	7687265	rs59114959	A	T	390.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-1.629;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=13;PP=294;ReadPosRankSum=-0.561;SC=TCTGGGCTGCAGCAGCTGTCT;SOR=0.527;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=41;TCF=9;TCR=32;TR=17;WE=7687273;WS=7687255;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,19:0.42:45
chr11	7687669	rs12796110	A	C	1174.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=20;NR=7;PP=571;SC=AGTGAGGGCAATGGATGTCGT;SOR=1.455;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=20;TCR=7;TR=27;WE=7687677;WS=7687659;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr11	7687715	rs12801394	T	C	2620.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=35;NR=17;PP=996;SC=TACCACAGGTTGAACTGGTCT;SOR=1.099;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=52;TCF=35;TCR=17;TR=52;WE=7687723;WS=7687705;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr11	7687863	rs62620008	C	A	1063.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.620;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FS=1.754;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.95;ReadPosRankSum=-0.430;SOR=0.906;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,52:0.58:89
chr11	7687913	rs72851388	C	T	361.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=3.841;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.467;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=16;PP=310;ReadPosRankSum=1.906;SC=CCAACTCCCACGGCAAACAAG;SOR=2.584;SbPval=0.94;Source=Platypus;TC=36;TCF=6;TCR=30;TR=17;WE=7687921;WS=7687903;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,16:0.43:37
chr11	7689633	rs10743030	A	C	1648.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=39;NR=9;PP=1047;SC=GTTGTCCCTTAGAGGATCAAA;SOR=2.262;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=49;TCF=39;TCR=10;TR=48;WE=7689641;WS=7689623;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr11	7690685	rs4631871	T	C	1998.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=20;NR=40;PP=1509;SC=CTCTGAATTGTTGTACGCAAT;SOR=1.437;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=60;TCF=20;TCR=40;TR=60;WE=7690693;WS=7690675;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr11	7693853	rs57207415	GCA	G,GCACACACA	4556.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.247;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=239;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.276;NF=33,33;NR=56,56;PP=1573,2992;ReadPosRankSum=-1.616;SC=CGCTATTCCAGCACACACACA;SOR=0.811;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=110;TCF=39;TCR=71;TR=89,89;WE=7693866;WS=7693843;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.65,0.28:196
chr11	7710729	rs4505055	C	G	2122.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=47;NR=14;PP=1630;SC=CCAAGATCAACGTGTCAGCAG;SOR=2.173;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=61;TCF=47;TCR=14;TR=61;WE=7710758;WS=7710719;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr11	7710742	rs4365041	A	T	3265.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=37.11;SOR=1.954;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr11	7710742	.	ATGGCTCTG	TTGGCTCTA,TTGGCTCTG	724	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.4;FR=0.5000,0.5000;HP=3;HapScore=2;MGOF=16;MMLQ=28;MQ=60.0;NF=29,58;NR=12,20;PP=697,724;QD=18.3040945088;SC=GTCAGCAGGGATGGCTCTGTC;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=78;TCF=58;TCR=20;TR=41,78;WE=7710758;WS=7710719;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.53:78
chr11	7710750	rs4277100	G	A	1144.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.105;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FS=2.789;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.22;ReadPosRankSum=1.182;SOR=0.443;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:50,52:0.51:102
chr11	7710765	rs34126248	C	T	1516.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.515;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=4;MGOF=36;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=21;PP=2183;ReadPosRankSum=-1.140;SC=AGGGCTGTGACGAGGAGTCTG;SOR=0.738;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=116;TCF=77;TCR=39;TR=61;WE=7710785;WS=7710755;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,72:0.51:142
chr11	7710777	rs34942314	C	T	1812.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.369;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.568;HP=3;HapScore=4;MGOF=36;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=22;PP=2183;ReadPosRankSum=0.216;SC=AGGAGTCTGCCCCAAGCCTCT;SOR=0.634;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=126;TCF=84;TCR=42;TR=63;WE=7710785;WS=7710755;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:91,85:0.48:176
chr11	7710877	rs4503519	C	T	3027.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-2.825;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=410;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.185;HP=1;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=57;PP=1538;ReadPosRankSum=0.860;SC=CATCATTACACGATATTCTCC;SOR=0.774;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=219;TCF=109;TCR=110;TR=105;WE=7710885;WS=7710867;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:205,186:0.48:391
chr11	7711100	.	G	A	4679.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.360;ClippingRankSum=0.000;DP=503;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.776;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=97;NR=60;PP=2382;ReadPosRankSum=-2.083;SC=CTGCTTCTCCGGTTGAACCCT;SOR=0.849;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=333;TCF=199;TCR=134;TR=157;WE=7711108;WS=7711090;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:276,227:0.45:503
chr11	7711133	rs71474932	A	C	6053.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.455;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=644;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.733;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=101;NR=88;PP=2933;ReadPosRankSum=0.009;SC=GTGTGTATCAATTGGTCCCCA;SOR=0.814;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=393;TCF=204;TCR=189;TR=189;WE=7711141;WS=7711123;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:345,298:0.46:643
chr11	7711207	rs35699890	T	C	5696.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.246;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=543;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.742;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=72;NR=106;PP=2836;ReadPosRankSum=2.742;SC=GAAACATTGATTCATCCTCTG;SOR=0.564;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=350;TCF=136;TCR=214;TR=178;WE=7711215;WS=7711197;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:269,273:0.50:542
chr11	7712335	rs4429051	G	C	452.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-2.028;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=1;PP=306;ReadPosRankSum=-1.467;SC=TTCCTAGGAGGGATGGCTGAG;SOR=0.538;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=33;TCF=30;TCR=3;TR=16;WE=7712343;WS=7712325;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,20:0.54:37
chr11	7712471	rs4509745	C	T	2713.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=2.578;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=278;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.449;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=37;PP=1351;ReadPosRankSum=1.374;SC=GAACTGGGAACCAAAGAGTTG;SOR=0.806;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=153;TCF=82;TCR=71;TR=82;WE=7712479;WS=7712461;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:140,133:0.49:273
chr11	7712523	rs4633461	G	A	2188.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-2.002;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.010;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=36;PP=869;ReadPosRankSum=0.888;SC=GAAGGAGACTGTAGCCTGAAA;SOR=0.766;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=142;TCF=66;TCR=76;TR=64;WE=7712531;WS=7712513;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:115,113:0.50:228
chr11	7712561	rs4519083	T	A	1461.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.457;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.996;HP=1;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=30;PP=645;ReadPosRankSum=-0.910;SC=TTTCATCTGATTGGAAGCTGA;SOR=0.529;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=113;TCF=44;TCR=69;TR=51;WE=7712569;WS=7712551;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,75:0.47:161
chr11	7712661	rs4520590	T	G	223.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.728;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.847;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=7;PP=91;ReadPosRankSum=1.412;SC=GGCATGACATTGTCAAGCACC;SOR=0.132;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=27;TCF=2;TCR=25;TR=8;WE=7712669;WS=7712651;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,12:0.36:33
chr11	7713009	rs12797952	C	A	282.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.096;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=4;PP=122;ReadPosRankSum=2.651;SC=GATGGTGAGACCACAGGGAGG;SOR=0.636;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=27;TCF=18;TCR=9;TR=12;WE=7713017;WS=7712999;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,16:0.42:38
chr11	7713096	rs74054129	A	G	2030.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.572;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FS=1.496;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.66;ReadPosRankSum=-0.454;SOR=0.827;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:63,52:0.45:115
chr11	7713102	rs74054130	C	T	2049.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.326;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FS=0.681;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.08;ReadPosRankSum=-0.717;SOR=0.710;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:64,56:0.47:120
chr11	7713176	rs74054133	G	A	1219.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-1.476;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=15;PP=434;ReadPosRankSum=1.388;SC=CTGTCACATAGTCGGAAGTGC;SOR=0.650;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=56;TCF=28;TCR=28;TR=31;WE=7713184;WS=7713166;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,60:0.58:103
chr11	7716549	rs4287332	C	G	4639.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=50;NR=81;PP=2785;SC=CAAGAAAAGACGTAGTGCATG;SOR=1.118;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=131;TCF=50;TCR=81;TR=131;WE=7716557;WS=7716539;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,166:1.00:166
chr11	7716855	rs4528317	T	A	2675.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=35;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=21;NR=44;PP=1543;SC=CCAGCTGCATTATCTGTGGCA;SOR=1.044;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=65;TCF=21;TCR=44;TR=65;WE=7716863;WS=7716845;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr11	7717219	rs111491832	A	T	31.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=15.87;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr11	7720426	rs4367936	C	A	2598.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=23;NR=39;PP=1229;SC=AGTCAATATGCAACTAATAAA;SOR=1.156;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=62;TCF=23;TCR=39;TR=62;WE=7720434;WS=7720416;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr11	7720453	rs35619418	A	AGG	2678.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=36;PP=1921;SC=ATCTGTGGAAAGAAGGGAAGG;SOR=1.727;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=37;TCF=1;TCR=36;TR=37;WE=7720461;WS=7720443;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr11	7721743	rs12279973	C	A	2065.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=46;NR=12;PP=1454;SC=AGAGGTAGAGCCTGTTGGTTC;SOR=2.235;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=58;TCF=46;TCR=12;TR=58;WE=7721751;WS=7721733;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr11	7721870	rs10839849	G	A	8675.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=332;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=113;NR=92;PP=2965;SC=TGGATCCAGGGAAGCACTTTA;SOR=0.838;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=205;TCF=113;TCR=92;TR=205;WE=7721878;WS=7721860;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,322:1.00:322
chr11	7723171	rs5789540	GA	G	4588.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=21;NR=42;PP=2704;SC=ATGCACAATCGATTTTTAAAA;SOR=0.693;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=63;TCF=21;TCR=42;TR=63;WE=7723179;WS=7723161;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr11	7723683	rs4373911	G	A	7989.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=300;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=122;NR=92;PP=2965;SC=AGACAATTCAGTATGATCCTC;SOR=0.973;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=214;TCF=122;TCR=92;TR=214;WE=7723691;WS=7723673;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,297:1.00:297
chr11	7725092	rs3924747	C	T	2576.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-0.848;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=22;PP=1464;ReadPosRankSum=-0.672;SC=CAATGTCACCCAGCCCCATTT;SOR=0.693;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=79;TCF=56;TCR=23;TR=77;WE=7725100;WS=7725082;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,94:0.99:95
chr11	7725173	rs3924748	G	A	6402.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.222;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=252;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=98;NR=68;PP=2965;ReadPosRankSum=0.588;SC=GTTTTAATAGGGTTATTGCTG;SOR=0.524;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=169;TCF=100;TCR=69;TR=166;WE=7725181;WS=7725163;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,245:0.99:248
chr11	7725454	rs11041539	C	T	572.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=13;PP=322;SC=TGTCAAGAATCGTGGACTGTG;SOR=2.200;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=2;TCR=13;TR=15;WE=7725462;WS=7725444;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr11	7727872	rs12289558	T	C	4075.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=48;NR=61;PP=2115;SC=AGCGAAAGAGTTGCAGATTTA;SOR=0.920;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=109;TCF=48;TCR=61;TR=109;WE=7727880;WS=7727862;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,154:1.00:154
chr11	7794545	rs1482784	C	A	3784.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.646;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=429;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.522;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=56;PP=1795;ReadPosRankSum=-0.768;SC=TGTAGGACAGCGATATCAATC;SOR=0.769;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=273;TCF=141;TCR=132;TR=120;WE=7794553;WS=7794535;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:232,189:0.45:421
chr11	7794650	rs371799	G	C	3206.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.975;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=387;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.377;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=54;PP=1564;ReadPosRankSum=0.429;SC=GGGAGGTACAGGTGGAGAAGG;SOR=0.726;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=270;TCF=143;TCR=127;TR=117;WE=7794658;WS=7794640;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:211,162:0.43:373
chr11	7794976	rs980145	T	A	4946.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.764;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=495;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.741;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=90;NR=84;PP=2640;ReadPosRankSum=1.939;SC=TGGGTGGAGTTCACCAGGGGT;SOR=0.630;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=372;TCF=183;TCR=189;TR=174;WE=7794984;WS=7794966;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:251,233:0.48:484
chr11	7817420	rs7949546	T	A	418.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.710;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.21;ReadPosRankSum=1.443;SOR=0.562;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,23:0.45:51
chr11	7817434	rs7931990	C	T	481.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.239;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.65;ReadPosRankSum=2.025;SOR=0.723;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,26:0.41:63
chr11	7817512	rs7931212	G	T	744.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.551;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.525;HP=2;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=13;PP=358;ReadPosRankSum=-1.059;SC=CAAGAGAAGAGATAGGGTTCT;SOR=0.535;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=67;TCF=36;TCR=31;TR=26;WE=7817520;WS=7817502;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,42:0.35:121
chr11	7817538	rs7949771	T	C	791.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.577;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.709;HP=2;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=13;PP=413;ReadPosRankSum=-1.752;SC=ATATCATTATTTGAAGTTCTA;SOR=0.776;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=67;TCF=34;TCR=33;TR=28;WE=7817546;WS=7817528;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,43:0.37:115
chr11	7817665	rs72484720	T	C	2485.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.293;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=239;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.448;NF=57;NR=37;PP=1319;ReadPosRankSum=0.382;SC=GAATCACCACTGTGTACAACA;SOR=0.717;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=158;TCF=96;TCR=62;TR=94;WE=7817673;WS=7817655;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:114,118:0.51:232
chr11	7817852	rs76615008	C	G	10463.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.064;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=606;ExcessHet=3.0103;FS=1.733;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.59;ReadPosRankSum=-0.972;SOR=0.824;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:320,275:0.46:595
chr11	7817856	rs78460198	C	T	10473.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.509;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=618;ExcessHet=3.0103;FS=1.732;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.28;ReadPosRankSum=-1.121;SOR=0.800;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:327,279:0.46:606
chr11	7817959	rs73406603	G	A	4431.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.617;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=483;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.230;HP=3;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=81;NR=79;PP=2651;ReadPosRankSum=1.954;SC=GTAAGGGAGCGAAATCACAGA;SOR=0.621;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=323;TCF=150;TCR=173;TR=160;WE=7817967;WS=7817949;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:257,213:0.45:470
chr11	7818056	rs73406604	T	C	4315.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=1.338;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=381;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.374;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=77;PP=2529;ReadPosRankSum=0.813;SC=ACCAGCTATGTAAACTACTAA;SOR=0.730;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=274;TCF=129;TCR=145;TR=143;WE=7818064;WS=7818046;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:181,193:0.52:374
chr11	7818151	rs73406606	G	A	3384.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-1.131;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=358;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.258;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=67;NR=66;PP=2166;ReadPosRankSum=1.093;SC=CATAGGCCATGGCAGCCAGAA;SOR=0.618;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=272;TCF=142;TCR=130;TR=133;WE=7818159;WS=7818141;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:192,160:0.45:352
chr11	7818190	rs73406607	C	T	3966.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.175;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=400;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.734;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=67;NR=76;PP=1978;ReadPosRankSum=-0.726;SC=CAAAGAAAGCCGCTGAACCAA;SOR=0.732;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=295;TCF=146;TCR=149;TR=143;WE=7818198;WS=7818180;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:205,191:0.48:396
chr11	7818313	rs73406609	C	T	3681.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.924;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=399;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=38;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=54;PP=1502;ReadPosRankSum=-1.009;SC=CCAAGTGGCTCAGAAAGAAAT;SOR=0.686;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=280;TCF=139;TCR=141;TR=112;WE=7818321;WS=7818303;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:218,181:0.45:399
chr11	7818383	rs138967151	G	GATATGGTTACCAGGTAGATGC	4800.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.771;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=324;ExcessHet=3.0103;FS=0.423;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.19;ReadPosRankSum=0.869;SOR=0.734;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:198,118:0.37:316
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chr11	7846506	rs16932488	G	C	164.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-2.495;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.454;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=3;PP=130;ReadPosRankSum=2.051;SC=GATAAATTTTGACCACAAACA;SOR=0.096;SbPval=0.24;Source=Platypus;TC=16;TCF=13;TCR=3;TR=9;WE=7846514;WS=7846496;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,9:0.45:20
chr11	7847208	rs1482791	T	C	6419.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.504;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=566;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.108;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=79;NR=97;PP=2952;ReadPosRankSum=1.519;SC=CAAACGTCACTACAGAACAGA;SOR=0.597;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=353;TCF=153;TCR=200;TR=176;WE=7847216;WS=7847198;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:257,301:0.54:558
chr11	7847466	rs1482792	A	G	4689.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=33.74;SOR=1.038;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,139:1.00:139
chr11	7847466	.	AGATAAC	GGATAAC,GGATAAT	689	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.52;FR=0.5000,0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=30,15;NR=53,25;PP=570,689;QD=7.28640015117;SC=TAGTATCCTCAGATAACCCCA;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=83;TCF=30;TCR=53;TR=83,40;WE=7847480;WS=7847456;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:1.00:83
chr11	7847472	rs1482793	C	T	1229.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.348;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FS=0.634;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.85;ReadPosRankSum=0.815;SOR=0.631;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:79,60:0.43:139
chr11	7847523	rs1482794	T	A	687.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=0.910;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=35;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=19;PP=451;ReadPosRankSum=0.730;SC=TCCCCATCTATATTGGGAATG;SOR=0.695;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=54;TCF=18;TCR=36;TR=31;WE=7847531;WS=7847513;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,37:0.41:91
chr11	7870670	rs61759825	A	G	1782.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.327;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.665;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=21;PP=772;ReadPosRankSum=-0.174;SC=GCGGGTCTGCAGGGAGTTAGT;SOR=0.839;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=152;TCF=97;TCR=55;TR=64;WE=7870678;WS=7870660;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:130,97:0.43:227
chr11	7870760	rs17221305	G	A	3888.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.732;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=381;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.718;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=54;PP=1925;ReadPosRankSum=1.607;SC=CTGCAACTCCGACGTCATCCA;SOR=0.840;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=237;TCF=124;TCR=113;TR=117;WE=7870768;WS=7870750;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:186,187:0.50:373
chr11	7871011	rs4758022	A	G	17230.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=645;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=212;NR=198;PP=2965;SC=ATGGCACACTATTTTTCATGT;SOR=0.741;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=414;TCF=213;TCR=201;TR=410;WE=7871019;WS=7871001;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,635:1.00:635
chr11	7949350	rs4758258	A	G	9658.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=376;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=109;NR=136;PP=2965;SC=GTAGATAAGCAGATTCAGCAG;SOR=0.853;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=246;TCF=110;TCR=136;TR=245;WE=7949358;WS=7949340;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,376:1.00:376
chr11	7949791	rs7933807	A	C	7625.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.596;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=282;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=133;NR=73;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.833;SC=TTTCATAAAAACTCCTTTATT;SOR=0.506;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=208;TCF=134;TCR=74;TR=206;WE=7949799;WS=7949781;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,276:1.00:277
chr11	7949860	rs7928451	G	A	16376.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.496;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=645;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=224;NR=161;PP=2965;ReadPosRankSum=1.952;SC=ATAAGCCATTGCTCCCAGAAG;SOR=0.687;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=390;TCF=227;TCR=163;TR=385;WE=7949868;WS=7949850;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:7,626:0.99:633
chr11	7960045	rs6578915	G	A	2005.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=55;NR=4;PP=1597;SC=AAAAAATGCAGTCTGTTTTCA;SOR=4.582;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=59;TCF=55;TCR=4;TR=59;WE=7960053;WS=7960035;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr11	7961146	rs9787855	A	G	2312.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=26;NR=44;PP=1381;SC=CTGTGAGTTCAAGTCTGGAAT;SOR=1.179;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=70;TCF=26;TCR=44;TR=70;WE=7961154;WS=7961136;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr11	8009420	rs12278319	G	A	789.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=19;PP=549;SC=ACCTTTTGCTGTGACTTATCT;SOR=2.753;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=5;TCR=19;TR=24;WE=8009428;WS=8009410;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr11	8014479	rs4758267	C	T	5457.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=117;NR=33;PP=2965;SC=TGCTGATCCACGAGTACTACA;SOR=2.049;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=150;TCF=117;TCR=33;TR=150;WE=8014487;WS=8014469;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,196:1.00:196
chr11	8061100	rs10769865	C	T	2366.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=36;NR=21;PP=1153;SC=CTGAAGGAGGCCTTGAGTGAC;SOR=1.116;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=58;TCF=36;TCR=22;TR=57;WE=8061108;WS=8061090;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr11	8103104	rs11041733	G	T	3861.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.62;BaseQRankSum=-1.523;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=434;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.979;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=44;PP=1275;ReadPosRankSum=0.668;SC=AGGTACGCGGGCGCCGGGCCG;SOR=0.402;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=227;TCF=118;TCR=109;TR=91;WE=8103112;WS=8103094;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:220,201:0.48:421
chr11	8111103	rs10584611	GTA	G	5835.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.841;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=324;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.443;NF=22;NR=51;PP=2964;ReadPosRankSum=-0.071;SC=GCTCTGGGCTGTATATCCTGG;SOR=0.710;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=154;TCF=53;TCR=101;TR=73;WE=8111112;WS=8111093;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:161,156:0.49:317
chr11	8111121	rs1317500	C	T	3373.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.279;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=354;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.384;HP=3;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.499;NF=64;NR=54;PP=1661;ReadPosRankSum=1.697;SC=TGGCACCTCACGGGCAAGCCC;SOR=0.717;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=241;TCF=130;TCR=111;TR=118;WE=8111129;WS=8111111;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:186,167:0.47:353
chr11	8111540	rs2272382	T	C	851.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-0.282;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.355;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=3;PP=525;ReadPosRankSum=-0.513;SC=CAAGGTGGGCTGTGGACCCCC;SOR=1.661;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=64;TCF=54;TCR=10;TR=29;WE=8111548;WS=8111532;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,35:0.47:74
chr11	8115699	rs4758289	T	C	7742.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=296;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=78;NR=107;PP=2965;SC=GGGGCCAGGGTGGCGCCGCTA;SOR=0.975;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=185;TCF=78;TCR=107;TR=185;WE=8115707;WS=8115677;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,295:1.00:295
chr11	8115762	rs7396690	C	G	1269.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.518;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.677;HP=3;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=31;PP=763;ReadPosRankSum=-1.456;SC=CTACAGCCCTCCCCAGCAGGC;SOR=0.575;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=106;TCF=35;TCR=71;TR=47;WE=8115770;WS=8115752;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,60:0.45:134
chr11	8117228	rs11041739	A	G	11061.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=421;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=121;NR=132;PP=2965;SC=CCCCATGGGGACCCAGTGATA;SOR=0.737;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=253;TCF=121;TCR=132;TR=253;WE=8117236;WS=8117218;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,417:1.00:417
chr11	8118103	rs2242501	A	G	4429.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=56;NR=16;PP=1798;SC=GATATGGCTAAGAGTGTGTGC;SOR=1.814;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=73;TCF=57;TCR=16;TR=72;WE=8118124;WS=8118093;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr11	8118116	rs2242502	A	G	4722.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=63;NR=22;PP=2036;SC=GTGTGTGCATAAGTTTGTGGG;SOR=1.718;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=85;TCF=63;TCR=22;TR=85;WE=8118124;WS=8118093;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr11	8118185	rs10160258	C	G	10704.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=246;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=42;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=98;NR=63;PP=2965;SC=TCAGGGGCAGCGTAGACTTCT;SOR=0.991;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=161;TCF=98;TCR=63;TR=161;WE=8118193;WS=8118175;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,242:1.00:242
chr11	8118200	rs7931842	C	A	11119.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=266;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=40;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=101;NR=73;PP=2965;SC=ACTTCTCCTCCTTCATCCCTT;SOR=0.902;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=174;TCF=101;TCR=73;TR=174;WE=8118208;WS=8118190;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,261:1.00:261
chr11	8119063	rs7950355	A	G	1819.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=25;NR=33;PP=1254;SC=CATATCTACCACTGACCTCTC;SOR=0.957;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=58;TCF=25;TCR=33;TR=58;WE=8119071;WS=8119053;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr11	8122228	rs12796222	A	G	1564.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.346;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FS=1.788;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.11;MQRankSum=1.785;QD=7.90;ReadPosRankSum=-0.706;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:121,77:0.39:198
chr11	8122234	rs7394561	G	A	6314.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.11;QD=33.06;SOR=0.885;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,191:1.00:191
chr11	8122242	rs138755629	A	AG	4715.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=21;NR=54;PP=2963;SC=GTGTATGTGGAGGGGTACCAT;SOR=0.915;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=81;TCF=23;TCR=58;TR=75;WE=8122250;WS=8122218;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,147:1.00:147
chr11	8123005	rs72093838	CTCTG	C	8609.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.032;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=490;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.088;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=2.302;NF=17;NR=68;PP=2969;ReadPosRankSum=0.457;SC=CTGTCCTTTTCTCTGTCTGTG;SOR=0.743;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=184;TCF=44;TCR=140;TR=85;WE=8123016;WS=8122995;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:235,224:0.49:459
chr11	8132728	rs56271449	CA	C	357.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.225;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FS=1.752;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.14;MQRankSum=1.001;QD=5.77;ReadPosRankSum=-2.927;SOR=0.307;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,32:0.52:62
chr11	8159892	rs10839976	G	T	3124.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.862;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=346;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.862;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=54;PP=1510;ReadPosRankSum=-0.866;SC=TCCCCTTTGAGAGCTGAGAAT;SOR=0.785;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=205;TCF=98;TCR=107;TR=98;WE=8159900;WS=8159882;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:187,157:0.46:344
chr11	8161878	rs6578932	C	T	143.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-3.721;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=7;PP=101;ReadPosRankSum=-0.298;SC=TAAAAGGATACAGAGGTATCA;SOR=0.368;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=0;TCR=18;TR=7;WE=8161886;WS=8161868;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,7:0.39:18
chr11	8174966	rs10743052	G	A	1186.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.881;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=21;PP=491;ReadPosRankSum=0.734;SC=CTCACTCTTAGTTTTCTGCAA;SOR=0.705;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=96;TCF=43;TCR=53;TR=39;WE=8174974;WS=8174956;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:89,64:0.42:153
chr11	8246326	rs34544683	G	A	2093.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.632;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.007;HP=7;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=47;PP=1112;ReadPosRankSum=-1.873;SC=GTAAGGGGGGGGCTGCAGACA;SOR=1.214;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=137;TCF=54;TCR=83;TR=74;WE=8246334;WS=8246316;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,97:0.60:163
chr11	8251921	rs3750952	G	C	7935.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=308;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=95;NR=78;PP=2924;SC=AGTCACAGCAGGCACACTTGA;SOR=0.824;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=173;TCF=95;TCR=78;TR=173;WE=8251929;WS=8251911;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,307:1.00:307
chr11	8284838	rs204931	A	G	4804.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=68;NR=56;PP=2142;SC=GCGCCGCGGCAGGGGGCGAGG;SOR=0.842;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=125;TCF=68;TCR=57;TR=124;WE=8284846;WS=8284828;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,185:1.00:185
chr11	8284860	rs204930	G	T	2386.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.387;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.501;HP=1;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=34;PP=1013;ReadPosRankSum=0.583;SC=GGTGAGGGGCGTCGAGACCCC;SOR=0.651;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=129;TCF=66;TCR=63;TR=69;WE=8284868;WS=8284850;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:97,115:0.54:212
chr11	8284981	rs176083	A	C	4191.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=41;NR=55;PP=1680;SC=CGCGCTTTGGAGGGGCGGCCG;SOR=0.924;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=96;TCF=41;TCR=55;TR=96;WE=8285003;WS=8284971;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,161:1.00:161
chr11	8284995	rs204929	T	C	3872.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=36;NR=49;PP=1771;SC=GCGGCCGGTCTTCGGGCAGCT;SOR=0.937;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=85;TCF=36;TCR=49;TR=85;WE=8285003;WS=8284971;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,144:1.00:144
chr11	8285124	rs2071458	A	C	204.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-2.053;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=9;PP=87;ReadPosRankSum=0.177;SC=TTTGTGCCTCAGAATTGGAAG;SOR=0.973;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=29;TCF=7;TCR=22;TR=11;WE=8285132;WS=8285114;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,13:0.39:33
chr11	8434972	rs3833784	CA	C	1515.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.641;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.839;HP=8;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=16;PP=891;ReadPosRankSum=2.190;SC=GACAGATTTGCAAAAAAAATG;SOR=1.010;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=121;TCF=80;TCR=41;TR=55;WE=8434980;WS=8434962;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:96,92:0.49:188
chr11	8435077	rs3751095	CA	TC	11739.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-1.234;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=625;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;JOINED;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=84;NR=79;PP=2944;ReadPosRankSum=2.291;SC=GTGTAATTGGCATCAGGGACA;SOR=0.684;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=342;TCF=177;TCR=165;TR=163;WE=8435086;WS=8435067;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:323,301:0.48:624
chr11	8483335	rs1900273	G	A	1788.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=1.653;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.068;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=31;PP=891;ReadPosRankSum=-0.837;SC=AAAATGCAGCGCCTAATAGAG;SOR=0.588;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=157;TCF=92;TCR=65;TR=70;WE=8483343;WS=8483325;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:121,94:0.44:215
chr11	8486310	rs1446464	C	A	2650.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.648;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=304;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.04;MQRankSum=-0.897;QD=8.90;ReadPosRankSum=-0.171;SOR=0.675;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:164,134:0.45:298
chr11	8486375	.	GA	G	35.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.631;ClippingRankSum=0.000;DP=82;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.26;MQRankSum=2.882;QD=0.60;ReadPosRankSum=-1.174;SOR=0.620;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:48,12:0.20:60
chr11	8494843	.	T	TA	406.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.705;ClippingRankSum=0.000;DP=246;ExcessHet=3.0103;FS=0.762;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.16;ReadPosRankSum=0.326;SOR=0.542;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:141,47:0.25:188
chr11	8496516	rs2289923	G	A	934.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-0.018;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=28;PP=648;ReadPosRankSum=1.029;SC=AGAAAACCAGGCCAAAAAGGA;SOR=0.820;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=63;TCF=14;TCR=49;TR=35;WE=8496524;WS=8496506;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,40:0.55:73
chr11	8639325	rs4929924	G	A	810.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=1.213;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.919;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=11;PP=517;ReadPosRankSum=-1.052;SC=GATGTACTACGGCTCCCAAAT;SOR=0.527;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=65;TCF=46;TCR=19;TR=34;WE=8639333;WS=8639315;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,38:0.49:78
chr11	8641501	rs7946508	C	A	1125.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=27;NR=5;PP=812;SC=AATTTTGTGACTCTAGAAAAA;SOR=3.500;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=32;TCF=27;TCR=5;TR=32;WE=8641509;WS=8641491;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr11	8641882	rs7943945	G	A	2383.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=33;NR=35;PP=1726;SC=GGCATAGGACGAAGAAATGTA;SOR=0.772;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=69;TCF=34;TCR=35;TR=68;WE=8641890;WS=8641872;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr11	8642218	rs7950166	C	T	751.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=2.503;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.373;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=24;PP=498;ReadPosRankSum=-0.545;SC=ACTGAGTCTCCGGCTTTGCCG;SOR=0.275;SbPval=0.24;Source=Platypus;TC=66;TCF=12;TCR=54;TR=32;WE=8642226;WS=8642208;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,34:0.49:70
chr11	8644530	rs4929948	T	G	3044.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=2.409;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=376;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.041;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=70;PP=1581;ReadPosRankSum=-1.340;SC=GCCACACATCTGTCATACAGT;SOR=0.897;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=248;TCF=93;TCR=155;TR=105;WE=8644538;WS=8644520;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:216,156:0.42:372
chr11	8644562	rs10533257	TCATA	T	2785.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.686;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.852;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=41;PP=1982;ReadPosRankSum=0.221;SC=CTATAGTCATTCATACATAGT;SOR=0.941;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=114;TCF=4;TCR=110;TR=43;WE=8644573;WS=8644552;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:109,75:0.41:184
chr11	8646237	rs12803166	G	T	2949.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.292;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=267;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.482;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=47;PP=1406;ReadPosRankSum=1.225;SC=AGGAAGTTTGGATAGCATTTC;SOR=0.616;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=177;TCF=93;TCR=84;TR=96;WE=8646245;WS=8646227;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:122,141:0.54:263
chr11	8646670	rs7947230	T	G	2661.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.860;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=243;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.894;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=45;PP=1277;ReadPosRankSum=1.344;SC=GCTGTCAGGTTGCTCACACTC;SOR=0.512;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=146;TCF=55;TCR=91;TR=76;WE=8646678;WS=8646660;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:116,123:0.51:239
chr11	8646763	rs7935453	G	C	973.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=2.177;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.224;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=25;PP=579;ReadPosRankSum=0.558;SC=ATGATGCTCAGCGAGGTGGAG;SOR=1.635;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=55;TCF=15;TCR=40;TR=31;WE=8646771;WS=8646753;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,42:0.55:77
chr11	8660117	rs34655699	C	G	1272.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.527;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.328;HP=5;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=19;PP=643;ReadPosRankSum=1.769;SC=CTCCTCCCCCCACCCTATCCT;SOR=0.845;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=105;TCF=65;TCR=40;TR=51;WE=8660125;WS=8660107;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,68:0.46:147
chr11	8662090	rs11042022	T	C	1257.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=22.07;SOR=5.247;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr11	8662516	rs11042023	T	C	970.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=0.178;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.391;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=18;PP=503;ReadPosRankSum=-0.108;SC=TGGGGAGCAGTGGGAGCAGCA;SOR=0.810;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=59;TCF=28;TCR=31;TR=32;WE=8662524;WS=8662506;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,50:0.44:114
chr11	8669437	rs10840100	A	G	330.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.174;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.875;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=1;PP=245;ReadPosRankSum=0.966;SC=CAGGCACTACATCTGACGGCC;SOR=2.676;SbPval=0.96;Source=Platypus;TC=52;TCF=43;TCR=9;TR=19;WE=8669445;WS=8669427;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,19:0.32:60
chr11	8669694	rs35319120	C	T	1696.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.070;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=40;PP=962;ReadPosRankSum=-1.284;SC=GCATGCCAACCAAGCGGGAAT;SOR=0.713;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=113;TCF=37;TCR=76;TR=61;WE=8669702;WS=8669684;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,80:0.50:159
chr11	8670172	rs7950801	T	C	1409.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=11;NR=34;PP=976;SC=GCTGCACAGCTCTCAGCCTTC;SOR=1.958;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=45;TCF=11;TCR=34;TR=45;WE=8670180;WS=8670162;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr11	8671547	rs10769938	G	A	710.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.200;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.841;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=20;PP=468;ReadPosRankSum=-0.080;SC=CCACCAGTTTGGAGTGTAACC;SOR=0.312;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=44;TCF=10;TCR=34;TR=27;WE=8671555;WS=8671537;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,31:0.58:53
chr11	8693405	rs11517718	G	A	2670.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=2.185;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=252;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.276;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=54;PP=1593;ReadPosRankSum=0.872;SC=CAGTCCTTACGGAGCAAATGC;SOR=0.956;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=161;TCF=73;TCR=88;TR=94;WE=8693413;WS=8693395;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:121,126:0.51:247
chr11	8705480	rs7951084	T	C	1134.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=2.726;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.883;HP=8;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=17;PP=854;ReadPosRankSum=-0.232;SC=CTACCCCCCCTCGTCCTCCTA;SOR=0.928;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=113;TCF=68;TCR=45;TR=48;WE=8705488;WS=8705469;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:94,62:0.40:156
chr11	8707083	rs2073686	G	A	2174.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.654;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.675;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=35;PP=1132;ReadPosRankSum=2.062;SC=GGGGGCAGTCGGTGCCCCCGT;SOR=0.463;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=129;TCF=71;TCR=58;TR=69;WE=8707091;WS=8707073;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:106,105:0.50:211
chr11	8707233	rs6735	C	T	1795.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.124;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=244;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.486;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=29;PP=893;ReadPosRankSum=-2.167;SC=AGGGCTACTACAAAGTTCTGG;SOR=0.761;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=174;TCF=92;TCR=82;TR=63;WE=8707241;WS=8707223;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:144,93:0.39:237
chr11	8719262	rs75105504	G	A	772.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.742;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.629;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=22;PP=495;ReadPosRankSum=0.492;SC=TTAGAAGAGCGTGAGTAGATA;SOR=0.931;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=76;TCF=30;TCR=46;TR=36;WE=8719270;WS=8719252;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,41:0.39:106
chr11	8719615	rs10840113	C	G	572.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.637;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.178;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=16;PP=360;ReadPosRankSum=-0.695;SC=TGAGCCCAGGCAGGTCGAGGC;SOR=0.948;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=39;TCF=12;TCR=27;TR=22;WE=8719623;WS=8719605;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,25:0.51:49
chr11	8720615	rs2270958	C	A	341.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-1.149;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=13;PP=214;ReadPosRankSum=0.487;SC=CCAGGGTCAGCTAACAGGAAG;SOR=0.661;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=43;TCF=9;TCR=34;TR=18;WE=8720623;WS=8720605;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,20:0.32:63
chr11	8724279	rs71872129	CGAT	C	2063.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=0.175;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.643;NF=0;NR=38;PP=1616;ReadPosRankSum=0.621;SC=TGCAGGAGAGCGATGGGAAAG;SOR=0.669;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=94;TCF=0;TCR=94;TR=38;WE=8724289;WS=8724269;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,56:0.43:130
chr11	8732300	.	GCA	G	339.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.775;ClippingRankSum=0.000;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=5.879;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.23;ReadPosRankSum=0.835;SOR=1.802;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,24:0.37:65
chr11	8736046	rs931757	C	T	1582.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=44;NR=7;PP=1114;SC=CTCCCTCCTACGTGGCCATTT;SOR=3.611;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=51;TCF=44;TCR=7;TR=51;WE=8736054;WS=8736036;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr11	8751640	rs3812762	G	C	4435.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.959;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=448;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.742;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=74;NR=73;PP=2397;ReadPosRankSum=0.165;SC=TGGGGTTCTTGTCAGCCTCGT;SOR=0.700;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=291;TCF=149;TCR=142;TR=147;WE=8751648;WS=8751630;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:234,211:0.47:445
chr11	8751889	rs3794153	C	G	5138.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.571;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=546;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.522;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=85;NR=73;PP=2762;ReadPosRankSum=-0.669;SC=AGGTTCCAGTCTTCCTTTTCC;SOR=0.642;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=333;TCF=179;TCR=154;TR=158;WE=8751905;WS=8751879;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:301,238:0.44:539
chr11	8788168	rs10743089	A	T	728.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.858;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.481;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=7;PP=371;ReadPosRankSum=0.038;SC=CTGGGTGAAGATCTGCACGAA;SOR=1.302;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=51;TCF=30;TCR=21;TR=24;WE=8788176;WS=8788158;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,36:0.47:77
chr11	8788225	rs10734637	A	C	1236.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=3.008;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.140;HP=6;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=12;PP=537;ReadPosRankSum=-0.343;SC=TATGCGCCCCACCTCCATTCT;SOR=1.002;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=62;TCF=34;TCR=28;TR=33;WE=8788233;WS=8788215;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,61:0.46:132
chr11	8797681	.	ACGCACGTGCG	A	1098	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;FR=0.5000;HP=2;HapScore=1;MGOF=94;MMLQ=23;MQ=57.06;NF=24;NR=10;PP=1098;QD=33.0294117647;SC=GCACACAGACACGCACGTGCG;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=36;TCF=25;TCR=11;TR=34;WE=8797698;WS=8797671;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:2,34:0.94:36
chr11	8797684	.	CACGT	C	51.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.228;ClippingRankSum=0.000;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=4.732;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.29;MQRankSum=-3.944;QD=1.18;ReadPosRankSum=0.210;SOR=0.716;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,5:0.11:44
chr11	8797693	.	GCA	G	42.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.432;ClippingRankSum=0.000;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=4.872;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.38;MQRankSum=-4.191;QD=0.87;ReadPosRankSum=0.579;SOR=0.699;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:44,5:0.10:49
chr11	8797707	rs66512440	GCACACA	G,ACACACA	2130.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=38;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=23;NF=14;NR=10;PP=2215;SC=GCGCGCGCGCGCACACACACA;SOR=1.371;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=38;TCF=20;TCR=18;TR=24;WE=8797725;WS=8797697;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.63,0.37:62
chr11	8797715	.	A	G	975.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.815;ClippingRankSum=0.000;DP=119;ExcessHet=3.0103;FS=7.242;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.63;MQRankSum=1.156;QD=11.22;ReadPosRankSum=4.858;SOR=1.439;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:53,34:0.39:87
chr11	8797715	.	ACA	GCG	1788	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;FR=0.5000;HP=2;HapScore=4;MGOF=38;MMLQ=21;MQ=57.86;NF=19;NR=5;PP=1788;QD=76.7278281193;SC=GCGCACACACACACACACACA;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=66;TCF=48;TCR=18;TR=24;WE=8797725;WS=8797697;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:42,24:0.36:66
chr11	8797717	.	A	G	574.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.223;ClippingRankSum=0.000;DP=119;ExcessHet=3.0103;FS=8.972;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.63;MQRankSum=1.124;QD=6.39;ReadPosRankSum=5.568;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:56,34:0.38:90
chr11	8933064	rs1133833	G	A	1783.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.040;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=246;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=26;PP=644;ReadPosRankSum=-0.109;SC=CGTTCAGCAAGGCTGGCTCTA;SOR=0.726;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=137;TCF=65;TCR=72;TR=49;WE=8933072;WS=8933054;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:149,94:0.39:243
chr11	8933853	rs2742519	T	G	678.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=2.471;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.681;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=5;PP=512;ReadPosRankSum=-0.129;SC=TCTTTTAGAGTTGGAATTCTT;SOR=0.235;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=64;TCF=55;TCR=9;TR=30;WE=8933861;WS=8933843;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,30:0.43:69
chr11	8934101	rs2742518	A	G	9425.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=354;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=93;NR=155;PP=2965;SC=GTGAACCAAAACTATGCCCCA;SOR=1.133;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=248;TCF=93;TCR=155;TR=248;WE=8934109;WS=8934091;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,346:1.00:346
chr11	8938787	rs2016942	A	G	589.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-5.262;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.494;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=4;PP=401;ReadPosRankSum=0.080;SC=TTTACAATCCAAAAGTGAAAG;SOR=0.054;SbPval=0.25;Source=Platypus;TC=41;TCF=37;TCR=4;TR=26;WE=8938795;WS=8938778;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,28:0.64:44
chr11	8938934	rs2016844	C	T	3717.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.012;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=374;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.782;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=49;PP=1467;ReadPosRankSum=-0.096;SC=GAACTGCTTACGCACTGGGTT;SOR=0.759;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=224;TCF=119;TCR=105;TR=108;WE=8938942;WS=8938924;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:185,185:0.50:370
chr11	8942942	rs2653601	C	T	5709.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.033;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=509;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=76;NR=82;PP=2446;ReadPosRankSum=-0.540;SC=TGGCGGGGTCCGCGGTGGCTT;SOR=0.716;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=313;TCF=155;TCR=158;TR=158;WE=8942950;WS=8942932;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:238,269:0.53:507
chr11	8942999	rs2568023	G	A	11779.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=449;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=140;NR=164;PP=2965;SC=CCCCACTACTGCAGTTTGTGC;SOR=0.792;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=306;TCF=140;TCR=166;TR=304;WE=8943007;WS=8942989;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,445:1.00:445
chr11	8946950	rs3751068	G	T	1355.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-3.590;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.782;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=10;PP=710;ReadPosRankSum=-1.189;SC=ACATGTGGGAGGGAAGGGAGG;SOR=0.586;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=97;TCF=74;TCR=23;TR=47;WE=8946958;WS=8946940;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,61:0.53:116
chr11	8947021	rs2653588	A	G	9982.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=370;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=143;NR=82;PP=2965;SC=TGGCTTCCCAAGGCATGGCTC;SOR=1.093;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=225;TCF=143;TCR=82;TR=225;WE=8947029;WS=8947011;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,364:1.00:364
chr11	8947179	rs2568077	G	A	4302.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.902;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=435;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.521;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=75;NR=85;PP=2110;ReadPosRankSum=0.366;SC=TCTCCACACCGTCTTGTTCAC;SOR=0.754;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=295;TCF=138;TCR=157;TR=160;WE=8947187;WS=8947169;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:206,223:0.52:429
chr11	8947283	rs3751066	G	C	2426.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=2.065;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=312;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.205;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=50;PP=1519;ReadPosRankSum=-0.541;SC=TGTGCTGTGGGCTCCAACTCT;SOR=0.898;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=212;TCF=98;TCR=114;TR=86;WE=8947291;WS=8947273;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:185,117:0.39:302
chr11	8948680	rs3751065	A	T	1779.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=-0.112;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.347;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=31;PP=720;ReadPosRankSum=-0.410;SC=CTGCGACAAGAGGAGCCTCGA;SOR=0.934;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=94;TCF=36;TCR=58;TR=47;WE=8948688;WS=8948670;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:97,88:0.48:185
chr11	8949094	rs2568075	A	G	1971.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-2.575;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.609;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=26;PP=1207;ReadPosRankSum=0.707;SC=TCCTCCTTCCAGCACCCCCAA;SOR=0.639;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=137;TCF=94;TCR=43;TR=79;WE=8949102;WS=8949084;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,95:0.58:164
chr11	8959370	rs2742505	G	A	1920.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.349;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.167;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=44;PP=962;ReadPosRankSum=-1.209;SC=GGAGCTGGGCGTAGCCTTCAT;SOR=0.946;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=149;TCF=54;TCR=95;TR=67;WE=8959378;WS=8959360;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:121,95:0.44:216
chr11	8959511	rs4910179	T	G	1469.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.397;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=21;PP=924;ReadPosRankSum=-0.436;SC=CACTGTAATTTCCCAGGATAA;SOR=0.755;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=91;TCF=54;TCR=37;TR=51;WE=8959519;WS=8959501;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,66:0.50:132
chr11	8959545	rs4909951	C	A	1477.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.072;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.756;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=27;PP=863;ReadPosRankSum=0.106;SC=AAAAGGCAGCCGTGGCAGCTC;SOR=0.429;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=110;TCF=62;TCR=48;TR=56;WE=8959553;WS=8959524;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,72:0.47:153
chr11	8970083	rs2653604	C	A	456.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.066;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=3.855;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.16;ReadPosRankSum=0.449;SOR=1.264;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,23:0.41:56
chr11	8977691	rs2742488	C	G	2973.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.015;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.140;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=23;PP=1031;ReadPosRankSum=0.659;SC=GCAGAAAAGACGTAGACAGAC;SOR=0.527;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=121;TCF=82;TCR=39;TR=65;WE=8977699;WS=8977681;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,77:0.52:149
chr11	8977707	rs2568069	G	A	3279.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-2.878;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.846;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=26;PP=978;ReadPosRankSum=0.929;SC=CAGACAGACAGACAGGTAGAT;SOR=0.541;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=139;TCF=91;TCR=48;TR=69;WE=8977715;WS=8977697;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:95,93:0.49:188
chr11	9001289	rs71062805	TA	T	616.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-1.898;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=7.049;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.31;MQRankSum=0.965;QD=8.94;ReadPosRankSum=1.549;SOR=0.234;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,48:0.70:69
chr11	9001291	rs199678234	A	T	206.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.051;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=3.511;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.31;MQRankSum=0.430;QD=3.00;ReadPosRankSum=1.980;SOR=0.335;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:44,25:0.36:69
chr11	9001472	rs2653610	G	T	44.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=14.76;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr11	9004376	rs35481824	CT	C	902.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.673;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FS=5.273;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.26;MQRankSum=1.723;QD=6.18;ReadPosRankSum=-0.445;SOR=0.969;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:56,90:0.62:146
chr11	9005036	rs2568046	T	A	3622.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=48;NR=36;PP=1629;SC=CAGTTTTCTCTATCTGTCAAC;SOR=0.829;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=84;TCF=48;TCR=36;TR=84;WE=9005044;WS=9005026;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,139:1.00:139
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chr11	9051385	rs7479998	C	A	4840.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=81;NR=41;PP=2354;SC=ACCCAGACACCTATCTTCTTA;SOR=1.283;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=123;TCF=82;TCR=41;TR=122;WE=9051393;WS=9051375;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,181:1.00:181
chr11	9052170	rs10769983	G	A	446.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=2.110;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5010;FS=4.530;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=1;PP=349;ReadPosRankSum=0.824;SC=CTGCTGGGGCGAGTGGAGCTG;SOR=2.948;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=21;TCF=19;TCR=2;TR=17;WE=9052178;WS=9052160;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,17:0.81:21
chr11	9052423	rs7395988	A	C	4324.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=50;NR=63;PP=2213;SC=GGGCACAGAGATGGCAAGGTG;SOR=0.938;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=113;TCF=50;TCR=63;TR=113;WE=9052431;WS=9052413;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,162:1.00:162
chr11	9072140	rs3751052	C	T	2205.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-2.017;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.569;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=33;PP=1294;ReadPosRankSum=0.686;SC=ACACCAACCACCTGATTCCAT;SOR=0.506;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=142;TCF=93;TCR=49;TR=85;WE=9072148;WS=9072130;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,105:0.55:192
chr11	9081926	rs7112378	C	T	1235.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.967;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.701;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=13;PP=732;ReadPosRankSum=0.243;SC=TAACAGGGCACCCAGTCTCCC;SOR=0.917;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=77;TCF=55;TCR=22;TR=46;WE=9081934;WS=9081916;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,54:0.53:101
chr11	9087533	rs2003906	A	G	3118.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.153;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=300;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.426;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=42;PP=1380;ReadPosRankSum=-1.196;SC=TCGCTCTACAAGAGAAGCAAA;SOR=0.726;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=176;TCF=98;TCR=78;TR=93;WE=9087541;WS=9087523;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:139,150:0.52:289
chr11	9096189	rs7930311	G	C	2575.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.090;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=311;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.252;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=59;PP=1395;ReadPosRankSum=-0.589;SC=ATTAGCCTTTGCTTTGGTGAC;SOR=0.895;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=212;TCF=75;TCR=137;TR=88;WE=9096197;WS=9096179;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:179,124:0.41:303
chr11	9113008	rs142900716	GGCA	G	2175.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.897;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.264;NF=7;NR=27;PP=1713;ReadPosRankSum=1.659;SC=CAGCAGTGGCGGCAGCAGCAG;SOR=0.784;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=38;TCF=7;TCR=31;TR=34;WE=9113018;WS=9112998;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,90:0.96:94
chr11	9164437	rs74643810	G	A	471.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-2.268;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.393;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=15;PP=261;ReadPosRankSum=1.697;SC=TCTCAGCCGAGCTGCCCTCCC;SOR=0.379;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=46;TCF=7;TCR=39;TR=18;WE=9164445;WS=9164427;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,23:0.42:55
chr11	9167399	rs10732517	T	C	3155.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=31;NR=57;PP=1909;SC=TGAGGAGAATTAGGAATCTTT;SOR=1.230;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=88;TCF=31;TCR=57;TR=88;WE=9167407;WS=9167389;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr11	9171775	rs7123970	A	G	1280.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.095;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.644;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=20;PP=571;ReadPosRankSum=-0.709;SC=AGAATGTAAAAAGGAAGTGGA;SOR=0.797;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=78;TCF=35;TCR=43;TR=36;WE=9171783;WS=9171765;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,63:0.47:133
chr11	9172432	rs10769995	A	G	111.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=1.278;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=5;PP=85;ReadPosRankSum=0.778;SC=GTAACACTTTAATTGATTGTT;SOR=1.179;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=11;TCF=2;TCR=9;TR=6;WE=9172440;WS=9172422;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,6:0.38:16
chr11	9192336	rs10550560	TAC	T	194.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.169;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FS=1.188;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.28;MQRankSum=3.445;QD=2.46;ReadPosRankSum=-0.423;SOR=0.922;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:64,15:0.19:79
chr11	9198276	rs7394878	T	C	1624.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.934;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.387;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=16;PP=995;ReadPosRankSum=0.276;SC=GAGAAGGAAATGTATCTGCTA;SOR=1.043;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=124;TCF=91;TCR=33;TR=65;WE=9198284;WS=9198266;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,73:0.51:144
chr11	9199650	rs60693427	C	T	1942.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.442;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=27;PP=883;ReadPosRankSum=-0.810;SC=TCCAAGAGGCCTGAATGTACA;SOR=0.674;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=97;TCF=51;TCR=46;TR=57;WE=9199658;WS=9199640;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,94:0.55:170
chr11	9228785	rs7396439	G	A	824.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.444;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.59;ReadPosRankSum=-0.039;SOR=0.619;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:44,42:0.49:86
chr11	9309405	rs5014247	A	G	3851.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=33;NR=76;PP=2151;SC=TCTTACTCACATTGATTTATT;SOR=1.593;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=109;TCF=33;TCR=76;TR=109;WE=9309413;WS=9309395;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,144:1.00:144
chr11	9310169	rs10770007	C	A	60.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.431;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=2.430;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=6.08;ReadPosRankSum=-2.074;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,4:0.40:10
chr11	9316937	rs4601780	G	A	1405.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.64;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=8;NR=17;PP=506;SC=TTTCTTCTCTGAAGAAATAAA;SOR=1.136;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=8;TCR=17;TR=25;WE=9316945;WS=9316927;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr11	9321399	rs10743101	A	G	841.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=10;PP=323;SC=GGGCACAGTGACTCACGCCTG;SOR=0.957;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=6;TCR=10;TR=16;WE=9321407;WS=9321389;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr11	9321415	rs11042272	C	T	254.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.023;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.410;HP=2;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=6;PP=92;ReadPosRankSum=-1.381;SC=GCCTGTAATCCCAGCACTTTG;SOR=1.193;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=17;TCF=6;TCR=11;TR=8;WE=9321423;WS=9321405;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,14:0.42:33
chr11	9336071	rs4325312	A	G	1967.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.618;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=242;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.493;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=49;PP=1067;ReadPosRankSum=-0.095;SC=ACTACGCCGAAGCGCCACGGC;SOR=1.096;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=178;TCF=68;TCR=110;TR=71;WE=9336079;WS=9336061;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:138,97:0.41:235
chr11	9336093	rs72850544	C	T	2390.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-3.731;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=12.316;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=49;PP=1226;ReadPosRankSum=0.155;SC=AGAGCCACTTCCGGCGCGACC;SOR=0.258;SbPval=0.19;Source=Platypus;TC=139;TCF=45;TCR=94;TR=82;WE=9336101;WS=9336083;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,107:0.59:181
chr11	9406349	rs4606477	T	C	5905.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=69;NR=63;PP=2538;SC=TGCGGGGCACTATGGACCCAG;SOR=0.747;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=132;TCF=69;TCR=63;TR=132;WE=9406357;WS=9406339;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,226:1.00:226
chr11	9438451	rs143321883	C	T	234.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=0.539;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=5;PP=141;ReadPosRankSum=0.160;SC=TCACTGTTTACCATTATAGAT;SOR=0.859;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=23;TCF=15;TCR=8;TR=13;WE=9438459;WS=9438441;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,13:0.48:27
chr11	9442388	rs12418581	C	A	133.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=5;PP=104;SC=GTCTCAGGATCTCTTTATGTT;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=5;WE=9442396;WS=9442378;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr11	9446915	rs144883903	A	G	320.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-0.024;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=6;PP=109;ReadPosRankSum=0.368;SC=CACTTTCGGGATGCTGAGGCA;SOR=0.512;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=25;TCF=10;TCR=15;TR=10;WE=9446923;WS=9446905;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,15:0.47:32
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chr11	9494461	rs35668857	C	CT	404.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.088;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FS=2.377;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.10;MQRankSum=0.885;QD=6.98;ReadPosRankSum=0.717;SOR=1.123;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,32:0.55:58
chr11	9495961	rs2278900	A	T	3135.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=81;NR=13;PP=2399;SC=TACTGAACTTACTTAAATGTT;SOR=3.398;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=94;TCF=81;TCR=13;TR=94;WE=9495969;WS=9495951;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr11	9519420	rs10840249	T	C	608.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=41;PP=1296;SC=CTCTGTCGCCTAGGCTGGAGT;SOR=1.179;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=51;TCF=10;TCR=41;TR=51;WE=9519428;WS=9519410;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr11	9522567	rs2290425	T	C	1453.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=35;NR=9;PP=1024;SC=CTAGGCAGGATTGAAGGATAA;SOR=2.494;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=44;TCF=35;TCR=9;TR=44;WE=9522575;WS=9522557;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr11	9537904	rs10743108	G	C	3683.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=32;NR=52;PP=1794;SC=TACAGAAGGGGAACAGGTAAT;SOR=1.033;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=84;TCF=32;TCR=52;TR=84;WE=9537912;WS=9537894;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,134:1.00:134
chr11	9595732	rs11042428	C	G	1032.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=30.38;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr11	9603236	rs4370932	C	T	3177.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=35;NR=34;PP=1216;SC=GTAAGTATTGCAGATCTTCTG;SOR=0.709;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=69;TCF=35;TCR=34;TR=69;WE=9603244;WS=9603226;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr11	9715628	rs360049	C	T	357.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.487;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.821;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=1;PP=281;ReadPosRankSum=0.669;SC=GCATGTTGTACTCATGGTGAA;SOR=1.981;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=27;TCF=24;TCR=3;TR=15;WE=9715636;WS=9715620;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,15:0.52:29
chr11	9715646	rs3763865	T	C	433.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.855;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.212;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=2;PP=355;ReadPosRankSum=0.998;SC=GAAGGTGTCATGTGCTGGTTA;SOR=1.845;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=32;TCF=28;TCR=4;TR=20;WE=9715654;WS=9715636;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,19:0.54:35
chr11	9734945	rs1390679	A	G	315.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=4;PP=211;ReadPosRankSum=-0.547;SC=TTGTCTTTCTATTTTACTTGC;SOR=0.418;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=26;TCF=20;TCR=6;TR=15;WE=9734953;WS=9734935;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,15:0.58:26
chr11	9746137	rs419412	A	G	365.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.743;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.947;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=3;PP=251;ReadPosRankSum=-1.149;SC=AGTGTTTATAACATAAATACA;SOR=0.036;SbPval=0.18;Source=Platypus;TC=31;TCF=28;TCR=3;TR=15;WE=9746145;WS=9746127;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,15:0.48:31
chr11	9746201	rs1695613	G	A	1071.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-1.224;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.905;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=8;PP=704;ReadPosRankSum=0.105;SC=CATTCTTTATGTAGATTGAAT;SOR=0.957;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=86;TCF=69;TCR=17;TR=42;WE=9746209;WS=9746191;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,48:0.47:103
chr11	9746552	rs1960386	A	G	318.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.527;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.998;HP=13;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=9;PP=189;ReadPosRankSum=-1.991;SC=TCGTTTTTTTATTTTTTGTTT;SOR=0.247;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=29;TCF=4;TCR=25;TR=11;WE=9746560;WS=9746542;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,14:0.44:32
chr11	9748483	rs2453831	T	C	1720.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.667;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.577;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=22;PP=677;ReadPosRankSum=-0.379;SC=CTTCAGAATATTGAGAGGTCA;SOR=0.643;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=94;TCF=46;TCR=48;TR=44;WE=9748491;WS=9748473;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,84:0.52:160
chr11	9748620	rs2453832	G	T	908.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.293;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=3.133;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=22.72;ReadPosRankSum=-0.420;SOR=0.321;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,25:0.62:40
chr11	9748624	rs2454612	C	T	930.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.693;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.16;ReadPosRankSum=-0.676;SOR=0.551;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,23:0.62:37
chr11	9749552	rs67364105	CT	C	271.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-2.998;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.708;HP=3;HapScore=3;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=4;PP=196;ReadPosRankSum=-0.920;SC=GATGTCAGCTCTTACAAATAA;SOR=0.273;SbPval=0.06;Source=Platypus;TC=19;TCF=10;TCR=9;TR=4;WE=9749562;WS=9749542;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,9:0.31:29
chr11	9749554	rs56116109	T	G	280.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-2.891;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=1.670;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.77;ReadPosRankSum=-0.273;SOR=0.277;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,9:0.28:32
chr11	9749645	rs397686	A	C	739.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.848;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.831;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=7;PP=417;ReadPosRankSum=-1.240;SC=CTGGACTGAAAGATGGTTTGT;SOR=0.840;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=68;TCF=50;TCR=18;TR=30;WE=9749653;WS=9749635;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,38:0.40:95
chr11	9751089	rs12360647	G	A	655.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.644;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=14;PP=415;ReadPosRankSum=1.457;SC=TCTGTTGCCCGGGCTGTAGTG;SOR=0.976;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=19;TCF=4;TCR=15;TR=18;WE=9751097;WS=9751079;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,23:0.96:24
chr11	9754221	rs360157	C	T	1248.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=11;NR=29;PP=813;SC=AGGCCGCCAACGAAAGCAAGC;SOR=1.714;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=11;TCR=29;TR=40;WE=9754229;WS=9754211;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr11	9759608	rs93139	T	C	747.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=22;NR=1;PP=561;SC=TAGACTGGAATTCTAATGGAG;SOR=5.058;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=23;TCF=22;TCR=1;TR=23;WE=9759616;WS=9759598;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr11	9759713	rs93138	T	G	4490.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=58;NR=34;PP=1779;SC=TTAATGTACTTCTACTCTAAC;SOR=0.996;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=95;TCF=59;TCR=36;TR=92;WE=9759721;WS=9759703;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,171:1.00:171
chr11	9759918	rs173396	G	A	936.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=7;NR=21;PP=617;SC=AGCCTGGGTCGGTGGGAACAG;SOR=2.165;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=28;TCF=7;TCR=21;TR=28;WE=9759926;WS=9759908;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr11	9769562	rs415895	C	G	4531.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=56;NR=65;PP=2436;SC=GCAGCTGGAGCAGCTTGAGTT;SOR=0.793;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=121;TCF=56;TCR=65;TR=121;WE=9769570;WS=9769552;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,166:1.00:166
chr11	9771687	rs6483656	G	C	637.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=8;NR=11;PP=323;SC=GAGTTCAAGAGCAGCCTGGCC;SOR=0.941;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=19;TCF=8;TCR=11;TR=19;WE=9771695;WS=9771677;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr11	9802228	rs360124	G	C	1901.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=45;PP=1395;SC=CTTTACTTTTGTGGTCTCTAG;SOR=3.334;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=51;TCF=6;TCR=45;TR=51;WE=9802236;WS=9802218;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr11	9802952	rs3763862	A	C	603.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=16;NR=1;PP=421;SC=TCTGTCATCCATCTGTAGTCA;SOR=3.716;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=17;TCF=16;TCR=1;TR=17;WE=9802960;WS=9802942;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
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chr11	9811039	rs11042496	C	A	1304.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.877;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=38;PP=862;ReadPosRankSum=2.062;SC=AAAAATCATACATCAAGATAA;SOR=0.667;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=110;TCF=33;TCR=77;TR=54;WE=9811047;WS=9811029;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,59:0.51:116
chr11	9812236	rs2645029	G	A	2100.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=22;NR=40;PP=1301;SC=AGTTCCTGTAGATTAAAAAAA;SOR=1.223;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=62;TCF=22;TCR=40;TR=62;WE=9812244;WS=9812226;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr11	9830595	rs11042500	G	A	2427.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.267;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=291;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.55;ReadPosRankSum=0.942;SOR=0.680;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:155,129:0.45:284
chr11	9830732	rs10770066	A	T	372.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=1.537;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=12;PP=212;ReadPosRankSum=-1.498;SC=GACACTTTTGACTGGATGCAA;SOR=0.512;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=37;TCF=6;TCR=31;TR=14;WE=9830740;WS=9830722;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,18:0.41:44
chr11	9861009	rs7483882	G	A	1565.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.975;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=14;PP=921;ReadPosRankSum=0.348;SC=AAGAAAGGAAGGAAGACCTCT;SOR=0.724;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=117;TCF=89;TCR=28;TR=56;WE=9861026;WS=9860999;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,73:0.47:154
chr11	9875353	rs375686	G	T	2033.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=10;NR=54;PP=1516;SC=AGAAACATGAGCAAAGTGATG;SOR=2.833;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=64;TCF=10;TCR=54;TR=64;WE=9875361;WS=9875343;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr11	9878332	rs11322743	AT	A	307.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.375;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FS=3.215;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.22;ReadPosRankSum=-0.971;SOR=0.291;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,32:0.54:59
chr11	9983737	rs2403226	C	T	1365.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=1.520;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.876;NF=11;NR=36;PP=775;ReadPosRankSum=0.460;SC=AAAATTCAAACGCATCCTATA;SOR=0.736;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=81;TCF=17;TCR=64;TR=47;WE=9983745;WS=9983727;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,60:0.58:104
chr11	9983810	rs35824679	A	AC	371.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.650;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=11;PP=413;ReadPosRankSum=0.988;SC=TATTATTAAGACAATTATAAA;SOR=0.874;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=25;TCF=1;TCR=24;TR=12;WE=9983818;WS=9983800;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,13:0.54:24
chr11	10050157	rs10840344	T	A	4490.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=3.576;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=535;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.756;HP=6;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=97;PP=2516;ReadPosRankSum=-0.364;SC=AGCCATTTTTTAAAAAATAAA;SOR=0.820;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=338;TCF=124;TCR=214;TR=149;WE=10050165;WS=10050147;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:306,227:0.43:533
chr11	10215598	rs4910097	C	T	1081.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-2.234;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=27;PP=584;ReadPosRankSum=-1.615;SC=ACTCATTCTACTCTTACTTAT;SOR=0.620;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=69;TCF=15;TCR=54;TR=34;WE=10215606;WS=10215588;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,50:0.52:96
chr11	10472492	rs35417007	GC	G	5011.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=23;NR=45;PP=2704;SC=TGGCCTCAGTGCCCAGCAGCC;SOR=0.922;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=70;TCF=25;TCR=45;TR=68;WE=10472500;WS=10472482;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,143:1.00:143
chr11	10508903	rs117706710	G	T	1471.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.829;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.268;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=29;PP=672;ReadPosRankSum=0.084;SC=CTTCTATAACGTGAGAAAGGT;SOR=0.593;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=95;TCF=30;TCR=65;TR=45;WE=10508911;WS=10508893;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,73:0.46:159
chr11	10518289	rs1466426	T	C	1489.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=39;NR=8;PP=1065;SC=AGGAAGTGACTGGGGCTGGTC;SOR=2.970;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=39;TCR=8;TR=47;WE=10518297;WS=10518279;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr11	10518521	rs2071016	C	T	1705.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.294;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=37;PP=744;ReadPosRankSum=-0.659;SC=GGGCTCATAGCGGCAGAGGCA;SOR=0.703;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=133;TCF=52;TCR=81;TR=60;WE=10518529;WS=10518511;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,86:0.49:174
chr11	10518585	rs2071017	A	G	469.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=1.920;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.564;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=16;PP=278;ReadPosRankSum=0.130;SC=TCACGATGGTATCTTAGGTCC;SOR=1.140;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=50;TCF=7;TCR=43;TR=18;WE=10518593;WS=10518575;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,21:0.36:58
chr11	10521764	rs3741041	T	C	8270.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.747;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=333;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.194;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=96;NR=115;PP=2965;ReadPosRankSum=1.309;SC=ACTACATGTATGCCAACATCA;SOR=0.543;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=212;TCF=97;TCR=115;TR=211;WE=10521772;WS=10521754;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,326:0.99:329
chr11	10521850	rs3741039	G	A	3552.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=28;NR=75;PP=2065;SC=GTACATGCACGCATGCACACA;SOR=1.758;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=103;TCF=28;TCR=75;TR=103;WE=10521858;WS=10521840;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr11	10522983	rs1870951	G	T	2495.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=62;NR=14;PP=1679;SC=AACTGGGGGGGGCCTTCCTGA;SOR=2.652;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=76;TCF=62;TCR=14;TR=76;WE=10522991;WS=10522973;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr11	10526060	rs7943804	C	T	10627.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=399;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=165;NR=111;PP=2965;SC=ATGGATATCCCCCCTTCTAAT;SOR=1.003;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=280;TCF=165;TCR=115;TR=276;WE=10526068;WS=10526050;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,396:1.00:396
chr11	10553355	rs4910153	C	T	1768.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=34;NR=13;PP=994;SC=ATGAGGCCATCGAAAGTTAAG;SOR=1.573;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=34;TCR=13;TR=47;WE=10553363;WS=10553345;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr11	10553672	rs4910154	C	T	1378.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.09;SOR=2.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr11	10553675	rs4910155	C	T	1378.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.96;SOR=2.985;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr11	10555589	rs1065052	A	G	11140.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-2.152;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=434;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=119;NR=132;PP=2965;ReadPosRankSum=0.991;SC=CTACTCTCCCAAGAAATTCTT;SOR=0.255;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=252;TCF=119;TCR=133;TR=251;WE=10555597;WS=10555579;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,430:1.00:431
chr11	10581623	rs746164	C	G	723.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=16;PP=483;SC=ATTGGCCTTGCTTCTCACACT;SOR=1.981;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=4;TCR=16;TR=20;WE=10581631;WS=10581613;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr11	10603648	rs2288236	A	G	2082.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=1.932;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=5.268;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=45;PP=1325;ReadPosRankSum=-0.445;SC=AGGCTTTTTCAGTAACTTTCA;SOR=1.801;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=61;TCF=16;TCR=45;TR=60;WE=10603656;WS=10603638;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,73:0.99:74
chr11	10614911	rs3741033	C	G	512.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=2;PP=268;SC=CACTCAGATTCTATTCTGGAA;SOR=2.712;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=10;TCR=2;TR=12;WE=10614919;WS=10614901;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr11	10615473	rs7126245	C	T	412.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=13;NR=1;PP=328;SC=CTTATGATCACTTCATGTTCA;SOR=3.912;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=14;TCF=13;TCR=1;TR=14;WE=10615481;WS=10615467;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr11	10631247	rs3741042	C	T	4633.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=89;NR=45;PP=2610;SC=CGGTACAGGGCCTTCTGTAAC;SOR=1.398;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=135;TCF=90;TCR=45;TR=134;WE=10631255;WS=10631237;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,171:1.00:171
chr11	10645289	rs61892975	A	G	2628.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=69;NR=27;PP=1750;SC=ACAAATCAGCACTCGCTGAGA;SOR=1.802;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=96;TCF=69;TCR=27;TR=96;WE=10645297;WS=10645279;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr11	10645569	rs2303402	A	G	1856.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=11;NR=44;PP=1329;SC=AAGCACCAGGAAATAGTTCCT;SOR=2.584;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=55;TCF=11;TCR=44;TR=55;WE=10645577;WS=10645559;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr11	10647702	rs2241489	G	A	6638.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=244;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=67;NR=107;PP=2965;SC=TGTCCCAGGAGAGCCCTCGCA;SOR=0.982;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=174;TCF=67;TCR=107;TR=174;WE=10647710;WS=10647692;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,241:1.00:241
chr11	10649161	rs1425152	C	A	9296.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-1.034;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=348;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=143;NR=84;PP=2965;ReadPosRankSum=1.695;SC=CATACGTGTGCATGCACACAC;SOR=0.385;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=230;TCF=146;TCR=84;TR=227;WE=10649169;WS=10649151;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,344:1.00:345
chr11	10650329	rs2278125	C	T	5564.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.946;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=69;NR=53;PP=2384;ReadPosRankSum=-0.836;SC=GTGAGTTGCTCCGAGAGGATG;SOR=0.862;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=124;TCF=70;TCR=54;TR=122;WE=10650337;WS=10650319;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,215:0.98:219
chr11	10653729	rs3741032	C	G	1029.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.792;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.69;MQRankSum=0.394;QD=33.22;ReadPosRankSum=-1.624;SOR=0.968;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,30:0.97:31
chr11	10653737	rs35138815	CT	C	858.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.291;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.77;MQRankSum=0.514;QD=31.80;ReadPosRankSum=-1.580;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,26:0.96:27
chr11	10655609	rs2162044	C	T	4293.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=46;NR=63;PP=2195;SC=ACTCCTGCGGCAGGAGGACCC;SOR=0.968;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=109;TCF=46;TCR=63;TR=109;WE=10655631;WS=10655599;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,162:1.00:162
chr11	10655623	rs11042902	C	T	1487.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.588;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.313;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=33;PP=821;ReadPosRankSum=-1.017;SC=AGGACCCTGCCGGTTTAGAAC;SOR=0.839;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=99;TCF=39;TCR=60;TR=54;WE=10655631;WS=10655599;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,71:0.48:148
chr11	10673739	rs4909945	T	C	4350.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.377;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=410;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.516;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=70;NR=69;PP=1766;ReadPosRankSum=2.325;SC=GCTGGGGAGATGCCAAAAGGA;SOR=0.663;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=245;TCF=123;TCR=122;TR=139;WE=10673747;WS=10673721;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:195,214:0.52:409
chr11	10709194	rs1035694	C	T	328.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-2.504;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.306;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=7;PP=174;ReadPosRankSum=0.777;SC=CTTCACCAGACACAGATGCCC;SOR=0.132;SbPval=0.21;Source=Platypus;TC=28;TCF=20;TCR=8;TR=17;WE=10709202;WS=10709184;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,17:0.59:29
chr11	10715124	rs10770136	T	C	1114.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.109;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.649;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=19;PP=437;ReadPosRankSum=-1.129;SC=GGCCAGCCTCTCTTCACTCTG;SOR=0.953;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=57;TCF=24;TCR=33;TR=30;WE=10715132;WS=10715114;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,54:0.55:99
chr11	10773049	rs2279697	G	A	2228.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=1.761;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.545;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=33;PP=966;ReadPosRankSum=-0.305;SC=GAACTTGTACGATCGCCCCCA;SOR=0.755;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=103;TCF=44;TCR=59;TR=58;WE=10773057;WS=10773039;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,105:0.57:185
chr11	10778510	rs6484483	T	G	117.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-1.102;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.392;HP=9;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=6;PP=140;ReadPosRankSum=0.281;SC=CAGAATCAAGTTTTTTTTTTG;SOR=0.175;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=17;TCF=4;TCR=13;TR=9;WE=10778518;WS=10778500;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,9:0.53:17
chr11	10786023	rs3830388	A	AAGTTG	1751.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=0.416;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.380;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=19;PP=1286;ReadPosRankSum=1.453;SC=ATACTGAATCAAGTTGCATGC;SOR=1.312;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=84;TCF=28;TCR=56;TR=24;WE=10786031;WS=10786013;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,43:0.41:104
chr11	10786142	rs3736326	C	T	2584.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.145;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=299;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.424;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=35;PP=904;ReadPosRankSum=-0.022;SC=AAGCGGAACACGATGAGCATT;SOR=0.723;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=155;TCF=78;TCR=77;TR=75;WE=10786150;WS=10786132;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:158,134:0.46:292
chr11	10791983	rs2132517	G	A	2184.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.694;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.506;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=40;PP=1312;ReadPosRankSum=-1.032;SC=TGCTGTCTAAGATCCTTTTCA;SOR=0.627;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=164;TCF=79;TCR=85;TR=79;WE=10791991;WS=10791973;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:110,100:0.48:210
chr11	10795431	rs11386264	C	CA	546.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.160;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FS=1.019;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.28;MQRankSum=0.820;QD=7.01;ReadPosRankSum=0.711;SOR=0.997;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,45:0.58:78
chr11	10797276	rs72259410	CTTTCTT	C	461.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=2.564;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.073;HP=7;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.925;NF=0;NR=7;PP=272;ReadPosRankSum=-1.943;SC=ATATACTTTTCTTTCTTTTTC;SOR=3.352;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=0;TCR=18;TR=7;WE=10797289;WS=10797266;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,13:0.59:22
chr11	10820663	.	TAA	T,TAAA	2973.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.344;ClippingRankSum=0.000;DP=327;ExcessHet=3.0103;FS=0.723;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.44;ReadPosRankSum=0.362;SOR=0.608;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:71,134,55:0.52,0.21:260
chr11	10821055	rs3736327	C	T	1347.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.414;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.598;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=22;PP=573;ReadPosRankSum=-1.460;SC=GCTTCTTTTCCAGTACATGAA;SOR=0.598;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=99;TCF=45;TCR=54;TR=40;WE=10821063;WS=10821045;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,68:0.44:155
chr11	10822202	rs4910190	G	A	1385.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.129;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.878;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=27;PP=837;ReadPosRankSum=-0.065;SC=TTCCTGTGAAGAACACAAGTA;SOR=0.720;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=139;TCF=67;TCR=72;TR=56;WE=10822210;WS=10822192;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:114,69:0.38:183
chr11	10822350	rs7951708	C	T	10396.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=403;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=105;NR=98;PP=2965;SC=CCTGGATAAGCGGTGGATTAG;SOR=0.723;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=204;TCF=105;TCR=99;TR=203;WE=10822358;WS=10822340;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,400:1.00:400
chr11	10823079	rs10840492	T	C	1422.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.003;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.839;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=13;PP=822;ReadPosRankSum=-2.044;SC=AAAAGAAGTATAGAAAAGAGA;SOR=0.382;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=96;TCF=72;TCR=24;TR=48;WE=10823087;WS=10823069;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,64:0.53:120
chr11	10823576	.	C	CACACTCCTAAAATAGTTTCATGTTTTAATAGCAAATGAAATCACATATATTGCAGAATTTAACATTTGTTGCCTAA,CACACTCCTAAAATAGTTTCATGTTTTAATAGCAAATGAAATCACATATATTGCATAATTTAACATTTGTTGCCTAA	4669.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;QD=2334.87;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:0,1,1:0.50,0.50:2
chr11	10823815	rs7105210	C	T	7584.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=297;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=95;NR=98;PP=2965;SC=TTCAGCTTAACGCAACCATTG;SOR=0.721;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=193;TCF=95;TCR=98;TR=193;WE=10823823;WS=10823805;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,288:1.00:288
chr11	10824540	rs10743150	G	A	872.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=20;NR=5;PP=606;SC=TACACACACAGAGTCTATGTG;SOR=2.093;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=20;TCR=5;TR=25;WE=10824548;WS=10824530;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr11	10824731	rs2270620	C	T	2754.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.070;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=328;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.856;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=47;PP=1383;ReadPosRankSum=0.175;SC=CTCAGCTTACCAACAAATTTA;SOR=0.583;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=196;TCF=110;TCR=86;TR=102;WE=10824739;WS=10824721;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:177,143:0.45:320
chr11	10826341	rs2242360	A	G	586.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-2.015;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.085;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=2;PP=416;ReadPosRankSum=0.971;SC=TCAAAAATACATACCTATCTA;SOR=1.445;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=59;TCF=52;TCR=7;TR=27;WE=10826349;WS=10826331;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,29:0.45:65
chr11	10827418	rs11042964	T	C	3018.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.338;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=326;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.226;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=40;PP=1546;ReadPosRankSum=-1.628;SC=TAATCCACACTTCCCATCTTT;SOR=0.473;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=226;TCF=143;TCR=83;TR=101;WE=10827426;WS=10827408;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:167,148:0.47:315
chr11	10828361	rs10743151	C	A	2194.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.989;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=260;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.459;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.894;NF=31;NR=31;PP=813;ReadPosRankSum=1.232;SC=TACATGTTTACCACACCTGTT;SOR=0.644;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=144;TCF=70;TCR=74;TR=62;WE=10828369;WS=10828351;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:140,114:0.45:254
chr11	10828490	rs11373962	T	TA	2656.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=40;PP=1811;SC=TCAAAAAGAATAAGCATCTAT;SOR=1.320;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=49;TCF=3;TCR=46;TR=43;WE=10828498;WS=10828480;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr11	10830106	rs7127279	A	G	3717.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=38;NR=64;PP=1866;SC=CTTTCCAGGTATCTGAAGCGC;SOR=1.016;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=103;TCF=38;TCR=65;TR=102;WE=10830114;WS=10830096;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,140:1.00:140
chr11	11348669	rs17435705	G	A	2274.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.870;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=234;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.589;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=27;PP=1208;ReadPosRankSum=0.411;SC=ACATGATGGGGACATTCTCTG;SOR=0.802;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=149;TCF=87;TCR=62;TR=68;WE=11348677;WS=11348659;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:125,107:0.46:232
chr11	11348828	rs745181	A	G	1190.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=2.683;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.900;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=37;PP=816;ReadPosRankSum=0.164;SC=GACAGATTTCATGTCCATAAT;SOR=1.225;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=94;TCF=28;TCR=66;TR=50;WE=11348836;WS=11348818;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,56:0.46:123
chr11	11354346	rs901553	T	C	4154.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=48;NR=65;PP=1778;SC=GAGCCTTCCTTGCAGTGATGT;SOR=0.985;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=114;TCF=48;TCR=66;TR=113;WE=11354354;WS=11354336;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,161:1.00:161
chr11	11354393	rs901554	A	G	2233.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=38;PP=1113;ReadPosRankSum=2.693;SC=ACAGGGACGCAGAAGCAGAGA;SOR=1.090;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=64;TCF=24;TCR=40;TR=61;WE=11354401;WS=11354383;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,87:0.98:89
chr11	11373508	rs7948121	T	C	4468.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=115;NR=17;PP=2965;SC=TGAGCGCCAGTGGCAGCTGGA;SOR=3.258;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=132;TCF=115;TCR=17;TR=132;WE=11373516;WS=11373498;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,142:1.00:142
chr11	11373587	rs7945066	A	G	14126.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=531;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=195;NR=147;PP=2965;SC=GGGGTGAAGGAGTTGGCACTG;SOR=0.900;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=343;TCF=195;TCR=148;TR=342;WE=11373595;WS=11373577;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,528:1.00:528
chr11	11373635	rs1056963	C	T	19105.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=728;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=196;NR=199;PP=2965;SC=TGCTGACGGGCGTACTGCCCC;SOR=0.699;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=396;TCF=196;TCR=200;TR=395;WE=11373649;WS=11373625;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,724:1.00:724
chr11	11373808	rs1056951	T	G	8939.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=333;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=111;NR=117;PP=2965;SC=TGATTTTCACTGTGGACAAAG;SOR=0.743;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=228;TCF=111;TCR=117;TR=228;WE=11373816;WS=11373798;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,328:1.00:328
chr11	11373925	rs4243927	A	C	18204.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.241;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=694;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=-0.110;NF=231;NR=173;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.762;SC=GTCCCCAGAAACTTGGCTATC;SOR=0.553;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=404;TCF=231;TCR=173;TR=404;WE=11373933;WS=11373915;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,684:1.00:685
chr11	11373960	rs2071461	C	T	19124.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.411;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=750;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=-0.158;NF=237;NR=223;PP=2965;ReadPosRankSum=1.238;SC=ATAATTGTCACGTCCATGGAA;SOR=0.315;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=462;TCF=238;TCR=224;TR=460;WE=11373968;WS=11373950;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,739:1.00:740
chr11	11374016	rs2896586	T	A	14646.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=551;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=192;NR=212;PP=2965;SC=TACAACCCAATCTCCACATAT;SOR=0.761;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=404;TCF=192;TCR=212;TR=404;WE=11374024;WS=11374006;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,546:1.00:546
chr11	11374269	rs2071460	A	G	4800.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.721;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=541;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=71;NR=82;PP=2339;ReadPosRankSum=-1.443;SC=GTAAAATCGAATATCATAGTC;SOR=0.738;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=349;TCF=166;TCR=183;TR=153;WE=11374291;WS=11374259;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:291,237:0.45:528
chr11	11374283	rs2896585	T	G	14914.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=553;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=164;NR=197;PP=2965;SC=CATAGTCTGTTAACGTCTGGT;SOR=0.830;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=362;TCF=164;TCR=198;TR=361;WE=11374291;WS=11374259;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,543:1.00:543
chr11	11398698	rs10444245	G	A	169.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=2.060;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=1;PP=151;ReadPosRankSum=-0.533;SC=AGGTCAAAGCGGAGAGACCCA;SOR=1.402;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=12;TCF=10;TCR=2;TR=7;WE=11398706;WS=11398688;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,7:0.64:11
chr11	11905993	rs10765894	C	T	3477.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=66;NR=38;PP=2049;SC=TAATCTGAAACATTATGTTTT;SOR=1.241;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=105;TCF=67;TCR=38;TR=104;WE=11906001;WS=11905983;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,129:1.00:129
chr11	11913585	rs11022079	G	T	6306.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=248;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=58;NR=77;PP=2513;SC=GAAGGTTCTGGGGGTTCTACC;SOR=0.859;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=135;TCF=58;TCR=77;TR=135;WE=11913593;WS=11913575;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,245:1.00:245
chr11	11927167	rs139178483	TGTAAG	T	3738.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-1.694;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.573;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.916;NF=5;NR=39;PP=2028;ReadPosRankSum=-1.729;SC=TATAATCTCTTGTAAGGTAAG;SOR=0.532;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=99;TCF=11;TCR=88;TR=44;WE=11927179;WS=11927157;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,98:0.53:186
chr11	11944265	rs72857625	A	G	1936.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.849;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=27;PP=966;ReadPosRankSum=0.093;SC=ATTATGTCTTATTAAGAAATC;SOR=0.720;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=156;TCF=94;TCR=62;TR=69;WE=11944273;WS=11944255;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:111,96:0.46:207
chr11	11944505	rs11822494	A	G	355.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=1.450;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.591;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=12;PP=239;ReadPosRankSum=-1.192;SC=ATATAATTCTATAGCTGTTGT;SOR=1.179;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=31;TCF=6;TCR=25;TR=14;WE=11944513;WS=11944495;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,16:0.47:34
chr11	11954786	rs10741562	G	A	1891.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=12;NR=33;PP=876;SC=TCATTGAACAGTGTAACCAAC;SOR=1.451;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=45;TCF=12;TCR=33;TR=45;WE=11954794;WS=11954776;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr11	11969414	rs72857637	G	A	677.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-3.337;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.983;NF=24;NR=4;PP=455;ReadPosRankSum=1.259;SC=GTAATAAAAAGTATATGATCT;SOR=0.527;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=56;TCF=48;TCR=8;TR=28;WE=11969422;WS=11969404;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,29:0.51:57
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chr11	11976628	rs7933089	G	A	2259.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.457;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=36;PP=1069;ReadPosRankSum=-0.488;SC=ATATTCATCAGGATTTAGACT;SOR=0.669;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=133;TCF=65;TCR=68;TR=70;WE=11976636;WS=11976618;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:97,108:0.53:205
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chr11	11977573	rs2307073	T	C	1438.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.362;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=16;PP=738;ReadPosRankSum=-1.342;SC=ATTAATGGAATTGACAGATGA;SOR=0.676;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=115;TCF=79;TCR=36;TR=50;WE=11977581;WS=11977563;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,71:0.45:157
chr11	11986061	rs3206824	T	C	8895.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=342;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=130;NR=111;PP=2965;SC=GCAGGCTCCCTCAGCGCCATC;SOR=0.840;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=242;TCF=130;TCR=112;TR=241;WE=11986069;WS=11986051;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,333:1.00:333
chr11	11989899	rs2291599	T	C	5360.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=89;NR=47;PP=2512;SC=CCCAGGTGCCTGAGACCCTGG;SOR=1.244;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=138;TCF=90;TCR=48;TR=136;WE=11989907;WS=11989889;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,196:1.00:196
chr11	12020115	rs3750939	C	T	817.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=0.023;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=0;PP=668;ReadPosRankSum=0.869;SC=TGAGGAATCTCGGTAGAAATG;SOR=0.818;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=44;TCF=43;TCR=1;TR=25;WE=12020123;WS=12020105;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,32:0.60:53
chr11	12023773	rs67506856	C	A	1761.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=2.025;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=272;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.584;HP=11;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=20;PP=1159;ReadPosRankSum=1.192;SC=TATGAAAAAACAAAAACAAAA;SOR=0.979;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=189;TCF=130;TCR=59;TR=84;WE=12023781;WS=12023756;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:142,98:0.41:240
chr11	12024048	rs3834918	GA	G	555.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=1.723;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.906;HP=11;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.124;NF=0;NR=36;PP=443;ReadPosRankSum=1.624;SC=GAGTCTATTAGAAAAAAAAAA;SOR=2.099;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=84;TCF=1;TCR=83;TR=36;WE=12024056;WS=12024038;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,38:0.45:84
chr11	12115630	rs7104830	C	T	574.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.115;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5003;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=5;PP=274;ReadPosRankSum=-0.934;SC=AATGCTCAAACGGGGATGTGC;SOR=0.784;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=23;TCF=17;TCR=6;TR=18;WE=12115638;WS=12115620;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,27:0.77:35
chr11	12183846	rs28625145	C	T	4177.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.837;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=422;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=58;PP=1745;ReadPosRankSum=-0.901;SC=ACCACAGAAACTTTTATTCCA;SOR=0.667;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=268;TCF=140;TCR=128;TR=121;WE=12183854;WS=12183836;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:212,207:0.49:419
chr11	12225946	rs3763823	T	G	11614.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=0.540;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=455;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=110;NR=134;PP=2965;ReadPosRankSum=1.284;SC=ATGACCTTCGTGGCCTGGGAG;SOR=0.795;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=244;TCF=110;TCR=134;TR=244;WE=12225954;WS=12225931;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,450:1.00:452
chr11	12229655	rs2279390	T	G	2072.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.117;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.513;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=38;PP=968;ReadPosRankSum=-0.091;SC=TCGTGAAGGTTCTAGAGCCTC;SOR=0.877;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=124;TCF=47;TCR=77;TR=57;WE=12229663;WS=12229645;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:91,98:0.52:189
chr11	12231277	rs12787479	A	G	150.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.373;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.392;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=5;PP=63;ReadPosRankSum=-0.081;SC=AGGGCAGACCATCCTGTCCCT;SOR=0.238;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=15;TCF=2;TCR=13;TR=6;WE=12231285;WS=12231267;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,8:0.47:17
chr11	12241626	rs7101833	A	G	511.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=2.861;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=3;PP=340;ReadPosRankSum=1.023;SC=CCTGGTTTTTATATGTCTTTT;SOR=0.534;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=45;TCF=37;TCR=8;TR=18;WE=12241634;WS=12241616;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,22:0.42:52
chr11	12244468	rs10831769	G	A	183.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.310;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=6;PP=119;ReadPosRankSum=-0.658;SC=TTTCTAGCCCGCAGGACAGAA;SOR=2.765;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=2;TCR=12;TR=6;WE=12244476;WS=12244458;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,8:0.50:16
chr11	12248515	rs2706643	T	G	2762.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=1.864;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.494;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=28;PP=1230;ReadPosRankSum=1.123;SC=CTCCTTGTTATAGCCATACTT;SOR=0.654;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=128;TCF=80;TCR=48;TR=73;WE=12248523;WS=12248505;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:98,126:0.56:224
chr11	12248766	rs2706644	A	C	508.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-1.629;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.822;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=18;PP=250;ReadPosRankSum=-1.018;SC=CAGCCTGTTGAGGCTAGTAAG;SOR=1.270;SbPval=0.94;Source=Platypus;TC=49;TCF=7;TCR=42;TR=19;WE=12248774;WS=12248756;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,27:0.44:61
chr11	12261007	rs61733868	T	C	1177.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.440;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=10;PP=496;ReadPosRankSum=-1.377;SC=CAGCCGTAGCTTGGGCTCCAA;SOR=0.638;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=74;TCF=46;TCR=28;TR=30;WE=12261015;WS=12260997;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,55:0.51:107
chr11	12262410	rs2279613	G	A	1031.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-2.127;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.669;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=6;PP=807;ReadPosRankSum=-0.327;SC=AGGGAGCCAGGGCTCAAGTTT;SOR=1.254;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=70;TCF=58;TCR=12;TR=41;WE=12262418;WS=12262400;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,41:0.56:73
chr11	12262476	rs2641936	C	A	7061.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=271;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=118;NR=69;PP=2965;SC=GCACTTGCAACCTTCGTCTCC;SOR=1.127;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=189;TCF=118;TCR=71;TR=187;WE=12262484;WS=12262466;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,262:1.00:262
chr11	12263665	rs2403615	A	G	470.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=1.524;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.887;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=4;PP=343;ReadPosRankSum=0.205;SC=CACCTGGTGCACCCTTTGTCT;SOR=2.089;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=34;TCF=26;TCR=8;TR=22;WE=12263673;WS=12263655;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,22:0.59:37
chr11	12264140	rs880963	A	C	1198.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.141;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=15;PP=638;ReadPosRankSum=0.597;SC=TGCCTCCCTCACCCACTTCTT;SOR=0.675;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=89;TCF=59;TCR=30;TR=42;WE=12264148;WS=12264130;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,61:0.44:138
chr11	12313887	rs1874043	C	G	3966.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=19;NR=91;PP=2682;SC=AGGAAGCTAACCTACCTGTAC;SOR=2.524;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=111;TCF=20;TCR=91;TR=110;WE=12313895;WS=12313877;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,134:1.00:134
chr11	12315186	rs10741578	G	A	7160.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.747;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=713;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.516;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=115;NR=100;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.309;SC=GAGGCGAGCCGTAGCCCAAGG;SOR=0.664;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=439;TCF=237;TCR=202;TR=215;WE=12315194;WS=12315176;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:350,357:0.50:707
chr11	12315407	rs10741579	G	C	8237.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=302;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=87;NR=118;PP=2965;SC=GCTGGACAGGGCAAGAGCTAT;SOR=0.930;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=206;TCF=87;TCR=119;TR=205;WE=12315415;WS=12315397;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,298:1.00:298
chr11	12315716	rs1493951	C	T	7625.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=282;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=113;NR=87;PP=2965;SC=AGAGAGGGGCCCAGGAGAAGA;SOR=0.890;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=202;TCF=113;TCR=89;TR=200;WE=12315724;WS=12315706;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,275:1.00:275
chr11	12315848	rs1493952	C	T	4071.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.063;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=412;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=72;NR=66;PP=2177;ReadPosRankSum=1.203;SC=ACTCTGAAGGCGGGAAGAAGG;SOR=0.711;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=301;TCF=159;TCR=142;TR=138;WE=12315856;WS=12315838;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:211,194:0.48:405
chr11	12315891	rs1493953	G	A	12067.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.704;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=450;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=184;NR=156;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.657;SC=AACTTTGCCCGCACAGGCCTG;SOR=0.307;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=341;TCF=185;TCR=156;TR=340;WE=12315899;WS=12315881;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,442:1.00:443
chr11	12315915	rs1493954	A	G	4674.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.690;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=495;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.523;HP=1;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=99;NR=81;PP=2601;ReadPosRankSum=-0.631;SC=TCGCTCATTCAGCCTTCGGAA;SOR=0.619;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=373;TCF=210;TCR=163;TR=180;WE=12315923;WS=12315905;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:257,231:0.47:488
chr11	12316344	.	G	GCTCCTC	786.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.661;ClippingRankSum=0.000;DP=121;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.73;ReadPosRankSum=-0.127;SOR=0.798;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,22:0.52:42
chr11	12316389	rs3812754	A	C	328.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=3.630;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.412;HP=1;HapScore=2;MGOF=45;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=19;PP=478;ReadPosRankSum=1.407;SC=TCCTCCTCCTACAGCGGGAGG;SOR=2.215;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=46;TCF=6;TCR=40;TR=22;WE=12316397;WS=12316379;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,15:0.33:46
chr11	12345459	rs903213	C	T	808.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=22;NR=7;PP=588;SC=AAGCCTATAACGATATTTTGT;SOR=2.468;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=22;TCR=7;TR=29;WE=12345467;WS=12345449;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr11	12371528	rs144001138	G	A	1616.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=2.872;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.593;HP=3;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=46;PP=1031;ReadPosRankSum=-0.909;SC=AAAAGCAAAGGGGCAAAGGGG;SOR=0.916;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=128;TCF=23;TCR=105;TR=54;WE=12371536;WS=12371518;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,69:0.47:148
chr11	12371577	rs17392414	T	A	778.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-4.865;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=29;PP=626;ReadPosRankSum=-0.312;SC=CGGGACTTTTTCTCCTTGTGC;SOR=0.660;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=42;TCF=1;TCR=41;TR=30;WE=12371585;WS=12371567;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,29:0.67:43
chr11	12379792	rs10741583	G	C	1579.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.857;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.621;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=23;PP=791;ReadPosRankSum=-0.558;SC=CAAGAACTCTGCCGGGGCCCA;SOR=0.607;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=108;TCF=66;TCR=42;TR=55;WE=12379800;WS=12379782;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,77:0.53:146
chr11	12474487	rs74370316	G	A	1504.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.366;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.584;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=21;PP=882;ReadPosRankSum=0.482;SC=CAGAAGGGTAGAAACCACAGG;SOR=0.766;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=118;TCF=71;TCR=47;TR=54;WE=12474495;WS=12474477;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:92,72:0.44:164
chr11	12474633	rs142579184	T	TG	1044.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-1.359;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.803;HP=7;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=26;PP=611;ReadPosRankSum=-0.045;SC=GATTCTTTGTTGGGGGGGCGC;SOR=0.823;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=68;TCF=4;TCR=64;TR=27;WE=12474641;WS=12474623;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,46:0.46:100
chr11	12495623	rs7109678	G	C	1436.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=7;NR=32;PP=980;SC=ACGAGCCCCTGAGAGAAGGTA;SOR=2.208;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=39;TCF=7;TCR=32;TR=39;WE=12495631;WS=12495613;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr11	12517935	rs11406960	G	GT	1682.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=16;NR=9;PP=1115;SC=GAATAACTGAGTAAGTGCATG;SOR=1.931;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=27;TCF=17;TCR=10;TR=25;WE=12517943;WS=12517925;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr11	12532912	rs12283539	A	C	118.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=0.115;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.612;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=4;PP=75;ReadPosRankSum=0.581;SC=CAATGGAAGGAGGCTTTTTGA;SOR=0.124;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=18;TCF=12;TCR=6;TR=8;WE=12532920;WS=12532902;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,8:0.38:21
chr11	12534707	rs2243707	G	A	6056.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.991;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=630;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.522;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=102;NR=77;PP=2814;ReadPosRankSum=0.004;SC=CAGAGTTCCCGGCACAGTCTA;SOR=0.736;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=374;TCF=213;TCR=161;TR=179;WE=12534715;WS=12534697;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:327,297:0.48:624
chr11	12534808	rs2403631	A	G	17262.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=669;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=201;NR=222;PP=2965;SC=GCCAGGGATCAGCTCTTGTGC;SOR=0.775;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=423;TCF=201;TCR=222;TR=423;WE=12534816;WS=12534798;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,656:1.00:656
chr11	12535209	rs2288293	C	T	2125.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=1.257;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=15.127;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=64;PP=1329;ReadPosRankSum=-0.507;SC=GCACCTGTGCCGAAGAAGGGA;SOR=0.189;SbPval=0.15;Source=Platypus;TC=174;TCF=29;TCR=145;TR=83;WE=12535217;WS=12535199;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:97,96:0.50:193
chr11	12535415	rs11022380	A	G	2475.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=149;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=63;NR=19;PP=1654;SC=TCCTGGGCCCAGGGCTCTTGG;SOR=2.303;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=83;TCF=63;TCR=20;TR=82;WE=12535423;WS=12535405;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr11	12535485	rs56043920	CACAGGCTCCTGCACTA	C	4433.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.001;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=237;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.700;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=33;PP=2962;ReadPosRankSum=0.060;SC=ACGGAGCAGCCACAGGCTCCT;SOR=0.961;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=114;TCF=41;TCR=73;TR=52;WE=12535508;WS=12535475;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:120,115:0.49:235
chr11	12900347	rs10543484	CAT	C	818.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=13;NR=1;PP=705;SC=TATATATACACATATATATAT;SOR=3.912;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=24;TCF=20;TCR=4;TR=14;WE=12900356;WS=12900337;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr11	12903443	rs2304733	C	T	11937.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=458;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=166;NR=113;PP=2965;SC=CTGTTCCCAGCGTCAAGCCTT;SOR=0.951;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=279;TCF=166;TCR=113;TR=279;WE=12903451;WS=12903433;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,450:1.00:450
chr11	12951623	rs2245140	A	C	2880.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=73;NR=12;PP=2068;SC=AAGATGATTCATGTTGAAAAA;SOR=3.056;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=85;TCF=73;TCR=12;TR=85;WE=12951631;WS=12951613;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr11	12951926	rs2727360	A	G	4519.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=40;NR=83;PP=2556;SC=GAGGCTTGACAGAAGTGAGGA;SOR=1.419;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=123;TCF=40;TCR=83;TR=123;WE=12951934;WS=12951916;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,167:1.00:167
chr11	12952015	rs2727361	C	T	1071.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=7;NR=26;PP=741;SC=GGTCAGTCAGCAGTTGAATTT;SOR=2.303;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=7;TCR=26;TR=33;WE=12952023;WS=12952005;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr11	13031288	rs61879069	C	T	5990.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.683;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=449;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=98;NR=89;PP=2941;ReadPosRankSum=-0.138;SC=TGGGGTCGGCCGGCGACCCGC;SOR=0.696;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=303;TCF=160;TCR=143;TR=187;WE=13031296;WS=13031278;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:168,270:0.62:438
chr11	13031846	rs12793946	G	A	4543.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.149;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=411;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.517;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=80;PP=2221;ReadPosRankSum=-1.302;SC=CAATTCGCCAGCAGGTGCAGC;SOR=0.727;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=265;TCF=118;TCR=147;TR=143;WE=13031854;WS=13031836;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:193,214:0.53:407
chr11	13032679	rs10603579	AGG	A	765.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.86;QD=42.54;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr11	13032686	rs11399899	T	TC	765.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.69;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=36;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=10;NR=0;PP=2973;SC=AACAGGGGGATTCTTTTTTCT;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=10;TCR=0;TR=10;WE=13032694;WS=13032669;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr11	13377846	.	A	G	4883.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=0.214;ClippingRankSum=0.000;DP=505;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.419;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=69;PP=1799;ReadPosRankSum=-0.235;SC=TCCCTGCCAAATAGATATGTA;SOR=0.842;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=245;TCF=115;TCR=130;TR=121;WE=13377854;WS=13377836;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:255,246:0.49:501
chr11	13379973	rs2290037	T	C	1755.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=2.532;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.105;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=18;PP=1224;ReadPosRankSum=-0.540;SC=TTTCATATTGTTGTTCAGGGA;SOR=0.998;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=126;TCF=90;TCR=36;TR=70;WE=13379981;WS=13379963;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,79:0.52:153
chr11	13398129	rs10741617	T	A	10467.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=405;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=131;NR=99;PP=2965;SC=CCAAGTTGAATGGTGCACAGT;SOR=0.872;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=230;TCF=131;TCR=99;TR=230;WE=13398137;WS=13398119;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,399:1.00:399
chr11	13398248	.	A	G	1649.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=1.000;ClippingRankSum=0.000;DP=238;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.703;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=48;PP=1007;ReadPosRankSum=3.167;SC=CCCCCACAGCATGGACAGCAT;SOR=0.841;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=159;TCF=50;TCR=109;TR=69;WE=13398256;WS=13398238;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:145,88:0.38:233
chr11	13399791	rs10832030	A	G	1008.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=24;NR=9;PP=669;SC=TGAACTGCAAATGGATCATGG;SOR=1.739;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=24;TCR=9;TR=33;WE=13399799;WS=13399781;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr11	13400051	rs60280155	T	A	2731.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-2.811;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=236;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=42;PP=930;ReadPosRankSum=-0.939;SC=AGGGAAATTTTTTCCCCCAGG;SOR=0.700;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=131;TCF=50;TCR=81;TR=67;WE=13400059;WS=13400041;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:100,133:0.57:233
chr11	13407184	rs2290034	C	T	929.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.700;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.978;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=9;PP=603;ReadPosRankSum=-1.457;SC=TTCCTTTTGGCATTGCTCATA;SOR=0.954;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=56;TCF=39;TCR=17;TR=32;WE=13407192;WS=13407174;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,40:0.58:69
chr11	13424961	.	T	C	65.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.242;ClippingRankSum=-0.000;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=7.31;ReadPosRankSum=1.559;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,4:0.44:9
chr11	13441126	rs7114113	A	G	2694.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.110;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=272;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.083;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=57;PP=1667;ReadPosRankSum=1.177;SC=CTTCTTTTGCATTTTCATATA;SOR=0.614;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=215;TCF=112;TCR=103;TR=114;WE=13441134;WS=13441116;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:133,132:0.50:265
chr11	13443250	rs3789325	C	T	1851.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.952;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.886;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-2.206;NF=38;NR=18;PP=878;ReadPosRankSum=0.032;SC=GCTGAGACTCCGTTCTTTCAT;SOR=1.023;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=102;TCF=64;TCR=38;TR=56;WE=13443258;WS=13443240;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,85:0.56:152
chr11	13443459	rs11022814	A	T	717.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.332;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.218;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=22;PP=463;ReadPosRankSum=0.017;SC=GAAACACCCAAGTAACAAAAA;SOR=0.929;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=50;TCF=8;TCR=42;TR=25;WE=13443467;WS=13443449;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,31:0.54:57
chr11	13514263	rs6254	C	T	2380.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=2.393;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=288;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.630;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=45;PP=1081;ReadPosRankSum=-0.669;SC=CTCCCCACTTCGAAATGATAA;SOR=0.868;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=171;TCF=69;TCR=102;TR=72;WE=13514271;WS=13514253;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:164,120:0.42:284
chr11	13514417	rs694	C	T	215.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-1.940;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=7;PP=101;ReadPosRankSum=-0.418;SC=ACTAAAAGGACAAGCAAAATG;SOR=0.582;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=5;TCR=20;TR=9;WE=13514425;WS=13514407;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,11:0.39:28
chr11	13716530	rs7130943	A	G	1060.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.146;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.783;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=28;PP=649;ReadPosRankSum=-0.036;SC=CACTCAGAACAAAGAAAAAAG;SOR=0.826;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=72;TCF=23;TCR=49;TR=40;WE=13716538;WS=13716520;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,51:0.52:98
chr11	13984720	rs10741631	A	C	1711.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.204;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.406;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=43;PP=798;ReadPosRankSum=1.284;SC=GCATTAGGAGAGCGGGACCCG;SOR=0.960;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=127;TCF=40;TCR=87;TR=61;WE=13984728;WS=13984710;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:109,86:0.44:195
chr11	14101493	rs5789820	G	GC	10553.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=289;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=27;NR=95;PP=2971;SC=AGACTGCTGTGCTGCGGAACT;SOR=0.729;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=125;TCF=27;TCR=98;TR=122;WE=14101501;WS=14101483;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,283:1.00:283
chr11	14246296	rs1025412	G	A	4277.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=50;NR=75;PP=2355;SC=GTGAAAGACTGAGGGAGATAT;SOR=1.082;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=125;TCF=50;TCR=75;TR=125;WE=14246304;WS=14246286;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,161:1.00:161
chr11	14264979	rs2303974	C	A	2580.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.360;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=304;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.098;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=51;PP=1269;ReadPosRankSum=1.143;SC=CCTGTCTTATCCTAGCCCCTT;SOR=0.789;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=182;TCF=88;TCR=94;TR=87;WE=14264987;WS=14264969;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:167,131:0.44:298
chr11	14278049	rs3763950	T	A	2853.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=2.571;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=261;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.038;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=78;NR=28;PP=1815;ReadPosRankSum=0.603;SC=AACTTTGCCATGGCATACGAT;SOR=0.804;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=193;TCF=144;TCR=49;TR=106;WE=14278057;WS=14278039;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:126,129:0.51:255
chr11	14303282	rs2303972	T	A	4603.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.869;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=486;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.521;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=63;PP=1768;ReadPosRankSum=0.274;SC=ATTCCAACAGTTATGTTTATG;SOR=0.696;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=284;TCF=142;TCR=142;TR=123;WE=14303290;WS=14303272;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:243,229:0.49:472
chr11	14329984	rs2915408	C	G	1172.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=29;PP=840;SC=CTGGCTCTCACCTATAAATGA;SOR=1.900;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=40;TCF=10;TCR=30;TR=39;WE=14329992;WS=14329974;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr11	14385941	rs75033079	G	A	1742.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.299;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.517;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=24;PP=708;ReadPosRankSum=2.370;SC=ACTTACCATGGGTGATGGAGG;SOR=0.635;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=126;TCF=68;TCR=58;TR=52;WE=14385949;WS=14385931;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:111,91:0.45:202
chr11	14386145	rs4517475	A	G	295.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=1.456;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=9;PP=145;ReadPosRankSum=-0.205;SC=CACACACACAACCCTGAGGAA;SOR=0.693;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=39;TCF=13;TCR=26;TR=13;WE=14386153;WS=14386135;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,16:0.36:44
chr11	14480292	rs12576926	C	T	360.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.275;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.373;HP=5;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=12;PP=230;ReadPosRankSum=-0.716;SC=GAGGCAAAAACCAAACAGCAT;SOR=0.446;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=39;TCF=10;TCR=29;TR=18;WE=14480300;WS=14480282;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,18:0.53:34
chr11	14486608	.	T	TACAC	177.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=36;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=1;NR=5;PP=189;SC=TGGTTAAAAATACACACACAC;SOR=1.022;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=10;TCF=2;TCR=8;TR=6;WE=14486616;WS=14486598;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr11	14497269	rs2597194	C	T	1260.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.858;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.504;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=14;PP=913;ReadPosRankSum=-1.222;SC=ATTTGACTGTCTTACATACAA;SOR=0.894;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=119;TCF=88;TCR=31;TR=54;WE=14497277;WS=14497259;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,59:0.42:139
chr11	14501267	.	GA	G	184.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.903;ClippingRankSum=0.000;DP=185;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.29;MQRankSum=3.861;QD=1.25;ReadPosRankSum=1.329;SOR=0.758;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:109,39:0.26:148
chr11	14501296	rs2575857	C	T	1563.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-2.976;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.731;HP=4;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.149;NF=18;NR=53;PP=1100;ReadPosRankSum=0.655;SC=ATGGAACTAACAATTTTCGAA;SOR=0.510;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=120;TCF=26;TCR=94;TR=71;WE=14501304;WS=14501286;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,71:0.63:113
chr11	14504774	rs72419983	CCACA	C	405.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.540;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.26;MQRankSum=0.157;QD=31.21;ReadPosRankSum=-1.477;SOR=1.270;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,11:0.85:13
chr11	14512060	rs2597189	C	T	234.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.014;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.211;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=2;PP=153;ReadPosRankSum=-0.089;SC=GTAATACTTTCAATTGTCACT;SOR=1.427;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=29;TCF=21;TCR=8;TR=11;WE=14512068;WS=14512050;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,13:0.33:39
chr11	14516003	rs10832279	TT	AA	361.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.122;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.24;ReadPosRankSum=-0.748;SOR=0.511;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,25:0.50:50
chr11	14520566	rs3214792	T	TA	113.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.735;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=1.617;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.28;MQRankSum=1.246;QD=3.67;ReadPosRankSum=-0.546;SOR=0.340;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,11:0.35:31
chr11	14532338	rs2597218	C	T	407.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-2.187;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=6;PP=195;ReadPosRankSum=0.151;SC=CAGAATGTTGCATATATACTC;SOR=0.582;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=36;TCF=23;TCR=13;TR=17;WE=14532346;WS=14532328;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,21:0.51:41
chr11	14535078	.	CAAA	C	72.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.573;ClippingRankSum=-0.000;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=5.20;ReadPosRankSum=1.118;SOR=0.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,6:0.43:14
chr11	14539315	rs59770964	TA	T	424.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.193;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=8.051;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.18;MQRankSum=0.772;QD=7.45;ReadPosRankSum=-0.413;SOR=1.546;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,37:0.65:57
chr11	14539639	rs2575849	T	A	195.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.400;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=1.875;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.90;ReadPosRankSum=-0.683;SOR=1.457;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,8:0.36:22
chr11	14540671	rs1823466	A	G	3796.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=68;NR=41;PP=2281;SC=ATATGCTTGTATTTCCATTCA;SOR=1.112;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=109;TCF=68;TCR=41;TR=109;WE=14540679;WS=14540661;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,134:1.00:134
chr11	14540942	rs2305305	C	T	610.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-0.500;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=19;PP=442;ReadPosRankSum=-0.124;SC=AAAAGTCTTCCTTTTCTTTAA;SOR=0.580;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=59;TCF=17;TCR=42;TR=28;WE=14540950;WS=14540932;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,30:0.43:69
chr11	14810762	rs4757268	A	G	1882.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.266;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.209;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=32;PP=896;ReadPosRankSum=0.407;SC=ATGGCAAAAGACCTCACCAAG;SOR=0.827;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=98;TCF=41;TCR=57;TR=54;WE=14810770;WS=14810752;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,88:0.52:168
chr11	14825704	rs3740823	A	G	1121.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.363;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=33;PP=656;ReadPosRankSum=-1.021;SC=AATTTCATGTATTATAAGTTA;SOR=0.650;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=91;TCF=18;TCR=73;TR=42;WE=14825712;WS=14825694;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,51:0.47:108
chr11	14852490	rs1037378	G	A	164.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=2;NR=5;PP=128;SC=TTTTAATATAGTAGTATTTTT;SOR=1.609;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=7;TCF=2;TCR=5;TR=7;WE=14852498;WS=14852480;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr11	14865666	rs2167453	T	G	601.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=5.754;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.606;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=21;PP=500;ReadPosRankSum=1.277;SC=GAATCATATGTCCAATCCATC;SOR=2.147;SbPval=0.92;Source=Platypus;TC=44;TCF=5;TCR=39;TR=22;WE=14865674;WS=14865656;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,22:0.49:45
chr11	14900931	rs117913124	G	A	2362.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.396;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=242;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.188;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=40;PP=1065;ReadPosRankSum=-0.237;SC=TGCATTTGTCGTCCCAAGAAG;SOR=0.559;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=145;TCF=61;TCR=84;TR=73;WE=14900939;WS=14900921;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:121,118:0.49:239
chr11	14913575	rs12794714	G	A	1249.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=2.480;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.350;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=20;PP=632;ReadPosRankSum=0.104;SC=GGGGAAGCTCGGATGAGGCTG;SOR=0.631;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=82;TCF=42;TCR=40;TR=39;WE=14913583;WS=14913565;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,61:0.45:137
chr11	14991539	rs5239	T	C	3041.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=43;NR=19;PP=1308;SC=TGCACATAGTTCTGCACCAGT;SOR=1.179;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=62;TCF=43;TCR=19;TR=62;WE=14991547;WS=14991529;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr11	15096419	rs1540139	C	T	2007.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=28;NR=32;PP=1518;SC=CTCTGTGCCTCTGAAGTCACG;SOR=0.754;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=60;TCF=28;TCR=32;TR=60;WE=15096427;WS=15096409;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr11	15170644	rs1714354	T	C	3112.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.945;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=349;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=49;PP=1341;ReadPosRankSum=0.826;SC=TCTTTTAGGATCTCGTTGTGC;SOR=0.707;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=205;TCF=100;TCR=105;TR=96;WE=15170652;WS=15170634;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:187,160:0.46:347
chr11	15170807	rs12222688	G	A	844.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-2.675;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.093;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=18;PP=337;ReadPosRankSum=0.218;SC=TCCAGGCCAGGCCTGCCCCAT;SOR=0.410;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=59;TCF=16;TCR=43;TR=26;WE=15170815;WS=15170797;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,42:0.51:82
chr11	15197186	rs1792588	A	G	1255.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=1.467;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=9;PP=790;ReadPosRankSum=-0.503;SC=ACACTGCTAAACATATAATAG;SOR=0.705;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=86;TCF=65;TCR=21;TR=42;WE=15197194;WS=15197176;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,54:0.53:101
chr11	15198772	rs1624731	G	T	576.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.895;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=2.667;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.82;ReadPosRankSum=0.154;SOR=0.392;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,28:0.62:45
chr11	15199957	rs1714376	T	C	5010.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=58;NR=70;PP=2559;SC=AGCACTTTGGTCAGCTGCTGG;SOR=0.865;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=128;TCF=58;TCR=70;TR=128;WE=15199965;WS=15199947;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,187:1.00:187
chr11	15267727	rs1945624	A	G	615.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=2.081;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.835;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=20;PP=445;ReadPosRankSum=-1.654;SC=AATGGAGGACAAAATCTTAGA;SOR=1.308;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=60;TCF=15;TCR=45;TR=24;WE=15267735;WS=15267717;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,28:0.41:68
chr11	16117460	rs3059081	TA	T	611.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.520;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.06;MQRankSum=0.000;QD=3.92;ReadPosRankSum=1.909;SOR=0.727;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:88,68:0.44:156
chr11	16205323	rs7926424	T	C	1623.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.52;SOR=1.649;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr11	16205595	rs1455111	C	T	1051.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=25;PP=655;SC=AATCTTTTACCGCACCTCTAT;SOR=2.432;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=5;TCR=25;TR=30;WE=16205603;WS=16205585;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr11	16362933	rs10430891	T	C	756.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=20;PP=432;SC=TCTAAACCCCTGAAAAAGAAC;SOR=2.303;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=4;TCR=20;TR=24;WE=16362941;WS=16362923;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr11	16760244	rs1846936	T	G	2112.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=2.121;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=18;PP=1375;ReadPosRankSum=1.775;SC=GCTTGGGCCCTTGGCGGATTG;SOR=1.270;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=73;TCF=55;TCR=18;TR=72;WE=16760252;WS=16760234;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,83:0.97:86
chr11	16805226	rs739936	C	T	1292.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.517;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.529;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=9;PP=731;ReadPosRankSum=-0.074;SC=CCTGCCAACACTTGAGCAAGC;SOR=1.128;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=103;TCF=75;TCR=28;TR=44;WE=16805234;WS=16805216;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,58:0.44:133
chr11	16872653	rs35098462	G	A	8337.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=325;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=101;NR=81;PP=2965;SC=TCCCCCTCCCGACAAAAGCAA;SOR=0.833;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=182;TCF=101;TCR=81;TR=182;WE=16872661;WS=16872643;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,319:1.00:319
chr11	16874067	rs418113	C	T	2830.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=63;PP=1785;SC=GACATTAGAACTTGGATTAAA;SOR=2.535;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=75;TCF=12;TCR=63;TR=75;WE=16874075;WS=16874057;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr11	17035493	rs71047521	C	CA	1332.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-2.141;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=9;HapScore=3;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=2.448;NF=9;NR=11;PP=393;ReadPosRankSum=-2.785;SC=AGGGACCCCCCCCCCGCGGCA;SOR=0.625;SbPval=0.22;Source=Platypus;TC=43;TCF=25;TCR=18;TR=20;WE=17035501;WS=17035477;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,42:0.52:81
chr11	17035718	rs61881311	A	G	3716.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.018;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=362;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.381;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=68;NR=52;PP=1943;ReadPosRankSum=-0.390;SC=CGGTGCGCGGATGCAGCCAGG;SOR=0.719;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=258;TCF=144;TCR=114;TR=120;WE=17035726;WS=17035708;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:187,172:0.48:359
chr11	17036012	rs113662255	A	G	1916.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.255;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.571;HP=4;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=95;PP=2314;ReadPosRankSum=-1.137;SC=GCAGGGGCGGAGGCGGGGGCG;SOR=1.399;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=289;TCF=99;TCR=190;TR=142;WE=17036020;WS=17036002;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:106,95:0.47:201
chr11	17096059	rs11024148	A	G	6392.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.001;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=615;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=104;NR=92;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.756;SC=GATTAATACTAGTCCCTCCAC;SOR=0.691;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=377;TCF=200;TCR=177;TR=196;WE=17096067;WS=17096049;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:301,309:0.51:610
chr11	17096150	rs7125607	T	A	4407.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-3.151;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=487;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.519;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=70;NR=80;PP=2233;ReadPosRankSum=-0.253;SC=GCACCAAACTTCTGAATACCT;SOR=0.756;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=327;TCF=154;TCR=173;TR=150;WE=17096158;WS=17096140;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:248,218:0.47:466
chr11	17098101	.	C	CA	135.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.502;ClippingRankSum=0.000;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=1.957;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.85;ReadPosRankSum=-0.098;SOR=0.956;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,10:0.36:28
chr11	17099613	rs16933823	G	A	872.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=2.406;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.775;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=24;PP=579;ReadPosRankSum=2.058;SC=CCTCAGAGTCGGCCCTGCGCC;SOR=0.843;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=76;TCF=25;TCR=51;TR=34;WE=17099621;WS=17099603;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,42:0.39:107
chr11	17111272	rs10832733	A	G	1897.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=2.635;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.215;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=17;PP=1055;ReadPosRankSum=1.726;SC=CCAAAGCTCAAACATTCACTA;SOR=0.801;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=118;TCF=83;TCR=35;TR=59;WE=17111280;WS=17111262;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:93,85:0.48:178
chr11	17113483	rs7113396	C	T	440.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=10;NR=6;PP=306;SC=CCACATTCATCGAGAAGTTAC;SOR=1.244;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=10;TCR=6;TR=16;WE=17113491;WS=17113473;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr11	17118687	rs11604561	T	C	3086.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.080;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=371;ExcessHet=3.0103;FS=0.381;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.46;ReadPosRankSum=2.689;SOR=0.651;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:200,165:0.45:365
chr11	17126670	rs2052188	C	T	626.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=2.438;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.415;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=1;PP=423;ReadPosRankSum=1.893;SC=ACCTCTGTAACACATTTTTGA;SOR=1.431;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=59;TCF=53;TCR=6;TR=23;WE=17126678;WS=17126660;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,27:0.41:66
chr11	17172133	rs2302511	T	C	14716.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=579;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=154;NR=170;PP=2965;SC=TGTTTCTTTGTGCTGTGACTG;SOR=0.766;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=324;TCF=154;TCR=170;TR=324;WE=17172141;WS=17172123;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,570:1.00:570
chr11	17191019	rs214936	A	G	3146.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.626;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=334;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.322;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=48;PP=1642;ReadPosRankSum=0.697;SC=TTTCTACATCAATATCTAATG;SOR=0.600;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=241;TCF=136;TCR=105;TR=105;WE=17191027;WS=17191009;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:172,154:0.47:326
chr11	17333377	rs12225041	T	G	291.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-1.374;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=4;PP=90;ReadPosRankSum=0.512;SC=ATTTTCTAAGTTATTAAAATC;SOR=0.665;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=24;TCF=14;TCR=10;TR=10;WE=17333385;WS=17333367;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,16:0.53:30
chr11	17333663	rs2521998	G	A	2035.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=19;NR=25;PP=856;SC=CATGTAATGAGTGAGGTATGT;SOR=0.887;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=44;TCF=19;TCR=25;TR=44;WE=17333671;WS=17333653;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr11	17339127	rs2634462	T	C	1054.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.371;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.708;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=11;PP=562;ReadPosRankSum=-0.258;SC=TAATGTCTTTTTAGTCTCCTT;SOR=0.773;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=87;TCF=55;TCR=32;TR=34;WE=17339135;WS=17339117;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,50:0.43:115
chr11	17351873	rs34471145	T	TA	1554.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.126;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.882;NF=1;NR=31;PP=1064;ReadPosRankSum=0.773;SC=ATTATGGCATTAAAAAGATTT;SOR=0.733;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=62;TCF=2;TCR=60;TR=32;WE=17351881;WS=17351863;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,72:0.57:126
chr11	17352477	rs3842269	TACA	T	1734.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-1.109;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.619;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=13;PP=719;ReadPosRankSum=0.979;SC=CAAAAAAAATTACAACAAGGA;SOR=0.686;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=37;TCF=12;TCR=25;TR=17;WE=17352487;WS=17352467;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,46:0.46:99
chr11	17373438	rs34000454	G	C	4769.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.62;BaseQRankSum=-0.472;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=453;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.524;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=52;PP=1512;ReadPosRankSum=2.709;SC=ACGCAACAGAGGTCTCCCCCT;SOR=0.622;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=215;TCF=116;TCR=99;TR=110;WE=17373446;WS=17373428;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:210,239:0.53:449
chr11	17393644	rs12791318	A	G	679.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=2.176;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.069;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=5;PP=359;ReadPosRankSum=2.142;SC=AAGAAAGAGCACCTCATATTC;SOR=1.421;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=44;TCF=32;TCR=12;TR=25;WE=17393652;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,35:0.51:68
chr11	17394073	rs10832778	C	G	8617.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=333;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=67;NR=131;PP=2965;SC=CCTGATGGACCTGGTGCCACT;SOR=1.222;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=198;TCF=67;TCR=131;TR=198;WE=17394081;WS=17394063;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,324:1.00:324
chr11	17408404	rs5213	C	T	2772.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=48;NR=22;PP=1494;SC=AGGCCCTGGCCGGGCTACATA;SOR=1.306;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=70;TCF=48;TCR=22;TR=70;WE=17408412;WS=17408394;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
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chr11	17409069	rs5218	G	A	5302.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.170;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=449;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.099;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=86;NR=75;PP=2778;ReadPosRankSum=-1.048;SC=CGTGGCGCAGGGCGATCACCG;SOR=0.620;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=313;TCF=174;TCR=139;TR=161;WE=17409077;WS=17409059;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:205,239:0.54:444
chr11	17409572	rs5219	T	C	14052.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=539;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=156;NR=172;PP=2965;SC=TACCTGGGCTTGGCAGGGTCC;SOR=0.783;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=329;TCF=156;TCR=173;TR=328;WE=17409580;WS=17409562;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,533:1.00:533
chr11	17410283	rs5222	C	T	5698.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-1.641;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=549;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.746;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=111;NR=84;PP=2851;ReadPosRankSum=1.950;SC=GCTAAGAGCCCTTCTCCCCGC;SOR=0.746;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=396;TCF=233;TCR=163;TR=195;WE=17410291;WS=17410273;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:246,289:0.54:535
chr11	17414715	rs1109591	T	C	1542.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.748;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FS=13.375;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.25;ReadPosRankSum=-3.283;SOR=1.498;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:106,81:0.43:187
chr11	17414757	rs41282912	C	T	1536.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=2.882;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.019;HP=3;HapScore=1;MGOF=47;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=65;PP=1443;ReadPosRankSum=-1.221;SC=GGCCCTCCTGCGGCTTGGAGG;SOR=1.449;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=137;TCF=21;TCR=116;TR=76;WE=17414765;WS=17414747;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,47:0.62:76
chr11	17415190	rs4148646	C	G	8139.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.880;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=302;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=132;NR=76;PP=2965;ReadPosRankSum=1.621;SC=ACGGCCACAACAGGCCAGTCC;SOR=0.450;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=210;TCF=134;TCR=76;TR=208;WE=17415198;WS=17415180;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,294:1.00:295
chr11	17417504	rs739689	A	G	2082.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.330;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.577;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=41;PP=1166;ReadPosRankSum=0.867;SC=AGGCACCGCCACTGGGACTCT;SOR=0.516;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=128;TCF=49;TCR=79;TR=71;WE=17417512;WS=17417494;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,96:0.52:186
chr11	17418477	rs757110	C	A	8179.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=306;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=145;NR=74;PP=2965;SC=TGTCCAGGGGCGATGAGGGCA;SOR=1.340;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=220;TCF=146;TCR=74;TR=219;WE=17418485;WS=17418467;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,298:1.00:298
chr11	17429922	rs2106865	T	C	595.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.774;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=6;PP=191;ReadPosRankSum=1.088;SC=TGCTTGGCCATCCCTGGATAT;SOR=0.767;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=44;TCF=24;TCR=20;TR=15;WE=17429930;WS=17429912;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,32:0.44:73
chr11	17435936	rs4148631	G	A	391.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-3.013;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=1;PP=225;ReadPosRankSum=-1.892;SC=TGGAGTGCAGGTAAGCACCTG;SOR=0.330;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=28;TCF=26;TCR=2;TR=12;WE=17435944;WS=17435926;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,16:0.50:32
chr11	17435966	rs4148630	G	A	754.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.251;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.040;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=4;PP=439;ReadPosRankSum=0.143;SC=ATGGCTGGGTGTGGGTGATCG;SOR=0.914;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=49;TCF=41;TCR=8;TR=25;WE=17435974;WS=17435956;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,34:0.49:70
chr11	17436936	rs4148626	A	G	2494.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.676;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=265;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.454;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=39;PP=1175;ReadPosRankSum=0.755;SC=AGTGAACCATATCCTCCAGGA;SOR=0.640;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=156;TCF=84;TCR=72;TR=80;WE=17436944;WS=17436926;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:134,124:0.48:258
chr11	17452492	rs1799857	G	A	2122.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.628;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.096;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=37;PP=907;ReadPosRankSum=1.331;SC=AGAAGCTGACGTGGCCCACGA;SOR=0.600;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=126;TCF=55;TCR=71;TR=69;WE=17452500;WS=17452482;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:93,107:0.54:200
chr11	17452603	rs8192694	T	G	528.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=1.691;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.697;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=15;PP=325;ReadPosRankSum=0.849;SC=GAGAGGGCTGTCAGGGAGCAG;SOR=1.432;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=33;TCF=6;TCR=27;TR=18;WE=17452611;WS=17452593;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,22:0.56:39
chr11	17496516	rs1048099	A	G	5043.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.540;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=524;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.522;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=73;NR=102;PP=2571;ReadPosRankSum=1.270;SC=GGTTGTGCCCAGGGAAATGAA;SOR=0.745;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=341;TCF=146;TCR=195;TR=175;WE=17496524;WS=17496505;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:268,253:0.49:521
chr11	17515833	rs1055574	A	G	1024.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.598;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FS=4.397;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.40;ReadPosRankSum=-0.015;SOR=0.399;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:66,56:0.46:122
chr11	17515970	rs2072225	G	A	410.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-1.672;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.021;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=7;PP=119;ReadPosRankSum=-1.670;SC=CTTTGTGGGTGCACACTCAGC;SOR=0.475;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=41;TCF=16;TCR=25;TR=13;WE=17515978;WS=17515960;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,25:0.34:73
chr11	17516038	rs2072227	C	T	291.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-3.002;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.106;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=7;PP=127;ReadPosRankSum=1.107;SC=CAAGGCCCTGCCACCCTTTGG;SOR=0.262;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=29;TCF=10;TCR=19;TR=13;WE=17516046;WS=17516028;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,16:0.43:37
chr11	17517235	rs10832795	A	G	1438.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=0.350;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.822;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=21;PP=584;ReadPosRankSum=0.811;SC=CTATATATACAGAGCAGAGCA;SOR=0.499;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=89;TCF=41;TCR=48;TR=42;WE=17517243;WS=17517225;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,74:0.48:155
chr11	17517381	rs10530940	CAT	C	471.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.088;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=11.831;HP=2;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.487;NF=1;NR=9;PP=374;ReadPosRankSum=-1.879;SC=TTCTCCAAGACATGTGTAGAG;SOR=1.801;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=20;TCF=4;TCR=16;TR=10;WE=17517390;WS=17517371;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,15:0.50:30
chr11	17517407	rs1859824	G	C	620.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.99;SOR=0.776;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr11	17519742	rs1064074	C	G	16873.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=658;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=242;NR=170;PP=2965;SC=GCAGGGCAGCCTCAGCCTCAG;SOR=0.946;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=413;TCF=242;TCR=171;TR=412;WE=17519750;WS=17519732;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,652:1.00:652
chr11	17531449	rs2237965	G	T	1086.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=17;PP=480;SC=TCACAATACAGCGAGCACTAT;SOR=1.347;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=9;TCR=17;TR=26;WE=17531457;WS=17531439;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr11	17531831	rs733874	A	T	262.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=1;PP=173;SC=GGGCCTGGACAGTGGATGGGC;SOR=2.093;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=6;TCR=1;TR=7;WE=17531839;WS=17531823;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
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chr11	17533635	rs2190454	G	A	10239.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=378;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=97;NR=153;PP=2965;SC=TATGACAAAGGTTAGAAATAG;SOR=1.050;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=250;TCF=97;TCR=153;TR=250;WE=17533643;WS=17533625;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,376:1.00:376
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chr11	17542872	rs2240488	G	C	1046.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=2.103;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.606;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=7;PP=462;ReadPosRankSum=-2.696;SC=GCACAGACACGCGTGGAGCCG;SOR=0.968;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=64;TCF=42;TCR=22;TR=27;WE=17542880;WS=17542862;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,49:0.48:103
chr11	17545091	rs4757539	A	G	1479.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=0.198;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.596;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=24;PP=569;ReadPosRankSum=0.148;SC=TCTGCAGGACAGGCTCCCCCA;SOR=0.764;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=86;TCF=34;TCR=52;TR=38;WE=17545099;WS=17545081;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,74:0.48:154
chr11	17548239	rs72870320	C	T	2812.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.142;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=246;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=43;PP=1521;ReadPosRankSum=0.410;SC=CCTTCAGGACCGGCCACCCCT;SOR=0.719;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=187;TCF=104;TCR=83;TR=98;WE=17548247;WS=17548229;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:111,128:0.54:239
chr11	17548507	rs41282940	T	C	1411.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.081;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=27;PP=688;ReadPosRankSum=-0.126;SC=CCCAGGGCTGTACCAGGATCC;SOR=0.689;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=128;TCF=54;TCR=74;TR=46;WE=17548515;WS=17548497;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:119,74:0.38:193
chr11	17548737	rs12795083	T	C	1813.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=31;PP=1873;SC=CTCCCACCGTTATGGAGTACT;SOR=1.961;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=44;TCF=12;TCR=32;TR=43;WE=17548745;WS=17548727;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr11	17553105	rs2041027	G	A	1801.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.432;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.924;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=38;PP=1066;ReadPosRankSum=-0.205;SC=GAGATGCCGGGAATGCCTGGA;SOR=0.415;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=114;TCF=43;TCR=71;TR=66;WE=17553113;WS=17553095;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,84:0.56:151
chr11	17554910	rs5789992	A	ACC	1090.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.687;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FS=52.484;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.33;ReadPosRankSum=-0.603;SOR=5.146;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:92,39:0.30:131
chr11	17554914	rs2240489	G	C	5968.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.89;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,136:1.00:136
chr11	17554916	rs2355022	C	A	3674.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.220;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FS=67.893;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=27.63;ReadPosRankSum=0.434;SOR=0.004;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:40,93:0.70:133
chr11	17554930	rs878546	T	C	443.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.792;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FS=55.592;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.67;ReadPosRankSum=-0.356;SOR=5.277;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:83,38:0.31:121
chr11	17555498	rs11024319	C	A	1158.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=2.663;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=33;PP=708;ReadPosRankSum=-2.481;SC=GCAGGGGGAGCGTCAGGTTAC;SOR=0.770;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=90;TCF=16;TCR=74;TR=38;WE=17555506;WS=17555488;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,50:0.47:106
chr11	17569885	rs58569858	A	G	610.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.910;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=40;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=19;PP=442;ReadPosRankSum=0.880;SC=GAACAAGCAGATTCCTGGTAT;SOR=0.767;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=48;TCF=14;TCR=34;TR=27;WE=17569893;WS=17569875;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,29:0.47:62
chr11	17573632	rs141597314	A	T	2663.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.590;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=241;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.428;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=48;PP=1285;ReadPosRankSum=0.874;SC=TGTAAGTGGCACCTTCACTGT;SOR=0.466;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=153;TCF=66;TCR=87;TR=91;WE=17573640;WS=17573622;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:112,126:0.53:238
chr11	17574588	rs4757543	T	C	3847.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.566;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=384;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.774;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=70;NR=52;PP=1609;ReadPosRankSum=-0.358;SC=CTGGATCCTGTGAAGCCTGAG;SOR=0.642;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=260;TCF=150;TCR=110;TR=122;WE=17574596;WS=17574578;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:195,187:0.49:382
chr11	17580050	rs7130051	A	C	3691.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.647;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=309;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.428;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=80;NR=52;PP=1908;ReadPosRankSum=1.084;SC=TGGCTTTGCCAGCCCCTAGCC;SOR=0.642;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=242;TCF=147;TCR=95;TR=132;WE=17580058;WS=17580040;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:133,170:0.56:303
chr11	17580175	rs7130190	A	T	6793.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=1.875;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=756;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.099;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=81;NR=102;PP=2823;ReadPosRankSum=-3.152;SC=AGCCAGTTGTACCAGTGATCT;SOR=0.772;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=420;TCF=193;TCR=227;TR=183;WE=17580183;WS=17580165;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:410,338:0.45:748
chr11	17580998	rs10832798	TC	CT	808.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-2.055;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;JOINED;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=3;PP=1021;ReadPosRankSum=-1.122;SC=CCTCCCATCCTCACTCCACGG;SOR=0.899;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=52;TCF=45;TCR=7;TR=22;WE=17581007;WS=17580994;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,22:0.39:56
chr11	17582470	rs1990180	T	C	4053.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=65;NR=50;PP=2563;SC=GGCACTCACTTAGTACCTTTG;SOR=0.941;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=115;TCF=65;TCR=50;TR=115;WE=17582478;WS=17582460;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,142:1.00:142
chr11	17583423	rs4757545	G	A	811.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=4.958;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.056;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=29;PP=653;ReadPosRankSum=-0.578;SC=AGAGAGACTGGGACTTAGGAC;SOR=1.460;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=69;TCF=9;TCR=60;TR=32;WE=17583431;WS=17583413;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,32:0.45:71
chr11	17591961	rs10832802	C	T	887.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.609;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.804;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=19;PP=393;ReadPosRankSum=0.653;SC=CCACGGAACCCGAAGAAGAGG;SOR=1.030;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=65;TCF=25;TCR=40;TR=27;WE=17591969;WS=17591951;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,43:0.48:90
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chr11	17594513	rs1076312	A	T	1225.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=3.185;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=9;PP=855;ReadPosRankSum=0.835;SC=ACATCCGTACAGCGTGTGCAC;SOR=0.653;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=111;TCF=91;TCR=20;TR=49;WE=17594528;WS=17594503;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,53:0.43:122
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chr11	17631751	rs2041028	C	T	8683.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.736;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=903;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=129;NR=135;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.256;SC=ACGACACCCCCACAGCCCTCC;SOR=0.690;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=544;TCF=268;TCR=276;TR=264;WE=17631759;WS=17631741;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:469,432:0.48:901
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chr11	17633012	rs731783	T	C	3010.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.500;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=252;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.580;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=60;PP=1642;ReadPosRankSum=-1.110;SC=TATGTGACCCTTCCCTTCATC;SOR=0.575;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=169;TCF=64;TCR=105;TR=102;WE=17633020;WS=17633002;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:108,138:0.56:246
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chr11	17655839	rs12277962	A	T	2349.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=2.669;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=255;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.128;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=38;PP=1017;ReadPosRankSum=0.119;SC=GTGAGTGTCCACCTTCACTTC;SOR=0.844;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=145;TCF=66;TCR=79;TR=66;WE=17655847;WS=17655829;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:133,117:0.47:250
chr11	17660181	rs12290375	G	A	1807.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.331;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.957;HP=2;HapScore=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=35;PP=1280;ReadPosRankSum=-0.473;SC=GCCTACCACCGTCCACTCCTC;SOR=0.571;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=138;TCF=65;TCR=73;TR=70;WE=17660189;WS=17660171;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,79:0.49:162
chr11	17663416	rs12422210	G	A	6595.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=0.096;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=651;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=107;NR=78;PP=2924;ReadPosRankSum=0.964;SC=GAGCACCCGCGGGACCTCGCT;SOR=0.674;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=382;TCF=222;TCR=160;TR=185;WE=17663424;WS=17663406;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:323,324:0.50:647
chr11	17663444	rs10832824	C	T	7934.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=-2.030;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=814;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=119;NR=92;PP=2962;ReadPosRankSum=1.055;SC=GCGGCTCCTGCAGGAACGTGT;SOR=0.706;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=441;TCF=249;TCR=192;TR=211;WE=17663452;WS=17663434;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:413,394:0.49:807
chr11	17663742	rs2023483	G	C	3028.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-0.992;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=320;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.854;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=36;PP=1212;ReadPosRankSum=-0.124;SC=GTGCCGTGCTGGTCCGCTCTC;SOR=0.750;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=179;TCF=101;TCR=78;TR=86;WE=17663750;WS=17663732;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:165,150:0.48:315
chr11	17667439	rs11024357	G	C	3630.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-2.016;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=366;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=89;PP=1792;ReadPosRankSum=-0.719;SC=AATGCCACCTGGGTGCCCTAT;SOR=0.698;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=276;TCF=101;TCR=175;TR=140;WE=17667447;WS=17667429;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:180,178:0.50:358
chr11	17742681	rs10832853	G	C	4172.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-2.410;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=373;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=73;PP=1955;ReadPosRankSum=-0.422;SC=CCTGTCTTTTGGATTGTCCCG;SOR=0.684;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=254;TCF=118;TCR=136;TR=137;WE=17742689;WS=17742671;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:163,198:0.55:361
chr11	17743081	rs139044494	G	A	4293.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-2.407;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=438;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.104;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=78;PP=1982;ReadPosRankSum=-0.340;SC=CCACCCGCCCGAGGGATGGTG;SOR=0.595;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=279;TCF=119;TCR=160;TR=137;WE=17743089;WS=17743071;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:206,225:0.52:431
chr11	17800909	rs142092022	G	A	360.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-3.746;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.698;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=3;PP=225;ReadPosRankSum=-1.018;SC=CGCTCAAGCTGCCCTCTGCCA;SOR=0.257;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=25;TCF=20;TCR=5;TR=13;WE=17800917;WS=17800899;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,17:0.57:30
chr11	17899795	rs35473390	TA	T	355.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.780;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FS=4.373;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.25;MQRankSum=1.669;QD=5.31;ReadPosRankSum=-0.306;SOR=1.371;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,31:0.46:67
chr11	17940200	rs74865487	T	C	267.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.709;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FS=10.500;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.84;MQRankSum=-1.784;QD=5.58;ReadPosRankSum=1.792;SOR=3.145;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,11:0.23:48
chr11	17940204	.	C	CACACAT	254.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.523;ClippingRankSum=0.000;DP=84;ExcessHet=3.0103;FS=13.151;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.25;MQRankSum=-1.931;QD=4.72;ReadPosRankSum=2.450;SOR=3.413;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:43,11:0.20:54
chr11	17940209	.	ACTCT	A	1040	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MMLQ=24;MQ=60.4;NF=13;NR=13;PP=1040;QD=40.3076923077;SC=ATACACACACACTCTCTCTCT;SbPval=0.17;Source=Platypus;TC=63;TCF=40;TCR=23;TR=26;WE=17940222;WS=17940190;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:37,26:0.41:63
chr11	17940211	rs1080246	T	A	259.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.435;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FS=13.151;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.48;MQRankSum=-1.931;QD=4.81;ReadPosRankSum=3.396;SOR=3.413;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:43,11:0.20:54
chr11	17940213	rs77640161	T	A	258.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.807;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FS=13.152;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.47;MQRankSum=-1.955;QD=4.70;ReadPosRankSum=3.537;SOR=3.547;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:44,11:0.20:55
chr11	17948311	rs1468291	T	C	2254.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.399;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=251;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.464;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=38;PP=853;ReadPosRankSum=1.014;SC=AAGACTATCTTGATGCAGAAT;SOR=0.699;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=176;TCF=88;TCR=88;TR=74;WE=17948319;WS=17948301;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:132,116:0.47:248
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chr11	17981047	rs211146	C	T	1817.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.709;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.853;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=27;PP=704;ReadPosRankSum=0.746;SC=AATGCGGAGACGAAGGCATGC;SOR=0.560;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=127;TCF=69;TCR=58;TR=57;WE=17981055;WS=17981037;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,91:0.52:176
chr11	18017517	rs211131	T	C	1473.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.891;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.323;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=31;PP=762;ReadPosRankSum=1.488;SC=ACTAGATTGCTCTTTGAACCT;SOR=0.552;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=98;TCF=30;TCR=68;TR=48;WE=18017525;WS=18017507;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,71:0.47:152
chr11	18017631	rs490386	A	C	132.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-3.440;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=7;PP=93;ReadPosRankSum=-0.191;SC=ATTACCACCAAGCCAATCACA;SOR=0.836;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=0;TCR=12;TR=7;WE=18017639;WS=18017621;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,7:0.54:13
chr11	18023414	rs211134	C	T	2247.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=54;NR=17;PP=1491;SC=TTAAGGCTTACCACATTTGTT;SOR=2.026;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=71;TCF=54;TCR=17;TR=71;WE=18023422;WS=18023404;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr11	18034592	rs3741202	G	C	620.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.570;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.274;HP=1;HapScore=4;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=13;PP=490;ReadPosRankSum=-0.765;SC=CGGGAGGGACGGCACGGGGGC;SOR=1.402;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=24;TCF=4;TCR=20;TR=15;WE=18034613;WS=18034582;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,18:0.51:35
chr11	18034605	rs3741201	C	G	553.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=2.866;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.696;HP=3;HapScore=4;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=10;PP=496;ReadPosRankSum=-2.064;SC=ACGGGGGCGGCGCCTGCCGGG;SOR=1.821;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=18;TCF=3;TCR=15;TR=11;WE=18034613;WS=18034582;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,15:0.50:30
chr11	18044304	rs211101	C	T	5047.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=56;NR=53;PP=2138;SC=GGGCTGATCTCTCCCTGAAGA;SOR=0.693;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=113;TCF=57;TCR=56;TR=109;WE=18044312;WS=18044294;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,190:1.00:190
chr11	18105302	rs3741199	T	C	3576.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.817;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=348;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.783;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=68;PP=1437;ReadPosRankSum=0.510;SC=TCAAGAAGCATGGAATTGGCC;SOR=0.594;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=213;TCF=87;TCR=126;TR=120;WE=18105310;WS=18105292;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:164,179:0.52:343
chr11	18108512	rs35525096	T	C	4379.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.312;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=487;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.516;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=79;NR=72;PP=1739;ReadPosRankSum=-1.412;SC=TCTTGAAGAATGATGGGTGGA;SOR=0.729;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=329;TCF=170;TCR=159;TR=151;WE=18108520;WS=18108502;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:253,229:0.48:482
chr11	18111692	rs11424886	A	AT	1508.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.593;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.899;HP=8;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=23;PP=717;ReadPosRankSum=-2.955;SC=AATTTAAAACATTTTTTTTCT;SOR=0.478;SbPval=0.1;Source=Platypus;TC=113;TCF=66;TCR=47;TR=41;WE=18111700;WS=18111682;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,83:0.49:171
chr11	18111872	.	C	CA	149.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.831;ClippingRankSum=0.000;DP=220;ExcessHet=3.0103;FS=1.703;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.90;ReadPosRankSum=-0.182;SOR=0.878;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:133,34:0.20:167
chr11	18118538	rs4757613	A	T	234.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.637;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.722;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=7;PP=103;ReadPosRankSum=1.371;SC=ATCCTAGCACATTGGGAGGCC;SOR=1.781;SbPval=0.95;Source=Platypus;TC=21;TCF=7;TCR=14;TR=8;WE=18118546;WS=18118528;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,12:0.44:27
chr11	18127679	rs871699	T	C	411.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-3.572;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=16;PP=269;ReadPosRankSum=-0.588;SC=GCGTACCCGGTGGGACTCCCC;SOR=0.324;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=32;TCF=5;TCR=27;TR=20;WE=18127687;WS=18127669;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,20:0.65:31
chr11	18158993	rs12291017	T	C	5645.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.039;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=595;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=100;NR=82;PP=2408;ReadPosRankSum=-1.845;SC=CCACATTATATGTTCGCCGTT;SOR=0.661;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=372;TCF=206;TCR=166;TR=182;WE=18159001;WS=18158983;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:311,282:0.48:593
chr11	18159169	rs2468839	A	G	12008.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=442;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=184;NR=170;PP=2965;SC=ACCTGTCATCAGTCATGTGTG;SOR=0.725;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=355;TCF=184;TCR=171;TR=354;WE=18159177;WS=18159159;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,441:1.00:441
chr11	18159254	rs4274188	A	G	23049.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=862;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=261;NR=252;PP=2965;SC=TAGTGGTGCTAATTCTGTTTG;SOR=0.698;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=513;TCF=261;TCR=252;TR=513;WE=18159262;WS=18159244;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,858:1.00:858
chr11	18159455	rs72863191	T	C	2174.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-2.067;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=272;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.941;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=40;PP=880;ReadPosRankSum=-0.708;SC=TGGCATTCAGTGGGCCCTGTT;SOR=0.626;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=168;TCF=72;TCR=96;TR=73;WE=18159463;WS=18159445;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:158,113:0.42:271
chr11	18195051	rs2445179	T	C	17147.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=657;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=213;NR=196;PP=2965;SC=ATTATACGTTTGCCATTACGC;SOR=0.760;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=409;TCF=213;TCR=196;TR=409;WE=18195059;WS=18195041;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,651:1.00:651
chr11	18195348	rs11024532	C	T	5519.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.541;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=609;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=82;NR=86;PP=2495;ReadPosRankSum=-0.936;SC=ATCCCAGTCGCGTGGCTGATT;SOR=0.679;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=371;TCF=180;TCR=191;TR=168;WE=18195356;WS=18195338;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:325,280:0.46:605
chr11	18210434	rs72866733	A	G	1295.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.087;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.944;HP=3;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=13;PP=510;ReadPosRankSum=-0.599;SC=GTGATCATGAAAACATACCAA;SOR=0.959;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=80;TCF=45;TCR=35;TR=35;WE=18210442;WS=18210424;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,67:0.46:146
chr11	18210480	rs2445150	T	C	4238.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=54;NR=47;PP=1817;SC=CTGACGGCGGTGGCGGGGGGT;SOR=0.770;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=101;TCF=54;TCR=47;TR=101;WE=18210488;WS=18210470;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,160:1.00:160
chr11	18210580	rs2124372	C	T	1559.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.068;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.631;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=23;PP=915;ReadPosRankSum=-0.689;SC=GCTGAAGCCGCTGCCCGCGGA;SOR=0.786;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=113;TCF=71;TCR=42;TR=62;WE=18210588;WS=18210570;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,74:0.51:144
chr11	18210814	rs7936382	GC	AA	2383.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.026;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.584;HP=3;HapScore=2;JOINED;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=26;PP=1810;ReadPosRankSum=-0.297;SC=CAAAGTAGGGGCCACGCTGGC;SOR=0.548;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=85;TCF=32;TCR=53;TR=45;WE=18210823;WS=18210804;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,61:0.57:107
chr11	18210849	rs6486412	C	T	1403.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-3.198;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.817;HP=1;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=21;PP=762;ReadPosRankSum=-0.493;SC=AAAGAGGCCTCCGCTTCATCC;SOR=0.536;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=68;TCF=32;TCR=36;TR=43;WE=18210857;WS=18210839;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,60:0.65:93
chr11	18231188	.	TA	T	129.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.408;ClippingRankSum=0.000;DP=122;ExcessHet=3.0103;FS=6.431;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.18;MQRankSum=2.660;QD=1.09;ReadPosRankSum=-0.584;SOR=0.273;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:90,29:0.24:119
chr11	18231289	rs4757627	C	A	6386.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.735;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=239;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.085;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.139;NF=83;NR=71;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.651;SC=CTAACATCTTCGAAACAAGAT;SOR=0.291;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=156;TCF=84;TCR=72;TR=154;WE=18231297;WS=18231279;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,235:1.00:236
chr11	18231749	rs2468789	T	G	1149.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=33;PP=888;SC=TTTATCGAGGTTTGGTGCCCA;SOR=3.258;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=39;TCF=6;TCR=33;TR=39;WE=18231757;WS=18231739;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr11	18253176	rs2460827	C	T	5955.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=76;NR=51;PP=2418;SC=AAATAAATAGCAGTCTATTAA;SOR=0.948;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=128;TCF=76;TCR=52;TR=127;WE=18253184;WS=18253166;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,226:1.00:226
chr11	18261584	rs75322055	A	T	504.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=2.599;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.895;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=14;PP=377;ReadPosRankSum=0.401;SC=GGGGAAAATCACAGGAGGGTG;SOR=1.469;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=26;TCF=7;TCR=19;TR=18;WE=18261592;WS=18261574;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,19:0.68:28
chr11	18266961	rs138002965	T	C	2310.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.576;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.352;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=31;PP=1426;ReadPosRankSum=-1.598;SC=TCGGAAGTGATTGGGGTCTCT;SOR=0.458;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=161;TCF=111;TCR=50;TR=90;WE=18266969;WS=18266951;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:91,106:0.54:197
chr11	18267027	rs2468844	C	T	11973.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=467;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=153;NR=126;PP=2965;SC=CTCCGCACCACGGCCTGTGAG;SOR=0.821;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=280;TCF=153;TCR=127;TR=279;WE=18267035;WS=18267017;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,462:1.00:462
chr11	18267135	rs56373142	C	T	8075.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=309;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=71;NR=116;PP=2965;SC=CCATTCTCCCCGTTCCAAGGG;SOR=1.056;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=188;TCF=71;TCR=117;TR=187;WE=18267143;WS=18267125;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,306:1.00:306
chr11	18267188	rs58546509	GA	G	2813.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=64;PP=2646;SC=AAGGAGGAGTGAAAACACTGA;SOR=1.896;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=75;TCF=8;TCR=67;TR=70;WE=18267196;WS=18267178;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr11	18267373	rs1671927	C	T	2201.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=3.677;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.892;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=3.963;NF=66;NR=14;PP=1592;ReadPosRankSum=5.067;SC=CTAACTTCTCCACAAGGAGCT;SOR=1.323;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=111;TCF=91;TCR=20;TR=80;WE=18267381;WS=18267363;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,82:0.77:107
chr11	18267471	rs1136766	A	G	5946.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=5.361;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=521;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-6.491;NF=127;NR=102;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.390;SC=TCACTTCTGCAGCCCAGGCAC;SOR=0.700;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=392;TCF=218;TCR=174;TR=229;WE=18267479;WS=18267461;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:226,295:0.57:521
chr11	18267651	rs80208174	A	C	2084.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5856;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=15;NR=58;PP=1469;SC=GACTCCAACAACACCTTAGAG;SOR=2.239;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=81;TCF=15;TCR=66;TR=73;WE=18267659;WS=18267641;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr11	18267702	rs4757631	T	A	1209.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=34;PP=938;SC=ACTTCAAGCTTTCAGCCTGTG;SOR=4.461;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=36;TCF=2;TCR=34;TR=36;WE=18267710;WS=18267692;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr11	18290880	rs28720026	C	G	1648.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=43.84;QD=32.33;SOR=0.994;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr11	18305355	rs61755718	C	T	4250.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.090;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=380;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.711;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=64;PP=2041;ReadPosRankSum=-0.434;SC=TGTCCCCTTCCATCAGGCTCA;SOR=0.571;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=230;TCF=123;TCR=107;TR=129;WE=18305363;WS=18305345;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:176,199:0.53:375
chr11	18308088	.	C	CA	87.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.345;ClippingRankSum=0.000;DP=111;ExcessHet=3.0103;FS=1.006;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.29;MQRankSum=2.717;QD=0.88;ReadPosRankSum=0.692;SOR=0.534;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:80,20:0.20:100
chr11	18312953	rs4757638	G	A	458.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=1.131;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.057;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=6;PP=324;ReadPosRankSum=0.591;SC=TTTTTAATACGAATTTCTATC;SOR=0.862;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=54;TCF=38;TCR=16;TR=23;WE=18312961;WS=18312943;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,24:0.40:60
chr11	18314429	rs111497919	T	G	3711.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=0.139;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=416;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=42;PP=1367;ReadPosRankSum=-1.150;SC=ACTATAAAAGTTTCTCATTAT;SOR=0.701;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=208;TCF=117;TCR=91;TR=95;WE=18314437;WS=18314419;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:215,190:0.47:405
chr11	18314579	rs10665418	C	CTT	1536.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.061;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.831;HP=7;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.991;NF=2;NR=37;PP=1078;ReadPosRankSum=0.891;SC=GGGATCAGAGCTTTTTTTGAG;SOR=0.581;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=85;TCF=3;TCR=82;TR=39;WE=18314587;WS=18314569;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,58:0.51:113
chr11	18317699	rs2305565	C	T	1508.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=2.096;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.007;HP=7;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=42;PP=904;ReadPosRankSum=-1.782;SC=AAAAAAGAAACAAAATCTAAT;SOR=1.374;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=123;TCF=38;TCR=85;TR=53;WE=18317707;WS=18317689;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,71:0.47:152
chr11	18327684	rs1140047	G	T	742.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-1.528;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=7;PP=454;ReadPosRankSum=1.119;SC=ATCGTTACCTGAGAGTAATCA;SOR=0.641;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=43;TCF=31;TCR=12;TR=23;WE=18327692;WS=18327674;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,31:0.54:57
chr11	18330385	rs35952141	G	GA	1297.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.335;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.814;HP=13;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=1.646;NF=14;NR=19;PP=541;ReadPosRankSum=-0.281;SC=AAAAGAAAAAGAAAAAAAATC;SOR=0.409;SbPval=0.07;Source=Platypus;TC=90;TCF=54;TCR=36;TR=33;WE=18330393;WS=18330375;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:96,76:0.44:172
chr11	18333059	.	T	TTA	223.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.861;ClippingRankSum=0.000;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=1.088;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.14;ReadPosRankSum=0.665;SOR=0.999;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,23:0.43:54
chr11	18333061	rs11024618	T	A	59.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.119;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FS=2.769;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.09;ReadPosRankSum=0.880;SOR=1.255;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,14:0.25:55
chr11	18354877	rs4150561	T	C	762.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=7;NR=15;PP=449;SC=AAAAATCAACTATGTAGAAAT;SOR=1.382;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=7;TCR=15;TR=22;WE=18354885;WS=18354867;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr11	18357180	rs4150579	A	G	2362.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=56;NR=15;PP=1776;SC=AAGCATCAGTATTGGAATAGG;SOR=2.494;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=71;TCF=56;TCR=15;TR=71;WE=18357188;WS=18357170;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr11	18359983	rs111946613	ATGTT	A	998.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.9792;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=0;NR=10;PP=431;SC=TATTATTATTATGTTTGTTTG;SOR=1.802;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=0;TCR=18;TR=10;WE=18359994;WS=18359973;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr11	18379446	rs202243676	CA	C	38.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.549;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FS=5.221;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.10;MQRankSum=1.950;QD=0.37;ReadPosRankSum=1.386;SOR=1.392;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:86,20:0.19:106
chr11	18379629	rs4150661	C	A	5623.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=57;NR=82;PP=2925;SC=CTGCCTAAATCAGCTTTAAAA;SOR=0.976;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=139;TCF=57;TCR=82;TR=139;WE=18379637;WS=18379619;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,206:1.00:206
chr11	18382354	.	C	CT	67.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.760;ClippingRankSum=-0.000;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=3.56;ReadPosRankSum=0.924;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,8:0.42:19
chr11	18421237	rs4757652	C	T	199.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-1.029;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=5;PP=52;ReadPosRankSum=-3.003;SC=AAGCAATCCTCCTTCCACTTC;SOR=0.919;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=4;TCR=14;TR=5;WE=18421245;WS=18421227;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,11:0.42:26
chr11	18422113	.	C	CA	44	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;FR=0.5000;HP=5;HapScore=2;MGOF=25;MMLQ=28;MQ=60.0;NF=3;NR=1;PP=44;QD=18.75;SC=GCTTGGGGATCAAAAATTTGA;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=14;TCF=9;TCR=5;TR=4;WE=18422121;WS=18422104;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:10,4:0.29:14
chr11	18424451	rs5030621	C	T	2212.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.712;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=235;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.568;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-5.759;NF=41;NR=44;PP=1100;ReadPosRankSum=1.176;SC=TTATTGGAAGCGGTTGCAATC;SOR=0.802;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=174;TCF=87;TCR=87;TR=85;WE=18424459;WS=18424441;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:120,114:0.49:234
chr11	18424487	rs4820	A	G	2126.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.462;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.083;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-5.268;NF=40;NR=41;PP=1191;ReadPosRankSum=-1.006;SC=TCCGTTACCTAATGGGGGAAA;SOR=0.604;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=163;TCF=76;TCR=87;TR=81;WE=18424502;WS=18424477;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:103,100:0.49:203
chr11	18424590	rs3758680	T	A	1224.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.065;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.372;HP=4;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=23;PP=520;ReadPosRankSum=0.921;SC=TTTTTGTTTTTGAAAAGATTA;SOR=0.502;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=82;TCF=27;TCR=55;TR=36;WE=18424598;WS=18424580;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,59:0.49:121
chr11	18426354	rs139302031	C	CAAAAAAAAA	365.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.936;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=5.081;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.03;MQRankSum=0.000;QD=8.31;ReadPosRankSum=1.861;SOR=0.123;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,16:0.36:44
chr11	18426656	rs6486424	A	T	326.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.523;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.97;ReadPosRankSum=-0.252;SOR=0.871;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,17:0.41:41
chr11	18426796	rs6486425	T	G	568.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.62;BaseQRankSum=-0.166;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=10;PP=184;ReadPosRankSum=0.365;SC=GATTGTCATGTTTTTGCTGTT;SOR=0.635;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=47;TCF=22;TCR=25;TR=19;WE=18426804;WS=18426786;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,35:0.34:103
chr11	18428552	rs56345574	C	CA	153.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.205;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=3.368;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.34;ReadPosRankSum=1.261;SOR=1.449;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,14:0.30:46
chr11	18428637	rs139850943	A	AT,ATTTT	5431.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.095;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=272;ExcessHet=3.0103;FS=0.970;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=21.22;ReadPosRankSum=-1.720;SOR=0.502;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:19,134,103:0.52,0.40:256
chr11	18434159	rs143848190	T	TC	469.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=1.493;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.070;HP=6;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=0;PP=410;ReadPosRankSum=0.991;SC=TTCTTTGGCTTCCCCCCATCC;SOR=1.352;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=45;TCF=38;TCR=7;TR=16;WE=18434167;WS=18434151;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,22:0.44:50
chr11	18434532	rs201993031	CCCTTCCTT	C	334.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.666;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.87;ReadPosRankSum=-2.764;SOR=0.387;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,10:0.38:26
chr11	18434536	rs10766477	T	C	332.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=2.198;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.31;ReadPosRankSum=3.315;SOR=0.770;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,13:0.52:25
chr11	18456225	rs142658881	GA	G	258.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.606;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=10;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.435;NF=12;NR=5;PP=207;ReadPosRankSum=-0.031;SC=ATGTATTCAGGAAAAAAAAAA;SOR=0.495;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=33;TCF=24;TCR=9;TR=17;WE=18456243;WS=18456215;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,19:0.51:37
chr11	18456235	rs4757664	A	T	857.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.932;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.364;NF=28;NR=9;PP=811;ReadPosRankSum=-0.386;SC=GAAAAAAAAAATTTTTTTAAG;SOR=1.455;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=40;TCF=31;TCR=9;TR=37;WE=18456243;WS=18456215;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,38:0.97:39
chr11	18467821	rs2658565	T	C	8496.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=324;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=95;NR=87;PP=2965;SC=TGTGATGGATTTGGTAGGATC;SOR=0.750;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=185;TCF=95;TCR=90;TR=182;WE=18467829;WS=18467811;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,323:1.00:323
chr11	18478112	rs3839960	C	CAG	858.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=1.881;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=1.597;NF=11;NR=6;PP=694;ReadPosRankSum=-0.519;SC=TCCTTCCACACGGGCCCAGGA;SOR=0.803;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=39;TCF=27;TCR=12;TR=17;WE=18478120;WS=18478102;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,24:0.45:53
chr11	18487425	rs2658563	A	G	2652.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=19;NR=62;PP=1728;SC=TCATTACATGAGTATACTGTG;SOR=2.135;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=81;TCF=19;TCR=62;TR=81;WE=18487433;WS=18487415;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr11	18524208	rs2658552	C	T	1297.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-4.155;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.830;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=33;PP=716;ReadPosRankSum=-1.279;SC=GGAAGTTAAGCTTGACATATG;SOR=0.537;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=88;TCF=21;TCR=67;TR=44;WE=18524216;WS=18524198;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,58:0.54:108
chr11	18531028	rs2292176	C	A	308.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=2.260;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.555;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=3;PP=260;ReadPosRankSum=0.456;SC=TATTTTTTTACAAAGGTTTCT;SOR=1.802;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=32;TCF=22;TCR=10;TR=15;WE=18531036;WS=18531018;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,14:0.42:33
chr11	18537800	rs7942548	CA	TG	491.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-2.607;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;JOINED;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=10;PP=440;ReadPosRankSum=1.333;SC=TAAAATTCATCATTATCCTTG;SOR=0.892;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=25;TCF=6;TCR=19;TR=12;WE=18537809;WS=18537790;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,14:0.54:26
chr11	18548574	rs1857908	T	C	3904.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=30;NR=101;PP=2444;SC=AGGGGCCTGGTGGGGTGGGTT;SOR=2.387;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=131;TCF=30;TCR=101;TR=131;WE=18548582;WS=18548564;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,143:1.00:143
chr11	18557650	rs56104322	C	G	1031.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.925;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.618;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=12;PP=457;ReadPosRankSum=-1.973;SC=CACTGCACTCCAGCCTGGTGA;SOR=0.896;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=58;TCF=33;TCR=25;TR=30;WE=18557658;WS=18557640;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,51:0.52:99
chr11	18585550	.	TAAA	T	103.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.639;ClippingRankSum=0.000;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=8.972;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.53;ReadPosRankSum=0.582;SOR=2.719;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,11:0.27:41
chr11	18586344	rs3832729	C	CAT	2849.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.712;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.529;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.570;NF=32;NR=12;PP=1919;ReadPosRankSum=-0.963;SC=GGTTTTCCCACGACAAAATGA;SOR=0.871;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=84;TCF=57;TCR=27;TR=44;WE=18586352;WS=18586334;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,75:0.56:135
chr11	18591715	rs11445836	T	TA	94.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.068;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FS=1.246;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.11;ReadPosRankSum=0.413;SOR=0.440;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:66,19:0.22:85
chr11	18631527	rs11024731	T	C	3050.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.434;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=288;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.028;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=55;PP=1610;ReadPosRankSum=-1.135;SC=TAAAGGGTATTTGTCAATATA;SOR=0.566;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=180;TCF=72;TCR=108;TR=95;WE=18631535;WS=18631517;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:133,143:0.52:276
chr11	18632984	rs10128711	T	C	9636.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=366;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=120;NR=111;PP=2965;SC=AAGGAATTTTTAGGACATTTT;SOR=0.750;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=233;TCF=121;TCR=112;TR=231;WE=18632992;WS=18632974;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,358:1.00:358
chr11	18633971	rs11605097	G	A	2939.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.592;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=313;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.874;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=60;PP=1545;ReadPosRankSum=3.262;SC=CATCATCATCGTCATCTTCCT;SOR=0.763;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=183;TCF=88;TCR=95;TR=112;WE=18633979;WS=18633961;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:152,149:0.50:301
chr11	18720304	rs7946446	C	G	1458.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=41;NR=12;PP=1034;SC=GACAGAACCCCGGCGCCGGGC;SOR=2.345;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=53;TCF=41;TCR=12;TR=53;WE=18720312;WS=18720294;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr11	18720635	rs117159257	C	T	36.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-0.544;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=3;PP=25;ReadPosRankSum=-1.150;SC=ACTCGCGGCGCCCCTCCTCGC;SOR=1.179;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=3;WE=18720643;WS=18720625;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,3:0.25:12
chr11	18728650	rs2289965	T	C	3331.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.315;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=416;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=52;PP=1117;ReadPosRankSum=-0.590;SC=TTCATGATGATGTAGTGAGCC;SOR=0.668;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=237;TCF=117;TCR=120;TR=102;WE=18728658;WS=18728640;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:233,178:0.43:411
chr11	18730895	rs11024768	A	G	1164.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=28;NR=3;PP=907;SC=TGGAGGTACAATGTTGGGCAT;SOR=3.797;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=31;TCF=28;TCR=3;TR=31;WE=18730903;WS=18730890;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr11	18732426	rs4237728	T	G	3905.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=30;NR=73;PP=2119;SC=CATGTAGATATTTGCCCACCT;SOR=1.593;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=103;TCF=30;TCR=73;TR=103;WE=18732434;WS=18732416;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,141:1.00:141
chr11	18733521	rs7128042	C	T	1358.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=37;NR=4;PP=1061;SC=ATGAGACAGCCAGAGAGATGT;SOR=3.767;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=41;TCF=37;TCR=4;TR=41;WE=18733529;WS=18733515;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr11	18733579	rs10832972	T	C	3540.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=62;NR=30;PP=1896;SC=GCTTAAGGTCTCCATGCTGAC;SOR=1.416;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=92;TCF=62;TCR=30;TR=92;WE=18733587;WS=18733569;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chr11	18735321	rs10766493	A	C	1244.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=28;NR=4;PP=843;SC=CTGGCCTCCTACTCAGCCTGC;SOR=3.003;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=32;TCF=28;TCR=4;TR=32;WE=18735329;WS=18735311;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr11	18735396	rs10741752	G	T	3820.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=65;NR=24;PP=1846;SC=GCCCTGCCCTGACCCAGCACA;SOR=1.644;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=89;TCF=65;TCR=24;TR=89;WE=18735404;WS=18735386;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,138:1.00:138
chr11	18735753	rs7106673	G	A	9806.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=360;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=125;NR=125;PP=2965;SC=CCCATGGGGCGGGGGAGAAGC;SOR=0.716;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=252;TCF=125;TCR=127;TR=250;WE=18735761;WS=18735743;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,356:1.00:356
chr11	18735947	rs7125943	T	C	15656.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=571;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=268;NR=155;PP=2965;SC=ACAATCTGCATGCCTGGCAAG;SOR=1.187;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=423;TCF=268;TCR=155;TR=423;WE=18735955;WS=18735937;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,565:1.00:565
chr11	18736247	rs4265581	G	A	5688.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=14;NR=142;PP=2965;SC=GGCTGGTAGCGATGGTCATGG;SOR=3.962;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=157;TCF=14;TCR=143;TR=156;WE=18736255;WS=18736237;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,178:1.00:178
chr11	18736942	rs3887900	G	A	1616.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-1.839;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=10;PP=1025;ReadPosRankSum=-0.686;SC=CAGGGTCAGGGGGATTGGTCA;SOR=1.179;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=49;TCF=39;TCR=10;TR=48;WE=18736950;WS=18736932;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,58:0.98:59
chr11	18737095	rs4424652	C	T	8813.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.308;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=347;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.115;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=114;NR=104;PP=2965;ReadPosRankSum=1.540;SC=CAGCTCTGCTCGCTTGCCCTC;SOR=0.310;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=221;TCF=114;TCR=107;TR=218;WE=18737103;WS=18737085;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,335:1.00:336
chr11	18738281	rs10766494	C	T	3492.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=83;NR=17;PP=2275;SC=TCACGGTCAACAGTGAGCTGG;SOR=2.953;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=100;TCF=83;TCR=17;TR=100;WE=18738289;WS=18738271;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr11	18738603	rs10766495	G	A	4961.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=33;NR=101;PP=2843;SC=GAGGGGTGGAGTGGTGAAGAG;SOR=1.687;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=134;TCF=33;TCR=101;TR=134;WE=18738611;WS=18738593;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,187:1.00:187
chr11	18741910	.	CT	C	49.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.144;ClippingRankSum=0.000;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.84;ReadPosRankSum=0.532;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,8:0.30:27
chr11	18751041	rs1550870	C	T	2865.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=34;NR=33;PP=1176;SC=GGATGTCCACCACACCCTCCT;SOR=0.693;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=68;TCF=34;TCR=34;TR=67;WE=18751049;WS=18751031;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr11	18763698	rs4757706	A	G	1982.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=41;NR=8;PP=1237;SC=GCTAAGCTATAAGGCCAGCTC;SOR=2.303;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=49;TCF=41;TCR=8;TR=49;WE=18763706;WS=18763688;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr11	18765771	rs200351695	C	T	560.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=1.129;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=12;PP=287;ReadPosRankSum=-0.511;SC=CCATGCGGGCCGATGACTCCG;SOR=0.775;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=12;TCR=21;TR=19;WE=18765779;WS=18765761;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,25:0.61:41
chr11	18770822	rs921082	T	C	2123.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-1.116;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.447;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=26;PP=1085;ReadPosRankSum=0.196;SC=GGGCTCCTCATGGACTCACCT;SOR=0.463;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=147;TCF=103;TCR=44;TR=76;WE=18770830;WS=18770812;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:97,100:0.51:197
chr11	18771041	rs2028897	G	C	696.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.428;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.81;ReadPosRankSum=-0.250;SOR=0.573;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,34:0.58:59
chr11	18793360	rs4075664	T	C	1086.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=32;NR=4;PP=843;SC=GCTGGTTTCATGGAAAAGGAA;SOR=3.442;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=36;TCF=32;TCR=4;TR=36;WE=18793368;WS=18793352;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr11	18793399	rs4075663	G	A	706.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-1.254;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.153;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=12;PP=450;ReadPosRankSum=-1.273;SC=CATGAGAATGGGTCACGTGTC;SOR=0.273;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=63;TCF=42;TCR=21;TR=32;WE=18793407;WS=18793389;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,34:0.51:67
chr11	18793685	rs77383503	C	T	673.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.363;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.248;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=18;PP=470;ReadPosRankSum=0.479;SC=CAACAATTTGCTTTCAGGTAG;SOR=0.973;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=34;TCF=7;TCR=27;TR=23;WE=18793693;WS=18793675;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,28:0.58:48
chr11	18885067	rs36002518	C	T	3150.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.309;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=307;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.882;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=51;PP=1414;ReadPosRankSum=-0.029;SC=CTCAAAGTGCCGTCTGACTGA;SOR=0.623;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=187;TCF=87;TCR=100;TR=96;WE=18885075;WS=18885057;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:142,155:0.52:297
chr11	18955744	rs11599929	C	T	6237.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-2.119;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=579;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.522;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-1.935;NF=123;NR=89;PP=2957;ReadPosRankSum=-0.032;SC=TCAGCAGGACCAGGCTGGACC;SOR=0.733;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=430;TCF=245;TCR=185;TR=212;WE=18955752;WS=18955734;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:277,297:0.52:574
chr11	18955861	rs72890000	C	T	7283.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.134;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=787;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.521;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NR=128;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.531;SC=ATAACATCCACTCCAGGATGC;SOR=0.650;Source=Platypus;TCR=277;WE=18955869;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:405,376:0.48:781
chr11	18978456	rs7106147	G	A	3875.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-3.817;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=332;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.333;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=87;NR=51;PP=2159;ReadPosRankSum=0.449;SC=GGGAAACGATGCACGTCAGCC;SOR=0.613;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=250;TCF=158;TCR=92;TR=138;WE=18978464;WS=18978446;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:154,176:0.53:330
chr11	18978501	rs12363322	C	A	4768.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.663;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=495;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.233;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=1.356;NF=96;NR=61;PP=2424;ReadPosRankSum=-0.008;SC=AGCAAGGAGTCTCCTCACGTC;SOR=0.935;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=336;TCF=193;TCR=143;TR=157;WE=18978509;WS=18978491;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:255,233:0.48:488
chr11	18994005	rs7114481	T	C	5866.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=67;NR=69;PP=2498;SC=TGAGGCGGAATGTATAACGTG;SOR=0.748;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=137;TCF=67;TCR=70;TR=136;WE=18994013;WS=18993995;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,224:1.00:224
chr11	19167850	rs2271001	A	G	3327.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=2.116;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=345;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.536;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=67;PP=1657;ReadPosRankSum=0.672;SC=GATCTTGTAAAGTAAGATGGG;SOR=0.888;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=212;TCF=88;TCR=124;TR=110;WE=19167858;WS=19167840;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:173,165:0.49:338
chr11	19169319	rs146892489	T	TC	99.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.546;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.49;ReadPosRankSum=-1.589;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,14:0.35:40
chr11	19186826	rs2042687	A	T	317.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=2.323;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=12;PP=238;ReadPosRankSum=-1.658;SC=GGGCCCATGCATCGTTATTAT;SOR=0.257;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=24;TCF=1;TCR=23;TR=13;WE=19186834;WS=19186816;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,13:0.54:24
chr11	19188122	rs2242458	A	G	430.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=13;PP=342;SC=GTTAGTTCTCAGTACTTTAGG;SOR=2.448;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=16;TCF=3;TCR=13;TR=16;WE=19188130;WS=19188112;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr11	19191851	.	A	G	148	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=31;MMLQ=22;MQ=59.38;NF=11;NR=1;PP=148;QD=15.2309343789;SC=GATCTGTGCCATACTTTCTCT;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=21;TCF=19;TCR=2;TR=12;WE=19191859;WS=19191841;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:9,12:0.57:21
chr11	19194141	rs7111850	T	C	497.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=15;NR=1;PP=425;SC=TTTTTCTTTGTCCCTTTTCAA;SOR=4.174;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=18;TCF=17;TCR=1;TR=16;WE=19194149;WS=19194131;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr11	19197349	.	C	CT	59.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.268;ClippingRankSum=0.000;DP=224;ExcessHet=3.0103;FS=0.761;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.05;MQRankSum=2.378;QD=0.27;ReadPosRankSum=0.629;SOR=0.787;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:183,35:0.16:218
chr11	19206426	rs2288251	A	T	3000.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.299;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=310;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.377;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=29;PP=1155;ReadPosRankSum=-0.867;SC=ACCTCCAGGCATGAACGTAAT;SOR=0.608;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=178;TCF=108;TCR=70;TR=74;WE=19206434;WS=19206416;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:156,146:0.48:302
chr11	19251289	rs12273001	C	G	1765.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=2.106;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=31;PP=849;ReadPosRankSum=0.135;SC=CTTGGGGTGGCGTCACACTTT;SOR=0.690;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=154;TCF=69;TCR=85;TR=56;WE=19251297;WS=19251279;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:135,87:0.39:222
chr11	19251704	rs12273302	G	A	220.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-2.454;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=5;PP=152;ReadPosRankSum=-0.084;SC=CAAGGCTAGGGCTTCTTCTCA;SOR=0.446;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=22;TCF=12;TCR=10;TR=10;WE=19251712;WS=19251694;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,10:0.45:22
chr11	19252427	rs793252	G	T	1236.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-3.212;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=34;PP=686;ReadPosRankSum=0.160;SC=TGGCTCAGTTGGCTTTTGGGA;SOR=0.693;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=93;TCF=25;TCR=68;TR=46;WE=19252435;WS=19252417;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,60:0.50:120
chr11	19256250	rs793269	C	T	2578.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=36;NR=27;PP=1475;SC=AGACAGAGGACAAATGCCATG;SOR=0.959;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=64;TCF=37;TCR=27;TR=63;WE=19256258;WS=19256240;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr11	19263370	.	CT	C	230.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.009;ClippingRankSum=0.000;DP=162;ExcessHet=3.0103;FS=0.850;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.52;ReadPosRankSum=1.315;SOR=0.807;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:105,47:0.31:152
chr11	19372616	rs10655705	G	GGA	6429.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=80;PP=2957;SC=TTATGGTGCTGATTGCTAAGT;SOR=1.691;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=94;TCF=7;TCR=87;TR=86;WE=19372624;WS=19372605;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,147:1.00:147
chr11	19735987	rs2278132	A	G	2730.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.193;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=329;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=67;PP=1508;ReadPosRankSum=0.027;SC=AGAAAAGGGGATCGCGGGTGG;SOR=0.702;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=236;TCF=78;TCR=158;TR=100;WE=19735995;WS=19735977;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:193,135:0.41:328
chr11	19798951	rs200083334	C	CT	654.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.349;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FS=4.006;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.08;MQRankSum=0.000;QD=5.24;ReadPosRankSum=0.931;SOR=1.121;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:74,51:0.41:125
chr11	19799114	rs144641213	C	T	1230.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.141;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.405;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=23;PP=595;ReadPosRankSum=-0.089;SC=TACTTTTTAACCCCCCACCCC;SOR=0.369;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=99;TCF=42;TCR=57;TR=43;WE=19799122;WS=19799104;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,62:0.47:133
chr11	19853992	rs12364204	A	T	3055.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.800;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=20;PP=1610;ReadPosRankSum=1.284;SC=AGGGGATCCGACTGGCTTCCT;SOR=0.680;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=77;TCF=57;TCR=20;TR=76;WE=19854000;WS=19853982;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,111:0.99:112
chr11	19854088	rs6483617	G	A	7496.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-2.335;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=294;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=97;NR=71;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.549;SC=CGTCTCATCAGGGATCTCCAG;SOR=0.309;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=169;TCF=98;TCR=71;TR=168;WE=19854096;WS=19854078;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,289:1.00:290
chr11	19890705	rs11025302	C	T	1561.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=10;NR=42;PP=1139;SC=TTGAGGATGCCAAGGACTCAC;SOR=2.670;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=52;TCF=10;TCR=42;TR=52;WE=19890713;WS=19890695;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr11	19901632	rs11025310	G	A	9471.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.873;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=362;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=81;NR=138;PP=2965;ReadPosRankSum=0.489;SC=ACCAGCCAGCGCCACATCAGC;SOR=1.081;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=219;TCF=81;TCR=138;TR=219;WE=19901640;WS=19901622;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,355:0.99:357
chr11	19955500	rs1372989	A	G	10852.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=400;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=117;NR=136;PP=2965;SC=CAGGAATGAAAAGCATGCCCG;SOR=0.767;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=257;TCF=120;TCR=137;TR=253;WE=19955508;WS=19955490;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,392:1.00:392
chr11	19961457	rs11423145	C	CT	866.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-0.332;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=14;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=27;PP=493;ReadPosRankSum=0.267;SC=AACTTTCTTTCTTTTTTTTTT;SOR=1.473;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=37;TCF=2;TCR=35;TR=29;WE=19961465;WS=19961447;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,43:0.93:46
chr11	19970501	rs11025335	T	C	11744.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.037;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=475;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=131;NR=189;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.610;SC=GTGTCTGCCATGTGGACGTCT;SOR=0.971;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=324;TCF=133;TCR=191;TR=320;WE=19970509;WS=19970491;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,461:0.99:465
chr11	19970558	rs2585773	T	C	6284.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=241;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=31;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=47;NR=122;PP=2965;SC=TCAGCATGGATGCCCCCGGCT;SOR=1.580;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=169;TCF=47;TCR=122;TR=169;WE=19970566;WS=19970548;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,238:1.00:238
chr11	19970579	rs2707084	C	T	5073.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=35;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=33;NR=99;PP=2876;SC=ACATGAGCGACGGGGATGTTC;SOR=1.744;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=132;TCF=33;TCR=99;TR=132;WE=19970587;WS=19970569;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,182:1.00:182
chr11	20005845	rs35295670	GC	G	844.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-1.169;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.804;HP=5;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQ=60.14;MQRankSum=1.108;NF=1;NR=23;PP=808;ReadPosRankSum=0.416;SC=TCCCAGGGGGGCCCTGAGAAA;SOR=0.295;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=53;TCF=1;TCR=52;TR=24;WE=20005853;WS=20005835;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,31:0.46:67
chr11	20005870	rs2568116	T	C	587.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=3.665;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=20;PP=484;ReadPosRankSum=-1.000;SC=GGTTATGATATTGGGAGAGTG;SOR=0.648;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=41;TCF=3;TCR=38;TR=22;WE=20005878;WS=20005860;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,22:0.49:45
chr11	20057371	rs6483634	T	G	4542.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=83;NR=41;PP=2725;SC=CACATCTGAGTCAAGAGAGCT;SOR=1.373;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=124;TCF=83;TCR=41;TR=124;WE=20057379;WS=20057361;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,161:1.00:161
chr11	20065673	rs3802799	G	T	3663.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.171;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=342;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.396;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=59;PP=1688;ReadPosRankSum=-0.472;SC=TGTCTGACGAGTCCGACAAAA;SOR=0.715;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=219;TCF=109;TCR=110;TR=116;WE=20065681;WS=20065663;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:157,179:0.53:336
chr11	20065779	rs3802800	C	G	5801.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=48;NR=86;PP=2837;SC=AAGGACGAAGCCTTCAGCCCC;SOR=1.136;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=134;TCF=48;TCR=86;TR=134;WE=20065787;WS=20065769;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,214:1.00:214
chr11	20066355	rs10219212	G	A	86.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.207;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.823;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=0;PP=36;ReadPosRankSum=0.945;SC=AAGGCTCACGGTACATTAGTA;SOR=1.751;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=13;TCR=3;TR=4;WE=20066363;WS=20066348;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,5:0.28:18
chr11	20067064	rs7125647	C	T	4725.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-1.774;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=568;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=78;NR=76;PP=2147;ReadPosRankSum=-0.569;SC=ACCAAACAGACAAGGAGAAAG;SOR=0.689;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=338;TCF=169;TCR=169;TR=154;WE=20067072;WS=20067054;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:318,245:0.44:563
chr11	20072779	rs6483635	C	T	8419.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=318;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.99;SOR=1.082;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,312:1.00:312
chr11	20099112	rs4757028	A	T	7947.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=311;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=109;NR=107;PP=2965;SC=ACCTTGTGGCAGCCTTTGAAC;SOR=0.693;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=217;TCF=109;TCR=108;TR=216;WE=20099120;WS=20099102;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,302:1.00:302
chr11	20099399	rs6483641	G	T	997.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=23;NR=6;PP=798;SC=TTATGTGTTTGTTCATGCCTG;SOR=2.694;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=23;TCR=6;TR=29;WE=20099407;WS=20099391;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr11	20099449	rs12146551	C	T	2818.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=61;NR=18;PP=1876;SC=ACTTCATTCCCGCTCCTCCTG;SOR=2.006;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=80;TCF=61;TCR=19;TR=79;WE=20099457;WS=20099439;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr11	20099541	rs6483642	C	T	7292.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=281;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=92;NR=69;PP=2965;SC=TTCCCTAGGACTCAGAACTGA;SOR=0.846;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=161;TCF=92;TCR=69;TR=161;WE=20099549;WS=20099531;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,278:1.00:278
chr11	20099767	rs7121301	A	C	1782.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.46;SOR=3.109;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr11	20101704	rs1867114	C	T	5432.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=54;NR=56;PP=2062;SC=GCCACTCCAGCGTGGGCAGCA;SOR=0.712;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=110;TCF=54;TCR=56;TR=110;WE=20101712;WS=20101694;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,210:1.00:210
chr11	20101744	rs1867115	C	A	5060.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=48;NR=54;PP=1796;SC=GAAGAAGAAGCGGAAGAACTG;SOR=0.754;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=102;TCF=48;TCR=54;TR=102;WE=20101752;WS=20101734;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,200:1.00:200
chr11	20101924	rs1867116	T	G	204.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=7;PP=165;SC=AAATCAATATTGTACTCAGCA;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=7;WE=20101932;WS=20101914;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr11	20104669	rs2028570	G	A	4662.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=47;NR=58;PP=1944;SC=CAAAGTTACCGCACAATGGGT;SOR=0.824;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=105;TCF=47;TCR=58;TR=105;WE=20104677;WS=20104659;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,177:1.00:177
chr11	20112492	rs1837971	G	A	3478.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=29;NR=45;PP=1425;SC=TGAAGCTGACGGATATCCGCT;SOR=0.983;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=74;TCF=29;TCR=45;TR=74;WE=20112500;WS=20112482;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr11	20117232	rs2289566	T	C	5470.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.889;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=554;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=78;NR=75;PP=2201;ReadPosRankSum=-2.867;SC=CCAGACCACATCTCTTTCTTA;SOR=0.658;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=320;TCF=166;TCR=154;TR=153;WE=20117240;WS=20117222;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:275,276:0.50:551
chr11	20119298	rs2289564	G	T	1289.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.250;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.104;HP=2;HapScore=3;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=20;PP=1305;ReadPosRankSum=-0.827;SC=AAAGGTAATTGAGCTTGTTGC;SOR=0.460;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=93;TCF=38;TCR=55;TR=35;WE=20119320;WS=20119288;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,62:0.45:137
chr11	20119312	rs2289563	A	G	1112.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.527;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.698;HP=1;HapScore=3;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=22;PP=1305;ReadPosRankSum=-0.250;SC=TTGTTGCAGAAGTCGGAGCTT;SOR=0.567;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=86;TCF=32;TCR=54;TR=35;WE=20119320;WS=20119288;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,53:0.44:121
chr11	20119407	rs2289562	G	T	527.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=0.806;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.394;HP=3;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=14;PP=270;ReadPosRankSum=-0.838;SC=TGGGCTGCTTGTCTCCCTTCT;SOR=0.412;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=36;TCF=7;TCR=29;TR=17;WE=20119415;WS=20119397;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,24:0.52:46
chr11	20122392	rs2245314	C	A	2549.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=67;NR=10;PP=1846;SC=GGAGAGGAATCACCTCAGGTC;SOR=3.083;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=77;TCF=67;TCR=10;TR=77;WE=20122400;WS=20122382;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr11	20124914	rs2243411	A	C	11427.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=441;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=130;NR=129;PP=2965;SC=GCTCTCTGGGAGAGATCTTCA;SOR=0.707;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=260;TCF=130;TCR=130;TR=259;WE=20124922;WS=20124904;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,439:1.00:439
chr11	20127046	rs11025385	C	A	2728.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-2.167;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=30;PP=1508;ReadPosRankSum=1.765;SC=TCACCATCATCAGCTTGAAAA;SOR=0.441;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=82;TCF=52;TCR=30;TR=81;WE=20127054;WS=20127036;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,105:0.99:106
chr11	20129075	rs4757890	G	A	599.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=15;NR=5;PP=392;SC=GTATACCTGCGTTCAGGCCTC;SOR=1.931;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=15;TCR=5;TR=20;WE=20129083;WS=20129072;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr11	20129311	rs35891966	G	A	1710.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.152;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=33;PP=841;ReadPosRankSum=0.708;SC=CCTGGAAGCCGTCAGAGAAGG;SOR=0.646;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=104;TCF=48;TCR=56;TR=62;WE=20129319;WS=20129301;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,84:0.55:153
chr11	20385228	rs3808991	T	C	766.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=8;PP=434;SC=GGAGTTCGTCTCCAGGTCCCG;SOR=1.255;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=23;TCF=15;TCR=8;TR=22;WE=20385236;WS=20385218;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr11	20385620	rs79794774	C	T	38.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.036;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=7.75;ReadPosRankSum=0.842;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,3:0.60:5
chr11	20398034	rs10741834	T	C	6912.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=266;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=105;NR=56;PP=2965;SC=TCCATCCTTCTAGGCCTCCCA;SOR=1.210;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=162;TCF=106;TCR=56;TR=161;WE=20398042;WS=20398024;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,254:1.00:254
chr11	20403825	rs7926967	A	T	2136.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=25;NR=37;PP=1125;SC=TATGCCACTGATGGTTAATCC;SOR=0.961;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=62;TCF=25;TCR=37;TR=62;WE=20403833;WS=20403815;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr11	20403904	rs10766664	G	C	717.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=19;PP=536;SC=ACATTGGCTAGAGGTAGATTG;SOR=2.494;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=4;TCR=19;TR=23;WE=20403912;WS=20403894;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr11	20404506	rs2403587	T	C	650.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.279;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=2.422;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.33;ReadPosRankSum=-0.875;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,45:0.71:63
chr11	20404613	rs3824886	T	G	4111.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=59;NR=38;PP=2215;SC=CTTGGGCCAGTGGGCATTCTG;SOR=1.058;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=97;TCF=59;TCR=38;TR=97;WE=20404621;WS=20404603;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,145:1.00:145
chr11	20404757	rs3781679	T	C	8537.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=324;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=95;NR=103;PP=2965;SC=CATGACCACATTGGAGAAATG;SOR=0.725;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=198;TCF=95;TCR=103;TR=198;WE=20404765;WS=20404747;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,317:1.00:317
chr11	20411199	rs56308542	TAAAA	T	2308.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=15;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=18;NR=14;PP=411;SC=CCAGCAGAGTTAAAAAAAAAA;SOR=1.519;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=37;TCF=22;TCR=15;TR=32;WE=20411211;WS=20411189;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr11	20411418	rs7937501	G	C	3586.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.21;SOR=1.816;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr11	20411424	rs7937204	A	G	3437.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.07;SOR=1.863;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr11	20419028	rs7934372	T	C	3201.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=67;NR=19;PP=2071;SC=CATCACACTGTACTCCCTCCC;SOR=2.115;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=86;TCF=67;TCR=19;TR=86;WE=20419036;WS=20419018;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr11	20424326	rs10833319	A	G	1175.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=26;NR=2;PP=789;SC=TTTCTTAGGAAAAAAATAAGC;SOR=3.145;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=28;TCF=26;TCR=2;TR=28;WE=20424334;WS=20424316;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr11	20429454	rs10741836	T	C	4250.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=59;NR=36;PP=1940;SC=TTAATTACCCTAGGTAGTTTT;SOR=1.049;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=96;TCF=60;TCR=36;TR=95;WE=20429462;WS=20429444;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,161:1.00:161
chr11	20448531	rs12797994	G	A	363.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=3;NR=7;PP=187;SC=TATTTTTTAAGTAGCTACATT;SOR=1.329;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=3;TCR=7;TR=10;WE=20448539;WS=20448521;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr11	20473655	rs1001669	T	G	1317.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=20;NR=10;PP=667;SC=TAAACTCTTTTTTTCCCCTTT;SOR=0.963;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=30;TCF=20;TCR=10;TR=30;WE=20473663;WS=20473645;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr11	20483748	rs3758803	T	C	1566.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=3.064;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=44;PP=1215;ReadPosRankSum=1.076;SC=TTTATAATGGTATTGCTATTT;SOR=0.764;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=84;TCF=15;TCR=69;TR=56;WE=20483756;WS=20483738;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,64:0.58:110
chr11	20485947	.	G	GT	34.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.230;ClippingRankSum=0.000;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=3.322;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.52;MQRankSum=2.996;QD=0.60;ReadPosRankSum=0.546;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:47,11:0.19:58
chr11	20515555	rs6483697	G	A	2202.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=39;NR=24;PP=1401;SC=TAATTATTACGGAAGTACATT;SOR=1.179;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=63;TCF=39;TCR=24;TR=63;WE=20515563;WS=20515545;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr11	20529886	rs6483700	G	A	6714.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=254;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=107;NR=59;PP=2965;SC=GTTCACAAGAGTAAGAAAGAT;SOR=1.183;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=167;TCF=108;TCR=59;TR=166;WE=20529894;WS=20529876;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,246:1.00:246
chr11	20623007	rs7109418	C	T	9820.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=363;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=127;NR=125;PP=2965;SC=CCGGGAGCTCCGGGCCCGGCA;SOR=0.710;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=255;TCF=129;TCR=126;TR=252;WE=20623015;WS=20622997;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,359:1.00:359
chr11	20623023	rs2241941	C	T	10570.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=400;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=33;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=137;NR=127;PP=2965;SC=CGGCAACGCGCTGCACTGTAA;SOR=0.745;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=265;TCF=138;TCR=127;TR=264;WE=20623031;WS=20623013;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,396:1.00:396
chr11	20623042	rs1443548	T	C	12773.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=468;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=33;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=149;NR=149;PP=2965;SC=AAGATCCCTTTTCTGCGAGGC;SOR=0.719;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=300;TCF=150;TCR=150;TR=298;WE=20623050;WS=20623032;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,464:1.00:464
chr11	20623156	rs1443549	C	G	9140.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=342;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=100;NR=123;PP=2965;SC=GTGGTGCTGGCCACGGATGGA;SOR=0.872;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=223;TCF=100;TCR=123;TR=223;WE=20623164;WS=20623146;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,338:1.00:338
chr11	20628407	rs72927519	C	G	1127.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=28;NR=4;PP=849;SC=GTTGCTGAAACAGGACATCAA;SOR=3.321;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=32;TCF=28;TCR=4;TR=32;WE=20628415;WS=20628397;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr11	20628479	rs2278649	T	C	3913.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.810;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=71;NR=40;PP=2189;ReadPosRankSum=0.332;SC=GCTCAGCCCCTAGCCCAGAGG;SOR=0.552;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=111;TCF=71;TCR=40;TR=111;WE=20628487;WS=20628469;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,142:0.99:143
chr11	20639400	rs7925597	A	G	4627.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=46;NR=58;PP=1827;SC=TGTATGCATCATTGGCTAAAG;SOR=0.809;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=104;TCF=46;TCR=58;TR=104;WE=20639408;WS=20639390;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,180:1.00:180
chr11	20639457	rs11025653	A	G	2983.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.836;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=44;PP=1471;ReadPosRankSum=-1.508;SC=ATCTAAGAGAAAGCTGTGAGA;SOR=1.109;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=68;TCF=24;TCR=44;TR=67;WE=20639465;WS=20639447;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,112:0.98:114
chr11	20648418	rs4923548	C	T	2867.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=24;NR=56;PP=1710;SC=TATAACCAGCCCTGGGGGAGT;SOR=1.609;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=80;TCF=24;TCR=56;TR=80;WE=20648426;WS=20648408;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr11	20652148	rs111750026	CAT	C	2967.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=29;NR=12;PP=1877;SC=TGCAGACAAACATGTGGGCAC;SOR=2.239;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=46;TCF=31;TCR=15;TR=41;WE=20652157;WS=20652138;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr11	20660149	rs72932948	C	T	3755.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.825;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=53;PP=1796;ReadPosRankSum=-1.032;SC=GCTTGAGTGTCGGTAAGGCAT;SOR=1.063;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=85;TCF=32;TCR=53;TR=85;WE=20660157;WS=20660139;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,143:0.99:145
chr11	20673832	rs72932998	C	A	1624.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.535;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.370;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=21;PP=821;ReadPosRankSum=-0.772;SC=TTTCTCTTTCCAGTTTATCCT;SOR=0.564;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=89;TCF=56;TCR=33;TR=53;WE=20673840;WS=20673822;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,77:0.56:138
chr11	20676417	rs1401793	C	T	3441.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.319;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=385;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.875;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=60;PP=1501;ReadPosRankSum=0.455;SC=AGTGCTAGTCCAGTGGTGTGG;SOR=0.819;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=253;TCF=122;TCR=131;TR=108;WE=20676425;WS=20676407;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:204,175:0.46:379
chr11	20699315	rs34330747	T	G	525.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=2.353;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.677;HP=4;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=3;PP=342;ReadPosRankSum=-0.035;SC=ATTAGCGGGGTAAGGGAGCAA;SOR=0.418;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=35;TCF=30;TCR=5;TR=18;WE=20699323;WS=20699307;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,21:0.57:37
chr11	20699394	rs1793003	C	G	946.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=1.993;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.494;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=11;PP=634;ReadPosRankSum=0.713;SC=TCCTTGTATTCCCTGCCACTC;SOR=1.075;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=99;TCF=66;TCR=33;TR=39;WE=20699402;WS=20699384;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,47:0.37:127
chr11	20805286	rs8176785	G	A	4588.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.013;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=413;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.27;ReadPosRankSum=-1.219;SOR=0.725;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:192,215:0.53:407
chr11	20805335	rs2280363	C	T	4362.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.226;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=491;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.523;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=71;PP=1951;ReadPosRankSum=-0.197;SC=AGAAGCCATCCACTTCAGGAG;SOR=0.776;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=290;TCF=135;TCR=155;TR=131;WE=20805343;WS=20805325;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:270,218:0.45:488
chr11	20949115	rs2293241	C	T	1307.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=35;PP=1004;SC=TACCTAGCACCCACTAGCCAT;SOR=4.125;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=39;TCF=4;TCR=35;TR=39;WE=20949123;WS=20949105;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr11	20949763	rs4363596	C	T	598.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=17;NR=0;PP=531;SC=TCATTCGGGCCGGAGAAAACA;SOR=5.892;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=17;TCR=0;TR=17;WE=20949771;WS=20949753;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr11	20959185	rs1880088	A	T	1302.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=33;NR=5;PP=898;SC=CCTCCACACAATTCCTTTCAC;SOR=3.467;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=33;TCR=5;TR=38;WE=20959193;WS=20959177;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr11	20959429	rs1880087	T	C	6644.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=242;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=63;NR=97;PP=2965;SC=TTATGGTCCCTATCACTTCTG;SOR=1.034;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=160;TCF=63;TCR=97;TR=160;WE=20959437;WS=20959419;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,242:1.00:242
chr11	20959482	rs1880086	G	C	3946.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=36;NR=67;PP=2238;SC=TGAGGTTCTTGAGTGGGGCAT;SOR=1.260;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=103;TCF=36;TCR=67;TR=103;WE=20959490;WS=20959472;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,143:1.00:143
chr11	20959533	rs1880085	G	A	1874.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=38;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=38;PP=1111;SC=ACTCTCTGCGGTGGGTTGGAT;SOR=1.875;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=51;TCF=13;TCR=38;TR=51;WE=20959541;WS=20959523;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr11	21305927	rs4151053	T	C	7189.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=278;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=78;NR=97;PP=2965;SC=CAAGTCTTTGTGCATTGCTGA;SOR=0.807;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=175;TCF=78;TCR=97;TR=175;WE=21305935;WS=21305917;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,275:1.00:275
chr11	21306113	rs4151054	A	C	1171.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.419;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.664;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=29;PP=571;ReadPosRankSum=0.362;SC=CAATGCAGTGAGTATCCCAGC;SOR=0.789;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=91;TCF=32;TCR=59;TR=45;WE=21306121;WS=21306103;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,61:0.47:131
chr11	21581665	rs7119475	C	T	1802.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=38;NR=10;PP=1075;SC=AATGCTACTGCAAATGATGGT;SOR=1.963;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=48;TCF=38;TCR=10;TR=48;WE=21581673;WS=21581655;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr11	21581805	rs8176789	C	T	5672.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.763;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=74;NR=72;PP=2861;ReadPosRankSum=-0.981;SC=TGGCAGGGGGCTTTGACTGTC;SOR=0.693;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=146;TCF=74;TCR=72;TR=146;WE=21581813;WS=21581795;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,216:0.99:218
chr11	21581997	rs8176790	C	T	1123.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=2.203;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.033;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=26;PP=729;ReadPosRankSum=2.108;SC=TTCTACCTCCCCAGCTCTCTC;SOR=2.613;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=32;TCF=5;TCR=27;TR=30;WE=21582005;WS=21581987;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,39:0.95:41
chr11	21592228	rs4922847	C	A	2125.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=42;NR=19;PP=1286;SC=GGTGACCAAACATCCAAGAAG;SOR=1.432;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=61;TCF=42;TCR=19;TR=61;WE=21592236;WS=21592218;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr11	22297606	rs5790245	AT	A	1368.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.530;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.13;MQRankSum=0.291;QD=16.90;ReadPosRankSum=-1.602;SOR=1.082;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:5,76:0.94:81
chr11	22297770	rs11026488	G	C	7165.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-2.137;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=284;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=85;NR=96;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.710;SC=ACTTTCATTCGAGTTACTCTC;SOR=0.753;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=183;TCF=86;TCR=97;TR=181;WE=22297778;WS=22297760;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,274:0.99:276
chr11	22301410	rs5790246	CT	C	101.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.979;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.65;ReadPosRankSum=0.470;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,12:0.67:18
chr11	22364758	rs2278751	C	T	8794.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=343;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=112;NR=92;PP=2965;SC=TGACTCTACTCTTTCCCTTCA;SOR=0.819;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=206;TCF=113;TCR=93;TR=204;WE=22364766;WS=22364748;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,336:1.00:336
chr11	22391534	rs2665677	G	A	528.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.295;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.865;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=5;PP=238;ReadPosRankSum=-1.883;SC=TTCCCACTTAGGTTTGAAAAT;SOR=1.270;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=28;TCF=18;TCR=10;TR=16;WE=22391542;WS=22391524;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,25:0.61:41
chr11	22397739	rs2248436	A	C	293.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=4.161;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.222;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=10;PP=213;ReadPosRankSum=-1.143;SC=TCATATATATATTCTATATGT;SOR=2.636;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=2;TCR=18;TR=10;WE=22397747;WS=22397729;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,11:0.50:22
chr11	22398830	rs1374718	A	G	242.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=3.481;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=9;NR=0;PP=190;ReadPosRankSum=0.048;SC=CATAATCAGGATATGGATTTT;SOR=1.329;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=14;TCR=0;TR=9;WE=22398838;WS=22398820;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,9:0.64:14
chr11	22696451	rs922571	A	G	4900.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=50;NR=62;PP=2281;SC=TACGCAGTGGACCTGGCCTCT;SOR=0.831;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=112;TCF=50;TCR=62;TR=112;WE=22696459;WS=22696441;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,184:1.00:184
chr11	22747745	rs337448	A	C	1144.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=28;NR=3;PP=813;SC=GGCATGAGGTAATTCCGAAGC;SOR=3.797;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=31;TCF=28;TCR=3;TR=31;WE=22747753;WS=22747735;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr11	22752678	.	G	A	37.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.068;ClippingRankSum=-0.000;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=5.40;ReadPosRankSum=0.366;SOR=0.148;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,2:0.29:7
chr11	22752685	.	G	A	31.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.967;ClippingRankSum=-0.000;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=3.18;ReadPosRankSum=0.967;SOR=0.169;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,2:0.20:10
chr11	22851409	rs2286810	A	G	2677.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=85;PP=2567;SC=ACCGCCCTCCACTGGCTCGGC;SOR=4.366;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=89;TCF=4;TCR=85;TR=89;WE=22851417;WS=22851399;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr11	22868937	rs2302423	G	A	469.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=0.369;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.064;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=6;PP=225;ReadPosRankSum=0.466;SC=TTATTTTTCCGAAATGGTGGA;SOR=1.011;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=45;TCF=29;TCR=16;TR=20;WE=22868945;WS=22868927;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,25:0.45:55
chr11	22880918	rs3213707	T	G	1026.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=2.072;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=12;PP=445;ReadPosRankSum=-1.859;SC=TTCTATTATGTTAGGGACCAC;SOR=0.777;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=64;TCF=38;TCR=26;TR=30;WE=22880926;WS=22880908;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,49:0.50:98
chr11	24759855	rs1564992	G	A	2848.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.223;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=296;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=42;PP=1134;ReadPosRankSum=-0.728;SC=TACTGTAAGTGTGTTTCTTCT;SOR=0.672;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=167;TCF=77;TCR=90;TR=78;WE=24759863;WS=24759845;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:153,143:0.48:296
chr11	24784651	rs11414451	A	AT	153.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-2.618;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.282;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=2;PP=85;ReadPosRankSum=0.972;SC=GAAGGTTTTGATTAAGGAACA;SOR=0.105;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=10;TCF=7;TCR=3;TR=4;WE=24784659;WS=24784641;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,7:0.58:12
chr11	24784862	rs2716532	A	T	1501.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=17;NR=16;PP=626;SC=GAGGTAAGATATATTTCATCT;SOR=0.693;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=33;TCF=17;TCR=16;TR=33;WE=24784870;WS=24784852;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr11	24784922	rs10500990	G	T	138.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.169;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.475;HP=3;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=6;PP=93;ReadPosRankSum=-0.090;SC=CACATATAAAGTTGCCACTAG;SOR=1.085;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=21;TCF=9;TCR=12;TR=10;WE=24784930;WS=24784912;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,10:0.31:32
chr11	26353951	rs17243259	G	T	2178.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.412;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.17;ReadPosRankSum=-1.909;SOR=0.671;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:80,99:0.55:179
chr11	26353991	rs56225203	T	TA	464.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.016;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.68;ReadPosRankSum=-1.083;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,35:0.73:48
chr11	26465500	rs4032918	G	A	911.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-1.149;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=27;PP=546;ReadPosRankSum=0.218;SC=GGTTTTTAACGTAATAGGTGA;SOR=0.691;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=77;TCF=23;TCR=54;TR=39;WE=26465508;WS=26465490;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,45:0.48:93
chr11	26481497	rs12277506	A	G	1231.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.915;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.368;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=9;PP=586;ReadPosRankSum=-0.019;SC=CTTTTAGATTATAATTTTAGA;SOR=0.835;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=109;TCF=79;TCR=30;TR=39;WE=26481505;WS=26481487;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:96,61:0.39:157
chr11	26481611	rs2047099	G	A	11577.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=452;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=110;NR=118;PP=2965;SC=TTAGAGATCAGATTTCAACAT;SOR=0.734;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=228;TCF=110;TCR=118;TR=228;WE=26481619;WS=26481601;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,447:1.00:447
chr11	26484496	rs7942432	G	C	294.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.809;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.120;HP=3;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=5;PP=171;ReadPosRankSum=0.823;SC=GGGAAAACATGAAAGAGGAGA;SOR=0.318;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=27;TCF=19;TCR=8;TR=13;WE=26484504;WS=26484486;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,15:0.45:33
chr11	26547348	rs430563	G	A	446.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.516;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=4.771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.82;ReadPosRankSum=-1.720;SOR=2.985;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,12:0.67:18
chr11	26547353	rs410617	T	G	415.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.677;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=4.523;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.46;ReadPosRankSum=-1.555;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,11:0.65:17
chr11	26552679	rs9988806	T	A	991.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=2.167;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.243;HP=2;HapScore=2;MGOF=29;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=8;PP=671;ReadPosRankSum=0.575;SC=AGTACTTAAGTGAATTGTAGT;SOR=0.458;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=60;TCF=48;TCR=12;TR=36;WE=26552687;WS=26552669;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,40:0.62:64
chr11	26552696	rs2131696	T	A	1237.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.975;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FS=3.009;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.45;ReadPosRankSum=0.688;SOR=0.435;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,54:0.59:92
chr11	26552702	rs293937	T	C	3718.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=36.82;SOR=1.563;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr11	26558841	rs386635	G	A	358.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-1.647;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.591;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=2;PP=304;ReadPosRankSum=0.134;SC=GAAGTCATTTGGGTTATCTTA;SOR=1.022;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=41;TCF=36;TCR=5;TR=18;WE=26558849;WS=26558831;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,17:0.38:45
chr11	26559172	rs396863	G	A	1285.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.726;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.891;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=35;PP=771;ReadPosRankSum=-0.460;SC=CTGTGCACTGGCTCCTCTGCC;SOR=1.046;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=84;TCF=18;TCR=66;TR=43;WE=26559180;WS=26559162;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,56:0.52:107
chr11	26563464	rs410036	A	T	655.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=1.110;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=9;PP=340;ReadPosRankSum=0.743;SC=AAAAAATAGAACCAAATGTAT;SOR=0.693;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=50;TCF=32;TCR=18;TR=25;WE=26563472;WS=26563454;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,34:0.43:80
chr11	26563652	rs420143	T	G	684.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.074;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=15;PP=328;ReadPosRankSum=0.650;SC=AGCAAAGTATTCTGTTTTGTG;SOR=0.788;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=50;TCF=16;TCR=34;TR=21;WE=26563660;WS=26563642;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,35:0.45:78
chr11	26568966	rs2663168	A	G	3161.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=1.012;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=295;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.560;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=34;PP=1237;ReadPosRankSum=-0.677;SC=CATGCAGGCTATACTTTGGTG;SOR=0.845;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=164;TCF=92;TCR=72;TR=81;WE=26568974;WS=26568956;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:137,148:0.52:285
chr11	26574740	rs395770	T	C	1507.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.923;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=68;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=16;PP=891;ReadPosRankSum=0.197;SC=AAGTGAATTCTTAGTCACAGT;SOR=0.786;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=105;TCF=69;TCR=36;TR=51;WE=26574748;WS=26574730;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,64:0.83:77
chr11	26574771	rs56104576	G	T	387.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.335;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FS=13.125;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.49;ReadPosRankSum=-2.004;SOR=1.683;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:97,14:0.13:111
chr11	26574777	rs56197314	G	T	371.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.315;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FS=36.157;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.95;ReadPosRankSum=-3.258;SOR=3.139;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:105,21:0.17:126
chr11	26574782	rs59938249	TG	T	1371.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.372;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=17.479;HP=4;HapScore=4;MGOF=40;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=30;PP=1560;ReadPosRankSum=2.558;SC=TTTTTGTTTTTGTTTTTTCTC;SOR=0.728;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=99;TCF=40;TCR=59;TR=55;WE=26574791;WS=26574756;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,87:0.71:123
chr11	26574783	rs56325113	G	T	774.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.238;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FS=17.479;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.30;ReadPosRankSum=-2.558;SOR=1.448;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:87,36:0.29:123
chr11	26581382	.	TACAC	T	412.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;QD=45.86;SOR=1.402;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr11	26588804	rs293976	C	T	1448.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=36;PP=1026;SC=ACTTTTTTTTCCTCAAGCAAT;SOR=2.880;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=5;TCR=36;TR=41;WE=26588812;WS=26588794;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr11	26619872	rs7112022	T	C	1758.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=40;NR=10;PP=1032;SC=AGCAATATGATGTGATTTGGG;SOR=2.231;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=50;TCF=40;TCR=10;TR=50;WE=26619880;WS=26619862;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr11	26620101	rs10835009	T	C	2399.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=17;NR=51;PP=1666;SC=ATTAGATTTTTCCCTTGATCT;SOR=1.882;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=68;TCF=17;TCR=51;TR=68;WE=26620109;WS=26620091;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr11	26645894	rs1012552	A	T	732.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=22;NR=5;PP=546;SC=TTCTATTTAAAGTAAAATGTA;SOR=2.670;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=27;TCF=22;TCR=5;TR=27;WE=26645902;WS=26645884;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr11	26655624	rs7929611	T	C	3328.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=50;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=56;NR=11;PP=1531;SC=GAGACTCCATTTCCAAAAAAA;SOR=2.012;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=73;TCF=58;TCR=15;TR=67;WE=26655632;WS=26655614;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr11	26655641	rs71047869	A	AT	569.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.073;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.86;MQRankSum=0.000;QD=7.70;ReadPosRankSum=-1.586;SOR=0.641;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,49:0.66:74
chr11	26655642	rs79764198	A	T,ATT	4926.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;ALERT;AN=2;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=59.86;QD=66.58;SOR=1.681;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:0,49,25:0.66,0.34:74
chr11	26655658	rs7943086	G	A	6325.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=37;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=94;NR=41;PP=2748;SC=AAATTAAAAAGACAAACTTGA;SOR=1.509;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=135;TCF=94;TCR=41;TR=135;WE=26655666;WS=26655648;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,162:1.00:162
chr11	26656370	rs7933233	T	C	1835.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=37;NR=6;PP=971;SC=TCTTGACCCATTAGTTCACGC;SOR=2.165;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=43;TCF=37;TCR=6;TR=43;WE=26656378;WS=26656360;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr11	26656563	rs7946841	C	T	7569.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=297;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=88;NR=96;PP=2965;SC=CTTACAGATTCGTAGGCCACC;SOR=0.743;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=184;TCF=88;TCR=96;TR=184;WE=26656571;WS=26656553;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,287:1.00:287
chr11	26656714	rs10835033	C	G	1314.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=6;NR=33;PP=895;SC=GTTCAGGGAACTTTATGGATA;SOR=2.737;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=39;TCF=6;TCR=33;TR=39;WE=26656722;WS=26656704;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr11	26663284	rs10835039	T	C	1162.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=32;NR=1;PP=869;SC=TTCAAAATGTTTTTTTAACTT;SOR=4.977;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=33;TCF=32;TCR=1;TR=33;WE=26663312;WS=26663283;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr11	26663298	rs11603910	T	A	997.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.94;SOR=5.136;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr11	26663304	rs57264690	A	T	1755.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=38.17;SOR=5.136;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr11	26663394	rs10835040	A	G	5043.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.939;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=88;NR=50;PP=2421;ReadPosRankSum=1.577;SC=ATTGTTAACCAGATGCTTGAA;SOR=0.446;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=141;TCF=90;TCR=51;TR=138;WE=26663402;WS=26663384;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,198:0.99:199
chr11	26677867	rs10835050	T	C	7756.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.688;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=303;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=82;NR=122;PP=2965;ReadPosRankSum=1.257;SC=CAAGAAAATTTGGGCCTCCAC;SOR=0.395;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=206;TCF=83;TCR=123;TR=204;WE=26677875;WS=26677857;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,297:1.00:298
chr11	26677947	rs10835051	C	T	5621.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=57;NR=71;PP=2897;SC=GAGGCCCGCCCTGGAGTTCCA;SOR=0.871;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=128;TCF=57;TCR=71;TR=128;WE=26677955;WS=26677937;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,205:1.00:205
chr11	26694812	rs4278475	C	T	2711.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=72;NR=4;PP=1974;SC=AACTCTGAAGCTGAAACTCAA;SOR=4.407;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=76;TCF=72;TCR=4;TR=76;WE=26694820;WS=26694802;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr11	26694842	rs4551716	C	T	4235.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=98;NR=24;PP=2622;SC=AGTTCTCACACTCACTGCTTT;SOR=2.367;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=123;TCF=99;TCR=24;TR=122;WE=26694850;WS=26694832;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,150:1.00:150
chr11	26694979	rs4369354	A	G	14810.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.705;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=569;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=152;NR=190;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.971;SC=GCTGAACTCCACACCAGCATA;SOR=0.828;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=344;TCF=153;TCR=191;TR=342;WE=26694987;WS=26694969;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,566:1.00:568
chr11	26702482	rs10767569	T	A	772.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=16;NR=5;PP=446;SC=GGTACTTCCCTGAGTGAGTCT;SOR=1.863;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=16;TCR=5;TR=21;WE=26702490;WS=26702472;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr11	26702664	rs10734383	C	T	3124.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=36;NR=33;PP=1382;SC=GGTCTGTTGACAGAGGCAAAG;SOR=0.710;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=69;TCF=36;TCR=33;TR=69;WE=26702672;WS=26702654;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr11	26705124	rs3924552	C	G	314.56	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.282;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5731;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=2;PP=149;ReadPosRankSum=-0.796;SC=TCTTTCATTTCTGTACCCAGA;SOR=0.693;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=10;TCF=8;TCR=2;TR=9;WE=26705132;WS=26705114;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,13:0.93:14
chr11	26705310	rs3924551	A	G	3231.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-1.453;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.375;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=33;PP=1489;ReadPosRankSum=-0.726;SC=TTACCTTCCAATTCACAAAAG;SOR=0.515;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=76;TCF=42;TCR=34;TR=75;WE=26705318;WS=26705300;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,123:0.99:124
chr11	26734209	rs10742156	C	T	16672.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=647;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=177;NR=232;PP=2965;SC=TGTAGATGACCGTGGCAGCAT;SOR=0.890;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=409;TCF=177;TCR=232;TR=409;WE=26734217;WS=26734199;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,631:1.00:631
chr11	27077118	rs10767598	C	T	4911.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.663;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=42;PP=1851;ReadPosRankSum=-0.680;SC=ACCTGGATTCCGCAAAAGCAC;SOR=0.839;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=99;TCF=56;TCR=43;TR=98;WE=27077126;WS=27077108;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,189:0.99:191
chr11	27078611	rs60041119	T	TAAAAAA	429.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=39.07;SOR=4.615;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr11	27078643	rs140671117	C	CATA	754.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=2.968;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.909;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=4;PP=830;ReadPosRankSum=0.349;SC=TTAAGCAAAGCATAATTGGAT;SOR=1.554;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=55;TCF=40;TCR=15;TR=23;WE=27078651;WS=27078633;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,19:0.39:49
chr11	27114788	rs3183973	C	T	4217.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.648;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=425;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.523;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=83;NR=51;PP=1912;ReadPosRankSum=1.886;SC=ATGATGAACACGCATACAAGT;SOR=0.762;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=248;TCF=153;TCR=95;TR=134;WE=27114796;WS=27114778;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:208,209:0.50:417
chr11	27147270	rs1044273	G	A	2846.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-3.876;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=281;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.016;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=30;PP=821;ReadPosRankSum=-1.801;SC=TATTTGATGTGCCTGTTGAAA;SOR=0.562;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=151;TCF=84;TCR=67;TR=65;WE=27147278;WS=27147260;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:130,145:0.53:275
chr11	27148885	rs117367252	G	A	2551.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=0.256;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=270;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.349;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=29;PP=1007;ReadPosRankSum=-0.827;SC=CATGGCCGACGTAGCTATGAA;SOR=0.898;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=134;TCF=74;TCR=60;TR=72;WE=27148893;WS=27148875;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:138,128:0.48:266
chr11	27362359	rs17244028	T	G	1695.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.644;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.780;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=38;PP=923;ReadPosRankSum=-0.904;SC=CTCCTGTATTTCAGCTTGCTG;SOR=0.497;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=118;TCF=34;TCR=84;TR=56;WE=27362367;WS=27362349;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:93,83:0.47:176
chr11	27390089	rs2447997	T	C	9674.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=354;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=121;NR=140;PP=2965;SC=TGCAGTATAGTTTAGTGTAGA;SOR=0.805;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=262;TCF=122;TCR=140;TR=261;WE=27390097;WS=27390079;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,338:1.00:338
chr11	27398845	rs10835171	G	A	378.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=1.517;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=12;PP=227;ReadPosRankSum=0.530;SC=ACTCAGAAGCGTTGAAAGCAG;SOR=0.892;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=29;TCF=6;TCR=23;TR=15;WE=27398853;WS=27398835;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,18:0.49:37
chr11	27401743	rs2472623	A	T	1455.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.802;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.851;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=16;PP=614;ReadPosRankSum=-0.523;SC=CATTGTCACTAAAAGACCCTG;SOR=0.455;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=110;TCF=75;TCR=35;TR=45;WE=27401751;WS=27401733;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,72:0.46:158
chr11	27401940	rs2472622	T	A	783.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=2.398;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.946;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=23;PP=479;ReadPosRankSum=-0.385;SC=TCATATTTTATGTTTTAAACA;SOR=1.101;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=80;TCF=26;TCR=54;TR=29;WE=27401948;WS=27401930;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,39:0.39:100
chr11	27412535	rs12273521	C	T	2077.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-1.070;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=13;PP=1263;ReadPosRankSum=-0.764;SC=CTGTTTTTATCTCAGATGAAA;SOR=1.061;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=61;TCF=48;TCR=13;TR=60;WE=27412543;WS=27412525;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,73:0.99:74
chr11	27412782	rs35556457	CTTT	C,CT	1631.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.072;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FS=10.540;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.12;MQRankSum=0.289;QD=29.14;ReadPosRankSum=0.972;SOR=1.850;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:2,35,19:0.62,0.34:56
chr11	27413855	rs1871251	T	C	1151.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=30;NR=2;PP=801;SC=CTCTGGCCTCTCATACTACTC;SOR=4.351;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=33;TCF=30;TCR=3;TR=32;WE=27413863;WS=27413845;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr11	27414071	rs3085383	GA	G	193.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.411;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FS=5.397;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.21;MQRankSum=0.000;QD=1.31;ReadPosRankSum=-0.031;SOR=1.311;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:110,38:0.26:148
chr11	27493630	rs200956245	TC	T	389.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.611;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=4.401;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.95;MQRankSum=1.191;QD=12.57;ReadPosRankSum=0.203;SOR=0.160;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,19:0.61:31
chr11	27493879	rs11541599	C	G	230.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.185;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=7;PP=139;ReadPosRankSum=1.122;SC=GCCGGCCTCTCCCGCGGCGCT;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=0;TCR=11;TR=7;WE=27493887;WS=27493869;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,10:0.62:16
chr11	27523164	rs151336878	T	TGAAGTTAAAATTTCAGGC	4883.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=30;PP=2957;SC=GAGTTCTCTGTGAAGTTAAAA;SOR=1.140;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=62;TCF=5;TCR=57;TR=34;WE=27523172;WS=27523154;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr11	27523186	rs10835188	G	T	3702.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=4;MGOF=156;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=23;NR=39;PP=1694;SC=TTCAGGCAAAGTTATGCATCT;SOR=1.477;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=91;TCF=37;TCR=54;TR=62;WE=27523194;WS=27523173;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr11	27523289	.	T	TA	1306.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.362;ClippingRankSum=0.000;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.759;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=1.183;NF=18;NR=14;PP=1201;ReadPosRankSum=-1.362;SC=AACCCAAATTTAGAGTATTAT;SOR=0.854;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=72;TCF=35;TCR=37;TR=32;WE=27523297;WS=27523279;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,45:0.42:106
chr11	27679662	rs2353512	T	C	13202.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=513;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=167;NR=155;PP=2965;SC=TTTTGTCTGCTGCCGTTACCC;SOR=0.758;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=324;TCF=168;TCR=156;TR=322;WE=27679670;WS=27679652;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,504:1.00:504
chr11	27679916	rs6265	C	T	4970.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.765;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=467;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.094;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=70;NR=84;PP=2331;ReadPosRankSum=-0.592;SC=TCTTCTATCACGTGTTCGAAA;SOR=0.780;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=321;TCF=149;TCR=172;TR=154;WE=27679924;WS=27679906;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:228,234:0.51:462
chr11	27695910	rs10835210	C	A	183.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-2.906;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.274;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=7;PP=113;ReadPosRankSum=2.573;SC=CAGGAAAGTGCTCATTACTTG;SOR=0.084;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=15;TCF=1;TCR=14;TR=8;WE=27695918;WS=27695900;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,9:0.53:17
chr11	27910923	rs6484341	T	A	9407.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=339;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=171;NR=85;PP=2965;SC=CTTTTCTTCATCCTCTGGAAG;SOR=1.426;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=256;TCF=171;TCR=85;TR=256;WE=27910931;WS=27910913;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,337:1.00:337
chr11	28045419	rs12273233	T	C	1180.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=8;NR=21;PP=663;SC=AAGTTTTTAATTTAGTTAAGC;SOR=1.721;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=8;TCR=21;TR=29;WE=28045427;WS=28045409;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr11	28134974	rs60970073	C	A	447.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=42.32;QD=29.85;SOR=1.112;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr11	28232869	rs11030247	T	C	2327.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=25;NR=49;PP=1595;SC=ATTTTCTTCTTTTTTCCCCAA;SOR=1.609;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=74;TCF=25;TCR=49;TR=74;WE=28232877;WS=28232859;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr11	30352473	rs35824273	C	CAG	1553.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.358;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=14;PP=822;ReadPosRankSum=1.223;SC=CAAAATAAAACGGAAAATTTG;SOR=0.600;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=41;TCF=18;TCR=23;TR=20;WE=30352481;WS=30352463;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,40:0.50:80
chr11	30435599	rs10767842	G	A	626.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-2.445;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.794;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=1;PP=403;ReadPosRankSum=0.382;SC=CAAGAGAGAAGGTCCATATAA;SOR=1.532;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=40;TCF=36;TCR=4;TR=20;WE=30435607;WS=30435590;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,25:0.51:49
chr11	30438948	rs492604	C	T	747.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.016;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=3.426;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.68;ReadPosRankSum=-0.571;SOR=0.252;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,20:0.53:38
chr11	30438958	rs11354702	CT	C	258.14	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.537;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.20;MQRankSum=0.891;QD=5.06;ReadPosRankSum=-1.287;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,26:0.51:51
chr11	30601733	rs66528013	CT	C	1088.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=1.543;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=12;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=15;PP=613;ReadPosRankSum=-1.475;SC=GAATGCTTTTCTTTTTTTTCT;SOR=0.693;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=89;TCF=53;TCR=36;TR=39;WE=30601741;WS=30601723;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,67:0.45:148
chr11	30900263	rs5790842	TA	T	280.76	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.557;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=2.129;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.43;MQRankSum=1.161;QD=7.80;ReadPosRankSum=0.779;SOR=1.426;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,26:0.72:36
chr11	30902893	rs273613	T	C	1336.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.589;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.611;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=34;PP=618;ReadPosRankSum=-1.532;SC=GAATACGGAATGGCACAATAT;SOR=0.755;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=100;TCF=31;TCR=69;TR=49;WE=30902901;WS=30902883;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,70:0.45:156
chr11	30922081	rs273560	C	T	600.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=3.910;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=21;PP=420;ReadPosRankSum=-0.190;SC=CATTGTTCAACGAATAATGAA;SOR=0.368;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=41;TCF=1;TCR=40;TR=22;WE=30922089;WS=30922071;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,24:0.59:41
chr11	30930393	rs175398	T	G	97.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.554;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=0;PP=31;ReadPosRankSum=-0.520;SC=TCAACTTGTATGAACATAAAG;SOR=0.160;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=8;TCR=0;TR=3;WE=30930401;WS=30930383;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,5:0.50:10
chr11	30953608	rs163877	A	G	207.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=0.509;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=5;PP=73;ReadPosRankSum=-0.610;SC=CATTCATTCAACAAAAATGTA;SOR=0.446;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=14;TCF=2;TCR=12;TR=6;WE=30953616;WS=30953598;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,10:0.56:18
chr11	30965325	rs72882625	T	C	433.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-4.621;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.960;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=15;PP=232;ReadPosRankSum=-0.616;SC=AAATGCTGTTTGTTCATAAAA;SOR=0.235;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=30;TCF=6;TCR=24;TR=20;WE=30965333;WS=30965315;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,21:0.66:32
chr11	30965855	rs273605	A	T	3826.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-2.741;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=399;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.363;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=64;PP=1585;ReadPosRankSum=-0.968;SC=TTAGGAACCAAGTCTATCTCC;SOR=0.656;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=258;TCF=122;TCR=136;TR=122;WE=30965863;WS=30965845;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:201,195:0.49:396
chr11	30974203	rs10767883	T	A	375.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=2.233;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=13;PP=257;ReadPosRankSum=1.565;SC=GTACTTACTATACACTAGGCA;SOR=0.527;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=33;TCF=3;TCR=30;TR=14;WE=30974211;WS=30974193;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,16:0.46:35
chr11	31115525	.	C	T	1035.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=2.378;ClippingRankSum=0.000;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=8;PP=722;ReadPosRankSum=-0.186;SC=ATGAGAGCACCAGGTGCCAGC;SOR=0.631;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=70;TCF=57;TCR=13;TR=40;WE=31115533;WS=31115515;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,42:0.55:77
chr11	31123625	.	G	GA	158.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.232;ClippingRankSum=0.000;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.92;MQRankSum=-1.156;QD=3.53;ReadPosRankSum=-0.526;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,18:0.40:45
chr11	31326332	rs3847588	G	A	899.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.075;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.514;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=20;PP=472;ReadPosRankSum=-0.415;SC=AAAAAGCATAGGAAAGTACAG;SOR=1.249;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=58;TCF=27;TCR=31;TR=32;WE=31326340;WS=31326322;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,43:0.49:88
chr11	31326420	rs2616821	T	C	560.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-0.037;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.561;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=12;PP=369;ReadPosRankSum=-0.942;SC=TAGCACTAGATACCAAACTCT;SOR=0.814;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=36;TCF=17;TCR=19;TR=21;WE=31326428;WS=31326410;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,25:0.56:45
chr11	31327316	rs2616815	C	T	6328.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=260;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=57;NR=87;PP=2587;SC=CTGTGCACTCCTCCAGCAGCT;SOR=0.939;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=146;TCF=57;TCR=89;TR=144;WE=31327324;WS=31327306;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,252:1.00:252
chr11	31327766	rs2761592	G	A	1346.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.452;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.186;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=15;PP=591;ReadPosRankSum=0.107;SC=GAAAACTTTGGAACACTAGTT;SOR=0.416;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=97;TCF=65;TCR=32;TR=41;WE=31327774;WS=31327756;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,67:0.49:138
chr11	31447908	rs11304707	AT	A	211.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.581;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=2.943;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.29;ReadPosRankSum=0.340;SOR=0.269;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,17:0.43:40
chr11	31447933	rs11304706	TA	T	213.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.246;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=3.492;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.92;ReadPosRankSum=0.025;SOR=0.269;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,16:0.59:27
chr11	31458730	rs7479413	T	G	1103.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=25;PP=698;SC=TCAGGTTTCATATATTTAGAT;SOR=2.303;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=33;TCF=7;TCR=26;TR=31;WE=31458738;WS=31458720;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr11	31478058	rs1223067	T	G	625.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.203;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.359;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=14;PP=346;ReadPosRankSum=1.056;SC=CTCATATACTTACTCTTCCAC;SOR=0.418;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=37;TCF=14;TCR=23;TR=25;WE=31478066;WS=31478048;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,31:0.58:53
chr11	31648529	rs2273943	G	A	105.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-2.821;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.260;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=1;PP=62;ReadPosRankSum=-0.174;SC=ATATAATACTGTTTTGACATT;SOR=0.072;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=14;TCF=13;TCR=1;TR=6;WE=31648537;WS=31648519;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,6:0.38:16
chr11	31653956	rs4922872	C	A	9449.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=2.030;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=368;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.769;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=89;NR=150;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.573;SC=GATCCAGGTACGAAATTTCCA;SOR=0.778;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=244;TCF=94;TCR=150;TR=239;WE=31653964;WS=31653946;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,361:1.00:362
chr11	31811460	.	CT	C	796.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.877;ClippingRankSum=0.000;DP=196;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.28;MQRankSum=1.918;QD=6.93;ReadPosRankSum=-0.892;SOR=0.842;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,82:0.71:115
chr11	31811645	rs36043815	C	CA	63.52	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.312;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.89;ReadPosRankSum=0.169;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,10:0.77:13
chr11	31812215	rs3026393	A	C	1138.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.347;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=12;PP=366;ReadPosRankSum=-2.349;SC=CTTCTAGTGAAGAGAGATCGC;SOR=0.698;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=83;TCF=52;TCR=31;TR=33;WE=31812223;WS=31812205;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,58:0.47:123
chr11	31812582	rs2071754	C	T	1224.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=7;NR=25;PP=707;SC=GCTAGTCCTTCCACTGGCCAC;SOR=1.828;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=7;TCR=25;TR=32;WE=31812590;WS=31812572;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr11	31814879	rs3026384	G	A	2781.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.656;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=291;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.903;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=36;PP=1247;ReadPosRankSum=0.444;SC=ACTGTAGTGCGAAAAGCTCTC;SOR=0.773;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=181;TCF=100;TCR=81;TR=83;WE=31814887;WS=31814869;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:146,139:0.49:285
chr11	31838252	rs5790869	C	CG	2229.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=32;PP=1611;SC=GAGCAGGGGGCGCCACCGCTC;SOR=1.609;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=39;TCF=4;TCR=35;TR=36;WE=31838260;WS=31838242;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr11	32113057	rs223045	A	G	2285.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=19;NR=39;PP=1241;SC=CGCCTGGGCGAGAGCCACGCG;SOR=1.445;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=58;TCF=19;TCR=39;TR=58;WE=32113065;WS=32113047;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr11	32118665	.	C	CTT	1128.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.404;ClippingRankSum=0.000;DP=235;ExcessHet=3.0103;FS=0.704;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.59;ReadPosRankSum=0.712;SOR=0.622;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:105,97:0.48:202
chr11	32118925	rs223073	A	G	3357.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=32;NR=53;PP=1613;SC=GGGGGCCCAGATCACAAGCTT;SOR=1.099;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=85;TCF=32;TCR=53;TR=85;WE=32118933;WS=32118915;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr11	32119030	rs223072	T	C	174.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=3.782;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=28;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=8;PP=163;ReadPosRankSum=-0.600;SC=CCCTCCTCTGTAAACTCAGAA;SOR=0.582;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=0;TCR=15;TR=8;WE=32119038;WS=32119020;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,7:0.47:15
chr11	32122003	rs2281411	C	A	1648.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.425;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.511;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=22;PP=796;ReadPosRankSum=0.234;SC=AGCATTCAGCCGTAAAAGCTG;SOR=0.624;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=138;TCF=83;TCR=55;TR=54;WE=32122011;WS=32121993;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:130,87:0.40:217
chr11	32122020	rs2073223	T	G	1917.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.563;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=254;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.574;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=27;PP=881;ReadPosRankSum=0.261;SC=GCTGGACAAATGAGGACAATA;SOR=0.570;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=153;TCF=87;TCR=66;TR=59;WE=32122028;WS=32122010;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:150,98:0.40:248
chr11	32122268	rs223065	C	A	1062.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=23;PP=667;SC=CAAGTCTATACGTCACTCCTG;SOR=2.432;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=28;TCF=5;TCR=23;TR=28;WE=32122276;WS=32122258;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
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chr11	32124685	rs223059	G	A	14753.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.284;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=577;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.88;ReadPosRankSum=0.687;SOR=0.277;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,569:1.00:570
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chr11	32125855	rs223058	A	G	2090.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.61;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=21;NR=15;PP=606;SC=AACATCATACAGAACTAGTAC;SOR=0.872;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=36;TCF=21;TCR=15;TR=36;WE=32125863;WS=32125845;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr11	32125961	rs11529889	C	T	329.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-1.134;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.320;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=1.046;NF=4;NR=4;PP=59;ReadPosRankSum=-0.667;SC=ACATGTTTGTCGGAAGCCAAG;SOR=0.425;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=23;TCF=10;TCR=13;TR=8;WE=32125969;WS=32125951;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,18:0.51:35
chr11	32410774	rs1799937	A	G	6193.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.011;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=242;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=101;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.015;SC=AGAGACAGGCACAAGTTCAAC;SOR=0.635;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=171;TCF=67;TCR=104;TR=167;WE=32410782;WS=32410764;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,232:0.99:235
chr11	32417669	rs5030277	A	T	427.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=10;NR=2;PP=241;SC=CCTCTTTACAACACCTGGATC;SOR=2.049;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=10;TCR=2;TR=12;WE=32417677;WS=32417659;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr11	32417945	rs16754	T	C	2677.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.959;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=48;PP=1550;ReadPosRankSum=2.463;SC=CAGGCACACGTCGCACATCCT;SOR=1.261;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=74;TCF=26;TCR=48;TR=74;WE=32417953;WS=32417935;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,99:0.98:101
chr11	32437914	rs2234587	T	G	980.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=18;NR=4;PP=486;SC=GGGAGAGAGATTCTTCCCATC;SOR=1.739;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=23;TCF=19;TCR=4;TR=22;WE=32437922;WS=32437904;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr11	32439038	rs2295081	T	C	5013.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.607;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.307;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=95;NR=45;PP=2731;ReadPosRankSum=0.672;SC=AAACTGTACTTTCTTCATAAG;SOR=1.155;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=145;TCF=97;TCR=48;TR=140;WE=32439046;WS=32439028;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,185:0.99:186
chr11	32449417	rs5030171	C	G	781.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.43;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr11	32449420	rs5030170	C	A	814.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.88;SOR=2.419;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr11	32449661	rs2234585	G	A	2737.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=24;NR=35;PP=1211;SC=CGGGGTGCGAGGCTGCGGGCA;SOR=0.957;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=59;TCF=24;TCR=35;TR=59;WE=32449669;WS=32449651;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr11	32451920	rs66798575	T	G	319.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=35.53;SOR=1.402;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr11	32451950	rs11031778	A	C	319.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=35.53;SOR=1.402;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr11	32451978	.	CAG	C	206	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;FR=0.9999;HP=2;HapScore=2;MGOF=143;MMLQ=27;MQ=52.7;NF=1;NR=5;PP=206;QD=35.6666666667;SC=GAGACAGACACAGAGAGAGAG;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=7;TCF=2;TCR=5;TR=6;WE=32451987;WS=32451968;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:1,6:0.86:7
chr11	32456562	rs1799925	G	A	2869.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=37;NR=38;PP=1647;SC=AAGCGCCCGGGGGCGCAAAGT;SOR=0.732;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=77;TCF=38;TCR=39;TR=75;WE=32456570;WS=32456552;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr11	32460575	rs11031784	T	C	6142.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.292;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=75;PP=2965;ReadPosRankSum=0.091;SC=TTCTCAACCCTTACTTTCACC;SOR=0.277;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=143;TCF=66;TCR=77;TR=140;WE=32460583;WS=32460565;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,228:1.00:229
chr11	32460676	rs34163689	C	T	2967.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=24;NR=51;PP=1569;SC=GGCCGCCCTCCGGGAGTCACC;SOR=1.253;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=75;TCF=24;TCR=51;TR=75;WE=32460684;WS=32460666;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr11	32610467	rs11031885	G	C	2770.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=0.864;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=20;PP=2016;ReadPosRankSum=1.866;SC=GTTGTTAACGGTACCTGCCAC;SOR=0.990;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=78;TCF=57;TCR=21;TR=76;WE=32610475;WS=32610457;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,88:0.99:89
chr11	32610726	.	C	CT	89.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.338;ClippingRankSum=0.000;DP=92;ExcessHet=3.0103;FS=10.702;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.60;ReadPosRankSum=-0.489;SOR=0.064;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,15:0.27:56
chr11	32615352	rs66536432	A	AT	3533.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQ=60.08;NF=46;NR=24;PP=2863;SC=TCTTAAAAATATTTTAAATGA;SOR=1.888;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=84;TCF=52;TCR=32;TR=70;WE=32615360;WS=32615342;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr11	32657197	rs61889415	T	G	673.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.479;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FS=3.829;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.81;ReadPosRankSum=1.712;SOR=0.408;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:60,39:0.39:99
chr11	32657266	rs201854	T	C	2530.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=27;NR=33;PP=933;SC=CTTCCTCAAATGTTTTTTGAT;SOR=0.839;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=61;TCF=28;TCR=33;TR=60;WE=32657274;WS=32657256;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr11	32676632	rs61176333	A	T	999.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=62.05;QD=39.99;SOR=4.174;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr11	32676635	rs58867287	C	CATATAT	956.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.51;QD=45.56;SOR=6.184;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr11	32676636	rs58870509	C	CAAGATAATA	956.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=50.35;SOR=5.994;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr11	32676638	rs58027589	T	TAC	817.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=48.10;SOR=5.784;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr11	32676640	.	G	GGT	727.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=51.98;SOR=5.421;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr11	32676641	.	C	CCATTA	637.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=49.06;SOR=5.283;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr11	32676644	.	G	GTGTATTTTCCCTAC	457.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.77;SOR=4.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr11	32697291	rs7116464	A	G	571.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=8;NR=7;PP=379;SC=TGCAATATATATGTTATTTAA;SOR=1.022;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=15;TCF=8;TCR=7;TR=15;WE=32697299;WS=32697281;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr11	32704946	rs1396995	C	A	514.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.74;SOR=1.402;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr11	32724611	rs4756174	C	G	1315.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.737;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=27;PP=831;ReadPosRankSum=-0.791;SC=ATTTTGTGTTCCTGGAATGCA;SOR=0.997;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=35;TCF=7;TCR=28;TR=34;WE=32724619;WS=32724601;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,45:0.98:46
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chr11	32852039	rs71034622	T	TG	1386.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.260;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=8;HapScore=3;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=23;PP=1161;ReadPosRankSum=0.547;SC=TAATATTTTTTTTTGTTTGTT;SOR=0.711;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=66;TCF=26;TCR=40;TR=37;WE=32852047;WS=32852009;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,72:0.55:131
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chr11	32852172	rs33962176	G	A	1813.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.379;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.33;MQRankSum=1.762;QD=11.48;ReadPosRankSum=-0.715;SOR=0.654;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:68,90:0.57:158
chr11	32852186	rs61889490	C	T	1430.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.976;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FS=1.406;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.16;MQRankSum=1.285;QD=11.01;ReadPosRankSum=0.615;SOR=0.569;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:58,72:0.55:130
chr11	32861816	rs35984272	C	T	661.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.637;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=18;PP=414;ReadPosRankSum=1.140;SC=TTTAATTCATCACTAGACATT;SOR=0.693;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=51;TCF=16;TCR=35;TR=25;WE=32861824;WS=32861806;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,31:0.53:59
chr11	32874919	rs34139105	C	A	3019.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-3.113;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=302;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.387;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=42;PP=1281;ReadPosRankSum=2.906;SC=GCCTTGTCTCCATTGCCGCCT;SOR=0.608;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=185;TCF=106;TCR=79;TR=93;WE=32874927;WS=32874909;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:145,151:0.51:296
chr11	32949463	rs146740108	A	AT	741.25	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.714;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=2.463;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.20;MQRankSum=0.470;QD=13.73;ReadPosRankSum=0.632;SOR=0.267;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:9,45:0.83:54
chr11	32954344	rs1022586	G	A	11076.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=409;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=137;NR=177;PP=2965;SC=ATCTCAGACTGTAACTCCTGA;SOR=0.954;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=315;TCF=137;TCR=178;TR=314;WE=32954352;WS=32954334;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,394:1.00:394
chr11	32956244	rs7940077	A	G	8059.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=297;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=100;NR=93;PP=2965;SC=AGTGGAGAGAATGCTACATCA;SOR=0.749;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=193;TCF=100;TCR=93;TR=193;WE=32956252;WS=32956234;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,290:1.00:290
chr11	32956620	rs7481878	A	G	10465.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=393;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=152;NR=131;PP=2965;SC=AAAAACAACCAGAAGTCAAAA;SOR=0.843;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=283;TCF=152;TCR=131;TR=283;WE=32956628;WS=32956610;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,385:1.00:385
chr11	32975333	rs7395190	T	G	4469.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.984;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=87;NR=35;PP=2611;ReadPosRankSum=-0.690;SC=TTAAACTGTTTTGAGTTTTAC;SOR=0.712;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=124;TCF=89;TCR=35;TR=122;WE=32975341;WS=32975323;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,156:0.99:157
chr11	32990842	rs6416072	G	T	340.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=9;PP=224;SC=TAGTTTGTCTGCTTAGTGTTA;SOR=2.670;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=11;TCF=2;TCR=9;TR=11;WE=32990850;WS=32990832;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr11	33014668	rs7941237	G	A	1220.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=33;NR=7;PP=916;SC=TCACAGACTGGGTAGCTTATA;SOR=3.003;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=33;TCR=7;TR=40;WE=33014676;WS=33014658;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr11	33049341	rs34161108	G	A	4663.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.597;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=430;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.750;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=69;NR=79;PP=1980;ReadPosRankSum=0.134;SC=AAATATCTCTGCAACCTTGTC;SOR=0.558;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=270;TCF=118;TCR=152;TR=148;WE=33049349;WS=33049331;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:197,230:0.54:427
chr11	33054754	rs2273539	C	G	232.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.392;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=2;PP=146;ReadPosRankSum=1.123;SC=GATTTTTCTGCTTAAATATGA;SOR=1.329;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=13;TCF=11;TCR=2;TR=10;WE=33054762;WS=33054744;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,11:0.61:18
chr11	33076191	rs2273544	T	C	2678.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-1.838;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=272;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.452;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=37;PP=814;ReadPosRankSum=-1.046;SC=CAGCGAGAGGTGTCACCAACA;SOR=0.608;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=157;TCF=76;TCR=81;TR=74;WE=33076199;WS=33076181;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:133,135:0.50:268
chr11	33076364	rs191639649	C	T	361.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=0.957;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=12;PP=223;ReadPosRankSum=2.367;SC=TATATTCAAACGTATTTTTCC;SOR=0.859;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=28;TCF=6;TCR=22;TR=15;WE=33076372;WS=33076354;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,17:0.53:32
chr11	33078230	rs77368109	A	G	426.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.016;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.121;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=7;PP=199;ReadPosRankSum=0.412;SC=CCTCAGGTGAACTGCCTGCCT;SOR=0.489;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=24;TCF=15;TCR=9;TR=16;WE=33078238;WS=33078220;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,23:0.49:47
chr11	33079580	rs2273549	A	G	3571.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.389;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=347;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=54;PP=1574;ReadPosRankSum=-0.595;SC=GACATTTCCAAGCTGGCAGAA;SOR=0.680;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=207;TCF=102;TCR=105;TR=106;WE=33079588;WS=33079570;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:168,175:0.51:343
chr11	33106908	rs3834432	C	CTTTATAG	935.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=3.125;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.650;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=15;PP=1063;ReadPosRankSum=1.374;SC=ACTGTGGATACTTTATTTCAT;SOR=1.269;SbPval=0.23;Source=Platypus;TC=56;TCF=3;TCR=53;TR=17;WE=33106916;WS=33106898;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,28:0.30:94
chr11	33113653	rs7950763	T	C	1250.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-0.340;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=7;PP=877;ReadPosRankSum=-0.623;SC=TAAAAATAATTTTAAACAGGT;SOR=0.742;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=88;TCF=73;TCR=15;TR=45;WE=33113661;WS=33113643;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,52:0.51:102
chr11	33113910	rs113144162	A	AT	1780.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.221;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FS=0.598;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.33;MQRankSum=2.518;QD=10.23;ReadPosRankSum=-0.409;SOR=0.635;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:81,93:0.53:174
chr11	33166523	.	TA	T	34.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.967;ClippingRankSum=-0.000;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=2.808;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=3.47;ReadPosRankSum=1.089;SOR=1.108;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,6:0.60:10
chr11	33183017	rs3736213	A	G	1403.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.517;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.524;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=34;PP=878;ReadPosRankSum=-0.561;SC=CGCCCACTCAAATATGAATTA;SOR=0.542;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=99;TCF=29;TCR=70;TR=50;WE=33183025;WS=33183007;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,62:0.50:125
chr11	33307937	rs34512764	CT	C	558.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.149;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FS=0.857;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.90;MQRankSum=1.194;QD=5.22;ReadPosRankSum=0.197;SOR=0.831;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:45,62:0.58:107
chr11	33308469	rs34698015	G	A	5083.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.828;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=474;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=69;NR=75;PP=2530;ReadPosRankSum=-3.673;SC=GCTACCACAGGATCAAAACAG;SOR=0.693;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=284;TCF=134;TCR=150;TR=144;WE=33308477;WS=33308459;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:232,236:0.50:468
chr11	33360886	rs5790925	AT	A	6057.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=51;NR=57;PP=2973;SC=TGAAATTTTGATTTTCTTAGG;SOR=1.252;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=110;TCF=52;TCR=58;TR=108;WE=33360894;WS=33360876;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,207:1.00:207
chr11	33362723	rs266470	G	T	544.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.661;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=4.501;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.59;ReadPosRankSum=1.630;SOR=0.249;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,27:0.57:47
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chr11	33581153	rs2076627	T	C	663.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-1.148;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=4;PP=384;ReadPosRankSum=-1.938;SC=CGGTTACTCTTGTCTGTTCCT;SOR=0.653;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=51;TCF=43;TCR=8;TR=24;WE=33581161;WS=33581149;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,28:0.49:57
chr11	33604885	rs2273117	C	T	860.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.603;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=8;PP=398;ReadPosRankSum=2.469;SC=TTCCCACAGCCGTGGTGAAGA;SOR=0.693;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=65;TCF=46;TCR=19;TR=29;WE=33604893;WS=33604875;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,40:0.47:86
chr11	33604960	rs2273115	C	T	2217.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.659;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=245;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.20;ReadPosRankSum=0.130;SOR=0.679;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:129,112:0.46:241
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chr11	33628117	rs2076625	A	C	946.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.203;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=4;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=10;PP=1380;ReadPosRankSum=0.056;SC=CTGTGAGTCTAACATAAATTC;SOR=0.779;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=66;TCF=48;TCR=18;TR=37;WE=33628125;WS=33628093;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,46:0.47:98
chr11	33640104	rs768474	A	C	3008.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.650;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=311;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.861;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=48;PP=1129;ReadPosRankSum=-1.079;SC=CTCTGTCTACAGAAGCCGGCA;SOR=0.635;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=175;TCF=76;TCR=99;TR=86;WE=33640112;WS=33640094;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:157,152:0.49:309
chr11	33667333	rs1033543	A	G	12036.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=466;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=126;NR=144;PP=2965;SC=AGACCTCCACACTGAGCTCCC;SOR=0.756;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=270;TCF=126;TCR=144;TR=270;WE=33667341;WS=33667323;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,460:1.00:460
chr11	33667596	rs1033542	T	C	1530.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=17;NR=31;PP=924;SC=AGTCATTCATTCCACCCACCT;SOR=1.238;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=48;TCF=17;TCR=31;TR=48;WE=33667604;WS=33667586;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr11	33680249	rs11032332	G	A	520.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=3.542;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.049;HP=4;HapScore=4;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=3;PP=870;ReadPosRankSum=0.009;SC=TCGGGACGCCGCCTGAGGTCT;SOR=1.569;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=56;TCF=43;TCR=13;TR=21;WE=33680271;WS=33680239;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,24:0.38:63
chr11	33680263	rs12226271	A	T	637.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-2.076;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.021;HP=3;HapScore=4;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=5;PP=870;ReadPosRankSum=-0.623;SC=GAGGTCTGGGACAGTGCTAAC;SOR=0.874;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=64;TCF=49;TCR=15;TR=25;WE=33680271;WS=33680239;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,30:0.41:74
chr11	33680371	rs12280103	C	T	3540.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.774;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=351;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.297;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=76;NR=44;PP=1684;ReadPosRankSum=-0.875;SC=TGCACGACAGCGCCTCCTTCA;SOR=0.789;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=239;TCF=150;TCR=89;TR=120;WE=33680379;WS=33680361;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:170,172:0.50:342
chr11	33680613	rs2295064	A	G	1036.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.783;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=36;PP=782;ReadPosRankSum=1.332;SC=AGAGCTGCTGATTTTCTTTCT;SOR=0.593;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=79;TCF=13;TCR=66;TR=44;WE=33680621;WS=33680603;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,44:0.51:87
chr11	33719821	rs831611	T	C	549.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.691;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=2;PP=285;ReadPosRankSum=-0.288;SC=CCACACAAAGTGGGCACTGTA;SOR=1.044;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=24;TCF=20;TCR=4;TR=16;WE=33719829;WS=33719811;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,24:0.71:34
chr11	33721175	rs4755893	G	C	1518.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.816;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.162;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=28;PP=708;ReadPosRankSum=-0.864;SC=GACTTCAGACGTAAGACCAGA;SOR=0.811;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=114;TCF=49;TCR=65;TR=48;WE=33721183;WS=33721165;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:103,80:0.44:183
chr11	33721261	rs4755894	T	G	402.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=0.861;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.478;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=12;PP=224;ReadPosRankSum=-0.416;SC=CCCCCAGCATTGAGAAGTGGA;SOR=0.394;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=37;TCF=8;TCR=29;TR=16;WE=33721269;WS=33721251;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,19:0.47:40
chr11	33722084	rs149234067	G	T	671.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.709;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.837;HP=3;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-1.106;NF=13;NR=10;PP=367;ReadPosRankSum=-0.438;SC=GGCGGGGAGCGCCTGGGACAG;SOR=0.594;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=78;TCF=41;TCR=37;TR=23;WE=33722092;WS=33722074;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,36:0.44:82
chr11	33773161	rs7479064	G	C	1444.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=17;NR=27;PP=860;SC=CACCTATAAAGCAGGAAAGGG;SOR=1.179;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=44;TCF=17;TCR=27;TR=44;WE=33773169;WS=33773151;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr11	33775982	rs2272065	A	G	864.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.340;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.044;HP=5;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=16;PP=412;ReadPosRankSum=2.370;SC=GGGGGAAAAAAGACTTTTTTC;SOR=0.639;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=41;TCF=22;TCR=19;TR=31;WE=33775990;WS=33775972;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,42:0.68:62
chr11	33778729	rs12224154	T	C	1519.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=4.716;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=11.747;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=43;PP=1082;ReadPosRankSum=-0.087;SC=CAGTGCAAAGTTCTCCTTAAA;SOR=1.733;SbPval=0.93;Source=Platypus;TC=103;TCF=24;TCR=79;TR=50;WE=33778737;WS=33778719;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,62:0.51:122
chr11	33790328	.	G	A	1284.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.253;ClippingRankSum=0.000;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.700;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=16;PP=762;ReadPosRankSum=-1.991;SC=GAGATTCAAAGTTGTTTAAAC;SOR=0.793;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=94;TCF=63;TCR=31;TR=47;WE=33790336;WS=33790318;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,60:0.50:119
chr11	33880896	rs3740616	T	A	968.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.281;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.415;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=8;PP=413;ReadPosRankSum=0.191;SC=GCCCGGGGACTCGGGCCTATA;SOR=1.019;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=88;TCF=57;TCR=31;TR=30;WE=33880904;WS=33880886;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,50:0.41:123
chr11	33881016	rs3740617	T	C	2250.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=2.404;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.562;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=44;PP=1301;ReadPosRankSum=-0.186;SC=AGGCGGCGCATTTGAAACATT;SOR=0.779;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=121;TCF=51;TCR=70;TR=73;WE=33881024;WS=33881006;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,100:0.57:176
chr11	33886294	rs2038602	A	G	3659.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.150;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=433;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.490;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=77;NR=48;PP=1803;ReadPosRankSum=-0.506;SC=AGCGGTCCCCAATGTTCTGCT;SOR=0.896;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=280;TCF=162;TCR=118;TR=125;WE=33886302;WS=33886284;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:240,188:0.44:428
chr11	33891357	rs11032432	G	C	277.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-1.407;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.368;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=14;PP=214;ReadPosRankSum=1.389;SC=CCGGCCGCCCGGAGCCCCTCG;SOR=3.056;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=24;TCF=2;TCR=22;TR=14;WE=33891365;WS=33891347;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,14:0.56:25
chr11	34093121	rs60037622	AA	TT	259.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.593;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=11;HapScore=2;JOINED;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=1;PP=138;ReadPosRankSum=1.383;SC=AAAAAAAAAAAATTTATGTAC;SOR=0.368;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=7;TCF=6;TCR=1;TR=5;WE=34093130;WS=34093111;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,7:0.78:9
chr11	34093349	rs10718447	AT	A	1123.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=9;NR=16;PP=806;SC=AAGATGTTATATTTTTTATTT;SOR=0.874;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=26;TCF=10;TCR=16;TR=25;WE=34093357;WS=34093339;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr11	34098283	.	G	GT	105.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.544;ClippingRankSum=0.000;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.23;ReadPosRankSum=-0.409;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,12:0.48:25
chr11	34101062	.	G	C	170.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-2.655;ClippingRankSum=-0.000;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=37;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=0;PP=58;ReadPosRankSum=-2.655;SC=ATGTGTATATGTGTTTTAGTA;SOR=0.892;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=9;TCR=0;TR=5;WE=34101070;WS=34101060;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,5:0.56:9
chr11	34107489	rs16925147	C	T	343.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.050;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=2;PP=130;ReadPosRankSum=0.646;SC=TGGGTAACTGCATTAAAGCCC;SOR=0.622;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=21;TCF=16;TCR=5;TR=9;WE=34107497;WS=34107479;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,18:0.53:34
chr11	34107523	rs60700110	T	A	369.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-1.157;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=4;PP=165;ReadPosRankSum=-1.369;SC=TATAGATGGTTTATGTAGTGT;SOR=0.558;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=32;TCF=22;TCR=10;TR=12;WE=34107531;WS=34107513;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,21:0.45:47
chr11	34107785	rs4755360	G	A	5586.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=81;NR=60;PP=2965;SC=ATTTTAGTCAGACTCTGTAAC;SOR=0.886;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=142;TCF=81;TCR=61;TR=141;WE=34107793;WS=34107775;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,202:1.00:202
chr11	34110830	.	CAAAAAAAAAAA	C	206.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;ClippingRankSum=-0.000;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=4.771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.27;MQRankSum=-0.000;QD=25.84;SOR=1.872;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,5:0.62:8
chr11	34111038	rs138654211	GT	G	5578.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=-0.053;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=404;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.197;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.510;NF=11;NR=67;PP=2883;ReadPosRankSum=1.356;SC=TCAGGGCCAGGTTAGGTGGCT;SOR=0.617;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=153;TCF=19;TCR=134;TR=78;WE=34111046;WS=34111028;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:206,182:0.47:388
chr11	34113671	rs12419557	G	A	4434.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.951;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=406;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.550;HP=3;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=84;PP=1901;ReadPosRankSum=0.233;SC=TGTTAGGACAGTTTAGACTTC;SOR=0.517;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=255;TCF=77;TCR=178;TR=125;WE=34113679;WS=34113661;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:191,212:0.53:403
chr11	34113717	rs2982592	C	T	5232.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=37;NR=103;PP=2958;SC=GTTTTAGTAGCAGACCATATG;SOR=1.700;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=140;TCF=37;TCR=103;TR=140;WE=34113725;WS=34113707;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,188:1.00:188
chr11	34120705	rs17700132	A	G	1026.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-1.735;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.440;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=18;PP=635;ReadPosRankSum=0.899;SC=GACAGGGGAAACTTGAACACT;SOR=0.262;SbPval=0.26;Source=Platypus;TC=66;TCF=44;TCR=22;TR=44;WE=34120713;WS=34120695;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,46:0.61:76
chr11	34130164	rs73501064	A	G	1686.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=2.291;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.151;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=15;PP=1000;ReadPosRankSum=-0.727;SC=CTCGCCTTAGAACCTTGGGCA;SOR=1.123;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=116;TCF=78;TCR=38;TR=56;WE=34130172;WS=34130154;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,75:0.50:149
chr11	34130195	rs73501065	G	A	3019.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.109;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=278;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.489;HP=3;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=34;PP=1518;ReadPosRankSum=0.019;SC=CTGGCCCTCAGTTTAGTTTCC;SOR=0.812;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=173;TCF=109;TCR=64;TR=97;WE=34130203;WS=34130185;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:124,145:0.54:269
chr11	34130342	rs11552143	A	G	3163.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.228;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=302;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.969;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=66;PP=1547;ReadPosRankSum=-3.773;SC=CTCGGCCTTCAGTGCTGTGGT;SOR=0.820;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=198;TCF=76;TCR=122;TR=105;WE=34130350;WS=34130332;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:138,153:0.53:291
chr11	34130406	rs17700360	A	G	1132.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=2.123;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.797;HP=5;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=34;PP=732;ReadPosRankSum=-0.085;SC=CATGTGTTTTATCCAACTTAC;SOR=0.994;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=98;TCF=23;TCR=75;TR=44;WE=34130414;WS=34130396;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,50:0.45:112
chr11	34133552	rs73501073	T	C	1122.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-3.279;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.369;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=12;PP=513;ReadPosRankSum=-0.804;SC=GCTCTTTAGCTGCTCTGGTTA;SOR=0.496;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=109;TCF=76;TCR=33;TR=40;WE=34133560;WS=34133542;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,56:0.42:134
chr11	34133586	rs79517378	TG	CA	3313.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.151;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;JOINED;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=20;PP=1918;ReadPosRankSum=1.222;SC=GGATTGGGGGTGTGTGATTGC;SOR=0.734;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=145;TCF=89;TCR=56;TR=56;WE=34133595;WS=34133576;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:115,86:0.43:201
chr11	34135183	rs34445882	CA	C	302.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.880;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FS=2.101;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.76;MQRankSum=0.000;QD=4.32;ReadPosRankSum=1.815;SOR=1.055;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,40:0.57:70
chr11	34137524	rs79996353	G	A	579.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=4.989;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.851;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=20;PP=475;ReadPosRankSum=0.712;SC=TTTATATTGGGGAAAGTAGTA;SOR=2.777;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=39;TCF=2;TCR=37;TR=20;WE=34137532;WS=34137514;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,21:0.54:39
chr11	34149199	rs2957512	T	C	1311.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=8;NR=30;PP=1011;SC=CTTGCAGATTTAGGGGCATGT;SOR=2.356;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=38;TCF=8;TCR=30;TR=38;WE=34149207;WS=34149189;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr11	34152939	rs2957516	T	C	9171.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=347;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=114;NR=87;PP=2965;SC=GCGGACACTGTATGAGGTTTC;SOR=0.861;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=201;TCF=114;TCR=87;TR=201;WE=34152947;WS=34152929;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,345:1.00:345
chr11	34154641	rs2957518	C	T	4621.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.282;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=525;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.521;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=63;PP=1899;ReadPosRankSum=0.173;SC=TTCTGCCTCCCGTGCCCCCCA;SOR=0.680;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=298;TCF=149;TCR=149;TR=128;WE=34154649;WS=34154631;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:288,233:0.45:521
chr11	34158411	rs2982615	A	G	4106.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=57;NR=51;PP=2722;SC=GGTAGCTGGTATCGGTGCTAG;SOR=0.753;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=108;TCF=57;TCR=51;TR=108;WE=34158419;WS=34158401;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,136:1.00:136
chr11	34158431	rs2957521	T	C	4618.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=69;NR=55;PP=2676;SC=GCCTGCTATTTGTGGCGTGCT;SOR=0.836;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=124;TCF=69;TCR=55;TR=124;WE=34158439;WS=34158421;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,163:1.00:163
chr11	34163705	rs2982612	T	C	8335.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=329;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=113;NR=76;PP=2965;SC=TGCAGGTAGATGGAAGAGAAG;SOR=0.996;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=190;TCF=114;TCR=76;TR=189;WE=34163713;WS=34163695;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,321:1.00:321
chr11	34176214	rs2957525	A	G	4494.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=92;NR=41;PP=2965;SC=TGGGCACCCTAGCCCAGGCCC;SOR=1.594;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=134;TCF=93;TCR=41;TR=133;WE=34176222;WS=34176204;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,153:1.00:153
chr11	34181383	rs79718145	G	C	362.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-1.991;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=4;PP=134;ReadPosRankSum=0.432;SC=GTCACTCTCTGTCACCTGGAA;SOR=0.560;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=35;TCF=24;TCR=11;TR=14;WE=34181391;WS=34181373;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,18:0.47:38
chr11	34188981	rs7120870	CA	TG	6067.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=39;NR=60;PP=2947;SC=GATGGTGAACCAGAGTTAACA;SOR=1.059;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=99;TCF=39;TCR=60;TR=99;WE=34188990;WS=34188971;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,138:1.00:138
chr11	34189564	rs4756111	A	G	11694.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=443;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=121;NR=151;PP=2965;SC=TGCACGTGCTAAACTGTTTGC;SOR=0.838;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=272;TCF=121;TCR=151;TR=272;WE=34189572;WS=34189554;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,440:1.00:440
chr11	34226041	rs2955944	A	G	7644.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=297;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=113;NR=83;PP=2965;SC=CCCAGCCCTGAGACCTCGCCG;SOR=0.911;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=196;TCF=113;TCR=83;TR=196;WE=34226049;WS=34226031;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,291:1.00:291
chr11	34460472	rs7943316	A	T	3813.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-2.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=340;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.954;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=46;PP=1807;ReadPosRankSum=1.663;SC=GTCGCCACGGACTCGGGGCAA;SOR=0.488;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=231;TCF=141;TCR=90;TR=112;WE=34460480;WS=34460462;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:160,178:0.53:338
chr11	34460541	rs1049982	T	C	5547.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=0.119;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=602;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=80;NR=77;PP=1977;ReadPosRankSum=-1.206;SC=TGCAGTGTTCTGCACAGCAAA;SOR=0.676;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=335;TCF=170;TCR=165;TR=157;WE=34460549;WS=34460531;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:310,283:0.48:593
chr11	34470679	rs769218	G	A	161.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-2.127;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=0;PP=121;ReadPosRankSum=0.608;SC=ACCCGTGACAGTGTAAATGAA;SOR=1.445;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=17;TCR=1;TR=8;WE=34470687;WS=34470672;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,8:0.44:18
chr11	34482908	rs769217	C	T	3707.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.025;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=319;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.409;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=60;PP=1515;ReadPosRankSum=1.370;SC=ACCAGCGTGACGGCCCGATGT;SOR=0.659;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=187;TCF=85;TCR=102;TR=109;WE=34482916;WS=34482898;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:139,179:0.56:318
chr11	34502345	rs2231828	T	C	4665.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-1.809;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=489;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.241;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=73;NR=54;PP=1595;ReadPosRankSum=-1.228;SC=ACTTTTCATATGTCATTCTGT;SOR=0.478;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=272;TCF=166;TCR=106;TR=127;WE=34502353;WS=34502335;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:237,234:0.50:471
chr11	34511541	rs2231825	C	A	3388.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.278;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=365;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.723;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=53;PP=1657;ReadPosRankSum=1.876;SC=GGGTGGCTTGCGCTTGGTTAC;SOR=0.663;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=238;TCF=117;TCR=121;TR=109;WE=34511549;WS=34511531;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:193,167:0.46:360
chr11	34514941	rs737254	T	G	868.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.120;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.847;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=6;PP=304;ReadPosRankSum=0.821;SC=TGCTGTGCAATTCACACGATG;SOR=0.541;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=59;TCF=43;TCR=16;TR=24;WE=34514949;WS=34514931;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,42:0.49:86
chr11	34527152	rs2231821	A	G	1870.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.548;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.427;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=26;PP=821;ReadPosRankSum=-0.860;SC=CTGCACTCAGATGGGCTCCTT;SOR=0.541;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=139;TCF=87;TCR=52;TR=64;WE=34527160;WS=34527142;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:110,95:0.46:205
chr11	34643780	rs286920	A	G	671.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-3.494;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.139;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=4;PP=277;ReadPosRankSum=-1.520;SC=CTGATTTACCATGCTCCCAGG;SOR=0.446;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=62;TCF=49;TCR=13;TR=23;WE=34643788;WS=34643770;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,36:0.44:81
chr11	34668143	rs2281910	C	T	4576.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.750;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=502;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=77;NR=71;PP=2135;ReadPosRankSum=1.199;SC=GCGAGCACCTCTGCAGCATGA;SOR=0.709;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=310;TCF=159;TCR=151;TR=148;WE=34668151;WS=34668133;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:266,229:0.46:495
chr11	34678435	rs435537	C	G	7369.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=281;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=99;NR=76;PP=2965;SC=CAATTAAACGCCTCTCATTTT;SOR=0.935;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=175;TCF=99;TCR=76;TR=175;WE=34678443;WS=34678425;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,274:1.00:274
chr11	34680053	rs3818514	G	A	2462.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.548;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=239;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.009;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=24;PP=1112;ReadPosRankSum=-0.100;SC=TAGATCATTAGTAACCTGCCT;SOR=0.785;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=145;TCF=92;TCR=53;TR=71;WE=34680061;WS=34680043;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:119,118:0.50:237
chr11	34680598	rs11032804	C	A	555.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-1.708;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=19;PP=396;ReadPosRankSum=-0.128;SC=ATGAGGGGAACAAGAAACTAC;SOR=0.779;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=54;TCF=10;TCR=44;TR=23;WE=34680606;WS=34680588;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,25:0.41:61
chr11	34904399	rs2288667	C	T	4261.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.598;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=43;PP=1540;ReadPosRankSum=2.550;SC=CAGTGTTTATCGAAACAGAGT;SOR=0.742;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=89;TCF=45;TCR=44;TR=87;WE=34904407;WS=34904389;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,166:0.99:168
chr11	34904509	rs2288668	T	G	1219.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=22;PP=605;SC=ATTCTATTTTTCCCTCAACAT;SOR=1.828;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=8;TCR=22;TR=30;WE=34904517;WS=34904499;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr11	34905145	rs2303957	T	C	1338.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=32;PP=743;SC=CAGTTAGACATGCTGTTTGTG;SOR=1.747;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=42;TCF=10;TCR=32;TR=42;WE=34905153;WS=34905135;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr11	34909827	rs35393135	GA	G	2122.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=18;NR=12;PP=1110;SC=TAAGAAAAAGGAAAAAAAAAT;SOR=1.814;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=35;TCF=22;TCR=13;TR=30;WE=34909841;WS=34909817;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr11	34909833	rs61752923	A	C	2156.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=31;NR=13;PP=904;SC=AAAGGAAAAAAAAATACCTAT;SOR=1.656;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=44;TCF=31;TCR=13;TR=44;WE=34909841;WS=34909817;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr11	34909926	rs1571133	T	G	4537.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=49;NR=46;PP=1853;SC=GAAAGAGAAGTGTGGCCATCA;SOR=0.716;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=95;TCF=49;TCR=46;TR=95;WE=34909934;WS=34909916;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,172:1.00:172
chr11	34910077	rs1571134	G	A	745.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=21;PP=621;SC=ATATGGTTATGGGCTTATTTT;SOR=4.892;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=23;TCF=2;TCR=21;TR=22;WE=34910085;WS=34910067;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr11	34910397	rs1977420	C	T	329.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.879;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.273;HP=4;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=7;PP=155;ReadPosRankSum=1.076;SC=ATTTATATCACAAACAAACAT;SOR=0.446;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=26;TCF=15;TCR=11;TR=14;WE=34910405;WS=34910387;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,18:0.49:37
chr11	34910433	rs1977421	A	G	1317.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.36;SOR=0.773;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr11	34911967	rs2303958	T	G	121.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=2.655;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=0;PP=88;ReadPosRankSum=-0.210;SC=ATAAAATGAATGTTTTCTCTT;SOR=0.892;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=9;TCR=0;TR=5;WE=34911975;WS=34911965;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,5:0.56:9
chr11	34912013	rs2303959	A	G	86.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-0.562;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=1;PP=48;ReadPosRankSum=1.602;SC=GTAATTAAGAAGAAAAGACAC;SOR=0.693;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=14;TCF=12;TCR=2;TR=6;WE=34912021;WS=34912003;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,6:0.38:16
chr11	34912289	rs2915224	T	A	960.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=19;PP=526;SC=CTGGTGGCATTGTAGAATATT;SOR=2.049;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=25;TCF=6;TCR=19;TR=24;WE=34912297;WS=34912279;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr11	34916484	rs1326940	A	G	3430.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=67;NR=33;PP=1922;SC=TGTTCTTTGGATATAACACAT;SOR=1.347;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=100;TCF=67;TCR=33;TR=100;WE=34916492;WS=34916474;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
chr11	34916657	rs61734605	C	T	1329.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-2.175;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.693;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-1.122;NF=13;NR=25;PP=577;ReadPosRankSum=-2.372;SC=TGCTCCTTGTCCTTAAAAAGA;SOR=0.515;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=66;TCF=22;TCR=44;TR=38;WE=34916665;WS=34916647;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,61:0.61:100
chr11	34916710	rs1326941	A	G	1554.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=10;NR=34;PP=935;SC=TCAAGTAACTATTCCAGCTGG;SOR=1.919;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=45;TCF=10;TCR=35;TR=44;WE=34916718;WS=34916700;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr11	34916785	rs1326942	A	G	475.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=13;PP=372;SC=AGTACAGTGAAGGAAAAAACT;SOR=2.584;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=16;TCF=3;TCR=13;TR=16;WE=34916793;WS=34916775;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr11	34918273	rs34774694	G	GCAA	7656.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.059;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=43.26;ReadPosRankSum=-0.266;SOR=0.979;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:5,172:0.97:177
chr11	34918375	rs2986429	A	G	10546.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=399;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=132;NR=128;PP=2965;SC=GTGACCTTGAACTTCAATTTT;SOR=0.719;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=260;TCF=132;TCR=128;TR=260;WE=34918383;WS=34918365;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,393:1.00:393
chr11	34918540	rs144924691	CACA	C	1198.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=1.745;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.165;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=25;PP=1063;ReadPosRankSum=1.820;SC=TGGAGAAAATCACAACAAGGA;SOR=1.329;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=49;TCF=0;TCR=49;TR=25;WE=34918550;WS=34918530;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,32:0.47:68
chr11	34918570	rs72930433	G	A	683.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=4.016;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=23;PP=555;ReadPosRankSum=1.967;SC=TTACAGATCCGGTCACTGGGT;SOR=1.075;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=40;TCF=1;TCR=39;TR=23;WE=34918578;WS=34918560;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,25:0.58:43
chr11	34937813	rs2956114	G	A	3841.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=0.620;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=402;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=47;PP=1540;ReadPosRankSum=0.515;SC=TCTCCCTCCCGAGCATCACAG;SOR=0.707;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=195;TCF=112;TCR=83;TR=108;WE=34937821;WS=34937803;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:202,197:0.49:399
chr11	34937884	rs2956113	G	A	3351.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.594;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=330;ExcessHet=3.0103;FS=1.307;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.25;ReadPosRankSum=1.194;SOR=0.704;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:155,172:0.53:327
chr11	34937901	rs2956112	A	G	7324.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=279;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.54;SOR=0.737;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,276:1.00:276
chr11	34937931	rs2956111	G	A	1755.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.769;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.97;ReadPosRankSum=-0.892;SOR=0.686;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:74,86:0.54:160
chr11	34938074	rs112032820	C	T	351.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.481;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FS=0.922;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.82;ReadPosRankSum=0.074;SOR=0.922;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:46,27:0.37:73
chr11	34938115	rs2956110	C	A	1628.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=23;NR=25;PP=830;SC=CCGCTAGCGTCTGGGGGCGTG;SOR=0.758;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=49;TCF=23;TCR=26;TR=48;WE=34938123;WS=34938105;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr11	34938265	rs2956109	C	T	4382.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.40;SOR=0.991;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,166:1.00:166
chr11	34953088	rs34345153	G	GT,GTT	1780.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.079;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FS=2.358;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.45;MQRankSum=0.276;QD=20.24;ReadPosRankSum=-2.000;SOR=1.882;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:6,57,25:0.65,0.28:88
chr11	34963224	rs2915190	C	T	544.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=2.414;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.343;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=4;PP=364;ReadPosRankSum=-0.122;SC=TTGTGAAAGCCTCAGGACTTA;SOR=1.071;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=33;TCF=24;TCR=9;TR=19;WE=34963232;WS=34963214;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,23:0.56:41
chr11	34963416	rs2986407	T	C	3242.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=37;NR=42;PP=1206;SC=GGCCCCCGGGTGGGCCTCTGC;SOR=0.791;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=79;TCF=37;TCR=42;TR=79;WE=34963424;WS=34963406;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr11	34978892	rs2243948	G	A	2540.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=54;NR=13;PP=1674;SC=GCAGTCATGGGGTTTTACTTC;SOR=2.419;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=67;TCF=54;TCR=13;TR=67;WE=34978900;WS=34978882;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr11	34982146	rs2732554	T	G	2670.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.78;SOR=2.584;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr11	34982146	.	TTC	GTA	1119	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;FR=1.0000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MMLQ=28;MQ=60.0;NF=10;NR=38;PP=1119;QD=24.4264140596;SC=AAAGAGCTTATTCAGTCTTAA;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=51;TCF=11;TCR=40;TR=48;WE=34982156;WS=34982136;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:3,48:0.94:51
chr11	34982148	rs2767036	C	A	2670.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.27;SOR=2.683;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr11	34988405	.	C	CT	56.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.475;ClippingRankSum=0.000;DP=113;ExcessHet=3.0103;FS=2.422;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.81;ReadPosRankSum=-0.178;SOR=1.421;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:55,15:0.21:70
chr11	34991727	rs497582	T	C	11642.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.815;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=450;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=126;NR=133;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.562;SC=TTCGAAGAGTTATTGCCAAGA;SOR=0.370;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=261;TCF=127;TCR=134;TR=259;WE=34991735;WS=34991717;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,442:1.00:443
chr11	34999352	rs117341628	A	T	1591.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=2.418;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=224;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.506;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=30;PP=895;ReadPosRankSum=0.741;SC=TTTTCGAGACATAGGAGTTAG;SOR=0.640;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=130;TCF=61;TCR=69;TR=60;WE=34999360;WS=34999342;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:137,84:0.38:221
chr11	34999484	rs733567	G	T	957.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.671;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=27;PP=686;ReadPosRankSum=-0.873;SC=TAATATTATTGATCCAGGACC;SOR=1.378;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=34;TCF=5;TCR=29;TR=32;WE=34999492;WS=34999474;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,35:0.95:37
chr11	34999745	rs10768108	C	G	2865.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=27;NR=39;PP=1354;SC=TAGCAGACTTCAAATGATTTT;SOR=0.961;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=66;TCF=27;TCR=39;TR=66;WE=34999753;WS=34999735;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr11	35198032	rs4756195	A	G	1214.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=23;NR=8;PP=773;SC=GCCTTATTTGACTTTTTAAGG;SOR=1.666;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=23;TCR=8;TR=31;WE=35198040;WS=35198022;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr11	35198108	rs4756196	A	G	1174.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.632;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.781;HP=4;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=15;PP=591;ReadPosRankSum=-0.837;SC=TAACATTTCTATTTCTTCCCA;SOR=0.569;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=72;TCF=47;TCR=25;TR=39;WE=35198116;WS=35198098;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,54:0.55:99
chr11	35201810	rs11033019	T	C	2450.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.132;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=279;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=31;PP=1224;ReadPosRankSum=2.523;SC=CCTGTTGTTTTTCTCTTACAG;SOR=0.710;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=183;TCF=109;TCR=74;TR=81;WE=35201818;WS=35201800;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:152,121:0.44:273
chr11	35208251	rs3736812	A	G	823.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=4.629;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.601;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=2;PP=607;ReadPosRankSum=-0.181;SC=CCAACTTAGGAGTTTCGGAAA;SOR=0.409;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=71;TCF=68;TCR=3;TR=31;WE=35208259;WS=35208242;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,34:0.42:81
chr11	35218445	rs61882760	A	G	1861.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.595;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.544;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=49;PP=1082;ReadPosRankSum=0.297;SC=ATTATCTCATAGCGTATGTTT;SOR=0.739;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=157;TCF=49;TCR=108;TR=69;WE=35218453;WS=35218435;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:112,89:0.44:201
chr11	35222681	rs35356320	C	T	6178.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.608;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=649;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=91;NR=95;PP=2905;ReadPosRankSum=1.141;SC=AGGACTGGACCCAGTGGAACC;SOR=0.671;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=405;TCF=201;TCR=204;TR=186;WE=35222689;WS=35222671;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:339,301:0.47:640
chr11	35223158	rs11033025	T	C	4201.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=82;NR=39;PP=2389;SC=AATGGAAGAATAGAATCATTA;SOR=1.463;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=122;TCF=82;TCR=40;TR=121;WE=35223166;WS=35223148;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,156:1.00:156
chr11	35226155	rs9666607	A	G	12181.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=469;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=125;NR=152;PP=2965;SC=CAAACACCCAAAGAAGACTCC;SOR=0.813;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=279;TCF=126;TCR=153;TR=277;WE=35226163;WS=35226145;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,458:1.00:458
chr11	35229673	rs1467558	T	C	13008.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=502;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=187;NR=123;PP=2965;SC=AGTCATAGTATAACGCTTCAG;SOR=1.002;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=310;TCF=187;TCR=123;TR=310;WE=35229681;WS=35229663;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,486:1.00:486
chr11	35244044	rs7116739	G	C	4250.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=33;NR=52;PP=1693;SC=CAGTCACCTCGCTAGAACTGA;SOR=0.955;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=85;TCF=33;TCR=52;TR=85;WE=35244052;WS=35244034;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,161:1.00:161
chr11	35244145	.	A	AAT	82.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.198;ClippingRankSum=-0.000;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=5.91;ReadPosRankSum=0.979;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,5:0.36:14
chr11	35287000	rs35055326	G	GT	358.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.401;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=1.193;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.16;MQRankSum=1.053;QD=5.61;ReadPosRankSum=1.150;SOR=0.497;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,28:0.44:64
chr11	35302668	rs2236273	A	G	1293.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=13;NR=29;PP=770;SC=CCCCCACCCCATACTCTCCAC;SOR=1.609;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=43;TCF=14;TCR=29;TR=42;WE=35302676;WS=35302658;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr11	35308369	rs1042113	T	C	871.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.718;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.815;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=13;PP=441;ReadPosRankSum=1.765;SC=AGATGGCGGCTACCGCTTCAT;SOR=0.446;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=61;TCF=39;TCR=22;TR=31;WE=35308377;WS=35308359;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,43:0.48:89
chr11	35322907	rs11033063	G	A	496.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-2.996;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=0;PP=333;ReadPosRankSum=0.752;SC=TCTAGGGGAAGCTCCAAAAAA;SOR=0.760;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=39;TCF=37;TCR=2;TR=16;WE=35322915;WS=35322897;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,21:0.44:48
chr11	35322940	rs11033064	A	G	964.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=2.750;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.259;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=4;PP=643;ReadPosRankSum=-0.652;SC=CCTTTCTCAAAGTCTTTCTGG;SOR=1.112;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=77;TCF=65;TCR=12;TR=34;WE=35322948;WS=35322930;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,43:0.44:98
chr11	35323200	rs2273689	A	G	6440.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.373;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=245;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=113;PP=2965;ReadPosRankSum=0.432;SC=GACCTGTTGGATGAATCACAT;SOR=0.548;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=171;TCF=54;TCR=117;TR=167;WE=35323208;WS=35323190;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,239:1.00:240
chr11	35327748	rs752949	C	T	1511.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.077;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.548;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=28;PP=718;ReadPosRankSum=-2.695;SC=CCTCCTCGTCCGGCGGTGGTG;SOR=0.644;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=122;TCF=56;TCR=66;TR=53;WE=35327756;WS=35327738;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:104,77:0.43:181
chr11	35327825	rs3895234	A	G	1405.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.689;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FS=1.224;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.68;ReadPosRankSum=-0.704;SOR=0.807;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:87,75:0.46:162
chr11	35334032	rs56028027	T	C	967.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=3.269;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.076;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=33;PP=787;ReadPosRankSum=2.378;SC=TTAATTCTATTACGTTTGTGC;SOR=0.979;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=77;TCF=14;TCR=63;TR=39;WE=35334040;WS=35334022;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,39:0.49:79
chr11	35338893	rs2273687	G	C	2115.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.514;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.974;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=29;PP=809;ReadPosRankSum=0.761;SC=AGAGAAGAGGGGGCTGGGGGT;SOR=0.459;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=145;TCF=85;TCR=60;TR=66;WE=35338901;WS=35338883;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:104,104:0.50:208
chr11	35344107	rs56205617	C	T	459.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=1.702;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.131;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=3;PP=302;ReadPosRankSum=-1.148;SC=GCTTCACCCACCTGTCCTTCC;SOR=1.911;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=34;TCF=25;TCR=9;TR=18;WE=35344115;WS=35344097;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,21:0.48:44
chr11	35344345	rs7115450	A	G	1885.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=28;PP=801;SC=AGAACCAGGAAGCAGAGATTT;SOR=1.148;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=43;TCF=15;TCR=28;TR=43;WE=35344353;WS=35344335;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr11	35453796	rs11344760	GC	G	2064.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=35;NR=7;PP=1657;SC=CCCTGGCACAGCCCAAGTTCA;SOR=2.872;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=50;TCF=41;TCR=9;TR=42;WE=35453804;WS=35453786;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr11	35454516	.	T	C	394.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.980;ClippingRankSum=0.000;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=15;PP=308;ReadPosRankSum=0.964;SC=GGCTTGGAGCTAAATTTTTGG;SOR=1.022;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=32;TCF=5;TCR=27;TR=18;WE=35454524;WS=35454506;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,18:0.56:32
chr11	35456453	rs675227	G	C	766.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=1.632;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.600;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=21;PP=457;ReadPosRankSum=0.445;SC=AAGGTGAACTGTATGGGCATG;SOR=1.187;SbPval=0.94;Source=Platypus;TC=52;TCF=10;TCR=42;TR=23;WE=35456461;WS=35456443;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,32:0.52:62
chr11	35641312	rs3740799	G	A	3013.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.714;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=310;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.789;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=60;PP=1828;ReadPosRankSum=1.273;SC=GGCGCGTCCTGGAGCTGCACC;SOR=0.764;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=230;TCF=114;TCR=116;TR=112;WE=35641320;WS=35641302;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:158,141:0.47:299
chr11	35706780	rs3740798	G	C	4155.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.552;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=487;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.107;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=69;NR=57;PP=1989;ReadPosRankSum=-0.927;SC=ATGCTGTCTAGTGACCCCTCA;SOR=0.605;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=273;TCF=157;TCR=116;TR=126;WE=35706788;WS=35706770;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:269,211:0.44:480
chr11	35827958	rs61881297	A	G	2298.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.158;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=260;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.748;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=42;PP=1113;ReadPosRankSum=-0.349;SC=CCCAGTGGAAAATCATCCCCT;SOR=0.866;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=171;TCF=80;TCR=91;TR=75;WE=35827966;WS=35827948;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:140,115:0.45:255
chr11	36031593	rs262404	G	A	2069.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.159;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.165;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=19;PP=927;ReadPosRankSum=-0.320;SC=GGACTGAAGAGTATAACCTAC;SOR=0.811;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=125;TCF=81;TCR=44;TR=60;WE=36031601;WS=36031583;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:89,98:0.52:187
chr11	36057626	rs262451	G	A	4510.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.160;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=473;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.526;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=86;NR=60;PP=2174;ReadPosRankSum=1.054;SC=TTGCTGTGCCGTCTGACCTGT;SOR=0.620;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=299;TCF=181;TCR=118;TR=146;WE=36057634;WS=36057616;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:238,221:0.48:459
chr11	36103228	rs1138807	A	G	5897.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.080;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=563;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.725;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=89;NR=93;PP=2788;ReadPosRankSum=1.444;SC=AATGTGGCCCAACCTTCTTCC;SOR=0.601;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=351;TCF=181;TCR=170;TR=182;WE=36103236;WS=36103218;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:264,287:0.52:551
chr11	36103381	rs3740962	A	G	1858.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.159;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=47;PP=1149;ReadPosRankSum=1.017;SC=CCGCCAGCCAAACTTGTCCAC;SOR=0.749;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=121;TCF=33;TCR=88;TR=65;WE=36103389;WS=36103371;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,82:0.54:152
chr11	36251046	rs4755444	G	A	3024.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.353;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=267;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.461;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=60;PP=1473;ReadPosRankSum=1.312;SC=ACCTGTAAGGGTGTCTCAAGT;SOR=0.757;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=184;TCF=75;TCR=109;TR=99;WE=36251054;WS=36251036;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:115,143:0.55:258
chr11	36293048	rs7107433	G	A	3557.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=59;NR=39;PP=1973;SC=AAAAGCCCCAGAGAGATGGTC;SOR=1.061;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=98;TCF=59;TCR=39;TR=98;WE=36293056;WS=36293038;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr11	36298555	rs2289986	C	T	1202.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=29;NR=8;PP=753;SC=TTGGTTTCTGCCAAAATCTCT;SOR=1.954;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=29;TCR=8;TR=37;WE=36298563;WS=36298545;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr11	36299976	rs34980490	A	T	2204.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.602;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.202;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=32;PP=946;ReadPosRankSum=0.778;SC=GAGAATAAAAATAATAAGAAA;SOR=0.506;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=138;TCF=83;TCR=55;TR=74;WE=36299984;WS=36299966;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:92,110:0.54:202
chr11	36310897	rs150180717	A	AC	2600.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.502;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.053;HP=8;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=2.349;NF=6;NR=31;PP=1233;ReadPosRankSum=-1.362;SC=CGCTGTCCCCACCCCTTCGAC;SOR=0.776;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=84;TCF=20;TCR=64;TR=37;WE=36310905;WS=36310887;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:110,102:0.48:212
chr11	36311014	rs7939948	G	T	3014.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=33;NR=43;PP=1324;SC=TCACGTGGCTGTCGCTGTTGT;SOR=0.896;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=77;TCF=33;TCR=44;TR=76;WE=36311022;WS=36311004;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr11	36422792	rs330261	G	A	11424.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=459;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=132;NR=168;PP=2965;SC=ATTCCAAGCAGCTCGGCAGGC;SOR=0.871;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=305;TCF=137;TCR=168;TR=300;WE=36422800;WS=36422782;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,449:1.00:449
chr11	36425013	.	GT	G	35.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.383;ClippingRankSum=0.000;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=7.375;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.79;ReadPosRankSum=0.045;SOR=0.044;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,8:0.40:20
chr11	36459091	rs138628020	G	A	938.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=3.711;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.846;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=26;PP=613;ReadPosRankSum=0.258;SC=TGGCCCTTGCGGCCTGAGGGC;SOR=1.296;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=60;TCF=13;TCR=47;TR=31;WE=36459099;WS=36459081;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,38:0.51:74
chr11	36459130	rs4756316	T	C	1146.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=28;PP=860;SC=AACTTGGAGATTGGGCGCTTG;SOR=3.383;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=32;TCF=4;TCR=28;TR=32;WE=36459138;WS=36459120;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr11	36484208	rs514352	T	C	4974.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.62;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=44;NR=48;PP=1593;SC=CCAACATCACTGACAACCCTG;SOR=0.746;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=92;TCF=44;TCR=48;TR=92;WE=36484216;WS=36484198;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,193:1.00:193
chr11	36514290	rs2303439	T	C	441.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=10;PP=275;SC=ACATTGGCAGTTGAATAGGTG;SOR=2.448;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=11;TCF=1;TCR=10;TR=11;WE=36514298;WS=36514280;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr11	36518824	rs3830511	T	TA	5049.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.957;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=87;PP=2736;ReadPosRankSum=-0.908;SC=ATCCTATAATTAAAAAAATAA;SOR=0.971;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=102;TCF=9;TCR=93;TR=94;WE=36518832;WS=36518814;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,201:0.98:205
chr11	40137543	rs2953310	T	C	8794.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.729;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=335;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=98;NR=127;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.787;SC=TTTCCAAGTGTCTCAAGTGCT;SOR=0.862;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=229;TCF=101;TCR=128;TR=225;WE=40137551;WS=40137533;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,330:0.99:332
chr11	42209105	rs11416548	G	GA	2564.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-2.102;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=4.968;HP=12;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.630;NF=47;NR=31;PP=1098;ReadPosRankSum=-0.211;SC=TACTGAAAGAGAAAAAAAAAA;SOR=0.321;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=119;TCF=70;TCR=49;TR=78;WE=42209113;WS=42209095;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,138:0.83:166
chr11	42209374	.	G	T	1201.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-1.174;ClippingRankSum=0.000;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.349;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=41;PP=918;ReadPosRankSum=-1.009;SC=AAAAATATTTGCTCTGTTGCC;SOR=1.850;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=92;TCF=16;TCR=76;TR=46;WE=42209382;WS=42209364;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,50:0.49:102
chr11	42262449	rs10837795	G	C	1075.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=30;NR=0;PP=890;SC=CTTTATGAAGGAAAAAAACCT;SOR=6.994;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=31;TCF=31;TCR=0;TR=30;WE=42262457;WS=42262446;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr11	43343072	rs5743221	T	C	940.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.230;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=17;PP=379;ReadPosRankSum=-2.168;SC=TCTTACAGAATCACAAAGTTA;SOR=0.708;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=61;TCF=22;TCR=39;TR=28;WE=43343080;WS=43343062;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,47:0.49:96
chr11	43357037	rs5743253	A	G	236.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.633;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=4;PP=46;ReadPosRankSum=-0.942;SC=ATATGACTTAAAATGTAAAAT;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=3;TCR=11;TR=4;WE=43357045;WS=43357027;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,12:0.50:24
chr11	43391648	rs61156323	C	T	1974.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.477;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.535;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=24;PP=756;ReadPosRankSum=-1.675;SC=GGAGCCCATGCGTATCTCTCT;SOR=0.650;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=117;TCF=67;TCR=50;TR=56;WE=43391656;WS=43391638;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,99:0.53:187
chr11	43413158	rs67884453	TTGCG	T	702.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.722;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FS=0.803;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.56;MQRankSum=0.866;QD=7.90;ReadPosRankSum=0.716;SOR=0.590;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,52:0.58:89
chr11	43427268	rs61883556	G	A	3479.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.846;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=350;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.392;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=68;PP=1739;ReadPosRankSum=-0.565;SC=GACTTGAAAAGTTAAGTCTTT;SOR=0.722;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=246;TCF=109;TCR=137;TR=119;WE=43427276;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:173,169:0.49:342
chr11	43472895	rs6485426	G	C	7182.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=268;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=64;NR=127;PP=2965;SC=CTAAGTGTCTGTAACCTCTTC;SOR=1.366;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=191;TCF=64;TCR=127;TR=191;WE=43472903;WS=43472885;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,258:1.00:258
chr11	43702581	rs4573669	G	A	871.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=7;NR=15;PP=456;SC=GCGGCGGCCCGGACCAGGCCT;SOR=1.609;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=7;TCR=15;TR=22;WE=43702589;WS=43702571;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr11	43702615	rs4573668	G	C	769.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=14;PP=393;SC=TAGTTCTGGGGTCTGCTCCTG;SOR=1.609;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=19;TCF=5;TCR=14;TR=19;WE=43702623;WS=43702605;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr11	43772549	rs12801203	A	G	333.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.054;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.56;ReadPosRankSum=1.988;SOR=0.675;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,17:0.44:39
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chr11	43861748	rs10734518	G	A	394.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=0.873;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.641;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=12;PP=218;ReadPosRankSum=1.253;SC=CATTAAAAACGTGGTTTCTTT;SOR=1.154;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=34;TCF=10;TCR=24;TR=16;WE=43861756;WS=43861738;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,20:0.44:45
chr11	43876435	rs3736505	A	G	3061.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.081;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=318;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.413;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=49;PP=1454;ReadPosRankSum=2.024;SC=TTTTTGAATCACAAATCAATA;SOR=0.669;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=196;TCF=98;TCR=98;TR=99;WE=43876443;WS=43876425;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:155,153:0.50:308
chr11	43876698	rs11555762	C	T	1066.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.060;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FS=1.337;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.26;ReadPosRankSum=-0.677;SOR=0.864;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:89,58:0.39:147
chr11	43905440	rs2271818	C	G	560.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=3.442;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.335;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=4;PP=454;ReadPosRankSum=0.021;SC=TAGTTTTTAACTTTATTTTGA;SOR=1.077;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=47;TCF=38;TCR=9;TR=24;WE=43905448;WS=43905430;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,23:0.44:52
chr11	43911365	rs2434478	T	C	4986.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=65;NR=58;PP=1996;SC=AACAGAGGACTGGCATCAGAG;SOR=0.746;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=125;TCF=65;TCR=60;TR=123;WE=43911373;WS=43911355;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,193:1.00:193
chr11	43940566	rs7926534	T	C	795.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=15;NR=6;PP=447;SC=AAACATTTATTACAACAAATG;SOR=1.460;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=21;TCF=15;TCR=6;TR=21;WE=43940574;WS=43940556;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr11	43940602	rs1130290	C	G	659.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.033;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.392;HP=1;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=6;PP=285;ReadPosRankSum=0.872;SC=AGAATGGAGACTACACATATG;SOR=1.095;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=30;TCF=19;TCR=11;TR=19;WE=43940610;WS=43940592;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,31:0.60:52
chr11	43940644	rs1048928	G	T	542.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.791;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=6;PP=150;ReadPosRankSum=-1.459;SC=TGGATCATGGGACCTTGTTAA;SOR=0.756;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=42;TCF=21;TCR=21;TR=13;WE=43940652;WS=43940634;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,31:0.38:81
chr11	43946967	rs1973717	A	G	1681.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.435;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.621;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=34;PP=922;ReadPosRankSum=-0.315;SC=GATCGTCTCCACGCTGCACCA;SOR=0.794;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=98;TCF=41;TCR=57;TR=58;WE=43946975;WS=43946957;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,79:0.54:145
chr11	43947070	rs112495713	C	T	198.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=4.118;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.067;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=9;PP=147;ReadPosRankSum=1.192;SC=CTGCACCAACCGATGAGGGGA;SOR=1.981;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=2;TCR=20;TR=9;WE=43947078;WS=43947060;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,9:0.41:22
chr11	43947990	rs12797684	T	C	1455.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.922;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.334;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=18;PP=774;ReadPosRankSum=-0.663;SC=CAGGCCACTTTCAAACTCTGT;SOR=0.577;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=104;TCF=66;TCR=38;TR=47;WE=43947998;WS=43947980;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,68:0.47:144
chr11	43948185	rs139721147	G	GT	440.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.747;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.523;HP=6;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=16;PP=443;ReadPosRankSum=-0.374;SC=GGCAAAATTAGTTTTTTCTCC;SOR=1.167;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=50;TCF=5;TCR=45;TR=17;WE=43948193;WS=43948175;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,27:0.38:72
chr11	43954812	rs2434476	T	C	2427.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=26;NR=50;PP=1278;SC=TACTAGCTGGTGGATGTCCCT;SOR=1.414;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=76;TCF=26;TCR=50;TR=76;WE=43954820;WS=43954802;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr11	43964842	rs7077	G	C	4502.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.03;SOR=0.752;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,173:1.00:173
chr11	44079831	rs12275640	A	G	4412.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=71;NR=37;PP=2347;SC=TTTCTGTAGTAATATCTGTGA;SOR=1.207;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=109;TCF=72;TCR=37;TR=108;WE=44079839;WS=44079821;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,160:1.00:160
chr11	44080210	rs2074051	T	C	5198.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-1.836;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=90;PP=2416;ReadPosRankSum=0.725;SC=AGGCTGGTTCTGCCTCATCTT;SOR=0.393;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=151;TCF=60;TCR=91;TR=150;WE=44080218;WS=44080200;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,201:1.00:202
chr11	44080284	rs17795924	G	A	1854.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=13;NR=47;PP=1282;SC=CTTTAAAGACGCCCCATCAAT;SOR=2.338;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=60;TCF=13;TCR=47;TR=60;WE=44080292;WS=44080274;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr11	44089161	rs178514	G	A	4939.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=71;NR=39;PP=2169;SC=AGGCCTGTGCGTTTTGTCTTT;SOR=1.160;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=110;TCF=71;TCR=39;TR=110;WE=44089169;WS=44089151;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,184:1.00:184
chr11	44096238	rs178521	G	A	5221.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=53;NR=79;PP=2540;SC=GAATGTGAGTGGCCCCCTCCA;SOR=1.018;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=136;TCF=55;TCR=81;TR=132;WE=44096246;WS=44096228;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,196:1.00:196
chr11	44096284	.	C	CTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTT	1352.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=97;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.43;QD=42.27;SOR=6.994;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr11	44098985	rs2074043	G	A	6686.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.923;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=255;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=101;PP=2965;ReadPosRankSum=0.231;SC=GAGTTTCCTGGGTCTGAATTT;SOR=1.025;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=167;TCF=66;TCR=101;TR=167;WE=44099004;WS=44098975;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,248:0.99:250
chr11	44099588	rs3134907	A	C	1028.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=23;PP=686;SC=GGTGATTGGGACAGACAGGTA;SOR=2.115;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=6;TCR=23;TR=29;WE=44099596;WS=44099578;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr11	44104701	rs79395013	C	CCT	10908.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.881;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=264;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=72;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.035;SC=GATCTTCTGGCCTCTTTCACC;SOR=0.971;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=128;TCF=56;TCR=72;TR=125;WE=44104709;WS=44104691;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,258:0.99:260
chr11	44104885	rs3107274	T	G	7668.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=288;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=97;NR=102;PP=2965;SC=AGGTGCGGGCTGAGAGGGAGT;SOR=0.728;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=200;TCF=98;TCR=102;TR=199;WE=44104893;WS=44104875;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,287:1.00:287
chr11	44104981	rs3107275	C	T	9844.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=359;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=127;NR=96;PP=2965;SC=CAGTACCTGCCCAAGGGCACC;SOR=0.903;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=225;TCF=127;TCR=98;TR=223;WE=44104989;WS=44104971;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,354:1.00:354
chr11	44117898	rs11037860	T	G	2771.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=29;NR=43;PP=1416;SC=GGGCATGTTATGCCGGGGACT;SOR=1.000;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=73;TCF=29;TCR=44;TR=72;WE=44117906;WS=44117888;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr11	44129086	rs11037864	A	T	516.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=7;NR=4;PP=192;SC=GTGAGCTGAGATTGCACCACT;SOR=1.127;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=7;TCR=4;TR=11;WE=44129094;WS=44129076;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr11	44146257	rs10769018	A	G	3344.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=50;NR=27;PP=1345;SC=ACTTACTGTCATAAGTTTAAT;SOR=1.102;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=77;TCF=50;TCR=27;TR=77;WE=44146265;WS=44146247;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr11	44151457	rs7125352	T	C	4721.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=104;NR=41;PP=2965;SC=GGGAAAGAGATAATACTTACC;SOR=1.770;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=145;TCF=104;TCR=41;TR=145;WE=44151465;WS=44151447;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,168:1.00:168
chr11	44257708	rs151110171	GGT	G	180.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.618;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FS=2.375;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.52;ReadPosRankSum=0.425;SOR=0.380;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:103,16:0.13:119
chr11	44289289	rs10742699	A	G	4402.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=21;NR=97;PP=2902;SC=CGTTTGGGAAACGGTGCGGCC;SOR=2.560;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=119;TCF=22;TCR=97;TR=118;WE=44289297;WS=44289279;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,145:1.00:145
chr11	44296828	rs11037927	C	T	1636.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.389;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=10;PP=967;ReadPosRankSum=-0.077;SC=TCAGGAGACCCCAACTGCAGC;SOR=0.798;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=86;TCF=69;TCR=17;TR=52;WE=44296836;WS=44296818;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,68:0.60:113
chr11	44297054	rs10769028	T	C	21040.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=811;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=243;NR=227;PP=2965;SC=TGTTGCTCTCTGAGTCGGCCT;SOR=0.744;SbPval=0.53;Source=Platypus;TCR=227;TR=470;WE=44297062;WS=44297044;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,804:1.00:804
chr11	44297253	rs11037929	A	G	3739.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=1.297;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.875;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=78;PP=2393;ReadPosRankSum=-0.951;SC=GTTGAACCAAACAAGAGAAGG;SOR=1.839;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=101;TCF=21;TCR=80;TR=98;WE=44297261;WS=44297243;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,130:0.98:132
chr11	44297343	rs11037930	C	A	1090.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=28;PP=793;SC=ATGCGAGGTCCGGAGACTTGG;SOR=3.026;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=34;TCF=6;TCR=28;TR=33;WE=44297351;WS=44297333;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr11	44585933	rs934178	T	C	1860.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.818;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.459;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=21;PP=1014;ReadPosRankSum=-2.060;SC=CTTACTCCACTCGTACAAAGC;SOR=1.022;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=110;TCF=66;TCR=44;TR=60;WE=44585941;WS=44585923;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,88:0.51:171
chr11	44608866	rs7930303	T	C	2059.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=52;NR=13;PP=1564;SC=GGAAAGAGGCTACATGAGCCT;SOR=3.160;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=65;TCF=52;TCR=13;TR=65;WE=44608874;WS=44608856;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr11	44609198	rs7102843	G	A	459.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.082;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=16;PP=337;ReadPosRankSum=-1.618;SC=GCCCTCAGGTGTTCAGTCTGA;SOR=0.756;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=38;TCF=7;TCR=31;TR=19;WE=44609206;WS=44609188;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,20:0.51:39
chr11	44616417	rs7925576	C	T	669.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=2.425;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.147;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=20;PP=426;ReadPosRankSum=0.501;SC=CTATCTCCAACGGAACCTAGT;SOR=0.892;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=47;TCF=11;TCR=36;TR=26;WE=44616425;WS=44616407;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,30:0.54:56
chr11	44627168	rs11604994	G	A	213.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=3.571;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=8;PP=137;ReadPosRankSum=-2.324;SC=CGGCAGGTGTGGGCAGTCCCC;SOR=0.368;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=0;TCR=21;TR=8;WE=44627176;WS=44627158;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,9:0.39:23
chr11	44636684	rs12788360	G	T	593.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=2.778;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.610;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=2;PP=342;ReadPosRankSum=-1.188;SC=CCCTGGGAGCGCCAGGAAAGT;SOR=1.148;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=47;TCF=38;TCR=9;TR=21;WE=44636692;WS=44636674;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,26:0.44:59
chr11	44636839	rs883752	C	T	3580.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=0.373;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=336;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.288;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=46;PP=1404;ReadPosRankSum=-1.580;SC=AGGAGATGGGCGGCATCGTGA;SOR=0.728;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=177;TCF=90;TCR=87;TR=95;WE=44636847;WS=44636829;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:160,175:0.52:335
chr11	44639921	rs2303863	C	T	3518.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=21;NR=87;PP=2388;SC=AGGAGGTGTGCGGGGGGCTGC;SOR=2.546;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=109;TCF=21;TCR=88;TR=108;WE=44639929;WS=44639911;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr11	44640268	rs1139971	A	G	2840.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-1.460;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=304;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.904;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=34;PP=1002;ReadPosRankSum=-0.328;SC=TGTGGCCATCATCGAGGTCTG;SOR=0.666;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=161;TCF=80;TCR=81;TR=74;WE=44640276;WS=44640258;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:158,143:0.48:301
chr11	44640640	rs7107335	C	G	6540.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.689;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=703;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.522;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=93;NR=99;PP=2863;ReadPosRankSum=0.016;SC=GCCGGCACGTCCATTCCGAAG;SOR=0.642;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=412;TCF=192;TCR=220;TR=192;WE=44640648;WS=44640630;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:371,324:0.47:695
chr11	44919495	rs10838380	C	T	936.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=3.769;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.873;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=31;PP=695;ReadPosRankSum=1.487;SC=GTGTCTCCTTCGGTCTTTCCC;SOR=1.417;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=68;TCF=17;TCR=51;TR=38;WE=44919503;WS=44919485;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,41:0.50:82
chr11	44924950	rs5791652	GC	G	1900.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.612;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.617;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=17;PP=1077;ReadPosRankSum=0.766;SC=GAAAGTCAGGGCAGGAATAAC;SOR=0.767;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=84;TCF=37;TCR=47;TR=31;WE=44924958;WS=44924940;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:96,61:0.39:157
chr11	44925359	rs11456363	C	CT	6234.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=2.403;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=413;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.782;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=2.199;NF=19;NR=77;PP=2933;ReadPosRankSum=1.574;SC=GCTGGATTGCCTGGGTTCCAA;SOR=0.891;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=173;TCF=34;TCR=139;TR=96;WE=44925367;WS=44925349;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:194,203:0.51:397
chr11	44928135	rs2306665	G	A	381.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=0.100;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=10;PP=213;ReadPosRankSum=-0.265;SC=CACAGGGGCCGGCGCTAGAGG;SOR=0.693;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=28;TCF=8;TCR=20;TR=14;WE=44928143;WS=44928125;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,19:0.50:38
chr11	44940828	rs2291334	G	A	5222.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.809;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=432;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.524;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=84;NR=82;PP=2415;ReadPosRankSum=-0.654;SC=CGACACAGACGTCTTCTCTGC;SOR=0.643;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=280;TCF=144;TCR=136;TR=166;WE=44940836;WS=44940818;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:174,249:0.59:423
chr11	44948052	rs835988	G	T	861.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=5.592;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.937;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=1;PP=613;ReadPosRankSum=2.738;SC=CTGCCAAGTCGCTGTTTCTGG;SOR=1.662;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=54;TCF=51;TCR=3;TR=28;WE=44948060;WS=44948043;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,32:0.53:60
chr11	44950784	rs835990	G	A	3665.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=42;NR=90;PP=2610;SC=CCAGCACCCAGTGTCCTCCCG;SOR=2.527;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=132;TCF=42;TCR=90;TR=132;WE=44950792;WS=44950774;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,143:1.00:143
chr11	44952285	rs10838390	C	T	3841.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=90;NR=22;PP=2656;SC=CAGTGGGAGACGGCAGTGCAA;SOR=2.339;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=112;TCF=90;TCR=22;TR=112;WE=44952293;WS=44952275;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr11	44959213	rs2279363	C	T	1197.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=8;NR=26;PP=643;SC=CAGCTCTCAGCGCCCCCACTC;SOR=1.714;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=35;TCF=8;TCR=27;TR=34;WE=44959221;WS=44959203;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr11	44959924	rs2306666	G	A	7472.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=282;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=81;NR=107;PP=2965;SC=AGGGCTGAGGGGAGACACCGG;SOR=0.943;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=191;TCF=84;TCR=107;TR=188;WE=44959932;WS=44959914;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,275:1.00:275
chr11	44968756	rs4755920	G	A	868.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=22;PP=625;SC=CTGTCTCGACGGTCATTCACA;SOR=3.690;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=23;TCF=1;TCR=22;TR=23;WE=44968764;WS=44968746;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr11	45203212	rs11038341	C	T	1916.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.397;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=17;PP=1046;ReadPosRankSum=0.971;SC=GGAGGGTAACCAGACTCCGCG;SOR=0.732;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=119;TCF=85;TCR=34;TR=62;WE=45203220;WS=45203202;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,85:0.52:162
chr11	45204071	rs1078930	A	G	1537.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=10;NR=38;PP=1128;SC=GGCTATTGTTAGCCCCATTTT;SOR=2.393;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=48;TCF=10;TCR=38;TR=48;WE=45204079;WS=45204061;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr11	45230443	rs12226640	T	C	4360.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.232;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=375;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.763;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=38;PP=1669;ReadPosRankSum=0.874;SC=CACACCTGGCTGAGCGTAAGA;SOR=0.857;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=208;TCF=123;TCR=85;TR=104;WE=45230451;WS=45230433;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:165,207:0.56:372
chr11	45230862	rs3781705	C	A	2199.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-2.050;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=14.982;HP=6;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=59;PP=1336;ReadPosRankSum=0.569;SC=TATCACCAGTCCCCCCCGCCA;SOR=0.179;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=163;TCF=51;TCR=112;TR=87;WE=45230870;WS=45230852;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,124:0.60:206
chr11	45234877	rs11038356	T	C	11450.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=439;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=135;NR=140;PP=2965;SC=TGTCCCGTGGTGGCAGGCCTT;SOR=0.707;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=275;TCF=135;TCR=140;TR=275;WE=45234885;WS=45234867;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,431:1.00:431
chr11	45235433	rs3781704	G	C	1177.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=22;PP=495;SC=GGGAAGAGGAGGCAGGGGGCA;SOR=1.609;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=7;TCR=22;TR=29;WE=45235441;WS=45235423;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr11	45290892	.	AAAAC	A	4480.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.673;ClippingRankSum=0.000;DP=259;ExcessHet=3.0103;FS=0.472;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.42;MQRankSum=3.276;QD=17.92;ReadPosRankSum=0.710;SOR=0.643;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:127,123:0.49:250
chr11	45672261	rs3802762	A	G	6384.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=241;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=72;NR=77;PP=2937;SC=AGGAGGAGCCACTGCGCGTGG;SOR=0.718;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=150;TCF=73;TCR=77;TR=149;WE=45672269;WS=45672251;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,239:1.00:239
chr11	45832935	rs1139266	G	A	309.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=6;PP=201;SC=GTACACAGGCGGGGCCAGCAC;SOR=1.802;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=2;TCR=6;TR=8;WE=45832943;WS=45832925;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr11	45834044	rs4756027	C	T	3855.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=75;NR=33;PP=2170;SC=GGCTGGGACGCCCAAGATCAA;SOR=1.543;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=108;TCF=75;TCR=33;TR=108;WE=45834052;WS=45834034;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,141:1.00:141
chr11	45834198	rs7943306	T	C	11973.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=347;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=35.43;SOR=0.943;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,338:1.00:338
chr11	45834198	.	TTCC	CTCC,CTCT	1348	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.55;FR=0.5000,0.5000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=86,40;NR=117,60;PP=1089,1348;QD=5.53581878102;SC=TTCATGAGGGTTCCGCCCCCA;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=204;TCF=86;TCR=118;TR=203,100;WE=45834209;WS=45834188;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:1.00:204
chr11	45834201	rs55758172	C	T	3336.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.054;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=331;ExcessHet=3.0103;FS=1.844;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.33;ReadPosRankSum=0.635;SOR=0.825;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:157,166:0.51:323
chr11	45868850	rs11394694	C	CG	8608.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=269;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=26;NR=88;PP=2970;SC=CGTGAGGGGGCGGGCCTGTTC;SOR=0.832;SbPval=0.47;Source=Platypus;TCF=26;TR=114;WE=45868858;WS=45868840;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,259:1.00:259
chr11	45877529	rs2292913	A	G	7232.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.680;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=294;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=97;NR=77;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.799;SC=TGTGGACTCCACAGGTTCCTA;SOR=0.836;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=176;TCF=98;TCR=78;TR=174;WE=45877537;WS=45877519;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,283:0.99:285
chr11	45877688	rs2292912	C	G	2104.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=16;NR=45;PP=1354;SC=CTGTCCCTGACGGTTTCCCCA;SOR=1.739;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=61;TCF=16;TCR=45;TR=61;WE=45877696;WS=45877678;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr11	45883914	rs4755343	T	C	857.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=24;PP=709;SC=CTCAGCATTTTTGGGTTAAGC;SOR=4.255;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=26;TCF=2;TCR=24;TR=26;WE=45883922;WS=45883904;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr11	45891418	rs7123390	G	A	956.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=0.662;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.824;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=31;PP=686;ReadPosRankSum=-1.521;SC=GGTCAGGCCCGTCAAAGGGCA;SOR=1.270;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=58;TCF=4;TCR=54;TR=33;WE=45891426;WS=45891408;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,37:0.54:69
chr11	45891508	rs4755345	A	G	773.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=11;NR=10;PP=580;SC=CTTGCCTTCAATGGAAGGGTT;SOR=0.859;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=21;TCF=11;TCR=10;TR=21;WE=45891516;WS=45891498;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr11	45926445	rs2271847	T	C	22427.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=884;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=235;NR=298;PP=2965;SC=CCAAGACTTGTGATGAAGAGG;SOR=0.862;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=534;TCF=235;TCR=299;TR=533;WE=45926453;WS=45926435;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,879:1.00:879
chr11	45932246	rs1533613	G	A	976.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-1.005;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.359;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=5;PP=700;ReadPosRankSum=-0.732;SC=CCCCCCACCAGTGGACACCCT;SOR=1.392;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=62;TCF=52;TCR=10;TR=38;WE=45932254;WS=45932236;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,40:0.58:69
chr11	45935384	rs1132349	A	G	7888.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=0.737;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=312;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=77;NR=70;PP=2759;ReadPosRankSum=-0.808;SC=AGAAGCGGTCATAGAAAGGAG;SOR=0.719;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=148;TCF=78;TCR=70;TR=147;WE=45935392;WS=45935374;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,306:0.99:308
chr11	45936035	rs3802758	G	A	10652.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=385;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=164;NR=115;PP=2965;SC=ACACAAGGGCGGCAGATGAGC;SOR=0.989;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=280;TCF=165;TCR=115;TR=279;WE=45936043;WS=45936025;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,382:1.00:382
chr11	45936935	rs77810404	C	T	1308.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=1.191;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.860;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=10;PP=639;ReadPosRankSum=-1.421;SC=TAAACAGATACTACTGTATTC;SOR=1.225;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=96;TCF=67;TCR=29;TR=43;WE=45936943;WS=45936925;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,60:0.48:125
chr11	45937267	rs10742772	C	T	27404.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=2.571;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1072;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=322;NR=281;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.861;SC=GCCAGCTGGACGAGGGCGATG;SOR=0.262;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=605;TCF=323;TCR=282;TR=603;WE=45937275;WS=45937257;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,1064:1.00:1065
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chr11	45944985	rs113938769	A	G	1580.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.126;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.693;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-1.733;NF=37;NR=13;PP=876;ReadPosRankSum=-0.167;SC=CGCCTAGCGGAGAAGGGGGGC;SOR=0.528;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=90;TCF=68;TCR=22;TR=50;WE=45945002;WS=45944975;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,68:0.60:113
chr11	45944994	rs33927614	G	GC	4696.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=47;NR=32;PP=2972;SC=GAGAAGGGGGGCTGCTGCCGA;SOR=1.761;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=81;TCF=49;TCR=32;TR=79;WE=45945002;WS=45944975;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,129:1.00:129
chr11	45945169	rs113124760	T	A	3511.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.808;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=384;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.375;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=69;PP=1772;ReadPosRankSum=-0.337;SC=CGGGACAGGCTGCTGGTCTCA;SOR=0.652;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=233;TCF=92;TCR=141;TR=116;WE=45945177;WS=45945159;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:201,178:0.47:379
chr11	45945969	rs72902492	C	T	746.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=0.234;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.849;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=11;PP=452;ReadPosRankSum=2.222;SC=GGGGGTTTACCCCCTCTCCTC;SOR=0.829;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=70;TCF=42;TCR=28;TR=30;WE=45945977;WS=45945959;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,36:0.44:81
chr11	45949201	rs884668	C	T	3042.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.523;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=321;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.344;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=56;PP=1587;ReadPosRankSum=0.555;SC=ACGGGGCATGCGTGGGACCCC;SOR=0.617;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=230;TCF=102;TCR=128;TR=101;WE=45949209;WS=45949191;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:166,146:0.47:312
chr11	45949534	rs939105	C	T	11183.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=401;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=174;NR=115;PP=2965;SC=TGCCGGCATTCGAGACCCTGC;SOR=1.122;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=289;TCF=174;TCR=115;TR=289;WE=45949542;WS=45949524;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,398:1.00:398
chr11	45950428	rs117263461	T	A	3424.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-3.114;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=315;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.433;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=79;PP=1918;ReadPosRankSum=1.875;SC=CATCTTAGCATTGGGCAGACA;SOR=0.646;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=227;TCF=78;TCR=149;TR=122;WE=45950436;WS=45950418;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:137,164:0.54:301
chr11	45957292	.	TAA	T	280.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.277;ClippingRankSum=0.000;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=2.199;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.13;MQRankSum=0.717;QD=9.68;ReadPosRankSum=-0.046;SOR=0.235;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,19:0.66:29
chr11	45959669	rs10742773	C	T	2482.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=61;NR=14;PP=1763;SC=GTGTCTTTGTCCTCCTCGGCC;SOR=2.805;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=77;TCF=63;TCR=14;TR=75;WE=45959677;WS=45959659;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr11	46105688	rs2932515	G	A	5957.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=91;NR=43;PP=2704;SC=CTTAACAACAGTGTGGGAGAA;SOR=1.257;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=134;TCF=91;TCR=43;TR=134;WE=46105696;WS=46105678;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,223:1.00:223
chr11	46342081	rs67946579	TG	T	5215.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=30;NR=66;PP=2966;SC=CCACGACAGGTGGGGTGTGTG;SOR=0.706;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=99;TCF=30;TCR=69;TR=96;WE=46342089;WS=46342071;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,157:1.00:157
chr11	46342259	rs79068197	A	AG	18913.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=534;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=64;NR=143;PP=2936;SC=TTCTCTCTCCAGGATCTGGGC;SOR=0.881;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=221;TCF=71;TCR=150;TR=207;WE=46342267;WS=46342249;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,532:1.00:532
chr11	46369267	rs114974750	G	A	32.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.711;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=4.067;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.94;MQRankSum=0.707;QD=0.82;ReadPosRankSum=2.239;SOR=0.607;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,7:0.17:40
chr11	46404340	.	GCC	G	773.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.422;ClippingRankSum=0.000;DP=123;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.91;MQRankSum=0.000;QD=15.17;ReadPosRankSum=0.628;SOR=0.880;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,34:0.67:51
chr11	46569434	rs58268270	CA	C	210.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.249;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FS=0.801;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.05;MQRankSum=0.000;QD=1.09;ReadPosRankSum=-1.341;SOR=0.812;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:138,55:0.28:193
chr11	46686260	rs10838610	G	A	4351.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.633;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=91;NR=38;PP=2312;ReadPosRankSum=1.256;SC=CCCCTATCACGTCAGGCCCCC;SOR=0.667;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=131;TCF=92;TCR=39;TR=129;WE=46686273;WS=46686250;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,166:0.99:167
chr11	46694313	rs67065551	GTC	G	7242.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=7;NR=66;PP=2957;SC=TTGGTGTGGAGTCGCAGAAAG;SOR=1.058;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=73;TCF=7;TCR=66;TR=73;WE=46694322;WS=46694303;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,164:1.00:164
chr11	46702920	rs4268467	T	C	4866.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.03;SOR=0.865;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,187:1.00:187
chr11	46722731	rs4752928	T	C	5054.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=44;NR=70;PP=2331;SC=TCCTCAGTCTTCTCTCCTCCG;SOR=1.050;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=116;TCF=44;TCR=72;TR=114;WE=46722739;WS=46722721;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,187:1.00:187
chr11	46724716	rs148055528	CAGTGGTGACAGA	C	2036.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.396;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.472;NF=8;NR=25;PP=2954;ReadPosRankSum=-0.695;SC=GCAGCTGTAGCAGTGGTGACA;SOR=0.739;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=67;TCF=15;TCR=52;TR=33;WE=46724735;WS=46724706;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,54:0.49:111
chr11	46741495	rs2070850	C	T	45.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=1.803;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=3;PP=25;ReadPosRankSum=0.135;SC=AAGCGAGGAACGCCACAGCCC;SOR=1.270;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=1;TCR=6;TR=3;WE=46741503;WS=46741485;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,3:0.38:8
chr11	46744925	rs2070852	G	C	7196.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=0.436;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=668;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.521;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=106;NR=100;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.607;SC=GCAATTTCCTGTTCCAGAATC;SOR=0.688;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=390;TCF=191;TCR=199;TR=206;WE=46744933;WS=46744915;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:320,343:0.52:663
chr11	46745003	rs5896	C	T	4931.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=1.195;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=616;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.526;HP=3;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=83;PP=1995;ReadPosRankSum=-1.082;SC=AGCAGCACCACGGGACCCTGG;SOR=0.640;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=334;TCF=136;TCR=198;TR=144;WE=46745011;WS=46744993;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:352,259:0.42:611
chr11	46747331	.	C	G	700.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-0.749;ClippingRankSum=0.000;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=11;PP=371;ReadPosRankSum=0.430;SC=GCAGCAAGACCGGGGTTCACA;SOR=0.715;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=54;TCF=34;TCR=20;TR=30;WE=46747339;WS=46747321;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,36:0.56:64
chr11	46747979	rs1799867	T	C	1007.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=0.655;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.004;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=10;PP=682;ReadPosRankSum=0.200;SC=CGTAGGGGAATTGGGGGGATC;SOR=0.493;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=73;TCF=56;TCR=17;TR=39;WE=46747987;WS=46747969;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,43:0.53:81
chr11	46760466	rs3136515	G	T	542.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=4;PP=325;SC=GGATTGGATGGGTAGGGTGAG;SOR=2.093;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=13;TCR=4;TR=17;WE=46760474;WS=46760456;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr11	46760756	rs3136516	G	A	1403.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.077;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.035;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=17;PP=712;ReadPosRankSum=-0.260;SC=TGCCTGGCAGGGGAATACTGA;SOR=0.937;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=95;TCF=52;TCR=43;TR=44;WE=46760764;WS=46760746;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,66:0.47:139
chr11	46776697	rs4237546	A	G	391.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=12;PP=323;SC=AAACTTCTCCATAAGAATATT;SOR=3.767;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=13;TCF=1;TCR=12;TR=13;WE=46776705;WS=46776687;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr11	46802094	rs6485691	C	A	656.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=5;NR=18;PP=513;SC=TACTCAATAACGTTTTATAAA;SOR=2.400;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=23;TCF=5;TCR=18;TR=23;WE=46802102;WS=46802084;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr11	46810124	.	CA	C	74.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.885;ClippingRankSum=0.000;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=5.137;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.58;MQRankSum=-1.933;QD=1.92;ReadPosRankSum=0.023;SOR=0.105;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,13:0.33:39
chr11	46812227	rs7940578	T	C	146.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=2.277;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.251;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=6;PP=92;ReadPosRankSum=-0.373;SC=GTGTCTCATATTGTTGTCGAG;SOR=1.755;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=3;TCR=12;TR=6;WE=46812235;WS=46812217;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,7:0.39:18
chr11	46822686	rs10734549	C	A	1577.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-3.699;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.190;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=16;PP=871;ReadPosRankSum=-0.446;SC=AAGCAAACAGCAAACTAGGCC;SOR=0.457;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=124;TCF=91;TCR=33;TR=56;WE=46822694;WS=46822676;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,74:0.48:153
chr11	46837625	rs59649961	AC	A	1505.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.63;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr11	46837631	.	CCA	C	536	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;FR=1.0000;HP=6;HapScore=1;MGOF=2;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=17;NR=4;PP=536;QD=26.7142857143;SC=AACGACCCCCCCATTCCCCCC;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=22;TCF=17;TCR=5;TR=21;WE=46837642;WS=46837621;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:1,21:0.95:22
chr11	46837633	rs58152993	AT	A	1542.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.85;SOR=2.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr11	46837634	.	T	A	526	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;FR=1.0000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MMLQ=28;MQ=60.0;NF=18;NR=4;PP=526;QD=25.4896005703;SC=GACCCCCCCATTCCCCCCAAC;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=26;TCF=21;TCR=5;TR=22;WE=46837642;WS=46837621;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:4,22:0.85:26
chr11	46840119	rs67178247	TG	T	851.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=1.494;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.203;HP=8;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=26;PP=431;ReadPosRankSum=1.704;SC=ACTATTAATCTGGGGGGGGAG;SOR=0.959;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=52;TCF=0;TCR=52;TR=26;WE=46840127;WS=46840109;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,35:0.58:60
chr11	46889713	rs2306026	T	C	482.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=1.087;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.307;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=13;PP=318;ReadPosRankSum=-2.988;SC=CATAAACATCTACATATGGCC;SOR=0.465;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=32;TCF=10;TCR=22;TR=20;WE=46889721;WS=46889703;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,22:0.56:39
chr11	46890165	rs3816614	C	T	3190.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.165;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=307;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.880;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=41;PP=1530;ReadPosRankSum=-0.348;SC=GGAGCAGGGCCGGCTATCAGG;SOR=0.631;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=217;TCF=134;TCR=83;TR=106;WE=46890173;WS=46890155;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:154,153:0.50:307
chr11	46890197	rs2290883	G	A	4445.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.479;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=430;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=78;NR=58;PP=2046;ReadPosRankSum=-0.090;SC=AGGCACATACGAAGTCCGAGG;SOR=0.703;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=271;TCF=153;TCR=118;TR=136;WE=46890205;WS=46890187;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:208,218:0.51:426
chr11	46890388	rs2290884	C	G	1844.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.048;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.250;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=37;PP=974;ReadPosRankSum=-0.301;SC=AGGAGAGATACAACCGCGAGG;SOR=0.594;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=119;TCF=38;TCR=81;TR=55;WE=46890396;WS=46890378;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,83:0.49:169
chr11	46893108	rs2306029	T	C	1933.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.337;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.458;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=37;PP=802;ReadPosRankSum=-0.509;SC=GACACATGGCTGACCAAGACC;SOR=0.807;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=128;TCF=60;TCR=68;TR=67;WE=46893116;WS=46893098;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:96,99:0.51:195
chr11	46897253	rs2306032	G	C	4168.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.228;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=390;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.149;HP=5;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=75;PP=2066;ReadPosRankSum=-1.209;SC=AGGAGAGGGTGGGGGGTGGTG;SOR=0.801;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=260;TCF=124;TCR=136;TR=140;WE=46897261;WS=46897243;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:187,197:0.51:384
chr11	46897446	rs2306033	G	A	4515.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.263;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=476;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.744;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=74;NR=92;PP=2430;ReadPosRankSum=1.165;SC=GATGAGCACCGCGCGGTCTGA;SOR=0.845;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=331;TCF=157;TCR=174;TR=166;WE=46897454;WS=46897436;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:242,224:0.48:466
chr11	46897995	rs964551	G	T	2687.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-3.565;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=297;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.927;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=33;PP=1205;ReadPosRankSum=1.598;SC=ACACTACCCAGTGCGATACAG;SOR=0.613;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=217;TCF=144;TCR=73;TR=95;WE=46898003;WS=46897985;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:151,138:0.48:289
chr11	46898771	rs6485702	T	C	990.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.242;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.426;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=12;PP=450;ReadPosRankSum=0.281;SC=TCTACTCCAATGGCAATGGTG;SOR=1.034;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=80;TCF=49;TCR=31;TR=36;WE=46898779;WS=46898761;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,51:0.43:118
chr11	46900659	rs2306028	G	T	2941.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.404;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=279;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=41;PP=1436;ReadPosRankSum=0.060;SC=AAGCCAATGCGAGCCAAGGGC;SOR=0.701;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=181;TCF=106;TCR=75;TR=98;WE=46900667;WS=46900649;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:135,140:0.51:275
chr11	46907827	rs2306027	C	T	2024.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.099;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.753;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=41;PP=1325;ReadPosRankSum=-0.126;SC=GAAGCCCTTCCCTGGAGAGGG;SOR=0.946;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=125;TCF=52;TCR=73;TR=68;WE=46907835;WS=46907817;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,85:0.52:164
chr11	46911457	rs2306035	T	C	1203.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.584;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=12;PP=519;ReadPosRankSum=0.562;SC=ACCTCAACCATGAGGCTACTT;SOR=0.693;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=86;TCF=60;TCR=26;TR=41;WE=46911465;WS=46911447;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,58:0.50:116
chr11	46911704	rs2306036	C	T	1069.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=1.341;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.873;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=22;PP=607;ReadPosRankSum=0.456;SC=TCAGTCTGGACGTGGTCTGCC;SOR=0.515;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=68;TCF=23;TCR=45;TR=35;WE=46911712;WS=46911694;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,47:0.57:83
chr11	46911781	rs2306037	G	C	1001.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=2.314;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.809;HP=4;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=10;PP=666;ReadPosRankSum=-0.041;SC=GGGCAGGGACGGGGGCAGGAG;SOR=1.758;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=68;TCF=43;TCR=25;TR=38;WE=46911789;WS=46911771;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,44:0.49:89
chr11	46914583	rs10838631	T	C	6464.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=67;NR=34;PP=2171;SC=ACAGCAACACTTTCCGGTGGG;SOR=1.276;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=101;TCF=67;TCR=34;TR=101;WE=46914591;WS=46914573;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,144:1.00:144
chr11	46914598	rs10769215	A	G	7301.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=70;NR=48;PP=2012;SC=GGTGGGCCCCATCCAGATTGG;SOR=0.985;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=118;TCF=70;TCR=48;TR=118;WE=46914606;WS=46914588;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,177:1.00:177
chr11	46917983	rs898604	G	A	1967.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.817;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=44;PP=1074;ReadPosRankSum=-1.688;SC=AGACAGATGAGACTCAAGGTG;SOR=0.692;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=127;TCF=34;TCR=93;TR=59;WE=46917991;WS=46917973;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,87:0.51:171
chr11	46969479	rs201447581	C	CT	37.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.948;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=1.927;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.22;ReadPosRankSum=0.166;SOR=0.307;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,7:0.23:31
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chr11	47181040	rs1965952	G	A	295.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=2.639;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.864;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=1;PP=187;ReadPosRankSum=-0.534;SC=CAGCCTGTGCGACAGAGCAAG;SOR=1.075;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=40;TCF=37;TCR=3;TR=13;WE=47181048;WS=47181034;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,15:0.33:45
chr11	47185510	rs4752969	A	G	270.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=0.075;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.690;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=2;PP=170;ReadPosRankSum=1.037;SC=AATATTTCTTAAACTCCACTG;SOR=1.179;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=25;TCF=19;TCR=6;TR=12;WE=47185518;WS=47185508;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,14:0.52:27
chr11	47187071	rs377653037	GA	G	79.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.305;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FS=1.128;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.14;MQRankSum=1.395;QD=1.29;ReadPosRankSum=-2.022;SOR=0.870;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:44,18:0.29:62
chr11	47188314	rs4752820	T	C	6169.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=242;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=92;NR=84;PP=2965;SC=CACTTACCTCTGCATCCACCT;SOR=0.801;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=176;TCF=92;TCR=84;TR=176;WE=47188322;WS=47188304;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,232:1.00:232
chr11	47188592	rs3740690	T	C	541.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.890;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.289;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=20;PP=361;ReadPosRankSum=0.255;SC=TCTCCCCTGGTGAGGAGTCAC;SOR=0.973;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=47;TCF=10;TCR=37;TR=25;WE=47188600;WS=47188582;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,26:0.51:51
chr11	47189416	rs60076400	T	TA	993.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.679;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FS=4.710;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.29;MQRankSum=2.723;QD=4.75;ReadPosRankSum=1.575;SOR=1.069;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:132,77:0.37:209
chr11	47193367	rs57323109	T	G	1219.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.173;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.454;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=32;PP=703;ReadPosRankSum=0.278;SC=AACAGAATCATGTAAGGGGCC;SOR=0.341;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=83;TCF=20;TCR=63;TR=44;WE=47193375;WS=47193357;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,55:0.57:97
chr11	47196982	rs2279439	C	T	1163.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=3.486;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.525;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=30;PP=688;ReadPosRankSum=1.334;SC=GGATGATACACGCTACTGACA;SOR=0.901;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=88;TCF=26;TCR=62;TR=41;WE=47196990;WS=47196972;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,55:0.45:122
chr11	47201924	rs11039119	G	A	9222.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.812;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=858;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.101;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=139;NR=129;PP=2962;ReadPosRankSum=0.690;SC=CTGGACCCTGGATGCCACACC;SOR=0.717;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=501;TCF=251;TCR=250;TR=268;WE=47201932;WS=47201914;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:402,439:0.52:841
chr11	47203904	rs10838664	G	A	1874.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.244;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.009;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=19;PP=856;ReadPosRankSum=1.315;SC=AAGCTGGCCCGACAGTCCTGC;SOR=0.534;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=109;TCF=74;TCR=35;TR=56;WE=47203912;WS=47203894;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,88:0.54:164
chr11	47204175	rs2279438	A	T	2190.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.514;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=43;PP=1170;ReadPosRankSum=0.893;SC=GGGCTGTCAGATGGGCTCCTC;SOR=0.669;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=141;TCF=63;TCR=78;TR=79;WE=47204183;WS=47204165;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:101,106:0.51:207
chr11	47237680	rs2291120	T	C	130.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=0.974;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=0;PP=74;ReadPosRankSum=-0.639;SC=ACTTACTGTTTGTGGGAGTGT;SOR=0.954;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=25;TCF=23;TCR=2;TR=6;WE=47237688;WS=47237673;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,7:0.26:27
chr11	47238522	rs326212	T	C	5830.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=53;NR=68;PP=2000;SC=ACCCCAGCACTGTGGCTGTGG;SOR=0.822;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=121;TCF=53;TCR=68;TR=121;WE=47238530;WS=47238512;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,228:1.00:228
chr11	47238665	rs326211	A	G	1360.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=13;NR=22;PP=713;SC=AGTGGTTCGCACCTGTAATCC;SOR=1.157;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=35;TCF=13;TCR=22;TR=35;WE=47238673;WS=47238655;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr11	47251199	rs830085	G	A	472.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.524;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=2.198;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.88;ReadPosRankSum=1.530;SOR=0.679;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,26:0.43:60
chr11	47256708	rs2306353	C	T	1251.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-5.761;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.783;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=12;PP=756;ReadPosRankSum=0.785;SC=TTCCTTTCCGCTCCTGTCTAG;SOR=0.509;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=109;TCF=86;TCR=23;TR=54;WE=47256716;WS=47256698;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,60:0.50:121
chr11	47259668	rs326222	T	C	5336.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.184;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=581;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=76;NR=90;PP=2474;ReadPosRankSum=1.034;SC=TCTCCTCATGTTGACACTCTT;SOR=0.660;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=349;TCF=156;TCR=193;TR=166;WE=47259676;WS=47259658;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:311,263:0.46:574
chr11	47260272	rs2013867	T	C	992.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.463;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FS=0.684;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.20;ReadPosRankSum=1.084;SOR=0.580;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:66,55:0.45:121
chr11	47260319	rs901746	A	G	1390.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.549;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.613;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=20;PP=495;ReadPosRankSum=-0.191;SC=GGTAACAGAAAGTGTAAGTCA;SOR=0.594;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=89;TCF=47;TCR=42;TR=41;WE=47260327;WS=47260309;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,72:0.49:146
chr11	47266471	rs75393320	G	C	1391.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-2.395;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.761;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=43;PP=794;ReadPosRankSum=0.227;SC=AGCCTCTCCAGGGGGCAGCTC;SOR=0.840;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=108;TCF=29;TCR=79;TR=59;WE=47266479;WS=47266461;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,67:0.55:121
chr11	47266808	rs2242261	T	G	1056.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-1.689;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.695;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=14;PP=566;ReadPosRankSum=0.546;SC=GACCTGGGCCTGCTGAGAGGG;SOR=0.532;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=76;TCF=51;TCR=25;TR=40;WE=47266816;WS=47266798;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,52:0.54:96
chr11	47267408	.	C	CGTGTGTGTGTGTGT	487.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.068;ClippingRankSum=0.000;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=3;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=16;PP=381;ReadPosRankSum=0.251;SC=CAACACAAGTCGTGTGTGTGT;SOR=1.022;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=59;TCF=2;TCR=57;TR=17;WE=47267419;WS=47267398;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,16:0.42:38
chr11	47269159	rs4752973	T	C	4387.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.728;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=407;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.03;MQRankSum=-1.040;QD=10.81;ReadPosRankSum=-0.262;SOR=0.664;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:194,212:0.52:406
chr11	47269936	rs7118396	C	T	1285.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.536;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.666;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=15;PP=552;ReadPosRankSum=1.225;SC=GTGAAAGCAACGTATGTGGTG;SOR=0.795;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=80;TCF=46;TCR=34;TR=38;WE=47269944;WS=47269926;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,62:0.50:125
chr11	47270255	rs2167079	C	T	4202.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.436;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=444;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=60;PP=1667;ReadPosRankSum=-1.571;SC=ACTCCGGGCCCGGGTGGGCGG;SOR=0.650;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=267;TCF=133;TCR=134;TR=120;WE=47270263;WS=47270245;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:223,212:0.49:435
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chr11	47282024	rs2279238	C	T	3856.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.751;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=370;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=75;NR=55;PP=1866;ReadPosRankSum=0.537;SC=AGCTATGCAGCGTGTGTGGGG;SOR=0.711;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=252;TCF=145;TCR=107;TR=130;WE=47282032;WS=47282014;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:182,186:0.51:368
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chr11	47298360	rs326214	G	A	4899.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.103;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=487;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=80;PP=2212;ReadPosRankSum=-0.468;SC=ACCCACTGGAGTATATGTTTC;SOR=0.655;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=284;TCF=124;TCR=160;TR=145;WE=47298368;WS=47298350;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:235,245:0.51:480
chr11	47300429	rs4752977	T	C	652.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-1.529;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.123;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=8;PP=443;ReadPosRankSum=1.140;SC=TGTGCAGTTATATAATGTATA;SOR=0.304;SbPval=0.23;Source=Platypus;TC=55;TCF=44;TCR=11;TR=29;WE=47300437;WS=47300419;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,31:0.49:63
chr11	47303275	rs326217	T	C	2577.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.915;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=234;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.010;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=41;PP=887;ReadPosRankSum=-1.232;SC=TCTATGGCAATGATGTGGATT;SOR=0.605;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=131;TCF=57;TCR=74;TR=76;WE=47303283;WS=47303265;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:105,129:0.55:234
chr11	47305669	rs3816725	T	G	2469.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=2.614;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.069;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=28;PP=1375;ReadPosRankSum=-1.592;SC=TGGTGCTGATTGTAGGTGTTC;SOR=0.785;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=154;TCF=99;TCR=55;TR=79;WE=47305677;WS=47305659;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:106,112:0.51:218
chr11	47306585	rs1051006	G	A	1789.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.130;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.629;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=37;PP=796;ReadPosRankSum=-2.351;SC=CAAATCGAACGTGGACAGACG;SOR=0.815;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=145;TCF=65;TCR=80;TR=64;WE=47306593;WS=47306575;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:124,99:0.44:223
chr11	47307332	rs148495681	G	GTCATTA	378.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5003;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=8;PP=479;ReadPosRankSum=1.207;SC=GGACAGATTAGTCATTATGCC;SOR=3.442;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=0;TCR=11;TR=8;WE=47307340;WS=47307322;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,10:0.91:11
chr11	47311367	rs10838686	G	T	115.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-1.037;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=0;PP=63;ReadPosRankSum=-0.187;SC=AAGGTGGGGGGTGCTCTGCAA;SOR=0.743;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=14;TCR=1;TR=6;WE=47311375;WS=47311357;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,7:0.39:18
chr11	47312374	rs58023804	A	G	376.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.122;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.378;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=12;PP=213;ReadPosRankSum=0.712;SC=ATTGGTACGTATCAGTGTGTT;SOR=1.034;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=27;TCF=6;TCR=21;TR=15;WE=47312382;WS=47312364;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,19:0.51:37
chr11	47317625	rs5791755	CAAAAG	C	2858.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.742;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQ=60.07;MQRankSum=1.046;NF=5;NR=31;PP=1549;ReadPosRankSum=-0.982;SC=TGTTTATTAACAAAAGAAAAC;SOR=0.737;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=80;TCF=11;TCR=69;TR=36;WE=47317637;WS=47317615;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,75:0.48:155
chr11	47331116	rs1017594	T	C	5161.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=45;NR=75;PP=2596;SC=AGATCGCTTGTTGGCCACACT;SOR=1.061;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=120;TCF=45;TCR=75;TR=120;WE=47331124;WS=47331106;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,188:1.00:188
chr11	47346145	rs2290148	G	A	6945.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-2.866;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=619;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=102;NR=87;PP=2962;ReadPosRankSum=1.039;SC=GCGAGCGGCAGCACGAGGCTC;SOR=0.669;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=373;TCF=202;TCR=171;TR=189;WE=47346153;WS=47346135;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:282,329:0.54:611
chr11	47350287	rs2305280	G	A	2149.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.454;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.545;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=50;PP=1177;ReadPosRankSum=-0.852;SC=GATGGGCCACGGTGCGCAGGG;SOR=0.638;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=155;TCF=53;TCR=102;TR=78;WE=47350295;WS=47350277;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:92,102:0.53:194
chr11	47350553	rs10838693	G	C	2799.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.910;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=309;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.909;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=32;PP=1328;ReadPosRankSum=-0.871;SC=TATGGAGATGGAGGAGTCTCA;SOR=0.807;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=181;TCF=106;TCR=75;TR=82;WE=47350561;WS=47350543;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:166,137:0.45:303
chr11	47353498	rs2290146	G	A	849.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.756;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=15;PP=415;ReadPosRankSum=0.034;SC=CCATCTGGGCGTGGCAGGGTC;SOR=0.745;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=71;TCF=37;TCR=34;TR=31;WE=47353506;WS=47353488;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,44:0.45:97
chr11	47354068	rs3729802	G	A	1740.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.149;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.844;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=19;PP=773;ReadPosRankSum=1.074;SC=GTCGGGGCCTGTGAGCCCTGC;SOR=0.965;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=106;TCF=68;TCR=38;TR=57;WE=47354076;WS=47354058;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,84:0.52:161
chr11	47354787	rs1052373	C	T	2578.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-2.551;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=292;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=42;PP=990;ReadPosRankSum=1.591;SC=ACCCCCAGAGCTCCGTGTTGC;SOR=0.691;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=177;TCF=94;TCR=83;TR=87;WE=47354795;WS=47354777;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:153,138:0.47:291
chr11	47361084	rs2856653	T	C	1321.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=23;PP=881;SC=GTCTCTCCCATGGGGTAGCCA;SOR=1.329;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=37;TCF=14;TCR=23;TR=37;WE=47361092;WS=47361074;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr11	47362431	rs2697926	A	G	1715.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=36;NR=11;PP=1088;SC=GGCAAAGCTGAAGCTGGGCCC;SOR=2.428;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=48;TCF=37;TCR=11;TR=47;WE=47362439;WS=47362421;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr11	47362465	rs10769254	G	C	1178.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.673;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.235;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=9;PP=709;ReadPosRankSum=0.636;SC=TTTGATCCTTGCTCTTCCCTC;SOR=1.219;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=74;TCF=56;TCR=18;TR=42;WE=47362473;WS=47362455;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,52:0.49:107
chr11	47364762	rs896818	A	G	9773.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=379;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=119;NR=143;PP=2965;SC=AGTGCGCCCCATGATAATCCC;SOR=0.849;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=262;TCF=119;TCR=143;TR=262;WE=47364770;WS=47364752;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,371:1.00:371
chr11	47365199	rs2856650	G	A	1847.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-2.222;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.556;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=44;PP=1032;ReadPosRankSum=1.841;SC=CTCAGCCCCGGCCACCCCACC;SOR=0.647;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=139;TCF=54;TCR=85;TR=71;WE=47365207;WS=47365189;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,99:0.53:187
chr11	47371484	rs11570050	AG	A	2727.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=-1.363;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=236;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.683;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQ=60.09;MQRankSum=1.540;NF=13;NR=29;PP=1307;ReadPosRankSum=0.526;SC=CTGCAAAGGCAGGGGCGACAG;SOR=0.384;SbPval=0.15;Source=Platypus;TC=111;TCF=24;TCR=87;TR=42;WE=47371492;WS=47371474;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:117,100:0.46:217
chr11	47380061	rs10734557	A	C	2392.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=2.335;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.522;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=25;PP=1423;ReadPosRankSum=-0.983;SC=ACACCCACTCACACAGCCACT;SOR=0.748;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=184;TCF=128;TCR=56;TR=87;WE=47380069;WS=47380051;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:113,108:0.49:221
chr11	47380276	rs35282035	G	GCA	3035.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.080;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=395;ExcessHet=3.0103;FS=2.768;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.11;MQRankSum=2.348;QD=10.88;ReadPosRankSum=-0.264;SOR=0.538;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:169,110:0.39:279
chr11	47380340	rs3740688	G	T	2354.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-2.182;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.038;HP=4;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=58;PP=1571;ReadPosRankSum=1.574;SC=CTGGGTGGGGGCAGGGCACAG;SOR=0.479;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=183;TCF=61;TCR=122;TR=92;WE=47380348;WS=47380330;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:100,105:0.51:205
chr11	47380593	rs3740689	G	A	381.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.451;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.82;ReadPosRankSum=-0.326;SOR=0.640;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,21:0.38:56
chr11	47380688	rs35284836	GGAA	G	817.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=9;PP=451;SC=GGAGACTGGAGGAAGAAGACC;SOR=1.609;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=1;TCR=9;TR=10;WE=47380698;WS=47380678;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr11	47397353	rs56030824	G	A	1259.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-2.291;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=33;PP=669;ReadPosRankSum=-1.664;SC=ACCCCCGCACGCTGGGTCCCC;SOR=0.644;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=106;TCF=28;TCR=78;TR=43;WE=47397361;WS=47397343;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,60:0.47:129
chr11	47422503	.	TCTGAAGGGCAGAAGGGAACTGTCCTTCAGCCAGAGCTGGCTGAAGGGCAGAAGGGAACTGTCCTTCAGCCAGAGCTGG	T	85.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.704;ClippingRankSum=0.000;DP=89;ExcessHet=3.0103;FS=3.087;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.57;MQRankSum=0.558;QD=0.96;ReadPosRankSum=-2.605;SOR=1.357;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:78,11:0.12:89
chr11	47422772	rs74206205	T	C	1472.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.113;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.630;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=33;PP=824;ReadPosRankSum=-0.823;SC=TCAAGATAAGTTCTCTGACAA;SOR=0.281;SbPval=0.19;Source=Platypus;TC=93;TCF=27;TCR=66;TR=53;WE=47422780;WS=47422762;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,66:0.55:119
chr11	47431728	rs2010519	A	G	8954.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=335;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=135;NR=86;PP=2965;SC=GAGCTCTTGGAAAGGGCTGGG;SOR=1.046;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=221;TCF=135;TCR=86;TR=221;WE=47431736;WS=47431718;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,333:1.00:333
chr11	47431961	rs61000762	G	A	2254.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.848;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=241;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.015;HP=2;HapScore=4;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=49;PP=2604;ReadPosRankSum=0.134;SC=GTGACTCTCCGGTGGCGCCCA;SOR=0.772;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=168;TCF=63;TCR=105;TR=78;WE=47431974;WS=47431951;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:130,108:0.45:238
chr11	47431966	rs755555	C	T	2616.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.003;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=4;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=54;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.042;SC=TCTCCGGTGGCGCCCAGGGCT;SOR=0.692;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=156;TCF=56;TCR=100;TR=82;WE=47431974;WS=47431951;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:95,123:0.56:218
chr11	47432034	rs755554	G	C	703.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=1.929;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=22;PP=500;ReadPosRankSum=1.762;SC=GTCACAGAGTGTCTGAGATGG;SOR=0.646;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=63;TCF=13;TCR=50;TR=28;WE=47432042;WS=47432024;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,32:0.42:77
chr11	47436531	rs11039228	G	T	4689.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=64;NR=45;PP=2394;SC=TGTGGCTACCGCACTGCTGGT;SOR=0.983;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=109;TCF=64;TCR=45;TR=109;WE=47436539;WS=47436521;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,170:1.00:170
chr11	47446292	rs55927797	A	T	814.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-2.697;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.087;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=16;PP=341;ReadPosRankSum=-0.176;SC=CAGCTCCTTGAACTCCCCAAG;SOR=0.430;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=52;TCF=16;TCR=36;TR=24;WE=47446300;WS=47446282;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,38:0.53:72
chr11	47447955	rs7948705	C	G	473.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=0.131;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.419;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=12;PP=272;ReadPosRankSum=1.477;SC=ACTCTTGACCCGACCAGCTCC;SOR=0.399;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=29;TCF=9;TCR=20;TR=20;WE=47447963;WS=47447945;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,22:0.63:35
chr11	47460098	rs10769267	C	T	367.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.684;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.805;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=6;PP=260;ReadPosRankSum=0.067;SC=GATCTTGAACCCCGGGGCTCA;SOR=0.208;SbPval=0.23;Source=Platypus;TC=42;TCF=32;TCR=10;TR=17;WE=47460106;WS=47460088;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,19:0.37:52
chr11	47460306	rs7126210	A	G	2999.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=-0.959;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=329;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=17.695;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=43;PP=1371;ReadPosRankSum=-1.325;SC=TGTGGGAGCAAGGTAGGGCCT;SOR=0.286;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=216;TCF=110;TCR=106;TR=94;WE=47460314;WS=47460296;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:165,154:0.48:319
chr11	47462837	rs10716680	AG	A	3061.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=72;PP=2133;SC=AGCACAGGGTAGGGGGGGCAG;SOR=3.258;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=90;TCF=6;TCR=84;TR=77;WE=47462845;WS=47462827;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr11	47463483	rs34729771	AG	A	802.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=0.923;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=15;PP=540;ReadPosRankSum=2.079;SC=CCTGCGAGGGAGGCCAGTGGC;SOR=0.813;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=33;TCF=2;TCR=31;TR=16;WE=47463491;WS=47463473;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,27:0.47:57
chr11	47469439	rs7111873	A	G	5087.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.668;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=569;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.738;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=89;NR=67;PP=2192;ReadPosRankSum=-0.839;SC=TGTTGTGGGCATAGCGCAGGG;SOR=0.804;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=319;TCF=173;TCR=146;TR=156;WE=47469447;WS=47469429;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:305,260:0.46:565
chr11	47470345	rs34312154	G	A	6235.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=2.990;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=542;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.528;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=129;NR=81;PP=2962;ReadPosRankSum=0.064;SC=TCCTTGTAGCGGCCCATCTCC;SOR=0.777;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=373;TCF=226;TCR=147;TR=210;WE=47470353;WS=47470335;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:249,285:0.53:534
chr11	47505869	.	C	CA	223.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.555;ClippingRankSum=0.000;DP=175;ExcessHet=3.0103;FS=1.890;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.12;MQRankSum=1.921;QD=1.41;ReadPosRankSum=1.162;SOR=0.438;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:122,37:0.23:159
chr11	47587577	rs58926533	TC	T	7608.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=256;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=129;PP=2969;SC=GGGGGCCCGCTCCCCCTCGCC;SOR=1.501;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=143;TCF=7;TCR=136;TR=135;WE=47587585;WS=47587567;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,236:1.00:236
chr11	47609867	rs4486587	G	A	13031.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=507;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=152;NR=167;PP=2965;SC=GGGCCGCTGGGCCCAGGTCTT;SOR=0.756;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=319;TCF=152;TCR=167;TR=319;WE=47609875;WS=47609857;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,491:1.00:491
chr11	47611316	rs10769279	C	G	828.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=17;NR=4;PP=366;SC=TTCGAGCCTCCGGCCCGGCCT;SOR=1.911;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=22;TCF=17;TCR=5;TR=21;WE=47611324;WS=47611306;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr11	47640429	rs1064608	G	C	3953.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=0.413;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=461;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.528;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=74;NR=52;PP=1766;ReadPosRankSum=-0.789;SC=TTCCCAAAGGGGACCTTCCGG;SOR=0.641;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=284;TCF=169;TCR=115;TR=126;WE=47640437;WS=47640419;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:250,199:0.44:449
chr11	47656321	rs139407275	A	AT	215.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.651;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.96;ReadPosRankSum=-0.250;SOR=1.863;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,13:0.42:31
chr11	47657241	.	G	GT	59.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.685;ClippingRankSum=0.000;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.06;ReadPosRankSum=0.329;SOR=0.307;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,8:0.28:29
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chr11	47727193	rs11418886	C	CA	211.37	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.005;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=8.060;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.45;ReadPosRankSum=-1.789;SOR=2.266;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,18:0.72:25
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chr11	47736023	rs4752791	T	C	932.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.075;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.771;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=15;PP=451;ReadPosRankSum=1.221;SC=TCCATGCGAATTATTCTATCG;SOR=0.487;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=51;TCF=27;TCR=24;TR=28;WE=47736031;WS=47736013;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,44:0.52:85
chr11	47736314	rs4752863	C	G	1449.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=30;NF=9;NR=34;PP=1011;SC=TACAAAGCCACAAGAGGACAA;SOR=2.256;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=44;TCF=10;TCR=34;TR=43;WE=47736322;WS=47736304;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr11	47755552	.	CA	C,CAA	518.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.496;ClippingRankSum=0.000;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=1.524;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.68;MQRankSum=0.886;QD=9.61;ReadPosRankSum=-2.157;SOR=0.486;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:8,20,26:0.37,0.48:54
chr11	47758152	rs59205786	T	C	218.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-0.146;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.828;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=3;PP=117;ReadPosRankSum=-0.639;SC=CAAGTTGCATTAAGTAATATA;SOR=0.250;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=21;TCF=16;TCR=5;TR=9;WE=47758160;WS=47758142;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,11:0.44:25
chr11	47758449	rs34910028	T	C	227.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.237;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=1.345;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.42;ReadPosRankSum=1.042;SOR=1.148;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,15:0.36:42
chr11	47772401	rs11039366	C	T	681.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=19;NR=2;PP=559;SC=AAGGCTTCCACTCCTGTGCTC;SOR=3.352;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=22;TCF=20;TCR=2;TR=21;WE=47772409;WS=47772391;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr11	47776047	rs7928954	G	A	7449.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=281;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=109;NR=69;PP=2965;SC=AGTAGCTTCAGTAACTAAAAC;SOR=1.098;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=178;TCF=109;TCR=69;TR=178;WE=47776055;WS=47776037;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,278:1.00:278
chr11	47786926	rs148666719	A	AAAAAGAAAAG	483.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.351;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FS=1.203;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.67;ReadPosRankSum=2.159;SOR=0.904;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,14:0.28:50
chr11	47786953	rs78592079	A	G	733.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.734;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.18;MQRankSum=-1.310;QD=12.44;ReadPosRankSum=-1.918;SOR=0.846;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,38:0.64:59
chr11	47788903	.	G	C	123.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=5;PP=78;ReadPosRankSum=-0.674;SC=TGGAGGCTGGGCGCTGGGCCC;SOR=0.693;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=12;TCF=2;TCR=10;TR=6;WE=47788911;WS=47788893;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,6:0.50:12
chr11	47802092	rs72169400	CT	C	716.75	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.108;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FS=1.170;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.96;ReadPosRankSum=-0.145;SOR=0.474;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,63:0.79:80
chr11	47813436	rs10742821	C	T	2728.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=43;NR=22;PP=1213;SC=ACAATAACAACATTACTACTG;SOR=1.222;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=65;TCF=43;TCR=22;TR=65;WE=47813444;WS=47813426;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr11	47825972	rs7124949	A	G	362.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=2.943;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=1;PP=234;ReadPosRankSum=-0.774;SC=TCTTTGGGGTATGTCTTCACA;SOR=0.693;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=23;TCF=21;TCR=2;TR=11;WE=47825980;WS=47825962;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,14:0.50:28
chr11	47828404	.	C	T	175	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;FR=1.0000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MMLQ=25;MQ=60.15;NF=8;NR=2;PP=175;QD=20.9771212547;SC=CACACACACACATATATATAC;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=12;TCF=10;TCR=2;TR=10;WE=47828412;WS=47828399;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:2,10:0.83:12
chr11	47834592	rs7110289	G	A	3504.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=25;NR=72;PP=2128;SC=CCCGAGCGATGTCCACATCTA;SOR=1.724;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=97;TCF=25;TCR=72;TR=97;WE=47834600;WS=47834582;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
chr11	47837638	rs7130715	G	A	2788.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=9;NR=68;PP=1865;SC=AATGGAAAACGTTTCAGTTTA;SOR=3.009;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=77;TCF=9;TCR=68;TR=77;WE=47837646;WS=47837628;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr11	47840864	rs71308358	C	CA	405.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.439;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FS=3.771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.11;MQRankSum=1.112;QD=4.61;ReadPosRankSum=0.687;SOR=0.325;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:54,34:0.39:88
chr11	47843133	rs7122182	A	C	1747.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=43;NR=7;PP=1260;SC=CCTGGTCTCGAACTCCTGAGC;SOR=2.833;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=50;TCF=43;TCR=7;TR=50;WE=47843141;WS=47843123;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr11	47857168	rs2305982	A	G	1793.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-2.675;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.992;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=17;PP=913;ReadPosRankSum=0.049;SC=CAGTACACACAGAATAACTTG;SOR=0.464;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=124;TCF=96;TCR=28;TR=63;WE=47857176;WS=47857158;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,88:0.51:172
chr11	48118199	rs4752806	G	C	375.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-1.569;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.393;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=3;PP=252;ReadPosRankSum=-0.065;SC=CAGAGCTGTTGAGGCCCTTCC;SOR=1.461;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=30;TCF=21;TCR=9;TR=15;WE=48118207;WS=48118189;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,16:0.52:31
chr11	48118347	rs11382316	T	TA	2236.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-0.459;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.761;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=23;PP=1347;ReadPosRankSum=-0.809;SC=CGAGAGCTGATAAGAACAGAG;SOR=0.557;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=94;TCF=42;TCR=52;TR=38;WE=48118355;WS=48118337;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:107,90:0.46:197
chr11	48142528	rs34681195	AT	A	802.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.038;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FS=1.613;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.23;MQRankSum=1.727;QD=5.78;ReadPosRankSum=0.647;SOR=0.932;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:63,76:0.55:139
chr11	48145166	rs2270993	G	A	512.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-1.247;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.230;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=10;PP=309;ReadPosRankSum=-0.272;SC=TTAAAATAGAGCCGATCCCAG;SOR=0.490;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=38;TCF=23;TCR=15;TR=23;WE=48145174;WS=48145156;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,24:0.59:41
chr11	48145247	rs2270992	T	C	1029.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-0.773;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.784;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=18;PP=525;ReadPosRankSum=-0.516;SC=GCAATGGCACTGCCTCCTGCC;SOR=0.818;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=70;TCF=36;TCR=34;TR=39;WE=48145255;WS=48145237;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,49:0.54:91
chr11	48157869	rs2270994	T	C	3530.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.657;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=370;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.234;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=58;PP=1525;ReadPosRankSum=-0.478;SC=TAGGATGCCCTTCTAAGGAAC;SOR=0.616;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=227;TCF=92;TCR=135;TR=98;WE=48157877;WS=48157859;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:191,176:0.48:367
chr11	48158498	.	C	T	2055.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.871;ClippingRankSum=0.000;DP=233;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.058;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=17;PP=1194;ReadPosRankSum=0.896;SC=AGTAAATAGTCCTGGAATTCT;SOR=1.000;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=167;TCF=119;TCR=48;TR=71;WE=48158506;WS=48158488;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:129,96:0.43:225
chr11	48166267	rs4752904	G	C	2575.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.248;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=287;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.429;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=39;PP=1174;ReadPosRankSum=-0.731;SC=ACACGTATGAGGATTTCAAAA;SOR=0.593;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=187;TCF=108;TCR=79;TR=88;WE=48166275;WS=48166257;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:155,129:0.45:284
chr11	48170870	rs4752908	T	G	5707.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=91;NR=60;PP=2680;SC=TGGTGTCAGCTGTGAACTAAT;SOR=1.008;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=151;TCF=91;TCR=60;TR=151;WE=48170878;WS=48170860;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,223:1.00:223
chr11	48171793	rs10734565	T	C	3054.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=32;NR=59;PP=1609;SC=AGCTGGGATCTGAGGGGAGTT;SOR=1.329;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=91;TCF=32;TCR=59;TR=91;WE=48171801;WS=48171783;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr11	48184971	rs3830431	CCTTT	C	6702.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=3.147;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=353;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.417;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=38;PP=2944;ReadPosRankSum=0.700;SC=TGTTAGGCAGCCTTTCTGTCT;SOR=1.042;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=184;TCF=106;TCR=78;TR=93;WE=48184991;WS=48184961;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:175,173:0.50:348
chr11	48184983	rs2270990	G	T	7143.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.054;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=397;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.552;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=100;NR=47;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.128;SC=TTTCTGTCTGGATCTAAATCA;SOR=0.911;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=271;TCF=181;TCR=90;TR=147;WE=48184991;WS=48184961;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:198,196:0.50:394
chr11	48185152	.	C	T	4058.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.384;ClippingRankSum=0.000;DP=462;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.513;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=91;PP=1907;ReadPosRankSum=1.818;SC=CCCGAATCGCCGATTCTGGTG;SOR=0.545;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=311;TCF=105;TCR=206;TR=144;WE=48185160;WS=48185142;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:241,206:0.46:447
chr11	48186104	rs12225986	C	A	1024.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.146;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FS=6.428;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.25;ReadPosRankSum=-2.422;SOR=1.200;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:48,52:0.52:100
chr11	48186110	.	ATT	A	52.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.913;ClippingRankSum=0.000;DP=76;ExcessHet=3.0103;FS=8.383;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.30;ReadPosRankSum=1.257;SOR=2.252;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,6:0.38:16
chr11	48238302	rs1566737	G	T	484.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=1;PP=362;SC=TTAGCGTTATGATTGCATGTG;SOR=3.258;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=15;TCF=14;TCR=1;TR=15;WE=48238310;WS=48238292;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr11	48238421	rs10769329	T	G	3053.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=56;NR=30;PP=1540;SC=AGGATCCAGCTGTGCAGAGTG;SOR=1.266;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=86;TCF=56;TCR=30;TR=86;WE=48238429;WS=48238411;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr11	48238880	rs10838833	C	T	1738.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.480;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.086;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=29;PP=933;ReadPosRankSum=1.772;SC=ATGTGATTGACCACTATTTCT;SOR=0.733;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=142;TCF=73;TCR=69;TR=62;WE=48238888;WS=48238870;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:120,87:0.42:207
chr11	48266582	rs7120549	A	C	7094.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=271;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=104;NR=72;PP=2965;SC=GTGAAGAAGTATTTTGTATCA;SOR=1.016;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=177;TCF=104;TCR=73;TR=176;WE=48266590;WS=48266572;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,261:1.00:261
chr11	48266736	rs7120775	C	G	2447.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.329;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=271;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.737;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=43;PP=1456;ReadPosRankSum=0.179;SC=TGTTCTTGTACACAGCAATTG;SOR=0.528;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=199;TCF=110;TCR=89;TR=84;WE=48266744;WS=48266726;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:148,113:0.43:261
chr11	48267589	rs1503180	A	G	2551.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=21;NR=51;PP=1542;SC=TTGTATTGATACTTGGGTTTA;SOR=1.662;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=72;TCF=21;TCR=51;TR=72;WE=48267597;WS=48267579;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr11	48285301	rs713325	A	G	1468.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=37;NR=10;PP=908;SC=GAACAAACTCAAGAGGGAGCA;SOR=2.221;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=37;TCR=10;TR=47;WE=48285309;WS=48285291;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr11	48285842	rs1503193	A	G	16330.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=590;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=205;NR=207;PP=2965;SC=TCTCCTCGTGAGGATAGCATG;SOR=0.728;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=412;TCF=205;TCR=207;TR=412;WE=48285864;WS=48285832;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,588:1.00:588
chr11	48285856	rs10838850	C	T	15724.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=573;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=186;NR=216;PP=2965;SC=TAGCATGGGGCGGGGGCCTGC;SOR=0.815;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=402;TCF=186;TCR=216;TR=402;WE=48285864;WS=48285832;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,573:1.00:573
chr11	48285906	rs16905753	C	T	6663.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.211;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=586;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.518;HP=2;HapScore=2;MGOF=39;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.688;NF=98;NR=102;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.792;SC=TTCCAGCTCCCGTTCTGTGGC;SOR=0.648;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=415;TCF=198;TCR=217;TR=200;WE=48285914;WS=48285896;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:277,309:0.53:586
chr11	48285981	rs76884411	CCTT	C	26191.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.862;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=616;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQ=60.14;MQRankSum=0.176;NF=65;NR=194;PP=2969;ReadPosRankSum=-1.019;SC=TGCGCAGACACCTTCTTCATT;SOR=0.717;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=273;TCF=68;TCR=205;TR=259;WE=48285991;WS=48285971;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,591:1.00:593
chr11	48286231	rs10838851	T	A	11544.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.259;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=336;ExcessHet=3.0103;FS=3.422;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=34.77;ReadPosRankSum=1.495;SOR=0.532;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,331:1.00:332
chr11	48286231	.	TACA	AACA,AACG	1592	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.53;FR=0.5000,0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=88,45;NR=115,57;PP=1592,1457;QD=8.01365129334;SC=CTGTATTTTATACAGTGGTCA;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=205;TCF=88;TCR=117;TR=203,102;WE=48286242;WS=48286221;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.99:205
chr11	48286234	rs61732322	A	G	2975.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.261;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=335;ExcessHet=3.0103;FS=0.402;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.02;ReadPosRankSum=0.487;SOR=0.654;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:179,151:0.46:330
chr11	48286256	rs10838852	C	T	2857.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.298;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=305;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=32;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=57;PP=1397;ReadPosRankSum=0.729;SC=TCTCTTAAACCCTGTGATTTA;SOR=0.692;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=182;TCF=72;TCR=110;TR=94;WE=48286264;WS=48286246;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:163,140:0.46:303
chr11	48328818	rs11039669	C	T	355.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-4.304;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.150;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=11;PP=208;ReadPosRankSum=1.109;SC=ATCCTCCTAGCTCTTGTTGTT;SOR=0.086;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=32;TCF=1;TCR=31;TR=12;WE=48328826;WS=48328808;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,15:0.38:39
chr11	48346450	rs79776366	A	G	512.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.396;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=7.670;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.50;ReadPosRankSum=-0.996;SOR=2.775;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,15:0.28:54
chr11	48346458	rs77295176	A	G	646.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.201;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FS=12.610;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.51;ReadPosRankSum=-0.767;SOR=2.670;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:54,22:0.29:76
chr11	48346487	rs33950768	TC	T	1198.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.645;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FS=13.927;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.08;MQRankSum=1.732;QD=8.95;ReadPosRankSum=0.509;SOR=2.120;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:100,34:0.25:134
chr11	48346513	rs78206553	T	C	1898.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.090;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FS=8.493;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.15;MQRankSum=2.957;QD=8.59;ReadPosRankSum=0.194;SOR=1.324;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:164,57:0.26:221
chr11	48346523	rs72911451	C	T	2267.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.617;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=264;ExcessHet=3.0103;FS=14.641;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.12;MQRankSum=3.071;QD=8.62;ReadPosRankSum=0.932;SOR=1.595;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:199,64:0.24:263
chr11	48346535	rs76964780	G	C	3202.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.284;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=329;ExcessHet=3.0103;FS=7.746;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.10;MQRankSum=2.760;QD=9.79;ReadPosRankSum=-1.825;SOR=1.100;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:234,93:0.28:327
chr11	48346541	rs75498992	A	T	3717.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.201;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=358;ExcessHet=3.0103;FS=4.694;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.09;MQRankSum=2.726;QD=10.44;ReadPosRankSum=-2.017;SOR=0.956;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:253,103:0.29:356
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chr11	48346551	rs77470587	C	A	4111.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.993;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=406;ExcessHet=3.0103;FS=4.577;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.08;MQRankSum=2.638;QD=10.20;ReadPosRankSum=-2.391;SOR=1.027;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:281,122:0.30:403
chr11	48346579	rs72911452	C	A	6261.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.670;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=539;ExcessHet=3.0103;FS=1.900;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.06;MQRankSum=2.484;QD=11.68;ReadPosRankSum=-2.411;SOR=0.870;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:360,176:0.33:536
chr11	48346588	rs75900655	A	C	7076.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.644;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=572;ExcessHet=3.0103;FS=2.615;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.06;MQRankSum=2.433;QD=12.44;ReadPosRankSum=-1.874;SOR=0.927;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:377,192:0.34:569
chr11	48346604	rs75647397	T	G	7624.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=2.370;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=620;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.838;HP=4;HapScore=1;MGOF=112;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=2.357;NF=88;NR=61;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.098;SC=CACAGAATTTTTCATGCTGGG;SOR=0.841;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=422;TCF=234;TCR=188;TR=149;WE=48346623;WS=48346594;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:400,217:0.35:617
chr11	48346615	rs73463988	G	A	7551.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.333;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=636;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.162;HP=3;HapScore=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=2.351;NF=91;NR=69;ReadPosRankSum=2.092;SC=TCATGCTGGGGCTCTCACAGA;SOR=0.823;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=441;TCF=239;TCR=202;TR=160;WE=48346623;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:409,223:0.35:632
chr11	48346660	rs138704181	TTTGCTGATC	T	7800.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=1.232;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=621;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=35;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=2.696;NF=26;NR=77;PP=2971;ReadPosRankSum=1.574;SC=TTGTGGTCTTTTTGCTGATCT;SOR=0.728;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=301;TCF=85;TCR=216;TR=103;WE=48346689;WS=48346650;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:390,216:0.36:606
chr11	48346681	rs78490540	G	A	7002.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=2.258;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=588;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.773;HP=1;HapScore=1;MGOF=35;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=1.751;NF=94;NR=84;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.564;SC=ATGTGGTCACGGTTTGTGGCA;SOR=0.752;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=436;TCF=219;TCR=217;TR=178;WE=48346689;WS=48346650;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:354,232:0.40:586
chr11	48346729	rs73463990	G	C	5534.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.521;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=596;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=95;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.559;NF=101;NR=105;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.605;SC=CCAGCCCCACGCTGGCTTCCC;SOR=0.723;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=447;TCF=223;TCR=224;TR=206;WE=48346737;WS=48346719;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:324,268:0.45:592
chr11	48346791	rs73463994	C	T	6586.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.641;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=689;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.520;HP=4;HapScore=1;MGOF=36;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQ=60.03;MQRankSum=1.509;NF=108;NR=94;PP=2936;ReadPosRankSum=1.741;SC=TTTTATTCTTCTTCTATGGCT;SOR=0.644;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=461;TCF=248;TCR=213;TR=202;WE=48346799;WS=48346770;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:366,323:0.47:689
chr11	48346822	rs73463997	A	C	7322.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.318;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=768;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.522;HP=2;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=114;NR=99;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.075;SC=TTGCTGACTCATTGTATGAGG;SOR=0.630;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=476;TCF=259;TCR=217;TR=213;WE=48346830;WS=48346812;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:405,360:0.47:765
chr11	48346843	rs73463998	C	T	7290.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.890;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=781;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.522;HP=2;HapScore=1;MGOF=32;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=109;NR=108;PP=2962;ReadPosRankSum=-2.190;SC=GGAGAACCATCTCTTATGAGT;SOR=0.625;SbPval=0.46;Source=Platypus;TCR=233;TR=217;WE=48346851;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:418,361:0.46:779
chr11	48346916	rs77069283	G	C	8986.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.012;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=662;ExcessHet=3.0103;FS=1.792;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.80;ReadPosRankSum=-0.162;SOR=0.657;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:403,248:0.38:651
chr11	48346924	rs72911454	T	C	9320.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.796;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=666;ExcessHet=3.0103;FS=1.137;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.21;ReadPosRankSum=-0.935;SOR=0.715;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:408,248:0.38:656
chr11	48346932	rs80285195	G	A	9000.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.741;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=675;ExcessHet=3.0103;FS=1.807;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.53;ReadPosRankSum=-1.242;SOR=0.740;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:417,248:0.37:665
chr11	48346961	rs75493089	AA	TG	8783.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.103;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=663;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=38;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=79;NR=93;PP=2944;ReadPosRankSum=-2.347;SC=GCCCCTGCACAATACTACCAT;SOR=0.728;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=475;TCF=228;TCR=247;TR=172;WE=48346970;WS=48346951;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:417,240:0.37:657
chr11	48346999	rs72473367	T	G	9550.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.857;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=728;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=47;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=92;NR=96;PP=2770;ReadPosRankSum=-0.101;SC=GTGCCATGCTTGTAGGGGTGG;SOR=0.703;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=488;TCF=239;TCR=249;TR=188;WE=48347007;WS=48346989;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:450,271:0.38:721
chr11	48347014	rs72473368	G	A	10434.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.079;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=720;ExcessHet=3.0103;FS=0.533;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.66;ReadPosRankSum=0.140;SOR=0.745;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:435,277:0.39:712
chr11	48347023	rs67077733	C	T	10206.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.466;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=723;ExcessHet=3.0103;FS=0.532;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.30;ReadPosRankSum=0.430;SOR=0.743;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:434,280:0.39:714
chr11	48347067	rs73464001	C	T	5343.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-3.142;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=719;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=46;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=77;NR=99;PP=2552;ReadPosRankSum=2.499;SC=CTTTGGTTGCCCTTCTGTGGG;SOR=0.723;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=455;TCF=203;TCR=252;TR=176;WE=48347075;WS=48347057;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:430,279:0.39:709
chr11	48347100	rs73465905	C	T	4696.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.352;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=688;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.539;HP=1;HapScore=1;MGOF=46;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=75;NR=92;PP=2494;ReadPosRankSum=-0.953;SC=AATCACTTTGCCTGTGACTTG;SOR=0.733;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=452;TCF=207;TCR=245;TR=167;WE=48347108;WS=48347090;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:436,244:0.36:680
chr11	48347124	rs79019124	A	G	7509.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.932;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=635;ExcessHet=3.0103;FS=1.163;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.94;ReadPosRankSum=-3.308;SOR=0.785;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:412,217:0.34:629
chr11	48347130	rs77395846	C	G	7604.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.719;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=610;ExcessHet=3.0103;FS=0.548;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.57;ReadPosRankSum=-3.416;SOR=0.756;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:399,206:0.34:605
chr11	48347140	rs10838874	T	C	7521.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.608;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=597;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.73;ReadPosRankSum=-2.699;SOR=0.727;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:389,202:0.34:591
chr11	48347142	rs79891698	C	T	6810.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.687;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=587;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.72;ReadPosRankSum=-2.014;SOR=0.709;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:389,192:0.33:581
chr11	48347144	rs79124801	T	C	6837.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.481;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=583;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.85;ReadPosRankSum=-1.923;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:386,191:0.33:577
chr11	48347267	rs73465910	T	C	4958.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.684;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=623;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.527;HP=1;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=90;NR=86;PP=2257;ReadPosRankSum=-0.202;SC=AGATGGGAGATGCAAAGCCCT;SOR=0.628;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=413;TCF=200;TCR=213;TR=176;WE=48347275;WS=48347257;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:354,259:0.42:613
chr11	48347306	rs73465911	G	T	4630.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.224;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=644;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NR=89;PP=2522;ReadPosRankSum=1.452;SC=CTTCATTGTTGTTGCCTTGTT;SOR=0.680;Source=Platypus;TCR=223;WE=48347314;WS=48347296;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:389,247:0.39:636
chr11	48347342	rs76958755	G	A	6702.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.158;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=518;ExcessHet=3.0103;FS=5.218;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.07;ReadPosRankSum=-0.839;SOR=1.039;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:326,187:0.36:513
chr11	48347346	rs74590631	A	T	6729.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.668;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=502;ExcessHet=3.0103;FS=4.247;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.54;ReadPosRankSum=-1.552;SOR=1.034;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:314,183:0.37:497
chr11	48347358	rs76274696	C	T	5816.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.837;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=471;ExcessHet=3.0103;FS=3.418;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.51;ReadPosRankSum=-1.382;SOR=0.991;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:299,166:0.36:465
chr11	48347363	rs77814753	C	T	5778.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.733;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=455;ExcessHet=3.0103;FS=1.851;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.90;ReadPosRankSum=-1.179;SOR=0.856;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:290,158:0.35:448
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chr11	48347419	rs73465913	A	G	2226.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=2.145;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=348;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.683;HP=3;HapScore=1;MGOF=34;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=62;PP=1393;ReadPosRankSum=2.435;SC=TGTTGAATCCACTCATTTATA;SOR=1.070;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=257;TCF=103;TCR=154;TR=93;WE=48347427;WS=48347409;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:224,120:0.35:344
chr11	48347492	rs79775762	G	A	2241.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.286;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FS=1.931;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.05;MQRankSum=1.398;QD=11.62;ReadPosRankSum=-0.413;SOR=0.540;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:127,66:0.34:193
chr11	48347498	rs78309417	A	T	2167.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.678;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FS=2.836;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.06;MQRankSum=1.397;QD=11.98;ReadPosRankSum=-1.371;SOR=0.500;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:119,62:0.34:181
chr11	48347539	rs79172951	G	A	414.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=0.147;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.413;HP=6;HapScore=1;MGOF=32;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.625;NF=4;NR=20;PP=341;ReadPosRankSum=1.034;SC=CTTTATTTTTGTAAGTGAAAC;SOR=1.112;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=78;TCF=20;TCR=58;TR=24;WE=48347547;WS=48347529;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,25:0.28:89
chr11	48347563	.	CT	C	267	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;FR=0.5000;HP=7;HapScore=1;MGOF=35;MMLQ=28;MQ=58.28;NF=0;NR=16;PP=267;QD=18.0;SC=CCAAGCCTTACTTTTTTTGTA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=42;TCF=2;TCR=40;TR=16;WE=48347571;WS=48347553;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:26,16:0.38:42
chr11	48347583	.	G	A	168	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=34;MMLQ=28;MQ=58.01;NF=1;NR=10;PP=168;QD=18.4337465952;SC=ATCATGTATAGTTGTATTCCA;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=38;TCF=5;TCR=33;TR=11;WE=48347591;WS=48347573;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:27,11:0.29:38
chr11	48349128	rs76530627	G	A	448.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.039;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=8.766;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.60;ReadPosRankSum=-0.722;SOR=3.093;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,12:0.36:33
chr11	48349128	.	GTA	ATG	425	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;FR=0.5000;HP=3;HapScore=2;MGOF=27;MMLQ=27;MQ=59.9;NF=10;NR=0;PP=425;QD=47.8467874862;SC=TGTCTTTAAAGTAAAAGTAAA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=30;TCF=26;TCR=4;TR=10;WE=48349138;WS=48349118;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:20,10:0.33:30
chr11	48349130	rs75661263	A	G	464.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.846;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=8.655;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.91;ReadPosRankSum=-0.339;SOR=3.023;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,13:0.36:36
chr11	48349152	rs73465924	A	C	816.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=1.195;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=39;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=4;PP=282;ReadPosRankSum=-1.135;SC=ATTTTAGATTACAAGTATAAG;SOR=0.670;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=50;TCF=38;TCR=12;TR=20;WE=48349160;WS=48349142;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,24:0.43:56
chr11	48349171	rs73465926	T	C	908.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-0.439;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.931;HP=1;HapScore=2;MGOF=33;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=5;PP=285;ReadPosRankSum=-0.029;SC=AGTGAGGTCATGCAGTATTTG;SOR=0.909;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=67;TCF=47;TCR=20;TR=23;WE=48349179;WS=48349161;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,31:0.38:81
chr11	48349209	rs73465927	A	C	1271.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.415;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=37;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=15;PP=366;ReadPosRankSum=0.534;SC=TATTTCACTTAGCATAATGTC;SOR=0.742;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=106;TCF=61;TCR=45;TR=36;WE=48349217;WS=48349199;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,51:0.36:141
chr11	48349230	rs74884553	G	A	2093.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.654;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.57;ReadPosRankSum=-0.517;SOR=0.732;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:123,75:0.38:198
chr11	48349235	rs10769662	C	T	305.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.454;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FS=0.661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.48;ReadPosRankSum=0.351;SOR=0.620;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:169,38:0.18:207
chr11	48349252	rs76041098	G	A	1949.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.235;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=237;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.288;HP=3;HapScore=1;MGOF=35;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=22;PP=677;ReadPosRankSum=-0.341;SC=GCAAATGACAGAACTTCTTTC;SOR=0.848;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=144;TCF=74;TCR=70;TR=49;WE=48349260;WS=48349242;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:145,89:0.38:234
chr11	48349312	rs79572913	A	G	2721.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.501;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FS=1.713;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.21;ReadPosRankSum=-0.732;SOR=0.818;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:146,77:0.35:223
chr11	48349316	rs76607933	T	A	2724.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.943;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FS=1.752;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.44;ReadPosRankSum=-0.645;SOR=0.855;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:144,75:0.34:219
chr11	48349320	rs77184441	A	T	2624.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.163;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FS=0.532;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.50;ReadPosRankSum=-1.088;SOR=0.748;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:137,73:0.35:210
chr11	48349329	rs76765071	C	A	2253.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.343;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.99;ReadPosRankSum=0.729;SOR=0.734;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:128,60:0.32:188
chr11	48349375	rs6486052	A	T	188.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.641;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.07;ReadPosRankSum=-0.876;SOR=0.638;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:74,17:0.19:91
chr11	48349377	rs72911466	A	T	972.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.607;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FS=0.866;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.69;ReadPosRankSum=-1.285;SOR=0.542;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:59,32:0.35:91
chr11	48349389	rs79223613	A	C	693.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.569;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FS=5.755;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.38;ReadPosRankSum=0.528;SOR=1.528;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:53,21:0.28:74
chr11	48349391	rs76599777	TG	CA	693.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.763;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FS=5.755;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.38;ReadPosRankSum=0.450;SOR=1.528;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:53,21:0.28:74
chr11	48349394	rs78755709	G	A	693.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.942;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FS=8.278;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.64;ReadPosRankSum=0.611;SOR=1.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:52,20:0.28:72
chr11	48349407	rs72911467	T	C	443.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=4.070;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.388;HP=3;HapScore=4;MGOF=41;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=10;PP=889;ReadPosRankSum=0.857;SC=GAACTCCCAATATGCTTATTT;SOR=1.981;SbPval=0.94;Source=Platypus;TC=38;TCF=9;TCR=29;TR=11;WE=48349415;WS=48349365;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,14:0.26:53
chr11	48349425	rs79941850	T	C	322.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=3.198;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.179;HP=1;HapScore=2;MGOF=86;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=8;PP=135;ReadPosRankSum=-0.236;SC=TTTGATATTATCATGTCTACC;SOR=1.877;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=26;TCF=5;TCR=21;TR=9;WE=48349433;WS=48349415;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,10:0.30:33
chr11	48366895	rs72473369	A	C	995.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=3.309;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.213;HP=1;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=9;PP=804;ReadPosRankSum=-0.456;SC=TTTGTGTCACAAGACTTATTT;SOR=1.146;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=97;TCF=75;TCR=22;TR=44;WE=48366903;WS=48366885;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,45:0.41:110
chr11	48366958	rs76319939	T	G	2879.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.203;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=352;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.451;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.226;NF=66;NR=33;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.417;SC=ATTTTTCACTTCTTTATTTTT;SOR=0.558;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=255;TCF=174;TCR=81;TR=99;WE=48366980;WS=48366948;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:207,139:0.40:346
chr11	48366971	rs75689989	GG	CA	5892.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.642;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=419;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.284;NF=72;NR=35;PP=2944;ReadPosRankSum=1.841;SC=TTATTTTTGAGGGTGTAGATT;SOR=0.671;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=293;TCF=199;TCR=94;TR=107;WE=48366980;WS=48366948;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:255,156:0.38:411
chr11	48367050	rs113897236	T	TAG	9413.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.960;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=738;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.539;HP=1;HapScore=1;MGOF=42;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQ=60.01;MQRankSum=1.317;NF=32;NR=86;PP=2927;ReadPosRankSum=3.050;SC=GGAAGGAGGTTAGGTCTTAGA;SOR=0.621;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=325;TCF=97;TCR=228;TR=118;WE=48367058;WS=48367040;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:456,264:0.37:720
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chr11	48367249	rs74815769	C	T	7083.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.664;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=520;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.70;ReadPosRankSum=-0.253;SOR=0.692;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:324,193:0.37:517
chr11	48367252	rs76287086	G	A	7125.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.790;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=525;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.65;ReadPosRankSum=-0.562;SOR=0.739;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:324,198:0.38:522
chr11	48367311	rs73453180	T	C	3475.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.404;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=548;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=74;PP=1527;ReadPosRankSum=3.537;SC=ATAAAGTGGTTGATGACATTG;SOR=0.723;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=373;TCF=161;TCR=212;TR=129;WE=48367319;WS=48367301;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:353,195:0.36:548
chr11	48367363	rs73453183	C	T	2220.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.433;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=465;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.571;HP=2;HapScore=1;MGOF=33;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=66;PP=1682;ReadPosRankSum=-0.938;SC=AAGTCTGGATCCCTCCATGCA;SOR=0.632;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=323;TCF=137;TCR=186;TR=110;WE=48367371;WS=48367353;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:317,135:0.30:452
chr11	48367387	rs78788561	C	T	1200.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.040;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=401;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.005;HP=2;HapScore=1;MGOF=39;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=55;PP=1283;ReadPosRankSum=-1.827;SC=ATCCCAGAATCCCAGCCACCA;SOR=0.843;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=267;TCF=112;TCR=155;TR=86;WE=48367395;WS=48367377;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:295,91:0.24:386
chr11	48367419	rs77576379	G	A	1710.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.199;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=332;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.18;ReadPosRankSum=-1.286;SOR=0.663;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:257,73:0.22:330
chr11	48367424	rs77976451	C	G	1703.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.418;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=315;ExcessHet=3.0103;FS=0.499;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.44;ReadPosRankSum=-2.285;SOR=0.647;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:244,69:0.22:313
chr11	48367455	.	G	A	2962	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=78;MMLQ=28;MQ=59.54;NF=13;NR=34;PP=2962;QD=20;SC=AAGGGCTTACGGATGGCCACA;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=155;TCF=54;TCR=101;TR=47;WE=48367482;WS=48367445;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:108,47:0.30:155
chr11	48367499	.	A	G	1576	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.61;FR=0.5000;HP=1;HapScore=4;MGOF=132;MMLQ=28;MQ=59.15;NF=3;NR=19;PP=1576;QD=73.2168732976;SC=TAATAAGATGATCTCAGCTGC;SbPval=0.93;Source=Platypus;TC=85;TCF=22;TCR=63;TR=22;WE=48367519;WS=48367489;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:63,22:0.26:85
chr11	48373632	rs4882248	T	A	163.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.485;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.732;HP=2;HapScore=2;MGOF=132;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=1;PP=103;ReadPosRankSum=-0.361;SC=TATAAGTATGTAACAAACCTG;SOR=0.119;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=24;TCF=23;TCR=1;TR=8;WE=48373640;WS=48373622;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,9:0.38:24
chr11	48373748	rs73453188	C	G	2689.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=2.141;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=242;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.276;HP=6;HapScore=2;MGOF=91;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=20;PP=1666;ReadPosRankSum=-2.025;SC=ATATGGTGTTCTTTTCAGAGA;SOR=0.429;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=192;TCF=133;TCR=59;TR=78;WE=48373756;WS=48373738;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:165,76:0.32:241
chr11	48373770	rs73453191	T	A	3593.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=2.140;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=335;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.619;HP=1;HapScore=2;MGOF=93;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=69;NR=36;PP=1983;ReadPosRankSum=-0.826;SC=CAAGTCAAAGTTCATTTTAGG;SOR=0.501;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=249;TCF=159;TCR=90;TR=105;WE=48373778;WS=48373760;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:212,121:0.36:333
chr11	48373797	rs72896825	C	T	6608.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.471;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=421;ExcessHet=3.0103;FS=4.102;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.77;ReadPosRankSum=0.727;SOR=0.570;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:249,170:0.41:419
chr11	48373805	rs75618010	G	A	6845.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.599;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=443;ExcessHet=3.0103;FS=3.287;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.52;ReadPosRankSum=1.321;SOR=0.515;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:260,181:0.41:441
chr11	48373815	rs74350365	A	G	7457.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.356;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=464;ExcessHet=3.0103;FS=3.265;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.14;ReadPosRankSum=1.440;SOR=0.484;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:267,195:0.42:462
chr11	48373817	rs75951679	C	T	7580.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.913;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=468;ExcessHet=3.0103;FS=3.268;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.27;ReadPosRankSum=1.385;SOR=0.499;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:268,198:0.42:466
chr11	48373820	rs3898634	A	C	721.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.092;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=492;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.47;ReadPosRankSum=0.757;SOR=0.619;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:404,86:0.18:490
chr11	48373827	rs80081241	G	A	8006.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.611;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=509;ExcessHet=3.0103;FS=1.773;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.85;ReadPosRankSum=2.691;SOR=0.560;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:296,209:0.41:505
chr11	48373833	rs75965588	GA	AG	8057.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.273;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=531;ExcessHet=3.0103;FS=0.531;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.32;ReadPosRankSum=3.055;SOR=0.617;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:311,215:0.41:526
chr11	48373885	rs76292854	A	G	5361.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=3.719;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=615;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.530;HP=1;HapScore=2;MGOF=63;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.706;NF=66;NR=76;PP=2522;ReadPosRankSum=1.525;SC=ACTGAGATGAACAGGTTACCT;SOR=0.763;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=347;TCF=165;TCR=182;TR=142;WE=48373893;WS=48373875;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:362,250:0.41:612
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chr11	48373936	rs76304554	A	G	3704.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.393;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=447;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=54;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=1.648;NF=52;NR=67;PP=1694;ReadPosRankSum=-2.898;SC=ATAACAAACAAGAATTTCTGC;SOR=0.661;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=275;TCF=117;TCR=158;TR=119;WE=48373944;WS=48373926;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:255,189:0.43:444
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chr11	48387098	rs77594589	A	C	6476.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.972;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=423;ExcessHet=3.0103;FS=0.531;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.31;ReadPosRankSum=-1.051;SOR=0.628;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:249,174:0.41:423
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chr11	48387115	rs75003399	G	A	6376.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.633;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=428;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.90;ReadPosRankSum=-1.050;SOR=0.717;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:258,170:0.40:428
chr11	48387118	rs79339252	G	A	6282.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.616;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=426;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.78;ReadPosRankSum=-0.556;SOR=0.690;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:260,165:0.39:425
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chr11	48387155	rs10839483	T	C	301.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.506;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=386;ExcessHet=3.0103;FS=1.794;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.79;ReadPosRankSum=-0.227;SOR=0.840;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:329,54:0.14:383
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chr11	48387201	rs77053100	G	A	1317.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.214;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=304;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.38;ReadPosRankSum=-3.137;SOR=0.654;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:249,52:0.17:301
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chr11	48387210	rs78428763	CC	TG	1174.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.127;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=283;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.21;ReadPosRankSum=-4.841;SOR=0.671;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:236,43:0.15:279
chr11	48387258	rs78030134	C	T	58.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.789;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=265;ExcessHet=3.0103;FS=4.793;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.23;ReadPosRankSum=-2.487;SOR=1.295;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:242,18:0.07:260
chr11	48387262	rs75430864	G	A	180.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.711;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=269;ExcessHet=3.0103;FS=7.749;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.68;ReadPosRankSum=-2.425;SOR=1.513;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:244,20:0.08:264
chr11	48387275	rs10838881	T	C	3054.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-3.789;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=287;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.184;HP=2;HapScore=1;MGOF=42;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=48;PP=1117;ReadPosRankSum=0.138;SC=AGAGAGAGCCTTCCGCTGTGA;SOR=0.372;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=259;TCF=137;TCR=122;TR=97;WE=48387293;WS=48387244;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:141,143:0.50:284
chr11	48387278	rs139139147	C	CACTGTCCTTCTGT	1042.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.776;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=290;ExcessHet=3.0103;FS=31.003;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.63;ReadPosRankSum=-2.551;SOR=2.737;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:253,34:0.12:287
chr11	48387284	.	G	GAGTCTTTAGTA	631.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.351;ClippingRankSum=0.000;DP=305;ExcessHet=3.0103;FS=14.957;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.11;ReadPosRankSum=-0.018;SOR=2.039;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:275,24:0.08:299
chr11	48387301	rs76220342	G	A	2506.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.383;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=392;ExcessHet=3.0103;FS=0.858;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.43;ReadPosRankSum=-2.488;SOR=0.768;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:281,109:0.28:390
chr11	48387335	rs73460769	C	A	2324.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.236;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=463;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.730;HP=2;HapScore=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=38;PP=1316;ReadPosRankSum=-1.144;SC=AATGAGCATACACATCAGCCC;SOR=0.524;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=309;TCF=184;TCR=125;TR=97;WE=48387343;WS=48387325;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:316,139:0.31:455
chr11	48387370	rs73460772	A	G	4395.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.785;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=569;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=78;NR=57;PP=1791;ReadPosRankSum=1.253;SC=CAAAGAGTCCAAAGACGTGAG;SOR=0.654;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=379;TCF=213;TCR=166;TR=135;WE=48387378;WS=48387360;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:334,228:0.41:562
chr11	48387424	rs61917478	G	T	4935.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-3.735;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=646;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.533;HP=3;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=92;NR=82;PP=2354;ReadPosRankSum=0.007;SC=GGTCACAGATGAAATGGTCAA;SOR=0.632;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=446;TCF=244;TCR=202;TR=174;WE=48387432;WS=48387414;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:378,252:0.40:630
chr11	48387490	rs77144540	G	A	9229.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.414;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=753;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.149;HP=1;HapScore=1;MGOF=34;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=87;NR=92;ReadPosRankSum=1.030;SC=GAATCAGAGCGTGAAGAAATC;SOR=0.674;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=484;TCF=248;TCR=236;TR=179;WE=48387498;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:485,263:0.35:748
chr11	48387506	rs72898882	A	G	10074.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.596;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=783;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.160;HP=3;HapScore=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=87;NR=94;PP=2796;ReadPosRankSum=0.342;SC=AAATCCCCCGACCCATGCCAT;SOR=0.714;SbPval=0.43;Source=Platypus;TCF=253;TR=181;WE=48387514;WS=48387496;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:509,272:0.35:781
chr11	48387526	rs78378263	G	T	8900.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.304;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=741;ExcessHet=3.0103;FS=0.553;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.06;ReadPosRankSum=0.851;SOR=0.703;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:496,242:0.33:738
chr11	48387535	rs72898883	T	C	8804.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.381;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=737;ExcessHet=3.0103;FS=1.179;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.00;ReadPosRankSum=-0.226;SOR=0.747;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:491,243:0.33:734
chr11	48387540	rs72898885	G	T	8328.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.638;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=725;ExcessHet=3.0103;FS=0.561;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.52;ReadPosRankSum=0.350;SOR=0.760;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:491,232:0.32:723
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chr11	48387582	rs75027745	C	T	6558.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.203;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=672;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.79;ReadPosRankSum=-0.165;SOR=0.688;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:478,192:0.29:670
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chr11	48387668	rs10769651	C	G	3245.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.004;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=650;ExcessHet=3.0103;FS=0.623;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.24;ReadPosRankSum=2.221;SOR=0.603;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:477,142:0.23:619
chr11	48387679	rs76209049	A	G	6599.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=2.333;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=626;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.215;HP=2;HapScore=1;MGOF=47;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=74;PP=2962;ReadPosRankSum=1.705;SC=CACTGAAGGAAATAGTTTTCT;SOR=0.583;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=408;TCF=184;TCR=224;TR=136;WE=48387697;WS=48387658;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:433,185:0.30:618
chr11	48387683	rs67755516	GT	G	6688.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.284;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=619;ExcessHet=3.0103;FS=1.914;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.95;ReadPosRankSum=1.364;SOR=0.542;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:423,188:0.31:611
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chr11	48387705	rs34926479	C	T	7134.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.789;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=633;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.163;HP=3;HapScore=1;MGOF=56;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=79;NR=72;PP=2074;ReadPosRankSum=0.807;SC=GTGAGTAAGTCAAATATCATT;SOR=0.799;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=418;TCF=213;TCR=205;TR=151;WE=48387713;WS=48387695;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:410,217:0.35:627
chr11	48387737	rs73460780	G	C	8685.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.693;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=644;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.535;HP=1;HapScore=1;MGOF=51;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=87;NR=72;PP=2422;ReadPosRankSum=0.739;SC=GGTAGAAGAGGAGCAGCCATC;SOR=0.773;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=438;TCF=236;TCR=202;TR=159;WE=48387745;WS=48387727;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:388,248:0.39:636
chr11	48387757	rs74557904	A	C	10155.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.225;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=644;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=45;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=92;NR=85;PP=2962;ReadPosRankSum=0.264;SC=CTATGAAGGAAAAGAAAGACA;SOR=0.710;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=442;TCF=233;TCR=209;TR=177;WE=48387797;WS=48387747;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:375,264:0.41:639
chr11	48387780	rs76329018	C	T	10853.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.854;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=659;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.57;ReadPosRankSum=-0.832;SOR=0.699;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:369,286:0.44:655
chr11	48387789	rs80222485	C	G	7200.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.059;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=662;ExcessHet=3.0103;FS=0.525;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.94;ReadPosRankSum=-0.125;SOR=0.623;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:374,284:0.43:658
chr11	48387825	rs75650204	T	G	11047.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.158;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=726;ExcessHet=3.0103;FS=0.527;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.32;ReadPosRankSum=0.860;SOR=0.653;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:419,302:0.42:721
chr11	48387833	rs79515387	T	C	11017.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.147;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=717;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.45;ReadPosRankSum=1.296;SOR=0.658;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:422,291:0.41:713
chr11	48387850	rs73460781	G	T	10246.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.546;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=718;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.530;HP=3;HapScore=1;MGOF=63;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=91;NR=94;PP=2550;ReadPosRankSum=0.551;SC=TGGTGAGAAAGTAGATGAGTG;SOR=0.652;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=472;TCF=231;TCR=241;TR=185;WE=48387858;WS=48387840;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:426,288:0.40:714
chr11	48387890	rs74623688	T	C	8518.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.030;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=636;ExcessHet=3.0103;FS=0.542;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.46;ReadPosRankSum=-0.809;SOR=0.776;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:397,236:0.37:633
chr11	48387894	rs75065468	C	T	8647.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.327;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=629;ExcessHet=3.0103;FS=0.543;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.81;ReadPosRankSum=-0.783;SOR=0.756;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:394,232:0.37:626
chr11	48387900	rs74338058	G	A	8323.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.521;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=622;ExcessHet=3.0103;FS=0.547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.45;ReadPosRankSum=-0.050;SOR=0.782;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:397,222:0.36:619
chr11	48387917	rs66829866	AT	A	7549.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.800;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=561;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=66;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=80;PP=2954;ReadPosRankSum=-0.343;SC=GCCAAGCAAGATGAATTCCGT;SOR=0.693;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=270;TCF=43;TCR=227;TR=93;WE=48387938;WS=48387907;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:360,198:0.35:558
chr11	48387919	rs114441034	G	A	7303.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.414;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=554;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.852;HP=2;HapScore=1;MGOF=66;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=79;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.106;SC=CAAGCAAGATGAATTCCGTTA;SOR=0.816;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=363;TCF=140;TCR=223;TR=124;WE=48387938;WS=48387907;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:357,194:0.35:551
chr11	48387930	rs75939575	T	C	6233.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.032;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=515;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.564;HP=1;HapScore=1;MGOF=66;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=80;PP=2962;ReadPosRankSum=0.720;SC=AATTCCGTTATGTTGTTCACT;SOR=0.794;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=358;TCF=134;TCR=224;TR=125;WE=48387938;WS=48387907;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:341,172:0.34:513
chr11	48387945	rs139770813	C	CCA	5405.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=3.185;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=457;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=61;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=69;PP=2954;ReadPosRankSum=1.284;SC=TTCACTTGCTCGAAATCCAGT;SOR=0.747;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=234;TCF=31;TCR=203;TR=80;WE=48387968;WS=48387935;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:310,145:0.32:455
chr11	48387946	rs114053360	G	T	5246.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.008;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=452;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.574;HP=3;HapScore=1;MGOF=61;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=66;PP=2962;ReadPosRankSum=1.316;SC=TCACTTGCTCGAAATCCAGTT;SOR=0.797;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=321;TCF=118;TCR=203;TR=103;WE=48387968;WS=48387935;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:309,141:0.31:450
chr11	48387960	rs79688019	T	C	4431.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=4.331;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=389;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.404;HP=2;HapScore=1;MGOF=61;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=66;PP=2962;ReadPosRankSum=0.216;SC=TCCAGTTTGGTATTTGGATAA;SOR=0.730;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=285;TCF=97;TCR=188;TR=99;WE=48387968;WS=48387935;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:265,124:0.32:389
chr11	48387978	rs78160589	T	A	3658.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.144;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=322;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.36;ReadPosRankSum=-0.019;SOR=0.666;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:222,100:0.31:322
chr11	48387983	rs75819836	T	C	3502.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.545;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=302;ExcessHet=3.0103;FS=0.967;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.60;ReadPosRankSum=-1.693;SOR=0.761;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:201,101:0.33:302
chr11	48388047	rs75982328	T	C	1431.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.781;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FS=7.209;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.32;ReadPosRankSum=-0.187;SOR=0.214;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:62,38:0.38:100
chr11	48388047	.	TTA	CTG	1358	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;FR=0.5000;HP=1;HapScore=1;MGOF=68;MMLQ=28;MQ=59.94;NF=7;NR=24;PP=1358;QD=45.5312217697;SC=TTGGTCAGGATTATTTTCTGT;SbPval=0.26;Source=Platypus;TC=85;TCF=14;TCR=71;TR=31;WE=48388057;WS=48388037;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:54,31:0.36:85
chr11	48388049	rs77697332	A	G	1431.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.205;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FS=5.393;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.32;ReadPosRankSum=-1.000;SOR=0.269;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:62,38:0.38:100
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chr11	48388526	rs77473022	A	G	1140.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.132;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FS=1.360;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.63;ReadPosRankSum=0.174;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:43,30:0.41:73
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chr11	48388544	rs74346885	T	C	1665.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.561;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FS=2.455;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.86;ReadPosRankSum=-0.575;SOR=0.390;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:61,44:0.42:105
chr11	48388553	rs80082776	C	G	2046.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.419;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FS=2.052;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.24;ReadPosRankSum=-0.702;SOR=0.469;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:73,53:0.42:126
chr11	48388563	rs77148147	CT	AG	2396.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.635;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FS=2.618;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.67;ReadPosRankSum=-0.180;SOR=0.955;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:91,62:0.41:153
chr11	48388567	rs79767657	A	C	2399.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.575;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FS=7.222;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.03;ReadPosRankSum=0.869;SOR=1.343;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:106,65:0.38:171
chr11	48388571	rs79079495	C	T	2640.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.386;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FS=6.432;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.05;ReadPosRankSum=1.227;SOR=1.253;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:119,69:0.37:188
chr11	48388583	rs77992774	A	T	2816.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.966;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=246;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.865;HP=2;HapScore=1;MGOF=50;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=12;PP=2962;ReadPosRankSum=1.415;SC=GTTAGATTTGAGAATTTATGC;SOR=1.341;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=180;TCF=136;TCR=44;TR=70;WE=48388591;WS=48388532;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:159,87:0.35:246
chr11	48388610	rs79108820	T	G	4677.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.152;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=368;ExcessHet=3.0103;FS=5.135;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.71;ReadPosRankSum=1.533;SOR=0.970;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:243,125:0.34:368
chr11	48388612	rs76366705	T	C	4749.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.936;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=380;ExcessHet=3.0103;FS=5.754;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.50;ReadPosRankSum=1.305;SOR=0.983;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:250,130:0.34:380
chr11	48388614	rs146852809	T	C	4896.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.989;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=387;ExcessHet=3.0103;FS=4.230;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.69;ReadPosRankSum=1.303;SOR=0.918;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:254,132:0.34:386
chr11	48388621	rs75849499	ACA	GTC	5211.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.668;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=416;ExcessHet=3.0103;FS=2.682;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.56;ReadPosRankSum=1.240;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:274,141:0.34:415
chr11	48388641	rs80267937	G	A	7576.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.172;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=535;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.540;HP=2;HapScore=1;MGOF=71;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=73;NR=47;PP=1429;ReadPosRankSum=-1.724;SC=ACTTCTGGAAGCATATCCTGG;SOR=0.743;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=332;TCF=192;TCR=140;TR=120;WE=48388649;WS=48388631;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:337,196:0.37:533
chr11	48388657	rs80000751	G	A	8233.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.146;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=591;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=66;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=71;NR=60;PP=1654;ReadPosRankSum=-1.284;SC=CCTGGAAGAGGATAAAACAGC;SOR=0.675;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=355;TCF=190;TCR=165;TR=131;WE=48388665;WS=48388647;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:370,219:0.37:589
chr11	48388681	rs76712816	G	A	9252.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.042;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=657;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=61;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=70;NR=71;PP=1733;ReadPosRankSum=0.797;SC=ATGCAAGGCAGCATTCCCCAG;SOR=0.669;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=367;TCF=176;TCR=191;TR=141;WE=48388689;WS=48388671;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:406,247:0.38:653
chr11	48388698	rs77483743	C	T	8960.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.629;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=629;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=54;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=73;PP=1761;ReadPosRankSum=1.955;SC=CCAGATGTATCTGAAACTTTA;SOR=0.732;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=356;TCF=158;TCR=198;TR=133;WE=48388706;WS=48388688;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:386,239:0.38:625
chr11	48388717	rs78132200	T	C	8140.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.372;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=554;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.773;HP=1;HapScore=1;MGOF=48;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=1.717;NF=48;NR=80;PP=1980;ReadPosRankSum=1.576;SC=TAGAATTCACTTGGAGAACTG;SOR=0.847;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=337;TCF=138;TCR=199;TR=128;WE=48388725;WS=48388707;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:327,223:0.41:550
chr11	48388782	rs76039310	A	G	2003.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.380;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.479;HP=2;HapScore=1;MGOF=36;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=1.643;NF=19;NR=50;PP=1160;ReadPosRankSum=0.228;SC=AAGGATGACTATGAAAAATTA;SOR=0.531;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=171;TCF=44;TCR=127;TR=69;WE=48388790;WS=48388772;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:128,96:0.43:224
chr11	48388833	rs73460789	A	C	710.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=3.854;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.989;HP=6;HapScore=2;MGOF=42;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.703;NF=1;NR=24;PP=659;ReadPosRankSum=-0.030;SC=GGTGAGGGAAAAAAAGCACCA;SOR=1.248;SbPval=0.93;Source=Platypus;TC=64;TCF=7;TCR=57;TR=25;WE=48388841;WS=48388823;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,28:0.42:67
chr11	48453787	rs4882063	G	A	2258.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=0.122;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=300;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.396;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-1.498;NF=31;NR=24;PP=709;ReadPosRankSum=-2.130;SC=TACCTGAAATGTCCTTTCTAC;SOR=0.781;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=169;TCF=94;TCR=75;TR=55;WE=48453795;WS=48453777;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:176,122:0.41:298
chr11	48510654	rs7103557	A	C	5455.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.779;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=576;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-4.068;NF=94;NR=87;PP=2847;ReadPosRankSum=-0.119;SC=TATCGAGCACATTTTCGGTGG;SOR=0.730;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=365;TCF=187;TCR=178;TR=181;WE=48510662;WS=48510644;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:286,275:0.49:561
chr11	48510777	rs7103992	G	A	3697.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.416;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=322;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.086;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.462;NF=42;NR=65;PP=1809;ReadPosRankSum=0.614;SC=GCTGCTGGTAGTGTCCTGGGT;SOR=0.970;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=221;TCF=100;TCR=121;TR=107;WE=48510785;WS=48510767;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:148,169:0.53:317
chr11	48997592	rs1813231	C	T	2576.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=17;NR=57;PP=1678;SC=ATGTAATTAACAGAAATTAGA;SOR=2.102;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=74;TCF=17;TCR=57;TR=74;WE=48997600;WS=48997582;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr11	48998688	rs7113308	A	G	2444.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.157;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=263;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.103;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=45;PP=1254;ReadPosRankSum=1.358;SC=CCTGCACTGAACTCTGGATTC;SOR=0.563;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=158;TCF=68;TCR=90;TR=83;WE=48998696;WS=48998678;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:134,122:0.48:256
chr11	49000423	rs1965370	C	G	2325.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=59;NR=10;PP=1750;SC=TCAGTCCGTACCTGGAATAGC;SOR=3.383;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=69;TCF=59;TCR=10;TR=69;WE=49000431;WS=49000414;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr11	49000522	rs1963629	C	T	8822.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=332;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=110;NR=89;PP=2965;SC=GCTTTGCTTTCATTGAGTTGC;SOR=0.815;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=199;TCF=110;TCR=89;TR=199;WE=49000530;WS=49000512;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,327:1.00:327
chr11	49002343	rs9783302	T	G	2077.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=44;NR=10;PP=1307;SC=CAAGTGTTTTTTCCTTGTTTG;SOR=2.406;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=54;TCF=44;TCR=10;TR=54;WE=49002351;WS=49002333;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr11	49056627	rs60632912	C	CT	1957.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.104;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=240;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.46;MQRankSum=2.119;QD=9.11;ReadPosRankSum=1.097;SOR=0.668;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:69,146:0.68:215
chr11	49059362	rs2696914	C	A	12185.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=2.229;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=479;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=-0.663;NF=126;NR=184;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.956;SC=CTCCCCACTTCTGCTGCAATA;SOR=0.746;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=311;TCF=127;TCR=184;TR=310;WE=49059370;WS=49059352;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,473:1.00:474
chr11	49075605	rs2851535	G	A	7464.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=288;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=105;NR=87;PP=2965;SC=AATGCTTGCCGGAGGTGAATG;SOR=0.829;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=195;TCF=107;TCR=88;TR=192;WE=49075613;WS=49075595;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,280:1.00:280
chr11	49076898	rs7932199	T	G	1216.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.777;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=13;PP=635;ReadPosRankSum=-0.209;SC=ACTCCAGTTATGCACCATGAA;SOR=0.693;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=93;TCF=62;TCR=31;TR=41;WE=49076906;WS=49076888;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,54:0.50:108
chr11	49076963	rs34650085	C	CAA,CAAA	5964.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.572;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=237;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=59.98;MQRankSum=0.251;QD=25.60;ReadPosRankSum=0.130;SOR=0.735;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:10,180,43:0.77,0.18:233
chr11	49077012	rs2773242	C	T	2475.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.353;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=279;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.006;HP=2;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.087;NF=36;NR=51;PP=1161;ReadPosRankSum=0.115;SC=GCTAATCACACAGTCATATGA;SOR=0.834;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=172;TCF=75;TCR=97;TR=87;WE=49077020;WS=49077002;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:147,131:0.47:278
chr11	49077889	rs36015501	AT	A	7775.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.877;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=363;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=-18.690;NF=42;NR=101;PP=2983;ReadPosRankSum=0.157;SC=CAGAAATAGCATTTTTTTTAG;SOR=0.436;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=154;TCF=44;TCR=110;TR=143;WE=49077897;WS=49077879;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,348:0.99:351
chr11	49079350	rs1819409	A	G	166.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.791;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.78;ReadPosRankSum=1.203;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,9:0.47:19
chr11	49080565	rs7932738	A	C	2659.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.258;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=272;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.438;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=44;PP=1070;ReadPosRankSum=1.768;SC=GGCCTGCAAAAGCTGTGCACA;SOR=0.663;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=162;TCF=88;TCR=74;TR=94;WE=49080573;WS=49080555;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:135,137:0.50:272
chr11	49080616	rs60452246	T	C	2780.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.420;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=297;ExcessHet=3.0103;FS=3.142;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.39;ReadPosRankSum=-0.216;SOR=0.525;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:150,146:0.49:296
chr11	49080677	rs34947092	T	TA	364.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.149;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FS=0.998;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.10;ReadPosRankSum=-1.674;SOR=0.526;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:58,31:0.35:89
chr11	49138552	rs11040259	C	A	2332.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-1.314;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-1.222;NF=61;NR=28;PP=1389;ReadPosRankSum=1.363;SC=GGTTTGTGACCTGTCCCTGAT;SOR=0.722;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=177;TCF=118;TCR=59;TR=89;WE=49138560;WS=49138542;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:108,110:0.50:218
chr11	49145048	rs6485962	T	G	365.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=2.087;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-5.169;NF=4;NR=14;PP=303;ReadPosRankSum=1.603;SC=CACTAGAAAATAAAATATAGT;SOR=0.578;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=41;TCF=9;TCR=32;TR=18;WE=49145056;WS=49145038;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,17:0.43:40
chr11	49145838	rs7933115	C	T	2879.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.023;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=325;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.424;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-14.023;NF=59;NR=45;PP=1579;ReadPosRankSum=-0.805;SC=TTTCCTGGTGCCTCCTACAGA;SOR=0.854;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=205;TCF=111;TCR=94;TR=104;WE=49145846;WS=49145828;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:176,142:0.45:318
chr11	49168300	rs595139	G	A	3085.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.853;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=313;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.937;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-1.209;NF=58;NR=37;PP=1633;ReadPosRankSum=1.361;SC=ATTCTCTAAAGAATCCTCTTA;SOR=0.572;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=198;TCF=126;TCR=72;TR=95;WE=49168308;WS=49168290;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:156,149:0.49:305
chr11	49168612	rs598841	T	C	1027.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.246;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.646;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.230;NF=6;NR=28;PP=643;ReadPosRankSum=0.688;SC=AACAAGCCACTTGTCAACTGA;SOR=0.197;SbPval=0.21;Source=Platypus;TC=61;TCF=7;TCR=54;TR=34;WE=49168620;WS=49168602;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,43:0.57:75
chr11	49170334	rs202694	T	C	2833.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=23;NR=62;PP=1964;SC=ATGTTTCTACTCAGAAAATAA;SOR=1.755;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=85;TCF=23;TCR=62;TR=85;WE=49170342;WS=49170324;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr11	49176057	rs2988340	C	T	708.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.649;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.738;HP=8;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-5.195;NF=16;NR=27;PP=580;ReadPosRankSum=1.500;SC=ACAGAAAAAACAACAAAACAT;SOR=0.579;SbPval=0.17;Source=Platypus;TC=127;TCF=35;TCR=92;TR=43;WE=49176065;WS=49176047;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:92,39:0.30:131
chr11	49176945	rs202689	A	G	359.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=2.275;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.091;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.523;NF=12;NR=1;PP=251;ReadPosRankSum=0.025;SC=ATCTGGGAAGAATAGCCCATG;SOR=1.705;SbPval=0.92;Source=Platypus;TC=27;TCF=22;TCR=5;TR=13;WE=49176953;WS=49176935;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,15:0.52:29
chr11	49192667	rs10839236	C	T	1496.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.640;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.957;HP=4;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.582;NF=39;NR=13;PP=884;ReadPosRankSum=3.153;SC=ATATTCACTTCTTATTTTTAT;SOR=0.536;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=81;TCF=62;TCR=19;TR=52;WE=49192675;WS=49192657;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,63:0.68:92
chr11	49192690	rs202719	T	C	918.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.716;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.346;HP=5;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-3.046;NF=30;NR=11;PP=673;ReadPosRankSum=-1.257;SC=GCTTGGCAAATAAGTCCTGGC;SOR=0.994;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=110;TCF=77;TCR=33;TR=41;WE=49192698;WS=49192680;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:89,49:0.36:138
chr11	49192905	rs34828796	GA	G	810.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.219;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FS=4.704;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.44;MQRankSum=-0.410;QD=7.11;ReadPosRankSum=-1.270;SOR=1.343;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:45,69:0.61:114
chr11	49194894	rs175849	G	A	834.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.343;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.598;NF=24;NR=11;PP=516;ReadPosRankSum=0.381;SC=TTTTCTTGCTGTTTGTTTGTA;SOR=0.718;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=87;TCF=60;TCR=27;TR=35;WE=49194902;WS=49194884;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,43:0.38:113
chr11	49195090	rs202718	T	C	2589.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.364;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=57.96;MQRankSum=-0.463;QD=25.14;ReadPosRankSum=-1.615;SOR=2.584;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,102:0.99:103
chr11	49195128	rs67031327	AG	A	157.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.404;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.29;ReadPosRankSum=0.421;SOR=0.589;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,17:0.35:48
chr11	49195129	rs67031328	G	A	613.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.794;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.79;ReadPosRankSum=0.395;SOR=0.802;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,27:0.56:48
chr11	49196332	rs4929893	CG	TC	888.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.401;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.796;HP=2;HapScore=2;JOINED;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=3.036;NF=19;NR=2;PP=914;ReadPosRankSum=0.420;SC=CGATTTTCTTCGTTTGTTTGT;SOR=0.362;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=44;TCF=41;TCR=3;TR=21;WE=49196341;WS=49196328;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,24:0.48:50
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chr11	49196652	rs202715	C	T	974.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=28;PP=756;SC=AAACTGAAAACTGATTAACAG;SOR=5.486;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=28;TCF=0;TCR=28;TR=28;WE=49196660;WS=49196642;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr11	49207315	rs182169	A	G	585.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=5.013;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.339;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-9.584;NF=14;NR=21;PP=539;ReadPosRankSum=-0.419;SC=GATTCCAACCATCTGGATAGG;SOR=1.024;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=120;TCF=53;TCR=67;TR=35;WE=49207323;WS=49207305;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:136,38:0.22:174
chr11	49214499	rs4315497	G	A	346.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-1.254;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.874;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-1.924;NF=5;NR=10;PP=170;ReadPosRankSum=-0.387;SC=TTTGATTACTGTAATCAAACA;SOR=0.336;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=37;TCF=11;TCR=26;TR=15;WE=49214507;WS=49214489;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,19:0.45:42
chr11	49221885	rs202680	T	A	3317.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.536;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=412;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-19.065;NF=56;NR=51;PP=1540;ReadPosRankSum=0.567;SC=CATCATAATGTGCTAGCTCAA;SOR=0.703;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=252;TCF=134;TCR=118;TR=107;WE=49221893;WS=49221875;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:233,172:0.42:405
chr11	49227488	rs202677	G	A	221.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-1.419;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.979;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=9;NR=0;PP=175;ReadPosRankSum=2.015;SC=CAGATGAAATGTGATCCAAGA;SOR=2.494;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=13;TCR=1;TR=9;WE=49227496;WS=49227478;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,9:0.60:15
chr11	49227620	rs202676	A	G	2024.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.350;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.889;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.541;NF=37;NR=25;PP=945;ReadPosRankSum=1.673;SC=TGTACTTACTATAAGAACTTC;SOR=0.546;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=121;TCF=72;TCR=49;TR=62;WE=49227628;WS=49227610;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,96:0.55:175
chr11	49229500	rs111891603	C	CAAACAAAACA	2069.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.829;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FS=7.941;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.23;MQRankSum=2.140;QD=19.90;ReadPosRankSum=1.654;SOR=1.487;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:49,55:0.53:104
chr11	49312058	rs10769571	G	A	491.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=0.085;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-1.397;NF=5;NR=16;PP=394;ReadPosRankSum=-2.584;SC=AAATCAATAGGAAAAGCTAGA;SOR=0.482;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=41;TCF=8;TCR=33;TR=21;WE=49312066;WS=49312048;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,21:0.50:42
chr11	49329552	rs1164670	G	A	12223.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.778;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=463;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=-1.301;NF=167;NR=150;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.057;SC=TGGAAATCCGGATGGTCAAAG;SOR=0.789;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=320;TCF=168;TCR=152;TR=317;WE=49329560;WS=49329542;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,455:1.00:457
chr11	49356400	rs34397343	GT	G	186.80	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.49;ReadPosRankSum=-2.361;SOR=1.863;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,17:0.77:22
chr11	49372872	rs3915110	G	A	2890.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.454;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=340;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.395;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=-10.163;NF=44;NR=56;PP=1235;ReadPosRankSum=0.981;SC=TGATGAGGCAGTGGGCATAGT;SOR=0.661;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=229;TCF=101;TCR=128;TR=100;WE=49372880;WS=49372862;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:186,153:0.45:339
chr11	49400965	rs3974576	T	C	2310.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.713;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FS=1.176;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.87;MQRankSum=-5.453;QD=12.70;ReadPosRankSum=0.006;SOR=0.806;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:72,110:0.60:182
chr11	49401125	rs7102702	T	G	516.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.498;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=15;PP=320;ReadPosRankSum=1.319;SC=ATCAGACAGCTGTGTTATGCC;SOR=0.593;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=37;TCF=8;TCR=29;TR=20;WE=49401133;WS=49401115;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,24:0.48:50
chr11	49437005	rs11040359	G	T	221.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-2.413;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=0;PP=136;ReadPosRankSum=-1.553;SC=GGATTATAAGGTACTTTCAGG;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=16;TCR=0;TR=8;WE=49437013;WS=49436999;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,10:0.50:20
chr11	49454956	rs59892235	CT	C	390.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.094;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=1.453;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.91;MQRankSum=0.000;QD=8.31;ReadPosRankSum=0.026;SOR=1.112;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,37:0.79:47
chr11	49597799	rs7131345	C	T	11205.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=418;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=178;NR=105;PP=2965;SC=TGTCCTAAAACGGTCCTTCTG;SOR=1.146;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=284;TCF=179;TCR=105;TR=283;WE=49597807;WS=49597789;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,417:1.00:417
chr11	49598178	rs7101761	G	A	4825.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.516;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=432;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.093;HP=2;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-4.332;NF=90;NR=73;PP=2654;ReadPosRankSum=1.157;SC=AGGGCTTGGTGTGCTCTGTGG;SOR=0.789;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=303;TCF=167;TCR=136;TR=163;WE=49598186;WS=49598168;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:205,224:0.52:429
chr11	49598207	rs3750925	T	C	5033.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.750;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=429;ExcessHet=3.0103;FS=0.522;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.94;MQRankSum=-2.605;QD=11.79;ReadPosRankSum=0.619;SOR=0.749;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:199,228:0.53:427
chr11	49598207	.	TCT	CCC	2689	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MMLQ=23;MQ=55.87;NF=81;NR=76;PP=2689;QD=20;SC=TCCTCTTCCTTCTGCTCCAAG;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=309;TCF=163;TCR=146;TR=157;WE=49598217;WS=49598197;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:152,157:0.51:309
chr11	49598209	rs7939515	T	C	15912.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=443;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=163;NR=147;PP=2580;SC=CTCTTCCTTCTGCTCCAAGAA;SOR=0.783;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=314;TCF=166;TCR=148;TR=310;WE=49598217;WS=49598197;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,441:1.00:441
chr11	49637416	rs7125677	A	G	1300.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=44;PP=1219;SC=ATGCTAAAATACCCTTAATGA;SOR=3.767;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=48;TCF=4;TCR=44;TR=48;WE=49637424;WS=49637406;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr11	49729155	rs7934809	G	A	506.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-3.432;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.008;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-6.354;NF=19;NR=1;PP=370;ReadPosRankSum=-1.067;SC=TTTTGAAGCAGTACTCCTGCT;SOR=1.230;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=47;TCF=43;TCR=4;TR=20;WE=49729163;WS=49729145;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,21:0.42:50
chr11	49729299	rs67084465	AC	A	3935.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.246;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=347;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.288;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.463;NF=10;NR=47;PP=1783;ReadPosRankSum=-0.981;SC=TCTCATCAACACCCCAACTGG;SOR=0.781;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=133;TCF=25;TCR=108;TR=57;WE=49729307;WS=49729289;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:190,150:0.44:340
chr11	49813442	rs7943083	A	G	429.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=21;NR=4;PP=546;SC=GGACCCTGCGACCTTCCGCAG;SOR=3.912;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=26;TCF=21;TCR=5;TR=25;WE=49813450;WS=49813432;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr11	49813497	rs149711026	CT	C	279.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.112;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.42;MQRankSum=0.000;QD=9.65;ReadPosRankSum=1.735;SOR=0.416;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,15:0.52:29
chr11	49813637	rs11530434	A	G	1457.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=1.496;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.626;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=-0.511;NF=10;NR=39;PP=1121;ReadPosRankSum=-0.132;SC=CTTGTGAGAGACACAACGGTA;SOR=2.970;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=51;TCF=11;TCR=40;TR=49;WE=49813645;WS=49813627;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,51:0.96:53
chr11	49829193	rs35198519	AT	A	2922.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.601;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=402;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.146;HP=10;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.967;NF=19;NR=62;PP=1097;ReadPosRankSum=0.381;SC=ACGTATTTCTATTTTTTTTTA;SOR=0.765;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=153;TCF=37;TCR=116;TR=81;WE=49829201;WS=49829183;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:207,186:0.47:393
chr11	49974371	rs28662375	G	A	14204.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=530;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=185;NR=146;PP=2965;SC=CTATACCACCGTCATGAAGCA;SOR=0.838;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=331;TCF=185;TCR=146;TR=331;WE=49974379;WS=49974361;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,528:1.00:528
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chr11	51516144	rs11246609	A	G	1395.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=5.471;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.424;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-6.652;NF=39;NR=28;PP=1223;ReadPosRankSum=-4.284;SC=TATACCTTGAAGAATGCCCAG;SOR=1.270;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=165;TCF=92;TCR=73;TR=67;WE=51516165;WS=51516134;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:157,71:0.31:228
chr11	55111238	rs11229158	C	A	1886.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.833;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=41;PP=938;ReadPosRankSum=-0.790;SC=ACTGTTGTGCCTTGACACCTA;SOR=0.720;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=123;TCF=43;TCR=80;TR=62;WE=55111246;WS=55111228;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,90:0.51:176
chr11	55111584	rs10896659	A	T	418.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.062;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.056;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=11;PP=217;ReadPosRankSum=-1.156;SC=TGGTGTGAAAAGTTAAGTATA;SOR=0.859;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=39;TCF=14;TCR=25;TR=16;WE=55111592;WS=55111574;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,22:0.41:54
chr11	55135435	rs1425193	C	T	1297.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.707;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=21;PP=621;ReadPosRankSum=-1.833;SC=GAGTCCAACACCTTCAGAAGA;SOR=0.710;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=100;TCF=54;TCR=46;TR=46;WE=55135443;WS=55135425;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,68:0.46:148
chr11	55322211	rs9804659	A	G	3940.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.147;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=359;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.814;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=74;PP=2172;ReadPosRankSum=-1.653;SC=ATGTGACAAAAACCATCTCTT;SOR=0.631;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=240;TCF=104;TCR=136;TR=134;WE=55322219;WS=55322201;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:163,186:0.53:349
chr11	55339652	rs1459101	C	T	4799.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.473;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=482;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=84;NR=89;PP=2428;ReadPosRankSum=-0.566;SC=TGGATTGACACAGGATCCTTT;SOR=0.693;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=337;TCF=166;TCR=171;TR=173;WE=55339660;WS=55339642;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:240,238:0.50:478
chr11	55339798	rs557667	C	T	7195.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.246;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=734;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.522;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=127;NR=93;PP=2962;ReadPosRankSum=1.730;SC=TCTACTTATCCTTATCTGATA;SOR=0.731;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=462;TCF=263;TCR=199;TR=220;WE=55339806;WS=55339788;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:378,350:0.48:728
chr11	55339829	rs557590	A	G	21704.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.163;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=826;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=273;NR=242;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.985;SC=TACTTCCATAACCCCTAGAAT;SOR=0.415;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=517;TCF=274;TCR=243;TR=515;WE=55339837;WS=55339819;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,812:1.00:815
chr11	55340379	rs559449	T	C	6608.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.058;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=635;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.519;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=77;NR=102;PP=2935;ReadPosRankSum=-0.470;SC=TACACATGCCTTGCAACCGTA;SOR=0.750;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=372;TCF=168;TCR=204;TR=179;WE=55340387;WS=55340369;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:314,317:0.50:631
chr11	55371381	rs75423534	G	A	5633.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.790;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=78;PP=2965;ReadPosRankSum=0.572;SC=AGGATAATCTGAGCTGTAGAG;SOR=0.892;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=142;TCF=61;TCR=81;TR=138;WE=55371389;WS=55371371;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:6,207:0.97:213
chr11	55433040	rs11230600	T	C	2193.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.152;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.221;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=51;PP=1437;ReadPosRankSum=-1.372;SC=TACACGATCATCATGAGTCCA;SOR=0.920;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=162;TCF=58;TCR=104;TR=75;WE=55433048;WS=55433030;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:110,97:0.47:207
chr11	55541098	rs297118	G	A	11656.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=435;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=158;NR=153;PP=2965;SC=ACAATCATGTGCTTTTTCCTT;SOR=0.707;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=311;TCF=158;TCR=153;TR=311;WE=55541106;WS=55541088;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,423:1.00:423
chr11	55541284	rs11230983	G	A	7396.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.050;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=729;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=110;NR=129;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.910;SC=GCTTATGACCGTTTTGTGGCA;SOR=0.680;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=458;TCF=213;TCR=245;TR=239;WE=55541292;WS=55541274;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:354,364:0.51:718
chr11	55563776	rs297054	T	G	15991.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=574;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=182;NR=210;PP=2965;SC=CCACCTGACTTCTATCACCAT;SOR=0.792;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=393;TCF=182;TCR=211;TR=392;WE=55563784;WS=55563766;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,573:1.00:573
chr11	55563900	rs297055	T	C	4057.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.593;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=463;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=78;PP=1759;ReadPosRankSum=-2.155;SC=CTGAACCCTCTGATCTACAGC;SOR=0.666;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=276;TCF=109;TCR=167;TR=131;WE=55563908;WS=55563890;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:245,209:0.46:454
chr11	55587117	rs297082	T	A	3696.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=71;NR=27;PP=2062;SC=TGCTGCTGACTGATAGAAATA;SOR=1.609;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=98;TCF=71;TCR=27;TR=98;WE=55587125;WS=55587107;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,133:1.00:133
chr11	55587511	rs297081	A	G	13247.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=493;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=175;NR=145;PP=2965;SC=CTACACAGTTAACATGTCCCA;SOR=0.825;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=320;TCF=175;TCR=145;TR=320;WE=55587519;WS=55587501;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,482:1.00:482
chr11	55587914	rs55832853	A	G	3295.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-2.382;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=322;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.422;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-3.155;NF=50;NR=45;PP=1421;ReadPosRankSum=1.542;SC=AACTCCAGGCACACAGTCAAA;SOR=0.539;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=214;TCF=100;TCR=114;TR=95;WE=55587922;WS=55587904;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:155,160:0.51:315
chr11	55606302	rs6591699	G	T	8678.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.700;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=338;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=26.38;ReadPosRankSum=-0.911;SOR=0.944;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,327:0.99:329
chr11	55606818	rs11231253	C	T	6782.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.108;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=900;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.531;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=109;NR=96;PP=2959;ReadPosRankSum=-0.126;SC=CTTATCTCAGCCAGTTGCTTC;SOR=0.746;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=529;TCF=280;TCR=249;TR=205;WE=55606826;WS=55606808;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:535,353:0.40:888
chr11	55656437	.	A	AT	248.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.119;ClippingRankSum=0.000;DP=308;ExcessHet=3.0103;FS=2.086;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.94;MQRankSum=-3.358;QD=0.90;ReadPosRankSum=-0.891;SOR=0.919;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:226,51:0.18:277
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chr11	55681494	rs2457239	G	A	8473.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=322;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=122;NR=97;PP=2965;SC=GTATCTGAGCGAGAGAGTAAT;SOR=0.887;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=219;TCF=122;TCR=97;TR=219;WE=55681502;WS=55681484;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,314:1.00:314
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chr11	55682111	rs2940752	T	G	1116.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=25;PP=714;SC=AGAATGACAGTCTAGAACTTG;SOR=2.303;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=5;TCR=25;TR=30;WE=55682119;WS=55682101;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
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chr11	55746891	rs7481466	G	A	4393.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=72;NR=40;PP=2269;SC=AATGGGGAAGGCAACTGTATA;SOR=1.200;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=112;TCF=72;TCR=40;TR=112;WE=55746899;WS=55746881;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,162:1.00:162
chr11	55761221	rs2449134	C	T	2725.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.89;QD=24.34;SOR=0.970;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr11	55761738	rs2128152	T	G	3753.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=57;NR=46;PP=2002;SC=GCCGCATACCTGTCATAGGCC;SOR=0.941;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=103;TCF=57;TCR=46;TR=103;WE=55761746;WS=55761728;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,142:1.00:142
chr11	55762167	rs34270187	CA	C	359.19	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.116;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=4.028;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.94;MQRankSum=0.000;QD=9.71;ReadPosRankSum=-0.080;SOR=0.365;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,30:0.81:37
chr11	55798152	rs1482011	G	A	15018.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-2.285;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=566;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=164;NR=147;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.727;SC=CAAACTTCTTGGCATCCAGGA;SOR=0.249;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=318;TCF=170;TCR=148;TR=311;WE=55798160;WS=55798142;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,561:1.00:562
chr11	55798259	rs12224086	G	T	4747.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=2.841;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=441;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.094;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=87;NR=72;PP=2802;ReadPosRankSum=1.392;SC=GCTTATGACCGCTATGCAGCC;SOR=0.787;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=300;TCF=163;TCR=137;TR=159;WE=55798267;WS=55798249;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:223,212:0.49:435
chr11	55860780	rs1842700	G	A	12659.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=488;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=145;NR=113;PP=2965;SC=CTGAGTTGATGTAAATGGCTG;SOR=0.838;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=258;TCF=145;TCR=113;TR=258;WE=55860788;WS=55860770;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,485:1.00:485
chr11	55872657	rs28681529	A	C	4983.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=4.678;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=492;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-3.136;NF=101;NR=81;PP=2962;ReadPosRankSum=1.866;SC=TGTGGGGATGATATTGATAAT;SOR=0.693;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=351;TCF=192;TCR=159;TR=182;WE=55872665;WS=55872647;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:260,222:0.46:482
chr11	55872876	rs2512961	C	T	19118.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=691;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NR=229;PP=2965;SC=CTCAATGGCCCATGATCGCTA;SOR=0.720;SbPval=0.52;Source=Platypus;TCR=231;WE=55872884;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,689:1.00:689
chr11	55873024	rs2449148	A	G	28335.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=1046;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=350;NR=336;PP=2965;SC=TTGCATTTCTACGACTCAAAC;SOR=0.707;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=692;TCF=351;TCR=341;TR=686;WE=55873032;WS=55873014;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,1039:1.00:1039
chr11	55873334	rs11227212	A	G	3070.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.037;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=278;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.643;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.070;NF=54;NR=46;PP=1663;ReadPosRankSum=-0.875;SC=GAAGAGATCAAGTGGCTTCTG;SOR=0.761;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=195;TCF=101;TCR=94;TR=100;WE=55873342;WS=55873324;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:132,140:0.51:272
chr11	55873368	rs1842696	G	A	7043.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=272;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=90;NR=95;PP=2965;SC=TGTGATTCCCGTGCTGAATCC;SOR=0.755;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=186;TCF=90;TCR=96;TR=185;WE=55873376;WS=55873358;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,266:1.00:266
chr11	55873475	rs2170447	C	T	1704.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.812;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.687;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=34;PP=853;ReadPosRankSum=1.072;SC=AGCAGGAATGCTGAACATTTA;SOR=0.469;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=117;TCF=38;TCR=79;TR=52;WE=55873483;WS=55873465;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,82:0.49:167
chr11	55889790	rs2035408	G	T	4205.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=86;NR=31;PP=2495;SC=GTAGCTGGGAGTACAGGCGCC;SOR=1.826;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=117;TCF=86;TCR=31;TR=117;WE=55889798;WS=55889780;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,149:1.00:149
chr11	55889895	rs61751933	C	T	5755.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.640;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=564;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-3.228;NF=97;NR=81;PP=2591;ReadPosRankSum=-1.063;SC=TTCATCCTTACGGGACTGTCA;SOR=0.677;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=358;TCF=195;TCR=163;TR=178;WE=55889903;WS=55889885;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:279,283:0.50:562
chr11	55890257	rs1842691	C	T	15097.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=532;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=222;NR=208;PP=2965;SC=AGTTATTATGCCCAAAAGGCT;SOR=0.759;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=430;TCF=222;TCR=208;TR=430;WE=55890265;WS=55890247;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,529:1.00:529
chr11	55904382	rs17150102	A	C	5175.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=2.377;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=531;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=87;NR=74;PP=2666;ReadPosRankSum=1.785;SC=AAGCCATCTTATCAGTATCCA;SOR=0.663;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=304;TCF=166;TCR=138;TR=161;WE=55904390;WS=55904372;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:271,252:0.48:523
chr11	55904828	rs11227321	A	G	3640.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.244;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=333;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.222;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=38;PP=1277;ReadPosRankSum=0.380;SC=ATGGCCACATAGCGGTCATAG;SOR=0.423;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=189;TCF=114;TCR=75;TR=85;WE=55904836;WS=55904818;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:155,175:0.53:330
chr11	55905078	rs61742348	C	T	3158.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.002;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=312;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=73;PP=1805;ReadPosRankSum=-1.470;SC=GGTTCCCTGCCATGGTCAGCA;SOR=0.720;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=243;TCF=86;TCR=157;TR=111;WE=55905086;WS=55905068;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:156,143:0.48:299
chr11	55944048	rs10896103	G	C	1150.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=33;NR=6;PP=931;SC=CAAATTATGAGTCTATCTTTT;SOR=3.202;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=39;TCF=33;TCR=6;TR=39;WE=55944056;WS=55944038;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr11	55944275	rs140451661	T	A	7946.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.516;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=807;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.100;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQ=59.99;MQRankSum=-1.437;NF=114;NR=103;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.148;SC=CCCATGTACTTTTTACTCAGC;SOR=0.717;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=448;TCF=222;TCR=226;TR=217;WE=55944283;WS=55944265;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:406,393:0.49:799
chr11	55944474	rs4489763	G	A	3154.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.141;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=298;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.836;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=55;PP=1849;ReadPosRankSum=-1.787;SC=TGGCCATTGTGAGTCCCTTGC;SOR=0.511;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=209;TCF=94;TCR=115;TR=105;WE=55944482;WS=55944464;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:147,146:0.50:293
chr11	55999950	rs12221615	G	C	7134.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-2.468;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=683;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=125;NR=113;PP=2962;ReadPosRankSum=1.492;SC=AAGTAGAAGAGTAGAAGCTGG;SOR=0.711;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=475;TCF=246;TCR=229;TR=238;WE=55999958;WS=55999940;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:339,340:0.50:679
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chr11	56000451	rs11227598	G	A	3058.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.564;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=333;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.308;HP=4;HapScore=2;MGOF=27;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=56;PP=1772;ReadPosRankSum=-0.306;SC=TAGATTGCTAGAAACAGGAAG;SOR=0.776;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=221;TCF=105;TCR=116;TR=104;WE=56000459;WS=56000441;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:180,148:0.45:328
chr11	56000471	rs11227599	G	A	2811.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.410;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=340;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.398;HP=1;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=56;PP=1582;ReadPosRankSum=1.521;SC=GAAGAAGATAGTCTGCAGTTC;SOR=0.736;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=223;TCF=103;TCR=120;TR=104;WE=56000479;WS=56000461;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:189,147:0.44:336
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chr11	56015479	rs1531757	A	G	772.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.230;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.760;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=16;PP=416;ReadPosRankSum=-0.083;SC=ATGAGCAGACAACGAAGATTG;SOR=0.305;SbPval=0.25;Source=Platypus;TC=51;TCF=16;TCR=35;TR=27;WE=56015487;WS=56015469;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,37:0.51:73
chr11	56019585	rs11227638	A	T	54.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.155;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=4.56;ReadPosRankSum=-0.094;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,4:0.33:12
chr11	56043604	rs12360890	A	G	8798.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.519;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=804;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-16.572;NF=129;NR=116;PP=2962;ReadPosRankSum=1.334;SC=CTATGTTGCTAGCATTTTACA;SOR=0.677;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=471;TCF=250;TCR=221;TR=245;WE=56043612;WS=56043594;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:384,412:0.52:796
chr11	56043702	rs7125697	G	C	20876.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=793;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=269;NR=255;PP=2965;SC=TGCCTCCTCTGCTTGCTATTT;SOR=0.730;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=529;TCF=269;TCR=260;TR=524;WE=56043710;WS=56043692;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,770:1.00:770
chr11	56057419	rs17150286	A	G	784.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.871;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.937;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=11;PP=475;ReadPosRankSum=1.898;SC=ATTTCTAATTACAATCTGGAT;SOR=0.902;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=51;TCF=32;TCR=19;TR=30;WE=56057427;WS=56057409;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,36:0.53:68
chr11	56058197	rs1842674	G	A	6001.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.002;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=570;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.521;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=103;NR=102;PP=2962;ReadPosRankSum=0.586;SC=CCATTGATGAGAGAAGAAAAC;SOR=0.608;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=392;TCF=206;TCR=186;TR=205;WE=56058205;WS=56058187;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:284,275:0.49:559
chr11	56086147	rs960193	T	G	10990.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=2.382;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=426;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=122;NR=119;PP=2965;ReadPosRankSum=0.208;SC=TCCTACGACCTCTATGTGGCC;SOR=0.238;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=243;TCF=123;TCR=120;TR=241;WE=56086155;WS=56086137;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,422:1.00:423
chr11	56113516	rs1905055	T	C	8053.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.901;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=307;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=146;NR=66;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.944;SC=GTTACCAAGATGAATCATGTG;SOR=1.337;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=214;TCF=147;TCR=67;TR=212;WE=56113524;WS=56113506;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,303:0.99:305
chr11	56113575	rs10896271	A	G	3766.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.221;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=480;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.533;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=79;NR=57;PP=1814;ReadPosRankSum=-2.041;SC=ATTTATTCTCATGGGGATTAC;SOR=0.612;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=338;TCF=199;TCR=139;TR=136;WE=56113583;WS=56113565;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:279,198:0.42:477
chr11	56113593	rs10896272	C	A	4207.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.033;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=514;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.533;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=87;NR=68;PP=2268;ReadPosRankSum=-0.611;SC=TACAGACAACCCTGGGCTGCA;SOR=0.638;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=364;TCF=210;TCR=154;TR=155;WE=56113601;WS=56113583;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:294,212:0.42:506
chr11	56127746	rs7942390	A	G	2209.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=2.534;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.336;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=13;PP=1231;ReadPosRankSum=-1.878;SC=ATTTCACCAGAGTCACTGAGT;SOR=1.039;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=146;TCF=111;TCR=35;TR=67;WE=56127754;WS=56127736;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:115,98:0.46:213
chr11	56128524	rs7928704	C	T	5480.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.852;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=555;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=80;NR=81;PP=2358;ReadPosRankSum=0.623;SC=TAACCATTCACTGGATACTGA;SOR=0.693;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=308;TCF=156;TCR=152;TR=161;WE=56128532;WS=56128514;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:270,274:0.50:544
chr11	56128772	rs7938038	G	T	336.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.328;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.64;ReadPosRankSum=-0.912;SOR=0.481;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,10:0.43:23
chr11	56128775	rs7938865	C	G	308.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.085;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.03;ReadPosRankSum=-0.485;SOR=0.412;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,9:0.41:22
chr11	56143125	rs74467122	C	T	164.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.430;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=339;ExcessHet=3.0103;FS=0.606;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.49;ReadPosRankSum=-5.169;SOR=0.779;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:294,43:0.13:337
chr11	56143156	rs11228165	C	T	8351.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.038;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=374;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=22.45;ReadPosRankSum=-0.466;SOR=0.715;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:165,207:0.56:372
chr11	56143156	.	CCA	TCG	2944	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=26;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=74;NR=40;PP=2944;QD=20;SC=GCCTCACAGACCATCAGGAGT;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=244;TCF=146;TCR=98;TR=114;WE=56143166;WS=56143146;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:130,114:0.47:244
chr11	56143158	rs11228166	A	G	8351.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.523;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=383;ExcessHet=3.0103;FS=0.776;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=21.92;ReadPosRankSum=-0.779;SOR=0.739;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:167,214:0.56:381
chr11	56143198	rs80034856	C	T	3242.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.641;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=451;ExcessHet=3.0103;FS=0.627;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.24;ReadPosRankSum=1.341;SOR=0.779;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:347,101:0.23:448
chr11	56143204	rs79445223	C	T	3293.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.484;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=471;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.02;ReadPosRankSum=1.331;SOR=0.711;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:363,106:0.23:469
chr11	56143207	rs75547926	C	T	3488.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.433;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=476;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.36;ReadPosRankSum=1.560;SOR=0.707;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:368,106:0.22:474
chr11	56143216	rs76044076	G	A	3731.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.023;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=506;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.40;ReadPosRankSum=0.819;SOR=0.718;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:388,116:0.23:504
chr11	56143225	rs77854836	CT	TC	3866.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.241;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=510;ExcessHet=3.0103;FS=0.618;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.61;ReadPosRankSum=0.388;SOR=0.750;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:388,120:0.24:508
chr11	56143250	rs76390346	G	A	3763.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.933;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=536;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.04;ReadPosRankSum=1.455;SOR=0.734;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:413,122:0.23:535
chr11	56143252	rs75101573	G	A	3922.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.796;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=536;ExcessHet=3.0103;FS=1.346;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.33;ReadPosRankSum=1.995;SOR=0.805;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:416,119:0.22:535
chr11	56143255	.	T	TGA	4012.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.432;ClippingRankSum=0.000;DP=544;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.39;ReadPosRankSum=1.418;SOR=0.712;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:419,124:0.23:543
chr11	56143257	rs77515824	C	A	4006.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.687;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=544;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.38;ReadPosRankSum=1.584;SOR=0.733;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:420,123:0.23:543
chr11	56143259	.	AGT	A	3820.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.823;ClippingRankSum=0.000;DP=551;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.95;ReadPosRankSum=1.955;SOR=0.738;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:429,121:0.22:550
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chr11	56143360	rs79469149	C	T	1977.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.046;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=405;ExcessHet=3.0103;FS=2.495;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-2.213;QD=4.91;ReadPosRankSum=-3.047;SOR=0.917;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:335,68:0.17:403
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chr11	56216821	rs11228420	G	A	4303.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.407;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=437;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.518;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-2.170;NF=79;NR=65;PP=2352;ReadPosRankSum=-0.447;SC=GCCATTCTGCGAATGCGCTCA;SOR=0.728;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=307;TCF=171;TCR=136;TR=144;WE=56216829;WS=56216811;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:222,209:0.48:431
chr11	56310222	rs628524	C	T	2424.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.133;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=252;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.468;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=37;PP=1382;ReadPosRankSum=-0.789;SC=GTTGATGACACTGGATCTACA;SOR=0.649;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=173;TCF=96;TCR=77;TR=81;WE=56310230;WS=56310212;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:129,115:0.47:244
chr11	56310877	rs66945922	C	CTT	259.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-0.384;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=7;PP=282;ReadPosRankSum=2.128;SC=CTACCATAAACTGGTTTTGGT;SOR=0.250;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=22;TCF=1;TCR=21;TR=8;WE=56310885;WS=56310867;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,8:0.35:23
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chr11	56380817	.	G	T	2917.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=0.196;ClippingRankSum=0.000;DP=370;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.288;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-10.674;NF=71;NR=57;PP=2036;ReadPosRankSum=-0.441;SC=GTGTTTGCAGGTGGGAATTGG;SOR=0.606;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=307;TCF=180;TCR=127;TR=128;WE=56380825;WS=56380807;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:227,139:0.38:366
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chr11	56467757	.	CACG	C	703.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.805;ClippingRankSum=0.000;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.52;ReadPosRankSum=0.151;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,19:0.50:38
chr11	56467763	.	A	AGAT	773.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.903;ClippingRankSum=0.000;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=20.36;ReadPosRankSum=-1.137;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,19:0.50:38
chr11	56467764	rs78916686	C	T	782.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=2.761;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.57;ReadPosRankSum=-0.669;SOR=0.541;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,21:0.52:40
chr11	56467787	rs74218731	A	G	695.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=1.731;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.471;HP=1;HapScore=2;MGOF=80;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=6;PP=465;ReadPosRankSum=0.953;SC=ATCTTATGTAACATAATTCTA;SOR=0.359;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=54;TCF=43;TCR=11;TR=25;WE=56467795;WS=56467777;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,31:0.48:65
chr11	56467810	rs76085479	A	T	1995.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.079;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=20.16;ReadPosRankSum=1.230;SOR=0.680;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:52,47:0.47:99
chr11	56467813	rs77180330	A	G	2028.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.399;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.70;ReadPosRankSum=0.188;SOR=0.718;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:51,52:0.50:103
chr11	56467816	rs78119960	G	T	2108.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.368;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FS=1.767;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.17;ReadPosRankSum=0.975;SOR=0.894;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:57,53:0.48:110
chr11	56467819	rs78036340	A	G	2105.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.388;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FS=2.829;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.00;ReadPosRankSum=0.961;SOR=1.071;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:61,56:0.48:117
chr11	56467833	rs73474897	T	C	1650.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=2.287;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.582;HP=3;HapScore=2;MGOF=27;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=10;PP=2962;ReadPosRankSum=1.328;SC=GAGCTCATTTTCTTTCCCCAT;SOR=1.045;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=115;TCF=92;TCR=23;TR=54;WE=56467841;WS=56467800;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,63:0.46:137
chr11	56467881	rs73474900	T	C	2392.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.369;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=250;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.001;HP=2;HapScore=2;MGOF=38;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQ=59.97;MQRankSum=-1.524;NF=57;NR=29;PP=1385;ReadPosRankSum=-0.898;SC=GGAGCAATCATACAGTGACTG;SOR=0.623;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=188;TCF=127;TCR=61;TR=86;WE=56467889;WS=56467871;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:134,115:0.46:249
chr11	56467926	rs1704284	A	G	5558.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=2.428;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=417;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.101;HP=2;HapScore=2;MGOF=39;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-2.822;NF=76;NR=60;PP=2155;ReadPosRankSum=-1.928;SC=CAGACCCAGGAATGCAGCTGG;SOR=0.791;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=292;TCF=161;TCR=131;TR=136;WE=56467934;WS=56467916;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:219,195:0.47:414
chr11	56467945	rs36184181	G	T	1406.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.526;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=445;ExcessHet=3.0103;FS=0.629;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.81;MQRankSum=0.227;QD=3.18;ReadPosRankSum=-2.079;SOR=0.810;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:339,103:0.23:442
chr11	56468020	rs532637	T	C	11516.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.400;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=464;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.29;MQRankSum=-3.154;QD=24.87;ReadPosRankSum=1.366;SOR=0.722;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:106,357:0.77:463
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chr11	56468048	rs2865520	C	T	13925.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=362;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=55;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=115;NR=137;PP=2962;SC=TATTTTTTCACTGGAAATCTG;SOR=0.853;SbPval=0.55;Source=Platypus;TCR=142;TR=252;WE=56468056;WS=56468034;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,361:1.00:361
chr11	56468111	rs602224	C	T	2491.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.393;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=304;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.254;HP=1;HapScore=1;MGOF=49;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-5.999;NF=55;NR=39;PP=1666;ReadPosRankSum=0.557;SC=ATCCTAGTGACCTGCATCTCT;SOR=0.995;SbPval=0.73;Source=Platypus;TCR=112;TR=94;WE=56468119;WS=56468101;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:183,116:0.39:299
chr11	56468155	rs11228732	T	G	2132.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=3.011;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=389;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=13.759;HP=2;HapScore=1;MGOF=41;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=2.606;NF=40;NR=42;PP=1233;ReadPosRankSum=0.741;SC=TGGCTGCCTGTGTCAGTTCTT;SOR=0.465;SbPval=0.16;Source=Platypus;TC=267;TCF=158;TCR=109;TR=82;WE=56468163;WS=56468145;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:268,114:0.30:382
chr11	56468198	rs4990194	A	G	9037.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.875;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=524;ExcessHet=3.0103;FS=0.523;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.65;MQRankSum=-3.303;QD=17.65;ReadPosRankSum=1.156;SOR=0.630;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:265,247:0.48:512
chr11	56468200	rs4990195	C	T	9603.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.566;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=525;ExcessHet=3.0103;FS=0.523;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.65;MQRankSum=-3.303;QD=18.68;ReadPosRankSum=1.512;SOR=0.617;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:266,248:0.48:514
chr11	56468202	rs4990196	G	A	9667.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.236;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=518;ExcessHet=3.0103;FS=0.521;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.65;MQRankSum=-3.311;QD=19.07;ReadPosRankSum=1.741;SOR=0.639;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:263,244:0.48:507
chr11	56468212	rs591369	G	A	9796.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.489;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=549;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.66;MQRankSum=-2.433;QD=18.28;ReadPosRankSum=1.318;SOR=0.700;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:274,262:0.49:536
chr11	56468259	rs503776	C	T	7136.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.175;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=617;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.746;HP=2;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.432;NF=113;NR=97;PP=2962;ReadPosRankSum=0.692;SC=TGCTTTATGCCCAGGCCATGT;SOR=0.831;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=402;TCF=207;TCR=195;TR=210;WE=56468267;WS=56468249;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:275,324:0.54:599
chr11	56468368	rs11228733	C	T	4388.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=2.209;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=760;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.837;HP=1;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=96;NR=96;PP=2703;ReadPosRankSum=0.181;SC=TAACTTCTGCCGTGAAAACAT;SOR=0.699;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=479;TCF=236;TCR=243;TR=192;WE=56468376;WS=56468358;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:468,251:0.35:719
chr11	56468403	rs11228734	G	A	8749.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-2.304;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=675;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=32;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=90;NR=91;PP=2962;ReadPosRankSum=-2.377;SC=TCTGTGATTTGCTTCCCTTGG;SOR=0.681;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=431;TCF=212;TCR=219;TR=181;WE=56468424;WS=56468393;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:401,265:0.40:666
chr11	56468416	rs11228735	G	A	9238.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.807;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=665;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=32;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=94;NR=93;PP=2962;ReadPosRankSum=-3.536;SC=TCCCTTGGTGGAGCTGGCCTG;SOR=0.657;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=431;TCF=212;TCR=219;TR=187;WE=56468424;WS=56468393;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:386,270:0.41:656
chr11	56468440	rs12421330	G	T	2057.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.985;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=590;ExcessHet=3.0103;FS=3.132;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.66;ReadPosRankSum=0.387;SOR=0.962;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:445,117:0.21:562
chr11	56468448	rs80194264	AA	GT	7986.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.671;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=563;ExcessHet=3.0103;FS=0.536;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.24;ReadPosRankSum=2.201;SOR=0.779;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:347,214:0.38:561
chr11	56468452	rs79970235	A	C	7882.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.682;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=558;ExcessHet=3.0103;FS=2.518;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.18;ReadPosRankSum=2.580;SOR=0.888;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:343,213:0.38:556
chr11	56468493	rs10792053	A	G	10449.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-3.125;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=525;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=53;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=157;NR=131;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.902;SC=TCTGCCCCGCAGTGCTCATCC;SOR=0.669;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=385;TCF=209;TCR=176;TR=288;WE=56468501;WS=56468483;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:121,400:0.77:521
chr11	56468554	rs12420076	A	C	22951.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.039;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=747;ExcessHet=3.0103;FS=1.320;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.99;MQRankSum=-0.551;QD=31.40;ReadPosRankSum=0.048;SOR=0.842;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:172,559:0.76:731
chr11	56468560	rs10896516	TA	CG	23677.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.571;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=761;ExcessHet=3.0103;FS=0.618;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.99;MQRankSum=-0.553;QD=31.82;ReadPosRankSum=0.248;SOR=0.793;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:176,568:0.76:744
chr11	56468637	rs76884192	C	T	17702.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.611;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=966;ExcessHet=3.0103;FS=1.088;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.48;ReadPosRankSum=1.688;SOR=0.763;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:485,473:0.49:958
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chr11	56468694	rs79060400	C	T	13679.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.382;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=851;ExcessHet=3.0103;FS=0.523;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.23;ReadPosRankSum=-1.314;SOR=0.747;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:482,361:0.43:843
chr11	56468699	rs79251113	T	A	14012.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.822;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=853;ExcessHet=3.0103;FS=1.108;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.58;ReadPosRankSum=-1.728;SOR=0.819;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:481,364:0.43:845
chr11	56468704	rs79288825	T	C	13631.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.440;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=832;ExcessHet=3.0103;FS=1.109;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.54;ReadPosRankSum=-1.985;SOR=0.841;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:467,357:0.43:824
chr11	56468720	rs66943455	T	C	6306.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.742;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=779;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.117;HP=2;HapScore=1;MGOF=43;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=96;NR=126;PP=2962;ReadPosRankSum=0.692;SC=ATGTTGAATCTCATGATCTAC;SOR=0.817;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=518;TCF=237;TCR=281;TR=222;WE=56468728;WS=56468710;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:450,322:0.42:772
chr11	56468817	rs74605930	G	T	4743.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.659;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=339;ExcessHet=3.0103;FS=11.056;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.16;ReadPosRankSum=-0.002;SOR=1.207;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:204,131:0.39:335
chr11	56468819	rs78460796	CC	TT	4743.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.442;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=327;ExcessHet=3.0103;FS=9.284;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.69;ReadPosRankSum=0.514;SOR=1.173;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:199,124:0.38:323
chr11	56468828	rs530142	G	C	4288.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.400;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=288;ExcessHet=3.0103;FS=8.069;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.10;ReadPosRankSum=-0.139;SOR=1.141;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:173,111:0.39:284
chr11	56468832	rs79579174	G	T	4103.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.976;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=270;ExcessHet=3.0103;FS=5.448;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.43;ReadPosRankSum=-0.566;SOR=1.036;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:160,106:0.40:266
chr11	56468835	rs588308	G	T	3839.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.712;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=261;ExcessHet=3.0103;FS=5.549;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.88;ReadPosRankSum=-0.199;SOR=1.047;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:157,101:0.39:258
chr11	56468870	.	GTG	ACA	1616.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.180;ClippingRankSum=0.000;DP=123;ExcessHet=3.0103;FS=7.790;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.25;ReadPosRankSum=0.567;SOR=1.559;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:77,45:0.37:122
chr11	56468877	.	G	A	1560.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.187;ClippingRankSum=0.000;DP=112;ExcessHet=3.0103;FS=6.330;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.06;ReadPosRankSum=-0.049;SOR=1.440;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:69,42:0.38:111
chr11	56468881	.	C	T	1533.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.642;ClippingRankSum=0.000;DP=107;ExcessHet=3.0103;FS=8.553;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.47;ReadPosRankSum=-0.461;SOR=1.686;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:65,41:0.39:106
chr11	56468883	.	T	C	1497.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.245;ClippingRankSum=0.000;DP=103;ExcessHet=3.0103;FS=6.832;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.68;ReadPosRankSum=-0.306;SOR=1.532;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:63,39:0.38:102
chr11	56468893	rs79757227	G	A	1146.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.185;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FS=8.145;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.33;ReadPosRankSum=-0.009;SOR=1.815;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:54,32:0.37:86
chr11	56468897	.	G	C	1155.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.538;ClippingRankSum=0.000;DP=82;ExcessHet=3.0103;FS=8.308;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.27;ReadPosRankSum=-0.753;SOR=1.845;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:49,32:0.40:81
chr11	56468909	rs79696743	TG	CA	867.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=5.194;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.392;HP=1;HapScore=3;JOINED;MGOF=63;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=19;PP=1714;ReadPosRankSum=-1.430;SC=GTTACAGACATGTACAATAAG;SOR=1.609;SbPval=0.93;Source=Platypus;TC=52;TCF=7;TCR=45;TR=20;WE=56468918;WS=56468860;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,22:0.39:56
chr11	56508476	rs11228758	T	C	2262.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=38;NR=25;PP=1457;SC=TTCTACCTTTTATACTATGCT;SOR=1.012;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=63;TCF=38;TCR=25;TR=63;WE=56508484;WS=56508466;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr11	56508525	rs556056	A	G	3047.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=47;NR=36;PP=1505;SC=AGTCTGAGGAATAAAGACATG;SOR=0.862;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=84;TCF=47;TCR=37;TR=83;WE=56508533;WS=56508515;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr11	56508619	rs545772	G	A	4011.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=44;NR=56;PP=1931;SC=GCTAAGTGATGACAAACTGCT;SOR=0.878;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=100;TCF=44;TCR=56;TR=100;WE=56508627;WS=56508609;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,151:1.00:151
chr11	56508727	rs59062115	GA	G	1334.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=23;PP=984;SC=TGTTTGTTATGATTTTGAGAT;SOR=2.179;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=24;TCF=1;TCR=23;TR=24;WE=56508735;WS=56508717;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr11	56510243	rs11228762	A	G	821.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=20;NR=3;PP=578;SC=ATGCAAATGAACACATTTATA;SOR=2.753;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=23;TCF=20;TCR=3;TR=23;WE=56510251;WS=56510233;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr11	56510672	rs577576	T	C	12120.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=444;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=151;NR=138;PP=2965;SC=ACCCTGGTGTTTGTACAGGAC;SOR=0.735;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=292;TCF=151;TCR=141;TR=289;WE=56510680;WS=56510662;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,441:1.00:441
chr11	57004344	rs948847	G	T	6984.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=264;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=71;NR=99;PP=2965;SC=CCAGACCGTTGCCCGTGGTGC;SOR=0.943;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=170;TCF=71;TCR=99;TR=170;WE=57004352;WS=57004334;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,257:1.00:257
chr11	57081197	rs4939134	G	C	2521.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=28;NR=29;PP=1203;SC=AGCTTCAGGAGTCTGGGCTTC;SOR=0.714;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=57;TCF=28;TCR=29;TR=57;WE=57081205;WS=57081187;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr11	57081475	rs4939135	C	A	853.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=19;PP=546;SC=TGGGAGGAGGCAACTGGAACC;SOR=2.019;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=5;TCR=19;TR=24;WE=57081483;WS=57081465;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr11	57094842	.	TA	T	218.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.501;ClippingRankSum=0.000;DP=203;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.09;ReadPosRankSum=-0.814;SOR=0.717;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:156,44:0.22:200
chr11	57117385	rs2276042	C	T	4979.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=36;NR=98;PP=2965;SC=GAGGACCTAGCCATTCTTCCG;SOR=1.905;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=135;TCF=36;TCR=99;TR=134;WE=57117393;WS=57117375;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,171:1.00:171
chr11	57118466	rs371754300	CA	C	1210.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-0.539;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.971;HP=2;HapScore=4;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=25;PP=991;ReadPosRankSum=2.012;SC=TCCATCCACCCACCCCTGGCC;SOR=0.481;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=56;TCF=5;TCR=51;TR=29;WE=57118480;WS=57118456;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,37:0.50:74
chr11	57118467	rs3741090	A	C	783.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=0.792;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.971;HP=7;HapScore=4;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=27;PP=829;ReadPosRankSum=-2.076;SC=CCATCCACCCACCCCTGGCCC;SOR=0.963;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=74;TCF=22;TCR=52;TR=36;WE=57118480;WS=57118456;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,37:0.50:74
chr11	57118472	rs373030713	T	C	1240.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-0.903;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.965;HP=4;HapScore=4;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=24;PP=1005;ReadPosRankSum=2.014;SC=CACCCACCCCTGGCCCCAAGT;SOR=0.510;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=70;TCF=22;TCR=48;TR=38;WE=57118480;WS=57118456;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,38:0.51:75
chr11	57135663	rs55655702	A	AG	2084.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=21;NR=31;PP=2200;SC=TCTGGGGGGCAGGGTCTGCTG;SOR=0.859;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=60;TCF=24;TCR=36;TR=52;WE=57135671;WS=57135653;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr11	57137371	rs2276039	G	A	15932.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.816;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=625;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=194;NR=158;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.789;SC=ATGAGACTACGCTGAAAATCG;SOR=0.820;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=355;TCF=194;TCR=161;TR=352;WE=57137379;WS=57137361;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,619:0.99:623
chr11	57137424	rs2276038	C	T	16399.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.648;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=632;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.127;NF=172;NR=193;PP=2965;ReadPosRankSum=1.252;SC=CAGACCACAGCGGAGAAGCAG;SOR=0.762;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=366;TCF=173;TCR=193;TR=365;WE=57137432;WS=57137414;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,627:1.00:629
chr11	57137538	rs67821929	A	AG	3435.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=90;PP=2966;SC=TGCCTGAGCAAGGGGCATGGG;SOR=4.595;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=100;TCF=2;TCR=98;TR=92;WE=57137546;WS=57137528;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr11	57144152	rs1867126	G	C	1780.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=34;NR=18;PP=896;SC=ACTCGGCCATGGCTCACTTTC;SOR=1.284;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=52;TCF=34;TCR=18;TR=52;WE=57144160;WS=57144142;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr11	57147016	rs540687	A	G	8139.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=301;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=128;NR=96;PP=2965;SC=GTAGCGGCAGATCTTGCACCT;SOR=0.987;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=225;TCF=129;TCR=96;TR=224;WE=57147024;WS=57147006;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,292:1.00:292
chr11	57147353	rs544079	G	C	1867.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=44;PP=1321;SC=CTCCAGCAACGTCGCTCGAGC;SOR=2.910;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=51;TCF=7;TCR=44;TR=51;WE=57147361;WS=57147343;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr11	57148053	rs571651	G	T	572.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=12;NR=5;PP=424;SC=AAATAAAAGCGGGGGGAGGGG;SOR=1.981;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=17;TCF=12;TCR=5;TR=17;WE=57148061;WS=57148043;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr11	57148175	rs669661	A	G	2627.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.62;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=28;NR=21;PP=867;SC=AGCAAGAGGCATTGCATATCT;SOR=0.856;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=49;TCF=28;TCR=21;TR=49;WE=57148183;WS=57148165;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr11	57155001	rs536455	G	A	7265.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=276;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=86;NR=77;PP=2965;SC=CGACGCCAGTGGCCTCCTGTG;SOR=0.754;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=166;TCF=89;TCR=77;TR=163;WE=57155009;WS=57154991;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,270:1.00:270
chr11	57155288	rs630396	T	C	6633.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=266;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=61;NR=104;PP=2965;SC=CAGCCCAGTATGCAAAGTTCC;SOR=1.087;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=165;TCF=61;TCR=104;TR=165;WE=57155296;WS=57155278;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,255:1.00:255
chr11	57157405	rs490358	A	G	8025.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=307;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=92;NR=92;PP=2965;SC=GCCAGAAGTAAGGGGAGTTTC;SOR=0.713;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=185;TCF=93;TCR=92;TR=184;WE=57157413;WS=57157395;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,303:1.00:303
chr11	57184218	rs4938865	C	T	1520.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=14;NR=33;PP=983;SC=GAGGGAATAGCATGGTGAATC;SOR=1.697;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=14;TCR=33;TR=47;WE=57184226;WS=57184208;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
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chr11	57258617	rs2729384	T	C	4576.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=65;NR=42;PP=2137;SC=AAGCAACAAGTTGCTGGATGT;SOR=1.057;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=107;TCF=65;TCR=42;TR=107;WE=57258625;WS=57258607;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,171:1.00:171
chr11	57265400	rs2581922	C	T	739.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=19;PP=491;SC=ATACAATAGCCCCAGGAGACG;SOR=2.670;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=21;TCF=2;TCR=19;TR=21;WE=57265408;WS=57265390;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr11	57268170	rs2250673	T	C	1079.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=26;NR=5;PP=667;SC=CCCCAGCCCATTCATACTGCC;SOR=2.362;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=26;TCR=5;TR=31;WE=57268178;WS=57268160;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr11	57313469	rs12223229	C	G	2361.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.119;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=270;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.943;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=42;PP=1040;ReadPosRankSum=0.964;SC=CCGGGGGCCCCGGGCACAGAA;SOR=0.631;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=162;TCF=70;TCR=92;TR=77;WE=57313477;WS=57313459;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:141,121:0.46:262
chr11	57313659	rs2649658	G	A	696.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-2.911;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.225;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=13;PP=496;ReadPosRankSum=-0.476;SC=GGCCCTTCATGGCCTCCTGCC;SOR=0.425;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=48;TCF=28;TCR=20;TR=28;WE=57313667;WS=57313649;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,32:0.55:58
chr11	57320044	rs2234412	T	C	1041.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=4.166;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=32;PP=760;ReadPosRankSum=-0.212;SC=TGGCTGCCCGTTCCCAATGTC;SOR=0.673;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=79;TCF=9;TCR=70;TR=35;WE=57320052;WS=57320034;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,41:0.46:89
chr11	57334420	rs66697438	GC	G	184.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=15;HapScore=3;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;NF=2;NR=16;PP=683;SC=ATCTCTGCCCGCCCCCCCCCC;SOR=2.584;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=35;TCF=14;TCR=21;TR=18;WE=57334438;WS=57334410;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr11	57334430	.	C	CGCCG	599	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;FR=0.5000;HP=11;HapScore=3;MGOF=18;MMLQ=24;MQ=58.71;NF=2;NR=16;PP=599;QD=33.6111111111;SC=GCCCCCCCCCCCCTCCTAGAA;SbPval=0.99;Source=Platypus;TC=34;TCF=13;TCR=21;TR=18;WE=57334438;WS=57334410;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:16,18:0.53:34
chr11	57334508	rs4939152	G	A	1984.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-1.386;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.970;NF=33;NR=35;PP=1228;ReadPosRankSum=-0.465;SC=ACTCCAGGAGGCCTTCCAGGT;SOR=0.697;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=131;TCF=65;TCR=66;TR=68;WE=57334516;WS=57334498;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:101,97:0.49:198
chr11	57334678	rs61886733	T	C	1052.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.498;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.469;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=23;PP=670;ReadPosRankSum=-0.157;SC=GTCATCTGTGTTCATAACCCA;SOR=0.155;SbPval=0.23;Source=Platypus;TC=61;TCF=17;TCR=44;TR=36;WE=57334686;WS=57334668;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,44:0.60:73
chr11	57334709	rs145731026	C	T	588.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-5.430;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.543;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=17;PP=424;ReadPosRankSum=0.138;SC=TAGCAGAATGCCTGGCACCAA;SOR=0.061;SbPval=0.18;Source=Platypus;TC=42;TCF=8;TCR=34;TR=24;WE=57334717;WS=57334699;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,25:0.57:44
chr11	57346723	rs112429940	GCACCCTA	G	1406.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=3.027;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=24;PP=1468;ReadPosRankSum=-2.086;SC=CATAACCAAAGCACCCTACAG;SOR=0.693;SbPval=0.17;Source=Platypus;TC=53;TCF=4;TCR=49;TR=28;WE=57346737;WS=57346713;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,37:0.50:74
chr11	57367222	rs1005510	C	T	1279.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=3.543;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=7;PP=1021;ReadPosRankSum=2.177;SC=GCTCATCTGCCGCACTGTCAG;SOR=0.909;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=70;TCF=60;TCR=10;TR=47;WE=57367230;WS=57367212;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,49:0.64:76
chr11	57369730	rs11229063	G	A	421.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.148;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=16;PP=350;ReadPosRankSum=-1.383;SC=AGAAAGGACAGAGGGAATGTT;SOR=0.544;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=33;TCF=1;TCR=32;TR=17;WE=57369738;WS=57369720;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,17:0.46:37
chr11	57374332	rs11603020	T	C	2974.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.743;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=287;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.443;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=57;PP=1437;ReadPosRankSum=-0.974;SC=ATCAGAAGACTCTGGTGGCTT;SOR=0.741;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=181;TCF=66;TCR=115;TR=87;WE=57374340;WS=57374322;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:138,142:0.51:280
chr11	57379170	rs2511988	A	G	1135.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=2.585;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.011;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=11;PP=826;ReadPosRankSum=0.136;SC=GACTGTTAAGATGCATCTCTT;SOR=1.094;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=74;TCF=53;TCR=21;TR=44;WE=57379178;WS=57379160;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,49:0.53:93
chr11	57381989	rs4926	G	A	1951.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.381;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=35;PP=841;ReadPosRankSum=-0.857;SC=CTTCCTCTTCGTGCTCTGGGA;SOR=0.662;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=113;TCF=40;TCR=73;TR=55;WE=57381997;WS=57381979;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:89,97:0.52:186
chr11	57413943	rs12793139	C	G	626.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.729;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.616;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=30;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=19;PP=487;ReadPosRankSum=1.242;SC=AGTCCCCAGACAGCCCAAGGG;SOR=1.182;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=45;TCF=12;TCR=33;TR=24;WE=57413951;WS=57413933;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,25:0.48:52
chr11	57414387	rs7947357	A	G	6404.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=244;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=86;NR=84;PP=2965;SC=GGTGATGTTCAGGCTAGCCTG;SOR=0.727;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=170;TCF=86;TCR=84;TR=170;WE=57414395;WS=57414377;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,236:1.00:236
chr11	57424389	rs55969690	GA	G	362.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.865;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=2.576;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.51;ReadPosRankSum=-1.192;SOR=0.283;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,23:0.79:29
chr11	57460224	rs12801694	C	T	1502.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.076;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.947;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=36;PP=865;ReadPosRankSum=0.209;SC=GAACTTTTATCTTCTTTGGGC;SOR=0.853;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=107;TCF=38;TCR=69;TR=55;WE=57460232;WS=57460214;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:92,75:0.45:167
chr11	57461473	rs11287593	GT	G	104.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.953;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=2.218;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.16;ReadPosRankSum=2.269;SOR=0.250;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,12:0.71:17
chr11	57463500	rs1783978	T	C	1013.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.296;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.654;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=20;PP=583;ReadPosRankSum=-0.361;SC=ACACCTCGGCTTGGCTACTAA;SOR=0.586;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=74;TCF=30;TCR=44;TR=36;WE=57463508;WS=57463490;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,54:0.39:138
chr11	57467035	rs11604333	C	G	363.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-3.299;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=13;PP=218;ReadPosRankSum=-0.693;SC=TTGACTCTACCTGCCTTCATG;SOR=0.546;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=39;TCF=5;TCR=34;TR=14;WE=57467043;WS=57467025;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,17:0.40:42
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chr11	57505520	.	CT	C	220.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.892;ClippingRankSum=0.000;DP=284;ExcessHet=3.0103;FS=0.618;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.04;MQRankSum=1.888;QD=0.86;ReadPosRankSum=-0.621;SOR=0.791;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:202,55:0.21:257
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chr11	57581613	rs623541	C	A	100.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.62;BaseQRankSum=1.304;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.077;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=1;PP=50;ReadPosRankSum=-0.413;SC=ATAGTGAGACCTCATCTCTAC;SOR=1.256;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=9;TCF=5;TCR=4;TR=4;WE=57581621;WS=57581603;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,6:0.35:17
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chr11	57799371	rs1374570	G	C	3605.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=21;NR=79;PP=2439;SC=TTTTGGAAGGGACAGTGAGGA;SOR=2.041;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=100;TCF=21;TCR=79;TR=100;WE=57799379;WS=57799361;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr11	57876436	rs7935428	C	A	2603.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.993;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=281;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=34;PP=1239;ReadPosRankSum=1.257;SC=CTTGGCTTACCCACCTGCCGA;SOR=0.691;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=178;TCF=113;TCR=65;TR=90;WE=57876444;WS=57876426;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:147,130:0.47:277
chr11	57958775	rs7120468	C	T	6836.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.677;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=664;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.520;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=71;NR=95;PP=2716;ReadPosRankSum=-0.548;SC=CCGAGGGAGACCGAGTGGTGT;SOR=0.756;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=394;TCF=175;TCR=219;TR=166;WE=57958783;WS=57958765;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:323,325:0.50:648
chr11	57958972	rs1451317	C	A	811.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.524;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.576;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=25;PP=540;ReadPosRankSum=0.304;SC=CTCAATAGCACCTTCTGGAGA;SOR=0.855;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=85;TCF=28;TCR=57;TR=37;WE=57958980;WS=57958962;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,45:0.39:115
chr11	57971195	rs11229279	G	A	8455.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.125;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=462;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.93;MQRankSum=1.388;QD=18.46;ReadPosRankSum=-0.493;SOR=0.711;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:234,224:0.49:458
chr11	57971201	rs11229280	G	A	8447.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.010;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=461;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.95;MQRankSum=0.981;QD=18.57;ReadPosRankSum=-0.574;SOR=0.686;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:233,222:0.49:455
chr11	57982229	rs1966836	A	G	3932.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=1.283;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=390;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.370;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=68;NR=46;PP=1903;ReadPosRankSum=-1.207;SC=GAAGACTTTTAGTTCCTTTCT;SOR=0.659;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=214;TCF=129;TCR=85;TR=114;WE=57982237;WS=57982219;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:200,187:0.48:387
chr11	57982584	rs1966835	T	C	3939.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.085;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=423;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.103;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-3.795;NF=57;NR=53;PP=1812;ReadPosRankSum=-0.673;SC=TTTGTCGTCATTGACAATTTG;SOR=0.591;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=244;TCF=135;TCR=109;TR=110;WE=57982592;WS=57982574;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:227,194:0.46:421
chr11	57982620	rs1966834	A	G	4245.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.556;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=490;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.520;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-2.212;NF=71;NR=62;PP=1879;ReadPosRankSum=-0.451;SC=GCCTATGACCACTTTGTGGCG;SOR=0.733;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=292;TCF=154;TCR=138;TR=133;WE=57982628;WS=57982610;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:268,220:0.45:488
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chr11	57982763	rs1993088	A	G	1478.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=3.680;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.116;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-10.871;NF=34;NR=31;PP=1152;ReadPosRankSum=-1.947;SC=GCTCTTCTGTAACCACAACAC;SOR=0.811;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=189;TCF=95;TCR=94;TR=65;WE=57982771;WS=57982753;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:154,70:0.31:224
chr11	57982832	rs2867400	T	A	3343.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=2.699;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=414;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.526;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-11.665;NF=65;NR=36;PP=1637;ReadPosRankSum=-4.019;SC=TTCAGATACATTGATCAATGA;SOR=0.897;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=273;TCF=162;TCR=111;TR=101;WE=57982840;WS=57982822;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:246,168:0.41:414
chr11	57982896	rs2903566	G	T	7247.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-2.718;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=729;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.743;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-9.598;NF=129;NR=77;PP=2962;ReadPosRankSum=1.263;SC=TTTACACTCAGCTTCTTTTCC;SOR=0.847;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=437;TCF=259;TCR=178;TR=206;WE=57982904;WS=57982886;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:371,355:0.49:726
chr11	57983194	rs7103033	A	G	4486.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.731;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=418;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.137;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.423;NF=57;NR=104;PP=2597;ReadPosRankSum=1.598;SC=CTTCCCTTTGATGCCCTGGAC;SOR=0.592;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=306;TCF=104;TCR=202;TR=161;WE=57983202;WS=57983184;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:200,210:0.51:410
chr11	57995330	rs17555381	C	T	418.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-3.746;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.610;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=2;PP=275;ReadPosRankSum=0.057;SC=AGTTCTGTGTCATTTAGAGTT;SOR=0.035;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=33;TCF=31;TCR=2;TR=17;WE=57995338;WS=57995320;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,20:0.54:37
chr11	57996084	rs61902844	G	A	5620.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=71;NR=70;PP=2781;SC=CCCCCAAAATGTTGGAAAGCA;SOR=0.732;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=141;TCF=71;TCR=70;TR=141;WE=57996092;WS=57996074;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,208:1.00:208
chr11	57996312	rs4245219	C	G	4597.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=45;NR=74;PP=2235;SC=ACTCAGTGGGCTCAGACTGGT;SOR=1.114;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=119;TCF=45;TCR=74;TR=119;WE=57996320;WS=57996302;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,173:1.00:173
chr11	58125620	rs4127353	T	C	2204.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.360;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.526;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=26;PP=1151;ReadPosRankSum=-0.460;SC=ATCTAGAGAATATTTTGCCTT;SOR=0.624;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=134;TCF=88;TCR=46;TR=72;WE=58125628;WS=58125610;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:97,105:0.52:202
chr11	58126305	rs4939208	A	T	2893.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.704;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=298;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.995;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=58;PP=1479;ReadPosRankSum=0.437;SC=AACCCAGTTAAAACCTTTGGA;SOR=0.993;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=182;TCF=82;TCR=100;TR=98;WE=58126313;WS=58126295;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:152,142:0.48:294
chr11	58169996	rs12279895	T	C	3760.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.074;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=402;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=54;PP=1695;ReadPosRankSum=-0.989;SC=GAATGCACTCTTCACTTCCTT;SOR=0.686;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=227;TCF=114;TCR=113;TR=109;WE=58170004;WS=58169986;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:211,188:0.47:399
chr11	58170025	rs12271646	C	G	3272.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-1.118;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=365;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.381;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=49;PP=1383;ReadPosRankSum=0.410;SC=GACTATAGACCAGAGGGTTCA;SOR=0.665;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=210;TCF=103;TCR=107;TR=96;WE=58170033;WS=58170015;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:196,165:0.46:361
chr11	58170143	rs11229409	C	G	1524.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.806;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.589;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=31;PP=939;ReadPosRankSum=0.120;SC=ATAGAAGATGCCGACTGCAAT;SOR=0.628;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=124;TCF=54;TCR=70;TR=56;WE=58170151;WS=58170133;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,73:0.46:158
chr11	58170291	rs11229410	T	C	1562.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=0.777;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.576;HP=5;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=28;PP=996;ReadPosRankSum=0.909;SC=ACAACATAAATAAGAACAAGC;SOR=0.781;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=122;TCF=64;TCR=58;TR=59;WE=58170299;WS=58170281;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:91,74:0.45:165
chr11	58170342	rs11229411	C	T	1980.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-2.022;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.092;HP=1;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=30;PP=1157;ReadPosRankSum=-1.838;SC=ACCATGACTGCTGGAATATCA;SOR=0.606;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=157;TCF=94;TCR=63;TR=72;WE=58170350;WS=58170332;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:110,95:0.46:205
chr11	58170374	rs12280114	T	C	2116.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=1.255;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.924;HP=1;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=33;PP=1229;ReadPosRankSum=2.033;SC=ATGGACTTCATTGGACTTACA;SOR=0.530;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=170;TCF=97;TCR=73;TR=73;WE=58170382;WS=58170364;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:130,103:0.44:233
chr11	58170469	rs11229412	C	A	2218.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.121;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=244;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.474;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=47;PP=1377;ReadPosRankSum=0.141;SC=GACGAGCACACACAGTTGTTG;SOR=0.633;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=166;TCF=74;TCR=92;TR=86;WE=58170477;WS=58170459;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:130,109:0.46:239
chr11	58170738	rs11229413	A	G	4152.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.313;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=379;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.378;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=82;PP=2119;ReadPosRankSum=-0.520;SC=CAGGAATCCCAGAATATCAAT;SOR=0.724;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=285;TCF=127;TCR=158;TR=146;WE=58170746;WS=58170728;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:172,197:0.53:369
chr11	58170834	.	T	C	2742.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-2.233;ClippingRankSum=0.000;DP=288;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.982;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=56;PP=1097;ReadPosRankSum=0.424;SC=TCTGAGTCATTGGTTAGTCCT;SOR=0.585;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=179;TCF=64;TCR=115;TR=92;WE=58170842;WS=58170824;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:146,141:0.49:287
chr11	58170927	rs12278966	A	G	770.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-3.530;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.416;HP=5;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=24;PP=498;ReadPosRankSum=0.193;SC=AATACAAAAAAGAACAGTGTG;SOR=0.422;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=57;TCF=10;TCR=47;TR=30;WE=58170935;WS=58170917;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,37:0.53:70
chr11	58207204	rs4938895	A	G	7456.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=280;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=93;NR=98;PP=2965;SC=ATGGCCAGGCAAGCACATACA;SOR=0.737;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=191;TCF=93;TCR=98;TR=191;WE=58207212;WS=58207194;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,278:1.00:278
chr11	58295748	rs35632700	TCA	T	1357.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=18;PP=877;SC=CCTTTCAATCTCAGTGTCCTC;SOR=2.376;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=20;TCF=1;TCR=19;TR=19;WE=58295757;WS=58295738;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr11	58318619	rs1047979	C	G	8384.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.700;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=332;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=135;NR=88;PP=2965;ReadPosRankSum=1.863;SC=ATTCCTGCTCCAGACCCCCAA;SOR=1.028;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=223;TCF=135;TCR=88;TR=223;WE=58318627;WS=58318609;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,328:0.99:330
chr11	58379663	rs139680226	CGT	C	255.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.517;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=258;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.04;ReadPosRankSum=1.102;SOR=0.623;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:216,31:0.13:247
chr11	58380295	.	C	T	868.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=0.114;ClippingRankSum=0.000;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.741;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=12;PP=382;ReadPosRankSum=-1.074;SC=CTGTCCTTGCCCATCCTCGCT;SOR=0.602;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=53;TCF=29;TCR=24;TR=26;WE=58380303;WS=58380285;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,45:0.45:101
chr11	58478026	rs675423	G	A	5885.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=104;NR=54;PP=2965;SC=TTACTTGAGAGGTGTGAGTGG;SOR=1.329;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=159;TCF=105;TCR=54;TR=158;WE=58478047;WS=58478016;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,214:1.00:214
chr11	58478039	rs675757	T	C	6687.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=248;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=108;NR=64;PP=2965;SC=GTGAGTGGTATAGACTGGATT;SOR=1.124;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=172;TCF=108;TCR=64;TR=172;WE=58478047;WS=58478016;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,247:1.00:247
chr11	58478084	rs675815	T	C	8848.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=345;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=114;NR=100;PP=2965;SC=TTTGCCACCATTGGGAGATAA;SOR=0.785;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=214;TCF=114;TCR=100;TR=214;WE=58478092;WS=58478074;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,339:1.00:339
chr11	58492073	rs10535978	GT	G	302.79	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-1.195;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5135;FS=2.644;HP=12;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=16;PP=201;ReadPosRankSum=1.205;SC=TAATGACCAGGTTTTTTTTTT;SOR=0.250;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=29;TCF=2;TCR=27;TR=17;WE=58492081;WS=58492063;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,20:0.83:24
chr11	58605922	rs10896850	A	G	4365.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=42;NR=86;PP=2591;SC=ATAAGACATGACATGAGAAAT;SOR=1.551;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=129;TCF=42;TCR=87;TR=128;WE=58605930;WS=58605912;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,159:1.00:159
chr11	58674952	rs35731745	G	GT	2246.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=38;PP=1834;SC=GCTCTTTTTTGTTTGTTTTGT;SOR=1.493;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=49;TCF=5;TCR=44;TR=43;WE=58674960;WS=58674942;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr11	58715285	rs565355	C	T	1945.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-1.538;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.288;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=24;PP=1096;ReadPosRankSum=0.186;SC=AGATCCTCATCTCTGGGGATC;SOR=0.853;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=124;TCF=83;TCR=41;TR=74;WE=58715293;WS=58715275;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,94:0.57:164
chr11	58715513	rs11229707	T	G	972.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.222;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.641;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=28;PP=672;ReadPosRankSum=-0.304;SC=TCAGACACCATGGCTGCTTTT;SOR=0.364;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=60;TCF=14;TCR=46;TR=38;WE=58715521;WS=58715503;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,42:0.67:63
chr11	58949198	rs199904268	T	A	2266.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.628;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FS=2.817;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=26.05;ReadPosRankSum=-0.536;SOR=0.331;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,55:0.63:87
chr11	58949206	rs202222554	T	A	2326.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-6.070;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FS=4.035;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=23.50;ReadPosRankSum=0.468;SOR=0.314;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,61:0.62:99
chr11	59056153	rs1894123	C	T	7142.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=274;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=105;NR=75;PP=2965;SC=GGAGTTGGTTCGGTTTGAGAG;SOR=0.945;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=181;TCF=106;TCR=75;TR=180;WE=59056161;WS=59056143;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,273:1.00:273
chr11	59132798	rs7941190	G	C	2859.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.745;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=262;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.147;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=58;PP=1657;ReadPosRankSum=0.040;SC=TAAATCCCTTGATTTACAGTT;SOR=0.856;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=196;TCF=77;TCR=119;TR=91;WE=59132806;WS=59132788;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:131,123:0.48:254
chr11	59132882	rs10896964	A	G	2136.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.183;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.503;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=34;PP=1003;ReadPosRankSum=0.110;SC=ACAGATTCTGAGATTTCTGCC;SOR=0.644;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=139;TCF=58;TCR=81;TR=62;WE=59132890;WS=59132872;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:112,102:0.48:214
chr11	59189405	rs9988824	T	C	2131.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=49;NR=17;PP=1346;SC=TTTAAAATTATGTAAATGTCT;SOR=1.936;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=66;TCF=49;TCR=17;TR=66;WE=59189413;WS=59189395;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr11	59189912	rs1453547	G	A	2550.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.347;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=263;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.940;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=43;PP=1409;ReadPosRankSum=1.118;SC=GATCATATAGGGCCCACAGAA;SOR=0.628;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=181;TCF=87;TCR=94;TR=86;WE=59189920;WS=59189902;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:142,121:0.46:263
chr11	59190499	rs11602535	T	C	791.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=3.559;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.069;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=27;PP=608;ReadPosRankSum=1.184;SC=TTGTTTGTTATTGTAAGAGTG;SOR=1.358;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=75;TCF=15;TCR=60;TR=32;WE=59190507;WS=59190489;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,34:0.39:87
chr11	59190529	rs34222593	TACAA	T	517.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=2.244;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.562;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=13;PP=505;ReadPosRankSum=-0.154;SC=TAGAAGATCATACAAACAGTC;SOR=2.655;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=34;TCF=1;TCR=33;TR=13;WE=59190540;WS=59190519;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,15:0.38:40
chr11	59210550	rs7947825	G	A	1049.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=25;NR=3;PP=667;SC=CTCCCTCTCAGGCATTTTGTA;SOR=3.026;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=28;TCF=25;TCR=3;TR=28;WE=59210558;WS=59210540;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr11	59210761	rs11605572	C	G	5298.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-3.955;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=540;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=100;NR=74;PP=2464;ReadPosRankSum=-1.245;SC=TCTATCTTACCACCCTGGCCT;SOR=0.732;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=353;TCF=201;TCR=152;TR=174;WE=59210769;WS=59210751;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:265,264:0.50:529
chr11	59211188	rs6591536	G	A	5178.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.876;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=475;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.521;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=80;PP=2344;ReadPosRankSum=1.992;SC=CTTCTTCTGCGACCTCCCACC;SOR=0.747;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=279;TCF=131;TCR=148;TR=146;WE=59211196;WS=59211178;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:227,244:0.52:471
chr11	59211265	rs7941591	T	C	3373.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.660;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=338;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.929;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=71;PP=1412;ReadPosRankSum=-1.182;SC=TGGTGGTCACTGTCGGAGGAA;SOR=0.866;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=242;TCF=103;TCR=139;TR=118;WE=59211273;WS=59211255;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:164,170:0.51:334
chr11	59211421	rs17591107	C	T	2627.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.258;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=249;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.882;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=35;PP=1254;ReadPosRankSum=-0.674;SC=CAGCCCTTTTCGTGTACTTGC;SOR=0.521;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=163;TCF=94;TCR=69;TR=78;WE=59211429;WS=59211411;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:118,121:0.51:239
chr11	59224608	rs1453544	A	G	3258.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.309;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=393;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.671;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=53;PP=1643;ReadPosRankSum=-0.389;SC=ACACACTCCTATGTACTTTCT;SOR=0.608;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=242;TCF=130;TCR=112;TR=108;WE=59224616;WS=59224598;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:217,166:0.43:383
chr11	59224720	rs1453543	A	G	13604.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=509;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=160;NR=160;PP=2965;SC=TCCTACAATGACTGCATGGCA;SOR=0.709;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=321;TCF=160;TCR=161;TR=320;WE=59224728;WS=59224710;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,498:1.00:498
chr11	59224885	rs1453542	G	C	3475.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.596;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=361;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.054;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=61;PP=2033;ReadPosRankSum=0.457;SC=TCTTGGGTGAGTGGTGGTTTG;SOR=0.740;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=240;TCF=120;TCR=120;TR=115;WE=59224893;WS=59224875;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:192,161:0.46:353
chr11	59225221	rs1453541	T	C	4540.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.174;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=505;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=79;NR=71;PP=2100;ReadPosRankSum=1.897;SC=CGGCCCTTCATGACGCTGCCC;SOR=0.692;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=293;TCF=156;TCR=137;TR=150;WE=59225229;WS=59225211;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:269,231:0.46:500
chr11	59272052	rs139971412	G	A	973.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=0.345;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=31;PP=648;ReadPosRankSum=1.407;SC=GCCAAGGCGGGTGGATCATGA;SOR=0.697;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=97;TCF=22;TCR=75;TR=40;WE=59272060;WS=59272042;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,44:0.41:107
chr11	59282861	rs17501584	A	G	3483.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.901;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=375;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.376;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=68;NR=55;PP=1767;ReadPosRankSum=0.194;SC=TCCATAGCGCAGATTTCTCTA;SOR=0.723;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=260;TCF=142;TCR=118;TR=123;WE=59282869;WS=59282851;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:191,177:0.48:368
chr11	59368218	.	C	CA	426.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.045;ClippingRankSum=0.000;DP=285;ExcessHet=3.0103;FS=3.077;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.04;MQRankSum=0.000;QD=1.73;ReadPosRankSum=-0.953;SOR=0.800;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:183,63:0.26:246
chr11	59369401	rs7106463	A	G	2442.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=20;NR=49;PP=1483;SC=CTTATTCTGGAAACTTTTAAC;SOR=1.609;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=69;TCF=20;TCR=49;TR=69;WE=59369409;WS=59369391;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr11	59417201	rs111578876	AT	A	61.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.444;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.81;ReadPosRankSum=1.003;SOR=0.706;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:60,16:0.21:76
chr11	59418194	rs138474380	G	A	720.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.448;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.499;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=14;PP=348;ReadPosRankSum=0.829;SC=TTCCGTATTTGAAACTAACTA;SOR=0.485;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=76;TCF=44;TCR=32;TR=29;WE=59418202;WS=59418184;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,42:0.37:114
chr11	59419124	.	C	CA	207.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.346;ClippingRankSum=0.000;DP=76;ExcessHet=3.0103;FS=1.036;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.85;ReadPosRankSum=-0.220;SOR=0.990;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:52,21:0.29:73
chr11	59420570	.	G	GT	105.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.700;ClippingRankSum=0.000;DP=89;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.99;ReadPosRankSum=1.075;SOR=0.627;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,17:0.32:53
chr11	59427010	.	G	GT	203.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.007;ClippingRankSum=0.000;DP=125;ExcessHet=3.0103;FS=1.054;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.26;MQRankSum=2.641;QD=2.61;ReadPosRankSum=-1.089;SOR=0.458;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:56,22:0.28:78
chr11	59480951	rs499033	T	C	7943.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.450;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=310;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.275;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=111;NR=88;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.027;SC=CGCTATAAACTGGTCATAAGC;SOR=0.427;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=202;TCF=112;TCR=90;TR=199;WE=59480959;WS=59480941;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,303:1.00:304
chr11	59558128	.	A	AT	35.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.572;ClippingRankSum=0.000;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.97;ReadPosRankSum=-1.311;SOR=0.641;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,8:0.22:37
chr11	59626477	rs370252349	TA	T	1074.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.097;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FS=3.191;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.06;MQRankSum=0.954;QD=6.68;ReadPosRankSum=-0.036;SOR=1.042;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:79,82:0.51:161
chr11	59631535	rs34528912	C	T	3317.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=3.036;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=339;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.536;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=68;PP=1619;ReadPosRankSum=1.436;SC=AGGTTTTAGGCGGATGTAGTT;SOR=0.881;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=203;TCF=79;TCR=124;TR=107;WE=59631543;WS=59631525;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:174,163:0.48:337
chr11	59834298	rs12221875	G	C	242.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.051;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.563;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=1;PP=193;ReadPosRankSum=1.625;SC=ATTGATGTTAGCCTCGCATCT;SOR=2.147;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=27;TCF=22;TCR=5;TR=11;WE=59834306;WS=59834288;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,11:0.41:27
chr11	59836887	rs2298584	A	G	595.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=4.433;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.623;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=0;PP=359;ReadPosRankSum=2.671;SC=TTGAGATACTATCTCTTCTAC;SOR=2.746;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=31;TCF=28;TCR=3;TR=17;WE=59836895;WS=59836877;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,21:0.62:34
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chr11	59863253	rs512555	C	T	1198.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-1.107;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.760;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=25;PP=499;ReadPosRankSum=-0.493;SC=TAGATTTATTCGCCTGATAAG;SOR=0.831;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=63;TCF=18;TCR=45;TR=34;WE=59863261;WS=59863243;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,58:0.55:106
chr11	59940396	rs595718	A	G	6143.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=46.90;SOR=2.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
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chr11	59940407	rs592346	A	G	7144.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.57;SOR=1.952;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,164:1.00:164
chr11	59940599	rs7232	T	A	3208.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.145;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=389;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.783;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=59;PP=1407;ReadPosRankSum=-1.013;SC=AGAGAGAGAGTTCCCTGAAAG;SOR=0.644;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=240;TCF=96;TCR=144;TR=100;WE=59940607;WS=59940589;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:218,164:0.43:382
chr11	59942757	rs662196	C	T	80.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.173;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=6.21;ReadPosRankSum=-0.522;SOR=0.330;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,5:0.38:13
chr11	59942815	rs7935829	A	G	638.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.881;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.86;ReadPosRankSum=-0.712;SOR=0.916;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,32:0.74:43
chr11	59943109	rs2278867	A	T	140.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.997;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=6;PP=96;ReadPosRankSum=-0.658;SC=TTGGGTAAGGATCATTGCTAA;SOR=0.859;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=17;TCF=3;TCR=14;TR=7;WE=59943117;WS=59943099;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,7:0.41:17
chr11	59945745	rs12453	T	C	2190.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.048;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.986;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=30;PP=1137;ReadPosRankSum=-1.198;SC=AAAGCTTGGTTAACCTTTTCT;SOR=0.514;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=149;TCF=87;TCR=62;TR=67;WE=59945753;WS=59945735;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:120,107:0.47:227
chr11	59946302	rs598862	C	T	13815.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=391;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=106;NR=138;PP=2962;SC=TCACCATACTCTAAACATCAA;SOR=0.901;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=246;TCF=107;TCR=139;TR=244;WE=59946319;WS=59946292;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,389:1.00:389
chr11	59946310	rs5792172	CA	C	2615.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.506;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=363;ExcessHet=3.0103;FS=0.920;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.06;MQRankSum=0.854;QD=8.33;ReadPosRankSum=-0.248;SOR=0.768;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:142,172:0.55:314
chr11	59946466	rs587634	T	A	1053.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=28;PP=795;SC=TGTAGTGTAATGTAGTAGCTT;SOR=4.743;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=29;TCF=1;TCR=28;TR=29;WE=59946474;WS=59946456;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr11	59947252	rs583791	C	T	2654.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.352;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=236;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.635;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=23;PP=1175;ReadPosRankSum=-0.419;SC=AAGCTATTGGCATCTTCCTCC;SOR=0.846;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=145;TCF=96;TCR=49;TR=74;WE=59947260;WS=59947242;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:108,123:0.53:231
chr11	59997223	rs11230202	A	G	338.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.730;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.311;HP=3;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=6;PP=206;ReadPosRankSum=-0.587;SC=GTGATAGAATATTATATATTT;SOR=0.406;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=39;TCF=29;TCR=10;TR=18;WE=59997231;WS=59997213;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,18:0.40:45
chr11	59997296	rs11230203	G	A	1554.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.073;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.596;HP=1;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=17;PP=901;ReadPosRankSum=-1.012;SC=GTATTATGAGGCTAGCGGGAC;SOR=0.773;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=116;TCF=82;TCR=34;TR=56;WE=59997304;WS=59997286;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:93,75:0.45:168
chr11	59997335	rs608659	T	C	7419.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=289;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=102;NR=56;PP=2792;SC=TCTGATCAAATGTGAGTTTAC;SOR=1.142;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=158;TCF=102;TCR=56;TR=158;WE=59997343;WS=59997325;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,281:1.00:281
chr11	60050125	rs10792260	A	G	2399.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.819;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=244;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.566;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=47;PP=1120;ReadPosRankSum=0.512;SC=CAGATGTCTCAATATAGGAAT;SOR=0.799;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=149;TCF=56;TCR=93;TR=72;WE=60050133;WS=60050115;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:123,116:0.49:239
chr11	60057715	rs4939331	A	G	906.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=23;PP=610;SC=GATTATAAACAGTAATTTATG;SOR=2.448;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=6;TCR=23;TR=29;WE=60057723;WS=60057705;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr11	60060016	rs2044981	T	C	260.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=3.676;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=9;PP=181;ReadPosRankSum=-0.088;SC=AACTATATAGTATTCTGTCAC;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=2;TCR=19;TR=9;WE=60060024;WS=60060006;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,10:0.48:21
chr11	60070176	rs6591561	A	G	4077.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.334;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=415;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.520;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=71;PP=1780;ReadPosRankSum=1.023;SC=TCATGGGACTATGTCCATCTT;SOR=0.766;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=257;TCF=117;TCR=140;TR=127;WE=60070184;WS=60070166;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:202,201:0.50:403
chr11	60073597	rs4644658	C	T	5659.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=91;NR=55;PP=2801;SC=GGTGCTCCTCCTAAGTGTGCT;SOR=1.114;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=153;TCF=92;TCR=61;TR=146;WE=60073605;WS=60073587;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,207:1.00:207
chr11	60073702	rs3018806	A	T	8037.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=316;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=82;NR=98;PP=2965;SC=TTTGAAGATGACTGTATTAGT;SOR=0.802;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=180;TCF=82;TCR=98;TR=180;WE=60073710;WS=60073692;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,308:1.00:308
chr11	60102790	rs1443250	G	A	661.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=18;NR=3;PP=501;SC=TTTCTTTTACGAAAGTAATGG;SOR=3.258;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=18;TCR=3;TR=21;WE=60102798;WS=60102785;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr11	60107470	rs2289612	C	A	1738.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.173;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.583;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=37;PP=848;ReadPosRankSum=-0.345;SC=CTTAATCTTGCCTAGTGTATC;SOR=0.787;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=121;TCF=42;TCR=79;TR=55;WE=60107478;WS=60107460;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,83:0.49:169
chr11	60152482	rs2233243	A	G	805.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.758;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=9;PP=422;ReadPosRankSum=-0.433;SC=TATACTCTTTATACTTTACCG;SOR=0.693;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=59;TCF=40;TCR=19;TR=29;WE=60152490;WS=60152472;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,38:0.50:76
chr11	60152563	rs950803	T	A	6574.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=2.321;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=252;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.526;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=90;NR=61;PP=2965;ReadPosRankSum=0.350;SC=TCTTGTAGACTGTCCAGATCC;SOR=0.610;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=153;TCF=90;TCR=63;TR=151;WE=60152571;WS=60152553;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,249:1.00:250
chr11	60152584	rs950802	G	A	2900.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.197;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=265;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.711;HP=3;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=39;PP=1407;ReadPosRankSum=0.373;SC=TGTGTTGCCTGTTGATTTCAA;SOR=0.887;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=163;TCF=89;TCR=74;TR=91;WE=60152592;WS=60152574;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:122,141:0.54:263
chr11	60157107	rs2233252	T	G	10862.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.632;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=412;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=116;NR=124;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.636;SC=TCATGTGAAATCTCTGTGTCT;SOR=0.738;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=242;TCF=117;TCR=125;TR=240;WE=60157115;WS=60157097;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,409:1.00:411
chr11	60157166	rs2233253	C	T	7051.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.738;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=272;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=78;NR=100;PP=2965;ReadPosRankSum=0.755;SC=TTGGTCGGTCCGAATGCCTGG;SOR=0.931;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=182;TCF=79;TCR=103;TR=178;WE=60157174;WS=60157156;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,269:0.99:271
chr11	60163958	rs6591579	G	A	2416.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=62;NR=16;PP=1743;SC=GCTCATCTCTGAGGGCTCCAT;SOR=2.625;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=79;TCF=63;TCR=16;TR=78;WE=60163966;WS=60163948;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr11	60164204	rs2241920	G	A	5440.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=47;NR=107;PP=2965;SC=GTCCTCTCCAGTCAATAGGTC;SOR=1.475;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=157;TCF=47;TCR=110;TR=154;WE=60164212;WS=60164194;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,205:1.00:205
chr11	60164302	rs2241921	C	T	856.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=24;PP=628;SC=GTTAATTCTACTTTTCCCCCT;SOR=3.841;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=27;TCF=3;TCR=24;TR=27;WE=60164310;WS=60164292;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr11	60165352	rs3217518	ATT	A	27259.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=613;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=59;NR=189;PP=2950;SC=TGCTCTAATCATTGTGGGCTT;SOR=0.696;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=249;TCF=60;TCR=189;TR=248;WE=60165361;WS=60165342;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,609:1.00:609
chr11	60172087	rs10750937	C	T	14920.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=581;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=177;NR=160;PP=2965;SC=CAAGTATCCACGGCCCCAAGA;SOR=0.769;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=338;TCF=178;TCR=160;TR=337;WE=60172095;WS=60172077;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,573:1.00:573
chr11	60172273	rs10897057	A	T	1553.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-2.377;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=44;PP=1159;ReadPosRankSum=1.467;SC=CATAGCTCCCAATCCTTCTTC;SOR=3.180;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=48;TCF=3;TCR=45;TR=47;WE=60172281;WS=60172263;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,51:0.98:52
chr11	60173360	rs4938941	A	G	4592.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=84;NR=52;PP=2481;SC=CATTATTTGCAGGGAATTTTG;SOR=1.134;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=138;TCF=85;TCR=53;TR=136;WE=60173368;WS=60173350;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,177:1.00:177
chr11	60173554	rs4939353	A	G	3242.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=25;NR=64;PP=1951;SC=TTAGTAGGAAAAGCAGCATGC;SOR=1.650;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=89;TCF=25;TCR=64;TR=89;WE=60173562;WS=60173544;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr11	60182970	rs7131283	A	T	4036.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=77;NR=32;PP=2253;SC=CCCAGAAGAAAATGATCAATT;SOR=1.577;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=110;TCF=78;TCR=32;TR=109;WE=60182978;WS=60182960;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,146:1.00:146
chr11	60184191	rs3825020	G	A	14315.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=531;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=175;NR=189;PP=2965;SC=ATCTAAAGATGGACAAGTTAA;SOR=0.744;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=368;TCF=178;TCR=190;TR=364;WE=60184199;WS=60184181;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,523:1.00:523
chr11	60198328	rs708229	C	T	1188.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.823;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.692;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=16;PP=617;ReadPosRankSum=-1.047;SC=TCCTTTTCACCTTGTTAAAAC;SOR=0.605;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=89;TCF=57;TCR=32;TR=43;WE=60198336;WS=60198318;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,57:0.47:120
chr11	60201232	rs3763845	T	C	1682.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.605;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=15;PP=712;ReadPosRankSum=1.076;SC=TCTTATTCTATTTCAGATAAT;SOR=0.686;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=111;TCF=70;TCR=41;TR=46;WE=60201240;WS=60201222;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:92,82:0.47:174
chr11	60202631	rs11826680	C	T	31.78	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.431;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=4.771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=10.59;ReadPosRankSum=-0.000;SOR=2.225;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,2:0.67:3
chr11	60202747	rs894590	C	A	991.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=19;NR=9;PP=494;SC=CAAAAGAGGCCTAAAAAGAAA;SOR=1.329;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=28;TCF=19;TCR=9;TR=28;WE=60202755;WS=60202737;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr11	60202798	rs11377519	C	CA	275.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.820;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=2.780;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.07;ReadPosRankSum=-0.932;SOR=0.735;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,18:0.46:39
chr11	60202892	rs4938945	G	T	146.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=1.734;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.008;HP=5;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-1.140;NF=1;NR=6;PP=119;ReadPosRankSum=0.145;SC=ATAAATGAGGGGGGAGGAGCC;SOR=2.303;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=15;TCF=4;TCR=11;TR=7;WE=60202900;WS=60202882;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,7:0.39:18
chr11	60264755	rs2298551	G	A	8705.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.678;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=333;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=153;NR=64;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.744;SC=CTGGATAAACGTATCACTTTT;SOR=0.593;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=218;TCF=154;TCR=64;TR=217;WE=60264763;WS=60264745;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,320:1.00:321
chr11	60264947	rs2298552	C	T	9600.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.956;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=366;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=94;NR=177;PP=2965;ReadPosRankSum=0.332;SC=CTCAGCCCTACGGCATCACAT;SOR=1.288;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=271;TCF=94;TCR=177;TR=271;WE=60264955;WS=60264937;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,357:0.99:359
chr11	60265002	rs2298553	C	T	6854.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=255;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=57;NR=122;PP=2965;SC=AGGAAATATACAAATGATAAA;SOR=1.376;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=179;TCF=57;TCR=122;TR=179;WE=60265010;WS=60264992;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,251:1.00:251
chr11	60265164	rs2298554	G	A	1170.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=26;PP=749;SC=AGTTCTGAACGTTATTCTGAA;SOR=2.093;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=7;TCR=26;TR=33;WE=60265172;WS=60265154;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr11	60268679	rs2186918	G	C	9599.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=356;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=90;NR=134;PP=2965;SC=TAGAACACCAGTCCTTCTTGG;SOR=0.980;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=224;TCF=90;TCR=134;TR=224;WE=60268687;WS=60268669;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,353:1.00:353
chr11	60268736	rs2298555	C	A	4586.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=44;NR=90;PP=2726;SC=CTATCTCCAGCCAATTCACAA;SOR=1.459;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=134;TCF=44;TCR=90;TR=134;WE=60268744;WS=60268726;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,167:1.00:167
chr11	60271325	rs2298556	A	T	3492.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=25;NR=62;PP=1773;SC=TGCCTGCTCTATTTTCAGTCC;SOR=1.434;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=87;TCF=25;TCR=62;TR=87;WE=60271333;WS=60271315;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,129:1.00:129
chr11	60274393	rs2298558	G	A	7310.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.238;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=265;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.164;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NR=94;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.728;SC=TCCTACTATCGGCTTACCAGA;SOR=0.348;Source=Platypus;TCR=95;WE=60274401;WS=60274383;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,258:1.00:259
chr11	60274640	rs2298559	T	C	9770.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=357;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=81;NR=171;PP=2965;SC=GGAGAAAAACTACTTGCAAAA;SOR=1.445;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=253;TCF=82;TCR=171;TR=252;WE=60274648;WS=60274630;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,348:1.00:348
chr11	60285575	rs10736706	A	G	4438.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=45;NR=50;PP=1689;SC=CATCTTTCACATTTTCATGTG;SOR=0.752;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=95;TCF=45;TCR=50;TR=95;WE=60285583;WS=60285565;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,173:1.00:173
chr11	60291413	rs6591595	C	T	2291.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=28;NR=24;PP=962;SC=ACAAAGTATCCGACTCGATCT;SOR=0.812;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=52;TCF=28;TCR=24;TR=52;WE=60291421;WS=60291403;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr11	60309947	rs4939400	A	T	1534.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=36;NR=9;PP=1043;SC=GTTGTATAATATTAAGAAACA;SOR=2.259;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=45;TCF=36;TCR=9;TR=45;WE=60309955;WS=60309937;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr11	60310083	rs11230378	A	T	5849.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.539;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=74;NR=70;PP=2410;ReadPosRankSum=-0.684;SC=GCTGTTGCTGATGCCTGGTGT;SOR=0.719;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=147;TCF=75;TCR=72;TR=144;WE=60310091;WS=60310073;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,229:0.99:231
chr11	60504424	rs11363998	CT	C	302.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.194;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FS=2.838;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.13;MQRankSum=2.460;QD=1.94;ReadPosRankSum=0.000;SOR=1.071;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:103,53:0.34:156
chr11	60531346	rs1032939	T	G	3378.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=2.229;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.286;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=48;PP=1650;ReadPosRankSum=-0.680;SC=GAGCCACCGCTGGGGGCACAG;SOR=0.449;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=91;TCF=43;TCR=48;TR=90;WE=60531354;WS=60531336;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,129:0.99:130
chr11	60534901	rs4939450	G	C	1192.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-2.380;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=6;PP=792;ReadPosRankSum=-1.214;SC=CTTTCCCAGTGGCCAACAAGC;SOR=0.784;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=77;TCF=63;TCR=14;TR=41;WE=60534909;WS=60534891;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,48:0.55:88
chr11	60543367	rs17628721	C	G	628.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=20;PP=559;SC=CACACTTTCCCCAGTGCTTTC;SOR=4.255;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=21;TCF=1;TCR=20;TR=21;WE=60543375;WS=60543357;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr11	60559805	rs931861	A	G	4784.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=-0.595;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=490;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.521;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=70;PP=1825;ReadPosRankSum=-0.755;SC=GTGAGTGGGCACACTGAGATC;SOR=0.752;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=258;TCF=119;TCR=139;TR=127;WE=60559813;WS=60559795;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:244,243:0.50:487
chr11	60561613	rs751026	C	T	1257.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.670;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.639;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=32;PP=700;ReadPosRankSum=-0.108;SC=CTGACTTCAGCGAAGGTGCTG;SOR=0.793;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=115;TCF=45;TCR=70;TR=52;WE=60561621;WS=60561603;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,63:0.44:142
chr11	60565921	rs12419635	C	T	2724.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.951;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=267;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.445;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=51;PP=1292;ReadPosRankSum=0.251;SC=AAAGGCCTGCCGGTGGAGCCC;SOR=0.739;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=175;TCF=82;TCR=93;TR=96;WE=60565929;WS=60565911;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:134,133:0.50:267
chr11	60567275	rs579967	G	A	12398.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.657;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=488;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=160;NR=126;PP=2965;ReadPosRankSum=2.027;SC=AGCTGCTGTTGCTATTAATAT;SOR=0.831;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=288;TCF=161;TCR=127;TR=286;WE=60567283;WS=60567265;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,477:1.00:479
chr11	60617646	rs495949	T	C	32187.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=1238;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=345;NR=323;PP=2965;SC=AGGCTGCAGCTGCACTAATGT;SOR=0.725;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=670;TCF=345;TCR=325;TR=668;WE=60617654;WS=60617636;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,1227:1.00:1227
chr11	60620166	rs55642873	T	TGCG	926.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.103;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=6;PP=527;ReadPosRankSum=1.161;SC=GTGGAGGAGGTGCGGCGGCGG;SOR=0.833;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=32;TCF=17;TCR=15;TR=12;WE=60620174;WS=60620156;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,21:0.47:45
chr11	60620585	rs2467642	A	G	12450.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=279;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.95;SOR=0.959;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,277:1.00:277
chr11	60620590	rs2428461	C	G	12844.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=295;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.84;SOR=0.943;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,293:1.00:293
chr11	60635091	rs550479	T	C	5663.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=86;NR=68;PP=2707;SC=TACTGCTGGTTGCCACCCTGG;SOR=0.910;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=154;TCF=86;TCR=68;TR=154;WE=60635099;WS=60635081;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,211:1.00:211
chr11	60637164	rs489172	C	T	13151.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=1.440;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1431;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.109;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=216;NR=166;PP=2962;ReadPosRankSum=1.430;SC=TCTGTCTCAACCCCACAAACC;SOR=0.810;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=837;TCF=457;TCR=380;TR=382;WE=60637172;WS=60637154;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:764,644:0.46:1408
chr11	60638461	rs10897122	C	T	8953.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.611;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=840;ExcessHet=3.0103;FS=0.523;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.74;ReadPosRankSum=-0.537;SOR=0.664;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:409,425:0.51:834
chr11	60638470	rs566411	A	G	32408.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=932;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=344;NR=238;PP=2962;SC=TCGTCCTCGTAGTGTCCCAAG;SOR=0.958;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=582;TCF=344;TCR=238;TR=582;WE=60638478;WS=60638451;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,921:1.00:921
chr11	60640480	rs2072098	C	A	800.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-5.363;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.463;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=3;PP=560;ReadPosRankSum=0.050;SC=CTGAGCCTGCCTTGGAAATGC;SOR=0.148;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=59;TCF=55;TCR=4;TR=31;WE=60640488;WS=60640470;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,34:0.52:65
chr11	60642325	rs2074418	G	A	4201.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.866;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=430;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=85;NR=48;PP=2079;ReadPosRankSum=-0.474;SC=GGCCCAGCTCGGGGATTCCAT;SOR=0.720;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=266;TCF=168;TCR=98;TR=133;WE=60642333;WS=60642315;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:219,203:0.48:422
chr11	60666116	rs3763841	G	T	1798.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-1.245;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.591;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=36;PP=863;ReadPosRankSum=-2.027;SC=GGAGGGAAGAGAGACCTGTGG;SOR=0.641;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=120;TCF=44;TCR=76;TR=56;WE=60666124;WS=60666106;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,85:0.53:160
chr11	60666341	rs3763840	G	A	993.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.364;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.792;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=17;PP=328;ReadPosRankSum=0.919;SC=TACAGCAGCCGGAGGTCTCAT;SOR=0.627;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=113;TCF=60;TCR=53;TR=32;WE=60666349;WS=60666331;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:115,60:0.34:175
chr11	60670846	rs2240045	C	T	1170.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.415;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.508;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=18;PP=539;ReadPosRankSum=-0.051;SC=CTAAATAATGCTCCATCCTTC;SOR=0.536;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=134;TCF=81;TCR=53;TR=42;WE=60670854;WS=60670836;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:147,70:0.32:217
chr11	60673868	rs17155470	T	C	1586.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.427;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.86;ReadPosRankSum=1.472;SOR=0.659;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:114,88:0.44:202
chr11	60687572	rs4939478	G	C	287.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=2.817;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.222;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=12;PP=265;ReadPosRankSum=0.953;SC=TTATTTGATTGCTGTCCTAGG;SOR=2.636;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=1;TCR=19;TR=12;WE=60687580;WS=60687562;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,11:0.50:22
chr11	60689445	rs555835	T	C	9140.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.400;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=349;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.145;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=109;NR=122;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.622;SC=GGTCGGTGCCTGACCCTTCCA;SOR=0.483;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=234;TCF=111;TCR=123;TR=231;WE=60689453;WS=60689435;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,344:0.99:347
chr11	60695301	rs575123	C	A	3318.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=18;NR=66;PP=2058;SC=CACACCCTGCCGGCACTGCTC;SOR=2.024;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=86;TCF=19;TCR=67;TR=84;WE=60695309;WS=60695291;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr11	60696554	rs112814977	CAAACT	C	1733.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.282;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.032;NF=0;NR=29;PP=1336;ReadPosRankSum=-1.611;SC=ATGTGTCCACCAAACTAAACT;SOR=0.818;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=71;TCF=0;TCR=71;TR=29;WE=60696566;WS=60696544;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,46:0.49:93
chr11	60697905	rs4939480	T	C	2914.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.471;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=298;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.426;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=43;PP=1486;ReadPosRankSum=-1.312;SC=TGGCTTTGGCTCCTTGTCTTT;SOR=0.739;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=201;TCF=116;TCR=85;TR=101;WE=60697913;WS=60697895;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:153,141:0.48:294
chr11	60698054	rs2074416	G	A	3140.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.533;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=347;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.293;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=58;PP=1542;ReadPosRankSum=-1.110;SC=CTGCCAAGCTGGACCGCTTCA;SOR=0.789;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=225;TCF=98;TCR=127;TR=102;WE=60698062;WS=60698044;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:187,158:0.46:345
chr11	60700991	rs512233	A	G	414.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-1.322;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.073;HP=5;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=6;PP=235;ReadPosRankSum=-0.286;SC=TAGCCCGCCCACCTGCCCTCT;SOR=0.212;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=34;TCF=25;TCR=9;TR=17;WE=60700999;WS=60700981;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,21:0.52:40
chr11	60701136	rs9513	C	G	1206.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.568;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.289;HP=5;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=21;PP=503;ReadPosRankSum=2.350;SC=TGTGGGCCCCCCTGCTACCGC;SOR=0.770;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=85;TCF=43;TCR=42;TR=40;WE=60701144;WS=60701126;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,63:0.42:150
chr11	60701920	rs2469884	C	T	107.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-0.305;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=0;PP=48;ReadPosRankSum=0.487;SC=GCTGGGGCCGCTCAGCGCTGA;SOR=1.085;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=24;TCF=19;TCR=5;TR=5;WE=60701928;WS=60701912;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,7:0.27:26
chr11	60701987	rs7715	G	A	573.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=3.816;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.214;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=3;PP=392;ReadPosRankSum=0.006;SC=CAGAGGCGTCGGATGAGGCCG;SOR=1.314;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=62;TCF=50;TCR=12;TR=24;WE=60701995;WS=60701977;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,27:0.40:68
chr11	60702346	rs555622	GA	TT	1263.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=0.098;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;JOINED;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=17;PP=869;ReadPosRankSum=-0.682;SC=GTGTGTGGGGGAGTTGTGCGG;SOR=0.793;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=48;TCF=18;TCR=30;TR=28;WE=60702355;WS=60702336;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,33:0.52:64
chr11	60703076	rs11230522	C	T	71.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.912;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=3;PP=59;ReadPosRankSum=0.308;SC=TGGAGGTGATCAAGCAGTGGC;SOR=0.321;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=19;TCF=6;TCR=13;TR=5;WE=60703084;WS=60703066;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,5:0.23:22
chr11	60703260	rs525574	A	G	291.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.63;BaseQRankSum=1.148;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=0;PP=62;ReadPosRankSum=0.206;SC=CATGTGGCCTATCTCTGTGGG;SOR=0.527;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=8;TCR=0;TR=4;WE=60703268;WS=60703250;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,12:0.67:18
chr11	60703777	rs55920775	G	A	2867.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.442;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=277;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=45;PP=1502;ReadPosRankSum=-0.229;SC=GGAGGAGACCGAAGCCAGGGA;SOR=0.666;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=192;TCF=96;TCR=96;TR=91;WE=60703785;WS=60703767;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:142,132:0.48:274
chr11	60704213	rs2469887	C	T	1778.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.781;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.59;ReadPosRankSum=-1.198;SOR=0.689;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:82,86:0.51:168
chr11	60705454	rs2905692	A	G	7584.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=278;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=64;NR=117;PP=2965;SC=CCATGATGGCACCCTGCATGG;SOR=1.204;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=181;TCF=64;TCR=117;TR=181;WE=60705462;WS=60705444;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,276:1.00:276
chr11	60707243	rs515587	G	A	1199.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.490;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FS=0.908;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.95;ReadPosRankSum=-0.011;SOR=0.557;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,58:0.67:86
chr11	60750048	rs2905506	T	C	4800.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=86;NR=50;PP=2697;SC=CCCCACTCCATTTGGTGTGCT;SOR=1.307;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=136;TCF=86;TCR=50;TR=136;WE=60750056;WS=60750038;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,175:1.00:175
chr11	60750240	rs3019541	G	A	5523.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=79;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=60;NR=94;PP=2965;SC=GGAGGAAAGCGAGGTGCGAAG;SOR=1.156;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=155;TCF=60;TCR=95;TR=154;WE=60750248;WS=60750230;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,201:1.00:201
chr11	60750298	rs72195127	GTCTGCAGGGAC	G	2867.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=38;PP=2957;SC=GAGAAGCCCAGTCTGCAGGGA;SOR=3.091;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=42;TCF=2;TCR=40;TR=40;WE=60750316;WS=60750288;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr11	60775007	rs4939485	C	T	602.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.466;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.869;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=9;PP=256;ReadPosRankSum=-0.243;SC=CCACCGGTCTCAGCTCTCTGG;SOR=0.858;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=50;TCF=28;TCR=22;TR=21;WE=60775015;WS=60774997;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,32:0.41:78
chr11	60776103	rs61899223	T	C	6293.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.047;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=629;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.520;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=101;NR=76;PP=2832;ReadPosRankSum=1.301;SC=GCGATGACACTTGGGACCTGG;SOR=0.750;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=356;TCF=198;TCR=158;TR=177;WE=60776111;WS=60776093;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:318,308:0.49:626
chr11	60776209	rs11230563	C	T	4518.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.779;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=379;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.222;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=76;PP=2493;ReadPosRankSum=-2.182;SC=GCCTATCCACCGGGACCAGGT;SOR=0.615;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=262;TCF=123;TCR=139;TR=142;WE=60776217;WS=60776194;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:170,202:0.54:372
chr11	60776306	rs2074225	CG	TC	7259.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.327;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=347;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.389;HP=3;HapScore=1;JOINED;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=62;PP=2944;ReadPosRankSum=-0.571;SC=GACGCGGGCGCGGTGTGCTCA;SOR=0.668;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=213;TCF=99;TCR=114;TR=117;WE=60776315;WS=60776296;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:158,187:0.54:345
chr11	60776334	rs2905518	A	G	9890.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=378;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=102;NR=120;PP=2965;SC=GGGCGGAGTCACTGAAGCCCG;SOR=0.811;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=222;TCF=102;TCR=120;TR=222;WE=60776342;WS=60776324;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,375:1.00:375
chr11	60776484	rs2074226	T	C	816.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.745;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.028;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=23;PP=543;ReadPosRankSum=1.166;SC=GAGAAAGTGGTAAATGCCCCC;SOR=0.543;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=58;TCF=14;TCR=44;TR=32;WE=60776492;WS=60776474;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,36:0.52:69
chr11	60778650	rs10528068	C	CGTGTGTGT,CGTGTGTGTGTGTGT	5715.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.050;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=403;ExcessHet=3.0103;FS=1.964;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.21;MQRankSum=0.000;QD=27.88;ReadPosRankSum=-0.244;SOR=1.295;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:24,113,68:0.55,0.33:205
chr11	60783108	rs2074229	C	T	8092.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=0.301;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=777;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.527;HP=1;HapScore=2;MGOF=32;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=152;NR=82;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.581;SC=TCACCTCTGCCGTTCATACTC;SOR=0.736;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=465;TCF=299;TCR=166;TR=234;WE=60783116;WS=60783098;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:381,393:0.51:774
chr11	60783126	rs3019556	C	T	41373.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=924;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.17;SOR=0.963;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,916:1.00:916
chr11	60783135	rs3019557	A	G	42987.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=1012;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.94;SOR=0.868;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,1001:1.00:1001
chr11	60784934	rs2074231	A	G	695.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.857;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.768;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=9;PP=400;ReadPosRankSum=-0.556;SC=CCTCCCCACCACCGCCTCTGC;SOR=0.835;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=79;TCF=53;TCR=26;TR=30;WE=60784942;WS=60784924;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,39:0.35:110
chr11	60785038	rs2074232	A	G	2314.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.053;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=259;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.465;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=28;PP=1148;ReadPosRankSum=1.596;SC=TCAGGATGGGAAGGGGTGTGA;SOR=0.632;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=149;TCF=93;TCR=56;TR=71;WE=60785046;WS=60785028;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:140,114:0.45:254
chr11	60785352	rs1050922	A	G	3850.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.112;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=379;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.788;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=76;PP=1966;ReadPosRankSum=-0.717;SC=GCACCTCTTCAGGGGAGGATT;SOR=0.738;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=230;TCF=79;TCR=151;TR=115;WE=60785360;WS=60785342;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:193,183:0.49:376
chr11	60785723	rs59258857	T	C	411.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.964;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=5;PP=251;ReadPosRankSum=-1.554;SC=GAAGTGGCTGTGTGCTGGCAG;SOR=0.616;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=30;TCF=22;TCR=8;TR=18;WE=60785731;WS=60785713;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,19:0.53:36
chr11	60785952	rs144632420	C	CAAGGGGAAAAGGAGAAAGG	956.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=-0.950;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=4.804;NF=0;NR=11;PP=2897;ReadPosRankSum=-1.070;SC=TGCATTCGCTCAAGGGGAAAA;SOR=0.610;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=38;TCF=1;TCR=37;TR=11;WE=60785960;WS=60785942;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,29:0.51:57
chr11	60886519	rs79811054	T	C	5209.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=2.014;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=557;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=97;PP=2623;ReadPosRankSum=1.977;SC=CCCAGTTACATTGGAATTTCT;SOR=0.668;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=350;TCF=133;TCR=217;TR=157;WE=60886527;WS=60886509;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:298,251:0.46:549
chr11	60886913	rs2241002	C	T	4084.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.646;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=468;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.096;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=66;PP=1871;ReadPosRankSum=1.626;SC=GCCCAAGACCCAGGGGAGCCA;SOR=0.617;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=290;TCF=140;TCR=150;TR=132;WE=60886921;WS=60886903;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:250,206:0.45:456
chr11	60890408	rs117646548	G	A	2178.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.552;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=26;PP=1035;ReadPosRankSum=-0.301;SC=AGGCCTGGCCGCAGGCACGGT;SOR=0.701;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=130;TCF=84;TCR=46;TR=72;WE=60890416;WS=60890398;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,103:0.57:182
chr11	60890563	rs4245224	C	T	2486.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.438;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=254;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.547;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=46;PP=1151;ReadPosRankSum=-0.287;SC=AGGGGCTGCACTAGAGTCCTC;SOR=0.820;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=158;TCF=64;TCR=94;TR=74;WE=60890571;WS=60890553;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:125,122:0.49:247
chr11	60891283	rs7103357	A	G	326.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.028;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=44;PP=1173;ReadPosRankSum=1.036;SC=GCCCAGCCCCATCCCCACCCC;SOR=0.954;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=104;TCF=12;TCR=92;TR=44;WE=60891291;WS=60891273;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,48:0.45:106
chr11	60891310	rs7106643	T	C	7015.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=287;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=60;NR=136;PP=2965;SC=CCCCCACCCATACCTGCCCCC;SOR=1.459;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=196;TCF=60;TCR=136;TR=196;WE=60891318;WS=60891300;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,260:1.00:260
chr11	60891421	rs12364279	C	T	5728.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=-1.016;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=599;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=77;NR=99;PP=2826;ReadPosRankSum=-0.191;SC=TAAGTGTCCCCGGAGGCAGGA;SOR=0.736;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=335;TCF=151;TCR=184;TR=176;WE=60891429;WS=60891411;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:294,292:0.50:586
chr11	60892606	rs637186	A	G	14109.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=547;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=120;NR=166;PP=2965;SC=AGGAACTCCCACCTGTCAGCT;SOR=0.874;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=286;TCF=120;TCR=166;TR=286;WE=60892614;WS=60892596;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,539:1.00:539
chr11	60893235	rs2229177	C	T	6985.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.940;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=674;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=96;NR=112;PP=2962;ReadPosRankSum=0.157;SC=CTGGAAGGGGCTCTGCATCGC;SOR=0.699;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=397;TCF=182;TCR=215;TR=208;WE=60893243;WS=60893225;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:321,343:0.52:664
chr11	60899767	rs754382	A	G	3183.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=41;NR=42;SC=AGGCATGGCTAATGGTGGCTG;SOR=0.798;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=86;TCF=41;TCR=45;TR=83;WE=60899775;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr11	60906450	rs508970	A	G	1280.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=3.203;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=12.679;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=39;PP=921;ReadPosRankSum=-1.191;SC=GAGAGGCAGAAATCTCTGAGA;SOR=2.054;SbPval=0.96;Source=Platypus;TC=83;TCF=16;TCR=67;TR=43;WE=60906458;WS=60906440;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,51:0.54:95
chr11	61044021	.	TA	T	128.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.418;ClippingRankSum=0.000;DP=191;ExcessHet=3.0103;FS=2.850;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.98;MQRankSum=0.521;QD=0.72;ReadPosRankSum=0.419;SOR=1.077;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:134,45:0.25:179
chr11	61045821	rs117994695	G	T	1436.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.518;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.792;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=13;PP=756;ReadPosRankSum=-0.570;SC=ACCCCCAAAGGTTAAGAAAAC;SOR=0.822;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=80;TCF=56;TCR=24;TR=45;WE=61045829;WS=61045811;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,66:0.63:105
chr11	61100308	rs2512810	G	C	1532.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=29.48;SOR=2.393;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr11	61106525	rs2512809	C	T	1399.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=25;NR=10;PP=768;SC=CACTCCACTCCTTCCACCTCC;SOR=1.519;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=35;TCF=25;TCR=10;TR=35;WE=61106533;WS=61106515;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr11	61106892	rs2513329	G	C	5283.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=48;NR=95;PP=2443;SC=TGTGCGGCACGGTGCTTATAC;SOR=1.387;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=143;TCF=48;TCR=95;TR=143;WE=61106900;WS=61106882;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,203:1.00:203
chr11	61108974	rs2260655	G	A	4567.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=45;NR=87;PP=2655;SC=GAACGTGGTCGCCAAGGCCAT;SOR=1.433;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=132;TCF=45;TCR=87;TR=132;WE=61108982;WS=61108964;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,168:1.00:168
chr11	61110169	rs4939514	A	C	16657.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=604;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=202;NR=231;PP=2965;SC=ACCCCTCCTAAACCTCTGGGG;SOR=0.792;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=434;TCF=202;TCR=232;TR=433;WE=61110177;WS=61110159;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,594:1.00:594
chr11	61111831	rs145461522	CTT	C,CT	2131.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.099;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FS=3.864;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.10;MQRankSum=0.427;QD=14.60;ReadPosRankSum=1.035;SOR=1.321;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:16,91,39:0.62,0.27:146
chr11	61112802	rs2305465	C	T	7095.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=262;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=100;NR=79;PP=2965;SC=AGTTGTCTGTCCTGCTCCTGG;SOR=0.943;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=180;TCF=100;TCR=80;TR=179;WE=61112810;WS=61112792;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,257:1.00:257
chr11	61123965	rs76030461	A	G	2534.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=32;NR=27;PP=1272;SC=GTCCAGCCTGAGCCCTATCCC;SOR=0.924;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=59;TCF=32;TCR=27;TR=59;WE=61123973;WS=61123955;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr11	61165280	rs3741265	G	A	2016.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=40;NR=17;PP=1029;SC=GAAAGATGCCGCTCAGTATTA;SOR=1.379;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=57;TCF=40;TCR=17;TR=57;WE=61165288;WS=61165270;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr11	61165731	rs11382548	C	CA	11549.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.742;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=260;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.132;NF=33;NR=71;PP=2957;ReadPosRankSum=-0.156;SC=TTTCTGCCATCGTATGGACAG;SOR=0.782;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=106;TCF=33;TCR=73;TR=104;WE=61165749;WS=61165721;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,257:0.99:259
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chr11	61179285	rs3019198	G	A	4481.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=50;NR=37;PP=1688;SC=ACTTGGCTTCGATGCCATGAA;SOR=0.867;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=87;TCF=50;TCR=37;TR=87;WE=61179293;WS=61179275;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,172:1.00:172
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chr11	61204361	rs896831	A	C	3668.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=2.295;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=41;PP=1703;ReadPosRankSum=1.916;SC=ATAAGTTGTCAACTTCTCTGG;SOR=0.247;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=86;TCF=45;TCR=41;TR=85;WE=61204369;WS=61204351;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,140:0.99:141
chr11	61205434	rs879647	G	A	1467.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=34;NR=6;PP=1047;SC=ATTAGACACAGCCTTCTCAAC;SOR=2.655;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=34;TCR=6;TR=40;WE=61205442;WS=61205424;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr11	61205676	rs5792226	C	CT	934.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.545;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.20;MQRankSum=0.000;QD=11.00;ReadPosRankSum=-1.855;SOR=0.796;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,60:0.71:85
chr11	61249383	rs3019200	C	A	11066.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=420;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=109;NR=118;PP=2965;SC=GCTACTGCACCGCCTACGGTG;SOR=0.742;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=228;TCF=110;TCR=118;TR=227;WE=61249391;WS=61249373;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,418:1.00:418
chr11	61253200	rs3019187	G	A	1200.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=23;NR=11;PP=715;SC=CACCTGCTGGGACACTGAGCC;SOR=1.455;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=23;TCR=11;TR=34;WE=61253208;WS=61253190;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr11	61253973	rs2957858	A	G	6459.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.189;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=260;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=103;NR=73;PP=2965;ReadPosRankSum=0.703;SC=TCCTGGTGCCAGTGGCTGCTT;SOR=0.978;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=181;TCF=106;TCR=75;TR=176;WE=61253981;WS=61253963;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,252:0.98:256
chr11	61254376	rs3019188	G	C	3458.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=92;NR=6;PP=2908;SC=GCTGCCTCAGGCTGGCCACCT;SOR=4.784;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=98;TCF=92;TCR=6;TR=98;WE=61254384;WS=61254373;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr11	61404336	rs17626916	G	A	3723.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.399;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=370;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.954;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=59;PP=1673;ReadPosRankSum=0.650;SC=GCCATGACGCGCAAGGCCATC;SOR=0.532;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=252;TCF=118;TCR=134;TR=119;WE=61404344;WS=61404326;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:180,182:0.50:362
chr11	61405104	rs12281961	T	G	241.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.519;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=7;PP=139;ReadPosRankSum=-1.367;SC=ATTGGGTCTCTTTGACTAATC;SOR=0.446;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=26;TCF=7;TCR=19;TR=11;WE=61405112;WS=61405094;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,12:0.44:27
chr11	61487690	rs198430	G	A	2383.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.090;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=237;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.589;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=37;PP=1021;ReadPosRankSum=-0.990;SC=TCGTCCTACCGGCCATCTTCC;SOR=0.815;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=138;TCF=64;TCR=74;TR=66;WE=61487698;WS=61487680;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:113,118:0.51:231
chr11	61490245	rs17156254	G	A	2004.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=3.555;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.722;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=11;PP=1223;ReadPosRankSum=-2.135;SC=AAAGCCCAGCGATAGGAAAGG;SOR=0.587;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=126;TCF=103;TCR=23;TR=65;WE=61490253;WS=61490235;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,85:0.53:159
chr11	61491097	rs566009	A	G	2129.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-1.852;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=47;PP=1294;ReadPosRankSum=0.441;SC=CTGTCTGGTGAGCAGAGGTCT;SOR=0.909;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=65;TCF=17;TCR=48;TR=64;WE=61491105;WS=61491087;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,77:0.99:78
chr11	61496657	rs198417	C	T	1291.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-6.146;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.546;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=43;PP=948;ReadPosRankSum=-0.225;SC=ACGAGAACCACCCACTTCACA;SOR=0.269;SbPval=0.25;Source=Platypus;TC=109;TCF=14;TCR=95;TR=52;WE=61496665;WS=61496647;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,54:0.46:117
chr11	61502910	rs740004	C	T	571.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-2.168;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=4;PP=394;ReadPosRankSum=-0.027;SC=GCCTTTCTGGCGGCAGAGGCT;SOR=0.597;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=58;TCF=47;TCR=11;TR=23;WE=61502918;WS=61502900;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,25:0.40:62
chr11	61505168	rs198444	G	A	6244.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=1.987;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=658;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.430;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=80;NR=106;PP=2962;ReadPosRankSum=0.636;SC=GTGAGGATGCGATGGAGTATT;SOR=0.878;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=371;TCF=171;TCR=200;TR=186;WE=61505176;WS=61505158;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:338,308:0.48:646
chr11	61505696	rs198443	G	T	8698.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.177;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=771;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.093;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=117;NR=117;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.339;SC=CCCCACCTGGGCACCCTGCCT;SOR=0.638;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=427;TCF=208;TCR=219;TR=234;WE=61505704;WS=61505686;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:352,412:0.54:764
chr11	61508074	rs11828739	C	T	5405.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-2.338;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=600;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=74;NR=74;PP=2018;ReadPosRankSum=-0.445;SC=GGTGAGGCAGCTCCCGGCAGG;SOR=0.651;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=345;TCF=177;TCR=168;TR=148;WE=61508083;WS=61508064;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:314,283:0.47:597
chr11	61508522	rs198440	A	G	636.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=3.179;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.551;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=1;PP=483;ReadPosRankSum=-1.589;SC=GACCCAAGTGACTCCATGAGG;SOR=1.871;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=41;TCF=38;TCR=3;TR=24;WE=61508530;WS=61508515;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,25:0.60:42
chr11	61534872	rs547589	A	C	13530.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=512;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=135;NR=173;PP=2965;SC=GGCCACTGCTACCGTCAGGAT;SOR=0.858;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=308;TCF=135;TCR=173;TR=308;WE=61534880;WS=61534862;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,509:1.00:509
chr11	61536583	rs579383	G	A	3864.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.927;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=30;PP=1755;ReadPosRankSum=1.478;SC=TGGGTGGTGCGGAGAAATGCC;SOR=0.463;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=90;TCF=60;TCR=30;TR=86;WE=61536591;WS=61536573;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,145:0.99:146
chr11	61543499	rs174528	T	C	4594.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.024;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=429;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.107;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=83;NR=55;PP=2000;ReadPosRankSum=0.035;SC=AGCCCCATCCTGAGGTGCCAC;SOR=0.805;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=268;TCF=157;TCR=111;TR=138;WE=61543507;WS=61543489;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:201,218:0.52:419
chr11	61543961	rs174529	T	C	3084.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=1.486;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=291;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.440;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=66;PP=1399;ReadPosRankSum=0.891;SC=AGGAAGACACTGCCCTGGGTG;SOR=0.747;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=193;TCF=74;TCR=119;TR=107;WE=61543969;WS=61543951;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:132,151:0.53:283
chr11	61547237	rs108499	C	T	5613.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=2.864;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=522;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.103;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=94;NR=62;PP=2506;ReadPosRankSum=0.562;SC=ACCGCTCCTCCGACCTCCAGC;SOR=0.785;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=302;TCF=174;TCR=128;TR=156;WE=61547245;WS=61547227;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:245,266:0.52:511
chr11	61548559	rs509360	A	G	4170.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.144;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=349;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.307;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=72;NR=33;PP=1834;ReadPosRankSum=0.430;SC=GGAGGTTGCTATGTTCTGTCT;SOR=0.508;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=223;TCF=157;TCR=66;TR=105;WE=61548567;WS=61548549;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:161,185:0.53:346
chr11	61549025	rs174533	G	A	3585.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.325;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=356;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.389;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=77;NR=48;PP=1895;ReadPosRankSum=1.343;SC=TTCTTAGCCTGTGCCTGGTTC;SOR=0.669;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=239;TCF=148;TCR=91;TR=125;WE=61549033;WS=61549015;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:179,174:0.49:353
chr11	61551356	rs174535	T	C	1874.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.307;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=22;PP=751;ReadPosRankSum=0.384;SC=TCCCTGTCAGTAGTGGCACCC;SOR=0.690;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=102;TCF=57;TCR=45;TR=50;WE=61551364;WS=61551346;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:89,91:0.51:180
chr11	61551927	rs174536	A	C	1637.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=3.102;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=45;PP=1195;ReadPosRankSum=-1.449;SC=ACTGGGCCCCAAAATGGGCAA;SOR=0.751;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=86;TCF=17;TCR=69;TR=56;WE=61551935;WS=61551917;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,62:0.65:95
chr11	61557803	rs102275	T	C	609.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-1.084;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.342;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=5;PP=502;ReadPosRankSum=-0.304;SC=GAAATAAGGCTATAACCTGCC;SOR=1.110;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=43;TCF=35;TCR=8;TR=27;WE=61557811;WS=61557793;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,26:0.53:49
chr11	61557826	rs102274	T	C	1061.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-1.102;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=11;PP=631;ReadPosRankSum=-2.505;SC=TGGGCATCACTAGCCCTCCTC;SOR=0.783;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=59;TCF=41;TCR=18;TR=38;WE=61557834;WS=61557816;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,47:0.63:75
chr11	61560081	rs174538	G	A	4437.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.296;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=354;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.826;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=89;PP=2286;ReadPosRankSum=-0.081;SC=GAACACGTCGGCAGGAGCAGG;SOR=0.589;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=244;TCF=91;TCR=153;TR=147;WE=61560089;WS=61560071;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:141,206:0.59:347
chr11	61569830	rs174546	C	T	1528.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.620;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.587;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=21;PP=549;ReadPosRankSum=0.037;SC=TCCCCTCTGCCTTGGCTCCAG;SOR=0.643;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=86;TCF=43;TCR=43;TR=41;WE=61569838;WS=61569820;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,78:0.51:154
chr11	61570783	rs174547	T	C	4112.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.114;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=451;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.102;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=62;PP=1809;ReadPosRankSum=-0.099;SC=CACCTACGCATCCTTTTCAAT;SOR=0.597;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=284;TCF=149;TCR=135;TR=127;WE=61570791;WS=61570773;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:229,209:0.48:438
chr11	61571348	rs174548	C	G	848.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.123;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.966;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=22;PP=441;ReadPosRankSum=0.237;SC=TCCAGACTCACTCATCTTCAG;SOR=0.908;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=53;TCF=14;TCR=39;TR=28;WE=61571356;WS=61571338;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,40:0.56:72
chr11	61571382	rs174549	G	A	468.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.179;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.331;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=12;PP=249;ReadPosRankSum=-0.615;SC=CAATCCTGCAGTATCTAGTGC;SOR=0.404;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=33;TCF=8;TCR=25;TR=17;WE=61571390;WS=61571372;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,22:0.51:43
chr11	61579463	rs174554	A	G	338.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.870;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.052;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=9;PP=196;ReadPosRankSum=-1.207;SC=AGGATTACAGACATGAGTCAC;SOR=0.892;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=35;TCF=16;TCR=19;TR=16;WE=61579471;WS=61579453;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,20:0.36:56
chr11	61580635	rs174556	C	T	2302.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.783;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=266;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.123;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=36;PP=1064;ReadPosRankSum=-0.306;SC=TGACTGTGATCCCATCTAGAC;SOR=0.907;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=157;TCF=81;TCR=76;TR=71;WE=61580643;WS=61580625;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:147,116:0.44:263
chr11	61582708	rs174561	T	C	2355.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.259;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=267;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.714;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=27;PP=1014;ReadPosRankSum=-0.526;SC=GCCGCGGCATTCCCGGCCCCA;SOR=0.953;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=158;TCF=85;TCR=73;TR=67;WE=61582716;WS=61582698;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:146,119:0.45:265
chr11	61593816	rs174568	C	T	4185.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.214;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=404;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.443;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=59;PP=1504;ReadPosRankSum=0.629;SC=GGCCGGTCCACGCTTCTCAGC;SOR=0.765;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=243;TCF=119;TCR=124;TR=109;WE=61593824;WS=61593806;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:198,204:0.51:402
chr11	61605215	rs2072114	A	G	3959.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-2.026;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=387;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.208;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=73;NR=58;PP=1721;ReadPosRankSum=-0.410;SC=GACAGAGTTCAGGTCTTAGCC;SOR=0.494;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=241;TCF=144;TCR=97;TR=131;WE=61605223;WS=61605205;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:182,199:0.52:381
chr11	61624705	rs498793	T	C	6138.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.772;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=242;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=124;PP=2965;ReadPosRankSum=0.128;SC=CCTCAGCCTGTGTTACAGGCC;SOR=0.587;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=190;TCF=65;TCR=125;TR=188;WE=61624713;WS=61624695;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,235:1.00:236
chr11	61624885	rs526126	G	C	5490.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=97;NR=59;PP=2826;SC=GCACAGGCAGGGTGGAATGGA;SOR=1.096;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=156;TCF=97;TCR=59;TR=156;WE=61624893;WS=61624875;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,203:1.00:203
chr11	61641211	rs6591665	A	G	1064.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=19;NR=10;PP=579;SC=TGGAGGGGTGAGGGTATCGAT;SOR=1.387;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=29;TCF=19;TCR=10;TR=29;WE=61641219;WS=61641201;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr11	61641396	rs75306442	C	T	1461.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.955;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.656;HP=3;HapScore=2;MGOF=27;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=25;PP=568;ReadPosRankSum=0.243;SC=AAGATCCTAACACCCCTGTAT;SOR=0.587;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=83;TCF=42;TCR=41;TR=47;WE=61641404;WS=61641386;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,75:0.57:131
chr11	61645892	rs174452	G	A	723.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-2.035;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.342;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=8;PP=471;ReadPosRankSum=1.711;SC=CCAGATCAGGGGCTAGGTCAG;SOR=0.387;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=62;TCF=44;TCR=18;TR=25;WE=61645900;WS=61645883;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,30:0.43:70
chr11	61647427	rs174635	T	G	637.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-4.289;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.363;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=2;PP=424;ReadPosRankSum=0.332;SC=CCGAGGGAGCTGCTCCTGGCC;SOR=0.986;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=52;TCF=46;TCR=6;TR=27;WE=61647435;WS=61647417;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,30:0.51:59
chr11	61658629	rs693672	T	C	5163.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=62;NR=52;PP=1831;SC=GGCTTCCTTATGGCTTCCTTA;SOR=0.797;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=114;TCF=62;TCR=52;TR=114;WE=61658637;WS=61658619;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,200:1.00:200
chr11	61658800	rs174465	C	T	650.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.108;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.035;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=13;PP=272;ReadPosRankSum=-0.715;SC=TGGGCAGCGGCGCCCCCGGCT;SOR=0.502;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=41;TCF=12;TCR=29;TR=18;WE=61658808;WS=61658790;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,32:0.53:60
chr11	61670037	rs174471	C	T	1158.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.228;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.661;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=26;PP=594;ReadPosRankSum=1.866;SC=AAATGGGTCACGGGGGCTGGC;SOR=0.614;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=93;TCF=32;TCR=61;TR=41;WE=61670045;WS=61670027;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,57:0.42:136
chr11	61671956	rs174472	A	G	2957.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.411;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=310;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.422;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=36;PP=1442;ReadPosRankSum=0.653;SC=TCGGCACAGTAAACACACGGC;SOR=0.738;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=206;TCF=126;TCR=80;TR=95;WE=61671964;WS=61671946;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:162,144:0.47:306
chr11	61674118	rs174476	C	T	2135.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.210;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=25;PP=797;ReadPosRankSum=-0.206;SC=TGATGACCAGCGTCTTCAAGG;SOR=0.709;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=142;TCF=80;TCR=62;TR=58;WE=61674126;WS=61674108;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:121,109:0.47:230
chr11	61687674	rs2524290	G	A	1232.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.811;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=39;PP=873;ReadPosRankSum=1.361;SC=TGCTTGCAAGGCCAGACTGAG;SOR=0.745;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=95;TCF=22;TCR=73;TR=53;WE=61687682;WS=61687664;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,58:0.45:130
chr11	61719387	rs1800007	T	C	5968.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-2.493;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.019;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=72;NR=60;PP=2539;ReadPosRankSum=0.887;SC=TGGCGAGTTCTTAATCTTCCT;SOR=0.122;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=137;TCF=74;TCR=63;TR=132;WE=61719395;WS=61719377;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,227:0.99:229
chr11	61724292	rs760306	C	T	15709.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=604;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=209;NR=162;PP=2965;SC=TCCCACCCACCGCCTTCTTCA;SOR=0.877;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=372;TCF=209;TCR=163;TR=371;WE=61724300;WS=61724282;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,601:1.00:601
chr11	61724514	rs195162	C	T	1503.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=43;PP=1212;SC=GTGGGAAGGGCTGTGGTCCAC;SOR=3.442;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=49;TCF=6;TCR=43;TR=49;WE=61724522;WS=61724504;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr11	61725599	rs113492158	A	ATCCTCCTCC	7242.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=34;NR=35;PP=2983;SC=TTGCTACCACATCCTCCTCCT;SOR=1.426;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=84;TCF=45;TCR=39;TR=69;WE=61725607;WS=61725589;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,149:1.00:149
chr11	61726871	rs195158	G	T	1249.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=30;NR=6;PP=834;SC=CAGGAAGGGCGTCATGGGGTG;SOR=2.726;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=36;TCF=30;TCR=6;TR=36;WE=61726879;WS=61726861;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr11	61727438	rs1801390	C	T	1488.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.326;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.277;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=28;PP=632;ReadPosRankSum=0.417;SC=GGAATAAGCCCGAGCCACAGC;SOR=0.575;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=104;TCF=42;TCR=62;TR=50;WE=61727446;WS=61727428;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,76:0.50:153
chr11	61730234	rs1800009	T	C	4684.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.243;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=448;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.125;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=100;NR=53;PP=2354;ReadPosRankSum=0.029;SC=GGAGGAAAACTGTGGAGTTTA;SOR=0.821;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=321;TCF=202;TCR=119;TR=153;WE=61730242;WS=61730224;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:218,219:0.50:437
chr11	61731462	rs34046408	CA	C	127.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.182;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.04;ReadPosRankSum=0.618;SOR=0.676;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,18:0.43:42
chr11	61731534	rs195155	G	T	3797.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=70;NR=51;PP=2281;SC=GAAATGAAGGGACCTTCCATA;SOR=0.889;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=121;TCF=70;TCR=51;TR=121;WE=61731542;WS=61731524;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,143:1.00:143
chr11	61731727	rs1801621	T	C	1339.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=2.105;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.732;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=30;PP=772;ReadPosRankSum=-1.140;SC=AATCAAATGGTTAGCTTAATA;SOR=1.100;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=77;TCF=24;TCR=53;TR=40;WE=61731735;WS=61731717;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,58:0.53:109
chr11	61735553	rs11271453	T	TGCTGCAGATTGGGAA	5146.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=16;NR=20;PP=2974;SC=TGTGACACCTTGCTGCAGATT;SOR=0.830;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=52;TCF=21;TCR=31;TR=36;WE=61735561;WS=61735543;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr11	61735568	.	A	AGCTGCAGATTGGGAC	2897	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;FR=0.5000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MMLQ=27;MQ=60.06;NF=15;NR=20;PP=2897;QD=20;SC=CAGATTGGGAAGCTGCAGATG;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=77;TCF=35;TCR=42;TR=35;WE=61735576;WS=61735558;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:42,35:0.45:77
chr11	61895541	rs1675130	A	G	1848.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=43;NR=14;PP=1254;SC=GTTGTGGGTCAGGTGGGTATT;SOR=2.165;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=58;TCF=44;TCR=14;TR=57;WE=61895549;WS=61895531;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr11	61895741	rs1675131	A	G	9203.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=350;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=84;NR=131;PP=2965;SC=GGCTTGAGGAAATCCAAGAGG;SOR=1.019;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=219;TCF=88;TCR=131;TR=215;WE=61895749;WS=61895731;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,343:1.00:343
chr11	61896215	rs1792946	G	A	3528.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=59;NR=34;PP=1790;SC=AGGCAGCCTCGAGTGACACCC;SOR=1.136;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=93;TCF=59;TCR=34;TR=93;WE=61896223;WS=61896205;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,133:1.00:133
chr11	61897197	rs1792944	C	T	1512.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=36;NR=5;PP=1011;SC=CTTGGAGAGACTGGGTGCCAC;SOR=2.628;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=36;TCR=5;TR=41;WE=61897205;WS=61897187;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr11	61897359	rs1675133	C	T	16209.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=605;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=224;NR=146;PP=2965;SC=ACGGCTCCGTCCTGCGGCGTG;SOR=1.012;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=370;TCF=224;TCR=146;TR=370;WE=61897367;WS=61897349;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,595:1.00:595
chr11	61906299	rs1614060	A	G	14591.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=536;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=198;NR=172;PP=2965;SC=GCTCTGCACTACGGCCATCCT;SOR=0.800;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=370;TCF=198;TCR=172;TR=370;WE=61906307;WS=61906289;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,531:1.00:531
chr11	61906374	rs1675126	T	C	15268.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.032;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=602;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.257;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=164;NR=197;PP=2965;ReadPosRankSum=1.267;SC=CTGAGAACAATGGAAATAACT;SOR=0.612;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=365;TCF=167;TCR=198;TR=361;WE=61906382;WS=61906364;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:5,595:0.99:600
chr11	61907821	rs61893679	C	A	2222.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.356;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=265;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.510;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=50;PP=1211;ReadPosRankSum=0.242;SC=GCCTTGTGTCCTTGCTCAGGG;SOR=0.806;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=164;TCF=63;TCR=101;TR=78;WE=61907829;WS=61907811;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:148,114:0.44:262
chr11	61907909	rs1675124	A	G	2147.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=49;PP=1454;SC=CCAAGGAGGCAGCTCCATGCT;SOR=2.400;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=63;TCF=14;TCR=49;TR=63;WE=61907917;WS=61907899;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr11	61908524	rs73499250	G	T	2985.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.521;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=280;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.941;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=57;PP=1481;ReadPosRankSum=-0.877;SC=AAGGTGAGGGGCCTGTGCCCA;SOR=0.777;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=178;TCF=69;TCR=109;TR=91;WE=61908532;WS=61908514;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:129,140:0.52:269
chr11	61908672	rs1675123	G	A	815.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=22;PP=623;SC=TGTGGCCACCGGCTGTCTTGA;SOR=3.180;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=24;TCF=2;TCR=22;TR=24;WE=61908680;WS=61908662;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr11	61913196	rs7129085	G	T	834.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.63;BaseQRankSum=-0.872;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=11;PP=265;ReadPosRankSum=-0.567;SC=AGGAAGAGGAGGCACGTAGGC;SOR=0.776;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=31;TCF=14;TCR=17;TR=20;WE=61913204;WS=61913186;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,41:0.63:65
chr11	61914056	rs11230931	G	A	1408.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.145;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.658;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=20;PP=800;ReadPosRankSum=0.892;SC=CCTGGGCTTCGGGGGAGTAGG;SOR=0.809;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=98;TCF=61;TCR=37;TR=54;WE=61914064;WS=61914046;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,70:0.53:133
chr11	61914282	rs113981632	G	A	1472.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.756;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FS=1.251;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.20;ReadPosRankSum=0.493;SOR=0.565;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:73,87:0.54:160
chr11	61958022	rs7932927	C	T	144.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.753;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.199;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=5;PP=85;ReadPosRankSum=1.656;SC=TCAATGCAGGCGAACGTTAGG;SOR=0.184;SbPval=0.26;Source=Platypus;TC=18;TCF=4;TCR=14;TR=8;WE=61958030;WS=61958012;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,8:0.42:19
chr11	61960763	rs11441356	T	TC	5821.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=33;NR=42;PP=2936;SC=CCTCTACCCTTCAATTGTCTT;SOR=1.036;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=78;TCF=35;TCR=43;TR=75;WE=61960771;WS=61960753;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,160:1.00:160
chr11	61960809	rs7951859	C	A	7384.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=282;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=35;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=95;NR=75;PP=2965;SC=TGGATGTTAACCTGTTGTCTC;SOR=0.838;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=172;TCF=95;TCR=77;TR=170;WE=61960817;WS=61960799;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,279:1.00:279
chr11	61960827	rs2232941	T	C	8059.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=310;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=33;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=98;NR=90;PP=2965;SC=CTCCAGGAGCTGCATGACCGA;SOR=0.760;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=188;TCF=98;TCR=90;TR=188;WE=61960835;WS=61960817;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,308:1.00:308
chr11	61977858	rs201416395	CTTTTTTT	C	1199.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.373;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FS=2.931;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.91;ReadPosRankSum=1.286;SOR=1.426;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,44:0.66:67
chr11	62010667	rs2232949	T	C	656.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.556;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=4;PP=416;ReadPosRankSum=0.124;SC=TGTGAACATATAACCCAGGGG;SOR=0.551;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=44;TCF=37;TCR=7;TR=25;WE=62010675;WS=62010657;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,30:0.55:55
chr11	62040694	rs59964144	T	TACAC	483.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.431;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.483;HP=2;HapScore=3;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=12;PP=458;ReadPosRankSum=2.276;SC=ATATTTTACATACACACACAC;SOR=0.200;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=36;TCF=0;TCR=36;TR=12;WE=62040702;WS=62040684;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,13:0.43:30
chr11	62063869	rs56196602	C	T	2122.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.129;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=253;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=28;PP=1048;ReadPosRankSum=-0.184;SC=ATGTCACACACCACATTTTTT;SOR=0.723;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=170;TCF=105;TCR=65;TR=74;WE=62063881;WS=62063859;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:143,108:0.43:251
chr11	62105391	rs2513749	C	T	890.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=20;NR=2;PP=499;SC=ACCCGCGCGGCTTCCTTGGGC;SOR=2.694;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=22;TCF=20;TCR=2;TR=22;WE=62105399;WS=62105386;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr11	62105441	rs3741245	T	C	965.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.875;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.608;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=12;PP=457;ReadPosRankSum=2.540;SC=CTGCCTAGGATCCGCCGACAT;SOR=0.201;SbPval=0.24;Source=Platypus;TC=50;TCF=35;TCR=15;TR=31;WE=62105449;WS=62105431;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,45:0.62:72
chr11	62123717	rs2463837	G	A	1017.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.370;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.840;HP=5;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=14;PP=615;ReadPosRankSum=0.264;SC=CTGGCCGGGCGGGGGGCTGAC;SOR=0.866;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=80;TCF=53;TCR=27;TR=43;WE=62123725;WS=62123707;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,49:0.56:88
chr11	62123989	rs67821209	T	A	1159.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=3.791;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.144;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=33;PP=779;ReadPosRankSum=-1.718;SC=ATTGTTATACTGCAGTGATAA;SOR=1.692;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=88;TCF=25;TCR=63;TR=41;WE=62123997;WS=62123979;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,50:0.45:110
chr11	62124696	rs5792255	CTTTTG	C	248.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-1.085;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=40;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=6;PP=309;ReadPosRankSum=1.480;SC=ATCTACAGTTCTTTTGTTTTG;SOR=0.223;SbPval=0.22;Source=Platypus;TC=18;TCF=2;TCR=16;TR=8;WE=62124708;WS=62124686;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,7:0.70:10
chr11	62158886	rs2958531	G	T	856.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=2.189;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.868;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=4;PP=360;ReadPosRankSum=0.307;SC=GACCTTTGTCGGTACTTGAGC;SOR=0.976;SbPval=0.92;Source=Platypus;TC=58;TCF=40;TCR=18;TR=22;WE=62158894;WS=62158876;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,40:0.48:84
chr11	62158924	rs2958532	C	T	1221.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.673;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FS=2.252;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.26;ReadPosRankSum=0.473;SOR=0.520;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:70,62:0.47:132
chr11	62159187	rs3832779	G	GA	1004.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-0.229;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=21;PP=853;ReadPosRankSum=-0.926;SC=ATGGAGAAGTGTAGGAAACCC;SOR=0.739;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=33;TCF=3;TCR=30;TR=21;WE=62159195;WS=62159177;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,29:0.69:42
chr11	62190448	rs11231085	C	G	12538.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=460;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=158;NR=119;PP=2965;SC=GTTGAAGTTTCTGTGGCTCGT;SOR=0.883;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=277;TCF=158;TCR=119;TR=277;WE=62190456;WS=62190438;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,458:1.00:458
chr11	62201458	rs4084164	A	G	2951.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=21;NR=66;PP=1980;SC=ACCAACTGAAAGAAGGTCCCC;SOR=2.027;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=88;TCF=22;TCR=66;TR=87;WE=62201466;WS=62201448;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr11	62283814	rs76939572	T	C	2016.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.899;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.691;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=55;PP=1386;ReadPosRankSum=0.461;SC=CACCCACCCTTACTAACAAAA;SOR=0.815;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=145;TCF=37;TCR=108;TR=70;WE=62283822;WS=62283804;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:105,98:0.48:203
chr11	62285689	rs150746324	G	C	4090.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.244;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=399;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.759;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=72;NR=61;PP=2281;ReadPosRankSum=0.912;SC=GAAGTTTAATGCTGCCTTCGG;SOR=0.744;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=269;TCF=144;TCR=125;TR=133;WE=62285697;WS=62285679;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:203,189:0.48:392
chr11	62292882	rs566144	G	T	19786.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=741;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=248;NR=221;PP=2965;SC=ATGTCCACTTGGGGACCCCTG;SOR=0.778;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=470;TCF=249;TCR=221;TR=469;WE=62292890;WS=62292872;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,734:1.00:734
chr11	62293948	rs486903	G	A	15879.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=590;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=233;NR=202;PP=2965;SC=AGCCAGGCATGCTGAACTTTG;SOR=0.817;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=435;TCF=233;TCR=202;TR=435;WE=62293956;WS=62293938;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,578:1.00:578
chr11	62295312	.	A	G	5782.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.510;ClippingRankSum=0.000;DP=457;ExcessHet=3.0103;FS=1.159;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.07;MQRankSum=-13.490;QD=13.05;ReadPosRankSum=-0.281;SOR=0.821;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:285,158:0.36:443
chr11	62295315	rs1787043	T	G	5939.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.781;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=474;ExcessHet=3.0103;FS=1.155;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.06;MQRankSum=-13.866;QD=12.91;ReadPosRankSum=-0.905;SOR=0.799;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:293,167:0.36:460
chr11	62328038	rs11231144	T	C	649.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-2.057;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.401;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=17;PP=305;ReadPosRankSum=-0.374;SC=ATGGTCATTGTGCTGGCAGAT;SOR=0.368;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=49;TCF=16;TCR=33;TR=27;WE=62328046;WS=62328028;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,33:0.58:57
chr11	62334096	rs7124057	A	G	310.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-1.202;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=5;PP=177;ReadPosRankSum=-0.136;SC=TGCTCTCCACAATCAAAATTT;SOR=0.582;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=27;TCF=19;TCR=8;TR=15;WE=62334104;WS=62334086;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,16:0.59:27
chr11	62334908	rs1061093	G	C	1382.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.825;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.342;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-1.258;NF=21;NR=12;PP=543;ReadPosRankSum=-0.081;SC=GTTTCACTTCGCCCAAGACAG;SOR=1.000;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=68;TCF=38;TCR=30;TR=33;WE=62334916;WS=62334898;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,65:0.56:117
chr11	62348534	rs79021925	T	G	2070.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.148;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=23;PP=1162;ReadPosRankSum=1.487;SC=ACATGGCCATTCTCATGGACT;SOR=0.678;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=131;TCF=87;TCR=44;TR=70;WE=62348542;WS=62348524;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,93:0.56:165
chr11	62361266	rs79825424	C	T	356.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.997;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.814;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=0;PP=193;ReadPosRankSum=0.976;SC=TCACTCCCTTCGACACGAAAG;SOR=1.329;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=26;TCF=22;TCR=4;TR=11;WE=62361274;WS=62361256;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,15:0.47:32
chr11	62365665	rs2849031	G	A	1251.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=21;PP=900;SC=CATAGGCGGCGGGGAGGGAGG;SOR=1.127;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=34;TCF=13;TCR=21;TR=34;WE=62365673;WS=62365655;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr11	62370527	rs11231159	C	T	8444.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.869;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=973;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.525;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=159;NR=96;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.574;SC=GGTTTCTGGACTCTCACCCAA;SOR=0.753;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=592;TCF=356;TCR=236;TR=255;WE=62370535;WS=62370517;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:526,426:0.45:952
chr11	62371773	rs2516633	A	C	3833.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=28;NR=76;PP=2541;SC=GATGGCAAATAAGAGAAGCTC;SOR=1.944;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=104;TCF=28;TCR=76;TR=104;WE=62371781;WS=62371763;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,129:1.00:129
chr11	62375828	rs78222742	G	A	1256.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.723;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.153;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=25;PP=576;ReadPosRankSum=-2.289;SC=GGGGTTCATGGTCATTAGGTT;SOR=1.030;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=91;TCF=38;TCR=53;TR=39;WE=62375836;WS=62375818;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,63:0.47:133
chr11	62380732	rs4387351	T	C	1247.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=28;NR=9;PP=830;SC=CACCTCTGCATTCCCTTGGGC;SOR=2.093;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=28;TCR=9;TR=37;WE=62380740;WS=62380722;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr11	62381106	rs1799959	G	C	4433.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=65;NR=47;PP=2526;SC=CTGGTCGTCGGCCTCGGGCTA;SOR=0.931;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=112;TCF=65;TCR=47;TR=112;WE=62381114;WS=62381096;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,157:1.00:157
chr11	62383714	.	T	TC	40.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=1.313;ClippingRankSum=0.000;DP=163;ExcessHet=3.0103;FS=2.064;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.28;ReadPosRankSum=1.362;SOR=0.994;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:119,27:0.18:146
chr11	62383715	rs12794886	G	C	1456.79	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-1.040;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.33;ReadPosRankSum=0.697;SOR=0.788;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,113:0.80:141
chr11	62384869	rs4963224	T	C	7887.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=308;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=87;NR=120;PP=2965;SC=ACCATTTGCCTGCTCCAGCCA;SOR=0.932;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=208;TCF=87;TCR=121;TR=207;WE=62384877;WS=62384859;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,305:1.00:305
chr11	62394881	rs7949030	A	G	1259.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.957;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.755;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=33;PP=783;ReadPosRankSum=0.346;SC=ACAAGTCAGAAATGCTCCTCC;SOR=1.082;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=81;TCF=23;TCR=58;TR=43;WE=62394889;WS=62394871;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,55:0.53:104
chr11	62397177	rs948683	C	G	5074.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=74;NR=53;PP=2473;SC=AGAGAAGAGACGGGTAGTGAG;SOR=0.979;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=127;TCF=74;TCR=53;TR=127;WE=62397185;WS=62397167;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,188:1.00:188
chr11	62400016	rs10897289	T	C	1856.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=2.725;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.162;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=23;PP=993;ReadPosRankSum=-1.394;SC=CCCTCCTTTTTCCCCGTGCCT;SOR=0.826;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=101;TCF=56;TCR=45;TR=55;WE=62400024;WS=62400006;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:95,86:0.48:181
chr11	62401716	rs2957121	A	G	1337.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=26;NR=12;PP=755;SC=ACCTCCCCCCAAAGGCTAGAG;SOR=1.358;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=26;TCR=12;TR=38;WE=62401724;WS=62401706;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr11	62430659	rs597259	T	A	3068.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.343;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=271;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.444;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=41;PP=1255;ReadPosRankSum=-0.768;SC=GGAAGTATTATCCCAAATAAA;SOR=0.660;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=176;TCF=99;TCR=77;TR=92;WE=62430667;WS=62430649;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:121,149:0.55:270
chr11	62432815	rs4489748	T	C	645.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=2.038;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.670;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=10;PP=422;ReadPosRankSum=3.479;SC=GTAAGTGTGGTTTTAGCTGTA;SOR=0.374;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=33;TCF=18;TCR=15;TR=20;WE=62432823;WS=62432811;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,26:0.60:43
chr11	62433781	.	CA	C	396.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.263;ClippingRankSum=0.000;DP=284;ExcessHet=3.0103;FS=1.246;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.08;MQRankSum=1.711;QD=1.49;ReadPosRankSum=0.786;SOR=0.802;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:203,64:0.24:267
chr11	62434173	rs11231181	G	A	4329.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-2.272;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=416;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.732;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=78;NR=69;PP=2289;ReadPosRankSum=0.332;SC=GGGTGGCCCAGGCCAAACACC;SOR=0.570;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=304;TCF=169;TCR=135;TR=147;WE=62434181;WS=62434163;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:201,208:0.51:409
chr11	62437647	rs489778	G	C	100.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.275;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=1.913;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.93;ReadPosRankSum=-0.159;SOR=0.330;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,7:0.41:17
chr11	62438750	rs17637597	T	C	1311.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.999;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQ=60.07;MQRankSum=-0.875;NF=26;NR=20;PP=709;ReadPosRankSum=2.109;SC=TGAGTGTTTGTTCCAGAGTTG;SOR=0.724;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=99;TCF=55;TCR=44;TR=46;WE=62438758;WS=62438740;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,67:0.44:152
chr11	62438819	rs693698	G	T	1276.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=0.490;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.730;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=26;PP=709;ReadPosRankSum=-0.812;SC=TGTTGAAAACGCGCGGGTGAC;SOR=0.807;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=84;TCF=36;TCR=48;TR=44;WE=62438827;WS=62438809;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,58:0.55:106
chr11	62438846	rs3809079	G	A	929.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-3.115;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=21;PP=570;ReadPosRankSum=1.435;SC=AAACCACAGAGCACAGCTCGG;SOR=0.768;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=73;TCF=29;TCR=44;TR=34;WE=62438854;WS=62438836;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,43:0.47:91
chr11	62439569	rs13941	G	A	532.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.281;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=11;PP=189;ReadPosRankSum=0.589;SC=AGGCGGCGCCGGCGGGAGGTC;SOR=0.643;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=45;TCF=13;TCR=32;TR=15;WE=62439577;WS=62439559;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,29:0.39:75
chr11	62458275	rs6856	T	C	4457.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=0.015;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=438;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.100;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=55;PP=1664;ReadPosRankSum=1.538;SC=CTGAGGGATCTTCAGGGCTCT;SOR=0.666;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=242;TCF=120;TCR=122;TR=105;WE=62458283;WS=62458265;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:224,210:0.48:434
chr11	62459994	rs2850597	A	G	915.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.117;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.790;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=19;PP=686;ReadPosRankSum=0.187;SC=TCCTGCCGCTAGCACTCTTAC;SOR=0.567;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=83;TCF=35;TCR=48;TR=35;WE=62460002;WS=62459984;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,38:0.40:96
chr11	62460066	rs2850596	T	C	1141.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.092;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.515;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=15;PP=704;ReadPosRankSum=-1.021;SC=CCTGGAGGCTTCTCAGGTAGA;SOR=1.136;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=90;TCF=52;TCR=38;TR=42;WE=62460074;WS=62460056;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,54:0.46:118
chr11	62469929	rs72929434	C	A	2496.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.370;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=274;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.15;ReadPosRankSum=-0.300;SOR=0.697;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:147,126:0.46:273
chr11	62487378	rs12291015	T	C	376.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=0.020;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=4;PP=216;ReadPosRankSum=-0.335;SC=CAGATGCTAATGCTATGCTCT;SOR=0.693;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=31;TCF=25;TCR=6;TR=17;WE=62487386;WS=62487372;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,17:0.50:34
chr11	62488916	rs34425182	T	TG	130.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.712;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.23;MQRankSum=0.000;QD=2.38;ReadPosRankSum=1.836;SOR=0.579;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,16:0.29:55
chr11	62488917	rs11449262	G	GGA	47.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-1.200;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.30;MQRankSum=0.000;QD=0.87;ReadPosRankSum=1.021;SOR=0.515;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:44,11:0.20:55
chr11	62489267	rs496032	C	T	4651.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=2.292;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=480;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.529;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=92;NR=58;PP=2346;ReadPosRankSum=2.117;SC=ATACTGTATCCGACAAATCCC;SOR=0.774;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=292;TCF=179;TCR=113;TR=150;WE=62489275;WS=62489257;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:247,222:0.47:469
chr11	62490219	rs576251	G	A	7118.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.223;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=693;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=117;NR=121;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.944;SC=ACCTACAACCGGACTTCCCAT;SOR=0.657;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=477;TCF=232;TCR=245;TR=238;WE=62490227;WS=62490209;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:331,339:0.51:670
chr11	62496519	rs584845	T	C	3497.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.826;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=306;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.930;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=65;PP=1747;ReadPosRankSum=0.797;SC=AGAAAACATATTGCATACCAC;SOR=0.834;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=193;TCF=79;TCR=114;TR=106;WE=62496527;WS=62496509;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:135,166:0.55:301
chr11	62500444	rs143308039	CT	C	220.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.940;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=1.232;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.24;ReadPosRankSum=0.833;SOR=0.417;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,26:0.50:52
chr11	62505764	rs6675	C	T	1839.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.028;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=245;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=27;PP=1025;ReadPosRankSum=0.883;SC=TCCAAGATGCCAACGTCCGGC;SOR=0.707;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=158;TCF=98;TCR=60;TR=71;WE=62505772;WS=62505754;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:146,95:0.39:241
chr11	62521408	rs72929469	A	T	2960.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.151;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=290;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.866;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=76;NR=53;PP=2125;ReadPosRankSum=1.522;SC=CCCGCCCCTTAGCCACCCTCC;SOR=0.746;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=277;TCF=175;TCR=102;TR=129;WE=62521416;WS=62521398;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:148,138:0.48:286
chr11	62521475	rs72929471	T	C	7984.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=-0.039;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=820;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.516;HP=4;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=114;NR=104;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.564;SC=GAGATCTTTTTCGCTCCCAGG;SOR=0.725;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=455;TCF=250;TCR=205;TR=218;WE=62521483;WS=62521465;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:415,395:0.49:810
chr11	62521663	rs3829248	C	T	2300.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-4.090;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.667;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=62;PP=1366;ReadPosRankSum=-0.087;SC=CTTTAATTGGCTTAAGATTGC;SOR=0.590;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=143;TCF=27;TCR=116;TR=74;WE=62521671;WS=62521653;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,99:0.56:176
chr11	62545346	rs633742	T	C	487.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-1.393;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.725;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=3;PP=332;ReadPosRankSum=0.505;SC=CTGGACTTCCTTCAAACGTGG;SOR=1.179;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=30;TCF=24;TCR=6;TR=18;WE=62545354;WS=62545336;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,20:0.59:34
chr11	62554814	rs2584916	A	G	2937.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=1.112;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=327;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.411;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=55;PP=1310;ReadPosRankSum=-0.015;SC=GCCCCCGGAAATGACGTCTCC;SOR=0.828;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=207;TCF=81;TCR=126;TR=85;WE=62554822;WS=62554804;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:179,144:0.45:323
chr11	62555059	rs3087924	G	A	90.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=0.716;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.368;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=5;PP=69;ReadPosRankSum=-2.075;SC=ACATGGCGAGGCCACTTTCGC;SOR=2.964;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=3;TCR=10;TR=5;WE=62555067;WS=62555049;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,5:0.33:15
chr11	62556703	rs12418135	G	T	4739.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-2.790;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=486;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.518;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=80;NR=72;PP=2205;ReadPosRankSum=1.434;SC=AACCCTGAGGGCCAGGGGCTG;SOR=0.747;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=314;TCF=163;TCR=151;TR=152;WE=62556711;WS=62556693;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:245,231:0.49:476
chr11	62559385	rs2584918	T	C	2249.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.900;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=237;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.962;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=62;PP=1157;ReadPosRankSum=-0.521;SC=TGCAGCGTCGTGCCTTGCAGG;SOR=0.924;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=170;TCF=63;TCR=107;TR=97;WE=62559393;WS=62559375;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:120,115:0.49:235
chr11	62560251	rs1815870	C	G	497.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=1.335;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.992;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=18;PP=363;ReadPosRankSum=0.470;SC=ATAAAAGCACCCAAGTTTGCC;SOR=1.951;SbPval=0.94;Source=Platypus;TC=41;TCF=6;TCR=35;TR=19;WE=62560259;WS=62560241;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,21:0.47:45
chr11	62563353	rs539465	G	A	6767.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=260;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=120;NR=61;PP=2965;SC=CTACAAACTCGGGACTCTAAA;SOR=1.326;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=182;TCF=121;TCR=61;TR=181;WE=62563361;WS=62563343;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,251:1.00:251
chr11	62564009	rs4693	T	C	2530.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.044;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=49;PP=1540;ReadPosRankSum=1.306;SC=GGAGCCCTTGTCGGTCTCCAG;SOR=1.022;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=62;TCF=12;TCR=50;TR=61;WE=62564017;WS=62563999;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,86:0.99:87
chr11	62564538	.	C	CA	82.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.286;ClippingRankSum=0.000;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=3.171;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.95;ReadPosRankSum=-0.505;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,11:0.39:28
chr11	62565908	rs373725740	TA	T	74.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.200;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FS=1.056;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.83;ReadPosRankSum=1.355;SOR=0.916;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:70,20:0.22:90
chr11	62569105	rs146787397	T	TAC	4226.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=2.843;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=258;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.577;NF=35;NR=36;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.718;SC=CATGATCAGCTAGAGGAAAAA;SOR=0.682;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=148;TCF=65;TCR=83;TR=71;WE=62569114;WS=62569095;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:134,109:0.45:243
chr11	62575025	rs2228626	A	T	1518.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.932;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.409;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=20;PP=676;ReadPosRankSum=0.624;SC=TGGAGGTGACAGACTGGAAGT;SOR=0.476;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=81;TCF=50;TCR=31;TR=47;WE=62575033;WS=62575015;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,70:0.58:120
chr11	62592961	rs2228627	T	C	1229.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-0.405;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.704;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=23;PP=634;ReadPosRankSum=1.132;SC=TGCCCTTGGCTCTCACGAAAT;SOR=0.477;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=71;TCF=27;TCR=44;TR=40;WE=62592969;WS=62592951;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,56:0.58:97
chr11	62599260	rs79429455	A	T	902.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=2.091;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=7;PP=529;ReadPosRankSum=-0.057;SC=CTCTCTCAACAGAGGCTTTCC;SOR=0.740;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=82;TCF=63;TCR=19;TR=32;WE=62599268;WS=62599250;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,42:0.42:99
chr11	62600648	rs12146562	G	A	777.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=2.631;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.510;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=21;PP=483;ReadPosRankSum=-0.760;SC=GGCCGGGCACGGTGGCTCCCA;SOR=1.552;SbPval=0.96;Source=Platypus;TC=47;TCF=10;TCR=37;TR=23;WE=62600656;WS=62600638;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,32:0.56:57
chr11	62602983	rs2298636	A	G	3316.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=3.004;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=343;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.299;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=67;NR=38;PP=1739;ReadPosRankSum=-1.192;SC=GGAACCCGCAAGTCCAGCCAG;SOR=1.031;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=221;TCF=130;TCR=91;TR=105;WE=62602991;WS=62602973;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:180,155:0.46:335
chr11	62603047	rs2298635	G	T	4654.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.108;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=420;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.519;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=88;NR=72;PP=2500;ReadPosRankSum=2.414;SC=TGGGGGGCTCGATGTGCCCCT;SOR=0.743;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=287;TCF=154;TCR=133;TR=160;WE=62603055;WS=62603037;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:190,217:0.53:407
chr11	62607068	rs7102434	A	G	4099.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.045;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=408;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.308;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=84;PP=2284;ReadPosRankSum=1.840;SC=CAGACAGTTCACACTTCCGGC;SOR=0.490;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=298;TCF=110;TCR=188;TR=142;WE=62607076;WS=62607058;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:211,193:0.48:404
chr11	62620636	rs76076511	T	C	341.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-1.537;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=3;PP=183;ReadPosRankSum=-0.964;SC=TTTCATTCTATGTCACATTTT;SOR=0.435;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=25;TCF=19;TCR=6;TR=11;WE=62620644;WS=62620626;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,15:0.50:30
chr11	62622979	.	G	A	2069.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-3.004;ClippingRankSum=0.000;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.223;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=35;PP=984;ReadPosRankSum=-0.853;SC=TCAACTCAGGGCATTTCGAAA;SOR=0.576;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=116;TCF=47;TCR=69;TR=62;WE=62622987;WS=62622969;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,95:0.56:170
chr11	62623017	rs2071035	C	A	3256.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.328;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FS=0.546;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.89;ReadPosRankSum=-1.008;SOR=0.761;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:97,85:0.47:182
chr11	62623017	.	CAA	AAG	1589	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;FR=0.5000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MMLQ=28;MQ=60.0;NF=17;NR=25;PP=1589;QD=39.1063779729;SC=GACGGCTAAGCAAGAGGCTTG;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=108;TCF=47;TCR=61;TR=42;WE=62623027;WS=62623007;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:66,42:0.39:108
chr11	62623019	rs2071034	A	G	3256.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.346;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.40;ReadPosRankSum=-1.710;SOR=0.731;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:92,85:0.48:177
chr11	62623051	rs1059292	T	C	1509.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.103;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.585;HP=2;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=20;PP=510;ReadPosRankSum=-0.303;SC=CTCAGAGTTATTTATCCTCAC;SOR=0.613;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=92;TCF=41;TCR=51;TR=37;WE=62623059;WS=62623041;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,76:0.47:160
chr11	62638310	rs148967719	GTAATAATAATAA	G	72.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.971;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=1.723;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.97;ReadPosRankSum=0.390;SOR=1.112;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,6:0.16:37
chr11	62638317	rs376940338	TAA	T	564.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=1.062;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.26;ReadPosRankSum=1.297;SOR=0.839;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,17:0.46:37
chr11	62638320	rs369291020	TAATAATA	T	564.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.752;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=1.258;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.69;ReadPosRankSum=1.095;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,17:0.47:36
chr11	62638329	rs200255100	T	TAA	150.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-1.076;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.19;ReadPosRankSum=0.941;SOR=0.893;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,7:0.19:36
chr11	62638330	.	T	TA	150.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-1.166;ClippingRankSum=0.000;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.19;ReadPosRankSum=0.783;SOR=0.893;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,7:0.19:36
chr11	62652063	rs489381	A	G	2107.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.199;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=48;PP=1143;ReadPosRankSum=0.787;SC=CTAGAGCCTCATAATATTCTC;SOR=0.677;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=148;TCF=53;TCR=95;TR=75;WE=62652071;WS=62652053;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:108,102:0.49:210
chr11	62652923	rs375255890	G	C	5700.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.370;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=562;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=96;NR=77;PP=2943;ReadPosRankSum=-0.532;SC=TCACTGGAGTGTCTCTCCCTG;SOR=0.693;Source=Platypus;TCR=159;TR=173;WE=62652931;WS=62652913;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:282,269:0.49:551
chr11	62653194	rs199608498	TAGTC	T	1324.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=1.417;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.404;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=26;PP=1369;ReadPosRankSum=-0.999;SC=GTTTGATTCTTAGTCAGTAGC;SOR=0.399;SbPval=0.25;Source=Platypus;TC=50;TCF=3;TCR=47;TR=29;WE=62653205;WS=62653184;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,34:0.61:56
chr11	62677352	rs2067479	G	A	3872.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.931;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=439;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.525;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=60;PP=1725;ReadPosRankSum=0.367;SC=TGTTGACGTAGCACAGCCAGT;SOR=0.649;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=265;TCF=135;TCR=130;TR=119;WE=62677360;WS=62677342;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:245,191:0.44:436
chr11	62744899	rs3017670	A	G	1335.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=31;PP=882;SC=TTAGAGTTCCAGCATGAATGC;SOR=2.687;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=34;TCF=3;TCR=31;TR=34;WE=62744907;WS=62744889;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr11	62747145	rs3017671	A	G	4529.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=49;NR=56;PP=2250;SC=CTTCTGAGATATTGGGTTATG;SOR=0.807;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=105;TCF=49;TCR=56;TR=105;WE=62747153;WS=62747135;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,165:1.00:165
chr11	62782278	rs4149180	C	T	3244.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.999;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=278;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.462;HP=7;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=39;PP=1606;ReadPosRankSum=1.223;SC=CATTGTGGGGCGGGCGACAGT;SOR=0.802;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=183;TCF=108;TCR=75;TR=99;WE=62782286;WS=62782268;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:126,148:0.54:274
chr11	62847453	rs7945121	T	C	1274.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.505;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.625;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=35;PP=607;ReadPosRankSum=-0.274;SC=TCCTGCTTTATGTTTCTTGAA;SOR=0.895;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=129;TCF=48;TCR=81;TR=54;WE=62847461;WS=62847443;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:113,74:0.40:187
chr11	62847562	rs7926818	G	T	139.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-2.024;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=7;PP=97;ReadPosRankSum=0.465;SC=TGTGCCTGAGGACAAGCTGCC;SOR=0.922;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=1;TCR=19;TR=7;WE=62847570;WS=62847552;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,7:0.35:20
chr11	62848367	rs10897341	A	C	645.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=17;NR=7;PP=414;SC=TCCCCACTCAAGTGACAGCTA;SOR=1.802;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=17;TCR=7;TR=24;WE=62848375;WS=62848357;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr11	62848445	rs11231340	A	G	1166.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.214;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.685;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=15;PP=528;ReadPosRankSum=-1.783;SC=TGGTTTCTGGAAGGAGGAGGA;SOR=0.499;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=64;TCF=40;TCR=24;TR=36;WE=62848453;WS=62848435;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,56:0.58:97
chr11	62848487	rs11231341	A	C	1384.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.311;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FS=0.683;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.44;ReadPosRankSum=1.309;SOR=0.576;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:53,68:0.56:121
chr11	62848568	rs11231342	C	G	1095.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.629;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=18;PP=494;ReadPosRankSum=-1.407;SC=TCCTACCGGACACTGCATTGA;SOR=0.640;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=79;TCF=36;TCR=43;TR=33;WE=62848576;WS=62848558;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,53:0.47:112
chr11	62848995	rs6591733	G	C	4666.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=80;NR=36;PP=2516;SC=TCAGAAATTTGTGTTTTGAAA;SOR=1.385;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=116;TCF=80;TCR=36;TR=116;WE=62849003;WS=62848985;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,170:1.00:170
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chr11	62863518	rs7113279	A	G	5958.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.613;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=557;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.522;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=96;NR=88;PP=2772;ReadPosRankSum=0.144;SC=CGGAACAGGGAAAAAATGGAT;SOR=0.749;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=346;TCF=176;TCR=170;TR=184;WE=62863526;WS=62863508;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:260,292:0.53:552
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chr11	62886319	rs948060	G	C	3200.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=46;NR=23;PP=1432;SC=CCAGGTGTCAGAATTTTCCTT;SOR=1.150;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=69;TCF=46;TCR=23;TR=69;WE=62886327;WS=62886309;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr11	62886800	rs4963245	G	C	1581.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.446;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.227;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=25;PP=681;ReadPosRankSum=0.865;SC=ATGATCTTCCGTCCAACCCTA;SOR=0.503;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=89;TCF=34;TCR=55;TR=42;WE=62886808;WS=62886790;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,70:0.53:132
chr11	62902172	rs1939782	A	C	4852.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=63;NR=39;PP=2089;SC=GACCTCCCAGAAGTGACCCAG;SOR=0.974;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=103;TCF=63;TCR=40;TR=102;WE=62902180;WS=62902162;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,183:1.00:183
chr11	62910849	rs1939749	T	C	6967.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=260;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=104;NR=65;PP=2965;SC=GGGCCTCTTATCTCAGTCACG;SOR=1.030;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=169;TCF=104;TCR=65;TR=169;WE=62910857;WS=62910839;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,258:1.00:258
chr11	62911079	rs1939748	G	C	9448.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=353;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=121;NR=110;PP=2965;SC=GTCAGACACAGTGTCATTGTC;SOR=0.772;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=231;TCF=121;TCR=110;TR=231;WE=62911087;WS=62911069;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,341:1.00:341
chr11	62931484	rs6591771	T	C	2346.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.020;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=234;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=41;PP=892;ReadPosRankSum=-2.645;SC=AGGATCATCATGAGGGAAGCC;SOR=0.718;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=153;TCF=68;TCR=85;TR=74;WE=62931492;WS=62931474;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:112,118:0.51:230
chr11	62931644	rs113276570	C	T	263.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.560;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=8;PP=135;ReadPosRankSum=-1.832;SC=CACTTAAACACATGGAGGTGA;SOR=0.430;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=19;TCF=3;TCR=16;TR=10;WE=62931652;WS=62931634;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,14:0.50:28
chr11	62933784	rs111442070	A	G	1542.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.365;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=37;PP=879;ReadPosRankSum=-0.279;SC=CCTAAATCCTACAAATGAGAA;SOR=0.679;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=101;TCF=31;TCR=70;TR=53;WE=62933792;WS=62933774;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,71:0.52:137
chr11	62951064	rs1525072	C	A	6741.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=259;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=124;NR=58;PP=2965;SC=ACCCATAACTCTACCTGTGTT;SOR=1.402;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=183;TCF=124;TCR=59;TR=182;WE=62951072;WS=62951054;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,251:1.00:251
chr11	62951312	rs35175904	G	C	3670.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=2.188;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=303;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.451;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=82;PP=2157;ReadPosRankSum=2.484;SC=GAGGACAGAGGTGCAGCCAAC;SOR=0.806;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=214;TCF=65;TCR=149;TR=116;WE=62951320;WS=62951302;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:140,159:0.53:299
chr11	62987638	rs11336277	CA	C	184.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-1.274;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.160;HP=9;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.919;NF=0;NR=7;PP=96;ReadPosRankSum=-0.733;SC=TTTGCAAAGACAAAAAAAATC;SOR=0.074;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=0;TCR=17;TR=7;WE=62987646;WS=62987628;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,12:0.60:20
chr11	62995798	.	C	T	92.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=3.263;ClippingRankSum=0.000;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.297;HP=4;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=0;PP=73;ReadPosRankSum=0.920;SC=CATAATTTTCCTTTTGTGTCT;SOR=2.129;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=25;TCF=21;TCR=4;TR=6;WE=62995806;WS=62995788;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,6:0.21:29
chr11	62995875	rs7106186	G	A	2885.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=52;NR=19;PP=1495;SC=TAGATGAAAAGTGTTTCATGA;SOR=1.565;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=71;TCF=52;TCR=19;TR=71;WE=62995883;WS=62995865;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr11	62996682	rs74759635	G	C	922.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-2.006;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.944;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=13;PP=663;ReadPosRankSum=0.597;SC=ATTCTAAACAGCCAGGTCATG;SOR=0.432;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=80;TCF=57;TCR=23;TR=40;WE=62996690;WS=62996672;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,43:0.46:93
chr11	63057925	rs1790218	G	A	4886.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.870;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=526;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=72;NR=82;PP=2333;ReadPosRankSum=1.305;SC=ATCCCCAGTGGCAGCTTCTTC;SOR=0.652;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=319;TCF=144;TCR=175;TR=154;WE=63057933;WS=63057915;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:278,240:0.46:518
chr11	63064823	rs576641	T	C	11842.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.763;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=447;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=134;NR=141;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.169;SC=AGCTTGCCATTACTGACACCT;SOR=0.693;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=275;TCF=134;TCR=141;TR=275;WE=63064831;WS=63064813;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,438:1.00:440
chr11	63064970	rs575009	T	G	8485.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=322;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=109;NR=108;PP=2965;SC=TATGACCCTTTAATTTGACCT;SOR=0.733;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=217;TCF=109;TCR=108;TR=217;WE=63064978;WS=63064960;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,304:1.00:304
chr11	63066903	rs515213	T	C	2540.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=67;NR=7;PP=1783;SC=AAAGGGAACATATTTCTCTTG;SOR=3.509;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=74;TCF=67;TCR=7;TR=74;WE=63066911;WS=63066893;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr11	63067138	rs513338	T	G	5597.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=41;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=56;NR=111;PP=2965;SC=CATTAAAAGTTTGGTGACATG;SOR=1.306;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=170;TCF=56;TCR=114;TR=167;WE=63067146;WS=63067128;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,204:1.00:204
chr11	63067181	.	A	AGTGTGTGTGT	1264.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=86;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.25;QD=33.28;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,37:0.97:38
chr11	63069715	rs557658	A	G	1226.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=32;NR=1;PP=978;SC=ACTGACCAATAACTGCCTGGG;SOR=4.921;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=33;TCF=32;TCR=1;TR=33;WE=63069723;WS=63069705;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr11	63071740	rs111482186	A	G	1064.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.915;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.721;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=28;PP=692;ReadPosRankSum=2.125;SC=ATTTCCCACTAAACAATACTT;SOR=0.779;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=78;TCF=24;TCR=54;TR=41;WE=63071748;WS=63071730;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,50:0.44:113
chr11	63072310	rs1201559	C	T	4454.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.910;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=448;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.516;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=67;PP=1798;ReadPosRankSum=1.189;SC=TTCCTCCTACCAGAAACCAAG;SOR=0.673;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=265;TCF=123;TCR=142;TR=127;WE=63072318;WS=63072300;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:216,222:0.51:438
chr11	63129782	rs517655	A	G	2900.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=55;NR=24;PP=1451;SC=GAAAGGCATCACAGTATAAAG;SOR=1.371;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=80;TCF=55;TCR=25;TR=79;WE=63129790;WS=63129772;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
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chr11	63137948	rs113253118	C	T	4690.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.019;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=262;ExcessHet=3.0103;FS=5.166;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.04;ReadPosRankSum=0.340;SOR=0.460;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:133,127:0.49:260
chr11	63137952	rs113747568	T	C	4604.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.912;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=241;ExcessHet=3.0103;FS=4.612;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.19;ReadPosRankSum=0.599;SOR=0.469;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:123,117:0.49:240
chr11	63138482	rs566456	G	A	2545.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.740;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.290;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=23;PP=1994;ReadPosRankSum=0.008;SC=GTAATGCTGAGAAAGGAAGCC;SOR=1.751;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=84;TCF=60;TCR=24;TR=82;WE=63138490;WS=63138471;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,103:0.96:107
chr11	63149670	.	C	CA	173.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.371;ClippingRankSum=0.000;DP=356;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.03;MQRankSum=2.334;QD=0.52;ReadPosRankSum=-0.363;SOR=0.710;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:279,56:0.17:335
chr11	63258416	rs10897424	T	C	2177.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=22.92;SOR=0.802;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr11	63274120	rs12272556	G	C	1219.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-0.862;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=35;PP=812;ReadPosRankSum=-0.541;SC=CCCAGCACCTGCCCTGGGTTC;SOR=0.679;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=82;TCF=20;TCR=62;TR=46;WE=63274128;WS=63274110;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,52:0.58:90
chr11	63278621	rs2239679	C	G	2080.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.186;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=252;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.607;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQ=60.04;MQRankSum=-0.839;NF=33;NR=60;PP=1451;ReadPosRankSum=1.337;SC=GGGGGCGCAGCCTGGGTGAGC;SOR=0.817;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=198;TCF=72;TCR=126;TR=93;WE=63278629;WS=63278611;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:142,102:0.42:244
chr11	63312413	rs146246859	G	A	3463.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.799;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=351;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.526;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=65;PP=1697;ReadPosRankSum=1.240;SC=CTGGACTCACGGGGCTGTGCA;SOR=0.485;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=242;TCF=102;TCR=140;TR=119;WE=63312421;WS=63312403;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:171,173:0.50:344
chr11	63313644	rs584905	T	C	3023.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.20;SOR=1.773;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr11	63357919	rs593759	C	T	6081.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=51;NR=124;PP=2965;SC=CCCAGCCGGGCATCTGCCCTT;SOR=1.654;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=175;TCF=51;TCR=124;TR=175;WE=63357927;WS=63357909;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,218:1.00:218
chr11	63402869	rs3832716	T	TA	733.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=2.314;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.439;HP=9;HapScore=3;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=2;PP=432;ReadPosRankSum=-1.100;SC=CAAAATGTGCTAAAAAAAAAT;SOR=1.646;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=69;TCF=49;TCR=20;TR=28;WE=63402877;WS=63402859;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,44:0.49:90
chr11	63413962	rs147319344	AAAAT	A	1207.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.13;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr11	63487386	rs542998	T	C	8650.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=322;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=114;NR=113;PP=2965;SC=GTGAAAGTGGTTTTACCTGAT;SOR=0.738;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=228;TCF=114;TCR=114;TR=227;WE=63487394;WS=63487376;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,319:1.00:319
chr11	63523428	rs112296263	C	CA	51.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.208;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.99;ReadPosRankSum=-0.389;SOR=0.473;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,8:0.31:26
chr11	63531513	.	ACTC	A	34	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;FR=0.5000;HP=5;HapScore=1;MGOF=15;MMLQ=28;MQ=60.0;NF=1;NR=1;PP=34;QD=24.0;SC=CGCTCACCCCACTCCTCCTCC;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=16;TCF=4;TCR=12;TR=2;WE=63531523;WS=63531503;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:14,2:0.12:16
chr11	63585804	rs643634	C	A	16379.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=607;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=155;NR=244;PP=2965;SC=TAAAAGGAGCCGGCCCAGGGG;SOR=1.049;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=403;TCF=158;TCR=245;TR=399;WE=63585812;WS=63585794;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,598:1.00:598
chr11	63594656	rs112011949	C	T	438.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.321;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=30;PP=713;ReadPosRankSum=-1.421;SC=GGCAGCGTCCCCCAGTGGCTT;SOR=0.606;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=102;TCF=33;TCR=69;TR=45;WE=63594664;WS=63594646;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,22:0.48:46
chr11	63657494	rs4980528	G	A	498.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=12;NR=2;PP=303;SC=TGAGACCCAGGGCCAAGCTGA;SOR=2.303;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=14;TCF=12;TCR=2;TR=14;WE=63657502;WS=63657484;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr11	63663130	.	CTTTTTTTTTTTT	C	2262.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.136;ClippingRankSum=0.000;DP=124;ExcessHet=3.0103;FS=24.837;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.04;MQRankSum=0.067;QD=36.50;ReadPosRankSum=2.731;SOR=3.893;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:3,59:0.95:62
chr11	63668557	rs224174	C	T	3419.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=22;NR=71;PP=2132;SC=TGCTCCCCGCCCCATTCTCTG;SOR=1.883;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=94;TCF=22;TCR=72;TR=93;WE=63668565;WS=63668547;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr11	63670387	rs1486936	C	G	2151.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=51;NR=6;PP=1554;SC=TCGCTCCCAGCAGTAAATGCA;SOR=3.327;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=57;TCF=51;TCR=6;TR=57;WE=63670395;WS=63670377;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr11	63673603	.	CTG	C	1709.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.861;ClippingRankSum=0.000;DP=137;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.16;MQRankSum=0.482;QD=24.78;ReadPosRankSum=-0.487;SOR=0.546;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,61:0.88:69
chr11	63676313	rs56263226	G	GC	3061.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=1.109;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.100;HP=7;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=26;PP=1119;ReadPosRankSum=-0.507;SC=GGGTGCCTCAGCCCCCCCGTG;SOR=1.993;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=79;TCF=46;TCR=33;TR=65;WE=63676321;WS=63676303;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,108:0.98:110
chr11	63679369	rs320108	T	C	554.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=30.82;SOR=3.500;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr11	63680297	rs320110	A	G	18701.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=718;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=219;NR=203;PP=2965;SC=CTCTGCCTCCAGAGAGAAACC;SOR=0.745;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=422;TCF=219;TCR=203;TR=422;WE=63680313;WS=63680287;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,716:1.00:716
chr11	63681513	rs10897461	T	C	6181.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=62;NR=75;PP=2813;SC=CCGTGAGGCCTTCAGGGCTCA;SOR=0.872;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=137;TCF=62;TCR=75;TR=137;WE=63681521;WS=63681503;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,229:1.00:229
chr11	63681648	rs4980533	G	A	4609.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=74;NR=50;PP=2564;SC=GAGGCTGCCAGTGAAAGGAGA;SOR=1.030;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=124;TCF=74;TCR=50;TR=124;WE=63681656;WS=63681638;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,169:1.00:169
chr11	63682312	rs4375445	G	C	29251.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=660;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.66;SOR=0.708;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,655:1.00:655
chr11	63682315	rs34212439	C	G	29308.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=647;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.65;SOR=0.725;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,642:1.00:642
chr11	63682318	rs11231638	G	C	24979.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.667;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=636;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=39.90;ReadPosRankSum=-0.909;SOR=0.719;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,624:1.00:626
chr11	63682869	rs3802941	A	G	2948.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=34;NR=47;PP=1721;SC=AGACCCAGACAGGAAGGCAGG;SOR=0.961;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=81;TCF=34;TCR=47;TR=81;WE=63682877;WS=63682859;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr11	63713239	rs3740636	G	A	1429.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=30;NR=8;PP=870;SC=AGGGCCCTTCGATTCCTTAAA;SOR=1.893;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=38;TCF=30;TCR=8;TR=38;WE=63713247;WS=63713229;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr11	63720086	rs4980513	T	G	5429.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=62;NR=105;PP=2965;SC=CCTGGCGATGTTCCAGGCACT;SOR=1.274;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=167;TCF=62;TCR=105;TR=167;WE=63720094;WS=63720076;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,196:1.00:196
chr11	63766720	rs150398943	C	T	387.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-3.162;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.398;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=6;PP=217;ReadPosRankSum=0.842;SC=CTGCGCTCTGCACCCTGACTC;SOR=1.061;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=29;TCF=16;TCR=13;TR=14;WE=63766728;WS=63766710;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,17:0.55:31
chr11	63883985	rs614397	T	C	19119.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-1.852;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=729;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=229;NR=224;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.516;SC=TCCCTGATGATGCCACCACCC;SOR=0.226;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=455;TCF=231;TCR=224;TR=453;WE=63883993;WS=63883975;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,723:1.00:724
chr11	63884027	rs614035	C	T	18408.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=679;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=223;NR=233;PP=2965;SC=TCAACAACGCCGGCATCCCCC;SOR=0.732;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=457;TCF=223;TCR=234;TR=456;WE=63884035;WS=63884017;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,673:1.00:673
chr11	63885305	rs3824854	C	T	7911.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.021;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=811;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=130;NR=118;PP=2962;ReadPosRankSum=0.519;SC=ATGAGACACCCGTGTGTGCCA;SOR=0.722;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=525;TCF=274;TCR=251;TR=248;WE=63885313;WS=63885295;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:413,392:0.49:805
chr11	63885632	rs4379854	A	G	14768.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=570;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=183;NR=178;PP=2965;SC=GCGCCAAAGAAGAGTACGTGG;SOR=0.741;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=362;TCF=184;TCR=178;TR=361;WE=63885640;WS=63885622;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,559:1.00:559
chr11	63885704	rs677447	C	T	14586.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=0.678;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=565;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=108;NR=179;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.784;SC=CCATTGGCTACGGCACCACGC;SOR=1.020;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=287;TCF=108;TCR=179;TR=287;WE=63885712;WS=63885694;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,560:1.00:562
chr11	63918589	rs2282492	T	C	603.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-4.365;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.479;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=3;PP=409;ReadPosRankSum=-1.165;SC=GCCAGCAGGCTGTCCTTGCCA;SOR=0.162;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=42;TCF=38;TCR=4;TR=23;WE=63918597;WS=63918582;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,25:0.54:46
chr11	63962152	rs2282490	T	C	3006.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.271;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.11;ReadPosRankSum=1.395;SOR=0.732;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:82,84:0.51:166
chr11	63962162	rs67546972	G	A	2852.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.381;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FS=2.218;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=20.67;ReadPosRankSum=0.936;SOR=0.907;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:66,72:0.52:138
chr11	63964657	rs2236648	C	T	176.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.753;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.419;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=0;PP=141;ReadPosRankSum=-0.191;SC=ATGTTAGTTGCATTTCAGAAC;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=15;TCR=2;TR=8;WE=63964665;WS=63964653;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,8:0.42:19
chr11	63965534	rs35235491	C	CTT	224.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.311;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=1.569;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.32;ReadPosRankSum=-0.500;SOR=0.399;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,12:0.44:27
chr11	63967770	rs11231722	C	G	2989.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=1.156;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=321;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.845;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=42;PP=1232;ReadPosRankSum=-2.119;SC=CTCAAGGTGACGAGACCTGTG;SOR=0.642;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=156;TCF=71;TCR=85;TR=79;WE=63967778;WS=63967760;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:168,151:0.47:319
chr11	63971256	rs148030896	C	CTTTG	945.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=1.301;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.596;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=18;PP=958;ReadPosRankSum=1.496;SC=GCTGGAAGGGCTTTGTTAGTC;SOR=1.813;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=48;TCF=8;TCR=40;TR=20;WE=63971264;WS=63971246;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,24:0.52:46
chr11	63986713	rs11603538	C	A	2857.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-2.495;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=302;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.879;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=36;PP=1132;ReadPosRankSum=0.725;SC=CTCCTCTCCCCCCGCTCCAGA;SOR=0.761;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=174;TCF=101;TCR=73;TR=87;WE=63986721;WS=63986703;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:149,150:0.50:299
chr11	63988102	rs3802933	C	T	5934.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=0.440;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=627;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=73;NR=88;PP=2426;ReadPosRankSum=0.392;SC=CCTACGGCCTCGTTGCCCCCC;SOR=0.663;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=347;TCF=156;TCR=191;TR=161;WE=63988110;WS=63988092;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:330,293:0.47:623
chr11	63990996	rs5792315	AC	A	1497.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.147;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.244;NF=1;NR=35;PP=1250;ReadPosRankSum=0.917;SC=CCTGCTCACCACCCTGTCACA;SOR=0.622;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=60;TCF=1;TCR=59;TR=36;WE=63991004;WS=63990986;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,51:0.57:89
chr11	63991581	rs11549690	G	A	4161.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.517;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=389;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.194;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=72;NR=72;PP=2090;ReadPosRankSum=1.315;SC=CGGGTAGGGCGTAGCTGCAGG;SOR=0.620;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=262;TCF=135;TCR=127;TR=144;WE=63991589;WS=63991571;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:183,202:0.52:385
chr11	63991801	rs1059440	T	C	1740.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-1.362;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=40;PP=716;ReadPosRankSum=0.454;SC=TATTTCACAATGGGACCGCAT;SOR=0.672;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=164;TCF=66;TCR=98;TR=67;WE=63991809;WS=63991791;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:126,94:0.43:220
chr11	63994692	rs1860368	T	C	5041.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.155;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=537;ExcessHet=3.0103;FS=0.523;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.57;ReadPosRankSum=0.942;SOR=0.755;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:279,248:0.47:527
chr11	63994696	rs2429456	T	C	18874.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=545;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=161;NR=184;PP=2836;SC=GTTTCCTCATTCCTTAAAGGG;SOR=0.774;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=346;TCF=162;TCR=184;TR=345;WE=63994704;WS=63994682;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,537:1.00:537
chr11	63995302	rs2429455	C	G	410.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-3.365;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.594;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=13;PP=285;ReadPosRankSum=-0.303;SC=AATTCTAGCCCTCAGTACCCT;SOR=0.404;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=33;TCF=6;TCR=27;TR=17;WE=63995310;WS=63995292;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,18:0.49:37
chr11	63997329	rs633561	A	G	6395.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.68;SOR=1.092;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,140:1.00:140
chr11	63997338	rs633557	T	C	6635.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.09;SOR=1.157;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,154:1.00:154
chr11	63997566	.	G	GA	637.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.523;ClippingRankSum=0.000;DP=162;ExcessHet=3.0103;FS=2.951;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.87;ReadPosRankSum=1.216;SOR=1.052;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:68,63:0.48:131
chr11	63997882	rs11311686	AT	A	1424.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.231;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=239;ExcessHet=3.0103;FS=2.571;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.05;MQRankSum=0.995;QD=6.54;ReadPosRankSum=-0.096;SOR=0.511;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:104,114:0.52:218
chr11	63999240	rs3741404	G	C	766.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-4.745;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.070;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=3;PP=598;ReadPosRankSum=-1.774;SC=TTTCAGCCCTGTCAGCTCCTG;SOR=0.299;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=50;TCF=46;TCR=4;TR=27;WE=63999248;WS=63999230;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,28:0.56:50
chr11	64000410	rs1058735	C	G	1726.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.015;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.885;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=46;PP=1135;ReadPosRankSum=1.243;SC=GTCAGCCAGTCCTCCACAGCA;SOR=0.350;SbPval=0.25;Source=Platypus;TC=120;TCF=26;TCR=94;TR=63;WE=64000418;WS=64000400;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,74:0.51:145
chr11	64002238	rs7482791	T	C	723.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.85;SOR=0.997;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr11	64003843	rs11603042	G	T	2619.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-4.234;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=243;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=81;PP=1749;ReadPosRankSum=0.299;SC=GGCCAGGCTTGGGGGGTGCTG;SOR=0.651;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=192;TCF=33;TCR=159;TR=99;WE=64003851;WS=64003833;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:120,116:0.49:236
chr11	64004557	rs112715386	AAGAGAGAG	A	1023.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;QD=40.95;SOR=1.473;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr11	64009879	rs4672	G	A	2247.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.830;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=268;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.451;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=26;PP=862;ReadPosRankSum=0.733;SC=AGCTGGTTCCGGGTCCTGACA;SOR=0.739;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=145;TCF=83;TCR=62;TR=62;WE=64009887;WS=64009869;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:145,118:0.45:263
chr11	64010085	rs2070765	A	G	961.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.125;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.605;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=25;PP=551;ReadPosRankSum=0.512;SC=AGGACCAGAGAGTGCTTGGGA;SOR=1.029;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=71;TCF=22;TCR=49;TR=34;WE=64010093;WS=64010075;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,47:0.42:111
chr11	64011441	rs654573	T	C	8859.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=356;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=97;NR=131;PP=2965;SC=CCCCTACAGGTGGTGCAACCC;SOR=0.908;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=232;TCF=97;TCR=135;TR=228;WE=64011449;WS=64011431;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,346:1.00:346
chr11	64012225	rs605187	G	C	2435.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=62;NR=21;PP=1917;SC=GTCGGGGACCGTCACTTCTTC;SOR=2.140;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=83;TCF=62;TCR=21;TR=83;WE=64012233;WS=64012215;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr11	64012784	rs12798333	G	A	1357.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.105;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FS=0.776;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.94;MQRankSum=0.000;QD=10.06;ReadPosRankSum=0.496;SOR=0.847;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:68,67:0.50:135
chr11	64012910	rs60031276	A	G	499.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.040;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=1.126;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.44;MQRankSum=-0.030;QD=10.41;ReadPosRankSum=-0.652;SOR=0.512;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,25:0.52:48
chr11	64019006	rs371707004	TGGCG	T	64.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.481;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=3.090;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=5.88;ReadPosRankSum=-0.586;SOR=0.132;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,3:0.27:11
chr11	64022459	rs632439	A	G	6644.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=263;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=76;NR=76;PP=2697;SC=GGCCAGACCCAGTGAACACAG;SOR=0.716;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=153;TCF=77;TCR=76;TR=152;WE=64022467;WS=64022449;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,259:1.00:259
chr11	64024048	rs28395875	G	C	4769.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-3.922;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=402;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.144;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=75;NR=71;PP=2962;ReadPosRankSum=1.095;SC=GGTGGGGGCAGGTGGGACCCC;SOR=0.590;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=267;TCF=140;TCR=127;TR=146;WE=64024064;WS=64024038;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:168,225:0.57:393
chr11	64024056	rs588177	C	A	3368.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.915;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=406;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.122;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=57;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.780;SC=CAGGTGGGACCCCAGCTGACC;SOR=0.804;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=273;TCF=140;TCR=133;TR=122;WE=64024064;WS=64024038;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:228,170:0.43:398
chr11	64026144	rs2244625	G	A	9635.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.151;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=958;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.521;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=126;NR=141;PP=2962;ReadPosRankSum=0.384;SC=TCAAGACCTCGCCCTACCCCG;SOR=0.748;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=554;TCF=268;TCR=286;TR=267;WE=64026152;WS=64026134;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:467,478:0.51:945
chr11	64030944	rs2510067	T	C	2383.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=47;NR=19;PP=1299;SC=GTCAGCCCTGTGGCTCAGCTC;SOR=1.556;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=66;TCF=47;TCR=19;TR=66;WE=64030952;WS=64030934;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr11	64034773	rs7939107	C	T	2457.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.203;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=234;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.264;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=37;PP=953;ReadPosRankSum=-0.383;SC=GGTGGGCAGACGGGGTGCAAG;SOR=0.711;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=139;TCF=69;TCR=70;TR=69;WE=64034781;WS=64034763;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:104,121:0.54:225
chr11	64034866	rs7938380	G	A	2066.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.719;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.531;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=35;PP=880;ReadPosRankSum=0.056;SC=AGCAGCGGGCGAGGCTCCCCC;SOR=0.649;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=118;TCF=48;TCR=70;TR=59;WE=64034874;WS=64034856;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:91,100:0.52:191
chr11	64035100	.	CT	C	126.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.917;ClippingRankSum=0.000;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=1.913;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.03;ReadPosRankSum=-1.468;SOR=1.270;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,14:0.67:21
chr11	64051823	rs34882006	C	T	3896.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.673;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=493;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=51;PP=1301;ReadPosRankSum=1.070;SC=TCGGCTCAAACTCTGGGATCT;SOR=0.708;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=271;TCF=134;TCR=137;TR=105;WE=64051831;WS=64051813;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:272,211:0.44:483
chr11	64052306	rs652611	T	G	12141.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=476;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=131;NR=245;PP=2965;SC=CTCGTCCGCATCCTTTTTCCT;SOR=2.794;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=382;TCF=137;TCR=245;TR=376;WE=64052314;WS=64052296;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,470:1.00:470
chr11	64066859	rs2232417	G	A	4594.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=114;NR=17;PP=2965;SC=GGACTGGCACGGTGACAGCGC;SOR=3.378;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=131;TCF=114;TCR=17;TR=131;WE=64066867;WS=64066849;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,156:1.00:156
chr11	64068310	rs2286614	C	T	1935.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.280;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.073;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=31;PP=854;ReadPosRankSum=-0.270;SC=TGGCACAGCCCGGGGCGGGGC;SOR=0.685;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=132;TCF=67;TCR=65;TR=60;WE=64068318;WS=64068300;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:111,96:0.46:207
chr11	64070930	rs66968227	T	C	2565.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.748;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=261;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.451;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=29;PP=1172;ReadPosRankSum=-0.365;SC=TGCGGATGACTAACCCTTTTT;SOR=0.725;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=146;TCF=84;TCR=62;TR=70;WE=64070943;WS=64070920;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:136,123:0.47:259
chr11	64081445	rs2276014	G	A	461.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=2.269;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=3;PP=150;ReadPosRankSum=-0.898;SC=ACAGCTGTCCGGCCTCCAACG;SOR=0.612;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=32;TCF=20;TCR=12;TR=9;WE=64081453;WS=64081435;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,23:0.44:52
chr11	64082437	rs650008	C	T	2631.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=25;NR=34;PP=1197;SC=CTCTGGTGCGCTTGCTCAGCC;SOR=0.866;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=60;TCF=26;TCR=34;TR=59;WE=64082445;WS=64082427;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr11	64082807	rs11600990	C	T	1765.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.917;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.575;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=36;PP=839;ReadPosRankSum=1.576;SC=AACTCAGTGACGGTAGCACAG;SOR=0.775;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=114;TCF=46;TCR=68;TR=59;WE=64082815;WS=64082797;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,86:0.52:166
chr11	64083295	.	CGGG	C	69.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.533;ClippingRankSum=0.000;DP=94;ExcessHet=3.0103;FS=1.701;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.26;MQRankSum=-8.855;QD=0.74;ReadPosRankSum=0.096;SOR=0.285;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:87,7:0.07:94
chr11	64083300	rs199950340	G	A	105.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.318;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FS=3.545;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.11;MQRankSum=-8.662;QD=1.22;ReadPosRankSum=-1.102;SOR=0.211;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:78,9:0.10:87
chr11	64083318	.	G	A	129.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.575;ClippingRankSum=0.000;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=10.254;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.97;MQRankSum=-7.387;QD=2.00;ReadPosRankSum=-0.599;SOR=0.077;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:57,8:0.12:65
chr11	64083320	rs201072913	T	C	132.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.249;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=10.254;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.97;MQRankSum=-7.387;QD=2.04;ReadPosRankSum=-0.530;SOR=0.077;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:57,8:0.12:65
chr11	64083331	rs80310817	C	T	39.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.715;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.51;MQRankSum=-6.219;QD=0.78;ReadPosRankSum=1.366;SOR=0.440;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:46,5:0.10:51
chr11	64085074	rs550819	T	A	13638.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=531;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=130;NR=224;PP=2965;SC=GGGATGCTCCTCTCGATGCTA;SOR=1.128;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=355;TCF=130;TCR=225;TR=354;WE=64085082;WS=64085064;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,519:1.00:519
chr11	64085785	rs7938623	A	G	5396.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=80;NR=49;PP=2710;SC=GCAAGACGGTACAGTGAAGGA;SOR=1.033;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=129;TCF=80;TCR=49;TR=129;WE=64085793;WS=64085775;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,195:1.00:195
chr11	64085938	rs7941847	T	C	8872.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=337;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=100;NR=118;PP=2965;SC=AGAGTATCGCTTTATTTCCTG;SOR=0.969;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=218;TCF=100;TCR=118;TR=218;WE=64085946;WS=64085928;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,333:1.00:333
chr11	64088435	rs566049	A	G	4632.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=48;NR=64;PP=2328;SC=GGGGGCCCTTAGCCTCTTCAA;SOR=0.870;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=112;TCF=48;TCR=64;TR=112;WE=64088443;WS=64088425;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,170:1.00:170
chr11	64107735	rs663743	G	A	1083.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.409;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=18;PP=489;ReadPosRankSum=0.639;SC=ACCCCGACCCGGGCATGGAGG;SOR=0.693;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=70;TCF=35;TCR=35;TR=36;WE=64107743;WS=64107725;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,58:0.46:126
chr11	64108262	rs71456309	T	G	573.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=0.912;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.113;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=9;PP=314;ReadPosRankSum=-2.793;SC=CGGGGAAGGATCTGAGAGGAG;SOR=0.674;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=43;TCF=20;TCR=23;TR=19;WE=64108270;WS=64108252;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,28:0.44:64
chr11	64109118	rs647152	T	G	2011.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=2.387;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.206;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=34;PP=1208;ReadPosRankSum=-0.325;SC=CTGGGCCAGATCCTGGGGAGC;SOR=0.508;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=134;TCF=63;TCR=71;TR=69;WE=64109126;WS=64109108;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:105,92:0.47:197
chr11	64109315	.	GGTTGTGGTCTGAGGTCTTGGGCCATCAGTGATGTCACAACCAGATGGCCCAAGACCCCAGACCACAACCCCATGTCTGGT	G	1164.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.548;ClippingRankSum=0.000;DP=162;ExcessHet=3.0103;FS=2.460;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.87;ReadPosRankSum=0.293;SOR=0.899;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:112,36:0.24:148
chr11	64110348	rs11602301	T	G	561.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=28.09;SOR=1.402;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr11	64110422	rs11601860	A	T	147.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.245;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=2.447;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=9.85;ReadPosRankSum=-0.667;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,8:0.53:15
chr11	64110668	rs574835	G	A	1161.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.595;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.848;HP=4;HapScore=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=5;PP=797;ReadPosRankSum=-0.357;SC=GGGTGCTCTCGGGGGTGCTGG;SOR=1.372;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=86;TCF=72;TCR=14;TR=43;WE=64110676;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,50:0.50:101
chr11	64110683	rs479552	G	C	1331.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=4.265;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.561;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=7;PP=954;ReadPosRankSum=1.245;SC=TGCTGGAGGCGTCCAAGGCGC;SOR=1.302;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=103;TCF=84;TCR=19;TR=50;WE=64110691;WS=64110673;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,57:0.47:121
chr11	64110805	rs35692796	A	G	6490.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=2.343;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=660;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=111;NR=78;PP=2962;ReadPosRankSum=0.492;SC=GCGGTAAGGTAGCCAGAGTGA;SOR=0.732;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=418;TCF=241;TCR=177;TR=189;WE=64110813;WS=64110795;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:342,311:0.48:653
chr11	64110932	rs12808002	C	T	6520.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-1.498;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=677;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.519;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=86;NR=103;PP=2835;ReadPosRankSum=0.402;SC=ACACACTCGGCCTGGCCATGG;SOR=0.747;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=415;TCF=190;TCR=225;TR=189;WE=64110940;WS=64110922;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:349,318:0.48:667
chr11	64111928	rs685870	T	C	2118.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.062;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.247;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=38;PP=707;ReadPosRankSum=0.127;SC=GCCTGAGGCCTGGGGGTTGAG;SOR=0.857;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=134;TCF=59;TCR=75;TR=65;WE=64111936;WS=64111918;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:119,109:0.48:228
chr11	64116843	rs1318165	A	C	2546.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=32;NR=22;PP=1243;SC=GAGTTGGGGGACCGGCTGGAG;SOR=0.878;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=54;TCF=32;TCR=22;TR=54;WE=64116851;WS=64116833;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr11	64117284	rs4930155	G	A	975.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.460;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.897;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=22;PP=533;ReadPosRankSum=-2.092;SC=GGGCCTGTTGGAGAGAGCACT;SOR=0.566;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=58;TCF=20;TCR=38;TR=33;WE=64117292;WS=64117274;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,46:0.60:77
chr11	64118422	rs614047	G	C	1623.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=37;NR=9;PP=1101;SC=CTGCCGCAGAGAGACAGAAGT;SOR=2.387;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=47;TCF=38;TCR=9;TR=46;WE=64118430;WS=64118420;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr11	64120435	rs489419	T	C	3635.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=36;NR=38;PP=1547;SC=TGGGGTCCTGTCTGGCCTCCC;SOR=0.775;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=74;TCF=36;TCR=38;TR=74;WE=64120443;WS=64120425;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr11	64120451	rs61886887	C	T	1060.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.377;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.497;HP=3;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=20;PP=510;ReadPosRankSum=1.038;SC=CTCCCCTCCCCGGCATAACTT;SOR=0.853;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=78;TCF=38;TCR=40;TR=36;WE=64120459;WS=64120441;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,52:0.46:112
chr11	64121657	rs12798408	C	T	412.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-3.658;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.860;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=10;PP=270;ReadPosRankSum=-1.151;SC=GTCTGGGGGTCAGGTGGCCAG;SOR=0.045;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=20;TCF=5;TCR=15;TR=15;WE=64121665;WS=64121647;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,18:0.75:24
chr11	64124515	rs612448	T	C	5066.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=0.051;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=484;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.107;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=83;NR=60;PP=2039;ReadPosRankSum=2.576;SC=CTCTAGGCCCTGAGGTACAGG;SOR=0.575;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=271;TCF=166;TCR=105;TR=143;WE=64124523;WS=64124505;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:237,245:0.51:482
chr11	64124622	rs61886888	G	A	4695.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.245;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=506;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.100;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=67;NR=81;PP=2232;ReadPosRankSum=0.280;SC=GAGTGTCAGCGGAGGCCCCAG;SOR=0.825;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=316;TCF=149;TCR=167;TR=148;WE=64124630;WS=64124612;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:263,233:0.47:496
chr11	64124823	rs519763	C	T	2541.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.966;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=244;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.551;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=35;PP=1192;ReadPosRankSum=1.063;SC=GTGGCTCCCGCTGAGGCAGCG;SOR=0.814;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=155;TCF=82;TCR=73;TR=78;WE=64124831;WS=64124813;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:120,121:0.50:241
chr11	64124940	rs600377	T	G	2088.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.147;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.378;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=46;PP=961;ReadPosRankSum=-0.040;SC=GACTGTGGCCTGGGCTGATCT;SOR=1.179;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=164;TCF=68;TCR=96;TR=66;WE=64124948;WS=64124930;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:128,105:0.45:233
chr11	64124980	rs542907	G	A	1397.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.523;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.639;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=33;PP=752;ReadPosRankSum=-0.227;SC=AGGGGCATGAGAATAAAGCTG;SOR=1.137;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=120;TCF=48;TCR=72;TR=47;WE=64124988;WS=64124970;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:104,69:0.40:173
chr11	64127744	rs521950	A	G	837.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.863;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.814;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=9;PP=461;ReadPosRankSum=-0.459;SC=CCAAGACGCAAGAGCACACGC;SOR=0.881;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=73;TCF=50;TCR=23;TR=31;WE=64127752;WS=64127734;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,40:0.41:97
chr11	64127881	rs564687	T	G	10079.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=386;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=140;NR=107;PP=2965;SC=CCCAACGGGGTTGGGGTGGCT;SOR=0.904;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=247;TCF=140;TCR=107;TR=247;WE=64127889;WS=64127871;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,383:1.00:383
chr11	64127902	rs2289573	G	A	4309.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=1.605;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=426;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=60;PP=1990;ReadPosRankSum=0.377;SC=GGGGGCAGGCGAGGCCACCTG;SOR=0.675;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=240;TCF=127;TCR=113;TR=122;WE=64127910;WS=64127892;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:213,211:0.50:424
chr11	64128423	rs516124	G	T	373.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-1.941;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=2;PP=246;ReadPosRankSum=-0.231;SC=GATCCACGGGGCCCTCCTTCT;SOR=0.502;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=30;TCF=26;TCR=4;TR=15;WE=64128431;WS=64128422;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,16:0.53:30
chr11	64128494	rs71456310	C	T	1336.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-1.296;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=8;PP=809;ReadPosRankSum=-0.097;SC=ACCCCCTCTACAGGCAGATGA;SOR=0.631;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=82;TCF=67;TCR=15;TR=47;WE=64128502;WS=64128484;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,58:0.59:98
chr11	64135435	rs508168	G	A	944.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-4.229;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.252;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.151;NF=32;NR=2;PP=659;ReadPosRankSum=-0.984;SC=ATAAAACCAGGTGGAATAAAA;SOR=1.005;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=83;TCF=75;TCR=8;TR=34;WE=64135443;WS=64135427;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,40:0.44:91
chr11	64135541	rs3217512	GTC	G	10035.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.908;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=619;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=2.535;NF=49;NR=88;PP=2962;ReadPosRankSum=1.760;SC=CCCCACCAGAGTCTCCTCACC;SOR=0.698;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=302;TCF=104;TCR=198;TR=137;WE=64135577;WS=64135531;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:343,269:0.44:612
chr11	64136877	rs11606015	C	G	625.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.550;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=4.556;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.38;ReadPosRankSum=-0.656;SOR=1.582;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,31:0.56:55
chr11	64137875	rs11606081	T	C	1372.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.350;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=26;PP=847;ReadPosRankSum=0.010;SC=CTGGAGGTCATAGACCATGGT;SOR=0.687;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=117;TCF=55;TCR=62;TR=49;WE=64137883;WS=64137865;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:110,65:0.37:175
chr11	64138805	rs11542299	T	C	4265.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=-0.703;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=480;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=61;PP=1343;ReadPosRankSum=0.484;SC=GCGTGGAGAATGCACCCCTGG;SOR=0.703;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=245;TCF=119;TCR=126;TR=119;WE=64138813;WS=64138795;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:249,222:0.47:471
chr11	64138905	rs17857342	T	G	1870.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=2.028;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.317;HP=4;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=42;PP=987;ReadPosRankSum=-0.624;SC=CCCCGTCGCCTCCAAAGGGGC;SOR=0.947;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=129;TCF=48;TCR=81;TR=64;WE=64138913;WS=64138895;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:102,91:0.47:193
chr11	64323816	.	C	T	4823.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.449;ClippingRankSum=0.000;DP=396;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.815;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-1.253;NF=52;NR=98;PP=2488;ReadPosRankSum=2.923;SC=CGTGTGTGGACGGCTGGGTCT;SOR=0.558;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=283;TCF=95;TCR=188;TR=150;WE=64323824;WS=64323806;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:171,217:0.56:388
chr11	64326795	rs2277312	A	G	6143.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.845;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=237;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=92;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.975;SC=AATGTCAGGCAAACACCCCAT;SOR=1.077;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=151;TCF=59;TCR=92;TR=151;WE=64326803;WS=64326785;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,230:0.99:232
chr11	64329641	rs200240193	G	A	3987.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.675;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=407;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=71;PP=2130;ReadPosRankSum=0.989;SC=GTGAGTCCCCGGCTCAGCGCG;SOR=0.704;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=271;TCF=132;TCR=139;TR=137;WE=64329649;WS=64329631;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:202,195:0.49:397
chr11	64332862	rs71456318	A	C	2376.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=35;NR=26;PP=1148;SC=GGCAGGAGGCAGAGCTGGGAC;SOR=0.917;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=61;TCF=35;TCR=26;TR=61;WE=64332870;WS=64332852;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr11	64359286	rs3825016	C	T	3112.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.621;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=336;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.813;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=65;PP=1741;ReadPosRankSum=0.820;SC=AGAGGCCCCACCAGTGCCGCC;SOR=0.808;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=235;TCF=105;TCR=130;TR=117;WE=64359294;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:178,153:0.46:331
chr11	64360274	rs11231825	T	C	5820.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.027;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=661;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=99;NR=92;PP=2276;ReadPosRankSum=1.512;SC=GTGACTCTCATGCTCTGAAGC;SOR=0.693;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=378;TCF=195;TCR=183;TR=191;WE=64360282;WS=64360264;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:358,303:0.46:661
chr11	64361384	rs2021860	G	T	1130.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.048;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=30;PP=630;ReadPosRankSum=-0.540;SC=TAGAGGCCAGGGGTGCATGGG;SOR=0.710;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=98;TCF=26;TCR=72;TR=41;WE=64361392;WS=64361374;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,55:0.44:125
chr11	64365943	rs1529909	T	C	370.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-1.232;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=1;PP=79;ReadPosRankSum=0.984;SC=GGCCAGGCACTGGGGGCCACA;SOR=0.569;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=33;TCF=25;TCR=8;TR=8;WE=64365951;WS=64365933;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,20:0.42:48
chr11	64367050	rs1705361	A	G	363.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=99;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=9;NR=6;PP=411;SC=AGAGCAGCACACCCCCACCCT;SOR=0.976;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=16;TCF=9;TCR=7;TR=15;WE=64367058;WS=64367041;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr11	64367325	rs1630320	A	G	6127.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=247;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=62;NR=99;PP=2965;SC=TGTTGCTGGCAGGGCTCTGCA;SOR=1.144;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=162;TCF=63;TCR=99;TR=161;WE=64367333;WS=64367315;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,232:1.00:232
chr11	64367651	rs2022050	G	A	670.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-3.512;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.443;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=4;PP=431;ReadPosRankSum=-1.057;SC=CTGGCTCTGGGTGTCTGAGCG;SOR=0.290;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=41;TCF=35;TCR=6;TR=24;WE=64367659;WS=64367641;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,28:0.61:46
chr11	64367736	rs7929627	A	G	2247.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.767;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.183;HP=3;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=24;PP=972;ReadPosRankSum=1.024;SC=CCAAACATTTACAAAGAGGCC;SOR=0.429;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=121;TCF=79;TCR=42;TR=61;WE=64367744;WS=64367726;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,105:0.54:193
chr11	64367862	rs7932775	T	C	3145.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.033;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=297;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.520;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=56;PP=1635;ReadPosRankSum=0.479;SC=GCGCTCAGCCTTGGCCGTGCT;SOR=0.731;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=200;TCF=96;TCR=104;TR=105;WE=64367870;WS=64367852;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:146,144:0.50:290
chr11	64368428	rs11231837	C	T	2045.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.61;BaseQRankSum=-0.922;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.263;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=39;PP=961;ReadPosRankSum=-1.384;SC=GACCCAGCCTCGGGACCACCC;SOR=0.832;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=98;TCF=36;TCR=62;TR=60;WE=64368436;WS=64368418;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,99:0.60:164
chr11	64387932	rs2277311	G	A	2033.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.603;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.725;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=39;PP=1033;ReadPosRankSum=-0.480;SC=ACGGTGGCACGGGGGATGCCC;SOR=0.469;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=112;TCF=41;TCR=71;TR=64;WE=64387940;WS=64387922;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,95:0.58:163
chr11	64402695	rs61884406	T	C	441.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=1.322;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.805;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=2;PP=333;ReadPosRankSum=-1.516;SC=TGAACTGATTTGGGAGCAGGA;SOR=1.420;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=37;TCF=31;TCR=6;TR=18;WE=64402703;WS=64402690;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,18:0.49:37
chr11	64415767	rs3825074	G	A	4493.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-1.790;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=383;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.735;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=72;PP=1726;ReadPosRankSum=1.289;SC=GCAAGCAGACGCCCTGGTTGG;SOR=0.848;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=212;TCF=90;TCR=122;TR=121;WE=64415775;WS=64415757;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:163,217:0.57:380
chr11	64415903	rs59739006	C	T	330.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.375;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.672;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=13;PP=249;ReadPosRankSum=-0.499;SC=GCAGAGAGGTCCTACTCTGAG;SOR=1.059;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=34;TCF=6;TCR=28;TR=15;WE=64415911;WS=64415893;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,15:0.43:35
chr11	64418900	rs526338	G	A	5361.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.121;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=527;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=99;NR=92;PP=2913;ReadPosRankSum=-0.051;SC=GATCGGCCACGATGGCACGCA;SOR=0.656;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=378;TCF=199;TCR=179;TR=191;WE=64418908;WS=64418890;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:261,258:0.50:519
chr11	64419217	rs502571	TT	GC	1175.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=1.721;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.237;HP=2;HapScore=2;JOINED;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=17;PP=937;ReadPosRankSum=-0.913;SC=AGTGACATCTTTAGAGATGTC;SOR=0.476;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=49;TCF=8;TCR=41;TR=19;WE=64419226;WS=64419207;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,31:0.53:59
chr11	64421249	.	G	GT	42.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.362;ClippingRankSum=0.000;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=1.560;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.38;MQRankSum=2.395;QD=1.12;ReadPosRankSum=-0.365;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,9:0.24:38
chr11	64465282	rs17189800	C	T	4250.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.148;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=435;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.103;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=79;PP=2008;ReadPosRankSum=1.826;SC=CAGCGAGGTTCGGAGAAGACG;SOR=0.615;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=284;TCF=121;TCR=163;TR=144;WE=64465290;WS=64465272;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:220,208:0.49:428
chr11	64465403	rs471618	T	C	855.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-2.512;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.978;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=30;PP=529;ReadPosRankSum=-0.938;SC=AGTCACCCAATGTGGAAGGCC;SOR=0.861;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=73;TCF=15;TCR=58;TR=37;WE=64465411;WS=64465393;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,42:0.51:83
chr11	64480308	rs2666560	C	T	1351.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=4.198;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=48;PP=1037;ReadPosRankSum=-0.813;SC=AGCCCTGGAGCGCTCGCACCC;SOR=0.770;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=97;TCF=4;TCR=93;TR=49;WE=64480316;WS=64480298;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,59:0.52:114
chr11	64480641	rs2518907	G	A	1322.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.639;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.305;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=21;PP=542;ReadPosRankSum=0.475;SC=TGGCCAAGAGGCCGCGGAAGG;SOR=0.757;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=82;TCF=42;TCR=40;TR=44;WE=64480649;WS=64480631;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,69:0.49:142
chr11	64480930	rs12273892	A	T	1632.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.63;BaseQRankSum=0.604;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.576;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=27;PP=772;ReadPosRankSum=-0.788;SC=GTCCACCAGCAGCAGCTCCAG;SOR=0.632;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=88;TCF=38;TCR=50;TR=50;WE=64480938;WS=64480920;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,79:0.48:163
chr11	64494978	rs34854951	AT	A	55.76	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.691;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=4.65;ReadPosRankSum=-1.349;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,9:0.75:12
chr11	64496587	rs559977	T	C	6300.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=251;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=64;NR=95;PP=2613;SC=CGCAGGCTTGTGCCCCCCTAC;SOR=0.917;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=159;TCF=64;TCR=95;TR=159;WE=64496595;WS=64496577;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,245:1.00:245
chr11	64497161	rs534221	C	T	9280.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=364;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=128;NR=83;PP=2965;SC=CCCACCAAAACAGTAACTCTC;SOR=0.917;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=211;TCF=128;TCR=83;TR=211;WE=64497169;WS=64497151;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,363:1.00:363
chr11	64497185	.	CAAAA	C	5914.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=2.152;ClippingRankSum=0.000;DP=410;ExcessHet=3.0103;FS=0.384;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.43;ReadPosRankSum=0.964;SOR=0.668;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:200,160:0.44:360
chr11	64497189	rs533515	A	C	4071.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-1.538;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=406;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.19;ReadPosRankSum=-0.680;SOR=0.712;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:164,200:0.55:364
chr11	64503179	rs553618	A	G	2342.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=13;NR=49;PP=1604;SC=GAGGCAGGGGAAGCCCAGAGC;SOR=2.242;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=62;TCF=13;TCR=49;TR=62;WE=64503187;WS=64503169;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr11	64503496	rs556356	A	G	4222.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=42;NR=69;PP=2084;SC=CCCTGCCCACAGCCACAGAGC;SOR=1.082;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=111;TCF=42;TCR=69;TR=111;WE=64503504;WS=64503486;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,161:1.00:161
chr11	64503543	rs33956572	CT	C	3157.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=2;NR=44;PP=2046;SC=CACAGCTCAGCTCAGAGCTCG;SOR=1.522;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=47;TCF=2;TCR=45;TR=46;WE=64503551;WS=64503533;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr11	64507315	rs550930	T	C	5787.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=61;NR=78;PP=2369;SC=AGCACCTTGCTGGCCTCTCCC;SOR=0.826;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=139;TCF=61;TCR=78;TR=139;WE=64507323;WS=64507305;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,222:1.00:222
chr11	64507680	rs547280	A	C	20798.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=775;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=256;NR=228;PP=2965;SC=CATGCGCATGACTCGTGGCCC;SOR=0.791;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=485;TCF=256;TCR=229;TR=484;WE=64507695;WS=64507670;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,768:1.00:768
chr11	64507799	rs546323	G	C	9962.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.991;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=396;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;PP=2965;ReadPosRankSum=2.135;SC=CATCTCCCCCGACCCCGTCAT;SOR=1.528;Source=Platypus;WE=64507807;WS=64507789;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,375:0.99:377
chr11	64510898	rs2904961	C	T	4120.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=46;NR=70;PP=2308;SC=GGCGTCCTGCCCGCCTCGCCC;SOR=1.110;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=116;TCF=46;TCR=70;TR=116;WE=64510906;WS=64510879;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,146:1.00:146
chr11	64511050	rs2073797	G	C	5131.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=84;NR=59;PP=2873;SC=CGGGAAGCCTGAGCCTGGGAA;SOR=0.944;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=145;TCF=84;TCR=61;TR=143;WE=64511058;WS=64511040;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,185:1.00:185
chr11	64520942	rs2959652	G	T	3101.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.51;SOR=2.282;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr11	64522066	rs625172	A	G	1207.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=29;NR=15;PP=832;SC=CCCAGTCTCCACTCCCTTATC;SOR=1.414;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=45;TCF=30;TCR=15;TR=44;WE=64522074;WS=64522056;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr11	64525216	rs589691	C	T	8215.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=316;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=121;NR=77;PP=2965;SC=CCCTCCCCTTCTCTGGGCTCC;SOR=1.017;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=199;TCF=122;TCR=77;TR=198;WE=64525224;WS=64525206;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,310:1.00:310
chr11	64525464	rs490980	C	T	4365.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.634;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=72;PP=2162;ReadPosRankSum=0.276;SC=GGGTGGGGGCCGTGGGCCGGT;SOR=0.404;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=116;TCF=41;TCR=75;TR=113;WE=64525472;WS=64525454;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,162:0.99:163
chr11	64525644	rs489192	G	T	1441.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=30;NR=9;PP=995;SC=TTCGGACCTTGCCAGAGATGA;SOR=2.110;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=39;TCF=30;TCR=9;TR=39;WE=64525652;WS=64525634;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr11	64535357	rs575375	T	C	10863.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=408;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=102;NR=146;PP=2965;SC=TGCCTGCGCCTCCTAGTGGCA;SOR=0.940;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=248;TCF=102;TCR=146;TR=248;WE=64535365;WS=64535347;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,405:1.00:405
chr11	64535849	rs561158	C	T	2358.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=18;NR=51;PP=1546;SC=ATGGAAAGTTCTGAAGAATTC;SOR=1.981;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=69;TCF=18;TCR=51;TR=69;WE=64535857;WS=64535839;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr11	64536866	rs484886	T	C	8776.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=314;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=127;NR=101;PP=2965;SC=AGGTTTCTGCTAGGAGGCTTC;SOR=0.837;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=231;TCF=128;TCR=103;TR=228;WE=64536874;WS=64536856;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,311:1.00:311
chr11	64563934	rs483544	A	G	15004.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=553;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=191;NR=155;PP=2965;SC=GCCCCTGCGGACCCTGCCTCC;SOR=0.822;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=347;TCF=192;TCR=155;TR=346;WE=64563942;WS=64563924;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,543:1.00:543
chr11	64565175	rs35199527	C	CT	89.19	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.259;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=2.932;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.54;MQRankSum=-0.000;QD=7.43;ReadPosRankSum=-0.091;SOR=0.175;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:3,9:0.75:12
chr11	64567047	rs3832792	GCA	G	10716.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.174;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=817;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.756;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=2.283;NF=24;NR=112;PP=2976;ReadPosRankSum=1.366;SC=CCCAAAATCTGCACACACACA;SOR=0.668;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=330;TCF=80;TCR=250;TR=136;WE=64567056;WS=64567037;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:437,337:0.44:774
chr11	64572018	rs2959656	T	C	9421.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=371;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=104;NR=143;PP=2965;SC=GGTGATGCTGTGGGTGCTGGC;SOR=0.930;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=247;TCF=104;TCR=143;TR=247;WE=64572026;WS=64572008;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,363:1.00:363
chr11	64572403	rs654440	C	G	1457.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-1.160;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=28;PP=831;ReadPosRankSum=-1.727;SC=CATCGGCACCCAAGGGGATGG;SOR=0.672;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=99;TCF=42;TCR=57;TR=50;WE=64572411;WS=64572393;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,64:0.46:138
chr11	64572557	rs540012	A	G	6027.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=237;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=73;NR=74;PP=2467;SC=CCCAGCCCACATGCAGCACAG;SOR=0.693;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=147;TCF=73;TCR=74;TR=147;WE=64572565;WS=64572547;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,236:1.00:236
chr11	64572602	rs2071313	G	A	1513.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.159;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.533;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=33;PP=701;ReadPosRankSum=1.479;SC=TGCAGATGCCGTCGTAGAATC;SOR=0.764;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=122;TCF=48;TCR=74;TR=54;WE=64572610;WS=64572592;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:113,83:0.42:196
chr11	64591972	rs10792447	T	C	2716.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.842;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=317;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.719;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=34;PP=1353;ReadPosRankSum=-0.748;SC=ATTCAGGGGATAGGGGGAGGC;SOR=0.903;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=192;TCF=108;TCR=84;TR=86;WE=64591980;WS=64591962;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:172,140:0.45:312
chr11	64594490	rs646709	A	G	879.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=24;NR=4;PP=726;SC=AGCCTCACCAAAGTGGCTTGT;SOR=2.833;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=28;TCF=24;TCR=4;TR=28;WE=64594498;WS=64594480;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr11	64596916	rs10897529	C	T	924.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=2.749;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.742;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=8;PP=702;ReadPosRankSum=0.979;SC=TGCCTGGCCCCCCTGCCAAGC;SOR=0.981;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=97;TCF=72;TCR=25;TR=37;WE=64596924;WS=64596906;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,43:0.38:113
chr11	64597205	rs7936466	G	T	3920.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.114;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=346;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.933;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=70;PP=2076;ReadPosRankSum=-0.052;SC=ATAGCCGGTCGCCCAGCAGCC;SOR=0.936;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=230;TCF=108;TCR=122;TR=118;WE=64597213;WS=64597195;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:162,175:0.52:337
chr11	64597506	rs3741395	T	C	4714.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.403;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=483;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.519;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=87;NR=68;PP=2264;ReadPosRankSum=1.232;SC=CAAGGTCAGCTGCTGCACGCG;SOR=0.765;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=332;TCF=180;TCR=152;TR=155;WE=64597514;WS=64597496;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:251,226:0.47:477
chr11	64597574	rs12790925	G	A	6576.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-2.302;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=641;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.521;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=98;NR=93;PP=2851;ReadPosRankSum=0.742;SC=AGTGTCACTGGCAGGTGGTTG;SOR=0.752;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=391;TCF=197;TCR=194;TR=191;WE=64597582;WS=64597564;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:318,319:0.50:637
chr11	64598944	rs684071	A	G	7398.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=282;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=92;NR=71;PP=2965;SC=CGCAGGCCTGAACTGCTTCCT;SOR=0.866;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=164;TCF=93;TCR=71;TR=163;WE=64598952;WS=64598934;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,274:1.00:274
chr11	64601933	rs7933683	T	C	1396.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.63;BaseQRankSum=0.598;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.324;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=18;PP=604;ReadPosRankSum=1.916;SC=CCTGCACCTGTGTCAGCCGCT;SOR=0.787;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=67;TCF=36;TCR=31;TR=41;WE=64601941;WS=64601923;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,70:0.50:141
chr11	64602757	rs561895	T	C	5246.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=4.609;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=509;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=107;NR=86;PP=2962;ReadPosRankSum=1.522;SC=TGCCCACCCCTCAACTGGCTC;SOR=0.728;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=362;TCF=197;TCR=165;TR=193;WE=64602765;WS=64602747;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:229,256:0.53:485
chr11	64602782	rs11605623	C	T	5308.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-2.064;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=695;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.521;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=97;NR=87;PP=2608;ReadPosRankSum=-0.004;SC=TTGCCTTGTCCGTCTGTTGTA;SOR=0.659;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=441;TCF=237;TCR=204;TR=184;WE=64602790;WS=64602772;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:395,293:0.43:688
chr11	64603844	rs138577794	A	ACTCACCCAC	5363.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-2.475;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=355;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.068;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=6.839;NF=10;NR=44;PP=2983;ReadPosRankSum=-1.022;SC=GCCCAGGGCCACTCACCCACC;SOR=1.030;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=147;TCF=38;TCR=109;TR=54;WE=64603852;WS=64603834;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:161,132:0.45:293
chr11	64604178	rs2904960	T	C	446.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;QD=40.62;SOR=2.093;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,10:0.91:11
chr11	64604182	rs71049666	G	GC	216.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.748;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=3.090;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=19.70;ReadPosRankSum=1.097;SOR=2.093;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,9:0.82:11
chr11	64605689	rs541525	A	G	787.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=17;PP=545;SC=CCCGAGGCCCAAGGCCCAGGA;SOR=0.976;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=28;TCF=11;TCR=17;TR=28;WE=64605697;WS=64605679;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr11	64606765	rs676977	T	C	3835.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=29;NR=80;PP=2790;SC=GACTGCTGGCTCCTCGCGATG;SOR=1.850;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=109;TCF=29;TCR=80;TR=109;WE=64606773;WS=64606755;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr11	64606910	rs142726755	C	CCTGCTCCCA	2570.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.955;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.575;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=18;PP=2897;ReadPosRankSum=-0.898;SC=GCTTGGCCCGCCTTGTATCCC;SOR=0.768;SbPval=0.17;Source=Platypus;TC=92;TCF=51;TCR=41;TR=31;WE=64606918;WS=64606900;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:119,68:0.36:187
chr11	64608282	rs71541906	G	A	392.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.781;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.27;ReadPosRankSum=1.049;SOR=0.593;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,18:0.56:32
chr11	64621856	rs3897618	A	G	9067.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=356;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=144;NR=89;PP=2965;SC=GCAGGTCGGCAGGCAGCTCGT;SOR=1.088;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=234;TCF=145;TCR=89;TR=233;WE=64621864;WS=64621846;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,344:1.00:344
chr11	64622869	rs10897533	G	C	3668.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.325;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=40;PP=1692;ReadPosRankSum=-0.530;SC=AGATCTCTCCGAGGTTGTTCA;SOR=0.273;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=91;TCF=51;TCR=40;TR=90;WE=64622877;WS=64622859;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,140:0.99:141
chr11	64645871	rs1211284	A	G	11722.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=437;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=107;NR=150;PP=2965;SC=GCAGCCCCTCAGCCACCGTCT;SOR=0.937;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=257;TCF=107;TCR=150;TR=257;WE=64645879;WS=64645861;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,436:1.00:436
chr11	64662879	.	C	T	1911.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.116;ClippingRankSum=0.000;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.639;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=45;PP=1002;ReadPosRankSum=0.054;SC=CGGGGGCTGCCGGGGACAGGA;SOR=1.096;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=130;TCF=48;TCR=82;TR=66;WE=64662887;WS=64662869;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,89:0.52:170
chr11	64664774	rs658006	C	T	3442.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=60;NR=26;PP=1683;SC=AGAGGAGAAACTGAGGCCCTG;SOR=1.384;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=86;TCF=60;TCR=26;TR=86;WE=64664782;WS=64664764;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,129:1.00:129
chr11	64669417	rs682673	T	C	6065.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=132;NR=50;PP=2965;SC=AACTGGTCCATCCCTCCCACC;SOR=1.852;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=182;TCF=132;TCR=50;TR=182;WE=64669425;WS=64669407;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,217:1.00:217
chr11	64677293	rs656195	G	C	5084.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=61;NR=84;PP=2600;SC=CCAGGGGTCCGGCTCAGGCCG;SOR=0.947;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=145;TCF=61;TCR=84;TR=145;WE=64677301;WS=64677283;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,192:1.00:192
chr11	64678920	rs638583	T	C	414.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=11;PP=306;SC=AGACCAGGCCTTCTGCCCAGG;SOR=3.767;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=12;TCF=1;TCR=11;TR=12;WE=64678928;WS=64678910;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr11	64680407	rs594820	G	C	1075.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=19;NR=8;PP=606;SC=AGTAAATCCCGCACTTGACAT;SOR=1.329;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=19;TCR=8;TR=27;WE=64680415;WS=64680397;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr11	64680819	rs618006	G	A	1293.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=19;PP=588;SC=GCTGATGCACGTCCACCGGCG;SOR=1.051;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=31;TCF=12;TCR=19;TR=31;WE=64680827;WS=64680809;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr11	64700767	rs675090	G	A	1799.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=12;NR=44;PP=1217;SC=GCAGGGAGGAGTCAGACCCCC;SOR=2.129;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=56;TCF=12;TCR=44;TR=56;WE=64700775;WS=64700757;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr11	64702200	rs673995	C	T	15120.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.689;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=592;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=194;NR=146;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.214;SC=CCCACCAGAACGTCAAGCCCT;SOR=0.868;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=341;TCF=195;TCR=146;TR=340;WE=64702208;WS=64702190;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,581:1.00:583
chr11	64702765	rs2307669	C	CTCTG	2526.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=16;NR=23;PP=2314;SC=CCACCGTCCACTCAGCTCTTT;SOR=0.970;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=46;TCF=16;TCR=30;TR=39;WE=64702773;WS=64702755;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr11	64707978	rs586616	A	G	2536.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=46;NR=24;PP=1288;SC=GCTGCTCTACATATCAGAGAA;SOR=1.274;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=70;TCF=46;TCR=24;TR=70;WE=64707986;WS=64707968;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr11	64713485	rs596321	T	G	1378.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=31;NR=10;PP=804;SC=ACCGGAATCCTGACTTGTAAC;SOR=1.938;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=41;TCF=31;TCR=10;TR=41;WE=64713493;WS=64713475;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr11	64715330	.	C	CT	269.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.454;ClippingRankSum=0.000;DP=89;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.24;MQRankSum=1.332;QD=6.74;ReadPosRankSum=-1.703;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,22:0.55:40
chr11	64717801	rs71049671	C	CAA	1622.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.697;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.56;ReadPosRankSum=-2.231;SOR=0.793;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,77:0.79:98
chr11	64718050	rs138174447	TTTTC	T	2370.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.509;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.79;MQRankSum=0.419;QD=40.18;ReadPosRankSum=-1.985;SOR=2.448;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,58:0.98:59
chr11	64721908	rs495330	G	A	1204.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=27;NR=5;PP=705;SC=GTTTCCCAGAGCCCTGGAAGG;SOR=2.726;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=32;TCF=27;TCR=5;TR=32;WE=64721916;WS=64721898;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr11	64726701	rs602404	A	C	2281.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=48;NR=18;PP=1405;SC=GGTGAAGGTAAAGAAGAGGTG;SOR=1.697;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=67;TCF=48;TCR=19;TR=66;WE=64726709;WS=64726691;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr11	64757504	rs574381	G	C	21884.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.070;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=821;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=242;NR=319;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.995;SC=TCCGCCTGCTGTCATCCCACC;SOR=0.917;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=567;TCF=244;TCR=323;TR=561;WE=64757512;WS=64757494;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,806:1.00:810
chr11	64761779	rs626670	T	C	824.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=16;NR=6;PP=476;SC=AGCCACAGGATCCTTTTCTCA;SOR=1.536;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=22;TCF=16;TCR=6;TR=22;WE=64761787;WS=64761769;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr11	64789194	rs664226	T	C	819.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=2.580;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=4;PP=469;ReadPosRankSum=-0.973;SC=TCCTCCCAGGTCCTGGAGCTG;SOR=0.701;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=69;TCF=59;TCR=10;TR=27;WE=64789202;WS=64789184;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,37:0.41:91
chr11	64794918	rs3832791	T	TG	2543.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=49;NR=8;PP=2472;SC=AGCGCAGGCCTGGCGAGGCGG;SOR=3.321;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=59;TCF=51;TCR=8;TR=57;WE=64794926;WS=64794908;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr11	64799789	rs532373	C	T	904.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.283;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.719;HP=4;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=11;PP=731;ReadPosRankSum=-0.518;SC=TGTCCCTGGGCGAGGGGCTGC;SOR=1.796;SbPval=0.92;Source=Platypus;TC=85;TCF=50;TCR=35;TR=39;WE=64799797;WS=64799779;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,40:0.43:93
chr11	64799823	rs689361	G	A	1723.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.055;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=11.329;HP=6;HapScore=2;MGOF=29;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=25;PP=1043;ReadPosRankSum=-0.521;SC=TGATCCTCACGCCCCCTGGGG;SOR=0.236;SbPval=0.21;Source=Platypus;TC=114;TCF=76;TCR=38;TR=60;WE=64799831;WS=64799813;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,74:0.54:138
chr11	64799841	rs533164	A	G	1939.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=2.249;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.329;HP=2;HapScore=2;MGOF=31;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=32;PP=1157;ReadPosRankSum=1.542;SC=GGGGCAGGCTAGGCATGGGGG;SOR=0.369;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=149;TCF=91;TCR=58;TR=71;WE=64799849;WS=64799831;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:104,88:0.46:192
chr11	64799891	rs533301	T	C	3204.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.467;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=348;ExcessHet=3.0103;FS=1.794;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.45;ReadPosRankSum=-0.678;SOR=0.598;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:179,160:0.47:339
chr11	64799894	rs678614	A	C	12411.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=360;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=35.36;SOR=0.953;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,351:1.00:351
chr11	64799998	rs534236	T	C	4322.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.175;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=459;ExcessHet=3.0103;FS=2.456;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.46;ReadPosRankSum=0.391;SOR=0.884;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:238,219:0.48:457
chr11	64802267	rs6591869	G	A	1897.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-3.287;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=15;PP=1133;ReadPosRankSum=-0.122;SC=TGGGGCAGAAGCCCCTGTGGG;SOR=0.640;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=103;TCF=80;TCR=23;TR=64;WE=64802275;WS=64802257;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,79:0.64:123
chr11	64803206	rs561524	C	T	553.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-1.677;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=17;PP=347;ReadPosRankSum=-0.608;SC=GGCAGAGCCCCACTAGCCTGC;SOR=0.610;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=54;TCF=16;TCR=38;TR=24;WE=64803214;WS=64803196;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,28:0.46:61
chr11	64806270	rs542175	C	T	2075.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.563;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=235;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.012;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=30;PP=804;ReadPosRankSum=0.308;SC=GCTATCGAGACGGCGTGCACG;SOR=0.621;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=142;TCF=68;TCR=74;TR=59;WE=64806278;WS=64806260;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:123,106:0.46:229
chr11	64807005	rs34589041	T	A	860.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.893;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=8;PP=473;ReadPosRankSum=2.341;SC=GGCCTCAGTTTTCTTATTTGT;SOR=0.756;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=56;TCF=41;TCR=15;TR=30;WE=64807013;WS=64806995;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,43:0.49:87
chr11	64807136	rs2670910	G	A	2931.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.807;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=304;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.140;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=33;PP=1300;ReadPosRankSum=2.072;SC=AGGTGCCTCAGCTGAGCATTC;SOR=0.880;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=171;TCF=94;TCR=77;TR=79;WE=64807144;WS=64807126;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:154,142:0.48:296
chr11	64807235	rs495820	C	T	2153.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.801;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=41;PP=993;ReadPosRankSum=2.735;SC=GGAGATCCTGCGCCTGCACCT;SOR=0.701;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=134;TCF=55;TCR=79;TR=69;WE=64807243;WS=64807225;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:110,106:0.49:216
chr11	64807278	rs495935	A	C	1590.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.069;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=37;PP=959;ReadPosRankSum=-1.086;SC=GGAGTGGGCCATTCCCTGGGA;SOR=0.721;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=93;TCF=29;TCR=64;TR=53;WE=64807286;WS=64807268;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,69:0.57:120
chr11	64807294	rs653111	G	A	853.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.328;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=24;PP=549;ReadPosRankSum=1.230;SC=TGGGACTCTCGCTCCTGCACT;SOR=0.680;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=76;TCF=18;TCR=58;TR=31;WE=64807302;WS=64807284;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,40:0.44:91
chr11	64808647	rs10160811	A	C	700.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=10;PP=387;ReadPosRankSum=1.306;SC=GCGGGCCCAGACAGGTTCAGC;SOR=0.746;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=53;TCF=32;TCR=21;TR=25;WE=64808655;WS=64808637;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,33:0.51:65
chr11	64808681	rs34998502	AC	A	1212.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.685;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.772;HP=10;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQ=60.11;MQRankSum=1.011;NF=13;NR=16;PP=707;ReadPosRankSum=0.692;SC=GCCGCTCCCCACCCCCCGGCC;SOR=0.818;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=50;TCF=21;TCR=29;TR=29;WE=64808695;WS=64808671;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,48:0.51:95
chr11	64809090	rs12271134	T	G	3354.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=34;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=31;NR=35;PP=1335;SC=CGAGCTGTGCTCCTGGACCTG;SOR=0.774;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=66;TCF=31;TCR=35;TR=66;WE=64809098;WS=64809080;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
chr11	64809133	rs10792455	T	G	750.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.712;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=35;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=10;PP=294;ReadPosRankSum=0.823;SC=CCGAGGCAGCTGTGGTGCTGG;SOR=0.646;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=57;TCF=26;TCR=31;TR=19;WE=64809141;WS=64809123;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,38:0.42:90
chr11	64809167	rs10792456	A	G	1717.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=25;NR=19;PP=1105;SC=CACGCTGCTGACCGTAGTGGC;SOR=0.922;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=44;TCF=25;TCR=19;TR=44;WE=64809175;WS=64809157;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr11	64809441	rs3862374	C	T	277.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-1.176;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=9;PP=157;ReadPosRankSum=0.895;SC=TCACCATTAGCCCCCTCCCAG;SOR=0.519;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=22;TCF=6;TCR=16;TR=13;WE=64809449;WS=64809431;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,14:0.61:23
chr11	64810771	rs11231929	A	G	598.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.182;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=9.091;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.32;ReadPosRankSum=0.657;SOR=0.115;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,29:0.50:58
chr11	64812857	rs35124799	G	A	2716.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.508;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.486;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=36;PP=1124;ReadPosRankSum=1.142;SC=CTGTGTCCCTGGCCCTGGAGC;SOR=0.642;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=123;TCF=58;TCR=65;TR=68;WE=64812865;WS=64812847;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:102,126:0.55:228
chr11	64820654	rs477539	C	T	135.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.028;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.983;HP=6;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=1;PP=101;ReadPosRankSum=-1.514;SC=CCTCCGGGGGCGAAGGTCCCT;SOR=1.609;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=21;TCF=17;TCR=4;TR=8;WE=64820662;WS=64820644;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,8:0.30:27
chr11	64833935	rs548150	G	A	1720.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.172;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.251;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=17;PP=808;ReadPosRankSum=0.859;SC=GCCTTCCGGGGGTTTGGGTCA;SOR=1.013;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=107;TCF=64;TCR=43;TR=49;WE=64833943;WS=64833925;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:103,84:0.45:187
chr11	64834432	rs573957	T	A	2621.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=28;NR=57;PP=1656;SC=CACCTCCTGCTTCAGCCACCT;SOR=1.839;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=85;TCF=28;TCR=57;TR=85;WE=64834440;WS=64834422;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr11	64835463	rs149675910	ACT	A	1222.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.672;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=256;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.758;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.749;NF=9;NR=27;PP=862;ReadPosRankSum=0.849;SC=CTGCATGGGCACTCTCTCTCT;SOR=0.423;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=94;TCF=30;TCR=64;TR=36;WE=64835474;WS=64835453;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:173,69:0.29:242
chr11	64851305	rs947799	C	T	4491.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-2.489;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=468;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.111;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=94;NR=56;PP=2257;ReadPosRankSum=2.429;SC=TTTAAGGGCGCCTCCTCCGGC;SOR=0.806;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=311;TCF=189;TCR=122;TR=150;WE=64851313;WS=64851295;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:246,220:0.47:466
chr11	64851453	rs35819335	CT	C	10588.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.405;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=669;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQ=60.02;MQRankSum=0.971;NF=19;NR=122;PP=2948;ReadPosRankSum=-0.673;SC=CCAGACATAACTTAGGCTCCG;SOR=0.685;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=286;TCF=41;TCR=245;TR=141;WE=64851461;WS=64851443;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:315,336:0.52:651
chr11	64855986	rs2282498	A	G	4662.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.226;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=517;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.112;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=76;NR=57;PP=1914;ReadPosRankSum=1.023;SC=CGGTTGAAGAACATGGCTCCG;SOR=0.609;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=307;TCF=181;TCR=126;TR=133;WE=64855994;WS=64855976;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:280,231:0.45:511
chr11	64856108	rs2282499	A	C	5847.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=1.605;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=676;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=78;NR=86;PP=2629;ReadPosRankSum=-1.550;SC=GCACCCTCCCACTCCTGCCAC;SOR=0.677;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=381;TCF=179;TCR=202;TR=164;WE=64856116;WS=64856098;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:376,290:0.44:666
chr11	64856500	rs525781	A	G	2065.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=45;PP=1364;SC=TCTTGCAGCCACATCTTGCCC;SOR=2.082;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=59;TCF=14;TCR=45;TR=59;WE=64856508;WS=64856490;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr11	64863969	rs61505294	TG	T	122.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.812;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.82;ReadPosRankSum=-0.272;SOR=0.307;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,7:0.39:18
chr11	64876740	rs72932837	C	T	862.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-1.077;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.670;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=9;PP=423;ReadPosRankSum=-0.605;SC=ACCTGGGCACCTTCTCTTGCA;SOR=0.331;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=56;TCF=40;TCR=16;TR=29;WE=64876748;WS=64876730;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,40:0.58:69
chr11	64878661	rs625004	T	C	15625.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=585;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=175;NR=155;PP=2965;SC=TATCCCTCCCTTCTTATCTGG;SOR=0.772;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=330;TCF=175;TCR=155;TR=330;WE=64878669;WS=64878651;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,580:1.00:580
chr11	64880090	rs4930284	G	C	2078.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=31;NR=14;PP=874;SC=CGTCCCTGCCGGGGCTGGAGG;SOR=1.108;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=45;TCF=31;TCR=14;TR=45;WE=64880098;WS=64880080;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr11	64882789	rs1129195	C	T	1622.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-2.114;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.595;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=19;PP=597;ReadPosRankSum=0.445;SC=TCACCAGCTACTGGTTACTAC;SOR=0.610;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=99;TCF=60;TCR=39;TR=46;WE=64882797;WS=64882779;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,80:0.51:157
chr11	64884052	rs1546532	G	A	3584.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.110;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=341;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=15.308;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=62;PP=1940;ReadPosRankSum=-0.054;SC=CGCAGTCTAGGGCCAGGGGTG;SOR=0.544;SbPval=0.22;Source=Platypus;TC=233;TCF=127;TCR=106;TR=115;WE=64884060;WS=64884042;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:174,163:0.48:337
chr11	64896237	rs3802936	G	A	487.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=0.504;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=15;PP=337;ReadPosRankSum=2.463;SC=TCCAAGGTTGGGCAGATTCTC;SOR=0.772;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=49;TCF=17;TCR=32;TR=23;WE=64896245;WS=64896227;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,24:0.44:55
chr11	64898226	rs9971407	C	T	2178.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.673;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.133;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=30;PP=1599;ReadPosRankSum=-1.708;SC=GCGCTGGCAGCGATGCACGAA;SOR=0.906;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=144;TCF=92;TCR=52;TR=84;WE=64898234;WS=64898216;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,99:0.56:178
chr11	64898357	rs11369296	G	GC	16831.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=482;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=73;NR=136;PP=2974;SC=TGGGGCCTGTGCCTGCTGTGC;SOR=0.907;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=211;TCF=74;TCR=137;TR=209;WE=64898365;WS=64898347;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,472:1.00:472
chr11	64948277	rs3953797	A	C	5415.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=2.352;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=451;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.534;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=108;NR=67;PP=2902;ReadPosRankSum=2.504;SC=CATCCACAACATGCAAGACTG;SOR=0.777;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=305;TCF=187;TCR=118;TR=175;WE=64948285;WS=64948267;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:192,251:0.57:443
chr11	64948555	rs12422027	A	G	1286.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=0.026;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=41;PP=935;ReadPosRankSum=-0.462;SC=TGGGGGAGAGAACAGGGATGT;SOR=0.765;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=89;TCF=7;TCR=82;TR=43;WE=64948563;WS=64948545;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,50:0.52:97
chr11	64950970	rs17583	C	T	3672.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-1.690;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=427;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.744;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=51;PP=1400;ReadPosRankSum=-0.326;SC=TGGCGGCCATCGCCTCCCTCA;SOR=0.577;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=249;TCF=140;TCR=109;TR=110;WE=64950978;WS=64950960;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:229,191:0.45:420
chr11	64955369	.	G	GA	217.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.452;ClippingRankSum=0.000;DP=140;ExcessHet=3.0103;FS=0.851;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.62;ReadPosRankSum=0.927;SOR=0.521;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:103,31:0.23:134
chr11	64972354	rs2271450	A	T	1607.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=2.345;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.611;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=43;PP=1013;ReadPosRankSum=-0.619;SC=TCACCGGTGGATCTCACTGAG;SOR=1.037;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=132;TCF=47;TCR=85;TR=64;WE=64972362;WS=64972344;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:94,76:0.45:170
chr11	64977424	rs2271448	C	T	3617.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.517;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=361;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.237;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=50;PP=1525;ReadPosRankSum=-0.847;SC=CATGCAGGTGCGGGCCGGGCA;SOR=0.764;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=211;TCF=107;TCR=104;TR=104;WE=64977432;WS=64977414;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:184,174:0.49:358
chr11	64977937	rs542380	A	G	5288.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.228;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=535;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.134;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=111;PP=2849;ReadPosRankSum=-0.320;SC=AGTGTCCCCAACTGCCTCCCA;SOR=0.582;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=360;TCF=124;TCR=236;TR=176;WE=64977945;WS=64977927;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:277,250:0.47:527
chr11	64981522	rs11605576	C	A	6652.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.990;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=697;ExcessHet=3.0103;FS=2.432;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.56;ReadPosRankSum=0.480;SOR=0.827;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:357,339:0.49:696
chr11	64981587	rs11605632	G	A	6281.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.513;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=571;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.108;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=85;NR=113;PP=2962;ReadPosRankSum=1.914;SC=TGGGGCCCCTGAGCCCTGCCG;SOR=0.575;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=366;TCF=151;TCR=215;TR=198;WE=64981595;WS=64981571;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:266,304:0.53:570
chr11	64981837	rs12420456	C	T	1417.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.675;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.604;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=27;PP=685;ReadPosRankSum=0.502;SC=CGAGACCTGGCGCAGTCCGTC;SOR=0.751;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=95;TCF=39;TCR=56;TR=46;WE=64981845;WS=64981827;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,70:0.47:149
chr11	64990041	rs514076	G	C	1335.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.184;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.72;ReadPosRankSum=0.027;SOR=0.683;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:104,69:0.40:173
chr11	64993195	rs10633296	C	CAGTA	2774.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.636;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.945;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.484;NF=2;NR=33;PP=1814;ReadPosRankSum=1.390;SC=CTTCTGGAAACAGCAAAAGCC;SOR=1.115;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=84;TCF=9;TCR=75;TR=35;WE=64993203;WS=64993185;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,74:0.48:154
chr11	65000478	rs2904978	C	T	556.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=2.714;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=2;PP=369;ReadPosRankSum=-0.781;SC=CTTAGGAGACCGTGAAGGGGT;SOR=0.787;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=47;TCF=41;TCR=6;TR=19;WE=65000486;WS=65000468;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,23:0.46:50
chr11	65000719	rs2904979	C	T	3945.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.807;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=468;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.115;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=70;PP=1694;ReadPosRankSum=-0.126;SC=ATCATCAACACCCCGGCCATG;SOR=0.620;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=257;TCF=99;TCR=158;TR=118;WE=65000727;WS=65000709;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:261,205:0.44:466
chr11	65003812	rs625427	T	C	857.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-1.714;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.730;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=1;PP=615;ReadPosRankSum=-0.348;SC=GGCTCCACCCTTCTCCACTAC;SOR=1.787;SbPval=0.97;Source=Platypus;TC=76;TCF=68;TCR=8;TR=33;WE=65003820;WS=65003802;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,35:0.44:80
chr11	65004301	rs2904982	G	T	5927.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.311;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=632;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.102;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=82;NR=91;PP=2422;ReadPosRankSum=-0.964;SC=GGCCGTCTGCGTCCTGACCGA;SOR=0.587;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=383;TCF=176;TCR=207;TR=173;WE=65004309;WS=65004291;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:328,299:0.48:627
chr11	65004386	rs56657874	C	T	2945.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.194;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=290;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.934;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=67;PP=1506;ReadPosRankSum=-0.492;SC=ACCAAGAGGCCGAAAGTTACA;SOR=0.631;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=209;TCF=62;TCR=147;TR=95;WE=65004394;WS=65004376;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:147,141:0.49:288
chr11	65046984	rs35778465	C	CT	2418.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.773;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=248;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.471;HP=6;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=22;PP=1187;ReadPosRankSum=-2.138;SC=AAACATAATACTTTTTTCCAC;SOR=0.728;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=123;TCF=56;TCR=67;TR=46;WE=65046992;WS=65046974;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:126,121:0.49:247
chr11	65049278	rs611910	A	G	3138.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=2.346;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=349;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.403;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=66;PP=1641;ReadPosRankSum=1.162;SC=TGTTCTAGAAACTGGTCCTTT;SOR=0.735;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=216;TCF=70;TCR=146;TR=96;WE=65049286;WS=65049268;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:196,151:0.44:347
chr11	65050182	rs667341	T	C	653.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=5.287;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.227;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=20;PP=488;ReadPosRankSum=0.000;SC=CCAGTGAGCGTTGGTCGTGCT;SOR=1.380;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=42;TCF=3;TCR=39;TR=21;WE=65050190;WS=65050172;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,23:0.52:44
chr11	65063553	rs626555	A	T	1015.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-5.086;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.734;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=32;PP=654;ReadPosRankSum=-2.555;SC=CTCATGGGTCAGCTGATGGGG;SOR=0.184;SbPval=0.2;Source=Platypus;TC=69;TCF=7;TCR=62;TR=38;WE=65063561;WS=65063543;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,44:0.56:78
chr11	65064419	.	C	CA	96.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.623;ClippingRankSum=0.000;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.48;ReadPosRankSum=-1.017;SOR=0.664;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,14:0.36:39
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chr11	65118971	rs620888	T	C	1089.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=27;NR=9;PP=745;SC=TGATATTTCATAATATTTGAA;SOR=2.133;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=36;TCF=27;TCR=9;TR=36;WE=65118979;WS=65118961;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr11	65118997	rs689288	C	T	646.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.113;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=8;PP=319;ReadPosRankSum=-0.329;SC=AGAGGTTTATCCCAGCTCAGG;SOR=0.644;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=54;TCF=38;TCR=16;TR=25;WE=65119005;WS=65118987;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,32:0.45:71
chr11	65123246	rs612392	T	G	1876.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=2.113;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.302;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=23;PP=1222;ReadPosRankSum=-0.209;SC=ACCCGCTCAATCTTTCCTCCC;SOR=0.577;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=132;TCF=90;TCR=42;TR=71;WE=65123254;WS=65123236;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,81:0.51:160
chr11	65143701	rs80042162	CT	C	4698.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=41;NR=32;PP=2969;SC=CACAGGCCCCCTGGCTTCCGG;SOR=1.476;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=73;TCF=41;TCR=32;TR=73;WE=65143709;WS=65143691;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr11	65144075	rs624307	T	C	18518.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=705;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=244;NR=194;PP=2965;SC=GACTTGATCATGTCTAAGGGC;SOR=0.869;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=438;TCF=244;TCR=194;TR=438;WE=65144083;WS=65144065;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,701:1.00:701
chr11	65147294	rs547221	G	A	9901.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=372;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=136;NR=104;PP=2965;SC=AGCCCCAGATGCCTCCCCGAA;SOR=0.861;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=240;TCF=136;TCR=104;TR=240;WE=65147302;WS=65147284;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,371:1.00:371
chr11	65147862	rs573864	C	G	1545.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=33;NR=7;PP=989;SC=GGACAAGGGACTAAGACCCCA;SOR=2.303;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=33;TCR=7;TR=40;WE=65147870;WS=65147852;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr11	65161129	rs2073800	C	T	10200.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=-0.412;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=400;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.216;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=111;NR=90;PP=2965;ReadPosRankSum=1.585;SC=GTGCCCCAGACGATGACGTGG;SOR=0.571;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=202;TCF=111;TCR=91;TR=201;WE=65161137;WS=65161119;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,396:0.99:399
chr11	65178620	rs2957274	G	A	1144.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=18;NR=16;PP=553;SC=GGAAGGAGCCGTCGCGCTGGA;SOR=0.693;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=34;TCF=18;TCR=16;TR=34;WE=65178628;WS=65178610;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr11	65211734	.	CTGTGTGTGTG	C	860.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.702;ClippingRankSum=0.000;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=6.232;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=40.99;ReadPosRankSum=1.613;SOR=2.469;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,20:0.95:21
chr11	65271779	rs36002528	CT	C	392.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.548;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=293;ExcessHet=3.0103;FS=3.009;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.04;MQRankSum=1.799;QD=1.52;ReadPosRankSum=-0.651;SOR=0.458;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:192,66:0.26:258
chr11	65273568	rs11367099	TA	T	1180.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.507;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FS=0.659;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.06;MQRankSum=0.903;QD=7.24;ReadPosRankSum=2.674;SOR=0.587;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:72,91:0.56:163
chr11	65314814	rs66973976	CG	C	844.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=2.567;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.257;HP=5;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=10;PP=693;ReadPosRankSum=-0.486;SC=GACTCCGTCTCGGGGGAAAAA;SOR=1.105;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=62;TCF=45;TCR=17;TR=50;WE=65314827;WS=65314804;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,58:0.69:84
chr11	65320780	rs4244811	G	A	4277.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=62;NR=39;PP=2184;SC=ACTGGGGAGGGGCACAGCAGA;SOR=1.052;SbPval=0.09;Source=Platypus;TC=131;TCF=63;TCR=68;TR=101;WE=65320788;WS=65320770;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,147:1.00:147
chr11	65325325	.	C	CCAG	2023.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.697;ClippingRankSum=0.000;DP=250;ExcessHet=3.0103;FS=2.068;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.01;MQRankSum=1.889;QD=16.45;ReadPosRankSum=-0.695;SOR=0.449;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:66,57:0.46:123
chr11	65347297	rs5792362	C	CA	364.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.646;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=7.529;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.68;ReadPosRankSum=0.676;SOR=2.133;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,24:0.57:42
chr11	65347636	rs1194100	G	C	6807.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=241;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=100;NR=66;PP=2965;SC=CCAAGTCCCAGTGAGGCTGCG;SOR=1.063;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=166;TCF=100;TCR=66;TR=166;WE=65347644;WS=65347626;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,238:1.00:238
chr11	65349849	rs1194099	A	T	3038.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=39;NR=35;PP=1579;SC=GGTTCAGGGGACCTGGAAACA;SOR=0.749;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=74;TCF=39;TCR=35;TR=74;WE=65349857;WS=65349839;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr11	65351074	rs10896018	G	A	6720.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-1.596;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=258;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=81;PP=2850;ReadPosRankSum=-0.620;SC=CCCAGGAAGCGGAGGCTGGGG;SOR=0.290;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=149;TCF=66;TCR=83;TR=146;WE=65351082;WS=65351064;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,253:1.00:254
chr11	65357697	rs1151503	A	G	2106.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=11;NR=51;PP=1539;SC=GCATACATCTAGGGATCCCTT;SOR=3.040;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=63;TCF=11;TCR=52;TR=62;WE=65357705;WS=65357687;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr11	65359625	rs4261292	C	G	4371.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=36;NR=81;PP=2569;SC=CAGAGGGCTGCGTGTGGACCC;SOR=1.491;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=117;TCF=36;TCR=81;TR=117;WE=65359633;WS=65359615;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,155:1.00:155
chr11	65373621	rs1151527	A	G	2822.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=20;NR=41;PP=1424;SC=CAGGCTTCAGAGATAAACTTT;SOR=1.270;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=61;TCF=20;TCR=41;TR=61;WE=65373629;WS=65373611;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr11	65383755	rs58950470	G	T	1426.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-2.747;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.762;HP=6;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=11;PP=826;ReadPosRankSum=0.513;SC=GTCCCGGGAGGGGGGGCGCGG;SOR=0.839;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=95;TCF=75;TCR=20;TR=53;WE=65383763;WS=65383745;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,67:0.54:124
chr11	65383896	rs7947140	G	C	17317.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=646;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=201;NR=175;PP=2965;SC=ACCTCTATGTGTGGATCTTCC;SOR=0.771;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=379;TCF=202;TCR=177;TR=376;WE=65383904;WS=65383886;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,636:1.00:636
chr11	65384727	rs12790427	C	T	2516.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.376;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.148;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=31;PP=1308;ReadPosRankSum=0.690;SC=CCAGGGACCCCGGAGTGGAGA;SOR=0.506;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=176;TCF=119;TCR=57;TR=89;WE=65384735;WS=65384717;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:106,116:0.52:222
chr11	65385606	rs1151489	A	G	6474.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=247;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=99;NR=62;PP=2965;SC=ACCCTGACCCAGCCTGACCGG;SOR=1.059;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=161;TCF=99;TCR=62;TR=161;WE=65385614;WS=65385596;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,240:1.00:240
chr11	65389631	rs1144789	A	G	1142.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=39;NR=3;PP=714;SC=ACAGTAGACCATGTGGGGGGT;SOR=4.534;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=59;TCF=40;TCR=19;TR=42;WE=65389639;WS=65389621;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr11	65391317	rs12801636	G	A	3430.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.463;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=310;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=49;PP=1618;ReadPosRankSum=-1.272;SC=TAACTGCCTAGTGGTGGAGCT;SOR=0.716;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=197;TCF=106;TCR=91;TR=109;WE=65391325;WS=65391307;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:144,165:0.53:309
chr11	65403651	rs7114037	C	A	4544.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.313;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=438;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.525;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=90;NR=59;PP=2284;ReadPosRankSum=2.096;SC=CCAGGCTTCACAAGGGCTGTG;SOR=0.635;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=287;TCF=172;TCR=115;TR=149;WE=65403659;WS=65403640;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:195,231:0.54:426
chr11	65408937	rs3741378	C	T	1600.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.512;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.288;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=30;PP=856;ReadPosRankSum=-1.212;SC=GGACCAGCATCCCCACCTGTG;SOR=0.895;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=123;TCF=60;TCR=63;TR=53;WE=65408945;WS=65408927;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:110,77:0.41:187
chr11	65412467	rs2306364	G	A	3132.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=1.279;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=316;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.880;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=48;PP=1564;ReadPosRankSum=-0.631;SC=ACTGCCGGGCGGGCCAGGGCT;SOR=0.592;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=178;TCF=98;TCR=80;TR=102;WE=65412475;WS=65412457;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:151,155:0.51:306
chr11	65415028	rs4930157	T	G	4579.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=58;NR=67;PP=2260;SC=GCGGCCAGACTCTGCCCAGCC;SOR=0.839;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=125;TCF=58;TCR=67;TR=125;WE=65415036;WS=65415018;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,174:1.00:174
chr11	65422591	rs7119750	C	T	982.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.473;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.810;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=25;PP=519;ReadPosRankSum=0.703;SC=GAGTCACTGCCAACACCCTAT;SOR=0.796;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=67;TCF=21;TCR=46;TR=37;WE=65422599;WS=65422581;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,47:0.52:91
chr11	65423082	rs1144792	G	A	3146.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=49;NR=34;PP=1753;SC=ATGGGGCCCAGGAGTCTTCAT;SOR=0.941;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=83;TCF=49;TCR=34;TR=83;WE=65423090;WS=65423072;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr11	65427346	rs2306365	G	A	583.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.114;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=12;PP=292;ReadPosRankSum=-0.589;SC=GGAGCTCTGCGCTGGGAGGGC;SOR=0.565;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=35;TCF=12;TCR=23;TR=19;WE=65427354;WS=65427336;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,27:0.59:46
chr11	65480768	rs4244812	A	G	1072.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.788;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=11;PP=673;ReadPosRankSum=-2.111;SC=CCCCTTCCCCATCCCACTGCC;SOR=0.711;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=99;TCF=78;TCR=21;TR=50;WE=65480776;WS=65480758;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,57:0.47:121
chr11	65480791	rs551115	A	G	4859.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=99;NR=42;PP=2965;SC=CCCCGCCCCAAAGGAAGACCC;SOR=1.636;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=141;TCF=99;TCR=42;TR=141;WE=65480799;WS=65480781;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,177:1.00:177
chr11	65481166	rs1151500	T	C	11581.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=442;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.38;SOR=0.744;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,439:1.00:439
chr11	65481465	rs487264	T	G	1007.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=7;NR=25;PP=662;SC=GGCAGAACATTGTTCAAATGA;SOR=2.179;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=7;TCR=25;TR=32;WE=65481473;WS=65481455;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr11	65484569	rs563427	A	G	1967.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=3;NR=55;PP=1594;SC=CTCTAGGGGAACCAGCCAGAA;SOR=5.353;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=59;TCF=3;TCR=56;TR=58;WE=65484577;WS=65484559;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr11	65546857	rs610037	A	C	6960.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.505;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=252;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=75;NR=95;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.144;SC=GGACGCAGTGAAGGTAAAAGA;SOR=0.915;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=174;TCF=77;TCR=97;TR=170;WE=65546865;WS=65546847;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,247:0.98:251
chr11	65547333	rs12146493	G	A	6341.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=-1.862;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=681;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.519;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=86;NR=102;PP=2719;ReadPosRankSum=-0.574;SC=TTATCCGTGAGCAGTCCCCCC;SOR=0.722;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=376;TCF=174;TCR=202;TR=188;WE=65547345;WS=65547323;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:359,318:0.47:677
chr11	65547455	rs12362011	C	A	3085.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-2.921;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=313;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.054;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQ=59.99;MQRankSum=1.372;NF=39;NR=55;PP=1369;ReadPosRankSum=0.690;SC=CCGCAGCAACCCCAGGGAGCC;SOR=0.862;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=211;TCF=91;TCR=120;TR=94;WE=65547463;WS=65547445;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:160,149:0.48:309
chr11	65547889	rs67995174	C	G	4348.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.511;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=404;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=65;PP=1834;ReadPosRankSum=-0.828;SC=TGCGGAACGGCGCAGGGGACG;SOR=0.677;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=230;TCF=107;TCR=123;TR=122;WE=65547897;WS=65547879;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:192,211:0.52:403
chr11	65554680	rs10896044	C	G	1728.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=46;NR=3;PP=1368;SC=GGTGGAACCGCCGCGCGCCGT;SOR=5.058;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=49;TCF=46;TCR=3;TR=49;WE=65554688;WS=65554678;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr11	65561468	rs644740	C	T	1728.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=44;NR=6;PP=1263;SC=CTCTCTTCTCCACCAAGCCTC;SOR=3.180;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=50;TCF=44;TCR=6;TR=50;WE=65561476;WS=65561458;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr11	65561805	rs56019505	T	G	2150.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=3.508;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=241;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.275;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=53;PP=1367;ReadPosRankSum=2.127;SC=AAATGAGATGTAGGCAGAGAC;SOR=0.859;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=169;TCF=62;TCR=107;TR=81;WE=65561813;WS=65561795;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:134,102:0.43:236
chr11	65562257	rs2276133	G	A	2059.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=2.559;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.712;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=53;PP=1349;ReadPosRankSum=-0.029;SC=GCGGCCGTGCGGGAAAAGTCC;SOR=0.606;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=126;TCF=28;TCR=98;TR=68;WE=65562265;WS=65562247;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,84:0.58:146
chr11	65601644	rs150700040	GGTGGTGTGTGTGTGTCTGTGTGTGT	G	7569.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.855;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=502;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.268;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=3.181;NF=10;NR=83;PP=2966;ReadPosRankSum=1.438;SC=CCAATCATGCGGTGGTGTGTG;SOR=0.911;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=200;TCF=19;TCR=181;TR=93;WE=65601676;WS=65601634;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:250,201:0.45:451
chr11	65617113	rs11327250	AG	A	9209.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=295;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=66;NR=76;PP=2969;SC=GGCCTCCCCCAGGGGGTGGTA;SOR=1.120;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=149;TCF=68;TCR=81;TR=142;WE=65617121;WS=65617103;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,288:1.00:288
chr11	65617324	rs654638	A	G	2424.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-3.324;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.251;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=51;PP=1404;ReadPosRankSum=0.509;SC=CCAAAAGTGCATGCCCAGACT;SOR=0.361;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=151;TCF=61;TCR=90;TR=93;WE=65617332;WS=65617314;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,115:0.58:197
chr11	65623347	rs652021	G	A	4546.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-1.773;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=87;NR=58;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.763;SC=AGGAGCCACAGAAGTTCCCAT;SOR=0.450;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=147;TCF=88;TCR=59;TR=145;WE=65623355;WS=65623337;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,156:0.99:157
chr11	65623519	rs4621	G	A	18355.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=699;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=196;NR=209;PP=2965;SC=TGGCGTAGGGGTCGTCGACAG;SOR=0.734;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=407;TCF=196;TCR=211;TR=405;WE=65623527;WS=65623509;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,696:1.00:696
chr11	65624934	rs7125986	A	C	8002.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=300;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=81;NR=88;PP=2965;SC=TGCGCTCCCGAACGGGCCGCG;SOR=0.755;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=169;TCF=81;TCR=88;TR=169;WE=65624942;WS=65624924;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,299:1.00:299
chr11	65628334	rs13817	G	A	6526.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.060;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=247;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=110;NR=41;PP=2965;ReadPosRankSum=0.222;SC=CGCAGCAGGCGCCGCACGCGC;SOR=1.439;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=152;TCF=111;TCR=41;TR=151;WE=65628342;WS=65628324;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,241:0.99:243
chr11	65629932	rs659857	T	C	8095.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.944;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=44.24;ReadPosRankSum=1.380;SOR=0.846;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,181:0.99:183
chr11	65629932	.	TCG	CCC	2947	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;FR=1.0000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MMLQ=26;MQ=59.99;NF=68;NR=52;PP=2947;QD=20;SC=CTGGGAGTGCTCGACCCTGGC;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=128;TCF=72;TCR=56;TR=120;WE=65629942;WS=65629922;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:8,120:0.94:128
chr11	65629934	rs545500	G	C	8095.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.948;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=43.53;ReadPosRankSum=1.465;SOR=0.906;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,184:0.99:186
chr11	65630101	rs633877	G	C	5871.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.079;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=248;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.36;ReadPosRankSum=1.374;SOR=0.316;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,240:1.00:241
chr11	65630698	rs538394	T	G	2551.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=22;NR=48;PP=1650;SC=GGCAGAGGAGTGGGGAAAACA;SOR=1.477;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=70;TCF=22;TCR=48;TR=70;WE=65630706;WS=65630688;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr11	65631167	rs648732	C	T	12867.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=464;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=183;NR=138;PP=2965;SC=TGTGGGTGGCCCAGGAGACCA;SOR=0.913;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=321;TCF=183;TCR=138;TR=321;WE=65631175;WS=65631157;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,460:1.00:460
chr11	65631879	rs630758	C	A	2694.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.67;SOR=2.683;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr11	65631879	.	CCG	ACA	2472	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;FR=1.0000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MMLQ=28;MQ=60.0;NF=42;NR=9;PP=2472;QD=49.5189779385;SC=GAACAGGGTCCCGGCACCATT;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=54;TCF=44;TCR=10;TR=51;WE=65631889;WS=65631869;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:3,51:0.94:54
chr11	65631881	rs630755	G	A	2694.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.18;SOR=2.584;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr11	65631973	rs630303	G	A	7011.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=269;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=87;NR=60;PP=2965;SC=CCTAGTTCCGGCTGAAGCGCT;SOR=0.933;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=147;TCF=87;TCR=60;TR=147;WE=65631981;WS=65631963;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,258:1.00:258
chr11	65632262	rs558114	G	T	14469.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=0.840;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=564;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=144;NR=175;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.803;SC=CCCTCTTGACGCGGGGCCTGC;SOR=0.840;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=322;TCF=145;TCR=177;TR=319;WE=65632271;WS=65632252;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,552:0.99:556
chr11	65635559	rs594689	G	A	807.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-1.973;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.261;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=30;PP=601;ReadPosRankSum=1.710;SC=ACACAAATGAGCTCCTTGCCC;SOR=1.094;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=75;TCF=16;TCR=59;TR=37;WE=65635567;WS=65635549;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,37:0.46:80
chr11	65636053	rs601314	T	C	5189.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=46;NR=86;PP=2556;SC=GGCTCGTTGATGCAGCGGTAC;SOR=1.263;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=132;TCF=46;TCR=86;TR=132;WE=65636061;WS=65636043;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,195:1.00:195
chr11	65637273	rs501630	A	G	1085.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-2.441;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.908;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=10;PP=552;ReadPosRankSum=0.798;SC=GAGGCACGGCATAGCTAGGGC;SOR=0.475;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=70;TCF=54;TCR=16;TR=40;WE=65637281;WS=65637263;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,53:0.58:91
chr11	65637984	rs630394	C	G	2060.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=2.856;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.843;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=19;PP=1374;ReadPosRankSum=-2.064;SC=GCCGGGACTACAGAAGCTGCT;SOR=1.086;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=123;TCF=88;TCR=35;TR=71;WE=65637992;WS=65637974;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,88:0.53:166
chr11	65638719	rs633800	G	A	3504.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=3.794;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=334;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.399;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=50;PP=1778;ReadPosRankSum=-0.300;SC=GTCCCTCGCCGTGTAGGTCGT;SOR=0.668;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=195;TCF=103;TCR=92;TR=101;WE=65638727;WS=65638709;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:162,164:0.50:326
chr11	65639374	rs2234458	C	T	1439.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.019;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.608;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=19;PP=752;ReadPosRankSum=0.090;SC=TGGGGCTGTCCCTTGGAAAGC;SOR=0.594;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=122;TCF=79;TCR=43;TR=52;WE=65639382;WS=65639364;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,70:0.44:158
chr11	65647260	rs658524	A	G	2223.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=44;NR=14;PP=1124;SC=CTCCAGCCCCACCCTCACACC;SOR=1.967;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=58;TCF=44;TCR=14;TR=58;WE=65647268;WS=65647250;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr11	65647796	.	C	CT	671.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.284;ClippingRankSum=0.000;DP=365;ExcessHet=3.0103;FS=1.172;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.03;MQRankSum=1.641;QD=2.53;ReadPosRankSum=0.810;SOR=0.791;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:197,69:0.26:266
chr11	65649774	rs604630	A	G	10083.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=398;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=135;NR=115;PP=2965;SC=GAAGGTGGCCAGCGCCATCTC;SOR=0.800;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=252;TCF=137;TCR=115;TR=250;WE=65649782;WS=65649764;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,390:1.00:390
chr11	65649984	rs687672	T	C	14170.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=543;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=170;NR=154;PP=2965;SC=ATTTTGTGGATGTCTCCGTGC;SOR=0.782;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=325;TCF=170;TCR=155;TR=324;WE=65649992;WS=65649964;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,537:1.00:537
chr11	65651830	rs658938	A	G	2585.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=48;NR=27;PP=1586;SC=GCTGGGGCAAAGCCAAGCTGG;SOR=1.295;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=75;TCF=48;TCR=27;TR=75;WE=65651838;WS=65651820;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr11	65654917	.	GAA	G	132.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.260;ClippingRankSum=0.000;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=4.298;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.42;ReadPosRankSum=-1.417;SOR=0.133;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,11:0.37:30
chr11	65655259	rs2308217	G	GCC	13494.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=316;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=51;NR=98;PP=2977;SC=GTCTGGCGGGGCCTAGCAGGG;SOR=0.740;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=155;TCF=54;TCR=101;TR=149;WE=65655267;WS=65655249;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,301:1.00:301
chr11	65664346	rs637571	T	C	1268.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.317;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.665;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=16;PP=744;ReadPosRankSum=-0.039;SC=CTGGCCGGGGTTGTGGGGGGC;SOR=0.817;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=93;TCF=61;TCR=32;TR=48;WE=65664354;WS=65664336;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,62:0.47:132
chr11	65667796	rs1058068	G	A	1179.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.64;BaseQRankSum=-0.879;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.762;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=12;PP=363;ReadPosRankSum=0.239;SC=CGGGTTCCCCGAAGTCTCGGA;SOR=0.560;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=48;TCF=29;TCR=19;TR=29;WE=65667804;WS=65667786;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,57:0.57:100
chr11	65684929	rs9667389	C	T	2053.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=41;NR=10;PP=1276;SC=ATTTGGCCCCCCTAGGTCAGT;SOR=2.439;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=52;TCF=41;TCR=11;TR=51;WE=65684937;WS=65684919;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr11	65685225	rs7947504	T	C	11371.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=436;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=156;NR=164;PP=2965;SC=CACCTGAAGCTGGCCTTCAAC;SOR=0.775;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=320;TCF=156;TCR=164;TR=320;WE=65685233;WS=65685215;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,429:1.00:429
chr11	65713207	rs9795469	T	C	11205.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=436;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=138;NR=142;PP=2965;SC=CCCGTCGGTGTGACCAGGGCA;SOR=0.721;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=280;TCF=138;TCR=142;TR=280;WE=65713215;WS=65713197;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,430:1.00:430
chr11	65715204	rs71455793	G	A	1995.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.728;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=257;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.815;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=32;PP=1030;ReadPosRankSum=-0.778;SC=AACAACCTCCGAAGGCGACAA;SOR=0.602;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=163;TCF=78;TCR=85;TR=68;WE=65715212;WS=65715194;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:149,104:0.41:253
chr11	65727301	rs491973	A	G	2379.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=38;NR=18;PP=1112;SC=CCACAGGTCAATGGGGGTGAG;SOR=1.179;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=56;TCF=38;TCR=18;TR=56;WE=65727309;WS=65727291;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr11	65732651	rs550435	G	A	6469.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=241;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=82;NR=47;PP=2769;SC=AGAAGCTGGCGGCTGCCAAGG;SOR=1.019;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=129;TCF=82;TCR=47;TR=129;WE=65732659;WS=65732641;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,238:1.00:238
chr11	65732800	rs552130	T	C	7506.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.854;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=282;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=75;NR=91;PP=2965;ReadPosRankSum=0.800;SC=GCATCACTTTTTCCCCTCTTC;SOR=0.808;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=168;TCF=76;TCR=92;TR=166;WE=65732808;WS=65732790;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,273:0.99:275
chr11	65733289	rs556643	G	A	9146.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.173;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=359;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=135;NR=102;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.402;SC=GACACTGGTGGCCTTGCTACC;SOR=0.911;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=239;TCF=136;TCR=103;TR=237;WE=65733297;WS=65733279;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,342:0.99:346
chr11	65733465	rs79177013	G	A	4687.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-0.334;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=431;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.098;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=70;PP=2344;ReadPosRankSum=-0.128;SC=AAGGTAATGCGAGCTGGGTGC;SOR=0.595;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=241;TCF=112;TCR=129;TR=136;WE=65733473;WS=65733455;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:196,220:0.53:416
chr11	65734539	rs1151505	C	T	1252.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=31;NR=1;PP=924;SC=ACTTAACCTCCCTGTGCCCCA;SOR=5.031;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=33;TCF=31;TCR=2;TR=32;WE=65734547;WS=65734529;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr11	65735174	rs660118	G	C	2528.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=23;NR=39;PP=1095;SC=CCACCGCCGGGGTCCCCGCAG;SOR=0.992;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=64;TCF=23;TCR=41;TR=62;WE=65735182;WS=65735164;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr11	65744265	rs2276016	C	T	4083.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.10;SOR=0.845;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr11	65744275	rs543952	T	C	3972.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=33;NR=40;PP=1419;SC=CGTTTGGGGGTGCTCAAGCTG;SOR=0.829;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=73;TCF=33;TCR=40;TR=73;WE=65744283;WS=65744269;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr11	65744421	rs542332	C	T	4501.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.080;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=73;NR=47;PP=2388;ReadPosRankSum=-0.087;SC=CAGGTGGTGACCAGTGGGTGG;SOR=0.588;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=122;TCF=75;TCR=47;TR=120;WE=65744429;WS=65744411;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,169:0.98:172
chr11	65746653	rs679581	A	G	1647.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=40;PP=1076;SC=AGACCTGGCCATCAAATGACA;SOR=4.255;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=43;TCF=3;TCR=40;TR=43;WE=65746661;WS=65746643;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr11	65767153	rs507672	A	G	1797.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=21;NR=20;PP=798;SC=TCCCCTGTAGATAAGAAGAGA;SOR=0.723;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=41;TCF=21;TCR=20;TR=41;WE=65767161;WS=65767143;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr11	65767215	rs506873	G	T	1897.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=21;NR=21;PP=798;SC=CCATAGGAAGGGGTTCTATCT;SOR=0.720;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=42;TCF=21;TCR=21;TR=42;WE=65767223;WS=65767205;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr11	65767249	rs72930954	C	T	570.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.044;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=27;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=13;PP=341;ReadPosRankSum=0.253;SC=GCCTCTCTCACCTCTCTCTTT;SOR=0.693;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=41;TCF=20;TCR=21;TR=25;WE=65767257;WS=65767239;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,29:0.54:54
chr11	65771050	rs147010511	TCACTGAG	T	2933.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=22;PP=2292;SC=CTCTTATCTCTCACTGAGCAC;SOR=1.112;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=38;TCF=13;TCR=25;TR=35;WE=65771064;WS=65771040;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr11	65780702	rs9667817	A	G	2981.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=59;NR=37;PP=1858;SC=GGCCTGGAGCAGCCTGGCAGG;SOR=1.295;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=96;TCF=59;TCR=37;TR=96;WE=65780710;WS=65780692;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr11	65788072	rs3814747	C	T	9034.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=343;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=100;NR=104;PP=2965;SC=ATGTAAATTACGAGGATGGGA;SOR=0.729;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=205;TCF=101;TCR=104;TR=204;WE=65788080;WS=65788062;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,342:1.00:342
chr11	65789137	rs34114713	C	G	13740.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.526;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=519;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=171;NR=169;PP=2965;ReadPosRankSum=0.505;SC=GGTGCCTGAGCCTGGCGGGCT;SOR=0.313;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=345;TCF=173;TCR=172;TR=340;WE=65789145;WS=65789127;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:6,511:0.99:517
chr11	65793454	rs1203998	C	T	4450.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=55;NR=64;PP=2337;SC=TGGAACCCACCGTATTGGGAC;SOR=0.834;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=119;TCF=55;TCR=64;TR=119;WE=65793462;WS=65793444;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,165:1.00:165
chr11	65793797	rs1893316	G	A	6636.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-1.764;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=255;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=79;PP=2618;ReadPosRankSum=0.034;SC=ACCTATCTGCGTTATTGGTGT;SOR=0.324;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=138;TCF=57;TCR=81;TR=136;WE=65793805;WS=65793787;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,253:1.00:254
chr11	65793874	rs3841469	CA	C	2553.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=4;NR=48;PP=1994;SC=ACTCTGGAGCCAAAAGAGCTC;SOR=1.863;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=54;TCF=4;TCR=50;TR=52;WE=65793882;WS=65793864;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr11	65810209	rs61895584	C	T	4889.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=48;NR=72;PP=1951;SC=TGGGCTGCCACGGCTGCAGCT;SOR=0.981;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=121;TCF=49;TCR=72;TR=120;WE=65810217;WS=65810199;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,195:1.00:195
chr11	65810749	rs7937692	T	C	10379.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=387;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=113;NR=130;PP=2965;SC=AGGCGTTGGGTACGCGCCGGA;SOR=0.775;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=243;TCF=113;TCR=130;TR=243;WE=65810757;WS=65810739;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,377:1.00:377
chr11	65824472	rs547404	C	T	3589.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=33;NR=61;PP=1867;SC=GTGATTTAGACATTTTTAAAA;SOR=1.239;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=94;TCF=33;TCR=61;TR=94;WE=65824480;WS=65824462;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,134:1.00:134
chr11	65825951	rs491618	T	A	1165.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=13;NR=26;PP=749;SC=AATTTGTAAGTGTTCAGTAAG;SOR=1.455;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=39;TCF=13;TCR=26;TR=39;WE=65825959;WS=65825941;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr11	65826704	rs1049872	G	A	3203.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.145;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=35;PP=1508;ReadPosRankSum=0.231;SC=AGAAAGAGAAGGAGCCAGAGA;SOR=0.481;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=76;TCF=40;TCR=36;TR=75;WE=65826712;WS=65826694;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,123:0.98:126
chr11	65868310	rs475817	T	A	15490.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=2.270;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=595;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=166;NR=187;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.579;SC=GAACACCTGTTATGGCCTTTC;SOR=0.253;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=354;TCF=166;TCR=188;TR=353;WE=65868318;WS=65868300;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,585:1.00:586
chr11	65868455	rs56269595	C	T	988.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-2.614;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.046;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=37;PP=754;ReadPosRankSum=1.115;SC=CTCATTTCTACTGCATTCTGC;SOR=0.970;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=99;TCF=20;TCR=79;TR=45;WE=65868463;WS=65868445;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,46:0.46:101
chr11	65983522	rs548858	A	G	970.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=28;NR=1;PP=694;SC=GGTCTTGTGCATTCCTTGGCT;SOR=4.235;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=29;TCF=28;TCR=1;TR=29;WE=65983530;WS=65983519;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr11	65985000	rs557082	A	C	6646.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=2.411;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=261;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=86;NR=58;PP=2890;ReadPosRankSum=2.146;SC=TAGGGACCAAACCCCTGAGAG;SOR=0.315;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=145;TCF=87;TCR=58;TR=144;WE=65985008;WS=65984990;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,253:1.00:254
chr11	65985168	rs512421	G	A	1446.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.889;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.855;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=38;PP=827;ReadPosRankSum=0.089;SC=TTGTCCTCAGGTATCCACCTC;SOR=1.088;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=117;TCF=41;TCR=76;TR=53;WE=65985176;WS=65985158;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,71:0.45:159
chr11	65987097	rs72936669	C	T	1835.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.833;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.711;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=23;PP=1015;ReadPosRankSum=0.106;SC=GAGACCAAGTCCTCCAGTCTT;SOR=0.844;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=139;TCF=87;TCR=52;TR=64;WE=65987105;WS=65987087;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:123,91:0.43:214
chr11	65994941	rs55701638	G	T	676.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=0.067;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.839;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=2;PP=502;ReadPosRankSum=0.509;SC=TAGTTATTTGGATCAGTGATA;SOR=2.037;SbPval=0.95;Source=Platypus;TC=55;TCF=45;TCR=10;TR=26;WE=65994949;WS=65994931;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,30:0.48:62
chr11	65997898	rs561948	A	G	452.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=16;NR=0;PP=354;SC=ACTTGCTTTCAGGAAAAGAAA;SOR=4.294;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=16;TCR=0;TR=16;WE=65997906;WS=65997888;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr11	66010633	rs524268	T	C	7360.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=275;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=78;NR=92;PP=2965;SC=CTGTCACCCCTAGTGTCCATC;SOR=0.836;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=171;TCF=78;TCR=93;TR=170;WE=66010641;WS=66010623;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,268:1.00:268
chr11	66031450	rs525698	T	C	10751.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=408;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=151;NR=164;PP=2965;SC=CTGGGCAGGCTGGGGGTCTGG;SOR=0.788;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=317;TCF=152;TCR=165;TR=315;WE=66031458;WS=66031440;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,396:1.00:396
chr11	66031660	rs1151539	C	T	4923.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.686;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=472;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=78;NR=73;PP=2409;ReadPosRankSum=0.114;SC=GGCCCGATGACCCCAATGTGG;SOR=0.683;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=321;TCF=167;TCR=154;TR=151;WE=66031668;WS=66031650;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:231,236:0.51:467
chr11	66033301	rs474005	C	T	4741.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.340;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=469;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.521;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=72;NR=82;PP=2473;ReadPosRankSum=-1.084;SC=CATTCACTGCCTGATGCCCCT;SOR=0.654;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=293;TCF=135;TCR=158;TR=154;WE=66033309;WS=66033291;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:235,228:0.49:463
chr11	66036293	rs150627444	A	AC,ACC	3344.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.277;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=323;ExcessHet=3.0103;FS=32.392;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.43;ReadPosRankSum=1.111;SOR=2.846;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:41,159,69:0.59,0.26:269
chr11	66040049	rs555853	G	C	3053.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.01;SOR=1.965;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr11	66040053	rs555826	A	G	2991.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=46.75;SOR=1.963;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr11	66050712	rs4073582	G	A	3033.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-3.882;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=260;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=60;PP=1747;ReadPosRankSum=0.566;SC=GCCCCTGTCTGCCCCAGGTAC;SOR=0.709;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=192;TCF=84;TCR=108;TR=110;WE=66050720;WS=66050702;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:117,138:0.54:255
chr11	66050948	rs3016315	C	T	2893.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=26;NR=41;PP=1438;SC=CCTTTTGCCCCTGAGGACTGA;SOR=1.064;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=68;TCF=26;TCR=42;TR=67;WE=66050956;WS=66050938;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr11	66054823	rs510398	C	T	4370.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=116;NR=15;PP=2965;SC=GGGAGGGATACAGTCCAAATC;SOR=3.706;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=131;TCF=116;TCR=15;TR=131;WE=66054831;WS=66054813;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,144:1.00:144
chr11	66059782	rs6591210	T	C	174.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=1;PP=55;SC=GCCCCCGGCGTCCCCTCATCC;SOR=0.941;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=3;TCF=2;TCR=1;TR=3;WE=66059790;WS=66059772;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr11	66083129	rs3741367	T	C	4474.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=57;NR=61;PP=2234;SC=CAGTGTGGGATGCGTGGCAGA;SOR=0.766;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=121;TCF=58;TCR=63;TR=118;WE=66083137;WS=66083119;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,168:1.00:168
chr11	66083782	rs3741368	G	A	16330.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.975;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=653;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=198;NR=194;PP=2965;ReadPosRankSum=0.347;SC=CGCAGCCCCCGTTGTCAGGGC;SOR=0.314;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=400;TCF=201;TCR=199;TR=392;WE=66083790;WS=66083772;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:6,640:0.99:646
chr11	66099987	rs1784029	C	T	16198.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.060;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=636;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=165;NR=264;PP=2965;ReadPosRankSum=0.821;SC=CAGGCCACTCCGCCCGGCGGT;SOR=0.611;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=434;TCF=166;TCR=268;TR=429;WE=66099995;WS=66099977;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,616:1.00:619
chr11	66100152	rs1784030	T	C	5374.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=58;NR=73;PP=2839;SC=CAATCGAGGCTTCTGGGGGCA;SOR=0.883;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=131;TCF=58;TCR=73;TR=131;WE=66100160;WS=66100142;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,193:1.00:193
chr11	66101974	rs3016317	C	T	5713.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=68;NR=59;PP=2296;SC=TATGGAGAGACGGAGCCTCAC;SOR=0.787;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=127;TCF=68;TCR=59;TR=127;WE=66101982;WS=66101964;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,220:1.00:220
chr11	66103046	rs3016763	C	T	6405.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=249;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=90;NR=74;PP=2965;SC=AGGAGCAGGGCCCGTGGACAC;SOR=0.874;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=164;TCF=90;TCR=74;TR=164;WE=66103054;WS=66103036;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,238:1.00:238
chr11	66104057	rs3016316	T	A	3084.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=26;NR=71;PP=1971;SC=GGGTCAGGGGTCCCCTCCATG;SOR=2.058;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=97;TCF=26;TCR=71;TR=97;WE=66104065;WS=66104047;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr11	66107527	rs1785633	C	A	10790.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=425;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=134;NR=104;PP=2965;SC=CCAACCCCCTCCCCTGGGTCT;SOR=0.853;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=239;TCF=134;TCR=105;TR=238;WE=66107535;WS=66107517;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,415:1.00:415
chr11	66107674	rs1784035	A	G	5812.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=56;NR=103;PP=2965;SC=GCAGTTTGTCATCCCACCATT;SOR=1.249;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=159;TCF=56;TCR=103;TR=159;WE=66107682;WS=66107664;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,217:1.00:217
chr11	66108660	rs947978	C	T	5897.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=106;NR=62;PP=2965;SC=GAAGAGGGTACAGAACCACCC;SOR=1.257;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=168;TCF=106;TCR=62;TR=168;WE=66108668;WS=66108650;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,210:1.00:210
chr11	66109033	rs11537993	T	C	14778.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.923;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=559;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=140;NR=185;PP=2965;ReadPosRankSum=0.959;SC=ACTGCTTCTCTAGGTCCAGCA;SOR=0.892;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=330;TCF=141;TCR=189;TR=325;WE=66109041;WS=66109023;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,548:0.99:552
chr11	66109527	rs112182142	C	CTGTG,CTGTGTG	5916.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.070;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.174;NF=37,37;NR=26,26;PP=277,2095;ReadPosRankSum=-1.381;SC=TGTAGGGGCTCTGTGTGTGTG;SOR=0.954;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=76;TCF=42;TCR=34;TR=63,63;WE=66109535;WS=66109517;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.16,0.83:142
chr11	66109779	rs1784037	AT	GA	4337.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=7;NR=76;PP=2947;SC=AGGCAGCAGGATGCTGAACAC;SOR=3.679;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=86;TCF=9;TCR=77;TR=83;WE=66109788;WS=66109769;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr11	66130736	rs1039593	A	G	782.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=19;NR=2;PP=462;SC=TTTCTTCCCCACAGCACTCCA;SOR=2.546;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=21;TCF=19;TCR=2;TR=21;WE=66130744;WS=66130726;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr11	66131149	rs1039594	C	T	3155.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.460;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=64;PP=1876;ReadPosRankSum=-0.842;SC=CCCTTCTTTCCGGGCCTCAGT;SOR=0.706;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=94;TCF=29;TCR=65;TR=93;WE=66131157;WS=66131139;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,116:0.99:117
chr11	66131906	rs7125100	A	G	2167.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=11;NR=57;PP=1596;SC=CTGTGGTAGAAGCTGAAGTCA;SOR=2.833;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=70;TCF=11;TCR=59;TR=68;WE=66131914;WS=66131896;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr11	66133311	rs4930358	T	C	2881.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=67;NR=16;PP=1901;SC=TACCAGGCCATTTGGACTACC;SOR=2.279;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=83;TCF=67;TCR=16;TR=83;WE=66133319;WS=66133301;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr11	66133336	rs2279861	A	G	3855.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.930;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=83;NR=31;PP=2150;ReadPosRankSum=-0.665;SC=AATCACCTCCATGCTCTTTCA;SOR=0.766;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=115;TCF=84;TCR=31;TR=114;WE=66133344;WS=66133326;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,149:0.99:150
chr11	66135179	rs2279862	C	T	6341.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=96;NR=72;PP=2965;SC=CTCTCAGGGCCTCAGGCTCAG;SOR=0.976;Source=Platypus;TCF=96;TR=168;WE=66135187;WS=66135169;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,222:1.00:222
chr11	66135898	rs2292123	T	C	4915.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=76;NR=48;PP=2152;SC=CCATATCACCTGCTTACCTCC;SOR=1.010;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=124;TCF=76;TCR=48;TR=124;WE=66135906;WS=66135888;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,186:1.00:186
chr11	66138894	rs7946434	G	C	3866.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=59;NR=50;PP=2372;SC=CTACAACCCCGATCACCCCGG;SOR=0.864;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=110;TCF=59;TCR=51;TR=109;WE=66138902;WS=66138884;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,137:1.00:137
chr11	66206169	rs11110	C	T	871.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.948;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.453;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=9;PP=479;ReadPosRankSum=0.547;SC=TCGCCCGGATCACACCGCCGA;SOR=1.314;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=66;TCF=43;TCR=23;TR=32;WE=66206177;WS=66206159;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,42:0.41:103
chr11	66258916	rs75546553	G	A	1393.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-2.112;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.274;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=19;PP=651;ReadPosRankSum=1.620;SC=CAGAGCGGGTGTGGAGGTGGG;SOR=0.588;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=93;TCF=54;TCR=39;TR=44;WE=66258924;WS=66258906;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,72:0.48:151
chr11	66262806	rs10791878	T	C	4458.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=52;NR=46;PP=2095;SC=AGTGGCCACCTTAAGCCCGAC;SOR=0.821;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=99;TCF=53;TCR=46;TR=98;WE=66262814;WS=66262796;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,164:1.00:164
chr11	66272142	rs1671063	A	G	1820.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-1.289;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=244;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.485;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=26;PP=631;ReadPosRankSum=-0.189;SC=GGTATGCAACAGTCACTGATG;SOR=0.686;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=138;TCF=68;TCR=70;TR=53;WE=66272150;WS=66272132;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:138,95:0.41:233
chr11	66278059	rs1791688	C	G	1980.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=61;NR=10;PP=1477;SC=TTGTACTCGCCCTTCCCTGTG;SOR=3.198;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=71;TCF=61;TCR=10;TR=71;WE=66278067;WS=66278049;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr11	66285268	rs10736656	G	A	206.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.334;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.744;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=1;PP=119;ReadPosRankSum=0.728;SC=AAGAGATGGGGTCTCACCATG;SOR=1.284;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=17;TCF=14;TCR=3;TR=7;WE=66285276;WS=66285258;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,10:0.36:28
chr11	66285925	.	C	CT	223.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.296;ClippingRankSum=0.000;DP=99;ExcessHet=3.0103;FS=0.894;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.57;ReadPosRankSum=-0.903;SOR=0.843;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:59,28:0.32:87
chr11	66299515	rs8432	A	G	908.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-2.336;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.855;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=16;PP=341;ReadPosRankSum=0.423;SC=CTGAGACCTGAGCTGCTGTGA;SOR=0.578;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=47;TCF=18;TCR=29;TR=26;WE=66299523;WS=66299505;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,45:0.57:79
chr11	66318972	rs490998	G	A	1708.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.956;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=31;PP=824;ReadPosRankSum=0.433;SC=ATGACCTTTGGCCCTTGGCCT;SOR=0.693;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=114;TCF=53;TCR=61;TR=56;WE=66318980;WS=66318962;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,85:0.50:170
chr11	66321927	rs56394515	C	CA	399.75	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.416;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FS=0.976;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.33;ReadPosRankSum=1.498;SOR=0.894;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:77,43:0.36:120
chr11	66325484	rs61890399	T	C	9115.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=1.202;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=856;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.102;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=109;NR=143;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.300;SC=AGCGCACCCCTGCCTGCTCCA;SOR=0.814;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=496;TCF=226;TCR=270;TR=252;WE=66325492;WS=66325474;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:401,447:0.53:848
chr11	66358126	rs486584	C	T	7242.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=282;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=93;NR=86;PP=2965;SC=CTATCTCCTCCAGGAGGGAAA;SOR=0.722;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=181;TCF=93;TCR=88;TR=179;WE=66358134;WS=66358116;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,276:1.00:276
chr11	66384571	rs68002554	ACT	A	1063.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.525;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=19;PP=723;ReadPosRankSum=-1.393;SC=CGCTCGGGGCACTCTGCCTGT;SOR=0.577;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=52;TCF=2;TCR=50;TR=19;WE=66384580;WS=66384561;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,29:0.43:67
chr11	66406070	rs670900	A	C	6593.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=261;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=67;NR=75;PP=2332;SC=AGAGGATCTGAGGGAACGCCG;SOR=0.799;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=143;TCF=67;TCR=76;TR=142;WE=66406078;WS=66406060;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,257:1.00:257
chr11	66456387	rs2276138	T	C	3405.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.122;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=42;ReadPosRankSum=0.606;SC=ACAGTGGCCATGGCAACCTCA;SOR=0.574;Source=Platypus;TCF=43;WE=66456395;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,128:0.98:131
chr11	66458696	rs12804382	C	T	1915.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=1.092;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=20;PP=1180;ReadPosRankSum=1.795;SC=GAACTCTCCCCGGCATTTCCC;SOR=1.609;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=67;TCF=45;TCR=22;TR=64;WE=66458704;WS=66458686;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,70:0.97:72
chr11	66469032	rs532439	T	C	2885.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.969;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=329;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.586;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=39;PP=964;ReadPosRankSum=1.196;SC=GTCAGTTTCCTGGTCCTGCCC;SOR=0.535;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=197;TCF=113;TCR=84;TR=85;WE=66469040;WS=66469022;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:174,152:0.47:326
chr11	66472274	rs4930388	T	C	5931.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=63;NR=101;PP=2965;SC=GGCACCCGGCTCTGCACCTCG;SOR=1.184;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=164;TCF=63;TCR=101;TR=164;WE=66472282;WS=66472264;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,201:1.00:201
chr11	66481264	rs615536	C	T	1007.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-0.340;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.273;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=22;PP=456;ReadPosRankSum=1.035;SC=TGTGAGATCTCGAAGAGGAAG;SOR=0.382;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=61;TCF=20;TCR=41;TR=34;WE=66481272;WS=66481254;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,48:0.62:78
chr11	66481633	rs34775878	G	A	2998.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.019;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=355;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.764;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=49;PP=1377;ReadPosRankSum=0.559;SC=GTACATTGACGTTGGGATAAC;SOR=0.643;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=219;TCF=110;TCR=109;TR=94;WE=66481641;WS=66481623;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:194,154:0.44:348
chr11	66483265	rs12805133	A	G	2790.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=2.911;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=297;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.429;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=33;PP=1348;ReadPosRankSum=0.062;SC=ACACTTTTCTAAGGCCCCCCC;SOR=0.741;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=173;TCF=103;TCR=70;TR=84;WE=66483273;WS=66483255;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:157,134:0.46:291
chr11	66512290	.	G	GGGC,GGGCGGC	3708.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.047;ClippingRankSum=0.000;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9,9;NR=23,23;PP=705,656;ReadPosRankSum=0.073;SC=GCTGAGGAGGGGGCGGCGGCG;SOR=0.875;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=51;TCF=17;TCR=34;TR=32,32;WE=66512298;WS=66512280;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.40,0.54:119
chr11	66618407	rs139065746	GGA	G	310.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.273;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FS=7.509;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.03;ReadPosRankSum=1.619;SOR=1.066;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:130,23:0.15:153
chr11	66812338	rs11227668	A	G	2332.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=64;PP=1886;SC=ATGCAGATGGATAGGGGGTGG;SOR=4.615;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=70;TCF=6;TCR=64;TR=70;WE=66812346;WS=66812328;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr11	66833265	rs12803688	G	A	5206.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.625;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.636;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=112;NR=47;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.333;SC=AAACAACTACGCTCCACTGAC;SOR=1.673;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=161;TCF=113;TCR=48;TR=159;WE=66833273;WS=66833255;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,189:0.99:191
chr11	66833327	rs12287978	G	A	14581.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=-2.073;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=579;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.257;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=175;NR=136;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.467;SC=GTGCCTCTCCGAAGCCTCCTC;SOR=0.414;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=315;TCF=176;TCR=139;TR=311;WE=66833335;WS=66833317;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,565:0.99:569
chr11	66834252	rs2282502	C	T	10227.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.354;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=396;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=127;NR=101;PP=2965;ReadPosRankSum=0.240;SC=TCTACCCTGACGCCAGCGTCC;SOR=0.465;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=229;TCF=128;TCR=101;TR=228;WE=66834260;WS=66834242;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,388:0.99:391
chr11	66837965	rs4930409	T	C	8916.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=352;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=92;NR=120;PP=2965;SC=GACTGACCTGTGCAAGGACAA;SOR=0.975;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=212;TCF=92;TCR=120;TR=212;WE=66837973;WS=66837955;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,343:1.00:343
chr11	66995603	rs3741189	T	C	10221.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=392;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=122;NR=144;PP=2965;SC=CCCACCTAACTAAGGAATTTC;SOR=0.818;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=267;TCF=123;TCR=144;TR=266;WE=66995611;WS=66995593;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,389:1.00:389
chr11	67017445	rs34463980	C	CA	3696.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=59;NR=12;PP=2957;SC=CCCTCTCCAACGTGACCTTTC;SOR=3.334;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=73;TCF=60;TCR=13;TR=71;WE=67017453;WS=67017435;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr11	67034266	rs2228418	C	A	4328.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=48;NR=41;PP=1636;SC=GCAAGAAGATCCTGCTGCCCG;SOR=0.741;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=89;TCF=48;TCR=41;TR=89;WE=67034274;WS=67034256;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,168:1.00:168
chr11	67050292	rs2071007	G	A	13015.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=486;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=114;NR=192;PP=2965;SC=TGACGATGGTGGGTGCAGGTC;SOR=1.118;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=307;TCF=115;TCR=192;TR=306;WE=67050300;WS=67050282;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,480:1.00:480
chr11	67052466	rs10896164	G	A	9809.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=372;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=177;NR=113;PP=2965;SC=TAAGGAGCCCGTGCGGGGGTC;SOR=1.101;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=291;TCF=178;TCR=113;TR=290;WE=67052474;WS=67052456;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,363:1.00:363
chr11	67057092	rs368498130	GC	G	874.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.517;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5260;FS=9.379;HP=16;HapScore=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=20;PP=317;ReadPosRankSum=2.048;SC=CCGTCCTGGAGCCCCCCCCCC;SOR=5.549;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=41;TCF=13;TCR=28;TR=20;WE=67057112;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,23:0.88:26
chr11	67057104	rs11227758	C	G	1008.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.984;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=3.869;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=31.52;ReadPosRankSum=1.460;SOR=2.566;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:3,29:0.91:32
chr11	67068859	rs2298815	T	C	13152.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=496;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=167;NR=174;PP=2965;SC=GCTCTGCTGTTGCCGCATCAG;SOR=0.722;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=342;TCF=167;TCR=175;TR=341;WE=67068867;WS=67068849;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,491:1.00:491
chr11	67071584	rs4244822	C	G	4266.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.680;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=66;PP=2119;ReadPosRankSum=-0.739;SC=CTGCTCTCTCCGCAGGACCAG;SOR=0.861;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=125;TCF=58;TCR=67;TR=123;WE=67071592;WS=67071574;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,165:0.99:167
chr11	67076810	rs3737460	T	G	6801.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.923;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=251;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=121;NR=68;PP=2965;ReadPosRankSum=1.680;SC=CAGGTCCGATTGCCAGTGGGC;SOR=1.264;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=191;TCF=122;TCR=69;TR=189;WE=67076818;WS=67076800;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,247:0.99:249
chr11	67141184	rs35544864	C	CT	68.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.828;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FS=1.248;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.40;ReadPosRankSum=-1.068;SOR=0.965;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,13:0.27:49
chr11	67177278	rs7122299	G	A	8866.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=331;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQ=60.03;NF=72;NR=134;PP=2965;SC=GGCTGATGCCGGCCCGGCAAA;SOR=1.179;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=210;TCF=75;TCR=135;TR=206;WE=67177286;WS=67177268;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,323:1.00:323
chr11	67192332	.	CCA	C	85.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.694;ClippingRankSum=0.000;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=1;PP=248;ReadPosRankSum=-0.091;SC=ATGACAATGGCCACACACACA;SOR=0.389;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=37;TCF=33;TCR=4;TR=11;WE=67192343;WS=67192330;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,8:0.19:42
chr11	67257273	rs611697	G	T	2095.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=56;PP=1657;SC=CATGATCTCTGCGAGGGCAGG;SOR=3.393;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=66;TCF=10;TCR=56;TR=66;WE=67257281;WS=67257263;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr11	67257823	rs641081	C	A	10515.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.656;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=405;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=121;NR=124;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.795;SC=CCAGCTGGACCAGCAGATCAC;SOR=0.713;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=245;TCF=121;TCR=124;TR=245;WE=67257831;WS=67257813;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,402:1.00:404
chr11	67258391	rs4930199	A	G	5652.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=68;NR=63;PP=2324;SC=CGAGAGCTGCAGGCCCTGGAG;SOR=0.711;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=131;TCF=68;TCR=63;TR=131;WE=67258399;WS=67258381;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,220:1.00:220
chr11	67262282	rs202207490	C	CGA	5220.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.56;QD=40.16;SOR=1.452;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chr11	67262289	.	G	A	2799	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;FR=1.0000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MMLQ=17;MQ=60.18;NF=90;NR=56;PP=2799;QD=20;SC=GGGCGAGTGGGCGAGGGGGCG;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=151;TCF=92;TCR=59;TR=146;WE=67262297;WS=67262254;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:5,146:0.97:151
chr11	67262289	.	G	GCGAGTGGA	6240.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=158;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.48;QD=41.60;SOR=1.457;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,150:1.00:150
chr11	67263767	rs618633	A	G	2567.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=21;NR=47;PP=1468;SC=CGCAGGGGTCAGCCGCGTGGA;SOR=1.485;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=68;TCF=21;TCR=47;TR=68;WE=67263775;WS=67263757;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr11	67264679	rs2276120	C	T	1567.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-0.398;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=19;PP=651;ReadPosRankSum=-0.781;SC=ACTAGAGGCGCCCCCGCAGCC;SOR=0.693;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=82;TCF=47;TCR=35;TR=45;WE=67264687;WS=67264669;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,75:0.59:128
chr11	67288594	rs2276118	C	T	10849.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=409;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=138;NR=101;PP=2965;SC=GTAGCCGTCCCGGTCTCGGTC;SOR=0.898;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=240;TCF=139;TCR=101;TR=239;WE=67288602;WS=67288584;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,404:1.00:404
chr11	67351529	rs145589007	A	AG	3005.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=11;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=37;NR=13;PP=1228;SC=GGGGGCGGGGAGGGGGGGCAG;SOR=3.716;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=76;TCF=54;TCR=22;TR=50;WE=67351548;WS=67351518;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr11	67351540	rs1871041	A	G	3952.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=77;NR=31;PP=2484;SC=GGGGGGGCAGACTGCGCTCAC;SOR=2.397;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=109;TCF=77;TCR=32;TR=108;WE=67351548;WS=67351518;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr11	67351585	rs4147581	C	G	5809.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.688;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=26.53;ReadPosRankSum=1.408;SOR=1.168;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,217:0.99:219
chr11	67375162	rs1382089	T	C	895.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=23;PP=577;SC=AGGGCCAAGCTGCCACACTCG;SOR=1.885;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=8;TCR=23;TR=31;WE=67375170;WS=67375152;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr11	67397290	rs148457808	C	T	570.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.872;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=12;PP=289;ReadPosRankSum=-1.115;SC=GCACCGCGGCCGACGCGGGCC;SOR=0.602;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=45;TCF=23;TCR=22;TR=26;WE=67397298;WS=67397280;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,30:0.43:70
chr11	67399735	rs2514021	T	C	10449.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=396;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=131;NR=103;PP=2965;SC=CCCTTTGCCTTCCGCCCACTG;SOR=0.822;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=236;TCF=131;TCR=105;TR=234;WE=67399743;WS=67399725;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,394:1.00:394
chr11	67399970	rs3765088	C	T	4583.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.04;SOR=0.787;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,176:1.00:176
chr11	67407146	rs2447591	T	C	1451.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=28;PP=861;SC=GTGGTCTTCCTACTCGAGCTG;SOR=2.560;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=34;TCF=6;TCR=28;TR=33;WE=67407154;WS=67407136;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr11	67412203	rs143278298	C	CCA	1529.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.439;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=20.40;ReadPosRankSum=0.529;SOR=0.621;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,59:0.79:75
chr11	67413500	rs149993255	T	C	446.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.891;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=12;PP=297;ReadPosRankSum=-0.250;SC=TGTGGCTGTGTCCACCCCTGC;SOR=0.830;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=35;TCF=13;TCR=22;TR=19;WE=67413508;WS=67413490;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,22:0.45:49
chr11	67414492	rs948445	C	T	3702.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=34;NR=71;PP=2018;SC=CAGGGGCTCCCGGGGCACAGG;SOR=1.445;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=105;TCF=34;TCR=71;TR=105;WE=67414500;WS=67414482;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,138:1.00:138
chr11	67430589	rs78402723	A	G	3119.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=56;NR=29;PP=1919;SC=GGCTGGGGGAACCTGCGGTCT;SOR=1.343;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=86;TCF=57;TCR=29;TR=85;WE=67430597;WS=67430579;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr11	67430762	rs1551886	T	C	8648.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=333;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=109;NR=111;PP=2965;SC=GGGTGGGTAGTGGATCTCCTT;SOR=0.699;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=220;TCF=109;TCR=111;TR=220;WE=67430770;WS=67430752;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,331:1.00:331
chr11	67431038	rs1979375	G	A	4439.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=66;NR=36;PP=2078;SC=GAGGCCCAGGGTGTGGATCAA;SOR=1.207;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=102;TCF=66;TCR=36;TR=102;WE=67431046;WS=67431028;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,165:1.00:165
chr11	67431110	rs1979376	G	A	7934.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=306;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=95;NR=77;PP=2965;SC=CTTCCCTAGGGGTGGAAATGG;SOR=0.837;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=173;TCF=96;TCR=77;TR=172;WE=67431118;WS=67431100;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,296:1.00:296
chr11	67432804	rs2447571	T	C	13492.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=515;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=158;NR=145;PP=2965;SC=GCCACGCGGCTGCAGCCCAGC;SOR=0.753;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=304;TCF=159;TCR=145;TR=303;WE=67432812;WS=67432794;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,515:1.00:515
chr11	67432854	rs6591270	T	C	10066.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=382;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=122;NR=145;PP=2965;SC=GTTGATGATGTGGCCCAGGTT;SOR=0.826;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=268;TCF=123;TCR=145;TR=267;WE=67432862;WS=67432844;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,382:1.00:382
chr11	67433708	rs5792424	C	CG	7909.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.333;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=310;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=1.949;HP=4;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.145;NF=57;NR=75;PP=2981;ReadPosRankSum=-0.793;SC=GGGGCGGGCTCGGGGCCAGCC;SOR=0.364;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=143;TCF=63;TCR=80;TR=132;WE=67433716;WS=67433698;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,298:0.99:302
chr11	67433758	rs1551887	G	A	9124.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.165;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=351;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.223;NF=127;NR=123;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.104;SC=TGGGGACGTCGGGCACTGCTG;SOR=0.480;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=254;TCF=130;TCR=124;TR=250;WE=67433766;WS=67433748;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:5,346:0.99:351
chr11	67433869	rs1551888	C	T	7034.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=319;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=22.84;SOR=0.906;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,308:1.00:308
chr11	67434010	rs1871032	C	T	3498.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=77;NR=38;PP=2582;SC=GGCTACTGGGCGGGGAGAGCA;SOR=1.532;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=116;TCF=77;TCR=39;TR=115;WE=67434018;WS=67434000;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr11	67434416	rs4646823	C	A	8738.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=332;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=107;NR=112;PP=2965;SC=TCCAGGCCTGCAGGTTCTTGA;SOR=0.712;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=219;TCF=107;TCR=112;TR=219;WE=67434424;WS=67434406;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,327:1.00:327
chr11	67564034	rs79787139	A	G	494.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=49;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=4;PP=393;SC=CTAGTTCCCCACATGGTGTGG;SOR=2.303;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=14;TCR=4;TR=18;WE=67564042;WS=67564024;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr11	67564056	rs74682508	T	A	329.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.808;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.185;HP=1;HapScore=4;MGOF=35;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-4.649;NF=14;NR=2;PP=672;ReadPosRankSum=-0.563;SC=AGTGTGGGGCTTCCTAGCTTT;SOR=2.267;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=34;TCF=26;TCR=8;TR=16;WE=67564076;WS=67564046;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,16:0.39:41
chr11	67564068	rs77439896	C	A	393.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.483;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.875;HP=4;HapScore=4;MGOF=35;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-4.537;NF=16;NR=3;PP=672;ReadPosRankSum=-0.134;SC=CCTAGCTTTTCCCCGGCCCCC;SOR=1.784;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=41;TCF=32;TCR=9;TR=19;WE=67564076;WS=67564046;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,19:0.39:49
chr11	67564135	rs77521350	G	C	1727.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=2.580;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.519;HP=3;HapScore=2;MGOF=45;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-8.812;NF=36;NR=21;PP=745;ReadPosRankSum=-0.786;SC=ATGCAGGCCCGGGTGGGCGTG;SOR=0.892;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=124;TCF=74;TCR=50;TR=57;WE=67564143;WS=67564125;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:106,86:0.45:192
chr11	67564162	rs75324740	A	G	2073.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=2.272;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=240;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.609;HP=1;HapScore=2;MGOF=45;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-9.096;NF=44;NR=25;PP=979;ReadPosRankSum=0.752;SC=CACATAGCTCAGTGGTGAACA;SOR=0.916;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=146;TCF=88;TCR=58;TR=69;WE=67564170;WS=67564152;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:132,107:0.45:239
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chr11	67564238	rs77785393	C	T	8536.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=58.74;QD=44.46;SOR=0.825;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,192:1.00:192
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chr11	67765163	rs5792426	A	AG	6592.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=32;NR=45;PP=2936;SC=ATGGCCAGGAAGCCACTGCCA;SOR=1.013;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=79;TCF=33;TCR=46;TR=77;WE=67765171;WS=67765153;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,177:1.00:177
chr11	67770384	rs3751085	C	T	374.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.897;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.796;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=4;PP=175;ReadPosRankSum=-1.853;SC=CTCCCTTGTTCCCTCGCCCCA;SOR=0.232;SbPval=0.21;Source=Platypus;TC=33;TCF=27;TCR=6;TR=13;WE=67770392;WS=67770374;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,20:0.41:49
chr11	67782947	rs2286170	G	T	1302.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.848;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.471;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=20;PP=718;ReadPosRankSum=-2.099;SC=GGGGTTGGGGGTATGAGAGGG;SOR=0.316;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=72;TCF=42;TCR=30;TR=45;WE=67782955;WS=67782937;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,60:0.59:101
chr11	67786064	rs11433668	A	AC	4623.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=18;NR=42;PP=2810;SC=GCCCTCAGGAACTCCGGGCCT;SOR=1.039;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=61;TCF=18;TCR=43;TR=60;WE=67786072;WS=67786054;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr11	67786490	rs117885863	C	T	615.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=1.409;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.243;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=11;PP=439;ReadPosRankSum=2.209;SC=CCACCGTCCCCGGGCTGTGTG;SOR=0.180;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=41;TCF=23;TCR=18;TR=22;WE=67786498;WS=67786480;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,24:0.50:48
chr11	67786764	rs1636207	A	G	1332.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.938;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.711;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=33;PP=768;ReadPosRankSum=-1.442;SC=GGAACAGGCAAGGCTCAAGGG;SOR=0.770;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=98;TCF=31;TCR=67;TR=46;WE=67786772;WS=67786754;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,61:0.51:119
chr11	67789293	rs58160034	G	GC	17801.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=497;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=52;NR=142;PP=2967;SC=CTGGGCTGCGGCGTGTGGCCA;SOR=0.723;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=205;TCF=56;TCR=149;TR=194;WE=67789301;WS=67789283;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,479:1.00:479
chr11	67790243	rs3764818	C	T	933.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=2.625;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.119;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=16;PP=350;ReadPosRankSum=-0.733;SC=GGGGTGCGGCCGGGCTGGGCA;SOR=1.007;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=79;TCF=37;TCR=42;TR=26;WE=67790251;WS=67790233;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:94,52:0.36:146
chr11	67795299	rs308341	G	A	9639.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=1.326;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=846;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.522;HP=3;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=113;NR=135;PP=2962;ReadPosRankSum=1.406;SC=TGCGCAGCCCGGGGATGGAGA;SOR=0.756;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=445;TCF=207;TCR=238;TR=248;WE=67795307;WS=67795289;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:389,454:0.54:843
chr11	67795353	rs3751082	G	A	6353.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-0.126;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=556;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.735;HP=1;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.038;NF=84;NR=106;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.110;SC=CGCGCCGCCTGAGGATGCTGC;SOR=0.818;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=349;TCF=157;TCR=192;TR=190;WE=67795361;WS=67795343;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:259,296:0.53:555
chr11	67795378	rs11436139	G	GC	15637.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=453;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=36;NR=172;PP=2974;SC=GGCCATGGAGGCCAAGGCTGC;SOR=1.005;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=225;TCF=40;TCR=185;TR=208;WE=67795386;WS=67795368;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,438:1.00:438
chr11	67799731	rs3133266	C	G	4844.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=53;NR=45;PP=1885;SC=CCTGGTATGACGTCACGCCCT;SOR=0.795;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=98;TCF=53;TCR=45;TR=98;WE=67799739;WS=67799721;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,183:1.00:183
chr11	67800494	rs3115545	T	G	7561.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=266;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=134;NR=65;PP=2965;SC=GTCCTGGGCATGAGGGGACAG;SOR=1.427;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=199;TCF=134;TCR=65;TR=199;WE=67800502;WS=67800484;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,262:1.00:262
chr11	67801282	rs3133267	C	T	1389.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=37;NR=4;PP=989;SC=GCAGCCGCCGCCGCTACTTTC;SOR=3.912;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=41;TCF=37;TCR=4;TR=41;WE=67801290;WS=67801272;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr11	67801496	rs12803743	T	C	4690.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.860;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=470;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=68;NR=79;PP=1635;ReadPosRankSum=-1.785;SC=AGACAGTGAGTGCTGTCCACA;SOR=0.706;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=299;TCF=140;TCR=159;TR=147;WE=67801504;WS=67801486;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:228,238:0.51:466
chr11	67801517	rs3115546	G	T	10763.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=415;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=122;NR=155;PP=2965;SC=GACAGACCCGGTGCTGTGCCA;SOR=0.871;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=279;TCF=124;TCR=155;TR=277;WE=67801525;WS=67801507;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,412:1.00:412
chr11	67803215	rs2075627	G	A	141.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.542;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=3;PP=44;ReadPosRankSum=1.071;SC=GGCCGGGCACGGTGGCTCACG;SOR=0.593;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=14;TCF=4;TCR=10;TR=4;WE=67803223;WS=67803205;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,8:0.36:22
chr11	67804156	rs3133269	C	T	95.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=2.674;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=4;PP=68;ReadPosRankSum=1.035;SC=GGGCCGTTCCCGGCCTGCCTG;SOR=0.631;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=12;TCF=2;TCR=10;TR=5;WE=67804164;WS=67804146;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,5:0.36:14
chr11	67810341	rs3808974	A	G	471.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.141;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FS=5.026;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.96;ReadPosRankSum=-0.553;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:86,33:0.28:119
chr11	67814863	rs3888690	G	T	1686.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-2.126;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.089;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=23;PP=965;ReadPosRankSum=0.652;SC=ATGCTGGTGTGTTCGGGGGTT;SOR=0.515;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=129;TCF=89;TCR=40;TR=66;WE=67814871;WS=67814853;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,79:0.48:163
chr11	67814979	rs2471829	G	C	13538.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=493;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=170;NR=116;PP=2965;SC=TCATGTTCCTGTTCGCCCTGG;SOR=0.962;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=289;TCF=170;TCR=119;TR=286;WE=67814987;WS=67814969;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,491:1.00:491
chr11	67837771	rs3819255	A	T	908.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.633;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.925;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=10;PP=345;ReadPosRankSum=-0.856;SC=CTATTAAAAAATTTTCAAAAA;SOR=0.859;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=41;TCF=23;TCR=18;TR=24;WE=67837779;WS=67837761;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,43:0.61:70
chr11	67842369	rs2512611	C	T	359.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-3.216;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=15;PP=276;ReadPosRankSum=0.347;SC=AGCACTCTCACAGGAGTGTTT;SOR=1.270;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=29;TCF=2;TCR=27;TR=16;WE=67842377;WS=67842359;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,16:0.50:32
chr11	67888793	.	G	GCTGCGGCGA	524.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=4;PP=1557;SC=GGCGGCGGCGGCTGCGGCGAC;SOR=1.609;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=11;TCF=1;TCR=10;TR=5;WE=67888801;WS=67888783;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr11	67941390	rs3832715	G	GA	1335.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.760;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.942;HP=9;HapScore=3;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.752;NF=3;NR=22;PP=378;ReadPosRankSum=-0.470;SC=CCTAAAACAGGAAAAAAAAAT;SOR=0.654;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=59;TCF=5;TCR=54;TR=25;WE=67941398;WS=67941380;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,77:0.51:150
chr11	67957518	rs2512606	A	T	11374.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=436;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=124;NR=161;PP=2965;SC=CACCACCATGATCTTGGATTC;SOR=0.848;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=286;TCF=125;TCR=161;TR=285;WE=67957526;WS=67957508;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,427:1.00:427
chr11	68030173	rs3802746	C	A	1858.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.255;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.758;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=25;PP=878;ReadPosRankSum=-1.019;SC=ATCAGCTGCACCTCCTGAAGT;SOR=0.550;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=145;TCF=87;TCR=58;TR=58;WE=68030181;WS=68030163;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:113,88:0.44:201
chr11	68131167	rs10791978	A	T	2914.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=73;NR=17;PP=2133;SC=GCAATGACTGACGGGGGACCC;SOR=2.833;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=90;TCF=73;TCR=17;TR=90;WE=68131175;WS=68131157;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr11	68170825	rs687482	A	G	1525.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=36.33;SOR=3.056;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr11	68170825	.	AAAGTTGCG	GAAGTTGCG,GAAGTTGCT	348	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.31;FR=0.5000,0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=32,14;NR=4,1;PP=348,331;QD=10.6325336819;SC=AGGTGCAGGTAAAGTTGCGGC;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=36;TCF=32;TCR=4;TR=36,15;WE=68170841;WS=68170823;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:1.00:36
chr11	68170833	rs686921	G	T	505.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.848;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=1.298;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.37;ReadPosRankSum=1.355;SOR=1.055;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,22:0.41:54
chr11	68171013	rs545382	T	C	4323.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.355;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=499;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.104;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=76;NR=72;PP=1873;ReadPosRankSum=-0.010;SC=CGCACATTTTTGGGTTCACGC;SOR=0.571;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=310;TCF=166;TCR=144;TR=148;WE=68171021;WS=68171003;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:272,223:0.45:495
chr11	68173861	rs471966	C	T	276.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=3.915;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=1;PP=221;ReadPosRankSum=2.214;SC=GGACCTGACCCGGGGGTGAGT;SOR=0.481;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=24;TCF=22;TCR=2;TR=11;WE=68173869;WS=68173851;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,11:0.44:25
chr11	68179166	rs689179	A	G	1255.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.128;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.664;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=37;PP=767;ReadPosRankSum=-0.369;SC=CTCGCCGCACATACCCTGTGG;SOR=0.514;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=109;TCF=21;TCR=88;TR=47;WE=68179174;WS=68179156;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,58:0.45:130
chr11	68184067	rs146948259	C	T	1424.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-2.002;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.548;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=44;PP=974;ReadPosRankSum=1.193;SC=CAGGCTGCTGCCCCTGTCCTT;SOR=1.295;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=99;TCF=12;TCR=87;TR=47;WE=68184075;WS=68184057;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,57:0.50:114
chr11	68192518	rs554734	T	G	1955.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.621;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.787;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=25;PP=1017;ReadPosRankSum=-2.282;SC=CTCCGTGCTGTCCGAGGAGAC;SOR=0.833;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=136;TCF=78;TCR=58;TR=64;WE=68192526;WS=68192508;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:95,93:0.49:188
chr11	68192690	rs556442	G	A	3152.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-2.317;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=289;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.610;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=49;PP=1221;ReadPosRankSum=-1.822;SC=CCCTGGTGGTGGACAACACAC;SOR=0.851;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=170;TCF=77;TCR=93;TR=85;WE=68192698;WS=68192680;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:125,153:0.55:278
chr11	68214119	rs2242340	C	T	1740.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.738;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.711;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=47;PP=991;ReadPosRankSum=-0.352;SC=GGGCAGGTGCCGGGCCCAGCC;SOR=0.277;SbPval=0.23;Source=Platypus;TC=126;TCF=25;TCR=101;TR=63;WE=68214127;WS=68214109;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,79:0.51:155
chr11	68305494	rs60212556	C	T	920.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.534;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.733;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=26;PP=544;ReadPosRankSum=-2.593;SC=ATGACAGGCTCGGTGGAGCGC;SOR=0.960;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=82;TCF=24;TCR=58;TR=35;WE=68305502;WS=68305484;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,45:0.44:103
chr11	68315798	rs10736668	C	A	1609.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=39;PP=1150;SC=TCTGGGGAGCCGGTAACAGGG;SOR=3.486;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=45;TCF=6;TCR=39;TR=45;WE=68315806;WS=68315788;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr11	68326236	rs12271290	C	T	534.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-0.875;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.715;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=12;PP=187;ReadPosRankSum=-0.137;SC=GCTGTAATAGCGTACCTTTGA;SOR=0.153;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=47;TCF=10;TCR=37;TR=17;WE=68326244;WS=68326226;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,27:0.46:59
chr11	68341722	rs3740631	T	G	1929.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.067;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.886;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=44;PP=1029;ReadPosRankSum=1.406;SC=TGAATTACATTTTTGTTGGGT;SOR=0.860;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=128;TCF=45;TCR=83;TR=66;WE=68341730;WS=68341712;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,91:0.50:181
chr11	68343593	rs3740629	C	T	381.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-3.581;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=13;PP=264;ReadPosRankSum=-0.274;SC=AAAAGATCTTCCATTTACCTC;SOR=0.446;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=24;TCF=1;TCR=23;TR=14;WE=68343601;WS=68343583;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,15:0.62:24
chr11	68358106	rs5792446	CTTTTA	C	820.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.317;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.045;NF=7;NR=6;PP=554;ReadPosRankSum=-0.156;SC=GCTTCCTACACTTTTATTTTG;SOR=0.883;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=25;TCF=14;TCR=11;TR=13;WE=68358118;WS=68358096;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,22:0.50:44
chr11	68377602	rs7104877	A	C	2981.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.725;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=278;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.452;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=67;PP=1342;ReadPosRankSum=2.651;SC=CTCAAGTCTTAGGCCGCTGAC;SOR=0.730;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=177;TCF=60;TCR=117;TR=101;WE=68377610;WS=68377592;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:125,146:0.54:271
chr11	68382193	rs12941	C	T	1748.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.120;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.547;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=16;PP=807;ReadPosRankSum=-0.494;SC=TTGCACGCCTCCTCAGGAACC;SOR=0.752;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=120;TCF=81;TCR=39;TR=52;WE=68382201;WS=68382183;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:103,86:0.46:189
chr11	68382591	rs1996	C	T	1987.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-1.269;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.505;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=32;PP=721;ReadPosRankSum=-0.473;SC=TTTTGTCTTTCGTAGCAGGGA;SOR=0.642;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=131;TCF=54;TCR=77;TR=55;WE=68382599;WS=68382581;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:111,101:0.48:212
chr11	68452985	rs694066	G	A	5069.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=2.078;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=553;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=94;NR=75;PP=2542;ReadPosRankSum=0.233;SC=CTGCCATGCCGGGAAAGCCTG;SOR=0.687;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=338;TCF=187;TCR=151;TR=169;WE=68452993;WS=68452975;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:286,257:0.47:543
chr11	68456410	rs3136540	T	C	4626.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=2.032;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=472;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.424;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=79;PP=2352;ReadPosRankSum=-2.840;SC=TGAAATATCATCAACTTAACA;SOR=0.844;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=302;TCF=145;TCR=157;TR=142;WE=68456418;WS=68456400;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:240,221:0.48:461
chr11	68458470	rs1042577	T	C	2644.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.893;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=248;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.997;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=51;PP=1047;ReadPosRankSum=-0.687;SC=CTCCTGGGCATGTTTGTCTGT;SOR=0.623;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=166;TCF=63;TCR=103;TR=83;WE=68458478;WS=68458460;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:112,131:0.54:243
chr11	68476011	rs4930597	A	G	435.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-2.190;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.327;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=17;PP=319;ReadPosRankSum=-2.444;SC=ACAGTGCACCATTTCTACCTA;SOR=0.096;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=48;TCF=3;TCR=45;TR=19;WE=68476019;WS=68476001;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,21:0.41:51
chr11	68512543	rs12365708	A	G	1286.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-1.899;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=21;PP=432;ReadPosRankSum=1.620;SC=TTGTCTATACATAGCATTTGT;SOR=0.730;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=70;TCF=30;TCR=40;TR=34;WE=68512551;WS=68512533;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,67:0.49:137
chr11	68514575	rs36118833	C	G	871.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=3.172;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=4;PP=517;ReadPosRankSum=0.919;SC=ACAATACATACGTGAAATGAA;SOR=0.614;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=45;TCF=39;TCR=6;TR=26;WE=68514583;WS=68514565;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,33:0.59:56
chr11	68522886	.	C	CT	848.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.758;ClippingRankSum=0.000;DP=160;ExcessHet=3.0103;FS=1.541;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.07;MQRankSum=1.206;QD=6.24;ReadPosRankSum=2.388;SOR=0.502;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:81,55:0.40:136
chr11	68530318	rs7112615	C	A	3862.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=34;NR=61;PP=1977;SC=GGCAAGGAGACGTGGACTTCA;SOR=1.125;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=95;TCF=34;TCR=61;TR=95;WE=68530326;WS=68530308;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,147:1.00:147
chr11	68548260	rs3019576	C	A	7154.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=276;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=77;NR=104;PP=2965;SC=AAAGAGGCAACAATGAGGAGA;SOR=0.900;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=181;TCF=77;TCR=104;TR=181;WE=68548268;WS=68548250;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,274:1.00:274
chr11	68549340	rs2228502	A	G	10025.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=401;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=125;NR=123;PP=2965;SC=CTAACGTCACAAAGAACGCTG;SOR=0.698;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=249;TCF=126;TCR=123;TR=248;WE=68549348;WS=68549330;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,389:1.00:389
chr11	68560787	rs2229737	C	T	532.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.781;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.117;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=5;PP=268;ReadPosRankSum=1.979;SC=ACTCACCTGTCTCCTCTCCTG;SOR=0.938;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=34;TCF=22;TCR=12;TR=17;WE=68560795;WS=68560777;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,25:0.51:49
chr11	68566647	.	GAAA	G	1430.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=1.269;ClippingRankSum=0.000;DP=87;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.64;ReadPosRankSum=1.321;SOR=0.704;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:51,35:0.41:86
chr11	68566648	.	A	AC	1625	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;FR=0.5000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=14;NR=5;PP=1625;QD=87.1578947368;SC=CTTCATACGGAAAAATTTCAT;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=52;TCF=39;TCR=13;TR=19;WE=68566659;WS=68566638;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:33,19:0.37:52
chr11	68566649	.	AAA	GCT	1593	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;FR=0.5000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MMLQ=23;MQ=60.0;NF=21;NR=4;PP=1593;QD=66.2587149945;SC=TTCATACGGAAAAATTTCATC;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=76;TCF=58;TCR=18;TR=25;WE=68566659;WS=68566638;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:51,25:0.33:76
chr11	68566651	.	A	ACGCT	1430.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.640;ClippingRankSum=0.000;DP=90;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.90;ReadPosRankSum=1.232;SOR=0.767;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:54,36:0.40:90
chr11	68566839	rs3019603	G	A	5040.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.894;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=245;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.912;HP=9;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=103;PP=2122;ReadPosRankSum=-0.533;SC=ATTATTGGGGGAAAAAAAAAT;SOR=0.971;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=170;TCF=62;TCR=108;TR=163;WE=68566847;WS=68566824;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:5,209:0.98:214
chr11	68571312	rs11311321	GA	G	66.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.194;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.28;MQRankSum=1.597;QD=1.80;ReadPosRankSum=-0.676;SOR=0.602;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,11:0.30:37
chr11	68660138	.	C	A	678.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-1.360;ClippingRankSum=0.000;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.109;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.454;NF=21;NR=3;PP=433;ReadPosRankSum=-0.131;SC=AGAAGGGGAGCGAGGTGGGGT;SOR=0.990;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=48;TCF=40;TCR=8;TR=24;WE=68660146;WS=68660128;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,32:0.49:65
chr11	68660330	rs117227565	G	A	4183.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=0.097;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=472;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=62;PP=1711;ReadPosRankSum=-0.730;SC=CCGTGCAACAGGGCCCAGCGG;SOR=0.675;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=235;TCF=107;TCR=128;TR=115;WE=68660338;WS=68660320;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:255,215:0.46:470
chr11	68668208	rs668576	A	G	2058.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.737;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.514;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=42;PP=1027;ReadPosRankSum=-1.060;SC=CCACAGAAACACCTAGGTGAG;SOR=0.751;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=148;TCF=53;TCR=95;TR=62;WE=68668216;WS=68668198;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:110,99:0.47:209
chr11	68671104	rs629426	A	G	940.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-3.887;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.972;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=12;PP=499;ReadPosRankSum=-0.364;SC=ACAAGGCACCAGGTCGGACCC;SOR=0.429;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=75;TCF=54;TCR=21;TR=39;WE=68671112;WS=68671094;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,47:0.54:87
chr11	68671280	rs111612765	G	GCCGCCGCCATCTTC	5379.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.299;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=459;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.163;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=3.432;NF=21;NR=35;PP=2897;ReadPosRankSum=1.975;SC=TGCTGCCATGGCCGCAGCCTC;SOR=0.676;SbPval=0.22;Source=Platypus;TC=174;TCF=52;TCR=122;TR=56;WE=68671288;WS=68671270;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:281,145:0.34:426
chr11	68671477	rs1249463	T	C	6507.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=248;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=55;NR=91;PP=2535;SC=TGCTGGAGCTTGAGAGAGACG;SOR=1.067;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=148;TCF=55;TCR=93;TR=146;WE=68671485;WS=68671467;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,248:1.00:248
chr11	68671620	rs117300097	C	G	301.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.792;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.664;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=8;PP=126;ReadPosRankSum=1.261;SC=TCCGACCCTTCGAGTCAGGGG;SOR=0.250;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=26;TCF=3;TCR=23;TR=9;WE=68671628;WS=68671610;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,15:0.43:35
chr11	68676265	rs79737766	G	A	632.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-1.117;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.074;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=21;PP=440;ReadPosRankSum=-0.740;SC=GAACTGGACCGTCCTCCTTGT;SOR=0.327;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=46;TCF=10;TCR=36;TR=29;WE=68676273;WS=68676255;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,28:0.62:45
chr11	68678962	rs560096	T	C	6134.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.566;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=245;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.67;ReadPosRankSum=-0.820;SOR=0.846;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,237:0.99:239
chr11	68682320	rs76707931	C	T	3485.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-0.020;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=354;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.389;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=41;PP=1447;ReadPosRankSum=-0.317;SC=CCAACATCGCCGTGGACAATC;SOR=0.665;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=191;TCF=109;TCR=82;TR=94;WE=68682328;WS=68682310;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:176,169:0.49:345
chr11	68696694	rs148157556	C	T	3082.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.433;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=296;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.400;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=37;PP=1419;ReadPosRankSum=-0.136;SC=CCGAGAGCTACTTCGACGTGG;SOR=0.797;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=175;TCF=102;TCR=73;TR=92;WE=68696702;WS=68696684;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:142,150:0.51:292
chr11	68696885	rs118002016	G	A	2683.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.883;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=292;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.587;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=56;PP=1270;ReadPosRankSum=-1.554;SC=GTCCTTCCACGCTCAGCCAGG;SOR=0.854;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=194;TCF=78;TCR=116;TR=89;WE=68696893;WS=68696875;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:153,133:0.47:286
chr11	68700967	rs112575423	A	G	4076.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.091;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=386;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.370;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=77;PP=1940;ReadPosRankSum=-0.686;SC=GCTCGGCACCACCCGCCGCCC;SOR=0.671;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=245;TCF=98;TCR=147;TR=129;WE=68700975;WS=68700957;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:187,196:0.51:383
chr11	68703009	rs598255	C	G	1377.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=7;NR=37;PP=1115;SC=TCATGGTGCACCTTCTGTCCT;SOR=2.885;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=44;TCF=7;TCR=37;TR=44;WE=68703017;WS=68702999;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr11	68703959	rs622082	A	G	3737.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.559;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=328;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.016;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=65;PP=1994;ReadPosRankSum=0.944;SC=GGGACCTGCTACGTCCACCAG;SOR=0.550;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=214;TCF=84;TCR=130;TR=112;WE=68703967;WS=68703949;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:152,168:0.52:320
chr11	68704264	rs546382	C	T	3006.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.843;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=330;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.391;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=56;PP=1604;ReadPosRankSum=-0.231;SC=ACGACAGTTCCGGGGAAGGGA;SOR=0.567;SbPval=0.41;Source=Platypus;TCR=125;TR=112;WE=68704272;WS=68704254;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:173,149:0.46:322
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chr11	68773810	rs57545280	AG	A	114.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.668;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=14;HapScore=2;MGOF=42;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=6;PP=87;ReadPosRankSum=0.601;SC=AGCGTGGGGGAGGGGGGGGGT;SOR=0.804;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=14;TCF=2;TCR=12;TR=7;WE=68773818;WS=68773800;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,6:0.67:9
chr11	68776964	rs117345641	G	A	1022.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=1.540;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=16;PP=584;ReadPosRankSum=0.054;SC=TGGAGTCAGCGTCCCAGGGCT;SOR=0.735;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=88;TCF=57;TCR=31;TR=43;WE=68776972;WS=68776954;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,51:0.46:111
chr11	68777183	rs11228437	G	T	1618.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.786;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.339;HP=3;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=29;PP=677;ReadPosRankSum=1.353;SC=GCCCAGAGGAGCCCACTGCCC;SOR=0.450;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=148;TCF=61;TCR=87;TR=50;WE=68777191;WS=68777173;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,77:0.47:165
chr11	68777323	rs11544721	T	C	318.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=1.139;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.041;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=17;PP=384;ReadPosRankSum=0.000;SC=GGCACTTACCTTGTTCCTGTT;SOR=0.278;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=54;TCF=14;TCR=40;TR=24;WE=68777331;WS=68777313;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,17:0.44:39
chr11	68816370	rs4930642	A	G	2772.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=29;NR=34;PP=1479;SC=GCGTCAGCAAAAACGCCAGGG;SOR=0.808;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=63;TCF=29;TCR=34;TR=63;WE=68816378;WS=68816360;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr11	68821648	rs12285715	G	C	392.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-1.364;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=14;PP=188;ReadPosRankSum=0.707;SC=CGACTGACTGGGTCCAAGGCC;SOR=0.634;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=40;TCF=10;TCR=30;TR=19;WE=68821656;WS=68821638;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,21:0.49:43
chr11	68822739	rs1470892	T	C	30490.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=1143;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=283;NR=384;PP=2965;SC=ACCGCGCTGCTCCCTGGGAGC;SOR=0.962;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=668;TCF=283;TCR=385;TR=667;WE=68822747;WS=68822729;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,1136:1.00:1136
chr11	68822831	rs72917389	C	T	2792.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=3.550;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=257;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=82;PP=1782;ReadPosRankSum=0.629;SC=GTGAGGCGGGCGCCAGGCCCT;SOR=0.654;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=223;TCF=51;TCR=172;TR=107;WE=68822839;WS=68822821;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:128,124:0.49:252
chr11	68825037	rs3750973	A	C	5564.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=86;NR=60;PP=2712;SC=CCGCCCGTCTATCTTGCAGGG;SOR=0.983;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=148;TCF=86;TCR=62;TR=146;WE=68825045;WS=68825027;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,209:1.00:209
chr11	68831364	rs72928978	G	A	2503.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=0.170;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=239;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.452;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=26;PP=1060;ReadPosRankSum=0.170;SC=CTCCCCCAGCGTCGGGCTGCT;SOR=0.965;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=127;TCF=77;TCR=50;TR=73;WE=68831372;WS=68831354;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:113,120:0.52:233
chr11	68834831	rs7950657	G	A	36.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-2.362;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=0;PP=42;ReadPosRankSum=0.385;SC=CTGGCCATGAGCTCAGCCTGC;SOR=1.179;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=11;TCR=1;TR=4;WE=68834839;WS=68834821;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,3:0.25:12
chr11	68834968	rs6591368	T	C	4544.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=68;NR=41;PP=2260;SC=CTTCTGCTCTTAGCAGGATGA;SOR=1.106;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=110;TCF=68;TCR=42;TR=109;WE=68834976;WS=68834958;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,170:1.00:170
chr11	68837794	rs61881024	A	G	1211.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.705;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.918;NF=20;NR=9;PP=489;ReadPosRankSum=-1.804;SC=ACGCTCAGCAATGGAGACCTC;SOR=0.677;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=80;TCF=51;TCR=29;TR=29;WE=68837802;WS=68837784;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,57:0.45:127
chr11	68838028	rs3829236	C	T	3409.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=24;NR=52;PP=1550;SC=ACCGATACACCCTGCTGCCTC;SOR=1.262;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=76;TCF=24;TCR=52;TR=76;WE=68838036;WS=68838018;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr11	68839949	rs896969	C	T	3053.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=55;NR=22;PP=1595;SC=GCAGGATGCTCGTTACAGGGG;SOR=1.546;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=77;TCF=55;TCR=22;TR=77;WE=68839957;WS=68839939;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr11	68840160	rs3750965	A	G	1706.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=0.410;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=27;PP=682;ReadPosRankSum=1.649;SC=AGCTCCCACAAACAGGCCATG;SOR=0.726;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=113;TCF=48;TCR=65;TR=46;WE=68840168;WS=68840150;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:131,89:0.40:220
chr11	68846098	rs4930649	A	G	19502.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=751;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=235;NR=247;PP=2965;SC=CAGAGCTGGCACGGAAGTGCC;SOR=0.715;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=482;TCF=235;TCR=247;TR=482;WE=68846106;WS=68846088;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,742:1.00:742
chr11	68846399	rs35264875	A	T	5735.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.879;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=679;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.748;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=81;NR=89;PP=2568;ReadPosRankSum=-1.193;SC=CCTGTTGGAGATGCTGCTCAA;SOR=0.584;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=369;TCF=167;TCR=202;TR=170;WE=68846407;WS=68846389;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:379,293:0.44:672
chr11	68846519	rs7124310	A	C	5792.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=49;NR=105;PP=2965;SC=GCCGGCCTCTACTGGGCGGGT;SOR=1.529;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=156;TCF=49;TCR=107;TR=154;WE=68846527;WS=68846509;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,204:1.00:204
chr11	68847138	rs12804893	T	C	1453.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=29;NR=10;PP=787;SC=AAAGAAGTCCTGACATCTGGA;SOR=1.954;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=39;TCF=29;TCR=10;TR=39;WE=68847146;WS=68847128;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr11	68847156	rs731974	C	T	395.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=0.070;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.147;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=5;PP=259;ReadPosRankSum=-2.036;SC=GGAACCAACCCGTGGGGTCCA;SOR=0.938;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=50;TCF=35;TCR=15;TR=19;WE=68847164;WS=68847146;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,21:0.40:53
chr11	68850773	rs1542334	G	C	64.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.964;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.59;ReadPosRankSum=1.730;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,6:0.24:25
chr11	68851414	rs2376558	T	C	5804.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=62;NR=70;PP=2240;SC=TGTCCTCAGCTGATGGCCGTG;SOR=0.749;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=132;TCF=62;TCR=70;TR=132;WE=68851422;WS=68851404;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,220:1.00:220
chr11	68851547	rs72928652	G	A	813.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.226;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.963;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=20;PP=463;ReadPosRankSum=-2.031;SC=GGAGGCTGGCGGAAGGCAGTG;SOR=0.511;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=56;TCF=16;TCR=40;TR=29;WE=68851555;WS=68851537;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,38:0.53:72
chr11	68853504	rs2290421	C	T	3426.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=12;NR=93;PP=2578;SC=GTGGCTGGGACGGGGACTCGG;SOR=3.816;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=105;TCF=12;TCR=93;TR=105;WE=68853512;WS=68853494;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr11	68854012	rs35337391	A	G	1442.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=2.152;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.939;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=24;PP=647;ReadPosRankSum=-1.235;SC=TCTATTTTGTATTGTGGTGGC;SOR=0.873;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=97;TCF=45;TCR=52;TR=42;WE=68854020;WS=68854002;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:93,73:0.44:166
chr11	68855197	rs1123665	T	G	1194.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=23;NR=7;PP=574;SC=ACATCCATCCTGAGGCTCATC;SOR=1.765;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=23;TCR=7;TR=30;WE=68855205;WS=68855187;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr11	68855483	rs1551306	G	A	347.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=11;PP=255;SC=ACAGGTGCCCGTCATGGAAGA;SOR=3.611;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=12;TCF=1;TCR=11;TR=12;WE=68855491;WS=68855473;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr11	69063136	rs7117236	C	T	3159.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.696;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=321;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.860;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=50;PP=1392;ReadPosRankSum=0.316;SC=GCTCCAAAGCCGGCAGATCCC;SOR=0.764;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=199;TCF=89;TCR=110;TR=86;WE=69063144;WS=69063126;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:158,153:0.49:311
chr11	69063393	rs7103126	T	C	4993.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.444;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=508;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.521;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=69;NR=71;PP=1971;ReadPosRankSum=-0.979;SC=TCTGCAAGGGTGGTGGGCGTT;SOR=0.643;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=326;TCF=166;TCR=160;TR=140;WE=69063401;WS=69063383;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:253,244:0.49:497
chr11	69063572	rs17856376	A	G	4179.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.810;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=368;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.240;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=65;PP=1702;ReadPosRankSum=-0.772;SC=GGCACTCTGCATGACCCTGGC;SOR=0.611;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=234;TCF=101;TCR=133;TR=117;WE=69063580;WS=69063562;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:168,197:0.54:365
chr11	69063984	rs73512137	C	T	658.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.500;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.969;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=17;PP=323;ReadPosRankSum=3.404;SC=AGAAGCTCAACAAGTTGCCTA;SOR=0.911;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=50;TCF=17;TCR=33;TR=25;WE=69063992;WS=69063974;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,33:0.49:67
chr11	69468187	.	G	GT	205.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.211;ClippingRankSum=0.000;DP=79;ExcessHet=3.0103;FS=1.579;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.49;ReadPosRankSum=0.403;SOR=1.127;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,22:0.37:59
chr11	69472617	rs144899627	G	C	2784.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-2.886;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=264;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.638;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=40;PP=950;ReadPosRankSum=0.069;SC=ACTGCCCATGGGAGTCCAGAG;SOR=0.431;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=151;TCF=63;TCR=88;TR=76;WE=69472625;WS=69472607;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:125,138:0.52:263
chr11	69482578	rs148321413	C	T	896.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=3.188;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.996;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=8;PP=612;ReadPosRankSum=0.081;SC=AGGCCATTGCCGCAGCGGCCC;SOR=1.329;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=68;TCF=50;TCR=18;TR=35;WE=69482586;WS=69482568;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,37:0.48:77
chr11	69588729	rs2073464	G	A	5478.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.970;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=527;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.441;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=95;NR=69;PP=2441;ReadPosRankSum=0.808;SC=GAGAAGCCACGAGCCTGCTAG;SOR=0.879;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=307;TCF=169;TCR=138;TR=164;WE=69588737;WS=69588719;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:248,270:0.52:518
chr11	69589929	rs117286640	T	G	65.82	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.524;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=13.16;ReadPosRankSum=1.282;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,4:0.80:5
chr11	69924226	rs2509134	C	T	629.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=17;NR=5;PP=381;SC=CCCCCTTTCACACCCGGTATG;SOR=1.802;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=17;TCR=5;TR=22;WE=69924234;WS=69924216;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr11	69924476	rs11233122	T	G	1195.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=31;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=21;PP=684;SC=AGCAGCCGGGTGGCGGCGCGA;SOR=1.055;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=34;TCF=13;TCR=21;TR=34;WE=69924484;WS=69924466;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr11	69931876	rs2509128	C	G	700.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=18;PP=459;SC=CCCTCCCCCTCTCCCCCACTG;SOR=3.442;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=20;TCF=2;TCR=18;TR=20;WE=69931884;WS=69931866;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr11	69933717	rs2509133	T	C	866.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=19;NR=4;PP=499;SC=CCTAGGACAGTGCCTGGCCCG;SOR=2.303;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=19;TCR=4;TR=23;WE=69933725;WS=69933707;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr11	69949135	rs55698329	GCC	G	3653.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=19;NR=23;PP=1307;SC=GAGATGCACCGCCCCCCCTCA;SOR=1.280;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=50;TCF=24;TCR=26;TR=42;WE=69949144;WS=69949125;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr11	69949327	rs2509147	C	T	892.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.379;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.828;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-1.038;NF=14;NR=18;PP=423;ReadPosRankSum=1.388;SC=GTCACTTGGACGCCTGGCAGT;SOR=0.458;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=61;TCF=23;TCR=38;TR=32;WE=69949335;WS=69949317;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,44:0.53:83
chr11	69949370	rs113704420	T	TA	208.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=0.745;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.380;HP=11;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQ=60.24;MQRankSum=1.266;NF=3;NR=10;PP=165;ReadPosRankSum=0.140;SC=CTGAGTTTTATAAAAAAAAAA;SOR=0.451;SbPval=0.22;Source=Platypus;TC=32;TCF=4;TCR=28;TR=13;WE=69949378;WS=69949360;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,15:0.41:37
chr11	69954412	rs2509182	A	G	5877.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=89;NR=64;PP=2965;SC=CTGCTCGTGGAAGGTGCCTTA;SOR=1.025;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=153;TCF=89;TCR=64;TR=153;WE=69954420;WS=69954402;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,220:1.00:220
chr11	69957917	rs9666157	A	G	6121.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=60;NR=91;PP=2965;SC=TGACTCCCCAAATCCCGCCGG;SOR=0.992;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=151;TCF=60;TCR=91;TR=151;WE=69957925;WS=69957907;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,226:1.00:226
chr11	69957940	rs2515251	C	A	4550.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=42;NR=76;PP=2416;SC=CACACCCCCCCGGGAGCTGCA;SOR=1.172;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=119;TCF=43;TCR=76;TR=118;WE=69957948;WS=69957930;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,170:1.00:170
chr11	69962432	rs9666084	A	T	3356.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=60;NR=35;PP=1917;SC=TCTGTGTGAAATGTTGCCCCA;SOR=1.274;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=95;TCF=60;TCR=35;TR=95;WE=69962440;WS=69962422;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr11	69962642	rs2515245	A	G	2313.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=21;NR=51;PP=1492;SC=TGGCTCTGTCAGAGCCTGGAG;SOR=1.666;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=72;TCF=21;TCR=51;TR=72;WE=69962650;WS=69962632;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr11	69970412	rs2509160	G	A	11597.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.673;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=449;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=156;NR=117;PP=2965;ReadPosRankSum=0.832;SC=GAGCAACCTCGGAGTGCCACA;SOR=0.908;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=274;TCF=157;TCR=117;TR=273;WE=69970420;WS=69970402;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,439:1.00:441
chr11	69970637	rs2515258	A	G	1763.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=40;PP=1295;SC=GTTTGAACTCAAAGAGCTTGT;SOR=2.468;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=51;TCF=11;TCR=40;TR=51;WE=69970645;WS=69970627;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr11	69995755	rs34756275	TA	T	348.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.594;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FS=4.573;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.08;MQRankSum=1.403;QD=2.91;ReadPosRankSum=-0.021;SOR=1.282;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:73,47:0.39:120
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chr11	70016944	rs3842255	AT	A	3792.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.309;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=298;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.453;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.299;NF=55;NR=49;PP=2954;ReadPosRankSum=1.934;SC=GTCCCCCCTTATGGGCTGTGG;SOR=0.653;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=179;TCF=101;TCR=78;TR=104;WE=70016952;WS=70016934;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:126,170:0.57:296
chr11	70031909	rs7937532	C	T	287.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-0.892;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.211;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=11;PP=175;ReadPosRankSum=-0.691;SC=GGTTCAGAGACTCCTCCAGAG;SOR=1.000;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=34;TCF=11;TCR=23;TR=15;WE=70031917;WS=70031899;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,18:0.40:45
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chr11	70118489	rs546502	G	A	1510.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.425;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.747;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=27;PP=751;ReadPosRankSum=1.098;SC=GTTACACGAGGTTGGTCATGA;SOR=0.955;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=113;TCF=53;TCR=60;TR=49;WE=70118497;WS=70118479;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,75:0.45:165
chr11	70171567	rs113854811	TAC	T	1186.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.958;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=1.593;NF=3;NR=12;PP=637;ReadPosRankSum=-3.478;SC=ATAAACAGTATACACACACAC;SOR=0.661;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=41;TCF=12;TCR=29;TR=15;WE=70171576;WS=70171557;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,43:0.45:96
chr11	70171837	rs12280045	A	G	176.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-1.248;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=4;PP=61;ReadPosRankSum=1.097;SC=CAGGAGTTCCAAGACCAGCCT;SOR=0.293;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=4;WE=70171845;WS=70171827;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,8:0.73:11
chr11	70172975	rs6592537	C	T	950.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.463;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=23;PP=485;ReadPosRankSum=0.522;SC=ATGTTTGGGACGTTTTAGTTA;SOR=0.611;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=57;TCF=16;TCR=41;TR=32;WE=70172983;WS=70172965;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,45:0.56:81
chr11	70179672	rs2282481	C	T	4033.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=40;NR=70;PP=2125;SC=GAGCATGCAGCCCTGAGGGTG;SOR=1.273;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=110;TCF=40;TCR=70;TR=110;WE=70179680;WS=70179662;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,149:1.00:149
chr11	70183737	rs17425511	C	G	175.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-2.394;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=6;PP=103;ReadPosRankSum=-0.187;SC=GCATATGGTTCAGAATTCGGA;SOR=0.495;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=0;TCR=13;TR=6;WE=70183745;WS=70183727;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,8:0.44:18
chr11	70185325	rs1061328	C	T	3491.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.031;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=357;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.444;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=73;NR=47;PP=1682;ReadPosRankSum=-0.330;SC=CCATGGCAGACGGCCACACAG;SOR=0.966;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=239;TCF=134;TCR=105;TR=120;WE=70185333;WS=70185315;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:180,173:0.49:353
chr11	70190019	rs55738915	C	T	452.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-3.985;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=20;PP=399;ReadPosRankSum=1.115;SC=CCGTGCATGACACTCACCACA;SOR=1.066;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=52;TCF=4;TCR=48;TR=21;WE=70190027;WS=70190009;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,20:0.39:51
chr11	70194175	rs7935969	G	A	557.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.977;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=2;PP=346;ReadPosRankSum=0.497;SC=TTCATTGTTTGAGCAGCTTAT;SOR=0.743;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=32;TCF=29;TCR=3;TR=18;WE=70194183;WS=70194165;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,23:0.59:39
chr11	70196302	rs66542029	A	T	497.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=1.376;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.036;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=15;PP=269;ReadPosRankSum=-2.051;SC=CAGGCAAGACATAGGTGTTTA;SOR=0.129;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=46;TCF=4;TCR=42;TR=17;WE=70196310;WS=70196292;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,22:0.45:49
chr11	70200529	rs17853270	C	T	4648.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-2.402;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=445;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.108;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=70;NR=94;PP=2232;ReadPosRankSum=1.641;SC=TGCACACCGTCAGCCACGAGG;SOR=0.599;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=320;TCF=130;TCR=190;TR=164;WE=70200537;WS=70200519;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:213,226:0.51:439
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chr11	70202127	rs66989619	G	C	322.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-2.830;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.643;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=2;PP=106;ReadPosRankSum=-1.905;SC=TTCCGTCTTGGGCATTTGGTT;SOR=0.385;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=20;TCR=5;TR=9;WE=70202135;WS=70202117;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,15:0.48:31
chr11	70208311	rs7130178	G	A	6296.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.830;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=244;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=98;NR=76;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.130;SC=ATGCAGTTGCGTGGGTTACAG;SOR=0.923;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=178;TCF=100;TCR=78;TR=174;WE=70208319;WS=70208301;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,239:0.99:241
chr11	70208350	rs10751231	G	A	8219.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=305;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=126;NR=93;PP=2965;SC=TACTTTGTAGGCTGTACCTCA;SOR=0.966;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=222;TCF=126;TCR=96;TR=219;WE=70208358;WS=70208340;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,303:1.00:303
chr11	70211384	rs60917762	C	T	2226.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=3.385;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.147;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=19;PP=1196;ReadPosRankSum=1.824;SC=CTCCTCGGCCCCTTCTCTGTG;SOR=0.812;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=158;TCF=112;TCR=46;TR=71;WE=70211392;WS=70211374;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:106,99:0.48:205
chr11	70211574	rs670310	A	G	11803.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=1.951;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=459;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=111;NR=163;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.035;SC=CACTCCTCCCAGCGCGTTTTC;SOR=0.940;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=275;TCF=111;TCR=164;TR=274;WE=70211582;WS=70211564;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,450:1.00:452
chr11	70218548	rs10466703	C	T	2732.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.235;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=237;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.609;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=59;PP=1648;ReadPosRankSum=-1.047;SC=TTCACTGTTACCATCTCTAAA;SOR=0.818;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=178;TCF=69;TCR=109;TR=94;WE=70218556;WS=70218538;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:110,123:0.53:233
chr11	70221204	rs67283107	C	T	1076.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=2.242;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.658;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=34;PP=736;ReadPosRankSum=0.529;SC=ACACAGGTGACGCCAAACCTG;SOR=0.897;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=96;TCF=24;TCR=72;TR=45;WE=70221212;WS=70221194;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,50:0.45:112
chr11	70222604	rs664130	G	A	703.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.067;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.764;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=10;PP=344;ReadPosRankSum=-2.513;SC=TAGATTTGATGAAAGTTTTAT;SOR=0.898;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=67;TCF=36;TCR=31;TR=24;WE=70222612;WS=70222594;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,36:0.40:89
chr11	70228032	rs10635017	A	ATC	291.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-1.380;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.245;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=2;PP=379;ReadPosRankSum=-0.538;SC=TGACACTTGGATCTCTCTGGC;SOR=0.072;SbPval=0.23;Source=Platypus;TC=20;TCF=18;TCR=2;TR=9;WE=70228040;WS=70228025;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,10:0.50:20
chr11	70229171	rs552282	G	A	6973.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=260;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=70;NR=112;PP=2965;SC=ACTACATTTTGGAATCCAGTG;SOR=1.388;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=182;TCF=70;TCR=112;TR=182;WE=70229179;WS=70229161;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,255:1.00:255
chr11	70253389	rs2298396	C	T	188.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.795;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=7;NR=2;PP=127;ReadPosRankSum=-0.101;SC=TAACCCTCCCCGGCTGCTCTT;SOR=1.201;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=16;TCF=12;TCR=4;TR=9;WE=70253397;WS=70253379;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,9:0.50:18
chr11	70253475	rs2298397	C	T	1110.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.841;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.512;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=16;PP=684;ReadPosRankSum=0.282;SC=ACTGGGAGACCGACCCTGATT;SOR=0.876;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=80;TCF=53;TCR=27;TR=46;WE=70253483;WS=70253465;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,54:0.46:117
chr11	70253586	rs569732	T	C	4678.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-2.117;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=61;PP=2125;ReadPosRankSum=-0.729;SC=TGTGTCACAATCCAGGCTGTG;SOR=0.241;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=119;TCF=57;TCR=62;TR=118;WE=70253594;WS=70253576;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,180:0.99:181
chr11	70260598	rs34053053	C	T	1281.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.739;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.033;HP=2;HapScore=4;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=17;PP=2038;ReadPosRankSum=1.260;SC=GGAAGTGAAGCGCCGCAGTGT;SOR=0.974;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=115;TCF=76;TCR=39;TR=55;WE=70260617;WS=70260588;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,62:0.41:152
chr11	70260609	rs7932550	T	C	1447.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=2.145;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.585;HP=1;HapScore=4;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=20;PP=2038;ReadPosRankSum=1.481;SC=GCCGCAGTGTTGTTGGTGTCT;SOR=0.969;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=131;TCF=85;TCR=46;TR=62;WE=70260617;WS=70260588;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:109,71:0.39:180
chr11	70268910	rs12802851	C	T	605.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=1.116;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.409;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=7;PP=475;ReadPosRankSum=-0.315;SC=CAAGTGAAGCCTCGCTTGGCC;SOR=1.061;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=46;TCF=33;TCR=13;TR=26;WE=70268918;WS=70268900;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,26:0.47:55
chr11	70279766	rs643301	C	T	3038.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.625;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=329;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=44;PP=1232;ReadPosRankSum=-1.160;SC=ACAGCACCTACGATGAGTACG;SOR=0.670;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=189;TCF=95;TCR=94;TR=89;WE=70279774;WS=70279756;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:170,156:0.48:326
chr11	70280992	rs3802780	G	A	662.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=1.319;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.947;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=7;PP=459;ReadPosRankSum=0.642;SC=GAGGCAGCAGGAGCCTCCGCG;SOR=1.633;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=47;TCF=33;TCR=14;TR=27;WE=70281000;WS=70280982;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,29:0.52:56
chr11	70281007	rs7131282	T	C	835.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=0.541;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=7;PP=503;ReadPosRankSum=-1.754;SC=TCCGCGGTGGTCCGCATCTCT;SOR=0.593;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=61;TCF=45;TCR=16;TR=30;WE=70281015;WS=70280997;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,37:0.53:70
chr11	70282629	rs6894	A	C	1110.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.645;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.812;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=20;PP=544;ReadPosRankSum=-1.073;SC=AGCACACCTCATAGGTATGAT;SOR=0.819;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=57;TCF=20;TCR=37;TR=29;WE=70282637;WS=70282619;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,51:0.57:89
chr11	70349061	rs7110158	A	G	5124.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=45;NR=56;PP=1910;SC=AGAGGATGGCATCAGTGAGAG;SOR=0.868;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=101;TCF=45;TCR=56;TR=101;WE=70349069;WS=70349051;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,196:1.00:196
chr11	70507605	rs72465113	TACAC	T,TAC	1745.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.440;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FS=4.948;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.59;ReadPosRankSum=0.269;SOR=2.061;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:6,36,29:0.51,0.41:71
chr11	70544937	rs7117514	A	G	242.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.094;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=7;PP=114;ReadPosRankSum=-1.468;SC=CCCACAGCACATGAGGCTGGT;SOR=0.804;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=19;TCF=5;TCR=14;TR=9;WE=70544945;WS=70544927;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,13:0.52:25
chr11	70644839	rs11237534	C	T	521.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-2.874;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=17;PP=360;ReadPosRankSum=-0.979;SC=CTAAGAGGCACCGGGGCATCA;SOR=0.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=31;TCF=0;TCR=31;TR=17;WE=70644847;WS=70644829;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,21:0.52:40
chr11	70672399	rs3019835	G	A	2441.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=69;NR=8;PP=2457;SC=GTTATATTCCGGACCAACTCA;SOR=4.174;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=77;TCF=69;TCR=8;TR=77;WE=70672420;WS=70672397;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr11	70672412	rs117458031	C	G	1135.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=2.910;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.124;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=10;PP=828;ReadPosRankSum=-1.368;SC=CCAACTCAAACCAAACCGTAT;SOR=0.432;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=99;TCF=81;TCR=18;TR=46;WE=70672420;WS=70672397;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,47:0.46:102
chr11	70757705	rs4246962	C	T	7544.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=293;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=78;NR=109;PP=2965;SC=ATTAATTATCCGTTTTCCCAG;SOR=0.968;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=189;TCF=78;TCR=111;TR=187;WE=70757713;WS=70757695;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,285:1.00:285
chr11	70761002	.	TA	T	127.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.667;ClippingRankSum=0.000;DP=158;ExcessHet=3.0103;FS=0.894;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.07;MQRankSum=1.817;QD=0.85;ReadPosRankSum=0.241;SOR=0.875;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:117,33:0.22:150
chr11	70766554	rs4077321	C	T	1123.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=11;NR=17;PP=469;SC=AAAGGAGAGGCGGAGGGTGGA;SOR=0.990;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=28;TCF=11;TCR=17;TR=28;WE=70766562;WS=70766544;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr11	70766664	rs4495913	A	G	209.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=4;PP=85;SC=AAGTCATTAAAAATCAAAAAT;SOR=1.863;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=0;TCR=4;TR=4;WE=70766672;WS=70766654;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr11	70789000	rs11238042	G	A	2691.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.699;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=269;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=51;PP=1567;ReadPosRankSum=0.075;SC=GTTACTGAGGGTTCTGGGTCT;SOR=0.679;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=201;TCF=102;TCR=99;TR=103;WE=70789008;WS=70788990;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:134,129:0.49:263
chr11	70798895	rs35132270	CG	C	4150.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.981;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FS=0.510;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.10;MQRankSum=1.384;QD=20.15;ReadPosRankSum=0.977;SOR=0.649;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:101,105:0.51:206
chr11	70798902	rs34650500	G	T	4140.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.898;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.10;MQRankSum=1.424;QD=19.17;ReadPosRankSum=1.426;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:108,108:0.50:216
chr11	70829858	rs3924047	T	C	2333.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.742;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=263;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.167;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=27;PP=1019;ReadPosRankSum=-0.440;SC=GTCCATGCACTGTGGGCTGAA;SOR=0.566;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=177;TCF=117;TCR=60;TR=74;WE=70829866;WS=70829848;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:140,116:0.45:256
chr11	71146248	rs141483210	AAGCAAGGAACAG	A	3264.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.041;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.698;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.696;NF=4;NR=30;PP=2963;ReadPosRankSum=1.596;SC=TTGAAGGCAAAAGCAAGGAAC;SOR=0.822;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=97;TCF=16;TCR=81;TR=34;WE=71146267;WS=71146238;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:125,88:0.41:213
chr11	71146577	rs909217	G	A	2205.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.714;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=224;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.627;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=32;PP=1037;ReadPosRankSum=-0.699;SC=GCAGGTGGCCGCCGCCACAGG;SOR=0.586;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=132;TCF=72;TCR=60;TR=67;WE=71146585;WS=71146567;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:116,105:0.48:221
chr11	71146691	rs760241	A	G	6281.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=243;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=82;NR=62;PP=2849;SC=GCCTCTGCCCATCGGCGGATG;SOR=0.847;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=144;TCF=82;TCR=62;TR=144;WE=71146699;WS=71146681;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,235:1.00:235
chr11	71146952	rs1792268	G	A	4798.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=55;NR=66;PP=2665;SC=TGTGGGCTCGGGGGCCCAGCG;SOR=0.827;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=121;TCF=55;TCR=66;TR=121;WE=71146960;WS=71146942;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,173:1.00:173
chr11	71149069	rs949176	A	G	4468.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=30;NR=88;PP=2582;SC=CACTCCACGCAGATGCAGCAG;SOR=1.595;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=118;TCF=30;TCR=88;TR=118;WE=71149077;WS=71149059;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,162:1.00:162
chr11	71150217	rs2852853	C	T	821.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-4.593;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=28;PP=611;ReadPosRankSum=0.000;SC=CCAGCACTGGCCCAGGGTCCT;SOR=0.527;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=48;TCF=3;TCR=45;TR=30;WE=71150225;WS=71150207;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,32:0.64:50
chr11	71152258	rs736894	C	T	1244.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-2.081;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.683;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=11;PP=572;ReadPosRankSum=-1.685;SC=GCTGGACCCGCTGCTAAGAAC;SOR=0.625;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=94;TCF=65;TCR=29;TR=39;WE=71152266;WS=71152248;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,62:0.49:127
chr11	71152461	rs949177	A	G	4319.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=40;NR=70;PP=2186;SC=CTTGCAGGCCATTGATCTGAT;SOR=1.136;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=110;TCF=40;TCR=70;TR=110;WE=71152469;WS=71152451;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,160:1.00:160
chr11	71153459	rs11603330	C	A	4423.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-1.457;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=432;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.524;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=78;PP=1987;ReadPosRankSum=0.155;SC=AAGGGGGACGCATAGCAGGAA;SOR=0.781;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=248;TCF=101;TCR=147;TR=130;WE=71153467;WS=71153449;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:216,215:0.50:431
chr11	71155153	rs1790334	A	G	13166.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=513;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=158;NR=154;PP=2965;SC=CCACAGGGCCAGTCAGGGCGC;SOR=0.717;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=313;TCF=158;TCR=155;TR=312;WE=71155161;WS=71155143;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,506:1.00:506
chr11	71155171	rs1044482	C	T	4757.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.391;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=514;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.103;HP=1;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=76;NR=81;PP=2505;ReadPosRankSum=0.583;SC=CGCAGCTGTACTGGTCACAAG;SOR=0.669;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=304;TCF=153;TCR=151;TR=157;WE=71155179;WS=71155161;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:272,237:0.47:509
chr11	71164471	rs12789751	G	A	1500.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=1.063;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.154;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=35;PP=954;ReadPosRankSum=0.674;SC=GTGGCGCACGGGCACCGTGGC;SOR=0.927;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=123;TCF=52;TCR=71;TR=58;WE=71164479;WS=71164461;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,69:0.49:141
chr11	71164544	rs12791871	A	C	670.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.869;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.267;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=22;PP=509;ReadPosRankSum=1.565;SC=GGCCCTGGGCATGGGATCAGG;SOR=0.484;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=53;TCF=9;TCR=44;TR=27;WE=71164552;WS=71164534;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,28:0.49:57
chr11	71166060	rs2276359	T	TG	1912.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.041;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.126;HP=10;HapScore=3;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.492;NF=26;NR=20;PP=1118;ReadPosRankSum=-0.591;SC=GTTTGTTTTTTTTTTTATCCT;SOR=0.898;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=82;TCF=45;TCR=37;TR=46;WE=71166068;WS=71166044;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,87:0.58:150
chr11	71166337	rs1790373	A	G	1718.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=42;PP=1242;SC=CGCCACACCCACTGTTGGGCC;SOR=2.753;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=50;TCF=8;TCR=42;TR=50;WE=71166345;WS=71166327;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr11	71169547	rs2276360	G	C	3299.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.959;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=328;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.827;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=48;PP=1643;ReadPosRankSum=-0.823;SC=AGCGGCCCTTGTGGAGTCTCC;SOR=0.594;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=195;TCF=88;TCR=107;TR=91;WE=71169555;WS=71169537;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:165,158:0.49:323
chr11	71169648	rs2276361	A	G	743.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-0.737;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=22;PP=436;ReadPosRankSum=1.003;SC=GCTCAAGGGCATGACCCACCC;SOR=0.758;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=64;TCF=14;TCR=50;TR=28;WE=71169656;WS=71169638;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,34:0.46:74
chr11	71174452	rs2276362	A	G	4564.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=1.184;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=507;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.522;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=62;PP=1894;ReadPosRankSum=0.143;SC=GGGCAGACACACATGTACCTC;SOR=0.685;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=263;TCF=132;TCR=131;TR=128;WE=71174460;WS=71174442;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:266,236:0.47:502
chr11	71174553	rs1629220	C	T	2322.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-0.204;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=278;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.498;HP=3;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=53;PP=1123;ReadPosRankSum=1.020;SC=GCCCCCACCCCGGGAGGGTGA;SOR=0.815;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=175;TCF=66;TCR=109;TR=81;WE=71174561;WS=71174543;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:147,120:0.45:267
chr11	71174589	rs1629304	T	C	3935.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=38;NR=77;PP=1917;SC=GGCTCTCAGCTGAGGGCTGCC;SOR=1.375;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=116;TCF=38;TCR=78;TR=115;WE=71174597;WS=71174579;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,153:1.00:153
chr11	71183474	rs2282621	C	T	2057.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.448;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FS=0.604;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.19;ReadPosRankSum=0.050;SOR=0.748;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:98,58:0.37:156
chr11	71183477	rs2282620	C	T	2036.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.904;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.31;ReadPosRankSum=-0.280;SOR=0.713;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:96,57:0.37:153
chr11	71183645	rs2282619	T	C	439.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=13;PP=281;SC=ATCCAGGTAATGGAAGGCACC;SOR=2.712;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=2;TCR=13;TR=15;WE=71183653;WS=71183635;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr11	71184190	rs7935125	C	A	2205.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.471;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=24;PP=1061;ReadPosRankSum=-1.742;SC=AGGGCACCCACCTCTTCGGAA;SOR=0.678;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=135;TCF=90;TCR=45;TR=72;WE=71184198;WS=71184180;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,101:0.56:179
chr11	71184498	rs2276358	G	A	679.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=1.639;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.065;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=16;PP=492;ReadPosRankSum=-0.421;SC=TCCTGGGGCCGTGGCCGTGGC;SOR=0.454;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=56;TCF=18;TCR=38;TR=25;WE=71184506;WS=71184488;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,29:0.48:61
chr11	71184678	rs7950441	A	C	5817.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=63;NR=56;PP=1954;SC=GCAGCCACCAAGTGCTGCGCA;SOR=0.776;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=119;TCF=63;TCR=56;TR=119;WE=71184686;WS=71184668;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,225:1.00:225
chr11	71185479	rs2276354	T	C	10221.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=389;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=127;NR=94;PP=2965;SC=AGAAGGGTTGTGACGGGGACC;SOR=0.903;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=222;TCF=128;TCR=94;TR=221;WE=71185487;WS=71185469;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,385:1.00:385
chr11	71185518	rs2186778	T	C	13663.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=530;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=155;NR=138;PP=2965;SC=GTGCCATGATTGCCATGAACG;SOR=0.768;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=293;TCF=155;TCR=138;TR=293;WE=71185526;WS=71185508;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,523:1.00:523
chr11	71187061	rs2017686	C	G	1415.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=0.659;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.254;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=22;PP=664;ReadPosRankSum=1.765;SC=CACCCGGCCTCTCTTTCTGTT;SOR=0.588;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=88;TCF=48;TCR=40;TR=46;WE=71187069;WS=71187051;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,72:0.46:155
chr11	71188361	rs68009340	TCACA	T	6261.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.459;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=502;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.818;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=2.342;NF=18;NR=45;PP=2762;ReadPosRankSum=-1.016;SC=TTTTATGGCTTCACACGGACC;SOR=0.849;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=210;TCF=58;TCR=152;TR=63;WE=71188372;WS=71188351;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:318,175:0.35:493
chr11	71188502	rs3794065	G	A	6808.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=259;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQ=60.04;NF=63;NR=125;PP=2965;SC=CCCCTGTTACGGCGGTAGGAG;SOR=1.364;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=190;TCF=64;TCR=126;TR=188;WE=71188510;WS=71188492;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,247:1.00:247
chr11	71189436	rs2276353	T	C	6514.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=250;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.27;SOR=0.709;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,248:1.00:248
chr11	71192529	rs368250598	AT	A	403.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.554;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.51;ReadPosRankSum=0.858;SOR=0.734;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:67,48:0.42:115
chr11	71192602	rs3814731	T	C	1370.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.61;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=13;NR=25;PP=698;SC=GCTTAGTCTGTGCTAGCCAGA;SOR=1.445;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=13;TCR=25;TR=38;WE=71192610;WS=71192592;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr11	71192851	rs3814734	A	G	4083.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=71;NR=35;PP=2280;SC=GGAAAGTGCTAACACCCACGT;SOR=1.334;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=108;TCF=72;TCR=36;TR=106;WE=71192859;WS=71192841;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,145:1.00:145
chr11	71193135	rs7949129	G	C	1698.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.094;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.302;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=46;PP=869;ReadPosRankSum=-1.111;SC=CCTGAGTTAGGGACCTAGGAG;SOR=0.810;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=123;TCF=44;TCR=79;TR=70;WE=71193143;WS=71193125;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,85:0.56:152
chr11	71259841	rs189729045	C	T	2001.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.930;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.098;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=22;PP=964;ReadPosRankSum=0.570;SC=AGCCCGTGTGCTGCTGTGTTC;SOR=0.610;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=136;TCF=85;TCR=51;TR=59;WE=71259849;WS=71259831;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:106,96:0.48:202
chr11	71260243	rs2664	T	C	6492.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-2.675;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=643;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.524;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=85;NR=121;PP=2546;ReadPosRankSum=-1.455;SC=AGGTAGCTCCTGAAGATCTGT;SOR=0.639;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=410;TCF=166;TCR=244;TR=206;WE=71260251;WS=71260233;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:303,323:0.52:626
chr11	71260296	rs2663	G	A	3429.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.982;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=307;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=85;PP=2065;ReadPosRankSum=0.602;SC=TCCCCTTCTGGATCTGAAAAG;SOR=0.713;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=238;TCF=75;TCR=163;TR=123;WE=71260304;WS=71260286;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:150,152:0.50:302
chr11	71276909	.	G	A	223	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.62;FR=0.5000;HP=5;HapScore=2;MGOF=39;MMLQ=27;MQ=50.69;NF=13;NR=1;PP=223;QD=18.4122294677;SC=GCTCCAAGGGGGGCTGTGGCT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=50;TCF=28;TCR=22;TR=14;WE=71276917;WS=71276899;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:36,14:0.28:50
chr11	71276909	.	G	GGGCTGTGGCTCCTGTGGGGGCTCCAAGGGA	444.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.691;ClippingRankSum=0.000;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.65;MQRankSum=-2.422;QD=22.24;ReadPosRankSum=-2.299;SOR=0.283;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,7:0.35:20
chr11	71277083	rs146926834	C	T	4774.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-4.774;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=493;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=1.430;NF=107;NR=61;PP=2077;ReadPosRankSum=0.899;SC=CCTGCTGCTGCTCCTCAGGCT;SOR=0.720;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=321;TCF=208;TCR=113;TR=168;WE=71277091;WS=71277073;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:243,247:0.50:490
chr11	71279936	rs72475645	A	C	1163.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.453;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=537;ExcessHet=3.0103;FS=10.209;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.36;MQRankSum=-15.420;QD=2.17;ReadPosRankSum=4.393;SOR=1.534;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:436,100:0.19:536
chr11	71279995	rs200834593	C	T	1800.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.131;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=398;ExcessHet=3.0103;FS=18.532;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.16;MQRankSum=-11.274;QD=4.52;ReadPosRankSum=-1.037;SOR=1.650;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:328,70:0.18:398
chr11	71280000	.	T	G	1801.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.408;ClippingRankSum=0.000;DP=370;ExcessHet=3.0103;FS=15.206;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.13;MQRankSum=-10.551;QD=4.87;ReadPosRankSum=-1.221;SOR=1.545;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:308,62:0.17:370
chr11	71290670	rs2015464	C	G	1037.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.062;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.852;HP=3;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-2.782;NF=29;NR=14;PP=700;ReadPosRankSum=0.681;SC=AAAACAGTCACCCCAGGGCTG;SOR=0.519;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=85;TCF=59;TCR=26;TR=43;WE=71290678;WS=71290660;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,47:0.50:94
chr11	71290740	rs4081429	A	C	1282.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.112;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=266;ExcessHet=3.0103;FS=2.297;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.50;MQRankSum=-9.415;QD=4.82;ReadPosRankSum=2.749;SOR=0.595;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:189,77:0.29:266
chr11	71290790	.	A	ACAGCAGCTGGACTGGGAGCAGCAGGACCTG	711.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.283;ClippingRankSum=0.000;DP=317;ExcessHet=3.0103;FS=1.256;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.83;MQRankSum=-14.730;QD=2.98;ReadPosRankSum=-3.333;SOR=1.074;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:229,10:0.04:239
chr11	71498500	rs12786196	G	T	426.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=143;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=8;NR=10;PP=303;SC=CTGCCCCGGTGCACTGCCCTG;SOR=1.493;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=19;TCF=9;TCR=10;TR=18;WE=71498508;WS=71498490;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr11	71498562	rs12786239	G	C	1051.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=54.93;QD=43.82;SOR=1.051;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr11	71498567	rs12788471	A	C	1130.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=55.14;QD=45.23;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr11	71498591	rs12270466	C	G	1209.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=55.76;QD=43.21;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr11	71498601	rs12283300	G	T	1268.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=56.18;QD=40.93;SOR=1.214;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr11	71498648	rs12277291	A	G	933.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=55.86;QD=40.60;SOR=2.030;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr11	71498671	rs12283346	G	C	986.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=56.57;QD=44.85;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr11	71498694	rs11234942	A	G	900.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=55;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=7;NR=10;PP=255;SC=CGGCGGGGCTAGCGGAGAGGT;SOR=0.693;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=7;TCR=10;TR=17;WE=71498702;WS=71498684;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr11	71576817	rs57369261	G	GT	444.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.288;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=302;ExcessHet=3.0103;FS=0.574;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.07;MQRankSum=2.772;QD=1.52;ReadPosRankSum=1.210;SOR=0.785;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:225,67:0.23:292
chr11	71634606	rs11446262	G	GT	213.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.623;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=9.72;ReadPosRankSum=1.489;SOR=1.426;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,16:0.73:22
chr11	71668362	rs3216157	CT	C	4207.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=12;NR=35;PP=1925;SC=GTTAACCCAGCTTAATTGAGT;SOR=0.746;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=48;TCF=12;TCR=36;TR=47;WE=71668370;WS=71668352;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr11	71701523	rs2276384	G	A	903.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=16;NR=7;PP=490;SC=TAGTTTGCCCGCACTTGCTCT;SOR=1.352;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=16;TCR=7;TR=23;WE=71701531;WS=71701513;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr11	71707465	rs1055452	T	C	502.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=16;PP=392;SC=CTCAAAGGGGTGCTTGGGCCA;SOR=2.948;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=19;TCF=3;TCR=16;TR=19;WE=71707473;WS=71707455;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr11	71712175	rs1892919	G	A	3167.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=71;NR=24;PP=2055;SC=GAGCTGGCAGGGAGGGCACAG;SOR=2.058;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=96;TCF=72;TCR=24;TR=95;WE=71712183;WS=71712165;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr11	71714526	rs949324	G	C	7890.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.289;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=291;ExcessHet=3.0103;FS=1.918;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=27.59;ReadPosRankSum=0.140;SOR=1.253;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:4,282:0.99:286
chr11	71714526	.	GGT	CGG	2947	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;FR=1.0000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=135;NR=73;PP=2947;QD=20;SC=GACCAGGTGAGGTCAGCATCG;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=218;TCF=139;TCR=79;TR=208;WE=71714536;WS=71714516;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:10,208:0.95:218
chr11	71714528	rs949323	T	G	12973.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.888;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=310;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=43.25;ReadPosRankSum=0.850;SOR=1.246;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,298:0.99:300
chr11	71715215	rs2845857	C	G	19286.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=432;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.06;SOR=0.770;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,428:1.00:428
chr11	71715218	rs2852365	T	C	19311.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=435;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.81;SOR=0.755;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,431:1.00:431
chr11	71719619	rs2155145	G	T	1061.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=19;NR=8;PP=613;SC=CCCGTTTTTCGTTATTCTTCT;SOR=1.802;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=29;TCF=21;TCR=8;TR=27;WE=71719627;WS=71719609;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr11	71727422	rs1057992	A	C	1710.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=35;NR=20;PP=1284;SC=CACACCAACCAGCAGCACACA;SOR=1.453;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=55;TCF=35;TCR=20;TR=55;WE=71727430;WS=71727412;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr11	71728543	rs34393610	G	GA	2977.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.013;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FS=0.774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.40;MQRankSum=1.244;QD=15.76;ReadPosRankSum=1.131;SOR=0.620;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,159:0.84:189
chr11	71728908	rs11278712	AGTCAAC	A	3183.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=42;PP=2811;SC=CATCACCCAGAGTCAACGCTG;SOR=1.609;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=51;TCF=5;TCR=46;TR=47;WE=71728921;WS=71728898;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr11	71729656	rs949325	A	G	1190.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=29;PP=829;SC=AAGGGAGGAGACGGCATAGGG;SOR=2.948;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=33;TCF=4;TCR=29;TR=32;WE=71729664;WS=71729646;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr11	71730715	rs2298456	T	A	848.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=18;PP=487;SC=TAAGAAGGTGTAAAGATTTGC;SOR=2.303;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=20;TCF=2;TCR=18;TR=20;WE=71730723;WS=71730705;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr11	71733519	rs10128658	C	T	2349.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=22;NR=38;PP=1190;SC=CTTCTCAGTGCCCCCATTCTG;SOR=1.165;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=60;TCF=22;TCR=38;TR=60;WE=71733527;WS=71733509;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr11	71734211	rs2298457	T	C	3993.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=44;NR=52;PP=1810;SC=GACAACAACGTAGAAAACAGG;SOR=0.804;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=97;TCF=44;TCR=53;TR=96;WE=71734219;WS=71734201;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,150:1.00:150
chr11	71740378	rs35948003	A	AAC	11925.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=279;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=22;NR=79;PP=2930;SC=CGTTAGAAGCAACATGGTTTG;SOR=0.738;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=106;TCF=23;TCR=83;TR=101;WE=71740386;WS=71740368;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,272:1.00:272
chr11	71740521	rs1939247	A	T	1223.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=31;PP=905;SC=AGCCACCTGAAATGCAACCAT;SOR=3.664;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=35;TCF=4;TCR=31;TR=35;WE=71740529;WS=71740511;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr11	71797422	rs597513	T	A	12770.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=486;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=150;NR=147;PP=2965;SC=CAGCAAGCACTCAACAAATGT;SOR=0.723;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=297;TCF=150;TCR=147;TR=297;WE=71797430;WS=71797412;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,479:1.00:479
chr11	71849741	rs652197	C	T	909.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=16;NR=8;PP=506;SC=TTATTTGAGCCCAGGATGTTG;SOR=1.179;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=24;TCF=16;TCR=8;TR=24;WE=71849749;WS=71849731;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr11	71883540	rs633738	G	A	5055.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=65;NR=71;PP=2596;SC=TGGCTTTGGTGACTGCTGCGG;SOR=0.780;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=136;TCF=65;TCR=71;TR=136;WE=71883548;WS=71883530;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,190:1.00:190
chr11	71929526	rs651646	T	A	164.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=0.638;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=0;PP=82;ReadPosRankSum=-0.580;SC=CACCGTAGGGTTGGGGAGACT;SOR=0.904;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=15;TCR=3;TR=6;WE=71929534;WS=71929516;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,9:0.39:23
chr11	71932120	rs2508202	G	C	5891.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.217;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=328;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=9.590;HP=6;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=235;PP=2965;ReadPosRankSum=2.150;SC=GTCTCCCCCCGACCCACCCCA;SOR=5.652;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=243;TCF=5;TCR=238;TR=240;WE=71932128;WS=71932110;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,287:0.99:290
chr11	71949064	rs11235472	C	G	218.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-1.611;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.540;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=3;PP=113;ReadPosRankSum=2.819;SC=TCAGCTCCCCCTGACATGCCC;SOR=1.085;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=22;TCF=15;TCR=7;TR=10;WE=71949072;WS=71949054;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,12:0.46:26
chr11	72281818	rs380126	A	G	7289.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=282;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=119;NR=66;PP=2965;SC=GAATCCCAACACTCATCCTGC;SOR=1.199;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=185;TCF=119;TCR=66;TR=185;WE=72281826;WS=72281808;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,278:1.00:278
chr11	72281884	rs433640	C	T	13251.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=482;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=207;NR=116;PP=2965;SC=AGCAGGGATTCGCTGTATGGG;SOR=1.208;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=323;TCF=207;TCR=116;TR=323;WE=72281892;WS=72281874;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,474:1.00:474
chr11	72282039	rs409512	T	C	28855.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=1098;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=309;NR=328;PP=2965;SC=CCTTCATTCCTGCCCCAACCC;SOR=0.775;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=642;TCF=311;TCR=331;TR=637;WE=72282047;WS=72282029;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,1087:1.00:1087
chr11	72288599	rs1980091	G	A	1812.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.272;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.580;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.749;NF=22;NR=39;PP=901;ReadPosRankSum=0.293;SC=CCACGCGCTCGTACAGCTCTG;SOR=0.601;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=124;TCF=43;TCR=81;TR=61;WE=72288607;WS=72288589;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,85:0.50:170
chr11	72288650	rs3842266	TG	T	781.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-0.278;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=4;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.404;NF=2;NR=23;PP=1250;ReadPosRankSum=-0.437;SC=TGCGGGTGCATGGGGGGCAGA;SOR=0.603;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=53;TCF=5;TCR=48;TR=25;WE=72288672;WS=72288640;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,32:0.52:62
chr11	72288664	rs1980090	C	T	651.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=3.173;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.193;HP=4;HapScore=4;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=21;PP=1241;ReadPosRankSum=0.161;SC=GGGCAGAGGGCGAGAGGCCAG;SOR=1.032;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=53;TCF=11;TCR=42;TR=25;WE=72288672;WS=72288640;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,28:0.49:57
chr11	72289176	rs379276	C	G	2212.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=46;NR=12;PP=1471;SC=ATCAGTTGGACCTGGGCCAGG;SOR=2.147;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=58;TCF=46;TCR=12;TR=58;WE=72289184;WS=72289166;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr11	72289291	rs1135029	T	C	3186.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.067;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=318;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=49;PP=1504;ReadPosRankSum=-0.451;SC=AGATGGGCATTGCAATGTGCT;SOR=0.699;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=204;TCF=117;TCR=87;TR=115;WE=72289299;WS=72289281;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:160,156:0.49:316
chr11	72290199	rs11605051	G	A	1923.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.959;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.604;HP=7;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=24;PP=1298;ReadPosRankSum=0.799;SC=TCTGCCTGGGGGGGGCCGTGC;SOR=0.613;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=135;TCF=91;TCR=44;TR=73;WE=72290207;WS=72290189;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,84:0.51:164
chr11	72290629	rs392565	G	A	1192.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-1.290;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.707;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=32;PP=780;ReadPosRankSum=-0.349;SC=TGAGGATGGCGATGGCCTGAG;SOR=0.820;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=97;TCF=24;TCR=73;TR=41;WE=72290637;WS=72290619;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,65:0.45:146
chr11	72291477	rs56350365	G	A	348.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-1.355;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.644;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=1;PP=258;ReadPosRankSum=-1.185;SC=CCAGGAAAATGAGCCAGACAT;SOR=1.112;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=39;TCF=34;TCR=5;TR=15;WE=72291485;WS=72291467;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,16:0.39:41
chr11	72291883	rs644698	C	A	1488.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=28;NR=18;PP=1210;SC=ATGAGACTCCCAGACACCCCA;SOR=1.067;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=46;TCF=28;TCR=18;TR=46;WE=72291891;WS=72291873;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr11	72291927	rs577536	T	C	2291.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=43;NR=29;PP=1535;SC=GGCAGGGTCTTACCGAGGCCA;SOR=1.022;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=73;TCF=43;TCR=30;TR=72;WE=72291935;WS=72291917;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr11	72292167	rs3781939	G	T	676.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.143;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.87;ReadPosRankSum=1.192;SOR=0.704;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,32:0.56:57
chr11	72292176	rs7108477	C	T	1846.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=3;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=10;NR=32;PP=678;SC=TGGTTTGGAGCCCAGCAGACC;SOR=2.030;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=42;TCF=10;TCR=32;TR=42;WE=72292193;WS=72292157;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr11	72292185	rs3781938	C	A	552.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.559;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=5.942;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.94;ReadPosRankSum=-1.269;SOR=1.911;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,23:0.62:37
chr11	72292353	rs57803658	G	GA	6178.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=48;NR=47;PP=2377;SC=CTGTCCCAGGGAGGGGACCCC;SOR=1.219;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=98;TCF=49;TCR=49;TR=95;WE=72292362;WS=72292343;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,171:1.00:171
chr11	72292860	rs376724	C	T	1037.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=21;NR=12;PP=574;SC=CCGGGGGCAACGGATGTGACA;SOR=1.292;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=21;TCR=12;TR=33;WE=72292868;WS=72292850;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr11	72293039	rs379638	G	A	2455.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=23;NR=27;PP=969;SC=GTATCAAGACGGGGCCCTTGC;SOR=0.829;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=52;TCF=24;TCR=28;TR=50;WE=72293047;WS=72293029;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr11	72293079	rs414178	A	G	1687.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=15;NR=29;PP=859;SC=CCACACTCAAAATCTGGAGTC;SOR=1.234;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=44;TCF=15;TCR=29;TR=44;WE=72293087;WS=72293069;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr11	72293602	rs4944557	A	G	3284.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=36;NR=50;PP=1569;SC=TATACTCATCATCGGAGACCT;SOR=0.916;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=86;TCF=36;TCR=50;TR=86;WE=72293610;WS=72293592;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
chr11	72294440	rs426907	G	A	395.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=-0.677;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.290;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=3;PP=100;ReadPosRankSum=2.116;SC=CTGGGTCCCCGGGGAATCTGG;SOR=1.085;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=20;TCF=13;TCR=7;TR=10;WE=72294448;WS=72294430;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,21:0.55:38
chr11	72294714	rs408269	C	T	624.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=9;PP=287;SC=AGTAAAGACCCCACCCCCACT;SOR=1.179;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=14;TCF=5;TCR=9;TR=14;WE=72294722;WS=72294704;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr11	72294734	rs56267207	A	AC	418.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=6;PP=253;SC=TTTCATCCAGACCCCGCGCCG;SOR=1.329;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=7;WE=72294742;WS=72294724;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr11	72295502	rs366711	T	C	15168.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=579;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=154;NR=186;PP=2965;SC=TCCGGGACGCTGGAGGCGGTG;SOR=0.814;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=340;TCF=154;TCR=186;TR=340;WE=72295510;WS=72295492;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,575:1.00:575
chr11	72295906	rs452228	A	G	13324.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=506;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=137;NR=144;PP=2965;SC=CTCCCTCCACACCCTCTCACC;SOR=0.701;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=281;TCF=137;TCR=144;TR=281;WE=72295914;WS=72295896;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,502:1.00:502
chr11	72296039	rs907850	G	T	1789.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-2.065;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.710;HP=4;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=45;PP=993;ReadPosRankSum=-0.072;SC=CCCTCTGATCGCCCTCACGTC;SOR=0.515;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=137;TCF=40;TCR=97;TR=69;WE=72296047;WS=72296029;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:95,86:0.48:181
chr11	72296353	rs59776769	G	A	768.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-1.694;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=5;PP=533;ReadPosRankSum=0.144;SC=GGCAGGAAAGGAGATGATGGG;SOR=0.773;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=59;TCF=49;TCR=10;TR=29;WE=72296361;WS=72296343;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,32:0.52:62
chr11	72296700	rs424234	C	T	4093.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=36;NR=84;PP=2634;SC=TATCCAACCTCCTGCCTCCAA;SOR=1.593;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=120;TCF=36;TCR=84;TR=120;WE=72296708;WS=72296690;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,144:1.00:144
chr11	72302191	rs429075	C	G	1445.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=3.579;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.123;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=6;PP=989;ReadPosRankSum=-0.066;SC=GGCCCAGAGACGTTTAGTGAC;SOR=0.500;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=80;TCF=71;TCR=9;TR=47;WE=72302199;WS=72302181;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,55:0.59:94
chr11	72307522	rs149480349	T	A	363.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.143;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FS=1.190;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.27;ReadPosRankSum=3.752;SOR=0.903;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:45,13:0.22:58
chr11	72307524	rs186092662	T	A	351.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.539;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.86;ReadPosRankSum=3.844;SOR=0.818;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:47,13:0.22:60
chr11	72307526	.	T	A	342.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.541;ClippingRankSum=0.000;DP=104;ExcessHet=3.0103;FS=1.188;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.36;ReadPosRankSum=4.008;SOR=0.933;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:51,13:0.20:64
chr11	72307528	rs57087192	T	A	2517.06	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.679;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.92;ReadPosRankSum=2.295;SOR=0.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,84:0.83:101
chr11	72307742	rs1877652	G	A	2548.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-1.499;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.608;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=60;PP=1467;ReadPosRankSum=-0.347;SC=GCGAGGCTCAGAGATACCGAG;SOR=0.520;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=160;TCF=53;TCR=107;TR=94;WE=72307750;WS=72307732;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,116:0.59:197
chr11	72308511	rs142826924	TCCCTGC	T	793.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=0.805;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.032;HP=6;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQ=60.19;MQRankSum=1.225;NF=11;NR=4;PP=684;ReadPosRankSum=1.272;SC=CCACAGTCCCTCCCTGCCCCT;SOR=1.569;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=40;TCF=27;TCR=13;TR=15;WE=72308524;WS=72308501;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,22:0.42:53
chr11	72309540	rs4943939	C	T	3819.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.977;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=347;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.808;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=67;NR=37;PP=1486;ReadPosRankSum=0.519;SC=GCTCATCCCGCTTAATTAAGC;SOR=0.593;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=222;TCF=142;TCR=80;TR=104;WE=72309548;WS=72309530;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:158,184:0.54:342
chr11	72316148	rs78279319	C	G	1464.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=0.463;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.675;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=15;PP=884;ReadPosRankSum=0.751;SC=CTTGGCCATGCAAGAGGGCAA;SOR=0.572;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=133;TCF=97;TCR=36;TR=55;WE=72316156;WS=72316138;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,64:0.43:148
chr11	72326210	rs572421	A	G	4170.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=35;NR=82;PP=2486;SC=GGGTGTCCCCATCCACAGGAG;SOR=1.563;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=117;TCF=35;TCR=82;TR=117;WE=72326218;WS=72326200;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,151:1.00:151
chr11	72326275	rs754042	C	T	966.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.913;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.220;HP=3;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=21;PP=459;ReadPosRankSum=0.890;SC=AGCTCCGCCCCGGCCTCTCGC;SOR=0.269;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=61;TCF=17;TCR=44;TR=32;WE=72326283;WS=72326265;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,46:0.55:84
chr11	72354028	rs907853	C	A	2583.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=-0.883;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=37;PP=1105;ReadPosRankSum=1.347;SC=GACACGTGCGCACAGACACCG;SOR=0.684;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=119;TCF=53;TCR=66;TR=69;WE=72354036;WS=72354018;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:106,122:0.54:228
chr11	72361883	rs341038	T	C	328.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=4.168;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=11.040;HP=2;HapScore=2;MGOF=124;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=4;PP=454;ReadPosRankSum=1.619;SC=GTGCCTCAGGTTAGAGTCAGT;SOR=2.833;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=57;TCF=42;TCR=15;TR=23;WE=72361907;WS=72361873;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,16:0.30:53
chr11	72361893	rs72349218	TCCCTGAC	T	2662.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=124;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=29;NR=16;PP=2402;SC=TTAGAGTCAGTCCCTGACCCC;SOR=2.428;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=48;TCF=31;TCR=17;TR=45;WE=72361907;WS=72361873;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr11	72361920	.	TACACACACACACACACAC	T	1402.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.114;ClippingRankSum=0.000;DP=122;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.59;ReadPosRankSum=1.688;SOR=0.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:44,46:0.51:90
chr11	72363759	rs12146545	G	A	2599.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.882;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=327;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.628;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=32;PP=929;ReadPosRankSum=0.427;SC=GAGGTCATTCGTCCAAAGTCA;SOR=0.700;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=176;TCF=86;TCR=90;TR=70;WE=72363767;WS=72363749;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:187,138:0.42:325
chr11	72366929	rs907858	C	A	1736.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.845;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=36;PP=896;ReadPosRankSum=-0.402;SC=ACCCTCGGGCCCCCCAGAGTG;SOR=0.687;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=126;TCF=55;TCR=71;TR=61;WE=72366937;WS=72366919;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,82:0.51:162
chr11	72367102	rs907857	C	T	208.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=2.264;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=9;PP=151;ReadPosRankSum=-0.690;SC=GCCCGGCATCCGGAGAGGAAT;SOR=1.022;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=26;TCF=5;TCR=21;TR=11;WE=72367110;WS=72367092;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,11:0.37:30
chr11	72368986	rs3781916	T	G	2402.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=2.248;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=243;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.574;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=30;PP=1275;ReadPosRankSum=0.006;SC=GGGCAGGGCATGTCCCTCCTG;SOR=0.806;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=153;TCF=91;TCR=62;TR=77;WE=72368994;WS=72368976;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:124,113:0.48:237
chr11	72396800	rs12802369	A	G	3787.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-2.454;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=343;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.830;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=64;PP=1845;ReadPosRankSum=0.085;SC=AAGCTGCTGCAGCTGCTGCAG;SOR=0.630;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=228;TCF=107;TCR=121;TR=124;WE=72396808;WS=72396790;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:152,182:0.54:334
chr11	72396990	rs12805218	G	A	3463.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.058;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=298;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.304;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=48;PP=1784;ReadPosRankSum=2.717;SC=GAGGGCAATCGGGGAGGGCAA;SOR=0.774;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=209;TCF=107;TCR=102;TR=108;WE=72396998;WS=72396980;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:137,158:0.54:295
chr11	72399451	rs7944294	A	G	2150.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.597;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=374;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=37;PP=1091;ReadPosRankSum=-0.160;SC=ATCAGTTCTGAGCCCCCATAA;SOR=0.708;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=204;TCF=118;TCR=86;TR=87;WE=72399459;WS=72399441;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:241,126:0.34:367
chr11	72399607	rs2306609	G	A	1806.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=2.325;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=12.494;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=44;PP=1003;ReadPosRankSum=-0.089;SC=GGAGAAGAGGGCACTTTAGTC;SOR=1.488;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=124;TCF=42;TCR=82;TR=60;WE=72399615;WS=72399597;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,82:0.49:166
chr11	72404003	rs11235567	A	G	1564.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=39;PP=1137;SC=AATGAGGGAGAAGGGTGGCCC;SOR=3.215;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=43;TCF=4;TCR=39;TR=43;WE=72404011;WS=72403993;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr11	72404958	rs12276972	A	C	4295.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=41;NR=71;PP=2351;SC=CTCCAACCATATGCAAGTGCC;SOR=1.194;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=114;TCF=41;TCR=73;TR=112;WE=72404966;WS=72404948;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,154:1.00:154
chr11	72405868	rs2306608	C	T	2631.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=1.518;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.736;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=17;PP=1832;ReadPosRankSum=1.734;SC=TGCCAGCACCCTATCACCACC;SOR=2.409;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=84;TCF=66;TCR=18;TR=83;WE=72405876;WS=72405858;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,90:0.98:92
chr11	72407770	rs2306612	G	C	2691.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=24;NR=41;PP=1364;SC=CTGGGCTGCTGTGCCTCTCAT;SOR=1.345;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=67;TCF=24;TCR=43;TR=65;WE=72407778;WS=72407760;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr11	72407977	rs11602233	C	A	2433.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=62;NR=16;PP=1692;SC=CGCAGGAGTCCGGAGGGATGG;SOR=2.441;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=78;TCF=62;TCR=16;TR=78;WE=72407985;WS=72407967;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr11	72408266	rs2306614	C	T	2260.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.912;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.258;HP=4;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=31;PP=1288;ReadPosRankSum=0.496;SC=GCCAAGCGTTCGGGGCCTGAG;SOR=0.938;SbPval=0.92;Source=Platypus;TC=201;TCF=102;TCR=99;TR=83;WE=72408274;WS=72408256;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:107,100:0.48:207
chr11	72408657	rs2291289	C	T	3441.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.011;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=390;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.371;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=60;PP=1670;ReadPosRankSum=-0.925;SC=TTCGCTCCACCAGCACCAGCA;SOR=0.698;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=256;TCF=128;TCR=128;TR=118;WE=72408665;WS=72408647;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:210,172:0.45:382
chr11	72411082	rs7110501	T	C	6105.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=78;NR=66;PP=2860;SC=CAGAAGCATCTATCACTCTGT;SOR=0.812;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=145;TCF=78;TCR=67;TR=144;WE=72411090;WS=72411072;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,229:1.00:229
chr11	72411099	rs10898866	C	T	2122.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-2.819;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=34;PP=876;ReadPosRankSum=2.216;SC=CTGTACTCTGCCTCCTGCTAC;SOR=0.662;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=152;TCF=78;TCR=74;TR=71;WE=72411107;WS=72411089;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:116,110:0.49:226
chr11	72412675	rs11235574	A	G	2480.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=47;NR=20;PP=1459;SC=GCTAAAGCAGAGTCTGGGGTG;SOR=1.531;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=67;TCF=47;TCR=20;TR=67;WE=72412683;WS=72412665;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr11	72414189	rs3765105	G	A	2615.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=26;NR=51;PP=1577;SC=AAGGGGCTACGGGGGAGGAGA;SOR=1.378;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=77;TCF=26;TCR=51;TR=77;WE=72414197;WS=72414179;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr11	72415329	rs2306615	G	A	2057.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.273;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.558;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=45;PP=1015;ReadPosRankSum=-0.287;SC=TGGGGGGCACGTTGGCTGCCC;SOR=0.766;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=126;TCF=46;TCR=80;TR=71;WE=72415337;WS=72415319;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,98:0.54:182
chr11	72465877	rs2291290	T	C	1000.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=2.546;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.719;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=13;PP=654;ReadPosRankSum=-0.173;SC=GGGGAGAAAGTGCAGGAGCGG;SOR=0.524;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=76;TCF=54;TCR=22;TR=38;WE=72465885;WS=72465867;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,44:0.45:97
chr11	72466636	rs58375567	A	G	4631.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.307;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=499;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.759;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=90;NR=53;PP=1957;ReadPosRankSum=-1.916;SC=GATTACAGGCATGAGCCACCA;SOR=0.819;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=312;TCF=190;TCR=122;TR=143;WE=72466644;WS=72466626;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:255,234:0.48:489
chr11	72466897	rs2291291	T	C	641.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-2.954;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.362;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=27;PP=463;ReadPosRankSum=2.090;SC=GGGAGGCCACTGTCTTCCCCA;SOR=1.819;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=62;TCF=5;TCR=57;TR=28;WE=72466905;WS=72466887;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,30:0.45:66
chr11	72528973	rs891655	C	T	1373.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=10;NR=32;PP=969;SC=ACGGGTACTCCTGTGTTTGCT;SOR=1.981;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=43;TCF=10;TCR=33;TR=42;WE=72528981;WS=72528963;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr11	72532569	rs1864651	G	T	6412.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=2.262;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=258;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.381;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=88;NR=65;PP=2573;ReadPosRankSum=2.617;SC=CCTGTGCAAGGTCCCAAACCT;SOR=0.505;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=154;TCF=88;TCR=66;TR=153;WE=72532577;WS=72532559;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,256:1.00:257
chr11	72532621	rs1864652	T	G	6422.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=246;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=72;NR=81;PP=2936;SC=GGCGGGCAGGTGAGCAGCCGA;SOR=0.796;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=153;TCF=72;TCR=81;TR=153;WE=72532629;WS=72532611;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,242:1.00:242
chr11	72532708	rs11235603	C	T	2466.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=19;NR=48;PP=1530;SC=CCTGTCCGCCCCCAGATGGCC;SOR=1.583;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=68;TCF=19;TCR=49;TR=67;WE=72532716;WS=72532698;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr11	72533711	rs4944806	A	G	2796.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=38;NR=46;PP=1945;SC=ATGTGGTCGGAGCCCACGAGA;SOR=0.874;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=84;TCF=38;TCR=46;TR=84;WE=72533719;WS=72533701;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr11	72536272	rs2303969	G	A	672.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.944;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.749;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=6;PP=378;ReadPosRankSum=-0.161;SC=CACAGGCACCGGTAAGAGGGC;SOR=0.141;SbPval=0.14;Source=Platypus;TC=58;TCF=50;TCR=8;TR=25;WE=72536280;WS=72536262;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,32:0.44:73
chr11	72537072	rs3765638	G	A	930.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=0.533;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=9;PP=421;ReadPosRankSum=-0.888;SC=GCCCAGGCCCGCAGAACAGAC;SOR=0.815;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=62;TCF=42;TCR=20;TR=32;WE=72537080;WS=72537062;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,43:0.57:75
chr11	72538141	rs3862793	T	C	1819.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=42;NR=11;PP=1198;SC=GGGAGGACACTGGGTTCTGGG;SOR=2.187;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=53;TCF=42;TCR=11;TR=53;WE=72538149;WS=72538131;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr11	72540225	rs891657	G	T	2575.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=33;NR=35;PP=1266;SC=GAGCTAACTTGACAGATGAGG;SOR=0.714;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=69;TCF=34;TCR=35;TR=68;WE=72540233;WS=72540215;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr11	72554407	rs3217361	A	AGGG	12762.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=0.278;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=668;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.521;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.009;NF=28;NR=91;PP=2973;ReadPosRankSum=-0.254;SC=ACAAGTTTACACACACAATTT;SOR=0.732;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=243;TCF=57;TCR=186;TR=119;WE=72554415;WS=72554397;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:331,327:0.50:658
chr11	72598704	rs7129851	G	A	2500.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=1.793;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.901;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=64;PP=1860;ReadPosRankSum=0.233;SC=ATAATTCAAAGGGCTTTAGTG;SOR=3.126;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=81;TCF=16;TCR=65;TR=78;WE=72598712;WS=72598694;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,83:0.98:85
chr11	72788823	rs6592510	C	T	4580.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=53;NR=62;PP=1771;SC=ATTATAAGGACACACAGGAAA;SOR=0.809;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=115;TCF=53;TCR=62;TR=115;WE=72788831;WS=72788813;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,180:1.00:180
chr11	72794613	.	AAAC	A	301.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.419;ClippingRankSum=0.000;DP=144;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.67;MQRankSum=2.812;QD=2.22;ReadPosRankSum=2.325;SOR=0.672;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:98,38:0.28:136
chr11	72945341	rs2511241	C	T	12978.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=491;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=176;NR=143;PP=2965;SC=GTGTGCGTGCCTGGGCTGTGT;SOR=0.840;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=320;TCF=176;TCR=144;TR=319;WE=72945349;WS=72945331;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,479:1.00:479
chr11	72946020	rs1783596	C	T	7360.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-2.702;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=739;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=120;NR=115;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.576;SC=ACTCCTTCCGCTCGCTGGACC;SOR=0.704;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=471;TCF=240;TCR=231;TR=235;WE=72946028;WS=72946010;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:365,371:0.50:736
chr11	72946204	rs1626154	C	T	6273.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.920;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=615;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.522;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=81;NR=104;PP=2905;ReadPosRankSum=-1.615;SC=CCCGGCTCGCCGCAGGCTGGG;SOR=0.744;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=378;TCF=174;TCR=204;TR=185;WE=72946212;WS=72946194;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:308,297:0.49:605
chr11	73020058	rs12272360	C	T	4566.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.444;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=440;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.111;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=97;NR=53;PP=2322;ReadPosRankSum=-0.648;SC=CCTGGCCCAGCGTCACCGAGA;SOR=0.817;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=295;TCF=184;TCR=111;TR=150;WE=73020066;WS=73020048;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:216,219:0.50:435
chr11	73020375	rs139105330	G	GCTC	3991.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.725;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=236;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.129;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.452;NF=13;NR=32;PP=1985;ReadPosRankSum=-1.748;SC=CGGGCCTCCTGCTCCTCCTCC;SOR=0.943;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=116;TCF=31;TCR=85;TR=45;WE=73020383;WS=73020365;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:103,105:0.50:208
chr11	73063780	rs75771454	G	A	1084.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=3.050;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=3;PP=574;ReadPosRankSum=1.986;SC=CTGCAGGCCCGGGTGATTCTG;SOR=0.721;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=70;TCF=59;TCR=11;TR=30;WE=73063788;WS=73063770;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,46:0.51:91
chr11	73072965	rs10553377	CCACA	C	2073.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.766;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.692;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=8;PP=1570;ReadPosRankSum=0.328;SC=TATAGGGCATCCACACACACA;SOR=0.963;SbPval=0.96;Source=Platypus;TC=85;TCF=55;TCR=30;TR=39;WE=73072976;WS=73072955;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,57:0.46:124
chr11	73074160	rs149249666	G	A	719.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-1.227;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.861;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=11;PP=410;ReadPosRankSum=-0.269;SC=CTTCCGGAGGGGCATGGCCAG;SOR=0.547;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=67;TCF=42;TCR=25;TR=29;WE=73074168;WS=73074150;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,36:0.44:81
chr11	73076590	rs61749197	C	T	4894.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=2.091;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=458;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=73;NR=68;PP=2228;ReadPosRankSum=0.661;SC=TCACTCCTCCCGTGCACAGGA;SOR=0.728;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=271;TCF=136;TCR=135;TR=141;WE=73076598;WS=73076580;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:214,234:0.52:448
chr11	73100232	rs11826896	C	T	1084.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.964;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.404;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=22;PP=462;ReadPosRankSum=-0.048;SC=TTATGGTGAGCTGGGGATGGG;SOR=0.849;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=88;TCF=41;TCR=47;TR=40;WE=73100240;WS=73100222;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,58:0.45:128
chr11	73100320	rs11826909	C	G	956.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-2.413;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.739;HP=4;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=22;PP=457;ReadPosRankSum=0.843;SC=GGGGAACCCCCTGCTGGGCAG;SOR=0.809;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=77;TCF=31;TCR=46;TR=36;WE=73100328;WS=73100310;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,49:0.47:104
chr11	73104724	rs79365754	G	T	2096.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.680;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.159;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=23;PP=907;ReadPosRankSum=-2.404;SC=TCTGAGCCTGGATCCCACATT;SOR=0.804;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=122;TCF=71;TCR=51;TR=60;WE=73104732;WS=73104714;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,96:0.53:182
chr11	73106088	rs28641751	C	G	1308.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.094;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.411;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=18;PP=714;ReadPosRankSum=-1.452;SC=CTCTGTGCCCCGGGATCCCCG;SOR=0.483;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=98;TCF=66;TCR=32;TR=50;WE=73106096;WS=73106078;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,65:0.53:123
chr11	73106690	rs7101831	T	C	220.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-3.848;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.157;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=11;PP=129;ReadPosRankSum=-2.414;SC=TGGGAGCGTCTGCCCCAGTGA;SOR=0.257;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=31;TCF=3;TCR=28;TR=12;WE=73106698;WS=73106680;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,14:0.36:39
chr11	73120653	rs10793060	A	G	812.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.126;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.762;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=22;PP=506;ReadPosRankSum=0.197;SC=CGACCGTGGTATGGTGGATGA;SOR=0.958;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=74;TCF=25;TCR=49;TR=32;WE=73120661;WS=73120643;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,39:0.41:95
chr11	73179426	rs1939383	G	A	1158.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.518;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.541;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=8;PP=407;ReadPosRankSum=2.545;SC=TTCTCAAAATGAGAGCCATTC;SOR=0.854;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=64;TCF=41;TCR=23;TR=28;WE=73179434;WS=73179416;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,57:0.52:109
chr11	73362766	rs670811	C	T	6929.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=259;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=99;NR=76;PP=2965;SC=CTATTCCTGTCCCTGCTTTAC;SOR=0.899;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=175;TCF=99;TCR=76;TR=175;WE=73362785;WS=73362756;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,254:1.00:254
chr11	73364368	rs6592527	C	G	1772.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=32;NR=9;PP=1003;SC=TCCAGCTGCTCCTCACAACAG;SOR=1.727;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=42;TCF=33;TCR=9;TR=41;WE=73364376;WS=73364358;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr11	73364629	rs7942217	T	A	1413.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=25;PP=750;SC=ATTTGCAGTGTCTGGCCCTTT;SOR=1.358;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=36;TCF=11;TCR=25;TR=36;WE=73364637;WS=73364619;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr11	73364673	rs7952228	G	A	601.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.16;SOR=1.708;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr11	73366697	rs2008734	G	A	3200.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=71;NR=18;PP=2068;SC=GTTACCATGAGCTGAGGAGAA;SOR=2.218;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=89;TCF=71;TCR=18;TR=89;WE=73366705;WS=73366687;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr11	73390772	rs71469461	GAA	G	7590.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=10;NR=66;PP=2950;SC=AGAGCTGTGGGAAAGAGAGAA;SOR=0.988;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=77;TCF=10;TCR=67;TR=76;WE=73390781;WS=73390762;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,175:1.00:175
chr11	73415073	.	C	CA	49.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.595;ClippingRankSum=0.000;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=1.556;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.24;MQRankSum=1.668;QD=1.34;ReadPosRankSum=0.210;SOR=0.721;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,9:0.24:37
chr11	73429958	.	T	TA	137.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.605;ClippingRankSum=0.000;DP=91;ExcessHet=3.0103;FS=2.568;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.12;ReadPosRankSum=0.513;SOR=1.234;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:48,17:0.26:65
chr11	73441772	rs2037709	A	C	2696.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=39;NR=33;PP=1497;SC=ACTTGTAACAAAAAATAGACA;SOR=0.842;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=72;TCF=39;TCR=33;TR=72;WE=73441780;WS=73441762;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr11	73662133	rs202023755	T	A	2983.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-2.821;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=337;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.659;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=39;PP=1151;ReadPosRankSum=0.491;SC=GGATTATTACTCTGTGCTCGG;SOR=0.681;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=201;TCF=101;TCR=100;TR=90;WE=73662141;WS=73662123;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:177,154:0.47:331
chr11	73676154	rs117097339	G	C	179.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-0.807;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.294;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=7;PP=91;ReadPosRankSum=1.847;SC=CCCTTACCTGGGTGGGAGGAC;SOR=0.274;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=31;TCF=9;TCR=22;TR=12;WE=73676162;WS=73676144;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,12:0.32:37
chr11	73748886	rs144276208	C	T	57.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-1.645;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=3;PP=34;ReadPosRankSum=-0.000;SC=CCCTCTCTCTCCAATCCACCA;SOR=1.022;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=3;WE=73748894;WS=73748876;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,3:0.60:5
chr11	73753268	rs35449717	CA	C	129.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.297;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=1.170;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.88;ReadPosRankSum=-0.892;SOR=1.029;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,20:0.44:45
chr11	73796608	rs1095424	T	C	3819.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=77;NR=31;PP=2198;SC=AGGGCTATACTATTCACAATG;SOR=1.593;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=109;TCF=77;TCR=32;TR=108;WE=73796616;WS=73796598;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,141:1.00:141
chr11	74000180	rs35776286	TA	T	73.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.222;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FS=1.189;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.98;ReadPosRankSum=-1.126;SOR=1.056;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:56,19:0.25:75
chr11	74000249	rs11419151	T	TA	219.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.415;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=2.199;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.99;ReadPosRankSum=-1.747;SOR=0.184;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,15:0.75:20
chr11	74015281	rs75721221	T	C	143.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.63;BaseQRankSum=-0.721;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=1;PP=52;ReadPosRankSum=0.989;SC=AGATAGAATCTTCTCTCTTAC;SOR=0.730;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=24;TCF=20;TCR=4;TR=7;WE=74015289;WS=74015271;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,9:0.28:32
chr11	74047683	rs1044782	A	G	18899.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.583;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=748;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=212;NR=185;PP=2965;ReadPosRankSum=0.234;SC=GTGTCATGACATATTGGTGTA;SOR=0.760;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=399;TCF=213;TCR=186;TR=397;WE=74047691;WS=74047673;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,744:1.00:746
chr11	74049569	rs3867270	A	G	10173.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.638;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=408;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=127;NR=103;PP=2965;ReadPosRankSum=1.054;SC=GTTCTGTTCCACTTGTCCGAA;SOR=0.826;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=233;TCF=129;TCR=104;TR=230;WE=74049577;WS=74049559;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,397:0.99:399
chr11	74053547	rs592644	C	T	2316.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=28;NR=24;PP=907;SC=CCAGTGGTAACGTCCCGTACA;SOR=0.761;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=52;TCF=28;TCR=24;TR=52;WE=74053555;WS=74053537;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr11	74054346	rs641271	G	T	3274.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=62;NR=22;PP=1758;SC=AAATTTTGAAGATTTTAATAT;SOR=1.649;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=84;TCF=62;TCR=22;TR=84;WE=74054354;WS=74054336;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr11	74057647	rs519083	T	C	774.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=19;NR=2;PP=516;SC=GTGGTTATTTTGGGATAATGG;SOR=3.528;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=21;TCF=19;TCR=2;TR=21;WE=74057655;WS=74057637;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr11	74057931	rs3741130	C	T	8417.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=324;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQ=60.03;NF=82;NR=137;PP=2965;SC=TCAATGTTAACGTTCCTGTAT;SOR=1.143;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=219;TCF=82;TCR=137;TR=219;WE=74057939;WS=74057921;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,318:1.00:318
chr11	74085420	rs35170680	T	G	3201.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=63;NR=29;PP=2033;SC=AGCCACCATGTCCAGTCAAAA;SOR=1.487;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=92;TCF=63;TCR=29;TR=92;WE=74085428;WS=74085410;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr11	74109342	rs904155	C	T	1477.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=8;NR=37;PP=1053;SC=GCAGGGTGTTCGTAACAGCTC;SOR=2.701;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=45;TCF=8;TCR=37;TR=45;WE=74109350;WS=74109332;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr11	74203308	rs586088	T	A	8057.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=310;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=95;NR=106;PP=2965;SC=GTGACGCCTGTCCCAACCAGT;SOR=0.761;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=201;TCF=95;TCR=106;TR=201;WE=74203316;WS=74203298;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,304:1.00:304
chr11	74204198	rs10736797	G	A	7255.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=285;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=88;NR=55;PP=2712;SC=CCTCACCTCCGTTGGTCCAGC;SOR=0.918;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=144;TCF=88;TCR=56;TR=143;WE=74204206;WS=74204188;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,283:1.00:283
chr11	74204269	rs10736798	T	G	7991.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=313;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=85;NR=82;PP=2965;SC=ACCGCCCTGCTCCGCGGCGCT;SOR=0.700;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=167;TCF=85;TCR=82;TR=167;WE=74204277;WS=74204259;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,311:1.00:311
chr11	74204727	rs4944895	A	G	4188.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.62;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=38;NR=33;PP=1450;SC=AGGCGCACCAACCGAACGGCG;SOR=0.745;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=71;TCF=38;TCR=33;TR=71;WE=74204735;WS=74204717;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,156:1.00:156
chr11	74207856	rs643738	G	A	8757.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=336;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=145;NR=85;PP=2965;SC=AACATCCCCAGTGGGAAAAAA;SOR=1.214;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=232;TCF=146;TCR=86;TR=230;WE=74207876;WS=74207846;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,328:1.00:328
chr11	74208029	rs655025	C	T	7493.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=285;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=83;NR=132;PP=2965;SC=GCATTACTCACTGCATTTTTT;SOR=1.162;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=217;TCF=84;TCR=133;TR=215;WE=74208037;WS=74208019;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,276:1.00:276
chr11	74208214	rs656506	G	A	3680.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.384;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=50;PP=2048;ReadPosRankSum=-0.758;SC=AACATCTTACGGAAGAGTATG;SOR=0.223;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=96;TCF=46;TCR=50;TR=95;WE=74208222;WS=74208204;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,134:0.99:135
chr11	74208475	.	T	A	33.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.973;ClippingRankSum=0.000;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=1.935;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.65;MQRankSum=-7.239;QD=0.63;ReadPosRankSum=1.752;SOR=1.281;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:49,5:0.09:54
chr11	74208478	.	A	T	36.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.240;ClippingRankSum=0.000;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=1.945;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.57;MQRankSum=-7.028;QD=0.72;ReadPosRankSum=1.345;SOR=1.304;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:46,5:0.10:51
chr11	74208592	rs657339	G	T	1583.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=26;NR=19;PP=851;SC=TTACTGGCAAGTTCAGTAATG;SOR=0.986;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=45;TCF=26;TCR=19;TR=45;WE=74208600;WS=74208582;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr11	74303841	rs2298572	T	C	6089.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=63;NR=114;PP=2965;SC=GCCTTGACCCTCTGTCTGCTT;SOR=1.322;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=177;TCF=63;TCR=114;TR=177;WE=74303849;WS=74303831;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,216:1.00:216
chr11	74329615	rs4944052	T	C	4991.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.100;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=456;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.104;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=89;NR=64;PP=2491;ReadPosRankSum=-1.087;SC=CTGCCGTCCCTAGAGCTCCTG;SOR=0.616;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=260;TCF=152;TCR=108;TR=153;WE=74329623;WS=74329605;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:210,240:0.53:450
chr11	74330888	rs11236172	G	A	722.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-4.584;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.112;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=3;PP=529;ReadPosRankSum=0.148;SC=TTACTGTCTGGTGTGGATTAT;SOR=0.256;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=52;TCF=48;TCR=4;TR=28;WE=74330896;WS=74330878;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,29:0.54:54
chr11	74330980	rs10501417	A	G	2320.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.690;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=234;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=30;PP=1269;ReadPosRankSum=0.804;SC=ACAGTTTGCTATAGAAGAGTT;SOR=0.662;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=181;TCF=119;TCR=62;TR=85;WE=74330988;WS=74330970;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:122,109:0.47:231
chr11	74340196	rs2298792	A	G	3193.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.917;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=322;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.695;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=32;PP=1594;ReadPosRankSum=-0.270;SC=AAAACCCATAAGAGCATGTGA;SOR=0.892;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=182;TCF=116;TCR=66;TR=94;WE=74340204;WS=74340186;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:165,151:0.48:316
chr11	74345550	rs3824999	T	G	427.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.522;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.755;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=5;PP=176;ReadPosRankSum=0.449;SC=GACATGTCAATTTAGAGAACC;SOR=0.351;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=32;TCF=24;TCR=8;TR=15;WE=74345558;WS=74345540;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,22:0.49:45
chr11	74345823	rs11236181	T	G	614.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-1.853;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.953;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=17;PP=342;ReadPosRankSum=0.029;SC=ATTAGTTCCCTTGCTGTATAC;SOR=0.569;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=53;TCF=16;TCR=37;TR=25;WE=74345831;WS=74345813;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,31:0.46:68
chr11	74347434	rs4944920	G	C	3318.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=32;NR=70;PP=2040;SC=TGTGAATCATGCCCAAGTGGT;SOR=1.590;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=102;TCF=32;TCR=70;TR=102;WE=74347442;WS=74347424;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr11	74379809	rs56330626	G	GT	726.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.063;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=9;HapScore=3;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=14;PP=306;ReadPosRankSum=-0.517;SC=TTTCTGTTGTGTTTTTTTTAC;SOR=0.638;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=49;TCF=16;TCR=33;TR=19;WE=74379817;WS=74379799;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,46:0.41:111
chr11	74407676	rs3819242	C	T	1304.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=11;NR=26;PP=816;SC=TGTGTCTGCACGTGCACAACA;SOR=1.609;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=11;TCR=26;TR=37;WE=74407684;WS=74407666;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr11	74408384	rs10751240	C	T	4326.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=65;NR=53;PP=2448;SC=AGGCAAAAACCTACAGTCGGT;SOR=0.870;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=118;TCF=65;TCR=53;TR=118;WE=74408392;WS=74408374;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,157:1.00:157
chr11	74408619	rs3741124	C	G	23478.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=881;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=278;NR=265;PP=2965;SC=AATCCTAGCTCTGGTCATTAG;SOR=0.718;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=546;TCF=280;TCR=266;TR=543;WE=74408641;WS=74408609;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,877:1.00:877
chr11	74408633	rs3741123	A	G	23259.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.681;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=906;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=273;NR=281;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.093;SC=TCATTAGAACATGTATACGTC;SOR=0.716;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=559;TCF=277;TCR=282;TR=554;WE=74408641;WS=74408609;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,900:1.00:902
chr11	74408740	rs3741122	C	T	4216.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-2.129;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=434;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.532;HP=1;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=96;PP=2266;ReadPosRankSum=-0.573;SC=CTGTCACCTGCACCATCCTGC;SOR=0.633;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=292;TCF=105;TCR=187;TR=151;WE=74408748;WS=74408730;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:214,206:0.49:420
chr11	74413872	rs34528207	A	G	982.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.403;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.691;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=14;PP=546;ReadPosRankSum=-2.087;SC=ATCTCCACCAAGTCCGAGGCC;SOR=0.822;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=89;TCF=53;TCR=36;TR=37;WE=74413880;WS=74413862;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,49:0.40:124
chr11	74419357	rs1944937	C	T	836.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=1.660;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=3;PP=285;ReadPosRankSum=2.036;SC=CTTTGCAGGCCTGGCAGCAGG;SOR=0.861;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=43;TCF=33;TCR=10;TR=17;WE=74419365;WS=74419347;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,23:0.43:53
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chr11	74419456	rs187983810	A	G	1219.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=4.283;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=20;PP=650;ReadPosRankSum=0.311;SC=AGATAGAGCAAACCAGCTGGG;SOR=0.671;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=105;TCF=56;TCR=49;TR=41;WE=74419464;WS=74419446;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:100,61:0.38:161
chr11	74460517	rs111614451	T	TA	77.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-0.595;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=27;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=3;PP=70;ReadPosRankSum=-0.908;SC=TCCCGGGCCCTACTCGGGCGG;SOR=0.495;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=0;TCR=10;TR=3;WE=74460525;WS=74460507;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,4:0.36:11
chr11	74546905	rs1125609	G	A	3240.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.979;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=309;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.454;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=65;PP=1676;ReadPosRankSum=-0.037;SC=GAAGCCTGCAGAAGCAGACTT;SOR=0.932;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=213;TCF=91;TCR=122;TR=105;WE=74546913;WS=74546895;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:150,155:0.51:305
chr11	74559623	rs571437	C	T	360.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=3.596;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.332;HP=7;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=12;PP=226;ReadPosRankSum=-1.274;SC=CGGACTGAGGCGGGGGTGGAA;SOR=2.110;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=29;TCF=5;TCR=24;TR=13;WE=74559631;WS=74559613;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,16:0.47:34
chr11	74645032	rs140602440	G	GTTCA	1642.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.500;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.644;NF=1;NR=26;PP=1302;ReadPosRankSum=2.236;SC=TTGTTTGCTTGTTCATTCATT;SOR=0.596;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=80;TCF=7;TCR=73;TR=27;WE=74645043;WS=74645022;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,44:0.54:82
chr11	74660504	rs1282689	A	C	3797.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.157;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=416;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.477;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=76;NR=44;PP=2041;ReadPosRankSum=-0.359;SC=GCGGCGAGCCAACCTTCCCAT;SOR=0.889;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=280;TCF=163;TCR=117;TR=120;WE=74660512;WS=74660494;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:227,179:0.44:406
chr11	74660631	rs1282690	G	A	6144.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.039;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=611;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.099;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=92;NR=107;PP=2962;ReadPosRankSum=0.425;SC=ACCTGGACCCGGTCCTCTTTA;SOR=0.578;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=379;TCF=164;TCR=215;TR=199;WE=74660639;WS=74660621;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:298,302:0.50:600
chr11	74674616	rs562581	A	G	243.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.793;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=1;PP=224;ReadPosRankSum=1.695;SC=TTGTTTGTTTATTTATTTATT;SOR=0.576;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=29;TCF=25;TCR=4;TR=13;WE=74674624;WS=74674606;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,12:0.36:33
chr11	74676794	rs514534	G	C	2191.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=2.789;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-1.057;NF=35;NR=30;PP=1139;ReadPosRankSum=-0.274;SC=TTGATTCCTTGTTTTTCTCAC;SOR=0.667;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=129;TCF=70;TCR=59;TR=65;WE=74676802;WS=74676784;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:117,103:0.47:220
chr11	74700896	rs681566	A	G	2578.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=2.741;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=248;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.671;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=18;PP=1417;ReadPosRankSum=1.562;SC=AGAAAGCGGGAAGGACTTGAT;SOR=0.850;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=154;TCF=113;TCR=41;TR=76;WE=74700904;WS=74700886;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:122,116:0.49:238
chr11	74705696	rs544115	T	C	8990.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=2.158;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=929;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.523;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=115;NR=133;PP=2962;ReadPosRankSum=1.764;SC=AGAAGCGTTCTACGAGGAGAG;SOR=0.754;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=526;TCF=250;TCR=276;TR=248;WE=74705704;WS=74705686;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:488,438:0.47:926
chr11	74715418	rs11236283	G	C	1646.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.164;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=18;PP=888;ReadPosRankSum=2.485;SC=TAAAGTGCTGGGATTACAGCA;SOR=0.644;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=120;TCF=86;TCR=34;TR=60;WE=74715426;WS=74715408;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,76:0.48:158
chr11	74862356	rs2851069	T	C	3034.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=50;NR=29;PP=1637;SC=GAAGATTTGCTTCCTCTCCCC;SOR=1.169;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=79;TCF=50;TCR=29;TR=79;WE=74862364;WS=74862346;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr11	74862391	rs1944612	A	G	4629.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=61;NR=41;PP=2150;SC=TCCTGAGATTAAATTAGGGGC;SOR=0.947;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=102;TCF=61;TCR=41;TR=102;WE=74862399;WS=74862381;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,174:1.00:174
chr11	74904362	rs1621378	T	C	12637.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=479;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=144;NR=120;PP=2965;SC=GGCATGGCCATCTTCCTGCCC;SOR=0.800;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=266;TCF=146;TCR=120;TR=264;WE=74904370;WS=74904352;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,472:1.00:472
chr11	74988021	rs34053901	G	GTCCCC	1637.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-1.947;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.934;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQ=60.11;MQRankSum=0.965;NF=1;NR=15;PP=776;ReadPosRankSum=0.019;SC=TCTCACAGGCGTCCCCGGGTT;SOR=0.534;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=51;TCF=2;TCR=49;TR=16;WE=74988029;WS=74988011;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,43:0.53:81
chr11	74995350	rs647630	C	T	7963.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=0.659;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=310;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=85;NR=75;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.958;SC=GAGTAAGCGGCCTCTCCCAAC;SOR=0.781;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=161;TCF=86;TCR=75;TR=160;WE=74995358;WS=74995340;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,307:0.99:309
chr11	75136606	.	G	A	3634.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=4.248;ClippingRankSum=0.000;DP=346;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.294;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=52;PP=1585;ReadPosRankSum=2.648;SC=TCAGGCCGTCGAAGCCACCCA;SOR=0.793;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=171;TCF=82;TCR=89;TR=97;WE=75136614;WS=75136596;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:170,174:0.51:344
chr11	75141630	rs11236430	T	C	1859.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=2.731;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.572;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=23;PP=875;ReadPosRankSum=-0.117;SC=CGCACGGCGCTTCGCAGCCCG;SOR=0.644;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=95;TCF=46;TCR=49;TR=47;WE=75141638;WS=75141620;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,83:0.51:162
chr11	75141762	rs3018101	T	C	868.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=2.067;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.976;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=19;PP=451;ReadPosRankSum=0.598;SC=TTATTTCCTCTCTTGACCATT;SOR=1.055;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=59;TCF=21;TCR=38;TR=28;WE=75141770;WS=75141752;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,40:0.49:82
chr11	75150280	rs61897371	G	A	1178.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=13;PP=770;ReadPosRankSum=-0.483;SC=GAGGTGGCCCGGGCACAGGGC;SOR=0.518;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=38;TCF=25;TCR=13;TR=36;WE=75150288;WS=75150270;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,43:0.98:44
chr11	75152243	rs571353	C	T	7538.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.541;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=304;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=114;NR=86;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.950;SC=TGGGACAGGGCGTGGGAGTTG;SOR=0.908;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=202;TCF=116;TCR=86;TR=200;WE=75152251;WS=75152233;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,295:0.99:297
chr11	75154067	rs532454	C	T	4658.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=92;NR=49;PP=2466;SC=GTGGAGGTCGCGAAAGCTCTG;SOR=1.334;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=141;TCF=92;TCR=49;TR=141;WE=75154075;WS=75154057;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,177:1.00:177
chr11	75155743	rs479574	T	C	657.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=16;PP=423;SC=GCCTACCTCATTGGTTTTACT;SOR=2.833;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=2;TCR=17;TR=18;WE=75155751;WS=75155733;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr11	75160213	rs473462	G	A	2902.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=27;NR=50;PP=1476;SC=CCCTGGGCAGGTTGGGGTGCA;SOR=1.287;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=77;TCF=27;TCR=50;TR=77;WE=75160221;WS=75160203;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr11	75160575	rs518611	G	A	9076.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=351;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=106;NR=81;PP=2965;SC=TCCGCTCTGCGCGGGCGAACT;SOR=0.860;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=189;TCF=107;TCR=82;TR=187;WE=75160583;WS=75160565;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,347:1.00:347
chr11	75167704	rs1793410	T	C	12562.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=472;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=170;NR=134;PP=2965;SC=ATTCTAACGGTGATCCAGGGG;SOR=0.867;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=304;TCF=170;TCR=134;TR=304;WE=75167712;WS=75167694;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,472:1.00:472
chr11	75188569	rs1790149	C	T	5267.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=74;NR=50;PP=2199;SC=CTGTCCAGAGCGAGTCAGCAG;SOR=0.936;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=124;TCF=74;TCR=50;TR=124;WE=75188577;WS=75188559;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,200:1.00:200
chr11	75277628	rs584961	A	G	1258.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.087;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.072;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=22;PP=828;ReadPosRankSum=-0.909;SC=CCTCGTCGCTAGGGCTCGTGT;SOR=0.350;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=85;TCF=34;TCR=51;TR=40;WE=75277636;WS=75277618;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,49:0.49:99
chr11	75277992	rs651581	C	T	4662.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-2.856;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=433;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.975;NF=53;NR=98;PP=2360;ReadPosRankSum=0.327;SC=CGGCGCCCTGCTAGTCAACGC;SOR=0.677;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=303;TCF=106;TCR=197;TR=151;WE=75278000;WS=75277982;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:208,221:0.52:429
chr11	75278040	rs35462148	G	GTCC	3816.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.442;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=267;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.105;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQ=60.04;MQRankSum=1.090;NF=2;NR=50;PP=2220;ReadPosRankSum=1.279;SC=GCGTTCAGGGGTCCTCCTCCT;SOR=0.987;SbPval=0.92;Source=Platypus;TC=144;TCF=12;TCR=132;TR=52;WE=75278048;WS=75278030;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:118,101:0.46:219
chr11	75298797	rs1231128	A	G	918.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-0.039;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.849;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=13;PP=583;ReadPosRankSum=0.586;SC=TGGGACCTTCATCCTTGACAG;SOR=0.837;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=69;TCF=45;TCR=24;TR=38;WE=75298805;WS=75298787;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,42:0.51:83
chr11	75378674	rs12225010	A	C	497.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.64;BaseQRankSum=-1.409;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=3;PP=88;ReadPosRankSum=-0.712;SC=CGCGGCGCACAATCCAGGCAG;SOR=0.846;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=24;TCF=13;TCR=11;TR=9;WE=75378682;WS=75378664;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,26:0.50:52
chr11	75428958	rs554202	A	G	3072.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=1.511;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=332;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.308;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=39;PP=1494;ReadPosRankSum=-0.065;SC=GCCCTTGTTTATGCCGTGGGA;SOR=0.775;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=190;TCF=110;TCR=80;TR=95;WE=75428966;WS=75428948;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:184,147:0.44:331
chr11	75430950	rs650861	A	G	1247.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-2.303;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.845;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=10;PP=799;ReadPosRankSum=0.022;SC=TGCTAGTGCCAGGCCTATGGG;SOR=0.591;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=94;TCF=77;TCR=17;TR=50;WE=75430958;WS=75430940;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,59:0.54:110
chr11	75501852	rs2510635	A	G	2454.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=29;NR=47;PP=1418;SC=ACCCACCCACAGGGAAGCAAG;SOR=1.179;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=76;TCF=29;TCR=47;TR=76;WE=75501860;WS=75501842;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr11	75902571	rs2508779	A	G	2726.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=67;NR=19;PP=1678;SC=GTGCAACACCAGTGACCCTTT;SOR=2.303;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=86;TCF=67;TCR=19;TR=86;WE=75902579;WS=75902561;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr11	75905800	rs1533767	G	A	359.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.605;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.279;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=8;PP=148;ReadPosRankSum=-1.151;SC=AGGAGCAGCCGGGCAGGTCGC;SOR=0.976;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=22;TCF=6;TCR=16;TR=10;WE=75905808;WS=75905790;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,18:0.47:38
chr11	75917189	rs1717626	G	C	673.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-3.155;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.642;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=1;PP=495;ReadPosRankSum=0.382;SC=TCGCAAGCCTGCGGGAGGCAG;SOR=1.075;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=52;TCF=49;TCR=3;TR=23;WE=75917197;WS=75917179;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,26:0.44:59
chr11	75917334	rs1879633	T	C	14634.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.63;DB;DP=567;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=138;NR=137;PP=2965;SC=CCCCAGTCCCTGGCCTGTGCG;SOR=0.715;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=277;TCF=139;TCR=138;TR=275;WE=75917342;WS=75917324;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,564:1.00:564
chr11	76115231	rs7113820	G	A	1143.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.916;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.170;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=36;PP=844;ReadPosRankSum=0.030;SC=GGAATAGAACGAGGAGTTCAA;SOR=0.460;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=76;TCF=8;TCR=68;TR=41;WE=76115239;WS=76115221;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,46:0.55:84
chr11	76183924	rs4245443	A	G	730.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=0.644;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=21;PP=482;ReadPosRankSum=-0.291;SC=CACAGTTGCTATATGGAATTT;SOR=0.776;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=48;TCF=9;TCR=39;TR=26;WE=76183932;WS=76183914;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,32:0.55:58
chr11	76207633	rs10899226	G	A	2490.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.697;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=5.947;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=46;PP=1702;ReadPosRankSum=2.744;SC=TTTTTCATCAGTGTTTTACAG;SOR=0.088;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=88;TCF=37;TCR=51;TR=83;WE=76207641;WS=76207623;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,91:0.97:94
chr11	76207709	rs72930511	G	A	653.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=0.042;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.842;HP=1;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=18;PP=386;ReadPosRankSum=-0.451;SC=TTTTCTTGTCGTGATTATAAT;SOR=0.923;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=62;TCF=25;TCR=37;TR=30;WE=76207717;WS=76207699;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,34:0.43:79
chr11	76227182	rs2508740	G	A	3677.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-1.610;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=372;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.703;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=42;PP=1349;ReadPosRankSum=-0.595;SC=TTCCCTTTCTGTAGGCACACA;SOR=0.600;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=188;TCF=102;TCR=86;TR=88;WE=76227190;WS=76227172;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:182,183:0.50:365
chr11	76237725	rs11363199	CA	C	1787.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.604;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.810;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.444;NF=0;NR=39;PP=1398;ReadPosRankSum=-0.978;SC=TAAATATTTTCAATTCTTATA;SOR=0.860;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=79;TCF=0;TCR=79;TR=39;WE=76237733;WS=76237715;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,60:0.50:121
chr11	76257215	rs3753051	T	C	2369.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.033;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=305;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.400;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=38;PP=863;ReadPosRankSum=-1.670;SC=GTCCATCCACTGTTGGCTCTT;SOR=0.593;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=194;TCF=85;TCR=109;TR=72;WE=76257223;WS=76257205;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:175,125:0.42:300
chr11	76260909	.	C	CT	322.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.992;ClippingRankSum=0.000;DP=106;ExcessHet=3.0103;FS=8.375;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.10;MQRankSum=1.218;QD=3.36;ReadPosRankSum=-0.430;SOR=0.196;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:65,31:0.32:96
chr11	76370792	rs4304809	A	G	10638.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=407;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=133;NR=121;PP=2965;SC=CACAGTCCTCAGGACGCACGT;SOR=0.764;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=254;TCF=133;TCR=121;TR=254;WE=76370800;WS=76370782;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,406:1.00:406
chr11	76372052	rs3740779	A	G	3328.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.638;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=371;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.236;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=47;PP=1720;ReadPosRankSum=0.466;SC=GGCGGGGCAGACCCTCGAAGG;SOR=0.817;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=231;TCF=124;TCR=107;TR=105;WE=76372060;WS=76372042;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:199,162:0.45:361
chr11	76372418	rs3740778	T	C	8026.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=314;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=69;NR=88;PP=2778;SC=GACGAAGTGCTGTGTAGAAGC;SOR=0.837;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=158;TCF=69;TCR=89;TR=157;WE=76372426;WS=76372408;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,311:1.00:311
chr11	76372564	rs10751259	T	C	227.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.800;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=4.242;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.99;ReadPosRankSum=1.373;SOR=1.356;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,12:0.63:19
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chr11	76402532	rs76049815	C	T	3509.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.352;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=24;PP=1661;ReadPosRankSum=0.681;SC=AGTAGAAAGACGGGGATTATT;SOR=0.751;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=91;TCF=66;TCR=25;TR=89;WE=76402540;WS=76402522;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,132:0.99:133
chr11	76402550	rs191006444	C	T	2014.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.120;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.228;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=24;PP=1069;ReadPosRankSum=1.613;SC=ATTGAATATTCGAAGAATTCT;SOR=0.588;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=126;TCF=84;TCR=42;TR=70;WE=76402558;WS=76402540;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,94:0.54:175
chr11	76405062	rs12417222	C	A	5511.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=2.095;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=90;NR=46;PP=2662;ReadPosRankSum=2.007;SC=ACTTTTCCCACAAAGACCACA;SOR=0.485;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=137;TCF=91;TCR=46;TR=136;WE=76405070;WS=76405052;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,207:1.00:208
chr11	76405872	rs10736809	T	C	285.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=9;PP=239;SC=TTTCCTGCCTTTTGAGTCATT;SOR=4.615;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=9;WE=76405880;WS=76405862;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr11	76406268	rs117137776	T	A	440.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=35;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=3;PP=373;SC=GGCAGGAGAATGGCGTGGTCA;SOR=2.448;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=12;TCR=3;TR=15;WE=76406276;WS=76406265;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr11	76406341	rs10751260	G	C	2232.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=47;NR=9;PP=1339;SC=TTCCTGAAAAGTAGGGTACGC;SOR=2.133;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=56;TCF=47;TCR=9;TR=56;WE=76406349;WS=76406331;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr11	76415184	rs11236878	T	C	2283.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=47;NR=13;PP=1356;SC=AGAGGCACACTCAAGTCCAGG;SOR=2.055;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=60;TCF=47;TCR=13;TR=60;WE=76415192;WS=76415174;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr11	76418596	rs12364253	C	T	15652.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.701;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=599;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=189;NR=209;PP=2965;ReadPosRankSum=0.144;SC=GGAGCCTCGTCCCAGCACTTC;SOR=0.409;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=399;TCF=189;TCR=210;TR=398;WE=76418604;WS=76418586;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,585:0.99:588
chr11	76418737	rs2120898	A	G	6804.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=256;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=66;NR=115;PP=2965;SC=GTCCTGGGAAAGGTCATGAAA;SOR=1.249;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=182;TCF=66;TCR=116;TR=181;WE=76418745;WS=76418727;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,248:1.00:248
chr11	76419633	rs10128693	C	T	1239.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=8;NR=31;PP=999;SC=TGCTGGAGAGCCAGGGGGAGC;SOR=2.670;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=39;TCF=8;TCR=31;TR=39;WE=76419641;WS=76419623;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr11	76427731	rs10751261	T	C	16501.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=596;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=238;NR=190;PP=2965;SC=GATGCCAACGTCCCCTCCCAG;SOR=0.842;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=429;TCF=239;TCR=190;TR=428;WE=76427739;WS=76427721;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,587:1.00:587
chr11	76429160	rs10899266	T	A	1568.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=29.60;SOR=3.056;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr11	76430529	rs7122287	C	G	1153.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.91;QD=27.47;SOR=1.402;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr11	76430684	rs35033550	A	C	2268.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.244;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=254;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.462;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=30;PP=744;ReadPosRankSum=0.696;SC=CTATGGGGCCAGACTCCTGGC;SOR=0.657;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=147;TCF=81;TCR=66;TR=66;WE=76430692;WS=76430674;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:130,117:0.47:247
chr11	76506572	rs1149620	T	A	3697.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=64;NR=38;PP=1991;SC=CTTCCAACAGTGTCTAGACTG;SOR=1.154;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=103;TCF=65;TCR=38;TR=102;WE=76506580;WS=76506562;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,139:1.00:139
chr11	76507692	rs1149621	T	A	2623.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=22;NR=33;PP=1020;SC=ACACCCGGGATTCTGCTGCCA;SOR=0.967;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=56;TCF=23;TCR=33;TR=55;WE=76507700;WS=76507682;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr11	76579431	.	CTCTCTGTG	C	277	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;FR=0.5000;HP=2;HapScore=4;MGOF=20;MMLQ=28;MQ=60.0;NF=2;NR=7;PP=277;QD=31.7777777778;SC=CTCTCTCTCTCTCTCTGTGTG;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=12;TCF=2;TCR=10;TR=9;WE=76579446;WS=76579409;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:3,9:0.75:12
chr11	76579435	.	CTG	C	100	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;FR=0.5000;HP=2;HapScore=4;MGOF=25;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=2;NR=7;PP=100;QD=11.4444444444;SC=CTCTCTCTCTCTGTGTGTGTG;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=10;TCF=2;TCR=8;TR=9;WE=76579446;WS=76579409;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:1,9:0.90:10
chr11	76637651	rs4379869	G	A	2686.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.493;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=329;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=27;PP=908;ReadPosRankSum=-2.165;SC=GTTCGGTGCAGTTCAGAGTGT;SOR=0.692;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=201;TCF=118;TCR=83;TR=69;WE=76637659;WS=76637641;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:182,142:0.44:324
chr11	76637680	rs4479014	G	A	3216.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.377;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=364;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.720;HP=4;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=34;PP=1107;ReadPosRankSum=-2.582;SC=GTCTGGAAAAGCGGTACATTG;SOR=0.794;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=216;TCF=119;TCR=97;TR=82;WE=76637688;WS=76637670;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:195,166:0.46:361
chr11	76637730	rs4604914	C	G	2735.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.617;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=307;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.866;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=44;PP=1089;ReadPosRankSum=0.256;SC=AACACTGTATCTGAAGAAATG;SOR=0.640;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=205;TCF=98;TCR=107;TR=86;WE=76637738;WS=76637720;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:164,141:0.46:305
chr11	76637785	rs4457775	G	A	1515.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.718;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.986;HP=1;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=38;PP=900;ReadPosRankSum=-1.238;SC=TTCTAAAAGCGGTTTTCAATT;SOR=0.292;SbPval=0.23;Source=Platypus;TC=125;TCF=36;TCR=89;TR=59;WE=76637793;WS=76637775;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,72:0.49:147
chr11	76668478	rs4945125	C	T	194.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.847;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.497;HP=5;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=5;PP=94;ReadPosRankSum=-0.673;SC=TAATTTTTAACTTTTTGTGTG;SOR=1.136;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=16;TCF=6;TCR=10;TR=7;WE=76668486;WS=76668468;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,11:0.37:30
chr11	76669891	rs3740768	A	G	144.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=3.588;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=0;PP=115;ReadPosRankSum=0.736;SC=AGAGTCAGCTATATCTTGCCA;SOR=1.402;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=11;TCR=0;TR=6;WE=76669899;WS=76669881;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,6:0.43:14
chr11	76687399	rs1517909	A	C	506.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.092;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=10;PP=225;ReadPosRankSum=-0.675;SC=AGTACTTTTAAAATTTCATTG;SOR=0.653;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=24;TCF=7;TCR=17;TR=14;WE=76687407;WS=76687389;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,24:0.63:38
chr11	76687448	rs1517908	A	C	192.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=2.166;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=7;PP=154;ReadPosRankSum=0.718;SC=CTCATAGTGGATTAATATAAC;SOR=0.495;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=12;TCF=1;TCR=11;TR=8;WE=76687456;WS=76687438;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,8:0.67:12
chr11	76701365	rs3824889	G	T	608.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=3.046;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.568;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=1;PP=397;ReadPosRankSum=-0.127;SC=TAAAACATTCGACTCACCATA;SOR=2.279;SbPval=0.96;Source=Platypus;TC=39;TCF=33;TCR=6;TR=20;WE=76701373;WS=76701355;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,24:0.57:42
chr11	76701606	rs3740767	G	A	1233.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.674;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.930;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=28;PP=619;ReadPosRankSum=-1.272;SC=TAAAAGAGCCGATATTCCATC;SOR=0.908;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=71;TCF=17;TCR=54;TR=35;WE=76701614;WS=76701596;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,57:0.58:98
chr11	76701657	rs3740766	G	A	496.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-2.887;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.314;HP=1;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=17;PP=333;ReadPosRankSum=0.019;SC=GATTGTTTACGATACATGGCT;SOR=0.146;SbPval=0.26;Source=Platypus;TC=34;TCF=3;TCR=31;TR=20;WE=76701665;WS=76701647;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,23:0.59:39
chr11	76705180	rs56841188	CT	C	176.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.436;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.20;ReadPosRankSum=0.276;SOR=0.540;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,16:0.47:34
chr11	76751541	rs11292198	CT	C	17879.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=0.722;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=683;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=36;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=77;NR=181;PP=2951;ReadPosRankSum=-0.252;SC=GGGCATGTGTCTTGGAGCGCG;SOR=0.758;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=267;TCF=77;TCR=190;TR=258;WE=76751549;WS=76751531;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,667:1.00:669
chr11	76751584	rs11292199	CT	C	27883.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=637;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=47;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=41;NR=202;PP=2951;SC=CGAGGGCATCCTGGCCCTTCG;SOR=0.779;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=243;TCF=41;TCR=202;TR=243;WE=76751592;WS=76751574;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,628:1.00:628
chr11	76751603	rs11292200	CT	C	25455.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=0.689;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=612;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=49;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.086;NF=42;NR=208;PP=2951;ReadPosRankSum=1.361;SC=CGGCGTGCAGCTTGCCTGGCG;SOR=0.826;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=254;TCF=45;TCR=209;TR=250;WE=76751611;WS=76751593;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,608:1.00:610
chr11	76799004	rs7121748	T	C	8478.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.523;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=337;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.46;ReadPosRankSum=-0.557;SOR=0.288;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,332:1.00:333
chr11	76804629	rs3832735	AGTCTGTGTCTGTCAC	A	3695.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=2.383;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=330;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.213;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=2.473;NF=18;NR=26;PP=2969;ReadPosRankSum=0.459;SC=TCACACAGCAAGTCTGTGTCT;SOR=1.172;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=139;TCF=54;TCR=85;TR=44;WE=76804651;WS=76804619;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:214,106:0.33:320
chr11	76813961	rs2233546	C	T	1653.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-3.678;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.452;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=18;PP=760;ReadPosRankSum=-0.243;SC=CAGGCAGATGCGGCTACGCGT;SOR=0.414;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=81;TCF=54;TCR=27;TR=49;WE=76813969;WS=76813951;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,76:0.60:127
chr11	76868372	rs762667	T	C	5462.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=59;NR=67;PP=2494;SC=TGCTGGAGGGTATGAGTGAGG;SOR=0.762;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=126;TCF=59;TCR=67;TR=126;WE=76868380;WS=76868362;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,207:1.00:207
chr11	76870634	rs4944145	T	C	10779.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=407;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=124;NR=142;PP=2965;SC=TTTAAGCTCATTGGGGGCTGG;SOR=0.791;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=266;TCF=124;TCR=142;TR=266;WE=76870642;WS=76870624;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,405:1.00:405
chr11	76874149	rs111580784	C	CAT	1671.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.111;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.204;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=51;PP=1798;ReadPosRankSum=0.806;SC=TGTGATTATTCATATATATAT;SOR=2.154;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=79;TCF=0;TCR=79;TR=51;WE=76874158;WS=76874139;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,58:0.84:69
chr11	76876974	.	G	GT	264.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.886;ClippingRankSum=0.000;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=63.63;MQRankSum=3.817;QD=9.13;ReadPosRankSum=0.729;SOR=1.206;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,12:0.41:29
chr11	76876975	.	G	T	167	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MMLQ=28;MQ=63.61;NF=9;NR=0;PP=167;QD=22.4190236164;SC=CAGGCCTCAGGGCCCCCGTCA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=27;TCF=27;TCR=0;TR=9;WE=76876984;WS=76876970;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:18,9:0.33:27
chr11	76876976	rs112709387	G	GT,T	1058.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=28;NF=25;NR=0;PP=1104;SC=AGGCCTCAGGGCCCCCGTCAT;SOR=5.353;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=25;TCF=25;TCR=0;TR=25;WE=76876984;WS=76876970;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.59,0.41:29
chr11	76885779	rs2276283	G	A	2786.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-2.038;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=31;PP=1482;ReadPosRankSum=1.206;SC=TGGCCCTGATGCCCTTGGCTG;SOR=0.441;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=82;TCF=51;TCR=31;TR=81;WE=76885787;WS=76885769;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,105:0.99:106
chr11	76890242	rs10793239	T	C	3146.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=23;NR=86;PP=2089;SC=GCCATGGCAGTGGGACTGGCC;SOR=2.303;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=109;TCF=23;TCR=86;TR=109;WE=76890250;WS=76890232;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr11	76891308	rs3831388	T	TCTGCCAAATTATTTGG	2740.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=20;NR=2;PP=2957;SC=ACTTGTCCTATCAAAGTCATG;SOR=4.664;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=26;TCF=23;TCR=3;TR=22;WE=76891316;WS=76891298;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr11	76891585	rs1109163	G	A	2985.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.216;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=55;PP=1662;ReadPosRankSum=-0.700;SC=TCCCCTCCCCGAGGCTGGCTT;SOR=0.880;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=72;TCF=16;TCR=56;TR=71;WE=76891593;WS=76891575;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,106:0.99:107
chr11	76891661	rs1109162	A	G	907.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=25;PP=719;SC=AGACCCACTCAGCCAGCATTG;SOR=2.694;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=6;TCR=25;TR=31;WE=76891669;WS=76891651;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr11	76892891	rs113426562	C	T	418.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-2.637;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.376;NF=12;NR=3;PP=275;ReadPosRankSum=-0.896;SC=AGTGCAGTAGCGTGATCACAG;SOR=0.693;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=27;TCF=23;TCR=4;TR=15;WE=76892899;WS=76892881;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,18:0.64:28
chr11	76892943	rs7117606	A	G	1470.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=37;NR=15;PP=1027;SC=CGATCCTCCCACCTGAGCTTC;SOR=1.781;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=53;TCF=38;TCR=15;TR=52;WE=76892951;WS=76892933;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr11	76893280	rs57741157	A	AG	2278.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=30;PP=1461;SC=TGGTGGCCGTAGTGATGAGGG;SOR=1.888;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=37;TCF=2;TCR=35;TR=32;WE=76893288;WS=76893270;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr11	76893401	rs2276287	G	A	1025.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=25;NR=5;PP=808;SC=TCCCCAAACCGCCAGGTCATT;SOR=2.833;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=25;TCR=5;TR=30;WE=76893409;WS=76893392;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr11	76893731	rs112227803	G	GA	1219.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=34;PP=1340;SC=CTCCTCTGCAGAAAAAGGATC;SOR=3.564;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=42;TCF=1;TCR=41;TR=35;WE=76893739;WS=76893721;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
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chr11	76895770	rs143953991	GGGAGGCGGGGACACCAGGGCCT	G	8221.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.274;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.225;NF=8;NR=66;PP=2925;SC=GGTCAGTGCCGGGAGGCGGGG;SOR=0.433;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=79;TCF=12;TCR=67;TR=74;WE=76895799;WS=76895760;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,186:0.99:187
chr11	76901273	rs2276286	C	T	1016.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=8;NR=21;PP=568;SC=CTCGAGTGCCCCAGAAACATT;SOR=1.609;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=30;TCF=8;TCR=22;TR=29;WE=76901281;WS=76901263;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr11	76901623	rs55637648	T	TGCTGGGGCCTGGAGC	3409.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.708;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=5.010;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.643;NF=29;NR=6;PP=1565;ReadPosRankSum=0.089;SC=CCCAGTGAGGTACTGGGGCCT;SOR=3.193;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=37;TCF=29;TCR=8;TR=35;WE=76901631;WS=76901613;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,68:0.97:70
chr11	76901648	rs7947922	C	G	3471.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.425;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.193;HP=1;HapScore=1;MGOF=111;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.232;NF=69;NR=18;PP=1613;ReadPosRankSum=-0.456;SC=TGCTGGGGCACCTCCAACCCC;SOR=2.053;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=89;TCF=70;TCR=19;TR=87;WE=76901656;WS=76901638;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,117:0.98:119
chr11	76901927	rs2276285	C	T	8711.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.069;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=328;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.740;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=77;NR=152;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.865;SC=TATGGCCGCCCGGAAGCACCT;SOR=0.272;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=233;TCF=77;TCR=156;TR=229;WE=76901935;WS=76901917;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,322:0.99:324
chr11	76904945	rs10899359	A	G	1025.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=28;NR=5;PP=823;SC=AACGGTGGTAATGGTGATGGA;SOR=3.193;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=33;TCF=28;TCR=5;TR=33;WE=76904953;WS=76904935;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr11	76905604	rs1109977	G	T	4606.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=38;NR=72;PP=2331;SC=GAGAAGGGATGTGGACCTGAA;SOR=1.159;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=110;TCF=38;TCR=72;TR=110;WE=76905612;WS=76905594;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,169:1.00:169
chr11	76905725	rs948958	C	T	743.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=0;NR=20;PP=519;SC=ACTCATTCTCCTTCCATCTGT;SOR=5.058;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=0;TCR=20;TR=20;WE=76905733;WS=76905715;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr11	76910766	rs7927472	C	T	8829.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.731;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=348;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=110;NR=104;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.799;SC=TCACCTCCAGCAATGCTGAGG;SOR=0.717;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=216;TCF=111;TCR=105;TR=214;WE=76910774;WS=76910756;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,336:0.99:338
chr11	76912636	rs2276288	A	T	8056.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=303;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=80;NR=123;PP=2965;SC=CCCCACCGACAGTGTGTACGT;SOR=1.029;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=203;TCF=80;TCR=123;TR=203;WE=76912644;WS=76912626;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,300:1.00:300
chr11	76916424	rs11237121	A	G	1881.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=51;NR=3;PP=1205;SC=TGAGGGGTACATGGCCCCCTC;SOR=4.112;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=54;TCF=51;TCR=3;TR=54;WE=76916432;WS=76916414;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr11	76917220	rs2276293	A	G	16352.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=1.434;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=650;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=180;NR=182;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.219;SC=TTTTCCACAAAGTCTACTTCC;SOR=0.591;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=370;TCF=184;TCR=186;TR=362;WE=76917228;WS=76917210;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:13,634:0.98:647
chr11	76918322	rs2276291	T	C	3038.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=47;NR=28;PP=1320;SC=CAGTGCTCACTGCCCCTCCCA;SOR=1.121;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=75;TCF=47;TCR=28;TR=75;WE=76918330;WS=76918312;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr11	76918497	rs2276290	G	A	3938.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=35;NR=63;PP=2037;SC=TGGGGCCATAGGAACTTACGG;SOR=1.179;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=99;TCF=36;TCR=63;TR=98;WE=76918505;WS=76918487;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,143:1.00:143
chr11	76919468	rs1320703	A	T	6543.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.82;SOR=0.901;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,146:1.00:146
chr11	76919478	rs948962	C	A	6804.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.34;SOR=0.870;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,157:1.00:157
chr11	76919619	rs948961	G	A	5084.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.09;SOR=0.798;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr11	76919629	rs948960	C	T	4882.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.99;SOR=0.711;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr11	76919865	rs1320702	T	A	11202.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=433;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=127;NR=142;PP=2965;SC=ACCTCTGCACTCTAGTTGCCT;SOR=0.776;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=269;TCF=127;TCR=142;TR=269;WE=76919873;WS=76919855;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,427:1.00:427
chr11	76920003	rs11237122	T	C	1650.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=47;PP=1148;SC=CCCCAAGGGATGGCCCAACCC;SOR=3.841;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=50;TCF=3;TCR=47;TR=50;WE=76920011;WS=76919993;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr11	76922946	rs11237123	G	A	3869.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.293;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=398;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.625;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=71;NR=66;PP=2075;ReadPosRankSum=0.605;SC=TCATCTTCAAGTGGCCCACCT;SOR=0.772;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=260;TCF=132;TCR=128;TR=137;WE=76922954;WS=76922936;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:209,188:0.47:397
chr11	76923017	rs3819170	G	A	3804.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.846;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=376;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.789;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=71;PP=2214;ReadPosRankSum=0.046;SC=GAGGAGGAGGGGAACAGGGCA;SOR=0.642;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=253;TCF=118;TCR=135;TR=133;WE=76923025;WS=76923004;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:183,180:0.50:363
chr11	76923352	rs12418037	A	G	2328.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=23;NR=34;PP=1184;SC=CAGACCCTGGAAAGAGTGCTC;SOR=1.039;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=57;TCF=23;TCR=34;TR=57;WE=76923360;WS=76923342;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr11	76924130	rs2276289	A	T	1846.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=14;NR=42;PP=1285;SC=TGCCTGAACCACAGACACGGT;SOR=1.926;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=56;TCF=14;TCR=42;TR=56;WE=76924138;WS=76924120;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr11	76924874	rs883223	G	A	7199.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.618;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=718;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=105;NR=94;PP=2625;ReadPosRankSum=-1.883;SC=GGCCCAGGCCGTGCCTCTCTA;SOR=0.714;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=431;TCF=224;TCR=207;TR=199;WE=76924882;WS=76924864;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:353,361:0.51:714
chr11	76925040	rs883224	G	A	2990.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-3.129;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=266;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.467;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=61;PP=1388;ReadPosRankSum=-0.860;SC=GGCGCATCCTGCTGGGCCTAG;SOR=0.757;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=176;TCF=63;TCR=113;TR=94;WE=76925048;WS=76925030;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:114,144:0.56:258
chr11	76925075	rs948959	G	T	4345.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=35;NR=85;PP=2576;SC=TGCCTGCAGCGTAGCCAGCCT;SOR=1.594;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=120;TCF=35;TCR=85;TR=120;WE=76925083;WS=76925065;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,156:1.00:156
chr11	76928025	rs12363944	A	G	1431.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=0.215;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.712;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=17;PP=669;ReadPosRankSum=-1.576;SC=TGGCTTATCCACCTTCAGGGT;SOR=0.805;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=85;TCF=54;TCR=31;TR=48;WE=76928033;WS=76928015;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,69:0.59:117
chr11	76928149	rs2282576	A	G	6884.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=251;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=86;NR=74;PP=2965;SC=CCAGGCTTCAAAGGTGTGACA;SOR=0.784;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=160;TCF=86;TCR=74;TR=160;WE=76928157;WS=76928139;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,251:1.00:251
chr11	76944015	rs4945161	G	A	1338.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.021;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.500;HP=5;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=13;PP=609;ReadPosRankSum=-1.489;SC=AGGGCTGGGGGGCCTGCACTG;SOR=0.885;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=83;TCF=54;TCR=29;TR=41;WE=76944023;WS=76944005;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,64:0.54:119
chr11	76944049	rs4945162	C	T	1845.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.819;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.645;HP=4;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=19;PP=772;ReadPosRankSum=1.092;SC=CCTGGAAGAACAATCTGGACA;SOR=0.914;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=110;TCF=69;TCR=41;TR=55;WE=76944057;WS=76944039;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,89:0.50:177
chr11	76954898	rs7104577	A	G	6795.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=262;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=78;NR=78;PP=2965;SC=AAAAATCTCTAAGGAGAAACA;SOR=0.693;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=160;TCF=78;TCR=82;TR=156;WE=76954906;WS=76954888;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,256:1.00:256
chr11	76979465	rs1618188	A	C	10707.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=411;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=136;NR=95;PP=2965;SC=TTGAACTTATACCCTCCTCCC;SOR=0.904;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=231;TCF=136;TCR=95;TR=231;WE=76979473;WS=76979455;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,405:1.00:405
chr11	76979889	rs1621624	T	C	1047.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=26;NR=4;PP=716;SC=TCCAGGGGCTTCCATGGTTCT;SOR=2.649;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=31;TCF=26;TCR=5;TR=30;WE=76979908;WS=76979881;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr11	76979900	rs1613357	C	G	1250.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=31;NR=5;PP=928;SC=CCATGGTTCTCTTTTCTTCTC;SOR=2.948;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=36;TCF=31;TCR=5;TR=36;WE=76979908;WS=76979881;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr11	76980743	rs1620915	T	C	3068.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.65;SOR=1.634;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr11	77051820	rs51500	C	T	3074.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.159;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=312;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.476;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=46;PP=1313;ReadPosRankSum=-0.275;SC=TGCAGGAATACAGATAAAGGG;SOR=0.559;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=184;TCF=83;TCR=101;TR=89;WE=77051828;WS=77051810;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:151,152:0.50:303
chr11	77090211	rs562939	T	C	1102.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.980;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.322;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=14;PP=695;ReadPosRankSum=-0.503;SC=CATCCCAGACTAATAGGCATG;SOR=0.354;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=72;TCF=51;TCR=21;TR=42;WE=77090219;WS=77090201;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,49:0.54:90
chr11	77301341	rs2276415	G	A	8284.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=2.228;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=796;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.100;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=130;NR=128;PP=2962;ReadPosRankSum=0.276;SC=CAACCCGTGCGGCGTGATGAT;SOR=0.594;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=505;TCF=242;TCR=263;TR=258;WE=77301349;WS=77301331;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:396,391:0.50:787
chr11	77301689	rs2276416	C	T	2501.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-2.994;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=262;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.047;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=71;PP=1478;ReadPosRankSum=1.251;SC=TTGGCACTTCCAGAGCCTCTA;SOR=0.770;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=204;TCF=53;TCR=151;TR=95;WE=77301697;WS=77301679;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:138,118:0.46:256
chr11	77335982	rs2013296	C	A	2106.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.487;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.245;NF=57;NR=28;PP=1521;ReadPosRankSum=0.485;SC=AAACAAAAAACCCACTTTAAA;SOR=1.252;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=88;TCF=59;TCR=29;TR=85;WE=77335990;WS=77335971;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,89:0.97:92
chr11	77337009	rs7131169	A	C	225.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.525;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.307;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=5;PP=112;ReadPosRankSum=-0.298;SC=TTCTGATTATACAGTGAGCAT;SOR=0.197;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=14;TCF=5;TCR=9;TR=9;WE=77337017;WS=77336999;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,11:0.69:16
chr11	77348951	rs148672055	T	C	491.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.811;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.535;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=15;PP=333;ReadPosRankSum=-1.329;SC=CGTGTGGAGTTTGACCGCGCA;SOR=0.407;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=36;TCF=7;TCR=29;TR=19;WE=77348959;WS=77348941;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,21:0.54:39
chr11	77378388	rs4945197	T	C	5707.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.606;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=604;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.525;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=75;NR=108;PP=2962;ReadPosRankSum=0.549;SC=CAATCCGGTGTAGCCGTTTGC;SOR=0.785;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=398;TCF=171;TCR=227;TR=183;WE=77378396;WS=77378378;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:327,277:0.46:604
chr11	77378505	rs28930682	A	G	2109.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.050;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=254;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.909;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=45;PP=958;ReadPosRankSum=0.072;SC=TAGCTAGCTCATCATCTTCAG;SOR=0.522;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=165;TCF=55;TCR=110;TR=70;WE=77378513;WS=77378495;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:142,107:0.43:249
chr11	77389238	rs10567840	CTT	C,CT	1734.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.487;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FS=1.830;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.06;MQRankSum=0.320;QD=17.35;ReadPosRankSum=-0.551;SOR=1.302;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:6,61,33:0.61,0.33:100
chr11	77394600	rs7925289	G	A	318.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.012;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=1.918;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.86;ReadPosRankSum=0.139;SOR=1.371;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,14:0.61:23
chr11	77396033	.	G	GAAATAAAT	738.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.199;ClippingRankSum=0.000;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=3;PP=392;ReadPosRankSum=1.206;SC=ACTCCATCTCGAAATAAATAA;SOR=0.641;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=20;TCF=12;TCR=8;TR=6;WE=77396041;WS=77396023;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,17:0.45:38
chr11	77402419	rs1544274	T	C	151.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=2.722;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=4;PP=88;ReadPosRankSum=0.976;SC=GAAGCTTTTCTTGTGTTTAAT;SOR=0.892;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=10;TCF=2;TCR=8;TR=5;WE=77402427;WS=77402409;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,6:0.55:11
chr11	77409568	rs4945203	T	C	3781.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.953;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=382;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=69;NR=56;PP=1515;ReadPosRankSum=1.250;SC=ATTTTTTGCATGGTTCATCAT;SOR=0.682;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=250;TCF=138;TCR=112;TR=125;WE=77409576;WS=77409558;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:189,190:0.50:379
chr11	77531526	rs73495923	C	G	377.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.211;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=6;PP=260;ReadPosRankSum=-0.586;SC=CGGAGAGTAGCAGAGCGCCAG;SOR=0.807;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=30;TCF=20;TCR=10;TR=18;WE=77531534;WS=77531516;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,18:0.56:32
chr11	77531810	rs10751277	T	G	807.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.63;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=12;PP=368;SC=GGGGAAGTTGTGGTGCCGAGG;SOR=0.976;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=19;TCF=6;TCR=13;TR=18;WE=77531818;WS=77531800;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr11	77553638	rs585721	T	C	1446.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.877;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=21;PP=736;ReadPosRankSum=-1.683;SC=GGCCAGGGGGTAGTCGGACTT;SOR=0.695;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=78;TCF=41;TCR=37;TR=42;WE=77553646;WS=77553628;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,68:0.49:138
chr11	77583266	rs2186564	G	A	1189.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.170;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=17;PP=487;ReadPosRankSum=-2.447;SC=TGGCATTGATGTGCGGGTCCT;SOR=0.648;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=83;TCF=45;TCR=38;TR=37;WE=77583274;WS=77583256;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,61:0.47:130
chr11	77587973	rs616354	T	C	1453.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.089;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.597;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=27;PP=711;ReadPosRankSum=0.059;SC=GCAGCAGCCATGGTTCTTCAT;SOR=0.607;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=97;TCF=53;TCR=44;TR=57;WE=77587981;WS=77587963;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,74:0.48:154
chr11	77589649	rs72939439	A	G	2849.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.533;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=276;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.724;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=41;PP=1510;ReadPosRankSum=-1.029;SC=ATAACCAGTTATCAGGAGGTA;SOR=0.532;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=215;TCF=135;TCR=80;TR=102;WE=77589657;WS=77589639;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:136,134:0.50:270
chr11	77595080	rs2051484	C	T	1873.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.107;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=43;PP=1068;ReadPosRankSum=0.164;SC=TTGTGAACCTCAAAACACAAG;SOR=0.685;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=133;TCF=54;TCR=79;TR=72;WE=77595088;WS=77595070;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,89:0.55:162
chr11	77595642	rs608389	A	G	1104.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.400;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.748;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=15;PP=716;ReadPosRankSum=-0.434;SC=TGCTCTATGTAAATATACTTA;SOR=0.450;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=85;TCF=60;TCR=25;TR=45;WE=77595650;WS=77595632;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,51:0.51:100
chr11	77595717	rs658398	C	T	2465.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.422;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=273;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.952;NF=39;NR=42;PP=1062;ReadPosRankSum=1.243;SC=GTTGAAACTGCGGAAGGCATG;SOR=0.679;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=161;TCF=79;TCR=82;TR=81;WE=77595725;WS=77595707;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:139,128:0.48:267
chr11	77605501	rs1793336	T	C	1315.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=9;NR=31;PP=963;SC=TAGCATATTATACTATAAAAA;SOR=2.252;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=9;TCR=31;TR=40;WE=77605509;WS=77605491;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr11	77611597	.	C	CT	221.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.291;ClippingRankSum=0.000;DP=347;ExcessHet=3.0103;FS=0.549;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.76;MQRankSum=-1.989;QD=0.66;ReadPosRankSum=1.229;SOR=0.636;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:283,55:0.16:338
chr11	77614770	rs2276349	T	G	2295.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.074;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.116;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=52;PP=1232;ReadPosRankSum=1.759;SC=CCCATGAACATGACTTCTCAA;SOR=0.583;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=149;TCF=50;TCR=99;TR=81;WE=77614778;WS=77614760;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:98,109:0.53:207
chr11	77629132	rs60400274	A	AT	4468.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=13;NR=29;PP=2072;SC=GCACAGTTAGATCTGAATTGT;SOR=0.778;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=46;TCF=14;TCR=32;TR=42;WE=77629140;WS=77629122;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr11	77629861	rs112286182	C	T	925.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-1.177;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.949;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-2.772;NF=23;NR=12;PP=519;ReadPosRankSum=0.546;SC=GGGATGATTACCCTACCTGAT;SOR=0.281;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=58;TCF=42;TCR=16;TR=35;WE=77629869;WS=77629851;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,43:0.57:76
chr11	77671281	rs12796422	A	G	1724.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.738;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FS=2.041;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.20;ReadPosRankSum=1.322;SOR=0.546;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:72,82:0.53:154
chr11	77672189	rs11370501	T	TA	336.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.030;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FS=0.843;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.59;ReadPosRankSum=-0.379;SOR=0.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:87,43:0.33:130
chr11	77674398	.	C	CAAAA	95.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.294;ClippingRankSum=-0.000;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=3.123;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=7.36;ReadPosRankSum=1.936;SOR=2.030;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,5:0.38:13
chr11	77692785	rs4945227	T	A	269.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.455;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=4;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=9;PP=287;ReadPosRankSum=0.055;SC=GACAGCTTTCTTTTATTTATT;SOR=0.602;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=24;TCF=5;TCR=19;TR=10;WE=77692793;WS=77692774;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,12:0.48:25
chr11	77698524	rs7938133	C	T	3254.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=59;NR=22;PP=1533;SC=TTATTGGTAACAGATCTTTAA;SOR=1.479;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=82;TCF=60;TCR=22;TR=81;WE=77698532;WS=77698514;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr11	77698651	rs6592756	T	C	7043.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=268;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=81;NR=98;PP=2965;SC=GTAGCTCACGTCTGTAATCCC;SOR=0.820;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=179;TCF=81;TCR=98;TR=179;WE=77698659;WS=77698641;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,266:1.00:266
chr11	77702033	rs2276441	T	A	473.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=14;NR=1;PP=346;SC=TACCTAGCACTTGGAAGACAC;SOR=4.174;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=15;TCF=14;TCR=1;TR=15;WE=77702041;WS=77702023;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr11	77705536	rs2016147	C	A	1614.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.145;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=12;PP=764;ReadPosRankSum=1.135;SC=CAGCACTTAACACGGGCGTAT;SOR=0.723;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=110;TCF=83;TCR=27;TR=49;WE=77705544;WS=77705526;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:98,79:0.45:177
chr11	77734209	rs11237362	T	C	4292.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=-1.621;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=390;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.759;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=53;PP=1430;ReadPosRankSum=0.951;SC=CACTTACCGTTGGCCGCCTGG;SOR=0.735;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=198;TCF=106;TCR=92;TR=115;WE=77734230;WS=77734199;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:180,209:0.54:389
chr11	77734371	rs12420553	G	A	841.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=2.043;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.908;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=25;PP=577;ReadPosRankSum=0.834;SC=AAGGCGGGACGGGGCTGAGCC;SOR=0.811;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=67;TCF=15;TCR=52;TR=31;WE=77734379;WS=77734361;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,38:0.46:83
chr11	77775466	rs545869	C	G	638.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.199;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.012;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=22;PP=460;ReadPosRankSum=-1.366;SC=GTGCAACCCACTGGGAGAGGA;SOR=1.872;SbPval=0.94;Source=Platypus;TC=46;TCF=11;TCR=35;TR=25;WE=77775474;WS=77775456;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,29:0.49:59
chr11	77790653	rs534418	T	C	1446.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=28;NR=9;PP=842;SC=TCCGCCGGATTAGGTTATCAA;SOR=1.958;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=28;TCR=9;TR=37;WE=77790661;WS=77790643;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr11	77790863	rs499799	C	G	4583.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=46;NR=62;PP=2067;SC=ACCACTACCCCGGCCTAAGCG;SOR=0.919;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=108;TCF=46;TCR=62;TR=108;WE=77790871;WS=77790853;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,174:1.00:174
chr11	77811990	rs1263505	T	C	1030.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.070;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.649;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=12;PP=497;ReadPosRankSum=-0.064;SC=GCTTGGCACATATCTAAGCAG;SOR=0.516;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=79;TCF=53;TCR=26;TR=34;WE=77811998;WS=77811980;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,50:0.48:104
chr11	77823557	rs624350	G	A	355.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-2.048;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=1;PP=216;ReadPosRankSum=-0.237;SC=TGCTCCCCCTGTTCATCCTGA;SOR=0.804;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=40;TCF=35;TCR=5;TR=14;WE=77823565;WS=77823547;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,17:0.39:44
chr11	77824907	.	GA	G	451.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.241;ClippingRankSum=0.000;DP=183;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.30;MQRankSum=3.732;QD=2.60;ReadPosRankSum=-0.344;SOR=0.702;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:108,66:0.38:174
chr11	77825275	rs10899440	A	G	2096.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.995;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.325;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=37;PP=1272;ReadPosRankSum=0.658;SC=GTAAGGGAAAAATCGAAAATG;SOR=0.542;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=145;TCF=82;TCR=63;TR=78;WE=77825283;WS=77825265;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:115,101:0.47:216
chr11	77825642	rs653721	A	G	362.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.012;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=3.004;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.08;ReadPosRankSum=-0.930;SOR=0.307;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,20:0.56:36
chr11	77832076	rs518624	T	A	1916.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=41;NR=14;PP=1133;SC=ACATCAGAATTAGTAAGGGAA;SOR=1.931;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=55;TCF=41;TCR=14;TR=55;WE=77832084;WS=77832066;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr11	77838373	rs59662312	TA	T	448.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.453;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.17;MQRankSum=0.000;QD=7.48;ReadPosRankSum=0.680;SOR=0.610;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,33:0.55:60
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chr11	77884782	rs230661	C	T	2180.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.396;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.788;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=29;PP=1038;ReadPosRankSum=-1.197;SC=CATGAGCTTCCTGGGACTCCC;SOR=0.544;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=136;TCF=84;TCR=52;TR=72;WE=77884790;WS=77884772;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:93,103:0.53:196
chr11	77907744	rs35710434	C	T	917.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.231;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.528;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=7;PP=492;ReadPosRankSum=-0.903;SC=TGGCTCGCCACCCGCGCTGTG;SOR=0.973;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=74;TCF=54;TCR=20;TR=31;WE=77907752;WS=77907734;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,47:0.40:118
chr11	77920500	rs112274930	C	T	2985.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.284;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=324;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.418;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=49;PP=1608;ReadPosRankSum=-0.056;SC=CCAGGCTGCACGAAGAGGAGA;SOR=0.649;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=213;TCF=128;TCR=85;TR=115;WE=77920508;WS=77920490;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:155,151:0.49:306
chr11	77921527	rs2512526	G	C	16704.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=626;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=184;NR=200;PP=2965;SC=CCGCCCTGCCGCTTCTCTGGG;SOR=0.760;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=385;TCF=184;TCR=201;TR=384;WE=77921535;WS=77921517;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,620:1.00:620
chr11	77930447	rs61749244	G	A	3887.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.955;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=361;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.382;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=58;PP=1603;ReadPosRankSum=-1.035;SC=CAGAGGTGACGGATGAAGTAG;SOR=0.737;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=221;TCF=101;TCR=120;TR=105;WE=77930455;WS=77930437;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:170,189:0.53:359
chr11	78204073	rs66546995	CACAGAT	C	4560.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.032;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.322;NF=18;NR=28;PP=2835;ReadPosRankSum=-0.018;SC=ATTTTAATGTCACAGATACCT;SOR=0.831;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=53;TCF=21;TCR=32;TR=46;WE=78204086;WS=78204063;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,109:0.97:112
chr11	78204299	rs56279811	T	TA	2227.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=35;PP=1564;SC=TTTAAGTATTTAAATATTCAG;SOR=1.609;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=39;TCF=2;TCR=37;TR=37;WE=78204307;WS=78204289;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr11	78204380	rs4474465	C	T	436.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=42;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=11;PP=263;SC=TTTGCTGCTACATATTTCTCT;SOR=4.047;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=12;TCF=1;TCR=11;TR=12;WE=78204388;WS=78204370;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr11	78277277	rs10751296	A	G	3723.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=38;NR=55;PP=1686;SC=ATTGTCGCAGATACTCCAGAG;SOR=1.006;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=93;TCF=38;TCR=55;TR=93;WE=78277285;WS=78277267;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,144:1.00:144
chr11	78279790	rs10501429	T	G	2866.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=2.109;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=51;PP=1463;ReadPosRankSum=-0.652;SC=ACTCCCAAAATTTAATTCTCT;SOR=0.504;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=77;TCF=25;TCR=52;TR=75;WE=78279798;WS=78279780;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,108:0.99:109
chr11	78372536	rs2277277	G	A	3736.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=58;NR=31;PP=1690;SC=GTGTGTGGATGAGCTCGTAGG;SOR=1.123;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=89;TCF=58;TCR=31;TR=89;WE=78372544;WS=78372526;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,142:1.00:142
chr11	78434111	.	C	G	541.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.103;ClippingRankSum=0.000;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.163;HP=6;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=20;PP=449;ReadPosRankSum=0.620;SC=GCCTCACCCCCCCAATGGAAC;SOR=2.066;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=27;TCF=1;TCR=26;TR=21;WE=78434119;WS=78434101;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,21:0.72:29
chr11	78443235	rs1790557	C	T	290.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=8;NR=4;PP=176;SC=TTTTGCATAACAGGCTGATGG;SOR=1.445;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=8;TCR=4;TR=12;WE=78443243;WS=78443225;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr11	78443586	rs17826919	G	A	781.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.940;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.699;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=15;PP=351;ReadPosRankSum=-1.254;SC=CGAACCGCAGGATGATGGAGA;SOR=0.526;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=67;TCF=26;TCR=41;TR=26;WE=78443594;WS=78443576;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,40:0.43:92
chr11	78449367	rs74852164	G	A	397.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-3.191;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=0;PP=283;ReadPosRankSum=0.586;SC=TGCAGAGCTGGGCATTTGAAT;SOR=0.765;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=19;TCR=0;TR=13;WE=78449375;WS=78449357;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,15:0.71:21
chr11	78482113	rs34863597	G	A	3303.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.150;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=306;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.374;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=52;PP=1596;ReadPosRankSum=-0.035;SC=AGCCCAGCTGGCAGACGCAGT;SOR=0.605;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=193;TCF=102;TCR=91;TR=107;WE=78482121;WS=78482103;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:142,158:0.53:300
chr11	78489793	rs1573527	C	A	5555.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.324;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FS=2.820;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=42.74;ReadPosRankSum=-0.867;SOR=1.802;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,128:0.98:130
chr11	78489798	rs1573528	C	A	5506.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.222;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FS=2.827;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=43.36;ReadPosRankSum=-0.929;SOR=1.807;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,125:0.98:127
chr11	78516320	.	T	TCTCCCCACCCTCCACACCCCACCCCTCATTCTTCCCCACCCCCACTCCTCCTCCACCCACCCTTC	2069.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=413.95;SOR=3.611;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr11	78602525	rs10736817	C	A	1833.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=13;NR=42;PP=1255;SC=GGTCAGTGTGCAAGCCACATG;SOR=2.194;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=55;TCF=13;TCR=42;TR=55;WE=78602533;WS=78602515;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr11	78776192	rs7130258	T	C	437.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=2.447;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=15;PP=330;ReadPosRankSum=-1.417;SC=CATGCCTTTGTTCAAGTGATT;SOR=0.368;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=35;TCF=3;TCR=32;TR=17;WE=78776200;WS=78776182;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,18:0.51:35
chr11	79133220	rs11237828	T	C	664.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.366;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FS=0.901;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.23;ReadPosRankSum=-0.011;SOR=0.520;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,34:0.47:72
chr11	79133292	rs36083983	TAC	T	177.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.221;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=7;PP=256;ReadPosRankSum=-0.003;SC=ACATGGTTCTTACACACACAC;SOR=0.859;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=0;TCR=13;TR=7;WE=79133301;WS=79133282;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,8:0.67:12
chr11	82560312	rs10792653	T	G	1667.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.325;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.271;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=42;PP=927;ReadPosRankSum=-1.021;SC=TCAACAGATGTCTTTACAGAT;SOR=0.446;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=119;TCF=24;TCR=95;TR=55;WE=82560320;WS=82560302;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,76:0.49:154
chr11	82560858	rs10736757	A	G	188.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-0.144;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=2;PP=100;ReadPosRankSum=-0.529;SC=TGTACATTATACTTTAACAAA;SOR=0.446;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=22;TCF=17;TCR=5;TR=8;WE=82560866;WS=82560848;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,11:0.44:25
chr11	82561151	rs33954574	G	GAA	70.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=5.89;ReadPosRankSum=0.738;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,4:0.33:12
chr11	82561339	rs13306597	G	A	966.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.457;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.914;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=13;PP=453;ReadPosRankSum=0.952;SC=ATTAAGAAACGTTCATGTCCA;SOR=0.551;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=48;TCF=30;TCR=18;TR=32;WE=82561347;WS=82561329;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,46:0.62:74
chr11	82561661	rs10792655	T	C	205.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=0.748;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=7;PP=142;ReadPosRankSum=0.072;SC=AAATAGAATTTCTAGGCAATT;SOR=1.022;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=13;TCF=3;TCR=10;TR=9;WE=82561669;WS=82561651;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,9:0.69:13
chr11	82564294	rs2229437	T	G	1402.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.599;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.607;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=17;PP=558;ReadPosRankSum=1.230;SC=TAGCTTTCAGTTCCTCAGCCA;SOR=0.790;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=83;TCF=47;TCR=36;TR=41;WE=82564302;WS=82564284;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,70:0.47:149
chr11	82595975	rs6592087	T	A	3672.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-2.595;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=355;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.267;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=65;PP=1606;ReadPosRankSum=1.171;SC=TTTGAAAGGTTTTACTAGCAC;SOR=0.610;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=224;TCF=95;TCR=129;TR=114;WE=82595983;WS=82595965;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:167,183:0.52:350
chr11	82641157	rs2170009	A	G	860.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-0.468;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.010;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=11;PP=379;ReadPosRankSum=-0.812;SC=GTAAAATTTCAAAGTTCATTG;SOR=1.082;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=61;TCF=36;TCR=25;TR=31;WE=82641165;WS=82641147;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,45:0.56:80
chr11	82641364	rs10431162	G	C	364.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=2.366;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.409;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=11;PP=278;ReadPosRankSum=1.646;SC=CATTTCCATTGTAATGAATTA;SOR=1.739;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=21;TCF=5;TCR=16;TR=14;WE=82641372;WS=82641354;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,14:0.67:21
chr11	82643760	rs7947780	G	T	3905.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.340;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=431;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.522;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=59;PP=1723;ReadPosRankSum=0.776;SC=ACCACAGCAGGTTATCTGTGA;SOR=0.661;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=246;TCF=125;TCR=121;TR=117;WE=82643768;WS=82643750;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:229,195:0.46:424
chr11	82644904	rs7130899	G	A	4924.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.085;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=489;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.104;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=88;NR=61;PP=2157;ReadPosRankSum=-2.361;SC=TGTATCTGGTGTTTCACAACC;SOR=0.806;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=314;TCF=175;TCR=139;TR=149;WE=82644912;WS=82644894;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:240,241:0.50:481
chr11	82704967	rs3793986	CA	AT	1138.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-3.266;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;JOINED;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=2;PP=1129;ReadPosRankSum=-0.273;SC=TGGCTGAGTGCATTGTTTCCA;SOR=0.668;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=43;TCF=39;TCR=4;TR=25;WE=82704976;WS=82704957;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,29:0.63:46
chr11	82752734	rs34023989	TA	T	81.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.154;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FS=2.690;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.80;ReadPosRankSum=1.597;SOR=1.208;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:79,23:0.23:102
chr11	82874970	rs10898088	G	A	1265.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-3.171;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=43;PP=942;ReadPosRankSum=-0.533;SC=GAATTCTTCTGCAGAACTTAC;SOR=0.851;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=84;TCF=11;TCR=73;TR=49;WE=82874978;WS=82874960;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,51:0.57:90
chr11	82921538	rs553484	C	T	932.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.471;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.030;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=28;PP=617;ReadPosRankSum=-1.927;SC=GTTATCTCTTCCTGACTTTTT;SOR=1.007;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=79;TCF=13;TCR=66;TR=31;WE=82921546;WS=82921528;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,41:0.42:97
chr11	82952108	rs625102	T	C	1176.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=35;PP=1000;SC=TTGGAGGAACTAGAACTAATA;SOR=4.921;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=37;TCF=2;TCR=35;TR=37;WE=82952116;WS=82952098;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr11	82959338	.	TACACACACAC	T,TAC	1699.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=76;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.70;QD=36.95;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:0,9,37:0.20,0.80:46
chr11	82968164	rs628223	G	A	1148.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=22;NR=13;PP=663;SC=ACTTGCTTACGGACCCTTAGC;SOR=1.179;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=35;TCF=22;TCR=13;TR=35;WE=82968172;WS=82968154;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr11	82968418	rs657824	G	A	1621.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.49;SOR=1.217;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr11	82973045	rs645954	C	T	2794.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=22;NR=55;PP=1678;SC=GGTCTTGTATCTGTAATTATT;SOR=1.540;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=77;TCF=22;TCR=55;TR=77;WE=82973053;WS=82973035;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr11	82984985	rs543562	T	A	2948.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.732;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.447;HP=8;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=44;PP=1409;ReadPosRankSum=-0.741;SC=AGAAAAAAAATTCACTTACCA;SOR=0.568;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=80;TCF=36;TCR=44;TR=78;WE=82984993;WS=82984966;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,114:0.99:115
chr11	82996881	rs117343732	C	T	3753.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-2.257;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=393;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.775;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=78;NR=43;PP=1734;ReadPosRankSum=1.745;SC=CCCTAGAGAGCACTCAGGCAT;SOR=0.746;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=249;TCF=159;TCR=90;TR=121;WE=82996889;WS=82996871;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:202,186:0.48:388
chr11	82996986	rs494791	A	C	17954.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.006;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=676;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=211;NR=206;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.589;SC=CTTGGGAGAGAAAGAGCCGCC;SOR=0.723;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=421;TCF=213;TCR=208;TR=417;WE=82996994;WS=82996976;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,670:0.99:674
chr11	83180169	rs60998103	CA	C	263.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.762;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FS=1.771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.06;MQRankSum=1.630;QD=1.61;ReadPosRankSum=1.086;SOR=0.953;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:115,49:0.30:164
chr11	83197307	rs141813606	GA	G	702.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.112;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=12;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=1.035;NF=1;NR=21;PP=340;ReadPosRankSum=0.497;SC=GAAAATAAAAGAAAAAAAATC;SOR=0.656;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=43;TCF=3;TCR=40;TR=22;WE=83197315;WS=83197297;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,43:0.49:87
chr11	83197394	rs61265208	C	CA	106.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.447;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=1.770;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.45;ReadPosRankSum=0.850;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,10:0.42:24
chr11	83585289	rs144508115	G	GGGAAGGAAGGAAGGAGAGAGGGAA	1363.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=52.45;SOR=3.098;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr11	83585583	rs11447183	T	TA	821.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.51;QD=41.09;SOR=4.615;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr11	83585585	rs112496782	A	T	831.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.54;QD=41.59;SOR=4.615;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr11	83809891	.	C	A	196.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.63;BaseQRankSum=-0.584;ClippingRankSum=-0.000;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=8;NR=1;PP=147;ReadPosRankSum=1.584;SC=AATTATTATTCTTCAAAGGTA;SOR=1.347;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=15;TCF=13;TCR=2;TR=9;WE=83809899;WS=83809881;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,9:0.50:18
chr11	83810113	rs3750917	T	G	2463.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.64;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=14;NR=27;PP=898;SC=AAAGCAGATATTAAATGATGT;SOR=1.014;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=42;TCF=15;TCR=27;TR=41;WE=83810121;WS=83810103;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr11	83878075	rs1869472	G	A	3800.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=34;NR=52;PP=1670;SC=TTCCAGTTCTGGCCCTAACTG;SOR=1.011;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=89;TCF=34;TCR=55;TR=86;WE=83878083;WS=83878065;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,142:1.00:142
chr11	83962251	rs7933566	A	G	775.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NR=7;SC=CACAGTTTTAAAAGAAGGTAG;SOR=1.255;Source=Platypus;TCR=7;WE=83962259;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr11	84822798	rs601375	T	G	791.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.657;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=3.480;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.00;ReadPosRankSum=0.632;SOR=1.162;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,36:0.55:66
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chr11	85374467	rs71274435	G	GA	585.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.064;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=364;ExcessHet=3.0103;FS=1.722;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.70;ReadPosRankSum=4.340;SOR=0.838;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:265,80:0.23:345
chr11	85418591	rs3069561	AACAG	A	3453.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.385;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.410;NF=1;NR=46;PP=2188;ReadPosRankSum=0.859;SC=AGGAGAATTGAACAGACAAAG;SOR=0.729;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=100;TCF=5;TCR=95;TR=47;WE=85418602;WS=85418581;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,90:0.51:178
chr11	85419193	rs290197	C	T	550.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.370;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FS=1.971;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.44;ReadPosRankSum=-0.713;SOR=1.034;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:43,31:0.42:74
chr11	85431755	rs7116742	C	T	552.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=0.007;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.299;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=2;PP=348;ReadPosRankSum=-0.655;SC=GCCTCTTCAGCGCACTTTGGA;SOR=1.514;SbPval=0.94;Source=Platypus;TC=58;TCF=45;TCR=13;TR=20;WE=85431763;WS=85431745;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,24:0.38:64
chr11	85432040	.	CA	C	314.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.987;ClippingRankSum=0.000;DP=127;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.28;ReadPosRankSum=0.984;SOR=0.779;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:61,35:0.36:96
chr11	85435001	rs34653849	T	TA	258.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.301;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.608;HP=8;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=2;PP=213;ReadPosRankSum=1.709;SC=TAATCCCAATTAAAAAAAATC;SOR=1.276;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=28;TCF=20;TCR=8;TR=13;WE=85435009;WS=85434991;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,17:0.49:35
chr11	85435730	rs550404	C	T	3193.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=2.628;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=304;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.874;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=48;PP=1498;ReadPosRankSum=1.692;SC=CAGTTATTAACGGAGCCTCGG;SOR=0.640;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=187;TCF=85;TCR=102;TR=88;WE=85435738;WS=85435720;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:148,150:0.50:298
chr11	85436352	rs641393	G	A	2577.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.981;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=324;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.891;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=53;PP=1325;ReadPosRankSum=2.191;SC=CGAAATTTCCGTTTGAGAAGG;SOR=0.821;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=220;TCF=96;TCR=124;TR=93;WE=85436360;WS=85436342;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:183,132:0.42:315
chr11	85436394	rs556669	T	C	2076.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.438;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=45;PP=1294;ReadPosRankSum=1.735;SC=AAGATGAGCATCCTGGGGAAA;SOR=0.721;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=160;TCF=63;TCR=97;TR=74;WE=85436402;WS=85436384;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:121,97:0.44:218
chr11	85436500	rs580459	T	C	1657.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.593;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.580;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=29;PP=984;ReadPosRankSum=-0.337;SC=TCTGCAGCCATCTGAATCAAA;SOR=0.611;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=121;TCF=63;TCR=58;TR=59;WE=85436508;WS=85436490;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,77:0.48:162
chr11	85436699	rs598346	A	G	9697.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=379;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=126;NR=113;PP=2965;SC=CAGTGATAACAGGCGCCAACT;SOR=0.759;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=239;TCF=126;TCR=113;TR=239;WE=85436707;WS=85436689;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,376:1.00:376
chr11	85436868	rs597480	G	C	3508.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.549;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=317;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.411;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=52;PP=1813;ReadPosRankSum=-0.718;SC=CTCAGTATCAGCAAAATCTGT;SOR=0.666;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=207;TCF=105;TCR=102;TR=108;WE=85436876;WS=85436858;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:144,164:0.53:308
chr11	85437896	rs491867	A	G	4483.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.201;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=438;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.745;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=95;NR=70;PP=2465;ReadPosRankSum=2.079;SC=TGGATGATACACCCTGTGACT;SOR=0.890;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=291;TCF=161;TCR=130;TR=165;WE=85437904;WS=85437886;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:211,219:0.51:430
chr11	85447611	rs680498	T	C	1403.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.418;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.228;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=21;PP=560;ReadPosRankSum=0.871;SC=TTTGTTGTGATGAGTGACCTT;SOR=0.823;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=97;TCF=53;TCR=44;TR=48;WE=85447619;WS=85447601;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:91,73:0.45:164
chr11	85456703	rs647912	T	C	1622.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-3.267;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.980;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=17;PP=971;ReadPosRankSum=-0.831;SC=GTGCTGCATCTTCTTCTGGCT;SOR=0.398;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=89;TCF=64;TCR=25;TR=55;WE=85456711;WS=85456693;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,69:0.66:105
chr11	85576113	rs11389838	C	CT	1814.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.654;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.677;HP=3;HapScore=4;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=15;PP=2933;ReadPosRankSum=-0.461;SC=GAATTTTTCACTTTCGTATGT;SOR=0.797;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=86;TCF=52;TCR=34;TR=43;WE=85576135;WS=85576103;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,75:0.54:139
chr11	85576127	rs36093844	C	T	2270.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=2.344;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.564;HP=3;HapScore=4;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.954;NF=53;NR=19;PP=2962;ReadPosRankSum=0.402;SC=CGTATGTCTCCTTTCTAAACA;SOR=0.775;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=143;TCF=100;TCR=43;TR=72;WE=85576135;WS=85576103;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,101:0.53:191
chr11	85584151	rs142446208	G	GT	217.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=0.548;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=2;PP=253;ReadPosRankSum=-0.136;SC=CCCTAAATGTGTTTTCATAAT;SOR=0.818;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=13;TCF=9;TCR=4;TR=8;WE=85584159;WS=85584141;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,11:0.61:18
chr11	85593529	rs17817308	G	A	1538.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.346;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.394;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=20;PP=842;ReadPosRankSum=-1.631;SC=TTGATCAAACGTGAATTACTG;SOR=0.478;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=107;TCF=72;TCR=35;TR=57;WE=85593537;WS=85593519;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,71:0.56:127
chr11	85597163	rs17744699	C	T	137.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=1.020;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=0;PP=73;ReadPosRankSum=0.640;SC=AATATCAGATCTTAACTTCTT;SOR=1.402;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=13;TCR=1;TR=6;WE=85597171;WS=85597153;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,6:0.43:14
chr11	85609806	rs10501601	A	T	314.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-2.239;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=0;PP=132;ReadPosRankSum=1.162;SC=ACAGTGTAAAACAGCAAAAGC;SOR=0.352;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=17;TCR=0;TR=8;WE=85609814;WS=85609800;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,13:0.59:22
chr11	85610109	rs725459	G	C	1437.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=0.739;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.811;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=33;PP=844;ReadPosRankSum=-2.182;SC=ATTTTTTTAAGTGGAAATGAC;SOR=0.545;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=81;TCF=19;TCR=62;TR=43;WE=85610117;WS=85610099;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,63:0.59:106
chr11	85622518	rs140532988	C	CA	353.14	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-1.163;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.8457;FS=0.000;HP=11;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=12;PP=317;ReadPosRankSum=0.333;SC=TTTTTTAAAACAAAAAAAGAT;SOR=0.627;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=0;TCR=14;TR=12;WE=85622526;WS=85622508;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,17:0.89:19
chr11	85626569	rs60185300	G	A	2306.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=40;PP=1184;SC=TAATGATGATGATTTTTTTCA;SOR=1.450;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=57;TCF=17;TCR=40;TR=57;WE=85626577;WS=85626559;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr11	85627108	rs7927222	T	C	7496.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.307;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=292;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.595;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=107;NR=75;PP=2965;ReadPosRankSum=0.609;SC=AAGTAGAAAGTAGAGACTTGA;SOR=0.657;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=185;TCF=107;TCR=78;TR=182;WE=85627116;WS=85627098;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,285:1.00:286
chr11	85671702	rs618679	A	C	2250.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=38;NR=20;PP=1170;SC=CCATCTCCCAAAACAAGTAGC;SOR=1.248;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=58;TCF=38;TCR=20;TR=58;WE=85671710;WS=85671692;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr11	85685574	rs4944550	C	T	1907.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=16;NR=35;PP=1167;SC=TATCCTTTCCCTCCAAATAAT;SOR=1.376;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=52;TCF=16;TCR=36;TR=51;WE=85685582;WS=85685564;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr11	85692061	rs17817690	A	G	1914.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=47;NR=12;PP=1463;SC=TTATACTTCTAAACTCAGTAA;SOR=2.494;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=60;TCF=47;TCR=13;TR=59;WE=85692069;WS=85692051;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr11	85692342	rs2508688	A	C	1883.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=46;PP=1181;SC=ATACTTATATAGAACAGAGTA;SOR=2.303;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=56;TCF=10;TCR=46;TR=56;WE=85692350;WS=85692332;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr11	85714288	rs7951988	T	C	3463.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=79;NR=34;PP=2279;SC=TATGATTAAATCCATTTTATA;SOR=1.686;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=114;TCF=80;TCR=34;TR=113;WE=85714296;WS=85714278;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr11	85722238	rs57263198	G	GA	293.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=11;PP=212;SC=CCCAAAAAAGGAAAAAAAAAG;SOR=2.985;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=0;TCR=13;TR=11;WE=85722246;WS=85722228;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr11	85723527	rs17745153	C	T	575.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=6;NR=14;PP=357;SC=ACAGTAAATTCATGCATTAGG;SOR=1.609;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=6;TCR=14;TR=20;WE=85723535;WS=85723517;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr11	85725937	rs592297	C	T	2534.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=46;NR=20;PP=1432;SC=GTGCATCCATCTGATTCTGAA;SOR=1.414;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=67;TCF=47;TCR=20;TR=66;WE=85725945;WS=85725927;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr11	85966177	rs7950735	G	T	1147.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=13;NR=16;PP=496;SC=ATTTAAGATAGGATTGCGATT;SOR=0.829;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=29;TCF=13;TCR=16;TR=29;WE=85966185;WS=85966167;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr11	85977117	rs10898460	G	A	444.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=8;NR=3;PP=187;SC=TTTTGGTTTTGCATACAGGAT;SOR=1.371;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=8;TCR=3;TR=11;WE=85977125;WS=85977107;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr11	85979636	rs71040225	C	CGTGTGT,CGTGTGTGT	1023.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=3;MGOF=11;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=22;NF=1,1;NR=19,19;PP=327,399;SC=GTACTTCCATCGTGTGTGTGT;SOR=2.419;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=38;TCF=1;TCR=37;TR=20,20;WE=85979644;WS=85979626;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.29,0.61:28
chr11	86111700	rs12272824	A	T	636.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.858;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.58;ReadPosRankSum=0.360;SOR=0.758;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:50,34:0.40:84
chr11	86119396	rs4412777	G	A	329.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.902;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.882;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=9;PP=223;ReadPosRankSum=0.232;SC=TTTTATTGGCGCAGGGTCTCA;SOR=0.264;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=26;TCF=6;TCR=20;TR=13;WE=86119404;WS=86119386;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,14:0.52:27
chr11	86123467	rs3741006	G	A	2535.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=2.503;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=241;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.377;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=68;NR=27;PP=1506;ReadPosRankSum=0.079;SC=TCAGTCCTGCGCTTAATGCTC;SOR=0.889;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=168;TCF=122;TCR=46;TR=95;WE=86123475;WS=86123457;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:112,117:0.51:229
chr11	86133784	rs1056194	C	T	2780.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.455;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=314;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=52;PP=1325;ReadPosRankSum=0.141;SC=CTTCGTTTCCCGGGGAAAGTT;SOR=0.702;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=179;TCF=75;TCR=104;TR=90;WE=86133792;WS=86133774;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:170,142:0.46:312
chr11	86153911	rs7548	G	A	1751.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.337;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.565;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=31;PP=758;ReadPosRankSum=1.191;SC=TGAGTGGTGGGTAGAGTCTCC;SOR=0.755;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=102;TCF=44;TCR=58;TR=54;WE=86153919;WS=86153901;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,87:0.51:169
chr11	86157998	rs4944580	T	C	931.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-0.181;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.995;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=12;PP=585;ReadPosRankSum=0.379;SC=CTTTCTGAAATTCAGTTTGCT;SOR=0.483;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=59;TCF=41;TCR=18;TR=36;WE=86158006;WS=86157988;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,43:0.57:75
chr11	86161147	rs4944581	A	C	884.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=0.674;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.335;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=11;PP=608;ReadPosRankSum=-0.403;SC=CCCCCACCTCAATGACTCCCA;SOR=1.523;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=82;TCF=46;TCR=36;TR=34;WE=86161155;WS=86161137;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,39:0.42:93
chr11	86161388	rs1042780	C	G	4423.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.523;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=465;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=67;NR=85;PP=2134;ReadPosRankSum=1.164;SC=AAAGCTTGTTCTTGGTGATTC;SOR=0.699;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=278;TCF=123;TCR=155;TR=152;WE=86161396;WS=86161378;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:232,222:0.49:454
chr11	86173565	rs601646	C	G	381.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.948;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=4;PP=251;ReadPosRankSum=1.209;SC=ACCTGGATAACAGAGAGGCTG;SOR=0.976;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=19;TCF=13;TCR=6;TR=13;WE=86173573;WS=86173555;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,17:0.59:29
chr11	86175193	rs11234662	A	G	3369.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=2.934;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=355;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.386;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=50;PP=1495;ReadPosRankSum=-0.580;SC=AAGTTGGCCAACCTTTAGCAA;SOR=0.717;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=230;TCF=108;TCR=122;TR=92;WE=86175201;WS=86175183;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:187,162:0.46:349
chr11	86175300	rs605251	G	A	4406.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=39;NR=90;PP=2619;SC=ATTTGTTAAAGCATCATCAAG;SOR=1.639;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=129;TCF=39;TCR=90;TR=129;WE=86175308;WS=86175290;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,162:1.00:162
chr11	86198335	rs669325	C	T	1055.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.628;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.647;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=14;PP=488;ReadPosRankSum=2.556;SC=GTCACGGCATCTCTTAAAAGT;SOR=0.495;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=69;TCF=43;TCR=26;TR=35;WE=86198343;WS=86198325;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,52:0.51:101
chr11	86198529	.	G	GT	66.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.962;ClippingRankSum=0.000;DP=125;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.63;ReadPosRankSum=-1.596;SOR=0.766;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:87,19:0.18:106
chr11	86198596	rs2279048	A	G	381.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-2.518;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=12;PP=187;ReadPosRankSum=-0.139;SC=GAGAGGGGGGAGTAAGAAGGT;SOR=0.693;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=34;TCF=9;TCR=25;TR=16;WE=86198604;WS=86198586;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,21:0.50:42
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chr11	86267633	rs17211115	C	T	2389.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-0.591;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=321;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.359;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=32;PP=805;ReadPosRankSum=0.818;SC=GCTGACAGGCCAGCCCCACGG;SOR=0.602;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=171;TCF=96;TCR=75;TR=69;WE=86267641;WS=86267623;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:194,127:0.40:321
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chr11	87006776	rs10792935	G	A	619.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.160;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=9;PP=225;ReadPosRankSum=-1.119;SC=ATAGGTACTTGTATCTCAAAA;SOR=0.811;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=47;TCF=25;TCR=22;TR=21;WE=87006784;WS=87006766;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,33:0.52:64
chr11	87013438	rs2276102	G	A	4148.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=2.837;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=460;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.524;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=61;PP=1935;ReadPosRankSum=0.530;SC=GGAAAAACCCGGAAGAATGAA;SOR=0.762;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=225;TCF=108;TCR=117;TR=114;WE=87013450;WS=87013428;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:250,207:0.45:457
chr11	87032215	rs7112344	T	C	2539.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=61;NR=15;PP=1623;SC=TATATTAATATTTGTTTACTG;SOR=2.252;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=77;TCF=62;TCR=15;TR=76;WE=87032223;WS=87032205;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr11	87846757	rs9144	C	T	1329.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-0.872;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=13;PP=659;ReadPosRankSum=0.329;SC=AGAGAATATACTGAAATCTGG;SOR=0.632;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=94;TCF=68;TCR=26;TR=47;WE=87846765;WS=87846747;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,61:0.55:111
chr11	87847018	rs3740925	C	T	3700.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=49;NR=70;PP=2522;SC=TTCTCTCTCACTGAAAAAACA;SOR=1.044;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=119;TCF=49;TCR=70;TR=119;WE=87847026;WS=87847008;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chr11	87908346	rs302647	C	G	1710.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.270;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=11;PP=868;ReadPosRankSum=0.038;SC=TCCCCCCGCGCTCACCTGCGA;SOR=0.673;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=123;TCF=97;TCR=26;TR=50;WE=87908354;WS=87908336;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,75:0.47:159
chr11	87908448	rs302646	A	G	15593.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=582;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=199;NR=141;PP=2965;SC=GGTAGTGCGAAGAGAAGTTCT;SOR=0.921;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=340;TCF=199;TCR=141;TR=340;WE=87908456;WS=87908438;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,571:1.00:571
chr11	87908563	rs3812730	G	A	4674.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.440;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=423;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.748;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=88;PP=2474;ReadPosRankSum=-0.109;SC=CCTGGCGGCCGGCCAGACGTG;SOR=0.815;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=303;TCF=124;TCR=179;TR=145;WE=87908571;WS=87908553;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:192,217:0.53:409
chr11	88059694	.	TA	T	34.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.856;ClippingRankSum=0.000;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=1.987;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.20;ReadPosRankSum=1.605;SOR=0.301;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,9:0.31:29
chr11	88242024	rs2941563	T	G	11948.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=463;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=151;NR=129;PP=2965;SC=GCTGCGCGCCTCCCGTGACTT;SOR=0.769;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=281;TCF=152;TCR=129;TR=280;WE=88242032;WS=88242014;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,461:1.00:461
chr11	88245413	rs308882	G	C	1589.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.041;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.507;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=1.195;NF=31;NR=28;PP=2952;ReadPosRankSum=0.595;SC=TGTGCCTTTGGTTACAGTGCC;SOR=0.526;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=130;TCF=75;TCR=55;TR=59;WE=88245438;WS=88245403;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:115,82:0.42:197
chr11	88245424	rs144972069	CATGGCCA	C	3095.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=1.376;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.786;NF=8;NR=27;PP=2931;ReadPosRankSum=1.163;SC=TTACAGTGCCCATGGCCATAA;SOR=0.711;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=85;TCF=26;TCR=59;TR=35;WE=88245438;WS=88245403;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:134,85:0.39:219
chr11	88258689	rs4753486	C	T	240.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.071;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.775;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=9;PP=157;ReadPosRankSum=0.372;SC=AATGGGGGTTCCTGCTTCTCA;SOR=1.352;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=23;TCF=4;TCR=19;TR=10;WE=88258697;WS=88258679;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,12:0.41:29
chr11	88338165	rs3816649	G	A	2376.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=19;NR=35;PP=1117;SC=TAGCTTTGAGGTACAAATCTA;SOR=1.141;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=56;TCF=20;TCR=36;TR=54;WE=88338173;WS=88338155;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr11	88645129	rs626218	T	A	5417.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=101;NR=65;PP=2965;SC=GTACGAAATTTTTTATTGTCT;SOR=1.151;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=166;TCF=101;TCR=65;TR=166;WE=88645137;WS=88645119;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,203:1.00:203
chr11	88911696	rs1042602	C	A	5119.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-2.011;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=517;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.518;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=75;NR=80;PP=2403;ReadPosRankSum=1.533;SC=CTTGGGGGATCTGAAATCTGG;SOR=0.642;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=334;TCF=167;TCR=167;TR=155;WE=88911704;WS=88911686;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:264,247:0.48:511
chr11	88925242	rs10765196	G	C	935.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.611;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.526;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=16;PP=360;ReadPosRankSum=0.681;SC=CAGCACATAGGTAAAGCCTCC;SOR=0.982;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=60;TCF=28;TCR=32;TR=27;WE=88925250;WS=88925232;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,48:0.45:106
chr11	88925328	rs10765197	A	C	305.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.428;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=8;PP=141;ReadPosRankSum=-3.424;SC=CTAAATATTTATCCTACAAAT;SOR=0.681;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=28;TCF=6;TCR=22;TR=10;WE=88925336;WS=88925318;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,15:0.41:37
chr11	89017961	rs1126809	G	A	2688.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.300;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=254;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.784;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.961;NF=53;NR=40;PP=1375;ReadPosRankSum=-0.709;SC=CAGTGGCTCCGAAGGCACCGT;SOR=0.532;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=162;TCF=98;TCR=64;TR=93;WE=89017969;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:123,131:0.52:254
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chr11	89221958	rs597046	G	C	364.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=12;NR=0;PP=301;SC=TATTCATTAAGTTACACCTAA;SOR=5.136;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=12;TCR=0;TR=12;WE=89221966;WS=89221954;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr11	89223616	rs490934	C	G	3368.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=57;NR=31;PP=1891;SC=TCCAAGTTCACCTTACTTACC;SOR=1.355;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=89;TCF=57;TCR=32;TR=88;WE=89223624;WS=89223606;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr11	89223931	rs2304500	G	A	937.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-1.845;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.953;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=13;PP=681;ReadPosRankSum=1.338;SC=CTGAGACTAAGCATTTGGGTT;SOR=0.495;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=72;TCF=51;TCR=21;TR=41;WE=89223939;WS=89223921;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,41:0.52:79
chr11	89224101	rs3816123	G	T	3783.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.140;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=463;ExcessHet=3.0103;FS=1.131;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.21;ReadPosRankSum=0.674;SOR=0.595;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:269,192:0.42:461
chr11	89224131	rs34495256	T	TCTC	5378.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.552;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=373;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.645;HP=1;HapScore=2;MGOF=33;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=59;PP=2966;ReadPosRankSum=1.770;SC=TTCCTCCACATCTCTCCCATC;SOR=0.514;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=180;TCF=55;TCR=125;TR=82;WE=89224139;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:209,144:0.41:353
chr11	89224229	rs35177439	G	GT	2674.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=2.050;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.462;HP=5;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=53;PP=2966;ReadPosRankSum=0.383;SC=ATAAAGTTTTGTAAGTTGAGA;SOR=0.539;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=171;TCF=49;TCR=122;TR=76;WE=89224237;WS=89224219;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:106,90:0.46:196
chr11	89224326	rs10830279	G	A	3456.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.783;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=372;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.378;HP=3;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=51;PP=1411;ReadPosRankSum=2.385;SC=AGGACAGAGAGAACGCAAGGA;SOR=0.734;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=203;TCF=93;TCR=110;TR=91;WE=89224334;WS=89224316;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:191,176:0.48:367
chr11	89224453	rs2289125	A	C	3010.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.335;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.602;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=52;PP=1659;ReadPosRankSum=-1.236;SC=TGCCCGCCGGACCGAGAAGGA;SOR=1.655;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=72;TCF=19;TCR=53;TR=70;WE=89224461;WS=89224443;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,105:0.98:107
chr11	89370552	rs72971036	G	C	192.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.845;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=4.099;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.71;ReadPosRankSum=0.544;SOR=0.141;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,11:0.44:25
chr11	89370598	rs12363392	T	C	1245.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-1.421;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.744;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-1.477;NF=25;NR=13;PP=748;ReadPosRankSum=-1.007;SC=CTCACTCTGTTACCAGGCTCC;SOR=0.422;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=81;TCF=53;TCR=28;TR=38;WE=89370606;WS=89370588;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,58:0.58:100
chr11	89370719	rs12363079	A	G	2851.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.085;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=303;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.746;NF=44;NR=50;PP=1321;ReadPosRankSum=1.487;SC=CAGGTCAGCAATCTGGACAGG;SOR=0.699;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=196;TCF=94;TCR=102;TR=94;WE=89370727;WS=89370709;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:154,148:0.49:302
chr11	89371726	rs10765221	G	A	441.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=2.771;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.884;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-6.811;NF=25;NR=10;PP=582;ReadPosRankSum=-3.655;SC=GCAAGGTCTAGTGACTGCAGG;SOR=1.153;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=106;TCF=67;TCR=39;TR=35;WE=89371734;WS=89371716;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:126,32:0.20:158
chr11	89372210	rs7924505	C	T	717.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.300;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-2.813;NF=20;NR=6;PP=430;ReadPosRankSum=-1.377;SC=AATTGGTTTGCAACTTAAAAA;SOR=0.797;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=62;TCF=48;TCR=14;TR=26;WE=89372218;WS=89372200;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,34:0.40:84
chr11	89372292	rs7942274	T	C	1463.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.271;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.506;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-1.195;NF=30;NR=26;PP=761;ReadPosRankSum=0.625;SC=TCACCTAATGTCAGAGGTAAT;SOR=0.421;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=134;TCF=80;TCR=54;TR=56;WE=89372300;WS=89372282;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:102,74:0.42:176
chr11	89372341	rs7942295	T	G	2157.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.323;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=236;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.588;HP=4;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-1.243;NF=40;NR=35;PP=1070;ReadPosRankSum=-0.951;SC=CATACAACAATAATGAAAAAT;SOR=0.576;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=179;TCF=98;TCR=81;TR=75;WE=89372349;WS=89372331;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:127,108:0.46:235
chr11	89372524	rs7945304	T	C	1193.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-2.579;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.699;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-9.709;NF=19;NR=33;PP=651;ReadPosRankSum=2.018;SC=AGCACATTCTTGAAAGTTTAT;SOR=0.585;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=101;TCF=34;TCR=67;TR=52;WE=89372532;WS=89372514;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,62:0.49:126
chr11	89378138	rs2072623	C	A	641.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.229;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.906;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-7.202;NF=32;NR=11;PP=718;ReadPosRankSum=2.326;SC=ATTAAACATTCATATCTAACC;SOR=0.812;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=75;TCF=57;TCR=18;TR=43;WE=89378146;WS=89378128;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,31:0.37:84
chr11	89378269	rs11018694	C	T	2950.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.806;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=346;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.503;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-17.411;NF=50;NR=60;PP=1530;ReadPosRankSum=2.168;SC=CTGGATTCTGCTGAGCTAGCT;SOR=0.683;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=228;TCF=113;TCR=115;TR=110;WE=89378277;WS=89378259;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:190,152:0.44:342
chr11	89392653	rs10765230	A	G	331.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.746;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.289;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-5.793;NF=14;NR=0;PP=207;ReadPosRankSum=-0.168;SC=TGATATTACCAAATCTGGAAC;SOR=2.015;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=31;TCF=29;TCR=2;TR=14;WE=89392661;WS=89392643;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,17:0.41:41
chr11	89392799	rs10830330	G	A	1944.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.018;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.043;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-2.290;NF=28;NR=30;PP=873;ReadPosRankSum=0.301;SC=CTATCCAGACGGTTGGAATCT;SOR=0.724;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=143;TCF=71;TCR=72;TR=58;WE=89392807;WS=89392789;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:120,99:0.45:219
chr11	89402557	rs80292557	G	T	2647.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.391;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=310;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.362;HP=6;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-13.422;NF=56;NR=44;PP=1417;ReadPosRankSum=-0.041;SC=TAATAATGTTGTTTTGTGTCC;SOR=0.614;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=208;TCF=116;TCR=92;TR=100;WE=89402565;WS=89402547;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:172,135:0.44:307
chr11	89402687	rs11018718	T	C	1755.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.235;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.319;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-2.997;NF=27;NR=43;PP=1106;ReadPosRankSum=-1.259;SC=GAGACTATTTTAATTTTAACT;SOR=0.443;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=147;TCF=52;TCR=95;TR=70;WE=89402695;WS=89402677;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:103,86:0.46:189
chr11	89402728	rs11018719	A	G	750.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=2.890;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.315;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-1.863;NF=7;NR=30;PP=680;ReadPosRankSum=-0.498;SC=AGAAAAAAATACTATAGAGGA;SOR=1.067;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=78;TCF=16;TCR=62;TR=37;WE=89402736;WS=89402718;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,34:0.43:80
chr11	89403414	rs10734120	C	T	827.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=24;NR=0;PP=672;SC=ACGCCTTTTCCCCTGTTAATC;SOR=6.518;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=24;TCF=24;TCR=0;TR=24;WE=89403422;WS=89403404;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr11	89404941	rs11325465	CT	C	465.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.337;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=1.088;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.63;ReadPosRankSum=1.323;SOR=0.515;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,40:0.66:61
chr11	89404985	rs117291324	A	T	1216.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.201;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FS=0.651;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.43;ReadPosRankSum=-0.554;SOR=0.612;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:69,60:0.47:129
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chr11	89407391	rs2075536	A	C	1217.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.062;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.657;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-4.743;NF=21;NR=33;PP=804;ReadPosRankSum=1.085;SC=GTAGCCAGGAATTATTTGCCA;SOR=0.593;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=112;TCF=40;TCR=72;TR=54;WE=89407399;WS=89407381;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,61:0.45:137
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chr11	89409166	rs4753235	G	C	1013.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.255;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=1.377;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.76;MQRankSum=-4.704;QD=13.89;ReadPosRankSum=-0.756;SOR=0.979;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:43,30:0.41:73
chr11	89413781	rs10830339	C	G	657.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=2.137;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.245;HP=3;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-3.448;NF=19;NR=5;PP=453;ReadPosRankSum=0.955;SC=TTTCAGGAAACTACACTCTGA;SOR=1.070;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=43;TCF=34;TCR=9;TR=24;WE=89413789;WS=89413771;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,28:0.53:53
chr11	89413850	rs10830340	C	T	1312.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.035;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-3.288;NF=29;NR=20;PP=638;ReadPosRankSum=2.355;SC=AAGAGGTATACAATTACATAT;SOR=0.664;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=93;TCF=56;TCR=37;TR=49;WE=89413858;WS=89413840;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,66:0.52:126
chr11	89413867	rs7128813	G	A	2706.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.160;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-2.913;NF=30;NR=22;PP=782;ReadPosRankSum=1.978;SC=ATATAATTTAGGAAAACCCAA;SOR=0.666;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=97;TCF=57;TCR=40;TR=52;WE=89413875;WS=89413857;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,75:0.53:142
chr11	89413975	rs10830341	C	T	971.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-1.015;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.829;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.473;NF=9;NR=23;PP=496;ReadPosRankSum=0.654;SC=TATGACATCACATCTTCACAG;SOR=0.988;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=62;TCF=20;TCR=42;TR=32;WE=89413983;WS=89413965;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,44:0.51:86
chr11	89424716	rs2035677	A	G	3905.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.229;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.211;HP=1;HapScore=1;MGOF=109;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-6.068;NF=32;NR=50;PP=1253;ReadPosRankSum=2.006;SC=ACATATATGTACATATGTGTA;SOR=0.461;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=109;TCF=37;TCR=72;TR=82;WE=89424724;WS=89424706;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,113:0.71:159
chr11	89424736	rs6144434	GTGTGTATATATATATATATATATA	G	2410.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.719;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.030;HP=2;HapScore=1;MGOF=31;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-6.488;NF=5;NR=33;PP=1051;ReadPosRankSum=6.364;SC=ATATGTGTGTGTGTGTATATA;SOR=0.965;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=51;TCF=6;TCR=45;TR=38;WE=89424769;WS=89424726;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,74:0.72:103
chr11	89424740	rs2130024	G	A	132.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-1.997;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FS=2.341;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.07;MQRankSum=4.590;QD=1.44;ReadPosRankSum=-4.320;SOR=0.372;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:75,17:0.18:92
chr11	89443429	rs10830355	G	A	2027.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-2.097;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.179;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-1.021;NF=48;NR=20;PP=1124;ReadPosRankSum=0.747;SC=TATGCCATGGGGGAAAGAATG;SOR=0.568;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=140;TCF=103;TCR=37;TR=68;WE=89443437;WS=89443419;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:102,96:0.48:198
chr11	89443808	rs11018745	A	C	3063.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=3.039;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=334;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.406;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-15.028;NF=52;NR=73;PP=2097;ReadPosRankSum=-1.103;SC=TGTGTTTTCTATGCTCTCAAT;SOR=0.660;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=242;TCF=99;TCR=143;TR=125;WE=89443816;WS=89443798;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:179,146:0.45:325
chr11	89443939	rs10830356	C	A	731.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=4.075;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.038;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-2.879;NF=1;NR=23;PP=556;ReadPosRankSum=-0.720;SC=ACAGGTAATACGGAAAGATAT;SOR=2.100;SbPval=0.98;Source=Platypus;TC=45;TCF=7;TCR=38;TR=24;WE=89443947;WS=89443929;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,28:0.56:50
chr11	89444754	rs7111680	G	A	1426.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.161;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.998;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-4.130;NF=22;NR=31;PP=717;ReadPosRankSum=-0.587;SC=AGTTAACCATGTGTCCCCTGA;SOR=0.527;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=113;TCF=43;TCR=70;TR=53;WE=89444762;WS=89444744;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:89,73:0.45:162
chr11	89447256	rs1967075	A	G	141.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.205;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQ=59.58;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=1;PP=75;ReadPosRankSum=-0.328;SC=GCATTAAACTATATTTAGTAG;SOR=0.255;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=20;TCF=17;TCR=3;TR=6;WE=89447264;WS=89447254;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,8:0.36:22
chr11	89447313	rs1967074	A	G	542.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=4.010;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.898;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=3;PP=432;ReadPosRankSum=-0.458;SC=TAAGGAAAGAATAAAACCACT;SOR=1.609;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=51;TCF=39;TCR=12;TR=21;WE=89447321;WS=89447303;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,22:0.40:55
chr11	89451057	rs3881253	A	G	4743.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.169;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=268;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.553;HP=2;HapScore=4;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-1.740;NF=32;NR=67;PP=2962;ReadPosRankSum=-2.044;SC=ACAGGTCACAAACCTGACCAA;SOR=0.817;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=199;TCF=70;TCR=129;TR=99;WE=89451079;WS=89451047;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:122,134:0.52:256
chr11	89451071	rs3881254	C	A	4414.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-2.358;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=234;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.751;HP=2;HapScore=4;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-2.428;NF=26;NR=65;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.662;SC=TGACCAAGGCCTTGGGAATTC;SOR=0.996;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=184;TCF=61;TCR=123;TR=91;WE=89451079;WS=89451047;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:112,115:0.51:227
chr11	89531540	rs12417980	C	T	6056.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.857;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=621;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.101;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.574;NF=85;NR=87;PP=2406;ReadPosRankSum=-0.224;SC=CCCGCCTTTCCATCTATCTTC;SOR=0.584;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=378;TCF=180;TCR=198;TR=172;WE=89531548;WS=89531530;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:320,301:0.48:621
chr11	89774197	rs200350663	CT	C	2148.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.344;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FS=3.768;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.63;MQRankSum=-4.210;QD=9.77;ReadPosRankSum=0.781;SOR=0.651;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:53,167:0.76:220
chr11	89907096	rs201823460	T	TA	3404.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.322;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=259;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.585;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=52;PP=2095;ReadPosRankSum=1.558;SC=AAGTTACTGATATGCACCTTT;SOR=0.926;SbPval=0.96;Source=Platypus;TC=135;TCF=13;TCR=122;TR=54;WE=89907104;WS=89907086;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:137,113:0.45:250
chr11	89916226	rs116948108	A	G	4277.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.950;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=447;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.240;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=90;PP=2305;ReadPosRankSum=-1.415;SC=AAACCAGCATACCTAAAGTTG;SOR=0.950;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=288;TCF=114;TCR=174;TR=142;WE=89916234;WS=89916216;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:234,207:0.47:441
chr11	89935586	rs1045861	G	T	353.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-3.646;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.814;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=3;PP=211;ReadPosRankSum=0.730;SC=ATCTGTTGTGGCATCTTTTTG;SOR=0.080;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=22;TCF=19;TCR=3;TR=14;WE=89935594;WS=89935576;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,16:0.67:24
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chr11	89938615	rs36109540	AAG	A	307.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.856;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.468;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=0;PP=286;ReadPosRankSum=1.710;SC=CTATTTTTGGAAGAGTTACTT;SOR=0.132;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=20;TCR=0;TR=8;WE=89938624;WS=89938609;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,9:0.45:20
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chr11	89951510	rs10830446	G	A	90.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-1.559;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=3;PP=23;ReadPosRankSum=0.398;SC=AGCACAAAGTGTACTATATTA;SOR=0.223;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=3;WE=89951518;WS=89951500;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,5:0.56:9
chr11	89955872	rs3740821	A	G	389.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.676;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.171;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=8;PP=220;ReadPosRankSum=0.161;SC=GCGCTCGCCAAGGGAACGCGG;SOR=0.481;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=28;TCF=15;TCR=13;TR=16;WE=89955880;WS=89955862;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,20:0.47:43
chr11	91536418	rs4130617	G	A	1576.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.958;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FS=2.142;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.37;ReadPosRankSum=-0.411;SOR=0.523;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:75,77:0.51:152
chr11	91545212	rs4753345	C	G	4197.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=48;NR=60;PP=2070;SC=CACAGCAAGACTATTTAACTG;SOR=0.934;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=108;TCF=48;TCR=60;TR=108;WE=91545220;WS=91545202;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,155:1.00:155
chr11	92257703	rs561408	T	G	594.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=1.216;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=4;PP=376;ReadPosRankSum=-2.191;SC=GTTTTTCATATGCCAAGATTA;SOR=0.693;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=44;TCF=35;TCR=9;TR=22;WE=92257711;WS=92257693;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,26:0.54:48
chr11	92292618	rs508848	A	G	74.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.67;BaseQRankSum=-1.124;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.276;HP=1;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=3;PP=28;ReadPosRankSum=-0.664;SC=TGGCATGATCATAGCTCACTG;SOR=1.229;SbPval=0.16;Source=Platypus;TC=8;TCF=5;TCR=3;TR=4;WE=92292626;WS=92292608;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,6:0.46:13
chr11	92497990	rs3847524	C	G	286.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=4.624;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=0;PP=231;ReadPosRankSum=1.270;SC=CAGATCCAAACTCTACAACAA;SOR=1.270;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=25;TCF=24;TCR=1;TR=11;WE=92497998;WS=92497987;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,11:0.42:26
chr11	92531356	rs7949157	A	G	13961.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=533;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=179;NR=176;PP=2965;SC=ATCACCACTCAGAAGGCCCTG;SOR=0.701;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=355;TCF=179;TCR=176;TR=355;WE=92531364;WS=92531346;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,526:1.00:526
chr11	92532677	rs12362722	T	C	14545.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.702;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=545;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=205;NR=149;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.687;SC=GCGGAAAACCTTCTTTGTCTA;SOR=0.332;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=358;TCF=207;TCR=151;TR=354;WE=92532685;WS=92532667;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,530:1.00:531
chr11	92534442	rs3847531	A	G	14404.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.397;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=570;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=204;NR=181;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.217;SC=CAAAGGGGGCATATTCGTCAT;SOR=0.485;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=386;TCF=204;TCR=182;TR=385;WE=92534450;WS=92534432;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,553:0.99:556
chr11	92539384	rs4753415	A	G	176.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=6;NR=0;PP=141;SC=TAATATATTGAAATATGTTTC;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=6;WE=92539392;WS=92539378;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr11	92564767	rs6483189	T	G	5154.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.419;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=99;NR=37;PP=2937;ReadPosRankSum=1.683;SC=GCCCACTCATTTTCCTGTGTC;SOR=0.818;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=137;TCF=100;TCR=37;TR=136;WE=92564775;WS=92564757;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,180:0.99:181
chr11	92573911	rs10765565	G	T	1045.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.602;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.902;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=26;PP=586;ReadPosRankSum=-0.171;SC=TCTGGAATACGTGTTGTGTGT;SOR=1.017;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=58;TCF=17;TCR=41;TR=35;WE=92573919;WS=92573901;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,48:0.56:85
chr11	92590448	rs4753069	A	G	1151.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=1.424;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.225;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=20;PP=626;ReadPosRankSum=1.411;SC=GCAGTGTGTCAGTTATGAAGC;SOR=1.071;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=97;TCF=52;TCR=45;TR=47;WE=92590456;WS=92590438;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,60:0.47:128
chr11	92592536	rs35216054	GT	G	1515.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-1.228;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.882;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=1.218;NF=0;NR=43;PP=1384;ReadPosRankSum=-2.380;SC=TCATGTTAGTGTTTTGGCTCT;SOR=0.588;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=82;TCF=0;TCR=82;TR=43;WE=92592544;WS=92592526;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,64:0.58:110
chr11	92599851	rs3847553	G	A	4627.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-3.222;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=358;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.029;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=84;NR=53;PP=2125;ReadPosRankSum=0.510;SC=CAGGGTGTAGGGAACATATTC;SOR=0.479;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=236;TCF=150;TCR=86;TR=137;WE=92599859;WS=92599841;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:135,214:0.61:349
chr11	92615715	rs12224637	C	T	181.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=4.285;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.793;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=1;PP=124;ReadPosRankSum=-1.594;SC=ACTTGGGGACCACAGTGGCCA;SOR=1.552;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=29;TCF=26;TCR=3;TR=10;WE=92615723;WS=92615713;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,8:0.35:23
chr11	92623608	rs7118363	A	G	105.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-2.823;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=0;PP=34;ReadPosRankSum=1.501;SC=CCAGCAAAGCACCAACTCCAG;SOR=0.307;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=9;TCR=0;TR=5;WE=92623616;WS=92623600;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,6:0.60:10
chr11	92714595	rs6483210	C	T	2082.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.087;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=275;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.015;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=18;PP=1027;ReadPosRankSum=-1.992;SC=CTGACTGTTGCTCTGTTTGCT;SOR=1.058;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=168;TCF=112;TCR=56;TR=67;WE=92714603;WS=92714585;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:162,106:0.40:268
chr11	92715117	rs61747139	A	G	6522.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.177;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=647;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.100;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=96;NR=100;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.167;SC=CTGTGCCTGAAGCCCAGCGAC;SOR=0.570;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=398;TCF=186;TCR=212;TR=196;WE=92715125;WS=92715107;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:317,312:0.50:629
chr11	92895920	rs78676517	T	C	747.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.081;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.100;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=8;PP=228;ReadPosRankSum=2.070;SC=GATTTCATCATGGAAACACAT;SOR=0.449;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=47;TCF=31;TCR=16;TR=21;WE=92895928;WS=92895910;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,37:0.55:67
chr11	92915017	rs17631593	C	T	918.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-4.159;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.349;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=30;PP=628;ReadPosRankSum=1.177;SC=ATAAAACCACCTCTTGAAATA;SOR=0.394;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=76;TCF=11;TCR=65;TR=37;WE=92915025;WS=92915007;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,41:0.48:85
chr11	93118515	rs3020057	G	A	2007.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=31;NR=21;PP=886;SC=TGCATTGTACGTTATGATAAC;SOR=0.976;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=52;TCF=31;TCR=21;TR=52;WE=93118523;WS=93118505;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr11	93122446	rs3020056	TC	AA	359.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;JOINED;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=6;PP=360;SC=CCGACATTTTTCTGTGTGAGA;SOR=3.056;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=7;WE=93122455;WS=93122436;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr11	93141580	rs2259633	C	A	2913.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=29;NR=48;PP=1605;SC=AAAAGTGGAACAAAATGAAGA;SOR=1.136;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=77;TCF=29;TCR=48;TR=77;WE=93141588;WS=93141570;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr11	93170909	rs375443728	T	TC	245.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.366;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.57;MQRankSum=-0.000;QD=18.90;ReadPosRankSum=-1.242;SOR=1.863;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,11:0.85:13
chr11	93170925	rs2605584	G	A	78.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.067;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=7.16;ReadPosRankSum=0.263;SOR=0.551;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,5:0.45:11
chr11	93212161	rs2605594	A	G	16339.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=-2.183;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=626;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=232;NR=151;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.016;SC=TGGGGTCCGCAGCCGGCTGCG;SOR=0.361;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=385;TCF=233;TCR=152;TR=383;WE=93212169;WS=93212151;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,624:1.00:625
chr11	93212245	rs3207348	C	T	9625.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=-1.780;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=963;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.092;HP=2;HapScore=3;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=110;NR=118;PP=2962;ReadPosRankSum=0.319;SC=CCACGGCCAGCGTGGGCAGCA;SOR=0.610;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=494;TCF=228;TCR=266;TR=228;WE=93212262;WS=93212235;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:471,489:0.51:960
chr11	93212254	rs2658797	C	T	8527.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=1.295;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=890;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.092;HP=1;HapScore=3;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=114;NR=138;PP=2962;ReadPosRankSum=0.667;SC=GCGTGGGCAGCACCACTGTAG;SOR=0.769;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=468;TCF=219;TCR=249;TR=252;WE=93212262;WS=93212235;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:457,428:0.48:885
chr11	93400052	rs7123801	G	A	621.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=14;PP=340;SC=TTACATTAGAGTGTTCTAAAT;SOR=2.400;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=15;TCF=1;TCR=14;TR=15;WE=93400060;WS=93400042;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr11	93402096	rs1944101	C	A	1273.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=29;PP=760;SC=AACAAAAAACCTGGTAAAGTA;SOR=1.931;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=9;TCR=29;TR=38;WE=93402104;WS=93402086;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr11	93403067	rs1954994	G	A	997.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=30;PP=799;SC=TTGTACAGGAGTATATCTGGA;SOR=5.549;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=31;TCF=1;TCR=30;TR=31;WE=93403075;WS=93403057;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr11	93408831	rs10831088	G	A	5266.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=50;NR=68;PP=2255;SC=GACACAAAACGGGTGATTGAC;SOR=0.886;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=119;TCF=51;TCR=68;TR=118;WE=93408839;WS=93408821;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,202:1.00:202
chr11	93408958	rs35646565	C	CA	614.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=19;PP=777;SC=TAATAATAATCAAAACCTTTT;SOR=4.003;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=0;TCR=20;TR=19;WE=93408966;WS=93408948;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr11	93412774	rs1944100	A	G	3283.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=25;NR=77;PP=2230;SC=ATAGCATTGCAGGACTGATTA;SOR=2.033;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=103;TCF=25;TCR=78;TR=102;WE=93412782;WS=93412764;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr11	93425159	rs4753495	C	A	6671.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=257;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=68;NR=84;PP=2965;SC=CCTCAAGAAGCAGCAGCCAGG;SOR=0.826;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=152;TCF=68;TCR=84;TR=152;WE=93425167;WS=93425149;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,254:1.00:254
chr11	93454831	rs59894789	GGTGT	G	776.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.021;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.63;ReadPosRankSum=-0.142;SOR=0.970;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,30:0.53:57
chr11	93462607	rs7131178	A	T	2529.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=1.982;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=5.310;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=67;NR=6;PP=1825;ReadPosRankSum=-1.116;SC=TAGGTGAGTGAGTTTCTGCCT;SOR=3.365;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=75;TCF=68;TCR=7;TR=73;WE=93462615;WS=93462597;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,86:0.98:88
chr11	93463145	rs200136546	A	AT	393.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.031;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=268;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.04;MQRankSum=0.000;QD=1.95;ReadPosRankSum=-0.538;SOR=0.671;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:150,52:0.26:202
chr11	93463332	rs7101779	A	G	3481.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=33;NR=37;PP=1313;SC=TAACTGAGGGAGAAGGACTTA;SOR=0.785;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=70;TCF=33;TCR=37;TR=70;WE=93463340;WS=93463322;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,134:1.00:134
chr11	93463666	rs7119918	C	A	2542.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=27;NR=26;PP=1022;SC=GGCAACAATCCTGGATTATTA;SOR=0.734;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=53;TCF=27;TCR=26;TR=53;WE=93463674;WS=93463656;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr11	93463726	rs34898352	T	TAG	1074.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=2.002;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.502;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=13;PP=531;ReadPosRankSum=0.925;SC=AGGAGTGCTATGGCTTCCTAT;SOR=1.220;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=25;TCF=0;TCR=25;TR=13;WE=93463734;WS=93463716;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,29:0.45:64
chr11	93464175	rs1944108	A	C	2986.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.217;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=296;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.394;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=35;PP=1270;ReadPosRankSum=-1.921;SC=TTGCTAGCAAAGTAGCAGATA;SOR=0.807;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=190;TCF=113;TCR=77;TR=93;WE=93464183;WS=93464165;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:148,148:0.50:296
chr11	93466866	rs2155248	G	T	3148.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=25;NR=70;PP=2014;SC=AGGGGTTCGAGGCTACAGTGA;SOR=1.761;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=95;TCF=25;TCR=70;TR=95;WE=93466874;WS=93466856;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr11	93474570	rs11280945	T	TGCGTGA	36302.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=0.763;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=791;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=91;NR=209;PP=2965;ReadPosRankSum=1.333;SC=ACTGGCCTGGTGTCCTAGAGC;SOR=0.873;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=308;TCF=96;TCR=212;TR=300;WE=93474578;WS=93474560;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,781:1.00:783
chr11	93474667	rs189410450	C	T	6653.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=-0.615;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=666;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=30;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.622;NF=74;NR=119;PP=2962;ReadPosRankSum=0.974;SC=AAAGGGTTGGCTATTTCCGTG;SOR=0.677;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=383;TCF=144;TCR=239;TR=193;WE=93474686;WS=93474657;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:339,319:0.48:658
chr11	93474678	rs630648	G	C	14896.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=0.861;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=556;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.212;NF=130;NR=216;PP=2965;ReadPosRankSum=1.432;SC=TATTTCCGTGGCCCAAGTAAT;SOR=1.113;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=346;TCF=130;TCR=216;TR=346;WE=93474686;WS=93474657;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,547:1.00:549
chr11	93474791	rs623510	G	T	2257.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=34;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=11;NR=59;PP=1665;SC=GCGCAGGGAGGACTGACTAAC;SOR=3.116;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=70;TCF=11;TCR=59;TR=70;WE=93474799;WS=93474781;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr11	93474827	rs631116	T	C	1333.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=36;PP=1039;SC=GCTCGCGTATTCTGAGGAGGC;SOR=3.417;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=42;TCF=5;TCR=37;TR=41;WE=93474835;WS=93474817;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr11	93480708	rs624856	T	C	633.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=16;PP=353;SC=TTACTACTTATGTATATCTAT;SOR=5.784;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=0;TCR=17;TR=16;WE=93480725;WS=93480698;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr11	93480717	rs5793654	A	ATATCTTACT	587.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQ=60.77;NF=0;NR=8;PP=2634;SC=ATGTATATCTATATCTTACTT;SOR=5.421;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=0;TCR=12;TR=8;WE=93480725;WS=93480698;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr11	93487008	rs623993	G	A	1261.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.726;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=15;PP=908;ReadPosRankSum=-0.752;SC=CTGTTGATCAGTTGGCAAGGA;SOR=0.384;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=40;TCF=25;TCR=15;TR=39;WE=93487016;WS=93486998;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,43:0.98:44
chr11	93490682	rs604414	T	A	2649.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=16;NR=59;PP=1611;SC=GTGTGTGCACTTACTTAAGAT;SOR=2.204;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=76;TCF=16;TCR=60;TR=75;WE=93490690;WS=93490672;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr11	93494878	rs72097212	AAG	A	5006.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=68;PP=2973;SC=TATTTAGAAAAAGAAATAATT;SOR=1.441;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=77;TCF=6;TCR=71;TR=74;WE=93494887;WS=93494868;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,135:1.00:135
chr11	93517511	rs117654845	C	T	256.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-5.089;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.561;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=2;PP=134;ReadPosRankSum=-0.462;SC=AGTTGCTGGGCCAGCTCCTTT;SOR=0.160;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=28;TCF=24;TCR=4;TR=10;WE=93517519;WS=93517509;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,12:0.39:31
chr11	93517874	rs7116967	C	G	4885.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=30;NR=59;PP=1758;SC=GGACCGAGGGCGACGCGCAGG;SOR=1.368;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=89;TCF=30;TCR=59;TR=89;WE=93517894;WS=93517864;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr11	93517886	rs2848477	G	C	4238.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=21;NR=51;PP=1576;SC=ACGCGCAGGAGTGGCCGGGCG;SOR=1.661;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=72;TCF=21;TCR=51;TR=72;WE=93517894;WS=93517864;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr11	93521405	rs676586	C	T	2660.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=59;PP=1756;SC=GGCTTTGTGCCTGTTGTTCCA;SOR=2.303;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=76;TCF=17;TCR=59;TR=76;WE=93521413;WS=93521395;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr11	93527219	rs657177	T	C	10120.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=392;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=111;NR=136;PP=2965;SC=TATGTTCTATTCTCTAATTTC;SOR=0.824;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=248;TCF=111;TCR=137;TR=247;WE=93527227;WS=93527209;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,388:1.00:388
chr11	93527282	rs5793656	GA	G	3295.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=2;NR=81;PP=2621;SC=ATATAGGTAGGAAAAAATAGA;SOR=1.739;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=90;TCF=2;TCR=88;TR=83;WE=93527290;WS=93527272;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr11	93534929	.	T	TGA	1312.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.76;SOR=2.019;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr11	93534930	.	TTC	T	1312.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.76;SOR=2.019;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr11	93534990	rs655699	G	A	2473.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=45;NR=29;PP=1382;SC=TTAACTTCTTGTATTTAAAAG;SOR=1.014;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=74;TCF=45;TCR=29;TR=74;WE=93534998;WS=93534980;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr11	93583790	rs10831106	T	G	663.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=10;PP=344;SC=CAGATGCAGATGAGCTGGTTG;SOR=1.329;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=5;TCR=10;TR=15;WE=93583798;WS=93583780;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr11	93754508	rs2511403	G	A	1560.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=35;NR=8;PP=968;SC=TGTGCAGGCTGCCTGCCTGCT;SOR=2.670;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=44;TCF=36;TCR=8;TR=43;WE=93754516;WS=93754498;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr11	93797619	rs1945783	A	G	8564.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-2.273;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=330;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.172;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=106;NR=92;PP=2965;ReadPosRankSum=0.429;SC=TTTCTGCACCAACCCTGATTC;SOR=0.352;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=200;TCF=106;TCR=94;TR=198;WE=93797627;WS=93797609;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,327:1.00:328
chr11	93801012	rs10765650	C	T	1299.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-2.061;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.808;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=31;PP=688;ReadPosRankSum=-1.349;SC=TTAGATAGAGCCTTGTATGTA;SOR=0.557;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=80;TCF=19;TCR=61;TR=41;WE=93801020;WS=93801002;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,58:0.55:105
chr11	93801062	rs10765651	C	T	465.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.068;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.042;HP=2;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=14;PP=243;ReadPosRankSum=-0.978;SC=GAAAATATAACGCTCATCTCT;SOR=0.152;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=37;TCF=7;TCR=30;TR=19;WE=93801070;WS=93801052;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,22:0.54:41
chr11	93803717	rs1878799	C	G	2562.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=22;NR=41;PP=1236;SC=AGGTAAGCACCCTTTGTTGGT;SOR=1.289;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=63;TCF=22;TCR=41;TR=63;WE=93803725;WS=93803707;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr11	93803771	rs1878800	T	C	554.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.062;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=15;PP=256;ReadPosRankSum=-0.261;SC=AGGCTTTCTCTGTGATCTAAT;SOR=0.719;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=31;TCF=7;TCR=24;TR=20;WE=93803779;WS=93803761;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,27:0.61:44
chr11	93806416	rs1914725	T	C	8709.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=324;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=114;NR=140;PP=2965;SC=CTCTTCTGCTTTACTTCTTTC;SOR=0.878;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=255;TCF=115;TCR=140;TR=254;WE=93806424;WS=93806406;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,315:1.00:315
chr11	93806705	rs2949862	C	T	510.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-2.172;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.606;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=19;PP=395;ReadPosRankSum=1.861;SC=CCATTACCTGCCCTGAGAGCT;SOR=1.151;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=40;TCF=6;TCR=34;TR=22;WE=93806713;WS=93806695;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,22:0.52:42
chr11	93834223	rs7927016	G	A	306.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.114;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=1;PP=152;ReadPosRankSum=-0.064;SC=CTCTAAAGTGGAGTAGAGTTA;SOR=0.507;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=23;TCR=2;TR=10;WE=93834231;WS=93834213;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,14:0.45:31
chr11	93844034	rs7925817	G	T	1517.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.034;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.453;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=13;PP=977;ReadPosRankSum=0.819;SC=AGCAAAGAAGGCTACTAGCTG;SOR=1.474;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=126;TCF=86;TCR=40;TR=58;WE=93844042;WS=93844024;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,70:0.45:155
chr11	93862493	rs1138800	A	C	2776.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.531;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=317;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.863;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=34;PP=1196;ReadPosRankSum=0.454;SC=CCATCGCTCAACTGGCCACGG;SOR=0.750;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=210;TCF=124;TCR=86;TR=87;WE=93862501;WS=93862483;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:175,139:0.44:314
chr11	93913458	rs3020015	T	C	3803.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=23;NR=76;PP=2284;SC=TACGGGAGTCTACCGAGAGCC;SOR=1.893;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=99;TCF=23;TCR=76;TR=99;WE=93913466;WS=93913448;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,133:1.00:133
chr11	94113288	rs3740867	C	G	2852.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.958;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=391;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.698;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=41;PP=1302;ReadPosRankSum=0.326;SC=GAGACAGACCCCTCCCACTCC;SOR=0.801;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=231;TCF=129;TCR=102;TR=99;WE=94113296;WS=94113278;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:231,154:0.40:385
chr11	94179125	rs1014666	T	C	1118.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=1.499;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=24;PP=602;ReadPosRankSum=0.394;SC=CATACAACACTAAAAAATGAA;SOR=0.626;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=73;TCF=24;TCR=49;TR=37;WE=94179133;WS=94179115;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,54:0.46:118
chr11	94203868	rs610611	A	T	10289.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=395;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=90;NR=135;PP=2965;SC=GTGATGTGCAAACGAAAGCTT;SOR=0.981;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=225;TCF=90;TCR=135;TR=225;WE=94203876;WS=94203858;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,392:1.00:392
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chr11	94212154	rs680695	A	G	769.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.127;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.987;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=17;PP=364;ReadPosRankSum=1.296;SC=AAAAACATAGATGAGGATAGT;SOR=0.954;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=48;TCF=17;TCR=31;TR=26;WE=94212162;WS=94212144;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,37:0.54:69
chr11	94223855	rs608452	A	G	439.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=2;PP=253;SC=ATACAAAATCAGCTTTGAGCT;SOR=2.179;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=10;TCR=2;TR=12;WE=94223863;WS=94223845;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr11	94225807	rs496797	C	T	359.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.677;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.005;HP=2;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=3;PP=111;ReadPosRankSum=-1.041;SC=ATTCCAAATACCCTTTTTGAT;SOR=0.288;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=27;TCF=20;TCR=7;TR=10;WE=94225815;WS=94225797;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,20:0.51:39
chr11	94225920	rs497763	C	T	991.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.277;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FS=1.672;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.44;ReadPosRankSum=0.153;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:43,52:0.55:95
chr11	94229665	rs540199	A	G	157.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.443;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=7.160;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=12.14;ReadPosRankSum=0.963;SOR=3.180;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,7:0.54:13
chr11	94231257	rs2509943	C	G	773.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.811;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.873;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=11;PP=647;ReadPosRankSum=1.647;SC=TGCGGAGACTCCTTTCTGAAA;SOR=0.846;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=69;TCF=46;TCR=23;TR=35;WE=94231265;WS=94231247;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,36:0.44:82
chr11	94231847	rs1046654	G	A	192.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.376;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=8;PP=137;ReadPosRankSum=-0.718;SC=GCCTGACTTTGATGTCAAAAT;SOR=0.693;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=26;TCF=5;TCR=21;TR=10;WE=94231855;WS=94231837;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,10:0.36:28
chr11	94245740	rs2509324	A	G	234.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.366;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.643;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=3;PP=110;ReadPosRankSum=-1.304;SC=GGTGGCGCCCAAGGCGGGTCG;SOR=1.179;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=17;TCF=10;TCR=7;TR=9;WE=94245748;WS=94245730;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,13:0.57:23
chr11	94250684	rs582049	A	G	185.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=1.982;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=1;PP=147;ReadPosRankSum=-1.966;SC=TATCATGTAGATATAATGGCT;SOR=0.892;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=17;TCF=15;TCR=2;TR=8;WE=94250692;WS=94250674;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,8:0.42:19
chr11	94250709	rs582077	T	A	382.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=2.049;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.512;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=4;PP=258;ReadPosRankSum=-0.992;SC=GATTGGGCAGTATTTATACTA;SOR=0.377;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=32;TCF=25;TCR=7;TR=15;WE=94250717;WS=94250699;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,17:0.47:36
chr11	94261255	rs647484	C	G	977.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.650;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=12;PP=417;ReadPosRankSum=-1.931;SC=GACAGTGGCCCTGGAAGGGAT;SOR=0.670;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=87;TCF=54;TCR=33;TR=31;WE=94261263;WS=94261245;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,53:0.40:131
chr11	94261514	rs12282965	A	C	153.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.626;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.951;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=4;PP=50;ReadPosRankSum=0.433;SC=GGTTGCTTTTAGTTTGGCCAT;SOR=0.047;SbPval=0.19;Source=Platypus;TC=17;TCF=5;TCR=12;TR=8;WE=94261522;WS=94261504;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,9:0.45:20
chr11	94264882	rs12294732	G	A	1626.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=1.452;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.228;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=18;PP=747;ReadPosRankSum=-1.235;SC=TGCTTCAGTCGTGAGGGTTTG;SOR=0.811;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=96;TCF=59;TCR=37;TR=49;WE=94264890;WS=94264872;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,80:0.49:164
chr11	94265043	rs60740931	CT	C	1201.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.653;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.314;HP=10;HapScore=3;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.878;NF=1;NR=43;PP=558;ReadPosRankSum=1.365;SC=TATTTTTTCACTTTTTTTTTT;SOR=0.957;SbPval=0.97;Source=Platypus;TC=83;TCF=7;TCR=76;TR=44;WE=94265052;WS=94265033;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,78:0.56:139
chr11	94278713	rs2230274	C	T	7913.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.419;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=896;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.519;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=104;NR=116;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.464;SC=GGCCTCGTACCTGCTTTTCCT;SOR=0.648;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=517;TCF=239;TCR=278;TR=220;WE=94278721;WS=94278703;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:497,391:0.44:888
chr11	94301881	rs61065511	T	C	1779.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.914;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.600;HP=7;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=22;PP=1057;ReadPosRankSum=0.309;SC=ACAAAACTTTTTTTTGCCATT;SOR=0.934;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=129;TCF=84;TCR=45;TR=67;WE=94301889;WS=94301871;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:101,86:0.46:187
chr11	94320237	rs7110167	T	C	2055.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.004;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=26;PP=948;ReadPosRankSum=2.373;SC=GGCCTGGGTTTGCCATTTCTG;SOR=0.687;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=145;TCF=96;TCR=49;TR=72;WE=94320245;WS=94320227;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:119,101:0.46:220
chr11	94322352	rs11020845	AG	TA	11180.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.276;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=624;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=68;NR=70;PP=2944;ReadPosRankSum=0.361;SC=CACACCTTTCAGAAGCGGGAT;SOR=0.696;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=339;TCF=171;TCR=168;TR=138;WE=94322361;WS=94322342;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:329,291:0.47:620
chr11	94326627	rs11020851	G	A	542.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=0.099;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.609;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=3;PP=357;ReadPosRankSum=2.366;SC=ATGTAAGGATGCTCACCTGGC;SOR=1.215;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=54;TCF=42;TCR=12;TR=22;WE=94326635;WS=94326617;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,25:0.42:59
chr11	94326765	rs57607909	G	C	2064.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=3.157;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.037;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=28;PP=1052;ReadPosRankSum=1.274;SC=CAACAGTGAGGCTCAGCTCGC;SOR=0.652;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=139;TCF=67;TCR=72;TR=57;WE=94326773;WS=94326755;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:122,99:0.45:221
chr11	94337220	rs593690	C	T	808.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.043;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=16;PP=520;ReadPosRankSum=0.485;SC=TGATGTTCAGCTGGTAAGTAC;SOR=0.687;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=73;TCF=42;TCR=31;TR=35;WE=94337228;WS=94337210;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,43:0.39:111
chr11	94354019	rs504010	T	C	4941.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=76;NR=35;PP=2376;SC=TCTTAATTATTATCAATACTT;SOR=1.210;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=111;TCF=76;TCR=35;TR=111;WE=94354027;WS=94354009;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,183:1.00:183
chr11	94474044	rs11300560	GT	G	4958.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=35;NR=39;PP=2965;SC=GCTGGTGCTTGTGCGGGTTCG;SOR=1.215;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=75;TCF=36;TCR=39;TR=74;WE=94474052;WS=94474034;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr11	94501849	rs2915239	G	A	2038.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=52;PP=1534;SC=TGGGGGCCCGGGGCTGAGATC;SOR=4.244;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=55;TCF=3;TCR=52;TR=55;WE=94501857;WS=94501839;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr11	94587350	.	T	A	365.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.198;ClippingRankSum=0.000;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=9;PP=234;ReadPosRankSum=0.931;SC=CTCCCAGGATTCAGAGGGAAA;SOR=0.636;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=18;TCF=6;TCR=12;TR=14;WE=94587358;WS=94587340;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,16:0.73:22
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chr11	94696474	rs58293261	G	GA	354.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.524;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.82;ReadPosRankSum=-0.132;SOR=0.551;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,25:0.48:52
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chr11	94699391	.	TACACACAC	T	738.25	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.118;ClippingRankSum=0.000;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.17;ReadPosRankSum=0.491;SOR=0.990;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,26:0.60:43
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chr11	94703049	rs7107185	T	C	284.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.677;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.056;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=1;PP=157;ReadPosRankSum=0.181;SC=TTAGACACGGTAAAGGAGATT;SOR=0.154;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=15;TCF=14;TCR=1;TR=9;WE=94703057;WS=94703042;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,12:0.60:20
chr11	94704037	rs3737505	C	G	751.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=1.615;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.462;HP=2;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=6;PP=511;ReadPosRankSum=-0.026;SC=ATAACAGTAACTAAACATAAA;SOR=1.078;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=53;TCF=41;TCR=12;TR=29;WE=94704045;WS=94704027;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,32:0.53:60
chr11	94704092	rs4753645	T	A	8219.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.67;SOR=1.373;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,180:1.00:180
chr11	94704092	.	TAG	AAA	2947	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;FR=1.0000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MMLQ=25;MQ=60.0;NF=80;NR=39;PP=2947;QD=20;SC=TATTTTAGAATAGCATGGTAA;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=123;TCF=84;TCR=39;TR=119;WE=94704102;WS=94704082;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:4,119:0.97:123
chr11	94704094	rs4753646	G	A	8219.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.96;SOR=1.325;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,187:1.00:187
chr11	94704689	rs3831469	A	AAC	1355.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.876;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=18;PP=722;ReadPosRankSum=-0.625;SC=ATGTTACTTAAACACACACAC;SOR=0.685;SbPval=0.12;Source=Platypus;TC=71;TCF=6;TCR=65;TR=22;WE=94704700;WS=94704679;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,52:0.44:118
chr11	94730403	rs11371511	C	CA	68.79	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.100;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=6.021;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=8.60;ReadPosRankSum=-1.242;SOR=3.912;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,6:0.75:8
chr11	94759059	rs10752685	A	G	6440.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=247;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=46.64;QD=26.73;SOR=1.068;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,241:1.00:241
chr11	94782539	rs620838	G	A	1505.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-3.082;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-1.985;NF=44;NR=13;PP=1009;ReadPosRankSum=2.177;SC=TCAGGCATTTGGAGGACACCG;SOR=0.660;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=113;TCF=88;TCR=25;TR=57;WE=94782547;WS=94782529;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,66:0.51:130
chr11	94800902	rs5793709	G	GC	36364.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=986;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=118;NR=301;PP=2973;SC=TCGCGCTACAGCGCTCTCCCT;SOR=0.761;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=432;TCF=125;TCR=307;TR=419;WE=94800910;WS=94800892;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,968:1.00:968
chr11	94823448	rs3016947	A	T	2694.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=8;NR=72;PP=1939;SC=GCCGCTGGACATGCCCCCAGT;SOR=3.660;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=81;TCF=8;TCR=73;TR=80;WE=94823456;WS=94823438;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr11	94861491	rs599281	C	T	435.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.254;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=4;PP=271;ReadPosRankSum=-0.078;SC=CTAGTGCTGCCTCTGTGCTGT;SOR=0.495;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=36;TCF=29;TCR=7;TR=18;WE=94861499;WS=94861485;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,19:0.51:37
chr11	94862577	rs3740861	G	T	4388.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-3.439;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=461;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.520;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=79;NR=72;PP=2384;ReadPosRankSum=-0.671;SC=TACACCATGGGCGCTATTCCA;SOR=0.754;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=297;TCF=156;TCR=141;TR=151;WE=94862585;WS=94862567;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:239,213:0.47:452
chr11	94906286	rs2155239	A	C	384.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.884;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.27;ReadPosRankSum=1.249;SOR=0.582;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,17:0.59:29
chr11	95509037	rs3789960	C	G	1227.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=21;NR=12;PP=666;SC=TGCTATTACTCAAGTTTAGCC;SOR=1.154;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=34;TCF=21;TCR=13;TR=33;WE=95509045;WS=95509027;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr11	95512060	rs1150360	A	G	11916.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=456;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=135;NR=133;PP=2965;SC=TCTTCTTTCAATTGACTTATA;SOR=0.706;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=268;TCF=135;TCR=133;TR=268;WE=95512068;WS=95512050;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,453:1.00:453
chr11	95519195	rs3748252	A	T	2097.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=55;NR=6;PP=1566;SC=GAATAGATCCAGTCTCAGTAG;SOR=3.816;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=61;TCF=55;TCR=6;TR=61;WE=95519203;WS=95519185;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr11	95519506	rs3748253	G	A	2840.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=14;NR=66;PP=1839;SC=TATACCCAGTGTTGTAGACAT;SOR=2.526;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=80;TCF=14;TCR=66;TR=80;WE=95519514;WS=95519496;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr11	95520695	rs1313288	T	C	2029.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=31;NR=20;PP=889;SC=TGAGCCACTGTGCCCAGCCAG;SOR=1.061;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=51;TCF=31;TCR=20;TR=51;WE=95520703;WS=95520685;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr11	95521648	rs1727165	A	G	2722.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=49;NR=33;PP=1550;SC=GTCAAAAACTATTCAGTATAC;SOR=1.059;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=83;TCF=49;TCR=34;TR=82;WE=95521656;WS=95521638;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr11	95521953	rs3748256	A	G	5485.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.885;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=90;NR=56;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.880;SC=TATATTACAGACAAATTAAGA;SOR=1.140;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=149;TCF=92;TCR=57;TR=146;WE=95521961;WS=95521943;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,202:0.99:204
chr11	95524027	rs185293905	G	A	1626.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.904;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.607;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=40;PP=954;ReadPosRankSum=0.185;SC=CGGCGGGAATGCCTAGATTGC;SOR=0.753;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=126;TCF=36;TCR=90;TR=55;WE=95524035;WS=95524017;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:91,76:0.46:167
chr11	95524067	rs12272061	G	T	2469.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=18;NR=55;PP=1542;SC=CATTCACTGTGGCTGTGTCGA;SOR=2.049;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=73;TCF=18;TCR=55;TR=73;WE=95524075;WS=95524057;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr11	95528663	rs5793747	C	CT	1245.74	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=0.992;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.474;HP=13;HapScore=4;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=25;PP=378;ReadPosRankSum=-1.519;SC=AGCTGTTATTCTTTTTTTTTT;SOR=0.850;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=42;TCF=12;TCR=30;TR=36;WE=95528671;WS=95528653;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,68:0.85:80
chr11	95528714	rs522536	C	T	2502.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=35;NR=42;PP=1449;SC=CAATGTTGACCAGAATTGATG;SOR=0.866;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=78;TCF=36;TCR=42;TR=77;WE=95528722;WS=95528704;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr11	95551136	rs666398	C	T	2387.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=16;NR=52;PP=1443;SC=AATTATTTTACATCACTGGAT;SOR=1.967;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=68;TCF=16;TCR=52;TR=68;WE=95551144;WS=95551126;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr11	95555841	rs56284050	G	GTGCCTTTACCAGTGTGTGGATCA	2055.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.62;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=0;NR=8;PP=2965;SC=ACATTTTTCTGTGCCTTTACC;SOR=2.786;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=32;TCF=2;TCR=30;TR=8;WE=95555849;WS=95555831;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr11	95561265	rs34100857	TA	T	945.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=25;PP=992;SC=TTGACTTTATTAAATCTTACT;SOR=3.258;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=27;TCF=1;TCR=26;TR=26;WE=95561273;WS=95561255;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr11	95562327	rs534488	G	A	4107.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.838;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.501;HP=3;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=36;ReadPosRankSum=-0.473;SC=ACTTAACCATGTTCTACTTCT;SOR=0.600;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=88;TCF=51;TCR=37;TR=87;WE=95562335;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,158:0.99:159
chr11	95562535	rs5793749	G	GA	455.37	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.087;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=6.979;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.83;MQRankSum=0.733;QD=14.23;ReadPosRankSum=0.770;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:4,28:0.88:32
chr11	95564259	rs644799	A	G	2707.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=34;NR=23;PP=1168;SC=TGATGAAGAAAGAAACAGCAG;SOR=0.930;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=57;TCF=34;TCR=23;TR=57;WE=95564267;WS=95564249;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr11	95569183	rs499637	G	A	2361.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=66;NR=12;PP=1704;SC=TCTACTATACGATTGTTAACT;SOR=2.805;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=78;TCF=66;TCR=12;TR=78;WE=95569191;WS=95569173;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr11	95569253	rs627568	A	C	7285.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=284;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=122;NR=76;PP=2965;SC=GCTGCTTTTAAGGAGACAAAG;SOR=1.079;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=198;TCF=122;TCR=76;TR=198;WE=95569261;WS=95569243;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,278:1.00:278
chr11	95580926	rs566204	G	A	4816.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.947;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=61;PP=2215;ReadPosRankSum=-1.119;SC=ACAACCAGTGGGTTTCCTCAA;SOR=0.883;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=114;TCF=50;TCR=64;TR=108;WE=95580934;WS=95580916;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,182:0.98:186
chr11	95598629	rs687559	A	G	5864.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=101;NR=54;PP=2965;SC=TAAGATGCTGAGAAGACTGCA;SOR=1.283;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=155;TCF=101;TCR=54;TR=155;WE=95598637;WS=95598619;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,215:1.00:215
chr11	95657111	rs3824874	T	G	3763.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=24;NR=69;PP=2153;SC=GCTCGAGCTCTTCTCCATCGC;SOR=1.758;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=93;TCF=24;TCR=69;TR=93;WE=95657119;WS=95657101;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr11	95712897	rs7123133	G	T	4938.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-2.120;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=504;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.100;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=76;NR=80;PP=2395;ReadPosRankSum=0.126;SC=AATTGCTTTGGGTTTCTCTGT;SOR=0.590;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=327;TCF=157;TCR=170;TR=156;WE=95712905;WS=95712887;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:256,236:0.48:492
chr11	95713024	rs7123272	G	A	5015.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=2.254;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=508;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=81;PP=2236;ReadPosRankSum=0.545;SC=TTCTTGTCCCGTGAGAAGTAG;SOR=0.707;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=313;TCF=144;TCR=169;TR=147;WE=95713032;WS=95713014;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:259,244:0.49:503
chr11	95713175	rs74393839	C	T	1024.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.963;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.971;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=31;PP=751;ReadPosRankSum=1.099;SC=CATGTTATCTCCTCTGTAACT;SOR=0.927;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=73;TCF=14;TCR=59;TR=38;WE=95713183;WS=95713165;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,43:0.49:87
chr11	95825374	.	TTGCTGCTGCTGC	T,TTGC	5019.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.126;ClippingRankSum=0.000;DP=338;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.827;NF=29;NR=89;PP=2997;ReadPosRankSum=-0.167;SC=GCTGCTGCTGTTGCTGCTGCT;SOR=0.584;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=149;TCF=35;TCR=114;TR=118;WE=95825393;WS=95825364;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.10,0.85:237
chr11	95825797	rs7931870	A	G	5672.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=73;NR=72;PP=2965;SC=GTCCAGCAGAAGAGGGCAAGG;SOR=0.693;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=146;TCF=74;TCR=72;TR=145;WE=95825805;WS=95825787;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,208:1.00:208
chr11	96092376	rs10765801	C	T	983.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=6;NR=23;PP=630;SC=TATCTGACAACGAATATATAT;SOR=2.179;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=6;TCR=23;TR=29;WE=96092384;WS=96092366;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr11	96106737	rs7936234	C	A	263.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=2;NR=7;PP=204;SC=ATAGATAGCACAAACAGCTTA;SOR=2.093;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=2;TCR=7;TR=9;WE=96106745;WS=96106727;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr11	96116444	rs10831519	T	C	3691.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=80;NR=30;PP=2102;SC=AAGAGAATTCTGTTTTACTAA;SOR=1.816;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=110;TCF=80;TCR=30;TR=110;WE=96116452;WS=96116434;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr11	99427091	rs2047166	A	G	708.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=20;PP=524;SC=ATCCTCAGGTATTAATTTAAA;SOR=3.442;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=22;TCF=2;TCR=20;TR=22;WE=99427099;WS=99427081;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr11	99428929	rs11375374	C	CT	3268.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.847;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=22.86;ReadPosRankSum=1.813;SOR=1.537;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,141:0.99:143
chr11	99690286	rs10790978	T	G	2746.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.779;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=25;PP=1755;ReadPosRankSum=-0.311;SC=GTATTCAAAATCTCTTCCTGG;SOR=0.665;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=132;TCF=96;TCR=36;TR=87;WE=99690294;WS=99690276;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,115:0.65:176
chr11	99690428	rs7125822	T	G	1545.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.306;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=479;ExcessHet=3.0103;FS=0.616;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.26;ReadPosRankSum=-2.546;SOR=0.677;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:362,112:0.24:474
chr11	99690450	rs12222337	T	C	858.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.730;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=388;ExcessHet=3.0103;FS=2.192;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.22;ReadPosRankSum=-6.209;SOR=0.709;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:314,73:0.19:387
chr11	99690461	rs10893933	A	G	462.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.662;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=355;ExcessHet=3.0103;FS=7.151;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.30;ReadPosRankSum=-7.683;SOR=0.849;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:298,57:0.16:355
chr11	99786838	rs200949680	C	T	3888.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.415;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=386;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.802;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=64;PP=1707;ReadPosRankSum=0.545;SC=TGAGGGAAGGCCAGGGTGTCG;SOR=0.728;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=239;TCF=118;TCR=121;TR=121;WE=99786846;WS=99786828;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:193,191:0.50:384
chr11	99932146	rs3758923	A	T	1251.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.840;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.174;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=27;PP=668;ReadPosRankSum=-0.188;SC=TCAGCAAAGCATGATTGCTCT;SOR=0.380;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=66;TCF=21;TCR=45;TR=43;WE=99932154;WS=99932136;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,56:0.62:91
chr11	99941322	rs2059014	C	T	3638.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=36;NR=39;PP=1396;SC=ACCTGTTCTGCTGTAATTTTA;SOR=0.736;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=75;TCF=36;TCR=39;TR=75;WE=99941330;WS=99941312;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,141:1.00:141
chr11	100061827	rs3031278	G	GAA	1161.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.517;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.054;HP=10;HapScore=4;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.230;NF=22;NR=11;PP=532;ReadPosRankSum=2.010;SC=CAGTAAAACAGAAAAAAAAAC;SOR=1.099;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=71;TCF=43;TCR=28;TR=33;WE=100061835;WS=100061817;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,51:0.49:105
chr11	100168289	rs1944178	C	T	7421.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=281;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=113;NR=66;PP=2965;SC=TCTGACTTATCTCAGGATTTT;SOR=1.071;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=179;TCF=113;TCR=66;TR=179;WE=100168297;WS=100168279;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,277:1.00:277
chr11	100168320	rs75986029	T	TC	10533.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.169;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=390;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.147;NF=60;NR=97;PP=2979;ReadPosRankSum=1.963;SC=GGTTGGGAGTTTTTTTCTCCT;SOR=0.915;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=161;TCF=63;TCR=98;TR=157;WE=100168328;WS=100168310;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:6,376:0.98:382
chr11	100169829	rs1944180	A	G	483.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=2.519;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.922;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=1;PP=311;ReadPosRankSum=-0.207;SC=TTAATTAAGAATTTGGAGAAA;SOR=0.275;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=40;TCF=38;TCR=2;TR=17;WE=100169837;WS=100169819;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,20:0.44:45
chr11	100730087	rs661237	G	A	1010.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=30;NR=2;PP=795;SC=TCACATTGTTGTTAGGATCAA;SOR=4.743;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=32;TCF=30;TCR=2;TR=32;WE=100730095;WS=100730077;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr11	100730213	rs646392	G	A	4149.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=46;NR=51;PP=1796;SC=ACATTGGATAGAGTAGCCATT;SOR=0.757;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=97;TCF=46;TCR=51;TR=97;WE=100730221;WS=100730203;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,159:1.00:159
chr11	100804088	rs626529	A	G	1077.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.988;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=25;PP=563;ReadPosRankSum=-0.924;SC=CTAGTGGAAAATACAACCCAC;SOR=0.693;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=74;TCF=25;TCR=49;TR=38;WE=100804096;WS=100804078;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,52:0.50:104
chr11	100811574	rs35159175	CAT	C	1386.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.419;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.890;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.014;NF=1;NR=16;PP=685;ReadPosRankSum=-1.237;SC=ATTAAGAACTCATATTCTAGT;SOR=0.856;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=31;TCF=3;TCR=28;TR=17;WE=100811583;WS=100811564;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,37:0.51:73
chr11	100811690	rs661973	G	T	95.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.981;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=4;PP=55;ReadPosRankSum=-0.712;SC=TTCAGACAGTGATAACCGCTA;SOR=0.527;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=7;TCF=1;TCR=6;TR=5;WE=100811698;WS=100811680;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,5:0.71:7
chr11	100812338	rs151209547	A	AAC	442.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.537;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=4.593;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=22.14;ReadPosRankSum=-0.349;SOR=1.942;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,12:0.60:20
chr11	100812340	.	GAC	CAG	1009	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;FR=0.5000;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MMLQ=28;MQ=60.0;NF=6;NR=1;PP=1009;QD=151.78112498;SC=CTGATTCTAAGACACTCTACC;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=15;TCF=11;TCR=4;TR=7;WE=100812361;WS=100812330;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:8,7:0.47:15
chr11	100812342	rs370937549	CACTCTACCCTAT	C	436.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.257;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=4.589;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.85;ReadPosRankSum=-0.039;SOR=2.062;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,12:0.55:22
chr11	100812344	.	CTCTACCCTAT	C	2594	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=5;NR=1;PP=2594;QD=20;SC=TTCTAAGACACTCTACCCTAT;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=12;TCF=8;TCR=4;TR=6;WE=100812361;WS=100812330;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:6,6:0.50:12
chr11	100814409	rs619066	G	A	1621.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-2.033;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.328;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=17;PP=664;ReadPosRankSum=0.428;SC=ACATTTTAATGTGGCAACTTG;SOR=0.578;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=105;TCF=69;TCR=36;TR=49;WE=100814417;WS=100814399;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,79:0.53:148
chr11	100814570	rs543146	A	G	1023.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-1.092;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=27;PP=504;ReadPosRankSum=-1.555;SC=TTGACAAACGATTCTGCTTTG;SOR=0.710;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=94;TCF=31;TCR=63;TR=40;WE=100814578;WS=100814560;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,53:0.46:114
chr11	100814609	rs618155	G	T	505.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.090;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.126;HP=3;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=17;PP=328;ReadPosRankSum=-1.022;SC=GGTTTGAGCTGTTCTTTTCAC;SOR=0.067;SbPval=0.22;Source=Platypus;TC=44;TCF=5;TCR=39;TR=21;WE=100814617;WS=100814599;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,23:0.49:47
chr11	100819305	rs633967	T	C	892.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.780;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FS=0.903;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.06;ReadPosRankSum=1.397;SOR=0.775;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,45:0.61:74
chr11	100819392	rs504081	A	G	203.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.165;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=5;PP=77;ReadPosRankSum=-0.402;SC=AAAGGAAATCAGGGGAGTAGA;SOR=0.693;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=13;TCF=3;TCR=10;TR=6;WE=100819400;WS=100819382;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,10:0.59:17
chr11	100820725	rs694556	A	T	566.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-3.817;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.524;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=20;PP=371;ReadPosRankSum=0.223;SC=TTTTATCATGAAGTTATTTTT;SOR=0.433;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=49;TCF=6;TCR=43;TR=24;WE=100820733;WS=100820715;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,26:0.49:53
chr11	100827326	rs151243237	AAATAT	A	5031.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.016;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=328;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.863;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.162;NF=10;NR=41;PP=2696;ReadPosRankSum=-2.524;SC=GGGTGCTGAGAAATATAATCT;SOR=0.691;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=124;TCF=26;TCR=98;TR=51;WE=100827342;WS=100827316;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:179,134:0.43:313
chr11	100830693	rs563460	T	C	607.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-3.733;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.879;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=27;PP=467;ReadPosRankSum=1.053;SC=GTTGCCTGATTGGTACAGCAT;SOR=1.863;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=39;TCF=2;TCR=37;TR=28;WE=100830701;WS=100830683;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,28:0.70:40
chr11	100833059	rs540866	A	G	704.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.538;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.426;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=7;PP=251;ReadPosRankSum=-0.481;SC=ACAGTCACCTAATTCTTAAAG;SOR=0.373;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=34;TCF=23;TCR=11;TR=19;WE=100833067;WS=100833049;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,32:0.58:55
chr11	100847050	rs569270	A	G	1176.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=0.070;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.821;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=15;PP=716;ReadPosRankSum=-0.490;SC=GTGTTGCTTCAGTCACTAGCC;SOR=0.551;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=85;TCF=57;TCR=28;TR=46;WE=100847058;WS=100847040;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,55:0.58:95
chr11	100847069	rs569336	G	A	1403.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=0.705;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.693;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=20;PP=762;ReadPosRankSum=-0.931;SC=CCCAGGAGACGTTTCCCCACC;SOR=0.625;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=101;TCF=64;TCR=37;TR=54;WE=100847077;WS=100847059;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,67:0.56:119
chr11	100847749	rs575734	A	G	1467.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.967;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=26;PP=585;ReadPosRankSum=-1.040;SC=GGATACAGAGAGGAGTTGAGT;SOR=0.714;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=106;TCF=44;TCR=62;TR=45;WE=100847757;WS=100847739;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:91,76:0.46:167
chr11	100847829	rs3216738	CA	C	639.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-1.584;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.379;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=14;PP=494;ReadPosRankSum=-0.894;SC=AGAGTGGGTACAGTCCACTTC;SOR=1.189;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=31;TCF=1;TCR=30;TR=14;WE=100847837;WS=100847819;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,20:0.45:44
chr11	100849673	rs10791440	A	C	979.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=2.178;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.353;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=5;PP=720;ReadPosRankSum=-1.623;SC=AGCAGAACTGAATGTGATTGA;SOR=0.213;SbPval=0.21;Source=Platypus;TC=90;TCF=83;TCR=7;TR=40;WE=100849681;WS=100849665;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,42:0.44:96
chr11	100922404	rs578029	A	T	135.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=5;PP=105;SC=TAGGGTAATAAAATGTTTTCA;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=5;WE=100922412;WS=100922394;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr11	100933598	rs11571221	G	GAATGA	226.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=4;PP=146;SC=AGCATCAATCGAATGAAATAG;SOR=1.329;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=7;TCF=1;TCR=6;TR=5;WE=100933606;WS=100933588;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr11	100998105	rs11571153	C	T	1144.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=25;NR=10;PP=559;SC=TGGCGGCCGCCGCCGCCAACG;SOR=1.565;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=37;TCF=25;TCR=12;TR=35;WE=100998113;WS=100998095;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr11	100998623	rs1379130	G	A	7018.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=272;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=89;NR=91;PP=2965;SC=AGGCCTCCGCGCCTTCCTCCT;SOR=0.881;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=181;TCF=90;TCR=91;TR=180;WE=100998631;WS=100998613;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,265:1.00:265
chr11	100999838	rs11437764	A	AG	3004.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=4;NR=36;PP=1934;SC=CCCCGTCTCCAGGAGGAGGGA;SOR=1.141;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=42;TCF=4;TCR=38;TR=40;WE=100999846;WS=100999828;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr11	101374626	rs4542378	G	A	471.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-0.723;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.811;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=4;PP=312;ReadPosRankSum=1.960;SC=TAAAGAGCTTGTTGAATAAAC;SOR=1.255;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=42;TCF=32;TCR=10;TR=21;WE=101374634;WS=101374616;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,23:0.48:48
chr11	101375549	rs10501986	T	C	1022.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=3.155;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=29;PP=703;ReadPosRankSum=-0.645;SC=AACAGAAAGATTGTAAACAAA;SOR=0.754;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=66;TCF=8;TCR=58;TR=33;WE=101375557;WS=101375539;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,40:0.51:78
chr11	101771248	rs3858418	G	A	9664.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=375;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=97;NR=110;PP=2965;SC=ATCACAGTCCGTCCACCTCCT;SOR=0.759;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=207;TCF=97;TCR=110;TR=207;WE=101771256;WS=101771238;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,372:1.00:372
chr11	101771381	rs3858419	G	A	505.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.698;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.641;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=20;PP=395;ReadPosRankSum=0.287;SC=AAAAGAGACGGTACTGCCACT;SOR=1.296;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=48;TCF=6;TCR=42;TR=23;WE=101771389;WS=101771371;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,23:0.43:54
chr11	101775663	rs1661409	G	A	987.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.032;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.572;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=26;PP=582;ReadPosRankSum=1.222;SC=ACACATTTAAGTAAATTTATA;SOR=0.920;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=84;TCF=30;TCR=54;TR=38;WE=101775671;WS=101775653;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,49:0.44:111
chr11	101778710	rs1661410	A	G	528.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.668;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=13;PP=280;ReadPosRankSum=-0.780;SC=ACTACAGAGCATAGAGTCTTC;SOR=0.804;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=46;TCF=20;TCR=26;TR=22;WE=101778718;WS=101778700;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,28:0.44:63
chr11	101818728	rs11225080	A	G	1627.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=2.051;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.179;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=13;PP=888;ReadPosRankSum=-0.046;SC=AGATAAAGTGATTCTGTACTG;SOR=1.067;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=149;TCF=103;TCR=46;TR=56;WE=101818736;WS=101818718;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:127,82:0.39:209
chr11	101826949	rs930469	T	C	11609.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.907;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1274;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.520;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=190;NR=167;PP=2962;ReadPosRankSum=0.219;SC=AGCATTCTACTGCAGCCACTC;SOR=0.757;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=826;TCF=426;TCR=400;TR=357;WE=101826957;WS=101826939;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:672,579:0.46:1251
chr11	101832478	rs7926728	G	T	1831.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=35;NR=19;PP=1071;SC=CCAGAAATTTGGTGATGAAGT;SOR=1.146;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=54;TCF=35;TCR=19;TR=54;WE=101832486;WS=101832468;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr11	101833644	rs7109233	C	T	4623.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=66;NR=50;PP=2496;SC=TTCCAAAGACCATTAAAAAAC;SOR=1.035;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=117;TCF=66;TCR=51;TR=116;WE=101833652;WS=101833634;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,167:1.00:167
chr11	101848990	rs3740931	A	G	982.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.889;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.92;ReadPosRankSum=-1.441;SOR=0.652;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:43,47:0.52:90
chr11	101857758	rs6590942	G	A	1182.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=8;NR=26;PP=800;SC=AATGATCTCAGTGAAAGACTA;SOR=2.038;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=35;TCF=8;TCR=27;TR=34;WE=101857766;WS=101857748;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr11	101863706	rs1274901	C	T	549.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=-0.043;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.207;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=13;PP=276;ReadPosRankSum=-0.228;SC=TTCTCCTCAACTGGCTTTTTA;SOR=1.038;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=28;TCF=9;TCR=19;TR=18;WE=101863714;WS=101863696;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,26:0.58:45
chr11	101868415	rs1783742	C	T	4258.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.409;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=429;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.101;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=64;PP=1944;ReadPosRankSum=-1.096;SC=CATGTACTTCCCTAGGACTAG;SOR=0.583;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=266;TCF=126;TCR=140;TR=128;WE=101868423;WS=101868405;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:221,206:0.48:427
chr11	101918327	rs12804542	A	G	6312.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=73;NR=97;PP=2965;SC=GAACCGAGGCACAGGGAGAGA;SOR=0.948;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=170;TCF=73;TCR=97;TR=170;WE=101918335;WS=101918317;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,235:1.00:235
chr11	101984718	rs2033082	A	G	777.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=27;NR=2;PP=626;SC=AAAAGTATCCATTTGAAAACC;SOR=4.479;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=30;TCF=28;TCR=2;TR=29;WE=101984726;WS=101984708;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr11	102080325	.	G	GA	73.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.151;ClippingRankSum=0.000;DP=74;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.50;ReadPosRankSum=-0.103;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,12:0.24:49
chr11	102199589	.	T	TTA	61.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.149;ClippingRankSum=0.000;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.68;ReadPosRankSum=0.716;SOR=0.951;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,5:0.22:23
chr11	102199606	rs377045033	TA	T	210.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.186;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.78;ReadPosRankSum=-0.807;SOR=0.802;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,9:0.38:24
chr11	102199609	rs200438068	A	T	219.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.569;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.16;ReadPosRankSum=-0.747;SOR=0.802;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,9:0.38:24
chr11	102199611	rs10895289	A	T	324.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.837;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.03;ReadPosRankSum=-0.628;SOR=0.802;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,12:0.44:27
chr11	102207024	rs7124969	C	T	545.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-1.004;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=14;PP=308;ReadPosRankSum=1.055;SC=TAATTTATGACTACTGAAAAT;SOR=0.756;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=29;TCF=10;TCR=19;TR=21;WE=102207032;WS=102207014;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,25:0.69:36
chr11	102207851	rs1055088	G	A	614.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=1.815;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.970;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=10;PP=226;ReadPosRankSum=0.493;SC=CCAAAACATCGTCTAAACTTT;SOR=0.883;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=31;TCF=9;TCR=22;TR=14;WE=102207859;WS=102207841;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,30:0.47:64
chr11	102323160	rs2436036	C	T	5193.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=70;NR=47;PP=2377;SC=CAGACACACGCGGAACTTTCT;SOR=0.984;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=118;TCF=70;TCR=48;TR=117;WE=102323168;WS=102323150;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,193:1.00:193
chr11	102391287	rs17886371	T	C	120.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.067;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=1;PP=83;ReadPosRankSum=1.512;SC=ATGTAACATTTATTGACATCT;SOR=1.179;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=14;TCF=11;TCR=3;TR=6;WE=102391295;WS=102391278;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,6:0.46:13
chr11	102449650	rs7934921	T	A	692.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.454;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.830;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=1.469;NF=13;NR=10;PP=394;ReadPosRankSum=0.225;SC=TGAAAGGACCTAAGACCAAAT;SOR=0.236;SbPval=0.22;Source=Platypus;TC=49;TCF=33;TCR=16;TR=23;WE=102449658;WS=102449640;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,32:0.49:65
chr11	102449931	rs10502004	T	C	671.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-2.665;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=12;PP=199;ReadPosRankSum=-0.019;SC=TGGTTGTAGATGACACTATAC;SOR=0.904;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=30;TCF=8;TCR=22;TR=16;WE=102449939;WS=102449921;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,20:0.59:34
chr11	102449951	rs1940054	A	C	565.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=3.614;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.079;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=10;PP=241;ReadPosRankSum=-0.633;SC=CTGGTCAGGCATATGGACACA;SOR=1.668;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=22;TCF=4;TCR=18;TR=11;WE=102449959;WS=102449941;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,15:0.58:26
chr11	102465226	rs1711437	C	T	162.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=1.102;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=7;NR=1;PP=118;ReadPosRankSum=0.330;SC=CATACCCAACCTGAGGACAAA;SOR=1.022;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=14;TCF=12;TCR=2;TR=8;WE=102465234;WS=102465220;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,8:0.57:14
chr11	102465281	rs7116339	G	A	473.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.405;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.920;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=3;PP=198;ReadPosRankSum=-1.038;SC=AATGCTGGCAGGGCTAGATAT;SOR=1.270;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=27;TCF=18;TCR=9;TR=13;WE=102465289;WS=102465257;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,22:0.58:38
chr11	102465502	rs144425539	CAA	C	372.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.458;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=3.909;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.02;ReadPosRankSum=1.768;SOR=1.188;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,19:0.61:31
chr11	102477377	rs1784424	G	T	1723.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.163;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.225;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=23;PP=777;ReadPosRankSum=0.639;SC=ATGGGGCAGAGTGGGCTTCCC;SOR=0.836;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=104;TCF=57;TCR=47;TR=55;WE=102477385;WS=102477367;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,85:0.52:164
chr11	102477395	rs1784423	A	G	1787.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.055;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.230;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=26;PP=892;ReadPosRankSum=0.222;SC=CCCCAGGAATACTTTCCGAGG;SOR=0.815;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=108;TCF=56;TCR=52;TR=57;WE=102477403;WS=102477385;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,85:0.53:161
chr11	102482738	rs1711416	G	A	979.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.693;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.021;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=23;PP=517;ReadPosRankSum=-0.684;SC=CTACAATTTAGATTTTTCTCT;SOR=0.561;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=51;TCF=11;TCR=40;TR=29;WE=102482746;WS=102482728;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,42:0.60:70
chr11	102495745	rs2509023	C	T	75.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=1.085;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=0;PP=50;ReadPosRankSum=-0.398;SC=TAACATGGTACACCTAATATG;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=8;TCR=1;TR=4;WE=102495753;WS=102495744;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,4:0.44:9
chr11	102495998	rs2245803	T	G	1018.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.371;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.546;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=14;PP=374;ReadPosRankSum=-1.249;SC=AGTGGAAAACTTCAAAGCCAT;SOR=0.672;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=62;TCF=31;TCR=31;TR=29;WE=102496006;WS=102495988;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,54:0.50:107
chr11	102562700	rs2509010	C	T	1102.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.201;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.411;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=14;PP=308;ReadPosRankSum=-0.628;SC=GTCTTAATGTCGTATTCAAAT;SOR=0.528;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=75;TCF=31;TCR=44;TR=24;WE=102562708;WS=102562690;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,59:0.46:129
chr11	102563739	rs1276289	C	T	2391.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.386;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=278;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.347;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=33;PP=1041;ReadPosRankSum=-1.212;SC=TCTGCGGGAACCCTTTGTCCA;SOR=0.517;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=178;TCF=101;TCR=77;TR=72;WE=102563747;WS=102563729;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:151,121:0.44:272
chr11	102565856	rs10895351	A	T	953.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.424;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=26;PP=523;ReadPosRankSum=1.445;SC=CACTTTACACATGCAGCCTAT;SOR=0.572;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=54;TCF=14;TCR=40;TR=36;WE=102565864;WS=102565846;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,45:0.67:67
chr11	102567207	rs1276286	T	A	3222.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-2.215;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=347;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.846;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=50;PP=1315;ReadPosRankSum=-0.477;SC=CTTAGCAGGTTCCTTAGGCAG;SOR=0.563;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=187;TCF=83;TCR=104;TR=95;WE=102567215;WS=102567197;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:182,163:0.47:345
chr11	102567626	rs1940480	C	G	1658.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-1.556;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.090;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=48;PP=998;ReadPosRankSum=-0.029;SC=ATGGCTGCATCTGAGATTAGA;SOR=0.892;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=133;TCF=37;TCR=96;TR=66;WE=102567634;WS=102567616;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,79:0.48:163
chr11	102573396	rs2701994	C	G	1994.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=40;NR=15;PP=1213;SC=GGGAACTTTACAGTTAAAAAG;SOR=1.785;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=55;TCF=40;TCR=15;TR=55;WE=102573404;WS=102573386;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr11	102573569	rs3809018	C	A	4098.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.795;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=423;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.520;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=68;NR=60;PP=1919;ReadPosRankSum=-0.832;SC=CATGGCCAAGCACTCCCAAGG;SOR=0.632;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=277;TCF=152;TCR=125;TR=128;WE=102573577;WS=102573559;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:219,199:0.48:418
chr11	102573912	rs61893941	C	T	1090.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.510;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=29;PP=633;ReadPosRankSum=-0.862;SC=ACACACATAACTACAAAAAAC;SOR=0.795;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=69;TCF=18;TCR=51;TR=38;WE=102573920;WS=102573902;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,48:0.56:86
chr11	102576358	rs2846707	T	C	1575.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=2.475;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.102;HP=2;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=18;PP=1044;ReadPosRankSum=0.326;SC=GCCAGTTGCATATTTTCTTCA;SOR=0.932;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=100;TCF=65;TCR=35;TR=55;WE=102576366;WS=102576348;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,72:0.48:149
chr11	102576375	rs1939015	G	A	4553.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=70;NR=50;PP=2262;SC=TTCATTTTCCGTCATCCGGAC;SOR=0.929;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=121;TCF=71;TCR=50;TR=120;WE=102576383;WS=102576365;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,177:1.00:177
chr11	102576468	rs11225389	C	A	2551.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.543;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=271;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.472;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=35;PP=911;ReadPosRankSum=0.772;SC=TCAGCTGAAGCCGGTTCTGTT;SOR=0.589;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=153;TCF=68;TCR=85;TR=68;WE=102576476;WS=102576458;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:139,127:0.48:266
chr11	102584023	rs1939018	T	A	10514.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=403;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=178;NR=86;PP=2965;SC=ACGAAAATGCTTGCTGAACTT;SOR=1.276;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=264;TCF=178;TCR=86;TR=264;WE=102584031;WS=102584013;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,389:1.00:389
chr11	102584466	rs3832755	G	GT	1392.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.659;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=254;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.316;HP=9;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=26;PP=637;ReadPosRankSum=0.881;SC=CATTTATTAGGTTTTTTTTTC;SOR=0.853;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=110;TCF=44;TCR=66;TR=47;WE=102584474;WS=102584456;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:149,92:0.38:241
chr11	102584607	rs2509013	T	C	1970.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.017;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.535;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=38;PP=947;ReadPosRankSum=-0.917;SC=AACAAAATGTTATCCGATTTA;SOR=0.744;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=125;TCF=44;TCR=81;TR=57;WE=102584615;WS=102584597;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:97,95:0.49:192
chr11	102585493	rs36223553	TTATATATATA	T	176.27	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.210;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=7.782;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=29.38;ReadPosRankSum=1.383;SOR=3.590;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,5:0.83:6
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chr11	102591994	rs1892886	A	T	394.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=3.047;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.845;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=2;PP=269;ReadPosRankSum=-1.449;SC=ATCATGAGGTAGCAAAAATTT;SOR=1.214;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=28;TCF=25;TCR=3;TR=15;WE=102592002;WS=102591985;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,16:0.52:31
chr11	102592049	rs72369292	TTGTG	T,TTGTGTGTG	3745.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.630;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=2.362;HP=1;HapScore=3;MGOF=11;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=26,26;NR=18,18;PP=2858,1688;ReadPosRankSum=-0.743;SC=GTTACCTTTATTGTGTGTGTG;SOR=1.906;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=57;TCF=34;TCR=23;TR=44,44;WE=102592062;WS=102592039;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.55,0.41:104
chr11	102593042	rs948218	T	A	246.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-2.278;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=4;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=1;PP=504;ReadPosRankSum=-0.521;SC=CTCACACTCTTCAAAGGCAGG;SOR=0.752;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=29;TCF=26;TCR=3;TR=11;WE=102593061;WS=102593032;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,12:0.40:30
chr11	102593053	rs1940474	G	T	335.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-1.728;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.013;HP=2;HapScore=4;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=1;PP=504;ReadPosRankSum=-0.505;SC=CAAAGGCAGGGATATTTATCT;SOR=1.588;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=34;TCF=30;TCR=4;TR=14;WE=102593061;WS=102593032;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,15:0.41:37
chr11	102593248	rs1940475	T	C	5162.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.402;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=530;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.522;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=74;NR=64;PP=2118;ReadPosRankSum=2.715;SC=CGAGGCTTTTTCATCATGTCC;SOR=0.618;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=305;TCF=167;TCR=138;TR=138;WE=102593256;WS=102593238;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:267,254:0.49:521
chr11	102594376	rs6590983	A	C	1762.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=2.502;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.548;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=25;PP=1045;ReadPosRankSum=-1.145;SC=CCATTCTATTAATTACTAATC;SOR=0.645;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=128;TCF=73;TCR=55;TR=56;WE=102594384;WS=102594366;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:99,81:0.45:180
chr11	102594427	rs6590984	T	C	4880.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=96;NR=49;PP=2965;SC=CAAAAATTAATCCAGTCACAC;SOR=1.405;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=145;TCF=96;TCR=49;TR=145;WE=102594435;WS=102594417;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,166:1.00:166
chr11	102595413	rs11225394	C	T	583.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-1.035;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.103;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=5;PP=368;ReadPosRankSum=1.277;SC=TTTTAATTAACAAGAGAAAAC;SOR=0.274;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=55;TCF=46;TCR=9;TR=25;WE=102595421;WS=102595403;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,27:0.47:58
chr11	102595492	rs3765620	G	A	2114.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.482;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.111;HP=5;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=25;PP=976;ReadPosRankSum=0.521;SC=TACCTGAACAGTTTTTGTATT;SOR=0.809;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=129;TCF=78;TCR=51;TR=64;WE=102595500;WS=102595482;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:97,101:0.51:198
chr11	102595666	rs2155052	C	G	3526.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=29;NR=73;PP=2256;SC=AGCACCCTGACGTTCACAGCA;SOR=1.686;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=102;TCF=29;TCR=73;TR=102;WE=102595674;WS=102595656;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr11	102623115	rs531335	A	G	678.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=15;PP=456;SC=TTCTCAAGCTACACAGGTGTG;SOR=2.400;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=3;TCR=15;TR=18;WE=102623123;WS=102623105;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr11	102641452	rs470171	G	C	6262.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.849;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=245;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=110;NR=58;PP=2965;ReadPosRankSum=0.839;SC=AACCATTTTGGCTCATAATAC;SOR=1.312;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=172;TCF=111;TCR=61;TR=168;WE=102641460;WS=102641442;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,231:0.99:233
chr11	102642716	rs17860997	A	AT	6212.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=42;NR=40;PP=2957;SC=AGATTCCTGCATGACAATGAA;SOR=1.381;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=91;TCF=45;TCR=46;TR=82;WE=102642724;WS=102642706;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,167:1.00:167
chr11	102647310	rs470154	T	G	3886.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=57;NR=48;PP=2363;SC=TCATTGTAGATCTGCAATGCC;SOR=0.851;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=105;TCF=57;TCR=48;TR=105;WS=102647300;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,134:1.00:134
chr11	102649543	rs470277	T	A	1360.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=32;PP=977;SC=CTGTTCCAATTAAACAACAGT;SOR=2.110;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=42;TCF=10;TCR=32;TR=42;WE=102649551;WS=102649533;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr11	102650424	rs486055	C	T	3045.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.068;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=316;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.422;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=66;PP=1642;ReadPosRankSum=0.766;SC=ACTGTCCTTTCTTCTAAACTG;SOR=0.722;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=198;TCF=68;TCR=130;TR=100;WE=102650432;WS=102650414;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:161,146:0.48:307
chr11	102661099	rs470215	T	C	1534.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=0.788;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=23;PP=981;ReadPosRankSum=0.868;SC=GAAAACACCTTCTTTGGACTC;SOR=0.906;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=53;TCF=29;TCR=24;TR=51;WE=102661107;WS=102661089;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,60:0.97:62
chr11	102661595	rs470747	A	G	4678.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=47;NR=87;PP=2625;SC=CACTCTGAAAATCATTACAGA;SOR=1.316;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=134;TCF=47;TCR=87;TR=134;WE=102661603;WS=102661585;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,173:1.00:173
chr11	102663476	rs17884110	A	AG	12798.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.890;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=305;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.446;NF=29;NR=119;PP=2974;ReadPosRankSum=-0.507;SC=GAATCTGATTAGAAAAAAAGC;SOR=0.982;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=150;TCF=29;TCR=121;TR=148;WE=102663490;WS=102663466;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,296:0.99:298
chr11	102663482	rs1144391	A	T	12532.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.932;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=287;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQ=60.41;MQRankSum=0.296;NF=82;NR=122;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.047;SC=GATTAGAAAAAAAGCAAGAAA;SOR=1.108;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=204;TCF=82;TCR=122;TR=204;WE=102663490;WS=102663466;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,284:0.99:286
chr11	102666043	rs491152	A	G	6418.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=240;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=79;NR=90;PP=2965;SC=TAAAATACCTAGAGTTAGTTT;SOR=0.727;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=171;TCF=79;TCR=92;TR=169;WE=102666051;WS=102666033;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,236:1.00:236
chr11	102666316	rs470558	T	C	3557.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=30;NR=68;PP=1791;SC=GTTCATGAGCTGCAACACGAT;SOR=1.398;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=98;TCF=30;TCR=68;TR=98;WE=102666324;WS=102666306;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,138:1.00:138
chr11	102668603	rs5794198	CA	C	735.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.286;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.58;MQRankSum=0.734;QD=13.38;ReadPosRankSum=1.203;SOR=0.733;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:6,49:0.89:55
chr11	102668702	rs470358	T	C	4024.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=49;NR=49;PP=1633;SC=TATTGTCACATGCAATGCAGC;SOR=0.706;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=98;TCF=49;TCR=49;TR=98;WE=102668710;WS=102668692;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,155:1.00:155
chr11	102707339	rs639752	C	A	2427.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.385;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=279;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.299;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=50;PP=1328;ReadPosRankSum=-0.206;SC=TGGAAACTCTCATCACCTATT;SOR=0.893;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=176;TCF=83;TCR=93;TR=88;WE=102707347;WS=102707329;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:152,123:0.45:275
chr11	102707914	rs575027	A	G	737.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=3.208;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.658;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=2;PP=469;ReadPosRankSum=-0.557;SC=AAATTTTGAGAAGGGAACTGG;SOR=1.179;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=53;TCF=44;TCR=9;TR=23;WE=102707922;WS=102707904;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,30:0.48:63
chr11	102709425	rs520540	A	G	2527.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.700;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=279;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.446;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=50;PP=1336;ReadPosRankSum=0.824;SC=TTCCTCTGATAGCCCAGAATT;SOR=0.644;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=179;TCF=69;TCR=110;TR=79;WE=102709433;WS=102709415;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:145,127:0.47:272
chr11	102711338	rs591058	T	C	599.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.182;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.995;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=11;PP=171;ReadPosRankSum=-1.539;SC=TTTAAGAAATTGAGAACAATA;SOR=0.869;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=35;TCF=12;TCR=23;TR=15;WE=102711346;WS=102711328;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,31:0.53:59
chr11	102713046	rs3020919	C	T	1724.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-2.355;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=45;PP=935;ReadPosRankSum=-0.763;SC=AGATATGTAACAAGGATCCCT;SOR=0.743;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=131;TCF=37;TCR=94;TR=62;WE=102713054;WS=102713036;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,81:0.49:165
chr11	102713447	rs41380244	G	C	4976.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.797;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=507;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=105;NR=72;PP=2178;ReadPosRankSum=-0.989;SC=TGCCAGGAAAGGTTCTGAAGT;SOR=0.726;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=329;TCF=194;TCR=135;TR=177;WE=102713455;WS=102713437;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:258,249:0.49:507
chr11	102713465	rs602128	A	G	5559.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.766;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=581;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.520;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-1.017;NF=115;NR=84;PP=2610;ReadPosRankSum=1.378;SC=AGTGACCAACATCAGGAACTC;SOR=0.730;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=372;TCF=214;TCR=158;TR=199;WE=102713473;WS=102713455;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:296,284:0.49:580
chr11	102713620	rs679620	T	C	4009.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-2.060;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=353;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.314;HP=5;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=88;PP=1817;ReadPosRankSum=2.041;SC=ACATCTTTTTTGAGGTCGTAG;SOR=0.605;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=250;TCF=87;TCR=163;TR=135;WE=102713628;WS=102713610;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:151,195:0.56:346
chr11	102713777	rs678815	G	C	299.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=0.913;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.979;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=10;PP=198;ReadPosRankSum=2.033;SC=TGAAATAATGGCAAATTTTAT;SOR=2.448;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=1;TCR=17;TR=10;WE=102713785;WS=102713767;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,12:0.60:20
chr11	102735103	rs476185	A	G	2217.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=1.407;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.984;HP=6;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=53;PP=1268;ReadPosRankSum=1.547;SC=CTCTGATGAAAAAAACCAAGG;SOR=0.873;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=130;TCF=41;TCR=89;TR=74;WE=102735111;WS=102735093;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,100:0.57:174
chr11	102738793	rs5794199	G	GT	12547.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=288;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=14;NR=107;PP=2967;SC=TGAGGAACAAGTGGTGCCTAA;SOR=1.030;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=133;TCF=16;TCR=117;TR=121;WE=102738803;WS=102738783;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,279:1.00:279
chr11	102738795	rs5003690	G	T	12556.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=283;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=70;NR=108;PP=2965;SC=AGGAACAAGTGGTGCCTAAGA;SOR=1.027;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=180;TCF=70;TCR=110;TR=178;WE=102738803;WS=102738783;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,281:1.00:281
chr11	102815970	rs61571704	CA	C	217.25	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.222;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.07;ReadPosRankSum=-1.340;SOR=1.244;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,16:0.89:18
chr11	102824826	rs478927	T	C	1032.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=21;NR=4;PP=616;SC=AACTTCATACTAGTGTGTTCA;SOR=2.242;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=21;TCR=4;TR=25;WE=102824834;WS=102824816;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr11	102825091	rs640198	T	G	6431.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=235;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=63;NR=91;PP=2965;SC=AGTGTTGAATTCTTTAAAAAG;SOR=0.962;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=154;TCF=63;TCR=91;TR=154;WE=102825099;WS=102825081;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,232:1.00:232
chr11	103004929	rs2450918	C	G	978.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=23;NR=5;PP=685;SC=ATTGATATGTCTTGTATAGAT;SOR=2.448;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=28;TCF=23;TCR=5;TR=28;WE=103004937;WS=103004919;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr11	103013954	rs2514006	G	T	102.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=20.58;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr11	103019443	rs2514000	C	G	828.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=8;NR=18;PP=499;SC=AATATATAATCTCAACATTAT;SOR=1.609;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=26;TCF=8;TCR=18;TR=26;WE=103019451;WS=103019433;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr11	103022842	rs10664799	G	GTT	495.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.858;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=2.129;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.33;MQRankSum=0.526;QD=15.99;ReadPosRankSum=-0.296;SOR=1.508;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,26:0.84:31
chr11	103025071	rs72175476	AGT	A	227.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=7;NR=0;PP=267;ReadPosRankSum=1.047;SC=AACATACACAAGTGTGTGTGT;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=17;TCR=0;TR=7;WE=103025080;WS=103025066;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,8:0.50:16
chr11	103026040	rs5794210	CT	C	798.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-0.576;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=17;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=14;PP=339;ReadPosRankSum=2.177;SC=ATGACTTTTTCTTTTTTTTTT;SOR=0.726;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=37;TCF=19;TCR=18;TR=28;WE=103026060;WS=103026030;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:7,53:0.88:60
chr11	103029373	rs688094	G	A	486.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=9;NR=4;PP=222;SC=AATTGTTAAAGTAGATGTGAA;SOR=1.292;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=13;TCF=9;TCR=4;TR=13;WE=103029381;WS=103029363;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr11	103029516	rs688906	A	G	1958.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=30;NR=14;PP=917;SC=AGATGTCAGAAATCATTAAAT;SOR=1.308;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=44;TCF=30;TCR=14;TR=44;WE=103029524;WS=103029506;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr11	103033914	rs657936	A	T	8635.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=336;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=92;NR=126;PP=2965;SC=ATAGGCATGGAACGTGGAAAG;SOR=0.934;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=218;TCF=92;TCR=126;TR=218;WE=103033922;WS=103033904;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,330:1.00:330
chr11	103047007	rs585692	C	A	3947.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQ=59.99;NF=57;NR=43;PP=1847;SC=GGCTTAATACCATGTCAAAGT;SOR=0.878;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=100;TCF=57;TCR=43;TR=100;WE=103047015;WS=103046997;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,151:1.00:151
chr11	103050028	rs632672	A	G	1411.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=7;NR=36;PP=1017;SC=TTTCATATTAAGTAAAATAAG;SOR=3.080;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=44;TCF=7;TCR=37;TR=43;WE=103050036;WS=103050018;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr11	103052558	rs11225584	T	C	556.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.514;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.912;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=9;PP=256;ReadPosRankSum=0.085;SC=ATAGAAATAATCTTGAAAATT;SOR=0.482;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=48;TCF=28;TCR=20;TR=19;WE=103052566;WS=103052548;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,31:0.41:76
chr11	103057048	rs658804	A	G	4682.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.423;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=451;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.742;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=94;NR=59;PP=2420;ReadPosRankSum=-1.445;SC=CTAGGGGTCGATTAGCAACAT;SOR=0.815;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=294;TCF=175;TCR=119;TR=153;WE=103057056;WS=103057038;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:227,221:0.49:448
chr11	103058126	rs586592	C	T	5664.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.807;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=528;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.744;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=90;NR=71;PP=2522;ReadPosRankSum=-0.222;SC=CTACAGTTCACTGTAGTGCAC;SOR=0.835;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=293;TCF=158;TCR=135;TR=161;WE=103058134;WS=103058116;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:247,278:0.53:525
chr11	103060309	rs617059	A	G	324.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=2;PP=166;SC=AGAGCAGCACAGTTTCAAAAC;SOR=2.147;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=8;TCR=2;TR=10;WE=103060317;WS=103060302;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr11	103074349	rs631712	C	T	836.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=7;PP=452;SC=GAAAAAGCATCATTTATTAAA;SOR=1.402;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=16;TCR=7;TR=23;WE=103074357;WS=103074339;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr11	103074639	rs613978	C	A	250.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=5;PP=133;SC=AAAGTAACACCTAACTAGTGG;SOR=1.085;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=3;TCR=5;TR=8;WE=103074647;WS=103074629;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr11	103082590	rs589623	G	A	2914.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.552;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=38;PP=1286;ReadPosRankSum=-0.682;SC=ACACCAAGCCGATACATGACC;SOR=0.782;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=70;TCF=32;TCR=38;TR=70;WE=103082598;WS=103082580;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,115:0.98:117
chr11	103086381	rs679691	G	T	1001.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=33;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=29;NR=2;PP=770;SC=CTTTTCTATAGGGCTTTATTT;SOR=4.112;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=31;TCF=29;TCR=2;TR=31;WE=103086389;WS=103086371;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr11	103086399	rs78873690	G	GTA	2175.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=28;NR=9;PP=1772;SC=TTTACTGTGTGTGTAAAATTC;SOR=2.348;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=39;TCF=29;TCR=10;TR=37;WE=103086407;WS=103086389;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr11	103086725	rs635193	C	G	477.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.357;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.405;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=16;PP=350;ReadPosRankSum=1.227;SC=GATATTATGTCCTTAAGCTTT;SOR=0.969;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=40;TCF=4;TCR=36;TR=17;WE=103086733;WS=103086715;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,21:0.40:52
chr11	103091237	rs636510	A	G	391.94	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=1.868;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=0;PP=324;ReadPosRankSum=-0.578;SC=TAAGAGAGAGAACATTAGTAA;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=14;TCR=0;TR=13;WE=103091245;WS=103091227;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,13:0.93:14
chr11	103091546	rs670464	G	A	2574.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=13;NR=49;PP=1447;SC=ATATTATTTCGGCAATGAATG;SOR=2.102;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=62;TCF=13;TCR=49;TR=62;WE=103091554;WS=103091536;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr11	103092945	rs654061	A	G	325.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=9;PP=216;SC=GCTTTTTAAAATGTGGTGCTT;SOR=4.615;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=9;WE=103092953;WS=103092935;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr11	103092968	rs669940	C	T	196.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=33;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=5;PP=109;SC=TCATTGCCAACTGTTTAGATC;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=5;WE=103092976;WS=103092958;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr11	103101868	rs667819	G	C	127.84	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.383;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.5130;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=0;PP=94;ReadPosRankSum=0.967;SC=AAGTAAAGGTGTTATAATACT;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=5;WE=103101876;WS=103101858;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,5:0.83:6
chr11	103104930	rs1784259	C	A	6128.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.018;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=118;PP=2965;ReadPosRankSum=1.151;SC=TACCTTTAAACTGCAGGAAAT;SOR=1.517;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=170;TCF=52;TCR=118;TR=170;WE=103104938;WS=103104920;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,226:0.99:228
chr11	103112358	rs58174873	CT	C	1157.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.167;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.923;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=14;PP=659;ReadPosRankSum=-0.282;SC=CTATTGAATGCTAGCATAAAA;SOR=0.579;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=35;TCF=9;TCR=26;TR=18;WE=103112366;WS=103112348;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,35:0.48:73
chr11	103123999	rs648387	G	T	1601.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-3.593;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.512;HP=9;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=1.091;NF=48;NR=21;PP=1104;ReadPosRankSum=2.782;SC=CCAATTGTGTGTTTTTTTTAA;SOR=0.514;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=134;TCF=100;TCR=34;TR=69;WE=103124007;WS=103123989;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,78:0.48:161
chr11	103130762	.	TA	T	38	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=0;NR=3;PP=38;QD=29.0102999566;SC=TGATTTAACGTAATATTTATA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=1;TCR=11;TR=3;WE=103130770;WS=103130752;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:9,3:0.25:12
chr11	103192039	rs313407	T	C	586.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=15;PP=323;SC=GTTAAATACATGTTACTTCTT;SOR=2.030;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=20;TCF=4;TCR=16;TR=19;WE=103192047;WS=103192029;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr11	103229027	rs2566913	T	C	9402.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.415;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=366;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=131;NR=79;PP=2965;ReadPosRankSum=1.554;SC=CCAAATTTGATAGAGAAATCT;SOR=0.570;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=213;TCF=133;TCR=80;TR=210;WE=103229035;WS=103229017;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,359:0.99:362
chr11	103229110	rs2671333	G	A	13135.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=0.604;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=512;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=143;NR=146;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.992;SC=ATATTCTTCTGATTCTTTTGC;SOR=0.721;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=293;TCF=144;TCR=149;TR=289;WE=103229118;WS=103229100;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,505:1.00:507
chr11	103229173	rs2514408	A	C	9372.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-2.400;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=373;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=46;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=85;NR=142;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.337;SC=GAGTCATACAAGTAATCACAT;SOR=0.382;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=228;TCF=85;TCR=143;TR=227;WE=103229181;WS=103229163;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,369:1.00:370
chr11	103229188	rs2512128	G	C	8404.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=316;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=46;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=72;NR=130;PP=2965;SC=TCACATTGCAGAGGTTCCTAA;SOR=1.132;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=202;TCF=72;TCR=130;TR=202;WE=103229196;WS=103229178;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,314:1.00:314
chr11	103229238	rs2512129	G	A	3492.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=62;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=25;NR=77;PP=2086;SC=CTTCATACCAGTGCACATCAA;SOR=1.882;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=103;TCF=25;TCR=78;TR=102;WE=103229246;WS=103229228;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,129:1.00:129
chr11	103780455	rs10791649	A	G	1629.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.225;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=22;PP=767;ReadPosRankSum=-0.379;SC=AGATACAATCACATCGTTCAT;SOR=0.672;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=119;TCF=69;TCR=50;TR=52;WE=103780463;WS=103780445;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,83:0.50:167
chr11	103780610	rs4754997	C	T	1685.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.161;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.172;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=32;PP=736;ReadPosRankSum=2.369;SC=CAGATGCCACCTACTTATTAC;SOR=0.575;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=111;TCF=42;TCR=69;TR=54;WE=103780618;WS=103780600;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:95,86:0.48:181
chr11	103780695	rs4754998	G	A	320.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-1.626;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.303;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=9;PP=177;ReadPosRankSum=1.018;SC=TGCACACGTTGCTATTAGAAT;SOR=0.372;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=34;TCF=8;TCR=26;TR=13;WE=103780703;WS=103780685;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,17:0.36:47
chr11	103814453	rs78383143	G	A	846.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=0.449;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.943;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=24;PP=516;ReadPosRankSum=0.287;SC=TCAACTATACGGAAGGAACAT;SOR=0.483;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=76;TCF=22;TCR=54;TR=35;WE=103814461;WS=103814443;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,40:0.48:84
chr11	103818344	rs11226083	G	C	3163.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=1.364;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=386;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.778;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=40;PP=1593;ReadPosRankSum=-0.236;SC=GACCTTAGCTGTTCCATCCGT;SOR=0.747;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=205;TCF=114;TCR=91;TR=93;WE=103818352;WS=103818334;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:222,161:0.42:383
chr11	103818395	rs35045740	T	C	3259.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=1.238;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=339;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=56;PP=1663;ReadPosRankSum=-0.745;SC=CTTACTGAAATAGAGCTTGTG;SOR=0.677;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=198;TCF=91;TCR=107;TR=104;WE=103818403;WS=103818385;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:176,162:0.48:338
chr11	103907908	rs145797229	C	T	4870.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.471;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=431;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.437;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=87;NR=79;PP=2837;ReadPosRankSum=-0.083;SC=GCAGCGCACACCCGCTGCCCA;SOR=0.561;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=336;TCF=182;TCR=154;TR=166;WE=103907916;WS=103907898;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:204,220:0.52:424
chr11	104757836	rs5794352	T	TA	682.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=14;NR=2;PP=678;SC=CAAGATGAATTAGAGCTTTGG;SOR=2.948;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=18;TCF=15;TCR=3;TR=16;WE=104757844;WS=104757826;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr11	104758035	rs484438	G	A	2825.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=32;NR=42;PP=1367;SC=AACATTATCTGCAAATAAAAG;SOR=0.916;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=74;TCF=32;TCR=42;TR=74;WE=104758043;WS=104758025;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr11	104761013	rs635846	T	G	1749.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=45;NR=6;PP=1332;SC=GAAATGCTCTTTTCGGTGATA;SOR=3.383;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=52;TCF=45;TCR=7;TR=51;WE=104761021;WS=104761003;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr11	104761100	rs513131	T	C	6820.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=273;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=102;NR=66;PP=2840;SC=AAATCACTTATGTGGTGTGGA;SOR=1.024;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=168;TCF=102;TCR=66;TR=168;WE=104761108;WS=104761090;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,262:1.00:262
chr11	104761206	rs647039	C	T	6686.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=253;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=67;NR=87;PP=2928;SC=GTATCTGCACCGGCTTTTCCA;SOR=0.875;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=155;TCF=67;TCR=88;TR=154;WE=104761217;WS=104761196;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,249:1.00:249
chr11	104761271	rs693506	A	C	2754.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=20;NR=53;PP=1754;SC=CATTATGTCTAATTAAAGAAG;SOR=1.711;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=74;TCF=20;TCR=54;TR=73;WE=104761279;WS=104761261;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr11	104762228	rs544216	G	A	875.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=21;PP=586;SC=AGCCAGCACTGAGGAATCAGA;SOR=2.910;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=23;TCF=2;TCR=21;TR=23;WE=104762236;WS=104762218;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr11	104763117	rs497116	G	A	7237.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=270;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=114;NR=75;PP=2965;SC=AGTAGATCTCGCATCCCCAAA;SOR=0.970;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=192;TCF=114;TCR=78;TR=189;WE=104763125;WS=104763107;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,267:1.00:267
chr11	104763716	rs617983	A	G	9413.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=353;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=89;NR=139;PP=2965;SC=ATTTCCAGAAAAGCTGAAAGA;SOR=1.043;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=228;TCF=89;TCR=139;TR=228;WE=104763724;WS=104763706;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,349:1.00:349
chr11	104768000	rs693001	G	A	16512.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=643;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=185;NR=180;PP=2965;SC=TTTGCCTGCAGTTTGAGCTGT;SOR=0.709;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=365;TCF=185;TCR=180;TR=365;WE=104768008;WS=104767990;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,637:1.00:637
chr11	104768098	rs555367	T	C	9517.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=362;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=95;NR=137;PP=2965;SC=CTGTATTTAATACATTATTTT;SOR=0.998;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=233;TCF=95;TCR=138;TR=232;WE=104768106;WS=104768088;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,349:1.00:349
chr11	104768909	rs650940	T	C	1710.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.267;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=9;PP=843;ReadPosRankSum=1.686;SC=AGAACAGAAATCCAGGTGTTT;SOR=0.928;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=43;TCF=34;TCR=9;TR=42;WE=104768917;WS=104768899;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,64:0.98:65
chr11	104819327	rs9507	T	C	5332.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-1.972;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=52;PP=2309;ReadPosRankSum=-0.849;SC=CATCTTCCTCTAGGTTCTCAG;SOR=0.266;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=117;TCF=64;TCR=53;TR=115;WE=104819335;WS=104819317;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,202:1.00:203
chr11	104819542	rs5794358	G	GAAAC,GAAACAGAC	2479.73	.	AC=2,0;AF=1.00,0.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=25;PP=511;SC=CACACACAGAGAGAGACACAC;SOR=1.302;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=32;TCF=4;TCR=28;TR=29;WE=104819554;WS=104819530;set=Intersection	GT:AF:DP	1/1:1.00:56
chr11	104819544	.	GAG	CAC	754	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;FR=1.0000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MMLQ=28;MQ=60.38;NF=11;NR=18;PP=754;QD=27.8437198228;SC=CACACAGAGAGAGACACACAC;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=43;TCF=15;TCR=28;TR=29;WE=104819554;WS=104819530;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:14,29:0.67:43
chr11	104819544	rs33955446	G	GAC,GACAC	2356.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.98;QD=57.48;SOR=1.121;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:0,8,33:0.20,0.80:41
chr11	104819546	rs5004914	G	C	2468.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.96;QD=44.89;SOR=1.262;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr11	104819589	rs55694103	T	C	311.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=2.200;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=84;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=11;PP=237;ReadPosRankSum=0.746;SC=TCCAGTGTCATTCAACAATGT;SOR=1.022;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=26;TCF=5;TCR=21;TR=13;WE=104819597;WS=104819579;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,13:0.48:27
chr11	104820163	rs649739	A	C	2482.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=66;NR=9;PP=2038;SC=AATGTACTTTATTTACACTGG;SOR=3.528;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=75;TCF=66;TCR=9;TR=75;WE=104820171;WS=104820153;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr11	104825649	rs1801319	C	T	5073.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.097;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=598;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.523;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=76;NR=85;PP=2303;ReadPosRankSum=0.846;SC=TTTGTTCCACCAAGTTATCCA;SOR=0.661;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=366;TCF=169;TCR=197;TR=161;WE=104825657;WS=104825639;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:328,258:0.44:586
chr11	104839222	rs658560	A	G	5686.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=70;NR=63;PP=2588;SC=CTACTCCCAAACTCCTAGTCA;SOR=0.760;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=133;TCF=70;TCR=63;TR=133;WE=104839230;WS=104839212;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,215:1.00:215
chr11	104839300	rs72978981	G	C	1240.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.146;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.149;HP=1;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=21;PP=575;ReadPosRankSum=-1.040;SC=GAGCCTCAGAGTCAAAAATGA;SOR=0.463;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=95;TCF=40;TCR=55;TR=38;WE=104839308;WS=104839290;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,61:0.46:132
chr11	104866461	rs540819	A	T	1712.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=1.300;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=22;PP=1053;ReadPosRankSum=-0.523;SC=AACTCTCAATACTTACATTTT;SOR=0.743;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=121;TCF=82;TCR=39;TR=66;WE=104866469;WS=104866451;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,78:0.53:148
chr11	104869582	rs45504692	A	C	948.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.743;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.853;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=8;PP=542;ReadPosRankSum=0.325;SC=AGCACCCCCAAATTTTTGACT;SOR=0.818;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=73;TCF=54;TCR=19;TR=33;WE=104869590;WS=104869572;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,43:0.47:92
chr11	104869708	rs523104	G	C	2713.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.443;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=272;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=46;PP=1260;ReadPosRankSum=0.983;SC=GAAGAGATGAGTGCCAAGGAT;SOR=0.681;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=172;TCF=80;TCR=92;TR=86;WE=104869716;WS=104869698;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:137,134:0.49:271
chr11	104872981	rs544211	C	T	3629.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=37;NR=57;PP=1809;SC=CTTTTCAACCCCCATATGCCT;SOR=1.066;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=94;TCF=37;TCR=57;TR=94;WE=104872989;WS=104872971;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,136:1.00:136
chr11	104877927	rs507879	T	C	4798.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=2.870;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=446;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.423;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=71;NR=74;PP=2396;ReadPosRankSum=3.337;SC=TCAATTTTGGTATCATAATAT;SOR=0.547;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=280;TCF=130;TCR=150;TR=145;WE=104877935;WS=104877917;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:214,223:0.51:437
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chr11	104893693	rs5794371	C	CAG	1280.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-0.705;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.279;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.098;NF=21;NR=6;PP=1136;ReadPosRankSum=0.072;SC=TGTCTCTACACAGTCTCAGGA;SOR=0.408;SbPval=0.21;Source=Platypus;TC=62;TCF=53;TCR=9;TR=27;WE=104893701;WS=104893683;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,34:0.47:73
chr11	104893999	rs1699090	A	C	644.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=3.952;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=20;PP=475;ReadPosRankSum=0.750;SC=CTGGGAACCTATAGTTTCATC;SOR=0.650;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=43;TCF=4;TCR=39;TR=23;WE=104894007;WS=104893989;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,25:0.49:51
chr11	104896047	rs504054	A	G	191.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-0.030;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=1;PP=110;ReadPosRankSum=0.660;SC=GTAATTAATAACATTGCTATG;SOR=0.693;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=10;TCF=9;TCR=1;TR=7;WE=104896055;WS=104896042;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,8:0.73:11
chr11	104896226	rs483345	G	A	852.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.61;BaseQRankSum=0.491;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.279;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=14;PP=369;ReadPosRankSum=-0.554;SC=GGAGAAAAATGAGGACAAGTT;SOR=0.859;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=37;TCF=18;TCR=19;TR=25;WE=104896234;WS=104896216;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,41:0.59:69
chr11	104896375	rs2509648	G	T	523.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=7;NR=13;PP=386;SC=GAAAGAATTTGGTTAAAGACA;SOR=1.127;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=7;TCR=13;TR=20;WE=104896383;WS=104896365;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr11	104896880	rs534811	A	G	218.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=2.883;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=4;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=8;NR=0;PP=362;ReadPosRankSum=1.596;SC=CTGTAAACCTAGAGTTCTTGA;SOR=0.941;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=15;TCR=0;TR=8;WE=104896901;WS=104896870;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,9:0.56:16
chr11	104896893	rs476889	C	A	228.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.913;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=4;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=1;PP=362;ReadPosRankSum=1.769;SC=GTTCTTGACTCAAATGGACTT;SOR=0.941;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=17;TCF=15;TCR=2;TR=9;WE=104896901;WS=104896870;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,10:0.56:18
chr11	104897125	rs113993841	G	GT	38.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.099;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FS=0.851;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.24;ReadPosRankSum=0.167;SOR=0.552;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:138,23:0.14:161
chr11	104899817	rs505901	C	A	856.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-3.241;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=5;PP=556;ReadPosRankSum=-1.081;SC=TATTGATAGCCCCAACAAAGA;SOR=0.854;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=70;TCF=57;TCR=13;TR=33;WE=104899825;WS=104899807;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,38:0.50:76
chr11	104900115	rs503153	G	C	1603.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=2.045;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.985;NF=15;NR=51;PP=1214;ReadPosRankSum=-1.264;SC=CATGCAAATAGACACATGCAT;SOR=0.773;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=125;TCF=26;TCR=99;TR=66;WE=104900123;WS=104900105;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,67:0.52:130
chr11	104900385	rs501192	C	T	1037.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.070;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.805;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=10;PP=628;ReadPosRankSum=1.613;SC=AAGGCATCAGCACTCACCACC;SOR=1.160;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=88;TCF=62;TCR=26;TR=39;WE=104900393;WS=104900375;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,50:0.42:120
chr11	104900488	rs580253	G	A	3030.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.599;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=323;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=40;PP=1334;ReadPosRankSum=-1.440;SC=TTGAGTTGTAGTATATCTGGG;SOR=0.681;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=200;TCF=112;TCR=88;TR=92;WE=104900496;WS=104900478;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:167,153:0.48:320
chr11	104901007	rs473549	C	T	2426.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-2.024;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.550;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=24;PP=1107;ReadPosRankSum=-1.492;SC=TAATATTATTCAGTTATACGA;SOR=0.613;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=139;TCF=95;TCR=44;TR=74;WE=104901015;WS=104900997;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,111:0.56:197
chr11	104903719	rs572687	G	A	196.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=3.438;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.857;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=3;PP=142;ReadPosRankSum=-0.873;SC=ATTTACCCACGTTTGATCCTA;SOR=1.302;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=36;TCF=23;TCR=13;TR=11;WE=104903727;WS=104903709;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,13:0.25:51
chr11	104904570	rs568910	A	C	2456.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=2.456;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.369;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=26;PP=1329;ReadPosRankSum=0.845;SC=CTTTACAACTACATAAGTGCC;SOR=0.898;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=121;TCF=77;TCR=44;TR=74;WE=104904578;WS=104904560;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:100,114:0.53:214
chr11	104905047	rs539595	G	A	10715.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.199;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=974;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.521;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-8.410;NF=178;NR=165;PP=2962;ReadPosRankSum=1.107;SC=TCAAAGCTCGGGTCTTATCCA;SOR=0.735;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=685;TCF=347;TCR=338;TR=343;WE=104905055;WS=104905037;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:460,498:0.52:958
chr11	104912012	rs17103597	G	T	521.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-1.923;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=6;PP=280;ReadPosRankSum=0.584;SC=TTGCTCAATGGGATGTGCTTT;SOR=0.751;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=42;TCF=30;TCR=12;TR=21;WE=104912020;WS=104912002;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,27:0.48:56
chr11	104912221	rs542571	T	A	2726.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.298;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=305;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.904;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=41;PP=1648;ReadPosRankSum=0.022;SC=CAGAAGTATGTTCCTCCAGAA;SOR=0.934;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=206;TCF=123;TCR=83;TR=104;WE=104912229;WS=104912211;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:163,132:0.45:295
chr11	104912458	rs1503391	A	C	2569.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.620;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=58;PP=1511;ReadPosRankSum=-0.304;SC=TGCAAGAGACAAGGAATATCA;SOR=0.670;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=140;TCF=39;TCR=101;TR=81;WE=104912466;WS=104912448;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,110:0.58:191
chr11	104914087	rs71037294	AG	A	445.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-1.929;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.725;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQ=60.58;MQRankSum=1.323;NF=12;NR=3;PP=527;ReadPosRankSum=-0.335;SC=AGATTAAAAAAGAAAATTATA;SOR=0.380;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=29;TCF=25;TCR=4;TR=15;WE=104914095;WS=104914077;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,20:0.56:36
chr11	104915441	rs545911	C	T	2051.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.158;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FS=3.998;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.52;MQRankSum=-12.605;QD=11.66;ReadPosRankSum=-1.111;SOR=1.153;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:113,63:0.36:176
chr11	104915444	rs473394	C	A	1991.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.473;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FS=12.031;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.13;MQRankSum=-12.077;QD=13.10;ReadPosRankSum=-0.456;SOR=1.952;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:101,51:0.34:152
chr11	105481597	.	CTT	C	239.86	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.073;ClippingRankSum=0.000;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.11;ReadPosRankSum=0.291;SOR=1.038;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,12:0.71:17
chr11	105732687	rs2277280	C	T	255.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.098;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.56;ReadPosRankSum=-0.427;SOR=0.741;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,16:0.35:46
chr11	105732731	rs2277279	C	T	849.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.838;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.747;HP=9;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=2.100;NF=22;NR=10;PP=432;ReadPosRankSum=-1.490;SC=TTTTTAGTAACTTTTTTTTTC;SOR=0.836;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=79;TCF=50;TCR=29;TR=32;WE=105732739;WS=105732721;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,50:0.46:109
chr11	105768983	rs609239	T	C	517.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=2.275;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=5;PP=360;ReadPosRankSum=0.232;SC=TCTTTTGTATTAATTTTTATA;SOR=0.869;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=37;TCF=27;TCR=10;TR=19;WE=105768991;WS=105768973;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,22:0.47:47
chr11	105781408	rs1938908	G	C	1078.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=2.793;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=31;PP=784;ReadPosRankSum=-0.552;SC=AAATCCTATTGAGGCTTTGAA;SOR=0.723;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=48;TCF=3;TCR=45;TR=34;WE=105781416;WS=105781398;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,39:0.68:57
chr11	105782532	rs41302411	A	G	194.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.244;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=7.829;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=64.10;MQRankSum=4.622;QD=8.85;ReadPosRankSum=2.308;SOR=2.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,9:0.41:22
chr11	105782654	rs72978094	C	T	3799.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.65;BaseQRankSum=-0.756;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=435;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.746;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=3.891;NF=47;NR=39;PP=1231;ReadPosRankSum=-0.101;SC=AAAAGAGTTCCGCGCTGTTCG;SOR=0.555;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=183;TCF=109;TCR=74;TR=86;WE=105782662;WS=105782644;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:225,199:0.47:424
chr11	105789750	rs674307	A	T	153.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.721;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=7;PP=102;ReadPosRankSum=-0.409;SC=AATTTGCAGCAACATTCCAAG;SOR=1.136;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=2;TCR=16;TR=7;WE=105789758;WS=105789740;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,8:0.38:21
chr11	105795065	rs3758795	T	C	571.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.642;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.210;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=6;PP=280;ReadPosRankSum=2.251;SC=ATCATTCCAGTGCTAATTGCT;SOR=0.425;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=49;TCF=38;TCR=11;TR=22;WE=105795073;WS=105795055;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,29:0.42:69
chr11	105836923	rs632549	G	A	1201.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=27;PP=710;SC=TACGTATGCAGTTACTGTCAA;SOR=2.007;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=34;TCF=7;TCR=27;TR=34;WE=105836931;WS=105836913;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr11	105836960	rs1939826	A	G	148.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=1.193;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.126;HP=3;HapScore=2;MGOF=32;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=6;PP=85;ReadPosRankSum=-2.020;SC=ACCATTATCAATTTAGTGACA;SOR=1.460;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=3;TCR=14;TR=6;WE=105836968;WS=105836950;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,8:0.36:22
chr11	105842916	rs559190	C	T	743.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=20;PP=545;SC=GGATGGTCTTCCCAGGAAACT;SOR=3.014;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=23;TCF=3;TCR=20;TR=23;WE=105842924;WS=105842906;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr11	105923564	rs3737347	C	T	1720.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=0.804;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.608;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=19;PP=1103;ReadPosRankSum=-0.341;SC=GAACTGGACTCGTTTTAGAAT;SOR=0.620;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=129;TCF=96;TCR=33;TR=64;WE=105923572;WS=105923554;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:94,77:0.45:171
chr11	105965216	rs1893175	G	T	152.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-1.908;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=3;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=7;NR=0;PP=107;ReadPosRankSum=1.817;SC=TATATATATAGAGAGAGAGAG;SOR=1.426;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=19;TCR=2;TR=7;WE=105965224;WS=105965204;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,7:0.44:16
chr11	106407855	rs10599029	AAT	A	664.14	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-2.264;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.280;HP=2;HapScore=3;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=5;PP=351;ReadPosRankSum=0.077;SC=ATAATTGACAAATATATATAT;SOR=0.132;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=27;TCF=18;TCR=9;TR=18;WE=106407868;WS=106407845;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,28:0.80:35
chr11	106408031	rs11279851	TCAAATG	T	9227.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.061;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=551;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.522;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.573;NF=26;NR=70;PP=2954;ReadPosRankSum=1.533;SC=CACGGAGAACTCAAATGTGTC;SOR=0.755;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=205;TCF=56;TCR=149;TR=96;WE=106408044;WS=106408021;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:299,243:0.45:542
chr11	106408071	rs1791468	C	T	4340.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.101;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=466;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.522;HP=3;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=77;PP=2155;ReadPosRankSum=-0.104;SC=ACCTCTATTTCCAGCCTTATG;SOR=0.739;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=276;TCF=124;TCR=152;TR=136;WE=106408079;WS=106408061;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:252,213:0.46:465
chr11	106408212	rs2852371	A	G	596.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=1.041;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=21;PP=408;ReadPosRankSum=-0.360;SC=TGGTAAACGTATCTAGAACTG;SOR=1.488;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=45;TCF=0;TCR=45;TR=21;WE=106408220;WS=106408202;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,24:0.47:51
chr11	106647137	rs139329770	A	ACTCAAACT	1266.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=2.433;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.560;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=6;PP=1284;ReadPosRankSum=1.491;SC=TGCACTTACTACTCAAACTAG;SOR=1.764;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=42;TCF=25;TCR=17;TR=19;WE=106647145;WS=106647127;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,32:0.44:73
chr11	106695514	.	AT	A	179.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.697;ClippingRankSum=0.000;DP=170;ExcessHet=3.0103;FS=1.667;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.89;MQRankSum=-8.966;QD=1.09;ReadPosRankSum=2.932;SOR=0.499;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:127,38:0.23:165
chr11	106697172	rs61678754	T	C	2068.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=38;NR=23;PP=1021;SC=CTTCTCCATATGATGAAAGAT;SOR=1.207;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=61;TCF=38;TCR=23;TR=61;WE=106697180;WS=106697162;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr11	106807443	rs11331245	AT	A	1402.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.185;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=277;ExcessHet=3.0103;FS=1.744;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.57;ReadPosRankSum=-0.749;SOR=0.849;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:138,114:0.45:252
chr11	106849520	rs10890630	T	C	816.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.62;BaseQRankSum=-1.172;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.840;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=8;PP=208;ReadPosRankSum=-0.468;SC=CATCTGCGAATGCAACTCATA;SOR=0.591;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=35;TCF=16;TCR=19;TR=16;WE=106849528;WS=106849510;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,41:0.53:78
chr11	107197640	rs3758911	T	C	9620.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.831;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=367;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=147;NR=80;PP=2965;ReadPosRankSum=0.213;SC=TACACCTCAATAGTTTTTACT;SOR=1.191;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=227;TCF=147;TCR=80;TR=227;WE=107197648;WS=107197630;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,360:0.99:362
chr11	107205426	rs10789620	C	T	493.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=13;NR=1;PP=327;SC=CAAATAAAAACCCTCTACAAA;SOR=3.383;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=14;TCF=13;TCR=1;TR=14;WE=107205434;WS=107205416;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr11	107216388	rs474364	C	T	852.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=38.76;SOR=3.912;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr11	107216404	rs72990438	C	T	669.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=1;NR=12;PP=288;SC=TCTATACACACACATATATAG;SOR=3.912;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=13;TCF=1;TCR=12;TR=13;WE=107216412;WS=107216394;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr11	107224225	rs4576794	G	A	2885.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=68;NR=18;PP=1932;SC=GAGAATGTAAGCAAAGGATAA;SOR=2.350;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=86;TCF=68;TCR=18;TR=86;WE=107224233;WS=107224215;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr11	107224415	rs35543671	A	G	5003.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.392;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=488;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=78;NR=97;PP=2640;ReadPosRankSum=-1.194;SC=CTTTGGAGACAAACATGTCAT;SOR=0.670;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=291;TCF=123;TCR=168;TR=175;WE=107224423;WS=107224405;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:236,244:0.51:480
chr11	107309761	rs371250335	G	GAA	328.75	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.164;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.86;MQRankSum=0.707;QD=19.34;ReadPosRankSum=1.109;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:3,14:0.82:17
chr11	107381533	rs655009	G	A	1913.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=1.600;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.795;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=11;PP=1245;ReadPosRankSum=-1.029;SC=GCTAAAACAGGGTCCAAAATC;SOR=1.793;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=50;TCF=39;TCR=11;TR=49;WE=107381541;WS=107381523;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,66:0.97:68
chr11	107381765	rs654093	G	A	6985.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=279;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=77;NR=109;PP=2965;SC=CAACCAATCTGTAACAGAGAA;SOR=0.981;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=188;TCF=77;TCR=111;TR=186;WE=107381773;WS=107381755;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,273:1.00:273
chr11	107402995	rs589788	A	T	2839.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=55;NR=23;PP=1498;SC=TCTCATAAAGAAAAAGAATCC;SOR=1.502;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=79;TCF=55;TCR=24;TR=78;WE=107403003;WS=107402985;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr11	107403202	rs5794554	TAG	T	4753.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=56;PP=2852;SC=GAATGATTAATAGAGTTTGGC;SOR=1.841;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=62;TCF=2;TCR=60;TR=58;WE=107403222;WS=107403192;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr11	107420530	rs645056	A	G	14720.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=567;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=148;NR=160;PP=2965;SC=CGGAATGTGTATCAATATGAG;SOR=0.737;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=308;TCF=148;TCR=160;TR=308;WE=107420538;WS=107420520;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,560:1.00:560
chr11	107422433	rs367892806	AT	A	159.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=31.98;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr11	107422436	rs369287000	AT	A	159.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=31.98;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr11	107422440	rs71488261	T	A	168.94	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=33.79;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr11	107424827	.	TGCTGAAAG	T	1117.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.194;ClippingRankSum=0.000;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.298;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=14;PP=2939;ReadPosRankSum=-1.461;SC=GAAACAAGATTGCTGAAAGGC;SOR=0.391;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=46;TCF=3;TCR=43;TR=16;WE=107424842;WS=107424817;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,30:0.46:65
chr11	107462977	rs5794560	G	GT	561.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=8;NR=7;PP=608;SC=TAATGAATATGTTGTCAGCCT;SOR=1.179;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=15;TCF=8;TCR=7;TR=15;WE=107462985;WS=107462967;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr11	107518427	rs117713140	A	G	1318.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.352;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.858;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=38;PP=814;ReadPosRankSum=-0.933;SC=GGTACTTCCCATAAGACTCAA;SOR=0.545;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=84;TCF=16;TCR=68;TR=48;WE=107518435;WS=107518417;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,56:0.54:103
chr11	107578721	rs583362	C	G	1454.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=0.824;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.619;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=19;PP=425;ReadPosRankSum=0.122;SC=CCTCTGGCTTCTCCTCACCTC;SOR=0.798;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=67;TCF=28;TCR=39;TR=30;WE=107578729;WS=107578711;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,74:0.51:144
chr11	107643102	rs28695914	T	A	40.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.792;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=5.82;ReadPosRankSum=-1.465;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,4:0.57:7
chr11	107643289	rs60511673	T	G	211.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.62;BaseQRankSum=1.126;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=5;PP=109;ReadPosRankSum=-2.007;SC=AACCATGTTGTCCAGGCTGGT;SOR=0.818;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=32;TCF=16;TCR=16;TR=10;WE=107643297;WS=107643279;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,15:0.28:53
chr11	107646894	rs34492014	C	CA	642.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.561;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=1.608;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.85;ReadPosRankSum=0.128;SOR=1.371;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,25:0.50:50
chr11	107646918	rs484427	G	A	739.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.103;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.535;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=3;PP=507;ReadPosRankSum=-1.710;SC=ATTTAGTCAGGTGTGATGATG;SOR=1.210;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=57;TCF=49;TCR=8;TR=29;WE=107646926;WS=107646908;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,33:0.42:79
chr11	107650473	rs650686	G	A	699.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.701;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FS=1.582;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.36;ReadPosRankSum=0.755;SOR=0.616;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:69,41:0.37:110
chr11	107650505	rs519422	C	G	623.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.961;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.24;ReadPosRankSum=1.894;SOR=0.731;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:62,38:0.38:100
chr11	107652394	rs11381266	GT	G	52.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.314;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=1.760;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.29;ReadPosRankSum=1.002;SOR=1.112;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,8:0.35:23
chr11	107663631	rs148577551	TTTTCTTTC	T	866.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=1.467;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.155;NF=2;NR=14;PP=2989;ReadPosRankSum=0.501;SC=AATCTTTTTATTTTCTTTCTT;SOR=0.755;SbPval=0.22;Source=Platypus;TC=55;TCF=3;TCR=52;TR=16;WE=107663646;WS=107663621;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,24:0.44:54
chr11	107673628	rs556153	T	C	695.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-0.137;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=9;PP=476;ReadPosRankSum=-1.236;SC=GCCAAGAAGATGAGAAGGTTT;SOR=0.556;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=48;TCF=36;TCR=12;TR=32;WE=107673636;WS=107673618;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,31:0.61:51
chr11	107675566	rs495836	C	T	857.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.816;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.634;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=15;PP=262;ReadPosRankSum=0.202;SC=GCATTTTAGTCACTATACTTC;SOR=1.015;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=63;TCF=25;TCR=38;TR=21;WE=107675574;WS=107675556;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,45:0.45:100
chr11	107677399	rs34066069	C	CA	4749.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.894;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=424;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.539;HP=6;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQ=60.05;MQRankSum=1.457;NF=44;NR=53;PP=2970;ReadPosRankSum=-0.048;SC=AAAACATAAACAAATTTGCTG;SOR=0.509;SbPval=0.24;Source=Platypus;TC=213;TCF=112;TCR=101;TR=97;WE=107677407;WS=107677389;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:215,204:0.49:419
chr11	107686741	rs371223301	TAC	T	141.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.496;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=6.067;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.91;ReadPosRankSum=1.906;SOR=0.078;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,10:0.42:24
chr11	107729205	rs11603925	C	G	507.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=1.807;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.470;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.188;NF=17;NR=3;PP=347;ReadPosRankSum=-1.355;SC=TGCTTCCCGACGCCAGGTGAA;SOR=0.428;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=47;TCF=41;TCR=6;TR=20;WE=107729213;WS=107729195;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,22:0.43:51
chr11	107729561	rs3741065	T	C	558.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-1.424;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=20;PP=376;ReadPosRankSum=-0.676;SC=CGGGAGGCGGTGCCTGTGCGG;SOR=0.739;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=45;TCF=6;TCR=39;TR=24;WE=107729569;WS=107729551;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,26:0.51:51
chr11	107904646	rs10890800	C	T	2336.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.229;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=281;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.053;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=46;PP=1209;ReadPosRankSum=-1.384;SC=TCGTAAGTACCCCACTAATTC;SOR=0.851;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=168;TCF=70;TCR=98;TR=79;WE=107904654;WS=107904636;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:157,118:0.43:275
chr11	107917087	rs7117111	A	G	1271.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.511;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.103;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=19;PP=422;ReadPosRankSum=0.854;SC=TTATTAAGCAAGCACAGGCAG;SOR=0.506;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=90;TCF=35;TCR=55;TR=33;WE=107917095;WS=107917077;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,66:0.45:148
chr11	107925327	rs3847562	C	T	266.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=8;NR=2;PP=189;SC=ACTCAAAATACTGATTTTGAT;SOR=2.303;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=8;TCR=2;TR=10;WE=107925335;WS=107925317;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr11	107925729	rs7125285	G	A	173.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=2.139;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=6;PP=99;ReadPosRankSum=0.790;SC=TTTGAAATACGGAAGCATAGG;SOR=0.693;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=31;TCF=9;TCR=22;TR=8;WE=107925737;WS=107925719;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,10:0.29:35
chr11	107948858	rs10890807	T	A	121.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.881;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=1;PP=66;ReadPosRankSum=-0.399;SC=TTTATCTGTATATTTTCAATA;SOR=1.022;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=20;TCF=15;TCR=5;TR=6;WE=107948866;WS=107948848;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,8:0.29:28
chr11	107969300	rs11302777	GT	G	352.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.576;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.13;MQRankSum=0.739;QD=8.20;ReadPosRankSum=0.378;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,32:0.74:43
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chr11	108012510	rs34420529	A	AAAGT	686.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=10;PP=522;SC=GGATTTTGAAAAATTCTAGAA;SOR=1.244;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=0;TCR=10;TR=10;WE=108012518;WS=108012500;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
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chr11	108043988	rs2070661	C	T	1281.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=1.054;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.383;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=21;PP=679;ReadPosRankSum=-0.863;SC=CTCTTGTGAACTTCACTAGAA;SOR=0.752;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=84;TCF=41;TCR=43;TR=39;WE=108043996;WS=108043978;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,58:0.50:115
chr11	108057430	rs4753833	G	A	63.79	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=1.150;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=0.5051;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=3;PP=40;ReadPosRankSum=-0.000;SC=GCAGGGGGCTGGTTTCAGGAC;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=0;TCR=4;TR=3;WE=108057438;WS=108057420;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,3:0.75:4
chr11	108058769	rs371572857	CT	C	109.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.034;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FS=0.942;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.11;MQRankSum=1.497;QD=1.18;ReadPosRankSum=-0.217;SOR=0.566;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:68,25:0.27:93
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chr11	108064935	rs11212546	A	G	80.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.181;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=5.77;ReadPosRankSum=-2.777;SOR=1.112;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,5:0.36:14
chr11	108068954	rs683312	T	C	555.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.862;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=1.972;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.51;ReadPosRankSum=0.925;SOR=0.972;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:44,30:0.41:74
chr11	108093208	rs228589	A	T	2342.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.308;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=31;PP=1026;ReadPosRankSum=-0.889;SC=ATAACCCTCCATCCCGCGTCC;SOR=0.723;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=154;TCF=91;TCR=63;TR=77;WE=108093216;WS=108093198;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:108,117:0.52:225
chr11	108100105	rs11390378	G	GT	78.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.179;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=3.310;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.49;MQRankSum=0.623;QD=5.25;ReadPosRankSum=-0.056;SOR=2.030;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,8:0.53:15
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chr11	108121410	rs34325032	C	CT	284.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.043;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.23;MQRankSum=0.000;QD=6.62;ReadPosRankSum=1.384;SOR=0.542;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,22:0.51:43
chr11	108129657	rs672655	A	G	785.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.581;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FS=0.797;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.73;ReadPosRankSum=-0.869;SOR=0.554;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:48,42:0.47:90
chr11	108137775	rs642496	T	A	1182.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-2.955;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.828;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=14;PP=745;ReadPosRankSum=-0.062;SC=CACCTGGCTCTGCCTCCCAAA;SOR=0.321;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=69;TCF=51;TCR=18;TR=46;WE=108137783;WS=108137765;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,52:0.62:84
chr11	108141955	rs373881770	CT	C	145.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.187;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FS=2.804;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.92;ReadPosRankSum=0.423;SOR=1.065;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:121,37:0.23:158
chr11	108143182	rs664677	C	T	58.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=0.702;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=2;PP=34;ReadPosRankSum=-0.047;SC=AAGTAACTTACAATAACCTTT;SOR=0.627;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=18;TCF=11;TCR=7;TR=5;WE=108143190;WS=108143172;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,5:0.25:20
chr11	108150207	rs1799757	CT	C	2206.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.779;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.165;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=18;PP=1299;ReadPosRankSum=-0.051;SC=TGTTTGCTTGCTTGTTTTAAG;SOR=0.925;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=62;TCF=26;TCR=36;TR=35;WE=108150215;WS=108150197;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,72:0.51:140
chr11	108151707	rs3218681	T	TA	1383.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.136;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.78;MQRankSum=1.518;QD=12.93;ReadPosRankSum=1.447;SOR=0.718;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:43,64:0.60:107
chr11	108175462	rs1801516	G	A	2847.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-2.320;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=313;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.417;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=36;PP=1288;ReadPosRankSum=-0.785;SC=TTTACTCCAAGATACAAATGA;SOR=0.662;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=190;TCF=117;TCR=73;TR=91;WE=108175470;WS=108175452;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:159,147:0.48:306
chr11	108183167	rs659243	A	G	2148.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=24;NR=25;PP=862;SC=GGAAGCCAGAATACAACTATT;SOR=0.717;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=49;TCF=24;TCR=25;TR=49;WE=108183175;WS=108183157;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr11	108195976	rs11366542	GT	G	212.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.594;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=5.501;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.45;ReadPosRankSum=0.179;SOR=0.692;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,21:0.64:33
chr11	108196712	rs3212322	CATT	C	586.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=0.642;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=2;PP=523;ReadPosRankSum=1.469;SC=TTGCTGCTTTCATTATTATTA;SOR=1.034;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=29;TCF=23;TCR=6;TR=13;WE=108196722;WS=108196702;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,16:0.50:32
chr11	108218196	rs227075	T	C	33.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.369;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=4.22;ReadPosRankSum=0.921;SOR=1.270;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,3:0.38:8
chr11	108224697	rs179108	G	A	3021.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=20;NR=71;PP=2120;SC=AATCCCAGCTGCTCAAGAGGC;SOR=2.280;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=93;TCF=20;TCR=73;TR=91;WE=108224705;WS=108224687;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr11	108225483	rs664982	C	T	577.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=0.264;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.075;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=8;PP=288;ReadPosRankSum=1.228;SC=GATAAAGATACGTTGACAACA;SOR=0.446;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=44;TCF=29;TCR=15;TR=22;WE=108225491;WS=108225473;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,28:0.50:56
chr11	108225661	rs664143	A	G	1849.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-2.389;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.142;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=35;PP=843;ReadPosRankSum=1.604;SC=TGTGTATCTCATCAGGAAGTC;SOR=0.748;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=130;TCF=66;TCR=64;TR=67;WE=108225669;WS=108225651;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:109,96:0.47:205
chr11	108256837	rs113995	A	T	132.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-2.625;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=6;PP=95;ReadPosRankSum=-1.169;SC=GTAACTCTCAAGACTTTCTCA;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=1;TCR=12;TR=6;WE=108256845;WS=108256827;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,6:0.50:12
chr11	108276091	rs9667658	C	G	953.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.017;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.888;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=8;PP=463;ReadPosRankSum=0.640;SC=AGCAATACCTCATTTCAAATT;SOR=0.919;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=51;TCF=33;TCR=18;TR=25;WE=108276111;WS=108276081;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,41:0.53:77
chr11	108352160	rs3901850	C	T	972.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=18;PP=468;SC=TTTAATATGGCAAGCATAATC;SOR=1.739;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=22;TCF=4;TCR=18;TR=22;WE=108352168;WS=108352150;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr11	108353018	rs3765632	C	A	59.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.898;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.963;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=4;PP=46;ReadPosRankSum=0.227;SC=TACAACAGTTCTTTGGTTTTC;SOR=1.981;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=2;TCR=9;TR=4;WE=108353026;WS=108353008;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,4:0.29:14
chr11	108380335	rs1943382	T	C	11152.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=425;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=117;NR=109;PP=2965;SC=GTGTCACAATTTGAGTCCACT;SOR=0.752;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=226;TCF=117;TCR=109;TR=226;WE=108380343;WS=108380325;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,416:1.00:416
chr11	108464209	rs2640738	T	C	7543.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.781;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=294;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=118;NR=78;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.837;SC=AGGATCTTCCTGGCCTCTTCG;SOR=1.029;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=199;TCF=120;TCR=79;TR=196;WE=108464217;WS=108464199;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,286:0.99:288
chr11	108535792	rs2306118	C	T	2159.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=49;NR=14;PP=1506;SC=GCATGCGCCTCTGTGCGTTTG;SOR=2.368;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=63;TCF=49;TCR=14;TR=63;WE=108535800;WS=108535782;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr11	108549186	.	TA	T	89.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.082;ClippingRankSum=0.000;DP=78;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.25;ReadPosRankSum=2.420;SOR=0.578;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:52,20:0.28:72
chr11	108586617	rs116953461	A	G	383.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.260;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=8;PP=259;ReadPosRankSum=-0.816;SC=ATCAATCCAGAAAAACTTATA;SOR=0.566;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=23;TCF=14;TCR=9;TR=17;WE=108586625;WS=108586607;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,21:0.57:37
chr11	108722851	rs10890899	C	G	2844.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=49;NR=26;PP=1453;SC=TTATATGCTGCTAATTTTTCT;SOR=1.222;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=75;TCF=49;TCR=26;TR=75;WE=108722859;WS=108722841;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr11	108788634	.	GTGA	G	48	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;FR=0.5000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MMLQ=28;MQ=60.0;NF=1;NR=1;PP=48;QD=28.5;SC=CTGGATTGGAGTGATGATGAT;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=15;TCF=10;TCR=5;TR=2;WE=108788644;WS=108788624;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:13,2:0.13:15
chr11	109963895	.	C	G	2281.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-1.612;ClippingRankSum=0.000;DP=228;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.050;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=29;PP=909;ReadPosRankSum=1.788;SC=CGGAGGGCCCCGGGGCTGCCC;SOR=0.612;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=139;TCF=87;TCR=52;TR=73;WE=109963903;WS=109963885;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:104,115:0.53:219
chr11	109964007	rs7116424	A	G	2414.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.856;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=249;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.04;MQRankSum=-0.964;QD=9.78;ReadPosRankSum=0.552;SOR=0.688;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:127,120:0.49:247
chr11	109964079	rs7116552	C	A	4088.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=23;NR=58;PP=1744;SC=GGGAGGGCCGCGGTGGCCGCT;SOR=1.683;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=82;TCF=23;TCR=59;TR=81;WE=109964097;WS=109964069;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr11	109964089	rs11395531	T	TG	3687.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=49;PP=2165;SC=CGGTGGCCGCTTCTCCGCGGG;SOR=1.923;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=54;TCF=1;TCR=53;TR=50;WE=109964097;WS=109964069;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr11	109964187	rs7116896	G	A	579.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.328;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=0.988;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.83;ReadPosRankSum=0.420;SOR=0.772;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,30:0.51:59
chr11	109964257	rs7116683	A	G	188.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.929;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=1.348;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.39;ReadPosRankSum=-0.064;SOR=0.704;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,13:0.37:35
chr11	110023628	rs665013	C	T	1058.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.702;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.640;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=11;PP=546;ReadPosRankSum=-0.800;SC=TTAAGTGTTCCGTAATAATCT;SOR=0.510;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=71;TCF=51;TCR=20;TR=34;WE=110023636;WS=110023618;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,49:0.47:105
chr11	110035262	rs1026608	A	G	3616.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=2.741;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=389;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.709;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=81;NR=48;PP=2322;ReadPosRankSum=0.729;SC=ATGTCAAACGAGGTGCTCCAA;SOR=0.787;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=272;TCF=174;TCR=98;TR=129;WE=110035270;WS=110035252;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:218,167:0.43:385
chr11	110035301	rs1026607	A	G	4328.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.254;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=524;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=99;NR=63;PP=2468;ReadPosRankSum=-0.395;SC=GCATAAGGACACAAGTCTACC;SOR=0.730;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=360;TCF=219;TCR=141;TR=162;WE=110035309;WS=110035291;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:287,223:0.44:510
chr11	110050502	rs11213291	C	T	2869.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.62;SOR=0.844;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr11	110134593	rs36094903	C	CA	288.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.384;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.77;MQRankSum=0.923;QD=12.03;ReadPosRankSum=0.437;SOR=0.538;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,19:0.79:24
chr11	110143054	rs1676530	A	G	164.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=6;NR=1;PP=115;SC=AATTATTTTCAAGAAGTCCTC;SOR=2.584;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=6;TCR=1;TR=7;WE=110143062;WS=110143044;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr11	110306748	rs35520653	G	GT	152.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.801;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.13;ReadPosRankSum=0.892;SOR=0.673;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,13:0.35:37
chr11	110451885	rs10488765	A	G	2104.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.334;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=280;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.472;HP=1;HapScore=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=38;PP=907;ReadPosRankSum=-0.133;SC=GTGCATCAACATCCTCATTTA;SOR=0.604;Source=Platypus;TCF=77;TR=68;WE=110451893;WS=110451875;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:161,112:0.41:273
chr11	110452999	rs2008772	C	A	1339.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.246;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=20.30;ReadPosRankSum=-1.275;SOR=0.654;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,36:0.55:66
chr11	110453009	rs4079590	G	A	1401.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.030;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=0.913;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.20;ReadPosRankSum=-0.362;SOR=0.852;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,39:0.51:77
chr11	110453250	rs4142632	C	G	491.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-1.856;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.172;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=13;PP=278;ReadPosRankSum=-0.636;SC=TTAACAAAAACCACATCTACC;SOR=0.211;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=26;TCF=3;TCR=23;TR=15;WE=110453258;WS=110453240;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,20:0.65:31
chr11	110582310	rs2305289	T	C	1603.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.021;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.248;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=27;PP=865;ReadPosRankSum=0.011;SC=CGAAAACTGCTATGGAGCAGC;SOR=0.645;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=83;TCF=45;TCR=38;TR=55;WE=110582318;WS=110582300;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,79:0.51:154
chr11	110697305	rs120434	C	G	2018.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.733;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.505;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=30;PP=1037;ReadPosRankSum=0.713;SC=GAATGCTGATCCTTAACCATG;SOR=0.628;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=125;TCF=62;TCR=63;TR=61;WE=110697313;WS=110697295;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:116,96:0.45:212
chr11	110697444	rs120436	G	A	410.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=4.755;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.154;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=16;PP=331;ReadPosRankSum=0.798;SC=TGTATCCACCGGTAGTCACTT;SOR=2.749;SbPval=0.96;Source=Platypus;TC=42;TCF=8;TCR=34;TR=17;WE=110697452;WS=110697434;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,17:0.39:44
chr11	111152263	rs5794734	ACT	A	2347.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.086;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.452;NF=3;NR=30;PP=1336;ReadPosRankSum=-1.304;SC=CACTTCCAAAACTCTGCTCCT;SOR=0.649;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=72;TCF=4;TCR=68;TR=33;WE=111152272;WS=111152253;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,66:0.49:134
chr11	111156836	rs3087967	T	C	785.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-1.997;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.231;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=26;PP=457;ReadPosRankSum=0.934;SC=TTCCAAAGATTGTTTTAGGTG;SOR=0.403;SbPval=0.26;Source=Platypus;TC=75;TCF=16;TCR=59;TR=36;WE=111156844;WS=111156826;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,40:0.45:88
chr11	111179054	rs3087587	A	G	3962.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-3.144;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=410;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.642;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=76;PP=1820;ReadPosRankSum=-1.952;SC=CTCTCCAGGCAGCAGAGTACT;SOR=0.599;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=279;TCF=115;TCR=164;TR=133;WE=111179062;WS=111179044;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:199,197:0.50:396
chr11	111229470	rs12282082	T	C	2974.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.193;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.194;NF=62;NR=19;PP=1887;ReadPosRankSum=0.308;SC=CACATTCTCTTTCACACACAC;SOR=0.829;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=83;TCF=62;TCR=21;TR=81;WE=111229479;WS=111229460;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,106:0.99:107
chr11	111249785	rs11213863	C	G	1761.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.763;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.680;HP=3;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=19;PP=1100;ReadPosRankSum=-1.343;SC=CCCCCGTGGCCCCATCACCTC;SOR=0.750;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=53;TCF=34;TCR=19;TR=53;WE=111249793;WS=111249775;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,69:0.99:70
chr11	111249819	rs10789825	A	G	2770.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.497;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.051;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=32;PP=1515;ReadPosRankSum=0.448;SC=CCAATTCCAGACCAAGCTGTG;SOR=0.283;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=71;TCF=39;TCR=32;TR=71;WE=111249827;WS=111249809;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,106:0.99:107
chr11	111326284	rs7925584	T	C	1239.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=30;NR=4;PP=868;SC=TCAGCAGCAGTTGAAAGCACA;SOR=3.258;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=34;TCF=30;TCR=4;TR=34;WE=111326292;WS=111326280;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr11	111327213	rs11213913	G	A	8202.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.078;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=324;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=135;NR=87;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.356;SC=GCCCAGGGCTGAGCAGGCAAT;SOR=1.024;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=227;TCF=136;TCR=91;TR=222;WE=111327221;WS=111327203;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,311:0.99:315
chr11	111368047	rs489078	G	T	5969.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=236;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=79;NR=88;PP=2965;SC=CTCTACTAACGGCATAACTGA;SOR=0.747;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=167;TCF=79;TCR=88;TR=167;WE=111368055;WS=111368037;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,226:1.00:226
chr11	111420364	rs634679	A	G	2670.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=53;NR=19;PP=1363;SC=TGGATGAGCCATCCTGCGGCA;SOR=1.728;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=72;TCF=53;TCR=19;TR=72;WE=111420372;WS=111420354;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr11	111422217	rs663763	C	T	506.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-2.755;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=16;PP=298;ReadPosRankSum=1.296;SC=CCACCCATGCCCAGAATAGTT;SOR=0.291;SbPval=0.2;Source=Platypus;TC=51;TCF=9;TCR=42;TR=22;WE=111422225;WS=111422207;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,24:0.43:56
chr11	111487106	rs571462	C	G	1069.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.503;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.668;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=24;PP=505;ReadPosRankSum=-1.001;SC=CTAACACTATCTCCATTCATT;SOR=0.614;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=80;TCF=30;TCR=50;TR=39;WE=111487114;WS=111487096;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,56:0.44:127
chr11	111575634	rs36106790	C	CT	259.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.520;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.12;ReadPosRankSum=0.623;SOR=1.270;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,16:0.50:32
chr11	111623088	rs4936675	T	A	16498.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=635;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.02;SOR=0.915;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,634:1.00:634
chr11	111625085	rs4936678	C	T	105.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-1.803;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.310;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=2;PP=49;ReadPosRankSum=-0.967;SC=CAATGTTGCACATTAACACAT;SOR=0.105;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=10;TCF=8;TCR=2;TR=6;WE=111625093;WS=111625075;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,6:0.60:10
chr11	111635655	rs7106104	T	C	1072.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=0.321;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.755;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=23;PP=557;ReadPosRankSum=0.238;SC=ACAGGACTCATCAACATGGAT;SOR=0.827;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=69;TCF=25;TCR=44;TR=35;WE=111635663;WS=111635645;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,51:0.50:103
chr11	111636627	rs643506	T	G	8416.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.741;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=316;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.698;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=76;NR=180;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.996;SC=CGTCTCGGCCTGGCACCGCGC;SOR=1.713;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=258;TCF=77;TCR=181;TR=256;WE=111636635;WS=111636617;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,305:0.99:307
chr11	111637117	rs139691367	T	TCCCGCCCCGCGCCCAGGC,TCCCGCCCCGCGCCCAGGCCCCGCCCCGCGCCCAGGC	3908.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;QD=60.13;SOR=5.042;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:0,31,34:0.48,0.52:65
chr11	111659476	rs2554996	C	A	162.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.047;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=2.363;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.63;ReadPosRankSum=-0.961;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,10:0.71:14
chr11	111724133	rs10502151	C	T	2271.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.175;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=32;PP=1169;ReadPosRankSum=2.616;SC=GGAGTAAAGACATTATACAAA;SOR=0.714;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=139;TCF=82;TCR=57;TR=79;WE=111724141;WS=111724123;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:105,111:0.51:216
chr11	111735981	rs45574638	G	A	637.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=0.862;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=18;PP=426;ReadPosRankSum=2.714;SC=GAATCTAAAAGAAACCCAGAA;SOR=0.784;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=55;TCF=15;TCR=40;TR=24;WE=111735989;WS=111735971;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,30:0.42:72
chr11	111741105	.	CAAAA	C	308.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.386;ClippingRankSum=0.000;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.82;ReadPosRankSum=-0.980;SOR=0.602;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,16:0.46:35
chr11	111741110	.	A	C	329.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.521;ClippingRankSum=0.000;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=1.367;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.99;ReadPosRankSum=-1.667;SOR=0.473;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,16:0.53:30
chr11	111742145	rs10708475	CG	C	8554.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=62;NR=48;PP=2967;SC=GCAGCCGGGGCGCGTATCCCC;SOR=1.388;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=113;TCF=63;TCR=50;TR=110;WE=111742153;WS=111742135;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,214:1.00:214
chr11	111747297	rs7124696	A	G	3007.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.061;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=252;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=51;PP=1428;ReadPosRankSum=0.222;SC=GAGAACCTTCAAAAGGTAAGC;SOR=0.670;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=177;TCF=83;TCR=94;TR=94;WE=111747305;WS=111747287;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:107,145:0.58:252
chr11	111747427	rs634983	C	T	1685.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=21;NR=30;PP=1180;SC=TTTTAGAGACCGAATCAATTA;SOR=1.047;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=51;TCF=21;TCR=30;TR=51;WE=111747435;WS=111747417;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr11	111749265	rs3802845	C	T	3810.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.342;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=372;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.222;HP=4;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=67;NR=47;PP=1677;ReadPosRankSum=-1.591;SC=CTTGTGAGGGCGCTCCTTTCC;SOR=0.770;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=221;TCF=127;TCR=94;TR=114;WE=111749273;WS=111749255;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:185,186:0.50:371
chr11	111749349	rs611010	A	T	10019.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=2.353;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=381;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.269;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=97;NR=118;PP=2965;ReadPosRankSum=1.375;SC=ATGCGGGAAGATGAAATAAAT;SOR=0.421;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=216;TCF=98;TCR=118;TR=215;WE=111749357;WS=111749339;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,379:1.00:380
chr11	111750430	rs7107213	A	G	1432.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.435;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.379;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=36;PP=820;ReadPosRankSum=-1.017;SC=GGATGAACAAAATGTGGCCTA;SOR=0.869;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=104;TCF=30;TCR=74;TR=47;WE=111750438;WS=111750420;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,67:0.46:146
chr11	111754368	rs11600652	A	T	776.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-3.197;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=3;PP=587;ReadPosRankSum=-0.245;SC=AGTAAACAGGATTTTTTCTTC;SOR=0.981;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=62;TCF=57;TCR=5;TR=32;WE=111754376;WS=111754358;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,33:0.50:66
chr11	111754574	rs1045282	A	C	5336.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.201;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=498;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=85;PP=2500;ReadPosRankSum=2.215;SC=CAGAAAAGTCAACTTACATGA;SOR=0.702;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=291;TCF=122;TCR=169;TR=146;WE=111754582;WS=111754564;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:243,253:0.51:496
chr11	111780104	rs68187136	TA	T	158.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.088;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=1.871;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.61;ReadPosRankSum=0.000;SOR=0.591;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,16:0.67:24
chr11	111780837	rs2070894	G	A	746.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=5.268;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.632;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=2;PP=591;ReadPosRankSum=-1.093;SC=CATCTAAGGCGATCAAATCAA;SOR=1.557;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=65;TCF=58;TCR=7;TR=31;WE=111780845;WS=111780827;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,31:0.47:66
chr11	111781047	rs11603779	A	C	4886.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.251;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=458;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.522;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=75;PP=2301;ReadPosRankSum=-0.971;SC=AACAAGCTACATACCTGGCGC;SOR=0.763;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=268;TCF=123;TCR=145;TR=133;WE=111781055;WS=111781037;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:223,229:0.51:452
chr11	111795085	rs7124407	C	G	758.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.387;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.25;ReadPosRankSum=-1.261;SOR=0.780;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:40,42:0.51:82
chr11	111795148	rs7124433	C	G	1247.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.645;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=16;PP=528;ReadPosRankSum=-0.693;SC=CAATAGAACTCCAATCTTTGG;SOR=0.688;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=80;TCF=43;TCR=37;TR=35;WE=111795156;WS=111795138;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,63:0.44:143
chr11	111800488	rs5794769	A	AT	1691.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.806;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.680;HP=10;HapScore=3;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=27;PP=681;ReadPosRankSum=0.139;SC=TGAGCTTTAAATTTTTTTTTT;SOR=0.950;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=82;TCF=31;TCR=51;TR=48;WE=111800496;WS=111800478;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,97:0.57:170
chr11	111848361	rs11364849	AG	A	2210.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=27;NR=13;PP=1649;SC=TAGCTTTGCTAGGCTGGCCTT;SOR=1.942;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=43;TCF=30;TCR=13;TR=40;WE=111848369;WS=111848351;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr11	111848531	rs10891303	C	T	1334.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.623;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FS=1.930;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.14;ReadPosRankSum=0.940;SOR=0.766;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:90,74:0.45:164
chr11	111853106	rs11455434	G	GC	8435.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=249;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=15;NR=83;PP=2936;SC=CGGCCAGGGAGCCTGGAACCT;SOR=0.894;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=104;TCF=15;TCR=89;TR=98;WE=111853114;WS=111853096;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,238:1.00:238
chr11	111866442	rs3839945	GAC	G	289.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-0.943;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.643;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=8;PP=308;ReadPosRankSum=-0.381;SC=CAGTGGAACTGACTATTCATC;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=1;TCR=9;TR=8;WE=111866451;WS=111866432;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,8:0.73:11
chr11	111889635	rs650461	C	G	318.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.874;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=4;PP=222;ReadPosRankSum=-0.131;SC=TTTAGTGAATCAGATTCCCTG;SOR=0.636;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=28;TCF=20;TCR=8;TR=13;WE=111889643;WS=111889625;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,14:0.44:32
chr11	111889654	rs476581	C	T	1564.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=28;NR=11;PP=867;SC=TGTTTTTTCACTGTGGCTTTT;SOR=1.651;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=40;TCF=29;TCR=11;TR=39;WE=111889662;WS=111889644;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr11	111896324	rs2303436	C	T	4520.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-3.770;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=364;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=75;NR=56;PP=2010;ReadPosRankSum=1.604;SC=CCGGCTCCCGCTCGTCGCAAC;SOR=0.689;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=224;TCF=128;TCR=96;TR=131;WE=111896332;WS=111896314;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:146,214:0.59:360
chr11	111897028	rs113392665	GT	G	156.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.775;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FS=2.476;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.11;MQRankSum=1.310;QD=2.49;ReadPosRankSum=0.494;SOR=0.352;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:42,21:0.33:63
chr11	111897050	rs1974426	A	T	504.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.220;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=2.485;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.01;ReadPosRankSum=-0.739;SOR=1.220;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,22:0.39:56
chr11	111903995	rs478941	T	C	159.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=2.081;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=1;PP=110;ReadPosRankSum=-0.424;SC=TATTGAGGTGTGAAGCTTTTG;SOR=1.022;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=16;TCF=14;TCR=2;TR=8;WE=111904003;WS=111903985;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,8:0.44:18
chr11	111908162	rs627441	T	C	2933.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.155;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=332;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=52;PP=1123;ReadPosRankSum=0.996;SC=AAACCACAAGTGCCACCACCT;SOR=0.710;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=195;TCF=87;TCR=108;TR=92;WE=111908170;WS=111908152;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:170,152:0.47:322
chr11	111909819	rs6589260	C	A	87.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.832;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=5.836;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.82;ReadPosRankSum=1.114;SOR=0.027;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,6:0.26:23
chr11	111915765	rs11455845	C	CA,CAA	1707.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.147;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FS=2.075;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.72;ReadPosRankSum=1.908;SOR=0.437;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:21,57,38:0.49,0.33:116
chr11	111916001	rs11335731	AG	A	4187.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=59;PP=2703;SC=GGGCATCTTTAGGTTGTTTAG;SOR=1.870;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=65;TCF=3;TCR=62;TR=62;WE=111916009;WS=111915991;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr11	111916647	rs10891314	G	A	707.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.715;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.796;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=10;PP=278;ReadPosRankSum=1.890;SC=CCTTTCTATCGATGTAAATAT;SOR=0.661;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=46;TCF=23;TCR=23;TR=22;WE=111916655;WS=111916637;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,38:0.45:84
chr11	111930576	rs3882890	C	T	450.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.344;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=3;PP=367;ReadPosRankSum=-0.371;SC=ACCTGGCACACAGGCTCTTAA;SOR=0.638;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=36;TCF=30;TCR=6;TR=19;WE=111930584;WS=111930566;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,20:0.49:41
chr11	111933088	rs10891315	A	G	813.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=2.564;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.140;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=11;PP=497;ReadPosRankSum=0.371;SC=GAAATGCAGTATTTTCTTTCA;SOR=1.143;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=57;TCF=36;TCR=21;TR=32;WE=111933096;WS=111933078;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,36:0.46:78
chr11	111956989	rs14396	C	A	6524.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=243;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=89;NR=60;PP=2965;SC=GTGACGGCGACACCAAAACCC;SOR=0.991;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=149;TCF=89;TCR=60;TR=149;WE=111956997;WS=111956979;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,242:1.00:242
chr11	111957143	rs487201	T	C	4414.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=31;NR=64;PP=2177;SC=ATCTTCCCTGTTTTACACCTT;SOR=1.215;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=95;TCF=31;TCR=64;TR=95;WE=111957151;WS=111957133;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,158:1.00:158
chr11	111957819	rs7121782	G	T	992.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.456;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.924;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=24;PP=542;ReadPosRankSum=-1.901;SC=GACCACTGTAGTCTAGGGGTC;SOR=0.514;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=60;TCF=16;TCR=44;TR=32;WE=111957827;WS=111957809;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,45:0.56:80
chr11	111963860	rs592626	A	G	301.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.21;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr11	111978165	.	TA	T	39.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.805;ClippingRankSum=0.000;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=1.376;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.88;ReadPosRankSum=0.450;SOR=0.395;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,12:0.27:45
chr11	112041128	rs149903853	TTTTGTCCTG	T	6329.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.851;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.207;NF=26;NR=45;PP=2966;ReadPosRankSum=0.404;SC=GTTTTCTTTATTTTGTCCTGT;SOR=1.088;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=75;TCF=28;TCR=47;TR=71;WE=112041144;WS=112041118;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,147:0.99:149
chr11	112064431	rs7105056	T	C	5514.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.965;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=73;NR=73;ReadPosRankSum=-1.158;SC=GTGATAGTGATGATTATTTAA;SOR=0.741;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=149;TCF=75;TCR=74;TR=146;WE=112064439;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,211:0.99:213
chr11	112065434	rs10891338	T	C	9695.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=378;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=113;NR=103;PP=2965;SC=CATTATGACCTGGATGGAACA;SOR=0.765;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=218;TCF=115;TCR=103;TR=216;WE=112065442;WS=112065424;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,375:1.00:375
chr11	112065483	rs7123686	A	C	7688.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=1.979;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=304;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=72;NR=106;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.206;SC=CATATGGTAAAGTTGCAATAA;SOR=0.945;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=178;TCF=72;TCR=106;TR=178;WE=112065491;WS=112065473;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,300:0.99:302
chr11	112071570	rs7948124	AA	TT	2690.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;JOINED;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=22;NR=63;PP=1611;SC=TTGATTTTTTAAAAATCTTCC;SOR=1.841;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=89;TCF=22;TCR=67;TR=85;WE=112071579;WS=112071560;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr11	112072644	rs117564741	T	C	438.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-0.069;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.880;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=1;PP=331;ReadPosRankSum=1.368;SC=AAAATCTTTCTAATTTTCTTA;SOR=2.206;SbPval=0.93;Source=Platypus;TC=39;TCF=33;TCR=6;TR=17;WE=112072652;WS=112072634;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,18:0.44:41
chr11	112072930	rs4935984	G	A	3892.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=1.174;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=83;PP=2438;ReadPosRankSum=1.820;SC=ATTAGAATTTGTCAAGAGTCA;SOR=1.609;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=118;TCF=35;TCR=83;TR=118;WE=112072938;WS=112072920;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,142:0.99:144
chr11	112072992	rs376091859	TTC	T	70.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.125;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.14;ReadPosRankSum=-2.232;SOR=0.207;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,6:0.18:33
chr11	112087101	rs2676377	T	A	4397.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=35;NR=89;PP=2498;SC=TAGCACTGAGTCATCTGATAA;SOR=1.609;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=124;TCF=35;TCR=89;TR=124;WE=112087109;WS=112087091;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,160:1.00:160
chr11	112088499	rs2217401	A	C	5086.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=75;NR=37;PP=2480;SC=AAGCAATTTTATCCTAGTTTT;SOR=1.235;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=112;TCF=75;TCR=37;TR=112;WE=112088507;WS=112088489;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,185:1.00:185
chr11	112099410	rs3819331	T	C	1257.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.143;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FS=0.576;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.58;ReadPosRankSum=0.703;SOR=0.752;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:98,68:0.41:166
chr11	112123095	rs2564872	A	G	7366.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=282;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=82;NR=105;PP=2965;SC=TTCAGAGTAGAAAGTATAGGC;SOR=0.866;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=188;TCF=83;TCR=105;TR=187;WE=112123103;WS=112123085;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,274:1.00:274
chr11	112130987	rs2518361	G	C	846.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=22;NR=5;PP=616;SC=CTCATTCTTTGTCTTCCTTCC;SOR=2.546;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=27;TCF=22;TCR=5;TR=27;WE=112130995;WS=112130977;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr11	112832276	.	AG	A	174.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.486;ClippingRankSum=0.000;DP=331;ExcessHet=3.0103;FS=0.618;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.98;MQRankSum=-3.239;QD=0.59;ReadPosRankSum=-0.528;SOR=0.588;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:253,44:0.15:297
chr11	112832307	rs11381910	G	GA	11258.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=316;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=61;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=49;NR=144;PP=2957;SC=ACCGCGGCAAGACATCCCTCC;SOR=0.902;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=195;TCF=49;TCR=146;TR=193;WE=112832315;WS=112832296;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,303:1.00:303
chr11	112832339	rs11284059	GC	G	12130.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=284;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=42;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=30;NR=141;PP=2967;SC=TTACAATGCTGCCAAACTAAG;SOR=0.730;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=171;TCF=30;TCR=141;TR=171;WE=112832366;WS=112832329;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,271:1.00:271
chr11	112832353	rs7105734	T	C	11917.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=266;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.04;QD=45.66;SOR=0.748;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,261:1.00:261
chr11	112832358	rs6589347	T	C	11314.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=259;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.04;QD=44.55;SOR=0.844;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,254:1.00:254
chr11	112832391	.	AT	A	400.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.611;ClippingRankSum=0.000;DP=205;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.05;MQRankSum=-0.636;QD=2.40;ReadPosRankSum=-0.225;SOR=0.674;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:118,49:0.29:167
chr11	112984037	rs1245087	G	A	865.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=17;PP=475;SC=CAAATTAGATGATCAGTAAGT;SOR=1.352;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=7;TCR=17;TR=24;WE=112984045;WS=112984027;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr11	113111501	rs2303377	T	C	14636.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.572;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=569;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=194;NR=163;PP=2965;ReadPosRankSum=1.605;SC=CATTTTTCTTTCTTCAGCGGC;SOR=0.821;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=363;TCF=197;TCR=166;TR=357;WE=113111509;WS=113111491;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,562:1.00:564
chr11	113113515	rs635596	G	A	9905.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=386;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=130;NR=101;PP=2965;SC=TCTGTCTGTCGTGTTTCCATA;SOR=0.849;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=232;TCF=131;TCR=101;TR=231;WE=113113523;WS=113113505;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,384:1.00:384
chr11	113114233	rs11605668	T	C	1829.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=2.021;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.531;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=23;PP=998;ReadPosRankSum=0.400;SC=CTCTTGACAATAGAGTCAAGA;SOR=0.762;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=132;TCF=84;TCR=48;TR=63;WE=113114241;WS=113114223;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:108,90:0.45:198
chr11	113117261	rs45602031	C	T	258.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=2.317;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.048;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=9;PP=162;ReadPosRankSum=0.111;SC=CTTGACATGACGATTTGGTAT;SOR=1.473;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=18;TCF=3;TCR=15;TR=10;WE=113117269;WS=113117251;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,12:0.55:22
chr11	113143557	rs2156485	C	T	953.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=4.144;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.071;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=3;PP=768;ReadPosRankSum=1.038;SC=ATGCCCCCACCCCCATGGTCC;SOR=1.383;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=94;TCF=81;TCR=13;TR=38;WE=113143565;WS=113143547;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,39:0.39:99
chr11	113186776	rs2236709	G	A	118.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=1.390;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=0;PP=44;ReadPosRankSum=-0.494;SC=ATTGCCGCACGTAAATGAGTG;SOR=0.892;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=8;TCR=1;TR=4;WE=113186784;WS=113186770;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,6:0.55:11
chr11	113186879	rs7130072	C	T	590.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.880;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.982;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=9;PP=235;ReadPosRankSum=0.841;SC=AATCACTTGGCTCTTAGTTTT;SOR=0.560;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=41;TCF=24;TCR=17;TR=20;WE=113186887;WS=113186869;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,30:0.52:58
chr11	113194168	rs723077	A	C	1096.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=2.306;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.411;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=26;PP=606;ReadPosRankSum=-0.349;SC=ACAAACTGCTATGAAGGTTTC;SOR=1.041;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=91;TCF=33;TCR=58;TR=38;WE=113194176;WS=113194158;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,53:0.43:123
chr11	113195595	rs948178	A	G	770.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=20;PP=569;SC=CAACAAGCAGAGGGTAGGATA;SOR=3.528;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=23;TCF=3;TCR=20;TR=23;WE=113195603;WS=113195585;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr11	113234775	rs719804	A	G	739.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-0.900;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.479;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=24;PP=461;ReadPosRankSum=0.554;SC=GACTTCAGCAATGTTTACAGA;SOR=0.399;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=59;TCF=13;TCR=46;TR=33;WE=113234783;WS=113234765;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,34:0.52:65
chr11	113235419	rs2298489	A	G	567.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=1.240;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.838;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=5;PP=284;ReadPosRankSum=-2.493;SC=GCTGATGAGTAAGTGAACAAG;SOR=0.307;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=39;TCF=30;TCR=9;TR=18;WE=113235427;WS=113235409;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,25:0.51:49
chr11	113239082	rs10891540	G	A	8862.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.214;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=936;ExcessHet=3.0103;FS=0.518;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.51;ReadPosRankSum=-1.000;SOR=0.734;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:483,449:0.48:932
chr11	113264272	rs17115439	T	C	2986.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.388;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=294;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.425;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=41;PP=1429;ReadPosRankSum=1.021;SC=ACATCGTGTCTATCTACGGGG;SOR=0.655;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=189;TCF=100;TCR=89;TR=86;WE=113264280;WS=113264262;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:148,143:0.49:291
chr11	113264470	rs4938013	A	C	2053.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.144;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.078;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=44;PP=1224;ReadPosRankSum=1.183;SC=CGGGCAACATACTCCTGGACA;SOR=0.776;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=132;TCF=53;TCR=79;TR=74;WE=113264478;WS=113264460;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:107,98:0.48:205
chr11	113264511	rs11214596	C	G	1209.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.480;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.710;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=30;PP=798;ReadPosRankSum=1.923;SC=AGGGCTCTGGCCAATCCTCCG;SOR=0.784;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=80;TCF=28;TCR=52;TR=46;WE=113264519;WS=113264501;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,56:0.49:114
chr11	113265292	rs10891546	T	C	557.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.466;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.640;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=4;PP=341;ReadPosRankSum=-0.315;SC=ATGAATAGCTTACCGAAGGTG;SOR=0.375;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=28;TCF=23;TCR=5;TR=19;WE=113265300;WS=113265282;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,24:0.69:35
chr11	113266679	rs34863235	C	T	1293.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=0.198;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.125;HP=4;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=13;PP=879;ReadPosRankSum=0.335;SC=ATTTGTGGAGCCCCCACTGCG;SOR=1.249;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=115;TCF=84;TCR=31;TR=55;WE=113266687;WS=113266669;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,58:0.45:130
chr11	113266702	rs11214598	T	C	1926.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.056;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.651;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=22;PP=1174;ReadPosRankSum=-1.601;SC=CATGCCCTGTTGGGATCCTCA;SOR=1.006;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=147;TCF=102;TCR=45;TR=77;WE=113266710;WS=113266692;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:95,88:0.48:183
chr11	113266821	rs7118900	G	A	5547.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-2.727;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=489;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.520;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=85;NR=85;PP=2493;ReadPosRankSum=-0.329;SC=TATCCGAGTGGCGGCAGGCAT;SOR=0.630;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=297;TCF=146;TCR=151;TR=170;WE=113266829;WS=113266811;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:213,266:0.56:479
chr11	113270015	rs4938016	G	C	5439.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.063;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=514;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.519;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=96;NR=98;PP=2427;ReadPosRankSum=0.663;SC=TGGGGATGACGGCACTGCGCG;SOR=0.623;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=357;TCF=171;TCR=186;TR=194;WE=113270023;WS=113270005;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:236,266:0.53:502
chr11	113270374	rs2734848	C	T	3915.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.138;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=322;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.848;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=61;PP=1856;ReadPosRankSum=1.058;SC=AGAGCGGCTACGGCCCACTGC;SOR=0.722;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=210;TCF=104;TCR=106;TR=117;WE=113270382;WS=113270364;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:139,182:0.57:321
chr11	113270828	rs1800497	G	A	3463.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-2.205;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=320;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.358;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=60;PP=1534;ReadPosRankSum=0.541;SC=AGTGCTGGTCGAGGCAGGCGC;SOR=0.601;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=212;TCF=86;TCR=126;TR=103;WE=113270836;WS=113270818;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:145,166:0.53:311
chr11	113271065	rs2734847	T	G	238.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=2.245;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=6;PP=155;ReadPosRankSum=-2.387;SC=GATCACCTGATATCAAGAGTT;SOR=0.566;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=17;TCF=5;TCR=12;TR=9;WE=113271073;WS=113271055;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,11:0.42:26
chr11	113281397	rs6276	C	T	684.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=1.467;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.230;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=1;PP=421;ReadPosRankSum=-1.209;SC=TGAGGCTGGCCGGCCTGGGCA;SOR=0.263;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=59;TCF=57;TCR=2;TR=22;WE=113281405;WS=113281387;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,31:0.41:75
chr11	113283459	rs6277	G	A	2039.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.712;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.799;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=41;PP=992;ReadPosRankSum=-0.342;SC=CGGGGCTGTCGGGAGTGCTGT;SOR=0.851;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=129;TCF=54;TCR=75;TR=71;WE=113283467;WS=113283449;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,100:0.53:188
chr11	113283477	rs6275	A	G	1873.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=2.139;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.795;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=41;PP=916;ReadPosRankSum=-0.533;SC=TGTGGAGACCATGGTGGGACG;SOR=1.046;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=114;TCF=40;TCR=74;TR=62;WE=113283485;WS=113283467;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,88:0.55:159
chr11	113285299	rs2511521	G	A	1045.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-1.310;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.924;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=27;PP=583;ReadPosRankSum=0.264;SC=CAGAGATCAGGAGGGTGGGGG;SOR=0.504;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=76;TCF=15;TCR=61;TR=35;WE=113285307;WS=113285289;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,45:0.54:83
chr11	113294976	rs11608185	T	C	495.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-3.747;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.016;HP=4;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=4;PP=285;ReadPosRankSum=-0.845;SC=AAAAACCACCTGGGGAAGCAC;SOR=0.153;SbPval=0.23;Source=Platypus;TC=37;TCF=32;TCR=5;TR=18;WE=113294984;WS=113294966;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,23:0.53:43
chr11	113294998	rs12808482	T	A	762.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=1.709;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=8;PP=440;ReadPosRankSum=1.854;SC=AGGAAACTCATTGGTAAAAGC;SOR=0.591;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=64;TCF=46;TCR=18;TR=28;WE=113295006;WS=113294988;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,36:0.46:78
chr11	113561054	rs7110736	A	G	5880.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.373;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=340;ExcessHet=3.0103;FS=1.803;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.50;ReadPosRankSum=-0.337;SOR=0.587;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:181,155:0.46:336
chr11	113561057	rs7110738	A	G	5917.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.313;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=348;ExcessHet=3.0103;FS=1.279;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.20;ReadPosRankSum=-0.012;SOR=0.605;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:186,158:0.46:344
chr11	113563688	rs11604602	A	G	144.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-1.720;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=14.968;HP=1;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=11;NR=5;PP=190;ReadPosRankSum=-0.291;SC=TAAGGTTTACAGTGTTCAGAG;SOR=2.783;SbPval=0.26;Source=Platypus;TC=28;TCF=22;TCR=6;TR=16;WE=113563696;WS=113563678;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,8:0.62:13
chr11	113566327	rs45503699	C	A	727.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-5.140;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.639;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=26;PP=531;ReadPosRankSum=1.490;SC=CTTCCTGCCCCCACCCAAACA;SOR=0.346;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=52;TCF=7;TCR=45;TR=31;WE=113566335;WS=113566317;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,31:0.58:53
chr11	113569575	rs10891587	T	G	366.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.355;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=2;PP=276;ReadPosRankSum=-0.931;SC=CCCTCAGCTGTGACAGGTCCC;SOR=0.776;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=17;TCF=15;TCR=2;TR=14;WE=113569583;WS=113569565;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,14:0.82:17
chr11	113569927	rs72103801	CTGTCTG	C	225.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.468;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=9.853;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.22;MQRankSum=-0.350;QD=8.68;ReadPosRankSum=-3.195;SOR=1.186;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,9:0.35:26
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chr11	113570405	rs4936280	T	C	4489.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-3.977;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=413;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.826;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=103;PP=1907;ReadPosRankSum=-0.205;SC=GCCAGCACACTGCCTGAGAAA;SOR=0.558;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=290;TCF=89;TCR=201;TR=150;WE=113570413;WS=113570395;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:189,220:0.54:409
chr11	113570490	rs3802856	T	C	1086.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=2.073;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.845;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=30;PP=699;ReadPosRankSum=0.112;SC=AAGTCACCACTATGGGGCTAG;SOR=1.282;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=75;TCF=18;TCR=57;TR=37;WE=113570498;WS=113570480;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,44:0.52:84
chr11	113570852	rs3802854	C	T	719.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.121;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=19;PP=424;ReadPosRankSum=0.926;SC=CCTCTGCATACTGGGCCTCCA;SOR=0.616;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=53;TCF=16;TCR=37;TR=28;WE=113570860;WS=113570842;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,34:0.51:67
chr11	113576932	rs7926267	A	G	1897.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.883;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.553;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=22;PP=876;ReadPosRankSum=0.681;SC=TGGCACAGAGACGTAACCTTA;SOR=0.765;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=126;TCF=74;TCR=52;TR=56;WE=113576940;WS=113576922;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,89:0.50:179
chr11	113608164	.	G	GA	129.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.483;ClippingRankSum=0.000;DP=72;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.15;MQRankSum=1.748;QD=1.83;ReadPosRankSum=-0.358;SOR=0.809;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:53,18:0.25:71
chr11	113608450	rs2279996	G	A	1840.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.551;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=50;PP=1138;ReadPosRankSum=1.352;SC=AGCTATTTACGTGGAAGAAAG;SOR=0.693;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=123;TCF=30;TCR=93;TR=66;WE=113608458;WS=113608440;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,82:0.55:150
chr11	113609854	rs4351850	T	A	756.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-2.416;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=6;PP=435;ReadPosRankSum=0.390;SC=ATTTCTAATTTTCTCATTCAA;SOR=0.586;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=61;TCF=48;TCR=13;TR=28;WE=113609862;WS=113609844;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,36:0.46:79
chr11	113618470	rs2459977	T	A	1186.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=36;PP=948;SC=AAAGAATCATTTACATATATT;SOR=4.514;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=38;TCF=2;TCR=36;TR=38;WE=113618478;WS=113618460;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr11	113618936	rs2271261	A	T	1076.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-2.916;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.685;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=11;PP=734;ReadPosRankSum=-1.004;SC=GCAATAAGAAACAACAGTGTC;SOR=0.517;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=121;TCF=96;TCR=25;TR=48;WE=113618944;WS=113618926;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,52:0.39:135
chr11	113618968	rs2513584	G	C	6547.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=243;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=124;NR=54;PP=2965;SC=TGTGCTGTCTGGGCTCTTTAC;SOR=1.520;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=181;TCF=124;TCR=57;TR=178;WE=113618976;WS=113618958;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,235:1.00:235
chr11	113631431	rs5794880	GA	G	1459.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.316;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FS=1.327;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.14;MQRankSum=1.202;QD=10.07;ReadPosRankSum=-0.595;SOR=0.582;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:60,85:0.59:145
chr11	113670052	rs2459971	T	A	10778.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=417;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=121;NR=115;PP=2965;SC=TGGGTCGAATTGTTGGAGGCT;SOR=0.723;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=236;TCF=121;TCR=115;TR=236;WE=113670060;WS=113670042;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,410:1.00:410
chr11	113674693	rs7116233	G	A	180.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-0.975;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.971;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=7;PP=151;ReadPosRankSum=-1.370;SC=AATATTTACTGAGCACATCTG;SOR=0.307;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=20;TCF=4;TCR=16;TR=9;WE=113674701;WS=113674683;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,10:0.48:21
chr11	113675542	rs45595543	T	C	4001.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.581;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=415;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.722;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=72;NR=62;PP=2026;ReadPosRankSum=-1.520;SC=GAGGAGTCCATCTAGCCCAAC;SOR=0.742;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=283;TCF=145;TCR=138;TR=134;WE=113675550;WS=113675532;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:210,198:0.49:408
chr11	113678924	rs2513582	G	T	1621.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=28;NR=19;PP=903;SC=GTTGGTTAAAGGCAGCAGAGA;SOR=1.034;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=47;TCF=28;TCR=19;TR=47;WE=113678932;WS=113678914;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr11	113679119	rs2465647	C	T	8229.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=325;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=94;NR=92;PP=2965;SC=CATGCTCAGACGACAAGCAGC;SOR=0.699;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=187;TCF=95;TCR=92;TR=186;WE=113679127;WS=113679109;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,321:1.00:321
chr11	113680018	rs2513581	G	C	3496.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=30;NR=74;PP=2314;SC=CACAAGGAACGAAAACATCCT;SOR=1.688;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=104;TCF=30;TCR=74;TR=104;WE=113680026;WS=113680008;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr11	113698002	rs17802314	C	T	2319.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.899;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.052;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=35;PP=1041;ReadPosRankSum=-1.265;SC=TGTGAATTTTCTCTGGCTGCC;SOR=0.618;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=134;TCF=69;TCR=65;TR=69;WE=113698010;WS=113697992;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:100,112:0.53:212
chr11	113706122	rs10789965	G	A	2614.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.366;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.802;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=59;PP=1568;ReadPosRankSum=-0.942;SC=AAAAGCCCCAGGTATATTTCC;SOR=0.492;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=173;TCF=61;TCR=112;TR=97;WE=113706130;WS=113706112;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:107,122:0.53:229
chr11	113712278	rs2513577	G	T	734.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.270;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.886;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=8;PP=443;ReadPosRankSum=1.391;SC=TAAAAGAAATGTCATTCAGGT;SOR=0.864;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=61;TCF=43;TCR=18;TR=29;WE=113712286;WS=113712268;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,35:0.42:83
chr11	113745137	rs369077170	ACT	A	292.79	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.501;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=6.990;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=29.28;ReadPosRankSum=1.834;SOR=4.407;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,8:0.80:10
chr11	113775551	rs145648579	GAGA	G	1242.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-0.242;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=6;PP=587;ReadPosRankSum=-2.519;SC=CTGGCAAACGGAGAAGGAGGA;SOR=0.791;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=47;TCF=26;TCR=21;TR=15;WE=113775561;WS=113775541;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,34:0.43:79
chr11	113802601	rs1176746	A	G	6171.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-3.259;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=655;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.101;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=92;NR=94;PP=2557;ReadPosRankSum=-0.087;SC=TAAGTGTGCCAGTGTGTATTT;SOR=0.591;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=385;TCF=181;TCR=204;TR=186;WE=113802609;WS=113802591;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:329,317:0.49:646
chr11	113846006	rs1062613	T	C	5039.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=78;NR=51;PP=2538;SC=GTGGGCCTCGTCCTGAGCACT;SOR=1.061;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=129;TCF=78;TCR=51;TR=129;WE=113846014;WS=113845996;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,188:1.00:188
chr11	113848184	rs4020460	G	GCT	6676.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=37;NR=35;PP=2957;SC=TGGGCCACCTGCTCCGACCTT;SOR=1.349;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=79;TCF=41;TCR=38;TR=72;WE=113848192;WS=113848174;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,154:1.00:154
chr11	113848273	rs1985242	A	T	9865.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=371;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=120;NR=101;PP=2965;SC=TTTCCTGTCAATGAATGCATA;SOR=0.819;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=221;TCF=120;TCR=101;TR=221;WE=113848281;WS=113848263;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,368:1.00:368
chr11	113856681	rs10160548	G	T	1516.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=22;NR=18;PP=701;SC=TCATCACAGGGTCCAGCAGGC;SOR=0.914;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=40;TCF=22;TCR=18;TR=40;WE=113856689;WS=113856671;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr11	114057944	rs682155	A	G	715.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.744;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=26;PP=618;ReadPosRankSum=0.383;SC=GGCCCAGCAGAAGTTTACAAG;SOR=0.733;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=55;TCF=6;TCR=49;TR=29;WE=114057952;WS=114057934;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,28:0.51:55
chr11	114120999	rs670984	C	T	870.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.983;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=12;PP=545;ReadPosRankSum=-1.144;SC=GTGCCCTCACCGCCTTCTGTC;SOR=0.600;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=79;TCF=54;TCR=25;TR=36;WE=114121007;WS=114120989;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,41:0.45:91
chr11	114270604	rs3741302	C	A	1057.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=2.094;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.892;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=8;PP=686;ReadPosRankSum=-0.758;SC=TAAAACAACACGATTGCTGCT;SOR=0.983;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=84;TCF=63;TCR=21;TR=40;WE=114270612;WS=114270594;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,48:0.51:94
chr11	114276552	rs58728682	C	CA	907.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.862;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.419;HP=9;HapScore=3;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=21;PP=380;ReadPosRankSum=1.729;SC=CTTGAATTGCCAAAAAAAAAT;SOR=0.709;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=48;TCF=6;TCR=42;TR=25;WE=114276560;WS=114276542;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,56:0.46:122
chr11	114284645	rs3897612	CA	AG	1933.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-3.012;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.681;HP=1;HapScore=2;JOINED;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=9;PP=1153;ReadPosRankSum=0.947;SC=TATTCCCTCTCATTCTTTTGG;SOR=0.338;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=66;TCF=48;TCR=18;TR=33;WE=114284654;WS=114284635;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,49:0.60:82
chr11	114315188	rs540712	A	G	1385.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.768;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FS=1.222;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.10;ReadPosRankSum=-0.263;SOR=0.799;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:100,71:0.42:171
chr11	114316989	rs654531	C	A	140.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-2.638;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=5;PP=81;ReadPosRankSum=-0.000;SC=GAATTGGGAGCAACAACGTCA;SOR=0.223;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=10;TCF=2;TCR=8;TR=7;WE=114316997;WS=114316979;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,7:0.70:10
chr11	114393652	rs10891692	C	T	3237.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.917;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=293;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.895;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=43;PP=1659;ReadPosRankSum=1.546;SC=GTAGAGTCTCCCAGGAGGTAA;SOR=0.777;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=188;TCF=108;TCR=80;TR=102;WE=114393660;WS=114393642;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:139,152:0.52:291
chr11	114398627	rs34542949	C	CA	2247.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.080;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=343;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.452;HP=10;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=67;PP=940;ReadPosRankSum=-0.661;SC=TTTGGACCTTCAAAAAAAAAA;SOR=0.739;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=143;TCF=13;TCR=130;TR=71;WE=114398635;WS=114398617;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:153,144:0.48:297
chr11	114401577	rs524911	T	C	8804.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.617;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=861;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.100;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=129;NR=158;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.707;SC=ATAAGGACTTTGCGGAGTTGT;SOR=0.798;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=526;TCF=245;TCR=281;TR=287;WE=114401585;WS=114401567;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:411,444:0.52:855
chr11	114421646	rs79339030	A	G	672.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=4.002;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.827;HP=1;HapScore=2;MGOF=59;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=1;PP=299;ReadPosRankSum=-0.419;SC=TGGGAAATGAAGAAATAGAGG;SOR=0.245;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=54;TCF=50;TCR=4;TR=17;WE=114421654;WS=114421642;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,22:0.35:62
chr11	114421674	rs75026329	G	A	1489.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.759;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FS=5.547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.20;ReadPosRankSum=-2.129;SOR=0.253;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:59,39:0.40:98
chr11	114421683	rs79413019	G	A	1794.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.398;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FS=1.864;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.36;ReadPosRankSum=-0.612;SOR=0.466;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:78,47:0.38:125
chr11	114421698	rs75909356	A	G	2300.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.358;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FS=0.654;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.94;ReadPosRankSum=-0.027;SOR=0.764;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:103,62:0.38:165
chr11	114421705	rs78231204	A	G	2495.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.701;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.34;ReadPosRankSum=-0.153;SOR=0.686;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:107,67:0.39:174
chr11	114421711	rs77069178	C	T	2756.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.725;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FS=2.867;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.82;ReadPosRankSum=0.261;SOR=0.976;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:115,71:0.38:186
chr11	114421713	rs112529011	GT	G	2860.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=1.750;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.635;HP=1;HapScore=1;MGOF=65;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=14;PP=2964;ReadPosRankSum=0.357;SC=AGATAGGGCAGTAGTTGAGGT;SOR=1.093;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=115;TCF=69;TCR=46;TR=40;WE=114421729;WS=114421688;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:121,74:0.38:195
chr11	114421721	rs78612878	G	A	2961.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-1.533;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.516;HP=1;HapScore=1;MGOF=65;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=24;PP=2962;ReadPosRankSum=0.143;SC=CAGTAGTTGAGGTGGGGGAGG;SOR=0.740;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=182;TCF=125;TCR=57;TR=76;WE=114421729;WS=114421688;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:140,88:0.39:228
chr11	114421747	rs78105386	G	A	4274.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.357;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=297;ExcessHet=3.0103;FS=2.023;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.54;ReadPosRankSum=0.388;SOR=0.835;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:179,115:0.39:294
chr11	114421754	rs73016111	G	A	4685.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.257;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=307;ExcessHet=3.0103;FS=2.577;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.41;ReadPosRankSum=0.160;SOR=0.855;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:185,119:0.39:304
chr11	114421768	rs75860289	A	T	5157.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.451;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=349;ExcessHet=3.0103;FS=1.313;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.91;ReadPosRankSum=0.331;SOR=0.792;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:210,136:0.39:346
chr11	114421769	rs76481835	C	G	5241.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.829;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=353;ExcessHet=3.0103;FS=0.828;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.98;ReadPosRankSum=0.037;SOR=0.749;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:211,139:0.40:350
chr11	114421773	rs74572030	A	G	2480.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.002;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=364;ExcessHet=3.0103;FS=1.786;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.89;ReadPosRankSum=0.198;SOR=0.800;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:222,138:0.38:360
chr11	114421789	rs113431368	A	AC	5526.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.249;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=380;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.381;HP=2;HapScore=1;MGOF=73;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=50;PP=2954;ReadPosRankSum=0.447;SC=GTGAGGGCTTACTGTGTGATC;SOR=0.723;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=187;TCF=63;TCR=124;TR=74;WE=114421807;WS=114421779;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:228,148:0.39:376
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chr11	114421817	rs73568242	G	T	5861.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.215;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=450;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.742;HP=3;HapScore=1;MGOF=79;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=70;NR=58;PP=1924;ReadPosRankSum=-1.359;SC=AAGGTGATTTGCTCCTACCTT;SOR=0.823;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=306;TCF=162;TCR=144;TR=128;WE=114421825;WS=114421807;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:256,187:0.42:443
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chr11	114422029	rs78778953	T	G	3039.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.314;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FS=3.478;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=21.11;ReadPosRankSum=0.591;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:68,76:0.53:144
chr11	114422036	rs77481744	C	T	2730.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.026;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FS=4.001;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=21.33;ReadPosRankSum=0.124;SOR=1.189;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:60,68:0.53:128
chr11	114422052	rs10790022	G	C	1285.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=4.242;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.545;HP=2;HapScore=2;MGOF=130;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=33;PP=771;ReadPosRankSum=-0.698;SC=GTGAGTCACTGTCTTCTTTCC;SOR=1.609;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=73;TCF=9;TCR=64;TR=36;WE=114422060;WS=114422042;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,43:0.50:86
chr11	114422068	rs76698432	C	T	1035.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.503;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=4.475;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.98;ReadPosRankSum=-0.948;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,29:0.48:61
chr11	114422068	.	CTA	TTC	1330	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=115;MMLQ=28;MQ=59.57;NF=1;NR=25;PP=1330;QD=53.2103028793;SC=TTTCCCTCTGCTAACTAACAA;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=58;TCF=4;TCR=54;TR=26;WE=114422078;WS=114422058;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:32,26:0.45:58
chr11	114422070	rs75429280	A	C	1050.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.155;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=4.455;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.76;ReadPosRankSum=-0.992;SOR=1.916;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,26:0.46:56
chr11	114441943	rs10891705	G	A	2672.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.705;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=303;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.425;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=37;PP=1245;ReadPosRankSum=0.782;SC=GACATTGAGGGCCCTTCGGAT;SOR=0.739;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=186;TCF=95;TCR=91;TR=78;WE=114441951;WS=114441933;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:164,131:0.44:295
chr11	114442103	rs550897	A	G	3521.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.679;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=332;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.400;HP=6;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=55;PP=1721;ReadPosRankSum=-1.410;SC=GGATAACAATATTTTTGCCAC;SOR=0.668;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=222;TCF=111;TCR=111;TR=108;WE=114442111;WS=114442093;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:158,166:0.51:324
chr11	114442265	rs481080	G	A	1045.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=2.920;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=32;PP=723;ReadPosRankSum=0.027;SC=ATATAAAGATGGAAGAGATTT;SOR=0.740;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=91;TCF=20;TCR=71;TR=41;WE=114442273;WS=114442255;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,46:0.45:102
chr11	114550334	rs1612325	A	G	1045.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=28;NR=2;PP=824;SC=GCCATGTCGTACTTATTTGAT;SOR=4.047;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=30;TCF=28;TCR=2;TR=30;WE=114550342;WS=114550324;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr11	114568942	rs11215158	T	C	4298.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.371;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=383;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.304;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.140;NF=69;NR=51;ReadPosRankSum=-1.101;SC=TTCACCCATGTGAATACCACC;SOR=0.539;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=232;TCF=141;TCR=91;TR=120;WE=114568950;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:176,204:0.54:380
chr11	114569054	rs1712838	A	G	4816.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.550;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=468;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.515;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=1.431;NF=76;NR=77;PP=2422;ReadPosRankSum=0.888;SC=ACCACTTGGGACACAGGAAGC;SOR=0.676;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=289;TCF=140;TCR=149;TR=153;WE=114569062;WS=114569044;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:227,231:0.50:458
chr11	115049180	rs17304149	C	T	102.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.041;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=7;NR=0;PP=119;ReadPosRankSum=0.230;SC=TCCTAATCAGCGGCTGCTAAG;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=13;TCR=1;TR=7;WE=115049188;WS=115049170;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,5:0.45:11
chr11	115061533	rs4936322	T	C	3083.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.339;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=316;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.899;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=42;PP=1192;ReadPosRankSum=-0.472;SC=GCAAACCAAATGGCCATTTTG;SOR=0.579;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=179;TCF=103;TCR=76;TR=93;WE=115061541;WS=115061523;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:151,154:0.50:305
chr11	115068980	rs10891806	T	C	1178.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.134;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=11;PP=655;ReadPosRankSum=-0.814;SC=CGACATCTTTTCAAACCTTAA;SOR=0.719;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=97;TCF=70;TCR=27;TR=42;WE=115068988;WS=115068970;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,56:0.46:123
chr11	115080311	.	ATGG	A	119.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.994;ClippingRankSum=0.000;DP=275;ExcessHet=3.0103;FS=9.343;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.02;MQRankSum=4.560;QD=0.53;ReadPosRankSum=0.627;SOR=0.151;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:206,20:0.09:226
chr11	115099714	rs11215432	A	G	288.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=0.319;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.846;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=5;PP=185;ReadPosRankSum=1.139;SC=TTATTTTTCTAGCAAAAATAA;SOR=0.180;SbPval=0.25;Source=Platypus;TC=29;TCF=22;TCR=7;TR=14;WE=115099722;WS=115099704;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,14:0.45:31
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chr11	115102283	rs10891813	A	C	477.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.774;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=14;PP=280;ReadPosRankSum=0.021;SC=AAGGAGAAAAACAGTAGACAT;SOR=0.861;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=42;TCF=9;TCR=33;TR=17;WE=115102291;WS=115102273;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,23:0.43:53
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chr11	116629153	rs17519079	G	A	492.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.591;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=17;PP=323;ReadPosRankSum=-0.767;SC=TCAAATATCAGGATCAAAATC;SOR=0.711;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=58;TCF=13;TCR=45;TR=21;WE=116629161;WS=116629143;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,23:0.40:58
chr11	116629734	rs35268246	TA	T,TAA	1799.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.240;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FS=1.757;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.11;ReadPosRankSum=1.039;SOR=0.520;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:28,66,84:0.37,0.47:178
chr11	116629949	rs4938310	C	T	3579.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-3.196;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=363;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.432;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=77;PP=1646;ReadPosRankSum=0.591;SC=TGACAGTAGGCTCCATGGGTA;SOR=0.882;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=221;TCF=84;TCR=137;TR=117;WE=116629957;WS=116629939;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:178,182:0.51:360
chr11	116631391	rs3741301	T	C	967.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.703;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.802;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=9;PP=456;ReadPosRankSum=1.734;SC=CTGGGACATATATAAAGCTGA;SOR=1.139;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=58;TCF=36;TCR=22;TR=28;WE=116631399;WS=116631381;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,48:0.48:99
chr11	116631690	rs3741300	G	A	719.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-0.161;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=19;PP=410;ReadPosRankSum=1.647;SC=CAAAGAATCTGTGTGACTCTG;SOR=0.632;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=51;TCF=17;TCR=34;TR=30;WE=116631698;WS=116631680;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,35:0.53:66
chr11	116631707	rs3825041	T	C	1803.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=27;PP=829;SC=TCTGATGTCCTCTAGGTGAAG;SOR=1.562;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=39;TCF=12;TCR=27;TR=39;WE=116631715;WS=116631697;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr11	116633825	rs918144	C	T	3469.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.756;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=348;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.335;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=62;PP=1803;ReadPosRankSum=1.061;SC=GAGAAGGATCCGGGGTGTCAT;SOR=0.586;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=254;TCF=131;TCR=123;TR=123;WE=116633833;WS=116633815;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:169,165:0.49:334
chr11	116640772	rs34855544	C	CA	82.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.716;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.53;ReadPosRankSum=-0.943;SOR=0.530;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,18:0.33:54
chr11	116654159	rs618923	A	G	1343.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.563;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.346;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=12;PP=545;ReadPosRankSum=-0.701;SC=GTCCCTGAACATTATTTCTAA;SOR=0.550;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=93;TCF=66;TCR=27;TR=40;WE=116654167;WS=116654149;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,69:0.47:148
chr11	116658122	rs2075294	G	T	2248.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=2.284;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=255;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=22;PP=1116;ReadPosRankSum=0.020;SC=AGATCCGACCGCCTGGACCAG;SOR=0.725;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=154;TCF=106;TCR=48;TR=70;WE=116658130;WS=116658112;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:144,107:0.43:251
chr11	116660768	rs34089864	G	A	356.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-4.182;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=0;PP=245;ReadPosRankSum=1.252;SC=CACTTTCAAGGACTGAACCAT;SOR=1.047;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=35;TCF=34;TCR=1;TR=14;WE=116660776;WS=116660758;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,16:0.39:41
chr11	116660813	rs619054	G	A	1794.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-3.361;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.997;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=14;PP=1203;ReadPosRankSum=1.032;SC=CCCAGACAAGGAGCTGGGAAT;SOR=0.484;SbPval=0.24;Source=Platypus;TC=92;TCF=76;TCR=16;TR=63;WE=116660821;WS=116660803;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,72:0.64:112
chr11	116661488	rs3135507	C	T	8034.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.822;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=821;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=129;NR=123;PP=2962;ReadPosRankSum=1.502;SC=TCCCCCACCACGCGCAACTGC;SOR=0.656;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=491;TCF=252;TCR=239;TR=252;WE=116661496;WS=116661478;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:413,403:0.49:816
chr11	116661826	rs2072560	T	C	13219.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=480;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=174;NR=136;PP=2965;SC=ACTGCTAGCCTCCATCATCTC;SOR=0.879;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=310;TCF=174;TCR=136;TR=310;WE=116661834;WS=116661816;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,479:1.00:479
chr11	116662033	rs36077557	TG	T	6485.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.170;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=500;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.464;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=2.532;NF=12;NR=91;PP=2963;ReadPosRankSum=1.441;SC=CCTTTGATTCTGGGGACTGCA;SOR=0.883;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=212;TCF=25;TCR=187;TR=103;WE=116662041;WS=116662023;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:247,234:0.49:481
chr11	116662579	rs651821	C	T	4403.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=36;NR=66;PP=1968;SC=CTTGCCATTACCTGCTCTGAG;SOR=1.066;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=102;TCF=36;TCR=66;TR=102;WE=116662587;WS=116662569;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,167:1.00:167
chr11	116692334	rs5104	C	T	5224.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-2.069;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=472;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.518;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=90;NR=82;PP=2962;ReadPosRankSum=1.260;SC=GGCCTGCGTGCTGACCTGGGT;SOR=0.637;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=316;TCF=169;TCR=147;TR=172;WE=116692342;WS=116692324;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:225,241:0.52:466
chr11	116692694	rs5100	G	A	892.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=2.437;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.113;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=29;PP=663;ReadPosRankSum=-0.303;SC=ACACGTGCTAGGACAGGTGAG;SOR=0.499;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=76;TCF=11;TCR=65;TR=35;WE=116692702;WS=116692684;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,39:0.45:86
chr11	116693213	rs5094	G	A	637.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=2.603;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.457;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=4;PP=524;ReadPosRankSum=-0.221;SC=CCAAACTTCCGGTTTACATAT;SOR=0.219;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=64;TCF=58;TCR=6;TR=29;WE=116693221;WS=116693203;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,30:0.45:67
chr11	116693464	rs5092	C	T	3178.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.212;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=321;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.346;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=61;PP=1493;ReadPosRankSum=-0.286;SC=CCCACATCACCGTGGCCACCT;SOR=0.606;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=212;TCF=78;TCR=134;TR=99;WE=116693472;WS=116693454;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:165,154:0.48:319
chr11	116701535	rs4520	T	C	3245.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=2.154;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=340;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.824;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=51;PP=1524;ReadPosRankSum=1.863;SC=TCATGCAGGGTTACATGAAGC;SOR=0.753;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=205;TCF=95;TCR=110;TR=93;WE=116701543;WS=116701525;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:179,157:0.47:336
chr11	116701669	rs2070667	G	A	544.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.728;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=7;HapScore=4;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=25;PP=1167;ReadPosRankSum=0.000;SC=ATTCCCACCCGCCCCTGCCCT;SOR=0.813;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=43;TCF=0;TCR=43;TR=25;WE=116701682;WS=116701659;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,27:0.53:51
chr11	116701674	rs2070666	T	A	325.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.784;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=4;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=30;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=18;PP=1009;ReadPosRankSum=-0.242;SC=CACCCGCCCCTGCCCTGGTGA;SOR=0.616;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=42;TCF=0;TCR=42;TR=18;WE=116701682;WS=116701659;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,23:0.48:48
chr11	116703640	rs5128	G	C	1848.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=14;NR=33;PP=1073;SC=TCCATCCTGCGAGCTCCTTGG;SOR=1.341;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=14;TCR=33;TR=47;WE=116703648;WS=116703630;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
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chr11	116718415	rs61905145	G	A	2437.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.089;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.642;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=48;PP=1257;ReadPosRankSum=0.209;SC=AAGGAGCCCAGGCAAAAGACA;SOR=0.616;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=103;TCF=33;TCR=70;TR=73;WE=116718423;WS=116718405;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,109:0.68:160
chr11	116720089	rs2289893	T	C	525.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-3.326;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=16;PP=256;ReadPosRankSum=-0.646;SC=CAAGGGACAATGGGCAAGGCT;SOR=0.627;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=34;TCF=4;TCR=30;TR=17;WE=116720097;WS=116720079;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,25:0.60:42
chr11	116728630	rs12225230	G	C	3492.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.967;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=374;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.230;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=71;NR=46;PP=1619;ReadPosRankSum=-1.180;SC=CAAAGATTCAGGGTCCCCAGG;SOR=0.768;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=242;TCF=144;TCR=98;TR=117;WE=116728638;WS=116728620;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:200,171:0.46:371
chr11	116729013	rs539858	T	C	2833.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=3.073;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=302;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.724;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=60;PP=1980;ReadPosRankSum=2.806;SC=GTTGCTGCTGTTGCTGCTGCT;SOR=0.840;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=213;TCF=104;TCR=109;TR=111;WE=116729021;WS=116729003;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:142,131:0.48:273
chr11	116729196	rs541586	T	C	1544.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=3.152;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=26;PP=937;ReadPosRankSum=0.162;SC=GGGCCTGCTGTAGTGCCGACG;SOR=0.675;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=130;TCF=66;TCR=64;TR=54;WE=116729204;WS=116729186;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:107,72:0.40:179
chr11	116732512	rs2075292	G	T	5105.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=57;NR=53;PP=2019;SC=AAGGGTACCAGGCTATCGAGA;SOR=0.693;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=110;TCF=57;TCR=53;TR=110;WE=116732520;WS=116732502;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,198:1.00:198
chr11	116734688	rs557331	G	A	413.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.309;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.021;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=12;PP=243;ReadPosRankSum=-0.067;SC=GACATCAGTCGTTTCCCTAGC;SOR=0.238;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=26;TCF=6;TCR=20;TR=17;WE=116734696;WS=116734678;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,18:0.67:27
chr11	116744447	rs1263160	T	C	787.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-1.208;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=17;PP=499;ReadPosRankSum=1.340;SC=AAGGGAGCCATGGGTCATGAC;SOR=0.641;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=50;TCF=16;TCR=34;TR=26;WE=116744455;WS=116744437;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,34:0.57:60
chr11	116766899	rs10892044	T	C	978.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.474;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=11;PP=552;ReadPosRankSum=1.805;SC=CATCACTAAATTCCTGGGATA;SOR=0.688;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=52;TCF=37;TCR=15;TR=34;WE=116766907;WS=116766889;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,46:0.59:78
chr11	116824884	rs511676	T	G	6680.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=245;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=61;NR=111;PP=2965;SC=TACAGGAAGATAAACTAATGA;SOR=1.202;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=174;TCF=63;TCR=111;TR=172;WE=116824892;WS=116824874;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,243:1.00:243
chr11	116827565	rs587703	A	G	1099.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=1.533;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.855;HP=6;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=7;PP=605;ReadPosRankSum=-0.843;SC=GAAACAAAAAAAGTCACAGAT;SOR=0.997;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=68;TCF=48;TCR=20;TR=32;WE=116827573;WS=116827555;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,48:0.55:88
chr11	116968798	rs7128071	G	A	1019.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.120;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=19;PP=617;ReadPosRankSum=-0.767;SC=CCCGGCTGGGGGGCGCGGACC;SOR=0.759;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=105;TCF=61;TCR=44;TR=47;WE=116968806;WS=116968788;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,55:0.44:124
chr11	117006414	rs470898	T	C	365.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=7;PP=162;SC=TATGTACACCTGCCCGAGGCC;SOR=1.112;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=12;TCF=5;TCR=7;TR=12;WE=117006422;WS=117006404;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr11	117007479	rs200389631	G	GTGAA	771.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=47.30;QD=45.40;SOR=1.061;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr11	117009279	rs202021046	G	A	146.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.134;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=39.51;MQRankSum=0.736;QD=11.29;ReadPosRankSum=-0.633;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,7:0.54:13
chr11	117014926	rs147062051	G	A	234.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.540;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=1.713;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.67;ReadPosRankSum=1.404;SOR=0.355;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,13:0.59:22
chr11	117015195	rs2735183	C	T	566.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=1.347;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.219;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=10;PP=309;ReadPosRankSum=-0.371;SC=GAAGGGGCTGCGAGGTGTTAT;SOR=0.561;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=38;TCF=21;TCR=17;TR=19;WE=117015203;WS=117015185;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,27:0.47:57
chr11	117015290	rs181954995	G	A	275.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-1.210;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=11;PP=236;ReadPosRankSum=-1.033;SC=GGCCTCGCGAGCGCGCGCCTT;SOR=0.892;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=24;TCF=5;TCR=19;TR=14;WE=117015298;WS=117015280;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,12:0.55:22
chr11	117030581	rs1871757	T	A	315.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-2.999;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.624;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=4;PP=135;ReadPosRankSum=0.587;SC=TGTTGAGAGTTCAAGCATGGG;SOR=0.126;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=22;TCF=17;TCR=5;TR=12;WE=117030589;WS=117030571;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,15:0.60:25
chr11	117030624	rs35139041	AT	A	487.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.776;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=11;HapScore=3;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.030;NF=6;NR=8;PP=159;ReadPosRankSum=2.072;SC=CCAGTTAATAATTTTTTTTTT;SOR=0.580;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=32;TCF=12;TCR=20;TR=14;WE=117030632;WS=117030614;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,35:0.51:68
chr11	117032125	rs3736120	G	T	283.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-3.629;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=10;PP=196;ReadPosRankSum=0.450;SC=TACTGTCATTGCTTGAGAATA;SOR=1.371;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=0;TCR=16;TR=10;WE=117032133;WS=117032115;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,11:0.65:17
chr11	117034388	rs3057863	CAAAAAA	C	1452.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.897;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FS=6.884;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.20;MQRankSum=1.213;QD=15.45;ReadPosRankSum=0.573;SOR=1.538;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:47,47:0.50:94
chr11	117034619	rs7122944	G	T	8085.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=312;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=80;NR=113;PP=2965;SC=GTATGTAGTCGTTGGTGGGTA;SOR=1.000;SbPval=0.52;Source=Platypus;TCF=81;TR=193;WE=117034627;WS=117034609;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,303:1.00:303
chr11	117034729	rs10790175	T	C	924.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=2.840;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.945;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=26;PP=658;ReadPosRankSum=1.474;SC=TATCATACTTTCGTTGACCTC;SOR=0.874;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=68;TCF=17;TCR=51;TR=34;WE=117034737;WS=117034719;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,39:0.49:80
chr11	117042238	rs10750103	C	T	431.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.293;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.597;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=6;PP=236;ReadPosRankSum=1.803;SC=GGCAACAGAGCGAGACTCTTG;SOR=0.343;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=41;TCF=30;TCR=11;TR=19;WE=117042246;WS=117042228;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,23:0.42:55
chr11	117042377	rs4936367	G	A	6185.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=246;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=78;NR=70;PP=2606;SC=CTCAGAGATAGTGAGACTAGA;SOR=0.701;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=148;TCF=78;TCR=70;TR=148;WE=117042385;WS=117042367;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,239:1.00:239
chr11	117045555	rs61905519	T	C	911.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-1.599;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=6;PP=621;ReadPosRankSum=-1.004;SC=GGTCTCAAACTCCTGACTTCA;SOR=0.897;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=63;TCF=49;TCR=14;TR=34;WE=117045563;WS=117045545;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,38:0.60:63
chr11	117052069	rs35248926	GTCTCT	G	3279.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-1.957;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.959;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=24;PP=1874;ReadPosRankSum=1.355;SC=AGGGCTCATAGTCTCTGGAGC;SOR=0.533;SbPval=0.94;Source=Platypus;TC=79;TCF=39;TCR=40;TR=36;WE=117052081;WS=117052059;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,85:0.50:169
chr11	117053165	rs7946257	A	G	1275.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=1.179;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.707;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=10;PP=696;ReadPosRankSum=-0.741;SC=ATAGGGGACTATTCCCTTCTA;SOR=0.426;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=103;TCF=79;TCR=24;TR=42;WE=117053173;WS=117053155;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,57:0.47:121
chr11	117054354	.	CA	C	37.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.394;ClippingRankSum=0.000;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.11;ReadPosRankSum=0.162;SOR=0.816;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,9:0.26:34
chr11	117059347	rs90192	C	T	2780.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=72;NR=7;PP=1963;SC=ATAATTGTTACAATTGCCTCA;SOR=3.889;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=79;TCF=72;TCR=7;TR=79;WE=117059355;WS=117059337;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr11	117059552	rs474339	G	A	5160.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.084;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=553;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.454;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=97;PP=2266;ReadPosRankSum=-0.682;SC=GGTCTGACCCGTGGGCCTGGC;SOR=0.898;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=327;TCF=137;TCR=190;TR=157;WE=117059560;WS=117059542;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:285,260:0.48:545
chr11	117062861	rs201370296	GC	G	1507.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-1.182;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.991;NF=24;NR=11;PP=1118;ReadPosRankSum=0.069;SC=GCCTTCCTGGGCCCCTCTCAG;SOR=0.772;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=84;TCF=55;TCR=29;TR=35;WE=117062869;WS=117062851;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,55:0.51:107
chr11	117064693	rs521171	C	G	2434.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.435;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=275;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.809;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=44;PP=1080;ReadPosRankSum=0.026;SC=AGCACTCACCCTCAGGCTCCT;SOR=0.972;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=158;TCF=71;TCR=87;TR=74;WE=117064701;WS=117064683;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:149,124:0.45:273
chr11	117076708	rs35186251	T	C	45.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.981;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=39.89;MQRankSum=0.431;QD=5.09;ReadPosRankSum=-0.120;SOR=0.283;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,3:0.33:9
chr11	117077034	rs28590104	A	G	2044.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.150;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.579;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-2.518;NF=23;NR=40;PP=946;ReadPosRankSum=-2.018;SC=TGTAGTAAACAGTCCAGAAGA;SOR=0.616;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=124;TCF=46;TCR=78;TR=63;WE=117077042;WS=117077024;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,97:0.57:171
chr11	117077716	rs143248550	G	A	1783.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.755;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=343;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.920;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-1.267;NF=63;NR=42;PP=1324;ReadPosRankSum=0.987;SC=TTCAGAGGGCGATGGGCTCCC;SOR=0.816;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=300;TCF=177;TCR=123;TR=105;WE=117077724;WS=117077706;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:234,109:0.32:343
chr11	117078338	rs199953984	A	T	197.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.269;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.81;MQRankSum=-8.166;QD=1.31;ReadPosRankSum=2.814;SOR=0.655;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:121,30:0.20:151
chr11	117078378	rs2269396	C	T	771.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.923;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=322;ExcessHet=3.0103;FS=1.071;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.11;MQRankSum=-4.051;QD=2.40;ReadPosRankSum=-0.277;SOR=0.779;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:255,66:0.21:321
chr11	117090558	rs74830	C	T	1459.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.942;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.674;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=33;PP=859;ReadPosRankSum=-1.873;SC=TCCCGGCTACCTGGGAGGCCC;SOR=0.598;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=93;TCF=29;TCR=64;TR=49;WE=117090566;WS=117090548;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,68:0.52:132
chr11	117095283	rs59781045	C	T	1049.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=1.047;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.260;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=13;PP=711;ReadPosRankSum=-0.459;SC=CCTGCCCCGACGTTAGGTGTT;SOR=1.314;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=85;TCF=57;TCR=28;TR=45;WE=117095291;WS=117095273;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,54:0.50:109
chr11	117095361	rs236919	C	T	2364.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.412;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.497;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=32;PP=1071;ReadPosRankSum=1.305;SC=GCAGTTCTCCCGGGACTGTAT;SOR=0.735;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=126;TCF=69;TCR=57;TR=71;WE=117095369;WS=117095351;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:101,114:0.53:215
chr11	117100594	rs500389	A	G	661.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.078;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.142;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=20;PP=432;ReadPosRankSum=0.840;SC=GAAAAAGGATATGGAAGAGAT;SOR=0.968;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=37;TCF=7;TCR=30;TR=25;WE=117100602;WS=117100584;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,30:0.55:55
chr11	117109270	rs678837	G	T	2102.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=47;NR=11;PP=1303;SC=CTAGTAGTTAGGTTGAAAGTA;SOR=2.179;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=58;TCF=47;TCR=11;TR=58;WE=117109278;WS=117109260;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr11	117110740	rs650585	C	T	266.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.627;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.218;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=9;PP=179;ReadPosRankSum=0.317;SC=AAGCTTACTACCTCACAAAGC;SOR=1.508;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=16;TCF=4;TCR=12;TR=12;WE=117110748;WS=117110730;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,12:0.71:17
chr11	117151014	.	AGTTT	A	1654.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.548;ClippingRankSum=0.000;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.607;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.399;NF=1;NR=27;PP=1152;ReadPosRankSum=-0.490;SC=ATTGTTTTGCAGTTTGTTTGT;SOR=1.191;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=85;TCF=6;TCR=79;TR=28;WE=117151025;WS=117151004;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,47:0.34:137
chr11	117152194	rs57876538	C	CT	2860.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.817;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=273;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.545;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQ=60.04;MQRankSum=0.960;NF=11;NR=55;PP=2242;ReadPosRankSum=0.627;SC=GGGAGGTAGCCTTTTGCATTG;SOR=0.803;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=132;TCF=25;TCR=107;TR=66;WE=117152202;WS=117152184;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:117,129:0.52:246
chr11	117152540	rs505045	G	T	4684.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=76;NR=44;PP=2788;SC=GTTCATTGATGTCTTCTCCAG;SOR=1.138;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=120;TCF=76;TCR=44;TR=120;WE=117152548;WS=117152530;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,165:1.00:165
chr11	117160347	rs539765	A	G	7363.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=283;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=115;NR=73;PP=2965;SC=CGGAGGCAGCACCACTGACAC;SOR=1.059;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=188;TCF=115;TCR=73;TR=188;WE=117160355;WS=117160337;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,278:1.00:278
chr11	117163765	rs490460	C	A	9192.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.479;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=360;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=113;NR=97;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.496;SC=CCTTGGTTTTCTTACCTCCTT;SOR=0.781;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=214;TCF=115;TCR=99;TR=210;WE=117163773;WS=117163755;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,353:0.99:357
chr11	117163824	rs638405	C	G	3299.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.183;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=307;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.073;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=62;PP=1884;ReadPosRankSum=-1.051;SC=GCACAATGATCACCTCATAAT;SOR=0.819;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=219;TCF=105;TCR=114;TR=112;WE=117163832;WS=117163814;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:148,157:0.51:305
chr11	117251521	rs2061293	G	C	403.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=28.84;SOR=1.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr11	117252489	rs897836	T	C	2717.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=31;NR=30;PP=1216;SC=AAGAAGAGCCTCCCCAGGGCC;SOR=0.732;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=61;TCF=31;TCR=30;TR=61;WE=117252497;WS=117252479;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr11	117266754	rs693147	A	C	3892.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.66;SOR=1.148;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,146:1.00:146
chr11	117267884	rs573455	A	G	2805.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.031;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=321;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.878;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=58;PP=1493;ReadPosRankSum=0.816;SC=TTCCTTGTGCAGCAGACACGC;SOR=0.803;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=209;TCF=90;TCR=119;TR=101;WE=117267892;WS=117267874;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:170,141:0.45:311
chr11	117282800	rs522885	G	T	25124.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=948;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=251;NR=314;PP=2965;SC=CTCTCTTCTCGTCAACACCCA;SOR=0.846;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=571;TCF=251;TCR=320;TR=565;WE=117282808;WS=117282790;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,939:1.00:939
chr11	117299015	rs2925768	T	C	1843.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=2.617;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.920;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=25;PP=1052;ReadPosRankSum=-0.549;SC=CGCGGCGCGGTCCAGGCGTGG;SOR=0.898;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=132;TCF=78;TCR=54;TR=65;WE=117299023;WS=117299005;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,85:0.50:170
chr11	117299039	rs3741283	G	C	2031.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.813;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.418;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=31;PP=890;ReadPosRankSum=-0.381;SC=CTCTTCCTGCGGGCCCTACAC;SOR=0.880;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=146;TCF=81;TCR=65;TR=73;WE=117299047;WS=117299029;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:99,102:0.51:201
chr11	117303393	rs880615	C	T	257.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.832;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.374;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=10;PP=202;ReadPosRankSum=-1.698;SC=ATTGTGATCACTGCTCACTGC;SOR=1.190;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=36;TCF=12;TCR=24;TR=14;WE=117303401;WS=117303383;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,14:0.36:39
chr11	117303858	rs11216382	T	C	686.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=2.066;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.104;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=9;PP=490;ReadPosRankSum=-0.211;SC=ACTCACCCAGTTGCTTGATGC;SOR=1.129;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=66;TCF=44;TCR=22;TR=31;WE=117303866;WS=117303848;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,35:0.37:94
chr11	117306291	rs661789	G	T	888.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=27;NR=3;PP=723;SC=TGTGAGCCAGGGAAGGGGGGG;SOR=3.912;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=30;TCF=27;TCR=3;TR=30;WE=117306299;WS=117306281;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr11	117308183	rs73592180	A	G	432.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=1.590;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.413;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=18;PP=398;ReadPosRankSum=0.131;SC=GCAGGACTGGACTGGGCTGGG;SOR=0.240;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=67;TCF=21;TCR=46;TR=26;WE=117308191;WS=117308173;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,24:0.32:75
chr11	117308795	rs2253440	G	A	2605.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.071;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=286;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.573;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=47;PP=1143;ReadPosRankSum=2.377;SC=ACTGTAGCACGAAGCCTGCGG;SOR=0.844;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=169;TCF=73;TCR=96;TR=76;WE=117308803;WS=117308785;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:153,131:0.46:284
chr11	117309581	rs61905269	G	A	5910.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=-0.013;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=539;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=83;NR=83;PP=2363;ReadPosRankSum=0.912;SC=ATCTTCCCCCGCATCCAGACC;SOR=0.705;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=285;TCF=145;TCR=140;TR=166;WE=117309589;WS=117309571;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:239,295:0.55:534
chr11	117332343	rs2298766	C	T	957.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.513;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FS=7.926;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.64;ReadPosRankSum=-0.596;SOR=1.780;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:50,40:0.44:90
chr11	117332352	rs588048	A	G	2831.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=55;PP=837;SC=CCAGTCAGTCATGGATGTGAG;SOR=3.640;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=62;TCF=7;TCR=55;TR=62;WE=117332360;WS=117332333;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr11	117335722	rs538847	T	C	2428.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=0.484;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=261;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.508;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=31;PP=994;ReadPosRankSum=0.073;SC=GATTGAAGGCTTGGACCACCA;SOR=0.595;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=132;TCF=70;TCR=62;TR=63;WE=117335730;WS=117335712;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:132,121:0.48:253
chr11	117395497	rs55642294	C	A	1868.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.007;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FS=0.643;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.89;ReadPosRankSum=0.529;SOR=0.630;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:54,91:0.63:145
chr11	117580254	rs2508559	T	C	815.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=22;NR=9;PP=588;SC=TTGCGGGGGTTGGGGGGAGTG;SOR=2.226;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=22;TCR=9;TR=31;WE=117580262;WS=117580244;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr11	117580356	rs605500	C	T	2522.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=32;NR=30;PP=1054;SC=GAGAGGGTTACAGAACCATAA;SOR=0.733;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=62;TCF=32;TCR=30;TR=62;WE=117580364;WS=117580346;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr11	117580509	rs655086	A	G	1327.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=19;PP=546;SC=GCGGCTGTGAAAAAGAATGGA;SOR=1.179;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=7;TCR=19;TR=26;WE=117580517;WS=117580499;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr11	117580585	rs604245	A	G	262.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=7;PP=186;SC=AAGACTGGCCATGAGACAGGT;SOR=1.609;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=2;TCR=7;TR=9;WE=117580593;WS=117580575;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr11	117647343	rs142431704	CT	C	67.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.479;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.94;ReadPosRankSum=2.342;SOR=0.321;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,8:0.35:23
chr11	117647364	rs13377544	T	A	356.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-3.807;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=2;PP=211;ReadPosRankSum=0.254;SC=TGGCCAAAGCTTCACCAGAAC;SOR=0.518;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=32;TCF=28;TCR=4;TR=14;WE=117647372;WS=117647354;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,15:0.45:33
chr11	117647461	rs73587457	C	G	1705.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-0.977;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.406;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=28;PP=972;ReadPosRankSum=-1.640;SC=CCAGTCCCCACAGAGGGAGCA;SOR=0.576;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=105;TCF=60;TCR=45;TR=63;WE=117647469;WS=117647451;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,79:0.60:131
chr11	117647496	rs17311045	C	T	1168.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.838;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.992;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=21;PP=654;ReadPosRankSum=-0.823;SC=AGCCCCGGGACGCTTCTTACC;SOR=0.859;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=124;TCF=64;TCR=60;TR=47;WE=117647504;WS=117647486;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:98,63:0.39:161
chr11	117668104	rs11216549	C	G	212.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=30.40;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr11	117704266	.	C	A	297.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=0.018;ClippingRankSum=0.000;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=4;PP=203;ReadPosRankSum=0.430;SC=TTGGCTTGAGCCGGCTGAGTC;SOR=0.743;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=32;TCF=24;TCR=8;TR=15;WE=117704274;WS=117704256;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,15:0.42:36
chr11	117707191	rs10790214	T	C	3376.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=32;NR=31;PP=1260;SC=TCTCCTGCTTTAGGCTCCCAA;SOR=0.708;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=63;TCF=32;TCR=31;TR=63;WE=117707199;WS=117707181;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr11	117707229	rs10892184	C	T	3109.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=27;NR=31;PP=1081;SC=TATGAGTCACCACCCCTGGCT;SOR=0.743;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=58;TCF=27;TCR=31;TR=58;WE=117707237;WS=117707219;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr11	117709028	rs516655	G	A	4966.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=56;NR=54;PP=2188;SC=AAAACACTTCGGCTGCCTCTG;SOR=0.704;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=111;TCF=57;TCR=54;TR=110;WE=117709036;WS=117709018;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,187:1.00:187
chr11	117712849	rs17596129	G	C	1029.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=3.407;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.149;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=30;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=29;PP=725;ReadPosRankSum=-0.122;SC=AATTCCAGAGGAGCAGGGCCC;SOR=1.609;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=73;TCF=22;TCR=51;TR=37;WE=117712857;WS=117712839;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,42:0.52:80
chr11	117772787	rs71041806	GCA	G	296.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-2.412;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.251;HP=1;HapScore=3;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.744;NF=4;NR=2;PP=211;ReadPosRankSum=0.000;SC=GCACACATATGCACACACACA;SOR=0.190;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=16;TCF=13;TCR=3;TR=6;WE=117772800;WS=117772784;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,13:0.72:18
chr11	117772848	rs491822	C	T	439.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=3.179;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=2;PP=249;ReadPosRankSum=-0.478;SC=GGTGGGAGTCCGATGGTGCCC;SOR=0.856;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=40;TCF=32;TCR=8;TR=15;WE=117772856;WS=117772838;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,19:0.40:47
chr11	117773110	rs494457	G	C	1195.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=7;NR=25;PP=825;SC=CAAGGAGGGAGAGCAAAGGGA;SOR=1.981;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=7;TCR=25;TR=32;WE=117773118;WS=117773100;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr11	117774291	rs2845712	A	C	5541.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.473;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=462;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.109;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=101;NR=84;PP=2899;ReadPosRankSum=2.974;SC=TCTGCCTACAACCTGGGTGCT;SOR=0.799;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=314;TCF=168;TCR=146;TR=185;WE=117774299;WS=117774281;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:195,257:0.57:452
chr11	117774394	rs59590191	A	G	3939.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.359;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=469;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=66;PP=1977;ReadPosRankSum=0.992;SC=AAATCCAGGGAAGAACTTCTG;SOR=0.641;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=283;TCF=118;TCR=165;TR=117;WE=117774402;WS=117774384;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:268,193:0.42:461
chr11	117774560	rs3809041	G	C	745.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-4.395;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.063;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=13;PP=445;ReadPosRankSum=-1.716;SC=GGATGGGACAGGTGGTCCATG;SOR=0.283;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=68;TCF=30;TCR=38;TR=28;WE=117774568;WS=117774550;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,34:0.45:76
chr11	117774829	rs3809040	G	A	1870.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=1.361;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.422;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=32;PP=723;ReadPosRankSum=-0.614;SC=TCAGTGAAGTGGGGTGGAGGA;SOR=0.983;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=108;TCF=44;TCR=64;TR=49;WE=117774837;WS=117774819;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,92:0.51:182
chr11	117776526	rs3802872	A	G	887.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=4.302;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=29;PP=617;ReadPosRankSum=-0.712;SC=AAGGAGCACAACCACTCTGGG;SOR=0.650;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=80;TCF=9;TCR=71;TR=32;WE=117776534;WS=117776516;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,37:0.42:89
chr11	117781435	rs2155194	A	G	2251.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.462;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=263;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=33;PP=846;ReadPosRankSum=0.382;SC=AACACTGGAGAGAGATATACC;SOR=0.716;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=138;TCF=70;TCR=68;TR=67;WE=117781443;WS=117781425;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:144,119:0.45:263
chr11	117782638	rs2277288	A	G	665.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-2.343;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.118;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=19;PP=413;ReadPosRankSum=-0.506;SC=CAAGTCCTCCAGCAGGCTAGA;SOR=0.430;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=57;TCF=12;TCR=45;TR=25;WE=117782646;WS=117782628;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,29:0.44:66
chr11	117784310	rs199970429	C	CTG	265.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.182;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=4;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=1;PP=325;ReadPosRankSum=-0.457;SC=CAATCTGCTCCAGACTCATAG;SOR=0.892;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=14;TCF=11;TCR=3;TR=5;WE=117784321;WS=117784300;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,8:0.42:19
chr11	117784313	rs201070052	AC	A	265.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.563;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=4;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=1;PP=352;ReadPosRankSum=-0.207;SC=TCTGCTCCAGACTCATAGGAT;SOR=0.892;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=14;TCF=10;TCR=4;TR=5;WE=117784321;WS=117784300;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,8:0.42:19
chr11	117784714	rs11216618	T	C	455.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=11;PP=306;SC=GAGAAAGCGCTTGTCCTGACA;SOR=2.049;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=3;TCR=11;TR=14;WE=117784722;WS=117784704;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr11	117789242	rs3802870	C	G	4582.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.511;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=413;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-6.612;NF=66;NR=77;PP=2058;ReadPosRankSum=-0.476;SC=AGGTTGTCACCGAGGCTGACC;SOR=0.728;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=252;TCF=118;TCR=134;TR=143;WE=117789250;WS=117789232;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:185,226:0.55:411
chr11	117789312	rs201746372	CGGGCTGGAGATGCCT	C	2208.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.203;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.122;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=8.347;NF=10;NR=32;PP=2930;ReadPosRankSum=-0.663;SC=CGGAGATGCCCGGGCTGGAGA;SOR=0.522;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=129;TCF=27;TCR=102;TR=42;WE=117789367;WS=117789302;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,63:0.43:146
chr11	117790658	rs10790220	C	G	3598.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=31;NR=66;PP=1971;SC=ATGGGGCCCCCTGGCCCTGCA;SOR=1.437;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=97;TCF=31;TCR=66;TR=97;WE=117790666;WS=117790648;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr11	117790674	rs12418028	A	G	1037.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.565;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.802;HP=2;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=25;PP=533;ReadPosRankSum=-2.449;SC=CTGCAGGGCCAGGAACACCTT;SOR=1.059;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=77;TCF=24;TCR=53;TR=34;WE=117790682;WS=117790664;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,48:0.48:100
chr11	117799923	rs7928668	T	C	4518.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.461;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=512;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.104;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=75;NR=68;PP=1799;ReadPosRankSum=1.463;SC=CAGAGGTAGCTGTCCCACCTG;SOR=0.714;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=284;TCF=141;TCR=143;TR=143;WE=117799931;WS=117799913;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:272,233:0.46:505
chr11	117800083	rs10892196	T	C	1553.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.300;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.477;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=37;PP=810;ReadPosRankSum=-1.121;SC=TCCATCTTGGTCCCTGGCTTC;SOR=1.016;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=119;TCF=40;TCR=79;TR=51;WE=117800091;WS=117800073;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:100,77:0.44:177
chr11	117863829	rs2508450	T	C	805.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-1.035;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.983;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=6;PP=450;ReadPosRankSum=0.053;SC=TTGACAAACCTGTGGCCAAGT;SOR=0.943;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=79;TCF=62;TCR=17;TR=30;WE=117863837;WS=117863819;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,38:0.40:96
chr11	117863888	rs4252307	C	G	1823.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.611;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=273;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.999;HP=6;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=26;PP=1039;ReadPosRankSum=1.145;SC=AAAGTCTCGGCGGGGACACCC;SOR=0.597;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=190;TCF=130;TCR=60;TR=73;WE=117863896;WS=117863878;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:169,100:0.37:269
chr11	117864063	rs3135932	A	G	3545.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.590;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=365;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.748;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=83;PP=2140;ReadPosRankSum=1.251;SC=CACATATGAAAGCATCTTCAG;SOR=0.794;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=250;TCF=97;TCR=153;TR=134;WE=117864071;WS=117864053;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:186,172:0.48:358
chr11	117864113	rs2228054	G	A	2112.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-1.260;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.169;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=46;PP=1067;ReadPosRankSum=-0.196;SC=GCAAGGTGCCGGGAAACTTCA;SOR=0.582;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=150;TCF=51;TCR=99;TR=70;WE=117864121;WS=117864103;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:91,100:0.52:191
chr11	117864846	rs2228055	A	G	1047.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.877;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.103;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=28;PP=622;ReadPosRankSum=-1.366;SC=AGAGGAGTGCATCTCCCTCAC;SOR=1.209;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=76;TCF=26;TCR=50;TR=39;WE=117864854;WS=117864836;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,49:0.49:100
chr11	117869670	rs2229113	A	G	3594.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.016;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=356;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.281;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=80;PP=2160;ReadPosRankSum=0.840;SC=GCTGGGAAACAGGGAGCCCCC;SOR=0.779;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=251;TCF=98;TCR=153;TR=128;WE=117869678;WS=117869660;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:184,168:0.48:352
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chr11	117965595	rs2276123	C	T	1857.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.161;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.611;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=32;PP=700;ReadPosRankSum=0.857;SC=GGCTTTCATTCGTCCACCTTA;SOR=0.910;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=110;TCF=43;TCR=67;TR=49;WE=117965603;WS=117965585;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:89,90:0.50:179
chr11	117965646	rs2276125	G	A	1144.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.455;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=24;PP=495;ReadPosRankSum=-1.244;SC=TAAGCCACTCGCGCCTGGCCC;SOR=0.752;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=74;TCF=22;TCR=52;TR=32;WE=117965654;WS=117965636;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,54:0.51:106
chr11	117973673	rs2276129	G	A	1476.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-3.628;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.522;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=13;PP=664;ReadPosRankSum=1.343;SC=GCCCAAGTCTGTGTGCTACCA;SOR=0.293;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=87;TCF=64;TCR=23;TR=45;WE=117973681;WS=117973663;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,66:0.58:113
chr11	117979744	rs10892216	C	A	2179.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=12;NR=44;PP=1357;SC=TTGGGCTTGTCGGTCAATGCC;SOR=1.981;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=56;TCF=12;TCR=44;TR=56;WE=117979752;WS=117979734;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr11	117979814	rs10892217	C	T	453.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=9;PP=311;SC=TTTCCAAGCCCCAGTTTCCCC;SOR=1.739;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=12;TCF=3;TCR=9;TR=12;WE=117979822;WS=117979804;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr11	117982495	rs1941635	T	G	12429.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-1.535;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=477;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=174;NR=134;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.648;SC=GTGGTGGGTGTGGAGGAGGCC;SOR=0.311;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=309;TCF=175;TCR=134;TR=308;WE=117982503;WS=117982485;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,466:1.00:467
chr11	117988082	rs642215	T	C	8085.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=300;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=107;NR=75;PP=2965;SC=GCATCGTTAGTTGGGGCTATG;SOR=0.937;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=183;TCF=108;TCR=75;TR=182;WE=117988090;WS=117988072;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,299:1.00:299
chr11	117988223	rs643014	G	A	5386.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=53;NR=85;PP=2896;SC=TCTACCTGGGGGGTGCCAATC;SOR=1.083;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=139;TCF=54;TCR=85;TR=138;WE=117988231;WS=117988213;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,197:1.00:197
chr11	117988539	rs671111	G	A	2235.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=32;NR=26;PP=1031;SC=AGAAAAGGAAGACTCACGTTA;SOR=0.867;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=58;TCF=32;TCR=26;TR=58;WE=117988547;WS=117988529;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr11	118011776	rs668468	G	A	457.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=9;NR=1;PP=227;SC=TGAGAGATGGGGAGGGGGTGG;SOR=2.584;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=9;TCR=1;TR=10;WE=118011784;WS=118011766;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr11	118011805	rs644287	C	T	376.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-1.576;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.756;HP=3;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=0;PP=193;ReadPosRankSum=0.524;SC=GAACAGAGAGCGGTAGGAATG;SOR=1.246;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=29;TCF=25;TCR=4;TR=12;WE=118011813;WS=118011795;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,18:0.46:39
chr11	118011860	rs12804550	G	A	936.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.493;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=9;PP=438;ReadPosRankSum=0.512;SC=GAAAGCTGGTGGGGGTAGATG;SOR=0.743;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=60;TCF=39;TCR=21;TR=30;WE=118011868;WS=118011850;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,44:0.54:81
chr11	118016039	rs955917	G	A	641.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=1.369;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=23;PP=513;ReadPosRankSum=-1.516;SC=TGGCCAGGCAGGTAGGTCTCT;SOR=0.651;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=47;TCF=7;TCR=40;TR=27;WE=118016047;WS=118016029;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,27:0.54:50
chr11	118016068	rs1793137	C	T	818.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=25;PP=633;SC=CAGTGCCAACCTCGGGAGGAT;SOR=4.407;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=27;TCF=2;TCR=25;TR=27;WE=118016076;WS=118016058;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr11	118068752	rs2298831	T	C	5203.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.778;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=509;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=74;NR=80;PP=2464;ReadPosRankSum=-0.770;SC=GTTTTTCTTTTATCTCTGGAT;SOR=0.717;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=292;TCF=143;TCR=149;TR=154;WE=118068760;WS=118068742;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:245,252:0.51:497
chr11	118074117	rs1793173	A	G	723.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=1.997;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=7;PP=446;ReadPosRankSum=0.979;SC=AGGTCCCTCAATGCTCCCCAG;SOR=0.679;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=48;TCF=36;TCR=12;TR=26;WE=118074125;WS=118074107;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,31:0.53:59
chr11	118074337	rs1793174	A	G	2561.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.749;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=262;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=49;PP=1346;ReadPosRankSum=3.151;SC=GGAGTACTCCACAGACATCCT;SOR=0.676;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=170;TCF=70;TCR=100;TR=84;WE=118074345;WS=118074327;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:132,124:0.48:256
chr11	118083664	rs1715429	A	G	4685.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-0.199;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=428;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.101;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=63;PP=1815;ReadPosRankSum=1.973;SC=TTGCTCTTAAATCTCCCACTG;SOR=0.580;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=237;TCF=109;TCR=128;TR=121;WE=118083672;WS=118083654;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:194,227:0.54:421
chr11	118100699	rs3062199	CAT	C	4606.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-1.647;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.170;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.883;NF=14;NR=43;PP=2484;ReadPosRankSum=1.359;SC=GCAAAGACCACATGTTAGGAT;SOR=0.499;SbPval=0.23;Source=Platypus;TC=100;TCF=19;TCR=81;TR=57;WE=118100708;WS=118100689;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,118:0.57:208
chr11	118107805	rs1793140	A	G	1700.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.964;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.358;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=18;PP=884;ReadPosRankSum=0.455;SC=GAATATTATGATGCACATCTG;SOR=0.573;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=102;TCF=71;TCR=31;TR=56;WE=118107813;WS=118107795;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,78:0.53:148
chr11	118108003	rs1793141	G	A	1777.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.994;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=40;PP=1004;ReadPosRankSum=-0.597;SC=TGAGAGAAAAGGTTAACTTGG;SOR=0.724;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=117;TCF=38;TCR=79;TR=58;WE=118108011;WS=118107993;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:96,85:0.47:181
chr11	118110977	rs2853006	T	C	3947.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.102;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=452;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.746;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=68;NR=58;PP=1848;ReadPosRankSum=1.184;SC=CTATAGTAAGTTTGTCAGTGA;SOR=0.678;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=254;TCF=127;TCR=127;TR=126;WE=118110985;WS=118110967;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:238,204:0.46:442
chr11	118134597	rs4936426	C	T	451.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-1.601;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.805;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=2;PP=255;ReadPosRankSum=-0.903;SC=GTGCCTGAATCACTGGCAGCT;SOR=0.277;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=29;TCF=26;TCR=3;TR=14;WE=118134605;WS=118134587;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,19:0.51:37
chr11	118134785	rs1624780	T	G	3596.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.392;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=391;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.200;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=50;PP=1528;ReadPosRankSum=1.679;SC=AGGAGGAAACTCTGAGAGAAG;SOR=0.622;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=215;TCF=116;TCR=99;TR=108;WE=118134793;WS=118134775;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:202,180:0.47:382
chr11	118186312	rs2231450	C	A	1372.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=2.093;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.734;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=34;PP=793;ReadPosRankSum=-2.570;SC=AGTCCCCCTGCGACTCCCTGT;SOR=0.615;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=98;TCF=26;TCR=72;TR=46;WE=118186320;WS=118186302;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,61:0.51:119
chr11	118209960	rs2276424	A	C	835.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.345;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=18;PP=448;ReadPosRankSum=-1.411;SC=AGGAGAAGAGAAAACGGTCAG;SOR=0.619;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=61;TCF=22;TCR=39;TR=29;WE=118209968;WS=118209950;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,41:0.41:99
chr11	118210106	rs2276423	G	C	3131.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=62;NR=23;PP=2007;SC=CATTCAGTGTGAGCCTCTCTA;SOR=1.819;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=86;TCF=63;TCR=23;TR=85;WE=118210114;WS=118210096;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr11	118210424	rs67065773	TAC	T,TACACAC	5220.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.081;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=409;ExcessHet=3.0103;FS=0.890;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.08;MQRankSum=0.641;QD=21.75;ReadPosRankSum=-1.170;SOR=0.870;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:22,141,77:0.59,0.32:240
chr11	118240361	.	CTTTTT	C	85.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.040;ClippingRankSum=0.000;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=6.781;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.90;ReadPosRankSum=0.316;SOR=0.061;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,5:0.23:22
chr11	118255662	rs370025001	TAA	T	477.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FS=6.834;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.99;MQRankSum=0.000;QD=6.64;ReadPosRankSum=1.534;SOR=0.554;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:40,32:0.44:72
chr11	118301616	rs11288713	AT	A	449.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.696;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=7.655;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.03;ReadPosRankSum=1.073;SOR=1.739;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,33:0.52:64
chr11	118308085	rs72327630	CCTCTCGGGCGT	C	3469.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.152;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.434;NF=18;NR=23;PP=2975;ReadPosRankSum=0.037;SC=GGGCAGTTTTCCTCTCGGGCG;SOR=0.678;SbPval=0.1;Source=Platypus;TC=104;TCF=61;TCR=43;TR=41;WE=118308103;WS=118308075;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:92,91:0.50:183
chr11	118308390	rs145193113	TC	T	2510.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.253;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=310;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.592;HP=9;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=2.029;NF=6;NR=59;PP=2537;ReadPosRankSum=0.308;SC=AGCAGTCTCTTCCCCCCCCCG;SOR=0.828;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=170;TCF=12;TCR=158;TR=65;WE=118308407;WS=118308380;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:156,115:0.42:271
chr11	118308397	rs9332750	C	A	3045.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-3.573;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=284;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.566;HP=8;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-2.005;NF=34;NR=82;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.065;SC=TCTTCCCCCCCCCGCCCCGTC;SOR=0.591;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=209;TCF=66;TCR=143;TR=116;WE=118308407;WS=118308380;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:119,159:0.57:278
chr11	118309873	rs34166714	CA	C	373.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.266;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FS=1.893;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.60;ReadPosRankSum=1.532;SOR=0.500;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:92,52:0.36:144
chr11	118353037	rs59281381	G	GT	175.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.095;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FS=1.052;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.85;ReadPosRankSum=0.736;SOR=0.519;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:67,28:0.29:95
chr11	118359161	rs572126	G	A	288.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=1;PP=222;SC=ATCTCCCGCAGTGTCCAATAC;SOR=3.258;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=9;TCR=1;TR=10;WE=118359169;WS=118359154;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr11	118362414	rs562780	T	C	1109.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=23;NR=8;PP=630;SC=TTCCTCTCTCTCATTCTTCAG;SOR=1.845;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=33;TCF=23;TCR=10;TR=31;WE=118362422;WS=118362404;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr11	118369265	.	TA	T	314.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.430;ClippingRankSum=0.000;DP=160;ExcessHet=3.0103;FS=12.951;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.52;ReadPosRankSum=-1.259;SOR=1.926;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:83,42:0.34:125
chr11	118402633	rs150406105	C	A	3481.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-2.534;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=356;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.818;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=71;PP=1686;ReadPosRankSum=-0.190;SC=GGTTCCAAAGCCCCCTCTCTC;SOR=0.744;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=219;TCF=87;TCR=132;TR=114;WE=118402641;WS=118402623;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:170,175:0.51:345
chr11	118404804	rs6589664	G	A	11728.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.054;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=452;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=139;NR=142;PP=2965;ReadPosRankSum=0.485;SC=TGTCCCTCCCGTCCAACCTTC;SOR=0.698;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=284;TCF=140;TCR=144;TR=281;WE=118404812;WS=118404794;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,447:0.99:451
chr11	118405343	rs512849	G	A	11996.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=467;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=133;NR=151;PP=2965;SC=ACACCCTCCCGTTCCTCCAAG;SOR=0.755;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=284;TCF=133;TCR=151;TR=284;WE=118405351;WS=118405333;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,462:1.00:462
chr11	118422385	.	CA	C	66.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.693;ClippingRankSum=0.000;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=4.831;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.67;ReadPosRankSum=0.434;SOR=1.545;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,15:0.38:40
chr11	118426062	rs77812853	C	A	935.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=2.118;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.913;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=22;PP=519;ReadPosRankSum=0.926;SC=ACAGTTTGTTCGAGGTGGCCA;SOR=1.592;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=56;TCF=18;TCR=38;TR=28;WE=118426070;WS=118426052;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,41:0.53:78
chr11	118500744	rs141647594	GTT	G,GT	664.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.905;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=11.804;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.36;MQRankSum=0.745;QD=12.09;ReadPosRankSum=0.720;SOR=0.792;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:9,28,18:0.51,0.33:55
chr11	118502172	rs35435609	C	T	2593.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.475;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=282;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.427;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=47;PP=1147;ReadPosRankSum=-1.988;SC=AGGAGTGCAGCAGCACTGAGA;SOR=0.794;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=179;TCF=83;TCR=96;TR=84;WE=118502180;WS=118502162;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:149,131:0.47:280
chr11	118502492	rs517124	C	G	921.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.413;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.248;HP=8;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=6;PP=817;ReadPosRankSum=-0.284;SC=GTGGGGGTTGCGGGGGGGCAG;SOR=1.036;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=68;TCF=55;TCR=13;TR=38;WE=118502500;WS=118502482;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,36:0.56:64
chr11	118505676	rs58507527	GT	G	4364.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=29;PP=1597;SC=GAGGCACCTGGTAGGCCCGCC;SOR=0.711;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=38;TCF=9;TCR=29;TR=36;WE=118505684;WS=118505666;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr11	118509668	rs483598	A	G	2443.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-2.571;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=276;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.442;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=33;PP=838;ReadPosRankSum=-0.177;SC=CCGTGCAGGAATCAGAACGCC;SOR=0.657;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=162;TCF=86;TCR=76;TR=70;WE=118509676;WS=118509658;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:141,128:0.48:269
chr11	118518964	rs11314049	GC	G	402.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=9;PP=420;SC=CCCCAAAACAGCACCCACCAG;SOR=3.442;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=0;TCR=10;TR=9;WE=118518972;WS=118518954;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr11	118526691	rs72999486	C	T	1928.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-2.580;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=58;PP=1328;ReadPosRankSum=-0.094;SC=TCATCCCCCTCCCTTCCCCCA;SOR=0.683;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=158;TCF=47;TCR=111;TR=83;WE=118526699;WS=118526681;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,91:0.52:176
chr11	118529017	rs6589669	T	G	1357.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=40;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=15;NR=12;PP=480;SC=GCAGGAGGCTTAGCAGGAGGC;SOR=0.808;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=15;TCR=12;TR=27;WE=118529025;WS=118529007;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr11	118529044	rs11448549	C	CG	2115.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=47;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=13;PP=654;SC=GAAGGGTGGCCCCAGGCAGTG;SOR=0.733;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=17;TCF=3;TCR=14;TR=16;WE=118529052;WS=118529034;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr11	118529069	rs6589670	G	C	1771.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.29;SOR=0.902;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr11	118529078	rs6589671	G	C	1726.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.28;SOR=0.850;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr11	118529595	rs745663	A	G	4403.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.582;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=440;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.763;HP=6;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=80;PP=2178;ReadPosRankSum=0.208;SC=GGGTGCAGGGAGGGCTTGGGC;SOR=0.543;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=282;TCF=115;TCR=167;TR=141;WE=118529603;WS=118529585;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:227,207:0.48:434
chr11	118622744	rs6589689	G	A	2977.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=3.091;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=-0.139;NF=35;NR=45;PP=1457;ReadPosRankSum=0.598;SC=CACAAAGAGAGGAGCATTCCC;SOR=0.856;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=82;TCF=36;TCR=46;TR=80;WE=118622752;WS=118622734;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,117:0.98:119
chr11	118625609	rs580079	C	T	2193.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=11;NR=46;PP=1299;SC=AAAAAACATGCGTTTAAAAAT;SOR=2.155;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=57;TCF=11;TCR=46;TR=57;WE=118625617;WS=118625599;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr11	118626286	rs11217014	T	C	772.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=1.525;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.233;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=19;PP=502;ReadPosRankSum=-0.938;SC=CACATATTTCTAGCATAACCT;SOR=1.071;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=50;TCF=19;TCR=31;TR=30;WE=118626294;WS=118626276;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,35:0.57:61
chr11	118627149	rs11217016	A	C	325.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=2.027;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.092;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=8;PP=173;ReadPosRankSum=2.159;SC=GTGATCCATGATATTAAGCTG;SOR=1.371;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=14;TCF=2;TCR=12;TR=9;WE=118627157;WS=118627139;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,13:0.62:21
chr11	118629364	rs73001486	G	A	1543.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.774;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.162;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=14;PP=645;ReadPosRankSum=-0.513;SC=ATGAGCCACCGTGCCAAGCCA;SOR=0.977;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=92;TCF=57;TCR=35;TR=44;WE=118629372;WS=118629354;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,74:0.56:133
chr11	118651809	rs555649	T	C	3253.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.343;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=324;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=56;PP=1333;ReadPosRankSum=-1.864;SC=TTATTCTACTTGTATTTTACA;SOR=0.690;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=198;TCF=92;TCR=106;TR=105;WE=118651817;WS=118651799;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:158,164:0.51:322
chr11	118757056	rs5795149	GA	G	739.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.043;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FS=2.433;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.74;ReadPosRankSum=0.093;SOR=0.490;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:79,77:0.49:156
chr11	118757191	rs1790192	G	A	4538.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.03;SOR=1.402;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr11	118757201	rs3176908	C	G	4263.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.41;SOR=1.514;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr11	118757219	rs1623316	C	G	727.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-1.139;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=42;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=21;PP=436;ReadPosRankSum=-0.324;SC=TAATTCTCATCAATGAAAGGT;SOR=0.729;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=62;TCF=19;TCR=43;TR=31;WE=118757227;WS=118757209;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,36:0.49:74
chr11	118768466	.	CT	C	66.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.621;ClippingRankSum=0.000;DP=130;ExcessHet=3.0103;FS=3.401;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.53;ReadPosRankSum=-0.390;SOR=0.371;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:103,24:0.19:127
chr11	118769032	rs11217081	G	A	602.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=0.059;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=16;PP=454;ReadPosRankSum=-2.523;SC=ACCCCACCCCGCGACCCAGGC;SOR=0.671;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=42;TCF=14;TCR=28;TR=24;WE=118769040;WS=118769022;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,40:0.62:64
chr11	118769442	rs7104819	A	G	2204.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.257;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.153;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=38;PP=1220;ReadPosRankSum=-0.909;SC=ACATCTGTCCAGGGTGGCACA;SOR=0.449;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=152;TCF=87;TCR=65;TR=81;WE=118769450;WS=118769432;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:89,105:0.54:194
chr11	118770321	rs11217083	A	G	133.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.366;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=4;PP=55;ReadPosRankSum=-0.690;SC=GCCAGAGGTCAAAGTCTTCAC;SOR=1.270;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=13;TCF=5;TCR=8;TR=6;WE=118770329;WS=118770311;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,7:0.50:14
chr11	118781601	rs11376918	C	CA	17597.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=573;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=37;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQ=60.08;NF=43;NR=168;PP=2971;SC=GACAGGGAGACAAGACACGCA;SOR=0.838;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=218;TCF=43;TCR=175;TR=211;WE=118781609;WS=118781591;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,543:1.00:543
chr11	118781638	rs11376919	C	CG	15746.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=386;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=54;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=25;NR=150;PP=2974;SC=AGAGGCGCGCCGAGGCCAGGG;SOR=1.002;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=175;TCF=25;TCR=150;TR=175;WE=118781646;WS=118781628;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,368:1.00:368
chr11	118781655	rs11376920	C	CG	14039.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=319;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=57;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=23;NR=139;PP=2971;SC=AGGGAAGCGCCGCCGGAGCGG;SOR=1.026;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=167;TCF=25;TCR=142;TR=162;WE=118781663;WS=118781645;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,316:1.00:316
chr11	118842745	rs36158515	A	AG	5601.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.339;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FS=3.192;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.11;MQRankSum=0.163;QD=32.76;ReadPosRankSum=-1.115;SOR=0.375;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,170:0.99:171
chr11	118842780	.	A	AG	2932.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=49;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=115;PP=2957;SC=CCCGGGGCAGACGGCTCCCCA;SOR=1.209;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=117;TCF=1;TCR=116;TR=116;WE=118842788;WS=118842769;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr11	118868842	rs58467585	A	AG	799.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=15;NR=5;PP=834;SC=CCGAGGGGTCAGGGTCAGAGG;SOR=2.215;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=15;TCR=5;TR=20;WE=118868850;WS=118868832;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr11	118884009	.	ATT	A	68.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.619;ClippingRankSum=0.000;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=15.566;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.64;ReadPosRankSum=-1.677;SOR=0.010;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,6:0.23:26
chr11	118885668	.	TA	T	81.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.360;ClippingRankSum=0.000;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.04;ReadPosRankSum=0.117;SOR=0.619;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,14:0.35:40
chr11	118889114	rs10892321	A	G	9958.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=361;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=79;NR=156;PP=2965;SC=TCCGGGGCAAAAGGCGGAGCC;SOR=1.217;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=238;TCF=82;TCR=156;TR=235;WE=118889122;WS=118889104;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,359:1.00:359
chr11	118898435	rs56966114	AC	A	15172.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=437;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=34;NR=153;PP=2972;SC=AGACAACCACACCACAGTGCC;SOR=0.809;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=189;TCF=35;TCR=154;TR=187;WE=118898443;WS=118898425;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,434:1.00:434
chr11	118915755	rs13929	G	C	1001.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.010;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=10;PP=532;ReadPosRankSum=-0.251;SC=AAAGGAGCTGGATGGGGAATG;SOR=0.650;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=86;TCF=62;TCR=24;TR=35;WE=118915765;WS=118915745;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,49:0.42:117
chr11	118915757	rs11363127	TG	T	4463.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQ=60.09;NF=34;NR=24;PP=2469;SC=AGGAGCTGGATGGGGAATGGG;SOR=1.510;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=65;TCF=36;TCR=29;TR=58;WE=118915765;WS=118915745;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr11	118915944	rs1043314	A	G	1216.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.604;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.574;HP=4;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=30;PP=704;ReadPosRankSum=-0.062;SC=GAAACTCCCCAGCAACCTGAT;SOR=0.970;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=75;TCF=24;TCR=51;TR=42;WE=118915952;WS=118915934;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,57:0.53:108
chr11	118917587	rs45510602	C	T	252.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-3.644;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.231;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=10;PP=147;ReadPosRankSum=-1.404;SC=GATGGAATCACACCCCCAACC;SOR=1.609;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=25;TCF=4;TCR=21;TR=11;WE=118917595;WS=118917577;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,12:0.46:26
chr11	118919132	rs2276060	G	A	1869.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.117;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=30;PP=956;ReadPosRankSum=-0.132;SC=CAGAGGCAAGGCCCACAGAGC;SOR=0.700;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=135;TCF=72;TCR=63;TR=65;WE=118919140;WS=118919122;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:97,91:0.48:188
chr11	118919206	rs568922	T	C	6524.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=244;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=104;NR=82;PP=2965;SC=CAAATATGAATGCTTCCAAGC;SOR=0.899;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=186;TCF=104;TCR=82;TR=186;WE=118919214;WS=118919196;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,243:1.00:243
chr11	118920112	rs670192	A	G	3442.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=39;NR=49;PP=1733;SC=CCTTGGGAGCACCAGTCAAGA;SOR=0.856;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=88;TCF=39;TCR=49;TR=88;WE=118920120;WS=118920102;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chr11	118920453	rs673768	T	C	12900.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.738;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=490;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=149;NR=161;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.262;SC=CACACAAGTATATTCTCTCCC;SOR=0.727;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=312;TCF=150;TCR=162;TR=310;WE=118920461;WS=118920443;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,484:1.00:486
chr11	118922200	rs1804690	G	A	2654.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.477;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=266;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.461;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=32;PP=1511;ReadPosRankSum=1.515;SC=TGATGTGGAAGTTGAAATCAT;SOR=0.734;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=174;TCF=113;TCR=61;TR=90;WE=118922208;WS=118922190;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:136,124:0.48:260
chr11	118925341	rs538478	G	A	1577.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-2.436;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.608;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=26;PP=598;ReadPosRankSum=1.568;SC=GCTCGGCCTGGTTGAAGAAGA;SOR=0.764;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=91;TCF=43;TCR=48;TR=48;WE=118925349;WS=118925331;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,80:0.54:147
chr11	118926720	rs470679	A	C	3214.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=58;NR=41;PP=2129;SC=CCCAAGCTCAATTCCCATCAT;SOR=0.984;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=99;TCF=58;TCR=41;TR=99;WE=118926728;WS=118926710;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr11	118927013	rs57740718	T	TC	7060.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=19;NR=79;PP=2977;SC=AGCCTACTTCTCCCTTCTCCC;SOR=0.896;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=104;TCF=19;TCR=85;TR=98;WE=118927021;WS=118927003;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,214:1.00:214
chr11	118938880	rs584115	A	G	531.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.025;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=1.764;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.31;ReadPosRankSum=0.416;SOR=0.385;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,23:0.49:47
chr11	118938880	.	ATC	GTT	302	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=1;NR=16;PP=302;QD=20.9098749919;SC=AAGGAAGTCCATCTCCTAACT;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=40;TCF=3;TCR=37;TR=17;WE=118938890;WS=118938870;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:23,17:0.43:40
chr11	118938882	rs670526	C	T	1693.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=35;PP=389;SC=GGAAGTCCATCTCCTAACTTG;SOR=3.912;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=39;TCF=3;TCR=36;TR=38;WE=118938890;WS=118938870;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr11	118939939	rs5795166	T	TC	3662.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=36;NR=20;PP=2387;SC=CTTGCCACGTTCCTACAGCTT;SOR=1.544;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=58;TCF=38;TCR=20;TR=56;WE=118939947;WS=118939929;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr11	118940957	rs1784302	C	G	3670.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.943;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=343;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.811;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=36;PP=1433;ReadPosRankSum=-0.366;SC=TCACAGATGGCAGTGTTACAT;SOR=0.600;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=188;TCF=116;TCR=72;TR=89;WE=118940965;WS=118940947;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:159,173:0.52:332
chr11	118942638	rs1614264	A	C	447.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.431;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.231;HP=1;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=11;PP=247;ReadPosRankSum=0.000;SC=ATGCCTGGATACTGCCAATCT;SOR=0.223;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=26;TCF=4;TCR=22;TR=14;WE=118942646;WS=118942628;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,14:0.54:26
chr11	118944675	rs3825061	C	T	617.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-1.148;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=17;PP=403;ReadPosRankSum=-0.526;SC=AGTCTGGAGGCACTTTGGGAT;SOR=0.558;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=43;TCF=8;TCR=35;TR=21;WE=118944683;WS=118944665;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,27:0.54:50
chr11	118947634	rs540261	C	T	3089.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.374;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=411;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.369;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=41;PP=1276;ReadPosRankSum=-0.608;SC=AGCCATCCTACGTGATCCGCA;SOR=0.669;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=263;TCF=151;TCR=112;TR=96;WE=118947642;WS=118947624;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:233,163:0.41:396
chr11	118949083	rs1177563	G	A	883.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-1.419;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.685;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=23;PP=579;ReadPosRankSum=-0.604;SC=AAGACAGTTCGTGCCGTCTCC;SOR=0.195;SbPval=0.26;Source=Platypus;TC=56;TCF=12;TCR=44;TR=32;WE=118949091;WS=118949073;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,38:0.58:66
chr11	118949331	rs1177562	C	T	1769.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.549;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.536;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=25;PP=1148;ReadPosRankSum=0.575;SC=GTCGCTTCTGCGACGTCTTTG;SOR=0.741;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=125;TCF=80;TCR=45;TR=66;WE=118949339;WS=118949321;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:108,86:0.44:194
chr11	118949799	rs1168568	G	A	9755.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=1.054;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=904;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=165;NR=145;PP=2962;ReadPosRankSum=-2.076;SC=AGTGCCACACGTGGTTGATTG;SOR=0.684;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=574;TCF=308;TCR=266;TR=310;WE=118949807;WS=118949789;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:412,473:0.53:885
chr11	118952173	rs15818	A	G	5520.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.826;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=521;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=81;NR=79;PP=2447;ReadPosRankSum=0.570;SC=CTGCAGCTCAAGTGCTCCAAT;SOR=0.724;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=303;TCF=153;TCR=150;TR=160;WE=118952181;WS=118952163;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:250,264:0.51:514
chr11	118952371	rs4614	A	G	979.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.572;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.824;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=27;PP=678;ReadPosRankSum=-0.252;SC=GTGGAGGACCAAGAGAACAGA;SOR=0.924;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=72;TCF=19;TCR=53;TR=37;WE=118952379;WS=118952361;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,44:0.47:94
chr11	118955679	rs589925	C	T	7210.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.61;BaseQRankSum=0.681;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=736;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.524;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=111;NR=81;PP=2942;ReadPosRankSum=-0.052;SC=GGCCGGAGCCCCCGGCTTCCC;SOR=0.616;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=422;TCF=252;TCR=170;TR=192;WE=118955687;WS=118955666;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:374,353:0.49:727
chr11	118958869	rs1006195	G	T	760.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-0.365;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.070;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=10;PP=488;ReadPosRankSum=0.283;SC=AGGTTCTGAAGTTCCTTTCTT;SOR=0.970;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=53;TCF=37;TCR=16;TR=33;WE=118958877;WS=118958859;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,36:0.52:69
chr11	118959331	rs17075	G	A	1616.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.372;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.715;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=20;PP=848;ReadPosRankSum=0.600;SC=ACTAATCCAAGTCTCTACCCG;SOR=0.947;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=113;TCF=71;TCR=42;TR=58;WE=118959339;WS=118959321;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:91,81:0.47:172
chr11	118959732	rs549893	C	T	757.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=2.680;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.315;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=6;PP=413;ReadPosRankSum=0.375;SC=CGTAGCACAGCGCTAGGCTCA;SOR=1.505;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=47;TCF=32;TCR=15;TR=26;WE=118959740;WS=118959722;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,34:0.54:63
chr11	118968279	rs145206990	C	T	1712.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.490;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.574;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=36;PP=1018;ReadPosRankSum=-0.750;SC=GGGAAGATAGCTTCATGTGAC;SOR=0.914;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=121;TCF=55;TCR=66;TR=62;WE=118968287;WS=118968269;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:102,82:0.45:184
chr11	118970875	rs10892330	T	C	182.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.927;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.724;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=0;PP=139;ReadPosRankSum=-1.735;SC=ATAATTACTATGCATATTGCT;SOR=2.494;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=28;TCF=24;TCR=4;TR=9;WE=118970883;WS=118970865;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,9:0.33:27
chr11	118973112	rs3825060	AA	GC	6070.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.554;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=376;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.754;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=51;PP=2944;ReadPosRankSum=0.942;SC=TCCCGGAAACAAAGCTACGAT;SOR=0.848;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=209;TCF=95;TCR=114;TR=90;WE=118973121;WS=118973102;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:213,161:0.43:374
chr11	118973133	rs10790282	G	A	2676.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.184;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=304;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.887;HP=1;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=51;PP=1324;ReadPosRankSum=-0.513;SC=TTGGAAGGATGGTGTAAATTC;SOR=0.761;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=187;TCF=73;TCR=114;TR=82;WE=118973141;WS=118973123;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:168,134:0.44:302
chr11	118978411	rs7940073	G	C	275.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.192;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.617;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=1;PP=152;ReadPosRankSum=-1.721;SC=GGGGCAGCGGGTGAGCCCCAG;SOR=1.549;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=19;TCF=15;TCR=4;TR=9;WE=118978419;WS=118978401;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,13:0.46:28
chr11	118981025	rs617948	A	G	1037.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=2.410;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.114;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=32;PP=734;ReadPosRankSum=0.545;SC=GGATCTAAGGATTGGTTTCAG;SOR=1.144;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=96;TCF=23;TCR=73;TR=40;WE=118981033;WS=118981015;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,46:0.42:110
chr11	118983681	rs682795	C	T	304.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-2.032;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=12;PP=233;ReadPosRankSum=1.248;SC=TTAATTCCAACTCCCCCTGTT;SOR=0.787;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=33;TCF=6;TCR=27;TR=14;WE=118983689;WS=118983671;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,16:0.46:35
chr11	118984287	rs4938630	A	C	1188.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-3.949;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.642;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.917;NF=26;NR=12;PP=614;ReadPosRankSum=0.484;SC=CTCTGAAGCAACTCCCAGCTC;SOR=0.334;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=56;TCF=39;TCR=17;TR=38;WE=118984295;WS=118984277;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,53:0.70:76
chr11	118986630	rs608444	G	A	621.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-4.741;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.424;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=5;PP=394;ReadPosRankSum=-0.942;SC=GAGGAAGCCTGGCTTCTGGGC;SOR=0.298;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=39;TCF=33;TCR=6;TR=24;WE=118986638;WS=118986629;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,27:0.61:44
chr11	118986659	rs608793	C	T	1114.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.203;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=10;PP=693;ReadPosRankSum=0.561;SC=TGATCCTGTCCACATCCTCTT;SOR=0.719;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=70;TCF=54;TCR=16;TR=41;WE=118986667;WS=118986649;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,47:0.57:82
chr11	118997869	rs547345	C	T	838.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.387;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.808;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=19;PP=476;ReadPosRankSum=0.095;SC=GGGAGGAGCTCAAGGAAAGGT;SOR=0.853;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=56;TCF=19;TCR=37;TR=28;WE=118997877;WS=118997859;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,41:0.46:90
chr11	119003322	rs662069	C	A	7132.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.730;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=778;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.522;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=126;NR=101;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.704;SC=TCCTGCCCTCCAAGGTTCCAC;SOR=0.648;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=486;TCF=274;TCR=212;TR=227;WE=119003330;WS=119003312;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:418,354:0.46:772
chr11	119004009	rs672189	G	T	1551.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.976;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=36;PP=843;ReadPosRankSum=1.904;SC=CCTTAATTTGGGTCGGGCGCG;SOR=0.682;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=98;TCF=30;TCR=68;TR=52;WE=119004017;WS=119003999;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,74:0.48:154
chr11	119004026	rs537153	C	T	1175.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.279;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.859;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.084;NF=9;NR=30;PP=717;ReadPosRankSum=0.179;SC=CGCGGTGGCTCACGCCTGTAA;SOR=1.109;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=72;TCF=21;TCR=51;TR=39;WE=119004034;WS=119004016;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,52:0.53:98
chr11	119004686	rs658922	T	A	585.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=1.570;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=7;PP=393;ReadPosRankSum=-2.795;SC=GTCACTTGGATTCCAGGACTT;SOR=0.602;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=57;TCF=42;TCR=15;TR=25;WE=119004694;WS=119004676;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,27:0.45:60
chr11	119005088	rs512703	C	T	15487.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=594;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=147;NR=229;PP=2965;SC=AGCAAGAGATCGTCTACTATG;SOR=1.049;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=379;TCF=149;TCR=230;TR=376;WE=119005096;WS=119005078;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,579:1.00:579
chr11	119005132	rs100803	C	T	3500.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-2.464;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=329;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.358;HP=3;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=81;PP=1964;ReadPosRankSum=1.261;SC=CCTCCCCCAGCCCCTGAGCCA;SOR=0.802;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=244;TCF=84;TCR=160;TR=120;WE=119005140;WS=119005122;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:163,163:0.50:326
chr11	119028813	rs626776	C	G	1517.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=43;NR=3;PP=1321;SC=CTTAATGGTACAAGATTCTCT;SOR=4.317;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=46;TCF=43;TCR=3;TR=46;WE=119028821;WS=119028809;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr11	119031841	rs11383101	G	GC	4666.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=66;PP=2936;SC=CTGTACCCCAGCCCTGCAGCA;SOR=1.147;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=72;TCF=5;TCR=67;TR=71;WE=119031849;WS=119031831;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,141:1.00:141
chr11	119043500	rs644252	T	G	1330.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.712;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.369;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=15;PP=702;ReadPosRankSum=-1.492;SC=TGTGGGGCCTTTATCTCAGGA;SOR=0.478;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=94;TCF=66;TCR=28;TR=46;WE=119043508;WS=119043490;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,63:0.48:131
chr11	119043656	rs643423	C	T	3978.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-4.144;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=333;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.621;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=54;PP=1438;ReadPosRankSum=0.651;SC=CGCTCCCCCACCCGGGAGGCA;SOR=0.525;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=191;TCF=86;TCR=105;TR=105;WE=119043664;WS=119043646;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:137,194:0.59:331
chr11	119052826	rs4245191	C	A	3302.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.373;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=282;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=40;PP=1426;ReadPosRankSum=-0.464;SC=CCGCTGACGGCGGCAGGTGTT;SOR=0.676;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=165;TCF=91;TCR=74;TR=89;WE=119052834;WS=119052816;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:126,154:0.55:280
chr11	119054488	rs10790286	C	T	4345.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.776;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=460;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.222;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=85;NR=73;PP=2392;ReadPosRankSum=0.860;SC=GAGCCTCTGACTGTGTCACCA;SOR=0.516;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=334;TCF=192;TCR=142;TR=158;WE=119054496;WS=119054478;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:241,211:0.47:452
chr11	119059404	rs1815811	G	A	4045.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.102;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=345;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.315;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=69;NR=36;PP=1777;ReadPosRankSum=2.204;SC=GCCTCGCCCCGGGGCAGCAGC;SOR=0.610;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=201;TCF=132;TCR=69;TR=105;WE=119059412;WS=119059394;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:152,188:0.55:340
chr11	119060963	rs45535039	T	C	1705.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.916;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.006;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=11;PP=857;ReadPosRankSum=0.410;SC=CACAGCTCTATTGAGTTCTAC;SOR=0.964;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=115;TCF=81;TCR=34;TR=50;WE=119060971;WS=119060953;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,79:0.50:157
chr11	119064394	rs11217175	C	T	6057.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.434;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=614;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.524;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=114;NR=75;PP=2877;ReadPosRankSum=1.749;SC=CTCCTTGTTTCCCTTCCTTGC;SOR=0.747;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=372;TCF=222;TCR=150;TR=189;WE=119064402;WS=119064384;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:311,297:0.49:608
chr11	119065484	rs60630529	A	AC	9397.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=289;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=116;NR=77;PP=2936;SC=CTCACTGCCCACCCTCTCTCA;SOR=1.093;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=200;TCF=119;TCR=81;TR=193;WE=119065492;WS=119065473;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,275:1.00:275
chr11	119065709	rs10750139	G	C	4340.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.733;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=400;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.221;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=90;PP=1989;ReadPosRankSum=-1.026;SC=CTGCACCTGCGGTGGCAAGTG;SOR=0.621;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=279;TCF=99;TCR=180;TR=144;WE=119065717;WS=119065699;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:184,209:0.53:393
chr11	119145463	.	G	GT	40.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.219;ClippingRankSum=0.000;DP=160;ExcessHet=3.0103;FS=4.370;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.26;ReadPosRankSum=1.545;SOR=0.362;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:131,24:0.15:155
chr11	119145705	rs3842642	G	GT	3364.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.390;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=263;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.496;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQ=60.08;MQRankSum=1.344;NF=3;NR=72;PP=2885;ReadPosRankSum=-0.880;SC=TCTGAATTTCGTTATCTTGAG;SOR=0.755;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=139;TCF=6;TCR=133;TR=75;WE=119145713;WS=119145695;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:116,130:0.53:246
chr11	119146659	rs2511854	G	C	479.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=1.295;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=5;PP=267;ReadPosRankSum=-0.032;SC=GCCTTCCACCGTAATACCAGC;SOR=0.627;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=33;TCF=23;TCR=10;TR=17;WE=119146667;WS=119146649;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,22:0.52:42
chr11	119148573	rs2510152	G	T	4463.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.165;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=432;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.109;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=80;PP=2251;ReadPosRankSum=1.337;SC=TGTTTCACATGATAACCATAT;SOR=0.570;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=269;TCF=112;TCR=157;TR=142;WE=119148581;WS=119148563;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:214,214:0.50:428
chr11	119155618	rs2298650	G	T	441.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.043;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.880;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=3;PP=311;ReadPosRankSum=-0.599;SC=AGCTTTAGGAGAGTTGAAAGA;SOR=1.371;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=41;TCF=32;TCR=9;TR=19;WE=119155626;WS=119155608;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,21:0.42:50
chr11	119181170	rs2249466	T	C	7550.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.826;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=293;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=78;NR=90;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.554;SC=GAGACGGGGGTAGCGTGCTGG;SOR=0.269;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=169;TCF=78;TCR=91;TR=168;WE=119181178;WS=119181160;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,285:1.00:286
chr11	119181674	rs2510146	G	C	23732.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=904;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=241;NR=270;PP=2965;SC=ACCATCGTTGGCCCAGCCAGT;SOR=0.756;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=511;TCF=241;TCR=270;TR=511;WE=119181682;WS=119181664;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,889:1.00:889
chr11	119184106	.	AT	A	130.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.949;ClippingRankSum=0.000;DP=118;ExcessHet=3.0103;FS=8.573;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.56;ReadPosRankSum=-0.734;SOR=0.606;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:56,28:0.33:84
chr11	119185133	rs6589731	C	T	2345.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=42;NR=17;PP=1296;SC=CCCAAAGCACCGAGATTACAG;SOR=1.501;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=60;TCF=43;TCR=17;TR=59;WE=119185141;WS=119185123;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr11	119185347	rs6589732	G	A	7103.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.188;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=736;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=106;NR=105;PP=2962;ReadPosRankSum=0.139;SC=CCATCTCAGCGGCTGCGCACC;SOR=0.673;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=430;TCF=218;TCR=212;TR=211;WE=119185355;WS=119185337;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:379,353:0.48:732
chr11	119185748	rs35929108	G	A	2688.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.498;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=248;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.174;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=45;PP=1362;ReadPosRankSum=0.514;SC=TCTCCTTGTGGACCTAATGGG;SOR=0.838;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=150;TCF=68;TCR=82;TR=79;WE=119185756;WS=119185738;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:113,126:0.53:239
chr11	119187879	.	C	G	128	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;FR=0.5000;HP=11;HapScore=2;MGOF=23;MMLQ=23;MQ=58.62;NF=0;NR=13;PP=128;QD=12.5208625036;SC=GTCAGGGGGGCGGGGGAGGGG;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=48;TCF=11;TCR=37;TR=13;WE=119187887;WS=119187869;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:35,13:0.27:48
chr11	119205735	rs12797083	T	C	647.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=2.435;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.815;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=2;PP=430;ReadPosRankSum=-0.326;SC=TCATTTTCCTTCCAAATTAAT;SOR=1.390;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=41;TCF=34;TCR=7;TR=20;WE=119205743;WS=119205725;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,26:0.50:52
chr11	119205830	rs12795576	A	G	2741.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.431;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=244;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.582;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=26;PP=1301;ReadPosRankSum=0.814;SC=CCATAGCCCTATCATGGAGGC;SOR=0.803;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=161;TCF=106;TCR=55;TR=84;WE=119205838;WS=119205820;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:115,128:0.53:243
chr11	119206375	rs2511841	G	A	12293.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=450;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=165;NR=161;PP=2965;SC=GGAGGATGACGGACGTAGTGG;SOR=0.716;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=333;TCF=172;TCR=161;TR=326;WE=119206383;WS=119206365;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,441:1.00:441
chr11	119207928	rs6649	C	T	1931.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=2.097;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=278;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.455;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=33;PP=934;ReadPosRankSum=-0.244;SC=TCACTAGGGTCCAAATACAGA;SOR=0.649;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=160;TCF=74;TCR=86;TR=63;WE=119207936;WS=119207918;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:173,101:0.37:274
chr11	119210583	rs1135258	G	T	221.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.990;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=9;PP=166;ReadPosRankSum=-2.479;SC=GGGCGGCAGGGTGAGAGTAGC;SOR=0.602;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=19;TCF=2;TCR=17;TR=10;WE=119210591;WS=119210573;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,10:0.48:21
chr11	119213303	rs11217241	C	T	3003.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.002;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=310;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.972;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=68;NR=45;PP=1609;ReadPosRankSum=1.088;SC=GCAGGCTTCTCACCTGGGGGT;SOR=0.569;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=214;TCF=136;TCR=78;TR=113;WE=119213311;WS=119213293;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:149,147:0.50:296
chr11	119214771	rs948413	A	G	753.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=0.494;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.546;HP=6;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=18;PP=451;ReadPosRankSum=-0.413;SC=GGCTGGGGGGATGGGGTGGTG;SOR=0.119;SbPval=0.11;Source=Platypus;TC=50;TCF=8;TCR=42;TR=25;WE=119214779;WS=119214761;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,32:0.52:61
chr11	119215165	rs10790289	C	T	4400.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=49;NR=68;PP=2260;SC=ATAGGGCTGGCGGTGATTACA;SOR=0.995;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=117;TCF=49;TCR=68;TR=117;WE=119215173;WS=119215155;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,164:1.00:164
chr11	119215253	rs2509388	G	C	2790.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.30;SOR=0.724;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr11	119215256	rs10892350	C	T	2822.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.11;SOR=0.756;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr11	119216231	rs2510143	A	G	7274.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.214;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=287;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=117;NR=85;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.046;SC=GCTGTATTGCATGGTCTGTGG;SOR=0.521;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=205;TCF=119;TCR=86;TR=202;WE=119216239;WS=119216221;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,278:0.99:281
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chr11	119217311	rs883245	G	A	339.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.472;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=10;PP=181;ReadPosRankSum=1.923;SC=CTCCCTGTCAGAGGGGCAGCC;SOR=0.874;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=25;TCF=5;TCR=20;TR=12;WE=119217319;WS=119217301;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,16:0.53:30
chr11	119227844	rs11217253	G	C	4294.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=115;NR=20;PP=2965;SC=TGGAGGAGTGGGGGGAGAGTG;SOR=3.474;SbPval=0.95;Source=Platypus;TC=153;TCF=117;TCR=36;TR=135;WE=119227852;WS=119227834;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,143:1.00:143
chr11	119229374	rs7937208	T	C	5489.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=95;NR=37;PP=2965;SC=TGTTGAACACTAGGCAGAAAC;SOR=1.491;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=132;TCF=95;TCR=37;TR=132;WE=119229382;WS=119229364;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,195:1.00:195
chr11	119229758	rs45533837	T	C	4950.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=2.091;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=454;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=74;NR=63;PP=2475;ReadPosRankSum=0.331;SC=GTTCTCAGGGTTGGACTTAGG;SOR=0.698;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=269;TCF=145;TCR=124;TR=137;WE=119229766;WS=119229748;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:218,227:0.51:445
chr11	119229964	rs2241646	G	A	8003.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=306;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=67;NR=126;PP=2965;SC=AGCGCGGTGCGTATCTCTGGA;SOR=1.190;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=193;TCF=67;TCR=126;TR=193;WE=119229972;WS=119229954;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,297:1.00:297
chr11	119231137	.	C	CT	103.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.284;ClippingRankSum=0.000;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=1.421;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.96;ReadPosRankSum=0.679;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,12:0.34:35
chr11	119243670	rs33929148	C	T	2689.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=4.384;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=318;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.774;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=49;PP=1810;ReadPosRankSum=-1.116;SC=CTTGCGCGTCCGGGCCAGCAT;SOR=0.805;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=253;TCF=129;TCR=124;TR=106;WE=119243678;WS=119243660;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:191,123:0.39:314
chr11	119244095	rs587985	C	T	7354.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=282;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=87;NR=79;PP=2965;SC=CATAGGAGGACGGGGTGTAGG;SOR=0.752;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=166;TCF=87;TCR=79;TR=166;WE=119244103;WS=119244085;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,278:1.00:278
chr11	119252151	rs565296	C	T	18229.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=0.734;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=680;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=190;NR=168;PP=2965;ReadPosRankSum=1.546;SC=CCCCGAATCCCCCCTCCCGGA;SOR=0.773;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=361;TCF=191;TCR=170;TR=358;WE=119252159;WS=119252141;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,678:1.00:680
chr11	119252199	rs670906	T	G	16589.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.766;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=614;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=172;NR=186;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.517;SC=CTTCTTGGAGTATGGACGAGT;SOR=0.726;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=360;TCF=173;TCR=187;TR=358;WE=119252207;WS=119252189;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,612:1.00:614
chr11	119290034	rs1054735	G	C	6644.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.383;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=258;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=1.976;HP=5;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=89;NR=61;PP=2579;ReadPosRankSum=-1.150;SC=TGAGGGATTGGGGGGAGGGGG;SOR=0.342;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=154;TCF=92;TCR=62;TR=150;WE=119290042;WS=119290024;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,253:0.98:257
chr11	119291480	rs3138091	G	A	5782.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=79;NR=49;PP=2329;SC=CCCTCTCTTTGTCACCTGCGC;SOR=1.002;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=128;TCF=79;TCR=49;TR=128;WE=119291488;WS=119291470;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,220:1.00:220
chr11	119291688	rs3751026	A	G	2976.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=28;NR=55;PP=1711;SC=CACACTTACCACCAGGGCTGG;SOR=1.308;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=83;TCF=28;TCR=55;TR=83;WE=119291696;WS=119291678;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr11	119509625	rs1022080	C	T	1819.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=16;NR=37;PP=1075;SC=AGAGCAGGCCCGGGAGCTCTG;SOR=1.508;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=53;TCF=16;TCR=37;TR=53;WE=119509633;WS=119509615;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr11	119510644	rs7940667	A	C	11378.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.691;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=435;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=134;NR=132;PP=2965;ReadPosRankSum=0.190;SC=GAGCACAGCAACTAGGATGAG;SOR=0.702;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=268;TCF=135;TCR=133;TR=266;WE=119510652;WS=119510634;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,430:1.00:432
chr11	119535677	rs137909701	C	CCCT	2747.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.707;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.230;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=37;PP=1852;ReadPosRankSum=2.236;SC=CCCTCCACCGCCCTCCTCCTC;SOR=0.514;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=112;TCF=25;TCR=87;TR=48;WE=119535694;WS=119535667;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,78:0.53:146
chr11	119545224	rs113705862	T	TG	1138.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.189;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.468;HP=10;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=1.225;NF=18;NR=17;PP=625;ReadPosRankSum=0.015;SC=TTACAGATGGTGGGGGGGGCC;SOR=0.864;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=92;TCF=47;TCR=45;TR=35;WE=119545232;WS=119545214;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,56:0.40:140
chr11	119548052	rs10892429	G	A	658.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=0.107;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.200;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=19;PP=377;ReadPosRankSum=0.759;SC=AGAGGGAAGTGTGGGTGGGAG;SOR=1.069;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=65;TCF=17;TCR=48;TR=25;WE=119548060;WS=119548042;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,31:0.44:70
chr11	119584506	rs4245205	T	C	1001.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=20;NR=4;PP=512;SC=GGGCAGCTCCTATCTCTCCTG;SOR=1.863;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=20;TCR=4;TR=24;WE=119584514;WS=119584496;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr11	119879425	rs648374	T	C	1197.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.179;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.473;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=14;PP=493;ReadPosRankSum=-2.265;SC=TTCTCCGAGATTGCGAGTGCC;SOR=0.863;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=68;TCF=39;TCR=29;TR=36;WE=119879433;WS=119879415;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,60:0.51:117
chr11	119984202	rs506127	A	G	119.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-1.386;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.999;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=1;PP=58;ReadPosRankSum=-1.488;SC=CATGCCCTGCAGATCCCAATA;SOR=1.214;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=20;TCF=16;TCR=4;TR=7;WE=119984210;WS=119984192;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,8:0.33:24
chr11	119984535	rs519672	G	C	400.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=2.810;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=14;PP=318;ReadPosRankSum=1.014;SC=CTTTGAGGAAGATTGGGTCAA;SOR=0.941;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=26;TCF=1;TCR=25;TR=15;WE=119984543;WS=119984525;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,15:0.56:27
chr11	119986167	rs503559	T	C	4333.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-1.433;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=399;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.750;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=65;PP=1939;ReadPosRankSum=-0.589;SC=GCGCTGGTGGTCAGGGGTGCC;SOR=0.651;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=250;TCF=127;TCR=123;TR=131;WE=119986175;WS=119986157;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:186,212:0.53:398
chr11	119987576	rs488222	C	T	404.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.318;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=5;PP=266;ReadPosRankSum=1.569;SC=GAGAAGGGACCGGCACACCCT;SOR=0.542;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=31;TCF=23;TCR=8;TR=18;WE=119987584;WS=119987566;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,18:0.58:31
chr11	119989107	rs10466595	C	G	1235.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.556;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.677;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=29;PP=660;ReadPosRankSum=-0.416;SC=ACAGCCAGGTCTATGACTCTC;SOR=0.800;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=82;TCF=32;TCR=50;TR=46;WE=119989115;WS=119989097;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,61:0.50:123
chr11	119989123	rs10466596	G	T	1106.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-2.149;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.776;HP=3;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=26;PP=567;ReadPosRankSum=0.905;SC=CTCTCTAGCCGCTGGCCACAA;SOR=0.847;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=70;TCF=23;TCR=47;TR=37;WE=119989131;WS=119989113;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,51:0.51:100
chr11	119992839	.	A	AGTGTGT	1166.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.540;ClippingRankSum=0.000;DP=188;ExcessHet=3.0103;FS=8.518;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.06;MQRankSum=0.000;QD=12.15;ReadPosRankSum=-0.136;SOR=1.911;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:54,42:0.44:96
chr11	119993897	rs66674912	CCT	C	13349.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.196;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=751;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.518;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=2.747;NF=46;NR=102;PP=2964;ReadPosRankSum=-0.862;SC=GTTTCCCCAACCTCTCAGAGA;SOR=0.744;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=302;TCF=90;TCR=212;TR=148;WE=119993906;WS=119993887;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:377,353:0.48:730
chr11	119999191	rs569044	A	G	809.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=1.644;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.782;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=11;PP=421;ReadPosRankSum=-1.174;SC=TCCTTTTGCAATGACAGCTCC;SOR=0.821;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=75;TCF=47;TCR=28;TR=30;WE=119999199;WS=119999181;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,40:0.40:99
chr11	120007889	rs470645	G	T	2373.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-1.643;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.218;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=21;PP=1388;ReadPosRankSum=-0.452;SC=GAGGGGTGGGGTGAGAGAGGA;SOR=0.842;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=171;TCF=123;TCR=48;TR=84;WE=120007897;WS=120007879;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:92,105:0.53:197
chr11	120040442	rs2444240	T	G	896.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=0.991;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=8;PP=524;ReadPosRankSum=0.263;SC=GGCAAAGGCTTGCGGGATGCG;SOR=0.681;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=73;TCF=55;TCR=18;TR=33;WE=120040450;WS=120040432;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,41:0.48:86
chr11	120041444	rs4936509	C	T	1549.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-5.280;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.471;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=29;PP=564;ReadPosRankSum=-1.206;SC=ATCTGTCTCACAGAGTGGCTG;SOR=0.302;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=78;TCF=21;TCR=57;TR=41;WE=120041452;WS=120041434;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,75:0.61:122
chr11	120097498	rs873059	T	C	11388.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.971;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=433;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=164;NR=100;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.010;SC=TGAAGCCAGGTAGGAGTGACT;SOR=0.593;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=268;TCF=166;TCR=102;TR=264;WE=120097506;WS=120097488;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,421:0.99:424
chr11	120099658	rs2508489	A	G	11543.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.61;BaseQRankSum=0.686;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=264;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=69;NR=71;PP=2965;ReadPosRankSum=2.720;SC=GTGGGGGACCACGGGAAGCCC;SOR=0.724;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=140;TCF=69;TCR=71;TR=140;WE=120099666;WS=120099648;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,260:0.99:262
chr11	120099679	rs2508490	G	A	12412.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.62;DB;DP=305;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=87;NR=75;PP=2965;SC=TGCGTCTGCCGCTATGGCCTG;SOR=0.754;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=163;TCF=87;TCR=76;TR=162;WE=120099687;WS=120099669;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,301:1.00:301
chr11	120107411	rs882856	G	A	3536.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=44;NR=38;PP=1721;SC=GCTAAAGGAGGAAGGGGTAAA;SOR=0.804;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=82;TCF=44;TCR=38;TR=82;WE=120107419;WS=120107401;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr11	120198093	rs1893261	G	A	1941.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=37;NR=11;PP=993;SC=AAATGACCCAGTGCTGTTTTC;SOR=1.897;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=48;TCF=37;TCR=11;TR=48;WE=120198101;WS=120198083;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr11	120276903	rs61900795	T	C	3218.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=31;NR=48;PP=1576;SC=ATTTTAATTATAAGCATCCCT;SOR=1.071;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=80;TCF=32;TCR=48;TR=79;WE=120276911;WS=120276893;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr11	120278359	rs6589812	T	C	1013.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=24;NR=3;PP=713;SC=TTCCTGGTTTTTCTTGTAAGA;SOR=2.833;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=27;TCF=24;TCR=3;TR=27;WE=120278367;WS=120278349;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr11	120278688	rs7937612	T	C	705.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=11;PP=332;SC=TTGCATTTAGTAGGAATGCAA;SOR=1.609;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=4;TCR=11;TR=15;WE=120278696;WS=120278678;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr11	120292570	rs532006	T	A	2001.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=17;NR=34;PP=1096;SC=AGGTAAGGAATAGGCTATTAT;SOR=1.308;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=51;TCF=17;TCR=34;TR=51;WE=120292578;WS=120292560;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr11	120300327	rs11217865	A	C	3936.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.851;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=66;PP=2581;ReadPosRankSum=0.081;SC=ATTGTAACCAATGCCATTAGT;SOR=0.370;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=113;TCF=46;TCR=67;TR=111;WE=120300335;WS=120300317;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,136:0.99:137
chr11	120310959	rs7108596	G	A	7634.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-1.492;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=286;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=134;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.321;SC=CTAAAAAATAGATTGTTACTT;SOR=0.584;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=194;TCF=58;TCR=136;TR=192;WE=120310967;WS=120310949;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,279:1.00:280
chr11	120310978	rs9666435	A	C	5077.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.118;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=102;PP=2965;ReadPosRankSum=0.567;SC=TTTCTGCAATATCTGATTTGT;SOR=0.551;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=132;TCF=28;TCR=104;TR=130;WE=120310986;WS=120310968;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,173:0.99:175
chr11	120312746	rs723937	G	A	2593.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=53;NR=19;PP=1827;SC=CTACTCAATGGTGACCTAGCA;SOR=1.809;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=72;TCF=53;TCR=19;TR=72;WE=120312754;WS=120312736;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr11	120319064	rs2305008	A	C	5589.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=-1.777;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=72;PP=2366;ReadPosRankSum=-0.749;SC=CAAGGTAAGAATGAAATAATG;SOR=0.325;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=125;TCF=51;TCR=74;TR=123;WE=120319072;WS=120319054;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,213:1.00:214
chr11	120328858	rs766894	T	C	13142.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-1.323;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=516;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=156;NR=121;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.190;SC=TAGAGACAGATCCACCCAACT;SOR=0.281;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=279;TCF=158;TCR=121;TR=277;WE=120328866;WS=120328848;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,505:0.99:509
chr11	120330149	rs2305010	G	C	637.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=16;PP=483;SC=GAGAATGTAAGATAAATAAAG;SOR=3.716;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=18;TCF=2;TCR=16;TR=18;WE=120330157;WS=120330139;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr11	120331292	rs57250811	TA	T	290.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.760;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.9968;FS=6.308;HP=13;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=2;PP=196;ReadPosRankSum=0.478;SC=ATCGTCTTTATAAAAAAAAAA;SOR=2.636;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=24;TCF=19;TCR=5;TR=17;WE=120331300;WS=120331282;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,21:0.78:27
chr11	120347886	rs111312404	T	TTGTTG	3280.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=31;NR=17;PP=2649;SC=GATATTTCTTTTTTCTTTTTT;SOR=2.139;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=50;TCF=32;TCR=18;TR=48;WE=120347894;WS=120347876;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr11	120348128	.	G	GTT	49.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.793;ClippingRankSum=0.000;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.14;MQRankSum=1.283;QD=1.13;ReadPosRankSum=-1.451;SOR=0.752;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,14:0.32:44
chr11	120349142	rs7120040	A	G	2495.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=22;NR=54;PP=1758;SC=ACTAAGTATGACACTCATGTG;SOR=1.995;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=76;TCF=22;TCR=54;TR=76;WE=120349150;WS=120349132;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr11	120355791	rs9625	G	T	1662.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=16;NR=24;PP=821;SC=AGTTAGAGCCGCATGTCCTGG;SOR=0.976;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=40;TCF=16;TCR=24;TR=40;WE=120355799;WS=120355781;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr11	120385841	rs2243746	T	C	2124.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=22;NR=42;PP=1061;SC=CCCCCTCCCCTGGCCACCCAG;SOR=1.310;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=64;TCF=22;TCR=42;TR=64;WE=120385849;WS=120385831;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr11	120530973	rs6589829	C	T	7839.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.731;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=301;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=87;NR=79;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.860;SC=CCCCCTCTCTCGCAGAGTTAT;SOR=0.763;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=166;TCF=87;TCR=79;TR=166;WE=120530981;WS=120530963;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,296:0.99:298
chr11	120690372	rs56326825	T	C	1351.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.154;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.618;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=13;PP=761;ReadPosRankSum=1.163;SC=ATAAAAGAACTCACCCTCCAC;SOR=1.093;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=83;TCF=55;TCR=28;TR=46;WE=120690380;WS=120690362;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,62:0.54:114
chr11	120707383	rs10892628	G	A	626.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-4.354;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.569;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=1;PP=401;ReadPosRankSum=-0.454;SC=GTTCTGTTCTGCCTGGTGCCA;SOR=0.385;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=53;TCF=48;TCR=5;TR=23;WE=120707391;WS=120707373;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,27:0.47:57
chr11	120707644	rs3934628	C	T	1472.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.206;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.615;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=34;PP=759;ReadPosRankSum=1.052;SC=CAGGGGATGACGAGTACAGGA;SOR=0.632;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=110;TCF=34;TCR=76;TR=50;WE=120707652;WS=120707634;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,72:0.45:159
chr11	120732508	rs3824978	C	T	879.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.681;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.367;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=8;PP=530;ReadPosRankSum=-0.644;SC=TGTTAACTCCCAGAAAAACTG;SOR=0.443;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=47;TCF=37;TCR=10;TR=32;WE=120732516;WS=120732498;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,36:0.68:53
chr11	120776001	rs2156634	G	A	6952.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=273;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=91;NR=63;PP=2965;SC=TGCTGCAGGAGAACCCATATT;SOR=0.962;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=155;TCF=92;TCR=63;TR=154;WE=120776009;WS=120775991;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,266:1.00:266
chr11	120823528	rs10750178	A	G	7090.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.989;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=272;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=109;NR=68;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.826;SC=TTGACTGAATATGTGCGGTGA;SOR=1.058;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=179;TCF=110;TCR=69;TR=177;WE=120823536;WS=120823518;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,266:0.99:270
chr11	120823608	rs2298725	G	A	4314.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-2.161;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=438;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.521;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=69;NR=59;PP=1760;ReadPosRankSum=0.840;SC=CATTTTCTCCGGGCGTCTGGC;SOR=0.749;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=268;TCF=139;TCR=129;TR=128;WE=120823616;WS=120823598;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:215,219:0.50:434
chr11	120823721	rs2298724	A	G	1374.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.390;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.09;ReadPosRankSum=-0.825;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:62,62:0.50:124
chr11	120827609	rs644057	A	G	2602.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.660;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=349;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.844;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQ=59.97;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=49;PP=1223;ReadPosRankSum=0.935;SC=TCATGCAGCAAGGCTCCACCA;SOR=0.744;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=202;TCF=80;TCR=122;TR=79;WE=120827617;WS=120827599;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:204,133:0.39:337
chr11	120837821	rs2276319	G	A	4443.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.954;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=82;NR=41;PP=2540;ReadPosRankSum=-1.061;SC=GGGTGGCCAGGAGGTGTGCCG;SOR=1.339;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=125;TCF=83;TCR=42;TR=123;WE=120837829;WS=120837811;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,164:0.99:166
chr11	120856998	rs371012924	CGGGCGGGGCGGGAG	C	2015.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=2.208;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=22.833;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=18;PP=2971;ReadPosRankSum=-0.812;SC=GCGCAGAGGCCGGGCGGGGCG;SOR=0.448;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=53;TCF=6;TCR=47;TR=19;WE=120857019;WS=120856988;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,61:0.44:138
chr11	120929197	rs3758891	G	A	6594.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=1.926;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=259;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=97;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.895;SC=TGTCCTGATCGTTTTGCTTTA;SOR=1.051;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=159;TCF=62;TCR=97;TR=159;WE=120929205;WS=120929187;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,251:0.99:253
chr11	120930947	rs12225989	C	A	1392.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=29;PP=771;SC=AAGAGCAAACCTATTTTATCT;SOR=3.306;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=32;TCF=3;TCR=29;TR=32;WE=120930955;WS=120930937;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr11	121032978	rs526433	G	A	10352.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=396;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=113;NR=113;PP=2965;SC=GGCTGCTACAGCCACAAGAAG;SOR=0.740;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=226;TCF=113;TCR=113;TR=226;WE=121032986;WS=121032968;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,393:1.00:393
chr11	121175278	rs10712296	CT	C	740.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=1.623;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.011;HP=10;HapScore=3;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=38;PP=501;ReadPosRankSum=-1.073;SC=CAAGTCTGCCCTTTTTTTTTT;SOR=1.786;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=71;TCF=2;TCR=69;TR=38;WE=121175286;WS=121175268;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,47:0.57:83
chr11	121178302	rs1061332	A	C	327.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=11;PP=304;SC=AAAAAATAATATCCATACAGT;SOR=4.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=0;TCR=11;TR=11;WE=121178310;WS=121178292;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr11	121348741	rs10549687	CA	C	201.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.687;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=2.036;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.76;ReadPosRankSum=-0.606;SOR=0.248;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,19:0.73:26
chr11	121360884	rs560573	T	A	4679.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-2.258;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=476;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=85;PP=2021;ReadPosRankSum=-0.745;SC=TAGCTCCTTCTTGGTGGACAA;SOR=0.716;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=277;TCF=109;TCR=168;TR=144;WE=121360892;WS=121360874;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:239,233:0.49:472
chr11	121361015	rs2298525	G	A	734.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=3.597;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.900;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=22;PP=520;ReadPosRankSum=1.111;SC=GAGAAAGTAAGGTATTTATGA;SOR=1.387;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=44;TCF=4;TCR=40;TR=24;WE=121361023;WS=121361005;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,27:0.55:49
chr11	121367557	rs199875238	CT	C	393.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.285;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FS=1.274;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.92;ReadPosRankSum=0.531;SOR=1.079;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:42,38:0.47:80
chr11	121393212	rs630813	C	G	3046.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=61;NR=17;PP=1847;SC=CAGCTGCACTCCCCTCACACA;SOR=1.819;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=78;TCF=61;TCR=17;TR=78;WE=121393234;WS=121393202;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr11	121393226	rs12285364	C	T	1264.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.250;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.574;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=11;PP=647;ReadPosRankSum=1.976;SC=TCACACAGGCCGCAGGGTTTA;SOR=0.538;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=91;TCF=69;TCR=22;TR=42;WE=121393234;WS=121393202;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,58:0.48:120
chr11	121393450	rs12285564	G	A	3319.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.208;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=321;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.344;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=67;PP=1679;ReadPosRankSum=-0.302;SC=GGGTTCAGCTGTCTGGTGATG;SOR=0.798;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=203;TCF=86;TCR=117;TR=116;WE=121393458;WS=121393440;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:152,163:0.52:315
chr11	121393684	rs2298813	G	A	861.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.062;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=17;PP=425;ReadPosRankSum=0.812;SC=CAGTGCTGGAGCCAGGTGGCG;SOR=0.691;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=73;TCF=32;TCR=41;TR=30;WE=121393692;WS=121393674;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,44:0.40:110
chr11	121403229	rs636588	T	C	10408.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=396;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=108;NR=121;PP=2965;SC=TCATCACGGCTATTGCCCAGG;SOR=0.778;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=229;TCF=108;TCR=121;TR=229;WE=121403237;WS=121403219;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,390:1.00:390
chr11	121403345	rs631232	T	C	3257.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=31;NR=70;PP=2264;SC=TATCTCTCTATAGCACTATGT;SOR=1.449;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=103;TCF=31;TCR=72;TR=101;WE=121403353;WS=121403335;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr11	121414476	rs2276346	G	T	114.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-0.495;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.108;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=4;PP=30;ReadPosRankSum=0.147;SC=ATGGATATGCGTGGACTTCCT;SOR=0.023;SbPval=0.26;Source=Platypus;TC=17;TCF=1;TCR=16;TR=5;WE=121414484;WS=121414466;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,7:0.37:19
chr11	121416187	rs11218325	A	C	286.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-2.382;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=11;PP=176;ReadPosRankSum=-1.722;SC=TTATTCACTCAGCAGTGTTGG;SOR=0.446;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=22;TCF=4;TCR=18;TR=14;WE=121416195;WS=121416177;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,14:0.64:22
chr11	121425851	rs77361418	C	T	946.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=0.810;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.843;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=8;PP=576;ReadPosRankSum=-2.912;SC=GGCAGGGGGTCGTTTGAACAG;SOR=0.833;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=79;TCF=57;TCR=22;TR=33;WE=121425859;WS=121425841;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,43:0.47:91
chr11	121437819	rs1699107	C	G	5908.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=57;NR=86;PP=2834;SC=CTGTGTCAAACAAGGTACTTC;SOR=1.008;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=145;TCF=58;TCR=87;TR=143;WE=121437827;WS=121437809;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,223:1.00:223
chr11	121445084	rs1792126	T	C	2660.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=24;NR=47;PP=1569;SC=TAAGGGGACATCACATCCTGA;SOR=1.329;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=71;TCF=24;TCR=47;TR=71;WE=121445092;WS=121445074;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr11	121447807	rs1790212	A	G	2874.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=27;NR=60;PP=1861;SC=ACCCATTTGCAGCACACTGAC;SOR=1.755;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=87;TCF=27;TCR=60;TR=87;WE=121447815;WS=121447797;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr11	121448090	rs2070045	T	G	4596.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=0.667;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=518;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.518;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=67;NR=70;PP=1980;ReadPosRankSum=0.561;SC=GGGACTGGTCTGATGAAGCCA;SOR=0.632;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=284;TCF=147;TCR=137;TR=137;WE=121448098;WS=121448080;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:273,240:0.47:513
chr11	121448183	rs3824966	C	G	2394.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.638;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=256;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.361;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=52;PP=1304;ReadPosRankSum=1.644;SC=TTTAAACGATCGGAAAATCTA;SOR=0.957;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=177;TCF=67;TCR=110;TR=78;WE=121448191;WS=121448173;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:132,115:0.47:247
chr11	121460664	rs1625828	G	A	3365.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=73;NR=24;PP=2141;SC=CTGGAACTTGGGTCTGGAGGA;SOR=2.001;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=98;TCF=74;TCR=24;TR=97;WE=121460672;WS=121460654;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr11	121475798	rs1784929	T	A	2589.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=35;NR=22;PP=1217;SC=ACTTTGTTTGTCTTTTTCTCC;SOR=1.085;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=57;TCF=35;TCR=22;TR=57;WE=121475806;WS=121475788;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr11	121483401	rs1010159	C	T	4657.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=69;NR=41;PP=2194;SC=TTAGTGTGCCCCATGACTAGC;SOR=1.106;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=111;TCF=69;TCR=42;TR=110;WE=121483409;WS=121483391;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,170:1.00:170
chr11	121483651	rs1010158	G	A	507.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=15;PP=415;SC=GGTATTCTCTGGAAGCTGTTC;SOR=4.174;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=16;TCF=1;TCR=15;TR=16;WE=121483659;WS=121483641;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr11	121489416	rs1784933	G	A	1842.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=50;NR=8;PP=1416;SC=CTTAAATTGGGGATTTCAAGG;SOR=3.150;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=58;TCF=50;TCR=8;TR=58;WE=121489424;WS=121489406;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr11	121491782	rs1792120	G	A	6647.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=258;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=97;NR=59;PP=2962;SC=GTTGTATGCAGTTGCAGTCAA;SOR=1.069;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=156;TCF=97;TCR=59;TR=156;WE=121491790;WS=121491772;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,253:1.00:253
chr11	121493001	rs1614735	T	G	3818.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.16;SOR=0.807;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,146:1.00:146
chr11	121493072	rs11454566	T	TA	1124.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.570;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=30;PP=661;ReadPosRankSum=1.982;SC=ATAGATAGTGTAAAAAAAAAG;SOR=0.593;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=39;TCF=3;TCR=36;TR=33;WE=121493080;WS=121493062;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:7,54:0.89:61
chr11	122022927	rs543412	C	T	1484.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.111;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.543;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=21;PP=597;ReadPosRankSum=0.545;SC=GCCCCAGGTCCGTGAGATTGC;SOR=0.636;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=119;TCF=67;TCR=52;TR=48;WE=122022935;WS=122022917;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:108,79:0.42:187
chr11	122165766	rs532540	G	A	3341.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=31;NR=51;PP=1645;SC=ATGACAGTATGGACAGCCTCA;SOR=1.151;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=84;TCF=32;TCR=52;TR=82;WE=122165774;WS=122165756;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr11	122172113	rs558962	T	C	1390.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=28;NR=15;PP=719;SC=CCAGCCTGGGTGACAGAGAGA;SOR=1.565;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=45;TCF=28;TCR=17;TR=43;WE=122172121;WS=122172103;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr11	122172318	rs615683	C	T	3135.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.96;SOR=2.400;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr11	122172321	rs693194	T	C	3023.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.81;SOR=2.448;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr11	122646967	rs12790613	G	A	2397.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.460;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=308;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.486;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=30;PP=897;ReadPosRankSum=0.451;SC=AAGTGTTCAGGCAGCATGTGA;SOR=0.750;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=160;TCF=83;TCR=77;TR=68;WE=122646975;WS=122646957;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:178,128:0.42:306
chr11	122650172	rs4935813	C	G	2110.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=49;NR=10;PP=1438;SC=CTCCCCTTGTCTCTGAGTGAA;SOR=2.670;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=59;TCF=49;TCR=10;TR=59;WE=122650180;WS=122650162;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr11	122680599	rs1540108	C	T	2219.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.922;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=321;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.416;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=40;PP=903;ReadPosRankSum=1.194;SC=GAATAAACCACACCAGTGAAC;SOR=0.658;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=204;TCF=94;TCR=110;TR=74;WE=122680607;WS=122680589;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:191,125:0.40:316
chr11	122709073	rs113585316	TG	T	729.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.663;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.276;HP=4;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=5;PP=629;ReadPosRankSum=0.780;SC=GTCCCCAAAATGTTCCACCAG;SOR=0.412;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=40;TCF=31;TCR=9;TR=18;WE=122709081;WS=122709063;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,25:0.43:58
chr11	122709178	rs3134425	T	C	6458.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=245;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=101;NR=70;PP=2965;SC=TCTCCCCCTTTAAAAGAAACT;SOR=0.955;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=171;TCF=101;TCR=70;TR=171;WE=122709186;WS=122709168;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,238:1.00:238
chr11	122724926	rs56074101	G	C	334.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=1.278;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.9989;FS=6.597;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=9;PP=224;ReadPosRankSum=-0.398;SC=CTCTTTTCCAGACAAGTTATT;SOR=2.833;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=11;TCF=2;TCR=9;TR=10;WE=122724934;WS=122724916;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,13:0.76:17
chr11	122738062	rs57365669	CAA	C	753.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.147;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.26;MQRankSum=0.463;QD=20.94;ReadPosRankSum=-0.764;SOR=1.230;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:5,31:0.86:36
chr11	122738261	rs2272094	A	G	1444.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=0.306;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.145;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=28;PP=828;ReadPosRankSum=2.255;SC=ATATGGAAGAAAGGTCAGTGG;SOR=0.457;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=102;TCF=43;TCR=59;TR=51;WE=122738269;WS=122738251;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,67:0.50:133
chr11	122738896	.	A	ATGTGTGTG	178.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.812;ClippingRankSum=-0.000;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.67;MQRankSum=0.812;QD=19.86;ReadPosRankSum=-0.732;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,6:0.67:9
chr11	122742154	rs56148911	C	A	601.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=1.528;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.962;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=18;PP=349;ReadPosRankSum=3.132;SC=CGCAGTGTCACCTCAGTGGAC;SOR=1.385;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=63;TCF=24;TCR=39;TR=25;WE=122742162;WS=122742144;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,32:0.39:83
chr11	122775227	rs3107630	T	C	666.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=16;PP=437;SC=TGTCTAGATATCGCTTCCTTT;SOR=3.258;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=18;TCF=2;TCR=16;TR=18;WE=122775235;WS=122775217;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr11	122795781	rs75347095	C	T	428.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=2.728;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=11;PP=279;ReadPosRankSum=1.060;SC=AAGTAATGATCGTGACTGAGT;SOR=1.085;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=19;TCF=4;TCR=15;TR=14;WE=122795789;WS=122795771;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,17:0.71:24
chr11	122805910	rs4502006	C	A	899.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.798;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.275;HP=4;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=21;PP=491;ReadPosRankSum=-0.134;SC=GTTCACCTAACAACTTCCTTA;SOR=0.385;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=54;TCF=14;TCR=40;TR=30;WE=122805918;WS=122805900;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,40:0.60:67
chr11	122828264	rs374289526	CTT	C	70	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=17.50;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr11	122830214	rs7107502	G	A	4798.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=32;NR=102;PP=2892;SC=GAAAAGAAACGCCAACCACCT;SOR=1.840;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=134;TCF=32;TCR=102;TR=134;WE=122830222;WS=122830204;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,173:1.00:173
chr11	122830274	rs1057704	T	C	1488.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=48;PP=1107;SC=CTGCCGTCCATGTTTGCTTTC;SOR=5.136;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=49;TCF=1;TCR=48;TR=49;WE=122830282;WS=122830264;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr11	122849816	rs7939002	G	A	2199.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=57;NR=14;PP=1448;SC=CCGGCCAGGTGTAGGTAATTT;SOR=2.570;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=72;TCF=57;TCR=15;TR=71;WE=122849824;WS=122849806;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr11	122928934	rs71057327	G	GAA	981.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.235;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FS=0.880;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.26;MQRankSum=2.108;QD=6.42;ReadPosRankSum=-0.161;SOR=0.678;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:77,76:0.50:153
chr11	122929624	rs1461496	A	G	2384.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=3.052;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=250;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.980;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=43;PP=1359;ReadPosRankSum=0.113;SC=TGGTCGCTCAAACATCCAAGG;SOR=0.766;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=168;TCF=73;TCR=95;TR=74;WE=122929632;WS=122929614;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:136,110:0.45:246
chr11	123065683	rs2302605	C	T	1962.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-2.964;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=31;PP=753;ReadPosRankSum=0.325;SC=CCCCGCTCAGCTGCTGCTTGG;SOR=0.695;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=114;TCF=48;TCR=66;TR=53;WE=123065691;WS=123065673;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,97:0.54:181
chr11	123154834	.	CTCCTTCCTTCCT	C	337.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;ClippingRankSum=0.000;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=3.424;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=28.14;SOR=0.728;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,10:0.83:12
chr11	123396844	rs17740690	C	T	1884.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.574;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=34;PP=891;ReadPosRankSum=0.738;SC=AGTGGATTATCGTGACTGTAC;SOR=0.727;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=110;TCF=48;TCR=62;TR=60;WE=123396852;WS=123396834;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,91:0.52:176
chr11	123431391	rs71753637	CGTGTGTGT	C,CGTGT	1900.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.927;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.06;MQRankSum=0.316;QD=40.44;ReadPosRankSum=0.923;SOR=0.929;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:2,31,14:0.66,0.30:47
chr11	123454978	rs58457879	T	C	1622.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.177;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FS=2.279;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.29;MQRankSum=-0.276;QD=11.27;ReadPosRankSum=-0.156;SOR=0.942;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:62,82:0.57:144
chr11	123455101	rs113013432	T	TG	1214.25	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.334;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=9.275;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.88;MQRankSum=0.867;QD=32.82;ReadPosRankSum=1.400;SOR=0.044;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,33:0.89:37
chr11	123455109	rs115338953	G	A	755.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.949;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=15.754;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.21;MQRankSum=0.593;QD=22.90;ReadPosRankSum=-0.089;SOR=0.016;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,26:0.79:33
chr11	123455124	rs116184013	G	A	511.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.149;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=5.008;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.32;MQRankSum=0.912;QD=28.43;ReadPosRankSum=-2.531;SOR=0.105;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,11:0.61:18
chr11	123464637	rs1148101	G	C	1323.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=31;NR=6;PP=860;SC=ACACCGAGGCGCCGTTCCTCA;SOR=2.461;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=31;TCR=6;TR=37;WE=123464645;WS=123464627;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr11	123471336	rs12420909	C	A	889.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-2.538;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.737;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=21;PP=479;ReadPosRankSum=0.994;SC=TTCTGGGAATCCCCCACTGAT;SOR=0.330;SbPval=0.21;Source=Platypus;TC=59;TCF=16;TCR=43;TR=33;WE=123471344;WS=123471326;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,42:0.54:78
chr11	123513506	rs1783901	C	T	771.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-4.023;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.189;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=21;PP=411;ReadPosRankSum=-1.647;SC=GGGGACAATGCCACCGGGAGA;SOR=0.443;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=53;TCF=12;TCR=41;TR=27;WE=123513514;WS=123513496;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,35:0.60:58
chr11	123596703	rs3183878	A	C	3937.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=1.400;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=75;NR=30;PP=2014;ReadPosRankSum=1.471;SC=ATGGGGACCTAGCTAGGAGGT;SOR=0.625;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=112;TCF=78;TCR=34;TR=105;WE=123596711;WS=123596693;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,144:0.97:148
chr11	123597804	rs679597	A	G	1097.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=31;PP=849;SC=AAGACTAAATAGAATGCCTGT;SOR=3.797;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=35;TCF=4;TCR=31;TR=35;WE=123597812;WS=123597794;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr11	123599044	rs675172	T	C	4363.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=37;NR=64;PP=2128;SC=TTGAAGGTCATACAATAGGTG;SOR=1.049;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=101;TCF=37;TCR=64;TR=101;WE=123599052;WS=123599034;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,161:1.00:161
chr11	123600475	rs1144507	A	G	7371.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.613;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=293;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=89;NR=92;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.485;SC=CTCAGGCTCCACTCCTAAATG;SOR=0.721;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=183;TCF=90;TCR=93;TR=181;WE=123600483;WS=123600465;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,288:0.99:290
chr11	123753937	rs1939927	A	G	4981.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=60;NR=56;PP=2070;SC=ATTGCAGTGCATTCTGGTAAT;SOR=0.767;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=117;TCF=61;TCR=56;TR=116;WE=123753945;WS=123753927;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,195:1.00:195
chr11	123754844	rs10893099	T	C	7654.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=291;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.40;SOR=0.779;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,290:1.00:290
chr11	123777049	rs10750249	G	T	1947.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=51;NR=7;PP=1386;SC=TTTTCATAGAGAGAAAACACT;SOR=3.716;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=58;TCF=51;TCR=7;TR=58;WE=123777057;WS=123777039;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr11	123777497	rs10750250	G	A	15412.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=444;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=35.35;SOR=0.721;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,436:1.00:436
chr11	123777497	.	GC	AC,AT	1909	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.51;FR=0.5000,0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=132,67;NR=136,66;PP=1821,1909;QD=6.9245194498;SC=GCCATGGCCTGCGATCGCTAC;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=270;TCF=132;TCR=138;TR=268,133;WE=123777506;WS=123777487;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.99:270
chr11	123777498	rs10893102	C	T	4336.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.353;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=442;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.02;ReadPosRankSum=0.220;SOR=0.686;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:222,211:0.49:433
chr11	123777536	rs7926767	G	A	10115.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=368;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=117;NR=133;PP=2965;SC=CTGCTCTACAGGGTCATCATG;SOR=0.733;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=253;TCF=119;TCR=134;TR=250;WE=123777544;WS=123777526;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,359:1.00:359
chr11	123777736	rs10790610	T	C	4236.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.133;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=397;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.365;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=78;NR=62;PP=2414;ReadPosRankSum=-0.364;SC=GCTTTTGATTTTTGTCATTGG;SOR=0.723;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=285;TCF=159;TCR=126;TR=140;WE=123777744;WS=123777726;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:195,196:0.50:391
chr11	123777986	rs7942047	T	C	7048.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=262;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=61;NR=126;PP=2965;SC=ACTGTGATTCTCATGTTGAAT;SOR=1.326;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=187;TCF=61;TCR=126;TR=187;WE=123777994;WS=123777976;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,259:1.00:259
chr11	123778031	rs7927385	G	A	3787.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=24;NR=77;PP=2382;SC=AATGAAGTAAGAAATGCTCTG;SOR=1.875;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=101;TCF=24;TCR=77;TR=101;WE=123778039;WS=123778021;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr11	123811344	rs11219362	C	T	491.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=3.654;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.506;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=15;PP=284;ReadPosRankSum=1.802;SC=ATAGGACCCTCGAGGTAGATA;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=27;TCF=3;TCR=24;TR=15;WE=123811352;WS=123811334;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,20:0.65:31
chr11	123813823	rs7129884	G	A	1446.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.730;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.789;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=23;PP=688;ReadPosRankSum=1.275;SC=GATGCGAGGCGCAAGTGGAAA;SOR=0.559;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=126;TCF=65;TCR=61;TR=44;WE=123813831;WS=123813813;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:123,76:0.38:199
chr11	123813940	rs7130003	G	C	2486.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-2.489;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=235;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.307;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=34;PP=1269;ReadPosRankSum=0.080;SC=CCAACGTAGAGAGCATGAAAG;SOR=1.015;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=161;TCF=89;TCR=72;TR=82;WE=123813948;WS=123813930;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:114,119:0.51:233
chr11	123814439	rs140244798	A	G	1423.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.181;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.838;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=26;PP=634;ReadPosRankSum=-1.254;SC=GGCTGTTACAATGTAGGTCAC;SOR=0.942;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=110;TCF=47;TCR=63;TR=42;WE=123814447;WS=123814429;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,70:0.45:157
chr11	123814489	rs4936859	A	G	1792.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.181;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.506;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=38;PP=1011;ReadPosRankSum=0.134;SC=TGAGGTGGCTACTGGGGAAAC;SOR=0.541;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=95;TCF=36;TCR=59;TR=63;WE=123814497;WS=123814479;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,80:0.63:126
chr11	123847392	rs10893117	G	C	565.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-2.166;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=4;PP=411;ReadPosRankSum=-0.236;SC=TGTGAGTTTTGATAGCACAGA;SOR=0.538;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=34;TCF=29;TCR=5;TR=21;WE=123847400;WS=123847382;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,23:0.57:40
chr11	123847473	rs55944888	A	G	942.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.641;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.497;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=13;PP=462;ReadPosRankSum=0.941;SC=AGCATGCTTCACCTCCTTGTT;SOR=0.910;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=82;TCF=48;TCR=34;TR=35;WE=123847481;WS=123847463;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,51:0.43:118
chr11	123848121	rs17686210	T	C	3079.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.813;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=315;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.410;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=43;PP=1228;ReadPosRankSum=-0.110;SC=TGCCATGACCTTGGGCACTGT;SOR=0.707;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=183;TCF=89;TCR=94;TR=79;WE=123848129;WS=123848111;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:159,152:0.49:311
chr11	123848212	rs17759513	C	T	2808.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.292;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=288;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.227;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=37;PP=1284;ReadPosRankSum=0.182;SC=GAGTCAGAGCCCACAGTTAGG;SOR=0.762;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=173;TCF=85;TCR=88;TR=77;WE=123848220;WS=123848202;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:149,134:0.47:283
chr11	123848516	rs35674999	C	A	3140.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-2.967;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=315;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.942;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=67;PP=1577;ReadPosRankSum=-0.585;SC=GAAAGATGTACAAGTTCATCT;SOR=0.572;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=216;TCF=75;TCR=141;TR=107;WE=123848524;WS=123848506;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:155,153:0.50:308
chr11	123886307	rs79057843	C	T	12155.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.821;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=460;ExcessHet=3.0103;FS=7.561;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.67;MQRankSum=10.331;QD=26.66;ReadPosRankSum=1.799;SOR=0.528;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:149,307:0.67:456
chr11	123886307	.	CA	TG	2944	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;FR=0.5000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MMLQ=27;MQ=54.61;NF=92;NR=78;PP=2944;QD=20;SC=CTCGTGACAGCATTCATCCTC;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=295;TCF=146;TCR=149;TR=170;WE=123886328;WS=123886297;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:125,170:0.58:295
chr11	123886308	rs11219407	A	G	19815.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.372;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=461;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=57.67;MQRankSum=-0.803;QD=43.36;ReadPosRankSum=0.379;SOR=0.401;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:3,454:0.99:457
chr11	123886320	rs12224056	A	G	4505.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=1.927;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=445;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.997;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-10.696;NF=48;NR=69;PP=2962;ReadPosRankSum=-3.209;SC=TCATCCTCACAGGCCTTCCCC;SOR=1.277;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=290;TCF=135;TCR=155;TR=117;WE=123886328;WS=123886297;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:310,131:0.30:441
chr11	123886352	rs547068	T	C	1178.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=4.672;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=344;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=22.383;HP=5;HapScore=1;MGOF=35;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-11.689;NF=28;NR=54;PP=1177;ReadPosRankSum=-3.653;SC=CTGGACGCCCTCCTCTTTGGA;SOR=1.708;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=245;TCF=102;TCR=143;TR=82;WE=123886360;WS=123886342;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:264,77:0.23:341
chr11	123886681	rs1893766	A	G	8439.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.61;BaseQRankSum=0.371;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=893;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.907;NF=173;NR=145;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.307;SC=GTACACCAGCATGATGAGTGG;SOR=0.680;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=656;TCF=358;TCR=298;TR=318;WE=123886689;WS=123886671;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:464,429:0.48:893
chr11	123886865	rs4084209	T	A	23707.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.531;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=876;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=-1.187;NR=319;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.751;SC=TCAGCCAACGTGATGGTCATC;SOR=0.326;SbPval=0.57;Source=Platypus;TCR=322;WE=123886873;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:6,865:0.99:871
chr11	123886984	rs4936880	A	G	5530.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-4.052;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=528;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=93;NR=113;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.115;SC=TGGGAGGCGCAGAGCCTTTCA;SOR=0.707;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=400;TCF=182;TCR=218;TR=206;WE=123886992;WS=123886974;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:258,262:0.50:520
chr11	123887164	rs4936881	A	C	4917.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.240;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=504;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.523;HP=1;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-1.195;NF=66;NR=94;PP=2606;ReadPosRankSum=-0.555;SC=CAAGGAGGTGAAGAAAGCTGT;SOR=0.640;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=336;TCF=134;TCR=202;TR=160;WE=123887172;WS=123887154;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:265,236:0.47:501
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chr11	123887314	rs517598	T	A	1404.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=38;PP=1021;SC=AGTGTTAAACTTTATTCCAAA;SOR=4.317;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=41;TCF=3;TCR=38;TR=41;WE=123887322;WS=123887304;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr11	123893984	rs148015773	A	C	484.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.390;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=39.14;MQRankSum=2.545;QD=17.95;ReadPosRankSum=0.865;SOR=0.551;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,14:0.52:27
chr11	123893987	rs142337884	G	A	286.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.021;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=39.07;MQRankSum=-2.494;QD=11.47;ReadPosRankSum=-1.702;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,12:0.48:25
chr11	123893988	rs145930558	C	T	484.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.616;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=39.03;MQRankSum=2.484;QD=20.20;ReadPosRankSum=0.850;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,12:0.50:24
chr11	123894119	rs12366219	A	G	3044.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-7.815;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=245;ExcessHet=3.0103;FS=7.582;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.25;MQRankSum=-0.040;QD=12.48;ReadPosRankSum=-0.963;SOR=0.321;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:104,140:0.57:244
chr11	123894136	rs28499345	A	G	9847.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.659;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=346;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.185;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=-0.204;NF=225;NR=72;PP=2965;ReadPosRankSum=2.732;SC=GTGGGAGCAGATGTGCCCTCC;SOR=1.770;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=298;TCF=226;TCR=72;TR=297;WE=123894144;WS=123894126;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:5,337:0.99:342
chr11	123894234	rs11219413	A	G	9253.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.470;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1044;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.097;HP=2;HapScore=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-5.893;NF=172;NR=155;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.733;SC=GGACCCAACCAGATCCAGCAC;SOR=0.792;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=665;TCF=346;TCR=319;TR=327;WE=123894242;WS=123894224;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:566,472:0.45:1038
chr11	123894402	rs12221656	A	G	6886.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.625;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=595;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.756;HP=3;HapScore=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-3.188;NF=108;NR=121;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.532;SC=CTGCGGATCCACACCTCAGAG;SOR=0.541;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=426;TCF=189;TCR=237;TR=229;WE=123894410;WS=123894392;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:261,314:0.55:575
chr11	123909073	rs11219419	C	G	7618.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.157;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=774;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.527;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-1.192;NF=133;NR=104;PP=2962;ReadPosRankSum=1.104;SC=ACAGCACTATCAGGACAAAGC;SOR=0.631;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=526;TCF=302;TCR=224;TR=237;WE=123909081;WS=123909063;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:401,358:0.47:759
chr11	123909172	rs28414940	G	A	8760.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=1.487;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1137;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.527;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.699;NF=175;NR=152;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.251;SC=TGGGCGGTGCGTCACAGAAGT;SOR=0.756;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=762;TCF=401;TCR=361;TR=327;WE=123909180;WS=123909162;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:677,456:0.40:1133
chr11	123909342	rs470242	G	A	7561.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.502;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=750;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-3.756;NF=103;NR=138;PP=2962;ReadPosRankSum=1.219;SC=CTGATGGCCAGGTAGCGATCA;SOR=0.679;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=480;TCF=197;TCR=283;TR=241;WE=123909350;WS=123909332;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:380,363:0.49:743
chr11	123909627	rs11219420	T	C	2735.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.510;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=293;ExcessHet=3.0103;FS=13.781;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.51;MQRankSum=4.112;QD=9.34;ReadPosRankSum=-3.004;SOR=1.317;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:164,129:0.44:293
chr11	123909637	rs4936889	G	T	5652.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.040;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=345;ExcessHet=3.0103;FS=4.818;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.57;MQRankSum=5.334;QD=16.38;ReadPosRankSum=-1.885;SOR=0.934;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:179,166:0.48:345
chr11	123909650	rs3894199	C	G	5481.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.429;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=367;ExcessHet=3.0103;FS=2.269;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.52;MQRankSum=-2.454;QD=14.94;ReadPosRankSum=2.369;SOR=0.583;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:221,146:0.40:367
chr11	123909653	rs4998340	G	T	5554.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.007;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=370;ExcessHet=3.0103;FS=1.251;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.84;MQRankSum=-2.390;QD=15.01;ReadPosRankSum=2.374;SOR=0.627;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:224,146:0.39:370
chr11	123909656	rs3894198	G	A	5450.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.040;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=370;ExcessHet=3.0103;FS=2.262;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.01;MQRankSum=-2.123;QD=14.73;ReadPosRankSum=2.198;SOR=0.578;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:224,146:0.39:370
chr11	123909695	rs3894197	G	C	10777.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.961;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=412;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=36;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=-0.776;NF=117;NR=147;PP=2965;ReadPosRankSum=2.677;SC=TGTCAGTAGGGTGGCGTTGGA;SOR=0.818;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=264;TCF=117;TCR=147;TR=264;WE=123909703;WS=123909685;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,406:0.99:410
chr11	123988701	.	G	A	597.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-4.794;ClippingRankSum=0.000;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.280;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=21;PP=461;ReadPosRankSum=0.936;SC=GATGTTGAAAGCTCTTTCTTC;SOR=1.445;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=42;TCF=3;TCR=39;TR=22;WE=123988709;WS=123988691;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,24:0.53:45
chr11	123989320	rs148882605	G	A	2460.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=3.656;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=294;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.420;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=38;PP=1318;ReadPosRankSum=0.224;SC=CAGCATGGTCGCCACCATAGA;SOR=0.698;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=193;TCF=97;TCR=96;TR=82;WE=123989328;WS=123989310;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:164,123:0.43:287
chr11	124006972	rs2276054	G	T	1881.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.267;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.285;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=50;PP=1141;ReadPosRankSum=0.311;SC=AGATTAATCAGCTATGCCCAG;SOR=0.842;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=124;TCF=34;TCR=90;TR=67;WE=124006980;WS=124006962;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,85:0.50:171
chr11	124006993	rs2276053	G	A	1458.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=2.012;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.730;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=38;PP=935;ReadPosRankSum=-1.287;SC=CTGACCGGGAGGATGCCAGTG;SOR=0.786;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=89;TCF=21;TCR=68;TR=48;WE=124007001;WS=124006983;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,64:0.52:124
chr11	124007398	.	C	CCCTT	1446.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.055;ClippingRankSum=0.000;DP=197;ExcessHet=3.0103;FS=5.669;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.84;MQRankSum=-0.335;QD=35.29;ReadPosRankSum=-0.483;SOR=3.611;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,38:0.93:41
chr11	124015796	rs17690410	C	A	340.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.323;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.710;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=0;PP=189;ReadPosRankSum=1.039;SC=TGGCATTATGCCTTGCAAGTA;SOR=1.414;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=28;TCF=26;TCR=2;TR=12;WE=124015804;WS=124015786;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,16:0.43:37
chr11	124015994	rs1056615	C	T	4280.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.047;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=403;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=58;PP=1590;ReadPosRankSum=-1.660;SC=TCTGGCTGCACAGCAATGGTA;SOR=0.677;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=236;TCF=114;TCR=122;TR=115;WE=124016011;WS=124015984;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:191,210:0.52:401
chr11	124016366	rs2282505	C	G	251.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=1;PP=110;ReadPosRankSum=-1.010;SC=AGACTTGGTGCGTGTTCTCCT;SOR=0.871;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=23;TCF=20;TCR=3;TR=8;WE=124016374;WS=124016356;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,11:0.42:26
chr11	124016740	rs9326269	A	T	1006.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.911;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.922;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=21;PP=454;ReadPosRankSum=-0.141;SC=GTTCTTGTGTATTATAACTCT;SOR=0.446;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=55;TCF=16;TCR=39;TR=31;WE=124016748;WS=124016730;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,48:0.59:82
chr11	124029037	rs4936895	G	A	805.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-2.071;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=7;PP=425;ReadPosRankSum=-1.545;SC=CATAGCCAAAGCACTCATCAG;SOR=0.638;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=80;TCF=58;TCR=22;TR=28;WE=124029045;WS=124029027;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,42:0.39:107
chr11	124029075	rs4935866	G	A	1724.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-3.409;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.128;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=18;PP=769;ReadPosRankSum=-0.453;SC=TGACATTGGTGTTTAGACTTT;SOR=0.589;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=137;TCF=92;TCR=45;TR=56;WE=124029083;WS=124029065;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:111,91:0.45:202
chr11	124029292	rs1893011	G	A	3479.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-2.010;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=336;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.834;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=64;PP=1774;ReadPosRankSum=0.616;SC=GGCTTCACACGCCCATGTACT;SOR=0.629;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=219;TCF=99;TCR=120;TR=119;WE=124029300;WS=124029282;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:160,169:0.51:329
chr11	124029541	rs4936896	A	G	7031.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.178;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=691;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.521;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=118;NR=101;PP=2962;ReadPosRankSum=0.187;SC=GCCACAGAGCATGTATCATCC;SOR=0.769;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=429;TCF=224;TCR=205;TR=219;WE=124029549;WS=124029531;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:339,352:0.51:691
chr11	124056377	rs2512228	T	C	2248.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=2.724;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=252;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.852;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=43;PP=1435;ReadPosRankSum=1.038;SC=CGATACACAGTCATCATGAAC;SOR=0.738;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=199;TCF=99;TCR=100;TR=90;WE=124056385;WS=124056367;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:138,106:0.43:244
chr11	124056581	rs2466584	A	G	4406.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=3.621;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=385;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.773;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=69;NR=64;PP=2367;ReadPosRankSum=-1.056;SC=AGCTTCACCAACGTTGGCCTC;SOR=0.636;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=249;TCF=131;TCR=118;TR=133;WE=124056589;WS=124056571;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:181,198:0.52:379
chr11	124056732	rs2512227	T	G	2753.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=3.594;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=314;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.667;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=57;PP=1608;ReadPosRankSum=-0.147;SC=TCTGTGCCTATGGGCCCATCA;SOR=1.039;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=225;TCF=103;TCR=122;TR=92;WE=124056740;WS=124056722;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:181,131:0.42:312
chr11	124056787	rs2512226	G	A	2683.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=1.685;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=328;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.433;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=48;PP=1580;ReadPosRankSum=0.756;SC=GCTGGGAACCGTGGTACAAAT;SOR=0.738;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=235;TCF=117;TCR=118;TR=102;WE=124056795;WS=124056777;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:185,134:0.42:319
chr11	124086087	rs59923179	T	C	1265.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=8.374;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=425;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.736;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-15.946;NF=35;NR=57;PP=1490;ReadPosRankSum=-2.272;SC=AACATCCTGATGCCTGCCTTA;SOR=1.524;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=281;TCF=118;TCR=163;TR=92;WE=124086095;WS=124086077;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:329,86:0.21:415
chr11	124086175	rs2508890	T	C	2183.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=3.774;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=305;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.664;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-10.069;NF=60;NR=39;PP=1738;ReadPosRankSum=0.615;SC=CCAAAGCCTTTAGCACTTGCA;SOR=1.211;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=249;TCF=138;TCR=111;TR=99;WE=124086183;WS=124086165;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:192,102:0.35:294
chr11	124095414	rs10893172	C	G	5115.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.310;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=507;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.104;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=74;NR=53;PP=2108;ReadPosRankSum=0.268;SC=TTTCTTTCCTCCGTAGAAACT;SOR=0.805;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=301;TCF=166;TCR=135;TR=127;WE=124095422;WS=124095404;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:255,248:0.49:503
chr11	124095525	rs11219508	T	C	4112.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.459;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=429;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.094;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-2.074;NF=81;NR=76;PP=2116;ReadPosRankSum=-0.003;SC=CTCTTCCTCCTGTTCTTAGGA;SOR=0.592;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=328;TCF=176;TCR=152;TR=157;WE=124095533;WS=124095515;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:215,201:0.48:416
chr11	124095647	rs2466615	A	C	5751.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=2.715;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=628;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.108;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=86;NR=86;PP=2854;ReadPosRankSum=-0.468;SC=CTTCATTGATATCTGCCATTC;SOR=0.617;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=405;TCF=192;TCR=213;TR=172;WE=124095655;WS=124095637;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:349,274:0.44:623
chr11	124096122	rs7946182	G	A	2829.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=4.639;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=391;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.807;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-18.652;NF=75;NR=80;PP=2679;ReadPosRankSum=3.922;SC=CTCCGCATTCGCTCCACTGAG;SOR=0.755;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=342;TCF=175;TCR=167;TR=155;WE=124096130;WS=124096112;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:242,137:0.36:379
chr11	124096195	rs7946214	G	A	3559.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.910;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=418;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.046;HP=2;HapScore=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-10.594;NF=86;NR=66;PP=2347;ReadPosRankSum=-2.472;SC=TTTTCTTTGGGTCTGCAGCAT;SOR=1.026;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=357;TCF=189;TCR=168;TR=152;WE=124096203;WS=124096185;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:242,176:0.42:418
chr11	124096247	rs2466613	G	A	7530.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.884;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=734;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.521;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-5.699;NF=125;NR=109;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.071;SC=CATGGACCAGGGGAAAGTGTC;SOR=0.785;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=465;TCF=241;TCR=224;TR=234;WE=124096255;WS=124096237;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:363,363:0.50:726
chr11	124120821	rs12099154	T	C	4958.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.127;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=521;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-2.071;NF=80;NR=94;PP=2309;ReadPosRankSum=-0.262;SC=TGCTGTACAGTGTCATCATAT;SOR=0.649;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=325;TCF=144;TCR=181;TR=174;WE=124120829;WS=124120811;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:267,250:0.48:517
chr11	124180359	rs2510433	A	C	3972.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.849;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=373;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.593;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=72;NR=57;PP=1644;ReadPosRankSum=-0.958;SC=ACAAAGAAAAAGAGCTGGACC;SOR=0.887;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=253;TCF=132;TCR=121;TR=129;WE=124180367;WS=124180349;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:173,192:0.53:365
chr11	124252422	rs503220	G	A	3379.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-2.649;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=348;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.301;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-1.398;NF=77;NR=75;PP=2352;ReadPosRankSum=-1.742;SC=GAAAACAGAAGAAACTTTTCC;SOR=0.602;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=306;TCF=150;TCR=156;TR=152;WE=124252430;WS=124252412;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:166,166:0.50:332
chr11	124252718	rs886201	G	A	980.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.110;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FS=3.108;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.75;MQRankSum=-1.063;QD=6.63;ReadPosRankSum=-0.075;SOR=0.979;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:97,51:0.34:148
chr11	124252750	rs886202	G	A	1012.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.126;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FS=8.791;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=44.31;MQRankSum=-1.250;QD=8.04;ReadPosRankSum=1.359;SOR=0.608;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:82,44:0.35:126
chr11	124252892	rs644147	A	G	4165.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.550;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=500;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.134;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-4.834;NF=94;NR=69;PP=2558;ReadPosRankSum=2.034;SC=ATGCCATTGAAGTCAACATGT;SOR=0.797;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=362;TCF=204;TCR=158;TR=163;WE=124252900;WS=124252882;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:291,204:0.41:495
chr11	124253100	rs71491826	G	A	33.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.016;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=602;ExcessHet=3.0103;FS=7.233;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.28;MQRankSum=-16.501;QD=0.06;ReadPosRankSum=-1.366;SOR=1.015;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:528,71:0.12:599
chr11	124253147	rs530704	A	G	3579.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=3.724;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=548;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.382;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=3.506;NF=41;NR=85;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.558;SC=AGATCACTAGAAACAGGAAAA;SOR=1.104;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=359;TCF=143;TCR=216;TR=126;WE=124253189;WS=124253137;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:361,186:0.34:547
chr11	124253161	rs530740	G	A	5651.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.820;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=535;ExcessHet=3.0103;FS=6.652;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.13;MQRankSum=2.938;QD=10.58;ReadPosRankSum=-1.091;SOR=1.192;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:363,171:0.32:534
chr11	124253170	rs530765	G	A	5226.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.187;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=501;ExcessHet=3.0103;FS=10.763;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.64;MQRankSum=3.074;QD=10.47;ReadPosRankSum=-0.059;SOR=1.383;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:349,150:0.30:499
chr11	124253181	rs28373946	T	C	5051.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-2.770;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=443;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-8.039;NF=56;NR=105;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.030;SC=GAACTCTGGATGATCTGTTAA;SOR=0.709;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=301;TCF=110;TCR=191;TR=161;WE=124253189;WS=124253137;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:193,249:0.56:442
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chr11	124267189	rs507335	T	C	2949.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=45.79;QD=27.06;SOR=2.197;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr11	124293767	rs2188707	G	A	526.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=2.004;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.763;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=3;PP=378;ReadPosRankSum=0.386;SC=AAATTCCTCCGCCTATAAATA;SOR=0.307;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=40;TCF=36;TCR=4;TR=22;WE=124293775;WS=124293757;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,23:0.52:44
chr11	124294703	rs10750270	T	C	1715.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=2.715;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=32;PP=951;ReadPosRankSum=-2.612;SC=GAGCTGGAGCTCTGGCTGTTC;SOR=0.688;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=86;TCF=31;TCR=55;TR=52;WE=124294711;WS=124294693;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,76:0.54:140
chr11	124309966	rs10893221	T	C	794.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.765;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=6;PP=451;ReadPosRankSum=0.302;SC=GAGGAAAAATTATATTTCTTC;SOR=0.593;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=56;TCF=44;TCR=12;TR=28;WE=124309974;WS=124309956;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,35:0.54:65
chr11	124310622	rs4296049	A	G	3439.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.152;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=376;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.224;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=67;NR=64;PP=2022;ReadPosRankSum=1.117;SC=CATAGCGGTCATACGCCATTG;SOR=0.769;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=278;TCF=142;TCR=136;TR=131;WE=124310630;WS=124310612;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:203,167:0.45:370
chr11	124413193	.	C	CAT	4156.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.525;ClippingRankSum=0.000;DP=231;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.103;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=46;PP=2897;ReadPosRankSum=0.133;SC=ACGTAGCGGTCATACGCCATC;SOR=0.928;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=129;TCF=34;TCR=95;TR=63;WE=124413201;WS=124413183;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:103,111:0.52:214
chr11	124439883	rs1942660	G	A	683.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.052;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=1;PP=435;ReadPosRankSum=1.049;SC=GGAGGAGGGCGGGGAGGATGC;SOR=2.753;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=20;TCF=19;TCR=1;TR=19;WE=124439891;WS=124439873;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,24:0.96:25
chr11	124440617	rs12792184	C	T	9719.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=358;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=137;NR=104;PP=2965;SC=GTCTTCTTTTCGGCTGGATTC;SOR=0.876;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=241;TCF=137;TCR=104;TR=241;WE=124440625;WS=124440607;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,354:1.00:354
chr11	124441367	.	C	CT	36.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.056;ClippingRankSum=0.000;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=2.538;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.27;ReadPosRankSum=-1.302;SOR=1.270;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,7:0.24:29
chr11	124481494	rs35027803	T	C	9219.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=354;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=153;NR=88;PP=2965;SC=TGCTCTCAGATGCCCTGCTGC;SOR=1.166;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=241;TCF=153;TCR=88;TR=241;WE=124481502;WS=124481484;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,351:1.00:351
chr11	124494780	rs113773557	A	AT	611.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=9;NR=7;PP=489;SC=TAATAATGTGATTTTTTTATT;SOR=1.609;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=19;TCF=11;TCR=8;TR=16;WE=124494788;WS=124494770;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr11	124509525	rs620499	T	C	1557.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.914;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.640;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=18;PP=890;ReadPosRankSum=-1.142;SC=CTCAGTCTAATTGCCCCTCAC;SOR=0.368;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=106;TCF=76;TCR=30;TR=55;WE=124509533;WS=124509515;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,72:0.53:135
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chr11	124610011	rs11399333	C	CG	1890.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.859;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.957;NF=11;NR=19;PP=895;ReadPosRankSum=0.205;SC=TTAGAGGGCCCGGGGGAGGGG;SOR=0.718;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=83;TCF=30;TCR=53;TR=30;WE=124610019;WS=124610001;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:99,79:0.44:178
chr11	124619770	.	A	ACAAAAAAAAAAC	1148.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.287;ClippingRankSum=0.000;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=5.319;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=63.86;MQRankSum=3.044;QD=26.71;ReadPosRankSum=0.274;SOR=0.316;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,33:0.77:43
chr11	124619781	rs5795428	A	C	748.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.126;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=4.075;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=64.67;MQRankSum=3.068;QD=28.80;ReadPosRankSum=0.927;SOR=0.378;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,19:0.73:26
chr11	124620587	rs61910625	C	T	874.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.906;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.120;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=7;PP=408;ReadPosRankSum=-0.173;SC=GTATGTGGCTCGTGGATCCCC;SOR=1.085;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=50;TCF=33;TCR=17;TR=26;WE=124620595;WS=124620577;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,42:0.55:76
chr11	124621241	rs2075712	C	A	1056.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-3.032;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.941;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=8;PP=663;ReadPosRankSum=1.062;SC=CCAAACTCCCCCTCCCGACCC;SOR=0.574;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=81;TCF=65;TCR=16;TR=40;WE=124621249;WS=124621231;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,47:0.52:90
chr11	124622193	rs111478435	T	TA	385.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.558;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=4.325;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.56;ReadPosRankSum=0.331;SOR=0.293;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,27:0.53:51
chr11	124623492	rs12541	T	C	1579.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.507;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=22;PP=904;ReadPosRankSum=-0.655;SC=GAGGTGACCCTTATAGGAAGG;SOR=0.692;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=122;TCF=78;TCR=44;TR=59;WE=124623500;WS=124623482;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:95,80:0.46:175
chr11	124623898	rs79106790	G	A	1681.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-0.261;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.495;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=18;PP=1010;ReadPosRankSum=0.857;SC=AAGTGGGTGGGGGAAGGAGGA;SOR=1.159;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=102;TCF=61;TCR=41;TR=54;WE=124623906;WS=124623888;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,72:0.57:127
chr11	124624083	rs2076991	G	A	5390.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.650;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=504;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.220;HP=6;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=95;NR=81;PP=2643;ReadPosRankSum=-1.996;SC=GAGAGCCCCCGCTGCAGCAGA;SOR=0.494;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=345;TCF=196;TCR=149;TR=176;WE=124624091;WS=124624073;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:239,257:0.52:496
chr11	124624705	rs72422616	TA	T	212.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.502;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FS=3.074;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.11;MQRankSum=1.723;QD=1.34;ReadPosRankSum=0.137;SOR=0.387;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:117,42:0.26:159
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chr11	124670069	rs183501631	G	A	976.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.491;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FS=0.671;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.75;ReadPosRankSum=0.140;SOR=0.619;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:76,50:0.40:126
chr11	124739325	rs34127060	G	GC	207.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=4;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=0;NR=4;PP=86;SC=TGCTTATTTCGCCCCCCACCG;SOR=3.611;SbPval=0.05;Source=Platypus;TC=9;TCF=5;TCR=4;TR=4;WE=124739340;WS=124739315;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr11	124739332	rs11219820	A	C	247.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=4;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=4;PP=150;SC=TTCGCCCCCCACCGCCCCGCC;SOR=2.584;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=6;TCF=2;TCR=4;TR=6;WE=124739340;WS=124739315;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr11	124739988	rs4936957	T	C	4364.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.080;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=392;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.767;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=73;PP=2346;ReadPosRankSum=0.590;SC=ATTTTGACATTATGGGAACAG;SOR=0.635;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=285;TCF=132;TCR=153;TR=139;WE=124739996;WS=124739978;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:185,200:0.52:385
chr11	124740410	rs3923890	A	T	1044.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.755;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.846;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=7;PP=540;ReadPosRankSum=-0.714;SC=CCTGTCTTTAAGTACCTTGAC;SOR=0.871;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=59;TCF=43;TCR=16;TR=30;WE=124740418;WS=124740400;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,47:0.53:89
chr11	124740691	rs7925879	A	G	834.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-3.392;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.911;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=20;PP=478;ReadPosRankSum=-0.297;SC=ATGGTTGGCAAGAGACTGAGG;SOR=0.857;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=59;TCF=19;TCR=40;TR=29;WE=124740699;WS=124740681;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,37:0.51:73
chr11	124747333	rs10790713	A	G	710.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=2.749;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.613;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=15;PP=515;ReadPosRankSum=-0.086;SC=ACTGTCCTGAAACTCCCGAAT;SOR=1.329;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=63;TCF=30;TCR=33;TR=24;WE=124747341;WS=124747323;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,30:0.39:76
chr11	124747837	rs7933204	G	A	13488.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.874;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=510;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=152;NR=160;PP=2965;ReadPosRankSum=1.601;SC=CTGCAGAAGCGGGAATCTCCC;SOR=0.738;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=313;TCF=153;TCR=160;TR=312;WE=124747845;WS=124747827;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,497:1.00:499
chr11	124749584	rs3802905	C	G	2551.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.197;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=13.309;HP=3;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=37;PP=1467;ReadPosRankSum=-0.940;SC=CAATCTTGGGCTGTTCATTGG;SOR=0.770;SbPval=0.21;Source=Platypus;TC=178;TCF=86;TCR=92;TR=86;WE=124749592;WS=124749574;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:114,114:0.50:228
chr11	124750232	rs4366494	C	T	1576.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=39;NR=5;PP=1182;SC=AGAGCTGAGCCTGTGGTCAGG;SOR=3.442;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=44;TCF=39;TCR=5;TR=44;WE=124750240;WS=124750226;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr11	124750447	rs71859853	CCGGAGT	C	4482.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.035;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=301;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.440;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=2.272;NF=10;NR=52;PP=2971;ReadPosRankSum=1.153;SC=CTGGCCGGAGCCGGAGTCGGA;SOR=0.731;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=139;TCF=23;TCR=116;TR=62;WE=124750460;WS=124750437;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:154,121:0.44:275
chr11	124763473	rs55852661	C	T	726.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-0.065;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=3;PP=431;ReadPosRankSum=0.320;SC=GATTCATGTACGACAGTCCCA;SOR=0.565;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=58;TCF=50;TCR=8;TR=25;WE=124763481;WS=124763463;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,33:0.47:70
chr11	124764050	rs67478674	G	T	448.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.520;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.675;HP=2;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=10;PP=276;ReadPosRankSum=0.253;SC=AGAGGAAGGCGGGATGCAGGC;SOR=0.205;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=38;TCF=21;TCR=17;TR=18;WE=124764058;WS=124764040;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,21:0.50:42
chr11	124766128	rs4078313	A	G	4207.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=2.791;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=435;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.456;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=77;PP=2138;ReadPosRankSum=3.130;SC=GGCTCTCCCTATGTCCTGCGC;SOR=0.854;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=267;TCF=128;TCR=139;TR=139;WE=124766136;WS=124766118;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:229,201:0.47:430
chr11	124766591	rs4078483	C	G	10433.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.806;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=389;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=107;NR=149;PP=2965;ReadPosRankSum=0.182;SC=GAAGGTGACACGGAGCAGGGC;SOR=0.961;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=258;TCF=108;TCR=150;TR=256;WE=124766599;WS=124766581;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,384:0.99:386
chr11	124767067	rs59648931	T	C	2065.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=3.449;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=29;PP=1163;ReadPosRankSum=1.873;SC=GCCTGAGGCTTGGCAGCTCAT;SOR=0.700;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=109;TCF=62;TCR=47;TR=68;WE=124767075;WS=124767057;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,88:0.56:156
chr11	124767125	rs73016370	G	A	2610.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.276;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.666;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=42;PP=1433;ReadPosRankSum=0.778;SC=GGGTGGACTAGGATCTGGGGC;SOR=0.688;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=150;TCF=75;TCR=75;TR=89;WE=124767133;WS=124767115;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:96,120:0.56:216
chr11	124767290	rs11219832	C	T	1804.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-2.566;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.971;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.087;NF=25;NR=38;PP=841;ReadPosRankSum=0.199;SC=AAGGTTGCCTCCCAAAGAACA;SOR=0.897;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=126;TCF=54;TCR=72;TR=63;WE=124767298;WS=124767280;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,87:0.53:163
chr11	124789755	rs3802904	T	C	3458.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=47;NR=45;PP=1482;SC=GAGGAGGGAATGGAATACACA;SOR=0.754;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=92;TCF=47;TCR=45;TR=92;WE=124789763;WS=124789745;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,134:1.00:134
chr11	124790922	rs10893303	C	A	378.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-4.291;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.798;HP=6;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=3;PP=228;ReadPosRankSum=1.716;SC=CCAGCGCCCCCCCGGGACCTC;SOR=0.075;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=25;TCF=22;TCR=3;TR=15;WE=124790930;WS=124790912;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,17:0.65:26
chr11	124792173	rs10893304	C	G	3077.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=67;NR=26;PP=1733;SC=GTGCCAAAACCGTTGGGGACT;SOR=1.690;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=93;TCF=67;TCR=26;TR=93;WE=124792181;WS=124792163;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr11	124793682	rs10790715	T	C	8256.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.821;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=318;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=110;NR=83;PP=2965;ReadPosRankSum=1.675;SC=TTCTCCACCATGCAGCTGTAC;SOR=0.887;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=193;TCF=110;TCR=83;TR=193;WE=124793690;WS=124793672;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,314:0.99:316
chr11	124793716	rs10790716	G	A	3632.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.633;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=323;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=51;PP=1491;ReadPosRankSum=0.107;SC=CCATGAGCACGCGGGTGATGG;SOR=0.689;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=202;TCF=104;TCR=98;TR=105;WE=124793724;WS=124793706;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:148,174:0.54:322
chr11	124856563	rs146292043	CTG	C	883.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.437;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.052;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=1.146;NF=15;NR=9;PP=878;ReadPosRankSum=0.913;SC=CTACATGGTGCTGTGTGTGTG;SOR=0.990;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=48;TCF=28;TCR=20;TR=24;WE=124856574;WS=124856553;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,40:0.47:86
chr11	124856951	rs4608089	C	T	1010.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=18;NR=11;PP=684;SC=TTTGATATTTCGATTATTTTG;SOR=1.179;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=29;TCF=18;TCR=11;TR=29;WE=124856959;WS=124856941;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr11	124861269	rs4936967	C	T	67.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.076;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.84;ReadPosRankSum=-0.863;SOR=0.188;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,4:0.29:14
chr11	124873747	.	T	A	2355.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.940;ClippingRankSum=0.000;DP=262;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.410;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=36;PP=1105;ReadPosRankSum=1.224;SC=TTTGTGTGACTGGACCTTCTT;SOR=0.518;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=159;TCF=88;TCR=71;TR=74;WE=124873755;WS=124873737;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:140,120:0.46:260
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chr11	124946809	rs61912692	C	T	4534.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=41;NR=86;PP=2454;SC=CCATGGCCACCGAGGTTGCAC;SOR=1.388;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=128;TCF=41;TCR=87;TR=127;WE=124946817;WS=124946799;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,173:1.00:173
chr11	124949044	rs33932952	C	T	5948.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=77;NR=71;PP=2874;SC=TCCGTTACTACCTCTCAGCTG;SOR=0.748;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=148;TCF=77;TCR=71;TR=148;WE=124949052;WS=124949034;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,222:1.00:222
chr11	124949665	rs55889403	A	G	4371.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=52;NR=55;PP=1989;SC=AAGTGAGTGTAACAAGGGAGG;SOR=0.741;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=107;TCF=52;TCR=55;TR=107;WE=124949673;WS=124949655;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,168:1.00:168
chr11	124949690	rs56367722	T	C	3964.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=44;NR=55;PP=1898;SC=GTGGGAAGGATTGGGAGGGCT;SOR=0.848;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=99;TCF=44;TCR=55;TR=99;WE=124949698;WS=124949680;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,151:1.00:151
chr11	124951415	.	C	G	806.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.696;ClippingRankSum=0.000;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=20;PP=516;ReadPosRankSum=2.349;SC=GGGCTGGACCCGGAGAGGCCT;SOR=0.728;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=55;TCF=22;TCR=33;TR=34;WE=124951423;WS=124951405;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,38:0.58:66
chr11	124951467	rs4396301	C	G	925.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=19;PP=708;SC=CTGACCTCACCGACCCAGTGC;SOR=1.765;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=8;TCR=19;TR=27;WE=124951475;WS=124951457;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr11	124954282	rs948270	A	G	7192.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=268;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=72;NR=109;PP=2965;SC=CCTCTGGCCTATGTGCACGTC;SOR=1.070;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=181;TCF=72;TCR=109;TR=181;WE=124954290;WS=124954272;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,265:1.00:265
chr11	124954652	rs4936976	G	C	8115.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=301;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=119;NR=71;PP=2965;SC=GATGGTTGTTGCAGACCTCAG;SOR=1.072;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=190;TCF=119;TCR=71;TR=190;WE=124954660;WS=124954642;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,301:1.00:301
chr11	124955032	rs948268	T	C	7886.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.889;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=298;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=123;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.817;SC=TCTCTGCTGATCTGGTGAGTG;SOR=1.187;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=191;TCF=67;TCR=124;TR=189;WE=124955040;WS=124955022;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,289:0.99:291
chr11	124955274	rs3824925	C	T	5003.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-1.812;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=85;NR=55;PP=2531;ReadPosRankSum=-1.110;SC=CTTCCCCACTCCACTGTCTCT;SOR=0.387;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=142;TCF=86;TCR=56;TR=140;WE=124955282;WS=124955264;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,188:0.99:189
chr11	124955977	rs3808995	C	T	7253.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=269;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=77;NR=119;PP=2965;SC=ATCAGCCCAGCGCTCAGTTTC;SOR=1.089;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=197;TCF=78;TCR=119;TR=196;WE=124955985;WS=124955967;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,260:1.00:260
chr11	124957803	rs7929462	C	T	1383.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=21;NR=9;PP=619;SC=GCTGGGATTACAGGTGTGAGC;SOR=1.244;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=21;TCR=9;TR=30;WE=124957811;WS=124957793;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr11	124958122	rs3802808	A	G	2665.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=0.083;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=63;PP=1915;ReadPosRankSum=1.744;SC=ACAAGCAGGGAAGGCAAACCC;SOR=1.262;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=80;TCF=16;TCR=64;TR=79;WE=124958130;WS=124958112;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,90:0.99:91
chr11	124967487	rs1043821	T	A	1391.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-2.391;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=17;PP=536;ReadPosRankSum=0.028;SC=AGGTTTTCGTTTTCCTGAAGA;SOR=0.663;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=116;TCF=72;TCR=44;TR=44;WE=124967495;WS=124967477;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:112,75:0.40:187
chr11	124967678	rs3737350	A	G	804.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=2.293;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=18;PP=393;ReadPosRankSum=-0.548;SC=TACCAGTTAGACACCCTGGCT;SOR=0.724;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=71;TCF=24;TCR=47;TR=27;WE=124967686;WS=124967668;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,43:0.35:122
chr11	124967774	rs2186888	G	A	308.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.760;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=9;PP=174;ReadPosRankSum=-0.108;SC=AGTCTCCTCTGTACATGAGAA;SOR=0.368;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=14;TCF=1;TCR=13;TR=10;WE=124967782;WS=124967764;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,13:0.72:18
chr11	124972208	rs14065	A	G	7860.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=304;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=79;NR=102;PP=2965;SC=GCTCCAGTGCAACACACTCCC;SOR=0.905;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=181;TCF=79;TCR=102;TR=181;WE=124972216;WS=124972198;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,299:1.00:299
chr11	124972377	rs2155663	C	T	1461.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=28;NR=17;PP=1122;SC=AACCCAAAGCCTTTCTCTTTG;SOR=1.298;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=45;TCF=28;TCR=17;TR=45;WE=124972385;WS=124972367;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr11	124972518	rs2155664	A	G	10077.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=235;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.82;SOR=0.746;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,230:1.00:230
chr11	124972522	rs2155665	T	C	10028.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.99;SOR=0.711;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,228:1.00:228
chr11	124972691	rs2155666	T	C	641.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=16;PP=396;SC=TTCAAGAGGATGAAAACTCCC;SOR=2.215;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=5;TCR=16;TR=21;WE=124972699;WS=124972681;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr11	125009370	rs56165462	C	A	2562.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=2.036;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=305;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.881;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=41;PP=1426;ReadPosRankSum=0.552;SC=TCTGGAGAGGCTGTGTGGCCA;SOR=0.756;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=196;TCF=102;TCR=94;TR=86;WE=125009378;WS=125009360;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:172,129:0.43:301
chr11	125009529	rs11219919	G	A	1448.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-2.382;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.610;HP=2;HapScore=4;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=35;PP=1655;ReadPosRankSum=0.899;SC=CCCTTCCTCTGTCCGGGACAG;SOR=0.390;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=98;TCF=29;TCR=69;TR=53;WE=125009551;WS=125009519;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,70:0.56:126
chr11	125009543	rs74844643	G	A	1178.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.902;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.814;HP=2;HapScore=4;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=34;PP=1655;ReadPosRankSum=2.098;SC=GGGACAGGATGTAGGGTTTCC;SOR=0.539;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=87;TCF=24;TCR=63;TR=48;WE=125009551;WS=125009519;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,56:0.55:102
chr11	125281795	rs7130081	G	A	2004.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.093;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.590;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=47;PP=1264;ReadPosRankSum=-0.384;SC=GTGGAGTCCCGGCATGGGGTA;SOR=0.751;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=119;TCF=40;TCR=79;TR=71;WE=125281803;WS=125281785;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,88:0.53:165
chr11	125298871	rs595849	A	G	13830.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.634;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=523;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=193;NR=138;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.948;SC=AGATCAGCATATGCCCAGCCC;SOR=0.955;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=331;TCF=193;TCR=138;TR=331;WE=125298881;WS=125298861;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,521:1.00:523
chr11	125298890	rs11220070	C	G	5636.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.752;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=647;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=95;NR=71;PP=2378;ReadPosRankSum=0.229;SC=CCTCACTAGTCTCCACCTCTC;SOR=0.696;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=377;TCF=216;TCR=161;TR=166;WE=125298898;WS=125298880;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:357,287:0.45:644
chr11	125316073	rs34504992	T	A	1651.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.332;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.494;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=36;PP=910;ReadPosRankSum=0.092;SC=CTCCGAGCCCTGGATAGCCCT;SOR=0.859;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=91;TCF=31;TCR=60;TR=55;WE=125316081;WS=125316063;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,73:0.59:124
chr11	125323965	rs11220082	C	T	379.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-2.385;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.378;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=6;PP=209;ReadPosRankSum=1.729;SC=CCCTGCGTTGCTGGGGAGGCC;SOR=0.395;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=32;TCF=22;TCR=10;TR=16;WE=125323973;WS=125323955;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,19:0.51:37
chr11	125351472	rs597570	A	T	719.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.626;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FS=1.694;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.91;ReadPosRankSum=1.160;SOR=0.516;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:49,42:0.46:91
chr11	125365285	rs11220099	T	C	7905.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-1.587;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=764;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.521;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=124;NR=99;PP=2962;ReadPosRankSum=0.227;SC=CTGTGATACCTCCTCGACGCC;SOR=0.790;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=463;TCF=245;TCR=218;TR=223;WE=125365293;WS=125365275;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:371,385:0.51:756
chr11	125442503	rs369141998	CT	C	501.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.023;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=475;ExcessHet=3.0103;FS=2.331;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.21;ReadPosRankSum=-0.523;SOR=0.538;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:316,97:0.23:413
chr11	125443429	rs1284351	T	C	4148.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=53;NR=46;PP=1548;SC=TGCTTGAGTCTGGGAGTATGA;SOR=0.797;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=101;TCF=55;TCR=46;TR=99;WE=125443437;WS=125443419;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,160:1.00:160
chr11	125443473	rs1284352	A	C	4942.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.57;SOR=0.829;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,186:1.00:186
chr11	125443562	rs78075934	T	C	631.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.736;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=1.067;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.92;ReadPosRankSum=0.965;SOR=0.745;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,32:0.60:53
chr11	125443575	.	C	CT	56.82	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.34;QD=9.47;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr11	125445394	rs494989	G	A	996.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=19;PP=520;SC=TATTTCTTTTGTGCTTTTTCC;SOR=1.675;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=6;TCR=19;TR=25;WE=125445402;WS=125445384;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr11	125445679	rs2702007	C	G	2628.77	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.209;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=27.67;ReadPosRankSum=-0.272;SOR=0.953;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,93:0.98:95
chr11	125445680	rs61493355	A	AT	683.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=2.537;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FS=2.084;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.60;ReadPosRankSum=-0.630;SOR=1.096;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,52:0.58:90
chr11	125446070	rs550276	A	G	2007.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=34;NR=16;PP=1050;SC=CCCACAAAAGATAAGATATAA;SOR=1.240;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=50;TCF=34;TCR=16;TR=50;WE=125446078;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr11	125446354	rs575206	G	A	583.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-1.421;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=16;PP=283;ReadPosRankSum=-0.139;SC=AGGAGTCTGTGCATCTGCAGA;SOR=0.591;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=53;TCF=14;TCR=39;TR=22;WE=125446362;WS=125446344;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,28:0.45:62
chr11	125447485	rs139525965	C	T	1268.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.217;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.355;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=24;PP=657;ReadPosRankSum=-0.281;SC=ATACCCTGCTCCTTGTCTGTT;SOR=0.853;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=81;TCF=33;TCR=48;TR=39;WE=125447493;WS=125447475;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,63:0.46:138
chr11	125452081	rs11220136	C	T	393.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.887;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=2.795;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.10;ReadPosRankSum=0.945;SOR=1.210;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,21:0.54:39
chr11	125452221	.	C	CTT	1082.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.119;ClippingRankSum=0.000;DP=132;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.08;MQRankSum=-1.091;QD=9.42;ReadPosRankSum=-0.843;SOR=0.643;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:60,55:0.48:115
chr11	125452300	rs55912941	A	AC	9126.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=17;NR=74;PP=2706;SC=TGAAGCAAAGACCCTGGCAAA;SOR=1.103;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=96;TCF=19;TCR=77;TR=91;WE=125452321;WS=125452289;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,206:1.00:206
chr11	125452313	rs4627097	A	G	8946.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=58;NR=76;PP=2494;SC=CTGGCAAAGCATAGTAAGTAT;SOR=1.156;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=135;TCF=58;TCR=77;TR=134;WE=125452321;WS=125452289;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,201:1.00:201
chr11	125462162	rs573173	A	G	6594.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=242;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=110;NR=58;PP=2965;SC=GCAGTTACCAAGGCACAGTAA;SOR=1.227;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=170;TCF=112;TCR=58;TR=168;WE=125462178;WS=125462152;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,238:1.00:238
chr11	125465862	rs10082632	T	C	3917.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.054;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=390;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.367;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=56;PP=1706;ReadPosRankSum=-0.385;SC=GGACACACTTTTGAAGCTTCT;SOR=0.663;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=234;TCF=117;TCR=117;TR=114;WE=125465870;WS=125465852;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:193,192:0.50:385
chr11	125465905	rs79017058	G	T	3266.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-2.135;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=344;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=55;PP=1299;ReadPosRankSum=0.476;SC=TTATGTGAGTGTGCATGTGAA;SOR=0.699;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=203;TCF=90;TCR=113;TR=98;WE=125465913;WS=125465895;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:174,168:0.49:342
chr11	125466001	rs12289190	A	G	1383.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.382;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.21;ReadPosRankSum=-0.689;SOR=0.627;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,37:0.49:76
chr11	125466010	rs10082634	T	G	1393.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.893;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=1.081;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=20.50;ReadPosRankSum=-2.806;SOR=0.451;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,36:0.53:68
chr11	125467144	rs513209	C	A	4050.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.544;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FS=4.854;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=23.15;ReadPosRankSum=0.475;SOR=0.113;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:5,170:0.97:175
chr11	125472348	rs74685340	T	A	1715.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.899;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FS=2.493;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.84;ReadPosRankSum=0.259;SOR=1.004;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:50,74:0.60:124
chr11	125472442	rs11822999	C	T	334.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-4.596;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.128;HP=2;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=12;PP=286;ReadPosRankSum=-1.422;SC=ATCCTGATTACAGGTTCCTAA;SOR=0.123;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=24;TCF=2;TCR=22;TR=14;WE=125472450;WS=125472432;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,14:0.56:25
chr11	125472616	rs10893404	T	C	716.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=2.533;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.220;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=5;PP=485;ReadPosRankSum=-1.044;SC=CATAGTCACTTTATTGTATCT;SOR=1.040;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=48;TCF=34;TCR=14;TR=25;WE=125472624;WS=125472606;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,29:0.56:52
chr11	125473996	rs7115074	G	A	1573.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.542;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.538;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=19;PP=674;ReadPosRankSum=-0.643;SC=TGGATCCTCTGTTCTTTCTCA;SOR=0.753;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=117;TCF=70;TCR=47;TR=52;WE=125474004;WS=125473986;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:106,84:0.44:190
chr11	125475344	rs56188726	T	A	294.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=-4.284;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=0;PP=228;ReadPosRankSum=-0.793;SC=TCAGAACACTTTTATGAAGTA;SOR=0.874;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=22;TCR=0;TR=12;WE=125475352;WS=125475334;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,12:0.55:22
chr11	125475440	rs12284570	C	G	3058.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.347;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.99;ReadPosRankSum=0.287;SOR=0.735;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:90,80:0.47:170
chr11	125475443	rs12284664	G	A	3080.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.134;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.81;ReadPosRankSum=0.652;SOR=0.714;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:92,81:0.47:173
chr11	125476111	rs12285032	G	A	93.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-0.632;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=1;PP=54;ReadPosRankSum=1.126;SC=GTTCTTTAAAGAGTCACAGGT;SOR=0.495;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=23;TCF=18;TCR=5;TR=6;WE=125476119;WS=125476101;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,7:0.27:26
chr11	125476252	rs34964592	C	G	1500.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.107;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.557;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=19;PP=621;ReadPosRankSum=0.264;SC=TCCACGTCCTCGTGCTGATGC;SOR=0.969;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=120;TCF=65;TCR=55;TR=48;WE=125476260;WS=125476242;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:94,75:0.44:169
chr11	125478209	rs6590153	C	T	505.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.272;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=11.383;HP=6;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=13;PP=263;ReadPosRankSum=-1.868;SC=CAGCTTTTTTCCTTTTTTCTT;SOR=2.105;SbPval=0.94;Source=Platypus;TC=31;TCF=11;TCR=20;TR=16;WE=125478217;WS=125478199;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,24:0.53:45
chr11	125478239	rs7931989	C	T	153.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=2.478;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.875;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=5;PP=93;ReadPosRankSum=0.833;SC=GATGGAGTTTCGCTCTTGTTG;SOR=1.457;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=15;TCF=5;TCR=10;TR=7;WE=125478247;WS=125478229;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,8:0.36:22
chr11	125479363	rs2241502	G	A	2162.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.845;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.591;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=25;PP=1093;ReadPosRankSum=-2.016;SC=GTTTCTACTCGCTGCTGGATC;SOR=0.932;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=121;TCF=70;TCR=51;TR=66;WE=125479371;WS=125479353;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,101:0.55:184
chr11	125482345	rs538232	G	A	221.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-3.192;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.963;HP=4;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=3;PP=161;ReadPosRankSum=-1.493;SC=TACTGCAACTGTTTCAAGTAT;SOR=0.105;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=16;TCF=13;TCR=3;TR=11;WE=125482353;WS=125482335;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,10:0.67:15
chr11	125482650	rs80101840	G	A	1216.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.684;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.609;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=25;PP=575;ReadPosRankSum=-0.605;SC=GAAGTGAGAAGCAATGTTAAG;SOR=0.599;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=99;TCF=41;TCR=58;TR=43;WE=125482658;WS=125482640;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,65:0.43:152
chr11	125482713	rs11220158	G	A	754.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=0.986;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=17;PP=448;ReadPosRankSum=-0.136;SC=TGTGGGCAGCGGGGGGTGGGA;SOR=0.665;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=63;TCF=25;TCR=38;TR=29;WE=125482721;WS=125482703;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,35:0.44:80
chr11	125483171	rs11220159	G	T	169.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.310;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=30;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=6;PP=97;ReadPosRankSum=0.377;SC=GTGGAAAGCTGGGTGAAACTG;SOR=1.371;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=2;TCR=10;TR=6;WE=125483179;WS=125483161;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,8:0.50:16
chr11	125483885	rs12289897	G	A	616.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-3.679;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=0;PP=426;ReadPosRankSum=1.552;SC=AGTTAGCCAGGTGTCACTTCT;SOR=0.653;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=47;TCF=45;TCR=2;TR=21;WE=125483893;WS=125483880;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,25:0.49:51
chr11	125488247	.	CT	C	69.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.323;ClippingRankSum=0.000;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.01;ReadPosRankSum=-0.033;SOR=0.631;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:53,16:0.23:69
chr11	125488404	rs17140116	C	T	2269.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.215;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=258;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQ=60.08;MQRankSum=1.586;NF=36;NR=40;PP=1139;ReadPosRankSum=1.190;SC=TGCTCAACTGCCTCATGTACA;SOR=0.710;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=140;TCF=66;TCR=74;TR=76;WE=125488412;WS=125488394;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:143,115:0.45:258
chr11	125488471	rs113627561	ATAATAT	A	3122.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.862;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.651;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=1.209;NF=2;NR=33;PP=1779;ReadPosRankSum=-0.699;SC=GTGACTCATAATAATATTAAT;SOR=0.785;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=65;TCF=6;TCR=59;TR=35;WE=125488484;WS=125488461;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,80:0.58:137
chr11	125489788	rs525186	A	C	1071.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-2.793;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.507;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=8;PP=619;ReadPosRankSum=2.303;SC=TCTACTCTCAACAAATTGCAG;SOR=0.365;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=68;TCF=55;TCR=13;TR=39;WE=125489796;WS=125489778;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,48:0.56:85
chr11	125490765	rs71690379	A	AT	300.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.271;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.93;MQRankSum=0.000;QD=2.73;ReadPosRankSum=-0.732;SOR=0.642;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:70,40:0.36:110
chr11	125495740	rs77183579	A	G	5171.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.640;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=350;ExcessHet=3.0103;FS=0.822;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.78;ReadPosRankSum=2.176;SOR=0.751;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:210,140:0.40:350
chr11	125495746	rs76045215	C	G	5239.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.250;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=351;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.93;ReadPosRankSum=1.509;SOR=0.696;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:208,143:0.41:351
chr11	125499063	rs78170873	A	G	837.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.873;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=6;PP=333;ReadPosRankSum=-0.758;SC=CTTCAAATTAAGAAGCTATGT;SOR=0.609;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=69;TCF=48;TCR=21;TR=24;WE=125499071;WS=125499053;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,41:0.44:93
chr11	125507277	rs3731422	T	C	491.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-1.237;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.224;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=11;PP=322;ReadPosRankSum=-0.132;SC=AATGTGTTTCTTACCTCAAGC;SOR=0.266;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=58;TCF=38;TCR=20;TR=25;WE=125507285;WS=125507267;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,27:0.40:67
chr11	125514294	rs3731449	AAG	A	828.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=1.484;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.046;NF=15;NR=11;PP=1088;ReadPosRankSum=1.269;SC=TCAAGGAAGAAAGAGAGGAGG;SOR=0.770;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=54;TCF=31;TCR=23;TR=26;WE=125514303;WS=125514284;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,32:0.49:65
chr11	125514573	rs521102	G	A	961.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-2.060;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.820;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=21;PP=441;ReadPosRankSum=0.509;SC=ACCTTTTCCTGAAGAAGAATT;SOR=0.555;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=63;TCF=16;TCR=47;TR=29;WE=125514581;WS=125514563;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,47:0.51:93
chr11	125525195	rs506504	A	G	5944.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=67;NR=77;PP=2732;SC=CAGCCAGAAGATTTGGCTTCC;SOR=0.814;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=144;TCF=67;TCR=77;TR=144;WE=125525203;WS=125525185;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,225:1.00:225
chr11	125546413	rs76133534	A	T	1381.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=1.846;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=38;PP=850;ReadPosRankSum=0.108;SC=TTCCTTGTGGACCAGATGTGT;SOR=0.660;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=79;TCF=12;TCR=67;TR=45;WE=125546421;WS=125546403;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,58:0.58:100
chr11	125547869	rs34788353	C	T	6572.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.640;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=715;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.760;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=113;NR=127;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.086;SC=GGCTGTTCTCCGGAGAGGTGT;SOR=0.542;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=526;TCF=230;TCR=296;TR=240;WE=125547877;WS=125547859;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:384,319:0.45:703
chr11	125616483	rs498803	G	T	1837.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.129;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.329;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=28;PP=855;ReadPosRankSum=-0.531;SC=TTGAGTGGATGTTCATAGAAG;SOR=0.733;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=132;TCF=65;TCR=67;TR=61;WE=125616491;WS=125616473;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:123,95:0.44:218
chr11	125616502	rs2553829	T	A	1952.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.927;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.048;HP=4;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=30;PP=918;ReadPosRankSum=-0.266;SC=AGCTTTGAGATGGGGTTTGGA;SOR=0.600;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=130;TCF=62;TCR=68;TR=62;WE=125616510;WS=125616492;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:120,98:0.45:218
chr11	125617376	rs5795459	CT	C	550.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.126;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=11;PP=418;ReadPosRankSum=-0.054;SC=ATTCCTCCACCTTTCTTTCCC;SOR=0.763;SbPval=0.21;Source=Platypus;TC=30;TCF=2;TCR=28;TR=13;WE=125617384;WS=125617366;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,20:0.43:47
chr11	125618709	.	TCA	T	190	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;FR=0.5000;HP=8;HapScore=2;MGOF=10;MMLQ=25;MQ=60.0;NF=0;NR=5;PP=190;QD=39.2;SC=CTAAAAAAAATCACACACACA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=2;TCR=18;TR=5;WE=125618718;WS=125618699;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:15,5:0.25:20
chr11	125618728	rs35822751	CA	C	418.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-2.193;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=1.562;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.95;ReadPosRankSum=0.000;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,12:0.43:28
chr11	125618730	rs374899259	CT	C	418.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-1.608;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=1.562;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.95;ReadPosRankSum=0.070;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,12:0.43:28
chr11	125618731	.	T	C	75	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=17;MMLQ=25;MQ=60.0;NF=2;NR=5;PP=75;QD=15.6816017925;SC=ACACACACACTACAGAAGAGG;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=16;TCF=4;TCR=12;TR=7;WE=125618739;WS=125618721;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:9,7:0.44:16
chr11	125647286	rs76476146	C	T	1951.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.557;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.082;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=23;PP=894;ReadPosRankSum=-0.060;SC=ACTAAACTCCCTCAGGGAGGT;SOR=0.809;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=119;TCF=72;TCR=47;TR=61;WE=125647294;WS=125647276;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:111,97:0.47:208
chr11	125659177	rs79402356	C	T	930.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.207;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.831;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=12;PP=643;ReadPosRankSum=0.311;SC=CTTCATCTGCCTGCCCCCTCC;SOR=0.490;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=86;TCF=63;TCR=23;TR=41;WE=125659185;WS=125659167;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,44:0.46:96
chr11	125659371	rs78883072	G	A	3319.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.673;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=377;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.380;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=57;PP=1522;ReadPosRankSum=1.058;SC=GCTCAGAAGGGCGAGGCATGC;SOR=0.723;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=222;TCF=106;TCR=116;TR=105;WE=125659379;WS=125659361;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:194,168:0.46:362
chr11	125707672	rs73621179	C	T	767.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-1.911;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.133;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=6;PP=544;ReadPosRankSum=-1.125;SC=TGGACAGTATCGTCAATATGC;SOR=0.208;SbPval=0.18;Source=Platypus;TC=54;TCF=47;TCR=7;TR=29;WE=125707680;WS=125707662;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,32:0.52:61
chr11	125763556	.	C	CT	368	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;FR=0.5000;HP=10;HapScore=2;MGOF=13;MMLQ=26;MQ=59.68;NF=18;NR=2;PP=368;QD=19.0;SC=AGTCTTTTTGCTTTTTTTTTT;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=45;TCF=38;TCR=7;TR=20;WE=125763575;WS=125763546;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:25,20:0.44:45
chr11	125763566	.	TC	T	277	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;FR=0.5000;HP=9;HapScore=2;MGOF=13;MMLQ=26;MQ=59.71;NF=18;NR=3;PP=277;QD=13.7619047619;SC=CTTTTTTTTTTCTTTTAAGAG;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=48;TCF=39;TCR=9;TR=21;WE=125763575;WS=125763546;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:27,21:0.44:48
chr11	125763610	.	AT	A	66.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.368;ClippingRankSum=0.000;DP=143;ExcessHet=3.0103;FS=0.880;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.30;MQRankSum=3.862;QD=0.48;ReadPosRankSum=-0.810;SOR=0.504;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:112,26:0.19:138
chr11	125778074	rs5795465	AT	A	743.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.286;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.17;MQRankSum=1.569;QD=6.10;ReadPosRankSum=-1.138;SOR=0.678;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:64,58:0.48:122
chr11	125780194	rs2272104	C	T	407.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-0.081;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.422;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=2;PP=350;ReadPosRankSum=0.225;SC=ATTTTTATTGCAGTTGAAATT;SOR=1.483;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=47;TCF=41;TCR=6;TR=20;WE=125780202;WS=125780184;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,19:0.37:51
chr11	125788678	rs683155	T	C	3412.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.654;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=289;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.961;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=51;PP=1241;ReadPosRankSum=-0.907;SC=CTAATGTTTGTGCCCGAGGTG;SOR=0.695;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=161;TCF=80;TCR=81;TR=95;WE=125788686;WS=125788668;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:119,166:0.58:285
chr11	125821884	rs202167394	CAAG	C	4388.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-0.031;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=336;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.872;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=32;PP=1597;ReadPosRankSum=0.006;SC=CCTGCAGGCCCAAGAAGATCT;SOR=0.690;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=114;TCF=24;TCR=90;TR=40;WE=125821894;WS=125821874;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:204,120:0.37:324
chr11	125825462	rs73019365	C	T	649.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.735;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.093;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=4;PP=431;ReadPosRankSum=-0.403;SC=GAAAGGAAAGCGAGGGAAGTG;SOR=1.365;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=52;TCF=42;TCR=10;TR=26;WE=125825470;WS=125825452;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,30:0.48:62
chr11	125830970	rs684535	A	T	2511.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.221;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=255;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.462;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=37;PP=1231;ReadPosRankSum=-0.089;SC=TACAATGTTGATCTCTGTTTC;SOR=0.756;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=155;TCF=88;TCR=67;TR=88;WE=125830978;WS=125830960;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:124,126:0.50:250
chr11	125848261	rs3740904	C	T	4178.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.500;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=467;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=73;PP=1853;ReadPosRankSum=1.037;SC=GAGGCACGGCCGTGTACATTC;SOR=0.715;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=309;TCF=145;TCR=164;TR=134;WE=125848269;WS=125848251;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:245,210:0.46:455
chr11	125851055	rs564214	A	G	2562.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.044;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=255;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.525;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=57;PP=1434;ReadPosRankSum=0.529;SC=CATTGACTGCATTGGGGACCT;SOR=0.582;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=188;TCF=83;TCR=105;TR=106;WE=125851063;WS=125851045;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:123,128:0.51:251
chr11	125851181	rs684805	G	A	2289.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.365;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.303;HP=3;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=43;PP=1000;ReadPosRankSum=1.373;SC=CCATCTGCCCGTTCATATCTG;SOR=0.889;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=126;TCF=49;TCR=77;TR=65;WE=125851189;WS=125851171;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:111,111:0.50:222
chr11	125851265	rs113796011	ACACG	A	187.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.359;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.016;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=26;PP=1220;ReadPosRankSum=2.521;SC=GCACACACACACACGCACGCA;SOR=0.489;SbPval=0.25;Source=Platypus;TC=60;TCF=5;TCR=55;TR=30;WE=125851276;WS=125851245;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,19:0.24:79
chr11	125851300	rs624070	T	C	654.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.337;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=1.692;NF=10;NR=17;PP=297;ReadPosRankSum=3.777;SC=CACACACGCATGCACACATGC;SOR=0.677;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=65;TCF=26;TCR=39;TR=27;WE=125851308;WS=125851290;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,22:0.27:83
chr11	125859783	rs1939985	T	C	182.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-1.342;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.370;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=11;PP=130;ReadPosRankSum=1.000;SC=GCAATAAAAATGTACTTAATA;SOR=2.133;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=36;TCF=4;TCR=32;TR=11;WE=125859791;WS=125859773;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,11:0.31:36
chr11	125864206	rs115533243	T	C	604.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.680;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=7;PP=184;ReadPosRankSum=-2.736;SC=TTGTAATCACTGTCATTGTCA;SOR=0.743;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=38;TCF=22;TCR=16;TR=18;WE=125864214;WS=125864196;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,31:0.53:59
chr11	125864326	rs2155355	T	C	903.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.269;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.832;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=15;PP=305;ReadPosRankSum=-1.375;SC=GAAAAATTAATGTAACCTTCT;SOR=0.500;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=44;TCF=16;TCR=28;TR=26;WE=125864334;WS=125864316;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,46:0.57:81
chr11	125867039	rs140720667	TATATAA	T	592.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.162;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=5;PP=588;ReadPosRankSum=0.108;SC=TGTCTCAAAATATATAAATAT;SOR=0.551;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=38;TCF=19;TCR=19;TR=11;WE=125867061;WS=125867029;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,18:0.30:60
chr11	125867053	rs11220309	G	T	2364.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=35;NR=20;PP=1859;SC=TAAATATATGGATCTAAAGTT;SOR=1.288;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=55;TCF=35;TCR=20;TR=55;WE=125867061;WS=125867029;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr11	125871735	rs516664	C	T	1120.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.483;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.650;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=20;PP=460;ReadPosRankSum=-1.395;SC=TTTTTGATGACGCTGTTTTTT;SOR=0.783;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=76;TCF=31;TCR=45;TR=33;WE=125871743;WS=125871725;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,58:0.44:133
chr11	125873639	rs512761	G	T	411.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=8;NR=1;PP=262;SC=TGCTTGAACCGGGGAGGCGGA;SOR=1.911;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=8;TCR=1;TR=9;WE=125873647;WS=125873629;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr11	125891103	rs3832751	C	CA	1470.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.640;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.499;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=11;PP=1070;ReadPosRankSum=-1.190;SC=ACAGTAATTTCAAGAAAACCC;SOR=0.968;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=68;TCF=41;TCR=27;TR=32;WE=125891111;WS=125891093;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,58:0.50:115
chr11	125891269	rs3740912	C	T	3888.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.230;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=433;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=72;NR=59;PP=1915;ReadPosRankSum=1.450;SC=TGAATCTTAACATGTTCCAGG;SOR=0.682;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=279;TCF=152;TCR=127;TR=131;WE=125891277;WS=125891259;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:235,195:0.45:430
chr11	126045822	rs560813	T	C	5422.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.040;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=97;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.999;SC=GGGTGTCTGTTCACCTTTCTG;SOR=1.357;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=147;TCF=49;TCR=98;TR=145;WE=126045830;WS=126045812;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,195:0.99:197
chr11	126045882	rs75462411	C	T	1005.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-2.091;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.758;HP=3;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=25;PP=577;ReadPosRankSum=-1.119;SC=TTCTGGACTCCCCACGTGTCT;SOR=0.605;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=77;TCF=27;TCR=50;TR=39;WE=126045890;WS=126045872;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,49:0.49:101
chr11	126080757	rs608367	T	C	4706.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=55;NR=52;PP=2188;SC=AGCTGCAGGTTCCTCCACCTT;SOR=0.762;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=107;TCF=55;TCR=52;TR=107;WE=126080765;WS=126080747;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,178:1.00:178
chr11	126081336	rs587891	T	C	9272.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=349;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=153;NR=101;PP=2965;SC=CTGGTCCCTTTGGACTCACCG;SOR=1.009;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=254;TCF=153;TCR=101;TR=254;WE=126081344;WS=126081326;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,346:1.00:346
chr11	126081403	rs2282580	T	C	4432.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.146;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=478;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.097;HP=3;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=82;NR=67;PP=1905;ReadPosRankSum=-0.668;SC=CGCTAATCTCTGGGCATTTAT;SOR=0.764;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=308;TCF=158;TCR=150;TR=149;WE=126081411;WS=126081393;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:251,224:0.47:475
chr11	126110978	rs3824924	C	A	1105.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-2.246;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.172;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=22;PP=488;ReadPosRankSum=-2.310;SC=TTGGAATTTCCTAAAATTTAA;SOR=0.372;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=67;TCF=23;TCR=44;TR=36;WE=126110986;WS=126110968;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,53:0.60:89
chr11	126134698	rs638766	T	C	2173.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=1.429;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.758;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=16;PP=1515;ReadPosRankSum=1.961;SC=ACATCTGTTATCCAAAAGCAG;SOR=2.425;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=72;TCF=55;TCR=17;TR=71;WE=126134706;WS=126134688;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,78:0.98:80
chr11	126135139	rs2242391	G	T	3144.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=2.333;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=345;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=55;PP=1718;ReadPosRankSum=-0.870;SC=AAATATCAGCGATAGGCTGGG;SOR=0.709;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=226;TCF=115;TCR=111;TR=111;WE=126135147;WS=126135129;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:189,152:0.45:341
chr11	126135785	rs11220432	G	A	3336.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.576;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=335;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.907;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=41;PP=1583;ReadPosRankSum=-0.219;SC=GTACAGGTGAGAAACGCTAGG;SOR=0.778;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=212;TCF=109;TCR=103;TR=93;WE=126135793;WS=126135775;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:175,155:0.47:330
chr11	126137854	rs7130615	G	A	5277.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-0.273;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=499;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.518;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=84;NR=60;PP=2193;ReadPosRankSum=1.288;SC=AAAAATCAGGGCTATGTTAAC;SOR=0.730;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=287;TCF=166;TCR=121;TR=144;WE=126137862;WS=126137844;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:241,257:0.52:498
chr11	126138453	rs12786155	C	T	1084.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=2.446;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=0;PP=708;ReadPosRankSum=2.333;SC=AAGCGGAGTCCGGGTTACGCG;SOR=0.732;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=113;TCF=87;TCR=26;TR=45;WE=126138461;WS=126138443;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,52:0.51:102
chr11	126139100	rs1786702	T	C	2690.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=59;NR=20;PP=1696;SC=CTCAGAGGGGTTATGATTCGG;SOR=2.110;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=79;TCF=59;TCR=20;TR=79;WE=126139108;WS=126139090;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr11	126139313	rs1786703	T	A	6386.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=241;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=57;NR=88;PP=2918;SC=GGAAGGGGGTTAGCTTACCTA;SOR=1.034;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=145;TCF=57;TCR=88;TR=145;WE=126139321;WS=126139303;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,235:1.00:235
chr11	126145931	rs2276025	T	C	4479.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=55;NR=68;PP=2645;SC=GCCTTCCCACTCCTCACCCTC;SOR=0.955;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=123;TCF=55;TCR=68;TR=123;WE=126145939;WS=126145921;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,161:1.00:161
chr11	126160687	rs1893352	A	G	3762.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.165;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=386;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.776;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQRankSum=0.000;NR=38;ReadPosRankSum=-0.328;SC=CTCTCTCTCTACCCTCTGTAG;SOR=0.743;Source=Platypus;TCR=92;WE=126160695;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:196,183:0.48:379
chr11	126161374	rs8177371	C	T	2337.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.108;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=253;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.465;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=33;PP=941;ReadPosRankSum=0.005;SC=GGCTCCCTGACATACCTGACA;SOR=0.519;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=137;TCF=76;TCR=61;TR=67;WE=126161382;WS=126161364;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:132,119:0.47:251
chr11	126161490	rs614700	T	C	3967.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=37;NR=66;PP=1721;SC=CGAAGCTCTCTGCTCCTCAGC;SOR=1.121;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=103;TCF=37;TCR=66;TR=103;WE=126161498;WS=126161480;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,154:1.00:154
chr11	126162607	rs3802814	G	A	3421.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.263;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=302;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.878;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=56;PP=1822;ReadPosRankSum=0.685;SC=TGGCCGCCCAGGACCTGGTCT;SOR=0.630;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=201;TCF=90;TCR=111;TR=106;WE=126162615;WS=126162597;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:144,156:0.52:300
chr11	126162843	rs8177374	C	T	5040.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.087;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=539;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.742;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=74;NR=74;PP=2143;ReadPosRankSum=0.184;SC=CCCCTGCTGTCGGGCCTCAGC;SOR=0.644;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=323;TCF=166;TCR=157;TR=148;WE=126162851;WS=126162833;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:282,249:0.47:531
chr11	126163064	rs8177375	A	G	1652.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=1.298;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.578;HP=3;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=40;PP=1129;ReadPosRankSum=1.277;SC=GCTTCTGGAAAAGGCTGTCGG;SOR=1.136;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=102;TCF=36;TCR=66;TR=57;WE=126163072;WS=126163054;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,67:0.55:122
chr11	126163124	rs609634	C	T	3349.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.753;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=47;PP=2473;ReadPosRankSum=0.773;SC=AGTAACTTGGCCAAGTTACTC;SOR=0.747;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=101;TCF=53;TCR=48;TR=99;WE=126163132;WS=126163114;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,113:0.98:115
chr11	126163691	rs611953	A	G	2367.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=24;NR=44;PP=1300;SC=GGAGTGAGTCACAGCGCTTTG;SOR=1.270;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=69;TCF=24;TCR=45;TR=68;WE=126163699;WS=126163681;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr11	126164349	rs625413	T	C	3600.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=75;NR=28;PP=2084;SC=CAGGGTTCAATGCCTTCACCT;SOR=1.779;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=103;TCF=75;TCR=28;TR=103;WE=126164357;WS=126164339;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chr11	126176578	rs637462	G	A	7321.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.778;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=282;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=88;NR=74;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.766;SC=CTGAGCTCCAGTTGCAGTTCT;SOR=0.775;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=164;TCF=89;TCR=75;TR=162;WE=126176586;WS=126176568;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,277:0.99:279
chr11	126208378	rs7115672	T	C	288.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-3.577;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.519;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=9;PP=100;ReadPosRankSum=1.798;SC=TTTCTCACGCTGGCCTGTCTC;SOR=0.420;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=28;TCF=5;TCR=23;TR=11;WE=126208386;WS=126208368;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,16:0.43:37
chr11	126213395	rs240536	T	C	3535.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.028;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=334;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.345;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=69;PP=1780;ReadPosRankSum=-0.624;SC=TTTCCTCACCTTTCCCAGAGT;SOR=0.618;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=217;TCF=76;TCR=141;TR=105;WE=126213403;WS=126213385;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:156,166:0.52:322
chr11	126228258	rs77137587	A	T	1476.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.430;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.530;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=24;PP=749;ReadPosRankSum=0.746;SC=GTGTAGGCAGATTTGGGTGAC;SOR=0.410;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=116;TCF=70;TCR=46;TR=53;WE=126228266;WS=126228248;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:94,77:0.45:171
chr11	126275960	rs10893506	T	C	2099.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.591;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=263;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.094;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=29;PP=776;ReadPosRankSum=0.490;SC=TTTGTGAAGCTGACCGGACAC;SOR=0.841;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=161;TCF=86;TCR=75;TR=67;WE=126275968;WS=126275950;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:148,113:0.43:261
chr11	126277216	rs2230278	C	T	3759.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=2.780;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=383;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=68;PP=1895;ReadPosRankSum=0.141;SC=CATCTGCTTACGAGCTGCCCT;SOR=0.680;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=229;TCF=100;TCR=129;TR=120;WE=126277224;WS=126277206;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:193,183:0.49:376
chr11	126277570	rs11220480	A	G	2868.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=2.084;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=282;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=1.007;NF=49;NR=66;PP=1801;ReadPosRankSum=-0.936;SC=ACCTTCTCCTATTTCCTGCCC;SOR=0.693;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=219;TCF=93;TCR=126;TR=115;WE=126277592;WS=126277560;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:139,139:0.50:278
chr11	126278075	rs2230279	C	T	4774.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.397;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=554;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.525;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=87;NR=62;PP=2097;ReadPosRankSum=0.489;SC=TCAACAAGTACGATGTGGTCA;SOR=0.796;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=354;TCF=201;TCR=153;TR=149;WE=126278083;WS=126278065;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:297,244:0.45:541
chr11	126279365	rs1316361	A	T	1173.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=0.552;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.822;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=36;PP=818;ReadPosRankSum=-0.864;SC=AGGAGGGATGATCCTATGGGC;SOR=0.152;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=90;TCF=18;TCR=72;TR=48;WE=126279373;WS=126279355;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,51:0.53:96
chr11	126283681	rs116861493	C	T	910.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-2.203;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.081;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=24;PP=696;ReadPosRankSum=-0.142;SC=CACCTGGACTCCCTGGCCAGC;SOR=0.990;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=62;TCF=21;TCR=41;TR=35;WE=126283689;WS=126283671;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,37:0.54:68
chr11	126283785	rs2236653	C	T	1494.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.943;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.286;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=12;PP=906;ReadPosRankSum=1.234;SC=TTGGGAGGGGCAGGGAGACTT;SOR=1.386;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=104;TCF=74;TCR=30;TR=55;WE=126283793;WS=126283775;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,67:0.52:128
chr11	126294817	rs948052	G	A	4971.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.028;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=448;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=80;NR=86;PP=2662;ReadPosRankSum=0.293;SC=CACGCTGCTTGCCCGCAGGAC;SOR=0.666;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=320;TCF=152;TCR=168;TR=166;WE=126294825;WS=126294807;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:206,230:0.53:436
chr11	126301481	rs3802817	T	A	1082.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=3.894;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=36;PP=813;ReadPosRankSum=-0.440;SC=TATCCCCCCATGATCTCACCC;SOR=0.596;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=77;TCF=9;TCR=68;TR=39;WE=126301489;WS=126301471;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,43:0.52:82
chr11	126305279	rs4937132	C	G	1738.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=2.061;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.044;HP=5;HapScore=2;MGOF=34;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=45;PP=1022;ReadPosRankSum=1.103;SC=GCTGCTTGAGCGGGGCTGGGT;SOR=0.899;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=122;TCF=35;TCR=87;TR=61;WE=126305287;WS=126305269;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,81:0.49:166
chr11	126310082	rs878830	A	T	1252.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=30;NR=7;PP=840;SC=TGCCCTTAGGATGCGGAATTT;SOR=2.636;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=30;TCR=7;TR=37;WE=126310090;WS=126310072;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr11	126310156	rs3740918	G	A	2008.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-4.039;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=10;PP=806;ReadPosRankSum=-0.013;SC=AGCACTGCCTGTTCTGAGAAA;SOR=0.694;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=98;TCF=73;TCR=25;TR=48;WE=126310164;WS=126310146;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,91:0.61:150
chr11	126315024	rs3802819	T	C	12389.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=488;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=125;NR=173;PP=2965;SC=CAGGCTCAGATGCCAAGAGCA;SOR=0.915;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=298;TCF=125;TCR=173;TR=298;WE=126315032;WS=126315014;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,485:1.00:485
chr11	126316610	rs1574534	C	T	3258.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=74;NR=21;PP=2152;SC=CCACTGTCCCCGCCCCCTGCC;SOR=2.137;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=95;TCF=74;TCR=21;TR=95;WE=126316618;WS=126316600;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr11	126343135	rs12786235	A	C	1726.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.62;QD=25.03;SOR=5.166;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr11	126396674	rs674537	G	A	2721.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-1.923;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=64;PP=1791;ReadPosRankSum=-0.754;SC=CAGGGCTGGCGCAGGAGACTG;SOR=0.976;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=86;TCF=21;TCR=65;TR=85;WE=126396682;WS=126396664;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,98:0.99:99
chr11	126858275	rs560163	C	T	95.78	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=11.97;ReadPosRankSum=0.854;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,6:0.75:8
chr11	126858392	rs670637	A	G	131.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.157;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=9.41;ReadPosRankSum=0.805;SOR=0.905;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,5:0.36:14
chr11	126858406	rs634171	A	T	109.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=1.691;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.522;HP=5;HapScore=4;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=3;PP=103;ReadPosRankSum=-0.090;SC=TTTCAGAAAAAAGAATTTCAG;SOR=1.546;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=5;TCF=2;TCR=3;TR=4;WE=126858414;WS=126858382;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,4:0.31:13
chr11	126858484	rs558276	T	C	302.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.29;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr11	126865035	rs7926177	C	T	595.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-1.060;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.113;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=7;PP=355;ReadPosRankSum=0.393;SC=CACTCCCTTACGAATAGCTGT;SOR=0.222;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=67;TCF=54;TCR=13;TR=28;WE=126865043;WS=126865025;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,30:0.39:77
chr11	126870418	rs3802824	C	T	1824.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.625;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.633;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=37;PP=797;ReadPosRankSum=1.636;SC=CTTAGCGCAGCGAAGGAAAGC;SOR=0.921;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=106;TCF=37;TCR=69;TR=55;WE=126870426;WS=126870408;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:91,90:0.50:181
chr11	126873592	rs494442	C	T	5950.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=1.099;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=690;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.520;HP=5;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.382;NF=87;NR=84;PP=2288;ReadPosRankSum=1.036;SC=TGCAAGCCGGCGGGATGCCAG;SOR=0.733;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=399;TCF=199;TCR=200;TR=171;WE=126873600;WS=126873582;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:382,304:0.44:686
chr11	126873721	rs11377295	G	GC	6818.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=105;PP=2974;SC=TGAGCCCCTGGCCCGCCCCCC;SOR=1.633;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=127;TCF=8;TCR=119;TR=113;WE=126873729;WS=126873711;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,204:1.00:204
chr11	126968472	rs11220767	C	T	7632.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=287;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=114;NR=73;PP=2965;SC=TATGATCACTCCTGCCATCCT;SOR=0.985;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=189;TCF=114;TCR=75;TR=187;WE=126968480;WS=126968462;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,278:1.00:278
chr11	128332262	rs34846069	G	A	1483.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.391;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.779;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=12;PP=827;ReadPosRankSum=0.024;SC=GCCATCACTCGTCGGCATCTG;SOR=0.795;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=85;TCF=64;TCR=21;TR=47;WE=128332270;WS=128332252;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,65:0.59:110
chr11	128333503	rs2230004	T	C	4270.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.892;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=430;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.106;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=50;PP=1846;ReadPosRankSum=0.028;SC=GAAACTGCCATAGCTGGATTG;SOR=0.614;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=258;TCF=150;TCR=108;TR=116;WE=128333511;WS=128333493;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:211,208:0.50:419
chr11	128355859	rs1122832	T	C	986.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=2.105;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.083;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=6;PP=643;ReadPosRankSum=0.491;SC=TAAGAAGATATTATTTTTGAT;SOR=1.663;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=53;TCF=43;TCR=10;TR=36;WE=128355867;WS=128355849;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,43:0.57:76
chr11	128634760	rs74400777	C	T	126.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.356;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.199;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=5;PP=53;ReadPosRankSum=2.204;SC=GGGAGGAGGGCCAGCTGGGCA;SOR=1.565;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=4;TCR=12;TR=5;WE=128634768;WS=128634750;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,7:0.37:19
chr11	128638216	rs35044982	TG	T	7880.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.557;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=299;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.235;NF=9;NR=109;PP=2979;ReadPosRankSum=1.256;SC=CCCCACTCTCTGGGGGGGCAG;SOR=1.210;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=128;TCF=10;TCR=118;TR=118;WE=128638224;WS=128638206;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,259:0.99:261
chr11	128652012	rs639336	G	T	3581.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.357;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=329;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=77;PP=1886;ReadPosRankSum=0.402;SC=ACCAGCTTGCGTGTTCCACTC;SOR=0.669;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=230;TCF=72;TCR=158;TR=114;WE=128652020;WS=128652002;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:161,164:0.50:325
chr11	128652053	rs3216814	A	AG	2857.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-0.735;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.637;HP=3;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=51;PP=1911;ReadPosRankSum=-0.390;SC=GACAAGCCAAAATTTTCGCCA;SOR=0.634;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=118;TCF=2;TCR=116;TR=52;WE=128652061;WS=128652043;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:89,85:0.49:174
chr11	128708947	rs1231254	T	A	1433.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.081;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.547;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=14;PP=808;ReadPosRankSum=0.326;SC=CCCTAAATTGTTGACTGCTTC;SOR=0.895;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=81;TCF=57;TCR=24;TR=49;WE=128708955;WS=128708937;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,66:0.56:117
chr11	128781339	rs6590357	T	C	6187.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.911;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=639;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=97;NR=97;PP=2887;ReadPosRankSum=-0.897;SC=TGGAGAAGAGTGGCAAGTGCA;SOR=0.670;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=418;TCF=211;TCR=207;TR=194;WE=128781347;WS=128781329;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:324,298:0.48:622
chr11	128781978	rs7118824	T	G	8129.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.717;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=433;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.522;HP=1;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=69;NR=85;PP=2323;ReadPosRankSum=1.898;SC=GCCTCTTCCTTGTGTCTCCTC;SOR=0.658;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=273;TCF=116;TCR=157;TR=154;WE=128781986;WS=128781968;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:207,225:0.52:432
chr11	128782002	rs7118833	T	C	7562.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.168;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=368;ExcessHet=3.0103;FS=1.724;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=20.61;ReadPosRankSum=0.597;SOR=0.605;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:167,200:0.54:367
chr11	128782012	rs7102584	C	G	12928.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=350;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=37.05;SOR=1.153;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,349:1.00:349
chr11	128786139	.	A	AGATG,AGATGGATGGATG	797.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;QD=49.86;SOR=2.584;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:0,13,3:0.81,0.19:16
chr11	128786294	rs4937391	G	A	2284.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=2.930;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.525;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=21;PP=1175;ReadPosRankSum=2.020;SC=TGTAACTTCCGTTTCCCCAGG;SOR=0.640;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=135;TCF=97;TCR=38;TR=70;WE=128786302;WS=128786284;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:106,105:0.50:211
chr11	128804789	rs2155548	C	A	255.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.510;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.759;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=3;PP=184;ReadPosRankSum=0.379;SC=GTCATGTAGACTATGGCTCAG;SOR=0.049;SbPval=0.19;Source=Platypus;TC=22;TCF=19;TCR=3;TR=11;WE=128804797;WS=128804779;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,12:0.43:28
chr11	128804955	rs2186833	C	T	1646.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.546;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.71;ReadPosRankSum=0.195;SOR=0.690;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:102,87:0.46:189
chr11	128805548	rs11601431	G	A	1307.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.399;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FS=0.787;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.34;ReadPosRankSum=0.935;SOR=0.750;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:62,36:0.37:98
chr11	128805557	rs56235610	T	C	1393.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.053;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.15;ReadPosRankSum=-0.075;SOR=0.713;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:65,41:0.39:106
chr11	128842243	rs77561606	A	T	376.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.890;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=4.706;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.94;ReadPosRankSum=0.400;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,9:0.43:21
chr11	128842251	rs76301868	G	T	432.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.423;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=3.696;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.92;ReadPosRankSum=0.298;SOR=1.688;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,14:0.48:29
chr11	128846547	rs665619	C	A	5163.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.747;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=64;PP=2370;ReadPosRankSum=-1.019;SC=ATAAAAAACACATAGTGTGAA;SOR=0.777;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=120;TCF=55;TCR=65;TR=118;WE=128846555;WS=128846537;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,196:0.99:198
chr11	128846664	rs10893943	T	C	403.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=1.874;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=14;PP=284;ReadPosRankSum=-0.755;SC=TTTAGTACTCTATTACATAAT;SOR=0.495;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=36;TCF=5;TCR=31;TR=17;WE=128846672;WS=128846654;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,18:0.45:40
chr11	128855726	rs374202638	CGT	C	180.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.319;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=20.08;ReadPosRankSum=0.674;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,7:0.78:9
chr11	128855753	rs12292184	G	A	123.27	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;QD=13.70;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,7:0.78:9
chr11	128857882	rs57177179	TAAG	T	2973.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.017;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.568;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=1.632;NF=19;NR=15;PP=1308;ReadPosRankSum=-0.195;SC=TTTAATTAGTTAAGAAGGAGT;SOR=0.784;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=89;TCF=49;TCR=40;TR=34;WE=128857892;WS=128857872;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:105,80:0.43:185
chr11	128868090	rs669678	G	A	1139.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=35;NR=1;PP=957;SC=AGAAAGCTTAGTACATGCATT;SOR=5.784;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=36;TCF=35;TCR=1;TR=36;WE=128868098;WS=128868089;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr11	128868239	rs670440	T	C	14560.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=563;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=207;NR=161;PP=2965;SC=TTAGAAGGTGTTCCCCCAGGT;SOR=0.896;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=369;TCF=208;TCR=161;TR=368;WE=128868247;WS=128868229;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,549:1.00:549
chr11	128932128	rs35714464	A	AG	12712.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-2.186;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=336;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.844;HP=6;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.138;NF=70;NR=85;PP=2979;ReadPosRankSum=-1.273;SC=TGAATCATAAAAAAACTTTCC;SOR=0.832;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=159;TCF=73;TCR=86;TR=155;WE=128932136;WS=128932118;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,331:1.00:332
chr11	128934033	rs61104154	T	TA	39.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=7.98;SOR=3.611;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr11	128993935	rs34358416	C	CT	825.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-0.201;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=31;PP=1110;ReadPosRankSum=2.023;SC=AAACTGATTACTTTCAGGTAC;SOR=0.769;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=77;TCF=2;TCR=75;TR=32;WE=128993943;WS=128993925;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,37:0.48:77
chr11	129061849	rs2511810	G	T	1437.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=33;NR=5;PP=990;SC=CTGCTCCCTTGAGCTCCAAAC;SOR=2.985;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=33;TCR=5;TR=38;WE=129061857;WS=129061839;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr11	129312660	rs3827487	C	T	2629.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=43;NR=19;PP=1280;SC=CTGGAGCCTGCCAGCAGGATC;SOR=1.402;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=62;TCF=43;TCR=19;TR=62;WE=129312668;WS=129312650;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr11	129321026	rs10791010	C	T	2631.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.048;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=288;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.487;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=22;PP=1311;ReadPosRankSum=-1.053;SC=TTTTTACTCACGTAGGTTCTT;SOR=0.794;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=196;TCF=140;TCR=56;TR=85;WE=129321034;WS=129321016;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:159,128:0.45:287
chr11	129321066	rs10791011	C	T	4530.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.102;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=493;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.112;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=86;NR=48;PP=1953;ReadPosRankSum=1.174;SC=CCACAAAACCCAAAGGTCGCC;SOR=0.791;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=295;TCF=186;TCR=109;TR=134;WE=129321074;WS=129321056;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:269,222:0.45:491
chr11	129722553	rs558813	C	T	760.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-4.219;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.381;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=17;PP=392;ReadPosRankSum=-1.257;SC=TTTTCCGTCACTGGTAAGAGC;SOR=0.163;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=45;TCF=10;TCR=35;TR=24;WE=129722561;WS=129722543;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,34:0.59:58
chr11	129743012	rs1650826	A	G	1910.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.057;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.380;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=30;PP=797;ReadPosRankSum=-0.290;SC=GCATGAGGCCAAGAGCTTAAT;SOR=0.536;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=129;TCF=57;TCR=72;TR=58;WE=129743020;WS=129743002;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:110,98:0.47:208
chr11	129744252	rs1030467	T	C	1770.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.234;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.145;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=30;PP=821;ReadPosRankSum=-0.225;SC=CAAAGAAAACTCACCTGGTGT;SOR=0.583;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=118;TCF=49;TCR=69;TR=54;WE=129744260;WS=129744242;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:101,86:0.46:187
chr11	129744872	rs1016364	A	G	270.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-2.252;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.108;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=11;PP=188;ReadPosRankSum=-1.526;SC=AAGTTATTTGAACTCTAGGAA;SOR=0.260;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=39;TCF=9;TCR=30;TR=16;WE=129744880;WS=129744862;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,17:0.39:44
chr11	129752177	rs1783910	A	G	1342.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.712;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FS=4.159;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.95;ReadPosRankSum=-0.924;SOR=0.416;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:67,68:0.50:135
chr11	129754103	rs3214551	T	TG	3641.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.952;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=246;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.056;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=56;PP=2205;ReadPosRankSum=0.346;SC=TCTGGTCACTTTCAAAAGTAA;SOR=0.788;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=138;TCF=11;TCR=127;TR=60;WE=129754111;WS=129754093;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:128,109:0.46:237
chr11	129754644	rs1131972	A	G	550.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-0.155;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=8;PP=399;ReadPosRankSum=-0.265;SC=TCTCACCTGCAGTTTTCATAT;SOR=0.699;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=41;TCF=30;TCR=11;TR=27;WE=129754652;WS=129754634;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,27:0.53:51
chr11	129755669	rs1783914	G	A	1064.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=32;PP=846;SC=CGAAGAATCTGTATTGATTAC;SOR=7.112;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=32;TCF=0;TCR=32;TR=32;WE=129755677;WS=129755659;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr11	129758327	rs1650823	G	A	1950.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-1.778;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=21;PP=1249;ReadPosRankSum=1.149;SC=TTGTTTTTTAGAACACAGCCT;SOR=0.649;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=138;TCF=101;TCR=37;TR=74;WE=129758335;WS=129758317;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,87:0.52:167
chr11	129772172	rs1540408	T	C	388.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=1.001;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=2;PP=257;ReadPosRankSum=0.923;SC=AGAACAGACATGAGGTGGGTG;SOR=0.804;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=21;TCR=3;TR=15;WE=129772180;WS=129772162;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,16:0.64:25
chr11	129940806	rs112826009	A	G	1364.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.602;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=20;PP=889;ReadPosRankSum=1.339;SC=GCGAAGCGGCAGGGCCGGGGG;SOR=0.293;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=47;TCF=23;TCR=24;TR=42;WE=129940814;WS=129940796;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,50:0.98:51
chr11	129998900	rs651935	T	C	4675.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=80;NR=52;PP=2283;SC=AGGCTTCCTCTGGGTGCCACA;SOR=1.078;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=132;TCF=80;TCR=52;TR=132;WE=129998908;WS=129998890;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,175:1.00:175
chr11	130013369	rs2228999	C	T	2655.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.795;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=294;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.438;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=62;PP=1313;ReadPosRankSum=1.167;SC=GCAGCCCTGGCGGAGGGATGC;SOR=0.728;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=214;TCF=79;TCR=135;TR=98;WE=130013377;WS=130013359;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:151,134:0.47:285
chr11	130059940	rs80341957	A	G	1997.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=2.570;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.811;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=30;PP=1222;ReadPosRankSum=2.045;SC=CCCTTTAGATAATAAGGAAGC;SOR=0.547;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=132;TCF=75;TCR=57;TR=66;WE=130059948;WS=130059930;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:96,90:0.48:186
chr11	130060612	rs858704	A	G	3730.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=17;NR=72;PP=2087;SC=GGGGGCGGGTAGGGCTGTGGG;SOR=1.918;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=89;TCF=17;TCR=72;TR=89;WE=130060620;WS=130060602;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr11	130064223	rs610005	A	G	5357.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.394;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.442;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=122;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.146;SC=CCCTCGGGCCACAGAGAAGGG;SOR=2.213;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=158;TCF=35;TCR=123;TR=156;WE=130064231;WS=130064213;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,183:0.99:185
chr11	130064647	rs597661	G	A	11588.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.595;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=445;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.119;NF=123;NR=166;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.139;SC=GAGCTATGGGGCGTGTGAACG;SOR=0.896;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=291;TCF=124;TCR=167;TR=289;WE=130064664;WS=130064637;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,441:1.00:443
chr11	130064705	rs597576	A	G	5458.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=45;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=53;NR=107;PP=2965;SC=CTCCCTGTGCAGATGTGTGTG;SOR=1.426;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=160;TCF=53;TCR=107;TR=160;WE=130064713;WS=130064695;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,198:1.00:198
chr11	130064747	rs58417767	ATGTGTGTG	A,GTGTGTGTG	2092.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=45;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=24;NF=0,6;NR=30,24;PP=2995,1411;SC=ATATGTGTGCATGTGTGTGTG;SOR=3.393;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=65;TCF=4;TCR=61;TR=30,30;WE=130064762;WS=130064736;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.43,0.57:68
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chr11	130066452	rs11368852	G	GC	5731.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.114;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=501;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=11;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.445;NF=41;NR=107;PP=2976;ReadPosRankSum=1.389;SC=CTTGTGCCCCGCCCCCCCTCC;SOR=0.731;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=304;TCF=90;TCR=214;TR=148;WE=130066462;WS=130066442;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:247,238:0.49:485
chr11	130067892	rs858715	C	T	3508.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=39;NR=79;PP=2299;SC=CCACCCTGCCCGCGTCCCATG;SOR=2.253;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=128;TCF=49;TCR=79;TR=118;WE=130067900;WS=130067882;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,143:1.00:143
chr11	130067987	rs595073	A	C	2007.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=24;NR=32;PP=1404;SC=CTCTGGCCCCACTCCCCACCC;SOR=1.112;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=56;TCF=24;TCR=32;TR=56;WE=130067995;WS=130067977;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr11	130068491	rs11827924	G	C	2824.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=1.834;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=291;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=44;PP=1211;ReadPosRankSum=0.353;SC=GTGGGGACGGGTCCGACGAGG;SOR=0.693;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=160;TCF=63;TCR=97;TR=73;WE=130068499;WS=130068481;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:149,133:0.47:282
chr11	130069790	rs613501	T	G	6464.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=237;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=85;NR=72;PP=2965;SC=TGTCCCCTTGTGGTTTGATGT;SOR=0.827;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=157;TCF=85;TCR=72;TR=157;WE=130069798;WS=130069780;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,237:1.00:237
chr11	130104253	rs12789105	A	C	325.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.746;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=7;PP=151;ReadPosRankSum=-0.417;SC=TGATTTATACAACAAAATTGG;SOR=0.836;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=26;TCF=8;TCR=18;TR=9;WE=130104261;WS=130104243;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,16:0.44:36
chr11	130109936	rs11449622	A	AT	179.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.756;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=3.960;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.61;ReadPosRankSum=-0.620;SOR=1.931;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,18:0.46:39
chr11	130270855	rs59317921	T	C	3973.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.752;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=40;PP=2103;ReadPosRankSum=-0.729;SC=AACTTGAAATTTCCAGTGTCC;SOR=1.061;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=101;TCF=61;TCR=40;TR=101;WE=130270863;WS=130270845;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,150:0.99:152
chr11	130271647	rs747249	A	G	3751.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=74;NR=30;PP=2060;SC=GCTGGCTTAGATGGGTGACTT;SOR=1.540;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=104;TCF=74;TCR=30;TR=104;WE=130271655;WS=130271637;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,135:1.00:135
chr11	130271678	rs747250	T	G	5380.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=84;NR=60;PP=2613;SC=ACATTCCACATGCAGCTCTCC;SOR=0.946;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=144;TCF=84;TCR=60;TR=144;WE=130271686;WS=130271668;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,201:1.00:201
chr11	130278924	rs2291344	T	G	1962.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=48;PP=1354;SC=AGCACTTTTCTTCTTTCTTTT;SOR=2.372;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=60;TCF=12;TCR=48;TR=60;WE=130278932;WS=130278914;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr11	130281488	rs2131535	G	A	9009.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=349;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=83;NR=152;PP=2965;SC=GCCTCCATCTGCCACGGGCTG;SOR=1.263;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=236;TCF=83;TCR=153;TR=235;WE=130281496;WS=130281478;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,335:1.00:335
chr11	130284344	rs7106106	T	C	8835.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=329;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=146;NR=77;PP=2965;SC=GTGGTTTCCTTCTGGAGAACA;SOR=1.229;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=225;TCF=146;TCR=79;TR=223;WE=130284352;WS=130284334;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,325:1.00:325
chr11	130286766	rs2291347	G	A	9908.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=386;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=136;NR=84;PP=2965;SC=TAGGATCTACGCAACCTTGGA;SOR=0.985;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=222;TCF=136;TCR=86;TR=220;WE=130286774;WS=130286756;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,379:1.00:379
chr11	130297948	rs7927048	C	G	11164.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=263;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.27;SOR=0.824;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,258:1.00:258
chr11	130297957	rs7942034	T	C	10964.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=250;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.21;SOR=0.848;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,248:1.00:248
chr11	130298117	rs10548872	GGCA	G	3630.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=20;NR=21;PP=2013;SC=GCGGGCCAGCGGCAGCAGCAG;SOR=1.139;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=52;TCF=23;TCR=29;TR=41;WE=130298127;WS=130298107;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr11	130298447	rs903024	C	T	644.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=14;PP=406;SC=TCCTCCGCCCCTGCCCGCGCC;SOR=1.802;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=19;TCF=5;TCR=14;TR=19;WE=130298455;WS=130298437;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr11	130542882	rs7933829	C	T	1279.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.435;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.198;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=4;PP=766;ReadPosRankSum=-0.252;SC=ACATGGTCCTCCTCTGTCTCT;SOR=0.416;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=78;TCF=68;TCR=10;TR=39;WE=130542890;WS=130542872;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,52:0.54:97
chr11	130748131	rs3190331	A	G	669.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=2.214;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=5;PP=516;ReadPosRankSum=0.655;SC=AAACGTGCATACAACTGGGAC;SOR=0.836;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=51;TCF=41;TCR=10;TR=27;WE=130748139;WS=130748130;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,28:0.49:57
chr11	130749715	rs2282528	A	G	8786.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=336;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=84;NR=156;PP=2965;SC=TAGGTATTTCAGGCCTACCTC;SOR=1.268;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=241;TCF=85;TCR=156;TR=240;WE=130749723;WS=130749705;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,328:1.00:328
chr11	130750642	rs2298566	A	C	7581.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=294;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=88;NR=76;PP=2781;SC=CTGAAGAAGCAGGAGGTACTG;SOR=0.794;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=164;TCF=88;TCR=76;TR=164;WE=130750650;WS=130750632;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,290:1.00:290
chr11	130763772	rs3794143	C	T	6224.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=61;NR=65;PP=2650;SC=ACCAATTTACCCAACTCCCTC;SOR=0.746;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=127;TCF=61;TCR=66;TR=126;WE=130763780;WS=130763762;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,230:1.00:230
chr11	130773076	rs3751039	G	A	1955.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.293;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.133;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=23;PP=738;ReadPosRankSum=0.600;SC=AGATTCCCTGGACACTATTCA;SOR=0.820;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=106;TCF=56;TCR=50;TR=51;WE=130773084;WS=130773066;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:91,97:0.52:188
chr11	130775688	rs3198419	C	T	4766.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=93;NR=40;PP=2709;SC=TACTACTCATCTCTGTGCCCC;SOR=1.596;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=133;TCF=93;TCR=40;TR=133;WE=130775696;WS=130775678;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,171:1.00:171
chr11	130775782	rs1865298	C	T	13897.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=536;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=173;NR=140;PP=2965;SC=ACTCCAACTACCCCAAGTACC;SOR=0.834;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=314;TCF=174;TCR=140;TR=313;WE=130775790;WS=130775772;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,529:1.00:529
chr11	130776524	rs4414223	T	C	1021.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=29;NR=4;PP=789;SC=TCTTACCACATTGCCTTCCTG;SOR=3.675;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=33;TCF=29;TCR=4;TR=33;WE=130776532;WS=130776514;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr11	130776613	rs4373936	A	G	4344.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=43;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQ=59.99;NF=55;NR=41;PP=1832;SC=ACCTCAGCCTAGACCTGGTAC;SOR=0.918;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=96;TCF=55;TCR=41;TR=96;WE=130776621;WS=130776603;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,165:1.00:165
chr11	130776646	rs4586174	T	A	5221.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=46;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=55;NR=46;PP=2053;SC=CAGAAACAGGTTGTAATTTAT;SOR=0.798;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=101;TCF=55;TCR=46;TR=101;WE=130776654;WS=130776636;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,198:1.00:198
chr11	130776690	rs6590536	C	T	4580.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=31;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=40;NR=56;PP=1860;SC=CTGGCAAGTACTGATAATAAA;SOR=0.932;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=97;TCF=41;TCR=56;TR=96;WE=130776709;WS=130776680;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,175:1.00:175
chr11	130776701	rs6590537	A	T	4430.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=31;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=36;NR=56;PP=1765;SC=TGATAATAAAACACAACAAGA;SOR=1.000;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=92;TCF=36;TCR=56;TR=92;WE=130776709;WS=130776680;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,169:1.00:169
chr11	130777886	rs2276098	G	A	2345.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=2.577;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.214;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=20;PP=1510;ReadPosRankSum=-0.483;SC=GCTTGCTTTCGGTCTCGGCCT;SOR=0.502;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=141;TCF=110;TCR=31;TR=83;WE=130777894;WS=130777876;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,102:0.59:173
chr11	130780015	rs1781	C	T	5427.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=71;NR=42;PP=2330;SC=TAGCGATCTCCGGAATGGCAC;SOR=1.029;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=116;TCF=71;TCR=45;TR=113;WE=130780023;WS=130780005;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,197:1.00:197
chr11	130780225	rs681982	C	A	2056.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=8;NR=45;PP=1372;SC=CCATGTTTCCCAATGGAAGAT;SOR=2.372;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=54;TCF=8;TCR=46;TR=53;WE=130780233;WS=130780215;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr11	130780269	rs202209451	CCAAAA	C	278.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=1.109;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.61;ReadPosRankSum=-2.012;SOR=1.214;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,9:0.38:24
chr11	130780270	rs1237478	C	A	335.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.818;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.99;ReadPosRankSum=2.483;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,15:0.62:24
chr11	130781428	rs187368225	C	T	443.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-0.780;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.127;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=2;PP=268;ReadPosRankSum=0.535;SC=AACCTTGAAACGGCATTCTCC;SOR=0.278;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=32;TCF=29;TCR=3;TR=17;WE=130781436;WS=130781418;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,19:0.56:34
chr11	130781475	rs3751038	C	G	1166.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=1.509;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.845;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=11;PP=846;ReadPosRankSum=-0.622;SC=GGCCAATCAGCGTGGCTCGAC;SOR=0.849;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=77;TCF=57;TCR=20;TR=44;WE=130781483;WS=130781465;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,50:0.53:95
chr11	130781675	rs12420822	C	T	6677.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.101;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=379;ExcessHet=3.0103;FS=0.372;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.81;ReadPosRankSum=0.918;SOR=0.667;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:198,177:0.47:375
chr11	130781685	rs12420847	G	C	6924.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.129;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=397;ExcessHet=3.0103;FS=0.363;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.62;ReadPosRankSum=0.927;SOR=0.671;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:205,188:0.48:393
chr11	130781767	rs12420834	C	A	2393.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.226;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=47;PP=1125;ReadPosRankSum=-0.306;SC=AGCAAGAGTACGAAACTAAGA;SOR=0.708;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=153;TCF=54;TCR=99;TR=68;WE=130781775;WS=130781757;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:111,112:0.50:223
chr11	130784007	rs3838799	TA	T	2836.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.378;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.858;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=21;PP=2941;ReadPosRankSum=0.164;SC=TACTCTGCCTTACATATTAGC;SOR=0.503;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=109;TCF=65;TCR=44;TR=45;WE=130784019;WS=130783997;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:100,75:0.43:175
chr11	130784011	rs118027083	T	A	2842.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.353;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.983;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=21;PP=2955;ReadPosRankSum=0.615;SC=CTGCCTTACATATTAGCTTCA;SOR=0.531;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=153;TCF=105;TCR=48;TR=65;WE=130784019;WS=130783997;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:106,77:0.42:183
chr11	130784396	rs62621284	G	A	2008.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.120;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.216;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=22;PP=864;ReadPosRankSum=1.571;SC=TAAGCATGACGGCCGTGAGGG;SOR=0.960;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=134;TCF=80;TCR=54;TR=61;WE=130784404;WS=130784386;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:101,101:0.50:202
chr11	130784488	rs61734874	A	G	3486.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.588;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=322;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=45;PP=1332;ReadPosRankSum=-3.121;SC=CTGCTGTGTCAATATGGATCT;SOR=0.718;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=185;TCF=99;TCR=86;TR=98;WE=130784496;WS=130784478;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:144,175:0.55:319
chr11	130784616	rs3190345	T	C	2142.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=0.539;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.547;HP=2;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.621;NF=36;NR=43;PP=1312;ReadPosRankSum=-2.075;SC=GCCTGGGAACTCTCTAGGGCA;SOR=0.511;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=148;TCF=62;TCR=86;TR=79;WE=130784624;WS=130784606;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:91,96:0.51:187
chr11	130784647	rs1050081	G	C	1861.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=1.744;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.199;HP=2;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=34;PP=1131;ReadPosRankSum=0.986;SC=CCTGAATCCTGTCAGAGAGAA;SOR=0.567;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=128;TCF=58;TCR=70;TR=65;WE=130784655;WS=130784637;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,84:0.49:170
chr11	130784694	rs61736758	C	T	3273.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.086;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.096;HP=2;HapScore=2;MGOF=27;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=30;PP=2419;ReadPosRankSum=-0.898;SC=GTTTCTTTGCCCAGTTCAGAC;SOR=0.796;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=112;TCF=57;TCR=55;TR=64;WE=130784715;WS=130784684;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,82:0.56:146
chr11	130784707	rs61736752	C	T	3249.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.256;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=27;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=31;PP=2419;ReadPosRankSum=-0.857;SC=GTTCAGACAGCGGAGACTCCA;SOR=0.660;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=117;TCF=66;TCR=51;TR=70;WE=130784715;WS=130784684;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,86:0.58:149
chr11	130784754	rs3751037	C	G	6187.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=94;NR=67;PP=2965;SC=GGACCTCGAACATTTGGCTGT;SOR=0.946;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=163;TCF=96;TCR=67;TR=161;WE=130784762;WS=130784744;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,219:1.00:219
chr11	130784971	rs3751036	C	G	4238.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=51;NR=72;PP=2965;SC=GCAGAGATGTCGGCACTGAGG;SOR=1.033;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=124;TCF=51;TCR=73;TR=123;WE=130784979;WS=130784961;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,134:1.00:134
chr11	130785205	rs3751035	G	A	2522.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.135;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=250;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.852;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=48;PP=1179;ReadPosRankSum=1.848;SC=CACGCGTATAGGTGACTTCAG;SOR=0.889;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=157;TCF=61;TCR=96;TR=73;WE=130785213;WS=130785195;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:125,119:0.49:244
chr11	130785304	rs3751034	T	C	403.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-3.899;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.333;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=15;PP=284;ReadPosRankSum=-0.011;SC=CATTCTTCCCTGCAGTGGCCT;SOR=1.480;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=46;TCF=15;TCR=31;TR=20;WE=130785312;WS=130785294;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,21:0.40:52
chr11	131530083	rs2472253	G	C	682.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=0.959;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=7;PP=293;ReadPosRankSum=0.679;SC=GTAGGACTCGGGTGGGCCAGT;SOR=0.759;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=62;TCF=40;TCR=22;TR=22;WE=131530091;WS=131530073;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,34:0.43:79
chr11	131531000	rs2739287	T	C	1304.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=1.364;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=30;PP=822;ReadPosRankSum=0.147;SC=GTCTTCCCCCTAGATTCGGTG;SOR=0.706;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=73;TCF=26;TCR=47;TR=47;WE=131531008;WS=131530990;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,55:0.62:89
chr11	131531015	rs2658857	T	G	1023.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=0.665;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.937;HP=1;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=27;PP=676;ReadPosRankSum=0.944;SC=TCGGTGGAGATTCCTTTCCTC;SOR=0.869;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=61;TCF=21;TCR=40;TR=41;WE=131531023;WS=131531005;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,45:0.62:73
chr11	132177633	rs2305271	A	C	8992.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.730;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=359;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=98;NR=107;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.159;SC=GGGCATCACCAGGGAGCAGTC;SOR=0.752;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=209;TCF=100;TCR=109;TR=205;WE=132177641;WS=132177623;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,348:0.99:350
chr11	132177740	rs2305270	G	T	1116.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-1.961;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.975;HP=4;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=35;PP=775;ReadPosRankSum=1.836;SC=ACCACCACGCGCCCTGCACGT;SOR=0.976;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=84;TCF=19;TCR=65;TR=45;WE=132177748;WS=132177730;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,48:0.53:91
chr11	133712348	rs2257010	G	A	3308.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=67;NR=25;PP=1971;SC=CCCCAGTCAGGAACACAAATC;SOR=1.274;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=92;TCF=67;TCR=25;TR=92;WE=133712356;WS=133712338;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr11	133712473	rs2257004	C	T	8117.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=311;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=107;NR=93;PP=2965;SC=AAAGGCCATTCGTACATTGGC;SOR=0.783;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=200;TCF=107;TCR=93;TR=200;WE=133712481;WS=133712463;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,301:1.00:301
chr11	133712594	rs2282601	C	G	6061.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=234;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=54;NR=85;PP=2863;SC=GGTCTCTCCCCCTTCTTGACT;SOR=1.038;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=139;TCF=54;TCR=85;TR=139;WE=133712602;WS=133712584;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,226:1.00:226
chr11	133714522	rs2282602	G	A	10339.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-2.264;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=411;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=129;NR=123;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.624;SC=GCCCCGAGAAGCCTCTTCTTC;SOR=0.271;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=255;TCF=129;TCR=126;TR=252;WE=133714530;WS=133714512;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,400:1.00:401
chr11	133714672	rs2282604	A	G	2676.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=18;NR=61;PP=1808;SC=TCCTTACCTCACTGTTCCCAC;SOR=2.329;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=79;TCF=18;TCR=61;TR=79;WE=133714680;WS=133714662;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr11	133715153	rs2298738	G	C	4927.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.044;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=8.504;HP=6;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=130;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.134;SC=CCCAGCCCCCGCAACTGTTAC;SOR=5.088;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=139;TCF=8;TCR=131;TR=137;WE=133715161;WS=133715137;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,176:0.99:178
chr11	133788869	rs10791338	A	G	3704.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.753;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.07;MQRankSum=0.179;QD=25.91;ReadPosRankSum=1.384;SOR=1.069;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,141:0.99:143
chr11	133792021	rs596430	T	C	9083.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=350;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=110;NR=100;PP=2965;SC=GGTCTACCTATGCGCCCCCTG;SOR=0.752;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=210;TCF=110;TCR=100;TR=210;WE=133792029;WS=133792011;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,346:1.00:346
chr11	133794599	rs329670	TG	CT	9939.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=114;NR=49;PP=2947;SC=AACCAGGCACTGCCTTAGTTT;SOR=1.642;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=173;TCF=119;TCR=54;TR=163;WE=133794608;WS=133794589;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,220:1.00:220
chr11	133814191	rs595986	A	G	2385.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.667;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=273;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.933;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=45;PP=1032;ReadPosRankSum=0.831;SC=CTTTGCACTCATACCAGCCCT;SOR=0.626;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=160;TCF=70;TCR=90;TR=82;WE=133814199;WS=133814181;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:143,125:0.47:268
chr11	133815951	rs12291005	C	G	2718.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.807;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=274;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.929;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=43;PP=1395;ReadPosRankSum=0.835;SC=GTGCCCAGACCTTACCTGCAT;SOR=0.621;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=183;TCF=110;TCR=73;TR=103;WE=133815959;WS=133815941;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:136,137:0.50:273
chr11	133815981	rs10894768	C	G	3404.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.332;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=336;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.100;HP=5;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=39;PP=1553;ReadPosRankSum=-0.961;SC=CCACGTGCGGCGGGTAGTAGC;SOR=1.058;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=219;TCF=123;TCR=96;TR=102;WE=133815989;WS=133815971;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:170,164:0.49:334
chr11	134018850	.	AAC	A	2428.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.325;ClippingRankSum=0.000;DP=134;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.05;MQRankSum=2.902;QD=28.57;ReadPosRankSum=1.720;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:4,81:0.95:85
chr11	134054703	.	T	TACAC	185.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=2.500;ClippingRankSum=0.000;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=13.772;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=25;PP=808;ReadPosRankSum=1.312;SC=TTCAGGTATATATACACACAC;SOR=2.271;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=124;TCF=62;TCR=62;TR=51;WE=134054716;WS=134054693;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:107,22:0.17:129
chr11	134054705	rs3222817	T	C	1856.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=2.115;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.679;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=24;PP=1815;ReadPosRankSum=2.682;SC=CAGGTATATATACACACACAC;SOR=1.531;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=166;TCF=101;TCR=65;TR=69;WE=134054716;WS=134054693;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:89,58:0.39:147
chr11	134055185	rs116967022	T	C	198.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.596;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=1;PP=140;ReadPosRankSum=-1.236;SC=GCTTTGTTTCTAAGACTCTTC;SOR=0.752;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=31;TCF=25;TCR=6;TR=10;WE=134055193;WS=134055175;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,10:0.32:31
chr11	134072616	.	G	GA	51.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.323;ClippingRankSum=0.000;DP=84;ExcessHet=3.0103;FS=1.522;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.75;ReadPosRankSum=1.699;SOR=1.066;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:53,16:0.23:69
chr11	134072910	rs2305380	C	T	122.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-1.729;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=6;PP=85;ReadPosRankSum=-0.089;SC=AAATGAATTTCAACCTCTCTC;SOR=1.002;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=27;TCF=6;TCR=21;TR=7;WE=134072918;WS=134072900;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,7:0.26:27
chr11	134073154	rs2305378	A	G	930.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.084;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=15;PP=360;ReadPosRankSum=-0.932;SC=GTAATTATCCACGGAGGAATC;SOR=0.629;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=50;TCF=21;TCR=29;TR=26;WE=134073162;WS=134073144;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,46:0.53:87
chr11	134074718	rs146098679	TCA	T	135.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.319;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=522;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.04;MQRankSum=0.000;QD=0.27;ReadPosRankSum=0.615;SOR=0.611;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:459,47:0.09:506
chr11	134105030	rs1259022	A	G	1819.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=15;NR=44;PP=1324;SC=CCACTTTGAGAATCTTCACAG;SOR=1.963;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=59;TCF=15;TCR=44;TR=59;WE=134105038;WS=134105020;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr11	134126612	rs473041	T	C	439.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.961;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=16;PP=235;ReadPosRankSum=0.000;SC=CTTTGTCTCCTGATAATGTAA;SOR=0.787;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=56;TCF=18;TCR=38;TR=23;WE=134126620;WS=134126602;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,28:0.37:75
chr11	134128313	rs11223738	G	T	3910.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.952;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=418;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.757;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=75;NR=46;PP=1836;ReadPosRankSum=-2.102;SC=TTACTCCACTGCCCTGCCCTT;SOR=0.829;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=274;TCF=166;TCR=108;TR=121;WE=134128321;WS=134128303;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:220,194:0.47:414
chr11	134128923	rs113488591	C	G	1197.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.685;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.330;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=9;PP=624;ReadPosRankSum=0.404;SC=GATGCTGCCTCTCTTCTGACC;SOR=0.926;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=108;TCF=77;TCR=31;TR=40;WE=134128931;WS=134128913;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,56:0.41:138
chr11	134132559	rs561945	G	A	2734.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.823;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=327;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.969;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=47;PP=1133;ReadPosRankSum=1.079;SC=CAGAACGGGGGCGGGATCGCT;SOR=0.736;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=189;TCF=95;TCR=94;TR=87;WE=134132567;WS=134132549;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:182,145:0.44:327
chr11	134147371	rs67473835	G	A	1686.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=1.633;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.329;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=33;PP=1033;ReadPosRankSum=-1.539;SC=ACATCCCTGGGGAGGGAGGGG;SOR=0.562;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=114;TCF=42;TCR=72;TR=54;WE=134147379;WS=134147361;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,72:0.49:148
chr11	134151975	rs472287	G	C	2511.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=45;NR=31;PP=1403;SC=CGTCCAGGCCGCTACATCTGC;SOR=1.053;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=77;TCF=45;TCR=32;TR=76;WE=134151983;WS=134151965;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr11	134152030	rs10791352	G	A	1412.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.025;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.844;NF=22;NR=15;PP=540;ReadPosRankSum=1.482;SC=CGGGGCTACAGTCCCAGAGTC;SOR=0.693;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=104;TCF=60;TCR=44;TR=37;WE=134152038;WS=134152020;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:108,75:0.41:183
chr11	134152143	rs75230921	G	A	1248.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-2.233;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.733;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=25;PP=566;ReadPosRankSum=0.929;SC=GCTGCCCCACGCCACGCACCG;SOR=0.287;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=81;TCF=33;TCR=48;TR=46;WE=134152151;WS=134152126;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,63:0.62:102
chr11	134158745	rs3824995	A	G	1946.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.300;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.298;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=27;PP=809;ReadPosRankSum=0.066;SC=AGTATGGCTCATTCAATAAGG;SOR=0.585;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=106;TCF=58;TCR=48;TR=54;WE=134158753;WS=134158735;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,93:0.52:178
chr11	134158817	rs10894794	A	C	1350.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=3.081;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.002;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=30;PP=865;ReadPosRankSum=-0.422;SC=CCATGTTTACATGCCTCCTTC;SOR=1.024;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=95;TCF=41;TCR=54;TR=50;WE=134158825;WS=134158807;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,64:0.46:139
chr11	134177205	rs12272129	G	T	1867.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-4.266;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.323;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=45;PP=1039;ReadPosRankSum=-0.953;SC=ATCAGCCGTAGATATTCATGC;SOR=0.398;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=120;TCF=40;TCR=80;TR=71;WE=134177213;WS=134177195;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,86:0.61:141
chr11	134177275	rs2510356	C	T	1267.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=5;NR=36;PP=978;SC=ATAGAAATTACATGGTTCCCA;SOR=3.716;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=5;TCR=36;TR=41;WE=134177283;WS=134177265;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr11	134180695	rs526507	G	C	1531.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=45;PP=1348;SC=GAACCCTGGGGTTAAAATCTG;SOR=5.421;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=48;TCF=2;TCR=46;TR=47;WE=134180703;WS=134180685;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr11	134182135	rs751719	T	C	2124.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=44;NR=19;PP=1331;SC=ATTTCCCATTTGAAGAACCCT;SOR=1.708;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=63;TCF=44;TCR=19;TR=63;WE=134182143;WS=134182125;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr11	134182375	rs2509062	G	A	3178.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=31;NR=55;PP=1745;SC=CGCTCATGACGTGGCACAGGT;SOR=1.198;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=86;TCF=31;TCR=55;TR=86;WE=134182383;WS=134182365;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr11	134182856	rs1144216	A	G	1178.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-2.067;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.755;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=25;PP=605;ReadPosRankSum=1.322;SC=TGAGACAGTCAGCCTCCCTTC;SOR=0.587;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=74;TCF=30;TCR=44;TR=44;WE=134182864;WS=134182846;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,57:0.56:101
chr11	134188542	rs481252	T	C	3734.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.333;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=396;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.853;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=75;NR=41;PP=1600;ReadPosRankSum=-1.452;SC=ATTATGGATTTGTGTTCATCA;SOR=0.884;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=243;TCF=150;TCR=93;TR=116;WE=134188550;WS=134188532;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:207,182:0.47:389
chr11	134188851	rs5795879	A	AT	750.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.168;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FS=7.401;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.09;MQRankSum=0.000;QD=10.01;ReadPosRankSum=0.565;SOR=1.919;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,53:0.71:75
chr11	134201864	rs3098651	T	C	372.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=2.047;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=2;PP=155;ReadPosRankSum=-0.520;SC=AGGCGACCAGTGCGCGGCTCC;SOR=0.910;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=18;TCF=14;TCR=4;TR=9;WE=134201872;WS=134201854;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,15:0.62:24
chr11	134202036	rs7124693	C	T	2140.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.773;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.209;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=29;PP=821;ReadPosRankSum=-0.814;SC=TCCTGGTGCTCCGCAGGTGAG;SOR=0.747;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=101;TCF=49;TCR=52;TR=56;WE=134202044;WS=134202026;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,102:0.60:171
chr11	134217463	rs73030608	C	T	390.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.970;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=11;PP=203;ReadPosRankSum=0.242;SC=GTCCGAGACTCGTAACTGAGG;SOR=0.730;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=24;TCF=5;TCR=19;TR=13;WE=134217471;WS=134217453;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,18:0.62:29
chr11	134237113	rs10791357	C	A	329.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.757;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=0.985;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.85;ReadPosRankSum=-0.243;SOR=0.538;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:46,22:0.32:68
chr11	134238389	rs3741100	G	C	390.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-3.626;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=1;PP=292;ReadPosRankSum=-1.381;SC=TTCTGTGATTGGGGTTTTATG;SOR=0.412;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=27;TCF=25;TCR=2;TR=14;WE=134238397;WS=134238383;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,16:0.53:30
chr11	134238518	rs78260611	C	T	2543.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.405;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=252;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.131;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=25;PP=911;ReadPosRankSum=0.506;SC=TGCACATCCCCTTTCTCCCTC;SOR=0.570;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=143;TCF=87;TCR=56;TR=61;WE=134238526;WS=134238508;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:124,126:0.50:250
chr11	134239944	rs75110218	C	T	890.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=1.907;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.199;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=31;PP=586;ReadPosRankSum=0.680;SC=TCCATCTTGCCGGCTTCACCT;SOR=1.132;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=78;TCF=13;TCR=65;TR=34;WE=134239952;WS=134239934;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,39:0.45:87
chr11	134240142	rs10791358	T	C	2772.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.007;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=301;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.010;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=38;PP=1409;ReadPosRankSum=0.195;SC=GAGCAGGCAGTGACATTTGGG;SOR=0.572;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=231;TCF=151;TCR=80;TR=104;WE=134240150;WS=134240132;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:159,134:0.46:293
chr11	134241094	rs4937880	A	G	1367.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-0.450;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.553;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=35;PP=818;ReadPosRankSum=1.165;SC=CAGCTCTGCAATAGGCGTCTC;SOR=0.527;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=100;TCF=33;TCR=67;TR=54;WE=134241102;WS=134241084;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,62:0.53:117
chr11	134244228	rs79378578	T	C	1449.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.727;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.629;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=31;PP=889;ReadPosRankSum=-0.738;SC=AGCCACGAGCTTGGCGAGAGT;SOR=0.364;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=103;TCF=30;TCR=73;TR=47;WE=134244236;WS=134244218;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,63:0.49:129
chr11	134251777	rs729687	C	A	1510.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-0.093;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.634;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=9;PP=908;ReadPosRankSum=-1.131;SC=AACCTGGTGCCGCCCTGCCCA;SOR=0.954;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=108;TCF=84;TCR=24;TR=49;WE=134251785;WS=134251767;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,64:0.50:128
chr11	134252906	rs145216044	A	AG	312.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.225;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.49;MQRankSum=1.226;QD=8.23;ReadPosRankSum=0.178;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,16:0.42:38
chr11	134856661	rs1971950	C	A	4673.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.238;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=541;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.526;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.916;NF=70;NR=94;PP=2193;ReadPosRankSum=-0.644;SC=ATGCTTGGACCCCAGCTTGTA;SOR=0.750;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=357;TCF=154;TCR=203;TR=164;WE=134856669;WS=134856651;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:291,241:0.45:532
chr12	235022	rs12822449	C	T	4841.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=55;NR=49;PP=2113;SC=GGCGCTGTGCCCCCACGCCCC;SOR=0.798;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=104;TCF=55;TCR=49;TR=104;WE=235030;WS=235012;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,179:1.00:179
chr12	235128	rs11608642	T	C	3262.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=30;NR=41;PP=1420;SC=GGGGCCCTGCTTTGGGGGCTG;SOR=0.952;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=71;TCF=30;TCR=41;TR=71;WE=235151;WS=235118;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr12	235142	rs11609616	AG	GC	1179.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.803;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;JOINED;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=16;PP=1009;ReadPosRankSum=-0.214;SC=GGGGCTGTCGAGGGTACCAGG;SOR=0.609;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=59;TCF=23;TCR=36;TR=28;WE=235151;WS=235118;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,32:0.42:77
chr12	271022	rs12579600	G	A	626.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=17;NR=3;PP=438;SC=GGTCTCTTCTGTCTGGCTCCA;SOR=2.030;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=17;TCR=3;TR=20;WE=271030;WS=271016;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr12	271373	rs4980805	A	G	1107.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=21;PP=604;SC=ACTGTGTGCCAGACACTGCAT;SOR=1.730;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=29;TCF=7;TCR=22;TR=28;WE=271394;WS=271363;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr12	274572	rs11061700	G	C	3546.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=63;NR=35;PP=1890;SC=TGTTCATCAGGGCATGCCTGT;SOR=1.259;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=98;TCF=63;TCR=35;TR=98;WE=274580;WS=274562;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chr12	284058	rs216230	T	C	16281.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=624;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=269;NR=260;PP=2965;SC=CCCTGGGCGGTCCCGGCTCTC;SOR=2.029;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=529;TCF=269;TCR=260;TR=529;WE=284066;WS=284048;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,612:1.00:612
chr12	301843	rs646569	A	G	4627.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=34;NR=78;PP=2516;SC=AGCCATGGGTAAGATAGGGGG;SOR=1.391;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=112;TCF=34;TCR=78;TR=112;WE=301851;WS=301833;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,165:1.00:165
chr12	302328	.	C	T	267.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-0.817;ClippingRankSum=0.000;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.925;HP=3;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=3;PP=148;ReadPosRankSum=-0.481;SC=TGGACCAGGCCCCACGGGAGA;SOR=0.105;SbPval=0.23;Source=Platypus;TC=22;TCF=19;TCR=3;TR=12;WE=302336;WS=302318;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,13:0.52:25
chr12	305254	rs533572	T	C	1848.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=35;NR=26;PP=983;SC=CTCCCTCCCCTGGAGCCTGGC;SOR=0.971;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=61;TCF=35;TCR=26;TR=61;WE=305262;WS=305244;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr12	306372	.	C	CCCCTCCTCTTTCTCATGGTA	955	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;FR=1.0000;HP=1;HapScore=1;MGOF=38;MMLQ=23;MQ=53.47;NF=3;NR=0;PP=955;QD=326.0;SC=TTCATCCATCCATGGAAGCCC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=4;TCR=0;TR=3;WE=306380;WS=306362;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:1,3:0.75:4
chr12	309753	rs7967868	C	T	2113.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=51;NR=11;PP=1492;SC=CAGAGGGTCCCCCTCAAGTGT;SOR=2.704;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=63;TCF=51;TCR=12;TR=62;WE=309761;WS=309743;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr12	310113	rs4980863	A	G	1125.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=29;PP=856;SC=CCCGTAGACCAAACTACTACC;SOR=2.613;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=35;TCF=6;TCR=29;TR=35;WE=310121;WS=310103;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr12	310901	rs216248	T	C	5454.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=67;NR=52;PP=2508;SC=TTCCTCTTCATATGTGGCAAA;SOR=0.873;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=119;TCF=67;TCR=52;TR=119;WE=310909;WS=310891;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,203:1.00:203
chr12	311816	rs216249	C	T	595.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=4;PP=353;SC=GGTTCTGCTACACTTATACTC;SOR=2.200;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=13;TCR=4;TR=17;WE=311824;WS=311806;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr12	311949	rs216250	A	G	3210.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=54;NR=35;PP=1742;SC=GCAGCTCAGAAGTGAAGGAGC;SOR=1.015;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=89;TCF=54;TCR=35;TR=89;WE=311957;WS=311939;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr12	312200	rs216251	C	T	485.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=28.57;SOR=2.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr12	351711	rs525797	T	G	1443.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.910;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=13;PP=842;ReadPosRankSum=-0.184;SC=GGGGATATAGTGACAAGCCCA;SOR=0.679;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=89;TCF=63;TCR=26;TR=47;WE=351719;WS=351701;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,63:0.57:111
chr12	416046	.	CT	C	153.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.165;ClippingRankSum=0.000;DP=78;ExcessHet=3.0103;FS=1.247;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.00;ReadPosRankSum=0.673;SOR=0.451;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:54,23:0.30:77
chr12	427165	.	CA	C	82.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.688;ClippingRankSum=0.000;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=1.533;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.59;ReadPosRankSum=-1.112;SOR=0.399;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,11:0.34:32
chr12	432200	rs140378196	A	G	1906.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.253;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.412;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=14;PP=1027;ReadPosRankSum=-2.088;SC=AGCCTCTTTTAAAGTGACAAT;SOR=0.568;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=116;TCF=86;TCR=30;TR=56;WE=432208;WS=432190;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,82:0.54:151
chr12	461269	.	CAAAA	C	215.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.075;ClippingRankSum=0.000;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=6.107;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.19;ReadPosRankSum=0.635;SOR=1.499;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,10:0.33:30
chr12	464254	rs3759371	T	C	7462.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=291;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=128;NR=77;PP=2965;SC=CCATGATATATCAGGATAGAA;SOR=1.170;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=205;TCF=128;TCR=77;TR=205;WE=464262;WS=464244;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,277:1.00:277
chr12	495217	rs10774152	G	T	1126.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=2.271;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=9.777;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=31;PP=858;ReadPosRankSum=2.001;SC=TTAAAGGGGGGTTTTGCCACA;SOR=4.341;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=35;TCF=4;TCR=31;TR=34;WE=495225;WS=495207;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,37:0.97:38
chr12	496439	rs7965303	A	T	867.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=1.983;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.641;HP=3;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=18;PP=553;ReadPosRankSum=1.174;SC=AATCTGCCAAAACTAAAATTA;SOR=0.761;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=31;TCF=13;TCR=18;TR=29;WE=496447;WS=496429;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,36:0.97:37
chr12	496533	rs10848877	C	T	255.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=8;PP=224;SC=AGTAAAAAAACTTTTTTTAAT;SOR=3.056;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=9;WE=496541;WS=496523;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr12	497228	.	G	A	587.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-1.930;ClippingRankSum=0.000;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.633;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=3;PP=328;ReadPosRankSum=0.161;SC=CAAGACTAGAGATCTGCATTT;SOR=1.118;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=49;TCF=38;TCR=11;TR=20;WE=497236;WS=497218;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,26:0.46:56
chr12	498267	.	CGGG	C,CG	4691.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.842;ClippingRankSum=0.000;DP=241;ExcessHet=3.0103;FS=11.473;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.09;MQRankSum=0.225;QD=29.14;ReadPosRankSum=1.567;SOR=2.086;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:11,95,55:0.59,0.34:161
chr12	537828	rs11062934	G	T	308.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.877;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=2.078;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.36;ReadPosRankSum=-0.706;SOR=1.312;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,14:0.42:33
chr12	537841	rs35713455	T	TA	1180.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.26;QD=28.80;SOR=2.726;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr12	539984	rs55854088	C	T	964.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-2.671;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=30;PP=673;ReadPosRankSum=-0.577;SC=GTGGCTCACGCCTGTAATCCC;SOR=0.708;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=77;TCF=9;TCR=68;TR=34;WE=539992;WS=539974;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,42:0.43:98
chr12	540994	rs7310504	A	G	1896.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=47;NR=9;PP=1329;SC=AGAAAAGCTGAGTAAAATCTT;SOR=2.985;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=56;TCF=47;TCR=9;TR=56;WE=541002;WS=540984;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr12	547683	rs735295	T	C	788.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-0.943;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.904;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=20;PP=342;ReadPosRankSum=-0.197;SC=TTGCCCGTTATGCATGAGAGT;SOR=0.943;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=58;TCF=19;TCR=39;TR=29;WE=547691;WS=547673;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,40:0.52:77
chr12	550911	rs34054482	CT	C	1228.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.972;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=284;ExcessHet=3.0103;FS=1.839;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.11;MQRankSum=1.818;QD=4.95;ReadPosRankSum=-0.012;SOR=0.645;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:122,126:0.51:248
chr12	619618	rs11830324	T	A	30.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.823;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.05;ReadPosRankSum=0.578;SOR=0.090;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,3:0.20:15
chr12	619660	.	AGGGAAACG	AGGGCTGGGCTGGGAAACG,A	217.73	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=3.383;ClippingRankSum=0.000;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.951;HP=6;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-1.938;NF=7;NR=5;PP=731;ReadPosRankSum=-1.389;SC=CTGGGCTGGGAGGGAAACGGG;SOR=3.223;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=33;TCF=15;TCR=18;TR=12;WE=619675;WS=619650;set=Intersection	GT:AF:DP	0/1:0.20:40
chr12	619664	.	A	AGGG	639.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=4.213;ClippingRankSum=0.000;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=13.607;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.75;MQRankSum=-2.092;QD=14.22;ReadPosRankSum=-0.193;SOR=3.486;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,8:0.18:45
chr12	619665	.	A	AGTTGGCTGGGCTGGG	891.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=4.435;ClippingRankSum=0.000;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=13.795;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.76;MQRankSum=-2.001;QD=18.97;ReadPosRankSum=-0.582;SOR=3.611;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,9:0.19:47
chr12	619667	.	C	G	1186.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=1.652;ClippingRankSum=0.000;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.83;MQRankSum=-1.233;QD=18.26;ReadPosRankSum=-3.524;SOR=0.739;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:40,25:0.38:65
chr12	619668	.	G	GGAGTTGGCTGGGCTGGGA	1177.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=1.438;ClippingRankSum=0.000;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.83;MQRankSum=-1.233;QD=18.12;ReadPosRankSum=-3.464;SOR=0.739;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:40,25:0.38:65
chr12	619808	rs7306988	G	A	1251.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.045;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FS=7.886;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.56;ReadPosRankSum=0.627;SOR=0.673;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,59:0.69:86
chr12	653984	rs1008587	T	C	1726.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=1.805;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.320;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=21;PP=1165;ReadPosRankSum=1.214;SC=TTCCCGCCAATCCTGGCGGGA;SOR=0.829;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=135;TCF=95;TCR=40;TR=71;WE=653992;WS=653974;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,78:0.49:158
chr12	661458	.	TACACACACACACAC	T	1293.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.632;ClippingRankSum=0.000;DP=89;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.12;MQRankSum=0.416;QD=22.70;ReadPosRankSum=1.384;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,33:0.58:57
chr12	664381	rs74528414	G	A	3445.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.846;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=373;ExcessHet=3.0103;FS=0.384;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.39;ReadPosRankSum=1.468;SOR=0.654;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:193,174:0.47:367
chr12	666943	rs7300933	A	G	481.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.064;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.381;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=13;PP=324;ReadPosRankSum=0.407;SC=GGGGACCACCAGCCAGGGGGT;SOR=0.411;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=45;TCF=18;TCR=27;TR=23;WE=666951;WS=666933;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,24:0.47:51
chr12	675441	rs4980836	T	A	410.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-2.943;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.191;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=14;PP=202;ReadPosRankSum=-0.841;SC=CTCTTTCCAATCCAGATGGGA;SOR=0.266;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=42;TCF=8;TCR=34;TR=18;WE=675449;WS=675431;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,22:0.47:47
chr12	752327	rs6489690	C	A	9496.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=353;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=144;NR=102;PP=2965;SC=GTCCCCCTGCCGCTGCCCAAG;SOR=0.957;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=249;TCF=146;TCR=103;TR=246;WE=752335;WS=752317;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,347:1.00:347
chr12	752360	rs55800929	G	A	10989.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=412;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=134;NR=130;PP=2965;SC=GCCACCGAGGGCTCCAGGAGC;SOR=0.698;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=265;TCF=134;TCR=131;TR=264;WE=752368;WS=752350;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,409:1.00:409
chr12	753331	rs11613701	G	A	2133.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=19;NR=41;PP=1272;SC=CCTTAATACTGGCCATCATTT;SOR=1.379;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=61;TCF=19;TCR=42;TR=60;WE=753339;WS=753321;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr12	862641	rs3088353	T	G	982.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=22;NR=8;PP=760;SC=CGGCCGCGGTTCCCTGCAGAC;SOR=2.093;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=22;TCR=8;TR=30;WE=862649;WS=862631;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr12	862989	rs3168640	T	C	11083.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=426;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=138;NR=131;PP=2965;SC=GCGTCATCTGTGACTCCAATG;SOR=0.717;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=272;TCF=138;TCR=134;TR=269;WE=862997;WS=862979;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,417:1.00:417
chr12	863152	rs11554421	G	A	2472.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.955;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=274;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.452;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=55;PP=1301;ReadPosRankSum=0.293;SC=TCCAGCCGCTGCCGCCCCTGG;SOR=0.635;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=196;TCF=81;TCR=115;TR=97;WE=863160;WS=863142;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:140,124:0.47:264
chr12	863517	rs3858703	G	A	5249.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=47;NR=80;PP=2625;SC=TTTATTTGACGGTCCTTTGGA;SOR=1.149;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=130;TCF=50;TCR=80;TR=127;WE=863525;WS=863507;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,193:1.00:193
chr12	936468	rs2158502	C	G	1765.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-2.396;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=34;PP=822;ReadPosRankSum=-0.852;SC=CTGGCTTTCTCACATTCCTTT;SOR=0.674;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=113;TCF=44;TCR=69;TR=58;WE=936476;WS=936458;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:89,88:0.50:177
chr12	939302	rs10774466	A	G	2358.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=2.984;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.472;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=62;PP=1587;ReadPosRankSum=0.348;SC=AAAATGCTGCACAGATCTACC;SOR=1.278;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=157;TCF=51;TCR=106;TR=85;WE=939310;WS=939292;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:104,103:0.50:207
chr12	968400	rs11064573	C	A	1718.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.328;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FS=2.296;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.67;ReadPosRankSum=1.360;SOR=0.556;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:125,99:0.44:224
chr12	968489	rs2286006	T	C	1673.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.659;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=268;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=35;PP=659;ReadPosRankSum=0.924;SC=CAGAAGAAGATGATGGAGAAA;SOR=0.701;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=145;TCF=64;TCR=81;TR=63;WE=968497;WS=968479;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:163,97:0.37:260
chr12	970093	rs11286613	CT	C	159.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.45;MQRankSum=1.005;QD=6.94;ReadPosRankSum=-2.170;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,14:0.61:23
chr12	974137	rs11441896	C	CA	371.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=1.589;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.211;HP=10;HapScore=3;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=1;PP=332;ReadPosRankSum=0.272;SC=TAGCTCTCCTCAAAAAAAAAA;SOR=0.296;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=56;TCF=51;TCR=5;TR=24;WE=974145;WS=974127;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,26:0.51:51
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chr12	974404	rs7300829	T	C	23068.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=1.137;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=887;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQ=60.05;MQRankSum=0.173;NF=246;NR=277;PP=2965;ReadPosRankSum=1.504;SC=CCTTCCCTCCTCCGGACTGCC;SOR=0.786;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=523;TCF=246;TCR=277;TR=523;WE=974412;WS=974394;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:6,875:0.99:881
chr12	974516	.	C	T	3094.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.705;ClippingRankSum=0.000;DP=357;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.791;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=67;PP=1710;ReadPosRankSum=-0.564;SC=CCTGCCTTCCCTCTTTGTCAG;SOR=0.601;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=257;TCF=94;TCR=163;TR=109;WE=974524;WS=974506;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:206,150:0.42:356
chr12	987482	rs1012729	G	A	3017.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.610;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=306;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=63;PP=1611;ReadPosRankSum=0.947;SC=CAGTGAGTCAGCCTCAAGCTC;SOR=0.684;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=217;TCF=86;TCR=131;TR=105;WE=987490;WS=987472;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:152,149:0.50:301
chr12	987533	rs5795952	C	CT	628.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.822;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.34;ReadPosRankSum=0.270;SOR=0.699;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:83,62:0.43:145
chr12	990912	rs956868	A	C	2134.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.341;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=242;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.923;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=30;PP=1018;ReadPosRankSum=0.301;SC=AGTAGCACAGACCCAAGCTAC;SOR=0.512;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=163;TCF=98;TCR=65;TR=69;WE=990920;WS=990902;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:131,106:0.45:237
chr12	991009	rs7953912	C	T	2884.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.341;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=378;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.717;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=44;PP=1204;ReadPosRankSum=0.243;SC=CGGTATGAAACGCCAAACTGT;SOR=0.598;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=243;TCF=129;TCR=114;TR=89;WE=991017;WS=990999;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:227,149:0.40:376
chr12	994014	rs10849577	C	T	7126.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.176;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=696;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.516;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=109;NR=128;PP=2962;ReadPosRankSum=0.491;SC=GAGTCCCAACCACAGCAGCAG;SOR=0.743;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=474;TCF=226;TCR=248;TR=237;WE=994022;WS=994004;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:351,337:0.49:688
chr12	994487	rs7955371	G	C	11659.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=434;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=152;NR=152;PP=2965;SC=TCACAGCTGTGCATTCAGCTT;SOR=0.698;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=304;TCF=152;TCR=152;TR=304;WE=994495;WS=994477;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,427:1.00:427
chr12	995291	rs11450919	G	GT	508.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=0.807;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.293;HP=8;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=23;PP=435;ReadPosRankSum=0.000;SC=AATATGATCAGTTTTTTTTCT;SOR=1.014;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=45;TCF=0;TCR=45;TR=23;WE=995299;WS=995281;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,29:0.52:56
chr12	998365	rs12828016	G	T	4738.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.087;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=512;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.108;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=89;PP=2158;ReadPosRankSum=0.968;SC=GTCCAGAGATGATCACAGTGA;SOR=0.805;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=300;TCF=123;TCR=177;TR=144;WE=998373;WS=998355;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:267,239:0.47:506
chr12	999762	rs2255390	A	G	5533.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=57;NR=95;PP=2965;SC=TTTCAAAGACACATTTCCACG;SOR=1.098;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=152;TCF=57;TCR=95;TR=152;WE=999770;WS=999752;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,208:1.00:208
chr12	1003837	rs2301880	C	T	3402.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.598;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=326;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.409;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=64;PP=1494;ReadPosRankSum=-0.287;SC=TGATTCCTTCCTTTGGAGGAG;SOR=0.652;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=219;TCF=90;TCR=129;TR=108;WE=1003845;WS=1003827;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:155,165:0.52:320
chr12	1017197	rs4766334	C	T	3755.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=31;NR=40;PP=1404;SC=ACATGAATTACGAGGTAAGTC;SOR=0.825;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=71;TCF=31;TCR=40;TR=71;WE=1017205;WS=1017187;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,143:1.00:143
chr12	1022452	rs1051669	C	T	846.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.438;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.108;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=9;PP=521;ReadPosRankSum=2.475;SC=CAAGATAAATCGCAATGACGT;SOR=0.535;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=44;TCF=32;TCR=12;TR=30;WE=1022460;WS=1022442;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,36:0.63:57
chr12	1035947	rs6489763	C	A	872.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.052;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=3.136;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.94;ReadPosRankSum=-0.472;SOR=0.405;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,34:0.97:35
chr12	1038742	rs4766377	A	G	436.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-2.401;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.571;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=2;PP=301;ReadPosRankSum=0.259;SC=CATCCTTTGCAACAATTTTTA;SOR=1.082;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=35;TCF=31;TCR=4;TR=19;WE=1038750;WS=1038732;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,21:0.51:41
chr12	1040373	rs7303748	T	C	6236.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=245;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=83;NR=66;PP=2644;SC=TCCAGGCACATGAATTCTCCT;SOR=0.826;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=149;TCF=83;TCR=66;TR=149;WE=1040381;WS=1040363;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,239:1.00:239
chr12	1041981	rs201398506	A	C	1109.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.39;SOR=3.014;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr12	1041983	rs199628282	A	G	1199.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=47.99;SOR=2.584;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr12	1041986	rs200633668	C	G	1289.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=47.77;SOR=2.753;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr12	1041991	.	TAG	CGC	1337.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;JOINED;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.15;SOR=2.093;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr12	1041996	rs113084521	A	C	1326.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.80;SOR=2.093;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr12	1221221	rs74679668	T	TAG	536.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=12;NR=0;PP=506;SC=CCTGTGAACTTAGAAACTACC;SOR=5.283;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=12;TCR=0;TR=12;WE=1221229;WS=1221211;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr12	1553797	rs12319376	A	G	3735.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=2.285;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=431;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=54;PP=1699;ReadPosRankSum=0.118;SC=ACACCTGACAACCCTCTGCCA;SOR=0.681;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=218;TCF=106;TCR=112;TR=106;WE=1553805;WS=1553787;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:238,188:0.44:426
chr12	1589821	rs7315267	T	C	659.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=0.601;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.428;HP=1;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=0;PP=533;ReadPosRankSum=2.480;SC=TTAATTTGTATTCTTTCGGAA;SOR=1.651;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=41;TCF=40;TCR=1;TR=25;WE=1589829;WS=1589811;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,26:0.57:46
chr12	1589868	rs111377772	T	TGAA	2869.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=1.074;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.825;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=7;PP=2308;ReadPosRankSum=0.669;SC=GGGCCTGCCTTGAGGAGGTGA;SOR=0.886;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=89;TCF=70;TCR=19;TR=48;WE=1589876;WS=1589858;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,68:0.55:123
chr12	1589914	rs7315390	T	C	3009.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.629;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=242;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.491;HP=4;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=1.198;NF=68;NR=39;PP=1495;ReadPosRankSum=-0.851;SC=GTGTGGGTAGTGGGCAGGGGG;SOR=0.631;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=175;TCF=111;TCR=64;TR=107;WE=1589922;WS=1589904;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:99,140:0.59:239
chr12	1702912	rs35466364	C	T	5959.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-1.506;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=546;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.518;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=85;NR=89;PP=2884;ReadPosRankSum=2.995;SC=CGTGGCCCAGCCCGTTGTCGG;SOR=0.678;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=326;TCF=158;TCR=168;TR=174;WE=1702920;WS=1702902;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:260,280:0.52:540
chr12	1703322	.	A	AGCC	3565.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=6;NR=31;PP=1942;SC=GCTTCTCCCCAGCCGCCGCCG;SOR=1.151;SbPval=0.24;Source=Platypus;TC=54;TCF=6;TCR=48;TR=37;WE=1703330;WS=1703312;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr12	1741710	rs35177332	G	T	552.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-1.047;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.073;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=6;PP=305;ReadPosRankSum=-0.420;SC=TCTTTCCAGGGCCTTGTACAC;SOR=0.520;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=34;TCR=13;TR=21;WE=1741718;WS=1741700;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,27:0.47:58
chr12	1748728	rs58317077	C	T	766.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.598;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=28;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=7;PP=355;ReadPosRankSum=-0.208;SC=GGAAGCGAAGCCCCCTGCCCC;SOR=0.693;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=52;TCF=37;TCR=15;TR=24;WE=1748736;WS=1748718;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,37:0.50:74
chr12	1748766	rs6489313	G	A	3387.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=46;NR=28;PP=1496;SC=CGTGGCGTGCGGGTCCGTCGG;SOR=1.005;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=74;TCF=46;TCR=28;TR=74;WE=1748774;WS=1748756;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chr12	1748834	rs2270036	T	C	5427.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=60;NR=47;PP=1834;SC=CTTACCGCCCTGGCCTCATTC;SOR=0.784;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=107;TCF=60;TCR=47;TR=107;WE=1748842;WS=1748824;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,205:1.00:205
chr12	1769577	rs150248013	G	A	1798.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.897;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.055;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=40;PP=881;ReadPosRankSum=-0.996;SC=CTGCGCATGTGAGTCACATGT;SOR=0.805;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=150;TCF=58;TCR=92;TR=62;WE=1769585;WS=1769567;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:129,94:0.42:223
chr12	1863728	rs11061971	A	T	1177.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQ=60.26;NF=8;NR=31;PP=853;SC=ATGTGGAGGAAGTGGCAGAGG;SOR=2.476;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=39;TCF=8;TCR=31;TR=39;WE=1863736;WS=1863718;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr12	1889823	rs767870	G	A	2569.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=21;NR=43;PP=1218;SC=TGTAAAGTCCGTATTTTGGCC;SOR=1.167;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=64;TCF=21;TCR=43;TR=64;WE=1889831;WS=1889813;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr12	1889920	rs10848575	TT	AA	905.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;JOINED;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.17;SOR=1.931;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr12	1902905	rs33912216	G	A	1178.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-2.159;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.759;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=33;PP=682;ReadPosRankSum=0.312;SC=CCGAGGCGCCGCCGCAGTCCT;SOR=0.611;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=90;TCF=22;TCR=68;TR=46;WE=1902913;WS=1902895;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,54:0.47:115
chr12	1904726	rs3078853	G	GAC	1219.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=19;PP=1111;SC=CCCTGTGGAGGACACGGGCGG;SOR=1.942;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=24;TCF=3;TCR=21;TR=22;WE=1904734;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr12	1905091	rs3815325	G	A	500.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=1.007;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=15;PP=336;ReadPosRankSum=-0.388;SC=GGGCAGCTAAGGGAACGGGCC;SOR=0.627;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=33;TCF=9;TCR=24;TR=21;WE=1905099;WS=1905081;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,22:0.58:38
chr12	1919968	rs34708777	G	A	233.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.899;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.08;ReadPosRankSum=-1.337;SOR=0.627;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,13:0.39:33
chr12	1937511	rs10437823	T	C	1715.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.318;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=34;PP=985;ReadPosRankSum=2.087;SC=CTTCCTGGGGTACCCGAGGCT;SOR=0.850;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=46;TCF=11;TCR=35;TR=45;WE=1937519;WS=1937501;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,61:0.98:62
chr12	1950011	rs58188909	A	AC	13103.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=334;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=16;NR=109;PP=2957;SC=CAACCCAGTCATGGGGAAGAG;SOR=0.879;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=129;TCF=16;TCR=113;TR=125;WE=1950019;WS=1950001;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,328:1.00:328
chr12	1955664	rs7137553	G	T	3132.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=46.76;SOR=3.160;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr12	1955668	rs7138458	C	A	3196.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.62;SOR=2.599;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr12	1955890	rs7137876	T	C	12410.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=487;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=108;NR=137;PP=2965;SC=GGTCACCACATGGCTGTGGCA;SOR=0.839;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=245;TCF=108;TCR=137;TR=245;WE=1955898;WS=1955880;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,481:1.00:481
chr12	1967947	rs2286369	C	G	1595.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=43;PP=1248;SC=CCTCATGCCCCCTTCTTTACC;SOR=3.486;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=49;TCF=6;TCR=43;TR=49;WE=1967955;WS=1967937;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr12	1969262	rs10848582	T	C	5847.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.184;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=517;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.522;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=86;NR=77;PP=2732;ReadPosRankSum=-0.538;SC=GAGTTGCTGGTATTCATGTTC;SOR=0.753;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=293;TCF=152;TCR=141;TR=163;WE=1969270;WS=1969252;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:235,273:0.54:508
chr12	1983744	rs737102	T	C	1294.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.263;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.338;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=13;PP=453;ReadPosRankSum=0.019;SC=TCCTAGGCCATGCCCTGGCTG;SOR=0.815;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=79;TCF=50;TCR=29;TR=37;WE=1983752;WS=1983734;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,66:0.47:139
chr12	1987442	rs34323075	TA	T	3959.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.496;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.530;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=27;PP=1606;ReadPosRankSum=0.836;SC=CCAAATCCCATACAGTAAGGA;SOR=0.642;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=73;TCF=28;TCR=45;TR=42;WE=1987450;WS=1987432;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,114:0.58:197
chr12	1987605	rs79680317	C	T	1393.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=1.531;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.250;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=30;PP=704;ReadPosRankSum=2.803;SC=TTGTGCTGGGCATCTGGAGTT;SOR=0.946;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=98;TCF=42;TCR=56;TR=50;WE=1987613;WS=1987595;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,67:0.52:130
chr12	1989018	rs60945277	T	C	1897.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.181;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.114;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=39;PP=726;ReadPosRankSum=0.615;SC=TGGTGAGCAGTGTCAGGCTCT;SOR=0.818;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=127;TCF=49;TCR=78;TR=62;WE=1989026;WS=1989008;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:102,97:0.49:199
chr12	1991971	rs55779143	A	G	2241.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.237;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.586;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=21;PP=1126;ReadPosRankSum=2.081;SC=GTAACTTCTTACTCCCTGGGG;SOR=0.642;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=118;TCF=83;TCR=35;TR=68;WE=1991979;WS=1991961;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,101:0.57:176
chr12	1992265	rs79864920	G	T	589.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-2.030;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.704;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=20;PP=391;ReadPosRankSum=-1.129;SC=GCTCATAGCCGAATACTCTCT;SOR=1.795;SbPval=0.93;Source=Platypus;TC=48;TCF=6;TCR=42;TR=21;WE=1992273;WS=1992255;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,25:0.45:55
chr12	1993337	rs2429184	T	C	1842.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=47;NR=4;PP=1343;SC=TGCTCAGCACTTCCAGGGCTG;SOR=3.575;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=51;TCF=47;TCR=4;TR=51;WE=1993345;WS=1993327;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr12	1995042	rs10774003	A	G	457.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=4.118;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=1;PP=367;ReadPosRankSum=1.517;SC=ATAAGCAAAAAGGGCCACAGA;SOR=0.756;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=31;TCF=30;TCR=1;TR=17;WE=1995050;WS=1995032;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,17:0.52:33
chr12	1995403	rs10735005	T	C	4821.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=56;NR=56;PP=1922;SC=ATGATATTAATGAAGTCATTC;SOR=0.715;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=112;TCF=56;TCR=56;TR=112;WE=1995411;WS=1995393;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,184:1.00:184
chr12	1996078	rs77739473	G	A	560.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.550;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.970;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=10;PP=371;ReadPosRankSum=0.600;SC=CTTGAGTGGCGGTGGGGGAAG;SOR=1.036;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=60;TCF=34;TCR=26;TR=25;WE=1996086;WS=1996068;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,29:0.38:77
chr12	2016550	rs112521420	A	ATTGTC	1659.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=22;NR=3;PP=1533;SC=CAGTGCCCCTATTATTTCCAG;SOR=3.442;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=27;TCF=23;TCR=4;TR=25;WE=2016558;WS=2016540;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr12	2016811	rs146752695	CCTGGTGGGCGTGT	C	7762.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=18;NR=71;PP=2936;SC=GGTGAGGGTGCCTGGTGGGCG;SOR=0.728;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=101;TCF=21;TCR=80;TR=89;WE=2016831;WS=2016801;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,175:1.00:175
chr12	2019322	rs8181786	G	A	618.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=16;PP=472;SC=ACAGACAAAAGGCACACACAT;SOR=3.056;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=18;TCF=2;TCR=16;TR=18;WE=2019330;WS=2019312;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr12	2022411	rs1558142	T	C	1555.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-5.578;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.499;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=48;PP=792;ReadPosRankSum=-0.114;SC=TTCCGGCACATGGAGCCTGGT;SOR=0.311;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=126;TCF=27;TCR=99;TR=63;WE=2022419;WS=2022401;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,75:0.54:138
chr12	2024274	rs73595519	C	A	5677.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.226;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=529;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.521;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=85;NR=80;PP=2585;ReadPosRankSum=0.915;SC=AATGCACACACACGTACACAC;SOR=0.752;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=337;TCF=170;TCR=167;TR=165;WE=2024282;WS=2024264;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:249,273:0.52:522
chr12	2024316	rs758157	A	G	6046.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.148;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=589;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=81;NR=90;PP=2398;ReadPosRankSum=0.790;SC=ATGCATATGCATACACACACG;SOR=0.685;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=334;TCF=157;TCR=177;TR=171;WE=2024324;WS=2024306;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:285,302:0.51:587
chr12	2038978	rs79802812	G	A	257.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.231;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=1.707;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.72;ReadPosRankSum=0.664;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,12:0.55:22
chr12	2039022	rs66541354	G	C	213.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.700;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.57;ReadPosRankSum=1.030;SOR=0.399;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,10:0.59:17
chr12	2039155	rs200831723	GGGGAGGAGGAGGAAGAGA	G	110.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.210;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=10.07;ReadPosRankSum=0.453;SOR=0.330;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,4:0.36:11
chr12	2039690	rs2429172	A	G	4094.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.110;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=92;PP=2752;ReadPosRankSum=0.745;SC=CAGAGAGCTCACTCTGCCTGG;SOR=1.246;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=115;TCF=22;TCR=93;TR=114;WE=2039698;WS=2039680;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,139:0.99:140
chr12	2055266	rs7222	T	C	1070.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.553;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.743;HP=8;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=8;PP=565;ReadPosRankSum=-1.051;SC=ACATACTTTTTTTTTAAAAAA;SOR=1.049;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=78;TCF=57;TCR=21;TR=35;WE=2055274;WS=2055256;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,49:0.47:105
chr12	2058245	rs2240612	T	C	945.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.439;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.678;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=10;PP=336;ReadPosRankSum=0.077;SC=ATGACGTGCTTGCTTACCTGA;SOR=0.586;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=72;TCF=46;TCR=26;TR=25;WE=2058253;WS=2058235;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,50:0.38:130
chr12	2062323	rs149912567	T	TTGC	3432.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.899;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=413;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=2.709;NF=8;NR=42;PP=2167;ReadPosRankSum=-0.591;SC=GAAGCTTCTCTTGCTGCTGCT;SOR=0.708;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=133;TCF=27;TCR=106;TR=50;WE=2062336;WS=2062313;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:180,173:0.49:353
chr12	2077897	rs2470425	G	C	557.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=1.423;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=10;PP=230;ReadPosRankSum=0.915;SC=AAGTTAGGGAGAGGCCACTGG;SOR=0.772;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=34;TCF=15;TCR=19;TR=18;WE=2077905;WS=2077887;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,29:0.48:61
chr12	2107036	rs2302098	T	C	550.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.671;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.212;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=7;PP=155;ReadPosRankSum=-1.380;SC=TGAAGAAGAGTGACACAACGG;SOR=0.426;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=46;TCF=29;TCR=17;TR=18;WE=2107044;WS=2107026;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,29:0.49:59
chr12	2113348	rs7298333	A	C	7123.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=1.405;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=688;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.204;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=90;NR=90;PP=2962;ReadPosRankSum=0.009;SC=CCAGGGCGTCAACGTCTCCTC;SOR=0.518;SbPval=0.4;Source=Platypus;TCR=207;TR=180;WE=2113356;WS=2113338;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:336,340:0.50:676
chr12	2224228	rs2299661	C	G	535.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=5;PP=401;SC=GGCCCTCTTCCCTCAGCATCT;SOR=2.093;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=15;TCR=5;TR=20;WE=2224236;WS=2224223;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr12	2602307	rs56412831	C	G	5082.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.535;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=429;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.134;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=97;NR=44;PP=2537;ReadPosRankSum=-0.825;SC=CTGCCCACATCTCTCCCTCCC;SOR=0.800;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=262;TCF=177;TCR=85;TR=141;WE=2602315;WS=2602297;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:199,228:0.53:427
chr12	2613521	rs1008832	A	G	1379.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.144;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.103;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=14;PP=843;ReadPosRankSum=1.242;SC=GTCCCCTCCCAATCTGCTCAC;SOR=1.007;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=129;TCF=91;TCR=38;TR=56;WE=2613529;WS=2613511;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,69:0.45:154
chr12	2659044	rs34277236	TG	T	24712.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-1.916;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=619;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.101;NF=102;NR=165;PP=2967;ReadPosRankSum=1.093;SC=TGCAAACTACTGCTCTTCTGT;SOR=0.344;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=271;TCF=104;TCR=167;TR=267;WE=2659052;WS=2659034;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,614:1.00:615
chr12	2659082	rs11062272	G	T	22104.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=1.945;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=842;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.116;NF=266;NR=228;PP=2965;ReadPosRankSum=0.567;SC=CTCAATGCCTGGCTCTGCTTC;SOR=0.494;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=500;TCF=268;TCR=232;TR=494;WE=2659090;WS=2659072;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,833:1.00:836
chr12	2659622	rs12304811	G	A	2157.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=35;NR=19;PP=1011;SC=TGATAAATGTGACCTGGGAGA;SOR=1.151;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=55;TCF=36;TCR=19;TR=54;WE=2659630;WS=2659612;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr12	2659848	rs10848675	T	C	2087.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=17;NR=28;PP=903;SC=CATTTCTGAATTGCTCCACCT;SOR=1.003;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=45;TCF=17;TCR=28;TR=45;WE=2659856;WS=2659838;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr12	2659926	rs77367745	C	T	199.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=2.018;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.697;HP=2;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=7;PP=124;ReadPosRankSum=0.421;SC=CCTGGGCAAGCGCAGCCCTTT;SOR=1.402;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=18;TCF=6;TCR=12;TR=9;WE=2659934;WS=2659916;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,11:0.44:25
chr12	2659942	rs79331677	C	T	194.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.376;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.952;HP=2;HapScore=2;MGOF=29;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=4;PP=56;ReadPosRankSum=0.244;SC=CCTTTCACAACGCTGAGCTGT;SOR=0.307;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=16;TCF=6;TCR=10;TR=8;WE=2659950;WS=2659932;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,10:0.56:18
chr12	2665940	rs117791272	A	G	925.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.606;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=11;PP=563;ReadPosRankSum=-0.195;SC=CAGTCTCCACATTCAAATACA;SOR=0.754;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=97;TCF=72;TCR=25;TR=42;WE=2665948;WS=2665930;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,48:0.44:110
chr12	2676683	rs2370602	C	T	1422.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=39;NR=2;PP=1082;SC=CTGCCTCCCTCTCTGCCTCCT;SOR=4.317;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=41;TCF=39;TCR=2;TR=41;WE=2676691;WS=2676678;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
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chr12	2721137	rs216008	C	T	2255.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.686;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=25;PP=966;ReadPosRankSum=1.358;SC=CTGGCCTCTTCACCGTGGAGA;SOR=0.688;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=109;TCF=66;TCR=43;TR=63;WE=2721145;WS=2721127;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,106:0.55:192
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chr12	2743722	rs57723819	C	CT	134.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.513;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=2.915;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.29;ReadPosRankSum=1.491;SOR=1.721;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,14:0.34:41
chr12	2750893	rs2239124	C	T	1380.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.113;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.158;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=25;PP=558;ReadPosRankSum=-0.195;SC=AGGCGATGCTCAACCTGCAGG;SOR=0.576;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=120;TCF=54;TCR=66;TR=48;WE=2750901;WS=2750883;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:112,76:0.40:188
chr12	2757756	rs2239127	T	C	849.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.224;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=4.065;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.64;ReadPosRankSum=-0.607;SOR=0.325;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,39:0.53:73
chr12	2757769	rs2239128	T	C	670.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.953;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=2.909;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.01;ReadPosRankSum=1.249;SOR=0.293;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,34:0.51:67
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chr12	2760708	rs216045	G	A	2544.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.947;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.513;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=36;PP=1462;ReadPosRankSum=0.533;SC=CCTGCCTTCCGCCACTGCCAC;SOR=0.766;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=182;TCF=114;TCR=68;TR=98;WE=2760716;WS=2760698;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:98,118:0.55:216
chr12	2760965	rs34428885	GA	G	1848.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.480;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.769;HP=3;HapScore=4;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.443;NF=3;NR=41;PP=2829;ReadPosRankSum=-0.572;SC=GCGGCCCGGGGAATCGCAGGG;SOR=0.842;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=91;TCF=6;TCR=85;TR=44;WE=2760978;WS=2760955;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,61:0.50:123
chr12	2760970	rs1990322	G	A	1303.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-3.483;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.991;NF=12;NR=42;PP=2962;ReadPosRankSum=0.534;SC=CCGGGGAATCGCAGGGCTGCC;SOR=0.627;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=107;TCF=24;TCR=83;TR=54;WE=2760978;WS=2760955;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,58:0.50:115
chr12	2773855	rs7315556	G	A	205.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-2.475;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.274;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=9;NR=0;PP=153;ReadPosRankSum=0.751;SC=GAGCATTCAGGGAATGATGAA;SOR=1.981;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=16;TCR=1;TR=9;WE=2773863;WS=2773845;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,9:0.53:17
chr12	2773870	rs45555233	A	G	200.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-0.832;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=1;PP=129;ReadPosRankSum=0.121;SC=GATGAACATCAAGTTCATTTT;SOR=0.602;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=18;TCF=17;TCR=1;TR=9;WE=2773878;WS=2773860;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,10:0.48:21
chr12	2774668	rs2302728	C	A	408.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-1.769;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=2;PP=347;ReadPosRankSum=-0.481;SC=CATCAGTAGGCCCCAGCTGGC;SOR=1.051;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=27;TCF=24;TCR=3;TR=16;WE=2774676;WS=2774658;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,16:0.57:28
chr12	2783476	rs7136355	T	C	544.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-0.670;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=4;PP=307;ReadPosRankSum=0.835;SC=AGGAATGGCATTGGACGGGGC;SOR=0.606;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=50;TCF=40;TCR=10;TR=23;WE=2783484;WS=2783466;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,25:0.48:52
chr12	2788879	rs1051375	G	A	11786.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=1.424;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=999;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.525;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=136;NR=204;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.542;SC=ACCCCAGCACGGTCAGCACTG;SOR=0.647;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=624;TCF=251;TCR=373;TR=340;WE=2788887;WS=2788869;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:442,544:0.55:986
chr12	2791130	rs10848683	C	T	811.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.841;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=2.026;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=23.19;ReadPosRankSum=0.850;SOR=0.235;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,21:0.60:35
chr12	2791130	.	CGA	TGG	575	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MMLQ=22;MQ=60.0;NF=12;NR=3;PP=575;QD=41.8978583241;SC=AGGCACGTTCCGATGTGTGAG;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=29;TCF=25;TCR=4;TR=15;WE=2791140;WS=2791120;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:14,15:0.52:29
chr12	2791132	rs10774053	A	G	811.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.329;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=2.026;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=23.19;ReadPosRankSum=0.832;SOR=0.235;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,21:0.60:35
chr12	2791205	rs10774054	A	G	3339.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=47;NR=26;PP=1503;SC=CTGCTCAGGAAAGCAAACCCC;SOR=1.179;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=76;TCF=48;TCR=28;TR=73;WE=2791213;WS=2791195;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr12	2794791	rs11062315	T	G	668.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=3.435;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.474;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.526;NF=21;NR=3;PP=459;ReadPosRankSum=0.503;SC=GCACAAAGTGTGCGTCCCTTC;SOR=0.161;SbPval=0.22;Source=Platypus;TC=45;TCF=42;TCR=3;TR=24;WE=2794799;WS=2794783;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,26:0.54:48
chr12	2794977	rs56270948	G	A	2482.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=0.840;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=275;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.921;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-11.025;NF=37;NR=36;PP=1146;ReadPosRankSum=0.394;SC=GGCAATCTCCGAAGAGGGGTT;SOR=0.729;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=149;TCF=75;TCR=74;TR=73;WE=2794985;WS=2794967;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:147,125:0.46:272
chr12	2795255	rs2270373	C	T	6548.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=250;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=81;NR=65;PP=2965;SC=CTCCTGGCACCCCACCAGGGT;SOR=0.850;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=146;TCF=81;TCR=65;TR=146;WE=2795263;WS=2795245;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,244:1.00:244
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chr12	2851129	rs115055430	G	T	45.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-2.369;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=50;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.921;NF=3;NR=0;PP=41;ReadPosRankSum=0.489;SC=GCACAAAGTGGGCGTCCCTTC;SOR=0.368;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=10;TCR=0;TR=3;WE=2851137;WS=2851121;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,3:0.38:8
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chr12	2851180	rs55952811	C	T	1008.28	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.216;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=6.702;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.44;MQRankSum=-2.315;QD=37.34;ReadPosRankSum=-0.978;SOR=4.174;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,25:0.93:27
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chr12	2876636	rs4313632	A	G	1547.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.876;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=22;PP=661;ReadPosRankSum=1.111;SC=GGTGAGAAGCAGCTTTGTTCT;SOR=0.676;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=84;TCF=45;TCR=39;TR=47;WE=2876644;WS=2876626;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,76:0.58:132
chr12	2907087	rs41456246	G	A	3323.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=374;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.738;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=69;PP=1610;ReadPosRankSum=0.307;SC=CCTTATCTCAGCCCAATGCCT;SOR=0.798;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=253;TCF=101;TCR=152;TR=112;WE=2907095;WS=2907077;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:198,164:0.45:362
chr12	2937013	rs4765998	G	C	219.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.363;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.169;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=0;PP=117;ReadPosRankSum=0.079;SC=GCTGCAGGGAGTGAAAGTCTC;SOR=2.517;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=31;TCF=24;TCR=7;TR=9;WE=2937021;WS=2937007;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,12:0.34:35
chr12	2968458	rs2215292	T	C	13990.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=515;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=171;NR=153;PP=2965;SC=GATGCTGTTTTCTCCGAGACC;SOR=0.778;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=325;TCF=171;TCR=154;TR=324;WE=2968466;WS=2968448;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,513:1.00:513
chr12	3017219	rs10848733	A	G	2140.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.096;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.706;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=29;PP=901;ReadPosRankSum=-0.246;SC=GTGCCTCCCAAGTGATGAAGA;SOR=0.667;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=140;TCF=69;TCR=71;TR=63;WE=3017227;WS=3017209;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:121,107:0.47:228
chr12	3018675	rs11305670	AT	A	1146.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.339;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FS=2.274;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.12;MQRankSum=1.276;QD=6.63;ReadPosRankSum=1.196;SOR=0.486;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:77,96:0.55:173
chr12	3018802	rs35490316	G	C	2902.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.126;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=272;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.767;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.038;NF=30;NR=50;PP=1366;ReadPosRankSum=-1.467;SC=CCGTGATGCTGATGGTCTTGG;SOR=1.000;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=177;TCF=79;TCR=98;TR=80;WE=3018810;WS=3018792;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:127,135:0.52:262
chr12	3031358	rs2302283	T	C	1366.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.399;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.732;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=9;PP=729;ReadPosRankSum=-0.861;SC=TGATCACATATGCCAAATCTA;SOR=0.902;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=89;TCF=65;TCR=24;TR=45;WE=3031366;WS=3031348;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,61:0.58:105
chr12	3039319	rs10848747	A	G	803.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=1.668;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.279;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=5;PP=538;ReadPosRankSum=-1.280;SC=AGAATAGTTAAGAATGTTTTA;SOR=0.498;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=52;TCF=43;TCR=9;TR=28;WE=3039327;WS=3039309;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,33:0.58:57
chr12	3040029	rs10848749	C	T	1155.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.303;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.805;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=12;PP=703;ReadPosRankSum=1.003;SC=GATACTTACTCTTCATTACTC;SOR=0.541;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=84;TCF=61;TCR=23;TR=41;WE=3040037;WS=3040019;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,51:0.49:105
chr12	3046802	rs33973716	A	G	2135.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.928;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.097;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=26;PP=872;ReadPosRankSum=-0.320;SC=TCCAGGAAACAAACGTACTTG;SOR=0.604;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=128;TCF=76;TCR=52;TR=63;WE=3046810;WS=3046792;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:93,108:0.54:201
chr12	3046965	.	CA	C	135.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.529;ClippingRankSum=0.000;DP=90;ExcessHet=3.0103;FS=2.969;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.54;MQRankSum=0.000;QD=2.42;ReadPosRankSum=0.627;SOR=0.304;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,19:0.34:56
chr12	3047466	rs2074987	G	A	1343.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=0.716;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.626;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=38;PP=1017;ReadPosRankSum=0.742;SC=GCCTCCAGGAGGGGTTGGGTG;SOR=0.467;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=104;TCF=24;TCR=80;TR=52;WE=3047474;WS=3047456;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,61:0.50:123
chr12	3049698	rs998814	T	C	4812.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.830;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=483;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=87;NR=61;PP=2050;ReadPosRankSum=1.445;SC=CTTCCCAGAATGTATCCAAAC;SOR=0.704;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=293;TCF=175;TCR=118;TR=148;WE=3049706;WS=3049688;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:244,234:0.49:478
chr12	3049938	rs1047341	C	T	1892.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=1.156;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.821;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=45;PP=1197;ReadPosRankSum=-0.446;SC=TGTCCCCCACCGACAAGTCCC;SOR=0.848;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=158;TCF=65;TCR=93;TR=74;WE=3049946;WS=3049928;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:102,86:0.46:188
chr12	3126490	rs117968083	C	T	2267.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=3.035;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=11.006;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=20;PP=1321;ReadPosRankSum=-2.884;SC=TTCCCTGACCCGAGGGCCGGA;SOR=1.361;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=148;TCF=99;TCR=49;TR=77;WE=3126498;WS=3126480;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:102,101:0.50:203
chr12	3127652	rs2159411	A	G	5883.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=236;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=126;NR=47;PP=2965;SC=CCACCCCCACACCACAGGGCC;SOR=1.672;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=176;TCF=126;TCR=50;TR=173;WE=3127660;WS=3127642;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,232:1.00:232
chr12	3128103	rs71534246	G	A	687.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-3.169;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=3;PP=371;ReadPosRankSum=0.173;SC=CGCTGTGTCTGTGGACCCGCC;SOR=0.682;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=50;TCF=41;TCR=9;TR=24;WE=3128111;WS=3128093;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,32:0.53:60
chr12	3128455	rs11062460	A	T	420.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-1.389;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.299;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=13;PP=202;ReadPosRankSum=-0.378;SC=CGTCATGCACACTGACCACAC;SOR=0.197;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=42;TCF=7;TCR=35;TR=17;WE=3128463;WS=3128445;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,22:0.43:51
chr12	3130044	rs71583737	C	T	1774.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.538;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=37;PP=857;ReadPosRankSum=-0.401;SC=AATTCAAGTTCCCTGTTCCTT;SOR=0.714;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=151;TCF=56;TCR=95;TR=59;WE=3130052;WS=3130034;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:113,88:0.44:201
chr12	3130938	rs4759380	A	G	2256.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=64;NR=10;PP=1493;SC=CGTGGTGGGCACGCAGAGCCA;SOR=3.482;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=74;TCF=64;TCR=10;TR=74;WE=3130946;WS=3130928;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
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chr12	3147080	rs3741951	C	T	2085.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=2.619;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.393;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=23;PP=1169;ReadPosRankSum=1.307;SC=TTGATGCTCCCGTCTGACATG;SOR=0.875;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=156;TCF=108;TCR=48;TR=76;WE=3147088;WS=3147070;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:126,99:0.44:225
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chr12	3310439	rs740776	C	T	5907.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.694;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.05;MQRankSum=0.141;QD=25.91;ReadPosRankSum=-1.401;SOR=0.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,226:0.99:228
chr12	3310482	rs740775	C	G	4333.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.677;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQ=60.06;MQRankSum=0.164;NF=41;NR=65;PP=1982;ReadPosRankSum=-1.287;SC=CTTACCATAGCGTGAATACCC;SOR=1.004;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=108;TCF=42;TCR=66;TR=106;WE=3310490;WS=3310472;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,167:0.99:169
chr12	3315433	rs2058243	A	G	3281.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.416;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=373;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.789;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=68;NR=52;PP=1720;ReadPosRankSum=-0.800;SC=CTGAATGCCCACTCTGTGCAC;SOR=0.741;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=250;TCF=140;TCR=110;TR=120;WE=3315441;WS=3315423;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:201,166:0.45:367
chr12	3387521	rs651196	C	G	1175.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=2.192;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=11.102;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=6;PP=801;ReadPosRankSum=0.687;SC=GGGACCTGCACTGTTCCCAGG;SOR=0.068;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=69;TCF=61;TCR=8;TR=41;WE=3387529;WS=3387513;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,45:0.62:73
chr12	3387555	rs651243	C	T	1818.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-5.085;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.058;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=21;PP=1151;ReadPosRankSum=-0.137;SC=GTGAGAGCAGCGCCAGGCTAA;SOR=0.338;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=120;TCF=91;TCR=29;TR=76;WE=3387563;WS=3387545;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,83:0.60:138
chr12	3387865	rs663134	C	A	702.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-0.094;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.728;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=23;PP=503;ReadPosRankSum=-0.983;SC=GGAATATTAGCCACCTGGGTG;SOR=1.333;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=84;TCF=31;TCR=53;TR=32;WE=3387873;WS=3387855;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,34:0.37:91
chr12	3390804	rs605613	C	T	510.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.855;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.610;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=3;PP=334;ReadPosRankSum=2.304;SC=GAGGTAAGAGCGAGGACGAGG;SOR=2.004;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=28;TCF=22;TCR=6;TR=19;WE=3390812;WS=3390794;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,22:0.55:40
chr12	3391032	rs564247	T	G	2791.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.097;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=296;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=40;PP=1192;ReadPosRankSum=-0.778;SC=GGCCTCAGCCTCAGAGGGAAG;SOR=0.700;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=192;TCF=101;TCR=91;TR=85;WE=3391040;WS=3391022;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:152,140:0.48:292
chr12	3392351	rs632887	A	G	3361.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.048;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=366;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.105;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=82;PP=1988;ReadPosRankSum=-1.543;SC=GCTTTGTGTCACCTGCCTGCG;SOR=0.910;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=270;TCF=109;TCR=161;TR=131;WE=3392359;WS=3392341;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:196,163:0.45:359
chr12	3409277	rs7306401	C	T	8079.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=307;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=78;NR=144;PP=2965;SC=CTGCAGGTGCCGGAGAAGGCC;SOR=1.276;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=224;TCF=78;TCR=146;TR=222;WE=3409285;WS=3409267;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,303:1.00:303
chr12	3490546	rs9804924	T	C	2301.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.632;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.786;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=19;PP=1060;ReadPosRankSum=-0.870;SC=GCTGTTTGAATGTGTGCCAGG;SOR=1.043;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=114;TCF=77;TCR=37;TR=66;WE=3490554;WS=3490536;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,103:0.60:171
chr12	3490810	.	T	C	925.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=3.263;ClippingRankSum=0.000;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.477;HP=3;HapScore=4;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=31;PP=1446;ReadPosRankSum=0.019;SC=ACTGGTGCTTTTGTTTCAATT;SOR=0.388;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=66;TCF=6;TCR=60;TR=35;WE=3490828;WS=3490800;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,36:0.52:69
chr12	3490820	rs10848860	T	C	666.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=3.722;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.688;HP=3;HapScore=4;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=24;PP=1371;ReadPosRankSum=0.271;SC=TTGTTTCAATTAAACTTTTAA;SOR=1.168;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=56;TCF=5;TCR=51;TR=26;WE=3490828;WS=3490800;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,26:0.46:57
chr12	3600915	rs200934500	G	C	1543.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-1.978;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.064;HP=3;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.020;NF=15;NR=56;PP=1089;ReadPosRankSum=1.232;SC=CCGCCCACCCGGACCACCGCG;SOR=1.291;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=132;TCF=29;TCR=103;TR=71;WE=3600923;WS=3600905;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,75:0.50:151
chr12	3600967	rs757609	T	C	2176.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=65;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=47;PP=1514;SC=CTTTCCCCAGTTTCATCCCGC;SOR=3.952;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=54;TCF=7;TCR=47;TR=54;WE=3600975;WS=3600957;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr12	3702219	rs4765741	A	G	1531.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.925;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.357;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=21;PP=786;ReadPosRankSum=0.675;SC=CTGTGGCTTCATACCCAGACG;SOR=0.564;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=99;TCF=64;TCR=35;TR=55;WE=3702227;WS=3702209;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,75:0.53:141
chr12	3725866	rs4766146	A	C	2133.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.821;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=255;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=32;PP=1034;ReadPosRankSum=-0.296;SC=CTTTAAGACTAAGAAGAAGAC;SOR=0.698;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=161;TCF=81;TCR=80;TR=64;WE=3725874;WS=3725856;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:147,107:0.42:254
chr12	3725967	rs4766147	C	T	1079.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-1.660;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.740;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=21;PP=555;ReadPosRankSum=0.976;SC=TACAAAGGCCCAGGACCCCGT;SOR=0.399;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=83;TCF=35;TCR=48;TR=41;WE=3725975;WS=3725957;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,51:0.50:101
chr12	3728397	rs17770235	T	C	1954.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-1.621;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.474;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=29;PP=1025;ReadPosRankSum=-1.170;SC=TCCCTCGGGGTCACACTCTGT;SOR=0.416;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=149;TCF=98;TCR=51;TR=75;WE=3728405;WS=3728387;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,94:0.52:180
chr12	3736527	rs56082948	A	G	2266.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-3.611;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.842;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=26;PP=1270;ReadPosRankSum=-0.323;SC=GCAGAGGCCCACGTGGGAGAT;SOR=0.378;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=161;TCF=116;TCR=45;TR=87;WE=3736535;WS=3736517;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,109:0.57:190
chr12	3736745	rs10848894	T	C	4993.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.485;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=575;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.525;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=78;NR=101;PP=2357;ReadPosRankSum=0.483;SC=GGGTCAGGCATGCACGGCCTT;SOR=0.751;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=377;TCF=165;TCR=212;TR=179;WE=3736753;WS=3736735;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:312,254:0.45:566
chr12	3749874	rs7138453	T	C	2895.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.134;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=385;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.193;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=46;PP=991;ReadPosRankSum=0.320;SC=TTTCATTTCATGCTTGCAGTC;SOR=0.612;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=222;TCF=117;TCR=105;TR=92;WE=3749882;WS=3749864;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:219,159:0.42:378
chr12	3750070	rs4766151	T	C	696.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=23;PP=550;SC=CAACAAAATGTGTTATGTTTG;SOR=5.058;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=24;TCF=1;TCR=23;TR=24;WE=3750078;WS=3750060;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr12	3751046	rs7297853	T	C	10983.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=413;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=131;NR=149;PP=2965;SC=GCCTATTTGCTCCGATGTTTG;SOR=0.780;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=280;TCF=131;TCR=149;TR=280;WE=3751054;WS=3751036;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,407:1.00:407
chr12	3753975	rs7975304	T	G	1035.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.144;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.770;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=22;PP=550;ReadPosRankSum=-0.646;SC=AGGATAGTTTTTGTGTACAGA;SOR=1.788;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=33;TCF=10;TCR=23;TR=31;WE=3753983;WS=3753965;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,40:0.95:42
chr12	3757548	rs887304	T	C	2799.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=61;NR=23;PP=1682;SC=AGTGGCTACTTGGTGGTCCAA;SOR=1.732;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=85;TCF=61;TCR=24;TR=84;WE=3757556;WS=3757538;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr12	3757923	rs758530	A	G	310.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-3.310;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=10;PP=210;ReadPosRankSum=1.054;SC=GAGCTCCTACAGTATGCAAGT;SOR=0.892;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=0;TCR=14;TR=10;WE=3757931;WS=3757913;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,12:0.75:16
chr12	3768705	rs10848906	C	A	1212.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.143;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.757;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=14;PP=535;ReadPosRankSum=-0.566;SC=GGCCTCAGAGCCAAGCCTGGG;SOR=0.813;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=64;TCF=39;TCR=25;TR=37;WE=3768713;WS=3768695;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,58:0.57:101
chr12	3782456	rs55825408	A	G	215.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.488;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.38;ReadPosRankSum=-1.226;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,7:0.30:23
chr12	3782480	rs56040859	T	C	454.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-2.357;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=2;PP=204;ReadPosRankSum=-2.438;SC=ACACAGGGCCTGGTCCCCACT;SOR=0.614;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=36;TCF=30;TCR=6;TR=14;WE=3782488;WS=3782470;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,16:0.42:38
chr12	3782647	rs36030417	A	T	1332.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=2.020;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.262;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=23;PP=600;ReadPosRankSum=-1.119;SC=TCTTCTCCTCATGGGCTTCTT;SOR=0.799;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=104;TCF=47;TCR=57;TR=41;WE=3782655;WS=3782637;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:93,66:0.42:159
chr12	3782701	rs17697920	C	T	812.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.179;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.599;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=15;PP=417;ReadPosRankSum=0.526;SC=CAAAGTTGGACAGTAAATGAG;SOR=0.528;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=68;TCF=27;TCR=41;TR=26;WE=3782709;WS=3782691;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,41:0.38:108
chr12	3782779	rs61907258	A	G	421.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=0.713;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.203;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=13;PP=234;ReadPosRankSum=-0.491;SC=AGGGACGCTCATGTGGAAGTG;SOR=0.923;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=39;TCF=9;TCR=30;TR=16;WE=3782787;WS=3782769;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,21:0.40:52
chr12	3787926	rs1160848	G	GGCCCC	982.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-2.401;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.021;HP=1;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=3;PP=881;ReadPosRankSum=2.235;SC=ACAAAGGACAGGCCCCCACTG;SOR=0.105;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=47;TCF=41;TCR=6;TR=21;WE=3787934;WS=3787916;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,26:0.54:48
chr12	3787956	rs242019	A	C	2275.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=58;NR=18;PP=1739;SC=GCGGGCCTTTACCTGCACTGC;SOR=2.334;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=76;TCF=58;TCR=18;TR=76;WE=3787964;WS=3787946;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr12	3788145	rs242018	C	T	10223.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.469;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=398;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=137;NR=101;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.875;SC=TCCTCATCTTCGCCCATGTCG;SOR=0.906;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=247;TCF=139;TCR=108;TR=238;WE=3788153;WS=3788135;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:6,381:0.98:387
chr12	3788188	rs3803135	C	T	3269.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.841;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=451;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.534;HP=2;HapScore=1;MGOF=34;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=56;PP=1511;ReadPosRankSum=0.788;SC=ACAGATACACCTTCTCTTCAT;SOR=0.612;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=269;TCF=142;TCR=127;TR=114;WE=3788196;WS=3788178;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:270,177:0.40:447
chr12	3788222	rs242017	G	A	11343.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.249;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=445;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=119;NR=142;PP=2965;ReadPosRankSum=1.803;SC=CTGTTCACCTGCATCTTCCTG;SOR=0.523;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=265;TCF=120;TCR=145;TR=261;WE=3788230;WS=3788212;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:5,438:0.99:443
chr12	3788260	rs242016	G	A	3854.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.032;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=319;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.414;HP=2;HapScore=1;MGOF=33;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=76;PP=1918;ReadPosRankSum=1.563;SC=TGAAGAAGAAGTGACCTGGGG;SOR=0.746;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=216;TCF=84;TCR=132;TR=122;WE=3788268;WS=3788250;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:137,181:0.57:318
chr12	3789452	rs17836273	C	T	2649.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-0.715;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=320;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.409;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=35;PP=851;ReadPosRankSum=-2.222;SC=TTGCCATCAGCATCCAGGGCA;SOR=0.666;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=165;TCF=77;TCR=88;TR=65;WE=3789460;WS=3789442;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:176,140:0.44:316
chr12	3789562	rs61537702	GG	CA	725.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.900;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.343;HP=4;HapScore=2;JOINED;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=13;PP=632;ReadPosRankSum=0.695;SC=ACTCACTGGTGGGGGAGGTGA;SOR=1.107;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=49;TCF=14;TCR=35;TR=16;WE=3789571;WS=3789552;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,22:0.33:66
chr12	3789607	rs17780600	T	G	248.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=3.338;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=9;PP=165;ReadPosRankSum=-0.206;SC=AGAAAGTGTCTAGAGTTCGGC;SOR=1.473;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=1;TCR=20;TR=9;WE=3789615;WS=3789597;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,10:0.45:22
chr12	3806147	rs9788233	T	C	5601.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.088;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=334;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.08;ReadPosRankSum=-0.822;SOR=0.679;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:170,158:0.48:328
chr12	3806157	rs71579247	G	A	5216.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.592;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=299;ExcessHet=3.0103;FS=3.295;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.80;ReadPosRankSum=0.807;SOR=0.890;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:157,136:0.46:293
chr12	3923061	rs2231381	G	A	270.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=4.489;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.932;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=0;PP=213;ReadPosRankSum=-1.029;SC=ATCTATTCTCGTACACAATGC;SOR=2.448;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=30;TCF=27;TCR=3;TR=12;WE=3923069;WS=3923053;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,12:0.40:30
chr12	3924358	rs58512506	A	C	524.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-0.014;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.445;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=14;PP=256;ReadPosRankSum=-0.607;SC=ATTAAAAAGAATCCCCTCCCC;SOR=0.381;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=55;TCF=12;TCR=43;TR=18;WE=3924366;WS=3924348;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,26:0.40:65
chr12	3948718	rs3809251	G	A	10767.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=421;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=122;NR=125;PP=2965;SC=GCGATTATAGGAGGATCATTT;SOR=0.703;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=247;TCF=122;TCR=125;TR=247;WE=3948726;WS=3948708;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,412:1.00:412
chr12	3982475	rs12823996	C	T	2988.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.411;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=295;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.378;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=43;PP=1242;ReadPosRankSum=0.319;SC=TTTTTTTTCCCGCGGGTCCCC;SOR=0.778;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=194;TCF=102;TCR=92;TR=94;WE=3982483;WS=3982451;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:148,146:0.50:294
chr12	3982657	rs4766179	A	G	2418.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=22;NR=54;PP=1530;SC=ACGCTTATCCATACGCGCGCG;SOR=1.900;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=77;TCF=22;TCR=55;TR=76;WE=3982665;WS=3982647;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr12	4388084	rs3217805	C	G	4142.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.928;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=428;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.517;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=71;PP=1927;ReadPosRankSum=1.872;SC=TGTGTGCCACCGGTAAGATGA;SOR=0.745;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=255;TCF=117;TCR=138;TR=131;WE=4388092;WS=4388074;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:215,206:0.49:421
chr12	4430547	rs10774222	C	T	7164.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=280;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=66;NR=120;PP=2962;SC=AAAACGGGTCCACCACCCTCT;SOR=1.217;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=186;TCF=66;TCR=120;TR=186;WE=4430569;WS=4430537;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,270:1.00:270
chr12	4430561	rs11063080	C	G	2275.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-2.640;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=234;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.367;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=53;PP=1154;ReadPosRankSum=1.280;SC=ACCCTCTCCCCTCCCTGCTCG;SOR=0.550;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=167;TCF=52;TCR=115;TR=79;WE=4430569;WS=4430537;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:114,111:0.49:225
chr12	4446116	rs7296163	T	C	1358.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=0.395;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=8;PP=924;ReadPosRankSum=-0.755;SC=AAAATTTAGATAAATGCAGCT;SOR=1.609;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=46;TCF=38;TCR=8;TR=44;WE=4446124;WS=4446106;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,48:0.98:49
chr12	4461485	rs7133330	G	A	5869.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=1.031;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=93;NR=38;PP=2822;ReadPosRankSum=-1.175;SC=TGAAAGAAGCGGATCAAAAAG;SOR=1.471;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=132;TCF=93;TCR=39;TR=131;WE=4461493;WS=4461475;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,216:0.99:218
chr12	4479549	rs7955866	G	A	3318.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=0.615;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=281;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.921;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=43;PP=1200;ReadPosRankSum=-1.319;SC=TTCCGGGCCCGTTCCCCCAGC;SOR=0.686;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=136;TCF=67;TCR=69;TR=83;WE=4479557;WS=4479539;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:121,157:0.56:278
chr12	4537658	rs2970806	G	A	2388.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=25;NR=33;PP=1040;SC=TTCAACGTCAGACCCACCTGG;SOR=0.935;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=58;TCF=25;TCR=33;TR=58;WE=4537666;WS=4537648;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr12	4554548	rs7358740	G	C	36446.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=1401;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=411;NR=410;PP=2965;SC=CAGCTAGCCCGGCGCGAGACC;SOR=0.699;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=824;TCF=411;TCR=413;TR=821;WE=4554556;WS=4554538;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,1390:1.00:1390
chr12	4645161	.	T	TA	178.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.161;ClippingRankSum=0.000;DP=216;ExcessHet=3.0103;FS=0.737;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.10;MQRankSum=3.141;QD=0.87;ReadPosRankSum=-1.072;SOR=0.592;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:168,38:0.18:206
chr12	4671429	rs34206253	G	T	13398.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=2.401;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=513;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=162;NR=120;PP=2965;ReadPosRankSum=0.925;SC=TCCTCCCGCCGCCTATCCGCA;SOR=0.300;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=287;TCF=165;TCR=122;TR=282;WE=4671437;WS=4671419;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,511:1.00:512
chr12	4671490	rs740059	G	A	11929.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=458;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=117;NR=151;PP=2965;SC=GCAGTCAGGCGCGAGTACGAG;SOR=0.852;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=269;TCF=118;TCR=151;TR=268;WE=4671498;WS=4671480;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,458:1.00:458
chr12	4677255	rs2240766	T	C	1599.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.413;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.127;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=32;PP=723;ReadPosRankSum=-0.875;SC=AGAGGTATCATTGCGAGGTCC;SOR=0.924;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=113;TCF=39;TCR=74;TR=42;WE=4677263;WS=4677245;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,75:0.51:148
chr12	4682418	rs3815360	T	G	560.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=2.561;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.746;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=2;PP=392;ReadPosRankSum=-1.187;SC=GGCATTTACTTCTATATAATG;SOR=1.520;SbPval=0.94;Source=Platypus;TC=48;TCF=38;TCR=10;TR=21;WE=4682426;WS=4682408;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,24:0.47:51
chr12	4689963	.	AT	A	252.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.422;ClippingRankSum=0.000;DP=286;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.08;MQRankSum=2.611;QD=0.96;ReadPosRankSum=0.392;SOR=0.715;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:208,54:0.21:262
chr12	4697987	rs2041295	A	T	625.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.331;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.40;ReadPosRankSum=-1.114;SOR=0.807;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,16:0.47:34
chr12	4697991	rs2041294	AT	GG	625.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.337;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=1.399;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.91;ReadPosRankSum=-0.641;SOR=0.996;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,17:0.46:37
chr12	4700221	rs2302248	G	T	1533.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-1.469;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.379;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=17;PP=894;ReadPosRankSum=-0.488;SC=GGAGAGGTAGGTAAAGAGCCT;SOR=0.841;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=127;TCF=87;TCR=40;TR=59;WE=4700229;WS=4700211;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,72:0.49:146
chr12	4705317	rs3741925	C	T	1353.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-2.021;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.615;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=19;PP=613;ReadPosRankSum=-0.935;SC=TTCCACAGGTCCTGCATGATC;SOR=0.634;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=105;TCF=63;TCR=42;TR=48;WE=4705325;WS=4705307;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,70:0.48:145
chr12	4708150	rs3741926	T	A	1182.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.683;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=7;PP=747;ReadPosRankSum=-0.150;SC=CAGCCTTATATGTTTTTTTAC;SOR=0.598;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=67;TCF=54;TCR=13;TR=40;WE=4708158;WS=4708140;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,50:0.62:80
chr12	4708436	rs71061195	C	CT	76.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.135;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=1.391;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.19;ReadPosRankSum=1.869;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,13:0.37:35
chr12	4714008	rs2286576	T	G	1129.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=3.020;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.719;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=9;PP=739;ReadPosRankSum=-0.666;SC=AACTGAGAAGTTGTCCTGGGG;SOR=1.098;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=87;TCF=64;TCR=23;TR=42;WE=4714016;WS=4713998;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,51:0.44:116
chr12	4725134	rs7301885	G	A	4133.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=33;NR=91;PP=2758;SC=TGCCAAGGCTGGAGCAGAGAG;SOR=1.965;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=129;TCF=38;TCR=91;TR=124;WE=4725142;WS=4725124;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,144:1.00:144
chr12	4735737	rs2072358	A	G	2238.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=0.780;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.057;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=26;PP=859;ReadPosRankSum=0.636;SC=CTACCCATTGAAGGACGGCTT;SOR=0.615;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=118;TCF=67;TCR=51;TR=56;WE=4735745;WS=4735727;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:104,108:0.51:212
chr12	4736495	rs1990312	C	T	5024.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=63;NR=80;PP=2965;SC=ATCAGGTCCTCGGCCCAGGAG;SOR=0.967;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=143;TCF=63;TCR=80;TR=143;WE=4736503;WS=4736485;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,171:1.00:171
chr12	4736631	rs11063265	A	G	11305.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=432;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=146;NR=123;PP=2965;SC=TGGGAGCTTCAAATGCTGCAT;SOR=0.836;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=270;TCF=147;TCR=123;TR=269;WE=4736639;WS=4736621;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,431:1.00:431
chr12	4736677	rs11063266	G	C	13270.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=495;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=167;NR=125;PP=2965;SC=TTTCTGCTGAGTTTTATGCCA;SOR=0.903;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=294;TCF=167;TCR=127;TR=292;WE=4736698;WS=4736667;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,491:1.00:491
chr12	4736690	rs10774251	A	G	13860.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=514;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=169;NR=132;PP=2965;SC=TTATGCCACAAGGTAAGCCCC;SOR=0.859;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=302;TCF=169;TCR=133;TR=301;WE=4736698;WS=4736667;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,505:1.00:505
chr12	4737042	rs7972737	G	A	3966.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.266;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=445;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.448;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=73;NR=78;PP=2171;ReadPosRankSum=0.559;SC=CTGTGACGCTGTGGAGATTCC;SOR=0.529;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=317;TCF=141;TCR=176;TR=151;WE=4737050;WS=4737032;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:241,198:0.45:439
chr12	4737318	rs7960207	A	G	9961.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=392;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=118;NR=111;PP=2965;SC=CATAATCTCCATTACGAGATT;SOR=0.741;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=229;TCF=118;TCR=111;TR=229;WE=4737326;WS=4737308;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,385:1.00:385
chr12	4737459	rs2072356	C	T	7721.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=289;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=99;NR=86;PP=2965;SC=GTGATGATCCCGAGACTCTGT;SOR=0.722;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=186;TCF=99;TCR=87;TR=185;WE=4737467;WS=4737449;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,284:1.00:284
chr12	4737715	rs2072355	C	T	8627.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=317;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=111;NR=114;PP=2965;SC=TACTGAACTCCCGTTGCCAAG;SOR=0.765;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=226;TCF=111;TCR=115;TR=225;WE=4737723;WS=4737705;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,315:1.00:315
chr12	4758188	rs714621	G	C	7255.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=275;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=96;NR=59;PP=2965;SC=CGAAACCGTCGTTTCTTGGTT;SOR=1.036;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=157;TCF=97;TCR=60;TR=155;WE=4758196;WS=4758178;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,268:1.00:268
chr12	4762871	.	C	CT	78.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.156;ClippingRankSum=0.000;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=10.170;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.20;MQRankSum=1.568;QD=2.02;ReadPosRankSum=-1.875;SOR=0.068;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,11:0.28:39
chr12	4763780	rs3217056	GCA	G	1715.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=30;PP=1509;SC=GACATGAAGAGCACACTCATG;SOR=2.247;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=37;TCF=3;TCR=34;TR=33;WE=4763789;WS=4763770;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr12	4768354	rs7972657	A	C	1816.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=22;NR=25;PP=882;SC=GTAAGTAACAAATTGATCTGG;SOR=0.721;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=47;TCF=22;TCR=25;TR=47;WE=4768362;WS=4768344;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr12	4768437	rs7958182	C	T	1138.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=11;NR=22;PP=601;SC=TTATCACAGACATATGTAGAA;SOR=1.312;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=33;TCF=11;TCR=22;TR=33;WE=4768445;WS=4768427;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr12	4771682	rs2267549	G	A	1291.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.155;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.409;HP=6;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=19;PP=599;ReadPosRankSum=-0.395;SC=AAACAGGTTTGTTTGGTTATT;SOR=0.542;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=79;TCF=47;TCR=32;TR=43;WE=4771690;WS=4771672;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,66:0.51:129
chr12	4779087	rs1009633	A	G	446.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=9;PP=235;SC=TACAATATCAAAATCTCCTCA;SOR=1.739;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=12;TCF=3;TCR=9;TR=12;WE=4779095;WS=4779077;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr12	4830000	rs10849133	T	G	3198.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=31;NR=52;PP=1614;SC=GAATAAACGCTACGGGGCAGT;SOR=1.104;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=83;TCF=31;TCR=52;TR=83;WE=4830008;WS=4829990;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr12	4835882	rs2286578	T	G	9004.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.733;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=346;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=93;NR=132;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.435;SC=GCGAGGATCTTTCTGAGGCCC;SOR=0.954;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=228;TCF=93;TCR=135;TR=225;WE=4835890;WS=4835872;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,342:0.99:344
chr12	4853806	rs34776842	A	G	1551.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.406;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.538;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=22;PP=748;ReadPosRankSum=0.567;SC=ACTGGCTGGGAAGCTGCCACA;SOR=0.732;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=122;TCF=61;TCR=61;TR=50;WE=4853814;WS=4853796;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:96,75:0.44:171
chr12	4853915	rs12312983	T	G	2879.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=30;NR=48;PP=1534;SC=AGAGGAGATATTGTGCATGTA;SOR=1.106;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=78;TCF=30;TCR=48;TR=78;WE=4853923;WS=4853905;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr12	4870363	rs2191157	G	A	4239.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=1.214;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.781;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=91;PP=2806;ReadPosRankSum=-1.312;SC=AGGAGGTGGCGGTTATGTAAT;SOR=1.774;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=126;TCF=35;TCR=91;TR=125;WE=4870371;WS=4870353;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,149:0.99:151
chr12	4872989	rs4766288	C	T	728.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-3.283;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.131;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=7;PP=521;ReadPosRankSum=-1.091;SC=GGGATCCCAGCCCTCTGCTCC;SOR=0.536;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=56;TCF=46;TCR=10;TR=32;WE=4872997;WS=4872979;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,33:0.53:62
chr12	4873163	rs1468556	G	T	9054.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=346;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=109;NR=94;PP=2965;SC=TCAGGGACCCGTTCCAGGCAA;SOR=0.784;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=203;TCF=109;TCR=94;TR=203;WE=4873171;WS=4873153;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,341:1.00:341
chr12	4874518	rs145166695	CTT	C	346.27	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.986;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=2.644;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.43;ReadPosRankSum=0.569;SOR=0.250;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,19:0.79:24
chr12	4881766	rs2286581	C	T	2353.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.80;SOR=1.487;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr12	4881775	rs2286582	T	C	2274.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.60;SOR=1.565;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr12	4959874	rs10774275	T	C	5796.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.936;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=96;NR=56;PP=2708;ReadPosRankSum=-1.118;SC=ACTAACTACATGTCCTTTTGT;SOR=1.153;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=154;TCF=97;TCR=57;TR=152;WE=4959882;WS=4959864;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,218:0.99:220
chr12	4959904	rs34855288	G	GA	7881.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.574;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=309;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=35;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.176;NF=48;NR=79;PP=2969;ReadPosRankSum=1.347;SC=TCCCTGGCAGGAAAAATGCTG;SOR=0.721;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=136;TCF=50;TCR=86;TR=127;WE=4959912;WS=4959894;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:7,295:0.98:302
chr12	4959987	rs10774276	C	T	15285.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.728;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=359;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.12;MQRankSum=0.170;QD=43.06;ReadPosRankSum=0.063;SOR=0.781;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,353:0.99:355
chr12	4959993	rs3168377	C	A	15024.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.801;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=344;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.13;MQRankSum=0.174;QD=44.19;ReadPosRankSum=-0.238;SOR=0.858;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,338:0.99:340
chr12	4960023	rs14054	C	A	7514.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.829;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=283;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=56;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.172;NF=74;NR=114;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.314;SC=AGGCATCTGGCCTGACACCGC;SOR=1.030;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=190;TCF=75;TCR=115;TR=188;WE=4960031;WS=4960013;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,279:0.99:281
chr12	4960089	rs700480	T	C	2991.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.529;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=55;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=59;PP=1910;ReadPosRankSum=0.269;SC=ACCAGACCCGTTGTCCCTAAA;SOR=0.626;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=88;TCF=28;TCR=60;TR=87;WE=4960097;WS=4960079;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,104:0.99:105
chr12	4960117	rs12336	T	C	1824.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-1.805;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=60;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=52;PP=1191;ReadPosRankSum=2.002;SC=CCCAGAATGTTGGGGTGAAGC;SOR=1.666;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=62;TCF=9;TCR=53;TR=61;WE=4960125;WS=4960107;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,70:0.99:71
chr12	5021228	rs1048500	T	C	7531.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.712;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=683;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=123;NR=121;PP=2962;ReadPosRankSum=1.021;SC=AAACGCTGTGTATCATCTGGT;SOR=0.715;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=486;TCF=244;TCR=242;TR=244;WE=5021236;WS=5021218;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:328,350:0.52:678
chr12	5021984	rs4766309	T	A	5277.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.717;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=538;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=85;NR=88;PP=2617;ReadPosRankSum=1.684;SC=ATTGCACCACTGCTAACCAAA;SOR=0.672;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=351;TCF=171;TCR=180;TR=173;WE=5021992;WS=5021974;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:270,259:0.49:529
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chr12	5603632	rs6332	G	A	8793.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.986;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=828;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=136;NR=118;PP=2962;ReadPosRankSum=-3.481;SC=CATTCCAGCCGGTGATTGCAA;SOR=0.686;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=513;TCF=274;TCR=239;TR=254;WE=5603640;WS=5603622;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:396,424:0.52:820
chr12	5603935	rs10849277	C	T	3001.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=1.021;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=290;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.838;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=56;PP=1609;ReadPosRankSum=-0.630;SC=GCAACTCTCCCGTCAAACAAT;SOR=0.826;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=213;TCF=104;TCR=109;TR=103;WE=5603943;WS=5603925;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:149,141:0.49:290
chr12	5674754	rs2277398	G	A	1578.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.851;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=25;PP=755;ReadPosRankSum=-0.167;SC=CCAGACGGGCGGACAGAATAA;SOR=0.718;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=102;TCF=53;TCR=49;TR=52;WE=5674762;WS=5674744;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,81:0.48:169
chr12	5721962	rs3741837	A	G	3376.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=56;NR=41;PP=2378;SC=TTAGAACAAAAGGGAGCTCTG;SOR=0.922;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=97;TCF=56;TCR=41;TR=97;WE=5721970;WS=5721952;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr12	5756783	rs2277400	C	G	1085.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-1.433;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=13;PP=615;ReadPosRankSum=0.374;SC=TGTGGCTTCCCCTTTACCAGC;SOR=0.725;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=87;TCF=59;TCR=28;TR=45;WE=5756791;WS=5756773;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,55:0.55:100
chr12	5756824	rs367978	C	T	2077.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.510;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.826;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=22;PP=1009;ReadPosRankSum=0.416;SC=GAATATAATACCCACAGTAGT;SOR=0.868;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=136;TCF=88;TCR=48;TR=70;WE=5756832;WS=5756814;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:92,99:0.52:191
chr12	5841841	rs2277401	G	C	6534.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-1.091;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=620;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.521;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=107;NR=83;PP=2962;ReadPosRankSum=0.486;SC=AAGGAAGAATGACCTTGGCCT;SOR=0.787;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=380;TCF=206;TCR=174;TR=190;WE=5841849;WS=5841831;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:306,308:0.50:614
chr12	5848953	rs17195410	C	T	1912.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=3.413;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.365;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=14;PP=1455;ReadPosRankSum=-0.043;SC=CCTCCTTCACCTTCATCAGCA;SOR=0.493;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=164;TCF=136;TCR=28;TR=78;WE=5848961;WS=5848943;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:92,81:0.47:173
chr12	5860179	rs2277402	T	C	214.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=3.012;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.979;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=9;PP=179;ReadPosRankSum=0.802;SC=ATTAAGAACATCATATACTTT;SOR=2.494;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=0;TCR=13;TR=9;WE=5860187;WS=5860169;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,9:0.60:15
chr12	5916350	rs2277403	G	A	1256.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-2.031;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=11;PP=772;ReadPosRankSum=-0.109;SC=GGTCAGTCAAGGTATTTTAAT;SOR=0.661;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=73;TCF=54;TCR=19;TR=42;WE=5916358;WS=5916340;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,58:0.57:102
chr12	5961048	rs7485945	G	A	7419.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=283;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=111;NR=75;PP=2965;SC=CACTTTTCCTGTGTCTCTAGG;SOR=0.998;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=186;TCF=111;TCR=75;TR=186;WE=5961056;WS=5961038;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,275:1.00:275
chr12	6030437	rs3741904	A	G	5539.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.177;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=548;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.516;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=99;NR=96;PP=2746;ReadPosRankSum=0.659;SC=AGGCAAGTACATAGTCGACCT;SOR=0.655;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=363;TCF=188;TCR=175;TR=195;WE=6030445;WS=6030427;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:266,275:0.51:541
chr12	6032129	rs12817045	A	G	557.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=39.84;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr12	6032138	rs12817050	A	G	560.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=40.05;SOR=1.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr12	6054277	rs6416321	G	A	14729.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=2.531;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=570;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.089;NF=189;NR=152;PP=2965;ReadPosRankSum=1.378;SC=AATCCCGAAGGGTGGGAGTTC;SOR=0.278;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=344;TCF=192;TCR=152;TR=341;WE=6054285;WS=6054267;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,563:1.00:564
chr12	6054395	rs6489680	A	G	11070.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=423;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=93;NR=159;PP=2965;SC=ATGTGGACGCAGACCCCGCCG;SOR=1.069;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=255;TCF=93;TCR=162;TR=252;WE=6054403;WS=6054385;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,415:1.00:415
chr12	6055132	rs6489682	T	G	4816.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=100;NR=39;PP=2965;SC=AGGAGTGCCATCTCCCCGGGA;SOR=1.806;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=140;TCF=101;TCR=39;TR=139;WE=6055140;WS=6055122;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,164:1.00:164
chr12	6085513	rs216855	A	G	2076.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=17;NR=41;PP=1419;SC=AGCCGCTCTAAGTGCTGAGAA;SOR=1.745;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=59;TCF=17;TCR=42;TR=58;WE=6085521;WS=6085503;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr12	6090825	rs216866	T	C	726.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=21;NR=4;PP=536;SC=GAGGAGCACATGTTGCTTAGC;SOR=3.014;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=26;TCF=22;TCR=4;TR=25;WE=6090833;WS=6090815;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr12	6091000	rs216867	A	G	8114.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=323;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=113;NR=82;PP=2965;SC=CATTGGTGGCAGTTGAGGCCA;SOR=0.931;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=208;TCF=113;TCR=95;TR=195;WE=6091008;WS=6090990;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,316:1.00:316
chr12	6091164	rs216868	G	A	951.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.843;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=48;PP=1291;ReadPosRankSum=-1.473;SC=CAGGCTGAGGGTAGGACAAGG;SOR=0.746;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=62;TCF=13;TCR=49;TR=60;WE=6091172;WS=6091154;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,37:0.95:39
chr12	6092567	rs138350612	G	GGATAGATAGATA	1045.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;NF=0;NR=16;PP=2994;SC=ACATGGGTTAGGATAGATAGA;SOR=3.160;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=29;TCF=0;TCR=29;TR=16;WE=6092575;WS=6092557;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr12	6092629	rs10535241	TGATA	T	214.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=235;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=0;NR=10;PP=208;SC=GAGATAGATTTGATAGATAGA;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=0;TCR=10;TR=10;WE=6092640;WS=6092619;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr12	6094845	rs177702	G	A	7059.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=272;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=68;NR=88;PP=2965;SC=AGGGCAAAGCGAGGTTCAGAA;SOR=0.862;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=156;TCF=68;TCR=88;TR=156;WE=6094853;WS=6094835;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,267:1.00:267
chr12	6102902	rs216900	C	T	178.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.769;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=7;NR=1;PP=123;ReadPosRankSum=-0.644;SC=TAACTGGAATCCCAGGTCATA;SOR=0.180;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=16;TCF=15;TCR=1;TR=8;WE=6102910;WS=6102892;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,8:0.50:16
chr12	6105387	rs216902	G	A	2756.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=0.837;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=54;PP=1583;ReadPosRankSum=-0.833;SC=CTGTGCACACGCCTGGACAGA;SOR=1.189;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=85;TCF=31;TCR=54;TR=85;WE=6105395;WS=6105377;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,106:0.98:108
chr12	6134715	rs73051263	G	A	658.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.486;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.777;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-2.349;NF=14;NR=10;PP=238;ReadPosRankSum=3.857;SC=CCTTGGGACCGTCTGCTTCCC;SOR=0.797;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=59;TCF=34;TCR=25;TR=24;WE=6134723;WS=6134705;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,38:0.40:95
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chr12	6134987	rs56068059	C	A	460.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-0.726;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=10;PP=523;ReadPosRankSum=0.223;SC=CACAACCCCCCTTCCAGCCCC;SOR=0.883;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=49;TCF=30;TCR=19;TR=25;WE=6134995;WS=6134977;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,20:0.43:46
chr12	6135265	rs34877178	C	T	2572.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.986;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=265;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.455;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-10.270;NF=36;NR=52;PP=1295;ReadPosRankSum=-0.158;SC=GCATGCTCTCCGGCTCAGGGG;SOR=0.656;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=188;TCF=77;TCR=111;TR=88;WE=6135273;WS=6135255;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:135,125:0.48:260
chr12	6135337	rs3858686	G	A	972.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=6.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=11.079;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=32;PP=725;ReadPosRankSum=-1.113;SC=GAGGAGGAGCGGGACAGAGAC;SOR=2.253;SbPval=0.97;Source=Platypus;TC=75;TCF=12;TCR=63;TR=34;WE=6135345;WS=6135327;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,38:0.45:85
chr12	6138410	rs11063999	T	C	1337.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-1.688;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=19;PP=623;ReadPosRankSum=0.641;SC=CAGGAGCACCTGGATTCATAA;SOR=0.661;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=115;TCF=74;TCR=41;TR=54;WE=6138418;WS=6138400;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,68:0.46:148
chr12	6138595	rs1800380	C	T	2058.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.927;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.496;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=42;PP=1012;ReadPosRankSum=0.289;SC=GAATGATGTACCGGCCAGACT;SOR=0.749;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=137;TCF=51;TCR=86;TR=66;WE=6138603;WS=6138585;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:121,103:0.46:224
chr12	6143984	rs216321	T	C	3745.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.423;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=335;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.362;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=55;PP=1314;ReadPosRankSum=0.096;SC=CTTCCGGTCCTGACAGACACT;SOR=0.615;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=199;TCF=101;TCR=98;TR=107;WE=6143992;WS=6143974;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:146,184:0.56:330
chr12	6144164	rs499648	T	C	936.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.075;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.36;ReadPosRankSum=-0.906;SOR=0.705;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,26:0.43:61
chr12	6144169	rs669667	T	G	908.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.271;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.40;ReadPosRankSum=-0.812;SOR=0.539;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,25:0.42:59
chr12	6153514	rs1063857	A	G	4608.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-1.600;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=584;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=77;NR=72;PP=1857;ReadPosRankSum=-0.837;SC=ACTCCAGGTCATAGTTCTGGC;SOR=0.685;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=319;TCF=166;TCR=153;TR=149;WE=6153522;WS=6153504;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:332,251:0.43:583
chr12	6153534	rs1063856	T	C	4956.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.983;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=602;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.523;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=72;NR=81;PP=2364;ReadPosRankSum=-2.267;SC=CACGTTTTGGTACACTCGAGC;SOR=0.769;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=335;TCF=162;TCR=173;TR=153;WE=6153542;WS=6153524;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:342,257:0.43:599
chr12	6153738	rs1558519	AC	GT	485.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=0.475;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;JOINED;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=10;PP=741;ReadPosRankSum=0.761;SC=TTGCCCACTCACGGGGACCAG;SOR=0.965;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=31;TCF=5;TCR=26;TR=12;WE=6153758;WS=6153728;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,14:0.41:34
chr12	6153750	rs216294	A	G	274.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-1.454;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.124;HP=1;HapScore=4;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=10;PP=760;ReadPosRankSum=1.450;SC=GGGGACCAGCAGCTGCCTGAG;SOR=1.371;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=25;TCF=4;TCR=21;TR=11;WE=6153758;WS=6153728;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,12:0.43:28
chr12	6161963	rs10622633	G	GAGA	1812.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.379;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FS=0.655;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.17;ReadPosRankSum=1.178;SOR=0.798;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:97,52:0.35:149
chr12	6167196	rs1800379	A	G	3269.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-0.307;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=364;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.022;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=48;PP=1066;ReadPosRankSum=-0.987;SC=TCTTCCCGGCATAGACGGGGG;SOR=0.900;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=189;TCF=85;TCR=104;TR=79;WE=6167204;WS=6167186;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:186,170:0.48:356
chr12	6172202	rs1800378	T	C	3280.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.028;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=302;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.148;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=59;PP=1180;ReadPosRankSum=1.023;SC=CGTCACTGTATGCTGGATGCG;SOR=0.875;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=166;TCF=67;TCR=99;TR=94;WE=6172210;WS=6172192;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:134,163:0.55:297
chr12	6172348	rs2239159	C	A	312.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.191;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=8;PP=124;ReadPosRankSum=-0.507;SC=GACTTAGGGGCAGATGGGGTG;SOR=0.639;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=32;TCF=7;TCR=25;TR=10;WE=6172356;WS=6172338;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,16:0.36:44
chr12	6230288	rs6489694	A	G	3633.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=80;NR=12;PP=2386;SC=CACCAGGGCTAAGCTCAGCCA;SOR=3.066;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=92;TCF=80;TCR=12;TR=92;WE=6230296;WS=6230278;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr12	6230544	rs113081282	G	A	2901.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.376;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=279;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.319;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=91;PP=2051;ReadPosRankSum=-1.930;SC=TGATCTCAGGGCACAACTGGG;SOR=1.077;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=239;TCF=68;TCR=171;TR=122;WE=6230552;WS=6230534;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:138,130:0.49:268
chr12	6344600	rs2072372	C	A	3997.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.140;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=414;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=67;PP=2001;ReadPosRankSum=0.627;SC=CGTCTTCTTACAATTTGTTTC;SOR=0.710;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=268;TCF=126;TCR=142;TR=124;WE=6344608;WS=6344590;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:213,194:0.48:407
chr12	6345199	rs3181300	C	T	173.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-1.550;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=2;PP=110;ReadPosRankSum=0.301;SC=GTTCCCCTTTCCATCCACCAG;SOR=0.293;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=11;TCF=9;TCR=2;TR=8;WE=6345207;WS=6345189;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,8:0.73:11
chr12	6352292	rs9668222	T	A	2940.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=73;NR=19;PP=2086;SC=TACTTTGAGTTACAGACGTAT;SOR=2.595;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=92;TCF=73;TCR=19;TR=92;WE=6352300;WS=6352282;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr12	6421495	rs740842	G	A	3748.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-2.410;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=53;PP=1596;ReadPosRankSum=1.711;SC=TCAGAGCACTGCTGGCAGACT;SOR=0.304;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=96;TCF=42;TCR=54;TR=95;WE=6421503;WS=6421485;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,147:0.99:148
chr12	6422272	rs10849440	T	C	4484.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=67;NR=57;PP=2485;SC=TGGCTGTGGCTTCAGCCTTTC;SOR=0.808;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=124;TCF=67;TCR=57;TR=124;WE=6422280;WS=6422262;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,163:1.00:163
chr12	6424577	rs1003563	A	G	2568.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=59;NR=22;PP=1722;SC=CCTACACATCAGAGCACTGGT;SOR=1.847;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=81;TCF=59;TCR=22;TR=81;WE=6424585;WS=6424567;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr12	6427052	rs1468603	C	T	7012.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.490;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=280;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=87;NR=81;PP=2949;ReadPosRankSum=-1.052;SC=TCCTGCGACACATCAATGGGC;SOR=0.722;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=170;TCF=88;TCR=82;TR=168;WE=6427060;WS=6427042;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,276:0.99:278
chr12	6428116	rs4764497	T	G	9675.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.043;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=375;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=101;NR=131;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.957;SC=GGGACGGAGATCAAATAAAGG;SOR=0.531;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=233;TCF=101;TCR=132;TR=232;WE=6428124;WS=6428106;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,359:0.99:362
chr12	6428621	rs12828469	A	T	3185.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.95;SOR=2.474;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr12	6435474	rs141921783	AAAT	A	489.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=1;PP=499;SC=CAGTCTCAAAAAATAATAATA;SOR=3.767;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=18;TCF=16;TCR=2;TR=12;WE=6435484;WS=6435464;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr12	6435571	rs10849441	A	G	8229.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.06;QD=45.22;SOR=1.198;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,182:1.00:182
chr12	6435575	rs10849442	C	T	8327.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.06;QD=43.83;SOR=1.203;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,190:1.00:190
chr12	6435753	rs2302350	G	A	2026.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=7;NR=53;PP=1531;SC=AGGCTCACACGGACTACAAGG;SOR=3.360;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=62;TCF=8;TCR=54;TR=60;WE=6435761;WS=6435743;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr12	6437171	rs3067490	T	TGG	5597.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=52;NR=29;PP=2973;SC=TGTATGGTGGTGGGGTGTAGT;SOR=1.900;Source=Platypus;TR=81;WE=6437179;WS=6437161;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chr12	6439255	rs10849443	A	G	3935.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=43;NR=42;PP=2060;SC=AGGTGGCGCAACATTAGTGCG;SOR=0.693;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=85;TCF=43;TCR=42;TR=85;WE=6439263;WS=6439245;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,140:1.00:140
chr12	6440009	rs1800693	T	C	2787.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=28;NR=40;PP=1574;SC=ACCAGGTCACTTCTCCTCACC;SOR=0.992;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=68;TCF=28;TCR=40;TR=68;WE=6440017;WS=6439999;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr12	6442346	rs1800692	A	G	6990.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.847;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=266;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=92;NR=80;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.921;SC=GCTAAAGGAGAAGCGCCTGCA;SOR=0.816;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=172;TCF=92;TCR=80;TR=172;WE=6442354;WS=6442336;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,257:0.99:259
chr12	6450945	rs767455	T	C	7614.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=289;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=103;NR=74;PP=2965;SC=GTCTCACCAGTGGCAGCAGCA;SOR=0.941;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=177;TCF=103;TCR=74;TR=177;WE=6450953;WS=6450935;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,286:1.00:286
chr12	6457062	rs2228576	T	C	840.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=22;NR=4;PP=597;SC=AGAGGACAGGTGGAGGAACTG;SOR=2.833;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=22;TCR=4;TR=26;WE=6457070;WS=6457052;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr12	6458084	rs3764875	C	T	1877.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.567;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FS=1.211;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.18;ReadPosRankSum=-1.635;SOR=0.580;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:76,92:0.55:168
chr12	6458274	rs3764874	G	C	429.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.795;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.109;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=6;PP=265;ReadPosRankSum=1.937;SC=CCCAGAGAAGGCCACAGCATT;SOR=0.495;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=53;TCF=39;TCR=14;TR=19;WE=6458282;WS=6458264;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,22:0.35:62
chr12	6459326	rs61918248	T	C	190.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=2.248;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.022;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-2.064;NF=3;NR=8;PP=103;ReadPosRankSum=-1.708;SC=AGGCCGGGCGTGGTGGCTCAC;SOR=1.402;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=29;TCF=10;TCR=19;TR=11;WE=6459334;WS=6459316;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,13:0.32:41
chr12	6463862	rs11614164	G	A	1126.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.792;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.697;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=19;PP=719;ReadPosRankSum=-1.251;SC=GCTTTGCAGGGCCAGCCAGGG;SOR=0.465;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=82;TCF=45;TCR=37;TR=40;WE=6463870;WS=6463852;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,48:0.52:92
chr12	6483463	rs3741914	T	C	1162.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=2.380;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.663;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=7;PP=789;ReadPosRankSum=0.000;SC=GCCTGCCCAGTGAGCACCTCA;SOR=0.333;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=74;TCF=64;TCR=10;TR=43;WE=6483471;WS=6483453;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,47:0.58:81
chr12	6484709	rs10849447	T	C	2133.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=1.061;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=267;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.529;HP=2;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=29;PP=834;ReadPosRankSum=-0.093;SC=GCCCGCCCGCTGGCCGGCCAG;SOR=0.511;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=154;TCF=82;TCR=72;TR=63;WE=6484717;WS=6484699;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:140,113:0.45:253
chr12	6493911	rs2302255	C	T	1464.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.368;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=32;PP=825;ReadPosRankSum=-0.527;SC=GCTCCAGCCCCCTCGCGGCCT;SOR=0.700;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=82;TCF=21;TCR=61;TR=44;WE=6493919;WS=6493901;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,63:0.57:111
chr12	6495070	rs4020662	C	CAA	623.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.426;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=4.177;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.51;MQRankSum=-0.514;QD=14.51;ReadPosRankSum=-1.104;SOR=2.753;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,34:0.79:43
chr12	6495275	rs2364480	C	A	10634.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=405;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=99;NR=127;PP=2965;SC=CCTGCAAGGCCGGGCACTTCC;SOR=0.878;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=228;TCF=101;TCR=127;TR=226;WE=6495283;WS=6495265;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,398:1.00:398
chr12	6495635	rs5796232	C	CA,CGG	1757.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=23;NF=3,3;NR=19,19;PP=595,336;SC=CTGAGGGACACGGGGGGGGCG;SOR=0.693;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=23;TCF=3;TCR=20;TR=22,22;WE=6495643;WS=6495625;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.79,0.21:52
chr12	6495770	rs5796233	TAC	T	57.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.183;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=5.25;ReadPosRankSum=-0.728;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,4:0.36:11
chr12	6497627	.	TCTC	T	2018.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.118;ClippingRankSum=0.000;DP=307;ExcessHet=3.0103;FS=1.077;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.04;MQRankSum=1.891;QD=6.73;ReadPosRankSum=0.066;SOR=0.808;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:234,66:0.22:300
chr12	6500105	rs12354	T	G	3073.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.949;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=320;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.591;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=71;PP=1627;ReadPosRankSum=1.687;SC=CATGACTGACTGAGTCTGAGA;SOR=0.960;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=211;TCF=68;TCR=143;TR=100;WE=6500113;WS=6500095;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:162,148:0.48:310
chr12	6551618	rs5796236	CA	C	221.06	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.229;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=7.464;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.91;ReadPosRankSum=2.413;SOR=1.825;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,24:0.75:32
chr12	6551899	rs2886090	C	T	2005.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=19;NR=33;PP=1088;SC=CCTGTAATCCCAGCACTTTGG;SOR=1.179;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=52;TCF=19;TCR=33;TR=52;WE=6551907;WS=6551889;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr12	6552154	rs3759341	A	G	440.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=7;NR=9;PP=294;SC=CCAGTTACTCAGGAGGCTGAG;SOR=0.804;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=16;TCF=7;TCR=9;TR=16;WE=6552162;WS=6552144;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr12	6560473	rs2532502	A	G	6743.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=267;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=70;NR=90;PP=2934;SC=GAGCCTTGTCATTACAGCTGC;SOR=0.843;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=160;TCF=70;TCR=90;TR=160;WE=6560481;WS=6560463;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,256:1.00:256
chr12	6560573	rs1059501	G	T	689.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-3.042;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.583;HP=2;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=18;PP=404;ReadPosRankSum=1.443;SC=GCACCTGCGGGAGCTGCACTA;SOR=0.251;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=64;TCF=21;TCR=43;TR=30;WE=6560581;WS=6560563;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,35:0.49:71
chr12	6561603	rs151118790	CAG	C	563.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.295;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.826;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=8;PP=299;ReadPosRankSum=-1.668;SC=CTAAGCCCAACAGGGGAAAGG;SOR=1.222;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=0;TCR=19;TR=8;WE=6561612;WS=6561593;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,18:0.47:38
chr12	6562285	rs2041384	C	T	3154.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.060;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FS=0.617;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.24;ReadPosRankSum=-0.606;SOR=0.606;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:80,84:0.51:164
chr12	6562293	rs2041385	C	T	1819.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.456;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FS=0.592;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.58;ReadPosRankSum=0.004;SOR=0.612;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:87,85:0.49:172
chr12	6562753	rs2532501	A	G	2575.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-1.236;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.035;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=43;PP=949;ReadPosRankSum=0.402;SC=CATGGCCAACATGCAGGTCTC;SOR=0.622;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=124;TCF=44;TCR=80;TR=68;WE=6562761;WS=6562743;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:100,126:0.56:226
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chr12	6562823	rs2041387	C	T	1082.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.364;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FS=2.646;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.31;ReadPosRankSum=0.633;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:53,52:0.50:105
chr12	6562836	rs2041388	G	A	920.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.458;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FS=2.993;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.58;ReadPosRankSum=0.293;SOR=1.039;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:45,42:0.48:87
chr12	6565750	rs10774432	A	G	1104.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.65;BaseQRankSum=-0.363;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=8;PP=256;ReadPosRankSum=-0.059;SC=GGCTGGTCTCAAACTCCCAAC;SOR=0.718;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=47;TCF=28;TCR=19;TR=22;WE=6565758;WS=6565740;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,58:0.52:111
chr12	6567541	.	T	TA	471.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.161;ClippingRankSum=0.000;DP=162;ExcessHet=3.0103;FS=1.695;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.13;MQRankSum=2.179;QD=3.17;ReadPosRankSum=-0.705;SOR=0.908;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:93,56:0.38:149
chr12	6567787	rs2243750	T	C	2096.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.262;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.305;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=32;PP=1074;ReadPosRankSum=2.244;SC=CCATGTGTAATCTTATTCCTC;SOR=0.551;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=137;TCF=71;TCR=66;TR=61;WE=6567795;WS=6567777;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:115,102:0.47:217
chr12	6569983	rs2243977	C	T	4775.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-3.120;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=456;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.108;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=87;NR=68;PP=2103;ReadPosRankSum=0.754;SC=ATGATTCCTGCGCACGATGAT;SOR=0.588;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=291;TCF=167;TCR=124;TR=155;WE=6569991;WS=6569973;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:215,237:0.52:452
chr12	6570163	rs2534710	C	T	2079.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-2.750;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.698;HP=6;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=50;PP=1174;ReadPosRankSum=-1.408;SC=TCTAACCACCCCCCCGCCCAG;SOR=0.492;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=147;TCF=41;TCR=106;TR=70;WE=6570171;WS=6570153;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:101,95:0.48:196
chr12	6572048	rs1045452	A	G	3474.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.291;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=307;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=46;PP=1230;ReadPosRankSum=0.205;SC=CAAGGGCGAAAGGAAAGGAAG;SOR=0.680;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=183;TCF=88;TCR=95;TR=87;WE=6572056;WS=6572038;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:140,166:0.54:306
chr12	6572191	rs12964	T	C	658.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=1.240;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.057;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=15;PP=352;ReadPosRankSum=-1.165;SC=CTCCGCTCTGTTCCCAGCCTG;SOR=0.553;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=45;TCF=13;TCR=32;TR=22;WE=6572199;WS=6572181;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,30:0.53:57
chr12	6573061	rs2534714	A	G	990.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=2.242;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.816;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=11;PP=703;ReadPosRankSum=0.099;SC=CAGATTAGAAATAACTACAAA;SOR=0.815;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=91;TCF=67;TCR=24;TR=41;WE=6573069;WS=6573051;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,44:0.42:104
chr12	6573146	rs2534715	T	C	3380.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.427;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=316;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=36;PP=1815;ReadPosRankSum=-1.700;SC=AGGACCCTCTTCAGGCCTGGT;SOR=0.699;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=222;TCF=138;TCR=84;TR=101;WE=6573154;WS=6573136;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:153,156:0.50:309
chr12	6573716	rs2534716	T	C	781.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.290;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.969;HP=4;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=17;PP=371;ReadPosRankSum=0.783;SC=AACAAGAGGGTGAATTACACC;SOR=0.486;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=47;TCF=17;TCR=30;TR=29;WE=6573724;WS=6573706;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,39:0.55:71
chr12	6573749	rs2534717	C	T	544.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-2.486;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.525;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=11;PP=242;ReadPosRankSum=1.085;SC=ATTCAGGTCTCTCCATTGTTA;SOR=0.138;SbPval=0.24;Source=Platypus;TC=30;TCF=10;TCR=20;TR=20;WE=6573757;WS=6573739;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,26:0.65:40
chr12	6574301	rs1017101	G	T	1933.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.529;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.038;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=33;PP=1113;ReadPosRankSum=-1.212;SC=CAGTATGTCTGTAGCTTTTCA;SOR=0.611;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=165;TCF=80;TCR=85;TR=66;WE=6574309;WS=6574291;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:129,95:0.42:224
chr12	6574524	.	G	GTATA	331	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;FR=0.5000;HP=6;HapScore=3;MGOF=36;MMLQ=23;MQ=60.0;NF=0;NR=11;PP=331;QD=31.0909090909;SC=AAAGAAAAAAGTATATATATA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=0;TCR=19;TR=11;WE=6574532;WS=6574514;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:8,11:0.58:19
chr12	6575044	rs2072375	G	T	2593.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.184;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.500;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=33;PP=1427;ReadPosRankSum=0.887;SC=TCTTTAGCTTGGCAGCACTGC;SOR=0.652;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=149;TCF=92;TCR=57;TR=84;WE=6575052;WS=6575034;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:102,116:0.53:218
chr12	6575191	rs2534718	A	T	6460.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=236;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=71;NR=101;PP=2965;SC=GAAACAAAGCAGCTAAGCTTC;SOR=0.969;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=172;TCF=71;TCR=101;TR=172;WE=6575199;WS=6575181;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,235:1.00:235
chr12	6579565	rs2534720	A	G	2853.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=64;NR=21;PP=1964;SC=CCGGTCCGGAAGCGGCGCGCG;SOR=1.994;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=85;TCF=64;TCR=21;TR=85;WE=6579573;WS=6579555;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr12	6579757	rs2532489	T	C	8485.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=340;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=90;NR=119;PP=2965;SC=AGACACCCGGTGAGGGACGCT;SOR=0.880;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=209;TCF=90;TCR=119;TR=209;WE=6579765;WS=6579747;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,335:1.00:335
chr12	6601743	rs1001127	A	C	997.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=0.426;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.694;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=28;PP=652;ReadPosRankSum=-0.021;SC=ATAGACAAGGAACATTACAGT;SOR=0.303;SbPval=0.18;Source=Platypus;TC=68;TCF=10;TCR=58;TR=36;WE=6601751;WS=6601733;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,43:0.50:86
chr12	6601980	rs4764600	C	G	2674.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.131;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=255;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=35;PP=1190;ReadPosRankSum=-1.148;SC=TCGTTACAGCCTAATTGCCAT;SOR=0.725;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=181;TCF=110;TCR=71;TR=92;WE=6601988;WS=6601970;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:116,135:0.54:251
chr12	6604418	rs6489718	C	T	2501.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.233;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.950;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=43;PP=1217;ReadPosRankSum=1.193;SC=GTCACTGTACCTAGCTCTTTC;SOR=0.466;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=148;TCF=61;TCR=87;TR=78;WE=6604426;WS=6604408;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:95,116:0.55:211
chr12	6619081	rs144245376	TCTA	T	2448.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.409;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.533;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.375;NF=5;NR=34;PP=1668;ReadPosRankSum=1.521;SC=TATTGATATCTCTACTGATGA;SOR=0.901;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=81;TCF=16;TCR=65;TR=39;WE=6619091;WS=6619071;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,64:0.52:123
chr12	6619284	rs714774	C	G	3499.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.195;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=345;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=47;PP=1713;ReadPosRankSum=0.191;SC=AGATACTCTGCAATTCCTGAT;SOR=0.707;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=199;TCF=111;TCR=88;TR=106;WE=6619292;WS=6619274;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:172,169:0.50:341
chr12	6620495	rs7358768	G	T	1198.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.157;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FS=3.534;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.12;MQRankSum=-1.225;QD=13.78;ReadPosRankSum=-0.514;SOR=1.249;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,53:0.61:87
chr12	6620500	.	G	GT	35.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.505;ClippingRankSum=0.000;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.14;MQRankSum=2.082;QD=0.78;ReadPosRankSum=-2.536;SOR=0.678;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,9:0.20:46
chr12	6623382	rs4764604	A	G	2823.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.034;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FS=6.586;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=20.76;ReadPosRankSum=-0.126;SOR=0.307;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:64,72:0.53:136
chr12	6623389	rs4764605	T	C	3022.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.059;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FS=4.556;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.50;ReadPosRankSum=-0.257;SOR=0.378;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:73,82:0.53:155
chr12	6624139	rs9788151	T	C	836.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.842;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.056;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=19;PP=367;ReadPosRankSum=1.527;SC=TTAAGTCCAGTGTTGAAAGGC;SOR=0.460;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=46;TCF=14;TCR=32;TR=29;WE=6624147;WS=6624129;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,40:0.63:63
chr12	6626369	rs758739	G	C	289.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-0.109;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.515;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=5;PP=237;ReadPosRankSum=0.145;SC=TTTAAGGACTGTAATGTGTCT;SOR=0.392;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=27;TCF=19;TCR=8;TR=13;WE=6626377;WS=6626359;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,13:0.43:30
chr12	6631169	rs917634	C	A	2258.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.787;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.248;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=37;PP=1253;ReadPosRankSum=-0.739;SC=CCATTGGCATCATCAGCAAGA;SOR=0.715;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=152;TCF=77;TCR=75;TR=78;WE=6631177;WS=6631159;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:119,109:0.48:228
chr12	6632132	rs145931156	G	A	2002.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-2.126;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.528;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=48;PP=1050;ReadPosRankSum=1.137;SC=AATGCCTACCGCCAACTCTAC;SOR=0.625;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=157;TCF=56;TCR=101;TR=75;WE=6632140;WS=6632122;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:105,98:0.48:203
chr12	6632564	rs3076239	G	GTTTT	535.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.265;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.15;MQRankSum=0.000;QD=13.74;ReadPosRankSum=0.883;SOR=0.593;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,21:0.54:39
chr12	6635567	rs7311174	A	T	6438.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.702;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=653;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=106;NR=118;PP=2962;ReadPosRankSum=1.018;SC=CTTGGGCAGAATTGGGCCCTT;SOR=0.693;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=426;TCF=207;TCR=219;TR=224;WE=6635575;WS=6635557;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:302,329:0.52:631
chr12	6637752	rs79160386	T	C	1524.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.599;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=16;PP=674;ReadPosRankSum=-1.029;SC=TGGCAGAGCATGGGATAATTG;SOR=0.668;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=71;TCF=45;TCR=26;TR=46;WE=6637760;WS=6637742;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,68:0.69:99
chr12	6637845	rs2072374	T	C	2128.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.974;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=272;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.492;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=29;PP=1061;ReadPosRankSum=-0.610;SC=CCATTCCTAGTCTCCGGGACC;SOR=0.822;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=152;TCF=82;TCR=70;TR=65;WE=6637853;WS=6637835;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:162,108:0.40:270
chr12	6638116	rs740850	C	T	1487.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.263;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.583;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=36;PP=785;ReadPosRankSum=0.088;SC=TACAGGGCAACGCAATCTATA;SOR=0.792;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=103;TCF=33;TCR=70;TR=53;WE=6638124;WS=6638106;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:97,74:0.43:171
chr12	6638666	rs7316224	C	T	4903.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-2.179;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=579;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.101;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=74;NR=58;PP=1715;ReadPosRankSum=-1.183;SC=ATCCTCATCTCCCCTTCCTGC;SOR=0.799;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=322;TCF=172;TCR=150;TR=132;WE=6638674;WS=6638656;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:309,255:0.45:564
chr12	6639088	rs1043262	A	G	3829.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.720;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=362;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=53;PP=1655;ReadPosRankSum=-1.847;SC=TGTCAGTTGTAGGCAAGCTGC;SOR=0.704;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=225;TCF=112;TCR=113;TR=108;WE=6639096;WS=6639078;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:176,183:0.51:359
chr12	6640676	rs1043271	TT	AA	512.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=0.681;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=7;HapScore=4;JOINED;MGOF=29;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=6;PP=176;ReadPosRankSum=1.673;SC=TCTCTTTTTTTTAAAAAAAAA;SOR=0.577;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=26;TCF=10;TCR=16;TR=8;WE=6640685;WS=6640666;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,15:0.39:38
chr12	6657460	rs147541758	AAAGG	A	1786.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=1.040;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.853;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=19;PP=1240;ReadPosRankSum=0.083;SC=GCAAAAGGATAAAGGAAGAGG;SOR=0.532;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=57;TCF=22;TCR=35;TR=29;WE=6657471;WS=6657450;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,46:0.56:82
chr12	6671154	rs370604185	AT	A	50.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.321;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.04;ReadPosRankSum=-1.521;SOR=0.645;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,14:0.29:49
chr12	6672945	rs142707109	C	T	3146.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.548;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=393;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=66;PP=1678;ReadPosRankSum=-0.818;SC=ATCCTAGAAACAGGTCCAGGA;SOR=0.682;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=277;TCF=128;TCR=149;TR=124;WE=6672953;WS=6672935;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:224,166:0.43:390
chr12	6709945	rs12816349	G	A	701.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.330;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.460;HP=2;HapScore=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=14;ReadPosRankSum=-0.579;SC=AGCAAGCACCGTTATACAGGG;SOR=0.363;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=54;TCF=23;TCR=31;TR=29;WE=6709953;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,31:0.54:57
chr12	6747578	rs1882553	G	C	4057.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.820;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=413;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.090;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=63;PP=1751;ReadPosRankSum=2.386;SC=CACCTACACAGAGATTCAGTG;SOR=0.766;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=249;TCF=116;TCR=133;TR=114;WE=6747586;WS=6747568;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:206,201:0.49:407
chr12	6749093	rs2365087	A	G	1482.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=37;NR=7;PP=1161;SC=GAGGCAGGAGATTCAGTGAGG;SOR=3.033;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=44;TCF=37;TCR=7;TR=44;WE=6749101;WS=6749087;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr12	6756240	rs3803130	A	G	991.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=9;NR=21;PP=735;SC=CGAGACCAGGACAGACAGACC;SOR=1.352;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=9;TCR=21;TR=30;WE=6756248;WS=6756230;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr12	6762026	rs4764506	T	C	2548.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=39;NR=40;PP=1713;SC=GTGCCAAACTTCCCACCAGAT;SOR=0.715;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=79;TCF=39;TCR=40;TR=79;WE=6762034;WS=6762016;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr12	6764831	rs4764616	G	A	1026.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=28;NR=1;PP=887;SC=TCAGGGAACTGTGTCCAGGGT;SOR=4.743;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=29;TCF=28;TCR=1;TR=29;WE=6764839;WS=6764825;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr12	6777069	.	TTGCTGC	T,TTGC	5492.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.35;DP=234;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=22;NF=22,22;NR=49,49;PP=2995,319;SC=GTGGTGGCTGTTGCTGCTGCT;SOR=0.869;SbPval=0.22;Source=Platypus;TC=120;TCF=30;TCR=90;TR=71,71;WE=6777082;WS=6777059;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.16,0.84:146
chr12	6804902	rs10849498	A	G	4171.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=2.058;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.094;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=72;PP=2336;ReadPosRankSum=0.986;SC=CCCCAGCCTCACCCAGTCACT;SOR=1.014;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=109;TCF=37;TCR=72;TR=108;WE=6804910;WS=6804892;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,153:0.99:154
chr12	6836837	rs66951403	G	T	3971.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.346;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=380;ExcessHet=3.0103;FS=2.172;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.51;ReadPosRankSum=-0.753;SOR=0.819;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:183,195:0.52:378
chr12	6836852	rs7138427	A	G	10248.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=391;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=113;NR=117;PP=2965;SC=GAATTGGATGACGTATGGAGC;SOR=0.703;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=232;TCF=114;TCR=118;TR=230;WE=6836860;WS=6836842;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,390:1.00:390
chr12	6836913	rs2178691	G	T	6364.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.892;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=241;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=93;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.370;SC=CCTGAAGGTGGAAATGAGCCC;SOR=0.985;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=153;TCF=60;TCR=93;TR=153;WE=6836921;WS=6836903;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,239:0.99:241
chr12	6836979	rs78534388	A	T	1304.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.492;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.729;HP=2;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=31;PP=866;ReadPosRankSum=-0.480;SC=GAGCCAGGAGAGTTAACATTG;SOR=0.557;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=97;TCF=35;TCR=62;TR=49;WE=6836987;WS=6836969;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,56:0.50:112
chr12	6839453	rs871365	G	A	904.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.804;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=7;PP=456;ReadPosRankSum=-1.329;SC=AAAATGCAGGGATTATGGGGG;SOR=0.807;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=52;TCF=39;TCR=13;TR=28;WE=6839461;WS=6839443;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,42:0.54:78
chr12	6840126	.	TTC	T	53.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.576;ClippingRankSum=0.000;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.87;ReadPosRankSum=1.317;SOR=0.466;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:54,8:0.13:62
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chr12	6859797	rs2302368	T	C	1859.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=48;NR=5;PP=1406;SC=AGCATACTGTTTCCCTCTTGC;SOR=3.334;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=53;TCF=48;TCR=5;TR=53;WE=6859805;WS=6859787;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr12	6861043	rs2302367	T	C	5970.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=80;NR=69;PP=2965;SC=CTTTCCTAACTAACCTCCAAC;SOR=0.780;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=149;TCF=80;TCR=69;TR=149;WE=6861051;WS=6861033;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,215:1.00:215
chr12	6879202	rs4764622	T	C	5071.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=101;NR=65;PP=2965;SC=TGGCAAAGTCTGGGCTCAAAG;SOR=1.414;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=166;TCF=101;TCR=65;TR=166;WE=6879210;WS=6879192;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,186:1.00:186
chr12	6879279	rs4764621	A	G	9137.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=347;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=125;NR=107;PP=2965;SC=GGGCTCTGCCAGAGCTTCCTG;SOR=0.847;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=233;TCF=125;TCR=108;TR=232;WE=6879287;WS=6879269;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,347:1.00:347
chr12	6883670	rs2365094	G	C	2343.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=54;NR=7;PP=1628;SC=AAAGCCAGGTGCCTGTTTCCA;SOR=3.383;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=61;TCF=54;TCR=7;TR=61;WE=6883678;WS=6883660;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr12	6883700	rs2365095	C	T	3636.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=85;NR=20;PP=2434;SC=GGCTTGGCAGCCCTGCTGTGT;SOR=2.519;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=106;TCF=86;TCR=20;TR=105;WE=6883708;WS=6883690;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr12	6887020	rs870849	T	C	8683.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=333;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=91;NR=114;PP=2965;SC=CTGTTTCTCATCCTTGGTGTC;SOR=0.814;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=205;TCF=91;TCR=114;TR=205;WE=6887028;WS=6887010;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,331:1.00:331
chr12	6909380	rs3216776	TG	T	3834.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.694;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=258;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.537;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=31;PP=2759;ReadPosRankSum=1.743;SC=GGGGTCTCAATGCAGATGACG;SOR=0.586;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=118;TCF=39;TCR=79;TR=42;WE=6909396;WS=6909370;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:156,102:0.40:258
chr12	6909388	rs2365568	A	G	3800.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.361;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=254;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=31;PP=2767;ReadPosRankSum=0.741;SC=AATGCAGATGACGTGGGAGGA;SOR=0.701;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=172;TCF=91;TCR=81;TR=66;WE=6909396;WS=6909370;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:150,104:0.41:254
chr12	6909442	rs2255301	T	C	1841.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.370;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=237;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.021;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=36;PP=1083;ReadPosRankSum=-1.495;SC=AGCGGCGACATTGAGACCTGA;SOR=0.684;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=173;TCF=86;TCR=87;TR=73;WE=6909450;WS=6909432;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:142,94:0.40:236
chr12	6924718	rs3782736	C	A	1278.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=26;NR=7;PP=697;SC=AACCATGTGACCTTGGGTGAG;SOR=1.814;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=26;TCR=7;TR=33;WE=6924726;WS=6924708;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr12	6925149	rs10744715	C	T	15716.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.394;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=612;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=211;NR=138;PP=2965;ReadPosRankSum=-2.018;SC=CTGCTGCCTCCACATGCCAAC;SOR=0.741;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=353;TCF=213;TCR=140;TR=349;WE=6925157;WS=6925139;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:7,594:0.99:601
chr12	6926363	rs1055141	T	C	4581.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=51;NR=58;PP=2091;SC=TGATGCTGAGTTTGAAACTGG;SOR=0.764;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=109;TCF=51;TCR=58;TR=109;WE=6926371;WS=6926353;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,174:1.00:174
chr12	6927470	rs12226953	C	T	1102.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=31;NR=6;PP=878;SC=CACCCCTCCCCTCTCCCCCAA;SOR=2.948;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=39;TCF=33;TCR=6;TR=37;WE=6927478;WS=6927466;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr12	6928075	rs12821756	T	C	7649.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.352;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=291;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=28.12;ReadPosRankSum=0.436;SOR=0.485;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:3,269:0.99:272
chr12	6928135	rs55764611	TA	GG	2130.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;JOINED;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.49;SOR=5.549;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr12	6928586	rs7136817	CA	AG	4029.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;JOINED;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=15;NR=63;PP=2521;SC=AGCAGATCCCCAGCCTCTGGC;SOR=2.435;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=81;TCF=16;TCR=65;TR=78;WE=6928595;WS=6928576;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr12	6933787	rs1051409	A	G	10876.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=399;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=179;NR=147;PP=2965;SC=CTTTTGAGGTACCAGCCATTG;SOR=1.567;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=331;TCF=180;TCR=151;TR=326;WE=6933795;WS=6933777;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,393:1.00:393
chr12	6935631	rs2071081	A	C	839.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-0.669;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=25;PP=514;ReadPosRankSum=0.151;SC=AGGGCACCATAGAGCTGGGTG;SOR=0.610;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=90;TCF=29;TCR=61;TR=37;WE=6935639;WS=6935621;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,42:0.40:104
chr12	6935787	rs2071082	A	T	3140.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.348;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=314;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.420;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=42;PP=1457;ReadPosRankSum=0.445;SC=TCCCTGCAGCACCTTCAGGTC;SOR=0.660;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=204;TCF=120;TCR=84;TR=103;WE=6935795;WS=6935777;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:149,153:0.51:302
chr12	6938023	rs57050687	C	CG	2941.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=27;PP=1803;SC=GGGCGCGGCGCGCTTCGCGTG;SOR=0.693;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=40;TCF=13;TCR=27;TR=39;WE=6938031;WS=6938013;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr12	6954864	rs5442	G	A	5795.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-0.222;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=552;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.094;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=76;NR=67;PP=2200;ReadPosRankSum=0.597;SC=CATCATCTGCGGCATCACGTC;SOR=0.616;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=308;TCF=169;TCR=139;TR=143;WE=6954872;WS=6954854;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:264,282:0.52:546
chr12	7026893	rs376463507	A	AG	1002.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=19;PP=1016;SC=GCAATAAGCCAGCCTGCGGCT;SOR=1.179;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=25;TCF=4;TCR=21;TR=22;WE=7026901;WS=7026883;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr12	7044647	rs367827860	A	AG	3126.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=44;NR=13;PP=2534;SC=TATGCAAGAGAGCCCCAAATC;SOR=2.275;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=62;TCF=47;TCR=15;TR=57;WE=7044655;WS=7044637;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr12	7045891	.	A	ACAG	4427.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.411;ClippingRankSum=0.000;DP=593;ExcessHet=3.0103;FS=0.813;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.18;MQRankSum=3.897;QD=12.00;ReadPosRankSum=0.564;SOR=0.630;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:225,144:0.39:369
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chr12	7053362	rs915997	A	G	3197.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-2.436;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=313;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.399;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=70;PP=1647;ReadPosRankSum=-0.541;SC=GTCAAGGCATAGGCTGCTGGC;SOR=0.609;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=227;TCF=82;TCR=145;TR=112;WE=7053370;WS=7053352;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:150,152:0.50:302
chr12	7054859	rs2019743	G	A	3475.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=72;NR=33;PP=2202;SC=TTCATGCTTAGACTACCACCC;SOR=1.609;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=105;TCF=72;TCR=33;TR=105;WE=7054867;WS=7054849;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr12	7055860	rs2301262	T	C	1708.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.007;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=21;PP=767;ReadPosRankSum=-0.789;SC=TGCGGCCCTCTGCCGTGGCTT;SOR=0.678;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=125;TCF=76;TCR=49;TR=56;WE=7055868;WS=7055850;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:100,85:0.46:185
chr12	7065281	rs10744724	C	T	7854.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=302;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=113;NR=81;PP=2965;SC=CAGACCATCTCGCCTCCTCTC;SOR=0.934;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=196;TCF=113;TCR=83;TR=194;WE=7065289;WS=7065271;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,294:1.00:294
chr12	7065406	rs7963446	G	A	7492.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=274;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=95;NR=98;PP=2965;SC=GGGCCACGTGGGAGGAGAGGC;SOR=0.730;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=195;TCF=96;TCR=99;TR=193;WE=7065414;WS=7065396;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,273:1.00:273
chr12	7065576	rs2110071	G	A	10339.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=390;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=121;NR=75;PP=2965;SC=CCACGCTTGCGTCCAGAACCA;SOR=0.921;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=196;TCF=121;TCR=75;TR=196;WE=7065584;WS=7065566;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,386:1.00:386
chr12	7065635	rs2110072	T	C	11386.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=433;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=112;NR=116;PP=2965;SC=CCAGCCAGGGTTGTCTGGAGG;SOR=0.717;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=228;TCF=112;TCR=116;TR=228;WE=7065643;WS=7065625;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,423:1.00:423
chr12	7069422	rs35119590	TG	T	281.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.316;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FS=5.060;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.74;ReadPosRankSum=0.286;SOR=0.293;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:133,29:0.18:162
chr12	7069425	rs28579154	G	C	2437.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.270;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FS=1.613;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.60;ReadPosRankSum=0.573;SOR=0.884;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:50,117:0.70:167
chr12	7069426	.	G	C	275.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.635;ClippingRankSum=0.000;DP=196;ExcessHet=3.0103;FS=4.623;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.59;ReadPosRankSum=0.672;SOR=0.328;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:143,30:0.17:173
chr12	7069620	rs759052	T	C	12087.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.633;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=493;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=125;NR=168;PP=2965;ReadPosRankSum=2.432;SC=TGACTGCCACTGCCCGGCATC;SOR=0.886;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=296;TCF=127;TCR=169;TR=293;WE=7069628;WS=7069610;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,474:1.00:476
chr12	7069654	rs759053	G	A	7775.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=290;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=73;NR=131;PP=2965;SC=TGCCCAGCCCGATCCTCACTT;SOR=1.211;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=205;TCF=73;TCR=132;TR=204;WE=7069662;WS=7069644;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,282:1.00:282
chr12	7079062	.	C	CA	182.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.063;ClippingRankSum=0.000;DP=85;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.28;ReadPosRankSum=-0.441;SOR=0.807;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:58,22:0.28:80
chr12	7079215	rs7301709	T	G	6484.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=254;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=89;NR=73;PP=2965;SC=CTGGAGGTTCTCGCAGCACCC;SOR=0.830;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=162;TCF=89;TCR=73;TR=162;WE=7079223;WS=7079205;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,248:1.00:248
chr12	7080210	rs60117710	A	AG	7080.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=65;PP=2957;SC=CGGAGGCCGTAGTTTATTGTG;SOR=0.843;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=79;TCF=13;TCR=66;TR=78;WE=7080220;WS=7080200;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,155:1.00:155
chr12	7080212	rs17857448	T	C	7090.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=47;NR=65;PP=2311;SC=GAGGCCGTAGTTTATTGTGGT;SOR=0.824;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=115;TCF=49;TCR=66;TR=112;WE=7080220;WS=7080200;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,160:1.00:160
chr12	7090659	rs60570787	A	AG	5822.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=23;NR=46;PP=2967;SC=AATGAGGGAGAGCTCCGCTCT;SOR=1.008;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=73;TCF=24;TCR=49;TR=69;WE=7090667;WS=7090649;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,158:1.00:158
chr12	7171620	rs7965055	C	T	7732.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.452;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=751;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.088;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=114;NR=112;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.829;SC=GCCACTTCTGCAACAATTTCA;SOR=0.610;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=444;TCF=214;TCR=230;TR=226;WE=7171628;WS=7171610;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:368,372:0.50:740
chr12	7175047	rs1143664	A	G	1209.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.254;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.942;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQ=60.06;MQRankSum=-0.817;NF=21;NR=26;PP=552;ReadPosRankSum=1.431;SC=GTGAGGAGCCATATTACTACA;SOR=0.857;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=108;TCF=50;TCR=58;TR=47;WE=7175055;WS=7175037;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:99,68:0.41:167
chr12	7187784	rs374614759	GT	G	1391.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.984;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=261;ExcessHet=3.0103;FS=3.963;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.17;MQRankSum=2.233;QD=5.52;ReadPosRankSum=0.746;SOR=0.478;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:146,106:0.42:252
chr12	7241606	rs147464671	T	A	2466.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.600;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=236;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.602;HP=10;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=37;PP=949;ReadPosRankSum=-1.230;SC=AGGGTTTTTTTTTTTCAGCTT;SOR=0.565;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=147;TCF=63;TCR=84;TR=69;WE=7241614;WS=7241589;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:110,121:0.52:231
chr12	7242299	rs1801046	G	A	4335.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-3.561;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=420;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.780;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=81;PP=2072;ReadPosRankSum=-0.267;SC=CTCCTCCCCTGATTTGCTCCG;SOR=0.539;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=273;TCF=96;TCR=177;TR=128;WE=7242307;WS=7242289;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:206,210:0.50:416
chr12	7242950	rs4332595	A	G	253.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=2.870;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=9;PP=167;ReadPosRankSum=-0.422;SC=ATCATGCACCACAATGGCTCT;SOR=0.871;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=24;TCF=3;TCR=21;TR=10;WE=7242958;WS=7242940;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,11:0.42:26
chr12	7246581	.	TTG	T	41.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.852;ClippingRankSum=0.000;DP=84;ExcessHet=3.0103;FS=10.364;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.77;ReadPosRankSum=-2.528;SOR=0.870;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:46,8:0.15:54
chr12	7284484	rs10772466	A	C	6345.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=244;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=72;NR=62;PP=2830;SC=GGTTGGAGGAAAGAATGGAAA;SOR=0.762;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=134;TCF=72;TCR=62;TR=134;WE=7284492;WS=7284474;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,238:1.00:238
chr12	7287886	rs6488452	A	C	8102.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=302;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=148;NR=75;PP=2965;SC=AGGCTGGCTGACGTGTCTTCA;SOR=1.290;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=223;TCF=148;TCR=75;TR=223;WE=7287894;WS=7287876;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,297:1.00:297
chr12	7287914	rs2278822	C	T	11260.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=431;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=180;NR=101;PP=2965;SC=TTCTCTCTGGCATATGCAGGG;SOR=1.126;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=281;TCF=180;TCR=101;TR=281;WE=7287922;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,428:1.00:428
chr12	7290391	rs28433214	T	A	383.52	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.572;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=2.688;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.74;MQRankSum=-0.000;QD=11.99;ReadPosRankSum=-1.298;SOR=1.911;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,22:0.69:32
chr12	7294657	rs63110460	GT	G	1245.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.403;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=271;ExcessHet=3.0103;FS=1.216;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.21;ReadPosRankSum=2.118;SOR=0.598;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:115,124:0.52:239
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chr12	7355898	rs4883087	C	G	1566.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=28;NR=6;PP=759;SC=TTTTAAAAAACTTATTCAGAT;SOR=1.877;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=34;TCF=28;TCR=6;TR=34;WE=7355906;WS=7355888;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
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chr12	7361525	.	A	G	1552.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.458;ClippingRankSum=0.000;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.983;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=21;PP=813;ReadPosRankSum=-0.518;SC=TGGTTGATCAATGAAGAAATT;SOR=0.276;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=85;TCF=54;TCR=31;TR=51;WE=7361533;WS=7361515;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,68:0.63:108
chr12	7362204	rs141721291	G	GCTGAGTCGGTGGAGTAATGTGCAGAGTTTGAT	5069.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.63;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=22;NR=11;PP=854;SC=CAGAGTTTGAGCTGAGTCGGT;SOR=6.302;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=45;TCF=31;TCR=14;TR=33;WE=7362212;WS=7362194;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr12	7459443	.	CAAA	C	201.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.146;ClippingRankSum=0.000;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.17;ReadPosRankSum=2.540;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,9:0.41:22
chr12	7463241	rs7968241	A	T	2922.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=36;NR=23;PP=1134;SC=AGGTGGCCCCAGCGGTGGAGT;SOR=0.927;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=59;TCF=36;TCR=23;TR=59;WE=7463249;WS=7463231;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr12	7463491	rs7962994	C	G	1358.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=19;PP=612;SC=GCTGGGTGCGCTGGCTCACAC;SOR=1.051;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=11;TCR=19;TR=30;WE=7463499;WS=7463481;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr12	7470534	rs7968312	A	T	607.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=1.905;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=3;PP=444;ReadPosRankSum=1.575;SC=CTTAAGATATAGGGGCAAAGT;SOR=1.445;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=21;TCF=18;TCR=3;TR=20;WE=7470542;WS=7470524;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,21:0.95:22
chr12	7477298	rs10743732	G	A	967.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=23;PP=632;SC=ATTAATTCTCGTTATGAAGCA;SOR=2.584;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=29;TCF=5;TCR=24;TR=28;WE=7477306;WS=7477288;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr12	7525795	rs10845007	C	T	83.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.526;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.727;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=0;PP=88;ReadPosRankSum=0.291;SC=TAAATCAGCACTTATTGTCAT;SOR=2.409;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=16;TCR=4;TR=6;WE=7525803;WS=7525785;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,6:0.30:20
chr12	7525865	rs11053518	G	C	778.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-3.598;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.090;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=7;PP=426;ReadPosRankSum=-1.391;SC=TTTATGGTAAGTTATATTTCA;SOR=0.427;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=63;TCF=47;TCR=16;TR=27;WE=7525873;WS=7525855;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,38:0.51:75
chr12	7526307	rs11368626	A	AT	181.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=1.048;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5002;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=9;PP=284;ReadPosRankSum=1.535;SC=CAAGGAATCCATTTTTCCCAT;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=0;TCR=12;TR=9;WE=7526315;WS=7526297;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,10:0.67:15
chr12	7528471	rs7306824	G	A	4803.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.018;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=500;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=72;NR=91;PP=2452;ReadPosRankSum=-2.440;SC=CATCTCCACAGTTTAATTCTC;SOR=0.707;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=319;TCF=142;TCR=177;TR=163;WE=7528479;WS=7528461;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:247,236:0.49:483
chr12	7551022	rs6488268	A	T	24443.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=2.166;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=930;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=279;NR=313;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.697;SC=AACACATGCAAAGGCTTTCCA;SOR=0.329;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=593;TCF=280;TCR=313;TR=592;WE=7551030;WS=7551012;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,916:1.00:917
chr12	7551050	rs6488269	A	C	24739.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=3.104;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=915;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=268;NR=317;PP=2965;ReadPosRankSum=2.065;SC=ATTGTTTACAAACAACAGCTG;SOR=0.289;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=588;TCF=271;TCR=317;TR=585;WE=7551058;WS=7551040;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,908:1.00:910
chr12	7559359	rs77463173	C	T	3887.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.162;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=355;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.182;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=74;PP=1834;ReadPosRankSum=-1.426;SC=TGGTGGCATACGGTCCCCCAC;SOR=0.520;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=253;TCF=93;TCR=160;TR=123;WE=7559367;WS=7559349;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:163,183:0.53:346
chr12	7585247	rs58195891	T	C	10631.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.767;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=865;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=143;NR=160;PP=2962;ReadPosRankSum=0.552;SC=CACATATAGTTCCCCACCTTT;SOR=0.681;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=546;TCF=257;TCR=289;TR=303;WE=7585255;WS=7585237;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:369,491:0.57:860
chr12	7585971	rs10845159	A	G	3635.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.116;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=358;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.919;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=79;NR=36;PP=2962;ReadPosRankSum=0.043;SC=GACTCTTACCATAACAGTTCA;SOR=0.861;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=227;TCF=149;TCR=78;TR=115;WE=7585985;WS=7585961;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:167,181:0.52:348
chr12	7585977	rs117072358	G	A	3682.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-4.146;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=393;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.228;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=69;NR=46;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.696;SC=TACCATAACAGTTCACACCAA;SOR=0.500;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=242;TCF=155;TCR=87;TR=115;WE=7585985;WS=7585961;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:199,184:0.48:383
chr12	7591564	rs117265691	T	C	2010.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.598;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.057;NF=29;NR=29;PP=980;ReadPosRankSum=0.253;SC=CTTCCTGCTCTCTCTAGTGTC;SOR=0.692;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=119;TCF=60;TCR=59;TR=58;WE=7591572;WS=7591554;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,93:0.52:178
chr12	7592035	rs10772330	G	T	1291.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.266;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.305;NF=30;NR=27;PP=840;ReadPosRankSum=-1.209;SC=TCCAGGTCTGGTTTGGACTTG;SOR=0.656;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=119;TCF=64;TCR=55;TR=57;WE=7592043;WS=7592025;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:105,70:0.40:175
chr12	7592139	rs10772331	G	A	1501.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=0.190;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.856;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=33;PP=974;ReadPosRankSum=1.989;SC=CTTCTTTGGGGAAGTATCTTC;SOR=0.737;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=143;TCF=73;TCR=70;TR=63;WE=7592147;WS=7592129;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:106,76:0.42:182
chr12	7596855	rs7954905	T	C	2060.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=2.963;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.662;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=53;PP=1273;ReadPosRankSum=0.111;SC=GTTCATAGTTTTCCAAAGGGG;SOR=0.593;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=130;TCF=19;TCR=111;TR=63;WE=7596863;WS=7596845;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:89,86:0.49:175
chr12	7638020	rs10743939	G	A	4327.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.739;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=58;PP=1846;ReadPosRankSum=-0.687;SC=ATTCTGCAGCGAAACATAGAA;SOR=0.425;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=91;TCF=32;TCR=59;TR=90;WE=7638028;WS=7638010;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,160:0.99:161
chr12	7649484	rs4883263	T	C	10113.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.547;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=386;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.258;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=124;NR=102;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.599;SC=CATTGCCAGATAGCAGGTTCA;SOR=0.413;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=227;TCF=124;TCR=103;TR=226;WE=7649492;WS=7649474;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,378:1.00:379
chr12	7649653	rs4883264	T	C	11135.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.095;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=425;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=135;NR=131;PP=2965;ReadPosRankSum=0.495;SC=TCCCCCATTCTCCTTGGAATC;SOR=0.698;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=268;TCF=136;TCR=132;TR=266;WE=7649661;WS=7649643;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,417:0.99:421
chr12	7655137	rs3210140	A	G	14334.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.358;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=545;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=162;NR=148;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.965;SC=AAGGGACTCAAGTTGACAAAA;SOR=0.457;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=314;TCF=162;TCR=152;TR=310;WE=7655145;WS=7655127;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,535:0.99:538
chr12	7655278	rs11836971	T	A	9825.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=368;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=119;NR=148;PP=2965;SC=AAACTCTTCATTCTAAATTGC;SOR=0.857;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=267;TCF=119;TCR=148;TR=267;WE=7655286;WS=7655268;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,366:1.00:366
chr12	7803562	rs10431308	C	A	3323.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=52;NR=25;PP=1583;SC=TCAGGAAAGACCTTTGAAGAA;SOR=1.236;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=77;TCF=52;TCR=25;TR=77;WE=7803570;WS=7803552;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr12	7803646	rs10431309	G	A	2273.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.266;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=224;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.493;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=34;PP=993;ReadPosRankSum=-2.015;SC=GCTCCAGTGCGTACAACATCA;SOR=0.655;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=127;TCF=65;TCR=62;TR=68;WE=7803654;WS=7803636;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:105,111:0.51:216
chr12	7805236	rs2302515	C	G	8188.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=304;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=96;NR=116;PP=2965;SC=TGGAGCAGCTCATGGATGGGT;SOR=0.797;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=213;TCF=96;TCR=117;TR=212;WE=7805244;WS=7805226;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,301:1.00:301
chr12	7805467	rs2080127	C	T	6996.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=268;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=62;NR=94;PP=2950;SC=TGTCATGCCACATTTAGAGAG;SOR=0.978;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=156;TCF=62;TCR=94;TR=156;WE=7805475;WS=7805457;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,268:1.00:268
chr12	7805508	rs112046539	CTTTT	C	1375.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.444;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FS=3.131;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.87;MQRankSum=0.000;QD=17.41;ReadPosRankSum=0.988;SOR=0.370;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:42,37:0.47:79
chr12	7805511	rs5796282	T	TA	1329.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-1.373;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.131;HP=6;HapScore=2;MGOF=28;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=56;PP=741;ReadPosRankSum=-1.037;SC=CCCTCTTCTTTTTTTATTTTA;SOR=1.173;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=67;TCF=7;TCR=60;TR=63;WE=7805519;WS=7805498;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,42:0.53:79
chr12	7807138	rs10845624	G	A	1769.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-1.728;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.882;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=18;PP=720;ReadPosRankSum=0.923;SC=ACCATGCACAGCTCTTAAATA;SOR=0.550;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=107;TCF=68;TCR=39;TR=48;WE=7807146;WS=7807128;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:89,88:0.50:177
chr12	7818348	.	GAC	G	1089.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.083;ClippingRankSum=0.000;DP=109;ExcessHet=3.0103;FS=1.127;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.05;MQRankSum=0.027;QD=12.53;ReadPosRankSum=0.103;SOR=0.929;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,60:0.69:87
chr12	7818444	rs7294364	C	A	3329.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-2.023;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=377;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.223;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=-1.317;NF=45;NR=52;PP=1275;ReadPosRankSum=-0.653;SC=GCCCCCGGATCCATTTTACCT;SOR=0.622;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=233;TCF=107;TCR=126;TR=97;WE=7818452;WS=7818434;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:200,174:0.47:374
chr12	7842932	rs12819884	C	T	2229.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.470;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=278;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=35;PP=1177;ReadPosRankSum=-1.460;SC=AAATTCACCCCTGAGTCTCTA;SOR=0.675;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=192;TCF=113;TCR=79;TR=83;WE=7842940;WS=7842922;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:162,113:0.41:275
chr12	7843373	rs3815479	C	T	208.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.515;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.52;ReadPosRankSum=-0.112;SOR=0.619;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,11:0.34:32
chr12	7847940	rs6488591	C	T	431.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=12;NR=2;PP=298;SC=TTAAATGAGACAAAATATGAA;SOR=3.126;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=15;TCF=13;TCR=2;TR=14;WE=7847948;WS=7847930;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr12	7867847	rs2024320	G	C	3178.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.678;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=289;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.610;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-1.442;NF=55;NR=44;PP=1670;ReadPosRankSum=1.317;SC=CGCTAGTAGCGAATCTGTTTC;SOR=0.871;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=196;TCF=104;TCR=92;TR=99;WE=7867855;WS=7867837;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:134,144:0.52:278
chr12	7868777	rs34619457	A	AT,ATT	1998.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.268;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.13;MQRankSum=0.265;QD=25.30;ReadPosRankSum=0.540;SOR=0.435;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:3,37,39:0.47,0.49:79
chr12	7868865	rs34547953	C	CTTT	1002.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.714;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=3.056;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.20;MQRankSum=-2.833;QD=22.28;ReadPosRankSum=-0.948;SOR=0.154;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,31:0.69:45
chr12	7894192	rs12823478	C	T	845.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-2.412;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.432;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=29;PP=683;ReadPosRankSum=-0.790;SC=ACTATACAATCTTATGCTGTG;SOR=1.225;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=57;TCF=8;TCR=49;TR=32;WE=7894200;WS=7894182;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,34:0.55:62
chr12	7898824	rs7134479	A	G	380.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.276;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=1.298;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.29;ReadPosRankSum=1.992;SOR=0.458;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,23:0.56:41
chr12	7899703	rs117041014	G	A	609.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.607;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=4;PP=381;ReadPosRankSum=-0.863;SC=ACAGGCGTGAGCCACCGCGCC;SOR=0.631;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=33;TCF=27;TCR=6;TR=20;WE=7899711;WS=7899698;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,26:0.57:46
chr12	7917936	rs12818448	G	A	1425.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=-0.646;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=33;PP=776;ReadPosRankSum=2.779;SC=GGAGGCCGAGGCGGGCAGATC;SOR=0.660;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=80;TCF=27;TCR=53;TR=53;WE=7917944;WS=7917926;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,68:0.52:130
chr12	7926369	rs34408824	C	CT	36.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.383;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=5.756;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=2.83;ReadPosRankSum=0.069;SOR=2.266;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,6:0.46:13
chr12	7942472	rs12826131	AG	GA	8280.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=47;NR=74;PP=2947;SC=ATTACTATAAAGAAGTGTTAT;SOR=1.095;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=124;TCF=47;TCR=77;TR=121;WE=7942481;WS=7942462;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,186:1.00:186
chr12	7942514	rs12816791	C	A	2126.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=51;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=14;NR=48;PP=1479;SC=CCCCTTTTTCCATTATAACTT;SOR=2.472;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=62;TCF=14;TCR=48;TR=62;WE=7942522;WS=7942504;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr12	7942556	rs12821889	G	C	1082.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=64;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=2;NR=22;PP=675;SC=TATGTCCCAGGTCTCAGGAGT;SOR=3.611;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=24;TCF=2;TCR=22;TR=24;WE=7942564;WS=7942546;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr12	7945640	rs2889551	G	T	1628.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=43.06;QD=30.73;SOR=5.709;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr12	7945670	rs4354764	G	A	3087.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=41.21;QD=31.19;SOR=4.429;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr12	7945757	rs4438116	C	T	5158.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-3.298;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=507;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.523;HP=1;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.487;NF=91;NR=52;PP=2040;ReadPosRankSum=0.213;SC=AATACCTCAGCCTCCAGCAGA;SOR=0.640;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=308;TCF=192;TCR=116;TR=143;WE=7945765;WS=7945747;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:250,256:0.51:506
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chr12	7945871	rs11831829	C	T	9350.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.959;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=355;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=1.938;HP=1;HapScore=1;MGOF=38;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=-1.155;NF=92;NR=173;PP=2965;ReadPosRankSum=1.057;SC=ATGGCTAAGACCTCTGTGGAT;SOR=1.276;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=270;TCF=95;TCR=175;TR=265;WE=7945879;WS=7945861;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,350:0.99:354
chr12	7945916	rs34261320	G	A	1743.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-7.039;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=14.102;HP=3;HapScore=2;MGOF=40;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=58;PP=1196;ReadPosRankSum=-0.338;SC=TCCGTACATCGCCTCTTGCAA;SOR=0.155;SbPval=0.21;Source=Platypus;TC=147;TCF=23;TCR=124;TR=73;WE=7945935;WS=7945906;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,80:0.50:159
chr12	7945927	rs58791167	A	G	4557.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-0.746;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=40;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=97;PP=2753;ReadPosRankSum=1.255;SC=CCTCTTGCAAATAATTTATGA;SOR=2.815;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=106;TCF=8;TCR=98;TR=105;WE=7945935;WS=7945906;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,114:0.99:115
chr12	7947017	rs1860931	T	C	3603.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-0.844;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=96;NR=19;PP=2589;ReadPosRankSum=-0.813;SC=CTCTGTATTATGAATATTTTA;SOR=1.547;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=116;TCF=97;TCR=19;TR=115;WE=7947025;WS=7947009;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,124:0.99:125
chr12	7947304	rs4012939	T	C	12025.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.953;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=450;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=-1.845;NF=108;NR=207;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.602;SC=ACCCCAGCCTTTACTCTTCCT;SOR=0.600;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=318;TCF=108;TCR=210;TR=315;WE=7947312;WS=7947294;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,437:1.00:438
chr12	7966975	rs10845982	C	T	560.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.668;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=296;ExcessHet=3.0103;FS=34.697;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.37;MQRankSum=-15.728;QD=1.91;ReadPosRankSum=-0.590;SOR=2.575;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:246,47:0.16:293
chr12	7967076	rs10845983	A	G	2077.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.904;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=272;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.813;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-6.094;NF=36;NR=40;PP=952;ReadPosRankSum=0.979;SC=GTAAAGGCCAAGAAGGTAATG;SOR=0.438;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=185;TCF=78;TCR=107;TR=76;WE=7967084;WS=7967066;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:157,111:0.41:268
chr12	7970331	rs3040823	C	CAA	766.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.633;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.07;MQRankSum=0.042;QD=25.56;ReadPosRankSum=1.784;SOR=0.602;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,20:0.67:30
chr12	7970339	.	T	TAGATAGATAGATAG	766.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.575;ClippingRankSum=0.000;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.67;MQRankSum=-0.202;QD=23.96;ReadPosRankSum=2.462;SOR=0.356;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,20:0.62:32
chr12	7970343	rs3040793	T	G	769.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.788;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=5.340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.86;MQRankSum=0.378;QD=21.99;ReadPosRankSum=3.788;SOR=2.348;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,20:0.57:35
chr12	7970347	rs3040789	T	G,TATAGATAGATAGATAGATAG	2143.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=61.21;QD=59.55;SOR=3.675;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:0,22,14:0.61,0.39:36
chr12	7970721	rs10845990	T	G	303.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=1.946;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.133;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=11;PP=197;ReadPosRankSum=0.473;SC=AAGCTCCTCCTGTCCTGACGT;SOR=1.292;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=35;TCF=9;TCR=26;TR=14;WE=7970729;WS=7970711;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,15:0.38:40
chr12	7980035	rs10846003	T	C	7196.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=278;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=113;NR=67;PP=2965;SC=CCACCATGCCTGGCATTTTAA;SOR=1.104;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=180;TCF=113;TCR=67;TR=180;WE=7980043;WS=7980025;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,269:1.00:269
chr12	7980306	rs56049529	T	TA	3327.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=21;NR=56;PP=2280;SC=GAGGAAAGGATAAAGAGAATG;SOR=0.729;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=88;TCF=21;TCR=67;TR=77;WE=7980314;WS=7980295;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr12	7982753	rs71038781	CT	C	629.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.402;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=6.232;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.16;MQRankSum=0.000;QD=17.99;ReadPosRankSum=1.289;SOR=2.584;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,28:0.80:35
chr12	7984447	rs10772787	G	A	1957.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.794;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.414;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=45;PP=1052;ReadPosRankSum=0.591;SC=GCTCACGCCTGTAATCCCAGC;SOR=1.059;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=126;TCF=44;TCR=82;TR=66;WE=7984455;WS=7984437;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:91,91:0.50:182
chr12	7985460	rs17728008	T	C	2923.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=2.267;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=243;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.847;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=54;PP=1567;ReadPosRankSum=0.935;SC=AAACTTGTAATTGATGACTGT;SOR=0.877;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=141;TCF=58;TCR=83;TR=89;WE=7985468;WS=7985450;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:109,134:0.55:243
chr12	7992440	rs36141788	C	T	358.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.610;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.20;ReadPosRankSum=-0.697;SOR=0.784;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,20:0.51:39
chr12	8043688	rs7297809	G	C	4068.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=39;NR=59;PP=2076;SC=TCACACCCAGGAGTACTTCTA;SOR=0.978;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=98;TCF=39;TCR=59;TR=98;WE=8043696;WS=8043678;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,149:1.00:149
chr12	8074055	rs199523896	T	C	1119.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.382;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=473;ExcessHet=3.0103;FS=5.313;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.91;MQRankSum=-18.159;QD=2.38;ReadPosRankSum=3.111;SOR=0.661;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:371,99:0.21:470
chr12	8075685	rs741361	A	G	2960.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=32;NR=59;PP=1705;SC=CTAGGTTCCCAGAAGCAATTA;SOR=1.402;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=91;TCF=32;TCR=59;TR=91;WE=8075693;WS=8075675;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr12	8082367	rs17847967	T	C	706.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.175;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=312;ExcessHet=3.0103;FS=6.324;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.46;MQRankSum=-5.887;QD=2.33;ReadPosRankSum=-4.525;SOR=0.972;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:249,54:0.18:303
chr12	8088766	rs2541281	T	C	999.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=21;PP=643;SC=TCCAAAGTCTTACCATTACAG;SOR=2.765;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=4;TCR=21;TR=25;WE=8088774;WS=8088756;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr12	8090271	rs11056574	C	T	646.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=40;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=8;PP=384;SC=TGAGCCAAGACAGCGCCACTG;SOR=0.770;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=19;TCF=11;TCR=8;TR=18;WE=8090279;WS=8090261;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr12	8090317	rs56224202	CAA	C	558.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.640;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.82;MQRankSum=-0.300;QD=19.27;ReadPosRankSum=-0.482;SOR=0.770;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:4,25:0.86:29
chr12	8090505	rs12321738	C	G	362.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=8;PP=234;SC=AAAAGTGTTACATAAGTATCT;SOR=1.609;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=12;TCF=4;TCR=8;TR=11;WE=8090513;WS=8090495;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr12	8090839	rs7309332	T	C	1364.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=3.864;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.756;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=10;PP=987;ReadPosRankSum=-0.685;SC=GGAGAAAGTGTATCTTCCTTT;SOR=0.944;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=110;TCF=87;TCR=23;TR=51;WE=8090847;WS=8090829;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,57:0.47:120
chr12	8196445	rs2277414	T	G	3735.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=29;NR=79;PP=2526;SC=TTCAGTCCTTTCAGAGGCAAA;SOR=1.783;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=108;TCF=29;TCR=79;TR=108;WE=8196453;WS=8196435;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
chr12	8200557	rs372118289	ACAG	A	452.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.443;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=321;ExcessHet=3.0103;FS=0.731;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.03;MQRankSum=2.865;QD=1.71;ReadPosRankSum=2.601;SOR=0.595;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:236,29:0.11:265
chr12	8203273	rs17801353	T	G	4822.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=47;NR=73;PP=2554;SC=TGCTTTGCTTTCCTTTGACTC;SOR=1.090;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=122;TCF=48;TCR=74;TR=120;WE=8203281;WS=8203263;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,176:1.00:176
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chr12	8276432	rs7295783	C	T	3332.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=59;NR=30;PP=1847;SC=TAAGAAAGATCTGAAACAGAT;SOR=1.285;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=89;TCF=59;TCR=30;TR=89;WE=8276440;WS=8276422;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr12	8278181	rs2024301	A	T	4311.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=3.345;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=523;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=68;NR=56;PP=1886;ReadPosRankSum=1.985;SC=ACTGCCCCTCACAAAAGTAAT;SOR=0.731;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=303;TCF=159;TCR=144;TR=124;WE=8278189;WS=8278171;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:297,214:0.42:511
chr12	8286762	rs7315526	G	C	4744.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=62;NR=79;PP=2816;SC=TTTCTCTTTCGGGCCTGCACG;SOR=0.947;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=141;TCF=62;TCR=79;TR=141;WE=8286770;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,174:1.00:174
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chr12	8288098	rs10840746	T	C	777.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=21;NR=1;PP=573;SC=ATGTGCTCTCTCTTGGCTCTT;SOR=4.174;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=22;TCF=21;TCR=1;TR=22;WE=8288106;WS=8288094;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr12	8288403	rs17728942	G	A	948.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=3.113;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.174;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=27;PP=674;ReadPosRankSum=0.011;SC=CTAAGAAGGAGGTTTTTGTTA;SOR=1.001;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=65;TCF=15;TCR=50;TR=34;WE=8288411;WS=8288393;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,39:0.53:74
chr12	8289226	rs4322490	G	A	1594.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=42;NR=4;PP=1268;SC=CGATGTCTTTGATTCTGCCCT;SOR=3.528;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=47;TCF=43;TCR=4;TR=46;WE=8289234;WS=8289225;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr12	8289300	rs4573763	T	C	4666.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=85;NR=38;PP=2773;SC=ATCCTCTCCTTTTCTTCTTGT;SOR=1.459;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=124;TCF=85;TCR=39;TR=123;WE=8289308;WS=8289290;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,167:1.00:167
chr12	8374770	rs9668474	G	A	1561.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=16;NR=18;PP=608;SC=CCTCGTGCCTGTCTGGGGTGA;SOR=0.793;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=34;TCF=16;TCR=18;TR=34;WE=8374789;WS=8374760;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr12	8374781	rs71265055	C	CACG	1215.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.565;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.514;HP=1;HapScore=4;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.549;NF=1;NR=11;PP=582;ReadPosRankSum=0.063;SC=TCTGGGGTGACGTACGTGGTC;SOR=1.037;SbPval=0.95;Source=Platypus;TC=26;TCF=6;TCR=20;TR=12;WE=8374789;WS=8374760;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,32:0.52:62
chr12	8374812	rs17855656	G	A	489.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.531;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.157;HP=1;HapScore=2;MGOF=36;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.415;NF=6;NR=8;PP=195;ReadPosRankSum=-0.378;SC=TGCGGCTGGCGGAGGTTGGAG;SOR=0.502;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=31;TCF=13;TCR=18;TR=14;WE=8374820;WS=8374802;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,24:0.55:44
chr12	8543143	rs4403873	T	A	225.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=56.68;QD=28.22;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr12	8543152	rs149165389	C	A	40.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.792;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.19;MQRankSum=-0.637;QD=5.82;ReadPosRankSum=0.060;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,2:0.29:7
chr12	8543153	.	T	TG	31.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.366;ClippingRankSum=-0.000;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.19;MQRankSum=-0.637;QD=4.53;ReadPosRankSum=0.060;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,2:0.29:7
chr12	8543158	rs138583618	C	T	40.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.19;MQRankSum=-0.637;QD=5.82;ReadPosRankSum=-1.068;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,2:0.29:7
chr12	8543198	.	T	C	20	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;FR=0.5000;HP=3;HapScore=2;MGOF=70;MMLQ=23;MQ=50.01;NF=2;NR=2;PP=20;QD=13.6928031368;SC=GGCGCGGAGCTGGGCATCGGG;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=9;TCF=4;TCR=5;TR=4;WE=8543206;WS=8543188;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:5,4:0.44:9
chr12	8543219	.	A	G	61	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=69;MMLQ=24;MQ=50.22;NF=3;NR=2;PP=61;QD=19.1542425094;SC=GCCGGCGCGGACTCCTCCGCG;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=10;TCF=5;TCR=5;TR=5;WE=8543227;WS=8543209;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:5,5:0.50:10
chr12	8543242	.	TC	CT	219	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=59;MMLQ=24;MQ=50.7;NF=4;NR=3;PP=219;QD=38.9239821232;SC=CCGCTCGTGGTCCTCTGGCGC;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=7;TCR=5;TR=7;WE=8543251;WS=8543232;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:5,7:0.58:12
chr12	8543279	rs116662399	T	C	97.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.50;MQRankSum=-4.014;QD=5.43;ReadPosRankSum=-1.970;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,4:0.22:18
chr12	8543285	rs117574727	G	C	115.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.623;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.40;MQRankSum=-4.250;QD=5.79;ReadPosRankSum=-1.574;SOR=0.943;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,5:0.25:20
chr12	8543323	rs9706467	A	C	141.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.901;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.23;MQRankSum=-4.180;QD=6.75;ReadPosRankSum=-1.185;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,10:0.48:21
chr12	8543366	rs34978072	A	G	213.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.090;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.848;HP=2;HapScore=2;MGOF=41;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=-3.918;NF=3;NR=5;PP=85;ReadPosRankSum=-0.999;SC=GCCCGCTCTGACCAGGCCCTG;SOR=1.180;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=15;TCF=7;TCR=8;TR=8;WE=8543374;WS=8543356;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,11:0.55:20
chr12	8543389	rs9706468	A	G	241.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.040;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=2.158;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.19;MQRankSum=-3.782;QD=16.12;ReadPosRankSum=0.526;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,7:0.47:15
chr12	8543395	rs9705548	G	A	241.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.489;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=2.158;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.19;MQRankSum=-3.782;QD=16.12;ReadPosRankSum=0.135;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,7:0.47:15
chr12	8608482	rs369358959	G	GTTTT	127.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=0.5129;FS=3.979;HP=12;HapScore=2;MGOF=35;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=1;PP=88;ReadPosRankSum=-0.524;SC=TTCCTCTTTTGTTTTTTTTAA;SOR=1.447;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=5;TCF=3;TCR=2;TR=3;WE=8608490;WS=8608475;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,4:0.80:5
chr12	8608502	rs4628756	T	A	99.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-0.792;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=43;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=1;PP=32;ReadPosRankSum=-0.792;SC=ACCCCACGTATCGAAATCACT;SOR=1.022;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=5;TCF=3;TCR=2;TR=3;WE=8608510;WS=8608492;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,5:0.71:7
chr12	8608583	rs4528410	A	G	167.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.746;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=1.657;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.21;ReadPosRankSum=0.258;SOR=1.402;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,9:0.33:27
chr12	8612336	rs10770736	G	C	1720.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-2.508;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.508;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=29;PP=545;ReadPosRankSum=-0.267;SC=TTTTTTCTCAGGGAGAGATCA;SOR=0.652;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=136;TCF=60;TCR=76;TR=52;WE=8612344;WS=8612326;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:116,92:0.44:208
chr12	8612481	rs12300621	A	G	259.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.048;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.82;ReadPosRankSum=0.000;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,8:0.33:24
chr12	8617976	rs7302011	A	T	625.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.514;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.91;ReadPosRankSum=-1.049;SOR=0.536;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,17:0.46:37
chr12	8617982	rs7315873	G	A	643.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.328;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=1.894;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.51;ReadPosRankSum=-1.000;SOR=0.307;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,18:0.46:39
chr12	8666378	rs11045985	C	A	755.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=1.480;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.667;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=14;PP=371;ReadPosRankSum=-0.097;SC=CTCTCCTTTCCATTTCAAAGA;SOR=0.885;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=59;TCF=26;TCR=33;TR=23;WE=8666386;WS=8666368;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,39:0.41:95
chr12	8667897	rs4304840	A	G	3523.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-2.349;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=304;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.187;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=61;PP=1537;ReadPosRankSum=-1.047;SC=CTTACTTCTCAGTGTCTGTTT;SOR=0.533;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=188;TCF=76;TCR=112;TR=109;WE=8667905;WS=8667887;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:127,172:0.58:299
chr12	8670978	rs74059866	A	G	268.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.404;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.171;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=12;PP=201;ReadPosRankSum=1.231;SC=ATAGCATAAGATGAGAATCTG;SOR=0.105;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=25;TCF=2;TCR=23;TR=14;WE=8670986;WS=8670968;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,13:0.54:24
chr12	8692327	rs148901915	GA	G	437.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.882;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.942;HP=10;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=1.032;NF=10;NR=9;PP=221;ReadPosRankSum=0.704;SC=GATTAATAGGGAAAAAAAAAA;SOR=0.200;SbPval=0.12;Source=Platypus;TC=46;TCF=32;TCR=14;TR=19;WE=8692335;WS=8692317;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,31:0.47:66
chr12	8693240	rs5014225	C	A	2921.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.27;SOR=1.196;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr12	8693245	.	A	AC	1085.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.721;ClippingRankSum=0.000;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.9999;FS=1.236;HP=7;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=17;PP=516;ReadPosRankSum=-0.008;SC=CTGTCCCCCCACTTTTTTTTT;SOR=0.415;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=39;TCF=20;TCR=19;TR=31;WE=8693255;WS=8693230;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,54:0.81:67
chr12	8693247	rs28385345	T	C	52.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.468;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=1.236;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.79;ReadPosRankSum=0.095;SOR=1.079;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:54,13:0.19:67
chr12	8693333	rs4620776	G	A	3393.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=35;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=45;NR=45;PP=1651;SC=TCTATGGAAGGAAAGGAAGAG;SOR=0.756;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=91;TCF=45;TCR=46;TR=90;WE=8693341;WS=8693323;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chr12	8693419	rs145952293	T	TTCTC	2276.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=28;PP=1627;SC=GGTTTTTTGTTTCTCTCTCTC;SOR=1.609;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=37;TCF=2;TCR=35;TR=29;WE=8693427;WS=8693409;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr12	8757522	rs5796316	C	CA	434.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.422;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FS=2.346;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.13;MQRankSum=0.854;QD=6.59;ReadPosRankSum=1.676;SOR=0.489;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,33:0.50:66
chr12	8765447	rs1345004	T	C	3098.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=24;NR=42;PP=1445;SC=TTCTCTGTCTTAGTCTGACAG;SOR=1.159;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=66;TCF=24;TCR=42;TR=66;WE=8765455;WS=8765437;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr12	8808655	rs11359613	CT	C	124.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.004;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=2.046;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.49;MQRankSum=1.417;QD=5.67;ReadPosRankSum=-1.798;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,14:0.64:22
chr12	8850706	rs112263725	G	T	779.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=-0.119;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.940;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=6;PP=316;ReadPosRankSum=1.013;SC=CTGGGCGAGTGTGCGAGGACG;SOR=1.053;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=46;TCF=32;TCR=14;TR=24;WE=8850714;WS=8850696;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,39:0.50:78
chr12	8926011	rs2969089	T	C	8347.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=325;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=111;NR=68;PP=2965;SC=GTGGCATTGATCTGCTGATGA;SOR=1.001;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=179;TCF=111;TCR=68;TR=179;WE=8926019;WS=8926001;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,317:1.00:317
chr12	8982250	.	CA	C	350.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.048;ClippingRankSum=0.000;DP=100;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.11;MQRankSum=0.000;QD=4.55;ReadPosRankSum=1.541;SOR=0.653;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,44:0.57:77
chr12	8988403	rs4883188	A	C	589.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=13;PP=429;SC=AGGTCAGGAGATCGAGACCAC;SOR=1.508;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=18;TCF=5;TCR=13;TR=18;WE=8988411;WS=8988393;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr12	8988777	rs1894814	A	G	1617.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=32;NR=16;PP=965;SC=CACTGTTTATACCCCTCTGCT;SOR=1.421;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=48;TCF=32;TCR=16;TR=48;WE=8988785;WS=8988767;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr12	8989916	rs11047510	A	G	1450.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=28;NR=12;PP=834;SC=GCACTGGCCCAGATTGTCAGA;SOR=1.567;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=28;TCR=12;TR=40;WE=8989924;WS=8989906;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr12	8990813	rs10743504	A	G	1266.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=34;NR=4;PP=990;SC=GAGTTTTTCTATATTAGAAAC;SOR=3.967;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=38;TCF=34;TCR=4;TR=38;WE=8990821;WS=8990803;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr12	8995694	rs7307991	A	G	6529.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=251;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=107;NR=65;PP=2965;SC=TGGTTGGAGCACATGCTAAAA;SOR=1.129;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=173;TCF=107;TCR=66;TR=172;WE=8995702;WS=8995684;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,250:1.00:250
chr12	8995756	rs7308106	A	G	4673.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.172;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=403;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=82;NR=64;PP=2371;ReadPosRankSum=0.650;SC=AAGACTTAGTATATAATCCGG;SOR=0.649;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=270;TCF=157;TCR=113;TR=146;WE=8995764;WS=8995746;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:184,217:0.54:401
chr12	8995966	rs7136813	G	A	11655.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=441;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=99;NR=181;PP=2965;SC=ATGTGAGACCGGGAAACGGGG;SOR=1.136;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=284;TCF=102;TCR=182;TR=280;WE=8995974;WS=8995956;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,430:1.00:430
chr12	9004512	rs1860927	G	A	8118.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.470;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=324;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.199;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=110;NR=89;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.089;SC=CTTTCAAGCCGTTCTTTGTTG;SOR=0.549;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=204;TCF=112;TCR=92;TR=199;WE=9004520;WS=9004502;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,316:0.99:319
chr12	9004892	rs1860926	C	A	7101.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=268;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=68;NR=93;PP=2965;SC=GTGCTGATGACGCAAAAACCC;SOR=0.866;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=161;TCF=68;TCR=93;TR=161;WE=9004900;WS=9004882;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,261:1.00:261
chr12	9009820	rs1558526	G	A	1089.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.404;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=12;PP=397;ReadPosRankSum=0.630;SC=CCCAGTGGCTGTGGCGAGCAG;SOR=0.695;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=82;TCF=50;TCR=32;TR=31;WE=9009828;WS=9009810;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,58:0.42:139
chr12	9009999	rs3079157	T	TAA	1632.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=2.801;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.846;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=11;PP=1089;ReadPosRankSum=-1.677;SC=GACAGATTGATGATACAGGGA;SOR=0.951;SbPval=0.05;Source=Platypus;TC=71;TCF=26;TCR=45;TR=26;WE=9010007;WS=9009989;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,45:0.38:118
chr12	9010671	rs11612600	G	A	1464.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.384;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.747;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=30;PP=753;ReadPosRankSum=0.911;SC=ATGCCAACGTGGGAAATCTCC;SOR=0.489;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=128;TCF=47;TCR=81;TR=51;WE=9010679;WS=9010661;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:103,73:0.41:176
chr12	9016573	rs10219561	A	G	1441.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=19;NR=29;PP=911;SC=GCCAAGCAACACAATGCATAT;SOR=1.118;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=49;TCF=19;TCR=30;TR=48;WE=9016581;WS=9016563;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr12	9016665	rs17802489	G	C	192.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-0.273;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=5;PP=75;ReadPosRankSum=-0.789;SC=TGTGGAGATAGAGGAAAACAT;SOR=1.201;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=15;TCF=3;TCR=12;TR=6;WE=9016673;WS=9016655;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,9:0.50:18
chr12	9020489	rs7308811	A	G	8590.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=337;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=112;NR=88;PP=2965;SC=TACCGCCTACATGCCATCTGA;SOR=0.882;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=200;TCF=112;TCR=88;TR=200;WE=9020497;WS=9020479;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,333:1.00:333
chr12	9020912	rs1476910	A	G	9243.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=343;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=86;NR=109;PP=2965;SC=GATGTGAGCAACCGACTTCAC;SOR=0.850;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=195;TCF=86;TCR=109;TR=195;WE=9020920;WS=9020902;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,341:1.00:341
chr12	9021053	rs5796325	C	CGTGT,CGTGTGT	2109.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.231;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9,9;NR=24,24;PP=475,752;ReadPosRankSum=-0.680;SC=TGTGTGTGTACGTGTGTGTGT;SOR=1.007;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=55;TCF=12;TCR=43;TR=33,33;WE=9021061;WS=9021043;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.56,0.40:55
chr12	9021256	rs12816475	C	T	1992.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=17;NR=37;PP=1086;SC=ATTTATCTAGCTGTGAGGGGA;SOR=1.371;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=54;TCF=17;TCR=37;TR=54;WE=9021264;WS=9021246;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr12	9021316	rs10664353	T	TAC	678.50	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.075;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.9999;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=17;PP=775;ReadPosRankSum=-0.110;SC=ATGGCGTGTATACACACACAC;SOR=1.781;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=0;TCR=19;TR=17;WE=9021324;WS=9021306;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,21:0.91:23
chr12	9068472	rs10771204	G	T	2100.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=49;NR=8;PP=1331;SC=CAGAATTCAGGTTTGGGAAGA;SOR=3.198;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=57;TCF=49;TCR=8;TR=57;WE=9068480;WS=9068462;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr12	9068813	rs7304121	C	T	1239.77	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=1;NR=30;PP=789;SC=AAACTAAAGACTGGGGGGGGA;SOR=4.863;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=31;TCF=1;TCR=30;TR=31;WE=9068822;WS=9068803;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr12	9068814	rs11431930	T	TG	255.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-1.804;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.13;ReadPosRankSum=0.627;SOR=1.501;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,13:0.46:28
chr12	9070366	rs4883198	T	A	1931.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.864;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=-2.253;NF=26;NR=24;PP=663;ReadPosRankSum=-0.022;SC=AAATGTCACTTTATGAACGAC;SOR=0.697;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=122;TCF=61;TCR=61;TR=50;WE=9070374;WS=9070356;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:119,101:0.46:220
chr12	9074259	rs1805741	C	T	5079.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.492;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=528;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=-2.626;NF=114;NR=67;PP=2558;ReadPosRankSum=1.652;SC=TGAGCTCTCCCAGTGCTACCA;SOR=0.706;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=388;TCF=240;TCR=148;TR=181;WE=9074267;WS=9074249;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:267,242:0.48:509
chr12	9082855	rs1805778	A	G	1300.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=45;NR=2;PP=961;SC=AATCAGATACAGAGCCAGAGT;SOR=5.549;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=47;TCF=45;TCR=2;TR=47;WE=9082863;WS=9082854;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr12	9083336	rs1805777	A	G	1358.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=39.77;QD=33.14;SOR=4.073;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr12	9085099	rs887783	G	A	3587.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.462;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=393;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.483;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=84;NR=32;PP=2005;ReadPosRankSum=-0.910;SC=TTTTAATTTAGAATGATTATT;SOR=0.955;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=257;TCF=177;TCR=80;TR=116;WE=9085107;WS=9085089;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:212,168:0.44:380
chr12	9086683	rs1805735	A	T	5980.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=84;NR=94;PP=2965;SC=AAAAGATAAAACTGGTTGAGT;SOR=0.820;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=180;TCF=85;TCR=95;TR=178;WE=9086691;WS=9086673;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,215:1.00:215
chr12	9086898	rs1049925	A	G	5449.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=4.824;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=654;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.127;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=5.537;NF=113;NR=78;PP=2962;ReadPosRankSum=4.571;SC=GAATGCTAATACTCCAAGCAG;SOR=0.790;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=434;TCF=257;TCR=177;TR=191;WE=9086906;WS=9086888;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:388,264:0.40:652
chr12	9087906	rs113120861	ATAG	A	1125.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=0.800;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.649;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=1.380;NF=1;NR=16;PP=719;ReadPosRankSum=1.209;SC=TCGGTGTAAAATAGTAGTTAC;SOR=1.206;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=34;TCF=2;TCR=32;TR=17;WE=9087916;WS=9087896;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,31:0.53:59
chr12	9090086	rs12371786	G	A	367.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=2.500;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=13;PP=287;ReadPosRankSum=-0.454;SC=CTTTGTCTCCGGACCTCTTAC;SOR=0.518;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=30;TCF=3;TCR=27;TR=15;WE=9090094;WS=9090076;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,15:0.45:33
chr12	9090668	rs3026261	C	T	5648.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-1.246;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=583;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.528;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-2.089;NF=68;NR=113;PP=2908;ReadPosRankSum=0.496;SC=TACTGACCCTCTCTTCAACAG;SOR=0.749;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=356;TCF=135;TCR=221;TR=181;WE=9090676;WS=9090658;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:301,277:0.48:578
chr12	9094548	rs1805765	A	G	2218.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=2.610;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=258;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.461;HP=7;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=37;PP=1040;ReadPosRankSum=-0.839;SC=TGTAGGGGGAAAAAAAAGAAG;SOR=0.754;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=143;TCF=68;TCR=75;TR=69;WE=9094556;WS=9094538;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:140,113:0.45:253
chr12	9095226	rs1805731	T	C	1266.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.397;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.941;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=29;PP=739;ReadPosRankSum=-0.728;SC=TGTCAGCTGTTTCCTAAGATA;SOR=0.441;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=71;TCF=14;TCR=57;TR=37;WE=9095234;WS=9095216;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,54:0.53:101
chr12	9095268	rs1805730	A	T	405.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=2.760;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.378;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=14;PP=263;ReadPosRankSum=0.588;SC=GAGTAGTGATACTAAATGAAA;SOR=0.152;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=32;TCF=0;TCR=32;TR=14;WE=9095276;WS=9095258;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,17:0.46:37
chr12	9095905	rs113829875	T	TAC	1651.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.573;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.417;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=9;PP=1292;ReadPosRankSum=2.430;SC=CAGCATAATGTACACATACAA;SOR=1.254;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=65;TCF=37;TCR=28;TR=29;WE=9095913;WS=9095895;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,47:0.47:100
chr12	9097933	rs1805725	C	A	504.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=10;NR=2;PP=307;SC=ACACTAGAAACGGCCAAGACA;SOR=1.863;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=10;TCR=2;TR=12;WE=9097941;WS=9097923;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr12	9099034	rs4140911	G	A	1540.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=1.632;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.062;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=43;PP=957;ReadPosRankSum=1.598;SC=GGGAGGGCAGGTAGGATCAGG;SOR=1.035;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=136;TCF=37;TCR=99;TR=56;WE=9099042;WS=9099024;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:95,69:0.42:164
chr12	9142297	rs1805723	T	C	5066.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.826;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=544;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=77;NR=58;PP=1613;ReadPosRankSum=-1.835;SC=AGAATGACTATGGACCACAGC;SOR=0.722;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=292;TCF=161;TCR=131;TR=135;WE=9142305;WS=9142287;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:277,264:0.49:541
chr12	9205540	rs2216143	T	A	154.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.575;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=1.768;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.03;ReadPosRankSum=-0.286;SOR=0.634;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,9:0.41:22
chr12	9220729	rs7955940	G	A	2029.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.402;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=33;PP=1033;ReadPosRankSum=-1.314;SC=GGTTTGGGGGGCAAGCTGAAG;SOR=0.703;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=149;TCF=78;TCR=71;TR=71;WE=9220737;WS=9220719;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:122,99:0.45:221
chr12	9222286	rs1805664	C	T	2348.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=2.208;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=252;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.212;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=28;PP=1393;ReadPosRankSum=0.165;SC=CCCAGATGTTCCCTTAGAGGA;SOR=0.867;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=166;TCF=110;TCR=56;TR=84;WE=9222294;WS=9222276;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:137,111:0.45:248
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chr12	9232268	rs669	T	C	1125.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.733;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=13;PP=543;ReadPosRankSum=-2.592;SC=TTGGACTTGATCTCTGGAGTA;SOR=0.737;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=71;TCF=46;TCR=25;TR=37;WE=9232276;WS=9232258;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,55:0.50:111
chr12	9242924	rs2193005	G	C	2753.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.536;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=274;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=29;PP=1099;ReadPosRankSum=-1.770;SC=TTTGAGTAGAGAATTATCTCT;SOR=0.677;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=158;TCF=95;TCR=63;TR=72;WE=9242932;WS=9242914;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:135,136:0.50:271
chr12	9248233	rs226405	T	C	7337.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=281;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.30;SOR=0.854;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,279:1.00:279
chr12	9253894	rs226397	C	T	3260.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=28;NR=55;PP=1711;SC=GAGTCCCTGCCGGCAATAATT;SOR=1.329;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=84;TCF=28;TCR=56;TR=83;WE=9253902;WS=9253884;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr12	9256708	rs226390	C	T	483.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=0.657;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=1;PP=358;ReadPosRankSum=0.599;SC=AACCTTCAATCGGTTTCTAAT;SOR=1.008;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=40;TCF=37;TCR=3;TR=18;WE=9256716;WS=9256698;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,20:0.43:47
chr12	9260280	rs226388	T	C	1223.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-2.557;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=25;PP=429;ReadPosRankSum=0.150;SC=GAGCAGACACTGAACCTCCCC;SOR=0.741;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=82;TCF=32;TCR=50;TR=40;WE=9260288;WS=9260270;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,62:0.52:120
chr12	9262727	rs226386	T	G	343.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=3.564;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=9;PP=278;ReadPosRankSum=-1.689;SC=TACAAAAAGGTCAAATGGGGT;SOR=0.495;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=25;TCF=7;TCR=18;TR=13;WE=9262735;WS=9262717;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,13:0.52:25
chr12	9264946	rs226383	T	G	2598.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.083;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=266;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.452;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=46;PP=1512;ReadPosRankSum=0.535;SC=CTTTTTGAAGTTGTCCTGTCT;SOR=0.640;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=172;TCF=90;TCR=82;TR=93;WE=9264954;WS=9264936;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:135,125:0.48:260
chr12	9268473	rs226380	A	C	595.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=1.237;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.041;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=17;PP=393;ReadPosRankSum=2.262;SC=CTGGAGGAGAACAGACTGTAT;SOR=1.017;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=56;TCF=20;TCR=36;TR=25;WE=9268481;WS=9268463;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,29:0.40:72
chr12	9268585	rs226379	T	C	112.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=3.794;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.682;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=6;PP=98;ReadPosRankSum=-1.135;SC=CCACACAAGATCTCTAAACAA;SOR=1.981;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=1;TCR=15;TR=6;WE=9268593;WS=9268575;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,6:0.26:23
chr12	9302313	rs2303615	A	G	260.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-1.657;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.136;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=9;PP=161;ReadPosRankSum=-0.705;SC=AGAATTGTCAAAACTTCATGT;SOR=0.126;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=20;TCF=2;TCR=18;TR=11;WE=9302321;WS=9302303;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,12:0.57:21
chr12	9303296	rs10842971	A	T	4295.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.697;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=531;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.525;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=62;PP=1731;ReadPosRankSum=0.328;SC=TCCTACTGGGATGTCTTGCAG;SOR=0.634;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=297;TCF=151;TCR=146;TR=123;WE=9303304;WS=9303286;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:302,226:0.43:528
chr12	9305473	rs10771357	T	C	2444.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.909;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=289;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.438;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=46;PP=1350;ReadPosRankSum=-1.769;SC=CATCGCAAGTTTGGGGCACAG;SOR=0.598;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=184;TCF=94;TCR=90;TR=89;WE=9305481;WS=9305463;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:158,122:0.44:280
chr12	9307373	rs2377741	T	G	5226.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=58;NR=93;PP=2810;SC=GGAGCCTGGGTTTGGTAAAGA;SOR=1.139;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=151;TCF=58;TCR=93;TR=151;WE=9307381;WS=9307363;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,197:1.00:197
chr12	9309995	rs12822596	G	A	279.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-0.171;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.269;HP=2;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=8;PP=143;ReadPosRankSum=-1.340;SC=GGTGAATAGAGGGCAGAGCAA;SOR=0.191;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=22;TCF=3;TCR=19;TR=10;WE=9310003;WS=9309985;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,13:0.52:25
chr12	9310565	rs4882981	C	T	1489.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-2.598;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.564;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=29;PP=683;ReadPosRankSum=-2.469;SC=CTCTCTCTCTCTCTCGACAGG;SOR=0.384;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=90;TCF=28;TCR=62;TR=45;WE=9310584;WS=9310543;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,70:0.56:125
chr12	9310576	rs10771364	T	G	3658.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=16;NR=57;PP=1736;SC=TCTCGACAGGTTCTTGCTCTG;SOR=1.981;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=73;TCF=16;TCR=57;TR=73;WE=9310584;WS=9310543;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr12	9310959	rs7298673	C	T	870.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=17;NR=5;PP=555;SC=CTCCCTTCACCCCTGGGGGAT;SOR=1.942;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=17;TCR=5;TR=22;WE=9310967;WS=9310949;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr12	9311251	rs7309811	C	G	245.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-0.102;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=9;PP=164;ReadPosRankSum=-2.021;SC=ACAGGCTCCCCCATCACAGTG;SOR=0.610;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=43;TCF=12;TCR=31;TR=13;WE=9311273;WS=9311241;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,15:0.33:46
chr12	9311265	rs3741850	A	C	1258.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=9;NR=25;PP=913;SC=CACAGTGTGCACCCAAGAAAG;SOR=1.609;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=36;TCF=10;TCR=26;TR=34;WE=9311273;WS=9311241;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr12	9311281	rs7309821	C	T	159.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-1.284;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.589;HP=1;HapScore=2;MGOF=38;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=6;PP=69;ReadPosRankSum=-1.521;SC=GAAAGTCAATCAGCTGTTACT;SOR=0.399;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=31;TCF=5;TCR=26;TR=7;WE=9311289;WS=9311271;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,10:0.29:35
chr12	9313518	rs7972015	T	A	1191.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.609;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FS=1.537;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.59;MQRankSum=3.237;QD=16.33;ReadPosRankSum=-0.559;SOR=1.214;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,61:0.84:73
chr12	9317784	rs2277413	A	G	3289.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=4.435;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=373;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.014;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-2.817;NF=52;NR=65;PP=2033;ReadPosRankSum=-0.747;SC=GAGTGTGAAGACCTCTCCACG;SOR=0.897;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=258;TCF=121;TCR=137;TR=117;WE=9317792;WS=9317774;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:210,155:0.42:365
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chr12	9345380	rs150284769	T	G	1607.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-2.613;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.275;HP=1;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=29;PP=698;ReadPosRankSum=-0.254;SC=CTTGAAATTCTTCACCTTAGC;SOR=0.412;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=87;TCF=30;TCR=57;TR=49;WE=9345388;WS=9345370;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,77:0.58:133
chr12	9345408	rs2075395	A	G	758.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.738;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.199;HP=1;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=20;PP=395;ReadPosRankSum=0.174;SC=CAAAATGAATAGTTACAACGG;SOR=1.089;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=62;TCF=18;TCR=44;TR=26;WE=9345416;WS=9345398;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,37:0.46:80
chr12	9349370	rs11049396	C	CT	487.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.173;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=26;PP=438;ReadPosRankSum=0.088;SC=GACAAGAAAACTTTTTTTTTG;SOR=0.596;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=82;TCF=12;TCR=70;TR=32;WE=9349378;WS=9349360;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,33:0.40:82
chr12	9352908	rs6487668	C	A	1832.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=35;NR=16;PP=1048;SC=CTACATAATCCCTCAAAATTG;SOR=1.508;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=51;TCF=35;TCR=16;TR=51;WE=9352916;WS=9352898;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr12	9353828	rs3759275	A	T	214.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=2.060;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.562;HP=5;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=5;PP=206;ReadPosRankSum=-0.536;SC=AGATCTGAAAATTTTTAAAGT;SOR=0.368;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=22;TCF=9;TCR=13;TR=10;WE=9353836;WS=9353818;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,10:0.36:28
chr12	9353875	rs3759274	T	C	305.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.330;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.26;ReadPosRankSum=-0.118;SOR=0.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,17:0.46:37
chr12	9446913	rs61916248	C	T	362.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.164;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.894;HP=4;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-9.331;NF=25;NR=11;PP=498;ReadPosRankSum=-2.311;SC=GAGTGCTGGTCGGGGAAGGAG;SOR=1.302;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=88;TCF=59;TCR=29;TR=36;WE=9446921;WS=9446903;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,23:0.25:93
chr12	9446932	rs61916249	G	C	740.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=2.732;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.172;HP=4;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-10.255;NF=30;NR=15;PP=670;ReadPosRankSum=-2.972;SC=AGAGCTGCCCGCAGTGAGGAG;SOR=1.519;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=98;TCF=61;TCR=37;TR=45;WE=9446940;WS=9446922;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,38:0.34:112
chr12	9446977	rs3874129	G	C	5225.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.009;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=-0.833;NF=69;NR=64;PP=2158;ReadPosRankSum=0.108;SC=CCTTAGGAGAGGCCTGGTTTT;SOR=0.703;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=135;TCF=70;TCR=65;TR=133;WE=9446985;WS=9446967;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,205:0.99:207
chr12	9447484	rs77482466	C	T	891.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.606;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FS=1.745;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.35;MQRankSum=-6.460;QD=9.01;ReadPosRankSum=0.581;SOR=0.964;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:65,34:0.34:99
chr12	9447488	rs75114985	C	T	108.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.582;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FS=1.050;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.40;MQRankSum=-3.736;QD=1.20;ReadPosRankSum=-1.517;SOR=0.871;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:75,16:0.18:91
chr12	9447492	rs75754601	T	C	370.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-1.036;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-1.923;NF=8;NR=12;PP=274;ReadPosRankSum=-0.687;SC=GCCGAGCGGCTGGAGCAGCTG;SOR=0.650;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=79;TCF=31;TCR=48;TR=20;WE=9447500;WS=9447474;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,26:0.29:91
chr12	9450357	rs375411540	A	G	791.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.61;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=28;NR=4;PP=727;SC=ACTGTTTTCTATTCTCTCTCA;SOR=2.387;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=34;TCF=28;TCR=6;TR=32;WE=9450365;WS=9450347;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr12	9450594	rs61916255	C	T	1053.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=44.40;QD=42.15;SOR=4.174;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr12	9450603	rs142596611	T	C	1004.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=42.85;QD=43.69;SOR=4.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr12	9451370	rs200995345	T	C	973.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.089;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=275;ExcessHet=3.0103;FS=5.695;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.62;MQRankSum=-8.832;QD=3.57;ReadPosRankSum=2.760;SOR=0.414;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:200,73:0.27:273
chr12	9451397	rs74390404	G	A	1041.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.65;BaseQRankSum=-3.155;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=354;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.064;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-10.150;NF=49;NR=44;PP=1043;ReadPosRankSum=2.787;SC=AAATGAAGACGTGAGAAGCCT;SOR=0.568;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=286;TCF=149;TCR=137;TR=93;WE=9451405;WS=9451387;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:267,87:0.25:354
chr12	9451473	.	G	A	1214	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.68;FR=0.5000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MMLQ=28;MQ=40.65;NF=22;NR=36;PP=1214;QD=21.5305381474;SC=GGTAGCCACCGGGACCATGGT;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=194;TCF=83;TCR=111;TR=58;WE=9451481;WS=9451463;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:136,58:0.30:194
chr12	9451541	.	C	A	418	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;FR=0.5000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MMLQ=25;MQ=40.36;NF=12;NR=21;PP=418;QD=13.7203397742;SC=GAAGACCATTCAGTGTCTTTC;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=94;TCF=29;TCR=65;TR=33;WE=9451549;WS=9451531;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:61,33:0.35:94
chr12	9453656	rs61917368	C	T	166.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.559;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=44.36;MQRankSum=2.600;QD=11.91;ReadPosRankSum=-0.602;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,7:0.50:14
chr12	9453726	rs61917369	G	A	1990.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.570;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=2.741;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.81;MQRankSum=4.158;QD=32.11;ReadPosRankSum=-0.520;SOR=1.258;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,47:0.76:62
chr12	9453743	rs28415351	C	A,G	3071.77	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=49.68;QD=33.39;SOR=1.485;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:0,70,22:0.76,0.24:92
chr12	9453854	rs370590832	TC	T	1876.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.65;BaseQRankSum=1.766;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=292;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.488;HP=6;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-10.316;NF=7;NR=23;PP=1662;ReadPosRankSum=1.223;SC=TGCGTGGGCCTCCCCTCCCCA;SOR=0.645;SbPval=0.05;Source=Platypus;TC=101;TCF=11;TCR=90;TR=30;WE=9453872;WS=9453844;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:187,79:0.30:266
chr12	9453864	rs61917370	A	G	3093.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.65;BaseQRankSum=0.466;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.648;HP=4;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-12.735;NF=30;NR=39;PP=1653;ReadPosRankSum=0.554;SC=TCCCCTCCCCAGGCCAGGGCC;SOR=0.564;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=155;TCF=67;TCR=88;TR=69;WE=9453872;WS=9453844;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:140,90:0.39:230
chr12	9455008	rs144686679	A	T	923.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=8;NR=20;PP=544;SC=TGTCCTAGGCACATGATGGTG;SOR=1.751;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=28;TCF=8;TCR=20;TR=28;WE=9455016;WS=9454998;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr12	9455171	rs373750394	A	G	746.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.388;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=6.274;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=41.20;MQRankSum=2.240;QD=14.09;ReadPosRankSum=1.245;SOR=2.509;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,27:0.51:53
chr12	9455342	rs80134739	A	G	2762.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.109;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=326;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-12.857;NF=36;NR=52;PP=1256;ReadPosRankSum=-0.309;SC=TGCAAAACCCACCGGGCTGCT;SOR=0.693;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=190;TCF=74;TCR=116;TR=88;WE=9455350;WS=9455332;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:179,140:0.44:319
chr12	9455428	rs11050141	A	G	2023.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=41;PP=1248;SC=GGTGGCTCACACCTGTAATCC;SOR=2.200;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=49;TCF=8;TCR=41;TR=49;WE=9455436;WS=9455418;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
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chr12	9462680	.	GTAA	G	1057.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.015;ClippingRankSum=0.000;DP=89;ExcessHet=3.0103;FS=2.076;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.54;MQRankSum=-4.676;QD=13.22;ReadPosRankSum=1.586;SOR=1.040;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:50,30:0.38:80
chr12	9462681	.	T	TGCC	1975	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;FR=0.5000;HP=3;HapScore=1;MGOF=16;MMLQ=24;MQ=53.13;NF=3;NR=13;PP=1975;QD=128.185891025;SC=TTTCTGTGGGTAATACCTCAT;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=56;TCF=8;TCR=48;TR=16;WE=9462694;WS=9462671;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:40,16:0.29:56
chr12	9462685	.	A	G	1147.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=4.221;ClippingRankSum=0.000;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=2.111;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.55;MQRankSum=-5.348;QD=15.30;ReadPosRankSum=1.418;SOR=1.008;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:45,30:0.40:75
chr12	9462686	.	C	CCGTTTT	1138.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=2.165;ClippingRankSum=0.000;DP=74;ExcessHet=3.0103;FS=0.983;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.53;MQRankSum=-5.375;QD=15.39;ReadPosRankSum=1.790;SOR=0.952;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:45,29:0.39:74
chr12	9462709	rs2889720	A	G	1550.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=1.296;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.065;HP=3;HapScore=1;MGOF=47;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=-0.734;NF=17;NR=30;PP=1223;ReadPosRankSum=-0.035;SC=CCAGGCACAGAGGCGGAGGAG;SOR=1.033;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=48;TCF=18;TCR=30;TR=47;WE=9462717;WS=9462699;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,50:0.98:51
chr12	9462984	rs12317441	A	G	6814.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=0.651;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=735;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.743;HP=3;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-6.277;NF=85;NR=128;PP=2962;ReadPosRankSum=1.773;SC=CTGCAGCGGGATCTCCAACCA;SOR=0.825;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=439;TCF=187;TCR=252;TR=213;WE=9462992;WS=9462974;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:389,341:0.47:730
chr12	9463010	rs4883234	C	G	14419.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=555;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=140;NR=225;PP=2965;SC=TGGAATTCACCTTCCAGAAAA;SOR=1.075;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=367;TCF=141;TCR=226;TR=365;WE=9463018;WS=9463000;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,550:1.00:550
chr12	9463077	rs10771513	A	C	4079.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=36;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=18;NR=122;PP=2965;SC=GCCTGGCCTCAGGCAGCAAAG;SOR=3.551;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=140;TCF=18;TCR=122;TR=140;WE=9463085;WS=9463067;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,148:1.00:148
chr12	9463105	rs11050177	A	G	2154.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.991;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=39.69;MQRankSum=-1.843;QD=33.15;ReadPosRankSum=0.403;SOR=4.712;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,64:0.98:65
chr12	9463774	rs55809356	G	T	1213.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.573;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.226;NF=16;NR=25;PP=535;ReadPosRankSum=-0.625;SC=AACCTGTGCGGTGTGGTTTCT;SOR=0.691;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=109;TCF=45;TCR=64;TR=41;WE=9463782;WS=9463764;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:102,68:0.40:170
chr12	9463806	rs10771515	T	C	2556.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=22;NR=48;PP=1455;SC=CTGTTTCTTCTCCTCCTACGA;SOR=1.464;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=71;TCF=23;TCR=48;TR=70;WE=9463814;WS=9463796;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr12	9464060	rs12822747	G	C	137.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.529;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=2.432;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.96;MQRankSum=-5.359;QD=2.81;ReadPosRankSum=-0.533;SOR=1.402;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,8:0.16:49
chr12	9464109	rs12824979	A	G	2377.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=8.039;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=12.219;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-9.676;NF=61;NR=7;PP=1695;ReadPosRankSum=-2.477;SC=CTGGCACCCTAAACCTGTCTC;SOR=1.653;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=165;TCF=141;TCR=24;TR=68;WE=9464117;WS=9464099;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:117,78:0.40:195
chr12	9464126	rs201695391	A	G	1083.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.109;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=313;ExcessHet=3.0103;FS=1.844;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.86;MQRankSum=-5.541;QD=3.46;ReadPosRankSum=-1.753;SOR=0.825;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:244,69:0.22:313
chr12	9464133	rs10843383	C	G	1528.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.940;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=356;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.23;MQRankSum=4.836;QD=4.29;ReadPosRankSum=0.271;SOR=0.652;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:270,86:0.24:356
chr12	9464178	rs112191067	G	A	2589.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.771;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=790;ExcessHet=3.0103;FS=2.947;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.38;MQRankSum=-10.091;QD=3.28;ReadPosRankSum=0.353;SOR=0.514;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:598,192:0.24:790
chr12	9464241	rs61917427	C	A	6520.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-5.460;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1084;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.201;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-23.664;NF=85;NR=129;PP=2821;ReadPosRankSum=5.796;SC=GAGCTTGGGTCTGAGACCATG;SOR=0.771;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=626;TCF=311;TCR=315;TR=214;WE=9464249;WS=9464231;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:694,389:0.36:1083
chr12	9464271	.	C	CGTT	8446.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.305;ClippingRankSum=0.000;DP=1067;ExcessHet=3.0103;FS=7.222;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.47;MQRankSum=-26.242;QD=8.38;ReadPosRankSum=-1.231;SOR=1.302;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:750,258:0.26:1008
chr12	9464748	rs10771516	G	A	1189.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-2.622;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.141;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.362;NF=33;NR=10;PP=761;ReadPosRankSum=-1.366;SC=AGGGCTGACGGAAGGGGTAGA;SOR=0.447;SbPval=0.24;Source=Platypus;TC=63;TCF=52;TCR=11;TR=43;WE=9464756;WS=9464738;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,51:0.61:84
chr12	9464828	rs12581470	C	T	1587.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.877;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.706;HP=6;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.713;NF=30;NR=27;PP=660;ReadPosRankSum=-0.269;SC=TCTTGTCTCCCCCCCACGTGT;SOR=0.565;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=147;TCF=81;TCR=66;TR=57;WE=9464836;WS=9464818;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:125,87:0.41:212
chr12	9465465	rs11050199	A	G	2703.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=2.149;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=347;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.395;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.836;NF=46;NR=43;PP=1291;ReadPosRankSum=-1.153;SC=CTCTGTTCCTATGCAGGCAGG;SOR=0.668;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=202;TCF=107;TCR=95;TR=89;WE=9465473;WS=9465455;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:206,139:0.40:345
chr12	9465495	rs147788242	A	AT	2239.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=2.951;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=306;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.911;HP=4;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.255;NF=13;NR=43;PP=1875;ReadPosRankSum=-0.662;SC=CACCAGAAGGATTTTGCCAGC;SOR=0.778;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=132;TCF=27;TCR=105;TR=56;WE=9465503;WS=9465485;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:183,113:0.38:296
chr12	9465872	rs4012572	G	A	65.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=40.00;QD=21.76;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr12	9549634	rs11308534	AG	A	416.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=1.375;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-2.625;NF=9;NR=4;PP=431;ReadPosRankSum=1.601;SC=GAGTACTGGAAGAAAAAAAAG;SOR=0.784;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=21;TCF=14;TCR=7;TR=13;WE=9549642;WS=9549624;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,15:0.52:29
chr12	9555110	rs12821647	A	G	887.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.028;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FS=15.670;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.39;MQRankSum=-10.523;QD=5.16;ReadPosRankSum=-4.395;SOR=1.797;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:135,37:0.22:172
chr12	9555118	.	C	T	115.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.524;ClippingRankSum=0.000;DP=177;ExcessHet=3.0103;FS=5.534;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.72;MQRankSum=-5.975;QD=0.66;ReadPosRankSum=-1.938;SOR=1.270;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:152,24:0.14:176
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chr12	9555195	rs58903301	T	TC	459.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.625;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FS=0.755;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.66;MQRankSum=-8.983;QD=3.00;ReadPosRankSum=6.776;SOR=0.561;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:121,32:0.21:153
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chr12	9571547	rs61916776	C	G	8044.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=302;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=99;NR=105;PP=2965;SC=CAGAGGCTGGCGCTCCGAGCA;SOR=0.959;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=204;TCF=99;TCR=105;TR=204;WE=9571555;WS=9571537;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,302:1.00:302
chr12	9571599	rs73242993	C	A	2643.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.441;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=329;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.684;HP=6;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-3.282;NF=30;NR=51;PP=1038;ReadPosRankSum=-0.063;SC=GGCGACCCCCCCTCACCTTCC;SOR=0.523;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=210;TCF=87;TCR=123;TR=81;WE=9571607;WS=9571589;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:185,144:0.44:329
chr12	9571670	rs77617533	T	C	2943.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=39;NR=61;PP=1947;SC=CTTCTCCAGCTCCCATCTGTC;SOR=1.440;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=100;TCF=39;TCR=61;TR=100;WE=9571678;WS=9571660;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr12	9572244	rs7305608	A	G	2349.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=22;NR=53;PP=1485;SC=CAGCTGCTCCATTCTACCCCT;SOR=1.637;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=75;TCF=22;TCR=53;TR=75;WE=9572252;WS=9572234;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr12	9572788	rs145731114	C	CGCACCTGGAT	7041.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.68;BaseQRankSum=1.735;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=294;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=6.976;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=-1.783;NF=7;NR=69;PP=2900;ReadPosRankSum=1.261;SC=GCATGACGCCCGCACCTGGAA;SOR=4.287;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=138;TCF=10;TCR=128;TR=76;WE=9572796;WS=9572778;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,159:0.99:161
chr12	9572819	rs10843740	C	T	871.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-6.419;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=40.23;MQRankSum=0.071;QD=11.94;ReadPosRankSum=-0.182;SOR=0.663;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,36:0.49:73
chr12	9572871	rs10843741	T	C	278.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.66;BaseQRankSum=1.163;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.935;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.821;NF=2;NR=5;PP=91;ReadPosRankSum=-0.029;SC=ACAGAGGACATTTCCCAGAGA;SOR=0.216;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=20;TCF=3;TCR=17;TR=7;WE=9572879;WS=9572861;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,12:0.50:24
chr12	9572944	rs7955974	G	A	282.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.469;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.494;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-1.988;NF=1;NR=10;PP=278;ReadPosRankSum=-0.352;SC=CAGGGGACTGGAGAACCTCAC;SOR=1.845;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=22;TCF=3;TCR=19;TR=11;WE=9572952;WS=9572934;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,12:0.43:28
chr12	9573130	rs7358608	C	T	433.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=2.396;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.974;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-1.893;NF=16;NR=5;PP=298;ReadPosRankSum=-0.792;SC=GGCAGCCAGACGGCCCAGCAG;SOR=1.319;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=59;TCF=42;TCR=17;TR=21;WE=9573138;WS=9573120;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,22:0.34:65
chr12	9573223	rs4763936	C	A	2272.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-3.306;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FS=1.063;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.40;MQRankSum=-1.119;QD=10.62;ReadPosRankSum=0.039;SOR=0.597;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:94,120:0.56:214
chr12	9573224	rs7358609	C	T	1417.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=2.713;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.433;HP=1;HapScore=3;MGOF=76;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=3.287;NF=25;NR=22;PP=2090;ReadPosRankSum=-0.491;SC=GAAACCACACCGCACAGGTTA;SOR=0.906;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=129;TCF=68;TCR=61;TR=47;WE=9573232;WS=9573213;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:136,79:0.37:215
chr12	9573287	rs375873947	AAGGAAGGG	A	2364.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.926;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FS=0.654;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.75;MQRankSum=1.708;QD=18.33;ReadPosRankSum=0.592;SOR=0.799;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:67,62:0.48:129
chr12	9573291	rs67766754	AAGGG	A	1557.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=1.943;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.75;MQRankSum=-2.197;QD=12.87;ReadPosRankSum=3.514;SOR=0.640;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:77,44:0.36:121
chr12	9573304	.	AG	A	2494	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;FR=0.5000;HP=6;HapScore=2;MGOF=33;MMLQ=28;MQ=59.66;NF=10;NR=46;PP=2494;QD=44.8571428571;SC=GGAGGGAGGGAGGGAGCCCCC;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=58;TCF=10;TCR=48;TR=56;WE=9573317;WS=9573273;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:2,56:0.97:58
chr12	9573307	.	GAG	CCC	2449	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=33;MMLQ=29;MQ=59.31;NF=12;NR=19;PP=2449;QD=81.047350802;SC=GGGAGGGAGGGAGCCCCCATG;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=84;TCF=35;TCR=49;TR=31;WE=9573317;WS=9573273;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:53,31:0.37:84
chr12	9573309	.	G	GCCC	1631.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.021;ClippingRankSum=0.000;DP=122;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.01;MQRankSum=0.436;QD=14.44;ReadPosRankSum=3.142;SOR=0.648;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:68,45:0.40:113
chr12	9573338	rs4763950	G	A	2605.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=120;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=21;NR=45;PP=924;SC=TCAGCCACCCGCAAACCGCGT;SOR=1.426;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=66;TCF=21;TCR=45;TR=66;WE=9573346;WS=9573328;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr12	9574002	rs10771709	C	T	16658.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=621;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=224;NR=168;PP=2965;SC=GCAGGTCTCTCTTCTGGAACG;SOR=0.895;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=398;TCF=226;TCR=172;TR=392;WE=9574010;WS=9573992;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,617:1.00:617
chr12	9574042	rs7298124	C	A	9597.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-2.420;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=848;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.096;HP=1;HapScore=2;MGOF=27;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=2.347;NF=129;NR=134;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.473;SC=GGAGACCCCGCTGCAGATGAC;SOR=0.627;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=494;TCF=249;TCR=245;TR=263;WE=9574050;WS=9574032;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:382,465:0.55:847
chr12	9574119	rs4764050	A	G	16570.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=612;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=164;NR=230;PP=2965;SC=CCGAAAACTGAAGATGCAGGT;SOR=0.921;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=397;TCF=164;TCR=233;TR=394;WE=9574127;WS=9574109;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,611:1.00:611
chr12	9574344	rs4237949	T	G	1137.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=21;NR=21;PP=902;SC=GCAGTATGAGTTATTACCCAC;SOR=0.850;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=42;TCF=21;TCR=21;TR=42;WE=9574352;WS=9574334;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr12	9574480	rs7132464	T	C	1688.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=42.23;QD=28.15;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr12	9577027	rs3825308	C	G	311.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=0.843;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.126;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-1.076;NF=12;NR=1;PP=238;ReadPosRankSum=-1.182;SC=TTCTGGCTTGCGGCCCCAGGA;SOR=1.387;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=30;TCF=27;TCR=3;TR=13;WE=9577035;WS=9577017;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,13:0.43:30
chr12	9577310	rs7296629	A	C	7359.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=283;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=75;NR=115;PP=2965;SC=AAGGGGGTCCACAGTTGAGTC;SOR=1.057;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=190;TCF=75;TCR=115;TR=190;WE=9577318;WS=9577300;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,273:1.00:273
chr12	9577992	rs201150453	C	T	839.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.181;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=2.159;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=45.77;MQRankSum=-4.720;QD=12.35;ReadPosRankSum=-0.429;SOR=0.316;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,33:0.49:68
chr12	9578197	rs76671194	A	T	15893.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-0.411;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=768;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.100;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=10.483;NF=196;NR=217;PP=2962;ReadPosRankSum=6.673;SC=GGGCTGCAAGAGCTGCACAGA;SOR=0.395;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=493;TCF=221;TCR=272;TR=413;WE=9578205;WS=9578187;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:82,679:0.89:761
chr12	9578619	rs76934509	C	G	248.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.359;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=1.913;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=44.42;MQRankSum=-2.645;QD=14.63;ReadPosRankSum=-1.000;SOR=1.270;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,10:0.59:17
chr12	9580122	rs61914680	A	G	418.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-1.949;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.987;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-3.998;NF=37;NR=11;PP=512;ReadPosRankSum=0.891;SC=GTAATTACACATCTGTTTTGC;SOR=0.394;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=170;TCF=132;TCR=38;TR=48;WE=9580130;WS=9580112;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:138,36:0.21:174
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chr12	9583324	rs4012577	G	A	333.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.496;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.29;MQRankSum=1.137;QD=6.95;ReadPosRankSum=-1.123;SOR=0.599;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,19:0.40:48
chr12	9584916	rs3882934	C	T	234.96	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.196;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.62;MQRankSum=-2.174;QD=15.66;ReadPosRankSum=2.951;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,13:0.87:15
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chr12	9585598	rs200479049	T	C	517.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=42.40;QD=27.25;SOR=5.994;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr12	9590052	rs149680272	G	A	1865.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.553;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.250;NF=42;NR=28;PP=958;ReadPosRankSum=-0.413;SC=TGCTGCAGGCGTTCTTCTCGC;SOR=0.684;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=126;TCF=72;TCR=54;TR=70;WE=9590060;WS=9590042;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,90:0.57:158
chr12	9590197	rs61914700	T	C	3877.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=57.93;QD=26.20;SOR=1.103;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,148:1.00:148
chr12	9590505	rs201948852	G	A	305.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.122;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FS=1.100;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.91;MQRankSum=-3.314;QD=3.56;ReadPosRankSum=-0.793;SOR=0.472;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:65,21:0.24:86
chr12	9590651	.	A	ACTGAGTAAC	3977.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.429;ClippingRankSum=0.000;DP=501;ExcessHet=3.0103;FS=8.355;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.89;MQRankSum=-11.134;QD=9.34;ReadPosRankSum=3.261;SOR=1.287;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:309,117:0.27:426
chr12	9633258	rs4015230	A	G	2472.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.65;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=30;NR=25;PP=845;SC=TCCAGAGAGAATGTGGTCTTC;SOR=0.914;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=55;TCF=30;TCR=25;TR=55;WE=9633266;WS=9633248;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr12	9633375	rs4015231	A	G	704.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=5;NR=14;PP=384;SC=TTGATGGTACACAATACAAGC;SOR=1.445;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=19;TCF=5;TCR=14;TR=19;WE=9633383;WS=9633365;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr12	9664292	rs10843926	G	A	828.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=48.05;QD=28.58;SOR=1.255;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr12	9688883	rs2536903	A	C	1942.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.961;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=-1.596;NF=36;NR=34;PP=1219;ReadPosRankSum=0.840;SC=AGAAAAATGAAAATGAAATAT;SOR=0.824;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=75;TCF=38;TCR=37;TR=70;WE=9688891;WS=9688872;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,79:0.95:83
chr12	9692918	rs199651672	G	T	179.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=37.99;QD=29.97;SOR=3.912;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr12	9693196	rs138943288	G	A	182.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=46.06;QD=26.11;SOR=2.584;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr12	9697765	rs145716121	T	C	67.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=39.34;QD=22.43;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr12	9707098	rs7309655	C	T	746.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=49.55;QD=27.66;SOR=1.781;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr12	9711954	rs2536846	A	T	862.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=42.59;QD=31.95;SOR=3.180;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr12	9712911	rs200418990	G	A	74.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=47.33;QD=24.76;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr12	9725847	rs78525383	T	G	168.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.65;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=5;PP=105;SC=GAGAGCTGGTTTACTTAATTT;SOR=1.609;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=1;TCR=5;TR=6;WE=9725855;WS=9725837;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr12	9747744	rs3214342	T	TA	612.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-0.659;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.323;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=6;PP=317;ReadPosRankSum=0.088;SC=ATAACAGTTGTCAATTCTCAG;SOR=0.368;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=21;TCF=9;TCR=12;TR=9;WE=9747752;WS=9747734;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,19:0.50:38
chr12	9750669	rs1135816	A	G	671.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=2.458;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.920;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=7;PP=310;ReadPosRankSum=0.083;SC=AGAGCCGTTTATCCACTTCCA;SOR=1.042;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=62;TCF=37;TCR=25;TR=21;WE=9750677;WS=9750659;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,34:0.40:86
chr12	9751035	rs3072716	C	CAT	3817.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=51;NR=19;PP=2957;SC=AATGCACAGACATTAATATGG;SOR=2.503;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=76;TCF=56;TCR=20;TR=70;WE=9751043;WS=9751025;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr12	9752576	rs55659351	TAA	T	416.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.789;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.51;ReadPosRankSum=0.000;SOR=0.818;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,16:0.94:17
chr12	9754221	rs3072720	A	AAAAC	7478.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.103;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=269;ExcessHet=3.0103;FS=2.021;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.32;MQRankSum=0.451;QD=42.02;ReadPosRankSum=-1.095;SOR=1.365;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:4,174:0.98:178
chr12	9832822	rs2114872	C	T	2156.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=16;NR=23;PP=637;SC=AAGAAGAACACGTTTGCTTCC;SOR=0.892;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=39;TCF=16;TCR=23;TR=39;WE=9832830;WS=9832812;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr12	9832882	rs2114873	T	C	738.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.62;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=12;PP=337;SC=CCATGTAGAATTGTGAGTCAG;SOR=1.528;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=3;TCR=12;TR=15;WE=9832890;WS=9832872;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr12	9840773	rs7310460	T	A	883.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=25;PP=736;SC=TTTAGACATCTGCTTTTACAT;SOR=3.258;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=36;TCF=6;TCR=30;TR=29;WE=9840794;WS=9840763;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr12	9906067	rs1051065	T	C	735.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=1.814;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=4;PP=302;ReadPosRankSum=-0.531;SC=TAAGTGAACATGTTTCCTTAT;SOR=0.859;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=19;TCF=15;TCR=4;TR=18;WE=9906075;WS=9906057;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,28:0.97:29
chr12	9906350	rs57931161	GA	G	302.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=11;PP=206;SC=GACAAGAATTGAAAAAAAAAT;SOR=3.126;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=0;TCR=13;TR=11;WE=9906358;WS=9906340;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr12	9980243	rs2232543	A	G	3465.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=46;NR=46;PP=1582;SC=ATTTAATTTCATTTTTTCAAT;SOR=0.693;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=92;TCF=46;TCR=46;TR=92;WE=9980251;WS=9980233;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,136:1.00:136
chr12	9994445	rs33911869	GTGT	G	4462.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=22;PP=1869;SC=ACCAAGGGAAGTGTTGTTATT;SOR=1.059;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=40;TCF=17;TCR=23;TR=39;WE=9994455;WS=9994435;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr12	10014936	rs253148	A	T	145.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-0.352;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=2;PP=84;ReadPosRankSum=0.319;SC=GATGCCTTACATAGGTCATGT;SOR=0.223;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=10;TCF=8;TCR=2;TR=7;WE=10014944;WS=10014931;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,7:0.70:10
chr12	10015082	rs253147	G	A	584.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.833;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.294;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=9;PP=291;ReadPosRankSum=0.317;SC=AAAATAAAATGAAGGATGTAA;SOR=0.498;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=25;TCF=14;TCR=11;TR=19;WE=10015090;WS=10015072;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,27:0.69:39
chr12	10015177	rs253146	A	G	744.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=1.306;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.623;HP=4;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=12;PP=411;ReadPosRankSum=-1.130;SC=TCATACCTGAAAAATAAAAAT;SOR=0.466;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=41;TCF=23;TCR=18;TR=22;WE=10015185;WS=10015167;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,33:0.57:58
chr12	10041364	rs1797517	G	A	2422.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.746;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=278;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.445;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=32;PP=1073;ReadPosRankSum=0.641;SC=GAATGTAAACGTCAGCAGTCT;SOR=0.645;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=165;TCF=95;TCR=70;TR=73;WE=10041372;WS=10041354;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:149,123:0.45:272
chr12	10046052	rs576601	C	A	2954.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.904;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=282;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.007;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=46;PP=1465;ReadPosRankSum=-0.322;SC=CAGTTTAAAACCTGGACATTT;SOR=0.564;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=178;TCF=98;TCR=80;TR=97;WE=10046060;WS=10046042;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:133,144:0.52:277
chr12	10051433	rs1407899	A	T	630.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=1.015;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.180;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=2;PP=257;ReadPosRankSum=-0.857;SC=GGATGAAGACAGATTTAACTG;SOR=0.936;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=37;TCF=28;TCR=9;TR=15;WE=10051441;WS=10051423;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,28:0.57:49
chr12	10051719	rs34475829	TA	T	66.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.280;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.03;ReadPosRankSum=0.334;SOR=0.663;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,9:0.41:22
chr12	10069302	rs526680	C	T	5169.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.222;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=541;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.104;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=101;NR=71;PP=2524;ReadPosRankSum=0.573;SC=AACTCACCAACCATTGAATGT;SOR=0.777;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=317;TCF=188;TCR=129;TR=172;WE=10069310;WS=10069292;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:271,258:0.49:529
chr12	10124336	rs2984956	T	C	278.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=2.469;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.623;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=7;PP=221;ReadPosRankSum=-0.676;SC=ATAGAAGTGGTTATAGACTTG;SOR=0.368;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=20;TCF=7;TCR=13;TR=12;WE=10124344;WS=10124326;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,12:0.48:25
chr12	10124373	rs2961542	C	T	141.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.395;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=5;PP=99;ReadPosRankSum=0.258;SC=GATATAGTTACTATTCAACTT;SOR=0.836;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=14;TCF=4;TCR=10;TR=7;WE=10124381;WS=10124363;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,7:0.44:16
chr12	10131684	rs607567	T	G	3704.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.542;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=348;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.331;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=86;PP=2077;ReadPosRankSum=1.311;SC=CCCCTGTTTTTGTCAAGAGGA;SOR=0.776;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=227;TCF=68;TCR=159;TR=120;WE=10131692;WS=10131674;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:167,173:0.51:340
chr12	10136672	rs2961544	G	A	311.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-0.176;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=11;PP=226;ReadPosRankSum=0.500;SC=AAAGAAAACTGAAAAAGTATA;SOR=0.818;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=33;TCF=8;TCR=25;TR=14;WE=10136680;WS=10136662;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,14:0.41:34
chr12	10137557	rs479499	A	C	652.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.698;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.091;HP=6;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=14;PP=323;ReadPosRankSum=0.286;SC=CACTTATAAAAAAAGAATGAT;SOR=1.101;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=45;TCF=16;TCR=29;TR=20;WE=10137565;WS=10137547;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,31:0.46:67
chr12	10137645	rs588272	T	G	228.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=4.259;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.274;HP=2;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=6;PP=103;ReadPosRankSum=-0.691;SC=CAAATACATTTAAGGAGTGTA;SOR=2.712;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=1;TCR=13;TR=6;WE=10137653;WS=10137635;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,9:0.50:18
chr12	10138830	rs576031	C	T	119.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.930;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.010;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=5;PP=76;ReadPosRankSum=0.637;SC=TGCGTCAGAACAGAAAAAGGA;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=2;TCR=6;TR=5;WE=10138838;WS=10138820;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,6:0.60:10
chr12	10146005	rs11412323	C	CA	169.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.462;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.98;ReadPosRankSum=-2.523;SOR=0.779;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:42,15:0.26:57
chr12	10146236	rs617956	C	T	3203.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.516;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=293;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.541;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=46;PP=1717;ReadPosRankSum=-2.035;SC=GGTCAGGACTCAGATGAACTG;SOR=0.845;SbPval=0.64;Source=Platypus;TCF=111;TR=108;WE=10146244;WS=10146226;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:140,149:0.52:289
chr12	10146470	rs542700	G	A	570.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=0.947;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.065;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=17;PP=357;ReadPosRankSum=-0.777;SC=TTTATTTGGAGAATACCTGCA;SOR=0.874;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=61;TCF=16;TCR=45;TR=22;WE=10146478;WS=10146460;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,26:0.37:70
chr12	10147722	rs61917158	A	G	3710.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=1.361;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=385;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.215;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=36;PP=1505;ReadPosRankSum=0.777;SC=TCCTATTCTAAGTGTCCAGTG;SOR=0.765;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=221;TCF=135;TCR=86;TR=98;WE=10147730;WS=10147712;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:198,180:0.48:378
chr12	10147850	rs521040	T	C	2696.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.133;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=306;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.961;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=58;PP=1173;ReadPosRankSum=0.389;SC=GTACTCCTATTGTAAACATAA;SOR=0.828;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=189;TCF=74;TCR=115;TR=93;WE=10147858;WS=10147840;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:154,139:0.47:293
chr12	10149406	rs581949	T	C	1438.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-1.716;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.135;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=17;PP=702;ReadPosRankSum=0.804;SC=AGGTTTCTCTTCCTTGCCTCC;SOR=0.399;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=107;TCF=75;TCR=32;TR=47;WE=10149414;WS=10149396;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,69:0.46:150
chr12	10149657	rs582968	T	C	2542.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.954;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=237;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.965;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=50;PP=1543;ReadPosRankSum=-0.923;SC=TACATTTTCTTCACATTCAAT;SOR=0.513;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=167;TCF=65;TCR=102;TR=88;WE=10149665;WS=10149647;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:113,116:0.51:229
chr12	10149851	rs583903	C	T	7111.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=278;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=68;NR=85;PP=2965;SC=TTCATTCTCACCTTGTAGGTA;SOR=0.879;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=153;TCF=68;TCR=85;TR=153;WE=10149859;WS=10149841;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,267:1.00:267
chr12	10149947	rs73050636	T	C	524.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-1.086;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.840;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=20;PP=298;ReadPosRankSum=1.068;SC=GGTCTGTCATTGAATTTTCAT;SOR=1.254;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=56;TCF=13;TCR=43;TR=24;WE=10149955;WS=10149937;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,28:0.42:66
chr12	10150974	rs2273986	A	G	3813.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=-0.966;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=379;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.374;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-2.917;NF=40;NR=64;PP=1554;ReadPosRankSum=0.298;SC=GAGGATGCAGAGCCAACTGTA;SOR=0.727;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=197;TCF=77;TCR=120;TR=104;WE=10150982;WS=10150964;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:189,188:0.50:377
chr12	10151642	rs612593	T	C	9257.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=360;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=143;NR=87;PP=2965;SC=TTACCGGAGATGAGAGCTGGT;SOR=1.093;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=231;TCF=144;TCR=87;TR=230;WE=10151650;WS=10151632;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,352:1.00:352
chr12	10151762	rs11379994	T	TC	6824.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.772;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=427;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.110;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.727;NF=4;NR=76;PP=2878;ReadPosRankSum=1.465;SC=AGTTTCCAACTTTACAATTTC;SOR=0.823;SbPval=0.97;Source=Platypus;TC=170;TCF=20;TCR=150;TR=80;WE=10151770;WS=10151752;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:206,209:0.50:415
chr12	10163375	rs1359082	C	A	4720.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.476;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=260;ExcessHet=3.0103;FS=1.507;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.23;ReadPosRankSum=-0.875;SOR=0.805;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:136,123:0.47:259
chr12	10163379	rs1359083	C	T	4801.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.214;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=270;ExcessHet=3.0103;FS=0.940;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.85;ReadPosRankSum=-0.774;SOR=0.770;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:141,128:0.48:269
chr12	10165469	rs476474	A	G	1541.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.393;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=29;PP=764;ReadPosRankSum=-0.157;SC=GGCTGGTGACATTGGGGATGA;SOR=0.697;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=114;TCF=57;TCR=57;TR=57;WE=10165477;WS=10165459;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:91,79:0.46:170
chr12	10167277	rs637790	G	C	3475.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=2.280;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=352;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.280;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=65;PP=1913;ReadPosRankSum=-2.746;SC=GATCTCCAGTGTACTGAAGAG;SOR=0.780;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=218;TCF=93;TCR=125;TR=111;WE=10167285;WS=10167267;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:177,165:0.48:342
chr12	10205420	.	G	GT	357.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.322;ClippingRankSum=0.000;DP=182;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.06;MQRankSum=1.405;QD=2.88;ReadPosRankSum=-1.088;SOR=0.644;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:88,36:0.29:124
chr12	10206925	rs7315231	A	G	2362.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.574;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=284;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.923;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=48;PP=1077;ReadPosRankSum=0.268;SC=GATTATTAACAGCATCCATTT;SOR=0.781;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=169;TCF=65;TCR=104;TR=73;WE=10206933;WS=10206915;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:155,125:0.45:280
chr12	10215582	rs10772230	G	A	524.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-3.790;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=3;PP=395;ReadPosRankSum=-1.680;SC=GTGAGGCAAGGGGCTTTTTGG;SOR=0.446;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=42;TCF=37;TCR=5;TR=22;WE=10215590;WS=10215572;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,22:0.51:43
chr12	10217326	rs10622534	C	CTT	6628.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=32;NR=35;PP=2965;SC=ATTTTTGTCTCATAGGATTTT;SOR=1.032;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=70;TCF=34;TCR=36;TR=67;WE=10217334;WS=10217316;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,148:1.00:148
chr12	10241541	rs11376074	A	AT	861.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=14;NR=4;PP=335;SC=TTGGCAACTGATTTTTTTTTT;SOR=2.093;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=21;TCF=17;TCR=4;TR=18;WE=10241561;WS=10241531;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr12	10241553	rs5008763	C	A	934.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.49;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr12	10241593	rs1352477	A	T	1715.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=39;NR=11;PP=1160;SC=GTTGCCATTTAAAAAAAGATA;SOR=1.942;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=51;TCF=39;TCR=12;TR=50;WE=10241601;WS=10241583;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr12	10241829	rs2277416	G	T	5014.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=38;NR=88;PP=2659;SC=GCTCTGCAGGGAACAGAAGAG;SOR=1.355;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=126;TCF=38;TCR=88;TR=126;WE=10241837;WS=10241819;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,184:1.00:184
chr12	10245158	rs11347002	GA	G	854.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=9;PP=392;SC=AAGTAGTAATGAAATGAAATG;SOR=1.136;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=1;TCR=9;TR=10;WE=10245166;WS=10245148;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr12	10245237	rs11444183	G	GT	106.87	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=4;PP=96;SC=AGGAGTTGTTGTTTTCTGCCC;SOR=1.022;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=0;TCR=4;TR=4;WE=10245245;WS=10245227;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr12	10251256	rs10706436	GA	G	395.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.671;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=11;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=2;PP=192;ReadPosRankSum=-1.519;SC=GAATATAACTGAAAAAAAAAA;SOR=1.402;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=18;TCF=14;TCR=4;TR=13;WE=10251264;WS=10251246;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,23:0.92:25
chr12	10251287	rs6488257	C	T	1055.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=23;NR=8;PP=612;SC=TGTCACAGGGCGAGTAATTGG;SOR=2.073;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=23;TCR=8;TR=31;WE=10251295;WS=10251277;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr12	10251385	rs3816845	T	C	4349.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=52;NR=34;PP=1597;SC=GTGGTCTATTTGGACTCCAGG;SOR=1.022;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=86;TCF=52;TCR=34;TR=86;WE=10251393;WS=10251375;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr12	10251409	.	G	C	1802.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-2.544;ClippingRankSum=0.000;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.275;HP=2;HapScore=2;MGOF=29;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=24;PP=913;ReadPosRankSum=1.243;SC=CAGGGTACCTGTGCGCCGGGG;SOR=0.519;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=98;TCF=56;TCR=42;TR=56;WE=10251417;WS=10251399;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,78:0.60:129
chr12	10251445	rs2306894	C	G	5350.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=69;NR=61;PP=2548;SC=TGTGGCAGAGCCTTGAGAATG;SOR=0.776;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=130;TCF=69;TCR=61;TR=130;WE=10251453;WS=10251435;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,200:1.00:200
chr12	10271055	rs7959451	T	C	11159.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=437;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=152;NR=84;PP=2965;SC=CCACCCTTCCTCTTACATTGA;SOR=1.029;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=237;TCF=152;TCR=85;TR=236;WE=10271063;WS=10271045;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,424:1.00:424
chr12	10275684	rs11053608	T	G	437.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.140;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=3;PP=310;ReadPosRankSum=0.759;SC=CTTTCTCCTCTTGTCCTAGTT;SOR=0.756;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=26;TCF=22;TCR=4;TR=18;WE=10275692;WS=10275681;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,19:0.70:27
chr12	10277779	rs10717980	CA	C	240.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.720;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=2.517;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.16;MQRankSum=1.266;QD=4.08;ReadPosRankSum=2.708;SOR=1.219;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,29:0.49:59
chr12	10279513	rs35532667	T	TA	395.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.027;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5568;FS=0.000;HP=13;HapScore=3;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=7;PP=248;ReadPosRankSum=-0.113;SC=GGAGGTATAGTAAAAAAAAAA;SOR=1.085;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=35;TCF=25;TCR=10;TR=23;WE=10279521;WS=10279503;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,24:0.71:34
chr12	10312648	rs13306593	C	A	911.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.246;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FS=1.413;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.01;ReadPosRankSum=1.975;SOR=0.567;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:79,51:0.39:130
chr12	10312691	rs17174597	T	C	528.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.343;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.965;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=10;PP=235;ReadPosRankSum=1.089;SC=TTCAGAAACTTAGCTTTTGAA;SOR=0.490;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=43;TCF=17;TCR=26;TR=16;WE=10312699;WS=10312681;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,28:0.43:65
chr12	10312878	rs2634156	C	T	3388.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=57;NR=34;PP=1746;SC=AGGCAGTGACCTCACTAGCAG;SOR=1.143;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=91;TCF=57;TCR=34;TR=91;WE=10312886;WS=10312868;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr12	10312914	rs3816844	G	A	1276.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.211;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.577;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=15;PP=583;ReadPosRankSum=-1.256;SC=GGAAACTGACGAGAGAGGCAT;SOR=0.782;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=117;TCF=70;TCR=47;TR=42;WE=10312922;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:104,69:0.40:173
chr12	10313075	rs3736235	T	C	1061.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.013;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.726;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=23;PP=475;ReadPosRankSum=1.249;SC=TGGGGAGTAATGTTTCTGAGT;SOR=0.588;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=73;TCF=23;TCR=50;TR=34;WE=10313083;WS=10313065;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,54:0.48:112
chr12	10313134	rs3736234	G	A	501.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.022;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=11;PP=291;ReadPosRankSum=0.711;SC=AGTTAGTGTTGGATCCACAAA;SOR=0.631;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=37;TCF=13;TCR=24;TR=17;WE=10313142;WS=10313124;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,23:0.49:47
chr12	10313358	rs3736232	C	G	1781.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=2.338;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=242;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.076;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=18;PP=1022;ReadPosRankSum=0.083;SC=CAATACTCCACCCCAACAAAT;SOR=0.799;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=161;TCF=109;TCR=52;TR=62;WE=10313366;WS=10313348;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:145,87:0.38:232
chr12	10339178	rs4764308	C	T	2999.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-2.253;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=379;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.784;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=45;PP=1070;ReadPosRankSum=-0.568;SC=CTCTCCAGAGCACTATCACAT;SOR=0.636;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=200;TCF=92;TCR=108;TR=84;WE=10339186;WS=10339168;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:215,161:0.43:376
chr12	10373324	rs7301041	T	A	1707.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=12;NR=28;PP=854;SC=ATTAGATACCTCTTGTTTTTT;SOR=1.649;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=12;TCR=28;TR=40;WE=10373332;WS=10373314;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr12	10460543	rs2302489	A	T	3522.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=71;NR=24;PP=2118;SC=TTCATTCTCTATTTTTGCTAA;SOR=1.769;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=96;TCF=71;TCR=25;TR=95;WE=10460551;WS=10460533;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr12	10461883	rs10734825	A	G	3038.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=60;NR=28;PP=1720;SC=CTCCGTTATCAAATGAAAGAA;SOR=1.453;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=88;TCF=60;TCR=28;TR=88;WE=10461891;WS=10461873;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr12	10462052	rs10772256	T	G	4959.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=2.180;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.664;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=74;PP=2496;ReadPosRankSum=-0.647;SC=TTCGTTGATGTCTACGTTGGG;SOR=0.712;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=122;TCF=48;TCR=74;TR=121;WE=10462060;WS=10462042;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,185:0.99:186
chr12	10462431	rs7980604	G	A	673.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=21;PP=550;SC=ATTTTACATTGCTCAATCTAA;SOR=4.804;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=22;TCF=1;TCR=21;TR=22;WE=10462439;WS=10462421;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr12	10467533	rs2537752	T	A	596.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=2;NR=13;PP=380;SC=AATTGTCATGTATGTGAAACA;SOR=2.200;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=2;TCR=13;TR=15;WE=10467541;WS=10467523;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr12	10511662	rs10743886	C	T	1355.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.317;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.166;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=27;PP=574;ReadPosRankSum=0.912;SC=AATTCCAGAGCAGGGAGAAAA;SOR=0.801;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=115;TCF=48;TCR=67;TR=45;WE=10511670;WS=10511652;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:114,73:0.39:187
chr12	10525644	rs1351113	A	G	3066.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-2.510;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=302;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=38;PP=1284;ReadPosRankSum=-0.243;SC=CTTTAGTCTCAGTTGGCAGTG;SOR=0.689;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=198;TCF=122;TCR=76;TR=100;WE=10525652;WS=10525634;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:141,157:0.53:298
chr12	10525740	rs1049172	C	T	5618.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.378;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=524;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.736;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=78;NR=71;PP=2023;ReadPosRankSum=-1.298;SC=TGCAGATGTACGTATTTGGAG;SOR=0.616;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=300;TCF=147;TCR=153;TR=149;WE=10525748;WS=10525730;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:241,277:0.53:518
chr12	10531896	rs2255364	C	T	120.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.973;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=39;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=3;PP=28;ReadPosRankSum=0.908;SC=CAAGTATTCCCTCATTGTTAA;SOR=0.330;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=11;TCF=5;TCR=6;TR=6;WE=10531904;WS=10531886;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,7:0.64:11
chr12	10532111	rs2255353	T	G	513.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-1.104;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.278;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=9;PP=182;ReadPosRankSum=1.300;SC=TATTAAAAGTTTGTATTGTTA;SOR=0.856;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=31;TCF=15;TCR=16;TR=16;WE=10532119;WS=10532101;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,25:0.62:40
chr12	10532326	rs2255336	T	C	1078.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.502;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FS=2.397;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.63;ReadPosRankSum=0.185;SOR=0.503;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:55,57:0.51:112
chr12	10532434	rs2617151	A	G	813.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.971;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.861;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=16;PP=312;ReadPosRankSum=0.291;SC=GAAGCATAAAAGGTTTGGGTA;SOR=0.486;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=53;TCF=17;TCR=36;TR=24;WE=10532442;WS=10532424;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,41:0.49:83
chr12	10541251	rs2294147	T	C	756.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=1.389;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.708;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=2;PP=530;ReadPosRankSum=1.609;SC=TCAACATAAATAGAACATGAA;SOR=1.721;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=55;TCF=50;TCR=5;TR=29;WE=10541259;WS=10541241;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,31:0.49:63
chr12	10560824	rs2617169	T	A	279.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=2.440;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.906;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=2;PP=209;ReadPosRankSum=0.893;SC=TTATGGCTCATTGTTATAGTT;SOR=1.609;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=20;TCF=17;TCR=3;TR=13;WE=10560832;WS=10560814;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,13:0.50:26
chr12	10560957	rs2617170	T	C	1045.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.323;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.612;HP=5;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=18;PP=461;ReadPosRankSum=-1.801;SC=CAGGGAAAAATTGTTCTGCTC;SOR=0.799;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=52;TCF=25;TCR=27;TR=32;WE=10560965;WS=10560947;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,53:0.53:100
chr12	10561913	rs3214902	TA	T	1633.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-0.501;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.711;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=13;PP=1182;ReadPosRankSum=1.877;SC=AAATATTCCCTAATCTTTCCC;SOR=0.478;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=75;TCF=49;TCR=26;TR=34;WE=10561921;WS=10561903;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,53:0.49:109
chr12	10562025	rs1841957	C	T	3898.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=3.270;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=427;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.120;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=82;NR=49;PP=2011;ReadPosRankSum=-0.407;SC=CTTGATGATCCGAAGAAGCAT;SOR=0.818;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=282;TCF=170;TCR=112;TR=131;WE=10562033;WS=10562015;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:237,188:0.44:425
chr12	10562089	rs1841958	A	C	4629.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.758;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=441;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.722;HP=4;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=76;NR=72;PP=2300;ReadPosRankSum=0.136;SC=TGAAATGGAGATTTTATTGCC;SOR=0.600;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=284;TCF=138;TCR=146;TR=148;WE=10562097;WS=10562079;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:218,223:0.51:441
chr12	10565113	rs17548983	T	C	1509.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.66;BaseQRankSum=1.614;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.294;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=18;PP=396;ReadPosRankSum=0.847;SC=TCAGGGGCGGTGGCTTGTGTC;SOR=0.830;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=54;TCF=23;TCR=31;TR=28;WE=10565121;WS=10565103;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,75:0.51:147
chr12	10570965	rs2682495	C	G	10412.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=398;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=118;NR=107;PP=2965;SC=ATTATCTATACAAAGCAGACT;SOR=0.772;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=230;TCF=122;TCR=108;TR=225;WE=10570973;WS=10570955;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,393:1.00:393
chr12	10571042	rs2741882	A	G	7022.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=269;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=42;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=82;NR=106;PP=2965;SC=TACCAATGTAATAACAACTGT;SOR=0.915;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=188;TCF=82;TCR=106;TR=188;WE=10571050;WS=10571032;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,267:1.00:267
chr12	10571091	rs2682494	T	G	6403.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=54;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=53;NR=81;PP=2872;SC=ATGGCCACAATGACGTGCTAA;SOR=1.279;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=134;TCF=53;TCR=81;TR=134;WE=10571099;WS=10571081;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,152:1.00:152
chr12	10571106	rs2682493	G	C	5948.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=58;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=51;NR=72;PP=2841;SC=TGCTAATAAAGATATGAATTA;SOR=1.246;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=123;TCF=51;TCR=72;TR=123;WE=10571114;WS=10571096;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,137:1.00:137
chr12	10571158	rs10743890	C	T	4750.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=52;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=54;NR=46;PP=2321;SC=AAAATTAGTTCACATATTTGC;SOR=0.825;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=100;TCF=54;TCR=46;TR=100;WE=10571166;WS=10571148;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr12	10571177	rs4394921	A	G	5371.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=40;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=66;NR=49;PP=2560;SC=GCAACAGTATAAACATATATG;SOR=0.983;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=115;TCF=66;TCR=49;TR=115;WE=10571185;WS=10571167;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr12	10571504	rs4579992	C	T	2285.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=50.06;QD=43.96;SOR=1.244;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr12	10571514	rs4275705	C	G	2221.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=49.62;QD=44.44;SOR=1.157;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr12	10571536	rs33947579	A	AT	1044.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=49.10;QD=29.02;SOR=1.547;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr12	10571622	rs4093355	G	A	390.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=39.92;QD=30.06;SOR=5.283;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr12	10572544	rs143188402	T	C	108.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=40.00;QD=27.01;SOR=3.258;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr12	10572687	rs2682492	G	T	273.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=6;NR=5;PP=227;SC=AACTCTGGCCGCTAAATCTAC;SOR=1.085;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=11;TCF=6;TCR=5;TR=11;WE=10572695;WS=10572677;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr12	10572839	rs2253365	A	T	1625.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=39;NR=10;PP=1224;SC=ATATTAGAATATTAGATCCCA;SOR=2.584;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=49;TCF=39;TCR=10;TR=49;WE=10572847;WS=10572829;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr12	10572982	rs2741881	A	G	11715.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=447;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=158;NR=123;PP=2965;SC=CATATATTTTATCAATCCCTT;SOR=0.782;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=282;TCF=159;TCR=123;TR=281;WE=10572990;WS=10572972;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,445:1.00:445
chr12	10573094	rs2682491	C	G	2233.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.024;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FS=2.839;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.29;MQRankSum=-1.623;QD=12.41;ReadPosRankSum=0.626;SOR=0.961;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:81,99:0.55:180
chr12	10573094	.	CA	GG	1446	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;FR=0.5000;HP=1;HapScore=1;MGOF=21;MMLQ=24;MQ=46.54;NF=28;NR=63;PP=1446;QD=16.4776689545;SC=CCTTTGCTGCCACTTTGGGTC;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=161;TCF=59;TCR=102;TR=91;WE=10573103;WS=10573084;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:70,91:0.57:161
chr12	10573095	rs2682490	A	G	6554.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.046;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FS=2.663;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=57.24;MQRankSum=2.186;QD=37.03;ReadPosRankSum=-1.535;SOR=1.692;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,175:0.99:177
chr12	10573145	rs2682489	C	T	978.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=44.36;QD=29.66;SOR=4.743;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr12	10573211	rs10734829	A	G	112.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=40.00;QD=22.58;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr12	10579308	rs117236878	T	C	68.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.148;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-3.204;NF=8;NR=1;PP=137;ReadPosRankSum=-0.825;SC=GGCTAACTGGTAAATAAAATA;SOR=0.287;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=25;TCF=22;TCR=3;TR=9;WE=10579316;WS=10579298;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,5:0.26:19
chr12	10583611	rs3003	C	T	352.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=3;PP=133;SC=ATTTTTGTATCAGAGCAAATA;SOR=1.329;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=5;TCR=3;TR=8;WE=10583619;WS=10583601;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr12	10586921	.	C	T	486	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;FR=0.5000;HP=1;HapScore=1;MGOF=34;MMLQ=28;MQ=45.96;NF=25;NR=0;PP=486;QD=20.8308485019;SC=TATTTCTACTCACTGGAGAAA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=85;TCF=64;TCR=21;TR=25;WE=10586929;WS=10586911;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:60,25:0.29:85
chr12	10586961	rs1356930	T	C	2270.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.542;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=29;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-1.904;NF=56;NR=35;PP=2962;ReadPosRankSum=5.025;SC=TCTTTCTTTATAAATATTTAT;SOR=0.747;SbPval=0.15;Source=Platypus;TC=173;TCF=121;TCR=52;TR=91;WE=10586969;WS=10586936;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,103:0.63:164
chr12	10586978	rs144149096	A	AT	2376.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-1.220;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=240;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.485;HP=3;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=3.006;NF=89;NR=64;PP=2933;ReadPosRankSum=-5.041;SC=TTATGGCTGAATTTATGGCTT;SOR=0.636;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=163;TCF=91;TCR=72;TR=153;WE=10586997;WS=10586968;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:134,105:0.44:239
chr12	10586989	rs5796394	AT	A	3258.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=3.114;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=308;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.907;HP=6;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-3.461;NF=74;NR=64;PP=2963;ReadPosRankSum=4.687;SC=TTTATGGCTTATTTTCTGCAA;SOR=0.805;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=177;TCF=89;TCR=88;TR=138;WE=10586997;WS=10586968;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:159,147:0.48:306
chr12	10587111	rs61917677	A	G	9557.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=367;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=95;NR=163;PP=2965;SC=ATTCGGGGAAAAATTGTTCTG;SOR=1.032;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=260;TCF=96;TCR=164;TR=258;WE=10587119;WS=10587101;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,359:1.00:359
chr12	10587158	rs35801775	A	T	2384.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.211;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.671;HP=6;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=1.064;NF=21;NR=72;PP=1680;ReadPosRankSum=-0.811;SC=AATGATTTTTATAAAAACTGA;SOR=0.508;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=138;TCF=29;TCR=109;TR=93;WE=10587166;WS=10587148;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,99:0.67:147
chr12	10588530	rs75545535	C	G	506.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.593;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=253;ExcessHet=3.0103;FS=8.047;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.35;MQRankSum=-1.672;QD=2.03;ReadPosRankSum=-0.088;SOR=0.858;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:199,51:0.20:250
chr12	10588581	rs28403159	T	C	836.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=7.776;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=26.081;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-6.608;NF=10;NR=30;PP=706;ReadPosRankSum=-1.957;SC=TCTTTGTTTATTCATCTCTGC;SOR=2.184;SbPval=0.96;Source=Platypus;TC=138;TCF=57;TCR=81;TR=40;WE=10588589;WS=10588571;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:121,44:0.27:165
chr12	10588647	rs28730284	A	G	898.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-0.680;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.820;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=3.702;NF=5;NR=35;PP=782;ReadPosRankSum=1.151;SC=GAAGCTATAAATGGTGTATAT;SOR=0.381;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=52;TCF=6;TCR=46;TR=40;WE=10588655;WS=10588637;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,36:0.73:49
chr12	10594848	rs78547237	C	A	104.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=46.07;QD=20.98;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr12	10599270	rs7314384	G	A	1974.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.748;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.503;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.472;NF=43;NR=55;PP=1526;ReadPosRankSum=-0.554;SC=TCCTGTAATGGAGAAAAATCC;SOR=0.634;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=185;TCF=77;TCR=108;TR=98;WE=10599278;WS=10599260;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:122,97:0.44:219
chr12	10599347	rs2682471	T	G	1824.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.761;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=43.57;MQRankSum=-3.081;QD=28.96;ReadPosRankSum=1.118;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,61:0.97:63
chr12	10599425	rs144548572	C	G	340.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.370;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.610;NF=1;NR=12;PP=245;ReadPosRankSum=-0.686;SC=CAGAGTAGTCCCCCTTCATCC;SOR=1.292;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=21;TCF=2;TCR=19;TR=13;WE=10599433;WS=10599415;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,13:0.62:21
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chr12	10601782	rs141355168	T	C	1755.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=2.461;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=24;PP=1150;ReadPosRankSum=-2.287;SC=TCTACAAATATATTATCGACC;SOR=0.725;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=129;TCF=84;TCR=45;TR=69;WE=10601790;WS=10601772;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,82:0.50:165
chr12	10602077	rs2734440	C	T	1099.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=1.796;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.601;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=24;PP=664;ReadPosRankSum=1.752;SC=TAAACCTATACGTATGCAACA;SOR=0.500;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=77;TCF=30;TCR=47;TR=42;WE=10602085;WS=10602067;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,51:0.49:104
chr12	10602624	rs3216778	TTTTAAG	T	367.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.395;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=4;PP=224;ReadPosRankSum=-0.307;SC=ATCATAATAATTTTAAGTTTT;SOR=0.743;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=5;WE=10602637;WS=10602614;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,10:0.67:15
chr12	10603670	rs2253849	T	C	6951.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=270;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=84;NR=86;PP=2965;SC=TAAAATGGAGTTTTTATTGCC;SOR=0.723;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=171;TCF=85;TCR=86;TR=170;WE=10603678;WS=10603660;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,268:1.00:268
chr12	10658507	rs10845152	G	A	4268.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.531;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=438;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.113;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=90;NR=48;PP=2070;ReadPosRankSum=1.440;SC=GCAACATGGCGGGCGGAGAAG;SOR=0.776;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=280;TCF=177;TCR=103;TR=138;WE=10658515;WS=10658497;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:223,209:0.48:432
chr12	10659228	rs11053826	A	T	6827.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.199;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=664;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.815;NF=103;NR=104;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.359;SC=AGTAAAGAAAATTCCAGTACC;SOR=0.693;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=432;TCF=216;TCR=216;TR=207;WE=10659236;WS=10659218;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:325,331:0.50:656
chr12	10659438	rs10772299	T	C	8374.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=300;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=114;NR=104;PP=2965;SC=CATGTGTAAATCAATCTTTTC;SOR=0.741;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=218;TCF=114;TCR=104;TR=218;WE=10659446;WS=10659428;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,295:1.00:295
chr12	10659964	rs10772300	C	G	2208.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=8;NR=58;PP=1658;SC=CTGGAAGTTGCAATTTCTCTT;SOR=3.521;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=66;TCF=8;TCR=58;TR=66;WE=10659972;WS=10659954;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr12	10675250	rs7980396	G	C	4619.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.462;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=427;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=82;NR=78;PP=2583;ReadPosRankSum=1.188;SC=ATGGGGCCCAGTTCTTACCAA;SOR=0.719;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=283;TCF=144;TCR=139;TR=160;WE=10675258;WS=10675240;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:199,222:0.53:421
chr12	10675295	rs10845155	G	A	4315.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=2.441;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=402;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.042;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=89;PP=2437;ReadPosRankSum=0.003;SC=AAACTTCTAGGAAATCATTTC;SOR=1.021;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=262;TCF=106;TCR=156;TR=139;WE=10675303;WS=10675285;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:194,201:0.51:395
chr12	10675466	rs73070558	A	C	667.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.370;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.639;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=18;PP=456;ReadPosRankSum=-1.125;SC=CCAGCCCTACACCTGGACTTC;SOR=1.179;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=29;TCF=5;TCR=24;TR=21;WE=10675474;WS=10675456;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,26:0.72:36
chr12	10746385	rs2244387	G	A	2020.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=37;NR=20;PP=1134;SC=CTCACTCTGGGCTCCAGCCTG;SOR=1.288;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=57;TCF=37;TCR=20;TR=57;WE=10746393;WS=10746375;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr12	10748314	rs2168749	C	T	743.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=3.362;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.448;HP=5;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=8;PP=485;ReadPosRankSum=-0.981;SC=ACTTTAAAAACGATCTCATTT;SOR=1.473;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=60;TCF=39;TCR=21;TR=30;WE=10748322;WS=10748304;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,36:0.44:82
chr12	10748403	rs2682484	A	T	3957.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=47;NR=43;PP=1677;SC=GAGAACGTCAAATTTTAAAGT;SOR=0.720;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=90;TCF=47;TCR=43;TR=90;WE=10748411;WS=10748393;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,150:1.00:150
chr12	10749664	rs74413095	CAA	C	653.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-1.080;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.773;HP=6;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=11;PP=427;ReadPosRankSum=-2.032;SC=CCATTTGAAACAAAGAGACAA;SOR=0.346;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=24;TCF=2;TCR=22;TR=12;WE=10749673;WS=10749654;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,18:0.55:33
chr12	10759032	rs10772333	T	C	1775.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.66;SOR=0.934;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr12	10760305	rs2290718	G	C	289.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.228;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.52;ReadPosRankSum=-0.775;SOR=0.741;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,16:0.47:34
chr12	10760328	rs3947920	G	A	2756.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=46.72;SOR=1.034;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr12	10760335	rs2125090	T	A	2707.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.804;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=41.66;ReadPosRankSum=2.342;SOR=1.010;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,63:0.97:65
chr12	10760380	rs2125089	G	A	2552.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.809;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=20;PP=1042;ReadPosRankSum=-0.730;SC=ATCTTGGCTAGCAAACTGACT;SOR=0.963;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=52;TCF=32;TCR=20;TR=52;WE=10760388;WS=10760370;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,98:0.98:100
chr12	10760624	rs10845180	T	C	122.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.718;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=11.16;ReadPosRankSum=-0.084;SOR=0.330;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,7:0.64:11
chr12	10762069	rs7311796	G	A	2327.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=13;NR=47;PP=1389;SC=AGGGATGCAAGTAAGAATTTT;SOR=1.816;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=60;TCF=13;TCR=47;TR=60;WE=10762077;WS=10762059;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr12	10763174	.	TGCAAAAAA	T	54	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;FR=0.5000;HP=3;HapScore=2;MGOF=39;MMLQ=25;MQ=59.81;NF=1;NR=1;PP=54;QD=40.0;SC=ATGGGCTAAATGCAAAAAAAA;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=8;TCF=4;TCR=4;TR=2;WE=10763189;WS=10763164;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:6,2:0.25:8
chr12	10763205	rs11053880	T	C	205.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.168;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.834;HP=1;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.132;NF=11;NR=3;PP=131;ReadPosRankSum=-1.490;SC=AAAAAAGACATTCACATAGAA;SOR=1.139;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=24;TCF=16;TCR=8;TR=14;WE=10763213;WS=10763195;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,11:0.48:23
chr12	10763236	rs10845182	G	C	976.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.25;QD=23.26;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr12	10763419	rs72054859	CTAGACATG	C	322.75	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=4;PP=1789;SC=AAGATCATTGCTAGACATGTA;SOR=1.179;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=6;TCF=1;TCR=5;TR=5;WE=10763448;WS=10763409;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr12	10763440	rs12811247	G	T	36.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.150;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=6.13;ReadPosRankSum=0.598;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,3:0.50:6
chr12	10766244	rs10772335	A	C	6875.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-3.351;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=278;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.568;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=78;NR=155;PP=2965;ReadPosRankSum=1.128;SC=TTCCTCCTGCAGTGCAGCCCT;SOR=0.194;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=237;TCF=78;TCR=159;TR=233;WE=10766252;WS=10766234;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,266:0.99:269
chr12	10772983	rs1870194	A	G	242.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.995;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=9;PP=194;ReadPosRankSum=1.245;SC=CTTCCTTGACAAGGCAAATGT;SOR=0.846;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=22;TCF=2;TCR=20;TR=10;WE=10772991;WS=10772973;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,10:0.42:24
chr12	10774698	rs2900467	A	G	286.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=0.906;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=9;PP=208;ReadPosRankSum=-1.227;SC=ACTACATACAATTCAGTTGCT;SOR=0.914;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=16;TCF=3;TCR=13;TR=11;WE=10774706;WS=10774688;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,12:0.67:18
chr12	10775195	rs1078437	T	C	6987.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.829;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=663;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.098;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=96;NR=111;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.609;SC=CACGCTTGCATATTTGCATAC;SOR=0.584;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=408;TCF=181;TCR=227;TR=207;WE=10775203;WS=10775185;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:322,340:0.51:662
chr12	10782115	rs3759259	T	C	1043.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-1.815;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=11;PP=551;ReadPosRankSum=-0.055;SC=CAGAGAAAGCTGAGCAGGTCC;SOR=0.723;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=75;TCF=54;TCR=21;TR=39;WE=10782123;WS=10782105;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,49:0.51:97
chr12	10783729	rs2290717	A	G	902.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.874;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.761;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=15;PP=499;ReadPosRankSum=0.877;SC=CACAGCTACCACTGCAAATCT;SOR=0.805;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=77;TCF=46;TCR=31;TR=38;WE=10783737;WS=10783719;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,47:0.48:98
chr12	10784021	rs2168746	G	C	91.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-2.369;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=5;PP=58;ReadPosRankSum=0.703;SC=TTTGGCCAATGGGGAGTTGTC;SOR=1.179;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=5;WE=10784029;WS=10784011;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,5:0.62:8
chr12	10786757	rs5796407	T	TGAA	8765.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=7;NR=73;PP=2974;SC=GAGAAGAGAATGAAGAAGCCT;SOR=1.184;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=89;TCF=7;TCR=82;TR=80;WE=10786765;WS=10786747;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,196:1.00:196
chr12	10786797	rs2252664	C	T	1273.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.952;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=35;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-1.027;NF=10;NR=27;PP=535;ReadPosRankSum=-1.116;SC=TTCCCCTACCCGCCAGCTCTC;SOR=0.754;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=72;TCF=21;TCR=51;TR=37;WE=10786805;WS=10786787;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,60:0.52:115
chr12	10870900	rs11309033	AC	A	938.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=14;PP=861;SC=TCCACAGGCCACCCACCTTCC;SOR=1.179;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=25;TCF=8;TCR=17;TR=22;WE=10870908;WS=10870890;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr12	10871667	rs33016	A	G	2809.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=40;NR=32;PP=1184;SC=GCAAATATACACACACACATA;SOR=0.862;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=73;TCF=40;TCR=33;TR=72;WE=10871675;WS=10871657;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr12	10958658	rs2537817	T	C	569.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=5;PP=345;SC=TTTCATATCATGCAGGCAATT;SOR=1.828;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=18;TCF=13;TCR=5;TR=18;WE=10958666;WS=10958648;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr12	10959031	rs1548803	C	T	7971.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=288;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=136;NR=93;PP=2965;SC=TAAAGAGAGTCAAGGGTTCAA;SOR=1.100;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=232;TCF=137;TCR=95;TR=229;WE=10959039;WS=10959021;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,283:1.00:283
chr12	10962115	rs3741845	A	G	6680.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.245;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=254;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.152;HP=6;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=80;NR=88;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.540;SC=GGGAACCATCACCCCCAGGTT;SOR=0.340;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=169;TCF=81;TCR=88;TR=168;WE=10962123;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,249:1.00:250
chr12	10978402	rs597468	G	A	2910.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=32;NR=46;PP=1630;SC=GTCATTCTTCGTTTTATAATC;SOR=0.896;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=78;TCF=32;TCR=46;TR=78;WE=10978410;WS=10978392;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr12	10999708	rs1047699	T	C	4740.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=63;NR=60;PP=2099;SC=TCTGTCCCTCTGGAAGAATGA;SOR=0.726;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=123;TCF=63;TCR=60;TR=123;WE=10999716;WS=10999698;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,181:1.00:181
chr12	10999780	rs1063193	C	T	3908.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=45;NR=58;PP=2076;SC=GTGTCCTCGTCGGGGTGGTCG;SOR=0.915;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=103;TCF=45;TCR=58;TR=103;WE=10999799;WS=10999770;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,147:1.00:147
chr12	10999791	.	T	C	1730.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.658;ClippingRankSum=0.000;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.312;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=25;PP=881;ReadPosRankSum=-0.808;SC=GGGGTGGTCGTTGCTGATTTT;SOR=0.574;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=97;TCF=44;TCR=53;TR=48;WE=10999799;WS=10999770;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,77:0.53:144
chr12	11035274	rs28607516	G	T	1587.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=43.19;QD=28.35;SOR=2.066;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr12	11035368	rs11054060	T	G	2222.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=36;NR=40;PP=1742;SC=CTCTCTGTCTTCACCACACGG;SOR=0.746;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=76;TCF=36;TCR=40;TR=76;WE=11035376;WS=11035358;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr12	11035482	rs10845228	T	C	5807.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=94;NR=47;PP=2747;SC=GATGAAAAATTGAATTTCTTT;SOR=1.285;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=142;TCF=94;TCR=48;TR=141;WE=11035490;WS=11035472;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,210:1.00:210
chr12	11035533	rs10845229	G	A	10856.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.653;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=421;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.93;MQRankSum=-0.074;QD=25.91;ReadPosRankSum=-0.386;SOR=0.875;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,417:1.00:419
chr12	11061122	rs1015443	T	C	8309.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.922;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=312;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=104;NR=122;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.610;SC=GATCACTGTGTTCTGATACAG;SOR=0.278;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=227;TCF=104;TCR=123;TR=226;WE=11061130;WS=11061112;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,303:1.00:304
chr12	11083356	rs116998526	A	G	1773.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=1.217;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=471;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.854;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-3.078;NF=71;NR=48;PP=1605;ReadPosRankSum=-2.815;SC=TGGGAACCAGAATGATGGCCC;SOR=1.093;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=324;TCF=185;TCR=139;TR=119;WE=11083364;WS=11083346;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:349,117:0.25:466
chr12	11083677	rs10772391	T	C	926.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=21;PP=723;SC=GATTCAATGATAGGTATGATT;SOR=0.941;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=36;TCF=15;TCR=21;TR=36;WE=11083685;WS=11083667;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr12	11091432	rs3741843	C	T	7397.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=1.581;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=273;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=120;NR=81;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.781;SC=CCTTTTTAACCCTCCACTTTA;SOR=1.041;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=206;TCF=122;TCR=84;TR=201;WE=11091440;WS=11091422;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,264:0.99:268
chr12	11091618	rs142263768	G	A	5946.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.316;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=603;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.518;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=86;NR=105;PP=2922;ReadPosRankSum=-0.633;SC=ACCAGCTTCCGAATATTAACC;SOR=0.726;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=401;TCF=186;TCR=215;TR=191;WE=11091626;WS=11091608;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:305,289:0.49:594
chr12	11138683	rs10772397	C	T	12252.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.290;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=470;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=131;NR=138;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.527;SC=CCATGACAACCGGGTCATTCC;SOR=0.234;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=273;TCF=131;TCR=142;TR=269;WE=11138691;WS=11138673;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,462:1.00:463
chr12	11138852	rs1376251	C	T	5781.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=86;NR=70;PP=2965;SC=GAGATGTTTACACAGAGAACA;SOR=0.825;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=157;TCF=86;TCR=71;TR=156;WE=11138860;WS=11138842;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,207:1.00:207
chr12	11149532	rs1450839	A	G	6722.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.463;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=271;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=126;NR=67;PP=2965;ReadPosRankSum=0.030;SC=CACACAATGCACCTCTTGTGA;SOR=0.800;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=197;TCF=129;TCR=68;TR=193;WE=11149540;WS=11149522;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,264:0.99:267
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chr12	11149769	rs10845281	T	C	4522.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=65;NR=69;PP=2905;SC=GCAAGTAATATGAGGAAGGAG;SOR=0.744;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=134;TCF=65;TCR=69;TR=134;WE=11149777;WS=11149759;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,160:1.00:160
chr12	11150033	rs12226919	G	T	13392.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.014;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=522;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=169;NR=161;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.851;SC=ATATACGTGTGTTTCATCACA;SOR=0.721;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=339;TCF=173;TCR=166;TR=330;WE=11150062;WS=11150023;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:8,507:0.98:515
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chr12	11150054	rs79420812	C	T	22106.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.475;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=528;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=42.68;ReadPosRankSum=-1.253;SOR=0.528;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:7,511:0.99:518
chr12	11150319	rs11054143	T	C	3589.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=46;NR=48;PP=1696;SC=CTCTGGAGACTGCCAGAGCAG;SOR=0.723;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=94;TCF=46;TCR=48;TR=94;WE=11150327;WS=11150309;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,134:1.00:134
chr12	11150540	rs34965724	CA	C	3081.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=33;PP=1595;SC=CTCTGATATTCAAGACTTTAA;SOR=1.394;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=42;TCF=5;TCR=37;TR=38;WE=11150559;WS=11150530;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr12	11150551	rs4388985	G	A	2708.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=15;NR=29;PP=953;SC=AAGACTTTAAGTTAAATATGC;SOR=1.355;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=44;TCF=15;TCR=29;TR=44;WE=11150559;WS=11150530;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr12	11150579	rs1463237	C	T	1403.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=51;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=27;PP=789;SC=TCCTGAATGTCCAATAACATT;SOR=1.656;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=38;TCF=11;TCR=27;TR=38;WE=11150587;WS=11150569;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr12	11174213	rs114463974	G	A	722.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.931;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FS=8.997;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.93;MQRankSum=-5.560;QD=3.65;ReadPosRankSum=-6.929;SOR=0.240;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:170,28:0.14:198
chr12	11174219	rs79407997	C	A	772.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.459;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=239;ExcessHet=3.0103;FS=10.334;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.94;MQRankSum=-5.238;QD=3.26;ReadPosRankSum=-5.942;SOR=0.257;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:200,37:0.16:237
chr12	11174223	rs74363809	G	C	735.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.039;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=258;ExcessHet=3.0103;FS=7.050;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.94;MQRankSum=-5.299;QD=2.89;ReadPosRankSum=-5.025;SOR=0.311;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:216,39:0.15:255
chr12	11174261	rs75441696	C	G	4433.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.364;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=522;ExcessHet=3.0103;FS=0.602;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.85;MQRankSum=-5.406;QD=8.54;ReadPosRankSum=-3.532;SOR=0.766;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:385,134:0.26:519
chr12	11174264	rs77074409	C	A	4690.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.783;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=542;ExcessHet=3.0103;FS=0.606;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.86;MQRankSum=-5.408;QD=8.70;ReadPosRankSum=-2.881;SOR=0.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:400,139:0.26:539
chr12	11174271	rs79475879	T	C	5329.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.119;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=585;ExcessHet=3.0103;FS=1.274;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.86;MQRankSum=-5.527;QD=9.16;ReadPosRankSum=-2.270;SOR=0.832;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:426,156:0.27:582
chr12	11174276	rs10772420	GT	AC	5985.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.890;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=619;ExcessHet=3.0103;FS=1.262;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.87;MQRankSum=-5.415;QD=9.72;ReadPosRankSum=-0.606;SOR=0.840;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:446,170:0.28:616
chr12	11174282	rs74386164	T	C	6442.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.090;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=663;ExcessHet=3.0103;FS=1.961;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.85;MQRankSum=-5.555;QD=9.76;ReadPosRankSum=-1.041;SOR=0.834;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:473,187:0.28:660
chr12	11174286	rs77837442	C	A	6491.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.345;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=694;ExcessHet=3.0103;FS=1.978;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.86;MQRankSum=-5.346;QD=9.39;ReadPosRankSum=0.151;SOR=0.857;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:497,194:0.28:691
chr12	11174302	rs72475480	A	G	3806.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.189;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=822;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.195;HP=2;HapScore=1;MGOF=58;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-5.304;NF=100;NR=78;PP=2383;ReadPosRankSum=-3.590;SC=AACTGAAAGAAAGGTCTGTTT;SOR=0.612;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=504;TCF=276;TCR=228;TR=178;WE=11174310;WS=11174292;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:548,237:0.30:785
chr12	11174327	rs72475481	C	T	4643.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.393;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=903;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.172;HP=2;HapScore=1;MGOF=57;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-4.542;NF=101;NR=97;PP=2370;ReadPosRankSum=2.498;SC=TTCCTACTTCCCATAATCAGG;SOR=0.785;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=550;TCF=279;TCR=271;TR=198;WE=11174335;WS=11174317;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:582,285:0.33:867
chr12	11174372	rs74772077	C	G	10085.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.277;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=748;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.45;MQRankSum=-7.313;QD=13.50;ReadPosRankSum=0.320;SOR=0.721;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:460,287:0.38:747
chr12	11174380	rs76970958	C	T	9763.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.061;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=684;ExcessHet=3.0103;FS=1.802;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.39;MQRankSum=-7.382;QD=14.30;ReadPosRankSum=-0.169;SOR=0.828;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:423,260:0.38:683
chr12	11174390	rs74992161	G	A	8834.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.530;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=610;ExcessHet=3.0103;FS=3.384;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.24;MQRankSum=-7.692;QD=14.51;ReadPosRankSum=-1.004;SOR=0.954;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:379,230:0.38:609
chr12	11174397	rs76455106	T	A	7812.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.993;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=573;ExcessHet=3.0103;FS=5.301;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.13;MQRankSum=-8.004;QD=13.66;ReadPosRankSum=-1.261;SOR=1.082;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:358,214:0.37:572
chr12	11174416	rs112900131	A	G	2707.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-2.400;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=419;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.683;HP=1;HapScore=1;MGOF=48;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-8.721;NF=32;NR=81;PP=1566;ReadPosRankSum=-0.732;SC=CTGTGTCCTAAGATTCCAAGT;SOR=1.227;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=330;TCF=122;TCR=208;TR=113;WE=11174424;WS=11174406;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:273,145:0.35:418
chr12	11174466	rs199592952	G	A	1234.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.704;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=248;ExcessHet=3.0103;FS=29.768;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.08;MQRankSum=-11.762;QD=5.17;ReadPosRankSum=0.739;SOR=2.411;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:189,50:0.21:239
chr12	11174476	rs200081075	G	A	853.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.011;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FS=51.711;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.91;MQRankSum=-14.236;QD=3.88;ReadPosRankSum=0.914;SOR=4.091;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:186,34:0.15:220
chr12	11174478	.	C	A	827.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.147;ClippingRankSum=0.000;DP=226;ExcessHet=3.0103;FS=51.831;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.88;MQRankSum=-14.169;QD=3.80;ReadPosRankSum=0.213;SOR=4.132;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:184,34:0.16:218
chr12	11174753	rs1868769	G	A	8417.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=303;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=100;NR=110;PP=2965;SC=TTACAAATCAGAAATACCAAG;SOR=0.713;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=212;TCF=101;TCR=111;TR=210;WE=11174761;WS=11174743;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,301:1.00:301
chr12	11182998	rs200315131	CA	TC	19730.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-6.299;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1263;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.128;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=46;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-22.734;NF=189;NR=157;PP=2944;ReadPosRankSum=5.521;SC=ATGCCCCTCTCATGAATCTAT;SOR=0.464;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=785;TCF=461;TCR=324;TR=346;WE=11183007;WS=11182988;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:734,525:0.42:1259
chr12	11183042	rs3759246	C	G	15998.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.613;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1280;ExcessHet=3.0103;FS=7.360;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.09;MQRankSum=-22.706;QD=12.54;ReadPosRankSum=4.371;SOR=0.747;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:819,457:0.36:1276
chr12	11183046	rs201730548	C	T	15790.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.035;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1265;ExcessHet=3.0103;FS=6.364;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.24;MQRankSum=-22.476;QD=12.52;ReadPosRankSum=4.561;SOR=0.732;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:828,433:0.34:1261
chr12	11183052	rs199894662	G	A	14895.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.637;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1245;ExcessHet=3.0103;FS=7.613;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.16;MQRankSum=-19.703;QD=12.05;ReadPosRankSum=3.507;SOR=0.801;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:827,409:0.33:1236
chr12	11183066	rs138895028	A	T	11957.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-4.115;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1161;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.576;HP=3;HapScore=1;MGOF=39;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-14.868;NF=113;NR=174;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.235;SC=AACTGAAAGAAAAGTCTGCTT;SOR=0.998;SbPval=0.11;Source=Platypus;TC=854;TCF=434;TCR=420;TR=287;WE=11183074;WS=11183032;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:810,347:0.30:1157
chr12	11183107	.	T	C	3414.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.431;ClippingRankSum=0.000;DP=1053;ExcessHet=3.0103;FS=25.597;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.63;MQRankSum=-13.259;QD=3.26;ReadPosRankSum=-7.212;SOR=2.280;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:881,166:0.16:1047
chr12	11183114	.	AT	GC	2822.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=10.639;ClippingRankSum=0.000;DP=1046;ExcessHet=3.0103;FS=25.045;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.56;MQRankSum=-14.470;QD=2.72;ReadPosRankSum=-5.073;SOR=3.146;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:914,124:0.12:1038
chr12	11183121	.	G	A	1379.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=9.697;ClippingRankSum=0.000;DP=1031;ExcessHet=3.0103;FS=39.341;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.70;MQRankSum=-14.547;QD=1.35;ReadPosRankSum=-4.359;SOR=4.195;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:925,98:0.10:1023
chr12	11183123	rs201103714	T	C	1181.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=14.437;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1042;ExcessHet=3.0103;FS=39.341;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.69;MQRankSum=-14.617;QD=1.14;ReadPosRankSum=-4.793;SOR=4.384;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:937,97:0.09:1034
chr12	11183451	rs10743938	A	T	16653.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=625;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=214;NR=208;PP=2965;SC=TTCCAAGTCAAGTTTCCTTCA;SOR=0.723;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=424;TCF=216;TCR=208;TR=422;WE=11183459;WS=11183441;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,609:1.00:609
chr12	11183484	.	CT	GA	277.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.535;ClippingRankSum=0.000;DP=570;ExcessHet=3.0103;FS=31.886;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.64;MQRankSum=-23.642;QD=0.50;ReadPosRankSum=-2.837;SOR=4.268;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:516,45:0.08:561
chr12	11183496	rs199736450	T	C	955.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.453;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=556;ExcessHet=3.0103;FS=36.345;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.29;MQRankSum=-23.387;QD=1.74;ReadPosRankSum=-1.740;SOR=3.762;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:492,58:0.11:550
chr12	11183506	rs115707514	T	A	1294.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.287;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=572;ExcessHet=3.0103;FS=30.766;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.03;MQRankSum=-23.699;QD=2.29;ReadPosRankSum=-0.671;SOR=2.821;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:493,73:0.13:566
chr12	11183524	rs75159539	T	C	1615.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.539;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=573;ExcessHet=3.0103;FS=14.708;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.82;MQRankSum=-19.157;QD=2.86;ReadPosRankSum=-1.133;SOR=1.445;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:448,116:0.21:564
chr12	11183576	rs72475488	T	C	4039.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.596;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=625;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.197;HP=2;HapScore=1;MGOF=33;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=-13.705;NF=109;NR=84;PP=2073;ReadPosRankSum=2.437;SC=CCTCTTTAAGTGAAGAAAAAT;SOR=0.915;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=472;TCF=244;TCR=228;TR=193;WE=11183584;WS=11183566;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:391,223:0.36:614
chr12	11183642	rs73049067	A	G	6129.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.170;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=724;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=32;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-8.042;NF=86;NR=111;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.035;SC=GCTAGTAGCAAGCCAGTTGCT;SOR=0.689;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=464;TCF=210;TCR=254;TR=197;WE=11183650;WS=11183632;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:420,297:0.41:717
chr12	11183676	rs73049072	C	T	6209.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.471;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=683;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.151;HP=2;HapScore=1;MGOF=36;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-8.505;NF=63;NR=95;PP=2330;ReadPosRankSum=0.282;SC=ACTGCCCAGACATTATAAGCA;SOR=0.850;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=423;TCF=186;TCR=237;TR=158;WE=11183684;WS=11183666;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:433,247:0.36:680
chr12	11183697	rs73049074	C	A	5368.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.215;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=588;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.159;HP=2;HapScore=1;MGOF=30;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-9.923;NF=51;NR=82;PP=2962;ReadPosRankSum=0.009;SC=GTAGTTCTTACTTCTACACTA;SOR=0.809;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=363;TCF=153;TCR=210;TR=133;WE=11183730;WS=11183687;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:384,203:0.35:587
chr12	11183708	rs80125932	T	C	4882.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.501;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=542;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.179;HP=6;HapScore=1;MGOF=30;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-10.427;NF=43;NR=74;PP=2962;ReadPosRankSum=0.757;SC=TTCTACACTATAAAAAGCTGG;SOR=0.812;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=341;TCF=139;TCR=202;TR=117;WE=11183730;WS=11183687;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:365,176:0.33:541
chr12	11183722	rs78562467	A	C	4373.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=3.242;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=482;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.449;HP=2;HapScore=1;MGOF=30;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-10.894;NF=31;NR=72;PP=2962;ReadPosRankSum=0.036;SC=AAGCTGGATTAAACACAGTTG;SOR=1.080;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=310;TCF=124;TCR=186;TR=103;WE=11183730;WS=11183687;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:325,152:0.32:477
chr12	11183752	rs72475489	T	C	2002.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.720;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=329;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=21.194;HP=3;HapScore=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQ=57.94;MQRankSum=-10.493;NF=16;NR=59;ReadPosRankSum=-1.771;SC=TTAATAATAATACCCAGAGCA;SOR=1.556;SbPval=0.98;Source=Platypus;TCR=148;TR=75;WE=11183760;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:226,100:0.31:326
chr12	11183793	.	G	C	847.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.254;ClippingRankSum=0.000;DP=229;ExcessHet=3.0103;FS=55.683;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.72;MQRankSum=-13.257;QD=3.80;ReadPosRankSum=-0.478;SOR=4.141;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:186,37:0.17:223
chr12	11183797	.	C	T	771.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.447;ClippingRankSum=0.000;DP=219;ExcessHet=3.0103;FS=59.523;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.81;MQRankSum=-13.794;QD=3.64;ReadPosRankSum=0.389;SOR=5.247;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:182,30:0.14:212
chr12	11183809	.	A	G	415.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.692;ClippingRankSum=0.000;DP=218;ExcessHet=3.0103;FS=63.659;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.13;MQRankSum=-14.467;QD=1.97;ReadPosRankSum=0.148;SOR=6.358;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:188,23:0.11:211
chr12	11199734	rs2597984	T	C	4281.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=40;NR=75;PP=1893;SC=TTTAAAAAGCTGGCGCCTTCT;SOR=1.199;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=116;TCF=41;TCR=75;TR=115;WE=11199742;WS=11199724;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,167:1.00:167
chr12	11201689	rs2597986	C	T	2150.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.189;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=16;PP=1160;ReadPosRankSum=0.425;SC=AGTAAACCAACTCTGGACACC;SOR=1.409;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=55;TCF=38;TCR=17;TR=53;WE=11201697;WS=11201679;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,78:0.98:80
chr12	11201754	.	C	G	98.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.474;ClippingRankSum=0.000;DP=144;ExcessHet=3.0103;FS=22.145;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.13;MQRankSum=-11.248;QD=0.69;ReadPosRankSum=-2.744;SOR=4.244;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:133,10:0.07:143
chr12	11201758	.	A	T	407.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.886;ClippingRankSum=0.000;DP=162;ExcessHet=3.0103;FS=37.733;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.09;MQRankSum=-9.352;QD=2.53;ReadPosRankSum=-4.482;SOR=5.323;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:142,19:0.12:161
chr12	11201759	.	G	T	407.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.052;ClippingRankSum=0.000;DP=164;ExcessHet=3.0103;FS=32.548;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.10;MQRankSum=-8.892;QD=2.50;ReadPosRankSum=-4.883;SOR=4.047;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:142,21:0.13:163
chr12	11201763	.	ACC	A	627.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=4.067;ClippingRankSum=0.000;DP=177;ExcessHet=3.0103;FS=22.120;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.14;MQRankSum=-8.994;QD=3.57;ReadPosRankSum=-4.414;SOR=2.791;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:152,24:0.14:176
chr12	11201766	.	T	TTA	627.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=3.315;ClippingRankSum=0.000;DP=179;ExcessHet=3.0103;FS=22.147;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.15;MQRankSum=-9.050;QD=3.53;ReadPosRankSum=-4.382;SOR=2.799;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:154,24:0.13:178
chr12	11201846	rs199838132	A	C	2867.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.786;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=252;ExcessHet=3.0103;FS=4.517;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.71;MQRankSum=-10.480;QD=11.38;ReadPosRankSum=1.436;SOR=0.650;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:166,86:0.34:252
chr12	11201850	.	TATC	T	2867.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.376;ClippingRankSum=0.000;DP=249;ExcessHet=3.0103;FS=4.511;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.68;MQRankSum=-10.393;QD=11.52;ReadPosRankSum=0.937;SOR=0.657;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:163,86:0.35:249
chr12	11201864	.	AAATG	A	2944	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;FR=0.5000;HP=2;HapScore=3;MGOF=29;MMLQ=26;MQ=56.07;NF=0;NR=23;PP=2944;QD=20;SC=ATGTTTGAACAAATGAAAAGA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=83;TCF=7;TCR=76;TR=23;WE=11201897;WS=11201836;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:60,23:0.28:83
chr12	11201865	.	AAT	A	2368.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-2.141;ClippingRankSum=0.000;DP=218;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.89;MQRankSum=-10.062;QD=10.87;ReadPosRankSum=2.512;SOR=0.696;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:146,72:0.33:218
chr12	11201868	.	G	C	989.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-2.804;ClippingRankSum=0.000;DP=210;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.03;MQRankSum=-9.119;QD=4.76;ReadPosRankSum=2.380;SOR=0.650;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:152,56:0.27:208
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chr12	11201876	rs67013431	AG	A	178.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.989;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FS=0.705;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.90;MQRankSum=-5.519;QD=0.95;ReadPosRankSum=1.314;SOR=0.566;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:153,35:0.19:188
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chr12	11244194	rs71443637	T	C	7771.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-6.689;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=376;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=18.568;HP=2;HapScore=1;MGOF=42;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=14.750;NF=114;NR=138;PP=2962;ReadPosRankSum=1.030;SC=TCCTTTACCATGGAGCTGCAT;SOR=0.172;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=292;TCF=121;TCR=171;TR=252;WE=11244207;WS=11244180;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,331:0.89:374
chr12	11244199	rs201245949	C	G	624.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.999;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=379;ExcessHet=3.0103;FS=17.861;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.13;MQRankSum=-14.990;QD=1.66;ReadPosRankSum=-1.650;SOR=1.897;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:337,39:0.10:376
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chr12	11244721	rs201281372	G	C	588.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.732;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=303;ExcessHet=3.0103;FS=13.212;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.12;MQRankSum=-16.917;QD=1.99;ReadPosRankSum=2.293;SOR=1.663;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:261,35:0.12:296
chr12	11244723	rs191086711	A	C	555.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.783;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=308;ExcessHet=3.0103;FS=13.740;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.23;MQRankSum=-17.056;QD=1.85;ReadPosRankSum=2.779;SOR=1.727;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:268,33:0.11:301
chr12	11244725	rs68157013	C	G	6270.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.843;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=315;ExcessHet=3.0103;FS=14.349;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.27;MQRankSum=17.190;QD=20.36;ReadPosRankSum=-2.583;SOR=0.180;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,275:0.89:308
chr12	11244730	rs199862459	AA	GG	427.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.211;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=323;ExcessHet=3.0103;FS=15.959;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.35;MQRankSum=-17.715;QD=1.35;ReadPosRankSum=2.458;SOR=1.864;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:284,32:0.10:316
chr12	11244744	rs201819808	GT	AC	282.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.413;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=347;ExcessHet=3.0103;FS=14.939;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.57;MQRankSum=-18.361;QD=0.83;ReadPosRankSum=0.946;SOR=1.877;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:310,29:0.09:339
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chr12	11244805	.	A	T	1022.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.527;ClippingRankSum=0.000;DP=452;ExcessHet=3.0103;FS=1.817;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.66;MQRankSum=-17.424;QD=2.27;ReadPosRankSum=-1.781;SOR=0.627;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:397,54:0.12:451
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chr12	11244855	.	T	A	931.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.774;ClippingRankSum=0.000;DP=279;ExcessHet=3.0103;FS=1.350;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.69;MQRankSum=-12.558;QD=3.35;ReadPosRankSum=5.191;SOR=0.536;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:237,41:0.15:278
chr12	11244871	.	G	A	1157.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.557;ClippingRankSum=0.000;DP=220;ExcessHet=3.0103;FS=3.151;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.33;MQRankSum=-11.015;QD=5.29;ReadPosRankSum=1.596;SOR=0.462;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:178,41:0.19:219
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chr12	11286214	rs200082783	C	G	239.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-6.178;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=514;ExcessHet=3.0103;FS=2.663;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.28;MQRankSum=-18.141;QD=0.47;ReadPosRankSum=-2.952;SOR=1.006;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:434,73:0.14:507
chr12	11286249	rs77777159	T	C	1031.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-6.163;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=649;ExcessHet=3.0103;FS=5.105;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.22;MQRankSum=-20.619;QD=1.61;ReadPosRankSum=4.650;SOR=1.094;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:547,93:0.15:640
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chr12	11286736	rs112605675	G	C	3320.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.809;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=420;ExcessHet=3.0103;FS=6.120;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.26;MQRankSum=-19.952;QD=7.98;ReadPosRankSum=2.708;SOR=1.026;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:318,98:0.24:416
chr12	11286745	.	AA	GG	3506.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.632;ClippingRankSum=0.000;DP=458;ExcessHet=3.0103;FS=1.311;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.11;MQRankSum=-20.518;QD=7.72;ReadPosRankSum=3.067;SOR=0.812;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:345,109:0.24:454
chr12	11286760	.	T	C	1621.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.197;ClippingRankSum=0.000;DP=478;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.23;MQRankSum=-20.689;QD=3.41;ReadPosRankSum=3.465;SOR=0.724;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:365,110:0.23:475
chr12	11286797	.	A	G	2491.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.140;ClippingRankSum=0.000;DP=521;ExcessHet=3.0103;FS=3.331;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.54;MQRankSum=-19.246;QD=4.80;ReadPosRankSum=2.572;SOR=1.004;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:424,95:0.18:519
chr12	11286807	rs113282241	T	C	2348.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.916;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=511;ExcessHet=3.0103;FS=5.982;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.39;MQRankSum=-17.890;QD=4.61;ReadPosRankSum=1.881;SOR=1.234;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:424,86:0.17:510
chr12	11286820	rs111958076	A	T	623.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.236;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=487;ExcessHet=3.0103;FS=13.292;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.27;MQRankSum=-16.061;QD=1.28;ReadPosRankSum=0.147;SOR=1.760;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:411,75:0.15:486
chr12	11338514	rs199861447	GAA	G	1220.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.32;QD=36.99;SOR=2.985;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr12	11338539	rs1650016	C	A	2795.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=55;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=44;NR=11;PP=1253;SC=AAACAGTGGACGTGATCCCCA;SOR=2.340;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=56;TCF=45;TCR=11;TR=55;WE=11338547;WS=11338529;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr12	11338555	rs1669409	A	T	3388.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=47;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=53;NR=13;PP=1634;SC=CCCCAAATGCACCTCGTTGAG;SOR=2.168;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=67;TCF=54;TCR=13;TR=66;WE=11338563;WS=11338545;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr12	11338613	rs1650017	CA	GG	9420.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=81;NR=42;PP=2947;SC=AAAGGTAAAGCATTTGGTGTT;SOR=1.173;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=135;TCF=87;TCR=48;TR=123;WE=11338622;WS=11338603;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,210:1.00:210
chr12	11338781	rs1669413	C	A	5147.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=54;NR=75;PP=2704;SC=AAAAATATCCCATTGGCCACT;SOR=0.947;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=130;TCF=54;TCR=76;TR=129;WE=11338789;WS=11338771;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,192:1.00:192
chr12	11338957	rs5020531	A	G	3347.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.921;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=40;PP=1643;ReadPosRankSum=-0.821;SC=GGAGGTCAGGAACAGAGAAAA;SOR=0.759;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=79;TCF=38;TCR=41;TR=77;WE=11338965;WS=11338947;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,124:0.98:126
chr12	11338983	rs1650019	T	C	3039.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.150;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=32;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=39;PP=1718;ReadPosRankSum=-1.798;SC=TAAAACTGGTTAAGCTGAGAA;SOR=0.808;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=76;TCF=36;TCR=40;TR=74;WE=11338991;WS=11338973;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,108:0.98:110
chr12	11339020	rs35969491	T	A	2060.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.139;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=31;PP=1356;ReadPosRankSum=0.154;SC=GAGTTTATCATAGAGAGTTTT;SOR=0.719;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=64;TCF=32;TCR=32;TR=62;WE=11339028;WS=11339010;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,75:0.97:77
chr12	11418954	rs1896551	A	G	1614.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=8;NR=36;PP=960;SC=TCATCTTCTTATTCACTTCCT;SOR=2.080;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=44;TCF=8;TCR=36;TR=44;WE=11418962;WS=11418944;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr12	11421093	rs61463237	T	TGGG	6013.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=7;NR=50;PP=1506;SC=CTGGAGGAGGTGGACACACGG;SOR=1.066;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=60;TCF=7;TCR=53;TR=57;WE=11421101;WS=11421083;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,136:1.00:136
chr12	11461292	rs1052808	C	G	2849.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=41;NR=38;PP=1762;SC=TTGCCTCCTGCTGGGGGTGGG;SOR=0.815;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=79;TCF=41;TCR=38;TR=79;WE=11461300;WS=11461282;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr12	11461706	rs12308381	G	T	1173.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.026;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=257;ExcessHet=3.0103;FS=10.565;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.43;MQRankSum=-9.205;QD=4.62;ReadPosRankSum=-2.726;SOR=0.725;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:187,67:0.26:254
chr12	11461742	.	C	T	109.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.055;ClippingRankSum=0.000;DP=230;ExcessHet=3.0103;FS=3.380;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.18;MQRankSum=-8.855;QD=0.49;ReadPosRankSum=-3.412;SOR=0.741;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:206,18:0.08:224
chr12	11461836	rs6488386	T	C	5397.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=33;NR=77;PP=2478;SC=GTGGGGGACATACGGCATTCA;SOR=1.298;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=110;TCF=33;TCR=77;TR=110;WE=11461844;WS=11461826;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,198:1.00:198
chr12	11462275	rs1834857	A	G	5867.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=91;NR=67;PP=2965;SC=AAGGGAGTCAAAACAGATTGA;SOR=0.980;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=158;TCF=91;TCR=67;TR=158;WE=11462283;WS=11462265;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,211:1.00:211
chr12	11506211	rs76504934	A	C	1806.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=57.78;QD=25.81;SOR=0.874;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr12	11506749	.	T	C	465.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.68;BaseQRankSum=0.095;ClippingRankSum=0.000;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.375;HP=3;HapScore=2;MGOF=30;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-6.424;NF=8;NR=15;PP=250;ReadPosRankSum=-3.078;SC=GTCCTTGTGGTTTTCCTGGAG;SOR=0.944;SbPval=0.16;Source=Platypus;TC=71;TCF=36;TCR=35;TR=23;WE=11506757;WS=11506739;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,31:0.30:105
chr12	11506893	rs10845341	C	T	2703.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.25;QD=25.27;SOR=0.916;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr12	11546742	rs201044388	T	C	343.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.502;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FS=3.408;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.68;MQRankSum=-4.516;QD=2.08;ReadPosRankSum=3.150;SOR=0.418;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:127,38:0.23:165
chr12	11803220	rs2856305	A	C	478.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=39.90;SOR=2.670;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr12	11904983	rs2724600	A	G	553.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=13;PP=353;SC=AGAAGAGAAAACATGGCTTTA;SOR=3.500;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=14;TCF=1;TCR=13;TR=14;WE=11904991;WS=11904973;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr12	12006544	rs17210957	G	A	1925.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.550;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.386;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=41;PP=999;ReadPosRankSum=-0.375;SC=GACAAATCCAGGAAGTTTAAT;SOR=0.413;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=106;TCF=37;TCR=69;TR=66;WE=12006552;WS=12006534;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,87:0.64:137
chr12	12044393	rs71435871	T	TTA	581.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=36.36;SOR=2.584;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr12	12230938	rs1641721	C	G	819.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=0.100;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.019;HP=6;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=19;PP=465;ReadPosRankSum=0.267;SC=GGAAATTGAACAAAATCAGTT;SOR=0.990;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=49;TCF=12;TCR=37;TR=24;WE=12230946;WS=12230928;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,36:0.49:74
chr12	12240199	rs879732	C	T	7496.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=295;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.50;SOR=0.735;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,294:1.00:294
chr12	12247921	rs71435888	AT	A	326.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.314;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FS=0.856;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.07;MQRankSum=1.426;QD=2.94;ReadPosRankSum=1.125;SOR=0.578;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:68,43:0.39:111
chr12	12251711	rs2448031	C	T	2477.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=55;NR=15;PP=1644;SC=TAGCTGATGTCTTCCTTGCAG;SOR=2.275;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=70;TCF=55;TCR=15;TR=70;WE=12251719;WS=12251701;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr12	12251761	rs1797646	C	G	4213.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=2.113;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.208;HP=4;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=77;NR=38;PP=2122;ReadPosRankSum=-0.551;SC=AACCCTCCCCCAAACTAACAT;SOR=1.090;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=116;TCF=77;TCR=39;TR=115;WE=12251769;WS=12251751;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,165:0.99:166
chr12	12252078	rs1797647	T	G	1286.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=33;PP=945;SC=TCAGGAGAGGTCTCGTTCGTC;SOR=3.664;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=36;TCF=3;TCR=33;TR=36;WE=12252086;WS=12252068;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr12	12265118	rs55833207	CA	C	808.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=22.46;SOR=4.294;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr12	12268094	.	G	A	2137.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.270;ClippingRankSum=0.000;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.027;HP=6;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=17;PP=1015;ReadPosRankSum=-1.280;SC=CCTATCTGGGGAAAAAAGGAC;SOR=0.987;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=135;TCF=86;TCR=49;TR=59;WE=12268102;WS=12268083;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:106,103:0.49:209
chr12	12278468	rs2302684	A	T	100.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-1.122;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=4;PP=47;ReadPosRankSum=-0.637;SC=ACAGTGAAGTAGTCTGATTTT;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=1;TCR=9;TR=4;WE=12278476;WS=12278458;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,5:0.45:11
chr12	12301898	rs2302685	C	T	732.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=0.949;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.595;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=6;PP=404;ReadPosRankSum=0.316;SC=TTTACCACAACGGCTCGAGGT;SOR=1.284;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=63;TCF=46;TCR=17;TR=28;WE=12301906;WS=12301888;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,34:0.47:72
chr12	12397668	rs10219768	T	A	2694.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.77;SOR=3.021;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr12	12397668	.	TTA	ATT	1157	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;FR=1.0000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=7;NR=43;PP=1157;QD=24.2093574972;SC=TCAAATCGGTTTAAGTGAGCA;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=51;TCF=7;TCR=44;TR=50;WE=12397678;WS=12397658;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:1,50:0.98:51
chr12	12397670	rs10219748	A	T	2694.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.18;SOR=3.150;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr12	12483275	rs1861676	G	A	5175.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.798;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=60;PP=2525;ReadPosRankSum=-0.812;SC=TTCAAAGTTAGGTTGGAGATT;SOR=0.724;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=127;TCF=66;TCR=61;TR=124;WE=12483283;WS=12483265;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,193:0.99:195
chr12	12483713	rs4763282	A	G	6516.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=92;NR=77;PP=2965;SC=AGTTTCTCCAAGTGATCTGAG;SOR=0.853;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=169;TCF=92;TCR=77;TR=169;WE=12483721;WS=12483703;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,227:1.00:227
chr12	12483927	rs4763818	G	A	3833.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.870;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=67;PP=1931;ReadPosRankSum=-1.627;SC=GAAGGCTTATGTAACTCCATG;SOR=1.406;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=97;TCF=30;TCR=67;TR=97;WE=12483935;WS=12483917;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,144:0.99:146
chr12	12510097	rs10772552	C	T	735.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-2.129;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=20;PP=485;ReadPosRankSum=-0.007;SC=TGCGGCAAAGCCAGTGTCATC;SOR=0.580;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=60;TCF=11;TCR=49;TR=24;WE=12510105;WS=12510087;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,32:0.44:72
chr12	12618715	rs967648	T	C	3274.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=95;PP=2298;SC=CTGTAGCTGCTGCCCGGCCTG;SOR=3.500;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=110;TCF=15;TCR=95;TR=110;WE=12618723;WS=12618705;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr12	12630346	rs12815760	G	A	3940.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=3.227;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=415;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=56;PP=1894;ReadPosRankSum=-0.466;SC=AAGGCCTGGCGGTCTGCAGCT;SOR=0.706;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=251;TCF=125;TCR=126;TR=109;WE=12630354;WS=12630336;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:221,186:0.46:407
chr12	12790737	rs10845599	G	A	566.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=1.171;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.456;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=18;PP=353;ReadPosRankSum=0.707;SC=CACTTTGGGAGGCCGAGGTGG;SOR=0.414;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=60;TCF=12;TCR=48;TR=22;WE=12790745;WS=12790727;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,27:0.40:67
chr12	12814818	rs4763862	C	T	6647.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=251;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=70;NR=93;PP=2965;SC=GCATCAAAGACCCACGATGCC;SOR=0.890;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=164;TCF=71;TCR=93;TR=163;WE=12814826;WS=12814808;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,242:1.00:242
chr12	12871099	rs2066827	T	G	3296.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=3.346;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=315;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=61;PP=2068;ReadPosRankSum=-0.250;SC=AGCCAGGATGTCAGCGGGAGC;SOR=0.698;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=261;TCF=127;TCR=134;TR=120;WE=12871107;WS=12871089;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:162,146:0.47:308
chr12	12879057	rs34323	G	A	1042.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.174;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.214;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=24;PP=617;ReadPosRankSum=-0.142;SC=CGGGAGGGTGGAGGTGGCCCG;SOR=1.073;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=81;TCF=24;TCR=57;TR=35;WE=12879065;WS=12879047;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,41:0.59:69
chr12	12967127	rs1051374	C	T	5061.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.932;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=482;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.518;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=80;PP=2275;ReadPosRankSum=-1.521;SC=CCACCAAGATCCAGATTGAAG;SOR=0.650;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=293;TCF=125;TCR=168;TR=143;WE=12967135;WS=12967117;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:236,239:0.50:475
chr12	12967264	rs3741826	C	G	822.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-4.408;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=29;PP=594;ReadPosRankSum=-0.386;SC=GATATGGTCACTAAAGGTACA;SOR=1.063;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=62;TCF=3;TCR=59;TR=29;WE=12967272;WS=12967254;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,33:0.50:66
chr12	12974543	rs76984957	G	A	909.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-1.638;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=17;PP=494;ReadPosRankSum=-1.110;SC=AGTGGACTGTGGAAAAAATTA;SOR=0.623;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=78;TCF=46;TCR=32;TR=39;WE=12974551;WS=12974533;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,47:0.46:103
chr12	12980446	rs12425168	G	T	618.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-2.030;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.144;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=17;PP=322;ReadPosRankSum=0.006;SC=AAACTAAGGTGCAGAGATGGT;SOR=0.436;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=59;TCF=9;TCR=50;TR=20;WE=12980454;WS=12980436;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,29:0.41:71
chr12	13028653	rs10845659	A	G	3874.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=41;NR=51;PP=1847;SC=TACCCCCTCCAGGCCCCCAGC;SOR=0.886;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=93;TCF=42;TCR=51;TR=92;WE=13028661;WS=13028643;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,145:1.00:145
chr12	13101454	rs7294444	G	T	982.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.63;BaseQRankSum=1.650;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.581;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=16;PP=386;ReadPosRankSum=0.352;SC=TATGTGTGCTGTACAATATAT;SOR=0.923;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=47;TCF=21;TCR=26;TR=25;WE=13101462;WS=13101444;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,50:0.50:101
chr12	13102605	rs4630382	G	A	5737.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=2.598;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=488;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=87;NR=88;PP=2862;ReadPosRankSum=1.213;SC=CGACCGGGTCGTCCCACTGGG;SOR=0.701;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=320;TCF=158;TCR=162;TR=175;WE=13102613;WS=13102595;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:216,266:0.55:482
chr12	13136623	rs735689	T	C	4203.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.234;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=448;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.741;HP=5;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=74;NR=60;PP=2050;ReadPosRankSum=-0.261;SC=AACTCCGTGTTAAAAATTCCA;SOR=0.869;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=275;TCF=144;TCR=131;TR=134;WE=13136631;WS=13136613;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:214,220:0.51:434
chr12	13142174	rs850918	C	G	431.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=2.120;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.322;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=4;PP=280;ReadPosRankSum=2.454;SC=CAAAGCTGGTCCCCGAGACCA;SOR=0.434;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=36;TCF=26;TCR=10;TR=16;WE=13142182;WS=13142164;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,19:0.44:43
chr12	13153126	.	C	CGGCGGCAGGGCGGCAGGGCGGCAG	2786.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.877;ClippingRankSum=0.000;DP=415;ExcessHet=3.0103;FS=2.314;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.52;MQRankSum=9.837;QD=16.79;ReadPosRankSum=-1.635;SOR=0.493;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:84,82:0.49:166
chr12	13153388	.	G	GGCAGCAGTCCAGCAGTGCAGCAGT	1168.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.267;ClippingRankSum=0.000;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=5.952;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.71;ReadPosRankSum=-0.615;SOR=1.534;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,25:0.38:66
chr12	13153773	rs1291364	T	C	282.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-2.549;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.615;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=12;PP=153;ReadPosRankSum=-0.249;SC=TCTTGGTAGCTGTCCCTCTAC;SOR=1.199;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=34;TCF=4;TCR=30;TR=13;WE=13153781;WS=13153763;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,16:0.36:44
chr12	13154077	rs67498669	C	T	203.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=-0.421;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=2;PP=47;ReadPosRankSum=0.140;SC=GCTGCCTGATCCTCCATTGCT;SOR=0.569;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=13;TCF=8;TCR=5;TR=5;WE=13154085;WS=13154067;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,11:0.48:23
chr12	13154105	rs9919709	A	T	198.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.61;BaseQRankSum=0.305;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=2;PP=44;ReadPosRankSum=0.433;SC=GCGCGGGTGCAGCGGGCTGTG;SOR=0.714;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=14;TCF=8;TCR=6;TR=5;WE=13154113;WS=13154095;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,11:0.46:24
chr12	13154123	rs61912779	G	C	189.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.521;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.04;ReadPosRankSum=-1.678;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,11:0.52:21
chr12	13154582	rs59113920	CG	C	1380.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.233;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.599;NF=16;NR=13;PP=819;ReadPosRankSum=0.606;SC=ATCTGCTGAGCGGGGGCCCCC;SOR=0.689;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=75;TCF=45;TCR=30;TR=29;WE=13154590;WS=13154572;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,56:0.44:126
chr12	13154790	rs1291363	G	C	3878.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.438;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=395;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.274;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-1.485;NF=67;NR=55;PP=2083;ReadPosRankSum=-1.372;SC=CCAACTACCTGATCGTGTCCA;SOR=0.434;SbPval=0.4;Source=Platypus;TCF=155;TR=122;WE=13154798;WS=13154780;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:200,181:0.48:381
chr12	13154911	rs1291362	A	G	5572.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-2.127;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=661;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.524;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=87;NR=84;PP=2374;ReadPosRankSum=-1.337;SC=CGTCTTCTCCATGAATGTCAT;SOR=0.617;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=412;TCF=218;TCR=194;TR=171;WE=13154919;WS=13154901;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:362,288:0.44:650
chr12	13155166	rs1291361	G	T	4033.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.248;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=399;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=83;PP=2314;ReadPosRankSum=0.095;SC=CTCCACCGCAGTGGCATCCTA;SOR=0.713;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=283;TCF=121;TCR=162;TR=145;WE=13155174;WS=13155156;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:197,188:0.49:385
chr12	13211212	rs6488582	G	A	1781.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=49;NR=13;PP=1366;SC=TTTGTTTTATGTACAGTGTCC;SOR=2.303;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=62;TCF=49;TCR=13;TR=62;WE=13211220;WS=13211202;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr12	13214537	rs3741818	A	G	2844.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=56;NR=21;PP=1632;SC=CTAATCTTGTATGCCTTTCGG;SOR=1.755;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=77;TCF=56;TCR=21;TR=77;WE=13214545;WS=13214527;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr12	13215685	rs2200498	C	A	1670.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.901;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=11;PP=835;ReadPosRankSum=1.671;SC=TGTTCAGCCCCTTGCGTCTTT;SOR=0.514;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=29;TCR=11;TR=40;WE=13215693;WS=13215675;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,64:0.98:65
chr12	13221606	rs1386005	T	C	10374.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=393;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=106;NR=123;PP=2965;SC=AGACATTAGATTTCCTTCTGC;SOR=0.795;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=229;TCF=106;TCR=123;TR=229;WE=13221614;WS=13221596;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,391:1.00:391
chr12	13233605	rs113370937	G	T	1245.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.960;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FS=1.429;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.13;ReadPosRankSum=-0.996;SOR=0.794;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:59,64:0.52:123
chr12	13248445	rs2291396	C	A	1667.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=-1.620;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.102;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=21;PP=782;ReadPosRankSum=1.358;SC=GACAACAGATCGATGAGGCAG;SOR=0.586;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=100;TCF=66;TCR=34;TR=53;WE=13248453;WS=13248435;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:117,89:0.43:206
chr12	13256353	rs10772620	A	G	2271.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.127;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=268;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.440;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=27;PP=1270;ReadPosRankSum=-0.127;SC=AGCAGTAAAGATATGTGTATG;SOR=0.479;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=185;TCF=129;TCR=56;TR=79;WE=13256361;WS=13256343;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:145,111:0.43:256
chr12	13294280	rs7978768	C	A	6566.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=250;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=106;NR=59;PP=2965;SC=CCTCTGGTGCCTGACCATAAC;SOR=1.183;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=166;TCF=106;TCR=60;TR=165;WE=13294288;WS=13294270;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,246:1.00:246
chr12	13369196	rs8885	C	T	382.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=1.921;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=0;PP=252;ReadPosRankSum=1.388;SC=TTCTCCTCATCCATTTCTTTT;SOR=0.941;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=23;TCF=23;TCR=0;TR=12;WE=13369204;WS=13369186;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,14:0.56:25
chr12	13526328	rs17821405	G	T	1454.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.348;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.281;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=31;PP=756;ReadPosRankSum=0.865;SC=GTCTACGAGCGCTCTGACTCT;SOR=0.579;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=109;TCF=40;TCR=69;TR=51;WE=13526336;WS=13526318;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,71:0.46:155
chr12	13529068	rs4763975	A	G	211.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=2.420;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=1;PP=168;ReadPosRankSum=-0.624;SC=AATGAAATCTAAAACTCAGAA;SOR=0.512;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=20;TCF=18;TCR=2;TR=10;WE=13529076;WS=13529063;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,9:0.45:20
chr12	13529105	rs12579519	A	C	321.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-0.195;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=3;PP=173;ReadPosRankSum=1.386;SC=AGTCCAAAGCAGACCTTGTCT;SOR=0.892;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=27;TCF=20;TCR=7;TR=13;WE=13529113;WS=13529095;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,15:0.54:28
chr12	13529401	rs7957232	T	C	582.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=3.028;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.066;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=19;PP=440;ReadPosRankSum=0.350;SC=ATAGATATAATACAATGAATA;SOR=1.501;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=46;TCF=10;TCR=36;TR=22;WE=13529409;WS=13529391;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,24:0.50:48
chr12	13716638	rs1806191	G	A	3507.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.132;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=345;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.492;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=56;PP=1974;ReadPosRankSum=0.088;SC=CGTGCTTGATGTGAGACCTGT;SOR=0.658;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=245;TCF=122;TCR=123;TR=117;WE=13716646;WS=13716628;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:178,161:0.47:339
chr12	13717508	rs1806201	G	A	4076.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.763;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=383;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.172;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=72;PP=2251;ReadPosRankSum=1.681;SC=TCATGGTTGCGGTGGGGGAGT;SOR=0.587;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=272;TCF=117;TCR=155;TR=131;WE=13717516;WS=13717498;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:191,188:0.50:379
chr12	13720043	rs3026160	G	A	3087.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.968;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=334;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=52;PP=1600;ReadPosRankSum=-1.622;SC=AAAGGTGTTCGCAGATGAAGG;SOR=0.695;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=215;TCF=106;TCR=109;TR=102;WE=13720051;WS=13720033;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:169,151:0.47:320
chr12	13720272	rs4764010	A	G	1645.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=17;NR=38;PP=983;SC=GAGAAAGAGGAGTATTGAGCA;SOR=1.573;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=57;TCF=17;TCR=40;TR=55;WE=13720280;WS=13720262;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr12	13764774	rs1805482	G	A	9370.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=360;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=110;NR=119;PP=2965;SC=ATACGTCAGCGCTGAATGGCT;SOR=0.739;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=229;TCF=110;TCR=119;TR=229;WE=13764782;WS=13764764;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,358:1.00:358
chr12	13768354	rs1468845	C	T	5428.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=113;NR=54;PP=2965;SC=AAAGTGAGCACGTTTTAAACT;SOR=1.440;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=168;TCF=114;TCR=54;TR=167;WE=13768362;WS=13768344;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,202:1.00:202
chr12	13769664	rs1805199	T	C	2710.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=19;NR=60;PP=1371;SC=CAGTATTGTCTGAACAATCCC;SOR=1.747;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=80;TCF=19;TCR=61;TR=79;WE=13769672;WS=13769654;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr12	14018777	rs7301328	G	C	1887.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-2.300;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.285;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=16;PP=692;ReadPosRankSum=-1.245;SC=TGCCCAGGATGGGGGTGAGAG;SOR=0.460;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=86;TCF=58;TCR=28;TR=47;WE=14018785;WS=14018767;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,86:0.63:136
chr12	14579235	rs11055969	A	C	414.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.843;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.521;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=3;PP=234;ReadPosRankSum=0.093;SC=GAAACTTTCTAAGCCTGTGGA;SOR=0.065;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=25;TCF=20;TCR=5;TR=15;WE=14579243;WS=14579225;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,18:0.69:26
chr12	14579463	.	C	CT	348.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.977;ClippingRankSum=0.000;DP=99;ExcessHet=3.0103;FS=4.308;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.44;MQRankSum=1.722;QD=4.91;ReadPosRankSum=-1.337;SOR=0.243;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,30:0.42:71
chr12	14587301	rs3213764	A	G	497.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=1.901;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.617;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=5;PP=252;ReadPosRankSum=1.195;SC=AAGGACAACAAACCTGAGGAA;SOR=1.283;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=43;TCF=26;TCR=17;TR=18;WE=14587309;WS=14587291;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,25:0.40:62
chr12	14587447	rs12815453	A	G	171.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-1.594;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=7;PP=116;ReadPosRankSum=0.825;SC=TTTTTTGCCCATGAAATAATT;SOR=0.836;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=15;TCF=2;TCR=13;TR=8;WE=14587455;WS=14587437;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,8:0.53:15
chr12	14590981	rs10734876	T	C	713.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=5;PP=209;SC=AGCGAGACTCTGTCTCAAAAA;SOR=0.906;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=14;TCF=9;TCR=5;TR=14;WE=14590989;WS=14590971;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr12	14591220	rs4479040	G	A	481.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-0.804;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.481;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=15;PP=304;ReadPosRankSum=0.697;SC=ATTGACTTGAGTTGTATACTC;SOR=0.444;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=31;TCF=7;TCR=24;TR=20;WE=14591228;WS=14591210;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,22:0.59:37
chr12	14599904	rs5796595	C	CT	371.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.468;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.55;MQRankSum=0.995;QD=10.05;ReadPosRankSum=0.657;SOR=0.634;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,26:0.70:37
chr12	14628705	rs7298275	A	G	610.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=16;NR=3;PP=446;SC=CAGCCATTTAAGGGTCCAGAT;SOR=3.056;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=19;TCF=16;TCR=3;TR=19;WE=14628713;WS=14628695;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr12	14628773	rs7313259	C	T	814.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=0.480;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.742;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=10;PP=445;ReadPosRankSum=-0.890;SC=TTTTTTAACACGTATATCTGC;SOR=0.917;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=57;TCF=39;TCR=18;TR=31;WE=14628781;WS=14628763;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,42:0.46:91
chr12	14634392	rs140044044	C	CAGTT	682.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=11;NR=2;PP=725;SC=ATGCATATGTCAGCTAGATTT;SOR=3.258;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=11;TCR=2;TR=13;WE=14634400;WS=14634382;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr12	14656768	rs1600	G	C	2053.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.682;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=23;PP=911;ReadPosRankSum=0.534;SC=TAGACCTCTGGCATGCCCTGA;SOR=0.658;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=110;TCF=64;TCR=46;TR=55;WE=14656776;WS=14656758;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,97:0.52:187
chr12	14664595	rs10846013	A	G	2238.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=3.579;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.579;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=53;PP=1301;ReadPosRankSum=0.387;SC=GTCTGCAGCAATATCAATCCA;SOR=1.171;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=147;TCF=43;TCR=104;TR=68;WE=14664603;WS=14664585;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:94,96:0.51:190
chr12	14688644	rs7957558	C	T	6254.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=236;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=109;NR=53;PP=2965;SC=TTATCTATGACGTTGAAGTCC;SOR=1.274;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=162;TCF=109;TCR=53;TR=162;WE=14688652;WS=14688634;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,235:1.00:235
chr12	14689449	rs35754761	T	G	1478.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.177;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=18;PP=1875;ReadPosRankSum=-0.995;SC=TTGGGCGCTATATAGAAAAAG;SOR=0.648;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=88;TCF=55;TCR=33;TR=48;WE=14689459;WS=14689439;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,70:0.54:130
chr12	14689451	rs1345531	T	C	1262.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.760;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=15;PP=1362;ReadPosRankSum=0.328;SC=GGGCGCTATATAGAAAAAGTC;SOR=0.741;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=91;TCF=57;TCR=34;TR=41;WE=14689459;WS=14689439;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,63:0.46:136
chr12	14694993	rs1862014	G	C	646.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=14;NR=4;PP=393;SC=CATGCCATTAGCAAAAAGTGC;SOR=2.030;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=14;TCR=4;TR=18;WE=14695001;WS=14694983;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr12	14720366	rs10846023	C	T	202.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-3.214;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=1;PP=116;ReadPosRankSum=0.253;SC=AGGGCTGGAGCGAGACCGCCG;SOR=0.458;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=14;TCF=12;TCR=2;TR=7;WE=14720374;WS=14720358;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,9:0.56:16
chr12	14720554	rs147342083	GGCA	G,TGCA	3312.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.226;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=4;MGOF=16;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-5.310;NF=11,28;NR=22,19;PP=2484,2183;ReadPosRankSum=1.824;SC=TAACAACAGCGGCAGCAGCAG;SOR=0.864;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=77;TCF=22;TCR=55;TR=33,47;WE=14720567;WS=14720544;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.60,0.37:154
chr12	14720583	rs7954623	T	C	4566.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=55;NR=51;PP=1834;SC=GCAGAAGCGGTGGCGGCTGTG;SOR=0.717;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=106;TCF=55;TCR=51;TR=106;WE=14720591;WS=14720573;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,166:1.00:166
chr12	14769468	rs1558795	G	A	873.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=19;NR=6;PP=577;SC=GAGTACAGAAGAGGATTAGCA;SOR=2.019;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=19;TCR=6;TR=25;WE=14769476;WS=14769458;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr12	14774849	rs7302418	T	A	1610.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=40;NR=8;PP=1095;SC=ACTAGAGCGGTCAAGAGTAGT;SOR=2.712;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=49;TCF=40;TCR=9;TR=48;WE=14774857;WS=14774839;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr12	14775214	rs2287538	T	C	759.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=21;PP=612;SC=GTAGTAGTGATTGTCTACCAA;SOR=3.442;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=24;TCF=3;TCR=21;TR=24;WE=14775222;WS=14775204;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr12	14781503	rs4764105	A	T	451.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=13;NR=0;PP=353;SC=TTCTCATTCTAAGGTGCCACT;SOR=5.421;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=13;TCR=0;TR=13;WE=14781511;WS=14781493;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr12	14781678	rs3217210	G	GA	2671.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.419;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.24;MQRankSum=0.414;QD=21.37;ReadPosRankSum=1.722;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:6,119:0.95:125
chr12	14794062	rs10772800	G	A	2815.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=36;NR=28;PP=1162;SC=CTTTCCGCAGGATGATCTCCT;SOR=0.827;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=64;TCF=36;TCR=28;TR=64;WE=14794070;WS=14794052;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr12	14804994	rs7313027	G	C	1726.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=10;NR=35;PP=1099;SC=TTAGGAGACAGTGTTGTGGTG;SOR=2.147;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=45;TCF=10;TCR=35;TR=45;WE=14805002;WS=14804984;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr12	14822855	rs7314345	G	A	946.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=29;PP=758;SC=ACACAATGACGCTTGATTTCC;SOR=5.486;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=30;TCF=1;TCR=29;TR=30;WE=14822863;WS=14822845;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr12	14827463	rs3217157	AATC	A	16502.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=379;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=49;NR=101;PP=2967;SC=TTAGCTGTGGAATCATCTATT;SOR=0.879;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=156;TCF=54;TCR=102;TR=150;WE=14827473;WS=14827453;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,372:1.00:372
chr12	14829893	rs1420635	A	C	6469.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=250;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=68;NR=80;PP=2954;SC=CATTGTCCTCAAAGTACTGGT;SOR=0.795;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=149;TCF=68;TCR=81;TR=148;WE=14829901;WS=14829883;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,246:1.00:246
chr12	14832830	rs11336448	CT	C	207.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=17.31;SOR=2.670;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr12	14834421	rs56944147	GA	G	16818.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=410;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=24;NR=135;PP=2969;SC=CCTGGAATAGGAAAAAGAGAA;SOR=0.869;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=169;TCF=25;TCR=144;TR=159;WE=14834435;WS=14834411;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,379:1.00:379
chr12	14834427	rs58911033	G	T	17012.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=388;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=109;NR=137;PP=2965;SC=ATAGGAAAAAGAGAAACTAAA;SOR=0.872;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=249;TCF=110;TCR=139;TR=246;WE=14834435;WS=14834411;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,386:1.00:386
chr12	14923522	rs12818627	T	C	354.22	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=2.141;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=5.898;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=1;PP=267;ReadPosRankSum=0.553;SC=GTTCTCCCCGTGCCCGCCAAG;SOR=3.767;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=14;TCF=12;TCR=2;TR=12;WE=14923530;WS=14923512;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,13:0.87:15
chr12	14924028	rs16910259	A	G	13740.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-0.862;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=535;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=124;NR=187;PP=2965;ReadPosRankSum=1.569;SC=TTCTGAAATCACAGCGCCTAC;SOR=0.973;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=313;TCF=125;TCR=188;TR=311;WE=14924036;WS=14924018;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,523:0.99:527
chr12	14928195	rs66661591	T	C	1610.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=34;NR=7;PP=888;SC=TGAGGCCTCCTTCGGAATTAT;SOR=2.107;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=34;TCR=7;TR=41;WE=14928203;WS=14928185;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr12	14975721	rs11610238	C	T	381.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=10;NR=2;PP=268;SC=TTTGTTTCAACGTATGTATAG;SOR=2.833;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=10;TCR=2;TR=12;WE=14975729;WS=14975717;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr12	14976553	rs17761825	G	C	4165.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=32;NR=74;PP=2520;SC=TCCAAAAAGCGATAAAGACTA;SOR=1.530;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=106;TCF=32;TCR=74;TR=106;WE=14976561;WS=14976543;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,146:1.00:146
chr12	14993439	rs11276	C	T	914.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.786;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=13;PP=392;ReadPosRankSum=0.269;SC=TGCAACCAGTCTCCTCTTGGG;SOR=0.684;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=70;TCF=43;TCR=27;TR=33;WE=14993447;WS=14993429;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,47:0.44:106
chr12	14993608	rs3088189	G	A	1227.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.798;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.456;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=23;PP=609;ReadPosRankSum=2.223;SC=GGGATGTGGAGAGGAATTGGC;SOR=0.531;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=85;TCF=35;TCR=50;TR=41;WE=14993616;WS=14993598;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,59:0.48:122
chr12	14993854	rs1861698	A	G	3195.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.190;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=346;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.398;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=38;PP=1365;ReadPosRankSum=-0.396;SC=TGTTCAATGTATAAAACAAAA;SOR=0.730;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=225;TCF=127;TCR=98;TR=91;WE=14993862;WS=14993844;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:178,157:0.47:335
chr12	15034996	rs2430735	T	A	2974.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=64;NR=20;PP=1744;SC=TATGTATTTCTGTAATGCTGC;SOR=1.970;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=84;TCF=64;TCR=20;TR=84;WE=15035004;WS=15034986;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr12	15035081	rs4236	T	C	4067.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.353;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=344;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.297;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=73;NR=39;PP=1883;ReadPosRankSum=1.352;SC=TCTCATTTGGTCCCTCGGCGC;SOR=0.787;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=206;TCF=129;TCR=77;TR=112;WE=15035089;WS=15035071;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:153,190:0.55:343
chr12	15037187	.	T	TA	39	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;FR=0.5000;HP=10;HapScore=2;MGOF=4;MMLQ=28;MQ=60.0;NF=1;NR=3;PP=39;QD=12.75;SC=ATTCTGAAATTAAAAAAAAAA;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=14;TCF=2;TCR=12;TR=4;WE=15037195;WS=15037177;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:10,4:0.29:14
chr12	15038788	rs1800801	C	T	306.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.883;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.111;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=8;PP=106;ReadPosRankSum=-0.573;SC=GAGGCTCCTACGGGATGTTAG;SOR=0.876;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=35;TCF=13;TCR=22;TR=11;WE=15038796;WS=15038778;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,18:0.36:50
chr12	15081897	rs2445371	AG	CA	17236.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.215;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=395;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=104;NR=135;PP=2947;ReadPosRankSum=-0.689;SC=CCAGCTGGCAAGTCTCCTTCA;SOR=0.292;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=244;TCF=107;TCR=137;TR=239;WE=15081906;WS=15081887;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,390:1.00:391
chr12	15082004	rs11056244	T	A	2443.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=16;NR=58;PP=1712;SC=GCTTCCTGACTATTTTTCTAG;SOR=2.448;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=74;TCF=16;TCR=58;TR=74;WE=15082012;WS=15081994;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr12	15090762	rs3748296	G	C	691.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=1.146;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.741;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=4;PP=331;ReadPosRankSum=-0.232;SC=AATCAAACTGGGTGGCTGTCT;SOR=1.781;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=21;TCF=16;TCR=5;TR=19;WE=15090770;WS=15090752;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,27:0.93:29
chr12	15090837	rs3748297	A	G	2826.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=0.700;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=19;PP=1089;ReadPosRankSum=-0.952;SC=TGGTTCCCTTAAGGTAGAACA;SOR=1.077;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=58;TCF=38;TCR=20;TR=56;WE=15090845;WS=15090827;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,108:0.98:110
chr12	15091221	rs11432737	A	AT	9888.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=256;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=78;NR=61;PP=2957;SC=GGCAAAATGCACTTATCCAGG;SOR=1.749;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=144;TCF=81;TCR=63;TR=139;WE=15091229;WS=15091211;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,246:1.00:246
chr12	15095558	rs4703	C	G	1935.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.316;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FS=3.860;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.05;ReadPosRankSum=1.685;SOR=0.516;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:113,101:0.47:214
chr12	15095707	rs10772822	T	C	1803.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=13;NR=26;PP=874;SC=AGGAAAAACATACACTGCAAA;SOR=1.146;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=39;TCF=13;TCR=26;TR=39;WE=15095715;WS=15095697;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr12	15100684	rs7979291	C	T	266.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=1.170;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=2;PP=190;ReadPosRankSum=0.948;SC=ATTCCAGACCCAGCTTGGGGG;SOR=1.329;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=15;TCF=12;TCR=3;TR=11;WE=15100692;WS=15100678;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,11:0.73:15
chr12	15101034	rs71926892	G	GCGCGCACA	817.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.460;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=62.32;MQRankSum=1.718;QD=16.35;ReadPosRankSum=-2.571;SOR=0.420;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,23:0.46:50
chr12	15101072	rs4764142	T	G	322.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-2.018;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=57;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=13;PP=300;ReadPosRankSum=2.179;SC=ACACACACACTTAATGCCTGA;SOR=0.368;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=25;TCF=3;TCR=22;TR=15;WE=15101080;WS=15101062;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,9:0.53:17
chr12	15103605	rs2430711	A	G	5039.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=64;NR=72;PP=2478;SC=GCTCATCATCATCATCCTCCT;SOR=0.778;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=136;TCF=64;TCR=72;TR=136;WE=15103613;WS=15103595;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,194:1.00:194
chr12	15131110	rs75300825	T	C	543.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.081;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.273;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=7;PP=122;ReadPosRankSum=-0.998;SC=AAAAACTTTCTATTACTTTCT;SOR=0.436;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=27;TCF=9;TCR=18;TR=11;WE=15131118;WS=15131100;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,28:0.52:54
chr12	15131995	rs2233623	C	A	604.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=20;NR=0;PP=506;SC=GAGTTTCTCACATACAAACAC;SOR=6.091;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=20;TCR=0;TR=20;WE=15132003;WS=15131985;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr12	15134353	rs2230872	A	G	2340.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.837;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.772;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=26;PP=1138;ReadPosRankSum=-1.092;SC=TGATTTGTCCATGGGAGGCAT;SOR=1.069;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=158;TCF=100;TCR=58;TR=82;WE=15134361;WS=15134343;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:99,115:0.54:214
chr12	15652330	rs4764197	T	C	955.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=28;NR=2;PP=787;SC=AAGTGTGTGATGTTTAGAAGA;SOR=4.615;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=31;TCF=29;TCR=2;TR=30;WE=15652338;WS=15652320;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr12	15652636	rs3838355	AAT	A	891.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=0;NR=22;PP=994;SC=AAAGAAAGAAAATATATATGT;SOR=6.358;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=26;TCF=0;TCR=26;TR=22;WE=15652645;WS=15652626;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr12	15656832	rs4764199	T	A	1761.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=42;NR=12;PP=1175;SC=CTTTTTTATATATGATTTAGA;SOR=2.194;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=54;TCF=42;TCR=12;TR=54;WE=15656840;WS=15656822;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr12	15661441	rs888163	A	G	1591.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=29;NR=10;PP=699;SC=TTTTTAAACCAGAATCTTTTA;SOR=1.430;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=39;TCF=29;TCR=10;TR=39;WE=15661449;WS=15661431;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr12	15677992	rs960666	A	T	377.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.709;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.463;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=11;PP=206;ReadPosRankSum=-0.424;SC=GACACGTCAAATGTTTGCATA;SOR=0.426;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=32;TCF=7;TCR=25;TR=14;WE=15678000;WS=15677982;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,18:0.49:37
chr12	15679120	rs6488782	C	A	3079.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.940;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=304;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.902;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=55;PP=1559;ReadPosRankSum=-0.358;SC=TGCCTCCAGGCGACATCTATA;SOR=0.824;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=185;TCF=83;TCR=102;TR=95;WE=15679128;WS=15679110;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:155,148:0.49:303
chr12	15679208	rs7134888	G	A	1335.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.346;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.530;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=40;PP=877;ReadPosRankSum=0.479;SC=TAAGAAGAGTGCACAGAGATG;SOR=1.210;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=104;TCF=34;TCR=70;TR=55;WE=15679216;WS=15679198;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,63:0.47:135
chr12	15702202	rs10541885	AAT	A	94.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.730;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.35;ReadPosRankSum=0.120;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:61,9:0.13:70
chr12	15731724	rs5796639	T	TG	7399.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=60;NR=37;PP=2936;SC=AATAAACCAGTTGAACAATAA;SOR=1.584;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=100;TCF=63;TCR=37;TR=97;WE=15731732;WS=15731714;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,182:1.00:182
chr12	15731744	rs1024843	C	T	7573.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=1.360;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=296;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=1.667;HP=2;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.302;NF=120;NR=57;PP=2965;ReadPosRankSum=1.488;SC=ATCCAATTCACACCACGTATG;SOR=1.247;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=179;TCF=121;TCR=58;TR=177;WE=15731752;WS=15731734;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:6,289:0.98:295
chr12	15742313	rs34222753	GA	G	874.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.139;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FS=2.541;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.28;MQRankSum=0.776;QD=12.15;ReadPosRankSum=0.830;SOR=0.334;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,57:0.79:72
chr12	15748020	rs1558787	C	T	2641.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=23;NR=48;PP=1376;SC=TCCACGAGTGCTCAGTCTTAG;SOR=1.321;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=71;TCF=23;TCR=48;TR=71;WE=15748028;WS=15748010;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr12	15777486	rs4623959	T	C	133.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=22.31;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr12	15803992	rs4237955	T	C	3646.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=22;NR=62;PP=1618;SC=AATGTATCCATGCTCACAGTT;SOR=1.431;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=84;TCF=22;TCR=62;TR=84;WE=15804000;WS=15803982;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,140:1.00:140
chr12	15818880	rs4363660	T	A	746.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=15;PP=414;SC=CTATAACATATCAATTAACTC;SOR=1.609;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=21;TCF=6;TCR=15;TR=21;WE=15818888;WS=15818870;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr12	15822229	rs4237957	A	C	2087.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=45;NR=19;PP=1364;SC=AAATCTAGTAACTAATATGCA;SOR=1.810;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=64;TCF=45;TCR=19;TR=64;WE=15822237;WS=15822219;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr12	15822244	rs4237958	T	C	2371.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=51;NR=24;PP=1513;SC=TATGCAGATATATTATCAAAA;SOR=1.637;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=75;TCF=51;TCR=24;TR=75;WE=15822252;WS=15822234;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr12	16036261	rs10734889	C	G	1199.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=30;PP=896;SC=TATTCCCAGCCAATTACAGAT;SOR=2.476;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=7;TCR=30;TR=37;WE=16036269;WS=16036251;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr12	16050808	rs10772879	T	A	381.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=8;NR=1;PP=189;SC=ACTTAAATTTTTTTTCAGTTT;SOR=2.303;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=8;TCR=1;TR=9;WE=16050816;WS=16050798;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr12	16051022	.	T	TTA	178.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.114;ClippingRankSum=0.000;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=3.114;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.44;ReadPosRankSum=0.314;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:42,10:0.19:52
chr12	16055819	.	CTTTTT	C	30.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.150;ClippingRankSum=-0.000;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=3.07;ReadPosRankSum=2.638;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,3:0.30:10
chr12	16055926	rs71042275	G	GT	932.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=18;PP=944;SC=TCAATCATATGTGCAGTTAGT;SOR=1.220;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=3;TCR=18;TR=21;WE=16055934;WS=16055916;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr12	16109673	rs2306181	T	G	608.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=15;NR=4;PP=443;SC=GGAGTGATTTTGCATGAAGTA;SOR=2.531;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=15;TCR=4;TR=19;WE=16109681;WS=16109663;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr12	16185463	rs57961487	CTT	C	1423.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=2.199;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.375;HP=6;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=5;PP=857;ReadPosRankSum=-0.207;SC=AGTTTTTCCTCTTTTTGTTTT;SOR=1.264;SbPval=0.95;Source=Platypus;TC=54;TCF=34;TCR=20;TR=24;WE=16185472;WS=16185453;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,44:0.48:92
chr12	16189542	rs2290978	T	C	141.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.159;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=2.271;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.34;ReadPosRankSum=1.393;SOR=0.160;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,7:0.41:17
chr12	16369828	rs1671511	A	T	7356.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.238;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=283;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=26.37;ReadPosRankSum=-0.732;SOR=0.317;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,278:1.00:279
chr12	16392545	rs11056836	C	T	1063.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=27;NR=6;PP=731;SC=ATAGCTAGTTCGGATCTTAGC;SOR=2.964;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=27;TCR=6;TR=33;WE=16392553;WS=16392535;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr12	16397677	rs1527014	G	A	3772.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=44;NR=41;PP=1769;SC=GCAGTATTGCGGGTGGCATGT;SOR=0.751;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=85;TCF=44;TCR=41;TR=85;WE=16397685;WS=16397667;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,140:1.00:140
chr12	16397746	rs1852451	C	T	3692.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=29;NR=49;PP=1472;SC=TGCAAGTAATCGGAGATATTA;SOR=0.976;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=78;TCF=29;TCR=49;TR=78;WE=16397754;WS=16397736;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,142:1.00:142
chr12	16430284	rs1671487	G	A	13072.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=513;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=181;NR=130;PP=2965;SC=ACAAGCAAATGTACACCAGTT;SOR=0.937;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=313;TCF=181;TCR=132;TR=311;WE=16430292;WS=16430274;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,501:1.00:501
chr12	16516710	rs3759207	T	C	2950.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.968;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=287;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.952;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=67;NR=31;PP=1640;ReadPosRankSum=-1.165;SC=GTGTCTTTAATAGTTATCTTT;SOR=0.781;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=194;TCF=131;TCR=63;TR=98;WE=16516718;WS=16516700;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:137,139:0.50:276
chr12	16529036	rs71054810	AT	A	613.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.422;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=0.997;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.90;ReadPosRankSum=0.230;SOR=0.497;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,37:0.60:62
chr12	16529269	rs6488842	C	T	172.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-3.251;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.274;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=6;PP=115;ReadPosRankSum=1.495;SC=CGGAAATTAGCTATTACTGCG;SOR=0.148;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=16;TCF=1;TCR=15;TR=7;WE=16529277;WS=16529259;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,8:0.47:17
chr12	16713487	rs3214385	A	AT	707.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.817;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.91;MQRankSum=0.000;QD=5.24;ReadPosRankSum=-0.310;SOR=0.642;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:74,61:0.45:135
chr12	16713545	rs2302690	T	C	974.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.929;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.498;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=29;PP=755;ReadPosRankSum=-0.230;SC=AGAGATGATGTTAATATACTC;SOR=1.294;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=73;TCF=27;TCR=46;TR=42;WE=16713553;WS=16713535;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,45:0.51:89
chr12	16743165	rs2058798	A	G	561.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=13;PP=375;SC=TTCTTGAAGCAAAACTAACAT;SOR=2.419;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=16;TCF=3;TCR=13;TR=16;WE=16743173;WS=16743155;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr12	16743217	rs2058799	A	G	232.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=8;PP=188;SC=GTTAGTGGTGAGAAATATAAG;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=8;WE=16743225;WS=16743207;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr12	16757863	rs78062402	T	C	3358.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.224;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=380;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.692;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=70;PP=1858;ReadPosRankSum=-0.899;SC=CAGCTTCGCATTGAGCACCAA;SOR=0.610;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=259;TCF=105;TCR=154;TR=121;WE=16757871;WS=16757853;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:210,168:0.44:378
chr12	17142520	rs35949588	C	T	1223.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-0.551;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=17;PP=432;ReadPosRankSum=-1.276;SC=GTGGCTCACGCCTGTAATCCC;SOR=0.709;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=50;TCF=22;TCR=28;TR=30;WE=17142528;WS=17142510;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,58:0.64:90
chr12	17142546	rs7955087	T	C	1591.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=17;NR=24;PP=636;SC=TTTGGGAGGCTGAGGCAGGCG;SOR=0.925;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=17;TCR=24;TR=41;WE=17142554;WS=17142536;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr12	18234422	rs11043839	C	A	2358.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.468;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=262;ExcessHet=3.0103;FS=2.133;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.21;ReadPosRankSum=0.122;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:143,113:0.44:256
chr12	18234461	rs11043840	T	A	489.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.797;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FS=3.419;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.16;ReadPosRankSum=0.986;SOR=0.363;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:62,33:0.35:95
chr12	18237688	rs6486881	C	A	1438.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=3.074;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.844;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=45;PP=1006;ReadPosRankSum=1.003;SC=GACCCACTTCCGCTGGAAGAT;SOR=0.535;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=107;TCF=17;TCR=90;TR=54;WE=18237696;WS=18237678;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,60:0.48:124
chr12	18238782	.	CT	C	395.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.712;ClippingRankSum=0.000;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.21;ReadPosRankSum=1.639;SOR=0.948;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,14:0.61:23
chr12	18238788	.	T	C	404.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.628;ClippingRankSum=0.000;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.60;ReadPosRankSum=1.450;SOR=0.948;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,14:0.61:23
chr12	18238802	.	TTGAGCCA	T	367	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;FR=0.5000;HP=20;HapScore=2;MGOF=30;MMLQ=28;MQ=60.13;NF=0;NR=8;PP=367;QD=46.25;SC=TTTTTTTTTTTTGAGCCACAG;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=1;TCR=14;TR=8;WE=18238818;WS=18238792;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:7,8:0.53:15
chr12	18238804	rs112896269	GAGCCAC	G	305.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.934;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=2.304;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.99;ReadPosRankSum=0.712;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,10:0.56:18
chr12	18238810	.	C	G	332	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=30;MMLQ=28;MQ=60.15;NF=0;NR=4;PP=332;QD=91.6928031368;SC=TTTTGAGCCACAGCCACAGTC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=3;TCR=11;TR=4;WE=18238818;WS=18238792;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:10,4:0.29:14
chr12	18435398	rs35277916	GCCC	G	3646.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.384;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=236;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.978;NF=10;NR=42;PP=1943;ReadPosRankSum=-0.757;SC=TCCTGGGGAAGCCCCATAGGA;SOR=0.715;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=131;TCF=21;TCR=110;TR=52;WE=18435408;WS=18435388;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:126,98:0.44:224
chr12	18435452	rs11044004	C	T	1199.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.971;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.514;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.191;NF=20;NR=25;PP=752;ReadPosRankSum=1.380;SC=ATTTTAGCTCCATCATTCACA;SOR=0.369;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=111;TCF=42;TCR=69;TR=45;WE=18435460;WS=18435442;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,55:0.42:131
chr12	18443809	rs7133666	C	A	377.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-0.702;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=5;PP=210;ReadPosRankSum=0.235;SC=AGATATCATGCAGCTGATGTT;SOR=0.706;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=39;TCF=26;TCR=13;TR=16;WE=18443817;WS=18443799;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,20:0.42:48
chr12	18443955	rs7133903	C	A	921.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.814;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.677;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=15;PP=382;ReadPosRankSum=0.943;SC=TGGTAAGCAACCTTGCAAATA;SOR=0.794;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=70;TCF=31;TCR=39;TR=26;WE=18443963;WS=18443945;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,49:0.39:127
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chr12	18524010	rs78787243	A	C	318.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-1.397;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.114;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=1;PP=256;ReadPosRankSum=-0.673;SC=CCTCAATTCAAATAGTTAAAT;SOR=1.646;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=37;TCF=32;TCR=5;TR=15;WE=18524018;WS=18524000;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,15:0.37:41
chr12	18641326	rs7137852	T	C	1878.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=51;NR=8;PP=1346;SC=TCCGGCTGGATGTGGTTTAAA;SOR=3.442;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=59;TCF=51;TCR=8;TR=59;WE=18641334;WS=18641316;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr12	18649057	rs12312266	C	T	681.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.030;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.816;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=8;PP=201;ReadPosRankSum=-2.663;SC=AATGCTAATCCGATGGGCAAA;SOR=0.804;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=52;TCF=27;TCR=25;TR=18;WE=18649065;WS=18649047;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,36:0.43:84
chr12	18720057	rs11044189	T	C	545.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=11;PP=259;SC=TATTCGTGAGTGTGGTGGTTT;SOR=1.179;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=19;TCF=7;TCR=12;TR=18;WE=18720065;WS=18720047;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr12	18747387	rs12827507	A	G	936.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.979;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.004;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=7;PP=571;ReadPosRankSum=1.228;SC=AGTAACAAATATAAGAAATAA;SOR=1.949;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=31;TCF=23;TCR=8;TR=29;WE=18747395;WS=18747377;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,36:0.95:38
chr12	18747528	rs11044211	C	T	2042.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.557;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=36;PP=941;ReadPosRankSum=1.364;SC=CATTATATTACGTACAGTGAT;SOR=0.418;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=59;TCF=22;TCR=37;TR=58;WE=18747536;WS=18747518;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,81:0.99:82
chr12	18762450	rs2277328	A	C	2872.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.991;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=266;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.475;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=38;PP=1248;ReadPosRankSum=0.081;SC=AACTCACTGAAATTCTATTCT;SOR=0.793;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=166;TCF=89;TCR=77;TR=86;WE=18762458;WS=18762440;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:121,142:0.54:263
chr12	18762665	.	C	T	207.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-1.013;ClippingRankSum=0.000;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.960;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=9;PP=169;ReadPosRankSum=0.472;SC=GAATGGGTATCTCCGCCAAGT;SOR=1.329;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=27;TCF=3;TCR=24;TR=10;WE=18762673;WS=18762655;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,10:0.31:32
chr12	18800989	rs67711384	CA	C	911.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=1.423;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.261;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.115;NF=0;NR=22;PP=831;ReadPosRankSum=-0.469;SC=ATGCATTATTCATTAACTACT;SOR=1.473;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=44;TCF=2;TCR=42;TR=22;WE=18800997;WS=18800979;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,29:0.46:63
chr12	18801017	rs501379	T	C	971.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=27;PP=596;SC=TTTTCACTTCTGGGCCTCTGA;SOR=2.833;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=32;TCF=5;TCR=27;TR=32;WE=18801025;WS=18801007;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr12	18836710	rs117139065	C	T	1005.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-1.716;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.733;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=31;PP=654;ReadPosRankSum=-0.393;SC=CTCTTCTCCTCAGGCAGGAAG;SOR=1.214;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=71;TCF=14;TCR=57;TR=37;WE=18836718;WS=18836700;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,43:0.56:77
chr12	18848131	rs1487070	T	C	338.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=3.212;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.395;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=11;PP=240;ReadPosRankSum=1.205;SC=TATGAGCAAGTATCATTAGCC;SOR=1.569;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=2;TCR=20;TR=11;WE=18848139;WS=18848121;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,13:0.54:24
chr12	18849071	rs3825081	G	C	566.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.900;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=10;PP=313;ReadPosRankSum=2.394;SC=ACTCAATATCGTATATAACAT;SOR=0.616;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=66;TCF=42;TCR=24;TR=25;WE=18849079;WS=18849061;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,33:0.34:97
chr12	18849256	rs149450833	CTATATATA	C	311.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.67;QD=38.97;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr12	18852922	rs148182265	A	G	37.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.818;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=3;PP=23;ReadPosRankSum=0.091;SC=TTTTTATGCTAATCATTGGGA;SOR=1.179;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=1;TCR=9;TR=3;WE=18852930;WS=18852912;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,3:0.25:12
chr12	18854540	.	ATCCTCCTCCTCC	A,ATCC	5062.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=260;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=22;NF=7,7;NR=60,60;PP=2995,749;SC=CTTTGAATTTATCCTCCTCCT;SOR=1.667;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=111;TCF=16;TCR=95;TR=67,67;WE=18854562;WS=18854530;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.25,0.75:126
chr12	18872325	rs10841078	G	C	77.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-1.577;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=0;PP=41;ReadPosRankSum=-0.921;SC=GAACTTCCAAGTATTTTTAAA;SOR=0.631;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=11;TCR=2;TR=3;WE=18872333;WS=18872315;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,5:0.36:14
chr12	18876131	rs73056414	C	T	288.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-0.823;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=2;PP=170;ReadPosRankSum=-2.299;SC=CATCCAAAAACGGTAATTTGA;SOR=0.610;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=15;TCF=13;TCR=2;TR=11;WE=18876139;WS=18876128;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,13:0.68:19
chr12	18889517	rs144525318	A	AAATTTGAG	2884.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=24;NR=3;PP=1766;SC=ATTAAAGTTAAAATTTGAGAA;SOR=3.180;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=39;TCF=32;TCR=7;TR=27;WE=18889525;WS=18889507;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr12	18890472	rs5796766	GT	G	2190.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=61;PP=1501;SC=ACACACAGTGGTTTTTTTTGC;SOR=1.735;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=77;TCF=4;TCR=73;TR=65;WE=18890480;WS=18890462;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr12	19282670	rs28512290	C	T	3890.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=66;NR=31;PP=1907;SC=CTCGCTCGTTCCCTCCTCCCT;SOR=1.357;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=97;TCF=66;TCR=31;TR=97;WE=19282678;WS=19282660;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,141:1.00:141
chr12	19283135	rs61913270	C	A	3547.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=11;NR=95;PP=2817;SC=CCCGGCTCCCCGCAACCTGCC;SOR=3.553;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=107;TCF=12;TCR=95;TR=106;WE=19283143;WS=19283125;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr12	19406863	rs6486942	C	T	4097.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.44;SOR=0.966;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,155:1.00:155
chr12	19418588	rs6486945	G	A	250.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=1;PP=189;SC=GTTCATTTATGTACAAGAACC;SOR=3.056;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=8;TCR=1;TR=9;WE=19418596;WS=19418582;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr12	19418874	rs7316780	C	T	1049.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=11;NR=16;PP=452;SC=AAAAAAGCTACCTTATAGTGA;SOR=1.075;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=11;TCR=16;TR=27;WE=19418882;WS=19418864;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr12	19428009	rs2279537	T	A	1131.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=32;PP=953;SC=AATATTGGTTTAAATTGTGTT;SOR=3.383;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=5;TCR=32;TR=37;WE=19428017;WS=19427999;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr12	19443544	rs17271583	A	G	967.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=2.483;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.805;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=11;PP=542;ReadPosRankSum=0.628;SC=TTGGTTTAATATCTGTCACTT;SOR=0.806;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=69;TCF=46;TCR=23;TR=34;WE=19443552;WS=19443534;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,44:0.47:93
chr12	19512563	rs11044515	G	A	2691.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=14;NR=66;PP=1971;SC=AAAATAAAGTGTGTTTCTTTC;SOR=2.546;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=81;TCF=14;TCR=67;TR=80;WE=19512571;WS=19512553;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr12	19519133	rs1344717	C	T	254.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=2.856;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.051;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=9;PP=138;ReadPosRankSum=-0.783;SC=AGAAGGGAATCGCTTAAGTAC;SOR=1.508;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=28;TCF=4;TCR=24;TR=10;WE=19519141;WS=19519123;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,12:0.39:31
chr12	19522484	rs113006194	A	AAAAG	1033.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=18;NR=1;PP=1199;SC=TTTAAAAAGAAAAAATCACAA;SOR=4.003;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=21;TCF=20;TCR=1;TR=19;WE=19522502;WS=19522474;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr12	19522494	rs57357758	A	G	361.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=2.950;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=0;PP=224;ReadPosRankSum=-1.311;SC=AAAAATCACAATAGAACCAAA;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=25;TCF=24;TCR=1;TR=11;WE=19522502;WS=19522474;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,14:0.50:28
chr12	19592600	rs143333997	GGGA	G,GGGAGGA	1463.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.298;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=37.53;ReadPosRankSum=1.200;SOR=0.732;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:1,24,14:0.62,0.36:39
chr12	19593516	rs61914968	A	G	227.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=1.788;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5002;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=5;PP=119;ReadPosRankSum=-0.356;SC=TTCCCCCCCAACTCTCCTTTC;SOR=0.654;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=13;TCF=6;TCR=7;TR=9;WE=19593524;WS=19593507;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,11:0.69:16
chr12	19593752	rs12822340	G	C	770.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=0.375;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=9;PP=220;ReadPosRankSum=-0.060;SC=GGATTTAACAGAACTTCCTTG;SOR=0.651;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=51;TCF=24;TCR=27;TR=17;WE=19593760;WS=19593742;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,43:0.39:110
chr12	19626309	.	A	AAATT	923	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;FR=0.5000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MMLQ=27;MQ=64.48;NF=5;NR=31;PP=923;QD=27.9177362326;SC=CATGTATATAAAATTTATTTA;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=43;TCF=7;TCR=36;TR=36;WE=19626342;WS=19626299;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:7,36:0.84:43
chr12	19626311	.	AT	A	185.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=1.862;ClippingRankSum=0.000;DP=82;ExcessHet=3.0103;FS=4.121;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=64.83;MQRankSum=0.199;QD=5.80;ReadPosRankSum=0.639;SOR=1.656;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,7:0.22:32
chr12	19626313	rs10631217	T	TAA	854.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-1.257;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=1.670;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=64.88;MQRankSum=0.183;QD=26.71;ReadPosRankSum=0.042;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,23:0.72:32
chr12	19626314	rs371291179	T	TTA	860.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-1.260;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FS=4.054;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=64.94;MQRankSum=-0.042;QD=28.69;ReadPosRankSum=-0.196;SOR=0.230;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,23:0.77:30
chr12	19626315	.	ATTT	A	182.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=2.176;ClippingRankSum=0.000;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=4.014;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=65.13;MQRankSum=0.234;QD=5.54;ReadPosRankSum=0.570;SOR=1.565;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,7:0.21:33
chr12	19626318	rs57423687	T	A	997.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.932;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=4.014;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=65.13;MQRankSum=-0.156;QD=30.24;ReadPosRankSum=-1.147;SOR=0.235;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,26:0.79:33
chr12	19626322	rs11044583	T	A	3237.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=64.52;QD=48.32;SOR=1.318;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr12	19626326	rs12370241	T	A	2520.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.251;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=64.28;MQRankSum=1.202;QD=39.39;ReadPosRankSum=-0.483;SOR=1.536;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,62:0.97:64
chr12	19626330	rs12818887	T	A	226.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.106;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=4.015;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=64.19;MQRankSum=0.175;QD=6.30;ReadPosRankSum=0.990;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,8:0.22:36
chr12	19626334	rs71530937	T	A	225.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.715;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=4.015;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=64.50;MQRankSum=0.175;QD=6.27;ReadPosRankSum=0.933;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,8:0.22:36
chr12	19646943	rs66556640	CTGGTGTATTTCA	C	1328.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-0.525;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.688;NF=0;NR=21;PP=2954;ReadPosRankSum=-0.431;SC=CTGAGAAAATCTGGTGTATTT;SOR=0.649;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=34;TCF=0;TCR=34;TR=21;WE=19646962;WS=19646933;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,34:0.71:48
chr12	19670944	rs12821385	T	C	453.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-2.346;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.625;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=7;PP=196;ReadPosRankSum=0.760;SC=ATCTTATTAATATTTTTAATG;SOR=0.211;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=29;TCF=20;TCR=9;TR=18;WE=19670952;WS=19670934;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,23:0.66:35
chr12	19671152	rs34795094	CT	C	103.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.947;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=3.473;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.22;MQRankSum=0.969;QD=3.84;ReadPosRankSum=0.962;SOR=0.957;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,15:0.56:27
chr12	19873411	rs4301848	G	T	854.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.10;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr12	19873497	rs4369485	A	G	3113.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=31;NR=30;PP=1199;SC=TAAGTCCGATAACATCTGATG;SOR=0.710;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=61;TCF=31;TCR=30;TR=61;WE=19873505;WS=19873487;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr12	20522124	rs144106925	CGTGT	C	513.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.149;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=1.668;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.23;ReadPosRankSum=0.654;SOR=1.201;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,17:0.40:42
chr12	20522252	rs12305038	G	A	1471.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.079;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.214;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=15;PP=783;ReadPosRankSum=1.312;SC=ACGAGTCAGGGACAAGCCCGT;SOR=0.929;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=94;TCF=57;TCR=37;TR=44;WE=20522260;WS=20522242;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,63:0.47:134
chr12	20709733	rs4762972	G	A	7853.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=294;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=68;NR=136;PP=2965;SC=AATAAAATGTGGAGCGAGGAA;SOR=1.321;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=207;TCF=71;TCR=136;TR=204;WE=20709741;WS=20709723;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,285:1.00:285
chr12	20724988	rs7966459	G	A	1904.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=26;NR=20;PP=781;SC=ATTCATGAAAGCATGTTTTTA;SOR=0.804;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=46;TCF=26;TCR=20;TR=46;WE=20724996;WS=20724978;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr12	20766559	rs10743380	C	T	8869.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.946;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=341;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.940;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=89;NR=143;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.647;SC=TGAATCCCGTCACTTCGCTCA;SOR=0.898;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=234;TCF=91;TCR=143;TR=232;WE=20766567;WS=20766549;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,326:1.00:327
chr12	20766685	rs7308381	G	C	2036.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=14;NR=43;PP=1318;SC=TTTTTTAATTGTCTTCTAGGT;SOR=1.778;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=57;TCF=14;TCR=43;TR=57;WE=20766693;WS=20766675;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr12	20769026	rs68125264	TTAGA	T	412.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=9;NR=1;PP=517;SC=CACTCAAATTTTAGATAGATA;SOR=3.258;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=15;TCF=14;TCR=1;TR=10;WE=20769037;WS=20769019;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr12	20774464	rs10743381	A	G	4964.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=44;NR=108;PP=2965;SC=TGGTTTGTCTATTCTAATAAC;SOR=1.609;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=152;TCF=44;TCR=108;TR=152;WE=20774472;WS=20774454;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,181:1.00:181
chr12	20774539	rs10734705	A	G	1183.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=30;PP=843;SC=CTTATGTGATAATACAGATTC;SOR=3.912;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=32;TCF=2;TCR=30;TR=32;WE=20774547;WS=20774529;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr12	20783099	rs7304499	AC	CT	2218.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;JOINED;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=8;NR=30;PP=1756;SC=AATAATAAAAACGATGATAGT;SOR=2.303;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=38;TCF=8;TCR=30;TR=38;WE=20783108;WS=20783089;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr12	20786787	rs4265636	T	C	4280.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=37;NR=80;PP=2477;SC=AAAACAGTGATCTACATTTCT;SOR=1.594;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=118;TCF=38;TCR=80;TR=117;WE=20786795;WS=20786777;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,153:1.00:153
chr12	20786841	rs10743382	T	C	1526.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=10;NR=31;PP=921;SC=ATGATGTTGGTCAGGTCGGTC;SOR=2.093;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=41;TCF=10;TCR=31;TR=41;WE=20786849;WS=20786831;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr12	20801855	rs9284155	C	T	3270.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=34.43;SOR=1.711;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr12	20801861	rs71786809	C	CTT	2697.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;QD=33.72;SOR=5.670;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,79:0.99:80
chr12	20803323	rs9804769	A	C	314.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=1;PP=207;SC=TTTCTCTTCTATTCAACTTTT;SOR=2.494;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=11;TCF=9;TCR=2;TR=10;WE=20803331;WS=20803313;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr12	20803549	rs10743384	T	C	2896.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.329;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=38;PP=1323;ReadPosRankSum=-0.562;SC=CTGACCACTGTTTAATACAGC;SOR=0.314;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=69;TCF=30;TCR=39;TR=67;WE=20803557;WS=20803539;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,111:0.99:112
chr12	20870033	.	C	CT	93.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.779;ClippingRankSum=0.000;DP=151;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.64;ReadPosRankSum=0.707;SOR=0.663;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:121,25:0.17:146
chr12	20893052	rs2037154	C	A	2455.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=60;NR=20;PP=1644;SC=ACATTTTTAACATAACTGTCT;SOR=2.120;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=80;TCF=60;TCR=20;TR=80;WE=20893060;WS=20893042;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr12	20893108	rs2271656	C	T	6553.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=239;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=112;NR=55;PP=2965;SC=TTTTCCCTATCGTGTTACAGA;SOR=1.355;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=168;TCF=113;TCR=55;TR=167;WE=20893116;WS=20893098;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,238:1.00:238
chr12	20893354	rs12368368	G	C	1558.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=39;PP=1172;SC=CAATCATCTCGAGCAATGATT;SOR=3.398;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=42;TCF=3;TCR=39;TR=42;WE=20893362;WS=20893344;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr12	20903757	rs10841611	T	C	17280.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=0.654;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=662;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=165;NR=174;PP=2965;ReadPosRankSum=0.220;SC=CCGCATCTCATTGCTACAGCA;SOR=0.721;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=343;TCF=166;TCR=177;TR=339;WE=20903765;WS=20903747;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,657:1.00:659
chr12	20903865	rs10841612	G	A	5694.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=42;NR=111;PP=2965;SC=GTGATCTGTAGTCATAGAATA;SOR=1.621;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=153;TCF=42;TCR=111;TR=153;WE=20903873;WS=20903855;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,206:1.00:206
chr12	20905250	rs6487138	C	T	750.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=1.009;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=3;PP=444;ReadPosRankSum=-0.509;SC=ACATATATATCTGGGACTAAC;SOR=0.823;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=45;TCF=38;TCR=7;TR=23;WE=20905258;WS=20905240;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,31:0.53:59
chr12	20968828	rs10734710	C	T	795.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=8;NR=16;PP=424;SC=AGGCCACTAACTGTCAAAAAG;SOR=1.329;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=25;TCF=8;TCR=17;TR=24;WE=20968836;WS=20968818;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr12	21011480	rs4149117	T	G	7148.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.582;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=281;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=-0.091;NF=91;NR=79;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.670;SC=TATTTTGACATCTTTACCACA;SOR=0.791;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=172;TCF=92;TCR=80;TR=170;WE=21011488;WS=21011470;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,275:0.99:277
chr12	21011581	rs4149118	G	A	3293.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.912;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=61;PP=1833;ReadPosRankSum=-0.966;SC=TTTTATACTTGTAAGTGGGCA;SOR=1.342;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=92;TCF=30;TCR=62;TR=90;WE=21011589;WS=21011571;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,124:0.98:126
chr12	21013948	rs3764009	C	T	678.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=14;NR=5;PP=385;SC=GTTGCTCTTACAGTTATAGGT;SOR=1.609;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=19;TCF=14;TCR=5;TR=19;WE=21013956;WS=21013938;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr12	21014139	rs3764008	C	G	1386.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=24;PP=710;SC=TATAAAGTTTCTGATATTCTT;SOR=1.077;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=37;TCF=13;TCR=24;TR=37;WE=21014147;WS=21014129;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr12	21014163	rs3764007	T	A	953.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=9;NR=22;PP=607;SC=CAAAATTGATTTAAGAACAAA;SOR=1.675;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=9;TCR=22;TR=31;WE=21014171;WS=21014153;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr12	21015610	rs1036261	A	G	3833.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.674;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=43;PP=2260;ReadPosRankSum=-0.708;SC=AGTGTATTGTATAATATTACT;SOR=0.375;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=110;TCF=67;TCR=43;TR=109;WE=21015618;WS=21015600;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,139:0.99:140
chr12	21015760	rs7311358	G	A	4816.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.897;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=77;PP=2548;ReadPosRankSum=1.952;SC=TTGCTAAAATGTACGTGGATA;SOR=0.354;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=131;TCF=53;TCR=78;TR=130;WE=21015768;WS=21015750;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,180:0.99:181
chr12	21031020	rs2417938	A	G	440.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQ=60.67;NF=3;NR=9;PP=254;SC=TCCATCTTGTAATATCATCGT;SOR=1.609;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=12;TCF=3;TCR=9;TR=12;WE=21031028;WS=21031010;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr12	21032242	rs4149142	T	G	154.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;QD=38.69;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr12	21036411	rs2053098	A	G	2129.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=33;NR=18;PP=868;SC=ATTACTCAGCACACTTGGGTG;SOR=1.139;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=51;TCF=33;TCR=18;TR=51;WE=21036419;WS=21036401;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr12	21051489	rs4149153	C	T	469.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=4;NR=10;PP=234;SC=ATGTTAAATACTAAAGACTGA;SOR=1.493;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=4;TCR=10;TR=14;WE=21051497;WS=21051479;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr12	21054369	rs3764006	G	A	1303.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=14;NR=12;PP=457;SC=GAGCACAAGGGGCTTGTAGGA;SOR=0.732;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=14;TCR=12;TR=26;WE=21054377;WS=21054359;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr12	21054918	rs2082518	T	C	3090.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.743;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=48;PP=1568;ReadPosRankSum=-1.028;SC=TTACCTCTTATAGAAGCATTA;SOR=1.003;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=81;TCF=32;TCR=49;TR=79;WE=21054926;WS=21054908;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,116:0.98:118
chr12	21065235	rs142241896	TTTTATTTATTTATTTA	T	1331.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.27;QD=42.96;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr12	21065365	rs10841706	C	A	2041.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.506;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.13;MQRankSum=0.234;QD=24.31;ReadPosRankSum=1.636;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,82:0.98:84
chr12	21065429	rs34721125	AT	A	285.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.200;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.22;ReadPosRankSum=1.939;SOR=0.970;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,24:0.77:31
chr12	21168758	rs34168692	T	TA	335.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5345;FS=0.000;HP=9;HapScore=3;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;NF=1;NR=10;PP=103;SC=TTGCATATGTTAAAAAAAAAC;SOR=1.609;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=11;TCF=1;TCR=10;TR=11;WE=21168766;WS=21168748;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr12	21176135	rs1546308	T	C	8445.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=327;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=109;NR=89;PP=2965;SC=ACTGTGAATGTAATGGGAATG;SOR=0.811;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=198;TCF=109;TCR=89;TR=198;WE=21176143;WS=21176125;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,322:1.00:322
chr12	21176247	rs1546307	A	G	4676.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=39;NR=89;PP=2565;SC=ACGAGGTACCATGATAGTGCT;SOR=1.502;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=128;TCF=39;TCR=89;TR=128;WE=21176255;WS=21176237;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,173:1.00:173
chr12	21196424	rs11045676	T	A	1318.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.851;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=28;PP=757;ReadPosRankSum=1.268;SC=GTTTCACTATTTTTGCATGTG;SOR=0.670;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=99;TCF=37;TCR=62;TR=45;WE=21196432;WS=21196414;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,64:0.43:148
chr12	21200089	rs11045681	A	G	867.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.045;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.332;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=8;PP=369;ReadPosRankSum=-0.015;SC=TCTCTTACTTATATCATTAAA;SOR=1.177;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=48;TCF=28;TCR=20;TR=24;WE=21200097;WS=21200079;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,41:0.51:80
chr12	21201544	rs34320144	GTA	G	82.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.126;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=86;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=7;NR=3;PP=153;ReadPosRankSum=0.524;SC=ATTTAAATGTGTATATATATT;SOR=0.223;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=7;TCR=3;TR=10;WE=21201553;WS=21201534;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,3:0.60:5
chr12	21201571	rs199508530	AAT	A	280.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.305;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.83;MQRankSum=0.615;QD=21.59;ReadPosRankSum=0.705;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,7:0.54:13
chr12	21201604	.	GTGTGTGTGTATA	G	98.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.211;ClippingRankSum=0.000;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.53;MQRankSum=2.147;QD=5.49;ReadPosRankSum=0.201;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,6:0.33:18
chr12	21201663	rs11045689	G	A	453.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.246;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.46;MQRankSum=-1.366;QD=6.67;ReadPosRankSum=-0.208;SOR=0.747;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:42,26:0.38:68
chr12	21207389	rs11045699	T	C	311.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=2.195;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=2;PP=218;ReadPosRankSum=-0.038;SC=TTTTTAGGTGTTTTATAACTG;SOR=1.061;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=18;TCF=14;TCR=4;TR=11;WE=21207397;WS=21207379;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,13:0.57:23
chr12	21220349	rs1910163	A	T	735.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.124;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.936;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=11;PP=267;ReadPosRankSum=-0.329;SC=GAAATTTAACATGTAAATATT;SOR=0.461;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=51;TCF=22;TCR=29;TR=21;WE=21220357;WS=21220339;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,37:0.51:73
chr12	21317668	rs10444413	T	C	163.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.221;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=0;PP=91;ReadPosRankSum=0.277;SC=TTAAGTATTTTGTGTCTTCAA;SOR=0.616;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=17;TCR=1;TR=6;WE=21317676;WS=21317658;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,8:0.36:22
chr12	21317791	rs4149032	C	T	468.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=2.124;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.466;HP=4;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=8;PP=299;ReadPosRankSum=0.483;SC=CATAACATTACAAACTTATGG;SOR=1.232;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=54;TCF=31;TCR=23;TR=23;WE=21317799;WS=21317781;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,25:0.36:69
chr12	21317810	rs4149033	A	G	1848.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=29;NR=28;PP=1257;SC=GGCAATTATAAAACTCAATAC;SOR=0.752;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=57;TCF=29;TCR=28;TR=57;WE=21317818;WS=21317800;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr12	21317922	rs4149034	G	A	1047.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-1.173;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=19;PP=381;ReadPosRankSum=1.165;SC=CTGTTCCTCTGTACCTGCCTC;SOR=0.755;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=63;TCF=26;TCR=37;TR=32;WE=21317930;WS=21317912;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,58:0.46:127
chr12	21327652	rs34728625	T	TA	436.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.048;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FS=2.113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.02;ReadPosRankSum=0.325;SOR=0.674;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:49,38:0.44:87
chr12	21329738	rs2306283	A	G	468.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.336;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.908;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=11;PP=260;ReadPosRankSum=1.491;SC=AACTAATATCAATTCATCAGA;SOR=0.747;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=45;TCF=24;TCR=21;TR=21;WE=21329746;WS=21329728;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,28:0.35:81
chr12	21329761	rs11045818	G	A	651.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=1.897;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=13;PP=352;ReadPosRankSum=0.651;SC=ATTCAACATCGACCTTATCCA;SOR=0.763;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=50;TCF=23;TCR=27;TR=24;WE=21329769;WS=21329751;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,35:0.36:96
chr12	21329813	rs11045819	C	A	869.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.589;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=16;PP=341;ReadPosRankSum=-2.878;SC=TAGAGCATCACCTGAGATAGT;SOR=0.623;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=55;TCF=24;TCR=31;TR=29;WE=21329821;WS=21329803;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,45:0.44:103
chr12	21331389	rs61760242	TTACTTG	T	40.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=0;PP=74;ReadPosRankSum=-0.967;SC=TGAATATAAATTACTTGTACT;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=7;TCR=0;TR=2;WE=21331402;WS=21331379;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,2:0.50:4
chr12	21331599	rs4149057	T	C	2774.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=38;NR=28;PP=1285;SC=CATAGTACCATTGGGGCTTTC;SOR=0.876;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=66;TCF=38;TCR=28;TR=66;WE=21331607;WS=21331589;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr12	21331625	rs2291075	C	T	825.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.938;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=13;PP=455;ReadPosRankSum=-0.642;SC=TTGATGATTTCGCTAAAGAAG;SOR=0.732;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=63;TCF=35;TCR=28;TR=30;WE=21331633;WS=21331615;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,41:0.42:98
chr12	21331987	rs2291076	C	T	1009.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.041;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.761;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=16;PP=338;ReadPosRankSum=0.746;SC=ACCATGATAACGTCTTTCTAA;SOR=0.593;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=52;TCF=18;TCR=34;TR=26;WE=21331995;WS=21331977;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,51:0.52:98
chr12	21375061	rs11045873	T	A	128.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.563;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.68;ReadPosRankSum=1.624;SOR=0.746;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,6:0.17:35
chr12	21375063	rs11045874	G	C	128.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.336;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.48;ReadPosRankSum=1.986;SOR=0.776;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,6:0.16:37
chr12	21427608	rs3736080	G	T	933.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=25;PP=650;SC=TTATTTGTACGGCAAAGTTTA;SOR=2.833;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=5;TCR=25;TR=30;WE=21427616;WS=21427598;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr12	21447066	rs722994	C	T	1209.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-2.317;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.943;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=34;PP=729;ReadPosRankSum=1.170;SC=TAAAATAATGCCATAGATATT;SOR=0.859;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=80;TCF=13;TCR=67;TR=40;WE=21447074;WS=21447056;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,51:0.53:96
chr12	21450250	rs4148999	C	G	1118.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=1.407;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=16;PP=725;ReadPosRankSum=-0.450;SC=TATCCTAAAACACTTCAACTT;SOR=0.743;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=101;TCF=67;TCR=34;TR=46;WE=21450258;WS=21450240;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,55:0.42:132
chr12	21457514	rs3833795	TA	T	710.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=2.164;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=10;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=22;PP=314;ReadPosRankSum=-0.579;SC=CACTCTGCATTAAAAAAAAAA;SOR=0.693;SbPval=0.2;Source=Platypus;TC=49;TCF=3;TCR=46;TR=25;WE=21457523;WS=21457504;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,49:0.48:102
chr12	21467666	rs10841789	A	C	778.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=20;PP=642;SC=CAAAGTCTTAATTAAGAGCCT;SOR=3.014;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=23;TCF=3;TCR=20;TR=23;WE=21467674;WS=21467656;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr12	21472254	rs10505872	G	A	3083.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.868;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=284;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.840;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=70;NR=42;PP=1701;ReadPosRankSum=0.522;SC=ACATTATTTCGGTAGCAAATA;SOR=0.439;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=216;TCF=144;TCR=72;TR=112;WE=21472262;WS=21472244;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:133,145:0.52:278
chr12	21487544	rs10841795	A	G	1488.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.339;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.563;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=23;PP=681;ReadPosRankSum=0.461;SC=AAGACATCTTATTCTATGGGT;SOR=0.785;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=112;TCF=59;TCR=53;TR=51;WE=21487552;WS=21487534;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:95,78:0.45:173
chr12	21590621	rs2058464	T	C	1162.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=32;NR=4;PP=910;SC=CAGAGTCCCGTTGCTCCGCCG;SOR=3.500;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=36;TCF=32;TCR=4;TR=36;WE=21590629;WS=21590611;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr12	21590788	rs2110165	C	A	9551.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=0.572;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=378;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=101;NR=105;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.334;SC=TTTCCCCGACCCCAAAGGGGA;SOR=0.754;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=206;TCF=101;TCR=105;TR=206;WE=21590796;WS=21590778;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,373:0.99:375
chr12	21593404	rs4762702	G	C	1526.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=8;NR=26;PP=805;SC=TGTATAACTTGTTAATATTAA;SOR=1.697;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=8;TCR=26;TR=34;WE=21593412;WS=21593394;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr12	21602792	rs71537701	CTTTTTTTTTTTT	C	595.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=20;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=8;PP=3000;SC=AATTTTCTTTCTTTTTTTTTT;SOR=2.303;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=14;TCF=3;TCR=11;TR=10;WE=21602811;WS=21602782;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr12	21605157	rs3759229	A	C	210.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=6;PP=148;SC=AAATTAAACAATTGCTTTGTG;SOR=1.863;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=2;TCR=6;TR=8;WE=21605165;WS=21605147;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr12	21608891	rs2302500	T	C	911.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=21;NR=10;PP=648;SC=TATTTCTCTATCTGGTAATTT;SOR=1.352;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=31;TCF=21;TCR=10;TR=31;WE=21608899;WS=21608881;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr12	21609127	rs4367993	T	C	2323.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=15;NR=41;PP=1381;SC=CAACGAACTGTTAGGTCACTT;SOR=1.552;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=57;TCF=15;TCR=42;TR=56;WE=21609135;WS=21609117;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr12	21609222	rs4388943	G	T	437.88	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.721;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=49;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=15;PP=348;ReadPosRankSum=1.900;SC=TCAAAGCATCGAAGACTGGAT;SOR=2.833;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=17;TCF=1;TCR=16;TR=16;WE=21609230;WS=21609212;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,16:0.94:17
chr12	21609733	rs7964140	A	G	1996.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.929;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=31;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.248;NF=37;NR=15;PP=1118;ReadPosRankSum=0.230;SC=TCAAAAGTCAATTCTCTCAAA;SOR=1.340;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=54;TCF=38;TCR=16;TR=52;WE=21609741;WS=21609723;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,73:0.97:75
chr12	21609761	rs34335650	C	CAACT	4668.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.843;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.208;NF=23;NR=24;PP=2668;ReadPosRankSum=-0.929;SC=ACTGCTTTACCAAGTATATGT;SOR=1.146;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=49;TCF=23;TCR=26;TR=47;WE=21609769;WS=21609751;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,104:0.98:106
chr12	21609907	rs7964568	G	A	2019.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=16;NR=40;PP=1112;SC=TCATGAGATTGCAGCAATGTA;SOR=1.641;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=56;TCF=16;TCR=40;TR=56;WE=21609915;WS=21609897;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr12	21614141	rs151311552	CAATTT	C	2123.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=4;NR=17;PP=1059;SC=AAAAGGAAAACAATTTAATCC;SOR=0.776;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=21;TCF=4;TCR=17;TR=21;WE=21614153;WS=21614131;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr12	21614256	rs7297084	G	A	283.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=8;PP=189;SC=TCATTTCACTGTCTGTTGTTT;SOR=3.258;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=9;WE=21614264;WS=21614246;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr12	21615664	rs3782660	T	C	920.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=27;NR=3;PP=689;SC=TTATGAGGAATGTTGTTTAGT;SOR=4.047;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=30;TCF=27;TCR=3;TR=30;WE=21615672;WS=21615663;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr12	21615917	rs34595378	C	CAG	4923.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=46;PP=2494;SC=GAAGCTAGCACAGTTGTTATA;SOR=1.282;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=54;TCF=3;TCR=51;TR=49;WE=21615943;WS=21615907;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr12	21615935	rs10841819	A	T	990.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.773;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=4.322;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.51;ReadPosRankSum=-0.086;SOR=1.835;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:6,54:0.90:60
chr12	21621737	rs61926324	A	G	1014.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=22;PP=626;SC=GACACCAGAAAAATCACAAGT;SOR=1.739;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=9;TCR=22;TR=31;WE=21621745;WS=21621727;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr12	21623284	.	C	CA	316.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.016;ClippingRankSum=0.000;DP=130;ExcessHet=3.0103;FS=0.817;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.90;MQRankSum=-4.252;QD=2.68;ReadPosRankSum=-0.746;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:84,34:0.29:118
chr12	21623298	.	A	T	88.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.686;ClippingRankSum=0.000;DP=126;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.58;MQRankSum=-7.428;QD=0.70;ReadPosRankSum=0.792;SOR=0.622;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:106,20:0.16:126
chr12	21623833	.	C	T	387.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.260;ClippingRankSum=0.000;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.601;NF=14;NR=2;PP=258;ReadPosRankSum=0.888;SC=GGGAATATGACAGAAAAGCAT;SOR=0.946;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=37;TCF=31;TCR=6;TR=16;WE=21623841;WS=21623823;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,17:0.47:36
chr12	21624308	rs56736899	TA	T	1855.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=41;NR=15;PP=1105;SC=TTGCAATTTTTAAAAAAAAAC;SOR=2.303;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=71;TCF=55;TCR=16;TR=56;WE=21624316;WS=21624298;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr12	21626324	rs917852	A	C	1370.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.69;SOR=4.548;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr12	21626330	rs917853	C	A	1434.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.20;SOR=4.174;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr12	21627672	rs35159698	C	G	733.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=19;NR=0;PP=551;SC=TGGATCTGCACTTTGGTGTTC;SOR=4.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=19;TCR=0;TR=19;WE=21627680;WS=21627662;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr12	21628320	rs10841831	C	T	1964.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=36;NR=3;PP=942;SC=AAAGATAAAACATACAGACTT;SOR=4.223;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=39;TCF=36;TCR=3;TR=39;WE=21628328;WS=21628310;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr12	21628336	rs10841832	G	A	2587.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=47;NR=12;PP=1293;SC=GACTTATTAAGCATTTATCAT;SOR=2.765;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=59;TCF=47;TCR=12;TR=59;WE=21628344;WS=21628326;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr12	21628791	rs3752648	T	C	3838.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=26;NR=72;PP=2242;SC=GTTAGATAGATATGGCATATT;SOR=1.645;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=99;TCF=26;TCR=73;TR=98;WE=21628799;WS=21628781;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,135:1.00:135
chr12	21628812	rs10160843	G	A	2523.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=10;NR=60;PP=1709;SC=CCTGGAAGATGGTTTTCAACA;SOR=2.753;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=70;TCF=10;TCR=60;TR=70;WE=21628820;WS=21628802;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr12	21629987	rs917854	T	C	2457.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=21;PP=538;SC=TGGCTGTCTATGTACAACTTT;SOR=1.140;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=33;TCF=11;TCR=22;TR=32;WE=21630001;WS=21629977;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr12	21629993	rs5796903	A	AC	2409.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=22;PP=1018;SC=TCTATGTACAACTTTCAGGAT;SOR=1.220;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=23;TCF=1;TCR=22;TR=23;WE=21630001;WS=21629977;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr12	21639385	rs369525826	TA	T	935.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.068;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.40;ReadPosRankSum=-2.211;SOR=0.791;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,61:0.68:90
chr12	21639528	rs10712738	GA	G	323.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.597;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=2.203;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.40;ReadPosRankSum=0.636;SOR=0.450;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,28:0.47:60
chr12	21639591	rs7964104	G	C	424.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=28.32;SOR=1.911;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr12	21644428	.	C	CA	137.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.412;ClippingRankSum=0.000;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.15;ReadPosRankSum=-0.265;SOR=0.826;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:45,19:0.30:64
chr12	21652641	rs12423412	G	A	159.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.550;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=6;PP=109;ReadPosRankSum=0.143;SC=TCCTAAGCACGGAAAATGTTA;SOR=1.085;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=12;TCF=2;TCR=10;TR=7;WE=21652649;WS=21652631;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,7:0.58:12
chr12	21654831	rs1060126	G	T	5387.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=1.165;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=602;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.520;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=86;NR=72;PP=2276;ReadPosRankSum=0.206;SC=CCGAGGTGCTGTCGCCGCTGT;SOR=0.741;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=335;TCF=178;TCR=157;TR=158;WE=21654839;WS=21654821;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:326,271:0.45:597
chr12	21657590	rs67392337	AT	A	6813.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-1.915;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=455;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.531;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=1.396;NF=8;NR=84;PP=2948;ReadPosRankSum=0.704;SC=AAGTTACTGAATTACCTCTAG;SOR=0.619;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=188;TCF=13;TCR=175;TR=92;WE=21657598;WS=21657580;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:214,221:0.51:435
chr12	21657618	rs11046089	T	A	3312.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.562;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=293;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.616;HP=1;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.953;NF=34;NR=72;PP=1790;ReadPosRankSum=-0.331;SC=GTTGCACATATGAACCATAGG;SOR=0.853;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=209;TCF=73;TCR=136;TR=106;WE=21657626;WS=21657608;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:137,153:0.53:290
chr12	21659973	rs16923862	T	C	685.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=0.845;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=14;PP=422;ReadPosRankSum=1.062;SC=GAATGAATTATTATCTGCTAT;SOR=0.682;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=68;TCF=33;TCR=35;TR=29;WE=21659981;WS=21659963;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,34:0.42:81
chr12	21661241	rs61926330	A	G	294.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=3.940;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.269;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=5;PP=242;ReadPosRankSum=0.129;SC=TTTTATATTTAGCTTTGACTT;SOR=0.175;SbPval=0.21;Source=Platypus;TC=17;TCF=12;TCR=5;TR=11;WE=21661249;WS=21661231;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,11:0.55:20
chr12	21661508	rs11046091	A	G	458.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=-1.553;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=11;PP=179;ReadPosRankSum=0.740;SC=AAGGCATATTATTGTCTCTTT;SOR=0.552;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=37;TCF=10;TCR=27;TR=15;WE=21661516;WS=21661498;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,24:0.44:54
chr12	21665207	rs61926342	A	G	1159.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.161;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.680;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=19;PP=638;ReadPosRankSum=1.084;SC=AATATTAAGAACCTTTTTTTT;SOR=0.615;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=82;TCF=47;TCR=35;TR=43;WE=21665215;WS=21665197;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,57:0.48:119
chr12	21679652	rs10564739	CTT	C	814.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.231;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.198;NF=13;NR=1;PP=504;ReadPosRankSum=-0.602;SC=CAAGTGGACTCTTTGTGAATT;SOR=0.770;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=38;TCF=33;TCR=5;TR=14;WE=21679661;WS=21679642;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,23:0.43:54
chr12	21680609	rs7966780	C	G	2081.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=39;NR=27;PP=1110;SC=AGGTTTAAGCCCGGGTTGTCC;SOR=1.085;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=66;TCF=39;TCR=27;TR=66;WE=21680617;WS=21680599;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr12	21681819	rs2306178	A	G	407.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=3.559;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.981;HP=5;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=1;PP=290;ReadPosRankSum=-0.280;SC=TCCTTTGTTGAGGGGTCAAAA;SOR=1.420;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=46;TCF=41;TCR=5;TR=16;WE=21681827;WS=21681809;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,17:0.39:44
chr12	21684029	rs3765093	G	A	83.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=2.056;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.804;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=2;PP=63;ReadPosRankSum=1.787;SC=CTATTAAAACGCAGAGTGTAT;SOR=1.179;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=15;TCF=9;TCR=6;TR=6;WE=21684037;WS=21684019;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,6:0.26:23
chr12	21692166	rs36023861	CA	C	1028.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=6;NR=9;PP=286;SC=ATATAGCTTTCAAAAAAAAAT;SOR=1.067;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=18;TCF=6;TCR=12;TR=15;WE=21692174;WS=21692156;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr12	21695439	rs61733199	T	C	2288.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.851;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=271;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.942;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=30;PP=841;ReadPosRankSum=-2.161;SC=CCGTAAGCAGTAGGATCAGCC;SOR=0.627;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=166;TCF=87;TCR=79;TR=63;WE=21695447;WS=21695429;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:146,118:0.45:264
chr12	21699491	rs3765089	C	G	377.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-3.381;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.795;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=17;PP=292;ReadPosRankSum=-0.353;SC=TTTCAGTACTCTACTATAGAA;SOR=0.372;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=39;TCF=4;TCR=35;TR=19;WE=21699499;WS=21699481;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,19:0.49:39
chr12	21711009	rs7967170	C	A	805.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=23;NR=2;PP=667;SC=AAACTGAACCCATTTTCCTTT;SOR=4.255;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=25;TCF=23;TCR=2;TR=25;WE=21711017;WS=21710999;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr12	21711111	rs7977474	G	C	4802.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.83;SOR=1.128;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,179:1.00:179
chr12	21711381	rs7977648	C	T	156.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.036;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=2.126;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.13;ReadPosRankSum=1.653;SOR=1.460;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,8:0.36:22
chr12	21711385	rs7977846	G	C	743.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=3;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=13;PP=168;SC=TGATGACTAAGTCTTGTGTGT;SOR=2.303;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=2;TCR=13;TR=15;WE=21711393;WS=21711371;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr12	21712545	rs1871136	A	G	1843.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=29;NR=16;PP=912;SC=GAATAGTGAAACCTTAAGTGA;SOR=1.230;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=45;TCF=29;TCR=16;TR=45;WE=21712553;WS=21712535;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr12	21712574	rs1871137	C	T	2530.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=33;NR=23;PP=1050;SC=GAAAGCATTTCAAGCACCTAC;SOR=0.919;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=56;TCF=33;TCR=23;TR=56;WE=21712582;WS=21712564;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr12	21712728	rs111250042	GACATTCTTTGAAATT	G	1592.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=11;PP=2957;SC=TTGTTTTGTTGACATTCTTTG;SOR=1.371;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=17;TCF=1;TCR=16;TR=12;WE=21712750;WS=21712718;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr12	21713308	rs4639981	T	A	11989.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=0.650;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=474;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=152;NR=106;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.855;SC=CATTCACAGGTTGTGAGATTA;SOR=0.908;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=258;TCF=152;TCR=106;TR=258;WE=21713316;WS=21713298;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,459:1.00:461
chr12	21713402	rs2306180	T	C	11672.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=0.684;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=460;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=111;NR=145;PP=2965;ReadPosRankSum=0.036;SC=AAAAACACCATCACTGTGATG;SOR=0.863;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=259;TCF=112;TCR=147;TR=256;WE=21713410;WS=21713392;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,443:1.00:445
chr12	21715801	rs1473421	A	G	9181.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=345;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=142;NR=77;PP=2965;SC=CTTCCCACAGAAGAAAGTTCT;SOR=1.145;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=219;TCF=142;TCR=77;TR=219;WE=21715809;WS=21715791;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,338:1.00:338
chr12	21715989	rs8192697	C	T	2224.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.184;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.236;HP=4;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=59;PP=1341;ReadPosRankSum=-1.992;SC=CAAAACAAAACCAAACAGTTT;SOR=0.923;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=162;TCF=54;TCR=108;TR=85;WE=21715997;WS=21715979;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:102,105:0.51:207
chr12	21716055	rs1473422	A	C	2367.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=24;NR=45;PP=1649;SC=TTAATGTACAAAGGGGGCTGG;SOR=1.580;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=69;TCF=24;TCR=45;TR=69;WE=21716063;WS=21716045;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr12	21716098	rs1473423	T	C	2127.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=27;NR=27;PP=1162;SC=CAATTCTGTTTTCTCTCTACC;SOR=0.746;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=54;TCF=27;TCR=27;TR=54;WE=21716106;WS=21716088;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr12	21727315	rs7963756	C	A	2303.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=12;NR=51;PP=1442;SC=CTTGATTGTGCTCATGGTCCA;SOR=2.162;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=63;TCF=12;TCR=51;TR=63;WE=21727323;WS=21727305;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr12	21733121	rs2126887	T	G	762.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=23;NR=0;PP=657;SC=TGTCTCAAATTCAATCCATTT;SOR=6.358;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=23;TCF=23;TCR=0;TR=23;WE=21733129;WS=21733120;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr12	21757272	rs153944	A	G	164.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=1;PP=116;SC=TAGCCTAAATATATATTCCGT;SOR=2.303;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=5;TCR=1;TR=6;WE=21757280;WS=21757263;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr12	21789968	rs1677134	G	T	658.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=4;PP=484;SC=AATACAATGCGAGAAATCATA;SOR=2.303;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=16;TCR=4;TR=20;WE=21789976;WS=21789958;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr12	21791272	rs1650289	T	C	427.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=10;NR=4;PP=286;SC=TAAAATCAAGTTCCCTTTCAC;SOR=1.911;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=10;TCR=4;TR=14;WE=21791280;WS=21791262;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr12	21791410	rs71053332	TA	T	709.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.418;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.48;ReadPosRankSum=-1.310;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:4,45:0.92:49
chr12	21791455	rs1427830	A	T	690.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.67;SOR=1.382;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr12	21791565	rs1677129	A	C	43.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=0;NR=2;PP=27;SC=ATAGTTCCCCAAAAAGGCTGA;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=2;TCF=0;TCR=2;TR=2;WE=21791573;WS=21791555;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr12	21794865	rs1626023	A	T	1866.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=4;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=44;NR=10;PP=1256;SC=ACAAGTAATTATTTCTTTTTT;SOR=2.303;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=54;TCF=44;TCR=10;TR=54;WE=21794877;WS=21794855;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr12	21796814	rs4762862	G	A	4860.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=103;NR=30;PP=2965;SC=AATAACAACAGAAACACCAAA;SOR=2.098;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=134;TCF=103;TCR=31;TR=133;WE=21796822;WS=21796804;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,167:1.00:167
chr12	21797029	rs1650294	A	G	7144.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=268;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=50;NR=134;PP=2965;SC=TAGAATTGGCAGTCACAGAAT;SOR=1.609;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=184;TCF=50;TCR=134;TR=184;WE=21797037;WS=21797019;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,262:1.00:262
chr12	21799999	rs1540405	G	C	11505.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=442;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=123;NR=165;PP=2965;SC=TCTAGGATGCGTCAGCTCACA;SOR=0.912;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=288;TCF=123;TCR=165;TR=288;WE=21800007;WS=21799989;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,431:1.00:431
chr12	21807432	rs1677078	T	C	1746.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=36;NR=9;PP=1016;SC=AAACTGTGTATACATGCTGAA;SOR=2.265;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=45;TCF=36;TCR=9;TR=45;WE=21807440;WS=21807422;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr12	21807640	rs1650315	G	A	3595.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.901;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=58;PP=1740;ReadPosRankSum=-0.849;SC=AACATTACACGTATATCTGCA;SOR=1.066;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=96;TCF=37;TCR=59;TR=94;WE=21807648;WS=21807630;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,136:0.99:138
chr12	21807687	rs7953579	C	G	652.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=1.038;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.918;HP=1;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=18;PP=407;ReadPosRankSum=-0.053;SC=TAAAATGTTACTGTTGCAATT;SOR=0.903;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=51;TCF=18;TCR=33;TR=27;WE=21807695;WS=21807677;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,32:0.44:72
chr12	21958998	.	C	CA	246.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.025;ClippingRankSum=0.000;DP=398;ExcessHet=3.0103;FS=0.569;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.71;ReadPosRankSum=-0.795;SOR=0.750;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:285,62:0.18:347
chr12	21968976	rs7980030	T	G	184.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.365;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=16.80;ReadPosRankSum=-0.955;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,8:0.73:11
chr12	21970019	rs2638441	C	T	412.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.346;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=1;PP=278;ReadPosRankSum=-1.499;SC=TTTCTGGATACTGAAGTGGAA;SOR=1.022;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=33;TCF=29;TCR=4;TR=15;WE=21970027;WS=21970009;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,18:0.49:37
chr12	21995555	rs1643235	C	A	286.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-3.611;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=11;PP=201;ReadPosRankSum=1.446;SC=TCTTCACTCACTTCCCATAGT;SOR=0.622;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=0;TCR=22;TR=11;WE=21995563;WS=21995545;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,12:0.48:25
chr12	22005003	rs2307024	T	G	1288.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-5.038;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.033;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=11;PP=783;ReadPosRankSum=-0.203;SC=AATTGGGCTCTGAACTCTTCT;SOR=0.277;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=97;TCF=81;TCR=16;TR=54;WE=22005011;WS=22004993;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,62:0.55:113
chr12	22005510	rs704183	A	G	3125.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=28;NR=67;PP=1913;SC=CCTCTCGAAAATAGTAATACA;SOR=1.589;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=95;TCF=28;TCR=67;TR=95;WE=22005518;WS=22005500;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr12	22014161	rs2418018	C	A	362.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=40.31;SOR=2.093;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr12	22014163	rs2418019	C	T	362.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.35;SOR=1.863;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr12	22014165	rs2418020	C	A	331.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.47;SOR=1.863;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr12	22016004	rs4148670	GA	G	464.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.197;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FS=4.265;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.11;MQRankSum=1.155;QD=5.22;ReadPosRankSum=-0.640;SOR=1.209;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:53,36:0.40:89
chr12	22017422	rs697250	A	G	2404.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=34;NR=32;PP=1085;SC=CTGCAAGTATAGCAAACAATG;SOR=0.714;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=67;TCF=34;TCR=33;TR=66;WE=22017430;WS=22017412;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr12	22017486	rs697251	C	G	1777.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=14;NR=31;PP=970;SC=CGTCAGGTAACAGATACAATA;SOR=1.437;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=45;TCF=14;TCR=31;TR=45;WE=22017494;WS=22017476;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr12	22035873	rs1356368	C	T	4470.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=35;NR=88;PP=2582;SC=TTACTGAACACTTACTCACAT;SOR=1.580;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=124;TCF=35;TCR=89;TR=123;WE=22035881;WS=22035863;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,161:1.00:161
chr12	22047151	rs704216	G	T	3201.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.846;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.925;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=61;PP=1841;ReadPosRankSum=1.680;SC=TGGAAAAAGTGTCACACATGC;SOR=1.570;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=81;TCF=20;TCR=61;TR=81;WE=22047159;WS=22047141;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,114:0.99:115
chr12	22047174	rs704217	C	T	2165.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.365;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.170;HP=1;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=46;PP=1363;ReadPosRankSum=0.081;SC=ACATTCAGTCCTAGAAACCTA;SOR=2.043;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=58;TCF=12;TCR=46;TR=58;WE=22047182;WS=22047164;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,77:0.97:79
chr12	22063115	rs10770865	A	G	13783.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=518;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=178;NR=109;PP=2965;SC=CCCATAGATTAGGACACAGGA;SOR=1.010;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=288;TCF=179;TCR=109;TR=287;WE=22063123;WS=22063105;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,504:1.00:504
chr12	22063251	rs35857705	CA	C	273.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.403;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=306;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.07;ReadPosRankSum=0.240;SOR=0.726;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:195,62:0.24:257
chr12	22063337	rs4148656	A	G	1445.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=6;NR=60;PP=1617;SC=CAAACATTTAATTTTTTTGAG;SOR=4.133;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=70;TCF=8;TCR=62;TR=66;WE=22063345;WS=22063327;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr12	22063737	rs4762719	G	T	3951.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=62;NR=28;PP=1774;SC=AGGAAACAAAGAGTATTCACA;SOR=1.366;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=90;TCF=62;TCR=28;TR=90;WE=22063757;WS=22063727;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,147:1.00:147
chr12	22063749	rs4762720	T	C	4913.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=72;NR=38;PP=2295;SC=GTATTCACAGTCTTTACATAC;SOR=1.185;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=110;TCF=72;TCR=38;TR=110;WE=22063757;WS=22063727;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,181:1.00:181
chr12	22063971	rs4148654	A	G	2240.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.245;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=39;PP=1186;ReadPosRankSum=-0.776;SC=GACCAGGTGTACAGTTTGCAT;SOR=0.751;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=54;TCF=14;TCR=40;TR=53;WE=22063979;WS=22063961;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,79:0.99:80
chr12	22065699	rs3835048	G	GA	261.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=0;PP=369;SC=TCAATTCTCTGAAAAAAAGCC;SOR=5.136;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=15;TCR=0;TR=12;WE=22065707;WS=22065696;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr12	22068849	rs3759236	G	T	2784.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=25;NR=51;PP=1494;SC=ATATCTCTGTGGCAAGAAAAA;SOR=1.454;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=76;TCF=25;TCR=51;TR=76;WE=22068857;WS=22068839;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr12	22078245	rs2900493	G	C	1889.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=45;NR=17;PP=1285;SC=ATATTTTAGAGAGCCTCTGAT;SOR=1.981;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=62;TCF=45;TCR=17;TR=62;WE=22078253;WS=22078235;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr12	22078556	rs2277404	T	C	1352.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=31;PP=898;SC=GAGCTCTGATTCTTAAAATAC;SOR=2.160;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=9;TCR=31;TR=40;WE=22078564;WS=22078546;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr12	22078571	rs2176394	T	A	841.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=21;PP=549;SC=AAATACAACTTCTGCAAGCCA;SOR=2.621;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=4;TCR=21;TR=25;WE=22078579;WS=22078561;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr12	22078838	rs2277405	T	G	1719.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=42;NR=11;PP=1254;SC=AAAACAAATATCTCTTTAAGG;SOR=2.387;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=53;TCF=42;TCR=11;TR=53;WE=22078846;WS=22078828;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr12	22086976	rs6487252	A	C	2275.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=1.867;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=51;PP=1574;ReadPosRankSum=1.139;SC=GAAACCTTAAAACTTTCTAGA;SOR=1.044;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=67;TCF=15;TCR=52;TR=66;WE=22086984;WS=22086966;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,76:0.99:77
chr12	22089348	rs4586220	G	A	266.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=8;NR=0;PP=189;SC=TTGCTTGTTCGTTTCTCACAG;SOR=4.615;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=8;TCR=0;TR=8;WE=22089356;WS=22089342;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr12	22215194	rs375987416	CT	C	144.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.381;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FS=2.126;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.64;ReadPosRankSum=0.339;SOR=0.444;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:58,30:0.34:88
chr12	22354921	rs704219	A	G	1866.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.752;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.604;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=37;PP=982;ReadPosRankSum=0.648;SC=TGTGGTTATAAATTTTCATGT;SOR=0.461;SbPval=0.26;Source=Platypus;TC=121;TCF=42;TCR=79;TR=63;WE=22354929;WS=22354911;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,89:0.52:172
chr12	22478425	rs4762904	A	G	7383.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=286;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=64;NR=110;PP=2965;SC=AGGGATAAAAATCGATTCCTT;SOR=1.114;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=175;TCF=65;TCR=110;TR=174;WE=22478433;WS=22478415;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,280:1.00:280
chr12	22478698	rs4762905	C	A	575.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=16;NR=1;PP=427;SC=ACAATAATAACTAATAATAAA;SOR=3.611;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=17;TCF=16;TCR=1;TR=17;WE=22478706;WS=22478688;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr12	22489150	rs3809202	A	G	6663.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.034;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=261;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=87;PP=2965;ReadPosRankSum=0.063;SC=GGGAAGGGGGAGCTTTTCCTA;SOR=0.863;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=153;TCF=65;TCR=88;TR=151;WE=22489158;WS=22489140;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,252:0.98:256
chr12	22602796	rs2063573	A	G	12520.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.561;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=494;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=139;NR=163;PP=2965;ReadPosRankSum=2.292;SC=AAACCACTGCATCACCACTTA;SOR=0.782;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=302;TCF=139;TCR=163;TR=302;WE=22602804;WS=22602786;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,491:1.00:493
chr12	22606738	rs12424580	G	C	3189.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=58;NR=29;PP=1739;SC=GGGCTCTAAAGAGCAATTCTC;SOR=1.349;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=87;TCF=58;TCR=29;TR=87;WE=22606746;WS=22606728;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr12	22778701	rs2271098	C	G	3790.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.426;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=423;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.523;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=69;NR=63;PP=2010;ReadPosRankSum=-1.830;SC=CCCTTCCCGTCGCAGTTGCTC;SOR=0.631;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=244;TCF=130;TCR=114;TR=132;WE=22778709;WS=22778691;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:232,188:0.45:420
chr12	22796994	rs11429701	A	AT	4986.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=76;PP=2936;SC=TTTGAAAAATAGGGCATTTAA;SOR=1.765;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=82;TCF=5;TCR=77;TR=81;WE=22797002;WS=22796984;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr12	23737664	.	A	AGT	32	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;FR=0.4999;HP=2;HapScore=3;MGOF=4;MMLQ=28;MQ=60.0;NF=0;NR=4;PP=32;QD=10.0;SC=GACAGGTGTGAGTGTGTGTGT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=23;TCF=0;TCR=23;TR=4;WE=23737673;WS=23737654;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:19,4:0.17:23
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chr12	25147358	rs11047746	C	T	347.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=3.162;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=14;PP=265;ReadPosRankSum=0.212;SC=TTTGGGAGGCCGAGGCAGGCA;SOR=0.728;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=47;TCF=9;TCR=38;TR=18;WE=25147366;WS=25147348;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,18:0.33:55
chr12	25148755	rs864161	C	G	16526.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=656;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=197;NR=145;PP=2965;SC=AGTATATCCCCAACAGGAATC;SOR=0.875;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=344;TCF=198;TCR=146;TR=342;WE=25148763;WS=25148745;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,642:1.00:642
chr12	25242595	rs7969931	C	G	876.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=14;PP=453;SC=ATCGGTTAACCTTAGACAAAG;SOR=0.693;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=28;TCF=14;TCR=14;TR=28;WE=25242603;WS=25242585;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
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chr12	25243115	rs1908946	G	C	5894.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.673;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.700;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=94;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.733;SC=ATCACTAACTGTTTAAAACTA;SOR=0.735;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=158;TCF=62;TCR=96;TR=155;WE=25243123;WS=25243105;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,217:1.00:218
chr12	25249743	rs10842464	T	C	700.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-0.326;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=1;PP=548;ReadPosRankSum=0.000;SC=ACCGAAATAATTGAGATTAGA;SOR=3.611;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=24;TCF=23;TCR=1;TR=23;WE=25249751;WS=25249733;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,24:0.96:25
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chr12	25254975	rs7303889	A	C	7216.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.962;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=264;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NR=111;PP=2965;ReadPosRankSum=2.310;SC=TGTTATGAAGAATGAAATGAA;SOR=0.999;Source=Platypus;TCR=112;WE=25254983;WS=25254965;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,259:0.99:261
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chr12	25257182	rs34133737	GA	G	1305.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=39;NR=7;PP=1323;SC=AATGTGCCAAGAAAAAAATAA;SOR=3.690;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=53;TCF=45;TCR=8;TR=46;WE=25257190;WS=25257172;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr12	25261735	rs859146	G	T	6787.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=284;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=28.88;SOR=1.126;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,235:1.00:235
chr12	25272027	rs2291365	A	G	2028.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=37;NR=16;PP=1150;SC=GTTTCAACTTAAGGGTTTTTA;SOR=1.362;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=53;TCF=37;TCR=16;TR=53;WE=25272035;WS=25272017;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr12	25274593	rs2220195	A	G	1049.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=30;NR=2;PP=817;SC=GTGTTTAATAAGGTTAAAGCT;SOR=4.680;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=32;TCF=30;TCR=2;TR=32;WE=25274601;WS=25274583;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
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chr12	25299921	rs11047863	G	A	14358.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=560;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=180;NR=149;PP=2965;SC=GGAAAGTATTGCCCACAAGGG;SOR=0.805;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=330;TCF=180;TCR=150;TR=329;WE=25299929;WS=25299911;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,545:1.00:545
chr12	25302481	rs10842485	T	C	408.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=11;NR=4;PP=259;SC=CATTTTTCAATTTAAAAAATA;SOR=1.609;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=11;TCR=4;TR=15;WE=25302489;WS=25302471;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr12	25343516	rs10842501	C	T	655.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=14;NR=5;PP=350;SC=AGTGATTATACAACTATCTAT;SOR=1.609;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=19;TCF=14;TCR=5;TR=19;WE=25343524;WS=25343506;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr12	25343707	rs10842502	C	T	1282.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.889;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=23;PP=712;ReadPosRankSum=-0.568;SC=TGTAACTTTCCTTGCAAATCT;SOR=1.157;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=38;TCF=15;TCR=23;TR=38;WE=25343715;WS=25343697;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,50:0.96:52
chr12	25362217	rs9266	A	G	1726.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=26;NR=23;PP=748;SC=CTTTACATTCATCAGGGATGA;SOR=0.814;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=49;TCF=26;TCR=23;TR=49;WE=25362225;WS=25362207;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr12	25368462	rs4362222	C	T	9297.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=352;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=128;NR=84;PP=2965;SC=GTCGGATCTCCCTCACCAATG;SOR=0.935;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=214;TCF=128;TCR=86;TR=212;WE=25368470;WS=25368452;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,348:1.00:348
chr12	25388290	rs7133635	G	T	1783.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=16;NR=28;PP=863;SC=CATCAAAGACGGTTGTAGACT;SOR=1.098;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=44;TCF=16;TCR=28;TR=44;WE=25388298;WS=25388280;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr12	25398284	rs121913529	C	T	2457.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-2.497;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=264;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.474;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=39;PP=1022;ReadPosRankSum=1.808;SC=GCCTACGCCACCAGCTCCAAC;SOR=0.602;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=172;TCF=94;TCR=78;TR=81;WE=25398292;WS=25398274;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:137,126:0.48:263
chr12	25656920	rs7306993	C	T	268.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=0.267;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.856;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=10;PP=242;ReadPosRankSum=0.889;SC=TTAGGGGAGACTTGAACAAAG;SOR=1.329;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=21;TCF=4;TCR=17;TR=12;WE=25656928;WS=25656910;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,12:0.46:26
chr12	25671759	rs1479500	T	A	4829.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=73;NR=45;PP=2415;SC=GTTGACCGAGTCCTGGGCTGT;SOR=1.038;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=118;TCF=73;TCR=45;TR=118;WE=25671767;WS=25671749;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,179:1.00:179
chr12	25673079	rs1382849	C	T	224.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=61.78;QD=22.48;SOR=1.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr12	25678995	rs199719770	T	TA	1189.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.510;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FS=4.403;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.07;MQRankSum=1.100;QD=7.53;ReadPosRankSum=1.720;SOR=0.389;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:73,85:0.54:158
chr12	25679932	rs1705419	G	A	710.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=16;PP=425;SC=CTTCAGATAGGAGTGTCTTTG;SOR=2.400;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=18;TCF=2;TCR=16;TR=18;WE=25679940;WS=25679922;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr12	25699523	rs278990	A	G	2016.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=18;NR=38;PP=1144;SC=GTAACCAGGAAAGAAGTAAAT;SOR=1.516;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=57;TCF=19;TCR=38;TR=56;WE=25699531;WS=25699513;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr12	25702544	rs17422350	A	C	634.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=2.438;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.530;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=18;PP=481;ReadPosRankSum=-0.065;SC=TGAATAAAAGAAGCATGGGCT;SOR=0.430;SbPval=0.26;Source=Platypus;TC=43;TCF=5;TCR=38;TR=22;WE=25702552;WS=25702534;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,25:0.49:51
chr12	26026988	rs11048315	G	A	2955.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.574;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=299;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=69;NR=47;PP=1600;ReadPosRankSum=0.310;SC=CAGCCACCTCGCTGAGCCACA;SOR=0.670;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=213;TCF=129;TCR=84;TR=116;WE=26026996;WS=26026978;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:149,147:0.50:296
chr12	26027207	rs41379251	C	T	1225.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-2.174;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.729;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=34;PP=732;ReadPosRankSum=-1.247;SC=GCCTTATATGCTAATACTTTT;SOR=0.774;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=96;TCF=24;TCR=72;TR=45;WE=26027215;WS=26027197;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,57:0.46:124
chr12	26221813	rs56249046	G	C	552.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.447;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.379;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=15;PP=344;ReadPosRankSum=2.188;SC=CTTCCTTTTTGATTTGTGCCA;SOR=1.158;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=31;TCF=6;TCR=25;TR=17;WE=26221821;WS=26221803;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,23:0.53:43
chr12	26231843	rs7133685	G	T	3325.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=55;NR=31;PP=1700;SC=AAAAAAAGGCGCTAACCGAAA;SOR=1.225;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=86;TCF=55;TCR=31;TR=86;WE=26231851;WS=26231820;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr12	26231898	rs4963952	G	A	1446.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.192;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.868;HP=2;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=1.162;NF=30;NR=29;PP=791;ReadPosRankSum=1.192;SC=TCATGATTATGTATACAAAAA;SOR=0.540;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=106;TCF=57;TCR=49;TR=59;WE=26231906;WS=26231888;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:102,77:0.43:179
chr12	26275555	rs11048413	G	A	2234.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.60;SOR=1.013;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr12	26492555	rs34679762	A	AT	310.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.028;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=1.056;NF=1;NR=7;PP=164;ReadPosRankSum=-0.158;SC=CAAAAAAGGGATTTTTTTAAA;SOR=0.693;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=21;TCF=1;TCR=20;TR=8;WE=26492563;WS=26492545;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,18:0.50:36
chr12	26568456	rs66797056	TAAGAAAAGA	T	1495.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.207;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.963;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=1.617;NF=1;NR=24;PP=2968;ReadPosRankSum=-1.273;SC=AAAACACTAATAAGAAAAGAA;SOR=0.890;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=65;TCF=2;TCR=63;TR=25;WE=26568472;WS=26568446;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,41:0.44:93
chr12	26580814	rs1818135	T	C	863.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-6.335;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.652;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=5;PP=532;ReadPosRankSum=0.322;SC=AAACTAATTCTGTAACAGTAC;SOR=0.083;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=61;TCF=54;TCR=7;TR=31;WE=26580822;WS=26580804;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,37:0.51:72
chr12	26581306	rs4963995	G	A	1035.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.543;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.351;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=22;PP=608;ReadPosRankSum=1.909;SC=TCATATGAGGGTGATTTGCTA;SOR=0.841;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=82;TCF=41;TCR=41;TR=42;WE=26581314;WS=26581296;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,56:0.39:142
chr12	26592288	rs2270960	G	A	1259.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=3.351;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=34;PP=805;ReadPosRankSum=-0.477;SC=TTAGCCTTTCGGACACCTCAG;SOR=0.671;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=91;TCF=19;TCR=72;TR=41;WE=26592296;WS=26592278;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,54:0.48:113
chr12	26596618	rs2220406	C	T	2312.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.412;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.060;HP=6;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=44;PP=1129;ReadPosRankSum=-0.482;SC=TTTAGGTCTTCTTTTCCCCTT;SOR=0.617;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=132;TCF=49;TCR=83;TR=70;WE=26596626;WS=26596608;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:104,111:0.52:215
chr12	26639346	.	T	TAAA	113.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.534;ClippingRankSum=0.000;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=11.727;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.21;MQRankSum=1.606;QD=3.79;ReadPosRankSum=-0.809;SOR=0.024;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,7:0.23:30
chr12	26639360	rs376239453	C	A	35.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.342;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=9.203;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.35;MQRankSum=1.891;QD=1.19;ReadPosRankSum=-0.691;SOR=0.055;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,7:0.23:30
chr12	26648092	rs2230381	C	T	3014.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.427;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=344;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.391;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=39;PP=1211;ReadPosRankSum=1.866;SC=TACCTCCCACCTGTGCAGTTT;SOR=0.720;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=190;TCF=101;TCR=89;TR=85;WE=26648100;WS=26648082;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:188,155:0.45:343
chr12	26709497	.	T	TGTGTGTG	279.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-1.540;ClippingRankSum=0.000;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=10;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.344;NF=0;NR=15;PP=206;ReadPosRankSum=3.234;SC=CTATTTTTTTTTTTGTGTGTG;SOR=0.465;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=25;TCF=0;TCR=25;TR=15;WE=26709505;WS=26709479;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,10:0.38:26
chr12	26752843	rs2306680	A	C	147.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-2.744;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=1;PP=76;ReadPosRankSum=-0.595;SC=GTGTAACAAAATTCTCTTCAT;SOR=0.293;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=9;TCF=8;TCR=1;TR=6;WE=26752851;WS=26752833;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,8:0.73:11
chr12	26755546	rs3736185	C	T	3037.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=3.209;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=287;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.432;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=50;PP=1589;ReadPosRankSum=-2.448;SC=TTGTATCTGCCGACCTCCTTT;SOR=0.739;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=174;TCF=79;TCR=95;TR=92;WE=26755554;WS=26755536;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:143,140:0.49:283
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chr12	26806955	rs2230380	G	A	581.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.026;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.38;ReadPosRankSum=1.223;SOR=0.732;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,29:0.47:62
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chr12	26816496	rs1375656	T	C	2885.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=61;NR=27;PP=1861;SC=TTGCCCAACATAAAATATTTC;SOR=1.565;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=88;TCF=61;TCR=27;TR=88;WE=26816504;WS=26816486;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr12	26819095	rs34107444	A	ATAGATAGATAGAT,ATAGATAGATAGATAGATAGAT	258.73	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;NF=0,0;NR=13,13;PP=70,2211;SC=AGATAGATAGATTTTTTTTTA;SOR=5.136;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=28;TCF=0;TCR=28;TR=13,13;WE=26819103;WS=26819085;set=Intersection	GT:AF:DP	0/1:0.61:23
chr12	26834804	rs111626763	T	TACTC	2192.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.912;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.665;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=11;PP=1373;ReadPosRankSum=0.377;SC=TTTAAAGAGTTACCTCCTTTC;SOR=0.773;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=91;TCF=60;TCR=31;TR=29;WE=26834812;WS=26834794;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:96,58:0.38:154
chr12	26848410	rs1982385	A	C	799.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=18;NR=6;PP=537;SC=TTACCTGTGAACCATAGGCTC;SOR=2.066;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=24;TCF=18;TCR=6;TR=24;WE=26848418;WS=26848400;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr12	26848663	rs3830260	A	AT	2207.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=31;PP=1563;SC=AATTCAATTAATATTCTATCC;SOR=1.292;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=35;TCF=3;TCR=32;TR=34;WE=26848671;WS=26848653;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr12	26868322	rs1900941	T	C	2861.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.393;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=307;ExcessHet=3.0103;FS=0.875;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.57;ReadPosRankSum=2.407;SOR=0.748;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:157,142:0.47:299
chr12	26869233	rs7957289	C	T	2498.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=1.562;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.709;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=60;PP=1392;ReadPosRankSum=0.046;SC=GTGCTATATTCGAAGCTAGAA;SOR=0.825;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=163;TCF=50;TCR=113;TR=85;WE=26869241;WS=26869223;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:106,115:0.52:221
chr12	26874138	rs11407207	G	GT	397.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-2.771;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.848;HP=10;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=6;PP=113;ReadPosRankSum=-0.735;SC=AAAAAGTAGGGTTTTTTTTTT;SOR=0.240;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=34;TCF=19;TCR=15;TR=11;WE=26874146;WS=26874128;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,29:0.43:67
chr12	26875235	rs2291262	A	G	1183.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=4.585;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.324;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=5;PP=793;ReadPosRankSum=-0.424;SC=AGTAAAAACTATATTTTCTTT;SOR=0.473;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=85;TCF=76;TCR=9;TR=40;WE=26875243;WS=26875225;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,46:0.49:94
chr12	26875565	rs2291261	G	A	625.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=0.646;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=24;PP=485;ReadPosRankSum=1.893;SC=TTTTATACATGTATCATATAT;SOR=1.439;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=49;TCF=1;TCR=48;TR=24;WE=26875573;WS=26875555;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,25:0.46:54
chr12	26878577	rs17480784	C	G	2985.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.759;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=295;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.896;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=43;PP=1575;ReadPosRankSum=1.232;SC=GAATCCTGGTCCTTACCTGTA;SOR=0.618;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=190;TCF=109;TCR=81;TR=95;WE=26878585;WS=26878567;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:152,139:0.48:291
chr12	26878766	rs17480798	G	A	1204.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.586;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.439;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=34;PP=717;ReadPosRankSum=1.435;SC=TTCCCTTATAGCTCAGCTTTT;SOR=1.071;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=94;TCF=32;TCR=62;TR=49;WE=26878774;WS=26878756;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,58:0.48:122
chr12	27059149	rs1488053	C	T	275.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-0.628;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=3;PP=138;ReadPosRankSum=-1.516;SC=TAATAAAAAACTGCTGATTAT;SOR=0.495;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=33;TCF=27;TCR=6;TR=13;WE=27059157;WS=27059139;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,15:0.37:41
chr12	27059224	rs1488052	G	A	808.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.158;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.511;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=11;PP=231;ReadPosRankSum=-1.657;SC=TTGACAATAAGTAACACAAAC;SOR=0.546;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=65;TCF=40;TCR=25;TR=25;WE=27059232;WS=27059214;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,46:0.39:118
chr12	27059422	rs1488051	T	C	191.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.642;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.34;ReadPosRankSum=-0.141;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,10:0.43:23
chr12	27064232	rs3210635	C	T	1625.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.215;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=38;PP=872;ReadPosRankSum=-0.443;SC=CTTTTCCACGCTCTAAGATTC;SOR=0.701;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=132;TCF=47;TCR=85;TR=58;WE=27064251;WS=27064222;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:98,83:0.46:181
chr12	27066350	rs3736227	C	T	2855.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.753;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=256;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=34;PP=1447;ReadPosRankSum=-0.425;SC=TGTGATATAACAAAAGGCACC;SOR=0.704;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=184;TCF=120;TCR=64;TR=100;WE=27066358;WS=27066340;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:114,136:0.54:250
chr12	27072129	rs950158	A	G	89.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.143;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=7.48;ReadPosRankSum=0.494;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,6:0.50:12
chr12	27075705	rs7137176	A	T	231.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-3.207;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.952;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=6;PP=76;ReadPosRankSum=0.000;SC=TTAATTATTCATTTGCTTTTT;SOR=0.052;SbPval=0.16;Source=Platypus;TC=23;TCF=5;TCR=18;TR=10;WE=27075713;WS=27075695;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,13:0.50:26
chr12	27081566	rs2029309	C	G	461.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=2.368;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.805;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=4;PP=382;ReadPosRankSum=0.821;SC=GCTGTCTCTACTATTCTGAAA;SOR=0.250;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=38;TCF=32;TCR=6;TR=20;WE=27081574;WS=27081558;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,19:0.50:38
chr12	27087703	rs708158	T	C	123.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=2.655;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=6;PP=118;ReadPosRankSum=0.040;SC=ATGTGTAGTATATGCCAGGTG;SOR=0.892;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=0;TCR=10;TR=6;WE=27087711;WS=27087693;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,5:0.56:9
chr12	27109412	.	CATATAT	C	97.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.516;ClippingRankSum=0.000;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=2.515;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.52;ReadPosRankSum=1.900;SOR=0.180;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,4:0.27:15
chr12	27117382	rs11048788	G	C	97.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.157;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=0;PP=40;ReadPosRankSum=0.166;SC=GTTGCCAACTGCATATATCAT;SOR=0.784;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=14;TCR=1;TR=4;WE=27117390;WS=27117372;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,5:0.31:16
chr12	27132691	rs143662680	C	CA	2697.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.037;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=243;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.679;NF=22;NR=25;PP=1612;ReadPosRankSum=0.391;SC=CTCGAACACACAAAACATCTG;SOR=0.682;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=104;TCF=49;TCR=55;TR=47;WE=27132699;WS=27132681;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:113,122:0.52:235
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chr12	27136626	rs56054487	G	T	1086.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.323;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=30;PP=627;ReadPosRankSum=0.076;SC=AATTTAAACCGAAACTCACAA;SOR=0.693;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=75;TCF=18;TCR=57;TR=41;WE=27136634;WS=27136616;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,52:0.50:104
chr12	27152666	rs7314394	T	C	3263.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=32;NR=57;PP=1487;SC=CATAAATTACTGAGCTGATCC;SOR=1.117;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=90;TCF=32;TCR=58;TR=89;WE=27152674;WS=27152656;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
chr12	27165684	rs12321522	G	A	2311.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-3.772;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.420;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=2.208;NF=29;NR=58;PP=1284;ReadPosRankSum=-0.564;SC=TGTAATCCCAGCACTCTGGGA;SOR=0.468;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=151;TCF=46;TCR=105;TR=87;WE=27165692;WS=27165674;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:92,110:0.54:202
chr12	27175494	rs3963548	T	C	2631.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=47;NR=25;PP=1285;SC=TTTTGGCGTCTGTTTGCTGCG;SOR=1.179;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=72;TCF=47;TCR=25;TR=72;WE=27175502;WS=27175484;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr12	27175640	rs1872191	A	G	4865.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=52;NR=60;PP=2191;SC=GCAAAACTTGAAAGTGGGGAG;SOR=0.795;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=112;TCF=52;TCR=60;TR=112;WE=27175648;WS=27175630;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,183:1.00:183
chr12	27179551	rs145100138	CTTATT	C	788.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=0.073;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.448;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=15;PP=653;ReadPosRankSum=-0.128;SC=AGAAATTCAGCTTATTTTATT;SOR=1.101;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=29;TCF=1;TCR=28;TR=15;WE=27179563;WS=27179541;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,21:0.57:37
chr12	27181513	rs8628	T	G	1163.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=2.775;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=28;PP=667;ReadPosRankSum=0.623;SC=TATGACACATTACCTTTTTAG;SOR=0.721;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=78;TCF=18;TCR=60;TR=36;WE=27181521;WS=27181503;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,50:0.51:99
chr12	27234200	rs708165	T	C	2077.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=2.585;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=255;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=32;PP=1077;ReadPosRankSum=0.393;SC=GATGGGGACTTTTGGTGGCAT;SOR=0.717;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=157;TCF=82;TCR=75;TR=68;WE=27234208;WS=27234190;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:147,106:0.42:253
chr12	27234505	rs34457591	A	T	537.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-2.065;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.116;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=18;PP=340;ReadPosRankSum=-0.189;SC=AAAATAGCCCAAGTGTCAATG;SOR=0.914;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=50;TCF=10;TCR=40;TR=22;WE=27234513;WS=27234495;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,26:0.42:62
chr12	27234999	rs708167	T	C	3483.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.806;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=324;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.351;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=70;NR=50;PP=1936;ReadPosRankSum=-0.102;SC=TCTAGAAATATCTGAAACTCT;SOR=0.604;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=241;TCF=145;TCR=96;TR=120;WE=27235007;WS=27234989;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:154,162:0.51:316
chr12	27235381	rs708168	G	A	768.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.404;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.756;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-1.284;NF=14;NR=15;PP=416;ReadPosRankSum=-0.575;SC=TGGAGCTGTCGTCCTCTATGT;SOR=0.418;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=65;TCF=28;TCR=37;TR=29;WE=27235389;WS=27235371;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,39:0.41:96
chr12	27300420	rs841618	T	C	815.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=19;NR=3;PP=571;SC=TATGCTCTCTTAATGTTCCTT;SOR=2.468;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=23;TCF=20;TCR=3;TR=22;WE=27300428;WS=27300410;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr12	27461984	rs6487599	T	C	645.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=15;NR=2;PP=416;SC=TTAAGGGAAGTTACTTTTCTT;SOR=2.737;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=17;TCF=15;TCR=2;TR=17;WE=27461992;WS=27461974;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr12	27468313	rs2346053	A	G	664.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.279;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=23;PP=460;ReadPosRankSum=-0.535;SC=AGAGAATTTTATGCCTTGGTT;SOR=0.751;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=53;TCF=8;TCR=45;TR=27;WE=27468321;WS=27468303;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,30:0.48:63
chr12	27470682	rs2242185	C	T	262.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.524;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=2;PP=130;ReadPosRankSum=1.432;SC=TTATTAGCAACGTGATTGTAA;SOR=0.460;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=29;TCF=25;TCR=4;TR=12;WE=27470690;WS=27470672;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,15:0.44:34
chr12	27470866	rs6487601	G	A	2844.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=-1.356;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=265;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.487;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=37;PP=1159;ReadPosRankSum=0.552;SC=CTCAAGAAACGTACAGAAAAG;SOR=0.734;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=132;TCF=69;TCR=63;TR=80;WE=27470874;WS=27470856;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:118,143:0.55:261
chr12	27486168	rs62758860	GA	G	568.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=9;PP=356;SC=TCTCGGGCCGGAGCATCGCCT;SOR=1.473;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=9;WE=27486176;WS=27486158;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr12	27533367	rs4964060	A	G	3278.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.123;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=329;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.404;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=62;PP=1575;ReadPosRankSum=0.264;SC=CCACACTTCGATAAGTGAAAT;SOR=0.722;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=215;TCF=86;TCR=129;TR=102;WE=27533375;WS=27533357;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:167,158:0.49:325
chr12	27553794	rs2927028	C	T	453.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=4;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=13;PP=344;SC=GCTAGTTTTTCTTTTTCTTTT;SOR=2.833;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=2;TCR=13;TR=15;WE=27553802;WS=27553778;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr12	27569025	rs1256955	G	T	458.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=13;PP=370;SC=TTTAAGTGGCGTTGTGGAATA;SOR=3.126;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=2;TCR=13;TR=15;WE=27569033;WS=27569015;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr12	27623433	rs35052632	G	GT	1708.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=36;NR=5;PP=1778;SC=TGAACAGCCAGTTGAAAGGGG;SOR=3.611;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=43;TCF=36;TCR=7;TR=41;WE=27623441;WS=27623423;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr12	27623490	rs776199	A	G	5860.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=106;NR=42;PP=2965;SC=TCTGGTGTCAATGAAGAGGAT;SOR=1.531;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=148;TCF=106;TCR=42;TR=148;WE=27623498;WS=27623480;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,207:1.00:207
chr12	27625823	rs386428	A	T	8525.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=336;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=92;NR=109;PP=2965;SC=ACACTGAAAAATGGGTAAGAG;SOR=0.813;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=201;TCF=92;TCR=109;TR=201;WE=27625831;WS=27625813;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,333:1.00:333
chr12	27625879	rs381905	G	A	7833.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.26;SOR=1.103;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,177:1.00:177
chr12	27625887	rs401739	T	C	7663.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.56;SOR=1.133;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,172:1.00:172
chr12	27627805	rs411816	G	A	7983.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.715;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=322;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=92;NR=117;PP=2965;ReadPosRankSum=0.116;SC=ACCCTCAAGCGTCTACATCTC;SOR=0.478;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=212;TCF=93;TCR=119;TR=209;WE=27627813;WS=27627795;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,311:0.99:314
chr12	27647420	rs149908760	T	TTTA,TTTATTA	964.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.261;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.23;MQRankSum=0.416;QD=34.45;ReadPosRankSum=1.350;SOR=1.220;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:2,9,17:0.32,0.61:28
chr12	27654898	rs61731840	C	T	1103.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=22;NR=11;PP=596;SC=ATGTCCTCACCGTCACTGGAC;SOR=1.347;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=33;TCF=22;TCR=11;TR=33;WE=27654906;WS=27654888;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr12	27786115	rs3751231	C	T	2048.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=53;NR=14;PP=1360;SC=TTAACTGATACAGGTATCGCA;SOR=2.505;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=67;TCF=53;TCR=14;TR=67;WE=27786123;WS=27786105;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr12	27800576	rs34792131	C	CT	1176.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.804;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQ=60.17;MQRankSum=1.443;NF=15;NR=16;PP=669;ReadPosRankSum=-0.436;SC=AGGATCATTCCTTTTTTTGTT;SOR=0.670;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=80;TCF=41;TCR=39;TR=31;WE=27800584;WS=27800566;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,61:0.50:123
chr12	27800746	rs2194816	G	T	4616.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=42;NR=76;PP=2282;SC=CAGAGAGAAGGTGAATGCCAC;SOR=1.192;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=118;TCF=42;TCR=76;TR=118;WE=27800754;WS=27800736;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,174:1.00:174
chr12	27803097	rs367885450	CCT	C	254.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.085;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=301;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.99;MQRankSum=-2.822;QD=0.92;ReadPosRankSum=0.073;SOR=0.751;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:244,32:0.12:276
chr12	27807906	rs7979973	G	A	369.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.342;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.670;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-2.896;NF=12;NR=6;PP=291;ReadPosRankSum=-1.797;SC=TTGAATTTAAGCACCACTGAT;SOR=1.292;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=42;TCF=25;TCR=17;TR=18;WE=27807914;WS=27807896;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,18:0.39:46
chr12	27811649	rs10771354	G	T	172.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.238;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=1;PP=85;ReadPosRankSum=1.500;SC=TTAGATTTCCGTTATTTTAGG;SOR=0.495;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=18;TCF=15;TCR=3;TR=7;WE=27811657;WS=27811639;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,9:0.45:20
chr12	27813754	rs7132997	A	G	1172.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=24;NR=8;PP=762;SC=TGGAGAGTAAATAACTTCTTA;SOR=1.923;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=24;TCR=8;TR=32;WE=27813762;WS=27813744;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr12	27813903	rs7133222	C	T	2625.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=28;NR=23;PP=1099;SC=TTTAAATATACGTGTGGATGT;SOR=0.775;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=52;TCF=28;TCR=24;TR=51;WE=27813911;WS=27813893;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr12	27813961	rs7133231	A	G	3040.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=28;NR=31;PP=992;SC=GAGCTATGCCATTTTAAAAGA;SOR=0.779;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=61;TCF=28;TCR=33;TR=59;WE=27813989;WS=27813951;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr12	27813973	rs7133328	C	T	4398.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.13;SOR=0.773;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr12	27813981	rs7133545	G	C	4317.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.45;SOR=0.757;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr12	27814085	rs6487629	C	T	781.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=35;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=21;PP=573;SC=CCTGCCCCCACGAATTCAGAA;SOR=3.180;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=24;TCF=3;TCR=21;TR=24;WE=27814093;WS=27814075;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr12	27817408	rs34613698	CT	C	2750.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=0.693;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.518;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=22;PP=1023;ReadPosRankSum=1.260;SC=AGTTTTTCTACTTTGGTTGAC;SOR=0.699;SbPval=0.24;Source=Platypus;TC=69;TCF=15;TCR=54;TR=31;WE=27817416;WS=27817398;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:104,96:0.48:200
chr12	27820302	rs2033024	C	T	1902.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=15;NR=42;PP=1312;SC=GACTGTGTTACTGAAAAGTTA;SOR=1.875;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=57;TCF=15;TCR=42;TR=57;WE=27820310;WS=27820292;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr12	27826780	rs2052673	T	G	3038.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.833;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.86;ReadPosRankSum=-0.377;SOR=0.772;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:7,146:0.95:153
chr12	27832308	rs10743607	G	A	408.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=10;NR=1;PP=254;SC=CTCTTTGTAAGTCACTGATTA;SOR=2.985;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=11;TCF=10;TCR=1;TR=11;WE=27832316;WS=27832298;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr12	27844919	.	G	A	1383.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=2.480;ClippingRankSum=0.000;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.769;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=40;PP=993;ReadPosRankSum=1.245;SC=ACACTAAATGGGAACTTTGTA;SOR=0.984;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=85;TCF=19;TCR=66;TR=52;WE=27844927;WS=27844909;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,58:0.55:106
chr12	27845924	rs3764010	C	T	3119.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=23;NR=77;PP=2145;SC=TTTGTTGTTCCAACTTCTGCT;SOR=2.281;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=100;TCF=23;TCR=77;TR=100;WE=27845932;WS=27845914;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr12	27849795	rs929948	CA	TG	12332.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=280;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=92;NR=102;PP=2947;SC=TTTGGGGATCCAACAAGCAAA;SOR=0.753;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=202;TCF=95;TCR=107;TR=194;WE=27849804;WS=27849785;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,274:1.00:274
chr12	27867706	rs11049106	C	T	3767.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=56;NR=27;PP=1842;SC=TTATCTTTTACGTACAGCGGA;SOR=1.211;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=84;TCF=56;TCR=28;TR=83;WE=27867714;WS=27867696;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,140:1.00:140
chr12	27915718	rs10842975	A	T	6747.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=2.071;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=266;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=116;NR=70;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.778;SC=ATTTGCAAGGATCCTGATTTT;SOR=0.804;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=188;TCF=117;TCR=71;TR=186;WE=27915726;WS=27915708;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:7,256:0.97:263
chr12	27944858	rs2288232	G	A	355.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=0.706;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.448;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=14;PP=267;ReadPosRankSum=0.365;SC=CCAGGTAGGTGGTCTGCCCAT;SOR=1.002;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=38;TCF=7;TCR=31;TR=16;WE=27944866;WS=27944848;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,17:0.40:42
chr12	27950067	.	C	CAAA	662.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.443;ClippingRankSum=0.000;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.66;MQRankSum=2.038;QD=14.10;ReadPosRankSum=-0.172;SOR=0.772;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,24:0.51:47
chr12	28111319	rs34525777	C	CA	324.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.863;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=10;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=3;PP=185;ReadPosRankSum=1.130;SC=TTAGCCTTGGCAAAAAAAAAA;SOR=0.627;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=16;TCF=12;TCR=4;TR=11;WE=28111327;WS=28111309;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,17:0.89:19
chr12	28336969	rs71438734	T	TAAATGCAAAAAGAAATGAA	541.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=0.674;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.648;HP=9;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=4.087;NF=5;NR=5;PP=1045;ReadPosRankSum=-1.620;SC=AATGAAAAAATAAATGCAAAA;SOR=0.850;SbPval=0.02;Source=Platypus;TC=36;TCF=6;TCR=30;TR=10;WE=28336977;WS=28336959;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,12:0.50:24
chr12	28412398	rs7969414	G	T	1798.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.835;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FS=2.169;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.57;ReadPosRankSum=-3.155;SOR=0.516;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:107,81:0.43:188
chr12	28412415	rs11049489	T	C	1314.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.739;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FS=4.678;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.46;ReadPosRankSum=1.276;SOR=1.164;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:65,74:0.53:139
chr12	28457618	rs6487674	A	C	3077.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=32;NR=33;PP=958;SC=ACTTCACTGAAGTTGCTGATG;SOR=0.761;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=65;TCF=32;TCR=33;TR=65;WE=28457626;WS=28457608;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr12	28544464	rs3741760	G	A	344.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=1.883;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.670;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=12;PP=215;ReadPosRankSum=0.477;SC=GAGAAAAAATGTGCTTATGTA;SOR=1.179;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=33;TCF=5;TCR=28;TR=14;WE=28544472;WS=28544454;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,16:0.40:40
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chr12	29423583	rs2194519	A	G	252.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-3.030;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=11;PP=182;ReadPosRankSum=0.197;SC=TATGCCTTATAGGAAAGCGTG;SOR=1.022;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=27;TCF=1;TCR=26;TR=12;WE=29423591;WS=29423573;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,11:0.38:29
chr12	29444284	rs7972032	G	A	2226.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-2.151;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=28;PP=1019;ReadPosRankSum=-0.764;SC=TACTGAGCCAGGGTCTCTGAG;SOR=0.710;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=163;TCF=95;TCR=68;TR=73;WE=29444292;WS=29444274;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:102,110:0.52:212
chr12	29446477	rs10679359	T	TA	641.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.153;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.300;NF=0;NR=28;PP=370;ReadPosRankSum=0.220;SC=ATAGTTTCTGTAAAAAAAAAG;SOR=0.720;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=75;TCF=1;TCR=74;TR=28;WE=29446485;WS=29446467;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,42:0.37:115
chr12	29462224	rs6487807	C	G	1805.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.176;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.911;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=45;PP=954;ReadPosRankSum=-1.485;SC=TAACAAAATTCTTAGTGCTGG;SOR=0.974;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=121;TCF=37;TCR=84;TR=62;WE=29462232;WS=29462214;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,84:0.52:163
chr12	29485449	rs10743656	G	A	990.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=1.311;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.808;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=9;PP=429;ReadPosRankSum=1.163;SC=AAGGTCACTCGTCTATGTAGA;SOR=0.884;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=55;TCF=36;TCR=19;TR=29;WE=29485457;WS=29485439;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,48:0.53:91
chr12	29486745	rs1052583	T	C	1253.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.909;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=37;PP=855;ReadPosRankSum=-0.125;SC=TAGCCATCGCTTTTTATCTGG;SOR=0.738;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=134;TCF=45;TCR=89;TR=56;WE=29486753;WS=29486735;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:112,65:0.37:177
chr12	29496224	rs3782511	G	A	2192.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.516;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=47;PP=1285;ReadPosRankSum=2.243;SC=TCCTAAAAGGGAGGCAAAAGG;SOR=0.671;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=139;TCF=49;TCR=90;TR=74;WE=29496232;WS=29496214;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:106,107:0.50:213
chr12	29519980	.	CA	C	85.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.033;ClippingRankSum=0.000;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=5.155;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.19;MQRankSum=-0.679;QD=2.32;ReadPosRankSum=0.207;SOR=1.623;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,13:0.35:37
chr12	29524365	rs3214493	TA	T	2357.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.401;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.603;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=20;PP=1804;ReadPosRankSum=1.170;SC=AATTCATTGATAAATTCTTCC;SOR=0.748;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=110;TCF=67;TCR=43;TR=54;WE=29524373;WS=29524355;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:93,83:0.47:176
chr12	29586810	.	C	CA	458.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.057;ClippingRankSum=0.000;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.27;MQRankSum=1.806;QD=5.96;ReadPosRankSum=0.700;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:44,33:0.43:77
chr12	29593768	rs66808023	GA	G	754.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-1.358;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=2.035;NF=0;NR=18;PP=595;ReadPosRankSum=1.161;SC=TTAGCAATTGGATTTTTTACC;SOR=0.846;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=40;TCF=0;TCR=40;TR=18;WE=29593776;WS=29593758;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,26:0.43:60
chr12	29604392	rs1347570	C	G	1889.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.268;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.131;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=24;PP=977;ReadPosRankSum=-0.808;SC=ATACTGCTTGCTGAAACTCTG;SOR=0.825;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=113;TCF=67;TCR=46;TR=62;WE=29604400;WS=29604382;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:100,91:0.48:191
chr12	29607931	rs2060570	T	C	1388.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=0.546;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.790;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=37;PP=953;ReadPosRankSum=1.756;SC=TAGTGGGCACTAAAGCAGCCA;SOR=0.612;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=89;TCF=24;TCR=65;TR=51;WE=29607939;WS=29607921;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,60:0.58:104
chr12	29608449	rs1369904	T	C	641.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=3.646;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.591;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=20;PP=458;ReadPosRankSum=-0.316;SC=TTTAATTCCTTAAAGATTTGT;SOR=1.445;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=49;TCF=9;TCR=40;TR=23;WE=29608457;WS=29608439;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,26:0.46:56
chr12	29617643	rs117893886	G	A	1937.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.568;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.414;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=37;PP=864;ReadPosRankSum=0.680;SC=CACCTGTATCGGTGGCAAGTA;SOR=0.527;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=138;TCF=51;TCR=87;TR=61;WE=29617651;WS=29617633;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:112,98:0.47:210
chr12	29618273	rs10771537	G	C	592.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-3.940;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.368;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=19;PP=342;ReadPosRankSum=0.506;SC=GAGGAAAAGAGGTTTATGAAG;SOR=0.412;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=50;TCF=9;TCR=41;TR=24;WE=29618281;WS=29618263;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,28:0.52:54
chr12	29628016	rs2043623	G	A	1545.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.296;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.493;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=28;PP=785;ReadPosRankSum=0.053;SC=TGGTAAATCTGGCCTTGAAGC;SOR=0.875;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=77;TCF=32;TCR=45;TR=46;WE=29628024;WS=29628006;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,71:0.60:119
chr12	29629300	rs75922252	C	T	420.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.288;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.286;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=14;PP=266;ReadPosRankSum=2.022;SC=AAGGGTTTTCCTCTGTGTATT;SOR=3.154;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=34;TCF=3;TCR=31;TR=14;WE=29629308;WS=29629290;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,17:0.44:39
chr12	29630081	rs7975356	G	A	12325.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.850;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=472;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=186;NR=120;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.807;SC=ATGACACCTTGTGTTACTGGG;SOR=0.998;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=309;TCF=188;TCR=121;TR=306;WE=29630089;WS=29630071;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,462:1.00:464
chr12	29639186	rs3847680	T	C	2911.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.533;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=304;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.396;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=34;PP=1230;ReadPosRankSum=-0.557;SC=CACATACCCTTTCCTCTCTGG;SOR=0.799;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=177;TCF=101;TCR=76;TR=85;WE=29639194;WS=29639176;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:149,144:0.49:293
chr12	29642542	rs967182	C	T	1146.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.388;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.299;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=9;PP=366;ReadPosRankSum=-1.552;SC=GGCTGGTTTACACTTTTGTAC;SOR=0.931;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=69;TCF=42;TCR=27;TR=29;WE=29642550;WS=29642532;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,59:0.48:124
chr12	29642573	rs967181	A	C	1032.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.669;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.583;HP=4;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=10;PP=457;ReadPosRankSum=0.973;SC=TCCATTCCCCAATCAGGGAAG;SOR=1.136;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=80;TCF=46;TCR=34;TR=31;WE=29642581;WS=29642563;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,52:0.46:114
chr12	29648275	rs10843438	G	A	3025.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.631;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=301;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.976;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=40;PP=1534;ReadPosRankSum=0.519;SC=ATATATTCACGGCTGTTGTAT;SOR=0.573;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=197;TCF=127;TCR=70;TR=103;WE=29648283;WS=29648265;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:147,148:0.50:295
chr12	29650361	rs10771544	A	C	156.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-2.214;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=1;PP=92;ReadPosRankSum=-0.105;SC=AATGCAAAAAATTTCAAAAAG;SOR=0.876;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=26;TCF=23;TCR=3;TR=8;WE=29650369;WS=29650351;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,9:0.29:31
chr12	29650702	rs822879	C	T	4088.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=34;NR=78;PP=2361;SC=CGCCCTTTATCCCCTCCTGCG;SOR=1.512;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=112;TCF=34;TCR=78;TR=112;WE=29650710;WS=29650692;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,142:1.00:142
chr12	29664935	rs76455237	G	A	2505.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.292;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=290;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.900;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=33;PP=1126;ReadPosRankSum=0.120;SC=GAAAACACAGGGGGAAAGCCC;SOR=0.765;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=169;TCF=95;TCR=74;TR=78;WE=29664943;WS=29664925;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:160,129:0.45:289
chr12	29669462	rs2304457	C	T	465.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-3.454;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.847;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=13;PP=245;ReadPosRankSum=-0.451;SC=GACTTCATTACCTTATCAAAT;SOR=0.201;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=36;TCF=6;TCR=30;TR=17;WE=29669470;WS=29669452;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,21:0.52:40
chr12	29721945	rs2254945	C	T	994.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-1.295;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=22;PP=518;ReadPosRankSum=-1.722;SC=GTGAGAGCTGCCCCTCACAGC;SOR=0.677;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=62;TCF=20;TCR=42;TR=32;WE=29721953;WS=29721935;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,44:0.53:83
chr12	29736480	rs2113879	A	G	999.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-1.819;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.354;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=25;PP=489;ReadPosRankSum=-1.409;SC=TGCTCAGTCCATGCACAAAAA;SOR=0.450;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=91;TCF=31;TCR=60;TR=41;WE=29736488;WS=29736470;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,54:0.44:124
chr12	29736523	rs2288230	G	T	482.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-2.240;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=17;PP=321;ReadPosRankSum=0.698;SC=AAACAGGGTGGAAGGAACGGG;SOR=0.749;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=46;TCF=8;TCR=38;TR=20;WE=29736531;WS=29736513;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,23:0.43:53
chr12	29736553	rs2113880	A	G	350.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-2.037;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=14;PP=285;ReadPosRankSum=-0.494;SC=GGGGTGCAATAGCTTCCCCCC;SOR=1.022;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=31;TCF=5;TCR=26;TR=16;WE=29736561;WS=29736543;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,16:0.48:33
chr12	29813816	rs138783218	T	C	585.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.295;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=1.134;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.46;ReadPosRankSum=0.170;SOR=0.611;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,27:0.57:47
chr12	29819161	rs11395199	C	CT	533.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.450;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FS=0.789;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.86;MQRankSum=1.202;QD=3.90;ReadPosRankSum=0.992;SOR=0.840;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:88,49:0.36:137
chr12	29920745	rs35316467	G	GTA	1379.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.496;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=9;PP=1008;ReadPosRankSum=0.139;SC=ATATTTACATGTATATATATG;SOR=0.754;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=65;TCF=44;TCR=21;TR=32;WE=29920753;WS=29920735;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,43:0.51:84
chr12	29920790	rs148049141	C	CACAT	4510.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.937;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.087;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=2.696;NF=32;NR=31;PP=2968;ReadPosRankSum=1.165;SC=TACATACACACATTCATATTC;SOR=0.796;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=114;TCF=56;TCR=58;TR=63;WE=29920798;WS=29920780;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:99,113:0.53:212
chr12	29921074	rs302316	A	G	828.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=23;PP=659;SC=CACAAGGAACACAGACGGAAT;SOR=3.767;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=25;TCF=2;TCR=23;TR=25;WE=29921082;WS=29921064;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr12	29936613	rs184221	T	G	2170.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=19;NR=20;PP=737;SC=CGGCCGGCGCTAGCCCGCAGC;SOR=0.756;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=39;TCF=19;TCR=20;TR=39;WE=29936634;WS=29936603;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr12	29936626	rs654825	C	A	498.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.485;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.983;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=9;PP=160;ReadPosRankSum=0.653;SC=CCCGCAGCCCCGCCGCCGGGA;SOR=0.851;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=38;TCF=18;TCR=20;TR=16;WE=29936634;WS=29936603;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,27:0.47:58
chr12	30809492	rs7974489	G	A	387.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=11;NR=2;PP=264;SC=TCCAAAAATTGAAGTGATTAT;SOR=2.303;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=11;TCR=2;TR=13;WE=30809500;WS=30809482;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr12	30815157	rs2118780	A	T	1874.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=46;NR=10;PP=1251;SC=AATGTTGTTAAGCAGCACATG;SOR=3.021;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=56;TCF=46;TCR=10;TR=56;WE=30815165;WS=30815147;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr12	30864540	rs200212827	C	T	2618.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.380;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=280;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.005;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=40;PP=1479;ReadPosRankSum=-0.021;SC=TCCCTCCTCGCTTATAACACT;SOR=0.938;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=186;TCF=104;TCR=82;TR=97;WE=30864548;WS=30864530;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:147,129:0.47:276
chr12	30906776	.	T	C	1515.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.939;ClippingRankSum=0.000;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.018;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=36;PP=851;ReadPosRankSum=-2.384;SC=ACGGAGGATGTTTCCAGAAAT;SOR=0.453;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=127;TCF=39;TCR=88;TR=54;WE=30906784;WS=30906766;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:89,71:0.44:160
chr12	31117041	rs111666688	AGTGGGAGGGGCTGAGGCT	A	1241.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=0.854;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.393;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=20;PP=2954;ReadPosRankSum=0.925;SC=CCAGCCCTGGAGTGGGAGGGG;SOR=1.154;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=39;TCF=1;TCR=38;TR=21;WE=31117066;WS=31117031;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,32:0.58:55
chr12	31131712	rs35097	T	C	1989.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.110;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=41;PP=1210;ReadPosRankSum=-0.755;SC=TCCCCCTACATATCTGCATCC;SOR=1.055;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=51;TCF=9;TCR=42;TR=50;WE=31131720;WS=31131702;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,69:0.99:70
chr12	31132479	rs35096	A	C	5666.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=96;NR=43;PP=2965;SC=GCTGATGGGGACTTCGCTCCT;SOR=1.387;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=139;TCF=96;TCR=43;TR=139;WE=31132487;WS=31132469;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,203:1.00:203
chr12	31135418	rs2075332	C	A	1891.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.571;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.950;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=19;PP=903;ReadPosRankSum=-0.091;SC=AGCCTGGGACCCTACGCAGGC;SOR=1.033;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=122;TCF=75;TCR=47;TR=59;WE=31135426;WS=31135408;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:108,93:0.46:201
chr12	31135478	rs35089	T	C	5864.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=76;NR=71;PP=2260;SC=TCAAGTGCTGTGGAAGCAACA;SOR=0.702;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=147;TCF=76;TCR=71;TR=147;WE=31135486;WS=31135468;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,227:1.00:227
chr12	31135579	rs2075333	T	C	3396.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=22;NR=57;PP=1541;SC=ACAGTGGTGGTGCGCTGCGGC;SOR=1.416;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=79;TCF=22;TCR=57;TR=79;WE=31135587;WS=31135569;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
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chr12	31288835	rs200865477	G	GA	665.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.325;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.908;HP=4;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-8.591;NF=12;NR=12;PP=818;ReadPosRankSum=1.081;SC=GAAATATTAAGAATATTTTAG;SOR=0.908;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=54;TCF=30;TCR=24;TR=24;WE=31288843;WS=31288825;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,30:0.34:87
chr12	31288884	rs4931444	G	T	1704.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=1.558;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.190;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-8.293;NF=33;NR=21;PP=858;ReadPosRankSum=-2.363;SC=ACAGAACAACGCACCTCTACA;SOR=0.832;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=112;TCF=70;TCR=42;TR=54;WE=31288892;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:97,82:0.46:179
chr12	31288955	rs11051266	G	A	2256.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-1.146;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=269;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.460;HP=4;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-3.364;NF=41;NR=27;PP=1052;ReadPosRankSum=-0.832;SC=TTGAACAACCGAAAAGGGTGA;SOR=0.638;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=161;TCF=94;TCR=67;TR=68;WE=31288963;WS=31288944;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:137,122:0.47:259
chr12	31289662	.	TA	T	64.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.570;ClippingRankSum=0.000;DP=363;ExcessHet=3.0103;FS=2.735;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.15;MQRankSum=1.152;QD=0.19;ReadPosRankSum=0.716;SOR=0.577;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:280,54:0.16:334
chr12	31297722	rs55758709	C	T	220.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.667;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.010;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-3.830;NF=11;NR=1;PP=189;ReadPosRankSum=-0.113;SC=ATATAATCCACGAAGGAACAA;SOR=1.880;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=28;TCF=25;TCR=3;TR=12;WE=31297730;WS=31297712;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,10:0.40:25
chr12	31297871	rs12309295	G	C	2528.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.807;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=272;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.932;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.753;NF=41;NR=43;PP=1134;ReadPosRankSum=2.274;SC=TCAGATTTCAGTAGAAGGACG;SOR=0.713;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=179;TCF=89;TCR=90;TR=84;WE=31297879;WS=31297861;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:138,129:0.48:267
chr12	31300754	rs116358569	T	C	1714.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.025;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.150;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-5.402;NF=40;NR=19;PP=780;ReadPosRankSum=0.411;SC=GACTGATGCATGATTTCTAAG;SOR=0.803;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=136;TCF=91;TCR=45;TR=59;WE=31300762;WS=31300744;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:110,87:0.44:197
chr12	31300891	rs56144986	C	A	4110.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.593;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=426;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.103;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.351;NF=80;NR=65;PP=2417;ReadPosRankSum=0.317;SC=GAGTAATGCACAGTAACAACC;SOR=0.607;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=285;TCF=160;TCR=125;TR=145;WE=31300899;WS=31300881;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:227,195:0.46:422
chr12	31301888	rs11051274	T	C	2689.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-2.001;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.479;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.111;NF=38;NR=57;PP=1484;ReadPosRankSum=0.414;SC=AGGTACATTATTGGGATCCGA;SOR=0.444;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=164;TCF=59;TCR=105;TR=95;WE=31301896;WS=31301878;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:102,129:0.56:231
chr12	31310808	rs6487980	T	C	885.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=1.124;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.046;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=1.155;NF=26;NR=8;PP=598;ReadPosRankSum=1.554;SC=GCTTCTCTAATAACATTAATG;SOR=0.866;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=61;TCF=47;TCR=14;TR=34;WE=31310816;WS=31310798;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,38:0.56:68
chr12	31311075	rs7953222	C	T	1761.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.407;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.132;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=1.153;NF=20;NR=39;PP=863;ReadPosRankSum=-2.298;SC=AGTCATATAGCTTACTATGAT;SOR=0.926;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=114;TCF=42;TCR=72;TR=59;WE=31311083;WS=31311065;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,83:0.56:147
chr12	31331823	rs55691127	C	T	1807.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.556;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=274;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.609;NF=34;NR=39;PP=911;ReadPosRankSum=1.406;SC=TAGTTTCCCACGATTTTGTCC;SOR=0.675;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=185;TCF=84;TCR=101;TR=73;WE=31331831;WS=31331813;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:172,101:0.37:273
chr12	31359159	rs3065666	C	CAATGGTAA	1292.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=1.859;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=11.550;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=1.083;NF=0;NR=22;PP=1466;ReadPosRankSum=0.569;SC=TCATACCAACCAATGGTAAGC;SOR=2.318;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=64;TCF=2;TCR=62;TR=22;WE=31359167;WS=31359149;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,35:0.47:74
chr12	31359210	rs2164498	A	G	204.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.464;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.764;HP=2;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=9;PP=163;ReadPosRankSum=0.127;SC=CTCTTTGTGTAAAGACCCACA;SOR=1.508;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=25;TCF=2;TCR=23;TR=9;WE=31359218;WS=31359200;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,9:0.35:26
chr12	31450157	rs12228083	T	C	154.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.322;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=4;PP=46;ReadPosRankSum=-2.034;SC=ATTTTTATTTTAGTATCTTCA;SOR=0.743;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=9;TCF=2;TCR=7;TR=5;WE=31450165;WS=31450147;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,9:0.60:15
chr12	31545103	rs708218	T	C	121.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=2;PP=93;ReadPosRankSum=-0.878;SC=AATATATATATCCTTATCACT;SOR=0.693;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=11;TCR=4;TR=7;WE=31545111;WS=31545093;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,7:0.50:14
chr12	31545381	rs792874	A	G	1865.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.190;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.775;HP=7;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.958;NF=23;NR=33;PP=874;ReadPosRankSum=1.215;SC=CTATGTCTAAAAAAAACACTA;SOR=0.836;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=117;TCF=51;TCR=66;TR=56;WE=31545389;WS=31545371;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:98,92:0.48:190
chr12	31551350	rs1798769	C	T	834.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.989;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.662;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=17;PP=382;ReadPosRankSum=1.144;SC=GACAGGGTTCCCGCTCAGCCC;SOR=0.896;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=64;TCF=29;TCR=35;TR=30;WE=31551358;WS=31551340;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,43:0.46:94
chr12	31555667	rs78851740	T	C	603.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=3.473;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.446;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=22;PP=490;ReadPosRankSum=1.431;SC=TTGGTTTTCATTGATAATTTG;SOR=1.170;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=56;TCF=10;TCR=46;TR=26;WE=31555675;WS=31555657;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,25:0.44:57
chr12	31562359	.	G	GA	31.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.565;ClippingRankSum=0.000;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=1.702;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.02;ReadPosRankSum=-0.237;SOR=1.148;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,7:0.23:31
chr12	31568221	rs793159	C	T	1756.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.456;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=20;PP=942;ReadPosRankSum=1.680;SC=CAGCCATAATCATTTGAGCAA;SOR=0.655;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=113;TCF=77;TCR=36;TR=62;WE=31568229;WS=31568211;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,79:0.56:140
chr12	31579406	rs78738589	C	A	1018.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.721;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.746;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=27;PP=546;ReadPosRankSum=-0.333;SC=AGCTATTCTTCTAATCTTCTT;SOR=0.920;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=79;TCF=18;TCR=61;TR=34;WE=31579414;WS=31579396;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,48:0.44:109
chr12	31693814	rs1262391	A	G	438.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.120;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=4;PP=317;ReadPosRankSum=-0.932;SC=AGTCTAATAAAGAATGCAGAA;SOR=0.593;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=30;TCF=23;TCR=7;TR=18;WE=31693822;WS=31693804;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,18:0.62:29
chr12	31693975	rs34225458	T	TA	985.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.047;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.254;HP=11;HapScore=3;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=27;PP=342;ReadPosRankSum=-0.467;SC=TCTTACCATATAAAAAAAAAA;SOR=1.015;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=56;TCF=5;TCR=51;TR=29;WE=31693983;WS=31693965;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,67:0.48:139
chr12	31814741	rs7959989	G	C	871.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=18;NR=7;PP=496;SC=CTCTTCCTCAGAATTCTCAGT;SOR=1.473;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=26;TCF=19;TCR=7;TR=25;WE=31814749;WS=31814731;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr12	31820564	rs200203445	C	CT	217.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.165;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.57;ReadPosRankSum=0.569;SOR=0.606;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,20:0.33:61
chr12	31850220	rs2388926	C	T	407.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=2.749;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=3;PP=341;ReadPosRankSum=1.371;SC=ATTGGTTATCCGCTAGGTTTT;SOR=0.836;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=37;TCF=31;TCR=6;TR=18;WE=31850228;WS=31850210;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,18:0.42:43
chr12	31862107	.	T	TA	49.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.763;ClippingRankSum=0.000;DP=85;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.65;ReadPosRankSum=-0.843;SOR=0.505;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:62,15:0.19:77
chr12	31908050	rs6488005	A	C	18829.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=2.393;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=722;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=206;NR=204;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.032;SC=CCAAGCCCATAGATAGATCAG;SOR=0.263;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=412;TCF=207;TCR=205;TR=410;WE=31908058;WS=31908040;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,721:1.00:722
chr12	31944691	rs3759294	A	C	3893.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.754;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=345;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.394;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.700;NF=71;NR=52;PP=1866;ReadPosRankSum=-0.193;SC=AACTGCCTTCACTTAAGCTCT;SOR=0.654;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=229;TCF=135;TCR=94;TR=123;WE=31944705;WS=31944681;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:159,185:0.54:344
chr12	32134207	rs2388981	C	A	16665.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.205;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=631;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.189;HP=3;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=192;NR=223;PP=2965;ReadPosRankSum=0.014;SC=AACTAACTCACAATTTGCAGA;SOR=0.606;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=420;TCF=195;TCR=225;TR=415;WE=32134215;WS=32134197;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:7,611:0.99:618
chr12	32134240	rs2388982	C	T	16287.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.807;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=625;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=193;NR=213;PP=2965;ReadPosRankSum=1.863;SC=TTACCCAAAACGTATGGTTGA;SOR=0.764;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=406;TCF=193;TCR=213;TR=406;WE=32134248;WS=32134230;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,615:1.00:617
chr12	32134638	rs2166807	T	C	12912.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=472;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=177;NR=165;PP=2965;SC=AGTCAGCTTCTAAATTCTGTA;SOR=0.787;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=343;TCF=178;TCR=165;TR=342;WE=32134646;WS=32134628;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,465:1.00:465
chr12	32135186	rs3759302	T	A	6251.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=235;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=107;NR=71;PP=2965;SC=GACTAATACTTCTTATAGTGA;SOR=1.087;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=180;TCF=107;TCR=73;TR=178;WE=32135194;WS=32135176;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,231:1.00:231
chr12	32135441	rs3759301	T	C	11658.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=432;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=149;NR=115;PP=2965;SC=AATGCCAGACTCATCTCATGA;SOR=0.867;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=264;TCF=149;TCR=115;TR=264;WE=32135449;WS=32135431;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,422:1.00:422
chr12	32137084	rs199612747	C	T	3578.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.048;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=352;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.468;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=67;PP=1686;ReadPosRankSum=-2.106;SC=TTCCTTATGGCATTGAGGCTG;SOR=0.962;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=232;TCF=103;TCR=129;TR=111;WE=32137092;WS=32137074;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:175,174:0.50:349
chr12	32137565	rs1057994	G	A	6155.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=235;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=68;NR=81;PP=2965;SC=TGATAGAGATGTCACTGTTGT;SOR=0.832;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=149;TCF=68;TCR=81;TR=149;WE=32137573;WS=32137555;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,229:1.00:229
chr12	32137852	rs3759297	C	G	10265.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=399;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=106;NR=119;PP=2965;SC=CTCAGGAAACCCGACAGAAGA;SOR=0.729;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=226;TCF=106;TCR=120;TR=225;WE=32137860;WS=32137842;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,393:1.00:393
chr12	32138924	rs7302975	T	C	3446.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=41;NR=57;PP=1984;SC=GTGTCTACAATATTGTAAAGA;SOR=0.971;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=101;TCF=43;TCR=58;TR=98;WE=32138932;WS=32138914;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chr12	32138974	rs35804480	CT	C	2062.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=40;PP=1627;SC=CTCATGCTGTCTTGGGCTGCT;SOR=1.961;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=43;TCF=1;TCR=42;TR=41;WE=32138982;WS=32138964;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr12	32261435	rs1144715	A	G	237.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=7;NR=0;PP=180;SC=TGGGTAGCAAATAACCACTTA;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=7;TCR=0;TR=7;WE=32261443;WS=32261428;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr12	32639156	rs6488061	C	A	1918.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=32;PP=983;SC=GCAAAGTATACAATAGATGAG;SOR=1.148;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=50;TCF=18;TCR=32;TR=50;WE=32639164;WS=32639146;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr12	32786673	.	G	A	83.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=1.572;ClippingRankSum=-0.000;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.363;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=4;PP=55;ReadPosRankSum=1.314;SC=TTTTCCCAACGGACTCTCGCT;SOR=1.675;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=12;TCF=4;TCR=8;TR=5;WE=32786681;WS=32786663;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,5:0.36:14
chr12	32854602	rs9737752	G	A	1100.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=28;PP=728;SC=CTGTAGCATAGTTAGAAGTCC;SOR=2.833;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=33;TCF=5;TCR=28;TR=33;WE=32854610;WS=32854592;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr12	32890685	rs2177704	C	T	3011.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=60;NR=22;PP=1713;SC=TTATTTTCATCTTTCATGTTA;SOR=1.841;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=82;TCF=60;TCR=22;TR=82;WE=32890693;WS=32890675;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr12	32955647	rs7975824	C	A	194.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=4;PP=145;SC=GGCTGGAGTGCAGTGGTGTGA;SOR=1.609;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=5;TCF=1;TCR=4;TR=5;WE=32955655;WS=32955637;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr12	32974245	rs10772008	C	T	1993.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=43;NR=23;PP=1197;SC=GGTATGTCTACAATATCATTA;SOR=1.457;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=66;TCF=43;TCR=23;TR=66;WE=32974253;WS=32974235;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr12	33049621	.	G	A	85.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-0.789;ClippingRankSum=0.000;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.824;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=4;PP=43;ReadPosRankSum=0.995;SC=GGCCCAGGACGGTCCGGATGT;SOR=0.330;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=19;TCF=6;TCR=13;TR=7;WE=33049629;WS=33049611;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,7:0.30:23
chr12	33578997	rs141090671	TCA	T	151.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.675;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FS=2.757;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.97;ReadPosRankSum=0.022;SOR=1.136;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:62,15:0.19:77
chr12	34175508	rs12367881	T	C	4079.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=77;NR=37;PP=2495;SC=AGGAGTAGGTTCTTGGGCAGT;SOR=1.438;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=115;TCF=78;TCR=37;TR=114;WE=34175516;WS=34175498;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,146:1.00:146
chr12	38710583	rs7296576	C	T	924.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=22;NR=6;PP=610;SC=TATGTGGCCCCGTCTGGCTAG;SOR=2.376;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=28;TCF=22;TCR=6;TR=28;WE=38710591;WS=38710573;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr12	38712142	rs6582584	C	G	22608.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=873;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=243;NR=278;PP=2965;SC=TGGATCTTTGCATGGTCTGAA;SOR=0.781;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=525;TCF=247;TCR=278;TR=521;WE=38712150;WS=38712132;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,856:1.00:856
chr12	39087687	rs826877	A	C	3466.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=24;NR=69;PP=2141;SC=AGGGTAAATAAATTTAACAAA;SOR=1.837;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=93;TCF=24;TCR=69;TR=93;WE=39087695;WS=39087677;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr12	39124173	rs5797589	G	GA	1589.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.61;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=24;PP=859;SC=AAAATTAAAGGAAAAAAGTAC;SOR=1.329;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=26;TCF=0;TCR=26;TR=24;WE=39124181;WS=39124163;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr12	39705174	rs952542	T	A	274.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.036;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=8.924;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.87;ReadPosRankSum=1.954;SOR=0.094;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,18:0.45:40
chr12	39719815	rs72459656	ATATT	A	142.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.443;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.52;ReadPosRankSum=-0.797;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,5:0.33:15
chr12	39726595	rs12231735	A	G	610.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.236;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=16;PP=371;ReadPosRankSum=0.890;SC=CACTTATTTGATTGTGCACTG;SOR=0.754;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=54;TCF=18;TCR=36;TR=24;WE=39726603;WS=39726585;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,30:0.47:64
chr12	39735348	rs79089655	C	A	3802.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.065;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=493;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=63;PP=1534;ReadPosRankSum=1.646;SC=AGAACTTTCACCCCCATCAAT;SOR=0.703;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=283;TCF=142;TCR=141;TR=125;WE=39735356;WS=39735338;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:280,209:0.43:489
chr12	39756878	rs3736466	G	A	665.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.129;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.867;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=7;PP=437;ReadPosRankSum=1.827;SC=AGTCTGAGTAGAGGATAATCA;SOR=0.820;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=59;TCF=43;TCR=16;TR=27;WE=39756886;WS=39756868;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,33:0.39:85
chr12	40001547	.	G	GT	306.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.408;ClippingRankSum=0.000;DP=111;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.10;MQRankSum=1.029;QD=5.90;ReadPosRankSum=1.371;SOR=0.551;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,31:0.60:52
chr12	40010863	rs61736446	C	T	2890.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.161;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=373;ExcessHet=3.0103;FS=1.241;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.83;ReadPosRankSum=1.106;SOR=0.614;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:215,154:0.42:369
chr12	40011025	rs66517223	CT	C	123.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.750;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=3.197;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.62;ReadPosRankSum=0.875;SOR=0.105;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,11:0.50:22
chr12	40034699	rs11836770	G	A	423.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.010;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=2.509;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.83;ReadPosRankSum=0.197;SOR=0.330;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,24:0.50:48
chr12	40037727	rs10735878	A	G	2276.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.768;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=37;PP=1169;ReadPosRankSum=-0.628;SC=CTGGTAAGTCATTCCAATTGC;SOR=0.935;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=65;TCF=28;TCR=37;TR=65;WE=40037735;WS=40037717;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,90:0.98:92
chr12	40040059	rs151119934	G	GA	213.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=1.482;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=8;NR=0;PP=270;ReadPosRankSum=1.628;SC=TAATGAACATGATTTATTAAA;SOR=1.802;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=14;TCR=0;TR=8;WE=40040067;WS=40040049;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,8:0.50:16
chr12	40040331	rs11172990	C	T	444.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.841;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=10;PP=196;ReadPosRankSum=0.103;SC=TTTACTCACTCGAAAATGTAT;SOR=0.703;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=31;TCF=9;TCR=22;TR=14;WE=40040339;WS=40040321;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,21:0.54:39
chr12	40040525	rs7971290	G	A	54.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-0.935;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=0;PP=34;ReadPosRankSum=-1.282;SC=TGACCCTGTAGTGATTTACTT;SOR=2.093;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=5;TCR=0;TR=3;WE=40040533;WS=40040515;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,3:0.50:6
chr12	40077028	rs10047563	A	G	675.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=13;PP=389;SC=ATACACACACATCTATATATT;SOR=1.445;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=6;TCR=13;TR=19;WE=40077036;WS=40077018;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr12	40499347	rs7305377	G	A	3510.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.414;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=307;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=52;PP=1814;ReadPosRankSum=2.001;SC=CGCCCAGCGCGGAGAAGACGG;SOR=0.702;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=197;TCF=106;TCR=91;TR=110;WE=40499355;WS=40499337;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:139,165:0.54:304
chr12	40499639	rs7305766	G	T	6475.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-2.398;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=255;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=77;NR=103;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.672;SC=TGCCCGGGGGGACGCGGCTCC;SOR=0.326;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=181;TCF=77;TCR=104;TR=180;WE=40499647;WS=40499629;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,249:1.00:250
chr12	40619082	rs2256408	G	A	4118.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.61;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=36;NR=39;PP=1263;SC=TACTCCGAGCGCGGTAATCAC;SOR=0.769;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=75;TCF=36;TCR=39;TR=75;WE=40619090;WS=40619072;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,162:1.00:162
chr12	40619301	rs2723273	G	A	1892.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=41;NR=11;PP=1112;SC=CTAAAAAGGAGAGGGGGTGCT;SOR=1.981;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=54;TCF=42;TCR=12;TR=52;WE=40619309;WS=40619291;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr12	40619542	rs2256286	A	G	3081.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=30;NR=64;PP=1935;SC=GGTTATTCCCAAAATTTGGCT;SOR=1.412;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=94;TCF=30;TCR=64;TR=94;WE=40619550;WS=40619532;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr12	40626230	rs1352879	T	C	6974.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=262;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=67;NR=100;PP=2965;SC=GAGTATTTATTTGTACACATG;SOR=0.982;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=167;TCF=67;TCR=100;TR=167;WE=40626238;WS=40626220;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,257:1.00:257
chr12	40626285	rs1352878	C	T	3592.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=25;NR=73;PP=2203;SC=AAGGCTACTCCTGTGGAATTC;SOR=1.845;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=98;TCF=25;TCR=73;TR=98;WE=40626293;WS=40626275;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
chr12	40631791	rs10878245	T	C	2253.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=32;NR=24;PP=1092;SC=CTTGCTGATATTGGATGAAGA;SOR=0.922;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=56;TCF=32;TCR=24;TR=56;WE=40631799;WS=40631781;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr12	40645257	rs7955902	C	A	820.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.519;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.429;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=19;PP=485;ReadPosRankSum=-2.637;SC=TTTTTTCTCCCCTAATCCAGG;SOR=0.941;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=83;TCF=39;TCR=44;TR=33;WE=40645265;WS=40645247;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,43:0.36:119
chr12	40657537	rs10784461	A	G	557.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=15;NR=6;PP=396;SC=CAGTCTGTTCAACTCAAATGT;SOR=1.609;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=21;TCF=15;TCR=6;TR=21;WE=40657545;WS=40657527;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr12	40657771	rs10784462	C	G	959.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.516;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=3.606;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.61;ReadPosRankSum=1.961;SOR=0.733;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,38:0.97:39
chr12	40681142	rs138343113	C	CT	4587.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=44;NR=32;PP=2967;SC=TGGTGTATCTCTTATTTTCAG;SOR=1.781;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=85;TCF=49;TCR=36;TR=76;WE=40681150;WS=40681132;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,143:1.00:143
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chr12	40708922	rs1427266	C	T	1723.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.344;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.185;HP=4;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=10;PP=1045;ReadPosRankSum=-0.342;SC=TCTTCACCTGCAAAATGAGGA;SOR=2.056;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=49;TCF=39;TCR=10;TR=49;WE=40708930;WS=40708912;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,63:0.97:65
chr12	40709185	rs721713	A	G	6092.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.279;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.614;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=107;PP=2965;ReadPosRankSum=1.828;SC=GCATTTTAGAATTTGGGTTTA;SOR=0.333;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=153;TCF=44;TCR=109;TR=151;WE=40709193;WS=40709175;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,223:0.99:225
chr12	40713759	rs1896252	T	C	309.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=7;NR=2;PP=199;SC=AAAATAAATTTTAGTGATTAT;SOR=1.802;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=7;TCR=2;TR=9;WE=40713767;WS=40713749;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr12	40713834	rs1427263	C	A	1086.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.51;SOR=1.075;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr12	40713873	rs11176013	A	G	1500.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=20;NR=16;PP=647;SC=TTCTTTCAAAAAAAAGGAAAT;SOR=0.836;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=36;TCF=20;TCR=16;TR=36;WE=40713881;WS=40713863;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr12	40713901	rs11564148	T	A	917.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=2.105;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=31;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=9;PP=306;ReadPosRankSum=-1.480;SC=GAACTACATGTCACAGTATTT;SOR=0.788;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=40;TCF=21;TCR=19;TR=20;WE=40713909;WS=40713891;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,42:0.58:72
chr12	40714009	rs11564205	A	G	333.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.243;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=10;PP=183;ReadPosRankSum=-1.806;SC=TAATTGCTACATGGAAATTCA;SOR=0.910;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=26;TCF=9;TCR=17;TR=15;WE=40714017;WS=40713999;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,19:0.50:38
chr12	40714785	rs10878368	A	T	8123.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=314;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=102;NR=73;PP=2965;SC=TTGCTCAACAAGGTTGGGTGT;SOR=0.950;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=175;TCF=102;TCR=73;TR=175;WE=40714793;WS=40714775;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,312:1.00:312
chr12	40715013	rs7307276	T	A	1170.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=33;PP=873;SC=TGAAGACTTATTAGATTTTTA;SOR=3.967;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=36;TCF=3;TCR=33;TR=36;WE=40715021;WS=40715003;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr12	40716015	rs7137665	C	T	5033.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.925;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=88;NR=63;PP=2965;ReadPosRankSum=0.978;SC=TTTTCAATTGCAACACTAAAG;SOR=0.296;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=155;TCF=89;TCR=66;TR=151;WE=40716023;WS=40716005;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,185:0.99:186
chr12	40716037	.	T	TA	636.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.760;ClippingRankSum=0.000;DP=226;ExcessHet=3.0103;FS=11.993;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.20;ReadPosRankSum=-0.332;SOR=0.713;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:133,66:0.33:199
chr12	40716260	rs10878371	T	C	4980.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.932;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=101;PP=2482;ReadPosRankSum=-1.019;SC=TTAATGATGGTGAAGAACATC;SOR=1.573;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=143;TCF=40;TCR=103;TR=140;WE=40716268;WS=40716250;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,196:0.99:198
chr12	40742254	rs10878405	G	A	1858.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.62;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=20;NR=15;PP=589;SC=CTATGGTTGAGAAATTAATTA;SOR=0.898;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=35;TCF=20;TCR=15;TR=35;WE=40742262;WS=40742244;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr12	40742363	rs11176143	G	A	72.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.232;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.60;ReadPosRankSum=0.000;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,7:0.25:28
chr12	40753044	rs111612315	C	CT	626.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.706;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=14;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=11;PP=352;ReadPosRankSum=-1.503;SC=AGTGTGTTTTCTTTTTTTTTT;SOR=0.314;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=22;TCF=8;TCR=14;TR=17;WE=40753052;WS=40753034;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,29:0.97:30
chr12	40753303	rs3789330	A	G	535.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=15;PP=362;SC=TTTTTTCCTTATAATCATTAA;SOR=3.056;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=16;TCF=1;TCR=15;TR=16;WE=40753311;WS=40753293;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr12	40757114	rs10626458	A	ACATG	1095.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=19;NR=2;PP=991;SC=TAGTGTTTTTACATTAAGAAC;SOR=3.352;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=21;TCF=19;TCR=2;TR=21;WE=40757122;WS=40757104;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr12	40757186	rs11317573	AT	A	2126.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.045;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.870;HP=10;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.293;NF=32;NR=21;PP=1021;ReadPosRankSum=-0.485;SC=ATGACTTTCTATTTTTTTTTC;SOR=1.839;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=59;TCF=35;TCR=24;TR=53;WE=40757194;WS=40757176;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,97:0.98:99
chr12	40758652	rs3761863	T	C	3168.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=54;NR=26;PP=1531;SC=AGGGAGGTAATGGTAAAAGAA;SOR=1.198;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=81;TCF=55;TCR=26;TR=80;WE=40758660;WS=40758642;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr12	40761007	rs3789328	A	G	184.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=5;PP=133;SC=TTGGTAGTTTATAGTGTAAAG;SOR=2.584;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=5;WE=40761015;WS=40760997;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr12	40761358	rs4768238	A	G	795.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=19;NR=3;PP=526;SC=ATCTAAGTCAACTAAAAATAC;SOR=3.098;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=19;TCR=3;TR=22;WE=40761366;WS=40761348;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr12	40787385	rs7968721	C	A	656.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=19;PP=562;SC=TCTGTAGATCCAACATTTTTC;SOR=3.816;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=21;TCF=2;TCR=19;TR=21;WE=40787393;WS=40787375;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr12	40793993	rs1820544	C	T	380.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-1.895;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.075;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=8;PP=153;ReadPosRankSum=1.056;SC=AAAATATAATCTCTCTTATTA;SOR=0.257;SbPval=0.24;Source=Platypus;TC=31;TCF=8;TCR=23;TR=13;WE=40794001;WS=40793983;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,19:0.46:41
chr12	40799969	rs10784595	C	T	4069.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.293;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FS=2.303;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.25;ReadPosRankSum=0.894;SOR=0.888;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:115,108:0.48:223
chr12	40799975	rs10784596	G	C	4037.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.184;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FS=3.037;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.19;ReadPosRankSum=1.192;SOR=0.924;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:116,106:0.48:222
chr12	40800095	.	T	C	181.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-1.174;ClippingRankSum=0.000;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=10;PP=109;ReadPosRankSum=0.280;SC=TAGGCACTAATGCTAGTTCCA;SOR=0.527;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=32;TCF=6;TCR=26;TR=13;WE=40800103;WS=40800085;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,12:0.32:38
chr12	40802150	rs1019709	G	A	6566.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-2.188;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=247;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.639;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=98;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.903;SC=GGATGCTGGAGGTTCAAAGTC;SOR=0.690;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=165;TCF=67;TCR=98;TR=162;WE=40802158;WS=40802140;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,244:1.00:245
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chr12	40815548	rs6581732	T	A	459.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=5;PP=310;SC=GATAGAATTGTATTTGAGGAG;SOR=1.493;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=11;TCR=5;TR=16;WE=40815556;WS=40815538;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr12	40820208	rs11176575	G	A	1207.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-2.312;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=11;PP=805;ReadPosRankSum=1.048;SC=TTATTTTGTAGCACTGTAACA;SOR=0.744;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=88;TCF=70;TCR=18;TR=48;WE=40820216;WS=40820198;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,52:0.53:98
chr12	40821176	rs7955308	G	A	8843.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=327;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=167;NR=115;PP=2965;SC=ATTTCTCCAGGAACACAAAGA;SOR=1.064;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=282;TCF=167;TCR=115;TR=282;WE=40821184;WS=40821166;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,319:1.00:319
chr12	40821867	rs7958987	G	A	3326.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-2.574;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=351;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.285;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=53;PP=1164;ReadPosRankSum=0.624;SC=GCCAGGAGAAGTCCGAGAAGG;SOR=0.833;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=201;TCF=92;TCR=109;TR=91;WE=40821875;WS=40821857;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:178,169:0.49:347
chr12	40822012	rs7960062	C	T	1132.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=30;PP=802;SC=AAATAAAAAGCAATCTCACTG;SOR=4.351;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=31;TCF=1;TCR=30;TR=31;WE=40822020;WS=40822002;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr12	40825487	rs2114567	G	A	2462.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=1.328;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=27;PP=828;ReadPosRankSum=0.158;SC=AGACAGGAACGTGCTTAAATA;SOR=0.706;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=110;TCF=58;TCR=52;TR=57;WE=40825495;WS=40825477;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:108,121:0.53:229
chr12	40827479	rs2162470	T	C	2309.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=46;NR=14;PP=1317;SC=TTCACTTGGGTGAAGAACTGA;SOR=1.854;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=60;TCF=46;TCR=14;TR=60;WE=40827487;WS=40827469;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr12	40830599	rs66908734	CGTGTGTGT	C	1202.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.129;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=52;PP=2995;ReadPosRankSum=1.385;SC=TCGCTATAGTCGTGTGTGTGT;SOR=0.726;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=104;TCF=5;TCR=99;TR=54;WE=40830632;WS=40830589;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,41:0.38:108
chr12	40832126	rs10878584	C	T	3784.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.698;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=402;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.655;HP=3;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=69;PP=1598;ReadPosRankSum=0.094;SC=GTTACATAAACGACGAGGTCA;SOR=0.837;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=269;TCF=114;TCR=155;TR=113;WE=40832134;WS=40832112;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:207,186:0.47:393
chr12	40832161	rs11176635	T	C	2600.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.650;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=297;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.928;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=53;PP=1220;ReadPosRankSum=0.577;SC=CTCATCCATATTGATGACAAT;SOR=0.623;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=206;TCF=69;TCR=137;TR=80;WE=40832169;WS=40832151;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:164,126:0.43:290
chr12	40834376	rs10878592	C	G	940.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=1.189;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.598;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=6;PP=567;ReadPosRankSum=0.808;SC=TTATTTCCAGCGTCTGTCGGG;SOR=1.270;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=61;TCF=47;TCR=14;TR=32;WE=40834384;WS=40834366;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,42:0.49:86
chr12	40834955	rs10784618	C	A	2661.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.217;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=340;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.364;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=46;PP=1108;ReadPosRankSum=0.994;SC=ACTGTCCATGCTCTTTTGGTG;SOR=0.760;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=192;TCF=97;TCR=95;TR=85;WE=40834963;WS=40834945;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:194,141:0.42:335
chr12	40835596	rs4768263	T	G	683.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=3.069;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=6;PP=510;ReadPosRankSum=-0.213;SC=ATTATTTTGTTCTTCTTTACA;SOR=0.675;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=59;TCF=45;TCR=14;TR=26;WE=40835604;WS=40835586;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,28:0.44:64
chr12	40835734	rs7966110	C	G	2798.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=0.817;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=316;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.411;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=39;PP=1079;ReadPosRankSum=0.498;SC=TCTGCCACATCTATGGGGAAG;SOR=0.656;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=150;TCF=69;TCR=81;TR=73;WE=40835742;WS=40835724;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:170,142:0.46:312
chr12	40838146	rs10784620	A	T	3264.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=2.986;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=348;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.816;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=60;PP=1724;ReadPosRankSum=2.662;SC=GCAGTGACTTACACAGGGTTT;SOR=0.635;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=219;TCF=97;TCR=122;TR=108;WE=40838154;WS=40838136;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:188,157:0.46:345
chr12	40838216	rs10784621	T	C	2820.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=2.176;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=322;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.848;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=51;PP=1313;ReadPosRankSum=-1.929;SC=TACCATGATGTGTGCATTGAA;SOR=0.637;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=176;TCF=80;TCR=96;TR=94;WE=40838224;WS=40838206;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:176,144:0.45:320
chr12	40839467	rs7972395	A	G	2472.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.657;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.500;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=58;PP=1305;ReadPosRankSum=-0.126;SC=CTTTAAGAATATGCATAAAGT;SOR=0.765;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=160;TCF=56;TCR=104;TR=89;WE=40839475;WS=40839457;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:105,120:0.53:225
chr12	40839521	rs1346307	T	C	842.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=1.658;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.081;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=26;PP=632;ReadPosRankSum=0.205;SC=TTGTTTCTCCTAATTTCGTGT;SOR=0.986;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=63;TCF=14;TCR=49;TR=33;WE=40839529;WS=40839511;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,35:0.52:67
chr12	40840325	rs10878597	T	C	3048.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.106;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=389;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.216;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=47;PP=1473;ReadPosRankSum=0.651;SC=TGCTCCTTACTTGGATGAGAA;SOR=0.616;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=213;TCF=116;TCR=97;TR=98;WE=40840333;WS=40840315;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:221,161:0.42:382
chr12	40841781	rs1820547	A	G	593.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.82;SOR=0.963;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr12	40841938	rs11176682	G	T	1150.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.155;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.74;ReadPosRankSum=1.931;SOR=0.637;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:40,58:0.59:98
chr12	40842167	rs6581750	C	T	190.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=-1.816;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.880;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=6;PP=97;ReadPosRankSum=0.185;SC=AATATCATTTCATTATATTCC;SOR=0.082;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=14;TCF=3;TCR=11;TR=9;WE=40842175;WS=40842157;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,9:0.64:14
chr12	40844667	rs10784623	A	C	154.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=2.189;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.979;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=6;PP=144;ReadPosRankSum=-0.637;SC=CGGACCATCCAAACAGTTTCC;SOR=2.584;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=1;TCR=9;TR=6;WE=40844675;WS=40844657;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,6:0.60:10
chr12	40852398	rs1035811	T	C	346.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.742;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.51;ReadPosRankSum=-0.256;SOR=0.627;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,16:0.48:33
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chr12	40857126	rs144249723	TAAGTA	T	712.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=2.608;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.547;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=4;PP=701;ReadPosRankSum=0.482;SC=ATAACGAGATTAAGTAAAGAA;SOR=1.270;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=27;TCF=17;TCR=10;TR=15;WE=40857138;WS=40857116;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,19:0.54:35
chr12	40857214	rs10878623	T	C	3948.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=53;NR=39;PP=1755;SC=TATCCATATATATTAAGCACC;SOR=0.952;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=92;TCF=53;TCR=39;TR=92;WE=40857222;WS=40857204;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,154:1.00:154
chr12	40857943	rs2933353	A	C	3615.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=59;NR=32;PP=1831;SC=GTATCTGGAGAAACCCCTGCA;SOR=1.213;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=91;TCF=59;TCR=32;TR=91;WE=40857951;WS=40857933;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,135:1.00:135
chr12	40858122	rs12228358	G	T	1203.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.905;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.359;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=17;PP=555;ReadPosRankSum=-0.165;SC=GCTGAGGAAAGTTGGAGGGAT;SOR=0.510;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=74;TCF=33;TCR=41;TR=33;WE=40858130;WS=40858112;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,57:0.49:117
chr12	40858454	rs1492332	G	A	288.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.660;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.925;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=11;PP=231;ReadPosRankSum=0.980;SC=GTAGTAATCGGCCATGCAGAT;SOR=2.303;SbPval=0.92;Source=Platypus;TC=25;TCF=5;TCR=20;TR=12;WE=40858462;WS=40858444;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,12:0.48:25
chr12	40859036	rs2131202	C	T	7497.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=286;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=62;NR=91;PP=2965;SC=GATGTCATTCCGAGGCTGTGG;SOR=0.894;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=153;TCF=62;TCR=91;TR=153;WE=40859044;WS=40859026;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,282:1.00:282
chr12	40859551	rs2131203	T	A	475.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=7;NR=9;PP=382;SC=CATTGTAACCTTTTATGTAGA;SOR=0.941;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=16;TCF=7;TCR=9;TR=16;WE=40859559;WS=40859541;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr12	40868767	rs1444222	A	G	3367.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=44;NR=38;PP=1934;SC=AAGTGTCAGAACAAAGGGAAA;SOR=0.877;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=83;TCF=44;TCR=39;TR=82;WE=40868775;WS=40868757;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr12	40894745	rs111256342	A	ACTGAGAATAC	7094.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=19;NR=43;PP=2957;SC=TGTCCTCCTGACAGGAAGATT;SOR=0.926;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=66;TCF=22;TCR=44;TR=62;WE=40894753;WS=40894735;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,141:1.00:141
chr12	40894964	rs719228	G	T	2532.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.906;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=39;PP=1194;ReadPosRankSum=2.362;SC=GCTACGACTGGGGTGGCTCCT;SOR=1.274;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=61;TCF=22;TCR=39;TR=61;WE=40894972;WS=40894954;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,97:0.98:99
chr12	40895026	rs719227	C	T	1009.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.079;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=5.605;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=21;PP=632;ReadPosRankSum=-1.294;SC=TGCAGGTTGGCAGGGAAGTCT;SOR=1.492;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=33;TCF=12;TCR=21;TR=32;WE=40895034;WS=40895016;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,40:0.93:43
chr12	40895492	rs62831460	GA	G	573.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.571;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FS=0.768;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.99;ReadPosRankSum=-0.017;SOR=0.779;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:68,47:0.41:115
chr12	40912236	rs2588399	G	T	3944.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.578;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=486;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=67;PP=1896;ReadPosRankSum=-1.272;SC=CCCACAATTGGCTTGCCCAAC;SOR=0.713;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=302;TCF=150;TCR=152;TR=133;WE=40912244;WS=40912226;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:274,204:0.43:478
chr12	40914061	rs55775102	A	G	91.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=2.370;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=1;PP=45;ReadPosRankSum=-0.236;SC=AGGTCTCTGGAGAGGAGAGTT;SOR=0.382;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=13;TCF=11;TCR=2;TR=4;WE=40914069;WS=40914051;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,5:0.29:17
chr12	40914826	rs10878731	G	T	1831.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-3.376;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.843;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=54;PP=1201;ReadPosRankSum=-0.545;SC=TGTCTTGATAGAAATATGGCA;SOR=0.855;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=108;TCF=20;TCR=88;TR=64;WE=40914834;WS=40914816;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,76:0.60:126
chr12	40915787	rs2920821	T	C	266.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-2.894;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.247;HP=5;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=1;PP=252;ReadPosRankSum=-0.035;SC=AGCTTGATACTTTTTTCTCAT;SOR=1.675;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=29;TCF=26;TCR=3;TR=15;WE=40915795;WS=40915780;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,15:0.42:36
chr12	40916218	.	CTTTTTTTTTTTTTTTTTT	C	1351.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.369;ClippingRankSum=0.000;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=13.431;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.37;MQRankSum=0.815;QD=28.16;ReadPosRankSum=0.556;SOR=0.372;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,37:0.77:48
chr12	40917312	rs2920820	C	T	1331.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-2.740;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.328;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=29;PP=800;ReadPosRankSum=-0.628;SC=GTCTTTCCTTCTGGTGTTTCT;SOR=0.400;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=102;TCF=39;TCR=63;TR=50;WE=40917320;WS=40917302;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,62:0.48:128
chr12	40918345	rs1492319	G	A	89.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.693;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=1;PP=24;ReadPosRankSum=1.228;SC=GGAGGAAGTGGCACCACTGGA;SOR=0.883;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=10;TCF=7;TCR=3;TR=4;WE=40918353;WS=40918335;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,6:0.38:16
chr12	40918443	rs73119913	C	A	53.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.863;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=4;PP=33;ReadPosRankSum=-1.424;SC=TTTTAATGAGCTTTTTATTTG;SOR=0.693;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=10;TCF=2;TCR=8;TR=5;WE=40918451;WS=40918433;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,4:0.36:11
chr12	40918902	rs2933352	T	C	3028.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.905;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=313;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.888;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=33;PP=1427;ReadPosRankSum=0.919;SC=CACCAGAAAGTAGGACAGGTA;SOR=0.814;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=185;TCF=108;TCR=77;TR=86;WE=40918910;WS=40918892;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:163,146:0.47:309
chr12	40920110	rs2933351	T	C	1428.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-1.400;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.892;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=27;PP=754;ReadPosRankSum=0.600;SC=CGGGGCCACCTGAGCAGGATT;SOR=0.529;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=144;TCF=81;TCR=63;TR=60;WE=40920118;WS=40920100;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:106,73:0.41:179
chr12	40920872	rs111826232	CT	C	181.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.028;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.18;MQRankSum=2.193;QD=1.68;ReadPosRankSum=0.247;SOR=0.745;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:76,32:0.30:108
chr12	40922104	rs1444220	A	C	3807.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.476;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=374;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.790;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=67;PP=1746;ReadPosRankSum=-0.537;SC=GCTGGCCCCAACTCAGGTAAG;SOR=0.639;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=249;TCF=99;TCR=150;TR=112;WE=40922112;WS=40922094;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:188,182:0.49:370
chr12	40924470	rs2588403	T	C	48.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.638;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=4.88;ReadPosRankSum=1.111;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,3:0.30:10
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chr12	40926493	rs4768290	C	T	2973.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.159;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=294;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.582;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=34;PP=1341;ReadPosRankSum=0.555;SC=CCTTATTTCCCCTTCTTTCTA;SOR=0.961;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=187;TCF=109;TCR=78;TR=90;WE=40926501;WS=40926483;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:150,143:0.49:293
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chr12	40944714	rs11177170	T	A	290.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=2.136;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.251;HP=7;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=14;PP=274;ReadPosRankSum=1.117;SC=GTCTTTTTTTTATTTTTTTAA;SOR=1.802;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=33;TCF=4;TCR=29;TR=15;WE=40944722;WS=40944704;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,15:0.38:39
chr12	40950883	rs7487017	A	G	325.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.971;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.892;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=2;PP=255;ReadPosRankSum=0.222;SC=GTAGAAGGGGAAAATCTCTCT;SOR=1.307;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=36;TCF=26;TCR=10;TR=13;WE=40950891;WS=40950873;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,16:0.36:45
chr12	40950944	rs73115401	T	G	1565.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.348;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.149;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=13;PP=602;ReadPosRankSum=-1.176;SC=TTTTAAACTTTAGGGATCACC;SOR=0.992;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=81;TCF=46;TCR=35;TR=37;WE=40950952;WS=40950934;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,74:0.56:132
chr12	40951950	rs3751172	G	A	7888.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.778;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=515;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.108;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=71;PP=2962;ReadPosRankSum=1.177;SC=AGATTACTATGATGGATGCAG;SOR=0.782;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=300;TCF=146;TCR=154;TR=132;WE=40951969;WS=40951940;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:294,221:0.43:515
chr12	40951961	rs3751173	G	C	7572.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.953;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=468;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=68;PP=2962;ReadPosRankSum=0.741;SC=ATGGATGCAGGTAATTTTGCT;SOR=0.725;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=287;TCF=134;TCR=153;TR=125;WE=40951969;WS=40951940;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:267,201:0.43:468
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chr12	40952943	rs56322620	G	A	3203.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.848;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FS=2.445;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.86;ReadPosRankSum=1.359;SOR=0.883;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:111,91:0.45:202
chr12	40954299	rs141832731	T	TA	984.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.474;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FS=3.215;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.14;MQRankSum=0.000;QD=6.70;ReadPosRankSum=1.114;SOR=0.459;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:85,62:0.42:147
chr12	40955086	rs73117512	G	A	2381.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.334;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=224;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.052;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-1.005;NF=44;NR=34;PP=1278;ReadPosRankSum=0.761;SC=AGAATTCTGAGCAGAGAATTA;SOR=0.600;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=151;TCF=89;TCR=62;TR=78;WE=40955094;WS=40955076;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:107,110:0.51:217
chr12	40957272	rs56080664	C	A	2738.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.460;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=298;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.658;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=32;PP=1378;ReadPosRankSum=0.373;SC=GATAACTATACTTGCCCCAAT;SOR=0.545;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=197;TCF=137;TCR=60;TR=95;WE=40957280;WS=40957262;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:159,133:0.46:292
chr12	40957450	rs10083205	A	G	2940.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-2.384;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=296;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.469;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=63;PP=1422;ReadPosRankSum=2.000;SC=AAAAGTCACTAGCCATGGAAA;SOR=0.583;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=204;TCF=62;TCR=142;TR=92;WE=40957458;WS=40957440;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:153,139:0.48:292
chr12	41303825	rs2304819	A	C	1039.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.429;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.701;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=18;PP=586;ReadPosRankSum=-0.551;SC=TTGAAACCACAATTCAAATAA;SOR=0.576;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=80;TCF=41;TCR=39;TR=35;WE=41303833;WS=41303815;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,52:0.46:114
chr12	41330774	rs74587413	G	A	1899.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=1.640;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.135;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=36;PP=897;ReadPosRankSum=-0.947;SC=GGTAGTCCTGGGATAAATTTA;SOR=0.785;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=142;TCF=58;TCR=84;TR=57;WE=41330782;WS=41330764;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:98,91:0.48:189
chr12	41414212	rs61754102	T	C	1240.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.784;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=21;PP=415;ReadPosRankSum=-1.588;SC=ATTGGGAACATGTTTTAGAAA;SOR=0.735;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=69;TCF=31;TCR=38;TR=38;WE=41414220;WS=41414202;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,62:0.61:101
chr12	41582590	rs10879830	G	C	2689.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.62;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=22;PP=733;SC=CTGCCCGCCGGCTCCGCAGCC;SOR=0.976;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=36;TCF=14;TCR=22;TR=36;WE=41582611;WS=41582580;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr12	41582603	rs10879831	G	C	2572.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.62;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=22;PP=561;SC=CCGCAGCCGCGGGGGCTGCGC;SOR=1.123;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=33;TCF=11;TCR=22;TR=33;WE=41582611;WS=41582580;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr12	41588124	rs3847980	A	G	461.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=11;PP=286;SC=AGGCATTATCATTTTTACTTT;SOR=2.712;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=12;TCF=1;TCR=11;TR=12;WE=41588132;WS=41588114;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr12	41900635	rs11608527	G	A	383.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.328;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=13;PP=273;ReadPosRankSum=1.355;SC=TCCCAGCTCCGTTTGGAAAAT;SOR=0.330;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=28;TCF=3;TCR=25;TR=15;WE=41900643;WS=41900625;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,16:0.50:32
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chr12	41946453	rs285585	T	C	3224.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=49;NR=33;PP=1555;SC=GTGTTGTTCTTTCAGGAGGTC;SOR=0.991;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=83;TCF=49;TCR=34;TR=82;WE=41946461;WS=41946443;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
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chr12	42481803	rs824722	G	A	441.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=9;PP=224;SC=AGGTACATATGTAAGTTCAAT;SOR=1.179;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=14;TCF=5;TCR=9;TR=14;WE=42481811;WS=42481793;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr12	42499538	rs61942483	TT	AC	1940.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;JOINED;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=35;NR=2;PP=1804;SC=TCAATTTAGTTTTTAATAAAA;SOR=5.330;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=42;TCF=40;TCR=2;TR=37;WE=42499547;WS=42499533;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr12	42503467	rs7312933	T	C	436.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.046;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.40;MQRankSum=-1.349;QD=8.09;ReadPosRankSum=1.417;SOR=0.576;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,26:0.48:54
chr12	42503505	rs824695	T	A	1618.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=23;PP=728;SC=TAAAACAATTTAAAAAAAAAC;SOR=1.159;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=11;TCR=23;TR=34;WE=42503513;WS=42503494;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr12	42513127	rs7977365	G	A	272.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-1.542;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.040;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=6;PP=116;ReadPosRankSum=-1.059;SC=AGGATCACTTGAAACCAAGAG;SOR=0.098;SbPval=0.22;Source=Platypus;TC=18;TCF=2;TCR=16;TR=8;WE=42513135;WS=42513117;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,13:0.46:28
chr12	42538320	rs112525075	G	A	1282.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.524;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FS=1.572;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.59;MQRankSum=-2.948;QD=10.78;ReadPosRankSum=0.788;SOR=0.885;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:81,38:0.32:119
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chr12	42538340	.	C	A	1203.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.688;ClippingRankSum=0.000;DP=116;ExcessHet=3.0103;FS=3.789;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.57;MQRankSum=-3.035;QD=10.56;ReadPosRankSum=0.517;SOR=1.114;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:79,35:0.31:114
chr12	42538349	.	T	C	1017.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.860;ClippingRankSum=0.000;DP=99;ExcessHet=3.0103;FS=4.276;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.50;MQRankSum=-3.177;QD=10.49;ReadPosRankSum=0.822;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:69,28:0.29:97
chr12	42538352	.	C	A	939.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.229;ClippingRankSum=0.000;DP=98;ExcessHet=3.0103;FS=4.329;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.49;MQRankSum=-3.155;QD=9.79;ReadPosRankSum=0.545;SOR=1.216;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:68,28:0.29:96
chr12	42538356	.	T	C	903.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.584;ClippingRankSum=0.000;DP=93;ExcessHet=3.0103;FS=4.555;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.47;MQRankSum=-3.203;QD=9.93;ReadPosRankSum=0.402;SOR=1.311;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:65,26:0.29:91
chr12	42538366	.	AC	TT	756.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.527;ClippingRankSum=0.000;DP=80;ExcessHet=3.0103;FS=2.125;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.38;MQRankSum=-3.267;QD=9.58;ReadPosRankSum=-0.323;SOR=1.091;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:57,22:0.28:79
chr12	42538371	.	G	C	726.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.419;ClippingRankSum=0.000;DP=76;ExcessHet=3.0103;FS=0.994;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.35;MQRankSum=-3.258;QD=9.69;ReadPosRankSum=-0.762;SOR=0.945;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:54,21:0.28:75
chr12	42538383	.	A	G	627.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.852;ClippingRankSum=0.000;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.26;MQRankSum=-3.202;QD=9.51;ReadPosRankSum=-1.880;SOR=0.779;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:47,19:0.29:66
chr12	42538386	.	G	A	585.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.166;ClippingRankSum=0.000;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=1.064;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.24;MQRankSum=-3.291;QD=9.01;ReadPosRankSum=-1.814;SOR=0.914;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:47,18:0.28:65
chr12	42538395	.	C	G	468.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.694;ClippingRankSum=0.000;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=4.330;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.53;MQRankSum=-3.101;QD=8.08;ReadPosRankSum=-2.178;SOR=1.352;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:44,14:0.24:58
chr12	42538406	.	C	T	261.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.948;ClippingRankSum=0.000;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=5.504;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.90;MQRankSum=-2.749;QD=5.45;ReadPosRankSum=-2.943;SOR=1.778;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,10:0.21:48
chr12	42538412	.	C	T	151.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.320;ClippingRankSum=0.000;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=6.749;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.89;MQRankSum=-3.245;QD=3.45;ReadPosRankSum=-2.784;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,7:0.16:44
chr12	42538415	.	C	G	151.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.600;ClippingRankSum=0.000;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=4.272;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.88;MQRankSum=-3.457;QD=3.61;ReadPosRankSum=-3.543;SOR=1.931;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,6:0.14:42
chr12	42554505	rs1059360	A	G	3301.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.487;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=314;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.124;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=43;PP=1484;ReadPosRankSum=0.450;SC=GATCTGCAGAAGCAGCACTAG;SOR=0.838;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=203;TCF=112;TCR=91;TR=104;WE=42554513;WS=42554495;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:135,162:0.55:297
chr12	42599696	rs12370778	T	A	566.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.118;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.88;ReadPosRankSum=1.022;SOR=0.846;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,26:0.59:44
chr12	42606135	rs10880269	C	T	773.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.393;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=8;PP=389;ReadPosRankSum=0.451;SC=TCATCATATTCATTTTAATGT;SOR=0.682;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=57;TCF=39;TCR=18;TR=26;WE=42606143;WS=42606125;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,36:0.48:75
chr12	42629550	rs7960176	T	C	2024.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=3;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=28;NR=12;PP=912;SC=TACAAGAGCTTAGATGTACTG;SOR=1.284;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=28;TCR=12;TR=40;WE=42629570;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr12	42632354	rs75085410	C	A	705.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.979;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.033;HP=4;HapScore=2;MGOF=27;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=-1.180;NF=10;NR=7;PP=206;ReadPosRankSum=-2.392;SC=CCTTGGTACCCCCGGCTGCCG;SOR=0.527;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=32;TCF=20;TCR=12;TR=17;WE=42632362;WS=42632344;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,34:0.60:57
chr12	42717811	rs17091074	A	T	6001.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.021;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=536;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.522;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-1.530;NF=113;NR=86;PP=2962;ReadPosRankSum=0.879;SC=ACTCGATAAGATTTACTTACC;SOR=0.780;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=357;TCF=199;TCR=158;TR=199;WE=42717819;WS=42717801;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:244,286:0.54:530
chr12	42717961	rs3747557	G	T	920.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=3.213;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.751;HP=9;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=54;PP=1342;ReadPosRankSum=0.874;SC=TTCTTTTTTTGTTGTTTGAGA;SOR=1.062;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=125;TCF=25;TCR=100;TR=64;WE=42717969;WS=42717950;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,57:0.44:130
chr12	42726620	rs12581958	T	C	98.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.981;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=3.424;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=8.98;ReadPosRankSum=-0.191;SOR=0.074;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,6:0.55:11
chr12	42729891	rs7296357	T	G	1452.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-1.901;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.421;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=39;PP=802;ReadPosRankSum=-1.107;SC=ACCAGTGTAGTTTACAAAAGA;SOR=0.465;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=116;TCF=28;TCR=88;TR=53;WE=42729899;WS=42729881;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,69:0.49:141
chr12	42737635	rs61471584	T	C	875.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=-0.338;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=11;PP=234;ReadPosRankSum=-1.379;SC=TACCAGTTTTTATGTTTTTGA;SOR=0.727;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=64;TCF=30;TCR=34;TR=20;WE=42737643;WS=42737625;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:96,52:0.35:148
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chr12	42749072	rs17091102	T	C	498.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.228;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.935;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=13;PP=263;ReadPosRankSum=-0.368;SC=CTTGACTCACTGTGATGTCTG;SOR=0.506;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=49;TCF=19;TCR=30;TR=24;WE=42749080;WS=42749062;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,28:0.38:73
chr12	42768646	rs59428088	G	GT	233.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.165;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=1.363;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.84;ReadPosRankSum=-0.476;SOR=0.473;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,18:0.45:40
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chr12	42836270	rs1452104	A	G	1013.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=2.162;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.269;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=8;PP=615;ReadPosRankSum=0.779;SC=ATTACTCACAAATTGTGTTGG;SOR=1.037;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=70;TCF=54;TCR=16;TR=37;WE=42836278;WS=42836260;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,41:0.53:77
chr12	42839836	rs1669885	A	C	11796.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=463;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.76;SOR=2.045;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,458:1.00:458
chr12	42853058	rs68074167	GT	G	522.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.091;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FS=0.878;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.45;ReadPosRankSum=1.897;SOR=0.906;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:42,39:0.48:81
chr12	42853084	rs12658	C	A	1163.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.485;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.56;ReadPosRankSum=-0.153;SOR=0.700;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:74,62:0.46:136
chr12	42853520	rs1043652	A	G	745.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=15;NR=3;PP=456;SC=AGCACTTTAAACTATTTTCAC;SOR=1.981;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=15;TCR=3;TR=18;WE=42853528;WS=42853510;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr12	42862750	rs2708062	T	G	802.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=4;NR=19;PP=522;SC=TGCTACCTCTTTTAGTGATTA;SOR=2.226;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=4;TCR=19;TR=23;WE=42862758;WS=42862740;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr12	42866065	rs2305422	A	G	318.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-1.128;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.727;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=3;PP=181;ReadPosRankSum=-0.823;SC=AAGAAGAATAAGGACTGAGGA;SOR=0.094;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=18;TCF=15;TCR=3;TR=12;WE=42866073;WS=42866055;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,14:0.70:20
chr12	43827506	rs199984116	AACAC	A	1281.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=61.23;QD=40.05;SOR=1.911;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr12	43945603	rs275602	A	C	3730.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=65;NR=27;PP=1842;SC=GCCCCCACTTAGCCGCTGAAG;SOR=1.410;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=92;TCF=65;TCR=27;TR=92;WE=43945611;WS=43945593;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,136:1.00:136
chr12	44192424	.	TA	T	151.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.578;ClippingRankSum=0.000;DP=106;ExcessHet=3.0103;FS=0.925;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.61;ReadPosRankSum=-0.911;SOR=0.556;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:66,28:0.30:94
chr12	44338153	rs6582491	T	A	2934.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=27;NR=37;PP=1227;SC=GGGGTAGGTTTTCTTTCCCCT;SOR=1.022;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=64;TCF=27;TCR=37;TR=64;WE=44338161;WS=44338143;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr12	44926334	rs2270479	T	A	3892.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=71;NR=29;PP=1996;SC=AGAGAAGTTCTTAAATTCTAG;SOR=1.609;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=100;TCF=71;TCR=29;TR=100;WE=44926342;WS=44926324;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,142:1.00:142
chr12	45004824	rs2305448	G	A	1355.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=42;PP=1212;SC=TACACCTTCAGTCTTGGTTAT;SOR=5.283;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=44;TCF=2;TCR=42;TR=44;WE=45004832;WS=45004814;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr12	45170006	rs4768572	T	C	5307.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=48;NR=74;PP=2723;SC=ACTCCGCAGGTATCTTTTTTT;SOR=0.995;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=122;TCF=48;TCR=74;TR=122;WE=45170017;WS=45169996;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,194:1.00:194
chr12	45173571	rs1123078	C	A	2991.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.416;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=338;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.303;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=55;PP=1528;ReadPosRankSum=-0.977;SC=AAAGAAGGAACGTGAGTAGAC;SOR=0.643;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=231;TCF=111;TCR=120;TR=108;WE=45173579;WS=45173561;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:178,151:0.46:329
chr12	45173858	rs1122352	T	A	943.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.011;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.681;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=20;PP=378;ReadPosRankSum=0.700;SC=TCAAAAACGATTGAAGTGATC;SOR=0.582;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=85;TCF=33;TCR=52;TR=34;WE=45173866;WS=45173848;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,52:0.41:128
chr12	45173884	rs1122351	G	A	751.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.847;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.839;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=20;PP=420;ReadPosRankSum=-0.109;SC=CTACGGGATGGAATAGATGTA;SOR=0.941;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=69;TCF=24;TCR=45;TR=28;WE=45173892;WS=45173874;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,37:0.43:87
chr12	45269439	rs11373833	G	GA	287.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=1.149;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=13;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=13;PP=206;ReadPosRankSum=0.950;SC=GGCAAGCACAGAAAAAAAAAA;SOR=0.856;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=35;TCF=6;TCR=29;TR=17;WE=45269447;WS=45269429;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,19:0.59:32
chr12	45270272	rs4415832	G	A	585.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=1.221;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.621;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=6;PP=411;ReadPosRankSum=-1.421;SC=CCCAGGAGCCGTTGCAGCCTC;SOR=1.502;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=57;TCF=40;TCR=17;TR=27;WE=45270280;WS=45270262;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,29:0.48:60
chr12	45278055	rs56181373	G	A	890.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-1.258;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.684;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=12;PP=384;ReadPosRankSum=-1.168;SC=TCACAATTAAGACACAACAAT;SOR=0.498;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=57;TCF=38;TCR=19;TR=30;WE=45278063;WS=45278045;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,46:0.48:96
chr12	45307633	rs374144	T	C	538.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.62;BaseQRankSum=-0.579;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.070;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=7;PP=223;ReadPosRankSum=-0.264;SC=ATAATAATAATGTCTAAAAGG;SOR=0.906;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=29;TCF=18;TCR=11;TR=19;WE=45307641;WS=45307623;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,27:0.53:51
chr12	45410075	rs1224442	A	G	3475.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.578;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=447;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.246;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=52;PP=1617;ReadPosRankSum=-0.398;SC=CCATTCAGACAGCCCCAGTAA;SOR=0.821;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=274;TCF=142;TCR=132;TR=117;WE=45410083;WS=45410065;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:257,186:0.42:443
chr12	45417666	rs2731038	T	C	1572.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-1.601;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=41;PP=704;ReadPosRankSum=-0.551;SC=AGAGGCAGCATGCTCTCTTCT;SOR=0.690;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=131;TCF=42;TCR=89;TR=63;WE=45417674;WS=45417656;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:93,82:0.47:175
chr12	45444238	rs11182810	T	A	436.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-2.559;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=4;PP=211;ReadPosRankSum=-0.879;SC=CCGCCGGCGCTCCCAGATCCC;SOR=0.693;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=35;TCF=26;TCR=9;TR=16;WE=45444246;WS=45444228;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,21:0.50:42
chr12	45444264	rs11182811	G	C	650.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.806;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=6;PP=330;ReadPosRankSum=-1.012;SC=CACCCGGCCTGGGGGCGCGGG;SOR=0.602;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=44;TCF=31;TCR=13;TR=20;WE=45444272;WS=45444254;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,29:0.51:57
chr12	45621906	rs57127691	GT	G	136.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.049;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=1.710;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.56;ReadPosRankSum=-0.116;SOR=1.262;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,16:0.53:30
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chr12	45695735	rs4140756	C	A	6161.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=2.094;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=234;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=107;NR=61;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.602;SC=TTTAAAAGTACAGAACTACGT;SOR=0.473;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=169;TCF=108;TCR=61;TR=168;WE=45695743;WS=45695725;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,228:1.00:229
chr12	45771901	.	G	GT	329.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.836;ClippingRankSum=0.000;DP=145;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.15;MQRankSum=1.752;QD=2.97;ReadPosRankSum=0.331;SOR=0.749;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:78,33:0.30:111
chr12	45797209	rs117316516	T	C	2656.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-1.627;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.618;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=24;PP=1593;ReadPosRankSum=2.281;SC=GTATTTTCTTTTTAACCTTCT;SOR=0.408;SbPval=0.24;Source=Platypus;TC=151;TCF=117;TCR=34;TR=87;WE=45797217;WS=45797199;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,115:0.57:202
chr12	46123916	.	C	T	1677.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-1.237;ClippingRankSum=0.000;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=31;PP=733;ReadPosRankSum=-0.206;SC=GGCGGATTCGCGAAGGTGAGT;SOR=0.639;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=98;TCF=40;TCR=58;TR=52;WE=46123924;WS=46123906;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,83:0.59:141
chr12	46287170	rs138252675	TTC	T	618.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.156;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=249;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.64;ReadPosRankSum=-0.510;SOR=0.691;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:193,41:0.18:234
chr12	46321514	rs7315731	A	T	3900.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=80;NR=45;PP=2499;SC=AATATTATTGAAATCTTCATT;SOR=1.286;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=125;TCF=80;TCR=45;TR=125;WE=46321522;WS=46321504;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,142:1.00:142
chr12	46322654	.	T	TA	92.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.254;ClippingRankSum=0.000;DP=148;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.78;ReadPosRankSum=-0.568;SOR=0.697;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:97,22:0.18:119
chr12	46367903	rs10880879	T	C	2722.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-1.994;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.859;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=24;PP=1256;ReadPosRankSum=-0.647;SC=TATGTTTATATTATACTGTAG;SOR=0.861;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=72;TCF=47;TCR=25;TR=70;WE=46367911;WS=46367893;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,106:0.99:107
chr12	46367939	rs11183268	G	T	4051.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-1.238;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.424;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=36;PP=1666;ReadPosRankSum=-0.737;SC=ACAGCATTATGTCTAAAAACT;SOR=0.545;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=88;TCF=51;TCR=37;TR=87;WE=46367947;WS=46367929;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,153:0.99:154
chr12	46385815	rs11574952	C	T	13568.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.777;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=529;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=141;NR=202;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.050;SC=GCCGACCGACCGCTTCACTGC;SOR=0.606;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=351;TCF=144;TCR=207;TR=343;WE=46385823;WS=46385805;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:10,515:0.98:525
chr12	46582540	rs1045278	T	A	234.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=5.601;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.989;HP=9;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=0;PP=316;ReadPosRankSum=0.597;SC=GAAAAAAAAATTTCACAATCC;SOR=1.874;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=39;TCF=37;TCR=2;TR=16;WE=46582548;WS=46582530;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,17:0.41:41
chr12	46591906	rs7954255	T	C	354.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-0.236;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.635;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=17;PP=260;ReadPosRankSum=0.144;SC=GACATTTCTCTGCAGAGTAAC;SOR=1.123;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=50;TCF=11;TCR=39;TR=21;WE=46591914;WS=46591896;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,21:0.34:61
chr12	46601056	rs2289768	C	T	944.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.102;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.387;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=17;PP=459;ReadPosRankSum=0.796;SC=AAAGAAGATACGAAGGCTTAT;SOR=0.787;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=88;TCF=45;TCR=43;TR=37;WE=46601064;WS=46601046;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,53:0.40:134
chr12	46633328	rs7959095	G	T	194.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.617;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.885;HP=3;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=2;PP=153;ReadPosRankSum=-0.853;SC=GTTTCACCATGTTGGTCAGGC;SOR=1.426;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=19;TCF=14;TCR=5;TR=9;WE=46633336;WS=46633318;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,9:0.41:22
chr12	46662485	rs2242355	G	C	1019.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=3.583;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.932;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=3;PP=716;ReadPosRankSum=0.545;SC=GGCGGATTTCGGAGGAAGGTG;SOR=0.263;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=66;TCF=62;TCR=4;TR=37;WE=46662493;WS=46662478;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,40:0.60:67
chr12	46755112	rs7961994	A	T	338.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-3.462;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=14;PP=258;ReadPosRankSum=0.411;SC=ATCTATAGAAAGAATATTTAA;SOR=0.818;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=36;TCF=4;TCR=32;TR=15;WE=46755120;WS=46755102;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,15:0.42:36
chr12	46758494	rs2307061	A	G	1909.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.107;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.525;HP=6;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=33;PP=793;ReadPosRankSum=-0.676;SC=TCCTATAAGGAGGGGTGGCAG;SOR=0.762;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=120;TCF=48;TCR=72;TR=52;WE=46758502;WS=46758484;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:104,94:0.47:198
chr12	46759017	rs7968173	T	A	1561.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.656;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=42;PP=1041;ReadPosRankSum=0.631;SC=AAATATCCTCTGAAAAATATA;SOR=0.690;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=115;TCF=35;TCR=80;TR=60;WE=46759025;WS=46759007;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,72:0.49:147
chr12	46759057	rs12307969	G	C	759.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=2.181;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.195;HP=2;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=26;PP=597;ReadPosRankSum=-0.211;SC=CATTTCATAGGAATACCATGA;SOR=0.976;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=54;TCF=9;TCR=45;TR=31;WE=46759065;WS=46759047;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,32:0.52:62
chr12	46761127	rs10880959	G	A	604.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.799;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=17;PP=348;ReadPosRankSum=-2.232;SC=GAGAATTCTGGTGAGAGAAGG;SOR=0.615;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=53;TCF=14;TCR=39;TR=24;WE=46761135;WS=46761117;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,30:0.42:71
chr12	47159123	rs4768756	A	G	2568.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=34;NR=23;PP=979;SC=ATACTTTTACAGAGAACCACT;SOR=0.925;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=57;TCF=34;TCR=23;TR=57;WE=47159131;WS=47159113;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr12	47159196	rs2430921	A	T	2820.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.96;SOR=0.711;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr12	47162211	rs2465583	C	T	3445.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.922;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=46;PP=1557;ReadPosRankSum=1.446;SC=AAACACAGGGCAAGGTCAATG;SOR=0.753;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=88;TCF=42;TCR=46;TR=88;WE=47162219;WS=47162201;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,136:0.97:140
chr12	47162889	rs2465582	A	G	1256.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=34;NR=2;PP=835;SC=GTGGCTCCCAATGTCAGTTAG;SOR=3.967;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=36;TCF=34;TCR=2;TR=36;WE=47162897;WS=47162887;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr12	47162938	rs2216433	T	G	2634.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=1.909;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=5.315;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=25;PP=1738;ReadPosRankSum=-1.069;SC=CCAGAGCCTCTCAGGGATAAA;SOR=1.820;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=91;TCF=66;TCR=25;TR=91;WE=47162946;WS=47162928;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,101:0.99:102
chr12	47163306	rs180403	C	T	666.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=28.99;SOR=3.352;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
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chr12	47170887	rs180419	C	A	2597.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=56;PP=1657;SC=CTATATTGCTCATCATGAAGA;SOR=2.033;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=72;TCF=16;TCR=56;TR=72;WE=47170895;WS=47170877;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr12	47170910	rs2430922	A	G	1300.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=34;PP=931;SC=TATTTAGTACATAAACTTATA;SOR=2.511;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=44;TCF=10;TCR=34;TR=44;WE=47170918;WS=47170900;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr12	47173662	rs180426	A	G	8195.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=317;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=97;NR=88;PP=2965;SC=GTGAGAGACAAGGATATTAGA;SOR=0.746;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=185;TCF=97;TCR=88;TR=185;WE=47173670;WS=47173652;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,310:1.00:310
chr12	47178307	rs180430	A	G	3656.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=59;NR=41;PP=1931;SC=GGATCCATTGAAAAGTATATC;SOR=1.066;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=100;TCF=59;TCR=41;TR=100;WE=47178315;WS=47178297;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,136:1.00:136
chr12	47471439	rs2269828	G	A	4970.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.018;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=505;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=70;NR=79;PP=2423;ReadPosRankSum=-0.418;SC=CATCACTAGCGGGGCCAGGAC;SOR=0.662;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=308;TCF=144;TCR=164;TR=149;WE=47471447;WS=47471429;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:260,237:0.48:497
chr12	47629368	rs2244818	G	T	4209.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-3.878;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=399;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=71;PP=1929;ReadPosRankSum=0.917;SC=AAGTCACCGGGGGTTTTCTTC;SOR=0.684;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=262;TCF=115;TCR=147;TR=125;WE=47629376;WS=47629358;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:200,199:0.50:399
chr12	47757917	rs77921585	C	T	1960.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.084;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.663;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=55;PP=1754;ReadPosRankSum=1.653;SC=TGCAAAAATACTGGAGCTTGC;SOR=1.140;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=240;TCF=132;TCR=108;TR=120;WE=47757945;WS=47757907;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:122,104:0.46:226
chr12	47758032	rs215383	A	G	3257.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=7;NR=78;PP=2566;SC=CAGACTGCAGATGACCAGGGT;SOR=3.383;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=85;TCF=7;TCR=78;TR=85;WE=47758040;WS=47758022;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr12	47761212	rs58616	G	A	3825.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.713;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=464;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.167;NF=70;NR=48;PP=1680;ReadPosRankSum=-1.407;SC=TTCAAGGTTAGTACCCTGATA;SOR=0.717;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=255;TCF=150;TCR=105;TR=118;WE=47761220;WS=47761202;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:248,197:0.44:445
chr12	47761313	rs11419253	A	AT	4305.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-2.129;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=360;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.936;HP=12;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=100;PP=1176;ReadPosRankSum=0.219;SC=TTCGCTCTCTATTTTTTTTTT;SOR=1.040;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=147;TCF=13;TCR=134;TR=108;WE=47761321;WS=47761303;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,238:0.82:289
chr12	48081539	rs7136422	C	T	1959.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=51;NR=11;PP=1484;SC=GCATTTAATTCCCAATTCCTA;SOR=3.021;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=62;TCF=51;TCR=11;TR=62;WE=48081547;WS=48081529;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr12	48081637	rs7136561	C	T	10948.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=432;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=155;NR=103;PP=2965;SC=ATACATTGTACGTTGGAATAG;SOR=0.954;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=260;TCF=157;TCR=103;TR=258;WE=48081645;WS=48081627;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,419:1.00:419
chr12	48104746	rs1235152	G	C	1514.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=10;NR=37;PP=1072;SC=CCCACTTCACGCTGCCTCTCC;SOR=2.215;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=10;TCR=37;TR=47;WE=48104754;WS=48104736;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr12	48110325	rs1235153	A	G	643.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=6;NR=10;PP=284;SC=CCCCAAACACAGGGCAGCGAC;SOR=1.022;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=6;TCR=10;TR=16;WE=48110333;WS=48110315;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr12	48110608	rs2524318	A	G	631.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=18;NR=3;PP=474;SC=AAAAGTCGAGACATCGAAAGA;SOR=2.303;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=18;TCR=3;TR=21;WE=48110616;WS=48110598;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr12	48114745	.	G	A	915.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-0.045;ClippingRankSum=0.000;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.844;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=26;PP=577;ReadPosRankSum=0.074;SC=ACAGACCAGGGCAGGAGTGTA;SOR=1.022;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=76;TCF=26;TCR=50;TR=38;WE=48114753;WS=48114735;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,43:0.47:91
chr12	48131728	rs2072117	G	A	3714.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=55;NR=46;PP=2020;SC=CACATGGCAAGTGCCTAGGAT;SOR=0.831;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=101;TCF=55;TCR=46;TR=101;WE=48131736;WS=48131718;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,137:1.00:137
chr12	48132451	rs2072116	T	C	5147.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=78;NR=53;PP=2247;SC=TAGTAGTGAATGCCTGCTCTC;SOR=0.988;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=132;TCF=79;TCR=53;TR=131;WE=48132459;WS=48132441;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,198:1.00:198
chr12	48134214	rs10875687	G	C	7068.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=278;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=73;NR=91;PP=2923;SC=TCAGGGTAAGGGAAGCAGCCA;SOR=0.809;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=165;TCF=74;TCR=91;TR=164;WE=48134222;WS=48134204;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,271:1.00:271
chr12	48134360	rs10875688	G	T	4559.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.026;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=53;PP=2381;ReadPosRankSum=0.633;SC=AAGCAAAGAGGGGGGCTTAGG;SOR=0.857;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=117;TCF=64;TCR=53;TR=116;WE=48134368;WS=48134350;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,169:0.99:171
chr12	48134381	rs35703007	CG	C	5696.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.891;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.185;NF=30;NR=53;PP=2648;ReadPosRankSum=-0.660;SC=AAAAGGTAGCCGGGGGGACTC;SOR=0.880;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=97;TCF=35;TCR=62;TR=83;WE=48134389;WS=48134371;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,184:0.99:186
chr12	48134695	rs2074533	T	C	11157.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.632;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=430;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=129;NR=115;PP=2965;ReadPosRankSum=2.417;SC=CTGCCTCCCATACCTGGTGGA;SOR=0.751;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=245;TCF=130;TCR=115;TR=244;WE=48134703;WS=48134685;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,422:1.00:424
chr12	48144925	rs2016123	T	C	8399.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=321;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.67;SOR=0.878;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,315:1.00:315
chr12	48145456	rs4141223	G	A	4189.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=53;NR=69;PP=2783;SC=AAAGTGGAACGGAGAGAAAGC;SOR=0.971;SbPval=0.52;Source=Platypus;TCF=53;TR=122;WE=48145464;WS=48145446;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,144:1.00:144
chr12	48151822	rs11168230	C	G	3482.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=29;NR=37;PP=1288;SC=TCCTCCACAGCCAGGCCCACC;SOR=0.836;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=67;TCF=30;TCR=37;TR=66;WE=48151830;WS=48151812;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,133:1.00:133
chr12	48164758	rs2544025	G	C	3262.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=2.325;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=6.021;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=81;PP=2542;ReadPosRankSum=-1.177;SC=ATGCACTCCGGACCACGGGGC;SOR=3.767;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=93;TCF=11;TCR=82;TR=91;WE=48164766;WS=48164748;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,103:0.98:105
chr12	48174351	.	CT	C	68.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.147;ClippingRankSum=0.000;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=5.819;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.02;MQRankSum=0.043;QD=1.68;ReadPosRankSum=0.461;SOR=0.151;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,13:0.32:41
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chr12	48181778	rs6580637	T	C	13354.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=498;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=167;NR=141;PP=2965;SC=AGAGTAAGTGTCAGGAGGAGG;SOR=0.800;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=309;TCF=168;TCR=141;TR=308;WE=48181786;WS=48181768;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,489:1.00:489
chr12	48185167	rs11832133	G	C	3946.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.786;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=365;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.794;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=59;PP=1754;ReadPosRankSum=-1.410;SC=GGAGCCCAGAGAGCAGGGCCG;SOR=0.642;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=225;TCF=102;TCR=123;TR=109;WE=48185175;WS=48185157;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:174,186:0.52:360
chr12	48185356	rs2240105	A	G	1991.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-2.222;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.925;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=18;PP=1123;ReadPosRankSum=-1.320;SC=AGACAGGGCCACTAGGCCATT;SOR=1.151;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=127;TCF=87;TCR=40;TR=69;WE=48185364;WS=48185346;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,92:0.55:166
chr12	48188898	rs17122311	C	T	5505.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.791;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=537;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.094;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=91;NR=69;PP=2464;ReadPosRankSum=-0.438;SC=CTAAGTACCCCTCTTCTTTTG;SOR=0.782;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=311;TCF=168;TCR=143;TR=160;WE=48188906;WS=48188888;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:259,271:0.51:530
chr12	48195939	rs2525051	G	C	11884.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=1.520;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1206;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.518;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=148;NR=168;PP=2962;ReadPosRankSum=0.647;SC=AGCTTCTCGCGTTCTTACAGC;SOR=0.760;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=666;TCF=322;TCR=344;TR=316;WE=48195947;WS=48195929;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:614,583:0.49:1197
chr12	48259126	rs12717991	C	T	955.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=2.419;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.390;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=31;PP=643;ReadPosRankSum=2.144;SC=GGGCACCAAACGATTCCTACT;SOR=0.419;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=70;TCF=10;TCR=60;TR=37;WE=48259134;WS=48259116;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,42:0.52:80
chr12	48272895	rs2228570	A	G	1479.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.372;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.568;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=34;PP=802;ReadPosRankSum=-3.188;SC=CATTGCCTCCATCCCTGTAAG;SOR=0.617;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=122;TCF=44;TCR=78;TR=55;WE=48272903;WS=48272885;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:105,74:0.41:179
chr12	48358279	rs11609253	C	A	334.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-1.020;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.028;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=9;PP=218;ReadPosRankSum=2.146;SC=GCCCAGACAACTTTTCTTCTA;SOR=0.317;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=32;TCF=9;TCR=23;TR=14;WE=48358287;WS=48358269;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,16:0.41:39
chr12	48360620	rs2286024	A	G	431.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=2.138;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=10;PP=257;ReadPosRankSum=-1.844;SC=TCAGCTTTTGACTTATAGGTT;SOR=0.922;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=27;TCF=9;TCR=18;TR=14;WE=48360628;WS=48360610;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,19:0.50:38
chr12	48360947	.	T	TA	483.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.703;ClippingRankSum=0.000;DP=392;ExcessHet=3.0103;FS=1.787;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.33;ReadPosRankSum=0.792;SOR=0.625;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:284,79:0.22:363
chr12	48367829	rs1635560	G	A	3117.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.600;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=272;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.447;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=38;PP=1428;ReadPosRankSum=-0.041;SC=TGCTCCAGGCGGTTTGGGCAC;SOR=0.664;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=172;TCF=108;TCR=64;TR=97;WE=48367837;WS=48367819;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:122,148:0.55:270
chr12	48371595	rs1793949	G	A	3592.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=3.590;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=300;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.443;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=80;PP=2269;ReadPosRankSum=-0.713;SC=TCCTCCTTCCGGAAGCAGCCC;SOR=0.807;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=221;TCF=79;TCR=142;TR=123;WE=48371603;WS=48371585;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:135,158:0.54:293
chr12	48373718	rs11443755	A	AC	937.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=1.830;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.044;HP=6;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=3;PP=956;ReadPosRankSum=-0.536;SC=ATCCCAGAACACCCCCGCCAT;SOR=1.678;SbPval=0.94;Source=Platypus;TC=59;TCF=47;TCR=12;TR=30;WE=48373726;WS=48373708;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,37:0.49:75
chr12	48374513	rs1635554	A	G	1480.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.460;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.209;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=25;PP=752;ReadPosRankSum=0.426;SC=CCAGAAGAGCAGGAGACTCTG;SOR=0.769;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=86;TCF=42;TCR=44;TR=45;WE=48374521;WS=48374503;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,69:0.52:132
chr12	48374826	rs2276458	T	G	228.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-2.500;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=9;PP=153;ReadPosRankSum=0.925;SC=CAAGAGCCCCTTGGGCCCTGC;SOR=1.473;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=1;TCR=19;TR=9;WE=48374834;WS=48374816;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,10:0.45:22
chr12	48375475	rs1793937	C	G	1188.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.270;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.659;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=15;PP=682;ReadPosRankSum=1.110;SC=TGAGGGAGGACAAGACAGAAC;SOR=0.820;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=90;TCF=55;TCR=35;TR=40;WE=48375483;WS=48375465;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,57:0.43:133
chr12	48375568	rs1635553	A	G	1638.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-2.131;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.750;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=22;PP=588;ReadPosRankSum=1.251;SC=CCTTCTCGCCATTAGCACCAG;SOR=0.514;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=97;TCF=45;TCR=52;TR=44;WE=48375576;WS=48375558;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,81:0.51:160
chr12	48375965	rs2276457	C	T	4621.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.491;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=262;ExcessHet=3.0103;FS=0.970;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.84;ReadPosRankSum=0.128;SOR=0.779;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:130,129:0.50:259
chr12	48375975	rs2276456	A	G	4326.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.659;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=224;ExcessHet=3.0103;FS=1.064;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.58;ReadPosRankSum=0.396;SOR=0.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:112,109:0.49:221
chr12	48376137	rs2276455	G	A	1061.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.910;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.450;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=16;PP=587;ReadPosRankSum=2.033;SC=AAAAGGCAGGGAGCTTTGGAA;SOR=0.490;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=77;TCF=46;TCR=31;TR=36;WE=48376145;WS=48376127;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,51:0.46:112
chr12	48376291	rs2276454	G	A	3662.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.332;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=304;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.422;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=54;PP=1456;ReadPosRankSum=-1.778;SC=TTACCCTGTCGCCTTTGGGCC;SOR=0.713;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=198;TCF=100;TCR=98;TR=110;WE=48376299;WS=48376281;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:129,173:0.57:302
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chr12	48376447	rs3829737	A	G	1857.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.968;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.695;HP=3;HapScore=4;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=10;PP=2297;ReadPosRankSum=0.782;SC=CCCTGAACCCATGTTCATGGA;SOR=0.894;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=94;TCF=66;TCR=28;TR=44;WE=48376455;WS=48376433;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,50:0.47:106
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chr12	48379961	rs1635547	A	C	1460.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.570;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.05;ReadPosRankSum=1.281;SOR=0.600;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:52,39:0.43:91
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chr12	48380031	rs1635544	A	G	1895.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.742;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=250;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.002;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=27;PP=802;ReadPosRankSum=0.600;SC=AAAAGTCACGAGACTTGACCA;SOR=0.599;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=151;TCF=88;TCR=63;TR=61;WE=48380039;WS=48380021;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:143,101:0.41:244
chr12	48380682	rs10875714	G	A	5757.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-1.449;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=587;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=80;NR=94;PP=2666;ReadPosRankSum=2.362;SC=CTTGAAAAGAGAGGCAGGTCC;SOR=0.685;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=348;TCF=159;TCR=189;TR=174;WE=48380690;WS=48380672;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:300,286:0.49:586
chr12	48383235	rs1635537	A	G	734.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.734;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.671;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=16;PP=476;ReadPosRankSum=-0.965;SC=TCCCCAGGAAACTTTGCCTGG;SOR=0.379;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=42;TCF=14;TCR=28;TR=26;WE=48383243;WS=48383225;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,31:0.66:47
chr12	48386553	rs1635534	A	G	1260.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=4.135;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.318;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=11;PP=864;ReadPosRankSum=-0.671;SC=TTAAGGGATAACAATACTCCC;SOR=1.408;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=111;TCF=78;TCR=33;TR=48;WE=48386561;WS=48386543;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,57:0.40:141
chr12	48386577	rs1793915	G	T	1904.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.155;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.412;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=18;PP=1204;ReadPosRankSum=-0.846;SC=GCCTCACAGGGTTGTTTCGAG;SOR=1.202;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=150;TCF=106;TCR=44;TR=73;WE=48386585;WS=48386567;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:114,90:0.44:204
chr12	48387052	rs1793912	A	C	877.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.111;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.56;ReadPosRankSum=-1.159;SOR=0.716;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,22:0.42:53
chr12	48387057	rs1793911	G	C	892.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.082;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=1.189;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.40;ReadPosRankSum=-0.645;SOR=0.999;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,26:0.42:62
chr12	48388995	rs3216168	TC	T	1289.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.191;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.747;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=11;PP=838;ReadPosRankSum=-0.156;SC=CCAGGCCCTTTCAAAGGAGGC;SOR=0.576;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=65;TCF=36;TCR=29;TR=24;WE=48389003;WS=48388985;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,49:0.44:111
chr12	48389643	rs1034762	A	C	2871.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.705;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=314;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=57;PP=1569;ReadPosRankSum=0.086;SC=GGCAAAAAGAATTGCAGATAC;SOR=0.697;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=207;TCF=87;TCR=120;TR=98;WE=48389651;WS=48389633;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:170,139:0.45:309
chr12	48390585	rs2213163	T	A	310.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-3.565;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=12;PP=220;ReadPosRankSum=0.064;SC=TGGGAATGGATTATTAGATGA;SOR=0.324;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=28;TCF=3;TCR=25;TR=14;WE=48390593;WS=48390575;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,14:0.50:28
chr12	48391416	rs3737548	G	T	3022.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.334;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=354;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=40;PP=1292;ReadPosRankSum=-2.099;SC=GACCAGGGGGGCCGGGAGGAC;SOR=0.706;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=230;TCF=126;TCR=104;TR=89;WE=48391430;WS=48391386;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:194,152:0.44:346
chr12	48413789	rs113940474	A	ATATTGT	13529.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=289;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=58;NR=59;PP=2957;SC=AATTTGACAGATAAATTCCCT;SOR=1.215;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=130;TCF=66;TCR=64;TR=117;WE=48413797;WS=48413779;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,285:1.00:285
chr12	48413944	rs7299135	C	T	15371.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=361;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.06;QD=43.18;SOR=0.943;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,356:1.00:356
chr12	48413950	rs28459711	A	C	14805.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=333;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.07;QD=45.00;SOR=0.973;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,329:1.00:329
chr12	48413979	rs7299364	G	T	5789.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.10;QD=27.31;SOR=1.307;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,212:1.00:212
chr12	48414009	.	C	CTTT	1076.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.980;ClippingRankSum=0.000;DP=87;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.25;MQRankSum=0.000;QD=24.47;ReadPosRankSum=1.712;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,38:0.86:44
chr12	48414058	rs7299271	C	T	707.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=63;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=36;PP=990;SC=TGGGAACTGTCGGTTCATATG;SOR=6.358;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=37;TCF=1;TCR=36;TR=37;WE=48414066;WS=48414048;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr12	48441692	rs1018973	C	G	5227.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=0.830;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=467;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=111;NR=58;PP=2848;ReadPosRankSum=0.299;SC=ATCAATCACTCCATTGAAGGT;SOR=0.719;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=299;TCF=198;TCR=101;TR=169;WE=48441700;WS=48441682;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:216,240:0.53:456
chr12	48457385	rs3742074	C	T	308.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=2.783;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=1;PP=236;ReadPosRankSum=1.767;SC=GAGATGATTCCAATGCAGGTC;SOR=0.368;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=19;TCF=18;TCR=1;TR=12;WE=48457393;WS=48457378;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,12:0.60:20
chr12	48459488	rs17122612	C	G	2268.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=0.327;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=246;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.985;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=34;PP=876;ReadPosRankSum=-0.386;SC=GGAACGTGACCAAATGTAGAC;SOR=0.764;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=130;TCF=58;TCR=72;TR=60;WE=48459496;WS=48459478;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:129,112:0.46:241
chr12	48460563	rs77759793	G	A	596.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.112;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=4;PP=229;ReadPosRankSum=1.548;SC=CCAAAATGCTGGAATTACAGG;SOR=0.656;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=31;TCF=23;TCR=8;TR=16;WE=48460571;WS=48460553;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,27:0.52:52
chr12	48465425	rs72644844	A	C	530.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.61;BaseQRankSum=1.403;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=9;PP=273;ReadPosRankSum=-0.606;SC=TAATTAATAAAGAACAAGCTT;SOR=0.770;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=29;TCF=17;TCR=12;TR=21;WE=48465433;WS=48465415;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,27:0.49:55
chr12	48468652	rs4258439	A	G	677.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-2.808;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.255;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=23;PP=518;ReadPosRankSum=-0.330;SC=GCATGTAAACAGAATCCTAGC;SOR=0.419;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=61;TCF=12;TCR=49;TR=30;WE=48468660;WS=48468642;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,31:0.51:61
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chr12	48537624	rs4075913	A	G	4082.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.174;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=401;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=63;PP=1784;ReadPosRankSum=0.589;SC=TTGTTCCTAAATGAAGAAGAA;SOR=0.682;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=256;TCF=126;TCR=130;TR=125;WE=48537632;WS=48537614;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:192,201:0.51:393
chr12	48539183	.	C	CT	73.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.377;ClippingRankSum=0.000;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=6.739;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.63;ReadPosRankSum=-1.432;SOR=0.478;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,9:0.32:28
chr12	48539482	rs8716	T	G	1353.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=2.438;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.452;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=35;PP=864;ReadPosRankSum=1.479;SC=CCGGGGAAGCTGCCGTCTAAA;SOR=0.895;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=93;TCF=31;TCR=62;TR=52;WE=48539490;WS=48539472;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,63:0.49:129
chr12	48547128	rs11168428	C	T	797.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=1.558;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.107;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=2;PP=552;ReadPosRankSum=0.731;SC=CAAGGACTCTCCTGTCAATAC;SOR=1.702;SbPval=0.95;Source=Platypus;TC=68;TCF=56;TCR=12;TR=27;WE=48547136;WS=48547118;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,33:0.43:77
chr12	48578325	rs10783231	A	C	2689.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.276;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=285;ExcessHet=3.0103;FS=0.905;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.57;ReadPosRankSum=0.510;SOR=0.631;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:146,135:0.48:281
chr12	48578631	rs7486941	G	C	970.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-4.089;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.438;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=29;PP=466;ReadPosRankSum=1.519;SC=ACTCCCTCGAGGAAGGATTTG;SOR=0.391;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=72;TCF=17;TCR=55;TR=40;WE=48578639;WS=48578621;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,48:0.59:81
chr12	48596590	rs150603860	A	C	2213.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=2.402;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=239;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.428;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=34;PP=1092;ReadPosRankSum=-0.394;SC=GGAATGAAATATACTCGAGAA;SOR=0.665;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=143;TCF=74;TCR=69;TR=62;WE=48596598;WS=48596580;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:130,105:0.45:235
chr12	48723324	rs2732441	C	G	4649.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.524;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=514;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.525;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-1.066;NF=56;NR=75;PP=1825;ReadPosRankSum=0.992;SC=GAAGGAGCTCCGAAACGCCGG;SOR=0.624;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=303;TCF=127;TCR=176;TR=131;WE=48723332;WS=48723314;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:270,236:0.47:506
chr12	48736985	rs2732481	T	G	3713.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.398;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=454;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=73;PP=1875;ReadPosRankSum=-0.927;SC=TGGGGCACGCTGCCGTTTCCT;SOR=0.711;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=327;TCF=147;TCR=180;TR=132;WE=48736993;WS=48736975;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:256,189:0.42:445
chr12	48737245	rs2732484	A	C	1882.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=2.956;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.532;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=33;PP=1155;ReadPosRankSum=-0.949;SC=CAAGGTGGGAACCCCATACAA;SOR=0.638;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=145;TCF=70;TCR=75;TR=65;WE=48737253;WS=48737235;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:100,89:0.47:189
chr12	48738236	rs2634676	A	G	232.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=1.624;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=2;PP=163;ReadPosRankSum=-0.857;SC=ACATCATTCTATTACACTCCC;SOR=1.179;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=17;TCF=13;TCR=4;TR=10;WE=48738244;WS=48738226;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,10:0.59:17
chr12	48738555	rs34591795	GA	G	380.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.110;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.178;HP=9;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.021;NF=1;NR=13;PP=164;ReadPosRankSum=0.160;SC=CTATATTTCTGAAAAAAAAAT;SOR=0.452;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=36;TCF=2;TCR=34;TR=14;WE=48738563;WS=48738545;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,25:0.51:49
chr12	48740855	rs2634675	A	G	73.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.998;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=6.71;ReadPosRankSum=1.142;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,5:0.45:11
chr12	48741219	rs901962	A	T	413.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-1.519;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.146;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=12;PP=278;ReadPosRankSum=0.529;SC=AAGGGTCACAACTTCTGTATC;SOR=0.190;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=37;TCF=11;TCR=26;TR=19;WE=48741227;WS=48741209;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,21:0.51:41
chr12	48741663	rs118052620	C	T	547.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-2.275;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.021;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=5;PP=285;ReadPosRankSum=-0.069;SC=ATGCACTGTGCTTCCCACACA;SOR=0.542;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=52;TCF=42;TCR=10;TR=21;WE=48741671;WS=48741653;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,28:0.39:71
chr12	48877056	rs7972785	T	C	1311.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.137;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.494;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=12;PP=601;ReadPosRankSum=0.340;SC=AGCTCCAGAGTCCTTGGTTTC;SOR=0.555;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=79;TCF=56;TCR=23;TR=39;WE=48877064;WS=48877046;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,63:0.52:121
chr12	48879951	rs11168599	T	G	1109.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.534;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.606;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=13;PP=401;ReadPosRankSum=1.828;SC=ATATCATTCTTTCTTTGCAGC;SOR=0.767;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=89;TCF=51;TCR=38;TR=32;WE=48879959;WS=48879941;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:96,60:0.38:156
chr12	48880381	rs2731091	A	G	3178.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.411;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=366;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.798;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=44;PP=1231;ReadPosRankSum=1.027;SC=TCCAAGAAACATCTTGTCTTC;SOR=0.639;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=220;TCF=121;TCR=99;TR=96;WE=48880389;WS=48880371;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:195,164:0.46:359
chr12	48880550	rs2731092	T	C	1974.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.095;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.201;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=40;PP=804;ReadPosRankSum=0.697;SC=TGGCATGAGGTGGGAGGTGGG;SOR=0.508;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=130;TCF=49;TCR=81;TR=68;WE=48880558;WS=48880540;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:100,102:0.50:202
chr12	48883012	rs2705127	T	C	2522.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.392;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FS=3.498;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.56;ReadPosRankSum=-0.170;SOR=0.437;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:60,69:0.53:129
chr12	48883020	rs2731096	G	T	2395.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.426;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FS=1.760;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=21.98;ReadPosRankSum=-0.387;SOR=0.470;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:49,60:0.55:109
chr12	48884535	rs2731102	G	C	4431.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.651;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=451;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=73;NR=58;PP=2044;ReadPosRankSum=0.369;SC=AGCTAATACAGTGCAGGTCTG;SOR=0.664;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=263;TCF=148;TCR=115;TR=131;WE=48884543;WS=48884525;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:228,218:0.49:446
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chr12	48888594	rs11458	C	T	4522.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.077;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=428;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=69;NR=55;PP=1967;ReadPosRankSum=1.525;SC=CATAAGGCCTCCAGATTCCTT;SOR=0.687;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=234;TCF=128;TCR=106;TR=124;WE=48888602;WS=48888584;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:207,217:0.51:424
chr12	48888689	rs9268	C	G	3046.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.404;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=323;ExcessHet=3.0103;FS=1.853;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.58;ReadPosRankSum=-2.491;SOR=0.801;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:168,150:0.47:318
chr12	48888763	rs2705132	A	G	3782.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=26;NR=75;PP=2123;SC=CTTCCGCCAGATGCTTTACCC;SOR=1.772;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=102;TCF=26;TCR=76;TR=101;WE=48888771;WS=48888753;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,136:1.00:136
chr12	48919556	rs2731073	A	G	10505.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=408;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=133;NR=141;PP=2965;SC=GCTGCTGCTCATGATCAGGGC;SOR=0.739;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=274;TCF=133;TCR=141;TR=274;WE=48919564;WS=48919546;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,403:1.00:403
chr12	48919659	rs4075258	TG	CA	3986.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.913;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=263;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.510;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=43;PP=2927;ReadPosRankSum=0.121;SC=CCCAAGATGCTGGAGAACCTC;SOR=0.804;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=190;TCF=84;TCR=106;TR=74;WE=48919668;WS=48919649;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:152,109:0.42:261
chr12	48919793	rs2705143	T	C	2707.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.557;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=284;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.905;HP=1;HapScore=3;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=38;PP=2563;ReadPosRankSum=-0.459;SC=TGCTGCCATCTGCCGCCCACT;SOR=0.631;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=181;TCF=94;TCR=87;TR=79;WE=48919804;WS=48919783;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:147,134:0.48:281
chr12	48919796	rs12425460	C	T	3290.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.074;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=299;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.422;HP=1;HapScore=3;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=48;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.193;SC=TGCCATCTGCCGCCCACTACT;SOR=0.727;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=183;TCF=96;TCR=87;TR=101;WE=48919804;WS=48919783;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:139,156:0.53:295
chr12	48921533	rs7299323	C	T	191.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-3.361;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=8;NR=0;PP=144;ReadPosRankSum=0.900;SC=TTTACAATTGCCTAACTTACT;SOR=1.179;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=13;TCR=0;TR=8;WE=48921541;WS=48921528;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,8:0.62:13
chr12	48953504	rs11168637	G	A	332.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=1.044;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=1;PP=183;ReadPosRankSum=0.388;SC=AAGGACTGACGCAGCCTGACA;SOR=1.230;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=23;TCF=19;TCR=4;TR=12;WE=48953512;WS=48953500;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,15:0.60:25
chr12	48954040	rs1807757	A	G	2049.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.228;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.245;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=36;PP=960;ReadPosRankSum=0.796;SC=GTTTCAGGCCATGTGTCATCC;SOR=0.825;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=160;TCF=78;TCR=82;TR=66;WE=48954048;WS=48954030;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:129,101:0.44:230
chr12	48954225	rs7312017	G	C	4060.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.449;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=487;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=70;NR=63;PP=1810;ReadPosRankSum=1.075;SC=TGCTCTTATTGACCTGTTCTG;SOR=0.709;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=299;TCF=155;TCR=144;TR=133;WE=48954233;WS=48954215;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:275,210:0.43:485
chr12	49048738	rs3741628	G	T	2626.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.797;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=295;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.010;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=28;PP=1408;ReadPosRankSum=1.485;SC=ATATCCACTGGGTCTTCAGCA;SOR=0.840;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=202;TCF=129;TCR=73;TR=85;WE=49048746;WS=49048728;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:164,128:0.44:292
chr12	49048985	rs6580690	G	A	559.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-2.314;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=19;PP=360;ReadPosRankSum=-0.479;SC=TTTTACAAGAGCGTCCAACAA;SOR=0.651;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=51;TCF=8;TCR=43;TR=23;WE=49048993;WS=49048975;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,27:0.45:60
chr12	49050393	rs149545016	TA	T	298.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.080;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FS=4.248;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.21;MQRankSum=1.826;QD=3.28;ReadPosRankSum=0.000;SOR=0.260;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:50,41:0.45:91
chr12	49054491	rs3741629	G	C	45.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.744;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=4.16;ReadPosRankSum=-1.354;SOR=1.371;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,3:0.27:11
chr12	49065727	rs7303113	T	C	3038.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.227;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=348;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.570;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=83;PP=1703;ReadPosRankSum=-0.571;SC=CTTCTTCTGCTGTGTAGACAC;SOR=0.879;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=221;TCF=77;TCR=144;TR=129;WE=49065735;WS=49065717;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:188,157:0.46:345
chr12	49073358	rs3741630	A	T	367.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.497;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=4;PP=176;ReadPosRankSum=1.747;SC=TGCCAAATAGATCAAGGCATT;SOR=0.883;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=37;TCF=26;TCR=11;TR=15;WE=49073366;WS=49073348;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,20:0.43:46
chr12	49073721	rs61942051	A	G	297.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.118;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=7;PP=114;ReadPosRankSum=-0.329;SC=TAAAATGACTATTACATTCAT;SOR=0.636;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=17;TCF=4;TCR=13;TR=9;WE=49073729;WS=49073711;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,14:0.64:22
chr12	49075983	rs61942052	CT	GG	627.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.946;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.076;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=8;PP=419;ReadPosRankSum=-0.669;SC=AGGAGCTGCGCTGCGCCGCAC;SOR=0.470;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=45;TCF=14;TCR=31;TR=13;WE=49075992;WS=49075973;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,19:0.29:66
chr12	49076036	rs10783277	T	C	212.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.505;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.114;HP=2;HapScore=2;MGOF=28;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=6;PP=119;ReadPosRankSum=0.819;SC=CCAGCGGCTCTCAGATCGGCC;SOR=0.193;SbPval=0.22;Source=Platypus;TC=18;TCF=2;TCR=16;TR=8;WE=49076044;WS=49076026;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,10:0.42:24
chr12	49086963	rs3741632	G	A	2184.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.580;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.672;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=36;PP=1124;ReadPosRankSum=1.163;SC=CAAATGCAGTGGGCTGAGTGG;SOR=0.647;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=149;TCF=75;TCR=74;TR=70;WE=49086971;WS=49086953;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:107,104:0.49:211
chr12	49087656	rs3013	G	C	4105.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.114;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=456;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.426;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=68;NR=70;PP=1821;ReadPosRankSum=1.073;SC=AAGGCCGCTCGGGGTTTTCTG;SOR=0.545;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=320;TCF=150;TCR=170;TR=138;WE=49087667;WS=49087646;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:246,204:0.45:450
chr12	49091636	rs200036072	AAAAT	A	77.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.536;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.88;MQRankSum=-0.000;QD=5.55;ReadPosRankSum=-1.003;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,7:0.50:14
chr12	49091972	rs11420004	G	GA	543.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.529;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=7.633;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.20;MQRankSum=0.504;QD=12.08;ReadPosRankSum=-1.185;SOR=0.090;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,36:0.80:45
chr12	49093729	rs7308699	C	T	70.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-2.204;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=5;PP=41;ReadPosRankSum=-0.146;SC=GGTTTCCACACTAAAATATTA;SOR=0.892;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=1;TCR=14;TR=5;WE=49093737;WS=49093719;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,5:0.33:15
chr12	49108488	rs7138930	C	T	549.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-1.012;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.672;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=18;PP=362;ReadPosRankSum=0.063;SC=TAATCGCCAACTGACACTTAG;SOR=1.735;SbPval=0.97;Source=Platypus;TC=54;TCF=10;TCR=44;TR=19;WE=49108496;WS=49108478;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,24:0.39:61
chr12	49110223	rs11168699	C	A	1358.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.263;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=21.57;ReadPosRankSum=-0.205;SOR=0.569;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,34:0.54:63
chr12	49110223	.	CAC	AAA	855	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;FR=0.5000;HP=6;HapScore=3;MGOF=10;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=19;NR=5;PP=855;QD=37.8528281193;SC=TCGTCCCCCCCACAGAGCCTG;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=50;TCF=41;TCR=9;TR=24;WE=49110233;WS=49110213;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:26,24:0.48:50
chr12	49110225	rs11168700	C	A	1358.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.238;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=2.370;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.98;ReadPosRankSum=-0.605;SOR=0.435;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,38:0.56:68
chr12	49110248	rs1110432	G	A	1079.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-2.813;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=8;PP=565;ReadPosRankSum=2.466;SC=CCGGACGCCAGAGCATGGCGG;SOR=0.704;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=75;TCF=57;TCR=18;TR=35;WE=49110256;WS=49110238;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,49:0.49:101
chr12	49167233	rs185890567	G	A	1983.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.483;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.511;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=21;PP=1139;ReadPosRankSum=-1.575;SC=GGTATTAAAGGACCTGAGAAT;SOR=0.744;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=150;TCF=102;TCR=48;TR=66;WE=49167241;WS=49167223;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:126,95:0.43:221
chr12	49177113	rs2453486	T	G	3627.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.446;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=353;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.408;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=58;PP=1723;ReadPosRankSum=-0.009;SC=AGAAGCCACCTGCCCGAGTGC;SOR=0.568;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=233;TCF=108;TCR=125;TR=113;WE=49177121;WS=49177103;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:173,177:0.51:350
chr12	49218171	rs2070615	A	G	2293.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.394;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=256;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.787;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=39;PP=1002;ReadPosRankSum=-0.516;SC=GAGTTGGGCCATGAGTCAGTA;SOR=0.530;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=150;TCF=68;TCR=82;TR=76;WE=49218179;WS=49218161;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:132,118:0.47:250
chr12	49218546	rs2446995	G	A	5316.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.524;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=438;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.527;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=84;NR=92;ReadPosRankSum=-0.793;SC=CCCATTTTGGGTAGGTGGGTA;SOR=0.760;SbPval=0.56;Source=Platypus;TCF=143;TR=176;WE=49218554;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:180,251:0.58:431
chr12	49218810	rs11379348	G	GT	1657.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.063;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.206;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=25;PP=1294;ReadPosRankSum=0.161;SC=TGGGGACAGTGTTCTAGGCAG;SOR=0.686;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=71;TCF=24;TCR=47;TR=35;WE=49218818;WS=49218800;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,65:0.50:131
chr12	49219569	rs2453469	A	G	2695.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.855;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=253;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.888;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=64;PP=1595;ReadPosRankSum=-1.388;SC=AGTCCCCACCACCTGCTTCTG;SOR=0.535;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=210;TCF=74;TCR=136;TR=103;WE=49219577;WS=49219559;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:121,126:0.51:247
chr12	49221622	rs1045340	G	A	19108.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=732;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=179;NR=238;PP=2965;SC=AGGACTCAGAGCACAACCACA;SOR=0.879;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=420;TCF=180;TCR=240;TR=417;WE=49221630;WS=49221612;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,724:1.00:724
chr12	49228077	rs2453473	G	C	1191.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.747;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.680;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=13;PP=644;ReadPosRankSum=0.895;SC=CAGACAGCAGGCTGGCTGCTA;SOR=0.800;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=84;TCF=53;TCR=31;TR=39;WE=49228085;WS=49228067;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,57:0.46:125
chr12	49230035	rs1057908	T	G	4161.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.005;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.094;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=48;PP=1969;ReadPosRankSum=-0.046;SC=CCTGACGCTGTATAGGTGTTG;SOR=0.305;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=94;TCF=46;TCR=48;TR=93;WE=49230043;WS=49230025;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,156:0.99:157
chr12	49237652	rs2446993	G	A	1379.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.411;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=13;PP=790;ReadPosRankSum=0.760;SC=TTCATAAGAAGCTGAGCAAAC;SOR=0.785;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=84;TCF=62;TCR=22;TR=48;WE=49237660;WS=49237642;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,59:0.55:108
chr12	49238024	rs2446994	G	A	779.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=2.919;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=26;PP=598;ReadPosRankSum=0.819;SC=AAATATTAACGGCAATGACAG;SOR=0.859;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=45;TCF=3;TCR=42;TR=28;WE=49238032;WS=49238014;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,30:0.61:49
chr12	49259194	rs2453489	T	G	1247.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=30;NR=5;PP=924;SC=ATCTGATGGGTCCTCTGGGTG;SOR=2.531;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=35;TCF=30;TCR=5;TR=35;WE=49259202;WS=49259184;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr12	49298340	rs3825184	C	T	1351.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.485;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.013;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=36;PP=816;ReadPosRankSum=0.000;SC=TCATCCTGACCTCCCCTCCTC;SOR=1.942;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=51;TCF=14;TCR=37;TR=48;WE=49298348;WS=49298328;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,60:0.97:62
chr12	49319036	rs12829682	A	C	23405.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=1.035;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=905;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;MQ=60.01;MQRankSum=0.096;NF=253;NR=289;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.215;SC=ATTACCACCCAACAAGGCTCG;SOR=0.763;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=548;TCF=256;TCR=292;TR=542;WE=49319044;WS=49319026;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:6,888:0.99:894
chr12	49332451	rs148694584	T	TGA	5542.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.883;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.445;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.387;NF=8;NR=60;PP=2867;ReadPosRankSum=0.287;SC=ACCCAGAGGGTGAGAGAGAGA;SOR=0.988;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=80;TCF=11;TCR=69;TR=68;WE=49332459;WS=49332441;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:7,157:0.96:164
chr12	49333248	rs833831	T	G	381.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-1.846;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.494;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=4;PP=245;ReadPosRankSum=0.110;SC=TCCTGAGGACTGAAATGTTGC;SOR=1.139;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=36;TCF=27;TCR=9;TR=19;WE=49333256;WS=49333241;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,20:0.53:38
chr12	49334044	rs708242	G	C	1787.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=9;NR=47;PP=1340;SC=TAATCGTTAAGCTAGCAGCCT;SOR=3.076;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=56;TCF=9;TCR=47;TR=56;WE=49334052;WS=49334034;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr12	49334762	rs12122	G	C	5674.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=96;NR=54;PP=2965;SC=CGATCTCCCCGAGTTTCAGCT;SOR=1.212;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=150;TCF=96;TCR=54;TR=150;WE=49334770;WS=49334752;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,206:1.00:206
chr12	49362779	rs833834	T	G	2452.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=40;NR=18;PP=1262;SC=GGAGAGAGGTTGGGGAGTGAT;SOR=1.286;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=58;TCF=40;TCR=18;TR=58;WE=49362787;WS=49362769;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr12	49364391	rs833843	G	A	1214.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=36;PP=933;SC=CAGGAATAGGGCGGCTCGCTT;SOR=3.664;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=5;TCR=36;TR=41;WE=49364399;WS=49364381;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr12	49423460	rs33963995	GT	G	182.19	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.383;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=61.02;MQRankSum=0.667;QD=10.72;ReadPosRankSum=-0.232;SOR=1.112;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,15:0.88:17
chr12	49424534	rs11168830	G	A	2633.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.153;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=251;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.789;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=37;PP=1293;ReadPosRankSum=-0.973;SC=GCTCCGTTAGGGGCAGCAGGG;SOR=0.533;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=171;TCF=96;TCR=75;TR=79;WE=49424542;WS=49424524;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:124,125:0.50:249
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chr12	49439659	rs833818	C	T	2024.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=43;NR=15;PP=1141;SC=AGATGATGTCCGACGTCTGGT;SOR=1.852;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=60;TCF=43;TCR=17;TR=58;WE=49439667;WS=49439649;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
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chr12	49500509	rs10747561	C	T	3802.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.114;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=394;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.762;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=53;PP=1497;ReadPosRankSum=-0.653;SC=GACATTGTTACGCCCATTTTG;SOR=0.655;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=220;TCF=108;TCR=112;TR=110;WE=49500517;WS=49500499;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:197,191:0.49:388
chr12	49521672	rs2753	G	A	2892.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.866;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=269;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=30;PP=1411;ReadPosRankSum=0.841;SC=AAGCTTTAACGTCTGTCAGTT;SOR=0.676;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=176;TCF=119;TCR=57;TR=92;WE=49521680;WS=49521662;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:125,137:0.52:262
chr12	49522578	rs1057725	T	C	866.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.057;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.159;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-10.048;NF=31;NR=13;PP=608;ReadPosRankSum=-0.091;SC=CCTGGGGTGCTGGGTAAATGG;SOR=1.323;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=109;TCF=71;TCR=38;TR=44;WE=49522586;WS=49522568;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,44:0.34:128
chr12	49522605	rs1057548	C	T	1296.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.696;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.353;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-8.504;NF=35;NR=20;PP=841;ReadPosRankSum=1.352;SC=CCAGCTTGGACTTCTTGCCAT;SOR=1.327;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=128;TCF=74;TCR=54;TR=55;WE=49522613;WS=49522595;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:105,67:0.39:172
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chr12	49523523	rs34070757	GAT	G	3466.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.410;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.126;HP=7;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.084;NF=6;NR=39;PP=1776;ReadPosRankSum=-0.183;SC=AAGGAAAAAAGATATCACAAT;SOR=0.591;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=94;TCF=10;TCR=84;TR=45;WE=49523532;WS=49523513;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:106,92:0.46:198
chr12	49525008	rs2241727	G	C	2582.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.927;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.528;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=34;PP=961;ReadPosRankSum=1.924;SC=GCTGTATACAGGGCCCCAGCG;SOR=0.636;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=111;TCF=53;TCR=58;TR=66;WE=49525016;WS=49524998;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,122:0.61:201
chr12	49579696	rs697624	C	G	2594.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=3.011;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=262;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.454;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.026;NF=48;NR=37;PP=1384;ReadPosRankSum=0.397;SC=CCATGAGCAGCGAGGTGAACC;SOR=0.751;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=167;TCF=93;TCR=74;TR=85;WE=49579704;WS=49579686;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:134,125:0.48:259
chr12	49580180	rs1056875	T	C	1005.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=0.078;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-4.060;NF=24;NR=12;PP=548;ReadPosRankSum=-0.182;SC=CAGCATCTTCTTTGCCTGTGA;SOR=0.638;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=77;TCF=49;TCR=28;TR=36;WE=49580188;WS=49580170;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,44:0.47:93
chr12	49580752	rs34741313	AC	A	282.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.729;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.446;NF=0;NR=11;PP=372;ReadPosRankSum=-1.695;SC=CCAGCACGATACAAAGATTAA;SOR=0.368;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=0;TCR=20;TR=11;WE=49580760;WS=49580742;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,13:0.52:25
chr12	49582692	rs1039225	T	G	3309.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.699;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=313;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.091;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=42;PP=1512;ReadPosRankSum=0.356;SC=AGCTTAAAGGTTTTCCAAGTA;SOR=0.539;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=200;TCF=117;TCR=83;TR=95;WE=49582700;WS=49582682;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:149,157:0.51:306
chr12	49667103	rs9668136	A	T	2787.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=21;NR=50;PP=1493;SC=ATAAAATTGAAGTTTCCATTT;SOR=1.563;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=71;TCF=21;TCR=50;TR=71;WE=49667111;WS=49667093;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr12	49689009	rs57451017	G	A	8156.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=0.274;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=735;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=125;NR=113;PP=2962;ReadPosRankSum=1.184;SC=TCGGGCCTCCGGGCCGGCTTC;SOR=0.687;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=429;TCF=228;TCR=201;TR=238;WE=49689017;WS=49688999;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:333,395:0.54:728
chr12	49689597	rs7488343	G	C	186.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.150;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.990;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=2;PP=62;ReadPosRankSum=1.111;SC=GGCTGCTCTTGCCTCCCCTCG;SOR=0.486;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=8;TCF=3;TCR=5;TR=5;WE=49689605;WS=49689587;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,7:0.70:10
chr12	49690337	rs2070760	T	C	2788.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=1.410;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=282;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.021;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=48;PP=1362;ReadPosRankSum=0.150;SC=TCAGGGGCGGTTTCTGAGGTT;SOR=0.572;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=166;TCF=64;TCR=102;TR=82;WE=49690345;WS=49690327;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:146,133:0.48:279
chr12	49691250	rs73112143	A	G	1744.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-1.317;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=49;PP=1253;ReadPosRankSum=1.786;SC=GACAGCTAAAAGAGGAGATGG;SOR=0.728;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=147;TCF=41;TCR=106;TR=68;WE=49691258;WS=49691240;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,75:0.47:158
chr12	49691567	rs2236746	T	C	2292.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.355;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.060;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=34;PP=1336;ReadPosRankSum=2.214;SC=CCTCGGGCTCTTGCTCTGGCT;SOR=0.792;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=141;TCF=73;TCR=68;TR=75;WE=49691575;WS=49691557;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:106,105:0.50:211
chr12	49719149	rs61184137	T	TA	43.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.241;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.33;ReadPosRankSum=-0.508;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,9:0.27:33
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chr12	49721122	rs73309977	C	T	722.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=2.191;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.931;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=22;PP=444;ReadPosRankSum=1.791;SC=GGGTGAGATGCGACTCTCCTG;SOR=0.874;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=57;TCF=14;TCR=43;TR=28;WE=49721130;WS=49721112;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,35:0.45:78
chr12	49722793	rs2230550	C	T	3918.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.306;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=458;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.454;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQ=60.02;MQRankSum=-0.862;NF=82;NR=53;PP=2079;ReadPosRankSum=-0.060;SC=GTCCATCACCCTTTGGACGGG;SOR=0.865;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=316;TCF=180;TCR=136;TR=135;WE=49722801;WS=49722783;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:260,195:0.43:455
chr12	49723581	rs11835303	G	A	469.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-2.840;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=4;PP=300;ReadPosRankSum=0.019;SC=GTGGGACTCAGGCTGGTCTTT;SOR=0.616;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=48;TCF=38;TCR=10;TR=19;WE=49723589;WS=49723571;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,22:0.41:54
chr12	49723963	rs4243545	A	G	1688.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.128;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.050;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=15;PP=826;ReadPosRankSum=0.815;SC=TGAGACAGGAAGTAGAGGGGC;SOR=1.164;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=104;TCF=60;TCR=44;TR=47;WE=49723971;WS=49723953;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,75:0.51:147
chr12	49724955	rs3088008	A	C	6234.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.812;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=723;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=106;NR=87;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.129;SC=TGGTGGAAGTATAGGACCCCA;SOR=0.692;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=447;TCF=242;TCR=205;TR=193;WE=49724963;WS=49724945;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:409,305:0.43:714
chr12	49742649	rs76011041	C	T	478.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-1.246;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.328;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=7;PP=254;ReadPosRankSum=-0.509;SC=GACCTTTGCCCTAGAGGATGG;SOR=1.085;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=45;TCF=27;TCR=18;TR=20;WE=49742657;WS=49742639;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,25:0.46:54
chr12	49883371	rs2272478	A	G	2668.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=22;NR=45;PP=1431;SC=TCCTGACTTAATTTTAAAAAT;SOR=1.337;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=67;TCF=22;TCR=45;TR=67;WE=49883379;WS=49883361;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr12	49893815	rs11447993	C	CT	1552.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.971;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.17;MQRankSum=0.617;QD=12.83;ReadPosRankSum=1.631;SOR=0.768;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,93:0.77:121
chr12	49916459	rs12309053	A	T	1523.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.233;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.289;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=16;PP=841;ReadPosRankSum=0.253;SC=ATGATTGTTTAATCTGTATAG;SOR=0.845;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=113;TCF=74;TCR=39;TR=51;WE=49916467;WS=49916449;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,73:0.46:157
chr12	49934565	rs7132792	G	A	642.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=2.154;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=4;PP=377;ReadPosRankSum=-1.862;SC=CTTAACACACGCAGGATTCCT;SOR=0.622;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=56;TCF=48;TCR=8;TR=27;WE=49934573;WS=49934555;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,30:0.48:62
chr12	49937392	rs74089562	T	A	314.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=2.618;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=8;PP=190;ReadPosRankSum=0.652;SC=GGTGCTACAGTGCCCCCCTCG;SOR=0.914;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=15;TCF=2;TCR=13;TR=9;WE=49937400;WS=49937382;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,12:0.67:18
chr12	49937813	rs1150057	A	G	4194.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.978;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=419;ExcessHet=3.0103;FS=1.736;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.16;ReadPosRankSum=-0.544;SOR=0.844;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:204,209:0.51:413
chr12	49950251	rs113209368	C	G	2752.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.615;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=337;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.300;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=43;PP=1216;ReadPosRankSum=-1.567;SC=AGCCCCTCCCCTGGACCAGGT;SOR=0.618;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=221;TCF=121;TCR=100;TR=94;WE=49950259;WS=49950241;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:190,145:0.43:335
chr12	49957103	rs57965817	A	G	507.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=2.592;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=16;PP=373;ReadPosRankSum=0.846;SC=CAATGTGCACACGTGTGCATG;SOR=0.534;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=43;TCF=7;TCR=36;TR=20;WE=49957111;WS=49957093;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,22:0.42:52
chr12	49959154	rs79170966	G	A	816.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-4.460;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=2;PP=452;ReadPosRankSum=-1.323;SC=GGAGTAGGGAGAGGTGTGTTC;SOR=0.638;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=76;TCF=68;TCR=8;TR=28;WE=49959162;WS=49959145;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,38:0.41:92
chr12	49993172	rs80350134	T	C	423.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=0.623;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.547;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=5;PP=280;ReadPosRankSum=0.299;SC=TTGCCCTGTGTTCCTTCTCTC;SOR=0.412;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=29;TCF=23;TCR=6;TR=18;WE=49993180;WS=49993168;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,19:0.54:35
chr12	50026779	rs376648517	GC	G	39.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.047;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.17;ReadPosRankSum=-0.171;SOR=0.078;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,7:0.21:34
chr12	50038292	rs4073998	G	A	1201.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.406;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.934;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=33;PP=722;ReadPosRankSum=-0.166;SC=GCTGTTGGACGCAGCCTGGGT;SOR=1.193;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=78;TCF=21;TCR=57;TR=43;WE=50038300;WS=50038282;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,54:0.51:105
chr12	50039479	rs77151210	G	A	679.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.926;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.567;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=8;PP=315;ReadPosRankSum=-0.707;SC=CTCAAGAGCTGGGGCGGACAT;SOR=0.368;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=44;TCF=30;TCR=14;TR=21;WE=50039487;WS=50039469;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,33:0.54:61
chr12	50040380	rs76862171	G	A	361.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-1.566;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.947;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=3;PP=266;ReadPosRankSum=0.101;SC=CAGGAATCCTGGGAGACGGGC;SOR=1.332;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=55;TCF=43;TCR=12;TR=19;WE=50040388;WS=50040370;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,19:0.34:56
chr12	50040811	rs3841320	A	AG	7911.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.938;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=334;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.298;NF=21;NR=108;PP=2966;ReadPosRankSum=-0.198;SC=AAGAATGTGGAGGGGAAGGAA;SOR=0.581;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=144;TCF=22;TCR=122;TR=129;WE=50040819;WS=50040801;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,301:0.99:304
chr12	50043884	rs61512987	C	T	338.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-2.170;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.363;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=13;PP=201;ReadPosRankSum=0.000;SC=CGGGGGAACACTCCATGCTCC;SOR=1.022;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=35;TCF=9;TCR=26;TR=16;WE=50043892;WS=50043874;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,18:0.43:42
chr12	50152601	.	CT	C	248.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.021;ClippingRankSum=0.000;DP=154;ExcessHet=3.0103;FS=1.133;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.07;MQRankSum=1.286;QD=2.54;ReadPosRankSum=-1.429;SOR=0.454;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:65,33:0.34:98
chr12	50155400	rs6580721	A	G	1817.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=31.89;SOR=5.856;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr12	50155434	rs17123943	T	C	1758.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-1.433;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.919;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=17;PP=1116;ReadPosRankSum=-2.117;SC=CTTTGTGGGCTTGTGGATAAA;SOR=0.422;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=115;TCF=84;TCR=31;TR=65;WE=50155442;WS=50155424;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,76:0.61:124
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chr12	50174307	rs111500583	CA	C	3075.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.749;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=558;ExcessHet=3.0103;FS=0.372;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.08;MQRankSum=1.844;QD=5.81;ReadPosRankSum=0.868;SOR=0.659;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:256,273:0.52:529
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chr12	50189807	rs2720298	C	A	6292.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.997;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.405;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=67;NR=83;PP=2965;ReadPosRankSum=0.030;SC=CATAGGGGTACGATTCTGGGA;SOR=0.525;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=154;TCF=71;TCR=83;TR=150;WE=50189815;WS=50189797;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,229:1.00:230
chr12	50189834	rs2603104	T	G	4950.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.198;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=5.999;HP=6;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=74;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.135;SC=GACTGGGGGGTACTCCAGGGC;SOR=0.079;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=140;TCF=63;TCR=77;TR=137;WE=50189842;WS=50189823;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,191:0.98:194
chr12	50192009	rs1075366	T	C	3788.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=73;NR=33;PP=2249;SC=ATCTGCTTTTTTTGGCATTCG;SOR=1.508;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=108;TCF=73;TCR=35;TR=106;WE=50192017;WS=50191999;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,136:1.00:136
chr12	50197880	rs7953534	G	A	1252.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.847;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=27;PP=602;ReadPosRankSum=1.061;SC=CAGGGAATGAGGAGGAAGTGA;SOR=0.735;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=91;TCF=30;TCR=61;TR=39;WE=50197888;WS=50197870;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,62:0.45:138
chr12	50271372	rs1248263	G	T	651.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.805;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=10.391;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.18;ReadPosRankSum=0.572;SOR=0.132;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,33:0.52:64
chr12	50283465	rs643971	G	A	732.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.899;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.058;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=16;PP=358;ReadPosRankSum=2.741;SC=CCTGGCCCCAGTCTGGTGCCC;SOR=0.475;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=48;TCF=18;TCR=30;TR=27;WE=50283473;WS=50283455;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,36:0.55:65
chr12	50290728	rs297935	A	G	467.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.243;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.670;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=2;PP=257;ReadPosRankSum=-1.799;SC=CTACGGGCTCAGATTAGGTCA;SOR=1.179;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=23;TCF=18;TCR=5;TR=16;WE=50290736;WS=50290718;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,22:0.69:32
chr12	50291735	rs297937	G	C	566.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=0.731;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=8;PP=338;ReadPosRankSum=0.395;SC=CCCCACTGAGGCTCCCAGTCC;SOR=0.706;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=60;TCF=40;TCR=20;TR=23;WE=50291743;WS=50291725;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,28:0.39:72
chr12	50304588	rs487165	A	T	3939.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=1.768;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=367;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.237;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=45;PP=1769;ReadPosRankSum=0.294;SC=AGGCATCGGCATTCTGAGTCG;SOR=0.623;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=200;TCF=117;TCR=83;TR=106;WE=50304596;WS=50304578;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:178,184:0.51:362
chr12	50304949	rs450798	G	A	1089.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.051;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=27;PP=547;ReadPosRankSum=-0.164;SC=TTTCCCCAGGGTCTCACGGGT;SOR=0.738;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=88;TCF=30;TCR=58;TR=40;WE=50304957;WS=50304939;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,55:0.46:119
chr12	50305007	rs394119	C	T	331.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-3.111;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.109;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=12;PP=199;ReadPosRankSum=-0.275;SC=TCCGTTTCTCCACCAGATGGA;SOR=0.296;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=36;TCF=9;TCR=27;TR=18;WE=50305015;WS=50304997;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,18:0.44:41
chr12	50348078	rs426496	T	C	11124.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=416;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=183;NR=96;PP=2965;SC=TAGGCTTCTCTGTGGCCCTGG;SOR=1.233;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=280;TCF=183;TCR=97;TR=279;WE=50348086;WS=50348068;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,410:1.00:410
chr12	50348674	rs402813	C	T	992.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=3;NR=27;PP=694;SC=TCAGTTTCCACGTCTGTGAAT;SOR=3.675;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=30;TCF=3;TCR=27;TR=30;WE=50348682;WS=50348664;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr12	50349090	rs410837	A	G	1183.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=32;NR=5;PP=935;SC=CGGGGAGGAGAGGTGCGGCCG;SOR=2.948;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=32;TCR=5;TR=37;WE=50349098;WS=50349080;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr12	50349123	rs371777	C	A	2049.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.842;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=18;PP=1160;ReadPosRankSum=-1.209;SC=CCGGGGCCTGCGGGCTCCGCG;SOR=0.586;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=59;TCF=41;TCR=18;TR=58;WE=50349131;WS=50349113;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,76:0.99:77
chr12	50349143	rs403201	C	G	2807.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-2.035;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=25;PP=1305;ReadPosRankSum=-0.713;SC=GTGCCGGTGCCGGCGCGGGTG;SOR=0.457;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=75;TCF=50;TCR=25;TR=74;WE=50349151;WS=50349133;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,109:0.99:110
chr12	50349411	rs457487	C	A	1045.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=25;PP=726;SC=GCGGCCTCTACGGCCCCGACG;SOR=4.112;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=27;TCF=2;TCR=25;TR=27;WE=50349419;WS=50349401;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr12	50349765	rs467323	C	T	1021.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=8;NR=23;PP=664;SC=TTGGGGGTTCCGGGAATGATG;SOR=1.949;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=8;TCR=23;TR=31;WE=50349773;WS=50349755;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr12	50356174	rs139560378	TGGG	T	1575.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=16;PP=413;SC=GTGAGTGCCCTGGGGGGGGGG;SOR=1.609;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=21;TCF=1;TCR=20;TR=17;WE=50356184;WS=50356164;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr12	50358073	rs296753	C	G	6028.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=47;NR=116;PP=2965;SC=GGGTGGGCCACGGAGTGGTGG;SOR=1.666;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=163;TCF=47;TCR=116;TR=163;WE=50358081;WS=50358063;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,213:1.00:213
chr12	50368013	rs296748	C	T	4842.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=48;NR=92;PP=2965;SC=TGTCACCCCCCTCCAGCTGAG;SOR=1.564;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=142;TCF=48;TCR=94;TR=140;WE=50368021;WS=50368003;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,154:1.00:154
chr12	50386015	rs296737	C	T	10256.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.763;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=394;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=105;NR=166;PP=2965;ReadPosRankSum=1.817;SC=CACACACACACGCACCTGCCT;SOR=0.419;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=274;TCF=107;TCR=167;TR=271;WE=50386023;WS=50386005;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,384:1.00:385
chr12	50393372	rs378943	G	T	1498.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=37;NR=12;PP=1008;SC=TTTTACACAGGCCAGTTTAGT;SOR=2.093;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=49;TCF=37;TCR=12;TR=49;WE=50393380;WS=50393362;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr12	50452708	rs653576	C	G	8668.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=331;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=116;NR=108;PP=2965;SC=TCCTGGGCTCCCTGGCTGTGC;SOR=0.724;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=224;TCF=116;TCR=108;TR=224;WE=50452716;WS=50452698;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,327:1.00:327
chr12	50467644	rs706792	G	T	2459.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.818;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.499;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=32;PP=1364;ReadPosRankSum=0.234;SC=GGTGCTGTGGGCGGTGGCCTT;SOR=0.649;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=156;TCF=99;TCR=57;TR=80;WE=50467652;WS=50467634;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:111,113:0.50:224
chr12	50467769	rs706793	G	A	6262.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.815;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=623;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.520;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=107;NR=80;PP=2921;ReadPosRankSum=-0.706;SC=TGGCCTTCCCGGCAGTCACCC;SOR=0.772;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=363;TCF=199;TCR=164;TR=187;WE=50467777;WS=50467759;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:313,302:0.49:615
chr12	50471630	rs2272391	A	G	508.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=4.315;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=0;PP=393;ReadPosRankSum=0.786;SC=ACCCAGAAGGAGGCTAGGGGG;SOR=1.003;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=53;TCF=52;TCR=1;TR=21;WE=50471638;WS=50471623;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,22:0.39:57
chr12	50473660	rs404751	A	G	3036.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=64;NR=26;PP=1995;SC=CACTCAACTGAGACCTCTCAC;SOR=1.702;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=91;TCF=65;TCR=26;TR=90;WE=50473668;WS=50473650;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr12	50482211	rs646782	T	C	1000.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.036;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=25;PP=627;ReadPosRankSum=0.351;SC=TGAGTTTTTTTCCATTGTTGT;SOR=0.680;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=91;TCF=37;TCR=54;TR=41;WE=50482219;WS=50482201;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,48:0.45:106
chr12	50484013	rs73121544	G	A	2159.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.391;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FS=1.901;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.00;ReadPosRankSum=0.165;SOR=0.552;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:80,100:0.56:180
chr12	50498139	rs836178	T	G	995.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.176;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.779;HP=5;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=18;PP=563;ReadPosRankSum=1.765;SC=AGATGAGAAGTGGGGCTCCCT;SOR=0.580;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=72;TCF=41;TCR=31;TR=39;WE=50498147;WS=50498129;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,46:0.49:93
chr12	50503082	rs836179	A	G	326.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.209;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=3;PP=142;ReadPosRankSum=-0.048;SC=AGAAACTCACAGCCATCCTTC;SOR=0.693;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=26;TCR=8;TR=12;WE=50503090;WS=50503072;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,18:0.39:46
chr12	50503269	rs836180	C	T	1737.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.870;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.28;ReadPosRankSum=1.933;SOR=0.691;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:121,89:0.42:210
chr12	50513687	rs7961065	C	T	286.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.411;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=1;PP=207;ReadPosRankSum=-1.058;SC=TTTACCTAGACATAGGGGCCA;SOR=0.990;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=23;TCF=21;TCR=2;TR=13;WE=50513695;WS=50513683;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,13:0.57:23
chr12	50517454	rs5798126	C	CT	123.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.034;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.74;ReadPosRankSum=0.320;SOR=0.622;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:53,18:0.25:71
chr12	50529314	rs11169281	C	T	2326.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.640;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.693;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=31;PP=1171;ReadPosRankSum=0.166;SC=GCTAGAAATACGGTCTGAGGC;SOR=0.561;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=149;TCF=90;TCR=59;TR=73;WE=50529322;WS=50529304;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:105,108:0.51:213
chr12	50529736	rs3741562	G	A	4035.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.737;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=380;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.737;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=63;PP=1874;ReadPosRankSum=0.084;SC=CCAGCAAGAAGTCTGAGACAT;SOR=0.557;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=230;TCF=120;TCR=110;TR=124;WE=50529744;WS=50529726;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:175,196:0.53:371
chr12	50529936	rs7136570	A	G	418.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=2.354;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.279;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=17;PP=321;ReadPosRankSum=0.534;SC=ATTATTCTCTAAGAATCTTAC;SOR=2.346;SbPval=0.95;Source=Platypus;TC=55;TCF=9;TCR=46;TR=18;WE=50529944;WS=50529926;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,19:0.31:62
chr12	50537815	rs7302981	A	G	2770.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.653;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.494;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=56;PP=1303;ReadPosRankSum=1.184;SC=ATGCCAATACAGAGTGCACAG;SOR=0.651;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=163;TCF=61;TCR=102;TR=89;WE=50537823;WS=50537805;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:98,132:0.57:230
chr12	50579398	rs12817211	C	T	876.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.354;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.112;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=21;PP=477;ReadPosRankSum=0.786;SC=AAATCAGCCTCACTCGTATCT;SOR=1.098;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=54;TCF=14;TCR=40;TR=27;WE=50579406;WS=50579388;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,40:0.54:74
chr12	50599709	rs2302900	T	C	319.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.551;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=6;PP=223;ReadPosRankSum=-2.027;SC=GTCCAAAAGATGTTACTACTA;SOR=0.727;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=59;TCF=42;TCR=17;TR=20;WE=50599717;WS=50599699;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,23:0.26:89
chr12	50599984	rs1362984	T	A	401.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=2.055;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=12;PP=237;ReadPosRankSum=-0.018;SC=GAATTTTTTTTAAATTACAAA;SOR=0.836;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=26;TCF=3;TCR=23;TR=14;WE=50599992;WS=50599974;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,18:0.53:34
chr12	50616346	rs3812825	A	G	2950.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.971;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=269;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.05;ReadPosRankSum=0.304;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:118,149:0.56:267
chr12	50628055	rs181618573	G	A	53.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-0.712;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=3;PP=28;ReadPosRankSum=1.559;SC=GCAGTGGCACGATCTCAGCTA;SOR=1.179;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=10;TCF=4;TCR=6;TR=4;WE=50628063;WS=50628045;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,4:0.44:9
chr12	50727706	rs6580741	G	C	1816.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.766;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.110;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=23;PP=906;ReadPosRankSum=-1.109;SC=GGTTGAATACGTGTATCATTT;SOR=0.511;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=142;TCF=95;TCR=47;TR=62;WE=50727714;WS=50727696;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:125,96:0.43:221
chr12	50727811	rs6580742	C	T	3372.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-4.043;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=413;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=56;PP=1362;ReadPosRankSum=1.598;SC=GTCTGCTCAGCATCATGTGGA;SOR=0.677;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=229;TCF=108;TCR=121;TR=109;WE=50727819;WS=50727801;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:226,183:0.45:409
chr12	50727958	.	C	CT	58.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.171;ClippingRankSum=0.000;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=4.689;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.22;MQRankSum=1.765;QD=1.68;ReadPosRankSum=0.549;SOR=0.135;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,9:0.26:35
chr12	50744094	rs7296277	G	A	2394.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=49;NR=17;PP=1352;SC=AAAACTAGACGTAAATAATTA;SOR=1.691;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=66;TCF=49;TCR=17;TR=66;WE=50744102;WS=50744084;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr12	50744119	rs7296291	G	A	1446.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.073;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=18;PP=792;ReadPosRankSum=2.015;SC=TACCTGGCATGCTGGATCAGC;SOR=0.704;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=92;TCF=60;TCR=32;TR=51;WE=50744127;WS=50744109;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,72:0.49:146
chr12	50744171	rs7312252	T	C	2358.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-0.452;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=257;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.759;HP=1;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=31;PP=796;ReadPosRankSum=-1.480;SC=CCAACTGAACTGTGTCCATAT;SOR=0.529;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=131;TCF=75;TCR=56;TR=64;WE=50744179;WS=50744161;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:131,123:0.48:254
chr12	50744753	rs10506292	T	C	3213.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.229;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=333;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=67;PP=1627;ReadPosRankSum=0.006;SC=TTGCCAATCTTTTCTTAGCAA;SOR=0.718;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=225;TCF=91;TCR=134;TR=114;WE=50744761;WS=50744743;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:166,159:0.49:325
chr12	50746348	rs7304951	A	G	7690.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=291;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=102;NR=109;PP=2965;SC=TGAGGGGTGAAAGGGATCCCC;SOR=0.700;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=218;TCF=102;TCR=116;TR=211;WE=50746356;WS=50746338;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,285:1.00:285
chr12	50746917	rs10876023	A	G	2485.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=4.570;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=311;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=47;PP=1516;ReadPosRankSum=0.509;SC=GGCCTGCTGAAGGGTTAGAGT;SOR=0.693;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=221;TCF=110;TCR=111;TR=94;WE=50746925;WS=50746907;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:170,127:0.43:297
chr12	50747005	rs10876024	T	C	2984.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.461;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=295;ExcessHet=3.0103;FS=1.444;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.39;MQRankSum=-2.770;QD=10.85;ReadPosRankSum=1.405;SOR=0.591;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:133,142:0.52:275
chr12	50749221	rs4435082	G	C	11609.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=264;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.31;SOR=0.856;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,262:1.00:262
chr12	50749227	rs4625558	T	G	11592.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=264;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.42;SOR=0.831;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,261:1.00:261
chr12	50749294	rs4421818	A	G	2726.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.861;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=256;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=46;PP=1278;ReadPosRankSum=0.050;SC=CCTTTCTTCAATGATACGTTA;SOR=0.677;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=177;TCF=83;TCR=94;TR=86;WE=50749302;WS=50749284;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:127,128:0.50:255
chr12	50750040	rs7964439	C	A	1482.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=16;NR=27;PP=924;SC=TACTGAAGAACAAAACATAAA;SOR=1.118;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=43;TCF=16;TCR=27;TR=43;WE=50750048;WS=50750030;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr12	50754563	rs12303082	T	G	1558.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.116;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.629;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=14;PP=812;ReadPosRankSum=0.617;SC=TGTTTCTTCTTTTCGTCGAGG;SOR=0.776;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=100;TCF=66;TCR=34;TR=45;WE=50754571;WS=50754553;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,72:0.50:143
chr12	50821776	rs59730946	C	CTT	214.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.967;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=14.32;ReadPosRankSum=0.493;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,13:0.87:15
chr12	50829263	rs113327207	T	TTATTC	502.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=9;NR=0;PP=506;SC=ACTATTTTGTTTTTTCAGAGA;SOR=5.136;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=10;TCR=0;TR=9;WE=50829271;WS=50829261;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr12	50856259	rs5798139	C	CA	1165.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.104;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FS=4.872;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.09;MQRankSum=0.701;QD=10.79;ReadPosRankSum=-0.756;SOR=0.293;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,79:0.73:108
chr12	50898784	rs10525715	T	TGGCGGCGGCGGCGGCGGC	1180.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=-0.017;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.926;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-1.296;NF=0;NR=8;PP=2987;ReadPosRankSum=0.025;SC=CCTTTGCTCATGGCGGCGGCG;SOR=0.948;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=26;TCF=4;TCR=22;TR=8;WE=50898794;WS=50898774;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,33:0.40:82
chr12	51019633	rs34609458	TC	T	1151.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=29;NR=3;PP=601;SC=AACCATACATTCCCCCCCCCA;SOR=3.611;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=39;TCF=35;TCR=4;TR=32;WE=51019641;WS=51019623;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr12	51034721	rs2731436	C	T	1630.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=12;NR=35;PP=1090;SC=TAATACTTGTCTTTTTTTTCC;SOR=1.919;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=48;TCF=12;TCR=36;TR=47;WE=51034729;WS=51034709;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr12	51053873	.	CT	C	53.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.405;ClippingRankSum=0.000;DP=76;ExcessHet=3.0103;FS=5.144;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.76;ReadPosRankSum=0.194;SOR=1.659;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:53,18:0.25:71
chr12	51076844	rs2731447	C	T	857.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=22;NR=7;PP=577;SC=ATAAATATTACATACTTAGAC;SOR=2.093;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=22;TCR=7;TR=29;WE=51076852;WS=51076834;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr12	51086931	rs2090852	T	C	1172.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=1.746;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.818;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=31;PP=801;ReadPosRankSum=1.036;SC=TTCCAGAGGCTATATAACCTT;SOR=0.552;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=86;TCF=23;TCR=63;TR=44;WE=51086939;WS=51086921;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,51:0.50:101
chr12	51088979	rs34553264	T	G	1094.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=2.214;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=7;PP=799;ReadPosRankSum=-0.706;SC=GCTAACAAAATACCAGCTCAA;SOR=0.652;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=71;TCF=59;TCR=12;TR=42;WE=51088987;WS=51088969;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,45:0.58:77
chr12	51089287	rs2139930	G	T	1602.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.004;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.430;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=41;PP=921;ReadPosRankSum=-1.013;SC=TAGGTACCTTGCCTGTTCATC;SOR=0.850;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=111;TCF=29;TCR=82;TR=55;WE=51089295;WS=51089277;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,72:0.50:143
chr12	51089572	rs2684890	G	A	4045.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=93;NR=25;PP=2538;SC=TTATTGTGGTGTATTACATAT;SOR=2.319;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=118;TCF=93;TCR=25;TR=118;WE=51089580;WS=51089562;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,143:1.00:143
chr12	51089616	rs2684891	T	C	7776.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=301;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=144;NR=63;PP=2965;SC=AACTTCATCCTTTTTGAATTT;SOR=1.464;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=211;TCF=147;TCR=64;TR=207;WE=51089624;WS=51089606;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,286:1.00:286
chr12	51089734	rs11169524	T	A	5837.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.340;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=564;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.742;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=77;NR=101;PP=2797;ReadPosRankSum=-1.066;SC=TAATTGTGACTGATGGAGCTA;SOR=0.821;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=350;TCF=161;TCR=189;TR=178;WE=51089742;WS=51089724;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:280,281:0.50:561
chr12	51117229	rs7310279	A	G	1006.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=4.089;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.377;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=29;PP=735;ReadPosRankSum=-1.570;SC=TCTGGAGACTACCTCCTTTTT;SOR=1.032;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=53;TCF=9;TCR=44;TR=35;WE=51117237;WS=51117219;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,37:0.65:57
chr12	51121629	rs3832875	CA	C	2515.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.087;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=313;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.389;HP=6;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.532;NF=10;NR=50;PP=1497;ReadPosRankSum=0.401;SC=CCACATCTGCCAAAAAATAGA;SOR=0.788;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=130;TCF=22;TCR=108;TR=60;WE=51121637;WS=51121619;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:158,137:0.46:295
chr12	51128832	rs3742062	A	G	1293.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.597;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.51;ReadPosRankSum=0.442;SOR=0.696;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:69,67:0.49:136
chr12	51135167	rs1975351	A	G	1636.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=40;NR=13;PP=976;SC=GTATATGTCCAAGCCACATTT;SOR=2.119;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=53;TCF=40;TCR=13;TR=53;WE=51135175;WS=51135157;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr12	51135275	rs1866422	T	C	6558.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=256;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=84;NR=73;PP=2447;SC=ACCACCCAATTGATATTGAGA;SOR=0.791;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=157;TCF=84;TCR=73;TR=157;WE=51135283;WS=51135265;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,254:1.00:254
chr12	51138687	rs2280503	A	C	542.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-1.886;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.139;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=24;PP=362;ReadPosRankSum=1.137;SC=CCTCTGGCTAAGAGCAGGCTT;SOR=0.964;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=62;TCF=9;TCR=53;TR=28;WE=51138695;WS=51138677;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,29:0.39:74
chr12	51182122	rs10747592	C	T	563.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.010;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.023;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=12;PP=235;ReadPosRankSum=0.766;SC=TGTGCCATCACATCCGGCTAA;SOR=0.993;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=30;TCF=10;TCR=20;TR=17;WE=51182130;WS=51182112;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,29:0.50:58
chr12	51203177	.	AATTATT	A	140.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.180;ClippingRankSum=-0.000;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=11.73;ReadPosRankSum=0.180;SOR=0.269;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,6:0.50:12
chr12	51203226	rs4986837	GT	G	822.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=17;NR=10;PP=581;SC=TAGAGTTCTGGTTTTTTTTAC;SOR=1.493;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=30;TCF=18;TCR=12;TR=27;WE=51203234;WS=51203216;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr12	51203371	rs1129406	C	T	3757.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.137;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FS=1.752;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.11;MQRankSum=1.361;QD=19.27;ReadPosRankSum=-0.237;SOR=0.717;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:93,102:0.52:195
chr12	51203376	rs4986838	T	C	3695.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.426;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FS=1.804;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.87;ReadPosRankSum=0.566;SOR=0.665;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:93,93:0.50:186
chr12	51207704	rs829112	A	G	454.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=1.523;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=4;PP=294;ReadPosRankSum=-2.072;SC=TACCTGTTTTAGTAAATAGTG;SOR=0.765;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=25;TCF=19;TCR=6;TR=16;WE=51207712;WS=51207694;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,19:0.70:27
chr12	51207926	rs117004521	C	T	3917.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.342;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=422;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=75;NR=55;PP=2005;ReadPosRankSum=-0.053;SC=ATGCACAGACCTCTGATGGAC;SOR=0.752;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=284;TCF=162;TCR=122;TR=130;WE=51207934;WS=51207916;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:229,191:0.45:420
chr12	51236931	rs829121	G	A	3655.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=28;NR=76;PP=2310;SC=GGCGCATGCAGAGGGCAGTAC;SOR=1.761;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=105;TCF=28;TCR=77;TR=104;WE=51236939;WS=51236921;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,129:1.00:129
chr12	51237816	rs861204	G	A	1478.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.69;BaseQRankSum=-0.234;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.794;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=17;PP=375;ReadPosRankSum=1.307;SC=CACTAAAGACGCTAGGTACGT;SOR=0.916;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=58;TCF=22;TCR=36;TR=26;WE=51237824;WS=51237806;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,73:0.46:157
chr12	51319346	rs2359005	A	G	2213.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=20;NR=41;PP=1198;SC=GAGGAGGACTAGTTAGTAGCA;SOR=1.416;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=61;TCF=20;TCR=41;TR=61;WE=51319354;WS=51319336;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr12	51324057	.	GTT	G	55.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.034;ClippingRankSum=0.000;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=1.991;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.42;ReadPosRankSum=-1.608;SOR=0.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,6:0.26:23
chr12	51364349	rs7306293	A	G	237.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-0.117;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.707;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=6;PP=118;ReadPosRankSum=-0.629;SC=ATTATGAAGAATAAATTTTCA;SOR=0.368;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=18;TCF=6;TCR=12;TR=10;WE=51364357;WS=51364339;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,12:0.55:22
chr12	51382232	rs161044	T	C	3511.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=33;NR=57;PP=2011;SC=AAAGACAAAATATGGTCATCA;SOR=1.117;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=90;TCF=33;TCR=57;TR=90;WE=51382240;WS=51382222;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
chr12	51386066	rs1048230	A	G	1484.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.955;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.471;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=29;PP=718;ReadPosRankSum=-1.066;SC=GGATGATGGCAATAGAGCGAG;SOR=0.877;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=88;TCF=33;TCR=55;TR=45;WE=51386074;WS=51386056;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,69:0.56:124
chr12	51386528	.	AAG	A	119.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-1.710;ClippingRankSum=0.000;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=4.889;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.55;ReadPosRankSum=1.856;SOR=0.486;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,13:0.28:47
chr12	51386530	rs2018673	G	A	431.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.672;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=1.245;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.19;ReadPosRankSum=-0.742;SOR=1.119;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,32:0.68:47
chr12	51386839	rs224569	C	G	1217.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=10;NR=25;PP=774;SC=TGCTGTGCTGCGCACTGTGCC;SOR=1.508;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=35;TCF=10;TCR=25;TR=35;WE=51386847;WS=51386829;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr12	51386868	rs224570	T	C	873.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=32.36;SOR=2.066;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr12	51386868	.	TGGAC	CGGAC,CGGAT	232	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.24;FR=0.5000,0.5000;HP=2;HapScore=4;MGOF=34;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=5,2;NR=18,7;PP=232,137;QD=11.5987483716;SC=GGCTCAAGTCTGGACCTCATT;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=23;TCF=5;TCR=18;TR=23,9;WE=51386880;WS=51386858;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:1.00:23
chr12	51386872	rs1632791	C	T	231.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.134;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=2.007;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.66;ReadPosRankSum=-0.735;SOR=0.275;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,11:0.46:24
chr12	51398441	rs12831269	C	T	385.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=2.101;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=3;PP=273;ReadPosRankSum=-1.371;SC=CCGTTGGTACCGTCTGTCTTC;SOR=0.693;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=31;TCF=26;TCR=5;TR=17;WE=51398449;WS=51398431;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,17:0.50:34
chr12	51398511	rs41439649	G	A	1118.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.402;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.693;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=16;PP=611;ReadPosRankSum=0.977;SC=AGCACATACCGCCAGACACAC;SOR=0.518;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=80;TCF=53;TCR=27;TR=44;WE=51398519;WS=51398501;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,54:0.55:98
chr12	51399050	rs224589	T	G	651.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=1.641;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.866;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=6;PP=377;ReadPosRankSum=-0.757;SC=GATGTGAGAGTGTATTATGTG;SOR=0.836;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=61;TCF=43;TCR=18;TR=24;WE=51399058;WS=51399040;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,34:0.39:87
chr12	51399997	rs224590	A	G	487.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=8;PP=296;SC=CAGGAGAATCACTTGAATGCG;SOR=0.793;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=9;TCR=8;TR=17;WE=51400005;WS=51399987;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr12	51400084	rs140582579	AAAAC	A	883.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;QD=46.51;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr12	51402905	rs445520	T	G	9090.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=4.212;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=397;ExcessHet=3.0103;FS=16.321;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=23.25;ReadPosRankSum=-0.952;SOR=0.672;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:8,383:0.98:391
chr12	51403088	rs11169667	G	A	1421.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.277;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=37;PP=869;ReadPosRankSum=-0.543;SC=CCCTCGTGATGGCAGGGCTCA;SOR=0.693;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=95;TCF=23;TCR=72;TR=48;WE=51403096;WS=51403078;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,61:0.53:115
chr12	51404467	rs427020	C	T	1247.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.264;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.941;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=15;PP=640;ReadPosRankSum=-0.348;SC=TAACACAAAGCGGTAAATTAC;SOR=0.860;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=116;TCF=74;TCR=42;TR=46;WE=51404475;WS=51404457;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:114,67:0.37:181
chr12	51404679	rs370462	C	T	443.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-4.497;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.741;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=10;PP=208;ReadPosRankSum=-0.132;SC=AATTAGGTAACCTTGAAAATA;SOR=0.050;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=21;TCF=2;TCR=19;TR=12;WE=51404687;WS=51404669;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,19:0.66:29
chr12	51442944	rs12379	G	A	4811.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.517;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=571;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.55;ReadPosRankSum=1.582;SOR=0.722;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:306,257:0.46:563
chr12	51447506	rs7971308	A	G	2650.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=2.832;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=258;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.225;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=72;NR=27;PP=1654;ReadPosRankSum=-0.093;SC=TGGATTGTCTATTGTATTAAC;SOR=0.859;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=187;TCF=132;TCR=55;TR=99;WE=51447514;WS=51447496;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:130,123:0.49:253
chr12	51453366	rs3190077	A	C	1139.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=28;PP=878;SC=CATGGCACACATGTGGGAACT;SOR=3.086;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=33;TCF=5;TCR=28;TR=32;WE=51453374;WS=51453356;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr12	51461425	rs4768956	C	G	2280.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=43;NR=23;PP=1450;SC=CCCTGGTGTACATATACTATC;SOR=1.310;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=66;TCF=43;TCR=23;TR=66;WE=51461433;WS=51461415;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr12	51461793	rs2029146	G	A	2122.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.536;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.787;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=43;PP=1091;ReadPosRankSum=1.262;SC=AGACATGAGCGGCATGCACCT;SOR=0.555;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=140;TCF=51;TCR=89;TR=69;WE=51461801;WS=51461783;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:98,99:0.50:197
chr12	51467596	rs11169696	A	C	2481.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=1.161;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=28;PP=1783;ReadPosRankSum=-0.107;SC=ATCCCAGAACACTTAGGCACC;SOR=1.508;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=85;TCF=56;TCR=29;TR=83;WE=51467604;WS=51467586;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,90:0.98:92
chr12	51492406	.	C	CA	33.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.866;ClippingRankSum=0.000;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.84;ReadPosRankSum=0.219;SOR=0.829;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,10:0.25:40
chr12	51502791	rs7134695	C	T	276.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-2.366;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.967;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=0;PP=164;ReadPosRankSum=1.574;SC=AGACTTTTTGCGTGTGTGTGA;SOR=1.297;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=35;TCF=32;TCR=3;TR=12;WE=51502799;WS=51502781;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,15:0.37:41
chr12	51504799	rs7978782	T	C	5983.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=56;NR=106;PP=2965;SC=TTGAACAATTTTGAGGGCCAC;SOR=1.325;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=164;TCF=56;TCR=108;TR=162;WE=51504807;WS=51504789;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,211:1.00:211
chr12	51504894	rs11308041	GT	G	199.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.420;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=7.272;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.99;ReadPosRankSum=-2.126;SOR=2.419;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,19:0.47:40
chr12	51510234	rs12826153	C	A	2704.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.396;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=303;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.982;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=60;PP=1476;ReadPosRankSum=-1.093;SC=CAGATGATAACAAGACCTCTT;SOR=0.832;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=192;TCF=73;TCR=119;TR=94;WE=51510242;WS=51510224;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:159,132:0.45:291
chr12	51511244	rs10876138	G	A	72.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.508;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=0;PP=53;ReadPosRankSum=-0.398;SC=TTCTATTTCTGCAGCTCTGAA;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=7;TCR=0;TR=4;WE=51511252;WS=51511234;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,4:0.44:9
chr12	51511264	rs12810700	T	C	228.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-1.366;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.869;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=1;PP=52;ReadPosRankSum=-2.366;SC=AAAATTCATGTGAATACTGGG;SOR=0.097;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=9;TCF=8;TCR=1;TR=5;WE=51511272;WS=51511254;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,11:0.73:15
chr12	51512637	rs3839987	CT	C	904.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=1.867;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.255;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQ=60.24;MQRankSum=1.708;NF=2;NR=26;PP=881;ReadPosRankSum=0.534;SC=AACTGCAATGCTTTGGAAAGC;SOR=0.998;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=62;TCF=3;TCR=59;TR=28;WE=51512645;WS=51512627;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,34:0.41:82
chr12	51632507	rs7979728	G	A	481.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-0.810;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.660;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=7;PP=194;ReadPosRankSum=0.941;SC=GCGGGACCGCGCGGACCCTCC;SOR=0.232;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=37;TCF=25;TCR=12;TR=17;WE=51632515;WS=51632497;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,24:0.55:44
chr12	51636259	rs1049467	C	T	630.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-4.643;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.027;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-1.969;NF=8;NR=19;PP=413;ReadPosRankSum=1.225;SC=AAGGCCACCTCTGTGCCGGGA;SOR=0.914;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=64;TCF=20;TCR=44;TR=27;WE=51636267;WS=51636249;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,29:0.44:66
chr12	51640755	rs117590909	A	G	1113.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.770;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.70;ReadPosRankSum=1.284;SOR=0.736;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:69,59:0.46:128
chr12	51663215	rs2114876	T	C	790.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=29.29;SOR=2.387;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr12	51681846	rs4611251	C	T	1272.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=24;NR=8;PP=687;SC=TTTTAATGTACAAAAAAATAG;SOR=1.659;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=24;TCR=8;TR=32;WE=51681854;WS=51681836;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr12	51681903	rs7954976	T	C	2439.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=33;NR=25;PP=1188;SC=TCCGAGGAGTTAGCTGAGATA;SOR=0.883;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=58;TCF=33;TCR=25;TR=58;WE=51681911;WS=51681893;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr12	51685831	rs3210837	T	C	5907.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=90;NR=71;PP=2965;SC=ACTTGGCCCTTTCAGTGGTAG;SOR=0.907;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=164;TCF=90;TCR=74;TR=161;WE=51685839;WS=51685821;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,204:1.00:204
chr12	51686204	rs7306505	T	C	4621.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=35;NR=72;PP=1755;SC=TTACGATGCATGTAATAAAAA;SOR=1.235;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=107;TCF=35;TCR=72;TR=107;WE=51686217;WS=51686194;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,185:1.00:185
chr12	51686285	rs7135343	A	T	869.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=24;PP=661;SC=GTGAAATGAAAAAAGGCCAAA;SOR=2.985;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=5;TCR=24;TR=29;WE=51686293;WS=51686275;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr12	51691149	rs3782469	A	G	1835.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=44;PP=1263;SC=TCAGGAGATCAAGACCATCCT;SOR=2.621;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=54;TCF=10;TCR=44;TR=54;WE=51691157;WS=51691139;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr12	51707801	.	C	CTTAT	293.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.294;ClippingRankSum=-0.000;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.590;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.849;NF=0;NR=8;PP=342;ReadPosRankSum=1.809;SC=AAGGGCTGTACTTATTTATTT;SOR=4.047;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=31;TCF=1;TCR=30;TR=8;WE=51707809;WS=51707791;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,9:0.64:14
chr12	51722311	rs7138439	C	T	2140.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-1.944;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=5.105;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=17;PP=1339;ReadPosRankSum=-0.681;SC=GCAAGTCCTACTGCAGATCTA;SOR=1.695;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=68;TCF=50;TCR=18;TR=67;WE=51722319;WS=51722301;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,80:0.99:81
chr12	51735022	rs934089	A	T	7484.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=282;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=105;NR=83;PP=2965;SC=AATGTAGGCAACTTACTCTTG;SOR=0.904;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=189;TCF=105;TCR=84;TR=188;WE=51735030;WS=51735012;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,279:1.00:279
chr12	51736596	.	A	AT	38.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.950;ClippingRankSum=0.000;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=2.782;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.29;MQRankSum=1.543;QD=1.55;ReadPosRankSum=-0.671;SOR=1.911;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,8:0.32:25
chr12	51740388	rs907354	C	A	8461.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=334;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=101;NR=88;PP=2965;SC=AGGGTTGCGACTGGACCATAT;SOR=0.756;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=189;TCF=101;TCR=88;TR=189;WE=51740396;WS=51740378;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,328:1.00:328
chr12	51748326	rs2288369	G	A	1788.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-0.110;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.171;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=30;PP=767;ReadPosRankSum=2.299;SC=ACCTCTTAACGGTGCTACCAG;SOR=0.832;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=98;TCF=46;TCR=52;TR=51;WE=51748334;WS=51748316;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:93,89:0.49:182
chr12	51748395	rs7971653	G	A	2016.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=34;PP=998;SC=GGCACAAAGAGGACACTTCCC;SOR=1.270;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=51;TCF=17;TCR=34;TR=51;WE=51748403;WS=51748385;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr12	51752085	rs5798170	GT	G	224.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.180;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FS=1.285;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.57;ReadPosRankSum=0.419;SOR=0.426;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,25:0.40:63
chr12	51752897	rs907347	G	A	2313.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=-0.195;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.693;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=16;PP=773;ReadPosRankSum=-0.346;SC=AAACCTCTCCGAGAACCATTT;SOR=0.832;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=109;TCF=69;TCR=40;TR=49;WE=51752905;WS=51752887;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:97,114:0.54:211
chr12	51754629	rs2241545	A	G	1850.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-0.635;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.493;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=27;PP=711;ReadPosRankSum=-2.297;SC=GGATCTGGAGAGACAGAGGGA;SOR=0.744;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=125;TCF=57;TCR=68;TR=49;WE=51754637;WS=51754619;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:131,94:0.42:225
chr12	51773557	rs2278216	G	A	1337.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.949;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=27;PP=703;ReadPosRankSum=0.402;SC=GTCTGCGGAGGAGCCTCATCC;SOR=0.689;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=94;TCF=35;TCR=59;TR=43;WE=51773565;WS=51773547;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,63:0.48:131
chr12	51796889	rs376258966	ATTAGGTAATAGGTATAAACTGCTCAGAACAGTGCTCAGAACATAATAAATGC	A	1366.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.612;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FS=17.529;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.07;MQRankSum=1.616;QD=9.36;ReadPosRankSum=0.169;SOR=2.127;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:105,41:0.28:146
chr12	51846090	rs1995691	G	A	614.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-0.143;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=22;PP=450;ReadPosRankSum=-1.227;SC=GGGTAGGCAAGTGTGTACCCT;SOR=0.892;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=43;TCF=3;TCR=40;TR=24;WE=51846098;WS=51846080;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,25:0.54:46
chr12	51851126	rs4512904	G	A	1689.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-1.607;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=24;PP=938;ReadPosRankSum=0.473;SC=GTGAGTGCCTGCTTTCCAGAC;SOR=0.681;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=123;TCF=79;TCR=44;TR=67;WE=51851134;WS=51851116;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,81:0.52:155
chr12	51852511	rs6580835	C	T	2237.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.108;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=249;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.203;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=45;PP=1070;ReadPosRankSum=0.156;SC=TTGCTGGAATCTGGGTAAGGT;SOR=0.859;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=150;TCF=53;TCR=97;TR=65;WE=51852519;WS=51852501;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:134,111:0.45:245
chr12	51855984	rs2271149	G	A	210.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.682;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.062;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=0;PP=96;ReadPosRankSum=-1.056;SC=TCAGATCCCCGTGACAGAGAT;SOR=0.297;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=20;TCR=1;TR=7;WE=51855992;WS=51855974;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,11:0.38:29
chr12	51856159	rs71449805	C	T	4295.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-2.734;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=374;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=58;PP=1768;ReadPosRankSum=1.102;SC=TTGATGAGTTCCTAGACCAGG;SOR=0.691;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=236;TCF=125;TCR=111;TR=121;WE=51856167;WS=51856149;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:165,206:0.56:371
chr12	51863643	rs4491281	T	C	2640.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=18;NR=58;PP=1359;SC=CCAGGTCCACTGTGGGGGAAA;SOR=1.935;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=76;TCF=18;TCR=58;TR=76;WE=51863651;WS=51863633;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr12	51864979	rs2292217	T	C	2881.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.076;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=295;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.439;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=32;PP=1201;ReadPosRankSum=0.126;SC=TTCCAGTGCTTGTTTAGATGA;SOR=0.747;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=196;TCF=124;TCR=72;TR=94;WE=51864987;WS=51864969;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:141,143:0.50:284
chr12	51869098	rs868884	G	A	1198.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=5.205;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=38;PP=933;ReadPosRankSum=0.415;SC=GGAGAACTCCGGATGTCCTGA;SOR=0.693;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=66;TCF=3;TCR=63;TR=40;WE=51869106;WS=51869088;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,43:0.61:71
chr12	51874054	rs4761970	C	T	624.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.062;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.727;HP=5;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=7;PP=196;ReadPosRankSum=1.626;SC=TTGGGAAAAACTGGAGCAAAT;SOR=0.588;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=27;TCF=14;TCR=13;TR=17;WE=51874062;WS=51874044;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,31:0.69:45
chr12	51879826	rs10783445	G	T	1037.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=25;PP=683;SC=ACCTTGTCATGTAGAAAAGCA;SOR=2.964;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=29;TCF=4;TCR=25;TR=29;WE=51879834;WS=51879816;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr12	51882355	rs10706140	CT	C	75.75	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.191;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=6.89;ReadPosRankSum=-0.153;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,8:0.73:11
chr12	51888998	rs2102376	G	T	125.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.040;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=8.235;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.24;ReadPosRankSum=1.031;SOR=0.064;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,9:0.38:24
chr12	51890721	rs10783448	G	A	1383.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-3.279;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.860;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=13;PP=689;ReadPosRankSum=0.366;SC=TTTAAGTCCAGGAAGGAAATT;SOR=0.569;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=70;TCF=51;TCR=19;TR=45;WE=51890729;WS=51890711;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,61:0.63:97
chr12	51898014	rs3896351	A	G	1686.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.765;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.628;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=40;PP=931;ReadPosRankSum=0.628;SC=AGAGCTAAATATTCAGCCTCC;SOR=0.800;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=110;TCF=36;TCR=74;TR=58;WE=51898022;WS=51898004;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,79:0.53:148
chr12	51898108	rs3858636	G	A	319.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.270;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.831;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=8;PP=155;ReadPosRankSum=-0.434;SC=CAGGTTATGGGAATCACAAGA;SOR=0.223;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=16;TCF=1;TCR=15;TR=9;WE=51898116;WS=51898098;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,13:0.65:20
chr12	51901390	rs7305599	A	G	318.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.061;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.395;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=11;PP=213;ReadPosRankSum=2.136;SC=GTGCATTGGAAGGCATCCAGC;SOR=1.569;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=25;TCF=3;TCR=22;TR=12;WE=51901398;WS=51901380;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,13:0.54:24
chr12	52080965	rs4761829	C	T	15739.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.524;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=609;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=196;NR=164;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.521;SC=TTTTACGGGACCCATGGAACT;SOR=0.440;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=361;TCF=197;TCR=164;TR=360;WE=52080973;WS=52080955;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,601:1.00:604
chr12	52099153	rs2291265	C	T	9367.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=351;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=155;NR=82;PP=2965;SC=GTTTTCAGCCCGGTTCATTTG;SOR=1.267;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=240;TCF=155;TCR=85;TR=237;WE=52099161;WS=52099143;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,346:1.00:346
chr12	52100566	rs10783474	G	A	1393.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=10;NR=39;PP=1061;SC=ATGTGTATATGTATATTATAC;SOR=2.448;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=49;TCF=10;TCR=39;TR=49;WE=52100574;WS=52100556;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr12	52156255	rs303767	A	C	7886.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.756;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=322;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=138;NR=85;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.402;SC=TCTACTATTTATTTTTCTTAC;SOR=1.038;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=228;TCF=139;TCR=89;TR=223;WE=52156263;WS=52156245;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,313:0.99:315
chr12	52159438	rs56879517	G	GT	2236.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.546;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FS=1.784;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.18;MQRankSum=0.400;QD=19.28;ReadPosRankSum=2.212;SOR=1.481;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:6,110:0.95:116
chr12	52163789	rs303808	G	A	1267.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=11;NR=26;PP=766;SC=GATGAGGAGCGGATGGGCTGG;SOR=1.609;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=11;TCR=26;TR=37;WE=52163797;WS=52163779;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr12	52173781	rs76315468	G	GTTC	997.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=19;NR=2;PP=980;SC=TGGAGCCACAGTTCTTGGGAA;SOR=4.804;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=24;TCF=22;TCR=2;TR=21;WE=52173789;WS=52173771;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr12	52184271	rs303815	T	C	3893.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=35;NR=53;PP=1955;SC=CACAGAAACCTATTCCCCGCC;SOR=1.032;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=88;TCF=35;TCR=53;TR=88;WE=52184279;WS=52184261;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,141:1.00:141
chr12	52200028	rs303828	C	A	4005.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=83;NR=33;PP=2462;SC=GGGTGTCTCCCATCTCAATAA;SOR=1.643;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=116;TCF=83;TCR=33;TR=116;WE=52200036;WS=52200018;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,144:1.00:144
chr12	52200742	rs60637	C	A	14610.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-2.140;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=568;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=186;NR=166;PP=2965;ReadPosRankSum=1.522;SC=TGCCCAAGCCCAATACCATTG;SOR=0.359;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=353;TCF=186;TCR=167;TR=352;WE=52200750;WS=52200732;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,549:1.00:550
chr12	52204246	rs172559	T	C	7827.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=298;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=48;NR=151;PP=2965;SC=TAAGTGGCAATGCTTTGCCAA;SOR=1.718;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=199;TCF=48;TCR=151;TR=199;WE=52204254;WS=52204236;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,293:1.00:293
chr12	52215102	rs303819	T	G	14960.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=550;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=167;NR=177;PP=2965;SC=CCTTTGGGAGTCTCCCCCGAC;SOR=0.753;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=346;TCF=168;TCR=178;TR=344;WE=52215110;WS=52215092;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,546:1.00:546
chr12	52225638	rs633370	T	A	3821.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=43;NR=73;PP=2087;SC=TATATATACATTTTTGAGACA;SOR=1.171;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=116;TCF=43;TCR=73;TR=116;WE=52225646;WS=52225628;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,150:1.00:150
chr12	52281920	rs697633	G	A	7825.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.633;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=312;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=133;NR=75;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.944;SC=TGGGGCCCCAGTCCCAGCTGC;SOR=1.202;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=212;TCF=135;TCR=77;TR=208;WE=52281928;WS=52281910;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,301:0.99:303
chr12	52282060	rs697634	C	T	15691.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.030;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=600;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=26.73;ReadPosRankSum=-0.571;SOR=0.484;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,586:1.00:587
chr12	52282748	rs697635	G	A	5424.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.638;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=1.992;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=81;NR=54;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.631;SC=GGGTCTTCACGGGGTTTGGGG;SOR=0.330;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=140;TCF=85;TCR=55;TR=135;WE=52282756;WS=52282738;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,196:0.98:200
chr12	52282873	rs697636	A	T	10983.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.487;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=417;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=116;NR=130;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.148;SC=GTCGCATGCTACCACGGCTTC;SOR=0.794;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=250;TCF=116;TCR=134;TR=246;WE=52282881;WS=52282863;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,414:1.00:416
chr12	52283302	rs4762026	C	T	3075.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=22;NR=52;PP=1518;SC=GGCAGGTGTGCGGGGCCTGGA;SOR=1.412;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=74;TCF=22;TCR=52;TR=74;WE=52283310;WS=52283292;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr12	52284233	rs706832	T	C	15964.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=598;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=266;NR=153;PP=2965;SC=CTGGCCTCCCTGATTCCACCT;SOR=1.202;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=419;TCF=266;TCR=153;TR=419;WE=52284241;WS=52284223;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,589:1.00:589
chr12	52284274	rs7303111	G	A	25265.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.752;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=974;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=346;NR=249;PP=2965;ReadPosRankSum=0.022;SC=GGCTTCGAATGTAACCCACAT;SOR=0.943;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=595;TCF=346;TCR=249;TR=595;WE=52284282;WS=52284264;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,955:1.00:957
chr12	52284483	rs7303030	A	G	24664.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.995;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=888;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=294;NR=317;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.177;SC=GGCGGCCCCAAGTGGAGCAGC;SOR=0.762;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=613;TCF=295;TCR=318;TR=611;WE=52284491;WS=52284473;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,873:1.00:875
chr12	52284668	rs12368048	C	A	23507.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.403;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=895;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=267;NR=320;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.174;SC=ACTGCCACAACCAGCCTGGCC;SOR=0.811;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=591;TCF=269;TCR=322;TR=587;WE=52284676;WS=52284658;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:6,879:0.99:885
chr12	52307145	rs2071218	C	T	4775.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.721;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=533;ExcessHet=3.0103;FS=1.103;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.10;ReadPosRankSum=-1.422;SOR=0.592;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:279,246:0.47:525
chr12	52307308	rs2071219	A	G	550.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.423;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.577;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=10;PP=384;ReadPosRankSum=-0.653;SC=GAGCTGACCTAGTGGAAGCTG;SOR=0.330;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=44;TCF=19;TCR=25;TR=20;WE=52307316;WS=52307305;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,22:0.48:46
chr12	52307963	rs67833112	TCAGAATTGGAATTCTGCTGGG	T	1542.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.979;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.843;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.093;NF=0;NR=21;PP=2954;ReadPosRankSum=0.642;SC=CAGGCCTGGGTCAGAATTGGA;SOR=0.917;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=52;TCF=5;TCR=47;TR=21;WE=52307991;WS=52307953;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,41:0.47:88
chr12	52312944	rs706815	T	C	2649.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.427;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=42;PP=880;ReadPosRankSum=0.843;SC=TGGTGGCTCATGGCTGGGATT;SOR=0.714;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=120;TCF=39;TCR=81;TR=64;WE=52312952;WS=52312934;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,76:0.50:151
chr12	52312964	rs706816	A	G	2527.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.869;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=35;PP=881;ReadPosRankSum=0.419;SC=TTCTGGGCCCAGGAACTTGTG;SOR=0.684;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=94;TCF=30;TCR=64;TR=53;WE=52312972;WS=52312954;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,68:0.52:131
chr12	52345497	rs10540557	TGCG	T	3162.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.67;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=12;PP=881;SC=GCTGCTGGGCTGCGGCGGCGG;SOR=0.934;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=21;TCF=8;TCR=13;TR=19;WE=52345507;WS=52345487;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr12	52369956	rs3214829	G	GA	125.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.917;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=0;PP=163;ReadPosRankSum=1.099;SC=CATCTAGGCAGCAAGACTAGC;SOR=1.179;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=11;TCR=1;TR=5;WE=52369964;WS=52369946;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,5:0.38:13
chr12	52375037	rs116466437	G	A	850.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-1.732;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.251;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=27;PP=562;ReadPosRankSum=0.125;SC=TAGAGAAAGTGCATAGCTATG;SOR=1.197;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=81;TCF=23;TCR=58;TR=34;WE=52375045;WS=52375027;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,41:0.44:93
chr12	52381026	rs2252518	C	A	922.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.011;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.996;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=27;PP=681;ReadPosRankSum=1.288;SC=CCCCGGTGCGCATAGCACGGG;SOR=0.871;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=59;TCF=12;TCR=47;TR=35;WE=52381034;WS=52381016;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,38:0.51:75
chr12	52404618	rs1298913	T	G	822.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=2.268;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.150;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=3;PP=481;ReadPosRankSum=0.616;SC=CTATGGGACTTCTACACCTTT;SOR=0.503;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=46;TCF=39;TCR=7;TR=23;WE=52404626;WS=52404608;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,33:0.52:63
chr12	52408422	rs1283166	A	G	91.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-1.706;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.067;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=2;PP=65;ReadPosRankSum=-0.400;SC=GACCCTTTGCAGAGGCCACCA;SOR=0.078;SbPval=0.18;Source=Platypus;TC=18;TCF=16;TCR=2;TR=7;WE=52408430;WS=52408412;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,7:0.33:21
chr12	52470531	rs199948446	C	CA	2053.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.776;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.193;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=16;PP=1422;ReadPosRankSum=0.965;SC=GGTGGGAACTCAGAGGCCTTG;SOR=0.931;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=83;TCF=47;TCR=36;TR=36;WE=52470539;WS=52470521;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,67:0.46:146
chr12	52565322	rs3741737	G	T	3965.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-3.036;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=395;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.366;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=72;NR=71;PP=1985;ReadPosRankSum=1.734;SC=GGGAACATAAGGGGTAGGGGA;SOR=0.672;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=271;TCF=133;TCR=138;TR=143;WE=52565330;WS=52565312;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:187,199:0.52:386
chr12	52574780	rs4762060	A	G	343.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.547;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.588;HP=2;HapScore=4;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=5;PP=148;ReadPosRankSum=-0.330;SC=TCAGCTGGATATGGTGGGGGC;SOR=0.091;SbPval=0.13;Source=Platypus;TC=27;TCF=6;TCR=21;TR=9;WE=52574788;WS=52574757;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,17:0.45:38
chr12	52600033	rs10747632	T	C	2185.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.002;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.521;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=48;PP=1164;ReadPosRankSum=-0.281;SC=CGAGGGGACGTGAAGTAAGTG;SOR=0.903;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=130;TCF=55;TCR=75;TR=79;WE=52600041;WS=52600023;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,104:0.54:191
chr12	52602013	rs1902767	C	T	3457.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.273;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=307;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.479;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=35;PP=1316;ReadPosRankSum=-1.411;SC=TTGGCGCCTCCGTAATCTCCC;SOR=0.847;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=177;TCF=99;TCR=78;TR=89;WE=52602021;WS=52602003;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:140,165:0.54:305
chr12	52627007	rs7308751	C	T	7371.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.037;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=281;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.175;NF=139;NR=61;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.339;SC=GGATAAAAGGCGCGGAGTGTC;SOR=1.455;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=202;TCF=140;TCR=62;TR=200;WE=52627015;WS=52626997;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,268:0.99:270
chr12	52627215	rs7308888	A	G	8366.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=315;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=92;NR=141;PP=2965;SC=TCGGCGCCTCACGGCCGCGCG;SOR=1.090;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=233;TCF=92;TCR=141;TR=233;WE=52627223;WS=52627205;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,301:1.00:301
chr12	52631242	rs12313552	C	T	1397.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=1.636;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.502;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=12;PP=868;ReadPosRankSum=1.185;SC=GGAGGGGGGACGGGAGCATGG;SOR=1.292;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=82;TCF=57;TCR=25;TR=49;WE=52631250;WS=52631232;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,59:0.60:99
chr12	52631313	rs6580870	A	G	6261.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=2.040;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=244;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.162;NF=77;NR=72;PP=2696;ReadPosRankSum=0.091;SC=GAAATTAACCACCGCACAGCT;SOR=0.744;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=151;TCF=78;TCR=73;TR=149;WE=52631321;WS=52631303;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,240:0.99:242
chr12	52631394	rs10637094	C	CAT	12213.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=0.445;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=289;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.128;NF=15;NR=80;PP=2957;ReadPosRankSum=-1.287;SC=TGTCTGAAAACATGGGACAAA;SOR=0.307;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=100;TCF=15;TCR=85;TR=95;WE=52631402;WS=52631384;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,275:1.00:276
chr12	52631510	.	A	ATG	307.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-2.589;ClippingRankSum=0.000;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.869;HP=2;HapScore=3;MGOF=42;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=26;PP=405;ReadPosRankSum=1.246;SC=GGGTGCGTGTATGTGTGTGTG;SOR=0.184;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=33;TCF=0;TCR=33;TR=26;WE=52631518;WS=52631500;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,15:0.79:19
chr12	52632573	rs7300317	A	G	10098.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-2.069;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=391;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.148;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=104;NR=117;PP=2965;ReadPosRankSum=1.335;SC=AGGACCATGGAGCTGGGTGAC;SOR=0.333;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=222;TCF=105;TCR=117;TR=221;WE=52632581;WS=52632563;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,383:1.00:384
chr12	52632640	rs73105199	G	A	1493.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.005;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.554;HP=2;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=35;PP=808;ReadPosRankSum=0.909;SC=CCCCGCCTCTGTGTCAGTCCA;SOR=0.639;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=132;TCF=44;TCR=88;TR=53;WE=52632648;WS=52632630;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:114,77:0.40:191
chr12	52635360	rs999665	G	A	9965.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.672;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=384;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=112;NR=115;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.728;SC=AGGTCAAGGCGCAGTATGAGG;SOR=0.698;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=227;TCF=112;TCR=115;TR=227;WE=52635368;WS=52635350;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,379:0.99:381
chr12	52635443	rs2243588	T	C	7134.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.827;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=269;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=106;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.806;SC=CAGGGGCGTATTTCCTCCTGC;SOR=1.030;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=174;TCF=67;TCR=107;TR=172;WE=52635451;WS=52635433;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,265:0.99:267
chr12	52635560	rs999666	A	T	1087.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=31;PP=846;SC=TGTGGTGCTCAGCCCTGGAGA;SOR=3.086;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=6;TCR=31;TR=37;WE=52635568;WS=52635550;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr12	52639302	rs2608009	G	C	4713.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.592;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=65;PP=2164;ReadPosRankSum=-0.234;SC=CTGCAGCGGGGCAAGCAGGAT;SOR=0.796;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=123;TCF=57;TCR=66;TR=121;WE=52639310;WS=52639292;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,181:0.99:183
chr12	52642409	rs61914217	C	T	2574.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=0.331;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=243;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=34;PP=815;ReadPosRankSum=-0.550;SC=GTAGCAGTGGCGGTGGCATTG;SOR=0.668;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=124;TCF=54;TCR=70;TR=61;WE=52642417;WS=52642399;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:116,125:0.52:241
chr12	52645754	rs1894035	T	C	6331.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.509;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=648;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=108;NR=75;PP=2903;ReadPosRankSum=-0.436;SC=TAAGAAAAAGTTTGCCTGCCC;SOR=0.723;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=386;TCF=226;TCR=160;TR=183;WE=52645762;WS=52645744;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:330,308:0.48:638
chr12	52647197	rs11612499	A	T	2759.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.222;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.500;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=59;PP=1439;ReadPosRankSum=-1.105;SC=ATGATTGTGCAGGTTGTGCAG;SOR=0.752;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=172;TCF=66;TCR=106;TR=93;WE=52647205;WS=52647187;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:96,129:0.57:225
chr12	52649887	rs2168762	T	C	4351.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.831;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=452;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=88;PP=1945;ReadPosRankSum=0.656;SC=CTCCCACTGTTGGCTTCCATG;SOR=0.700;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=295;TCF=118;TCR=177;TR=147;WE=52649895;WS=52649877;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:222,216:0.49:438
chr12	52649954	rs2242139	T	C	1989.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-2.835;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.116;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=55;PP=1230;ReadPosRankSum=-1.361;SC=AGGTTGCTCTTGCAGCACTCA;SOR=0.465;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=135;TCF=27;TCR=108;TR=72;WE=52649962;WS=52649944;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,91:0.52:176
chr12	52660812	rs2852474	G	A	3349.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.638;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=392;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.772;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=56;PP=1521;ReadPosRankSum=-0.585;SC=TCAAGGAGCTGACCCACATGA;SOR=0.752;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=234;TCF=104;TCR=130;TR=100;WE=52660820;WS=52660802;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:217,169:0.44:386
chr12	52660904	rs2857686	C	T	4839.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=44;NR=82;PP=2770;SC=GACTTATGGCCTAACCTTTGT;SOR=1.199;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=126;TCF=44;TCR=82;TR=126;WE=52660912;WS=52660894;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,172:1.00:172
chr12	52661192	rs1870222	A	G	13963.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.758;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=329;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=42.70;ReadPosRankSum=-0.481;SOR=0.858;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,325:0.99:327
chr12	52661192	.	AACCG	GACCA,GACCG	1538	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.51;FR=0.5000,0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MMLQ=24;MQ=59.97;NF=43,97;NR=61,119;PP=1538,1538;QD=15.3025757198;SC=CCTTAGCGATAACCGCTGCAA;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=217;TCF=98;TCR=119;TR=104,216;WE=52661217;WS=52661182;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.48:217
chr12	52661196	rs2077346	G	A	3123.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.622;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=322;ExcessHet=3.0103;FS=4.307;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.79;ReadPosRankSum=0.722;SOR=0.915;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:167,152:0.48:319
chr12	52661209	rs1870223	T	C	13320.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.769;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=314;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=88;NR=113;PP=2962;ReadPosRankSum=0.682;SC=GCAAGCTGGTTGAGCTGGAGG;SOR=0.891;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=202;TCF=89;TCR=113;TR=201;WE=52661217;WS=52661182;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,308:0.99:310
chr12	52661302	rs1870224	C	A	3167.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=28;NR=61;PP=1815;SC=CTTCTTGCCACCTTCTAGATG;SOR=1.528;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=89;TCF=28;TCR=61;TR=89;WE=52661310;WS=52661292;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr12	52679937	rs3660	C	G	778.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=22;NR=1;PP=619;SC=TTTCAAAGTGCAGGAGAAGTA;SOR=4.977;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=23;TCF=22;TCR=1;TR=23;WE=52679945;WS=52679927;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr12	52680008	rs3657	T	C	3343.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.112;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.623;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=70;NR=28;PP=1869;ReadPosRankSum=1.037;SC=GCAGGAAAGATGCCTGGGGCC;SOR=1.667;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=98;TCF=70;TCR=28;TR=98;WE=52680016;WS=52679998;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,124:0.98:126
chr12	52681416	rs7300801	T	C	5730.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=1.502;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=-1.707;NF=119;NR=65;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.774;SC=CCGTCAGCCTTTGGATCATGC;SOR=1.489;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=187;TCF=119;TCR=68;TR=184;WE=52681424;WS=52681406;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,192:0.99:194
chr12	52681437	rs3187034	A	G	5775.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.490;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=-1.760;NF=125;NR=86;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.816;SC=GGTTCAGCTCATTGATCTCCT;SOR=1.211;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=211;TCF=125;TCR=86;TR=211;WE=52681445;WS=52681427;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,211:0.99:213
chr12	52681533	rs7300941	T	C	10744.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=402;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=139;NR=142;PP=2965;SC=GCTCATGAGGTTCAGGGTGGG;SOR=0.703;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=282;TCF=140;TCR=142;TR=281;WE=52681541;WS=52681523;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,402:1.00:402
chr12	52681714	rs6580872	T	C	7995.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=1.039;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=297;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=129;NR=90;PP=2965;ReadPosRankSum=1.049;SC=TTAATAGATATCTCACATCCC;SOR=1.014;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=222;TCF=130;TCR=92;TR=219;WE=52681722;WS=52681704;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,291:0.99:293
chr12	52681733	rs7954186	A	C	9457.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=0.966;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=346;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=151;NR=107;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.098;SC=CCTCCCACTGACACGTCTAGC;SOR=1.015;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=260;TCF=152;TCR=108;TR=258;WE=52681741;WS=52681723;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,340:0.99:342
chr12	52681925	rs6580873	A	C	6701.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=263;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=63;NR=129;PP=2965;SC=CTGGAGAATGAGGATCTCCTG;SOR=1.397;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=192;TCF=63;TCR=129;TR=192;WE=52681933;WS=52681915;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,256:1.00:256
chr12	52681968	rs6580874	T	C	3011.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=43.34;QD=33.84;SOR=3.792;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr12	52682141	rs12812669	G	A	1061.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.013;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=15.616;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.928;NF=24;NR=17;PP=559;ReadPosRankSum=0.112;SC=CCCTGAGCCCGCACCTCCTCA;SOR=0.127;SbPval=0.09;Source=Platypus;TC=75;TCF=54;TCR=21;TR=41;WE=52682149;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,50:0.53:95
chr12	52699419	rs111906777	A	G	35.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.004;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=468;ExcessHet=3.0103;FS=1.809;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.54;MQRankSum=-14.228;QD=0.08;ReadPosRankSum=-8.647;SOR=0.903;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:411,55:0.12:466
chr12	52699548	rs2032360	T	C	4483.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-2.928;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=407;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.155;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-12.766;NF=62;NR=89;PP=1639;ReadPosRankSum=-4.342;SC=GGCTGACGGCTGAGGTGGAGA;SOR=0.584;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=282;TCF=112;TCR=170;TR=151;WE=52699556;WS=52699538;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:175,221:0.56:396
chr12	52700100	rs11612715	C	A	2051.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=20;NR=37;PP=993;SC=CCCAGCCCTGCCAGGGTTCTC;SOR=1.223;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=57;TCF=20;TCR=37;TR=57;WE=52700108;WS=52700090;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr12	52708420	rs2857671	G	A	2557.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=41;NR=20;PP=1230;SC=GCCACTTAATGCCTCCCCTGG;SOR=1.354;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=61;TCF=41;TCR=20;TR=61;WE=52708428;WS=52708410;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr12	52708565	rs2857670	A	G	7274.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=278;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=75;NR=74;PP=2866;SC=ACACGCAGAGATCCCCGCACA;SOR=0.715;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=150;TCF=75;TCR=75;TR=149;WE=52708573;WS=52708555;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,275:1.00:275
chr12	52708730	rs113407094	A	AGGTGT	1357.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=21;PP=1311;SC=TCTATTCTGAAGGAGGGAACC;SOR=3.056;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=0;TCR=22;TR=21;WE=52708738;WS=52708720;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr12	52708978	rs3825221	T	C	1105.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=30;NR=7;PP=819;SC=GACCAACCTATCCTCTTTACT;SOR=2.833;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=30;TCR=7;TR=37;WE=52708986;WS=52708968;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr12	52709032	rs3741721	T	C	2576.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=47;NR=29;PP=1451;SC=TCTGCATATATTCATAGTCAA;SOR=1.156;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=76;TCF=47;TCR=29;TR=76;WE=52709040;WS=52709022;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr12	52709880	rs2852468	A	G	1580.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.539;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FS=1.542;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.82;MQRankSum=-3.217;QD=13.99;ReadPosRankSum=0.527;SOR=0.539;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:69,44:0.39:113
chr12	52709883	rs2248473	T	C	1558.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.170;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FS=0.730;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.83;MQRankSum=-3.363;QD=14.30;ReadPosRankSum=0.081;SOR=0.596;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:66,43:0.39:109
chr12	52709981	rs2270266	C	A	288.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=-1.731;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=41;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=10;PP=184;ReadPosRankSum=-0.470;SC=GATCATTCAACTTCTATCTTA;SOR=0.793;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=24;TCF=7;TCR=17;TR=14;WE=52709989;WS=52709971;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,14:0.58:24
chr12	52710246	rs2270267	T	C	1573.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-2.031;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.336;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=10;PP=685;ReadPosRankSum=0.795;SC=GGCCGGGCTCTGGTACCTGGC;SOR=0.562;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=112;TCF=85;TCR=27;TR=46;WE=52710254;WS=52710236;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,75:0.47:161
chr12	52710309	rs2257286	G	A	2803.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-2.053;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=300;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.537;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.924;NF=48;NR=33;PP=1034;ReadPosRankSum=0.209;SC=GGTTCAGCTCGTTGATCTCCT;SOR=0.550;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=185;TCF=112;TCR=73;TR=81;WE=52710317;WS=52710299;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:154,143:0.48:297
chr12	52710715	rs2857669	G	A	6663.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.077;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=408;ExcessHet=3.0103;FS=0.525;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.99;MQRankSum=0.000;QD=16.41;ReadPosRankSum=-0.690;SOR=0.645;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:229,177:0.44:406
chr12	52710721	rs2852464	G	C	6585.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.957;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=411;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.92;MQRankSum=1.246;QD=16.10;ReadPosRankSum=-0.418;SOR=0.651;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:231,178:0.44:409
chr12	52710897	rs2852463	TG	CA	3208.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.419;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;JOINED;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=43;PP=2449;ReadPosRankSum=-0.041;SC=TCATCGGGAGTGAACTTCTCA;SOR=0.672;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=132;TCF=41;TCR=91;TR=62;WE=52710906;WS=52710887;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:98,86:0.47:184
chr12	52710913	rs2852462	A	G	1379.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.278;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.685;HP=3;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=37;PP=891;ReadPosRankSum=0.020;SC=TCTCATGTTTAGAGAAACAAA;SOR=0.571;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=99;TCF=26;TCR=73;TR=52;WE=52710921;WS=52710903;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,64:0.48:134
chr12	52711450	rs2248619	T	C	544.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=12;NR=7;PP=331;SC=CCCACCATGGTTGAGAGCCCC;SOR=1.402;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=12;TCR=7;TR=19;WE=52711458;WS=52711440;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr12	52711549	rs2857667	G	A	816.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=0.654;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=11;PP=408;ReadPosRankSum=-0.864;SC=GGAGGTAGGCGCAGTCCACAT;SOR=0.619;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=50;TCF=31;TCR=19;TR=27;WE=52711557;WS=52711539;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,38:0.56:68
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chr12	52711776	rs2852459	G	A	1317.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.160;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.644;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=27;PP=718;ReadPosRankSum=-2.329;SC=AGGGAGAACAGGACCTTGTCT;SOR=0.813;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=90;TCF=37;TCR=53;TR=43;WE=52711784;WS=52711766;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,64:0.47:135
chr12	52712975	rs3741715	G	A	1109.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.498;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.126;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.121;NF=30;NR=16;PP=732;ReadPosRankSum=1.935;SC=CCTGCACGTGGTTGAGCTCTG;SOR=0.881;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=86;TCF=56;TCR=30;TR=46;WE=52712983;WS=52712965;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:93,57:0.38:150
chr12	52713199	rs11290512	CA	C	1721.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.957;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.669;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=24;PP=789;ReadPosRankSum=-0.901;SC=CATCAGAGGACAAAGAGGGGT;SOR=0.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=56;TCF=1;TCR=55;TR=24;WE=52713207;WS=52713189;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,60:0.53:113
chr12	52755097	rs1791627	A	T	711.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=3.330;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=4;PP=567;ReadPosRankSum=-0.882;SC=CACTCAGCTCAGCTTTCTCTA;SOR=0.945;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=39;TCF=33;TCR=6;TR=27;WE=52755105;WS=52755087;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,26:0.68:38
chr12	52755189	rs2298797	A	G	1949.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.822;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.503;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=21;PP=874;ReadPosRankSum=-0.279;SC=GGTTAGGCCAATGAGTTCAGC;SOR=0.766;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=148;TCF=92;TCR=56;TR=60;WE=52755197;WS=52755179;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:125,96:0.43:221
chr12	52755341	rs2298796	T	C	2487.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.643;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=246;ExcessHet=3.0103;FS=1.012;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.59;ReadPosRankSum=-0.124;SOR=0.779;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:110,125:0.53:235
chr12	52760732	rs2298794	G	A	885.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=-0.572;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=13;PP=369;ReadPosRankSum=1.439;SC=GGAGGACAGGGCTGGAGGCTT;SOR=0.649;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=60;TCF=32;TCR=28;TR=28;WE=52760740;WS=52760722;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,48:0.44:110
chr12	52773702	rs1791611	G	A	2316.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.780;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.590;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=45;PP=1366;ReadPosRankSum=0.689;SC=CTGGAAAGGGGAAGAAACAAA;SOR=0.804;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=160;TCF=79;TCR=81;TR=86;WE=52773710;WS=52773692;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:116,112:0.49:228
chr12	52773774	rs1791661	T	C	1541.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.440;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.260;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=34;PP=722;ReadPosRankSum=-0.155;SC=CTTTCTTGTTTGAGTAGATCT;SOR=0.559;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=105;TCF=41;TCR=64;TR=59;WE=52773782;WS=52773764;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,78:0.49:158
chr12	52774158	rs951772	G	A	1832.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=3.251;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.551;NF=46;NR=15;PP=1051;ReadPosRankSum=2.344;SC=GGCTCTCCTCGCCCTCCAGCA;SOR=0.651;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=119;TCF=91;TCR=28;TR=61;WE=52774166;WS=52774148;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,79:0.54:146
chr12	52774235	rs951773	A	G	10502.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-2.025;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=399;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=129;NR=114;PP=2965;ReadPosRankSum=0.169;SC=TGGTACTCGCACAGCTGCCGC;SOR=0.262;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=244;TCF=129;TCR=115;TR=243;WE=52774243;WS=52774225;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,398:1.00:399
chr12	52774305	rs1732293	A	G	3720.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.037;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=416;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.761;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=67;PP=1460;ReadPosRankSum=-0.999;SC=TGCATTTGGCATCACTGAGGG;SOR=0.838;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=240;TCF=98;TCR=142;TR=109;WE=52774313;WS=52774295;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:227,189:0.45:416
chr12	52774370	rs1791657	G	A	2024.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-3.575;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.518;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=35;PP=766;ReadPosRankSum=1.639;SC=TTGGCACGCTGCAGGGAAGGC;SOR=0.471;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=123;TCF=39;TCR=84;TR=54;WE=52774378;WS=52774360;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,94:0.51:184
chr12	52774993	rs883712	C	G	1678.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=2.166;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.545;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=42;PP=1149;ReadPosRankSum=0.102;SC=CTTCATACTGCGGAGAGAGGA;SOR=0.746;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=141;TCF=56;TCR=85;TR=68;WE=52775001;WS=52774983;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:108,80:0.43:188
chr12	52775034	rs1791652	G	A	1258.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=0.149;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.103;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=27;PP=920;ReadPosRankSum=0.270;SC=GGTCAGGTCAGGATCACAGCC;SOR=0.801;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=115;TCF=58;TCR=57;TR=49;WE=52775042;WS=52775024;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,57:0.42:137
chr12	52775062	rs883709	T	C	1179.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.598;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.350;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=24;PP=919;ReadPosRankSum=1.897;SC=AGTTGGGGGCTTCAAACCTCC;SOR=0.469;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=120;TCF=69;TCR=51;TR=51;WE=52775070;WS=52775052;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,52:0.42:125
chr12	52775395	rs883710	C	T	1775.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-3.737;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=52;PP=1130;ReadPosRankSum=1.275;SC=GGAAGTGGTGCCAGGGGCAGA;SOR=0.658;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=139;TCF=29;TCR=110;TR=66;WE=52775403;WS=52775385;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:91,81:0.47:172
chr12	52776679	rs1732297	A	G	919.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=25;NR=2;PP=710;SC=CACTGTCTTGATGTGAGTAGT;SOR=3.841;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=27;TCF=25;TCR=2;TR=27;WE=52776687;WS=52776675;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr12	52776895	rs1732298	G	A	1452.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.509;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.602;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=26;PP=651;ReadPosRankSum=-0.146;SC=TGAACTGAGAGGCAGTTACTC;SOR=0.801;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=94;TCF=38;TCR=56;TR=41;WE=52776903;WS=52776885;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,72:0.47:153
chr12	52776942	rs1732299	T	C	722.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.654;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.816;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=19;PP=291;ReadPosRankSum=-0.711;SC=TCTCTCAGTCTGTGCAGGATC;SOR=0.884;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=67;TCF=24;TCR=43;TR=27;WE=52776950;WS=52776932;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,40:0.44:90
chr12	52777022	rs17658453	G	T	223.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.783;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=4;PP=193;ReadPosRankSum=0.363;SC=CCTTTCATAAGCCAGTGCCTC;SOR=0.368;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=20;TCF=4;TCR=16;TR=5;WE=52777044;WS=52777012;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,7:0.33:21
chr12	52777036	rs1732300	G	A	226.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.441;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=4;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=4;PP=193;ReadPosRankSum=-0.447;SC=GTGCCTCTCAGTTTCTCCAAA;SOR=0.425;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=18;TCF=4;TCR=14;TR=5;WE=52777044;WS=52777012;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,7:0.35:20
chr12	52777439	rs1614888	A	G	697.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.382;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.615;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=8;PP=312;ReadPosRankSum=-2.057;SC=GGGCCTGATCACTGACCAGCA;SOR=0.937;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=81;TCF=51;TCR=30;TR=27;WE=52777447;WS=52777429;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,41:0.37:112
chr12	52777502	rs1945297	A	G	1365.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.021;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.865;HP=2;HapScore=3;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=22;PP=1590;ReadPosRankSum=-0.097;SC=GTGGCTCCAGATTGCTCCTGA;SOR=0.805;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=121;TCF=63;TCR=58;TR=49;WE=52777521;WS=52777492;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:110,73:0.40:183
chr12	52777513	rs2245203	T	C	1347.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.795;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.181;HP=2;HapScore=3;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=23;PP=1590;ReadPosRankSum=-0.354;SC=TTGCTCCTGATACATTTCTGC;SOR=0.684;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=118;TCF=59;TCR=59;TR=48;WE=52777521;WS=52777492;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:110,72:0.40:182
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chr12	52778947	rs1791631	A	G	3382.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-2.674;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=373;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=80;NR=42;PP=1619;ReadPosRankSum=-1.534;SC=TCTTGTTCACAGTCACAGCTG;SOR=0.701;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=264;TCF=172;TCR=92;TR=122;WE=52778955;WS=52778937;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:192,175:0.48:367
chr12	52779244	rs1732304	A	G	6183.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-1.014;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=666;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.113;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=71;NR=119;PP=2821;ReadPosRankSum=1.588;SC=CCCGGAATCCAGGCCCACTCC;SOR=0.807;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=422;TCF=165;TCR=257;TR=190;WE=52779252;WS=52779234;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:355,302:0.46:657
chr12	52779391	rs1732305	A	G	733.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.618;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=22;PP=451;ReadPosRankSum=-0.633;SC=GGTTGGGAGCAAAAGAGCAAG;SOR=0.582;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=64;TCF=10;TCR=54;TR=26;WE=52779399;WS=52779381;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,33:0.42:79
chr12	52788928	rs2658658	G	A	3242.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.376;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=288;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.436;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=58;PP=1571;ReadPosRankSum=0.955;SC=GAGGACAGGCGTGCTGACCCC;SOR=0.729;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=172;TCF=70;TCR=102;TR=98;WE=52788936;WS=52788918;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:129,152:0.54:281
chr12	52789509	rs1732264	T	C	1569.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=27;NR=14;PP=888;SC=CCCCCAAGACTCCAGAGCCAG;SOR=1.238;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=27;TCR=14;TR=41;WE=52789517;WS=52789499;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr12	52789597	rs1732265	A	G	6097.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.56;SOR=0.751;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,140:1.00:140
chr12	52789605	rs1732266	T	A	6063.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.59;SOR=0.723;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,136:1.00:136
chr12	52789691	rs34479712	A	C	1678.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=0.977;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.733;HP=1;HapScore=4;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=15;PP=1806;ReadPosRankSum=-0.345;SC=TTTTCAATGAATGTGGGTAGG;SOR=0.991;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=84;TCF=44;TCR=40;TR=34;WE=52789701;WS=52789681;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,45:0.45:101
chr12	52789693	rs11304728	GT	G	1669.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=1.274;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.989;HP=2;HapScore=4;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=14;PP=1810;ReadPosRankSum=-0.035;SC=TTCAATGAATGTGGGTAGGGG;SOR=1.061;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=61;TCF=23;TCR=38;TR=26;WE=52789701;WS=52789681;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,44:0.44:100
chr12	52790899	rs1791635	T	C	7104.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=265;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=63;NR=107;PP=2965;SC=AGTTCAGGTGTTCTCTGGTTC;SOR=1.106;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=170;TCF=63;TCR=107;TR=170;WE=52790907;WS=52790889;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,262:1.00:262
chr12	52790940	rs2249384	C	T	1747.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=1.011;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.685;HP=1;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=44;PP=1002;ReadPosRankSum=0.435;SC=TACCTTCTTCCGCTTCTGGGC;SOR=0.598;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=102;TCF=27;TCR=75;TR=60;WE=52790948;WS=52790930;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,79:0.57:138
chr12	52797722	rs140710293	C	T	949.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-1.230;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=27;PP=566;ReadPosRankSum=-0.385;SC=TATCACCAGGCAGCAGAGATC;SOR=0.982;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=59;TCF=15;TCR=44;TR=34;WE=52797730;WS=52797712;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,44:0.56:78
chr12	52818377	rs61730614	C	T	3784.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=2.605;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=384;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=67;NR=49;PP=1851;ReadPosRankSum=-1.884;SC=CCCTAAGCCCCGGTTGCTGGT;SOR=0.692;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=261;TCF=151;TCR=110;TR=116;WE=52818385;WS=52818367;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:205,175:0.46:380
chr12	52818504	rs298104	T	G	5281.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.171;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=542;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.521;HP=1;HapScore=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=85;NR=80;PP=2296;ReadPosRankSum=-1.931;SC=CTGCTGCCGCTTCCATAGCCA;SOR=0.616;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=349;TCF=181;TCR=168;TR=165;WE=52818512;WS=52818494;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:270,265:0.50:535
chr12	52841179	rs61746354	T	C	3430.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.290;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=441;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.776;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.942;NF=57;NR=48;PP=1552;ReadPosRankSum=3.705;SC=GGCACCGCCATAGCCACTGGA;SOR=0.552;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=269;TCF=152;TCR=117;TR=105;WE=52841187;WS=52841169;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:259,179:0.41:438
chr12	52866060	rs11608915	C	T	2145.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.993;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=261;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.464;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.552;NF=22;NR=40;PP=991;ReadPosRankSum=0.605;SC=CTCTAGGAACCGCACCTGGAA;SOR=0.749;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=161;TCF=64;TCR=97;TR=62;WE=52866068;WS=52866050;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:151,108:0.42:259
chr12	52882410	rs144849815	T	TGAA	4873.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=74;PP=2957;SC=TATTTCCTAGTGAAGGGGCCA;SOR=2.854;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=89;TCF=2;TCR=87;TR=76;WE=52882418;WS=52882400;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr12	52913668	rs11170164	C	T	4825.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.777;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=452;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=90;NR=52;ReadPosRankSum=-0.522;SC=TTGGATACCTCCAGGAGGGCA;SOR=0.750;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=309;TCF=188;TCR=121;TR=142;WE=52913676;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:219,219:0.50:438
chr12	52942362	rs622446	G	A	1099.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-2.488;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=8;PP=642;ReadPosRankSum=-0.669;SC=TCTGATGCGGGAGATGGTTGG;SOR=0.787;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=74;TCF=55;TCR=19;TR=36;WE=52942370;WS=52942352;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,48:0.52:93
chr12	52942998	rs635206	C	T	1148.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=26;NR=6;PP=684;SC=TTGAGGGGGGCTAACAGAGCA;SOR=2.093;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=32;TCF=26;TCR=6;TR=32;WE=52943006;WS=52942988;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr12	52944060	rs10747643	T	C	864.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=3.113;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.814;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=21;PP=496;ReadPosRankSum=-1.137;SC=TGCTGAACCCTTGCAGTAATA;SOR=0.815;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=83;TCF=20;TCR=63;TR=25;WE=52944068;WS=52944050;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,40:0.37:109
chr12	52946498	rs665470	C	T	3934.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.274;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=482;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.533;HP=4;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=80;NR=43;PP=1974;ReadPosRankSum=1.635;SC=TTCTGGATCTCGGGGTCCAGC;SOR=0.739;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=298;TCF=189;TCR=109;TR=123;WE=52946506;WS=52946488;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:278,197:0.41:475
chr12	52946543	rs665522	C	T	5047.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.654;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=586;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.114;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=103;NR=65;PP=2586;ReadPosRankSum=0.430;SC=CTCTCATTGACGGTAACCTGG;SOR=0.807;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=373;TCF=219;TCR=154;TR=168;WE=52946551;WS=52946533;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:319,252:0.44:571
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chr12	52965722	rs673363	T	C	2633.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.461;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=260;ExcessHet=3.0103;FS=2.723;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.17;ReadPosRankSum=0.152;SOR=0.545;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:132,127:0.49:259
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chr12	52965782	rs673476	T	C	4471.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.426;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=263;ExcessHet=3.0103;FS=1.484;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.07;ReadPosRankSum=-0.508;SOR=0.798;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:144,118:0.45:262
chr12	52966137	rs685720	T	A	1730.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=1.405;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=4;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=17;PP=2843;ReadPosRankSum=0.545;SC=CTGACCCTGGTGCATACTCCC;SOR=0.647;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=108;TCF=79;TCR=29;TR=61;WE=52966152;WS=52966127;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,75:0.55:136
chr12	52966144	rs34211466	TC	T	2148.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=0.262;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.667;HP=6;HapScore=4;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQ=60.07;MQRankSum=0.923;NF=30;NR=17;PP=2847;ReadPosRankSum=0.568;SC=TGGTGCATACTCCCCCATCTC;SOR=0.769;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=100;TCF=64;TCR=36;TR=47;WE=52966152;WS=52966127;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,81:0.55:148
chr12	52966390	rs11170176	A	T	4972.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.324;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=414;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=1.566;NF=77;NR=82;PP=2389;ReadPosRankSum=0.976;SC=GTTCAGGTCCAGCTGCTGCAG;SOR=0.714;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=291;TCF=140;TCR=151;TR=159;WE=52966398;WS=52966380;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:184,224:0.55:408
chr12	52979741	rs2292502	G	T	1149.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-1.845;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.899;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=12;PP=744;ReadPosRankSum=-1.664;SC=GAAGCCTTCTGCTCACAGAGC;SOR=0.493;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=75;TCF=56;TCR=19;TR=42;WE=52979749;WS=52979731;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,47:0.53:88
chr12	52980078	rs17116392	T	C	251.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.482;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.291;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=8;PP=157;ReadPosRankSum=0.748;SC=CTGAGATGGATTCTCTCTGTT;SOR=0.269;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=19;TCF=1;TCR=18;TR=9;WE=52980086;WS=52980068;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,11:0.48:23
chr12	52985293	rs12824366	A	G	2217.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.612;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.051;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=33;PP=1140;ReadPosRankSum=-1.071;SC=TCTTTAGGGCAATCTCCTCGT;SOR=0.603;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=158;TCF=96;TCR=62;TR=82;WE=52985301;WS=52985283;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:110,111:0.50:221
chr12	52985313	rs73320351	G	A	2691.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.995;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=279;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.039;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=36;PP=1396;ReadPosRankSum=0.074;SC=TACTGGGCACGGACCTCGGCA;SOR=0.843;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=187;TCF=106;TCR=81;TR=86;WE=52985321;WS=52985303;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:143,129:0.47:272
chr12	52986132	rs617820	T	A	1560.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.051;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.618;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=17;PP=864;ReadPosRankSum=-1.873;SC=GCCAGAAACCTCTTGTTAAAG;SOR=0.922;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=133;TCF=84;TCR=49;TR=54;WE=52986140;WS=52986122;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:111,78:0.41:189
chr12	52986187	rs12833456	T	C	2736.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.253;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=287;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.977;HP=4;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=36;PP=1341;ReadPosRankSum=-0.647;SC=TACCCCTTCATAAAGGCACTT;SOR=0.821;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=170;TCF=90;TCR=80;TR=83;WE=52986195;WS=52986177;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:148,134:0.48:282
chr12	52992812	rs11170187	T	C	4986.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.725;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=498;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=102;PP=2751;ReadPosRankSum=0.373;SC=GGCTCCAGGTTCTTCCTGCAG;SOR=0.678;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=363;TCF=137;TCR=226;TR=165;WE=52992820;WS=52992802;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:257,230:0.47:487
chr12	52994955	rs61747192	G	A	3674.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.815;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=340;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.796;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=56;PP=2057;ReadPosRankSum=1.662;SC=GGATGCCCCCGGGTGGGCACA;SOR=0.728;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=219;TCF=112;TCR=107;TR=120;WE=52994963;WS=52994945;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:157,176:0.53:333
chr12	53002956	rs591636	T	C	1073.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.074;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.596;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=12;PP=527;ReadPosRankSum=-1.426;SC=CTCAGGGGGCTGGGCGGTGGA;SOR=0.928;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=75;TCF=47;TCR=28;TR=37;WE=53002964;WS=53002946;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,52:0.49:107
chr12	53004694	rs9739031	T	C	2030.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=3.365;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.605;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=51;PP=1330;ReadPosRankSum=1.156;SC=CTCTCAATGGTTGAGCCCTCC;SOR=0.803;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=139;TCF=40;TCR=99;TR=69;WE=53004702;WS=53004684;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,87:0.50:174
chr12	53011955	rs61736102	G	A	9375.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.658;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=848;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.526;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=168;NR=118;PP=2962;ReadPosRankSum=0.146;SC=CCAGCTCCACGTTCAGGGGTG;SOR=0.775;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=512;TCF=292;TCR=220;TR=286;WE=53011963;WS=53011945;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:377,457:0.55:834
chr12	53043636	rs632952	G	T	1835.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-2.562;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=18;PP=1221;ReadPosRankSum=0.914;SC=TGGCTGCTTAGACACAATGGG;SOR=0.765;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=129;TCF=98;TCR=31;TR=74;WE=53043644;WS=53043626;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,79:0.55:143
chr12	53045623	.	A	AGCC	6068.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.190;ClippingRankSum=0.000;DP=511;ExcessHet=3.0103;FS=1.828;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=62.31;MQRankSum=16.303;QD=12.09;ReadPosRankSum=0.089;SOR=0.560;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:327,175:0.35:502
chr12	53045626	.	T	C	2962	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;FR=0.5000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MMLQ=23;NF=61;NR=50;PP=2962;QD=20;SC=CCTCCAAAGCTGCTGCCGCCT;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=357;TCF=196;TCR=161;TR=111;WE=53045634;WS=53045605;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:246,111:0.31:357
chr12	53045626	.	T	TGCCGCCTCCAAAGCC	6970.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.957;ClippingRankSum=0.000;DP=527;ExcessHet=3.0103;FS=0.550;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=62.36;MQRankSum=16.860;QD=13.33;ReadPosRankSum=-0.221;SOR=0.620;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:342,181:0.35:523
chr12	53045777	rs11835758	G	A	5505.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.448;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=576;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=80;NR=96;PP=2592;ReadPosRankSum=2.262;SC=CGAAGCCCCCGCCACCACCAC;SOR=0.735;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=346;TCF=158;TCR=188;TR=176;WE=53045785;WS=53045764;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:257,267:0.51:524
chr12	53069014	rs14024	T	C	2193.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.364;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=236;ExcessHet=3.0103;FS=1.011;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.46;ReadPosRankSum=2.066;SOR=0.779;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:120,112:0.48:232
chr12	53069222	.	CACCTCCGGAGCCGTAGCTGCT	C	4577.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.021;ClippingRankSum=0.000;DP=268;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.481;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=9.589;NF=17;NR=42;PP=2923;ReadPosRankSum=0.363;SC=CCATAGCTGCCACCTCCGGAG;SOR=0.516;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=133;TCF=45;TCR=88;TR=59;WE=53069250;WS=53069212;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:123,127:0.51:250
chr12	53070121	rs698170	T	G	12182.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.523;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=454;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=-0.033;NF=160;NR=122;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.355;SC=GGGCCAGCTTTGTGTTCATCA;SOR=0.312;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=283;TCF=161;TCR=122;TR=282;WE=53070129;WS=53070111;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,451:1.00:452
chr12	53070145	rs936958	G	A	5532.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.448;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=491;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-1.312;NF=90;NR=77;PP=2472;ReadPosRankSum=-0.763;SC=CCTGGTAGTCGCGCAGCAGGC;SOR=0.662;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=307;TCF=164;TCR=143;TR=167;WE=53070153;WS=53070135;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:226,262:0.54:488
chr12	53071338	rs626480	A	G	3573.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=53;NR=44;PP=2272;SC=AAGCAGTCAGAAAATAAAAGA;SOR=0.885;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=98;TCF=54;TCR=44;TR=97;WE=53071346;WS=53071328;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr12	53071382	rs2741159	A	C	1988.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.625;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.539;HP=2;HapScore=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=29;PP=976;ReadPosRankSum=0.371;SC=TTGTGGGTTCAGGCTTAAAAA;SOR=0.529;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=122;TCF=71;TCR=51;TR=65;WE=53071390;WS=53071372;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:91,95:0.51:186
chr12	53071560	rs2741158	A	G	1887.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.190;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.382;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=40;PP=971;ReadPosRankSum=1.238;SC=ATGAAGGCACATTCTCTCCAG;SOR=0.548;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=144;TCF=51;TCR=93;TR=67;WE=53071568;WS=53071550;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:122,94:0.44:216
chr12	53073471	rs3837476	C	CA	1450.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=1.226;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.776;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=11;PP=1082;ReadPosRankSum=-0.044;SC=TTCAAACCTACTGTGTTTTGA;SOR=0.563;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=74;TCF=45;TCR=29;TR=28;WE=53073479;WS=53073461;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,45:0.38:119
chr12	53084872	rs643027	C	T	2090.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.536;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.681;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=26;PP=1338;ReadPosRankSum=-0.772;SC=GAGAGGGGATCAGGAAGGGCG;SOR=0.941;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=138;TCF=91;TCR=47;TR=79;WE=53084880;WS=53084862;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,95:0.53:180
chr12	53084928	rs11170236	T	G	3493.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.037;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=365;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.792;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=43;PP=1430;ReadPosRankSum=0.163;SC=GCAGGCGTGATGTGTGGCAGA;SOR=0.638;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=213;TCF=119;TCR=94;TR=97;WE=53084936;WS=53084918;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:187,175:0.48:362
chr12	53085089	rs636127	T	C	4455.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=46;NR=69;PP=2288;SC=CCTCCACTCCTGCCTCGTGCC;SOR=1.040;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=115;TCF=46;TCR=69;TR=115;WE=53085097;WS=53085079;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,165:1.00:165
chr12	53085262	rs2684339	C	A	1818.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.379;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.501;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=37;PP=915;ReadPosRankSum=0.850;SC=TCAGAGGGACCGGGCAAGGCC;SOR=0.757;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=144;TCF=62;TCR=82;TR=63;WE=53085270;WS=53085252;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:127,93:0.42:220
chr12	53086645	rs3782489	G	A	4850.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-2.536;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=475;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.748;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=81;PP=2013;ReadPosRankSum=-0.082;SC=TCTCCCTGCCGTGATCTGGAG;SOR=0.556;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=298;TCF=122;TCR=176;TR=143;WE=53086653;WS=53086635;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:230,242:0.51:472
chr12	53088484	rs10783528	C	T	2878.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.516;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=283;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=37;PP=1277;ReadPosRankSum=0.471;SC=CGCACTGCATCGATGATGCTG;SOR=0.672;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=180;TCF=111;TCR=69;TR=93;WE=53088492;WS=53088474;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:136,139:0.51:275
chr12	53089371	rs10783529	G	A	182.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.765;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=32;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.629;NF=4;NR=1;PP=41;ReadPosRankSum=-1.290;SC=TCATTACCCCGACCTGGGGAT;SOR=0.368;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=12;TCF=10;TCR=2;TR=5;WE=53089379;WS=53089361;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,9:0.53:17
chr12	53089405	rs10783530	T	C	263.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.762;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=30;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.193;NF=7;NR=1;PP=131;ReadPosRankSum=1.001;SC=GTGGAGAGGATGGCTGACTCC;SOR=0.481;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=18;TCF=16;TCR=2;TR=8;WE=53089413;WS=53089395;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,12:0.44:27
chr12	53089460	rs5798218	GACCC	G	3215.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=21;NR=12;PP=1734;SC=TCCCTAGTGGGACCCTAGTGT;SOR=1.609;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=21;TCR=12;TR=33;WE=53089471;WS=53089450;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr12	53090068	rs588706	G	A	868.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.157;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.939;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=10;PP=419;ReadPosRankSum=-1.354;SC=CCACCCTGCCGTTGTCACAGA;SOR=0.512;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=63;TCF=45;TCR=18;TR=33;WE=53090076;WS=53090058;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,42:0.55:77
chr12	53090190	rs7138818	C	T	2476.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=1.140;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=269;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=33;PP=996;ReadPosRankSum=0.182;SC=CGCTGCCAGTCCTCTTGTTGA;SOR=0.682;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=144;TCF=72;TCR=72;TR=64;WE=53090198;WS=53090180;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:144,119:0.45:263
chr12	53091566	rs1567759	C	A	4457.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-1.382;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=431;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.099;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=73;PP=2211;ReadPosRankSum=1.292;SC=CGCAGGTCACCGATGTAGTTC;SOR=0.772;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=266;TCF=127;TCR=139;TR=134;WE=53091574;WS=53091556;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:189,216:0.53:405
chr12	53096913	rs1625862	G	A	15247.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=591;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=229;NR=238;PP=2965;SC=CACCAGCCCCGGTGCTGCCAA;SOR=1.775;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=482;TCF=242;TCR=240;TR=467;WE=53096921;WS=53096903;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,583:1.00:583
chr12	53162773	rs1464423	A	G	4522.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.765;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=582;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.521;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=78;NR=81;PP=2408;ReadPosRankSum=-2.355;SC=CTCCATAGCCACTGCTGCTGC;SOR=0.697;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=335;TCF=172;TCR=163;TR=159;WE=53162783;WS=53162762;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:297,230:0.44:527
chr12	53163467	rs10876340	A	C	830.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.867;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.865;HP=5;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=19;PP=398;ReadPosRankSum=-0.974;SC=CATTTGCCCCACTAGGGGTCA;SOR=0.837;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=64;TCF=18;TCR=46;TR=24;WE=53163475;WS=53163457;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,39:0.45:86
chr12	53164848	rs7313832	G	A	4072.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.830;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=365;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.823;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-1.273;NF=82;NR=61;PP=2035;ReadPosRankSum=1.323;SC=CCAGCTTGACGTTCATCAGCT;SOR=0.564;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=251;TCF=149;TCR=102;TR=143;WE=53164856;WS=53164838;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:161,198:0.55:359
chr12	53165862	rs12296490	C	T	5005.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.511;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=561;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.097;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=90;NR=78;PP=2467;ReadPosRankSum=-1.510;SC=TCCAAGGACACAGGGAGGGTT;SOR=0.786;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=363;TCF=188;TCR=175;TR=168;WE=53165870;WS=53165852;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:303,252:0.45:555
chr12	53165940	rs6580904	C	T	5879.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.973;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=523;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=97;NR=90;PP=2962;ReadPosRankSum=-2.101;SC=TCATACTGGGCGCGGACCTCG;SOR=0.696;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=375;TCF=195;TCR=180;TR=187;WE=53165957;WS=53165930;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:249,270:0.52:519
chr12	53165949	rs12296548	C	T	5548.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-2.380;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=536;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=98;NR=91;PP=2962;ReadPosRankSum=1.659;SC=GCGCGGACCTCGGCAATGATG;SOR=0.694;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=372;TCF=193;TCR=179;TR=189;WE=53165957;WS=53165930;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:268,262:0.49:530
chr12	53166192	rs6580905	G	A	1201.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-0.250;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=37;PP=871;ReadPosRankSum=-0.199;SC=CAGCCTAAAGGATGTTAGACA;SOR=0.765;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=76;TCF=11;TCR=65;TR=43;WE=53166200;WS=53166182;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,46:0.59:78
chr12	53167313	rs7399317	T	C	1339.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=30;NR=11;PP=751;SC=ACTCTCTCCATGGGGGCAGCT;SOR=1.755;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=30;TCR=11;TR=41;WE=53167321;WS=53167303;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr12	53184559	rs11834139	C	T	3154.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.015;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=350;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=45;PP=1503;ReadPosRankSum=-0.269;SC=GTTGCTACTACCCTGGATTAG;SOR=0.678;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=209;TCF=115;TCR=94;TR=98;WE=53184567;WS=53184549;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:180,157:0.47:337
chr12	53186088	rs3887954	G	C	2056.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.788;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=237;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=31;PP=882;ReadPosRankSum=-1.768;SC=TACTGTGCACGAACTTCAGCA;SOR=0.693;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=139;TCF=69;TCR=70;TR=62;WE=53186096;WS=53186078;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:130,106:0.45:236
chr12	53186122	rs4432093	G	A	6069.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=263;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=67;NR=84;PP=2639;SC=GGTCCAGGGAGCGATTATTGT;SOR=0.843;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=151;TCF=67;TCR=84;TR=151;WE=53186130;WS=53186112;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,256:1.00:256
chr12	53187150	rs4919750	C	T	6650.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=265;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=71;NR=123;PP=2965;SC=TCTTTACTATCTCCCTGTTAG;SOR=1.165;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=196;TCF=71;TCR=125;TR=194;WE=53187158;WS=53187140;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,259:1.00:259
chr12	53202380	rs2307028	T	C	2576.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-1.198;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.973;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=24;PP=1979;ReadPosRankSum=-0.823;SC=CTGACTTCTATTGGGCTTGAG;SOR=1.609;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=81;TCF=56;TCR=25;TR=80;WE=53202388;WS=53202370;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,87:0.99:88
chr12	53204614	rs2307027	C	T	4535.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=55;NR=63;PP=2034;SC=GGGGTGGGCACGGGGAGAAAA;SOR=0.812;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=119;TCF=55;TCR=64;TR=118;WE=53204622;WS=53204604;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,176:1.00:176
chr12	53204757	rs10783539	T	C	1519.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=30;PP=891;SC=ATTTAACCTATATTCATTGAA;SOR=1.697;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=40;TCF=10;TCR=30;TR=40;WE=53204765;WS=53204747;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr12	53207583	rs11267392	C	CCACCAAAGCCACCAGTGCCGAAACCAGCTCCGAAGCCGCCGG	20115.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=406;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.32;QD=74.23;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,271:1.00:271
chr12	53215893	rs368633554	C	T	2398.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.760;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.865;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=46;PP=1495;ReadPosRankSum=1.743;SC=TTAGTCAGGGCGGCCATGCCA;SOR=0.423;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=168;TCF=75;TCR=93;TR=90;WE=53215901;WS=53215883;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:96,105:0.52:201
chr12	53216184	rs4415849	A	G	3743.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=39;NR=55;PP=1725;SC=CAGAAAGGCCAGGAGAGCAGT;SOR=1.006;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=94;TCF=39;TCR=55;TR=94;WE=53216192;WS=53216174;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,144:1.00:144
chr12	53217056	rs10876353	G	A	4177.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=20;NR=104;PP=2965;SC=AGCACCCTCCGGGGTCATCCC;SOR=2.973;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=127;TCF=23;TCR=104;TR=124;WE=53217064;WS=53217046;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,136:1.00:136
chr12	53217701	rs10876354	C	A	3768.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=48;NR=31;PP=1527;SC=CCTCCCCCTGCAGCCTCTGGA;SOR=0.976;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=79;TCF=48;TCR=31;TR=79;WE=53217709;WS=53217691;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,142:1.00:142
chr12	53227803	rs2638497	A	G	11634.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=0.670;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=446;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=120;NR=105;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.597;SC=AGCCCGCCCCAACAAGGCCCC;SOR=0.748;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=225;TCF=120;TCR=105;TR=225;WE=53227811;WS=53227793;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,444:1.00:446
chr12	53242440	rs2013335	A	G	10341.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=404;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=111;NR=116;PP=2965;SC=TGGGGTCAGCAGATTCTGGTT;SOR=0.708;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=227;TCF=111;TCR=116;TR=227;WE=53242448;WS=53242430;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,399:1.00:399
chr12	53294381	rs8608	T	C	2044.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=38;NR=14;PP=1049;SC=CCTCTTCATATAGCTGCCTGA;SOR=1.519;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=52;TCF=38;TCR=14;TR=52;WE=53294389;WS=53294371;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr12	53294821	rs4351899	T	G	1853.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.936;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=26.11;ReadPosRankSum=1.788;SOR=1.211;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,69:0.97:71
chr12	53295917	rs2035875	A	G	2041.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=19;NR=29;PP=946;SC=AGTCTGGAGGAAAGCAAGCAG;SOR=1.051;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=49;TCF=19;TCR=30;TR=48;WE=53295925;WS=53295907;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr12	53298769	rs1065306	A	G	1278.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.176;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.808;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=-3.060;NF=27;NR=30;PP=802;ReadPosRankSum=1.625;SC=TGGACATGGTAGAGGCAGGAG;SOR=0.485;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=115;TCF=48;TCR=67;TR=57;WE=53298777;WS=53298759;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:98,67:0.41:165
chr12	53298835	rs2070910	T	G	1136.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.759;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.795;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.351;NF=10;NR=27;PP=641;ReadPosRankSum=2.748;SC=AGAAGCTGCTTCTTGGTGAGG;SOR=0.854;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=62;TCF=16;TCR=46;TR=37;WE=53298843;WS=53298825;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,52:0.53:99
chr12	53343257	.	C	G	142.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.105;ClippingRankSum=0.000;DP=133;ExcessHet=3.0103;FS=14.756;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.28;MQRankSum=-10.687;QD=1.08;ReadPosRankSum=-0.174;SOR=1.465;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:119,13:0.10:132
chr12	53343265	.	CC	AT	97.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.546;ClippingRankSum=0.000;DP=143;ExcessHet=3.0103;FS=12.473;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.52;MQRankSum=-11.025;QD=0.69;ReadPosRankSum=-0.034;SOR=1.260;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:130,12:0.08:142
chr12	53343461	rs17120866	A	AC	5371.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.308;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=438;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.520;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.075;NF=14;NR=62;PP=2718;ReadPosRankSum=0.838;SC=TTCCATAACCACCCAACCCCT;SOR=0.753;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=170;TCF=34;TCR=136;TR=76;WE=53343469;WS=53343451;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:229,200:0.47:429
chr12	53400440	rs61927957	T	G	2884.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.580;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FS=0.502;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.71;ReadPosRankSum=-2.060;SOR=0.767;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:96,131:0.58:227
chr12	53416119	rs7975725	T	C	3455.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.239;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=277;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.444;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=58;PP=1748;ReadPosRankSum=-2.428;SC=CCACCTGGGGTTGAATTGGAG;SOR=0.714;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=174;TCF=85;TCR=89;TR=114;WE=53416127;WS=53416109;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:115,161:0.58:276
chr12	53416251	rs10506315	C	T	620.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=4.606;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.316;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=17;PP=504;ReadPosRankSum=-0.738;SC=AGATAACTTACGGTTTTTGTT;SOR=0.095;SbPval=0.16;Source=Platypus;TC=43;TCF=9;TCR=34;TR=25;WE=53416259;WS=53416241;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,25:0.56:45
chr12	53421746	rs59856997	CT	C	2034.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.464;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=262;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.590;HP=10;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.605;NF=7;NR=50;PP=665;ReadPosRankSum=-1.224;SC=GTAACTTTGCCTTTTTTTTTT;SOR=0.929;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=121;TCF=22;TCR=99;TR=57;WE=53421754;WS=53421736;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:116,130:0.53:246
chr12	53432088	rs7968918	T	C	795.79	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.413;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.529;HP=2;HapScore=3;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=8;PP=791;ReadPosRankSum=-0.463;SC=TGTTTCTTGGTTGTTTTCTCC;SOR=0.161;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=31;TCF=23;TCR=8;TR=27;WE=53432096;WS=53432070;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,32:0.89:36
chr12	53432297	rs77889282	G	A	452.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.888;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FS=0.948;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.38;ReadPosRankSum=0.650;SOR=0.486;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:44,27:0.38:71
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chr12	53433486	rs8916	C	T	1630.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=3.807;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=51;PP=1145;ReadPosRankSum=0.228;SC=ATCCAGCTTCCGTAAGTGTTG;SOR=0.610;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=104;TCF=16;TCR=88;TR=59;WE=53433494;WS=53433476;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,68:0.56:121
chr12	53433709	rs1356993	C	G	417.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-2.180;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.518;HP=2;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=2;PP=271;ReadPosRankSum=1.131;SC=GTTCTCATCCCTTCTGCAAGG;SOR=1.109;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=41;TCF=35;TCR=6;TR=19;WE=53433717;WS=53433703;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,21:0.47:45
chr12	53433788	rs1356994	A	G	2046.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=2.249;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.906;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=20;PP=1117;ReadPosRankSum=-1.047;SC=CTCCTCTCCAATGGACAATGC;SOR=1.091;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=121;TCF=78;TCR=43;TR=67;WE=53433796;WS=53433778;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,90:0.57:158
chr12	53442956	rs12369033	G	C	1501.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-2.212;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.032;HP=5;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=27;PP=576;ReadPosRankSum=0.122;SC=TGTGTTGGGAGGGGGGACCTC;SOR=0.472;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=99;TCF=42;TCR=57;TR=50;WE=53442964;WS=53442946;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,75:0.54:140
chr12	53448320	rs11170386	C	T	1119.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=5.027;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.933;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=17;PP=440;ReadPosRankSum=0.627;SC=GAGGCGAGGCCGCCAGGGGGC;SOR=1.099;SbPval=0.02;Source=Platypus;TC=110;TCF=34;TCR=76;TR=37;WE=53448328;WS=53448310;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,44:0.52:84
chr12	53449321	rs7315980	G	A	994.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.958;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=12;PP=455;ReadPosRankSum=-0.601;SC=GGTGGCCCCCGGCCCCAGTTG;SOR=0.709;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=70;TCF=43;TCR=27;TR=32;WE=53449329;WS=53449311;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,53:0.54:99
chr12	53449597	rs2293062	T	C	3735.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.173;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=420;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.104;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=57;PP=1417;ReadPosRankSum=1.624;SC=TCATCGTTTCTGCCTACATGC;SOR=0.603;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=233;TCF=112;TCR=121;TR=114;WE=53449605;WS=53449587;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:228,191:0.46:419
chr12	53451849	rs11170389	G	C	2319.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-2.381;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.651;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=29;PP=1146;ReadPosRankSum=0.383;SC=CTTTGCATCAGCCTGGAGCCA;SOR=0.587;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=141;TCF=89;TCR=52;TR=75;WE=53451857;WS=53451839;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:106,113:0.52:219
chr12	53451952	rs2280446	C	T	3421.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.763;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=325;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=44;ReadPosRankSum=-1.251;SC=TGTAACGGCACAGTCACCAAT;SOR=0.690;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=188;TCF=98;TCR=90;TR=93;WE=53451960;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:153,165:0.52:318
chr12	53452263	rs66607805	CCAGGTGGCAGG	C	13359.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=446;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=39;NR=108;PP=2989;SC=GGGCTGGAGTCCAGGTGGCAG;SOR=0.790;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=205;TCF=51;TCR=154;TR=147;WE=53452281;WS=53452253;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,300:1.00:300
chr12	53453433	rs11558984	G	A	2720.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.878;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=276;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=46;PP=1179;ReadPosRankSum=0.729;SC=TGGCTACCGCGCCCCAGGCTA;SOR=0.665;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=193;TCF=95;TCR=98;TR=90;WE=53453441;WS=53453423;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:140,134:0.49:274
chr12	53453456	rs34044566	C	T	2666.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.323;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=252;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.972;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=48;PP=1435;ReadPosRankSum=0.091;SC=GGGAGGTGGTCATCCTGGAGG;SOR=0.743;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=173;TCF=84;TCR=89;TR=93;WE=53453464;WS=53453446;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:121,126:0.51:247
chr12	53454176	rs73099914	C	T	1487.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=2.382;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.956;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=13;PP=821;ReadPosRankSum=-2.021;SC=CCCACCTCTCCCCTTCACTGC;SOR=1.244;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=87;TCF=55;TCR=32;TR=44;WE=53454184;WS=53454166;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,61:0.56:109
chr12	53455853	rs11170391	C	T	1192.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.809;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.671;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=28;PP=631;ReadPosRankSum=-1.996;SC=GAAAAGACCTCAGCTGCTCGG;SOR=0.793;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=112;TCF=47;TCR=65;TR=47;WE=53455861;WS=53455833;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,55:0.43:128
chr12	53456619	rs10431493	C	T	2952.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.725;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=266;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.741;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=47;PP=1319;ReadPosRankSum=1.922;SC=CCCATACTGTCGGGGATGAGG;SOR=0.537;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=167;TCF=71;TCR=96;TR=89;WE=53456627;WS=53456609;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:118,141:0.54:259
chr12	53457618	rs12816417	C	T	3854.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.898;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=394;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.188;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=75;PP=1882;ReadPosRankSum=-0.149;SC=AGCCTGCTGGCGCCATTGTCA;SOR=0.758;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=245;TCF=102;TCR=143;TR=127;WE=53457626;WS=53457608;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:200,189:0.49:389
chr12	53457704	rs34922637	C	A	1421.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-2.723;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.673;HP=5;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=38;PP=772;ReadPosRankSum=-0.130;SC=TCAACACTGCCCCCCTCCCAG;SOR=0.582;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=113;TCF=28;TCR=85;TR=51;WE=53457712;WS=53457694;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,69:0.48:144
chr12	53459881	rs10876402	T	A	955.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-0.210;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=9.165;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=27;PP=749;ReadPosRankSum=-0.626;SC=AGTTAAGGTGTTATGGGAAGT;SOR=4.034;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=30;TCF=3;TCR=27;TR=29;WE=53459889;WS=53459871;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,32:0.97:33
chr12	53468419	rs2277329	T	G	14698.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.754;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=574;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=203;NR=150;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.466;SC=ATCCCACCACTATTTCCCACT;SOR=0.919;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=355;TCF=204;TCR=151;TR=353;WE=53468427;WS=53468409;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,566:1.00:568
chr12	53470777	rs7977070	G	C	970.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=30;NR=6;PP=854;SC=CAAGAGCATCGCCCTTCCCTG;SOR=2.517;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=36;TCF=30;TCR=6;TR=36;WE=53470785;WS=53470767;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr12	53471839	rs11170398	A	G	255.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.161;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.73;ReadPosRankSum=-0.482;SOR=0.732;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,15:0.39:38
chr12	53471929	rs7302636	T	C	1331.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=12;NR=17;PP=602;SC=TGCCACTACATTCCAGCCTGG;SOR=0.859;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=12;TCR=17;TR=29;WE=53471937;WS=53471919;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr12	53472002	rs11170400	G	T	283.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.550;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.774;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=6;PP=145;ReadPosRankSum=1.007;SC=CCTGGGCCTGGTGGCTCACGT;SOR=0.557;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=12;TCR=13;TR=12;WE=53472010;WS=53471992;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,17:0.44:39
chr12	53473245	rs28372672	TG	T	4308.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.747;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=262;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.006;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.960;NF=2;NR=58;PP=2299;ReadPosRankSum=-0.149;SC=CAACGGCCTCTGACGACGGGC;SOR=0.785;SbPval=0.93;Source=Platypus;TC=119;TCF=9;TCR=110;TR=60;WE=53473253;WS=53473235;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:121,128:0.51:249
chr12	53494683	rs9658618	C	T	733.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-3.010;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.043;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=19;PP=427;ReadPosRankSum=-0.742;SC=GTGGGAAGCCCTGGAGACTTC;SOR=0.410;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=70;TCF=23;TCR=47;TR=29;WE=53494691;WS=53494673;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,35:0.46:76
chr12	53498073	.	CTT	C	105.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.379;ClippingRankSum=0.000;DP=188;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.06;MQRankSum=-0.640;QD=1.08;ReadPosRankSum=-0.203;SOR=0.730;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:78,20:0.20:98
chr12	53498725	rs12230946	G	A	102.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.450;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=3;PP=93;ReadPosRankSum=2.887;SC=CCTTCCCCCCGCAGGCCTGCC;SOR=1.402;SbPval=0.25;Source=Platypus;TC=20;TCF=15;TCR=5;TR=7;WE=53498733;WS=53498715;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,8:0.62:13
chr12	53499487	rs2272302	C	G	2352.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=27;NR=41;PP=1343;SC=TCATCCCCAGCCTCTAGGTGG;SOR=1.179;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=69;TCF=27;TCR=42;TR=68;WE=53499495;WS=53499477;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr12	53499505	rs2272303	A	G	2011.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=31;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=28;NR=36;PP=1287;SC=TGGTTTGTGGAGAGGACTTGG;SOR=1.002;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=64;TCF=28;TCR=36;TR=64;WE=53499513;WS=53499495;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr12	53499534	rs11170413	A	G	1577.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=31;NR=26;PP=1181;SC=TCTAAGGTGCAGGTCCCCTAT;SOR=0.841;Source=Platypus;TR=57;WE=53499542;WS=53499524;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr12	53499585	rs3093946	A	AAGTTCTGGATCGCTAGGCCCCATGCCTCATGTGTACATGAGGTGAGCT	1692.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.634;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=35.27;ReadPosRankSum=1.761;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,32:0.67:48
chr12	53499604	.	C	CCCATGCCTCATGTGTACATGAGGTGAGCTAGTTCTGGATCGCTAGGCT	2775.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.562;ClippingRankSum=0.000;DP=204;ExcessHet=3.0103;FS=52.447;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.05;MQRankSum=-0.478;QD=14.61;ReadPosRankSum=-2.664;SOR=4.384;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:153,37:0.19:190
chr12	53509339	rs3219199	GC	TT	3981.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=19;NR=39;PP=2391;SC=GCTGTGCGCTGCTAGCCGCCC;SOR=1.364;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=58;TCF=19;TCR=39;TR=58;WE=53509348;WS=53509329;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr12	53509693	rs3817536	T	C	1961.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=40.04;SOR=5.549;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr12	53509693	.	TAGCAGCC	CAGCAGCA,CAGCAGCC	597	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.28;FR=0.5000,0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MMLQ=28;MQ=60.0;NF=26,43;NR=1,1;PP=597,381;QD=24.0914027727;SC=CCTCTTATCCTAGCAGCCTTC;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=44;TCF=43;TCR=1;TR=27,44;WE=53509708;WS=53509692;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.61:44
chr12	53509700	rs80019583	C	A	916.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.355;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.28;ReadPosRankSum=-1.280;SOR=0.457;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,37:0.62:60
chr12	53509933	rs2272296	C	T	4884.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-2.901;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=501;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.757;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=81;PP=2037;ReadPosRankSum=-0.381;SC=GTGCCTGGGACCCTTCGTGCC;SOR=0.563;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=294;TCF=117;TCR=177;TR=141;WE=53509941;WS=53509923;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:256,243:0.49:499
chr12	53512756	rs2280696	A	T	724.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-0.090;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.264;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=18;PP=461;ReadPosRankSum=0.302;SC=CCTGTGACTCATGGTGGTGGA;SOR=0.361;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=63;TCF=24;TCR=39;TR=31;WE=53512764;WS=53512746;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,35:0.49:72
chr12	53512897	rs4151119	G	C	1574.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.550;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.392;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=15;PP=922;ReadPosRankSum=-0.071;SC=GTGTCCCCATGCCCCCTCCAG;SOR=0.833;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=89;TCF=57;TCR=32;TR=47;WE=53512905;WS=53512887;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,69:0.51:135
chr12	53513148	rs822683	T	C	477.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=2.909;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.142;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=14;PP=268;ReadPosRankSum=0.040;SC=TCTGAGTCTCTCCTCACATCT;SOR=1.590;SbPval=0.97;Source=Platypus;TC=47;TCF=11;TCR=36;TR=15;WE=53513156;WS=53513138;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,22:0.38:58
chr12	53513165	rs12825176	T	C	363.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=2.387;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=10;PP=172;ReadPosRankSum=1.152;SC=ATCTGTCCCCTCCTATCAGGG;SOR=1.210;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=35;TCF=7;TCR=28;TR=10;WE=53513173;WS=53513155;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,17:0.37:46
chr12	53571738	.	TA	T	78.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.169;ClippingRankSum=0.000;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.27;ReadPosRankSum=1.234;SOR=0.573;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:45,17:0.27:62
chr12	53646569	rs17124993	G	A	363.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-3.312;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=1;PP=214;ReadPosRankSum=-0.736;SC=CCCGAAGGATGGATATGGCTC;SOR=0.330;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=26;TCF=25;TCR=1;TR=13;WE=53646577;WS=53646559;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,16:0.50:32
chr12	53662624	rs6580942	C	A	1788.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.751;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=17;PP=819;ReadPosRankSum=0.640;SC=TTGCTGCCCGCCTTGAAGGTG;SOR=0.654;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=100;TCF=65;TCR=35;TR=51;WE=53662632;WS=53662614;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,81:0.56:144
chr12	53666459	rs180737626	G	T	1685.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=1.320;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.753;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=19;PP=822;ReadPosRankSum=-0.069;SC=AGGAGAGGGTGGTGGGAGCCT;SOR=0.930;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=98;TCF=60;TCR=38;TR=53;WE=53666467;WS=53666449;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,83:0.50:165
chr12	53666713	rs4759086	A	G	332.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=1.333;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=12;PP=227;ReadPosRankSum=1.163;SC=GAAGGGCCTCACCAGCACCCT;SOR=0.892;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=25;TCF=5;TCR=20;TR=15;WE=53666721;WS=53666703;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,16:0.48:33
chr12	53671093	rs200286522	C	CT	1214.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.285;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.325;HP=8;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.960;NF=8;NR=30;PP=719;ReadPosRankSum=1.272;SC=GGTATCAGCCCTTTTTTTTGT;SOR=0.306;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=79;TCF=13;TCR=66;TR=38;WE=53671102;WS=53671083;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,64:0.58:111
chr12	53671250	rs17125267	C	T	1110.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=1.202;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=19;PP=616;ReadPosRankSum=0.562;SC=ATCTTCCCATCCAGGGTATCG;SOR=0.699;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=63;TCF=32;TCR=31;TR=37;WE=53671258;WS=53671240;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,55:0.47:116
chr12	53671790	rs17125271	G	A	299.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.717;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=9;PP=175;ReadPosRankSum=-0.065;SC=ACAAGGACTAGACCAGAAACA;SOR=0.892;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=8;TCR=19;TR=13;WE=53671798;WS=53671780;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,15:0.41:37
chr12	53673366	rs139120998	T	C	246.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=2.937;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=0;PP=222;ReadPosRankSum=-1.318;SC=ACAGTAGGGGTGGGGTGATGA;SOR=1.473;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=20;TCR=1;TR=11;WE=53673374;WS=53673359;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,10:0.45:22
chr12	53673424	rs77269929	T	TTGG,TTGGACC	1339.73	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;ALERT;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.644;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.178;HP=1;HapScore=4;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=4;PP=1443;ReadPosRankSum=-1.126;SC=GAGGTCAAACTACAGTCCAAG;SOR=0.518;SbPval=0.25;Source=Platypus;TC=47;TCF=39;TCR=8;TR=15;WE=53673433;WS=53673414;set=Intersection	GT:AF:DP	0/1:0.46:72
chr12	53673425	.	A	C	1432	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;FR=0.5000;HP=1;HapScore=4;MGOF=6;MMLQ=28;MQ=60.0;NF=17;NR=4;PP=1432;QD=69.8462482165;SC=AGGTCAAACTACAGTCCAAGG;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=62;TCF=53;TCR=9;TR=21;WE=53673433;WS=53673414;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:41,21:0.34:62
chr12	53673425	rs370889472	A	ACCC	1339.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=2.893;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.10;ReadPosRankSum=-0.716;SOR=0.668;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:40,34:0.46:74
chr12	53677072	rs1609473	T	G	8126.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=2.051;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=302;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.268;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=109;NR=93;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.878;SC=AGGGCCCTCTTGGAATGGACA;SOR=0.422;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=204;TCF=109;TCR=95;TR=202;WE=53677080;WS=53677062;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,294:1.00:295
chr12	53677089	rs4454760	G	A	7877.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=300;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=113;NR=95;PP=2965;SC=GACAGGCTATGTGAGAGGGCT;SOR=0.830;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=208;TCF=113;TCR=95;TR=208;WE=53677097;WS=53677079;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,293:1.00:293
chr12	53681683	rs1379610	A	G	214.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.545;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.616;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=3;PP=160;ReadPosRankSum=0.027;SC=TGCCTCCACTACGCCACCTGC;SOR=1.629;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=22;TCF=14;TCR=8;TR=11;WE=53681691;WS=53681673;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,11:0.39:28
chr12	53681883	rs1110719	A	T	1277.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=22;NR=10;PP=826;SC=CTGAGCCTAAAGACGGATGCC;SOR=1.414;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=22;TCR=10;TR=32;WE=53681891;WS=53681873;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr12	53682457	rs56358776	G	A	935.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-0.576;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.789;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=16;PP=378;ReadPosRankSum=0.219;SC=CCTCGGCTCCGGCTCCCCTCA;SOR=0.598;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=55;TCF=21;TCR=34;TR=26;WE=53682465;WS=53682447;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,46:0.51:90
chr12	53682836	rs150755655	G	A	2011.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.445;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=16;PP=1227;ReadPosRankSum=-0.556;SC=TATGAAATAAGGAATTCAGCT;SOR=0.695;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=116;TCF=88;TCR=28;TR=65;WE=53682844;WS=53682826;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,87:0.55:158
chr12	53682986	rs3214023	C	T	18292.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.820;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=687;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=246;NR=190;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.146;SC=TGGCCTTGTGCCTGGGCCACC;SOR=0.868;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=436;TCF=246;TCR=190;TR=436;WE=53682994;WS=53682976;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,681:1.00:683
chr12	53684619	rs61754164	A	G	1690.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=30;NR=18;PP=806;SC=TGCCCTCTGCATTCAGGTTCT;SOR=1.078;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=48;TCF=30;TCR=18;TR=48;WE=53684627;WS=53684609;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr12	53686703	rs1056685	G	A	4107.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=36;NR=86;PP=2569;SC=CTGGCTGTGCGTGGAAACCTG;SOR=1.691;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=122;TCF=36;TCR=86;TR=122;WE=53686711;WS=53686693;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,147:1.00:147
chr12	53689190	rs1870240	C	G	1711.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=42;NR=4;PP=1209;SC=TGAACTCACACAACAGTCTCT;SOR=3.651;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=46;TCF=42;TCR=4;TR=46;WE=53689198;WS=53689180;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr12	53690188	rs59765323	CT	C	974.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=0.076;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=11;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=19;PP=341;ReadPosRankSum=-0.846;SC=TGAGGATACCCTTTTTTTTTT;SOR=0.593;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=30;TCF=4;TCR=26;TR=23;WE=53690196;WS=53690178;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:5,53:0.91:58
chr12	53691962	rs2694861	C	A	1611.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=27;PP=746;SC=CACCTCTTGACCCTATCTCCA;SOR=1.143;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=42;TCF=15;TCR=27;TR=42;WE=53691970;WS=53691952;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr12	53692920	rs34165644	C	CA	653.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.717;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.90;ReadPosRankSum=-1.261;SOR=0.610;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,46:0.77:60
chr12	53692955	rs1020745	G	A	4897.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=91;NR=39;PP=2809;SC=ACAAACTGTAGTTAGTCGGTC;SOR=1.382;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=130;TCF=91;TCR=39;TR=130;WE=53692963;WS=53692945;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,178:1.00:178
chr12	53693277	rs56249432	TG	T	1067.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=21;PP=711;SC=GGTGATGAGATGGGGGGTGTG;SOR=1.483;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=25;TCF=2;TCR=23;TR=23;WE=53693285;WS=53693267;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr12	53693532	rs1534284	AA	GC	9852.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=109;NR=44;PP=2947;SC=ATGGGACACCAATTCCTGCGC;SOR=1.721;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=159;TCF=114;TCR=45;TR=153;WE=53693541;WS=53693522;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,218:1.00:218
chr12	53693777	rs138701588	C	A	5278.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.831;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=435;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.488;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=103;PP=2798;ReadPosRankSum=-2.919;SC=TGCGTGCATGCATGCCTCCGG;SOR=0.884;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=288;TCF=107;TCR=181;TR=154;WE=53693785;WS=53693767;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:192,234:0.55:426
chr12	53700848	rs1534282	C	T	10277.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=387;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=107;NR=167;PP=2965;SC=AGCGGCTTCACTGGCGGTCAC;SOR=1.091;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=275;TCF=107;TCR=168;TR=274;WE=53700868;WS=53700838;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,383:1.00:383
chr12	53700860	rs711316	A	G	8866.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.182;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=331;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.488;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=86;NR=154;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.785;SC=GGCGGTCACCACACCCGAGAG;SOR=1.051;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=241;TCF=87;TCR=154;TR=240;WE=53700868;WS=53700838;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,325:0.99:328
chr12	53702371	rs4759287	T	C	8193.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=315;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=118;NR=125;PP=2965;SC=ACTGGTCCCCTGCCAGCTCAC;SOR=0.733;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=244;TCF=118;TCR=126;TR=243;WE=53702379;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,302:1.00:302
chr12	53703021	rs1546808	G	A	5557.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=42;NR=102;PP=2965;SC=CACCTCCTCGGAACCAGGGAA;SOR=1.539;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=144;TCF=42;TCR=102;TR=144;WE=53703029;WS=53703011;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,199:1.00:199
chr12	53708011	rs7953255	G	C	4686.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=64;NR=45;PP=2083;SC=CCTTTCAGACGTCCTCACCAC;SOR=0.929;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=109;TCF=64;TCR=45;TR=109;WE=53708019;WS=53708001;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,177:1.00:177
chr12	53709708	rs7960963	G	T	1438.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=36;PP=976;SC=GCACTCTACGGGCTGTCCTTT;SOR=2.170;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=48;TCF=12;TCR=36;TR=48;WE=53709716;WS=53709698;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr12	53714290	rs4759232	T	G	1194.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=28;NR=8;PP=745;SC=TAAAGGGGTGTTGACTCATTT;SOR=2.093;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=37;TCF=28;TCR=9;TR=36;WE=53714298;WS=53714280;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr12	53714496	rs4759231	A	G	4522.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=51;NR=63;PP=2282;SC=AAAAGTGAGGAGTGTGACGGT;SOR=0.900;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=114;TCF=51;TCR=63;TR=114;WE=53714517;WS=53714486;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,168:1.00:168
chr12	53714509	rs7298879	T	G	4056.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=43;NR=60;PP=2054;SC=GTGACGGTGATTCAGTCTCTT;SOR=1.027;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=103;TCF=43;TCR=60;TR=103;WE=53714517;WS=53714486;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,150:1.00:150
chr12	53714993	rs4759020	C	T	1424.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=40;NR=3;PP=1021;SC=GCCCTTCTAGCCTCCTGCCGG;SOR=4.047;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=43;TCF=40;TCR=3;TR=43;WE=53715001;WS=53714989;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr12	53722098	rs7138938	A	G	10384.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-1.840;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=401;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.481;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=153;NR=107;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.079;SC=CTGGTTCTCCATGGGTGCGCT;SOR=0.573;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=261;TCF=153;TCR=108;TR=260;WE=53722106;WS=53722088;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,398:1.00:399
chr12	53722128	rs7139272	G	A	12932.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=489;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=175;NR=135;PP=2965;SC=TCAGGTGGTCGCTTCGGGTAA;SOR=0.856;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=311;TCF=176;TCR=135;TR=310;WE=53722136;WS=53722118;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,487:1.00:487
chr12	53862701	.	C	CTT	192.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.215;ClippingRankSum=0.000;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=4.242;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.14;ReadPosRankSum=0.910;SOR=0.180;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,16:0.59:27
chr12	53874892	rs146607300	CAT	C	51.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.517;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=1;PP=96;ReadPosRankSum=-0.478;SC=TTATGTGGCGCATATATATAT;SOR=1.230;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=12;TCF=6;TCR=6;TR=3;WE=53874901;WS=53874882;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,4:0.19:21
chr12	53877562	rs784565	C	T	1456.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=18;NR=25;SC=AGGGCCATAACAGATCTCAGT;SOR=0.909;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=43;TCF=18;TCR=25;TR=43;WE=53877570;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr12	53926262	rs7307804	G	A	1012.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.371;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.754;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=13;PP=451;ReadPosRankSum=1.013;SC=TTTCAGAAAGGCCAACATTGC;SOR=0.600;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=51;TCF=31;TCR=20;TR=31;WE=53926270;WS=53926252;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,51:0.52:98
chr12	53946595	rs3741652	C	G	293.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=1.420;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=10;PP=217;ReadPosRankSum=1.044;SC=GGTGCTAGAACGCAGGGAGAA;SOR=0.914;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=21;TCF=4;TCR=17;TR=12;WE=53946603;WS=53946585;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,13:0.54:24
chr12	53994651	rs10876467	C	G	1651.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.667;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.211;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=21;PP=899;ReadPosRankSum=-0.595;SC=ACGTAAAATACTGGCTTTAAA;SOR=0.577;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=139;TCF=94;TCR=45;TR=59;WE=53994659;WS=53994641;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:104,78:0.43:182
chr12	53994853	rs369709383	CA	C	223.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.511;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FS=3.339;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.12;MQRankSum=0.000;QD=3.67;ReadPosRankSum=0.384;SOR=1.385;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,28:0.46:61
chr12	54067544	rs2857000	A	G	540.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.62;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=11;NR=5;PP=377;SC=GGCAGAGGCTACGGTGAGCCA;SOR=1.981;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=11;TCR=5;TR=16;WE=54067552;WS=54067534;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr12	54070062	rs4020138	C	CTG	2541.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.773;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.107;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQ=60.08;MQRankSum=1.051;NF=2;NR=34;PP=1609;ReadPosRankSum=-1.434;SC=GGAGCGCCGACTGCAGAAATG;SOR=1.039;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=76;TCF=8;TCR=68;TR=36;WE=54070070;WS=54070052;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,67:0.48:139
chr12	54109659	rs3741659	C	T	11386.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=1.076;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=439;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=103;NR=136;PP=2965;ReadPosRankSum=1.042;SC=CTCAGCCAGCCTGCCGTTAAC;SOR=0.874;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=241;TCF=104;TCR=137;TR=239;WE=54109667;WS=54109649;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,430:0.99:434
chr12	54109733	rs3741658	A	G	6867.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=261;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=84;NR=88;PP=2965;SC=CTGCTGCTGCACTGGCCAACT;SOR=0.701;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=173;TCF=84;TCR=89;TR=172;WE=54109741;WS=54109723;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,257:1.00:257
chr12	54109927	rs2277370	C	T	2245.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=1.397;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=43;PP=1584;ReadPosRankSum=0.170;SC=CATTAGGACTCGGGGTTGTGT;SOR=1.236;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=71;TCF=27;TCR=44;TR=69;WE=54109935;WS=54109917;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,80:0.98:82
chr12	54117592	rs10783596	G	A	3527.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=56;NR=33;PP=2336;SC=ATGGACCCAGGACCCCAATAA;SOR=1.159;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=89;TCF=56;TCR=33;TR=89;WE=54117600;WS=54117582;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr12	54339052	rs4759058	C	A	7092.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=268;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=69;NR=97;PP=2965;SC=CACCCACCCGCTGCTTGCCCC;SOR=0.933;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=166;TCF=69;TCR=97;TR=166;WE=54339060;WS=54339042;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,267:1.00:267
chr12	54348554	rs72049639	CGGGAT	C	589.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-0.149;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=4;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=2;PP=695;ReadPosRankSum=1.062;SC=AGTTAGAGTGCGGGATGGGAT;SOR=2.584;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=15;TCF=13;TCR=2;TR=12;WE=54348586;WS=54348550;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,14:0.93:15
chr12	54348571	rs199806153	G	GA	715.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-0.557;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=10;HapScore=4;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.471;NF=12;NR=2;PP=676;ReadPosRankSum=-0.276;SC=GGATGGTGGGGGGGGGGGATC;SOR=2.200;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=15;TCF=13;TCR=2;TR=14;WE=54348586;WS=54348550;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,18:0.95:19
chr12	54348578	rs55661050	G	A	810.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-1.766;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=10;HapScore=4;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.459;NF=16;NR=1;PP=781;ReadPosRankSum=-0.349;SC=GGGGGGGGGGGATCGGTTGTC;SOR=2.303;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=21;TCF=19;TCR=2;TR=17;WE=54348586;WS=54348550;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,19:0.95:20
chr12	54349365	rs10876524	C	T	2224.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=45;PP=1284;SC=CAAACCCGACCTCTTACCAGG;SOR=1.996;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=57;TCF=12;TCR=45;TR=57;WE=54349373;WS=54349355;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr12	54367061	rs4759315	T	G	7926.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=310;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQ=60.03;NF=127;NR=46;PP=2965;SC=ACTTCTGCTCTCCGTCGCGCA;SOR=1.555;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=173;TCF=127;TCR=46;TR=173;WE=54367069;WS=54367051;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,300:1.00:300
chr12	54385599	rs11614913	C	T	881.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.767;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.752;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=18;PP=405;ReadPosRankSum=-0.316;SC=CAAGAAACTGCCTGAGTTACA;SOR=0.935;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=56;TCF=23;TCR=33;TR=28;WE=54385607;WS=54385589;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,44:0.51:87
chr12	54394497	rs2241820	C	T	1047.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=1.894;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=18;PP=458;ReadPosRankSum=2.772;SC=AGGAGAAGGCCGACCTGGACC;SOR=0.737;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=50;TCF=18;TCR=32;TR=28;WE=54394505;WS=54394487;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,51:0.50:103
chr12	54405190	rs4142680	C	T	117.78	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=-1.534;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=10;HapScore=4;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=11;PP=289;ReadPosRankSum=-0.887;SC=CCCCCCCCCCCTTAGCAACTC;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=0;TCR=18;TR=11;WE=54405198;WS=54405169;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,7:0.88:8
chr12	54449069	rs72272573	AAT	A	86.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.046;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=3.282;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=5.78;ReadPosRankSum=0.230;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,5:0.33:15
chr12	54496006	rs12308675	T	C	593.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-2.917;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.736;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=6;PP=481;ReadPosRankSum=-0.439;SC=AGCCTTGTTTTCTCTAGATCA;SOR=0.123;SbPval=0.24;Source=Platypus;TC=68;TCF=59;TCR=9;TR=31;WE=54496014;WS=54496004;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,28:0.41:69
chr12	54496166	rs3195797	G	T	4156.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.185;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=463;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.744;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=-6.383;NF=69;NR=64;PP=1914;ReadPosRankSum=-0.522;SC=TCAACCTTTCGCTGTCAACGG;SOR=0.622;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=275;TCF=133;TCR=142;TR=133;WE=54496174;WS=54496156;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:254,209:0.45:463
chr12	54496219	rs1133773	A	G	2709.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.152;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=289;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.428;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-5.322;NF=37;NR=54;PP=1316;ReadPosRankSum=1.203;SC=TGTTCATGGTACTGAAGAACA;SOR=0.589;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=191;TCF=71;TCR=120;TR=91;WE=54496227;WS=54496209;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:154,135:0.47:289
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chr12	54575800	rs2233921	C	A	109.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.639;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=2.036;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.39;ReadPosRankSum=2.155;SOR=1.516;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,7:0.28:25
chr12	54635846	rs2293602	G	T	105.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=1.347;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=4;PP=72;ReadPosRankSum=-0.825;SC=AAGAAGAAATGTAAGTAAATG;SOR=0.941;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=12;TCF=3;TCR=9;TR=5;WE=54635854;WS=54635836;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,5:0.42:12
chr12	54651471	rs1140681	A	G	1405.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-2.771;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.461;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=37;PP=890;ReadPosRankSum=-1.029;SC=TAAGGCCACCAGGTCCCTGCA;SOR=0.303;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=99;TCF=25;TCR=74;TR=53;WE=54651479;WS=54651461;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,63:0.52:121
chr12	54677980	rs7967622	C	T	484.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=0.155;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.363;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=8;PP=260;ReadPosRankSum=0.748;SC=TTTTATTATCCCAAATATGAA;SOR=0.703;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=42;TCF=23;TCR=19;TR=16;WE=54677988;WS=54677970;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,22:0.41:54
chr12	54686097	rs117464430	G	A	559.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-2.499;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=5;PP=374;ReadPosRankSum=-1.274;SC=GGGTTGGGGAGTACCTTTATC;SOR=0.610;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=50;TCF=41;TCR=9;TR=24;WE=54686105;WS=54686090;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,26:0.44:59
chr12	54687232	rs10506328	A	C	1172.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.191;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.706;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=25;PP=621;ReadPosRankSum=-0.137;SC=TCTCTCAGGAACAAGCTGGAT;SOR=0.565;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=79;TCF=28;TCR=51;TR=40;WE=54687240;WS=54687222;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,56:0.48:117
chr12	54734522	rs35078728	C	CT	251.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-1.496;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=11;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=14;PP=181;ReadPosRankSum=0.549;SC=ATACTTCCATCTTTTTTTTTT;SOR=0.836;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=41;TCF=1;TCR=40;TR=14;WE=54734530;WS=54734512;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,17:0.53:32
chr12	54764618	rs2706248	T	C	1945.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=50;NR=13;PP=1574;SC=TGGGGAAAACTCTGAAGAAGG;SOR=2.584;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=63;TCF=50;TCR=13;TR=63;WE=54764626;WS=54764613;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr12	54764962	rs2244933	G	T	1144.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.943;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.331;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.444;NF=15;NR=20;PP=425;ReadPosRankSum=0.099;SC=ACATTCCCAGGTACAATATGA;SOR=0.494;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=75;TCF=30;TCR=45;TR=35;WE=54764970;WS=54764952;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,60:0.50:121
chr12	54765005	rs3830651	TCTAA	T	1396.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.928;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.477;NF=1;NR=19;PP=858;ReadPosRankSum=1.189;SC=GTGGGTTCTTTCTAACTAAGC;SOR=0.715;SbPval=0.93;Source=Platypus;TC=45;TCF=6;TCR=39;TR=20;WE=54765016;WS=54764995;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,39:0.49:80
chr12	54767613	rs2706258	C	T	435.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.458;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.38;ReadPosRankSum=2.223;SOR=0.876;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,20:0.48:42
chr12	54767812	rs2887875	G	A	2105.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.002;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.522;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=33;PP=924;ReadPosRankSum=2.566;SC=GGGGAGCTGGGTCTCCAGGTT;SOR=0.631;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=129;TCF=66;TCR=63;TR=66;WE=54767820;WS=54767802;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:94,103:0.52:197
chr12	54767981	rs3832831	C	CAG	763.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.044;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=13;PP=618;ReadPosRankSum=-0.401;SC=GATCTCCCCACAGAGCTCCCT;SOR=0.906;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=27;TCF=4;TCR=23;TR=14;WE=54767989;WS=54767971;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,22:0.58:38
chr12	54772755	rs2706256	C	A	690.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=7;NR=11;PP=254;SC=GCAGAGGGAGCGGTAGCCAGC;SOR=0.976;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=7;TCR=11;TR=18;WE=54772763;WS=54772745;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr12	54796593	rs12422998	C	G	508.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=3.747;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.424;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=0;PP=336;ReadPosRankSum=-1.518;SC=TTCATTTAATCTTTCCAAAAA;SOR=2.004;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=30;TCF=29;TCR=1;TR=15;WE=54796601;WS=54796590;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,18:0.55:33
chr12	54799450	rs1249378	A	G	7521.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.808;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=291;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=99;NR=97;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.874;SC=CCACTCACCCATCCCCATTGA;SOR=0.232;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=197;TCF=100;TCR=97;TR=196;WE=54799458;WS=54799440;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,287:1.00:288
chr12	54802493	.	CA	C	95.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.538;ClippingRankSum=0.000;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=3.317;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.33;ReadPosRankSum=0.773;SOR=1.402;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,19:0.46:41
chr12	54805753	rs1922254	G	T	10858.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=258;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=69;NR=84;PP=2893;SC=CTGACCCTGTGGGGGGGAAAA;SOR=0.834;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=154;TCF=70;TCR=84;TR=153;WE=54805773;WS=54805743;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,255:1.00:255
chr12	54805765	rs1249181	C	T	10543.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=245;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=63;NR=85;PP=2861;SC=GGGGGAAAAGCGAGGCAGTTG;SOR=0.910;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=148;TCF=63;TCR=85;TR=148;WE=54805773;WS=54805743;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,242:1.00:242
chr12	54901841	.	G	A	498.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-2.468;ClippingRankSum=0.000;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=18;PP=355;ReadPosRankSum=-0.549;SC=TACTATAATTGTTTTGTAAAA;SOR=0.904;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=29;TCF=2;TCR=27;TR=19;WE=54901849;WS=54901831;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,21:0.66:32
chr12	54905815	rs2458409	C	G	3314.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-2.049;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=331;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=63;PP=1490;ReadPosRankSum=0.871;SC=AGGGCTCCCTCTACATCACCC;SOR=0.670;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=207;TCF=77;TCR=130;TR=101;WE=54905823;WS=54905805;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:168,161:0.49:329
chr12	54910837	rs1691630	G	A	3123.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.762;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=292;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.85;ReadPosRankSum=0.270;SOR=0.721;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:137,151:0.52:288
chr12	54911376	rs34286028	C	T	2404.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.750;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.484;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=41;PP=1173;ReadPosRankSum=-0.119;SC=GGCTGGTTCGCCACACAGAGA;SOR=0.652;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=160;TCF=76;TCR=84;TR=81;WE=54911384;WS=54911366;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:108,118:0.52:226
chr12	54911768	rs1795838	C	T	1776.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-0.721;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=44;PP=1093;ReadPosRankSum=2.292;SC=AGGATGATCCCTAGTGATTTT;SOR=0.682;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=110;TCF=32;TCR=78;TR=61;WE=54911776;WS=54911758;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,77:0.59:131
chr12	54920566	rs12369172	T	C	1932.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=19;NR=45;PP=1138;SC=TGCCTTACTTTGTGTTGGCAC;SOR=1.842;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=64;TCF=19;TCR=45;TR=64;WE=54920574;WS=54920556;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr12	54920591	rs12367426	G	A	1307.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=5;NR=34;PP=982;SC=TCCTTTACACGGTAGGACCTC;SOR=3.365;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=39;TCF=5;TCR=34;TR=39;WE=54920599;WS=54920581;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr12	54925750	rs10747697	A	C	1508.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=27;NR=16;PP=1103;SC=GAAGAGGGAGAGTAATTTGGC;SOR=1.051;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=43;TCF=27;TCR=16;TR=43;WE=54925758;WS=54925740;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
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chr12	54932788	rs4758966	T	C	6342.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=240;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=67;NR=81;PP=2965;SC=GGTGTGAGAATAGGGAATGGA;SOR=0.808;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=149;TCF=67;TCR=82;TR=148;WE=54932796;WS=54932778;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,237:1.00:237
chr12	54955324	rs10747699	T	C	2278.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=41;NR=18;PP=1101;SC=CTGGGGCTCCTGGGGTCAGGA;SOR=1.347;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=59;TCF=41;TCR=18;TR=59;WE=54955332;WS=54955314;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr12	54955461	rs9668037	A	G	4751.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=40;NR=54;PP=1971;SC=GGAGGAGGGAAAGGACAGGTT;SOR=0.774;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=95;TCF=40;TCR=55;TR=94;WE=54955469;WS=54955451;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,179:1.00:179
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chr12	54955647	rs1552957	G	T	823.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=33;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=3;NR=19;PP=517;SC=CCCCACCTTTGTAAAAATTGC;SOR=2.303;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=23;TCF=4;TCR=19;TR=22;WE=54955655;WS=54955637;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr12	54963491	rs71070829	C	CT	877.92	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.920;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FS=3.240;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.10;ReadPosRankSum=1.276;SOR=0.260;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,55:0.82:67
chr12	54969998	rs1249949	A	G	1702.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.264;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.318;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=35;PP=908;ReadPosRankSum=-2.610;SC=GGGGAGGCAGACTGCTTCAAG;SOR=0.849;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=106;TCF=42;TCR=64;TR=55;WE=54970006;WS=54969988;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,79:0.54:147
chr12	54970454	rs1249950	T	C	3960.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=2.227;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=378;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.523;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQ=59.99;MQRankSum=-0.976;NF=46;NR=66;PP=1846;ReadPosRankSum=0.624;SC=TTCAGGAGAATAAGCAGAAAT;SOR=0.909;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=223;TCF=101;TCR=122;TR=112;WE=54970462;WS=54970444;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:184,191:0.51:375
chr12	54971347	rs1249951	C	G	1087.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=2.247;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.797;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=27;PP=676;ReadPosRankSum=1.782;SC=AAAGGAGGTACCTTCTCAGAA;SOR=0.934;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=71;TCF=20;TCR=51;TR=37;WE=54971355;WS=54971337;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,47:0.51:93
chr12	54975837	rs1249958	T	C	4394.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=58;NR=37;PP=1869;SC=CTCCTGGGTTTCTGTGCTCTC;SOR=0.978;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=95;TCF=58;TCR=37;TR=95;WE=54975845;WS=54975827;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,165:1.00:165
chr12	54982040	rs142801029	A	AC	54.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.062;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=9;PP=340;ReadPosRankSum=0.170;SC=GGGACAGAAGACCCCCCCCCG;SOR=0.223;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=29;TCF=8;TCR=21;TR=11;WE=54982048;WS=54982030;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,5:0.31:16
chr12	55002014	rs1795819	C	T	1022.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=37;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=25;NR=8;PP=717;SC=TTGGATGTGGCGTCTCCCACA;SOR=2.012;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=25;TCR=8;TR=33;WE=55002022;WS=55002004;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr12	55002053	rs1795818	C	G	2291.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=42;NR=18;PP=1312;SC=GCACCCTCATCATTAGGGCCT;SOR=1.367;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=61;TCF=42;TCR=19;TR=60;WE=55002073;WS=55002043;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr12	55002065	rs1716356	G	A	2456.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.59;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr12	55003931	rs939463	G	A	402.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=1.530;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=2;PP=268;ReadPosRankSum=1.067;SC=CAGAATTCCCGGGATCATATG;SOR=0.527;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=22;TCF=20;TCR=2;TR=15;WE=55003939;WS=55003921;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,17:0.65:26
chr12	55004150	rs937308	C	A	4115.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=36;NR=55;PP=1825;SC=AGAGAGGTGGCGGCTAGGCTG;SOR=0.984;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=95;TCF=39;TCR=56;TR=91;WE=55004158;WS=55004140;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,154:1.00:154
chr12	55028808	rs11832807	C	A	205.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=-1.432;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.796;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=8;PP=147;ReadPosRankSum=0.502;SC=TCAACAAGGGCTAGGTTGGGC;SOR=2.115;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=15;TCF=3;TCR=12;TR=9;WE=55028816;WS=55028798;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,9:0.60:15
chr12	55038408	rs11338265	AT	A	295.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.241;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=1.808;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.96;ReadPosRankSum=-0.373;SOR=0.830;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,26:0.79:33
chr12	55039662	rs76825081	A	C	611.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.501;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.354;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=6;PP=385;ReadPosRankSum=-0.338;SC=AGCATCCCTCAAGCTTTTTCC;SOR=1.135;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=44;TCF=28;TCR=16;TR=21;WE=55039670;WS=55039652;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,27:0.49:55
chr12	55041079	rs903768	T	A	2849.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=31;NR=47;PP=1534;SC=AATCTCTGCTTCACAAGGGGC;SOR=1.085;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=78;TCF=31;TCR=47;TR=78;WE=55041087;WS=55041069;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr12	55042118	rs78394705	A	G	1724.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-1.164;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.289;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=28;PP=752;ReadPosRankSum=0.689;SC=GTATGCCACCAAATCCTTGGA;SOR=0.608;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=103;TCF=50;TCR=53;TR=55;WE=55042126;WS=55042108;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,85:0.56:151
chr12	55248206	rs2306851	A	G	320.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.432;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.603;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=4;PP=184;ReadPosRankSum=0.517;SC=TTGTGTCCCAACGTTTCCTGG;SOR=0.412;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=20;TCF=14;TCR=6;TR=11;WE=55248214;WS=55248196;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,15:0.60:25
chr12	55249002	rs7133564	A	G	12591.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.910;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=489;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=123;NR=173;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.121;SC=TTCCAGCCTCATGTCAAACAG;SOR=0.333;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=298;TCF=123;TCR=175;TR=296;WE=55249010;WS=55248992;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,481:1.00:482
chr12	55250612	rs1349910	A	G	20694.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=807;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=250;NR=221;PP=2965;SC=CAACCACTGCAACCACTGCTG;SOR=0.771;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=475;TCF=252;TCR=223;TR=471;WE=55250620;WS=55250602;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,798:1.00:798
chr12	55252202	rs1948139	C	T	344.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=2.412;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=11;PP=176;ReadPosRankSum=0.457;SC=GGCTATGGGGCGGTTGTCCAT;SOR=0.382;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=33;TCF=3;TCR=30;TR=12;WE=55252210;WS=55252192;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,16:0.41:39
chr12	55421250	rs2656804	C	T	844.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=3.561;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.137;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=22;PP=470;ReadPosRankSum=1.083;SC=CAGAGAATGACGTGGAGACAT;SOR=1.140;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=65;TCF=17;TCR=48;TR=28;WE=55421258;WS=55421240;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,40:0.42:95
chr12	55421299	rs2243885	C	A	414.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-0.954;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.805;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=15;PP=298;ReadPosRankSum=0.593;SC=GATTCAATGACCTTAAAGGAT;SOR=1.420;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=30;TCF=3;TCR=27;TR=17;WE=55421307;WS=55421289;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,18:0.49:37
chr12	55688267	rs7308594	G	A	4127.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=2.027;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=408;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.444;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=74;NR=76;PP=2315;ReadPosRankSum=-0.693;SC=TACAGCTACCGTATGTCATGG;SOR=0.625;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=293;TCF=151;TCR=142;TR=150;WE=55688275;WS=55688257;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:204,197:0.49:401
chr12	55758832	rs7962135	T	C	1519.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=37;NR=9;PP=1041;SC=GGTGTCATAGTTTTCTGGTTT;SOR=2.746;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=46;TCF=37;TCR=9;TR=46;WE=55758840;WS=55758822;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr12	55759878	rs10876751	A	G	1858.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=9;NR=43;PP=1276;SC=AAGCTGAATGAAAAACTCTCT;SOR=2.584;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=52;TCF=9;TCR=43;TR=52;WE=55759886;WS=55759868;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr12	55794264	rs7967395	A	G	1409.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=27;NR=15;PP=756;SC=ACGTATTGACATTCACTCTTC;SOR=1.159;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=42;TCF=27;TCR=15;TR=42;WE=55794272;WS=55794254;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr12	55794531	rs142121934	A	G	1721.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.058;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.685;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=19;PP=912;ReadPosRankSum=0.152;SC=CATTTACGACAGTCTTCATTC;SOR=0.991;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=130;TCF=91;TCR=39;TR=65;WE=55794539;WS=55794521;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,86:0.49:174
chr12	55794976	rs7971073	A	G	12886.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.803;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=488;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=123;NR=197;PP=2965;ReadPosRankSum=0.866;SC=CATCCTTAAAACAATTCTGAA;SOR=1.082;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=324;TCF=124;TCR=200;TR=320;WE=55794984;WS=55794966;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,475:1.00:477
chr12	55805647	rs12825123	A	G	22022.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=0.202;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=860;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=-0.747;NF=291;NR=256;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.208;SC=ATTCCTCTGCAATCTCTTGGC;SOR=0.456;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=556;TCF=293;TCR=263;TR=547;WE=55805655;WS=55805637;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:6,850:0.99:856
chr12	55806134	rs12833263	T	C	11585.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.004;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=425;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=10.321;NF=155;NR=133;PP=2965;ReadPosRankSum=1.157;SC=CTTCAGGAGATTCGCCTTCTT;SOR=0.793;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=289;TCF=155;TCR=134;TR=288;WE=55806142;WS=55806124;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,418:1.00:420
chr12	55806437	rs114890660	T	C	15481.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.580;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=558;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=-0.619;NF=220;NR=190;PP=2965;ReadPosRankSum=0.210;SC=TAGTTCACTGTTTGGAGTATT;SOR=0.384;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=411;TCF=220;TCR=191;TR=410;WE=55806445;WS=55806427;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,547:1.00:548
chr12	55807293	rs3887805	A	G	5323.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=148;NR=39;PP=2965;SC=TGGGACTGCCAGTGCTGGAAC;SOR=2.694;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=187;TCF=148;TCR=39;TR=187;WE=55807301;WS=55807283;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,196:1.00:196
chr12	55807588	rs12826694	C	T	7292.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=6.496;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=739;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.893;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-9.987;NF=170;NR=169;PP=2962;ReadPosRankSum=1.353;SC=AGGGCTGCACCACTCCTGTAC;SOR=0.877;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=639;TCF=351;TCR=288;TR=339;WE=55807596;WS=55807578;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:368,359:0.49:727
chr12	55808469	rs7132076	C	G	5226.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=65;NR=69;PP=2683;SC=TGCACTGCTTCTCGTTCATAT;SOR=0.746;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=134;TCF=65;TCR=69;TR=134;WE=55808477;WS=55808459;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,193:1.00:193
chr12	55820202	rs114284996	C	T	4113.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.016;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=363;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.248;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=72;NR=72;PP=2578;ReadPosRankSum=1.340;SC=ACCTGAAGACCCCCATGTATT;SOR=0.653;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=260;TCF=127;TCR=133;TR=144;WE=55820210;WS=55820192;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:173,179:0.51:352
chr12	55820958	rs57387180	CA	C	1025.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.422;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=0.5017;FS=0.000;HP=13;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=35;PP=435;ReadPosRankSum=-0.518;SC=AGATTTCCCACAAAAAAAAAA;SOR=0.585;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=48;TCF=3;TCR=45;TR=38;WE=55820968;WS=55820948;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,64:0.79:81
chr12	55845993	rs117160065	C	T	2123.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.552;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=256;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.149;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=30;PP=1007;ReadPosRankSum=-0.154;SC=TATCAAAGAACAGTGATGAAA;SOR=0.566;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=160;TCF=100;TCR=60;TR=73;WE=55846001;WS=55845983;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:145,109:0.43:254
chr12	55944926	rs7313959	G	A	1972.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=49;NR=6;PP=1340;SC=TGTTCATTAAGATAAGCTTTA;SOR=3.327;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=55;TCF=49;TCR=6;TR=55;WE=55944934;WS=55944916;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr12	55945119	rs7313899	A	G	32914.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=1240;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=460;NR=331;PP=2965;SC=CATGCTAAGTATCCTAGGAAA;SOR=0.946;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=792;TCF=461;TCR=331;TR=791;WE=55945127;WS=55945109;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,1211:1.00:1211
chr12	56030938	rs10876838	C	T	12337.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.337;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=464;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=164;NR=147;PP=2965;ReadPosRankSum=0.616;SC=CTGGGCTCCCCGCATCCCCAG;SOR=0.257;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=316;TCF=166;TCR=150;TR=311;WE=56030946;WS=56030928;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,448:1.00:449
chr12	56031273	rs7970885	G	A	19616.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.222;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=761;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=241;NR=250;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.340;SC=CGAGATCTCCGTGATGACAGC;SOR=0.721;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=498;TCF=243;TCR=255;TR=491;WE=56031281;WS=56031263;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,734:0.99:738
chr12	56092682	rs3847675	C	T	6790.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-1.533;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=621;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.520;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=73;NR=109;PP=2923;ReadPosRankSum=-0.394;SC=CCAGACCTTTCCCCGAGTCAA;SOR=0.642;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=356;TCF=143;TCR=213;TR=182;WE=56092690;WS=56092672;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:289,327:0.53:616
chr12	56096600	rs149446335	AAC	A	94.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.538;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FS=0.884;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.05;MQRankSum=2.820;QD=0.46;ReadPosRankSum=0.670;SOR=0.521;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:183,22:0.11:205
chr12	56115585	rs3138142	C	T	1474.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.401;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.871;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=29;PP=693;ReadPosRankSum=-0.252;SC=TGGGTCCCATCGGGGTCACCC;SOR=1.110;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=97;TCF=40;TCR=57;TR=43;WE=56115593;WS=56115575;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,73:0.48:151
chr12	56115778	rs3138141	C	A	398.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-3.685;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.885;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=11;PP=218;ReadPosRankSum=-1.752;SC=GCAGCCCACTCAACAAACGTG;SOR=0.180;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=38;TCF=10;TCR=28;TR=17;WE=56115786;WS=56115768;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,21:0.46:46
chr12	56117570	rs3138136	C	T	3110.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.304;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=263;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.462;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=29;PP=1478;ReadPosRankSum=-1.685;SC=AACTCTTGTCCCTGGTCTGTG;SOR=0.731;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=187;TCF=122;TCR=65;TR=91;WE=56117578;WS=56117560;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:120,141:0.54:261
chr12	56120096	rs35746357	C	T	466.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.571;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.594;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=16;PP=368;ReadPosRankSum=-0.294;SC=GAACCTTCACCTTCAATATGG;SOR=1.101;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=33;TCF=3;TCR=30;TR=17;WE=56120104;WS=56120086;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,19:0.51:37
chr12	56182846	rs3741504	G	C	5074.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.677;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=455;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=88;PP=2513;ReadPosRankSum=-0.879;SC=TACTTCCATCGAGCCTACATT;SOR=0.668;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=276;TCF=118;TCR=158;TR=154;WE=56182854;WS=56182836;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:207,237:0.53:444
chr12	56213297	rs56108400	G	T	707.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.618;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.874;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=26;PP=522;ReadPosRankSum=-0.379;SC=TGGGGGAAATGAGATATGCTG;SOR=1.513;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=62;TCF=8;TCR=54;TR=28;WE=56213305;WS=56213287;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,32:0.41:79
chr12	56213978	.	TA	T	49.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.187;ClippingRankSum=-0.000;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=2.62;ReadPosRankSum=0.262;SOR=1.002;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,7:0.37:19
chr12	56220974	rs67133580	CA	C	572.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.235;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FS=14.546;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.55;ReadPosRankSum=0.143;SOR=2.910;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,49:0.73:67
chr12	56236043	rs2291268	G	A	1180.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-1.973;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=12;PP=681;ReadPosRankSum=-0.633;SC=ATGGTTTAGGGTCAGGAGGAG;SOR=0.500;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=38;TCF=26;TCR=12;TR=37;WE=56236051;WS=56236033;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,45:0.98:46
chr12	56236318	rs7310325	T	C	618.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=12;PP=336;SC=AGGAGGGACCTGATATGGAAG;SOR=1.051;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=8;TCR=12;TR=20;WE=56236326;WS=56236308;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr12	56236531	rs7294345	A	G	4929.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=71;NR=39;PP=2042;SC=GACTTACCACAGGCGCCACCT;SOR=1.126;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=110;TCF=71;TCR=39;TR=110;WE=56236539;WS=56236521;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,191:1.00:191
chr12	56295544	rs147424544	GAAGT	G	4029.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQ=60.11;NF=40;NR=14;PP=2781;SC=GCAGGAGGTGGAAGTAAGCCA;SOR=2.226;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=59;TCF=44;TCR=15;TR=54;WE=56295555;WS=56295534;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr12	56295734	rs7302270	A	G	8571.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=324;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=98;NR=106;PP=2965;SC=GCTCTTTGCTAGGCTGGCTGA;SOR=0.758;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=204;TCF=98;TCR=106;TR=204;WE=56295742;WS=56295724;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,318:1.00:318
chr12	56298115	rs61956424	T	C	1359.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.21;SOR=0.752;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr12	56298120	rs61956425	A	G	1309.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=46.78;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr12	56326493	rs57799285	GCA	G	429.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.485;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=10.472;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.47;MQRankSum=1.492;QD=11.31;ReadPosRankSum=-2.988;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,21:0.55:38
chr12	56330572	rs7297871	G	A	4283.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.157;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=390;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.684;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=66;PP=1764;ReadPosRankSum=-0.815;SC=GCAAGGTCTCGGCTCTCTACC;SOR=0.575;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=230;TCF=93;TCR=137;TR=114;WE=56330580;WS=56330562;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:180,205:0.53:385
chr12	56334801	rs150653651	C	A	1173.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-0.768;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.785;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=29;PP=805;ReadPosRankSum=-1.861;SC=ATGATGGGGGCAGGTTTTTCA;SOR=0.811;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=89;TCF=29;TCR=60;TR=41;WE=56334809;WS=56334791;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,49:0.49:100
chr12	56335107	rs1136082	A	G	3825.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.690;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=378;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.765;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=69;PP=2064;ReadPosRankSum=2.627;SC=AGCAGGGGCAAAGGTGAGGAG;SOR=0.568;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=229;TCF=96;TCR=133;TR=127;WE=56335115;WS=56335097;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:181,183:0.50:364
chr12	56335150	rs2291615	G	A	2260.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.293;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.151;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=54;PP=1428;ReadPosRankSum=0.311;SC=TGAGAGGCAGGGCCTGCCTGC;SOR=0.804;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=150;TCF=56;TCR=94;TR=88;WE=56335158;WS=56335140;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:89,100:0.53:189
chr12	56348028	rs1052206	G	A	1489.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-1.185;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.585;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=20;PP=654;ReadPosRankSum=1.554;SC=GGAGGGGGCTGTTCTCACCAA;SOR=0.614;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=115;TCF=70;TCR=45;TR=51;WE=56348036;WS=56348018;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,76:0.47:163
chr12	56351346	rs1052165	G	A	5077.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.090;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=469;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=69;NR=86;PP=2556;ReadPosRankSum=0.068;SC=GATAGCCACTGGGGTCATGGA;SOR=0.732;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=283;TCF=128;TCR=155;TR=155;WE=56351354;WS=56351336;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:217,243:0.53:460
chr12	56363222	rs73123218	A	G	2086.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.860;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.059;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=31;PP=979;ReadPosRankSum=-1.379;SC=TCCATACCCTATAAACCACCC;SOR=0.609;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=135;TCF=73;TCR=62;TR=65;WE=56363230;WS=56363212;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:109,102:0.48:211
chr12	56398454	rs773115	G	C	5765.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=68;NR=95;PP=2895;SC=CTGTCCAGTCGGCCATCACAG;SOR=0.924;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=163;TCF=68;TCR=95;TR=163;WE=56398462;WS=56398444;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,219:1.00:219
chr12	56415472	.	C	CTGTGTGTGTG	69.86	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.282;ClippingRankSum=-0.000;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.71;MQRankSum=0.253;QD=13.97;ReadPosRankSum=1.282;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,4:0.80:5
chr12	56417403	rs2658479	T	C	3957.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=64;NR=46;PP=1798;SC=AGGATATGAATGGGAAATGGT;SOR=0.970;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=110;TCF=64;TCR=46;TR=110;WE=56417411;WS=56417393;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,153:1.00:153
chr12	56420473	.	CA	C	186.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.353;ClippingRankSum=0.000;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=1.264;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.33;ReadPosRankSum=1.180;SOR=0.473;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,25:0.45:56
chr12	56426577	rs1619653	A	G	3534.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=23;NR=68;PP=2067;SC=AGTATCTCCCACACTGAGGGA;SOR=1.788;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=91;TCF=23;TCR=68;TR=91;WE=56426585;WS=56426567;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr12	56428344	rs2452822	G	C	8224.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=296;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=131;NR=63;PP=2965;SC=CTGAGTTCCTGTTCTCCACAG;SOR=1.305;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=197;TCF=131;TCR=66;TR=194;WE=56428352;WS=56428334;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,291:1.00:291
chr12	56435929	rs1131017	C	G	3371.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.054;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=276;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.943;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=47;PP=1581;ReadPosRankSum=-0.330;SC=ACCGTCTCCTCTCTCCGGTCC;SOR=0.728;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=179;TCF=91;TCR=88;TR=100;WE=56435937;WS=56435919;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:111,156:0.58:267
chr12	56436472	rs705706	T	G	850.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=23;PP=614;SC=GGCTCTGTTCTTTGGAGCCTC;SOR=2.694;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=6;TCR=23;TR=29;WE=56436480;WS=56436462;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr12	56477694	rs2271194	A	T	1804.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.425;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.586;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=43;PP=891;ReadPosRankSum=-0.764;SC=CAGGTTAGTGAGCCCACCCTC;SOR=0.777;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=130;TCF=44;TCR=86;TR=63;WE=56477702;WS=56477684;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,88:0.52:169
chr12	56478658	rs7971751	A	C	846.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.760;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FS=5.450;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.41;ReadPosRankSum=1.683;SOR=1.510;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:53,37:0.41:90
chr12	56482180	rs2292239	T	G	226.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.509;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.662;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=2;PP=129;ReadPosRankSum=2.678;SC=TTTGAATCTATAGGGCAGCAC;SOR=0.048;SbPval=0.26;Source=Platypus;TC=16;TCF=14;TCR=2;TR=8;WE=56482188;WS=56482178;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,10:0.56:18
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chr12	56494991	rs2271189	G	A	3648.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.688;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=376;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=49;PP=1725;ReadPosRankSum=-0.501;SC=CAATGTGTAGGAGCCGGAGCA;SOR=0.709;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=216;TCF=113;TCR=103;TR=104;WE=56494999;WS=56494981;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:198,177:0.47:375
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chr12	56525230	rs73125289	G	C	2187.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.122;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.519;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=35;PP=1247;ReadPosRankSum=-1.950;SC=CTTTTCTGGGGAAAGGCTTTG;SOR=0.554;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=124;TCF=59;TCR=65;TR=70;WE=56525238;WS=56525220;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,101:0.53:189
chr12	56535881	rs375668011	CA	C	72.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.412;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=1.718;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.03;ReadPosRankSum=-0.917;SOR=0.340;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,10:0.42:24
chr12	56551339	rs28365930	C	CAAA	1790.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.509;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.821;HP=7;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.090;NF=17;NR=30;PP=1681;ReadPosRankSum=-0.615;SC=GGTGAGGGGACAAAAAAGCGG;SOR=0.555;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=105;TCF=39;TCR=66;TR=47;WE=56551353;WS=56551329;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:99,85:0.46:184
chr12	56556167	rs71671109	TA	T	389.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.170;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=427;ExcessHet=3.0103;FS=6.647;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.03;MQRankSum=1.789;QD=1.11;ReadPosRankSum=-0.333;SOR=0.408;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:275,75:0.21:350
chr12	56564056	rs60041436	CTTTT	C	3133.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.573;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.347;NF=7;NR=31;PP=1601;ReadPosRankSum=-0.843;SC=GTGTCTAACACTTTTCTTTTT;SOR=0.310;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=39;TCF=7;TCR=32;TR=38;WE=56564068;WS=56564046;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,73:0.99:74
chr12	56575742	rs773644	T	G	4768.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=62;NR=62;PP=2826;SC=GGGTAGACTGTTCCTGGCATT;SOR=0.729;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=124;TCF=62;TCR=62;TR=124;WE=56575750;WS=56575732;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,167:1.00:167
chr12	56601237	rs703823	A	G	2974.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=1.199;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=62;PP=2012;ReadPosRankSum=1.951;SC=CCACCCAAACACATAAGACAT;SOR=1.380;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=94;TCF=32;TCR=62;TR=94;WE=56601245;WS=56601227;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,107:0.98:109
chr12	56604416	rs10532115	GAT	G	3510.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=50;PP=2425;SC=GCCTGGATATGATATAACTCT;SOR=2.720;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=51;TCF=1;TCR=50;TR=51;WE=56604428;WS=56604406;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr12	56604420	rs79677444	T	C	3519.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=11;NR=49;PP=1516;SC=GGATATGATATAACTCTACAA;SOR=2.720;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=62;TCF=11;TCR=51;TR=60;WE=56604428;WS=56604406;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr12	56606989	.	G	GT	99.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.077;ClippingRankSum=0.000;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=1.808;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.75;ReadPosRankSum=-0.848;SOR=0.327;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,10:0.48:21
chr12	56607927	rs4759218	C	T	4925.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=45;NR=78;PP=2474;SC=ACACTCATTGCCAAGATCCAT;SOR=1.117;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=123;TCF=45;TCR=78;TR=123;WE=56607935;WS=56607917;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,183:1.00:183
chr12	56625045	rs1274497	T	C	5765.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=84;NR=50;PP=2965;SC=GCCCCTAAGCTATTCCCCTCA;SOR=1.057;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=134;TCF=84;TCR=50;TR=134;WE=56625053;WS=56625035;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,209:1.00:209
chr12	56629276	rs901073	A	C	3051.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=50;NR=34;PP=2203;SC=GGCTTGCCACAATCCATGCAA;SOR=1.145;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=84;TCF=50;TCR=34;TR=84;WE=56629284;WS=56629274;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr12	56647911	rs808919	G	C	6639.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=253;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=80;NR=64;PP=2567;SC=CGCCATTGGTGGAGACTGCAG;SOR=0.801;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=144;TCF=80;TCR=64;TR=144;WE=56647919;WS=56647901;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,251:1.00:251
chr12	56649601	rs1274490	A	G	1192.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.64;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=15;NR=6;PP=438;SC=CATGGTGCAGAGCACTGCGCC;SOR=1.154;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=21;TCF=15;TCR=6;TR=21;WE=56649609;WS=56649591;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr12	56650742	rs1274491	C	T	933.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=16;NR=7;PP=431;SC=ACCCTTAACCCCCACCTTTAA;SOR=1.244;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=16;TCR=7;TR=23;WE=56650750;WS=56650732;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr12	56676951	.	C	T	581.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=2.382;ClippingRankSum=0.000;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.458;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=17;PP=338;ReadPosRankSum=0.602;SC=TCTGGCCTCACGCAATGCTCC;SOR=1.148;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=35;TCF=4;TCR=31;TR=18;WE=56676959;WS=56676941;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,25:0.53:47
chr12	56717466	rs773665	C	T	1614.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=11;NR=32;PP=942;SC=CGTCTTCAAACTGGGATTCCT;SOR=1.823;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=43;TCF=11;TCR=32;TR=43;WE=56717474;WS=56717456;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr12	56722060	rs1918496	T	G	5615.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=68;NR=67;PP=2576;SC=TCAATCTCTATTATGTGATTC;SOR=0.703;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=135;TCF=68;TCR=67;TR=135;WE=56722068;WS=56722050;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,211:1.00:211
chr12	56726518	rs2643626	G	A	3561.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=70;NR=32;PP=2119;SC=CTGGCTATCTGCAAAGCAGCT;SOR=1.384;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=104;TCF=70;TCR=34;TR=102;WE=56726526;WS=56726508;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,129:1.00:129
chr12	56744033	.	G	GA	68.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.935;ClippingRankSum=0.000;DP=97;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.88;ReadPosRankSum=-0.026;SOR=0.502;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:64,14:0.18:78
chr12	56814256	rs10631263	G	GGAT	1558.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.967;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.969;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=5;PP=1025;ReadPosRankSum=1.193;SC=ATGACGATAAGGATAAGGAGG;SOR=0.983;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=52;TCF=34;TCR=18;TR=22;WE=56814264;WS=56814246;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,40:0.49:82
chr12	56814570	rs812279	T	G	1813.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.176;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.890;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=31;PP=1023;ReadPosRankSum=-0.318;SC=AGGGCTCTTCTCCTAAAAGTG;SOR=0.545;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=124;TCF=60;TCR=64;TR=64;WE=56814578;WS=56814560;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,86:0.50:171
chr12	56814653	rs2291739	G	A	1827.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.898;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.558;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=27;PP=957;ReadPosRankSum=1.050;SC=CCATAGGAGCGGGATAGAAAA;SOR=0.720;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=120;TCF=60;TCR=60;TR=55;WE=56814661;WS=56814643;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:89,84:0.49:173
chr12	56815281	rs2291738	T	C	3518.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.136;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=318;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.667;HP=6;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=54;PP=1674;ReadPosRankSum=0.506;SC=AGGACATCTATAAAAAGCAAG;SOR=0.521;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=206;TCF=92;TCR=114;TR=105;WE=56815289;WS=56815271;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:148,168:0.53:316
chr12	56815922	rs774047	C	T	1317.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.524;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=28;PP=624;ReadPosRankSum=0.420;SC=GTACAGCTCCCGAAGATGAGC;SOR=0.639;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=87;TCF=27;TCR=60;TR=41;WE=56815930;WS=56815912;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,67:0.47:144
chr12	56818982	rs12824030	G	C	1858.77	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=32;PP=1257;SC=GCTAAAGAGGGCTTTCCCCAT;SOR=2.004;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=41;TCF=9;TCR=32;TR=41;WE=56818991;WS=56818972;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr12	56818983	rs35382350	C	CT	485.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.339;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.670;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.064;NF=0;NR=12;PP=356;ReadPosRankSum=-1.087;SC=CTAAAGAGGGCTTTCCCCATC;SOR=0.250;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=34;TCF=1;TCR=33;TR=12;WE=56818991;WS=56818972;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,23:0.49:47
chr12	56821998	rs774026	A	G	385.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.784;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.57;ReadPosRankSum=-0.149;SOR=0.665;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,21:0.47:45
chr12	56822378	rs774027	T	A	1681.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=2.660;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.124;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=27;PP=963;ReadPosRankSum=0.109;SC=TCTGGAGATATGTCCATCTCA;SOR=0.634;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=127;TCF=62;TCR=65;TR=56;WE=56822386;WS=56822368;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:111,83:0.43:194
chr12	56822641	rs774028	G	C	895.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=8;NR=12;PP=536;SC=CTAGCTCACTGTATCTCCAGT;SOR=0.976;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=8;TCR=12;TR=20;WE=56822649;WS=56822631;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr12	56825311	rs774033	C	T	2540.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.453;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=268;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=42;PP=1218;ReadPosRankSum=-0.616;SC=GCTGGCGCAACACCTCCAGTT;SOR=0.683;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=181;TCF=96;TCR=85;TR=88;WE=56825319;WS=56825301;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:137,128:0.48:265
chr12	56825981	rs774039	A	G	210.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=1.454;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=2;PP=124;ReadPosRankSum=0.993;SC=AGTAACTGAAATCAAGGAAAG;SOR=1.051;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=18;TCF=14;TCR=4;TR=9;WE=56825989;WS=56825974;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,10:0.42:24
chr12	56826061	rs774040	G	A	2823.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=46;NR=22;PP=1364;SC=GCCTTCCCCAGATAATGCAGC;SOR=1.374;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=68;TCF=46;TCR=22;TR=68;WE=56826069;WS=56826051;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr12	56826758	rs11171845	A	G	964.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.363;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FS=4.172;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.09;MQRankSum=-0.483;QD=7.84;ReadPosRankSum=4.499;SOR=1.473;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:65,58:0.47:123
chr12	56827694	rs2279665	C	G	992.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-1.004;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=25;PP=756;ReadPosRankSum=-0.373;SC=AATAGCGGATCAGATCCTTCA;SOR=0.810;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=68;TCF=21;TCR=47;TR=35;WE=56827702;WS=56827684;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,39:0.50:78
chr12	56827974	rs2638312	C	T	6069.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=240;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=59;NR=89;PP=2667;SC=GACCAACCAACAGAGAAGGAA;SOR=0.927;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=150;TCF=59;TCR=91;TR=148;WE=56827982;WS=56827964;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,235:1.00:235
chr12	56845296	rs2643622	T	C	1455.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=37.33;SOR=1.387;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr12	56845296	.	TAGCAACG	CAGCAACA,CAGCAACG	258	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.36;FR=0.5000,0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MMLQ=28;MQ=60.0;NF=7,12;NR=12,21;PP=258,162;QD=16.3930460454;SC=GGGGACAGAGTAGCAACGCTG;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=12;TCR=21;TR=19,33;WE=56845311;WS=56845286;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.58:33
chr12	56845303	rs2088155	G	A	451.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.265;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=1.316;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.21;ReadPosRankSum=0.229;SOR=0.473;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,21:0.57:37
chr12	56845358	rs7953824	T	C	211.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-0.116;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=4;PP=83;ReadPosRankSum=-0.686;SC=ACTTGATATCTACAATAAACT;SOR=0.534;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=12;TCF=4;TCR=8;TR=6;WE=56845366;WS=56845348;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,10:0.62:16
chr12	56846965	.	A	AC	6977.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-2.160;ClippingRankSum=0.000;DP=561;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.725;HP=7;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=1.949;NF=22;NR=73;PP=2632;ReadPosRankSum=1.889;SC=TAACTGAGACACCCCCCTACT;SOR=0.605;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=213;TCF=57;TCR=156;TR=95;WE=56846973;WS=56846955;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:262,278:0.51:540
chr12	56862886	rs2657881	T	C	4577.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=68;NR=41;PP=2074;SC=AGAGATGATATGGGTGTCAAA;SOR=1.057;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=109;TCF=68;TCR=41;TR=109;WE=56862894;WS=56862876;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,171:1.00:171
chr12	56865338	rs2657879	A	G	2204.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.458;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=33;PP=1108;ReadPosRankSum=-0.421;SC=AGTTTCAGAGAGTGTGTAGGA;SOR=0.683;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=122;TCF=66;TCR=56;TR=72;WE=56865346;WS=56865328;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,104:0.57:183
chr12	56866308	.	C	CT	148.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.03;BaseQRankSum=-0.757;ClippingRankSum=0.000;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.551;HP=7;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=2;PP=185;ReadPosRankSum=-0.289;SC=AGACAGTTTACTTTTTTTAAA;SOR=0.180;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=29;TCF=25;TCR=4;TR=10;WE=56866316;WS=56866304;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,11:0.42:26
chr12	56866334	rs2638314	T	A	291.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-1.614;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=5;PP=251;ReadPosRankSum=0.435;SC=TCTCCTTTTTTAAAAAAATTT;SOR=0.495;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=39;TCF=29;TCR=10;TR=17;WE=56866342;WS=56866324;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,15:0.41:37
chr12	56866669	rs71697815	CT	C	92.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.210;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.43;ReadPosRankSum=0.466;SOR=0.776;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,14:0.52:27
chr12	56866962	rs2657878	C	T	1302.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.407;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.617;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=15;PP=675;ReadPosRankSum=0.993;SC=CGTGAGCCACCGCACCTGGCC;SOR=0.531;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=77;TCF=54;TCR=23;TR=44;WE=56866970;WS=56866952;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,59:0.54:110
chr12	56869577	rs5798384	C	CT	4093.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.958;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.201;NF=6;NR=68;PP=2969;ReadPosRankSum=-0.153;SC=GCTTTCCTCTCTGAGGCCAGC;SOR=0.919;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=79;TCF=6;TCR=73;TR=74;WE=56869585;WS=56869567;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,112:0.99:113
chr12	56869949	rs34325581	C	CT	1125.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=0.681;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.888;HP=11;HapScore=1;MGOF=84;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.306;NF=1;NR=32;PP=467;ReadPosRankSum=0.545;SC=CTTTCTCTTTCTTTTTTTTGA;SOR=1.863;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=43;TCF=1;TCR=42;TR=33;WE=56869957;WS=56869939;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,50:0.96:52
chr12	56869971	rs79174190	TTTGTCACCC	T	1361.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=1;NR=25;PP=2979;SC=ACAGTCTTGCTTTGTCACCCT;SOR=2.376;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=27;TCF=1;TCR=26;TR=26;WE=56869987;WS=56869961;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr12	56872770	rs34646954	GA	G	214.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.559;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FS=1.260;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.27;MQRankSum=1.688;QD=3.20;ReadPosRankSum=-1.526;SOR=0.927;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,32:0.48:67
chr12	56915782	rs808929	G	A	1030.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=20;NR=11;PP=692;SC=TCTCTCTCTCGCTCGTTCCCT;SOR=1.329;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=20;TCR=11;TR=31;WE=56915790;WS=56915772;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr12	56933651	rs2657902	G	A	6683.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.937;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=256;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=82;PP=2771;ReadPosRankSum=0.423;SC=CTGAGAGGCCGGATGCTTCAT;SOR=0.950;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=140;TCF=57;TCR=83;TR=138;WE=56933659;WS=56933641;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,251:0.98:255
chr12	56933722	rs2657903	G	A	2347.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.016;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=52;PP=1468;ReadPosRankSum=-0.692;SC=GCTTTTAACCGTGTGCTCCCT;SOR=1.056;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=70;TCF=17;TCR=53;TR=69;WE=56933730;WS=56933712;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,84:0.99:85
chr12	56956213	rs3759091	T	C	1505.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=41;NR=5;PP=1094;SC=ATATGTGTCATTGGCTCAGCA;SOR=3.442;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=46;TCF=41;TCR=5;TR=46;WE=56956221;WS=56956203;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
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chr12	56992630	rs2242497	C	G	2339.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.344;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.134;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=42;PP=1363;ReadPosRankSum=-1.141;SC=AAAGACCGGGCGGTTCACCCA;SOR=0.793;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=131;TCF=57;TCR=74;TR=73;WE=56992638;WS=56992619;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,102:0.54:188
chr12	56993714	rs2256341	C	T	6293.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.666;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=574;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.729;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=96;NR=98;PP=2926;ReadPosRankSum=-0.963;SC=GCTGGCTGGCCCCTCAGCCTC;SOR=0.588;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=364;TCF=189;TCR=175;TR=194;WE=56993722;WS=56993704;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:270,301:0.53:571
chr12	56999207	rs376954501	AT	A	175.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.277;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=2.003;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.88;ReadPosRankSum=-2.270;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,17:0.47:36
chr12	57030026	rs2255074	T	C	4354.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.160;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=388;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=63;PP=1852;ReadPosRankSum=-1.112;SC=TCCTTGGGCCTCCACTTCACG;SOR=0.702;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=228;TCF=108;TCR=120;TR=119;WE=57030034;WS=57030016;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:179,207:0.54:386
chr12	57033680	rs12229457	T	A	559.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.228;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=8;PP=423;ReadPosRankSum=-0.076;SC=AACAAATCACTAAGAAAGATC;SOR=0.706;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=40;TCF=28;TCR=12;TR=26;WE=57033688;WS=57033670;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,26:0.53:49
chr12	57034015	.	A	AT	97.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.721;ClippingRankSum=0.000;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.89;ReadPosRankSum=0.614;SOR=0.976;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,11:0.55:20
chr12	57039438	rs185784593	A	C	794.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.717;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.129;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=8;PP=570;ReadPosRankSum=2.448;SC=AATGGGACAGAGCTGGGTCGA;SOR=0.534;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=62;TCF=48;TCR=14;TR=34;WE=57039446;WS=57039428;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,34:0.53:64
chr12	57065713	rs2958154	C	T	1697.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=1.845;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.953;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=34;PP=787;ReadPosRankSum=0.252;SC=TCTCACCTTTCTCATTTCTTT;SOR=1.149;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=116;TCF=49;TCR=67;TR=53;WE=57065721;WS=57065703;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,80:0.51:157
chr12	57106660	rs4788	A	T	5773.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.678;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=587;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-3.655;NF=82;NR=83;PP=2558;ReadPosRankSum=0.202;SC=TGACCAATTCAATGTCCTTAA;SOR=0.668;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=367;TCF=179;TCR=188;TR=165;WE=57106668;WS=57106650;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:305,279:0.48:584
chr12	57106810	rs898609	G	A	1460.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=3.447;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.723;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=40;PP=1042;ReadPosRankSum=-1.853;SC=AATGCTATACGGCGAGAGTTA;SOR=1.158;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=106;TCF=30;TCR=76;TR=51;WE=57106818;WS=57106800;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,60:0.48:125
chr12	57108203	rs4902	A	G	3064.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.382;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=330;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.884;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=71;NR=42;PP=1751;ReadPosRankSum=1.663;SC=GTTCTTCATCAATTTCAGCTG;SOR=0.812;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=225;TCF=141;TCR=84;TR=113;WE=57108211;WS=57108193;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:166,152:0.48:318
chr12	57109792	rs2958149	A	G	3514.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.874;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=337;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=60;PP=1548;ReadPosRankSum=-0.696;SC=AATCAGAGGCAGCAGCTCATC;SOR=0.708;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=217;TCF=102;TCR=115;TR=113;WE=57109800;WS=57109782;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:158,176:0.53:334
chr12	57109931	rs2926747	A	T	1638.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.837;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.497;HP=7;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=29;PP=727;ReadPosRankSum=-1.045;SC=ACTGGTGGGGAGGGTGCTGCA;SOR=0.487;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=120;TCF=52;TCR=68;TR=55;WE=57109939;WS=57109921;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:91,80:0.47:171
chr12	57112637	rs11171951	G	A	1021.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.088;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FS=3.536;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.29;ReadPosRankSum=-0.215;SOR=1.061;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:58,52:0.47:110
chr12	57114100	rs2926743	A	G	2549.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=2.369;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=255;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.461;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=42;PP=1413;ReadPosRankSum=-1.087;SC=AGATAATGAAAAAGAGGTAGC;SOR=0.636;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=151;TCF=71;TCR=80;TR=78;WE=57114108;WS=57114090;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:131,119:0.48:250
chr12	57114307	rs2958127	A	T	2206.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.050;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.485;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=41;PP=1158;ReadPosRankSum=1.510;SC=AATGGTCTTCACTGTAGGGTC;SOR=0.733;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=148;TCF=72;TCR=76;TR=80;WE=57114315;WS=57114297;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:115,109:0.49:224
chr12	57132186	rs56401813	AT	A	2120.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.824;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.595;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQ=60.07;MQRankSum=1.033;NF=7;NR=20;PP=951;ReadPosRankSum=-1.533;SC=AAAACCCTGTATTTAAAGTGA;SOR=0.622;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=57;TCF=16;TCR=41;TR=27;WE=57132194;WS=57132176;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,75:0.49:153
chr12	57133140	rs1131514	T	G	1297.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.413;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=22;PP=544;ReadPosRankSum=0.423;SC=TAGGCACAGATATGCGACCTG;SOR=0.674;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=71;TCF=31;TCR=40;TR=39;WE=57133148;WS=57133130;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,66:0.48:137
chr12	57137828	rs1026565	T	A	1075.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=0.670;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.734;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=19;PP=607;ReadPosRankSum=2.555;SC=CTTAAAGTGCTTGGAGACTTT;SOR=0.729;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=68;TCF=35;TCR=33;TR=41;WE=57137836;WS=57137818;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,51:0.57:89
chr12	57140453	.	CACACACAA	C	2209.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.125;ClippingRankSum=0.000;DP=173;ExcessHet=3.0103;FS=0.636;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.06;MQRankSum=-0.726;QD=12.77;ReadPosRankSum=-2.398;SOR=0.806;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:112,61:0.35:173
chr12	57140506	rs2958130	G	A	4757.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.048;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=432;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.790;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQ=60.03;MQRankSum=-0.873;NF=88;NR=49;PP=1997;ReadPosRankSum=-0.531;SC=ATAGTTAATAGTAGTCAGAGG;SOR=0.822;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=302;TCF=195;TCR=107;TR=137;WE=57140514;WS=57140496;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:244,188:0.44:432
chr12	57180855	rs4277148	C	T	150.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.489;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.021;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=1;PP=119;ReadPosRankSum=-0.091;SC=ACTGCATGATCTTAAAAATAT;SOR=1.371;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=19;TCF=17;TCR=2;TR=8;WE=57180863;WS=57180845;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,8:0.31:26
chr12	57317903	rs7314055	A	G	648.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.632;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.442;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=18;PP=360;ReadPosRankSum=-0.214;SC=TCCGAATTCCATCCAAGTTCC;SOR=0.343;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=48;TCF=10;TCR=38;TR=24;WE=57317911;WS=57317893;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,31:0.50:62
chr12	57346828	rs4319546	C	T	1163.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.535;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.726;HP=5;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=31;PP=666;ReadPosRankSum=-0.247;SC=GAAGGTAAAACACAAACAATA;SOR=0.793;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=85;TCF=24;TCR=61;TR=43;WE=57346836;WS=57346818;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,56:0.49:114
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chr12	57502182	rs324011	C	T	463.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=2.816;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.151;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=17;PP=339;ReadPosRankSum=-0.067;SC=TCCTAGGGACCGTCCCCACCA;SOR=1.545;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=42;TCF=11;TCR=31;TR=21;WE=57502190;WS=57502172;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,21:0.50:42
chr12	57559809	rs1800174	G	A	6296.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.758;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=607;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.095;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=95;NR=111;PP=2962;ReadPosRankSum=0.303;SC=ATACTGGAGCGGGCAGGAAGC;SOR=0.610;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=424;TCF=189;TCR=235;TR=206;WE=57559817;WS=57559799;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:305,291:0.49:596
chr12	57561379	rs1800175	G	T	1719.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-3.554;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.596;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=49;PP=1114;ReadPosRankSum=1.963;SC=TCCAGGGAAGGCAAAGGGCTT;SOR=0.473;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=119;TCF=26;TCR=93;TR=65;WE=57561387;WS=57561369;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,75:0.56:135
chr12	57561451	rs1800176	C	T	600.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-4.076;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=21;PP=450;ReadPosRankSum=-0.099;SC=TGGGAGAAAACAGGAGAAGTC;SOR=0.516;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=37;TCF=3;TCR=34;TR=23;WE=57561459;WS=57561441;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,25:0.64:39
chr12	57567180	rs1800177	G	T	2053.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.589;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=245;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=41;PP=995;ReadPosRankSum=0.931;SC=AATGTGGGCAGGAGGAGACCG;SOR=0.676;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=174;TCF=71;TCR=103;TR=70;WE=57567188;WS=57567170;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:137,103:0.43:240
chr12	57567762	rs1800194	C	T	1447.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.421;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.385;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=44;PP=917;ReadPosRankSum=0.271;SC=GCGAGCTCTGCGGTGAGGCCT;SOR=0.471;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=126;TCF=24;TCR=102;TR=56;WE=57567770;WS=57567752;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,69:0.44:157
chr12	57569513	rs1800180	G	A	3707.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=1.066;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=325;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.328;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=73;PP=2577;ReadPosRankSum=0.348;SC=AGGTGTGGTGGGGCAGGCCGA;SOR=0.791;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=264;TCF=122;TCR=142;TR=131;WE=57569521;WS=57569503;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:164,155:0.49:319
chr12	57578288	rs1800181	C	T	621.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-1.464;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=19;PP=454;ReadPosRankSum=1.944;SC=GACCCAGGCTCCTGTTCCCTG;SOR=0.569;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=44;TCF=9;TCR=35;TR=24;WE=57578296;WS=57578278;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,27:0.55:49
chr12	57579727	rs1800182	A	T	4196.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.852;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=398;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.432;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=97;PP=2228;ReadPosRankSum=-0.884;SC=AGGAAGTGGGACATGGGGCGG;SOR=0.529;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=284;TCF=84;TCR=200;TR=146;WE=57579735;WS=57579717;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:192,195:0.50:387
chr12	57581028	rs6581127	C	G	9177.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=335;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=133;NR=76;PP=2965;SC=CCTGACAAATCGCTGCTCCTG;SOR=1.228;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=210;TCF=134;TCR=76;TR=209;WE=57581036;WS=57581018;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,330:1.00:330
chr12	57585144	rs1800139	C	T	2178.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.375;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=237;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.001;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=42;PP=1187;ReadPosRankSum=0.906;SC=TCGGGCTGGCCGTGTATGGGG;SOR=0.769;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=157;TCF=70;TCR=87;TR=75;WE=57585152;WS=57585134;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:128,107:0.46:235
chr12	57587839	rs1800187	C	T	976.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=2.277;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.635;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=19;PP=419;ReadPosRankSum=-0.177;SC=TCCTCCCCATCGCTCACTGCA;SOR=0.892;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=63;TCF=24;TCR=39;TR=28;WE=57587847;WS=57587829;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,47:0.48:98
chr12	57588977	rs1799739	CG	C	13196.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.242;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=775;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.848;NF=57;NR=122;PP=2966;ReadPosRankSum=1.877;SC=CTGCAGACGACGGCGAACCAT;SOR=0.693;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=341;TCF=122;TCR=219;TR=179;WE=57588985;WS=57588967;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:354,417:0.54:771
chr12	57589659	rs1800154	C	T	4656.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.813;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=492;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=69;NR=69;PP=2084;ReadPosRankSum=1.155;SC=ACCCGACCTGCGGCCCCAGTG;SOR=0.713;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=295;TCF=145;TCR=150;TR=138;WE=57589667;WS=57589649;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:262,226:0.46:488
chr12	57589784	rs7397167	A	C	14234.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=533;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=158;NR=167;PP=2965;SC=TGCACCAGCCAAGGTGGGCCC;SOR=0.693;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=325;TCF=158;TCR=167;TR=325;WE=57589792;WS=57589774;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,522:1.00:522
chr12	57589865	rs1800189	C	T	4880.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.597;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=487;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.100;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=70;NR=70;PP=2220;ReadPosRankSum=1.622;SC=TCCGCCCCTCCGCAGAGCACA;SOR=0.635;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=299;TCF=146;TCR=153;TR=140;WE=57589873;WS=57589855;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:250,234:0.48:484
chr12	57590735	rs7308552	T	C	2947.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=66;NR=17;PP=1871;SC=CCCTGCCACATGCCCAGCCCA;SOR=2.471;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=83;TCF=66;TCR=17;TR=83;WE=57590743;WS=57590725;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr12	57590758	rs1800191	C	T	1710.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-2.407;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.396;HP=1;HapScore=2;MGOF=28;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=17;PP=926;ReadPosRankSum=0.877;SC=GCTCCCTGTGCCTGCAGTGCC;SOR=0.557;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=114;TCF=81;TCR=33;TR=58;WE=57590766;WS=57590748;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,78:0.53:148
chr12	57590797	rs1800156	C	T	2897.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.115;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=278;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=31;PP=1379;ReadPosRankSum=-0.665;SC=GGCTGAAGGACGACGGCCGGA;SOR=0.675;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=191;TCF=123;TCR=68;TR=91;WE=57590805;WS=57590787;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:138,139:0.50:277
chr12	57590869	rs7308698	T	C	13197.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=498;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=163;NR=132;PP=2965;SC=GCATCAACACTCATGGCAGCT;SOR=0.845;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=295;TCF=163;TCR=132;TR=295;WE=57590877;WS=57590859;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,493:1.00:493
chr12	57591226	rs1800165	T	C	5331.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.368;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=516;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.517;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=79;NR=91;PP=2883;ReadPosRankSum=-0.014;SC=ACAGCCTCCCTTGCAAGTCTC;SOR=0.752;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=361;TCF=170;TCR=191;TR=170;WE=57591234;WS=57591216;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:258,249:0.49:507
chr12	57591458	rs1800166	C	T	1868.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.814;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=45;PP=952;ReadPosRankSum=-0.900;SC=GTGAGGCGGGCGGCCCTCGGC;SOR=0.725;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=137;TCF=44;TCR=93;TR=67;WE=57591466;WS=57591448;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:97,91:0.48:188
chr12	57592557	rs1800168	C	T	1504.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=2.389;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.222;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=41;PP=906;ReadPosRankSum=0.102;SC=ACATAAAAAGCGGAGGATATG;SOR=1.060;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=113;TCF=29;TCR=84;TR=52;WE=57592565;WS=57592547;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,69:0.47:147
chr12	57593101	rs1140648	G	A	4898.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.146;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=503;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=86;PP=2242;ReadPosRankSum=-1.791;SC=ACAAGACCACGGGCACCAACA;SOR=0.725;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=331;TCF=147;TCR=184;TR=151;WE=57593109;WS=57593091;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:249,240:0.49:489
chr12	57593894	rs1800159	A	G	455.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-1.095;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.363;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=19;PP=444;ReadPosRankSum=0.528;SC=CTCTGTCCTAATGTCCTCATG;SOR=2.814;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=38;TCF=8;TCR=30;TR=23;WE=57593902;WS=57593884;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,19:0.56:34
chr12	57594955	rs11172124	G	A	3759.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.647;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=366;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.839;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=81;PP=2035;ReadPosRankSum=0.331;SC=CAGAGGTGGTGGTGGGCCGGT;SOR=0.850;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=264;TCF=101;TCR=163;TR=126;WE=57594963;WS=57594945;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:178,179:0.50:357
chr12	57595066	rs9669595	G	A	734.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.622;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=19;PP=430;ReadPosRankSum=-0.455;SC=TATATTGGGTGTAACTTGCTT;SOR=0.650;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=61;TCF=15;TCR=46;TR=25;WE=57595074;WS=57595056;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,35:0.40:87
chr12	57602815	rs7956957	C	G	689.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-2.345;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.531;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=6;PP=430;ReadPosRankSum=1.199;SC=CTTTCCACCCCGAGCCTGGGT;SOR=1.199;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=61;TCF=44;TCR=17;TR=29;WE=57602823;WS=57602805;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,33:0.49:68
chr12	57603417	rs1800162	A	G	1872.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.312;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.525;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=29;PP=1115;ReadPosRankSum=-0.145;SC=TGTCGTGGACAGCATGGCCAG;SOR=0.634;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=151;TCF=101;TCR=50;TR=78;WE=57603425;WS=57603407;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:112,95:0.46:207
chr12	57604802	rs1800164	A	G	928.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-1.129;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.852;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=14;PP=696;ReadPosRankSum=-0.237;SC=AGCCAGGCCCAAGCTGCTGGC;SOR=0.538;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=82;TCF=54;TCR=28;TR=39;WE=57604810;WS=57604792;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,41:0.47:87
chr12	57605168	rs10783814	T	C	10632.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=392;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=140;NR=121;PP=2965;SC=TCCACCCAGCTGGGCCCCTGC;SOR=0.778;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=261;TCF=140;TCR=121;TR=261;WE=57605176;WS=57605158;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,390:1.00:390
chr12	57606386	rs7304504	A	G	3183.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=77;PP=2213;SC=GCCCCCTGCCAGTGAAGTCCT;SOR=3.611;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=84;TCF=7;TCR=77;TR=84;WE=57606394;WS=57606376;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr12	57610616	.	GCCGCCGCTC	G	1043.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.49;SOR=1.802;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr12	57614958	rs7134826	G	T	12105.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=471;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=172;NR=111;PP=2965;SC=AGGCTGTCCTGTCCACCCCAC;SOR=0.899;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=285;TCF=172;TCR=113;TR=283;WE=57614966;WS=57614948;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,466:1.00:466
chr12	57618619	rs61736007	G	A	955.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.020;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.733;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=15;PP=514;ReadPosRankSum=-0.118;SC=GGATGGCGGGGGACAACCCCA;SOR=0.784;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=65;TCF=36;TCR=29;TR=35;WE=57618627;WS=57618609;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,49:0.48:102
chr12	57619209	rs7979061	C	G	8527.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=314;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=130;NR=125;PP=2965;SC=CGGCGGGGCCCGGGCTTGGGG;SOR=0.720;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=258;TCF=131;TCR=127;TR=255;WE=57619217;WS=57619199;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,304:1.00:304
chr12	57619362	rs10783816	G	A	7489.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.082;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=747;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=112;NR=119;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.072;SC=TGTACGACCCGTCGCAGGTGT;SOR=0.677;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=468;TCF=233;TCR=235;TR=231;WE=57619370;WS=57619352;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:366,375:0.51:741
chr12	57637593	rs3204635	G	A	5556.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.61;BaseQRankSum=-1.765;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=603;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.522;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=78;NR=107;PP=2462;ReadPosRankSum=1.142;SC=GCGCCCGCACGCCTAAATTTC;SOR=0.748;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=363;TCF=153;TCR=210;TR=185;WE=57637607;WS=57637583;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:298,282:0.49:580
chr12	57639158	.	C	CT	41.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.262;ClippingRankSum=0.000;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.81;MQRankSum=-1.418;QD=1.99;ReadPosRankSum=0.083;SOR=0.454;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,7:0.33:21
chr12	57639190	rs7139342	C	T	626.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=14;PP=432;SC=GGTCTCCCTCCGTCACCCAGG;SOR=1.708;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=6;TCR=14;TR=20;WE=57639198;WS=57639180;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr12	57643318	rs35971501	G	GC	941.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-1.672;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=12;PP=756;ReadPosRankSum=-0.331;SC=TGGCTTCCCAGCCCCCCACAC;SOR=0.859;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=51;TCF=25;TCR=26;TR=27;WE=57643326;WS=57643308;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,38:0.60:63
chr12	57649840	rs4075325	C	T	4068.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.485;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=384;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.784;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=71;NR=54;PP=1874;ReadPosRankSum=-1.019;SC=GGTTTCCATGCTTCAGTCCAC;SOR=0.644;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=232;TCF=136;TCR=96;TR=125;WE=57649848;WS=57649830;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:174,198:0.53:372
chr12	57652963	rs6581131	G	A	147.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.293;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=7;PP=116;ReadPosRankSum=0.780;SC=CTCAAGCTACGTCTTGCCAGG;SOR=1.022;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=15;TCF=4;TCR=11;TR=9;WE=57652971;WS=57652953;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,8:0.47:17
chr12	57666405	rs35275303	TG	T	229.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=22.97;SOR=4.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr12	57686418	.	G	T	1684.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.296;ClippingRankSum=0.000;DP=428;ExcessHet=3.0103;FS=0.596;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.95;ReadPosRankSum=0.968;SOR=0.729;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:313,113:0.27:426
chr12	57691990	rs34608793	AC	A	671.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=1.874;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.428;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=16;PP=581;ReadPosRankSum=-1.785;SC=AATACATGAAACTGCTTTGCA;SOR=2.171;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=29;TCF=1;TCR=28;TR=16;WE=57691998;WS=57691980;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,22:0.48:46
chr12	57693060	rs4760126	G	A	3455.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=44;NR=36;PP=1457;SC=CAGTAAGGCTGGCAGGTGCCA;SOR=0.806;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=81;TCF=45;TCR=36;TR=80;WE=57693068;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,129:1.00:129
chr12	57703935	rs7139302	G	A	675.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-2.877;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.565;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=10;PP=324;ReadPosRankSum=2.369;SC=TGAGGGTGCAGTGGGCCCTAA;SOR=0.304;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=62;TCF=42;TCR=20;TR=25;WE=57703943;WS=57703925;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,35:0.43:81
chr12	57704005	rs57612216	GA	G	3033.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.744;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=1.839;HP=11;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.475;NF=25;NR=39;PP=964;ReadPosRankSum=-2.036;SC=GTCTCTAAAGGAAAAAAAAAA;SOR=0.803;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=77;TCF=33;TCR=44;TR=64;WE=57704014;WS=57703995;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:5,150:0.97:155
chr12	57829129	rs560048	C	T	638.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.628;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.222;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=19;PP=386;ReadPosRankSum=-0.942;SC=CCAGGTGTCCCGACAACCCCC;SOR=0.516;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=45;TCF=10;TCR=35;TR=25;WE=57829137;WS=57829119;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,29:0.54:54
chr12	57843014	rs776037	C	T	3191.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=55;NR=22;PP=1668;SC=GTTGGTAGAACTGACAGTCAG;SOR=1.397;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=77;TCF=55;TCR=22;TR=77;WE=57843022;WS=57843004;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr12	57843711	rs2229357	G	A	1238.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.058;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.438;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=25;PP=552;ReadPosRankSum=-1.094;SC=CCCACGGCCCGGCGCCCCCTG;SOR=0.882;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=92;TCF=34;TCR=58;TR=35;WE=57843719;WS=57843701;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,56:0.43:130
chr12	57845706	rs2280139	G	A	708.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.084;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=3.887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.37;ReadPosRankSum=1.261;SOR=0.905;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,33:0.62:53
chr12	57848639	rs3809114	G	A	760.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-1.542;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=12;PP=390;ReadPosRankSum=1.226;SC=CCTAGCCCCAGTGCTAGAAAT;SOR=0.617;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=63;TCF=40;TCR=23;TR=31;WE=57848647;WS=57848629;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,37:0.46:81
chr12	57848708	rs3809113	C	G	3630.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=51;NR=44;PP=1817;SC=CACTGGAACTCACAGCTGCCT;SOR=0.784;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=95;TCF=51;TCR=44;TR=95;WE=57848716;WS=57848698;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,136:1.00:136
chr12	57863433	rs149817893	C	T	1696.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=2.381;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.157;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=42;PP=917;ReadPosRankSum=-0.109;SC=ACATCAACTCCGGCCAATAGG;SOR=1.123;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=129;TCF=49;TCR=80;TR=62;WE=57863441;WS=57863423;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:108,86:0.44:194
chr12	57865928	rs474058	A	C	1400.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=9;NR=30;PP=901;SC=CTGCAGTCCCATGCACAAGAT;SOR=2.352;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=39;TCF=9;TCR=30;TR=39;WE=57865936;WS=57865918;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr12	57869241	rs527226	T	C	5024.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=82;NR=66;PP=2965;SC=GCTCCCGGACTCTCCCTCCCC;SOR=0.785;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=148;TCF=82;TCR=66;TR=148;WE=57869249;WS=57869231;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,180:1.00:180
chr12	57869500	rs524522	A	C	4009.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=63;SC=CGGCCCAGGCAAGGGCTCTCC;SOR=0.912;Source=Platypus;TCF=63;WE=57869508;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,129:1.00:129
chr12	57870121	rs486699	A	C	4007.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=74;NR=37;PP=2460;SC=GCCCGCACCCATCCTGCGCCT;SOR=1.448;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=111;TCF=74;TCR=37;TR=111;WE=57870129;WS=57870111;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,141:1.00:141
chr12	57870648	rs512490	A	G	2245.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=35;NR=23;PP=1259;SC=GAAATGGGAGATTCACATGGG;SOR=1.058;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=59;TCF=36;TCR=23;TR=58;WE=57870656;WS=57870638;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr12	57871555	rs3825080	A	G	1319.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=1.196;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.029;HP=5;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=25;PP=544;ReadPosRankSum=0.879;SC=TCCCTCCCCCATTGTCTTCTC;SOR=1.090;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=79;TCF=31;TCR=48;TR=36;WE=57871563;WS=57871545;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,66:0.47:141
chr12	57873042	rs33927108	T	C	4400.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.548;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=405;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.747;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=46;PP=2041;ReadPosRankSum=-2.227;SC=AGTAGGAACCTATCCCCTTCA;SOR=0.876;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=244;TCF=133;TCR=111;TR=110;WE=57873050;WS=57873032;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:197,200:0.50:397
chr12	57882764	.	CT	C	397.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.855;ClippingRankSum=0.000;DP=114;ExcessHet=3.0103;FS=2.700;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.09;MQRankSum=1.395;QD=3.49;ReadPosRankSum=-1.914;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:75,39:0.34:114
chr12	57883801	rs899653	G	A	1969.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.773;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=34;PP=903;ReadPosRankSum=-0.486;SC=TGGTGTAGGGGTTACAGAATG;SOR=0.701;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=110;TCF=46;TCR=64;TR=58;WE=57883809;WS=57883791;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,92:0.55:168
chr12	57891804	rs537161	T	C	3464.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=68;NR=36;PP=1853;SC=CCTGTGGGTTTGTGTGCAGAA;SOR=1.397;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=104;TCF=68;TCR=36;TR=104;WE=57891812;WS=57891794;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
chr12	57905349	rs747340	G	C	234.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-1.636;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.648;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-1.323;NF=5;NR=2;PP=73;ReadPosRankSum=0.831;SC=CTGGGCAACAGAGCAAGACTC;SOR=0.921;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=18;TCF=10;TCR=8;TR=7;WE=57905357;WS=57905339;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,12:0.52:23
chr12	57905687	rs1284467	A	G	6456.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=236;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=78;NR=78;PP=2965;SC=ATTCAGCCTTAGTGTTGAAAC;SOR=0.711;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=156;TCF=78;TCR=78;TR=156;WE=57905695;WS=57905677;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,230:1.00:230
chr12	57908817	rs113808165	G	A	3037.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.302;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=296;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.414;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=52;PP=1581;ReadPosRankSum=-0.425;SC=CCCTGGAAGCGGATTAAAGGC;SOR=0.798;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=196;TCF=90;TCR=106;TR=94;WE=57908825;WS=57908807;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:144,141:0.49:285
chr12	57911160	rs697221	G	A	2471.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.659;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=284;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.311;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=53;PP=1349;ReadPosRankSum=0.106;SC=ACAGTGTCCCGAAGGAGAAAG;SOR=1.127;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=195;TCF=87;TCR=108;TR=86;WE=57911168;WS=57911150;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:160,122:0.43:282
chr12	57918634	rs1148555	A	G	4279.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.953;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=354;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.812;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=77;PP=2411;ReadPosRankSum=0.823;SC=GCCTGAGAGTACAGAGATAAG;SOR=0.744;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=236;TCF=104;TCR=132;TR=134;WE=57918642;WS=57918624;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:157,190:0.55:347
chr12	57919107	rs1148554	C	T	2077.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.473;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.599;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=17;PP=1314;ReadPosRankSum=-0.529;SC=CACAGGCTGACCCTTCATTTT;SOR=0.629;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=165;TCF=130;TCR=35;TR=78;WE=57919115;WS=57919097;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:102,97:0.49:199
chr12	57920262	rs2127318	T	G	1209.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.967;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.280;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=22;PP=816;ReadPosRankSum=-2.396;SC=CTTTGAGGGTTTTCTGGGTTG;SOR=0.720;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=108;TCF=54;TCR=54;TR=46;WE=57920270;WS=57920252;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,53:0.42:127
chr12	57921188	rs1284605	C	T	1577.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-1.780;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.061;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=14;PP=988;ReadPosRankSum=1.277;SC=ATAAGCATGGCCTATCTCACT;SOR=1.118;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=124;TCF=83;TCR=41;TR=56;WE=57921196;WS=57921178;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,72:0.47:154
chr12	57922363	rs2620679	A	G	3529.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=1.178;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=290;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.583;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=69;PP=2084;ReadPosRankSum=-0.247;SC=GAGTGCTGGTAGTCTGGGCTC;SOR=0.742;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=225;TCF=111;TCR=114;TR=129;WE=57922371;WS=57922353;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:126,160:0.56:286
chr12	57926472	rs703837	G	A	4869.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.635;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=480;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.740;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NR=78;PP=2203;ReadPosRankSum=-1.746;SC=AGGGCTTCCAGAGTCCCAAGC;SOR=0.670;Source=Platypus;TCR=147;WE=57926480;WS=57926462;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:235,239:0.50:474
chr12	57940749	rs775325	C	T	919.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.55;SOR=1.209;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr12	57958313	rs775322	A	G	3963.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=42;NR=38;PP=1766;SC=GTCCCAGTGGATGAGGGTGTG;SOR=0.707;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=80;TCF=42;TCR=38;TR=80;WE=57958321;WS=57958303;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,147:1.00:147
chr12	57974670	rs775245	G	A	1392.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.131;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.763;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=14;PP=695;ReadPosRankSum=1.264;SC=TGTCCCCTACGCTCCTCTGGG;SOR=0.568;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=74;TCF=51;TCR=23;TR=43;WE=57974678;WS=57974660;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,64:0.59:108
chr12	57975155	rs775246	A	C	5096.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=0.632;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=473;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=96;NR=57;PP=2066;ReadPosRankSum=-1.102;SC=GGGCAAATGCAGGGTCATAGC;SOR=0.671;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=298;TCF=189;TCR=109;TR=153;WE=57975163;WS=57975145;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:219,243:0.53:462
chr12	57975570	rs775247	A	G	732.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=16;NR=11;PP=565;SC=CAGCTCTATCACTGAGGATGA;SOR=1.302;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=28;TCF=17;TCR=11;TR=27;WE=57975578;WS=57975560;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr12	57975700	rs113247976	C	T	1311.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.570;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.660;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=18;PP=762;ReadPosRankSum=2.747;SC=TCTGGCGGCCCCTTGGCTTCC;SOR=0.583;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=89;TCF=58;TCR=31;TR=47;WE=57975708;WS=57975690;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,62:0.46:134
chr12	57975861	.	TA	T	131.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.913;ClippingRankSum=0.000;DP=84;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.26;MQRankSum=2.279;QD=1.91;ReadPosRankSum=-0.814;SOR=0.711;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:51,18:0.26:69
chr12	57975910	rs775248	C	G	528.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=0.484;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=15;PP=323;ReadPosRankSum=-1.424;SC=ACCTGTAGTCCTAGCTACTTG;SOR=0.784;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=45;TCF=15;TCR=30;TR=21;WE=57975918;WS=57975900;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,27:0.49:55
chr12	57977003	rs775249	C	T	1609.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=2.019;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=42;PP=969;ReadPosRankSum=-1.413;SC=TTTCAGGTAGCGTCAGGCTGC;SOR=0.741;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=118;TCF=39;TCR=79;TR=61;WE=57977011;WS=57976993;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,78:0.52:151
chr12	57977040	rs775250	C	A	848.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-1.337;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=26;PP=598;ReadPosRankSum=-1.208;SC=CAGGTTGCTTCCCTTCTTGCT;SOR=0.640;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=78;TCF=22;TCR=56;TR=35;WE=57977048;WS=57977030;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,40:0.47:85
chr12	57979190	rs1678536	C	G	2911.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.110;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=282;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.017;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=50;PP=1397;ReadPosRankSum=-1.188;SC=AGGCTTGACCCTGAGGGGTCT;SOR=0.839;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=176;TCF=83;TCR=93;TR=91;WE=57979198;WS=57979180;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:131,143:0.52:274
chr12	57985204	rs11537654	C	T	5161.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=1.380;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=525;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.094;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=86;PP=2343;ReadPosRankSum=0.062;SC=TCCGGGCGGCCGACCCGCTGG;SOR=0.781;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=293;TCF=129;TCR=164;TR=151;WE=57985212;WS=57985194;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:267,249:0.48:516
chr12	57994743	rs775235	T	G	7594.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=279;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=82;NR=112;PP=2965;SC=CTCCTGCTCTTGTGGGCTCCT;SOR=0.961;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=197;TCF=82;TCR=115;TR=194;WE=57994751;WS=57994733;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,275:1.00:275
chr12	57995089	rs812873	T	C	4753.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=72;NR=44;PP=2591;SC=AGTATGATGCTAAGAAGAAAG;SOR=1.096;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=116;TCF=72;TCR=44;TR=116;WE=57995097;WS=57995079;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,174:1.00:174
chr12	58000378	rs703834	G	A	6939.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=272;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=98;NR=77;PP=2965;SC=GGAGGGGCAAGTTGTTTCTAT;SOR=0.855;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=175;TCF=98;TCR=77;TR=175;WE=58000386;WS=58000368;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,264:1.00:264
chr12	58002599	rs2306390	C	T	6584.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.033;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=650;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.528;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=90;NR=134;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.267;SC=CAACCCCTCGCTCACGGAGCC;SOR=0.615;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=420;TCF=159;TCR=261;TR=224;WE=58002607;WS=58002589;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:328,315:0.49:643
chr12	58003922	rs10437954	G	A	1714.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=24;NR=13;PP=714;SC=GCAACTCCCCGGACGCGCGCA;SOR=1.010;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=37;TCF=24;TCR=13;TR=37;WE=58003930;WS=58003912;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr12	58004563	rs7314872	C	G	388.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-1.569;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.843;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=9;PP=226;ReadPosRankSum=0.444;SC=AAGTTCGCATCTAATTTGCAT;SOR=0.358;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=31;TCF=9;TCR=22;TR=14;WE=58004571;WS=58004553;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,18:0.46:39
chr12	58005682	rs60586224	G	A	2407.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.431;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=270;ExcessHet=3.0103;FS=2.200;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.23;ReadPosRankSum=0.437;SOR=0.872;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:132,129:0.49:261
chr12	58007678	rs7305391	G	A	669.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.031;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.369;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=17;PP=522;ReadPosRankSum=-0.379;SC=TACTCTGGGGGCAGGGCGGCT;SOR=1.101;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=49;TCF=22;TCR=27;TR=27;WE=58007686;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,27:0.53:51
chr12	58008952	rs703833	C	T	3407.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=58;NR=39;PP=2154;SC=GGCAACTGGCCGAGGAGGCCT;SOR=1.066;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=98;TCF=58;TCR=40;TR=97;WE=58008960;WS=58008942;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr12	58009202	rs2277322	T	C	2512.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.119;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=273;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=56;PP=1281;ReadPosRankSum=2.118;SC=GCTGACCCCATGGTTGGTTGG;SOR=0.670;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=205;TCF=87;TCR=118;TR=95;WE=58009210;WS=58009192;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:147,125:0.46:272
chr12	58009372	rs2277323	G	A	3262.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.160;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=374;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=58;PP=1590;ReadPosRankSum=-0.826;SC=GAGGGCTGCTGTCTTCCCGAG;SOR=0.695;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=245;TCF=124;TCR=121;TR=118;WE=58009380;WS=58009362;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:193,165:0.46:358
chr12	58010163	rs1564374	A	G	5684.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.677;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=71;NR=58;PP=2394;ReadPosRankSum=1.631;SC=GGAAGAATTCAGCTTGGAGAT;SOR=0.805;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=130;TCF=72;TCR=58;TR=129;WE=58010171;WS=58010153;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,224:0.99:226
chr12	58017701	rs7314152	T	G	3364.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=2.388;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=308;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=46;PP=1790;ReadPosRankSum=-0.511;SC=CCCAAGGTAATGAGCAGAGGA;SOR=0.673;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=202;TCF=112;TCR=90;TR=102;WE=58017709;WS=58017691;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:149,156:0.51:305
chr12	58018979	rs1871417	C	T	3690.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.994;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=376;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.191;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=52;PP=1780;ReadPosRankSum=-0.768;SC=GGGCATGTTGCATGGTGACAC;SOR=0.812;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=239;TCF=126;TCR=113;TR=112;WE=58018987;WS=58018969;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:193,177:0.48:370
chr12	58019472	rs774895	T	G	5355.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=52;NR=87;PP=2720;SC=GGGGAGCCTGTTAAGGGGCAG;SOR=1.139;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=139;TCF=52;TCR=87;TR=139;WE=58019480;WS=58019462;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,197:1.00:197
chr12	58022074	rs12322482	G	A	2219.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.075;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=52;PP=1300;ReadPosRankSum=2.398;SC=TGGTTGGGGAGGCTGCAGAAA;SOR=0.696;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=122;TCF=37;TCR=85;TR=76;WE=58022082;WS=58022064;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:89,103:0.54:192
chr12	58023012	rs35287199	CTG	C	1244.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=1.156;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=17;PP=806;ReadPosRankSum=0.143;SC=AGTGCCTACTCTGTGTCCCAC;SOR=0.703;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=52;TCF=3;TCR=49;TR=19;WE=58023021;WS=58023002;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,35:0.43:82
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chr12	58026159	rs774897	A	T	3762.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=2.758;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=418;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.107;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=75;PP=2021;ReadPosRankSum=0.462;SC=CGGTTTCCTCACACACCCGAG;SOR=0.788;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=270;TCF=111;TCR=159;TR=126;WE=58026167;WS=58026149;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:230,184:0.44:414
chr12	58089413	rs3825078	A	T	2557.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.184;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=253;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=33;PP=1174;ReadPosRankSum=-2.147;SC=CTCCTTACTGAAAGTCTGGAG;SOR=0.711;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=161;TCF=91;TCR=70;TR=78;WE=58089421;WS=58089403;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:123,122:0.50:245
chr12	58090232	rs72303843	AGTCGG	A	389.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.934;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.72;MQRankSum=2.047;QD=11.46;ReadPosRankSum=-1.497;SOR=0.538;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,15:0.44:34
chr12	58090246	rs11172303	C	G	267.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.337;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=7.160;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=62.00;MQRankSum=1.812;QD=20.60;ReadPosRankSum=-1.894;SOR=0.042;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,6:0.46:13
chr12	58090301	rs12426511	G	A	83.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.223;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.029;HP=2;HapScore=2;MGOF=58;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=10;PP=174;ReadPosRankSum=-0.188;SC=ATTTCCAGCCGGGCGCAGTGG;SOR=0.269;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=36;TCF=7;TCR=29;TR=12;WE=58090309;WS=58090291;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,6:0.33:18
chr12	58110062	rs141328077	T	TG	116.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.913;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.86;ReadPosRankSum=-0.153;SOR=0.247;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,8:0.33:24
chr12	58120276	rs12318065	C	A	200.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.049;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.778;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=3;PP=75;ReadPosRankSum=0.325;SC=TCCAGCGGTCCGCCCGGTGTG;SOR=0.368;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=14;TCF=8;TCR=6;TR=6;WE=58120284;WS=58120266;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,10:0.56:18
chr12	58124534	rs2301551	C	G	849.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.702;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.817;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=9;PP=307;ReadPosRankSum=1.580;SC=TTCCCCAGCCCTGGCCCCTCT;SOR=0.818;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=57;TCF=36;TCR=21;TR=27;WE=58124542;WS=58124524;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,44:0.52:85
chr12	58124803	rs238523	C	T	2945.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=27;NR=48;PP=1417;SC=AAGCAGTCAACATGGTACAGA;SOR=1.159;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=75;TCF=27;TCR=48;TR=75;WE=58124811;WS=58124793;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr12	58125438	rs12307841	T	C	4102.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=2.967;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=381;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.790;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=81;PP=2220;ReadPosRankSum=-1.973;SC=GGAATGGTTATTGGAATCAGT;SOR=0.747;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=263;TCF=98;TCR=165;TR=125;WE=58125446;WS=58125428;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:187,188:0.50:375
chr12	58127766	rs238526	T	C	1335.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=36;NR=4;PP=1105;SC=GTAGCCTCCTTAGGGCCTCCC;SOR=4.125;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=40;TCF=36;TCR=4;TR=40;WE=58127774;WS=58127756;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr12	58127967	rs12422249	G	A	2686.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.520;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=280;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.442;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=51;PP=1493;ReadPosRankSum=1.502;SC=CTTGCGGGGAGTGAGGGAGCA;SOR=0.654;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=181;TCF=86;TCR=95;TR=98;WE=58127975;WS=58127957;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:129,141:0.52:270
chr12	58129302	rs149789274	A	AC	217.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.531;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=13;PP=182;ReadPosRankSum=2.172;SC=CAGCTTTCCAACCCCCCCCCA;SOR=0.586;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=30;TCF=1;TCR=29;TR=13;WE=58129310;WS=58129292;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,12:0.41:29
chr12	58135659	rs238530	T	C	5182.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=73;NR=42;PP=2284;SC=TGCTAGTCCCTGATACACCCA;SOR=1.109;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=116;TCF=74;TCR=42;TR=115;WE=58135667;WS=58135649;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,192:1.00:192
chr12	58139729	rs111263678	G	A	684.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=2.376;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.646;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=21;PP=512;ReadPosRankSum=1.623;SC=GGCAACCGGGGGCTTGGGAGG;SOR=1.329;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=49;TCF=13;TCR=36;TR=27;WE=58139737;WS=58139719;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,30:0.45:66
chr12	58142854	rs2069506	C	A	1785.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.460;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.609;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=16;PP=1109;ReadPosRankSum=-0.255;SC=AAAACTACAGCCCATCTACCA;SOR=0.799;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=133;TCF=99;TCR=34;TR=64;WE=58142862;WS=58142844;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:92,82:0.47:174
chr12	58144665	rs2069502	C	T	2334.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.707;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=249;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.478;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=33;PP=1236;ReadPosRankSum=0.346;SC=CACTCTCCTACTCCCAACCAG;SOR=0.636;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=180;TCF=115;TCR=65;TR=89;WE=58144673;WS=58144655;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:126,119:0.49:245
chr12	58149446	rs1689582	C	T	1819.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=19;NR=34;PP=1126;SC=CCTTCGCTGGCTGCTCCACCC;SOR=1.508;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=53;TCF=19;TCR=34;TR=53;WE=58149454;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr12	58150989	rs35101706	CCA	C	3877.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=58;PP=2785;SC=CCGCCAGTTACCACAGTCTCC;SOR=2.706;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=62;TCF=2;TCR=60;TR=60;WE=58150998;WS=58150979;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr12	58157988	rs4646536	A	G	973.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=3.200;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.032;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=14;PP=702;ReadPosRankSum=-0.709;SC=AATGGAGACAACAAGATGAGG;SOR=1.326;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=75;TCF=42;TCR=33;TR=38;WE=58157996;WS=58157978;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,41:0.48:86
chr12	58163304	rs3216815	CT	C	10330.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-3.650;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=615;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.429;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.745;NF=38;NR=101;PP=2963;ReadPosRankSum=0.392;SC=TGAAGGGCCCCTGAGTAGGCC;SOR=0.572;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=290;TCF=99;TCR=191;TR=139;WE=58163312;WS=58163294;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:306,303:0.50:609
chr12	58165085	rs10877013	C	T	1690.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.136;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FS=1.527;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.53;ReadPosRankSum=-1.249;SOR=0.551;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:51,74:0.59:125
chr12	58174306	rs923829	T	C	2513.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.123;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=278;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.943;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=57;PP=1346;ReadPosRankSum=0.221;SC=GAAAGGAGCATGGGACAGAGA;SOR=0.775;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=190;TCF=74;TCR=116;TR=94;WE=58174314;WS=58174296;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:145,125:0.46:270
chr12	58176614	rs10747783	T	C	3538.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.319;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=362;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.393;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQ=59.98;MQRankSum=0.000;NF=75;NR=49;PP=2201;ReadPosRankSum=-1.931;SC=TGCGCGTGTTTCTGGTCGCGC;SOR=0.648;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=247;TCF=152;TCR=95;TR=124;WE=58176622;WS=58176604;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:184,165:0.47:349
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chr12	58196447	rs10783847	G	A	4096.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.815;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=429;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.454;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=81;PP=2031;ReadPosRankSum=0.878;SC=AACACCTTCAGGATGTAGCTC;SOR=0.892;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=269;TCF=115;TCR=154;TR=131;WE=58196455;WS=58196437;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:222,201:0.48:423
chr12	58196528	rs10783848	G	A	976.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-2.119;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.938;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=34;PP=716;ReadPosRankSum=-1.249;SC=TAAGGCAGAAGCCTGAGAGTT;SOR=0.932;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=95;TCF=16;TCR=79;TR=41;WE=58196536;WS=58196518;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,44:0.40:111
chr12	58197182	rs193038207	A	G	3236.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.517;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=406;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.365;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=58;PP=1555;ReadPosRankSum=2.242;SC=AGTCTGCAATATAGTCCATTT;SOR=0.662;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=250;TCF=114;TCR=136;TR=108;WE=58197190;WS=58197172;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:232,168:0.42:400
chr12	58203264	rs12582311	A	G	1170.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-3.113;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.945;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=15;PP=742;ReadPosRankSum=0.286;SC=TTTGCAGTCCATGTACGTAAG;SOR=0.520;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=82;TCF=60;TCR=22;TR=51;WE=58203272;WS=58203254;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,54:0.63:86
chr12	58203354	rs3825079	C	T	3183.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.156;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=373;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.793;HP=3;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=42;PP=1476;ReadPosRankSum=-2.045;SC=ATTATTTGAACAGTATTGCAC;SOR=0.751;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=226;TCF=130;TCR=96;TR=102;WE=58203362;WS=58203344;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:201,165:0.45:366
chr12	58203377	rs2277325	T	A	4164.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.461;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=458;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.108;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=72;NR=48;PP=2018;ReadPosRankSum=-0.222;SC=CTGTAGCTCCTACCAGCGCTT;SOR=0.818;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=262;TCF=149;TCR=113;TR=120;WE=58203385;WS=58203367;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:245,205:0.46:450
chr12	58204283	rs2172521	T	C	3495.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=32;NR=52;PP=1751;SC=ACTCCTATTTTAGCACGGCCC;SOR=1.092;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=84;TCF=32;TCR=52;TR=84;WE=58204291;WS=58204273;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chr12	58208164	rs1021469	G	A	882.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-3.698;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.608;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=19;PP=395;ReadPosRankSum=0.096;SC=CAGCCACAGGGTTAACGTGGC;SOR=0.160;SbPval=0.23;Source=Platypus;TC=52;TCF=18;TCR=34;TR=34;WE=58208172;WS=58208154;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,43:0.66:65
chr12	58335626	rs3751325	A	T	6213.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=2.197;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=240;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=67;NR=74;PP=2636;ReadPosRankSum=1.176;SC=CTTCTTCACCAGCAACCAGAA;SOR=0.241;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=143;TCF=67;TCR=76;TR=141;WE=58335634;WS=58335616;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,235:1.00:236
chr12	58350631	rs10122	C	T	2754.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=24;NR=48;PP=1526;SC=GATATGCTCACAGAGACTTTG;SOR=1.361;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=72;TCF=24;TCR=48;TR=72;WE=58350639;WS=58350621;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr12	59197223	rs1148531	A	G	639.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=9;PP=274;SC=CCTTGGTGCCAGATTTCCATG;SOR=0.693;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=9;TCR=9;TR=18;WE=59197231;WS=59197213;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr12	59199648	rs1497232	A	G	1298.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=42;NR=6;PP=983;SC=TCAGAGGGGCACCTTAAGTTT;SOR=3.398;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=48;TCF=42;TCR=6;TR=48;WE=59199656;WS=59199638;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr12	60113674	rs11173121	G	T	325.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-1.355;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=5;PP=178;ReadPosRankSum=0.478;SC=AATTTTCCGTGGTCCACTGGA;SOR=0.999;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=19;TCF=12;TCR=7;TR=13;WE=60113682;WS=60113664;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,15:0.60:25
chr12	62114671	rs7485027	T	C	4080.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.269;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=402;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.363;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=56;PP=1899;ReadPosRankSum=0.000;SC=TCTTTCTACTTCTCCATTCGA;SOR=0.655;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=269;TCF=147;TCR=122;TR=122;WE=62114679;WS=62114661;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:200,198:0.50:398
chr12	62261077	rs34255534	G	GA	1185.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.651;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.242;HP=10;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQ=60.06;MQRankSum=1.180;NF=13;NR=20;PP=418;ReadPosRankSum=3.363;SC=ACATTTAGTTGAAAAAAAAAA;SOR=0.576;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=80;TCF=26;TCR=54;TR=33;WE=62261085;WS=62261067;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:94,79:0.46:173
chr12	62498526	rs187746011	T	C	1426.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.138;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.607;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=21;PP=663;ReadPosRankSum=1.110;SC=TAAATTTACCTGGTAATCGGG;SOR=0.597;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=102;TCF=65;TCR=37;TR=55;WE=62498534;WS=62498516;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,71:0.46:154
chr12	62705960	.	A	G	20	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MMLQ=28;MQ=60.0;NF=3;NR=1;PP=20;QD=13.6928031368;SC=GAATGAAGCTAGCTCTACAAA;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=19;TCF=11;TCR=8;TR=4;WE=62705968;WS=62705950;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:15,4:0.21:19
chr12	62778065	rs2044846	A	G	949.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.379;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.812;NF=12;NR=19;PP=457;ReadPosRankSum=-0.172;SC=GAATGGATCCACTTACCAAAC;SOR=0.749;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=56;TCF=20;TCR=36;TR=31;WE=62778073;WS=62778055;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,44:0.62:71
chr12	62783843	rs17097891	C	T	756.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-2.346;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.030;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=28;PP=533;ReadPosRankSum=-0.155;SC=AAAATAAACACATAAGGTACT;SOR=0.914;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=73;TCF=18;TCR=55;TR=37;WE=62783851;WS=62783833;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,36:0.49:74
chr12	62785524	rs1532435	T	C	236.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=1.819;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.222;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=0;PP=185;ReadPosRankSum=0.069;SC=CTGGTGTATATCCTAACATTA;SOR=2.476;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=19;TCR=2;TR=10;WE=62785532;WS=62785514;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,10:0.48:21
chr12	62810962	rs10459254	G	A	1109.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.649;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=20;PP=671;ReadPosRankSum=0.929;SC=CTGGAGGAAAGAAAAAATGAT;SOR=0.666;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=82;TCF=41;TCR=41;TR=41;WE=62810970;WS=62810952;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,64:0.47:135
chr12	62861111	rs6581450	T	C	2138.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.230;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=264;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.457;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=28;PP=699;ReadPosRankSum=-2.331;SC=AAGCTTCAGGTGACGTCAGGA;SOR=0.746;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=149;TCF=78;TCR=71;TR=60;WE=62861119;WS=62861101;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:146,112:0.43:258
chr12	62883990	rs11393430	C	CT	1046.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-0.589;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.187;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=20;PP=835;ReadPosRankSum=0.069;SC=AAGAGTTACACTATTGAGGGA;SOR=0.497;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=39;TCF=1;TCR=38;TR=21;WE=62883998;WS=62883980;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,34:0.62:55
chr12	62888729	rs7135893	C	T	226.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-1.510;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.010;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=1;PP=181;ReadPosRankSum=0.869;SC=TGTATACCTTCTCTTATTTAG;SOR=0.169;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=15;TCF=14;TCR=1;TR=9;WE=62888737;WS=62888719;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,10:0.62:16
chr12	62892905	rs4025987	C	G	1143.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.968;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=24;PP=575;ReadPosRankSum=1.291;SC=GGCCTTTGCTCAGATGATCAA;SOR=0.775;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=79;TCF=30;TCR=49;TR=38;WE=62892913;WS=62892895;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,54:0.52:103
chr12	62902420	rs7294404	C	T	393.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-3.564;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=14;PP=288;ReadPosRankSum=-0.299;SC=TTGTTCTATCCTTTCTTGAAT;SOR=1.136;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=24;TCF=0;TCR=24;TR=14;WE=62902428;WS=62902410;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,15:0.60:25
chr12	62926398	rs7957417	G	A	3630.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=2.965;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=402;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.770;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=72;PP=1958;ReadPosRankSum=-0.303;SC=CAACACAGTCGACAGAACAGC;SOR=0.752;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=252;TCF=102;TCR=150;TR=120;WE=62926406;WS=62926388;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:214,175:0.45:389
chr12	62928633	rs10219555	G	A	1592.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.562;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.060;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-0.633;NF=31;NR=26;PP=707;ReadPosRankSum=-1.492;SC=AGTTAGTAGGGCTGTTTGGGA;SOR=0.617;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=140;TCF=78;TCR=62;TR=57;WE=62928641;WS=62928623;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:129,88:0.41:217
chr12	62928747	rs11364534	TA	T	3110.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=60;PP=1455;SC=CTGTGTCAGTTAAAAAAAACA;SOR=1.129;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=71;TCF=5;TCR=66;TR=64;WE=62928755;WS=62928737;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,135:1.00:135
chr12	62931536	rs368769452	T	A	2569.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.788;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.701;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=53;PP=1340;ReadPosRankSum=-0.371;SC=TATATATAATTGCTAACAGTT;SOR=0.828;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=158;TCF=53;TCR=105;TR=75;WE=62931544;WS=62931526;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:102,116:0.53:218
chr12	62931846	rs147032464	ATTTGT	A	580.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.470;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.518;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.858;NF=7;NR=6;PP=480;ReadPosRankSum=2.296;SC=TTGTAAAGTTATTTGTTTTGA;SOR=1.145;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=52;TCF=31;TCR=21;TR=13;WE=62931858;WS=62931836;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,20:0.23:87
chr12	62972210	rs5798648	G	GT	293.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.206;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.426;HP=13;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.426;NF=1;NR=9;PP=112;ReadPosRankSum=0.955;SC=AAAATCAAGTGTTTTTTTTTT;SOR=1.215;SbPval=0.93;Source=Platypus;TC=20;TCF=5;TCR=15;TR=10;WE=62972218;WS=62972200;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,20:0.62:32
chr12	62986620	rs12357	G	A	778.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=2.182;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.541;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=29;PP=647;ReadPosRankSum=0.396;SC=TCTTACTGCAGATAATTCTTG;SOR=1.675;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=70;TCF=9;TCR=61;TR=32;WE=62986628;WS=62986610;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,32:0.42:76
chr12	62997180	rs10877887	T	C	62.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.497;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=6.97;ReadPosRankSum=-0.221;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,4:0.44:9
chr12	63359011	rs699595	A	T	1083.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=23;NR=13;PP=686;SC=TGAAAAAAAAAAATCAAACCT;SOR=1.552;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=36;TCF=23;TCR=13;TR=36;WE=63359019;WS=63359001;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr12	63359549	rs143590555	ACTGCTGCTG	ACTG,A	10197.73	.	AC=2,0;AF=1.00,0.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=277;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=41,41;NR=63,63;PP=249,2992;SC=TACTAAGGGTACTGCTGCTGC;SOR=1.035;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=126;TCF=49;TCR=77;TR=104,104;WE=63359565;WS=63359539;set=Intersection	GT:AF:DP	1/1:1.00:228
chr12	63543551	.	TTC	T	125.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-1.042;ClippingRankSum=0.000;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.99;ReadPosRankSum=1.905;SOR=1.071;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,8:0.38:21
chr12	63543552	.	TC	T	79.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.804;ClippingRankSum=0.000;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=6.021;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.99;ReadPosRankSum=-0.352;SOR=0.024;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,5:0.25:20
chr12	63543578	rs10784341	T	A	385.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.029;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FS=3.305;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.22;ReadPosRankSum=1.301;SOR=0.116;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,21:0.34:62
chr12	63544209	rs1042615	A	G	12804.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=482;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=147;NR=155;PP=2965;SC=AGGCCGACGCAAACATGCCGA;SOR=0.736;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=303;TCF=147;TCR=156;TR=302;WE=63544217;WS=63544199;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,478:1.00:478
chr12	63964640	.	GA	G	45.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.915;ClippingRankSum=0.000;DP=207;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.33;MQRankSum=-3.648;QD=0.24;ReadPosRankSum=2.523;SOR=0.652;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:156,32:0.17:188
chr12	64055347	rs112964973	G	GA	185.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.025;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=6.532;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.40;MQRankSum=0.668;QD=9.29;ReadPosRankSum=-0.585;SOR=4.047;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,14:0.70:20
chr12	64057520	rs11532475	T	C	5440.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.797;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=541;ExcessHet=3.0103;FS=2.418;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.90;MQRankSum=-1.993;QD=10.17;ReadPosRankSum=-0.590;SOR=0.563;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:266,269:0.50:535
chr12	64061745	rs11175110	C	G	572.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.199;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.97;ReadPosRankSum=1.316;SOR=0.536;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,16:0.39:41
chr12	64061753	rs149030531	C	G	616.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.729;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=1.241;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.41;ReadPosRankSum=0.596;SOR=0.428;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,19:0.41:46
chr12	64062023	rs10878073	A	C	3354.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.201;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=353;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.665;HP=3;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=49;PP=1434;ReadPosRankSum=-2.048;SC=GACCTCCAGGAGCCCCTTGGC;SOR=0.780;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=236;TCF=118;TCR=118;TR=110;WE=64062031;WS=64062013;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:183,167:0.48:350
chr12	64062052	rs10878074	G	A	4033.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.194;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=413;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.444;HP=2;HapScore=4;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=68;NR=63;PP=2962;ReadPosRankSum=0.050;SC=GCCGCCTAGGGCCGACTTTTC;SOR=0.650;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=263;TCF=127;TCR=136;TR=131;WE=64062073;WS=64062042;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:210,201:0.49:411
chr12	64062065	rs10878075	T	C	4418.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.231;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=435;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.090;HP=1;HapScore=4;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=70;PP=2962;ReadPosRankSum=0.575;SC=GACTTTTCCATCTCCTCCTCT;SOR=0.613;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=264;TCF=123;TCR=141;TR=136;WE=64062073;WS=64062042;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:214,219:0.51:433
chr12	64062132	rs11175111	G	A	3826.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.618;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=333;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.402;HP=2;HapScore=2;MGOF=28;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=67;PP=1772;ReadPosRankSum=0.432;SC=GGCTGCGGCCGGAAGATTGCA;SOR=0.653;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=208;TCF=81;TCR=127;TR=111;WE=64062140;WS=64062122;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:151,182:0.55:333
chr12	64118558	rs3864455	A	G	1772.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.793;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.963;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-10.489;NF=40;NR=18;PP=974;ReadPosRankSum=-0.351;SC=CTCATCAGTTAATTCTGGTAG;SOR=0.978;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=109;TCF=72;TCR=37;TR=58;WE=64118566;WS=64118548;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,80:0.52:153
chr12	64173807	rs61935924	G	A	8986.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.982;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1035;ExcessHet=3.0103;FS=0.529;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.78;ReadPosRankSum=1.238;SOR=0.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:510,514:0.50:1024
chr12	64472803	rs789710	A	T	9640.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=2.273;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=370;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.436;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=107;NR=145;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.810;SC=CCACAGAATCAGTGAAGTCCA;SOR=0.542;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=256;TCF=109;TCR=147;TR=252;WE=64472811;WS=64472793;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,363:1.00:364
chr12	64474003	rs56996618	A	G	633.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=2.085;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.762;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=5;PP=464;ReadPosRankSum=0.152;SC=AGCCTGGGTGACAAGAATGAA;SOR=1.221;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=44;TCF=33;TCR=11;TR=24;WE=64474011;WS=64473993;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,28:0.55:51
chr12	64474023	rs59896917	CA	C	349.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.209;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.14;MQRankSum=1.036;QD=5.22;ReadPosRankSum=-0.033;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,32:0.48:67
chr12	64485593	rs5798729	A	ACC	2827.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=34;NR=10;PP=2168;SC=GAATTGTAAGACTATGATCTA;SOR=2.658;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=47;TCF=37;TCR=10;TR=44;WE=64485601;WS=64485583;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr12	64491002	rs72161524	GT	G	204.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.539;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FS=10.754;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.93;ReadPosRankSum=-0.327;SOR=0.315;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:74,32:0.30:106
chr12	64587633	rs699638	C	A	3265.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.68;SOR=1.382;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr12	64609562	rs2335390	C	T	3807.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=46;NR=41;PP=1635;SC=AGAAGTCTGCCATCTCCATCC;SOR=0.794;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=88;TCF=46;TCR=42;TR=87;WE=64609570;WS=64609552;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,143:1.00:143
chr12	64661209	rs1657057	AT	CC	691.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=0;NR=13;PP=723;SC=GCATTTTCAGATCTCCAATCT;SOR=5.670;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=0;TCR=13;TR=13;WE=64661218;WS=64661199;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr12	64669018	rs5798743	AT	A	596.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=12;NR=3;PP=626;SC=ATAATATATAATAGTCATGTA;SOR=2.584;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=12;TCR=3;TR=15;WE=64669026;WS=64669008;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr12	64669090	rs1002392	C	A	1852.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=35;NR=12;PP=977;SC=GCTGAAAGACCAGAAGTATCT;SOR=1.576;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=35;TCR=12;TR=47;WE=64669098;WS=64669080;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr12	64669270	rs10878132	C	G	1383.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=31;PP=918;SC=GAGACAAGGTCTCATGCTGCC;SOR=1.519;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=46;TCF=15;TCR=31;TR=46;WE=64669278;WS=64669260;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr12	64671412	rs10624687	C	CTA,CTATA	5260.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.470;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.463;NF=41,41;NR=46,46;PP=2790,195;ReadPosRankSum=-1.350;SC=GCCAGGGCCCCTATATATATA;SOR=0.623;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=127;TCF=56;TCR=71;TR=87,87;WE=64671429;WS=64671402;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.75,0.15:205
chr12	64697635	rs10878142	T	G	392.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=11;PP=275;SC=ATGATTACTGTCAGGTTTGTT;SOR=2.448;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=3;TCR=11;TR=14;WE=64697643;WS=64697625;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr12	64710319	rs7310610	C	G	3202.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=-0.184;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=394;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=36;PP=1270;ReadPosRankSum=0.328;SC=TGCTACTACACCACACCTGGC;SOR=0.676;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=204;TCF=118;TCR=86;TR=87;WE=64710327;WS=64710309;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:224,167:0.43:391
chr12	64712511	rs7955105	A	G	8167.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=314;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=105;NR=87;PP=2965;SC=ACTCATTTCCATTCCCATTGC;SOR=0.800;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=195;TCF=106;TCR=89;TR=192;WE=64712519;WS=64712501;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,312:1.00:312
chr12	64712546	rs113411861	A	AGTT	6231.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.010;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=319;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.414;HP=3;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.652;NF=20;NR=45;PP=2954;ReadPosRankSum=0.977;SC=TCACTTATGGAGTTGTGATCT;SOR=0.666;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=142;TCF=43;TCR=99;TR=65;WE=64712554;WS=64712536;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:144,160:0.53:304
chr12	64724815	rs11392869	T	TA	314.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.029;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.548;HP=10;HapScore=4;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=16;PP=234;ReadPosRankSum=0.501;SC=TTCCTTGACTTAAAAAAAAAA;SOR=1.796;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=34;TCF=3;TCR=31;TR=17;WE=64724823;WS=64724805;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,22:0.47:47
chr12	64746924	rs376117595	GT	G	293.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.288;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=10;HapScore=3;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.694;NF=2;NR=13;PP=173;ReadPosRankSum=0.463;SC=CTAACAGCAAGTTTTTTTTTT;SOR=1.270;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=25;TCF=2;TCR=23;TR=15;WE=64746932;WS=64746914;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,19:0.68:28
chr12	64803798	rs11175383	A	C	1283.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.800;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.590;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=19;PP=535;ReadPosRankSum=0.243;SC=CCAGAAAACTACAAGTATAAC;SOR=0.620;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=86;TCF=45;TCR=41;TR=38;WE=64803806;WS=64803788;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:93,67:0.42:160
chr12	64818598	rs61931552	G	A	642.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=1.744;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=17;PP=371;ReadPosRankSum=-0.389;SC=ATTAATCCATGTTACTTATTG;SOR=0.784;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=45;TCF=12;TCR=33;TR=23;WE=64818606;WS=64818588;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,30:0.49:61
chr12	64821982	rs56063305	TA	T	714.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.643;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.644;HP=11;HapScore=3;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=23;PP=255;ReadPosRankSum=1.495;SC=TGTTGGCATTTAAAAAAAAAA;SOR=1.007;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=45;TCF=5;TCR=40;TR=25;WE=64821991;WS=64821972;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,51:0.50:101
chr12	64827444	rs61931555	T	C	625.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=0.284;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.857;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=15;PP=304;ReadPosRankSum=-0.979;SC=TGTACATCTATATGACCAAGA;SOR=0.818;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=62;TCF=24;TCR=38;TR=24;WE=64827452;WS=64827434;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,33:0.41:80
chr12	64833249	rs10878172	A	G	593.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-1.760;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=15;PP=319;ReadPosRankSum=0.013;SC=CACCATTTTGAAATTATGAGT;SOR=0.527;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=34;TCF=7;TCR=27;TR=18;WE=64833257;WS=64833239;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,26:0.59:44
chr12	64838715	rs111880586	T	C	390.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-2.677;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=2;PP=264;ReadPosRankSum=1.091;SC=ATCACACCACTGTACTCCAGC;SOR=0.482;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=52;TCF=45;TCR=7;TR=19;WE=64838723;WS=64838714;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,19:0.39:49
chr12	64838752	rs71092967	TA	T	743.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=-1.406;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=0.9999;FS=0.000;HP=16;HapScore=4;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=25;PP=1003;ReadPosRankSum=-0.725;SC=GACCATCTCTTAAAAAAAAAA;SOR=0.595;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=102;TCF=61;TCR=41;TR=65;WE=64838779;WS=64838742;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,67:0.63:107
chr12	64838922	rs6581565	G	T	4714.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=0.097;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=467;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=82;PP=2007;ReadPosRankSum=1.424;SC=GTAGGTATTTGTGAAGCTCAC;SOR=0.727;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=287;TCF=126;TCR=161;TR=144;WE=64838930;WS=64838912;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:221,232:0.51:453
chr12	64858100	rs57810028	A	AT	1132.27	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.545;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=3;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=14;PP=348;ReadPosRankSum=2.304;SC=CCAATCAATGATTTTTTTTTT;SOR=0.976;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=37;TCF=18;TCR=19;TR=30;WE=64858108;WS=64858090;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,63:0.86:73
chr12	64875787	rs7486100	T	A	506.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=0.268;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.888;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=21;PP=409;ReadPosRankSum=0.566;SC=AGATTTATATTCATAGCTATA;SOR=2.295;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=50;TCF=8;TCR=42;TR=23;WE=64875795;WS=64875777;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,23:0.39:59
chr12	64879436	rs41292023	G	T	35.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.960;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=5.96;ReadPosRankSum=-1.282;SOR=0.132;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,3:0.50:6
chr12	64891392	rs146676333	G	GGTT	695.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.058;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=2.780;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.39;ReadPosRankSum=1.990;SOR=1.023;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,20:0.50:40
chr12	65004316	rs3741747	T	C	2584.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=62;NR=18;PP=1701;SC=TGCCCGGGGCTGCGCGCCGGG;SOR=2.468;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=80;TCF=62;TCR=18;TR=80;WE=65004324;WS=65004306;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr12	65004387	rs3741748	C	T	7697.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.315;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=308;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=26.09;ReadPosRankSum=1.960;SOR=0.319;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,294:1.00:295
chr12	65134536	rs1690277	C	G	1199.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=7;NR=29;PP=859;SC=TGGATTACTACAGTAGATAAT;SOR=2.670;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=36;TCF=7;TCR=29;TR=36;WE=65134544;WS=65134526;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr12	65146532	rs1147096	C	T	2737.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=46;NR=32;PP=1496;SC=TTTTCTTTAGCGGTGTCTGTA;SOR=1.059;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=78;TCF=46;TCR=32;TR=78;WE=65146540;WS=65146522;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr12	65146676	rs1147095	T	C	2471.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=26;NR=38;PP=1342;SC=AAAGAGAGTCTTGTATGATTC;SOR=1.105;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=64;TCF=26;TCR=38;TR=64;WE=65146684;WS=65146666;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr12	65150485	rs2620733	C	T	6700.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=263;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=69;NR=70;PP=2394;SC=TGCTCTTGTCCTAGCTCTTCC;SOR=0.701;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=139;TCF=69;TCR=70;TR=139;WE=65150493;WS=65150475;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,261:1.00:261
chr12	65222347	rs1144426	C	G	2415.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=16;NR=56;PP=1636;SC=TTCTTTAGAGCCTCTGGAATG;SOR=2.219;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=72;TCF=16;TCR=56;TR=72;WE=65222355;WS=65222337;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr12	65270436	rs7311657	A	G	871.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=3.383;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.110;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=8;PP=636;ReadPosRankSum=-0.425;SC=CCAGCTCTAGACTGCAGACGC;SOR=0.963;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=59;TCF=44;TCR=15;TR=33;WE=65270444;WS=65270426;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,35:0.55:64
chr12	65449071	rs1026025	A	G	1338.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.210;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.756;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=37;PP=755;ReadPosRankSum=0.968;SC=TTTCCTTGCAATTCTTTAGAA;SOR=0.815;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=94;TCF=22;TCR=72;TR=48;WE=65449079;WS=65449061;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,62:0.52:119
chr12	65460368	rs3782498	A	G	596.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.205;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.363;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=7;PP=394;ReadPosRankSum=-0.947;SC=AACTTATTCTAATCAAACATT;SOR=0.378;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=62;TCF=47;TCR=15;TR=26;WE=65460376;WS=65460358;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,29:0.43:68
chr12	65462429	rs72205564	ATGTGTGTGTG	A,ATGTGTG	3645.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=23;NF=27,27;NR=23,23;PP=1319,1780;SC=CCAAAAAACCATGTGTGTGTG;SOR=1.402;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=59;TCF=31;TCR=28;TR=50,50;WE=65462448;WS=65462419;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.54,0.46:105
chr12	65477560	.	C	CCCTTT	118.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.242;ClippingRankSum=-0.000;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=14.84;ReadPosRankSum=2.450;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,4:0.50:8
chr12	65477613	rs150722125	TTTC	T	908.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.033;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.42;MQRankSum=2.043;QD=31.34;ReadPosRankSum=1.509;SOR=0.963;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,23:0.79:29
chr12	65514266	rs7301320	T	C	2361.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.842;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=311;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.132;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=43;PP=884;ReadPosRankSum=1.034;SC=TTCTCTGTTGTGCTTTTCTGA;SOR=0.527;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=188;TCF=84;TCR=104;TR=84;WE=65514274;WS=65514256;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:174,130:0.43:304
chr12	65609707	rs34604927	G	GT	319.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.516;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=1.348;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.14;ReadPosRankSum=0.727;SOR=0.411;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,18:0.51:35
chr12	65612499	rs11610822	G	A	56.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=0.894;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=4;MGOF=32;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=3;PP=29;ReadPosRankSum=0.566;SC=TAATTGTACTGTTAAAAGCTT;SOR=0.693;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=10;TCF=2;TCR=8;TR=4;WE=65612507;WS=65612484;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,4:0.50:8
chr12	65633880	rs34562240	GTGAT	G	2354.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.846;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=1.897;NF=16;NR=17;PP=1355;ReadPosRankSum=0.962;SC=ATTATGTCAAGTGATTGATTC;SOR=0.740;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=90;TCF=42;TCR=48;TR=33;WE=65633891;WS=65633870;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,64:0.46:139
chr12	65639615	rs3217456	ATTTT	A	1279.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.223;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.300;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=2.063;NF=6;NR=19;PP=1003;ReadPosRankSum=0.625;SC=AACTAAGACTATTTTCTTTCT;SOR=0.394;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=41;TCF=9;TCR=32;TR=25;WE=65639626;WS=65639605;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,36:0.61:59
chr12	65762703	rs57910895	AC	A	574.14	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.457;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.40;ReadPosRankSum=0.000;SOR=3.611;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,29:0.88:33
chr12	65856899	rs61921506	C	T	616.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.657;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=9;PP=359;ReadPosRankSum=0.160;SC=CTGCTTTGTACATGCTTTTCC;SOR=0.739;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=65;TCF=45;TCR=20;TR=28;WE=65856911;WS=65856889;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,33:0.40:82
chr12	65881702	rs11175783	C	T	2755.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=-1.124;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=261;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.460;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=21;PP=1151;ReadPosRankSum=0.017;SC=TGAGACTGTGCCTCAAATTAA;SOR=0.746;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=162;TCF=106;TCR=56;TR=71;WE=65881719;WS=65881692;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:127,131:0.51:258
chr12	66232173	rs60377295	CA	C	119.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.226;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=1.349;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.20;MQRankSum=1.276;QD=2.39;ReadPosRankSum=0.525;SOR=0.397;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,16:0.32:50
chr12	66232485	.	A	G	128.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-2.308;ClippingRankSum=-0.000;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=6;PP=91;ReadPosRankSum=0.433;SC=GGTTAAGTCAAGAGACAAATT;SOR=0.569;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=0;TCR=13;TR=6;WE=66232493;WS=66232475;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,6:0.46:13
chr12	66253698	.	T	TA	85.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.222;ClippingRankSum=-0.000;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=5.04;ReadPosRankSum=2.103;SOR=0.551;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,8:0.47:17
chr12	66517828	rs2464304	T	A	3835.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=41;NR=51;PP=1605;SC=AACTATTAACTCCATGTATGA;SOR=0.864;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=92;TCF=41;TCR=51;TR=92;WE=66517836;WS=66517818;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,150:1.00:150
chr12	66522628	rs71096072	CA	C	423.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.352;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FS=6.464;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.12;MQRankSum=-1.048;QD=5.65;ReadPosRankSum=2.868;SOR=1.341;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,44:0.59:75
chr12	66531694	rs1185629	A	G	1801.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=48;NR=12;PP=1174;SC=CTTTTTTCTCATTAAATTTTT;SOR=2.483;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=62;TCF=49;TCR=13;TR=60;WE=66531702;WS=66531684;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr12	66533329	rs11176056	A	G	434.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-3.665;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=6;PP=199;ReadPosRankSum=0.979;SC=TTTCCAGGCCAGCGTGTAGGG;SOR=0.582;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=38;TCF=26;TCR=12;TR=19;WE=66533337;WS=66533319;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,23:0.51:45
chr12	66539589	rs145361008	A	G	1225.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=1.025;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.387;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=17;PP=599;ReadPosRankSum=-1.493;SC=AAAGACATCTATCTATTATAT;SOR=0.841;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=94;TCF=51;TCR=43;TR=40;WE=66539597;WS=66539579;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,60:0.46:130
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chr12	66597701	rs1882200	C	T	847.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-1.223;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.854;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=27;PP=590;ReadPosRankSum=-1.668;SC=TAATGTGGCTCTTAATCTGTA;SOR=0.855;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=72;TCF=16;TCR=56;TR=35;WE=66597709;WS=66597691;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,41:0.42:97
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chr12	66605228	rs1152888	A	G	1385.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=24;NR=11;PP=850;SC=TTCCTAAGGAATACTGCTTAA;SOR=1.473;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=35;TCF=24;TCR=11;TR=35;WE=66605236;WS=66605218;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr12	66696255	rs3741605	T	C	1059.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.135;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=12;PP=649;ReadPosRankSum=1.206;SC=TCAGGTTTTATGTACGCTGGC;SOR=0.626;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=96;TCF=69;TCR=27;TR=43;WE=66696263;WS=66696245;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,52:0.47:110
chr12	66696410	rs3741604	C	T	4942.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-2.795;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=477;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=71;NR=71;PP=2115;ReadPosRankSum=-0.571;SC=CGTACCTGCGCCAACTTCAGG;SOR=0.676;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=288;TCF=141;TCR=147;TR=142;WE=66696418;WS=66696400;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:226,244:0.52:470
chr12	66698438	rs2118139	G	A	628.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-3.245;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.240;HP=3;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=4;PP=453;ReadPosRankSum=-0.090;SC=TAAGTTTGATGAAACTTTGAG;SOR=0.446;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=56;TCF=49;TCR=7;TR=26;WE=66698446;WS=66698428;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,29:0.44:66
chr12	66698461	rs2118140	A	G	1150.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=4.044;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=5;PP=741;ReadPosRankSum=-0.551;SC=AACGGTTTCTAAATAATCTCC;SOR=0.738;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=79;TCF=67;TCR=12;TR=38;WE=66698469;WS=66698451;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,46:0.48:95
chr12	66698895	rs4430553	T	C	1986.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-1.451;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.699;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=30;PP=837;ReadPosRankSum=-0.552;SC=GAGTTGTTCCTAGACAATGAG;SOR=0.493;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=96;TCF=42;TCR=54;TR=59;WE=66698903;WS=66698885;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,98:0.57:172
chr12	66698954	rs1971302	C	G	2196.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=21;NR=38;PP=1071;SC=TTATCATCAACTTTCAGTGTA;SOR=1.179;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=59;TCF=21;TCR=38;TR=59;WE=66698962;WS=66698944;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr12	66716345	rs68047161	CAAA	C	1760.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.52;QD=31.44;SOR=4.615;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr12	66717692	rs7969887	T	G	2119.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=51;NR=10;PP=1480;SC=GTCTGAGTAGTAGTTAATGTT;SOR=2.899;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=61;TCF=51;TCR=10;TR=61;WE=66717700;WS=66717682;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr12	66717716	rs7957877	C	T	2861.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=61;NR=20;PP=1665;SC=ACAAGTGAAACGGAGACTTTC;SOR=2.165;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=81;TCF=61;TCR=20;TR=81;WE=66717724;WS=66717706;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr12	66725160	rs1185244	C	T	5051.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.476;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=454;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.522;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=84;NR=57;PP=2123;ReadPosRankSum=0.912;SC=GCAGATTTTCCGTCCCCACGG;SOR=0.634;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=282;TCF=166;TCR=116;TR=141;WE=66725168;WS=66725150;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:205,234:0.53:439
chr12	66731864	rs1168329	C	A	1014.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.805;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.417;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=19;PP=473;ReadPosRankSum=0.456;SC=TCAAGCCCACCGATAATCAAG;SOR=0.824;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=73;TCF=36;TCR=37;TR=35;WE=66731872;WS=66731854;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,54:0.42:129
chr12	66732057	rs1183274	C	G	83.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-2.830;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=3;PP=20;ReadPosRankSum=-0.263;SC=AACACGTCATCATGAGAACTG;SOR=0.330;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=11;TCF=2;TCR=9;TR=4;WE=66732065;WS=66732047;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,5:0.38:13
chr12	66771108	rs35635542	AT	A	900.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.127;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.20;MQRankSum=0.571;QD=23.10;ReadPosRankSum=-0.291;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,28:0.72:39
chr12	66771121	rs148141593	T	C	554.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.877;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.24;MQRankSum=-1.026;QD=12.90;ReadPosRankSum=1.613;SOR=0.625;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,23:0.53:43
chr12	66786073	rs7970076	A	G	4856.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=71;NR=41;PP=2100;SC=TCTGGGGGACAAAGTAAAGAC;SOR=1.107;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=112;TCF=71;TCR=41;TR=112;WE=66786081;WS=66786063;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,187:1.00:187
chr12	66786091	rs13277	G	C	6577.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=247;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=87;NR=57;PP=2835;SC=GACATACCTTGAGTTCCATAG;SOR=0.957;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=144;TCF=87;TCR=57;TR=144;WE=66786099;WS=66786081;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,245:1.00:245
chr12	66786341	rs7970771	G	A	2576.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=46;NR=37;PP=1809;SC=AATATACCAAGATACTCCGTG;SOR=0.855;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=83;TCF=46;TCR=37;TR=83;WE=66786349;WS=66786331;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr12	66786644	rs2270594	G	A	2110.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=19;NR=42;PP=1219;SC=TCCCTGTATGGTACTGAATAT;SOR=1.432;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=61;TCF=19;TCR=42;TR=61;WE=66786652;WS=66786634;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr12	66814466	rs7397861	C	G	2178.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.710;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=306;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.893;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=36;PP=937;ReadPosRankSum=-1.222;SC=TTAAGAGAGGCCTTAAAATGA;SOR=0.773;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=179;TCF=85;TCR=94;TR=67;WE=66814474;WS=66814456;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:183,120:0.40:303
chr12	66814487	rs7397862	C	A	2092.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-2.351;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=312;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.886;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=32;PP=720;ReadPosRankSum=-0.447;SC=ATCAGAAAATCCATTTTCCTT;SOR=0.756;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=171;TCF=81;TCR=90;TR=59;WE=66814495;WS=66814477;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:191,118:0.38:309
chr12	66826527	rs143524823	GAAGT	G	993.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=16;PP=767;SC=TGTAGGAACTGAAGTAAGATG;SOR=2.494;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=0;TCR=17;TR=16;WE=66826538;WS=66826517;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr12	66826555	rs6581694	A	G	548.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=49;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=14;PP=361;SC=TTAAAATCCTAGTAAATTAAG;SOR=2.948;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=15;TCF=1;TCR=14;TR=15;WE=66826563;WS=66826545;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr12	66838243	rs10878422	A	G	184.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.127;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.987;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.626;NF=12;NR=1;PP=200;ReadPosRankSum=-1.186;SC=TCCGCAGTCCAGCCTGGGCGA;SOR=3.180;SbPval=0.96;Source=Platypus;TC=42;TCF=32;TCR=10;TR=13;WE=66838251;WS=66838233;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,11:0.30:37
chr12	66838272	.	C	CA	314.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.353;ClippingRankSum=0.000;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.66;MQRankSum=-0.401;QD=5.62;ReadPosRankSum=-1.416;SOR=0.591;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,30:0.54:56
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chr12	66909389	rs12316942	C	T	2104.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=2.190;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=269;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=38;PP=1207;ReadPosRankSum=-0.152;SC=CCCTCAGGACCCCAACATACC;SOR=0.670;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=178;TCF=102;TCR=76;TR=82;WE=66909397;WS=66909379;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:158,107:0.40:265
chr12	66933149	rs10219689	C	T	535.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.578;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.297;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=13;PP=220;ReadPosRankSum=-1.650;SC=TCCTAGGAGACGGTGGGCCCT;SOR=0.260;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=39;TCF=8;TCR=31;TR=17;WE=66933157;WS=66933139;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,27:0.51:53
chr12	67688958	rs78741300	C	T	1838.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=2.356;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.986;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=33;PP=764;ReadPosRankSum=-1.400;SC=TGTTTATTTCCGTTACTCGTA;SOR=1.186;SbPval=0.94;Source=Platypus;TC=90;TCF=31;TCR=59;TR=42;WE=67688966;WS=67688948;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,84:0.54:156
chr12	67699536	rs17781675	G	A	4577.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.526;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=508;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.524;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=69;NR=65;PP=2142;ReadPosRankSum=-0.043;SC=TTCTAGATGAGCTCCCACCTC;SOR=0.692;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=320;TCF=159;TCR=161;TR=134;WE=67699544;WS=67699526;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:279,223:0.44:502
chr12	67701103	rs812325	G	A	4906.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=91;NR=44;PP=2598;SC=GTGTTATTTGGAGTGGTTTAA;SOR=1.468;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=135;TCF=91;TCR=44;TR=135;WE=67701111;WS=67701093;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,179:1.00:179
chr12	67703909	rs116416219	C	A	1338.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.025;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.270;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=15;PP=593;ReadPosRankSum=0.473;SC=TGTATATCCACACGTTCTTTT;SOR=0.834;Source=Platypus;TCF=57;TR=38;WE=67703917;WS=67703899;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,67:0.43:157
chr12	67706466	rs1060350	G	A	2075.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.063;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=28;PP=892;ReadPosRankSum=0.581;SC=TAGCAGCACTGCTAACCATTC;SOR=0.665;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=110;TCF=57;TCR=53;TR=58;WE=67706474;WS=67706456;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,102:0.54:189
chr12	68045403	rs10878641	G	A	3649.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=35;NR=51;PP=1807;SC=TGTAAACTTCGGTATGCTGTT;SOR=0.973;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=86;TCF=35;TCR=51;TR=86;WE=68045411;WS=68045393;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,135:1.00:135
chr12	68052178	rs3741644	G	T	4526.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=42;NR=62;PP=2185;SC=GAGAGTGGGGGAACGCGCTGA;SOR=1.049;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=104;TCF=42;TCR=62;TR=104;WE=68052186;WS=68052168;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,161:1.00:161
chr12	68552041	rs79723178	TAA	T,TA	1547.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-1.087;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=0.5011,0.4989;FS=4.993;HP=13;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.291;NF=4,4;NR=55,55;PP=658,17;ReadPosRankSum=-0.397;SC=ACCTGCATTCTAAAAAAAAAA;SOR=0.142;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=71;TCF=4;TCR=67;TR=59,59;WE=68552051;WS=68552031;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.23,0.72:92
chr12	68646521	rs2227491	T	C	15998.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=624;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=163;NR=188;PP=2965;SC=CACACGGCCCTGTTCGTCACA;SOR=0.780;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=351;TCF=163;TCR=188;TR=351;WE=68646529;WS=68646511;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,622:1.00:622
chr12	68690765	.	T	TA	107.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.809;ClippingRankSum=0.000;DP=145;ExcessHet=3.0103;FS=1.936;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.88;ReadPosRankSum=1.151;SOR=0.948;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:100,22:0.18:122
chr12	68696661	rs35426557	CA	C	114.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.583;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.49;ReadPosRankSum=-1.038;SOR=0.587;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,19:0.41:46
chr12	69042454	.	CT	C	180.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.806;ClippingRankSum=0.000;DP=211;ExcessHet=3.0103;FS=1.625;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.87;ReadPosRankSum=1.419;SOR=0.861;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:161,46:0.22:207
chr12	69042690	rs3213921	T	G	1258.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.941;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.638;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=32;PP=684;ReadPosRankSum=0.169;SC=TATAATATTTTTCTTGTAATT;SOR=1.027;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=91;TCF=22;TCR=69;TR=42;WE=69042698;WS=69042680;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,57:0.47:122
chr12	69044065	.	G	GT	72.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.328;ClippingRankSum=0.000;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.02;ReadPosRankSum=2.760;SOR=0.668;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,9:0.25:36
chr12	69050346	rs368220197	CA	C	371.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.588;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=12;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.921;NF=0;NR=19;PP=191;ReadPosRankSum=1.353;SC=ATGTTACAGGCAAAAAAAAAA;SOR=0.576;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=35;TCF=0;TCR=35;TR=19;WE=69050354;WS=69050336;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,26:0.57:46
chr12	69084541	rs11608404	A	G	1330.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.160;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.608;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=32;PP=803;ReadPosRankSum=-0.086;SC=GTAGAAAAATAGGGCTAAGAA;SOR=0.889;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=85;TCF=23;TCR=62;TR=43;WE=69084549;WS=69084531;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,58:0.50:115
chr12	69090573	rs35640989	C	CT	372.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.262;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=1.158;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.28;ReadPosRankSum=-2.005;SOR=0.515;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,27:0.60:45
chr12	69103668	rs61024131	C	CA	54.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.602;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=2.447;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=3.65;ReadPosRankSum=1.993;SOR=1.863;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,7:0.47:15
chr12	69128684	rs74839420	G	A	791.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.303;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=22;PP=477;ReadPosRankSum=-1.033;SC=TAAAGAGATCGTTTCTTCAGC;SOR=0.725;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=53;TCF=14;TCR=39;TR=30;WE=69128692;WS=69128674;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,36:0.55:65
chr12	69141678	rs57821268	T	A	311.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.520;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=3;PP=185;ReadPosRankSum=-0.576;SC=TTGAATTTAATCTGAACAACA;SOR=0.616;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=24;TCF=19;TCR=5;TR=13;WE=69141686;WS=69141668;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,15:0.48:31
chr12	69202164	rs937283	A	G	1052.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.209;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.774;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=18;PP=540;ReadPosRankSum=-0.022;SC=GAGTGGAATGATCCCCGAGGC;SOR=0.395;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=84;TCF=52;TCR=32;TR=41;WE=69202172;WS=69202154;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,51:0.50:101
chr12	69202326	rs2870820	C	T	1348.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.829;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.576;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=22;PP=695;ReadPosRankSum=0.769;SC=ACGGTGTCCCCTCTATCGCTG;SOR=0.602;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=106;TCF=49;TCR=57;TR=42;WE=69202347;WS=69202316;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:103,68:0.40:171
chr12	69207162	rs1470383	G	A	918.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=22;NR=9;PP=584;SC=ATTGGATACTGTCTGTGATCA;SOR=1.609;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=32;TCF=22;TCR=10;TR=31;WE=69207170;WS=69207152;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr12	69218038	rs2291857	T	G	141.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.167;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=1;PP=64;ReadPosRankSum=0.812;SC=ATTGAAAGGTTAAATTGCATA;SOR=0.495;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=9;TCF=7;TCR=2;TR=5;WE=69218046;WS=69218028;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,7:0.58:12
chr12	69250548	rs3741598	C	T	3474.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=29;NR=63;PP=1806;SC=CACTAAAATGCAGCCTTTGTG;SOR=1.501;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=92;TCF=29;TCR=63;TR=92;WE=69250556;WS=69250538;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
chr12	69265578	rs2228654	A	G	13699.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.129;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=514;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=184;NR=144;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.418;SC=CGATGCTGTAATAACAGTCAG;SOR=0.606;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=328;TCF=184;TCR=144;TR=328;WE=69265586;WS=69265568;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,510:0.99:513
chr12	69279736	rs2701085	A	G	2395.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=10;NR=52;PP=1534;SC=GAACTCTGGTAAGACTAGGAA;SOR=2.274;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=62;TCF=10;TCR=52;TR=62;WE=69279744;WS=69279726;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr12	69633379	rs2305642	A	G	1474.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.280;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.336;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=21;PP=731;ReadPosRankSum=-1.171;SC=CGCGGCGGGCAGACCTGCAGG;SOR=0.940;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=125;TCF=76;TCR=49;TR=58;WE=69633400;WS=69633369;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:110,81:0.42:191
chr12	69633390	.	AGGC	A	39.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.496;ClippingRankSum=0.000;DP=223;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.19;ReadPosRankSum=0.652;SOR=0.737;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:198,16:0.07:214
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chr12	69653146	rs2231700	T	C	1400.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.030;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.014;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=15;PP=735;ReadPosRankSum=-0.212;SC=TGCTATACACTGTTGTGACTA;SOR=0.879;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=126;TCF=86;TCR=40;TR=50;WE=69653154;WS=69653136;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:104,69:0.40:173
chr12	69667075	rs1463335	T	A	1094.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.797;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.292;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=22;PP=564;ReadPosRankSum=1.132;SC=AATTTCAGGTTGTGGCATTCA;SOR=0.988;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=74;TCF=33;TCR=41;TR=38;WE=69667083;WS=69667065;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,56:0.46:123
chr12	69753595	rs622656	C	T	442.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=0.597;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.208;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=2;PP=320;ReadPosRankSum=1.482;SC=GAGGAGTTGACGGTTACTCAC;SOR=1.519;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=22;TCF=20;TCR=2;TR=17;WE=69753603;WS=69753588;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,18:0.64:28
chr12	69753830	rs623853	G	A	1935.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.226;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.731;HP=3;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=38;PP=908;ReadPosRankSum=-0.288;SC=CCCCTCTTCCGGGGTGGCTCT;SOR=0.850;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=119;TCF=53;TCR=66;TR=64;WE=69753838;WS=69753820;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:103,98:0.49:201
chr12	69753847	rs554591	T	C	1663.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.398;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FS=1.969;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.33;ReadPosRankSum=-1.169;SOR=0.882;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:81,80:0.50:161
chr12	69756762	rs10784775	G	A	979.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.657;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FS=0.808;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.66;MQRankSum=-1.550;QD=11.13;ReadPosRankSum=1.045;SOR=0.852;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,49:0.56:88
chr12	69759551	rs11286051	AT	A	1033.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.256;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=20;PP=399;ReadPosRankSum=0.700;SC=ATAATTTACTATTTTTTTTCT;SOR=0.633;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=47;TCF=9;TCR=38;TR=24;WE=69759559;WS=69759541;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,59:0.60:99
chr12	69764388	rs2291005	A	G	337.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=2.457;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=2;PP=250;ReadPosRankSum=1.415;SC=TTTGACATGTATATACTTATT;SOR=0.929;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=30;TCF=25;TCR=5;TR=14;WE=69764396;WS=69764378;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,14:0.47:30
chr12	69967862	rs547497	G	A	6103.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.317;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=242;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=99;NR=56;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.307;SC=CATTGGAGGCGAGGGTTTCTA;SOR=1.095;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=157;TCF=100;TCR=57;TR=155;WE=69967870;WS=69967852;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,227:0.98:231
chr12	69979115	rs2601007	G	C	2077.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=58;NR=4;PP=1599;SC=GCCCCCTCCAGTGTGAAAGGC;SOR=5.074;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=62;TCF=58;TCR=4;TR=62;WE=69979123;WS=69979105;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr12	69980028	rs485288	G	A	4066.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=52;NR=47;PP=1803;SC=TAAACGGAATGCCTCTTGGTT;SOR=0.745;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=99;TCF=52;TCR=47;TR=99;WE=69980036;WS=69980018;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,156:1.00:156
chr12	69980141	rs484319	G	C	2450.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=25;NR=38;PP=1209;SC=CTTGTTCTAAGCATTGTTTTA;SOR=1.038;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=64;TCF=26;TCR=38;TR=63;WE=69980149;WS=69980131;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr12	69981862	rs530701	G	A	3224.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=60;NR=35;PP=2182;SC=TACTTCCTCTGTCTTTACTAT;SOR=1.262;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=95;TCF=60;TCR=35;TR=95;WE=69981870;WS=69981852;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr12	69982129	rs710777	G	C	2168.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=20;NR=44;PP=1330;SC=ACACTGAAAAGCATACACAAA;SOR=1.580;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=64;TCF=20;TCR=44;TR=64;WE=69982137;WS=69982119;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr12	69985771	rs137875319	CTT	C	1600.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=19;NR=6;PP=973;SC=AAGCAGACAGCTTTTTATAAG;SOR=3.003;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=30;TCF=21;TCR=9;TR=25;WE=69985780;WS=69985761;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr12	69987494	rs710773	G	A	2047.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=47;PP=1259;SC=TAGAATTTCAGCAGTTATTCT;SOR=2.147;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=61;TCF=14;TCR=47;TR=61;WE=69987502;WS=69987484;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr12	69991627	rs710765	C	T	1475.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=23;NR=21;PP=1114;SC=ATGGTTCTTACAGAAATCTTA;SOR=0.818;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=44;TCF=23;TCR=21;TR=44;WE=69991635;WS=69991617;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr12	70064146	rs17813545	T	C	3012.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.750;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=304;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.879;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=43;PP=1468;ReadPosRankSum=-1.896;SC=TTCTCTAAGATGTGCTTTGCG;SOR=0.769;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=196;TCF=115;TCR=81;TR=105;WE=70064154;WS=70064136;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:153,148:0.49:301
chr12	70064295	rs3847772	C	T	2669.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=0.494;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=253;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.840;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=62;PP=1428;ReadPosRankSum=-1.300;SC=AGAAGTGCCACAAACCATCAC;SOR=0.904;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=188;TCF=72;TCR=116;TR=95;WE=70064303;WS=70064285;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:121,128:0.51:249
chr12	70065072	rs3847773	A	G	328.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=1.722;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.770;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=1;PP=177;ReadPosRankSum=0.542;SC=AGCCTCCCCAAGTAGCTAGGA;SOR=1.179;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=19;TCF=17;TCR=2;TR=10;WE=70065080;WS=70065062;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,14:0.58:24
chr12	70065126	rs200930771	CTT	C,CT	1070.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.056;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.34;MQRankSum=0.389;QD=18.46;ReadPosRankSum=-1.686;SOR=1.127;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:3,25,30:0.43,0.52:58
chr12	70070893	rs11609972	C	T	1864.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.568;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.539;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=20;PP=981;ReadPosRankSum=-0.272;SC=GCTGGCCTCCCGCAGCGAAGC;SOR=0.615;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=142;TCF=93;TCR=49;TR=57;WE=70070901;WS=70070883;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:113,87:0.44:200
chr12	70070942	rs710718	A	G	7815.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=307;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=126;NR=74;PP=2965;SC=AAAGAATTCCATGAAAAGTAT;SOR=1.103;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=200;TCF=126;TCR=74;TR=200;WE=70070950;WS=70070932;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,298:1.00:298
chr12	70072479	rs3741755	C	G	1652.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.057;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.751;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=15;PP=826;ReadPosRankSum=1.424;SC=TTCTTGGTCTCTAATTAGCGT;SOR=0.381;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=95;TCF=67;TCR=28;TR=51;WE=70072487;WS=70072469;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,73:0.59:123
chr12	70078172	rs710714	C	T	186.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.267;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.056;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=0;PP=125;ReadPosRankSum=-0.743;SC=TTATTGCCCTCGAGCCAAAGG;SOR=1.949;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=14;TCR=2;TR=7;WE=70078180;WS=70078164;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,8:0.40:20
chr12	70078575	rs12425422	T	G	346.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-0.052;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.272;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=13;PP=225;ReadPosRankSum=0.196;SC=TCCCTGTCAATTGGGAAAATC;SOR=2.419;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=30;TCF=4;TCR=26;TR=13;WE=70078583;WS=70078565;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,16:0.46:35
chr12	70088344	rs75229567	T	C	259.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=2.518;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=9;PP=174;ReadPosRankSum=-1.610;SC=AAATAATCTTTTATTTTTGAA;SOR=0.693;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=22;TCF=2;TCR=20;TR=10;WE=70088352;WS=70088334;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,11:0.50:22
chr12	70091432	rs775429	T	C	1590.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=33;NR=16;PP=918;SC=AGTACCTGTATACCAAACTTA;SOR=1.460;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=49;TCF=33;TCR=16;TR=49;WE=70091440;WS=70091422;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr12	70190408	rs17120917	A	C	2614.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=30;NR=33;PP=1093;SC=ACGAATTATCAATAAAAATGA;SOR=0.775;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=63;TCF=30;TCR=33;TR=63;WE=70190416;WS=70190398;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr12	70195293	rs10879014	T	G	1065.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=29;NR=3;PP=825;SC=AGTGGAACTTTGGAGAAGAAT;SOR=4.174;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=33;TCF=29;TCR=4;TR=32;WE=70195301;WS=70195283;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr12	70195518	rs112609629	A	T	9218.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.932;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=358;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=105;NR=124;PP=2965;ReadPosRankSum=0.330;SC=TTTTACGTGCATGAACTGTGA;SOR=0.439;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=232;TCF=106;TCR=126;TR=229;WE=70195526;WS=70195508;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,351:0.99:354
chr12	70273303	rs1240286	C	G	3850.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=13;NR=98;PP=2913;SC=CTCTGGCAGGCACCTAGAGAG;SOR=3.370;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=111;TCF=13;TCR=98;TR=111;WE=70273311;WS=70273293;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr12	70274160	rs1240287	G	A	1643.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=43;PP=1221;SC=GAGCAGCCCTGCAAAAGTTTC;SOR=2.342;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=57;TCF=14;TCR=43;TR=57;WE=70274168;WS=70274150;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr12	70280797	rs1612447	T	C	2958.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=31;NR=46;PP=1527;SC=AAGACAGTGCTAAATCTCAGT;SOR=0.927;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=77;TCF=31;TCR=46;TR=77;WE=70280805;WS=70280787;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr12	70289124	rs139690592	G	GT	107.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.459;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FS=2.759;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.54;ReadPosRankSum=-0.311;SOR=0.454;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:161,37:0.19:198
chr12	70330087	rs813147	A	G	11637.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.871;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=458;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=178;NR=145;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.968;SC=CACAGGAGCCAGCTCTGCTGC;SOR=0.807;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=323;TCF=178;TCR=145;TR=323;WE=70330095;WS=70330077;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,444:1.00:446
chr12	70352198	.	C	CT	36.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.240;ClippingRankSum=0.000;DP=129;ExcessHet=3.0103;FS=2.452;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.17;MQRankSum=2.987;QD=0.36;ReadPosRankSum=-0.041;SOR=0.397;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:85,17:0.17:102
chr12	70747693	.	TA	T	132.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.749;ClippingRankSum=0.000;DP=129;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.08;MQRankSum=0.000;QD=3.16;ReadPosRankSum=1.384;SOR=0.723;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,21:0.50:42
chr12	70915347	rs369876	A	G	6522.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=253;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=86;NR=95;PP=2965;SC=ATAATTGTTTACGCTGTTTAT;SOR=0.751;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=182;TCF=87;TCR=95;TR=181;WE=70915355;WS=70915337;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,245:1.00:245
chr12	70928724	rs582954	A	G	4324.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=48;NR=62;PP=2056;SC=GCCAGTAATGATCACACTTTA;SOR=0.879;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=110;TCF=48;TCR=62;TR=110;WE=70928732;WS=70928714;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,162:1.00:162
chr12	70928745	rs3752702	G	A	1580.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.048;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.261;HP=1;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=35;PP=893;ReadPosRankSum=-0.017;SC=CCTAGAACAGGACAGACAGAA;SOR=1.155;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=91;TCF=33;TCR=58;TR=50;WE=70928753;WS=70928735;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,71:0.51:138
chr12	70930061	rs2278346	T	G	221.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=1.835;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=7;PP=107;ReadPosRankSum=0.071;SC=CAGAAAAAGATACTAACACAA;SOR=1.022;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=24;TCF=4;TCR=20;TR=7;WE=70930069;WS=70930051;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,11:0.37:30
chr12	70932572	rs17226374	T	C	949.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=2.071;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.750;HP=1;HapScore=4;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=2;PP=1087;ReadPosRankSum=0.087;SC=CTATTTCTTATTAAAGGCATT;SOR=1.678;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=46;TCF=41;TCR=5;TR=21;WE=70932581;WS=70932564;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,25:0.48:52
chr12	70932573	rs11332712	TA	T	940.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=2.535;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.925;HP=3;HapScore=4;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.161;NF=16;NR=3;PP=1089;ReadPosRankSum=0.667;SC=TATTTCTTATTAAAGGCATTC;SOR=2.232;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=44;TCF=34;TCR=10;TR=19;WE=70932581;WS=70932564;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,26:0.44:59
chr12	70933687	rs919595	A	G	8299.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=319;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=92;NR=101;PP=2965;SC=CCATCTTTCAACAAATTATAC;SOR=0.746;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=194;TCF=93;TCR=101;TR=193;WE=70933695;WS=70933677;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,308:1.00:308
chr12	70938176	rs4761221	G	A	2122.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-1.843;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=14;PP=1473;ReadPosRankSum=-0.608;SC=CTTCTAGAGAGGTTGTACAAT;SOR=1.255;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=67;TCF=53;TCR=14;TR=66;WE=70938184;WS=70938166;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,73:0.99:74
chr12	70938279	rs10531402	AGAG	A	4405.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=3.520;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=322;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.791;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=33;PP=2727;ReadPosRankSum=2.315;SC=TCTCCCCATTAGAGGCTCTTG;SOR=0.902;SbPval=0.23;Source=Platypus;TC=131;TCF=50;TCR=81;TR=61;WE=70938289;WS=70938269;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:198,120:0.38:318
chr12	70963619	rs2304821	G	A	3701.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.301;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=401;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=49;PP=1373;ReadPosRankSum=1.182;SC=TGCCGACACCGTGTAGGAATC;SOR=0.689;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=234;TCF=124;TCR=110;TR=105;WE=70963627;WS=70963609;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:207,190:0.48:397
chr12	70965764	rs1561799	G	A	3899.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.007;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=383;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.203;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=71;NR=62;PP=2274;ReadPosRankSum=-0.760;SC=TTTTAATGGTGACTTCATAGT;SOR=0.786;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=244;TCF=126;TCR=118;TR=133;WE=70965772;WS=70965754;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:182,186:0.51:368
chr12	70970449	.	CG	C	22	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.6;FR=0.4993;HP=19;HapScore=4;MGOF=45;MMLQ=24;MQ=58.4;NF=2;NR=0;PP=22;QD=13.5;SC=AGGTGGGGGGCGGGGGGGGGG;SbPval=0.16;Source=Platypus;TC=5;TCF=2;TCR=3;TR=2;WE=70970474;WS=70970439;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:3,2:0.40:5
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chr12	71078135	rs7958846	G	C	2686.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=25;NR=50;PP=1537;SC=AAATAGCTGGGCTAGTACAAA;SOR=1.378;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=76;TCF=25;TCR=51;TR=75;WE=71078143;WS=71078125;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr12	71139664	rs3803036	T	C	2601.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=25;NR=31;PP=1105;SC=GGTGGTAGCTTTGATCTCAGG;SOR=0.797;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=56;TCF=25;TCR=31;TR=56;WE=71139672;WS=71139654;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr12	71148135	rs143322105	C	T	1072.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.022;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.607;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=21;PP=520;ReadPosRankSum=-1.013;SC=AGAAAACTGGCGTTCTTATCA;SOR=0.490;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=69;TCF=25;TCR=44;TR=35;WE=71148143;WS=71148125;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,52:0.50:104
chr12	71509607	rs71931636	ACTCT	A	1904.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.032;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.955;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQ=60.11;MQRankSum=0.949;NF=11;NR=14;PP=1092;ReadPosRankSum=1.237;SC=CAGAGTGTACACTCTCTCTCT;SOR=0.395;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=50;TCF=25;TCR=25;TR=25;WE=71509618;WS=71509597;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,50:0.53:95
chr12	71509652	rs34349223	T	A	1725.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.341;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.616;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.892;NF=28;NR=22;PP=776;ReadPosRankSum=-1.638;SC=CAGCAAGAAGTAGTTCAACTG;SOR=0.618;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=101;TCF=58;TCR=43;TR=50;WE=71509660;WS=71509642;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,83:0.56:147
chr12	71509793	rs36021752	A	C	893.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.169;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.895;HP=1;HapScore=2;MGOF=118;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=22;PP=447;ReadPosRankSum=2.062;SC=TTTTGTTATGACAGTCCAAGC;SOR=0.532;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=65;TCF=18;TCR=47;TR=32;WE=71509801;WS=71509783;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,42:0.51:83
chr12	71509814	rs141855745	G	GTTCCCTGTATAATTTT	1250.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.025;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=12;PP=2897;ReadPosRankSum=0.826;SC=TAATATAGGAGTTCATTGTTT;SOR=0.720;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=41;TCF=0;TCR=41;TR=12;WE=71509822;WS=71509804;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,33:0.54:61
chr12	71509836	rs1796329	C	T	410.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=1.616;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=1.767;HP=1;HapScore=2;MGOF=221;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=14;PP=333;ReadPosRankSum=0.116;SC=AAATAGCTGACGTTTTTCCAT;SOR=0.343;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=30;TCF=4;TCR=26;TR=17;WE=71509844;WS=71509826;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,19:0.54:35
chr12	71519020	.	C	T	1261.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.743;ClippingRankSum=0.000;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.661;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=12;PP=777;ReadPosRankSum=-0.234;SC=GACAGCTGCTCCTGACTTATA;SOR=0.498;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=99;TCF=74;TCR=25;TR=46;WE=71519028;WS=71519010;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,56:0.47:118
chr12	71519096	rs1051344	G	C	2723.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=2.490;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=298;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.890;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=37;PP=1431;ReadPosRankSum=-1.009;SC=CTGACGATAGGTTGATGCATC;SOR=0.766;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=187;TCF=104;TCR=83;TR=84;WE=71519104;WS=71519086;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:163,132:0.45:295
chr12	71522953	rs1796330	G	C	57.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.363;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=5.25;ReadPosRankSum=1.616;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,4:0.36:11
chr12	71523043	rs1705263	C	A	499.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.139;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.62;ReadPosRankSum=0.027;SOR=0.650;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,26:0.45:58
chr12	71523134	rs1051334	A	C	1437.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.008;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FS=0.621;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.20;ReadPosRankSum=1.767;SOR=0.722;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:69,72:0.51:141
chr12	71523199	rs143821581	TAA	T	581.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.844;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.021;HP=12;HapScore=4;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=21;PP=276;ReadPosRankSum=-0.538;SC=ACAGGTCTGTTAAAAAAAAAA;SOR=0.941;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=44;TCF=6;TCR=38;TR=23;WE=71523219;WS=71523189;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,31:0.48:64
chr12	71526414	rs2270588	T	C	440.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.527;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=2;PP=313;ReadPosRankSum=-0.175;SC=GTAGGGACTTTAATTGTGAAA;SOR=0.616;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=27;TCF=24;TCR=3;TR=15;WE=71526422;WS=71526404;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,18:0.56:32
chr12	71526677	rs1397566	A	G	610.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-1.061;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=17;PP=325;ReadPosRankSum=-0.225;SC=TTAAATTATAATCTTCTGAAA;SOR=0.688;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=49;TCF=15;TCR=34;TR=24;WE=71526685;WS=71526667;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,29:0.53:55
chr12	71526709	rs3816942	C	T	378.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.139;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.643;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=13;PP=286;ReadPosRankSum=1.041;SC=GGTTATTATGCTAAAATACCA;SOR=1.402;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=31;TCF=8;TCR=23;TR=16;WE=71526717;WS=71526699;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,16:0.50:32
chr12	71531663	rs2270585	A	T	231.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.052;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=0;PP=122;ReadPosRankSum=1.748;SC=TTTAAGGAAGATGTTAAAAAC;SOR=1.112;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=12;TCR=1;TR=7;WE=71531671;WS=71531658;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,10:0.59:17
chr12	71531889	rs1798093	T	C	3016.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.285;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=300;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.553;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=33;PP=1579;ReadPosRankSum=0.010;SC=AGGTAGTATTTCAATTTTTCA;SOR=0.857;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=194;TCF=122;TCR=72;TR=97;WE=71531897;WS=71531879;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:151,145:0.49:296
chr12	71532099	rs2270584	G	A	1404.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=2.068;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.773;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=38;PP=846;ReadPosRankSum=-0.806;SC=CTCTACAGCTGGGATTATATC;SOR=0.597;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=105;TCF=20;TCR=85;TR=47;WE=71532107;WS=71532089;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,61:0.48:127
chr12	71532922	rs2971392	A	C	5113.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.626;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=932;ExcessHet=3.0103;FS=0.562;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.55;ReadPosRankSum=-2.321;SOR=0.750;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:625,297:0.32:922
chr12	71533534	rs3763978	C	G	1152.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.465;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.587;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=21;PP=518;ReadPosRankSum=0.550;SC=ACCGCAGCATCCCAGGAAGCC;SOR=0.619;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=99;TCF=47;TCR=52;TR=41;WE=71533542;WS=71533524;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:102,64:0.39:166
chr12	71947173	rs1148985	G	A	929.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=4.074;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.271;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=30;PP=657;ReadPosRankSum=-0.260;SC=ACATTTTAAGGGAGGAAAACC;SOR=1.115;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=75;TCF=9;TCR=66;TR=33;WE=71947181;WS=71947163;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,37:0.46:81
chr12	71955394	rs1280603	T	C	184.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=6;NR=1;PP=135;SC=TTTTTTATCCTCTAGAGAGTA;SOR=2.584;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=6;TCR=1;TR=7;WE=71955402;WS=71955384;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr12	71960208	rs1797372	G	A	3083.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=47;NR=30;PP=1427;SC=ATCCCATCCAGTTTGTTGGGA;SOR=1.003;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=77;TCF=47;TCR=30;TR=77;WE=71960216;WS=71960198;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr12	71960329	rs1797373	G	A	3012.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=44;NR=46;PP=1849;SC=AATATTATAGGTTGAAGTGCT;SOR=0.712;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=90;TCF=44;TCR=46;TR=90;WE=71960337;WS=71960319;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr12	71960533	rs1797374	G	A	13551.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=505;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=186;NR=122;PP=2965;SC=TGCCATTAGAGCTTGATCAGT;SOR=1.000;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=308;TCF=186;TCR=122;TR=308;WE=71960541;WS=71960523;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,504:1.00:504
chr12	71960584	rs1726469	T	C	15153.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-2.212;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=584;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=199;NR=173;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.818;SC=GTGTGATGCCTGAATGAAAGA;SOR=0.271;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=373;TCF=200;TCR=173;TR=372;WE=71960592;WS=71960574;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,582:1.00:583
chr12	72004884	rs34631263	G	GA	807.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.024;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.22;MQRankSum=1.448;QD=7.55;ReadPosRankSum=-1.969;SOR=0.749;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:48,59:0.55:107
chr12	72008246	rs2288963	T	G	499.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.957;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=1.523;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.81;ReadPosRankSum=-0.425;SOR=0.350;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,22:0.56:39
chr12	72013832	rs1298463	A	G	1574.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.409;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.120;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=24;PP=749;ReadPosRankSum=-0.453;SC=ATGCAACAAGAGCTTCCAGCA;SOR=0.591;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=127;TCF=74;TCR=53;TR=56;WE=72013840;WS=72013822;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:116,83:0.42:199
chr12	72019989	rs55719302	T	TAC	4330.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.665;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.11;MQRankSum=0.670;QD=22.91;ReadPosRankSum=-0.064;SOR=0.691;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,157:0.83:189
chr12	72022556	rs1148996	C	G	520.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-0.654;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.611;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=8;PP=355;ReadPosRankSum=1.262;SC=ACTGTATTGTCTAAAAACCCA;SOR=0.207;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=33;TCF=23;TCR=10;TR=22;WE=72022564;WS=72022546;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,24:0.69:35
chr12	72022589	rs76071350	T	A	186.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.284;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.28;ReadPosRankSum=0.371;SOR=0.756;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,18:0.32:57
chr12	72023336	rs56109220	T	TACACACAC	409.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.237;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=3.925;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.51;ReadPosRankSum=-0.435;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,15:0.38:39
chr12	72026872	rs1011331	T	C	670.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-3.679;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=27;PP=472;ReadPosRankSum=0.836;SC=TCAAACACCGTGGCTTTTGAG;SOR=0.662;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=58;TCF=3;TCR=55;TR=29;WE=72026880;WS=72026862;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,32:0.49:65
chr12	72028607	rs34399921	TA	T	290.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.599;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.93;ReadPosRankSum=-2.859;SOR=0.665;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,25:0.42:59
chr12	72030252	rs1149006	T	C	1352.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.703;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=11;PP=827;ReadPosRankSum=-0.063;SC=AAAAGTAGCATTAAATTTTTG;SOR=1.033;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=84;TCF=66;TCR=18;TR=51;WE=72030260;WS=72030242;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,62:0.54:115
chr12	72038935	rs17110081	G	A	222.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=1.211;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.963;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=8;PP=166;ReadPosRankSum=0.346;SC=AATCCTTTATGATAAAAATTT;SOR=2.517;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=15;TCF=3;TCR=12;TR=9;WE=72038943;WS=72038925;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,9:0.64:14
chr12	72094530	rs367801163	TA	T	161.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.790;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FS=0.941;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.51;ReadPosRankSum=-0.567;SOR=0.493;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:77,30:0.28:107
chr12	72097661	.	CT	C	30.80	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.611;ClippingRankSum=-0.000;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=8.451;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=3.85;ReadPosRankSum=-1.345;SOR=1.843;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,5:0.62:8
chr12	72286900	.	G	GT	28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;FR=0.9998;HP=14;HapScore=2;MGOF=13;MMLQ=28;MQ=55.68;NF=3;NR=0;PP=28;QD=10.6666666667;SC=AATATTTTGGGTTTTTTTTTT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=4;TCR=0;TR=3;WE=72286908;WS=72286899;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:1,3:0.75:4
chr12	72288453	rs73140670	T	C	1303.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.119;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.620;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=15;PP=770;ReadPosRankSum=1.793;SC=ATATTTTTCTTCCTACTGCAT;SOR=0.471;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=80;TCF=57;TCR=23;TR=46;WE=72288461;WS=72288443;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,60:0.55:109
chr12	72372601	rs4760816	C	T	954.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=0.582;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.810;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=7;PP=493;ReadPosRankSum=-0.032;SC=ATATGTCACTCAGTTGTCAAG;SOR=0.906;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=62;TCF=45;TCR=17;TR=28;WE=72372609;WS=72372591;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,43:0.48:89
chr12	72372862	rs7305115	A	G	5985.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-2.041;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=616;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.519;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=79;NR=108;PP=2633;ReadPosRankSum=0.396;SC=TCTACACCCCAGAACCGTGAG;SOR=0.739;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=382;TCF=165;TCR=217;TR=187;WE=72372870;WS=72372852;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:312,302:0.49:614
chr12	72388374	rs1007023	G	T	2395.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.754;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.542;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=57;PP=1437;ReadPosRankSum=-1.667;SC=TAAAACCAGTGCTATTTATGT;SOR=0.759;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=160;TCF=50;TCR=110;TR=81;WE=72388382;WS=72388364;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:96,106:0.52:202
chr12	72416235	rs4290270	A	T	3263.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.941;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=394;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.157;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=56;PP=1549;ReadPosRankSum=-1.038;SC=AACTGCGGGCATATGGAGCAG;SOR=0.584;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=261;TCF=124;TCR=137;TR=113;WE=72416243;WS=72416225;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:223,166:0.43:389
chr12	72666485	rs74594364	A	G	792.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.308;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=2.633;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.41;ReadPosRankSum=0.926;SOR=1.192;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,23:0.42:55
chr12	72666488	rs78720771	G	A	786.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.351;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=2.588;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.05;ReadPosRankSum=1.117;SOR=1.134;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,23:0.41:56
chr12	72666499	rs79761722	A	G	1278.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.586;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FS=1.170;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.05;ReadPosRankSum=2.237;SOR=0.935;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,38:0.51:75
chr12	72893531	rs1444607	T	G	467.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-3.630;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.381;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=15;PP=295;ReadPosRankSum=-0.544;SC=TAGACTGTGATTTAGAAAACA;SOR=0.283;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=39;TCF=5;TCR=34;TR=18;WE=72893539;WS=72893521;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,22:0.49:45
chr12	72935947	rs723867	G	C	120.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.703;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.260;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=0;PP=90;ReadPosRankSum=0.566;SC=TCATGATACTGCTGTTTCTTA;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=7;TCR=1;TR=5;WE=72935955;WS=72935937;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,5:0.62:8
chr12	72955901	rs2272507	C	T	299.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.110;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.515;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=2;PP=116;ReadPosRankSum=-0.347;SC=TTACTAGTTACTGTTTAACCT;SOR=0.412;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=20;TCF=14;TCR=6;TR=7;WE=72955909;WS=72955891;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,15:0.54:28
chr12	72956100	rs2272506	T	G	290.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.63;BaseQRankSum=-0.450;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=4;PP=37;ReadPosRankSum=1.173;SC=TGACACCTGATAGTTTGTTTT;SOR=0.534;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=21;TCF=6;TCR=15;TR=5;WE=72956108;WS=72956090;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,17:0.39:44
chr12	72956570	rs1968965	T	C	269.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=0.610;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.974;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=3;PP=165;ReadPosRankSum=-0.850;SC=AAAAATGTCTTAATGTTAATA;SOR=0.287;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=25;TCF=20;TCR=5;TR=11;WE=72956578;WS=72956560;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,12:0.46:26
chr12	72956613	rs2272505	G	A	739.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.250;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=10;PP=377;ReadPosRankSum=0.024;SC=AAACTAATTTGTACATTTTTC;SOR=0.597;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=46;TCF=30;TCR=16;TR=27;WE=72956621;WS=72956603;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,35:0.55:64
chr12	72962288	rs1032331	T	A	83.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-0.599;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=1;PP=31;ReadPosRankSum=-1.586;SC=TGGGAAATGTTTTTTGTTTTT;SOR=0.368;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=29;TCF=23;TCR=6;TR=6;WE=72962296;WS=72962278;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,7:0.21:33
chr12	72969198	rs2272504	A	C	1867.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.063;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.132;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=30;PP=936;ReadPosRankSum=-0.948;SC=ATCAAAGATAATTTTTGGTAT;SOR=0.597;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=130;TCF=66;TCR=64;TR=59;WE=72969206;WS=72969188;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:97,90:0.48:187
chr12	73012649	rs111312234	CT	C	250.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.446;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FS=0.996;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.17;ReadPosRankSum=-0.138;SOR=0.473;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:50,29:0.37:79
chr12	74932159	rs590352	G	C	1565.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=1.919;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.289;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=46;PP=1136;ReadPosRankSum=0.303;SC=ATCAGCAGCTGCAGCGCTCAC;SOR=1.138;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=127;TCF=44;TCR=83;TR=65;WE=74932167;WS=74932149;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,69:0.49:140
chr12	75435999	rs7969026	A	T	1482.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.705;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=302;ExcessHet=3.0103;FS=2.739;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.20;ReadPosRankSum=0.014;SOR=0.536;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:184,101:0.35:285
chr12	75687185	rs7967562	G	A	1973.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=41;PP=1193;SC=TAGAAAGCATGTAAGAAATAA;SOR=1.577;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=58;TCF=17;TCR=41;TR=58;WE=75687193;WS=75687175;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr12	75692607	rs7485576	G	A	3354.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=1.127;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=65;PP=2253;ReadPosRankSum=2.333;SC=AGCTTCTCTCGGAAGTGAACA;SOR=1.368;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=103;TCF=37;TCR=66;TR=100;WE=75692615;WS=75692597;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,120:0.98:122
chr12	75706720	rs60971359	T	C	3148.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=34;NR=37;PP=1328;SC=TAAAGACAACTTCACCATCCA;SOR=0.778;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=71;TCF=34;TCR=37;TR=71;WE=75706728;WS=75706710;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr12	75710004	rs10879900	C	T	1966.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-1.914;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=5;PP=1404;ReadPosRankSum=-0.680;SC=TCAACTGTTGCAATTATTTAT;SOR=2.303;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=60;TCF=55;TCR=5;TR=59;WE=75710012;WS=75709994;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,68:0.99:69
chr12	75760742	rs12366348	G	A	4829.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.734;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=56;PP=1948;ReadPosRankSum=3.336;SC=CACCCAAGGGGCAGCTTGCAG;SOR=0.725;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=118;TCF=61;TCR=57;TR=117;WE=75760750;WS=75760732;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,189:0.98:193
chr12	75784773	rs7978856	C	T	1215.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=28.27;SOR=1.775;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr12	75785100	rs11180483	C	T	10120.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.105;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=388;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=119;NR=118;PP=2965;ReadPosRankSum=2.918;SC=GGGGCGACGTCATTCCCCGAG;SOR=0.388;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=239;TCF=121;TCR=118;TR=237;WE=75785108;WS=75785090;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,378:0.99:381
chr12	75785468	rs4393363	G	A	1993.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=10;NR=44;PP=1183;SC=AATATCAAGGGTAAAGAAAAT;SOR=2.206;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=54;TCF=10;TCR=44;TR=54;WE=75785476;WS=75785458;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr12	75796721	rs7135440	G	T	4765.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=111;NR=33;PP=2965;SC=TGATAGTCTTGCCACCTACCA;SOR=2.203;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=144;TCF=111;TCR=33;TR=144;WE=75796729;WS=75796711;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,163:1.00:163
chr12	75816612	rs1543946	C	G	1805.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=38;NR=13;PP=1110;SC=AAATTAGTAACTATATTATTT;SOR=1.888;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=52;TCF=38;TCR=14;TR=51;WE=75816620;WS=75816602;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr12	75816814	rs144850646	G	GACA	3759.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.819;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.345;NF=2;NR=45;PP=2394;ReadPosRankSum=-1.985;SC=TAATGGATTGGACAAGAAAAA;SOR=1.609;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=50;TCF=4;TCR=46;TR=47;WE=75816822;WS=75816804;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,88:0.98:90
chr12	75874913	rs2242435	G	A	993.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=29;PP=823;SC=TAATACCTTCGTAATACTGAA;SOR=4.680;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=31;TCF=2;TCR=29;TR=31;WE=75874921;WS=75874903;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr12	75875576	rs1909979	C	T	6150.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=101;NR=61;PP=2965;SC=AGTTACATTTCAGATGAACCC;SOR=1.119;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=162;TCF=101;TCR=61;TR=162;WE=75875584;WS=75875566;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,227:1.00:227
chr12	75900396	.	CAA	C	329.74	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.684;ClippingRankSum=0.000;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.68;ReadPosRankSum=0.198;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,16:0.42:38
chr12	75900702	rs2704766	G	A	6504.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.721;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=251;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=75;NR=99;PP=2965;ReadPosRankSum=0.767;SC=ACATGCTACAGAAGGAAAGAG;SOR=0.906;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=176;TCF=76;TCR=100;TR=174;WE=75900710;WS=75900692;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,246:0.99:248
chr12	75901961	.	T	TA	120.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.282;ClippingRankSum=0.000;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.94;ReadPosRankSum=2.666;SOR=0.709;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,14:0.34:41
chr12	76424937	rs71716769	TTGC	T	5755.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.115;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=321;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=1.042;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.696;NF=37;NR=124;PP=2985;ReadPosRankSum=1.864;SC=GCTGCTGCTGTTGCTGCTGCT;SOR=0.873;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=208;TCF=53;TCR=155;TR=161;WE=76424950;WS=76424921;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:16,212:0.93:228
chr12	76442907	rs11180815	T	C	197.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-3.739;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=10;NR=0;PP=183;ReadPosRankSum=1.108;SC=GGAGAGAAACTTGATATTCAA;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=17;TCR=0;TR=10;WE=76442915;WS=76442904;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,9:0.50:18
chr12	76444510	rs4831914	G	A	1283.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.150;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=23;PP=553;ReadPosRankSum=-1.387;SC=AAGACTCTTAGAGGCTGGGTG;SOR=0.716;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=76;TCF=29;TCR=47;TR=37;WE=76444518;WS=76444500;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,61:0.54:114
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chr12	76461137	rs10785227	T	C	311.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.042;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=17.32;ReadPosRankSum=-0.264;SOR=0.301;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,9:0.50:18
chr12	76461145	rs7972289	C	T	340.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.841;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.94;ReadPosRankSum=-1.079;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,10:0.53:19
chr12	76462515	.	TACACACACACACAC	T	194.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;ClippingRankSum=-0.000;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.990;HP=1;HapScore=3;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=2;PP=162;SC=ACCCGCCCCTTACACACACAC;SOR=3.229;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=7;TCF=5;TCR=2;TR=4;WE=76462540;WS=76462508;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,6:0.86:7
chr12	76462612	rs10880034	T	C	92.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-1.421;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.867;HP=8;HapScore=2;MGOF=66;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=3;PP=64;ReadPosRankSum=0.232;SC=TCCAAAAAAATAGACTGGTAC;SOR=0.548;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=20;TCF=13;TCR=7;TR=6;WE=76462620;WS=76462602;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,9:0.33:27
chr12	76741341	rs142863601	C	T	4613.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-2.234;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=530;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.445;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=78;NR=79;PP=2217;ReadPosRankSum=-0.695;SC=ATAATACCGTCTAATATTTGT;SOR=0.576;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=343;TCF=181;TCR=162;TR=157;WE=76741349;WS=76741331;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:283,234:0.45:517
chr12	76762923	rs10656017	A	AAAT	682.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=3;PP=683;SC=ACCAAATTTTAGTTGGTTGCT;SOR=2.584;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=15;TCF=12;TCR=3;TR=13;WE=76762931;WS=76762913;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr12	76763092	rs11459293	G	GA	553.25	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.777;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=9.457;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.44;MQRankSum=0.553;QD=13.49;ReadPosRankSum=0.119;SOR=0.039;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:7,34:0.83:41
chr12	76767065	rs71311107	A	AT	1296.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.431;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=3;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=11;PP=402;ReadPosRankSum=-1.540;SC=TTTAAATGTGATTTTTTTTTT;SOR=0.479;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=40;TCF=23;TCR=17;TR=31;WE=76767073;WS=76767055;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,60:0.97:62
chr12	76769209	rs7299563	G	A	597.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=12;PP=321;SC=TATGGCTCACGATAAACAGTT;SOR=2.200;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=13;TCF=1;TCR=12;TR=13;WE=76769217;WS=76769199;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr12	76780051	rs72247585	T	TA	658.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.308;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=2.969;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.32;MQRankSum=0.783;QD=12.92;ReadPosRankSum=-2.075;SOR=0.356;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,40:0.78:51
chr12	76786349	rs4761423	G	A	8375.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-2.959;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=319;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.833;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=124;NR=61;PP=2965;ReadPosRankSum=0.859;SC=CTCAGCGGCAGTATCTACTTA;SOR=0.227;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=187;TCF=126;TCR=61;TR=185;WE=76786357;WS=76786339;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,310:0.99:312
chr12	77158419	rs1017784	T	C	973.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=20;NR=11;PP=549;SC=GGGCCTGGTGTGGTTTTTGAA;SOR=1.244;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=20;TCR=11;TR=31;WE=77158427;WS=77158409;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr12	77209613	.	GT	G	112.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.637;ClippingRankSum=0.000;DP=76;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.14;MQRankSum=1.862;QD=1.59;ReadPosRankSum=1.324;SOR=0.586;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:50,21:0.30:71
chr12	77214788	rs2306142	G	A	3138.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=51;NR=23;PP=1542;SC=TTAGATGACTGGAGGAGTAGT;SOR=1.309;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=75;TCF=52;TCR=23;TR=74;WE=77214796;WS=77214778;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr12	77216330	rs10618043	AT	A	125.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.866;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FS=13.530;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.80;ReadPosRankSum=1.554;SOR=2.522;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:46,24:0.34:70
chr12	77243103	.	C	CA	37.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.192;ClippingRankSum=0.000;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.08;ReadPosRankSum=0.151;SOR=0.954;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,9:0.26:35
chr12	77253236	.	C	CT	80.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.037;ClippingRankSum=0.000;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=1.045;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.04;ReadPosRankSum=0.589;SOR=0.885;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:60,18:0.23:78
chr12	77438436	rs2242384	T	C	3837.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.893;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=411;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.525;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=77;NR=52;PP=1567;ReadPosRankSum=-0.533;SC=TACTATGGTCTGGGGCATCTT;SOR=0.638;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=288;TCF=176;TCR=112;TR=129;WE=77438444;WS=77438426;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:213,192:0.47:405
chr12	77438607	rs2242383	T	C	6454.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=237;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=53;NR=117;PP=2965;SC=AGCATCAAAGTATATGATTTT;SOR=1.451;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=171;TCF=54;TCR=117;TR=170;WE=77438615;WS=77438597;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,231:1.00:231
chr12	77439720	rs74544237	T	C	738.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=1.190;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=4;PP=468;ReadPosRankSum=0.436;SC=CCCTCCAGGGTTGTCAACCTG;SOR=0.577;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=50;TCF=41;TCR=9;TR=24;WE=77439728;WS=77439710;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,32:0.54:59
chr12	77449790	rs310791	A	G	3174.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.192;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=328;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.829;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=61;PP=1749;ReadPosRankSum=1.134;SC=CTGTCAACAAACTTAACTGGA;SOR=0.798;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=197;TCF=83;TCR=114;TR=105;WE=77449798;WS=77449780;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:172,152:0.47:324
chr12	77966154	rs4761386	G	A	34.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.465;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=3.680;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=4.97;ReadPosRankSum=0.566;SOR=0.086;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,3:0.43:7
chr12	78225186	rs17195772	C	A	1708.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.495;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.590;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=18;PP=944;ReadPosRankSum=-1.150;SC=TGGAGTCTACCAGACTGAGGT;SOR=0.787;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=100;TCF=66;TCR=34;TR=53;WE=78225194;WS=78225176;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,80:0.49:163
chr12	78225374	rs10735309	A	G	7776.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=292;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=80;NR=93;PP=2965;SC=TTTGGAACTTACTGAAACAGA;SOR=0.765;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=173;TCF=80;TCR=93;TR=173;WE=78225382;WS=78225364;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,288:1.00:288
chr12	78391958	rs11107763	A	C	373.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=2.396;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=2;PP=286;ReadPosRankSum=1.291;SC=GAAGATCTGCAACATTGTGCT;SOR=0.859;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=22;TCF=19;TCR=3;TR=15;WE=78391966;WS=78391948;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,15:0.65:23
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chr12	78513833	rs55670442	T	TATATA	392.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-0.390;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.139;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.959;NF=1;NR=7;PP=467;ReadPosRankSum=-0.083;SC=ATGTATAAGGTATATATATAT;SOR=0.129;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=20;TCF=1;TCR=19;TR=8;WE=78513841;WS=78513823;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,11:0.58:19
chr12	78530979	rs1852464	G	A	3509.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.755;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=321;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=45;PP=1320;ReadPosRankSum=-0.873;SC=ATTTGTCTCAGTTTAACCTTC;SOR=0.670;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=182;TCF=95;TCR=87;TR=94;WE=78530987;WS=78530969;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:141,170:0.55:311
chr12	78531156	rs2290103	A	G	987.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-1.388;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.879;HP=6;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=25;PP=559;ReadPosRankSum=-0.263;SC=GTAAGCGTTGAGGGGGATTAA;SOR=0.841;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=70;TCF=22;TCR=48;TR=35;WE=78531164;WS=78531146;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,45:0.54:83
chr12	78531207	rs300462	T	C	962.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=26;PP=600;SC=GGGAAACCATTGTGTCACTCA;SOR=2.494;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=32;TCF=6;TCR=26;TR=32;WE=78531215;WS=78531197;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr12	78534233	rs1726427	A	G	2449.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=52;PP=1524;SC=GTTGTGTAGCAAAATAACGGC;SOR=2.247;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=63;TCF=11;TCR=52;TR=63;WE=78534241;WS=78534223;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr12	78537016	rs451753	A	T	1541.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.61;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=26;NR=10;PP=708;SC=GCTAGATCTAACCCATTTGTC;SOR=1.453;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=36;TCF=26;TCR=10;TR=36;WE=78537024;WS=78537006;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr12	78537138	rs10661027	C	CGGT	6165.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-0.899;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.341;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.241;NF=5;NR=46;PP=2829;ReadPosRankSum=-1.557;SC=AGGCCAAGCGCGGTGGCTCAT;SOR=0.741;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=54;TCF=6;TCR=48;TR=51;WE=78537146;WS=78537128;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,142:0.98:145
chr12	78538648	rs411935	T	C	323.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=61;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=1;PP=227;SC=TACAGTGAGTTGTGAATGCGC;SOR=1.981;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=8;TCR=1;TR=9;WE=78538656;WS=78538638;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr12	78540174	rs34144410	TA	T	810.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-2.199;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.316;NF=2;NR=12;PP=232;ReadPosRankSum=-0.296;SC=CATTCAGAGGTAAAAAAAAAA;SOR=0.223;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=18;TCF=5;TCR=13;TR=14;WE=78540182;WS=78540164;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,40:0.98:41
chr12	78542594	rs444864	T	G	2830.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=22;NR=20;PP=749;SC=TACTTGCCTATTCCATTGATT;SOR=0.693;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=42;TCF=22;TCR=20;TR=42;WE=78542610;WS=78542584;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr12	78542602	rs3214877	A	AT	2850.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=21;PP=759;SC=TATTCCATTGATTTTTTTAAT;SOR=0.723;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=5;TCR=21;TR=26;WE=78542610;WS=78542584;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr12	78542699	rs366527	T	C	1278.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=12;NR=19;PP=440;SC=TTTCAGCAAATGTAAGTCACT;SOR=0.994;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=31;TCF=12;TCR=19;TR=31;WE=78542707;WS=78542689;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr12	78553183	rs393293	C	A	551.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-2.761;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.544;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=16;PP=315;ReadPosRankSum=-0.977;SC=GAGGCTCATGCCTGTAATCTC;SOR=0.339;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=6;TCR=34;TR=19;WE=78553191;WS=78553173;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,24:0.51:47
chr12	78562618	rs383190	A	G	2298.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.589;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=247;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=48;PP=1296;ReadPosRankSum=0.485;SC=TTCAGGGAGCACTGAATGGTC;SOR=0.695;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=165;TCF=68;TCR=97;TR=81;WE=78562626;WS=78562608;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:132,112:0.46:244
chr12	78562687	rs1726431	A	G	3126.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=27;NR=64;PP=1952;SC=AATATAATAGACATCTATTTT;SOR=1.674;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=92;TCF=27;TCR=65;TR=91;WE=78562695;WS=78562677;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr12	78569059	rs2442134	G	A	3934.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=66;NR=35;PP=1956;SC=TTCATGAGCCGATGTGATACT;SOR=1.218;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=101;TCF=66;TCR=35;TR=101;WE=78569067;WS=78569049;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,148:1.00:148
chr12	78570124	rs421616	A	G	1298.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=1.933;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.708;HP=6;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=10;PP=779;ReadPosRankSum=-2.133;SC=ATATCTTTTTATCTTAAAAAA;SOR=0.321;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=92;TCF=74;TCR=18;TR=45;WE=78570132;WS=78570114;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,54:0.53:101
chr12	78570914	rs1020462	G	C	3086.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.533;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=312;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.368;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=36;PP=1573;ReadPosRankSum=-1.409;SC=TTCTGTCCTTGTTTCAGCTGA;SOR=0.792;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=192;TCF=118;TCR=74;TR=96;WE=78570922;WS=78570904;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:158,150:0.49:308
chr12	78571490	rs958836	T	C	3243.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.123;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=330;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.310;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=57;PP=1493;ReadPosRankSum=-0.492;SC=GATGCATGAATACTGCAAAGA;SOR=0.778;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=196;TCF=79;TCR=117;TR=92;WE=78571498;WS=78571480;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:172,157:0.48:329
chr12	78573604	rs2305974	A	T	255.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=2.285;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=10;PP=190;ReadPosRankSum=-0.358;SC=TTTGCAACTCATCTGTTAGTA;SOR=0.693;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=22;TCF=2;TCR=20;TR=11;WE=78573612;WS=78573594;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,11:0.50:22
chr12	78574927	rs75947805	A	G	527.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.963;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=18;PP=407;ReadPosRankSum=-1.087;SC=AAAATGTTACACTCTAATTCT;SOR=0.789;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=34;TCF=5;TCR=29;TR=21;WE=78574935;WS=78574917;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,21:0.60:35
chr12	78582362	rs300513	T	C	1629.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=1.838;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.979;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=19;PP=1061;ReadPosRankSum=-0.678;SC=TCTGTTTTGATTTTATTTTTT;SOR=0.966;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=51;TCF=31;TCR=20;TR=50;WE=78582370;WS=78582352;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,59:0.98:60
chr12	78582566	rs400289	A	G	3479.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=40;NR=48;PP=1627;SC=AGGTAAAAGCAATAATGAAAA;SOR=0.785;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=88;TCF=40;TCR=48;TR=88;WE=78582574;WS=78582556;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,134:1.00:134
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chr12	78593070	rs140965470	AAATTT	A	1471.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=2.501;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.975;HP=3;HapScore=2;MGOF=148;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=24;PP=1187;ReadPosRankSum=2.323;SC=TGTGAATGTAAAATTTAATTT;SOR=0.744;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=69;TCF=24;TCR=45;TR=35;WE=78593082;WS=78593060;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,40:0.43:92
chr12	78594405	rs3214044	T	A	176.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.974;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.82;ReadPosRankSum=0.647;SOR=0.627;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,11:0.61:18
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chr12	79611374	rs2037743	C	T	3554.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.965;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=395;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=67;PP=1683;ReadPosRankSum=0.724;SC=TGCCAAGCAACGCCACAGAGC;SOR=0.713;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=252;TCF=111;TCR=141;TR=119;WE=79611382;WS=79611364;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:200,180:0.47:380
chr12	79611536	rs2400390	T	C	591.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=1.789;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=16;PP=396;ReadPosRankSum=0.811;SC=GGAAAGAAAGTAGAACTCCGT;SOR=0.584;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=36;TCF=8;TCR=28;TR=22;WE=79611544;WS=79611526;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,25:0.56:45
chr12	79685913	rs2272500	C	A	2533.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-2.698;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=63;PP=1375;ReadPosRankSum=-0.029;SC=ATAACCAGGTCTGAAGTGGAG;SOR=0.729;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=168;TCF=43;TCR=125;TR=80;WE=79685921;WS=79685903;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:95,114:0.55:209
chr12	79747487	rs1732664	T	C	2846.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=19;NR=63;PP=1973;SC=ACTCCCCACTTCTTAATTGAT;SOR=2.229;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=82;TCF=19;TCR=63;TR=82;WE=79747495;WS=79747477;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr12	80014907	rs2307223	A	T	2995.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=32;NR=40;PP=1327;SC=CTTCATTCTGAATAGTGTTCT;SOR=0.899;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=72;TCF=32;TCR=40;TR=72;WE=80014915;WS=80014897;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr12	80169497	rs5799439	TA	T	566.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.078;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=12;HapScore=3;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.482;NF=19;NR=3;PP=365;ReadPosRankSum=0.000;SC=TGGTCTTGATTAAAAAAAAAA;SOR=1.165;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=31;TCF=24;TCR=7;TR=22;WE=80169506;WS=80169488;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:5,38:0.88:43
chr12	80169697	rs369362742	CT	C	460.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.138;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=242;ExcessHet=3.0103;FS=3.013;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.24;ReadPosRankSum=0.582;SOR=0.484;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:145,61:0.30:206
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chr12	80201271	rs34190005	TTA	T	263.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=7;PP=305;SC=AGTACTAAGATTATATACCCT;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=7;WE=80201280;WS=80201261;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr12	80216060	rs3849223	C	A	3016.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=27;NR=59;PP=1858;SC=TATATAAAGACGTTGGATAAC;SOR=1.524;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=86;TCF=27;TCR=59;TR=86;WE=80216068;WS=80216050;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr12	80602001	rs1244908	T	C	1447.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.259;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=25;PP=625;ReadPosRankSum=-2.247;SC=GAATTATGGTTATCTAGAGCA;SOR=0.696;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=74;TCF=31;TCR=43;TR=41;WE=80602009;WS=80601991;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,72:0.57:127
chr12	80613570	rs71717494	C	CT	1124.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.783;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.10;MQRankSum=1.081;QD=5.62;ReadPosRankSum=0.746;SOR=0.731;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:112,88:0.44:200
chr12	80626970	rs1451105	T	G	1081.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=30;PP=824;SC=GTCATAGCTTTGGGAAAATTT;SOR=4.235;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=33;TCF=3;TCR=30;TR=33;WE=80626978;WS=80626960;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr12	80645734	rs11438265	A	AT	1436.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=1.831;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.425;NF=27;NR=21;PP=1406;ReadPosRankSum=0.061;SC=CAAGTATGCAATTTTTTTGCA;SOR=1.123;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=54;TCF=29;TCR=25;TR=48;WE=80645742;WS=80645724;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,59:0.97:61
chr12	80645799	rs2100258	A	T	4258.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.14;QD=27.65;SOR=1.475;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,154:1.00:154
chr12	80647155	rs10862083	A	G	910.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=1.774;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=6;PP=645;ReadPosRankSum=-1.584;SC=ATGCGTAGGTATTCAACAGAA;SOR=0.941;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=49;TCF=40;TCR=9;TR=33;WE=80647163;WS=80647145;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,36:0.67:54
chr12	80648148	rs144548100	ATTTAT	A	364.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.908;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=9.031;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=22.80;ReadPosRankSum=-0.529;SOR=3.797;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,10:0.62:16
chr12	80648399	rs7295623	C	T	1320.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=12;NR=21;PP=707;SC=TTTCTTTAGACTGGGGAGAAA;SOR=1.270;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=12;TCR=21;TR=33;WE=80648407;WS=80648389;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr12	80649004	rs11114374	A	C	1070.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=0.527;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.752;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=21;PP=454;ReadPosRankSum=0.572;SC=ATATGGATTCACTGATTTTTG;SOR=0.831;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=64;TCF=25;TCR=39;TR=34;WE=80649012;WS=80648994;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,53:0.52:102
chr12	80649989	rs17307832	C	G	2315.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.781;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=254;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.478;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=29;PP=1279;ReadPosRankSum=-0.849;SC=TATATGCACTCTCTTTCTTTT;SOR=0.654;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=192;TCF=123;TCR=69;TR=84;WE=80649997;WS=80649979;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:130,112:0.46:242
chr12	80650276	rs147846753	T	TCAAACAAA	755.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.503;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.19;ReadPosRankSum=1.168;SOR=0.957;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,20:0.67:30
chr12	80655692	rs10778721	G	A	4218.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=88;NR=32;PP=2704;SC=AATATCTGAAGGTTATGAACA;SOR=1.794;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=120;TCF=88;TCR=32;TR=120;WE=80655700;WS=80655682;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,147:1.00:147
chr12	80661171	.	TTA	T	69	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;FR=0.5000;HP=3;HapScore=2;MGOF=11;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=0;NR=5;PP=69;QD=15.6;SC=ATTCTTTCTTTTATATATATA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=27;TCF=0;TCR=27;TR=5;WE=80661180;WS=80661161;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:22,5:0.19:27
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chr12	80663825	rs11324174	GA	G	964.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.966;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FS=2.366;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.76;MQRankSum=1.528;QD=10.60;ReadPosRankSum=1.410;SOR=1.214;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,71:0.78:91
chr12	80665397	rs4483657	A	G	1207.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=1.761;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=11;PP=683;ReadPosRankSum=-0.525;SC=ACAAAAAGTTAAGGACATTTT;SOR=0.722;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=100;TCF=70;TCR=30;TR=41;WE=80665405;WS=80665387;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,56:0.44:128
chr12	80699475	rs10862089	G	T	1632.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=-0.508;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.523;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=28;PP=639;ReadPosRankSum=0.543;SC=CATTAGGACAGGTAAGTTACA;SOR=0.536;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=107;TCF=39;TCR=68;TR=47;WE=80699483;WS=80699465;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:108,84:0.44:192
chr12	80707236	rs11114396	T	A	1443.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=32;NR=7;PP=831;SC=AATTAAGTAATCTTTCACCTC;SOR=2.215;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=39;TCF=32;TCR=7;TR=39;WE=80707244;WS=80707226;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr12	80712307	rs7963215	A	C	2002.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.142;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FS=3.895;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=26.35;ReadPosRankSum=1.511;SOR=0.897;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,75:0.99:76
chr12	80712420	rs10778725	G	A	3227.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.64;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=24;NR=26;PP=1072;SC=TCTGTTTGCCGAGAAGCAGTG;SOR=0.812;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=50;TCF=24;TCR=26;TR=50;WE=80712428;WS=80712410;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr12	80726693	rs117863885	A	T	357.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=2.464;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=2;PP=241;ReadPosRankSum=-0.868;SC=AATAATCTATACAAAATTTCT;SOR=0.723;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=29;TCF=25;TCR=4;TR=13;WE=80726701;WS=80726683;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,16:0.44:36
chr12	80729948	.	CT	C	235.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.906;ClippingRankSum=0.000;DP=150;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.07;MQRankSum=1.287;QD=2.27;ReadPosRankSum=1.292;SOR=0.753;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:72,32:0.31:104
chr12	80730561	rs11300714	CT	C	225.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-0.149;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=14;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=2;PP=125;ReadPosRankSum=0.811;SC=AAAAGTATTTCTTTTTTTTTT;SOR=1.179;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=13;TCF=10;TCR=3;TR=10;WE=80730569;WS=80730551;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,14:0.93:15
chr12	80733078	.	GTTTTT	G	2014.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.808;ClippingRankSum=0.000;DP=138;ExcessHet=3.0103;FS=14.218;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=31.98;ReadPosRankSum=2.737;SOR=2.939;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:7,56:0.89:63
chr12	80746234	rs147703967	G	GAAT	4073.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=9;NR=40;PP=2662;SC=ACTGTTAACTGAATATTTTTC;SOR=1.029;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=55;TCF=10;TCR=45;TR=49;WE=80746242;WS=80746224;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr12	80747209	rs7312569	C	G	9250.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.958;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=360;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=108;NR=108;PP=2965;ReadPosRankSum=0.321;SC=CTGTTTGAATCTAAGAGAAGA;SOR=0.699;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=218;TCF=109;TCR=109;TR=216;WE=80747217;WS=80747199;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,351:0.99:355
chr12	80747242	rs7297767	A	G	6855.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=260;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=69;NR=100;PP=2965;SC=AGTTGGAACTATTCTTCACAG;SOR=0.973;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=171;TCF=69;TCR=102;TR=169;WE=80747250;WS=80747232;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,256:1.00:256
chr12	80749392	rs6539501	A	T	777.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=25;NR=2;PP=667;SC=TCTGAGAAAAACAATAGACTT;SOR=4.255;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=27;TCF=25;TCR=2;TR=27;WE=80749400;WS=80749382;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr12	80750659	rs11836060	G	A	8232.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=315;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=89;NR=91;PP=2965;SC=ATTCAAGTTCGACAGGAAGAA;SOR=0.732;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=180;TCF=89;TCR=91;TR=180;WE=80750667;WS=80750649;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,312:1.00:312
chr12	80750741	rs5799468	G	GA	2169.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=51;PP=1659;SC=AAGGATCTAGGAAAAAAATCT;SOR=1.666;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=61;TCF=4;TCR=57;TR=54;WE=80750749;WS=80750731;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr12	80752660	rs2034528	A	G	601.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.924;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=11;PP=277;ReadPosRankSum=-0.783;SC=TGAAAACCTTATTATGCCAAC;SOR=1.358;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=17;TCF=5;TCR=12;TR=15;WE=80752668;WS=80752650;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,25:0.93:27
chr12	80760291	rs60847056	T	TTATATA,TTATATATA	1358.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;QD=37.74;SOR=0.818;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:2,10,24:0.28,0.67:36
chr12	80760470	rs34113015	GT	G	1108.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=15;PP=551;SC=ATTAGTATCTGTTTTTTCACT;SOR=0.929;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=22;TCF=3;TCR=19;TR=18;WE=80760478;WS=80760460;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr12	80761411	rs11114416	G	T	1336.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=31;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=29;NR=17;PP=741;SC=TAAAGTATTTGGAAGAAGACT;SOR=1.201;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=47;TCF=30;TCR=17;TR=46;WE=80761419;WS=80761401;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr12	80761430	rs1551118	G	A	1750.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=30;NR=19;PP=795;SC=CTTTTGTTATGCTATAGAGTG;SOR=0.910;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=50;TCF=30;TCR=20;TR=49;WE=80761438;WS=80761420;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr12	80761465	rs2717482	G	A	2233.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=25;NR=27;PP=946;SC=ATAACCATACGGGCTTTCACA;SOR=0.788;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=52;TCF=25;TCR=27;TR=52;WE=80761473;WS=80761455;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr12	80762163	rs57527553	T	TC,TCC	2571.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.958;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=7.366;HP=8;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=154;PP=2382;ReadPosRankSum=1.456;SC=TTGGAAAATGTCCCCCCCCAC;SOR=2.833;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=172;TCF=6;TCR=166;TR=160;WE=80762178;WS=80762153;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.29,0.65:150
chr12	80762246	rs10778730	G	A	1832.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.521;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=8.331;HP=4;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.265;NF=8;NR=105;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.032;SC=GTTACATTTTGAAGTATCTGA;SOR=5.010;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=115;TCF=8;TCR=107;TR=113;WE=80762254;WS=80762236;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,64:0.97:66
chr12	80764574	rs10862099	C	T	562.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=1;NR=15;PP=407;SC=TACATAATGGCGAATGTGTTA;SOR=2.948;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=16;TCF=1;TCR=15;TR=16;WE=80764582;WS=80764564;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr12	80765683	rs5799469	TG	T	502.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.89;SOR=5.136;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr12	80765685	rs201680829	AAG	A	502.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.89;SOR=5.136;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr12	80765741	rs1037336	C	T	1098.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=24;NR=14;PP=661;SC=TTTTCTAGTACAAGAGAACAT;SOR=1.127;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=24;TCR=14;TR=38;WE=80765749;WS=80765731;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr12	80765945	rs10778734	G	A	1107.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=30;NF=6;NR=26;PP=743;SC=ATGATGCAAAGAGAGAAACAA;SOR=2.303;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=32;TCF=6;TCR=26;TR=32;WE=80765953;WS=80765935;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr12	80771813	rs2717477	G	A	6410.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=247;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=60;NR=99;PP=2965;SC=TAGACTGTACGTGCCAGTGGA;SOR=1.095;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=159;TCF=60;TCR=99;TR=159;WE=80771821;WS=80771803;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,239:1.00:239
chr12	80816492	rs4482093	C	T	7269.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=282;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=77;NR=77;PP=2642;SC=TCTCTGGAATCGAGTTGATGG;SOR=0.700;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=154;TCF=77;TCR=77;TR=154;WE=80816500;WS=80816482;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,281:1.00:281
chr12	80818876	rs10746164	A	G	3516.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=39;NR=53;PP=1772;SC=GGGACTGAAAAGAAGCCATCC;SOR=0.905;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=92;TCF=39;TCR=53;TR=92;WE=80818884;WS=80818866;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,133:1.00:133
chr12	80821391	rs61127339	C	CT	2404.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.311;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.314;NF=4;NR=47;PP=609;ReadPosRankSum=-1.751;SC=TATTTCACTCCTTTTTTTTTG;SOR=0.654;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=70;TCF=4;TCR=66;TR=51;WE=80821399;WS=80821381;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:8,112:0.93:120
chr12	80821446	rs7294514	T	C	1184.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=35;PP=767;SC=TGTGCCACTTTGTTAATGTAG;SOR=2.252;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=45;TCF=10;TCR=35;TR=44;WE=80821454;WS=80821436;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr12	80828843	rs9669382	A	G	2359.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=21;NR=35;PP=1197;SC=GTTAAAGGCAAAGGTTACAGT;SOR=1.065;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=56;TCF=21;TCR=35;TR=56;WE=80828851;WS=80828833;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr12	80830164	rs188234804	T	C	1613.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-2.549;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=32;PP=570;ReadPosRankSum=-1.186;SC=TTGTTGCAGGTGTGCAAATTC;SOR=0.708;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=108;TCF=45;TCR=63;TR=55;WE=80830172;WS=80830154;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,85:0.51:167
chr12	80838012	rs10746166	T	C	642.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=15;NR=5;PP=346;SC=TTGAGTAATATGGGCTCATTA;SOR=1.802;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=21;TCF=16;TCR=5;TR=20;WE=80838020;WS=80838002;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr12	80840771	rs7311270	G	A	2785.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=33;NR=38;PP=1266;SC=AGAAATCTCCGTACTGTTTCT;SOR=0.830;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=71;TCF=33;TCR=38;TR=71;WE=80840779;WS=80840761;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr12	80842199	rs11513908	A	C	1166.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=11;NR=28;PP=824;SC=ACATGTGCACAATGTGCAGGT;SOR=1.981;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=39;TCF=11;TCR=28;TR=39;WE=80842207;WS=80842189;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr12	80848925	rs7979859	T	G	3357.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=29;NR=42;PP=1474;SC=CTGCTTTTGATGATGGCAATA;SOR=0.920;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=71;TCF=29;TCR=42;TR=71;WE=80848933;WS=80848915;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr12	80849063	rs7980018	T	C	827.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=13;PP=449;SC=AGAATTGTTTTTTGCAAATCT;SOR=1.382;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=18;TCF=5;TCR=13;TR=18;WE=80849071;WS=80849053;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr12	80849328	rs4482094	G	A	2980.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=39;NR=30;PP=1239;SC=TTCAGTTGTAGCAGCTGAAAC;SOR=0.818;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=69;TCF=39;TCR=30;TR=69;WE=80849336;WS=80849318;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr12	80852504	rs11114457	C	T	4618.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=77;NR=53;PP=2461;SC=ATGACTAAGTCAATTTAAAAT;SOR=0.963;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=130;TCF=77;TCR=53;TR=130;WE=80852512;WS=80852494;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,173:1.00:173
chr12	80852758	rs10862125	C	T	3944.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=57;NR=47;PP=2176;SC=GATATCTATACAATCAACAAA;SOR=0.840;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=104;TCF=57;TCR=47;TR=104;WE=80852766;WS=80852748;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,144:1.00:144
chr12	80853424	rs4439581	T	C	1137.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=19;NR=10;PP=566;SC=ATCAAATGTATCATGCCAAAT;SOR=1.179;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=29;TCF=19;TCR=10;TR=29;WE=80853432;WS=80853414;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr12	80853649	rs11837911	G	A	1172.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=12;NR=20;PP=695;SC=GTTTCTTACAGCACATTAAAA;SOR=1.230;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=32;TCF=12;TCR=20;TR=32;WE=80853657;WS=80853639;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr12	80855597	rs4499068	T	C	4516.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=73;NR=38;SC=TAATCCTAAATGGAGAAAAGT;SOR=1.206;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=112;TCF=73;TCR=39;TR=111;WE=80855605;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,170:1.00:170
chr12	80855818	rs7976388	A	C	4634.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=2.216;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=69;PP=1832;ReadPosRankSum=0.136;SC=GTGCGCCGTGAGAGAGCCGAA;SOR=0.411;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=111;TCF=41;TCR=70;TR=110;WE=80855826;WS=80855808;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,180:0.99:181
chr12	80855835	rs11524045	C	T	3731.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=35;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=31;NR=67;PP=1891;SC=CGAAGCAGGGCGAGGCATTGC;SOR=1.476;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=98;TCF=31;TCR=67;TR=98;WE=80855843;WS=80855825;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,137:1.00:137
chr12	80855856	rs4448754	G	A	2686.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=41;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=20;NR=55;PP=1650;SC=CTCACTTGGGGAGCACAAGGG;SOR=1.931;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=75;TCF=20;TCR=55;TR=75;WE=80855864;WS=80855846;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr12	80862469	rs56105723	A	T	2116.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=46;NR=21;PP=1324;SC=TTATGTATTTATTTTCTATAA;SOR=1.580;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=67;TCF=46;TCR=21;TR=67;WE=80862477;WS=80862459;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr12	80878174	rs7311413	T	A	4039.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=39;NR=23;PP=1257;SC=ATATTTTTAATTTCCCCCTTT;SOR=1.116;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=63;TCF=39;TCR=24;TR=62;WE=80878198;WS=80878164;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr12	80878181	rs56351124	C	CT	3478.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.590;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=1.926;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.349;NF=23;NR=23;PP=1897;ReadPosRankSum=-0.922;SC=TAATTTCCCCCTTTTCTTTTC;SOR=0.394;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=51;TCF=26;TCR=25;TR=46;WE=80878198;WS=80878164;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,84:0.95:88
chr12	80889165	rs145970310	T	TTTG	1869.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=0;NR=24;PP=1264;SC=AAAACAATGTTTTGTTGTTGT;SOR=1.455;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=31;TCF=2;TCR=29;TR=24;WE=80889173;WS=80889155;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr12	80889829	rs10778752	T	A	2281.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=33;NR=28;PP=1266;SC=TCAACCCACGTTGGAGAAAGT;SOR=0.812;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=61;TCF=33;TCR=28;TR=61;WE=80889837;WS=80889819;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr12	80890325	rs56929349	T	TG	8595.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=7;NR=82;PP=2976;SC=GCTTTTGTTTTCTTTGTTTGT;SOR=1.106;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=93;TCF=7;TCR=86;TR=89;WE=80890333;WS=80890315;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,216:1.00:216
chr12	80900058	rs7964887	T	C	155.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-0.311;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=3;PP=37;ReadPosRankSum=-0.617;SC=AGTTTAATGTTAATAGTTTCA;SOR=0.446;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=8;TCF=2;TCR=6;TR=4;WE=80900066;WS=80900048;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,8:0.67:12
chr12	80900335	rs7975096	G	T	3606.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=38;NR=14;PP=1091;SC=TTACCTATTTGATTTCTCTTT;SOR=1.552;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=52;TCF=38;TCR=14;TR=52;WE=80900356;WS=80900325;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr12	80900348	rs7965277	T	G	4188.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=40;NR=19;PP=1220;SC=TTCTCTTTAGTACTGAAGAAA;SOR=1.292;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=59;TCF=40;TCR=19;TR=59;WE=80900356;WS=80900325;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr12	80900495	rs7976085	C	T	1757.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=11;NR=35;PP=998;SC=CTATAACATTCCAAGAAACAC;SOR=1.802;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=46;TCF=11;TCR=35;TR=46;WE=80900503;WS=80900485;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr12	80904325	rs7963676	C	T	1411.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=41;PP=1196;SC=ACATTAGGAACCTGATTATTA;SOR=7.569;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=41;TCF=0;TCR=41;TR=41;WE=80904333;WS=80904315;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr12	80928557	rs1554840	T	A	112.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-1.824;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=1;PP=75;ReadPosRankSum=0.053;SC=TTCAAGCTTTTTTGAAAAACA;SOR=0.223;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=19;TCF=17;TCR=2;TR=6;WE=80928565;WS=80928547;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,6:0.33:18
chr12	80933465	rs2222752	G	A	293.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=2;PP=111;SC=ATGATAAATAGTAAAATCGAT;SOR=1.981;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=6;TCR=2;TR=8;WE=80933473;WS=80933460;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr12	80933785	rs7954867	A	C	495.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=3;NR=14;PP=364;SC=ATTTTAGGAAATTTTACTATT;SOR=2.833;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=3;TCR=14;TR=17;WE=80933793;WS=80933775;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr12	80935345	rs6539524	T	C	3181.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=56;NR=27;PP=1709;SC=ACCTGAAGGGTTTGTTGGAAA;SOR=1.342;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=84;TCF=57;TCR=27;TR=83;WE=80935353;WS=80935335;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr12	80935365	rs61729275	C	T	1257.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.796;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.633;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=19;PP=652;ReadPosRankSum=1.433;SC=ACCTGACTTACGAATCCATTT;SOR=0.586;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=99;TCF=62;TCR=37;TR=46;WE=80935373;WS=80935355;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,65:0.46:142
chr12	80936026	rs17713202	A	G	966.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.087;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.992;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=11;PP=644;ReadPosRankSum=-0.201;SC=TACTTCTGATAATTACATAAT;SOR=0.990;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=59;TCF=38;TCR=21;TR=33;WE=80936034;WS=80936016;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,39:0.54:72
chr12	80936082	rs11114503	C	T	4312.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=65;NR=38;PP=1999;SC=TTTTTGCTGCCGCAAGAACTA;SOR=1.094;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=103;TCF=65;TCR=38;TR=103;WE=80936090;WS=80936072;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,157:1.00:157
chr12	80936667	rs181362419	T	C	384.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-3.159;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.160;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=14;PP=201;ReadPosRankSum=-0.104;SC=TAAGGTAGGTTGATTATAACA;SOR=0.512;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=48;TCF=14;TCR=34;TR=20;WE=80936675;WS=80936657;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,22:0.43:51
chr12	80943505	rs141686707	CTGAAACAGGTAACTAACG	C	1677.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=1.333;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=298;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.115;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=5.256;NF=1;NR=49;PP=2927;ReadPosRankSum=1.397;SC=AGCACACTACCTGAAACAGGT;SOR=0.818;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=136;TCF=4;TCR=132;TR=50;WE=80943530;WS=80943495;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:121,86:0.42:207
chr12	81007527	rs7963963	T	C	3767.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.367;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=393;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.794;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=53;PP=1808;ReadPosRankSum=0.217;SC=GCTGTCCAGATTCACAACCTC;SOR=0.837;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=235;TCF=123;TCR=112;TR=117;WE=81007535;WS=81007517;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:202,186:0.48:388
chr12	81007699	rs7961082	A	G	1202.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=2.376;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=33;PP=806;ReadPosRankSum=-0.925;SC=CAGTTTGTGTACACATGACAT;SOR=0.759;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=69;TCF=14;TCR=55;TR=42;WE=81007707;WS=81007689;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,50:0.57:87
chr12	81009864	rs185088161	A	G	71.84	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.524;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=14.37;ReadPosRankSum=-1.282;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,4:0.80:5
chr12	81009907	.	C	CAT	207.75	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.306;ClippingRankSum=-0.000;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=0;PP=79;ReadPosRankSum=-1.687;SC=TAGATACATGCATATATATAT;SOR=1.863;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=3;TCR=3;TR=3;WE=81009915;WS=81009897;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,9:0.75:12
chr12	81013048	rs9669253	A	G	751.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=4.562;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.472;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=3;PP=544;ReadPosRankSum=-0.497;SC=ATAATTTGTTATTTATGTTTG;SOR=1.082;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=55;TCF=49;TCR=6;TR=27;WE=81013056;WS=81013038;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,29:0.47:62
chr12	81226432	rs12297928	G	A	333.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.835;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.35;ReadPosRankSum=-0.904;SOR=1.148;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,10:0.40:25
chr12	81226436	rs12311734	C	T	304.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.320;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.70;ReadPosRankSum=-0.480;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,9:0.38:24
chr12	81329536	rs2682818	A	C	8712.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=335;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=98;NR=101;PP=2965;SC=CACAGGGTAAACCTGCTTGTC;SOR=0.693;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=199;TCF=98;TCR=101;TR=199;WE=81329544;WS=81329526;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,330:1.00:330
chr12	81329672	rs11613504	A	G	435.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-0.787;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.534;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=17;PP=306;ReadPosRankSum=0.493;SC=CGACTGAGGCATCTAAGGGCT;SOR=0.368;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=50;TCF=8;TCR=42;TR=21;WE=81329680;WS=81329662;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,21:0.41:51
chr12	81533078	rs2107415	G	C	1068.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=27;PP=593;SC=TCTTGCTTATGGTAATATGCT;SOR=2.147;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=34;TCF=7;TCR=27;TR=34;WE=81533086;WS=81533068;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr12	81552338	rs11835646	C	T	3762.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=1.010;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=440;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.751;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=63;PP=1702;ReadPosRankSum=-1.478;SC=GTGCTTGACTCCTCAGCATTT;SOR=0.848;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=257;TCF=121;TCR=136;TR=112;WE=81552346;WS=81552328;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:236,189:0.44:425
chr12	81624720	rs1950100	T	A	77.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.803;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=0;PP=52;ReadPosRankSum=-0.674;SC=AGGGGTTATATTTCAATGTAG;SOR=1.981;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=7;TCR=1;TR=4;WE=81624728;WS=81624710;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,4:0.50:8
chr12	81627238	rs1921038	C	T	3764.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.074;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=398;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.784;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=60;PP=1369;ReadPosRankSum=-2.706;SC=TTTCTGCAGGCGCCATTGAAG;SOR=0.886;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=233;TCF=101;TCR=132;TR=97;WE=81627246;WS=81627228;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:207,187:0.47:394
chr12	81653313	rs11114808	C	G	1313.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.128;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.064;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=16;PP=706;ReadPosRankSum=-1.219;SC=CCAAAAATCACATTTTTCAGC;SOR=0.869;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=80;TCF=41;TCR=39;TR=40;WE=81653321;WS=81653303;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,58:0.54:107
chr12	81655913	rs10862276	C	T	1482.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.019;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.646;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=33;PP=747;ReadPosRankSum=-2.013;SC=ACAGGGATTCCGAACATATTA;SOR=0.949;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=84;TCF=26;TCR=58;TR=44;WE=81655921;WS=81655903;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,66:0.60:110
chr12	81660963	rs35647579	C	CA	331.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.853;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.26;ReadPosRankSum=-1.310;SOR=0.816;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,23:0.43:53
chr12	81661945	rs6539566	A	T	845.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=27;PP=744;SC=TGAGACGGAGACTCGCTCTGT;SOR=4.047;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=6;TCR=27;TR=33;WE=81661953;WS=81661935;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
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chr12	81688970	rs1882187	A	G	185.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=7;PP=154;SC=TAGATGCACAAAGAAATTAAA;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=7;WE=81688978;WS=81688948;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr12	81695836	rs10862288	G	A	284.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=8;NR=0;PP=190;SC=CAGAAGAGGTGCTAAATAAAT;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=8;TCR=0;TR=8;WE=81695844;WS=81695826;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr12	81696399	rs1921053	G	A	4630.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.730;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=54;PP=2059;ReadPosRankSum=2.497;SC=GTGGAAAAACGGATCAGATGG;SOR=0.763;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=101;TCF=46;TCR=55;TR=100;WE=81696407;WS=81696389;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,176:0.99:178
chr12	82617279	rs7304928	G	C	585.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-2.742;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.230;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=6;PP=418;ReadPosRankSum=-1.424;SC=ATGAAAGCTTGTTTGAAGGAA;SOR=0.245;SbPval=0.25;Source=Platypus;TC=40;TCF=33;TCR=7;TR=24;WE=82617287;WS=82617269;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,26:0.55:47
chr12	82747128	rs17774157	A	C	437.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.141;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=8;PP=171;ReadPosRankSum=-0.969;SC=CATTAGCAACAAACAGTAGAT;SOR=0.809;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=45;TCF=19;TCR=26;TR=13;WE=82747136;WS=82747118;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,24:0.39:62
chr12	82751955	rs6539662	A	G	1047.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=5.217;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.173;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=2;PP=824;ReadPosRankSum=1.499;SC=TTATATCCTAAAACTTAGCAA;SOR=1.848;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=69;TCF=62;TCR=7;TR=36;WE=82751963;WS=82751945;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,39:0.51:77
chr12	82752543	rs112592060	T	G	5849.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=3.086;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=362;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.797;HP=1;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=70;PP=2134;ReadPosRankSum=-0.856;SC=GAAGTCAGCGTCGGAGACGGA;SOR=0.642;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=275;TCF=111;TCR=164;TR=128;WE=82752551;WS=82752533;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:188,170:0.47:358
chr12	82752559	rs113882703	T	G	4931.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=2.611;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=292;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.897;HP=3;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=60;PP=1606;ReadPosRankSum=-0.211;SC=ACGGAGGCCCTGCCCTCAGAG;SOR=0.629;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=242;TCF=99;TCR=143;TR=110;WE=82752567;WS=82752549;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:162,128:0.44:290
chr12	82752633	rs4882530	G	A	1558.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=0.213;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=13.456;HP=2;HapScore=2;MGOF=29;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=47;PP=1144;ReadPosRankSum=0.295;SC=GGGCGGGAAGGGAGGCGGAGG;SOR=0.502;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=131;TCF=39;TCR=92;TR=65;WE=82752641;WS=82752623;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,66:0.69:95
chr12	82783668	rs10778908	C	T	3377.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=41;NR=38;PP=1479;SC=CAGAGCTGATCAGCAGTATTG;SOR=0.741;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=79;TCF=41;TCR=38;TR=79;WE=82783676;WS=82783658;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
chr12	82792666	rs10506872	C	T	1046.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-1.755;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=12;PP=429;ReadPosRankSum=1.087;SC=CTTCAAATACCAATACTCATG;SOR=0.634;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=60;TCF=38;TCR=22;TR=30;WE=82792674;WS=82792656;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,48:0.56:86
chr12	82792787	rs4296098	C	A	4387.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=56;NR=48;PP=2182;SC=AAGGAAAGTGCAAAATAAAGT;SOR=0.824;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=104;TCF=56;TCR=48;TR=104;WE=82792795;WS=82792777;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,160:1.00:160
chr12	82792942	rs10506873	A	G	1750.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.680;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.511;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=34;PP=807;ReadPosRankSum=-0.294;SC=ATTCTCAGCCACATCAAGAAG;SOR=0.648;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=149;TCF=69;TCR=80;TR=64;WE=82792950;WS=82792932;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:115,91:0.44:206
chr12	82824891	rs73153530	T	G	320.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=1.394;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=9;PP=181;ReadPosRankSum=-0.352;SC=TTTTGTGCATTGGAAATTATA;SOR=0.368;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=16;TCF=2;TCR=14;TR=11;WE=82824899;WS=82824881;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,13:0.72:18
chr12	82828426	rs10683876	T	TATAAG	5049.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=29;NR=19;PP=2798;SC=TTATAAATCTTATAAGACTCA;SOR=1.728;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=54;TCF=32;TCR=22;TR=48;WE=82828434;WS=82828416;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr12	82832418	rs2717448	G	A	1465.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=28;NR=10;PP=810;SC=ACAGTCACGTGTGGTTCCAAC;SOR=1.567;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=38;TCF=28;TCR=10;TR=38;WE=82832426;WS=82832408;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr12	82850427	rs2731290	A	G	508.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=29.93;SOR=3.383;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr12	83324499	rs10746259	G	T	969.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=25;PP=691;SC=CTTTGTTTCGGGCCACATCAT;SOR=3.545;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=27;TCF=2;TCR=25;TR=27;WE=83324507;WS=83324489;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr12	83358930	rs2403023	A	G	3181.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.827;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=61;PP=1829;ReadPosRankSum=1.853;SC=ACCTCTTTCCATATTTGAAAA;SOR=0.538;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=95;TCF=33;TCR=62;TR=93;WE=83358938;WS=83358920;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,119:0.99:120
chr12	83424455	rs11115554	A	T	651.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.794;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.25;ReadPosRankSum=-0.476;SOR=0.702;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:40,39:0.49:79
chr12	83525962	rs7970515	T	C	2655.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.717;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=315;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.876;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=31;PP=1191;ReadPosRankSum=-0.198;SC=GGCCTCCTAATTGTTTTCCTT;SOR=0.774;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=180;TCF=105;TCR=75;TR=77;WE=83525970;WS=83525952;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:173,135:0.44:308
chr12	85261005	rs79714331	T	C	692.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.027;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FS=0.814;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.87;ReadPosRankSum=-0.229;SOR=0.848;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:51,37:0.42:88
chr12	86198594	rs11831336	A	G	4639.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.207;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=389;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.674;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=80;NR=72;PP=2460;ReadPosRankSum=-0.968;SC=ATACTCTTTGAGTAAAGGGAG;SOR=0.597;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=279;TCF=151;TCR=128;TR=152;WE=86198602;WS=86198584;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:169,214:0.56:383
chr12	86198935	rs7397266	C	T	4700.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.565;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=449;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=77;NR=81;PP=2554;ReadPosRankSum=0.042;SC=TCTATTTCAGCAGAGAGCTTA;SOR=0.702;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=304;TCF=153;TCR=151;TR=158;WE=86198943;WS=86198925;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:217,220:0.50:437
chr12	86229843	rs1349061	C	T	966.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=22;NR=2;PP=711;SC=CCACAAAACACATACTTTCAC;SOR=2.833;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=24;TCF=22;TCR=2;TR=24;WE=86229851;WS=86229833;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr12	86229880	rs144771248	GAC	G	50.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.198;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.56;ReadPosRankSum=0.897;SOR=0.844;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:80,10:0.11:90
chr12	86268015	rs2234762	C	G	1123.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.094;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=8;PP=759;ReadPosRankSum=-0.625;SC=AATGTCTGTACAATCAATGAC;SOR=0.900;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=35;TCF=27;TCR=8;TR=34;WE=86268023;WS=86268005;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,39:0.98:40
chr12	86270609	rs112838319	G	GA	634.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.049;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.23;ReadPosRankSum=-1.575;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,31:0.94:33
chr12	86270629	rs35124959	GT	G	866.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=19;PP=859;SC=ATTTCTTTTAGTTAAAAGAAG;SOR=1.893;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=3;TCR=19;TR=22;WE=86270637;WS=86270619;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr12	86272378	rs58553548	A	T	1686.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=11;NR=40;PP=1179;SC=TAATATGATTATAGTTACACT;SOR=2.342;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=51;TCF=11;TCR=40;TR=51;WE=86272386;WS=86272368;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr12	88177515	rs368363293	CGCTGCGCTGCACAGCAAAT	C	1823.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.769;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=16;PP=2969;ReadPosRankSum=-0.271;SC=ACCATTTCCTCGCTGCGCTGC;SOR=0.733;SbPval=0.97;Source=Platypus;TC=73;TCF=26;TCR=47;TR=19;WE=88177546;WS=88177505;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:102,50:0.33:152
chr12	88177538	rs193130559	A	T	1912.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.738;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FS=1.343;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.67;ReadPosRankSum=-0.191;SOR=0.860;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:96,55:0.36:151
chr12	88177722	rs1796320	G	A	1815.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.856;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.809;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=23;PP=1117;ReadPosRankSum=0.871;SC=TTGTTTCCACGGCAGTTTGCT;SOR=1.359;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=134;TCF=79;TCR=55;TR=68;WE=88177730;WS=88177712;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,79:0.52:153
chr12	88177791	rs1675574	C	T	4192.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.129;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=385;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.776;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=80;NR=56;PP=1938;ReadPosRankSum=0.657;SC=TGCAGGAAGGCGCAGTGCGGC;SOR=0.752;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=245;TCF=141;TCR=104;TR=136;WE=88177799;WS=88177781;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:177,203:0.53:380
chr12	88178271	rs112316052	TGCC	T	4214.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.079;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=279;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.306;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=2.450;NF=14;NR=36;PP=2024;ReadPosRankSum=0.536;SC=AGGCCGCTGCTGCCGCCGCCG;SOR=0.516;SbPval=0.22;Source=Platypus;TC=126;TCF=27;TCR=99;TR=50;WE=88178281;WS=88178261;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:133,113:0.46:246
chr12	88379566	rs10858676	A	G	271.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=7;NR=0;PP=213;SC=CAAGCTGTCAAGAAATTCCAT;SOR=3.056;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=7;TCR=0;TR=7;WE=88379574;WS=88379565;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr12	88422926	.	G	GT	156.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.772;ClippingRankSum=0.000;DP=107;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.76;ReadPosRankSum=-0.790;SOR=0.807;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:68,21:0.24:89
chr12	88440676	rs9262	G	C	3944.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=1.719;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=415;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=46;PP=1714;ReadPosRankSum=1.550;SC=CAATGATCTCGTGTCCTGGTT;SOR=0.713;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=234;TCF=137;TCR=97;TR=110;WE=88440684;WS=88440666;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:213,195:0.48:408
chr12	88453608	rs2471512	C	T	959.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=22;NR=6;PP=716;SC=GGATCTACTTCCAGTTTTTCC;SOR=2.093;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=28;TCF=22;TCR=6;TR=28;WE=88453616;WS=88453598;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr12	88454594	rs11405846	T	TA	962.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=3;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=12;NR=9;PP=341;SC=ATGATCACATTAAAAAAAATT;SOR=1.347;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=24;TCF=14;TCR=10;TR=21;WE=88454602;WS=88454584;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr12	88473049	rs2468245	C	T	2572.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.891;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=53;PP=1505;ReadPosRankSum=1.131;SC=TAAAGGAAAACTGACATTTTA;SOR=1.047;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=66;TCF=12;TCR=54;TR=64;WE=88473057;WS=88473039;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,91:0.99:92
chr12	88478316	rs11356711	TA	T	748.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=24;NR=3;PP=734;SC=AGCATTTGCTTAAAAAAACTA;SOR=3.193;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=33;TCF=30;TCR=3;TR=27;WE=88478324;WS=88478306;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr12	88483272	rs10717563	TA	T	5567.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.030;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=304;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.184;NF=6;NR=113;PP=2706;ReadPosRankSum=0.527;SC=TGCCTGATATTAAAAAAAATA;SOR=0.946;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=141;TCF=7;TCR=134;TR=119;WE=88483280;WS=88483262;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,243:0.99:246
chr12	88496838	rs2471532	C	G	457.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=5;NR=8;PP=236;SC=TTTTTCTGGTCAAGCACTAGC;SOR=0.914;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=13;TCF=5;TCR=8;TR=13;WE=88496846;WS=88496828;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr12	88505078	rs2468255	T	C	2516.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=42;NR=21;PP=1163;SC=AAACAACATTTGATCCTTCTG;SOR=1.354;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=63;TCF=42;TCR=21;TR=63;WE=88505086;WS=88505068;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr12	88522823	rs71082425	A	AC	5363.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=50;PP=2340;SC=CTAAAAGACAAAGTTATTTCA;SOR=0.973;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=56;TCF=5;TCR=51;TR=55;WE=88522831;WS=88522813;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,135:1.00:135
chr12	88522936	rs79458642	C	CTTA	1304.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=21;PP=835;SC=CGTATTCATACTTATATACAC;SOR=2.019;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=0;TCR=21;TR=21;WE=88522944;WS=88522926;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr12	88525005	.	TA	T	206.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.273;ClippingRankSum=0.000;DP=83;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.13;MQRankSum=-0.672;QD=2.95;ReadPosRankSum=-1.491;SOR=0.776;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:47,23:0.33:70
chr12	88525048	rs59949315	AT	A	199.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.435;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=2.128;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.35;MQRankSum=0.764;QD=8.68;ReadPosRankSum=0.331;SOR=1.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,17:0.74:23
chr12	88546982	rs2468229	A	G	152.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=1.742;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=1;PP=76;ReadPosRankSum=-0.417;SC=AGATATTAATATCTTTAATGG;SOR=1.179;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=14;TCF=11;TCR=3;TR=6;WE=88546990;WS=88546972;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,7:0.47:15
chr12	88547277	rs2468230	T	C	1717.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=18;NR=20;PP=695;SC=ACCCAATACATACAGAAGCAG;SOR=0.854;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=18;TCR=20;TR=38;WE=88547285;WS=88547267;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr12	88900246	rs10506953	G	T	215.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.434;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=9;PP=190;ReadPosRankSum=2.058;SC=ATCTTTTATGGCAATAACTCC;SOR=1.781;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=1;TCR=17;TR=9;WE=88900254;WS=88900236;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,9:0.50:18
chr12	88910307	rs2291557	C	T	51.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-0.842;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=3;PP=31;ReadPosRankSum=-0.524;SC=AAATAGTCTTCAGACTTAACT;SOR=1.022;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=3;WE=88910315;WS=88910297;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,3:0.60:5
chr12	88926072	rs4842477	C	T	489.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.895;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.511;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=4;PP=264;ReadPosRankSum=-0.139;SC=GAAAAAAAAGCCTGCAAGTCA;SOR=0.368;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=24;TCF=20;TCR=4;TR=16;WE=88926080;WS=88926062;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,22:0.61:36
chr12	88926290	rs11428619	C	CA	444.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.384;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.006;HP=12;HapScore=3;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=14;PP=139;ReadPosRankSum=-0.783;SC=CCTACAGAGACAAAAAAAAAA;SOR=0.483;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=42;TCF=2;TCR=40;TR=14;WE=88926298;WS=88926280;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,30:0.45:67
chr12	89743223	rs704075	G	A	7296.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=278;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=78;NR=91;PP=2965;SC=TGTCATAGGCGTCGTTCATCG;SOR=0.807;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=170;TCF=78;TCR=92;TR=169;WE=89743231;WS=89743213;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,277:1.00:277
chr12	89745477	rs2279574	C	A	6329.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.655;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=752;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.522;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=90;NR=99;PP=2799;ReadPosRankSum=-1.151;SC=AGCCCGAGCACCGACTCGCCG;SOR=0.640;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=432;TCF=203;TCR=229;TR=189;WE=89745485;WS=89745467;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:422,327:0.44:749
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chr12	89819166	rs76714924	C	T	1820.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.403;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.972;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=44;PP=1047;ReadPosRankSum=-0.572;SC=TCTTTAATGTCACAGAAAATG;SOR=0.873;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=112;TCF=38;TCR=74;TR=66;WE=89819174;WS=89819156;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,86:0.52:166
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chr12	89864432	rs10777167	T	A	328.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-1.636;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=13;PP=263;ReadPosRankSum=-0.625;SC=ATCACATAGCTCTAAGCTTCC;SOR=0.776;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=23;TCF=3;TCR=20;TR=15;WE=89864440;WS=89864422;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,14:0.64:22
chr12	89866054	rs59139895	TAGAAAGAAGA	T	4205.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=0.940;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=270;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.522;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=34;PP=2978;ReadPosRankSum=2.472;SC=GGTGAAAATCTAGAAAGAAGA;SOR=0.632;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=102;TCF=28;TCR=74;TR=45;WE=89866071;WS=89866044;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:140,111:0.44:251
chr12	89917037	rs2230282	G	A	4256.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=2.197;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=409;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.521;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=71;NR=73;PP=2375;ReadPosRankSum=0.277;SC=TAGGAAAAACGTTTTTCAAAT;SOR=0.629;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=269;TCF=129;TCR=140;TR=144;WE=89917051;WS=89917027;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:207,200:0.49:407
chr12	89917518	rs2230281	A	G	3744.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.691;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=376;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.225;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=57;PP=1970;ReadPosRankSum=-0.938;SC=GGGCTCCCCTATCTGCATATA;SOR=0.774;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=244;TCF=125;TCR=119;TR=123;WE=89917526;WS=89917508;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:190,177:0.48:367
chr12	90010463	.	G	GA	688.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.209;ClippingRankSum=0.000;DP=139;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.06;ReadPosRankSum=0.374;SOR=0.798;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:80,56:0.41:136
chr12	90015579	rs35089871	C	CA	1468.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.721;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FS=1.385;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.10;MQRankSum=0.442;QD=16.50;ReadPosRankSum=-0.804;SOR=0.472;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:9,80:0.90:89
chr12	90024549	.	A	AATATATAAATAT	498.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.60;QD=49.87;SOR=3.258;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr12	91333909	.	C	CT	53.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.211;ClippingRankSum=0.000;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=3.971;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.31;ReadPosRankSum=0.945;SOR=0.161;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,9:0.22:41
chr12	91334194	rs4520662	T	C	581.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=15;PP=441;SC=AGTAGACTCCTTGAATAGGAA;SOR=1.329;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=8;TCR=15;TR=23;WE=91334202;WS=91334184;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr12	91372042	rs66600255	GA	G	172.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.374;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.20;ReadPosRankSum=1.840;SOR=0.741;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,16:0.67:24
chr12	91449990	rs2735333	C	T	13450.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=511;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=176;NR=148;PP=2965;SC=AGACCTGCCTCACACTTCTAG;SOR=0.811;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=326;TCF=176;TCR=150;TR=324;WE=91449998;WS=91449980;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,502:1.00:502
chr12	92539344	rs709223	T	C	977.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.185;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.721;HP=4;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=25;PP=448;ReadPosRankSum=-0.292;SC=CCGGGGCGGCTGGGGCTCGGC;SOR=0.774;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=74;TCF=26;TCR=48;TR=39;WE=92539352;WS=92539334;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,50:0.45:110
chr12	92539378	rs1049979	G	A	491.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.875;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.929;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=19;PP=369;ReadPosRankSum=0.777;SC=CGGCGGAGCAGCCACCCCGGG;SOR=1.371;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=43;TCF=9;TCR=34;TR=22;WE=92539386;WS=92539368;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,23:0.45:51
chr12	92816525	rs73222027	G	C	680.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=28.37;SOR=1.802;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr12	92818482	rs12580153	C	T	2443.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=1.033;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=270;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.938;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=35;PP=1139;ReadPosRankSum=1.094;SC=TCCTTTCATTCCTCTATTTAC;SOR=0.687;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=138;TCF=70;TCR=68;TR=70;WE=92818490;WS=92818472;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:143,122:0.46:265
chr12	92818786	rs1515565	A	G	2124.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=23;NR=30;PP=974;SC=TTTTGTCCAAAAATTTTAAAT;SOR=0.968;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=53;TCF=23;TCR=30;TR=53;WE=92818794;WS=92818776;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr12	92821674	rs61935211	A	G	322.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.094;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.632;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=6;PP=122;ReadPosRankSum=-0.912;SC=GGGCGACAGAACGAGACTCCG;SOR=0.172;SbPval=0.15;Source=Platypus;TC=23;TCF=16;TCR=7;TR=12;WE=92821682;WS=92821664;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,15:0.48:31
chr12	92821860	rs11284604	CT	C	8941.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=25;NR=80;PP=2694;SC=TAATTAACCCCTGTTACTTAC;SOR=0.766;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=105;TCF=25;TCR=80;TR=105;WE=92821869;WS=92821850;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,224:1.00:224
chr12	93100895	rs71456571	T	A	3692.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.833;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=441;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=68;PP=1624;ReadPosRankSum=0.042;SC=AGCCCCACCCTACGACACCCT;SOR=0.713;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=245;TCF=108;TCR=137;TR=125;WE=93100903;WS=93100885;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:236,197:0.45:433
chr12	93131203	rs2036553	A	C	10638.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=2.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=422;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.278;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=149;NR=112;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.946;SC=CTCCCGACCGATCAATTAGAC;SOR=0.776;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=271;TCF=154;TCR=117;TR=261;WE=93131211;WS=93131193;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:9,408:0.98:417
chr12	93147907	rs9669519	A	T	2343.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=50;NR=15;PP=1425;SC=TCCACGTGCCAGAGCTGCTAG;SOR=1.952;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=65;TCF=50;TCR=15;TR=65;WE=93147915;WS=93147897;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr12	93150102	rs924326	T	C	4092.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=75;NR=40;PP=2271;SC=AAAGAACACATGGCAGAAAAC;SOR=1.429;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=115;TCF=75;TCR=40;TR=115;WE=93150110;WS=93150092;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,151:1.00:151
chr12	93155399	.	GAAGAAAGAAAGAAAGAAAGA	G,GAAGAAAGA	753.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.90;QD=35.89;SOR=2.200;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:0,9,12:0.43,0.57:21
chr12	93155535	rs1504907	G	A	1941.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=22;NR=16;PP=761;SC=CAGAAAGCACGAGATTCCTAG;SOR=0.927;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=38;TCF=22;TCR=16;TR=38;WE=93155543;WS=93155525;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr12	93196422	rs10745623	T	G	2886.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=2.049;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.424;HP=8;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=42;PP=1510;ReadPosRankSum=-0.752;SC=TTCAGGATTTTTTTTTCTTCC;SOR=0.553;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=75;TCF=33;TCR=42;TR=74;WE=93196430;WS=93196412;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,109:0.99:110
chr12	93202801	rs7970286	C	T	5365.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=68;NR=54;PP=2175;SC=ACATTTCCTTCTCCATTTCAA;SOR=0.849;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=123;TCF=69;TCR=54;TR=122;WE=93202809;WS=93202791;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,205:1.00:205
chr12	93206878	rs3925797	G	A	1472.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=11;NR=28;PP=766;SC=ATCTGTAACAGCATTTACAAA;SOR=1.487;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=39;TCF=11;TCR=28;TR=39;WE=93206886;WS=93206868;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr12	93229004	.	A	C	774.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=1.133;ClippingRankSum=0.000;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.995;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=9;PP=582;ReadPosRankSum=0.725;SC=ACTGAATTTCATAAATGCAAC;SOR=1.124;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=74;TCF=51;TCR=23;TR=35;WE=93229012;WS=93228994;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,38:0.42:91
chr12	93236402	rs7300619	C	T	1901.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=11;NR=15;PP=503;SC=ACTAAATTGTCTAAAAGATAA;SOR=0.776;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=11;TCR=15;TR=26;WE=93236410;WS=93236392;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr12	93236419	rs7316894	T	G	1658.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=14;PP=413;SC=ATAAAAAAAATGAAAGTATAT;SOR=0.850;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=24;TCF=10;TCR=14;TR=24;WE=93236427;WS=93236409;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr12	93247775	rs3065021	G	GATA	1311.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=1;NR=14;PP=783;SC=AAAAGGAAAAGATAATACTGT;SOR=1.329;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=18;TCF=1;TCR=17;TR=15;WE=93247783;WS=93247765;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr12	93258498	rs11106721	A	G	1283.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.422;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=1;PP=934;ReadPosRankSum=-0.686;SC=TAGTGGAGGAAGGATATGCTA;SOR=3.767;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=36;TCF=35;TCR=1;TR=35;WE=93258506;WS=93258488;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,40:0.98:41
chr12	93289284	rs56326442	GA	G	1247.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.191;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.15;MQRankSum=0.744;QD=13.13;ReadPosRankSum=-1.160;SOR=0.886;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:11,84:0.88:95
chr12	93609340	rs7305552	A	C	591.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=18;NR=1;PP=574;SC=TTCCCAATTCAACAGTTGGGG;SOR=3.716;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=19;TCF=18;TCR=1;TR=19;WE=93609348;WS=93609330;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr12	93721949	rs11380531	A	AC	679.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=9;PP=499;SC=TGAAGTCCTAACCCCAGTACT;SOR=1.085;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=14;TCF=4;TCR=10;TR=13;WE=93721957;WS=93721939;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr12	93771138	.	CA	C	91.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.076;ClippingRankSum=0.000;DP=330;ExcessHet=3.0103;FS=2.917;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.29;ReadPosRankSum=0.419;SOR=0.487;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:256,58:0.18:314
chr12	93873089	.	CA	C	72.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.811;ClippingRankSum=0.000;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.77;ReadPosRankSum=0.914;SOR=0.509;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,14:0.34:41
chr12	93965032	rs41475949	G	A	467.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.676;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.206;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=8;PP=165;ReadPosRankSum=-0.115;SC=CCGCCCCGAGGAGAGTTACCG;SOR=0.479;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=32;TCF=9;TCR=23;TR=12;WE=93965040;WS=93965022;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,22:0.49:45
chr12	93967035	rs930316	A	G	975.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.748;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.125;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=26;PP=616;ReadPosRankSum=-1.381;SC=GCGCGGGAAGAGCTTCTTGGA;SOR=1.031;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=63;TCF=16;TCR=47;TR=33;WE=93967043;WS=93967025;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,41:0.53:77
chr12	93968353	rs148353066	C	CT	209.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=49;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=1;PP=236;SC=TGTGGTGGCCCGGTAAACTTT;SOR=2.584;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=6;TCR=1;TR=7;WE=93968361;WS=93968346;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr12	93968378	rs35259505	CT	C	68.74	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.308;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=6.87;ReadPosRankSum=1.111;SOR=0.569;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,7:0.70:10
chr12	94253033	rs10859603	T	A	2660.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=55;NR=22;PP=1574;SC=AATTGTTTTTTAAAAAGCTAT;SOR=1.609;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=77;TCF=55;TCR=22;TR=77;WE=94253041;WS=94253023;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr12	94543506	rs2230754	C	T	9062.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.701;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=913;ExcessHet=3.0103;FS=0.521;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.05;ReadPosRankSum=1.049;SOR=0.722;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:451,451:0.50:902
chr12	94562802	rs2361358	G	A	531.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-4.316;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=2;PP=389;ReadPosRankSum=-0.387;SC=TAGTCTAAGAGAATATATGTG;SOR=0.481;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=44;TCF=40;TCR=4;TR=22;WE=94562810;WS=94562792;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,24:0.52:46
chr12	94562875	rs2361359	C	G	1924.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.981;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.597;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=21;PP=1030;ReadPosRankSum=-2.305;SC=ATAATGAGAACTATTGTTGTT;SOR=0.623;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=135;TCF=91;TCR=44;TR=66;WE=94562883;WS=94562865;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,88:0.53:166
chr12	94563134	rs3214968	A	AT	609.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.063;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FS=2.082;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.19;MQRankSum=1.795;QD=6.42;ReadPosRankSum=-1.150;SOR=0.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:58,37:0.39:95
chr12	94575157	rs3794220	C	T	123.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.310;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=2.596;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=7.74;ReadPosRankSum=-1.776;SOR=0.180;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,7:0.44:16
chr12	94603249	rs2610671	G	A	1238.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=26;NR=6;PP=751;SC=CACTGTACAAGGTCTGGCATT;SOR=2.059;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=32;TCF=26;TCR=6;TR=32;WE=94603257;WS=94603239;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr12	94603300	rs2305971	C	T	876.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-0.818;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.490;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=10;PP=287;ReadPosRankSum=-0.328;SC=AACTAATGCACGTATGGGGTC;SOR=0.405;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=64;TCF=40;TCR=24;TR=22;WE=94603308;WS=94603290;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,49:0.42:117
chr12	94620264	.	AT	A	97.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.145;ClippingRankSum=0.000;DP=138;ExcessHet=3.0103;FS=0.988;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.16;MQRankSum=2.842;QD=0.73;ReadPosRankSum=-1.653;SOR=0.938;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:100,33:0.25:133
chr12	94637557	rs864106	C	T	519.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=14;NR=1;PP=381;SC=AAAAGATTCCCAAAATTGTCC;SOR=3.383;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=15;TCF=14;TCR=1;TR=15;WE=94637565;WS=94637547;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr12	94642023	rs2230756	C	T	1404.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.868;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.347;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=27;PP=706;ReadPosRankSum=-0.449;SC=ACAACTTCAACATTTCCAAAA;SOR=0.454;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=151;TCF=67;TCR=84;TR=53;WE=94642031;WS=94642013;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:111,73:0.40:184
chr12	94645255	rs2230757	A	G	10269.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.839;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=418;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=127;NR=122;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.082;SC=TTCCTTCCACATGGTATTTTC;SOR=0.723;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=253;TCF=129;TCR=124;TR=249;WE=94645263;WS=94645245;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,406:0.99:410
chr12	94648103	rs11107483	C	G	349.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-1.195;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.237;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=2;PP=235;ReadPosRankSum=0.476;SC=GCAGGTTTGGCCCATGTAGCC;SOR=0.111;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=32;TCF=29;TCR=3;TR=14;WE=94648111;WS=94648093;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,15:0.44:34
chr12	94648493	rs7980141	A	G	5242.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=70;NR=55;PP=2401;SC=AACTGTAAAGATTGCTATTTG;SOR=0.879;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=125;TCF=70;TCR=55;TR=125;WE=94648501;WS=94648483;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,197:1.00:197
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chr12	94649103	rs865569	T	C	9574.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=0.862;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=386;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=96;NR=107;PP=2965;ReadPosRankSum=1.870;SC=TTCCGAAGGTTGAGTCTTGAA;SOR=0.770;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=207;TCF=98;TCR=109;TR=203;WE=94649111;WS=94649093;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,376:0.99:380
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chr12	94671565	rs832507	A	G	2847.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-3.241;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=256;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.022;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=68;NR=30;PP=1338;ReadPosRankSum=-2.532;SC=CGATACTATCATCAAGCCTTT;SOR=0.613;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=195;TCF=135;TCR=60;TR=98;WE=94671573;WS=94671555;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:111,138:0.55:249
chr12	94671743	rs832506	G	C	8762.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=347;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=104;NR=150;PP=2965;SC=CTGAGCCCTAGGCAAATCAGA;SOR=1.015;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=255;TCF=105;TCR=150;TR=254;WE=94671751;WS=94671733;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,333:1.00:333
chr12	94671922	rs11341959	CA	C	3654.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.467;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=524;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=1.929;NF=30;NR=60;PP=1525;ReadPosRankSum=-2.140;SC=TCCTTAAAACCAAAAAAAACA;SOR=0.731;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=220;TCF=69;TCR=151;TR=90;WE=94671930;WS=94671912;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:286,228:0.44:514
chr12	94673509	rs10713724	GC	G	2522.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.957;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.992;HP=5;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.703;NF=11;NR=46;PP=1825;ReadPosRankSum=1.400;SC=CCCCCTCCCTGCCCCCACCAG;SOR=0.878;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=121;TCF=22;TCR=99;TR=57;WE=94673517;WS=94673499;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:94,99:0.51:193
chr12	94673607	rs4761469	C	T	1740.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.326;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-1.736;NF=19;NR=41;PP=1006;ReadPosRankSum=0.465;SC=TCATGGGCATCCTGATTCTTC;SOR=0.744;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=112;TCF=36;TCR=76;TR=60;WE=94673615;WS=94673597;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,84:0.50:168
chr12	94688232	rs1880934	C	A	702.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.119;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=10;PP=324;ReadPosRankSum=1.139;SC=AAATTTTGAACACTCATATAT;SOR=0.671;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=51;TCF=30;TCR=21;TR=24;WE=94688240;WS=94688222;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,36:0.47:77
chr12	94698880	rs3803071	C	T	381.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.433;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=2;PP=255;ReadPosRankSum=0.307;SC=TTACCACTCACAGCATCAGGT;SOR=0.498;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=26;TCF=23;TCR=3;TR=14;WE=94698888;WS=94698870;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,17:0.53:32
chr12	94769758	rs4761611	A	G	1295.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.258;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=20;PP=623;ReadPosRankSum=1.486;SC=CTTTTTCCAAACGTTCTGCCC;SOR=0.723;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=90;TCF=47;TCR=43;TR=43;WE=94769766;WS=94769748;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,67:0.46:145
chr12	94955546	rs7297315	T	A	109.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.489;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.22;ReadPosRankSum=-1.701;SOR=0.512;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,8:0.31:26
chr12	94955644	rs12307230	G	T	753.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=-0.334;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=5;PP=162;ReadPosRankSum=1.741;SC=GAGCATCTACGATCTCATCTA;SOR=0.635;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=38;TCF=24;TCR=14;TR=16;WE=94955652;WS=94955634;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,40:0.47:86
chr12	94972290	rs2270893	C	T	5546.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.641;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=71;PP=2305;ReadPosRankSum=-1.073;SC=GCAGCTGGTCCTCCAGTCGCT;SOR=0.888;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=128;TCF=55;TCR=73;TR=124;WE=94972298;WS=94972278;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,211:0.99:213
chr12	94975799	rs3747553	G	A	9990.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.749;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=376;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=118;NR=145;PP=2965;ReadPosRankSum=1.427;SC=TATTGAAAACGAACACAGGTG;SOR=0.305;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=264;TCF=118;TCR=146;TR=263;WE=94975807;WS=94975789;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,369:1.00:370
chr12	94976084	rs3747552	T	C	9093.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=352;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=106;NR=106;PP=2965;SC=GCTGCTTGTCTGCGTTGTTCA;SOR=0.710;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=213;TCF=106;TCR=107;TR=212;WE=94976092;WS=94976074;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,347:1.00:347
chr12	94976159	rs3747551	T	C	9225.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.778;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=346;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=99;NR=112;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.010;SC=TCTGCTCTGTTACCTTTAGAA;SOR=0.784;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=211;TCF=99;TCR=112;TR=211;WE=94976167;WS=94976149;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,341:0.99:343
chr12	94976383	rs3747550	T	A	1199.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=8;NR=19;PP=606;SC=ACAGAATCTATGCACATACAA;SOR=1.455;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=8;TCR=19;TR=27;WE=94976391;WS=94976373;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr12	95044161	rs1274523	A	C	3352.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=45;NR=35;PP=1491;SC=CGGCCGGGGTACGAGTAGGTC;SOR=0.791;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=80;TCF=45;TCR=35;TR=80;WE=95044169;WS=95044151;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr12	95228007	rs2289031	T	G	1401.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=30;NR=7;PP=895;SC=CGGCATCCTGTCTGGGTCCAA;SOR=2.160;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=30;TCR=7;TR=37;WE=95228015;WS=95227997;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr12	95390810	rs7973115	G	T	526.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=1.067;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.225;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=14;PP=312;ReadPosRankSum=0.790;SC=CTAAAATTCTGTGATTTATGT;SOR=0.440;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=37;TCF=10;TCR=27;TR=20;WE=95390818;WS=95390800;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,25:0.54:46
chr12	95396669	rs6538588	A	T	536.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.758;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.087;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=14;PP=285;ReadPosRankSum=-0.194;SC=AAATAAAGTGAGAGTAACAAC;SOR=0.482;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=39;TCF=12;TCR=27;TR=21;WE=95396677;WS=95396659;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,27:0.51:53
chr12	95397552	rs835044	T	C	663.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=2.261;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.765;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=18;PP=402;ReadPosRankSum=-1.684;SC=CAGAAGGTTCTCACGCGAACG;SOR=0.179;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=48;TCF=6;TCR=42;TR=22;WE=95397560;WS=95397542;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,27:0.50:54
chr12	95452311	rs142620547	G	C	229.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.580;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=7;PP=134;ReadPosRankSum=-0.458;SC=CATTATTTCAGAACAGAAATG;SOR=0.409;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=19;TCF=5;TCR=14;TR=10;WE=95452319;WS=95452301;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,11:0.50:22
chr12	95475444	rs143543201	G	GAT	1235.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.138;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FS=3.999;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.27;MQRankSum=1.845;QD=12.87;ReadPosRankSum=1.944;SOR=1.139;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:53,43:0.45:96
chr12	95488339	rs55905327	GA	G	171.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.685;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=248;ExcessHet=3.0103;FS=1.470;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.17;MQRankSum=3.435;QD=0.71;ReadPosRankSum=1.218;SOR=0.864;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:188,53:0.22:241
chr12	95498747	rs11331948	GA	G	1255.79	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.835;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FS=2.018;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.55;MQRankSum=1.650;QD=9.73;ReadPosRankSum=0.302;SOR=0.479;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,103:0.80:129
chr12	95500635	rs61938198	A	G	662.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-2.447;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=101;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.219;NF=25;NR=5;PP=397;ReadPosRankSum=-0.427;SC=GTACCACTGCACTCCAGCCTG;SOR=0.929;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=43;TCF=37;TCR=6;TR=30;WE=95500643;WS=95500625;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,31:0.69:45
chr12	95500700	rs10694512	A	AAACAAAACAAAAC	11736.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=237;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=66.55;QD=50.81;SOR=1.367;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,231:1.00:231
chr12	95500727	rs7138545	C	G	14495.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.62;DB;DP=376;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=69;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=125;NR=73;PP=2965;SC=CAGATGCACACACCTTCATTC;SOR=1.077;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=198;TCF=125;TCR=73;TR=198;WE=95500735;WS=95500717;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,371:1.00:371
chr12	95510811	rs6419371	T	G	1105.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=31;PP=875;SC=TTGGTCATAGTGAACCACCTA;SOR=4.235;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=34;TCF=3;TCR=31;TR=34;WE=95510819;WS=95510801;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr12	95531442	rs11829776	T	C	872.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.142;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.035;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=20;PP=493;ReadPosRankSum=0.026;SC=CAGCAATTCTTTGTTGTTCAG;SOR=0.913;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=52;TCF=17;TCR=35;TR=29;WE=95531450;WS=95531432;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,38:0.60:63
chr12	95602672	rs2306884	C	T	1776.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.696;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.288;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=19;PP=977;ReadPosRankSum=0.120;SC=GAGCTTCATACGGCTCTTCTA;SOR=0.836;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=118;TCF=80;TCR=38;TR=63;WE=95602680;WS=95602662;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,84:0.52:161
chr12	95618094	.	C	CT	84.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.150;ClippingRankSum=0.000;DP=76;ExcessHet=3.0103;FS=2.843;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.14;MQRankSum=1.771;QD=1.41;ReadPosRankSum=0.513;SOR=1.200;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:45,15:0.25:60
chr12	95639261	rs7979908	G	A	4969.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.862;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=75;NR=47;PP=2425;ReadPosRankSum=1.610;SC=AAACTCTTTTGGGAAAAACTG;SOR=1.078;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=122;TCF=75;TCR=47;TR=122;WE=95639269;WS=95639251;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,187:0.99:189
chr12	95651888	rs6538624	T	C	572.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=3;PP=391;SC=TATTATTTTTTGGCTGACTAA;SOR=2.948;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=18;TCF=15;TCR=3;TR=17;WE=95651896;WS=95651878;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr12	95694394	rs14121	G	A	915.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=1.971;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.502;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=30;PP=603;ReadPosRankSum=0.469;SC=ACTTTTGGTGGTGAGGAGGAA;SOR=1.071;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=104;TCF=32;TCR=72;TR=41;WE=95694402;WS=95694384;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,47:0.36:132
chr12	95771236	rs2727663	T	C	1537.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=18;NR=30;PP=773;SC=GACATGTGGATGGAAATTTGG;SOR=1.255;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=48;TCF=18;TCR=30;TR=48;WE=95771244;WS=95771226;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr12	95774594	rs142244486	C	G	346.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.884;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=5;PP=225;ReadPosRankSum=0.230;SC=TCAGAAGGGACAGACTCCAGA;SOR=0.879;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=35;TCF=23;TCR=12;TR=16;WE=95774602;WS=95774584;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,17:0.46:37
chr12	95774656	rs7305575	C	G	1368.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-1.791;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.212;HP=4;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=11;PP=229;ReadPosRankSum=0.304;SC=CGGCTTCATTCTTGAAGTCAG;SOR=0.377;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=61;TCF=36;TCR=25;TR=24;WE=95774664;WS=95774646;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,37:0.46:81
chr12	95774672	rs112647662	C	G	1468.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.449;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.655;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=12;PP=304;ReadPosRankSum=0.337;SC=GTCAGTGAGACCAAGAATCCA;SOR=0.456;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=66;TCF=38;TCR=28;TR=25;WE=95774680;WS=95774662;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,43:0.44:98
chr12	95878552	rs7978914	T	A	803.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=-0.438;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.769;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=5;PP=344;ReadPosRankSum=0.428;SC=CTGTTTCATCTCAGAACCATT;SOR=0.927;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=48;TCF=33;TCR=15;TR=20;WE=95878560;WS=95878542;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,41:0.48:86
chr12	95878751	rs301036	T	G	353.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=2.095;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=13;PP=280;ReadPosRankSum=-0.282;SC=ATCATTTCTGTAACAAGCCAA;SOR=0.473;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=26;TCF=3;TCR=23;TR=15;WE=95878759;WS=95878741;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,15:0.56:27
chr12	95897997	rs2769469	T	C	59.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.464;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=1.808;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.85;ReadPosRankSum=1.370;SOR=1.162;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,6:0.29:21
chr12	95914687	rs7974596	T	C	711.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=2.154;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.502;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=2;PP=531;ReadPosRankSum=0.652;SC=TTGTTTATGATTTAGTAGTCA;SOR=2.549;SbPval=0.92;Source=Platypus;TC=46;TCF=39;TCR=7;TR=28;WE=95914695;WS=95914677;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,31:0.54:57
chr12	95927762	rs3812813	T	C	5865.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.080;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=606;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.518;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=96;NR=103;PP=2776;ReadPosRankSum=0.741;SC=TCTCCAGTTGTGTTATCATTC;SOR=0.640;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=422;TCF=199;TCR=223;TR=199;WE=95927770;WS=95927752;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:308,287:0.48:595
chr12	96106943	rs4129599	T	C	2923.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=1.354;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=249;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.528;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=51;PP=1759;ReadPosRankSum=1.576;SC=CACAGATGCGTTGACTTTACA;SOR=0.568;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=177;TCF=95;TCR=82;TR=103;WE=96106951;WS=96106933;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:112,134:0.54:246
chr12	96180692	rs59294014	T	C	2459.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.340;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=263;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.991;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=26;PP=970;ReadPosRankSum=-0.366;SC=TTACTTACAGTGTAGAGTTAA;SOR=0.607;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=162;TCF=108;TCR=54;TR=77;WE=96180700;WS=96180682;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:129,122:0.49:251
chr12	96253003	rs66876037	A	AG	437.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.892;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=11;PP=348;ReadPosRankSum=0.349;SC=CTCTGCTTTTAGGTTTCTGAG;SOR=0.527;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=0;TCR=21;TR=11;WE=96253011;WS=96252993;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,16:0.57:28
chr12	96259712	rs145705085	TA	T	219.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.67;BaseQRankSum=-1.162;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5003;FS=1.987;HP=7;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=3;PP=65;ReadPosRankSum=0.816;SC=ATTTTCATAATAAAAATATAG;SOR=0.307;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=1;TCR=3;TR=3;WE=96259720;WS=96259702;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,10:0.62:16
chr12	96330311	rs56667838	GA	G	784.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=12;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=12;PP=266;SC=CCTGTTGAAAGAAAAAAAAAT;SOR=1.371;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=17;TCF=1;TCR=16;TR=13;WE=96330319;WS=96330301;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr12	96337164	rs7955759	G	A	301.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=3.223;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=34;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=3;PP=296;ReadPosRankSum=0.036;SC=GGCGACCCTCGGCGCGAGGCG;SOR=0.804;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=18;TCF=14;TCR=4;TR=12;WE=96337172;WS=96337154;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,13:0.52:25
chr12	96337183	rs7955450	A	G	914.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=18;NR=7;PP=658;SC=CGACATGGCAAGCGGCCACAG;SOR=1.609;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=18;TCR=7;TR=25;WE=96337191;WS=96337173;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr12	96337225	rs1436121	C	T	582.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-2.617;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.686;HP=1;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=11;PP=383;ReadPosRankSum=-0.766;SC=GCAAGTGGTGCTGGTGTGCGC;SOR=0.182;SbPval=0.22;Source=Platypus;TC=40;TCF=26;TCR=14;TR=24;WE=96337233;WS=96337215;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,31:0.55:56
chr12	96346594	rs1982138	T	C	1062.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-2.510;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.409;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=21;PP=514;ReadPosRankSum=-0.345;SC=GGAAATGTATTCTACCAGGTA;SOR=0.436;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=71;TCF=29;TCR=42;TR=40;WE=96346602;WS=96346584;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,57:0.50:115
chr12	96348536	rs11108351	C	A	564.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.139;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=5;PP=329;ReadPosRankSum=0.104;SC=ATCAAGGGAACCAGACAGACA;SOR=0.671;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=47;TCF=35;TCR=12;TR=20;WE=96348544;WS=96348526;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,26:0.46:56
chr12	96354455	rs2043608	G	C	1494.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.346;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.339;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=33;PP=827;ReadPosRankSum=-0.643;SC=GCACATTCATGCTATGGGAAA;SOR=0.826;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=105;TCF=39;TCR=66;TR=51;WE=96354463;WS=96354445;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,70:0.49:142
chr12	96355949	rs3751266	T	C	215.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.657;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.708;HP=5;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.956;NF=4;NR=2;PP=118;ReadPosRankSum=1.152;SC=GAGGCTGAGGTGGGAGAATTG;SOR=0.148;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=14;TCF=11;TCR=3;TR=6;WE=96355957;WS=96355944;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,10:0.59:17
chr12	96356048	rs112878109	A	AAC	4026.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=34;NR=11;PP=2436;SC=TCTCAAAAATAAAACAAACAA;SOR=1.636;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=50;TCF=39;TCR=11;TR=45;WE=96356068;WS=96356038;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr12	96356060	rs3751265	G	A	720.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=0.615;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.581;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=1.969;NF=23;NR=3;PP=459;ReadPosRankSum=-0.872;SC=AACAAACAAAGCAATTTAATG;SOR=1.556;SbPval=0.94;Source=Platypus;TC=65;TCF=50;TCR=15;TR=26;WE=96356068;WS=96356038;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,38:0.35:110
chr12	96356280	rs5800239	A	AC	5436.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=8;NR=75;PP=2936;SC=CTCACCCCAGACCAAGAGCTG;SOR=1.150;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=87;TCF=8;TCR=79;TR=83;WE=96356288;WS=96356270;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,156:1.00:156
chr12	96359301	rs4762657	T	G	2932.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=71;NR=11;PP=2137;SC=CAGGAGTCCTTGGATTATATA;SOR=3.467;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=82;TCF=71;TCR=11;TR=82;WE=96359309;WS=96359291;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr12	96359426	rs4762658	C	G	14634.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=583;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=183;NR=150;PP=2965;SC=ACAAAAGCTCCCATTCTAGAG;SOR=0.816;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=335;TCF=185;TCR=150;TR=333;WE=96359434;WS=96359416;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,569:1.00:569
chr12	96360350	rs1025606	A	T	615.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-1.583;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.221;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=19;PP=354;ReadPosRankSum=0.302;SC=TGAGGCCTAAATCCCTTTTCC;SOR=0.307;SbPval=0.22;Source=Platypus;TC=47;TCF=10;TCR=37;TR=27;WE=96360358;WS=96360340;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,31:0.53:58
chr12	96361514	rs10715708	GT	G	335.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.084;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=1.550;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.30;ReadPosRankSum=0.213;SOR=0.758;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,23:0.50:46
chr12	96371670	rs3764038	G	A	1143.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-0.106;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.628;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=16;PP=657;ReadPosRankSum=0.594;SC=TGAGAACCACGGGCACAGTGG;SOR=0.364;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=108;TCF=77;TCR=31;TR=47;WE=96371678;WS=96371660;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,58:0.45:128
chr12	96371894	rs4762659	C	T	1746.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.884;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.305;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.314;NF=19;NR=36;PP=809;ReadPosRankSum=0.937;SC=GTGCTCCTCACAGGATGAGCT;SOR=0.582;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=103;TCF=33;TCR=70;TR=55;WE=96371902;WS=96371884;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,84:0.54:155
chr12	96372026	rs11454735	A	AT	118.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=1.052;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5016;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.799;NF=0;NR=4;PP=62;ReadPosRankSum=1.420;SC=GAAGCAGGTCATTTTTTTTCC;SOR=0.859;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=4;WE=96372034;WS=96372016;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,8:0.67:12
chr12	96374554	rs6538693	G	A	6370.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.048;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=298;ExcessHet=3.0103;FS=3.147;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=21.45;ReadPosRankSum=0.218;SOR=0.677;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:133,164:0.55:297
chr12	96374563	rs6538694	T	C	6422.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.773;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=300;ExcessHet=3.0103;FS=3.143;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=21.48;ReadPosRankSum=-0.181;SOR=0.699;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:130,169:0.57:299
chr12	96374614	rs7297245	C	T	3278.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.197;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=287;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.443;HP=3;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=64;PP=1670;ReadPosRankSum=1.788;SC=CCTCCAGAAACTGTCTCTCCC;SOR=0.988;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=179;TCF=78;TCR=101;TR=104;WE=96374622;WS=96374604;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:131,156:0.54:287
chr12	96374672	rs6538695	T	C	1536.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.834;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FS=1.269;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.98;ReadPosRankSum=-0.210;SOR=0.811;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:78,76:0.49:154
chr12	96374683	rs6538696	C	T	1297.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.154;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=4;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=30;PP=1584;ReadPosRankSum=-0.007;SC=GTTTGCTGGTCACTTCAAGTA;SOR=0.750;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=98;TCF=40;TCR=58;TR=49;WE=96374691;WS=96374662;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,64:0.48:133
chr12	96374750	rs2270318	G	A	523.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=1.748;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.316;HP=3;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=15;PP=344;ReadPosRankSum=0.049;SC=TACAAATGTGGGGTGGAGGGA;SOR=0.191;SbPval=0.26;Source=Platypus;TC=47;TCF=8;TCR=39;TR=20;WE=96374758;WS=96374740;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,23:0.43:54
chr12	96377912	.	T	TACTATG	48.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.363;ClippingRankSum=-0.000;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.83;MQRankSum=1.150;QD=4.06;ReadPosRankSum=-1.960;SOR=0.582;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,3:0.25:12
chr12	96379806	rs3213737	G	A	3138.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.446;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=329;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.846;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=47;PP=1452;ReadPosRankSum=0.219;SC=CACAAAACACGTAACCAAATA;SOR=0.746;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=217;TCF=109;TCR=108;TR=99;WE=96379814;WS=96379796;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:161,155:0.49:316
chr12	96387621	rs2302629	A	G	1753.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-0.978;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.734;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=29;PP=989;ReadPosRankSum=1.030;SC=AAACAACTAGAATAAAAAGAG;SOR=0.411;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=120;TCF=69;TCR=51;TR=61;WE=96387629;WS=96387611;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,81:0.52:157
chr12	96387829	rs17677007	A	G	4685.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.360;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=430;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.519;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=74;PP=2268;ReadPosRankSum=1.182;SC=ACGGGCAACAAAAATGGCCAG;SOR=0.657;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=271;TCF=127;TCR=144;TR=140;WE=96387837;WS=96387819;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:200,223:0.53:423
chr12	96397850	rs11374431	T	TA	211.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=0.673;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=5;PP=108;ReadPosRankSum=0.446;SC=AATTGCACACTAAGTAAATTC;SOR=0.941;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=0;TCR=18;TR=5;WE=96397858;WS=96397840;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,10:0.40:25
chr12	96399986	rs5020450	T	C	539.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=0.753;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=8;PP=325;ReadPosRankSum=1.072;SC=AAATGATTTTTTCCCCATTAG;SOR=0.786;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=37;TCF=24;TCR=13;TR=22;WE=96399994;WS=96399976;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,25:0.54:46
chr12	96414451	rs17677715	T	C	234.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.826;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.489;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=1;PP=164;ReadPosRankSum=-1.414;SC=TTGTAAAATATTGATAAAATA;SOR=2.761;SbPval=0.93;Source=Platypus;TC=21;TCF=16;TCR=5;TR=10;WE=96414459;WS=96414441;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,11:0.42:26
chr12	96415842	rs2540493	A	C	2959.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.151;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=277;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=38;PP=1568;ReadPosRankSum=-0.341;SC=AATATTTCAAAAGTAATTTTG;SOR=0.667;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=170;TCF=103;TCR=67;TR=95;WE=96415850;WS=96415832;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:130,144:0.53:274
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chr12	96677225	rs11345627	GT	G	110.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.558;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.84;ReadPosRankSum=0.384;SOR=1.038;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,16:0.41:39
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chr12	96704958	.	T	TA	284.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.793;ClippingRankSum=0.000;DP=145;ExcessHet=3.0103;FS=0.946;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.07;MQRankSum=1.685;QD=2.59;ReadPosRankSum=-0.950;SOR=0.831;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:78,32:0.29:110
chr12	96883245	rs3825265	G	C	725.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=16;NR=3;PP=474;SC=GAGCATCATTGTTTTCTGGAC;SOR=2.494;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=19;TCF=16;TCR=3;TR=19;WE=96883253;WS=96883239;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr12	96894453	rs7959697	A	C	803.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=25;NR=3;PP=638;SC=GGAAGCAATAATTTTAACTGT;SOR=3.767;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=28;TCF=25;TCR=3;TR=28;WE=96894461;WS=96894444;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr12	96912598	rs11108564	G	A	1218.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=26;NR=10;PP=755;SC=TTTTTGGTTTGAGTAATCAGC;SOR=1.775;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=36;TCF=26;TCR=10;TR=36;WE=96912606;WS=96912588;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr12	96912880	.	G	GT	170.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.761;ClippingRankSum=0.000;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=1.664;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.02;ReadPosRankSum=0.166;SOR=1.421;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,15:0.44:34
chr12	96927498	rs2160500	T	C	554.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=5;PP=335;SC=TGCCTGAAAGTGTCTATAGTG;SOR=1.828;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=19;TCF=14;TCR=5;TR=19;WE=96927506;WS=96927488;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr12	96927778	rs5800251	GT	G	2170.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.384;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=1.311;HP=10;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.315;NF=29;NR=29;PP=1007;ReadPosRankSum=0.385;SC=TATCCTCCTGGTTTTTTTTTT;SOR=0.968;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=72;TCF=31;TCR=41;TR=58;WE=96927786;WS=96927768;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:9,112:0.93:121
chr12	96927817	rs2111146	C	T	4609.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.801;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.151;NF=64;NR=54;PP=2113;ReadPosRankSum=0.197;SC=TACTAATTAACGTGTGGGATA;SOR=0.257;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=119;TCF=65;TCR=54;TR=118;WE=96927825;WS=96927807;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,175:0.99:176
chr12	96927972	rs2160501	A	G	3147.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.207;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=51;PP=1678;ReadPosRankSum=-1.447;SC=AGGACAGTCAACTCAAATTTA;SOR=0.432;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=82;TCF=28;TCR=54;TR=78;WE=96927994;WS=96927962;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,119:0.99:120
chr12	96927986	rs2160502	A	T	1737.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.994;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=22.00;ReadPosRankSum=-0.660;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,78:0.99:79
chr12	96929200	rs11453356	A	AT	1589.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-0.648;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=9;PP=1451;ReadPosRankSum=-1.392;SC=CATTTGTGTCATTTTTTTAGC;SOR=1.640;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=64;TCF=51;TCR=13;TR=50;WE=96929208;WS=96929190;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,64:0.98:65
chr12	96974472	rs17025569	G	A	2286.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.460;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=247;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.212;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=42;PP=1038;ReadPosRankSum=1.767;SC=GAAGCGGTACGTCAAATTAAA;SOR=0.547;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=170;TCF=76;TCR=94;TR=81;WE=96974480;WS=96974462;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:121,115:0.49:236
chr12	96983402	rs1972587	C	T	50.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.327;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=4.23;ReadPosRankSum=-1.311;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,4:0.33:12
chr12	96986190	rs2052293	G	A	922.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.925;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.055;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=15;PP=505;ReadPosRankSum=-1.425;SC=TAGATACTGAGAACAAATCAA;SOR=0.394;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=62;TCF=37;TCR=25;TR=33;WE=96986198;WS=96986179;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,47:0.59:80
chr12	96986229	rs7311111	C	A	748.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=2.102;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.458;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=14;PP=425;ReadPosRankSum=-0.466;SC=CCTGCTAAATCAATTTATATT;SOR=0.834;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=71;TCF=38;TCR=33;TR=33;WE=96986237;WS=96986219;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,42:0.35:121
chr12	96988037	rs815896	C	G	5032.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=100;NR=41;PP=2965;SC=CACCTATGTTCAATCTGAGTA;SOR=1.518;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=142;TCF=101;TCR=41;TR=141;WE=96988045;WS=96988027;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,177:1.00:177
chr12	96992494	rs815890	C	T	938.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.293;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.718;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=19;PP=484;ReadPosRankSum=1.358;SC=ATACTGCGAGCTTTGAAAGTA;SOR=0.921;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=62;TCF=27;TCR=35;TR=32;WE=96992502;WS=96992484;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,46:0.52:89
chr12	97020673	rs10507074	T	C	747.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=0.666;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.924;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=8;PP=201;ReadPosRankSum=-0.030;SC=AAAAATTTCATCTTATGGTAG;SOR=0.705;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=34;TCF=17;TCR=17;TR=14;WE=97020681;WS=97020663;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,36:0.53:68
chr12	97023937	rs9919717	A	C	330.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=2.611;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.185;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.453;NF=2;NR=8;PP=140;ReadPosRankSum=-2.456;SC=ATAAAAAAGCAAACAAATCTT;SOR=1.356;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=32;TCF=11;TCR=21;TR=10;WE=97023945;WS=97023927;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,18:0.33:54
chr12	97023991	rs1362949	C	T	60.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.559;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.42;MQRankSum=1.917;QD=2.34;ReadPosRankSum=0.186;SOR=0.330;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,6:0.23:26
chr12	97045672	rs11314540	GT	G	52.74	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.084;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=4.39;ReadPosRankSum=-2.025;SOR=1.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,6:0.50:12
chr12	97051632	rs10710617	AT	A	87.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.048;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=10;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=2;PP=50;ReadPosRankSum=-1.699;SC=GAAATTACACATTTTTTTTTT;SOR=1.140;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=12;TCF=7;TCR=5;TR=5;WE=97051640;WS=97051622;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,8:0.42:19
chr12	97051927	.	G	GA	117.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.404;ClippingRankSum=0.000;DP=139;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.08;MQRankSum=1.926;QD=0.95;ReadPosRankSum=-0.982;SOR=0.730;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:100,24:0.19:124
chr12	97078749	rs7306382	A	G	1750.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.431;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=19;PP=926;ReadPosRankSum=-0.384;SC=CTTCTGGAAGATAGATTTAAT;SOR=0.736;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=105;TCF=69;TCR=36;TR=56;WE=97078757;WS=97078739;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,79:0.53:148
chr12	97079040	rs79677423	C	T	332.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.702;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=2.889;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.53;ReadPosRankSum=0.512;SOR=1.678;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,15:0.38:39
chr12	97079041	rs7974435	C	G	1633.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.16;SOR=5.838;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr12	97079041	.	CCG	GCA	360	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;FR=0.5000;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=1;NR=29;PP=360;QD=13.7822624954;SC=GGAAGGATCCCCGTACTAGCT;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=31;TCF=1;TCR=30;TR=30;WE=97079051;WS=97079030;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:1,30:0.97:31
chr12	97079043	rs7974634	G	A	1633.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.38;SOR=5.784;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr12	97085107	rs4762319	A	C	6110.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.872;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=27.16;ReadPosRankSum=-1.076;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,223:0.99:225
chr12	97098415	rs10860069	C	T	278.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=8;NR=2;PP=203;SC=AATTACTTTTCCAATAAAAAT;SOR=2.303;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=8;TCR=2;TR=10;WE=97098423;WS=97098405;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr12	97098549	rs11108643	T	C	1766.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=33;NR=21;PP=1109;SC=TCAGGAAAACTTCTTACCAGT;SOR=1.078;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=54;TCF=33;TCR=21;TR=54;WE=97098557;WS=97098539;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr12	97102578	rs7968231	G	A	3982.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=49;NR=49;PP=1917;SC=ACCAAACTTGGAAGGTAATTG;SOR=0.706;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=98;TCF=49;TCR=49;TR=98;WE=97102586;WS=97102568;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,149:1.00:149
chr12	97102700	rs10581594	TTATA	T	1183.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-3.323;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.050;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.824;NF=1;NR=15;PP=708;ReadPosRankSum=0.380;SC=TTCTCTATGCTTATATAATGA;SOR=0.157;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=32;TCF=2;TCR=30;TR=16;WE=97102711;WS=97102690;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,31:0.62:50
chr12	97133737	rs17326839	T	G	410.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.288;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=8;PP=212;ReadPosRankSum=1.153;SC=ATTTTAGTGCTGCAATAGTAT;SOR=0.580;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=27;TCF=16;TCR=11;TR=18;WE=97133745;WS=97133727;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,22:0.54:41
chr12	97136218	rs7978894	T	C	390.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.411;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=34;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=6;PP=173;ReadPosRankSum=0.228;SC=ATTGTTTAGGTCACTGAAAAT;SOR=0.675;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=23;TCF=14;TCR=9;TR=14;WE=97136226;WS=97136208;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,20:0.53:38
chr12	97136239	rs1990828	G	A	1302.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=18;NR=11;PP=486;SC=AAAGATGACAGTGAGTTTTTA;SOR=0.892;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=30;TCF=18;TCR=12;TR=29;WE=97136247;WS=97136229;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr12	97147503	rs1420649	G	C	2352.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=2.435;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=237;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.028;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=27;PP=1277;ReadPosRankSum=1.221;SC=CTTCCCCACCGAACTGTTTTT;SOR=0.794;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=140;TCF=91;TCR=49;TR=75;WE=97147511;WS=97147493;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:123,110:0.47:233
chr12	97151077	rs1019336	C	G	111.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-2.402;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.447;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=1;PP=22;ReadPosRankSum=-0.486;SC=AGCTCTCTTCCAGAACTTCCA;SOR=0.223;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=14;TCF=12;TCR=2;TR=5;WE=97151085;WS=97151067;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,7:0.47:15
chr12	97158126	rs10860094	T	C	488.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-0.145;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=13;PP=266;ReadPosRankSum=-0.432;SC=AGGAGTTGGGTGTGATACCTC;SOR=0.700;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=35;TCF=13;TCR=22;TR=21;WE=97158134;WS=97158116;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,25:0.56:45
chr12	97158772	rs58414715	C	CT	222.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.773;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=1;PP=293;ReadPosRankSum=-0.472;SC=TATGAATTCACTTTTTTCACA;SOR=1.371;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=17;TCF=16;TCR=1;TR=11;WE=97158780;WS=97158762;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,12:0.63:19
chr12	97180430	rs11108696	C	G	844.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.152;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.888;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=10;PP=464;ReadPosRankSum=-0.703;SC=TGAACCTAAACTAAGGTATTT;SOR=0.534;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=63;TCF=45;TCR=18;TR=32;WE=97180438;WS=97180420;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,40:0.49:82
chr12	97211399	rs369211137	CATGTT	C	175.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.251;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.80;MQRankSum=-1.359;QD=9.25;ReadPosRankSum=-1.268;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,6:0.32:19
chr12	97211407	.	C	CTAA	247.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.766;ClippingRankSum=0.000;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.78;MQRankSum=-1.296;QD=13.76;ReadPosRankSum=-1.222;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,6:0.33:18
chr12	97211410	rs142077887	G	T	256.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.138;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.82;MQRankSum=-1.109;QD=11.67;ReadPosRankSum=-1.772;SOR=0.569;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,9:0.41:22
chr12	97211528	rs970620	A	G	608.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.662;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=6.909;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.51;ReadPosRankSum=-2.116;SOR=1.601;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,29:0.45:64
chr12	97254620	rs1420653	G	A	4535.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=42;NR=41;PP=1472;SC=TCTCACTGCCGTCTATATTCA;SOR=0.740;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=83;TCF=42;TCR=41;TR=83;WE=97254628;WS=97254610;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,174:1.00:174
chr12	97303682	rs34499067	TA	T	1925.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.509;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.860;HP=12;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.478;NF=6;NR=77;PP=1224;ReadPosRankSum=-0.067;SC=TAGTATCCTTTAAAAAAAAAA;SOR=0.850;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=98;TCF=6;TCR=92;TR=83;WE=97303702;WS=97303669;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,125:0.80:156
chr12	97303693	rs77544329	A	C	794.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.208;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.06;MQRankSum=-0.651;QD=4.65;ReadPosRankSum=-0.249;SOR=0.656;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:124,47:0.27:171
chr12	97311376	.	CTT	C,CT	702.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.129;ClippingRankSum=0.000;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.01;ReadPosRankSum=-0.878;SOR=0.593;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:8,20,26:0.37,0.48:54
chr12	97314001	rs11830756	A	G	310.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=7;PP=172;SC=TGCTTGATTGAAAAACTTCAG;SOR=2.494;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=8;WE=97314009;WS=97313991;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr12	97339388	rs249589	G	C	1334.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=30;NR=1;PP=843;SC=TTTCAAGTTTGCACATGCCAA;SOR=3.767;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=31;TCF=30;TCR=1;TR=31;WE=97339396;WS=97339378;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr12	97345955	rs2304697	A	G	1446.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=26;PP=731;SC=GAGTAAAAGGATGATGGGATT;SOR=1.371;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=39;TCF=13;TCR=26;TR=39;WE=97345963;WS=97345945;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr12	97639049	rs1012314	T	C	4932.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.511;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=480;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=90;NR=65;PP=2293;ReadPosRankSum=-2.350;SC=TAATGCAGTCTCTCCATTTGT;SOR=0.683;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=306;TCF=179;TCR=127;TR=155;WE=97639057;WS=97639039;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:231,241:0.51:472
chr12	97639144	rs1012315	A	G	6692.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.047;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=637;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.522;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=84;NR=107;PP=2704;ReadPosRankSum=1.500;SC=AAAAAAACTGATTATAGAAGC;SOR=0.770;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=364;TCF=165;TCR=199;TR=191;WE=97639152;WS=97639123;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:305,330:0.52:635
chr12	98332667	rs1349300	C	A	2324.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=53;NR=13;PP=1465;SC=TTTTTTAAAACACAACTTATA;SOR=2.191;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=66;TCF=53;TCR=13;TR=66;WE=98332675;WS=98332657;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr12	98332704	rs1349299	C	G	4870.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=82;NR=41;PP=2474;SC=AACTCCTTTGCTCAATATTTA;SOR=1.299;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=123;TCF=82;TCR=41;TR=123;WE=98332712;WS=98332694;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,177:1.00:177
chr12	98332904	rs3072891	TCA	T	4082.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=58;PP=2789;SC=TTTCTTAGCCTCAGTTTTCTC;SOR=2.808;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=59;TCF=0;TCR=59;TR=58;WE=98332913;WS=98332894;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr12	98389341	rs1477006	A	T	1502.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=42;PP=1133;SC=CAAGACCCAAAGCAAAAGTTT;SOR=5.549;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=44;TCF=2;TCR=42;TR=44;WE=98389349;WS=98389331;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
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chr12	98938416	rs34340378	G	GT	171.87	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-0.518;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=13;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=11;PP=166;ReadPosRankSum=3.618;SC=AAATTTACATGTTTTTTTTTT;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=0;TCR=14;TR=11;WE=98938424;WS=98938406;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,11:0.92:12
chr12	98938907	.	G	GTTT	494.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.460;ClippingRankSum=0.000;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=3.802;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.47;MQRankSum=0.603;QD=27.49;ReadPosRankSum=-0.725;SOR=1.033;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,17:0.94:18
chr12	98941223	rs10860342	A	G	1559.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=40;NR=9;PP=1229;SC=CTTTATATGTATCAATTTTCT;SOR=2.925;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=49;TCF=40;TCR=9;TR=49;WE=98941231;WS=98941213;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr12	98993270	.	G	GT	76.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.567;ClippingRankSum=0.000;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.48;ReadPosRankSum=-0.022;SOR=0.400;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,9:0.29:31
chr12	99020688	rs148210292	TGACA	T	495.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=2.431;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.283;NF=3;NR=8;PP=485;ReadPosRankSum=-2.204;SC=AGAATCAGACTGACAAAGATA;SOR=0.693;SbPval=0.23;Source=Platypus;TC=20;TCF=3;TCR=17;TR=11;WE=99020699;WS=99020678;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,14:0.58:24
chr12	99056125	rs10745833	T	A	133.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-1.319;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.674;NF=6;NR=1;PP=95;ReadPosRankSum=-1.673;SC=CTATTTGTTTTAAAAAAAATT;SOR=1.402;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=13;TCF=10;TCR=3;TR=7;WE=99056133;WS=99056121;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,7:0.50:14
chr12	99116919	rs11109582	A	G	2203.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.671;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.502;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=31;PP=877;ReadPosRankSum=-0.666;SC=CACCCCTCCAATGAGATAGGA;SOR=0.645;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=136;TCF=75;TCR=61;TR=68;WE=99116927;WS=99116909;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:102,110:0.52:212
chr12	99117397	rs199829267	GT	G	204.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.623;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=1.006;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.20;ReadPosRankSum=-0.364;SOR=0.855;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,23:0.36:64
chr12	99129497	rs10860361	G	A	890.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-2.323;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.043;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=24;PP=526;ReadPosRankSum=0.311;SC=CATGTGCCTGGCATTGTGGTA;SOR=0.283;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=57;TCF=15;TCR=42;TR=34;WE=99129505;WS=99129487;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,40:0.62:65
chr12	99129541	rs7300187	G	T	653.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=18;PP=536;SC=CAAAACAAAAGTCTTGCTCTA;SOR=3.160;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=3;TCR=18;TR=21;WE=99129549;WS=99129531;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr12	99166805	rs2287574	G	T	1285.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-1.063;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=15;PP=670;ReadPosRankSum=-1.588;SC=CTGTTGAAAGGGGGTGGGTAC;SOR=0.767;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=89;TCF=59;TCR=30;TR=46;WE=99166813;WS=99166795;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,61:0.54:114
chr12	99175752	rs79831132	G	A	509.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.571;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.061;HP=4;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=3;PP=393;ReadPosRankSum=-1.366;SC=AGCTTGTACAGTTTTATGCAT;SOR=1.802;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=30;TCF=25;TCR=5;TR=21;WE=99175760;WS=99175742;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,20:0.61:33
chr12	99175840	rs7954506	A	G	1248.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.148;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.130;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=13;PP=509;ReadPosRankSum=-0.488;SC=ACCAGCAGTCAGTTTACTTCA;SOR=0.881;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=87;TCF=53;TCR=34;TR=37;WE=99175848;WS=99175830;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,65:0.47:139
chr12	99447139	rs3794799	C	A	2238.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.737;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.265;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=53;PP=1577;ReadPosRankSum=-0.810;SC=TGTGTCCCAACAACAGAATGC;SOR=2.743;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=65;TCF=11;TCR=54;TR=63;WE=99447147;WS=99447129;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,75:0.97:77
chr12	99478626	rs3803094	C	T	7683.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=290;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=113;NR=66;PP=2965;SC=GTACTAAATACAAATACTCCT;SOR=1.063;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=179;TCF=113;TCR=66;TR=179;WE=99478634;WS=99478616;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,288:1.00:288
chr12	99478889	rs7970088	G	A	1284.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=10;NR=34;PP=864;SC=GAGAAAACCAGTGAGTGACCT;SOR=2.352;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=44;TCF=10;TCR=34;TR=44;WE=99478897;WS=99478879;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr12	99639930	rs923724	G	C	3449.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=76;NR=19;PP=2220;SC=TTTCATTCCAGTTGGAGCCGT;SOR=2.100;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=95;TCF=76;TCR=19;TR=95;WE=99639952;WS=99639920;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr12	99640428	rs3751323	T	C	6677.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=264;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=77;NR=118;PP=2965;SC=CCAAAGGTTCTGAGTTATTTT;SOR=1.066;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=197;TCF=78;TCR=119;TR=195;WE=99640436;WS=99640418;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,255:1.00:255
chr12	99640557	rs1552759	T	C	5370.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=54;NR=75;PP=2092;SC=ACTCACAGGCTGGAGAGGATC;SOR=0.933;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=129;TCF=54;TCR=75;TR=129;WE=99640565;WS=99640547;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,211:1.00:211
chr12	100041852	rs11109967	G	A	345.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.137;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.330;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=1;PP=180;ReadPosRankSum=2.154;SC=CACGACTGCTGGCCCACCTGC;SOR=0.954;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=26;TCF=24;TCR=2;TR=12;WE=100041860;WS=100041842;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,18:0.42:43
chr12	100041939	rs34319076	AT	A	2145.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.413;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.389;HP=3;HapScore=4;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=9;PP=1763;ReadPosRankSum=2.953;SC=AACTGTCTTGATTTAAAGGAA;SOR=1.009;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=64;TCF=38;TCR=26;TR=29;WE=100041950;WS=100041929;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,57:0.48:119
chr12	100041942	rs79915291	T	A	2154.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.305;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.459;HP=3;HapScore=4;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=8;PP=1777;ReadPosRankSum=2.473;SC=TGTCTTGATTTAAAGGAAGAC;SOR=1.090;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=80;TCF=54;TCR=26;TR=37;WE=100041950;WS=100041929;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,58:0.48:121
chr12	100042040	rs11109968	C	G	2661.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.354;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=279;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.337;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=35;PP=1347;ReadPosRankSum=0.382;SC=GAAGCTGCAGCGGCAACTGTA;SOR=0.912;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=180;TCF=102;TCR=78;TR=83;WE=100042048;WS=100042030;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:143,129:0.47:272
chr12	100042163	rs11109969	A	G	4081.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.976;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=368;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.793;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=55;PP=1978;ReadPosRankSum=0.197;SC=AATGGTAACAATGGGCATCGT;SOR=0.630;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=239;TCF=132;TCR=107;TR=120;WE=100042171;WS=100042153;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:176,187:0.52:363
chr12	100048839	rs11109976	T	A	2590.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-2.314;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=271;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.459;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=33;PP=1305;ReadPosRankSum=-1.551;SC=AAAAGCAAACTTTTACCTGGG;SOR=0.725;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=184;TCF=115;TCR=69;TR=94;WE=100048847;WS=100048829;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:132,127:0.49:259
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chr12	100377742	rs148771331	T	C	524.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.293;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.043;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=3;PP=329;ReadPosRankSum=-1.509;SC=CTCCTCTCCATACACGCAGTC;SOR=0.322;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=37;TCF=33;TCR=4;TR=19;WE=100377750;WS=100377732;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,24:0.49:49
chr12	100478156	rs71088170	TCACA	T,TCA	1407.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.20;QD=29.95;SOR=1.900;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:0,28,19:0.60,0.40:47
chr12	100480150	rs72356210	A	AG	58.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.611;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=5.87;ReadPosRankSum=-0.700;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,5:0.50:10
chr12	100522605	rs111624198	G	GA	31.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.962;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=17.559;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.59;ReadPosRankSum=0.414;SOR=0.004;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,6:0.30:20
chr12	100617457	.	C	CA	252.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.413;ClippingRankSum=0.000;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.560;HP=8;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=1;PP=170;ReadPosRankSum=1.004;SC=ATTTTAATGGCAAAAAAAACA;SOR=1.179;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=23;TCF=16;TCR=7;TR=5;WE=100617465;WS=100617447;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,14:0.42:33
chr12	100635627	.	G	GA	515.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.544;ClippingRankSum=0.000;DP=187;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.23;MQRankSum=2.591;QD=3.74;ReadPosRankSum=0.644;SOR=0.686;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:89,49:0.36:138
chr12	100708367	rs33968174	C	T	926.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=0.068;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=5;PP=222;ReadPosRankSum=-3.230;SC=AAAGGACTGCCAAAGGTTCTA;SOR=0.748;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=54;TCF=33;TCR=21;TR=17;WE=100708375;WS=100708357;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,48:0.44:110
chr12	100709313	rs7968030	T	A	490.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.457;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=5.140;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.61;ReadPosRankSum=1.761;SOR=1.721;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,28:0.49:57
chr12	100806715	rs11568535	G	T	2029.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-2.909;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.823;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=47;PP=973;ReadPosRankSum=-1.005;SC=GTCCCAGGAAGAAGGAAGGAC;SOR=0.541;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=157;TCF=54;TCR=103;TR=73;WE=100806723;WS=100806705;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:96,99:0.51:195
chr12	100813487	rs7967828	A	G	477.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-1.009;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.286;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=1;PP=329;ReadPosRankSum=0.889;SC=CTAGAGCATCACCTTCCAAAT;SOR=2.652;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=38;TCF=35;TCR=3;TR=21;WE=100813495;WS=100813477;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,23:0.50:46
chr12	100930180	.	C	CT	1385.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.961;ClippingRankSum=0.000;DP=214;ExcessHet=3.0103;FS=1.999;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.10;MQRankSum=0.000;QD=6.76;ReadPosRankSum=-0.875;SOR=0.544;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:113,92:0.45:205
chr12	101012490	rs7961640	G	A	1905.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=9;NR=51;PP=1493;SC=AATATAAACCGGTACTATTCT;SOR=3.370;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=61;TCF=10;TCR=51;TR=60;WE=101012498;WS=101012480;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr12	101017445	rs1469385	T	C	6903.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.006;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=257;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=112;NR=73;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.988;SC=GTTTGCCACATTAGAACAAAA;SOR=1.082;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=189;TCF=114;TCR=75;TR=185;WE=101017453;WS=101017435;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,252:0.99:254
chr12	101018014	rs1045602	T	C	7675.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-2.304;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=673;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.520;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=119;NR=138;PP=2962;ReadPosRankSum=0.082;SC=TGAAACATAATCATATTTCTT;SOR=0.653;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=502;TCF=226;TCR=276;TR=257;WE=101018022;WS=101018004;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:298,354:0.54:652
chr12	101018161	rs1045603	C	T	6443.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.410;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=623;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.515;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=107;NR=115;PP=2962;ReadPosRankSum=1.437;SC=AAACCAGTTCCAAAACCATAG;SOR=0.726;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=421;TCF=202;TCR=219;TR=222;WE=101018169;WS=101018151;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:312,307:0.50:619
chr12	101127795	rs17030480	C	T	259.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.954;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.269;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=10;PP=148;ReadPosRankSum=-0.475;SC=TTTTCTGGATCGCCCTCTTGT;SOR=1.421;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=1;TCR=18;TR=10;WE=101127803;WS=101127785;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,13:0.52:25
chr12	101133494	rs17478305	C	T	479.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-2.815;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.795;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=4;PP=314;ReadPosRankSum=0.171;SC=ATGATGCCTGCCTGTTTATTA;SOR=0.278;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=36;TCF=30;TCR=6;TR=18;WE=101133502;WS=101133484;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,20:0.51:39
chr12	101133748	rs73145643	A	C	6183.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.048;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=669;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.519;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=90;NR=83;PP=2650;ReadPosRankSum=1.266;SC=AGATGCAGGCATCCCTGTGTA;SOR=0.742;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=393;TCF=201;TCR=192;TR=173;WE=101133756;WS=101133738;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:359,308:0.46:667
chr12	101133912	rs4764751	G	A	1182.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=3.176;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=34;PP=760;ReadPosRankSum=1.542;SC=TTGGAGATTCGGGACTGGGTG;SOR=0.754;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=96;TCF=15;TCR=81;TR=40;WE=101133920;WS=101133902;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,51:0.43:118
chr12	101365007	rs10778090	A	G	551.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-3.072;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.462;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=6;PP=364;ReadPosRankSum=-1.255;SC=AGGTCCATGCATTCTAAGTTC;SOR=0.368;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=41;TCF=32;TCR=9;TR=25;WE=101365015;WS=101364997;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,26:0.60:43
chr12	101365297	rs11110605	G	A	846.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=3.245;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.130;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=27;PP=655;ReadPosRankSum=1.588;SC=CATTAGAGGAGGGAATCTTTC;SOR=0.994;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=61;TCF=13;TCR=48;TR=33;WE=101365305;WS=101365287;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,35:0.52:67
chr12	101368417	rs10778094	A	G	745.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=4.652;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=2;PP=593;ReadPosRankSum=-0.296;SC=AGAAATATCAATGGAAACTGT;SOR=0.929;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=49;TCF=45;TCR=4;TR=27;WE=101368425;WS=101368407;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,27:0.55:49
chr12	101413734	rs142894052	C	T	509.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-0.673;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.309;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=6;PP=248;ReadPosRankSum=-1.148;SC=TGCATCTGAGCAACACCAAAT;SOR=1.106;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=34;TCF=21;TCR=13;TR=18;WE=101413742;WS=101413724;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,24:0.62:39
chr12	101433990	rs665071	A	G	378.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-3.863;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.200;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=14;PP=253;ReadPosRankSum=-0.243;SC=TCTTCACAAGAGGAAACTCAT;SOR=0.180;SbPval=0.24;Source=Platypus;TC=36;TCF=5;TCR=31;TR=18;WE=101433998;WS=101433980;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,18:0.50:36
chr12	101473243	rs73156642	T	G	439.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.430;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.491;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=16;PP=257;ReadPosRankSum=0.013;SC=TTTTGATTCCTTAGTGGAATC;SOR=1.482;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=62;TCF=12;TCR=50;TR=18;WE=101473251;WS=101473233;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,23:0.32:71
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chr12	101491375	rs1842888	G	A	475.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.942;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.561;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=2;PP=254;ReadPosRankSum=-0.529;SC=TGTAATATTCGCTGAAAGCTT;SOR=0.336;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=35;TCF=31;TCR=4;TR=16;WE=101491383;WS=101491365;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,22:0.51:43
chr12	101510371	rs349661	T	G	2593.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=42;NR=20;PP=1246;SC=ACAATTGCAGTGACGTCTGGG;SOR=1.313;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=62;TCF=42;TCR=20;TR=62;WE=101510379;WS=101510361;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr12	101520613	rs376974281	G	A	1840.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.012;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.164;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=23;PP=1030;ReadPosRankSum=2.138;SC=CCTCATTCAGGATGCACAGTA;SOR=0.807;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=134;TCF=81;TCR=53;TR=63;WE=101520621;WS=101520603;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:94,88:0.48:182
chr12	101550961	rs150497001	A	AAC	782.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-0.395;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=3;PP=829;ReadPosRankSum=-0.387;SC=CTCATGATACAACACACACAC;SOR=0.566;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=43;TCF=38;TCR=5;TR=22;WE=101550970;WS=101550951;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,27:0.53:51
chr12	101551854	rs10860693	T	C	293.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.249;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.569;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=5;PP=210;ReadPosRankSum=-0.136;SC=ATAAAACAGATATAGATCATC;SOR=0.317;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=33;TCF=24;TCR=9;TR=15;WE=101551862;WS=101551844;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,15:0.45:33
chr12	101552075	rs2671444	G	A	2859.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-1.884;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=39;PP=1051;ReadPosRankSum=0.799;SC=TGGTTAGTATGTATCTGGGGT;SOR=0.387;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=60;TCF=20;TCR=40;TR=59;WE=101552083;WS=101552065;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,112:0.99:113
chr12	101584223	rs12313149	A	C	2232.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.389;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.526;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=18;PP=1131;ReadPosRankSum=-0.995;SC=TTAATGATTCATATACCATGG;SOR=0.755;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=133;TCF=93;TCR=40;TR=65;WE=101584231;WS=101584213;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:102,106:0.51:208
chr12	101687043	rs2290720	C	T	2189.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=17;NR=31;PP=919;SC=TTACTAAGTTCGGAGTATTTT;SOR=1.112;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=48;TCF=17;TCR=31;TR=48;WE=101687051;WS=101687033;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr12	101693534	rs4764643	C	G	4375.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.571;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=453;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=76;NR=64;PP=2133;ReadPosRankSum=0.445;SC=CATCTTTTATCTATAATTAAG;SOR=0.638;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=280;TCF=154;TCR=126;TR=140;WE=101693542;WS=101693524;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:236,214:0.48:450
chr12	101701930	rs7975348	T	C	4120.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=76;NR=36;PP=2067;SC=AAATACTGACTGGTCTTCTCC;SOR=1.417;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=112;TCF=76;TCR=36;TR=112;WE=101701938;WS=101701920;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,153:1.00:153
chr12	101705433	rs11405013	T	TC	1650.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;QD=27.06;SOR=1.730;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,59:0.97:61
chr12	101705477	rs11110747	T	C	1751.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.918;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.594;HP=2;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=18;PP=815;ReadPosRankSum=-2.531;SC=TTTTATTTTGTGATTTTTTTT;SOR=0.759;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=99;TCF=66;TCR=33;TR=56;WE=101705487;WS=101705467;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,89:0.56:160
chr12	101713141	rs2290719	C	T	84.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.525;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=1;PP=31;ReadPosRankSum=-0.000;SC=CAGGCCTGCCCAAAATATGGG;SOR=0.495;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=5;TCF=4;TCR=1;TR=3;WE=101713149;WS=101713131;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,5:0.45:11
chr12	101728166	rs2002895	A	G	3753.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=66;NR=38;PP=2005;SC=AATTTGGTATATGTATTTGGT;SOR=1.204;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=104;TCF=66;TCR=38;TR=104;WE=101728174;WS=101728156;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,137:1.00:137
chr12	101732655	rs56265469	C	T	3230.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.599;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=39;PP=1295;ReadPosRankSum=-0.792;SC=AGTATCTCAGCAAAACCACAA;SOR=0.709;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=79;TCF=39;TCR=40;TR=77;WE=101732663;WS=101732645;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,127:0.98:129
chr12	101734277	rs7963896	T	C	6418.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=246;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=117;NR=50;PP=2965;SC=ATGTTCCTTATATATCCGTTT;SOR=1.427;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=167;TCF=117;TCR=50;TR=167;WE=101734285;WS=101734267;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,237:1.00:237
chr12	101734452	rs7977402	C	T	3582.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=3.552;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=388;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.993;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=80;PP=1895;ReadPosRankSum=0.182;SC=GGTTTAATTGCGAGCAGCAAT;SOR=0.969;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=258;TCF=99;TCR=159;TR=122;WE=101734460;WS=101734442;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:201,176:0.47:377
chr12	101736381	rs2270861	A	G	1923.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=19;NR=30;PP=963;SC=TGTACTATTCATTTTTACTCC;SOR=1.148;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=49;TCF=19;TCR=30;TR=49;WE=101736389;WS=101736371;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr12	101750814	rs10082778	T	A	10721.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=412;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=125;NR=154;PP=2965;SC=CACTTCCTCCTATATGTTTTA;SOR=0.834;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=279;TCF=125;TCR=154;TR=279;WE=101750822;WS=101750804;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,407:1.00:407
chr12	101755683	rs7313312	T	C	7050.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.512;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=274;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=121;NR=65;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.826;SC=CTAGATCTTATGTTTTCCTAG;SOR=0.494;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=187;TCF=122;TCR=65;TR=186;WE=101755691;WS=101755673;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,263:1.00:264
chr12	101757530	rs2305862	G	A	941.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=0.455;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.022;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=33;PP=662;ReadPosRankSum=-0.433;SC=AGGTAAGGACGTAAATGCAAT;SOR=1.022;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=88;TCF=17;TCR=71;TR=40;WE=101757538;WS=101757520;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,43:0.43:101
chr12	101757561	rs188683256	A	G	845.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=0.552;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=29;PP=662;ReadPosRankSum=1.068;SC=ACAGCATTACAATCTCATGAG;SOR=0.981;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=58;TCF=7;TCR=51;TR=32;WE=101757569;WS=101757551;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,34:0.56:61
chr12	101761516	rs2305859	T	G	518.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=0.968;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=3;PP=382;ReadPosRankSum=-1.400;SC=TAAAAATGTTTTATCATTTCT;SOR=0.538;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=37;TCF=32;TCR=5;TR=20;WE=101761524;WS=101761506;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,22:0.52:42
chr12	101761867	rs1457564	G	T	914.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=0.169;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.921;HP=6;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=28;PP=642;ReadPosRankSum=-0.073;SC=TGATTGAGGTGTTTTTGTTTG;SOR=0.433;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=79;TCF=21;TCR=58;TR=39;WE=101761875;WS=101761857;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,43:0.50:86
chr12	101777610	rs67382207	TTA	T	32.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.456;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.36;ReadPosRankSum=-2.085;SOR=0.473;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,6:0.25:24
chr12	101779964	rs4764794	T	C	4122.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=45;NR=102;PP=2965;SC=GAAATTACAGTAGGTTGTCTG;SOR=1.745;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=149;TCF=45;TCR=104;TR=147;WE=101779972;WS=101779954;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,144:1.00:144
chr12	101779990	rs71303547	GT	G	41.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.784;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.30;ReadPosRankSum=1.860;SOR=0.317;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,10:0.31:32
chr12	101790373	rs73159756	T	C	499.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=1.312;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=16;PP=357;ReadPosRankSum=1.260;SC=AAATTGAAAATATTTAATTTC;SOR=0.756;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=38;TCF=10;TCR=28;TR=22;WE=101790381;WS=101790363;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,23:0.51:45
chr12	101795009	rs17500203	A	C	2241.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.664;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=42;PP=1148;ReadPosRankSum=-0.633;SC=AGAAACTGACATATCAATTGC;SOR=0.732;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=117;TCF=41;TCR=76;TR=66;WE=101795017;WS=101794999;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,100:0.53:188
chr12	101796965	rs12370450	G	A	5089.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-1.221;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=486;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.430;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=65;PP=1827;ReadPosRankSum=0.958;SC=ACATGTGCAGGTGTGTGCACA;SOR=0.567;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=242;TCF=131;TCR=111;TR=129;WE=101796973;WS=101796955;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:228,252:0.52:480
chr12	101870804	rs7979430	G	A	226.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.712;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.94;ReadPosRankSum=-0.296;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,12:0.63:19
chr12	101871237	rs76202035	T	C	1445.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.442;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.298;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=14;PP=601;ReadPosRankSum=-1.044;SC=AGTGTCAAGATTGAGAAACCC;SOR=0.833;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=95;TCF=60;TCR=35;TR=43;WE=101871245;WS=101871227;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,72:0.48:150
chr12	101873596	rs10683589	C	CT,CTT	1027.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.569;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FS=1.112;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.21;MQRankSum=0.741;QD=11.17;ReadPosRankSum=0.750;SOR=0.997;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:22,43,27:0.47,0.29:92
chr12	101876864	rs72412045	G	GTTT	147.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.547;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.78;ReadPosRankSum=1.828;SOR=0.399;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,8:0.42:19
chr12	101880128	rs61748064	A	G	1485.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=2.310;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.585;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=13;PP=809;ReadPosRankSum=0.992;SC=TTAGGCAGGAAGAAGCTCCGA;SOR=0.787;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=121;TCF=80;TCR=41;TR=45;WE=101880136;WS=101880118;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:104,70:0.40:174
chr12	102008103	rs825079	T	A	198.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=1.395;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=2;PP=159;ReadPosRankSum=1.022;SC=TGTGTGTGTGTGAGAGAGAGA;SOR=0.582;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=21;TCF=17;TCR=4;TR=9;WE=102008111;WS=102008093;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,11:0.48:23
chr12	102020488	rs825073	A	T	258.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-2.806;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=1;PP=165;ReadPosRankSum=0.097;SC=TTGCCTGAAAAACTCAGGTTT;SOR=0.387;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=14;TCF=13;TCR=1;TR=9;WE=102020496;WS=102020480;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,11:0.61:18
chr12	102023391	rs201965296	CTGTAATCCCAGCACTCT	CGTAATCCCAGCACTCT,C	1025.73	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-2.487;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=16;PP=2928;ReadPosRankSum=-1.738;SC=TGCCTCACGCCTGTAATCCCA;SOR=0.892;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=33;TCF=0;TCR=33;TR=16;WE=102023415;WS=102023381;set=Intersection	GT:AF:DP	0/1:0.54:50
chr12	102023394	.	TAATCCCAGCACTCTGG	T	1023.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.524;ClippingRankSum=0.000;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=1.454;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=21.33;ReadPosRankSum=-2.448;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,27:0.56:48
chr12	102036305	rs2293468	C	T	2157.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=1.150;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=322;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=34;PP=964;ReadPosRankSum=0.976;SC=GAATCACCGACCTGCGCGGCA;SOR=0.705;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=181;TCF=84;TCR=97;TR=65;WE=102036313;WS=102036295;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:201,115:0.36:316
chr12	102041757	rs17031746	A	G	4618.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=74;NR=42;PP=2388;SC=ATCTGTGAAGAAATCAGGGCT;SOR=1.145;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=117;TCF=75;TCR=42;TR=116;WE=102041765;WS=102041747;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,168:1.00:168
chr12	102041967	rs3834936	C	CA	2434.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=53;PP=1686;SC=GTTTAATAGACAAAAAAATTG;SOR=1.634;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=58;TCF=3;TCR=55;TR=56;WE=102041975;WS=102041957;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr12	102044912	rs825046	C	T	2993.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=55;NR=18;PP=1529;SC=TCAAAACAAACATTGTAGTAG;SOR=1.652;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=73;TCF=55;TCR=18;TR=73;WE=102044920;WS=102044902;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr12	102045163	rs3817552	C	G	1944.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.342;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.763;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=38;PP=1058;ReadPosRankSum=0.854;SC=AGGTGGTTCACAAGGGAAGGT;SOR=0.570;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=123;TCF=42;TCR=81;TR=59;WE=102045171;WS=102045153;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:112,91:0.45:203
chr12	102046595	rs1997204	T	C	5744.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=58;NR=108;PP=2765;SC=TGCATAGTTGTGTTCTTTTTT;SOR=1.257;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=168;TCF=60;TCR=108;TR=166;WE=102046603;WS=102046585;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,223:1.00:223
chr12	102060623	rs372941811	T	C	1223.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.842;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=28;PP=579;ReadPosRankSum=-1.028;SC=TATTATAATGTTTCTGGGAAT;SOR=0.718;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=113;TCF=37;TCR=76;TR=40;WE=102060631;WS=102060613;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,60:0.44:135
chr12	102060672	.	T	TAC	153.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.282;ClippingRankSum=-0.000;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.58;MQRankSum=-0.000;QD=15.37;ReadPosRankSum=-0.967;SOR=0.473;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,8:0.80:10
chr12	102061793	rs147564199	GTTAATGCT	G	308.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.214;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=4;PP=1025;ReadPosRankSum=-0.761;SC=TTGATATTTTGTTAATGCTTT;SOR=0.495;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=0;TCR=13;TR=4;WE=102061808;WS=102061783;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,9:0.45:20
chr12	102063718	rs10860765	G	A	174.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.230;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=5.339;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.99;ReadPosRankSum=-0.561;SOR=0.200;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,13:0.37:35
chr12	102063901	.	C	CCACA	536.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.554;ClippingRankSum=0.000;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=1.412;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.93;MQRankSum=-0.968;QD=13.09;ReadPosRankSum=-0.198;SOR=0.414;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,16:0.39:41
chr12	102064118	rs7139095	T	C	11628.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=446;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=143;NR=129;PP=2965;SC=AGATTCGCATTCCAAGACACC;SOR=0.768;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=274;TCF=145;TCR=129;TR=272;WE=102064126;WS=102064108;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,440:1.00:440
chr12	102069264	rs1263786	G	C	249.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=0.702;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=10;PP=177;ReadPosRankSum=-0.291;SC=TTCATCAGAGGTAAAGGAGAT;SOR=0.460;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=29;TCF=5;TCR=24;TR=12;WE=102069272;WS=102069254;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,13:0.38:34
chr12	102071290	rs1263784	T	G	339.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-1.074;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=9;PP=158;ReadPosRankSum=2.358;SC=CATTGTAAAATTATGATAATG;SOR=0.474;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=23;TCF=6;TCR=17;TR=13;WE=102071298;WS=102071280;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,17:0.55:31
chr12	102074442	rs2303631	A	G	313.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=1.945;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.812;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=12;PP=248;ReadPosRankSum=-0.673;SC=TGGTGAGGGCAAGGGAAGCAG;SOR=1.739;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=28;TCF=6;TCR=22;TR=14;WE=102074450;WS=102074432;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,14:0.42:33
chr12	102076479	rs35621105	C	T	2285.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=2.486;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=264;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.391;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=38;PP=1108;ReadPosRankSum=1.969;SC=TTCTACTTTCCGTTCCATTCC;SOR=0.594;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=158;TCF=76;TCR=82;TR=79;WE=102076487;WS=102076469;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:145,116:0.44:261
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chr12	102079418	rs2764	G	A	6744.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=263;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=66;NR=88;PP=2806;SC=TAATTGATTCGTATCTGCGAG;SOR=0.904;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=154;TCF=66;TCR=88;TR=154;WE=102079426;WS=102079408;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,259:1.00:259
chr12	102110692	rs5800483	AT	A	81.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=13.63;SOR=3.912;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr12	102120196	rs147572553	TTGAC	T	6125.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.597;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.179;NF=10;NR=42;PP=2835;ReadPosRankSum=-0.632;SC=CACAAGCATATTGACTGACTA;SOR=0.751;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=59;TCF=13;TCR=46;TR=52;WE=102120207;WS=102120186;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,140:0.99:142
chr12	102120364	rs222508	A	G	424.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=13;PP=323;SC=TGAAGCCCCCATTGTATCATC;SOR=3.126;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=14;TCF=1;TCR=13;TR=14;WE=102120372;WS=102120354;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr12	102131090	rs11306325	TA	T	376.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.591;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FS=0.896;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.38;ReadPosRankSum=0.857;SOR=0.504;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,45:0.52:86
chr12	102412951	rs11615247	C	T	156.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.903;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.287;HP=7;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=1;PP=67;ReadPosRankSum=2.208;SC=TCTTTGGGTACAAAAAAGAAA;SOR=0.223;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=24;TCF=21;TCR=3;TR=7;WE=102412959;WS=102412950;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,9:0.35:26
chr12	102433811	rs4237982	T	C	2760.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=2.189;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=47;PP=1209;ReadPosRankSum=1.455;SC=GGGTCTATCATGTTACTTAAA;SOR=0.401;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=77;TCF=30;TCR=47;TR=76;WE=102433819;WS=102433801;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,111:0.99:112
chr12	102444064	rs7958593	C	T	484.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.522;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=1.149;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.54;ReadPosRankSum=1.180;SOR=0.877;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,25:0.54:46
chr12	102455729	rs3751129	G	A	3939.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.047;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=394;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.129;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=66;PP=1670;ReadPosRankSum=1.822;SC=GAGGAAGCCCGTCCTCATCCA;SOR=0.589;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=260;TCF=122;TCR=138;TR=127;WE=102455737;WS=102455719;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:188,202:0.52:390
chr12	102470381	rs139489080	G	T	328.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-2.843;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=1;PP=246;ReadPosRankSum=0.652;SC=GAAAATATTTGGAAAACAAAT;SOR=0.223;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=24;TCF=23;TCR=1;TR=13;WE=102470389;WS=102470375;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,13:0.52:25
chr12	102514184	rs4764863	A	G	527.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.114;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.10;ReadPosRankSum=0.516;SOR=0.775;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,26:0.45:58
chr12	102517753	rs2036772	T	C	3342.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.257;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=357;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.804;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=49;PP=1772;ReadPosRankSum=-0.098;SC=CTGAGAGAACTACTCTATGTG;SOR=0.753;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=232;TCF=130;TCR=102;TR=113;WE=102517761;WS=102517743;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:191,164:0.46:355
chr12	102517804	rs2036771	G	A	4008.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.426;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=386;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.653;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=64;PP=1847;ReadPosRankSum=-0.100;SC=TTTCTATGGCGGAGAACAACA;SOR=0.610;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=244;TCF=110;TCR=134;TR=118;WE=102517812;WS=102517794;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:189,195:0.51:384
chr12	102541976	rs76358859	AT	A	168.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.459;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FS=5.550;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.22;ReadPosRankSum=0.120;SOR=1.379;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:53,23:0.30:76
chr12	102545563	rs55772007	A	G	1170.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.546;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.612;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=22;PP=585;ReadPosRankSum=1.008;SC=AGAAGCTGGCAGCTGTCATGC;SOR=0.617;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=86;TCF=36;TCR=50;TR=39;WE=102545571;WS=102545553;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,61:0.40:151
chr12	102548700	rs2102476	G	T	819.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=2.471;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=22;PP=475;ReadPosRankSum=0.638;SC=CCTATGAGACGTCATCTACAT;SOR=0.773;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=74;TCF=25;TCR=49;TR=33;WE=102548708;WS=102548690;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,40:0.43:94
chr12	102559708	rs3794201	A	C	461.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=4.799;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=18;PP=425;ReadPosRankSum=-0.608;SC=TCTATCTTTAAAACTTTACAG;SOR=1.101;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=33;TCF=1;TCR=32;TR=19;WE=102559716;WS=102559698;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,17:0.47:36
chr12	102576307	rs35297380	C	CT	835.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.450;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FS=4.128;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.08;ReadPosRankSum=1.031;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:59,59:0.50:118
chr12	102589619	rs147960534	T	TTAAAAA	264.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-0.418;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=0;PP=129;ReadPosRankSum=-0.528;SC=TTATTTTACTTTAAAAATTTG;SOR=1.426;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=12;TCR=1;TR=4;WE=102589627;WS=102589609;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,7:0.44:16
chr12	102589675	rs17438988	A	G	439.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-0.418;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.137;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=8;PP=274;ReadPosRankSum=-1.213;SC=GTTCTCGTAAATATTAATACT;SOR=0.307;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=41;TCF=29;TCR=12;TR=21;WE=102589683;WS=102589665;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,22:0.44:50
chr12	102872155	rs67214112	C	CT	739.74	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.671;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=12.272;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.10;ReadPosRankSum=1.530;SOR=3.086;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,41:0.84:49
chr12	103234479	rs798709	A	G	588.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=0.346;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.764;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=17;PP=379;ReadPosRankSum=0.718;SC=AAGCCTCTGTATGTGTGTATG;SOR=0.284;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=44;TCF=6;TCR=38;TR=21;WE=103234487;WS=103234469;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,24:0.51:47
chr12	103237468	rs772897	G	C	1777.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.982;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.213;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=29;PP=823;ReadPosRankSum=0.908;SC=CCACGTAATAGAGGGGCTGGA;SOR=0.815;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=106;TCF=51;TCR=55;TR=53;WE=103237476;WS=103237458;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,85:0.52:165
chr12	103238017	rs12580432	C	T	1890.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=1.296;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.050;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=13;PP=1119;ReadPosRankSum=-1.421;SC=CATATCAAAACGGATACAAAT;SOR=1.031;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=111;TCF=85;TCR=26;TR=64;WE=103238025;WS=103238007;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,85:0.54:157
chr12	103246700	rs1042503	C	T	3190.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=0.898;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=265;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.112;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=53;PP=1402;ReadPosRankSum=1.682;SC=GCAGGCCAGCCACAGGTCGGA;SOR=0.846;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=145;TCF=64;TCR=81;TR=94;WE=103246708;WS=103246690;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:109,151:0.58:260
chr12	103260608	rs2247836	T	C	404.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=4.534;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.872;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=15;PP=322;ReadPosRankSum=0.279;SC=CTACCAGATATTGTGAGTGAC;SOR=2.368;SbPval=0.96;Source=Platypus;TC=42;TCF=8;TCR=34;TR=16;WE=103260616;WS=103260598;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,16:0.41:39
chr12	103271193	rs1718301	G	A	2056.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.395;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.154;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=21;PP=748;ReadPosRankSum=-0.693;SC=GGAGGGGAGTGGAGGAGAGGC;SOR=0.584;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=105;TCF=60;TCR=45;TR=49;WE=103271201;WS=103271183;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,100:0.54:184
chr12	103561799	rs1401988	C	T	1138.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.566;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.765;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=9;PP=611;ReadPosRankSum=0.873;SC=TTAATATGTACATGCATCTCT;SOR=0.804;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=94;TCF=72;TCR=22;TR=40;WE=103561807;WS=103561789;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,53:0.45:119
chr12	103762056	rs34385446	CTCTT	C	760.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.475;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.157;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=12;PP=580;ReadPosRankSum=0.840;SC=ACTATTCTCTCTCTTTATCTG;SOR=0.105;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=25;TCF=2;TCR=23;TR=14;WE=103762067;WS=103762046;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,20:0.59:34
chr12	103762638	rs12317808	C	G	531.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.252;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=4;PP=203;ReadPosRankSum=-0.461;SC=AAACTCTGGTCTGTCTTGGGA;SOR=0.752;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=36;TCF=26;TCR=10;TR=15;WE=103762646;WS=103762628;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,24:0.51:47
chr12	103800129	rs1317390	A	G	3705.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.345;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=388;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.843;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=67;PP=1702;ReadPosRankSum=0.769;SC=AAGAGGTTGTATGGTCAAGAA;SOR=0.894;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=240;TCF=112;TCR=128;TR=119;WE=103800137;WS=103800119;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:198,185:0.48:383
chr12	103800290	rs1317389	T	C	360.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=3.661;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=13;PP=285;ReadPosRankSum=-0.111;SC=TCTAATGATCTATGTTTCCCA;SOR=0.627;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=28;TCF=2;TCR=26;TR=14;WE=103800298;WS=103800280;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,14:0.48:29
chr12	103872172	rs10778257	T	G	1451.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.285;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.006;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=20;PP=550;ReadPosRankSum=1.174;SC=AGAATTCTTCTTCCCTTTGTT;SOR=0.608;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=84;TCF=40;TCR=44;TR=44;WE=103872180;WS=103872162;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,78:0.55:142
chr12	103872281	rs12306102	T	A	100.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.549;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.983;HP=1;HapScore=2;MGOF=30;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=5;PP=87;ReadPosRankSum=0.639;SC=AATGATAATATTAGAGAAAAA;SOR=0.297;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=24;TCF=4;TCR=20;TR=7;WE=103872289;WS=103872271;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,7:0.26:27
chr12	103988117	rs703596	C	A	560.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.159;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.017;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=5;PP=312;ReadPosRankSum=0.524;SC=ATTCTACCACCTAGAGTAACT;SOR=0.951;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=45;TCF=33;TCR=12;TR=20;WE=103988125;WS=103988107;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,29:0.39:75
chr12	103988311	rs703597	T	C	1454.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.497;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.517;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=26;PP=707;ReadPosRankSum=-0.098;SC=ATGCTTGGACTTTGAGACTTG;SOR=0.916;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=75;TCF=30;TCR=45;TR=42;WE=103988319;WS=103988301;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,66:0.57:116
chr12	104014402	rs140346177	A	AAC	107.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.262;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.14;ReadPosRankSum=1.291;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,7:0.27:26
chr12	104015999	rs703612	T	C	4021.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=31;NR=80;PP=2532;SC=AAAAAAGAAATTTCAGCAGAA;SOR=1.560;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=111;TCF=31;TCR=80;TR=111;WE=104016007;WS=104015989;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,142:1.00:142
chr12	104025219	rs10668571	T	TA	260.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.068;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=61.29;MQRankSum=0.530;QD=11.85;ReadPosRankSum=0.238;SOR=1.445;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,21:0.95:22
chr12	104042736	rs697199	T	C	1101.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=37;PP=877;SC=GTCATGCAGGTGAGAGGGAAA;SOR=5.136;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=39;TCF=2;TCR=37;TR=39;WE=104042744;WS=104042726;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr12	104046601	rs1032450	A	G	670.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.137;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=22;PP=438;ReadPosRankSum=-0.775;SC=TTCTTTCCTCATGTATTATTT;SOR=0.686;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=65;TCF=14;TCR=51;TR=28;WE=104046609;WS=104046591;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,33:0.45:74
chr12	104048592	rs831425	C	T	382.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=3.778;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.052;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=18;PP=341;ReadPosRankSum=0.515;SC=GCTAGGATCCCGAGCAGAGAG;SOR=1.287;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=38;TCF=2;TCR=36;TR=19;WE=104048600;WS=104048582;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,17:0.43:40
chr12	104077109	rs59684257	TA	T	60.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.835;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.52;ReadPosRankSum=0.694;SOR=0.610;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,12:0.30:40
chr12	104100617	rs697212	C	T	6200.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-2.411;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=575;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=88;NR=86;PP=2608;ReadPosRankSum=1.101;SC=GCCAGCCCTGCCCAGGGAATG;SOR=0.691;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=329;TCF=166;TCR=163;TR=174;WE=104100625;WS=104100607;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:264,302:0.53:566
chr12	104111687	rs703653	C	A	1929.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=15;NR=45;PP=1305;SC=CCCCACTTCTCGGGGATGCAG;SOR=2.070;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=60;TCF=15;TCR=45;TR=60;WE=104111695;WS=104111677;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr12	104124061	rs4981042	A	G	1085.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.249;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=23;PP=543;ReadPosRankSum=0.475;SC=TTATGTTTTCAGCCTGGAGTG;SOR=0.720;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=88;TCF=33;TCR=55;TR=37;WE=104124069;WS=104124051;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,56:0.46:123
chr12	104131352	rs368787956	TTCTC	T	257.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.094;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=15.564;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=16.11;ReadPosRankSum=0.231;SOR=1.126;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,9:0.56:16
chr12	104133305	.	CTG	C	669	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;FR=0.5000;HP=1;HapScore=4;MGOF=29;MMLQ=24;MQ=59.77;NF=0;NR=15;PP=669;QD=44.8;SC=ATTATCAGACCTGTGTGTGTG;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=39;TCF=1;TCR=38;TR=15;WE=104133314;WS=104133295;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:24,15:0.38:39
chr12	104133355	rs4981029	G	A	187.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=1.892;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.706;HP=3;HapScore=2;MGOF=70;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=12;PP=207;ReadPosRankSum=0.072;SC=GTGTGTGCCCGTGCACGTATG;SOR=1.981;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=26;TCF=3;TCR=23;TR=12;WE=104133363;WS=104133345;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,9:0.43:21
chr12	104140517	rs2056128	A	G	1711.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=37;PP=1083;SC=AAATAGCAGCATGGTGTGGGA;SOR=1.981;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=48;TCF=11;TCR=37;TR=48;WE=104140525;WS=104140507;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr12	104147207	rs3751198	A	G	2518.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=10;NR=61;PP=1791;SC=TAAGATGGGGAAGACTTGAGC;SOR=2.948;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=71;TCF=10;TCR=61;TR=71;WE=104147215;WS=104147197;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr12	104149022	rs11111748	G	A	14291.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=543;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=181;NR=130;PP=2965;SC=CATTAACCAAGTGATGCCACA;SOR=0.901;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=311;TCF=181;TCR=130;TR=311;WE=104149030;WS=104149012;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,537:1.00:537
chr12	104149251	rs7296626	C	T	12151.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=469;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=125;NR=145;PP=2965;SC=GAAAGGTAACCGCCCCAGCTA;SOR=0.775;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=272;TCF=125;TCR=147;TR=270;WE=104149259;WS=104149241;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,456:1.00:456
chr12	104149520	rs7313163	T	G	1414.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.066;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.471;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=37;PP=881;ReadPosRankSum=0.377;SC=CTGCTTGGTTTGCCTCAGGCA;SOR=0.855;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=87;TCF=27;TCR=60;TR=54;WE=104149528;WS=104149510;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,65:0.52:124
chr12	104152856	rs3817303	G	T	1431.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.132;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.446;HP=6;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=12;PP=813;ReadPosRankSum=-2.404;SC=TCATTAAAAAGACAAAATATT;SOR=1.198;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=96;TCF=67;TCR=29;TR=49;WE=104152864;WS=104152846;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,66:0.47:140
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chr12	104159716	rs10861094	C	A	420.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-2.949;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.633;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=4;PP=222;ReadPosRankSum=-1.228;SC=ATATTATTAGCCACCTTTTGT;SOR=0.180;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=33;TCF=27;TCR=6;TR=15;WE=104159724;WS=104159706;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,19:0.49:39
chr12	104171941	rs141837728	CTT	C	1144.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.602;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FS=1.159;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.46;ReadPosRankSum=0.374;SOR=0.520;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,33:0.53:62
chr12	104171948	.	T	TAAA	1141.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.541;ClippingRankSum=0.000;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=1.159;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.42;ReadPosRankSum=0.451;SOR=0.520;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,33:0.53:62
chr12	104174192	rs1866292	C	T	2359.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-0.162;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.055;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=46;PP=1019;ReadPosRankSum=-0.113;SC=CAAATAAGCTCATTACGTAAT;SOR=0.912;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=134;TCF=47;TCR=87;TR=70;WE=104174200;WS=104174182;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:108,114:0.51:222
chr12	104179271	rs11111771	G	A	4239.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.455;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=429;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=77;PP=2107;ReadPosRankSum=1.558;SC=CAAAGATCACGAAAAGTCAAC;SOR=0.702;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=269;TCF=102;TCR=167;TR=124;WE=104179279;WS=104179261;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:217,199:0.48:416
chr12	104179529	rs201632707	TAAAAAAAAAAAAA	T,TA	3866.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;QD=37.18;SOR=1.236;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:0,62,42:0.60,0.40:104
chr12	104181420	rs4964823	A	T	121.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-0.731;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=6;PP=87;ReadPosRankSum=0.778;SC=TTTAAATATCAAAATATAAAG;SOR=1.230;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=1;TCR=14;TR=6;WE=104181428;WS=104181410;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,6:0.40:15
chr12	104182458	rs2888792	T	C	1856.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-0.885;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=17;PP=1288;ReadPosRankSum=-1.435;SC=AATATATTGATTTAAACCTAA;SOR=0.659;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=139;TCF=107;TCR=32;TR=75;WE=104182466;WS=104182448;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,81:0.53:152
chr12	104190523	rs12425205	G	A	302.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-3.941;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.731;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=2;PP=185;ReadPosRankSum=-0.945;SC=CATCTTTCTTGTAATGTTCAA;SOR=0.142;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=39;TCF=35;TCR=4;TR=13;WE=104190531;WS=104190513;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,15:0.37:41
chr12	104192506	rs10082821	A	G	886.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.688;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=25;PP=492;ReadPosRankSum=-0.999;SC=GAAACCAATGATTTTCACACC;SOR=0.742;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=64;TCF=14;TCR=50;TR=31;WE=104192514;WS=104192496;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,40:0.49:82
chr12	104235229	rs34187551	C	G	2473.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.076;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=239;ExcessHet=3.0103;FS=0.493;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.09;MQRankSum=1.484;QD=10.39;ReadPosRankSum=-0.728;SOR=0.636;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:124,114:0.48:238
chr12	104235308	rs116314589	C	G	5162.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.960;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=530;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.416;NF=98;NR=61;PP=2241;ReadPosRankSum=1.063;SC=CGCCGCCCGCCCAGCTCCGCC;SOR=0.684;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=333;TCF=204;TCR=129;TR=159;WE=104235316;WS=104235298;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:260,261:0.50:521
chr12	104237512	rs1370784	T	C	401.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=2.076;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=2;PP=244;ReadPosRankSum=0.450;SC=AAAACAGATGTCAAAAAGCCC;SOR=0.765;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=29;TCF=25;TCR=4;TR=14;WE=104237520;WS=104237502;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,17:0.52:33
chr12	104237829	rs1370780	T	G	2261.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.333;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=242;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.476;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=39;PP=1191;ReadPosRankSum=-0.204;SC=AGAGGAATAGTCTGTCTTTTT;SOR=0.733;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=188;TCF=90;TCR=98;TR=75;WE=104237837;WS=104237819;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:127,107:0.46:234
chr12	104254753	rs11111816	G	A	561.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.187;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.951;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=6;PP=273;ReadPosRankSum=0.086;SC=TGAATCCCCAGGCTTCTGAGC;SOR=0.852;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=48;TCF=30;TCR=18;TR=19;WE=104254761;WS=104254743;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,28:0.43:65
chr12	104254932	rs11111817	G	A	1301.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-1.445;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.936;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=27;PP=569;ReadPosRankSum=-0.788;SC=TAGCAAATCCGCTAAAAATTC;SOR=0.780;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=92;TCF=44;TCR=48;TR=46;WE=104254940;WS=104254922;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,68:0.48:143
chr12	104277572	rs2583237	C	T	1503.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-3.448;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.003;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=43;PP=1022;ReadPosRankSum=-0.231;SC=GGACTGCTTTCTCAGACAGGA;SOR=0.340;SbPval=0.21;Source=Platypus;TC=105;TCF=25;TCR=80;TR=62;WE=104277580;WS=104277562;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,67:0.54:123
chr12	104309428	rs7295489	G	C	4281.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=2.667;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=371;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.249;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=81;NR=51;PP=2021;ReadPosRankSum=1.112;SC=TAAGGATTTCGGGGCCTTTAA;SOR=0.829;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=247;TCF=150;TCR=97;TR=132;WE=104309436;WS=104309418;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:168,198:0.54:366
chr12	104309712	rs2583273	C	T	3009.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.576;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=330;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=63;PP=1564;ReadPosRankSum=0.690;SC=CAGCCACCGACCCCCACTGCT;SOR=0.706;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=225;TCF=87;TCR=138;TR=103;WE=104309720;WS=104309702;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:175,145:0.45:320
chr12	104324148	rs2722187	G	A	638.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.337;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.41;ReadPosRankSum=0.733;SOR=0.839;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,32:0.57:56
chr12	104324182	rs2070908	C	G	878.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.389;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FS=1.807;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.22;ReadPosRankSum=2.530;SOR=0.986;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:42,44:0.51:86
chr12	104325459	rs17034931	G	C	3311.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.166;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=434;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=62;PP=1501;ReadPosRankSum=-0.124;SC=TGTGAGTTACGGTCACTTCTT;SOR=0.659;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=267;TCF=127;TCR=140;TR=119;WE=104325467;WS=104325449;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:250,176:0.41:426
chr12	104325649	rs2722188	T	G	410.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=4.731;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=16;PP=319;ReadPosRankSum=0.642;SC=TTATAGAAGATACTTTCAGTT;SOR=1.047;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=44;TCF=4;TCR=40;TR=17;WE=104325657;WS=104325639;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,17:0.39:44
chr12	104335542	rs376857243	G	C	3790.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.645;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=352;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.267;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=67;NR=62;PP=2120;ReadPosRankSum=-0.188;SC=GCAGTGTAGAGTGTTTGTTTG;SOR=0.718;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=253;TCF=127;TCR=126;TR=129;WE=104335550;WS=104335532;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:169,177:0.51:346
chr12	104335750	rs58392270	TAA	T	3565.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.945;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=38;PP=1355;ReadPosRankSum=-1.157;SC=ATTTGTGGAGTAAAACCAGAT;SOR=0.730;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=93;TCF=6;TCR=87;TR=39;WE=104335759;WS=104335740;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:109,96:0.47:205
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chr12	104391473	rs4964435	G	T	190.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.122;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=7;PP=107;ReadPosRankSum=-0.158;SC=GAGCTTCCCAGTGCCCAACTT;SOR=0.446;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=20;TCF=2;TCR=18;TR=8;WE=104391481;WS=104391463;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,9:0.43:21
chr12	104408955	rs73177961	T	C	1577.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=4.869;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.599;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=44;PP=1214;ReadPosRankSum=-1.032;SC=TTTAGAATGGTAGTGCGAGTA;SOR=0.919;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=113;TCF=29;TCR=84;TR=58;WE=104408963;WS=104408945;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,63:0.50:127
chr12	104459811	rs34011860	A	G	304.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=2.472;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.485;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=1;PP=217;ReadPosRankSum=-2.213;SC=ATGTCACCAGACATTACCAAA;SOR=0.136;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=27;TCF=26;TCR=1;TR=12;WE=104459819;WS=104459801;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,13:0.45:29
chr12	104459905	rs35879815	T	G	2282.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=2.223;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=224;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.523;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=20;PP=1198;ReadPosRankSum=0.425;SC=TGATAACCGTTGTTTGTTATA;SOR=0.770;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=157;TCF=110;TCR=47;TR=72;WE=104459913;WS=104459895;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:110,104:0.49:214
chr12	104461937	rs6539123	C	T	1687.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-5.259;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.669;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=49;PP=1129;ReadPosRankSum=0.626;SC=AGAGTAGGAACATTTTATTTT;SOR=0.379;SbPval=0.26;Source=Platypus;TC=124;TCF=26;TCR=98;TR=66;WE=104461945;WS=104461927;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,76:0.51:150
chr12	104482010	rs3763999	T	A	57.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-0.765;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=4;PP=32;ReadPosRankSum=-0.071;SC=AGCAGAATCTTTAGGAAAATG;SOR=1.179;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=2;TCR=13;TR=4;WE=104482018;WS=104482000;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,4:0.27:15
chr12	104489120	rs2272477	T	C	1700.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.788;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.196;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=15;PP=1016;ReadPosRankSum=0.020;SC=AATAATTACCTTTTCCCTTTT;SOR=0.919;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=106;TCF=74;TCR=32;TR=57;WE=104489128;WS=104489110;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,76:0.52:145
chr12	104496724	rs35223676	C	T	942.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=1.518;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=6;PP=545;ReadPosRankSum=-0.078;SC=TGTTTTTTCCCCCCCCCTTCA;SOR=0.581;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=69;TCF=55;TCR=14;TR=31;WE=104496732;WS=104496714;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,41:0.50:82
chr12	104515108	rs115044997	G	A	1006.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.379;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FS=0.690;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.18;MQRankSum=1.114;QD=8.46;ReadPosRankSum=3.012;SOR=0.574;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:65,54:0.45:119
chr12	104618454	rs6539128	A	G	2691.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-1.557;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=-0.071;NF=75;NR=19;PP=1900;ReadPosRankSum=1.503;SC=GAGCCACCGCACCTATAGCTG;SOR=1.234;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=96;TCF=76;TCR=20;TR=94;WE=104618462;WS=104618444;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,101:0.99:102
chr12	104645363	rs7960443	G	A	7546.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=288;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=83;NR=83;PP=2965;SC=TCACCAGCACGGCCACTGCAG;SOR=0.714;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=166;TCF=83;TCR=83;TR=166;WE=104645371;WS=104645353;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,287:1.00:287
chr12	104645405	rs7975161	T	C	5826.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=67;NR=88;PP=2364;SC=CCTATATAGATGGTCACTCTG;SOR=0.851;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=155;TCF=67;TCR=88;TR=155;WE=104645413;WS=104645395;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,229:1.00:229
chr12	104703836	rs7134193	A	G	10016.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-1.188;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=386;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=98;NR=156;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.660;SC=TTCACCCCCTACATCTGATAG;SOR=0.404;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=257;TCF=98;TCR=159;TR=254;WE=104703844;WS=104703826;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,374:1.00:375
chr12	104703957	rs35882028	T	A	1322.77	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.09;SOR=3.407;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr12	104703957	.	TCT	AGA	1649	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;FR=1.0000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MMLQ=28;MQ=60.0;NF=3;NR=18;PP=1649;QD=81.5460892792;SC=GGAGTCTCACTCTGTGAGACT;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=3;TCR=18;TR=21;WE=104703980;WS=104703947;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr12	104703958	rs34794131	C	G	1321.77	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.06;SOR=3.407;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr12	104703959	rs34873076	T	A	1321.77	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.58;SOR=3.841;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr12	104703965	rs66665385	ACTCCCAGG	A	1222.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=18;PP=2965;SC=ACTCTGTGAGACTCCCAGGCT;SOR=3.767;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=19;TCF=1;TCR=18;TR=19;WE=104703980;WS=104703947;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr12	104707180	rs6539137	A	T	1160.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-1.603;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=25;PP=729;ReadPosRankSum=1.686;SC=AAGCCTAATTAAAAAAATCAA;SOR=0.765;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=36;TCF=10;TCR=26;TR=35;WE=104707188;WS=104707170;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,42:0.98:43
chr12	104709559	rs4964287	C	T	6643.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.820;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=255;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=98;NR=61;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.111;SC=TTGTAGGTCTCGGAGGAACAT;SOR=1.025;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=167;TCF=100;TCR=67;TR=159;WE=104709567;WS=104709549;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,248:0.99:250
chr12	104712858	rs369071091	CT	C	46.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.431;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=253;ExcessHet=3.0103;FS=0.749;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.23;ReadPosRankSum=-2.415;SOR=0.839;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:173,33:0.16:206
chr12	104714847	.	CT	C	1528.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.219;ClippingRankSum=0.000;DP=287;ExcessHet=3.0103;FS=0.520;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.11;MQRankSum=1.498;QD=5.50;ReadPosRankSum=1.854;SOR=0.637;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:135,143:0.51:278
chr12	104718959	rs10861201	C	A	945.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=26;NR=2;PP=685;SC=AATCATTTATCATCCTAATAA;SOR=3.545;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=28;TCF=26;TCR=2;TR=28;WE=104718967;WS=104718949;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr12	104741958	rs11112003	C	T	1934.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=44;NR=10;PP=1261;SC=AATGTCTTCCCCCTTTTATTC;SOR=2.303;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=54;TCF=44;TCR=10;TR=54;WE=104741966;WS=104741948;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr12	104985289	rs1615960	A	G	958.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=26;NR=6;PP=683;SC=TAGGGGCATGATGGTGGCATC;SOR=2.584;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=32;TCF=26;TCR=6;TR=32;WE=104985297;WS=104985279;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr12	104985655	rs313323	C	T	902.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=23;PP=660;SC=AAACTTGTCTCGGTTTTCTAT;SOR=2.694;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=28;TCF=5;TCR=23;TR=28;WE=104985663;WS=104985645;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr12	104995800	rs5800627	A	AT	2177.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.223;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.17;MQRankSum=0.489;QD=13.28;ReadPosRankSum=-0.120;SOR=0.729;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,129:0.79:164
chr12	105260159	rs201865798	TACACACAC	T,TAC	2989.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=21;NF=20,20;NR=12,12;PP=1503,258;SC=CAGACAGACGTACACACACAC;SOR=2.303;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=44;TCF=23;TCR=21;TR=32,32;WE=105260174;WS=105260149;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.24,0.76:74
chr12	105260365	rs61036188	TAA	T,TA	1554.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.561;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FS=1.467;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.24;ReadPosRankSum=-2.115;SOR=1.240;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:9,56,37:0.55,0.36:102
chr12	105380152	rs1129593	A	C	3786.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-0.280;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=384;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.155;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=54;PP=1646;ReadPosRankSum=0.409;SC=TGGCAAGCCCAAGGCTAGCCC;SOR=0.635;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=210;TCF=104;TCR=106;TR=111;WE=105380160;WS=105380142;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:188,190:0.50:378
chr12	105380311	rs7964906	T	C	529.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=1.356;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.724;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=17;PP=411;ReadPosRankSum=-0.016;SC=CCGGTGCAGTTTGGGAGCCGG;SOR=0.375;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=36;TCF=5;TCR=31;TR=21;WE=105380319;WS=105380301;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,21:0.55:38
chr12	105431835	rs10861315	T	G	1985.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.523;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.104;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=24;PP=1164;ReadPosRankSum=-0.688;SC=GTGAGCCACCTCACCTGGCCC;SOR=0.797;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=156;TCF=109;TCR=47;TR=80;WE=105431843;WS=105431825;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:115,102:0.47:217
chr12	105432040	rs11112328	A	T	116.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.902;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FS=16.180;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.74;ReadPosRankSum=4.859;SOR=3.134;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:55,12:0.18:67
chr12	105432042	rs73179912	A	T	265.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.302;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FS=16.448;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.03;ReadPosRankSum=4.924;SOR=3.195;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:54,12:0.18:66
chr12	105432047	.	CACACACACAA	C	32.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.698;ClippingRankSum=0.000;DP=87;ExcessHet=3.0103;FS=16.828;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.63;ReadPosRankSum=3.807;SOR=3.890;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:44,8:0.15:52
chr12	105432075	rs188231679	C	A	213.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.256;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=17.299;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.34;ReadPosRankSum=3.020;SOR=4.068;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,11:0.28:40
chr12	105432077	.	C	A	106.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.842;ClippingRankSum=0.000;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.60;ReadPosRankSum=1.080;SOR=0.627;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,8:0.20:41
chr12	105433463	rs4964120	C	T	1941.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-2.290;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=24;PP=1013;ReadPosRankSum=-1.718;SC=ACAGGATCTGCAGTGAATCAA;SOR=0.669;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=169;TCF=113;TCR=56;TR=74;WE=105433471;WS=105433453;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:127,98:0.44:225
chr12	105433523	rs4964317	T	A	3442.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.599;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=465;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=59;PP=1661;ReadPosRankSum=-0.066;SC=TAGGAGTGGATCCAGTGAAAC;SOR=0.686;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=271;TCF=144;TCR=127;TR=123;WE=105433531;WS=105433513;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:273,191:0.41:464
chr12	105433607	rs4964318	G	A	2956.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.551;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=328;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.411;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=59;PP=1640;ReadPosRankSum=1.827;SC=GGAATAAAACGGGAATTAAAA;SOR=0.557;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=219;TCF=88;TCR=131;TR=104;WE=105433615;WS=105433597;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:182,145:0.44:327
chr12	105433702	rs7315784	A	T	1033.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.395;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.687;HP=1;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=30;PP=662;ReadPosRankSum=0.457;SC=AGGTCAGGAGATCGAGACCCG;SOR=0.351;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=64;TCF=9;TCR=55;TR=37;WE=105433710;WS=105433692;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,43:0.59:73
chr12	105434467	rs11112330	C	T	2753.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.124;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=310;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.892;HP=4;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=47;PP=1340;ReadPosRankSum=-1.377;SC=CAGTCAAGGGCGTGACCTGAG;SOR=0.644;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=195;TCF=96;TCR=99;TR=99;WE=105434475;WS=105434457;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:165,140:0.46:305
chr12	105434533	rs10861316	C	A	3192.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-2.338;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=331;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.343;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=56;PP=1380;ReadPosRankSum=2.039;SC=TAGCCCAGAACCCAGTTTTCC;SOR=0.824;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=186;TCF=83;TCR=103;TR=99;WE=105434541;WS=105434523;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:167,163:0.49:330
chr12	105440421	rs10861324	T	G	396.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=0.491;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.202;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=4;PP=255;ReadPosRankSum=1.276;SC=ATAAATATATTTCACTTTTTT;SOR=0.498;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=41;TCF=32;TCR=9;TR=17;WE=105440429;WS=105440411;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,20:0.39:51
chr12	105454863	rs71468237	G	A	2165.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.973;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=50;PP=1215;ReadPosRankSum=-0.506;SC=ACACAAAAAGGAAACTCTTAT;SOR=0.688;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=153;TCF=51;TCR=102;TR=77;WE=105454871;WS=105454853;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:105,102:0.49:207
chr12	105455651	rs6539183	A	G	1664.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=46;PP=1257;SC=GGAAAAATACAGATTAAAAGC;SOR=4.255;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=50;TCF=4;TCR=46;TR=50;WE=105455659;WS=105455641;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr12	105464316	.	C	CA	30.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.641;ClippingRankSum=0.000;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=3.859;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.77;ReadPosRankSum=1.006;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,8:0.20:40
chr12	105477951	rs11112362	C	T	1291.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=37;NR=3;PP=1068;SC=AGACAATGGCCTGCGTGCCAG;SOR=4.073;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=40;TCF=37;TCR=3;TR=40;WE=105477959;WS=105477941;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr12	105478327	rs7303961	C	T	580.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=31;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=14;PP=362;SC=GACTGCCTGGCTCGCGGCTCG;SOR=1.931;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=3;TCR=14;TR=17;WE=105478335;WS=105478317;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr12	105504764	rs1196839	G	A	991.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=26;NR=5;PP=667;SC=TTTAACTTTGGAACTTTATTT;SOR=2.432;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=26;TCR=5;TR=31;WE=105504772;WS=105504754;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr12	105509160	rs1196801	G	T	288.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=6;PP=139;SC=AGGTAAAAAAGCTGAGGAAGC;SOR=1.802;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=1;TCR=6;TR=7;WE=105509168;WS=105509150;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr12	105527385	rs1211276	G	C	295.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=8;NR=1;PP=202;SC=CAGTACCTGGGATGTTTGTTG;SOR=3.258;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=8;TCR=1;TR=9;WE=105527393;WS=105527375;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr12	105534025	rs1196808	G	A	3683.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=77;NR=37;PP=2278;SC=AATTTTGCCTGAAATTTTTAA;SOR=1.393;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=118;TCF=77;TCR=41;TR=114;WE=105534033;WS=105534015;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,135:1.00:135
chr12	105534573	rs1014502	A	G	1044.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=29;NR=0;PP=864;SC=GTATTTGTGTATGCTCTCTTA;SOR=6.869;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=29;TCF=29;TCR=0;TR=29;WE=105534581;WS=105534563;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr12	105536430	rs5800652	C	CTA	277.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=39.68;SOR=2.584;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr12	105541046	rs3215374	AT	A	2010.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=4;NR=58;PP=1501;SC=ATGAATTTCCATTTTTTTTCT;SOR=2.356;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=72;TCF=5;TCR=67;TR=62;WE=105541054;WS=105541036;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr12	105541201	rs3830657	ATG	A	1080.94	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=1.424;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.9991;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.387;NF=10;NR=7;PP=715;ReadPosRankSum=0.039;SC=ACATTAATATATGTGTGTGCA;SOR=1.143;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=21;TCF=11;TCR=10;TR=17;WE=105541210;WS=105541191;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,30:0.94:32
chr12	105543326	rs1196802	T	G	485.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=0;PP=368;SC=CAGTAAAATTTATTTGAATTG;SOR=4.047;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=13;TCR=0;TR=13;WE=105543334;WS=105543317;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr12	105546172	rs1663564	G	A	8984.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=351;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=92;NR=99;PP=2965;SC=AAAACTTGGAGTAACACCTGA;SOR=0.722;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=191;TCF=92;TCR=99;TR=191;WE=105546180;WS=105546162;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,347:1.00:347
chr12	105556485	rs1373552	T	G	408.98	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=0.893;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=6;PP=217;ReadPosRankSum=0.375;SC=GAAGATTTTCTTAGCAAAATT;SOR=1.022;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=17;TCF=10;TCR=7;TR=15;WE=105556493;WS=105556475;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,19:0.90:21
chr12	105568122	rs935241	G	A	6549.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=248;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=87;NR=69;PP=2708;SC=CTCTATGTTCGTTTGGATTTC;SOR=0.830;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=156;TCF=87;TCR=69;TR=156;WE=105568130;WS=105568112;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,248:1.00:248
chr12	105568176	rs935240	G	A	7636.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=298;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=89;NR=87;PP=2965;SC=CATATTTTCCGTCATTGGTTA;SOR=0.707;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=176;TCF=89;TCR=87;TR=176;WE=105568184;WS=105568166;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,296:1.00:296
chr12	105582245	rs1196852	A	G	8463.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.710;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=332;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=95;NR=115;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.810;SC=AGCATTTTCCACTCAGGATCT;SOR=0.803;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=210;TCF=95;TCR=115;TR=210;WE=105582253;WS=105582235;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,325:0.99:327
chr12	105583877	rs2272495	G	A	7309.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.928;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=295;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=77;NR=94;PP=2965;ReadPosRankSum=1.893;SC=ACTGGCTGTTGCTTTGGGAAC;SOR=0.827;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=175;TCF=79;TCR=96;TR=171;WE=105583885;WS=105583867;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:6,284:0.98:290
chr12	105597680	rs3736628	C	T	885.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=22;PP=577;SC=CCGCCTCGCACGCGGCACTGG;SOR=2.165;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=28;TCF=6;TCR=22;TR=28;WE=105597688;WS=105597670;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr12	105600935	rs2293643	G	A	6231.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=71;NR=74;PP=2715;SC=GGGAGGAGAGGTGCTGCTTCC;SOR=0.736;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=146;TCF=71;TCR=75;TR=145;WE=105600943;WS=105600925;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,235:1.00:235
chr12	105611099	rs4964341	G	A	345.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-2.481;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.447;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=12;PP=264;ReadPosRankSum=0.471;SC=CCCCCAGGGTGCACTCATCTG;SOR=0.384;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=36;TCF=9;TCR=27;TR=17;WE=105611107;WS=105611089;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,17:0.43:40
chr12	105611333	rs4964342	T	C	4838.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=95;NR=47;PP=2852;SC=ACAAAAAAACTATGAAGAAAA;SOR=1.418;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=143;TCF=95;TCR=48;TR=142;WE=105611341;WS=105611323;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,178:1.00:178
chr12	105623073	rs2293644	C	T	3015.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=35;NR=29;PP=1105;SC=GGAAGATCCACACACCCGCAC;SOR=0.818;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=64;TCF=35;TCR=29;TR=64;WE=105623081;WS=105623063;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr12	105629865	rs1196785	C	G	593.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=8;NR=11;PP=307;SC=GAGCACTCCCCGGCTCTGGGC;SOR=0.963;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=20;TCF=9;TCR=11;TR=19;WE=105629873;WS=105629855;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr12	105760229	rs17248053	C	G	104.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-1.446;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=0;PP=70;ReadPosRankSum=-0.522;SC=TCTTTTTAACCTAGGAAACCA;SOR=1.402;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=13;TCR=1;TR=6;WE=105760237;WS=105760219;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,6:0.43:14
chr12	105789562	rs1534253	C	T	1043.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-5.050;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.182;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=32;PP=690;ReadPosRankSum=-1.347;SC=CTGACTTTGGCAAGCAGAATG;SOR=0.208;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=74;TCF=10;TCR=64;TR=39;WE=105789570;WS=105789552;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,45:0.55:82
chr12	106460938	rs3741883	G	C	3778.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-2.089;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=363;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=56;PP=1349;ReadPosRankSum=1.466;SC=GGGCATTTCAGGGCTGACCAG;SOR=0.692;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=215;TCF=107;TCR=108;TR=111;WE=106460946;WS=106460928;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:173,187:0.52:360
chr12	106464785	rs4964437	G	C	1091.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-1.870;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.829;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=24;PP=621;ReadPosRankSum=0.459;SC=ACCCCCAGCAGCCCCAGGAAC;SOR=0.446;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=78;TCF=26;TCR=52;TR=39;WE=106464793;WS=106464775;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,49:0.53:93
chr12	106480450	rs2251027	A	G	535.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=3.600;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.844;HP=6;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=2;PP=404;ReadPosRankSum=-0.510;SC=TAATAGGAAAAAAATCATGCA;SOR=0.223;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=28;TCF=26;TCR=2;TR=18;WE=106480458;WS=106480444;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,19:0.63:30
chr12	106500158	rs35769739	GT	G	1386.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.63;ReadPosRankSum=0.861;SOR=0.655;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:48,96:0.67:144
chr12	106500159	.	TTA	T	121.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=1.367;ClippingRankSum=0.000;DP=159;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.85;ReadPosRankSum=-0.422;SOR=0.732;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:110,34:0.24:144
chr12	106500408	rs1427785	T	C	261.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=9;PP=207;SC=TTGGCAGAACTGACAATAACC;SOR=3.258;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=1;TCR=9;TR=10;WE=106500416;WS=106500398;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr12	106532072	rs1215597	C	A	823.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-3.959;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.865;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=4;PP=519;ReadPosRankSum=0.028;SC=CGGGGCTTCCCAATGAGCCCC;SOR=0.096;SbPval=0.22;Source=Platypus;TC=49;TCF=45;TCR=4;TR=29;WE=106532080;WS=106532062;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,34:0.61:56
chr12	106641489	rs368519473	GGGC	G	1122.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.32;QD=41.58;SOR=0.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr12	106647723	rs2704899	T	C	1245.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.780;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.673;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=19;PP=624;ReadPosRankSum=0.385;SC=TAAATAGTGATCACTGGGTGG;SOR=0.615;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=88;TCF=54;TCR=34;TR=45;WE=106647731;WS=106647713;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,63:0.52:122
chr12	106647783	rs2704898	T	G	5018.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=62;NR=56;PP=2457;SC=AAATCAGACATCTCAGTCCGA;SOR=0.737;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=121;TCF=64;TCR=57;TR=118;WE=106647791;WS=106647773;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,186:1.00:186
chr12	106647865	rs2704897	C	T	878.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.702;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=22;PP=452;ReadPosRankSum=-0.461;SC=CCAACCAAAACTTCACTGGCC;SOR=0.663;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=107;TCF=43;TCR=64;TR=38;WE=106647873;WS=106647855;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:101,52:0.34:153
chr12	106704795	rs73197513	C	T	1694.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.830;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.173;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=19;PP=835;ReadPosRankSum=-1.695;SC=AGAACATTGACGCAGGGTCTG;SOR=0.815;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=115;TCF=72;TCR=43;TR=54;WE=106704803;WS=106704785;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:98,83:0.46:181
chr12	106704974	rs4964460	G	A	4903.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=37;NR=73;PP=2236;SC=GCAGAGCTTTGCAAGTGACTC;SOR=1.142;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=110;TCF=37;TCR=73;TR=110;WE=106704982;WS=106704964;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,185:1.00:185
chr12	106706035	.	ATTT	A	1462.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.755;ClippingRankSum=0.000;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=8.735;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.18;MQRankSum=0.449;QD=28.68;ReadPosRankSum=0.379;SOR=1.447;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:4,47:0.92:51
chr12	106708278	rs2253838	T	G	3575.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.09;SOR=1.000;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr12	106708313	.	C	CTG	138.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.057;ClippingRankSum=-0.000;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=2.027;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=4.95;ReadPosRankSum=-1.221;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,11:0.39:28
chr12	106708356	rs10861576	A	T	89.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-1.127;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.808;HP=2;HapScore=2;MGOF=36;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=18;PP=314;ReadPosRankSum=2.023;SC=TGTGTGTGTGAGAGAGAGAGA;SOR=1.162;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=52;TCF=13;TCR=39;TR=25;WE=106708364;WS=106708342;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,6:0.29:21
chr12	106717526	rs144794557	A	AAAT	477.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.141;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=21.72;ReadPosRankSum=2.203;SOR=1.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,13:0.59:22
chr12	106730031	rs34332844	AG	A	4557.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.851;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=237;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.800;HP=2;HapScore=4;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=55;PP=2948;ReadPosRankSum=-0.945;SC=TCTTGTATTAAGGCTCTGCAT;SOR=1.015;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=116;TCF=10;TCR=106;TR=58;WE=106730042;WS=106730021;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:102,119:0.54:221
chr12	106730034	rs10717199	C	T	4566.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.135;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.800;HP=2;HapScore=4;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=55;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.632;SC=TGTATTAAGGCTCTGCATGTG;SOR=1.015;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=155;TCF=53;TCR=102;TR=78;WE=106730042;WS=106730021;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:102,119:0.54:221
chr12	106820957	rs202125845	CT	C	1341.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.106;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FS=0.693;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.11;MQRankSum=1.310;QD=6.85;ReadPosRankSum=-1.571;SOR=0.818;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:72,124:0.63:196
chr12	106838340	rs10861607	T	C	4636.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.381;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=457;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.524;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=67;NR=81;PP=2223;ReadPosRankSum=1.472;SC=GAAACACTTATCAGTGTGCCA;SOR=0.616;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=277;TCF=124;TCR=153;TR=148;WE=106838348;WS=106838330;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:216,230:0.52:446
chr12	106890059	rs721438	C	T	660.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.783;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.027;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=14;PP=266;ReadPosRankSum=-0.555;SC=AGCTCTTCTGCCCCTTGCCAG;SOR=0.527;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=39;TCF=9;TCR=30;TR=19;WE=106890067;WS=106890049;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,32:0.52:62
chr12	106890135	rs2288270	A	G	193.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-1.126;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.350;HP=1;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=5;PP=63;ReadPosRankSum=3.093;SC=TGAGGAGCACATCTATACCTC;SOR=0.180;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=14;TCF=1;TCR=13;TR=6;WE=106890143;WS=106890125;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,10:0.53:19
chr12	106890151	rs2288269	G	A	178.41	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.765;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5081;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=4;PP=64;ReadPosRankSum=-0.589;SC=ACCTCCCTTTGAGAGTGGAGT;SOR=0.859;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=4;WE=106890159;WS=106890141;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,8:0.89:9
chr12	106893863	rs7137638	G	T	1560.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.348;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.612;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=22;PP=747;ReadPosRankSum=1.428;SC=CCTGTCGGGCGCTCTGTGTCC;SOR=0.605;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=97;TCF=58;TCR=39;TR=52;WE=106893871;WS=106893853;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,76:0.51:149
chr12	106893930	rs7137444	A	T	2333.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.525;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=244;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.980;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=35;PP=1009;ReadPosRankSum=1.239;SC=CGTTGTGTGGATTAAGTAGCA;SOR=0.617;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=125;TCF=58;TCR=67;TR=67;WE=106893938;WS=106893920;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:125,118:0.49:243
chr12	106903321	rs13561	T	C	1635.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.678;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=34;PP=597;ReadPosRankSum=-0.803;SC=CCAAGTACAATGAATGAGGAT;SOR=0.698;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=131;TCF=49;TCR=82;TR=55;WE=106903329;WS=106903311;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:118,90:0.43:208
chr12	107078538	rs17334089	C	A	1387.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.514;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.304;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=15;PP=724;ReadPosRankSum=-0.319;SC=ACGGAAGGCACAGAAGGCAGA;SOR=1.072;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=80;TCF=51;TCR=29;TR=45;WE=107078546;WS=107078528;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,65:0.52:125
chr12	107078562	rs5800715	A	AAAG	2420.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.782;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.158;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=17;PP=912;ReadPosRankSum=0.444;SC=CGCTCAGCACAAAGAATTTTC;SOR=0.510;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=58;TCF=17;TCR=41;TR=21;WE=107078570;WS=107078552;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,64:0.46:138
chr12	107083059	rs7961392	C	T	2598.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.859;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=316;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.122;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=34;PP=1473;ReadPosRankSum=-0.481;SC=CTACACACCCCCACAGGTTTC;SOR=0.878;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=195;TCF=120;TCR=75;TR=93;WE=107083067;WS=107083049;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:184,129:0.41:313
chr12	107126657	rs11611097	G	A	2751.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.844;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=283;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.854;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=25;PP=1367;ReadPosRankSum=-1.331;SC=AGAGACACTTGCCTTTACATT;SOR=0.981;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=177;TCF=116;TCR=61;TR=81;WE=107126665;WS=107126647;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:147,131:0.47:278
chr12	107237614	.	G	GT	112.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.241;ClippingRankSum=0.000;DP=160;ExcessHet=3.0103;FS=0.811;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.07;MQRankSum=2.117;QD=0.72;ReadPosRankSum=1.274;SOR=0.807;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:129,27:0.17:156
chr12	107395106	rs8192440	A	G	2555.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.141;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=330;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.833;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=37;PP=1008;ReadPosRankSum=-0.497;SC=CAGTTTCTCCACCTGGCCACA;SOR=0.739;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=174;TCF=86;TCR=88;TR=71;WE=107395114;WS=107395096;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:191,137:0.42:328
chr12	107398862	rs34993937	T	TA	571.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.863;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FS=2.633;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.86;ReadPosRankSum=1.530;SOR=0.449;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:98,50:0.34:148
chr12	107713511	rs961498	G	C	1752.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.806;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=37;PP=763;ReadPosRankSum=0.961;SC=AGTGGCCCTGGGTCAGGCTCG;SOR=0.710;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=107;TCF=40;TCR=67;TR=59;WE=107713519;WS=107713501;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,87:0.56:156
chr12	107713696	rs111260184	G	A	2598.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.075;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=239;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.697;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=32;PP=1199;ReadPosRankSum=2.524;SC=AGTCCCGCCGGCAGCCGCCGC;SOR=0.488;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=143;TCF=90;TCR=53;TR=79;WE=107713704;WS=107713686;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:112,125:0.53:237
chr12	107714310	rs11383016	T	TC	1161.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.411;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.212;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.840;NF=20;NR=10;PP=1057;ReadPosRankSum=1.547;SC=TGCTCCCACTTCCCCACTCCC;SOR=1.037;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=52;TCF=32;TCR=20;TR=30;WE=107714318;WS=107714300;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,44:0.60:73
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chr12	108035805	rs9919699	T	C	2484.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.625;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=249;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.176;HP=5;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=30;PP=1306;ReadPosRankSum=-1.899;SC=AGAGCAGAGTTTTTTGTGAGC;SOR=0.869;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=169;TCF=99;TCR=70;TR=78;WE=108035813;WS=108035795;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:126,119:0.49:245
chr12	108035903	rs9919712	T	C	3347.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=1.273;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=379;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.373;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=55;PP=1256;ReadPosRankSum=1.497;SC=CGACAAATGATGGCACCTGCA;SOR=0.667;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=207;TCF=91;TCR=116;TR=100;WE=108035911;WS=108035893;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:203,174:0.46:377
chr12	108042960	rs17039588	C	G	924.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.664;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.733;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=15;PP=421;ReadPosRankSum=0.460;SC=GCTGTTGACACTGTTCTCTGT;SOR=0.601;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=59;TCF=33;TCR=26;TR=33;WE=108042968;WS=108042950;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,49:0.48:103
chr12	108045292	rs2241186	T	C	973.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=2.351;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.248;HP=3;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=11;PP=828;ReadPosRankSum=1.211;SC=TCTTTGTCCTTTTCCTCTAGT;SOR=1.136;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=74;TCF=58;TCR=16;TR=46;WE=108045300;WS=108045282;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,41:0.49:84
chr12	108045336	rs2241185	T	C	2367.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.544;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.086;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=35;PP=1372;ReadPosRankSum=-0.135;SC=GTCCCCTACCTGTGACACTGC;SOR=0.609;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=158;TCF=103;TCR=55;TR=92;WE=108045344;WS=108045326;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:99,111:0.53:210
chr12	108045392	rs2241184	T	C	5132.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.586;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=474;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.108;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=91;NR=69;PP=2564;ReadPosRankSum=0.236;SC=TAGTTCCTTATTGTTACCTCC;SOR=0.621;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=293;TCF=174;TCR=119;TR=160;WE=108045400;WS=108045382;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:225,249:0.53:474
chr12	108600237	rs1106752	A	G	5740.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=52;NR=104;PP=2965;SC=TCAGATTCCCACCTGTGGTAT;SOR=1.379;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=156;TCF=52;TCR=104;TR=156;WE=108600245;WS=108600227;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,205:1.00:205
chr12	108618630	rs3764002	C	T	3505.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-2.168;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=364;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.387;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=70;PP=1724;ReadPosRankSum=-0.913;SC=GACTTCTGCACTGAGAAGGTG;SOR=0.652;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=233;TCF=95;TCR=138;TR=121;WE=108618638;WS=108618620;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:179,177:0.50:356
chr12	108686008	rs1057401	C	G	2581.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=2.108;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=292;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.437;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=37;PP=1442;ReadPosRankSum=2.379;SC=GCAGTTTGCACACGATGGTGA;SOR=0.593;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=198;TCF=107;TCR=91;TR=81;WE=108686016;WS=108685998;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:165,120:0.42:285
chr12	108687449	rs59925321	GA	G	287.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.863;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FS=3.426;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.20;MQRankSum=2.870;QD=1.77;ReadPosRankSum=0.285;SOR=0.513;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:111,52:0.32:163
chr12	108917520	rs34982944	G	GA	638.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-2.128;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=1.380;HP=11;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.936;NF=0;NR=23;PP=285;ReadPosRankSum=1.828;SC=GTTAAAAGGTGAAAAAAAAAA;SOR=0.394;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=34;TCF=0;TCR=34;TR=23;WE=108917528;WS=108917510;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,35:0.71:49
chr12	108918146	rs2303633	C	T	714.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.384;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.176;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=10;PP=396;ReadPosRankSum=1.922;SC=TCCTGGTCTCCGGCTTCTCTG;SOR=0.259;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=45;TCF=30;TCR=15;TR=24;WE=108918154;WS=108918136;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,34:0.52:65
chr12	108923950	rs1549096	A	G	3648.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.403;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=486;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.266;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=56;PP=1471;ReadPosRankSum=1.374;SC=CTTTCTCATCATCCTCATCTG;SOR=0.593;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=269;TCF=144;TCR=125;TR=111;WE=108923958;WS=108923940;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:283,194:0.41:477
chr12	108932053	rs2287551	C	T	309.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=2.227;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.455;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=11;PP=200;ReadPosRankSum=1.867;SC=ATTGCCAGCACGACCAAGTGA;SOR=0.208;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=2;TCR=28;TR=12;WE=108932061;WS=108932043;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,14:0.44:32
chr12	108932916	rs7133076	C	T	1194.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.052;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=31;PP=714;ReadPosRankSum=-1.265;SC=GGAAGCACAACACATCTGCAA;SOR=0.733;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=89;TCF=27;TCR=62;TR=44;WE=108932924;WS=108932906;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,57:0.46:124
chr12	108936484	rs888555	G	A	623.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.723;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=8;PP=366;ReadPosRankSum=-1.919;SC=TACTTTCATAGCTTGTAAAAC;SOR=0.784;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=40;TCF=28;TCR=12;TR=24;WE=108936492;WS=108936474;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,30:0.49:61
chr12	108936516	rs888556	T	G	1925.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.460;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FS=3.619;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.88;ReadPosRankSum=-1.371;SOR=1.051;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:52,50:0.49:102
chr12	108936519	rs888557	C	T	1965.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.130;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FS=2.521;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.54;ReadPosRankSum=-1.274;SOR=0.955;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:53,53:0.50:106
chr12	108941679	rs12579216	G	A	2522.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.179;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=259;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.457;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=32;PP=1065;ReadPosRankSum=0.457;SC=AATCCTTCACGGCTTTCTCAA;SOR=0.656;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=148;TCF=83;TCR=65;TR=70;WE=108941687;WS=108941669;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:130,123:0.49:253
chr12	108943028	rs2052423	G	A	1060.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.398;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.995;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=29;PP=655;ReadPosRankSum=-2.592;SC=TTAAAACACCGTCATCAAGTA;SOR=1.069;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=68;TCF=17;TCR=51;TR=37;WE=108943036;WS=108943018;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,48:0.54:89
chr12	108954502	rs1160332	G	A	1228.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-3.089;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.179;NF=37;NR=7;PP=805;ReadPosRankSum=-0.455;SC=GTCACGAAAAGCGGGTTTGCA;SOR=0.686;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=79;TCF=67;TCR=12;TR=44;WE=108954510;WS=108954492;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,55:0.57:96
chr12	108954823	rs1063936	C	T	4229.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-1.319;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=630;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=71;PP=1886;ReadPosRankSum=0.180;SC=ATAACACCTTCCTCCTTGTCC;SOR=0.715;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=372;TCF=180;TCR=192;TR=135;WE=108954831;WS=108954813;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:396,232:0.37:628
chr12	108954862	rs2072579	G	C	3403.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.942;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=629;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.185;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=71;PP=1792;ReadPosRankSum=1.351;SC=CCTCCTCTCCGTCAGCCTTGG;SOR=0.843;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=354;TCF=160;TCR=194;TR=122;WE=108954870;WS=108954852;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:424,202:0.32:626
chr12	108956417	rs10778647	TT	GG	2460.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.983;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.362;HP=2;HapScore=2;JOINED;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.086;NF=30;NR=16;PP=1629;ReadPosRankSum=-0.248;SC=GGCTGGGGCTTTCCGTCTGAG;SOR=0.950;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=98;TCF=61;TCR=37;TR=46;WE=108956426;WS=108956407;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,60:0.48:124
chr12	108956433	rs2287555	C	T	2772.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.216;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.274;HP=5;HapScore=2;MGOF=29;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=1.307;NF=36;NR=22;PP=803;ReadPosRankSum=-0.534;SC=CTGAGGCGGGCGGCATCGGCT;SOR=0.840;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=113;TCF=68;TCR=45;TR=58;WE=108956441;WS=108956423;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,80:0.51:156
chr12	108956526	rs60547936	A	AG	8373.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=264;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=85;PP=2975;SC=GGGACAAAAGAGGGACGCGCG;SOR=0.930;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=108;TCF=15;TCR=93;TR=100;WE=108956534;WS=108956516;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,251:1.00:251
chr12	108956610	rs2287556	C	G	1337.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.027;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=28;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=30;PP=736;ReadPosRankSum=0.260;SC=TGGGAGCTGTCCCCTCCCACG;SOR=0.777;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=74;TCF=24;TCR=50;TR=43;WE=108956618;WS=108956600;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,56:0.58:96
chr12	108960906	rs10861945	G	T	343.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-1.559;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=3;PP=208;ReadPosRankSum=0.343;SC=TTTTTTATTGGCTGGCCCTCA;SOR=0.593;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=22;TCF=17;TCR=5;TR=14;WE=108960914;WS=108960896;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,15:0.62:24
chr12	108961228	rs876161	A	G	1031.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.788;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.813;HP=1;HapScore=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=21;ReadPosRankSum=-0.763;SC=CCCTAAGAGAATCATGCCAGA;SOR=0.446;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=68;TCF=21;TCR=47;TR=32;WE=108961236;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,50:0.53:95
chr12	108961293	rs888546	C	T	816.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.165;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=11;PP=549;ReadPosRankSum=0.513;SC=ATTTCTAAACCTCACAAATAT;SOR=0.680;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=54;TCF=31;TCR=23;TR=28;WE=108961301;WS=108961283;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,34:0.52:66
chr12	108961354	rs888547	T	C	1032.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=2.371;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.999;HP=2;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=10;PP=699;ReadPosRankSum=-1.663;SC=ATGAGGAAGCTAAGGCTTGGG;SOR=1.218;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=80;TCF=53;TCR=27;TR=38;WE=108961362;WS=108961344;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,46:0.43:106
chr12	108961383	rs888548	A	G	992.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.976;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.790;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=12;PP=591;ReadPosRankSum=-0.045;SC=CCCACATCACATGGCTAATAA;SOR=1.209;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=99;TCF=65;TCR=34;TR=43;WE=108961391;WS=108961373;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,52:0.42:125
chr12	108985479	rs112991728	C	T	3489.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.125;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=372;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=56;PP=1529;ReadPosRankSum=1.063;SC=CCTCTGGTGTCTCCACTGGGA;SOR=0.687;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=216;TCF=99;TCR=117;TR=104;WE=108985487;WS=108985469;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:196,172:0.47:368
chr12	108985945	rs7975237	A	G	1719.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.078;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FS=1.075;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.07;ReadPosRankSum=0.643;SOR=0.590;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:122,91:0.43:213
chr12	109016803	rs7311687	C	A	700.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.762;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=8.478;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=21.90;ReadPosRankSum=0.958;SOR=2.876;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,18:0.56:32
chr12	109016806	rs8179162	G	A	700.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.374;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=6.831;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=20.02;ReadPosRankSum=1.213;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,19:0.54:35
chr12	109017264	rs7300972	T	C	8245.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.033;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=399;ExcessHet=3.0103;FS=0.763;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=21.04;ReadPosRankSum=-0.004;SOR=0.747;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:181,211:0.54:392
chr12	109017264	.	TGG	CGA	2944	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MMLQ=23;MQ=59.94;NF=71;NR=51;PP=2944;QD=20;SC=GTAGGTTCCATGGACAGGGCC;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=233;TCF=132;TCR=101;TR=122;WE=109017274;WS=109017254;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:111,122:0.52:233
chr12	109017266	rs61729674	G	A	8245.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.109;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=399;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=20.98;ReadPosRankSum=-0.246;SOR=0.710;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:181,212:0.54:393
chr12	109017411	.	GAGTGGTCTGTGCCTCCATGGCTGCTGGTGGAGTGGTCTGTGCTTCCATGGCTGCTGGTGC	G	2709.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.421;ClippingRankSum=0.000;DP=546;ExcessHet=3.0103;FS=3.424;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.57;MQRankSum=-5.811;QD=6.26;ReadPosRankSum=3.289;SOR=0.879;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:284,149:0.34:433
chr12	109017441	.	G	C	2962	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;FR=0.5000;HP=1;HapScore=1;MMLQ=26;NF=36;NR=37;PP=2962;QD=20;SC=GCTGCTGGTGGAGTGGTCTGT;SbPval=0.56;Source=Platypus;TCR=112;TR=73;WE=109017478;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:148,73:0.33:221
chr12	109025432	rs8179115	T	C	819.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.539;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.01;ReadPosRankSum=0.392;SOR=0.900;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,34:0.54:63
chr12	109052794	rs374484534	CAG	C	134.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.162;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=3.730;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.72;MQRankSum=0.000;QD=2.64;ReadPosRankSum=-0.765;SOR=0.235;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:42,9:0.18:51
chr12	109095137	rs3741782	A	G	3142.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.485;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=278;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=59;PP=1498;ReadPosRankSum=-1.029;SC=AGAATTATGCACCAAACTGAA;SOR=0.710;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=186;TCF=72;TCR=114;TR=94;WE=109095145;WS=109095127;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:125,148:0.54:273
chr12	109183144	rs60314156	C	CT	765.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.233;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.617;NF=0;NR=15;PP=600;ReadPosRankSum=0.780;SC=AGGGGAGGCTCTCATTTCACT;SOR=0.646;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=0;TCR=22;TR=15;WE=109183152;WS=109183134;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,24:0.77:31
chr12	109194449	.	TC	T	35	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;FR=0.5000;HP=6;HapScore=2;MGOF=0;MMLQ=28;MQ=60.0;NF=3;NR=0;PP=35;QD=20.0;SC=CCCGTTAGGATCCCCCCTCCC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=12;TCR=1;TR=3;WE=109194457;WS=109194439;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:10,3:0.23:13
chr12	109205189	rs11114060	C	T	358.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=4.651;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.245;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=13;PP=205;ReadPosRankSum=0.099;SC=TGGTCCAGGACGGGCTGTTGG;SOR=1.994;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=43;TCF=5;TCR=38;TR=13;WE=109205197;WS=109205179;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,17:0.34:50
chr12	109217007	rs34849596	G	GT	1680.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.447;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=11;PP=878;ReadPosRankSum=-0.794;SC=AAGCTCCAATGTAAGAGTATC;SOR=0.669;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=52;TCF=26;TCR=26;TR=23;WE=109217015;WS=109216997;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,55:0.52:106
chr12	109221013	rs10861970	C	A	1520.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.504;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.969;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=24;PP=765;ReadPosRankSum=-0.964;SC=TGGCAGGAAACCAGTAATCAG;SOR=0.887;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=106;TCF=60;TCR=46;TR=59;WE=109221021;WS=109221003;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,79:0.49:161
chr12	109270506	rs7136681	A	G	1574.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-3.053;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.660;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=17;PP=966;ReadPosRankSum=0.776;SC=CTCATCTAGCACACAGACACC;SOR=0.603;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=129;TCF=99;TCR=30;TR=66;WE=109270514;WS=109270496;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,79:0.49:160
chr12	109330915	rs10861986	G	A	1464.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=3.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.614;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=11;PP=908;ReadPosRankSum=0.583;SC=GATGATGTTCGAACTACTGAA;SOR=0.909;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=108;TCF=81;TCR=27;TR=52;WE=109330923;WS=109330905;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,64:0.51:126
chr12	109331162	rs3918305	C	T	2564.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.621;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=274;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.458;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=61;PP=1399;ReadPosRankSum=0.108;SC=TACAGATGCACGGGAGATGGG;SOR=0.743;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=196;TCF=70;TCR=126;TR=93;WE=109331170;WS=109331152;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:140,126:0.47:266
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chr12	109339023	rs36191519	C	T	857.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.985;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.518;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=19;PP=376;ReadPosRankSum=-1.345;SC=AATTTGCAGCCGACATTCCTC;SOR=0.847;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=71;TCF=26;TCR=45;TR=29;WE=109339031;WS=109339013;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,46:0.40:116
chr12	109354632	rs36181716	T	C	2993.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.898;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=67;NR=18;PP=1905;ReadPosRankSum=-0.710;SC=TAACTCCTGATCCAGACCATG;SOR=1.144;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=86;TCF=68;TCR=18;TR=85;WE=109354640;WS=109354622;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,104:0.99:105
chr12	109354843	rs36139385	G	A	3230.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.128;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=323;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.410;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=60;PP=1663;ReadPosRankSum=0.249;SC=AGGAAGACACGGAATCACAAG;SOR=0.654;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=210;TCF=91;TCR=119;TR=105;WE=109354851;WS=109354833;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:157,158:0.50:315
chr12	109371381	rs149284306	C	A	4961.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=54;NR=85;PP=2467;SC=CCCTCTCTACCCATTGCCAAG;SOR=1.085;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=139;TCF=54;TCR=85;TR=139;WE=109371389;WS=109371371;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,190:1.00:190
chr12	109371442	rs36182807	G	T	2431.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=12;NR=57;PP=1598;SC=TTAAAACCATGCATTACCATT;SOR=2.503;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=69;TCF=12;TCR=57;TR=69;WE=109371450;WS=109371432;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr12	109458559	rs138861157	A	ACC	170.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.67;BaseQRankSum=-0.140;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=29;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=39;PP=1506;ReadPosRankSum=0.685;SC=GCAGAGATGTACCCCCCCCCA;SOR=0.053;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=110;TCF=10;TCR=100;TR=39;WE=109458567;WS=109458549;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,12:0.19:62
chr12	109490426	rs140371213	C	CCGGCGG	2405.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.619;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=1.738;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=27;PP=2710;ReadPosRankSum=-1.376;SC=ATCCCTCGGTCCGGCGGCGGC;SOR=0.566;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=51;TCF=21;TCR=30;TR=43;WE=109490434;WS=109490416;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:5,86:0.95:91
chr12	109490442	.	C	CGGCGGT	1581	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;FR=0.5000;HP=4;HapScore=1;MGOF=20;MMLQ=24;MQ=60.23;NF=17;NR=27;PP=1581;QD=36.25;SC=GCGGCGGCGGCGGTAGCGGAG;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=69;TCF=33;TCR=36;TR=44;WE=109490450;WS=109490432;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:25,44:0.64:69
chr12	109510086	rs111762860	G	GT	676.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.046;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=299;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.07;MQRankSum=1.727;QD=2.40;ReadPosRankSum=0.993;SOR=0.725;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:207,75:0.27:282
chr12	109511144	rs7967182	T	C	2113.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=42;NR=15;PP=1278;SC=TATTTTTTCTTAAGAGGTAGT;SOR=1.810;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=57;TCF=42;TCR=15;TR=57;WE=109511152;WS=109511134;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr12	109511256	rs7967322	T	C	6801.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=259;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=84;NR=69;PP=2963;SC=CACCTCACCCTACATCCAATC;SOR=0.841;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=153;TCF=84;TCR=69;TR=153;WE=109511264;WS=109511246;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,258:1.00:258
chr12	109530278	rs145676752	G	GCA	4814.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.014;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=298;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.239;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.953;NF=42;NR=53;PP=2992;ReadPosRankSum=-0.227;SC=AGCCCTCAATGCACACACACA;SOR=1.318;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=135;TCF=64;TCR=71;TR=95;WE=109530289;WS=109530268;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,213:0.82:260
chr12	109536559	rs3219211	A	C	490.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.437;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.210;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=11;PP=264;ReadPosRankSum=-0.950;SC=TACCCCCTTCAACCTCCTTTA;SOR=0.313;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=26;TCF=7;TCR=19;TR=16;WE=109536567;WS=109536549;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,22:0.63:35
chr12	109540613	rs3219235	G	GT	1422.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.685;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.095;HP=7;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=26;PP=878;ReadPosRankSum=0.722;SC=TTAAGATTCTGTTTTTTGTTT;SOR=0.716;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=64;TCF=17;TCR=47;TR=32;WE=109540621;WS=109540603;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,72:0.50:144
chr12	109577735	rs2878960	C	T	4673.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.346;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=521;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=69;NR=94;PP=2277;ReadPosRankSum=-1.265;SC=ACTACTCCTCCGACGAGGACT;SOR=0.715;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=329;TCF=139;TCR=190;TR=163;WE=109577743;WS=109577725;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:278,233:0.46:511
chr12	109577952	rs4766494	T	C	607.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.649;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FS=2.081;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.94;ReadPosRankSum=0.665;SOR=0.465;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,31:0.46:68
chr12	109605730	rs4766516	C	T	3796.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=0.056;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=417;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.522;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=52;PP=1509;ReadPosRankSum=1.584;SC=GGATTGCCGCCGTGAAGTGCA;SOR=0.673;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=226;TCF=113;TCR=113;TR=111;WE=109605738;WS=109605720;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:220,195:0.47:415
chr12	109605898	rs34285	C	T	3289.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=33;NR=58;PP=1813;SC=CCCTCGCCTCCTTCCCCTGTG;SOR=1.207;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=92;TCF=34;TCR=58;TR=91;WE=109605906;WS=109605888;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr12	109609528	rs12821387	T	C	2880.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.220;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=262;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.971;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=32;PP=1483;ReadPosRankSum=0.270;SC=TCCATGGCTGTACATAGTCAC;SOR=0.781;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=166;TCF=106;TCR=60;TR=89;WE=109609536;WS=109609518;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:120,136:0.53:256
chr12	109617865	rs11065772	T	C	1119.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.61;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=17;PP=426;SC=TGATTGCTGATGTTAATCTGC;SOR=1.230;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=7;TCR=17;TR=24;WE=109617873;WS=109617855;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr12	109623516	rs2300455	G	A	6105.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=0.168;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=578;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=84;NR=95;PP=2638;ReadPosRankSum=-0.177;SC=CGTCATTGCCGCCAGAATCAC;SOR=0.704;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=324;TCF=151;TCR=173;TR=179;WE=109623524;WS=109623506;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:270,301:0.53:571
chr12	109625976	.	CTCCTTCCT	C,CTCCT	1549.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=161;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.13;QD=39.74;SOR=3.967;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:0,15,24:0.38,0.62:39
chr12	109629457	rs7135947	C	T	2749.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.163;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=308;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.399;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=38;PP=1471;ReadPosRankSum=1.473;SC=CCATCCGAGGCGACTTTAGGA;SOR=0.785;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=205;TCF=126;TCR=79;TR=99;WE=109629465;WS=109629447;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:159,138:0.46:297
chr12	109635031	rs2268393	A	G	1794.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=2.229;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.265;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=42;PP=1019;ReadPosRankSum=-1.268;SC=AAAACACAGCACTGGCCTGTG;SOR=0.802;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=120;TCF=33;TCR=87;TR=55;WE=109635039;WS=109635021;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,82:0.48:170
chr12	109635076	rs2268392	T	C	702.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-1.349;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.893;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=23;PP=374;ReadPosRankSum=1.987;SC=GGTGCCTTTCTGGTAAATTCT;SOR=1.371;SbPval=0.96;Source=Platypus;TC=52;TCF=7;TCR=45;TR=24;WE=109635084;WS=109635066;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,35:0.47:75
chr12	109637188	rs7299171	G	C	2392.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.111;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.302;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=29;PP=1187;ReadPosRankSum=-0.267;SC=CTCCCTACCCGACTCCTCCTC;SOR=0.549;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=145;TCF=90;TCR=55;TR=72;WE=109637196;WS=109637178;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:109,113:0.51:222
chr12	109644447	rs12818490	G	A	228.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=2.492;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=1;PP=190;ReadPosRankSum=1.217;SC=CCTGCCTCCCGTTCTGCCCGG;SOR=0.941;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=19;TCF=17;TCR=2;TR=11;WE=109644455;WS=109644445;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,10:0.56:18
chr12	109650546	rs2300454	T	C	525.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-1.466;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=6;PP=340;ReadPosRankSum=0.245;SC=GGACCAGTGCTCGTTTGGGTA;SOR=0.706;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=51;TCF=36;TCR=15;TR=22;WE=109650554;WS=109650536;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,26:0.43:61
chr12	109658070	rs2300452	G	A	2610.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.558;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=245;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.313;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=41;PP=1103;ReadPosRankSum=0.708;SC=TTATTCTTCTGACTTTCTTGG;SOR=0.889;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=128;TCF=59;TCR=69;TR=70;WE=109658078;WS=109658060;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:116,127:0.52:243
chr12	109660598	rs73191162	C	T	4562.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-2.188;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=467;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.435;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=86;NR=61;PP=2173;ReadPosRankSum=-0.974;SC=ATCCCTCCCCCTGCAGATCCT;SOR=0.880;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=310;TCF=178;TCR=132;TR=147;WE=109660606;WS=109660588;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:223,229:0.51:452
chr12	109670468	rs3742027	T	C	15259.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=573;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=171;NR=166;PP=2965;SC=TGCCATCACCTTACAGGATGA;SOR=0.714;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=337;TCF=171;TCR=166;TR=337;WE=109670476;WS=109670458;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,566:1.00:566
chr12	109671701	rs7974040	C	T	7138.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.082;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=675;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.526;HP=4;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=92;NR=143;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.587;SC=TGGGCCGTGGCCCCCAGGCTT;SOR=0.766;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=455;TCF=182;TCR=273;TR=235;WE=109671709;WS=109671691;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:325,336:0.51:661
chr12	109671738	rs34708647	C	A	4460.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-2.547;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=424;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.144;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=114;PP=2724;ReadPosRankSum=1.199;SC=GCTTCTCCCTCTCAGAGCCTC;SOR=0.822;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=326;TCF=106;TCR=220;TR=166;WE=109671746;WS=109671728;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:210,210:0.50:420
chr12	109675029	rs2241220	T	C	12195.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=459;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=180;NR=112;PP=2965;SC=AGCTGGAACTTAACCGGATGC;SOR=1.033;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=293;TCF=180;TCR=113;TR=292;WE=109675037;WS=109675019;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,453:1.00:453
chr12	109683575	rs10744772	A	G	1776.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=1.879;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=43;PP=1133;ReadPosRankSum=1.348;SC=GCGGAGCCTAACCCCTGGCTG;SOR=0.637;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=112;TCF=37;TCR=75;TR=67;WE=109683583;WS=109683565;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,77:0.55:140
chr12	109685545	rs2284689	A	G	935.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.471;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.764;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=24;PP=534;ReadPosRankSum=-0.023;SC=AATTTTGCTCATGGTTAATTT;SOR=0.547;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=76;TCF=26;TCR=50;TR=39;WE=109685553;WS=109685535;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,48:0.48:101
chr12	109691991	rs2075259	A	G	6488.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.281;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=586;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.108;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=118;NR=67;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.697;SC=ACCACAGACTAAGTCAGAGAC;SOR=0.796;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=353;TCF=216;TCR=137;TR=185;WE=109691999;WS=109691981;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:272,300:0.52:572
chr12	109696838	rs2075260	G	A	7810.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.346;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=801;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.521;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=124;NR=117;PP=2962;ReadPosRankSum=0.916;SC=CGCCCAGGCCGTCAAGGACTT;SOR=0.641;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=468;TCF=246;TCR=222;TR=241;WE=109696846;WS=109696828;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:403,390:0.49:793
chr12	109697796	rs2075261	A	G	1948.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.012;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.097;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=23;PP=812;ReadPosRankSum=0.676;SC=CCGAGGTAAGAGTCTGATGAG;SOR=0.763;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=109;TCF=55;TCR=54;TR=48;WE=109697804;WS=109697786;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:105,94:0.47:199
chr12	109701959	rs35795929	CA	C	168.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.719;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=234;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.09;MQRankSum=2.737;QD=0.75;ReadPosRankSum=1.594;SOR=0.734;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:171,53:0.24:224
chr12	109704177	rs2075262	G	A	1663.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.523;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.659;HP=6;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=41;PP=919;ReadPosRankSum=1.884;SC=ACCGTGGCCCGCCCAGCCACT;SOR=0.795;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=114;TCF=32;TCR=82;TR=57;WE=109704185;WS=109704167;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,76:0.52:147
chr12	109717697	rs10774641	A	G	3975.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.034;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=485;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=75;PP=2127;ReadPosRankSum=-1.045;SC=AGTGTGTCCAAGCTGAATCCC;SOR=0.718;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=316;TCF=148;TCR=168;TR=141;WE=109717705;WS=109717687;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:282,199:0.41:481
chr12	109723077	rs10774643	T	C	797.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.382;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=6.557;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=22.79;ReadPosRankSum=1.861;SOR=2.211;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,21:0.60:35
chr12	109723079	rs10774644	T	C	797.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.335;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=6.557;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=22.79;ReadPosRankSum=2.536;SOR=2.211;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,21:0.60:35
chr12	109725601	rs66482033	G	T	146.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.909;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.752;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=1;PP=87;ReadPosRankSum=0.514;SC=GCCAGCCCAAGGCAGGGTGTC;SOR=1.506;SbPval=0.94;Source=Platypus;TC=15;TCF=9;TCR=6;TR=6;WE=109725609;WS=109725591;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,7:0.41:17
chr12	109831348	.	C	CCAACCATT	557.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.699;ClippingRankSum=0.000;DP=199;ExcessHet=3.0103;FS=27.444;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=64.41;MQRankSum=7.712;QD=5.07;ReadPosRankSum=5.529;SOR=3.860;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:80,30:0.27:110
chr12	109831356	.	C	CCATCCATCCATCCATCCATT	919.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.561;ClippingRankSum=0.000;DP=183;ExcessHet=3.0103;FS=24.369;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=64.01;MQRankSum=8.169;QD=8.29;ReadPosRankSum=6.182;SOR=3.698;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:82,29:0.26:111
chr12	109835590	rs11611358	A	G	5882.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=3.091;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=537;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.725;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=84;NR=81;PP=2710;ReadPosRankSum=-0.597;SC=GATTTGGGAAATACATGGATA;SOR=0.604;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=317;TCF=152;TCR=165;TR=165;WE=109835598;WS=109835580;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:253,275:0.52:528
chr12	109843594	rs9888353	G	A	390.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=1.156;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=12.066;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=1;PP=298;ReadPosRankSum=-0.277;SC=TGGTTCTGTGGGCTCAGGTGT;SOR=3.045;SbPval=0.96;Source=Platypus;TC=40;TCF=32;TCR=8;TR=16;WE=109843602;WS=109843584;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,17:0.39:44
chr12	109844432	rs11066505	A	G	459.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.62;BaseQRankSum=1.851;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=3;PP=326;ReadPosRankSum=0.718;SC=TCCAGCCTGGATGACAGAGTG;SOR=0.836;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=29;TCF=24;TCR=5;TR=16;WE=109844440;WS=109844422;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,21:0.46:46
chr12	109844702	rs12425103	C	T	622.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.346;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.210;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=16;PP=412;ReadPosRankSum=-0.252;SC=GCCAGCCCTCCCTGCTGCTGC;SOR=1.091;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=41;TCF=12;TCR=29;TR=22;WE=109844710;WS=109844692;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,26:0.53:49
chr12	109845778	rs75978659	C	CATT	4664.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.917;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=274;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.477;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=3.181;NF=5;NR=57;PP=2964;ReadPosRankSum=-0.366;SC=TTATAATCATCGTTTCTTTAA;SOR=0.738;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=150;TCF=13;TCR=137;TR=62;WE=109845786;WS=109845768;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:136,125:0.48:261
chr12	109848000	rs7967632	C	G	438.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-0.572;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=7;PP=161;ReadPosRankSum=-0.585;SC=AGGCTGGAGTCCAGTGGCACA;SOR=1.022;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=15;TCF=4;TCR=11;TR=9;WE=109848008;WS=109847990;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,19:0.70:27
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chr12	109849552	rs5800859	C	CCT	1134.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.704;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=7;PP=1646;ReadPosRankSum=-0.400;SC=GGATTAAGCCCTTCTTCCCCC;SOR=0.556;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=51;TCF=36;TCR=15;TR=19;WE=109849560;WS=109849525;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,31:0.42:74
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chr12	109853349	rs73194218	A	G	2209.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.61;BaseQRankSum=1.046;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.171;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=24;PP=750;ReadPosRankSum=1.508;SC=TGGCTGGTCCAAAGGGCCGAA;SOR=0.744;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=77;TCF=39;TCR=38;TR=49;WE=109853357;WS=109853339;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,108:0.60:181
chr12	109853462	rs4766471	G	A	771.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.135;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=19;PP=433;ReadPosRankSum=0.970;SC=AGCCATGTATGTGCCCAGCCT;SOR=0.616;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=38;TCF=9;TCR=29;TR=26;WE=109853470;WS=109853452;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,34:0.67:51
chr12	109859032	rs5800861	G	GC	114.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=2.137;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=5;PP=170;ReadPosRankSum=2.028;SC=TGTGTATGATGCCCCCTGGGC;SOR=1.179;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=10;TCF=1;TCR=9;TR=6;WE=109859040;WS=109859022;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,6:0.46:13
chr12	109863721	rs67083809	TTC	T	2019.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.380;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.709;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.249;NF=18;NR=13;PP=1212;ReadPosRankSum=2.402;SC=CTCTGGCTCGTTCTCTCTCTC;SOR=1.016;SbPval=0.07;Source=Platypus;TC=78;TCF=31;TCR=47;TR=31;WE=109863730;WS=109863711;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:104,68:0.40:172
chr12	109865121	rs34644066	CA	C	143.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.565;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.28;MQRankSum=0.965;QD=4.49;ReadPosRankSum=-0.259;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,18:0.56:32
chr12	109874230	rs2075432	A	G	2753.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.134;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=261;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.460;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=30;PP=1111;ReadPosRankSum=0.364;SC=ACCCCTGGAGATCACAACCAC;SOR=0.638;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=148;TCF=91;TCR=57;TR=74;WE=109874238;WS=109874220;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:124,134:0.52:258
chr12	109883254	rs3742020	T	C	573.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=0.344;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.361;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.873;NF=18;NR=8;PP=448;ReadPosRankSum=2.265;SC=ATTTCTTCTGTAGACCAAAGG;SOR=0.412;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=39;TCF=29;TCR=10;TR=26;WE=109883262;WS=109883244;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,25:0.60:42
chr12	109883374	rs3825393	T	C	2101.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.743;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.603;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=28;PP=764;ReadPosRankSum=0.334;SC=GACACTGGACTGGAAGAACAA;SOR=0.587;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=122;TCF=66;TCR=56;TR=58;WE=109883382;WS=109883364;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:119,108:0.48:227
chr12	109883577	rs7969719	C	T	594.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-2.323;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=19;PP=406;ReadPosRankSum=-0.335;SC=CAGGAAGAAACTGATATAGAG;SOR=0.693;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=42;TCF=8;TCR=34;TR=24;WE=109883585;WS=109883567;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,26:0.54:48
chr12	109937534	rs7298565	G	A	1537.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.204;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.542;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=26;PP=845;ReadPosRankSum=0.076;SC=TGCTACTGTCGGAAGTATGTG;SOR=0.624;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=128;TCF=73;TCR=55;TR=59;WE=109937542;WS=109937524;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:111,79:0.42:190
chr12	109955708	rs10850308	A	C	864.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.456;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=12;PP=477;ReadPosRankSum=-0.450;SC=TGTTTGTGTCACTCCTTACTG;SOR=0.704;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=79;TCF=50;TCR=29;TR=34;WE=109955716;WS=109955698;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,46:0.43:106
chr12	109971481	rs12303137	C	G	4853.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.762;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=490;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.524;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=73;NR=98;PP=2690;ReadPosRankSum=0.753;SC=CAGCTGGACCCCTCAGAGCCA;SOR=0.767;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=325;TCF=142;TCR=183;TR=171;WE=109971489;WS=109971471;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:242,236:0.49:478
chr12	109994870	rs9593	A	T	1970.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.872;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.378;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=24;PP=906;ReadPosRankSum=-0.534;SC=GTCATTTTTCATGTATATTTT;SOR=0.941;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=113;TCF=63;TCR=50;TR=60;WE=109994878;WS=109994860;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,97:0.54:181
chr12	109995097	rs888192	A	G	114.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=1.565;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.983;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=6;PP=86;ReadPosRankSum=0.245;SC=TCTTGCACTTAATGGATGGCA;SOR=1.300;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=25;TCF=7;TCR=18;TR=7;WE=109995105;WS=109995087;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,7:0.26:27
chr12	109999048	rs12309115	C	T	2046.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.511;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.776;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NR=40;PP=1369;ReadPosRankSum=0.490;SC=GCACACCCACCGGGCACGCTG;SOR=0.564;Source=Platypus;TCR=94;WE=109999056;WS=109999038;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:103,89:0.46:192
chr12	110002819	rs10850380	A	G	552.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=2.323;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.538;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=5;PP=314;ReadPosRankSum=-0.690;SC=GAGGGAGAGTAACTAGCCCCA;SOR=0.357;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=39;TCF=29;TCR=10;TR=16;WE=110002827;WS=110002809;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,24:0.45:53
chr12	110004960	rs874170	C	T	282.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.618;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.10;ReadPosRankSum=0.616;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,14:0.50:28
chr12	110006512	rs11836136	A	G	2636.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.601;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=316;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.395;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=40;PP=1466;ReadPosRankSum=1.361;SC=AGAGCTTCACATTCATTACGT;SOR=0.602;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=203;TCF=129;TCR=74;TR=102;WE=110006520;WS=110006502;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:168,137:0.45:305
chr12	110011229	rs10774774	GC	TT	3590.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=2.041;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.054;HP=4;HapScore=2;JOINED;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=34;PP=2043;ReadPosRankSum=-0.311;SC=CGAAGCACCCGCGCAGGCCAA;SOR=0.710;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=120;TCF=57;TCR=63;TR=62;WE=110011238;WS=110011219;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:119,97:0.45:216
chr12	110012467	rs3759387	G	T	113.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-2.305;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.796;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=1;PP=45;ReadPosRankSum=1.146;SC=GTTGACTCCTGCATTGCCTTT;SOR=0.129;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=13;TCF=11;TCR=2;TR=4;WE=110012475;WS=110012464;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,6:0.40:15
chr12	110012510	rs66616264	C	G	227.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-2.540;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.967;HP=6;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=3;PP=116;ReadPosRankSum=-0.164;SC=CGGTAACTACCTTTTTTGTTA;SOR=0.200;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=29;TCF=23;TCR=6;TR=11;WE=110012518;WS=110012500;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,13:0.41:32
chr12	110013879	rs7957619	G	A	5040.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.197;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=535;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.445;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=84;NR=89;PP=2285;ReadPosRankSum=0.599;SC=GTGGACCTCAGCTTACCCAAC;SOR=0.592;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=325;TCF=169;TCR=156;TR=173;WE=110013887;WS=110013869;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:275,259:0.49:534
chr12	110014055	rs3752662	C	T	952.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=0.946;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.020;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=30;PP=607;ReadPosRankSum=-0.427;SC=AGCTATTTCCCGGGTGTTTTC;SOR=0.437;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=84;TCF=19;TCR=65;TR=40;WE=110014063;WS=110014045;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,46:0.48:95
chr12	110016947	rs7296044	T	A	306.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.055;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.61;ReadPosRankSum=0.969;SOR=0.871;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,16:0.76:21
chr12	110221631	rs10774894	G	C	3476.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.742;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=329;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.417;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=80;PP=2006;ReadPosRankSum=-1.904;SC=GGTGGAGAGAGAGCGTGCGTA;SOR=0.574;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=240;TCF=78;TCR=162;TR=122;WE=110221639;WS=110221621;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:160,165:0.51:325
chr12	110293678	rs3782893	G	C	263.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-1.214;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=10;PP=171;ReadPosRankSum=0.506;SC=CAGGAACATGGGCGCCCCAGA;SOR=0.519;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=23;TCF=5;TCR=18;TR=13;WE=110293686;WS=110293668;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,13:0.54:24
chr12	110296095	rs4766488	G	C	519.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.165;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.257;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=16;PP=282;ReadPosRankSum=0.189;SC=CTGGGCCCTAGGTGGATTCTC;SOR=0.941;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=40;TCF=10;TCR=30;TR=20;WE=110296103;WS=110296085;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,25:0.54:46
chr12	110318261	rs71458309	G	C	281.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.840;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=28;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=10;PP=136;ReadPosRankSum=1.448;SC=CGTCAGCGCCGGGGCCGTCAC;SOR=0.836;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=32;TCF=11;TCR=21;TR=15;WE=110318269;WS=110318251;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,17:0.38:45
chr12	110418635	rs7960775	A	G	1215.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=32;NR=5;PP=769;SC=ATTAAAAGCCATATGTATAGC;SOR=2.935;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=32;TCR=5;TR=37;WE=110418643;WS=110418625;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr12	110454085	.	CT	C	242.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.654;ClippingRankSum=0.000;DP=156;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.67;ReadPosRankSum=0.374;SOR=0.654;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:102,43:0.30:145
chr12	110463769	.	C	CT	141.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.217;ClippingRankSum=0.000;DP=111;ExcessHet=3.0103;FS=1.536;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.92;MQRankSum=0.000;QD=1.89;ReadPosRankSum=-0.089;SOR=1.078;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:53,22:0.29:75
chr12	110480479	.	G	GA	134.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.486;ClippingRankSum=0.000;DP=105;ExcessHet=3.0103;FS=2.333;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.55;ReadPosRankSum=0.519;SOR=1.081;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:68,19:0.22:87
chr12	110489270	.	C	T	348.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.495;ClippingRankSum=0.000;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=13;PP=251;ReadPosRankSum=1.365;SC=CTTGCTCTGTCGCCCAGGTTG;SOR=0.639;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=32;TCF=7;TCR=25;TR=17;WE=110489278;WS=110489260;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,16:0.55:29
chr12	110565138	.	A	AT	53.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.602;ClippingRankSum=0.000;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=6.466;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.88;ReadPosRankSum=-0.513;SOR=0.136;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:50,11:0.18:61
chr12	110566907	rs34684319	A	G	1467.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.355;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=32;PP=771;ReadPosRankSum=0.930;SC=TTTCTTCAGGATGAAACTGTG;SOR=0.658;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=83;TCF=25;TCR=58;TR=47;WE=110566915;WS=110566897;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,66:0.54:122
chr12	110874492	.	G	GAA	52.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=7.53;ReadPosRankSum=-0.366;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,5:0.71:7
chr12	110874516	rs28420165	T	C	33.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.524;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=3.07;ReadPosRankSum=1.834;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,4:0.36:11
chr12	110897759	rs145339825	A	T	663.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-2.752;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.424;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=19;PP=369;ReadPosRankSum=-1.336;SC=ATAATTACATAAAAAACCCAT;SOR=0.346;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=53;TCF=12;TCR=41;TR=26;WE=110897767;WS=110897749;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,32:0.50:64
chr12	110905869	rs7958683	G	A	28895.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=0.722;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=399;NR=281;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.204;SC=AGGGTTCCCAGTACACACACC;SOR=0.963;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=680;TCF=399;TCR=281;TR=680;WE=110905877;WS=110905859;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,1091:1.00:1093
chr12	110922742	rs34734286	T	C	517.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.231;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.643;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=4;PP=259;ReadPosRankSum=0.877;SC=CCTGACCTCGTGATCCACCCA;SOR=0.368;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=47;TCF=37;TCR=10;TR=16;WE=110922750;WS=110922732;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,24:0.42:57
chr12	110939421	rs6606687	T	C	19190.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=723;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=255;NR=188;PP=2965;SC=TGTTCTGCATTCGAGAGGCCA;SOR=0.920;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=444;TCF=256;TCR=188;TR=443;WE=110939429;WS=110939411;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,709:1.00:709
chr12	110950775	.	AT	A	313.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.003;ClippingRankSum=0.000;DP=98;ExcessHet=3.0103;FS=2.076;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.36;ReadPosRankSum=0.866;SOR=0.455;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:43,29:0.40:72
chr12	110974744	rs73191841	G	C	1267.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.714;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.436;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=14;PP=726;ReadPosRankSum=-1.016;SC=TGGCCATTGAGATCAGTGGCA;SOR=0.893;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=93;TCF=64;TCR=29;TR=47;WE=110974752;WS=110974734;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,61:0.46:133
chr12	110974890	rs10849900	T	C	1478.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.929;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.806;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=31;PP=537;ReadPosRankSum=1.226;SC=TGATGTCATCTGGCTTTCCAC;SOR=0.835;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=128;TCF=49;TCR=79;TR=46;WE=110974898;WS=110974880;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:113,80:0.41:193
chr12	111080154	rs188817098	G	C	2576.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.707;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=257;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.455;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=44;PP=1319;ReadPosRankSum=1.077;SC=CCGGACCCCAGTATTATTTGG;SOR=0.660;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=154;TCF=69;TCR=85;TR=80;WE=111080162;WS=111080144;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:126,128:0.50:254
chr12	111160513	.	G	GA	39.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.071;ClippingRankSum=0.000;DP=198;ExcessHet=3.0103;FS=1.950;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.25;ReadPosRankSum=1.012;SOR=0.465;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:135,24:0.15:159
chr12	111290599	rs7952822	G	A	465.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.612;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.793;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=3;PP=252;ReadPosRankSum=-1.295;SC=AGGAGGTGCCGTTCTGACCTG;SOR=1.235;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=29;TCF=22;TCR=7;TR=16;WE=111290607;WS=111290589;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,22:0.51:43
chr12	111375170	rs1056618	A	G	2502.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.098;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FS=0.602;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.47;ReadPosRankSum=-2.965;SOR=0.772;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:85,67:0.44:152
chr12	111375170	.	AGC	GGT	1184	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;FR=0.5000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=15;NR=23;PP=1184;QD=32.5649440753;SC=TCCCCCGCCAAGCCTGCCAGA;SbPval=0.21;Source=Platypus;TC=91;TCF=46;TCR=45;TR=38;WE=111375180;WS=111375160;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:53,38:0.42:91
chr12	111375172	rs1056620	C	T	2502.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.772;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.69;ReadPosRankSum=-3.187;SOR=0.655;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:85,65:0.43:150
chr12	111651977	rs11338501	CT	C	345.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.297;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.68;ReadPosRankSum=0.826;SOR=0.618;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:55,39:0.41:94
chr12	111652040	rs199531850	C	T	2145.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.672;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=242;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.992;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=37;PP=1039;ReadPosRankSum=0.548;SC=GCTGTCTGCACGGCAGGAGGA;SOR=0.686;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=174;TCF=93;TCR=81;TR=79;WE=111652048;WS=111652030;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:129,110:0.46:239
chr12	111786082	rs6490073	G	C	13348.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=502;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=127;NR=159;PP=2965;SC=CATTTACCGAGTAGAGCGGGC;SOR=0.843;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=287;TCF=127;TCR=160;TR=286;WE=111786090;WS=111786072;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,497:1.00:497
chr12	111800258	rs3809272	G	A	3134.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.419;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=291;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.564;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=80;NR=34;PP=1848;ReadPosRankSum=1.044;SC=TGCACGTGACGTTCCCCTCAA;SOR=0.571;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=216;TCF=157;TCR=59;TR=114;WE=111800266;WS=111800248;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:131,147:0.53:278
chr12	111884608	rs3184504	T	C	5292.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.111;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=542;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.519;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=99;NR=83;PP=2414;ReadPosRankSum=1.155;SC=GGAGGTCCGGTGGTGCACACG;SOR=0.642;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=356;TCF=199;TCR=157;TR=182;WE=111884616;WS=111884598;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:272,260:0.49:532
chr12	112036753	rs10560189	GGCTGCT	GGCT,G	3966.73	.	AC=2,0;AF=1.00,0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.763;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.513;NF=16,16;NR=40,40;PP=2183,349;ReadPosRankSum=-1.081;SC=CGCGGGCGGCGGCTGCTGCTG;SOR=0.904;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=77;TCF=24;TCR=53;TR=56,56;WE=112036789;WS=112036743;set=Intersection	GT:AF:DP	1/1:0.97:151
chr12	112036797	rs4098854	C	T	5135.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.463;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.712;HP=1;HapScore=1;MGOF=31;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=1.042;NF=58;NR=55;PP=2119;ReadPosRankSum=-1.798;SC=GCTGCTGCTGCTGCTGCTGCT;SOR=0.330;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=126;TCF=66;TCR=60;TR=113;WE=112036805;WS=112036787;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:11,156:0.93:167
chr12	112036929	rs695872	G	A	2412.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=26;NR=40;PP=1457;SC=GCGGGGACGCGCGGGCGCCGA;SOR=1.153;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=66;TCF=26;TCR=40;TR=66;WE=112036937;WS=112036919;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr12	112037000	rs695871	G	C	2207.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=20;NR=29;PP=936;SC=GGGAGAAGGAGGACGACGAAG;SOR=0.922;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=49;TCF=20;TCR=29;TR=49;WE=112037008;WS=112036977;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr12	112148301	rs34767337	AT	A	367.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.498;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FS=0.886;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.20;MQRankSum=1.583;QD=3.87;ReadPosRankSum=-0.740;SOR=0.909;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:57,38:0.40:95
chr12	112219641	.	G	GT	58.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.394;ClippingRankSum=0.000;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.09;ReadPosRankSum=0.688;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:43,11:0.20:54
chr12	112306512	.	CT	C	376.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.929;ClippingRankSum=0.000;DP=120;ExcessHet=3.0103;FS=1.912;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.09;MQRankSum=1.366;QD=3.33;ReadPosRankSum=0.308;SOR=0.467;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:69,44:0.39:113
chr12	112403565	rs59183823	TA	T	80.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.022;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.07;ReadPosRankSum=1.346;SOR=0.877;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,12:0.31:39
chr12	112601598	rs78987995	G	A	402.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=-0.794;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=6;PP=112;ReadPosRankSum=2.163;SC=CTGGGTCTGGGGGCCACACCC;SOR=0.495;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=17;TCF=7;TCR=10;TR=11;WE=112601606;WS=112601588;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,20:0.71:28
chr12	112605071	rs61941326	C	T	2115.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.711;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.563;HP=6;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=19;PP=1148;ReadPosRankSum=-0.620;SC=AGCAAGGTGGCGGGGAGGCCC;SOR=0.789;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=140;TCF=99;TCR=41;TR=70;WE=112605079;WS=112605061;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:96,96:0.50:192
chr12	112610714	rs11066188	G	A	883.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.757;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=22;PP=522;ReadPosRankSum=0.720;SC=AGGGCACACCGGGATGACTGT;SOR=0.600;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=71;TCF=20;TCR=51;TR=31;WE=112610722;WS=112610704;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,41:0.45:91
chr12	112638688	rs35054697	CGT	C	734.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.639;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=41;PP=1305;ReadPosRankSum=-0.221;SC=TGCGTGCGTGCGTGTGTGTGT;SOR=0.715;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=107;TCF=11;TCR=96;TR=46;WE=112638701;WS=112638678;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,43:0.43:100
chr12	112657406	.	A	AT	139.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.860;ClippingRankSum=0.000;DP=78;ExcessHet=3.0103;FS=1.442;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.69;ReadPosRankSum=-0.922;SOR=0.430;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,17:0.33:52
chr12	113269736	rs11829717	A	G	2273.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.142;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.119;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=60;PP=1359;ReadPosRankSum=-1.635;SC=TACTTGGTGCATGTTGTACTT;SOR=0.796;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=173;TCF=54;TCR=119;TR=84;WE=113269744;WS=113269726;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:112,107:0.49:219
chr12	113348870	rs1131454	G	A	3016.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.573;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=297;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.514;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=44;PP=1385;ReadPosRankSum=1.555;SC=GTTGACTGGCGGCTATAAACC;SOR=0.565;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=174;TCF=93;TCR=81;TR=87;WE=113348878;WS=113348860;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:144,148:0.51:292
chr12	113357193	rs10774671	G	A	3469.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=63;NR=24;PP=1911;SC=CACCCTTTCAGGCTGAAAGCA;SOR=1.649;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=87;TCF=63;TCR=24;TR=87;WE=113357201;WS=113357183;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr12	113357209	rs1131476	G	A	4710.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=31;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=72;NR=42;PP=2192;SC=AAGCAACAGTGCAGACGATGA;SOR=1.153;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=115;TCF=72;TCR=43;TR=114;WE=113357217;WS=113357199;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,176:1.00:176
chr12	113357237	rs1051042	G	C	6432.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=247;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=87;NR=58;PP=2578;SC=GATCCCAGGAGGTATCAGAAA;SOR=1.003;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=146;TCF=88;TCR=58;TR=145;WE=113357245;WS=113357227;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,241:1.00:241
chr12	113357442	rs2660	G	A	4203.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=48;NR=62;PP=2333;SC=GATCCAGAGAGGACAAAGCTC;SOR=0.889;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=110;TCF=48;TCR=62;TR=110;WE=113357450;WS=113357432;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,154:1.00:154
chr12	113369644	rs7968145	C	T	3387.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=47;NR=32;PP=1483;SC=ACAGGCTCCTCAATATGAGAG;SOR=0.916;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=81;TCF=47;TCR=34;TR=79;WE=113369652;WS=113369634;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
chr12	113369715	rs11352835	TA	T	6680.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=8;NR=47;PP=2440;SC=GAAGGAACTATACCAATAATT;SOR=0.766;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=57;TCF=9;TCR=48;TR=55;WE=113369723;WS=113369705;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,168:1.00:168
chr12	113369759	rs7967461	G	C	2807.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=36;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=30;NR=43;PP=1086;SC=ACAGACAAGAGGAGCCTCATT;SOR=1.042;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=73;TCF=30;TCR=43;TR=73;WE=113369767;WS=113369749;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr12	113376320	rs3815178	C	T	1368.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=25;NR=10;PP=763;SC=TCCCCTTGCACCTGCGCCGGG;SOR=1.436;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=35;TCF=25;TCR=10;TR=35;WE=113376339;WS=113376310;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr12	113376331	rs1859331	C	A	1880.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.982;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=14;PP=869;ReadPosRankSum=1.766;SC=CTGCGCCGGGCGGCCATGGAC;SOR=0.455;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=43;TCF=29;TCR=14;TR=42;WE=113376339;WS=113376310;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,71:0.99:72
chr12	113376388	rs1859330	G	A	2456.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.921;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=34;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=25;PP=1329;ReadPosRankSum=0.183;SC=GTGGCCAGAAGGCTGCAGCCG;SOR=0.982;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=65;TCF=39;TCR=26;TR=62;WE=113376396;WS=113376378;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,92:0.98:94
chr12	113376452	rs1859329	C	T	3633.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.914;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=32;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.183;NF=52;NR=39;PP=1627;ReadPosRankSum=-0.980;SC=TGGCCGCTGCCCTGAGGGAGC;SOR=0.921;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=95;TCF=53;TCR=42;TR=91;WE=113376460;WS=113376442;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,134:0.99:136
chr12	113376543	rs3038120	C	CCAAAGGG	7254.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=12;NR=49;PP=2900;SC=CTTTATGTGTCCAAAGGGGAG;SOR=0.908;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=67;TCF=12;TCR=55;TR=61;WE=113376551;WS=113376533;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,162:1.00:162
chr12	113385918	rs7961861	C	T	6120.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=-0.629;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=242;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=90;PP=2676;ReadPosRankSum=-1.203;SC=AGTGAGGGGGCCCCAGGACCC;SOR=0.718;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=135;TCF=44;TCR=91;TR=134;WE=113385926;WS=113385908;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,234:0.99:237
chr12	113386616	rs34647135	T	C	2282.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.339;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=4;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=24;PP=2833;ReadPosRankSum=0.620;SC=ATTGGGTTGATGCAGAAACCA;SOR=0.665;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=166;TCF=120;TCR=46;TR=82;WE=113386632;WS=113386606;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:118,110:0.48:228
chr12	113386624	rs7965570	C	T	2612.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.799;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=268;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=4;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=29;PP=2914;ReadPosRankSum=0.882;SC=GATGCAGAAACCACTGCGCCT;SOR=0.723;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=193;TCF=132;TCR=61;TR=93;WE=113386632;WS=113386606;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:137,126:0.48:263
chr12	113386779	rs2285933	C	G	6049.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.725;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=642;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.091;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=89;NR=99;PP=2882;ReadPosRankSum=-1.665;SC=GAGCAGGGAGCAAACCTCCCT;SOR=0.753;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=389;TCF=190;TCR=199;TR=188;WE=113386787;WS=113386769;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:341,299:0.47:640
chr12	113386950	rs2285932	T	C	7930.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=303;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=83;NR=118;PP=2965;SC=AAAAGGCCATTGACATCATCT;SOR=0.936;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=202;TCF=83;TCR=119;TR=201;WE=113386958;WS=113386940;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,301:1.00:301
chr12	113387034	rs3214199	A	AG	3777.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=64;PP=2321;SC=GTGGAGACACAGGGGGGACCC;SOR=1.553;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=78;TCF=5;TCR=73;TR=69;WE=113387042;WS=113387024;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr12	113398919	rs2072136	G	A	5038.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.735;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=520;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.092;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=86;NR=72;PP=2417;ReadPosRankSum=1.490;SC=AGGTCTACTCGAGGCTCCTCA;SOR=0.796;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=316;TCF=164;TCR=152;TR=158;WE=113398927;WS=113398909;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:267,245:0.48:512
chr12	113400824	rs113210418	CA	C	580.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-0.175;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.884;HP=1;HapScore=4;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=8;PP=499;ReadPosRankSum=-0.677;SC=TCCCACTCCTCACTCTGCTTC;SOR=0.323;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=23;TCF=0;TCR=23;TR=8;WE=113400834;WS=113400814;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,16:0.47:34
chr12	113400826	rs61942232	C	T	589.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-1.758;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.830;HP=1;HapScore=4;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=8;PP=491;ReadPosRankSum=-0.404;SC=CCACTCCTCACTCTGCTTCCC;SOR=0.358;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=22;TCF=1;TCR=21;TR=9;WE=113400834;WS=113400814;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,16:0.48:33
chr12	113403684	rs2240188	C	T	3337.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.880;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=337;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.305;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=41;PP=1585;ReadPosRankSum=0.783;SC=CCGAGCCCAGCTGGAGGCATG;SOR=0.623;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=216;TCF=130;TCR=86;TR=100;WE=113403692;WS=113403674;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:169,162:0.49:331
chr12	113405181	rs1557866	A	C	3868.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=94;NR=21;PP=2788;SC=CACTGGGACAACATGGGAGCC;SOR=2.629;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=116;TCF=94;TCR=22;TR=115;WE=113405189;WS=113405171;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr12	113416653	rs2384075	G	A	578.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-0.874;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=20;PP=440;ReadPosRankSum=-2.522;SC=CAGCAAGGCCGAGCTACTGGG;SOR=0.914;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=36;TCF=3;TCR=33;TR=22;WE=113416661;WS=113416643;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,23:0.55:42
chr12	113424893	rs2072138	C	G	3585.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-2.061;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=283;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.111;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=51;PP=1677;ReadPosRankSum=1.086;SC=CCGATGGTACCCTTGTCCTCT;SOR=0.832;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=171;TCF=91;TCR=80;TR=117;WE=113424901;WS=113424883;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:105,175:0.62:280
chr12	113425154	rs1293767	C	G	2941.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=27;NR=52;PP=1550;SC=GCCAAAGAAGCGGGTGCCAGA;SOR=1.287;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=79;TCF=27;TCR=52;TR=79;WE=113425162;WS=113425144;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr12	113435293	rs1293756	C	A	8149.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=315;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=99;NR=77;PP=2965;SC=CTAGATCCCCCAATGAGCTGC;SOR=0.851;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=176;TCF=99;TCR=77;TR=176;WE=113435301;WS=113435283;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,311:1.00:311
chr12	113435450	rs1293755	A	T	6097.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=61;NR=75;PP=2758;SC=TCAGAACCGTACTGGAGCTGA;SOR=0.756;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=136;TCF=61;TCR=75;TR=136;WE=113435458;WS=113435440;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,227:1.00:227
chr12	113440921	rs2072137	T	C	9962.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.753;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=374;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=101;NR=129;PP=2965;ReadPosRankSum=1.956;SC=AGCACTGGCCTTTCTCATGTC;SOR=0.856;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=230;TCF=101;TCR=129;TR=230;WE=113440929;WS=113440911;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,368:0.99:370
chr12	113444418	rs929291	T	C	7445.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.591;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=288;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=79;NR=89;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.329;SC=AAGGACAGTCTTTGTTCTGAC;SOR=0.765;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=170;TCF=80;TCR=90;TR=168;WE=113444426;WS=113444408;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,286:0.99:288
chr12	113448288	rs15895	A	G	5598.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=82;NR=57;PP=2895;SC=AGAAACTTCTAGAGATCATCT;SOR=0.982;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=141;TCF=82;TCR=59;TR=139;WE=113448296;WS=113448278;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,202:1.00:202
chr12	113515924	rs71445596	CA	C	1475.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=0.435;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.792;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=2.174;NF=7;NR=9;PP=526;ReadPosRankSum=-0.847;SC=AGACGGGGCCCAGGGGGAGGG;SOR=0.813;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=29;TCF=10;TCR=19;TR=16;WE=113515932;WS=113515914;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,47:0.53:89
chr12	113530845	rs3217697	C	CAG	4364.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=25;NR=26;PP=2310;SC=CTGCAGTTGGCAGAGAGGTAC;SOR=1.168;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=55;TCF=27;TCR=28;TR=51;WE=113530853;WS=113530835;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr12	113530896	rs77550984	G	A	2248.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.513;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FS=1.455;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.73;ReadPosRankSum=-1.636;SOR=0.526;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:43,100:0.70:143
chr12	113530899	rs1628639	A	G	5745.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=38.31;SOR=0.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,150:1.00:150
chr12	113531295	rs1625170	T	C	1433.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.81;SOR=4.047;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr12	113531305	rs1674095	A	T	1683.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=40.09;SOR=3.056;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr12	113533050	rs2243397	C	T	31369.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=1215;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQ=60.01;NF=385;NR=370;PP=2965;SC=GCCCCCACACCCCTCCAACTC;SOR=0.703;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=762;TCF=391;TCR=371;TR=755;WE=113533058;WS=113533040;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,1202:1.00:1202
chr12	113533124	rs2243396	C	T	31433.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=1190;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQ=60.01;NF=326;NR=374;PP=2965;SC=CTGTCCCTCTCTGCAGGGCCC;SOR=0.804;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=711;TCF=328;TCR=383;TR=700;WE=113533132;WS=113533114;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,1178:1.00:1178
chr12	113539822	rs1674101	A	G	6533.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=248;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=56;NR=73;PP=2618;SC=CGGCTGAGGGAACACAGCTTC;SOR=0.839;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=129;TCF=56;TCR=73;TR=129;WE=113539830;WS=113539812;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,247:1.00:247
chr12	113541940	rs1613480	C	T	5738.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=85;NR=70;PP=2965;SC=GGACGCCCCCCGCTCCCCATC;SOR=0.936;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=169;TCF=98;TCR=71;TR=155;WE=113541948;WS=113541930;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,218:1.00:218
chr12	113544874	rs2468355	C	T	13528.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=523;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=174;NR=127;PP=2965;SC=GCTGAGAAGCCAGATGTGGCC;SOR=0.907;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=303;TCF=174;TCR=129;TR=301;WE=113544882;WS=113544864;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,512:1.00:512
chr12	113545393	rs736285	A	G	4460.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=78;NR=40;PP=2240;SC=GTGCCACTGCACTCCAGCCTG;SOR=1.302;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=118;TCF=78;TCR=40;TR=118;WE=113545401;WS=113545383;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,172:1.00:172
chr12	113553408	rs1284878	C	T	1874.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=49;NR=13;PP=1276;SC=CCATTGAGGGCGGTGATGTCG;SOR=2.338;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=62;TCF=49;TCR=13;TR=62;WE=113553416;WS=113553398;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr12	113553481	rs1284879	C	T	4440.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-2.183;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=74;NR=52;PP=2054;ReadPosRankSum=-0.563;SC=GTCCAGAAAGCGCCCAGCCAG;SOR=0.376;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=129;TCF=76;TCR=53;TR=126;WE=113553489;WS=113553471;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,172:0.99:173
chr12	113566050	rs4007310	GACAC	G,GAC	1732.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.832;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.19;MQRankSum=0.385;QD=29.37;ReadPosRankSum=-0.173;SOR=0.651;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:3,23,33:0.39,0.56:59
chr12	113592980	.	G	GA	68.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.270;ClippingRankSum=0.000;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=4.325;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.26;MQRankSum=1.680;QD=1.72;ReadPosRankSum=0.415;SOR=0.172;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,11:0.28:40
chr12	113716734	rs144760721	GGT	G	203.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.846;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FS=1.894;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.10;MQRankSum=3.728;QD=1.21;ReadPosRankSum=-0.194;SOR=0.500;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:144,25:0.15:169
chr12	113796566	rs7965471	A	C	482.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=-0.801;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.366;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=6;PP=124;ReadPosRankSum=-0.116;SC=CGCGATGGGCAGGTCCCTCCA;SOR=0.368;SbPval=0.21;Source=Platypus;TC=29;TCF=20;TCR=9;TR=13;WE=113796574;WS=113796556;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,24:0.44:55
chr12	113825679	rs12425042	C	T	3218.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.622;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=314;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.425;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=86;PP=1859;ReadPosRankSum=0.758;SC=CCAGGCCCTGCGTCAGCGCTC;SOR=0.801;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=230;TCF=70;TCR=160;TR=121;WE=113825687;WS=113825669;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:154,153:0.50:307
chr12	113826442	rs78927955	C	G	4495.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.539;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=504;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.748;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=69;NR=81;PP=2108;ReadPosRankSum=-1.355;SC=AGTTCTGTCCCTGCTCTGCTG;SOR=0.731;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=305;TCF=150;TCR=155;TR=150;WE=113826450;WS=113826432;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:272,230:0.46:502
chr12	113836715	rs73194896	C	T	1416.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.089;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=4.403;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.01;ReadPosRankSum=0.017;SOR=1.414;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,36:0.61:59
chr12	113836721	rs73194898	C	T	1362.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.536;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=4.369;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=23.91;ReadPosRankSum=-0.490;SOR=1.501;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,35:0.61:57
chr12	113909057	rs3803074	A	C	563.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=3.931;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.190;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=2;PP=457;ReadPosRankSum=-0.102;SC=GGATGGGGGTATCCCCTTCCC;SOR=1.961;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=40;TCF=35;TCR=5;TR=22;WE=113909065;WS=113909047;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,22:0.51:43
chr12	114261053	rs11066773	G	A	2338.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.183;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=27;PP=1006;ReadPosRankSum=-0.297;SC=TCTGCTCCTCGCTGTCGCTGT;SOR=0.663;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=148;TCF=89;TCR=59;TR=69;WE=114261061;WS=114261043;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:98,110:0.53:208
chr12	114261237	rs2059598	A	C	888.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-1.184;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=28;PP=532;ReadPosRankSum=-0.743;SC=GAGCAGAACAAGGGTGCGGGG;SOR=0.735;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=85;TCF=22;TCR=63;TR=37;WE=114261245;WS=114261227;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,44:0.45:97
chr12	114261286	rs930004	T	G	1340.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=10;NR=32;PP=918;SC=AGAGGGAAGTTGGGGAGAGCG;SOR=2.303;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=43;TCF=10;TCR=33;TR=42;WE=114261294;WS=114261276;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr12	114282496	rs2075387	C	T	2696.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.466;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=280;ExcessHet=3.0103;FS=2.043;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.06;ReadPosRankSum=-0.821;SOR=0.850;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:133,135:0.50:268
chr12	114282678	rs2075386	G	A	616.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.146;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.869;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=12;PP=216;ReadPosRankSum=0.253;SC=GCCTGCCTGCGTCTCAGATGC;SOR=0.542;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=55;TCF=22;TCR=33;TR=21;WE=114282686;WS=114282668;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,33:0.42:79
chr12	114296745	rs10744803	C	T	5112.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=58;NR=64;PP=2137;SC=AATAGAGGCCCGCAAGGGAGG;SOR=0.766;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=123;TCF=58;TCR=65;TR=122;WE=114296753;WS=114296735;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,197:1.00:197
chr12	114355974	rs2279051	C	T	48.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-0.652;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=1;PP=49;ReadPosRankSum=-1.242;SC=GTGCATTAAACATTCACCCAA;SOR=0.693;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=6;TCF=5;TCR=1;TR=4;WE=114355982;WS=114355972;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,4:0.50:8
chr12	114356357	rs10774721	T	C	946.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.384;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=19;PP=581;ReadPosRankSum=-0.810;SC=GGGAGCCTGATTGTTCCCCGG;SOR=0.578;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=27;TCF=7;TCR=20;TR=26;WE=114356365;WS=114356347;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,34:0.97:35
chr12	114358581	rs112539928	G	C	902.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.946;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=20;PP=494;ReadPosRankSum=0.292;SC=CCCCAGACCTGCGCTGTATTT;SOR=0.569;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=46;TCF=15;TCR=31;TR=30;WE=114358589;WS=114358571;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,40:0.69:58
chr12	114362483	rs3782456	C	T	9338.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=346;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=160;NR=91;PP=2965;SC=GAACACTTTCCGAATTTCATG;SOR=1.196;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=257;TCF=160;TCR=97;TR=251;WE=114362491;WS=114362473;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,338:1.00:338
chr12	114362621	rs1458713	A	G	11701.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=441;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=109;NR=169;PP=2965;SC=AGGCAAGGGCACCTGTCAAAC;SOR=1.051;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=280;TCF=110;TCR=170;TR=278;WE=114362640;WS=114362611;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,433:1.00:433
chr12	114362632	rs3782458	A	G	3412.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.809;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=385;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.322;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=71;PP=1823;ReadPosRankSum=0.353;SC=CCTGTCAAACACTATACCCCC;SOR=0.546;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=260;TCF=100;TCR=160;TR=119;WE=114362640;WS=114362611;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:205,175:0.46:380
chr12	114362699	rs10774723	G	T	1839.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-3.652;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.165;HP=1;HapScore=2;MGOF=35;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=44;PP=997;ReadPosRankSum=-1.090;SC=GATGAGTGATGACCTCCTTTA;SOR=0.413;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=117;TCF=28;TCR=89;TR=59;WE=114362707;WS=114362689;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,84:0.54:157
chr12	114377885	rs2290790	G	C	1959.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=-0.051;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.339;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=30;PP=747;ReadPosRankSum=-1.343;SC=AATGGCCGAAGGTCTCCTGCA;SOR=0.773;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=104;TCF=50;TCR=54;TR=54;WE=114377907;WS=114377875;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:113,100:0.47:213
chr12	114377899	rs7299217	G	C	5461.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=47;NR=57;PP=1985;SC=TCCTGCAGCTGGGCCGCCAGG;SOR=0.813;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=104;TCF=47;TCR=57;TR=104;WE=114377907;WS=114377875;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,210:1.00:210
chr12	114379991	rs2290791	T	C	3600.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=60;NR=28;PP=1911;SC=ACATTTCTTCTTTTCTTTAGA;SOR=1.358;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=88;TCF=60;TCR=28;TR=88;WE=114379999;WS=114379981;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,133:1.00:133
chr12	114383543	rs112209914	C	T	517.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-3.457;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=13.195;HP=1;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=3;PP=235;ReadPosRankSum=-1.511;SC=GCCCCAGCCTCACAGCCAACA;SOR=0.035;SbPval=0.24;Source=Platypus;TC=40;TCF=36;TCR=4;TR=17;WE=114383551;WS=114383533;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,24:0.50:48
chr12	114383559	rs898081	A	G	1766.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=39;NR=9;PP=1149;SC=CAACAGCAGTACAACGAGCCT;SOR=2.342;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=48;TCF=39;TCR=9;TR=48;WE=114383567;WS=114383549;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr12	114383800	rs2290792	T	A	1242.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.283;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.953;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=36;PP=826;ReadPosRankSum=1.003;SC=CAGACACGAATCCTGTAAGAA;SOR=0.859;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=132;TCF=54;TCR=78;TR=59;WE=114383808;WS=114383790;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:104,67:0.39:171
chr12	114385062	.	TAC	T	135.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.444;ClippingRankSum=0.000;DP=140;ExcessHet=3.0103;FS=1.192;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.00;ReadPosRankSum=1.493;SOR=0.470;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:120,16:0.12:136
chr12	114392971	rs71443069	C	CGGT	2978.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=0.698;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=17;PP=1238;ReadPosRankSum=1.296;SC=CGCAGCTTCACGGTGTGGCAG;SOR=0.723;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=50;TCF=18;TCR=32;TR=26;WE=114392979;WS=114392961;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,74:0.55:134
chr12	114393028	rs1037747	C	G	3603.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=38;NR=36;PP=1484;SC=TGAGTGATCACAAAAACAAAC;SOR=0.737;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=74;TCF=38;TCR=36;TR=74;WE=114393036;WS=114393018;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,139:1.00:139
chr12	114395571	rs2290786	C	T	771.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-1.749;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.122;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=4;PP=488;ReadPosRankSum=0.678;SC=TCATCACCTGCGGGATACACA;SOR=0.951;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=55;TCF=46;TCR=9;TR=29;WE=114395579;WS=114395561;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,34:0.52:66
chr12	114403807	rs55993817	C	T	488.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-3.291;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.554;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=0;PP=373;ReadPosRankSum=-0.294;SC=AAACCGTAAGCAGTCACTATT;SOR=2.093;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=29;TCF=29;TCR=0;TR=18;WE=114403815;WS=114403801;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,19:0.56:34
chr12	114793240	rs883079	C	T	3132.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=59;NR=26;PP=1658;SC=AAATCTTGTCCGTGGGGTTCT;SOR=1.432;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=86;TCF=59;TCR=27;TR=85;WE=114793248;WS=114793230;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr12	114793285	rs201961625	CCT	C	197.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.327;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.05;MQRankSum=2.774;QD=1.00;ReadPosRankSum=0.861;SOR=0.719;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:175,23:0.12:198
chr12	114823187	rs2277377	G	T	1252.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-2.515;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=17;PP=720;ReadPosRankSum=-0.390;SC=CGGGCAGGAAGGCTGGTGGAG;SOR=0.745;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=100;TCF=67;TCR=33;TR=52;WE=114823195;WS=114823177;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,61:0.48:128
chr12	114832510	rs2236017	C	A	1086.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=1.941;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.738;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=12;PP=673;ReadPosRankSum=-0.879;SC=AAAGAGCAGACGGCCCCAGGC;SOR=0.805;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=103;TCF=72;TCR=31;TR=42;WE=114832518;WS=114832500;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,52:0.44:118
chr12	114837219	rs71940792	TA	T	126.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.285;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.89;ReadPosRankSum=-1.866;SOR=0.579;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:109,34:0.24:143
chr12	115110241	rs55865934	GT	G	464.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=35.75;SOR=2.147;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr12	115110252	rs1532691	T	G	473.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=36.44;SOR=2.147;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr12	115118997	rs515746	G	A	2504.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=13;NR=70;PP=1833;SC=TAAACCACCCGTAATCTTGGG;SOR=2.993;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=83;TCF=13;TCR=70;TR=83;WE=115119005;WS=115118987;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr12	115802115	.	G	GT	119.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.392;ClippingRankSum=0.000;DP=308;ExcessHet=3.0103;FS=6.811;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.11;MQRankSum=3.620;QD=0.51;ReadPosRankSum=-0.698;SOR=1.254;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:196,39:0.17:235
chr12	116403920	rs3088260	G	A	1034.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.198;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FS=2.299;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.34;ReadPosRankSum=-1.430;SOR=0.507;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:68,56:0.45:124
chr12	116412921	rs1992068	AT	TC	4683.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=52;NR=22;PP=2947;SC=GTTAATGACAATAGCTGAGCC;SOR=1.609;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=79;TCF=55;TCR=24;TR=74;WE=116412930;WS=116412911;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr12	116586414	.	C	CTA	125.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.060;ClippingRankSum=-0.000;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=2.808;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=11.43;ReadPosRankSum=-0.345;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,7:0.64:11
chr12	116714113	.	TTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTG	T,TTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTG	292.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.223;ClippingRankSum=0.000;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.52;ReadPosRankSum=-1.202;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:2,5,8:0.33,0.53:15
chr12	116866113	rs370202370	CA	C	31.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.313;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FS=2.229;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.91;MQRankSum=0.000;QD=0.18;ReadPosRankSum=-0.035;SOR=0.996;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:152,21:0.12:173
chr12	117013730	rs7303998	G	C	6079.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=259;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=121;NR=46;PP=2965;SC=TCGCCGCCGCGGCCCAGATCC;SOR=1.620;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=168;TCF=121;TCR=47;TR=167;WE=117013738;WS=117013720;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,218:1.00:218
chr12	117186316	rs1532395	A	G	1208.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=28.11;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr12	117217141	rs4767452	T	C	6848.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=267;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=64;NR=107;PP=2800;SC=TCATCCTGGCTGTCAAGTCCA;SOR=1.111;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=171;TCF=64;TCR=107;TR=171;WE=117217149;WS=117217131;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,265:1.00:265
chr12	117286981	rs4767461	C	T	984.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-2.076;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=10;PP=511;ReadPosRankSum=0.800;SC=TTTGGAGTCGCATTGTCTCCC;SOR=0.624;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=93;TCF=70;TCR=23;TR=38;WE=117286989;WS=117286971;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,49:0.43:115
chr12	117289599	rs139947917	GGAAA	G	1402.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.259;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FS=3.650;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.91;MQRankSum=4.130;QD=12.52;ReadPosRankSum=1.658;SOR=0.420;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:68,44:0.39:112
chr12	117289613	rs903775	G	C	1842.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.637;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.664;HP=1;HapScore=4;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-4.256;NF=36;NR=20;PP=1814;ReadPosRankSum=-1.490;SC=AGAAAGAAAGGTCAGCTTTGG;SOR=0.800;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=88;TCF=54;TCR=34;TR=56;WE=117289621;WS=117289589;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,86:0.63:137
chr12	117290601	rs903772	T	C	3392.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=32;NR=60;PP=1507;SC=TCAGCCTCCCTGTAGCCATCT;SOR=1.136;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=92;TCF=32;TCR=60;TR=92;WE=117290609;WS=117290591;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,133:1.00:133
chr12	117349014	rs11068230	C	G	827.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=8;NR=16;PP=548;SC=GCTGGCCCAGCGTCTCCTGGA;SOR=1.329;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=24;TCF=8;TCR=16;TR=24;WE=117349022;WS=117349004;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr12	117383320	rs4076700	G	A	3214.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=20;NR=56;PP=1709;SC=CACATGTTACGAACCAACTGG;SOR=1.609;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=76;TCF=20;TCR=56;TR=76;WE=117383328;WS=117383310;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr12	117402755	rs6490101	T	C	360.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=8;PP=138;SC=TCCCTCCATATGTACACGTGG;SOR=1.473;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=2;TCR=8;TR=10;WE=117402763;WS=117402745;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr12	117423264	rs7131746	G	A	2680.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=24;NR=48;PP=1360;SC=TGGGTCTAATGTAAGCACGTA;SOR=1.345;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=72;TCF=24;TCR=48;TR=72;WE=117423272;WS=117423254;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr12	117465857	rs4529958	T	C	2978.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.810;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=270;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.945;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=44;PP=1389;ReadPosRankSum=0.397;SC=TCCGCGCCTATGAGTTTGCGG;SOR=0.619;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=190;TCF=115;TCR=75;TR=108;WE=117465865;WS=117465847;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:124,144:0.54:268
chr12	117465981	rs2291916	T	C	2999.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.397;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=304;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.919;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=62;PP=1124;ReadPosRankSum=-2.110;SC=TGTTTAGGGATGTGCCTCAGT;SOR=0.826;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=197;TCF=76;TCR=121;TR=96;WE=117465989;WS=117465971;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:150,154:0.51:304
chr12	117486478	rs2291911	C	T	4476.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.046;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=561;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=94;NR=56;PP=2179;ReadPosRankSum=-1.057;SC=CACGCATGATCGGCATACCCA;SOR=0.688;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=373;TCF=232;TCR=141;TR=150;WE=117486486;WS=117486468;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:324,226:0.41:550
chr12	117486642	rs2291910	T	A	5612.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.680;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=577;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.057;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=76;NR=100;PP=2704;ReadPosRankSum=-1.903;SC=AGGATGAAGGTGCCGGGAACG;SOR=0.471;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=362;TCF=137;TCR=225;TR=176;WE=117486650;WS=117486632;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:287,274:0.49:561
chr12	117494543	rs2173654	A	G	220.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=0.266;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=3;PP=168;ReadPosRankSum=0.316;SC=TCTAGGAAACAAGTATCCCGA;SOR=0.392;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=25;TCF=19;TCR=6;TR=11;WE=117494551;WS=117494533;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,11:0.42:26
chr12	117646196	.	CGT	C	93.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.544;ClippingRankSum=0.000;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.23;ReadPosRankSum=0.153;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,7:0.24:29
chr12	117653243	rs149003143	C	CT	117.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.037;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FS=1.600;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.13;MQRankSum=1.313;QD=2.26;ReadPosRankSum=0.562;SOR=0.287;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,18:0.35:52
chr12	117681353	rs34385734	A	ACCAT	735.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=0;NR=9;PP=499;SC=CATCTATCCAACCATCCATCC;SOR=1.739;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=0;TCR=18;TR=9;WE=117681361;WS=117681343;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr12	117701714	rs2293054	A	G	12153.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=1.942;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=481;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=135;NR=143;PP=2965;ReadPosRankSum=1.154;SC=TCTTGAAGCCAATGGCTCGCC;SOR=0.736;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=280;TCF=136;TCR=144;TR=278;WE=117701722;WS=117701704;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,474:1.00:476
chr12	117705774	rs3741480	C	T	344.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.64;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=8;NR=1;PP=198;SC=TCTCTTGATCCTCTGCATCAA;SOR=2.670;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=8;TCR=1;TR=9;WE=117705782;WS=117705764;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr12	117715724	rs3215291	AC	A	2007.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-2.836;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.836;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=2.086;NF=20;NR=25;PP=1489;ReadPosRankSum=0.176;SC=CACTGGGCAAACCCACTCACC;SOR=0.479;SbPval=0.23;Source=Platypus;TC=99;TCF=54;TCR=45;TR=45;WE=117715732;WS=117715714;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,81:0.49:167
chr12	117718473	rs11282297	G	GGGTAAAA	9733.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQ=60.05;NF=31;NR=51;PP=2973;SC=AAAAGTCTGTGGTCTGGGGAC;SOR=1.001;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=84;TCF=33;TCR=51;TR=82;WE=117718481;WS=117718463;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,213:1.00:213
chr12	117718686	rs2293051	G	C	2301.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.278;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=294;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.560;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=34;PP=870;ReadPosRankSum=1.119;SC=GGTGGAGAGAGGGGAACACCC;SOR=0.555;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=165;TCF=72;TCR=93;TR=65;WE=117718694;WS=117718676;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:171,123:0.42:294
chr12	117724225	rs9658354	A	T	189.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-1.966;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.917;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=8;PP=116;ReadPosRankSum=-2.064;SC=AAGATAAAGCAGACACTGTAA;SOR=1.721;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=24;TCF=2;TCR=22;TR=8;WE=117724233;WS=117724215;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,9:0.38:24
chr12	117768105	rs111326073	G	GCA,GCACA	2051.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-0.813;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=3;MGOF=9;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=22,22;NR=18,18;PP=223,519;ReadPosRankSum=0.484;SC=ACACAAGCATGCACACACACA;SOR=0.779;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=67;TCF=38;TCR=29;TR=40,40;WE=117768114;WS=117768095;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.42,0.36:105
chr12	117905636	rs36058871	T	TA	873.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.123;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FS=0.694;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.42;ReadPosRankSum=0.433;SOR=0.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:74,62:0.46:136
chr12	117905716	rs111919379	A	AGGGTTTCTG	513.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.836;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.53;ReadPosRankSum=0.163;SOR=0.776;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,15:0.37:41
chr12	117905724	.	GT	G	352.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.030;ClippingRankSum=0.000;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=1.760;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.16;ReadPosRankSum=-1.879;SOR=1.347;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,11:0.38:29
chr12	117907449	rs12304889	T	C	2966.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.896;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=266;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.153;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=68;NR=32;PP=1631;ReadPosRankSum=-2.464;SC=GGGAGAGACATTAAGGGAGAA;SOR=0.834;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=193;TCF=126;TCR=67;TR=100;WE=117907457;WS=117907439;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:118,139:0.54:257
chr12	117907691	rs11068505	C	T	1005.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-4.484;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.889;HP=1;HapScore=2;MGOF=33;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.136;NF=8;NR=27;PP=578;ReadPosRankSum=0.278;SC=TTTGTCCACTCATCTGCCCCA;SOR=0.247;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=56;TCF=10;TCR=46;TR=35;WE=117907699;WS=117907681;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,44:0.62:71
chr12	117965093	.	CACACACACACACAG	C	646.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.244;ClippingRankSum=0.000;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=31;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=4.261;NF=1;NR=25;PP=2349;ReadPosRankSum=-2.225;SC=TCGACACACACACACACACAC;SOR=0.534;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=48;TCF=1;TCR=47;TR=26;WE=117965116;WS=117965075;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,22:0.50:44
chr12	117993064	rs7955803	C	T	2249.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.705;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=248;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=37;PP=912;ReadPosRankSum=1.818;SC=TGATGTCACACGGAACGGACT;SOR=0.710;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=145;TCF=71;TCR=74;TR=73;WE=117993072;WS=117993054;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:130,117:0.47:247
chr12	117996471	rs73405365	G	A	1393.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.674;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=41;PP=980;ReadPosRankSum=-0.360;SC=TGGGTGGATGGGTGGATGAAT;SOR=0.745;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=131;TCF=42;TCR=89;TR=60;WE=117996479;WS=117996461;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,70:0.44:160
chr12	118017201	rs4767569	C	T	1115.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=33;PP=848;SC=CAGATAATAACAGTATTGACC;SOR=3.912;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=36;TCF=3;TCR=33;TR=36;WE=118017209;WS=118017191;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr12	118020115	rs11068551	G	A	12255.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.643;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=474;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=153;NR=146;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.156;SC=TGGAGTTGCCGAGATCTCTGC;SOR=0.746;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=300;TCF=153;TCR=147;TR=299;WE=118020123;WS=118020105;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,466:1.00:468
chr12	118199286	rs617641	C	G	2221.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.178;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.550;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=29;PP=891;ReadPosRankSum=-0.937;SC=CCGTCTCTGTCGTGGGCCACT;SOR=0.643;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=109;TCF=55;TCR=54;TR=57;WE=118199294;WS=118199276;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,104:0.58:180
chr12	118405834	.	CTTTTTTTTTTTTT	C	233.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.093;ClippingRankSum=-0.000;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=5.021;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=15.58;ReadPosRankSum=2.362;SOR=0.557;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,7:0.47:15
chr12	118406112	rs7309205	A	G	194.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.35;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr12	118455759	rs2393374	T	G	7385.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.387;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=738;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.090;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=96;NR=112;PP=2962;ReadPosRankSum=0.045;SC=TGGAAATCCTTTACCCATTGA;SOR=0.750;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=414;TCF=195;TCR=219;TR=208;WE=118455767;WS=118455749;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:373,365:0.49:738
chr12	118463653	.	C	CT	77.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.148;ClippingRankSum=0.000;DP=82;ExcessHet=3.0103;FS=1.402;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.77;ReadPosRankSum=-1.147;SOR=0.385;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,14:0.32:44
chr12	118480874	rs7312586	G	A	1357.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.695;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.108;HP=1;HapScore=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=25;PP=880;ReadPosRankSum=-1.226;SC=GGGGCAGGGAGGCGACATAGT;SOR=0.359;SbPval=0.26;Source=Platypus;TC=131;TCF=81;TCR=50;TR=55;WE=118480882;WS=118480864;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,68:0.44:153
chr12	118519822	.	TAAAA	T	281.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.837;ClippingRankSum=0.000;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=9.863;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.83;ReadPosRankSum=1.417;SOR=0.031;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,11:0.58:19
chr12	118520170	rs7488309	G	A	1534.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.844;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=32;PP=766;ReadPosRankSum=-1.776;SC=CCCTGGCTGCGTAGAGGGTGC;SOR=0.646;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=107;TCF=39;TCR=68;TR=49;WE=118520178;WS=118520160;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,70:0.51:137
chr12	118520240	rs6490164	G	A	1333.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=33;PP=969;SC=GCCGCCTGGGGATGACAGGGG;SOR=3.417;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=36;TCF=3;TCR=33;TR=36;WE=118520248;WS=118520230;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr12	118541188	rs35800761	G	C	383.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-1.141;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=3;PP=223;ReadPosRankSum=-2.468;SC=GAGGCTGGGGGTATCTCGCCC;SOR=0.555;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=28;TCF=22;TCR=6;TR=14;WE=118541196;WS=118541178;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,17:0.53:32
chr12	118541239	rs7961197	C	T	940.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-2.013;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=10;PP=570;ReadPosRankSum=-0.457;SC=GCAAAGACGGCCGAGCTGCGA;SOR=0.598;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=66;TCF=48;TCR=18;TR=34;WE=118541247;WS=118541229;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,42:0.52:80
chr12	118588761	rs201481032	C	CT	98.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.707;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.62;ReadPosRankSum=-1.072;SOR=0.567;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:45,16:0.26:61
chr12	118589094	.	GCA	G	371.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.203;ClippingRankSum=-0.000;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=3.979;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=18.59;ReadPosRankSum=-3.122;SOR=2.494;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,14:0.70:20
chr12	118650917	rs353886	C	T	216.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-2.791;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=10;PP=180;ReadPosRankSum=1.307;SC=TAAAAAAATGCTTTGGAATAT;SOR=0.765;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=26;TCF=3;TCR=23;TR=11;WE=118650925;WS=118650907;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,10:0.40:25
chr12	118673483	rs5801274	G	GA	824.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.272;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FS=5.948;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.09;MQRankSum=0.000;QD=8.25;ReadPosRankSum=0.645;SOR=0.300;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:50,50:0.50:100
chr12	118681158	rs708862	T	A	656.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.779;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=3;PP=242;ReadPosRankSum=1.365;SC=AAATAGATAATAGAAAAAAAA;SOR=0.784;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=41;TCF=33;TCR=8;TR=18;WE=118681166;WS=118681148;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,32:0.49:65
chr12	118682751	rs428073	C	T	2399.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.717;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=250;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.831;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=44;PP=1097;ReadPosRankSum=0.937;SC=CACCACCTCACTGGTGTGAGC;SOR=0.898;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=135;TCF=58;TCR=77;TR=74;WE=118682759;WS=118682741;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:119,125:0.51:244
chr12	118828755	rs492939	G	A	222.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.943;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=0;PP=105;ReadPosRankSum=-1.361;SC=CAAAAGTCACGTGGGTCTGAT;SOR=0.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=18;TCR=2;TR=8;WE=118828763;WS=118828745;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,11:0.44:25
chr12	119419632	rs1568924	C	T	630.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=1.990;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.199;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=2;PP=499;ReadPosRankSum=-0.092;SC=CGTTTGGAATCCACGTTTCAG;SOR=1.009;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=67;TCF=60;TCR=7;TR=24;WE=119419640;WS=119419622;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,27:0.36:76
chr12	119419826	.	TCTC	T	6335.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.190;ClippingRankSum=0.000;DP=336;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.308;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=2.632;NF=12;NR=55;PP=2746;ReadPosRankSum=0.870;SC=AAGGTAATGATCTCCTTCTTA;SOR=0.607;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=132;TCF=21;TCR=111;TR=67;WE=119419836;WS=119419816;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:162,167:0.51:329
chr12	119560097	.	CAGGAAGGAAGGAAGGA	AAGGAAGGAAGGAAGGA	1447	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;FR=0.5000,0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=22;MMLQ=26;MQ=59.41;NF=2,0;NR=8,7;PP=389,1447;QD=42.3771212547;SC=GGCAGGAAGGCAGGAAGGAAG;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=26;TCF=5;TCR=21;TR=10,7;WE=119560120;WS=119560087;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:16,10:0.38:26
chr12	119560097	.	CAGGAAGGAAGGAAGGA	C	1447	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;FR=0.5000,0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=22;MMLQ=26;MQ=59.41;NF=2,0;NR=8,7;PP=389,1447;QD=42.3771212547;SC=GGCAGGAAGGCAGGAAGGAAG;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=26;TCF=5;TCR=21;TR=10,7;WE=119560120;WS=119560087;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:13,7:0.35:20
chr12	119563064	rs7311828	A	G	1137.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=4.506;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.746;HP=1;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=9;PP=752;ReadPosRankSum=0.969;SC=GAGATGGAGAACTTCGGGAGG;SOR=0.836;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=121;TCF=95;TCR=26;TR=43;WE=119563072;WS=119563054;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:94,51:0.35:145
chr12	119563084	rs7296134	C	G	6207.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-1.989;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=240;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=119;NR=50;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.025;SC=GGATGGTGACCAGTGCAAAGG;SOR=0.594;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=170;TCF=120;TCR=50;TR=169;WE=119563092;WS=119563074;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,239:1.00:240
chr12	119563128	rs34183325	C	T	3885.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=0.225;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=489;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.131;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=81;NR=41;PP=1635;ReadPosRankSum=-1.086;SC=ATCTCTCACTCTCCCTTTTTT;SOR=0.799;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=284;TCF=179;TCR=105;TR=122;WE=119563136;WS=119563118;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:283,204:0.42:487
chr12	119563288	rs34186549	A	AC	4375.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.764;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=358;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.367;HP=4;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=70;PP=2627;ReadPosRankSum=1.993;SC=AGAGCAGGTAACCCCTTGCCC;SOR=0.796;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=159;TCF=14;TCR=145;TR=75;WE=119563296;WS=119563278;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:152,164:0.52:316
chr12	119563325	rs12422371	C	T	2364.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.370;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.704;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=57;PP=1265;ReadPosRankSum=-1.405;SC=CAGCCACAGCCGAGCCCAGGC;SOR=0.460;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=143;TCF=38;TCR=105;TR=79;WE=119563333;WS=119563315;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,107:0.57:189
chr12	119568421	rs7298308	C	G	714.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-1.119;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.725;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=7;PP=506;ReadPosRankSum=-0.506;SC=GTTGGTCCTGCATACATCTCC;SOR=0.301;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=58;TCF=47;TCR=11;TR=29;WE=119568429;WS=119568411;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,31:0.50:62
chr12	119568670	rs7298583	C	A	2928.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-2.219;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=349;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.397;HP=1;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=57;PP=1293;ReadPosRankSum=-0.640;SC=CCTCTGCCAGCCTTGGCCACG;SOR=0.659;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=240;TCF=97;TCR=143;TR=98;WE=119568678;WS=119568660;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:195,148:0.43:343
chr12	119568691	rs4298970	A	G	7734.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=2.124;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=285;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=74;NR=125;PP=2965;ReadPosRankSum=0.824;SC=ACACTTGGGGAATGTGGAGGC;SOR=0.428;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=201;TCF=75;TCR=126;TR=199;WE=119568699;WS=119568681;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,281:1.00:282
chr12	119568721	rs11064675	T	C	1682.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.456;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.767;HP=2;HapScore=2;MGOF=29;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=45;PP=879;ReadPosRankSum=1.208;SC=GGGCAGTGTATGGTACACTTT;SOR=0.852;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=150;TCF=52;TCR=98;TR=67;WE=119568729;WS=119568711;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:120,88:0.42:208
chr12	119871387	rs1716471	A	G	13052.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=507;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=153;NR=151;PP=2965;SC=TCCAAGTGGCACAAACTCCCT;SOR=0.701;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=305;TCF=153;TCR=152;TR=304;WE=119871395;WS=119871377;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,504:1.00:504
chr12	119871493	rs1716470	G	A	4679.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=37;NR=93;PP=2833;SC=CCCTCCTGTTGGAGACTAGCT;SOR=1.682;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=131;TCF=38;TCR=93;TR=130;WE=119871501;WS=119871483;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,165:1.00:165
chr12	119871533	rs1727388	T	C	2490.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=8;NR=64;PP=1962;SC=TTACTGTCTCTTGGATTTTTG;SOR=3.855;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=72;TCF=8;TCR=64;TR=72;WE=119871541;WS=119871523;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr12	119937983	rs482802	A	C	2526.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.994;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FS=4.724;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=27.46;ReadPosRankSum=-0.687;SOR=1.447;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,91:0.99:92
chr12	119958068	rs573590	T	C	2055.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=17;NR=51;PP=1293;SC=ACTGCAGGGATGCTCCTCCCC;SOR=1.936;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=68;TCF=17;TCR=51;TR=68;WE=119958076;WS=119958058;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr12	119960838	rs2239904	C	G	2138.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.493;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.514;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=38;PP=937;ReadPosRankSum=-0.547;SC=AGGAACCACGCAAGAGGGAAT;SOR=0.756;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=130;TCF=50;TCR=80;TR=59;WE=119960846;WS=119960828;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:104,103:0.50:207
chr12	120067561	rs2301653	T	C	3420.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=71;NR=32;PP=1911;SC=GCTACAACGATGGAGACTACG;SOR=1.609;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=104;TCF=72;TCR=32;TR=103;WE=120067569;WS=120067551;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr12	120067727	rs2301654	C	T	9153.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=354;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=112;NR=115;PP=2965;SC=CTTTCTCGAACGCCCGTTGGA;SOR=0.710;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=229;TCF=112;TCR=117;TR=227;WE=120067735;WS=120067717;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,349:1.00:349
chr12	120067864	rs2893805	G	A	3682.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=28;NR=70;PP=2342;SC=CTTCTAGTGCGGGAGTGGGTG;SOR=1.628;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=98;TCF=28;TCR=70;TR=98;WE=120067872;WS=120067854;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chr12	120078577	rs2301655	T	C	5470.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=55;NR=92;PP=2817;SC=CCAAAGGAGTTTCTAAGGAAT;SOR=0.957;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=154;TCF=55;TCR=99;TR=147;WE=120078585;WS=120078567;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,202:1.00:202
chr12	120158203	rs7299963	C	T	5597.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=80;NR=46;PP=2425;SC=TTCCTATGATCATATATCACA;SOR=1.094;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=126;TCF=80;TCR=46;TR=126;WE=120158211;WS=120158193;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,210:1.00:210
chr12	120171995	rs278109	T	C	10264.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=380;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=173;NR=79;PP=2965;SC=TGTCCAGCATTCTCTGCAGCT;SOR=1.363;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=252;TCF=173;TCR=79;TR=252;WE=120172003;WS=120171985;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,374:1.00:374
chr12	120189879	rs904655	A	G	1599.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.44;SOR=1.061;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr12	120189888	rs904654	T	C	1673.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.84;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr12	120190059	rs147146275	CAG	C	59.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.396;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.89;ReadPosRankSum=0.450;SOR=0.600;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:59,8:0.12:67
chr12	120220282	rs440299	A	G	1025.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=33;NR=6;PP=742;SC=AGGTCCAAGCAAGCCGAGATG;SOR=2.948;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=39;TCF=33;TCR=6;TR=39;WE=120220290;WS=120220272;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr12	120220589	rs385959	C	T	745.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=19;PP=497;SC=TGGTTGCCGACTCCGGTTTCC;SOR=2.670;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=3;TCR=19;TR=22;WE=120220597;WS=120220579;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr12	120270528	rs4767849	T	C	4377.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=94;NR=33;PP=2725;SC=GGACCAAGAATACTTTTTAGT;SOR=1.973;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=127;TCF=94;TCR=33;TR=127;WE=120270536;WS=120270518;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,155:1.00:155
chr12	120427951	.	C	T	2342.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.001;ClippingRankSum=0.000;DP=215;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=37;PP=1260;ReadPosRankSum=-0.104;SC=AGCCGCCGCCCTCCCAGGACC;SOR=0.678;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=153;TCF=84;TCR=69;TR=82;WE=120427959;WS=120427941;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:97,109:0.53:206
chr12	120436658	rs77211221	A	G	218.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.678;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.192;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=7;PP=117;ReadPosRankSum=-1.753;SC=GAAGCACTTCAGACCAATCTG;SOR=1.460;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=2;TCR=16;TR=7;WE=120436666;WS=120436648;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,10:0.43:23
chr12	120499446	rs11431036	A	AG	3026.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.076;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.503;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=30;PP=2164;ReadPosRankSum=2.592;SC=GATAAATGAAAGCAGAAACCT;SOR=0.646;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=110;TCF=48;TCR=62;TR=53;WE=120499454;WS=120499436;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:116,99:0.46:215
chr12	120502726	rs2286040	A	G	1034.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=1.348;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.820;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=24;PP=724;ReadPosRankSum=0.636;SC=AGAGCCAGATAAAAGGAGCAC;SOR=0.563;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=69;TCF=30;TCR=39;TR=44;WE=120502734;WS=120502716;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,47:0.55:86
chr12	120527599	rs17841967	T	C	257.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-3.203;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=3;PP=168;ReadPosRankSum=-1.874;SC=ACTAACCCTCTGCAGGCAACA;SOR=0.421;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=33;TCF=26;TCR=7;TR=12;WE=120527607;WS=120527592;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,13:0.37:35
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chr12	120575549	rs3864938	A	C	12773.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=477;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=167;NR=142;PP=2965;SC=TCCAGCAGATACTCGATGATG;SOR=0.814;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=309;TCF=167;TCR=142;TR=309;WE=120575557;WS=120575539;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,469:1.00:469
chr12	120576265	rs2269940	T	C	3068.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-1.224;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=282;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.940;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=70;PP=1527;ReadPosRankSum=0.432;SC=GCATCTCTGCTGTCTCAACCA;SOR=0.618;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=223;TCF=90;TCR=133;TR=119;WE=120576273;WS=120576255;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:124,149:0.55:273
chr12	120586193	rs2240317	A	C	1849.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.032;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.791;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=41;PP=1015;ReadPosRankSum=-0.857;SC=TCACTGAGCAAAGGCCAGCAA;SOR=0.564;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=145;TCF=51;TCR=94;TR=66;WE=120586201;WS=120586183;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:109,90:0.45:199
chr12	120587225	rs2269942	CA	TC	783.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.150;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.978;HP=3;HapScore=2;JOINED;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=3;PP=501;ReadPosRankSum=0.995;SC=GTTTGAGCCCCAAAGGTAAAG;SOR=0.301;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=33;TCF=26;TCR=7;TR=12;WE=120587234;WS=120587215;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,21:0.48:44
chr12	120588842	rs3932409	C	T	1741.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.849;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FS=1.400;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.90;ReadPosRankSum=-0.109;SOR=0.831;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:56,79:0.59:135
chr12	120588852	rs4503602	A	G	5576.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.953;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=35.07;ReadPosRankSum=1.632;SOR=1.129;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,157:0.99:159
chr12	120589064	rs2286045	G	C	2888.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-1.300;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=265;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=50;PP=1024;ReadPosRankSum=-3.640;SC=CCAGGCCATAGGCGGCCCCTT;SOR=0.724;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=145;TCF=57;TCR=88;TR=80;WE=120589072;WS=120589054;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:119,142:0.54:261
chr12	120589160	rs2286046	A	G	3511.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=29;NR=47;PP=1542;SC=TGGCTGGCACAAGGGGTGGCA;SOR=1.092;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=76;TCF=29;TCR=47;TR=76;WE=120589168;WS=120589150;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chr12	120591143	rs12312562	A	G	6769.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=2.213;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=694;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.101;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=123;NR=101;PP=2962;ReadPosRankSum=0.078;SC=GCACAGCATCATAGCTGGCAT;SOR=0.798;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=429;TCF=228;TCR=201;TR=224;WE=120591151;WS=120591133;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:346,341:0.50:687
chr12	120591251	rs10735071	C	T	11861.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-2.243;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=459;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=129;NR=178;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.278;SC=GTCAACCCTACAGGCTGCATC;SOR=0.330;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=308;TCF=129;TCR=179;TR=307;WE=120591259;WS=120591241;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,455:1.00:456
chr12	120602078	rs2286049	T	G	4940.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=2.724;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=448;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.112;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=94;NR=61;PP=2585;ReadPosRankSum=0.847;SC=AAACCCCACATCGTAAGCAGG;SOR=0.800;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=290;TCF=175;TCR=115;TR=155;WE=120602086;WS=120602068;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:215,228:0.51:443
chr12	120606163	rs6490286	T	C	3762.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=23;NR=82;PP=2537;SC=AGAGCTGATCTACTCCATCCT;SOR=2.124;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=105;TCF=23;TCR=82;TR=105;WE=120606171;WS=120606153;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chr12	120608031	rs2286050	A	G	3560.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.721;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=395;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.364;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=57;PP=1519;ReadPosRankSum=0.060;SC=CAACCCCTTCAGTGATGGTGG;SOR=0.718;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=222;TCF=98;TCR=124;TR=104;WE=120608039;WS=120608021;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:214,180:0.46:394
chr12	120612929	rs58560211	CAA	C	479.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.908;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=9.638;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.18;MQRankSum=0.000;QD=9.99;ReadPosRankSum=0.476;SOR=1.984;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,28:0.58:48
chr12	120614093	rs2269945	C	T	1250.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.443;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.612;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=24;PP=517;ReadPosRankSum=-0.673;SC=TTCCCCTACTCCCCAGCAAAT;SOR=0.624;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=104;TCF=42;TCR=62;TR=42;WE=120614101;WS=120614083;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,66:0.44:149
chr12	120622885	rs12306075	A	C	468.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=2.579;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.464;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=14;PP=294;ReadPosRankSum=-0.801;SC=CTTTGGGTAGACATTTGCTAA;SOR=1.802;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=30;TCF=6;TCR=24;TR=16;WE=120622893;WS=120622875;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,20:0.48:42
chr12	120628027	rs374746867	CA	C	688.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.179;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FS=1.266;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.84;ReadPosRankSum=1.391;SOR=1.017;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:49,69:0.58:118
chr12	120636549	rs2074540	C	A	2582.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.127;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=248;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.469;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=37;PP=1373;ReadPosRankSum=0.194;SC=CACTCTGAACCAGATAATAGT;SOR=0.738;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=150;TCF=83;TCR=67;TR=81;WE=120636557;WS=120636539;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:120,123:0.51:243
chr12	120661977	rs4767884	T	C	2979.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=69;NR=13;PP=1563;SC=AATCGGGAGCTGCTGGGCTGC;SOR=3.258;SbPval=0.98;Source=Platypus;TC=99;TCF=69;TCR=30;TR=82;WE=120661985;WS=120661967;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr12	120662235	rs11065054	C	T	4119.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=1.597;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=320;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=71;NR=62;PP=2338;ReadPosRankSum=0.005;SC=GGGACTCTCCCGTGGCAGGGC;SOR=0.692;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=235;TCF=128;TCR=107;TR=133;WE=120662243;WS=120662225;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:138,181:0.57:319
chr12	120720038	rs7960743	T	C	6163.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=237;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=103;NR=49;PP=2907;SC=CACTGCCGCCTGGCCCCTCCA;SOR=1.268;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=153;TCF=104;TCR=49;TR=152;WE=120720046;WS=120720028;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,224:1.00:224
chr12	120750239	rs2261612	A	G	1254.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.335;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.167;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=12;PP=597;ReadPosRankSum=-0.288;SC=CTGTTCAGTCAGCGTCTTCCT;SOR=0.933;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=99;TCF=69;TCR=30;TR=45;WE=120750247;WS=120750229;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,66:0.44:149
chr12	120783527	rs1076205	G	A	1113.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.197;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.444;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=21;PP=466;ReadPosRankSum=0.487;SC=GAAGTGAGGCGCTGACCTCTC;SOR=0.888;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=78;TCF=35;TCR=43;TR=37;WE=120783535;WS=120783517;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,58:0.47:123
chr12	120783561	rs1076206	T	C	727.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.248;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.926;HP=6;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=16;PP=397;ReadPosRankSum=-1.375;SC=ATCGCCCCCCTACTGCAGGTC;SOR=1.044;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=55;TCF=21;TCR=34;TR=24;WE=120783569;WS=120783551;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,36:0.47:77
chr12	120791042	rs1007469	G	A	410.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.911;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.301;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=3;PP=129;ReadPosRankSum=-0.956;SC=ACCCTGAGAAGTCAGACTGCC;SOR=0.974;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=21;TCF=13;TCR=8;TR=10;WE=120791050;WS=120791032;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,20:0.57:35
chr12	120791197	rs2285679	G	A	876.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-0.116;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.960;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=13;PP=376;ReadPosRankSum=-2.005;SC=TGGGGCAAGGGGGCAGTGTCA;SOR=0.855;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=38;TCF=17;TCR=21;TR=22;WE=120791205;WS=120791187;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,40:0.56:71
chr12	120794653	rs1179441	T	C	2335.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=1.843;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=14.560;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=21;PP=1554;ReadPosRankSum=0.171;SC=CCCCTGCTAGTCCTGGGAGCA;SOR=0.147;SbPval=0.18;Source=Platypus;TC=135;TCF=109;TCR=26;TR=83;WE=120794661;WS=120794643;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,93:0.62:150
chr12	120796703	rs1179445	T	A	1038.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-5.648;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.800;HP=5;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=3;PP=642;ReadPosRankSum=0.528;SC=ACGCAGATCCTGGGGGATAGG;SOR=0.138;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=71;TCF=66;TCR=5;TR=33;WE=120796711;WS=120796693;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,44:0.54:82
chr12	120800823	rs757123	A	G	8005.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=313;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=96;NR=99;PP=2965;SC=CCCCAGCAGCAAGCGCCCCCA;SOR=0.700;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=196;TCF=97;TCR=99;TR=195;WE=120800831;WS=120800813;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,307:1.00:307
chr12	120801064	rs34243955	GC	G	47.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-0.431;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=10;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=4;PP=41;ReadPosRankSum=0.316;SC=CTCTTTAAAGGCCCCCCCCCC;SOR=0.412;SbPval=0.26;Source=Platypus;TC=17;TCF=1;TCR=16;TR=5;WE=120801072;WS=120801054;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,4:0.40:10
chr12	120806129	rs111293994	C	CT	1673.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.461;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FS=15.646;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.33;MQRankSum=1.120;QD=18.00;ReadPosRankSum=-0.238;SOR=0.042;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,58:0.62:93
chr12	120897652	rs28390349	T	C	805.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-3.435;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.236;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=5;PP=459;ReadPosRankSum=-0.439;SC=AGCGAGACTCTGTCTCAAAAC;SOR=0.400;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=64;TCF=53;TCR=11;TR=31;WE=120897660;WS=120897642;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,35:0.50:70
chr12	120947948	rs500003	G	A	10702.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=416;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=95;NR=135;PP=2965;SC=AGTGAGTTCCGGGTCTCAGTG;SOR=0.928;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=230;TCF=95;TCR=135;TR=230;WE=120947956;WS=120947938;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,405:1.00:405
chr12	120959924	rs1167696	C	T	814.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.939;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=10;PP=424;ReadPosRankSum=-0.798;SC=CACCATCTTCCGCCTCGTGTT;SOR=0.656;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=66;TCF=44;TCR=22;TR=30;WE=120959932;WS=120959914;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,39:0.49:79
chr12	120960057	rs503335	C	T	2795.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.551;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=273;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=45;PP=1492;ReadPosRankSum=0.063;SC=TCCCAGGAAGCGGGTGCATCT;SOR=0.721;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=178;TCF=94;TCR=84;TR=96;WE=120960065;WS=120960047;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:132,136:0.51:268
chr12	120972396	rs541126	C	T	1172.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-1.222;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.760;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=22;PP=735;ReadPosRankSum=1.421;SC=CGAGCCCCGGCCTCCTCGTCC;SOR=0.600;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=92;TCF=55;TCR=37;TR=53;WE=120972404;WS=120972386;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,57:0.57:100
chr12	120977381	rs1167723	T	C	1148.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-3.669;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.682;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=30;PP=487;ReadPosRankSum=-3.428;SC=GAAATGAAGATGCCAAGTAAT;SOR=0.616;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=96;TCF=24;TCR=72;TR=39;WE=120977389;WS=120977371;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,61:0.45:135
chr12	120994932	rs7956998	G	A	544.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=4.336;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=4;PP=395;ReadPosRankSum=0.990;SC=ATGTACCTACGTTGTAAACAA;SOR=0.737;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=56;TCF=46;TCR=10;TR=22;WE=120994940;WS=120994922;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,23:0.46:50
chr12	120995332	rs2292681	G	A	5413.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-2.216;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=518;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.517;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=81;NR=75;PP=2288;ReadPosRankSum=1.745;SC=TGCTACATATGAGTGTCCATG;SOR=0.623;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=323;TCF=171;TCR=152;TR=156;WE=120995340;WS=120995322;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:251,262:0.51:513
chr12	120998481	rs787949	G	A	4732.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=71;NR=33;PP=2087;SC=CTACACCATCGTGAGCTTTGA;SOR=1.237;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=106;TCF=71;TCR=35;TR=104;WE=120998489;WS=120998471;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,180:1.00:180
chr12	121014841	rs3088345	G	C	261.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-1.410;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=2;PP=171;ReadPosRankSum=-1.992;SC=CTCTGCTGTAGCATCATGTCA;SOR=0.751;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=30;TCF=24;TCR=6;TR=12;WE=121014849;WS=121014831;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,13:0.45:29
chr12	121014987	.	G	GT	132.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.898;ClippingRankSum=0.000;DP=203;ExcessHet=3.0103;FS=5.055;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.71;ReadPosRankSum=-0.850;SOR=1.008;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:154,34:0.18:188
chr12	121017171	rs7174	A	G	1973.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=2.194;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=18;PP=1108;ReadPosRankSum=0.551;SC=TCCTCCTCTAATAAGCAGCTT;SOR=0.743;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=112;TCF=77;TCR=35;TR=63;WE=121017179;WS=121017161;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,86:0.55:156
chr12	121017264	rs2301456	C	T	3368.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.728;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=275;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.439;HP=5;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=42;PP=1789;ReadPosRankSum=0.889;SC=GGAGTGATTTCTTCAGCTTAA;SOR=0.506;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=193;TCF=122;TCR=71;TR=108;WE=121017272;WS=121017254;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:119,149:0.56:268
chr12	121017439	rs563920	A	G	2516.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=1.298;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=256;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.979;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=50;PP=1401;ReadPosRankSum=0.449;SC=CTTGTGAAAGATCTCGACCTT;SOR=0.613;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=181;TCF=69;TCR=112;TR=82;WE=121017447;WS=121017429;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:138,115:0.45:253
chr12	121018862	rs10774559	C	T	738.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=3.038;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.957;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=3;PP=538;ReadPosRankSum=1.056;SC=CGGCGCCTGCCCCCTCCACAT;SOR=1.445;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=50;TCF=43;TCR=7;TR=27;WE=121018870;WS=121018852;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,30:0.50:60
chr12	121019323	rs591992	T	C	426.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=1.592;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=14;PP=326;ReadPosRankSum=1.098;SC=CTGTCAGCTCTCTCAAGCCCC;SOR=0.760;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=34;TCF=7;TCR=27;TR=17;WE=121019331;WS=121019313;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,19:0.46:41
chr12	121093633	.	CGT	C	732.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.771;ClippingRankSum=0.000;DP=369;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.06;MQRankSum=3.331;QD=2.12;ReadPosRankSum=0.235;SOR=0.683;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:285,60:0.17:345
chr12	121097622	rs529584	G	A	7383.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=285;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=111;NR=68;PP=2965;SC=CCCAGGTTAGGTATTTTGTGA;SOR=1.130;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=179;TCF=111;TCR=68;TR=179;WE=121097630;WS=121097612;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,277:1.00:277
chr12	121131891	rs2393749	C	T	2627.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=41;NR=32;PP=1364;SC=CTTTTGTCCTCAGCCTCAGAC;SOR=0.820;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=73;TCF=41;TCR=32;TR=73;WE=121131899;WS=121131881;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr12	121132100	rs7964786	C	T	1077.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=25;PP=746;SC=TGCTGCTTGACCAGTAGGACA;SOR=2.432;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=29;TCF=4;TCR=25;TR=29;WE=121132108;WS=121132090;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr12	121133037	rs504403	G	C	1818.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=14;NR=33;PP=1110;SC=TTGAGCTGATGACTATTTTGG;SOR=1.573;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=14;TCR=33;TR=47;WE=121133045;WS=121133027;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr12	121151062	rs3833788	CTCTCTTG	C	12007.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.894;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=276;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQ=60.04;MQRankSum=0.129;NF=61;NR=59;PP=2976;ReadPosRankSum=1.839;SC=GTTGGTTTCTCTCTCTTGTTT;SOR=1.361;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=121;TCF=62;TCR=59;TR=120;WE=121151076;WS=121151052;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,271:0.99:273
chr12	121157535	rs56179458	GC	AA	1781.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;JOINED;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=27;NR=4;PP=659;SC=CAGCTGGGGGGCCTCTGTGGT;SOR=2.833;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=33;TCF=28;TCR=5;TR=31;WE=121157544;WS=121157525;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr12	121157851	rs3752531	A	G	5771.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=60;NR=113;PP=2965;SC=GCAAGAGTAGATAGGGGAGGT;SOR=1.388;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=173;TCF=60;TCR=113;TR=173;WE=121157859;WS=121157841;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,214:1.00:214
chr12	121163518	rs2239760	C	A	1054.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=22;NR=6;PP=636;SC=GCGTCGGTTCCTCGCCTTGGG;SOR=2.012;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=28;TCF=22;TCR=6;TR=28;WE=121163526;WS=121163508;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr12	121174899	rs3914	T	C	8395.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.62;DB;DP=331;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=71;NR=87;PP=2595;SC=AGATCAGCCGTGGCTGCGCCT;SOR=0.782;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=158;TCF=71;TCR=87;TR=158;WE=121174907;WS=121174889;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,326:1.00:326
chr12	121175984	rs555404	T	C	9580.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=360;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=120;NR=105;PP=2965;SC=CCTGAGCTTCTGAGGGAGGTG;SOR=0.781;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=225;TCF=120;TCR=105;TR=225;WE=121175992;WS=121175974;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,353:1.00:353
chr12	121176083	rs1799958	G	A	12712.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.230;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=473;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=138;NR=152;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.681;SC=CTCCTTTCAGGGCATCAGTGC;SOR=0.768;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=296;TCF=142;TCR=154;TR=290;WE=121176091;WS=121176073;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,467:0.99:471
chr12	121176679	rs3915	C	T	9663.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=382;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=108;NR=125;PP=2965;SC=TGACCTGGCGCGCTGCCATGC;SOR=0.794;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=233;TCF=108;TCR=125;TR=233;WE=121176687;WS=121176669;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,374:1.00:374
chr12	121177272	rs3916	G	C	1230.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=39;PP=870;SC=GACTGCCCCAGGACTGCGGGA;SOR=3.958;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=41;TCF=2;TCR=39;TR=41;WE=121177280;WS=121177262;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr12	121220375	rs2393717	G	C	1081.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=25;NR=2;PP=740;SC=TGTAGTGATGGTTGTACAGCT;SOR=2.964;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=27;TCF=25;TCR=2;TR=27;WE=121220383;WS=121220371;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr12	121221628	rs7137504	C	T	567.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=10;PP=299;SC=AACTTCATTCCGCCAAACACT;SOR=1.230;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=5;TCR=10;TR=15;WE=121221636;WS=121221618;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr12	121222411	rs3213570	C	G	3519.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.615;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=52;PP=1700;ReadPosRankSum=-1.390;SC=AAGAGAAAAACAGACAGATTA;SOR=0.601;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=83;TCF=30;TCR=53;TR=82;WE=121222419;WS=121222401;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,135:0.98:138
chr12	121222556	rs3213567	T	C	293.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=8;PP=213;SC=CCAACGAGATTATGAGCTCCT;SOR=4.615;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=8;WE=121222564;WS=121222546;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr12	121248584	rs674021	G	A	6250.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=248;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=97;NR=61;PP=2963;SC=CCTCCAACTTGTATCAACCCC;SOR=1.019;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=159;TCF=97;TCR=62;TR=158;WE=121248592;WS=121248574;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,238:1.00:238
chr12	121341762	rs7966446	C	T	851.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.81;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr12	121341849	rs2686458	A	G	223.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=4;PP=112;SC=CGGGCTCCGAAGCGGCCCCGC;SOR=0.892;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=7;TCF=3;TCR=4;TR=7;WE=121341857;WS=121341839;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr12	121416622	rs1169289	C	G	7839.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.785;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=294;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=97;NR=86;PP=2965;ReadPosRankSum=1.465;SC=CGGCCCTGCTCGAGTCAGGGC;SOR=0.794;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=183;TCF=97;TCR=86;TR=183;WE=121416630;WS=121416612;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,290:0.99:292
chr12	121416650	rs1169288	A	C	7697.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.882;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=283;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=86;NR=87;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.848;SC=AGAGGCACTGATCCAGGCACT;SOR=0.700;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=173;TCF=86;TCR=87;TR=173;WE=121416658;WS=121416640;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,281:0.99:283
chr12	121416988	rs2244608	A	G	958.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=2.048;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.491;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=26;PP=736;ReadPosRankSum=0.463;SC=TTGAGTCCCCATGACCTTCAG;SOR=2.899;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=32;TCF=5;TCR=27;TR=30;WE=121416996;WS=121416978;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,34:0.94:36
chr12	121426594	rs1169294	G	A	4523.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=101;NR=24;PP=2859;SC=TATGGGGAGAGACAGCCCTTG;SOR=2.459;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=125;TCF=101;TCR=24;TR=125;WE=121426602;WS=121426584;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,156:1.00:156
chr12	121431300	rs1169301	C	T	2905.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=70;NR=20;PP=1889;SC=CAGTACCCCACTCACGGCTTT;SOR=2.348;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=90;TCF=70;TCR=20;TR=90;WE=121431308;WS=121431290;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr12	121431489	rs145240086	G	A	4543.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.580;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=450;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=80;PP=1935;ReadPosRankSum=-0.394;SC=AGCGAGAGACGCTAGTGGAGG;SOR=0.696;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=275;TCF=121;TCR=154;TR=144;WE=121431497;WS=121431479;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:219,228:0.51:447
chr12	121432302	rs1169302	T	G	2278.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=34;PP=1073;SC=CTCTTTGCACTTCAGTTTGGT;SOR=1.423;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=48;TCF=14;TCR=34;TR=48;WE=121432310;WS=121432292;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr12	121434630	rs55853809	C	CTCATTCAT	4081.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=23;PP=2473;SC=GCCACTGGGACTCATTCATTC;SOR=0.959;SbPval=0.22;Source=Platypus;TC=49;TCF=11;TCR=38;TR=33;WE=121434638;WS=121434620;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr12	121434833	rs2259852	G	A	1935.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.091;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.726;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=40;PP=1125;ReadPosRankSum=0.244;SC=AGGGTAAGGGGGACTGATGTT;SOR=1.745;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=56;TCF=15;TCR=41;TR=53;WE=121434841;WS=121434823;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,71:0.97:73
chr12	121435342	rs2259820	C	T	7376.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.754;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=279;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=116;NR=65;PP=2965;ReadPosRankSum=0.878;SC=CCTGACCACCCTGCAGCCCGT;SOR=1.113;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=183;TCF=117;TCR=66;TR=181;WE=121435350;WS=121435332;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,275:0.99:277
chr12	121435427	rs2464196	G	A	11444.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-3.738;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=442;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=137;NR=118;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.362;SC=GTGACCCAGAGCCCCTTCATG;SOR=0.425;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=257;TCF=138;TCR=119;TR=255;WE=121435435;WS=121435417;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,435:0.99:438
chr12	121435475	rs2464195	G	A	13179.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=1.942;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=514;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=137;NR=135;PP=2965;ReadPosRankSum=0.484;SC=CACGGTGAGCGCCCTGTGCCC;SOR=0.464;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=276;TCF=139;TCR=137;TR=272;WE=121435483;WS=121435465;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:5,504:0.99:509
chr12	121435587	rs2259816	G	T	9248.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.879;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=353;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=77;NR=127;PP=2965;ReadPosRankSum=0.602;SC=GGACAAGTGTGTTTCCGTGAT;SOR=1.066;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=206;TCF=78;TCR=128;TR=204;WE=121435595;WS=121435577;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,343:0.99:345
chr12	121437221	rs1169304	T	C	19306.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=742;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=209;NR=268;PP=2965;SC=GGCCCTCCCTTGGCCTGTGAC;SOR=0.876;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=477;TCF=209;TCR=268;TR=477;WE=121437229;WS=121437211;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,736:1.00:736
chr12	121437382	rs1169305	A	G	5171.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=46;NR=88;PP=2628;SC=GGACCCTGCCAGCATCCAGCA;SOR=1.270;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=134;TCF=46;TCR=88;TR=134;WE=121437390;WS=121437372;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,193:1.00:193
chr12	121438844	rs735396	T	C	7863.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-1.949;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=296;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=130;NR=71;PP=2965;ReadPosRankSum=1.562;SC=GGTGGGTGGCTAGCAGCCTTG;SOR=0.472;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=203;TCF=132;TCR=71;TR=201;WE=121438852;WS=121438834;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,284:1.00:285
chr12	121439433	rs1169310	G	A	11110.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.278;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=425;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=194;NR=111;PP=2965;ReadPosRankSum=0.157;SC=GAGAGGCCCTGGATCAGCGTG;SOR=1.173;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=312;TCF=195;TCR=117;TR=305;WE=121439441;WS=121439423;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,412:0.99:416
chr12	121444024	rs66710628	AAG	A	429.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.546;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FS=3.181;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.67;ReadPosRankSum=0.451;SOR=0.413;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:50,42:0.46:92
chr12	121450165	rs2264750	C	T	3497.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=56;NR=24;PP=1621;SC=TGACGTGGGCCAATGGGAGGA;SOR=1.224;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=83;TCF=57;TCR=26;TR=80;WE=121450173;WS=121450155;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chr12	121450354	rs2264778	C	A	4500.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=47;NR=84;PP=2775;SC=CAGATAGATGCACTTTTAAGA;SOR=1.258;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=131;TCF=47;TCR=84;TR=131;WE=121450362;WS=121450344;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,161:1.00:161
chr12	121450384	rs2254971	G	C	2556.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=29;NR=56;PP=1571;SC=GGCCGGGCGCGGTGGCTCACG;SOR=1.420;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=85;TCF=29;TCR=56;TR=85;WE=121450392;WS=121450374;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr12	121454257	rs2258227	T	A	21752.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=832;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=253;NR=262;PP=2965;SC=AATCGCTCACTGTGCCACTGG;SOR=0.732;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=516;TCF=254;TCR=262;TR=515;WE=121454265;WS=121454247;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,830:1.00:830
chr12	121454313	rs2258287	C	A	17198.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=631;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=156;NR=251;PP=2965;SC=AGAACACCGCCGTTATCAAGC;SOR=1.079;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=409;TCF=158;TCR=251;TR=407;WE=121454321;WS=121454303;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,630:1.00:630
chr12	121471337	rs3213545	G	A	6750.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=259;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=81;NR=85;PP=2965;SC=TGGTGAAGACGAGAGCATCGG;SOR=0.717;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=166;TCF=81;TCR=85;TR=166;WE=121471345;WS=121471327;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,253:1.00:253
chr12	121613060	rs3751147	G	C	789.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-3.244;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.558;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=4;PP=599;ReadPosRankSum=1.417;SC=GCTGCAGTGAGTGGTAATCCT;SOR=0.382;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=84;TCF=70;TCR=14;TR=38;WE=121613068;WS=121613050;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,32:0.47:68
chr12	121613090	rs3751146	G	A	1149.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-1.691;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.126;NF=48;NR=10;PP=846;ReadPosRankSum=0.556;SC=CTCCAGCCTGGGTGACAGCGT;SOR=0.760;SbPval=0.95;Source=Platypus;TC=144;TCF=103;TCR=41;TR=58;WE=121613098;WS=121613080;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,56:0.45:125
chr12	121613113	rs373516722	CA	C	187.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.035;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.23;MQRankSum=0.000;QD=1.14;ReadPosRankSum=1.622;SOR=0.750;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:119,46:0.28:165
chr12	121614934	rs7132846	C	T	609.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.705;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.250;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=6;PP=281;ReadPosRankSum=-0.980;SC=AGTAAACTCTCCCACTCTGTT;SOR=1.176;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=58;TCF=37;TCR=21;TR=22;WE=121614942;WS=121614924;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,33:0.38:88
chr12	121615131	rs2230911	C	G	1268.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-1.403;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.434;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=26;PP=753;ReadPosRankSum=-0.833;SC=CTCATCGACACTTACTCCAGT;SOR=0.549;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=95;TCF=42;TCR=53;TR=48;WE=121615139;WS=121615121;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,61:0.50:123
chr12	121622239	rs3751144	C	T	3852.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=2.090;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=469;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.527;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=72;NR=66;PP=2134;ReadPosRankSum=1.392;SC=GGGATAGCCCCGTCTGGTGCC;SOR=0.640;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=307;TCF=165;TCR=142;TR=138;WE=121622247;WS=121622229;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:274,194:0.41:468
chr12	121622304	rs3751143	A	C	5121.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.206;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=458;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.101;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=82;NR=87;PP=2284;ReadPosRankSum=0.803;SC=TGCCTGGAGGAGCTGTGCTGC;SOR=0.604;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=320;TCF=149;TCR=171;TR=169;WE=121622312;WS=121622294;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:212,245:0.54:457
chr12	121622419	rs3751142	G	T	2925.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.648;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=357;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.285;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=52;PP=1351;ReadPosRankSum=-1.090;SC=AGCCCTTGCTGGCGCTGGATG;SOR=0.773;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=228;TCF=97;TCR=131;TR=87;WE=121622427;WS=121622409;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:201,146:0.42:347
chr12	121622520	rs1653624	A	T	6725.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=254;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=57;NR=94;PP=2965;SC=GACTTTGCCAACCTGCCCAGC;SOR=1.060;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=151;TCF=57;TCR=94;TR=151;WE=121622528;WS=121622510;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,252:1.00:252
chr12	121659684	rs7298368	C	T	2632.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.219;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=268;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.246;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=70;NR=25;PP=1464;ReadPosRankSum=0.248;SC=GTCCTCTGAGCGTGGCTTGCC;SOR=0.867;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=191;TCF=138;TCR=53;TR=95;WE=121659692;WS=121659674;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:132,125:0.49:257
chr12	121659999	rs1629287	G	A	5324.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.319;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=541;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.530;HP=1;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=76;NR=114;PP=2962;ReadPosRankSum=0.226;SC=TGGGGAGGGCGGCCCCTGAGC;SOR=0.617;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=384;TCF=145;TCR=239;TR=190;WE=121660007;WS=121659989;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:267,257:0.49:524
chr12	121660787	rs25643	T	C	2024.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.601;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.103;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=39;PP=830;ReadPosRankSum=-1.823;SC=TCAACGGGTCTGTCAAGACGT;SOR=0.809;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=135;TCF=57;TCR=78;TR=66;WE=121660795;WS=121660777;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:98,102:0.51:200
chr12	121666476	rs3815989	C	T	3324.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.845;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=355;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.279;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=45;PP=1695;ReadPosRankSum=-1.215;SC=TGGCTCTTCTCTCTTCTCTGA;SOR=0.609;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=227;TCF=135;TCR=92;TR=105;WE=121666484;WS=121666466;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:188,159:0.46:347
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chr12	121670193	rs5801428	CT	C	5485.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.943;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=303;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.908;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=2.789;NF=43;NR=49;PP=2964;ReadPosRankSum=3.321;SC=CCATCTCCCCCTGATCCATCC;SOR=0.614;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=165;TCF=81;TCR=84;TR=92;WE=121670201;WS=121670183;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:136,162:0.54:298
chr12	121678327	.	CT	C	292.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.549;ClippingRankSum=0.000;DP=198;ExcessHet=3.0103;FS=0.739;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.72;ReadPosRankSum=-0.917;SOR=0.843;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:126,44:0.26:170
chr12	121682051	rs2686340	T	C	242.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-1.277;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=6;PP=77;ReadPosRankSum=-0.582;SC=CCATGGGCCCTGTGACAGAGC;SOR=0.425;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=20;TCF=5;TCR=15;TR=7;WE=121682059;WS=121682041;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,13:0.50:26
chr12	121690305	rs112943694	T	TCTGGTGATCCGC	385.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-1.726;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.706;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=2;PP=1467;ReadPosRankSum=-1.247;SC=ACTCCTAACCTCTGCCTCAGC;SOR=0.293;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=15;TCF=8;TCR=7;TR=3;WE=121690313;WS=121690295;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,11:0.46:24
chr12	121690548	rs2686344	T	C	2678.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.238;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FS=1.300;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.10;ReadPosRankSum=-1.953;SOR=0.865;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:74,74:0.50:148
chr12	121690555	rs2686345	T	C	2581.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.128;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FS=3.085;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.85;ReadPosRankSum=-1.427;SOR=0.992;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:69,68:0.50:137
chr12	121690587	rs1560568	G	A	881.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.439;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.855;HP=3;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=23;PP=525;ReadPosRankSum=-0.382;SC=GTTTTCCTTTGGGGAACCACC;SOR=0.976;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=72;TCF=23;TCR=49;TR=31;WE=121690595;WS=121690577;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,41:0.48:86
chr12	121691096	rs1132780	G	A	2010.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.086;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.171;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=27;PP=1147;ReadPosRankSum=0.139;SC=AAGATCTTGCGGGTCTCAGAG;SOR=0.576;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=148;TCF=100;TCR=48;TR=78;WE=121691104;WS=121691086;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:93,99:0.52:192
chr12	121757660	rs2942064	G	A	135.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-0.970;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.893;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=4;PP=53;ReadPosRankSum=1.333;SC=ACAAAATGGCGAATGTTCATC;SOR=0.287;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=22;TCF=7;TCR=15;TR=7;WE=121757668;WS=121757650;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,8:0.33:24
chr12	121764799	rs4980993	A	C	2653.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=40;NR=18;PP=1221;SC=GTCGAGCAGAACTGTCCAACA;SOR=1.225;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=58;TCF=40;TCR=18;TR=58;WE=121764807;WS=121764789;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr12	121768248	rs2280067	C	T	209.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-0.282;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=2;PP=152;ReadPosRankSum=-0.406;SC=TAATTAAAGTCATATGAAACT;SOR=0.404;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=27;TCF=22;TCR=5;TR=10;WE=121768256;WS=121768238;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,10:0.34:29
chr12	121773552	rs3751162	T	C	576.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=0.927;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=16;PP=389;ReadPosRankSum=1.284;SC=ATCAATGTATTTTAAACGCTG;SOR=0.631;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=40;TCF=11;TCR=29;TR=23;WE=121773560;WS=121773542;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,26:0.52:50
chr12	121779733	rs10400545	A	G	3207.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.914;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=404;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.525;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=50;PP=1429;ReadPosRankSum=0.245;SC=CCTATGCCACAACACACATCA;SOR=0.685;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=249;TCF=121;TCR=128;TR=98;WE=121779741;WS=121779723;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:236,168:0.42:404
chr12	121785795	rs1169961	C	A	894.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-0.819;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=24;PP=519;ReadPosRankSum=0.390;SC=TCACTCCAAACATGCAAATAA;SOR=0.672;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=69;TCF=17;TCR=52;TR=31;WE=121785803;WS=121785785;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,41:0.48:86
chr12	121789927	rs1799525	C	A	1972.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-3.036;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.571;HP=4;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=20;PP=1356;ReadPosRankSum=1.829;SC=AGCCAGCGGGCGCCTCTCACC;SOR=0.491;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=129;TCF=99;TCR=30;TR=77;WE=121789935;WS=121789917;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,83:0.60:138
chr12	121853164	rs11065565	T	C	776.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.214;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=13;PP=363;ReadPosRankSum=1.279;SC=TGGCTCACACTTGTAATCTGA;SOR=0.379;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=23;TCF=9;TCR=14;TR=22;WE=121853172;WS=121853154;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,31:0.97:32
chr12	121868340	rs11544961	C	T	1135.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-0.444;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=34;PP=774;ReadPosRankSum=0.898;SC=CCGCCAGACCCAGGCACTCAG;SOR=0.784;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=87;TCF=22;TCR=65;TR=46;WE=121868348;WS=121868330;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,52:0.50:104
chr12	121870922	rs12427382	G	A	3444.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=44;NR=33;PP=1589;SC=CCTCTTTGGAGGCTCATTCAT;SOR=0.889;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=78;TCF=45;TCR=33;TR=77;WE=121870930;WS=121870912;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr12	121871006	rs11065575	A	C	4147.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=0.710;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=45;PP=1396;ReadPosRankSum=-0.927;SC=CTTCCAACAAAGAAGCTAGAA;SOR=0.794;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=81;TCF=36;TCR=45;TR=81;WE=121871014;WS=121870996;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,164:0.99:166
chr12	121878659	rs1064951	C	T	6133.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=87;NR=53;PP=2622;SC=GATCCCGCATCTGGGCATCCT;SOR=1.111;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=140;TCF=87;TCR=53;TR=140;WE=121878667;WS=121878649;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,231:1.00:231
chr12	121879111	rs2288154	G	C	2125.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=11;NR=41;PP=1278;SC=GCTCTTAACTGTCCCCACCTA;SOR=1.917;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=52;TCF=11;TCR=41;TR=52;WE=121879119;WS=121879101;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr12	121880520	rs3751131	G	A	5377.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-1.739;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.938;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=85;PP=2718;ReadPosRankSum=-0.929;SC=AGCGGGAGTGGTCGCTCTCCC;SOR=0.177;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=146;TCF=59;TCR=87;TR=144;WE=121880528;WS=121880510;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,202:0.99:204
chr12	121881848	rs10849885	G	A	6698.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=253;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=104;NR=69;PP=2965;SC=GGGGCTTCTCGTATTTCCGCT;SOR=0.915;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=177;TCF=106;TCR=71;TR=173;WE=121881856;WS=121881838;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,247:1.00:247
chr12	121882098	rs3817551	T	G	18156.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-1.294;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=701;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=227;NR=185;PP=2965;ReadPosRankSum=1.023;SC=AAAGAGAGAATGAACAGACCA;SOR=0.849;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=419;TCF=228;TCR=191;TR=412;WE=121882106;WS=121882088;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,686:1.00:688
chr12	121954537	rs147813492	T	C	1757.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.794;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.591;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=27;PP=1005;ReadPosRankSum=0.083;SC=CCAAGTCATCTTCAAGCTGAG;SOR=0.669;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=104;TCF=52;TCR=52;TR=56;WE=121954545;WS=121954527;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,79:0.51:155
chr12	121954670	rs11433051	G	GA	331.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.987;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FS=1.322;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.51;ReadPosRankSum=1.468;SOR=1.136;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,25:0.64:39
chr12	122064773	rs141919534	CCCGCCA	C	12492.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=292;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.30;SOR=0.928;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,282:1.00:282
chr12	122079441	rs3825175	T	C	7442.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.652;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=754;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.742;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=100;NR=137;PP=2962;ReadPosRankSum=0.825;SC=GCCATAAGACTGACCGACAGT;SOR=0.866;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=467;TCF=210;TCR=257;TR=237;WE=122079449;WS=122079431;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:375,375:0.50:750
chr12	122097043	rs63632160	GCACA	G	2304.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.066;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FS=3.884;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.28;MQRankSum=2.065;QD=16.46;ReadPosRankSum=0.827;SOR=1.145;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:61,79:0.56:140
chr12	122186268	rs28651018	C	T	6524.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=247;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=69;NR=55;PP=2555;SC=AGGCGGAGCTCGTTCAGCAGA;SOR=0.805;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=124;TCF=69;TCR=55;TR=124;WE=122186276;WS=122186258;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,243:1.00:243
chr12	122186317	rs28655666	G	A	7488.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=289;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=74;NR=69;PP=2834;SC=CGTCTTCTTCGACATGGAGGC;SOR=0.700;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=143;TCF=74;TCR=69;TR=143;WE=122186325;WS=122186307;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,283:1.00:283
chr12	122208968	rs11608693	G	A	1226.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=3.111;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=36;PP=849;ReadPosRankSum=-0.481;SC=AGACAGCGGTGGGGGGTGTGC;SOR=0.828;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=82;TCF=12;TCR=70;TR=40;WE=122208976;WS=122208958;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,49:0.53:93
chr12	122217856	rs59641582	G	GGT	4870.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=7;NR=36;PP=2076;SC=GGTTCCCCCAGGTGTCTCCCA;SOR=0.822;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=44;TCF=7;TCR=37;TR=43;WE=122217864;WS=122217846;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr12	122231368	rs2707067	C	A	1651.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.781;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.801;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=23;PP=799;ReadPosRankSum=-0.088;SC=AGGGGCGTCCCTCGCCCCCAC;SOR=0.724;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=97;TCF=50;TCR=47;TR=52;WE=122231376;WS=122231358;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,80:0.53:152
chr12	122231573	rs2707066	C	T	259.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=1.832;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=12;PP=183;ReadPosRankSum=1.225;SC=GGCGGCGCGCCGGGCACTAGC;SOR=0.776;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=24;TCF=2;TCR=22;TR=13;WE=122231581;WS=122231563;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,13:0.52:25
chr12	122243595	rs67605254	ATT	A	135.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.026;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=9.70;ReadPosRankSum=-1.751;SOR=0.473;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,8:0.57:14
chr12	122243905	rs1168666	C	T	5425.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.363;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=542;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=85;NR=83;PP=2504;ReadPosRankSum=2.026;SC=ACCTGGGCATCGCCAAGGTGG;SOR=0.694;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=316;TCF=156;TCR=160;TR=168;WE=122243913;WS=122243895;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:267,269:0.50:536
chr12	122248582	rs895952	C	G	9522.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=1.536;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1122;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=126;NR=138;PP=2962;ReadPosRankSum=0.836;SC=CAACACCCCTCCCAGACTCCG;SOR=0.672;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=603;TCF=281;TCR=322;TR=264;WE=122248590;WS=122248572;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:636,477:0.43:1113
chr12	122257890	rs11043202	G	A	933.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.276;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.848;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=28;PP=560;ReadPosRankSum=-0.027;SC=GGGGTAGATCGCTGACCGTCC;SOR=0.859;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=86;TCF=24;TCR=62;TR=37;WE=122257898;WS=122257880;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,44:0.46:96
chr12	122261456	rs3741593	G	A	4272.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=1.277;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=495;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=74;NR=65;PP=2231;ReadPosRankSum=1.678;SC=TGCCACCTGCGGGCTCGCCCG;SOR=0.716;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=311;TCF=166;TCR=145;TR=139;WE=122261464;WS=122261446;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:272,207:0.43:479
chr12	122281575	rs1795963	A	G	580.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-3.433;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.929;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=5;PP=324;ReadPosRankSum=-0.247;SC=TGCAGAGCTCATACTCCCCCC;SOR=0.293;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=41;TCF=33;TCR=8;TR=21;WE=122281583;WS=122281565;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,28:0.55:51
chr12	122284715	rs2247291	T	C	5433.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=117;NR=44;PP=2965;SC=TTTGCAGAGATCGTCCCTGGC;SOR=1.827;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=162;TCF=118;TCR=44;TR=161;WE=122284723;WS=122284705;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,195:1.00:195
chr12	122287132	rs3832816	CT	C	893.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=24;PP=604;SC=AAGAGAGACTCTTTTTTTTGC;SOR=1.788;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=30;TCF=3;TCR=27;TR=27;WE=122287140;WS=122287122;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr12	122287462	rs117981914	G	A	350.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=0.539;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.699;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=5;PP=224;ReadPosRankSum=-0.072;SC=GCACCCCTGAGGACTTCCAGG;SOR=1.322;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=43;TCF=27;TCR=16;TR=18;WE=122287470;WS=122287452;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,21:0.31:68
chr12	122295335	rs1154510	T	C	12584.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=492;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=124;NR=178;PP=2965;SC=TAGAATGACGTGGCCTGAATC;SOR=0.941;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=302;TCF=124;TCR=178;TR=302;WE=122295343;WS=122295325;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,484:1.00:484
chr12	122296784	rs3741591	C	T	410.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=2.567;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.258;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=13;PP=243;ReadPosRankSum=-2.393;SC=AGTGCTGGGCCGGAGTATTTA;SOR=1.071;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=38;TCF=5;TCR=33;TR=14;WE=122296792;WS=122296774;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,20:0.36:56
chr12	122326812	rs2230681	T	C	6821.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=269;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=93;NR=69;PP=2965;SC=CAGGCCGGCGTCGTGACTGTC;SOR=0.899;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=162;TCF=93;TCR=69;TR=162;WE=122326820;WS=122326802;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,254:1.00:254
chr12	122348666	rs34301662	C	CA	66.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.578;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FS=6.320;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.36;ReadPosRankSum=-0.506;SOR=1.402;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:155,29:0.16:184
chr12	122348746	rs4069666	A	G	8996.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.61;BaseQRankSum=2.575;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=885;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=146;NR=88;PP=2962;ReadPosRankSum=2.083;SC=TATTTTGCAAATATCACCCCT;SOR=0.736;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=465;TCF=282;TCR=183;TR=234;WE=122348754;WS=122348736;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:439,438:0.50:877
chr12	122348938	rs142734893	T	TTTTTG	1166.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.434;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FS=3.309;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.19;MQRankSum=1.404;QD=18.82;ReadPosRankSum=2.834;SOR=1.385;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,32:0.52:62
chr12	122353796	rs14259	A	G	1622.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-1.212;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=24;PP=791;ReadPosRankSum=1.730;SC=CGCAGGGGGGAAAAACACCAG;SOR=0.735;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=100;TCF=55;TCR=45;TR=54;WE=122353804;WS=122353779;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,86:0.52:164
chr12	122359172	rs6486782	T	C	1513.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.396;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.678;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=15;PP=676;ReadPosRankSum=-2.124;SC=AGCTGGTTATTATGGTCAAAA;SOR=0.393;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=87;TCF=59;TCR=28;TR=43;WE=122359180;WS=122359162;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,71:0.59:120
chr12	122359397	rs142042908	G	GGAGGAGGAGGAGAAA	6315.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.82;QD=52.63;SOR=0.991;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr12	122359698	rs10675519	C	CTTT	394.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.562;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.67;MQRankSum=0.000;QD=17.94;ReadPosRankSum=0.994;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,17:0.77:22
chr12	122361929	rs34885077	CT	C	829.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=1;NR=14;PP=512;SC=TCCCCCAGTGCTTTTGAGAGT;SOR=1.329;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=18;TCF=1;TCR=17;TR=15;WE=122361937;WS=122361919;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
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chr12	122386807	rs76025563	A	G	274.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.439;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.57;ReadPosRankSum=-0.523;SOR=0.551;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,12:0.46:26
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chr12	122394921	rs11043271	A	C	1201.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=3.570;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.463;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=2;PP=835;ReadPosRankSum=0.542;SC=ATTAGGTATTATATAGATGCT;SOR=1.258;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=57;TCF=51;TCR=6;TR=38;WE=122394929;WS=122394911;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,45:0.68:66
chr12	122396395	rs17852561	C	T	3577.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-2.104;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=368;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.796;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=64;PP=1797;ReadPosRankSum=0.489;SC=TGAGAAGGGGCTTGGAGTCCA;SOR=0.638;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=218;TCF=97;TCR=121;TR=117;WE=122396403;WS=122396385;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:179,180:0.50:359
chr12	122405912	rs1169081	G	T	4067.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.515;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=430;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=67;NR=47;PP=1717;ReadPosRankSum=-0.288;SC=TCCTTTCTAGGTGGGACTTCA;SOR=0.695;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=244;TCF=143;TCR=101;TR=114;WE=122405920;WS=122405902;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:217,206:0.49:423
chr12	122409664	rs658957	T	C	1790.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=16;NR=34;PP=1071;SC=ATCTTTGTGATATGGTTTGGC;SOR=1.503;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=50;TCF=16;TCR=34;TR=50;WE=122409672;WS=122409654;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr12	122439369	rs1182927	T	C	8128.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=312;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=112;NR=81;PP=2965;SC=GCCTCAAGAGTTAAACAATCA;SOR=0.968;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=194;TCF=113;TCR=81;TR=193;WE=122439377;WS=122439359;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,301:1.00:301
chr12	122468756	rs59397548	A	G	1004.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.201;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.855;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=24;PP=525;ReadPosRankSum=-1.354;SC=GGGGAGGGAGATTGTCCACTG;SOR=0.890;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=63;TCF=22;TCR=41;TR=36;WE=122468764;WS=122468746;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,47:0.56:84
chr12	122481641	rs111943468	C	CA	244.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.204;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=2.629;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.31;ReadPosRankSum=-0.090;SOR=1.942;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:48,26:0.35:74
chr12	122497001	rs28629903	T	C	4972.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=76;NR=51;PP=2774;SC=CCCCAAGGATTTGGAAGGAGT;SOR=0.981;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=127;TCF=76;TCR=51;TR=127;WE=122497009;WS=122496991;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,179:1.00:179
chr12	122611620	rs75503016	A	G	328.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.480;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=2;PP=174;ReadPosRankSum=2.130;SC=CAGTATCCCCACCATGCCCTG;SOR=0.807;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=15;TCF=13;TCR=2;TR=11;WE=122611628;WS=122611619;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,16:0.67:24
chr12	122611641	rs78324047	C	T	552.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-0.832;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=4;PP=351;ReadPosRankSum=-0.456;SC=CCCTGTGTGGCTCTGAAGAAA;SOR=0.693;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=22;TCF=18;TCR=4;TR=18;WE=122611649;WS=122611631;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,22:0.79:28
chr12	122612625	rs10847611	C	G	999.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-0.048;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.252;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=29;PP=694;ReadPosRankSum=-1.175;SC=GGTAGTGCAGCGCCTGCCCTG;SOR=0.400;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=71;TCF=20;TCR=51;TR=43;WE=122612633;WS=122612615;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,46:0.57:80
chr12	122613599	rs10847853	A	G	1732.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.980;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=18;PP=892;ReadPosRankSum=-0.974;SC=AGGCCTGATTATAGTGCCGGA;SOR=0.735;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=110;TCF=71;TCR=39;TR=56;WE=122613607;WS=122613589;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,80:0.51:158
chr12	122615515	rs4758654	C	G	6001.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.249;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=120;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.666;SC=ACGGTTGCCTCCATCTCCCCC;SOR=0.679;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=171;TCF=50;TCR=121;TR=170;WE=122615523;WS=122615505;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,215:1.00:216
chr12	122616759	rs7955571	G	A	8432.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.92;QD=45.10;SOR=1.136;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,187:1.00:187
chr12	122616766	rs7955575	G	A	8480.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.93;QD=40.97;SOR=1.036;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,207:1.00:207
chr12	122617989	rs7978353	A	G	3936.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=-0.816;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=462;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.751;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=73;NR=57;PP=1947;ReadPosRankSum=0.901;SC=CACATGGATGAGCAGGGCTGT;SOR=0.847;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=275;TCF=150;TCR=125;TR=130;WE=122617997;WS=122617979;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:249,201:0.45:450
chr12	122618131	rs36045144	A	G	3753.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-0.915;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=502;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.652;HP=6;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=74;NR=90;PP=2322;ReadPosRankSum=2.284;SC=GCCCCGCCCCACCGCCCATCT;SOR=0.496;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=372;TCF=185;TCR=187;TR=164;WE=122618139;WS=122618121;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:236,223:0.49:459
chr12	122618752	rs370257177	G	GT	275.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.069;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=2.066;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.61;ReadPosRankSum=-1.239;SOR=0.283;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,19:0.73:26
chr12	122619528	rs11287019	CT	C	1467.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=25;NR=10;PP=788;SC=GCCTCTCTATCTTTTTTTTAA;SOR=1.839;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=38;TCF=27;TCR=11;TR=35;WE=122619536;WS=122619518;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr12	122622207	rs11307581	CT	C	16201.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=475;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=33;NR=188;PP=2971;SC=GGATCTGTGTCTTGTCTGGAA;SOR=1.121;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=227;TCF=33;TCR=194;TR=221;WE=122622215;WS=122622197;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,449:1.00:449
chr12	122622795	rs74580294	A	G	2728.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.004;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=299;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.425;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=36;PP=1198;ReadPosRankSum=1.313;SC=CAACATCAAGATGTGCTTCGA;SOR=0.727;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=179;TCF=103;TCR=76;TR=85;WE=122622803;WS=122622785;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:154,139:0.47:293
chr12	122623000	rs4758686	T	C	7972.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=312;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=91;NR=102;PP=2965;SC=TGCAGAAGACTGTGGAGTACA;SOR=0.759;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=193;TCF=91;TCR=102;TR=193;WE=122623008;WS=122622990;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,310:1.00:310
chr12	122623595	rs9668430	A	G	2062.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.591;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.097;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=43;PP=1097;ReadPosRankSum=-1.773;SC=CCTGTCACCAAGCTCCTCACG;SOR=0.530;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=109;TCF=32;TCR=77;TR=61;WE=122623603;WS=122623585;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,91:0.56:162
chr12	122625212	rs7488857	A	G	414.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=12;NR=3;PP=270;SC=TTTTGATCGCATGTTTGTGCT;SOR=2.179;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=12;TCR=3;TR=15;WE=122625220;WS=122625202;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr12	122626381	rs11057509	G	A	1280.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.981;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=29;PP=627;ReadPosRankSum=1.330;SC=GCATGTGGCCGCATGAGATGC;SOR=0.702;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=80;TCF=24;TCR=56;TR=42;WE=122626389;WS=122626371;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,62:0.51:121
chr12	122626842	rs4758685	G	A	15562.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=609;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=183;NR=189;PP=2965;SC=GTTGGAAGGCGTCTTTCTTTC;SOR=0.696;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=375;TCF=184;TCR=191;TR=372;WE=122626850;WS=122626832;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,599:1.00:599
chr12	122658230	.	CA	C	83.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.528;ClippingRankSum=0.000;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=1.808;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.32;MQRankSum=1.251;QD=2.70;ReadPosRankSum=-1.460;SOR=1.162;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,13:0.42:31
chr12	122658383	rs6489173	A	G	5947.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=74;NR=64;PP=2751;SC=AATCTCTAGGACACTCACATC;SOR=0.796;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=140;TCF=74;TCR=66;TR=138;WE=122658391;WS=122658373;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,223:1.00:223
chr12	122667631	rs77165791	T	G	1477.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.812;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.970;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=18;PP=826;ReadPosRankSum=-0.459;SC=TGAGAGCGCCTGGAGAGGCCC;SOR=0.895;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=127;TCF=85;TCR=42;TR=60;WE=122667639;WS=122667621;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:98,78:0.44:176
chr12	122674032	rs10847725	C	T	4383.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=65;NR=50;PP=2193;SC=TTCTCAGAGCCGAGATCAATT;SOR=0.729;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=117;TCF=67;TCR=50;TR=115;WE=122674040;WS=122674022;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,167:1.00:167
chr12	122674143	rs11060051	G	C	3246.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=28;NR=52;PP=1818;SC=CCCCTCCCAGGCCCCTTTCCT;SOR=1.290;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=80;TCF=28;TCR=52;TR=80;WE=122674151;WS=122674133;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr12	122674758	rs4758651	G	A	21357.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=820;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=265;NR=277;PP=2965;SC=GGACCCTCCGGCACCTGCGAC;SOR=0.701;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=543;TCF=265;TCR=278;TR=542;WE=122674766;WS=122674748;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,807:1.00:807
chr12	122684966	rs11060679	G	C	2866.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=46;NR=40;PP=2090;SC=CATGGGAGCCGCACTCCCTGG;SOR=0.896;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=86;TCF=46;TCR=40;TR=86;WE=122684974;WS=122684956;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr12	122691738	rs4758675	C	A	14499.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=543;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=178;NR=163;PP=2965;SC=GTGCCTGAGGCGGCTGGGGCT;SOR=0.739;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=342;TCF=179;TCR=163;TR=341;WE=122691746;WS=122691728;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,530:1.00:530
chr12	122694214	.	C	CA	340.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.778;ClippingRankSum=0.000;DP=249;ExcessHet=3.0103;FS=3.985;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.13;MQRankSum=3.329;QD=1.45;ReadPosRankSum=-2.977;SOR=1.058;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:187,48:0.20:235
chr12	122694337	rs182277781	T	C	2755.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=2.966;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=270;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.444;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.796;NF=42;NR=49;PP=1524;ReadPosRankSum=-0.355;SC=ACAAGAACCTTCAGGACAATG;SOR=0.729;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=181;TCF=85;TCR=96;TR=91;WE=122694345;WS=122694327;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:137,129:0.48:266
chr12	122723317	.	TAC	T	341.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.886;ClippingRankSum=0.000;DP=189;ExcessHet=3.0103;FS=2.070;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.60;ReadPosRankSum=-0.540;SOR=1.025;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:66,29:0.31:95
chr12	122760929	.	CCA	C	838.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.896;ClippingRankSum=0.000;DP=368;ExcessHet=3.0103;FS=1.209;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.58;ReadPosRankSum=1.832;SOR=0.810;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:261,64:0.20:325
chr12	122762763	.	GA	G	201.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.770;ClippingRankSum=0.000;DP=177;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.06;MQRankSum=0.000;QD=1.37;ReadPosRankSum=0.147;SOR=0.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:106,41:0.28:147
chr12	122804034	rs3825097	A	G	244.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=2.393;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.994;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=14;PP=273;ReadPosRankSum=1.027;SC=ATCAGTCACAATCCAGTGCTG;SOR=3.312;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=30;TCF=4;TCR=26;TR=14;WE=122804042;WS=122804024;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,11:0.38:29
chr12	122812503	rs1129167	G	C	770.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.814;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.709;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=7;PP=648;ReadPosRankSum=0.048;SC=CTTTGGCTTTGTCGGCTTGCT;SOR=1.540;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=63;TCF=46;TCR=17;TR=35;WE=122812511;WS=122812493;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,35:0.47:75
chr12	122817507	rs7956480	A	G	1442.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.231;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.945;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=16;PP=597;ReadPosRankSum=1.213;SC=ACCTAAGGTCAGCACTCTTTT;SOR=1.091;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=83;TCF=47;TCR=36;TR=45;WE=122817515;WS=122817497;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,75:0.52:145
chr12	122817580	rs17883517	A	G	1575.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.893;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.303;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=28;PP=777;ReadPosRankSum=3.377;SC=AGCTGAGAAGAGTTATCTCCT;SOR=0.476;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=82;TCF=35;TCR=47;TR=52;WE=122817588;WS=122817570;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,76:0.59:128
chr12	122838956	rs4997380	A	G	518.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.074;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=2.263;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.11;ReadPosRankSum=1.813;SOR=1.060;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,28:0.44:64
chr12	122862560	rs55834409	C	G	924.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-3.746;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=29;PP=537;ReadPosRankSum=1.265;SC=CAGACAACCTCTAACTTAAAG;SOR=0.614;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=79;TCF=11;TCR=68;TR=34;WE=122862568;WS=122862550;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,42:0.48:87
chr12	122865029	rs1803290	T	C	3687.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.077;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=410;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.523;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=44;PP=1406;ReadPosRankSum=0.393;SC=TGTTTCTCCTTTGCCTGTTGC;SOR=0.668;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=226;TCF=114;TCR=112;TR=94;WE=122865037;WS=122865019;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:225,185:0.45:410
chr12	122962286	rs112206622	G	A	772.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=1.101;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.271;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=9;PP=612;ReadPosRankSum=0.194;SC=GCGGTGAGCCGAGATCACGCC;SOR=0.484;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=73;TCF=53;TCR=20;TR=36;WE=122962294;WS=122962276;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,34:0.61:56
chr12	122962337	.	CAA	C	291.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.772;ClippingRankSum=0.000;DP=120;ExcessHet=3.0103;FS=0.916;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.73;ReadPosRankSum=1.913;SOR=0.922;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:83,24:0.22:107
chr12	122964708	rs10846978	T	C	453.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.606;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.176;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=4;PP=219;ReadPosRankSum=-1.901;SC=TCACATCACATGATAATTTAA;SOR=0.941;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=31;TCF=22;TCR=9;TR=15;WE=122964716;WS=122964698;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,22:0.48:46
chr12	122983460	rs7314638	A	G	1186.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.697;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.692;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=20;PP=589;ReadPosRankSum=-1.681;SC=TAACAATGCAAATCATAAAAT;SOR=0.702;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=79;TCF=41;TCR=38;TR=40;WE=122983468;WS=122983450;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,58:0.50:116
chr12	122991279	rs11058480	C	T	347.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.890;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.498;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=6;PP=226;ReadPosRankSum=0.048;SC=AACTCAAAAACGCTGACACCT;SOR=0.185;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=39;TCF=29;TCR=10;TR=17;WE=122991287;WS=122991269;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,17:0.44:39
chr12	122991478	rs9988963	C	G	747.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.263;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.387;HP=5;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=14;PP=326;ReadPosRankSum=2.374;SC=GTCCTGTTAACAAACACTGAA;SOR=0.334;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=53;TCF=17;TCR=36;TR=22;WE=122991486;WS=122991468;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,35:0.50:70
chr12	122995468	rs10709275	GA	G	518.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.156;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=3;PP=431;ReadPosRankSum=-1.411;SC=GGTGATGTGGGACCTGCAGTC;SOR=0.693;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=19;TCF=14;TCR=5;TR=12;WE=122995476;WS=122995458;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,16:0.62:26
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chr12	123024332	rs35303600	C	CT	127.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.052;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=1.421;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.35;MQRankSum=1.738;QD=3.12;ReadPosRankSum=-0.499;SOR=1.218;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,15:0.37:41
chr12	123028096	rs61956128	T	C	676.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.954;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.935;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=11;PP=437;ReadPosRankSum=-1.088;SC=TGACTTGTATTATTTTGTAGA;SOR=1.002;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=58;TCF=32;TCR=26;TR=27;WE=123028104;WS=123028086;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,35:0.48:73
chr12	123069590	rs111624734	CT	C	61.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.191;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=1.312;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.14;ReadPosRankSum=1.024;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,13:0.24:54
chr12	123071365	rs7311684	AT	TA	496.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.080;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.56;ReadPosRankSum=0.791;SOR=0.636;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,16:0.53:30
chr12	123079020	rs10847242	T	G	915.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=2.139;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.181;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=15;PP=314;ReadPosRankSum=-0.351;SC=GATTATTTTATGAGGTCCATA;SOR=1.002;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=37;TCF=8;TCR=29;TR=18;WE=123079028;WS=123079010;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,27:0.52:52
chr12	123079035	rs4319547	A	G	778.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.754;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=10;PP=217;ReadPosRankSum=-1.585;SC=TCCATAGACCACTATTTTCTT;SOR=0.922;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=27;TCF=6;TCR=21;TR=12;WE=123079043;WS=123079025;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,20:0.54:37
chr12	123087442	rs7307735	A	G	3158.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=1.057;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=330;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.379;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=46;PP=1572;ReadPosRankSum=1.649;SC=AAGGTAATGGATTAAAACATT;SOR=0.574;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=245;TCF=140;TCR=105;TR=102;WE=123087450;WS=123087432;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:180,148:0.45:328
chr12	123087819	.	TA	T	133.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.401;ClippingRankSum=0.000;DP=107;ExcessHet=3.0103;FS=1.004;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.54;ReadPosRankSum=-0.618;SOR=0.518;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:63,24:0.28:87
chr12	123097528	rs10744294	C	A	547.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-5.315;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.740;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=1;PP=382;ReadPosRankSum=-2.321;SC=ACACACAGTGCGTTCCGTAAC;SOR=0.105;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=32;TCF=31;TCR=1;TR=18;WE=123097536;WS=123097518;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,22:0.61:36
chr12	123103008	rs139890796	G	GT,GTT	1413.73	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.391;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=405;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.342;HP=9;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=65;PP=1871;ReadPosRankSum=-0.769;SC=TATCATGGTTGTTTTTTTGTT;SOR=1.044;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=182;TCF=29;TCR=153;TR=76;WE=123103024;WS=123102995;set=Intersection	GT:AF:DP	0/1:0.34:361
chr12	123103016	rs7301589	G	T	5144.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.041;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=383;ExcessHet=3.0103;FS=14.523;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.54;ReadPosRankSum=-2.249;SOR=1.239;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:223,157:0.41:380
chr12	123103115	rs376934174	CA	C	166.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.007;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FS=1.800;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.15;ReadPosRankSum=0.092;SOR=0.977;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:112,33:0.23:145
chr12	123105143	rs2270775	C	T	1898.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-2.244;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.513;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=24;PP=674;ReadPosRankSum=-1.373;SC=AGAAAAGACACCAGCAAATTA;SOR=0.717;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=127;TCF=63;TCR=64;TR=46;WE=123105151;WS=123105133;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:107,96:0.47:203
chr12	123107165	.	T	TA	130.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.671;ClippingRankSum=0.000;DP=76;ExcessHet=3.0103;FS=1.142;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.95;ReadPosRankSum=-0.451;SOR=0.471;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:51,16:0.24:67
chr12	123110654	rs3803005	T	C	138.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-1.432;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.299;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=2;PP=44;ReadPosRankSum=-0.892;SC=TATGTAGATTTGTATCACTTC;SOR=0.223;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=21;TCF=18;TCR=3;TR=7;WE=123110662;WS=123110644;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,8:0.35:23
chr12	123186596	rs76850512	C	A	142.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.633;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=15.472;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.28;MQRankSum=-8.395;QD=1.98;ReadPosRankSum=-0.640;SOR=3.672;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:60,12:0.17:72
chr12	123186610	rs76270247	GC	AG	691.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.852;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FS=5.401;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.43;MQRankSum=-8.628;QD=7.06;ReadPosRankSum=-2.351;SOR=1.528;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:76,22:0.22:98
chr12	123200099	rs61955034	T	C	5395.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=102;NR=58;PP=2965;SC=TTCCAGGAAATCTTAGGCCGA;SOR=1.279;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=160;TCF=102;TCR=58;TR=160;WE=123200107;WS=123200089;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,199:1.00:199
chr12	123200247	rs56308926	G	C	7264.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.669;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=289;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=-0.770;NF=108;NR=108;PP=2965;ReadPosRankSum=2.513;SC=CGGAGTTGGCGATTAACGCCT;SOR=0.857;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=217;TCF=109;TCR=108;TR=216;WE=123200255;WS=123200237;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,275:0.99:277
chr12	123200334	rs116821988	T	C	1246.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=11.547;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FS=105.108;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=45.62;MQRankSum=-7.033;QD=7.51;ReadPosRankSum=-2.408;SOR=6.518;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:114,52:0.31:166
chr12	123200354	rs200905183	G	A	2070.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-10.610;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FS=79.353;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=45.12;MQRankSum=9.050;QD=14.38;ReadPosRankSum=3.761;SOR=0.077;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,106:0.74:144
chr12	123200527	rs118091133	T	C	312.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=39.80;QD=31.28;SOR=3.258;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr12	123200693	rs17884481	A	G	6226.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=102;NR=67;PP=2965;SC=AGGGGCAGGAAGAACTCCAGG;SOR=1.179;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=169;TCF=102;TCR=67;TR=169;WE=123200701;WS=123200683;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,223:1.00:223
chr12	123200768	rs1798192	T	G	11111.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=417;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQ=59.98;NF=149;NR=117;PP=2965;SC=ACATTTGCAGTGCCATTCTGG;SOR=0.888;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=266;TCF=149;TCR=117;TR=266;WE=123200776;WS=123200758;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,413:1.00:413
chr12	123200937	rs1696352	T	G	12090.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.952;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=438;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=-0.342;NF=137;NR=135;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.649;SC=CCGTGAGGAATATGATGCTGC;SOR=0.707;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=275;TCF=139;TCR=136;TR=272;WE=123200945;WS=123200927;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,433:1.00:435
chr12	123201291	rs3825156	A	G	3893.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.984;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=460;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.530;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-8.670;NF=68;NR=93;PP=2353;ReadPosRankSum=-0.210;SC=TCATGAGTGCAGCTAGTGAGT;SOR=0.774;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=324;TCF=138;TCR=186;TR=161;WE=123201299;WS=123201281;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:255,197:0.44:452
chr12	123265952	rs1798563	A	G	4166.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=27;NR=90;PP=2775;SC=ATTAGATTTGACCGGGCACGG;SOR=2.156;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=118;TCF=27;TCR=91;TR=117;WE=123265960;WS=123265942;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,141:1.00:141
chr12	123276749	.	GT	G	35.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.719;ClippingRankSum=0.000;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.12;ReadPosRankSum=0.905;SOR=1.071;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,12:0.38:32
chr12	123281967	rs10744394	G	A	5852.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=224;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=55;NR=63;PP=2207;SC=ATCCTTCTCTGTCACATAAGA;SOR=0.817;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=119;TCF=55;TCR=64;TR=118;WE=123281975;WS=123281957;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,221:1.00:221
chr12	123290951	rs34775544	GTT	G	2607.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.259;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FS=5.501;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.09;MQRankSum=0.548;QD=17.04;ReadPosRankSum=0.452;SOR=1.894;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,118:0.77:153
chr12	123297718	rs4759391	T	A	1359.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=26;NR=17;PP=838;SC=AGCCTGGGCGTCAGAGCAAGA;SOR=1.007;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=43;TCF=26;TCR=17;TR=43;WE=123297726;WS=123297708;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr12	123307754	rs7954285	CA	TG	1055.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.68;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;JOINED;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=4;PP=417;SC=GTGATCCGCCCACCCTGGCCT;SOR=1.136;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=8;TCR=4;TR=12;WE=123307763;WS=123307744;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr12	123333065	rs2135014	C	T	10817.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=417;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=124;NR=114;PP=2965;SC=TCTGGTCCTACGCCATTGGGC;SOR=0.713;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=238;TCF=124;TCR=114;TR=238;WE=123333073;WS=123333055;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,412:1.00:412
chr12	123334874	.	C	CCCCTGGTTCAGTGGCCGCTGGGTTGGGGGGG	1283.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=107;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=61.43;QD=34.70;SOR=1.802;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr12	123334929	.	G	T	362	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.61;FR=0.5000;HP=7;HapScore=2;MGOF=54;MMLQ=27;MQ=57.56;NF=2;NR=8;PP=362;QD=39.6771212547;SC=GCCGCTGGGTGGGGGGGGCCC;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=32;TCF=6;TCR=26;TR=10;WE=123334937;WS=123334919;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:22,10:0.31:32
chr12	123335240	.	T	TG	186.75	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=53.93;QD=26.68;SOR=2.584;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr12	123335287	rs12369846	A	G	565.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.45;QD=25.72;SOR=3.912;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr12	123335483	rs2271048	A	G	6375.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.08;SOR=0.930;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,148:1.00:148
chr12	123335488	rs2271049	G	A	6107.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.24;SOR=0.937;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,135:1.00:135
chr12	123335527	rs2271050	C	T	1679.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.771;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=34;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=35;PP=921;ReadPosRankSum=-0.871;SC=CCGCGTCTCACGCCCAGGCGT;SOR=1.318;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=53;TCF=18;TCR=35;TR=53;WE=123335535;WS=123335517;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,67:0.97:69
chr12	123339344	rs2292136	A	G	1829.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=39;NR=9;PP=1204;SC=GCCCGGTCTCAGGTGATCTCT;SOR=2.925;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=48;TCF=39;TCR=9;TR=48;WE=123339366;WS=123339334;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr12	123339358	rs2292137	C	G	813.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=2.779;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.496;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=5;PP=601;ReadPosRankSum=-1.130;SC=GATCTCTGATCTGTGAGTTTG;SOR=1.162;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=61;TCF=49;TCR=12;TR=31;WE=123339366;WS=123339334;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,33:0.49:68
chr12	123339712	rs2292138	A	G	14297.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=528;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=153;NR=210;PP=2965;SC=CCCTTTGAGGACCCCAGGCAC;SOR=0.947;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=363;TCF=153;TCR=210;TR=363;WE=123339720;WS=123339702;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,517:1.00:517
chr12	123340453	rs11418615	G	GC	3950.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=45;NR=33;PP=1722;SC=AGCTGGAGGTGCGGGGTGGGG;SOR=2.324;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=82;TCF=47;TCR=35;TR=78;WE=123340473;WS=123340443;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr12	123341289	rs897386	A	C	1257.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.93;SOR=1.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr12	123341297	rs897385	A	G	1166.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.88;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr12	123341833	rs7138398	G	C	8515.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=320;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=81;NR=114;PP=2965;SC=CTGTCTCCGTGATCTGCCTGT;SOR=0.948;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=195;TCF=81;TCR=114;TR=195;WE=123341841;WS=123341823;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,314:1.00:314
chr12	123341863	rs2343109	G	C	5881.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=55;NR=98;PP=2709;SC=TTCATGTAAAGGGGATCATAC;SOR=1.148;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=153;TCF=55;TCR=98;TR=153;WE=123341871;WS=123341853;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,225:1.00:225
chr12	123342628	rs34131980	CCTCTT	C	7085.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=22;NR=40;PP=2965;SC=TCTAACCTGTCCTCTTCACCC;SOR=0.990;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=64;TCF=22;TCR=42;TR=62;WE=123342640;WS=123342618;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,159:1.00:159
chr12	123343571	rs2343110	T	G	11645.77	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.684;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=448;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.34;MQRankSum=0.264;QD=26.05;ReadPosRankSum=-1.017;SOR=0.698;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,445:1.00:447
chr12	123343572	rs5801491	G	GGC	12675.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.673;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=448;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=132;PP=2983;ReadPosRankSum=0.555;SC=GCCTGTCGGTGGGGGGGGCTC;SOR=0.708;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=170;TCF=36;TCR=134;TR=165;WE=123343581;WS=123343558;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,411:1.00:413
chr12	123344910	rs937765	A	C	6091.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=95;NR=62;PP=2965;SC=CTTGAGGGCCACTTTCCACCT;SOR=1.012;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=157;TCF=95;TCR=62;TR=157;WE=123344918;WS=123344900;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,221:1.00:221
chr12	123345347	rs7306948	G	A	6970.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=260;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=110;NR=95;PP=2965;SC=CTTGCACGCCGACAGCAGCAC;SOR=0.825;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=205;TCF=110;TCR=95;TR=205;WE=123345368;WS=123345337;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,256:1.00:256
chr12	123345360	rs7298176	T	C	6719.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=257;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=104;NR=97;PP=2965;SC=AGCAGCACACTGGGCTCTGGG;SOR=0.758;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=201;TCF=104;TCR=97;TR=201;WE=123345368;WS=123345337;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,252:1.00:252
chr12	123345509	rs34149579	G	T	4491.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-2.395;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=450;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=76;NR=66;PP=2222;ReadPosRankSum=0.682;SC=CTGCAGGAATGTTCTCGCACA;SOR=0.677;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=271;TCF=145;TCR=126;TR=142;WE=123345517;WS=123345499;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:223,219:0.50:442
chr12	123345736	rs10847910	C	G	20990.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=522;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=142;NR=154;PP=2965;SC=AGATGGAGACCCAGGTAGGCG;SOR=0.756;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=296;TCF=142;TCR=154;TR=296;WE=123345744;WS=123345726;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,522:1.00:522
chr12	123345756	rs3215148	G	GC	19822.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=459;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=46;NR=136;PP=2966;SC=GCCCATGGCTGCCCCGTGACC;SOR=0.765;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=200;TCF=48;TCR=152;TR=182;WE=123345764;WS=123345746;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,458:1.00:458
chr12	123352179	rs3825143	C	T	3332.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=33;NR=49;PP=1534;SC=AACCTGGTTACAGGGACAGCC;SOR=1.039;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=82;TCF=33;TCR=49;TR=82;WE=123352187;WS=123352169;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr12	123425575	rs4148866	C	T	4049.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=0.205;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=378;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.790;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=63;PP=1530;ReadPosRankSum=0.357;SC=CCTGTCCCACCGATACCCGAC;SOR=0.639;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=204;TCF=76;TCR=128;TR=102;WE=123425583;WS=123425565;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:176,196:0.53:372
chr12	123433137	rs10848106	T	C	2063.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=41;NR=18;PP=1112;SC=GCTGCCAGGGTGCACAGTCCC;SOR=1.488;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=59;TCF=41;TCR=18;TR=59;WE=123433145;WS=123433127;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr12	123460297	rs148367749	TAGAG	T	6516.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.076;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=386;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.777;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.565;NF=27;NR=51;PP=2966;ReadPosRankSum=-0.003;SC=AACTGAGGCTTAGAGAGTGAA;SOR=0.738;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=178;TCF=69;TCR=109;TR=78;WE=123460308;WS=123460287;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:209,172:0.45:381
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chr12	123466111	rs55742290	C	T	4925.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-2.197;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.129;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=57;PP=2318;ReadPosRankSum=-0.711;SC=CCCTCCTGGCCTTCCAGCCTC;SOR=0.328;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=123;TCF=65;TCR=58;TR=122;WE=123466119;WS=123466101;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,184:0.99:185
chr12	123471402	rs2049506	T	C	3492.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=30;NR=58;PP=1889;SC=CGTCTCATGGTCACCCCTTCC;SOR=1.329;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=89;TCF=31;TCR=58;TR=88;WE=123471410;WS=123471392;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr12	123473254	rs1463877	T	C	3993.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=1.243;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=85;NR=35;PP=2898;ReadPosRankSum=0.373;SC=TCCTGGGAGGTCCCAGGCCCC;SOR=1.626;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=122;TCF=86;TCR=36;TR=120;WE=123473262;WS=123473243;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,143:0.99:145
chr12	123476586	rs7135296	G	A	3020.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=27;NR=62;PP=1867;SC=GGCAGGGGTCGGGCCAAGCCT;SOR=1.546;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=89;TCF=27;TCR=62;TR=89;WE=123476594;WS=123476576;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr12	123477311	rs937564	T	C	362.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.91;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr12	123485188	rs883263	A	G	7406.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=293;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=128;NR=82;PP=2965;SC=GCCTCTCCCCAGACAGTACCC;SOR=1.111;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=211;TCF=128;TCR=83;TR=210;WE=123485196;WS=123485178;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,282:1.00:282
chr12	123492112	rs3897102	C	T	274.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-3.190;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=10;PP=178;ReadPosRankSum=0.317;SC=CACTTCCCACCCCTGGCTTTG;SOR=1.179;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=1;TCR=18;TR=10;WE=123492120;WS=123492102;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,12:0.60:20
chr12	123645803	rs1051431	G	A	16454.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.220;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=640;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=191;NR=191;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.538;SC=TACACTGTTCGTAGCTAACTG;SOR=0.394;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=386;TCF=194;TCR=192;TR=382;WE=123645811;WS=123645793;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,630:1.00:633
chr12	123647725	rs1727296	G	C	5505.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=39;NR=111;PP=2965;SC=CCTTCTATATGTATCAGCATA;SOR=1.863;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=150;TCF=39;TCR=111;TR=150;WE=123647733;WS=123647715;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,188:1.00:188
chr12	123651162	rs1716167	A	G	3106.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=65;NR=23;PP=1625;SC=CTAAGAAAACATAACATCCCT;SOR=1.730;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=88;TCF=65;TCR=23;TR=88;WE=123651170;WS=123651152;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr12	123664514	rs1727301	G	A	784.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.410;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.705;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=18;PP=333;ReadPosRankSum=-0.026;SC=CAAGCAATTTGTTCTCAGTTG;SOR=0.807;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=80;TCF=35;TCR=45;TR=30;WE=123664522;WS=123664504;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,45:0.38:119
chr12	123665695	rs1727306	A	G	4551.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=50;NR=48;PP=1950;SC=TAGAACATGAACCATTACCCC;SOR=0.705;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=98;TCF=50;TCR=48;TR=98;WE=123665703;WS=123665685;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,175:1.00:175
chr12	123679171	.	A	ATTT	641.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.645;ClippingRankSum=-0.000;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=22.92;ReadPosRankSum=1.036;SOR=0.569;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:7,21:0.75:28
chr12	123682594	rs11610710	G	A	544.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=10;NR=4;PP=298;SC=CCGCGCCACTGCACTCCAGCC;SOR=1.402;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=10;TCR=4;TR=14;WE=123682602;WS=123682593;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr12	123682630	rs72059632	C	CA	43.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.627;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.25;ReadPosRankSum=-0.587;SOR=0.760;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,9:0.26:35
chr12	123694724	rs2682434	C	T	4914.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=43;NR=73;PP=2133;SC=TGTGCACAAACACACAGAATA;SOR=1.102;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=116;TCF=43;TCR=73;TR=116;WE=123694732;WS=123694714;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,189:1.00:189
chr12	123699200	rs77954523	GTTT	G	1517.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=22;NR=8;PP=1104;SC=TAGGCAAGTTGTTTTTTAAAA;SOR=2.115;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=31;TCF=23;TCR=8;TR=30;WE=123699210;WS=123699191;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr12	123699520	rs1727322	A	G	4172.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=32;NR=74;PP=2225;SC=GCCAGGCGTGATAGCTCACGC;SOR=1.375;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=106;TCF=32;TCR=74;TR=106;WE=123699528;WS=123699510;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,153:1.00:153
chr12	123703103	rs2851451	T	C	853.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=24;PP=628;SC=GACAGAGTCTTGCTGTGTCGC;SOR=2.694;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=30;TCF=6;TCR=24;TR=30;WE=123703111;WS=123703093;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr12	123707527	rs34047404	GTA	G	3224.86	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.016;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.283;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=68;PP=2991;ReadPosRankSum=0.768;SC=GTGTGTGTGTGTATATGTACG;SOR=0.470;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=118;TCF=50;TCR=68;TR=118;WE=123707537;WS=123707497;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:11,105:0.91:116
chr12	123707552	rs36043549	TA	T	5253.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=224;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=50;NR=79;PP=2979;SC=TATATGTATATAAAAAAAGGA;SOR=1.184;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=149;TCF=59;TCR=90;TR=129;WE=123707560;WS=123707542;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,216:1.00:216
chr12	123710835	rs1626703	A	C	673.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=1.008;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=8;PP=417;ReadPosRankSum=-0.407;SC=AAATAATTACACTTAGCAGTT;SOR=1.101;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=12;TCR=8;TR=20;WE=123710843;WS=123710825;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,27:0.93:29
chr12	123715113	rs941306	C	T	438.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=14;PP=349;SC=AAAAAGCCACCAAAGCTAGCA;SOR=4.047;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=15;TCF=1;TCR=14;TR=15;WE=123715121;WS=123715103;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr12	123738678	rs1568427	A	G	457.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=3;NR=10;PP=267;SC=TCCCTGAGCCATTCCTCCCTA;SOR=1.739;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=3;TCR=10;TR=13;WE=123738686;WS=123738668;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr12	123746357	rs4759416	C	G	14712.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=548;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=186;NR=140;PP=2965;SC=ATGCCTGAAACAGAGGCAGAG;SOR=0.902;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=328;TCF=187;TCR=141;TR=326;WE=123746365;WS=123746347;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,546:1.00:546
chr12	123746510	rs4759417	C	T	5100.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=1.236;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.902;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=118;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.174;SC=CCCTGAAGGACGCTAACAATC;SOR=1.855;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=162;TCF=43;TCR=119;TR=160;WE=123746518;WS=123746500;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,184:0.99:186
chr12	123794022	rs6488867	T	C	9663.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=360;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=93;NR=165;PP=2965;SC=CTTCACAACATTTTCTAAACT;SOR=1.282;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=258;TCF=93;TCR=165;TR=258;WE=123794030;WS=123794012;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,343:1.00:343
chr12	123794450	rs2277343	A	T	1676.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.522;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=23.95;ReadPosRankSum=1.451;SOR=1.788;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,69:0.99:70
chr12	123799974	rs6488868	A	G	10669.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-2.758;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=430;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=154;NR=89;PP=2965;ReadPosRankSum=0.697;SC=CCCTTCTATCACCATGTGTAA;SOR=0.209;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=245;TCF=156;TCR=89;TR=243;WE=123799995;WS=123799964;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,419:1.00:421
chr12	123801672	rs10846515	T	G	6160.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=235;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=107;NR=58;PP=2965;SC=GGCGTGAGCCTCTGTGCCCGG;SOR=1.244;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=165;TCF=107;TCR=58;TR=165;WE=123801680;WS=123801662;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,232:1.00:232
chr12	123810662	rs111400678	A	AC	5492.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.18;QD=31.39;SOR=2.158;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,175:1.00:175
chr12	123810873	rs61388686	G	A	12621.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=475;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=113;NR=181;PP=2965;SC=GCTCTCTGGCGATGACCCACT;SOR=1.031;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=296;TCF=113;TCR=183;TR=294;WE=123810881;WS=123810863;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,469:1.00:469
chr12	123812207	rs7959415	C	T	8709.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=331;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=150;NR=94;PP=2965;SC=GAATAACACACTTCTTAGATT;SOR=1.144;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=244;TCF=150;TCR=94;TR=244;WE=123812215;WS=123812197;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,323:1.00:323
chr12	123812611	rs10846517	A	G	877.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=23;PP=596;SC=TCACATTAGTATTAAGTAAGA;SOR=2.694;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=27;TCF=4;TCR=23;TR=27;WE=123812619;WS=123812601;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr12	123812629	rs28419092	G	C	719.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=17;PP=492;SC=AGAATCTCCAGTCTTTCAAGA;SOR=2.494;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=21;TCF=4;TCR=17;TR=21;WE=123812637;WS=123812619;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr12	123813493	rs7301163	C	A	1377.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=7;NR=34;PP=1033;SC=TTTCTCTCTGCAACATTCATC;SOR=2.935;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=7;TCR=34;TR=41;WE=123813501;WS=123813483;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr12	123815146	rs369148541	TA	T	152.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.210;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=2.218;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.64;ReadPosRankSum=1.360;SOR=1.802;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,17:0.74:23
chr12	123815668	rs6488869	A	C	1335.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=32;NR=5;PP=947;SC=CACCATGACGACCGGCTGATT;SOR=3.109;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=38;TCF=33;TCR=5;TR=37;WE=123815676;WS=123815658;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr12	123816007	rs11282939	T	TATGTTG	2896.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=45;PP=2972;SC=GGAGTAGGAATATGTTATGTT;SOR=3.545;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=62;TCF=1;TCR=61;TR=46;WE=123816015;WS=123815997;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr12	123821234	rs7486223	T	A	991.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=29;PP=785;SC=GACAATGAGGTCCTACTCTGT;SOR=6.994;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=29;TCF=0;TCR=29;TR=29;WE=123821242;WS=123821224;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr12	123825339	rs7312145	A	G	219.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=7;NR=0;PP=180;SC=CACTCCATCAATCTGCAAGTT;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=7;TCR=0;TR=7;WE=123825347;WS=123825329;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr12	123825389	rs7315453	T	C	528.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=3;PP=341;SC=TCCAGCGAGGTTTAAGCATAT;SOR=2.303;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=16;TCF=13;TCR=3;TR=16;WE=123825397;WS=123825379;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr12	123832710	rs11325003	TA	T	11362.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=404;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=145;PP=2966;SC=AGACAAAAAATAAAAGGACAG;SOR=0.906;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=166;TCF=15;TCR=151;TR=160;WE=123832718;WS=123832700;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,390:1.00:390
chr12	123832746	rs10846523	G	A	7231.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=272;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=62;NR=133;PP=2965;SC=CAAGGACAAGGTTTGCATTTA;SOR=1.292;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=195;TCF=62;TCR=133;TR=195;WE=123832754;WS=123832736;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,271:1.00:271
chr12	123875394	rs28660993	C	T	5926.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=224;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=62;NR=94;PP=2965;SC=AGCCTCTGTCCTCTGCAAGAA;SOR=1.059;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=156;TCF=62;TCR=94;TR=156;WE=123875402;WS=123875384;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,221:1.00:221
chr12	123960444	rs375190049	ATTTTTT	A	415.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.705;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=23.10;ReadPosRankSum=-0.325;SOR=2.670;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,10:0.56:18
chr12	123960474	rs28971833	A	G	365.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-1.451;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.102;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=8;PP=185;ReadPosRankSum=0.436;SC=TTTTTGAGACAGAGTCTCACT;SOR=2.546;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=13;TCF=1;TCR=12;TR=9;WE=123960482;WS=123960464;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,11:0.61:18
chr12	123969828	rs11522343	A	G	1719.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.996;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=38;PP=862;ReadPosRankSum=-1.352;SC=AAAGGGCCACATAGACCATTA;SOR=0.727;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=131;TCF=52;TCR=79;TR=63;WE=123969836;WS=123969818;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:96,86:0.47:182
chr12	123983941	rs9697264	G	A	3282.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.146;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=276;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=31;PP=1473;ReadPosRankSum=-0.155;SC=GAGGGTGGACGCAGGTCAGGG;SOR=0.709;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=176;TCF=116;TCR=60;TR=93;WE=123983949;WS=123983918;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:120,152:0.56:272
chr12	124003047	rs60479214	CA	C	132.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.424;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FS=4.854;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.03;ReadPosRankSum=1.526;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:94,35:0.27:129
chr12	124008073	rs2292500	A	G	2320.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=2.344;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=316;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=34;PP=1061;ReadPosRankSum=-2.080;SC=CCTCTGAGAAATTGACATCCT;SOR=0.715;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=182;TCF=92;TCR=90;TR=70;WE=124008081;WS=124008063;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:193,122:0.39:315
chr12	124017850	rs28492040	G	C	3773.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=2.269;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=411;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.106;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=55;PP=1840;ReadPosRankSum=2.759;SC=GGATCTCCAGGACGCGCACGA;SOR=0.774;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=253;TCF=130;TCR=123;TR=119;WE=124017858;WS=124017840;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:219,186:0.46:405
chr12	124069111	rs71088937	GGGC	G	3084.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.9999;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=20;NR=21;PP=2229;SC=GAAGGCAGCGGGGCGGCGGCG;SOR=1.085;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=47;TCF=25;TCR=22;TR=41;WE=124069124;WS=124069101;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr12	124069213	rs786446	T	C	4048.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=60;NR=50;PP=2290;SC=TGCTGGTGCTTCTGGCCGCTC;SOR=0.775;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=114;TCF=60;TCR=54;TR=110;WE=124069221;WS=124069203;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,150:1.00:150
chr12	124071507	rs11289530	AT	A	1666.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.072;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.346;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=1.215;NF=5;NR=26;PP=1053;ReadPosRankSum=2.134;SC=CATTCAGAAGATTTACATCAC;SOR=0.558;SbPval=0.16;Source=Platypus;TC=76;TCF=7;TCR=69;TR=31;WE=124071515;WS=124071497;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,61:0.41:149
chr12	124074848	rs78072538	A	T	700.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.308;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=2.470;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.22;ReadPosRankSum=-0.242;SOR=1.215;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,29:0.55:53
chr12	124075111	rs77895354	A	G	913.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=3.872;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.427;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=23;PP=530;ReadPosRankSum=1.245;SC=GAAAGCATTGACTTTAAAAGT;SOR=1.282;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=64;TCF=18;TCR=46;TR=31;WE=124075119;WS=124075101;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,42:0.43:97
chr12	124081094	rs16917551	C	T	910.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.720;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.834;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=12;PP=496;ReadPosRankSum=1.838;SC=ATTTATGATGCCTATGTCTTT;SOR=1.042;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=69;TCF=45;TCR=24;TR=35;WE=124081102;WS=124081084;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,43:0.46:93
chr12	124086620	rs786427	G	C	1105.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=23;NR=7;PP=618;SC=CTGGAGCTGCGGGAAGCGGAA;SOR=1.923;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=23;TCR=7;TR=30;WE=124086628;WS=124086610;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr12	124086998	rs786428	C	G	371.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.256;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.641;HP=2;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=9;PP=171;ReadPosRankSum=0.316;SC=AGAGGGGCCGCGACCCACCCC;SOR=0.216;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=29;TCF=3;TCR=26;TR=10;WE=124087006;WS=124086988;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,18:0.46:39
chr12	124090453	rs786436	A	G	4342.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=61;NR=39;PP=1983;SC=TCCTTTAACCAGTGCTTTGCA;SOR=1.035;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=100;TCF=61;TCR=39;TR=100;WE=124090461;WS=124090443;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,167:1.00:167
chr12	124090605	rs4047521	ACT	A	3741.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.806;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.077;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=1.357;NF=7;NR=43;PP=2015;ReadPosRankSum=0.475;SC=GGAAACCAAAACTCTCTGTTT;SOR=0.606;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=108;TCF=20;TCR=88;TR=50;WE=124090614;WS=124090595;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:98,108:0.52:206
chr12	124097528	rs884892	A	G	47.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=1.150;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=41;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=1;PP=24;ReadPosRankSum=2.515;SC=ATACAAATTAACTTTTACAGG;SOR=0.593;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=10;TCF=6;TCR=4;TR=3;WE=124097536;WS=124097518;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,3:0.33:9
chr12	124097547	rs57153600	CAT	C	199.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=3;PP=167;ReadPosRankSum=-1.242;SC=GGCAGCAGCACATGTTGATAT;SOR=0.446;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=9;TCF=4;TCR=5;TR=5;WE=124097556;WS=124097537;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,6:0.55:11
chr12	124097766	rs11057306	A	G	941.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=1.040;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=10;PP=235;ReadPosRankSum=1.861;SC=TTTCTTCGCAATCATAAGCAG;SOR=0.767;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=43;TCF=21;TCR=22;TR=18;WE=124097774;WS=124097756;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,47:0.56:84
chr12	124097824	rs3748268	A	G	860.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-1.018;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=10;PP=236;ReadPosRankSum=-1.476;SC=TCTGTGGTAGAGGCATCAGGG;SOR=0.665;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=32;TCF=13;TCR=19;TR=16;WE=124097832;WS=124097814;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,41:0.66:62
chr12	124099704	rs35708602	G	C	975.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.661;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.323;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=6;PP=536;ReadPosRankSum=0.883;SC=AGTGGCCAATGACTCTAAGCC;SOR=1.125;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=50;TCF=37;TCR=13;TR=29;WE=124099712;WS=124099694;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,41:0.63:65
chr12	124099925	rs3748269	T	C	2386.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=23;NR=51;PP=1246;SC=GGTCCCCAAATGCCCCATTCT;SOR=1.635;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=74;TCF=23;TCR=51;TR=74;WE=124099933;WS=124099915;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr12	124101041	rs56675602	T	G	2204.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.102;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.505;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=29;PP=1243;ReadPosRankSum=-0.380;SC=TCAGAATGCTTTTTTCTCATT;SOR=0.740;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=157;TCF=102;TCR=55;TR=81;WE=124101049;WS=124101031;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:112,105:0.48:217
chr12	124101347	rs6488883	G	C	1146.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=26;PP=872;SC=AGGCCTTGCCGTGCTCCATGT;SOR=2.432;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=33;TCF=6;TCR=27;TR=32;WE=124101355;WS=124101337;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr12	124102433	rs113768780	CGTTTTCAGATAGAATGCCTA	C	1893.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=2.504;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.356;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.353;NF=7;NR=18;PP=2967;ReadPosRankSum=1.835;SC=AGCTGCCGTCCGTTTTCAGAT;SOR=0.868;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=63;TCF=18;TCR=45;TR=25;WE=124102460;WS=124102423;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:95,53:0.36:148
chr12	124102801	rs113971302	C	T	513.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.746;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-1.104;NF=10;NR=4;PP=222;ReadPosRankSum=-1.144;SC=TCAGGTGATCCGCCCACCTCG;SOR=0.892;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=27;TCF=19;TCR=8;TR=14;WE=124102809;WS=124102792;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,22:0.61:36
chr12	124102871	rs68163141	T	C	1031.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.224;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.739;HP=2;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=12;PP=485;ReadPosRankSum=2.692;SC=CCTGGTGGGCTTTAAGGCTGT;SOR=0.800;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=76;TCF=47;TCR=29;TR=33;WE=124102879;WS=124102861;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,50:0.48:104
chr12	124102889	rs7139162	C	G	2451.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.810;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.72;ReadPosRankSum=0.246;SOR=0.734;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:67,64:0.49:131
chr12	124102893	rs71458808	G	A	2482.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.816;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.86;ReadPosRankSum=0.279;SOR=0.744;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:73,66:0.47:139
chr12	124102920	rs34514002	T	C	1477.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.731;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=22;PP=548;ReadPosRankSum=0.542;SC=GTCTCCTGTGTGGTAGCATGC;SOR=0.677;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=113;TCF=61;TCR=52;TR=47;WE=124102928;WS=124102910;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:109,79:0.42:188
chr12	124103060	rs12829500	A	C	1368.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.393;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.498;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=18;PP=921;ReadPosRankSum=-0.272;SC=AACATACTTTACAGAGCATGT;SOR=0.519;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=110;TCF=71;TCR=39;TR=50;WE=124103068;WS=124103050;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,59:0.48:123
chr12	124104049	rs15587	A	G	1042.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.690;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FS=0.643;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.56;ReadPosRankSum=0.860;SOR=0.619;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:81,57:0.41:138
chr12	124104460	rs7302183	C	G	862.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=22;NR=2;PP=673;SC=GGTTTCACTACAACACTATTG;SOR=3.258;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=24;TCF=22;TCR=2;TR=24;WE=124104468;WS=124104453;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr12	124104686	rs3204541	G	A	2807.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.845;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=280;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.930;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=46;PP=1267;ReadPosRankSum=1.315;SC=GATGACTGCTGATTCCAGTGC;SOR=0.766;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=169;TCF=74;TCR=95;TR=78;WE=124104694;WS=124104676;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:133,136:0.51:269
chr12	124116817	.	T	TA	44.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.567;ClippingRankSum=0.000;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=1.374;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.24;ReadPosRankSum=0.550;SOR=0.970;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,11:0.31:36
chr12	124116833	rs7300147	G	A	802.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.458;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.13;MQRankSum=0.556;QD=17.84;ReadPosRankSum=-1.549;SOR=0.619;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,36:0.80:45
chr12	124124445	rs11572934	C	CGTGT	14791.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=360;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=24;NR=105;PP=2980;SC=TGCGTGCGTGCGTGTATGTGT;SOR=0.807;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=135;TCF=24;TCR=111;TR=129;WE=124124453;WS=124124435;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,340:1.00:340
chr12	124139597	rs4930737	A	G	3655.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=29;NR=66;PP=1976;SC=GAAGGAGTCAATTTCATTTTT;SOR=1.476;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=95;TCF=29;TCR=66;TR=95;WE=124139605;WS=124139587;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,137:1.00:137
chr12	124144395	rs1051793	A	G	18159.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.922;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=727;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=215;NR=178;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.063;SC=TCCCACCCCCAGTTCATGTTG;SOR=0.502;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=394;TCF=216;TCR=178;TR=393;WE=124144403;WS=124144385;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,718:1.00:721
chr12	124156897	rs7306549	A	G	563.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=11;PP=302;SC=TGTGAACTCTATGAAATTGTA;SOR=2.093;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=12;TCF=1;TCR=11;TR=12;WE=124156905;WS=124156887;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr12	124158080	rs7978447	A	G	2820.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=40;NR=19;PP=1330;SC=GCTGATGTGTACTTTTATTGT;SOR=1.270;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=59;TCF=40;TCR=19;TR=59;WE=124158088;WS=124158070;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr12	124171323	rs7297576	T	C	1846.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=35;NR=11;PP=1053;SC=TAGCATTCGCTACGCTTGCCA;SOR=1.875;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=47;TCF=36;TCR=11;TR=46;WE=124171331;WS=124171313;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr12	124171658	rs7309528	C	T	4705.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=33;NR=116;PP=2965;SC=GTAGGCCCTGCAACGCGGTCA;SOR=2.499;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=149;TCF=33;TCR=116;TR=149;WE=124171666;WS=124171648;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,163:1.00:163
chr12	124172555	rs7298831	A	T	6945.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=264;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=118;NR=57;PP=2965;SC=ATTGTGTTTTAGCAGATAACT;SOR=1.345;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=176;TCF=119;TCR=57;TR=175;WE=124172563;WS=124172545;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,253:1.00:253
chr12	124172731	rs7313032	G	A	9809.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=249;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=39.72;SOR=1.124;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,247:1.00:247
chr12	124172746	rs7302449	T	C	8693.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.58;SOR=1.423;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,195:1.00:195
chr12	124172778	rs7302458	T	A,TA	2290.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;QD=30.96;SOR=2.432;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:0,57,17:0.77,0.23:74
chr12	124177016	rs35946281	C	A	2125.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=42;NR=18;PP=1339;SC=TTTCTTCCTCCGTTATAATTA;SOR=1.578;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=62;TCF=44;TCR=18;TR=60;WE=124177024;WS=124177006;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr12	124177289	rs7137946	T	C	2430.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=24;NR=52;PP=1299;SC=TGTTACACTTTGACGTCATTT;SOR=1.609;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=76;TCF=24;TCR=52;TR=76;WE=124177297;WS=124177279;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr12	124179417	rs7966867	T	C	6371.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=239;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=58;NR=89;PP=2965;SC=GATCAACCCCTAGAATTGTGA;SOR=0.988;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=148;TCF=58;TCR=90;TR=147;WE=124179425;WS=124179407;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,237:1.00:237
chr12	124179620	rs12828633	G	A	303.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=6;PP=249;SC=AAACTAAGTTGGACTTGTTTC;SOR=1.085;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=10;TCF=4;TCR=6;TR=10;WE=124179628;WS=124179610;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr12	124179739	rs12831081	A	G	842.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=20;NR=7;PP=497;SC=AATGGTGCACATTATATTTTA;SOR=1.681;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=20;TCR=7;TR=27;WE=124179747;WS=124179729;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr12	124180011	rs11834492	T	C	1166.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=23;PP=710;SC=CTCTGTTGCCTAGTCTGGAGT;SOR=1.666;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=33;TCF=10;TCR=23;TR=32;WE=124180019;WS=124180001;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr12	124181049	rs7298440	C	T	13052.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=507;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=134;NR=172;PP=2965;SC=TCGGGTAATCCGGTTTGGTCA;SOR=0.848;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=311;TCF=134;TCR=177;TR=306;WE=124181057;WS=124181039;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,498:1.00:498
chr12	124181820	rs7979528	A	G	3275.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=25;NR=70;PP=2034;SC=TGAATATCAAAGACAGCATGA;SOR=1.891;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=98;TCF=25;TCR=73;TR=95;WE=124181828;WS=124181810;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr12	124197099	rs1139320	C	T	5256.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=94;NR=46;PP=2596;SC=CCTCCGGGCGCGGGTCGGCCC;SOR=1.286;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=140;TCF=94;TCR=46;TR=140;WE=124197107;WS=124197089;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,197:1.00:197
chr12	124197280	rs66647364	A	C	6471.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=254;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=69;NR=99;PP=2965;SC=TGGCGCCCCCAATCCCGCGCA;SOR=0.977;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=168;TCF=69;TCR=99;TR=168;WE=124197288;WS=124197270;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,245:1.00:245
chr12	124228238	rs76451484	C	A	392.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.772;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=3.191;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.36;ReadPosRankSum=-0.139;SOR=0.266;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,22:0.47:47
chr12	124242557	rs75279884	A	G	3149.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.079;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=375;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=50;PP=1483;ReadPosRankSum=-0.583;SC=TCAAAGTTCAATAACGACGAC;SOR=0.697;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=229;TCF=115;TCR=114;TR=100;WE=124242565;WS=124242547;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:208,163:0.44:371
chr12	124265687	rs11057353	T	C	4351.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.577;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=416;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.744;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=62;PP=1931;ReadPosRankSum=-2.484;SC=GGGAGTCACATCTGGAGAAGT;SOR=0.560;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=256;TCF=135;TCR=121;TR=125;WE=124265695;WS=124265677;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:194,210:0.52:404
chr12	124267638	rs11057354	A	G	1766.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-2.629;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.764;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=19;PP=594;ReadPosRankSum=-1.719;SC=CTGACTGATCACTTTTATTTT;SOR=0.504;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=106;TCF=67;TCR=39;TR=49;WE=124267646;WS=124267628;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,91:0.55:166
chr12	124274474	rs10846559	A	G	2173.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.444;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.483;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=20;PP=1177;ReadPosRankSum=-1.568;SC=GATTGGACAGATTTTGGAGGA;SOR=0.895;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=139;TCF=94;TCR=45;TR=69;WE=124274482;WS=124274464;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:105,101:0.49:206
chr12	124274758	rs35056478	C	CT	89.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-0.276;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=10;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=9;PP=110;ReadPosRankSum=1.868;SC=GATGCTTAGTCTTTTTTTTTA;SOR=0.392;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=25;TCF=0;TCR=25;TR=9;WE=124274766;WS=124274748;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,8:0.40:20
chr12	124281322	rs76791219	T	C	5652.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.705;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=497;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.104;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-1.123;NF=74;NR=101;PP=2764;ReadPosRankSum=0.610;SC=GGATTAAGCATACCATCCTCC;SOR=0.800;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=299;TCF=130;TCR=169;TR=175;WE=124281330;WS=124281312;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:214,272:0.56:486
chr12	124297653	rs75275217	G	A	1314.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.008;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=19;PP=611;ReadPosRankSum=1.184;SC=TAATATGTACGTTGGAGGCAA;SOR=0.661;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=98;TCF=62;TCR=36;TR=48;WE=124297661;WS=124297643;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,65:0.49:134
chr12	124298224	rs75207436	G	T	5583.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=2.082;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=474;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=100;NR=79;PP=2919;ReadPosRankSum=0.994;SC=ACTACTTTTCGTGTAAGTTGG;SOR=0.678;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=314;TCF=174;TCR=140;TR=179;WE=124298232;WS=124298214;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:214,253:0.54:467
chr12	124315327	.	TA	T	598.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.519;ClippingRankSum=0.000;DP=123;ExcessHet=3.0103;FS=5.999;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.09;MQRankSum=1.093;QD=5.93;ReadPosRankSum=1.034;SOR=0.266;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:51,50:0.50:101
chr12	124315342	rs376586194	AT	A	61.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-1.389;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FS=4.958;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.10;MQRankSum=-0.525;QD=0.59;ReadPosRankSum=1.440;SOR=1.302;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:80,24:0.23:104
chr12	124315343	rs7976816	T	A	144.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-1.554;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.10;MQRankSum=-0.479;QD=1.39;ReadPosRankSum=-1.560;SOR=0.700;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:83,21:0.20:104
chr12	124317874	rs78764267	C	T	4287.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-2.940;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=379;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.786;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=67;PP=1686;ReadPosRankSum=-0.433;SC=AACGCTTTCTCTAATAGGGGA;SOR=0.743;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=231;TCF=109;TCR=122;TR=124;WE=124317882;WS=124317864;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:159,214:0.57:373
chr12	124319864	rs4930730	T	G	3380.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=51;NR=27;PP=1605;SC=GTTGATTTGGTTCTGTCTCAT;SOR=1.099;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=78;TCF=51;TCR=27;TR=78;WE=124319872;WS=124319854;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr12	124325977	rs4930729	T	G	5722.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=65;NR=63;PP=2294;SC=TCGGAAGATCTTGCGGGCTGA;SOR=0.702;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=128;TCF=65;TCR=63;TR=128;WE=124325985;WS=124325967;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,221:1.00:221
chr12	124330440	rs4930728	G	A	3715.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.038;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=433;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=72;NR=64;PP=2022;ReadPosRankSum=0.147;SC=GGGGTCACTGGCATTTCAAAA;SOR=0.700;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=298;TCF=159;TCR=139;TR=136;WE=124330448;WS=124330430;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:240,186:0.44:426
chr12	124333519	rs7960854	C	T	434.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=2.668;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=16;PP=296;ReadPosRankSum=-1.612;SC=GTTTCTGGGCCGTTGACACTC;SOR=0.866;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=42;TCF=6;TCR=36;TR=18;WE=124333527;WS=124333509;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,20:0.43:47
chr12	124343620	rs7314612	G	A	2468.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.737;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=275;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.451;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=35;PP=1272;ReadPosRankSum=-0.960;SC=ATTGTATGGCGTGTGTGTTGT;SOR=0.661;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=174;TCF=107;TCR=67;TR=86;WE=124343628;WS=124343610;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:141,124:0.47:265
chr12	124350360	rs7313897	G	C	601.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=2.322;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=10.212;HP=5;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=1;PP=440;ReadPosRankSum=-1.020;SC=CAGTTAAAAAGCTCATGGAAG;SOR=4.608;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=17;TCF=16;TCR=1;TR=17;WE=124350368;WS=124350350;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,20:0.95:21
chr12	124350444	rs7314963	C	T	3004.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.835;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=29;PP=1660;ReadPosRankSum=2.695;SC=CCTTAAACATCTAGTTTATCT;SOR=1.179;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=80;TCF=51;TCR=29;TR=80;WE=124350452;WS=124350434;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,113:0.98:115
chr12	124350704	rs10773043	T	C	528.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=18;PP=379;SC=TGTTTGTAGTTGAAGGCGATG;SOR=3.716;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=19;TCF=1;TCR=18;TR=19;WE=124350712;WS=124350694;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr12	124352338	rs10846565	T	G	438.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.959;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.134;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=9;PP=320;ReadPosRankSum=-1.730;SC=ACCAACATGTTGGGTCTTATG;SOR=0.681;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=46;TCF=24;TCR=22;TR=17;WE=124352346;WS=124352328;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,19:0.40:47
chr12	124355944	rs117975072	C	T	2864.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.259;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=298;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.903;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=34;PP=1392;ReadPosRankSum=0.487;SC=CTCCATGTTGCCCCCAGTGCT;SOR=0.778;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=216;TCF=135;TCR=81;TR=94;WE=124355952;WS=124355934;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:158,138:0.47:296
chr12	124360117	rs10846567	G	T	2240.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=1.798;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=54;PP=1597;ReadPosRankSum=-0.765;SC=ACTTATCCATGTAGGCACAGC;SOR=1.179;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=70;TCF=15;TCR=55;TR=69;WE=124360125;WS=124360107;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,78:0.99:79
chr12	124362256	rs113178558	T	TG	1497.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.508;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.55;ReadPosRankSum=0.713;SOR=0.735;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:5,56:0.92:61
chr12	124363724	rs72053758	GTGTC	G	1267.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=19;NR=2;PP=1084;SC=TGCGCTCTGTGTGTCTGTCTG;SOR=3.841;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=23;TCF=21;TCR=2;TR=21;WE=124363735;WS=124363714;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr12	124363986	rs117792477	G	T	1282.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.367;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FS=2.554;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.54;ReadPosRankSum=0.001;SOR=0.927;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:122,74:0.38:196
chr12	124364131	rs1317312	G	C	2867.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=43;NR=29;PP=1624;SC=CAAGTTTCAGGCCGTGTACTG;SOR=1.000;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=73;TCF=44;TCR=29;TR=72;WE=124364139;WS=124364121;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr12	124366150	rs34756279	CT	C	1597.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.138;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.14;MQRankSum=1.616;QD=7.26;ReadPosRankSum=1.725;SOR=0.700;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:90,130:0.59:220
chr12	124371614	rs117282643	C	T	187.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-2.040;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.570;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=2;PP=138;ReadPosRankSum=1.424;SC=TCTCCTCCAGCGTCCCCACCC;SOR=0.180;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=18;TCF=16;TCR=2;TR=9;WE=124371622;WS=124371604;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,9:0.43:21
chr12	124377814	rs6488908	A	G	1730.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.145;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.545;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=28;PP=777;ReadPosRankSum=0.399;SC=AAGAGGAGAAAGAGTCTATCC;SOR=0.615;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=124;TCF=60;TCR=64;TR=55;WE=124377822;WS=124377804;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:96,86:0.47:182
chr12	124377992	rs114772660	G	A	308.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=0.619;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=8;PP=172;ReadPosRankSum=0.884;SC=AGGTACCCGCGGTGGAGCCTG;SOR=0.481;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=18;TCF=4;TCR=14;TR=11;WE=124378000;WS=124377982;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,13:0.65:20
chr12	124383044	rs12306328	T	C	372.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-3.842;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.781;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=4;PP=266;ReadPosRankSum=-0.986;SC=TGGCTGATGCTGTCCCAAGTA;SOR=0.113;SbPval=0.18;Source=Platypus;TC=29;TCF=25;TCR=4;TR=16;WE=124383052;WS=124383034;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,16:0.52:31
chr12	124387574	rs58411567	G	A	3742.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-7.050;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=272;ExcessHet=3.0103;FS=2.046;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.76;ReadPosRankSum=-0.046;SOR=0.823;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:153,119:0.44:272
chr12	124387586	rs61587964	A	G	3825.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.874;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=278;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.923;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=43;PP=2022;ReadPosRankSum=-0.676;SC=CGACCCTGGCAGAGGTCATGC;SOR=0.769;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=195;TCF=104;TCR=91;TR=90;WE=124387594;WS=124387564;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:157,121:0.44:278
chr12	124387669	rs75558206	C	T	2675.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.859;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=317;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.413;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=52;PP=1291;ReadPosRankSum=2.129;SC=AGGTAATGCACCTGAGCCACC;SOR=0.657;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=200;TCF=83;TCR=117;TR=89;WE=124387677;WS=124387659;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:179,136:0.43:315
chr12	124392701	.	G	A	182	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;FR=0.5000;HP=2;HapScore=1;MGOF=28;MMLQ=25;MQ=56.69;NF=14;NR=4;PP=182;QD=12.0428451415;SC=TCTCCTCCCTGTCTCCCTGTC;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=62;TCF=49;TCR=13;TR=18;WE=124392709;WS=124392696;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:44,18:0.29:62
chr12	124393117	rs78985577	GG	AT	3493.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-2.463;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;JOINED;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=50;PP=2549;ReadPosRankSum=-0.338;SC=AGATGGGTTCGGTTCCTTCTC;SOR=0.697;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=127;TCF=28;TCR=99;TR=63;WE=124393126;WS=124393107;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,92:0.56:165
chr12	124398843	rs113172657	A	ACTG	5499.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.220;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=274;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.445;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=33;PP=2819;ReadPosRankSum=1.766;SC=CAGAAGGTAAACTCACGGCAG;SOR=0.741;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=124;TCF=54;TCR=70;TR=59;WE=124398851;WS=124398833;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:133,139:0.51:272
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chr12	124399550	rs1316952	T	C	1845.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.171;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.201;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=38;PP=755;ReadPosRankSum=-0.475;SC=TCTGCGGGTATGGTGGCTCCT;SOR=0.801;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=117;TCF=43;TCR=74;TR=57;WE=124399558;WS=124399540;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,91:0.52:174
chr12	124409502	rs7133378	G	A	833.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-2.156;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.983;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=9;PP=375;ReadPosRankSum=1.072;SC=ATGGATTCTCGTCCCTTTCCA;SOR=0.507;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=47;TCF=33;TCR=14;TR=28;WE=124409510;WS=124409492;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,40:0.59:68
chr12	124414098	rs3802999	C	T	1340.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.702;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.981;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=20;PP=880;ReadPosRankSum=1.994;SC=GACTTTCCTCCGGGTTCAACC;SOR=0.993;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=120;TCF=65;TCR=55;TR=50;WE=124414106;WS=124414088;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,61:0.41:148
chr12	124417973	rs56219209	C	T	1263.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.397;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.363;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=20;PP=690;ReadPosRankSum=-0.841;SC=GCCGGAAGAACGGCTGGCCAC;SOR=0.865;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=110;TCF=63;TCR=47;TR=51;WE=124417981;WS=124417963;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,63:0.46:138
chr12	124418472	rs77020228	C	G	414.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=2.583;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=3;PP=301;ReadPosRankSum=0.314;SC=GCCAGAACTTCAGGTCCCTTA;SOR=0.735;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=33;TCF=28;TCR=5;TR=16;WE=124418480;WS=124418464;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,17:0.45:38
chr12	124418674	rs12298484	C	T	2512.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-2.131;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=272;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.040;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=38;PP=1111;ReadPosRankSum=-2.176;SC=TCCGGGCCACCACTCTCTCTG;SOR=0.757;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=187;TCF=96;TCR=91;TR=83;WE=124418682;WS=124418664;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:145,124:0.46:269
chr12	124419062	rs11057396	A	C	1448.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.030;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=22;PP=674;ReadPosRankSum=0.097;SC=GCTGGGGAGGAGGCCAGCCAG;SOR=0.670;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=99;TCF=54;TCR=45;TR=50;WE=124419070;WS=124419052;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,71:0.49:145
chr12	124420076	rs113646068	C	CAGGA	1243.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-1.939;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.050;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.404;NF=1;NR=18;PP=1020;ReadPosRankSum=-0.950;SC=CTGGGGTTGTCAGAGTGATCG;SOR=0.512;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=48;TCF=2;TCR=46;TR=19;WE=124420084;WS=124420066;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,34:0.52:66
chr12	124427887	rs111854458	G	C	1936.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.089;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.927;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=24;PP=1043;ReadPosRankSum=0.145;SC=CCTGCTCCCCGATGTACCTGT;SOR=0.536;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=124;TCF=79;TCR=45;TR=63;WE=124427895;WS=124427877;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,90:0.52:174
chr12	124428162	rs4930725	T	A	237.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.112;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.994;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=10;PP=166;ReadPosRankSum=0.830;SC=AAACCACGGCTCCTGAAGGGC;SOR=3.312;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=25;TCF=4;TCR=21;TR=10;WE=124428170;WS=124428152;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,11:0.38:29
chr12	124799357	.	C	G	479.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.569;ClippingRankSum=0.000;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.976;HP=4;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=10;PP=319;ReadPosRankSum=2.918;SC=GGTGGCCACCCCCAGGGTCAG;SOR=0.289;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=40;TCF=15;TCR=25;TR=19;WE=124799365;WS=124799347;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,24:0.46:52
chr12	124799387	rs904647	G	A	444.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.117;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=10;PP=281;ReadPosRankSum=0.257;SC=ATGGGTCCATGGAGTGCCCTT;SOR=0.527;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=25;TCF=6;TCR=19;TR=13;WE=124799395;WS=124799377;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,19:0.56:34
chr12	124809879	rs77571124	T	C	73.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=0;PP=56;SC=GCAGCCGCCCTGCTCCTGCAG;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=11;TCR=0;TR=5;WE=124809887;WS=124809869;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr12	124809925	.	C	CCG	208.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=34.80;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr12	124810174	rs10846657	G	A	542.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.602;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.001;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=10;PP=247;ReadPosRankSum=-0.149;SC=CTGTGAGCCCGGCAGCCCCTG;SOR=0.310;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=38;TCF=15;TCR=23;TR=19;WE=124810182;WS=124810164;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,27:0.54:50
chr12	124810968	rs1006100	C	T	3016.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=21;NR=44;PP=1392;SC=AAGACAGCACCGACGCTACGG;SOR=1.168;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=65;TCF=21;TCR=44;TR=65;WE=124810976;WS=124810958;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr12	124815504	rs12367963	C	T	1970.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.997;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.556;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-1.065;NF=28;NR=40;PP=1004;ReadPosRankSum=-1.384;SC=CCTGCCCTACCAGTCCCGTGT;SOR=0.635;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=114;TCF=44;TCR=70;TR=68;WE=124815512;WS=124815494;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,95:0.54:177
chr12	124820013	rs1106317	A	G	1883.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.067;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.576;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=26;PP=898;ReadPosRankSum=2.567;SC=GGGCCTGGGTACTGGGTGGGG;SOR=0.758;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=103;TCF=55;TCR=48;TR=56;WE=124820021;WS=124820003;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,88:0.54:163
chr12	124821696	rs2229842	C	T	1463.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=3.716;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.246;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=15;PP=957;ReadPosRankSum=-0.927;SC=ATGTGGCAGCCGGGCGAACGG;SOR=1.295;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=147;TCF=96;TCR=51;TR=56;WE=124821704;WS=124821686;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:111,67:0.38:178
chr12	124824721	rs143952466	C	CGCCGCTGCT	5391.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=24;NR=28;PP=2979;SC=CCCCCACCCCCGCCGCTGCTG;SOR=0.693;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=65;TCF=28;TCR=37;TR=52;WE=124824729;WS=124824711;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr12	124825447	rs1702334	A	G	887.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=18;PP=485;SC=TCCCAGCACCAGCCATGGAAC;SOR=2.376;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=3;TCR=18;TR=21;WE=124825455;WS=124825437;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr12	124829234	rs1263992	C	T	6009.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=66;NR=35;PP=2163;SC=CCTCATAGGTCAGGGGGCTCT;SOR=1.230;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=101;TCF=66;TCR=35;TR=101;WE=124829242;WS=124829224;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,136:1.00:136
chr12	124829255	rs1244085	A	G	6696.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=72;NR=40;PP=2426;SC=GCCGCGGCTTACCCAGCTCAG;SOR=1.132;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=112;TCF=72;TCR=40;TR=112;WE=124829263;WS=124829245;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,167:1.00:167
chr12	124831062	rs11370026	C	CG	160.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-0.280;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=1;PP=68;ReadPosRankSum=1.128;SC=CCACAGCCACCGCCACCCCTC;SOR=0.368;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=15;TCF=11;TCR=4;TR=4;WE=124831070;WS=124831061;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,7:0.33:21
chr12	124832474	rs1244065	G	A	1666.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.234;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.023;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=29;PP=891;ReadPosRankSum=0.888;SC=AGGAGAGGGTGAGGCCATCAT;SOR=0.524;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=104;TCF=47;TCR=57;TR=56;WE=124832482;WS=124832464;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,79:0.52:153
chr12	124832492	rs1244064	C	G	4050.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=49;NR=57;PP=2003;SC=CATTCCGTGGCTCCCTGAGCC;SOR=0.804;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=106;TCF=49;TCR=57;TR=106;WE=124832500;WS=124832482;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,150:1.00:150
chr12	124832606	rs1244063	A	G	1420.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.881;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.487;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=24;PP=718;ReadPosRankSum=0.103;SC=CGCTACCTCCAGATGGAGCCT;SOR=0.410;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=116;TCF=67;TCR=49;TR=50;WE=124832614;WS=124832596;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:99,74:0.43:173
chr12	124838772	rs1244082	C	G	12447.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=478;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=139;NR=139;PP=2965;SC=GGGCTGAGGGCGTGTCTGTGG;SOR=0.702;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=278;TCF=139;TCR=139;TR=278;WE=124838780;WS=124838762;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,474:1.00:474
chr12	124838897	rs1244081	A	G	5661.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=67;NR=92;PP=2965;SC=TGAGGGAGACAGCTGTGAAGA;SOR=0.973;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=159;TCF=67;TCR=92;TR=159;WE=124838905;WS=124838887;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,208:1.00:208
chr12	124839867	rs870050	A	G	3580.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=69;NR=40;PP=2123;SC=CTGAGTGGAGATGACCCAGGC;SOR=1.232;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=110;TCF=69;TCR=41;TR=109;WE=124839875;WS=124839857;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr12	124848137	rs1794956	T	C	1020.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=1.391;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.448;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=10;PP=558;ReadPosRankSum=-1.161;SC=TGCAGGTGCATGCTCCCGCCC;SOR=2.242;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=40;TCF=26;TCR=14;TR=35;WE=124848145;WS=124848127;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,37:0.95:39
chr12	124856618	rs7961196	A	G	7366.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.548;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=817;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=117;NR=117;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.067;SC=CACTGCAGGTAGCACTGGAGT;SOR=0.684;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=508;TCF=251;TCR=257;TR=234;WE=124856626;WS=124856608;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:445,364:0.45:809
chr12	124856660	rs3741513	T	A	8000.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.222;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=714;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.737;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=120;NR=138;PP=2962;ReadPosRankSum=0.503;SC=AGCTCTTGGCTGTGGTGGCCC;SOR=0.566;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=478;TCF=217;TCR=261;TR=258;WE=124856668;WS=124856650;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:320,385:0.55:705
chr12	124857234	rs1702329	C	G	1492.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=31;PP=895;SC=CCTGACCCTCCGGATGAGGCC;SOR=1.487;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=45;TCF=14;TCR=31;TR=45;WE=124857242;WS=124857224;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr12	124859045	rs2695993	A	G	8371.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=333;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=75;NR=81;PP=2945;SC=GAAGTGAGGCAGCACCAAGTA;SOR=0.763;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=156;TCF=75;TCR=81;TR=156;WE=124859053;WS=124859035;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,325:1.00:325
chr12	124859135	rs11057606	G	A	619.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.709;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.978;HP=2;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=19;PP=400;ReadPosRankSum=0.195;SC=GCTGCTGCTCGCTCTCCTGCC;SOR=0.448;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=64;TCF=18;TCR=46;TR=29;WE=124859143;WS=124859125;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,33:0.40:83
chr12	124873079	rs7960906	T	G	2317.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=2.882;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.213;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=20;PP=1339;ReadPosRankSum=-0.463;SC=GGAGAGGGCATGGGGGAAAGG;SOR=0.572;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=146;TCF=108;TCR=38;TR=73;WE=124873087;WS=124873069;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:95,99:0.51:194
chr12	124885249	rs2293514	C	T	9074.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=347;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=86;NR=123;PP=2965;SC=GATAGGATGGCTTCACCCGAG;SOR=0.972;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=209;TCF=86;TCR=123;TR=209;WE=124885257;WS=124885239;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,338:1.00:338
chr12	124885290	rs2293513	T	C	6197.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=243;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=52;NR=104;PP=2884;SC=TGGAGGAGACTGTTTCTTTAG;SOR=1.227;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=157;TCF=53;TCR=104;TR=156;WE=124885298;WS=124885280;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,238:1.00:238
chr12	124887058	rs35831183	G	GGCT	5590.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.258;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=244;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.017;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=1.597;NF=2;NR=56;PP=2786;ReadPosRankSum=1.339;SC=GCGGGGCATGGGCTGCTGCTG;SOR=0.821;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=86;TCF=3;TCR=83;TR=58;WE=124887066;WS=124887048;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,150:0.89:169
chr12	124915431	rs59053140	T	C	749.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-3.869;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.112;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=31;PP=472;ReadPosRankSum=1.816;SC=CACAGGTGCGTGCGCACACAC;SOR=0.504;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=92;TCF=12;TCR=80;TR=36;WE=124915439;WS=124915421;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,39:0.39:100
chr12	124922325	rs1702322	C	T	338.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-0.044;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=1;PP=316;ReadPosRankSum=1.371;SC=TTCCTCCTTTCCTGGCCGGCC;SOR=0.656;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=20;TCF=19;TCR=1;TR=13;WE=124922333;WS=124922323;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,14:0.61:23
chr12	124934459	rs1147284	C	G	5822.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=50;NR=94;PP=2965;SC=GCTGGCCACTCGCCACTACAG;SOR=1.222;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=145;TCF=50;TCR=95;TR=144;WE=124934467;WS=124934449;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,212:1.00:212
chr12	124941543	rs906306	C	T	204.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-1.642;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=5;PP=211;ReadPosRankSum=0.710;SC=GCCTGGGCAGCGCTTGGTAAT;SOR=0.446;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=20;TCF=11;TCR=9;TR=10;WE=124941551;WS=124941537;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,12:0.50:24
chr12	124950652	rs4765569	T	C	3829.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.824;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=357;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.841;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=78;NR=48;PP=1701;ReadPosRankSum=-1.677;SC=GCCTGATTCATGGTGCCCCCT;SOR=0.858;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=228;TCF=136;TCR=92;TR=126;WE=124950660;WS=124950642;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:170,183:0.52:353
chr12	124957627	rs10846679	C	T	3112.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.367;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=335;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.831;HP=7;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=61;PP=1452;ReadPosRankSum=0.368;SC=GGTCAGTGTGCGGGGGGCTGG;SOR=0.756;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=218;TCF=94;TCR=124;TR=106;WE=124957635;WS=124957617;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:173,159:0.48:332
chr12	124968349	rs747443	T	C	3459.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.805;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=281;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.951;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=73;PP=1885;ReadPosRankSum=1.801;SC=CAACGTCACATAGGAGATTGC;SOR=0.789;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=197;TCF=69;TCR=128;TR=110;WE=124968357;WS=124968339;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:120,156:0.57:276
chr12	124970875	rs2280534	T	C	1104.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.322;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FS=6.546;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.14;ReadPosRankSum=1.040;SOR=1.513;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:59,32:0.35:91
chr12	124970879	rs2280533	C	A	1086.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.208;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FS=3.247;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.32;ReadPosRankSum=1.786;SOR=1.098;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:64,32:0.33:96
chr12	124970914	rs2280532	C	T	1859.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.429;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.067;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=25;PP=959;ReadPosRankSum=-2.752;SC=CCTGCTCTGCCACGGGCCTCT;SOR=0.788;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=137;TCF=86;TCR=51;TR=67;WE=124970922;WS=124970904;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:123,95:0.44:218
chr12	124979851	rs75634720	A	G	948.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.907;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=14;PP=314;ReadPosRankSum=-1.890;SC=CTTTCTCTTAATCACCACCAA;SOR=0.746;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=51;TCF=21;TCR=30;TR=23;WE=124979859;WS=124979841;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,48:0.48:99
chr12	125263204	rs701104	A	C	783.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.449;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=18;PP=545;ReadPosRankSum=1.455;SC=CCCGCCCACCACAGCCCTGTA;SOR=3.193;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=20;TCF=1;TCR=19;TR=19;WE=125263212;WS=125263194;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,30:0.97:31
chr12	125284748	rs5888	A	G	3641.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=41;NR=29;PP=1373;SC=GAACCGGGTCAGCGTTGAGGA;SOR=0.877;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=70;TCF=41;TCR=29;TR=70;WE=125284756;WS=125284738;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,140:1.00:140
chr12	125324570	.	C	T	2965	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.66;FR=1.0000;HP=2;HapScore=1;MGOF=29;MMLQ=21;MQ=50.79;NF=143;NR=131;PP=2965;QD=20;SC=CCCAACGGCACACATGGGCCC;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=286;TCF=151;TCR=135;TR=274;WE=125324578;WS=125324560;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:12,274:0.96:286
chr12	125324731	.	A	AT	118.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.114;ClippingRankSum=0.000;DP=145;ExcessHet=3.0103;FS=8.154;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.15;MQRankSum=0.000;QD=1.19;ReadPosRankSum=0.274;SOR=0.180;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:76,24:0.24:100
chr12	125396165	rs55777033	T	TAA,TAAAAAA	945.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.038;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.21;MQRankSum=0.453;QD=21.49;ReadPosRankSum=-1.110;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:3,29,12:0.66,0.27:44
chr12	125398039	rs1071862	G	C	5368.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.716;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=438;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.145;NF=70;NR=76;PP=2475;ReadPosRankSum=1.682;SC=CACTGGGCTCGACCTCAAGGG;SOR=0.691;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=260;TCF=124;TCR=136;TR=146;WE=125398047;WS=125398029;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:185,247:0.57:432
chr12	125400206	rs6488957	A	G	359.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=9;PP=232;SC=TAGAATCCCAACCTTATTTCA;SOR=2.147;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=11;TCF=2;TCR=9;TR=11;WE=125400214;WS=125400196;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr12	125434434	rs4562928	C	G	1614.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=44;NR=11;PP=1315;SC=ATGTTTTAAGCCTCCCTGTGT;SOR=2.345;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=55;TCF=44;TCR=11;TR=55;WE=125434442;WS=125434424;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr12	125434580	rs4447263	C	T	12270.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=456;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=170;NR=117;PP=2965;SC=CAGACAGCTCCGGTATGAGGC;SOR=0.975;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=292;TCF=171;TCR=121;TR=287;WE=125434588;WS=125434570;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,455:1.00:455
chr12	125434716	rs4078216	G	A	15673.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.551;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=590;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=172;NR=187;PP=2965;ReadPosRankSum=0.751;SC=GCAGGAACCGGGCAAAGTGCT;SOR=0.249;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=363;TCF=174;TCR=189;TR=359;WE=125434724;WS=125434706;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,584:1.00:585
chr12	125435388	rs10773125	C	T	1948.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=17;NR=32;PP=980;SC=AGGGAAGAACCCATGCCCAGG;SOR=1.226;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=49;TCF=17;TCR=32;TR=49;WE=125435396;WS=125435378;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr12	125436850	rs4375522	G	A	1966.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=50;NR=6;PP=1402;SC=ACAGCTGAGAGGGAACAAGCC;SOR=3.293;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=56;TCF=50;TCR=6;TR=56;WE=125436858;WS=125436840;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr12	125436897	rs4502074	A	G	4311.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.628;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=73;NR=48;PP=2074;ReadPosRankSum=1.438;SC=CCTGCCCCTCACCAGGTGCCC;SOR=1.026;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=121;TCF=73;TCR=48;TR=121;WE=125436905;WS=125436887;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,171:0.99:173
chr12	125437019	rs4429156	T	C	11416.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=444;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=125;NR=124;PP=2965;SC=CCCCCAGGCCTGCCGTCACGA;SOR=0.707;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=250;TCF=126;TCR=124;TR=249;WE=125437027;WS=125437009;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,439:1.00:439
chr12	125437236	rs6488960	A	G	1232.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=6;NR=26;PP=801;SC=GCTTGTCTCAACCCCTCCCCA;SOR=2.247;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=32;TCF=6;TCR=26;TR=32;WE=125437244;WS=125437226;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr12	125438414	rs12367953	A	G	2423.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=49;NR=16;PP=1268;SC=GCGTGCCGGCACGGGGCCGTA;SOR=1.821;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=65;TCF=49;TCR=16;TR=65;WE=125438422;WS=125438404;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr12	125438516	rs4516060	T	C	14516.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=329;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.12;SOR=0.884;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,329:1.00:329
chr12	125438523	rs4258464	C	T	14565.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=333;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.87;SOR=0.847;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,332:1.00:332
chr12	125438549	rs4606565	A	G	9323.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=349;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=114;NR=95;PP=2965;SC=GCGCCTGGGGAACGAAGAGGG;SOR=0.783;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=210;TCF=115;TCR=95;TR=209;WE=125438557;WS=125438539;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,347:1.00:347
chr12	125441856	rs11057932	G	A	1925.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=41;PP=1254;SC=GGAACCCCAAGGCCTCCTTTA;SOR=1.576;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=60;TCF=19;TCR=41;TR=59;WE=125441864;WS=125441846;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr12	125444975	rs4765007	T	C	5157.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=50;NR=53;PP=1828;SC=ACAGCCTGGATGGAGAGAAAC;SOR=0.693;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=103;TCF=50;TCR=53;TR=103;WE=125444983;WS=125444965;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,198:1.00:198
chr12	125445096	rs4765008	C	G	1562.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=8;NR=32;PP=954;SC=ACTGGATCTTCACCTGACAGC;SOR=2.348;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=40;TCF=8;TCR=32;TR=40;WE=125445104;WS=125445086;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr12	125448960	rs4076777	C	T	5480.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=113;NR=29;PP=2965;SC=GGCCGGGCTCCGTCCGTCCTG;SOR=2.383;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=146;TCF=114;TCR=32;TR=142;WE=125448968;WS=125448950;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,180:1.00:180
chr12	125451162	rs61942952	G	A	1191.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=1.283;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=15;PP=733;ReadPosRankSum=-0.893;SC=CTCCCACCTTGGCCTCCCAAA;SOR=1.105;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=39;TCF=23;TCR=16;TR=36;WE=125451170;WS=125451152;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,44:0.96:46
chr12	125451277	rs56213993	T	C	4913.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-0.480;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.393;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=92;NR=45;PP=2965;ReadPosRankSum=1.991;SC=ATGGGGCTGGTAGCTGCCATC;SOR=1.214;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=138;TCF=92;TCR=46;TR=137;WE=125451285;WS=125451267;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,175:0.99:176
chr12	125451487	rs35364982	C	T	4079.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=41;NR=62;PP=2230;SC=AGCACACTGCCCTTTGTTGTT;SOR=1.073;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=103;TCF=41;TCR=62;TR=103;WE=125451495;WS=125451477;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,146:1.00:146
chr12	125451532	rs35177301	G	C	2356.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=40;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=28;NR=40;PP=1455;SC=CCATTTATTCGGGGGTGAGGT;SOR=1.039;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=68;TCF=28;TCR=40;TR=68;WE=125451540;WS=125451522;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr12	125451561	rs17879868	T	C	2181.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=41;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=35;NR=31;PP=1576;SC=GCAAAGGTGCTGATGCTTCCA;SOR=0.927;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=66;TCF=35;TCR=31;TR=66;WE=125451569;WS=125451557;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr12	125451589	rs35874447	A	G	2542.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=67;NR=18;PP=1927;SC=GCTCAGAGGCAGGAGCTGCAC;SOR=2.636;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=85;TCF=67;TCR=18;TR=85;WE=125451597;WS=125451579;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr12	125453232	rs10773130	A	G	12074.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=272;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.39;SOR=0.973;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,272:1.00:272
chr12	125453235	rs11057940	C	A	12082.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=271;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.59;SOR=1.003;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,271:1.00:271
chr12	125456004	rs4542508	C	A	3126.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=26;NR=45;PP=1366;SC=CCAGCCTAAGCCCCAAGGGCC;SOR=1.085;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=71;TCF=26;TCR=45;TR=71;WE=125456012;WS=125455994;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr12	125456911	rs6488966	A	G	1298.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=44;NR=2;PP=994;SC=TAAGTAACTCACCCAAAGTCA;SOR=5.464;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=46;TCF=44;TCR=2;TR=46;WE=125456919;WS=125456910;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr12	125465023	rs4072887	C	T	979.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.121;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=20.85;ReadPosRankSum=-0.836;SOR=0.737;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,45:0.96:47
chr12	125467158	rs11558556	C	T	3817.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.764;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=60;PP=1720;ReadPosRankSum=-0.849;SC=GCTTCTGTAGCATCTCTGCTC;SOR=1.052;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=100;TCF=39;TCR=61;TR=98;WE=125467166;WS=125467148;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,147:0.99:149
chr12	125467238	rs12424339	G	C	1400.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=8;NR=29;PP=869;SC=AAGTGAGACTGTAATAAAATT;SOR=2.078;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=8;TCR=29;TR=37;WE=125467246;WS=125467228;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr12	125478381	.	CCTG	C	213.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.224;ClippingRankSum=0.000;DP=119;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.93;ReadPosRankSum=0.789;SOR=0.628;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:98,13:0.12:111
chr12	125497313	rs11057985	C	T	297.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-1.832;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=13;PP=234;ReadPosRankSum=1.965;SC=TATGAGTGAACATTTTTTATT;SOR=0.770;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=43;TCF=8;TCR=35;TR=16;WE=125497321;WS=125497303;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,16:0.33:48
chr12	125509502	rs7303493	C	T	4037.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.180;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=385;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.858;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=41;PP=1564;ReadPosRankSum=-1.351;SC=CTGGCCCCTGCGTAACGAGCC;SOR=0.961;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=216;TCF=119;TCR=97;TR=106;WE=125509510;WS=125509492;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:183,199:0.52:382
chr12	125558543	rs117189327	G	A	2246.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.783;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.681;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=50;PP=1107;ReadPosRankSum=-0.526;SC=GAGATTTTCCGTGGATATCAT;SOR=0.562;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=162;TCF=56;TCR=106;TR=78;WE=125558551;WS=125558533;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:112,110:0.50:222
chr12	125558608	rs7963305	T	C	900.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-4.991;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.687;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=31;PP=537;ReadPosRankSum=-0.272;SC=AATACTGAATTGTATCTCCTT;SOR=0.351;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=65;TCF=11;TCR=54;TR=38;WE=125558616;WS=125558598;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,43:0.59:73
chr12	125562809	rs7303092	G	A	6371.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=240;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=52;NR=95;PP=2965;SC=CACATCTTCCGGGGCTGGGGC;SOR=1.184;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=149;TCF=54;TCR=95;TR=147;WE=125562817;WS=125562799;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,236:1.00:236
chr12	125562966	rs4765025	T	G	613.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=9;PP=463;SC=GACATGGTCATGGCAGAGTAG;SOR=1.127;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=8;TCR=9;TR=17;WE=125562974;WS=125562956;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr12	125587706	rs7138557	T	C	1409.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=34;PP=1081;SC=CTGGATCTTCTACTTGGGGTC;SOR=3.467;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=38;TCF=4;TCR=34;TR=38;WE=125587714;WS=125587696;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr12	125591844	rs2297478	C	T	1934.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.113;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.484;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=35;PP=861;ReadPosRankSum=0.655;SC=TCTGCAGGGCCTCCTGTTGTC;SOR=0.529;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=128;TCF=48;TCR=80;TR=60;WE=125591852;WS=125591834;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:102,94:0.48:196
chr12	125619308	rs2291248	C	T	3180.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-1.726;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=325;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.826;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=36;PP=976;ReadPosRankSum=-1.165;SC=TCCAGAGCTGCGGTGTGGCCC;SOR=0.797;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=174;TCF=92;TCR=82;TR=81;WE=125619316;WS=125619298;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:161,163:0.50:324
chr12	125621419	rs41473449	A	G	2906.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.687;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=372;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.383;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=67;PP=1646;ReadPosRankSum=-1.558;SC=CGGTATGGCCATCTCCCGCCA;SOR=0.736;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=239;TCF=105;TCR=134;TR=120;WE=125621427;WS=125621409;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:215,154:0.42:369
chr12	125810958	rs551601	T	C	227.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=1.909;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=8;NR=0;PP=151;ReadPosRankSum=2.257;SC=GTTGAAAAAGTCACTTGCCCT;SOR=0.941;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=14;TCR=0;TR=8;WE=125810966;WS=125810952;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,9:0.56:16
chr12	125811056	rs550677	A	G	1256.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=5.267;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.212;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=1;PP=550;ReadPosRankSum=-1.557;SC=CAACCTGTATAGTAAACATCG;SOR=0.043;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=96;TCF=65;TCR=31;TR=35;WE=125811064;WS=125811046;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,46:0.53:86
chr12	125834395	rs3803155	T	C	19506.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.887;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=753;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=203;NR=294;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.035;SC=GGGATGACAGTGACCTTACGG;SOR=0.636;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=500;TCF=206;TCR=294;TR=497;WE=125834403;WS=125834385;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,746:1.00:747
chr12	126003934	rs964998	T	C	2815.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.480;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FS=1.255;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.86;ReadPosRankSum=1.343;SOR=0.808;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:94,73:0.44:167
chr12	126003940	rs4765259	A	T	2820.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.890;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FS=1.859;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.25;ReadPosRankSum=1.791;SOR=0.845;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:106,79:0.43:185
chr12	126068417	rs6489006	T	C	3894.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=89;NR=28;PP=2517;SC=TTTTGAACACTGCCATTCTCA;SOR=2.303;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=117;TCF=89;TCR=28;TR=117;WE=126068425;WS=126068407;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,134:1.00:134
chr12	126128871	rs12305906	T	C	490.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=4.205;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.274;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=17;PP=377;ReadPosRankSum=-0.578;SC=TGTCCTGGAGTCCAGATCTTT;SOR=1.893;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=31;TCF=1;TCR=30;TR=17;WE=126128879;WS=126128861;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,18:0.53:34
chr12	126135195	rs3803152	A	G	1427.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.200;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.306;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=17;PP=774;ReadPosRankSum=-0.117;SC=TTAACAATGAAGACTTTGTTC;SOR=0.445;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=87;TCF=60;TCR=27;TR=47;WE=126135203;WS=126135185;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,66:0.52:128
chr12	126136863	rs3825381	C	T	209.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=1.132;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=0;PP=97;ReadPosRankSum=0.601;SC=CTTCCCTAACCGATTCCCACA;SOR=0.223;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=14;TCR=1;TR=6;WE=126136871;WS=126136853;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,9:0.53:17
chr12	126137060	rs61021440	C	T	1139.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=2.876;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.637;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-7.748;NF=29;NR=26;PP=760;ReadPosRankSum=-0.012;SC=GTCACCATCGCGGAGCTGGGA;SOR=0.662;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=109;TCF=54;TCR=55;TR=55;WE=126137068;WS=126137050;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,57:0.41:140
chr12	126929524	.	C	A	3531.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.362;ClippingRankSum=0.000;DP=522;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=72;NR=61;PP=1743;ReadPosRankSum=2.191;SC=GCTAAAAAAACCCAGCTCCCT;SOR=0.710;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=301;TCF=163;TCR=138;TR=133;WE=126929532;WS=126929514;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:287,206:0.42:493
chr12	126932624	rs758564	G	A	1482.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.714;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=19;PP=493;ReadPosRankSum=0.861;SC=AGTGGCTATCGGGGCAGACAA;SOR=0.671;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=89;TCF=42;TCR=47;TR=36;WE=126932632;WS=126932614;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,75:0.48:155
chr12	126932764	rs758565	C	G	127.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=1.646;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.884;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=6;PP=101;ReadPosRankSum=1.306;SC=GCATCAGAAACCCACCCTCTT;SOR=1.688;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=0;TCR=13;TR=6;WE=126932772;WS=126932754;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,6:0.35:17
chr12	126947430	rs1019149	G	T	734.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=1.559;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.856;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=16;PP=313;ReadPosRankSum=-1.128;SC=GCCTAGAAAGGTACAGGCCCT;SOR=0.844;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=50;TCF=13;TCR=37;TR=19;WE=126947438;WS=126947420;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,37:0.43:87
chr12	127229254	rs10847207	A	G	1611.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=48;NR=8;PP=1204;SC=GGTGATGGGCAGCTTACTGTG;SOR=3.296;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=56;TCF=48;TCR=8;TR=56;WE=127229262;WS=127229244;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr12	127229506	rs10847208	T	C	11990.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=462;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=138;NR=147;PP=2965;SC=GTATGCATTGTGTTAATTACT;SOR=0.742;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=289;TCF=140;TCR=149;TR=285;WE=127229514;WS=127229496;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,457:1.00:457
chr12	128108780	rs3803151	T	C	2470.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=43;NR=36;PP=1373;SC=GTCGCCATCGTGGAGCTGGGA;SOR=0.906;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=79;TCF=43;TCR=36;TR=79;WE=128108788;WS=128108770;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr12	128899673	rs11059681	A	G	2529.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.775;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=325;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.448;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-1.188;NF=49;NR=38;PP=1245;ReadPosRankSum=-0.742;SC=TGGGATGACCACGGCGCCGGG;SOR=0.829;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=195;TCF=103;TCR=92;TR=87;WE=128899681;WS=128899663;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:187,131:0.41:318
chr12	128900005	rs1683723	G	A	6843.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.905;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=642;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.523;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=110;NR=98;PP=2962;ReadPosRankSum=1.399;SC=GATCGGCACCGTCGGCCTTTA;SOR=0.631;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=395;TCF=212;TCR=183;TR=208;WE=128900013;WS=128899995;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:302,331:0.52:633
chr12	129028401	rs61938604	G	C	1928.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-1.565;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.623;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=20;PP=1051;ReadPosRankSum=-0.832;SC=AAGTGGAAAAGCAAAACAGAA;SOR=0.634;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=116;TCF=79;TCR=37;TR=64;WE=129028409;WS=129028391;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,88:0.58:152
chr12	129028708	rs11610490	G	C	376.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.420;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.83;ReadPosRankSum=0.938;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,11:0.58:19
chr12	129028712	rs12812251	G	C	379.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.957;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=22.34;ReadPosRankSum=0.711;SOR=0.551;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,10:0.59:17
chr12	129181625	rs902058	A	G	504.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=16;NR=4;PP=407;SC=ATGGGCCAGCATATAGAGTGA;SOR=2.419;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=16;TCR=4;TR=20;WE=129181633;WS=129181615;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr12	129181701	rs902059	A	G	2429.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=50;NR=15;PP=1484;SC=AAGAAATATTACTGGTAAAGG;SOR=1.845;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=65;TCF=50;TCR=15;TR=65;WE=129181709;WS=129181691;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr12	129181719	rs7954114	A	G	1348.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-2.876;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.727;HP=1;HapScore=2;MGOF=31;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=16;PP=723;ReadPosRankSum=-0.664;SC=AGGGGATAACATCTGGAAACA;SOR=0.585;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=89;TCF=65;TCR=24;TR=52;WE=129181727;WS=129181709;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,66:0.55:119
chr12	129181810	rs885546	A	G	6964.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=270;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=94;NR=82;PP=2965;SC=CAGAGAAGACAATAACCGTGC;SOR=0.786;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=176;TCF=94;TCR=82;TR=176;WE=129181818;WS=129181800;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,268:1.00:268
chr12	129181834	rs902060	A	G	7632.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=290;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=87;NR=96;PP=2965;SC=ATGACAAAGTATCGGTGACAG;SOR=0.772;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=183;TCF=87;TCR=96;TR=183;WE=129181842;WS=129181824;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,287:1.00:287
chr12	129189556	rs902061	T	C	576.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=2.654;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.737;HP=1;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=2;PP=382;ReadPosRankSum=1.536;SC=CCCTGTTTCATTGGGCGTCCT;SOR=2.340;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=34;TCF=28;TCR=6;TR=19;WE=129189564;WS=129189546;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,23:0.57:40
chr12	129189591	rs4533104	A	G	2109.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=42;NR=13;PP=1362;SC=TCTAAGGGAAAAGGCATCCCC;SOR=1.852;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=55;TCF=42;TCR=13;TR=55;WE=129189599;WS=129189581;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr12	129189941	rs12424159	G	A	3932.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.366;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=404;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.093;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=54;PP=1808;ReadPosRankSum=-0.382;SC=CAGCCCCGGCGGGGACTATGA;SOR=0.617;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=250;TCF=136;TCR=114;TR=115;WE=129189949;WS=129189931;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:210,193:0.48:403
chr12	129190021	rs11059841	A	G	10592.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=384;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=141;NR=136;PP=2965;SC=GCACAGGCCAAGATGGGCACC;SOR=0.714;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=277;TCF=141;TCR=136;TR=277;WE=129190029;WS=129190011;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,380:1.00:380
chr12	129190474	rs3812792	G	A	6713.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.875;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=586;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=4;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=98;NR=109;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.228;SC=TGGGGGATGCGCCGCCGCCCC;SOR=0.703;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=398;TCF=190;TCR=208;TR=207;WE=129190488;WS=129190464;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:270,311:0.54:581
chr12	129190480	rs7316019	G	A	5613.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.186;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=588;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=4;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=92;NR=101;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.083;SC=ATGCGCCGCCGCCCCAGGACG;SOR=0.696;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=399;TCF=191;TCR=208;TR=193;WE=129190488;WS=129190464;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:311,270:0.46:581
chr12	129278864	rs1059312	A	G	1655.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.180;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=28;PP=833;ReadPosRankSum=0.664;SC=CAGCCAGAAGAAAAAAGTAAT;SOR=0.726;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=135;TCF=61;TCR=74;TR=57;WE=129278872;WS=129278854;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:97,84:0.46:181
chr12	129283711	rs2291350	G	A	239.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=3.278;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=0;PP=178;ReadPosRankSum=1.197;SC=GGCCATCCACGTGAAAACACC;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=24;TCF=23;TCR=1;TR=11;WE=129283719;WS=129283701;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,11:0.48:23
chr12	129293346	rs11059924	C	T	1447.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.413;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.450;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=19;PP=764;ReadPosRankSum=1.676;SC=CAGCAAAGGCCGAGCACATGA;SOR=0.546;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=85;TCF=55;TCR=30;TR=48;WE=129293354;WS=129293336;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,68:0.54:125
chr12	129298468	rs10688448	C	CAATA	839.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.474;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.771;NF=7;NR=2;PP=362;ReadPosRankSum=-1.437;SC=AATTATTCCTCAATAAAGAGT;SOR=0.582;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=20;TCF=17;TCR=3;TR=9;WE=129298476;WS=129298458;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,22:0.67:33
chr12	129298727	.	A	AGACCTGAGCGCCGTATGATG	3772.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.543;ClippingRankSum=0.000;DP=296;ExcessHet=3.0103;FS=2.328;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=62.93;MQRankSum=-2.852;QD=27.95;ReadPosRankSum=3.696;SOR=0.476;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:49,86:0.64:135
chr12	129298735	rs3741613	C	G	2489.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.61;BaseQRankSum=5.103;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=378;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.560;HP=1;HapScore=1;MGOF=32;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=5.816;NF=139;NR=82;PP=2962;ReadPosRankSum=-5.476;SC=ACAGACCTGACCGCCGTATGA;SOR=0.786;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=283;TCF=173;TCR=110;TR=221;WE=129298743;WS=129298725;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:125,67:0.35:192
chr12	129298759	.	C	T	1192	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.6;FR=0.5000;HP=1;HapScore=1;MGOF=43;MMLQ=20;NF=66;NR=34;PP=1192;QD=12.2677121255;SC=ACCTGACCGCCGTATGATGGA;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=335;TCF=190;TCR=145;TR=100;WE=129298767;WS=129298749;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:235,100:0.30:335
chr12	129298775	.	C	CCACCGTATGATGGACCTGACCGCTGTATGATGGACCTGAG	6396.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.868;ClippingRankSum=0.000;DP=565;ExcessHet=3.0103;FS=3.310;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=62.11;MQRankSum=-12.512;QD=16.07;ReadPosRankSum=-1.949;SOR=0.874;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:212,186:0.47:398
chr12	129298779	.	CGTATGATGGACCTGACCGCT	C	2942.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.561;ClippingRankSum=0.000;DP=628;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.625;HP=1;HapScore=1;MGOF=35;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=13.456;NF=24;NR=79;PP=2964;ReadPosRankSum=9.295;SC=ACCTGACCGCCGTATGATGGA;SOR=0.756;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=238;TCF=54;TCR=184;TR=103;WE=129298806;WS=129298769;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:319,96:0.23:415
chr12	129298819	.	C	T	2556	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.6;FR=0.5000;HP=1;HapScore=1;MGOF=42;MMLQ=21;NF=74;NR=74;PP=2556;QD=20;SC=ACCTGACCGCCGTATGATGGA;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=393;TCF=205;TCR=188;TR=148;WE=129298827;WS=129298809;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:245,148:0.38:393
chr12	129298819	.	C	CGTATGATGGACCTGACCGCTGTATGATGGACCTGACCGCCATATGATGGACCTGACCGCTGTATGATGGACCTGACCGCT	10388.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.987;ClippingRankSum=0.000;DP=542;ExcessHet=3.0103;FS=16.224;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.56;MQRankSum=-9.897;QD=23.45;ReadPosRankSum=-3.915;SOR=1.359;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:198,245:0.55:443
chr12	129298848	rs3741615	G	A	3074.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=1.992;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=462;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=11.244;HP=1;HapScore=1;MGOF=37;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=14.502;NF=61;NR=77;PP=2055;ReadPosRankSum=-1.161;SC=CTGTATGATGGAGCCCATGCT;SOR=0.767;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=339;TCF=161;TCR=178;TR=138;WE=129298856;WS=129298838;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:265,96:0.27:361
chr12	129299385	rs10847697	G	A	922.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.849;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.625;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=14;PP=405;ReadPosRankSum=1.396;SC=TCTTGAACATGTCGGTGAAGG;SOR=0.772;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=89;TCF=51;TCR=38;TR=33;WE=129299393;WS=129299375;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:99,54:0.35:153
chr12	129299446	rs33990080	A	G	1516.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.970;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.143;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=19;PP=826;ReadPosRankSum=2.944;SC=ACAGAGGAAGACCACAAAAGC;SOR=0.784;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=121;TCF=71;TCR=50;TR=49;WE=129299454;WS=129299436;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:118,75:0.39:193
chr12	129299675	rs2306683	C	G	1435.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-2.593;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.017;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=30;PP=798;ReadPosRankSum=0.675;SC=GGATGAAAACCATATACGGTC;SOR=0.262;SbPval=0.22;Source=Platypus;TC=69;TCF=22;TCR=47;TR=50;WE=129299683;WS=129299665;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,65:0.64:102
chr12	129360367	rs11444853	C	CA	321.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.249;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=1.157;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.85;ReadPosRankSum=-0.373;SOR=0.463;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,24:0.44:55
chr12	129399352	rs11610307	G	A	743.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=3.783;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=3;PP=548;ReadPosRankSum=-1.810;SC=GTGACAGAGCGAGACTCTGTC;SOR=0.671;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=49;TCF=43;TCR=6;TR=27;WE=129399360;WS=129399342;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,31:0.54:57
chr12	129410738	rs141839609	CAATAAT	CAAT,C	1764.73	.	AC=2,0;AF=1.00,0.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.4999,0.5001;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;NF=21,21;NR=8,8;PP=28,1362;SC=GACTCTGTCTCAATAATAATA;SOR=2.780;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=36;TCF=23;TCR=13;TR=29,29;WE=129410751;WS=129410728;set=Intersection	GT:AF:DP	1/1:1.00:47
chr12	129411117	rs11609238	A	G	2396.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=0.859;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=61;PP=1761;ReadPosRankSum=-0.773;SC=CGTGAGCAGAACTGTTTCTAG;SOR=2.007;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=71;TCF=8;TCR=63;TR=69;WE=129411125;WS=129411107;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,77:0.99:78
chr12	129559557	rs10773594	C	T	5291.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.863;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=69;PP=2535;ReadPosRankSum=-0.825;SC=TATCCAAGGGCGTGACTGAGC;SOR=0.819;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=128;TCF=58;TCR=70;TR=126;WE=129559565;WS=129559547;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,200:0.99:202
chr12	129566284	rs34663182	AT	A	793.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.935;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FS=3.500;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.17;MQRankSum=2.141;QD=4.48;ReadPosRankSum=-2.214;SOR=1.055;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:89,88:0.50:177
chr12	129566484	.	C	T	4376.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=2.264;ClippingRankSum=0.000;DP=409;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.451;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=85;PP=2194;ReadPosRankSum=1.232;SC=CCACAAACTGCGTCAGGACCC;SOR=0.880;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=242;TCF=96;TCR=146;TR=137;WE=129566492;WS=129566474;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:196,209:0.52:405
chr12	130015535	rs71082733	G	GA,GAA	4672.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.998;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=246;ExcessHet=3.0103;FS=2.374;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.13;MQRankSum=0.420;QD=19.80;ReadPosRankSum=-0.867;SOR=0.367;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:21,54,161:0.23,0.68:236
chr12	130521184	rs611963	G	A	248.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.402;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=1;PP=23;ReadPosRankSum=-0.389;SC=GCAGTGAGCCGAGGTCATGCC;SOR=0.648;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=17;TCF=12;TCR=5;TR=5;WE=130521192;WS=130521174;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,9:0.38:24
chr12	130521207	rs622000	C	T	256.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.949;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.670;HP=1;HapScore=2;MGOF=30;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=0;PP=77;ReadPosRankSum=0.567;SC=TGCACTCCAGCCTGGGCAACA;SOR=1.179;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=23;TCF=17;TCR=6;TR=6;WE=130521215;WS=130521197;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,9:0.28:32
chr12	130521234	rs34472041	C	CAAA	513.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.586;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=7.895;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.19;MQRankSum=1.438;QD=9.88;ReadPosRankSum=-1.165;SOR=2.271;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,19:0.37:52
chr12	130521306	rs600949	G	C	1867.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.954;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.06;MQRankSum=0.957;QD=10.26;ReadPosRankSum=-0.017;SOR=0.660;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:86,96:0.53:182
chr12	130838987	rs2173082	C	T	1795.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-3.212;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.586;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=24;PP=849;ReadPosRankSum=-0.459;SC=TTGGCATCAGCTCTTTATTTT;SOR=0.608;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=115;TCF=75;TCR=40;TR=64;WE=130838995;WS=130838977;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,90:0.53:169
chr12	130839645	rs1874521	A	C	901.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=2.571;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.088;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=24;PP=598;ReadPosRankSum=-1.169;SC=GGCAGAAAGTAACTTTCTCCT;SOR=1.132;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=63;TCF=20;TCR=43;TR=34;WE=130839653;WS=130839635;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,41:0.46:90
chr12	130847389	rs2242363	A	G	2216.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-2.188;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=32;PP=1080;ReadPosRankSum=-0.957;SC=AAGGTTAGTCACCTGTGGGGT;SOR=0.697;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=135;TCF=75;TCR=60;TR=72;WE=130847397;WS=130847379;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:99,108:0.52:207
chr12	130883554	rs79117967	CT	C	547.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.224;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FS=2.234;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.99;MQRankSum=1.414;QD=3.18;ReadPosRankSum=0.678;SOR=0.904;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:114,58:0.34:172
chr12	130884347	rs756186	A	G	2843.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-2.178;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=39;PP=1036;ReadPosRankSum=-0.527;SC=CTTTCTGCCCATTCAGCTCCC;SOR=0.341;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=64;TCF=24;TCR=40;TR=63;WE=130884355;WS=130884337;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,114:0.99:115
chr12	130892163	rs7310840	G	A	3170.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-0.999;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=76;NR=18;PP=2079;ReadPosRankSum=1.890;SC=CGGATGGTTCGGAGAGAAGGA;SOR=1.147;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=95;TCF=77;TCR=18;TR=94;WE=130892171;WS=130892153;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,112:0.99:113
chr12	130916685	rs7966010	T	C	1790.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=42;NR=14;PP=1112;SC=GGGTTTGTAATCTGAGCAGAT;SOR=2.165;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=56;TCF=42;TCR=14;TR=56;WE=130916693;WS=130916675;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr12	130923089	rs2292666	C	G	831.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.894;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.284;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=19;PP=551;ReadPosRankSum=0.317;SC=GGAACGGAGGCGTTCAGGGAC;SOR=0.331;SbPval=0.2;Source=Platypus;TC=67;TCF=18;TCR=49;TR=30;WE=130923097;WS=130923079;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,42:0.45:93
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chr12	130929599	rs7952756	A	G	803.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-0.158;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.697;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=8;PP=457;ReadPosRankSum=0.030;SC=CTGGGTGGCCAGGAGTATGTT;SOR=0.897;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=95;TCF=68;TCR=27;TR=34;WE=130929607;WS=130929589;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,43:0.39:111
chr12	130935710	rs2398519	C	G	6340.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=236;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=111;NR=74;PP=2965;SC=GCACAGGCAGCCCCGGCAGCC;SOR=1.081;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=186;TCF=112;TCR=74;TR=185;WE=130935718;WS=130935700;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,228:1.00:228
chr12	130941150	rs2277361	G	C	3852.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.844;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=375;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.712;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=71;NR=45;PP=1888;ReadPosRankSum=0.344;SC=GGTCAATCTTGCCAGCGTGCT;SOR=0.607;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=248;TCF=155;TCR=93;TR=116;WE=130941158;WS=130941140;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:187,182:0.49:369
chr12	130941338	rs1356081	G	A	2068.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.048;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.582;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=59;PP=1400;ReadPosRankSum=1.346;SC=GTGTGCACATGTGCACTGTGT;SOR=0.784;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=156;TCF=40;TCR=116;TR=80;WE=130941346;WS=130941328;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:98,94:0.49:192
chr12	131276448	rs4759786	G	T	7170.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=282;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=82;NR=105;PP=2965;SC=ATGGTTGCTAGGACAATGTTG;SOR=0.848;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=187;TCF=82;TCR=105;TR=187;WE=131276456;WS=131276438;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,276:1.00:276
chr12	131285663	rs1881060	T	C	3295.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=66;NR=32;PP=2060;SC=ACATGACTGATATCTCTCTTG;SOR=1.402;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=99;TCF=66;TCR=33;TR=98;WE=131285671;WS=131285653;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr12	131296908	rs9668291	C	G	842.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.54;SOR=2.517;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr12	131297348	rs4759794	T	G	404.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=3;PP=300;SC=TTTTGAATATTAATTAGTACT;SOR=2.303;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=11;TCR=3;TR=14;WE=131297356;WS=131297347;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr12	131306314	rs17564	C	G	4409.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=56;NR=60;PP=2053;SC=TTTATCAATACTGTTTCTAAT;SOR=0.847;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=120;TCF=59;TCR=61;TR=116;WE=131306322;WS=131306304;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,179:1.00:179
chr12	131311629	rs112850087	G	A	589.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=29.49;SOR=6.091;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr12	131323639	rs11061163	C	G	2088.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.64;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=19;NR=22;PP=793;SC=GCAGCCGGTCCCGCATCCCCG;SOR=0.768;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=19;TCR=22;TR=41;WE=131323647;WS=131323629;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr12	131323708	rs10848214	T	G	1920.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.27;SOR=0.746;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr12	131356572	rs184546792	C	T	7183.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=0.338;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=289;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=93;NR=76;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.834;SC=CGGCCCCGCCCCTGCTCTCGC;SOR=0.829;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=171;TCF=93;TCR=78;TR=169;WE=131356580;WS=131356562;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,280:0.99:282
chr12	131356701	rs144406413	C	T	6595.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.62;BaseQRankSum=0.348;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=262;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=79;PP=2333;ReadPosRankSum=-0.956;SC=CCGGCACGGCCGGGCGGGGAC;SOR=0.278;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=143;TCF=62;TCR=81;TR=141;WE=131356709;WS=131356691;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,256:1.00:257
chr12	131356731	rs116897340	T	C	4877.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=2.308;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=66;PP=2259;ReadPosRankSum=0.199;SC=GGCGGCGGGATAGGGGTCGGA;SOR=0.304;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=113;TCF=46;TCR=67;TR=112;WE=131356739;WS=131356721;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,180:0.99:181
chr12	131358552	rs7136324	C	T	433.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.65;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=0;PP=163;SC=GCCACTATGCCTGACTAATTT;SOR=2.049;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=6;WE=131358560;WS=131358542;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr12	131358674	rs7135682	G	A	1202.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=14;NR=12;PP=414;SC=GATTACAGACGTGAGCCACAT;SOR=0.735;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=14;TCR=12;TR=26;WE=131358682;WS=131358664;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr12	131358701	rs59236418	A	AT	1177.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-1.734;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=13;PP=519;ReadPosRankSum=-0.289;SC=GCCTATCTGGATTTTTTAAGA;SOR=0.277;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=17;TCF=3;TCR=14;TR=16;WE=131358709;WS=131358691;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,47:0.98:48
chr12	131359298	rs7958223	C	A	1896.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=28;PP=817;SC=ATTAAAACTTCCTGAGTTATT;SOR=1.103;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=45;TCF=17;TCR=28;TR=45;WE=131359306;WS=131359288;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr12	131360360	rs73461299	G	T	7026.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=276;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=64;NR=87;PP=2965;SC=CAGATTGTTCGGTTTGGCTTG;SOR=0.862;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=152;TCF=64;TCR=88;TR=151;WE=131360368;WS=131360350;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,267:1.00:267
chr12	131438971	rs56090874	G	T	2348.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=48;NR=25;PP=1316;SC=AGACCCTCAGGAATTTCACTT;SOR=1.338;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=74;TCF=49;TCR=25;TR=73;WE=131438979;WS=131438961;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr12	131439239	rs10848261	T	C	1126.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=25;PP=738;SC=TGAGCACCGCTCTCCCCCTGC;SOR=2.303;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=7;TCR=25;TR=32;WE=131439247;WS=131439229;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr12	131453378	rs7309920	T	C	2614.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=74;NR=3;PP=2010;SC=GGCTGGGGGATGTGAGGTCCG;SOR=4.590;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=79;TCF=76;TCR=3;TR=77;WE=131453386;WS=131453368;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr12	131466562	rs4759534	T	C	2733.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=25;NR=44;PP=1441;SC=TGGAGCTGTATACGCGGGACA;SOR=1.112;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=69;TCF=25;TCR=44;TR=69;WE=131466570;WS=131466552;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr12	131471608	rs1547577	T	C	3223.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=48;NR=29;PP=1643;SC=ATTCCCACAGTACTCAGAATG;SOR=1.066;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=78;TCF=48;TCR=30;TR=77;WE=131471616;WS=131471598;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr12	131476665	rs5801945	CAA	C,CA	1457.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.690;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.06;MQRankSum=0.000;QD=20.53;ReadPosRankSum=0.211;SOR=1.418;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:1,54,16:0.76,0.23:71
chr12	131488565	.	A	AT	36.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.925;ClippingRankSum=0.000;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.15;ReadPosRankSum=1.490;SOR=0.730;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,9:0.28:32
chr12	131488566	rs10773836	C	T	369.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-1.781;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.56;ReadPosRankSum=-1.573;SOR=0.657;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,23:0.72:32
chr12	131498946	rs1212936	C	T	4049.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=29;NR=73;PP=2222;SC=CTGAGGAATGCTGGGTTGTCT;SOR=1.473;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=102;TCF=29;TCR=73;TR=102;WE=131498954;WS=131498936;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,151:1.00:151
chr12	131498995	rs1195923	G	A	2066.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=41;PP=1263;SC=CCTTGGTGCCGGCCCGAACTG;SOR=2.269;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=51;TCF=10;TCR=41;TR=48;WE=131499003;WS=131498985;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr12	131555329	rs10744491	C	A	4298.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=59;NR=40;PP=1790;SC=GCTGATTGGACTGTGGAGTAC;SOR=0.970;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=99;TCF=59;TCR=40;TR=99;WE=131555337;WS=131555319;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,169:1.00:169
chr12	131602811	rs7961434	C	T	1790.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=49;NR=4;PP=1108;SC=CATAGTTCCCCCTCTGTATAC;SOR=5.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=68;TCF=49;TCR=19;TR=53;WE=131602819;WS=131602801;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr12	131620588	rs868158	A	G	3096.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-2.023;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=286;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.972;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=44;PP=1127;ReadPosRankSum=-1.222;SC=CCAGGTTGACAGCCAAGGCAG;SOR=0.677;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=174;TCF=88;TCR=86;TR=84;WE=131620596;WS=131620578;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:131,154:0.54:285
chr12	131622735	rs7302341	T	C	13982.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=553;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=138;NR=156;PP=2965;SC=CGAGCAGCTCTGCCCGCACCT;SOR=0.762;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=294;TCF=138;TCR=156;TR=294;WE=131622743;WS=131622725;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,542:1.00:542
chr12	131687287	rs7486559	G	C	10468.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.625;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=379;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.91;MQRankSum=-0.078;QD=28.22;ReadPosRankSum=-0.456;SOR=0.862;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,369:0.99:371
chr12	131687287	.	GCG	CCC,CCG	2190	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.56;FR=0.5000,0.5000;HP=5;HapScore=1;MGOF=5;MMLQ=24;MQ=59.59;NF=75,124;NR=56,93;PP=2190,1169;QD=17.1257089684;SC=CCTCCTCCCCGCGACGTGACG;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=221;TCF=125;TCR=96;TR=131,217;WE=131687297;WS=131687276;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.59:221
chr12	131687289	rs12816480	G	C	4877.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.214;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=388;ExcessHet=3.0103;FS=0.784;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.91;MQRankSum=-1.166;QD=12.77;ReadPosRankSum=1.375;SOR=0.746;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:155,227:0.59:382
chr12	131692075	.	G	A	922.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=7.370;ClippingRankSum=0.000;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=3.998;NF=34;NR=0;PP=690;ReadPosRankSum=-0.279;SC=AGGTCCAGCCGAGGACACACG;SOR=1.349;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=78;TCF=77;TCR=1;TR=34;WE=131692083;WS=131692071;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,37:0.45:82
chr12	131692116	rs11061381	T	C	50.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.963;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FS=9.118;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.11;MQRankSum=-5.614;QD=0.33;ReadPosRankSum=4.001;SOR=2.077;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:139,16:0.10:155
chr12	132209932	rs138640311	ATG	A	4797.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=1.121;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=267;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.927;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.635;NF=56;NR=32;PP=2968;ReadPosRankSum=0.563;SC=TGACGTGAATATGTGTGTTTT;SOR=0.897;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=174;TCF=110;TCR=64;TR=88;WE=132209941;WS=132209922;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:124,141:0.53:265
chr12	132237750	rs1051219	C	T	8222.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=0.207;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=832;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=126;NR=112;PP=2962;ReadPosRankSum=1.384;SC=CCGGAATCGACGTGACTACTT;SOR=0.660;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=471;TCF=253;TCR=218;TR=238;WE=132237758;WS=132237740;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:411,410:0.50:821
chr12	132237848	rs1982528	T	C	20789.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=782;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=176;NR=255;PP=2965;SC=ACCACACCACTACCGCCCCCA;SOR=0.921;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=433;TCF=176;TCR=257;TR=431;WE=132237856;WS=132237838;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,774:1.00:774
chr12	132240937	rs3217666	C	CAT	1317.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.315;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=8;PP=966;ReadPosRankSum=-0.627;SC=TCCAGTGAAACATATACCGTA;SOR=0.602;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=52;TCF=33;TCR=19;TR=21;WE=132240945;WS=132240927;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,36:0.46:78
chr12	132241229	rs7136191	A	G	927.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=18;PP=540;SC=ACATTCCACCATAAGTTGGCA;SOR=1.418;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=27;TCF=9;TCR=18;TR=27;WE=132241237;WS=132241219;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr12	132250712	rs1051233	G	C	1485.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.861;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.586;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=28;PP=591;ReadPosRankSum=-1.867;SC=GGGAAAAGCTGGCCCAGGCGT;SOR=0.670;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=114;TCF=59;TCR=55;TR=51;WE=132250720;WS=132250702;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,77:0.47:164
chr12	132262911	rs75324057	A	T	2196.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.585;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.558;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=58;PP=1320;ReadPosRankSum=0.649;SC=TGGTACCCTCATGACCCCCAT;SOR=0.647;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=164;TCF=49;TCR=115;TR=82;WE=132262919;WS=132262901;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:94,100:0.52:194
chr12	132269830	rs66665803	G	GA	6453.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=298;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.33;QD=26.45;SOR=0.968;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,244:1.00:244
chr12	132271113	rs7136643	T	C	3079.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=37;NR=29;PP=1347;SC=CTGGGGCCAGTAGGAAGCGGA;SOR=0.859;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=67;TCF=37;TCR=30;TR=66;WE=132271121;WS=132271103;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr12	132283436	.	GA	G	45.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.737;ClippingRankSum=0.000;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=3.256;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.99;ReadPosRankSum=1.315;SOR=1.282;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,12:0.26:46
chr12	132313098	.	G	GGCTGCCGCT	813.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=47.87;SOR=1.112;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr12	132323082	rs7971187	A	G	335.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.415;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.19;ReadPosRankSum=0.768;SOR=0.914;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,16:0.53:30
chr12	132323089	rs7965611	C	G	1129.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=36.44;SOR=1.044;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr12	132323294	rs4964884	T	C	566.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.256;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=11;PP=200;ReadPosRankSum=-0.583;SC=GAGGTGGGTGTGTGGCCAGGG;SOR=0.608;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=36;TCF=15;TCR=21;TR=19;WE=132323302;WS=132323284;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,29:0.55:53
chr12	132325239	rs6598163	G	A	10642.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=1.321;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1063;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=164;NR=149;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.007;SC=GGCGGGCAGCGCCGCCGACAT;SOR=0.661;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=631;TCF=332;TCR=299;TR=313;WE=132325247;WS=132325229;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:528,517:0.49:1045
chr12	132326051	rs4964929	C	T	640.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-0.409;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=6;PP=425;ReadPosRankSum=2.301;SC=CCCTCTGGCGCAGCCGGCATC;SOR=0.917;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=39;TCF=30;TCR=9;TR=25;WE=132326059;WS=132326041;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,27:0.57:47
chr12	132335592	rs11835665	G	A	4508.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.139;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=420;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=74;NR=75;PP=2298;ReadPosRankSum=1.151;SC=CTCACAGGCCGATGGATCTGT;SOR=0.711;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=282;TCF=141;TCR=141;TR=149;WE=132335600;WS=132335582;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:197,215:0.52:412
chr12	132395052	rs7295593	G	C	1475.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=26;NR=20;PP=1215;SC=AGCAGGCTTGGGATGGGGATG;SOR=0.909;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=46;TCF=26;TCR=20;TR=46;WE=132395060;WS=132395043;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr12	132396343	rs11615995	C	T	1903.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=52;NR=5;PP=1364;SC=GAGCGGAGCACAGGAAGAAAG;SOR=3.716;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=57;TCF=52;TCR=5;TR=57;WE=132396351;WS=132396333;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr12	132396603	rs11616018	C	T	7031.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=264;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=63;NR=118;PP=2965;SC=GTGACACAGACGACTTCGTCA;SOR=1.259;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=181;TCF=63;TCR=118;TR=181;WE=132396611;WS=132396593;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,262:1.00:262
chr12	132397936	.	C	CA	31.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.252;ClippingRankSum=0.000;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=1.854;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.69;ReadPosRankSum=-0.143;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,10:0.22:46
chr12	132398247	rs199854918	C	CA	142.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.191;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FS=1.701;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.06;ReadPosRankSum=-2.152;SOR=0.877;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:106,29:0.21:135
chr12	132398256	rs4964880	C	A	1995.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.219;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FS=1.514;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.46;ReadPosRankSum=0.045;SOR=0.627;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,99:0.72:138
chr12	132401566	rs11546871	C	T	9368.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=367;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.09;QD=26.24;SOR=1.079;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,357:1.00:357
chr12	132401834	.	TGTGGGACGGGGGTTGGGGGGAGCTCGGAGGCC	T	398.76	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.08;QD=36.25;SOR=1.270;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr12	132401913	rs201130793	G	A	953.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=0.074;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.795;HP=1;HapScore=2;MGOF=32;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-1.228;NF=11;NR=12;PP=325;ReadPosRankSum=-2.088;SC=GATGGGGGTCGGCGGGAGTCA;SOR=0.297;SbPval=0.21;Source=Platypus;TC=56;TCF=34;TCR=22;TR=23;WE=132401921;WS=132401903;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,47:0.57:83
chr12	132403161	rs11609348	A	G	9514.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=354;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=89;NR=118;PP=2965;SC=CGACCCCATTACTGCGAACCT;SOR=0.870;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=207;TCF=89;TCR=118;TR=207;WE=132403169;WS=132403151;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,353:1.00:353
chr12	132403323	rs113517126	C	A	76.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.965;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=7.123;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.78;MQRankSum=1.248;QD=6.98;ReadPosRankSum=-0.546;SOR=3.244;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,4:0.36:11
chr12	132404212	rs7299195	A	G	2841.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=21;NR=60;PP=1849;SC=GTGACAGGGTAACAGGGAGGC;SOR=1.887;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=81;TCF=21;TCR=60;TR=81;WE=132404220;WS=132404202;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr12	132406275	rs7311029	A	C	5789.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=117;NR=53;PP=2965;SC=CTGCTTAGGGAAGGTCAGCAG;SOR=1.633;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=171;TCF=118;TCR=53;TR=170;WE=132406283;WS=132406265;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,204:1.00:204
chr12	132417451	rs113696185	G	A	977.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.110;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=18;PP=403;ReadPosRankSum=-1.506;SC=AAGAAAAGAGGTTGAATTGAC;SOR=0.646;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=60;TCF=26;TCR=34;TR=31;WE=132417459;WS=132417441;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,49:0.56:88
chr12	132427909	rs7961398	A	G	559.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=17;NR=3;PP=427;SC=CTTTCCCTGCACAGGTTCCTG;SOR=3.258;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=17;TCR=3;TR=20;WE=132427917;WS=132427899;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr12	132445675	rs61745448	G	A	725.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.058;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.01;MQRankSum=-2.798;QD=6.20;ReadPosRankSum=0.778;SOR=0.755;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:73,44:0.38:117
chr12	132552040	rs11246912	G	A	646.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.356;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.886;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=9;PP=147;ReadPosRankSum=-0.101;SC=AGGTACCGGGGCTAGGGGATT;SOR=0.909;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=43;TCF=17;TCR=26;TR=12;WE=132552048;WS=132552030;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,34:0.45:75
chr12	132626668	rs1133690	T	C	4134.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=77;NR=41;PP=2348;SC=ACATACCTGCTGGGCCAGCTC;SOR=1.497;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=118;TCF=77;TCR=41;TR=118;WE=132626676;WS=132626658;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,144:1.00:144
chr12	132633458	.	GCTCAC	ACTCAC,ACTCAT	1382	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.59;FR=0.5000,0.5000;HP=2;HapScore=1;MGOF=28;MMLQ=23;MQ=58.99;NF=69,30;NR=67,34;PP=1382,858;QD=10.4174353864;SC=CCGCCGCCTCGCTCACACCAC;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=137;TCF=70;TCR=67;TR=136,64;WE=132633471;WS=132633448;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.99:137
chr12	132633506	.	CT	AC	2947	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;FR=1.0000;HP=1;HapScore=1;MGOF=37;MMLQ=28;MQ=55.9;NF=18;NR=42;PP=2947;QD=20;SC=CGCCTCACTCCTACCACACCC;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=62;TCF=18;TCR=44;TR=60;WE=132633515;WS=132633496;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:2,60:0.97:62
chr12	132635521	rs7397057	T	C	2770.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-1.896;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=284;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.215;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=42;PP=1052;ReadPosRankSum=1.649;SC=TCTGTCTGTCTGCAGGGGGGG;SOR=0.406;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=170;TCF=97;TCR=73;TR=85;WE=132635532;WS=132635511;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:138,140:0.50:278
chr12	132635779	rs12818246	C	T	6031.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=95;NR=71;PP=2965;SC=GCTCCATCCGCTGCTCCTTCC;SOR=0.960;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=166;TCF=95;TCR=71;TR=166;WE=132635787;WS=132635769;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,225:1.00:225
chr12	132682481	rs12308155	T	G	15194.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=341;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.56;SOR=0.863;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,341:1.00:341
chr12	132682484	rs12306514	A	G	8629.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.712;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=339;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.46;ReadPosRankSum=1.369;SOR=0.473;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:3,336:0.99:339
chr12	132683632	rs4074045	A	C	1164.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=23;NR=6;PP=806;SC=AGCAGGCTGGACCCGTGCCTC;SOR=2.368;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=23;TCR=6;TR=29;WE=132683640;WS=132683622;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr12	132683690	rs4074046	G	A	820.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-3.170;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.087;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=13;PP=431;ReadPosRankSum=0.143;SC=CCCCTTGGGAGCTGCATGGGT;SOR=0.274;SbPval=0.26;Source=Platypus;TC=78;TCF=54;TCR=24;TR=34;WE=132683698;WS=132683680;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,44:0.42:105
chr12	132683862	rs6598205	G	A	6622.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=254;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=70;NR=86;PP=2965;SC=CCGAGGGTGCGGCCCCAGGGA;SOR=0.883;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=156;TCF=70;TCR=86;TR=156;WE=132683870;WS=132683852;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,250:1.00:250
chr12	132683961	rs6598206	T	C	1689.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=44;PP=1048;SC=CCGGGTGGGCTGCCTGGGAAG;SOR=2.658;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=55;TCF=11;TCR=44;TR=55;WE=132683969;WS=132683951;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr12	132685566	rs7953158	C	T	546.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=2.109;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=1;PP=340;ReadPosRankSum=-1.861;SC=GCTACCTCTCCGTGTGCATGT;SOR=0.811;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=33;TCF=30;TCR=3;TR=17;WE=132685574;WS=132685562;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,20:0.53:38
chr12	132685826	rs11246988	T	C	3164.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.231;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=327;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.852;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=57;PP=1247;ReadPosRankSum=1.215;SC=CAGAAGTAGGTGAGAGGGTAC;SOR=0.769;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=183;TCF=73;TCR=110;TR=94;WE=132685845;WS=132685816;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:164,157:0.49:321
chr12	132685837	rs10794457	A	G	7195.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-1.066;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=272;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.632;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=99;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.834;SC=GAGAGGGTACATGGGTGTCAC;SOR=0.684;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=163;TCF=64;TCR=99;TR=162;WE=132685845;WS=132685816;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,269:1.00:270
chr12	132685899	rs11246989	G	C	1366.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.894;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.428;HP=3;HapScore=2;MGOF=81;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=37;PP=803;ReadPosRankSum=0.388;SC=GGGACCAAGTGCCCTCACAGG;SOR=1.012;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=91;TCF=25;TCR=66;TR=50;WE=132685907;WS=132685889;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,61:0.49:125
chr12	132685940	rs61329617	A	AGGCCCCATCC	701.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-0.053;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=4;MGOF=31;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=9;PP=2897;ReadPosRankSum=0.190;SC=TCAGATGCTGAGGCCCCATCC;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=41;TCF=0;TCR=41;TR=9;WE=132685966;WS=132685930;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,19:0.50:38
chr12	132685953	rs59310537	T	G	396.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-2.843;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=4;MGOF=31;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=9;PP=688;ReadPosRankSum=0.314;SC=CCCCATCCAGTTGGGACCCCC;SOR=1.179;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=24;TCF=1;TCR=23;TR=9;WE=132685966;WS=132685930;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,17:0.49:35
chr12	132685958	rs35906641	A	ACC	472.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-0.384;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=4;MGOF=31;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=9;PP=1022;ReadPosRankSum=0.145;SC=TCCAGTTGGGACCCCCCAGCC;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=0;TCR=22;TR=9;WE=132685966;WS=132685930;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,15:0.50:30
chr12	132688115	rs11246991	C	T	5367.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.237;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=561;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=75;NR=90;PP=2276;ReadPosRankSum=0.844;SC=ACCTCGGCGGCGCGCAGGGCG;SOR=0.727;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=326;TCF=151;TCR=175;TR=165;WE=132688123;WS=132688105;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:287,269:0.48:556
chr12	132688137	rs7486927	A	G	5086.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-1.695;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=547;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.100;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=71;NR=76;PP=1915;ReadPosRankSum=-0.273;SC=TGCGCTTGGCATAGTAGTCAA;SOR=0.615;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=315;TCF=146;TCR=169;TR=147;WE=132688145;WS=132688127;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:280,262:0.48:542
chr12	132688279	rs10902510	A	G	3648.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=29;NR=71;PP=2085;SC=TCCCAACGGAAGCGGGCAGCC;SOR=1.592;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=100;TCF=29;TCR=71;TR=100;WE=132688287;WS=132688269;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr12	132811399	rs74514445	A	G	490.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.182;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=6;PP=286;ReadPosRankSum=-0.406;SC=GCGTGGCCCCAGGGCTCAGCT;SOR=0.601;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=67;TCF=50;TCR=17;TR=25;WE=132811407;WS=132811389;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,29:0.39:75
chr12	132811498	rs368985675	TC	T	3455.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.564;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=259;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.113;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=25;PP=1382;ReadPosRankSum=0.804;SC=TCGGACCTGCTCCTCTTCACT;SOR=0.723;SbPval=0.22;Source=Platypus;TC=98;TCF=27;TCR=71;TR=39;WE=132811506;WS=132811488;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:143,113:0.44:256
chr12	132811652	rs73166880	TG	CT	1411.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.613;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.256;HP=1;HapScore=2;JOINED;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=18;PP=1022;ReadPosRankSum=1.684;SC=TTTACACACATGCCACACACC;SOR=1.136;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=50;TCF=17;TCR=33;TR=26;WE=132811661;WS=132811642;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,37:0.51:73
chr12	132811670	rs111837594	A	G	1062.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.188;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.528;HP=2;HapScore=2;MGOF=38;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=15;PP=278;ReadPosRankSum=1.436;SC=ACCCTTCCCAAGGCCGTCCCT;SOR=1.204;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=41;TCF=12;TCR=29;TR=20;WE=132811678;WS=132811660;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,26:0.49:53
chr12	132824197	.	ATGGCCGCACTCGCCCTCACCCCGTCCCCGGATGCCG	A	5562.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.827;ClippingRankSum=0.000;DP=1145;ExcessHet=3.0103;FS=4.094;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.52;MQRankSum=15.119;QD=7.52;ReadPosRankSum=-2.496;SOR=0.988;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:426,314:0.42:740
chr12	132824450	rs73166888	G	T	15751.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=-2.287;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1505;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.519;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=232;NR=247;PP=2962;ReadPosRankSum=2.020;SC=CTGGACACCGGGGCCGCACTC;SOR=0.648;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=858;TCF=413;TCR=445;TR=479;WE=132824458;WS=132824440;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:722,772:0.52:1494
chr12	132839265	rs28431148	A	G	590.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=0.508;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.368;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=19;PP=458;ReadPosRankSum=0.344;SC=GGGACCCCGGAAGCCATAGCT;SOR=0.448;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=46;TCF=9;TCR=37;TR=25;WE=132839273;WS=132839255;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,25:0.53:47
chr12	132852957	rs28561974	C	A	8527.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.483;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=934;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.521;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=146;NR=111;PP=2962;ReadPosRankSum=1.358;SC=GGCTCGCCGCCTATCTCCACG;SOR=0.653;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=562;TCF=327;TCR=235;TR=257;WE=132852965;WS=132852947;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:501,423:0.46:924
chr12	133031898	rs10870487	A	G	1274.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.136;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.552;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=24;PP=754;ReadPosRankSum=0.098;SC=CAGTAGCTCCAACCTCACAGC;SOR=0.640;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=149;TCF=91;TCR=58;TR=59;WE=133031906;WS=133031888;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:122,71:0.37:193
chr12	133032047	.	T	TGTGTGTGCGTGTTGAC	3253.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.990;ClippingRankSum=0.000;DP=224;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.851;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=6.925;NF=2;NR=37;PP=2971;ReadPosRankSum=-0.455;SC=TGTGGACATATGTGTGTGCAT;SOR=0.877;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=105;TCF=7;TCR=98;TR=39;WE=133032055;WS=133032033;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:97,87:0.47:184
chr12	133032110	rs9706362	T	C	698.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-4.513;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.642;HP=2;HapScore=2;MGOF=114;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.465;NF=6;NR=26;PP=351;ReadPosRankSum=-1.697;SC=CTTGTGTGTGTGTGCATGTGT;SOR=0.264;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=70;TCF=12;TCR=58;TR=32;WE=133032118;WS=133032100;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,35:0.49:71
chr12	133032132	rs113386371	C	CGT	411.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.458;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=75;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=20;PP=676;ReadPosRankSum=-0.627;SC=TGCATGTGAACGTGTGTGTGA;SOR=0.368;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=45;TCF=1;TCR=44;TR=21;WE=133032140;WS=133032122;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,14:0.40:35
chr12	133067343	.	A	G	1131.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=25;NR=6;PP=602;SC=CGCGCCCCGCACCGCGCGTCC;SOR=2.093;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=25;TCR=6;TR=31;WE=133067351;WS=133067333;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr12	133067473	rs28435470	G	A	4073.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=-2.534;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.371;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=43;PP=1364;ReadPosRankSum=-0.910;SC=CGGCTTCGCAGGCGTTGAGGC;SOR=0.506;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=78;TCF=34;TCR=44;TR=76;WE=133067481;WS=133067463;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,162:0.99:163
chr12	133102462	rs4883569	G	A	1091.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-3.361;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.117;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=24;PP=561;ReadPosRankSum=1.151;SC=CCGCCTGCCCGCTGCGCCCCG;SOR=0.177;SbPval=0.25;Source=Platypus;TC=49;TCF=9;TCR=40;TR=32;WE=133102470;WS=133102452;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,49:0.63:78
chr12	133104406	rs7135930	G	A	769.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=2.754;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=7;PP=604;ReadPosRankSum=0.117;SC=GTGGATCTGCGGGGCAGGGCT;SOR=0.576;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=69;TCF=57;TCR=12;TR=34;WE=133104414;WS=133104396;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,34:0.45:76
chr12	133104461	rs4883566	A	G	4442.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=107;NR=27;PP=2762;SC=TGAGGGCTGCAGGGCAGCTGT;SOR=2.137;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=134;TCF=107;TCR=27;TR=134;WE=133104469;WS=133104451;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,166:1.00:166
chr12	133104735	rs4883565	T	C	2890.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=2.509;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=263;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.131;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=74;PP=1910;ReadPosRankSum=-1.512;SC=CACCATGGGGTTGGTGGGGGG;SOR=0.496;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=199;TCF=50;TCR=149;TR=102;WE=133104743;WS=133104725;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:122,126:0.51:248
chr12	133124753	rs79009737	G	A	1278.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.112;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=30;PP=666;ReadPosRankSum=0.059;SC=GGTGGGTGCAGGGGGCTTGTG;SOR=0.630;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=83;TCF=23;TCR=60;TR=40;WE=133124761;WS=133124743;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,59:0.55:108
chr12	133146416	rs7312710	A	G	1493.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=2.072;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.735;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=14;PP=882;ReadPosRankSum=-0.170;SC=GCCCAGACATAGCCTGGGCAC;SOR=0.573;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=102;TCF=72;TCR=30;TR=50;WE=133146424;WS=133146406;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,63:0.53:119
chr12	133146457	rs3751316	G	A	2383.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-2.807;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=237;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.949;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=30;PP=1010;ReadPosRankSum=-0.293;SC=CTGGGCCACAGGAGGGGCAGG;SOR=0.527;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=157;TCF=95;TCR=62;TR=74;WE=133146465;WS=133146447;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:111,120:0.52:231
chr12	133147142	rs3751313	A	G	1237.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.62;BaseQRankSum=0.440;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.593;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.206;NF=14;NR=21;PP=465;ReadPosRankSum=-0.732;SC=TGTCTCGGCCACAATCTCGCC;SOR=0.791;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=98;TCF=43;TCR=55;TR=35;WE=133147150;WS=133147132;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:94,66:0.41:160
chr12	133147165	rs3833800	T	TG	541.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=0.447;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.888;HP=6;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.478;NF=2;NR=12;PP=265;ReadPosRankSum=-0.479;SC=GGGCAGGGGTTGGGGGGTGCG;SOR=0.815;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=52;TCF=6;TCR=46;TR=14;WE=133147173;WS=133147155;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,27:0.32:84
chr12	133147182	rs3751312	C	T	274.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=2.631;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.103;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=10;PP=167;ReadPosRankSum=-0.342;SC=TGCGGGGACACGGCCACCGGG;SOR=0.916;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=56;TCF=20;TCR=36;TR=14;WE=133147190;WS=133147172;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,17:0.27:63
chr12	133148970	rs34140384	C	T	7006.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.673;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=740;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=123;NR=126;PP=2962;ReadPosRankSum=1.004;SC=TCGCTGTGCACGCAGGTCCTG;SOR=0.653;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=502;TCF=243;TCR=259;TR=249;WE=133148978;WS=133148960;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:385,343:0.47:728
chr12	133153281	rs10870473	A	T	1488.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=1.482;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.889;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=13;PP=1033;ReadPosRankSum=-0.743;SC=TGCTCCCCTTACTGGACTGGC;SOR=0.532;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=94;TCF=74;TCR=20;TR=56;WE=133153289;WS=133153271;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,62:0.60:103
chr12	133157835	rs140655645	ACCT	A	1768.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.168;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.895;HP=2;HapScore=4;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.042;NF=13;NR=11;PP=1497;ReadPosRankSum=-0.007;SC=TCCAAGTCAAACCTCCTCCGA;SOR=1.112;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=47;TCF=23;TCR=24;TR=24;WE=133157859;WS=133157825;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,47:0.49:96
chr12	133157851	rs3751307	G	A	953.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-2.258;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=4;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=1.077;NF=20;NR=13;PP=1492;ReadPosRankSum=0.549;SC=TCCGAATTGTGGGGTAGATTC;SOR=0.671;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=67;TCF=43;TCR=24;TR=33;WE=133157859;WS=133157825;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,50:0.47:106
chr12	133158280	rs3751306	G	T	4899.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.384;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=448;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=82;NR=70;PP=2368;ReadPosRankSum=-0.377;SC=GGTGGGAGCCGCAGCCCACGC;SOR=0.706;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=295;TCF=158;TCR=137;TR=152;WE=133158288;WS=133158270;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:206,233:0.53:439
chr12	133158449	rs199976653	GC	G	1948.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.711;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.954;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=40;PP=1688;ReadPosRankSum=0.382;SC=CCCGATGCCCGCGCCCCTCCC;SOR=0.551;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=83;TCF=8;TCR=75;TR=43;WE=133158457;WS=133158438;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,58:0.54:107
chr12	133159662	rs12831275	G	A	474.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=1.577;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=5;PP=150;ReadPosRankSum=0.202;SC=AGCTGGGCCGGTCCGGGGCCC;SOR=0.776;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=32;TCF=17;TCR=15;TR=12;WE=133159670;WS=133159652;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,23:0.42:55
chr12	133160238	rs7966712	G	C	351.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.45;SOR=0.818;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr12	133181399	rs11146963	T	C	4409.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.590;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=528;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=76;NR=69;PP=1726;ReadPosRankSum=0.606;SC=TCGTGTCTCCTGCATGGCTCC;SOR=0.717;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=308;TCF=161;TCR=147;TR=145;WE=133181407;WS=133181389;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:296,231:0.44:527
chr12	133181425	rs11146964	A	G	4415.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.784;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=543;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=70;NR=73;PP=2071;ReadPosRankSum=2.538;SC=GCCCTGAAACACCACTCACCA;SOR=0.674;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=308;TCF=148;TCR=160;TR=143;WE=133181433;WS=133181415;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:309,233:0.43:542
chr12	133182818	rs12819734	G	A	2562.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.351;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=241;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.992;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=40;PP=979;ReadPosRankSum=0.588;SC=TAGCAGCAGCGTCCACCCCGG;SOR=0.786;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=139;TCF=61;TCR=78;TR=69;WE=133182826;WS=133182808;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:116,124:0.52:240
chr12	133195579	rs200710959	CGCGGGGCGCGGGGT	C	1307.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=1.230;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.932;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=1.575;NF=0;NR=17;PP=2973;ReadPosRankSum=2.108;SC=TCGTGTGGTGCGCGGGGCGCG;SOR=1.010;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=54;TCF=2;TCR=52;TR=17;WE=133195610;WS=133195569;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,37:0.56:66
chr12	133195625	rs11146976	G	A	1342.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.762;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=16.441;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=30.52;ReadPosRankSum=1.020;SOR=0.572;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,35:0.80:44
chr12	133196596	rs7964634	T	C	1595.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-1.708;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.713;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=57;PP=1130;ReadPosRankSum=0.821;SC=GCCTGAGGACTGGGCGCTGTG;SOR=0.389;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=179;TCF=60;TCR=119;TR=83;WE=133196604;WS=133196586;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,81:0.50:161
chr12	133196733	rs7955816	C	T	956.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.171;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.86;ReadPosRankSum=-1.454;SOR=0.730;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:53,44:0.45:97
chr12	133196773	rs7964872	T	G	1246.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=3.818;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.331;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=14;PP=935;ReadPosRankSum=-1.529;SC=AGTGACAAGATCTGGGGAGGG;SOR=1.203;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=122;TCF=80;TCR=42;TR=53;WE=133196781;WS=133196763;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,52:0.45:116
chr12	133197018	rs6560891	G	A	4069.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-2.035;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=351;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.265;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=63;PP=2013;ReadPosRankSum=-1.240;SC=CTCGCCTCCTGCCGCCTCCTC;SOR=0.608;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=224;TCF=104;TCR=120;TR=122;WE=133197026;WS=133197008;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:161,188:0.54:349
chr12	133198021	rs4883632	C	T	12265.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.179;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1242;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=184;NR=198;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.343;SC=CCCCATCAGACGCCGTCAGAC;SOR=0.707;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=786;TCF=387;TCR=399;TR=382;WE=133198029;WS=133198011;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:619,613:0.50:1232
chr12	133201947	rs4883544	T	C	6047.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.138;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=652;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=97;NR=98;PP=2539;ReadPosRankSum=-0.766;SC=GGCCGAGCTGTGCAACTCCCT;SOR=0.708;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=417;TCF=209;TCR=208;TR=195;WE=133201955;WS=133201937;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:346,304:0.47:650
chr12	133202004	rs4883543	C	T	5217.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=2.769;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=570;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=82;NR=93;PP=2645;ReadPosRankSum=-0.148;SC=TGCCTCCTTCCGCTAGAACGA;SOR=0.671;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=374;TCF=177;TCR=197;TR=175;WE=133202012;WS=133201994;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:312,255:0.45:567
chr12	133208886	rs5745023	C	T	422.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-1.180;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=4;PP=230;ReadPosRankSum=-0.090;SC=CTCACACGCACGCTGGCACTC;SOR=0.709;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=37;TCF=28;TCR=9;TR=17;WE=133208894;WS=133208876;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,21:0.47:45
chr12	133208979	rs5745022	T	C	1188.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.901;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.629;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=20;PP=537;ReadPosRankSum=0.756;SC=GAAACATCTCTGAGAGCTCAG;SOR=0.803;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=97;TCF=54;TCR=43;TR=47;WE=133208987;WS=133208969;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,62:0.44:142
chr12	133210985	rs5745005	C	T	918.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.702;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=25;PP=533;ReadPosRankSum=0.056;SC=TGAGACAACGCGGCTGTGTTT;SOR=0.800;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=63;TCF=15;TCR=48;TR=32;WE=133210993;WS=133210975;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,42:0.52:81
chr12	133212692	rs4883625	T	C	977.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-2.540;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=27;PP=453;ReadPosRankSum=0.113;SC=TGTATCTATCTGTACCCTCCA;SOR=0.620;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=83;TCF=21;TCR=62;TR=35;WE=133212700;WS=133212682;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,50:0.47:106
chr12	133212737	rs4883624	C	T	562.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-2.980;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=16;PP=323;ReadPosRankSum=1.361;SC=TTCATTCAGACCACATCATCC;SOR=0.479;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=38;TCF=6;TCR=32;TR=19;WE=133212745;WS=133212727;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,24:0.56:43
chr12	133214517	rs5744975	G	A	1383.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.627;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=6.067;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.28;ReadPosRankSum=-0.352;SOR=1.999;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,34:0.60:57
chr12	133214522	rs5744974	G	C	1440.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.782;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FS=2.891;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=20.88;ReadPosRankSum=0.318;SOR=1.300;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,39:0.57:69
chr12	133214768	rs5744970	A	G	3118.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.057;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=384;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=70;PP=1496;ReadPosRankSum=-0.914;SC=CGCCACAGTCATGGAGAGCCA;SOR=0.689;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=279;TCF=107;TCR=172;TR=115;WE=133214776;WS=133214758;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:215,161:0.43:376
chr12	133218724	rs5744951	C	T	110.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.921;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.398;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=1;PP=55;ReadPosRankSum=0.033;SC=GCAGAAACACCAGCCAGGTCT;SOR=1.927;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=22;TCF=15;TCR=7;TR=6;WE=133218732;WS=133218714;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,7:0.26:27
chr12	133219831	rs5744944	T	C	2586.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.036;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=285;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.442;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=37;PP=1207;ReadPosRankSum=-0.338;SC=CAAAGACGGATGCCCTGCGCT;SOR=0.750;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=198;TCF=121;TCR=77;TR=92;WE=133219839;WS=133219821;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:154,129:0.46:283
chr12	133220321	rs4883614	T	A	742.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.801;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=15;PP=608;ReadPosRankSum=0.047;SC=ACGAGTCCACTGTCGCTGCTG;SOR=0.671;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=74;TCF=39;TCR=35;TR=31;WE=133220329;WS=133220317;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,31:0.40:77
chr12	133220526	rs5744934	T	C	3496.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.924;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=342;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.822;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQ=60.06;MQRankSum=1.442;NF=47;NR=56;PP=1684;ReadPosRankSum=0.856;SC=CTCATAGAGATTGTAGACCAT;SOR=0.756;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=200;TCF=93;TCR=107;TR=103;WE=133220534;WS=133220516;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:171,166:0.49:337
chr12	133220652	rs5744932	A	AG	1747.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-1.396;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.888;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.613;NF=0;NR=27;PP=1044;ReadPosRankSum=-0.885;SC=TCGGAGTCCTAGACTTCTGGT;SOR=0.845;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=55;TCF=3;TCR=52;TR=27;WE=133220660;WS=133220642;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,48:0.55:88
chr12	133220670	rs10870483	G	A	1381.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-4.202;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.136;HP=1;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.958;NF=4;NR=21;PP=394;ReadPosRankSum=-1.355;SC=GGTGCCCCTAGCGACGGGGTA;SOR=0.450;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=52;TCF=8;TCR=44;TR=25;WE=133220678;WS=133220660;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,36:0.54:67
chr12	133225446	rs4883538	G	T	2495.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.754;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=265;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.861;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=31;PP=1228;ReadPosRankSum=0.578;SC=CTGGAGGCCAGGCTAGATCAT;SOR=1.022;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=167;TCF=103;TCR=64;TR=89;WE=133225454;WS=133225436;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:134,125:0.48:259
chr12	133226159	rs4883613	T	C	673.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-2.439;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.920;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=20;PP=386;ReadPosRankSum=1.532;SC=ATGCCCGCCATGACTTTCTCA;SOR=0.872;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=58;TCF=19;TCR=39;TR=31;WE=133226167;WS=133226149;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,34:0.47:72
chr12	133226196	rs4883537	G	A	529.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-0.779;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.121;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=12;PP=368;ReadPosRankSum=-0.532;SC=GGGTCAGGACGCATCTCGGGC;SOR=0.963;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=44;TCF=20;TCR=24;TR=22;WE=133226204;WS=133226186;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,23:0.49:47
chr12	133233705	rs5744889	T	C	3442.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=61;NR=33;PP=1742;SC=AGCCCAGCCTTGGGGCCCCAC;SOR=1.244;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=95;TCF=61;TCR=34;TR=94;WE=133233713;WS=133233695;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr12	133234389	rs5744884	CAT	C	2046.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=2.441;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.748;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.484;NF=22;NR=13;PP=1436;ReadPosRankSum=-0.346;SC=CCAACTCAGACATATTCTGCT;SOR=0.830;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=63;TCF=39;TCR=24;TR=35;WE=133234398;WS=133234379;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,55:0.48:114
chr12	133234741	rs10649524	C	CGTGT	379.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.788;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.086;NF=0;NR=9;PP=434;ReadPosRankSum=0.058;SC=GTAACACGTGCGTATGTGTAA;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=1;TCR=17;TR=9;WE=133234749;WS=133234731;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,11:0.69:16
chr12	133236000	rs5744857	C	T	4727.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.927;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=570;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.523;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=70;NR=63;PP=1775;ReadPosRankSum=0.665;SC=TGCTGATGGACGTAGACTTCT;SOR=0.714;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=333;TCF=169;TCR=164;TR=133;WE=133236008;WS=133235990;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:322,246:0.43:568
chr12	133237753	.	G	GA	167.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.627;ClippingRankSum=0.000;DP=147;ExcessHet=3.0103;FS=0.987;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.07;MQRankSum=1.813;QD=1.41;ReadPosRankSum=-0.265;SOR=0.524;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:90,29:0.24:119
chr12	133238076	rs5744844	T	C	2423.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.342;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=236;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.005;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=33;PP=1165;ReadPosRankSum=1.132;SC=TCTCAATCCATGTCCTTTCTA;SOR=0.779;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=161;TCF=95;TCR=66;TR=83;WE=133238084;WS=133238066;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:117,118:0.50:235
chr12	133240530	.	G	A	424.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-2.204;ClippingRankSum=0.000;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=4;PP=268;ReadPosRankSum=0.174;SC=CAGAGCCAGTGACATCAGGGC;SOR=0.804;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=28;TCF=21;TCR=7;TR=17;WE=133240538;WS=133240520;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,19:0.63:30
chr12	133240782	rs4883592	A	G	828.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.041;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=15;PP=468;ReadPosRankSum=-1.081;SC=TTTCCTTTTCACCCAGTGTGT;SOR=0.750;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=59;TCF=27;TCR=32;TR=28;WE=133240790;WS=133240772;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,39:0.48:81
chr12	133242140	rs4883586	A	G	1229.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.165;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.545;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=26;PP=671;ReadPosRankSum=-0.485;SC=TCAAATCTATAGAAAACCTAA;SOR=0.416;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=87;TCF=31;TCR=56;TR=42;WE=133242148;WS=133242130;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,58:0.50:115
chr12	133245149	rs5744798	A	G	4372.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.040;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=428;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.740;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=67;NR=66;PP=2002;ReadPosRankSum=-0.245;SC=GCTTCCCACCAAGTGGAGAAA;SOR=0.672;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=247;TCF=117;TCR=130;TR=133;WE=133245157;WS=133245139;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:210,211:0.50:421
chr12	133245680	rs5744795	A	G	591.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.620;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.370;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=12;PP=257;ReadPosRankSum=-1.318;SC=AAGGGTTGCCATCATTTCTAT;SOR=0.397;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=32;TCF=5;TCR=27;TR=14;WE=133245688;WS=133245670;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,25:0.56:45
chr12	133249139	rs5744780	T	A	1123.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.177;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=14;PP=726;ReadPosRankSum=0.440;SC=GGGCTTTATTTCAGCCCCTGC;SOR=0.752;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=91;TCF=63;TCR=28;TR=46;WE=133249147;WS=133249129;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,50:0.50:101
chr12	133250118	rs4883555	C	T	2839.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.919;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=343;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.832;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=36;PP=1118;ReadPosRankSum=-1.070;SC=CATCTGGATGCGTGCACACGG;SOR=0.634;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=209;TCF=119;TCR=90;TR=80;WE=133250126;WS=133250108;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:190,147:0.44:337
chr12	133252556	rs4883545	T	C	1235.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.721;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=23;PP=928;ReadPosRankSum=-1.009;SC=AAGACGGTCATACCCTGAGAA;SOR=0.603;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=79;TCF=42;TCR=37;TR=48;WE=133252564;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,50:0.60:83
chr12	133252796	rs4077170	C	G	5937.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=61;NR=83;PP=2630;SC=TAGCCCTAGCCAAGTTCATTA;SOR=0.915;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=144;TCF=61;TCR=83;TR=144;WE=133252804;WS=133252786;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,227:1.00:227
chr12	133252947	rs5744759	T	C	166.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.014;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=22.026;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=2;PP=109;ReadPosRankSum=0.920;SC=AGACGCTCTGTGTGTGGATTC;SOR=1.701;SbPval=0.06;Source=Platypus;TC=18;TCF=7;TCR=11;TR=8;WE=133252955;WS=133252937;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,8:0.42:19
chr12	133253310	rs5744757	A	G	508.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-0.775;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=15;PP=332;ReadPosRankSum=0.768;SC=ACCCACCCCCAGCCTGCTCTA;SOR=0.818;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=34;TCF=6;TCR=28;TR=18;WE=133253318;WS=133253300;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,22:0.52:42
chr12	133254083	rs5744750	T	C	3057.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.344;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=314;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.052;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=51;PP=1788;ReadPosRankSum=0.543;SC=AAGTCTATTCTTCTGTGGATT;SOR=0.676;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=225;TCF=109;TCR=116;TR=107;WE=133254091;WS=133254073;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:162,147:0.48:309
chr12	133256904	rs5744738	C	T	406.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-1.997;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.431;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=10;PP=242;ReadPosRankSum=-1.152;SC=CCATGAACAGCCTAGGGCCAG;SOR=0.435;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=27;TCF=8;TCR=19;TR=15;WE=133256912;WS=133256894;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,19:0.58:33
chr12	133257929	rs71453158	C	CT	610.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.668;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.97;MQRankSum=-0.986;QD=8.37;ReadPosRankSum=1.121;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,36:0.49:73
chr12	133263743	rs111877885	A	C	615.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=3;PP=387;SC=GGCTGCGGGAACCGGGCCTCC;SOR=1.609;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=16;TCF=13;TCR=3;TR=16;WE=133263751;WS=133263733;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr12	133263825	rs2075784	G	A	938.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.934;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.55;ReadPosRankSum=0.680;SOR=0.722;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:43,46:0.52:89
chr12	133264332	rs11538534	C	T	239.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.64;BaseQRankSum=0.958;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=3;PP=77;ReadPosRankSum=-0.169;SC=CGCCCAGTACCTGCTCTTCCT;SOR=0.616;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=18;TCF=9;TCR=9;TR=6;WE=133264340;WS=133264322;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,14:0.38:37
chr12	133272380	rs10781627	G	C	520.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-2.227;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.016;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=6;PP=345;ReadPosRankSum=0.772;SC=GGAAGCAGGGGTTAGGACCTG;SOR=0.153;SbPval=0.21;Source=Platypus;TC=39;TCF=32;TCR=7;TR=22;WE=133272388;WS=133272370;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,23:0.53:43
chr12	133277983	rs7958567	T	C	2042.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=21;NR=34;PP=1095;SC=CAGCCTCTGCTAACATTACTT;SOR=1.079;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=57;TCF=21;TCR=36;TR=55;WE=133277991;WS=133277973;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr12	133281462	rs10007	G	A	1476.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.954;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=32;PP=764;ReadPosRankSum=-1.239;SC=AAAGGCAGTCGCTGCCTTCAG;SOR=0.656;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=116;TCF=45;TCR=71;TR=54;WE=133281470;WS=133281452;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:111,77:0.41:188
chr12	133287721	rs7973452	A	G	663.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.253;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.126;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=8;PP=221;ReadPosRankSum=0.133;SC=GTTGGGATCGAGATCGGGACC;SOR=0.818;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=29;TCF=14;TCR=15;TR=14;WE=133287729;WS=133287711;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,31:0.62:50
chr12	133294231	rs11147013	G	T	1797.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=3.021;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.045;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=46;PP=1273;ReadPosRankSum=1.264;SC=CCTGGCCACCGGGAGGTCACA;SOR=0.982;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=129;TCF=48;TCR=81;TR=70;WE=133294239;WS=133294221;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,75:0.51:146
chr12	133294826	rs149250932	G	GC	566.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-3.325;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.893;HP=5;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQ=60.42;MQRankSum=1.461;NF=0;NR=14;PP=354;ReadPosRankSum=-0.781;SC=GGCCTCACCAGCCCCCGGGCG;SOR=0.274;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=38;TCF=1;TCR=37;TR=14;WE=133294834;WS=133294816;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,25:0.52:48
chr12	133295130	.	GT	G	587	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;FR=0.5000;HP=4;HapScore=2;MGOF=45;MMLQ=28;MQ=43.55;NF=21;NR=0;PP=587;QD=29.1904761905;SC=CTGGGTGGGGGTGTCCTGGGT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=36;TCF=36;TCR=0;TR=21;WE=133295138;WS=133295123;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:15,21:0.58:36
chr12	133295161	.	G	GT	616	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;FR=0.5000;HP=5;HapScore=1;MGOF=45;MMLQ=26;MQ=51.81;NF=29;NR=0;PP=616;QD=22.3103448276;SC=CTGGGTGGGGGGTCCTGGGTG;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=49;TCF=45;TCR=4;TR=29;WE=133295169;WS=133295151;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:20,29:0.59:49
chr12	133297103	rs10781631	T	C	439.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-2.433;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.062;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.812;NF=13;NR=3;PP=304;ReadPosRankSum=-0.414;SC=CCGTGTTAGCTGGGATGGTCT;SOR=0.223;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=26;TCF=23;TCR=3;TR=16;WE=133297111;WS=133297096;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,18:0.60:30
chr12	133297182	rs10870498	A	G	1644.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-4.161;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.181;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.814;NF=33;NR=22;PP=736;ReadPosRankSum=0.196;SC=GTGAGCCACCATGCCCGGCCT;SOR=0.248;SbPval=0.21;Source=Platypus;TC=97;TCF=66;TCR=31;TR=55;WE=133297190;WS=133297172;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,80:0.61:131
chr12	133297240	rs368555916	TTC	T	122.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.164;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=294;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.04;MQRankSum=3.000;QD=0.45;ReadPosRankSum=-0.766;SOR=0.645;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:245,30:0.11:275
chr12	133304126	rs35235926	G	A	1835.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-3.785;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.446;HP=4;HapScore=2;MGOF=36;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=49;PP=1094;ReadPosRankSum=-0.725;SC=AGGCACATGCGCCCGGGCGGA;SOR=0.355;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=142;TCF=34;TCR=108;TR=69;WE=133304134;WS=133304116;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,84:0.50:169
chr12	133304146	rs10437912	C	T	2051.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.036;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FS=4.487;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.65;ReadPosRankSum=-1.224;SOR=1.302;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:53,57:0.52:110
chr12	133304149	rs10437913	G	C	2038.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.093;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FS=8.430;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.60;ReadPosRankSum=-0.386;SOR=1.696;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:53,51:0.49:104
chr12	133304891	rs10870499	T	C	295.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=1.192;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=8;PP=163;ReadPosRankSum=0.677;SC=TCTCGGCTCATCGCAAGCTCC;SOR=0.573;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=27;TCF=7;TCR=20;TR=10;WE=133304899;WS=133304881;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,14:0.42:33
chr12	133306589	rs10781634	C	T	3094.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=2.508;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=357;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.390;HP=6;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=66;PP=1712;ReadPosRankSum=0.279;SC=TTCCTCCCCACGGGGGGCCTT;SOR=0.729;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=240;TCF=101;TCR=139;TR=114;WE=133306597;WS=133306579;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:195,156:0.44:351
chr12	133306920	.	CCCATCCATGACCAACTGCCGTGACCCCAGCAACAGCAACTCTTATACCCAAAACCTCCCCACT	C	660.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.887;ClippingRankSum=0.000;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=1.070;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.20;ReadPosRankSum=-4.005;SOR=0.475;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,23:0.39:59
chr12	133306927	.	AT	GC	633	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;FR=0.5000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=4;NR=13;PP=633;QD=40.3804632272;SC=CGCCCCATCCATGACCAACTG;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=52;TCF=15;TCR=37;TR=17;WE=133306936;WS=133306917;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:35,17:0.33:52
chr12	133310659	rs372085055	TA	T	157.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.295;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.12;ReadPosRankSum=-0.373;SOR=0.701;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:107,34:0.24:141
chr12	133311888	rs10781636	C	G	731.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-0.659;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=13;PP=437;ReadPosRankSum=0.610;SC=CCCAGAAAAGCCTTCTGGAAA;SOR=0.622;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=81;TCF=52;TCR=29;TR=35;WE=133311896;WS=133311878;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,39:0.41:96
chr12	133311944	rs10747081	T	C	1367.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.116;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.201;HP=4;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=20;PP=539;ReadPosRankSum=-1.350;SC=TTAATCAAAATGCAACCAACT;SOR=0.593;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=116;TCF=68;TCR=48;TR=47;WE=133311952;WS=133311934;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:101,73:0.42:174
chr12	133312191	rs10781637	T	C	154.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.701;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=5;PP=46;ReadPosRankSum=-0.747;SC=AGTAGCTGCCTGTCTCCGCAC;SOR=0.495;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=0;TCR=12;TR=5;WE=133312199;WS=133312181;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,9:0.45:20
chr12	133318406	rs11147040	G	T	4826.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.254;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=525;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.516;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=75;NR=78;PP=1961;ReadPosRankSum=0.708;SC=TTCTTGGTTGGTTGAGTTCCA;SOR=0.718;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=308;TCF=149;TCR=159;TR=153;WE=133318414;WS=133318396;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:259,250:0.49:509
chr12	133327470	rs7304425	A	T	509.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-3.352;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=19;PP=344;ReadPosRankSum=-1.017;SC=AAATCAGAGAAGAGTGACTGG;SOR=0.703;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=50;TCF=6;TCR=44;TR=21;WE=133327478;WS=133327460;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,23:0.44:52
chr12	133331537	rs1132375	G	A	3399.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.717;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=366;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.421;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=80;NR=50;PP=2153;ReadPosRankSum=-1.257;SC=GCCTCATGGTGGTAGAAAGAA;SOR=0.953;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=274;TCF=159;TCR=115;TR=130;WE=133331545;WS=133331527;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:195,164:0.46:359
chr12	133349620	rs3741483	C	G	2672.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=44;NR=28;PP=1311;SC=AAACATCGACCACACAATCAA;SOR=1.094;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=72;TCF=44;TCR=28;TR=72;WE=133349628;WS=133349610;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr12	133349893	rs3741484	A	G	586.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.94;SOR=1.508;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr12	133353168	.	C	T	588	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;FR=1.0000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MMLQ=28;MQ=56.21;NF=22;NR=2;PP=588;QD=25.9488005228;SC=GCCCCTCCAGCTCCTTCCTCC;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=24;TCF=22;TCR=2;TR=24;WE=133353176;WS=133353166;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr12	133354453	rs900443	C	T	3768.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.869;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=390;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.203;HP=3;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=71;PP=1681;ReadPosRankSum=1.316;SC=TATGACGTGCCGGGCGCAGGG;SOR=0.627;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=246;TCF=90;TCR=156;TR=114;WE=133354461;WS=133354443;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:205,185:0.47:390
chr12	133354470	rs900444	T	C	2824.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.320;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=318;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.364;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=61;PP=1199;ReadPosRankSum=1.367;SC=AGGGGGTGAATGCACTCCCGG;SOR=0.615;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=209;TCF=70;TCR=139;TR=94;WE=133354478;WS=133354460;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:172,146:0.46:318
chr12	133354485	rs900445	G	A	2637.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.329;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=264;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.484;HP=4;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=54;PP=1213;ReadPosRankSum=0.149;SC=TCCCGGCCCCGTGCATGTCCT;SOR=0.514;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=182;TCF=61;TCR=121;TR=83;WE=133354493;WS=133354475;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:135,129:0.49:264
chr12	133357645	rs35956026	CA	C	421.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=1.432;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.702;HP=6;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.001;NF=0;NR=15;PP=464;ReadPosRankSum=-1.792;SC=GAATCTGTGACAAAAACAGAA;SOR=2.115;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=29;TCF=3;TCR=26;TR=15;WE=133357653;WS=133357635;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,21:0.52:40
chr12	133358870	rs2306546	G	A	598.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=1.134;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.829;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=6;PP=393;ReadPosRankSum=-0.933;SC=TGAGTTTGACGAGTTTGAATA;SOR=0.317;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=56;TCF=46;TCR=10;TR=26;WE=133358878;WS=133358860;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,28:0.47:59
chr12	133360530	rs11147073	T	C	2571.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=66;NR=17;PP=1787;SC=TCTGTAACCATTCCACCAAAG;SOR=2.494;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=83;TCF=66;TCR=17;TR=83;WE=133360538;WS=133360520;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr12	133360964	rs1009320	G	A	1083.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=2.067;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=39;PP=867;ReadPosRankSum=-1.583;SC=CTGTGGTGCCGGCAGGCATGA;SOR=0.669;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=88;TCF=13;TCR=75;TR=46;WE=133360972;WS=133360954;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,46:0.49:93
chr12	133363006	rs12823938	G	A	3526.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.153;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=310;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.162;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=45;PP=1684;ReadPosRankSum=0.658;SC=CCTTGGCCGCGAGGGCCTCCT;SOR=0.527;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=198;TCF=123;TCR=75;TR=111;WE=133363014;WS=133362996;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:127,177:0.58:304
chr12	133363212	rs144581238	GCCTCCCCCCCGGCCCCCGCA	G	11355.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.806;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=459;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=42.855;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=6.141;NF=23;NR=98;PP=2924;ReadPosRankSum=1.615;SC=ATTCTGGTTCGCCTCCCCCCC;SOR=0.337;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=244;TCF=46;TCR=198;TR=121;WE=133363239;WS=133363202;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:134,283:0.68:417
chr12	133363376	rs7976379	G	T	8829.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=2.263;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=351;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.815;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.126;NF=86;NR=139;PP=2965;ReadPosRankSum=1.519;SC=TGCAACGACTGTGGAAGGGAA;SOR=0.811;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=227;TCF=87;TCR=140;TR=225;WE=133363384;WS=133363366;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,336:1.00:337
chr12	133365497	rs968522	A	C	365.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.65;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=12;NR=15;PP=803;SC=ACAGGCCCCGACCCAGACAGA;SOR=5.549;SbPval=0.23;Source=Platypus;TC=41;TCF=14;TCR=27;TR=27;WE=133365515;WS=133365487;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr12	133365507	rs148112035	A	ACCCCGCCCCAGACACAGG	805.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=62.76;QD=57.55;SOR=5.421;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr12	133365914	rs77794360	C	T	552.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=1.840;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.674;HP=6;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=16;PP=298;ReadPosRankSum=0.717;SC=CGCTGGGCGGCGGGGCGTGGG;SOR=0.293;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=37;TCF=4;TCR=33;TR=19;WE=133365922;WS=133365904;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,25:0.57:44
chr12	133372395	rs4758905	A	C	3483.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.939;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=353;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=74;NR=40;PP=1579;ReadPosRankSum=-2.468;SC=CATTCCTGCAAGGAGGGTTCT;SOR=0.700;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=254;TCF=167;TCR=87;TR=114;WE=133372403;WS=133372385;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:180,170:0.49:350
chr12	133373375	rs2242292	C	T	989.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.450;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.807;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=30;PP=604;ReadPosRankSum=-0.317;SC=AGAAACCCACCGCCCTGGCAT;SOR=0.198;SbPval=0.26;Source=Platypus;TC=83;TCF=13;TCR=70;TR=38;WE=133373383;WS=133373365;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,46:0.47:98
chr12	133383923	rs10781653	T	C	3576.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=35;NR=68;PP=2131;SC=CCTCATTTTCTTTCACACTCC;SOR=1.434;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=103;TCF=35;TCR=68;TR=103;WE=133383931;WS=133383913;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,129:1.00:129
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chr12	133398395	rs11147096	A	G	1612.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=34;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=53;NR=3;PP=1699;SC=AGCCGAGATCACGCCACTGCA;SOR=4.133;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=59;TCF=54;TCR=5;TR=56;WE=133398414;WS=133398385;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr12	133398406	rs77502219	G	C	316.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-1.358;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.584;HP=1;HapScore=1;MGOF=34;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-5.644;NF=28;NR=0;PP=427;ReadPosRankSum=1.345;SC=CGCCACTGCAGTCCAGCCTGG;SOR=2.686;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=93;TCF=73;TCR=20;TR=28;WE=133398414;WS=133398385;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,13:0.17:78
chr12	133398421	rs74721187	A	C	323.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-1.203;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.468;HP=2;HapScore=1;MGOF=38;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-5.760;NF=42;NR=2;PP=661;ReadPosRankSum=1.837;SC=GCCTGGGCGAAAGAGCGAGAC;SOR=2.200;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=140;TCF=105;TCR=35;TR=44;WE=133398429;WS=133398411;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,17:0.16:107
chr12	133398439	rs66472368	CA	C	1683.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.178;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FS=4.644;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.77;MQRankSum=3.015;QD=10.59;ReadPosRankSum=0.738;SOR=1.129;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:44,115:0.72:159
chr12	133398451	rs7298097	A	C	2204.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.795;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=253;ExcessHet=3.0103;FS=15.637;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.82;MQRankSum=2.838;QD=10.07;ReadPosRankSum=2.784;SOR=1.558;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:78,141:0.64:219
chr12	133417982	rs375411000	T	TAA	1866.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=33;NR=1;PP=1543;SC=ACTCAGAGGGTAAAGCTCCAC;SOR=4.362;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=37;TCF=35;TCR=2;TR=34;WE=133417990;WS=133417972;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr12	133419418	rs2306544	G	A	470.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.265;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.968;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.254;NF=12;NR=5;PP=240;ReadPosRankSum=-1.366;SC=AGTGGAAGACGGAGATAAAAC;SOR=0.339;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=32;TCF=23;TCR=9;TR=17;WE=133419426;WS=133419408;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,23:0.57:40
chr12	133423866	rs10747087	G	A	759.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=6;NR=15;PP=384;SC=AGGGCTGCACGTTCACGGCCT;SOR=1.863;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=21;TCF=6;TCR=15;TR=21;WE=133423874;WS=133423856;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr12	133428242	rs2306541	G	A	3856.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.112;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=335;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.828;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=72;PP=1957;ReadPosRankSum=0.574;SC=CTCGCGCTCCGCTCTCCGGTC;SOR=0.596;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=226;TCF=95;TCR=131;TR=128;WE=133428250;WS=133428232;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:147,180:0.55:327
chr12	133433173	rs2062163	T	C	5459.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=63;NR=65;PP=2592;SC=TGATTTTATTTCTGGCATCCA;SOR=0.733;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=128;TCF=63;TCR=65;TR=128;WE=133433181;WS=133433163;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,202:1.00:202
chr12	133433240	rs11147110	C	T	1577.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.283;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=30;PP=684;ReadPosRankSum=-0.877;SC=GACACAGCGCCATTCACCGGC;SOR=0.691;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=93;TCF=36;TCR=57;TR=48;WE=133433248;WS=133433230;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,76:0.47:161
chr12	133433300	rs11147111	C	T	895.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.437;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.885;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=21;PP=452;ReadPosRankSum=0.563;SC=AGCTCGCGTGCGCAGTGCTGC;SOR=0.983;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=53;TCF=17;TCR=36;TR=29;WE=133433308;WS=133433290;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,42:0.52:80
chr12	133435595	rs4758955	C	T	1506.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.220;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.677;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=21;PP=780;ReadPosRankSum=0.175;SC=CCCTGCCCCACACGGGACGAA;SOR=0.428;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=120;TCF=81;TCR=39;TR=56;WE=133435603;WS=133435585;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:91,77:0.46:168
chr12	133435861	rs75449706	C	T	760.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=2.593;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=25;PP=490;ReadPosRankSum=1.723;SC=AGGAAATACACGCAGGTTCAG;SOR=0.616;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=57;TCF=8;TCR=49;TR=29;WE=133435869;WS=133435851;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,33:0.52:63
chr12	133437981	rs12578891	A	C	1549.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.129;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.405;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=21;PP=751;ReadPosRankSum=-0.776;SC=CACAGCACGGAGCATGGCAGC;SOR=0.562;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=101;TCF=68;TCR=33;TR=59;WE=133438001;WS=133437971;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,73:0.54:136
chr12	133438274	rs2306542	C	G	842.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.876;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=21;PP=522;ReadPosRankSum=-0.891;SC=CAGGAGAGAACCATGCCTGTA;SOR=0.735;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=60;TCF=19;TCR=41;TR=31;WE=133438282;WS=133438264;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,41:0.44:94
chr12	133438985	rs113941471	C	A	1302.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=1.915;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.750;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=14;PP=588;ReadPosRankSum=1.211;SC=TTTAGACCAGCCTGGGCAACA;SOR=0.827;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=56;TCF=33;TCR=23;TR=35;WE=133438993;WS=133438975;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,60:0.58:103
chr12	133439115	rs9943858	G	A	1630.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=23;NR=32;PP=1023;SC=ACTTGAGCCCGGGAGTTCGAG;SOR=1.107;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=55;TCF=23;TCR=32;TR=55;WE=133439123;WS=133439105;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr12	133447195	rs12821502	G	A	2279.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.054;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.741;NF=56;NR=36;PP=1530;ReadPosRankSum=0.408;SC=GCAGTGAGCTGAGATCGCGCC;SOR=0.667;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=139;TCF=85;TCR=54;TR=92;WE=133447203;WS=133447185;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,102:0.64:160
chr12	133447242	rs12832244	T	C	4443.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.574;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=347;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.841;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=72;NR=67;PP=2289;ReadPosRankSum=0.001;SC=CGAGACTCCATCTCAAAACAC;SOR=0.641;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=220;TCF=118;TCR=102;TR=139;WE=133447250;WS=133447232;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:132,206:0.61:338
chr12	133454390	.	A	AT	72.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.572;ClippingRankSum=0.000;DP=116;ExcessHet=3.0103;FS=2.470;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.90;ReadPosRankSum=-1.413;SOR=0.394;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:65,16:0.20:81
chr12	133502333	.	G	A	2618.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.650;ClippingRankSum=0.000;DP=272;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.938;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.647;NF=38;NR=53;PP=1470;ReadPosRankSum=-0.150;SC=AGAAGCTGTGGCTTCCAGGCA;SOR=0.626;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=192;TCF=76;TCR=116;TR=91;WE=133502341;WS=133502323;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:147,123:0.46:270
chr12	133698398	rs61749570	G	A	5576.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.056;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=511;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=72;NR=104;PP=2743;ReadPosRankSum=-0.216;SC=TAACCAGGTTGTCAGAAATAC;SOR=0.690;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=312;TCF=127;TCR=185;TR=176;WE=133698406;WS=133698388;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:235,268:0.53:503
chr12	133780309	rs36127550	G	T	3501.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-1.343;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=391;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.832;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=60;PP=1761;ReadPosRankSum=-0.645;SC=CCTTTAGTTTGAAGTCCCAGC;SOR=0.537;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=274;TCF=146;TCR=128;TR=120;WE=133780317;WS=133780299;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:215,172:0.44:387
chr12	133780340	.	C	G	3677.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.695;ClippingRankSum=0.000;DP=399;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.182;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=57;PP=1888;ReadPosRankSum=-2.037;SC=TCAGAGAAGTCACACAGGAGT;SOR=0.734;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=280;TCF=141;TCR=139;TR=120;WE=133780348;WS=133780330;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:218,177:0.45:395
chr12	133781163	rs36174733	A	G	497.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-1.112;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.771;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=15;PP=243;ReadPosRankSum=0.332;SC=GATAGAAACAATCATATATAA;SOR=0.321;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=49;TCF=9;TCR=40;TR=19;WE=133781171;WS=133781153;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,25:0.44:57
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chr12	133795418	rs142613020	C	G	8043.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=296;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=111;NR=83;PP=2965;SC=GTTGACCAGGCAGACCATCCA;SOR=0.926;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=194;TCF=111;TCR=83;TR=194;WE=133795426;WS=133795408;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,293:1.00:293
chr12	133795885	rs144454089	G	A	1679.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=34;NR=18;PP=972;SC=GGAGGGCAGGGCCTGGCTCAG;SOR=1.329;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=52;TCF=34;TCR=18;TR=52;WE=133795893;WS=133795875;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr12	133795960	rs36140725	A	G	3377.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=48;NR=40;PP=1633;SC=AGGGCTGGAAAAGAGACAGTG;SOR=0.772;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=89;TCF=49;TCR=40;TR=88;WE=133795968;WS=133795950;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,129:1.00:129
chr12	133796033	rs36130280	C	T	1510.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.412;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=25;PP=768;ReadPosRankSum=2.009;SC=TGTGCTTTCTCCCTCATCAGG;SOR=0.726;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=75;TCF=34;TCR=41;TR=46;WE=133796041;WS=133796023;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,68:0.62:109
chr12	133797649	rs147515371	T	G	1908.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=46;NR=14;PP=1393;SC=TGTAGGCTTGTGGGGACTGTT;SOR=2.129;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=60;TCF=46;TCR=14;TR=60;WE=133797657;WS=133797639;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr13	19600475	rs9511168	C	A	5679.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=93;NR=64;PP=2965;SC=CTGGTCTTGTCGCATCTTCTC;SOR=0.980;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=157;TCF=93;TCR=64;TR=157;WE=19600483;WS=19600465;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,211:1.00:211
chr13	19601129	rs35887366	TA	T	5626.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=286;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=14;NR=101;PP=2651;SC=TCAACACCTGTAAAAAAAATA;SOR=1.132;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=123;TCF=14;TCR=109;TR=115;WE=19601137;WS=19601119;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,243:1.00:243
chr13	19601182	rs2039524	C	T	3179.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=24;NR=74;PP=2249;SC=TATTTGGCTTCTAGTAAAAAT;SOR=2.175;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=98;TCF=24;TCR=74;TR=98;WE=19601190;WS=19601172;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr13	19606506	rs12865916	C	T	264.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.286;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.549;HP=5;HapScore=4;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=6;PP=507;ReadPosRankSum=1.876;SC=AACTCAAAAACGAAAATTTTT;SOR=0.328;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=26;TCF=16;TCR=10;TR=13;WE=19606519;WS=19606496;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,13:0.46:28
chr13	19606511	rs35670111	AT	A	225.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.194;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.471;HP=8;HapScore=4;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.441;NF=5;NR=3;PP=315;ReadPosRankSum=-2.036;SC=AAAAACGAAAATTTTTTTTAT;SOR=1.501;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=23;TCF=12;TCR=11;TR=8;WE=19606519;WS=19606496;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,15:0.52:29
chr13	19747991	rs3764135	C	T	2169.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=3.189;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=13.139;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=18;PP=1202;ReadPosRankSum=-2.001;SC=GAGAACCCACCACACCCTCCC;SOR=1.466;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=175;TCF=125;TCR=50;TR=76;WE=19747999;WS=19747981;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:92,95:0.51:187
chr13	19748038	rs1803092	C	T	4615.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.694;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=447;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.014;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=2.055;NF=93;NR=53;PP=2064;ReadPosRankSum=2.735;SC=TCGGCTTCCACGGAATCCACG;SOR=1.113;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=300;TCF=179;TCR=121;TR=146;WE=19748046;WS=19748028;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:217,227:0.51:444
chr13	19750964	rs9511916	T	C	849.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.882;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.177;HP=3;HapScore=2;MGOF=39;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=4;PP=664;ReadPosRankSum=0.489;SC=GCCCATGGAATAGGGGTAGTA;SOR=1.026;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=78;TCF=69;TCR=9;TR=37;WE=19750972;WS=19750954;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,37:0.46:81
chr13	19751229	rs36216108	T	C	2591.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.389;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=271;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.453;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-1.027;NF=34;NR=53;PP=1202;ReadPosRankSum=-0.870;SC=TCTGATTGGCTGGCTCGAAGC;SOR=0.639;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=186;TCF=72;TCR=114;TR=87;WE=19751237;WS=19751219;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:137,128:0.48:265
chr13	19751657	rs9507566	G	T	1704.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.751;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.784;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-3.625;NF=31;NR=21;PP=894;ReadPosRankSum=-1.360;SC=ACTGAGAGCCGCTCCATGAGC;SOR=0.948;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=112;TCF=62;TCR=50;TR=52;WE=19751665;WS=19751647;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,79:0.49:161
chr13	19751694	rs9507567	A	G	1875.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.431;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-3.652;NF=28;NR=26;PP=795;ReadPosRankSum=0.098;SC=AGCCAGTGCCACCCCCAAAAC;SOR=0.717;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=123;TCF=63;TCR=60;TR=54;WE=19751702;WS=19751684;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:101,96:0.49:197
chr13	19752291	rs9507572	A	G	1290.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-3.778;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.808;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=17;PP=679;ReadPosRankSum=-0.871;SC=CAGCCAACGCACTGGTCTAGG;SOR=0.281;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=104;TCF=76;TCR=28;TR=53;WE=19752299;WS=19752281;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,65:0.52:124
chr13	19752538	rs146476021	CAA	C	4517.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.833;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=306;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.904;HP=5;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQ=60.07;MQRankSum=1.683;NF=6;NR=54;PP=2106;ReadPosRankSum=0.169;SC=ACTTCATCTACAAAAGAGACC;SOR=0.775;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=134;TCF=14;TCR=120;TR=60;WE=19752547;WS=19752528;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:174,124:0.42:298
chr13	19752575	rs9507573	A	G	1556.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.271;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.241;HP=2;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=44;PP=952;ReadPosRankSum=-0.885;SC=TTTAAGGCCTATACTCACCAA;SOR=0.986;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=133;TCF=42;TCR=91;TR=62;WE=19752583;WS=19752565;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:121,79:0.40:200
chr13	19752625	rs605109	A	G	1048.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.423;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.428;HP=1;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=28;PP=613;ReadPosRankSum=-1.272;SC=TACAAAGTACATGCTGTTCAA;SOR=0.411;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=62;TCF=12;TCR=50;TR=35;WE=19752633;WS=19752615;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,45:0.63:71
chr13	19753449	rs36215078	A	G	1067.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=4.324;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=4;PP=739;ReadPosRankSum=-0.510;SC=CACCCTCCTAAGAAAGCTGCC;SOR=0.700;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=77;TCF=67;TCR=10;TR=36;WE=19753457;WS=19753441;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,42:0.47:90
chr13	19753554	rs36215076	C	T	3729.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=3.309;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=422;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.124;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-10.975;NF=86;NR=54;PP=1969;ReadPosRankSum=-0.696;SC=CACTGAAGAACGTGTTGAAGG;SOR=0.808;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=295;TCF=178;TCR=117;TR=140;WE=19753562;WS=19753544;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:237,184:0.44:421
chr13	19753575	rs36215075	A	G	4353.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.157;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=502;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.525;HP=6;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-11.111;NF=90;NR=66;PP=2252;ReadPosRankSum=0.306;SC=AGTCGTCCCCACCACCAATGG;SOR=0.752;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=335;TCF=190;TCR=145;TR=156;WE=19753583;WS=19753565;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:278,222:0.44:500
chr13	19753730	rs9511925	C	T	3976.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.387;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=413;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.530;HP=2;HapScore=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=76;PP=1781;ReadPosRankSum=0.165;SC=AAATGTAGACCCATTCATTTC;SOR=0.767;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=240;TCF=88;TCR=152;TR=116;WE=19753738;WS=19753720;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:207,196:0.49:403
chr13	19753776	rs9511926	A	C	2033.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.327;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.538;HP=3;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=48;PP=1196;ReadPosRankSum=0.191;SC=GCAAAATATTATAATTTAATA;SOR=0.744;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=137;TCF=39;TCR=98;TR=67;WE=19753784;WS=19753766;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:109,95:0.47:204
chr13	19755690	rs36214434	A	G	1513.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-1.834;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.708;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=13;PP=767;ReadPosRankSum=-0.761;SC=AAAAGCTGCCATCCCTGCCCT;SOR=0.392;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=109;TCF=83;TCR=26;TR=53;WE=19755698;WS=19755680;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,73:0.55:132
chr13	19755726	rs17076891	G	C	2785.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-2.607;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.515;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=31;PP=1360;ReadPosRankSum=-1.290;SC=AGCAGACGATGCCGTGTCCTC;SOR=0.637;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=153;TCF=94;TCR=59;TR=81;WE=19755734;WS=19755716;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:89,124:0.58:213
chr13	19756002	rs3751422	G	A	402.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=1.410;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=11;PP=212;ReadPosRankSum=-0.467;SC=TGGCCTGCTGGTGCCAGGCCA;SOR=0.612;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=42;TCF=14;TCR=28;TR=16;WE=19756010;WS=19755992;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,21:0.39:54
chr13	19756026	rs783595	C	G	721.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=18;PP=486;SC=TTGGTCCGGACGTCCTGGGAG;SOR=1.981;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=24;TCF=6;TCR=18;TR=24;WE=19756034;WS=19756016;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr13	19759404	rs142818236	CT	C	4307.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.203;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=302;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=42;PP=2727;ReadPosRankSum=1.102;SC=GACAAGGACACTTTGCCAAGA;SOR=0.680;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=163;TCF=76;TCR=87;TR=78;WE=19759412;WS=19759394;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:146,150:0.51:296
chr13	19761359	rs77809485	T	G	3799.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.935;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=395;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.144;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=85;NR=55;PP=1750;ReadPosRankSum=-0.510;SC=CTTGGAGCTCTGTGAGCTGGT;SOR=0.811;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=282;TCF=167;TCR=115;TR=140;WE=19761367;WS=19761349;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:195,196:0.50:391
chr13	19761398	rs79239276	G	A	5297.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.030;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=493;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=82;NR=75;PP=2234;ReadPosRankSum=-0.498;SC=GAAGCAGAAGGTGTGGGACAA;SOR=0.708;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=323;TCF=167;TCR=156;TR=157;WE=19761406;WS=19761388;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:238,254:0.52:492
chr13	19761432	rs74996029	T	C	4803.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.396;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=482;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.106;HP=1;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=87;PP=1727;ReadPosRankSum=-0.134;SC=GAGGTGGCCATGCAGAAAGTC;SOR=0.800;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=310;TCF=133;TCR=177;TR=147;WE=19761440;WS=19761422;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:241,239:0.50:480
chr13	19761496	rs17790638	A	G	2548.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=3.174;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=250;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.470;HP=4;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=64;PP=1476;ReadPosRankSum=-0.072;SC=AGAGGAAGCTATTTATATGGT;SOR=0.974;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=190;TCF=61;TCR=129;TR=89;WE=19761504;WS=19761486;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:131,118:0.47:249
chr13	19775652	rs66950030	CA	C	134.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.464;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=3.848;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.82;MQRankSum=0.557;QD=3.64;ReadPosRankSum=-1.163;SOR=1.863;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,14:0.38:37
chr13	19775755	rs115152530	A	G	2289.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.584;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=281;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.441;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=-5.959;NF=50;NR=35;PP=1034;ReadPosRankSum=2.544;SC=TTTTTTCTGGATAGCCAGGAA;SOR=0.655;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=204;TCF=119;TCR=85;TR=85;WE=19775763;WS=19775731;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:158,121:0.43:279
chr13	19775867	rs114445450	G	A	1223.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.335;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=299;ExcessHet=3.0103;FS=36.928;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.09;MQRankSum=-2.078;QD=4.12;ReadPosRankSum=-3.712;SOR=2.555;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:243,54:0.18:297
chr13	19775873	rs200815536	C	CA	7543.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-9.380;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=277;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=47.994;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=2.966;NF=11;NR=72;PP=2954;ReadPosRankSum=3.433;SC=CTACGCCACTCATTGGTGCTT;SOR=0.033;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=129;TCF=14;TCR=115;TR=83;WE=19775883;WS=19775857;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,227:0.84:271
chr13	19775875	rs138429293	T	C	1028.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=11.004;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=265;ExcessHet=3.0103;FS=56.404;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.29;MQRankSum=-3.902;QD=3.90;ReadPosRankSum=-2.493;SOR=4.095;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:225,39:0.15:264
chr13	19776012	rs376392033	G	A	202.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.282;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=44.97;MQRankSum=0.728;QD=20.28;ReadPosRankSum=0.282;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,8:0.80:10
chr13	19778557	rs61946465	T	C	170.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=5.229;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=39.90;MQRankSum=1.036;QD=17.08;ReadPosRankSum=-0.052;SOR=3.383;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,7:0.70:10
chr13	19778601	rs141790008	G	A	380.31	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.499;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=6.422;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=40.69;MQRankSum=-3.254;QD=22.37;ReadPosRankSum=2.706;SOR=4.047;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,15:0.88:17
chr13	19782646	rs9512066	G	A	5407.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.930;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=498;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-2.290;NF=63;NR=66;PP=2030;ReadPosRankSum=1.015;SC=TGCTCCACAGGGACCCATATC;SOR=0.721;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=259;TCF=126;TCR=133;TR=129;WE=19782654;WS=19782636;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:235,261:0.53:496
chr13	19801344	rs77928908	GA	G	820.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-1.077;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.950;HP=10;HapScore=3;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-1.386;NF=18;NR=12;PP=360;ReadPosRankSum=-0.282;SC=TACACTTAAGGAAAAAAAAAA;SOR=0.561;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=62;TCF=37;TCR=25;TR=30;WE=19801352;WS=19801334;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,51:0.60:85
chr13	19931495	rs113883205	T	C	656.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=0.050;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.454;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.722;NF=23;NR=4;PP=473;ReadPosRankSum=-0.404;SC=TGGACTCTTTTGGGATTTCTT;SOR=1.033;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=60;TCF=51;TCR=9;TR=27;WE=19931503;WS=19931485;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,28:0.46:61
chr13	19931579	rs61956074	G	A	2887.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.598;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=287;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.496;NF=63;NR=40;PP=1530;ReadPosRankSum=-0.487;SC=TACAGTAAGAGCCCAGTGGAT;SOR=0.723;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=211;TCF=127;TCR=84;TR=103;WE=19931587;WS=19931569;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:139,139:0.50:278
chr13	19931686	rs17080489	T	C	4396.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-1.574;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=456;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.520;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-3.377;NF=59;NR=81;PP=1561;ReadPosRankSum=0.670;SC=TTCTCCTGTATGAAACATCGT;SOR=0.765;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=263;TCF=113;TCR=150;TR=140;WE=19931694;WS=19931676;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:225,227:0.50:452
chr13	19931710	rs146638959	C	A	3783.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.338;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=365;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.252;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-2.296;NF=42;NR=74;PP=1863;ReadPosRankSum=0.664;SC=AATCTTGTGTCGGTAAGAGTA;SOR=0.775;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=219;TCF=80;TCR=139;TR=116;WE=19931718;WS=19931700;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:178,184:0.51:362
chr13	19933372	rs4771142	G	A	1746.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.396;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.673;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-3.635;NF=38;NR=20;PP=934;ReadPosRankSum=-0.364;SC=AGTTCTGAGCGAGGGAGAAAT;SOR=0.522;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=128;TCF=85;TCR=43;TR=58;WE=19933380;WS=19933362;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:93,85:0.48:178
chr13	19933448	rs61956080	G	A	2144.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=2.769;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.306;NF=37;NR=39;PP=1244;ReadPosRankSum=-1.102;SC=TTTACCCAAAGTAGTGGAAGA;SOR=0.676;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=154;TCF=76;TCR=78;TR=76;WE=19933456;WS=19933438;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:117,100:0.46:217
chr13	19933518	rs61956081	T	C	1975.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.118;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.380;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-1.030;NF=27;NR=45;PP=956;ReadPosRankSum=-0.369;SC=TTCAGTGATTTGCTCAGGTAT;SOR=0.892;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=143;TCF=56;TCR=87;TR=72;WE=19933526;WS=19933508;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:115,98:0.46:213
chr13	19941233	rs3002090	C	A	3957.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=44;NR=53;PP=1848;SC=CCTAGTGATCCTACTGAATTA;SOR=0.775;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=97;TCF=44;TCR=53;TR=97;WE=19941241;WS=19941223;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,150:1.00:150
chr13	19943770	rs4112696	A	G	1315.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.869;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.315;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.590;NF=18;NR=18;PP=528;ReadPosRankSum=0.815;SC=TGTCCACATCAAGGAGAATCA;SOR=0.628;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=90;TCF=42;TCR=48;TR=36;WE=19943778;WS=19943760;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,67:0.47:143
chr13	19949111	rs71197092	TC	T	545.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=88;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=3;PP=641;SC=ATGGATTTTTTCTCTTCTTCA;SOR=2.419;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=16;TCF=13;TCR=3;TR=16;WE=19949119;WS=19949106;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr13	19949155	rs34247662	T	G	1156.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=74;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=23;NR=11;PP=678;SC=CAAATAAAAGTCATGTGCCCA;SOR=1.364;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=23;TCR=11;TR=34;WE=19949163;WS=19949145;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr13	19949218	rs35633897	C	T	3223.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=50.13;QD=45.41;SOR=1.117;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr13	19949227	rs34936230	C	T	3322.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=51.17;QD=42.06;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr13	19949262	rs34280326	G	A	1870.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=57;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=26;NR=28;PP=1036;SC=GAGGTAAGGCGAGAAGATGCA;SOR=0.749;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=54;TCF=26;TCR=28;TR=54;WE=19949270;WS=19949252;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr13	19949287	rs34088473	G	T	1680.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=55;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=21;NR=29;PP=997;SC=GCCCGCTCTCGGCTTTCAAAG;SOR=0.976;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=50;TCF=21;TCR=29;TR=50;WE=19949295;WS=19949277;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr13	19961851	rs79520815	A	G	453.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.620;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FS=7.102;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.92;MQRankSum=-6.854;QD=4.36;ReadPosRankSum=2.499;SOR=0.395;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:73,31:0.30:104
chr13	19961894	.	A	G	460.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.298;ClippingRankSum=0.000;DP=141;ExcessHet=3.0103;FS=23.604;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.77;MQRankSum=-9.690;QD=3.34;ReadPosRankSum=-2.641;SOR=2.146;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:117,21:0.15:138
chr13	19961897	.	G	A	414.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.416;ClippingRankSum=0.000;DP=140;ExcessHet=3.0103;FS=25.512;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.75;MQRankSum=-10.246;QD=3.03;ReadPosRankSum=-2.802;SOR=2.375;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:118,19:0.14:137
chr13	19961903	.	C	T	144.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.443;ClippingRankSum=0.000;DP=138;ExcessHet=3.0103;FS=41.001;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.32;MQRankSum=-11.185;QD=1.06;ReadPosRankSum=-0.442;SOR=5.133;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:124,12:0.09:136
chr13	19962055	rs9512903	G	A	3197.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=34;NR=58;PP=1705;SC=GTTTGTTCATGAAGATGAAGG;SOR=1.188;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=92;TCF=34;TCR=58;TR=92;WE=19962063;WS=19962045;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr13	20000630	rs2497218	T	C	10817.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=405;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=97;NR=149;PP=2965;SC=TTAATTAATATTTTGTCTGTT;SOR=0.973;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=247;TCF=98;TCR=149;TR=246;WE=20000638;WS=20000620;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,402:1.00:402
chr13	20000702	rs4408395	G	C	3906.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=29;NR=85;PP=2769;SC=CCTAGATAACGATAACAAAAG;SOR=1.981;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=114;TCF=29;TCR=85;TR=114;WE=20000710;WS=20000692;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr13	20004762	rs7139692	T	C	5093.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.244;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=88;PP=2352;ReadPosRankSum=2.102;SC=CTTAACATCATGGATTAAAAA;SOR=1.156;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=141;TCF=53;TCR=88;TR=141;WE=20004770;WS=20004752;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,201:0.98:205
chr13	20004798	rs2497068	C	T	3259.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=27;NR=65;PP=1825;SC=AAGCTAACAACGTATCAATAG;SOR=1.690;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=92;TCF=27;TCR=65;TR=92;WE=20004806;WS=20004788;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr13	20012206	rs186171901	G	C	2276.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.136;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=241;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.471;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=36;PP=1159;ReadPosRankSum=-1.187;SC=CATCATAAGAGAAAGTTTGTA;SOR=0.741;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=155;TCF=86;TCR=69;TR=80;WE=20012214;WS=20012196;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:125,115:0.48:240
chr13	20038584	rs7339103	A	G	9264.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.320;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=358;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=109;NR=88;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.850;SC=TTTGTCAGATAAAGACCCTTA;SOR=0.443;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=198;TCF=110;TCR=88;TR=197;WE=20038592;WS=20038574;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,352:0.99:355
chr13	20039289	rs2497079	A	T	3755.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=86;NR=20;PP=2344;SC=TATATTCTCAAGAATAAAGAA;SOR=2.394;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=106;TCF=86;TCR=20;TR=106;WE=20039297;WS=20039279;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr13	20041323	rs2497251	G	T	886.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=24;NR=2;PP=637;SC=AATGCTAAAAGTAATGAAAAA;SOR=3.407;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=26;TCF=24;TCR=2;TR=26;WE=20041331;WS=20041313;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr13	20041493	rs71092363	TA	T	813.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.216;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.78;MQRankSum=0.000;QD=9.69;ReadPosRankSum=0.149;SOR=0.743;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,66:0.79:84
chr13	20041563	rs2492391	C	T	947.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=8;NR=25;PP=705;SC=CCACAAACTACTGACTCATCC;SOR=1.739;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=8;TCR=25;TR=33;WE=20041571;WS=20041553;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr13	20224202	rs75390100	G	T	1517.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-2.950;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=10;PP=891;ReadPosRankSum=0.268;SC=AGAAAAAAATGATGTTTCTGA;SOR=0.656;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=121;TCF=94;TCR=27;TR=50;WE=20224210;WS=20224192;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,65:0.48:136
chr13	20233804	.	CA	C	438.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.334;ClippingRankSum=0.000;DP=300;ExcessHet=3.0103;FS=4.879;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.07;MQRankSum=1.624;QD=1.69;ReadPosRankSum=0.285;SOR=0.411;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:190,70:0.27:260
chr13	20236085	.	CT	C	98.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.967;ClippingRankSum=0.000;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.68;MQRankSum=0.000;QD=2.35;ReadPosRankSum=-0.561;SOR=0.954;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,16:0.38:42
chr13	20240743	rs9508812	T	C	2540.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=8;NR=65;PP=1999;SC=GACTGTGCCATAGTTAAGTCA;SOR=3.202;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=73;TCF=8;TCR=65;TR=73;WE=20240751;WS=20240733;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr13	20244960	rs3052670	CTTT	CTT,C	257.73	.	AC=2,0;AF=1.00,0.00;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.640;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.4811,0.5189;FS=0.000;HP=15;HapScore=4;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=2,2;NR=5,5;PP=9,94;ReadPosRankSum=1.090;SC=AAATAAATCACTTTTTTTTTT;SOR=0.859;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=8;TCF=2;TCR=6;TR=7,7;WE=20244970;WS=20244950;set=Intersection	GT:AF:DP	1/1:0.89:19
chr13	20247171	rs4769866	A	G	1858.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=33;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=44;NR=24;PP=1452;SC=CTCCAGCCTGAGTGACAGAAT;SOR=1.211;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=72;TCF=45;TCR=27;TR=68;WE=20247179;WS=20247161;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr13	20247194	.	CA	C	89.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.625;ClippingRankSum=0.000;DP=119;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.87;ReadPosRankSum=2.062;SOR=0.779;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:77,26:0.25:103
chr13	20247226	rs10706287	CG	C	4674.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=0.853;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.745;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=54;PP=2527;ReadPosRankSum=2.342;SC=GGAACCTATACGGTTTTTTTT;SOR=0.528;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=106;TCF=52;TCR=54;TR=106;WE=20247258;WS=20247216;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,194:0.98:198
chr13	20247238	rs10531847	GTT	G	8630.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.19;QD=38.53;SOR=0.869;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:4,220:0.98:224
chr13	20251791	rs2290810	T	C	2083.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=40;NR=13;PP=1133;SC=TCAGGAAGAATTGACTAGAAA;SOR=1.874;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=53;TCF=40;TCR=13;TR=53;WE=20251799;WS=20251781;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr13	20252093	rs9508836	G	A	397.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=13;PP=357;SC=GTAGTGCTGCGTGCTGATTAT;SOR=5.283;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=0;TCR=13;TR=13;WE=20252101;WS=20252083;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr13	20277188	rs140475170	CA	C	371.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.534;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=2.030;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.90;MQRankSum=-3.978;QD=9.29;ReadPosRankSum=-0.445;SOR=1.421;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,28:0.70:40
chr13	20277413	rs75085951	T	C	2252.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.243;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=566;ExcessHet=3.0103;FS=2.823;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.81;MQRankSum=-5.492;QD=3.98;ReadPosRankSum=0.822;SOR=0.486;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:410,156:0.28:566
chr13	20279839	.	T	C	108.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.221;ClippingRankSum=0.000;DP=190;ExcessHet=3.0103;FS=12.643;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.05;MQRankSum=-6.301;QD=0.58;ReadPosRankSum=-1.694;SOR=2.206;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:166,23:0.12:189
chr13	20279879	rs200516102	T	C	695.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.499;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=394;ExcessHet=3.0103;FS=1.003;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.60;MQRankSum=-8.958;QD=1.77;ReadPosRankSum=-0.836;SOR=0.603;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:319,73:0.19:392
chr13	20325625	rs2340650	C	G	5974.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=45;NR=113;PP=2965;SC=AACATTAAAACATACAGAAAT;SOR=1.566;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=160;TCF=45;TCR=115;TR=158;WE=20325633;WS=20325615;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,219:1.00:219
chr13	20356941	rs9508887	T	A	2567.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=26;NR=35;PP=1204;SC=CCTAGATTTATAGACAGTGTG;SOR=0.848;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=61;TCF=26;TCR=35;TR=61;WE=20356949;WS=20356931;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr13	20398669	rs9508907	T	C	4826.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=72;NR=57;PP=2043;SC=ATATAATCTGTGTTCTGCAGC;SOR=0.867;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=130;TCF=72;TCR=58;TR=129;WE=20398677;WS=20398659;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,185:1.00:185
chr13	20398742	rs9508908	C	T	4623.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=70;NR=57;PP=2498;SC=CTATTGTTGACGTGCATTTCA;SOR=0.818;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=127;TCF=70;TCR=57;TR=127;WE=20398750;WS=20398732;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,168:1.00:168
chr13	20426381	rs56100501	C	T	502.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.534;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.852;NF=6;NR=16;PP=372;ReadPosRankSum=-0.508;SC=ATGGTTTTTGCATTTTACTAC;SOR=0.705;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=49;TCF=13;TCR=36;TR=22;WE=20426389;WS=20426371;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,23:0.44:52
chr13	20600927	rs138849093	T	TA	644.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-2.603;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.644;HP=7;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.096;NF=0;NR=15;PP=299;ReadPosRankSum=-1.541;SC=TTTGGACAGTTAAAAAAACTT;SOR=0.240;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=50;TCF=2;TCR=48;TR=15;WE=20600935;WS=20600917;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,35:0.47:75
chr13	20601532	rs148238464	G	GCTTTAT	706.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.62;BaseQRankSum=1.739;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.772;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=2.990;NF=1;NR=11;PP=588;ReadPosRankSum=-0.326;SC=AATATAATATGCTTTATTTTA;SOR=1.893;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=25;TCF=1;TCR=24;TR=12;WE=20601540;WS=20601522;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,21:0.52:40
chr13	20605603	rs9509009	T	C	1479.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.899;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.668;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=37;PP=873;ReadPosRankSum=2.103;SC=ATGTGTGTTATCTAATGCTAA;SOR=0.770;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=94;TCF=29;TCR=65;TR=54;WE=20605611;WS=20605593;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,69:0.52:132
chr13	20608318	rs259806	T	A	470.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.414;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.88;ReadPosRankSum=-0.385;SOR=0.573;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,24:0.45:53
chr13	20608354	rs11272380	T	TTTTCTTGAGGTG	3290.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=13;NR=19;PP=2967;SC=TTCTTAAGCTTGTCGTCATAT;SOR=0.849;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=36;TCF=16;TCR=20;TR=32;WE=20608362;WS=20608344;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr13	20608465	rs79833154	T	C	1151.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.392;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.584;HP=1;HapScore=2;MGOF=38;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.572;NF=15;NR=19;PP=540;ReadPosRankSum=0.664;SC=TAGTTACATATTGCGAATACT;SOR=0.395;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=68;TCF=25;TCR=43;TR=34;WE=20608473;WS=20608455;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,55:0.50:110
chr13	20608560	rs1543536	A	G	372.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-2.935;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.758;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=13;PP=247;ReadPosRankSum=-1.374;SC=TTGCATATACAGTGTTGTTCA;SOR=0.293;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=31;TCF=7;TCR=24;TR=18;WE=20608568;WS=20608550;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,18:0.58:31
chr13	20610839	rs144794743	GT	G	440.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=1.365;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.157;HP=8;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=1.888;NF=14;NR=5;PP=343;ReadPosRankSum=-0.239;SC=GTTTTCATGTGTTTTTTTGTT;SOR=1.082;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=57;TCF=35;TCR=22;TR=19;WE=20610847;WS=20610829;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,29:0.37:79
chr13	20633470	rs11432433	T	TA	335.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-0.489;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=11;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=1;PP=189;ReadPosRankSum=0.969;SC=AACTGGGAATTAAAAAAAAAA;SOR=2.948;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=21;TCF=19;TCR=2;TR=14;WE=20633478;WS=20633460;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,17:0.94:18
chr13	20638490	rs259785	T	C	253.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.271;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=2;PP=132;ReadPosRankSum=-0.084;SC=TGTCCCCATGTATGAATGCTG;SOR=0.963;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=17;TCF=13;TCR=4;TR=9;WE=20638498;WS=20638480;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,13:0.45:29
chr13	20656138	rs11344087	CT	C	151.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.74;ReadPosRankSum=1.405;SOR=0.392;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,17:0.53:32
chr13	20716533	rs968566	G	T	5588.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=72;NR=72;PP=2753;SC=AGGGCTAGCAGTTTGAAGTCC;SOR=0.722;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=146;TCF=72;TCR=74;TR=144;WE=20716541;WS=20716523;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,211:1.00:211
chr13	20762872	rs55704559	T	C	659.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.616;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=0;PP=515;ReadPosRankSum=0.199;SC=AGAGCTCCATTGTGGCATCTG;SOR=0.829;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=41;TCF=41;TCR=0;TR=23;WE=20762880;WS=20762864;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,24:0.53:45
chr13	20762956	rs3751385	A	G	2033.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=3.887;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.229;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=19;PP=1253;ReadPosRankSum=-0.315;SC=GGGAAATGCTAGCGACTGAGC;SOR=1.105;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=155;TCF=102;TCR=53;TR=69;WE=20762964;WS=20762946;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:106,90:0.46:196
chr13	20978504	rs4638418	C	T	592.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=4;NR=11;PP=304;SC=GCAATAAACCCTCAATGAACA;SOR=1.609;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=4;TCR=11;TR=15;WE=20978512;WS=20978494;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr13	20978664	rs3737036	T	C	866.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=20;NR=3;PP=599;SC=AGATCAAGGGTAAAGATTCCA;SOR=2.833;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=23;TCF=20;TCR=3;TR=23;WE=20978672;WS=20978654;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr13	21005941	rs4578496	A	G	306.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-2.009;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.643;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=4;PP=147;ReadPosRankSum=-0.988;SC=AGTGGGCCACATAGGTTATTA;SOR=0.283;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=27;TCF=21;TCR=6;TR=13;WE=21005949;WS=21005931;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,16:0.50:32
chr13	21005987	rs4614565	C	T	740.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.016;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=8;PP=349;ReadPosRankSum=0.933;SC=AGGAGAGAAGCCTGTCATCGT;SOR=0.749;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=63;TCF=40;TCR=23;TR=26;WE=21005995;WS=21005977;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,38:0.45:85
chr13	21006475	rs7983215	T	C	5997.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=49;NR=102;PP=2965;SC=AAGGAGATGATCCTGGGTTTG;SOR=1.259;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=151;TCF=49;TCR=102;TR=151;WE=21006483;WS=21006465;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,218:1.00:218
chr13	21013653	rs56087130	CA	C	58.76	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.440;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=5.88;ReadPosRankSum=0.232;SOR=0.697;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,7:0.70:10
chr13	21086558	rs7987204	T	C	824.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=5;PP=514;ReadPosRankSum=-0.368;SC=TTCCATTCCTTCTGGAGAGCG;SOR=0.764;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=42;TCF=34;TCR=8;TR=26;WE=21086566;WS=21086548;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,34:0.61:56
chr13	21086599	rs7139733	G	A	1112.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.460;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=12;PP=503;ReadPosRankSum=0.694;SC=TTTCCAGGGCGTTCCTTATCT;SOR=0.696;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=87;TCF=58;TCR=29;TR=37;WE=21086607;WS=21086589;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,56:0.44:127
chr13	21099828	rs9315667	A	C	3129.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=40;NR=36;PP=1154;SC=GCCCCACGCGAGGGCACCACG;SOR=0.726;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=76;TCF=40;TCR=36;TR=76;WE=21099836;WS=21099818;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr13	21148408	rs4326897	G	A	815.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=16;NR=7;PP=462;SC=ATAGTGAGCCGTGATTGTGCT;SOR=1.460;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=24;TCF=17;TCR=7;TR=23;WE=21148416;WS=21148398;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr13	21156999	rs9509289	G	A	2890.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=69;NR=21;PP=1987;SC=CAATAGATGAGTTATAGAGGC;SOR=2.303;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=90;TCF=69;TCR=21;TR=90;WE=21157007;WS=21156989;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr13	21157257	rs35700311	GA	G	1822.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQ=60.43;NF=2;NR=40;PP=1830;SC=TAGTGTTAAAGATTATAACCA;SOR=3.958;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=44;TCF=2;TCR=42;TR=42;WE=21157265;WS=21157247;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr13	21170193	rs149283826	G	GTAAAA	366.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=2;NR=1;PP=358;SC=GACCTTGTCTGTAAAATAAAA;SOR=2.303;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=5;TCF=3;TCR=2;TR=3;WE=21170201;WS=21170183;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr13	21205124	rs35290473	TG	T	15094.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=432;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=35;NR=145;PP=2951;SC=CATATTACAGTGGTAGTAACC;SOR=0.793;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=182;TCF=36;TCR=146;TR=180;WE=21205132;WS=21205114;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,418:1.00:418
chr13	21205140	rs1329519	A	T	10165.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.779;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=389;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=37;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=113;NR=146;PP=2965;ReadPosRankSum=2.074;SC=TAACCTTCAGATATTCCATTT;SOR=0.904;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=263;TCF=115;TCR=148;TR=259;WE=21205148;WS=21205130;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,383:0.99:385
chr13	21205192	rs9509307	G	A	5880.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.836;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=224;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=41;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=116;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.301;SC=AAAAAGGACAGTAGAGTGAAA;SOR=1.308;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=175;TCF=59;TCR=116;TR=175;WE=21205200;WS=21205182;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,220:0.99:222
chr13	21358061	rs17318617	A	G	3139.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=23;NR=50;PP=1473;SC=TATTCAGCCTATTGAAGAGAT;SOR=1.227;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=73;TCF=23;TCR=50;TR=73;WE=21358069;WS=21358051;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr13	21361513	rs4146442	T	C	4154.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.849;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=83;NR=44;PP=2205;ReadPosRankSum=-0.111;SC=ATGGTTTCCTTGCCCCCGAAA;SOR=1.324;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=130;TCF=84;TCR=46;TR=127;WE=21361521;WS=21361503;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,155:0.99:157
chr13	21374515	.	G	GA	119.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.704;ClippingRankSum=0.000;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=3.188;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.26;ReadPosRankSum=0.404;SOR=0.249;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:40,13:0.25:53
chr13	21416945	rs2762995	G	A	1910.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=50;NR=9;PP=1376;SC=TATGTTTTATGAAAGCTGCAG;SOR=3.091;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=59;TCF=50;TCR=9;TR=59;WE=21416953;WS=21416935;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr13	21442945	rs9509410	G	A	1445.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=33;PP=913;SC=CTTTTGGGGGGCAAGAGGAAC;SOR=2.049;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=45;TCF=12;TCR=33;TR=45;WE=21442953;WS=21442935;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr13	21476997	rs7326480	A	G	1752.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=46;PP=1356;SC=CGCTGTCGACACCGGCGTCGC;SOR=4.294;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=49;TCF=3;TCR=46;TR=49;WE=21477005;WS=21476987;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr13	21555544	rs870846	CT	GA	1119.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.910;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=1.336;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=23.33;ReadPosRankSum=0.181;SOR=0.484;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,26:0.54:48
chr13	21555554	rs870848	G	A	1146.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.342;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=21.24;ReadPosRankSum=0.155;SOR=0.593;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,30:0.56:54
chr13	21562482	rs10658032	C	CGGGGCG	742.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.404;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FS=8.150;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.28;MQRankSum=1.817;QD=13.75;ReadPosRankSum=-0.124;SOR=0.337;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,21:0.39:54
chr13	21562832	rs2770928	C	T	1389.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.602;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.277;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=26;PP=879;ReadPosRankSum=-0.061;SC=GAGGTGCTGCCCAATTCATAC;SOR=0.823;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=114;TCF=58;TCR=56;TR=56;WE=21562840;WS=21562822;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,67:0.44:152
chr13	21562948	rs558614	G	A	1657.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.349;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.683;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=32;PP=739;ReadPosRankSum=-0.355;SC=CTGGTGGGCCGCGGGACCGGC;SOR=0.791;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=120;TCF=60;TCR=60;TR=60;WE=21562956;WS=21562938;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,82:0.49:169
chr13	21620085	rs7317471	T	C	10921.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=397;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=107;NR=140;PP=2965;SC=TGGATGGCTGTTTTAACCCCT;SOR=0.852;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=247;TCF=107;TCR=140;TR=247;WE=21620093;WS=21620075;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,391:1.00:391
chr13	21714920	rs2281914	G	A	10374.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=384;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=141;NR=139;PP=2965;SC=GGTGTTTTTGGTCTCGGGGAG;SOR=0.704;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=281;TCF=141;TCR=140;TR=280;WE=21714928;WS=21714910;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,376:1.00:376
chr13	21720956	rs4620	C	T	1001.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=25;NR=8;PP=679;SC=TGGATGCAACCTTGAAAGAAC;SOR=1.949;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=25;TCR=8;TR=33;WE=21720964;WS=21720946;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr13	21721220	rs3742222	G	C	1183.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=29;PP=1008;SC=AATTTTGGAAGTGTGTTATAA;SOR=2.494;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=8;TCR=29;TR=37;WE=21721228;WS=21721210;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr13	21729064	rs9552370	A	G	799.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=20;NR=3;PP=653;SC=AACACTAATAATCCTTAAAGA;SOR=3.014;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=23;TCF=20;TCR=3;TR=23;WE=21729072;WS=21729054;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr13	21729952	rs11446085	T	TA,TAA	2742.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.666;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FS=3.342;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.08;MQRankSum=0.221;QD=24.06;ReadPosRankSum=0.773;SOR=2.154;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:2,33,79:0.29,0.69:114
chr13	21732028	rs10700757	C	CA	417.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.482;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.19;MQRankSum=0.771;QD=8.53;ReadPosRankSum=0.229;SOR=0.772;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,34:0.69:49
chr13	21732094	rs4770121	C	T	4334.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=57;NR=41;PP=1937;SC=TAGTTACTTCCGGAGGTGTAG;SOR=0.821;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=101;TCF=58;TCR=43;TR=98;WE=21732102;WS=21732084;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,164:1.00:164
chr13	21736133	rs4561294	C	T	1300.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=7;NR=34;PP=929;SC=CTTTATGGTACAGAAGTCCCA;SOR=2.687;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=7;TCR=34;TR=41;WE=21736141;WS=21736123;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr13	21746453	rs2026600	T	C	1955.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.76;SOR=0.718;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr13	21751005	rs9550717	G	C	5556.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=108;NR=52;PP=2932;SC=CTCCAGGTCCGGCCGCGCCAG;SOR=1.452;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=160;TCF=108;TCR=52;TR=160;WE=21751013;WS=21750995;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,203:1.00:203
chr13	21949267	rs3759473	T	C	414.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.140;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.990;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=8;PP=229;ReadPosRankSum=-1.026;SC=AGCAAAACTCTGTGGAAAAAA;SOR=0.931;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=38;TCF=22;TCR=16;TR=19;WE=21949275;WS=21949257;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,24:0.38:64
chr13	21951016	rs9509669	A	G	319.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=9;PP=215;SC=TTTTAAAAGGAAGAATCTTAC;SOR=2.670;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=1;TCR=9;TR=10;WE=21951024;WS=21951006;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr13	21952990	rs4770149	T	C	108.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=0.949;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=6;PP=115;ReadPosRankSum=-0.949;SC=AAATACAAAATAGGCTTATGG;SOR=1.179;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=2;TCR=11;TR=6;WE=21952998;WS=21952980;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,6:0.60:10
chr13	21957120	rs138594651	G	A	1218.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.886;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.445;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=21;PP=672;ReadPosRankSum=0.041;SC=CCCACAAGGCGAGTTGGAAAA;SOR=0.772;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=82;TCF=42;TCR=40;TR=44;WE=21957128;WS=21957110;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,57:0.48:118
chr13	21974399	rs79578210	C	CT	209.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-0.606;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=0;PP=161;ReadPosRankSum=-0.994;SC=TTATAAAACTCTAACTTGTAA;SOR=0.582;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=12;TCR=1;TR=5;WE=21974407;WS=21974389;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,8:0.47:17
chr13	22033122	rs57438463	G	C	3368.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.491;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=285;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.185;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=94;NR=37;PP=2045;ReadPosRankSum=1.673;SC=GGCGGGTGTGGGGCGCAGAGG;SOR=0.857;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=249;TCF=176;TCR=73;TR=131;WE=22033130;WS=22033112;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:133,148:0.53:281
chr13	22067681	rs3818314	T	C	210.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-4.350;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.203;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=10;PP=136;ReadPosRankSum=0.640;SC=AATGTAACTATGCTTAAGGTT;SOR=0.165;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=23;TCF=1;TCR=22;TR=11;WE=22067689;WS=22067671;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,11:0.48:23
chr13	22088733	rs2012875	C	T	74.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.622;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=7.160;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=5.75;ReadPosRankSum=2.402;SOR=0.042;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,6:0.46:13
chr13	22096611	rs1359190	T	G	247.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=3.228;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.180;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=1;PP=199;ReadPosRankSum=0.939;SC=CATTATCATTTTGCAGATATA;SOR=2.621;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=16;TCF=13;TCR=3;TR=10;WE=22096619;WS=22096601;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,10:0.50:20
chr13	22096843	rs1200028	T	C	891.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=10;NR=17;PP=551;SC=TTAGAATATATAGAGACATTA;SOR=1.022;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=27;TCF=10;TCR=17;TR=27;WE=22096851;WS=22096833;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr13	22178307	rs2248433	G	C	210.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.157;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=15.05;ReadPosRankSum=-0.714;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,8:0.57:14
chr13	22178307	.	GG	CA	124	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;FR=0.5000;HP=1;HapScore=3;MGOF=2;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=1;NR=6;PP=124;QD=25.3525535517;SC=AGCGCAGCTAGGCGGCGCTTC;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=12;TCF=2;TCR=10;TR=7;WE=22178316;WS=22178297;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:5,7:0.58:12
chr13	22178308	rs2761924	G	A	512.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=36.63;SOR=2.985;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr13	22255167	rs3818460	C	T	819.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-2.114;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.893;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=8;PP=322;ReadPosRankSum=-1.627;SC=CTGCCTTCTACCCTTTGTCTA;SOR=0.462;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=62;TCF=44;TCR=18;TR=26;WE=22255175;WS=22255157;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,42:0.51:83
chr13	22255301	rs2274296	C	T	1408.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.343;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=23;PP=521;ReadPosRankSum=-0.117;SC=ACTGGAGGGACTTCATCCAGC;SOR=0.701;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=123;TCF=61;TCR=62;TR=45;WE=22255309;WS=22255291;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:105,75:0.42:180
chr13	22275394	rs9509841	A	G	4433.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.528;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=462;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=110;NR=51;PP=2311;ReadPosRankSum=0.900;SC=ATACGTACTCATCAAACCTAT;SOR=0.721;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=313;TCF=210;TCR=103;TR=161;WE=22275402;WS=22275384;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:229,222:0.49:451
chr13	22275583	rs9509842	G	A	15201.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=575;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=143;NR=222;PP=2965;SC=GACAAAGACAGTTTCTTCACT;SOR=1.056;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=365;TCF=143;TCR=222;TR=365;WE=22275591;WS=22275573;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,569:1.00:569
chr13	23238257	.	A	G	2440.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.865;ClippingRankSum=0.000;DP=211;ExcessHet=3.0103;FS=2.449;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.96;ReadPosRankSum=1.447;SOR=0.522;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:88,116:0.57:204
chr13	23251016	rs35856253	CT	C	1585.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=25;PP=1058;SC=AATCCCAGCACTTTTGGGAGG;SOR=1.199;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=28;TCF=3;TCR=25;TR=28;WE=23251024;WS=23251006;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr13	23253313	rs9506904	T	C	3209.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.547;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=312;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.193;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=35;PP=1664;ReadPosRankSum=-0.653;SC=GTGAGAAGACTATGCACGGTA;SOR=0.423;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=216;TCF=148;TCR=68;TR=99;WE=23253321;WS=23253303;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:155,151:0.49:306
chr13	23279254	rs314874	G	A	8138.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=306;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=113;NR=94;PP=2965;SC=AAGAGAAGTTGTCGACAGATT;SOR=0.848;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=207;TCF=113;TCR=94;TR=207;WE=23279262;WS=23279244;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,304:1.00:304
chr13	23279279	rs314873	T	C	9432.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=362;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=126;NR=108;PP=2965;SC=CAGAGGCCATTGAAGATTTTA;SOR=0.811;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=235;TCF=126;TCR=109;TR=234;WE=23279287;WS=23279269;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,356:1.00:356
chr13	23808732	.	CT	C	56.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.076;ClippingRankSum=0.000;DP=159;ExcessHet=3.0103;FS=0.816;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.37;ReadPosRankSum=-0.581;SOR=0.538;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:126,27:0.18:153
chr13	23894744	rs1536725	T	G	1670.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.497;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FS=6.225;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=20.63;ReadPosRankSum=2.832;SOR=1.220;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,53:0.65:81
chr13	23894746	rs1536726	T	G	2244.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.192;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FS=12.710;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=27.71;ReadPosRankSum=2.772;SOR=1.275;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,56:0.69:81
chr13	23894748	rs1536727	T	G	2331.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.885;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FS=12.710;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=28.79;ReadPosRankSum=2.808;SOR=1.275;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,56:0.69:81
chr13	23894750	rs1536728	T	G	2349.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.574;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FS=12.885;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=28.31;ReadPosRankSum=2.408;SOR=1.367;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,58:0.70:83
chr13	23894752	.	TTG	GTG,T	3174.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=95;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;QD=36.49;SOR=1.090;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:0,59,28:0.68,0.32:87
chr13	23898454	rs9510700	C	T	3725.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=65;NR=44;PP=1978;SC=GGATTTGCTGCTGACCAGGGT;SOR=1.032;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=109;TCF=65;TCR=44;TR=109;WE=23898462;WS=23898444;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,141:1.00:141
chr13	23898509	rs1800353	T	C	4979.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=63;NR=59;PP=2074;SC=CCAACCAGCTTGTGCTTGATG;SOR=0.714;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=122;TCF=63;TCR=59;TR=122;WE=23898517;WS=23898499;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,188:1.00:188
chr13	23898664	rs1800354	A	G	1815.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=12;NR=38;PP=1193;SC=CAGGAGCACAACCACATCTGC;SOR=1.926;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=50;TCF=12;TCR=38;TR=50;WE=23898672;WS=23898654;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr13	23905711	rs2737699	A	G	2426.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=3.298;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.031;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=50;PP=1649;ReadPosRankSum=0.491;SC=GTCATTGCCAATGCTAACAGG;SOR=0.603;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=159;TCF=70;TCR=89;TR=92;WE=23905719;WS=23905701;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:116,108:0.48:224
chr13	23907677	rs2737701	C	T	6638.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=259;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=88;NR=69;PP=2965;SC=ATGATGATGACTGTGTCCATT;SOR=0.924;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=157;TCF=88;TCR=69;TR=157;WE=23907685;WS=23907667;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,248:1.00:248
chr13	23907909	rs17078605	A	G	2506.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=3.474;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=260;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.966;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=36;PP=1402;ReadPosRankSum=-0.297;SC=TGAAGTTTGGACCATATAATG;SOR=0.769;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=184;TCF=103;TCR=81;TR=82;WE=23907917;WS=23907899;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:140,114:0.45:254
chr13	23908034	rs2737700	A	G	4827.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.347;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=444;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=81;NR=76;PP=2260;ReadPosRankSum=0.877;SC=GAATACAGCCAGCTTTCATTA;SOR=0.660;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=289;TCF=150;TCR=139;TR=157;WE=23908042;WS=23908024;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:199,235:0.54:434
chr13	23909162	rs9552929	A	G	2055.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-2.116;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=25;PP=943;ReadPosRankSum=0.530;SC=TGTCCTTTACAACATGAATAG;SOR=0.724;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=155;TCF=89;TCR=66;TR=65;WE=23909170;WS=23909152;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:120,104:0.46:224
chr13	23911820	rs4143768	A	G	1670.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-1.120;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=26;PP=828;ReadPosRankSum=2.073;SC=CAATTTCTTGAATATTTGGAA;SOR=0.664;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=105;TCF=51;TCR=54;TR=51;WE=23911828;WS=23911810;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,75:0.52:145
chr13	24164515	rs7318172	T	C	418.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.664;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=10;PP=263;ReadPosRankSum=0.095;SC=GCTCTTTTGCTCAGGCTGGAG;SOR=1.292;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=21;TCF=8;TCR=13;TR=16;WE=24164523;WS=24164505;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,17:0.77:22
chr13	24167505	rs9550987	T	A	2337.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.781;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.442;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=33;PP=1116;ReadPosRankSum=-0.032;SC=GACTTGTGAATCAGGAGACTG;SOR=0.523;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=143;TCF=90;TCR=53;TR=80;WE=24167513;WS=24167495;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:93,113:0.55:206
chr13	24242801	rs7329483	A	G	3344.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=65;NR=29;PP=2080;SC=CCCCATCAAAAACTTTAAGTT;SOR=1.570;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=95;TCF=66;TCR=29;TR=94;WE=24242809;WS=24242791;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr13	24243200	rs3751363	T	C	5399.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.20;SOR=1.463;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr13	24243204	rs3751362	G	A	5294.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.87;SOR=1.550;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr13	24384129	rs9510869	C	T	764.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.129;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.095;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=16;PP=403;ReadPosRankSum=0.275;SC=TATGTATAAGCCAGGAAATTT;SOR=0.462;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=44;TCF=13;TCR=31;TR=24;WE=24384137;WS=24384119;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,36:0.54:67
chr13	24411772	rs7333040	T	C	5173.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=70;NR=60;PP=2474;SC=TCCATCATGCTAGGAGTTAGC;SOR=0.836;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=130;TCF=70;TCR=60;TR=130;WE=24411780;WS=24411762;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,193:1.00:193
chr13	24415443	rs2274344	T	C	978.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=3.042;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.620;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=10;PP=700;ReadPosRankSum=-0.718;SC=GGTAAATGCCTGCAACTGCAG;SOR=1.555;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=84;TCF=58;TCR=26;TR=41;WE=24415451;WS=24415433;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,46:0.41:111
chr13	24415734	rs9580766	G	A	689.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=2.667;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=21;PP=451;ReadPosRankSum=1.736;SC=AGCTAAAGAAGGATTCAAAAC;SOR=0.586;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=56;TCF=9;TCR=47;TR=25;WE=24415742;WS=24415724;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,30:0.44:68
chr13	24436230	rs1886972	C	T	125.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.63;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=0;PP=55;SC=TAAAATATGTCGACTCCTCAA;SOR=1.981;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=3;TCR=0;TR=3;WE=24436238;WS=24436220;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr13	24449166	rs10595689	AACAC	A,AACACACACACAC	230.73	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.63;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.180;NF=0,0;NR=7,7;PP=462,522;SC=GTTTCTTCAAAACACACACAC;SOR=0.527;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=7,7;WE=24449177;WS=24449156;set=Intersection	GT:AF:DP	0/1:0.86:7
chr13	24449205	.	T	C	34.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.921;ClippingRankSum=-0.000;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=3.332;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=4.35;ReadPosRankSum=1.242;SOR=0.105;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,2:0.25:8
chr13	24463618	rs2077440	C	G	393.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=1.842;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=11;PP=210;ReadPosRankSum=-0.410;SC=GGCACGTTGTCGTCCAGAGAG;SOR=0.892;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=29;TCF=6;TCR=23;TR=13;WE=24463626;WS=24463608;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,18:0.49:37
chr13	24465307	rs3814794	G	A	675.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=2.892;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.767;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-3.305;NF=22;NR=6;PP=476;ReadPosRankSum=-0.635;SC=TAACTTTTCCGTTTTCACCTT;SOR=0.346;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=60;TCF=49;TCR=11;TR=28;WE=24465315;WS=24465297;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,30:0.48:62
chr13	24465537	rs140860568	C	T	7175.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.511;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=669;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.724;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-2.712;NF=120;NR=101;PP=2962;ReadPosRankSum=-2.466;SC=CATCTCATCCCCGAGCTTCAG;SOR=0.790;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=453;TCF=239;TCR=214;TR=221;WE=24465545;WS=24465527;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:333,326:0.49:659
chr13	24465717	rs3864970	A	G	3009.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.350;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=554;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=15.699;HP=5;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-4.464;NF=56;NR=94;PP=2478;ReadPosRankSum=-3.958;SC=GAATTTCCCCACTGCTGTATC;SOR=1.679;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=419;TCF=188;TCR=231;TR=150;WE=24465725;WS=24465707;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:387,160:0.29:547
chr13	24465743	rs3864971	A	G	11137.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=409;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=49.93;QD=27.37;SOR=1.173;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,407:1.00:407
chr13	24466302	.	A	G	407	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MMLQ=28;MQ=47.78;NF=2;NR=20;PP=407;QD=20.0805096612;SC=ACAAAGTAGTACACAGGTTCA;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=65;TCF=7;TCR=58;TR=22;WE=24466310;WS=24466292;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:43,22:0.34:65
chr13	24468539	rs139605562	AC	GT	693.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=3.607;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=20.239;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.675;NF=16;NR=2;PP=727;ReadPosRankSum=1.523;SC=GGGATAAGTGACCTAAGAAAT;SOR=3.241;SbPval=0.98;Source=Platypus;TC=58;TCF=39;TCR=19;TR=18;WE=24468548;WS=24468529;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,20:0.34:59
chr13	24468568	rs12866374	A	G	810.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=0.227;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.142;HP=1;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.661;NF=22;NR=9;PP=454;ReadPosRankSum=-1.597;SC=TGACTTCCCAAGCGCCCATCT;SOR=1.216;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=80;TCF=48;TCR=32;TR=31;WE=24468576;WS=24468558;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,39:0.44:88
chr13	24468643	rs150835167	CTG	C	3290.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=2.074;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.139;NF=13;NR=32;PP=1894;ReadPosRankSum=1.974;SC=TGGGGACTGACTGTCACAATT;SOR=0.676;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=94;TCF=23;TCR=71;TR=45;WE=24468652;WS=24468633;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:115,88:0.43:203
chr13	24468704	rs78881146	G	A	1675.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.063;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.867;HP=1;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-1.492;NF=29;NR=41;PP=1045;ReadPosRankSum=-0.293;SC=CTGAATGTTGGAGGTGCGAGG;SOR=0.868;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=129;TCF=54;TCR=75;TR=70;WE=24468712;WS=24468694;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:94,84:0.47:178
chr13	24468832	rs78017736	G	A	194.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=0.410;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.820;NF=1;NR=7;PP=121;ReadPosRankSum=-0.631;SC=CAAGATAGAAGAGAGAGTTCT;SOR=0.693;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=19;TCF=3;TCR=16;TR=8;WE=24468840;WS=24468822;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,10:0.36:28
chr13	24470913	rs7317337	T	G	1327.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.355;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.553;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-6.125;NF=41;NR=11;PP=960;ReadPosRankSum=-0.208;SC=GAGATGAAAGTAATGAAGAGA;SOR=0.246;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=84;TCF=68;TCR=16;TR=52;WE=24470921;WS=24470903;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,60:0.61:98
chr13	24471039	rs66990269	T	G	1775.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.096;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=266;ExcessHet=3.0103;FS=0.472;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.06;MQRankSum=-1.379;QD=6.78;ReadPosRankSum=-0.161;SOR=0.651;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:171,91:0.35:262
chr13	24471048	rs35159134	C	T	3292.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.227;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=273;ExcessHet=3.0103;FS=2.141;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.68;MQRankSum=-0.614;QD=12.24;ReadPosRankSum=0.315;SOR=0.857;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:173,96:0.36:269
chr13	24471232	rs9510930	A	G	758.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=2.258;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.674;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.404;NF=4;NR=25;PP=544;ReadPosRankSum=0.883;SC=TGGGAAATGGATGAGCTGTCC;SOR=1.230;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=59;TCF=11;TCR=48;TR=29;WE=24471240;WS=24471222;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,32:0.48:66
chr13	24797913	rs1220546	C	T	5458.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=2.097;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=570;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=76;NR=92;PP=2571;ReadPosRankSum=0.322;SC=CGGCCCATGACGCACGGGTAC;SOR=0.668;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=359;TCF=162;TCR=197;TR=168;WE=24797921;WS=24797903;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:299,265:0.47:564
chr13	24798120	rs1220547	T	C	3441.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.796;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=296;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=54;PP=1950;ReadPosRankSum=-2.543;SC=GCCTGAGACTTCAGGCACACA;SOR=0.673;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=212;TCF=109;TCR=103;TR=110;WE=24798128;WS=24798110;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:138,151:0.52:289
chr13	24860240	rs9507300	A	G	108.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.691;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=1;PP=71;ReadPosRankSum=0.842;SC=TGCCACCAGCATATCCAAGTG;SOR=0.551;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=13;TCF=11;TCR=2;TR=6;WE=24860248;WS=24860235;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,6:0.46:13
chr13	24865057	rs12430530	A	G	1944.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.439;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.571;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=42;PP=974;ReadPosRankSum=1.452;SC=AGGTGAGAGCACTGCTGCCAT;SOR=0.774;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=117;TCF=33;TCR=84;TR=58;WE=24865065;WS=24865047;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:91,90:0.50:181
chr13	24868752	rs34017703	TA	T	2094.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.709;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.767;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.287;NF=27;NR=15;PP=1507;ReadPosRankSum=-0.025;SC=AAACAGTGGCTAATGACGTAA;SOR=1.151;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=71;TCF=43;TCR=28;TR=42;WE=24868760;WS=24868742;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,67:0.55:121
chr13	24869025	rs7993660	A	G	2711.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=52;PP=1614;SC=AAAGCACCCCACATGATCCCA;SOR=1.906;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=67;TCF=15;TCR=52;TR=67;WE=24869033;WS=24869015;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr13	24869048	rs9553233	T	C	686.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=4.133;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.183;HP=3;HapScore=4;MGOF=26;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=19;PP=840;ReadPosRankSum=-1.415;SC=CCACTCGCCCTTCCCGCACCT;SOR=1.066;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=51;TCF=9;TCR=42;TR=22;WE=24869070;WS=24869038;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,28:0.43:65
chr13	24869062	rs9553234	A	G	452.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.463;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=4;MGOF=26;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=13;PP=840;ReadPosRankSum=-0.682;SC=CGCACCTTTGATCTGGTGCAG;SOR=0.662;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=42;TCF=7;TCR=35;TR=15;WE=24869070;WS=24869038;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,21:0.40:52
chr13	24889989	rs369100918	GT	G	1299.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=32;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=29;NR=0;PP=1262;SC=TGAGCCTTCTGTCCAAGTTTG;SOR=5.136;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=31;TCF=31;TCR=0;TR=29;WE=24890009;WS=24889984;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr13	24889997	rs113352291	T	C	1600.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=47.57;QD=47.08;SOR=5.670;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr13	24890001	rs112601619	G	C	1625.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=49.02;QD=42.78;SOR=5.031;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr13	24890050	rs114252282	G	A	2826.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=38;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=68;NR=17;PP=1885;SC=CCCACTGCACGGAACAGAGGC;SOR=2.208;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=85;TCF=68;TCR=17;TR=85;WE=24890058;WS=24890035;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr13	24890337	rs9511193	C	G	1816.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=50.99;QD=44.31;SOR=1.666;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr13	24890337	.	CAA	GAG	1868	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;FR=1.0000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MMLQ=25;MQ=47.06;NF=10;NR=28;PP=1868;QD=50.5649440753;SC=GGCTGCCTTTCAACTTCTCTC;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=39;TCF=11;TCR=28;TR=38;WE=24890347;WS=24890327;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:1,38:0.97:39
chr13	24890339	rs9511194	A	G	1816.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=50.99;QD=44.31;SOR=1.666;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr13	24892820	rs3864972	T	C	897.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.378;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FS=15.152;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.52;MQRankSum=-8.886;QD=4.96;ReadPosRankSum=0.452;SOR=1.982;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:135,46:0.25:181
chr13	24892841	rs9580939	G	C	4659.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=2.176;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=269;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=11.660;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=8.543;NF=108;NR=47;PP=2962;ReadPosRankSum=0.221;SC=CAGAGTGCCCGTCAGGGCGGG;SOR=0.269;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=220;TCF=158;TCR=62;TR=155;WE=24892849;WS=24892831;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,188:0.72:260
chr13	24893135	rs111305106	A	G	2921.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.229;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=2.055;NF=12;NR=60;PP=1767;ReadPosRankSum=1.315;SC=CACAGTTCTTACTCTCCAGAC;SOR=1.274;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=75;TCF=12;TCR=63;TR=72;WE=24893143;WS=24893125;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,99:0.99:100
chr13	24895032	rs117845268	C	T	130.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=42.27;QD=26.18;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr13	24895559	rs3751357	A	G	10053.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.804;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=374;ExcessHet=3.0103;FS=4.653;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=45.90;MQRankSum=-1.791;QD=27.77;ReadPosRankSum=-0.801;SOR=1.377;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,361:1.00:362
chr13	24895684	rs2862239	A	G	21093.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.781;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=785;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=-0.783;NF=274;NR=279;PP=2965;ReadPosRankSum=0.136;SC=TTTTCTCCAGAAATGTTCAGG;SOR=0.762;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=554;TCF=274;TCR=280;TR=553;WE=24895692;WS=24895674;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,782:1.00:784
chr13	25000617	rs7571	C	G	3592.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=52;NR=32;PP=1518;SC=GAAATAGAAGCGTCATCCATT;SOR=1.043;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=84;TCF=52;TCR=32;TR=84;WE=25000625;WS=25000607;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,137:1.00:137
chr13	25005720	rs7996670	C	G	889.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=8;NR=18;PP=562;SC=AACATATTTTCACTACTTGGG;SOR=1.473;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=26;TCF=8;TCR=18;TR=26;WE=25005728;WS=25005696;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr13	25005774	rs61947015	G	A	266.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=35;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=10;PP=245;SC=CACACGGTATGCCCATGTAAT;SOR=4.615;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=0;TCR=10;TR=10;WE=25005782;WS=25005764;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr13	25008588	rs1372085	A	G	2689.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=49;NR=18;PP=1557;SC=CCAGTGTTGTATGCACACTAT;SOR=1.686;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=67;TCF=49;TCR=18;TR=67;WE=25008596;WS=25008578;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr13	25008630	rs1822135	A	G	4268.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=79;NR=36;PP=2138;SC=CAGAAAGCACAGGATACTGTC;SOR=1.391;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=116;TCF=79;TCR=37;TR=115;WE=25008638;WS=25008620;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,165:1.00:165
chr13	25008903	rs9318536	G	T	1457.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=57.61;QD=28.03;SOR=1.358;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr13	25009099	rs9511259	A	C	2575.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=23;NR=29;PP=1133;SC=CAATAGGGTGAAGAAGGTGGG;SOR=0.802;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=52;TCF=23;TCR=29;TR=52;WE=25009107;WS=25009089;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr13	25009297	rs1050112	G	T	4292.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.904;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=46;PP=1590;ReadPosRankSum=2.075;SC=GCAGTCGGGGGAAGATAGGAA;SOR=0.384;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=95;TCF=47;TCR=48;TR=91;WE=25009305;WS=25009287;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,169:0.98:172
chr13	25009441	rs13428	C	G	1133.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.443;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.884;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=21;PP=750;ReadPosRankSum=0.955;SC=TTTTCCACACCTCCACGTTCC;SOR=0.208;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=37;TCF=14;TCR=23;TR=35;WE=25009449;WS=25009431;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,42:0.95:44
chr13	25009485	rs1050110	C	G	1570.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.506;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.237;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=17;PP=839;ReadPosRankSum=1.916;SC=TACACCTAAGCCATCCTCTTC;SOR=0.442;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=41;TCF=23;TCR=18;TR=40;WE=25009493;WS=25009475;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,58:0.98:59
chr13	25015967	rs61614647	C	T	2623.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=45;NR=24;PP=1355;SC=TCAACTTATTCGGTAATCAGC;SOR=1.214;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=69;TCF=45;TCR=24;TR=69;WE=25015975;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr13	25016008	rs59195808	C	T	3358.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=55;NR=42;PP=1681;SC=CTTCTTGGGGCTCCCCCTGCC;SOR=0.856;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=97;TCF=55;TCR=42;TR=97;WE=25016016;WS=25015998;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chr13	25016092	rs55888616	C	T	3446.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=40;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=38;NR=56;PP=1556;SC=CAGGAAAAGGCGACTCATTCT;SOR=1.033;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=94;TCF=38;TCR=56;TR=94;WE=25016100;WS=25016082;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,134:1.00:134
chr13	25016142	rs56259964	T	C	1921.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=45;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=38;PP=840;SC=ATCAAACAGATGTTATCCAAT;SOR=1.771;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=9;TCR=38;TR=47;WE=25016150;WS=25016132;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr13	25016163	rs56092924	C	T	1480.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=48;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=27;PP=739;SC=TAAATGATGACTACACATTCT;SOR=1.938;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=32;TCF=5;TCR=27;TR=32;WE=25016171;WS=25016153;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr13	25016202	rs57197471	T	C	334.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=41.37;QD=25.75;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr13	25016585	rs3816226	G	A	478.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=2.082;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=3;MGOF=75;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=1;PP=440;ReadPosRankSum=-0.660;SC=GCTGGGACTCGTGGGGCCTGC;SOR=2.948;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=19;TCR=1;TR=17;WE=25016606;WS=25016575;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,17:0.94:18
chr13	25016598	rs3816225	A	G	669.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=3;MGOF=75;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=22;NR=1;PP=633;SC=GGGCCTGCTGACCTGTCTGCA;SOR=6.091;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=23;TCF=22;TCR=1;TR=23;WE=25016606;WS=25016575;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr13	25016620	rs3816224	C	A	1092.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=62;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=28;NR=5;PP=821;SC=CCCACACTTCCCAGGCCCAGG;SOR=2.554;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=33;TCF=28;TCR=5;TR=33;WE=25016640;WS=25016610;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr13	25016632	rs3816223	T	C	1464.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=62;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=31;NR=10;PP=913;SC=AGGCCCAGGGTGTGGATGTCG;SOR=1.654;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=42;TCF=31;TCR=11;TR=41;WE=25016640;WS=25016610;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr13	25016677	rs3816222	T	C	4958.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.71;QD=45.08;SOR=1.445;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr13	25016687	rs4770683	C	T	5304.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.75;QD=41.44;SOR=1.224;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chr13	25016870	rs3816221	C	A	2721.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=21;NR=55;PP=1727;SC=ATTTCTATTTCGCTATGTCAG;SOR=1.821;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=76;TCF=21;TCR=55;TR=76;WE=25016878;WS=25016860;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr13	25016924	rs112553634	C	T	31.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.462;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.59;MQRankSum=-3.347;QD=0.79;ReadPosRankSum=-0.473;SOR=0.422;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,6:0.15:40
chr13	25020757	rs9511273	T	C	1849.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=28;NR=9;PP=798;SC=GAGCATTATATATGGAAATAT;SOR=2.038;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=28;TCR=9;TR=37;WE=25020765;WS=25020747;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr13	25020782	rs9318553	C	G	2376.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=31;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=33;NR=17;PP=960;SC=TCATAACTTTCAAACAATGGG;SOR=1.329;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=50;TCF=33;TCR=17;TR=50;WE=25020790;WS=25020772;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr13	25020863	rs9318554	G	A	2699.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=31;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=27;NR=37;PP=1312;SC=ACCATTGTACGAAATTCTTTC;SOR=0.909;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=64;TCF=27;TCR=37;TR=64;WE=25020871;WS=25020853;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr13	25020910	rs9507346	G	A	2274.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=19;NR=37;PP=1159;SC=CTGAAATGGGGAAAAAAATAA;SOR=1.139;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=56;TCF=19;TCR=37;TR=56;WE=25020918;WS=25020900;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr13	25021144	rs78060735	GTCT	G	4919.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=26;NR=29;PP=2581;SC=CAAACTCTGCGTCTTCTTACC;SOR=1.295;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=62;TCF=32;TCR=30;TR=55;WE=25021154;WS=25021134;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr13	25021200	rs9318558	A	C	7523.77	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=51.64;QD=43.49;SOR=0.827;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,173:1.00:173
chr13	25021200	.	AG	CA,CG	2827	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.5;FR=0.5000,0.5000;HP=2;HapScore=1;MGOF=31;MMLQ=28;MQ=49.07;NF=13,74;NR=4,63;PP=361,2827;QD=24.3804632272;SC=TCGATCATTGAGAAACAAGGA;SbPval=0.97;Source=Platypus;TC=138;TCF=74;TCR=64;TR=17,137;WE=25021219;WS=25021190;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.12:138
chr13	25021201	rs201405094	G	A	73.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=1.663;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FS=5.864;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.77;MQRankSum=-2.748;QD=0.43;ReadPosRankSum=-2.515;SOR=1.511;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:159,13:0.08:172
chr13	25021211	rs7333856	C	T	6173.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.161;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=31;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.982;NF=58;NR=59;PP=2626;ReadPosRankSum=3.506;SC=GAAACAAGGACGGCACCTGGG;SOR=0.430;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=138;TCF=72;TCR=66;TR=117;WE=25021219;WS=25021190;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,154:0.88:176
chr13	25021245	rs7334587	A	G	3301.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=3.025;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.200;HP=2;HapScore=1;MGOF=47;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.252;NF=45;NR=61;PP=1754;ReadPosRankSum=0.510;SC=GGCCTCGGGCACATCTGGATT;SOR=0.901;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=132;TCF=59;TCR=73;TR=106;WE=25021253;WS=25021235;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,146:0.78:188
chr13	25021263	rs77269056	T	C	633.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.454;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FS=3.037;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.12;MQRankSum=-3.284;QD=3.30;ReadPosRankSum=2.488;SOR=0.458;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:146,46:0.24:192
chr13	25021323	rs73172125	A	G	386.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-2.700;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.480;HP=2;HapScore=1;MGOF=38;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-6.584;NF=7;NR=14;PP=188;ReadPosRankSum=-3.367;SC=TTGGTCTTCTATCTATTTATA;SOR=0.314;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=76;TCF=23;TCR=53;TR=21;WE=25021331;WS=25021313;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,28:0.29:98
chr13	25021358	rs7139805	T	C	1044.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-2.960;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.806;HP=2;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=6.103;NF=11;NR=28;PP=491;ReadPosRankSum=0.405;SC=TCTCTTTCAATGCTCCATCCA;SOR=0.268;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=48;TCF=11;TCR=37;TR=39;WE=25021366;WS=25021348;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,48:0.87:55
chr13	25027744	rs4770684	A	G	13588.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-3.107;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=533;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=141;NR=162;PP=2965;ReadPosRankSum=0.205;SC=CTCTGCTGCCATGGTATTGCT;SOR=0.784;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=307;TCF=142;TCR=165;TR=303;WE=25027752;WS=25027734;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,527:1.00:529
chr13	25029083	rs3818938	G	A	828.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=17;NR=5;PP=487;SC=GGTACCCACAGTTGTCAGCTC;SOR=1.765;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=17;TCR=5;TR=22;WE=25029091;WS=25029073;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr13	25029218	rs2275660	C	T	3848.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=46;NR=41;PP=1634;SC=GCATGCAAGGCGATTTGCTTG;SOR=0.778;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=87;TCF=46;TCR=41;TR=87;WE=25029226;WS=25029208;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,146:1.00:146
chr13	25029401	rs7317188	C	G	1633.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=14;NR=32;PP=958;SC=ACTTCAACTGCAAAAGGTCTA;SOR=1.532;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=46;TCF=14;TCR=32;TR=46;WE=25029409;WS=25029391;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr13	25059023	rs4769362	C	T	999.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=4;NR=24;PP=646;SC=TGGTTGTTTCCGGAAACACAA;SOR=3.258;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=28;TCF=4;TCR=24;TR=28;WE=25059031;WS=25059013;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr13	25064748	rs61948880	C	T	2505.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=50;NR=18;PP=1396;SC=AGCTCTTTAACGGAGTCTCAA;SOR=1.916;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=68;TCF=50;TCR=18;TR=68;WE=25064756;WS=25064738;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr13	25073399	rs34014909	G	GT	69.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.154;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FS=2.544;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.12;ReadPosRankSum=-1.672;SOR=0.630;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:47,15:0.24:62
chr13	25280753	rs2289905	C	T	746.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=19;PP=471;SC=TCCAACCTCTCAGGTGGGCTG;SOR=1.942;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=5;TCR=19;TR=24;WE=25280761;WS=25280743;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr13	25283657	rs2289910	G	C	2786.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;SC=CCCATCACACGAGGGCCTGCC;SOR=1.329;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=89;TR=88;WE=25283665;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr13	25283744	rs7318859	G	A	2843.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=40;NR=36;PP=1689;SC=GAGGGAGGGGGAACCGAGAGT;SOR=0.952;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=76;TCF=40;TCR=36;TR=76;WE=25283752;WS=25283734;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr13	25338586	rs9578783	A	G	207.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=6;PP=139;SC=TGGTGTCACCAGAAACTGCGT;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=6;WE=25338594;WS=25338576;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr13	25355965	rs5802305	GT	G	706.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.160;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.40;ReadPosRankSum=-0.505;SOR=0.900;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,45:0.79:57
chr13	25363776	rs6490979	C	T	877.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=16;NR=12;PP=689;SC=TGATTTTTGTCTAGAGAACAT;SOR=0.997;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=28;TCF=16;TCR=12;TR=28;WE=25363784;WS=25363766;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr13	25370255	rs1446294	A	G	601.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-2.437;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=10;PP=216;ReadPosRankSum=0.451;SC=TATTAATGTGACTTAAACATT;SOR=0.598;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=45;TCF=25;TCR=20;TR=20;WE=25370263;WS=25370245;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,35:0.49:72
chr13	25374707	rs45466293	G	A	856.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-1.165;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.188;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=23;PP=477;ReadPosRankSum=1.500;SC=TCCTTCAGAGGTTATTACAAT;SOR=0.418;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=56;TCF=14;TCR=42;TR=32;WE=25374715;WS=25374697;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,40:0.56:72
chr13	25399702	rs9553451	C	A	280.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=3.357;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=0;PP=219;ReadPosRankSum=1.471;SC=ATTCATTCAACACTTACATTT;SOR=1.022;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=19;TCR=0;TR=11;WE=25399710;WS=25399692;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,11:0.58:19
chr13	25399752	rs2121253	A	G	632.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=2.639;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=3;PP=413;ReadPosRankSum=2.498;SC=CCCTTTATTTACTAGATAGAG;SOR=0.608;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=59;TCF=52;TCR=7;TR=23;WE=25399760;WS=25399742;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,28:0.41:69
chr13	25404743	rs4769382	T	C	1505.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=28;PP=849;SC=AGAAGGTAATTTATTTATTAT;SOR=1.199;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=44;TCF=16;TCR=28;TR=44;WE=25404751;WS=25404733;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr13	25419176	rs6490984	A	G	939.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.267;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.733;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=19;PP=405;ReadPosRankSum=-0.224;SC=ATCTAAAGACAATGGGAAGAC;SOR=0.926;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=55;TCF=18;TCR=37;TR=26;WE=25419184;WS=25419166;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,46:0.51:91
chr13	25425723	rs2305369	T	A	570.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=0.909;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.954;HP=6;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=14;PP=338;ReadPosRankSum=1.621;SC=TAGACTTTTTTAAAAAATTTT;SOR=0.766;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=48;TCF=21;TCR=27;TR=22;WE=25425731;WS=25425713;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,32:0.49:65
chr13	25428002	rs3783082	C	A	1408.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.730;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.290;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=19;PP=726;ReadPosRankSum=-2.167;SC=GAATTAATAACTTAGATAACA;SOR=0.563;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=128;TCF=86;TCR=42;TR=55;WE=25428010;WS=25427992;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:92,71:0.44:163
chr13	25428365	rs7987497	G	A	1092.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.245;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.882;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=30;PP=646;ReadPosRankSum=-0.058;SC=CTCTTTGAACGTTATTTTCAC;SOR=0.316;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=81;TCF=13;TCR=68;TR=38;WE=25428373;WS=25428355;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,48:0.49:97
chr13	25442607	.	CAA	C	141.14	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.432;ClippingRankSum=0.000;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=3.245;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.04;MQRankSum=1.160;QD=5.04;ReadPosRankSum=0.182;SOR=1.942;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,10:0.36:28
chr13	25442921	rs2275938	A	C	1236.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=2.143;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.479;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=34;PP=880;ReadPosRankSum=-0.543;SC=TAAACACTATAAGTGACTCTT;SOR=0.552;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=124;TCF=30;TCR=94;TR=45;WE=25442929;WS=25442911;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:93,57:0.38:150
chr13	25448120	rs8001764	G	A	453.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=2.188;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.734;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=3;PP=272;ReadPosRankSum=1.627;SC=GGTTGATTCCGTATCTTGGCT;SOR=1.828;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=24;TCF=18;TCR=6;TR=16;WE=25448128;WS=25448110;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,20:0.65:31
chr13	25453116	rs9553461	T	C	538.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-2.777;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=2;PP=456;ReadPosRankSum=0.069;SC=TAGGAAGACCTTGTGAGAAGG;SOR=0.527;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=37;TCF=34;TCR=3;TR=21;WE=25453124;WS=25453114;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,21:0.57:37
chr13	25457207	rs9318911	T	C	1388.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=37;NR=6;PP=1048;SC=TTTTAGAATCTAATCTTTTCC;SOR=3.258;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=43;TCF=37;TCR=6;TR=43;WE=25457215;WS=25457197;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
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chr13	25458232	rs34991318	AGTT	A	3234.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.285;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.832;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=39;PP=2252;ReadPosRankSum=0.018;SC=CTGTTTAAAAAGTTGTTACAG;SOR=0.840;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=119;TCF=31;TCR=88;TR=54;WE=25458242;WS=25458222;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:99,85:0.46:184
chr13	25458650	rs1530876	G	A	1579.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.701;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.625;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=36;PP=759;ReadPosRankSum=1.412;SC=CCTGACGAAAGTATGGCTAAT;SOR=0.624;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=116;TCF=39;TCR=77;TR=56;WE=25458658;WS=25458640;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,76:0.51:150
chr13	25460428	rs9511502	A	G	9186.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=367;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=119;NR=85;PP=2965;SC=AAAGTGTAACAGAGCTGGATG;SOR=0.898;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=204;TCF=119;TCR=85;TR=204;WE=25460436;WS=25460418;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,362:1.00:362
chr13	25466774	rs9318917	T	C	1245.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-4.439;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.743;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=8;PP=710;ReadPosRankSum=-0.289;SC=CCCGCCTCCCTGCCTACCGCA;SOR=0.144;SbPval=0.26;Source=Platypus;TC=74;TCF=63;TCR=11;TR=40;WE=25466782;WS=25466764;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,52:0.59:88
chr13	25466955	rs3742165	T	C	3569.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.430;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=358;ExcessHet=3.0103;FS=1.244;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.00;ReadPosRankSum=-0.962;SOR=0.620;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:180,177:0.50:357
chr13	25467010	.	C	CA	57.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.583;ClippingRankSum=0.000;DP=181;ExcessHet=3.0103;FS=1.913;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.38;ReadPosRankSum=0.348;SOR=0.481;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:127,23:0.15:150
chr13	25482092	rs2122883	T	A	1456.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.615;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.586;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=20;PP=689;ReadPosRankSum=-1.368;SC=AAGAAAGTGTTCAATAATAAA;SOR=0.639;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=118;TCF=77;TCR=41;TR=56;WE=25482100;WS=25482082;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:91,75:0.45:166
chr13	25487103	rs35498994	T	C	2483.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.259;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=234;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=45;PP=1133;ReadPosRankSum=0.025;SC=GGATTGGTCATCCACTGGGTT;SOR=0.670;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=162;TCF=70;TCR=92;TR=79;WE=25487111;WS=25487093;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:109,121:0.53:230
chr13	25670776	rs78432860	C	T	148.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.330;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FS=16.557;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.68;MQRankSum=-6.746;QD=0.87;ReadPosRankSum=-3.396;SOR=2.260;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:157,14:0.08:171
chr13	25670777	rs76472384	A	G	180.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.671;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FS=19.090;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.68;MQRankSum=-6.517;QD=1.05;ReadPosRankSum=-3.478;SOR=2.411;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:157,15:0.09:172
chr13	25670780	rs79494472	C	G	235.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.361;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FS=24.514;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.68;MQRankSum=-5.753;QD=1.35;ReadPosRankSum=-3.820;SOR=2.382;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:155,19:0.11:174
chr13	25670797	rs75760907	C	G	917.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.206;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FS=23.665;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.59;MQRankSum=-4.804;QD=4.88;ReadPosRankSum=-2.515;SOR=2.298;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:154,34:0.18:188
chr13	25670801	.	T	TG	965.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.266;ClippingRankSum=0.000;DP=195;ExcessHet=3.0103;FS=23.917;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.59;MQRankSum=-4.834;QD=5.08;ReadPosRankSum=-1.166;SOR=2.293;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:156,34:0.18:190
chr13	25670803	rs76858651	A	G	980.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.421;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FS=19.827;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.59;MQRankSum=-4.604;QD=5.13;ReadPosRankSum=-1.203;SOR=2.005;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:154,37:0.19:191
chr13	25670813	rs3002212	C	T	1291.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.087;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FS=16.904;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.64;MQRankSum=-4.167;QD=6.09;ReadPosRankSum=-0.300;SOR=1.782;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:164,48:0.23:212
chr13	25670851	rs75475407	A	G	3491.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.818;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=314;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.608;HP=1;HapScore=1;MGOF=61;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=-8.387;NF=48;NR=24;PP=875;ReadPosRankSum=1.721;SC=TTTGTTGGACAATTTAAGTCT;SOR=1.072;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=210;TCF=129;TCR=81;TR=72;WE=25670859;WS=25670841;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:211,99:0.32:310
chr13	25670868	rs200859889	G	A	4108.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.509;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=349;ExcessHet=3.0103;FS=4.440;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.23;MQRankSum=-10.173;QD=11.94;ReadPosRankSum=1.643;SOR=0.925;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:230,114:0.33:344
chr13	25670873	rs77142265	A	G	4096.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.121;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=357;ExcessHet=3.0103;FS=3.713;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.35;MQRankSum=-10.202;QD=11.64;ReadPosRankSum=1.983;SOR=0.891;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:238,114:0.32:352
chr13	25670877	rs112107735	G	A	4009.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.168;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=360;ExcessHet=3.0103;FS=2.452;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.46;MQRankSum=-10.059;QD=11.30;ReadPosRankSum=2.028;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:242,113:0.32:355
chr13	25670907	rs76264750	C	A	4099.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-2.471;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=382;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.352;HP=3;HapScore=1;MGOF=63;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-11.417;NF=55;NR=40;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.191;SC=AAAAGAGTTCCCCAATGTTTA;SOR=0.828;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=265;TCF=152;TCR=113;TR=95;WE=25670927;WS=25670897;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:255,122:0.32:377
chr13	25670919	rs76861216	A	G	4248.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.965;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=375;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.923;HP=1;HapScore=1;MGOF=63;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-11.672;NF=58;NR=41;PP=2962;ReadPosRankSum=-2.019;SC=CAATGTTTACATCAAGAATTT;SOR=0.865;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=272;TCF=156;TCR=116;TR=99;WE=25670927;WS=25670897;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:245,127:0.34:372
chr13	25670953	rs74040928	G	A	4297.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.435;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=404;ExcessHet=3.0103;FS=1.210;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.80;MQRankSum=-15.048;QD=10.69;ReadPosRankSum=0.981;SOR=0.578;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:278,124:0.31:402
chr13	25670953	.	GCC	ACT	2944	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;FR=0.5000;HP=3;HapScore=1;MMLQ=25;NF=49;NR=47;PP=2944;QD=20;SC=GATGATGAGCGCCTTAAGGAT;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=303;TCF=167;TCR=136;TR=96;WE=25670963;WS=25670943;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:207,96:0.32:303
chr13	25670955	rs79397892	C	T	4620.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.385;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=407;ExcessHet=3.0103;FS=1.207;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.82;MQRankSum=-15.206;QD=11.41;ReadPosRankSum=1.358;SOR=0.567;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:282,123:0.30:405
chr13	25670978	.	C	T	4323.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.661;ClippingRankSum=0.000;DP=414;ExcessHet=3.0103;FS=1.921;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.93;MQRankSum=-15.658;QD=10.55;ReadPosRankSum=2.465;SOR=0.626;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:287,123:0.30:410
chr13	25670981	rs77476965	G	C	4284.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.103;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=416;ExcessHet=3.0103;FS=1.926;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.00;MQRankSum=-15.479;QD=10.40;ReadPosRankSum=2.522;SOR=0.577;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:289,123:0.30:412
chr13	25670984	rs11619791	C	T	8157.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.239;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=419;ExcessHet=3.0103;FS=2.474;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.08;MQRankSum=-8.177;QD=19.70;ReadPosRankSum=1.949;SOR=0.867;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:167,247:0.60:414
chr13	25670988	rs74564616	T	G	4506.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.310;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=433;ExcessHet=3.0103;FS=0.575;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.23;MQRankSum=-15.201;QD=10.53;ReadPosRankSum=2.831;SOR=0.623;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:303,125:0.29:428
chr13	25671008	rs76447065	C	T	5348.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.173;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=467;ExcessHet=3.0103;FS=0.562;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.74;MQRankSum=-12.858;QD=11.60;ReadPosRankSum=0.476;SOR=0.649;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:317,144:0.31:461
chr13	25671015	rs75314628	A	G	5159.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.112;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=472;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.87;MQRankSum=-12.299;QD=11.07;ReadPosRankSum=0.348;SOR=0.649;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:321,145:0.31:466
chr13	25671027	rs78826513	A	G	4602.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.197;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=482;ExcessHet=3.0103;FS=0.581;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.03;MQRankSum=-11.945;QD=9.73;ReadPosRankSum=2.644;SOR=0.629;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:340,133:0.28:473
chr13	25671062	rs78534836	A	G	5134.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.609;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=571;ExcessHet=3.0103;FS=2.786;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.23;MQRankSum=-12.045;QD=9.06;ReadPosRankSum=1.467;SOR=0.633;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:412,155:0.27:567
chr13	25671080	rs76241879	A	G	5500.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.355;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=606;ExcessHet=3.0103;FS=1.985;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.07;MQRankSum=-13.156;QD=9.15;ReadPosRankSum=1.659;SOR=0.642;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:439,162:0.27:601
chr13	25671089	rs75281454	G	T	5461.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.004;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=606;ExcessHet=3.0103;FS=0.595;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.24;MQRankSum=-12.153;QD=9.09;ReadPosRankSum=1.327;SOR=0.618;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:442,159:0.26:601
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chr13	25671149	rs368285293	ACGG	A	4917.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.685;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=682;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.40;MQRankSum=-14.771;QD=7.27;ReadPosRankSum=-1.818;SOR=0.681;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:522,154:0.23:676
chr13	25671154	rs371971190	AGACGGAACT	A	4887.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.164;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=700;ExcessHet=3.0103;FS=1.396;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.41;MQRankSum=-15.787;QD=7.05;ReadPosRankSum=-0.389;SOR=0.744;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:551,142:0.20:693
chr13	25671168	rs78552667	C	T	4731.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.185;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=666;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.37;MQRankSum=-15.953;QD=7.18;ReadPosRankSum=-0.522;SOR=0.684;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:516,143:0.22:659
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chr13	25671195	rs201411821	A	G	4923.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.139;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=661;ExcessHet=3.0103;FS=1.314;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.88;MQRankSum=-18.951;QD=7.53;ReadPosRankSum=0.642;SOR=0.738;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:502,152:0.23:654
chr13	25671200	rs76111404	C	T	5235.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.294;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=666;ExcessHet=3.0103;FS=1.316;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.80;MQRankSum=-19.567;QD=7.95;ReadPosRankSum=0.547;SOR=0.774;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:501,158:0.24:659
chr13	25671206	rs76614854	A	G	5285.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.123;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=674;ExcessHet=3.0103;FS=2.100;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.81;MQRankSum=-19.474;QD=7.94;ReadPosRankSum=0.950;SOR=0.756;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:504,162:0.24:666
chr13	25671210	rs80062522	C	T	5252.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.483;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=675;ExcessHet=3.0103;FS=1.316;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.85;MQRankSum=-19.224;QD=7.89;ReadPosRankSum=2.044;SOR=0.814;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:505,161:0.24:666
chr13	25671214	rs201081849	T	G	5178.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.055;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=672;ExcessHet=3.0103;FS=2.074;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.87;MQRankSum=-18.875;QD=7.81;ReadPosRankSum=1.756;SOR=0.863;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:501,162:0.24:663
chr13	25671271	rs79246694	A	G	3306.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=3.745;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=715;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.229;HP=2;HapScore=1;MGOF=60;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-17.316;NF=78;NR=64;PP=2962;ReadPosRankSum=1.451;SC=CGTCTCCGGAAAGCGTTTTCT;SOR=0.628;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=471;TCF=251;TCR=220;TR=142;WE=25671282;WS=25671259;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:504,197:0.28:701
chr13	25671272	rs376589131	AG	A	6816.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.695;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=719;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.578;HP=2;HapScore=1;MGOF=60;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-17.681;NF=35;NR=65;PP=2948;ReadPosRankSum=1.354;SC=GTCTCCGGAAAGCGTTTTCTC;SOR=0.635;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=342;TCF=118;TCR=224;TR=100;WE=25671282;WS=25671259;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:504,201:0.29:705
chr13	25671274	rs76994938	C	T	6881.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.765;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=726;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.578;HP=2;HapScore=1;MGOF=60;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-18.035;NF=78;NR=65;PP=2962;ReadPosRankSum=1.093;SC=CTCCGGAAAGCGTTTTCTCCA;SOR=0.629;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=480;TCF=253;TCR=227;TR=143;WE=25671282;WS=25671259;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:511,202:0.28:713
chr13	25671292	rs80261016	C	T	4735.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.629;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=714;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.214;HP=3;HapScore=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-18.509;NF=85;NR=79;PP=2209;ReadPosRankSum=1.353;SC=CCATTTGGTACAATCACTAGT;SOR=0.671;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=492;TCF=257;TCR=235;TR=164;WE=25671300;WS=25671282;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:492,212:0.30:704
chr13	25671310	rs371130768	TTATGA	T	6437.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.148;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=710;ExcessHet=3.0103;FS=2.785;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.51;MQRankSum=-14.288;QD=9.36;ReadPosRankSum=3.275;SOR=0.837;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:497,191:0.28:688
chr13	25671320	.	A	G	6526.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.596;ClippingRankSum=0.000;DP=679;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.778;HP=2;HapScore=1;MGOF=44;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-12.646;NF=70;NR=75;PP=2962;ReadPosRankSum=3.337;SC=TTATGATGGAAGGTGGTCGCA;SOR=0.868;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=476;TCF=237;TCR=239;TR=145;WE=25671340;WS=25671300;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:482,188:0.28:670
chr13	25671332	rs371570689	CA	C	4808.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.909;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=672;ExcessHet=3.0103;FS=4.706;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.57;MQRankSum=-11.269;QD=7.48;ReadPosRankSum=2.795;SOR=0.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:468,175:0.27:643
chr13	25671369	rs76804900	G	T	1763.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.798;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=619;ExcessHet=3.0103;FS=10.603;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.55;MQRankSum=-9.672;QD=2.89;ReadPosRankSum=-0.279;SOR=1.293;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:474,137:0.22:611
chr13	25671398	rs77306665	C	T	528.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.726;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=576;ExcessHet=3.0103;FS=19.751;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.56;MQRankSum=-13.908;QD=0.92;ReadPosRankSum=-1.347;SOR=2.240;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:492,80:0.14:572
chr13	25671742	rs140135080	G	A	475.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.087;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=724;ExcessHet=3.0103;FS=1.021;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.93;MQRankSum=-26.781;QD=0.66;ReadPosRankSum=-0.903;SOR=0.756;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:660,60:0.08:720
chr13	25671755	rs116223079	G	A	399.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.986;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=747;ExcessHet=3.0103;FS=1.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.97;MQRankSum=-27.209;QD=0.54;ReadPosRankSum=0.392;SOR=0.842;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:684,59:0.08:743
chr13	25671759	rs115121649	C	T	389.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.918;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=743;ExcessHet=3.0103;FS=1.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.96;MQRankSum=-27.135;QD=0.53;ReadPosRankSum=0.470;SOR=0.852;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:680,59:0.08:739
chr13	25715574	rs9511659	C	T	1504.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-1.380;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.018;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=6;PP=922;ReadPosRankSum=-0.437;SC=TGAGCAGGCTCAGCATCTGGA;SOR=0.444;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=115;TCF=100;TCR=15;TR=51;WE=25715582;WS=25715564;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,62:0.48:128
chr13	25745383	.	G	C	1772.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.503;ClippingRankSum=0.000;DP=283;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=21.288;HP=7;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=46;PP=1508;ReadPosRankSum=-2.581;SC=TGTCGCCCCCGCCGCGCGGCT;SOR=1.002;SbPval=0.1;Source=Platypus;TC=220;TCF=124;TCR=96;TR=81;WE=25745391;WS=25745373;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:181,92:0.34:273
chr13	25802491	rs4770813	A	G	2205.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=68;NR=8;PP=1616;SC=CTTGGTCCCCATCCTCAGGGA;SOR=3.967;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=76;TCF=68;TCR=8;TR=76;WE=25802499;WS=25802481;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr13	25825889	rs4312169	T	C	1059.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=21;NR=11;PP=607;SC=TTCGATCAAATTGATGGTACA;SOR=1.292;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=21;TCR=11;TR=32;WE=25825897;WS=25825879;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr13	25831888	rs7995033	T	C	13335.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.627;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=515;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=151;NR=140;PP=2965;ReadPosRankSum=0.282;SC=GCCAAGAAGATTGCAGCATCC;SOR=0.741;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=294;TCF=153;TCR=141;TR=291;WE=25831896;WS=25831878;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,510:1.00:512
chr13	25848404	rs4387458	A	C	749.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=18;PP=524;SC=CTTACATGCAACATTCTCAAT;SOR=2.584;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=22;TCF=4;TCR=18;TR=22;WE=25848412;WS=25848394;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr13	25877255	.	A	G	560.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-0.938;ClippingRankSum=0.000;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=17;PP=324;ReadPosRankSum=-0.944;SC=AACTACTCCAATCAACTTCTT;SOR=0.527;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=41;TCF=5;TCR=36;TR=19;WE=25877263;WS=25877245;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,25:0.51:49
chr13	25886932	rs4341628	A	G	2576.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=57;NR=17;PP=1712;SC=TGAACTTTTAAGGATCCTTAT;SOR=2.414;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=76;TCF=58;TCR=18;TR=74;WE=25886940;WS=25886922;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr13	25893363	rs59567333	GTTTATA	G	1599.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=11;NR=6;PP=1004;SC=ATGCTTAACAGTTTATATTTA;SOR=1.609;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=18;TCF=12;TCR=6;TR=17;WE=25893376;WS=25893353;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr13	25899091	rs373891548	CT	C	83.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.223;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=3.329;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.15;ReadPosRankSum=-1.269;SOR=0.227;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,15:0.38:39
chr13	25901781	rs7997070	A	C	857.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=19;PP=547;SC=GAAAACTACTATAATCCATAA;SOR=2.226;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=3;TCR=19;TR=22;WE=25901789;WS=25901771;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr13	26104547	rs9581376	G	A	1580.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=43;NR=6;PP=1120;SC=TGTAAAATACGTAGCTAGTTT;SOR=3.651;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=49;TCF=43;TCR=6;TR=49;WE=26104555;WS=26104537;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr13	26107591	rs45451496	A	C	4758.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.06;SOR=1.287;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr13	26107595	rs7319869	CT	TG	4779.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;JOINED;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.96;SOR=1.314;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr13	26107606	rs7319993	C	T	3686.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.52;SOR=1.416;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr13	26108557	rs4257084	G	A	1490.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=39;PP=1118;SC=TATTTCTCTAGGGTTCTTCTT;SOR=3.702;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=43;TCF=4;TCR=39;TR=42;WE=26108565;WS=26108547;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr13	26125651	rs34018109	G	A	3042.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=20;NR=46;PP=1503;SC=GGTAAGTGTCGGGGTGGGTTG;SOR=1.274;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=67;TCF=20;TCR=47;TR=66;WE=26125659;WS=26125641;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr13	26125731	rs9581389	T	C	711.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=18;PP=473;SC=GTGTCCCTGCTGTCCTTCTGT;SOR=2.066;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=23;TCF=5;TCR=18;TR=23;WE=26125739;WS=26125721;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr13	26127821	rs9740054	G	C	1774.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=47;NR=10;PP=1330;SC=TTGAACTCACGGTTCCTGACA;SOR=3.076;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=57;TCF=47;TCR=10;TR=57;WE=26127829;WS=26127811;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr13	26128128	rs7331675	CA	AG	6395.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=26;NR=81;PP=2947;SC=TTTAATTGAGCACTCAAAAAA;SOR=1.941;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=110;TCF=27;TCR=83;TR=107;WE=26128137;WS=26128118;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,146:1.00:146
chr13	26133009	rs12862551	C	T	796.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=21;NR=2;PP=587;SC=GAAATCTACCCGTTTCATACA;SOR=4.174;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=23;TCF=21;TCR=2;TR=23;WE=26133017;WS=26133002;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr13	26137989	rs12871941	T	C	1467.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=43;NR=3;PP=1238;SC=TGAATCCCTATAGGACTTTAG;SOR=4.003;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=46;TCF=43;TCR=3;TR=46;WE=26137997;WS=26137979;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr13	26144896	rs17729346	C	T	18574.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=721;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=234;NR=217;PP=2965;SC=TCCCGCCTCACGTTTGCAGCC;SOR=0.724;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=452;TCF=235;TCR=217;TR=451;WE=26144904;WS=26144886;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,717:1.00:717
chr13	26148727	rs12854617	A	G	1190.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=32;NR=8;PP=797;SC=AAGTGCCTGCACTCCCCAACT;SOR=2.252;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=40;TCF=32;TCR=8;TR=40;WE=26148735;WS=26148717;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr13	26148966	rs6491066	C	T	3598.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=30;NR=60;PP=1795;SC=AACAAACATTCGGAATCCTTA;SOR=1.256;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=90;TCF=30;TCR=60;TR=90;WE=26148974;WS=26148956;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,135:1.00:135
chr13	26155953	rs7335339	G	C	4483.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=57;NR=38;PP=1971;SC=TTTTTTCAATGTAGAATTTGC;SOR=0.928;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=95;TCF=57;TCR=38;TR=95;WE=26155961;WS=26155943;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,168:1.00:168
chr13	26273385	rs6491088	G	C	6451.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=249;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=81;NR=71;PP=2965;SC=ACGTGGCCCTGATCATCGATG;SOR=0.789;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=152;TCF=81;TCR=71;TR=152;WE=26273393;WS=26273375;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,239:1.00:239
chr13	26273538	rs2296003	C	T	2207.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=49;PP=1280;SC=GTATCCCGTGCTTATACAAAA;SOR=1.911;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=64;TCF=15;TCR=49;TR=64;WE=26273546;WS=26273528;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr13	26411561	rs71793513	CCACACACA	C	1200.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;QD=42.88;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:3,25:0.89:28
chr13	26434282	rs34288901	G	A	1991.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.856;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=280;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.049;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=28;PP=721;ReadPosRankSum=0.646;SC=AGTTAAATAGGTGGCCATGCT;SOR=0.594;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=161;TCF=85;TCR=76;TR=56;WE=26434290;WS=26434272;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:171,109:0.39:280
chr13	26436425	rs34674796	A	G	1052.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.138;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.031;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=14;PP=534;ReadPosRankSum=-0.552;SC=CTGAGTGTCTATTTCCCTCTG;SOR=0.353;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=85;TCF=59;TCR=26;TR=38;WE=26436433;WS=26436415;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,51:0.48:106
chr13	26436641	rs2249800	C	T	1539.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.564;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=37;PP=876;ReadPosRankSum=0.716;SC=CTTACAGCCACGATGAGCTTC;SOR=0.757;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=83;TCF=24;TCR=59;TR=53;WE=26436649;WS=26436631;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,72:0.56:128
chr13	26501227	rs1185907	C	T	7730.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.644;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=300;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=117;NR=68;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.370;SC=TTCATTCATTCACCTTCTTCC;SOR=1.073;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=189;TCF=119;TCR=70;TR=185;WE=26501235;WS=26501217;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,294:0.99:296
chr13	26535625	rs9511998	G	A	1315.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=23;NR=10;PP=557;SC=TTGTTTTTGTGTTGTGAAATA;SOR=1.314;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=23;TCR=10;TR=33;WE=26535633;WS=26535615;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr13	26586775	rs2274135	C	T	719.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=3.083;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.921;HP=8;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=20;PP=513;ReadPosRankSum=-0.675;SC=GTACCGCGGGCGGGGGCTGAT;SOR=0.931;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=58;TCF=15;TCR=43;TR=26;WE=26586783;WS=26586765;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,34:0.41:83
chr13	26624935	rs111516934	C	T	1693.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-0.158;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=22;PP=613;ReadPosRankSum=-0.427;SC=GGCGTCGCCGCCGTCGAAGCG;SOR=0.718;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=77;TCF=38;TCR=39;TR=43;WE=26624943;WS=26624925;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,81:0.58:139
chr13	26625047	rs4770911	G	A	962.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-1.616;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.757;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=16;PP=405;ReadPosRankSum=-0.248;SC=AGCGCAGCCAGCAGCAGCTGC;SOR=0.702;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=59;TCF=29;TCR=30;TR=32;WE=26625055;WS=26625037;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,50:0.51:98
chr13	26625135	rs4769452	A	G	1114.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=2.169;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.726;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=14;PP=343;ReadPosRankSum=0.654;SC=GGGCGCGGACAGCGCGTCTCC;SOR=0.574;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=51;TCF=22;TCR=29;TR=24;WE=26625143;WS=26625125;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,56:0.52:107
chr13	26625172	rs4770912	G	A	636.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=1.325;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.886;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=11;PP=243;ReadPosRankSum=-1.180;SC=TCTCCGAGAAGTCGTGGCCCC;SOR=0.909;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=41;TCF=17;TCR=24;TR=17;WE=26625180;WS=26625162;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,34:0.45:75
chr13	26788114	rs301047	A	G	3116.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=3.255;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=246;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=57;PP=1959;ReadPosRankSum=-0.028;SC=AGTCACTAATACAAACACTAC;SOR=0.722;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=175;TCF=78;TCR=97;TR=102;WE=26788122;WS=26788104;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:106,134:0.56:240
chr13	26974562	rs998692	G	A	7500.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=292;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=131;NR=63;PP=2965;SC=AAGCAATACCGTCATGTTTGT;SOR=1.391;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=194;TCF=131;TCR=63;TR=194;WE=26974570;WS=26974552;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,280:1.00:280
chr13	27246216	rs1276045	T	C	175.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=1.147;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.629;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=6;PP=119;ReadPosRankSum=-1.563;SC=GGTTGAGATATTGGATATAGT;SOR=0.165;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=19;TCF=3;TCR=16;TR=8;WE=27246224;WS=27246206;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,8:0.42:19
chr13	27250945	rs3794413	A	G	274.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.446;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.312;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=10;PP=175;ReadPosRankSum=0.068;SC=AAATGCATCAATAGCTTCGGG;SOR=0.446;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=37;TCF=8;TCR=29;TR=14;WE=27250953;WS=27250935;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,16:0.34:47
chr13	27333463	rs141417138	A	C	4769.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.334;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=504;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=82;NR=77;PP=2154;ReadPosRankSum=-0.320;SC=AGGCAGATGGAGGTCCCCCAG;SOR=0.697;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=319;TCF=160;TCR=159;TR=159;WE=27333471;WS=27333453;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:263,235:0.47:498
chr13	27643597	rs9512534	C	T	436.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.614;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FS=4.289;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.26;ReadPosRankSum=-0.212;SOR=1.012;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:49,34:0.41:83
chr13	27828529	rs56287071	A	ATTTTTT	313.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.306;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.13;ReadPosRankSum=-1.689;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,11:0.85:13
chr13	27829310	rs3094293	G	A	5090.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=81;NR=53;PP=2965;SC=AGAATACTTTGCAGTTACTTA;SOR=1.141;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=135;TCF=81;TCR=54;TR=134;WE=27829318;WS=27829300;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,180:1.00:180
chr13	27845284	rs9507866	C	A	1443.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=6.881;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.006;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=42;PP=1038;ReadPosRankSum=3.487;SC=GGAGAGAGGGCGCCTCGGCCG;SOR=1.385;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=98;TCF=13;TCR=85;TR=47;WE=27845292;WS=27845274;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,55:0.49:112
chr13	27845548	rs9512592	C	G	2054.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-3.337;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.846;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=31;PP=1101;ReadPosRankSum=1.101;SC=TCACTCCCCCCAGTTTGTCCG;SOR=0.383;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=179;TCF=120;TCR=59;TR=84;WE=27845556;WS=27845538;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:115,107:0.48:222
chr13	27997985	rs33932496	GC	G	4437.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.192;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=271;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.962;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.977;NF=7;NR=71;PP=2830;ReadPosRankSum=-0.233;SC=TCTCAAAAGTGCTTCTCAGGT;SOR=0.791;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=141;TCF=15;TCR=126;TR=78;WE=27997993;WS=27997975;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:129,134:0.51:263
chr13	27999085	rs4771119	G	A	5298.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.228;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=528;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.101;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=73;NR=91;PP=2333;ReadPosRankSum=0.732;SC=GGTGAGGGGGGCGAGGCTGCC;SOR=0.607;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=337;TCF=145;TCR=192;TR=164;WE=27999093;WS=27999075;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:261,257:0.50:518
chr13	28009920	rs1218825	G	C	1003.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=2.132;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.680;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=21;PP=616;ReadPosRankSum=-1.006;SC=CATTTTTGCTGAAAGCACGAA;SOR=0.593;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=92;TCF=33;TCR=59;TR=35;WE=28009928;WS=28009910;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,49:0.36:135
chr13	28124681	rs17811002	C	T	1219.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.591;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=34;PP=704;ReadPosRankSum=-0.466;SC=CTTTTATAGCCGCTTATTTTT;SOR=0.653;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=99;TCF=34;TCR=65;TR=52;WE=28124689;WS=28124671;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,58:0.52:112
chr13	28133956	rs373436911	TA	T	344.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.734;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=274;ExcessHet=3.0103;FS=3.918;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.33;ReadPosRankSum=-0.241;SOR=0.451;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:193,66:0.25:259
chr13	28141663	.	C	G	432.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=3.680;ClippingRankSum=0.000;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=1;PP=338;ReadPosRankSum=0.452;SC=CATATAGAAACAGTAAAACTA;SOR=0.283;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=28;TCF=27;TCR=1;TR=16;WE=28141671;WS=28141657;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,16:0.55:29
chr13	28143229	rs8002697	A	G	4119.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.007;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=381;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.372;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=68;NR=55;PP=1919;ReadPosRankSum=0.103;SC=CTCCATGTGGAAAGAGACGCT;SOR=0.726;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=228;TCF=124;TCR=104;TR=123;WE=28143237;WS=28143219;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:180,198:0.52:378
chr13	28155994	rs9512753	G	C	107.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-0.706;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=6;PP=62;ReadPosRankSum=-0.889;SC=AATCAAGATAGGTTAAAAGTA;SOR=0.963;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=18;TCF=3;TCR=15;TR=7;WE=28156002;WS=28155984;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,7:0.35:20
chr13	28196033	rs2232679	G	C	6328.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.516;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=579;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.749;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=109;NR=66;PP=2957;ReadPosRankSum=-0.203;SC=GTCGGTCCTTGCTTCCTGCTT;SOR=0.862;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=347;TCF=202;TCR=145;TR=175;WE=28196041;WS=28196023;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:277,295:0.52:572
chr13	28197436	rs7097	C	T	570.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-1.870;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.590;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=22;PP=473;ReadPosRankSum=-0.643;SC=TATTCTCTTCCTGATGGTGCA;SOR=2.140;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=42;TCF=3;TCR=39;TR=23;WE=28197444;WS=28197426;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,23:0.49:47
chr13	28239940	rs11029	G	C	5045.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.657;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=510;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.519;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=88;NR=75;PP=2639;ReadPosRankSum=2.357;SC=AGGAACCAGCGAAGAGCCAGG;SOR=0.727;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=343;TCF=184;TCR=159;TR=163;WE=28239948;WS=28239930;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:261,240:0.48:501
chr13	28239970	rs14105	G	A	5628.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.003;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=579;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.090;HP=3;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=95;NR=88;PP=2776;ReadPosRankSum=2.092;SC=AAGAAAACCCGAAGAAACACA;SOR=0.729;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=361;TCF=180;TCR=181;TR=183;WE=28239978;WS=28239960;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:299,277:0.48:576
chr13	28240021	rs41291680	C	T	5282.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.743;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=549;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.098;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=67;NR=90;PP=2360;ReadPosRankSum=0.927;SC=CTCGAGGTTCCGCCAGTTACT;SOR=0.801;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=333;TCF=151;TCR=182;TR=157;WE=28240029;WS=28240011;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:284,261:0.48:545
chr13	28367061	rs1231058	A	G	15946.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.041;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=590;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=192;NR=134;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.742;SC=CGCTGCCTCTACTCAAGGCTT;SOR=0.488;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=331;TCF=193;TCR=138;TR=326;WE=28367069;WS=28367051;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,585:0.99:588
chr13	28367275	rs3742112	G	C	2912.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.708;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=303;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.385;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=58;PP=1163;ReadPosRankSum=-0.868;SC=ACCGGGCAGAGGTGATCCGAA;SOR=0.615;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=201;TCF=79;TCR=122;TR=99;WE=28367283;WS=28367265;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:152,145:0.49:297
chr13	28498323	rs9805632	G	C	121.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=1.002;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=2;PP=83;ReadPosRankSum=-0.063;SC=CCCCTTGAAGGGGTTGGGCTG;SOR=0.836;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=13;TCF=9;TCR=4;TR=7;WE=28498331;WS=28498313;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,7:0.44:16
chr13	28519354	rs2504220	A	C	4318.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=64;NR=29;PP=1810;SC=ACATTGCCAGAGTCTTGGCGA;SOR=1.276;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=93;TCF=64;TCR=29;TR=93;WE=28519362;WS=28519344;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,157:1.00:157
chr13	28537242	rs1805108	A	C	2670.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=55;NR=25;PP=1713;SC=CCGCTGCAGAACCCGGTGGGT;SOR=1.514;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=80;TCF=55;TCR=25;TR=80;WE=28537250;WS=28537232;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr13	28537317	rs1805107	G	A	6819.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=258;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=99;NR=71;PP=2965;SC=ACAGAGCCAGGCACTGAGGCT;SOR=0.943;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=170;TCF=99;TCR=71;TR=170;WE=28537325;WS=28537307;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,257:1.00:257
chr13	28537537	rs2504212	T	G	4467.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=57;NR=58;PP=2341;SC=AAAAGCACATTGTGGTGAAGA;SOR=0.705;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=115;TCF=57;TCR=58;TR=115;WE=28537545;WS=28537527;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,165:1.00:165
chr13	28539185	rs2481953	T	A	5958.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=35.90;SOR=1.118;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,166:1.00:166
chr13	28539185	.	TG	AA,AG	828	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.5;FR=0.5000,0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MMLQ=26;MQ=60.0;NF=15,35;NR=31,65;PP=679,828;QD=15.9232146709;SC=GGCTGAGAACTGCAAGGCAGC;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=103;TCF=36;TCR=67;TR=46,100;WE=28539194;WS=28539175;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.45:103
chr13	28539186	rs3742110	G	A	1744.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.124;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.84;ReadPosRankSum=0.962;SOR=0.679;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:76,85:0.53:161
chr13	28541583	rs2481967	T	G	4317.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=33;NR=96;PP=2907;SC=AATTGGGGCATCAAGGAGCGA;SOR=1.879;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=129;TCF=33;TCR=96;TR=129;WE=28541591;WS=28541573;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,149:1.00:149
chr13	28552425	rs9579139	G	T	996.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.271;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.642;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=24;PP=613;ReadPosRankSum=-0.379;SC=AAACCGAAGCGCGCGCGGTAC;SOR=0.912;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=71;TCF=26;TCR=45;TR=37;WE=28552433;WS=28552415;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,45:0.45:101
chr13	28552614	rs4463949	G	A	717.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.940;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=13;PP=338;ReadPosRankSum=-0.365;SC=AGACACCGGCGGGAGCGCGTC;SOR=0.749;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=49;TCF=24;TCR=25;TR=25;WE=28552622;WS=28552604;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,36:0.49:73
chr13	28562605	rs3897926	T	G	4957.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=71;NR=51;PP=2084;SC=CTTACCTGACTGTGCAAGGGC;SOR=0.905;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=122;TCF=71;TCR=51;TR=122;WE=28562613;WS=28562595;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,195:1.00:195
chr13	28589267	rs4073630	C	T	1174.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=29;NR=5;PP=777;SC=CTGATTTCAACCAAATTACAG;SOR=2.726;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=35;TCF=30;TCR=5;TR=34;WE=28589275;WS=28589257;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr13	28589495	rs9579142	C	G	2208.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=22;NR=39;PP=1075;SC=GTGCCAGACACTGTTGCAGGC;SOR=1.206;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=61;TCF=22;TCR=39;TR=61;WE=28589517;WS=28589485;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr13	28589509	rs9579143	C	T	1880.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=16;NR=38;PP=1062;SC=TGCAGGCACACGGGCTGCGGC;SOR=1.644;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=54;TCF=16;TCR=38;TR=54;WE=28589517;WS=28589485;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr13	28589662	rs4497507	C	G	1048.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=35;NR=3;PP=732;SC=AGGGGTGGGGCGGCACCGAGA;SOR=4.977;SbPval=0.99;Source=Platypus;TC=47;TCF=35;TCR=12;TR=38;WE=28589670;WS=28589652;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr13	28592546	rs17086226	T	C	1158.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-1.278;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.668;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=15;PP=469;ReadPosRankSum=-0.423;SC=TTGTTTACCATGATAACGACA;SOR=0.593;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=103;TCF=67;TCR=36;TR=42;WE=28592554;WS=28592536;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,59:0.44:133
chr13	28597447	rs35829721	ATC	A	832.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.623;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FS=2.197;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.15;MQRankSum=1.273;QD=11.25;ReadPosRankSum=0.135;SOR=1.035;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:45,29:0.39:74
chr13	28602226	rs201497852	AAGAG	A,AAG	2298.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.650;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.13;MQRankSum=0.257;QD=30.65;ReadPosRankSum=-2.094;SOR=0.381;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:2,33,40:0.44,0.53:75
chr13	28602256	rs61944200	C	T	654.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.734;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FS=0.775;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.11;MQRankSum=-0.775;QD=6.68;ReadPosRankSum=-0.737;SOR=0.607;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:60,38:0.39:98
chr13	28607916	rs2491222	T	A	490.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=1.686;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.117;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=3;PP=410;ReadPosRankSum=-2.535;SC=CCTTGAAACATGGCAAACAGT;SOR=0.210;SbPval=0.26;Source=Platypus;TC=54;TCF=50;TCR=4;TR=24;WE=28607924;WS=28607912;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,22:0.41:54
chr13	28607989	rs2491223	T	G	2569.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.595;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=257;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.020;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=70;NR=31;PP=1581;ReadPosRankSum=1.810;SC=CCCATTTTTGTGCATCTTTGT;SOR=0.616;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=211;TCF=147;TCR=64;TR=101;WE=28607997;WS=28607979;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:134,121:0.47:255
chr13	28609825	rs2491227	A	G	3027.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-2.321;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=296;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.495;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=77;PP=1758;ReadPosRankSum=1.451;SC=AAAAAAAAATAGCAAAGAATT;SOR=0.587;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=219;TCF=63;TCR=156;TR=110;WE=28609833;WS=28609803;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:145,146:0.50:291
chr13	28609846	rs2491228	A	T	2264.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-4.729;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.837;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=61;PP=1367;ReadPosRankSum=-0.498;SC=TAGACAGGTGAGCTGTCATCA;SOR=0.436;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=157;TCF=39;TCR=118;TR=85;WE=28609854;WS=28609836;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,101:0.54:187
chr13	28609991	rs2491229	T	C	874.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.470;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=1.085;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.50;ReadPosRankSum=1.335;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,24:0.48:50
chr13	28609997	rs2491230	T	C	871.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.158;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=1.104;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.76;ReadPosRankSum=1.669;SOR=0.974;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,23:0.44:52
chr13	28610183	rs2491231	A	G	1685.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=1.676;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.421;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=28;PP=689;ReadPosRankSum=-1.379;SC=AGGTTTCCCTATAGAAAAGAA;SOR=0.954;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=99;TCF=45;TCR=54;TR=48;WE=28610191;WS=28610173;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:94,84:0.47:178
chr13	28622356	rs2153000	G	A	2254.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.537;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=23;PP=1210;ReadPosRankSum=-0.255;SC=TCTCAAGGGCGACAAGCAAGG;SOR=0.721;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=121;TCF=81;TCR=40;TR=69;WE=28622364;WS=28622346;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,103:0.57:181
chr13	28623699	rs9507985	G	T	2206.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-1.685;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=33;PP=1447;ReadPosRankSum=-1.454;SC=AACAGAGTTTGCATTTAATGT;SOR=0.716;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=154;TCF=92;TCR=62;TR=82;WE=28623707;WS=28623689;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:98,97:0.50:195
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chr13	28623938	rs67491524	G	GA	512.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.091;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=10;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=20;PP=241;ReadPosRankSum=0.673;SC=TCCCAAGTGAGAAAAAAAAAG;SOR=0.648;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=61;TCF=2;TCR=59;TR=20;WE=28623946;WS=28623928;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,32:0.44:73
chr13	28636084	rs7338903	G	A	5576.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=69;NR=87;PP=2830;SC=TCCCTGGGGCGTCGACCAGCA;SOR=0.900;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=157;TCF=69;TCR=88;TR=156;WE=28636092;WS=28636074;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,210:1.00:210
chr13	28644510	rs2387350	C	A	987.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=23;NR=5;PP=619;SC=AGATGTGAGGCCATAATATAC;SOR=2.115;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=28;TCF=23;TCR=5;TR=28;WE=28644518;WS=28644500;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr13	28644830	rs9554239	A	G	308.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.972;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.03;ReadPosRankSum=0.039;SOR=0.724;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,13:0.59:22
chr13	28647489	rs201203436	GAAAA	G,GAAA	3254.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.297;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FS=3.948;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.29;MQRankSum=0.990;QD=19.61;ReadPosRankSum=1.106;SOR=1.270;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:15,108,43:0.65,0.26:166
chr13	28647573	rs9581971	C	T	4367.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=3.388;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=463;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.102;HP=4;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=2.379;NF=71;NR=65;PP=2127;ReadPosRankSum=0.590;SC=GTCCAGCCATCTTTGTAATCT;SOR=0.638;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=267;TCF=135;TCR=132;TR=136;WE=28647581;WS=28647563;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:243,217:0.47:460
chr13	28647710	rs9581972	C	T	1091.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=5.843;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.387;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=38;PP=1767;ReadPosRankSum=1.971;SC=TATAATAAATCGTGCACATTA;SOR=1.518;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=76;TCF=11;TCR=65;TR=43;WE=28647731;WS=28647700;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,43:0.53:81
chr13	28647723	rs9581973	A	C	794.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-5.597;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=33;PP=1767;ReadPosRankSum=-0.123;SC=GCACATTAAAAGTATACAATT;SOR=0.665;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=58;TCF=6;TCR=52;TR=37;WE=28647731;WS=28647700;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,37:0.63:59
chr13	28674628	rs12872889	T	C	915.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=2.215;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=6;PP=525;ReadPosRankSum=-0.409;SC=CTGGCCGCCGTCGCGCGCCAA;SOR=0.697;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=54;TCF=42;TCR=12;TR=29;WE=28674636;WS=28674618;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,38:0.58:65
chr13	28712740	.	T	TGGCGGCGGC	5330.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-1.307;ClippingRankSum=0.000;DP=271;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=30;PP=2970;ReadPosRankSum=2.924;SC=CCGTCTATGGTGGTGGCGGCG;SOR=0.712;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=99;TCF=22;TCR=77;TR=38;WE=28712751;WS=28712730;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:120,140:0.54:260
chr13	28712743	rs111938639	T	C	5475.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-2.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=272;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.446;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=38;PP=2962;ReadPosRankSum=0.415;SC=TCTATGGTGGTGGCGGCGGCG;SOR=0.654;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=159;TCF=76;TCR=83;TR=76;WE=28712751;WS=28712730;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:121,149:0.55:270
chr13	28835527	rs5802469	T	TC	2462.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=11;NR=18;PP=1194;SC=TATACTTATTTTGTTTCATAG;SOR=1.044;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=30;TCF=12;TCR=18;TR=29;WE=28835535;WS=28835517;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr13	28851332	rs719368	G	A	1766.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.671;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.309;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=18;PP=1185;ReadPosRankSum=0.018;SC=ATGAGTACCTGTGAAATGAAA;SOR=0.928;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=113;TCF=83;TCR=30;TR=68;WE=28851340;WS=28851322;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,80:0.56:143
chr13	28854692	.	A	ATT	611.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.093;ClippingRankSum=0.000;DP=203;ExcessHet=3.0103;FS=5.523;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.21;MQRankSum=0.000;QD=8.16;ReadPosRankSum=-0.359;SOR=0.391;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,51:0.68:75
chr13	28882948	rs9579177	G	A	3572.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.080;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.238;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=49;PP=1879;ReadPosRankSum=1.747;SC=GGTCTATCGGGGTGCACTAGG;SOR=0.413;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=94;TCF=44;TCR=50;TR=92;WE=28882956;WS=28882938;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,136:0.99:137
chr13	28883061	rs7993418	G	A	2117.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=17;NR=34;PP=1077;SC=AAGCATTTACGTATCTAATGA;SOR=1.179;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=51;TCF=17;TCR=34;TR=51;WE=28883069;WS=28883051;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr13	28885672	rs4771238	C	T	610.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=30.54;SOR=3.056;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr13	28886113	rs7328692	A	G	1331.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=30;NR=7;PP=913;SC=TTTTGATGTAAATAAATTTAG;SOR=2.007;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=30;TCR=7;TR=37;WE=28886121;WS=28886103;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr13	28886388	rs61763562	A	G	529.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-2.218;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.363;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=14;PP=290;ReadPosRankSum=0.902;SC=TTGGGTTTATAGCACCAGCAC;SOR=0.446;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=33;TCF=7;TCR=26;TR=19;WE=28886396;WS=28886378;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,24:0.57:42
chr13	28893484	rs2296188	T	C	544.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=2;PP=399;SC=AAAGGCTGTCTAACCAAAGGA;SOR=3.383;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=17;TCF=15;TCR=2;TR=17;WE=28893492;WS=28893474;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr13	28970917	rs7990486	C	T	1266.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=30;NR=4;PP=842;SC=GAAATAACTCCTTACGAGATC;SOR=3.056;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=35;TCF=30;TCR=5;TR=34;WE=28970925;WS=28970907;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr13	28980150	rs5802481	A	AG	1493.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=30;PP=1426;SC=TTTATGTGTGATCTTCTTTTC;SOR=3.912;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=32;TCF=1;TCR=31;TR=31;WE=28980158;WS=28980140;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr13	29236489	rs1340815	C	T	3635.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=73;NR=29;PP=2171;SC=GACACAGCTGCCTGGGTGTGT;SOR=1.646;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=102;TCF=73;TCR=29;TR=102;WE=29236497;WS=29236479;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr13	29238576	rs3737528	T	C	2933.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.07;SOR=0.936;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr13	29275102	rs947027	T	C	1803.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=24;NR=22;PP=862;SC=CTCTATAAAATAAAGCATTAC;SOR=0.722;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=46;TCF=24;TCR=22;TR=46;WE=29275110;WS=29275092;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr13	29275129	rs705423	C	T	1684.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=24;NR=23;PP=807;SC=TAGGTAAAATCATACATATTT;SOR=0.693;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=47;TCF=24;TCR=23;TR=47;WE=29275137;WS=29275119;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr13	29674840	rs1536720	T	C	1994.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=1.479;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.227;HP=3;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=18;PP=1477;ReadPosRankSum=-1.174;SC=TTCGAATTCATAATCTGTAGA;SOR=2.082;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=68;TCF=50;TCR=18;TR=68;WE=29674848;WS=29674830;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,71:0.97:73
chr13	29674855	rs1536719	A	G	2607.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.925;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=30;PP=1553;ReadPosRankSum=-1.015;SC=TGTAGAATTCATTATCTCATT;SOR=1.436;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=89;TCF=59;TCR=30;TR=88;WE=29674863;WS=29674845;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,104:0.98:106
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chr13	30075114	rs882953	C	T	1578.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.639;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.641;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=18;PP=912;ReadPosRankSum=0.385;SC=TAAAGCATTGCGAACTGATGT;SOR=0.925;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=154;TCF=105;TCR=49;TR=64;WE=30075122;WS=30075104;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:116,81:0.41:197
chr13	30077088	rs2482096	C	T	1424.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=2.461;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.164;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=17;PP=860;ReadPosRankSum=-1.395;SC=GTTCAGTGTCCACTAGCATGA;SOR=1.021;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=100;TCF=63;TCR=37;TR=53;WE=30077096;WS=30077078;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,66:0.49:135
chr13	30090404	rs2989592	T	C	4766.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=41;NR=85;PP=2691;SC=AGGAGGTGGCTTCAATCCATG;SOR=1.361;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=126;TCF=41;TCR=85;TR=126;WE=30090412;WS=30090394;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,171:1.00:171
chr13	30091516	rs2490267	T	C	8405.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=302;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=82;NR=156;PP=2965;SC=GCATCCACTGTTCTCCCCTAA;SOR=1.324;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=239;TCF=82;TCR=157;TR=238;WE=30091524;WS=30091506;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,296:1.00:296
chr13	30091714	rs2482089	G	A	5906.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=83;NR=56;PP=2907;SC=TCTTACCTATGAGGCTGGTTG;SOR=0.953;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=140;TCF=83;TCR=57;TR=139;WE=30091722;WS=30091704;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,222:1.00:222
chr13	30091819	rs2482090	G	C	8080.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=314;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=98;NR=108;PP=2965;SC=CTGGTAAAAAGCCCAGCTGGG;SOR=0.739;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=206;TCF=98;TCR=108;TR=206;WE=30091827;WS=30091809;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,307:1.00:307
chr13	30097716	rs144742714	A	T	725.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=3.094;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.770;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=24;PP=531;ReadPosRankSum=0.512;SC=GTGCCCCGGAACCCACGTGAC;SOR=1.550;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=48;TCF=9;TCR=39;TR=27;WE=30097724;WS=30097706;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,30:0.56:54
chr13	30098215	rs2776957	C	T	1036.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=29;NR=3;PP=817;SC=CAAGCATTGGCTTGTTTGCCC;SOR=3.675;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=32;TCF=29;TCR=3;TR=32;WE=30098234;WS=30098205;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr13	30098226	rs2776958	A	G	1149.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=34;NR=5;PP=835;SC=TTGTTTGCCCAGGGTGCAGGA;SOR=3.056;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=39;TCF=34;TCR=5;TR=39;WE=30098234;WS=30098205;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr13	30346188	rs2234416	A	C	1882.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=0.100;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=19;PP=925;ReadPosRankSum=1.108;SC=TAACATTTAAAACAAGCGAAT;SOR=0.737;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=103;TCF=71;TCR=32;TR=58;WE=30346196;WS=30346178;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,91:0.51:177
chr13	30351248	rs35681461	T	TA	7538.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=236;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=66;NR=51;PP=2936;SC=AGGTAGGGCATAAGAATCAAC;SOR=1.290;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=125;TCF=67;TCR=58;TR=117;WE=30351256;WS=30351238;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,234:1.00:234
chr13	30805627	rs202087	A	G	2599.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=25;NR=44;PP=1461;SC=TTCAAAAGACAAATTAAATGA;SOR=1.227;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=69;TCF=25;TCR=44;TR=69;WE=30805635;WS=30805617;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr13	30829757	rs11348486	CA	C	304.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.539;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.40;MQRankSum=1.398;QD=5.98;ReadPosRankSum=0.220;SOR=0.675;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,33:0.65:51
chr13	31036681	rs1929606	A	G	6042.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=236;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=69;NR=84;PP=2915;SC=TTACCTTTTCATATTTTTCCT;SOR=0.842;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=155;TCF=69;TCR=86;TR=153;WE=31036689;WS=31036671;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,228:1.00:228
chr13	31195409	.	G	GT	243.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.300;ClippingRankSum=0.000;DP=151;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.93;ReadPosRankSum=0.829;SOR=0.641;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:96,30:0.24:126
chr13	31231513	rs7983138	C	T	872.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-1.337;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.858;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=6;PP=358;ReadPosRankSum=-0.737;SC=CTCCTTTGGTCGGTATTCAAT;SOR=0.464;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=58;TCF=41;TCR=17;TR=22;WE=31231521;WS=31231503;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,42:0.49:86
chr13	31231806	rs7984952	T	C	5390.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.214;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=475;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=96;NR=78;PP=2797;ReadPosRankSum=-1.045;SC=CCAGTATCTTTAACATCGTGT;SOR=0.660;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=335;TCF=184;TCR=151;TR=174;WE=31231814;WS=31231796;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:221,251:0.53:472
chr13	31233063	rs3742302	G	A	5773.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.010;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=527;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=93;NR=92;PP=2824;ReadPosRankSum=-2.032;SC=GATATTGCCAGTGAGTCTGCA;SOR=0.692;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=330;TCF=164;TCR=166;TR=185;WE=31233071;WS=31233053;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:243,275:0.53:518
chr13	31287979	rs147763360	G	GTA	2348.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.328;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=322;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.056;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=4.041;NF=12;NR=63;PP=2987;ReadPosRankSum=0.390;SC=ATCAGTGCTGGTGTGTGTGTG;SOR=0.843;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=143;TCF=19;TCR=124;TR=75;WE=31287987;WS=31287968;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:150,125:0.45:275
chr13	31309830	rs4769055	C	A	1245.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.235;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.959;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=21;PP=621;ReadPosRankSum=3.143;SC=AAGCCCTTCACTCAGGGAAGA;SOR=0.536;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=82;TCF=36;TCR=46;TR=43;WE=31309838;WS=31309820;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,65:0.45:146
chr13	31318020	rs4360791	G	A	724.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-3.506;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=3;PP=499;ReadPosRankSum=0.504;SC=ACCAAACACAGTGTTCAGTAG;SOR=0.589;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=49;TCF=45;TCR=4;TR=28;WE=31318028;WS=31318010;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,31:0.53:58
chr13	31318308	rs3803277	C	A	1325.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-2.093;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.384;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=38;PP=756;ReadPosRankSum=-0.106;SC=TGAGTCCTAACCCTGATGTTG;SOR=0.837;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=109;TCF=31;TCR=78;TR=51;WE=31318316;WS=31318298;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,68:0.47:144
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chr13	31480827	rs9531945	A	G	4861.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=62;NR=61;PP=2180;SC=CGTGGTGGCCAGGCCCGGGGA;SOR=0.693;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=123;TCF=62;TCR=61;TR=123;WE=31480835;WS=31480817;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,188:1.00:188
chr13	31513931	rs2225505	T	A	2894.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=3.303;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=305;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.892;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=57;PP=1591;ReadPosRankSum=1.702;SC=TCATTATTTGTGTTGGATTGA;SOR=0.769;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=206;TCF=90;TCR=116;TR=101;WE=31513939;WS=31513921;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:155,137:0.47:292
chr13	31531009	rs12857479	G	A	2242.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.880;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.650;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=27;PP=1141;ReadPosRankSum=0.760;SC=TGCTTTGATAGGACATTTTCC;SOR=0.563;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=149;TCF=97;TCR=52;TR=69;WE=31531017;WS=31530999;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:119,107:0.47:226
chr13	31531195	rs6560988	T	C	4791.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=53;NR=79;PP=2237;SC=CTTTTTTTCCTGGGTCATGTG;SOR=1.107;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=132;TCF=53;TCR=79;TR=132;WE=31531203;WS=31531185;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,187:1.00:187
chr13	31540569	.	CTTTTT	C	455.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.116;ClippingRankSum=0.000;DP=89;ExcessHet=3.0103;FS=9.756;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.12;MQRankSum=1.002;QD=14.24;ReadPosRankSum=0.643;SOR=2.704;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,17:0.53:32
chr13	31540596	rs35840435	C	T	659.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=3.742;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.547;HP=2;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.924;NF=7;NR=22;PP=509;ReadPosRankSum=-0.543;SC=TTTTTTGAGACGGAGTTTCCC;SOR=1.101;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=57;TCF=11;TCR=46;TR=29;WE=31540604;WS=31540586;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,20:0.57:35
chr13	31543095	rs2274869	C	T	1926.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=2.208;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.636;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=41;PP=965;ReadPosRankSum=-0.910;SC=AAAGTGACTACGACAAAACCT;SOR=0.844;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=137;TCF=54;TCR=83;TR=64;WE=31543103;WS=31543085;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:129,99:0.43:228
chr13	31715455	rs3761866	A	C	1228.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.756;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=31;PP=754;ReadPosRankSum=2.119;SC=GAAAAACACAAAAAAAATGTC;SOR=0.591;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=64;TCF=13;TCR=51;TR=40;WE=31715463;WS=31715445;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,51:0.64:80
chr13	31722620	rs35594388	TA	T	378.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.794;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.10;ReadPosRankSum=-0.963;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:71,51:0.42:122
chr13	31725617	rs2146895	C	T	1458.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=36;NR=3;PP=953;SC=CAACCGTTTCCTGTTAACATC;SOR=3.306;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=39;TCF=36;TCR=3;TR=39;WE=31725625;WS=31725607;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr13	31728666	rs2274018	G	A	861.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=0.461;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.574;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=6;PP=608;ReadPosRankSum=2.392;SC=GTAGAACACGGTCTCTAGTAA;SOR=1.513;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=79;TCF=62;TCR=17;TR=35;WE=31728674;WS=31728656;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,37:0.43:86
chr13	31728703	rs2274019	T	C	1754.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-0.374;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.368;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=22;PP=959;ReadPosRankSum=-0.155;SC=CCACATTTCATACTTAAAAGT;SOR=0.546;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=129;TCF=90;TCR=39;TR=67;WE=31728711;WS=31728693;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,81:0.52:155
chr13	31729889	rs3818350	A	C	225.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=3.890;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=9;PP=210;ReadPosRankSum=0.638;SC=ACTCAAACCAATCCTATGAGT;SOR=0.392;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=21;TCF=2;TCR=19;TR=10;WE=31729897;WS=31729879;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,9:0.41:22
chr13	31735759	rs2280059	G	A	7281.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.238;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=670;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=93;NR=136;PP=2962;ReadPosRankSum=2.125;SC=GTCTCGGTCTGCGTCCTCCGG;SOR=0.671;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=427;TCF=169;TCR=258;TR=229;WE=31735767;WS=31735749;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:307,349:0.53:656
chr13	31789169	rs35344913	CT	C	787	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.752;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FS=1.415;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.30;MQRankSum=0.652;QD=12.30;ReadPosRankSum=-1.664;SOR=0.729;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,55:0.86:64
chr13	31796969	rs2147515	G	C	5640.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=72;NR=63;PP=2636;SC=TCCAAGCTCCGTTTTTCAAAT;SOR=0.750;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=135;TCF=72;TCR=63;TR=135;WE=31796977;WS=31796959;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,214:1.00:214
chr13	31821088	rs66466340	C	CT	56.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.558;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FS=3.768;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.62;ReadPosRankSum=1.196;SOR=0.190;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:74,18:0.20:92
chr13	31821093	rs9542300	T	C	491.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.838;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FS=2.044;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.93;ReadPosRankSum=4.435;SOR=1.078;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,38:0.54:71
chr13	31821240	rs9564692	C	T	3405.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.627;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=354;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.388;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=57;PP=1499;ReadPosRankSum=-1.718;SC=TACCGCAGTACGTTTGTTTAA;SOR=0.654;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=208;TCF=97;TCR=111;TR=109;WE=31821248;WS=31821230;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:179,169:0.49:348
chr13	31821992	rs4943266	T	C	1674.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=30;NR=17;PP=988;SC=TTTTGGTCAGTTTTTCTGTAA;SOR=1.316;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=30;TCR=17;TR=47;WE=31822000;WS=31821982;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr13	31835375	rs4943289	G	A	172.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.220;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=7;PP=118;ReadPosRankSum=0.343;SC=AGATGCTTGAGGGTTTCTGCT;SOR=0.223;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=16;TCF=1;TCR=15;TR=8;WE=31835383;WS=31835365;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,8:0.53:15
chr13	31843320	rs281865462	TA	T	273.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=2.772;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.147;HP=8;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.919;NF=12;NR=3;PP=226;ReadPosRankSum=0.000;SC=TTCTTTTGGTTAAAAAAAATC;SOR=1.420;SbPval=0.96;Source=Platypus;TC=38;TCF=23;TCR=15;TR=15;WE=31843328;WS=31843310;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,21:0.36:58
chr13	31843598	rs1924817	A	G	750.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.233;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=21;PP=447;ReadPosRankSum=-0.792;SC=AGTTATGTAGATGAAGACAGA;SOR=0.789;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=53;TCF=15;TCR=38;TR=28;WE=31843606;WS=31843588;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,35:0.56:62
chr13	31848535	rs912600	G	A	1540.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=38;NR=9;PP=1073;SC=ATATGGTTCAGCCTACTCTCT;SOR=2.584;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=38;TCR=9;TR=47;WE=31848543;WS=31848525;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr13	31848823	rs728930	A	G	1209.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.372;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.459;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=31;PP=663;ReadPosRankSum=-2.019;SC=GATGCTGTGCATAATGTCATC;SOR=0.550;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=103;TCF=35;TCR=68;TR=48;WE=31848831;WS=31848813;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,59:0.46:127
chr13	31850714	rs1028751	G	C	929.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.56;SOR=1.148;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr13	31850803	rs137981677	C	CACAT	1638.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=1.077;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=11;PP=752;ReadPosRankSum=-0.782;SC=AACGCTGACTCACATATGCAT;SOR=0.684;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=29;TCF=7;TCR=22;TR=14;WE=31850811;WS=31850793;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,39:0.57:68
chr13	31850989	rs4065552	G	A	520.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-1.709;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.895;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=12;PP=227;ReadPosRankSum=-1.445;SC=ATTCTTGAGTGTAAATTCAGA;SOR=0.356;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=29;TCF=7;TCR=22;TR=17;WE=31850997;WS=31850979;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,25:0.61:41
chr13	31860769	rs9543606	G	C	481.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.434;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=2;PP=257;ReadPosRankSum=-0.112;SC=TAAGCTCTTAGAACACTTCAA;SOR=1.047;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=27;TCF=21;TCR=6;TR=14;WE=31860777;WS=31860759;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,20:0.62:32
chr13	31861059	rs1397890	G	A	342.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.082;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=10;PP=194;ReadPosRankSum=-0.816;SC=TAACGGGGACGGGGTTTACCC;SOR=0.446;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=25;TCF=3;TCR=22;TR=11;WE=31861067;WS=31861049;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,15:0.52:29
chr13	31891561	rs1041074	T	C	1939.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=53;NR=4;PP=1461;SC=TTTATTTATTTTATAAGTCAC;SOR=4.209;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=58;TCF=53;TCR=5;TR=57;WE=31891569;WS=31891551;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr13	31891746	rs1041073	G	A	2675.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.195;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=281;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.925;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=55;PP=1461;ReadPosRankSum=-1.604;SC=TGACTCCGGCGAGCCTGTGTT;SOR=0.754;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=173;TCF=72;TCR=101;TR=95;WE=31891754;WS=31891736;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:140,131:0.48:271
chr13	31903834	rs1060709	G	T	477.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-2.729;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=18;PP=381;ReadPosRankSum=0.561;SC=CCTAGCCTGCGCAGGGAATGA;SOR=0.957;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=44;TCF=4;TCR=40;TR=20;WE=31903842;WS=31903824;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,20:0.42:48
chr13	32057366	rs190069426	G	C	2931.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.219;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=293;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.894;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.728;NF=53;NR=40;PP=1533;ReadPosRankSum=-0.242;SC=TTCATCTGGAGTTCTGCCTGA;SOR=0.775;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=179;TCF=101;TCR=78;TR=93;WE=32057374;WS=32057356;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:150,141:0.48:291
chr13	32332556	rs61946567	C	T	978.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=2.279;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=28;PP=584;ReadPosRankSum=2.525;SC=GTGCTCCCCTCGGCTCCCCAT;SOR=0.730;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=79;TCF=18;TCR=61;TR=38;WE=32332564;WS=32332546;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,48:0.43:111
chr13	32335840	rs9532478	A	T	2944.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.774;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=317;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.691;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=42;PP=1281;ReadPosRankSum=1.022;SC=TAAGTGACACATCTCAATCAC;SOR=0.512;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=196;TCF=115;TCR=81;TR=91;WE=32335848;WS=32335830;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:163,152:0.48:315
chr13	32339382	rs12870532	C	T	499.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.172;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.122;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=14;PP=304;ReadPosRankSum=0.597;SC=TAATAGAAACCCTGTTTAAAA;SOR=1.022;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=42;TCF=15;TCR=27;TR=20;WE=32339390;WS=32339372;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,24:0.47:51
chr13	32340193	rs35564049	T	TA	1272.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=17;PP=458;SC=CATATTTATTTAAAAAAAATC;SOR=0.981;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=24;TCF=2;TCR=22;TR=19;WE=32340201;WS=32340183;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr13	32348859	rs9549049	T	C	1251.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-1.609;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.508;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=19;PP=479;ReadPosRankSum=0.047;SC=ATTGTAGGTATAATTTTAAGC;SOR=0.723;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=66;TCF=31;TCR=35;TR=33;WE=32348867;WS=32348849;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,63:0.56:113
chr13	32348987	rs17076647	C	T	326.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=0.863;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.693;HP=3;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=11;PP=192;ReadPosRankSum=0.141;SC=AATTATTAAACGATTCCTACC;SOR=0.318;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=31;TCF=5;TCR=26;TR=14;WE=32348995;WS=32348977;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,16:0.46:35
chr13	32349017	rs3848100	A	G	261.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=0.081;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.906;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=10;PP=173;ReadPosRankSum=0.423;SC=AGACATACAAAGGTTCTCCTT;SOR=1.609;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=20;TCF=3;TCR=17;TR=11;WE=32349025;WS=32349007;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,13:0.50:26
chr13	32360547	rs7325513	A	G	11946.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.392;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=457;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=141;NR=132;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.620;SC=CGATAACGGAACTATCACCTC;SOR=0.239;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=274;TCF=142;TCR=132;TR=273;WE=32360555;WS=32360537;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,453:1.00:454
chr13	32360583	rs9549106	A	G	4220.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.585;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=398;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.363;HP=1;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=70;PP=2128;ReadPosRankSum=0.797;SC=TGAAGCTTCTACAAAAGCTGT;SOR=0.713;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=258;TCF=124;TCR=134;TR=134;WE=32360591;WS=32360573;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:191,203:0.52:394
chr13	32360691	rs140904878	T	TA,TAA	2389.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.587;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FS=1.007;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.13;MQRankSum=0.000;QD=17.07;ReadPosRankSum=0.728;SOR=0.939;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:23,55,62:0.39,0.44:140
chr13	32371361	rs17076657	A	G	2531.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-0.374;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=288;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.901;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=29;PP=953;ReadPosRankSum=-0.828;SC=GGCTTTTCTCATCATTGTGTT;SOR=0.774;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=164;TCF=94;TCR=70;TR=70;WE=32371369;WS=32371351;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:154,134:0.47:288
chr13	32605850	rs137934888	TCA	T	262.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.457;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.481;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=2;PP=31;ReadPosRankSum=0.890;SC=CGCGCTGACATCACAACCTGT;SOR=0.148;SbPval=0.12;Source=Platypus;TC=9;TCF=6;TCR=3;TR=2;WE=32605859;WS=32605840;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,8:0.40:20
chr13	32660137	rs423932	T	G	8668.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.664;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=334;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=86;NR=113;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.756;SC=AATACTTGAGTCCTACCCAGG;SOR=0.900;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=202;TCF=87;TCR=115;TR=199;WE=32660145;WS=32660127;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,327:0.99:329
chr13	32676114	rs364995	A	G	2536.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.146;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=316;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.420;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=32;PP=1156;ReadPosRankSum=-0.900;SC=AGCCATTGACAAAATCTCTGC;SOR=0.924;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=197;TCF=115;TCR=82;TR=87;WE=32676122;WS=32676104;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:175,137:0.44:312
chr13	32698544	rs629265	T	C	1197.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=11;NR=21;PP=679;SC=TACTTTTAGATAATATTTATT;SOR=1.312;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=11;TCR=21;TR=32;WE=32698552;WS=32698534;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr13	32706028	rs41308556	T	C	653.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.521;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.506;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=17;PP=448;ReadPosRankSum=1.174;SC=AGCACTTCCCTTCCTCAAAAT;SOR=1.140;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=36;TCF=8;TCR=28;TR=22;WE=32706036;WS=32706018;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,28:0.54:52
chr13	32724035	rs41315032	G	A	3023.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.258;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=326;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.972;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=67;PP=1590;ReadPosRankSum=0.243;SC=CCTTTGCTTTGCGGCTTTGGA;SOR=1.004;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=223;TCF=83;TCR=140;TR=99;WE=32724043;WS=32724025;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:170,147:0.46:317
chr13	32724058	rs41306670	G	A	2450.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=2.256;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=248;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.679;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=59;PP=1395;ReadPosRankSum=-1.375;SC=ATGGGATGAGGGATGTCTTCT;SOR=1.021;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=182;TCF=54;TCR=128;TR=76;WE=32724066;WS=32724048;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:130,112:0.46:242
chr13	32735444	rs200483563	G	GA	1861.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.267;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=248;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.236;HP=9;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=47;PP=708;ReadPosRankSum=-0.233;SC=TGTGACTCCTGAAAAAAAAAT;SOR=0.446;SbPval=0.16;Source=Platypus;TC=126;TCF=10;TCR=116;TR=54;WE=32735452;WS=32735434;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:99,112:0.53:211
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chr13	32758834	rs798971	A	G	3457.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.940;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=323;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.325;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=69;PP=1730;ReadPosRankSum=-0.462;SC=GACAGGTAGGATCAGAATTCT;SOR=0.778;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=212;TCF=92;TCR=120;TR=121;WE=32758842;WS=32758824;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:151,169:0.53:320
chr13	32776406	rs113076316	C	G	202.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=2.565;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.965;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=1;PP=165;ReadPosRankSum=0.896;SC=AATTTTGTTACTTCTAACCTT;SOR=2.303;SbPval=0.93;Source=Platypus;TC=23;TCF=17;TCR=6;TR=9;WE=32776414;WS=32776396;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,9:0.33:27
chr13	32786416	rs798983	T	A	4940.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=1.073;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=591;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=82;NR=80;PP=2150;ReadPosRankSum=0.285;SC=TTTTCTTCCATTCCCATCTAC;SOR=0.676;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=346;TCF=171;TCR=175;TR=162;WE=32786424;WS=32786406;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:320,259:0.45:579
chr13	32798235	rs5802638	T	TA	313.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=0.461;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=5;PP=256;ReadPosRankSum=-1.189;SC=ACCCTGTCCCTAAAAAAAATT;SOR=0.871;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=49;TCF=29;TCR=20;TR=15;WE=32798243;WS=32798225;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,19:0.44:43
chr13	32800145	rs45612031	A	C	1096.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-2.345;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=37;PP=623;ReadPosRankSum=0.121;SC=AGCCTAGGACAGTTACAAATG;SOR=0.720;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=112;TCF=31;TCR=81;TR=52;WE=32800153;WS=32800135;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,57:0.44:129
chr13	32811607	rs2806639	G	A	2762.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.487;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=302;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.892;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=33;PP=1264;ReadPosRankSum=0.810;SC=AACCACCAGCGGCAACACCGC;SOR=0.628;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=191;TCF=118;TCR=73;TR=86;WE=32811615;WS=32811597;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:159,137:0.46:296
chr13	32823882	rs2806630	G	A	2535.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=21;NR=52;PP=1407;SC=TTGAGTCCATGTGGCTGGGTC;SOR=1.765;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=74;TCF=21;TCR=53;TR=73;WE=32823890;WS=32823872;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr13	32825913	rs2806632	A	G	2382.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.700;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=27;PP=1123;ReadPosRankSum=-1.992;SC=CATTCTGTCTATACGTTAAGT;SOR=0.677;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=162;TCF=104;TCR=58;TR=77;WE=32825921;WS=32825903;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:108,112:0.51:220
chr13	32825941	rs2806633	C	A	3355.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-2.437;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=312;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=41;PP=1389;ReadPosRankSum=-1.236;SC=CCCTGTATGGCTAGTGGCTAG;SOR=0.679;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=207;TCF=123;TCR=84;TR=100;WE=32825949;WS=32825931;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:147,162:0.52:309
chr13	32826186	rs2806634	G	A	646.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.008;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.401;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=20;PP=424;ReadPosRankSum=1.132;SC=GGATTCAACTGTGAATGACAA;SOR=0.264;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=54;TCF=12;TCR=42;TR=27;WE=32826194;WS=32826176;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,30:0.52:58
chr13	32828553	rs2157961	A	G	878.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=1.255;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=20;PP=521;ReadPosRankSum=0.859;SC=TCTCTGTAAAAATAATCCCCG;SOR=0.662;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=68;TCF=23;TCR=45;TR=30;WE=32828561;WS=32828543;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,41:0.47:88
chr13	32832149	rs2520686	T	C	1449.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.769;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.583;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=21;PP=457;ReadPosRankSum=-0.478;SC=TGCTAGTAGATGTTTTGCATC;SOR=0.746;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=89;TCF=44;TCR=45;TR=41;WE=32832157;WS=32832139;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,76:0.49:156
chr13	32832350	rs2806636	A	G	67.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.301;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=6.16;ReadPosRankSum=-0.023;SOR=0.330;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,4:0.36:11
chr13	32834538	rs5802640	C	CTATCT	2750.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=4;NR=23;PP=1629;SC=TCCTTTATTCCTAACAGAAAG;SOR=1.179;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=28;TCF=4;TCR=24;TR=27;WE=32834546;WS=32834528;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr13	32834617	rs4941521	T	C	223.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-0.864;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=33;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=10;PP=166;ReadPosRankSum=0.764;SC=ATTTATTAACTGATGGTTTGT;SOR=0.610;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=23;TCF=2;TCR=21;TR=12;WE=32834625;WS=32834607;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,12:0.40:30
chr13	32849316	rs71436473	C	G	925.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.65;QD=25.72;SOR=1.547;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr13	32849345	rs183269	A	C	444.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.566;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.25;MQRankSum=-0.176;QD=24.71;ReadPosRankSum=0.097;SOR=0.776;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,17:0.94:18
chr13	32849359	.	C	CA	122.27	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.253;ClippingRankSum=-0.000;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.96;MQRankSum=-0.253;QD=10.19;ReadPosRankSum=1.282;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,10:0.83:12
chr13	32852585	rs11617081	C	T	4385.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.871;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=39;PP=2138;ReadPosRankSum=0.791;SC=CTATGTCTTTCCCTCTCTTTC;SOR=1.110;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=107;TCF=67;TCR=40;TR=105;WE=32852593;WS=32852575;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,163:0.99:165
chr13	32866221	rs6561216	A	G	602.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=12;PP=380;SC=CCAGGTTCAAACGATTCTCCT;SOR=1.721;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=3;TCR=12;TR=15;WE=32866229;WS=32866211;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr13	32882912	rs34528008	G	GT	4171.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.064;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.571;HP=10;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.365;NF=26;NR=55;PP=1161;ReadPosRankSum=0.682;SC=AGAGAAATATGTTTTTTTTTA;SOR=0.418;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=97;TCF=34;TCR=63;TR=81;WE=32882920;WS=32882902;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:11,194:0.95:205
chr13	32883052	rs206103	G	A	3275.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=30;NR=59;PP=1822;SC=TCTACCCTTGGGGTTTCAAGG;SOR=1.255;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=93;TCF=30;TCR=63;TR=89;WE=32883060;WS=32883042;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr13	32884653	rs206110	G	T	1694.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=39;NR=6;PP=1119;SC=CACCTGGCACGGGGGATGCCA;SOR=3.139;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=45;TCF=39;TCR=6;TR=45;WE=32884661;WS=32884643;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr13	32884771	rs206111	T	C	8907.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.761;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=361;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=129;NR=103;PP=2965;ReadPosRankSum=0.063;SC=ACTCTTTTTATTTACCTTGTT;SOR=0.807;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=236;TCF=132;TCR=104;TR=232;WE=32884779;WS=32884761;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,349:0.99:353
chr13	32885654	rs445909	T	C	9309.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.986;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=269;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=35.67;ReadPosRankSum=-1.248;SOR=0.748;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,259:0.99:261
chr13	32885654	.	TGGCG	CGGCA,CGGCG	1505	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.52;FR=0.5000,0.5000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=38,87;NR=40,88;PP=1125,1505;QD=15.1085624982;SC=CTGCGGCCGGTGGCGGGCGAA;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=178;TCF=88;TCR=90;TR=78,175;WE=32885666;WS=32885644;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.44:178
chr13	32885658	rs371193	G	A	2658.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.819;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=265;ExcessHet=3.0103;FS=1.495;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.35;ReadPosRankSum=-0.977;SOR=0.685;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:130,127:0.49:257
chr13	32890572	rs1799943	G	A	3263.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.974;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=354;ExcessHet=3.0103;FS=3.425;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.35;ReadPosRankSum=0.589;SOR=0.542;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:181,168:0.48:349
chr13	32905219	.	A	AT	59.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.137;ClippingRankSum=0.000;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=3.061;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.18;MQRankSum=1.759;QD=1.27;ReadPosRankSum=0.404;SOR=1.247;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,11:0.23:47
chr13	32905265	rs206073	G	A	746.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=16;PP=484;SC=CCGTGATCTCGGTTTACCGCA;SOR=1.781;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=24;TCF=7;TCR=17;TR=22;WE=32905273;WS=32905255;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr13	32911888	rs1801406	A	G	3168.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=2.631;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=280;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.443;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=39;PP=1888;ReadPosRankSum=-1.401;SC=AGTTTAGAAAACCAAGCTACA;SOR=0.738;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=211;TCF=128;TCR=83;TR=103;WE=32911896;WS=32911878;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:135,141:0.51:276
chr13	32912299	rs543304	T	C	651.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.816;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.755;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=13;PP=223;ReadPosRankSum=0.531;SC=ATGATTCTGTTGTTTCAATGT;SOR=0.983;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=70;TCF=30;TCR=40;TR=19;WE=32912307;WS=32912289;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,36:0.39:93
chr13	32913055	rs206075	A	G	8776.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=328;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=114;NR=107;PP=2965;SC=AACCTACTCTATTGGGTTTTC;SOR=0.699;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=222;TCF=114;TCR=108;TR=221;WE=32913063;WS=32913045;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,323:1.00:323
chr13	32915005	rs206076	G	C	3882.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=41;NR=37;PP=1575;SC=GAACCAAAGTGTCACTTGTTG;SOR=0.734;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=78;TCF=41;TCR=37;TR=78;WE=32915013;WS=32914995;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,147:1.00:147
chr13	32915410	rs138193280	CAATT	C	238.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.996;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.756;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=2;PP=73;ReadPosRankSum=0.974;SC=GGTATGCTAACAATTAAGAGT;SOR=0.515;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=3;WE=32915421;WS=32915400;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,7:0.54:13
chr13	32920844	rs206080	T	C	220.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=1;PP=134;SC=ATTGAGCATCTGTTACATTCA;SOR=2.833;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=6;TCR=1;TR=7;WE=32920852;WS=32920834;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr13	32929232	rs1799955	A	G	2427.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.331;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=265;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.718;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=42;PP=1149;ReadPosRankSum=-0.082;SC=AAACTAAATCACATTTTCACA;SOR=0.657;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=175;TCF=88;TCR=87;TR=80;WE=32929240;WS=32929222;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:136,124:0.48:260
chr13	32929387	rs169547	T	C	4218.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=29;NR=62;PP=2033;SC=AATCAAGCAGTAGCTGTAACT;SOR=1.186;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=91;TCF=29;TCR=62;TR=91;WE=32929395;WS=32929377;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,156:1.00:156
chr13	32936646	rs9534262	T	C	784.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.764;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.800;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=7;PP=485;ReadPosRankSum=0.669;SC=AATATTCTACTTTTATTTGTT;SOR=0.991;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=72;TCF=51;TCR=21;TR=31;WE=32936654;WS=32936636;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,40:0.42:95
chr13	32951111	rs3764791	A	C	440.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.901;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=22.04;ReadPosRankSum=1.585;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,12:0.60:20
chr13	32953388	rs4942486	T	C	704.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-3.600;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.412;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=4;PP=411;ReadPosRankSum=-1.288;SC=TAAAGCCATCTAGTTACAATA;SOR=0.200;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=44;TCF=36;TCR=8;TR=24;WE=32953396;WS=32953378;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,31:0.63:49
chr13	33052294	rs380627	C	T	2437.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=59;PP=1698;SC=TCAATCTCAACGAAGAACTTG;SOR=2.598;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=75;TCF=16;TCR=59;TR=74;WE=33052302;WS=33052284;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr13	33095620	rs621450	G	A	926.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.168;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=18;PP=375;ReadPosRankSum=0.510;SC=CAAAAACCCAGAGAAGTACTT;SOR=0.746;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=51;TCF=19;TCR=32;TR=28;WE=33095628;WS=33095610;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,45:0.57:79
chr13	33101731	rs391612	T	C	2406.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=56;PP=1710;SC=AGAAATAAACTATCAGAAATA;SOR=2.690;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=68;TCF=12;TCR=56;TR=68;WE=33101739;WS=33101721;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr13	33222831	rs2301389	G	A	127.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.407;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=2;PP=63;ReadPosRankSum=0.586;SC=TACCATTTATGTTTGTTAAGA;SOR=0.586;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=13;TCF=8;TCR=5;TR=5;WE=33222839;WS=33222821;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,7:0.41:17
chr13	33226282	rs34522910	G	GT	114.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.036;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.48;ReadPosRankSum=1.243;SOR=0.193;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,12:0.36:33
chr13	33232334	rs7335546	G	A	188.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.68;BaseQRankSum=-0.270;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=2;PP=131;ReadPosRankSum=-1.752;SC=TTTTCATTTAGCGTTCATAAT;SOR=0.804;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=12;TCF=10;TCR=2;TR=8;WE=33232342;WS=33232324;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,10:0.45:22
chr13	33232435	rs2301393	A	G	349.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.101;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.193;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=6;PP=201;ReadPosRankSum=-1.567;SC=AGAGCCCACAATTCAATAGGT;SOR=0.509;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=31;TCF=19;TCR=12;TR=14;WE=33232443;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,18:0.44:41
chr13	33253136	rs11355777	GA	G	196.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.710;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.289;HP=8;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.959;NF=0;NR=14;PP=143;ReadPosRankSum=-0.036;SC=TTCATAGGGGGAAAAAAAACC;SOR=0.929;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=36;TCF=1;TCR=35;TR=14;WE=33253144;WS=33253126;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,16:0.36:45
chr13	33268573	rs561056	T	C	150.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=5;PP=151;SC=GGATTCCTTGTTTAGAAAACT;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=5;WE=33268581;WS=33268563;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr13	33275733	rs34184885	G	GCA	99.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.847;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=9.97;ReadPosRankSum=-1.437;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,5:0.50:10
chr13	33309563	rs17516382	C	G	348.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-3.344;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.310;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=12;PP=241;ReadPosRankSum=-0.080;SC=ATAATACTTCCATTTGACTGC;SOR=0.157;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=27;TCF=0;TCR=27;TR=12;WE=33309571;WS=33309553;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,14:0.47:30
chr13	33315186	rs2320469	C	T	932.41	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.304;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=1.900;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.90;ReadPosRankSum=0.092;SOR=0.399;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:5,31:0.86:36
chr13	33315188	.	G	GT	629.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=1.284;ClippingRankSum=0.000;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.02;ReadPosRankSum=-0.983;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,17:0.46:37
chr13	33315189	rs2320470	G	T	1054.79	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-1.286;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=1.953;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=28.51;ReadPosRankSum=0.133;SOR=0.349;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:5,32:0.86:37
chr13	33315206	rs733487	G	A	847.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.318;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=4.921;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.67;ReadPosRankSum=-0.282;SOR=0.550;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,32:0.52:62
chr13	33320054	rs4942867	A	G	867.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=4.534;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.691;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=8;PP=692;ReadPosRankSum=1.533;SC=AATTAGATGTACAGAAGATTT;SOR=1.241;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=87;TCF=67;TCR=20;TR=38;WE=33320062;WS=33320044;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,37:0.39:94
chr13	33329954	rs9562937	G	T	306.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.770;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FS=2.039;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.98;MQRankSum=0.000;QD=3.74;ReadPosRankSum=1.148;SOR=0.412;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:58,24:0.29:82
chr13	33332648	rs3752474	G	T	1182.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.774;HP=6;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=12;PP=804;ReadPosRankSum=2.191;SC=AAGTATCTGTGTTTTTAAAAA;SOR=0.840;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=93;TCF=65;TCR=28;TR=45;WE=33332656;WS=33332638;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,54:0.50:109
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chr13	33344241	rs112309957	AT	A	490.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.110;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.20;MQRankSum=0.862;QD=9.44;ReadPosRankSum=1.353;SOR=0.634;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,31:0.60:52
chr13	33349235	rs57144014	C	CTTTT	753.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.24;QD=31.41;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr13	33349341	rs3492	A	G	704.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.723;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.184;NF=5;NR=18;PP=436;ReadPosRankSum=-0.833;SC=GACCCCATACATTTGTGGTCA;SOR=0.907;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=37;TCF=8;TCR=29;TR=23;WE=33349349;WS=33349331;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,32:0.60:53
chr13	33590851	rs2772364	T	C	14415.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=537;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=170;NR=144;PP=2965;SC=CCATCTGGGATACGTTCACCC;SOR=0.819;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=314;TCF=170;TCR=144;TR=314;WE=33590859;WS=33590841;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,536:1.00:536
chr13	33627760	rs7323281	A	G	510.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=3.662;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=2;PP=391;ReadPosRankSum=-0.617;SC=GAAATAATGTATTGGTTCTAG;SOR=0.957;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=42;TCF=37;TCR=5;TR=20;WE=33627768;WS=33627750;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,20:0.48:42
chr13	33627829	rs570875	T	G	5124.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=94;NR=45;PP=2802;SC=TATAATCTGATTTGGGGATTC;SOR=1.367;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=142;TCF=95;TCR=47;TR=139;WE=33627837;WS=33627819;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,185:1.00:185
chr13	33634983	rs564481	C	T	5247.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.421;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=520;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=84;NR=82;PP=2496;ReadPosRankSum=-0.055;SC=AGGAAATGCACGTTACACATT;SOR=0.694;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=340;TCF=169;TCR=171;TR=166;WE=33634991;WS=33634973;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:261,253:0.49:514
chr13	33635463	rs648202	T	C	4891.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=68;NR=69;PP=2367;SC=AAGAGGTGGCTGAGAGAGTTT;SOR=0.704;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=137;TCF=68;TCR=69;TR=137;WE=33635471;WS=33635453;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,185:1.00:185
chr13	33635835	rs649964	T	C	5588.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=54;NR=97;PP=2650;SC=TAATATCCAATGGAATCGATG;SOR=1.189;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=151;TCF=54;TCR=97;TR=151;WE=33635843;WS=33635825;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,214:1.00:214
chr13	33635939	rs650439	T	A	2772.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.606;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=5.522;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=44;PP=1589;ReadPosRankSum=0.533;SC=TAGCTGCGGCTATCTCCTGAA;SOR=0.130;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=72;TCF=25;TCR=47;TR=69;WE=33635947;WS=33635929;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,100:0.97:103
chr13	33637913	rs34137141	C	CA	774.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.592;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.14;MQRankSum=1.714;QD=5.61;ReadPosRankSum=0.991;SOR=0.730;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:72,66:0.48:138
chr13	33701347	rs2764617	C	T	439.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.663;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=5.464;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.47;ReadPosRankSum=-0.135;SOR=0.180;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,22:0.52:42
chr13	33701498	rs111472920	T	G	1486.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=2.076;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.082;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=15;PP=647;ReadPosRankSum=0.616;SC=CCTAGGTGAATGTGCTACGCA;SOR=0.746;SbPval=0.15;Source=Platypus;TC=93;TCF=45;TCR=48;TR=39;WE=33701506;WS=33701488;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:95,74:0.44:169
chr13	33703656	rs495680	T	C	12556.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.346;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=679;ExcessHet=3.0103;FS=1.100;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.55;ReadPosRankSum=2.070;SOR=0.685;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:344,333:0.49:677
chr13	33703666	rs34425674	C	G	6703.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.768;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=708;ExcessHet=3.0103;FS=0.521;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.51;ReadPosRankSum=1.523;SOR=0.692;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:370,335:0.48:705
chr13	33713038	rs2858805	C	G	1616.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.658;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.194;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=20;PP=723;ReadPosRankSum=-1.650;SC=GGGAGGGTAGCGGTGTTGTCA;SOR=0.796;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=97;TCF=50;TCR=47;TR=44;WE=33713046;WS=33713028;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,80:0.48:168
chr13	33739629	rs797232	G	A	153.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=1.340;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=7;PP=111;ReadPosRankSum=1.258;SC=AGACCTTCAAGGTCTGTAAAA;SOR=0.760;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=22;TCF=3;TCR=19;TR=8;WE=33739637;WS=33739619;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,8:0.32:25
chr13	33741559	rs797229	C	T	1020.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=1.715;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=11;PP=523;ReadPosRankSum=0.339;SC=GCAAAAAGGCCGAGGGAAAAA;SOR=0.619;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=72;TCF=48;TCR=24;TR=33;WE=33741567;WS=33741549;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,47:0.52:91
chr13	33923314	rs9597272	T	C	1734.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.237;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FS=1.705;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.42;ReadPosRankSum=0.599;SOR=0.573;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:112,94:0.46:206
chr13	34013847	rs876133	G	C	2518.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=21;NR=33;PP=1146;SC=CTTTGGGTCTGTTATCAGAGA;SOR=1.006;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=54;TCF=21;TCR=33;TR=54;WE=34013855;WS=34013837;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr13	34013959	rs651327	T	C	382.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=11;PP=294;SC=AAAATTAGAATCAAATGGCCT;SOR=2.833;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=12;TCF=1;TCR=11;TR=12;WE=34013967;WS=34013949;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr13	34098232	rs1329344	A	C	2115.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=38;NR=12;PP=1192;SC=AACACTAGTTAATGCTAATGT;SOR=1.833;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=50;TCF=38;TCR=12;TR=50;WE=34098240;WS=34098222;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr13	35252882	rs9572094	T	C	7611.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=294;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=85;NR=63;PP=2903;SC=GATGAGAAATTTACCTCTCCC;SOR=0.847;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=148;TCF=85;TCR=63;TR=148;WE=35252890;WS=35252872;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,291:1.00:291
chr13	35618991	rs7996448	A	G	1264.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=39;NR=7;PP=1072;SC=AGAGAGAGATAACAATGATAA;SOR=3.109;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=46;TCF=39;TCR=7;TR=46;WE=35618999;WS=35618981;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr13	35630064	rs9530108	A	G	233.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=2.306;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=1;PP=130;ReadPosRankSum=-1.084;SC=ATATTCTTGTAGGGTTTTATG;SOR=0.941;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=20;TCF=18;TCR=2;TR=9;WE=35630072;WS=35630054;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,10:0.43:23
chr13	35806549	rs9565113	T	G	1078.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=29.16;SOR=2.774;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr13	35926497	rs9565205	A	G	346.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.379;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.751;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=12;PP=279;ReadPosRankSum=1.716;SC=AATAATTCATAGGTTAATTAT;SOR=3.003;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=1;TCR=17;TR=12;WE=35926505;WS=35926487;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,14:0.56:25
chr13	36049080	rs9565317	T	G	610.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=3.426;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.230;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=3;PP=446;ReadPosRankSum=0.814;SC=ATTATTCCTTTTTAAAGGAAG;SOR=0.909;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=62;TCF=53;TCR=9;TR=24;WE=36049088;WS=36049070;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,26:0.39:67
chr13	36141009	rs9544667	G	A	5193.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=34.63;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,150:1.00:150
chr13	36141009	.	GTA	ATA,ATG	906	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.4;FR=0.5000,0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=75,35;NR=37,14;PP=906,724;QD=8.39974296917;SC=CATTTTGTGTGTACAAATTTT;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=115;TCF=75;TCR=40;TR=112,49;WE=36141019;WS=36140999;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.97:115
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chr13	36220281	rs3818423	A	C	969.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.067;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.784;HP=4;HapScore=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=12;PP=1389;ReadPosRankSum=0.189;SC=CACCCGTTGAATTTTCTGGAC;SOR=1.347;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=61;TCF=35;TCR=26;TR=34;WE=36220300;WS=36220271;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,41:0.58:71
chr13	36220292	rs3818424	T	C	752.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.996;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=12;PP=1090;ReadPosRankSum=0.165;SC=TTTTCTGGACTTTTTTTCATG;SOR=0.631;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=64;TCF=37;TCR=27;TR=27;WE=36220300;WS=36220271;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,33:0.43:77
chr13	36223780	rs3765523	T	C	913.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.589;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FS=5.838;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.28;ReadPosRankSum=-1.928;SOR=0.299;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,45:0.56:81
chr13	36224051	rs200267946	TACTGGG	T	978.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=14;PP=758;SC=TAAAAAAGTGTACTGGGACTG;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=0;TCR=15;TR=14;WE=36224064;WS=36224041;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr13	36224102	rs9544890	A	G	113.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=2.515;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=42;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=5;PP=86;ReadPosRankSum=-0.409;SC=AAAACAGCAGACTAAATAAAT;SOR=1.911;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=5;WE=36224110;WS=36224092;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,5:0.50:10
chr13	36226098	rs35622952	A	AT	304.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-1.169;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=13;PP=342;ReadPosRankSum=0.223;SC=GTTGAACAATATTTTTTCTAC;SOR=0.602;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=25;TCF=1;TCR=24;TR=13;WE=36226106;WS=36226088;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,16:0.59:27
chr13	36229615	rs9544913	A	T	254.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.007;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=1;PP=164;ReadPosRankSum=-0.035;SC=AAATAAAATTAAAAATATGGT;SOR=0.430;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=17;TCF=16;TCR=1;TR=10;WE=36229623;WS=36229605;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,12:0.55:22
chr13	36229873	rs2274550	C	T	885.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.344;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=26;PP=608;ReadPosRankSum=-1.495;SC=TCATAGGAGACAACCCTAACA;SOR=0.666;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=106;TCF=45;TCR=61;TR=46;WE=36229881;WS=36229863;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:99,50:0.34:149
chr13	36244990	rs3794387	A	G	2339.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.501;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=18;PP=991;ReadPosRankSum=-1.851;SC=AATAGCAACCACAGAAATGAT;SOR=0.687;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=136;TCF=98;TCR=38;TR=68;WE=36244998;WS=36244980;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:92,115:0.56:207
chr13	36367641	rs1926459	G	C	1180.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.570;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FS=2.268;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.54;ReadPosRankSum=-1.481;SOR=0.395;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,49:0.64:76
chr13	36382312	rs4421866	C	T	1997.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=1.002;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.212;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=18;PP=1170;ReadPosRankSum=-0.243;SC=AAAAATAATTCCGTTAAGACA;SOR=0.827;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=144;TCF=103;TCR=41;TR=68;WE=36382320;WS=36382302;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:99,89:0.47:188
chr13	36401731	rs2225046	G	A	1725.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.501;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.022;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=17;PP=967;ReadPosRankSum=-1.267;SC=GGCAAGTGCGGTGCCATCAAT;SOR=0.520;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=123;TCF=89;TCR=34;TR=57;WE=36401739;WS=36401721;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:91,80:0.47:171
chr13	36401746	rs9574698	A	G	2223.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.419;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=244;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.008;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=24;PP=1109;ReadPosRankSum=-0.069;SC=ATCAATAAAGACTTACTTTCT;SOR=0.520;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=159;TCF=109;TCR=50;TR=70;WE=36401754;WS=36401736;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:126,109:0.46:235
chr13	36401909	rs9574699	T	C	2061.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.732;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=273;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.979;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=48;PP=1147;ReadPosRankSum=1.503;SC=AAGGAAAAGTTATCTTCATCA;SOR=0.601;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=195;TCF=71;TCR=124;TR=78;WE=36401917;WS=36401899;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:163,105:0.39:268
chr13	36402325	rs2296644	T	A	1702.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=20;NR=15;PP=652;SC=TTGGGAGTGATCTTTGTGTTT;SOR=0.957;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=35;TCF=20;TCR=15;TR=35;WE=36402333;WS=36402315;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr13	36402475	rs2296646	G	A	841.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=9;NR=17;PP=499;SC=TTTTTAAAATGAAACTTAACT;SOR=1.402;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=9;TCR=17;TR=26;WE=36402483;WS=36402465;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr13	36428595	rs1926466	C	T	971.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-1.386;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=13;PP=638;ReadPosRankSum=-1.130;SC=TGCACCAAGGCTGAGACAGGT;SOR=0.730;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=68;TCF=49;TCR=19;TR=42;WE=36428603;WS=36428585;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,46:0.54:85
chr13	36443324	rs7986427	G	A	1635.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-1.966;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.644;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=35;PP=828;ReadPosRankSum=1.113;SC=AGCTGGACAAGCTCAGTTCTT;SOR=0.606;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=103;TCF=42;TCR=61;TR=60;WE=36443332;WS=36443314;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,80:0.58:138
chr13	36700354	rs74044530	A	T	1308.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.539;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FS=5.879;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.00;ReadPosRankSum=-0.492;SOR=0.297;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:61,58:0.49:119
chr13	36743297	rs77756593	C	T	396.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-2.421;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=14;PP=248;ReadPosRankSum=0.113;SC=AAATGATTTGCAAAACTATGT;SOR=0.882;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=38;TCF=5;TCR=33;TR=17;WE=36743305;WS=36743287;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,19:0.39:49
chr13	36747798	rs1410633	C	G	1269.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=27;NR=7;PP=931;SC=AGGTCCCCCTCTAAGTGGCAC;SOR=2.247;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=35;TCF=27;TCR=8;TR=34;WE=36747806;WS=36747788;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr13	36788758	rs3762117	C	T	1694.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=9;NR=35;PP=1011;SC=ACTAATGGCTCCTGGCCGCAG;SOR=2.041;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=44;TCF=9;TCR=35;TR=44;WE=36788766;WS=36788748;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr13	36805549	rs2296532	G	A	3370.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=34;NR=53;PP=1777;SC=ACCTTCACACGGAAACCTTCC;SOR=1.033;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=88;TCF=34;TCR=54;TR=87;WE=36805557;WS=36805539;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
chr13	36940028	rs1041140	G	A	3838.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=25;NR=72;PP=2048;SC=TACAGAGCCAGTCACCAAATC;SOR=1.695;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=98;TCF=25;TCR=73;TR=97;WE=36940036;WS=36940018;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,141:1.00:141
chr13	37007040	rs4245378	A	G	517.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=7;PP=268;SC=CCCAATAATTACTGGGAAGAT;SOR=1.179;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=4;TCR=7;TR=11;WE=37007048;WS=37007030;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr13	37007491	rs71438101	A	G	514.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.704;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=8.860;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.50;MQRankSum=1.503;QD=12.56;ReadPosRankSum=2.302;SOR=2.518;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,20:0.49:41
chr13	37007494	rs145868841	GTTGA	G	1251.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.49;QD=39.12;SOR=3.912;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr13	37007507	rs72032702	TTTTCTTTC	T	255.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.857;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=2.515;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.36;MQRankSum=-0.794;QD=9.13;ReadPosRankSum=-1.644;SOR=0.191;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,12:0.43:28
chr13	37014366	rs2282411	G	A	1954.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-0.366;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.732;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=58;PP=1306;ReadPosRankSum=0.847;SC=GCCAAGGAGCGTAAAAATCAA;SOR=0.395;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=137;TCF=27;TCR=110;TR=75;WE=37014374;WS=37014356;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,82:0.55:149
chr13	37015242	rs17188012	C	G	2617.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.269;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=261;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=29;PP=1352;ReadPosRankSum=0.662;SC=GTGTTTTCTTCTCTTGTGCTT;SOR=0.676;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=168;TCF=111;TCR=57;TR=86;WE=37015250;WS=37015232;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:131,122:0.48:253
chr13	37401917	rs11285105	GT	G	3473.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=4;NR=60;PP=2051;SC=CATCTACATGGTTTTTTATCT;SOR=1.131;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=70;TCF=4;TCR=66;TR=64;WE=37401925;WS=37401907;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,140:1.00:140
chr13	37453293	rs10658358	C	CCTCT	873.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.899;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=3.443;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.44;MQRankSum=1.179;QD=18.99;ReadPosRankSum=-0.544;SOR=0.290;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,28:0.61:46
chr13	37524255	rs3818380	A	C	568.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-2.372;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.108;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=23;PP=402;ReadPosRankSum=-0.322;SC=AAAACGTATCAGTTTAAAGTC;SOR=0.941;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=61;TCF=15;TCR=46;TR=30;WE=37524263;WS=37524245;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,30:0.48:62
chr13	37526560	rs6563506	G	A	1919.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=27;NR=18;PP=1026;SC=GGCTTGATGAGGGGAGCAAGG;SOR=1.054;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=45;TCF=27;TCR=18;TR=45;WE=37526568;WS=37526550;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr13	37546280	rs9576146	G	C	205.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.663;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=9;PP=164;ReadPosRankSum=-1.104;SC=TAAAAAAGTTGACATTAAAAA;SOR=0.631;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=27;TCF=3;TCR=24;TR=10;WE=37546288;WS=37546270;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,10:0.37:27
chr13	37563791	rs2243710	C	T	493.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-3.078;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=16;PP=357;ReadPosRankSum=0.638;SC=CTTGCTTTGGCTCAAACACTG;SOR=0.665;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=27;TCF=5;TCR=22;TR=20;WE=37563799;WS=37563781;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,20:0.74:27
chr13	37569200	rs2323165	A	G	2464.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=27;NR=37;PP=1188;SC=ATTAAAAATCACTTTTGAAAA;SOR=0.976;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=64;TCF=27;TCR=37;TR=64;WE=37569208;WS=37569190;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr13	37576788	.	TTGA	T	1127.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.507;ClippingRankSum=0.000;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.632;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=2.119;NF=0;NR=15;PP=609;ReadPosRankSum=-2.984;SC=TCTAAAGGATTTGATGATTTT;SOR=1.245;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=43;TCF=1;TCR=42;TR=15;WE=37576798;WS=37576778;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,32:0.41:78
chr13	37580139	rs1127446	G	A	1664.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.672;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.909;NF=26;NR=32;PP=891;ReadPosRankSum=0.735;SC=TGGCTAGCCAGTTCATTGCAG;SOR=0.658;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=119;TCF=53;TCR=66;TR=58;WE=37580147;WS=37580129;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:98,83:0.46:181
chr13	37581051	rs9576154	T	G	3286.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=84;NR=23;PP=2101;SC=AAGTCTAAGCTAATAGCATGT;SOR=2.284;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=109;TCF=86;TCR=23;TR=107;WE=37581059;WS=37581041;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr13	37583831	rs9469	G	A	2236.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-2.333;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=249;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=31;PP=871;ReadPosRankSum=-1.657;SC=AGTGGTTGGCGTGCCTCTCTT;SOR=0.664;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=134;TCF=72;TCR=62;TR=66;WE=37583839;WS=37583821;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:125,121:0.49:246
chr13	37584838	rs7317750	G	A	2407.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=23;NR=39;PP=1252;SC=AAAGTTTGAAGGCTACCAGGG;SOR=1.141;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=62;TCF=23;TCR=39;TR=62;WE=37584846;WS=37584828;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr13	37598113	rs4943441	A	G	2668.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=58;NR=16;PP=1780;SC=AAGCTGTCTTAAGAAACACTA;SOR=2.007;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=74;TCF=58;TCR=16;TR=74;WE=37598121;WS=37598103;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr13	37600199	rs4941856	A	G	331.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=8;NR=1;PP=233;SC=TACAACAGAGACCCATAAATA;SOR=2.494;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=8;TCR=1;TR=9;WE=37600207;WS=37600189;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr13	37600284	rs9576155	G	A	560.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.942;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=3;PP=276;ReadPosRankSum=-0.482;SC=TATCCTATAAGGGTGAAAAAT;SOR=0.898;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=31;TCF=23;TCR=8;TR=15;WE=37600292;WS=37600274;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,26:0.57:46
chr13	37618442	rs34587536	CA	C	174.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.142;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.906;HP=8;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=1.121;NF=0;NR=10;PP=140;ReadPosRankSum=-0.628;SC=AAGCAAGGATCAAAAAAAATA;SOR=0.330;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=23;TCF=0;TCR=23;TR=10;WE=37618450;WS=37618432;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,12:0.48:25
chr13	37621528	rs1199983	A	G	1322.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=27;NR=11;PP=733;SC=CAGAGCTCTGAGTCAGCTACA;SOR=1.609;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=38;TCF=27;TCR=11;TR=38;WE=37621536;WS=37621518;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr13	37625601	rs1543738	T	C	2859.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.76;SOR=0.995;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr13	37625770	rs5802853	A	AG	2113.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=35;PP=1629;SC=GGCTATTAAGAGAAAAAAAAA;SOR=1.467;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=36;TCF=1;TCR=35;TR=36;WE=37625778;WS=37625760;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr13	37679268	rs9576175	G	T	5118.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.443;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=601;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.093;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=86;NR=77;PP=2251;ReadPosRankSum=-0.619;SC=TCACTGCTACGTCCTCGCCGT;SOR=0.772;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=364;TCF=186;TCR=178;TR=163;WE=37679276;WS=37679258;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:317,269:0.46:586
chr13	37804353	rs1408229	A	C	1807.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.009;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.749;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=42;PP=990;ReadPosRankSum=1.979;SC=ACCACAAGTAACAGAAGTGGC;SOR=0.829;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=144;TCF=53;TCR=91;TR=64;WE=37804361;WS=37804343;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:116,89:0.43:205
chr13	38138730	rs4390468	C	T	3741.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=41;NR=57;PP=1726;SC=AGAAATACTTCGCAATTATGG;SOR=0.952;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=98;TCF=41;TCR=57;TR=98;WE=38138738;WS=38138720;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,145:1.00:145
chr13	38143325	rs58863577	CT	C	875.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.751;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=28.25;ReadPosRankSum=1.408;SOR=1.460;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,29:0.94:31
chr13	38143337	rs12184907	T	C	336.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.207;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=11;HapScore=4;MGOF=36;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=6;PP=223;ReadPosRankSum=1.534;SC=TTTTTTTTTTTAACCCAATTA;SOR=0.569;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=31;TCF=20;TCR=11;TR=14;WE=38143345;WS=38143315;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,17:0.52:33
chr13	38143586	rs9603226	G	A	1166.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.203;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.685;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=16;PP=444;ReadPosRankSum=0.846;SC=CAGACTTTATGTCATAAATAA;SOR=0.732;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=77;TCF=40;TCR=37;TR=35;WE=38143594;WS=38143576;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,58:0.50:117
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chr13	38153351	rs7323378	T	C	1905.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.692;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.635;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=29;PP=1003;ReadPosRankSum=-1.179;SC=CATAAATTCATTCTAGACAAC;SOR=0.614;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=87;TCF=43;TCR=44;TR=59;WE=38153359;WS=38153341;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,87:0.61:142
chr13	38154161	rs73182687	G	A	2117.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-2.789;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.916;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=49;PP=1155;ReadPosRankSum=-1.753;SC=TATTTTGTCAGATTTAGATTT;SOR=0.487;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=137;TCF=35;TCR=102;TR=66;WE=38154169;WS=38154151;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,95:0.54:175
chr13	38154189	rs7986347	G	A	1114.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.618;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.078;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=31;PP=642;ReadPosRankSum=-0.064;SC=TTCACCTACAGTGCATGTAAT;SOR=0.422;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=87;TCF=12;TCR=75;TR=35;WE=38154197;WS=38154179;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,50:0.48:104
chr13	38154905	rs9315504	T	A	2540.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=2.040;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.376;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=57;PP=1385;ReadPosRankSum=0.458;SC=TGTAACTACATAATTAAGTTT;SOR=0.861;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=160;TCF=54;TCR=106;TR=82;WE=38154913;WS=38154895;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:101,117:0.54:218
chr13	38164445	rs1006416	G	A	1648.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=36;NR=9;PP=1036;SC=AAGTTAATAAGTCAGTTAAAA;SOR=2.107;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=45;TCF=36;TCR=9;TR=45;WE=38164453;WS=38164435;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr13	38166357	rs9603229	T	G	500.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=4;NR=12;PP=355;SC=GATACATTTTTACATAAATTT;SOR=2.179;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=4;TCR=12;TR=16;WE=38166365;WS=38166347;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr13	38172867	rs17197663	G	A	4517.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.674;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=507;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=67;NR=83;PP=2260;ReadPosRankSum=-0.261;SC=GAATCATCTTGAGTCTCTCCG;SOR=0.672;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=333;TCF=147;TCR=186;TR=150;WE=38172875;WS=38172857;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:278,225:0.45:503
chr13	38211313	rs75661457	T	C	4786.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=2.081;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=470;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.101;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=78;NR=80;PP=2657;ReadPosRankSum=0.402;SC=ATCCTCGAGATTCCAGTTGAA;SOR=0.598;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=325;TCF=165;TCR=160;TR=158;WE=38211321;WS=38211303;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:237,225:0.49:462
chr13	38213053	rs73184537	A	G	856.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=1.423;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.284;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=7;PP=500;ReadPosRankSum=-1.773;SC=TCAGCTGAAAAATCAGAAGCC;SOR=0.422;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=67;TCF=54;TCR=13;TR=29;WE=38213061;WS=38213043;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,37:0.46:80
chr13	38225639	rs41292233	A	G	244.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=2.370;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.867;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=9;PP=176;ReadPosRankSum=2.090;SC=TTCCTTAATTAACAAGGTACC;SOR=1.942;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=23;TCF=5;TCR=18;TR=10;WE=38225647;WS=38225629;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,12:0.34:35
chr13	38229502	rs10631004	T	TTATA	218.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.525;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.979;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=10;PP=104;ReadPosRankSum=0.840;SC=CTTGGCATGATTATATATATA;SOR=0.086;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=23;TCF=0;TCR=23;TR=10;WE=38229511;WS=38229492;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,9:0.43:21
chr13	38237872	rs2985171	A	G	5406.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=49;NR=92;PP=2963;SC=CTGTACTGGAAAAAACAGAGA;SOR=1.274;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=143;TCF=49;TCR=94;TR=141;WE=38237880;WS=38237862;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,196:1.00:196
chr13	38266000	rs7329237	G	T	749.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=21;NR=0;PP=594;SC=CTTTGGGGGTGAGGTTCTTGG;SOR=4.892;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=21;TCR=0;TR=21;WE=38266008;WS=38265990;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr13	38320594	rs35278654	TAA	TA,T	836.73	.	AC=2,0;AF=1.00,0.00;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.751;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5006,0.4994;FS=0.000;HP=12;HapScore=3;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=2,2;NR=20,20;PP=256,18;ReadPosRankSum=-1.810;SC=AGGAGGCACCTAAAAAAAAAA;SOR=0.546;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=31;TCF=3;TCR=28;TR=22,22;WE=38320603;WS=38320584;set=Intersection	GT:AF:DP	1/1:0.94:51
chr13	38357494	rs12583681	G	A	1390.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-0.847;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.223;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=28;PP=544;ReadPosRankSum=0.114;SC=CTATTTCTTCGTCTCTGAAAG;SOR=0.575;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=100;TCF=36;TCR=64;TR=44;WE=38357502;WS=38357484;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:96,75:0.44:171
chr13	38924083	rs2231330	A	T	3178.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=3.481;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=355;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.161;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=67;NR=34;PP=1761;ReadPosRankSum=-2.266;SC=ACCGACTGCCATAATTCCTGG;SOR=0.915;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=231;TCF=145;TCR=86;TR=101;WE=38924091;WS=38924073;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:202,151:0.43:353
chr13	38924117	rs2231331	C	G	5789.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.309;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=499;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.223;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=93;NR=71;PP=2685;ReadPosRankSum=0.170;SC=CCCTGACTCTCTCCCGCTCTT;SOR=0.487;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=303;TCF=182;TCR=121;TR=164;WE=38924125;WS=38924107;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:225,270:0.55:495
chr13	38924263	rs2231332	T	C	5611.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.706;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=506;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=94;PP=2692;ReadPosRankSum=-1.023;SC=TGATCCGAGCTTTTCCAACAA;SOR=0.673;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=309;TCF=129;TCR=180;TR=160;WE=38924271;WS=38924253;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:239,263:0.52:502
chr13	38930783	rs2455410	G	A	132.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=12;NR=2;PP=312;SC=AATGATTATAGATGCCTAGAG;SOR=1.981;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=15;TCF=12;TCR=3;TR=14;WE=38930791;WS=38930773;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr13	38930893	rs2481880	C	T	295.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.222;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.481;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=-0.720;NF=15;NR=7;PP=295;ReadPosRankSum=-1.796;SC=TCAAAAAATACGAGAAACACT;SOR=1.096;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=46;TCF=29;TCR=17;TR=22;WE=38930901;WS=38930883;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,18:0.37:49
chr13	38931144	rs9548318	T	C	448.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=1.797;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.210;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=8;PP=339;ReadPosRankSum=1.810;SC=CCACATTTCATTGATTTAAAA;SOR=0.603;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=31;TCF=14;TCR=17;TR=17;WE=38931152;WS=38931134;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,19:0.45:42
chr13	38931650	rs140175582	GT	G,GTTT	1665.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.006;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.37;ReadPosRankSum=-0.373;SOR=0.747;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:2,45,39:0.52,0.45:86
chr13	38932174	rs71720939	TTG	T	224.75	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQ=61.19;NF=2;NR=2;PP=167;SC=TCTTATAGTTTTGTGTGTGTG;SOR=1.179;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=2;TCR=2;TR=4;WE=38932183;WS=38932164;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr13	38932545	rs11381230	G	GT	541.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.280;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.06;ReadPosRankSum=-1.716;SOR=0.990;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,28:0.93:30
chr13	38932648	rs2485786	C	T	114.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-1.981;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=4;PP=81;ReadPosRankSum=0.180;SC=AAAATTGTTTCTTGTAGGCTT;SOR=0.527;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=7;TCF=1;TCR=6;TR=5;WE=38932656;WS=38932638;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,5:0.71:7
chr13	39262057	rs1868464	G	A	12397.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=460;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=141;NR=153;PP=2965;SC=TCGTGGAAGAGCTGCTGGGGA;SOR=0.751;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=295;TCF=141;TCR=154;TR=294;WE=39262065;WS=39262047;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,459:1.00:459
chr13	39263714	rs2496423	T	C	33429.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=0.643;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1255;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=338;NR=320;PP=2965;ReadPosRankSum=-2.025;SC=AGTGACTCAGTCCCCCACAGA;SOR=0.186;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=660;TCF=338;TCR=322;TR=658;WE=39263722;WS=39263703;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,1246:1.00:1248
chr13	39264690	rs2496425	T	C	9239.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.094;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=340;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.103;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=115;NR=105;PP=2965;ReadPosRankSum=1.062;SC=CCAGAAATCTTTGTAGGTGAA;SOR=0.301;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=222;TCF=115;TCR=107;TR=220;WE=39264698;WS=39264680;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,332:1.00:333
chr13	39338612	rs2442370	T	C	1472.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=10;NR=31;PP=945;SC=TTATTTCTGTTTTAAAATTTT;SOR=1.848;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=41;TCF=10;TCR=31;TR=41;WE=39338620;WS=39338602;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr13	39430182	.	TAAA	T	178.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.141;ClippingRankSum=0.000;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.96;ReadPosRankSum=0.779;SOR=0.593;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,14:0.39:36
chr13	39430314	rs9548509	C	T	7773.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.845;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=317;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=92;NR=86;PP=2965;ReadPosRankSum=1.803;SC=ATCGAAGTTACCTTTGACGGG;SOR=0.733;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=179;TCF=93;TCR=86;TR=178;WE=39430322;WS=39430304;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,304:0.99:308
chr13	39448455	rs9548518	A	G	601.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=15;NR=0;PP=426;SC=TTAGAAAAGAAAATGAAGATA;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=15;TCR=0;TR=15;WE=39448463;WS=39448450;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr13	39450583	rs67517056	T	TA	682.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.172;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.50;ReadPosRankSum=-1.709;SOR=0.619;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,42:0.65:65
chr13	39452235	rs1540131	T	C	2471.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=58;NR=12;PP=1596;SC=TACCTTATCATATAACAGAAA;SOR=2.441;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=70;TCF=58;TCR=12;TR=70;WE=39452243;WS=39452225;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr13	39452538	.	T	TGGCC	1159.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.95;SOR=6.666;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr13	39452934	rs9532296	C	T	8817.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.831;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=335;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=150;NR=85;PP=2965;ReadPosRankSum=0.684;SC=GTGGCATTATCTACAGCAATC;SOR=1.211;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=237;TCF=151;TCR=86;TR=235;WE=39452942;WS=39452924;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,325:0.99:327
chr13	39542531	rs7323023	A	C	1619.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.433;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.490;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=15;PP=768;ReadPosRankSum=1.251;SC=ACTGCACAACACTTACCTTGG;SOR=0.526;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=88;TCF=62;TCR=26;TR=48;WE=39542539;WS=39542521;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,74:0.58:128
chr13	39546530	rs8000175	C	G	1277.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=37;NR=2;PP=1035;SC=CAGGTCTCTGCGGGTACTCAG;SOR=4.565;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=39;TCF=37;TCR=2;TR=39;WE=39546538;WS=39546520;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr13	39608335	.	T	TA	113.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.724;ClippingRankSum=0.000;DP=429;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.05;MQRankSum=2.382;QD=0.29;ReadPosRankSum=2.365;SOR=0.699;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:336,63:0.16:399
chr13	39613187	rs45604133	A	G	427.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-0.474;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.169;HP=4;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=12;PP=652;ReadPosRankSum=-1.972;SC=ATGCTTAAAAATAAGCCCTGT;SOR=0.300;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=81;TCF=53;TCR=28;TR=38;WE=39613207;WS=39613177;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,26:0.43:60
chr13	39618366	.	TTGTGTG	T	1509.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.052;ClippingRankSum=0.000;DP=236;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.047;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=1.780;NF=2;NR=45;PP=2872;ReadPosRankSum=-1.024;SC=CTGAATATGTTTGTGTGTGTG;SOR=0.534;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=117;TCF=8;TCR=109;TR=47;WE=39618383;WS=39618356;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,55:0.57:96
chr13	39622075	rs9532318	T	C	649.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-2.273;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.088;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=14;PP=181;ReadPosRankSum=0.007;SC=GTTTCTTTCCTGGGAATATTT;SOR=0.403;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=46;TCF=13;TCR=33;TR=21;WE=39622083;WS=39622065;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,35:0.50:70
chr13	40229744	rs9603589	C	T	4447.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-0.818;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=426;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.094;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=58;PP=1678;ReadPosRankSum=0.542;SC=CAGGGTTACCCGGCGAAGACT;SOR=0.597;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=209;TCF=98;TCR=111;TR=115;WE=40229752;WS=40229734;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:202,222:0.52:424
chr13	40230365	rs148177150	A	C	1629.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=2.546;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.078;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=37;PP=973;ReadPosRankSum=0.431;SC=GGAGGAGAGCACAAGACTGGA;SOR=0.780;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=158;TCF=68;TCR=90;TR=64;WE=40230373;WS=40230355;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:134,83:0.38:217
chr13	40233404	rs7330515	T	C	304.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-1.302;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.820;HP=7;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=3;PP=145;ReadPosRankSum=-1.195;SC=TTAATGAAAATAAATCATTTG;SOR=0.264;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=22;TCF=17;TCR=5;TR=11;WE=40233412;WS=40233394;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,15:0.58:26
chr13	40233691	rs7330016	C	T	288.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=2.910;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.813;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=10;PP=195;ReadPosRankSum=-0.894;SC=CTTACTATTACGCCTGGCTCT;SOR=2.303;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=18;TCF=3;TCR=15;TR=11;WE=40233699;WS=40233681;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,12:0.63:19
chr13	40238162	rs4636783	C	G	587.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.860;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=8;PP=418;ReadPosRankSum=-1.571;SC=TTATTGACAGCATACCTAGAA;SOR=0.704;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=67;TCF=47;TCR=20;TR=26;WE=40238170;WS=40238152;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,30:0.38:80
chr13	40238387	rs4566029	T	C	385.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=1.691;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=12;PP=243;ReadPosRankSum=-0.497;SC=AACAGACTGATTCACCTTCTA;SOR=0.606;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=34;TCF=4;TCR=30;TR=14;WE=40238395;WS=40238377;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,18:0.39:46
chr13	40239139	rs7991151	G	A	231.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-0.755;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=1;PP=97;ReadPosRankSum=1.617;SC=GATCTCATTTGTTTTAAGTCT;SOR=0.346;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=14;TCF=12;TCR=2;TR=7;WE=40239147;WS=40239129;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,11:0.61:18
chr13	40253901	rs4941940	A	G	56.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=2.914;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=4;PP=37;ReadPosRankSum=0.633;SC=GTGAAGTTATACTCTGACAGG;SOR=1.329;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=3;TCR=15;TR=4;WE=40253909;WS=40253891;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,4:0.22:18
chr13	40254100	rs11414752	A	AT	279.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.497;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.95;ReadPosRankSum=-1.195;SOR=0.576;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,20:0.43:47
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chr13	40268685	rs9603594	T	C	123.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.383;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.310;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=0;PP=28;ReadPosRankSum=0.573;SC=ATTTTATCTTTGTTATGCTAT;SOR=0.105;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=7;TCR=0;TR=3;WE=40268693;WS=40268675;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,6:0.60:10
chr13	40268930	rs9548886	A	G	654.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.439;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.053;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=18;PP=399;ReadPosRankSum=-1.192;SC=AGCACAGTATAAGATTTTTTT;SOR=0.902;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=46;TCF=13;TCR=33;TR=25;WE=40268938;WS=40268920;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,30:0.51:59
chr13	40293288	rs5803008	AT	A	2035.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=49;NR=12;PP=1302;SC=TAACTTTTACATTTTTTTTTA;SOR=2.520;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=66;TCF=54;TCR=12;TR=61;WE=40293297;WS=40293278;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr13	40297684	rs7985075	C	T	4174.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=33;NR=70;PP=2069;SC=TAGCTGTGTTCTCCTGGGAAA;SOR=1.309;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=103;TCF=33;TCR=70;TR=103;WE=40297692;WS=40297674;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,154:1.00:154
chr13	40298620	.	CTT	C,CT	823.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.671;ClippingRankSum=0.000;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.96;ReadPosRankSum=-1.312;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:6,26,27:0.44,0.46:59
chr13	40298622	rs115395592	T	C	42.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.442;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=1.158;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.71;ReadPosRankSum=-0.700;SOR=1.056;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:45,15:0.25:60
chr13	40298805	rs9532421	C	T	739.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=5;NR=18;PP=466;SC=TATCTCTTGACATGCTGTATT;SOR=2.066;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=23;TCF=5;TCR=18;TR=23;WE=40298813;WS=40298795;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr13	40301763	rs9548899	T	A	846.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-2.842;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=25;PP=523;ReadPosRankSum=-1.543;SC=TGGAAAAAAATTTATTTTCAA;SOR=0.657;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=60;TCF=11;TCR=49;TR=32;WE=40301771;WS=40301753;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,38:0.52:73
chr13	41302147	rs9549273	C	G	120.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.857;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.062;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=5;PP=98;ReadPosRankSum=0.310;SC=GAGTCTGATTCTGTTCTCGTT;SOR=1.609;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=15;TCF=6;TCR=9;TR=7;WE=41302155;WS=41302137;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,7:0.41:17
chr13	41323397	rs13508	C	T	1247.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-2.030;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.527;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-1.250;NF=19;NR=14;PP=466;ReadPosRankSum=0.571;SC=AATTCCACATCCCAAAGTGAA;SOR=0.428;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=65;TCF=42;TCR=23;TR=33;WE=41323405;WS=41323387;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,62:0.56:111
chr13	41382711	rs17849654	A	T	2506.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.996;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=258;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.960;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.776;NF=37;NR=38;PP=1186;ReadPosRankSum=0.994;SC=CAGAACCTTTATAAATGTTGT;SOR=0.608;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=143;TCF=68;TCR=75;TR=75;WE=41382719;WS=41382701;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:131,123:0.48:254
chr13	41382807	rs60754171	T	C	1121.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.188;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.707;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.396;NF=13;NR=24;PP=433;ReadPosRankSum=0.840;SC=TGGTGGCTCATGCCTGTGATC;SOR=0.823;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=75;TCF=27;TCR=48;TR=37;WE=41382815;WS=41382797;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,56:0.49:115
chr13	41515286	rs1056820	T	A	14512.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-1.479;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=551;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=140;NR=173;PP=2965;ReadPosRankSum=1.314;SC=TTTAGAACTGTAGTGGCTCCT;SOR=0.278;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=315;TCF=140;TCR=175;TR=313;WE=41515294;WS=41515276;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,548:1.00:549
chr13	41517985	rs3764056	A	G	3644.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.49;SOR=1.219;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,143:1.00:143
chr13	41523876	rs9525435	T	C	4459.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.163;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=443;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.128;HP=6;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=88;NR=43;PP=2065;ReadPosRankSum=-0.919;SC=CTATGTAGAATAAAAGTGATA;SOR=0.808;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=270;TCF=176;TCR=94;TR=131;WE=41523884;WS=41523866;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:211,215:0.50:426
chr13	41525586	rs3736953	A	G	4023.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-2.194;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.936;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=68;PP=2167;ReadPosRankSum=-0.916;SC=CAACACATTTAAAGAGAAAAT;SOR=0.179;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=113;TCF=43;TCR=70;TR=111;WE=41525594;WS=41525576;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,154:0.99:156
chr13	41533052	rs7799	T	C	16655.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=628;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=208;NR=170;PP=2965;SC=AATCATGTCATTGGGCTCTTC;SOR=0.860;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=378;TCF=208;TCR=170;TR=378;WE=41533060;WS=41533042;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,620:1.00:620
chr13	41639425	.	TAAA	T	424.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.164;ClippingRankSum=0.000;DP=104;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.21;MQRankSum=0.000;QD=7.58;ReadPosRankSum=0.896;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,25:0.45:56
chr13	41705495	rs584594	A	G	8164.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=310;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=102;NR=77;PP=2965;SC=CAGACAGCTAAAGTGGTGACA;SOR=0.902;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=180;TCF=102;TCR=78;TR=179;WE=41705503;WS=41705485;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,303:1.00:303
chr13	41706800	rs9566703	A	G	381.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=12;PP=323;SC=ACCCCGCAGAACCGCCTCCCG;SOR=2.833;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=14;TCF=2;TCR=12;TR=14;WE=41706808;WS=41706790;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr13	41767338	rs2039134	A	G	7909.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=58.29;QD=43.94;SOR=0.885;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,180:1.00:180
chr13	41767341	rs2039135	A	G	7810.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=58.02;QD=45.15;SOR=0.963;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,173:1.00:173
chr13	41797601	rs2026469	A	T	673.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=0.717;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.977;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=22;PP=435;ReadPosRankSum=-1.053;SC=TTTCTAAAAGACATATATACA;SOR=0.848;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=60;TCF=16;TCR=44;TR=29;WE=41797609;WS=41797591;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,32:0.46:70
chr13	41834744	rs2297555	C	T	4552.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.971;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=466;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.523;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=80;NR=62;PP=2131;ReadPosRankSum=-1.130;SC=TTCGGTTTTCCTCATTCACAG;SOR=0.611;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=308;TCF=176;TCR=132;TR=142;WE=41834752;WS=41834734;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:239,217:0.48:456
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chr13	41835076	rs3215932	T	TA	535.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.518;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.509;HP=9;HapScore=4;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQ=60.12;MQRankSum=1.142;NF=2;NR=21;PP=1035;ReadPosRankSum=0.664;SC=ACACAGTCTTTAAAAAAAAAT;SOR=1.222;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=48;TCF=4;TCR=44;TR=23;WE=41835097;WS=41835066;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,33:0.45:74
chr13	41835089	rs1332940	T	G	1167.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=4.060;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.596;HP=1;HapScore=4;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.205;NF=3;NR=20;PP=1014;ReadPosRankSum=1.179;SC=AAAAAAATCATCTCTAAAGAT;SOR=1.236;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=49;TCF=9;TCR=40;TR=23;WE=41835097;WS=41835066;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,31:0.42:74
chr13	41893105	rs2065498	T	G	624.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.965;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=13;PP=305;ReadPosRankSum=0.469;SC=CTAATTCAAATTAAATTTGTA;SOR=1.220;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=21;TCF=7;TCR=14;TR=19;WE=41893113;WS=41893095;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,26:0.93:28
chr13	41902939	rs3812896	T	C	2143.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=24;NR=31;PP=1017;SC=ATGCAGAAAATTGGTGTTATT;SOR=0.821;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=56;TCF=25;TCR=31;TR=55;WE=41902947;WS=41902929;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr13	41910692	rs11842833	A	G	301.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.085;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.556;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=3;PP=171;ReadPosRankSum=-1.226;SC=TAGGAGCATAATTGCTTCTGA;SOR=0.357;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=25;TCF=20;TCR=5;TR=12;WE=41910700;WS=41910682;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,15:0.47:32
chr13	41947712	.	G	GT	43.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.052;ClippingRankSum=0.000;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=1.708;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.51;ReadPosRankSum=0.442;SOR=0.358;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,8:0.28:29
chr13	41948051	rs9525478	G	C	2449.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=10;NR=45;PP=1369;SC=ACAAATTTAAGTTATGTTCAA;SOR=2.112;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=55;TCF=10;TCR=45;TR=55;WE=41948059;WS=41948041;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr13	41949804	rs6560982	G	T	2817.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=9;NR=70;PP=1983;SC=CTTTTCCAGGGTGCATTTTAA;SOR=3.306;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=79;TCF=9;TCR=70;TR=79;WE=41949812;WS=41949794;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr13	42032572	rs7136	T	C	2989.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=-1.982;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=318;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.026;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=46;PP=901;ReadPosRankSum=3.741;SC=GCAGCGCCAGTGTCAGCGACA;SOR=0.542;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=171;TCF=72;TCR=99;TR=83;WE=42032580;WS=42032562;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:157,158:0.50:315
chr13	42042873	rs150442518	ACT	A	320.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.314;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=651;ExcessHet=3.0103;FS=0.880;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.02;MQRankSum=2.910;QD=0.54;ReadPosRankSum=0.473;SOR=0.635;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:525,67:0.11:592
chr13	42043086	rs2324791	C	G	2498.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=59;PP=1781;SC=TCATCCTAAGCCTTCTATAGG;SOR=3.345;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=65;TCF=6;TCR=59;TR=65;WE=42043094;WS=42043076;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr13	42044508	rs396963	A	G	4249.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=70;NR=41;PP=2132;SC=TGGGAAGCCCAGCATTGAGTT;SOR=1.077;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=111;TCF=70;TCR=41;TR=111;WE=42044516;WS=42044498;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,163:1.00:163
chr13	42185585	rs149107229	C	A	1507.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.970;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=16;PP=956;ReadPosRankSum=-1.201;SC=CTGTGGATTTCAGTTTGAGGT;SOR=0.713;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=97;TCF=71;TCR=26;TR=56;WE=42185593;WS=42185575;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,66:0.55:121
chr13	42189232	rs3862741	C	G	1537.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.871;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.521;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=28;PP=730;ReadPosRankSum=1.114;SC=TAAAAATGAACAATTGAGACA;SOR=0.684;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=122;TCF=61;TCR=61;TR=55;WE=42189240;WS=42189222;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:116,85:0.42:201
chr13	42275472	rs142071767	C	T	514.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.303;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.70;ReadPosRankSum=0.440;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,22:0.50:44
chr13	42275472	.	CA	TG	200	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MMLQ=28;MQ=60.0;NF=9;NR=2;PP=200;QD=23.0425340784;SC=TATTTTAATCCATCTTTTAAA;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=29;TCF=23;TCR=6;TR=11;WE=42275481;WS=42275462;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:18,11:0.38:29
chr13	42275473	rs7322461	A	G	1573.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=34.21;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr13	42277675	rs9315858	A	T	775.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=4.244;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=27;PP=616;ReadPosRankSum=0.754;SC=TGAGTTATACATCATTTTATT;SOR=0.900;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=54;TCF=3;TCR=51;TR=28;WE=42277683;WS=42277665;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,31:0.54:57
chr13	42306139	rs9315861	T	A	237.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=2.041;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.622;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=2;PP=141;ReadPosRankSum=-0.522;SC=TCCATGAGAGTTCCATCCTCC;SOR=1.609;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=23;TCF=16;TCR=7;TR=10;WE=42306147;WS=42306129;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,12:0.43:28
chr13	42306411	rs9315862	T	C	284.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=0.875;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=11;PP=250;ReadPosRankSum=0.257;SC=TGCTTCCCCTTCCCCCACCAA;SOR=0.527;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=30;TCF=9;TCR=21;TR=16;WE=42306419;WS=42306401;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,14:0.47:30
chr13	42335222	rs9566844	T	C	1579.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.185;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.968;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=20;PP=803;ReadPosRankSum=0.888;SC=AAACAAATGATTAAATGAGAT;SOR=0.874;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=92;TCF=57;TCR=35;TR=53;WE=42335230;WS=42335212;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,78:0.48:162
chr13	42352285	rs12864636	T	C	416.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.628;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=1.379;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.69;ReadPosRankSum=1.339;SOR=1.106;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,19:0.44:43
chr13	42361505	.	AATAAACAGCAT	A	642.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.348;ClippingRankSum=0.000;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=1.355;NF=9;NR=3;PP=2963;ReadPosRankSum=1.188;SC=CTGGAATTAAAATAAACAGCA;SOR=0.551;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=25;TCF=20;TCR=5;TR=12;WE=42361523;WS=42361495;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,18:0.55:33
chr13	42361743	rs112297676	T	TAC,TACAC	766.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.481;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FS=2.525;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.29;MQRankSum=0.000;QD=20.72;ReadPosRankSum=0.301;SOR=0.191;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:9,15,13:0.41,0.35:37
chr13	42390740	rs78527162	G	C	1854.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.389;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.573;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=19;PP=1108;ReadPosRankSum=0.347;SC=TAAAATACCAGCTTAAAAAAT;SOR=0.743;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=142;TCF=103;TCR=39;TR=70;WE=42390748;WS=42390730;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:93,90:0.49:183
chr13	42390761	rs75585975	T	C	2892.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.913;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=272;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.507;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=31;PP=1575;ReadPosRankSum=-0.631;SC=AGATTTTAAGTACTGAATTCT;SOR=0.802;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=196;TCF=128;TCR=68;TR=95;WE=42390769;WS=42390751;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:130,136:0.51:266
chr13	42393618	rs2274812	A	G	311.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=3.273;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.203;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=12;PP=249;ReadPosRankSum=0.416;SC=GGGCTATCATACTGTTAATAA;SOR=1.885;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=23;TCF=1;TCR=22;TR=12;WE=42393626;WS=42393608;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,12:0.52:23
chr13	42407759	rs9315868	C	T	9343.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.123;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=364;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=93;NR=157;PP=2965;ReadPosRankSum=1.755;SC=GAGTCACCTCCGTCTGAACTT;SOR=0.436;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=254;TCF=93;TCR=161;TR=250;WE=42407767;WS=42407749;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,355:1.00:356
chr13	42442546	rs3742262	A	G	6582.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.644;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=264;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=71;NR=93;PP=2834;ReadPosRankSum=0.330;SC=ATGGTTTTCCATCATCTTCTC;SOR=0.297;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=166;TCF=72;TCR=94;TR=164;WE=42442554;WS=42442536;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,259:1.00:260
chr13	42465490	rs7332372	C	T	2760.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.916;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=22;PP=1764;ReadPosRankSum=-0.740;SC=CCATGTCTTACACAATAAAAT;SOR=1.039;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=86;TCF=64;TCR=22;TR=85;WE=42465498;WS=42465480;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,98:0.99:99
chr13	42465713	rs9562362	C	T	9029.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.058;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=356;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=88;NR=139;PP=2965;ReadPosRankSum=1.329;SC=TGTGGCTGCACGAACTGCACA;SOR=1.009;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=230;TCF=89;TCR=141;TR=227;WE=42465721;WS=42465703;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,346:0.99:350
chr13	42481712	rs2003064	C	T	4456.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=63;NR=52;PP=2085;SC=TAGAGTGTGACAGAACTTGCC;SOR=0.803;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=115;TCF=63;TCR=52;TR=115;WE=42481720;WS=42481702;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,171:1.00:171
chr13	42486383	rs35273694	TTA	T	922.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=20;PP=949;SC=GTGGACATATTTATATATATA;SOR=5.058;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=26;TCF=0;TCR=26;TR=20;WE=42486392;WS=42486373;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr13	42701717	rs605371	A	G	1898.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.301;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=249;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.470;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=35;PP=875;ReadPosRankSum=1.873;SC=AAGGTAACTCACGAGAATACT;SOR=0.640;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=162;TCF=72;TCR=90;TR=63;WE=42701725;WS=42701707;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:145,103:0.42:248
chr13	42701739	rs670676	A	T	1700.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.573;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.532;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=35;PP=777;ReadPosRankSum=-0.372;SC=GTTTCAAGCAATTGAGGCTAT;SOR=0.646;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=139;TCF=55;TCR=84;TR=56;WE=42701747;WS=42701729;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:102,90:0.47:192
chr13	42701803	rs957255	G	A	521.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-0.766;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.024;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=19;PP=320;ReadPosRankSum=0.596;SC=GAAGCGCACTGTAGCATTATG;SOR=0.895;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=67;TCF=17;TCR=50;TR=24;WE=42701811;WS=42701793;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,28:0.39:72
chr13	42703682	rs3742261	T	C	2311.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.414;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.714;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=29;PP=1101;ReadPosRankSum=-0.984;SC=TTTTTTTCATTAACAGTCTCT;SOR=0.561;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=140;TCF=86;TCR=54;TR=71;WE=42703690;WS=42703660;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:97,112:0.54:209
chr13	42729441	rs3208827	C	T	1324.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-1.611;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.598;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=18;PP=607;ReadPosRankSum=-1.317;SC=TCACTCCATTCAGAAGGCTAA;SOR=0.604;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=125;TCF=79;TCR=46;TR=47;WE=42729449;WS=42729431;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:95,68:0.42:163
chr13	42734129	rs74051557	T	C	1626.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-3.307;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.757;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=14;PP=1023;ReadPosRankSum=1.783;SC=CTGGCTGCCCTTTCTTCCTTC;SOR=0.577;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=106;TCF=84;TCR=22;TR=60;WE=42734137;WS=42734119;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,71:0.55:129
chr13	42748100	.	C	CGT	901.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-2.099;ClippingRankSum=0.000;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=29;PP=1654;ReadPosRankSum=4.636;SC=TGTGTGCGTGCGTGTGTGTGT;SOR=0.625;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=67;TCF=32;TCR=35;TR=54;WE=42748108;WS=42748067;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,35:0.41:86
chr13	42748118	rs140630635	T	TGC	1649.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.791;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.561;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=29;PP=1711;ReadPosRankSum=-0.484;SC=TGTGTGTGTGTGCGCGTTTAT;SOR=0.998;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=84;TCF=38;TCR=46;TR=52;WE=42748126;WS=42748108;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,43:0.39:111
chr13	42748136	rs9590674	T	C	2126.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.447;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.889;HP=2;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=23;PP=1067;ReadPosRankSum=-0.320;SC=TATGAGATGCTAACAGTTAGT;SOR=1.126;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=134;TCF=85;TCR=49;TR=69;WE=42748144;WS=42748126;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:89,69:0.44:158
chr13	42764439	rs1170119	T	C	512.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.180;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.66;ReadPosRankSum=1.165;SOR=0.576;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:49,28:0.36:77
chr13	42764564	rs7324235	C	G	2147.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.196;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=322;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.416;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=38;PP=850;ReadPosRankSum=-1.486;SC=CAGTTCACCCCTGTGAACCAG;SOR=0.663;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=186;TCF=93;TCR=93;TR=77;WE=42764572;WS=42764554;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:191,124:0.39:315
chr13	42772774	.	G	GT	366.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.128;ClippingRankSum=0.000;DP=131;ExcessHet=3.0103;FS=12.613;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.07;ReadPosRankSum=1.319;SOR=0.146;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:57,33:0.37:90
chr13	42774088	rs150203768	TA	T	353.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-0.919;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.692;HP=8;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=15;PP=241;ReadPosRankSum=-1.333;SC=TTATCTTACTTAAAAAAAATA;SOR=1.143;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=30;TCF=2;TCR=28;TR=15;WE=42774096;WS=42774078;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,21:0.58:36
chr13	42780367	rs17063019	A	T	1005.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-2.849;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.133;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=27;PP=587;ReadPosRankSum=-0.214;SC=GCTGTTGAATAGTAGTTTAAT;SOR=0.405;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=68;TCF=16;TCR=52;TR=36;WE=42780375;WS=42780357;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,45:0.55:82
chr13	42780398	rs9594704	T	C	733.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=4.033;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=23;PP=553;ReadPosRankSum=-1.133;SC=ATATTTTGCATTGGGTAAGTG;SOR=0.823;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=45;TCF=4;TCR=41;TR=24;WE=42780406;WS=42780388;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,28:0.53:53
chr13	42783012	rs168329	G	A	244.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=0.135;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=1;PP=159;ReadPosRankSum=0.037;SC=TTAAATATATGTAGATATATA;SOR=1.314;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=21;TCF=18;TCR=3;TR=10;WE=42783020;WS=42783005;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,11:0.50:22
chr13	42803130	rs369829	A	G	231.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=3.443;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.392;HP=5;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=10;NR=1;PP=219;ReadPosRankSum=1.332;SC=CCAATTTTCTATTTTCAATAA;SOR=1.552;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=20;TCF=17;TCR=3;TR=11;WE=42803138;WS=42803120;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,9:0.53:17
chr13	42803341	rs545602	T	C	2175.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-2.091;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.840;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=30;PP=817;ReadPosRankSum=0.026;SC=TGGTGCTATTTCTTGGAAGAG;SOR=0.682;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=108;TCF=54;TCR=54;TR=56;WE=42803349;WS=42803331;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,106:0.58:184
chr13	42860588	.	A	AT	506.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=2.025;ClippingRankSum=0.000;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5002;FS=1.478;HP=9;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.642;NF=1;NR=15;PP=272;ReadPosRankSum=2.087;SC=TAAAATGTTGATTTTTTTTTA;SOR=1.051;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=22;TCF=1;TCR=21;TR=16;WE=42860596;WS=42860578;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,27:0.75:36
chr13	42869720	rs3835266	A	AG	1343.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=5;PP=1093;SC=ATCCTTTTCAAGCAGACAGCA;SOR=2.494;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=23;TCF=18;TCR=5;TR=23;WE=42869728;WS=42869710;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr13	42882762	rs238314	A	G	1966.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=16;NR=33;PP=937;SC=ACACTTTTGCATATAATTGTG;SOR=1.240;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=49;TCF=16;TCR=33;TR=49;WE=42882770;WS=42882752;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr13	42888230	rs9566957	A	G	622.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=16;PP=489;SC=GTCCACTTTTAGATCCTTTGT;SOR=2.200;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=22;TCF=5;TCR=17;TR=21;WE=42888238;WS=42888220;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr13	43148565	rs2296533	T	C	1263.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.036;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.209;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=24;PP=559;ReadPosRankSum=1.975;SC=ACCAGCCCCCTGCCGCCTCCC;SOR=0.609;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=95;TCF=45;TCR=50;TR=48;WE=43148573;WS=43148555;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,64:0.48:132
chr13	43155168	rs2277438	G	A	835.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=18;NR=7;PP=473;SC=AGACTCTTGCGAGTATGAATT;SOR=2.303;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=18;TCR=7;TR=25;WE=43155176;WS=43155158;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr13	43155443	rs2277439	G	A	4249.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=29;NR=58;PP=1832;SC=AGTCCACATCGAGGCTGATAA;SOR=1.164;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=87;TCF=29;TCR=58;TR=87;WE=43155451;WS=43155433;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,157:1.00:157
chr13	43360772	rs57301416	T	TAAA	2263.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.044;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FS=3.547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=31.88;ReadPosRankSum=2.340;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:6,65:0.92:71
chr13	43462422	rs1044856	A	T	2865.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.131;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=320;ExcessHet=3.0103;FS=3.727;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.10;ReadPosRankSum=0.244;SOR=0.520;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:164,151:0.48:315
chr13	43469157	rs1128105	G	A	3396.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.084;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=374;ExcessHet=3.0103;FS=0.376;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.16;ReadPosRankSum=0.350;SOR=0.652;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:194,177:0.48:371
chr13	43469211	rs1359184	G	A	3670.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-0.382;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=400;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=50;PP=1361;ReadPosRankSum=0.263;SC=GTTGACTTTTGCCTTGGAGTC;SOR=0.694;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=215;TCF=97;TCR=118;TR=93;WE=43469219;WS=43469201;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:209,188:0.47:397
chr13	43474371	rs4942174	C	T	6696.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=253;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=110;NR=50;PP=2965;SC=TATCGTAATGCTTTCCTAAAA;SOR=1.357;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=161;TCF=110;TCR=51;TR=160;WE=43474379;WS=43474361;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,249:1.00:249
chr13	43491778	rs61066479	G	GA	195.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.370;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=11.190;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.75;ReadPosRankSum=-0.047;SOR=3.516;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,20:0.69:29
chr13	43491848	rs12863816	C	T	632.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.819;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=38;PP=826;ReadPosRankSum=0.129;SC=CTACTATAGGCCCGGTGCTAA;SOR=0.779;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=119;TCF=44;TCR=75;TR=62;WE=43491856;WS=43491838;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,36:0.53:68
chr13	43491871	rs17621929	C	T	599.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.227;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=30;PP=737;ReadPosRankSum=-0.784;SC=ACTCAACCTCCGTACTGAGCA;SOR=0.646;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=94;TCF=33;TCR=61;TR=42;WE=43491879;WS=43491861;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,31:0.49:63
chr13	43491940	rs12864209	C	T	1046.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=8;NR=30;PP=795;SC=TGTCTGAAAACGTCCCTTGGA;SOR=2.554;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=38;TCF=8;TCR=30;TR=38;WE=43491948;WS=43491930;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr13	43537240	rs1054813	A	G	512.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.592;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=20.51;ReadPosRankSum=1.487;SOR=0.293;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,14:0.56:25
chr13	43537246	rs9562444	C	T	640.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.373;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=2.927;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=20.67;ReadPosRankSum=-0.022;SOR=0.193;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,19:0.61:31
chr13	43537287	rs41288321	G	A	726.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.481;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=2.337;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.85;ReadPosRankSum=1.534;SOR=0.425;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,35:0.52:67
chr13	43544964	rs9567077	G	T	89.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-2.200;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=3;PP=22;ReadPosRankSum=1.025;SC=TCTGTTCTCTGGGACCTCACA;SOR=0.160;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=3;WE=43544972;WS=43544954;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,5:0.50:10
chr13	43566099	rs942311	T	A	6847.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=263;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=112;NR=62;PP=2965;SC=GAAGCCAGGTTGTTAAAATAC;SOR=1.183;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=174;TCF=112;TCR=62;TR=174;WE=43566107;WS=43566089;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,261:1.00:261
chr13	43566373	rs3825511	A	C	2206.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=11;NR=51;PP=1534;SC=AGCGAGTCTCAAGATGGGATT;SOR=2.932;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=62;TCF=11;TCR=51;TR=62;WE=43566381;WS=43566363;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr13	43639845	rs3783044	A	C	912.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=1.019;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=13;PP=403;ReadPosRankSum=-2.649;SC=TAGCTGTAGGACTGGGTGTTG;SOR=0.647;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=67;TCF=38;TCR=29;TR=29;WE=43639853;WS=43639835;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,47:0.45:104
chr13	43681427	rs1047775	G	A	943.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.242;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FS=1.723;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.16;ReadPosRankSum=-0.123;SOR=0.917;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:57,46:0.45:103
chr13	43788031	rs1044753	C	T	2471.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=58;NR=18;PP=1527;SC=ACAAAGGTTGCGTGCTGGACC;SOR=2.147;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=77;TCF=59;TCR=18;TR=76;WE=43788039;WS=43788021;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr13	43788158	rs703207	G	A	10517.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=404;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=135;NR=115;PP=2965;SC=AAGGCACACAGCTTCCATCTT;SOR=0.798;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=251;TCF=135;TCR=116;TR=250;WE=43788166;WS=43788148;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,400:1.00:400
chr13	43798077	rs9533433	A	C	1680.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=2.585;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.044;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=13;PP=1072;ReadPosRankSum=-0.181;SC=AGGGCTGATCAACCCCCATAG;SOR=1.351;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=114;TCF=83;TCR=31;TR=58;WE=43798085;WS=43798067;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,74:0.49:151
chr13	43839494	rs4306408	G	A	13100.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=508;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=146;NR=142;PP=2965;SC=TTCAACCAACGTCAAGCAAGA;SOR=0.721;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=288;TCF=146;TCR=142;TR=288;WE=43839502;WS=43839484;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,503:1.00:503
chr13	43843812	rs730210	A	G	973.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=27;PP=774;SC=GAAGATGTTTACAAGTCTTGA;SOR=4.548;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=30;TCF=3;TCR=27;TR=30;WE=43843820;WS=43843802;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr13	43872419	rs4451860	C	T	1348.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.85;QD=25.45;SOR=0.808;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr13	43872451	rs141332734	C	CA,CAA	1079.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.117;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=59.88;MQRankSum=0.000;QD=16.61;ReadPosRankSum=-0.368;SOR=0.614;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:11,19,35:0.29,0.54:65
chr13	43930337	rs2281713	A	G	2418.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.319;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=52;PP=1237;ReadPosRankSum=0.114;SC=CAATGGCCACAGTTTTGGTCC;SOR=0.687;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=149;TCF=54;TCR=95;TR=82;WE=43930345;WS=43930327;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:112,119:0.52:231
chr13	43935405	rs1535580	C	T	4923.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=77;NR=43;PP=2278;SC=TTCTCATAGGCGTTACTTACT;SOR=1.136;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=122;TCF=78;TCR=44;TR=120;WE=43935413;WS=43935395;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,187:1.00:187
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chr13	44433700	rs1562216	G	A	750.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.81;SOR=1.781;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
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chr13	44948302	rs199705926	GA	G	3561.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.66;SOR=0.976;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr13	44964723	rs2281848	C	T	2526.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=21;NR=50;PP=1363;SC=AGGTGACCTGCAGCCTCCTTT;SOR=1.584;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=71;TCF=21;TCR=50;TR=71;WE=44964731;WS=44964713;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr13	44969907	rs1467624	G	A	9043.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=346;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=129;NR=94;PP=2965;SC=GATTTGACTCGTAATTCTAAC;SOR=0.951;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=223;TCF=129;TCR=94;TR=223;WE=44969915;WS=44969897;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,337:1.00:337
chr13	44971503	rs41288337	A	C	1851.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=2.622;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.671;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=37;PP=956;ReadPosRankSum=1.595;SC=AGGACAACGGAAGCGGTCAGC;SOR=1.178;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=97;TCF=35;TCR=62;TR=53;WE=44971511;WS=44971493;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,85:0.50:171
chr13	45010283	rs1555781	T	G	3015.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=31;NR=62;PP=1737;SC=TATCTTAAGCTTCCAAGATAA;SOR=1.392;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=93;TCF=31;TCR=62;TR=93;WE=45010291;WS=45010273;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr13	45090580	rs1336164	C	T	1434.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=32;PP=900;SC=GGGACTTCGGCATAAAGGCTT;SOR=2.303;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=43;TCF=10;TCR=33;TR=42;WE=45090588;WS=45090570;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr13	45517486	.	AAC	A	263.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.464;ClippingRankSum=0.000;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.16;MQRankSum=1.732;QD=4.55;ReadPosRankSum=-0.544;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:43,15:0.26:58
chr13	45556056	rs148833607	T	TCATGTTTAACATAAAACATAAAA	816.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=1;NR=3;PP=2155;SC=TTTGCTATATTCATGTTTAAC;SOR=2.049;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=7;TCF=3;TCR=4;TR=4;WE=45556064;WS=45556046;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr13	45563464	rs1140993	G	C	9356.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-2.029;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=351;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=158;NR=98;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.678;SC=AGAACATCCAGCTGTCCCGCG;SOR=0.422;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=257;TCF=159;TCR=98;TR=256;WE=45563472;WS=45563454;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,341:1.00:342
chr13	45826876	rs7982845	A	G	482.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=12;NR=0;PP=325;SC=AAAGTATTAAAGCTAGTGTAT;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=12;TCR=0;TR=12;WE=45826884;WS=45826869;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr13	45912634	rs9595305	T	C	1021.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-1.116;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.170;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=10;PP=461;ReadPosRankSum=-0.091;SC=CCCTAAGAATTTTTTACATAT;SOR=0.404;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=58;TCF=42;TCR=16;TR=31;WE=45912642;WS=45912624;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,46:0.57:81
chr13	45914957	rs2234216	T	C	3546.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.180;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=397;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.714;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=79;PP=1899;ReadPosRankSum=0.655;SC=ACCGTGCGCCTGGCGCCGCCA;SOR=0.561;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=281;TCF=106;TCR=175;TR=136;WE=45914965;WS=45914947;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:217,174:0.45:391
chr13	45965639	rs74400042	G	C	106.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.852;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=2;PP=38;ReadPosRankSum=-0.000;SC=GCTGACAGACGTTTTGATTTC;SOR=0.446;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=7;TCF=4;TCR=3;TR=4;WE=45965647;WS=45965629;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,6:0.55:11
chr13	45973231	rs11330086	GA	G	718.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.170;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.07;MQRankSum=1.067;QD=5.53;ReadPosRankSum=0.599;SOR=0.725;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:68,62:0.48:130
chr13	45976349	rs11617888	G	A	996.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.252;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.031;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=8;PP=691;ReadPosRankSum=-0.494;SC=GATAGAACAAGTAAATTCAAA;SOR=1.190;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=105;TCF=78;TCR=27;TR=41;WE=45976357;WS=45976339;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,47:0.38:124
chr13	45980223	rs34513916	AT	A	154.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.174;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=3.463;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.42;ReadPosRankSum=-0.851;SOR=0.255;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,15:0.43:35
chr13	45982934	rs6561227	G	A	94.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-2.494;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=0;PP=32;ReadPosRankSum=-2.541;SC=TGAAAAATCTGTCATGCTATT;SOR=0.446;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=14;TCR=1;TR=4;WE=45982942;WS=45982928;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,6:0.32:19
chr13	45985583	rs12872200	T	G	3719.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-2.908;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=314;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.999;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=82;PP=2005;ReadPosRankSum=0.444;SC=TCTTCTTTGATTTATAGAAAC;SOR=0.565;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=231;TCF=75;TCR=156;TR=122;WE=45985591;WS=45985573;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:136,170:0.56:306
chr13	45985608	rs7997155	T	A	3113.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=1.848;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.526;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=69;PP=1798;ReadPosRankSum=0.092;SC=CCTCCAGTGCTGTTTTTCCTG;SOR=0.642;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=175;TCF=47;TCR=128;TR=92;WE=45985616;WS=45985598;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:99,130:0.57:229
chr13	46050519	rs2986001	T	C	3967.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=26;NR=76;PP=2412;SC=TGTTTGATTATTTCAGATGTC;SOR=1.751;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=102;TCF=26;TCR=76;TR=102;WE=46050527;WS=46050509;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,138:1.00:138
chr13	46060473	.	A	AGGGAGAGGGAG	792.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=64.73;QD=41.72;SOR=4.514;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr13	46060474	.	C	A	2769.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DP=72;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=65.01;QD=43.28;SOR=4.514;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr13	46066163	rs3014948	T	C	1926.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.92;SOR=1.678;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr13	46067593	rs2985959	G	A	3446.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-0.528;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=52;PP=1824;ReadPosRankSum=0.362;SC=TTAAAAATGAGGTGCTTGAAG;SOR=0.377;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=103;TCF=50;TCR=53;TR=102;WE=46067601;WS=46067583;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,135:0.98:138
chr13	46077301	rs3014959	G	A	672.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.853;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=6;PP=366;ReadPosRankSum=-0.353;SC=ATATATATATGTACTTTGTAT;SOR=0.693;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=24;TCF=18;TCR=6;TR=22;WE=46077309;WS=46077278;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,28:0.97:29
chr13	46077381	rs3014960	G	A	1864.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.210;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FS=3.565;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.86;ReadPosRankSum=-0.564;SOR=0.667;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,74:0.99:75
chr13	46085699	rs2985969	G	A	841.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=25;NR=2;PP=689;SC=ATGTTTCCAGGGATGACTGCA;SOR=4.332;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=27;TCF=25;TCR=2;TR=27;WE=46085707;WS=46085689;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr13	46085864	rs2985970	A	G	6808.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=258;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=97;NR=74;PP=2965;SC=GTTTTGTCAAATGCCACAGGC;SOR=0.880;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=171;TCF=97;TCR=74;TR=171;WE=46085872;WS=46085854;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,254:1.00:254
chr13	46098994	rs3014966	T	C	1151.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=31;NR=2;PP=887;SC=CATTGTGTTTTAATAGGTTTA;SOR=4.294;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=33;TCF=31;TCR=2;TR=33;WE=46099002;WS=46098984;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr13	46099243	rs2985984	A	G	4884.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=50;NR=80;PP=2538;SC=GTTTGCATTTATATAGTCCTT;SOR=1.135;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=130;TCF=50;TCR=80;TR=130;WE=46099251;WS=46099233;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,182:1.00:182
chr13	46103935	rs2274285	A	G	8317.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.817;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=320;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=139;NR=72;PP=2965;ReadPosRankSum=1.859;SC=GCAAAGGTCAATGACCTTGCG;SOR=1.259;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=211;TCF=139;TCR=72;TR=211;WE=46103943;WS=46103925;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,306:0.99:308
chr13	46104130	rs2274286	G	C	4338.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=34;NR=91;PP=2821;SC=TTTTCCTTTTGCTGTAGACAT;SOR=1.719;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=127;TCF=36;TCR=91;TR=125;WE=46104138;WS=46104120;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,155:1.00:155
chr13	46108643	rs3014901	T	C	965.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=28;NR=3;PP=362;SC=TTTTTTTTTTTCCATTCTAAT;SOR=4.479;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=35;TCF=32;TCR=3;TR=31;WE=46108651;WS=46108633;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr13	46108853	rs3014902	TG	CA	13672.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=310;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=80;NR=96;PP=2947;SC=CTTCTGCTGTTGGTTTCTAAA;SOR=0.823;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=189;TCF=84;TCR=105;TR=176;WE=46108862;WS=46108833;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,309:1.00:309
chr13	46115731	rs1536207	C	A	2189.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=18;NR=42;PP=1219;SC=CCCAGAAGGACCCGGATCTTC;SOR=1.367;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=60;TCF=18;TCR=42;TR=60;WE=46115739;WS=46115721;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr13	46124290	rs2860345	T	A	11519.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=435;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=147;NR=134;PP=2965;SC=GTCAAACCCCTTACCCCATAA;SOR=0.740;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=282;TCF=147;TCR=135;TR=281;WE=46124298;WS=46124280;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,432:1.00:432
chr13	46137837	rs3014917	T	C	4349.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=82;NR=39;PP=2265;SC=CAGCACGTGGTGGAAAATGGT;SOR=1.424;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=122;TCF=83;TCR=39;TR=121;WE=46137845;WS=46137827;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,159:1.00:159
chr13	46148855	rs747652	A	G	645.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=19;NR=0;PP=504;SC=GGATATATGAAGCAAAAAGAA;SOR=4.712;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=19;TCR=3;TR=19;WE=46148863;WS=46148845;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr13	46148943	rs140782618	TG	T	330.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.421;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FS=14.922;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.35;ReadPosRankSum=-0.750;SOR=0.082;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:55,21:0.28:76
chr13	46276503	rs872556	G	C	4053.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.061;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=467;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=71;NR=58;PP=1977;ReadPosRankSum=0.402;SC=CATGAGCCCTGAAAAACACCA;SOR=0.712;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=290;TCF=158;TCR=132;TR=129;WE=46276511;WS=46276493;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:261,202:0.44:463
chr13	46276766	rs17068928	C	T	498.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-1.392;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.566;HP=5;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=12;PP=327;ReadPosRankSum=-1.277;SC=TCTACACGTTCTTTCAGACTC;SOR=1.592;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=39;TCF=17;TCR=22;TR=17;WE=46276774;WS=46276756;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,20:0.47:43
chr13	46277016	rs755428	A	G	4137.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.598;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=404;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=68;PP=1919;ReadPosRankSum=1.509;SC=GAAGGATGTAACCTATCAGTG;SOR=0.676;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=246;TCF=109;TCR=137;TR=124;WE=46277024;WS=46277006;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:204,200:0.50:404
chr13	46287153	rs9316154	A	C	833.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=4.714;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.395;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=1;PP=663;ReadPosRankSum=-0.152;SC=TGACAAGGATAGGCCACATTT;SOR=2.112;SbPval=0.97;Source=Platypus;TC=57;TCF=50;TCR=7;TR=29;WE=46287161;WS=46287148;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,32:0.54:59
chr13	46288017	rs79707842	C	A	3854.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.965;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=429;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=51;PP=1403;ReadPosRankSum=-0.493;SC=CCCGCCCCCTCACCCCACGAG;SOR=0.720;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=224;TCF=107;TCR=117;TR=96;WE=46288025;WS=46288007;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:224,198:0.47:422
chr13	46288145	rs7317245	A	G	1892.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.177;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.541;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=29;PP=952;ReadPosRankSum=0.809;SC=CGCCCTGCGGAAGATGGTCAG;SOR=0.633;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=116;TCF=47;TCR=69;TR=52;WE=46288153;WS=46288135;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:103,84:0.45:187
chr13	46358320	rs10578981	CAACA	C	1189.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.22;QD=42.49;SOR=2.468;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr13	46541673	rs9534264	T	A	1351.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-1.176;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.141;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=12;PP=817;ReadPosRankSum=-0.321;SC=ATTTATTTGTTTCTTCAAATC;SOR=0.976;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=122;TCF=89;TCR=33;TR=55;WE=46541681;WS=46541663;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,66:0.44:150
chr13	46550061	rs11428563	G	GT	832.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=21;PP=960;SC=TTTTATCTGTGATAGGGTCAC;SOR=6.273;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=0;TCR=22;TR=21;WE=46550069;WS=46550051;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr13	46562935	rs1134071	A	G	3352.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.544;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=340;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=40;PP=1471;ReadPosRankSum=-1.177;SC=CCCTCCTTTCATGGCGTCGAT;SOR=0.712;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=200;TCF=119;TCR=81;TR=100;WE=46562943;WS=46562925;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:166,170:0.51:336
chr13	46616462	rs3783200	A	C	931.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=2.284;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.703;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=22;PP=502;ReadPosRankSum=-0.074;SC=AACAACAAAAATCTGTATTTA;SOR=0.920;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=75;TCF=23;TCR=52;TR=30;WE=46616470;WS=46616452;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,44:0.44:101
chr13	46619026	rs962694	T	C	569.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-1.523;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.095;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=7;PP=341;ReadPosRankSum=0.149;SC=CAGATTTTTATACTAGATAAA;SOR=0.512;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=49;TCF=36;TCR=13;TR=24;WE=46619034;WS=46619016;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,28:0.49:57
chr13	46619316	rs3736944	T	C	355.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=1.867;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=9;PP=279;ReadPosRankSum=1.079;SC=GATATATTACTCCCCAAATAA;SOR=0.527;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=25;TCF=9;TCR=16;TR=14;WE=46619324;WS=46619306;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,14:0.58:24
chr13	46627677	rs1049669	T	C	2895.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=72;NR=9;PP=2103;SC=TAAAAATAATTTGATACAATG;SOR=3.118;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=82;TCF=72;TCR=10;TR=81;WE=46627685;WS=46627667;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
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chr13	46629995	rs1926446	C	A	2041.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.61;BaseQRankSum=0.478;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=244;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.998;HP=4;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=23;PP=641;ReadPosRankSum=2.553;SC=CTGGAAGCAACAAGATATAGA;SOR=0.607;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=113;TCF=46;TCR=67;TR=41;WE=46630003;WS=46629985;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:138,105:0.43:243
chr13	46641324	rs151045790	TA	T	285.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=0.386;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.790;NF=18;NR=1;PP=265;ReadPosRankSum=-1.025;SC=CAATAAAAGTTAAAAAAAATT;SOR=1.085;SbPval=0.94;Source=Platypus;TC=49;TCF=42;TCR=7;TR=19;WE=46641332;WS=46641314;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,21:0.40:53
chr13	46641466	rs9316179	A	G	3518.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.052;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=420;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.105;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQ=60.04;MQRankSum=1.597;NF=60;NR=48;PP=1377;ReadPosRankSum=0.716;SC=AGTCATAACCATCCACATTAA;SOR=0.802;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=245;TCF=130;TCR=115;TR=108;WE=46641474;WS=46641456;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:233,184:0.44:417
chr13	46641481	rs7337140	T	C	3811.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.203;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=437;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.518;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=60;PP=1526;ReadPosRankSum=0.225;SC=CATTAACCACTGGCATAACAT;SOR=0.716;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=265;TCF=134;TCR=131;TR=123;WE=46641489;WS=46641471;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:237,197:0.45:434
chr13	46648094	rs3742264	C	T	2461.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.971;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=234;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=54;PP=1364;ReadPosRankSum=0.710;SC=TTTTTGGCTGCTTGTTCTTTT;SOR=0.686;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=157;TCF=61;TCR=96;TR=88;WE=46648102;WS=46648084;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:110,119:0.52:229
chr13	46656669	rs2296642	A	G	1305.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.523;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=31;PP=750;ReadPosRankSum=-0.864;SC=GATCTTCCACATCTGCCAGCA;SOR=0.746;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=88;TCF=31;TCR=57;TR=47;WE=46656677;WS=46656659;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,63:0.51:124
chr13	46708291	rs4941543	T	C	12503.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=480;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.38;SOR=0.808;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,474:1.00:474
chr13	46717047	rs9534341	T	C	2358.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.920;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=249;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.475;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=55;PP=1198;ReadPosRankSum=0.159;SC=TTCAAAACAATGTTCCCACTG;SOR=0.754;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=170;TCF=66;TCR=104;TR=90;WE=46717055;WS=46717037;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:126,116:0.48:242
chr13	46717246	rs2182485	T	C	610.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.406;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.272;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=7;PP=458;ReadPosRankSum=1.503;SC=AATAAGCAATTGACTGAAATA;SOR=0.489;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=43;TCF=31;TCR=12;TR=23;WE=46717254;WS=46717236;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,24:0.53:45
chr13	46722703	rs10631906	C	CTTAA	160.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.589;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=4;PP=127;ReadPosRankSum=0.712;SC=CAGAATGTAACTTAACAAAGC;SOR=0.892;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=0;TCR=11;TR=4;WE=46722711;WS=46722693;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,5:0.56:9
chr13	46728771	rs4258501	T	C	382.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-1.370;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.639;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=1;PP=285;ReadPosRankSum=-0.508;SC=GTCTCCCTTCTTTGCTGCTCA;SOR=2.613;SbPval=0.95;Source=Platypus;TC=27;TCF=22;TCR=5;TR=16;WE=46728779;WS=46728761;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,16:0.59:27
chr13	46728924	rs2296122	C	T	2117.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.927;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=261;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.752;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=28;PP=825;ReadPosRankSum=-0.491;SC=ATTATGGTAACGGTGGGAAGA;SOR=0.810;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=139;TCF=72;TCR=67;TR=62;WE=46728932;WS=46728914;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:147,112:0.43:259
chr13	46802668	rs625052	C	T	288.80	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-1.471;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5006;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=3;PP=157;ReadPosRankSum=0.202;SC=TGCTGATAGACGCCTTCATGA;SOR=0.368;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=13;TCF=10;TCR=3;TR=11;WE=46802676;WS=46802658;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,13:0.87:15
chr13	46836201	rs2764598	A	G	672.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=14;PP=386;SC=AGAGAAAATCAATCCTTTCAT;SOR=1.302;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=22;TCF=7;TCR=15;TR=21;WE=46836209;WS=46836191;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr13	46840835	rs41284165	T	C	921.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=1.870;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.940;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=8;PP=534;ReadPosRankSum=-1.717;SC=AATTGTATAATACCTTTTAAA;SOR=0.861;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=56;TCF=41;TCR=15;TR=31;WE=46840843;WS=46840825;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,42:0.57:74
chr13	46840996	rs41284167	A	C	1253.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=0.767;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=26;PP=733;ReadPosRankSum=-0.992;SC=AGAGATAATTATTTGAATAAT;SOR=0.668;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=90;TCF=38;TCR=52;TR=45;WE=46841004;WS=46840986;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,59:0.53:112
chr13	46844627	rs17067933	C	A	2986.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.887;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=245;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.722;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=41;PP=1626;ReadPosRankSum=-0.711;SC=AAAGCCATCACTGAAGGCTAC;SOR=0.488;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=181;TCF=113;TCR=68;TR=102;WE=46844635;WS=46844617;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:104,135:0.56:239
chr13	46930372	rs9526171	T	C	2041.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=51;NR=14;PP=1492;SC=CTGGTCCTGGTGTCCTCGGTC;SOR=2.799;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=65;TCF=51;TCR=14;TR=65;WE=46930380;WS=46930362;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr13	46937097	rs11843301	A	C	287.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.333;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.93;ReadPosRankSum=-1.253;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,14:0.82:17
chr13	47243357	rs73193018	C	T	1681.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=43;PP=1166;SC=TCAAGGTATTCAGAAAACCTT;SOR=3.219;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=49;TCF=6;TCR=43;TR=49;WE=47243365;WS=47243347;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr13	47256071	rs151080336	T	TTGTGTGTG	479.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=39.98;SOR=3.611;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr13	47260054	rs842381	T	C	7461.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=284;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=110;NR=64;PP=2965;SC=AGTAGATCTTTCCTTGGTAAA;SOR=1.056;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=179;TCF=111;TCR=68;TR=174;WE=47260062;WS=47260044;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,280:1.00:280
chr13	47261970	rs842375	T	C	2962.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=58;NR=20;PP=1691;SC=ATATGATTGCTATTAATTTCT;SOR=1.566;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=78;TCF=58;TCR=20;TR=78;WE=47261978;WS=47261960;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr13	47273458	rs706621	G	C	3351.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=50;NR=22;PP=1572;SC=AACCCTGTGTGTTTTGTCCAC;SOR=1.323;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=72;TCF=50;TCR=22;TR=72;WE=47273466;WS=47273448;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr13	47279375	rs11483731	C	CT	2224.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.642;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.360;HP=10;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=36;PP=962;ReadPosRankSum=-0.123;SC=CACTTTGTATCTTTTTTTTTC;SOR=1.051;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=73;TCF=27;TCR=46;TR=60;WE=47279383;WS=47279365;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:14,108:0.89:122
chr13	47279454	rs842387	A	G	5280.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.868;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=62;PP=2658;ReadPosRankSum=-0.394;SC=GGCTGCTGGTAGATTCACCAG;SOR=0.703;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=126;TCF=63;TCR=63;TR=125;WE=47279462;WS=47279444;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,195:0.99:197
chr13	47279680	rs3832915	A	AT	1929.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=32;PP=1024;SC=GATTCTGTAGATTTTTTTACC;SOR=1.223;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=42;TCF=3;TCR=39;TR=35;WE=47279688;WS=47279670;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
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chr13	47302934	rs3742273	T	A	4177.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=71;NR=32;PP=2166;SC=TTACTCACAGTTACCTCAGTG;SOR=1.414;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=103;TCF=71;TCR=32;TR=103;WE=47302942;WS=47302924;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,150:1.00:150
chr13	47308109	rs2298086	A	G	2256.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=28;NR=26;PP=915;SC=TTTTGGAAGCATGCCGAAAAT;SOR=0.693;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=54;TCF=28;TCR=26;TR=54;WE=47308117;WS=47308099;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
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chr13	47358540	rs8192889	T	C	5006.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.850;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=82;PP=2816;ReadPosRankSum=-1.019;SC=ATGTGCACCATTAATACTGGG;SOR=0.481;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=129;TCF=46;TCR=83;TR=128;WE=47358548;WS=47358530;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,178:0.99:179
chr13	47469940	rs6313	G	A	7652.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.872;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=289;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=82;NR=113;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.934;SC=TAGCTTCTCCGGAGTTAAAGT;SOR=0.947;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=198;TCF=84;TCR=114;TR=195;WE=47469948;WS=47469930;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,280:0.99:282
chr13	47470824	rs6312	C	T	7483.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=278;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=98;NR=64;PP=2965;SC=TCTTCAGGGTCCACACATGAG;SOR=0.959;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=162;TCF=98;TCR=64;TR=162;WE=47470832;WS=47470814;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,277:1.00:277
chr13	48523567	rs17425881	T	C	402.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.842;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=3.920;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.32;ReadPosRankSum=-0.624;SOR=0.299;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,23:0.42:55
chr13	48528249	.	A	T	424.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=3.334;ClippingRankSum=0.000;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.684;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=1;PP=337;ReadPosRankSum=0.028;SC=TACATGATATAAAAATATATC;SOR=1.358;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=34;TCF=31;TCR=3;TR=16;WE=48528257;WS=48528239;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,18:0.43:42
chr13	48547467	rs7320366	A	T	622.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.174;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.924;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=8;PP=318;ReadPosRankSum=-0.902;SC=GCTTCAGGAGACTCAGCAGCA;SOR=1.079;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=69;TCF=42;TCR=27;TR=24;WE=48547475;WS=48547457;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,34:0.37:91
chr13	48563008	rs6561424	G	A	298.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.244;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=2;PP=190;ReadPosRankSum=-0.389;SC=CTTAAAAAATGTGACTTACGA;SOR=0.724;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=20;TCF=16;TCR=4;TR=11;WE=48563016;WS=48562998;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,13:0.59:22
chr13	48563246	rs6561425	A	G	319.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.022;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=8;PP=196;ReadPosRankSum=-0.507;SC=GTCCAAAAATAAGGCATTCTC;SOR=0.859;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=27;TCF=9;TCR=18;TR=11;WE=48563254;WS=48563236;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,15:0.48:31
chr13	48571213	rs8001509	C	T	2746.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.690;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=281;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.012;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=56;PP=1373;ReadPosRankSum=-0.704;SC=GTCACTCTTGCTAACTACTTG;SOR=0.828;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=176;TCF=70;TCR=106;TR=87;WE=48571221;WS=48571203;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:146,133:0.48:279
chr13	48575207	rs11316376	GA	G	8091.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.739;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=336;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.177;NF=42;NR=97;PP=2969;ReadPosRankSum=1.550;SC=AGGGCACCCAGAAAAATGTCA;SOR=0.878;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=149;TCF=47;TCR=102;TR=139;WE=48575215;WS=48575197;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,328:0.99:330
chr13	48575292	rs9567972	C	T	5910.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=2.072;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=518;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.524;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.221;NF=77;NR=82;PP=2446;ReadPosRankSum=1.243;SC=ACCCTCGAGACGACAGCGGAC;SOR=0.756;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=293;TCF=143;TCR=150;TR=159;WE=48575300;WS=48575282;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:229,286:0.56:515
chr13	48615435	rs943066	T	C	131.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-0.643;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=6;PP=80;ReadPosRankSum=-0.947;SC=CCTTGGGAGGTGATTAGATCA;SOR=1.085;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=12;TCF=2;TCR=10;TR=7;WE=48615443;WS=48615425;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,7:0.58:12
chr13	48653864	rs5803423	CA	C	313.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.828;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=1.239;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.70;ReadPosRankSum=1.584;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,26:0.47:55
chr13	48664556	.	T	TA	140.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.774;ClippingRankSum=0.000;DP=417;ExcessHet=3.0103;FS=1.876;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.03;MQRankSum=0.000;QD=0.36;ReadPosRankSum=-0.565;SOR=0.846;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:323,64:0.17:387
chr13	48669064	rs3809330	C	T	2222.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-2.111;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.522;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=29;PP=1360;ReadPosRankSum=1.098;SC=CCAGCTCCAGCCCGGCTCTCA;SOR=0.760;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=156;TCF=105;TCR=51;TR=86;WE=48669072;WS=48669054;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:106,105:0.50:211
chr13	48828102	.	AT	A	315.74	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.671;ClippingRankSum=0.000;DP=85;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.74;ReadPosRankSum=-1.220;SOR=0.957;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,30:0.55:55
chr13	48830601	rs3818455	A	C	1446.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=2.833;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=37;PP=889;ReadPosRankSum=0.083;SC=AATATTTGCTAATTTATTATA;SOR=0.696;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=118;TCF=32;TCR=86;TR=50;WE=48830609;WS=48830591;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,65:0.44:149
chr13	48878271	rs2854351	T	C	991.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=17;PP=514;SC=TCGGCGGGGATCCGTCCTCGC;SOR=1.371;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=26;TCF=8;TCR=18;TR=25;WE=48878279;WS=48878261;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr13	48878292	rs2252544	G	A	130.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.822;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=32;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=6;PP=82;ReadPosRankSum=0.418;SC=CAGGGGCCGGGTCCCGGCGGG;SOR=1.034;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=2;TCR=15;TR=6;WE=48878300;WS=48878282;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,7:0.30:23
chr13	48916895	rs520342	C	T	661.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=1.039;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=16;PP=330;ReadPosRankSum=0.091;SC=TAAAAGGAAACGAATTCTGGA;SOR=0.770;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=39;TCF=12;TCR=27;TR=22;WE=48916903;WS=48916885;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,31:0.62:50
chr13	48919358	rs198617	T	G	2002.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=21;NR=29;PP=935;SC=TTTTATTAGGTTTACACTCTG;SOR=0.948;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=50;TCF=21;TCR=29;TR=50;WE=48919366;WS=48919348;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr13	48921884	rs198616	A	G	1232.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=22;NR=11;PP=719;SC=AAAAGAAGATAAATAAAGCAT;SOR=1.364;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=34;TCF=22;TCR=12;TR=33;WE=48921892;WS=48921874;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr13	48938858	rs149134290	A	G	43.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.598;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.92;ReadPosRankSum=0.657;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,5:0.33:15
chr13	48947469	rs185587	G	T	1171.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=21;NR=10;PP=689;SC=CTTGGGAGATGGAAAACATTT;SOR=1.259;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=31;TCF=21;TCR=10;TR=31;WE=48947477;WS=48947459;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr13	48953655	rs11449461	C	CA	593.74	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.177;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.37;ReadPosRankSum=-0.745;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,38:0.79:48
chr13	48955659	rs4151540	C	CAA	257.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.075;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.392;HP=3;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=4;PP=129;ReadPosRankSum=-1.435;SC=TGTTTCTTAACATCTACCTCA;SOR=0.238;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=0;TCR=11;TR=4;WE=48955667;WS=48955649;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,8:0.47:17
chr13	48955676	rs2804086	T	A	347.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=8;PP=204;SC=CTCAAGAACATATAGGGAATT;SOR=2.670;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=9;WE=48955684;WS=48955666;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr13	49033747	rs198580	G	A	2600.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=64;NR=13;PP=1863;SC=TAATTAGAGCGATTTCATGAT;SOR=2.859;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=77;TCF=64;TCR=13;TR=77;WE=49033755;WS=49033737;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr13	49034022	rs10648129	A	AT,ATTTCT	7244.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=256;ExcessHet=3.0103;FR=0.5004;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=29;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=26;NF=2;NR=160;PP=2997;SC=TTGTTAACTGATTCTTTCTTT;SOR=5.136;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=168;TCF=2;TCR=166;TR=162;WE=49034032;WS=49034012;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.42,0.58:12
chr13	49051012	rs3020646	C	T	7085.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=270;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=77;NR=108;PP=2965;SC=TTCCAGTAGCCGAGATGGTCA;SOR=0.945;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=186;TCF=77;TCR=109;TR=185;WE=49051020;WS=49051002;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,264:1.00:264
chr13	49051481	rs3092904	T	A	583.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.906;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=10;PP=251;ReadPosRankSum=0.133;SC=TGCATTTTTTTAATCTGCAGT;SOR=0.616;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=29;TCF=15;TCR=14;TR=20;WE=49051489;WS=49051471;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,30:0.57:53
chr13	49077088	rs9332043	C	CA	6524.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=1.062;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=357;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.400;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=2.108;NF=12;NR=76;PP=2963;ReadPosRankSum=-1.643;SC=GCACAGTGACCGGGGCAGAAA;SOR=0.669;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=156;TCF=18;TCR=138;TR=88;WE=49077096;WS=49077078;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:142,195:0.58:337
chr13	49089223	rs9316388	T	C	553.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=0.798;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.564;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=1;PP=417;ReadPosRankSum=0.602;SC=TCATGTTTTATGGTATCCAAA;SOR=1.880;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=33;TCF=31;TCR=2;TR=21;WE=49089231;WS=49089213;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,22:0.59:37
chr13	49089620	rs3215827	CT	C	314.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.362;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.975;HP=10;HapScore=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=10;PP=266;ReadPosRankSum=-0.152;SC=AATTTCCATGCTTTTTTTTTT;SOR=1.104;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=52;TCF=26;TCR=26;TR=22;WE=49089628;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,23:0.45:51
chr13	49107241	rs7997110	T	C	18095.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=710;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=189;NR=249;PP=2965;SC=GGCGCCGCGATGAGTTGGCGC;SOR=0.910;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=438;TCF=189;TCR=249;TR=438;WE=49107249;WS=49107231;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,699:1.00:699
chr13	49684341	rs3834947	C	CT	814.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.756;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.863;NF=23;NR=9;PP=485;ReadPosRankSum=-0.505;SC=GGAACGTTTGCTTTTTTTTCC;SOR=0.723;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=50;TCF=34;TCR=16;TR=32;WE=49684349;WS=49684331;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,43:0.59:73
chr13	49752915	rs1407826	A	G	1033.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=7;NR=20;PP=600;SC=CTGTCACCCAAGCTGCTGCAG;SOR=1.609;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=7;TCR=20;TR=27;WE=49752923;WS=49752905;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr13	49833774	rs4942809	C	T	285.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.032;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.310;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=9;PP=195;ReadPosRankSum=0.471;SC=ATCGCCTGAGCCCAGGAGTTC;SOR=1.833;SbPval=0.93;Source=Platypus;TC=21;TCF=5;TCR=16;TR=10;WE=49833782;WS=49833764;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,12:0.52:23
chr13	49839889	rs9535182	A	G	435.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=2.209;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=1;PP=371;ReadPosRankSum=0.873;SC=AGCTTTTTGGAGTCCTCAATA;SOR=0.693;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=22;TCF=21;TCR=1;TR=16;WE=49839897;WS=49839888;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,16:0.70:23
chr13	49839979	rs7326191	G	A	1778.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.754;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.588;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=22;PP=1097;ReadPosRankSum=-0.188;SC=ATACACAAATGTCTGTCTAAA;SOR=0.792;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=121;TCF=85;TCR=36;TR=69;WE=49839987;WS=49839969;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,84:0.48:174
chr13	49840024	rs6561512	A	G	8218.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=304;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=112;NR=77;PP=2965;SC=GGATTACTGGAAGCAGCTAAG;SOR=1.009;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=189;TCF=112;TCR=77;TR=189;WE=49840032;WS=49840014;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,302:1.00:302
chr13	49852377	rs2274150	A	G	696.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=2.127;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=4;PP=501;ReadPosRankSum=0.955;SC=TACTGTAGAAAATTGAATGAA;SOR=0.534;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=61;TCF=52;TCR=9;TR=27;WE=49852385;WS=49852367;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,30:0.43:70
chr13	49852430	rs2274149	T	G	2152.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=2.996;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.871;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=17;PP=1375;ReadPosRankSum=0.877;SC=AAAAATACATTGCAAAGTGTC;SOR=1.044;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=144;TCF=109;TCR=35;TR=76;WE=49852438;WS=49852420;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,92:0.52:178
chr13	49854941	rs10626538	A	AATTATTATT	691.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=0.334;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.887;NF=0;NR=16;PP=1036;ReadPosRankSum=2.847;SC=AGTTTCAACAAATTATTATTA;SOR=1.112;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=33;TCF=1;TCR=32;TR=16;WE=49854949;WS=49854931;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,18:0.72:25
chr13	49865727	rs143390986	G	GCC	1413.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=2.843;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.525;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=8;PP=1143;ReadPosRankSum=0.714;SC=TTTAACTTAAGCATTGTTTTG;SOR=1.460;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=36;TCF=21;TCR=15;TR=23;WE=49865735;WS=49865717;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,37:0.52:71
chr13	49865748	rs6561514	A	G	2534.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=49;NR=21;PP=1287;SC=CTCTTACAACATGTAAGGCTG;SOR=1.431;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=70;TCF=49;TCR=21;TR=70;WE=49865756;WS=49865738;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr13	49885216	rs912547	A	G	4518.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=32;NR=100;PP=2965;SC=CCTCACCCACACTACTCGCGT;SOR=2.058;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=132;TCF=32;TCR=100;TR=132;WE=49885224;WS=49885206;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,157:1.00:157
chr13	49918175	rs35214871	G	T	421.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-1.344;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.084;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=7;PP=179;ReadPosRankSum=-0.055;SC=CTGATGACCTGGTTTCCAGGT;SOR=0.438;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=46;TCF=28;TCR=18;TR=16;WE=49918183;WS=49918165;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,26:0.37:70
chr13	50007393	rs7998660	C	T	1806.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=31;NR=17;PP=961;SC=GTATGTTGAGCATAGTCTACA;SOR=1.179;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=49;TCF=32;TCR=17;TR=48;WE=50007401;WS=50007383;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr13	50008112	rs3764091	G	A	4107.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=91;NR=18;PP=2517;SC=CTTTTAGTTCGCACCTTTACT;SOR=2.659;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=109;TCF=91;TCR=18;TR=109;WE=50008120;WS=50008102;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,142:1.00:142
chr13	50008301	rs3764090	A	G	14308.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=538;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=131;NR=179;PP=2965;SC=TACGTTCTGAACAGCAACTTA;SOR=0.926;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=311;TCF=131;TCR=180;TR=310;WE=50008309;WS=50008291;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,532:1.00:532
chr13	50035151	rs721457	G	C	949.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=20;NR=8;PP=556;SC=GATTAAATGAGATAAAATATG;SOR=1.675;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=28;TCF=20;TCR=8;TR=28;WE=50035159;WS=50035141;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr13	50035208	rs2077848	G	A	2182.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=33;NR=19;PP=1058;SC=AGGTAATGGTGATGCTGTTTT;SOR=1.096;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=53;TCF=33;TCR=20;TR=52;WE=50035216;WS=50035198;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr13	50038080	rs12429813	G	A	156.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-2.002;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.374;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=2;PP=73;ReadPosRankSum=-0.534;SC=CTGCCTCTGGGATAAGTCATC;SOR=0.082;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=25;TCF=21;TCR=4;TR=7;WE=50038088;WS=50038070;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,9:0.32:28
chr13	50050620	rs7998427	A	G	2504.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.323;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=12;PP=1804;ReadPosRankSum=-0.777;SC=AGAACAACAGAAAATAAGGAA;SOR=1.633;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=76;TCF=64;TCR=12;TR=74;WE=50050628;WS=50050610;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,84:0.99:85
chr13	50054308	rs4142285	G	A	6396.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=243;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=112;NR=59;PP=2965;SC=CTCTTGACTTGACTTGCTGCT;SOR=1.346;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=171;TCF=112;TCR=59;TR=171;WE=50054316;WS=50054298;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,237:1.00:237
chr13	50054346	rs7996852	G	T	9955.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=381;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=142;NR=88;PP=2965;SC=TCCATTGCCTGCCTTTTAGAA;SOR=1.065;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=232;TCF=143;TCR=89;TR=230;WE=50054354;WS=50054336;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,369:1.00:369
chr13	50057097	rs2057413	G	A	3847.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=37;NR=48;PP=1421;SC=GGAGCTTACTGTGTAAGTAAC;SOR=0.895;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=86;TCF=37;TCR=49;TR=85;WE=50057105;WS=50057087;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,150:1.00:150
chr13	50057633	rs11619265	A	G	2390.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.61;BaseQRankSum=0.431;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=16;PP=806;ReadPosRankSum=-0.761;SC=CAAGAATTCAATATCATTCAG;SOR=1.022;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=51;TCF=30;TCR=21;TR=45;WE=50057641;WS=50057623;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,96:0.98:98
chr13	50065062	rs12584213	C	T	1448.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.891;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=27;PP=591;ReadPosRankSum=-1.066;SC=AAATTGATTTCGCTTACTTAA;SOR=0.751;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=81;TCF=32;TCR=49;TR=44;WE=50065070;WS=50065052;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,70:0.57:122
chr13	50070244	rs370049093	GGGGC	G	603.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.63;QD=40.25;SOR=0.818;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr13	50080592	rs12583618	A	G	445.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-1.855;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=6;PP=282;ReadPosRankSum=-0.586;SC=TTCTATTAGCATAGTAAAAAA;SOR=0.527;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=33;TCF=24;TCR=9;TR=19;WE=50080600;WS=50080582;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,22:0.59:37
chr13	50080847	rs2031532	A	G	7692.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=302;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=80;NR=113;PP=2965;SC=ATAATGTCCTATACTTTGCAC;SOR=0.943;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=193;TCF=80;TCR=113;TR=193;WE=50080855;WS=50080837;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,293:1.00:293
chr13	50092127	rs66480424	TACTC	T	2245.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=27;NR=12;PP=1995;SC=AACAGGTACTTACTCAGTAAA;SOR=2.215;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=42;TCF=28;TCR=14;TR=39;WE=50092138;WS=50092117;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr13	50094899	.	CA	C	28	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;FR=0.5338;HP=11;HapScore=2;MGOF=0;MMLQ=23;MQ=60.0;NF=3;NR=0;PP=28;QD=12.3333333333;SC=CACAGGGCTTCAAAAAAAAAA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=5;TCR=0;TR=3;WE=50094907;WS=50094889;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:2,3:0.60:5
chr13	50095127	rs3765526	A	G	810.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-1.040;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=13;PP=273;ReadPosRankSum=0.371;SC=GTAAACATTTATGTAACATAA;SOR=0.603;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=39;TCF=17;TCR=22;TR=22;WE=50095135;WS=50095117;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,39:0.63:62
chr13	50098407	rs144805189	TAAAAC	T	232.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.63;MQRankSum=-0.000;QD=15.52;ReadPosRankSum=1.611;SOR=0.551;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,7:0.47:15
chr13	50100090	rs7322908	T	A	427.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=3.098;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.684;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-1.861;NF=2;NR=12;PP=233;ReadPosRankSum=0.470;SC=GGATCATCTGTGGTCAGCAGT;SOR=1.121;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=43;TCF=9;TCR=34;TR=14;WE=50100098;WS=50100080;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,20:0.36:55
chr13	50100320	rs7321952	A	G	446.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.247;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=29.78;ReadPosRankSum=2.414;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,12:0.80:15
chr13	50100389	rs7323493	T	C	519.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.752;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.916;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=6;PP=194;ReadPosRankSum=0.006;SC=GCTGCTGCTGTTGCCATCTAA;SOR=0.830;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=48;TCF=30;TCR=18;TR=16;WE=50100397;WS=50100379;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,28:0.41:69
chr13	50100627	rs10546233	GTT	G	1156.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.372;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=1.076;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=22.24;ReadPosRankSum=-0.176;SOR=0.504;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,30:0.58:52
chr13	50100637	rs371713260	ATATT	A	985.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.339;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=21.43;ReadPosRankSum=-0.067;SOR=0.565;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,27:0.59:46
chr13	50100647	rs61960012	C	T	1000.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.298;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.02;ReadPosRankSum=0.111;SOR=0.561;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,24:0.60:40
chr13	50100667	rs6561533	G	A	308.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.094;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=50;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=7;PP=379;ReadPosRankSum=0.000;SC=ACAATATACTGTACAGGTGAT;SOR=0.724;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=23;TCF=9;TCR=14;TR=12;WE=50100676;WS=50100657;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,17:0.59:29
chr13	50100668	rs41305038	T	C	224.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.332;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=4;MGOF=50;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=7;PP=401;ReadPosRankSum=0.067;SC=CAATATACTGTACAGGTGATA;SOR=0.663;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=23;TCF=9;TCR=14;TR=11;WE=50100676;WS=50100657;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,12:0.41:29
chr13	50102810	rs1046295	G	A	3061.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.680;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=320;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.846;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=52;PP=1435;ReadPosRankSum=-1.251;SC=AGGGATTACCGTTTCCTAAGC;SOR=0.746;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=205;TCF=102;TCR=103;TR=100;WE=50102818;WS=50102800;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:162,154:0.49:316
chr13	50108252	rs7317982	T	C	2204.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.053;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=249;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.592;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=28;PP=1043;ReadPosRankSum=0.529;SC=CCAGCAGCCTTGCGCTTCAGT;SOR=0.921;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=161;TCF=95;TCR=66;TR=75;WE=50108260;WS=50108242;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:135,108:0.44:243
chr13	50115669	rs1536195	C	T	1051.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=25;NR=9;PP=689;SC=CACAATACTACTTTTAAAGAT;SOR=1.863;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=34;TCF=25;TCR=9;TR=34;WE=50115677;WS=50115659;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr13	50121211	rs1570883	G	A	962.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=21;NR=6;PP=577;SC=ATCTGAAGATGTGTACAGAAG;SOR=1.885;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=28;TCF=21;TCR=7;TR=27;WE=50121219;WS=50121201;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr13	50121311	rs3039280	C	CA,CAA	2876.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.07;MQRankSum=0.434;QD=19.44;ReadPosRankSum=-0.105;SOR=0.762;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:19,29,100:0.20,0.68:148
chr13	50121511	rs1570884	A	G	1598.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.337;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.635;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=37;PP=864;ReadPosRankSum=0.355;SC=TTAACCTTCAATATCAATTGC;SOR=0.767;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=101;TCF=33;TCR=68;TR=54;WE=50121519;WS=50121501;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,75:0.52:144
chr13	50123622	rs3751384	G	C	2106.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=2.437;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=17;PP=1236;ReadPosRankSum=0.734;SC=ACGAGACGGCGGGAGTGGCAA;SOR=0.679;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=151;TCF=118;TCR=33;TR=74;WE=50123630;WS=50123612;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:94,93:0.50:187
chr13	50123649	rs3751383	G	A	3186.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=3.550;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=320;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.942;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=2.097;NF=80;NR=35;PP=1896;ReadPosRankSum=0.043;SC=CAAACACGTCGTCGGTGCAGG;SOR=0.831;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=232;TCF=157;TCR=75;TR=115;WE=50123657;WS=50123639;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:169,149:0.47:318
chr13	50123688	rs3751382	G	T	5664.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=2.429;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=555;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.100;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.484;NF=103;NR=69;PP=2695;ReadPosRankSum=-1.886;SC=GGAGGATCACGGACTGACCCC;SOR=0.785;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=339;TCF=195;TCR=144;TR=172;WE=50123696;WS=50123678;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:277,268:0.49:545
chr13	50123832	rs3751381	C	G	4136.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.217;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=374;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=93;PP=2303;ReadPosRankSum=-0.182;SC=TCACAGAAGCCCACAGCACAC;SOR=0.709;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=265;TCF=90;TCR=175;TR=139;WE=50123840;WS=50123822;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:162,192:0.54:354
chr13	50125622	rs9568246	C	T	1683.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.244;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.641;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=30;PP=688;ReadPosRankSum=-0.087;SC=TAAATTGAAACGGTTACCATT;SOR=1.137;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=99;TCF=42;TCR=57;TR=45;WE=50125630;WS=50125612;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,82:0.49:169
chr13	50125678	rs9568247	T	C	1187.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=0.296;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.524;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=22;PP=508;ReadPosRankSum=-0.285;SC=TTAAAGGCTATAGCCAGCTTC;SOR=1.164;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=67;TCF=23;TCR=44;TR=29;WE=50125686;WS=50125668;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,57:0.48:119
chr13	50126382	rs2274278	G	A	3179.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=36;NR=35;PP=1441;SC=TTGTTTCCCAGGCCCAGCTGA;SOR=0.744;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=72;TCF=37;TCR=35;TR=71;WE=50126390;WS=50126372;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr13	50126481	rs3215806	CA	C	1089.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.611;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.248;HP=8;HapScore=4;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=11;PP=586;ReadPosRankSum=0.979;SC=AAGGAAGAGACAAAAAAACCA;SOR=0.423;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=31;TCF=2;TCR=29;TR=12;WE=50126498;WS=50126471;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,29:0.49:59
chr13	50126490	rs2274279	C	T	1140.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-2.141;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.028;HP=1;HapScore=4;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=12;PP=572;ReadPosRankSum=-0.059;SC=ACAAAAAAACCAGCCCATCTA;SOR=0.461;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=37;TCF=11;TCR=26;TR=19;WE=50126498;WS=50126471;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,30:0.50:60
chr13	50126505	rs2274280	A	G	952.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.828;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=13;PP=260;ReadPosRankSum=0.515;SC=CATCTAAACAAATCAGATACT;SOR=0.787;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=38;TCF=12;TCR=26;TR=18;WE=50126513;WS=50126495;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,24:0.46:52
chr13	50129599	rs2274283	C	T	1945.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.236;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.266;HP=1;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=23;PP=1094;ReadPosRankSum=-0.053;SC=AAGAAACTGACGTGTAATTGA;SOR=0.948;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=137;TCF=88;TCR=49;TR=69;WE=50129607;WS=50129589;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:106,95:0.47:201
chr13	50129615	rs2274284	A	G	6451.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.859;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=247;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=97;NR=63;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.242;SC=ATTGAAAAAGAAGGTAGAAAG;SOR=1.031;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=160;TCF=97;TCR=63;TR=160;WE=50129623;WS=50129605;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,237:0.99:239
chr13	50134020	rs67275254	A	G	942.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=0.849;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.382;HP=10;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=11;PP=622;ReadPosRankSum=-0.937;SC=TGATGAAAAAAAAAAAGAATA;SOR=0.347;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=72;TCF=53;TCR=19;TR=36;WE=50134028;WS=50134004;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,42:0.52:80
chr13	50134099	rs17073145	T	C	2924.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-1.425;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=271;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.507;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=38;PP=1570;ReadPosRankSum=-0.270;SC=AGCCACAAGCTACTTCCACCA;SOR=0.580;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=198;TCF=127;TCR=71;TR=100;WE=50134107;WS=50134089;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:127,140:0.52:267
chr13	50134150	rs17073150	A	G	3586.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.634;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=353;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=55;PP=1680;ReadPosRankSum=-1.211;SC=GGACGGGAGCAATGCCTTGGT;SOR=0.674;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=237;TCF=130;TCR=107;TR=120;WE=50134158;WS=50134140;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:168,177:0.51:345
chr13	50134358	rs12146924	T	C	1281.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.269;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.617;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=40;PP=785;ReadPosRankSum=-1.866;SC=TAAGTAACCATGGACAGAGTA;SOR=0.908;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=96;TCF=27;TCR=69;TR=56;WE=50134366;WS=50134348;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,62:0.53:116
chr13	50141276	rs9562899	C	T	625.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.086;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=9;PP=287;ReadPosRankSum=1.555;SC=AACTAGGTTTCAAGAGACTCT;SOR=0.762;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=45;TCF=25;TCR=20;TR=20;WE=50141284;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,33:0.38:88
chr13	50141345	rs4942848	G	A	1068.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.193;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.580;HP=3;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=16;PP=457;ReadPosRankSum=-1.110;SC=GAAGACACACGCCTTCCGAAT;SOR=0.743;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=60;TCF=30;TCR=30;TR=30;WE=50141353;WS=50141335;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,53:0.51:103
chr13	50141362	rs9562900	G	A	872.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.016;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=13;PP=370;ReadPosRankSum=2.812;SC=GAATAGACGCGATCTCTTGAG;SOR=0.653;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=56;TCF=27;TCR=29;TR=26;WE=50141370;WS=50141352;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,44:0.48:91
chr13	50204880	rs3803186	G	A	5349.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.945;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=508;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=88;NR=79;PP=2698;ReadPosRankSum=-1.274;SC=TACCCGAGTCGGCGGCTGAGC;SOR=0.708;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=333;TCF=175;TCR=158;TR=167;WE=50204888;WS=50204870;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:247,253:0.51:500
chr13	50205025	rs3803185	T	C	4467.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.623;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=448;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=78;PP=1822;ReadPosRankSum=-0.718;SC=CCAGGACCACTGCTGGGAGCT;SOR=0.731;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=282;TCF=123;TCR=159;TR=138;WE=50205045;WS=50205015;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:223,221:0.50:444
chr13	50242696	rs7999786	C	T	851.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=52.08;QD=27.48;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr13	50244041	rs9535292	T	C	6008.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-2.103;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=240;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=75;NR=88;PP=2480;ReadPosRankSum=1.699;SC=AGGATGGCACTGTAGACACAT;SOR=0.279;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=164;TCF=75;TCR=89;TR=163;WE=50244049;WS=50244031;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,237:1.00:238
chr13	50260905	rs6561552	T	C	2796.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=22;NR=61;PP=1905;SC=CAACTCAATTTACATTTTTCA;SOR=2.110;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=83;TCF=22;TCR=61;TR=83;WE=50260913;WS=50260895;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr13	50279978	rs78964710	G	C	952.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=6.273;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=27;PP=707;ReadPosRankSum=0.064;SC=TCCCAGTAGGGTGTCGTGCTA;SOR=0.524;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=57;TCF=5;TCR=52;TR=30;WE=50279986;WS=50279968;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,33:0.53:62
chr13	50295961	rs9535309	A	G	638.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-2.740;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=5;PP=383;ReadPosRankSum=0.561;SC=GTTATCAAACAAACAAACAAA;SOR=0.811;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=64;TCF=50;TCR=14;TR=27;WE=50295969;WS=50295951;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,33:0.45:74
chr13	50296026	rs9535310	T	C	4634.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=86;NR=47;PP=2692;SC=GTCCCCTGTATATGAATTCCT;SOR=1.212;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=133;TCF=86;TCR=47;TR=133;WE=50296034;WS=50296016;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,173:1.00:173
chr13	50296115	rs1127021	C	T	6613.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=250;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=80;NR=94;PP=2965;SC=CCATAGGCGGCGGGGGATCCT;SOR=0.811;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=174;TCF=80;TCR=94;TR=174;WE=50296123;WS=50296105;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,250:1.00:250
chr13	50299648	rs3215711	AC	A	1457.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.183;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.561;HP=6;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=38;PP=1565;ReadPosRankSum=1.626;SC=CTGTAAAAAAACAATAACACA;SOR=0.611;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=83;TCF=8;TCR=75;TR=41;WE=50299656;WS=50299636;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,91:0.51:177
chr13	50299677	rs2273817	T	C	1098.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=2.110;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=25;PP=669;ReadPosRankSum=0.468;SC=GACACATAACTACCACTTAAA;SOR=0.743;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=91;TCF=33;TCR=58;TR=38;WE=50299685;WS=50299667;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,53:0.45:119
chr13	50306823	rs11342957	GA	G	774.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.406;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FS=1.514;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.27;MQRankSum=1.470;QD=5.87;ReadPosRankSum=1.069;SOR=0.900;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:73,59:0.45:132
chr13	50366743	rs201124891	A	AG	182.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.63;QD=26.11;SOR=4.174;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr13	50464697	rs34893433	T	TG	773.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=0.554;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.620;HP=1;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=6;PP=877;ReadPosRankSum=1.086;SC=CCTGGGTTACTGCGGCCACCG;SOR=1.352;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=37;TCF=26;TCR=11;TR=22;WE=50464705;WS=50464687;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,25:0.61:41
chr13	50464734	rs61747168	A	C	1002.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.457;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.48;MQRankSum=-3.673;QD=11.02;ReadPosRankSum=1.317;SOR=0.776;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:62,29:0.32:91
chr13	50464739	rs61747167	G	A	1054.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.263;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FS=0.844;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.51;MQRankSum=-3.605;QD=11.10;ReadPosRankSum=1.025;SOR=0.830;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:64,31:0.33:95
chr13	50465577	rs75540113	A	G	4353.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.060;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=490;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.745;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=1.196;NF=68;NR=78;PP=2027;ReadPosRankSum=1.671;SC=CTGGAAGAAGACATAACAGAT;SOR=0.576;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=302;TCF=134;TCR=168;TR=146;WE=50465585;WS=50465567;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:264,224:0.46:488
chr13	50467124	rs7316930	T	C	9877.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=393;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=91;NR=205;PP=2965;SC=TCCAGAACCATGGCAAGAAAC;SOR=1.585;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=297;TCF=92;TCR=205;TR=296;WE=50467132;WS=50467114;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,381:1.00:381
chr13	50495555	rs9568357	T	C	445.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.239;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.967;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=6;PP=226;ReadPosRankSum=1.707;SC=AACAGACTGATACACACACCA;SOR=0.056;SbPval=0.18;Source=Platypus;TC=22;TCF=16;TCR=6;TR=14;WE=50495563;WS=50495545;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,20:0.67:30
chr13	50501980	rs11617754	G	A	1919.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.577;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=26;PP=1014;ReadPosRankSum=1.558;SC=CAAACTCCCAGACAAAGCTGT;SOR=0.688;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=150;TCF=97;TCR=53;TR=69;WE=50501988;WS=50501970;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:124,96:0.44:220
chr13	50570774	rs3116591	G	T	154.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.725;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=5;PP=101;ReadPosRankSum=1.783;SC=TCTGCGGGGGGGCTTTGGGCG;SOR=0.542;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=20;TCF=5;TCR=15;TR=7;WE=50570782;WS=50570764;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,8:0.38:21
chr13	50586051	.	AT	A	56.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.030;ClippingRankSum=0.000;DP=149;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.40;ReadPosRankSum=1.410;SOR=0.739;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:117,26:0.18:143
chr13	50656582	rs2066575	T	A	3504.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.164;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=359;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.401;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=47;PP=1721;ReadPosRankSum=0.229;SC=AATGAGACCTTGTATATGGAT;SOR=0.872;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=212;TCF=113;TCR=99;TR=108;WE=50656590;WS=50656572;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:185,169:0.48:354
chr13	51287408	rs41284836	C	G	1627.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-3.627;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.574;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=43;PP=842;ReadPosRankSum=-0.106;SC=ATCTCAAATGCTTGCTTTGCA;SOR=0.465;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=155;TCF=45;TCR=110;TR=63;WE=51287416;WS=51287398;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:109,83:0.43:192
chr13	51397440	rs9563002	C	A	2516.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.797;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=314;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.868;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-1.249;NF=45;NR=46;PP=1337;ReadPosRankSum=1.440;SC=ACTCCCGATGCCTTTAACACT;SOR=0.760;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=201;TCF=102;TCR=99;TR=91;WE=51397448;WS=51397430;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:181,131:0.42:312
chr13	51417535	rs898861	G	A	549.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.567;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.848;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=12;PP=257;ReadPosRankSum=-1.242;SC=TGGGGAGTTCGCCCGCGCCGC;SOR=0.971;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=40;TCF=19;TCR=21;TR=19;WE=51417543;WS=51417525;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,29:0.45:64
chr13	51522081	rs11377898	A	AT	98.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.922;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.06;ReadPosRankSum=2.054;SOR=0.459;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,10:0.21:48
chr13	51530414	rs1328360	A	T	178.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=3.414;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=2;PP=107;ReadPosRankSum=1.905;SC=AACTTGAGACATGCAGTCTTC;SOR=0.693;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=38;TCF=29;TCR=9;TR=9;WE=51530422;WS=51530404;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,10:0.25:40
chr13	51590433	rs17075173	C	T	4942.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-2.251;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=547;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.119;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=97;PP=2378;ReadPosRankSum=-0.590;SC=ACACCTCCTACCACCATATAA;SOR=0.591;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=328;TCF=120;TCR=208;TR=159;WE=51590441;WS=51590423;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:286,250:0.47:536
chr13	51796468	rs7320388	T	C	427.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=4;PP=200;SC=CCGGGCGCGGTCGGGAGAGGG;SOR=0.941;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=7;TCR=4;TR=11;WE=51796476;WS=51796458;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr13	51929359	rs6145055	T	TTCCACAGAGCCTTCAGTGGTAAACAA	2094.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.802;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FS=8.329;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.14;MQRankSum=1.221;QD=15.52;ReadPosRankSum=1.675;SOR=1.404;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:80,55:0.41:135
chr13	51929375	rs9596506	T	C	1428.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-4.473;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=15.692;HP=1;HapScore=1;MGOF=95;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=27;PP=565;ReadPosRankSum=1.581;SC=GTCAACATTATGTAAAAGAAT;SOR=0.124;SbPval=0.2;Source=Platypus;TC=61;TCF=19;TCR=42;TR=45;WE=51929383;WS=51929365;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,70:0.69:102
chr13	51936272	rs2408363	G	A	753.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.833;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.78;ReadPosRankSum=-0.482;SOR=0.606;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,30:0.59:51
chr13	51953840	rs3818360	C	T	210.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.369;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=9;PP=163;ReadPosRankSum=1.364;SC=GTAACACAATCGTATTTATGT;SOR=0.593;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=27;TCF=9;TCR=18;TR=13;WE=51953848;WS=51953830;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,12:0.43:28
chr13	51956122	rs9526753	T	C	1674.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.153;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=14;PP=968;ReadPosRankSum=0.944;SC=CAGGCGTGAGTCACTGCGCCC;SOR=1.498;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=47;TCF=32;TCR=15;TR=45;WE=51956130;WS=51956112;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,61:0.97:63
chr13	51969696	rs3825524	C	T	1465.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.710;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=36;PP=821;ReadPosRankSum=0.238;SC=ATTACACTTACGTTAGAACTG;SOR=0.691;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=109;TCF=33;TCR=76;TR=51;WE=51969704;WS=51969686;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,68:0.49:139
chr13	51997092	rs9535663	C	T	150.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-2.320;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.864;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=0;PP=32;ReadPosRankSum=1.271;SC=CCTTTCTTTACGCTGTCTCAG;SOR=0.053;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=14;TCR=0;TR=4;WE=51997100;WS=51997082;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,8:0.47:17
chr13	52293532	rs912097	T	C	1170.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=30;PP=858;SC=TAACTGTTGTTCTCTTTGATT;SOR=3.855;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=34;TCF=3;TCR=31;TR=33;WE=52293540;WS=52293522;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr13	52343499	.	TA	T	59.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.464;ClippingRankSum=0.000;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=4.568;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.09;ReadPosRankSum=-0.624;SOR=1.275;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,14:0.25:55
chr13	52351037	rs2296026	C	T	601.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.696;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.344;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=3;PP=374;ReadPosRankSum=2.351;SC=TCTTGGCATGCCTCCACTTCC;SOR=0.984;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=35;TCF=30;TCR=5;TR=21;WE=52351045;WS=52351027;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,26:0.55:47
chr13	52365354	rs61729904	G	T	1227.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.625;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.666;HP=3;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=27;PP=631;ReadPosRankSum=1.936;SC=TTCCAGATTTGCTTGGGATCA;SOR=0.803;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=94;TCF=36;TCR=58;TR=43;WE=52365362;WS=52365344;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,60:0.48:125
chr13	52373814	rs9535761	G	C	4791.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=49;NR=54;PP=1993;SC=CTAGAAAGAGGAGACCCACAG;SOR=0.795;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=103;TCF=49;TCR=54;TR=103;WE=52373822;WS=52373804;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,183:1.00:183
chr13	52391341	rs975504	C	T	5826.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=48;NR=117;PP=2965;SC=GGGGTGTTGGCAGGGAGAGAG;SOR=1.632;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=167;TCF=49;TCR=118;TR=165;WE=52391349;WS=52391331;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,210:1.00:210
chr13	52425587	rs36141261	A	AT	2289.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.081;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.88;ReadPosRankSum=-0.127;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,132:0.80:165
chr13	52425658	rs71842329	CTT	C	522	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.574;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.35;ReadPosRankSum=-0.493;SOR=0.382;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,24:0.71:34
chr13	52482399	rs35577493	CAG	C	5211.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.601;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=-0.168;NF=45;NR=8;PP=2957;ReadPosRankSum=0.058;SC=CATTTGAAGGCAGACTCAACC;SOR=2.448;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=58;TCF=49;TCR=9;TR=53;WE=52482408;WS=52482389;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,118:0.99:119
chr13	52511275	rs200831452	GAA	G,GA	784.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.246;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=7.907;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.14;ReadPosRankSum=0.173;SOR=4.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:2,29,10:0.71,0.24:41
chr13	52511362	rs9535795	C	G	5903.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=106;NR=56;PP=2965;SC=ACCTGGGAGACAGAAGCCTTT;SOR=1.363;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=164;TCF=108;TCR=56;TR=162;WE=52511370;WS=52511352;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,209:1.00:209
chr13	52511606	rs2282057	G	A	10940.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=405;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=125;PP=2965;SC=CTGCAGCCACGCTCACTCTGA;SOR=0.866;SbPval=0.51;Source=Platypus;TCF=125;WE=52511614;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,398:1.00:398
chr13	52515354	rs1801249	A	G	4927.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=49;NR=65;PP=2533;SC=GGTCTGGGGGACTGCATCTAT;SOR=0.871;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=114;TCF=49;TCR=65;TR=114;WE=52515362;WS=52515344;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,181:1.00:181
chr13	52520435	rs1801248	C	T	673.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.190;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.141;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=7;PP=381;ReadPosRankSum=0.840;SC=GCGCCATCTCCAGGGGCTTGC;SOR=0.895;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=46;TCF=34;TCR=12;TR=27;WE=52520443;WS=52520425;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,30:0.57:53
chr13	52520704	rs2296246	C	A	997.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=7;NR=27;PP=755;SC=CAGGGGGGCACTGGACACAAC;SOR=2.242;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=34;TCF=7;TCR=27;TR=34;WE=52520712;WS=52520694;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr13	52523808	rs732774	C	T	7527.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.906;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=285;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=127;NR=73;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.871;SC=AGGAAAGTATCTCTGAACAAC;SOR=1.183;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=203;TCF=129;TCR=74;TR=200;WE=52523816;WS=52523798;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,276:0.99:278
chr13	52524488	rs1061472	T	C	6106.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=54;NR=111;PP=2965;SC=AGGGACCACCTTGACGATATC;SOR=1.489;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=165;TCF=54;TCR=111;TR=165;WE=52524496;WS=52524478;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,212:1.00:212
chr13	52524560	rs9526811	C	T	2232.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=7;NR=59;PP=1606;SC=ACTTATCACTCACATGGCCAC;SOR=3.640;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=66;TCF=7;TCR=59;TR=66;WE=52524568;WS=52524550;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr13	52542796	rs2147363	T	G	523.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.838;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=11.509;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=17;PP=336;ReadPosRankSum=-1.144;SC=GGCCTCTAGGTTGACACAGTC;SOR=2.804;SbPval=0.98;Source=Platypus;TC=38;TCF=8;TCR=30;TR=18;WE=52542804;WS=52542786;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,22:0.49:45
chr13	52544805	rs1801244	C	G	10243.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.197;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=399;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=113;NR=136;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.225;SC=ACTTCCTGCACAGATGTAGGT;SOR=0.796;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=253;TCF=115;TCR=138;TR=249;WE=52544813;WS=52544795;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:6,387:0.98:393
chr13	52544978	rs3742288	T	G	1395.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=41;PP=1128;SC=GAGGGTTCATTGTCCCGGCTC;SOR=4.712;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=44;TCF=3;TCR=41;TR=44;WE=52544986;WS=52544968;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr13	52548140	rs1801243	A	C	8852.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=2.145;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=337;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=122;NR=104;PP=2965;ReadPosRankSum=1.372;SC=CTAATTACAGAGGGATTATAA;SOR=0.267;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=228;TCF=124;TCR=104;TR=226;WE=52548148;WS=52548130;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,333:1.00:334
chr13	52585548	rs2277448	G	T	8643.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=2.311;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=335;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.680;HP=3;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.381;NF=79;NR=125;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.412;SC=GAGGAGAGCGGGGTGTTAAAG;SOR=0.716;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=205;TCF=80;TCR=125;TR=204;WE=52585556;WS=52585538;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,328:1.00:329
chr13	52585591	rs148013251	T	TCGGCG	6038.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=76;PP=2974;SC=TGTGAGGGCATCGGCGCGGCT;SOR=1.748;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=94;TCF=5;TCR=89;TR=81;WE=52585599;WS=52585581;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,141:1.00:141
chr13	52602919	rs3825528	A	C	3016.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=54;NR=19;PP=1678;SC=CTTGGTATACATGAGAGAGGC;SOR=1.725;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=73;TCF=54;TCR=19;TR=73;WE=52602927;WS=52602909;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr13	52603194	rs3742289	G	T	6379.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.137;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=237;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=96;NR=85;PP=2965;ReadPosRankSum=0.504;SC=GAAAAGCTGGGCCTTGCAGAT;SOR=0.802;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=183;TCF=97;TCR=86;TR=181;WE=52603202;WS=52603184;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,230:0.99:232
chr13	52603775	rs3742291	C	T	8690.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-2.214;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=330;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=95;NR=103;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.420;SC=AACTGTGGCACTGGAAGAAAT;SOR=0.238;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=200;TCF=96;TCR=104;TR=198;WE=52603783;WS=52603765;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,328:1.00:329
chr13	52603896	rs17402034	G	A	1945.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.372;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=12.396;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-1.465;NF=32;NR=22;PP=908;ReadPosRankSum=1.967;SC=CTGGAGGCTCGCCAAGCTATG;SOR=0.803;SbPval=0.15;Source=Platypus;TC=117;TCF=55;TCR=62;TR=54;WE=52603904;WS=52603886;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:97,90:0.48:187
chr13	52649974	.	CA	C	322.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.318;ClippingRankSum=0.000;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=2.498;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.21;ReadPosRankSum=-0.353;SOR=0.933;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,34:0.55:62
chr13	52657287	rs9563091	A	G	1307.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.022;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=12;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=11;PP=828;ReadPosRankSum=-1.498;SC=TCTCATAGAAAAAAAAAAAAA;SOR=0.509;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=51;TCF=40;TCR=11;TR=48;WE=52657295;WS=52657274;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,60:0.97:62
chr13	52657689	rs12585654	T	G	1769.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.690;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=28.09;ReadPosRankSum=-1.242;SOR=1.318;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,62:0.98:63
chr13	52663491	rs9535861	A	G	3358.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.747;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=44;PP=1675;ReadPosRankSum=2.007;SC=AAACTTGAACAAATCTTAGGC;SOR=0.740;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=86;TCF=41;TCR=45;TR=85;WE=52663499;WS=52663481;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,129:0.98:131
chr13	52684801	rs71665641	TAC	T	3250.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=1.375;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.824;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.312;NF=6;NR=56;PP=2951;ReadPosRankSum=0.056;SC=ATAGAAATTATACACACACAC;SOR=1.809;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=80;TCF=6;TCR=74;TR=62;WE=52684825;WS=52684791;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,91:0.98:93
chr13	52684817	rs9535865	C	T	612.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.343;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FS=2.966;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.31;MQRankSum=0.025;QD=6.13;ReadPosRankSum=-0.044;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:67,33:0.33:100
chr13	52693436	rs201586510	G	T	638.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.486;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FS=1.904;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.40;ReadPosRankSum=0.074;SOR=0.928;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:43,33:0.43:76
chr13	52701490	rs3076657	A	ACTT	8723.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=66;NR=38;PP=2971;SC=AGAAATTTGAACTTAACTTTA;SOR=1.931;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=109;TCF=67;TCR=42;TR=104;WE=52701498;WS=52701480;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,190:1.00:190
chr13	52701637	rs1886544	T	G	12606.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=482;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQ=60.02;NF=128;NR=172;PP=2965;SC=ATGGGCTGAGTTTCCTGGAAT;SOR=0.890;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=300;TCF=128;TCR=172;TR=300;WE=52701645;WS=52701627;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,475:1.00:475
chr13	52701782	rs1886543	T	C	1650.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=45;PP=1364;SC=AATAACTTTCTTTGTGGCCAC;SOR=6.358;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=46;TCF=1;TCR=45;TR=46;WE=52701790;WS=52701772;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr13	52707240	rs3368	C	G	8824.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=340;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=122;NR=86;PP=2965;SC=CTGAGTGAAGCCTCTCCTCAG;SOR=0.895;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=209;TCF=123;TCR=86;TR=208;WE=52707248;WS=52707230;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,335:1.00:335
chr13	52707751	rs3831081	T	TCACA,TCACACA	1360.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.559;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=2.378;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=24,24;NR=5,5;PP=495,488;ReadPosRankSum=0.659;SC=CTAATTTAAATCACACACACA;SOR=0.421;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=39;TCF=31;TCR=8;TR=29,29;WE=52707759;WS=52707741;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.35,0.57:65
chr13	52709742	rs2408611	G	A	873.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=27;NR=0;PP=683;SC=ACAATGTGACGTACTTAGTGC;SOR=6.736;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=27;TCF=27;TCR=0;TR=27;WE=52709750;WS=52709740;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr13	52709938	rs2296351	A	C	4145.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.355;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=406;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.088;HP=4;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=69;PP=1657;ReadPosRankSum=-0.378;SC=ACAAAGTGTCAGGGGTCTCTT;SOR=0.636;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=252;TCF=120;TCR=132;TR=135;WE=52709946;WS=52709928;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:197,207:0.51:404
chr13	52710044	rs2296350	T	C	3524.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=34;NR=72;PP=2546;SC=AAAAAAGATTTTTCAGCATGT;SOR=1.589;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=106;TCF=34;TCR=72;TR=106;WE=52710066;WS=52710034;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr13	52710058	rs2296349	T	G	2927.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=26;NR=65;PP=2059;SC=AGCATGTACTTTCCAGATCAT;SOR=1.911;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=93;TCF=26;TCR=67;TR=91;WE=52710066;WS=52710034;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr13	52717950	rs3783242	C	T	415.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=12;NR=1;PP=317;SC=GGAGTATCTCCGATAATCATT;SOR=2.985;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=13;TCF=12;TCR=1;TR=13;WE=52717958;WS=52717940;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr13	52718050	rs3837575	C	CT	2382.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.432;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.217;NF=17;NR=23;PP=1179;ReadPosRankSum=-0.163;SC=AAAATTCTTACTTTTTTTCTT;SOR=1.132;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=47;TCF=22;TCR=25;TR=40;WE=52718058;WS=52718040;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,96:0.98:98
chr13	52952928	rs113543720	CA	C	1631.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=2;NR=45;PP=906;SC=TGGAAAGCTGCAAAAAAAAAC;SOR=1.457;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=50;TCF=2;TCR=48;TR=47;WE=52952936;WS=52952918;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr13	52958319	.	CA	C	38.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.354;ClippingRankSum=0.000;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.19;MQRankSum=0.891;QD=1.68;ReadPosRankSum=-0.067;SOR=0.346;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,9:0.39:23
chr13	52971893	rs3803264	G	A	9614.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.276;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=369;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.148;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=115;NR=126;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.013;SC=CATCCACTACGATGTTGGGCT;SOR=0.486;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=242;TCF=116;TCR=126;TR=241;WE=52971901;WS=52971883;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,357:0.99:360
chr13	52989863	rs1056335	C	T	1746.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=44;NR=3;PP=1274;SC=TGTGAAGTTCCAATAAATTCT;SOR=4.615;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=49;TCF=45;TCR=4;TR=47;WE=52989871;WS=52989853;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr13	53009048	rs11148252	C	T	2099.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.92;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr13	53010353	rs150816705	A	AACAC	966.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.178;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=33.34;ReadPosRankSum=0.411;SOR=0.551;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,22:0.76:29
chr13	53029770	rs72440971	CGCGGTGGCGGTGGCGGTG	C	9289.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=355;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.644;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.198;NF=3;NR=76;PP=2990;SC=AGGTGAAGGCCGCGGTGGCGG;SOR=1.678;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=116;TCF=8;TCR=108;TR=79;WE=53029795;WS=53029760;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,211:0.99:213
chr13	53030565	rs9536079	G	A	1168.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=29;NR=8;PP=784;SC=AACCAGCTTTGGAAGTAAACT;SOR=2.476;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=29;TCR=8;TR=37;WE=53030573;WS=53030555;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr13	53035783	rs7337054	T	C	9909.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=361;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=118;NR=119;PP=2965;SC=TCAGTAGAACTTCTGCCAATG;SOR=0.704;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=237;TCF=118;TCR=119;TR=237;WE=53035791;WS=53035773;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,360:1.00:360
chr13	53035925	rs7335867	A	G	11854.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=451;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=146;NR=156;PP=2965;SC=ATCTGAAGTTATAGCCAGGCC;SOR=0.720;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=302;TCF=146;TCR=156;TR=302;WE=53035933;WS=53035915;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,444:1.00:444
chr13	53036398	rs3803262	A	G	1032.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=28;NR=3;PP=815;SC=TATGCCATTAAAGTAAGATTA;SOR=4.047;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=31;TCF=28;TCR=3;TR=31;WE=53036406;WS=53036388;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr13	53233194	rs9536223	A	T	179.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.349;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=6.368;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.83;ReadPosRankSum=-1.159;SOR=0.061;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,10:0.77:13
chr13	53240884	rs9316580	G	C	517.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=14;NR=2;PP=381;SC=ATTATTTTGTGTAGGTTTTTT;SOR=2.712;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=16;TCF=14;TCR=2;TR=16;WE=53240892;WS=53240874;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr13	53254082	rs4539485	T	C	511.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=12;NR=3;PP=254;SC=TGTTGATTAATTACTTCTGCC;SOR=1.981;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=12;TCR=3;TR=15;WE=53254090;WS=53254072;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr13	53254296	rs7986540	A	G	665.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=6;NR=12;PP=343;SC=CCTTTGTAAGAATATAAACTT;SOR=1.519;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=18;TCF=6;TCR=12;TR=18;WE=53254304;WS=53254286;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr13	53277854	rs143162260	T	G	1146.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.351;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.302;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=18;PP=495;ReadPosRankSum=1.867;SC=ACAGATCTTCTGGCAGTGGGT;SOR=0.569;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=90;TCF=48;TCR=42;TR=38;WE=53277862;WS=53277844;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,62:0.41:150
chr13	53278067	rs3742297	T	C	173.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.098;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.123;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=5;PP=85;ReadPosRankSum=-1.828;SC=CTGTAAAGGGTTTGATCTTGT;SOR=0.141;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=11;TCF=1;TCR=10;TR=6;WE=53278075;WS=53278057;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,8:0.62:13
chr13	53287023	rs2147692	G	C	432.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=2.024;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=12;PP=293;ReadPosRankSum=1.175;SC=AAAAACGATTGCATTTGAGCA;SOR=0.683;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=45;TCF=13;TCR=32;TR=18;WE=53287031;WS=53287013;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,22:0.31:71
chr13	53297962	rs61959657	G	A	150.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-2.573;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.162;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=2;PP=64;ReadPosRankSum=-0.293;SC=TGCTCAGGAAGCTGAGACAGG;SOR=0.223;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=16;TCF=12;TCR=4;TR=6;WE=53297970;WS=53297952;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,8:0.44:18
chr13	53419139	rs2236363	T	G	834.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.017;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.264;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=16;PP=381;ReadPosRankSum=1.453;SC=GCTTCCATCTTCAGCATGTCA;SOR=0.349;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=52;TCF=14;TCR=38;TR=24;WE=53419147;WS=53419129;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,39:0.50:78
chr13	53421432	rs3742300	C	A	1898.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.938;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.189;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=29;ReadPosRankSum=-1.434;SC=CGTCCGCTCCCCCGAGTGCAG;SOR=0.550;Source=Platypus;TCF=73;WE=53421440;WS=53421422;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:106,93:0.47:199
chr13	53422553	rs3742301	A	G	4734.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.285;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=459;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=99;PP=2528;ReadPosRankSum=-0.495;SC=GGGCTGCCCCAACGCCTCACA;SOR=0.705;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=290;TCF=99;TCR=191;TR=151;WE=53422561;WS=53422543;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:234,218:0.48:452
chr13	53422601	rs112178835	C	T	2947.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.897;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=321;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.816;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=66;PP=1576;ReadPosRankSum=-0.567;SC=ATCCGAAAGGCTAAGGAAGTC;SOR=1.184;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=185;TCF=59;TCR=126;TR=88;WE=53422609;WS=53422591;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:182,137:0.43:319
chr13	53602970	rs2298229	A	G	3182.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=2.329;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=359;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=44;PP=1670;ReadPosRankSum=0.410;SC=TAAGAGGACAAGATGAGGCCC;SOR=0.707;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=220;TCF=131;TCR=89;TR=105;WE=53602978;WS=53602960;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:199,155:0.44:354
chr13	53608479	rs2298230	G	A	2016.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.430;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.535;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=24;PP=846;ReadPosRankSum=-1.604;SC=GTTATTATTTGCAGTTGTTTT;SOR=0.766;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=109;TCF=63;TCR=46;TR=58;WE=53608487;WS=53608469;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:92,98:0.52:190
chr13	53608632	rs2298231	C	T	2818.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=26;NR=53;PP=1577;SC=AAGAACTTTCCAAAGTAAGCA;SOR=1.436;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=79;TCF=26;TCR=53;TR=79;WE=53608640;WS=53608622;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr13	53608757	rs2298232	T	C	171.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=6;PP=108;SC=TATTCTATGGTGATTTTAGTA;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=6;WE=53608765;WS=53608747;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr13	53617506	rs74086435	G	T	615.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=67.29;QD=23.68;SOR=1.445;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr13	58299434	rs5803842	G	GA	818.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.224;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FS=0.726;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.17;MQRankSum=1.408;QD=7.38;ReadPosRankSum=-1.824;SOR=0.846;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:57,54:0.49:111
chr13	59103355	rs4886083	A	G	2305.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.798;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=45;PP=1214;ReadPosRankSum=0.505;SC=GAATGAAGAAAGAATGAAGAT;SOR=0.706;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=147;TCF=60;TCR=87;TR=74;WE=59103363;WS=59103345;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:97,107:0.52:204
chr13	60240961	rs9538494	C	T	2715.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-2.046;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=310;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.885;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=54;PP=1218;ReadPosRankSum=-0.569;SC=ACCCTTCTGTCAACTGCACTT;SOR=0.761;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=200;TCF=83;TCR=117;TR=90;WE=60240969;WS=60240951;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:161,139:0.46:300
chr13	60385060	rs10665848	A	ATTAC	2685.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQ=60.16;NF=3;NR=25;PP=1229;SC=ATTGCTTGCTAAAAAAATTTT;SOR=1.107;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=31;TCF=5;TCR=26;TR=28;WE=60385068;WS=60385050;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr13	60582651	rs339540	C	G	622.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=14;NR=6;PP=371;SC=CATTTAAAAACAGATTTTATA;SOR=1.708;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=14;TCR=6;TR=20;WE=60582659;WS=60582641;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr13	60590299	rs2762134	C	T	5941.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=32.65;SOR=0.883;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,182:1.00:182
chr13	60590299	.	CAGTTACAC	TAGTTACAC,TAGTTACAT	1047	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.53;FR=0.5000,0.5000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MMLQ=25;MQ=60.0;NF=48,17;NR=65,22;PP=1047,482;QD=9.57319657121;SC=AGAAAAAAGACAGTTACACAT;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=113;TCF=48;TCR=65;TR=113,39;WE=60590315;WS=60590289;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:1.00:113
chr13	60590307	rs12429010	C	T	1174.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.329;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.83;ReadPosRankSum=-1.075;SOR=0.684;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:106,66:0.38:172
chr13	60617060	rs2800294	A	G	520.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=14;PP=380;SC=ACTATAATTAACACTATTTGG;SOR=3.383;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=16;TCF=2;TCR=14;TR=16;WE=60617068;WS=60617050;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr13	60971593	rs9538679	G	A	213.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.223;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.193;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=6;PP=118;ReadPosRankSum=-1.352;SC=CGGGGCCCCAGGGAGGTTGGG;SOR=1.472;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=14;TCF=6;TCR=8;TR=9;WE=60971601;WS=60971583;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,10:0.62:16
chr13	61058724	rs7329723	G	A	222.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.968;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=1;PP=128;ReadPosRankSum=1.140;SC=CACCCTCTCTGAAAGCCTTTT;SOR=0.693;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=10;TCF=8;TCR=2;TR=7;WE=61058732;WS=61058714;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,10:0.71:14
chr13	61084936	rs370448567	CT	C	50.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.332;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FS=5.451;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.04;ReadPosRankSum=-0.654;SOR=0.192;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,14:0.29:49
chr13	61102575	rs148917045	GATA	G	10950.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.662;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=572;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.523;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQ=60.09;MQRankSum=2.198;NF=41;NR=92;PP=2968;ReadPosRankSum=1.161;SC=TGGAGTAAAAGATAATAATCA;SOR=0.775;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=267;TCF=92;TCR=175;TR=133;WE=61102585;WS=61102565;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:273,285:0.51:558
chr13	61103438	rs9538735	A	G	254.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.300;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=9;PP=159;ReadPosRankSum=1.540;SC=CTTTGGAACTATGAGTCTTTT;SOR=0.914;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=19;TCF=2;TCR=17;TR=10;WE=61103446;WS=61103428;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,11:0.55:20
chr13	61986918	rs3812872	C	A	5922.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.421;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=586;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.100;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=86;NR=87;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.698;SC=TCAGATAAACCACACCATCTA;SOR=0.597;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=351;TCF=166;TCR=185;TR=173;WE=61986926;WS=61986908;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:292,283:0.49:575
chr13	61988107	rs4281600	T	G	9706.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=364;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=93;NR=156;PP=2965;SC=ATGCTGGAGTTGGGGGAGGGA;SOR=1.079;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=250;TCF=94;TCR=156;TR=249;WE=61988115;WS=61988097;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,357:1.00:357
chr13	63745832	rs298898	G	A	1994.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=19;NR=22;PP=825;SC=AAATGGGATAGGATAATGATC;SOR=0.774;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=42;TCF=20;TCR=22;TR=41;WE=63745840;WS=63745822;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr13	67802339	rs8000556	A	T	3034.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-3.648;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=265;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.102;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=58;PP=1561;ReadPosRankSum=-1.554;SC=TGCTGCTGGAAACTTTCACCA;SOR=0.575;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=188;TCF=79;TCR=109;TR=102;WE=67802347;WS=67802329;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:115,142:0.55:257
chr13	70314807	rs7331253	A	T	307.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=1.288;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=10;PP=200;ReadPosRankSum=-1.989;SC=ATGAAAAAAAATTAAAAATTG;SOR=0.693;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=23;TCF=5;TCR=18;TR=13;WE=70314815;WS=70314797;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,14:0.58:24
chr13	70535355	rs9592668	T	A	1239.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=38;NR=6;PP=963;SC=GAATTTTTTTTAAAAAAGCGT;SOR=3.564;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=44;TCF=38;TCR=6;TR=44;WE=70535363;WS=70535345;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr13	70549636	rs71693665	CTTAAAAAAAT	C	2053.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.259;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=3.463;NF=25;NR=13;PP=2937;ReadPosRankSum=1.388;SC=CAACAAAAAACTTAAAAAAAT;SOR=0.714;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=81;TCF=56;TCR=25;TR=38;WE=70549653;WS=70549626;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,57:0.47:120
chr13	70681305	rs9564649	G	A	2181.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-2.741;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=243;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=23;PP=1258;ReadPosRankSum=2.182;SC=ATTGAGAGATGCTTGGAAGCC;SOR=0.656;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=159;TCF=114;TCR=45;TR=78;WE=70681313;WS=70681295;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:124,107:0.46:231
chr13	72014625	rs11391038	C	CT	176.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.954;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.40;ReadPosRankSum=-1.058;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,12:0.71:17
chr13	72038653	rs915052	C	A	707.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.63;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=11;NR=3;PP=284;SC=ATTTCATTAGCTCTTAAATAA;SOR=1.382;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=11;TCR=3;TR=14;WE=72038661;WS=72038643;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr13	72131047	rs117766462	A	G	462.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=5.070;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=0;PP=405;ReadPosRankSum=0.051;SC=AAAAACATTTATATGCTTTTT;SOR=1.101;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=26;TCF=26;TCR=0;TR=15;WE=72131060;WS=72131041;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,16:0.59:27
chr13	72440658	.	TGCCGCCGCCGCCGCC	T,TGCCGCCGCC	3076.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.39;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=21;NF=8,8;NR=32,32;PP=2676,2932;SC=CCGCCTCCGCTGCCGCCGCCG;SOR=0.746;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=52;TCF=9;TCR=43;TR=40,40;WE=72440680;WS=72440648;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.50,0.50:76
chr13	73284411	rs7931	A	T	479.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.149;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=1;PP=148;ReadPosRankSum=0.635;SC=TGCAATCTTCAAACCCTCTTG;SOR=0.649;SbPval=0.92;Source=Platypus;TC=33;TCF=26;TCR=7;TR=11;WE=73284419;WS=73284401;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,23:0.46:50
chr13	73293249	.	C	CA	167.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.476;ClippingRankSum=0.000;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=2.699;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.71;ReadPosRankSum=0.706;SOR=0.824;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,21:0.34:62
chr13	73301480	rs9652239	G	A	676.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=3.623;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.879;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=3;PP=554;ReadPosRankSum=-0.148;SC=ACGCAGCGGCGGAGACAACTC;SOR=1.547;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=41;TCF=36;TCR=5;TR=28;WE=73301488;WS=73301470;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,27:0.64:42
chr13	73301655	rs1465897	A	C	7230.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=263;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=80;NR=92;PP=2965;SC=GCGCAACGGAAACTCACCGTC;SOR=0.780;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=172;TCF=80;TCR=92;TR=172;WE=73301663;WS=73301645;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,263:1.00:263
chr13	73301728	rs1465896	T	C	4860.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=43;NR=76;PP=2132;SC=CCAGCACCGCTGCTACTCGCC;SOR=1.073;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=120;TCF=43;TCR=77;TR=119;WE=73301736;WS=73301718;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,177:1.00:177
chr13	73302157	rs11350390	CT	C	15064.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=450;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=53;NR=142;PP=2965;SC=TAGGTACGCTCTTTGTGGTCC;SOR=0.693;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=205;TCF=54;TCR=151;TR=195;WE=73302165;WS=73302147;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,436:1.00:436
chr13	73302481	rs4885034	G	A	2348.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=20;NR=45;PP=1375;SC=AGGTCTTGGCGAAAGGAGGAT;SOR=1.423;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=66;TCF=20;TCR=46;TR=65;WE=73302489;WS=73302471;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr13	73309347	rs9543106	C	T	4784.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=34;NR=103;PP=2797;SC=ATAGCACTTGCATACTGTTGT;SOR=2.103;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=137;TCF=34;TCR=103;TR=137;WE=73309355;WS=73309337;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,171:1.00:171
chr13	73317585	rs9600019	C	T	243.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=1.399;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=2;PP=170;ReadPosRankSum=1.208;SC=AATAAGTTTCCACTTTCTTAA;SOR=0.602;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=23;TCF=19;TCR=4;TR=11;WE=73317593;WS=73317575;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,11:0.48:23
chr13	73329358	rs10887	G	A	14422.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.711;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=555;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=159;NR=177;PP=2965;ReadPosRankSum=0.101;SC=TCCATAGAATGCCTCTGTCAG;SOR=0.753;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=336;TCF=159;TCR=177;TR=336;WE=73329366;WS=73329348;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,548:1.00:550
chr13	73335383	rs9573028	G	T	588.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-0.988;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=4;PP=340;ReadPosRankSum=0.028;SC=TGTATTTGGAGATCAGGATAA;SOR=0.825;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=61;TCF=47;TCR=14;TR=22;WE=73335391;WS=73335373;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,29:0.40:73
chr13	73343039	rs2196979	C	T	1287.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=13;NR=14;PP=604;SC=CTTCAGCATACGTCAGAGATG;SOR=0.776;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=27;TCF=13;TCR=14;TR=27;WE=73343047;WS=73343029;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr13	73349359	rs7332388	G	C	2369.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-1.947;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.577;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=22;PP=1409;ReadPosRankSum=1.331;SC=CATTCGTTCTGTCTCTTCTTC;SOR=0.631;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=148;TCF=108;TCR=40;TR=81;WE=73349367;WS=73349349;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,104:0.55:190
chr13	73350079	rs4883918	T	C	1750.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.860;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.449;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=26;PP=1069;ReadPosRankSum=-0.695;SC=ATTTTCTTCATTGTCGCCATG;SOR=0.900;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=139;TCF=82;TCR=57;TR=68;WE=73350087;WS=73350069;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:116,88:0.43:204
chr13	73366704	rs11148921	A	T	172.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.345;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.55;ReadPosRankSum=-0.452;SOR=0.815;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,15:0.39:38
chr13	73369642	rs1372000	A	G	598.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=1.138;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.786;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=19;PP=367;ReadPosRankSum=-0.235;SC=AGAGCAATATATTAAATTAAA;SOR=1.316;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=60;TCF=22;TCR=38;TR=27;WE=73369650;WS=73369632;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,31:0.44:71
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chr13	73638121	rs67730943	C	CT	240.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.055;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=7.463;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.63;ReadPosRankSum=-0.606;SOR=0.078;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,18:0.72:25
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chr13	73650112	rs9573097	C	A	1020.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.417;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.70;ReadPosRankSum=-0.885;SOR=0.483;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,29:0.45:65
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chr13	74518067	rs142455374	A	T	2028.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-3.139;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.050;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=23;PP=735;ReadPosRankSum=-1.998;SC=TCTGCAGAAGAATGCCACTCT;SOR=0.594;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=153;TCF=94;TCR=59;TR=61;WE=74518075;WS=74518057;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:118,104:0.47:222
chr13	74518210	rs9573330	G	A	8886.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=340;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=75;NR=116;PP=2965;SC=TTGATATTCTGAGAATAGAAG;SOR=0.989;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=193;TCF=75;TCR=118;TR=191;WE=74518218;WS=74518200;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,336:1.00:336
chr13	74569005	rs117364238	T	C	883.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.682;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.419;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=8;PP=309;ReadPosRankSum=-0.701;SC=GATATGCACATGTAAGTACTG;SOR=1.234;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=55;TCF=34;TCR=21;TR=28;WE=74569013;WS=74568995;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,43:0.55:78
chr13	74988714	rs1931954	C	T	1766.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-0.442;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.552;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=27;PP=917;ReadPosRankSum=-1.663;SC=CCCACCCTGCCGCAGCAGCCA;SOR=0.638;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=118;TCF=73;TCR=45;TR=66;WE=74988722;WS=74988704;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:91,88:0.49:179
chr13	75860804	rs534538	C	A	860.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=23;NR=3;PP=635;SC=TGTGACTAGGCGCTCAGCACC;SOR=3.767;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=26;TCF=23;TCR=3;TR=26;WE=75860812;WS=75860794;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr13	75861001	rs557337	A	G	3156.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.955;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=296;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.398;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=48;PP=1822;ReadPosRankSum=0.709;SC=GTCACAATTGACTAGAGCATC;SOR=0.786;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=209;TCF=111;TCR=98;TR=112;WE=75861009;WS=75860991;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:139,150:0.52:289
chr13	75861174	rs35186786	G	GA	1661.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.135;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.391;HP=6;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.281;NF=2;NR=35;PP=1120;ReadPosRankSum=-1.229;SC=GTTTGGGGGGGAAAAAATCCT;SOR=0.850;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=91;TCF=5;TCR=86;TR=37;WE=75861182;WS=75861164;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,81:0.55:146
chr13	75863315	rs7332292	G	C	1544.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.026;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.240;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=44;PP=765;ReadPosRankSum=-0.917;SC=TGTTTATCTTGGTATATTTCA;SOR=0.571;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=148;TCF=45;TCR=103;TR=66;WE=75863323;WS=75863305;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:101,81:0.45:182
chr13	75873787	rs2297207	G	A	1740.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=0.328;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.111;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=35;PP=903;ReadPosRankSum=1.206;SC=GCAATTCAGTGACCTCCAAGA;SOR=1.011;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=83;TCF=28;TCR=55;TR=51;WE=75873795;WS=75873777;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,79:0.56:141
chr13	75876389	rs2297208	G	A	2058.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=2.189;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=21;PP=1205;ReadPosRankSum=0.097;SC=CTAAATCCACGAGAATCGCAT;SOR=0.723;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=144;TCF=101;TCR=43;TR=73;WE=75876397;WS=75876379;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:102,95:0.48:197
chr13	75884216	rs1062087	C	T	2035.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.062;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.493;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=48;PP=1138;ReadPosRankSum=-1.952;SC=GACAGGAATACAACCAGCGGT;SOR=0.892;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=141;TCF=57;TCR=84;TR=76;WE=75884224;WS=75884206;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:97,98:0.50:195
chr13	75884290	rs2297203	G	A	388.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-0.620;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.844;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=17;PP=307;ReadPosRankSum=0.503;SC=CAATCCATCTGCAGAGAAGAA;SOR=1.567;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=48;TCF=10;TCR=38;TR=20;WE=75884298;WS=75884280;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,19:0.37:52
chr13	75900510	rs56223054	G	A	2158.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.242;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=239;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.594;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=33;PP=906;ReadPosRankSum=-1.473;SC=AGCTGAGGACGGTGGGGACGC;SOR=0.569;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=143;TCF=64;TCR=79;TR=62;WE=75900518;WS=75900500;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:125,108:0.46:233
chr13	75901749	rs2297206	G	T	515.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-0.583;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.126;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=2;PP=405;ReadPosRankSum=-1.417;SC=AATCTTCTTAGTTAAAATAAT;SOR=1.781;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=37;TCF=32;TCR=5;TR=21;WE=75901757;WS=75901739;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,21:0.54:39
chr13	75936519	rs7983969	C	G	8243.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=313;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=114;NR=104;PP=2965;SC=CGCGCTGCTCCCCTTGGATCT;SOR=0.754;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=218;TCF=114;TCR=104;TR=218;WE=75936527;WS=75936509;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,305:1.00:305
chr13	75936636	rs17254379	G	A	4820.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.672;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=455;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.100;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=68;NR=60;PP=1952;ReadPosRankSum=-1.087;SC=ACAGGACTTCGAACTTCTGAG;SOR=0.769;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=277;TCF=142;TCR=135;TR=128;WE=75936644;WS=75936626;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:219,229:0.51:448
chr13	76055397	rs9573565	C	T	2732.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=42;NR=35;PP=1955;SC=CTCCGAGCCCCTGTCTTGCCT;SOR=0.912;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=81;TCF=45;TCR=36;TR=77;WE=76055405;WS=76055387;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr13	76055820	rs7327548	G	C	10237.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.603;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=407;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.53;ReadPosRankSum=-1.274;SOR=0.427;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:3,398:0.99:401
chr13	76101863	rs1408042	T	C	531.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=13;NR=5;PP=377;SC=CTGGAGGACATTGTGCAAAGT;SOR=2.093;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=18;TCF=13;TCR=5;TR=18;WE=76101871;WS=76101853;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr13	76102137	rs57959582	GCACA	G	803.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;QD=40.19;SOR=2.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr13	76124151	rs8192738	C	T	12868.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=490;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=122;NR=165;PP=2965;SC=CGCTCGGGACCTCGGAGTCTT;SOR=0.900;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=288;TCF=122;TCR=166;TR=287;WE=76124159;WS=76124141;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,486:1.00:486
chr13	76135028	rs4884008	T	A	2557.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=25;NR=46;PP=1447;SC=GTAATTGTTATGTAAAATAGA;SOR=1.305;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=71;TCF=25;TCR=46;TR=71;WE=76135036;WS=76135018;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr13	76140814	rs56945758	CT	C	1009.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=11;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=19;NR=14;PP=600;SC=ACACTGTTGACTTTTTTTTTT;SOR=1.659;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=22;TCR=16;TR=33;WE=76140823;WS=76140804;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr13	76164313	rs35178906	C	CT	153.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.895;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FS=4.588;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.13;MQRankSum=1.375;QD=2.44;ReadPosRankSum=1.700;SOR=0.256;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:45,18:0.29:63
chr13	76169234	rs7330411	G	A	1104.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=9;NR=27;PP=730;SC=AAATTAACTGGTTGCCTATAA;SOR=1.981;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=36;TCF=9;TCR=27;TR=36;WE=76169242;WS=76169224;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr13	76210742	rs2224797	A	C	633.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.658;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.744;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=9;PP=486;ReadPosRankSum=-1.932;SC=CGCGGGGACAACCCCTCCCCT;SOR=1.329;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=56;TCF=36;TCR=20;TR=30;WE=76210750;WS=76210732;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,31:0.42:73
chr13	76287432	rs3837544	ATG	A	839.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=2.306;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.177;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=14;PP=576;ReadPosRankSum=1.274;SC=AAGCAAAGATATGTGTGTGTG;SOR=1.068;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=28;TCF=1;TCR=27;TR=14;WE=76287441;WS=76287422;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,28:0.45:62
chr13	76335196	rs10594987	GAT	G	754.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=2.010;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.569;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=24;PP=910;ReadPosRankSum=0.755;SC=CAGTTTGTTAGATATATATAT;SOR=1.675;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=45;TCF=1;TCR=44;TR=25;WE=76335207;WS=76335186;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,27:0.55:49
chr13	76378459	rs625033	T	C	3616.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=2.067;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=364;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.393;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=76;NR=52;PP=2268;ReadPosRankSum=-0.765;SC=AATTTACATTTAAGATGCAGG;SOR=0.728;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=257;TCF=153;TCR=104;TR=128;WE=76378467;WS=76378449;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:180,167:0.48:347
chr13	76379596	rs76261004	G	A	1464.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.257;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.934;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=15;PP=664;ReadPosRankSum=0.693;SC=TGTCTTAACCGGTTGGATGTT;SOR=0.554;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=123;TCF=83;TCR=40;TR=43;WE=76379604;WS=76379586;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:105,73:0.41:178
chr13	76395278	rs7334674	G	A	1147.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.695;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.697;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=11;PP=635;ReadPosRankSum=1.901;SC=TCAAATGTGTGTCTTTGTGGT;SOR=0.791;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=83;TCF=59;TCR=24;TR=39;WE=76395286;WS=76395268;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,56:0.45:125
chr13	76397593	rs4885352	T	A	74.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=2.189;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=0;PP=49;ReadPosRankSum=-0.000;SC=TATGTTACTGTGGGAGGTATG;SOR=1.329;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=9;TCR=1;TR=4;WE=76397601;WS=76397589;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,4:0.40:10
chr13	76397731	rs4884021	G	A	1666.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.110;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.067;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=19;PP=753;ReadPosRankSum=-0.447;SC=TAATGGAGATGTTGAAGACAT;SOR=0.878;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=93;TCF=56;TCR=37;TR=51;WE=76397739;WS=76397721;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,81:0.55:148
chr13	76409436	rs2273997	A	G	1427.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.274;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=41;PP=900;ReadPosRankSum=0.657;SC=CTTCAAATCTATCTGTAACAA;SOR=0.690;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=109;TCF=31;TCR=78;TR=59;WE=76409444;WS=76409426;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,67:0.51:131
chr13	76410725	rs2273996	A	G	932.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=22;PP=620;SC=TAAAAGGTTAACACGCAGATC;SOR=1.981;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=8;TCR=22;TR=30;WE=76410733;WS=76410715;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr13	76412589	.	TAA	T	166.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.407;ClippingRankSum=0.000;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=7.549;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.91;ReadPosRankSum=2.060;SOR=3.258;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,10:0.71:14
chr13	76416960	rs1318553	A	G	850.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.983;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.957;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=12;PP=368;ReadPosRankSum=-1.054;SC=TAATATTTTGACAACAAAATC;SOR=0.420;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=52;TCF=34;TCR=18;TR=29;WE=76416968;WS=76416950;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,44:0.52:84
chr13	76417101	rs920701	C	T	2479.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.802;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=40;PP=1108;ReadPosRankSum=-0.804;SC=TGGCTTCAGACAATATTCCAG;SOR=1.076;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=67;TCF=26;TCR=41;TR=65;WE=76417109;WS=76417091;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,96:0.98:98
chr13	76419421	rs3832886	AT	A	1253.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=14;NR=10;PP=922;SC=AAAGGAGGTTATTTAATGAGA;SOR=1.609;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=25;TCF=15;TCR=10;TR=24;WE=76419429;WS=76419411;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr13	76423248	rs7986131	T	C	2157.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=39;NR=18;PP=1035;SC=ATTGGGAACATGACCTCTTCA;SOR=1.264;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=57;TCF=39;TCR=18;TR=57;WE=76423256;WS=76423238;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr13	76427347	rs7988661	C	A	5524.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-1.649;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=565;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=79;NR=82;PP=2402;ReadPosRankSum=0.818;SC=AGTCGCCCACCACCTCAGCTG;SOR=0.694;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=341;TCF=166;TCR=175;TR=161;WE=76427355;WS=76427337;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:284,274:0.49:558
chr13	76427403	rs71434812	G	A	9096.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.453;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=489;ExcessHet=3.0103;FS=4.045;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.79;ReadPosRankSum=-0.893;SOR=0.484;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:240,244:0.50:484
chr13	76427410	rs7988841	C	G	8992.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.804;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=485;ExcessHet=3.0103;FS=2.471;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.81;ReadPosRankSum=0.085;SOR=0.531;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:244,234:0.49:478
chr13	76429311	rs9573671	G	A	1263.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=0.725;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=14;PP=630;ReadPosRankSum=0.502;SC=ATTATTATCAGTGTTAATAGC;SOR=0.649;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=83;TCF=56;TCR=27;TR=39;WE=76429319;WS=76429301;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,63:0.42:150
chr13	76429619	rs4885354	C	A	616.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=13;PP=351;SC=TGTATTCGTCCATCTGTGCTG;SOR=2.636;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=14;TCF=1;TCR=13;TR=14;WE=76429627;WS=76429609;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr13	76445155	rs9544057	G	C	5069.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=76;NR=61;PP=2965;SC=TTAAAAACGGGCAGTTTTTAA;SOR=0.859;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=137;TCF=76;TCR=61;TR=137;WE=76445163;WS=76445145;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,180:1.00:180
chr13	76445189	rs9600566	A	G	2603.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.803;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=239;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.577;HP=1;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=39;PP=1281;ReadPosRankSum=-0.623;SC=TTCTTTTTAGATGATTATCCC;SOR=0.580;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=168;TCF=91;TCR=77;TR=83;WE=76445197;WS=76445179;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:116,119:0.51:235
chr13	76445316	rs9600567	C	T	5302.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=54;NR=88;PP=2768;SC=ACTCCTGCTCCTTCTCTGAAT;SOR=1.173;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=143;TCF=54;TCR=89;TR=142;WE=76445324;WS=76445306;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,195:1.00:195
chr13	76457148	rs7987971	A	G	1781.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=40;NR=12;PP=1179;SC=GGTATTCAATAATGCTGGTTC;SOR=1.981;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=52;TCF=40;TCR=12;TR=52;WE=76457156;WS=76457138;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr13	76457183	rs9530477	T	C	2833.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=60;NR=23;PP=1867;SC=TTCTTTCCCCTAGCTTTGTAT;SOR=1.657;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=83;TCF=60;TCR=23;TR=83;WE=76457191;WS=76457173;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr13	76457395	rs10507837	T	A	1846.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-3.200;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.618;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=40;PP=908;ReadPosRankSum=-0.429;SC=AAAGTGGAATTTCTGGAAACT;SOR=0.426;SbPval=0.26;Source=Platypus;TC=121;TCF=40;TCR=81;TR=66;WE=76457403;WS=76457385;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,88:0.51:172
chr13	77459750	rs34544607	C	G	564.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.328;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.121;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=11;PP=312;ReadPosRankSum=0.964;SC=CCAGCTCCAGCGTGGGCGACG;SOR=0.461;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=41;TCF=16;TCR=25;TR=19;WE=77459758;WS=77459740;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,27:0.44:61
chr13	77522725	rs67524409	GACTT	G	6771.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.182;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=384;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.180;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.494;NF=21;NR=66;PP=2969;ReadPosRankSum=2.245;SC=CATTTTATGTGACTTACTTAA;SOR=0.589;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=189;TCF=54;TCR=135;TR=87;WE=77522736;WS=77522715;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:196,177:0.47:373
chr13	77522925	rs588702	T	C	886.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=1.982;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.417;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=26;PP=661;ReadPosRankSum=0.585;SC=GGGAATGAATTATGACAAGTT;SOR=0.180;SbPval=0.2;Source=Platypus;TC=55;TCF=10;TCR=45;TR=35;WE=77522933;WS=77522915;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,35:0.61:57
chr13	77527707	rs9530614	A	G	3035.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.865;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=362;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.131;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=41;PP=1342;ReadPosRankSum=-1.295;SC=TATTCACACTATCACTGGTTG;SOR=0.512;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=231;TCF=143;TCR=88;TR=98;WE=77527715;WS=77527697;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:200,154:0.44:354
chr13	77565972	rs654196	A	G	1443.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.180;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=20;PP=729;ReadPosRankSum=-0.748;SC=GGACAGGTCAATTCATAAAAG;SOR=0.706;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=84;TCF=48;TCR=36;TR=48;WE=77565980;WS=77565962;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,66:0.61:109
chr13	77569901	rs605153	G	A	3509.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=73;NR=26;PP=2055;SC=GGATATGACAGTAGCAGCATG;SOR=1.724;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=99;TCF=73;TCR=26;TR=99;WE=77569909;WS=77569891;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
chr13	77589725	rs599115	A	C	1899.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.735;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.753;HP=7;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=47;PP=1224;ReadPosRankSum=-0.244;SC=ACTGAAAAGCAAAAAAAATAA;SOR=0.592;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=101;TCF=24;TCR=77;TR=63;WE=77589733;WS=77589715;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,79:0.62:128
chr13	77725106	rs9574006	C	A	2096.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.687;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.555;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=45;PP=1071;ReadPosRankSum=0.395;SC=ATTATAGAAACCAAATACCAT;SOR=0.785;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=124;TCF=43;TCR=81;TR=69;WE=77725114;WS=77725096;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,100:0.53:187
chr13	77732333	rs3861128	G	A	562.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-2.163;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=20;PP=384;ReadPosRankSum=0.508;SC=TTTCAGATAGGCCTTTACGGA;SOR=0.509;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=51;TCF=6;TCR=45;TR=23;WE=77732341;WS=77732323;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,25:0.45:55
chr13	77738664	rs2274547	A	G	4416.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.875;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=483;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.523;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=89;PP=2139;ReadPosRankSum=-0.158;SC=TCTTTTTCCAATTGGATGACT;SOR=0.650;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=304;TCF=121;TCR=183;TR=151;WE=77738672;WS=77738654;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:248,219:0.47:467
chr13	77739291	rs9318468	A	T	793.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.195;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.804;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=11;PP=332;ReadPosRankSum=1.122;SC=CCACTGCACCAGGCCCCAATT;SOR=0.807;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=56;TCF=30;TCR=26;TR=26;WE=77739299;WS=77739281;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,40:0.47:86
chr13	77750765	.	T	TA	87.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.058;ClippingRankSum=0.000;DP=199;ExcessHet=3.0103;FS=5.720;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.54;ReadPosRankSum=-0.634;SOR=1.359;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:134,27:0.17:161
chr13	77751892	rs4885445	C	T	3699.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=2.186;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=342;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.006;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=75;NR=40;PP=1926;ReadPosRankSum=1.557;SC=CATCATCAACCAACACCTCTA;SOR=0.873;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=218;TCF=138;TCR=80;TR=115;WE=77751900;WS=77751882;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:160,169:0.51:329
chr13	77792099	rs374242789	TA	T	238.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.092;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FS=3.962;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.55;ReadPosRankSum=0.278;SOR=1.155;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:113,41:0.27:154
chr13	77799768	rs146123250	G	A	758.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-0.056;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=20;PP=393;ReadPosRankSum=0.325;SC=GTTTATTATGGAAGAACAAGA;SOR=0.706;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=62;TCF=15;TCR=47;TR=25;WE=77799776;WS=77799758;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,35:0.48:73
chr13	77818100	rs35429706	C	CA	859.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.665;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=309;ExcessHet=3.0103;FS=2.729;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.07;MQRankSum=1.571;QD=3.98;ReadPosRankSum=1.534;SOR=0.504;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:141,75:0.35:216
chr13	77835520	rs11436373	T	TA	749.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.219;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.86;ReadPosRankSum=-1.488;SOR=0.626;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:75,53:0.41:128
chr13	78142653	rs11325667	GA	G	140.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.695;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=7;PP=102;ReadPosRankSum=-0.035;SC=GACTTTTGCAGAAAAAAAAGA;SOR=0.582;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=0;TCR=15;TR=7;WE=78142661;WS=78142643;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,10:0.48:21
chr13	78146301	rs678047	C	T	6518.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=251;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=63;NR=88;PP=2910;SC=ACAATGCCTCCTCGAGCACAG;SOR=0.934;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=153;TCF=64;TCR=89;TR=151;WE=78146309;WS=78146291;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,247:1.00:247
chr13	78177082	rs7490669	T	A	75.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.014;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=5.41;ReadPosRankSum=0.573;SOR=0.631;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,5:0.36:14
chr13	78178451	rs6563011	C	T	1246.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.641;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=7;PP=767;ReadPosRankSum=1.955;SC=TAGTGCTATACTTTAACATCA;SOR=0.645;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=86;TCF=72;TCR=14;TR=45;WE=78178459;WS=78178441;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,52:0.55:95
chr13	78183167	rs912293	G	C	209.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.464;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.551;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=2;PP=140;ReadPosRankSum=0.770;SC=TTTTATTTATGATGTTTTTTG;SOR=1.899;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=28;TCF=20;TCR=8;TR=10;WE=78183175;WS=78183157;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,12:0.28:43
chr13	78191824	rs4142585	G	T	2454.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=37;NR=33;PP=1327;SC=TAATGTACTTGGGTCAGAAAG;SOR=0.782;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=70;TCF=37;TCR=33;TR=70;WE=78191832;WS=78191814;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr13	78192207	rs9574090	T	C	1497.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-1.515;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.637;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=36;PP=644;ReadPosRankSum=-0.282;SC=TAAATGACCTTGACTATCTTG;SOR=0.773;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=111;TCF=42;TCR=69;TR=56;WE=78192215;WS=78192197;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,76:0.54:141
chr13	78201959	.	A	G	61.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-2.450;ClippingRankSum=-0.000;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=0;PP=33;ReadPosRankSum=-1.068;SC=TCAATCTCCCATAGCCTGATA;SOR=1.981;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=7;TCR=1;TR=4;WE=78201967;WS=78201949;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,4:0.50:8
chr13	78211160	.	ATAT	A	565.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.718;ClippingRankSum=0.000;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.316;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=3;PP=339;ReadPosRankSum=1.110;SC=CAAAGATAAAATATTATGAGG;SOR=0.976;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=21;TCF=13;TCR=8;TR=9;WE=78211170;WS=78211150;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,16:0.43:37
chr13	78211374	rs35846521	G	GAC	80.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.248;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=4;PP=162;ReadPosRankSum=2.965;SC=CACACATACAGACACACACAC;SOR=1.112;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=0;TCR=11;TR=4;WE=78211382;WS=78211364;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,4:0.36:11
chr13	78272267	rs201380414	T	TGG	2682.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=17;NR=12;PP=1401;SC=CGCCCCCCGCTGGCCTGCAGC;SOR=1.197;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=30;TCF=17;TCR=13;TR=29;WE=78272284;WS=78272248;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr13	78272276	rs71102772	G	GC	2392.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=18;NR=12;PP=1221;SC=CTGGCCTGCAGCCTTTGGGTC;SOR=1.329;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=32;TCF=19;TCR=13;TR=30;WE=78272284;WS=78272248;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr13	78317054	rs372604248	CT	C	207.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.222;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FS=2.895;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.44;ReadPosRankSum=0.199;SOR=0.428;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:104,40:0.28:144
chr13	78477674	rs5348	A	G	5589.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=63;NR=70;PP=2447;SC=TGATTCCCACAGAGGCTTTCT;SOR=0.750;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=133;TCF=63;TCR=70;TR=133;WE=78477682;WS=78477664;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,216:1.00:216
chr13	79177291	rs9601093	G	A	805.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=2.849;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.172;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=3;PP=530;ReadPosRankSum=-1.023;SC=TTTCGGAGACGGGGAGGGGCG;SOR=0.992;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=69;TCF=60;TCR=9;TR=31;WE=79177299;WS=79177281;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,37:0.45:82
chr13	79194670	rs9593348	G	A	969.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.594;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.801;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=1.031;NF=23;NR=12;PP=506;ReadPosRankSum=1.230;SC=AATTGATATCGGAACTGTATT;SOR=0.442;SbPval=0.23;Source=Platypus;TC=65;TCF=48;TCR=17;TR=35;WE=79194678;WS=79194660;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,48:0.49:97
chr13	79194750	rs35712557	TGA	T	3724.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=3.451;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.992;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.014;NF=16;NR=27;PP=1814;ReadPosRankSum=0.436;SC=ACATTCTGGATGAGAGAGAAA;SOR=0.802;SbPval=0.16;Source=Platypus;TC=96;TCF=26;TCR=70;TR=43;WE=79194759;WS=79194740;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:111,110:0.50:221
chr13	79209382	rs9805409	A	C	330.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.516;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=8;PP=142;ReadPosRankSum=1.298;SC=AATAAAAGTGACTTGTAAAAA;SOR=0.704;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=2;TCR=20;TR=8;WE=79209390;WS=79209372;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,16:0.41:39
chr13	79216178	rs9601108	G	A	339.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.557;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=2;PP=279;ReadPosRankSum=2.151;SC=TTTACTCTAAGAAGTCTGGGG;SOR=1.127;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=21;TCF=19;TCR=2;TR=15;WE=79216186;WS=79216168;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,15:0.58:26
chr13	79216418	rs7327732	A	G	182.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.779;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=10;PP=171;ReadPosRankSum=0.216;SC=ATCCTTTTTCATATTGTTTTA;SOR=0.976;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=29;TCF=8;TCR=21;TR=12;WE=79216426;WS=79216408;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,10:0.36:28
chr13	79766188	rs2988039	A	G	3370.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=2.161;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=332;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.958;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=60;PP=1723;ReadPosRankSum=0.467;SC=AGAGAATCAGATCACTTGTTC;SOR=0.794;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=224;TCF=110;TCR=114;TR=110;WE=79766196;WS=79766178;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:165,160:0.49:325
chr13	79894736	rs3187338	C	T	932.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.484;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.554;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=12;PP=531;ReadPosRankSum=0.265;SC=CTAGCATATGCAGATCAATGA;SOR=0.900;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=66;TCF=40;TCR=26;TR=33;WE=79894744;WS=79894726;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,48:0.43:111
chr13	79894877	rs71696319	CA	C,CAA	480.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.742;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=1.479;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.16;MQRankSum=0.514;QD=9.43;ReadPosRankSum=0.099;SOR=1.140;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:9,26,16:0.51,0.31:51
chr13	79915389	rs7981067	G	T	581.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=0.651;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=16;PP=315;ReadPosRankSum=1.560;SC=AATATTTTAGGTGACAGTAAT;SOR=0.742;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=61;TCF=20;TCR=41;TR=23;WE=79915397;WS=79915379;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,29:0.43:68
chr13	79916792	rs374223990	T	TA	2123.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=13;NR=17;PP=1226;SC=ACAATGAAATTAAATACCTGA;SOR=1.103;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=31;TCF=13;TCR=18;TR=30;WE=79916800;WS=79916782;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr13	79916973	rs3742118	A	T	233.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-0.111;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.744;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=10;PP=161;ReadPosRankSum=0.172;SC=ACATCTGCCAAATTTTTAAAA;SOR=1.244;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=31;TCF=8;TCR=23;TR=12;WE=79916981;WS=79916963;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,12:0.40:30
chr13	79916994	rs3742119	A	G	157.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=1.350;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=7;PP=118;ReadPosRankSum=0.930;SC=AGAGAAAAATAAAGCTAATTA;SOR=1.136;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=1;TCR=17;TR=7;WE=79917002;WS=79916984;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,7:0.39:18
chr13	79918323	rs2274555	T	C	183.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.900;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.609;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=3;PP=136;ReadPosRankSum=1.529;SC=TAGCATAAGATTAAGTTCACT;SOR=0.355;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=23;TCF=17;TCR=6;TR=9;WE=79918331;WS=79918313;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,10:0.33:30
chr13	79927157	rs11341470	CA	C	368.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-0.550;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=2;PP=394;ReadPosRankSum=-0.015;SC=AAATGGAAACCAAAAGGTAGG;SOR=0.804;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=31;TCF=24;TCR=7;TR=12;WE=79927165;WS=79927147;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,18:0.46:39
chr13	79928477	rs9574411	A	G	693.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.683;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=7.153;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.76;ReadPosRankSum=-0.367;SOR=0.141;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,32:0.68:47
chr13	79929183	rs9530900	G	A	409.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-3.665;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=2;PP=303;ReadPosRankSum=-1.083;SC=AATTATGAGAGAACAGGTTAG;SOR=0.836;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=32;TCF=28;TCR=4;TR=17;WE=79929191;WS=79929181;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,17:0.53:32
chr13	79929326	rs9530901	G	A	3332.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.912;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=329;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.403;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=46;PP=1580;ReadPosRankSum=-0.252;SC=TAAGAAATGCGCGTACTTTTA;SOR=0.729;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=201;TCF=115;TCR=86;TR=109;WE=79929334;WS=79929316;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:162,163:0.50:325
chr13	79932617	rs7994560	A	G	938.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=8;NR=18;PP=546;SC=TCCTGACCCTAACCAAATACA;SOR=1.371;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=26;TCF=8;TCR=18;TR=26;WE=79932625;WS=79932607;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr13	79939606	rs7319252	C	A	429.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=3.677;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=2;PP=280;ReadPosRankSum=0.314;SC=AAATAAATCACCATTCCTTAT;SOR=0.931;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=45;TCF=36;TCR=9;TR=16;WE=79939614;WS=79939596;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,19:0.40:48
chr13	79939921	rs11279869	TAAGAGA	T	265.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-0.106;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.354;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=7;PP=325;ReadPosRankSum=1.803;SC=TTAATATTGATAAGAGAAAAA;SOR=0.200;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=24;TCF=2;TCR=22;TR=8;WE=79939934;WS=79939911;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,9:0.33:27
chr13	79940150	rs3831152	CTG	C	1089.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.009;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.984;NF=8;NR=8;PP=628;ReadPosRankSum=0.977;SC=TCATCTAAAACTGTGTTACAT;SOR=0.587;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=29;TCF=16;TCR=13;TR=16;WE=79940159;WS=79940140;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,30:0.53:57
chr13	79940811	rs7327603	T	C	1344.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.356;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FS=0.707;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.42;ReadPosRankSum=-1.500;SOR=0.570;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:69,60:0.47:129
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chr13	79946071	rs369797909	TA	T	368.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.669;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FS=6.111;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.47;ReadPosRankSum=-0.092;SOR=1.688;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,32:0.56:57
chr13	79946104	rs9545093	A	G	379.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.303;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.323;HP=2;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=13;PP=308;ReadPosRankSum=0.196;SC=AAGTTTAGTAATTATTCCACT;SOR=0.370;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=43;TCF=12;TCR=31;TR=20;WE=79946112;WS=79946094;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,19:0.46:41
chr13	79946163	rs7325232	G	C	734.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=14;PP=415;SC=TGCCTGTAATGCCAGCACTTT;SOR=1.981;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=16;TCF=2;TCR=14;TR=16;WE=79946171;WS=79946153;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr13	80910786	rs4728	C	A	3024.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=35.59;SOR=0.815;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr13	80910786	.	CCTTTCT	ACTTTCG,ACTTTCT	362	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.53;FR=0.5000,0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=17,24;NR=10,21;PP=362,219;QD=15.387699069;SC=GACTATCCCACCTTTCTATTA;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=45;TCF=24;TCR=21;TR=27,45;WE=80910800;WS=80910776;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.60:45
chr13	80910792	rs700397	T	G	943.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.573;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FS=4.162;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.97;ReadPosRankSum=0.172;SOR=0.982;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,50:0.58:86
chr13	80910851	rs11911	A	C	749.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.015;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.890;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=9;PP=397;ReadPosRankSum=0.451;SC=TAAAAAAAGAAAGAAAAAATC;SOR=1.099;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=68;TCF=40;TCR=28;TR=25;WE=80910859;WS=80910841;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,38:0.39:97
chr13	80911525	rs504122	G	A	3556.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.897;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=351;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.269;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=45;PP=1750;ReadPosRankSum=0.160;SC=CTGGACAGAGGGGCTCGTGCA;SOR=0.774;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=234;TCF=131;TCR=103;TR=108;WE=80911533;WS=80911515;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:177,169:0.49:346
chr13	83597934	rs2639486	A	T	246.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=4;NR=4;PP=129;SC=ACTGTGAACTAATTGAAGTAA;SOR=0.693;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=4;TCR=4;TR=8;WE=83597942;WS=83597924;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr13	83598060	rs2807479	C	T	89.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=3;PP=52;SC=CCCTGACTTACCCAGAACAAC;SOR=1.609;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=1;TCR=3;TR=4;WE=83598068;WS=83598050;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr13	87045827	rs9513670	T	C	967.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.934;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=15;PP=391;ReadPosRankSum=2.040;SC=AATCTAGAGCTAAAGAATTCC;SOR=0.624;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=61;TCF=32;TCR=29;TR=30;WE=87045835;WS=87045817;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,51:0.49:104
chr13	88270840	rs4036976	CTGT	C	5654.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.17;QD=45.60;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr13	88270860	rs956960	A	G	6614.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.06;QD=40.09;SOR=1.470;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,165:1.00:165
chr13	92408505	rs3783054	T	G	272.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=2.954;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.969;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=1;PP=151;ReadPosRankSum=0.894;SC=TGGCCTTTATTGTGGATGTTT;SOR=1.863;SbPval=0.93;Source=Platypus;TC=25;TCF=19;TCR=6;TR=10;WE=92408513;WS=92408495;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,12:0.43:28
chr13	92560425	rs1854735	G	T	335.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.691;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.17;ReadPosRankSum=0.057;SOR=0.784;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,17:0.52:33
chr13	92796964	rs12429836	G	A	293.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-1.315;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=1;PP=256;ReadPosRankSum=1.224;SC=ACTTGACTTGGTGTCTACACC;SOR=0.495;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=27;TCF=25;TCR=2;TR=12;WE=92796972;WS=92796954;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,12:0.44:27
chr13	93142312	rs2149060	T	A	1992.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=33;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=40;NR=12;PP=1220;SC=TTGTGCATTTTAAAAAATTTA;SOR=1.810;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=53;TCF=41;TCR=12;TR=52;WE=93142320;WS=93142302;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr13	93142362	rs722178	C	T	3812.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=56;NR=29;PP=1779;SC=CATTGTTTCCCGAAAACTCCA;SOR=1.108;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=85;TCF=56;TCR=29;TR=85;WE=93142370;WS=93142352;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,141:1.00:141
chr13	94938785	rs1409174	A	G	721.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-1.567;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.081;HP=1;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.926;NF=6;NR=20;PP=375;ReadPosRankSum=0.055;SC=TACAGGTGCAATAACCTAAAA;SOR=0.454;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=49;TCF=11;TCR=38;TR=26;WE=94938793;WS=94938775;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,35:0.56:63
chr13	94938808	rs56210803	GAT	G	909.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.202;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQ=60.25;MQRankSum=0.896;NF=0;NR=17;PP=679;ReadPosRankSum=-0.062;SC=GAAGTAACTAGATATGTCGGC;SOR=0.569;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=32;TCF=0;TCR=32;TR=17;WE=94938817;WS=94938798;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,25:0.58:43
chr13	94958100	rs10492630	T	A	70.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=3.087;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.090;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=0;PP=48;ReadPosRankSum=-0.916;SC=CTTGTTTACATTTCAAAATTA;SOR=2.494;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=10;TCR=3;TR=4;WE=94958108;WS=94958090;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,4:0.33:12
chr13	95090692	rs1540979	T	A	1250.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=34;NR=5;PP=893;SC=TAGCAGTCCTTTTGCATGGGG;SOR=3.417;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=39;TCF=34;TCR=5;TR=39;WE=95090700;WS=95090682;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr13	95096505	rs7339198	G	A	839.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=22;NR=5;PP=641;SC=CAAGTATTCCGAAATCTGAAA;SOR=2.833;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=27;TCF=22;TCR=5;TR=27;WE=95096513;WS=95096495;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr13	95097956	rs755684	C	T	8949.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=351;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=102;NR=129;PP=2965;SC=AGTAGAGCCTCCCAGGCTCAT;SOR=0.882;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=232;TCF=102;TCR=130;TR=231;WE=95097964;WS=95097946;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,344:1.00:344
chr13	95118735	rs12864325	T	C	2724.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.67;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr13	95118741	rs12877849	C	T	2863.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.50;SOR=1.785;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr13	95227139	.	AAG	A	249.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.453;ClippingRankSum=0.000;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=4.596;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.43;ReadPosRankSum=1.581;SOR=0.242;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,16:0.35:46
chr13	95230877	rs16949940	G	A	937.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.466;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=14;PP=434;ReadPosRankSum=0.840;SC=AATTTAGTGGGGCATTCAATT;SOR=0.654;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=53;TCF=30;TCR=23;TR=32;WE=95230885;WS=95230867;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,47:0.57:82
chr13	95243270	rs9301979	G	A	13849.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=544;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=159;NR=178;PP=2965;SC=TTTTACTATAGCATCCCCCTA;SOR=0.759;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=339;TCF=159;TCR=180;TR=337;WE=95243278;WS=95243260;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,533:1.00:533
chr13	95254382	rs9556404	A	G	869.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=15;PP=413;SC=CCGCCGGCTGAGTCCGCCGGC;SOR=1.352;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=21;TCF=6;TCR=15;TR=21;WE=95254390;WS=95254372;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
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chr13	95714976	rs1751034	C	T	3241.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=61;NR=22;PP=1965;SC=TGATTGACATCTTCTTCCTTA;SOR=1.589;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=84;TCF=62;TCR=22;TR=83;WE=95714984;WS=95714966;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr13	95715147	rs201160973	AAAAAG	A	106.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.259;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FS=2.644;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.66;ReadPosRankSum=-1.063;SOR=0.444;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:130,32:0.20:162
chr13	95715148	rs202097426	AAAAG	A	1285.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=2.065;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FS=6.062;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.04;ReadPosRankSum=-1.136;SOR=1.185;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:66,94:0.59:160
chr13	95725359	rs2274401	T	C	737.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=19;NR=4;PP=433;SC=TTACCAAAGATGTAAAAATAA;SOR=2.670;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=19;TCR=4;TR=23;WE=95725367;WS=95725349;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr13	95726541	rs1189466	A	G	15820.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.676;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=616;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=190;NR=183;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.770;SC=GACGGACGGCAAACCAGCGGG;SOR=0.726;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=375;TCF=191;TCR=184;TR=373;WE=95726549;WS=95726531;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,610:1.00:612
chr13	95727780	rs1678339	T	C	6369.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=235;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=56;NR=102;PP=2965;SC=GAGAAGATGATAAGTGGGAAA;SOR=1.184;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=158;TCF=56;TCR=102;TR=158;WE=95727788;WS=95727770;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,231:1.00:231
chr13	95735604	rs1189437	G	T	3382.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=29;NR=59;PP=1828;SC=AAAAATACTTGCATGAGTTGT;SOR=1.342;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=88;TCF=29;TCR=59;TR=88;WE=95735612;WS=95735594;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr13	95829843	rs2296653	G	A	809.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=24;NR=1;PP=576;SC=GCAGGGGACAGTGTGGGGAGG;SOR=3.841;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=27;TCF=25;TCR=2;TR=25;WE=95829851;WS=95829833;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr13	95829870	rs1751005	T	C	1497.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=37;NR=8;PP=1090;SC=GACACCAGAGTAGGATGAGCT;SOR=2.701;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=45;TCF=37;TCR=8;TR=45;WE=95829878;WS=95829860;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr13	95847020	rs2274403	A	G	5302.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=107;NR=50;PP=2965;SC=GTAACACCTCAAAATTCTCTA;SOR=1.463;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=157;TCF=107;TCR=50;TR=157;WE=95847028;WS=95847010;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,204:1.00:204
chr13	95861804	rs899494	A	G	4375.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=45;NR=68;PP=2326;SC=CAGTCACTGCAATCGCCTGCA;SOR=1.036;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=114;TCF=45;TCR=69;TR=113;WE=95861812;WS=95861794;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,160:1.00:160
chr13	95861981	rs1678403	C	G	282.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=9;PP=233;SC=TGGGTTTACACCTGCTAAAGC;SOR=4.615;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=9;WE=95861989;WS=95861971;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr13	95862860	rs3046400	AGAGT	A	2932.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=1.039;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=15;PP=2125;ReadPosRankSum=-1.041;SC=CAGTGTGAACAGAGTGAGCCC;SOR=1.542;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=43;TCF=28;TCR=15;TR=40;WE=95862871;WS=95862850;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,68:0.97:70
chr13	95862896	rs899496	A	G	3189.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=57;NR=27;PP=1856;SC=ATAAAAGGGGAAAGAGGGGTG;SOR=1.322;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=84;TCF=57;TCR=27;TR=84;WE=95862904;WS=95862886;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr13	95863143	rs899497	A	G	2044.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=23;NR=35;PP=1030;SC=GACCAGATCTAAGCACAAGCA;SOR=1.550;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=60;TCF=23;TCR=37;TR=58;WE=95863151;WS=95863133;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr13	95899354	rs4148437	A	G	5500.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.507;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=65;PP=2453;ReadPosRankSum=-0.435;SC=CAGAACCTACAATGAGGAAAA;SOR=0.251;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=133;TCF=67;TCR=66;TR=131;WE=95899362;WS=95899344;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,213:1.00:214
chr13	95900071	rs9556466	C	T	6027.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=61;NR=95;PP=2933;SC=TAGACTCCTACCTCCATGGGT;SOR=1.025;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=157;TCF=61;TCR=96;TR=156;WE=95900079;WS=95900061;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,227:1.00:227
chr13	95900172	rs56389126	G	GCACACACACA	962.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=39;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;NF=2;NR=10;PP=2997;SC=GTTAACATGTGCACACACACA;SOR=1.292;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=27;TCF=3;TCR=24;TR=12;WE=95900180;WS=95900162;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr13	95921690	rs1970476	T	A	47.94	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.319;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=11.98;ReadPosRankSum=-0.319;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,3:0.75:4
chr13	95921692	rs1970475	T	A	47.94	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.150;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=11.98;ReadPosRankSum=-0.319;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,3:0.75:4
chr13	95953405	rs61974974	G	A	910.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=-1.020;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.881;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=9;PP=367;ReadPosRankSum=0.840;SC=CAGCCGCAGAGGGCTTGGGCA;SOR=0.473;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=57;TCF=39;TCR=18;TR=25;WE=95953413;WS=95953395;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,43:0.52:82
chr13	96251524	rs4497528	A	C	613.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.069;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=6;PP=192;ReadPosRankSum=0.665;SC=ATTTTGATGTAGTGGAATAAA;SOR=0.723;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=54;TCF=36;TCR=18;TR=20;WE=96251532;WS=96251514;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,34:0.43:80
chr13	96329587	rs146543814	C	T	4204.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=1.520;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=474;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.522;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=64;PP=1849;ReadPosRankSum=1.727;SC=ATCTGCAGTACGAAGGTGAGT;SOR=0.629;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=261;TCF=125;TCR=136;TR=127;WE=96329595;WS=96329577;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:251,216:0.46:467
chr13	96361402	.	CTA	C	663.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.332;ClippingRankSum=0.000;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=3;PP=358;ReadPosRankSum=-0.874;SC=AGACAGATAACTATTTTTAAT;SOR=0.693;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=21;TCF=15;TCR=6;TR=10;WE=96361411;WS=96361392;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,19:0.50:38
chr13	96410115	rs3087339	C	T	1904.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-1.113;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.921;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=48;PP=1132;ReadPosRankSum=-0.914;SC=TTATATACTTCGACATGTCAC;SOR=0.550;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=142;TCF=54;TCR=88;TR=80;WE=96410123;WS=96410105;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,93:0.53:174
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chr13	96485417	rs3099359	A	G	441.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=1.484;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.343;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=12;PP=329;ReadPosRankSum=1.037;SC=GCAGAGTCCTACTAAGTACTG;SOR=0.193;SbPval=0.21;Source=Platypus;TC=27;TCF=4;TCR=23;TR=16;WE=96485425;WS=96485407;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,18:0.58:31
chr13	96505952	rs3099360	T	C	1082.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-1.599;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.897;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=36;PP=658;ReadPosRankSum=0.575;SC=ATGTTGTTTATGTAGTTTTAG;SOR=0.840;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=81;TCF=18;TCR=63;TR=45;WE=96505960;WS=96505942;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,52:0.55:95
chr13	96513187	rs34859372	T	C	865.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.014;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=22;PP=536;ReadPosRankSum=-0.586;SC=TATGGAAACATTGTATGCCTA;SOR=0.659;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=54;TCF=19;TCR=35;TR=35;WE=96513195;WS=96513177;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,41:0.59:70
chr13	96529411	rs9590338	C	T	259.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.938;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.584;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=3;PP=128;ReadPosRankSum=0.917;SC=GTTGGGATTACAGGCTTGAGC;SOR=0.344;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=25;TCF=19;TCR=6;TR=11;WE=96529419;WS=96529401;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,14:0.47:30
chr13	96529725	rs4773930	A	G	42.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.609;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=2.187;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.67;ReadPosRankSum=1.354;SOR=0.269;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,4:0.25:16
chr13	96540141	rs9525075	T	C	1976.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.93;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr13	96540141	.	TTT	CTC	1219	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;FR=1.0000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MMLQ=26;MQ=60.0;NF=14;NR=13;PP=1219;QD=47.1284398097;SC=TTCACTCAGATTTACCTTTCT;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=28;TCF=14;TCR=14;TR=27;WE=96540151;WS=96540131;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:1,27:0.96:28
chr13	96540143	rs9525076	T	C	1976.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.93;SOR=0.737;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr13	96579462	rs9525086	T	C	715.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.368;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.908;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=11;PP=403;ReadPosRankSum=1.122;SC=ATAGGATTATTTTACCTGATG;SOR=0.859;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=42;TCF=24;TCR=18;TR=27;WE=96579470;WS=96579452;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,36:0.52:69
chr13	96601679	rs35405829	C	T	424.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.973;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=10;PP=241;ReadPosRankSum=-1.139;SC=ATGTAATATACAAATCATCAT;SOR=0.723;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=47;TCF=25;TCR=22;TR=21;WE=96601687;WS=96601669;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,25:0.37:68
chr13	96624836	rs35923904	A	G	1142.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.258;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.804;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=11;PP=477;ReadPosRankSum=0.112;SC=ATACTTACCTAAAAGCGTCAT;SOR=0.595;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=53;TCF=34;TCR=19;TR=30;WE=96624844;WS=96624826;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,51:0.57:90
chr13	96638636	rs816142	A	C	2125.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.57;SOR=1.031;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr13	96641695	rs555120	T	G	2501.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=43;NR=24;PP=1288;SC=AATTGAAAAGTACTTAAAAGT;SOR=1.167;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=67;TCF=43;TCR=24;TR=67;WE=96641703;WS=96641685;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr13	97484830	rs9516771	A	G	1851.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.325;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.044;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=32;PP=1007;ReadPosRankSum=1.244;SC=GCCACTTGGAAAACCTCTCTT;SOR=0.543;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=144;TCF=77;TCR=67;TR=61;WE=97484838;WS=97484820;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:111,90:0.45:201
chr13	98087096	rs3803251	T	C	1547.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=17;NR=27;PP=785;SC=GTCCCGGGGCTGGAACTCCCC;SOR=0.950;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=44;TCF=17;TCR=27;TR=44;WE=98087104;WS=98087086;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr13	98629334	rs9517155	G	C	8836.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=347;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=100;NR=92;PP=2915;SC=GGGCGGGCCCGGGGCCCCAAC;SOR=0.753;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=192;TCF=100;TCR=92;TR=192;WE=98629342;WS=98629324;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,342:1.00:342
chr13	98632349	rs555647	A	G	1653.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=11;NR=41;PP=1145;SC=GCCACAACTGATAACATTCAC;SOR=2.303;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=52;TCF=11;TCR=41;TR=52;WE=98632357;WS=98632339;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr13	98633688	.	A	G	1245.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=1.789;ClippingRankSum=0.000;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.765;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=37;PP=823;ReadPosRankSum=1.708;SC=TTATTTCCTTATCTGTTAATA;SOR=1.005;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=93;TCF=23;TCR=70;TR=47;WE=98633696;WS=98633678;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,55:0.49:113
chr13	98634572	rs11620106	T	A	493.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=16;NR=0;PP=423;SC=AGGAACTTGATAAGTAACCCT;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=16;TCR=0;TR=16;WE=98634580;WS=98634564;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr13	98637917	rs11366582	CT	C	1908.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=14;HapScore=3;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=0;NR=31;PP=349;SC=TATATCCTTCCTTTTTTTTTT;SOR=2.780;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=43;TCF=1;TCR=42;TR=31;WE=98637939;WS=98637907;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr13	98637931	rs60936969	T	A	2090.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=13;HapScore=3;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=33;PP=1006;SC=TTTTTTTTTTTAATGGAATCT;SOR=2.494;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=40;TCF=6;TCR=34;TR=39;WE=98637939;WS=98637907;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr13	98640318	rs592246	C	T	2273.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.214;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=22;PP=814;ReadPosRankSum=-0.577;SC=GTTCAAATATCGGGGGACGTT;SOR=0.259;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=49;TCF=26;TCR=23;TR=47;WE=98640326;WS=98640308;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,87:0.99:88
chr13	98640386	rs588144	A	G	1211.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=22;PP=631;SC=GGTCTTTGTGACAATATAACC;SOR=1.329;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=33;TCF=11;TCR=22;TR=33;WE=98640394;WS=98640376;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr13	98645580	rs56411106	G	A	1830.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=10;NR=50;PP=1511;SC=AGAATATAATGAATATCCTTT;SOR=3.076;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=60;TCF=10;TCR=50;TR=60;WE=98645588;WS=98645570;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr13	98650024	rs651241	G	T	1029.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=22;PP=639;SC=TGTGTCACATGTTATAAGTAG;SOR=2.432;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=4;TCR=22;TR=26;WE=98650032;WS=98650014;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr13	98658358	rs633161	G	A	5593.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=126;NR=41;PP=2965;SC=TTTCCTTTGAGGTAATAATTT;SOR=2.037;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=169;TCF=127;TCR=42;TR=167;WE=98658366;WS=98658348;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,195:1.00:195
chr13	98666482	.	T	C	2002.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.355;ClippingRankSum=0.000;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-0.979;NF=28;NR=46;PP=1230;ReadPosRankSum=2.814;SC=AATATTTTTCTCTTAAAAAAT;SOR=0.701;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=128;TCF=45;TCR=83;TR=74;WE=98666490;WS=98666472;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:97,95:0.49:192
chr13	98666534	rs192955800	TA	T	109.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.515;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FS=5.167;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.15;MQRankSum=1.571;QD=1.89;ReadPosRankSum=-0.233;SOR=0.191;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:43,15:0.26:58
chr13	98666549	rs6491395	T	C	1829.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=41;PP=942;SC=AAAAAAAATTTGAGACAGGGT;SOR=2.345;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=52;TCF=11;TCR=41;TR=52;WE=98666557;WS=98666539;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr13	98670641	rs528546	G	C	1749.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=44;NR=8;PP=1289;SC=TTGCCTGTATGAGGAATATCA;SOR=3.219;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=53;TCF=45;TCR=8;TR=52;WE=98670649;WS=98670636;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr13	98829176	rs628778	T	C	11285.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=439;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=119;NR=130;PP=2965;SC=CCATGTCCTCTGGCCCCACAG;SOR=0.745;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=249;TCF=119;TCR=130;TR=249;WE=98829184;WS=98829166;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,437:1.00:437
chr13	98860660	rs285108	A	G	144.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=20.69;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr13	98860749	rs285109	A	C	127.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.63;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=39;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=5;PP=82;SC=AAAAAAAAGCAGTTCTCAGAT;SOR=0.693;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=1;TCR=5;TR=6;WE=98860757;WS=98860739;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr13	98896776	rs7318267	C	T	3329.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.121;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=25;PP=1688;ReadPosRankSum=-0.911;SC=CTCAAAGCCACCGGCTCCTCC;SOR=1.407;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=85;TCF=59;TCR=26;TR=83;WE=98896784;WS=98896766;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,122:0.98:124
chr13	99017533	rs587377	G	A	468.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=4;PP=301;SC=AATGGAACAGGCGGCCTCATA;SOR=1.739;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=11;TCR=4;TR=15;WE=99017541;WS=99017526;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr13	99037154	rs599255	C	T	2333.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.728;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=244;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=54;PP=1218;ReadPosRankSum=0.507;SC=CTGCCTCCAACCTACATGGGT;SOR=0.683;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=177;TCF=64;TCR=113;TR=84;WE=99037162;WS=99037144;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:124,113:0.48:237
chr13	99037870	rs585678	T	C	1759.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.891;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.567;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=22;PP=981;ReadPosRankSum=-0.952;SC=AATTAATAGATACAGGGAATT;SOR=0.626;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=122;TCF=82;TCR=40;TR=61;WE=99037878;WS=99037860;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:96,84:0.47:180
chr13	99038087	rs584800	C	T	832.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=1.146;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.865;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=25;PP=569;ReadPosRankSum=-0.253;SC=CTTGAGAACACGGCCTGGTTC;SOR=0.333;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=58;TCF=12;TCR=46;TR=33;WE=99038095;WS=99038077;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,38:0.55:69
chr13	99042390	rs2256823	T	C	639.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=1.633;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=22;PP=384;ReadPosRankSum=-0.057;SC=GTCGCCACTTTGTGCCTCTGT;SOR=1.430;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=53;TCF=10;TCR=43;TR=26;WE=99042398;WS=99042380;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,31:0.47:66
chr13	99061556	rs5806061	C	CT	6313.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.381;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=302;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=67;PP=1775;ReadPosRankSum=-0.669;SC=AAAAAAATTACTTTTTTTTTC;SOR=0.722;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=150;TCF=75;TCR=75;TR=127;WE=99061564;WS=99061546;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:8,283:0.97:291
chr13	99063113	rs2291174	A	G	1537.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=1.097;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.875;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=45;PP=1004;ReadPosRankSum=-1.298;SC=ATTCGATTACATGATTTATCT;SOR=1.097;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=126;TCF=41;TCR=85;TR=62;WE=99063121;WS=99063103;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,74:0.46:160
chr13	99090166	rs59023150	TG	T	2286.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=22;PP=1106;SC=CCCTGATTCTTGGCACTCATC;SOR=1.244;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=26;TCF=3;TCR=23;TR=25;WE=99090176;WS=99090156;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr13	99090168	rs1969794	G	T	2295.77	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=15;NR=22;PP=705;SC=CTGATTCTTGGCACTCATCAG;SOR=1.244;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=38;TCF=16;TCR=22;TR=37;WE=99090176;WS=99090156;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr13	99092052	rs4772080	G	T	2046.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=46;NR=10;PP=1353;SC=TTTCCGATTTGGGTTTTTCCA;SOR=2.670;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=56;TCF=46;TCR=10;TR=56;WE=99092060;WS=99092046;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr13	99093094	rs2146998	T	C	4615.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=45;NR=89;PP=2384;SC=AGTGGAGGTATGCAGGGGCAG;SOR=1.392;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=134;TCF=45;TCR=89;TR=134;WE=99093102;WS=99093084;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,176:1.00:176
chr13	99098318	rs2274053	C	T	4883.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=68;NR=53;PP=2140;SC=GGCAGGTGCCCGCTGTGCTTC;SOR=0.865;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=121;TCF=68;TCR=53;TR=121;WE=99098326;WS=99098308;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,187:1.00:187
chr13	99098470	rs2274054	C	T	2531.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=21;NR=41;PP=1251;SC=GTAAGTGTCTCGCACAGGGCA;SOR=1.203;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=62;TCF=21;TCR=41;TR=62;WE=99098478;WS=99098460;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr13	99098882	rs2281766	A	C	12535.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=471;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=204;NR=118;PP=2965;SC=GCAGAAGCTGACCCCGAAAAG;SOR=1.207;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=322;TCF=204;TCR=118;TR=322;WE=99098890;WS=99098872;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,456:1.00:456
chr13	99100547	rs12261	T	C	5511.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=64;NR=60;PP=2442;SC=ACGTGTTGAGTCACAAAGAGT;SOR=0.732;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=125;TCF=64;TCR=61;TR=124;WE=99100555;WS=99100537;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,210:1.00:210
chr13	99112468	rs112280830	T	TGCCTGAC	6871.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=42;NR=17;PP=2969;SC=CGCAAGGTGGTGCTGACAGCC;SOR=2.682;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=75;TCF=54;TCR=21;TR=59;WE=99112476;WS=99112458;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,134:1.00:134
chr13	99112680	rs4771305	C	T	8665.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=336;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=81;NR=155;PP=2965;SC=AAGGCCTCTTCGGGATGTCTT;SOR=1.322;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=240;TCF=82;TCR=158;TR=236;WE=99112688;WS=99112670;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,325:1.00:325
chr13	99112754	rs4772083	TT	GC	3722.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=10;NR=48;PP=2947;SC=TGGCAATAATTTAATAAACCT;SOR=2.387;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=59;TCF=10;TCR=49;TR=58;WE=99112763;WS=99112744;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr13	99115838	rs56325686	TA	T	964.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.767;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FS=3.728;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.09;MQRankSum=0.838;QD=8.25;ReadPosRankSum=-1.956;SOR=0.386;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:45,72:0.62:117
chr13	99115927	rs2296149	A	G	8923.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.653;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=354;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.124;NF=117;NR=99;PP=2965;ReadPosRankSum=0.602;SC=TGCTTGGGTCACTCAGGGGCC;SOR=0.424;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=219;TCF=119;TCR=100;TR=216;WE=99115935;WS=99115917;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,349:0.99:352
chr13	99336919	rs7331216	T	C	933.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-2.425;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=8;PP=593;ReadPosRankSum=-1.491;SC=TCCTGCTACCTGGGGGCAGAG;SOR=0.709;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=53;TCF=42;TCR=11;TR=33;WE=99336927;WS=99336909;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,41:0.55:75
chr13	99354931	rs1768042	C	T	312.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=6;PP=194;SC=CTCTGGAGGCCGGGCACAGTA;SOR=1.802;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=2;TCR=6;TR=8;WE=99354939;WS=99354921;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
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chr13	99361959	rs2297319	G	A	2565.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.984;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=247;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.553;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=43;PP=1271;ReadPosRankSum=2.575;SC=TCTCAAAGACGACTCTGATCC;SOR=0.583;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=166;TCF=92;TCR=74;TR=90;WE=99361967;WS=99361949;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:117,127:0.52:244
chr13	99363919	rs6145194	GGTTTT	G	985.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=61.29;QD=41.07;SOR=2.925;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
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chr13	99404761	rs4646207	C	T	1471.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=2.372;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.183;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=7;PP=518;ReadPosRankSum=0.218;SC=GCCGCGTACCCTTCGCGCCTC;SOR=1.170;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=55;TCF=37;TCR=18;TR=27;WE=99404769;WS=99404751;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,42:0.53:79
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chr13	99448441	rs9554522	T	A	1458.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=2.649;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.480;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=18;PP=870;ReadPosRankSum=2.749;SC=AGAAAAATAATGTTTAAAAAT;SOR=0.945;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=92;TCF=59;TCR=33;TR=53;WE=99448449;WS=99448431;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,65:0.57:114
chr13	99448623	rs9554524	A	G	1522.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.284;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.530;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=34;PP=776;ReadPosRankSum=0.831;SC=CTGAAGGACGATAATGGAGGG;SOR=0.860;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=82;TCF=21;TCR=61;TR=44;WE=99448631;WS=99448613;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,68:0.56:121
chr13	99449579	rs1289314	T	C	11348.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=429;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=129;NR=128;PP=2965;SC=CAGCATCTCCTTCCCGAATGA;SOR=0.717;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=260;TCF=129;TCR=131;TR=257;WE=99449587;WS=99449569;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,419:1.00:419
chr13	99449755	rs1289315	G	A	1743.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.068;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.605;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=44;PP=1009;ReadPosRankSum=2.164;SC=TAGACAAAGAGCAAAGATTTT;SOR=0.767;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=124;TCF=42;TCR=82;TR=65;WE=99449763;WS=99449745;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,81:0.50:161
chr13	99457431	rs2296984	T	G	3110.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.719;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=339;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.831;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=37;PP=1146;ReadPosRankSum=1.112;SC=CCTGGATGTATGCATACTTAG;SOR=0.746;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=200;TCF=105;TCR=95;TR=84;WE=99457439;WS=99457421;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:170,158:0.48:328
chr13	99457552	rs7990741	T	A	1087.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=2.730;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.158;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=31;PP=694;ReadPosRankSum=1.091;SC=ACATTTTATTTGTAAATATAA;SOR=1.142;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=91;TCF=23;TCR=68;TR=38;WE=99457560;WS=99457542;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,47:0.47:101
chr13	99459891	rs9557078	A	C	1933.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.510;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.698;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=29;PP=1042;ReadPosRankSum=1.316;SC=CATTGCTATGAAACTTATCCA;SOR=0.370;SbPval=0.26;Source=Platypus;TC=132;TCF=84;TCR=48;TR=68;WE=99459899;WS=99459881;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,91:0.53:173
chr13	99461532	rs371432796	GTTTTT	G	2068.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.965;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.171;HP=10;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=2.553;NF=24;NR=35;PP=1331;ReadPosRankSum=2.842;SC=CTTTATTATAGTTTTTTTTTT;SOR=0.832;SbPval=0.6;Source=Platypus;TR=59;WE=99461544;WS=99461522;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:103,98:0.49:201
chr13	99462477	rs12859979	G	A	2180.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.186;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=281;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.688;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=44;PP=1203;ReadPosRankSum=1.303;SC=AGATGTCGGCGATGAGCTCGT;SOR=0.530;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=186;TCF=81;TCR=105;TR=82;WE=99462485;WS=99462467;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:160,114:0.42:274
chr13	99462593	rs2282134	C	T	833.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.003;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.228;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=21;PP=434;ReadPosRankSum=-1.053;SC=TTATGGGGAACGTGACATGGC;SOR=0.422;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=56;TCF=10;TCR=46;TR=26;WE=99462601;WS=99462583;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,38:0.51:74
chr13	99482135	rs9517460	A	G	347.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-1.082;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.672;HP=4;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=13;PP=281;ReadPosRankSum=-0.611;SC=TGCTTTGAGCAGGGGTCGCTC;SOR=1.059;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=29;TCF=3;TCR=26;TR=15;WE=99482143;WS=99482125;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,15:0.43:35
chr13	99505632	rs9513497	C	T	2472.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.383;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=239;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.510;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=68;NR=27;PP=1545;ReadPosRankSum=1.792;SC=CTGAAACGAGCAAAACAGAAA;SOR=0.772;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=178;TCF=125;TCR=53;TR=95;WE=99505640;WS=99505622;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:115,115:0.50:230
chr13	99520099	.	T	TA	85.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.720;ClippingRankSum=0.000;DP=258;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.35;ReadPosRankSum=0.163;SOR=0.658;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:205,37:0.15:242
chr13	99532622	rs6491460	G	A	986.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=25;NR=5;PP=708;SC=GAACACAGTGGTGTTTTGCAG;SOR=2.833;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=25;TCR=5;TR=30;WE=99532630;WS=99532612;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr13	99532992	.	A	C	797.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.530;ClippingRankSum=0.000;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=18;PP=417;ReadPosRankSum=0.724;SC=AGCTTGAGAGACTCCCAAGAA;SOR=0.742;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=34;TCF=7;TCR=27;TR=22;WE=99533000;WS=99532982;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,34:0.67:51
chr13	99533649	rs9584961	G	A	91.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=3.481;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=0;PP=58;ReadPosRankSum=0.396;SC=GTCCCTCTTCGTACCTCCCCT;SOR=0.307;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=14;TCR=0;TR=5;WE=99533657;WS=99533643;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,5:0.36:14
chr13	99533897	rs2296994	G	A	1963.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.106;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=251;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.559;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=44;PP=1180;ReadPosRankSum=1.148;SC=CACCACAGGAGTGAATAAAGC;SOR=0.592;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=168;TCF=75;TCR=93;TR=83;WE=99533905;WS=99533887;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:138,105:0.43:243
chr13	99534048	rs6491461	G	A	1932.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=30;NR=28;PP=1387;SC=TTTCTTAAATGTAATGTTCAG;SOR=0.723;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=59;TCF=31;TCR=28;TR=58;WE=99534056;WS=99534038;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr13	99536031	rs9517474	G	A	6305.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.802;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=242;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=98;NR=62;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.913;SC=TTTGTCACAGGGCAGCAACTG;SOR=1.031;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=164;TCF=99;TCR=65;TR=160;WE=99536039;WS=99536021;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,237:0.99:239
chr13	99536215	rs2296996	C	T	2850.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.55;SOR=2.338;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
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chr13	99537202	rs2274641	C	A	2660.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=44;NR=23;PP=1342;SC=ATTGGGATGACCCAATCTTAA;SOR=1.179;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=67;TCF=44;TCR=23;TR=67;WE=99537210;WS=99537192;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr13	99537217	rs2274642	G	T	2951.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=46;NR=23;PP=1440;SC=TCTTAAAATGGGACATACCCT;SOR=1.179;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=69;TCF=46;TCR=23;TR=69;WE=99537225;WS=99537207;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr13	99537942	rs2296998	G	T	3178.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-1.829;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=365;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.742;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=33;PP=1264;ReadPosRankSum=0.998;SC=AAAATCAAAGGAATGGTAAGC;SOR=0.801;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=209;TCF=130;TCR=79;TR=92;WE=99537950;WS=99537932;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:196,163:0.45:359
chr13	99538711	rs6491465	C	G	4545.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=88;NR=38;PP=2778;SC=CTTGAATTTTCCTTTACCAGG;SOR=1.565;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=127;TCF=89;TCR=38;TR=126;WE=99538719;WS=99538701;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,160:1.00:160
chr13	99538935	rs6491466	C	G	2222.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.576;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.562;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=55;PP=1292;ReadPosRankSum=-0.904;SC=AGAAATTAAACTTGGATATAT;SOR=0.644;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=147;TCF=41;TCR=106;TR=79;WE=99538943;WS=99538925;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:92,101:0.52:193
chr13	99540394	rs3737021	T	C	533.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.071;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.41;ReadPosRankSum=1.376;SOR=0.735;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,24:0.56:43
chr13	99540394	.	TA	CG	746	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;FR=0.5000;HP=2;HapScore=4;MGOF=6;MMLQ=23;MQ=60.0;NF=16;NR=3;PP=746;QD=42.0772565717;SC=GGTGAACATATATTAAAAAAA;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=37;TCF=31;TCR=6;TR=19;WE=99540414;WS=99540384;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:18,19:0.51:37
chr13	99540395	rs1928104	A	G	1613.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=4;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=31;NR=6;PP=873;SC=GTGAACATATATTAAAAAAAA;SOR=2.584;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=31;TCR=6;TR=37;WE=99540414;WS=99540384;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr13	99540406	rs3737023	A	C	566.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-2.154;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=8;HapScore=4;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=3;PP=765;ReadPosRankSum=2.620;SC=TTAAAAAAAAACAAACCTTAA;SOR=0.492;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=46;TCF=40;TCR=6;TR=20;WE=99540414;WS=99540384;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,26:0.50:52
chr13	99540500	rs2274643	A	G	2566.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.991;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=31;PP=1413;ReadPosRankSum=2.112;SC=ACAAAACAGAATAAGAAAAAA;SOR=0.671;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=154;TCF=104;TCR=50;TR=93;WE=99540508;WS=99540490;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:94,119:0.56:213
chr13	99550351	rs2296999	T	A	2601.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.934;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=260;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.469;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=35;PP=1384;ReadPosRankSum=-0.560;SC=TCTTTGTCTCTGAACAACAAA;SOR=0.655;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=183;TCF=114;TCR=69;TR=92;WE=99550359;WS=99550341;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:123,125:0.50:248
chr13	99555187	rs35240640	AT	A	3280.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.148;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=11;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQ=60.06;MQRankSum=0.240;NF=48;NR=37;PP=1531;ReadPosRankSum=1.290;SC=ACCTCTGCCTATTTTTTTTTT;SOR=0.581;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=92;TCF=52;TCR=40;TR=85;WE=99555195;WS=99555177;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:7,161:0.96:168
chr13	99556808	rs111507474	CAAAT	C	356.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=0.103;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.791;NF=8;NR=1;PP=363;ReadPosRankSum=-1.802;SC=ACAAAGCAAACAAATAAACAA;SOR=0.693;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=16;TCF=15;TCR=1;TR=9;WE=99556819;WS=99556798;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,10:0.71:14
chr13	99566730	rs41279134	C	T	1755.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-1.939;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.996;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=42;PP=990;ReadPosRankSum=2.180;SC=GGCCGTTTCTCTTAGGTGCCT;SOR=0.889;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=120;TCF=45;TCR=75;TR=65;WE=99566738;WS=99566720;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,86:0.53:161
chr13	99574524	rs7983462	C	T	2193.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=17;NR=39;PP=1133;SC=TTTACTGAAGCACCCATTGAC;SOR=1.367;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=56;TCF=17;TCR=39;TR=56;WE=99574532;WS=99574514;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr13	99575568	rs12428661	G	A	2955.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.710;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=326;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=41;PP=1357;ReadPosRankSum=-0.722;SC=CATCTTTGTCGACCTCCTCGT;SOR=0.678;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=202;TCF=111;TCR=91;TR=90;WE=99575576;WS=99575558;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:173,148:0.46:321
chr13	99575775	rs7989935	C	T	747.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.355;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=21;PP=427;ReadPosRankSum=1.008;SC=CATCTATGCCCTTGCTTTTCA;SOR=1.127;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=50;TCF=11;TCR=39;TR=25;WE=99575783;WS=99575765;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,33:0.52:64
chr13	99578219	rs12429249	C	T	1316.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=1.868;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.582;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=37;PP=799;ReadPosRankSum=-0.961;SC=AACAGAAAGACGTGATTTTTG;SOR=0.338;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=88;TCF=15;TCR=73;TR=46;WE=99578227;WS=99578209;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,58:0.56:104
chr13	99578265	rs7318788	T	C	1283.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=35;PP=1035;SC=GGCATACCCATAGAAACATCA;SOR=4.461;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=38;TCF=2;TCR=36;TR=37;WE=99578273;WS=99578255;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr13	99607581	rs9513518	T	A	281.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.768;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=1.906;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.27;ReadPosRankSum=-1.804;SOR=1.270;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,13:0.52:25
chr13	99607911	rs8002389	A	G	890.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-2.734;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.016;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=24;PP=504;ReadPosRankSum=-0.148;SC=CTACAATTAGAGTATGCTAGT;SOR=0.498;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=60;TCF=12;TCR=48;TR=30;WE=99607919;WS=99607901;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,40:0.53:75
chr13	99667961	rs7330438	G	A	1331.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.080;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.073;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=28;PP=631;ReadPosRankSum=0.929;SC=TACCATCTTCGTGACAAGCAG;SOR=0.270;SbPval=0.25;Source=Platypus;TC=71;TCF=20;TCR=51;TR=43;WE=99667969;WS=99667951;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,58:0.64:91
chr13	99667982	rs4772168	T	C	873.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-2.792;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=26;PP=457;ReadPosRankSum=1.664;SC=TCACCGGTACTGGAACAGAAG;SOR=0.576;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=48;TCF=6;TCR=42;TR=31;WE=99667990;WS=99667972;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,38:0.67:57
chr13	99738372	rs61970775	G	T	694.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=2.196;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=7;PP=362;ReadPosRankSum=1.158;SC=CAGCAGGGTCGGCCGCTCTGC;SOR=0.593;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=40;TCF=26;TCR=14;TR=20;WE=99738380;WS=99738362;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,30:0.61:49
chr13	99853225	rs7332516	C	G	4087.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.730;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=388;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.376;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=76;PP=2127;ReadPosRankSum=0.146;SC=CCTGGCTGCCCCCTACACGCC;SOR=0.731;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=254;TCF=116;TCR=138;TR=137;WE=99853233;WS=99853215;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:175,196:0.53:371
chr13	99853443	rs7338947	T	G	4352.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.722;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=57;PP=2083;ReadPosRankSum=-1.038;SC=CCCCAGGTGCTCTGCCCAGGA;SOR=0.729;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=111;TCF=54;TCR=57;TR=111;WE=99853451;WS=99853433;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,169:0.99:171
chr13	99890849	.	G	GT	216.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.617;ClippingRankSum=0.000;DP=157;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.72;ReadPosRankSum=0.266;SOR=0.770;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:97,29:0.23:126
chr13	99895965	rs4771326	G	A	234.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.515;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.711;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=0;PP=191;ReadPosRankSum=-0.133;SC=CCTTTGGTGTGTGCATTATGA;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=25;TCF=23;TCR=2;TR=11;WE=99895973;WS=99895955;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,11:0.38:29
chr13	99896662	.	C	CACACAT	654.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-0.027;ClippingRankSum=0.000;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.797;NF=13;NR=2;PP=842;ReadPosRankSum=0.464;SC=TATACACACACACACATACAT;SOR=0.346;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=44;TCF=37;TCR=7;TR=15;WE=99896670;WS=99896652;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,19:0.40:48
chr13	99907341	rs3742130	G	A	5598.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.573;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=540;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=88;NR=98;PP=2844;ReadPosRankSum=0.089;SC=GATTGTAACTGTTCTCCCCCG;SOR=0.656;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=362;TCF=169;TCR=193;TR=186;WE=99907349;WS=99907331;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:266,269:0.50:535
chr13	99948178	rs2230342	C	A	3299.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-4.016;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=287;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.440;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=65;PP=1820;ReadPosRankSum=0.979;SC=TATCAGAAATCACCAAATTTG;SOR=0.652;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=212;TCF=90;TCR=122;TR=110;WE=99948186;WS=99948168;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:127,151:0.54:278
chr13	99966516	.	CT	C	192.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.353;ClippingRankSum=0.000;DP=108;ExcessHet=3.0103;FS=3.913;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.20;MQRankSum=-1.236;QD=3.38;ReadPosRankSum=1.312;SOR=1.325;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,25:0.44:57
chr13	99970429	rs56695114	CT	C	2054.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=11;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=56;PP=1126;SC=TCTCACCATTCTTTTTTTTTG;SOR=1.931;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=69;TCF=3;TCR=66;TR=58;WE=99970437;WS=99970419;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr13	100181915	rs4772217	A	G	480.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=4;NR=12;PP=295;SC=TGCTTTGACTATATAAATTAC;SOR=1.863;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=4;TCR=12;TR=16;WE=100181923;WS=100181905;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr13	100201640	rs3803255	A	G	214.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=8;PP=203;SC=AACGTTTGCCAAATGATTACC;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=8;WE=100201648;WS=100201630;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr13	100515161	rs10648017	A	AGACTT	3111.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=27;NR=13;PP=2567;SC=CTCAGGTCAAAGACTTAAATA;SOR=2.235;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=45;TCF=31;TCR=14;TR=40;WE=100515169;WS=100515151;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr13	100518400	rs2390354	T	A	677.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=5;PP=472;SC=CCAGGGAGGTTTAGATATCTG;SOR=2.494;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=23;TCF=18;TCR=5;TR=23;WE=100518408;WS=100518396;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr13	100518580	rs3783185	A	G	3742.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=54;NR=43;PP=1816;SC=TCTCCAAGCCATAGATCTGGT;SOR=0.907;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=97;TCF=54;TCR=43;TR=97;WE=100518588;WS=100518570;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,142:1.00:142
chr13	100537221	rs912283	T	C	3960.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.537;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=407;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=48;PP=2962;ReadPosRankSum=1.151;SC=ACTTGTGTCCTTCTATTCAGG;SOR=0.683;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=250;TCF=144;TCR=106;TR=113;WE=100537240;WS=100537211;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:215,189:0.47:404
chr13	100537232	rs912284	T	C	4510.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=2.292;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=447;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=74;NR=52;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.195;SC=TCTATTCAGGTAGGTCGGTAT;SOR=0.717;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=268;TCF=156;TCR=112;TR=126;WE=100537240;WS=100537211;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:230,215:0.48:445
chr13	100537376	rs912285	G	A	1540.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.407;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.004;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=43;PP=984;ReadPosRankSum=-1.215;SC=GAGGCCTGGCGCCTCCCCACA;SOR=0.958;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=143;TCF=41;TCR=102;TR=58;WE=100537384;WS=100537366;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:100,71:0.42:171
chr13	100622667	rs71114653	TGGC	T	5421.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.465;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=407;ExcessHet=3.0103;FS=1.485;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.16;MQRankSum=2.291;QD=19.93;ReadPosRankSum=-1.186;SOR=0.594;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:125,147:0.54:272
chr13	100637102	rs9585308	T	C	677.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=4.772;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=2;PP=520;ReadPosRankSum=0.727;SC=CCCCCTCAGGTCCTTCTCCCT;SOR=0.693;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=47;TCF=44;TCR=3;TR=24;WE=100637110;WS=100637098;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,26:0.50:52
chr13	100638090	.	G	GTTT	836.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.114;ClippingRankSum=0.000;DP=88;ExcessHet=3.0103;FS=4.777;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.25;MQRankSum=1.101;QD=12.13;ReadPosRankSum=1.247;SOR=1.547;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,33:0.48:69
chr13	100638193	rs72656054	A	T	5097.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.471;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=507;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.477;HP=4;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=93;NR=65;PP=2448;ReadPosRankSum=1.378;SC=ATAAAAAAATAAAAACCCACA;SOR=0.528;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=326;TCF=202;TCR=124;TR=158;WE=100638201;WS=100638183;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:253,250:0.50:503
chr13	100638251	rs72656056	T	G	8254.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.016;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=841;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.521;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=118;NR=117;PP=2962;ReadPosRankSum=1.705;SC=CCACGTTCTTTCCCACCCTGT;SOR=0.604;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=487;TCF=254;TCR=233;TR=235;WE=100638259;WS=100638241;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:425,407:0.49:832
chr13	100764074	rs111778723	ATG	A	348.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-0.672;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=2;PP=119;ReadPosRankSum=1.316;SC=TTTCTAATGAATGTGTTTTTT;SOR=0.693;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=11;TCF=6;TCR=5;TR=4;WE=100764083;WS=100764064;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,11:0.50:22
chr13	100764183	rs147037340	ATTAT	A	739.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-1.151;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=5;PP=250;ReadPosRankSum=1.563;SC=TTACTCTGAAATTATTTATTA;SOR=0.580;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=24;TCF=10;TCR=14;TR=7;WE=100764194;WS=100764173;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,21:0.38:56
chr13	100807434	rs9585365	A	G	1376.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.540;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=2.450;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=22.21;ReadPosRankSum=2.010;SOR=1.132;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,37:0.60:62
chr13	100807450	rs9585366	C	T	1181.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-2.479;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.556;HP=1;HapScore=2;MGOF=27;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=27;PP=647;ReadPosRankSum=0.344;SC=ATTGAAAATGCTGTTGCAGTT;SOR=0.446;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=50;TCF=11;TCR=39;TR=35;WE=100807458;WS=100807440;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,30:0.70:43
chr13	100809645	rs35055557	G	A	715.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.629;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.826;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=15;PP=306;ReadPosRankSum=-1.730;SC=AGAAAGCAGTGTGGTAGCATG;SOR=0.440;SbPval=0.25;Source=Platypus;TC=56;TCF=17;TCR=39;TR=25;WE=100809653;WS=100809635;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,39:0.41:95
chr13	100888122	rs538229	A	G	3193.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.582;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=352;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.807;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=50;PP=1266;ReadPosRankSum=-0.917;SC=TCAGAATTGCAAGGGAAATTG;SOR=0.756;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=210;TCF=100;TCR=110;TR=93;WE=100888130;WS=100888112;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:183,166:0.48:349
chr13	100888234	rs539158	A	G	761.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.610;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=20;PP=335;ReadPosRankSum=1.501;SC=TAATACTTTAATAGTTTTAGA;SOR=0.639;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=81;TCF=27;TCR=54;TR=30;WE=100888242;WS=100888224;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,42:0.39:107
chr13	100921056	rs4306370	A	G	3956.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.686;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=61;PP=1753;ReadPosRankSum=2.388;SC=CCTAAGAAACATTTATAAAGC;SOR=1.071;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=96;TCF=35;TCR=61;TR=96;WE=100921064;WS=100921046;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,153:0.99:155
chr13	100945533	rs9300598	G	A	6303.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=246;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=63;NR=91;PP=2866;SC=TTGAAATTCTGTGAAGGCTAT;SOR=0.991;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=154;TCF=63;TCR=91;TR=154;WE=100945541;WS=100945523;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,242:1.00:242
chr13	100945603	rs8002928	A	G	812.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.053;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=22;PP=474;ReadPosRankSum=-2.241;SC=TTCCAGAAAGATTTTAGAAAT;SOR=0.699;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=72;TCF=23;TCR=49;TR=31;WE=100945620;WS=100945593;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,42:0.41:103
chr13	101020695	rs9518061	A	G	3088.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.634;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=21;PP=1692;ReadPosRankSum=1.893;SC=ATATAAAATTATTAACTCTTT;SOR=0.680;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=78;TCF=57;TCR=21;TR=78;WE=101020703;WS=101020685;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,114:0.99:115
chr13	101020926	rs10508043	T	A	803.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=3.398;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.379;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=25;PP=544;ReadPosRankSum=0.779;SC=CTTTTGAATTTGTAGTACCTC;SOR=1.508;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=60;TCF=10;TCR=50;TR=28;WE=101020934;WS=101020916;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,35:0.44:79
chr13	101143782	rs4772295	A	G	305.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=4;PP=160;ReadPosRankSum=0.760;SC=ATAAAAAGGAAAAGAATGGAA;SOR=0.498;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=19;TCF=12;TCR=7;TR=10;WE=101143790;WS=101143772;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,14:0.56:25
chr13	101144031	rs4772296	A	G	307.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.090;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=1.111;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.16;ReadPosRankSum=-0.032;SOR=0.876;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,18:0.36:50
chr13	101264633	rs1572641	C	T	1365.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.838;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=13;PP=684;ReadPosRankSum=1.937;SC=CAAGAACTCACAGCCTGCGGT;SOR=0.693;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=100;TCF=74;TCR=26;TR=48;WE=101264641;WS=101264623;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,61:0.50:122
chr13	101264908	.	TACACACAC	T	112.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.198;ClippingRankSum=0.000;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.52;ReadPosRankSum=1.001;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,5:0.33:15
chr13	101266751	rs370662314	TA	T	125.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.808;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.05;MQRankSum=0.000;QD=0.80;ReadPosRankSum=1.558;SOR=0.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:120,38:0.24:158
chr13	101286924	rs1890861	T	C	748.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=22;NR=2;PP=536;SC=AAACCATACATAACAAAGAAA;SOR=3.690;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=23;TCR=2;TR=24;WE=101286932;WS=101286914;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr13	101287365	rs946838	T	C	6505.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.032;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=259;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=130;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.140;SC=GGACACGCTCTGCGACCACGA;SOR=1.022;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=185;TCF=53;TCR=132;TR=182;WE=101287373;WS=101287355;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,247:0.99:250
chr13	101287404	rs2297943	G	A	3902.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.071;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=89;PP=2623;ReadPosRankSum=-0.850;SC=GGTTACTCGCGGGGAGAAATG;SOR=0.848;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=112;TCF=21;TCR=91;TR=110;WE=101287412;WS=101287394;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,132:0.99:134
chr13	101288688	rs9518119	G	C	610.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=15;NR=1;PP=400;SC=GTCCTTAGACGTGACTTCCAC;SOR=3.056;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=16;TCF=15;TCR=1;TR=16;WE=101288696;WS=101288684;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr13	101289969	rs3809372	C	T	8127.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.851;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=307;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=89;PP=2965;ReadPosRankSum=1.305;SC=GCAAGGACATCGCAAAGCCCC;SOR=0.833;Source=Platypus;TCF=89;WE=101289977;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,304:0.99:306
chr13	101289998	rs7985718	C	A	5771.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=67;NR=90;PP=2965;SC=CTGATTTTCACATAAAAGTGT;SOR=0.965;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=157;TCF=67;TCR=90;TR=157;WE=101290006;WS=101289988;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,205:1.00:205
chr13	101308836	rs11315434	AC	A	103	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=14;PP=566;SC=TCACTCTGCCACCCAGGCTGG;SOR=0.693;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=15;TCF=1;TCR=14;TR=15;WE=101308844;WS=101308826;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr13	101316313	rs1298168	C	T	1571.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=35;NR=12;PP=969;SC=GCCACGCTGGCCTTCTCTGCA;SOR=2.179;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=35;TCR=12;TR=47;WE=101316321;WS=101316303;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr13	101321067	rs2791680	T	C	1651.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=33;PP=748;SC=AAAACAACACTGTATAAATAT;SOR=1.839;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=8;TCR=33;TR=41;WE=101321075;WS=101321057;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr13	101712426	rs2274085	G	T	769.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=20;PP=576;SC=CCTGCATGACGGGTGACCTCT;SOR=2.670;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=23;TCF=3;TCR=20;TR=23;WE=101712434;WS=101712416;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr13	101717980	.	G	GA	56.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.446;ClippingRankSum=0.000;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.16;MQRankSum=1.955;QD=1.11;ReadPosRankSum=-0.011;SOR=0.593;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:40,11:0.22:51
chr13	101727043	.	CAG	C	663.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.047;ClippingRankSum=0.000;DP=334;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.714;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=48;PP=1039;ReadPosRankSum=0.222;SC=AGCGGGGAGACAGAGAGAGAG;SOR=0.598;SbPval=0.23;Source=Platypus;TC=173;TCF=8;TCR=165;TR=52;WE=101727054;WS=101727033;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:166,42:0.20:208
chr13	101727071	rs112963196	CAG	C	504.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.099;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.093;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.915;NF=4;NR=51;PP=1024;ReadPosRankSum=-1.571;SC=GAGACAGAGACAGAGAGAGAG;SOR=0.927;SbPval=0.07;Source=Platypus;TC=145;TCF=4;TCR=141;TR=55;WE=101727082;WS=101727061;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,29:0.25:115
chr13	101735026	rs12430032	T	A	1686.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=38;NR=13;PP=1120;SC=ACCGCTTAAGTAGGAAATATC;SOR=1.773;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=52;TCF=38;TCR=14;TR=51;WE=101735034;WS=101735016;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr13	101735211	rs17677552	G	A	7870.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.690;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=295;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=98;NR=79;PP=2965;ReadPosRankSum=1.988;SC=CCAAAGGTACGGTCACCGGGT;SOR=0.303;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=179;TCF=100;TCR=79;TR=177;WE=101735219;WS=101735201;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,287:1.00:288
chr13	101736075	rs686141	A	G	3795.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=63;NR=36;PP=1876;SC=GGCGAGGCGGAAGATGAAGAG;SOR=1.179;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=99;TCF=63;TCR=36;TR=99;WE=101736083;WS=101736065;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,143:1.00:143
chr13	101753023	rs113145864	C	CTG	4868.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=40;NR=23;PP=2930;SC=CCTTGACCTCCAGTTTCAAGT;SOR=1.981;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=66;TCF=42;TCR=24;TR=63;WE=101753033;WS=101753013;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr13	101753025	rs57703343	GT	G	4868.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=36;NR=23;PP=2424;SC=TTGACCTCCAGTTTCAAGTAA;SOR=2.115;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=68;TCF=39;TCR=29;TR=59;WE=101753033;WS=101753013;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr13	101755480	rs9300647	G	T	4515.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=84;NR=36;PP=2396;SC=TGCATTAGAGGTGGACTACTG;SOR=1.381;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=120;TCF=84;TCR=36;TR=120;WE=101755488;WS=101755470;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,167:1.00:167
chr13	101755813	rs7331375	C	A	545.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-1.549;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.645;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=17;PP=380;ReadPosRankSum=0.818;SC=TTGTACGTGCCATCTGTTAAC;SOR=1.236;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=36;TCF=5;TCR=31;TR=19;WE=101755821;WS=101755803;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,22:0.54:41
chr13	101763582	rs66537139	G	GA	1332.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.802;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.218;HP=9;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=34;PP=566;ReadPosRankSum=-0.249;SC=CAAGCTCTAGGAAAAAAAAAG;SOR=0.809;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=88;TCF=16;TCR=72;TR=41;WE=101763590;WS=101763572;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,79:0.47:169
chr13	101776954	rs41281140	G	A	1207.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.337;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.661;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=12;PP=450;ReadPosRankSum=0.217;SC=ATTAATTGGTGTTACCTTAAG;SOR=0.774;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=75;TCF=46;TCR=29;TR=34;WE=101776962;WS=101776944;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,61:0.48:126
chr13	101777045	rs9518313	A	G	1081.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.732;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=22;PP=469;ReadPosRankSum=0.494;SC=GAAAATGATAAGAGTATGACT;SOR=0.670;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=75;TCF=29;TCR=46;TR=36;WE=101777053;WS=101777035;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,57:0.47:122
chr13	101795160	rs660622	C	A	250.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.036;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.860;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=1;PP=122;ReadPosRankSum=1.666;SC=TATTCCGCACCTGAGAAAATG;SOR=1.432;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=15;TCF=11;TCR=4;TR=8;WE=101795168;WS=101795150;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,12:0.55:22
chr13	101795317	rs673213	A	C	1088.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.065;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.602;HP=8;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=16;PP=575;ReadPosRankSum=0.620;SC=AAATCATTTTATTTTCATTAT;SOR=0.475;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=69;TCF=42;TCR=27;TR=36;WE=101795325;WS=101795307;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,51:0.51:100
chr13	101795373	rs17484928	C	A	1786.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=-0.861;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.541;HP=6;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=22;PP=821;ReadPosRankSum=-0.757;SC=CTCTGCGGTTCTTTTCTCAAA;SOR=0.616;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=105;TCF=62;TCR=43;TR=53;WE=101795381;WS=101795363;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:99,88:0.47:187
chr13	101795422	rs661585	A	G	2152.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=0.174;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=253;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.465;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=29;PP=996;ReadPosRankSum=-0.064;SC=TCGAAACAGCAGATCTTACTT;SOR=0.634;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=134;TCF=77;TCR=57;TR=65;WE=101795430;WS=101795412;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:139,111:0.44:250
chr13	101833386	rs9582462	A	C	798.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=1.603;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=7;PP=544;ReadPosRankSum=1.025;SC=ATTTTGAAGCATTTAGACTTG;SOR=0.788;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=53;TCF=40;TCR=13;TR=30;WE=101833394;WS=101833376;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,34:0.58:59
chr13	101833450	rs896560	C	T	2109.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.890;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.608;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=23;PP=935;ReadPosRankSum=2.329;SC=CACTACTTATCGAAGATTGTG;SOR=0.630;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=102;TCF=63;TCR=39;TR=59;WE=101833458;WS=101833440;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,96:0.61:157
chr13	101833837	.	C	T	159.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=0.536;ClippingRankSum=-0.000;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.363;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=6;PP=100;ReadPosRankSum=-1.020;SC=GTGACTCATGCGTGTAATCCT;SOR=1.863;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=13;TCF=5;TCR=8;TR=8;WE=101833845;WS=101833827;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,8:0.57:14
chr13	101844246	rs5806198	G	GA	1430.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.657;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.967;HP=9;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=16;PP=700;ReadPosRankSum=-0.331;SC=AGATATAATTGAAAAAAAAAT;SOR=0.993;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=105;TCF=63;TCR=42;TR=46;WE=101844254;WS=101844236;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,84:0.48:174
chr13	101844479	rs979680	T	C	1845.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.283;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.295;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=41;PP=1066;ReadPosRankSum=2.083;SC=CATGTGATGTTTGAAGACTTT;SOR=0.553;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=112;TCF=35;TCR=77;TR=62;WE=101844487;WS=101844469;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,84:0.52:162
chr13	101881777	rs3916906	G	A	3102.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=2.132;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=340;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.401;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=37;PP=1555;ReadPosRankSum=1.294;SC=CCAGTTCTTCGACAAAGCAGA;SOR=0.727;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=225;TCF=137;TCR=88;TR=102;WE=101881785;WS=101881767;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:180,153:0.46:333
chr13	101882016	rs145537012	ATTATT	A	877.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.657;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=9.103;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=21.94;ReadPosRankSum=-0.648;SOR=0.048;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,23:0.57:40
chr13	101890040	rs9518352	A	G	138.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=3.062;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.136;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=0;PP=109;ReadPosRankSum=0.898;SC=TGTTAAAATAATGTGACAGGT;SOR=2.066;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=12;TCR=1;TR=6;WE=101890048;WS=101890030;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,6:0.40:15
chr13	101944752	rs570252	C	T	372.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-2.445;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.475;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=17;PP=253;ReadPosRankSum=-0.551;SC=TGAGTCACAGCTGACTTTTGA;SOR=1.044;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=63;TCF=8;TCR=55;TR=18;WE=101944760;WS=101944742;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,20:0.29:69
chr13	102021517	rs375564757	ATG	A	33.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.516;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.16;ReadPosRankSum=1.944;SOR=0.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,5:0.17:29
chr13	102106464	rs2297701	C	T	2393.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.397;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=264;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.459;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=50;PP=1128;ReadPosRankSum=0.620;SC=AAGAGGGCGGCGCTGTCTCCT;SOR=0.737;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=162;TCF=62;TCR=100;TR=81;WE=102106472;WS=102106454;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:138,120:0.47:258
chr13	102235764	rs370279713	TA	T	88.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.114;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=2.392;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=4.93;ReadPosRankSum=-0.517;SOR=2.030;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,9:0.50:18
chr13	102368056	rs1436266	G	T	4036.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=47;NR=76;PP=2353;SC=CATTAGAACAGATAAATGCGA;SOR=1.171;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=123;TCF=47;TCR=76;TR=123;WE=102368064;WS=102368046;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,150:1.00:150
chr13	103257064	rs35697719	CAT	C	363.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.302;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.291;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=1.449;NF=10;NR=2;PP=375;ReadPosRankSum=-0.718;SC=TATACACACACATATATATGT;SOR=1.445;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=23;TCF=21;TCR=2;TR=12;WE=103257073;WS=103257060;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,12:0.52:23
chr13	103271206	rs4576935	G	A	1926.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-0.893;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=30;PP=717;ReadPosRankSum=-0.743;SC=GGTAAACTTCGTGTATTTTAT;SOR=0.668;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=91;TCF=37;TCR=54;TR=51;WE=103271214;WS=103271196;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,94:0.56:169
chr13	103275386	rs2230854	T	C	3142.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-1.347;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=326;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.851;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=56;PP=1033;ReadPosRankSum=0.086;SC=TTGTGACCAGTGGAGGTATCC;SOR=0.760;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=179;TCF=66;TCR=113;TR=85;WE=103275394;WS=103275376;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:161,160:0.50:321
chr13	103275495	rs17507043	C	T	580.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=3.908;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=17;PP=352;ReadPosRankSum=-0.736;SC=AGCTAGAGATCGTAGCTAAAG;SOR=0.741;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=39;TCF=4;TCR=35;TR=19;WE=103275503;WS=103275485;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,24:0.51:47
chr13	103279589	rs16960258	C	G	339.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-3.593;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=12;PP=206;ReadPosRankSum=-0.345;SC=TTTATAAGTGCTCCTAGTTTA;SOR=0.527;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=32;TCF=3;TCR=29;TR=13;WE=103279597;WS=103279579;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,15:0.45:33
chr13	103280420	rs77254603	C	T	669.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-1.701;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=21;PP=437;ReadPosRankSum=-0.507;SC=GGACTTTCATCCTCTTGAAGT;SOR=0.628;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=51;TCF=9;TCR=42;TR=25;WE=103280428;WS=103280410;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,29:0.53:55
chr13	103282279	rs660832	A	C	592.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=4.190;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.223;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=3;PP=425;ReadPosRankSum=0.440;SC=AGTAAAATGTATGGTACATAG;SOR=1.685;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=45;TCF=37;TCR=8;TR=23;WE=103282287;WS=103282269;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,24:0.47:51
chr13	103282299	rs660811	C	G	756.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.854;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.962;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=5;PP=433;ReadPosRankSum=0.484;SC=GTAGACTTTCCTTGTTTCCTT;SOR=1.378;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=64;TCF=50;TCR=14;TR=31;WE=103282307;WS=103282289;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,38:0.47:81
chr13	103286280	rs2274461	T	A	1771.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-2.273;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=16;PP=719;ReadPosRankSum=0.360;SC=CTAAGCAAACTTCAATGGCTT;SOR=0.726;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=120;TCF=78;TCR=42;TR=50;WE=103286288;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:101,88:0.47:189
chr13	103286474	rs58545410	C	T	1948.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-2.056;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.680;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=42;PP=902;ReadPosRankSum=1.084;SC=ATTGTCCTTACATTATTGCAG;SOR=0.569;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=141;TCF=50;TCR=91;TR=68;WE=103286482;WS=103286464;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:117,101:0.46:218
chr13	103286573	rs60670583	C	T	419.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=3.350;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=16;PP=316;ReadPosRankSum=0.313;SC=TTTAAGGTAACGAATAACTTA;SOR=0.693;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=34;TCF=3;TCR=31;TR=18;WE=103286581;WS=103286563;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,18:0.50:36
chr13	103289338	rs2274463	C	T	422.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=3.273;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.439;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=2;PP=371;ReadPosRankSum=-0.888;SC=CCAACCAAACCAAGTCGCTAA;SOR=2.093;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=32;TCF=26;TCR=6;TR=18;WE=103289346;WS=103289328;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,17:0.57:30
chr13	103290535	rs613926	G	C	3677.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.405;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=373;ExcessHet=3.0103;FS=0.790;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.94;ReadPosRankSum=0.132;SOR=0.742;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:186,184:0.50:370
chr13	103290574	rs614290	G	A	5048.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.217;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=547;ExcessHet=3.0103;FS=0.524;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.33;ReadPosRankSum=1.988;SOR=0.756;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:279,262:0.48:541
chr13	103292580	rs41281652	T	C	550.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.873;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.133;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=6;PP=313;ReadPosRankSum=1.419;SC=TGTGGTCTTATAATAAATATA;SOR=0.321;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=35;TCF=26;TCR=9;TR=21;WE=103292588;WS=103292570;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,25:0.62:40
chr13	103292810	rs634293	G	A	1535.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.775;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.630;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=31;PP=696;ReadPosRankSum=0.007;SC=TTTATCTGTAGCATGTATTTC;SOR=0.625;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=97;TCF=33;TCR=64;TR=46;WE=103292818;WS=103292800;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,75:0.52:143
chr13	103292875	rs16960293	G	A	457.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-2.589;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.368;HP=5;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=16;PP=299;ReadPosRankSum=-1.399;SC=AGTTCAAAACGTTTTTAAGAT;SOR=0.049;SbPval=0.19;Source=Platypus;TC=38;TCF=3;TCR=35;TR=19;WE=103292883;WS=103292865;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,20:0.51:39
chr13	103295485	rs3831118	A	AT	1392.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=1.274;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.540;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=6;PP=1505;ReadPosRankSum=1.559;SC=CATGGGAATTATCCCTAAGTG;SOR=0.465;SbPval=0.21;Source=Platypus;TC=60;TCF=54;TCR=6;TR=39;WE=103295493;WS=103295475;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,44:0.62:71
chr13	103295551	rs144831383	CTTCT	C	4660.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=2.285;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=273;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.454;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.093;NF=19;NR=39;PP=2492;ReadPosRankSum=3.338;SC=TAAAGCTTTGCTTCTTTCTTT;SOR=0.733;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=130;TCF=55;TCR=75;TR=58;WE=103295562;WS=103295541;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:145,123:0.46:268
chr13	103296819	rs35462812	C	CAT	340.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.188;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=0;PP=169;ReadPosRankSum=-0.765;SC=AGTTTGAAAACAGAATTGCTC;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=13;TCR=3;TR=5;WE=103296827;WS=103296809;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,10:0.42:24
chr13	103297435	rs10713633	CT	C	3228.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.338;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=278;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=1.789;HP=12;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQ=60.43;MQRankSum=1.299;NF=8;NR=95;PP=1188;ReadPosRankSum=0.196;SC=AAAAAAGGGCCTTTTTTTTTT;SOR=0.520;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=140;TCF=9;TCR=131;TR=103;WE=103297445;WS=103297425;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:25,200:0.89:225
chr13	103301537	rs664660	G	T	2815.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=28;NR=43;PP=1418;SC=ACTGCCCATCGTATACACTGT;SOR=0.994;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=72;TCF=28;TCR=44;TR=71;WE=103301545;WS=103301527;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr13	103301619	rs3215841	G	GT	227.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.684;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.561;HP=2;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.485;NF=8;NR=8;PP=616;ReadPosRankSum=1.807;SC=TTTGGCTGAAGTATTTCTTCC;SOR=1.609;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=30;TCF=14;TCR=16;TR=16;WE=103301627;WS=103301609;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,10:0.33:30
chr13	103307218	rs673424	C	T	511.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-1.812;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=5;PP=251;ReadPosRankSum=-0.177;SC=TCAGATTTTGCGCTTACCTTG;SOR=0.723;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=30;TCF=22;TCR=8;TR=18;WE=103307226;WS=103307208;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,24:0.62:39
chr13	103307322	rs677248	A	G	3838.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=55;NR=33;PP=1895;SC=AGCCCAAGCAATAGACCTGTT;SOR=1.076;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=88;TCF=55;TCR=33;TR=88;WE=103307330;WS=103307312;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,139:1.00:139
chr13	103307360	rs677179	G	A	2139.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.503;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.575;HP=1;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=25;PP=1101;ReadPosRankSum=0.779;SC=TGTTTCACGTGAGGCCTTTGT;SOR=0.924;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=116;TCF=68;TCR=48;TR=66;WE=103307368;WS=103307350;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,104:0.56:186
chr13	103307483	rs672129	G	A	4268.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=30;NR=64;PP=1829;SC=ATGAGTCAGTGTGGAGATAGG;SOR=1.179;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=94;TCF=30;TCR=64;TR=94;WE=103307491;WS=103307473;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,163:1.00:163
chr13	103315948	rs9585959	G	C	889.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=22;NR=4;PP=644;SC=AAGACAAATAGTCTTTTTAAA;SOR=2.621;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=22;TCR=4;TR=26;WE=103315956;WS=103315938;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr13	103316113	rs7334625	G	A	1235.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.866;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.347;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=24;PP=638;ReadPosRankSum=1.971;SC=TGTTCATTCTGATATATCTTA;SOR=0.822;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=83;TCF=35;TCR=48;TR=40;WE=103316121;WS=103316103;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,62:0.45:137
chr13	103328579	rs665479	G	T	121.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=2.369;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5267;FS=4.260;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=0;PP=94;ReadPosRankSum=-0.135;SC=TTAATTTTATGGTTAAAGCTA;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=5;WE=103328587;WS=103328569;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,5:0.62:8
chr13	103328619	rs584710	C	A	239.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.267;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=1.768;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.90;ReadPosRankSum=1.309;SOR=1.445;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,12:0.55:22
chr13	103330718	rs3806	G	A	513.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=2.834;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.736;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=15;PP=362;ReadPosRankSum=1.746;SC=TAGTGAATGGGTATAAAAACA;SOR=1.301;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=36;TCF=12;TCR=24;TR=21;WE=103330726;WS=103330708;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,23:0.52:44
chr13	103339365	rs660207	A	G	5555.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.447;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=550;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.093;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=87;NR=65;PP=2243;ReadPosRankSum=0.140;SC=TGGAAATTCAATTCCTCGGCA;SOR=0.779;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=344;TCF=190;TCR=154;TR=152;WE=103339373;WS=103339355;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:273,270:0.50:543
chr13	103346659	rs7981120	G	A	1932.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=32;NR=21;PP=958;SC=TTTACTTGAAGATGTCATCGC;SOR=1.061;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=54;TCF=32;TCR=22;TR=53;WE=103346667;WS=103346649;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
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chr13	103386116	rs7982465	C	G	9500.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=370;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=139;NR=118;PP=2965;SC=TTCTTCTGACCTGACTCGTGA;SOR=0.815;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=259;TCF=140;TCR=119;TR=257;WE=103386124;WS=103386106;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,363:1.00:363
chr13	103386283	rs7982670	A	G	9503.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=358;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=107;NR=135;PP=2965;SC=TTGAGGGTACATGGAGAGTTC;SOR=0.888;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=242;TCF=107;TCR=135;TR=242;WE=103386291;WS=103386273;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,356:1.00:356
chr13	103388220	rs9300758	A	G	6216.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=70;NR=86;PP=2965;SC=AATGAAGCAGATTTCCTCGGA;SOR=0.921;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=156;TCF=70;TCR=86;TR=156;WE=103388228;WS=103388210;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,221:1.00:221
chr13	103391634	rs7322112	C	T	5448.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=68;NR=63;PP=2786;SC=AGGCCCATTACATCTTTCACA;SOR=0.765;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=131;TCF=68;TCR=63;TR=131;WE=103391642;WS=103391624;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,199:1.00:199
chr13	103394003	rs1449707	G	A	11069.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.788;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=428;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=144;NR=149;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.958;SC=CTCCTGGCAAGTCTTCTGTTG;SOR=0.708;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=294;TCF=144;TCR=150;TR=293;WE=103394011;WS=103393993;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,417:1.00:419
chr13	103394613	rs9585986	T	G	8283.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.744;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=315;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=79;NR=114;PP=2965;ReadPosRankSum=1.305;SC=TGGGAAACTGTTATTCTTTTT;SOR=0.371;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=194;TCF=79;TCR=115;TR=193;WE=103394621;WS=103394603;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,307:1.00:308
chr13	103394716	rs9585987	T	C	4948.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=68;NR=68;PP=2326;SC=GAGAAATAGATGTGTAGGGAT;SOR=0.714;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=137;TCF=68;TCR=69;TR=136;WE=103394724;WS=103394706;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,192:1.00:192
chr13	103395819	rs1375720	C	T	4723.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=42;NR=91;PP=2965;SC=GTAAACTGCCCACTGATTTTA;SOR=1.624;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=133;TCF=42;TCR=91;TR=133;WE=103395827;WS=103395809;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,164:1.00:164
chr13	103396716	rs6491708	C	G	3787.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-0.462;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=49;PP=2294;ReadPosRankSum=-0.638;SC=GCAGTTTTCTCAGAAATAGAA;SOR=0.229;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=108;TCF=57;TCR=51;TR=104;WE=103396724;WS=103396706;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,135:0.99:136
chr13	103397583	rs9582626	C	G	8290.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.302;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=307;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.584;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=89;NR=124;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.626;SC=TTTAACAATGCCTCCTGTTTC;SOR=0.649;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=214;TCF=90;TCR=124;TR=213;WE=103397591;WS=103397573;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,298:1.00:299
chr13	103400083	rs1026158	G	A	17089.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-2.140;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=658;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=215;NR=203;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.173;SC=GTCTATCTGTGCTTTGCTTCA;SOR=0.293;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=423;TCF=216;TCR=207;TR=418;WE=103400091;WS=103400073;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,646:1.00:647
chr13	103400729	rs12583104	G	A	8074.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=312;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=121;NR=80;PP=2965;SC=TTTGCTTCCTGGGGAAATGAG;SOR=1.044;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=201;TCF=121;TCR=80;TR=201;WE=103400737;WS=103400719;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,302:1.00:302
chr13	103402522	rs9300760	C	T	11267.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=430;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=147;NR=112;PP=2965;SC=GGCTTAGACACGTTTCCTCTA;SOR=0.869;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=259;TCF=147;TCR=112;TR=259;WE=103402530;WS=103402512;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,418:1.00:418
chr13	103402772	rs9284197	T	C	719.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=21;PP=590;SC=CAAATGAATATTAGAATATAT;SOR=6.273;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=0;TCR=21;TR=21;WE=103402780;WS=103402762;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr13	103410782	rs1375719	T	C	1692.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=25;NR=15;PP=788;SC=GATGAATTAATAACTGACCAA;SOR=1.000;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=25;TCR=15;TR=40;WE=103410790;WS=103410772;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr13	103410914	rs12855785	A	T	2815.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=46;NR=32;PP=1698;SC=CTTTTGGGGCAACTGTCTTCC;SOR=1.007;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=79;TCF=46;TCR=33;TR=78;WE=103410922;WS=103410904;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr13	103419888	rs41281666	G	T	314.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-1.166;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=17.421;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=5;PP=205;ReadPosRankSum=1.044;SC=AAGTAGCAGTGATGGTGTGGC;SOR=0.524;SbPval=0.07;Source=Platypus;TC=29;TCF=10;TCR=19;TR=13;WE=103419896;WS=103419878;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,14:0.45:31
chr13	103445609	rs11441956	G	GT	2083.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=16;NR=9;PP=1149;SC=CCCTGATAGTGTATAATTTGT;SOR=1.453;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=26;TCF=17;TCR=9;TR=25;WE=103445617;WS=103445599;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr13	103468958	rs7320687	G	A	436.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-1.879;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.739;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=10;PP=214;ReadPosRankSum=0.300;SC=ATATATGTTGGCAATAACGTA;SOR=0.316;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=25;TCF=8;TCR=17;TR=16;WE=103468966;WS=103468948;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,19:0.68:28
chr13	103474031	rs2148449	C	T	3507.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=68;NR=19;PP=1737;SC=AACATTGAGACAGGCTGTATT;SOR=1.779;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=88;TCF=68;TCR=20;TR=87;WE=103474039;WS=103474021;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chr13	103484060	rs2181676	G	A	5240.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=55;NR=104;PP=2965;SC=AAGCATTGACGTGTTTTAGAA;SOR=1.420;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=159;TCF=55;TCR=104;TR=159;WE=103484068;WS=103484050;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,192:1.00:192
chr13	103484107	rs3825519	C	T	876.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=0.618;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.437;HP=3;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=26;PP=511;ReadPosRankSum=-0.029;SC=TAGATGGGTGCGGTAGCTCAC;SOR=0.332;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=75;TCF=15;TCR=60;TR=35;WE=103484115;WS=103484097;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,42:0.48:88
chr13	103491172	rs2281886	G	A	1347.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-0.956;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=38;PP=808;ReadPosRankSum=1.604;SC=TAGGTTGCAAGTAACAGAAAC;SOR=0.641;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=114;TCF=37;TCR=77;TR=58;WE=103491180;WS=103491162;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,66:0.47:140
chr13	103491223	rs7337774	C	G	1621.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=7;NR=47;PP=1333;SC=TAAGGACACACGGCTGTCTTT;SOR=3.528;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=54;TCF=7;TCR=47;TR=54;WE=103491231;WS=103491213;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr13	103491876	rs4771435	A	G	979.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=2.099;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.923;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=11;PP=629;ReadPosRankSum=1.516;SC=AATTAGTACAATTAATTTCCC;SOR=0.523;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=66;TCF=48;TCR=18;TR=35;WE=103491884;WS=103491866;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,41:0.51:81
chr13	103501438	rs41281672	A	G	2869.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=2.016;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=239;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=68;NR=25;PP=1623;ReadPosRankSum=0.196;SC=ATTTAATCCTATGTAATAGTG;SOR=0.679;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=179;TCF=131;TCR=48;TR=93;WE=103501446;WS=103501428;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:103,124:0.55:227
chr13	103504517	rs1047768	T	C	9843.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.679;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=389;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=129;NR=105;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.173;SC=GGGATCGCCATGGGAACTCAA;SOR=0.444;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=237;TCF=131;TCR=106;TR=234;WE=103504525;WS=103504507;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,384:0.99:387
chr13	103506509	rs1535729	A	C	1329.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=38;NR=2;PP=996;SC=AGCCCCGCCAAGGTTCCTTCC;SOR=4.223;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=40;TCF=38;TCR=2;TR=40;WE=103506517;WS=103506499;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr13	103510896	rs3736865	C	T	1383.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=37;PP=1020;SC=AGCATTTCTACATCTCAGATT;SOR=3.564;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=42;TCF=5;TCR=37;TR=42;WE=103510904;WS=103510886;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr13	103511301	rs4150299	T	C	10660.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=416;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=125;NR=118;PP=2965;SC=TGCCATTGGCTCTCCACATTC;SOR=0.723;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=244;TCF=126;TCR=118;TR=243;WE=103511309;WS=103511291;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,406:1.00:406
chr13	103514091	rs7982448	T	C	2596.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=28.54;SOR=1.191;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr13	103518769	rs6491716	T	C	2065.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=15;NR=45;PP=1442;SC=TACCACCTTCTTCAGACCCCT;SOR=1.931;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=60;TCF=15;TCR=45;TR=60;WE=103518777;WS=103518759;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr13	103524762	rs4150360	C	T	3917.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-1.952;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=79;PP=2381;ReadPosRankSum=1.084;SC=TCCTTTGCTTCTTAAAAGAGA;SOR=0.588;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=119;TCF=39;TCR=80;TR=117;WE=103524770;WS=103524752;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,143:0.99:144
chr13	103527849	rs9514066	G	C	9378.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=364;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=102;NR=144;PP=2965;SC=TAAGGCAAAAGGAAAAACCCA;SOR=0.935;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=246;TCF=102;TCR=144;TR=246;WE=103527858;WS=103527839;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,357:1.00:357
chr13	103527930	rs9514067	G	C	6999.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=270;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=84;NR=92;PP=2965;SC=AGATTCTAAAGGAAAGAATAC;SOR=0.771;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=177;TCF=85;TCR=92;TR=176;WE=103527938;WS=103527920;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,264:1.00:264
chr13	103698363	rs2301157	A	G	2272.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=2.270;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=5.903;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=8;PP=1773;ReadPosRankSum=-0.186;SC=ATGAATTCCAATGAAATTCCA;SOR=3.706;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=70;TCF=61;TCR=9;TR=68;WE=103698371;WS=103698353;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,71:0.97:73
chr13	103698630	rs279940	C	T	5942.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=48;NR=118;PP=2965;SC=AATACACAGACAGTTAAGTAA;SOR=1.475;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=167;TCF=48;TCR=119;TR=166;WE=103698638;WS=103698620;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,222:1.00:222
chr13	103703579	rs8000956	T	C	4448.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=78;NR=40;PP=2412;SC=AGATTAAAATTCCCAATGTGA;SOR=1.264;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=118;TCF=78;TCR=40;TR=118;WE=103703587;WS=103703569;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,164:1.00:164
chr13	103705044	rs188096	A	C	14125.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.548;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=543;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=161;NR=167;PP=2965;ReadPosRankSum=1.314;SC=ACAACGAGAGAAACCAGAGAT;SOR=0.383;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=329;TCF=161;TCR=168;TR=328;WE=103705052;WS=103705034;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,537:0.99:540
chr13	106119446	rs2391191	G	A	983.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.183;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.765;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=18;PP=415;ReadPosRankSum=1.547;SC=GGTTTTCAAAGGAGCATTCTT;SOR=0.803;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=63;TCF=28;TCR=35;TR=32;WE=106119454;WS=106119436;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,50:0.53:95
chr13	106142235	rs778294	C	T	1327.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=2.576;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=16;PP=744;ReadPosRankSum=-0.364;SC=CAACTGAGACCGGATCTCCTT;SOR=0.682;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=90;TCF=57;TCR=33;TR=41;WE=106142243;WS=106142225;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,60:0.46:130
chr13	107145463	rs7995379	G	C	8970.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=328;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=138;NR=87;PP=2965;SC=GCCCGTAGTCGCCGCTGACCT;SOR=1.099;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=226;TCF=138;TCR=88;TR=225;WE=107145471;WS=107145453;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,324:1.00:324
chr13	107145829	rs3742160	A	T	1573.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-2.749;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.320;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=39;PP=848;ReadPosRankSum=0.873;SC=GTCCCAGTGCAGACGGACTGC;SOR=0.456;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=107;TCF=27;TCR=80;TR=52;WE=107145837;WS=107145819;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,73:0.52:140
chr13	107145904	rs3742159	C	T	251.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.307;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.058;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=12;PP=233;ReadPosRankSum=-0.940;SC=CTGGACTTTGCCTCGCCAATA;SOR=2.546;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=26;TCF=4;TCR=22;TR=12;WE=107145912;WS=107145894;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,11:0.41:27
chr13	107219871	.	CCG	C	1655.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.301;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.606;NF=20;NR=22;PP=1808;ReadPosRankSum=-2.045;SC=CGCCCTCGCCCCGCGCCCTGC;SOR=0.815;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=87;TCF=44;TCR=43;TR=42;WE=107219880;WS=107219861;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,47:0.44:106
chr13	108183631	rs912446	A	G	203.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.347;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.17;ReadPosRankSum=1.352;SOR=0.486;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,13:0.39:33
chr13	108861913	rs1805386	A	G	6437.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.572;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=603;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=89;NR=108;PP=2962;ReadPosRankSum=0.528;SC=TTTTATACATATCACTGGGTA;SOR=0.710;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=387;TCF=177;TCR=210;TR=197;WE=108861921;WS=108861903;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:291,300:0.51:591
chr13	108863591	rs1805388	G	A	810.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-1.248;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.878;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=16;PP=368;ReadPosRankSum=0.775;SC=AGATGCAACAGTTTGTGAAGT;SOR=0.518;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=52;TCF=19;TCR=33;TR=26;WE=108863599;WS=108863581;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,41:0.53:77
chr13	108863609	rs1805389	G	A	805.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-2.360;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.144;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=16;PP=332;ReadPosRankSum=-2.334;SC=AGTTTGTGAGGCAGCCATCAA;SOR=0.440;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=48;TCF=16;TCR=32;TR=24;WE=108863617;WS=108863599;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,39:0.59:66
chr13	108955464	rs1224145	C	G	518.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.94;SOR=3.056;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr13	108959080	rs11381410	A	AT	826.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.867;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.23;ReadPosRankSum=0.033;SOR=1.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:3,40:0.93:43
chr13	109282302	rs9284241	T	G	937.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-2.685;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.353;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=29;PP=628;ReadPosRankSum=-1.838;SC=ATTAAGGCAGTTCTCCTGGTA;SOR=0.421;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=65;TCF=16;TCR=49;TR=39;WE=109282310;WS=109282292;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,41:0.58:71
chr13	109311651	rs9587650	A	G	474.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=2.260;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=4;PP=300;ReadPosRankSum=-0.330;SC=ATCATATTATATACATATATA;SOR=0.859;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=40;TCF=31;TCR=9;TR=18;WE=109311659;WS=109311641;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,21:0.49:43
chr13	109458889	rs9514920	A	G	87.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.589;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.762;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=0;PP=59;ReadPosRankSum=1.119;SC=ATAAAATTGCATGTATGTTCT;SOR=1.536;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=15;TCR=1;TR=6;WE=109458897;WS=109458880;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,6:0.33:18
chr13	109459020	rs9301323	G	A	3872.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-1.134;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=46;PP=1933;ReadPosRankSum=1.671;SC=ATGTCTCTTCGCTGCAGTTAC;SOR=0.323;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=112;TCF=65;TCR=47;TR=110;WE=109459028;WS=109459010;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,150:0.99:151
chr13	109472601	rs2146327	G	C	2123.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=44;NR=16;PP=1148;SC=CCGGCTGTTAGTTGGACAGCA;SOR=1.802;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=61;TCF=44;TCR=17;TR=60;WE=109472609;WS=109472591;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr13	109472849	rs9521065	A	G	2863.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=22;NR=49;PP=1612;SC=CACAGCTACAAAGTGAGAGCT;SOR=1.413;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=72;TCF=23;TCR=49;TR=71;WE=109472857;WS=109472839;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr13	109472886	rs7994148	A	G	693.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=3.200;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.725;HP=2;HapScore=2;MGOF=29;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=21;PP=476;ReadPosRankSum=-0.544;SC=CTGTGTAACAACCAGCCCAGT;SOR=1.343;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=53;TCF=12;TCR=41;TR=25;WE=109472894;WS=109472876;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,31:0.45:69
chr13	109472933	rs9514924	T	C	313.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=2.181;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=31;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=11;PP=242;ReadPosRankSum=-0.839;SC=TACGATGATATAGGCGATGTG;SOR=0.784;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=22;TCF=3;TCR=19;TR=13;WE=109472941;WS=109472923;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,13:0.52:25
chr13	109496601	rs7989143	C	T	511.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=2.329;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.566;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=4;PP=400;ReadPosRankSum=0.403;SC=ATAAAACCACCGTCATAGTCC;SOR=1.467;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=50;TCF=38;TCR=12;TR=23;WE=109496609;WS=109496591;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,24:0.44:55
chr13	109496928	rs7989802	C	T	1618.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.756;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=42;PP=921;ReadPosRankSum=0.020;SC=AAAACAAATGCGCACTAATTT;SOR=0.632;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=105;TCF=26;TCR=79;TR=56;WE=109496936;WS=109496918;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,72:0.56:129
chr13	109508011	rs423376	A	C	1358.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-2.011;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=39;PP=692;ReadPosRankSum=-1.217;SC=AGCTTCTGGTAGTGGTGATAG;SOR=0.686;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=81;TCF=19;TCR=62;TR=52;WE=109508019;WS=109508001;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,65:0.64:102
chr13	109518578	rs9559428	T	C	1530.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.561;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.062;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=24;PP=605;ReadPosRankSum=-0.425;SC=AGCTTCCAATTTATTCTTCCA;SOR=0.423;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=90;TCF=35;TCR=55;TR=42;WE=109518586;WS=109518568;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,74:0.53:140
chr13	109518676	rs112184150	C	CAGTA	513.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-1.978;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.486;HP=9;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=11;PP=534;ReadPosRankSum=0.309;SC=CTAAAAAAAACAGGCAAACTT;SOR=0.052;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=27;TCF=0;TCR=27;TR=11;WE=109518684;WS=109518666;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,14:0.54:26
chr13	109535317	rs196141	A	G	591.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=2.237;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.722;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=3;PP=393;ReadPosRankSum=0.021;SC=TCACTTCTGTATCTTGGACAG;SOR=0.160;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=31;TCF=28;TCR=3;TR=20;WE=109535325;WS=109535315;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,22:0.67:33
chr13	109538659	rs148087685	TA	T	1752.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.795;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.376;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQ=60.08;MQRankSum=1.148;NF=12;NR=13;PP=763;ReadPosRankSum=0.325;SC=TTTTTAAAGTTAATGATTCCC;SOR=0.829;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=69;TCF=30;TCR=39;TR=25;WE=109538667;WS=109538649;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,60:0.44:137
chr13	109538698	rs196136	C	T	1940.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.952;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.494;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.089;NF=32;NR=29;PP=744;ReadPosRankSum=-0.677;SC=TGAAAAAATACCTCTTCATTC;SOR=0.629;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=144;TCF=78;TCR=66;TR=61;WE=109538706;WS=109538688;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:119,102:0.46:221
chr13	109540969	rs7139741	G	T	321.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=1.606;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=10;PP=188;ReadPosRankSum=-1.440;SC=TTGAGCTTGGGTTCAAATAAA;SOR=0.874;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=22;TCF=3;TCR=19;TR=11;WE=109540977;WS=109540959;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,14:0.54:26
chr13	109550246	rs1337935	A	G	1135.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=4.960;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.807;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=3;PP=867;ReadPosRankSum=-1.459;SC=ATAGCATTCTATGAGCAGGAT;SOR=1.453;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=57;TCF=53;TCR=4;TR=38;WE=109550254;WS=109550236;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,40:0.63:63
chr13	109550561	rs7322768	A	G	1962.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.677;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=52;PP=1233;ReadPosRankSum=-1.685;SC=CGCTATGGACACACTGTGTAT;SOR=0.662;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=164;TCF=51;TCR=113;TR=77;WE=109550569;WS=109550551;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:115,92:0.44:207
chr13	109614061	.	T	G	1215.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=1.880;ClippingRankSum=0.000;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.613;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=30;PP=723;ReadPosRankSum=2.700;SC=TTTGTAGATCTACCAGTAGAT;SOR=0.752;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=110;TCF=40;TCR=70;TR=46;WE=109614069;WS=109614051;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:93,61:0.40:154
chr13	109617271	rs11843242	G	A	1887.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.726;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.145;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=59;PP=1327;ReadPosRankSum=-0.029;SC=ATGGATGTTCGGTTCTGTTGT;SOR=1.076;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=161;TCF=31;TCR=130;TR=73;WE=109617279;WS=109617261;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:91,84:0.48:175
chr13	109661359	rs3825491	C	G	9945.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=370;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=96;NR=127;PP=2965;SC=AGCATATTCTCCTGGTAACCA;SOR=0.894;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=225;TCF=96;TCR=129;TR=223;WE=109661367;WS=109661349;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,368:1.00:368
chr13	109680620	rs10574005	GTATAA	G	232.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=38.80;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr13	109717874	.	G	GA	219.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.577;ClippingRankSum=0.000;DP=190;ExcessHet=3.0103;FS=1.605;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.11;MQRankSum=2.447;QD=1.26;ReadPosRankSum=1.156;SOR=0.526;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:138,36:0.21:174
chr13	109717928	rs1431267	A	G	4213.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.414;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=481;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.108;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.098;NF=81;NR=52;PP=1709;ReadPosRankSum=-0.448;SC=AAGTCCCTACAGGAGATGTTT;SOR=0.830;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=298;TCF=177;TCR=121;TR=133;WE=109717936;WS=109717918;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:254,222:0.47:476
chr13	109793474	rs28705148	T	C	16615.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=625;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=178;NR=152;PP=2965;SC=CGCCCAAGGTTCACCCAAAGC;SOR=0.819;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=330;TCF=178;TCR=152;TR=330;WE=109793482;WS=109793464;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,623:1.00:623
chr13	109793720	rs7986595	A	C	13444.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=526;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=147;NR=156;PP=2965;SC=TCAGGGAAGCAGAAGGTAAGC;SOR=0.728;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=306;TCF=148;TCR=158;TR=303;WE=109793728;WS=109793710;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,523:1.00:523
chr13	109832084	rs1033870	G	A	1552.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=5.054;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.147;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=45;PP=1063;ReadPosRankSum=1.064;SC=TGGACTGGAGGGCTCAGCTGT;SOR=1.038;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=150;TCF=35;TCR=115;TR=57;WE=109832092;WS=109832074;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:110,68:0.38:178
chr13	109858890	rs11430851	A	AT	2204.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.804;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=15;PP=1018;ReadPosRankSum=-0.280;SC=AGGTGTTGCTATCACACTTCA;SOR=0.655;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=49;TCF=24;TCR=25;TR=27;WE=109858898;WS=109858880;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,68:0.63:108
chr13	110408608	rs1865434	C	T	1815.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.925;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.882;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=21;PP=867;ReadPosRankSum=0.349;SC=TTTAATGATACTCTCTGACAT;SOR=0.863;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=99;TCF=57;TCR=42;TR=54;WE=110408616;WS=110408598;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,87:0.50:173
chr13	110435914	rs12853546	G	A	1788.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.129;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.388;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=22;PP=826;ReadPosRankSum=-0.096;SC=TGCGCCCCACGGGGGAGCTCA;SOR=0.895;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=144;TCF=83;TCR=61;TR=59;WE=110435922;WS=110435904;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:117,94:0.45:211
chr13	110804809	rs650724	G	A	2129.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.531;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.508;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=48;PP=1243;ReadPosRankSum=-0.303;SC=AGGAGCCGGGGGACGCCAGGG;SOR=0.752;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=151;TCF=54;TCR=97;TR=73;WE=110804817;WS=110804799;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:116,102:0.47:218
chr13	110807474	rs615742	T	C	2969.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=59;NR=19;PP=1730;SC=GGCCAGGCTTTGAGGCATGCT;SOR=1.879;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=78;TCF=59;TCR=19;TR=78;WE=110807482;WS=110807464;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr13	110807496	rs616089	T	C	4063.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=69;NR=36;PP=1896;SC=TGGAAGGGGATGGTTGGAGGA;SOR=1.345;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=105;TCF=69;TCR=36;TR=105;WE=110807504;WS=110807486;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,151:1.00:151
chr13	110815673	rs2298240	C	G	529.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=2.265;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.045;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=6;PP=287;ReadPosRankSum=0.826;SC=TCTATTTCTTCTAAGAAACAG;SOR=1.018;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=55;TCF=36;TCR=19;TR=20;WE=110815681;WS=110815663;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,27:0.36:76
chr13	110819457	rs652572	A	G	2323.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.56;SOR=1.848;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr13	110819460	rs1778817	G	A	2323.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.84;SOR=1.938;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr13	110819586	rs589985	G	A	6890.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=273;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=82;NR=69;PP=2704;SC=CCCTAGACACGCAAAGAGGAG;SOR=0.795;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=152;TCF=82;TCR=70;TR=151;WE=110819594;WS=110819576;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,267:1.00:267
chr13	110821834	rs1838557	G	A	352.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.330;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.82;ReadPosRankSum=0.565;SOR=0.593;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,13:0.32:40
chr13	110821844	rs3832901	A	AACAC,AACACAC	1488.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.119;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=33.08;ReadPosRankSum=0.452;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:5,20,20:0.44,0.44:45
chr13	110824974	rs2289799	C	G	1085.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=0.490;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=7;PP=763;ReadPosRankSum=0.243;SC=GGCCAACAGGCATGGGGCTTC;SOR=0.826;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=59;TCF=47;TCR=12;TR=38;WE=110824982;WS=110824964;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,42:0.62:68
chr13	110827574	rs874203	T	A	2683.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.288;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.64;ReadPosRankSum=-0.197;SOR=0.668;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:74,70:0.49:144
chr13	110827580	rs874204	C	T	2756.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.001;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.31;ReadPosRankSum=0.478;SOR=0.737;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:90,79:0.47:169
chr13	110828891	rs1975514	T	C	3538.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.731;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=351;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.767;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=33;PP=1705;ReadPosRankSum=-0.762;SC=GTCTGACAGGTTGACATCTAC;SOR=1.071;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=225;TCF=132;TCR=93;TR=99;WE=110828899;WS=110828881;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:185,165:0.47:350
chr13	110828922	rs1562173	G	A	3434.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.975;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=357;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.054;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=41;PP=1818;ReadPosRankSum=1.544;SC=GGGGAACACAGGCCTCATCCT;SOR=0.897;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=236;TCF=134;TCR=102;TR=106;WE=110828930;WS=110828912;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:190,164:0.46:354
chr13	110831451	rs503053	T	C	98.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=0.663;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.643;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=4;PP=37;ReadPosRankSum=-0.551;SC=AGGAGACCCATGCACACGAAT;SOR=1.132;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=25;TCF=13;TCR=12;TR=7;WE=110831459;WS=110831441;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,8:0.26:31
chr13	110831837	rs2131939	G	A	2183.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.125;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=265;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=50;PP=1011;ReadPosRankSum=-1.563;SC=AACCAATAGCGTAAGTGAAGA;SOR=0.725;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=176;TCF=53;TCR=123;TR=71;WE=110831845;WS=110831827;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:147,112:0.43:259
chr13	110833564	rs16975491	C	T	648.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.671;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=8;PP=393;ReadPosRankSum=-1.502;SC=GGGACGTTCACAACCTGCATT;SOR=0.711;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=52;TCF=39;TCR=13;TR=27;WE=110833572;WS=110833554;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,33:0.41:80
chr13	110833702	rs16975492	C	T	1287.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.707;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FS=2.346;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.73;ReadPosRankSum=-0.269;SOR=0.968;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:57,63:0.52:120
chr13	110835460	rs72654112	C	T	2878.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.293;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=323;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=41;PP=1470;ReadPosRankSum=1.712;SC=GTGAGAAAGACCAACAGTCAG;SOR=0.668;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=202;TCF=116;TCR=86;TR=94;WE=110835468;WS=110835450;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:177,141:0.44:318
chr13	110838703	rs2305080	T	C	222.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.168;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=1;PP=155;ReadPosRankSum=-0.620;SC=TACAACTTCATGCTGCATCAC;SOR=1.061;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=28;TCF=25;TCR=3;TR=10;WE=110838711;WS=110838693;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,11:0.32:34
chr13	110839428	rs9521638	A	G	1589.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.625;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=16;PP=780;ReadPosRankSum=-1.177;SC=CTCATTTCTCAATGCTTTGCA;SOR=0.657;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=79;TCF=54;TCR=25;TR=50;WE=110839436;WS=110839418;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,75:0.65:115
chr13	110839550	rs536174	T	G	4366.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=51;NR=59;PP=2152;SC=GCTCTCCCTGTCATGCCGGGC;SOR=0.794;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=110;TCF=51;TCR=59;TR=110;WE=110839558;WS=110839540;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,164:1.00:164
chr13	110843985	rs1373744	T	C	3011.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=43;NR=31;PP=1501;SC=ATTTATGGATTTGAAAAAGCA;SOR=0.927;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=74;TCF=43;TCR=31;TR=74;WE=110843993;WS=110843975;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr13	110844188	rs7330851	G	A	194.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.483;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=5;PP=92;ReadPosRankSum=0.732;SC=ACAGAAAGACGGCACTTCGGC;SOR=0.656;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=31;TCF=12;TCR=19;TR=8;WE=110844196;WS=110844178;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,12:0.29:41
chr13	110844721	rs2241967	C	T	1482.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-3.665;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.239;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=25;PP=508;ReadPosRankSum=-0.469;SC=GCATAAAAATCTGTATAGGAA;SOR=0.317;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=71;TCF=18;TCR=53;TR=35;WE=110844729;WS=110844711;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,69:0.62:111
chr13	110845060	rs9521642	G	A	84.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-1.834;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=0;PP=80;ReadPosRankSum=-0.431;SC=TTCTGATTATGCTTTAGGATT;SOR=1.329;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=7;TCR=0;TR=5;WE=110845068;WS=110845055;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,4:0.67:6
chr13	110845314	rs685884	G	A	1723.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.565;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=34;PP=819;ReadPosRankSum=0.862;SC=AGAAGTCTCCGCAGTGCACTG;SOR=0.694;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=118;TCF=49;TCR=69;TR=57;WE=110845322;WS=110845304;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:95,86:0.48:181
chr13	110847227	rs505050	G	T	1190.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=39.69;SOR=2.985;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr13	110850770	rs683309	T	C	521.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=2.169;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.561;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=4;PP=344;ReadPosRankSum=0.131;SC=GGCACCCTGGTGTCTGCTTGC;SOR=0.336;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=42;TCF=35;TCR=7;TR=20;WE=110850778;WS=110850760;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,22:0.51:43
chr13	110850842	rs995224	A	G	1450.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.375;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.309;HP=4;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=19;PP=921;ReadPosRankSum=0.478;SC=CAGGGGGCCCAGGGGAACCAG;SOR=0.838;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=122;TCF=85;TCR=37;TR=63;WE=110850850;WS=110850832;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,74:0.46:161
chr13	110851036	rs995223	T	C	4666.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.023;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=459;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=82;PP=2123;ReadPosRankSum=1.482;SC=AACTACAGCATAAACTCATTC;SOR=0.696;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=277;TCF=115;TCR=162;TR=143;WE=110851044;WS=110851026;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:224,231:0.51:455
chr13	110856085	rs648263	A	G	364.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=2.110;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.938;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=13;PP=225;ReadPosRankSum=-0.366;SC=TCTCTCTTTAATATCTCTCAT;SOR=1.828;SbPval=0.98;Source=Platypus;TC=43;TCF=11;TCR=32;TR=14;WE=110856093;WS=110856075;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,18:0.37:49
chr13	110857823	rs482757	C	T	3201.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.497;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=354;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=53;PP=1447;ReadPosRankSum=-1.490;SC=CTTGTAAAAACCACAGAGAAA;SOR=0.701;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=219;TCF=102;TCR=117;TR=100;WE=110857831;WS=110857813;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:192,160:0.45:352
chr13	110857895	rs677877	A	G	2179.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.586;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.282;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=43;PP=1096;ReadPosRankSum=-0.094;SC=CCTGTAGAATAAAGATGTAAA;SOR=0.557;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=146;TCF=46;TCR=100;TR=66;WE=110857903;WS=110857885;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:127,104:0.45:231
chr13	110858873	rs117356653	G	A	816.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=1.833;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.342;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=8;PP=583;ReadPosRankSum=0.799;SC=GGAGAGTCTCGGAAAAGCCCT;SOR=1.085;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=57;TCF=43;TCR=14;TR=35;WE=110858881;WS=110858863;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,36:0.56:64
chr13	110859069	rs9588116	G	C	2804.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.531;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=288;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.903;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=49;PP=1240;ReadPosRankSum=-1.353;SC=TCCCCTTAAAGGAATAAAAAG;SOR=0.766;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=183;TCF=85;TCR=98;TR=91;WE=110859077;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:142,141:0.50:283
chr13	110859316	rs372683715	GA	G	508.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.463;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FS=1.974;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.92;ReadPosRankSum=0.294;SOR=0.432;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:46,40:0.47:86
chr13	110859622	rs12867220	A	T	630.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=1.295;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.519;HP=2;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=4;PP=372;ReadPosRankSum=2.752;SC=TGAACAGTCTATAAATCTGTT;SOR=0.343;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=46;TCF=40;TCR=6;TR=23;WE=110859630;WS=110859612;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,28:0.51:55
chr13	110859690	rs598819	A	G	5810.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=98;NR=41;PP=2933;SC=TTTTCTCTTTATCTTTTGGAA;SOR=1.422;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=139;TCF=98;TCR=41;TR=139;WE=110859698;WS=110859680;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,206:1.00:206
chr13	110859743	rs598893	C	T	3512.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.314;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=394;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.220;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=43;PP=1500;ReadPosRankSum=-0.406;SC=ATGAAGCCCACTCATACCTTT;SOR=0.864;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=224;TCF=129;TCR=95;TR=109;WE=110859751;WS=110859733;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:210,181:0.46:391
chr13	110861096	rs35092560	CTA	C	5266.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.057;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=280;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=32;PP=2728;ReadPosRankSum=0.067;SC=AGAAGAGTAACTATACTTGTA;SOR=0.720;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=142;TCF=69;TCR=73;TR=64;WE=110861105;WS=110861086;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:140,137:0.49:277
chr13	110861342	rs12869358	T	C	997.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=3.371;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.229;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=33;PP=783;ReadPosRankSum=-0.649;SC=TTTCAGGCAATAGCTTTGTCC;SOR=0.484;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=77;TCF=9;TCR=68;TR=38;WE=110861350;WS=110861332;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,40:0.49:82
chr13	110861620	rs35638294	T	TAAAG	319.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=1.378;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=48;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.579;NF=9;NR=0;PP=367;ReadPosRankSum=0.464;SC=TATAGTTAGATATAGTGTTAA;SOR=0.941;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=13;TCR=0;TR=9;WE=110861628;WS=110861610;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,9:0.56:16
chr13	110861647	rs35906431	T	TAC	685.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.687;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=4.386;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=64.11;MQRankSum=3.144;QD=24.49;ReadPosRankSum=1.560;SOR=0.129;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,18:0.64:28
chr13	110861651	rs61963269	G	A	718.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.349;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=64.06;MQRankSum=3.483;QD=23.19;ReadPosRankSum=2.050;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,19:0.61:31
chr13	110861670	rs7332120	GT	AC	841.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.640;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.283;HP=1;HapScore=2;JOINED;MGOF=41;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=3.715;NF=13;NR=7;PP=592;ReadPosRankSum=2.598;SC=AATAAGAAGAGTGAGCTATAG;SOR=1.022;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=33;TCF=21;TCR=12;TR=20;WE=110861679;WS=110861660;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,22:0.55:40
chr13	110861785	rs645114	C	G	3558.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=37;NR=42;PP=1510;SC=CTGGGAGAGACAGCATTTTAA;SOR=0.737;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=79;TCF=37;TCR=42;TR=79;WE=110861793;WS=110861775;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,137:1.00:137
chr13	110861971	rs7332235	A	G	108.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.653;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.336;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=4;PP=80;ReadPosRankSum=-2.083;SC=ATACCAATCCATCTCCCCTGC;SOR=0.223;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=15;TCF=3;TCR=12;TR=6;WE=110861979;WS=110861961;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,6:0.35:17
chr13	110862268	rs2166207	A	C	1921.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.494;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.612;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=29;PP=1134;ReadPosRankSum=3.663;SC=TTTATTTTCAAACCTCAATAT;SOR=0.775;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=93;TCF=51;TCR=42;TR=65;WE=110862276;WS=110862258;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,84:0.57:148
chr13	110862303	rs9521649	G	A	2018.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.437;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=30;PP=1035;ReadPosRankSum=0.861;SC=TGATTGCCTCGGAGAGACAGC;SOR=0.673;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=98;TCF=57;TCR=41;TR=68;WE=110862311;WS=110862293;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,94:0.56:167
chr13	110864225	rs532625	A	T	1562.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.979;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.168;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=29;PP=921;ReadPosRankSum=0.448;SC=CGGGATTTCCAGCGAAACCAG;SOR=0.571;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=136;TCF=80;TCR=56;TR=64;WE=110864233;WS=110864215;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:109,77:0.41:186
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chr13	110959356	rs9515185	C	G	267.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.62;BaseQRankSum=0.433;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=6;PP=105;ReadPosRankSum=-0.423;SC=AGCAGCCAGACGCTGAGCCGG;SOR=0.986;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=13;TCF=4;TCR=9;TR=8;WE=110959364;WS=110959346;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,14:0.50:28
chr13	111009882	rs372234966	C	A	1380.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.198;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=27;PP=657;ReadPosRankSum=-0.139;SC=CCAGTGCTACCCTGAGAAAGG;SOR=0.654;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=115;TCF=51;TCR=64;TR=48;WE=111009890;WS=111009872;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:93,71:0.43:164
chr13	111077197	rs4238272	G	A	6837.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=264;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=66;NR=76;PP=2904;SC=CCGGAGTAACGGGACCCAAGG;SOR=0.749;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=143;TCF=67;TCR=76;TR=142;WE=111077205;WS=111077187;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,255:1.00:255
chr13	111077400	rs58151684	AT	A	2739.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-1.388;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.217;NF=4;NR=46;PP=1916;ReadPosRankSum=-1.026;SC=TAGGCAATACATTTTGTGACT;SOR=0.569;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=53;TCF=4;TCR=49;TR=50;WE=111077408;WS=111077390;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,97:0.99:98
chr13	111077450	rs7326522	G	A	1134.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.858;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=29;PP=827;ReadPosRankSum=1.446;SC=TTTTGTTTATGACATAAAACA;SOR=1.473;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=37;TCF=8;TCR=29;TR=36;WE=111077458;WS=111077440;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,40:0.98:41
chr13	111082157	rs3929758	C	A	2008.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=41;NR=14;PP=1230;SC=CAGTCATCCACATTACCATAG;SOR=1.745;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=55;TCF=41;TCR=14;TR=55;WE=111082165;WS=111082147;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr13	111090348	.	G	T	498.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=3.061;ClippingRankSum=0.000;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.870;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=7;PP=182;ReadPosRankSum=1.441;SC=ATTCTTCACAGGGTGAAAAAG;SOR=0.836;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=45;TCF=23;TCR=22;TR=15;WE=111090356;WS=111090338;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,28:0.34:82
chr13	111090854	rs7983487	A	G	2160.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=1.469;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.440;HP=3;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=16;PP=1428;ReadPosRankSum=-0.494;SC=CGGTCTGGACACCATCGGGGC;SOR=2.219;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=74;TCF=57;TCR=17;TR=71;WE=111090862;WS=111090844;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,83:0.98:85
chr13	111090909	rs7984937	T	C	8676.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.950;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.710;HP=1;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=83;NR=54;PP=2848;ReadPosRankSum=-0.267;SC=GTGGGCCCTGTTGGCTGGAGG;SOR=0.744;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=140;TCF=85;TCR=55;TR=137;WE=111090917;WS=111090899;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,194:0.99:195
chr13	111090924	rs7984100	G	A	10041.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-2.443;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=252;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.315;HP=6;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=89;NR=71;PP=2692;ReadPosRankSum=0.373;SC=TGGAGGGGCCGCCCCTGGGTT;SOR=0.458;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=163;TCF=91;TCR=72;TR=160;WE=111090932;WS=111090914;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,250:1.00:251
chr13	111091136	rs72657930	G	A	312.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.592;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.45;ReadPosRankSum=1.881;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,16:0.38:42
chr13	111091157	rs9521759	C	A	927.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=31.99;SOR=3.334;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr13	111098110	rs7489705	C	T	3233.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=46;NR=32;PP=1493;SC=ATAATAATGCCATTGCAGTCC;SOR=0.928;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=78;TCF=46;TCR=32;TR=78;WE=111098118;WS=111098100;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr13	111098338	rs7988186	A	T	816.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=18;PP=498;SC=CCTAAAAAGTACAAGATCCCC;SOR=1.942;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=23;TCF=5;TCR=18;TR=23;WE=111098346;WS=111098328;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr13	111099057	rs45612833	G	A	1648.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=28;NR=12;PP=799;SC=GACGGTCCACGCTCGGGTTTC;SOR=1.392;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=28;TCR=12;TR=40;WE=111099065;WS=111099047;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr13	111099122	rs7326449	G	A	3573.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=56;NR=28;PP=1519;SC=CTCACATCCTGTTTTTCTCTT;SOR=1.196;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=86;TCF=56;TCR=30;TR=84;WE=111099130;WS=111099112;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,134:1.00:134
chr13	111099338	rs35275552	T	TA	401.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.254;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.73;ReadPosRankSum=-1.276;SOR=0.521;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,23:0.50:46
chr13	111109157	rs28502737	G	A	1664.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.86;QD=25.61;SOR=1.078;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr13	111109576	.	G	C	1589	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;FR=1.0000;HP=1;HapScore=1;MGOF=28;MMLQ=27;MQ=51.13;NF=60;NR=18;PP=1589;QD=20.817579648;SC=CCGTGGGGCTGATGCCCTGCG;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=92;TCF=68;TCR=24;TR=78;WE=111109584;WS=111109566;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:14,78:0.85:92
chr13	111109618	.	G	C	2965	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;FR=1.0000;HP=1;HapScore=1;MGOF=23;MMLQ=21;MQ=56.1;NF=114;NR=57;PP=2965;QD=20;SC=CCGTGGGGCTGATGCCCTGCG;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=180;TCF=115;TCR=65;TR=171;WE=111109626;WS=111109608;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:9,171:0.95:180
chr13	111109670	.	A	C	2021	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=21;MMLQ=23;MQ=59.15;NF=73;NR=58;PP=2021;QD=15.6929100194;SC=CATGCCCTGCATCTGTGGTTG;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=287;TCF=155;TCR=132;TR=131;WE=111109678;WS=111109660;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:156,131:0.46:287
chr13	111109859	rs9515218	A	G	6432.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.867;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=242;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=79;NR=87;PP=2965;ReadPosRankSum=0.144;SC=GGTGAAATCCATCCCCCACTC;SOR=0.753;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=168;TCF=80;TCR=88;TR=166;WE=111109867;WS=111109849;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,239:0.99:241
chr13	111109960	rs9515219	T	C	7998.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.028;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=327;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=96;NR=102;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.588;SC=ATGGAGCCAGTGGTGCTGTCT;SOR=0.739;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=202;TCF=98;TCR=104;TR=198;WE=111109968;WS=111109950;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,311:0.99:315
chr13	111110297	rs56074009	A	G	625.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.059;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FS=4.901;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.20;ReadPosRankSum=0.553;SOR=0.231;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,27:0.40:68
chr13	111110303	rs7319009	T	C	2629.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=51;NR=9;PP=758;SC=CCTGACCCTTTCCAGTCACCT;SOR=3.105;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=60;TCF=51;TCR=9;TR=60;WE=111110311;WS=111110292;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr13	111110418	rs7325055	G	C	10075.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=388;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=113;NR=89;PP=2965;SC=AGAACATGGGGAGCACTTCCT;SOR=0.840;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=202;TCF=113;TCR=89;TR=202;WE=111110426;WS=111110408;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,378:1.00:378
chr13	111110666	rs7326779	T	C	1362.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.59;SOR=4.680;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr13	111110674	rs7325334	C	G	1334.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=46.03;SOR=4.479;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr13	111111023	rs9521781	T	C	5698.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.075;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=87;NR=23;PP=2443;ReadPosRankSum=-1.386;SC=AAGCACCAAGTGTGCCACCCA;SOR=1.136;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=111;TCF=88;TCR=23;TR=110;WE=111111031;WS=111111013;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,127:0.99:128
chr13	111111043	rs9521782	G	A	6448.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.158;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.671;HP=5;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=95;NR=35;PP=2653;ReadPosRankSum=0.150;SC=AGCTCTCCCCGCTGCCTGATA;SOR=1.698;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=132;TCF=96;TCR=36;TR=130;WE=111111051;WS=111111033;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,163:0.99:165
chr13	111111173	rs7990214	G	A	11513.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.027;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=434;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=106;NR=143;PP=2965;ReadPosRankSum=0.236;SC=AAGGTCTTCCGGGACTGCCAG;SOR=0.473;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=255;TCF=110;TCR=145;TR=249;WE=111111181;WS=111111163;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,429:0.99:432
chr13	111111235	rs7990383	G	A	6267.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.853;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=234;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=110;PP=2965;ReadPosRankSum=2.209;SC=AAAGGGGACAGAGGAGACCCC;SOR=1.266;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=161;TCF=51;TCR=110;TR=161;WE=111111243;WS=111111225;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,229:0.99:231
chr13	111114554	rs41275110	G	A	4560.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.432;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=418;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=70;NR=62;PP=2052;ReadPosRankSum=-0.417;SC=CTCTGGCCACGCGGCCCCTGG;SOR=0.732;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=254;TCF=135;TCR=119;TR=132;WE=111114562;WS=111114544;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:194,219:0.53:413
chr13	111115467	rs9521786	G	A	5839.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=1.265;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.767;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=88;PP=2742;ReadPosRankSum=2.413;SC=TCACAGCTCTGGAGGCTGAAA;SOR=1.765;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=122;TCF=34;TCR=88;TR=122;WE=111115488;WS=111115457;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,142:0.99:144
chr13	111115480	rs9515223	C	T	5136.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=23;NR=76;PP=2121;SC=GGCTGAAAGCCGACATCAAGG;SOR=2.142;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=101;TCF=23;TCR=78;TR=99;WE=111115488;WS=111115457;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr13	111117668	rs3803237	G	A	172.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.967;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=0;PP=88;ReadPosRankSum=-0.417;SC=TCAGAATTCCGGGAAATGGGA;SOR=0.836;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=13;TCR=1;TR=6;WE=111117676;WS=111117658;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,8:0.53:15
chr13	111117745	rs3803236	C	T	1750.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=27;NR=12;PP=856;SC=ACTGAATTTTCACACAGGGTG;SOR=1.402;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=40;TCF=28;TCR=12;TR=39;WE=111117753;WS=111117735;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr13	111118221	rs1983932	T	C	1116.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=30;NR=3;PP=784;SC=TCCCTGCCCATTTCAAAGCCT;SOR=4.294;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=33;TCF=30;TCR=3;TR=33;WE=111118229;WS=111118211;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr13	111118546	rs1927350	T	G	2544.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=11;NR=55;PP=1726;SC=TGGCACAACATAGTGGCCTGG;SOR=2.476;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=66;TCF=11;TCR=55;TR=66;WE=111118554;WS=111118536;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr13	111118574	rs1927351	A	G	2209.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.69;SOR=3.056;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr13	111118580	rs1927352	G	A	2042.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=46.43;SOR=3.160;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr13	111118615	rs1927353	A	T	492.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=66;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=13;PP=369;SC=ATTTAACCAAACCCCTCTTGT;SOR=4.174;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=14;TCF=1;TCR=13;TR=14;WE=111118623;WS=111118605;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr13	111119296	rs3803232	A	G	5752.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=91;NR=51;PP=2544;SC=CGGTTTGCACAGCTCGTGCTT;SOR=1.143;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=143;TCF=91;TCR=52;TR=142;WE=111119304;WS=111119276;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,222:1.00:222
chr13	111119342	rs3803231	T	C	2657.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=1.732;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=312;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.084;HP=2;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=30;PP=1041;ReadPosRankSum=-1.347;SC=TGGGACTCAGTGTTTAGGATT;SOR=0.870;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=177;TCF=98;TCR=79;TR=71;WE=111119350;WS=111119332;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:172,136:0.44:308
chr13	111119396	rs3803230	G	C	2733.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.995;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=279;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.293;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=36;PP=1100;ReadPosRankSum=-0.581;SC=GGTTGCATAGGAGGGCCCAAG;SOR=0.520;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=160;TCF=68;TCR=92;TR=63;WE=111119404;WS=111119386;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:142,134:0.49:276
chr13	111121444	rs9559813	C	A	1016.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.263;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=14;PP=489;ReadPosRankSum=-0.053;SC=GGCTGATATTCCCCCCAGCCT;SOR=0.602;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=64;TCF=38;TCR=26;TR=35;WE=111121452;WS=111121434;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,48:0.59:82
chr13	111121483	rs9559814	A	G	3644.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=53;NR=36;PP=1471;SC=TGAGATCCACATTAAGTCAGA;SOR=0.937;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=89;TCF=53;TCR=36;TR=89;WE=111121491;WS=111121473;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,144:1.00:144
chr13	111121620	rs9583500	C	T	968.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=0.940;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=24;PP=594;ReadPosRankSum=-1.544;SC=AGGACCAGGGCCCAGGGGCTT;SOR=0.735;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=74;TCF=28;TCR=46;TR=38;WE=111121628;WS=111121610;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,47:0.47:100
chr13	111121717	rs9515229	A	G	557.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=14;PP=415;SC=TTCCAGCGGGAACCTGTGTGT;SOR=2.833;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=15;TCF=1;TCR=14;TR=15;WE=111121725;WS=111121707;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr13	111130226	rs9559818	G	A	2055.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.977;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=18;PP=1207;ReadPosRankSum=-1.147;SC=GTGTTTTCCTGATTCTCTAGA;SOR=1.493;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=60;TCF=42;TCR=18;TR=60;WE=111130234;WS=111130216;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,78:0.98:80
chr13	111130519	rs2281974	C	T	856.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-0.758;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.985;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=22;PP=465;ReadPosRankSum=1.325;SC=AAGGTAAGACCCCAGCCCTCC;SOR=0.877;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=53;TCF=15;TCR=38;TR=30;WE=111130527;WS=111130509;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,39:0.57:68
chr13	111132820	rs1475438	G	A	1293.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.105;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=25;PP=597;ReadPosRankSum=0.754;SC=TCTGCTGGGCGCCTCTGTGGG;SOR=0.689;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=68;TCF=23;TCR=45;TR=38;WE=111132828;WS=111132810;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,61:0.57:107
chr13	111137167	rs1983930	T	C	1915.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=42;NR=13;PP=1207;SC=CGTGCAGCCCTATGGCTCAGG;SOR=1.981;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=55;TCF=42;TCR=13;TR=55;WE=111137175;WS=111137157;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr13	111137906	rs9521806	G	A	386.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.276;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=1.186;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.80;MQRankSum=0.000;QD=8.99;ReadPosRankSum=-1.456;SOR=0.507;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,20:0.47:43
chr13	111143755	rs413756	T	C	4972.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=67;NR=68;PP=2455;SC=ACAAAGGCGGTCAACATTGTC;SOR=0.693;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=135;TCF=67;TCR=68;TR=135;WE=111143763;WS=111143745;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,188:1.00:188
chr13	111145427	.	TG	CA	1949	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;FR=0.5000;HP=3;HapScore=1;MGOF=28;MMLQ=26;MQ=57.81;NF=48;NR=12;PP=1949;QD=33.374464581;SC=GACACCCCCATGGGTGAAATA;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=92;TCF=74;TCR=18;TR=60;WE=111145436;WS=111145424;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:32,60:0.65:92
chr13	111145676	rs2391833	G	C	5528.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=55;NR=100;PP=2695;SC=AGGTGTCGAGGGTGGGGACTC;SOR=1.296;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=155;TCF=55;TCR=100;TR=155;WE=111145684;WS=111145666;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,211:1.00:211
chr13	111153934	rs378601	G	A	1095.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=24;NR=7;PP=653;SC=TCCACCACAGGTGATGGTGTG;SOR=1.788;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=32;TCF=25;TCR=7;TR=31;WE=111153942;WS=111153924;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr13	111154058	rs439831	T	A	9158.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.46;SOR=0.773;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,206:1.00:206
chr13	111154061	rs409858	T	C	9190.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.27;SOR=0.785;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,203:1.00:203
chr13	111154160	rs2281968	G	A	3655.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=31;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=34;NR=59;PP=1887;SC=TCTGTGCTTCGACATCTCTAG;SOR=1.153;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=93;TCF=34;TCR=59;TR=93;WE=111154168;WS=111154150;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,134:1.00:134
chr13	111155363	rs406174	G	A	2920.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=67;NR=18;PP=1911;SC=CCATGCCACAGACTTGCCAGA;SOR=2.448;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=85;TCF=67;TCR=18;TR=85;WE=111155371;WS=111155353;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr13	111155428	rs401316	C	T	7601.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=292;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=129;NR=62;PP=2965;SC=GGCCTTGGGGCCCTGTTTAAA;SOR=1.343;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=191;TCF=129;TCR=62;TR=191;WE=111155436;WS=111155418;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,277:1.00:277
chr13	111155711	rs4773198	C	T	11450.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.802;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=459;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=111;NR=157;PP=2965;ReadPosRankSum=0.083;SC=GTGTCCCTAACGTCTTGTTTG;SOR=0.924;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=273;TCF=113;TCR=160;TR=268;WE=111155719;WS=111155701;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,449:0.99:453
chr13	111155773	rs438758	T	C	7665.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.59;SOR=1.445;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,180:1.00:180
chr13	111155779	rs4773199	G	A	4445.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.999;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=27.44;ReadPosRankSum=-0.181;SOR=1.565;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,160:0.99:162
chr13	111156021	rs4773200	C	T	849.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=19;NR=8;PP=558;SC=AATATTCAAACGGCAGGCGCT;SOR=1.765;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=19;TCR=8;TR=27;WE=111156029;WS=111156014;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr13	111156047	rs9284254	C	G	1332.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=23;NR=13;PP=734;SC=ACGGCTCAGGCCCGTTAGTGT;SOR=1.179;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=36;TCF=23;TCR=13;TR=36;WE=111156055;WS=111156037;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr13	111156153	rs9301460	G	A	3895.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-1.537;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.068;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=39;PP=1436;ReadPosRankSum=-0.621;SC=AGAGTGGAACGACCTTGTGTG;SOR=0.286;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=81;TCF=42;TCR=39;TR=80;WE=111156161;WS=111156143;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,151:0.99:152
chr13	111156499	rs4771683	C	T	5013.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=69;NR=52;PP=2367;SC=TTGCAGGTTTCCGTGGGGCTC;SOR=0.918;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=121;TCF=69;TCR=52;TR=121;WE=111156507;WS=111156489;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,185:1.00:185
chr13	111156773	rs4771684	A	G	1153.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=31;PP=862;SC=CTACACTCCTATGCCCAGCAG;SOR=2.891;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=35;TCF=4;TCR=31;TR=35;WE=111156781;WS=111156763;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr13	111158874	rs445348	A	G	8849.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=340;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=93;NR=88;PP=2965;SC=CCATGTGCCCAGTGGGCATGA;SOR=0.741;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=181;TCF=93;TCR=88;TR=181;WE=111158882;WS=111158864;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,338:1.00:338
chr13	111164614	rs422733	T	C	2743.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=3;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=35;PP=1211;SC=CAAAAATTGGTTTTATTTTTT;SOR=1.516;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=50;TCF=14;TCR=36;TR=49;WE=111164638;WS=111164604;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr13	111164628	rs3074455	TAA	T	2148.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=39.79;SOR=1.662;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr13	111267706	rs371554585	A	AC	413.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=1.031;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.694;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=1;PP=385;ReadPosRankSum=-0.144;SC=CACAAACCAGACCCTGAACCA;SOR=1.345;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=33;TCF=28;TCR=5;TR=14;WE=111267714;WS=111267702;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,17:0.43:40
chr13	111268196	rs330551	G	A	678.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.682;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.85;ReadPosRankSum=0.329;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,26:0.72:36
chr13	111277738	.	C	G	1363.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-1.261;ClippingRankSum=0.000;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.647;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=27;PP=628;ReadPosRankSum=-0.814;SC=CAGAGTTTCTCAGCAGGTGCT;SOR=0.598;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=97;TCF=33;TCR=64;TR=42;WE=111277746;WS=111277728;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,66:0.47:139
chr13	111277810	rs330561	C	A	1190.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=31;PP=842;SC=ACAGAGACGGCGGGGTGGAGA;SOR=2.303;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=42;TCF=10;TCR=32;TR=40;WE=111277818;WS=111277800;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr13	111287945	rs141080550	G	A	1572.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.511;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=39;PP=1074;ReadPosRankSum=-1.159;SC=GGTGAGTGGCGGCTGCCCTCT;SOR=0.710;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=109;TCF=38;TCR=71;TR=59;WE=111287953;WS=111287935;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,72:0.52:138
chr13	111290630	rs41275126	T	C	2849.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.579;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=263;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.952;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=33;PP=1440;ReadPosRankSum=3.539;SC=GGTCCTGAGATTGAAACAGGA;SOR=0.764;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=159;TCF=101;TCR=58;TR=90;WE=111290638;WS=111290620;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:126,136:0.52:262
chr13	111290880	rs330563	G	A	5223.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.914;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=507;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.211;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=69;NR=83;PP=2413;ReadPosRankSum=0.213;SC=ACCTGAGCCCGCGCAGACCAG;SOR=0.775;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=315;TCF=155;TCR=160;TR=152;WE=111290888;WS=111290870;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:251,250:0.50:501
chr13	111290967	rs41275128	T	C	3737.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=5.322;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=408;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.528;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=68;PP=2250;ReadPosRankSum=-2.191;SC=GCTGAAGGCGTACGGTGCTTG;SOR=0.632;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=270;TCF=112;TCR=158;TR=120;WE=111290975;WS=111290957;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:229,173:0.43:402
chr13	111291044	rs330564	T	C	2974.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.640;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=261;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.958;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=59;PP=1759;ReadPosRankSum=1.748;SC=TATTGCAGCTTTTGGTTAAAC;SOR=0.612;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=181;TCF=70;TCR=111;TR=101;WE=111291052;WS=111291034;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:125,135:0.52:260
chr13	111293489	rs144796593	A	ATGC	426.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.876;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.793;HP=2;HapScore=4;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=8;PP=445;ReadPosRankSum=-0.295;SC=GCTTCAGACTATGCTGCGTGG;SOR=1.828;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=1;TCR=21;TR=8;WE=111293507;WS=111293479;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,13:0.39:33
chr13	111293499	rs61970495	G	A	331.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.709;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.708;HP=3;HapScore=4;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=6;PP=443;ReadPosRankSum=2.207;SC=ATGCTGCGTGGCCCACCCACC;SOR=1.371;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=27;TCF=10;TCR=17;TR=8;WE=111293507;WS=111293479;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,10:0.33:30
chr13	111293551	rs330569	A	G	196.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.963;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.187;HP=2;HapScore=2;MGOF=48;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=5;PP=110;ReadPosRankSum=0.235;SC=AACAGGCTGCATTCTGCCGCC;SOR=0.293;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=13;TCF=3;TCR=10;TR=7;WE=111293559;WS=111293541;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,9:0.60:15
chr13	111293585	rs10709696	TG	T	446.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=51;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=5;PP=352;SC=GCTCTTCTGTTGGCTGTGTTG;SOR=0.836;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=9;TCF=4;TCR=5;TR=9;WE=111293593;WS=111293575;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr13	111293640	rs7998306	G	A	250.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=2.164;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.075;HP=1;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=1;PP=160;ReadPosRankSum=-0.052;SC=GCACAGGCACGTGTGCTGCTG;SOR=1.765;SbPval=0.93;Source=Platypus;TC=24;TCF=18;TCR=6;TR=10;WE=111293648;WS=111293630;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,12:0.46:26
chr13	111293683	rs2308073	A	AATCG	866.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=0.986;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.105;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.749;NF=9;NR=8;PP=675;ReadPosRankSum=-2.140;SC=TACTTCACTCAATCGACGGTG;SOR=0.929;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=37;TCF=17;TCR=20;TR=17;WE=111293691;WS=111293673;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,22:0.41:54
chr13	111293847	rs330570	G	A	1910.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.994;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.761;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=33;PP=955;ReadPosRankSum=0.594;SC=GCATGGGTGCGTCTTGTCGTG;SOR=0.765;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=118;TCF=62;TCR=56;TR=64;WE=111293855;WS=111293837;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:116,96:0.45:212
chr13	111293915	rs1043886	T	G	1063.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=2.045;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.610;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=23;PP=738;ReadPosRankSum=0.134;SC=TTTTGTCCTTTGATCCAGCAG;SOR=0.628;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=104;TCF=47;TCR=57;TR=44;WE=111293923;WS=111293905;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:98,58:0.37:156
chr13	111294920	rs11414164	G	GC	14513.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.167;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=590;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.162;NF=72;NR=172;PP=2969;ReadPosRankSum=0.773;SC=GATTGTGGATGCCCCCTCCCC;SOR=0.697;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=269;TCF=76;TCR=193;TR=244;WE=111294930;WS=111294910;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,545:0.99:549
chr13	111295188	rs77749976	G	C	1465.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.930;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.078;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=43;PP=1018;ReadPosRankSum=0.493;SC=CAGACCTCACGCAATTGTGGC;SOR=0.961;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=128;TCF=36;TCR=92;TR=59;WE=111295196;WS=111295178;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,68:0.43:158
chr13	111295216	rs79847822	C	T	962.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-3.110;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=30;PP=689;ReadPosRankSum=1.534;SC=TCAGGAGCAACCTGAGGATGA;SOR=0.550;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=81;TCF=9;TCR=72;TR=34;WE=111295224;WS=111295206;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,41:0.44:94
chr13	111298392	rs436462	A	G	3113.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.479;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=330;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.316;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=45;PP=1184;ReadPosRankSum=-0.997;SC=GTGTGTCAAAATCATCTGCCA;SOR=0.794;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=176;TCF=80;TCR=96;TR=81;WE=111298400;WS=111298382;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:171,154:0.47:325
chr13	111315249	rs7989346	G	A	1232.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.755;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FS=0.659;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.27;ReadPosRankSum=0.756;SOR=0.603;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:71,62:0.47:133
chr13	111315299	rs4622384	T	C	6093.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=239;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=89;NR=66;PP=2663;SC=TCCGTGGGTGTGCCTGTTTTC;SOR=0.901;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=156;TCF=89;TCR=67;TR=155;WE=111315307;WS=111315289;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,230:1.00:230
chr13	111315405	rs7993933	G	A	6600.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.729;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=258;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.264;HP=2;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=70;NR=91;PP=2965;ReadPosRankSum=2.242;SC=AGCCTATTAAGGGCAAACAGC;SOR=0.634;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=165;TCF=74;TCR=91;TR=161;WE=111315413;WS=111315395;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,251:0.99:254
chr13	111315489	rs2296659	A	G	2623.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=41;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=23;NR=52;PP=1660;SC=CAGCAGATGCACCAAGAGGGA;SOR=1.714;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=75;TCF=23;TCR=52;TR=75;WE=111315497;WS=111315479;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr13	111315506	rs376834	A	C	2262.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=46;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=14;NR=47;PP=1528;SC=GGGAGACAACAATTATAAAAG;SOR=2.124;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=61;TCF=14;TCR=47;TR=61;WE=111315514;WS=111315496;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr13	111315595	rs2296657	A	G	344.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=4.219;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.868;HP=2;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=6;PP=249;ReadPosRankSum=0.070;SC=GACTGCGGAAACCTGCGGGAG;SOR=0.298;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=41;TCF=27;TCR=14;TR=14;WE=111315603;WS=111315589;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,15:0.33:45
chr13	111319754	rs4628819	T	C	14120.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=543;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=155;NR=166;PP=2965;SC=CAATTTCGTTTTCATGATGTG;SOR=0.727;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=323;TCF=156;TCR=167;TR=321;WE=111319762;WS=111319744;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,533:1.00:533
chr13	111319884	rs9521884	G	A	1534.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.770;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.805;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=46;PP=1005;ReadPosRankSum=-1.039;SC=TTCTAACCTCGTCTATTTATT;SOR=0.575;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=102;TCF=19;TCR=83;TR=57;WE=111319892;WS=111319874;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,68:0.54:125
chr13	111329610	.	AGA	GGG	346	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;FR=0.5000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MMLQ=24;MQ=59.18;NF=1;NR=8;PP=346;QD=44.3853194291;SC=CCCCCACCACAGAGACCCAGT;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=34;TCF=7;TCR=27;TR=9;WE=111329620;WS=111329600;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:25,9:0.26:34
chr13	111335319	rs61971611	C	T	126.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-3.440;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.160;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=2;PP=92;ReadPosRankSum=-0.158;SC=GAGGGGTCTGCGCTCCAGATC;SOR=0.042;SbPval=0.26;Source=Platypus;TC=12;TCF=10;TCR=2;TR=6;WE=111335327;WS=111335309;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,6:0.46:13
chr13	111340042	rs78646508	A	C	1213.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.032;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FS=3.665;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.34;ReadPosRankSum=0.173;SOR=0.402;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:46,61:0.57:107
chr13	111340342	rs2304767	G	A	1166.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.210;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=26;PP=586;ReadPosRankSum=0.301;SC=AAAGACTGGCGAGGGAAGCGG;SOR=0.634;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=106;TCF=36;TCR=70;TR=38;WE=111340350;WS=111340332;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,58:0.41:140
chr13	111350205	rs34523940	C	T	2540.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.007;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.452;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=32;PP=1454;ReadPosRankSum=0.772;SC=CAGCCCCATGCGGTGGGAGAC;SOR=0.871;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=157;TCF=99;TCR=58;TR=92;WE=111350213;WS=111350195;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:89,117:0.57:206
chr13	111358000	rs9521906	T	G	4049.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.720;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=363;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.247;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=74;NR=60;PP=2248;ReadPosRankSum=0.827;SC=GATCATATAATTTTTAAAGTA;SOR=0.783;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=246;TCF=130;TCR=116;TR=134;WE=111358008;WS=111357990;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:173,183:0.51:356
chr13	111358488	rs3818496	G	A	846.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.720;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.753;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=24;PP=581;ReadPosRankSum=0.045;SC=GCCACGCCGGGTACGCTGCCG;SOR=1.339;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=54;TCF=16;TCR=38;TR=32;WE=111358496;WS=111358478;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,39:0.49:79
chr13	111364877	rs144160325	A	AGGG	143.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=0.692;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.754;HP=9;HapScore=3;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=0;PP=183;ReadPosRankSum=0.000;SC=TTTGGCCGGAAGGGGGGGGGC;SOR=2.133;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=17;TCR=2;TR=11;WE=111364885;WS=111364867;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,7:0.32:22
chr13	111365104	rs12875067	A	G	2863.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.219;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=280;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.433;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=42;PP=1456;ReadPosRankSum=0.015;SC=GGTGTCCATGACACAGGGCGG;SOR=0.787;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=199;TCF=108;TCR=91;TR=94;WE=111365112;WS=111365094;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:140,136:0.49:276
chr13	111368164	rs7338333	T	G	4821.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=44;NR=65;PP=2214;SC=GTGTCGCCCCTGCCCCTCTCC;SOR=0.947;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=110;TCF=45;TCR=65;TR=109;WE=111368172;WS=111368154;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,183:1.00:183
chr13	111368316	rs9555726	C	T	1477.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.105;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.237;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=23;PP=613;ReadPosRankSum=-0.989;SC=GGCCGCATCTCTGCTGACCCG;SOR=0.931;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=76;TCF=34;TCR=42;TR=40;WE=111368324;WS=111368306;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,70:0.54:130
chr13	111545198	rs10664568	A	AGT	163.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=0;PP=163;ReadPosRankSum=0.703;SC=CCTTTTGTTAAGTCCCATCTT;SOR=1.179;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=9;TCR=0;TR=5;WE=111545206;WS=111545189;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,5:0.62:8
chr13	111555680	rs111812847	GTTTTAA	G	246.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=3.058;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=1;PP=198;ReadPosRankSum=1.043;SC=AATCCTGTGCGTTTTAATTTT;SOR=1.136;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=16;TCF=12;TCR=4;TR=5;WE=111555693;WS=111555670;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,8:0.38:21
chr13	111562803	rs35930208	T	C	365.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-2.607;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=0;PP=203;ReadPosRankSum=0.721;SC=GGAAAGGGCCTACTATCCTCC;SOR=0.737;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=35;TCF=33;TCR=2;TR=12;WE=111562811;WS=111562800;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,16:0.40:40
chr13	111566989	rs59070384	A	G	2738.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=43;NR=38;PP=1349;SC=GGCACGCCCCACGTCCCCCGC;SOR=0.787;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=82;TCF=43;TCR=39;TR=81;WE=111566997;WS=111566979;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr13	111567039	rs56924528	G	C	4737.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=53;NR=48;PP=1656;SC=TGGACAGCCGGGGAAAATGGC;SOR=0.738;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=102;TCF=53;TCR=49;TR=101;WE=111567047;WS=111567029;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,182:1.00:182
chr13	111806245	rs61966721	A	G	7756.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=0.654;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=795;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=106;NR=111;PP=2962;ReadPosRankSum=0.688;SC=TGTGCTCTGTATTGCAGGTCT;SOR=0.658;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=440;TCF=210;TCR=230;TR=217;WE=111806253;WS=111806235;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:412,382:0.48:794
chr13	111953299	.	C	CT	86.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.316;ClippingRankSum=0.000;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=5.930;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.48;ReadPosRankSum=1.365;SOR=0.827;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,10:0.29:35
chr13	111955465	rs1555751	T	C	1320.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=27;PP=681;SC=CTATAAGGGATGTCCTCAGTT;SOR=1.565;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=38;TCF=10;TCR=28;TR=37;WE=111955473;WS=111955455;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr13	111968432	rs12560420	A	G	1543.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.958;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.060;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=22;PP=883;ReadPosRankSum=1.191;SC=CTTTCTAGACAAGGCCATGCT;SOR=0.890;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=116;TCF=73;TCR=43;TR=61;WE=111968440;WS=111968422;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,77:0.50:153
chr13	111973050	rs11841171	G	A	614.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=3.731;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.173;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=4;PP=443;ReadPosRankSum=0.781;SC=TGTTTTCCACGTGGAGTGGGA;SOR=0.110;SbPval=0.15;Source=Platypus;TC=49;TCF=45;TCR=4;TR=25;WE=111973058;WS=111973047;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,26:0.49:53
chr13	111973098	rs12855715	T	C	958.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.189;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.057;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=12;PP=526;ReadPosRankSum=0.151;SC=CCGCCTGGGATGTGAGGCGCA;SOR=0.352;SbPval=0.24;Source=Platypus;TC=89;TCF=68;TCR=21;TR=39;WE=111973106;WS=111973088;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,47:0.41:116
chr13	111980478	rs2479955	A	G	3439.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=62;NR=38;PP=1689;SC=AGCGGAGAGCAGAGTGGCTTT;SOR=0.978;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=100;TCF=62;TCR=38;TR=100;WE=111980486;WS=111980468;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,133:1.00:133
chr13	111991463	rs9522188	G	C	385.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=1.005;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=6;PP=248;ReadPosRankSum=0.949;SC=GTGCACTCACGCAGGGAAACC;SOR=0.693;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=25;TCF=16;TCR=9;TR=17;WE=111991471;WS=111991453;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,18:0.69:26
chr13	111992063	rs7329221	C	T	1199.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-0.282;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=0;PP=702;ReadPosRankSum=-0.176;SC=CTCCAGGAGACGCTGGGGAGG;SOR=0.250;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=110;TCF=83;TCR=27;TR=43;WE=111992071;WS=111992053;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,48:0.52:92
chr13	111992288	rs2253707	C	T	1945.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=2.893;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=13.528;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=28;PP=844;ReadPosRankSum=-2.485;SC=AGGTCGGTCCCTTTGTTCTTT;SOR=0.611;SbPval=0.05;Source=Platypus;TC=165;TCF=58;TCR=107;TR=58;WE=111992296;WS=111992278;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:107,90:0.46:197
chr13	111992314	rs2253706	A	G	217.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.098;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FS=61.095;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.34;ReadPosRankSum=-0.220;SOR=3.750;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:65,28:0.30:93
chr13	112297362	rs9560147	C	T	2216.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-3.137;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.572;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=67;NR=14;PP=1435;ReadPosRankSum=1.617;SC=ACGGAGGCAGCACCTCGAGTG;SOR=0.994;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=130;TCF=107;TCR=23;TR=81;WE=112297370;WS=112297352;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,93:0.61:153
chr13	112297403	rs8000950	C	T	2820.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.177;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=324;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.678;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=76;NR=26;PP=1576;ReadPosRankSum=-1.485;SC=TCGTCCCCTACTGGGGCCAGC;SOR=0.946;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=229;TCF=164;TCR=65;TR=102;WE=112297411;WS=112297393;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:176,138:0.44:314
chr13	112324876	rs1105512	C	A	1533.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=4.866;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.853;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=41;PP=1028;ReadPosRankSum=0.944;SC=CAAAAGGAGCCGAGACTGGAA;SOR=0.836;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=96;TCF=20;TCR=76;TR=51;WE=112324884;WS=112324866;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,60:0.55:110
chr13	112324912	rs1105513	T	G	427.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-4.750;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.796;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=18;PP=315;ReadPosRankSum=-0.200;SC=GATTTGCACTTTGATAACTTA;SOR=0.286;SbPval=0.26;Source=Platypus;TC=48;TCF=4;TCR=44;TR=21;WE=112324920;WS=112324902;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,21:0.38:56
chr13	113153114	rs9549532	T	C	2453.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=64;NR=12;PP=1745;SC=GGGCAGGAGATTTGTAATTCT;SOR=3.126;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=76;TCF=64;TCR=12;TR=76;WE=113153122;WS=113153104;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr13	113158861	.	CAT	C	85.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.062;ClippingRankSum=0.000;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=1.510;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.16;MQRankSum=-0.356;QD=1.32;ReadPosRankSum=0.418;SOR=1.089;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:56,9:0.14:65
chr13	113333684	rs7338610	C	T	916.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=2.078;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.066;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=11;PP=494;ReadPosRankSum=0.755;SC=CATCCTGGGACCTTGTTAGGA;SOR=1.036;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=44;TCF=26;TCR=18;TR=31;WE=113333692;WS=113333674;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,42:0.61:69
chr13	113344803	rs3742227	G	A	589.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-0.045;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.504;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=13;PP=360;ReadPosRankSum=-0.651;SC=GGGGACCCGGGGACCAGACAG;SOR=0.481;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=43;TCF=20;TCR=23;TR=27;WE=113344811;WS=113344793;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,29:0.59:49
chr13	113439425	rs36001240	C	G	1202.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-0.707;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.276;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=7;PP=706;ReadPosRankSum=-1.461;SC=AGGCAGCTGCCTAACACCGCT;SOR=1.185;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=89;TCF=69;TCR=20;TR=45;WE=113439433;WS=113439415;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,57:0.56:102
chr13	113464962	rs11616247	A	G	2227.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.091;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=250;ExcessHet=3.0103;FS=4.324;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.13;ReadPosRankSum=-1.028;SOR=0.607;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:128,116:0.48:244
chr13	113508839	rs9549573	G	C	2026.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.525;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=50;PP=1278;ReadPosRankSum=0.059;SC=GAGACAACCTGTCCGGGTAGG;SOR=0.730;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=123;TCF=39;TCR=84;TR=75;WE=113508847;WS=113508829;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,90:0.54:167
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chr13	113512004	rs7325522	C	G	101.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.354;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.258;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=1;PP=46;ReadPosRankSum=-1.789;SC=TCGTAAATTACCTCTAAGTAG;SOR=0.053;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=25;TCF=23;TCR=2;TR=6;WE=113512012;WS=113511994;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,8:0.29:28
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chr13	113513682	rs10492684	C	G	3599.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.944;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=346;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.890;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=44;PP=1647;ReadPosRankSum=0.963;SC=CGTCACCGAACTAACAGTTAT;SOR=0.866;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=207;TCF=115;TCR=92;TR=106;WE=113513690;WS=113513672;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:168,172:0.51:340
chr13	113525952	rs1765767	A	G	1537.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=41;NR=11;PP=1044;SC=GTGTTGGCACACAAGAAAAAT;SOR=2.604;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=52;TCF=41;TCR=11;TR=52;WE=113525960;WS=113525942;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr13	113527967	rs1320525	G	A	3757.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-2.036;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=372;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.861;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=1.011;NF=55;NR=79;PP=2050;ReadPosRankSum=2.089;SC=TTGTCTTTTCGCTTCTCTGGG;SOR=0.549;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=260;TCF=97;TCR=163;TR=134;WE=113527975;WS=113527957;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:182,180:0.50:362
chr13	113536132	rs1290177	T	C	11484.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.218;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=440;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=153;NR=102;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.254;SC=CTCAGCAGAATGGGTGCGCAC;SOR=0.974;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=259;TCF=155;TCR=104;TR=255;WE=113536140;WS=113536122;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,432:0.99:436
chr13	113563351	rs2993328	A	G	1904.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=41;NR=8;PP=1222;SC=GCTTATGTTTATCCATGCTGC;SOR=2.760;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=50;TCF=41;TCR=9;TR=49;WE=113563359;WS=113563341;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr13	113639862	rs2993287	G	A	6168.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.84;SOR=1.318;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,144:1.00:144
chr13	113639869	rs3011543	A	G	6064.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=46.65;SOR=1.402;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chr13	113639872	rs3011542	A	G	5585.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=46.55;SOR=1.590;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr13	113681243	rs9549343	C	A	7837.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.61;DB;DP=301;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=85;NR=60;PP=2965;SC=AGGGGTGCCGCGGGGGTCTCT;SOR=0.876;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=145;TCF=85;TCR=60;TR=145;WE=113681251;WS=113681233;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,295:1.00:295
chr13	113699488	rs3814266	T	C	10118.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.746;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=393;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=151;NR=107;PP=2965;ReadPosRankSum=0.303;SC=ATCATGAATATGGGGGATCGC;SOR=0.978;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=262;TCF=153;TCR=109;TR=258;WE=113699496;WS=113699478;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,387:0.99:389
chr13	113717022	rs7982214	G	A	1372.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.505;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.534;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-1.915;NF=28;NR=31;PP=835;ReadPosRankSum=2.727;SC=CCGTGTGCTGGACTCAGCCAT;SOR=0.753;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=160;TCF=77;TCR=83;TR=59;WE=113717030;WS=113717012;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:131,73:0.36:204
chr13	113735390	rs494129	T	C	2365.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=49;NR=28;PP=1332;SC=GCGTCCAGCCTGTGGGCTTTG;SOR=1.295;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=77;TCF=49;TCR=28;TR=77;WE=113735398;WS=113735380;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr13	113738175	rs491455	G	A	2013.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=1.137;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.765;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=17;PP=1245;ReadPosRankSum=0.884;SC=GCGTGGCTGCGGCGTCTCCAA;SOR=1.771;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=64;TCF=46;TCR=18;TR=62;WE=113738183;WS=113738165;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,75:0.97:77
chr13	113739518	rs546818	G	A	1687.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=6;NR=34;PP=1055;SC=ACCGTGGCCCGGCCTCCCCAG;SOR=2.917;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=6;TCR=34;TR=40;WE=113739526;WS=113739508;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr13	113740706	rs1745949	A	G	1785.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=7;NR=44;PP=1295;SC=GTCCCTAGATAAGCCCACTCC;SOR=3.422;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=51;TCF=7;TCR=44;TR=51;WE=113740714;WS=113740696;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr13	113741851	rs514181	C	A	3490.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-1.799;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.082;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=51;PP=2321;ReadPosRankSum=-0.971;SC=TCTGAGGTGGCCACGCTGACA;SOR=0.302;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=105;TCF=54;TCR=51;TR=104;WE=113741859;WS=113741841;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,121:0.99:122
chr13	113742805	rs7986589	C	G	15656.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=608;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=197;NR=167;PP=2965;SC=CACAGTCCCCCCATGCGCAAG;SOR=0.791;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=366;TCF=197;TCR=169;TR=364;WE=113742813;WS=113742795;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,600:1.00:600
chr13	113743768	.	T	C	904	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;FR=1.0000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MMLQ=24;MQ=58.2;NF=32;NR=11;PP=904;QD=21.8318886639;SC=TCTCATCCAGTCCGTCCGGGT;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=43;TCF=32;TCR=11;TR=43;WE=113743776;WS=113743758;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr13	113744139	rs4907483	G	A	12574.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=478;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=164;NR=140;PP=2965;SC=TTCCTGCAGTGTGAAGAAGCT;SOR=0.800;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=304;TCF=164;TCR=140;TR=304;WE=113744147;WS=113744129;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,470:1.00:470
chr13	113745611	rs4907485	T	G	1866.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.232;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.713;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=53;PP=1295;ReadPosRankSum=-0.252;SC=GGGGATGCTCTCGTGGGTCTT;SOR=0.353;SbPval=0.2;Source=Platypus;TC=131;TCF=29;TCR=102;TR=74;WE=113745619;WS=113745601;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,83:0.53:156
chr13	113748690	rs7327099	C	T	1915.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=46;NR=13;PP=1217;SC=TTTATGAACCCGGGAAGATGA;SOR=2.303;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=59;TCF=46;TCR=13;TR=59;WE=113748698;WS=113748680;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr13	113749475	rs2146752	G	A	6775.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.217;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=267;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=138;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.464;SC=CATTGTTAATGTCAGAAGCAA;SOR=1.118;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=193;TCF=53;TCR=140;TR=190;WE=113749483;WS=113749465;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,247:0.99:250
chr13	113750586	rs12855893	G	A	650.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=1.621;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.057;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=11;PP=469;ReadPosRankSum=0.288;SC=AGCTCCCACCGGGGCAGGGCG;SOR=0.553;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=54;TCF=36;TCR=18;TR=31;WE=113750594;WS=113750576;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,30:0.53:57
chr13	113776947	rs563964	T	C	1381.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.308;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=1.570;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.59;ReadPosRankSum=0.461;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,33:0.61:54
chr13	113776947	.	TGC	CGA	1286	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;FR=0.5000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=25;NR=3;PP=1286;QD=47.8381383879;SC=GATGAGGTTCTGCGGGGCCTC;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=49;TCF=41;TCR=8;TR=28;WE=113776957;WS=113776941;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:21,28:0.57:49
chr13	113776949	rs3211717	C	A	1381.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.305;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=2.940;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=23.03;ReadPosRankSum=0.181;SOR=1.426;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,37:0.62:60
chr13	113792754	rs2251102	T	C	954.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=14;NR=11;PP=478;SC=ATTTTTAAATTTCTTTTTTCC;SOR=0.859;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=14;TCR=11;TR=25;WE=113792762;WS=113792744;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr13	113792893	rs2026160	C	A	1623.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=22;NR=18;PP=693;SC=CTTTTGTTCTCATTTTACTCA;SOR=0.724;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=40;TCF=22;TCR=18;TR=40;WE=113792901;WS=113792883;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr13	113795462	.	C	A	1091.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=2.995;ClippingRankSum=0.000;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.123;HP=6;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=32;PP=757;ReadPosRankSum=1.487;SC=ATGTTCTGGGCGGGCCTGGCA;SOR=1.088;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=78;TCF=20;TCR=58;TR=40;WE=113795470;WS=113795452;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,45:0.54:83
chr13	113801737	rs5960	C	T	1916.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.076;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.712;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=22;PP=814;ReadPosRankSum=1.148;SC=GTGGTGGAACCATTCTGAGCG;SOR=0.953;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=94;TCF=54;TCR=40;TR=55;WE=113801745;WS=113801727;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,93:0.55:169
chr13	113801843	rs2031184	A	G	4237.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.698;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=69;PP=2189;ReadPosRankSum=1.380;SC=GGCCGTGGTGAGGGGCACCGT;SOR=0.918;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=117;TCF=48;TCR=69;TR=117;WE=113801851;WS=113801833;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,165:0.99:167
chr13	113812962	rs2273971	G	A	412.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.889;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.024;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=6;PP=248;ReadPosRankSum=1.966;SC=CTGTCCCAGCGCTCCGGGTGG;SOR=0.925;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=53;TCF=35;TCR=18;TR=20;WE=113812970;WS=113812952;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,23:0.33:70
chr13	113813268	rs3024711	A	G	287.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=0.758;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=12.539;HP=2;HapScore=2;MGOF=28;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=1;PP=256;ReadPosRankSum=2.678;SC=GCCCAAATGGAAAGAAGCCTG;SOR=3.611;SbPval=0.97;Source=Platypus;TC=22;TCF=16;TCR=6;TR=12;WE=113813276;WS=113813258;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,12:0.55:22
chr13	113814588	rs35691399	G	GC	1483.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-1.413;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.647;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.512;NF=1;NR=28;PP=1042;ReadPosRankSum=-0.213;SC=TAATTAATTAGCCTATTTACT;SOR=0.430;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=73;TCF=4;TCR=69;TR=29;WE=113814596;WS=113814578;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,53:0.47:112
chr13	113815200	rs513479	C	T	533.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.839;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=5;PP=193;ReadPosRankSum=0.816;SC=AGTTCATCTACAGGAAAGAAT;SOR=0.844;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=38;TCF=26;TCR=12;TR=18;WE=113815208;WS=113815190;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,28:0.50:56
chr13	113817537	rs2480948	T	C	954.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-1.020;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.391;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=33;PP=587;ReadPosRankSum=-0.434;SC=GGTGTAGCCATGAAGGTGCCT;SOR=1.700;SbPval=0.96;Source=Platypus;TC=82;TCF=12;TCR=70;TR=35;WE=113817545;WS=113817527;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,45:0.46:98
chr13	113818708	rs3024731	A	T	951.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.390;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=9;PP=474;ReadPosRankSum=-1.219;SC=ACACACCAGAACTCTTGTGTG;SOR=0.665;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=74;TCF=51;TCR=23;TR=31;WE=113818716;WS=113818698;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,46:0.48:96
chr13	113818817	rs45606038	T	C,TC	6938.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=252;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=11;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=24;NF=33;NR=50;PP=893;SC=TTTTTTTTTTTCCTTTTCAGC;SOR=0.842;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=121;TCF=51;TCR=70;TR=83;WE=113818827;WS=113818795;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.20,0.80:218
chr13	113818900	rs564081	A	G	6103.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=235;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=74;NR=96;PP=2965;SC=AATCCTACACATGCAGCTGTG;SOR=0.887;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=170;TCF=74;TCR=96;TR=170;WE=113818908;WS=113818890;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,235:1.00:235
chr13	113819009	rs494860	T	A	568.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-4.067;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.388;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=23;PP=421;ReadPosRankSum=-0.684;SC=AGCGACCCCGTCCACATCCTC;SOR=1.003;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=52;TCF=8;TCR=44;TR=26;WE=113819017;WS=113818999;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,26:0.51:51
chr13	113819513	rs3024735	G	A	287.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.248;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.911;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=8;PP=155;ReadPosRankSum=1.815;SC=TAGAAATGTTGACAACTAAGT;SOR=0.321;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=32;TCF=8;TCR=24;TR=12;WE=113819521;WS=113819503;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,16:0.35:46
chr13	113824868	rs72663588	T	C	321.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.866;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.800;HP=4;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=8;PP=165;ReadPosRankSum=1.055;SC=CATGAGTTTTTATAAAACCAC;SOR=0.298;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=18;TCF=4;TCR=14;TR=12;WE=113824876;WS=113824858;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,16:0.64:25
chr13	113833221	rs9549352	A	G	2410.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=2.238;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.090;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=23;PP=1452;ReadPosRankSum=-0.931;SC=TGAAGCTTCAAATTCTGGGCT;SOR=0.616;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=166;TCF=120;TCR=46;TR=81;WE=113833229;WS=113833211;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:114,108:0.49:222
chr13	113833499	rs486407	G	A	350.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=4.745;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.675;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=15;PP=288;ReadPosRankSum=-2.453;SC=GTGTTCTAAAGGAGTAAAAAA;SOR=1.828;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=41;TCF=1;TCR=40;TR=15;WE=113833507;WS=113833489;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,15:0.33:45
chr13	113839747	rs515863	C	T	2228.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.137;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=300;ExcessHet=3.0103;FS=1.983;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.66;ReadPosRankSum=-1.331;SOR=0.824;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:172,119:0.41:291
chr13	113851633	rs9549356	A	G	586.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=1.731;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.901;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=21;PP=455;ReadPosRankSum=-0.439;SC=AGCTCACTTCATTGCACAGGT;SOR=1.700;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=36;TCF=5;TCR=31;TR=24;WE=113851641;WS=113851623;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,24:0.60:40
chr13	113852425	rs546686	C	T	5226.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=104;NR=52;PP=2965;SC=GCTTCAAGCACAAGATAATGC;SOR=1.489;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=156;TCF=104;TCR=52;TR=156;WE=113852433;WS=113852415;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,192:1.00:192
chr13	113854560	rs3751411	G	A	308.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-3.176;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.821;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=3;PP=224;ReadPosRankSum=-0.904;SC=ACCACAGTGTGCGTACATAGT;SOR=0.148;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=25;TCF=21;TCR=4;TR=13;WE=113854568;WS=113854557;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,14:0.48:29
chr13	113854600	rs3751412	T	C	1948.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=44;NR=7;PP=1184;SC=TGAAATTACATAAATCATAAA;SOR=2.517;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=51;TCF=44;TCR=7;TR=51;WE=113854608;WS=113854590;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr13	113854715	rs3751413	C	T	3127.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.659;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=370;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.004;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=40;PP=1514;ReadPosRankSum=2.919;SC=TCTGCAGACACCTGTGTGCAC;SOR=0.903;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=243;TCF=139;TCR=104;TR=104;WE=113854723;WS=113854705;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:209,158:0.43:367
chr13	113862801	rs9549692	G	A	3424.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=65;NR=35;PP=1972;SC=CCGAACGGAAGAAGGGTGGCG;SOR=1.393;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=102;TCF=66;TCR=36;TR=100;WE=113862809;WS=113862791;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,135:1.00:135
chr13	113882221	rs34413442	C	CA	76.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.294;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=2.430;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.84;ReadPosRankSum=-2.541;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,10:0.37:27
chr13	113888201	rs2146408	T	C	6076.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=248;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=67;NR=77;PP=2345;SC=TAACTCTGCTTGTTTCTTAGG;SOR=0.817;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=144;TCF=67;TCR=77;TR=144;WE=113888209;WS=113888191;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,238:1.00:238
chr13	113888425	rs9549705	T	C	145.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-3.951;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=6;PP=64;ReadPosRankSum=-0.000;SC=TTCTGAAAGCTGCAATCTTGC;SOR=0.693;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=14;TCF=2;TCR=12;TR=7;WE=113888433;WS=113888415;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,8:0.50:16
chr13	113889355	rs2287249	A	G	2419.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-3.064;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=237;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.611;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=30;PP=1181;ReadPosRankSum=-1.829;SC=TTACTGATACATTTAATTGTT;SOR=0.394;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=164;TCF=113;TCR=51;TR=83;WE=113889363;WS=113889345;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:108,125:0.54:233
chr13	113889474	rs2287250	C	T	4735.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.656;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=477;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=75;NR=86;PP=2206;ReadPosRankSum=1.063;SC=GTACCGTTTGCTCGCTGAGCG;SOR=0.693;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=310;TCF=144;TCR=166;TR=161;WE=113889482;WS=113889464;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:237,237:0.50:474
chr13	113889499	rs2287251	A	G	4159.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.666;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=427;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=76;PP=1859;ReadPosRankSum=-1.497;SC=TATCTTCACCATGGCTGGAAG;SOR=0.673;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=285;TCF=128;TCR=157;TR=138;WE=113889507;WS=113889489;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:218,207:0.49:425
chr13	113891075	rs2287253	G	A	1093.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.906;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.257;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=17;PP=436;ReadPosRankSum=0.507;SC=CCCATCTTTTGCAGAGAACCA;SOR=0.496;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=77;TCF=45;TCR=32;TR=36;WE=113891083;WS=113891065;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,59:0.46:128
chr13	113891359	rs2287254	A	G	191.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.359;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.963;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=7;PP=134;ReadPosRankSum=-0.150;SC=TTAGCCATCCACGGGAGAAAA;SOR=0.180;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=15;TCF=2;TCR=13;TR=9;WE=113891367;WS=113891349;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,9:0.64:14
chr13	113893625	rs7317558	G	A	916.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-3.781;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.513;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=6;PP=499;ReadPosRankSum=-1.069;SC=AGGCAGCGATGTGGAGACCCG;SOR=0.240;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=58;TCF=49;TCR=9;TR=31;WE=113893633;WS=113893615;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,41:0.53:77
chr13	113893729	rs3794422	G	A	2915.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=2.169;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=340;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.923;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=43;PP=1567;ReadPosRankSum=-0.488;SC=CTCTGCTGACGTGTACTGCAC;SOR=0.860;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=216;TCF=125;TCR=91;TR=108;WE=113893737;WS=113893719;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:189,150:0.44:339
chr13	113897320	rs3764124	C	T	1914.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=1.958;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=267;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.793;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=28;PP=947;ReadPosRankSum=1.629;SC=CTGAGAAAGACAAAGACATGG;SOR=0.886;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=151;TCF=80;TCR=71;TR=64;WE=113897328;WS=113897310;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:161,101:0.39:262
chr13	113899004	rs3932499	C	A	508.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=12;PP=377;SC=AAATACAAAACATTAGCCAGG;SOR=2.179;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=17;TCF=5;TCR=12;TR=17;WE=113899012;WS=113898994;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr13	113900197	rs2302756	G	A	300.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=3.554;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.199;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=2;PP=261;ReadPosRankSum=0.958;SC=AAAATTACACGGTTTATTTTG;SOR=2.368;SbPval=0.95;Source=Platypus;TC=42;TCF=30;TCR=12;TR=16;WE=113900205;WS=113900187;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,15:0.35:43
chr13	113900557	rs9549711	C	T	206.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-2.072;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.315;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=6;PP=100;ReadPosRankSum=0.016;SC=TTGTCACCTTCTGTGGCTCCT;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=2;TCR=10;TR=6;WE=113900565;WS=113900547;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,9:0.53:17
chr13	113907391	rs9549365	A	G	1121.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.210;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.546;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=16;PP=535;ReadPosRankSum=0.309;SC=TCCTATGCTTAACAGATGATT;SOR=0.788;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=73;TCF=37;TCR=36;TR=35;WE=113907399;WS=113907381;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,54:0.50:108
chr13	113908908	.	C	CA	60.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.813;ClippingRankSum=0.000;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=3.902;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.64;ReadPosRankSum=0.294;SOR=0.197;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,9:0.24:37
chr13	113909339	rs2302757	A	G	2514.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.525;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=261;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.955;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=50;PP=1438;ReadPosRankSum=-0.158;SC=AAAAGTCCCAAAGGAAAGGAA;SOR=0.758;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=179;TCF=77;TCR=102;TR=86;WE=113909347;WS=113909329;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:138,118:0.46:256
chr13	113917767	rs4907602	T	C	2315.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=39;NR=16;PP=1121;SC=TTTAATGCCATTGTAATTAGG;SOR=1.583;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=55;TCF=39;TCR=16;TR=55;WE=113917775;WS=113917757;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr13	113951722	rs7983578	C	T	381.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.45;SOR=0.818;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr13	113965002	rs71706094	AT	A	80.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.567;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FS=3.800;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.82;ReadPosRankSum=-0.090;SOR=1.211;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:74,24:0.24:98
chr13	113965176	rs9577503	C	A	5042.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=47;NR=74;PP=2472;SC=CAGCTTCAGCCGGGGAGGTAG;SOR=1.022;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=122;TCF=47;TCR=75;TR=121;WE=113965184;WS=113965166;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,187:1.00:187
chr13	113978969	rs912010	G	A	3093.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=29;NR=42;PP=1355;SC=TGGCAGGCAGGCAGACAGGCC;SOR=0.896;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=71;TCF=29;TCR=42;TR=71;WE=113978977;WS=113978959;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr13	113980464	rs2302758	A	G	2187.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.309;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=325;ExcessHet=3.0103;FS=0.422;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.84;ReadPosRankSum=-0.389;SOR=0.735;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:199,121:0.38:320
chr13	113999027	rs11444762	C	CA	494.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;QD=54.97;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr13	113999051	rs4406954	C	A	1565.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.54;SOR=0.796;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr13	114018038	rs9549753	C	A	516.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.095;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=4.070;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.94;ReadPosRankSum=-0.962;SOR=0.304;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,27:0.52:52
chr13	114083421	rs148154052	A	AAG	6985.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.79;QD=37.97;SOR=1.688;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,184:1.00:184
chr13	114087997	rs12874568	T	C	707.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=16;NR=13;PP=631;SC=TGTGAGGTGGTTGTGGGTCAT;SOR=1.022;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=34;TCF=20;TCR=14;TR=29;WE=114088005;WS=114087987;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr13	114088341	rs59659705	T	TG	1334.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=18;PP=782;SC=GCCACTCAAGTCCTGCAGCAG;SOR=1.819;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=0;TCR=19;TR=18;WE=114088349;WS=114088331;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr13	114204128	.	CT	C	33.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.094;ClippingRankSum=0.000;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=2.442;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.35;ReadPosRankSum=0.263;SOR=0.175;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,8:0.32:25
chr13	114240067	rs113638790	CT	C	276.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.139;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FS=11.824;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.54;ReadPosRankSum=0.623;SOR=2.121;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:67,42:0.39:109
chr13	114312332	rs147887053	C	T	1616.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=1.532;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.691;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=16;PP=816;ReadPosRankSum=-0.251;SC=CCAGCCGGCCCGCCCCCCGCA;SOR=0.826;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=109;TCF=78;TCR=31;TR=58;WE=114312340;WS=114312322;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,71:0.52:136
chr13	114312354	rs9285616	T	G	5986.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=91;NR=49;PP=2460;SC=GTACCCCACCTGGACAGGGTG;SOR=1.295;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=141;TCF=92;TCR=49;TR=140;WE=114312362;WS=114312344;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,182:1.00:182
chr13	114453605	.	C	CTGTGTGCACG	13208.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DP=351;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=105;PP=2973;SC=GTGTGCATGCCTGTGTGTGCA;SOR=1.179;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=151;TCF=13;TCR=138;TR=114;WE=114453613;WS=114453581;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,293:1.00:293
chr13	114462517	rs58074269	CTCTCTG	C	492.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.233;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.441;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.719;NF=3;NR=7;PP=416;ReadPosRankSum=-2.027;SC=CCCTGTCTCTCTCTCTGTCTC;SOR=0.446;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=19;TCF=4;TCR=15;TR=10;WE=114462530;WS=114462507;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,15:0.54:28
chr13	114469434	rs68023809	G	A	1725.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.693;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=31;PP=775;ReadPosRankSum=0.161;SC=CCAAGGCAGAGGGGAATTGGG;SOR=0.721;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=98;TCF=36;TCR=62;TR=46;WE=114469442;WS=114469424;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,84:0.50:169
chr13	114471900	rs9604527	C	T	1175.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.756;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.823;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=9;PP=693;ReadPosRankSum=-1.532;SC=GCCTGCCCAACGCCAGCAGAC;SOR=0.501;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=91;TCF=72;TCR=19;TR=42;WE=114471908;WS=114471890;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,53:0.50:107
chr13	114498362	rs28653123	T	C	433.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=2.097;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.594;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=15;PP=354;ReadPosRankSum=0.323;SC=CTCCTCTCAGTAAGTCTCATT;SOR=1.270;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=37;TCF=9;TCR=28;TR=18;WE=114498370;WS=114498352;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,18:0.49:37
chr13	114502416	rs7400029	T	C	1303.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.259;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=20;PP=398;ReadPosRankSum=-0.022;SC=CTGAGATTCATGTGGGTTTTG;SOR=0.663;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=86;TCF=40;TCR=46;TR=37;WE=114502424;WS=114502406;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,67:0.50:133
chr13	114503875	rs66696122	GCCTGCGGGAGGTGAGGGGCACCGGGGACCCCCATATCTACACCTGCGGGAGGTGAGGGGCGCTGGGGACCCCCGTATCTACA	G	2358.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.413;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=263;ExcessHet=3.0103;FS=1.186;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.55;ReadPosRankSum=-3.717;SOR=0.584;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:120,68:0.36:188
chr13	114507709	.	CTCCAGCCTGGGTATAAACGCACGCCGGGCCGGGGTTAGT	C	1392.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.591;ClippingRankSum=0.000;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=6.761;NF=20;NR=5;PP=1689;ReadPosRankSum=0.238;SC=CCGGCGTTAGCTCCAGCCTGG;SOR=0.793;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=51;TCF=44;TCR=7;TR=25;WE=114507755;WS=114507699;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,38:0.52:73
chr13	114507836	rs7323732	A	G	4135.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.61;BaseQRankSum=-2.052;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=396;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.792;HP=5;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=5.100;NF=86;NR=49;PP=2145;ReadPosRankSum=-0.761;SC=CACGCCGACCACCCGTCTCCT;SOR=0.648;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=245;TCF=160;TCR=85;TR=135;WE=114507844;WS=114507826;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:175,203:0.54:378
chr13	114524056	rs7319527	C	T	843.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-2.884;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.258;HP=6;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=25;PP=469;ReadPosRankSum=-0.512;SC=CTGGCCCCCCCACCCCCGGCA;SOR=0.272;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=79;TCF=22;TCR=57;TR=36;WE=114524064;WS=114524046;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,42:0.47:89
chr13	114525261	rs11619074	G	T	865.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.735;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.985;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=16;PP=326;ReadPosRankSum=0.515;SC=TACGCCGCACGCCTGTCTCCG;SOR=0.877;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=42;TCF=10;TCR=32;TR=19;WE=114525269;WS=114525251;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,39:0.57:68
chr13	114538460	rs7331124	C	T	3315.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-0.586;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=302;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.428;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=42;PP=1372;ReadPosRankSum=0.797;SC=TCAGAGAAAGCGAGGGTGACC;SOR=0.645;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=164;TCF=94;TCR=70;TR=94;WE=114538468;WS=114538450;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:131,162:0.55:293
chr13	114538717	rs373185949	ACT	A	684.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-0.412;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.820;NF=1;NR=14;PP=610;ReadPosRankSum=-1.406;SC=TCGCATCCAGACTCTGTGGGG;SOR=0.495;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=24;TCF=1;TCR=23;TR=15;WE=114538726;WS=114538707;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,18:0.64:28
chr13	114542858	rs9604573	G	A	1194.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-3.307;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.313;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=32;PP=697;ReadPosRankSum=-0.928;SC=ATCATGTTCAGCTGCCCCACC;SOR=0.371;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=82;TCF=15;TCR=67;TR=40;WE=114542866;WS=114542848;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,54:0.52:104
chr13	114542942	rs9604490	C	T	227.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.775;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=34;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=9;PP=164;ReadPosRankSum=1.980;SC=CTCTGAGGGGCGCAGGCTGAG;SOR=0.412;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=14;TCF=1;TCR=13;TR=10;WE=114542950;WS=114542932;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,10:0.62:16
chr13	114620051	rs11259844	C	T	303.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.437;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=6;PP=79;ReadPosRankSum=-0.270;SC=CAAAATGAGACGTCTAGCGGG;SOR=0.948;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=24;TCF=10;TCR=14;TR=9;WE=114620059;WS=114620041;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,16:0.50:32
chr13	114623880	rs7399982	G	A	9434.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-2.417;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=971;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=145;NR=153;PP=2962;ReadPosRankSum=0.974;SC=CGTGTATTCAGTGCTGCTTCA;SOR=0.667;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=590;TCF=282;TCR=308;TR=298;WE=114623888;WS=114623870;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:490,473:0.49:963
chr13	114751040	rs71449038	G	A	1015.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=1.317;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.322;HP=6;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=12;PP=701;ReadPosRankSum=-0.821;SC=GCAATCTCCCGCCCACTACAC;SOR=0.354;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=100;TCF=77;TCR=23;TR=49;WE=114751048;WS=114751030;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,49:0.54:90
chr13	114751359	rs10781677	A	G	831.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-4.073;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.956;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=24;PP=515;ReadPosRankSum=-1.010;SC=CCCCACCCACAGTACACATCC;SOR=0.238;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=59;TCF=8;TCR=51;TR=29;WE=114751367;WS=114751349;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,35:0.54:65
chr13	114772917	.	CA	TG	470	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.61;FR=0.5000;HP=2;HapScore=1;MGOF=31;MMLQ=22;MQ=56.72;NF=14;NR=4;PP=470;QD=29.0815486035;SC=CCCTGCCGGACACCACCTTAC;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=57;TCF=44;TCR=13;TR=18;WE=114772926;WS=114772907;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:39,18:0.32:57
chr13	114772933	.	T	TCC	824	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.6;FR=0.5000;HP=5;HapScore=2;MGOF=29;MMLQ=26;MQ=58.38;NF=17;NR=11;PP=824;QD=30.6428571429;SC=CTTACCCTTCTCCCCTCCTGC;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=76;TCF=49;TCR=27;TR=28;WE=114772941;WS=114772923;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:48,28:0.37:76
chr13	114773126	rs9562086	C	T	2081.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.453;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=50;PP=1153;ReadPosRankSum=-0.337;SC=AGCCACACATCTGACGTGCAC;SOR=0.735;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=129;TCF=37;TCR=92;TR=70;WE=114773134;WS=114773116;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,96:0.53:181
chr13	114774813	rs6560943	C	T	1219.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.983;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=14;PP=695;ReadPosRankSum=-0.165;SC=AAGAGAACTCCGTCTCCTGAG;SOR=0.662;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=75;TCF=52;TCR=23;TR=44;WE=114774821;WS=114774803;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,54:0.59:92
chr13	114778593	rs7322518	C	T	1371.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=2.731;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.678;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=16;PP=898;ReadPosRankSum=-1.021;SC=CTCAGAAAGCCTCGGTCCCTC;SOR=1.122;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=101;TCF=70;TCR=31;TR=56;WE=114778601;WS=114778583;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,61:0.51:119
chr13	114778859	rs146849472	C	CTCTCCCTCTCTCTG	830.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.228;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.284;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=13;PP=2973;ReadPosRankSum=2.843;SC=GTGTCTGTCTCTCTCCCTCTC;SOR=0.283;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=34;TCF=2;TCR=32;TR=14;WE=114778888;WS=114778849;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,22:0.58:38
chr13	114780648	rs2274719	A	C	1882.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.069;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.306;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=18;PP=699;ReadPosRankSum=0.110;SC=GCGCTATGGCAGTTTCTCAGC;SOR=0.864;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=133;TCF=82;TCR=51;TR=53;WE=114780656;WS=114780638;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:130,96:0.42:226
chr13	114780764	rs2274717	A	G	2617.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.059;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=327;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.403;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=43;PP=1092;ReadPosRankSum=0.907;SC=CCCCAGACTCAGTGATGGCGT;SOR=0.663;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=195;TCF=95;TCR=100;TR=85;WE=114780772;WS=114780754;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:184,142:0.44:326
chr13	114781868	rs2274716	G	A	336.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.256;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=12;PP=260;ReadPosRankSum=-0.787;SC=AAAATGCCACGACAGCTCCCC;SOR=0.874;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=23;TCF=3;TCR=20;TR=14;WE=114781876;WS=114781858;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,14:0.54:26
chr13	114783444	rs7986543	A	G	325.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=2.411;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=0;PP=198;ReadPosRankSum=-2.127;SC=GTGAAAGAAAACCTGAATCAA;SOR=0.368;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=24;TCF=23;TCR=1;TR=9;WE=114783452;WS=114783434;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,13:0.52:25
chr13	114787031	rs2274713	T	G	843.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=1.421;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=16;PP=410;ReadPosRankSum=-1.360;SC=GGGCAGCCCGTGTGGAGCAAA;SOR=0.646;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=55;TCF=21;TCR=34;TR=26;WE=114787039;WS=114787021;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,42:0.47:90
chr13	114792842	rs3829340	C	T	3613.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=1.691;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=418;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.522;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=43;PP=1479;ReadPosRankSum=-0.081;SC=TTCCACTTAACGTTGACCCAT;SOR=0.737;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=242;TCF=143;TCR=99;TR=105;WE=114792850;WS=114792832;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:221,183:0.45:404
chr13	114795094	.	T	C	1414	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;FR=0.5000;HP=4;HapScore=4;MGOF=25;MMLQ=24;MQ=58.14;NF=20;NR=1;PP=1414;QD=68.9891053594;SC=ACCTCTAAAATGGCGTCATCC;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=36;TCF=33;TCR=3;TR=21;WE=114795115;WS=114795084;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:15,21:0.58:36
chr13	114795107	.	GT	G	1419	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;FR=0.5000;HP=1;HapScore=4;MGOF=25;MMLQ=28;MQ=59.39;NF=23;NR=4;PP=1419;QD=53.7777777778;SC=CGTCATCCTGGTGGGCCAGGA;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=48;TCF=40;TCR=8;TR=27;WE=114795115;WS=114795084;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:21,27:0.56:48
chr13	115010254	rs3211416	C	T	4264.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=77;NR=42;PP=2314;SC=TGAAGTGTTACAACCCACAGC;SOR=1.339;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=120;TCF=77;TCR=43;TR=119;WE=115010262;WS=115010244;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,156:1.00:156
chr13	115011550	rs201167565	G	GT	75.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.449;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=1.545;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.19;MQRankSum=1.583;QD=1.94;ReadPosRankSum=-0.981;SOR=1.244;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,10:0.26:39
chr13	115015966	.	CA	C	55.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.025;ClippingRankSum=0.000;DP=120;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.51;ReadPosRankSum=0.132;SOR=0.534;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:83,27:0.25:110
chr13	115039393	rs17291675	C	T	1387.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=1.665;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.587;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=19;PP=481;ReadPosRankSum=-1.631;SC=CTGGGGTGACCGGTAACTTCT;SOR=0.544;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=55;TCF=26;TCR=29;TR=37;WE=115039401;WS=115039383;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,67:0.63:107
chr13	115047700	rs9590410	A	T	5091.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.633;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=489;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.50;ReadPosRankSum=-0.172;SOR=0.677;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:230,255:0.53:485
chr13	115064542	rs2701318	T	C	2752.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.994;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=246;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=55;PP=1067;ReadPosRankSum=-0.283;SC=TTTGTCAGTATGAGTATGCCT;SOR=0.721;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=170;TCF=67;TCR=103;TR=92;WE=115064550;WS=115064532;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:110,136:0.55:246
chr14	19889910	rs114693680	G	T	103.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.731;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.94;MQRankSum=0.423;QD=2.66;ReadPosRankSum=-0.964;SOR=0.704;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,10:0.26:39
chr14	20201972	rs4391979	A	C	6640.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.844;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=404;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.398;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQ=59.98;MQRankSum=-0.923;NF=94;NR=122;PP=2962;ReadPosRankSum=0.624;SC=ATGAGAATCAACAGAATTAGG;SOR=0.660;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=300;TCF=131;TCR=169;TR=216;WE=20201980;WS=20201962;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:119,278:0.70:397
chr14	20202040	rs8011997	T	A	6057.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.850;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=330;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.727;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=120;NR=89;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.102;SC=TACTTGCTTATTCATAATGCA;SOR=0.536;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=295;TCF=174;TCR=121;TR=209;WE=20202048;WS=20202030;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:93,236:0.72:329
chr14	20216298	rs12896533	T	C	11795.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.192;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=806;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.546;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-2.318;NF=178;NR=157;PP=2962;ReadPosRankSum=0.862;SC=GAACAAGGTCTTCTCTACCTG;SOR=0.644;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=514;TCF=274;TCR=240;TR=335;WE=20216306;WS=20216288;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:277,521:0.65:798
chr14	20248828	rs2635535	C	T	21429.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.667;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1526;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.545;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.282;NF=305;NR=334;PP=2962;ReadPosRankSum=1.815;SC=TTCTTGCTCACAGTGATGGCC;SOR=0.634;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=971;TCF=457;TCR=514;TR=639;WE=20248836;WS=20248818;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:540,968:0.64:1508
chr14	20249176	rs2815960	G	A	16912.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.007;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1161;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.153;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-1.127;NF=228;NR=230;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.600;SC=TCAGGCTCAGGTGAGAATACC;SOR=0.611;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=730;TCF=372;TCR=358;TR=458;WE=20249184;WS=20249166;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:402,749:0.65:1151
chr14	20249456	rs2815959	G	A	1724.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=2.641;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=259;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.508;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=53;PP=1071;ReadPosRankSum=-1.235;SC=GTCCTCCTGAGGATCATTGTC;SOR=0.887;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=220;TCF=60;TCR=160;TR=68;WE=20249464;WS=20249446;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:166,86:0.34:252
chr14	20265369	rs2489769	C	G	760.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.657;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=242;ExcessHet=3.0103;FS=2.741;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.63;MQRankSum=-0.180;QD=3.24;ReadPosRankSum=1.399;SOR=0.515;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:183,52:0.22:235
chr14	20295510	rs7145672	C	T	493.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-4.331;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.680;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-5.037;NF=17;NR=1;PP=261;ReadPosRankSum=2.315;SC=TGAAGTACTGCATGTGCCAAA;SOR=0.317;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=63;TCF=59;TCR=4;TR=18;WE=20295518;WS=20295500;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,24:0.33:72
chr14	20295763	rs11621854	C	T	1794.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.217;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=329;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.028;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-6.822;NF=34;NR=52;PP=1156;ReadPosRankSum=1.162;SC=TAAAGTCAGACCCTGGGCTCA;SOR=0.843;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=250;TCF=104;TCR=146;TR=86;WE=20295771;WS=20295753;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:225,100:0.31:325
chr14	20295778	rs11621883	CC	AG	2918.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.959;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=279;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.379;HP=5;HapScore=1;JOINED;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-7.683;NF=28;NR=45;PP=2728;ReadPosRankSum=1.978;SC=GGCTCACAGCCCCCCTCTATT;SOR=1.047;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=220;TCF=94;TCR=126;TR=73;WE=20295787;WS=20295768;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:193,84:0.30:277
chr14	20295834	rs2801164	T	C	1384.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.159;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.385;HP=1;HapScore=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-7.332;NF=25;NR=31;ReadPosRankSum=-0.010;SC=TACTCCTTCATTGTGGCTCCC;SOR=0.870;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=177;TCF=90;TCR=87;TR=56;WE=20295842;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:142,63:0.31:205
chr14	20296004	rs2318279	C	T	6711.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.457;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=823;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.87;MQRankSum=-13.489;QD=8.17;ReadPosRankSum=0.813;SOR=0.725;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:612,210:0.26:822
chr14	20296010	rs17114261	G	C	6705.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.303;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=788;ExcessHet=3.0103;FS=0.602;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.96;MQRankSum=-14.713;QD=8.52;ReadPosRankSum=0.681;SOR=0.775;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:585,202:0.26:787
chr14	20296541	rs56930122	C	CAA	956.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.394;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=307;ExcessHet=3.0103;FS=2.318;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=1.105;QD=3.81;ReadPosRankSum=1.245;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:173,78:0.31:251
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chr14	20443943	rs4060024	A	G	3462.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.602;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=314;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-1.681;NF=70;NR=46;PP=1918;ReadPosRankSum=2.473;SC=CTGCTTGCAAACCTGTCATTT;SOR=0.669;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=223;TCF=137;TCR=86;TR=116;WE=20443951;WS=20443933;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:154,159:0.51:313
chr14	20444012	rs3861512	A	T	4615.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.349;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=519;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.217;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-1.621;NF=82;NR=76;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.390;SC=TTTCTGGTTGAGCGCAAGACT;SOR=0.527;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=339;TCF=188;TCR=151;TR=158;WE=20444034;WS=20444002;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:287,231:0.45:518
chr14	20444026	rs3861513	T	G	4653.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.328;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=528;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.483;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.389;NF=83;NR=74;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.793;SC=CAAGACTATTTCTTTTGATGC;SOR=0.534;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=349;TCF=194;TCR=155;TR=157;WE=20444034;WS=20444002;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:300,227:0.43:527
chr14	20444193	rs2318556	A	C	7454.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.525;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=664;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.521;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-2.444;NF=113;NR=111;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.293;SC=TCCTCATTTCATGGTTTGTGG;SOR=0.636;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=405;TCF=200;TCR=205;TR=224;WE=20444201;WS=20444183;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:303,358:0.54:661
chr14	20444441	rs10135246	C	A	6238.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-2.944;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=522;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.240;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.899;NF=87;NR=78;PP=2735;ReadPosRankSum=-0.561;SC=CGCTCCTCTGCAAGCATGGCG;SOR=0.494;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=330;TCF=188;TCR=142;TR=165;WE=20444449;WS=20444431;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:233,286:0.55:519
chr14	20444490	rs11158071	C	T	6268.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-2.444;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=659;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.347;NF=109;NR=87;PP=2856;ReadPosRankSum=-0.234;SC=TCACTGTGGTCACTTTATTCT;SOR=0.712;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=392;TCF=213;TCR=179;TR=196;WE=20444498;WS=20444480;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:342,309:0.47:651
chr14	20444588	rs2153466	T	C	10162.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.699;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=597;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.464;HP=1;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-6.523;NF=90;NR=111;PP=2962;ReadPosRankSum=0.014;SC=ATCTTCACGCTTATTTTAAAC;SOR=0.538;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=394;TCF=164;TCR=230;TR=201;WE=20444596;WS=20444578;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:299,287:0.49:586
chr14	20444607	rs10135467	C	G	9400.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.899;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=529;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.756;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-6.799;NF=82;NR=108;PP=2676;ReadPosRankSum=2.133;SC=ACCCTGTAATCTACACGCTAA;SOR=0.566;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=370;TCF=151;TCR=219;TR=190;WE=20444615;WS=20444597;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:266,255:0.49:521
chr14	20470317	rs12893791	A	G	6474.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=240;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=125;NR=57;PP=2965;SC=GTAGAGCCAGATCAAATGGAT;SOR=1.480;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=182;TCF=125;TCR=57;TR=182;WE=20470325;WS=20470307;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,231:1.00:231
chr14	20470737	rs12587697	G	A	5344.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=2.053;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=629;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.155;NF=89;NR=86;PP=2863;ReadPosRankSum=0.380;SC=GTCATGAGTCGGGGGTTATGC;SOR=0.671;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=397;TCF=204;TCR=193;TR=175;WE=20470745;WS=20470727;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:350,264:0.43:614
chr14	20470852	rs34315947	CT	C	11836.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.088;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=573;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.187;NF=65;NR=175;PP=2983;ReadPosRankSum=1.624;SC=AGGTGGAAAACTTTTTTTTGT;SOR=0.705;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=267;TCF=74;TCR=193;TR=240;WE=20470860;WS=20470842;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,517:0.99:521
chr14	20470903	rs12586792	T	C	5419.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.310;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=514;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.730;HP=3;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQ=60.02;MQRankSum=-0.979;NF=89;NR=87;PP=2958;ReadPosRankSum=1.544;SC=GCTGACACTTTTGTCATTGAA;SOR=0.571;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=349;TCF=168;TCR=181;TR=176;WE=20470911;WS=20470893;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:259,250:0.49:509
chr14	20482471	rs12590785	C	T	8341.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=321;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=104;NR=85;PP=2965;SC=CTGCTTTCATCTCCTCATTTC;SOR=0.799;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=189;TCF=104;TCR=85;TR=189;WE=20482479;WS=20482461;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,316:1.00:316
chr14	20501962	rs2775261	G	C	282.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=7;NR=4;PP=197;SC=AAACAAGAGAGTGTCTCTTCA;SOR=1.270;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=7;TCR=4;TR=11;WE=20501970;WS=20501952;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr14	20502120	rs17277032	C	T	985.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=1.346;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.683;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=12;PP=472;ReadPosRankSum=1.319;SC=TTTTATCTACCGAGTATCTGC;SOR=0.802;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=70;TCF=42;TCR=28;TR=32;WE=20502128;WS=20502110;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,51:0.41:123
chr14	20502921	rs2775236	G	A	2511.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-1.449;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.367;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=56;PP=1337;ReadPosRankSum=0.538;SC=TTTCCATATCGTCAACTTTAT;SOR=0.421;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=149;TCF=46;TCR=103;TR=86;WE=20502929;WS=20502911;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,113:0.58:195
chr14	20528207	rs1958715	G	A	800.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-4.208;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.731;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=8;PP=485;ReadPosRankSum=0.283;SC=TGAGTAAATGGATCTTAAAAA;SOR=0.346;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=56;TCF=44;TCR=12;TR=30;WE=20528215;WS=20528197;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,37:0.52:71
chr14	20528321	rs1958716	A	G	4255.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.284;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=386;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.779;HP=1;HapScore=2;MGOF=29;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=1.929;NF=90;NR=52;PP=2279;ReadPosRankSum=-1.877;SC=TGCTACTGTGATGGGAAACAT;SOR=0.642;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=269;TCF=170;TCR=99;TR=142;WE=20528329;WS=20528311;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:184,200:0.52:384
chr14	20528359	rs1959630	G	T	20657.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=574;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.08;QD=36.11;SOR=0.968;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,572:1.00:572
chr14	20528359	.	GTCA	TTCA,TTCG	2864	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.54;FR=0.5000,0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=57;MMLQ=24;MQ=60.06;NF=210,107;NR=141,72;PP=2678,2864;QD=20;SC=TGACATGTAGGTCAACCCTTC;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=354;TCF=210;TCR=144;TR=351,179;WE=20528370;WS=20528349;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.99:354
chr14	20528362	rs1958717	A	G	5644.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.801;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=591;ExcessHet=3.0103;FS=0.525;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.07;MQRankSum=2.034;QD=9.60;ReadPosRankSum=1.921;SOR=0.633;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:298,290:0.49:588
chr14	20528448	rs112192573	TCATAGATTTGCTCACTGAC	T	8463.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=3.503;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=623;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.182;HP=1;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=2.185;NF=17;NR=72;PP=2964;ReadPosRankSum=0.116;SC=CCCAAGATGATCATAGATTTG;SOR=0.962;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=235;TCF=45;TCR=190;TR=89;WE=20528474;WS=20528438;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:364,230:0.39:594
chr14	20528505	rs2775253	T	A	6056.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=3.576;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=449;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.134;HP=1;HapScore=1;MGOF=129;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=91;PP=2010;ReadPosRankSum=-0.429;SC=GTGACCCAGATGTTCTTCATG;SOR=0.801;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=316;TCF=119;TCR=197;TR=142;WE=20528513;WS=20528495;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:261,186:0.42:447
chr14	20528528	rs2775254	G	A	5417.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=2.508;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=370;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.263;HP=4;HapScore=2;MGOF=102;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=75;PP=2224;ReadPosRankSum=-1.501;SC=CTTCTTTGGGGGTGCTGAGAT;SOR=0.765;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=265;TCF=99;TCR=166;TR=119;WE=20528536;WS=20528518;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:215,153:0.42:368
chr14	20529019	rs1959629	C	T	3670.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.986;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=253;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.574;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=48;PP=1075;ReadPosRankSum=-0.270;SC=AAACTCTTGCCGTATTTTATA;SOR=0.814;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=172;TCF=63;TCR=109;TR=72;WE=20529027;WS=20529009;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:139,108:0.44:247
chr14	20529043	rs1959628	C	G	3197.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.792;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.912;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=40;PP=860;ReadPosRankSum=0.302;SC=TTATCACACCCTTACTGAATC;SOR=0.953;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=149;TCF=55;TCR=94;TR=58;WE=20529051;WS=20529033;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:134,88:0.40:222
chr14	20529177	rs1959627	C	T	233.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=0.544;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.771;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=8;PP=119;ReadPosRankSum=2.289;SC=TTAAATGCTACGATAAGATAG;SOR=0.247;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=43;TCF=12;TCR=31;TR=13;WE=20529185;WS=20529167;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,15:0.30:50
chr14	20586042	rs8005245	G	C	6202.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.605;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=658;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.728;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=114;NR=94;PP=2962;ReadPosRankSum=1.012;SC=CCATTTGTAAGCCCCTACACT;SOR=0.786;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=447;TCF=234;TCR=213;TR=208;WE=20586050;WS=20586032;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:341,301:0.47:642
chr14	20586432	rs9323534	C	T	4310.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.365;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=419;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.219;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=80;PP=1987;ReadPosRankSum=-0.312;SC=TCTTTATCTACATTTGGCCCT;SOR=0.954;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=264;TCF=118;TCR=146;TR=137;WE=20586440;WS=20586422;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:200,213:0.52:413
chr14	20586650	rs10140123	C	A	164.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.159;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.88;ReadPosRankSum=-1.021;SOR=0.435;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,11:0.39:28
chr14	20612250	.	C	A	4091.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.108;ClippingRankSum=0.000;DP=463;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=70;NR=56;PP=1922;ReadPosRankSum=0.346;SC=GTTGTGATGGCCTTTGACCGC;SOR=0.683;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=268;TCF=148;TCR=120;TR=126;WE=20612258;WS=20612240;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:250,204:0.45:454
chr14	20642034	rs7143334	A	T	1653.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.544;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.538;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=34;PP=835;ReadPosRankSum=-1.384;SC=AATCATCACTACCTTATTGTG;SOR=0.522;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=90;TCF=28;TCR=62;TR=51;WE=20642042;WS=20642024;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,75:0.60:124
chr14	20665790	rs4981822	T	A	11352.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=436;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQ=59.99;NF=159;NR=131;PP=2965;SC=CCCATGTACATCCTGCTCGCC;SOR=0.856;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=290;TCF=159;TCR=131;TR=290;WE=20665798;WS=20665780;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,435:1.00:435
chr14	20665840	rs4981088	G	A	10674.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=405;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=136;NR=140;PP=2965;SC=CACCTCCACAGTCCCCAGCAT;SOR=0.703;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=278;TCF=137;TCR=141;TR=276;WE=20665848;WS=20665830;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,402:1.00:402
chr14	20665887	rs4981823	G	C	10064.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=369;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=124;NR=135;PP=2965;SC=AGATCATCTCGTTCTCTGGCT;SOR=0.755;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=261;TCF=124;TCR=137;TR=259;WE=20665895;WS=20665877;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,363:1.00:363
chr14	20666175	rs55781225	C	CA	18116.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.428;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=736;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.231;NF=64;NR=227;PP=2975;ReadPosRankSum=1.435;SC=CTCTCACTTGCAAAAAAGGCC;SOR=0.601;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=313;TCF=71;TCR=242;TR=291;WE=20666183;WS=20666165;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:7,696:0.99:703
chr14	20666556	rs2318886	C	T	709.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=1.421;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=19;PP=360;ReadPosRankSum=-0.059;SC=AAGGTCCTTGCGTAATTAATC;SOR=0.675;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=56;TCF=12;TCR=44;TR=24;WE=20666564;WS=20666546;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,33:0.47:70
chr14	20666623	rs2318887	T	C	101.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.082;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=1.764;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.39;ReadPosRankSum=-0.662;SOR=0.323;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,8:0.27:30
chr14	20692188	rs12891553	T	C	18296.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=683;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=197;NR=206;PP=2965;SC=CTCTCTGAGATTAAAACCATC;SOR=0.735;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=403;TCF=197;TCR=206;TR=403;WE=20692196;WS=20692178;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,674:1.00:674
chr14	20692291	rs34693535	C	T	13022.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=488;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=157;NR=182;PP=2965;SC=ATGATCGGTACCTGGCCATCT;SOR=0.817;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=340;TCF=157;TCR=183;TR=339;WE=20692299;WS=20692281;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,476:1.00:476
chr14	20692453	rs17211285	G	T	8780.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.941;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=320;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=110;NR=116;PP=2965;ReadPosRankSum=1.139;SC=TTGACCACTTGGTGTGTGACC;SOR=0.239;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=229;TCF=112;TCR=117;TR=226;WE=20692461;WS=20692443;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,316:1.00:317
chr14	20692574	rs17277221	T	C	10132.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=362;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=120;NR=115;PP=2965;SC=CTTGGGATCTTACACTCTGGT;SOR=0.710;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=237;TCF=120;TCR=117;TR=235;WE=20692582;WS=20692564;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,359:1.00:359
chr14	20692643	rs17277228	T	C	9658.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=371;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=139;NR=127;PP=2965;SC=TTTCTCCACATGTGGGTCCCA;SOR=0.732;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=266;TCF=139;TCR=127;TR=266;WE=20692651;WS=20692633;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,365:1.00:365
chr14	20692999	rs11851950	T	G	543.79	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=1.440;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=14;PP=416;ReadPosRankSum=1.322;SC=GCAGTTAAATTCAGCTCATTA;SOR=1.609;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=17;TCF=2;TCR=15;TR=16;WE=20693007;WS=20692989;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,18:0.95:19
chr14	20698068	rs4981844	G	T	12181.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.155;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=459;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=155;NR=146;PP=2965;ReadPosRankSum=1.612;SC=ACCTTTCTGTGGTCCCAACAT;SOR=0.382;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=303;TCF=156;TCR=147;TR=301;WE=20698076;WS=20698058;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,451:0.99:454
chr14	20698239	rs1953558	T	C	9851.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-0.286;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=341;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.248;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=143;NR=121;PP=2965;ReadPosRankSum=1.056;SC=AACTGTGCTTTAGGTTCCTTC;SOR=0.407;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=265;TCF=143;TCR=122;TR=264;WE=20698247;WS=20698229;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,337:1.00:338
chr14	20698298	rs1953559	T	G	12789.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.498;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=459;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=201;NR=148;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.259;SC=CACACTTGGTTGTTGTGTCTC;SOR=0.615;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=350;TCF=201;TCR=149;TR=349;WE=20698306;WS=20698288;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,451:1.00:452
chr14	20698504	rs1953560	G	A	11616.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=428;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=93;NR=222;PP=2965;SC=CAGAGATCATGAATAGGGTTT;SOR=1.575;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=317;TCF=93;TCR=224;TR=315;WE=20698512;WS=20698494;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,412:1.00:412
chr14	20711852	rs17277270	C	G	1928.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.992;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.082;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=33;PP=1055;ReadPosRankSum=-1.698;SC=CTGATCTATACTCTTCGTAAT;SOR=0.595;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=131;TCF=54;TCR=77;TR=60;WE=20711860;WS=20711842;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:121,90:0.43:211
chr14	20760066	rs1953549	T	A	1172.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.249;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.39;ReadPosRankSum=0.241;SOR=0.643;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:47,56:0.54:103
chr14	20763446	rs1953551	T	C	2803.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.156;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=285;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=34;PP=1159;ReadPosRankSum=0.960;SC=AAGGGTAAAATGGGGGAAATC;SOR=0.699;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=194;TCF=125;TCR=69;TR=95;WE=20763454;WS=20763436;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:142,140:0.50:282
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chr14	20764585	rs1953552	A	C	2386.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-1.030;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=271;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=43;PP=843;ReadPosRankSum=-2.448;SC=GATTGCTAGAAGCTTTTCTGT;SOR=0.669;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=166;TCF=63;TCR=103;TR=68;WE=20764593;WS=20764575;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:142,126:0.47:268
chr14	20767618	rs2318864	G	A	2633.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.730;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=258;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=44;PP=1254;ReadPosRankSum=-1.670;SC=CTGCAAATAGGAAGGGCACAT;SOR=0.677;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=169;TCF=79;TCR=90;TR=83;WE=20767626;WS=20767608;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:127,128:0.50:255
chr14	20767706	rs945459	C	T	1264.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.538;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.311;HP=4;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=30;PP=679;ReadPosRankSum=0.618;SC=TTTTACCTTTCTAAGTTTTTT;SOR=0.952;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=82;TCF=28;TCR=54;TR=42;WE=20767714;WS=20767696;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,61:0.48:128
chr14	20769870	rs3825766	G	A	111.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-2.936;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.680;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=1;PP=64;ReadPosRankSum=-0.882;SC=CTGAGAAGTAGTATTACGTTG;SOR=0.105;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=14;TCF=13;TCR=1;TR=6;WE=20769878;WS=20769860;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,6:0.43:14
chr14	20770036	rs3742945	T	C	1452.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.015;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.252;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=17;PP=576;ReadPosRankSum=0.788;SC=CATCTCCTTCTGCACATCCTG;SOR=0.808;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=100;TCF=58;TCR=42;TR=44;WE=20770044;WS=20770026;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,73:0.46:157
chr14	20784117	rs12889262	A	G	567.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.877;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=7;PP=142;ReadPosRankSum=-1.255;SC=TTACTTTTATACAGAAGAGAG;SOR=0.657;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=30;TCF=11;TCR=19;TR=11;WE=20784125;WS=20784107;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,30:0.61:49
chr14	20784718	rs1132644	G	T	355.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=0.853;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=10;PP=236;ReadPosRankSum=-1.379;SC=CTGAAGAGAGGCCTAAGAAGG;SOR=0.746;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=46;TCF=22;TCR=24;TR=18;WE=20784726;WS=20784708;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,21:0.32:66
chr14	20788652	rs11292211	TA	T	1434.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=49;PP=1378;SC=TTATTGGCTATAAAAAAACAA;SOR=2.910;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=56;TCF=1;TCR=55;TR=50;WE=20788660;WS=20788642;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr14	20794509	rs884368	A	G	1418.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=37;NR=7;PP=833;SC=TCTCAAATTCATAATTTATTA;SOR=3.056;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=44;TCF=37;TCR=7;TR=44;WE=20794517;WS=20794499;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr14	20813289	rs2297616	G	A	2606.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=12;NR=55;PP=1723;SC=GTCTCTGGTAGGAGTGGATCT;SOR=2.120;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=67;TCF=12;TCR=55;TR=67;WE=20813297;WS=20813279;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr14	20813672	rs3093890	A	G	3140.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-1.464;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=62;PP=1774;ReadPosRankSum=-0.606;SC=CTCAGAGAGCATCCTTTGTTA;SOR=0.610;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=96;TCF=32;TCR=64;TR=94;WE=20813680;WS=20813662;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,117:0.99:118
chr14	20815013	rs1713430	C	T	4888.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-2.805;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=70;NR=52;PP=2483;ReadPosRankSum=2.118;SC=TCTCTCTCTCCCTTTCTAGGC;SOR=0.857;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=130;TCF=71;TCR=59;TR=122;WE=20815021;WS=20815001;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,188:0.99:190
chr14	20815169	rs201999457	CT	C	88.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.343;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.87;MQRankSum=0.697;QD=2.02;ReadPosRankSum=0.832;SOR=0.563;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,15:0.34:44
chr14	20818602	rs3093902	C	G	1674.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=47;NR=11;PP=1149;SC=TAACTGGCACCTGTGACGAAG;SOR=2.376;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=58;TCF=47;TCR=11;TR=58;WE=20818610;WS=20818592;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr14	20819112	rs3093904	T	A	1602.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=36;NR=12;PP=1145;SC=CTTCTCCCTTTCCTGCCTGTT;SOR=1.981;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=48;TCF=36;TCR=12;TR=48;WE=20819120;WS=20819102;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr14	20820537	rs1760919	A	G	1323.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=10;NR=28;PP=860;SC=CGAAAGAAACACATCTTCTTT;SOR=1.609;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=38;TCF=10;TCR=28;TR=38;WE=20820545;WS=20820527;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr14	20824415	rs3093933	G	T	5455.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=98;NR=53;PP=2898;SC=CTTCAGTTCAGCTCAGTCTCT;SOR=1.236;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=152;TCF=98;TCR=54;TR=151;WE=20824423;WS=20824405;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,203:1.00:203
chr14	20825013	rs878157	C	T	851.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=13;NR=15;PP=652;SC=CTTTAAATTCCTAAAGATACC;SOR=0.760;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=28;TCF=13;TCR=15;TR=28;WE=20825021;WS=20825003;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr14	20825321	rs10625811	T	TTTCAC	5807.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.106;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.332;NF=9;NR=50;PP=2957;ReadPosRankSum=1.997;SC=GAGACAGGAGTATGTCTGTGA;SOR=1.455;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=70;TCF=9;TCR=61;TR=59;WE=20825331;WS=20825311;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,133:0.99:135
chr14	20825323	rs200223594	T	G	5816.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.076;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=51;PP=1604;ReadPosRankSum=2.093;SC=GACAGGAGTATGTCTGTGATC;SOR=1.355;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=79;TCF=26;TCR=53;TR=77;WE=20825331;WS=20825311;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,122:0.98:124
chr14	20825362	rs3093939	G	A	2141.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=57;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=28;NR=41;PP=1564;SC=GTTTTTTTCCGATGAGAAAAG;SOR=1.002;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=69;TCF=28;TCR=41;TR=69;WE=20825370;WS=20825352;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr14	20825965	rs2700	A	C	3841.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-0.074;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=76;PP=2362;ReadPosRankSum=0.991;SC=GAATGTTGATATTAAATAAAC;SOR=0.961;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=102;TCF=25;TCR=77;TR=101;WE=20825973;WS=20825955;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,129:0.99:130
chr14	20836923	rs10677311	G	GCACA	362.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.068;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.297;HP=2;HapScore=4;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=2.270;NF=7;NR=10;PP=508;ReadPosRankSum=1.331;SC=GCAGGCGCACGCACACACACA;SOR=0.976;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=39;TCF=16;TCR=23;TR=17;WE=20836932;WS=20836911;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,20:0.48:42
chr14	20837169	.	CT	C	84.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.520;ClippingRankSum=0.000;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.57;ReadPosRankSum=-1.682;SOR=0.724;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,13:0.39:33
chr14	20846521	rs2297615	A	T	6360.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=1.671;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=656;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.521;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=93;NR=96;PP=2774;ReadPosRankSum=-1.320;SC=CCCCAAGAGCAACACTGGACC;SOR=0.650;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=390;TCF=196;TCR=194;TR=189;WE=20846529;WS=20846511;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:338,310:0.48:648
chr14	20851840	rs2297614	A	G	5914.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.237;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=303;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=95;NR=114;PP=2778;ReadPosRankSum=-0.220;SC=AGTGGGAGAGAAAAAAAAAGC;SOR=0.604;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=216;TCF=98;TCR=118;TR=209;WE=20851848;WS=20851828;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:7,276:0.98:283
chr14	20852029	rs1760904	A	G	10798.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=409;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=144;NR=126;PP=2965;SC=AAGACTAATGATGCCACCTTG;SOR=0.822;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=272;TCF=145;TCR=127;TR=270;WE=20852037;WS=20852019;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,394:1.00:394
chr14	20852817	rs1760903	G	A	9562.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=365;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=96;NR=131;PP=2965;SC=GAGATCCGACGTGCGGCCTCT;SOR=0.914;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=227;TCF=96;TCR=131;TR=227;WE=20852825;WS=20852807;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,358:1.00:358
chr14	20854734	rs945011	A	G	3637.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=37;NR=47;PP=1545;SC=CCCGCTCCCCATGCATGTCTC;SOR=0.812;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=85;TCF=38;TCR=47;TR=84;WE=20854742;WS=20854724;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,140:1.00:140
chr14	20863811	rs1713417	G	A	1401.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.030;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.211;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=22;ReadPosRankSum=-1.898;SC=GTAAATTTCCGAGTTAGGCAG;SOR=0.799;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=114;TCF=63;TCR=51;TR=50;WE=20863819;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:95,72:0.43:167
chr14	20871645	rs8009925	C	A	4076.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.600;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=69;PP=2030;ReadPosRankSum=1.534;SC=AAAAAGGGAACTGGCTGTCCT;SOR=0.633;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=114;TCF=44;TCR=70;TR=113;WE=20871653;WS=20871635;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,157:0.98:160
chr14	20871846	rs55790286	A	G	822.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=4.074;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.939;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=5;PP=618;ReadPosRankSum=0.058;SC=TCCTGGAGAAAAGGGGCGTGG;SOR=1.668;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=62;TCF=46;TCR=16;TR=30;WE=20871854;WS=20871836;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,34:0.45:75
chr14	20872740	rs2275009	G	A	1515.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-2.041;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=14;PP=537;ReadPosRankSum=0.101;SC=ATGAAGTGAAGGCCCAAGCTC;SOR=0.732;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=99;TCF=60;TCR=39;TR=40;WE=20872748;WS=20872730;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,77:0.47:164
chr14	20872881	rs1760898	G	T	2297.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-0.164;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.089;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=37;PP=999;ReadPosRankSum=0.184;SC=TGGCCAAGATGTTATTGGCCA;SOR=0.598;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=118;TCF=50;TCR=68;TR=68;WE=20872889;WS=20872871;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:92,113:0.55:205
chr14	20873524	rs3762146	A	G	236.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=2.424;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.262;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=1;PP=184;ReadPosRankSum=-1.518;SC=CCCAACATGAAGCTAGTCACC;SOR=1.609;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=20;TCF=17;TCR=3;TR=10;WE=20873532;WS=20873514;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,10:0.45:22
chr14	20876253	rs1760897	A	G	12213.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.767;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=381;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=115;NR=114;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.829;SC=TTTAGACTAGAGAGGGTGGCC;SOR=0.737;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=230;TCF=115;TCR=115;TR=229;WE=20876261;WS=20876243;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,374:0.99:376
chr14	20876282	rs41310936	G	A	3325.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.548;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=388;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.212;HP=1;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=50;PP=1655;ReadPosRankSum=-0.730;SC=GTTCTCCAAGGAGAGGATGTC;SOR=0.665;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=232;TCF=114;TCR=118;TR=103;WE=20876290;WS=20876272;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:214,166:0.44:380
chr14	20896857	rs7140768	C	T	1563.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=39;NR=3;PP=1039;SC=ATTTCCTCAACGGAGATCATA;SOR=3.528;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=42;TCF=39;TCR=3;TR=42;WE=20896865;WS=20896852;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr14	20897064	rs7145318	C	T	10210.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=394;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=124;NR=137;PP=2965;SC=TGCTGCACAGCGGGCAGTGTC;SOR=0.769;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=262;TCF=125;TCR=137;TR=261;WE=20897072;WS=20897054;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,382:1.00:382
chr14	20897676	rs1953225	T	C	4876.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.710;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=383;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.712;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=77;NR=84;PP=2620;ReadPosRankSum=0.552;SC=GACATTGAGCTCAGGGTTGTA;SOR=0.607;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=263;TCF=122;TCR=141;TR=161;WE=20897684;WS=20897666;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:151,222:0.60:373
chr14	20897882	rs17111534	G	A	3946.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-3.538;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=354;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.389;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=74;NR=57;PP=2089;ReadPosRankSum=-0.107;SC=TCCGTGGTTGGCTAGGCCAGC;SOR=0.662;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=253;TCF=143;TCR=110;TR=131;WE=20897890;WS=20897872;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:170,178:0.51:348
chr14	20903349	rs1713408	T	C	13443.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=514;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=160;NR=196;PP=2965;SC=ACATCTTCCCTGGCATTTCCA;SOR=0.827;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=357;TCF=160;TCR=197;TR=356;WE=20903357;WS=20903339;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,506:1.00:506
chr14	20903778	rs8017682	G	A	4135.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.811;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=348;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.788;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=57;PP=1766;ReadPosRankSum=0.358;SC=GGAAAGGGAAGGTTCCTTGGG;SOR=0.587;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=210;TCF=89;TCR=121;TR=97;WE=20903786;WS=20903768;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:154,191:0.55:345
chr14	20903906	rs8017603	C	T	4945.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-2.150;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=71;PP=2166;ReadPosRankSum=1.685;SC=AAGGCAGTCCCTCTGGACGGG;SOR=0.427;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=106;TCF=34;TCR=72;TR=105;WE=20903914;WS=20903896;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,185:0.99:186
chr14	20916249	rs2275008	T	C	4113.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=3.084;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=435;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.522;HP=5;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=59;PP=1988;ReadPosRankSum=0.431;SC=TCTGTCCCAGTTTTTTACTGC;SOR=0.635;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=246;TCF=118;TCR=128;TR=114;WE=20916257;WS=20916239;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:231,196:0.46:427
chr14	20916958	rs938883	T	C	6992.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=263;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=83;NR=82;PP=2965;SC=GCAGCTCAACTAGCTTCTTGC;SOR=0.709;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=166;TCF=84;TCR=82;TR=165;WE=20916966;WS=20916948;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,258:1.00:258
chr14	20916987	rs938882	G	A	6077.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=77;NR=81;PP=2965;SC=GGGAATAAGCGTACGAGGCAC;SOR=0.776;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=159;TCF=77;TCR=82;TR=158;WE=20916995;WS=20916977;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,223:1.00:223
chr14	20917442	rs938881	A	T	6395.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=245;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=65;NR=84;PP=2703;SC=GTGATGAGGAAGTCCATGAAA;SOR=0.869;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=150;TCF=65;TCR=85;TR=149;WE=20917450;WS=20917432;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,244:1.00:244
chr14	20919551	rs3120068	C	T	776.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.61;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=8;NR=7;PP=251;SC=CCGCAACTTCCGCCTCCTGGG;SOR=0.818;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=15;TCF=8;TCR=7;TR=15;WE=20919559;WS=20919541;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr14	20919623	rs3120067	T	C	690.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=36;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=6;NR=10;PP=318;SC=TGCCACCACATCAAATTAATT;SOR=1.022;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=6;TCR=10;TR=16;WE=20919631;WS=20919613;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr14	20919667	rs3120066	C	T	529.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=35;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=6;NR=9;PP=217;SC=GGTTTTGCCACGTTGGCCAGG;SOR=0.990;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=15;TCF=6;TCR=9;TR=15;WE=20919675;WS=20919657;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr14	20919712	rs3120065	C	T	484.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=7;PP=220;SC=ATGATCCACCCGCCTCGACCT;SOR=0.793;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=6;TCR=7;TR=13;WE=20919720;WS=20919702;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr14	20920043	rs1320150	C	T	258.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=4;PP=171;SC=CATCTTTGTTCCTGACATTCC;SOR=1.085;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=10;TCF=6;TCR=4;TR=10;WE=20920051;WS=20920033;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr14	20920250	rs2275007	T	C	2234.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=25;NR=27;PP=1004;SC=TATTCCACAGTTGGGCCACAG;SOR=0.791;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=52;TCF=25;TCR=27;TR=52;WE=20920258;WS=20920240;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr14	20920340	rs2275006	A	G	1225.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=38;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=16;NR=17;PP=668;SC=TTATAATCCTAGAGATTGGAA;SOR=0.737;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=33;TCF=16;TCR=17;TR=33;WE=20920348;WS=20920330;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr14	20920360	rs3215948	A	AG	1283.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=33;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=14;PP=1027;SC=AAAAAACAATAGTGGGGGACA;SOR=0.804;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=23;TCF=9;TCR=14;TR=23;WE=20920368;WS=20920350;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr14	20920749	rs1878703	C	G	1094.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=25;PP=768;SC=CACATTTTCACATCTACTCTT;SOR=2.494;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=33;TCF=7;TCR=26;TR=30;WE=20920757;WS=20920739;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr14	20925154	rs1130409	T	G	4141.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=3.564;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=438;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.111;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=85;PP=2355;ReadPosRankSum=-0.473;SC=CTATAGGCGATGAGGAGCATG;SOR=0.833;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=319;TCF=139;TCR=180;TR=148;WE=20925162;WS=20925144;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:229,195:0.46:424
chr14	20942744	rs1713420	A	G	1919.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.466;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.749;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=32;PP=926;ReadPosRankSum=0.205;SC=GGTAAGTCAGAGGGATAGGTC;SOR=0.830;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=116;TCF=53;TCR=63;TR=56;WE=20942752;WS=20942734;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:101,93:0.48:194
chr14	20978531	rs2319198	G	A	4364.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=80;NR=42;PP=2409;SC=GGAGACCCCAGATACAATGCT;SOR=1.281;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=122;TCF=80;TCR=42;TR=122;WE=20978539;WS=20978521;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,160:1.00:160
chr14	21024605	rs8014474	G	A	2180.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.144;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.778;HP=2;HapScore=4;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=31;PP=2545;ReadPosRankSum=-1.791;SC=CTCAGAGAACGCTCTGCTAGG;SOR=0.552;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=145;TCF=93;TCR=52;TR=79;WE=21024627;WS=21024595;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:95,106:0.53:201
chr14	21024619	rs1243647	A	G	2231.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.632;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.039;HP=1;HapScore=4;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=32;PP=2545;ReadPosRankSum=0.605;SC=TGCTAGGGCGATATGACAAAG;SOR=0.525;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=153;TCF=96;TCR=57;TR=77;WE=21024627;WS=21024595;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:113,108:0.49:221
chr14	21024786	rs12590446	A	G	3138.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.374;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=318;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.852;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=47;PP=1778;ReadPosRankSum=-0.840;SC=TGGTATTTCAAATGCTTCTGT;SOR=0.749;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=219;TCF=112;TCR=107;TR=100;WE=21024794;WS=21024776;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:168,146:0.46:314
chr14	21052259	rs1429539	T	C	4952.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-2.345;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=456;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.097;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=92;NR=80;PP=2324;ReadPosRankSum=0.768;SC=GCATCACTTCTGTGGAGCTGC;SOR=0.599;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=327;TCF=177;TCR=150;TR=172;WE=21052267;WS=21052249;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:216,234:0.52:450
chr14	21052414	rs35818240	T	A	5962.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.919;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=636;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=91;NR=103;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.528;SC=GTCAGTAATGTGGAAGACATA;SOR=0.644;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=426;TCF=196;TCR=230;TR=194;WE=21052422;WS=21052404;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:336,292:0.46:628
chr14	21052487	rs35238496	A	G	4680.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.728;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=454;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.093;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=82;PP=2277;ReadPosRankSum=-0.849;SC=TTAATATCTCAATGGTCTGTT;SOR=0.615;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=297;TCF=128;TCR=169;TR=147;WE=21052495;WS=21052477;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:224,227:0.50:451
chr14	21058337	rs4981259	C	T	204.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-2.519;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=0;PP=123;ReadPosRankSum=0.918;SC=TCCCCTTCCGCTCAAGGCATT;SOR=0.724;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=24;TCF=22;TCR=2;TR=9;WE=21058345;WS=21058329;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,11:0.39:28
chr14	21108748	rs11621507	G	A	331.78	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.67;QD=41.47;SOR=4.407;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr14	21108748	.	GC	AT	954	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;FR=1.0000;HP=2;HapScore=1;MGOF=30;MMLQ=28;MQ=56.13;NF=17;NR=0;PP=954;QD=59.2628161684;SC=AGCTGAGATCGCGCCACTGCA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=17;TCR=2;TR=17;WE=21108757;WS=21108741;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:2,17:0.89:19
chr14	21108749	rs11621774	C	T	331.78	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.67;QD=41.47;SOR=4.407;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr14	21108786	rs138453753	T	TTC	38.25	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.51;QD=12.75;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr14	21108802	.	C	CTCAA	799	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;FR=1.0000;HP=20;HapScore=1;MGOF=26;MMLQ=28;MQ=50.83;NF=23;NR=0;PP=799;QD=34.8695652174;SC=CTCTCTCTCTCAAAAAAAAAA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=35;TCF=35;TCR=0;TR=23;WE=21108810;WS=21108792;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:12,23:0.66:35
chr14	21109170	rs11628297	T	A	10009.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=372;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=121;NR=118;PP=2965;SC=TGCTCAGGACTGCCAGCACAA;SOR=0.710;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=239;TCF=121;TCR=118;TR=239;WE=21109178;WS=21109160;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,367:1.00:367
chr14	21109278	rs11627438	A	T	10007.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=372;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=121;NR=127;PP=2965;SC=TGTTGGTGCAAGCCAGGCGGA;SOR=0.732;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=248;TCF=121;TCR=127;TR=248;WE=21109286;WS=21109268;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,369:1.00:369
chr14	21109385	rs11622969	C	T	10283.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=2.886;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=380;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=126;NR=120;PP=2965;ReadPosRankSum=1.128;SC=AGCACAGGGACGAGTCCCCCC;SOR=0.737;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=246;TCF=126;TCR=120;TR=246;WE=21109393;WS=21109375;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,372:0.99:374
chr14	21109671	rs11627574	A	G	10089.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=371;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=112;NR=136;PP=2965;SC=AGAAGTACATAGGGGTCTGTA;SOR=0.871;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=248;TCF=112;TCR=136;TR=248;WE=21109679;WS=21109661;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,364:1.00:364
chr14	21109726	rs11622794	G	A	8710.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=331;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=94;NR=128;PP=2965;SC=CACATTGCCTGTCAGATTCAG;SOR=0.920;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=222;TCF=94;TCR=128;TR=222;WE=21109734;WS=21109716;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,330:1.00:330
chr14	21109859	rs11156622	T	C	3609.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-1.506;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.195;HP=4;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=69;PP=2161;ReadPosRankSum=-0.634;SC=ATTGTCTTTTTCACCTGTCCA;SOR=1.086;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=106;TCF=37;TCR=69;TR=105;WE=21109867;WS=21109849;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,133:0.99:134
chr14	21167576	rs3748338	A	T	4987.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=81;NR=51;PP=2541;SC=TTTGCTGCTGACCCTGCTGGG;SOR=1.095;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=132;TCF=81;TCR=51;TR=132;WE=21167584;WS=21167566;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,186:1.00:186
chr14	21215692	rs10136680	C	T	2338.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=46;NR=23;PP=1239;SC=CTGGTTAATGCTTTTCTTTCT;SOR=1.402;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=69;TCF=46;TCR=23;TR=69;WE=21215700;WS=21215682;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
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chr14	21215923	rs34552133	G	T	2280.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.544;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.383;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=40;PP=1183;ReadPosRankSum=-1.257;SC=GGCTCTGAAAGGCAAGAGCTT;SOR=0.483;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=172;TCF=93;TCR=79;TR=80;WE=21215931;WS=21215913;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:118,109:0.48:227
chr14	21215997	rs11847654	C	T	2226.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.501;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=276;ExcessHet=3.0103;FS=9.602;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.40;ReadPosRankSum=0.850;SOR=0.903;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:140,125:0.47:265
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chr14	21238798	rs3827907	T	C	437.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=4.846;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.924;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=15;PP=306;ReadPosRankSum=0.409;SC=ATTCAGTGCTTTCTAAGTAGC;SOR=1.497;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=46;TCF=6;TCR=40;TR=16;WE=21238806;WS=21238788;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,18:0.35:51
chr14	21250366	rs7156801	T	C	1520.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=39;PP=1011;SC=ATTGCATCCATGTTTTCTTTT;SOR=2.303;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=51;TCF=12;TCR=39;TR=51;WE=21250374;WS=21250356;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr14	21360216	rs2073342	C	G	9254.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.692;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=338;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=107;NR=122;PP=2965;ReadPosRankSum=1.407;SC=TCAAACTGCACGTATGCAGAC;SOR=0.259;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=231;TCF=107;TCR=124;TR=229;WE=21360224;WS=21360206;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,332:1.00:333
chr14	21387994	rs10459477	A	G	10989.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=427;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=151;NR=104;PP=2965;SC=TGGAAAAACCAAAATACTTTT;SOR=0.946;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=256;TCF=151;TCR=105;TR=255;WE=21388002;WS=21387984;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,422:1.00:422
chr14	21388266	rs3748340	G	C	18875.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.548;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=697;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=-0.149;NF=229;NR=228;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.203;SC=AGTTCACCTGGATACCATCAT;SOR=0.230;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=457;TCF=229;TCR=228;TR=457;WE=21388274;WS=21388256;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,694:1.00:695
chr14	21388302	rs3748341	G	A	19195.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.531;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=725;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=-0.173;NF=234;NR=240;PP=2965;ReadPosRankSum=0.041;SC=AGCACTCCTCGTCATCACTCA;SOR=0.254;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=474;TCF=234;TCR=240;TR=474;WE=21388310;WS=21388292;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,721:1.00:722
chr14	21458131	rs2741733	G	A	1491.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=36;NR=12;PP=985;SC=ACAGGCACCTGTATTTCCGTT;SOR=2.215;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=48;TCF=36;TCR=12;TR=48;WE=21458139;WS=21458121;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr14	21460160	rs2741737	C	T	426.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=3.003;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.153;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=4;PP=285;ReadPosRankSum=-0.772;SC=TTGTCGTCTCCCTTGAGCTTT;SOR=1.688;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=31;TCF=20;TCR=11;TR=17;WE=21460168;WS=21460150;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,18:0.51:35
chr14	21460578	rs2297718	T	C	472.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=1.037;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=5;PP=311;ReadPosRankSum=-0.133;SC=CCCTTTTGTATTGGGGAGTGA;SOR=0.693;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=35;TCF=25;TCR=10;TR=17;WE=21460586;WS=21460568;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,20:0.50:40
chr14	21463430	rs2741739	G	T	7328.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=274;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=60;NR=110;PP=2965;SC=CACCCATATGGCACCAATTAC;SOR=1.217;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=170;TCF=60;TCR=110;TR=170;WE=21463438;WS=21463420;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,270:1.00:270
chr14	21463474	rs2783801	G	A	4059.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=21;NR=75;PP=2107;SC=AGACTGTCATGTATTGACAAG;SOR=1.885;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=96;TCF=21;TCR=75;TR=96;WE=21463482;WS=21463464;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,146:1.00:146
chr14	21467913	rs2234632	T	G	1237.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.859;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.487;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=21;PP=546;ReadPosRankSum=-0.539;SC=CATCACCGGCTAGTCCTCAGA;SOR=0.546;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=77;TCF=34;TCR=43;TR=39;WE=21467921;WS=21467903;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,61:0.53:116
chr14	21468156	rs2149666	T	G	1496.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.323;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.631;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=22;PP=915;ReadPosRankSum=0.084;SC=TGACAGCTCTTGTGTGGGATG;SOR=0.930;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=90;TCF=54;TCR=36;TR=58;WE=21468164;WS=21468146;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,68:0.63:108
chr14	21486054	rs1243444	T	C	3581.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.272;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=376;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.213;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=55;PP=1916;ReadPosRankSum=1.427;SC=ATTGGGCAGATAGCGGTGAGT;SOR=0.630;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=253;TCF=135;TCR=118;TR=112;WE=21486062;WS=21486044;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:202,172:0.46:374
chr14	21486137	rs1243445	G	C	13069.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=491;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=126;NR=154;PP=2965;SC=CTCTTGTCCCGATACTCACTG;SOR=0.818;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=281;TCF=126;TCR=155;TR=280;WE=21486145;WS=21486127;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,489:1.00:489
chr14	21486442	rs1243446	A	G	4814.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.280;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=510;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.105;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=83;NR=70;PP=2379;ReadPosRankSum=2.251;SC=ACACACATAAATGAGCCATGC;SOR=0.585;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=319;TCF=182;TCR=137;TR=153;WE=21486450;WS=21486432;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:257,237:0.48:494
chr14	21488046	rs1243448	G	C	3903.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=38;NR=58;PP=2019;SC=TGCTGCTCCCGTCGACTCTTC;SOR=1.117;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=96;TCF=38;TCR=58;TR=96;WE=21488054;WS=21488036;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,144:1.00:144
chr14	21488452	.	CAA	C	63.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.576;ClippingRankSum=0.000;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.61;MQRankSum=0.000;QD=2.66;ReadPosRankSum=0.442;SOR=0.591;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,6:0.25:24
chr14	21490125	rs1243449	A	C	1830.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=26;NR=24;PP=1305;SC=CTCCCAGAATAACCACTGCCC;SOR=0.760;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=50;TCF=26;TCR=24;TR=50;WE=21490133;WS=21490115;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr14	21499561	rs1243460	G	A	402.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.186;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.698;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=13;PP=310;ReadPosRankSum=0.101;SC=TCTAGTATCTGAGCCAGGCAA;SOR=0.067;SbPval=0.23;Source=Platypus;TC=33;TCF=2;TCR=31;TR=15;WE=21499569;WS=21499551;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,16:0.47:34
chr14	21500121	rs9624	G	T	1528.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.364;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.100;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=28;PP=718;ReadPosRankSum=-0.996;SC=CACAAGGAGCGCTTTGATGAG;SOR=0.891;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=133;TCF=64;TCR=69;TR=49;WE=21500129;WS=21500111;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:143,82:0.36:225
chr14	21500395	rs1243462	A	G	3933.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=67;NR=41;PP=1922;SC=GAGGCAGCACAGGAGGGTGGG;SOR=1.076;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=111;TCF=68;TCR=43;TR=108;WE=21500403;WS=21500385;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,151:1.00:151
chr14	21500411	rs3818613	C	A	2067.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.827;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=36;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=30;PP=1068;ReadPosRankSum=1.479;SC=GTGGGTTCTCCACCACACACC;SOR=0.682;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=137;TCF=82;TCR=55;TR=73;WE=21500419;WS=21500401;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:98,102:0.51:200
chr14	21500426	rs1754340	G	A	6101.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=235;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=84;NR=60;PP=2547;SC=CACACCCTTCGCTCTGCTTAG;SOR=0.918;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=146;TCF=85;TCR=61;TR=144;WE=21500434;WS=21500416;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,234:1.00:234
chr14	21500455	rs3818615	T	A	3113.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.341;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=299;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=32;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=37;PP=1230;ReadPosRankSum=-1.757;SC=CTACCAGCCATCAGTTAGCAT;SOR=0.671;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=162;TCF=91;TCR=71;TR=83;WE=21500463;WS=21500445;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:143,152:0.52:295
chr14	21500597	rs3818616	C	T	2101.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.471;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.505;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=40;PP=967;ReadPosRankSum=0.178;SC=TCCACCCCCACCCCTCAAAAG;SOR=0.741;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=139;TCF=60;TCR=79;TR=69;WE=21500605;WS=21500587;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:107,103:0.49:210
chr14	21501049	rs1952525	G	T	198.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.444;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=1;PP=39;ReadPosRankSum=-1.960;SC=TACAGAGGGGGCTCGTGTGCC;SOR=0.582;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=15;TCF=11;TCR=4;TR=5;WE=21501057;WS=21501039;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,11:0.48:23
chr14	21503743	rs1243463	G	A	1582.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=43;NR=4;PP=1253;SC=CCTTTGCTGGGCAGCAGAAAA;SOR=4.091;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=47;TCF=43;TCR=4;TR=47;WE=21503751;WS=21503733;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr14	21504447	rs1243464	A	G	7703.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=304;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=74;NR=147;PP=2965;SC=AAAAAGTGTGATCCCTTCTTT;SOR=1.381;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=221;TCF=74;TCR=147;TR=221;WE=21504455;WS=21504437;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,287:1.00:287
chr14	21511458	rs1263872	G	C	24158.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=918;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=256;NR=326;PP=2965;SC=GAGCCACGGGGCCGTGTCCCT;SOR=0.861;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=584;TCF=256;TCR=328;TR=582;WE=21511466;WS=21511448;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,898:1.00:898
chr14	21511497	rs1243469	C	T	18527.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=708;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=185;NR=282;PP=2965;SC=CTCAGGGAAGCATCCGAACTG;SOR=1.004;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=468;TCF=185;TCR=283;TR=467;WE=21511505;WS=21511487;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,697:1.00:697
chr14	21526044	rs12435011	T	C	4978.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=100;NR=35;PP=2965;SC=CTGTCTCCCTTAAGAGAGATG;SOR=1.781;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=135;TCF=100;TCR=35;TR=135;WE=21526052;WS=21526034;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,172:1.00:172
chr14	21526079	rs12437266	C	T	7140.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=257;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=127;NR=57;PP=2965;SC=AGGATGCTGCCCCCTGCTGCT;SOR=1.481;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=184;TCF=127;TCR=57;TR=184;WE=21526087;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,251:1.00:251
chr14	21542037	rs4982405	C	T	7306.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.738;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=278;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=109;NR=73;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.115;SC=ACTGCCCTCTCCTGCTGGTTT;SOR=0.990;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=187;TCF=110;TCR=77;TR=182;WE=21542045;WS=21542027;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,274:0.99:276
chr14	21542766	rs12889267	A	G	1288.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.431;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=19;PP=585;ReadPosRankSum=-0.775;SC=GATGCACCAGAAGGGCCTGGG;SOR=0.699;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=92;TCF=48;TCR=44;TR=39;WE=21542774;WS=21542756;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,63:0.44:142
chr14	21544056	rs7140850	C	T	417.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-1.431;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=11;PP=215;ReadPosRankSum=-0.606;SC=AGACTTCAAGCCATTGACCTT;SOR=0.941;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=28;TCF=7;TCR=21;TR=14;WE=21544064;WS=21544046;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,19:0.54:35
chr14	21544842	rs11483416	T	TG	3025.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.065;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.658;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.613;NF=12;NR=44;PP=1934;ReadPosRankSum=-1.321;SC=CCATCAGTAGTGGGGAGAGGA;SOR=0.583;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=108;TCF=22;TCR=86;TR=56;WE=21544850;WS=21544832;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:99,116:0.54:215
chr14	21549893	rs7143633	G	C	9831.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=356;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=88;NR=114;PP=2965;SC=CCAGCAACACGTGGGAGAGGA;SOR=0.850;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=202;TCF=88;TCR=114;TR=202;WE=21549901;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,354:1.00:354
chr14	21551058	rs1958395	G	A	2186.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.419;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.648;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=29;PP=905;ReadPosRankSum=0.588;SC=GTCTGGCTGCGCTCAGTCCCT;SOR=0.825;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=133;TCF=74;TCR=59;TR=68;WE=21551077;WS=21551048;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:107,110:0.51:217
chr14	21551069	rs1958396	T	C	5921.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.531;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=75;NR=61;PP=2790;ReadPosRankSum=-1.296;SC=CTCAGTCCCTTAAGCAAGGTA;SOR=0.425;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=139;TCF=77;TCR=62;TR=136;WE=21551077;WS=21551048;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,226:0.99:229
chr14	21555068	rs12891708	A	G	454.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.114;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FS=3.014;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.66;ReadPosRankSum=1.475;SOR=0.979;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:113,58:0.34:171
chr14	21555087	rs145744937	AAATC	A	3895.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.294;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=249;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.594;HP=6;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=1.623;NF=22;NR=36;PP=1879;ReadPosRankSum=0.576;SC=AAAAAGAAAAAAATCAACCAT;SOR=0.815;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=116;TCF=53;TCR=63;TR=58;WE=21555098;WS=21555077;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:138,106:0.43:244
chr14	21556963	rs35186993	A	AT	6110.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=25;NR=39;PP=2673;SC=ATGTCCCTAAATTCACTGTAG;SOR=0.921;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=71;TCF=28;TCR=43;TR=64;WE=21556971;WS=21556953;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,192:1.00:192
chr14	21558558	rs6571653	G	C	588.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=1.517;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.849;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=15;PP=420;ReadPosRankSum=-0.113;SC=CGCCCGCCGCGCCTTCCACCT;SOR=1.048;SbPval=0.23;Source=Platypus;TC=64;TCF=33;TCR=31;TR=25;WE=21558566;WS=21558548;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,26:0.39:66
chr14	21562560	rs7149011	T	C	6000.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.530;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=26.20;ReadPosRankSum=-0.168;SOR=0.702;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,227:0.99:229
chr14	21570273	rs745696	T	C	12950.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.445;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=487;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=139;NR=162;PP=2965;ReadPosRankSum=1.356;SC=CACCCCGCCTTTGGAAGGTGA;SOR=0.266;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=303;TCF=139;TCR=164;TR=301;WE=21570281;WS=21570263;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,484:1.00:485
chr14	21570614	rs4982408	A	C	4516.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=65;NR=48;PP=1966;SC=TGGGTTTCATAGTGGTGGTGG;SOR=0.894;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=113;TCF=65;TCR=48;TR=113;WE=21570622;WS=21570604;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,172:1.00:172
chr14	21571119	rs12432043	A	G	741.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=16;NR=5;PP=498;SC=GGGTAAGAGGAAACTGGGAAT;SOR=2.494;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=16;TCR=5;TR=21;WE=21571127;WS=21571109;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr14	21571208	rs12880628	G	T	2321.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=42;NR=21;PP=1090;SC=AAACAGGATAGAAAATTGGGC;SOR=1.244;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=64;TCF=43;TCR=21;TR=63;WE=21571216;WS=21571198;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr14	21623010	rs8007993	T	C	4623.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=82;NR=43;PP=2543;SC=TTCACAGGGGTGGGCATGGGA;SOR=1.324;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=127;TCF=82;TCR=45;TR=125;WE=21623018;WS=21623000;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,163:1.00:163
chr14	21623290	rs7145814	T	C	4052.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.179;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=390;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=79;PP=1881;ReadPosRankSum=-1.891;SC=AAGAGGCAGATGGCAGTGAGG;SOR=0.676;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=282;TCF=121;TCR=161;TR=138;WE=21623298;WS=21623280;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:189,196:0.51:385
chr14	21623648	rs7161544	G	A	1752.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.611;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.826;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=35;PP=971;ReadPosRankSum=-1.799;SC=AGAGCAGGGGGTTACAAATAG;SOR=0.867;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=139;TCF=66;TCR=73;TR=65;WE=21623656;WS=21623638;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:98,85:0.46:183
chr14	21623836	rs4982419	G	A	2599.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.873;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=307;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=34;PP=1148;ReadPosRankSum=1.420;SC=AAGAAGGAGAGGCTCTTCAGG;SOR=0.689;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=206;TCF=114;TCR=92;TR=78;WE=21623844;WS=21623826;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:173,130:0.43:303
chr14	21762989	.	ATTTTTTT	A	371.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.780;ClippingRankSum=0.000;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=23.181;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.22;MQRankSum=0.809;QD=23.23;ReadPosRankSum=1.873;SOR=2.410;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,11:0.69:16
chr14	21770730	rs6571751	A	G	2634.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=2.417;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=312;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.418;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=42;PP=1228;ReadPosRankSum=0.443;SC=AGTAGCCAGTAAACCCAGTGA;SOR=0.724;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=180;TCF=78;TCR=102;TR=74;WE=21770738;WS=21770720;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:176,131:0.43:307
chr14	21775816	rs8005773	G	C	518.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-1.550;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.379;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=4;PP=272;ReadPosRankSum=-1.353;SC=ATTCTTACTAGGGCATAGTCA;SOR=0.402;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=35;TCF=27;TCR=8;TR=17;WE=21775824;WS=21775806;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,24:0.56:43
chr14	21790040	rs10151259	G	T	1309.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.086;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.394;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=16;PP=615;ReadPosRankSum=-1.237;SC=GATGACAAAAGCTGACAATGA;SOR=0.859;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=86;TCF=52;TCR=34;TR=43;WE=21790048;WS=21790030;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,65:0.50:131
chr14	21793236	rs7157052	G	A	2140.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.891;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.556;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=48;PP=1233;ReadPosRankSum=0.748;SC=ATTGGTAAGTGCCGTTGGCTT;SOR=0.622;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=145;TCF=54;TCR=91;TR=76;WE=21793244;WS=21793226;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,97:0.53:183
chr14	21796784	rs3748361	G	C	580.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.668;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=14;PP=340;ReadPosRankSum=1.445;SC=AAATACACCAGAGGTAAGACC;SOR=0.892;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=33;TCF=10;TCR=23;TR=19;WE=21796792;WS=21796774;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,26:0.59:44
chr14	21821821	rs3736824	A	C	1168.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.298;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=20;PP=507;ReadPosRankSum=-1.653;SC=AAATGACATTAGATTAGGAAG;SOR=0.681;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=73;TCF=32;TCR=41;TR=36;WE=21821829;WS=21821811;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,57:0.47:121
chr14	21825924	rs3762156	T	C	325.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=8;NR=2;PP=204;SC=TGTGAGCCATTATGCCTGCCC;SOR=1.981;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=8;TCR=2;TR=10;WE=21825932;WS=21825914;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr14	21826718	rs3762157	T	G	1194.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=16;NR=27;PP=744;SC=TGGGCAGGATTTGCAGGTTTG;SOR=1.280;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=43;TCF=16;TCR=27;TR=43;WE=21826726;WS=21826708;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr14	21828520	rs927412	T	A	3416.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=43;NR=35;PP=1562;SC=AGAAGCTGAGTGAAATGAAGT;SOR=0.824;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=80;TCF=45;TCR=35;TR=78;WE=21828528;WS=21828510;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chr14	21829129	rs3762158	C	G	3984.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=48;NR=51;PP=2235;SC=GTTTTACAATCCCCTAAGCAA;SOR=0.735;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=99;TCF=48;TCR=51;TR=99;WE=21829137;WS=21829119;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,143:1.00:143
chr14	21829404	rs1543494	T	C	11330.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=434;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.60;SOR=0.731;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,426:1.00:426
chr14	21829470	.	C	CTT	339.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.649;ClippingRankSum=0.000;DP=122;ExcessHet=3.0103;FS=2.336;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.93;MQRankSum=0.000;QD=13.59;ReadPosRankSum=1.080;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,21:0.84:25
chr14	21830635	rs1983768	C	T	446.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=11;PP=272;SC=TTTTTAATAACGAAGTATCCT;SOR=2.584;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=2;TCR=11;TR=13;WE=21830643;WS=21830625;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr14	21831052	rs10138699	T	C	5217.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=82;NR=51;PP=2459;SC=CCCGAATATGTGGTTCCTTAG;SOR=1.092;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=133;TCF=82;TCR=51;TR=133;WE=21831060;WS=21831042;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,193:1.00:193
chr14	21831112	rs10146717	G	A	6936.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=270;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=89;NR=77;PP=2965;SC=GAGCTCTGGAGTGGGATAAAA;SOR=0.804;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=167;TCF=90;TCR=77;TR=166;WE=21831120;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,264:1.00:264
chr14	21831692	rs10139379	T	A	782.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=4;NR=18;PP=495;SC=GAAGACACATTATTTAAAAGA;SOR=2.387;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=22;TCF=4;TCR=18;TR=22;WE=21831700;WS=21831682;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr14	21833147	rs2295866	G	A	2372.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=32;NR=22;PP=1101;SC=AATGTGGAGAGGTGTGAGACA;SOR=0.941;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=54;TCF=32;TCR=22;TR=54;WE=21833155;WS=21833137;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr14	21834815	rs66530934	C	CTTTT	339.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=11;HapScore=3;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;NF=3;NR=7;PP=105;SC=AGTCCACTCACTTTTTTTTTT;SOR=1.179;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=12;TCF=3;TCR=9;TR=10;WE=21834823;WS=21834805;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr14	21836400	rs8008670	T	C	1387.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=36;NR=6;PP=1041;SC=TACACAACTTTCAAACCTCCT;SOR=3.258;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=42;TCF=36;TCR=6;TR=42;WE=21836408;WS=21836390;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr14	21838160	rs2181125	A	G	2294.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=8;NR=56;PP=1641;SC=TTATTTAGCAAACTATCACTG;SOR=3.352;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=64;TCF=8;TCR=56;TR=64;WE=21838168;WS=21838150;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr14	21838781	rs4982445	C	T	506.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=13;PP=338;SC=CTACTTTTTACTTTTAAAGAG;SOR=2.303;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=16;TCF=3;TCR=13;TR=16;WE=21838789;WS=21838771;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr14	21859079	rs35057134	GA	G	3490.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.276;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.678;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQ=60.05;MQRankSum=1.061;NF=25;NR=26;PP=1881;ReadPosRankSum=0.557;SC=TGTGGGAATAGAGTGGTAATG;SOR=0.574;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=105;TCF=52;TCR=53;TR=51;WE=21859087;WS=21859069;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:115,104:0.47:219
chr14	21859536	rs3762159	T	C	2456.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=59;NR=16;PP=1646;SC=GAAACGATGATACAGTATGTC;SOR=2.303;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=75;TCF=59;TCR=16;TR=75;WE=21859544;WS=21859526;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr14	21860360	rs1998332	G	A	11478.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=443;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=118;NR=126;PP=2965;SC=CCAAGTTAGGGTAAAACTCCC;SOR=0.721;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=246;TCF=118;TCR=128;TR=244;WE=21860368;WS=21860350;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,434:1.00:434
chr14	21861211	rs7152833	C	A	629.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=13;NR=6;PP=430;SC=CCCGGATATACTGTTACACTG;SOR=1.609;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=13;TCR=6;TR=19;WE=21861219;WS=21861201;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr14	21864124	rs10134108	C	A	844.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=10;NR=17;PP=507;SC=AGGATGAAGACCTAGCCACAC;SOR=1.402;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=27;TCF=10;TCR=17;TR=27;WE=21864132;WS=21864114;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr14	21869705	rs113076568	C	CT	2092.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQ=60.28;NF=1;NR=54;PP=677;SC=GTAAAGCTGACTTTTTTTTTT;SOR=1.468;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=64;TCF=1;TCR=63;TR=55;WE=21869713;WS=21869695;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr14	21871653	rs8022395	C	T	6447.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=239;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=87;NR=78;PP=2965;SC=CTAGGCAGCGCACCATCTGAG;SOR=0.790;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=166;TCF=88;TCR=78;TR=165;WE=21871661;WS=21871643;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,235:1.00:235
chr14	21874068	rs7155123	G	C	2751.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=60;PP=1870;SC=AAACATGAAGGACTTCTGGGG;SOR=2.329;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=76;TCF=16;TCR=60;TR=76;WE=21874076;WS=21874058;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr14	21883665	rs34695967	A	AAAAT	1867.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.489;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=1.232;NF=10;NR=7;PP=693;ReadPosRankSum=0.203;SC=CTCTATTTCAAAAATAAATAA;SOR=0.747;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=40;TCF=22;TCR=18;TR=17;WE=21883673;WS=21883655;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,48:0.58:83
chr14	21899631	rs10467770	C	T	1783.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.168;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.781;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=30;PP=983;ReadPosRankSum=-1.078;SC=GAATTCCCCACATCACCACCT;SOR=0.765;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=114;TCF=57;TCR=57;TR=56;WE=21899639;WS=21899621;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,82:0.51:160
chr14	21930596	rs10143000	G	A	8076.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=308;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=72;NR=143;PP=2965;SC=GACATAAATCGTATCATCAGT;SOR=1.264;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=215;TCF=72;TCR=143;TR=215;WE=21930604;WS=21930586;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,304:1.00:304
chr14	21936398	rs71112590	A	AT	236.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=0.149;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=12;HapScore=4;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=0;PP=155;ReadPosRankSum=0.000;SC=TCACAACAAAATTTTTTTTTT;SOR=0.950;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=25;TCF=21;TCR=4;TR=12;WE=21936406;WS=21936389;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,18:0.60:30
chr14	21936762	.	G	GAAA	378.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.698;ClippingRankSum=0.000;DP=105;ExcessHet=3.0103;FS=4.782;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.21;ReadPosRankSum=1.319;SOR=0.975;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:59,31:0.34:90
chr14	21944955	rs17516362	G	C	2194.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=3.183;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.491;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=41;PP=1429;ReadPosRankSum=-1.162;SC=ATGCCCGCCCGAGCCTTGAAG;SOR=0.524;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=154;TCF=52;TCR=102;TR=68;WE=21944963;WS=21944945;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:118,101:0.46:219
chr14	21945415	rs2282046	A	G	5363.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=69;NR=54;PP=2382;SC=AGGGTCTGAGACGGTGGGAGC;SOR=0.849;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=123;TCF=69;TCR=54;TR=123;WE=21945423;WS=21945405;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,205:1.00:205
chr14	21945629	rs12878084	C	T	694.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-0.877;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.899;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=11;PP=380;ReadPosRankSum=-1.253;SC=CCTAACTTATCCCCGCGACTT;SOR=0.305;SbPval=0.24;Source=Platypus;TC=44;TCF=17;TCR=27;TR=22;WE=21945637;WS=21945619;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,31:0.57:54
chr14	21950836	rs6571850	T	G	1668.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.230;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.543;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=33;PP=809;ReadPosRankSum=-0.729;SC=AATATTTGCTTCAGTTTTAGT;SOR=0.559;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=78;TCF=23;TCR=55;TR=49;WE=21950844;WS=21950826;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,76:0.62:123
chr14	21955930	rs1061031	G	A	142.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-3.440;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=6;PP=74;ReadPosRankSum=-1.294;SC=TCTATTCCCTGCTACACTTGG;SOR=0.859;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=1;TCR=11;TR=6;WE=21955938;WS=21955920;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,7:0.54:13
chr14	21956695	rs3215876	GA	G	2015.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=1.220;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.256;HP=5;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=2.466;NF=26;NR=25;PP=1583;ReadPosRankSum=-0.556;SC=ATTTAGGGGGGAAAAGTGGTT;SOR=0.952;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=110;TCF=50;TCR=60;TR=51;WE=21956703;WS=21956685;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:108,91:0.46:199
chr14	21957159	rs12880071	T	C	1110.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=2.186;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.865;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=17;PP=852;ReadPosRankSum=-1.494;SC=ATTTCCAGTTTATAATTCTCC;SOR=0.527;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=80;TCF=50;TCR=30;TR=41;WE=21957167;WS=21957151;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,42:0.52:81
chr14	21960408	rs3737050	A	G	407.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.821;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=3.304;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.95;ReadPosRankSum=-0.105;SOR=1.514;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,18:0.44:41
chr14	21960424	rs59860769	TG	T	188.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.873;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.85;ReadPosRankSum=2.040;SOR=0.729;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,17:0.35:49
chr14	21967109	rs1061026	T	G	2571.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=2.054;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.443;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=17;PP=1164;ReadPosRankSum=-0.053;SC=TCTACTAAGTTCTGTCCTTAA;SOR=0.902;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=134;TCF=92;TCR=42;TR=65;WE=21967117;WS=21967099;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:97,115:0.54:212
chr14	21967133	rs1061027	C	A	2383.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.478;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=291;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.909;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=34;PP=1125;ReadPosRankSum=1.546;SC=TAAATAATAGCCCCTTGAGGA;SOR=0.624;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=177;TCF=104;TCR=73;TR=81;WE=21967141;WS=21967123;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:162,125:0.44:287
chr14	21967438	rs3168880	G	A	2942.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.012;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=298;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.933;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=26;PP=1601;ReadPosRankSum=-0.053;SC=TGGAGGCCTGGGAAGCACATA;SOR=0.767;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=209;TCF=140;TCR=69;TR=91;WE=21967446;WS=21967428;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:150,135:0.47:285
chr14	21967916	rs1139130	A	G	14298.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.543;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=559;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=159;NR=167;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.287;SC=ACCCCCAGAGATTTAGACATT;SOR=0.700;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=328;TCF=159;TCR=169;TR=326;WE=21967924;WS=21967906;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,554:1.00:556
chr14	21968876	rs3752411	G	A	2234.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.345;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=244;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.356;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=42;PP=1181;ReadPosRankSum=-0.077;SC=TGAGATTCATGGCCCGAGTCC;SOR=0.443;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=170;TCF=70;TCR=100;TR=78;WE=21968884;WS=21968866;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:128,108:0.46:236
chr14	21970154	rs35058794	C	CT	281.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.988;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.20;MQRankSum=0.000;QD=12.25;ReadPosRankSum=-0.074;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,18:0.78:23
chr14	21971246	rs17106830	G	A	2193.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-2.002;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=19;PP=1226;ReadPosRankSum=1.235;SC=CCTTGCCCTAGGGGTAAATCC;SOR=0.739;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=145;TCF=104;TCR=41;TR=74;WE=21971254;WS=21971236;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,100:0.54:185
chr14	21971729	rs2242526	C	G	6738.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.521;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=249;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.119;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=82;NR=93;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.670;SC=GGCTAGAGAACGAGGGGAGGT;SOR=0.316;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=177;TCF=83;TCR=94;TR=175;WE=21971737;WS=21971719;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,241:1.00:242
chr14	21991626	rs1263810	C	G	4108.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-4.169;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=376;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.221;HP=2;HapScore=4;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=72;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.121;SC=GGGAAACTCCCTGCCCCGGAG;SOR=0.767;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=247;TCF=111;TCR=136;TR=128;WE=21991638;WS=21991616;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:173,197:0.53:370
chr14	21991630	rs61746515	C	T	3690.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.240;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=366;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.240;HP=3;HapScore=4;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=62;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.075;SC=AACTCCCTGCCCCGGAGACTG;SOR=0.622;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=239;TCF=107;TCR=132;TR=115;WE=21991638;WS=21991616;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:191,169:0.47:360
chr14	21992122	rs45442799	C	T	4957.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-2.876;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=429;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.746;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=78;PP=2305;ReadPosRankSum=0.879;SC=CCCCCAAGGGCTCTAGCACAT;SOR=0.822;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=272;TCF=129;TCR=143;TR=144;WE=21992130;WS=21992112;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:196,232:0.54:428
chr14	21993498	rs1263811	G	A	7334.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=270;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=63;NR=84;PP=2965;SC=AAATGCCCTGGAGACTCCTCT;SOR=0.862;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=147;TCF=63;TCR=84;TR=147;WE=21993513;WS=21993488;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,267:1.00:267
chr14	22037905	rs8009501	G	A	972.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.597;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.153;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=7;PP=282;ReadPosRankSum=-0.963;SC=TCTAATTGTGGCAGCTTCCCT;SOR=0.434;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=40;TCF=29;TCR=11;TR=22;WE=22037913;WS=22037895;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,45:0.64:70
chr14	22038162	rs17197261	A	C	2554.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.976;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.012;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=32;PP=1223;ReadPosRankSum=0.860;SC=AAGTTGAAAAAGCCCGGCGCC;SOR=0.775;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=169;TCF=105;TCR=64;TR=87;WE=22038170;WS=22038152;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:114,122:0.52:236
chr14	22038450	rs11626669	G	A	3972.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-2.248;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=302;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.433;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=61;PP=1733;ReadPosRankSum=0.777;SC=CAAGCAAGGCGCTCAGCTTAG;SOR=0.650;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=190;TCF=87;TCR=103;TR=113;WE=22038458;WS=22038440;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:114,184:0.62:298
chr14	22038578	.	C	G	1128.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.285;ClippingRankSum=0.000;DP=309;ExcessHet=3.0103;FS=0.483;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.69;ReadPosRankSum=-1.878;SOR=0.627;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:230,76:0.25:306
chr14	22038659	rs17792778	T	C	3760.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.015;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=349;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=54;PP=1896;ReadPosRankSum=0.804;SC=GAGGAGATGCTCATATCAATG;SOR=0.675;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=223;TCF=115;TCR=108;TR=110;WE=22038667;WS=22038649;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:166,177:0.52:343
chr14	22038915	rs4982462	A	G	2048.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.237;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.198;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=45;PP=926;ReadPosRankSum=-2.762;SC=CAAAACAAGAATTAACATAGA;SOR=0.804;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=132;TCF=41;TCR=91;TR=62;WE=22038923;WS=22038905;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,97:0.54:180
chr14	22070146	rs10134340	C	T	3064.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.804;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=285;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.438;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-1.336;NF=65;NR=52;PP=1856;ReadPosRankSum=-0.720;SC=AAAACACAGCCGCTGCCCCAT;SOR=0.656;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=210;TCF=117;TCR=93;TR=117;WE=22070154;WS=22070136;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:135,141:0.51:276
chr14	22070509	rs11157069	G	A	4834.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.248;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=414;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.012;NF=66;NR=77;PP=2468;ReadPosRankSum=-0.942;SC=GCATGGAGCCGGCGACCCAAG;SOR=0.674;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=269;TCF=124;TCR=145;TR=143;WE=22070517;WS=22070499;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:190,224:0.54:414
chr14	22070595	rs35103338	AC	A	5569.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.224;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=306;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.429;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.662;NF=18;NR=70;PP=2948;ReadPosRankSum=-0.977;SC=ATTGCCAGGTACCTGTCATAG;SOR=0.741;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=160;TCF=32;TCR=128;TR=88;WE=22070603;WS=22070585;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:125,175:0.58:300
chr14	22090208	rs8016939	A	G	2031.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=0.880;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=32;PP=1216;ReadPosRankSum=3.057;SC=TCCTGAATATACATTTTCCTA;SOR=0.859;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=59;TCF=27;TCR=32;TR=59;WE=22090216;WS=22090198;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,76:0.97:78
chr14	22090594	rs1063365	C	G	5930.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=73;NR=77;PP=2914;SC=TCTTACAATGCTCTGGATGGT;SOR=0.757;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=153;TCF=75;TCR=78;TR=150;WE=22090602;WS=22090584;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,223:1.00:223
chr14	22133416	rs12717305	A	G	5384.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.649;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=571;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.108;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=103;NR=71;PP=2537;ReadPosRankSum=0.074;SC=TAACGCTTTCAGGGAACATTC;SOR=0.828;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=353;TCF=202;TCR=151;TR=174;WE=22133424;WS=22133406;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:295,273:0.48:568
chr14	22133648	rs2874103	G	A	16258.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=618;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=181;NR=224;PP=2965;SC=GCTGATCATTGTGGCGTATGA;SOR=0.841;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=407;TCF=182;TCR=225;TR=405;WE=22133656;WS=22133638;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,608:1.00:608
chr14	22133997	rs970382	A	G	5093.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=57;NR=88;PP=2965;SC=GAAGGGCGCCAGAAAGCCCTG;SOR=1.093;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=145;TCF=57;TCR=88;TR=145;WE=22134005;WS=22133987;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,181:1.00:181
chr14	22134018	rs61732411	C	T	1391.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.480;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=29;PP=803;ReadPosRankSum=-0.848;SC=TCTACCTGCTCGGCCCACTTC;SOR=0.713;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=132;TCF=59;TCR=73;TR=52;WE=22134026;WS=22134008;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:113,69:0.38:182
chr14	22167296	rs6572018	G	C	10161.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=379;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=105;NR=137;PP=2965;SC=TTGGAGGCACGAACAAGATAT;SOR=0.902;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=243;TCF=105;TCR=138;TR=242;WE=22167304;WS=22167286;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,376:1.00:376
chr14	22192106	rs926027	A	G	409.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.033;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.03;ReadPosRankSum=-0.020;SOR=0.793;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,25:0.49:51
chr14	22237127	rs760008	C	T	5241.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=73;NR=54;PP=2626;SC=CAAACTATTCCCCAGCATACT;SOR=0.961;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=127;TCF=73;TCR=54;TR=127;WE=22237135;WS=22237117;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,191:1.00:191
chr14	22279809	rs2856411	A	C	6149.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=101;NR=61;PP=2965;SC=GGGTACAGCTAAGATCACGTC;SOR=1.128;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=163;TCF=101;TCR=62;TR=162;WE=22279817;WS=22279799;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,223:1.00:223
chr14	22293510	rs2178782	T	C	2425.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=49;NR=14;PP=1427;SC=TTTGCATTCGTCCCGCCTGCA;SOR=1.939;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=63;TCF=49;TCR=14;TR=63;WE=22293518;WS=22293500;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr14	22293554	rs35339724	G	GC	5067.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=19;NR=41;PP=2693;SC=ACATAGCGAAGCTGGTCTCTG;SOR=0.917;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=61;TCF=20;TCR=41;TR=60;WE=22293562;WS=22293544;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,136:1.00:136
chr14	22337119	rs909075	G	C	3089.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=28;NR=51;PP=1975;SC=GGGTAACAGAGTATATTAGTG;SOR=1.279;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=79;TCF=28;TCR=51;TR=79;WE=22337127;WS=22337109;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr14	22337181	rs909076	C	T	1728.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=27;NR=31;PP=1254;SC=GGTTTCCTCTCGTTACTATGA;SOR=0.906;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=59;TCF=27;TCR=32;TR=58;WE=22337189;WS=22337171;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr14	22337393	rs876093	G	A	11150.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.561;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=490;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=164;NR=129;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.315;SC=ACTTGGAAAAGGACCTCAGCT;SOR=0.881;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=299;TCF=167;TCR=132;TR=293;WE=22337401;WS=22337383;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:8,449:0.98:457
chr14	22356081	rs12885687	T	C	283.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-1.049;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.615;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=4;PP=180;ReadPosRankSum=1.186;SC=ATATCCATTCTAGGTGCATTT;SOR=0.368;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=30;TCF=23;TCR=7;TR=13;WE=22356089;WS=22356071;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,13:0.42:31
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chr14	22356551	rs10483261	T	C	4205.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.191;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=440;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=69;NR=70;PP=2207;ReadPosRankSum=-0.652;SC=TTGATAATGTTCATATACTCC;SOR=0.677;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=270;TCF=135;TCR=135;TR=139;WE=22356559;WS=22356541;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:225,207:0.48:432
chr14	22362971	rs2075481	A	G	5473.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.607;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=575;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.744;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=100;NR=79;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.096;SC=CTGTCTCTGAAGGAGCCCTGG;SOR=0.848;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=388;TCF=208;TCR=180;TR=179;WE=22362979;WS=22362961;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:309,259:0.46:568
chr14	22363080	rs12895616	T	A	13443.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.506;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=736;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.38;MQRankSum=-1.604;QD=18.34;ReadPosRankSum=-0.800;SOR=0.713;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:378,355:0.48:733
chr14	22363084	rs12890675	C	G	13435.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.763;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=730;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.07;MQRankSum=-1.629;QD=18.51;ReadPosRankSum=-0.594;SOR=0.686;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:377,349:0.48:726
chr14	22392250	rs17182937	C	T	374.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=2.067;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.298;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=2;PP=164;ReadPosRankSum=-0.447;SC=CCAGGTTCACCTCACAGTACA;SOR=1.002;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=34;TCF=25;TCR=9;TR=13;WE=22392258;WS=22392240;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,18:0.44:41
chr14	22392283	rs28501628	G	A	550.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.062;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=5;PP=240;ReadPosRankSum=-0.104;SC=TAAAGAAGAAGATTTTTTTTT;SOR=0.730;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=52;TCF=35;TCR=17;TR=18;WE=22392292;WS=22392273;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,28:0.42:66
chr14	22392304	rs34365759	G	A	835.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.057;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=10;PP=374;ReadPosRankSum=-0.250;SC=ATCTAGAAAAGGAACCAAACA;SOR=0.770;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=71;TCF=43;TCR=28;TR=29;WE=22392312;WS=22392294;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,44:0.44:100
chr14	22392366	rs12437316	C	T	1388.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.097;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FS=0.613;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.51;ReadPosRankSum=0.783;SOR=0.594;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:74,72:0.49:146
chr14	22392499	rs12435124	T	C	1456.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.431;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.650;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=17;PP=700;ReadPosRankSum=0.516;SC=TATCCTTAAATCTTCAAATTC;SOR=0.600;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=93;TCF=54;TCR=39;TR=40;WE=22392507;WS=22392489;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,67:0.51:131
chr14	22392626	rs10140810	A	C	2089.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.737;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.211;HP=2;HapScore=4;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=33;PP=2555;ReadPosRankSum=0.442;SC=ACCAGTGATCAAAGTTATGGT;SOR=0.504;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=142;TCF=76;TCR=66;TR=67;WE=22392647;WS=22392616;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:102,95:0.48:197
chr14	22392639	rs17197613	A	C	2610.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.450;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.664;HP=3;HapScore=4;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=32;PP=2789;ReadPosRankSum=-1.428;SC=GTTATGGTCTATTCTGGTACA;SOR=0.831;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=154;TCF=87;TCR=67;TR=80;WE=22392647;WS=22392616;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:99,118:0.54:217
chr14	22392703	rs8021861	G	C	2745.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.930;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=307;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=40;PP=1366;ReadPosRankSum=-1.395;SC=GTCTTATGACGAGCAAAATGC;SOR=0.717;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=183;TCF=94;TCR=89;TR=83;WE=22392711;WS=22392693;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:169,134:0.44:303
chr14	22392807	rs8008040	T	C	2333.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=2.129;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=255;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.368;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=42;PP=1066;ReadPosRankSum=2.652;SC=CAGCAATGTATTTCTGTGCAA;SOR=0.972;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=139;TCF=54;TCR=85;TR=63;WE=22392815;WS=22392797;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:138,109:0.44:247
chr14	22409532	rs3045130	TC	T	223.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=1.836;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FS=5.659;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.60;ReadPosRankSum=1.672;SOR=1.538;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:65,21:0.24:86
chr14	22409534	rs374912343	TCTCTC	T	33.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=2.125;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FS=5.456;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.40;ReadPosRankSum=1.843;SOR=1.417;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:67,17:0.20:84
chr14	22409571	rs2178779	A	G	1492.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-0.209;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.622;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=22;PP=892;ReadPosRankSum=-1.807;SC=AACCCGTGGAAATTCAGTGAC;SOR=0.760;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=112;TCF=67;TCR=45;TR=56;WE=22409579;WS=22409561;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,70:0.49:142
chr14	22433866	rs17182972	C	T	2927.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.711;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=333;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.272;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=51;PP=1289;ReadPosRankSum=-0.332;SC=TGGGTAGAAACATGAGTGGTT;SOR=0.505;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=194;TCF=86;TCR=108;TR=101;WE=22433874;WS=22433856;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:174,153:0.47:327
chr14	22466017	rs2280763	T	C	1343.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.019;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=17;PP=488;ReadPosRankSum=0.022;SC=CAAGACCAAATTTTAGAGCCC;SOR=0.695;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=109;TCF=57;TCR=52;TR=35;WE=22466025;WS=22466007;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:109,70:0.39:179
chr14	22470693	rs5807105	T	TA	6135.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=45;NR=37;PP=2957;SC=TATGATGTGATAGGACAGAAA;SOR=1.270;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=85;TCF=46;TCR=39;TR=82;WE=22470701;WS=22470683;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,167:1.00:167
chr14	22470913	rs34215246	CT	C	1167.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-0.507;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=5.177;HP=13;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=32;PP=621;ReadPosRankSum=1.672;SC=CTCACATTTTCTTTTTTTTTA;SOR=1.755;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=43;TCF=1;TCR=42;TR=32;WE=22470921;WS=22470903;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,55:0.98:56
chr14	22509174	.	G	A	891.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.495;ClippingRankSum=0.000;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.707;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=13;PP=412;ReadPosRankSum=-0.824;SC=CCAGGAGGGAGAGAGTAGCAG;SOR=0.753;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=62;TCF=31;TCR=31;TR=30;WE=22509196;WS=22509164;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,46:0.49:94
chr14	22509188	rs4982545	T	C	2851.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=37;NR=32;PP=1564;SC=GTAGCAGTCTTAACTGCAGTT;SOR=0.811;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=69;TCF=37;TCR=32;TR=69;WE=22509196;WS=22509164;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr14	22520684	rs2072611	A	G	589.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.506;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=1.373;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.35;ReadPosRankSum=-1.329;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,16:0.47:34
chr14	22520692	rs2072612	G	T	627.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.320;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=2.794;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.69;ReadPosRankSum=-0.065;SOR=1.244;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,18:0.45:40
chr14	22521012	rs2072613	C	G	1861.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.338;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.191;HP=6;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=27;PP=998;ReadPosRankSum=-1.393;SC=GTCTATTGCTCTTTTTCTGAA;SOR=0.816;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=122;TCF=65;TCR=57;TR=62;WE=22521020;WS=22521002;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,85:0.50:171
chr14	22521051	rs2072614	G	A	1836.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.227;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.563;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=27;PP=948;ReadPosRankSum=-0.556;SC=AGGAGGTGACGCAGATTCCTG;SOR=0.887;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=125;TCF=67;TCR=58;TR=64;WE=22521059;WS=22521041;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:92,88:0.49:180
chr14	22533887	rs3811312	C	T	1464.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=2.102;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.837;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=11;PP=1008;ReadPosRankSum=1.001;SC=AAGAGGTGTCCTTTCTGACTG;SOR=0.871;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=98;TCF=76;TCR=22;TR=53;WE=22533895;WS=22533877;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,61:0.55:111
chr14	22534497	rs3811306	T	G	1768.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=1.679;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.277;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=24;PP=918;ReadPosRankSum=1.043;SC=GAGGCTGAATTTAAGAAGAAT;SOR=0.924;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=144;TCF=80;TCR=64;TR=59;WE=22534505;WS=22534487;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:107,85:0.44:192
chr14	22539108	rs2272547	C	T	2114.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.043;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.65;ReadPosRankSum=1.610;SOR=0.684;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:70,57:0.45:127
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chr14	22555048	rs35037531	T	C	3817.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.851;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=341;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.874;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=59;PP=1794;ReadPosRankSum=1.247;SC=ACACTGCGTTTGACTACTTTC;SOR=0.499;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=242;TCF=132;TCR=110;TR=120;WE=22555056;WS=22555038;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:157,178:0.53:335
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chr14	22573824	rs112427980	T	TA	338.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=1.514;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.083;HP=5;HapScore=4;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=10;PP=1032;ReadPosRankSum=0.835;SC=TGACTCTTTTTTAAAAAAACA;SOR=0.777;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=49;TCF=20;TCR=29;TR=20;WE=22573833;WS=22573814;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,22:0.42:52
chr14	22573825	rs11408894	T	A	548.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=1.746;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=7;HapScore=4;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=13;PP=1029;ReadPosRankSum=-0.021;SC=GACTCTTTTTTAAAAAAACAG;SOR=0.580;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=55;TCF=26;TCR=29;TR=24;WE=22573833;WS=22573814;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,22:0.42:53
chr14	22580570	rs1040301	C	G	2936.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=43;NR=44;PP=2146;SC=ATGGATAAAGCTTGAGGGAGA;SOR=0.693;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=87;TCF=43;TCR=44;TR=87;WE=22580578;WS=22580560;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr14	22580623	rs1040302	G	T	1017.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.844;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FS=0.688;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.08;ReadPosRankSum=0.690;SOR=0.593;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:76,50:0.40:126
chr14	22600863	rs3811291	G	A	8194.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.045;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=324;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.93;ReadPosRankSum=-0.685;SOR=0.233;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,315:1.00:316
chr14	22616547	rs2293730	A	G	1010.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.124;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.217;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=21;PP=410;ReadPosRankSum=-2.342;SC=ACATCACTGCAGCCCAGCCTG;SOR=0.985;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=87;TCF=35;TCR=52;TR=33;WE=22616555;WS=22616537;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,53:0.40:132
chr14	22631217	rs2075492	C	T	2683.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.224;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=278;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=36;PP=939;ReadPosRankSum=-1.499;SC=AGGCAGGAGACAAGACAATCT;SOR=0.679;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=157;TCF=79;TCR=78;TR=73;WE=22631225;WS=22631207;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:138,135:0.49:273
chr14	22631678	rs2075493	C	T	2899.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.605;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=303;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.388;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=56;PP=1473;ReadPosRankSum=-0.529;SC=GATTCACTGTCTTCTTAAACA;SOR=0.787;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=205;TCF=85;TCR=120;TR=91;WE=22631686;WS=22631668;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:160,138:0.46:298
chr14	22636784	rs11157435	A	C	2924.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-2.097;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=269;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=39;PP=1243;ReadPosRankSum=-0.613;SC=AGGGTCATGAAAAAATATCTG;SOR=0.700;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=167;TCF=88;TCR=79;TR=83;WE=22636792;WS=22636774;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:124,141:0.53:265
chr14	22636874	rs11157436	C	T	1468.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.094;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=30;PP=659;ReadPosRankSum=0.339;SC=CCTACTTCTGCGGCACAGAGA;SOR=0.716;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=118;TCF=45;TCR=73;TR=49;WE=22636882;WS=22636864;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:96,76:0.44:172
chr14	22636954	rs11157437	C	T	459.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-1.442;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.584;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=16;PP=276;ReadPosRankSum=0.497;SC=TCCCCTAGCACAGATGCCCAC;SOR=1.096;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=54;TCF=10;TCR=44;TR=19;WE=22636962;WS=22636944;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,23:0.34:67
chr14	22670458	rs2075494	C	T	2405.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.150;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.181;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=23;PP=1165;ReadPosRankSum=-0.067;SC=GGCCTGGAACCTCAATGTGCA;SOR=0.582;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=122;TCF=85;TCR=37;TR=71;WE=22670466;WS=22670448;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,107:0.56:191
chr14	22670975	rs2242542	G	A	2888.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.483;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=299;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.999;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=29;PP=1508;ReadPosRankSum=-0.474;SC=CAACCCCATAGGTATTATGGG;SOR=0.838;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=186;TCF=120;TCR=66;TR=89;WE=22670983;WS=22670965;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:151,138:0.48:289
chr14	22690209	rs2272551	A	C	4022.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.681;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=51;PP=1956;ReadPosRankSum=-0.824;SC=ACAAGCAGGAACCTGGGGAAG;SOR=0.746;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=105;TCF=54;TCR=51;TR=105;WE=22690217;WS=22690199;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,154:0.99:156
chr14	22694777	rs2242544	A	G	1543.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.719;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.996;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NR=26;PP=881;ReadPosRankSum=0.092;SC=AGAACACTAAAAGGGTAAAGT;SOR=0.603;Source=Platypus;TCR=44;WE=22694785;WS=22694767;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,70:0.51:138
chr14	22694926	rs2075496	C	T	2525.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.014;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=251;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.972;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=35;PP=1237;ReadPosRankSum=-0.342;SC=AGGGAGACACCGTAACTCTCA;SOR=0.762;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=169;TCF=94;TCR=75;TR=82;WE=22694934;WS=22694916;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:124,122:0.50:246
chr14	22695084	rs4982579	C	T	7880.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.740;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=303;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=82;NR=92;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.844;SC=AAAGAACTTTCCAGCATCCTG;SOR=0.769;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=176;TCF=83;TCR=93;TR=174;WE=22695092;WS=22695074;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,297:0.99:299
chr14	22695128	rs12889091	A	G	1868.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.392;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=246;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.473;HP=2;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=35;PP=843;ReadPosRankSum=-2.459;SC=AGACTCGGCCATCTACCTCTG;SOR=0.730;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=143;TCF=63;TCR=80;TR=63;WE=22695136;WS=22695118;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:142,101:0.42:243
chr14	22887459	rs3216790	CG	C	4376.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.225;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=340;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.247;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=2.329;NF=37;NR=48;PP=2687;ReadPosRankSum=-0.150;SC=TTGAGGTTATCGGGGAAATGA;SOR=0.932;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=197;TCF=79;TCR=118;TR=85;WE=22887467;WS=22887449;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:170,159:0.48:329
chr14	22887730	rs2301201	A	G	2674.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.646;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=320;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.935;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=60;PP=1446;ReadPosRankSum=-0.223;SC=CAGGGTCAGCAGTTCCTTTCT;SOR=0.810;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=211;TCF=72;TCR=139;TR=89;WE=22887738;WS=22887720;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:182,131:0.42:313
chr14	22891794	rs2072615	G	A	1537.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-1.681;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=21;PP=899;ReadPosRankSum=0.086;SC=GTCAATAGGGGTCCCTGCCAC;SOR=0.645;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=128;TCF=79;TCR=49;TR=56;WE=22891802;WS=22891784;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,71:0.47:152
chr14	22891883	rs2072616	G	C	3759.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.321;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=399;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=50;PP=1764;ReadPosRankSum=-0.793;SC=GTAACACAATGACTTTCATAT;SOR=0.711;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=251;TCF=141;TCR=110;TR=114;WE=22891891;WS=22891873;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:213,186:0.47:399
chr14	22892139	rs75422358	C	T	753.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=2.534;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.962;NF=5;NR=16;PP=391;ReadPosRankSum=-0.979;SC=GGGTGGATCACGAGGTCAGGA;SOR=0.804;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=32;TCF=6;TCR=26;TR=21;WE=22892147;WS=22892129;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,31:0.67:46
chr14	22924141	rs11625456	A	C	787.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=2.431;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=5;PP=558;ReadPosRankSum=-1.098;SC=GATGGGACAGAAAATCACATG;SOR=0.781;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=77;TCF=63;TCR=14;TR=32;WE=22924149;WS=22924131;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,35:0.41:85
chr14	22924531	rs760020	C	G	373.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.708;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=13;PP=263;ReadPosRankSum=-0.484;SC=CAGAAAGCTACCCTCCTCAAC;SOR=0.484;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=31;TCF=3;TCR=28;TR=14;WE=22924539;WS=22924521;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,16:0.44:36
chr14	22925817	rs118155582	T	C	1633.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-2.677;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.636;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=53;PP=915;ReadPosRankSum=0.517;SC=TGGGGCTTCTTGGGAAGTAAA;SOR=0.771;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=137;TCF=35;TCR=102;TR=71;WE=22925825;WS=22925807;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,82:0.50:163
chr14	22942890	rs2254272	G	T	3858.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.43;SOR=1.037;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,146:1.00:146
chr14	22947814	rs227858	G	A	1335.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=0.912;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=4;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=18;PP=1804;ReadPosRankSum=1.177;SC=CTCCCAGCCCGTGATGGAAGG;SOR=0.674;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=112;TCF=75;TCR=37;TR=54;WE=22947826;WS=22947804;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,65:0.51:128
chr14	22947818	rs2877437	T	A	1454.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=0.306;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.380;HP=2;HapScore=4;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=21;PP=1877;ReadPosRankSum=-1.638;SC=CAGCCCGTGATGGAAGGGTCT;SOR=0.567;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=116;TCF=77;TCR=39;TR=60;WE=22947826;WS=22947804;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,71:0.51:140
chr14	22947903	rs1872159	C	T	2929.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=2.396;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=321;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.862;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=45;PP=1512;ReadPosRankSum=-1.727;SC=GGAAAGGGAACGAAACTGACA;SOR=0.763;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=217;TCF=120;TCR=97;TR=100;WE=22947911;WS=22947893;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:171,142:0.45:313
chr14	22948471	rs227859	T	C	4857.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.928;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=436;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.744;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=77;PP=2349;ReadPosRankSum=-1.921;SC=CAAGGGGAGTTTGGGCAACTG;SOR=0.835;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=264;TCF=121;TCR=143;TR=137;WE=22948479;WS=22948461;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:199,226:0.53:425
chr14	22952088	rs227861	G	A	8594.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=329;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=96;NR=113;PP=2965;SC=GGGAAGGGGGGATTCAAACAC;SOR=0.797;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=209;TCF=96;TCR=113;TR=209;WE=22952096;WS=22952078;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,322:1.00:322
chr14	22957488	rs1483971	G	T	1852.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.884;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.551;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=19;PP=830;ReadPosRankSum=0.135;SC=ATGCTGAATCGTACCTGAGAT;SOR=0.619;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=129;TCF=86;TCR=43;TR=58;WE=22957496;WS=22957478;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:97,90:0.48:187
chr14	22958350	rs3833810	ATGCC	A	2566.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=2.145;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=5.466;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.233;NF=41;NR=11;PP=2706;ReadPosRankSum=0.196;SC=GGGAAAGGAGATGCCTGCCTG;SOR=3.456;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=59;TCF=47;TCR=12;TR=52;WE=22958361;WS=22958340;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,83:0.98:85
chr14	22959592	rs3751467	A	G	1879.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-0.232;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.883;HP=4;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=35;PP=833;ReadPosRankSum=-0.592;SC=GATTCTGGGGATCATAGTAGA;SOR=0.868;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=104;TCF=40;TCR=64;TR=55;WE=22959600;WS=22959582;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,91:0.52:176
chr14	22963632	rs11372266	G	GC	603.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=16;NR=1;PP=847;SC=TCTGGCCAGAGCCAGCTGCCC;SOR=4.407;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=17;TCF=16;TCR=1;TR=17;WE=22963654;WS=22963622;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr14	22963646	rs226985	T	C	303.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.759;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=1;PP=234;ReadPosRankSum=-0.750;SC=GCTGCCCTCATAGGAATTAAT;SOR=0.307;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=22;TCF=20;TCR=2;TR=11;WE=22963654;WS=22963622;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,12:0.57:21
chr14	22964840	rs137998884	T	TG	3217.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=27;NR=20;PP=2120;SC=CCTGCCATGCTGGAGGTGGCT;SOR=1.584;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=51;TCF=27;TCR=24;TR=47;WE=22964848;WS=22964830;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr14	22964880	rs226986	A	C	1043.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.197;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.807;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=10;PP=395;ReadPosRankSum=-1.551;SC=TTTTTGTTAGAGCATGTATTA;SOR=0.992;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=104;TCF=68;TCR=36;TR=34;WE=22964888;WS=22964870;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:112,58:0.34:170
chr14	22965118	rs11334443	TC	T	1123.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=24;PP=1001;SC=GTTGATGAATTCCTGGCAATC;SOR=3.056;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=26;TCF=1;TCR=25;TR=25;WE=22965126;WS=22965108;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr14	22965144	rs11334442	AC	A	1078.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=20;PP=879;SC=GATTAGGTCAACGAAGAAGTA;SOR=2.546;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=21;TCF=1;TCR=20;TR=21;WE=22965152;WS=22965134;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr14	22968797	rs61272337	G	A	4162.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=0.586;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=434;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.105;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=67;PP=2000;ReadPosRankSum=-0.816;SC=TGAGGGACAAGGGAAGGTAGG;SOR=0.614;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=233;TCF=97;TCR=136;TR=124;WE=22968805;WS=22968787;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:224,203:0.48:427
chr14	22971137	rs17118919	G	T	449.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.186;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FS=1.090;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.16;ReadPosRankSum=-0.606;SOR=0.465;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:49,24:0.33:73
chr14	22971265	rs17118924	C	G	1755.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.026;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=268;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.038;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=26;PP=804;ReadPosRankSum=-0.910;SC=ACAAGCCTGGCAGTAAATCCG;SOR=0.752;SbPval=0.26;Source=Platypus;TC=167;TCF=83;TCR=84;TR=61;WE=22971273;WS=22971255;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:167,96:0.37:263
chr14	22971360	rs72677510	G	C	1232.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.614;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FS=0.600;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.56;ReadPosRankSum=0.894;SOR=0.598;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:93,70:0.43:163
chr14	22971386	rs78418054	T	G	1132.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.908;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=28;PP=588;ReadPosRankSum=1.684;SC=TTATGGCTAGTGTTTTCTTCC;SOR=0.718;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=86;TCF=28;TCR=58;TR=42;WE=22971394;WS=22971376;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,56:0.46:122
chr14	22972608	rs117814883	A	G	1613.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.116;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.92;ReadPosRankSum=0.423;SOR=0.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,40:0.49:81
chr14	22972615	rs117015486	C	G	1881.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.233;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FS=0.941;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=20.91;ReadPosRankSum=-0.665;SOR=0.574;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:43,47:0.52:90
chr14	22972617	rs74590432	C	T	1838.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.591;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.77;ReadPosRankSum=-0.565;SOR=0.661;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:45,48:0.52:93
chr14	22972622	rs226990	A	G	3767.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=3;MGOF=33;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=61;NR=16;PP=2239;SC=CAGCCCGATTAAAAGTTTTCA;SOR=2.303;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=80;TCF=63;TCR=17;TR=77;WE=22972630;WS=22972598;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr14	22972742	rs2170810	G	A	3968.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.855;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=410;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.101;HP=1;HapScore=2;MGOF=37;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.055;NF=57;NR=54;PP=1728;ReadPosRankSum=-1.561;SC=GTGTGGCTCTGGCAACACAGG;SOR=0.715;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=232;TCF=116;TCR=116;TR=111;WE=22972750;WS=22972732;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:212,197:0.48:409
chr14	22972783	rs5807141	AC	A	13266.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=380;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=17;NR=129;PP=2951;SC=GGACAACTTTACCAAGTAAAA;SOR=0.919;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=148;TCF=17;TCR=131;TR=146;WE=22972791;WS=22972773;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,370:1.00:370
chr14	22972815	rs2170811	C	T	2699.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.286;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=273;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.446;HP=2;HapScore=2;MGOF=42;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.047;NF=32;NR=58;PP=1323;ReadPosRankSum=2.601;SC=TGGATGTTTCCAAGTGAAGTG;SOR=0.655;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=177;TCF=63;TCR=114;TR=90;WE=22972823;WS=22972805;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:140,132:0.49:272
chr14	22972844	rs5020726	A	G	1773.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.233;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.025;HP=6;HapScore=2;MGOF=47;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.017;NF=23;NR=46;PP=1015;ReadPosRankSum=2.539;SC=CACTCTGTTCATTTTTTGTTT;SOR=0.512;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=133;TCF=41;TCR=92;TR=69;WE=22972852;WS=22972834;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,85:0.51:167
chr14	22973923	rs4343183	T	C	305.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.131;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.506;HP=2;HapScore=2;MGOF=46;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=4;PP=151;ReadPosRankSum=-0.512;SC=GAGGTCAAGGTTACAGTGAGC;SOR=0.169;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=15;TCF=11;TCR=4;TR=10;WE=22973931;WS=22973921;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,14:0.70:20
chr14	22973960	rs4343184	T	C	383.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.208;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.274;HP=2;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=4;PP=198;ReadPosRankSum=-0.099;SC=CACTCCAGCCTGGACAACAAA;SOR=0.252;SbPval=0.19;Source=Platypus;TC=23;TCF=19;TCR=4;TR=13;WE=22973968;WS=22973950;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,18:0.51:35
chr14	22974041	rs4343185	T	G	1827.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.500;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.015;NF=36;NR=15;PP=621;ReadPosRankSum=0.285;SC=AGGAAGGAGATGAAGAAAATT;SOR=0.676;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=117;TCF=80;TCR=37;TR=51;WE=22974049;WS=22974031;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:94,93:0.50:187
chr14	22974150	rs11324184	TC	T	8556.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=268;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=84;PP=2966;SC=TCACCGTTATTCCCCTGTAAG;SOR=0.750;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=104;TCF=13;TCR=91;TR=96;WE=22974158;WS=22974140;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,251:1.00:251
chr14	22974256	rs3811207	A	C	613.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=1.023;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.004;HP=2;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=1.155;NF=7;NR=16;PP=348;ReadPosRankSum=0.838;SC=CATGTGTTAAACTGATAAAAC;SOR=0.512;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=55;TCF=15;TCR=40;TR=23;WE=22974264;WS=22974246;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,30:0.44:68
chr14	22975476	rs3751470	A	G	834.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=2.085;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.936;NF=27;NR=12;PP=639;ReadPosRankSum=0.699;SC=TCAGGAAGGAAGGGCTGACAC;SOR=0.593;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=74;TCF=53;TCR=21;TR=39;WE=22975484;WS=22975466;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,37:0.48:77
chr14	22975700	rs969914	T	G	3215.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-2.664;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=316;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=37;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=60;PP=1240;ReadPosRankSum=-1.550;SC=AAGTATATCTTTTCTCATTTC;SOR=0.697;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=214;TCF=85;TCR=129;TR=96;WE=22975708;WS=22975690;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:153,158:0.51:311
chr14	22975728	rs3794450	G	A	2106.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.540;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FS=1.070;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.62;ReadPosRankSum=-1.060;SOR=0.596;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:118,101:0.46:219
chr14	22975755	rs3794451	T	C	1422.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.540;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FS=3.440;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.29;ReadPosRankSum=-0.777;SOR=0.440;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:79,47:0.37:126
chr14	22975756	rs112338851	G	GCACACACACACACA	1179.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.872;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FS=8.984;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.00;ReadPosRankSum=1.991;SOR=2.154;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:75,43:0.36:118
chr14	22976559	rs1872160	A	T	662.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=2.557;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.657;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=8;PP=494;ReadPosRankSum=-1.531;SC=ATGTATCCCCAAATCTCCTTT;SOR=0.333;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=57;TCF=43;TCR=14;TR=28;WE=22976567;WS=22976549;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,28:0.47:59
chr14	22976790	rs170543	C	T	1820.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=39;PP=1116;SC=AGTTTTGCTCCTTGTTGCGCA;SOR=2.019;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=51;TCF=11;TCR=40;TR=50;WE=22976798;WS=22976780;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr14	22977669	rs1010116	G	A	4540.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.893;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=405;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.756;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=71;PP=1970;ReadPosRankSum=0.096;SC=GTGACTGCACGGGAGAGGAGA;SOR=0.636;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=238;TCF=107;TCR=131;TR=129;WE=22977677;WS=22977659;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:181,218:0.55:399
chr14	22978335	rs226997	C	T	3254.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=41;NR=33;PP=1183;SC=TGAATTATGGCGGTGCTACAA;SOR=0.808;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=74;TCF=41;TCR=33;TR=74;WE=22978343;WS=22978325;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
chr14	22978451	rs11443893	G	GC	3131.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=36;PP=1846;SC=GGAAGCGACAGCACCCTTAGG;SOR=1.165;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=44;TCF=5;TCR=39;TR=41;WE=22978459;WS=22978441;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr14	22978516	rs226998	G	A	387.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-1.976;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.174;HP=2;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=9;PP=151;ReadPosRankSum=0.382;SC=CTTATCTGCCGTGATATAGCA;SOR=0.269;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=28;TCF=8;TCR=20;TR=14;WE=22978524;WS=22978506;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,20:0.56:36
chr14	22978577	rs226999	A	G	69.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=1.293;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.881;HP=3;HapScore=2;MGOF=33;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=4;PP=47;ReadPosRankSum=0.327;SC=TCAGGGGAGGAGAAACATGCT;SOR=1.721;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=2;TCR=10;TR=4;WE=22978585;WS=22978567;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,4:0.33:12
chr14	22979847	rs5807144	G	GA,GAA	1166.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.624;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FS=8.333;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.23;ReadPosRankSum=0.273;SOR=2.137;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:15,43,24:0.52,0.29:82
chr14	22982069	rs11444527	A	AG	491.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=11;PP=404;SC=TCTCCCCTCCAGGCTGGAAAA;SOR=3.126;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=0;TCR=11;TR=11;WE=22982077;WS=22982059;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr14	22984499	rs227027	C	T	1578.77	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=19;NR=4;PP=559;SC=GCCTATTGTCCGGTTGTTACA;SOR=3.193;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=30;TCF=26;TCR=4;TR=23;WE=22984508;WS=22984489;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr14	22984500	rs144430862	G	GGTT	1569.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=15;NR=5;PP=1023;SC=CCTATTGTCCGGTTGTTACAG;SOR=3.258;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=30;TCF=22;TCR=8;TR=20;WE=22984508;WS=22984489;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr14	22985463	rs227029	G	A	2616.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=14;NR=60;PP=1820;SC=CTTTAAAATGGGATATGAGTG;SOR=2.753;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=76;TCF=16;TCR=60;TR=74;WE=22985471;WS=22985453;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr14	22985487	rs11453171	A	AC	2383.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=40;PP=1990;SC=GTATGCACACAGCATGCCCAC;SOR=2.910;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=48;TCF=3;TCR=45;TR=43;WE=22985495;WS=22985477;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr14	22988022	rs227009	C	G	1612.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=15;NR=30;PP=920;SC=GAGGTGTGGACGGGAAGAAAC;SOR=1.493;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=45;TCF=15;TCR=30;TR=45;WE=22988030;WS=22988012;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr14	22988748	rs227010	G	A	934.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=24;NR=4;PP=662;SC=CTTGCCGCCCGGGAGGTGCAG;SOR=2.765;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=28;TCF=24;TCR=4;TR=28;WE=22988756;WS=22988738;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr14	22989292	rs3811199	A	T	2198.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.989;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=20;PP=1007;ReadPosRankSum=-0.715;SC=GCCATGATTCATGCTGTGGTG;SOR=0.483;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=60;TCF=39;TCR=21;TR=58;WE=22989300;WS=22989282;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,83:0.99:84
chr14	22990844	rs11624650	C	T	1603.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=37;NR=3;PP=984;SC=ATTGTAAAGACGAAGGAGGGT;SOR=3.180;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=41;TCF=38;TCR=3;TR=40;WE=22990852;WS=22990834;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr14	22990930	rs11380759	A	AT	8267.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=59;NR=46;PP=2966;SC=GGCCTAATTCAAAAGGAAGCA;SOR=1.433;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=108;TCF=61;TCR=47;TR=105;WE=22990938;WS=22990920;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,207:1.00:207
chr14	22993278	rs5807151	A	AG	3118.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=27;NR=23;PP=2048;SC=AGGTTTGTGTAGGCGACCTCG;SOR=1.408;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=52;TCF=28;TCR=24;TR=50;WE=22993286;WS=22993268;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr14	22994810	rs33919257	T	TC	492.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=11;PP=464;SC=AGGACCCCAGTCCTAGGTAGA;SOR=2.448;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=12;TCF=1;TCR=11;TR=12;WE=22994818;WS=22994800;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr14	22998590	rs5807161	AG	A	5605.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=11;NR=59;PP=2970;SC=CCAACCAGGCAGGGAACTGCT;SOR=0.914;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=73;TCF=11;TCR=62;TR=70;WE=22998598;WS=22998580;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,158:1.00:158
chr14	22998619	rs5807162	AC	A	4151.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=7;NR=54;PP=2555;SC=TGGGAAGGGAACCCACCTTAT;SOR=1.150;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=63;TCF=8;TCR=55;TR=61;WE=22998627;WS=22998609;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr14	22999179	rs11412657	T	TC	5609.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=31;NR=26;PP=2379;SC=AAAGGGGGAATCCAGCCAGAG;SOR=1.217;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=58;TCF=32;TCR=26;TR=57;WE=22999187;WS=22999169;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr14	22999202	rs11412658	A	AG	6795.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=35;NR=33;PP=2965;SC=CCCATGAGGGAGATAGCTGCA;SOR=1.088;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=71;TCF=37;TCR=34;TR=68;WE=22999210;WS=22999192;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,159:1.00:159
chr14	23000185	rs227004	C	T	7695.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=291;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=70;NR=97;PP=2965;SC=GCCTGCTCTTCTCTGGCTGTT;SOR=0.939;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=168;TCF=70;TCR=98;TR=167;WE=23000193;WS=23000175;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,288:1.00:288
chr14	23002265	rs11289756	GC	G	1177.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=22;NR=4;PP=1070;SC=GGGTCCAATGGCCCTCTTTGG;SOR=3.258;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=29;TCF=24;TCR=5;TR=26;WE=23002273;WS=23002255;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr14	23005041	rs5807163	A	AG	12079.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=326;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=34;NR=91;PP=2957;SC=TGGCAATCCTAGCTATGGCCC;SOR=0.783;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=127;TCF=34;TCR=93;TR=125;WE=23005049;WS=23005031;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,324:1.00:324
chr14	23006663	rs11396434	G	GC	1941.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=18;PP=1040;SC=AATGGCCACAGCACCCCCATC;SOR=0.892;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=24;TCF=5;TCR=19;TR=23;WE=23006682;WS=23006653;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr14	23006674	rs1154157	G	C	1238.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=13;NR=18;PP=616;SC=CACCCCCATCGCTACCCTGTG;SOR=0.919;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=31;TCF=13;TCR=18;TR=31;WE=23006682;WS=23006653;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr14	23009291	rs1263637	G	C	4670.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=48;NR=73;PP=2313;SC=ACACAGAAAGGCCCTACTCTG;SOR=1.026;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=121;TCF=48;TCR=73;TR=121;WE=23009299;WS=23009281;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,178:1.00:178
chr14	23011096	rs1263639	T	A	2481.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=49;NR=10;PP=1351;SC=CCAGCCAGGCTTGCCCTGCCC;SOR=1.916;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=59;TCF=49;TCR=10;TR=59;WE=23011104;WS=23011086;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr14	23012873	rs56158321	C	A	156.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=22.40;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr14	23012926	rs11627600	T	C	1846.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=30;NR=23;PP=1304;SC=GATTATCCTGTTCTCCTGCCT;SOR=0.811;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=56;TCF=33;TCR=23;TR=53;WE=23012934;WS=23012916;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr14	23013878	rs56031439	C	T	480.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=9;NR=2;PP=261;SC=GCTATGGTGCCGCAGACCTCC;SOR=1.739;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=11;TCF=9;TCR=2;TR=11;WE=23013886;WS=23013868;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr14	23014062	rs1263641	G	C	2228.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=33;NR=29;PP=1124;SC=CCCATGCCCAGAGTTTCCTGA;SOR=0.788;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=64;TCF=34;TCR=30;TR=62;WE=23014070;WS=23014052;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr14	23014106	rs7153643	C	G	2392.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=29;NR=32;PP=1144;SC=CCCAGAGTGACTGTCACTAAT;SOR=0.738;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=61;TCF=29;TCR=32;TR=61;WE=23014114;WS=23014096;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr14	23018665	rs1263653	C	G	650.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.839;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.654;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=10;PP=201;ReadPosRankSum=1.103;SC=ACAGGATTGCCGAAGTGATGA;SOR=0.523;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=71;TCF=33;TCR=38;TR=22;WE=23018673;WS=23018655;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,38:0.38:100
chr14	23019647	rs1800388	C	T	1702.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.270;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FS=1.669;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.38;ReadPosRankSum=1.983;SOR=0.896;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:50,48:0.49:98
chr14	23019657	rs1263658	C	G	1653.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.974;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FS=0.882;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=20.42;ReadPosRankSum=1.192;SOR=0.843;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:40,41:0.51:81
chr14	23020489	rs371247	T	C	1204.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.115;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.864;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=10;PP=764;ReadPosRankSum=-0.221;SC=CACCATCACATCCCTAACAGT;SOR=0.955;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=75;TCF=56;TCR=19;TR=45;WE=23020497;WS=23020479;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,53:0.58:92
chr14	23020638	rs15795	T	C	9116.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=342;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=115;NR=111;PP=2965;SC=GGAACTCTCCTACCCCCAAGG;SOR=0.717;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=227;TCF=116;TCR=111;TR=226;WE=23020646;WS=23020628;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,340:1.00:340
chr14	23020688	rs11462449	G	GC	13639.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=373;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=51;NR=116;PP=2957;SC=CCCCGGCAATGCACCAACTGG;SOR=0.710;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=168;TCF=51;TCR=117;TR=167;WE=23020696;WS=23020664;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,365:1.00:365
chr14	23020820	rs5807168	G	GC	14243.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=389;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=50;NR=137;PP=2957;SC=GGCTGCTGCAGCTCCGCTGGC;SOR=0.720;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=190;TCF=53;TCR=137;TR=187;WE=23020833;WS=23020810;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,381:1.00:381
chr14	23020825	rs3699	G	C	17372.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=392;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=134;NR=131;PP=2965;SC=CTGCAGCTCCGCTGGCTGTGC;SOR=0.740;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=268;TCF=136;TCR=132;TR=265;WE=23020833;WS=23020810;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,391:1.00:391
chr14	23020919	rs3700	C	T	12369.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=349;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.06;QD=35.55;SOR=0.963;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,348:1.00:348
chr14	23020919	.	CGG	TGC,TGG	1715	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.52;FR=0.5000,0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=44;MMLQ=28;MQ=59.99;NF=38,85;NR=63,125;PP=1715,1715;QD=17.5095829194;SC=CTCTAGGTCCCGGAGAATGTT;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=213;TCF=87;TCR=126;TR=101,210;WE=23020929;WS=23020909;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.47:213
chr14	23020921	rs3701	G	C	3547.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.995;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=341;ExcessHet=3.0103;FS=1.292;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.06;MQRankSum=0.033;QD=10.47;ReadPosRankSum=-0.499;SOR=0.790;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:173,166:0.49:339
chr14	23020970	rs3702	G	T	6766.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=250;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=32;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=80;NR=102;PP=2965;SC=CATAAAGAAAGACATAGTATT;SOR=0.894;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=183;TCF=81;TCR=102;TR=182;WE=23020978;WS=23020960;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,249:1.00:249
chr14	23021039	rs9125	G	A	5636.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=54;NR=85;PP=2616;SC=TATGCTGTGTGTCTGGGCGTG;SOR=1.060;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=139;TCF=54;TCR=85;TR=139;WE=23021047;WS=23021029;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,214:1.00:214
chr14	23025758	rs10873025	G	A	355.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=5;PP=173;SC=CTGGGAGGGAGGGAGGTGGGG;SOR=0.693;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=5;TCR=5;TR=10;WE=23025766;WS=23025751;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr14	23025815	.	AC	A	42	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;FR=0.5000;HP=9;HapScore=2;MGOF=41;MMLQ=21;MQ=60.0;NF=0;NR=3;PP=42;QD=18.6666666667;SC=TCTCTGAGGGACCCCCCCCCA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=3;WE=23025823;WS=23025805;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:3,3:0.50:6
chr14	23025932	rs12888861	A	T	1337.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=22;NR=9;PP=687;SC=AGGAATCTGCAGGTCTCAGGG;SOR=1.157;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=22;TCR=9;TR=31;WE=23025940;WS=23025922;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr14	23026369	rs33982989	C	CG	603.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=3;PP=645;SC=GGCTGGAGTCCGGATCCACCA;SOR=1.981;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=22;TCF=17;TCR=5;TR=17;WE=23026377;WS=23026359;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr14	23027743	rs4982639	G	C	5106.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=38;NR=106;PP=2965;SC=GCCAGAACACGCCACGTCACT;SOR=1.836;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=144;TCF=38;TCR=106;TR=144;WE=23027751;WS=23027733;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,176:1.00:176
chr14	23044002	rs7621	G	T	2348.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=40;NR=15;PP=1118;SC=ATGAGAATGAGTCAGCCAACA;SOR=1.501;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=55;TCF=40;TCR=15;TR=55;WE=23044010;WS=23043992;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr14	23057791	rs56253357	G	C	1214.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-2.568;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.023;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=13;PP=775;ReadPosRankSum=-1.953;SC=AGAGTACTATGAAAACAAAAG;SOR=0.430;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=75;TCF=54;TCR=21;TR=43;WE=23057799;WS=23057781;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,54:0.60:90
chr14	23058084	rs1051101	A	G	3379.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=1.188;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.014;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=73;PP=2114;ReadPosRankSum=0.102;SC=AAGGTACTCCAGTCCGCGCCC;SOR=1.353;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=117;TCF=41;TCR=76;TR=112;WE=23058092;WS=23058074;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,130:0.97:134
chr14	23067042	rs114422910	A	G	5066.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.653;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=549;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.100;HP=5;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=88;NR=66;PP=2284;ReadPosRankSum=-2.375;SC=CAAGGGCCCCACTAGCTGAAA;SOR=0.815;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=310;TCF=168;TCR=142;TR=154;WE=23067050;WS=23067032;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:286,256:0.47:542
chr14	23074899	rs1242924	C	T	1623.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=35;PP=1023;SC=AGAGCGCTGTCGGGAGGTGGT;SOR=1.688;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=50;TCF=14;TCR=36;TR=49;WE=23074907;WS=23074889;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr14	23078969	rs140776429	C	CT	428.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-0.852;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=11;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=14;PP=293;ReadPosRankSum=0.823;SC=TTTGGAATATCTTTTTTTTTT;SOR=1.101;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=23;TCF=2;TCR=21;TR=16;WE=23078977;WS=23078959;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,21:0.95:22
chr14	23079730	rs1242933	A	G	1691.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=34;NR=7;PP=1112;SC=CAGGAATAAAAGGCCATCCCA;SOR=2.107;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=34;TCR=7;TR=41;WE=23079738;WS=23079720;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr14	23102626	rs11846290	G	A	568.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-0.655;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.898;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=7;PP=312;ReadPosRankSum=-0.291;SC=AGACTATTCAGAATTCCTTAG;SOR=0.842;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=53;TCF=34;TCR=19;TR=22;WE=23102634;WS=23102616;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,30:0.39:77
chr14	23102784	rs1753429	A	G	1716.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.104;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=28;PP=794;ReadPosRankSum=0.951;SC=TCCTCTTTTCAAAAACTCCTC;SOR=0.693;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=125;TCF=62;TCR=63;TR=55;WE=23102792;WS=23102774;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:136,94:0.41:230
chr14	23102882	rs1681596	C	A	2523.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=1.306;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.568;HP=2;HapScore=3;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=22;PP=1575;ReadPosRankSum=1.234;SC=GGAGTCACCACACTGCTCAGA;SOR=0.618;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=107;TCF=52;TCR=55;TR=44;WE=23102904;WS=23102872;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:100,72:0.42:172
chr14	23102896	rs1681597	A	G	2579.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.294;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.230;HP=2;HapScore=3;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=20;PP=1575;ReadPosRankSum=-0.108;SC=GCTCAGAACCAAAGGGATCTT;SOR=0.573;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=101;TCF=48;TCR=53;TR=41;WE=23102904;WS=23102872;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:92,72:0.44:164
chr14	23102969	rs1753430	G	A	1395.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-1.772;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.595;HP=2;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=20;PP=568;ReadPosRankSum=-0.422;SC=ATGCCACTAGGAATGATGACT;SOR=0.788;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=92;TCF=49;TCR=43;TR=44;WE=23102977;WS=23102959;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,71:0.46:155
chr14	23103040	rs3829405	C	T	2060.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.779;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=28;PP=922;ReadPosRankSum=-0.822;SC=AGAAGGAATGCGCACTATGGT;SOR=0.677;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=121;TCF=67;TCR=54;TR=63;WE=23103048;WS=23103030;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:104,101:0.49:205
chr14	23103282	rs3751481	T	C	4846.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=2.643;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=477;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=81;NR=76;PP=2659;ReadPosRankSum=1.865;SC=CCCAAGAGAATACAACGGTCC;SOR=0.656;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=289;TCF=151;TCR=138;TR=157;WE=23103290;WS=23103272;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:243,232:0.49:475
chr14	23103347	rs3751482	T	C	7905.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.514;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=421;ExcessHet=3.0103;FS=0.521;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.96;ReadPosRankSum=0.503;SOR=0.802;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:207,210:0.50:417
chr14	23103354	rs3751483	AC	GT	7735.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.294;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=409;ExcessHet=3.0103;FS=1.729;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.10;ReadPosRankSum=1.802;SOR=0.812;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:208,197:0.49:405
chr14	23103743	rs56305436	C	T	356.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.190;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.508;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=14;PP=272;ReadPosRankSum=1.214;SC=GCTCAATTCTCCTAACAGAAC;SOR=1.223;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=45;TCF=6;TCR=39;TR=15;WE=23103751;WS=23103733;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,17:0.31:55
chr14	23235697	rs1957373	C	T	3708.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.224;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=419;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=73;NR=50;PP=1794;ReadPosRankSum=1.368;SC=CTTCAACTTCCTTTCAATCTC;SOR=0.692;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=261;TCF=157;TCR=104;TR=123;WE=23235705;WS=23235687;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:226,184:0.45:410
chr14	23235808	rs1957374	G	A	6037.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-2.968;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=544;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=97;NR=87;PP=2615;ReadPosRankSum=-0.007;SC=CGCCTGATCTGCGGCTACAAT;SOR=0.720;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=346;TCF=177;TCR=169;TR=184;WE=23235816;WS=23235798;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:242,290:0.55:532
chr14	23236524	rs8572	C	T	3888.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.762;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=379;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.550;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=58;PP=1826;ReadPosRankSum=2.213;SC=CTATTCCCAGCAGCCCCGTGC;SOR=0.805;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=229;TCF=115;TCR=114;TR=124;WE=23236532;WS=23236514;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:181,190:0.51:371
chr14	23239512	rs2075846	A	G	5302.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.357;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=460;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.520;HP=5;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=83;NR=76;PP=2367;ReadPosRankSum=-0.333;SC=TTCCTTCCTTATTTCATCCAG;SOR=0.663;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=308;TCF=159;TCR=149;TR=159;WE=23239520;WS=23239502;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:200,249:0.55:449
chr14	23239880	rs1957502	G	A	532.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.205;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=7;PP=340;ReadPosRankSum=-0.204;SC=GTGAACTGGGGTTGGAGGGTA;SOR=0.693;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=61;TCF=41;TCR=20;TR=23;WE=23239888;WS=23239870;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,26:0.39:66
chr14	23242828	rs1061040	T	C	4747.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=54;NR=58;PP=2301;SC=TTTAGTTAGATTTGGGATCCC;SOR=0.750;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=112;TCF=54;TCR=58;TR=112;WE=23242836;WS=23242818;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,179:1.00:179
chr14	23242980	rs11568422	A	G	675.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-0.903;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=19;PP=438;ReadPosRankSum=0.220;SC=GCTGAGTTCAAGTGTCACTGA;SOR=0.838;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=37;TCF=10;TCR=27;TR=26;WE=23242988;WS=23242970;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,29:0.66:44
chr14	23244454	rs374608281	GGTGTACCATTC	G	586.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.290;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=4.091;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.76;ReadPosRankSum=0.878;SOR=1.641;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,17:0.37:46
chr14	23244455	.	G	C	1312	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MMLQ=28;MQ=60.0;NF=14;NR=1;PP=1312;QD=89.7847475031;SC=TAGAGCAGAGGTGTACCATTC;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=39;TCF=34;TCR=5;TR=15;WE=23244479;WS=23244448;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:24,15:0.38:39
chr14	23244456	.	TGTACCATTCCTTAGAG	T	2962	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;FR=0.5000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MMLQ=28;MQ=60.0;NF=12;NR=1;PP=2962;QD=20;SC=AGAGCAGAGGTGTACCATTCC;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=38;TCF=32;TCR=6;TR=13;WE=23244479;WS=23244448;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:25,13:0.34:38
chr14	23244467	rs368022959	TTAGAG	T	587.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.349;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=4.025;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.50;ReadPosRankSum=-0.590;SOR=1.578;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,17:0.36:47
chr14	23244542	rs12891079	T	C	2195.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.135;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.853;HP=4;HapScore=2;MGOF=31;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=32;PP=1244;ReadPosRankSum=0.626;SC=CCACCAATAGTTTTTCTATTG;SOR=0.543;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=144;TCF=89;TCR=55;TR=78;WE=23244550;WS=23244532;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,102:0.55:186
chr14	23245301	rs3850290	T	C	1460.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.003;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=26;PP=1070;ReadPosRankSum=2.002;SC=CTAAATGAACTCCTTTCAAGG;SOR=0.665;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=116;TCF=65;TCR=51;TR=58;WE=23245309;WS=23245291;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,63:0.50:127
chr14	23282110	rs8018462	A	G	1203.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.406;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.282;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.882;NF=27;NR=11;PP=622;ReadPosRankSum=1.581;SC=CCCACTTACAAATGCAGGCAG;SOR=1.027;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=89;TCF=59;TCR=30;TR=38;WE=23282118;WS=23282100;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,58:0.45:130
chr14	23282449	rs1805059	C	T	4910.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.198;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=515;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.518;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=73;NR=85;PP=2204;ReadPosRankSum=2.779;SC=CAAAGATGCCCGAGCCGATCA;SOR=0.715;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=344;TCF=162;TCR=182;TR=158;WE=23282457;WS=23282439;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:269,243:0.47:512
chr14	23282699	rs3829407	A	T	604.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-1.096;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=17;PP=346;ReadPosRankSum=0.392;SC=GCAATTACATAGAACCTCTAC;SOR=0.653;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=60;TCF=19;TCR=41;TR=25;WE=23282707;WS=23282689;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,31:0.40:77
chr14	23282750	rs7157654	A	C	334.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.859;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=10;PP=231;ReadPosRankSum=2.396;SC=TCACCAACCAATGCGGAGACC;SOR=0.941;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=25;TCF=5;TCR=20;TR=12;WE=23282758;WS=23282740;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,14:0.48:29
chr14	23286343	rs10130537	T	A	454.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.235;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.60;MQRankSum=1.470;QD=23.94;ReadPosRankSum=2.130;SOR=1.123;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,12:0.63:19
chr14	23286350	rs111507412	T	TATTTTTTA	557.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.655;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=1.862;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=62.03;MQRankSum=1.656;QD=27.89;ReadPosRankSum=2.028;SOR=1.270;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,13:0.65:20
chr14	23286528	rs150800938	TTTTTA	T	1770.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-1.879;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.801;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.263;NF=2;NR=15;PP=742;ReadPosRankSum=-0.220;SC=TATTTCGGTATTTTTATTTTA;SOR=0.736;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=37;TCF=5;TCR=32;TR=17;WE=23286540;WS=23286518;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,47:0.57:83
chr14	23299135	rs1135641	G	T	3357.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=43;NR=30;PP=1815;SC=GCTGCTTTAGGGACTGTTCTC;SOR=0.885;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=73;TCF=43;TCR=30;TR=73;WE=23299143;WS=23299125;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr14	23299286	rs4982685	T	C	9806.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=363;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=128;NR=105;PP=2965;SC=CACTGCAGCGTAGCCGCTTGG;SOR=0.836;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=234;TCF=128;TCR=106;TR=233;WE=23299294;WS=23299276;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,356:1.00:356
chr14	23300095	rs9646148	T	G	7348.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=287;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=107;NR=68;PP=2965;SC=TAGTAGCAAATCCAGGACTAG;SOR=1.051;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=175;TCF=107;TCR=68;TR=175;WE=23300103;WS=23300085;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,277:1.00:277
chr14	23302585	rs12050397	T	A	3450.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=47;NR=36;PP=1697;SC=GGTGATGCAGTCCATCTCTAA;SOR=0.899;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=83;TCF=47;TCR=36;TR=83;WE=23302593;WS=23302575;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr14	23306048	rs1042703	C	T	16814.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=652;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=213;NR=164;PP=2965;SC=CCCAAGACCCCCCCGTTGTCT;SOR=0.842;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=381;TCF=217;TCR=164;TR=377;WE=23306056;WS=23306038;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,645:1.00:645
chr14	23311042	rs17879412	CT	C	2547.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=25;NR=22;PP=2066;SC=CACAGCAAGTCTTACCCAACA;SOR=0.841;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=53;TCF=27;TCR=26;TR=47;WE=23311052;WS=23311037;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr14	23311044	rs57542488	T	C	2556.77	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=27;NR=22;PP=1429;SC=CAGCAAGTCTTACCCAACACT;SOR=0.914;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=51;TCF=29;TCR=22;TR=49;WE=23311052;WS=23311037;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr14	23312594	rs1042704	G	A	4229.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.583;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=424;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=73;NR=62;PP=1973;ReadPosRankSum=1.502;SC=TGTGCTGCCCGATGATGACCG;SOR=0.721;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=253;TCF=137;TCR=116;TR=135;WE=23312602;WS=23312584;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:210,211:0.50:421
chr14	23312869	rs2236305	G	T	2127.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.931;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FS=1.767;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.78;ReadPosRankSum=0.452;SOR=0.889;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:90,54:0.38:144
chr14	23312875	rs2236306	G	C	2341.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.635;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FS=0.726;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.69;ReadPosRankSum=-0.963;SOR=0.818;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:101,70:0.41:171
chr14	23312923	rs2236307	T	C	4094.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=2.670;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=473;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.140;HP=6;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=100;NR=52;PP=2146;ReadPosRankSum=0.560;SC=CCCCAGGGGGTGAGTCAGGGT;SOR=0.809;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=352;TCF=225;TCR=127;TR=152;WE=23312931;WS=23312913;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:259,198:0.43:457
chr14	23314675	rs911912	C	T	2055.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=35;PP=1038;SC=TGGAAAACAACGGCGATGATA;SOR=1.547;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=48;TCF=13;TCR=35;TR=48;WE=23314683;WS=23314665;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr14	23315331	rs743257	T	C	484.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.314;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=9;PP=213;ReadPosRankSum=-0.471;SC=GGGTGGGCTGTTCCCATCGTC;SOR=0.770;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=31;TCF=15;TCR=16;TR=17;WE=23315339;WS=23315321;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,25:0.56:45
chr14	23341666	rs8011536	G	C	3406.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=2.195;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=320;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.618;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.020;NF=16;NR=107;PP=2526;ReadPosRankSum=-0.165;SC=CCTGCCGCCAGCCCCAGCACT;SOR=0.613;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=258;TCF=33;TCR=225;TR=123;WE=23341674;WS=23341635;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:155,151:0.49:306
chr14	23342735	rs144635209	CT	C	1616.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.115;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=397;ExcessHet=3.0103;FS=3.162;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.14;MQRankSum=1.321;QD=5.34;ReadPosRankSum=-0.320;SOR=0.921;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:152,151:0.50:303
chr14	23355200	rs8021159	C	T	1278.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=1.923;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.710;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=10;PP=856;ReadPosRankSum=2.442;SC=TCTCCTATGCCTCCAGCCCTA;SOR=0.202;SbPval=0.23;Source=Platypus;TC=84;TCF=71;TCR=13;TR=48;WE=23355208;WS=23355190;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,52:0.57:92
chr14	23371055	rs1127066	G	C	4701.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.908;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=467;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=98;NR=60;PP=2664;ReadPosRankSum=1.675;SC=TGGAGAGCTGGAAACACTGGG;SOR=0.712;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=315;TCF=195;TCR=120;TR=158;WE=23371063;WS=23371045;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:234,217:0.48:451
chr14	23371255	rs61680322	G	GGGC	18625.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.356;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=729;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=1.036;NF=56;NR=227;PP=2978;ReadPosRankSum=1.662;SC=GCAGCAGCCTGGGCGGCGGCG;SOR=0.620;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=376;TCF=77;TCR=299;TR=283;WE=23371263;WS=23371245;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:24,444:0.95:468
chr14	23373986	rs1043209	G	A	1692.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-1.714;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.883;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=19;PP=1001;ReadPosRankSum=-0.636;SC=GTATGCAGCAGGTTAATCACG;SOR=0.931;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=126;TCF=85;TCR=41;TR=65;WE=23373994;WS=23373976;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,82:0.51:161
chr14	23374435	rs2295680	G	A	2861.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.455;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=274;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.457;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=42;PP=1374;ReadPosRankSum=-0.609;SC=TCCGATCTGAGATGATACGTA;SOR=0.625;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=175;TCF=90;TCR=85;TR=89;WE=23374443;WS=23374425;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:134,135:0.50:269
chr14	23374862	rs2295682	C	T	4275.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.369;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=428;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.524;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=78;PP=1919;ReadPosRankSum=-1.382;SC=TGTGTCCATACCTATAACTAA;SOR=0.754;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=266;TCF=111;TCR=155;TR=132;WE=23374870;WS=23374852;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:212,210:0.50:422
chr14	23380483	rs118006771	G	A	671.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.606;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.962;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=5;PP=331;ReadPosRankSum=-0.415;SC=AGTGATGATCGACAACTACTC;SOR=0.863;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=52;TCF=37;TCR=15;TR=21;WE=23380491;WS=23380473;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,32:0.46:69
chr14	23391533	rs144411999	C	CACAA	1395.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-1.544;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.777;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=15;PP=915;ReadPosRankSum=1.272;SC=TCTCTAATCACACAAAGATCT;SOR=0.814;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=66;TCF=20;TCR=46;TR=19;WE=23391541;WS=23391523;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,39:0.40:98
chr14	23391913	rs8007089	T	C	1579.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.122;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.571;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=30;PP=883;ReadPosRankSum=1.360;SC=AAGAAGCCCGTACCCCTCTAG;SOR=0.446;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=83;TCF=28;TCR=55;TR=48;WE=23391921;WS=23391903;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,68:0.60:114
chr14	23394007	rs1956880	T	C	691.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.617;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=21;ReadPosRankSum=0.754;SC=GCTTTCTGAGTTTTAGTAAGA;SOR=0.686;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=50;TCF=11;TCR=39;TR=27;WE=23394015;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,27:0.54:50
chr14	23394069	rs1956881	A	C	497.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-0.348;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.121;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=7;PP=278;ReadPosRankSum=-1.147;SC=TTCCTCCTCTAAGTGCACTCC;SOR=0.963;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=37;TCF=20;TCR=17;TR=18;WE=23394077;WS=23394059;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,23:0.49:47
chr14	23396680	rs12589539	T	C	238.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.542;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.377;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=3;PP=122;ReadPosRankSum=0.066;SC=AAGAAGGTACTTAGCACAATC;SOR=1.061;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=23;TCF=14;TCR=9;TR=9;WE=23396688;WS=23396670;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,13:0.38:34
chr14	23416252	rs2008951	C	G	962.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.731;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.937;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-1.315;NF=22;NR=14;PP=484;ReadPosRankSum=-2.059;SC=CTCGGCCTCCCAAAGTGCTGG;SOR=0.399;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=68;TCF=46;TCR=22;TR=36;WE=23416260;WS=23416242;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,48:0.53:90
chr14	23424186	rs2016392	A	G	1197.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-1.321;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.301;NF=32;NR=13;PP=598;ReadPosRankSum=0.319;SC=CACCCACCTCAGCCTCCCAAA;SOR=0.676;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=79;TCF=56;TCR=23;TR=45;WE=23424194;WS=23424176;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,60:0.52:115
chr14	23426182	rs2273626	C	A	3370.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.890;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=306;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.489;HP=7;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=58;PP=1531;ReadPosRankSum=0.247;SC=TCGGCTGGGGCGGGCTGGCCA;SOR=0.850;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=196;TCF=87;TCR=109;TR=100;WE=23426190;WS=23426172;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:146,156:0.52:302
chr14	23456315	rs1043675	T	C	933.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=0.122;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.998;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=7;PP=609;ReadPosRankSum=-0.544;SC=GAGGCAAATTTGCTTTCTCAG;SOR=0.478;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=69;TCF=57;TCR=12;TR=34;WE=23456323;WS=23456305;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,40:0.48:84
chr14	23459156	rs11624528	G	A	2506.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.974;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.521;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=34;PP=1378;ReadPosRankSum=-0.479;SC=TCCCTCCACAGCCTAAGAAGG;SOR=0.640;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=170;TCF=105;TCR=65;TR=85;WE=23459164;WS=23459146;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:98,110:0.53:208
chr14	23467664	rs3829409	G	A	829.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.347;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.594;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=5;PP=563;ReadPosRankSum=-0.726;SC=CGCCTCGCTGGCAGCCAGCGT;SOR=1.762;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=54;TCF=44;TCR=10;TR=31;WE=23467672;WS=23467654;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,37:0.45:82
chr14	23496860	.	G	GA	118.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.185;ClippingRankSum=0.000;DP=182;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.12;MQRankSum=2.838;QD=0.71;ReadPosRankSum=1.059;SOR=0.639;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:138,30:0.18:168
chr14	23504238	rs4144360	G	A	468.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=2;NR=12;PP=314;SC=CAAAAAGAAGGGCCAGATGCG;SOR=2.584;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=15;TCF=2;TCR=13;TR=14;WE=23504246;WS=23504228;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr14	23512430	rs78162644	C	T	261.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.480;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.569;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=10;PP=216;ReadPosRankSum=0.535;SC=AGCCTCACAGCGTCTGGCTCT;SOR=1.061;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=22;TCF=5;TCR=17;TR=13;WE=23512438;WS=23512420;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,13:0.45:29
chr14	23512466	rs72684308	T	G	177.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-1.787;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.233;HP=2;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=4;PP=51;ReadPosRankSum=1.631;SC=CTGGCTTCATTTATTGCAAGT;SOR=0.105;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=12;TCF=1;TCR=11;TR=5;WE=23512474;WS=23512456;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,9:0.56:16
chr14	23518592	rs11626296	C	A	143.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-3.623;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.276;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=5;PP=92;ReadPosRankSum=1.762;SC=ATAGAGCCAGCCCATAGGTCC;SOR=1.535;SbPval=0.94;Source=Platypus;TC=13;TCF=5;TCR=8;TR=6;WE=23518600;WS=23518582;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,7:0.50:14
chr14	23518791	rs2295689	A	G	1948.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=28.24;SOR=1.478;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr14	23518918	rs11623976	T	C	2289.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.785;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.655;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=28;PP=1103;ReadPosRankSum=-2.493;SC=CAACTTCATCTCTGTCCAGGG;SOR=0.841;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=150;TCF=85;TCR=65;TR=70;WE=23518926;WS=23518908;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:107,111:0.51:218
chr14	23523244	rs11625828	C	G	1726.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=2.496;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=16;PP=1137;ReadPosRankSum=0.775;SC=TCTCTAAGCTCCAACAGAGAG;SOR=0.764;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=115;TCF=84;TCR=31;TR=62;WE=23523252;WS=23523234;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,73:0.54:136
chr14	23524137	rs11418548	T	TG	1456.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.222;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FS=2.229;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=23.88;ReadPosRankSum=0.662;SOR=0.574;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:3,58:0.95:61
chr14	23530908	rs56402910	C	T	552.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.815;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=13;PP=252;ReadPosRankSum=0.347;SC=GATGGCCGGGCGCGGTGGCTC;SOR=0.648;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=49;TCF=18;TCR=31;TR=21;WE=23530916;WS=23530898;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,31:0.41:75
chr14	23549379	rs941719	C	G	3668.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=43;NR=40;PP=1844;SC=ATGAGGACAGCGGGGGCTGGG;SOR=0.693;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=83;TCF=43;TCR=40;TR=83;WE=23549387;WS=23549369;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,134:1.00:134
chr14	23559973	rs8020434	T	C	460.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=11;PP=370;SC=GTTGGAAGGCTTTTTTCTAAG;SOR=1.609;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=17;TCF=6;TCR=11;TR=16;WE=23559981;WS=23559963;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr14	23571671	rs4444236	A	T	11546.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=437;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=124;NR=162;PP=2965;SC=CCTTGTCACTAGTTGCCTTGT;SOR=0.925;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=287;TCF=124;TCR=163;TR=286;WE=23571679;WS=23571661;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,429:1.00:429
chr14	23572776	rs148655160	T	TAAAAC	2893.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=22;NR=11;PP=2080;SC=AAAAGCAAAATAAAACAAAAC;SOR=1.850;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=47;TCF=31;TCR=16;TR=33;WE=23572784;WS=23572766;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr14	23574095	.	GGCA	G	861	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MMLQ=23;MQ=60.43;NF=4;NR=16;PP=861;QD=43.35;SC=GACTAGTGGCGGCAGCAGCAG;SbPval=0.12;Source=Platypus;TC=54;TCF=5;TCR=49;TR=20;WE=23574105;WS=23574085;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:34,20:0.37:54
chr14	23574112	rs57331962	CA	C	1608.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.890;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FS=1.586;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.28;MQRankSum=1.641;QD=15.18;ReadPosRankSum=-1.347;SOR=0.538;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:59,47:0.44:106
chr14	23574113	rs12880395	A	G	1129.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.069;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.559;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-1.859;NF=19;NR=27;PP=1262;ReadPosRankSum=1.976;SC=CAGCAGCAGCAGCAGCAGCAG;SOR=0.866;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=81;TCF=35;TCR=46;TR=46;WE=23574124;WS=23574103;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,56:0.53:105
chr14	23574114	rs55686792	GCA	G	817.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.019;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FS=1.567;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.28;MQRankSum=0.868;QD=7.71;ReadPosRankSum=-1.280;SOR=0.546;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:61,45:0.42:106
chr14	23596320	rs761874	A	G	509.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-2.422;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.608;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.159;NF=19;NR=0;PP=334;ReadPosRankSum=0.841;SC=ATGTGTTGGCAGGACCAAGGC;SOR=2.494;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=30;TCF=28;TCR=2;TR=19;WE=23596328;WS=23596312;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,23:0.62:37
chr14	23598952	rs7157021	A	G	3426.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.182;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=359;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.385;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=65;PP=1622;ReadPosRankSum=-0.519;SC=TGAAGCCCACATAGTTGATGA;SOR=0.732;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=231;TCF=106;TCR=125;TR=121;WE=23598960;WS=23598942;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:180,173:0.49:353
chr14	23600662	rs12436035	G	T	1847.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.752;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=33;PP=917;ReadPosRankSum=0.222;SC=AGCAGGAAGGGCCCTTACTGT;SOR=0.673;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=130;TCF=66;TCR=64;TR=66;WE=23600670;WS=23600652;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:97,94:0.49:191
chr14	23607246	rs1015089	C	A	3662.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=47;NR=48;PP=1718;SC=GGGAGAGGAACCAAGGAGATA;SOR=0.707;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=95;TCF=47;TCR=48;TR=95;WE=23607254;WS=23607236;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,143:1.00:143
chr14	23609916	rs10151002	A	T	878.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=4;NR=18;PP=480;SC=CCCACCTCTCACCCCTCCCTG;SOR=2.019;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=22;TCF=4;TCR=18;TR=22;WE=23609924;WS=23609906;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr14	23612489	rs2273394	C	G	742.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=20;PP=525;SC=ACAAGCAGAACTGCTCCCTCA;SOR=3.528;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=22;TCF=1;TCR=21;TR=21;WE=23612497;WS=23612479;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr14	23624583	rs8011016	C	T	1756.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=11;NR=34;PP=982;SC=CCCCTCCTCCCTTCCTGGCTC;SOR=1.888;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=45;TCF=11;TCR=34;TR=45;WE=23624591;WS=23624573;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr14	23744826	rs67447855	TTCC	T	3302.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=0.397;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.351;NF=27;NR=30;PP=2506;ReadPosRankSum=1.384;SC=CATCATCATCTTCCTCCTCCT;SOR=0.674;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=67;TCF=33;TCR=34;TR=57;WE=23744836;WS=23744810;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,82:0.89:92
chr14	23777374	rs910332	A	G	3918.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=36;NR=88;PP=2527;SC=CTGGAGACGCAGCTGGCTGAC;SOR=1.841;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=124;TCF=36;TCR=88;TR=124;WE=23777382;WS=23777364;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,140:1.00:140
chr14	23789096	rs10640563	C	CTT	7390.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=80;PP=2930;SC=TAATGAGTCACTTGATTTTTT;SOR=1.333;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=87;TCF=3;TCR=84;TR=83;WE=23789104;WS=23789086;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,185:1.00:185
chr14	23792019	rs8020117	T	C	957.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=29;NR=2;PP=801;SC=TTCAATTTATTGAATATTTAG;SOR=4.548;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=31;TCF=29;TCR=2;TR=31;WE=23792027;WS=23792009;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr14	23844979	rs79877597	C	A	14432.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.185;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=561;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=185;NR=170;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.992;SC=TGTCTTCTACCGGCGGCCATG;SOR=0.450;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=357;TCF=186;TCR=171;TR=355;WE=23844987;WS=23844969;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,548:0.99:551
chr14	23845244	rs3811178	G	A	1321.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=8;NR=38;PP=1064;SC=TTTGGGGAAAGCCTGCACTTC;SOR=2.985;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=46;TCF=8;TCR=38;TR=46;WE=23845252;WS=23845234;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr14	23848311	rs723840	C	T	10280.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.990;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=399;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.395;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=137;NR=112;PP=2965;ReadPosRankSum=0.643;SC=CCTCCCGGGACGGAGCTGCCA;SOR=0.512;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=251;TCF=137;TCR=114;TR=249;WE=23848319;WS=23848301;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,388:1.00:389
chr14	23851400	rs453361	C	T	517.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.732;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=14;PP=334;ReadPosRankSum=-0.591;SC=CCCAGGGATCCTGTGGTCCCA;SOR=1.358;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=17;TCF=2;TCR=15;TR=16;WE=23851408;WS=23851390;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,20:0.95:21
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chr14	23854155	rs8004990	G	A	2471.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=0.989;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=28;PP=1499;ReadPosRankSum=2.313;SC=CCTTCTCCTCGGCGTTTCTGC;SOR=1.179;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=77;TCF=48;TCR=29;TR=75;WE=23854163;WS=23854145;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,93:0.98:95
chr14	23854324	rs178638	A	G	1765.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=10;NR=39;PP=1150;SC=TTTCTCCAGAAAGAATTAAAG;SOR=2.226;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=51;TCF=11;TCR=40;TR=49;WE=23854332;WS=23854314;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr14	23854351	.	TA	T	361	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;FR=1.0000;HP=9;HapScore=3;MGOF=26;MMLQ=26;MQ=60.0;NF=0;NR=6;PP=361;QD=62.1666666667;SC=ATTTTTTTTTTAAAACAACAA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=31;TCF=1;TCR=30;TR=6;WE=23854361;WS=23854331;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:25,6:0.19:31
chr14	23854352	rs178639	A	T	740.88	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.546;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.07;ReadPosRankSum=0.831;SOR=0.593;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,35:0.85:41
chr14	23855320	rs382872	G	A	15741.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.291;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=609;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=5.056;NF=164;NR=192;PP=2965;ReadPosRankSum=0.796;SC=GGACCGCATCGTCCAGCTGGA;SOR=0.783;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=361;TCF=167;TCR=194;TR=356;WE=23855328;WS=23855310;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:6,600:0.99:606
chr14	23855426	rs45520434	C	T	5587.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.758;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=114;PP=2965;ReadPosRankSum=1.196;SC=TGCAGTAACCCAGGGGCAGGA;SOR=0.612;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=173;TCF=58;TCR=115;TR=172;WE=23855434;WS=23855416;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,208:1.00:209
chr14	23855478	rs396024	C	G	3395.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=37;NR=63;SC=CTTCTCCAGGCCACATGGAGG;SOR=1.396;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=100;TCF=37;TCR=63;TR=100;WE=23855486;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr14	23855569	rs178640	A	G	3897.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=68;NR=56;PP=2239;SC=GGGCCTCGGCAGCCATGCGGT;SOR=0.883;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=124;TCF=68;TCR=56;TR=124;WE=23855577;WS=23855559;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,147:1.00:147
chr14	23856896	rs178642	A	G	17559.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.046;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=668;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=26.65;ReadPosRankSum=-0.288;SOR=0.882;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:4,655:0.99:659
chr14	23858232	rs451794	C	T	2303.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.69;QD=25.04;SOR=0.878;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr14	23858271	rs368353621	AGG	A	1828.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.13;QD=38.10;SOR=0.866;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr14	23861811	rs365990	A	G	5155.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.04;SOR=1.267;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,198:1.00:198
chr14	23865885	rs452036	G	A	14139.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.365;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=572;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=142;NR=168;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.062;SC=CAACCACCCAGTGGGGCTCTA;SOR=0.793;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=313;TCF=143;TCR=170;TR=310;WE=23865893;WS=23865875;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,567:1.00:569
chr14	23866713	rs412768	A	G	1801.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=34;NR=15;PP=916;SC=GGGCTGGGCCATTCCACCAGG;SOR=1.478;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=49;TCF=34;TCR=15;TR=49;WE=23866721;WS=23866703;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr14	23872666	rs434273	T	C	4995.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.939;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=72;PP=1985;ReadPosRankSum=-0.578;SC=CTGAGGTGGGTGGAGGGGAGG;SOR=0.307;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=130;TCF=57;TCR=73;TR=129;WE=23872674;WS=23872656;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,196:0.99:197
chr14	23873092	rs388914	G	A	3348.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=52;PP=1600;SC=AAATGTAAACGACCTCTTTGG;SOR=1.495;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=70;TCF=18;TCR=52;TR=70;WE=23873100;WS=23873082;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr14	23874117	rs440466	T	C	18583.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.963;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=734;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=209;NR=282;PP=2965;ReadPosRankSum=0.194;SC=CTTCCCAGCCTGGCCATCAGA;SOR=0.914;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=495;TCF=211;TCR=284;TR=491;WE=23874125;WS=23874107;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,716:0.99:720
chr14	23874523	rs2277474	C	T	9390.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.645;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=361;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=111;NR=87;PP=2965;ReadPosRankSum=2.431;SC=CGGCCACCACCTCGGCATTGT;SOR=0.849;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=198;TCF=111;TCR=87;TR=198;WE=23874531;WS=23874513;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,356:0.99:358
chr14	23881920	rs12147570	G	T	745.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=18;NR=3;PP=420;SC=GGTCCTCAGGGCAGTGAAGAA;SOR=2.753;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=18;TCR=3;TR=21;WE=23881928;WS=23881910;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr14	23882144	rs2284651	T	C	3636.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=45;NR=67;PP=1775;SC=GGACAGGGCATGGGAACAAAG;SOR=1.069;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=113;TCF=45;TCR=68;TR=112;WE=23882152;WS=23882134;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,141:1.00:141
chr14	23882186	rs7149517	T	G	2485.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=24;NR=56;PP=1630;SC=GGGGCCTGCTTTGTGGGCAGG;SOR=1.636;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=80;TCF=24;TCR=56;TR=80;WE=23882194;WS=23882176;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr14	23883184	rs3729833	C	T	8853.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=326;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=120;NR=117;PP=2965;SC=CCTATGCCTCCCCTGGGCCTA;SOR=0.731;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=238;TCF=120;TCR=118;TR=237;WE=23883192;WS=23883174;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,320:1.00:320
chr14	23885997	rs3729828	G	A	1573.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=44;NR=2;PP=1187;SC=TGAACAAAACGGACAAAGCGG;SOR=4.534;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=47;TCF=45;TCR=2;TR=46;WE=23886005;WS=23885993;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr14	23886264	rs3729825	C	T	11273.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.276;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=419;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=158;NR=131;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.533;SC=TGGAGGGACACGCCTCTTTGC;SOR=0.289;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=292;TCF=159;TCR=133;TR=289;WE=23886272;WS=23886254;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,408:1.00:409
chr14	23887134	rs45489294	G	T	2532.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.021;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=19;PP=1258;ReadPosRankSum=1.255;SC=GGAGGTATGGGCTTCTGCAGC;SOR=1.420;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=65;TCF=46;TCR=19;TR=65;WE=23887142;WS=23887124;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,95:0.98:97
chr14	23887645	rs7159367	T	C	2283.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=19;NR=35;PP=1135;SC=AGGAGGTGGGTTCAGCTTTCT;SOR=1.139;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=54;TCF=19;TCR=35;TR=54;WE=23887653;WS=23887635;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr14	23888323	rs34598192	T	TG	12398.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.944;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=318;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.142;NF=59;NR=74;PP=2936;ReadPosRankSum=0.624;SC=AGGGAAGTGATTTGATGCAAG;SOR=1.058;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=134;TCF=59;TCR=75;TR=133;WE=23888331;WS=23888313;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,311:0.99:313
chr14	23888665	rs2277475	A	T	2952.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=58;NR=32;PP=1834;SC=TGTGGTGGGAACCATGGAGCC;SOR=1.322;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=90;TCF=58;TCR=32;TR=90;WE=23888673;WS=23888655;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr14	23892645	rs10545532	AAC	A,AACAC	1146.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.102;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FS=1.476;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.20;MQRankSum=0.714;QD=13.49;ReadPosRankSum=0.974;SOR=1.092;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:11,53,21:0.62,0.25:85
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chr14	23924704	rs2331984	G	A	678.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=55;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=17;NR=8;PP=531;SC=GCGAGATCACGCCACTGCACT;SOR=1.893;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=17;TCR=8;TR=25;WE=23924712;WS=23924694;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
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chr14	23924830	rs10131038	A	G	2861.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=33;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=34;NR=26;PP=1273;SC=AAAATATCAAAGCAGGATAAA;SOR=0.980;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=60;TCF=34;TCR=26;TR=60;WE=23924838;WS=23924808;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr14	23938813	rs8015781	A	G	4436.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=73;NR=33;PP=2428;SC=GGAAGTGAGAAAGCCCTTATT;SOR=1.354;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=106;TCF=73;TCR=33;TR=106;WE=23938821;WS=23938803;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,157:1.00:157
chr14	23939927	rs5807217	GT	G	133.14	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.651;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5223;FS=0.000;HP=13;HapScore=2;MGOF=31;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=0;PP=82;ReadPosRankSum=0.447;SC=GAAGTGGAAAGTTTTTTTTTT;SOR=2.670;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=11;TCR=0;TR=8;WE=23939935;WS=23939926;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,10:0.83:12
chr14	23940081	rs1028587	A	G	7218.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.69;SOR=1.290;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,158:1.00:158
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chr14	23940089	rs3215682	AC	A	7556.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=33;NR=42;PP=2957;SC=TAATCTAATCACTTGTTTTAT;SOR=1.334;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=77;TCF=35;TCR=42;TR=75;WE=23940097;WS=23940071;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,169:1.00:169
chr14	23944505	rs2236260	G	A	11524.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=282;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.91;SOR=0.979;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,275:1.00:275
chr14	23944514	rs2236261	C	A	11088.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=251;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.08;SOR=1.115;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,246:1.00:246
chr14	23945366	rs2295706	A	G	11126.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=413;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=124;NR=125;PP=2965;SC=ATTATGGTATAAACTTTGGCT;SOR=0.703;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=249;TCF=124;TCR=125;TR=249;WE=23945374;WS=23945356;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,404:1.00:404
chr14	23947374	rs1956950	G	A	449.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=14;PP=338;SC=AATTGATTTTGCTTATGAATT;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=0;TCR=14;TR=14;WE=23947382;WS=23947364;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr14	24000823	.	C	T	5229.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.778;ClippingRankSum=0.000;DP=430;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.247;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=86;NR=83;PP=2674;ReadPosRankSum=1.701;SC=CAGGTGTGCGCAGGTGTTGCA;SOR=0.559;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=291;TCF=153;TCR=138;TR=169;WE=24000831;WS=24000813;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:176,239:0.58:415
chr14	24000990	.	C	CT	363.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.268;ClippingRankSum=0.000;DP=217;ExcessHet=3.0103;FS=6.537;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.17;ReadPosRankSum=1.725;SOR=0.292;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:126,42:0.25:168
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chr14	24408679	rs77147457	G	A	1687.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=-1.882;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.650;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=25;PP=976;ReadPosRankSum=-0.770;SC=AAGTATTTATGGTTTCTTACA;SOR=0.370;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=122;TCF=79;TCR=43;TR=63;WE=24408687;WS=24408669;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:92,83:0.47:175
chr14	24408866	rs1885810	G	A	1625.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-1.974;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.888;NF=19;NR=45;PP=954;ReadPosRankSum=-1.291;SC=GTGCAAGTGGGCTGAGTCTGA;SOR=0.685;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=156;TCF=49;TCR=107;TR=64;WE=24408874;WS=24408856;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:104,80:0.43:184
chr14	24410092	rs8003627	G	A	266.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=0.371;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=3;PP=236;ReadPosRankSum=0.917;SC=TCCACCAGCCGGCCTTAGCTT;SOR=0.941;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=24;TCF=18;TCR=6;TR=14;WE=24410100;WS=24410082;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,12:0.55:22
chr14	24410262	rs58941536	C	G	1423.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=1.546;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=21;PP=716;ReadPosRankSum=-0.647;SC=TTAGTGAGGTCTTGCATTGTA;SOR=0.650;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=73;TCF=41;TCR=32;TR=45;WE=24410270;WS=24410252;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,68:0.48:142
chr14	24410417	rs57901513	A	G	782.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.297;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.584;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=19;PP=402;ReadPosRankSum=0.395;SC=GTGTTAGACCATGAGATGCAG;SOR=0.357;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=54;TCF=17;TCR=37;TR=29;WE=24410425;WS=24410407;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,37:0.56:66
chr14	24422733	rs1951736	A	G	110.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=2.347;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.812;NF=3;NR=1;PP=56;ReadPosRankSum=-2.731;SC=GGTTCCTGCAAGGGCCAGGGG;SOR=0.412;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=9;TCF=8;TCR=1;TR=4;WE=24422741;WS=24422723;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,5:0.42:12
chr14	24422778	rs3049857	C	CGCTTTGA	142.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.072;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-1.273;NF=2;NR=2;PP=176;ReadPosRankSum=1.655;SC=GAACGGAGAGCTCACCCGCCA;SOR=0.527;SbPval=0.26;Source=Platypus;TC=12;TCF=9;TCR=3;TR=4;WE=24422786;WS=24422768;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,5:0.33:15
chr14	24422795	rs1951737	A	G	248.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=0.679;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.804;NF=8;NR=2;PP=131;ReadPosRankSum=-0.534;SC=GCCAGCCCGGAAAGGCAAGCC;SOR=0.437;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=20;TCF=17;TCR=3;TR=10;WE=24422803;WS=24422785;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,11:0.55:20
chr14	24422915	rs78299733	T	G	1313.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.062;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.162;HP=2;HapScore=1;MGOF=29;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=1.883;NF=30;NR=20;PP=673;ReadPosRankSum=0.944;SC=GGGCAGGGAATCGGCCCGCCC;SOR=0.591;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=126;TCF=79;TCR=47;TR=50;WE=24422923;WS=24422905;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:126,72:0.36:198
chr14	24422936	rs112883733	C	G	1842.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.518;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=304;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.463;HP=3;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.370;NF=39;NR=24;PP=2962;ReadPosRankSum=0.972;SC=TTCGTCCTGCCCCTCGCCCTA;SOR=0.584;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=171;TCF=111;TCR=60;TR=63;WE=24422954;WS=24422926;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:197,106:0.35:303
chr14	24422946	rs113357631	A	ACT	3626.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.978;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=333;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.425;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.414;NF=19;NR=25;PP=2962;ReadPosRankSum=2.549;SC=CCCTCGCCCTACTCTGTCACC;SOR=0.725;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=124;TCF=54;TCR=70;TR=44;WE=24422954;WS=24422926;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:220,111:0.34:331
chr14	24422995	rs4457918	T	G	2752.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.325;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=375;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.384;HP=2;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=41;PP=2819;ReadPosRankSum=-0.482;SC=GCTGGTCTGATCCATGCACAA;SOR=0.737;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=226;TCF=124;TCR=102;TR=93;WE=24423015;WS=24422985;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:231,144:0.38:375
chr14	24423007	rs17099455	G	A	2370.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.425;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=351;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.943;HP=1;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=36;PP=2819;ReadPosRankSum=-0.158;SC=CATGCACAAGGCGGGGCTGCT;SOR=0.866;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=218;TCF=118;TCR=100;TR=86;WE=24423015;WS=24422985;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:220,131:0.37:351
chr14	24423090	rs2273944	A	G	1136.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-2.728;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.988;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=34;PP=723;ReadPosRankSum=-1.118;SC=ACCCGCTCGCAAATAAGGTGG;SOR=0.346;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=111;TCF=28;TCR=83;TR=49;WE=24423098;WS=24423080;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,55:0.43:127
chr14	24424367	rs12147221	G	A	1859.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=0.289;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.165;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.640;NF=20;NR=42;PP=1009;ReadPosRankSum=1.136;SC=TGAGCGTGACGGGCACCGTGT;SOR=0.518;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=124;TCF=36;TCR=88;TR=62;WE=24424375;WS=24424357;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,81:0.53:154
chr14	24429298	rs3742492	C	G	323.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-3.493;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.523;HP=4;HapScore=2;MGOF=30;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=17;PP=299;ReadPosRankSum=-0.660;SC=GAATGCATTTCTCAAGGGCAG;SOR=0.088;SbPval=0.21;Source=Platypus;TC=55;TCF=11;TCR=44;TR=24;WE=24429306;WS=24429288;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,17:0.40:43
chr14	24429334	rs3742493	G	A	106.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-3.071;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=15.580;HP=1;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=7;PP=111;ReadPosRankSum=-0.883;SC=TCTTTGCCACGTGCCACACAC;SOR=0.016;SbPval=0.18;Source=Platypus;TC=27;TCF=4;TCR=23;TR=10;WE=24429342;WS=24429324;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,8:0.33:24
chr14	24435672	rs200547090	A	C	2310.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=3.560;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=280;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.721;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.823;NF=27;NR=59;PP=1373;ReadPosRankSum=-0.049;SC=CTTGAAAGGCATCCATCTTCT;SOR=1.099;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=213;TCF=76;TCR=137;TR=86;WE=24435680;WS=24435662;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:167,112:0.40:279
chr14	24436511	rs200393732	T	C	1599.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.521;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.416;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-1.731;NF=30;NR=42;PP=873;ReadPosRankSum=0.138;SC=CTAAGAGACATGAAGATGGGA;SOR=0.541;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=131;TCF=52;TCR=79;TR=72;WE=24436519;WS=24436501;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,78:0.58:135
chr14	24437922	rs61999779	A	C	3807.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-2.934;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=456;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.456;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-8.227;NF=77;NR=73;PP=1975;ReadPosRankSum=5.284;SC=GGGAGGCAGAACTGTTTGATT;SOR=0.585;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=322;TCF=175;TCR=147;TR=150;WE=24437930;WS=24437912;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:249,204:0.45:453
chr14	24439151	rs61999781	C	T	322.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.475;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.068;NF=9;NR=6;PP=241;ReadPosRankSum=-1.018;SC=GGGGGAGGGGCGCTCACGCAA;SOR=0.593;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=22;TCF=13;TCR=9;TR=15;WE=24439159;WS=24439141;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,15:0.48:31
chr14	24439455	rs117274371	A	T	55.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.904;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FS=28.262;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.31;MQRankSum=-1.497;QD=0.38;ReadPosRankSum=-1.076;SOR=3.376;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:129,17:0.12:146
chr14	24439588	rs4048584	G	A	344.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.275;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.696;HP=2;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-2.239;NF=4;NR=10;PP=223;ReadPosRankSum=-0.551;SC=AACTGCATCAGTTAACGGGGC;SOR=0.177;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=40;TCF=13;TCR=27;TR=14;WE=24439596;WS=24439578;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,15:0.50:30
chr14	24458013	rs117487342	G	A	1026.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.307;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.717;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=11;PP=638;ReadPosRankSum=-0.255;SC=GCGGCGGGAGGCGCCAACCGC;SOR=1.038;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=84;TCF=58;TCR=26;TR=40;WE=24458021;WS=24458003;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,48:0.45:106
chr14	24458162	rs2273946	G	C	5333.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.62;BaseQRankSum=-2.084;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=536;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.094;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQ=59.98;MQRankSum=-1.389;NF=68;NR=76;PP=2189;ReadPosRankSum=-1.492;SC=GATCCATGCAGATGGCCAGGC;SOR=0.720;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=270;TCF=136;TCR=134;TR=144;WE=24458170;WS=24458152;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:260,269:0.51:529
chr14	24459493	rs60865462	G	A	1795.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.845;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.217;HP=4;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-5.729;NF=18;NR=49;PP=1242;ReadPosRankSum=-0.314;SC=CCACGCTGCAGGGGGAGGGGC;SOR=0.992;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=120;TCF=35;TCR=85;TR=67;WE=24459501;WS=24459483;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,78:0.55:143
chr14	24459520	rs45583341	T	C	1257.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.044;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.976;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-7.061;NF=11;NR=41;PP=799;ReadPosRankSum=-0.221;SC=TGACGGGCACTGTGTGCCATG;SOR=1.076;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=100;TCF=23;TCR=77;TR=52;WE=24459528;WS=24459510;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,58:0.53:110
chr14	24470138	rs1811890	C	T	2582.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=2.416;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=442;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.565;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.361;NF=68;NR=52;PP=1687;ReadPosRankSum=-0.418;SC=AATGGAGAAACGAGGGTACAG;SOR=0.800;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=350;TCF=193;TCR=157;TR=120;WE=24470146;WS=24470128;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:295,140:0.32:435
chr14	24470231	rs79847141	T	G	3341.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.733;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=733;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.52;MQRankSum=-1.122;QD=4.58;ReadPosRankSum=-0.939;SOR=0.738;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:528,202:0.28:730
chr14	24470690	.	T	TA	3216.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=2.411;ClippingRankSum=0.000;DP=448;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.945;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-16.063;NF=9;NR=66;PP=2878;ReadPosRankSum=5.435;SC=GTGAACTGCCTGCACCTGGAC;SOR=1.182;SbPval=0.95;Source=Platypus;TC=201;TCF=42;TCR=159;TR=75;WE=24470698;WS=24470680;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:328,114:0.26:442
chr14	24473478	.	TA	T	253.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.244;ClippingRankSum=0.000;DP=146;ExcessHet=3.0103;FS=6.293;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.45;MQRankSum=0.000;QD=2.08;ReadPosRankSum=0.238;SOR=0.248;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:82,40:0.33:122
chr14	24475265	rs200340620	T	C	97.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.420;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=44.32;MQRankSum=-2.969;QD=2.79;ReadPosRankSum=-2.244;SOR=1.123;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,8:0.23:35
chr14	24505537	rs2332130	C	G	1005.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-2.986;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.907;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=8;PP=532;ReadPosRankSum=0.848;SC=CTGCGGGGCGCGGCGACTGGC;SOR=0.186;SbPval=0.21;Source=Platypus;TC=77;TCF=64;TCR=13;TR=33;WE=24505545;WS=24505529;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,43:0.49:88
chr14	24505722	rs8005834	C	G	7181.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-2.588;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=683;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.520;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=94;NR=98;PP=2775;ReadPosRankSum=1.314;SC=GCACAAGGCGCGGCTACGAGG;SOR=0.618;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=383;TCF=180;TCR=203;TR=192;WE=24505730;WS=24505712;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:319,351:0.52:670
chr14	24507010	rs12587718	C	A	2681.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-0.404;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=310;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.918;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-1.564;NF=33;NR=47;PP=1181;ReadPosRankSum=-1.587;SC=GGTAGTCAGCCGCCGGAAGCA;SOR=0.580;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=176;TCF=71;TCR=105;TR=80;WE=24507018;WS=24507000;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:168,137:0.45:305
chr14	24512962	rs12894919	C	T	474.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.543;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.24;MQRankSum=0.959;QD=10.79;ReadPosRankSum=0.920;SOR=0.575;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,24:0.55:44
chr14	24512997	.	C	CA	131.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.070;ClippingRankSum=0.000;DP=103;ExcessHet=3.0103;FS=0.941;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.11;MQRankSum=1.533;QD=1.42;ReadPosRankSum=1.012;SOR=0.569;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:70,23:0.25:93
chr14	24522911	rs35809913	C	G	3121.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.539;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=319;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.114;HP=6;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=51;PP=1376;ReadPosRankSum=-1.256;SC=CTCCCACCCCCCCTCAGACAG;SOR=0.481;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=214;TCF=93;TCR=121;TR=97;WE=24522919;WS=24522901;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:157,156:0.50:313
chr14	24525634	rs4982851	C	A	9101.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-2.492;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=877;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.521;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=117;NR=127;PP=2962;ReadPosRankSum=0.090;SC=TGTCCCCATCCCAATGCAGAC;SOR=0.707;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=494;TCF=245;TCR=249;TR=244;WE=24525642;WS=24525624;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:423,448:0.51:871
chr14	24525782	rs4982852	A	G	6224.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.841;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=554;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.469;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=127;NR=95;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.619;SC=TGCCACCTGCACCCACTGCCC;SOR=0.901;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=415;TCF=226;TCR=189;TR=222;WE=24525790;WS=24525772;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:254,293:0.54:547
chr14	24526206	rs45484702	T	C	3656.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=-1.278;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=344;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=31;PP=1080;ReadPosRankSum=2.476;SC=GCAAGAATCCTGGGCTCCTCG;SOR=0.706;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=168;TCF=96;TCR=72;TR=76;WE=24526214;WS=24526196;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:164,178:0.52:342
chr14	24526287	rs7161473	G	C	4919.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.965;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=457;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.116;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=97;NR=54;PP=2628;ReadPosRankSum=-1.688;SC=TAAGCTTCAGGAGCTGGGAGG;SOR=0.808;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=292;TCF=181;TCR=111;TR=151;WE=24526295;WS=24526277;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:223,223:0.50:446
chr14	24526478	rs12879859	A	G	4021.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-2.074;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=362;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.347;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=85;PP=2113;ReadPosRankSum=0.052;SC=ATGGGAAGCCAGTCTGAGGTG;SOR=0.569;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=237;TCF=77;TCR=160;TR=130;WE=24526486;WS=24526468;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:164,189:0.54:353
chr14	24526593	rs12431698	A	G	444.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=1.883;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=18;PP=356;ReadPosRankSum=0.993;SC=GTATAAAGCAATGTCCATAGT;SOR=1.528;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=36;TCF=0;TCR=36;TR=18;WE=24526601;WS=24526583;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,18:0.47:38
chr14	24529820	rs1951636	C	G	692.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-0.672;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=8;PP=427;ReadPosRankSum=0.826;SC=CTTGACACCCCTGCCACTGTG;SOR=0.716;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=70;TCF=51;TCR=19;TR=30;WE=24529828;WS=24529810;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,36:0.41:87
chr14	24529890	rs1951635	A	G	2191.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.427;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.438;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=33;PP=933;ReadPosRankSum=-1.666;SC=CCCTGAGACTATGCCCCCTGG;SOR=0.373;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=154;TCF=91;TCR=63;TR=70;WE=24529898;WS=24529880;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:120,108:0.47:228
chr14	24533539	rs10146906	C	A	2001.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.033;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=224;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.620;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=35;PP=805;ReadPosRankSum=0.035;SC=CCGAAGGGTCCTGGAGGAAAG;SOR=0.819;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=125;TCF=57;TCR=68;TR=61;WE=24533547;WS=24533529;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:120,104:0.46:224
chr14	24534270	rs117833529	C	T	3758.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.354;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=334;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.424;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=97;PP=2289;ReadPosRankSum=-1.114;SC=TCGCCGGCCCCGGAGCTTCAA;SOR=0.651;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=282;TCF=108;TCR=174;TR=163;WE=24534278;WS=24534260;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:144,179:0.55:323
chr14	24534781	rs12590548	G	A	997.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.184;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.903;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=10;PP=463;ReadPosRankSum=2.538;SC=CACAGCCTGGGGAGCCCCCTT;SOR=1.018;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=60;TCF=36;TCR=24;TR=30;WE=24534789;WS=24534771;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,47:0.59:80
chr14	24542458	rs3742497	T	A	624.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=3.333;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.743;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=21;PP=464;ReadPosRankSum=-1.119;SC=CTGGAGATGGTGTCCCAGAGG;SOR=2.159;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=52;TCF=16;TCR=36;TR=27;WE=24542466;WS=24542448;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,27:0.48:56
chr14	24543158	rs75415848	C	T	773.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.188;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=5;PP=428;ReadPosRankSum=0.839;SC=CTCAAAGTGCCAACCCTTGCA;SOR=0.608;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=62;TCF=47;TCR=15;TR=24;WE=24543166;WS=24543148;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,35:0.46:76
chr14	24543808	rs2070343	G	C	2885.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-1.210;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=276;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=43;PP=1537;ReadPosRankSum=-1.661;SC=GTGATCAGCTGGTCTGGAGAA;SOR=0.717;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=207;TCF=121;TCR=86;TR=104;WE=24543816;WS=24543798;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:140,135:0.49:275
chr14	24543873	rs2025256	G	A	3810.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.180;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=392;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.367;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=59;PP=1835;ReadPosRankSum=0.338;SC=AAAGTAAGAAGACACAGACAG;SOR=0.656;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=249;TCF=129;TCR=120;TR=121;WE=24543881;WS=24543863;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:199,187:0.48:386
chr14	24545366	rs2070342	T	C	986.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.373;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.562;HP=1;HapScore=4;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=9;PP=1704;ReadPosRankSum=1.636;SC=AGGTGGCCATTGACTTCACCG;SOR=0.967;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=82;TCF=60;TCR=22;TR=39;WE=24545383;WS=24545356;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,47:0.42:113
chr14	24545375	rs2070341	C	T	1561.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.660;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.653;HP=1;HapScore=4;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=15;PP=1883;ReadPosRankSum=1.579;SC=TTGACTTCACCGCCTCCAATG;SOR=0.586;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=93;TCF=67;TCR=26;TR=47;WE=24545383;WS=24545356;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,71:0.51:139
chr14	24545835	rs45621931	C	T	6007.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-4.671;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=727;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=97;NR=105;PP=2377;ReadPosRankSum=-1.083;SC=ACAGACTCCACTCCCCAGGGC;SOR=0.659;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=442;TCF=212;TCR=230;TR=202;WE=24545843;WS=24545824;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:370,335:0.48:705
chr14	24545984	rs2070345	G	C	1724.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.503;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.755;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NR=42;PP=1140;ReadPosRankSum=-1.041;SC=AGGAACTCGAGGGGAGGGCAG;SOR=0.488;Source=Platypus;TCR=92;WE=24545992;WS=24545974;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,81:0.48:169
chr14	24563212	rs4982856	T	C	8428.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=0.604;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=326;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=79;NR=79;PP=2965;ReadPosRankSum=2.137;SC=GTTTGCCACCTAGTGTCTCTC;SOR=0.718;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=159;TCF=79;TCR=80;TR=158;WE=24563220;WS=24563202;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,322:0.99:324
chr14	24563339	rs4982857	A	G	2340.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.60;SOR=0.887;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr14	24567304	rs2759409	C	A	2202.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=59;NR=7;PP=1677;SC=GGTGGGGAAACATAAGGCCAA;SOR=3.521;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=67;TCF=60;TCR=7;TR=66;WE=24567312;WS=24567294;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr14	24567498	rs3021119	A	C	12938.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=492;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=154;NR=149;PP=2965;SC=GACACGGTACAACTCCCGCCT;SOR=0.718;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=303;TCF=154;TCR=149;TR=303;WE=24567506;WS=24567488;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,484:1.00:484
chr14	24586470	rs370086589	C	G	2489.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.390;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=251;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.149;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=37;PP=1218;ReadPosRankSum=2.431;SC=CCTTGGTACTCACAGTGGATG;SOR=0.569;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=161;TCF=92;TCR=69;TR=82;WE=24586478;WS=24586460;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:121,123:0.50:244
chr14	24614361	rs7146672	T	G	10139.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=391;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=118;NR=110;PP=2965;SC=TCCACACTTATGGACTGTGAG;SOR=0.731;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=229;TCF=118;TCR=111;TR=228;WE=24614369;WS=24614351;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,377:1.00:377
chr14	24624741	rs2295979	C	G	3938.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-1.403;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=332;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.998;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=84;PP=2620;ReadPosRankSum=1.403;SC=CTGCCCAGGGCAGCTACTGTG;SOR=0.855;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=250;TCF=99;TCR=151;TR=136;WE=24624749;WS=24624731;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:156,168:0.52:324
chr14	24625031	rs4982862	C	G	461.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-2.689;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.470;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=14;PP=256;ReadPosRankSum=-0.860;SC=TTACAGACTACTCAGAAAGAC;SOR=0.375;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=42;TCF=7;TCR=35;TR=17;WE=24625039;WS=24625021;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,21:0.47:45
chr14	24635589	rs111232493	C	CT	280.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.029;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=4.987;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.27;MQRankSum=1.270;QD=5.10;ReadPosRankSum=-1.496;SOR=0.205;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,23:0.42:55
chr14	24646406	rs10690822	G	GGAA	7068.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=41;NR=28;PP=2969;SC=TGATCGCAGAGGAAGAAGCTA;SOR=1.324;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=87;TCF=51;TCR=36;TR=69;WE=24646414;WS=24646396;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,155:1.00:155
chr14	24647522	rs3736840	G	T	1056.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-3.401;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.887;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=34;PP=680;ReadPosRankSum=0.681;SC=TCAGGTGGGTGGGGGGAGGAT;SOR=0.570;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=89;TCF=19;TCR=70;TR=45;WE=24647530;WS=24647512;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,49:0.49:99
chr14	24647814	rs1885711	T	C	1156.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.718;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.802;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=10;PP=710;ReadPosRankSum=0.033;SC=CTACACAGCCTATGGTGCAGC;SOR=0.922;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=84;TCF=63;TCR=21;TR=41;WE=24647822;WS=24647804;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,51:0.49:105
chr14	24647957	rs1885710	C	T	6491.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.414;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=668;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.526;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=113;NR=74;PP=2936;ReadPosRankSum=-0.279;SC=CCTCAAACCCCGTGCCTACTA;SOR=0.763;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=394;TCF=230;TCR=164;TR=187;WE=24647965;WS=24647947;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:346,316:0.48:662
chr14	24649835	rs2273911	T	C	1889.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-1.622;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.948;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=31;PP=814;ReadPosRankSum=-1.000;SC=TGCCCCAGGCTCTCTGAGCCC;SOR=0.969;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=130;TCF=62;TCR=68;TR=54;WE=24649843;WS=24649825;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:110,96:0.47:206
chr14	24650047	rs7145633	A	G	519.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.772;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.511;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=15;PP=359;ReadPosRankSum=1.405;SC=GAGTGGCAGAATCTCTTATCA;SOR=0.368;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=33;TCF=9;TCR=24;TR=22;WE=24650055;WS=24650037;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,22:0.61:36
chr14	24652107	rs34130297	A	AG	3428.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.134;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=316;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.874;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.540;NF=14;NR=48;PP=2023;ReadPosRankSum=1.144;SC=TCATGGGGGTAGGGGGTGGAC;SOR=0.752;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=128;TCF=27;TCR=101;TR=62;WE=24652115;WS=24652097;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:162,138:0.46:300
chr14	24653523	rs11550452	G	C	834.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.841;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.326;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=13;PP=425;ReadPosRankSum=0.396;SC=CGCAAGTCAGGGTCGTCTACC;SOR=0.812;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=96;TCF=54;TCR=42;TR=33;WE=24653531;WS=24653513;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:117,49:0.30:166
chr14	24653954	rs7146310	G	A	1831.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.064;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.938;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=18;PP=968;ReadPosRankSum=-0.488;SC=CAGCAGCGAGGCCTGGGCAGC;SOR=0.901;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=113;TCF=75;TCR=38;TR=58;WE=24653962;WS=24653944;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,86:0.50:172
chr14	24654489	rs2025258	T	C	2435.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.239;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.541;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NR=45;PP=1388;ReadPosRankSum=-0.832;SC=GCAGTGGCATTACCTCCCTTG;SOR=0.629;SbPval=0.49;Source=Platypus;TCR=93;WE=24654497;WS=24654479;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,105:0.55:190
chr14	24656251	rs2295978	C	T	5738.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=2.101;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=723;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.113;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=97;NR=84;PP=2699;ReadPosRankSum=1.463;SC=GACACTTCTGCACTCTCCTTC;SOR=0.774;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=424;TCF=223;TCR=201;TR=181;WE=24656259;WS=24656241;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:416,295:0.41:711
chr14	24657407	rs6573607	T	G	1698.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.606;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.516;HP=4;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=23;PP=770;ReadPosRankSum=0.685;SC=CCGAGAGAAGTGGGTAGGTAC;SOR=0.742;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=119;TCF=65;TCR=54;TR=51;WE=24657415;WS=24657397;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:115,88:0.43:203
chr14	24659408	rs67843857	ACT	A	678.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-0.474;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.469;NF=8;NR=5;PP=466;ReadPosRankSum=1.137;SC=TAAGTGAGACACTCTCATATC;SOR=0.498;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=28;TCF=20;TCR=8;TR=13;WE=24659417;WS=24659398;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,20:0.50:40
chr14	24679877	rs2295322	C	T	4193.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.981;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=434;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.093;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=72;PP=2037;ReadPosRankSum=0.034;SC=ACATCATCTCCAAAGCCCATA;SOR=0.614;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=288;TCF=132;TCR=156;TR=138;WE=24679885;WS=24679867;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:226,206:0.48:432
chr14	24686480	rs149980708	TTTG	T	492.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-0.697;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.414;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=9;PP=370;ReadPosRankSum=-0.435;SC=TTAGGAGTTTTTTGTTGTTGT;SOR=0.982;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=29;TCF=0;TCR=29;TR=9;WE=24686490;WS=24686470;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,15:0.45:33
chr14	24701598	.	ACCCC	A	499.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.835;ClippingRankSum=0.000;DP=104;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.64;MQRankSum=0.000;QD=20.82;ReadPosRankSum=-0.635;SOR=1.270;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,15:0.62:24
chr14	24702987	rs11158615	A	G	8301.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=312;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=76;NR=136;PP=2965;SC=GGCCATCTGAATTAGTGAGAT;SOR=1.190;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=212;TCF=76;TCR=136;TR=212;WE=24702995;WS=24702977;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,307:1.00:307
chr14	24703595	rs1950496	T	C	245.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-2.635;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=10;PP=159;ReadPosRankSum=-0.562;SC=TGTGTCTTTGTGGAATGTCTT;SOR=0.990;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=24;TCF=3;TCR=21;TR=12;WE=24703603;WS=24703585;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,13:0.45:29
chr14	24710819	rs111384535	C	CA	125.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.406;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FS=1.016;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.07;ReadPosRankSum=3.183;SOR=0.483;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:91,27:0.23:118
chr14	24718379	rs41294726	TCTCCGGGAGCCCTGGACTCCCC	T	3866.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=41;NR=13;PP=2967;SC=ACTGACTCCCTCTCCGGGAGC;SOR=2.960;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=67;TCF=47;TCR=20;TR=54;WE=24718408;WS=24718370;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr14	24718515	rs2229463	G	A	13745.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.686;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=532;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.329;HP=3;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.569;NF=178;NR=138;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.072;SC=CTCCTGGCACGGGGCTAAGCT;SOR=0.480;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=319;TCF=179;TCR=140;TR=316;WE=24718523;WS=24718505;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,525:0.99:529
chr14	24737615	rs74877655	C	T	838.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.662;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=11;PP=476;ReadPosRankSum=-0.895;SC=CGGCACCAGCCCTCCTGGCGG;SOR=0.732;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=44;TCF=27;TCR=17;TR=27;WE=24737623;WS=24737605;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,33:0.62:53
chr14	24739055	rs2295313	T	G	1557.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=35;NR=13;PP=1240;SC=ACCAGCTCAGTGGACCCATCC;SOR=2.078;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=48;TCF=35;TCR=13;TR=48;WE=24739063;WS=24739054;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr14	24760009	rs4568	G	A	569.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.373;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.074;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=8;PP=251;ReadPosRankSum=-0.803;SC=GAGACAGGACGAACCACCAAG;SOR=0.412;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=43;TCF=29;TCR=14;TR=19;WE=24760017;WS=24759999;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,30:0.43:70
chr14	24760255	rs2295310	C	T	2998.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.308;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=272;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.048;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=43;PP=1333;ReadPosRankSum=2.481;SC=TCCTCAGATACCCTCACCTTG;SOR=0.570;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=162;TCF=91;TCR=71;TR=92;WE=24760263;WS=24760245;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:130,138:0.51:268
chr14	24761690	rs1051883	C	T	572.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.928;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.568;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=6;PP=394;ReadPosRankSum=-1.608;SC=GATGCCTACTCTAGCCAACCA;SOR=1.264;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=47;TCF=30;TCR=17;TR=20;WE=24761698;WS=24761680;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,23:0.47:49
chr14	24761805	rs2295308	A	C	2006.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.646;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=26;PP=1020;ReadPosRankSum=0.217;SC=CCTGAGCTATAGGTAACATCA;SOR=0.717;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=161;TCF=102;TCR=59;TR=73;WE=24761813;WS=24761795;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:128,100:0.44:228
chr14	24765622	rs2295307	G	A	117.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=1.154;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=2;PP=92;ReadPosRankSum=-0.634;SC=GGGGGAGGCCGGAGGGAAAAG;SOR=0.458;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=29;TCF=24;TCR=5;TR=9;WE=24765630;WS=24765612;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,9:0.26:34
chr14	24765684	rs2295306	G	A	1137.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-1.911;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.690;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=13;PP=526;ReadPosRankSum=-2.400;SC=AGTGAGTGAGGGAACATGGGT;SOR=0.621;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=91;TCF=61;TCR=30;TR=40;WE=24765692;WS=24765674;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,56:0.47:120
chr14	24769849	rs113258190	A	AGAGGAG	2804.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.926;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=268;ExcessHet=3.0103;FS=2.647;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.13;MQRankSum=-0.680;QD=15.50;ReadPosRankSum=-1.672;SOR=0.898;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:102,79:0.44:181
chr14	24771137	rs4247000	G	A	1861.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=37;NR=16;PP=1129;SC=CTGGATTTTGGGAAAGCCGCT;SOR=1.574;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=53;TCF=37;TCR=16;TR=53;WE=24771145;WS=24771127;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr14	24771256	rs4247001	T	C	5049.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=61;NR=51;PP=2262;SC=TTTGCGCTCATCTCTGCAATG;SOR=0.815;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=112;TCF=61;TCR=51;TR=112;WE=24771264;WS=24771246;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,189:1.00:189
chr14	24772822	rs4982894	G	A	930.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.800;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.825;HP=1;HapScore=4;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=6;PP=1552;ReadPosRankSum=-0.821;SC=CTGCTTTCATGGAGCTAACAT;SOR=1.607;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=76;TCF=59;TCR=17;TR=36;WE=24772837;WS=24772812;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,42:0.44:96
chr14	24772829	rs4981501	A	T	1283.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-2.944;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.457;HP=1;HapScore=4;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=12;PP=1614;ReadPosRankSum=1.432;SC=CATGGAGCTAACATTCTTGTG;SOR=0.321;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=85;TCF=66;TCR=19;TR=45;WE=24772837;WS=24772812;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,59:0.54:109
chr14	24772922	rs4982895	C	T	9089.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=352;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=116;NR=91;PP=2965;SC=TCATCATATTCTGTCTTCTCC;SOR=0.872;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=207;TCF=116;TCR=91;TR=207;WE=24772930;WS=24772912;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,349:1.00:349
chr14	24785784	rs1046584	C	T	926.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.61;BaseQRankSum=-0.539;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.702;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=20;PP=403;ReadPosRankSum=0.755;SC=AGGGCACGGGCTCCGAGGCGT;SOR=0.810;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=69;TCF=22;TCR=47;TR=30;WE=24785792;WS=24785774;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,49:0.40:121
chr14	24791136	rs4981504	A	G	1199.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=34;NR=8;PP=877;SC=TTGTGAAAACAAAGACGCTTG;SOR=2.461;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=42;TCF=34;TCR=8;TR=42;WE=24791144;WS=24791126;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr14	24793600	rs1884366	G	A	8558.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=319;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=81;NR=126;PP=2965;SC=CTGGGGGCCTGAAGGGAGACA;SOR=1.082;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=207;TCF=81;TCR=126;TR=207;WE=24793608;WS=24793590;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,312:1.00:312
chr14	24794440	rs17184689	T	G	196.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.901;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.726;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=2;PP=108;ReadPosRankSum=-1.711;SC=GATTATCATTTTCCCCAGAAC;SOR=0.047;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=12;TCF=10;TCR=2;TR=7;WE=24794448;WS=24794430;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,9:0.56:16
chr14	24795115	rs11622527	G	T	1517.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.843;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.539;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.159;NF=32;NR=25;PP=841;ReadPosRankSum=0.202;SC=TGGGAGGGTGGGTGAAAGCAC;SOR=0.434;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=111;TCF=69;TCR=42;TR=57;WE=24795123;WS=24795105;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:100,76:0.43:176
chr14	24795231	rs67156008	CCA	C	15156.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=342;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=62;NR=96;PP=2967;SC=CATCCCTTCTCCACCATATGA;SOR=0.976;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=162;TCF=64;TCR=98;TR=158;WE=24795245;WS=24795221;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,334:1.00:334
chr14	24795237	rs55970272	T	C	15502.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=358;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=131;NR=102;PP=2965;SC=TTCTCCACCATATGACCTCAG;SOR=0.924;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=245;TCF=136;TCR=109;TR=233;WE=24795245;WS=24795221;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,353:1.00:353
chr14	24795258	rs11622863	C	T	12121.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=449;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=41;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=160;NR=124;PP=2965;SC=GGCCTGCGGCCCCCCCAGCCC;SOR=0.894;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=285;TCF=160;TCR=125;TR=284;WE=24795266;WS=24795248;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,445:1.00:445
chr14	24798267	rs78654006	C	T	876.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.047;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.789;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=14;PP=448;ReadPosRankSum=-0.418;SC=GTGCACATACCGGGAGAGGGG;SOR=0.590;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=63;TCF=38;TCR=25;TR=34;WE=24798275;WS=24798257;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,44:0.48:91
chr14	24799024	rs1109152	G	C	1382.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-2.881;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.787;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=14;PP=768;ReadPosRankSum=1.119;SC=TGGTAGGCCTGGTTGGCCTTC;SOR=0.447;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=95;TCF=72;TCR=23;TR=52;WE=24799032;WS=24799014;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,62:0.54:114
chr14	24799287	rs1109153	A	T	2831.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-2.030;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=237;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=51;PP=1442;ReadPosRankSum=-0.597;SC=GAGACACCCCAGATTCTCACA;SOR=0.667;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=172;TCF=71;TCR=101;TR=87;WE=24799295;WS=24799277;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:106,128:0.55:234
chr14	24799578	rs12436417	C	G	1167.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.646;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=25;PP=601;ReadPosRankSum=0.366;SC=GAAAAGTGGGCAGCGAGCGGG;SOR=0.624;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=85;TCF=27;TCR=58;TR=36;WE=24799586;WS=24799568;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,55:0.47:118
chr14	24800879	rs3181256	G	A	856.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-2.287;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.272;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=15;PP=477;ReadPosRankSum=0.039;SC=ATACAAAAGAGGAAACAGGTC;SOR=0.216;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=50;TCF=32;TCR=18;TR=34;WE=24800887;WS=24800869;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,41:0.64:64
chr14	24801635	rs1950502	A	C	1042.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=25;NR=1;PP=714;SC=TTGCACCTTGACTTGGAGTCA;SOR=4.680;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=26;TCF=25;TCR=1;TR=26;WE=24801643;WS=24801625;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr14	24801956	rs2332322	G	C	1764.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.768;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.527;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=26;PP=639;ReadPosRankSum=0.935;SC=AGGGATCGAAGCCCGGGCCGT;SOR=0.769;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=123;TCF=57;TCR=66;TR=45;WE=24801964;WS=24801946;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:106,89:0.46:195
chr14	24802263	rs8003158	A	G	2824.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=28;NR=46;PP=1462;SC=AGGAAAAGCCAGCAGCCCAGC;SOR=1.115;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=74;TCF=28;TCR=46;TR=74;WE=24802271;WS=24802253;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr14	24803956	rs1124644	A	C	637.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=16;PP=457;SC=TCACCCGCTCAAAGCCGCTAC;SOR=3.716;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=17;TCF=1;TCR=16;TR=17;WE=24803964;WS=24803946;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
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chr14	24806800	rs1950501	G	C	1519.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.765;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.504;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=32;PP=716;ReadPosRankSum=-1.546;SC=CAAAGGTCAAGGCATAAAAAG;SOR=0.742;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=150;TCF=69;TCR=81;TR=59;WE=24806808;WS=24806790;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:141,83:0.37:224
chr14	24808168	rs3181248	G	A	3100.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-3.270;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=286;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.685;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=68;NR=37;PP=1560;ReadPosRankSum=-0.880;SC=GGGCCTGGCTGGAGCAGCTCT;SOR=0.552;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=191;TCF=126;TCR=65;TR=105;WE=24808176;WS=24808158;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:125,153:0.55:278
chr14	24834971	rs55726184	G	A	1580.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=1.528;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.454;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-1.602;NF=21;NR=37;PP=955;ReadPosRankSum=0.079;SC=GGAGGCAGCGGAGCTGAGACC;SOR=0.861;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=103;TCF=39;TCR=64;TR=58;WE=24834979;WS=24834961;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,71:0.56:126
chr14	24835017	rs11362560	CG	C	1908.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=43;PP=1211;SC=GAACCAAGGACGGGGGGGCTG;SOR=2.340;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=49;TCF=1;TCR=48;TR=44;WE=24835025;WS=24835007;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr14	24839083	rs2229309	G	C	11570.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.608;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=427;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=169;NR=115;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.061;SC=GAAGCAGGGGGCCAGGGTGGG;SOR=0.344;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=285;TCF=170;TCR=115;TR=284;WE=24839091;WS=24839073;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,420:1.00:421
chr14	24843620	rs2295298	T	C	4675.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=56;NR=46;PP=1731;SC=TGGTACTGACTGGCTCCAACT;SOR=0.822;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=103;TCF=57;TCR=46;TR=102;WE=24843628;WS=24843610;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,179:1.00:179
chr14	24843699	rs12890614	C	T	3962.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=42;NR=48;PP=1734;SC=GAGGGGAGGGCAGGCAGGGAG;SOR=0.790;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=90;TCF=42;TCR=48;TR=90;WE=24843707;WS=24843689;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,149:1.00:149
chr14	24845154	rs12880769	C	A	3513.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=63;NR=35;PP=1871;SC=CCCGAGGGCTCCCTGCCTCAT;SOR=1.232;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=100;TCF=63;TCR=37;TR=98;WE=24845162;WS=24845144;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr14	24845841	rs7149586	T	C	12727.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.030;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=462;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=169;NR=161;PP=2965;ReadPosRankSum=0.458;SC=CTCCTCTTTCTCCCTGGGGCT;SOR=0.743;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=333;TCF=170;TCR=163;TR=330;WE=24845849;WS=24845831;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,451:1.00:453
chr14	24846757	rs2243891	A	G	7827.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.922;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=291;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=128;NR=69;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.900;SC=CTAGATTAAGACCTGCCTGGA;SOR=1.223;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=197;TCF=128;TCR=69;TR=197;WE=24846765;WS=24846747;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,286:0.99:288
chr14	24882373	rs3818251	G	A	1075.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-1.408;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.840;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=21;PP=702;ReadPosRankSum=0.294;SC=GGCATGGGAGGGATTAGGGCT;SOR=0.732;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=74;TCF=36;TCR=38;TR=39;WE=24882381;WS=24882363;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,46:0.57:81
chr14	24882440	rs4982909	G	C	964.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=3.767;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.817;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=14;PP=728;ReadPosRankSum=-0.562;SC=GGGTCTCAGCGCCATGGAGAA;SOR=0.593;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=86;TCF=55;TCR=31;TR=36;WE=24882448;WS=24882430;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,39:0.44:89
chr14	24882805	rs10146609	T	C	752.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=2.580;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=20;PP=469;ReadPosRankSum=0.710;SC=TTAATACATATATGAAAGCAC;SOR=0.674;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=40;TCF=4;TCR=36;TR=22;WE=24882813;WS=24882795;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,29:0.60:48
chr14	24883887	rs8017377	G	A	1814.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-1.582;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.561;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=32;PP=769;ReadPosRankSum=-0.806;SC=GAGTGATGACGCTGACTCTGG;SOR=0.783;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=121;TCF=57;TCR=64;TR=58;WE=24883895;WS=24883877;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,89:0.52:172
chr14	24887302	rs201911127	CA	C	425.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.768;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=2;PP=286;ReadPosRankSum=-0.509;SC=GGAGGATGGCCAGCCACAAGC;SOR=0.387;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=15;TCF=12;TCR=3;TR=8;WE=24887310;WS=24887292;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,13:0.62:21
chr14	24887462	rs3814811	T	C	3847.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=42;NR=44;PP=1593;SC=GGCATCTCTATCTGAAGAGCT;SOR=0.734;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=86;TCF=42;TCR=44;TR=86;WE=24887470;WS=24887452;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,149:1.00:149
chr14	24898558	rs2273632	C	T	5385.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.983;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.281;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=95;NR=45;PP=2781;ReadPosRankSum=-0.877;SC=AGCTTCAGGGCAGCCCTGCTG;SOR=1.137;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=141;TCF=95;TCR=46;TR=140;WE=24898566;WS=24898548;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,200:1.00:201
chr14	24898693	rs2273631	C	T	11870.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=279;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.64;SOR=0.992;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,272:1.00:272
chr14	24898696	rs2273630	T	C	11846.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=275;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.04;SOR=1.064;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,269:1.00:269
chr14	24898751	rs2273629	G	A	3446.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=47;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=25;NR=71;PP=1965;SC=GCATCTTTCCGTTTGTTGGAA;SOR=1.783;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=96;TCF=25;TCR=71;TR=96;WE=24898759;WS=24898741;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
chr14	24898780	rs5025771	C	G	1835.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=48;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=41;PP=1148;SC=TACTCCACCACGGGTACCCTC;SOR=1.793;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=58;TCF=17;TCR=41;TR=58;WE=24898788;WS=24898770;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr14	24900209	rs1956905	C	G	2999.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=26;NR=59;PP=1625;SC=AGAGCAGGGCCGAGGAGAGCA;SOR=1.628;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=86;TCF=26;TCR=60;TR=85;WE=24900217;WS=24900199;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chr14	24901249	rs3742520	A	C	1581.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.873;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.265;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=27;PP=876;ReadPosRankSum=1.884;SC=GAGGGAGGGAAACAGGGTGGT;SOR=0.677;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=116;TCF=58;TCR=58;TR=58;WE=24901257;WS=24901239;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,76:0.50:153
chr14	24901276	rs7151995	G	T	4466.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=63;NR=61;PP=2247;SC=GAGATGGATTGGGGGTGGAAG;SOR=0.717;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=125;TCF=64;TCR=61;TR=124;WE=24901284;WS=24901266;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,166:1.00:166
chr14	24901844	rs2255591	A	G	11215.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=414;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=141;NR=149;PP=2965;SC=CTAAGGGCCTAGGAGAGGGAG;SOR=0.770;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=293;TCF=142;TCR=151;TR=290;WE=24901852;WS=24901834;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,401:1.00:401
chr14	24905533	rs2277488	G	A	9647.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=367;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=154;NR=86;PP=2965;SC=TACTGGTCTCGGTTGTCTGGG;SOR=1.138;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=240;TCF=154;TCR=86;TR=240;WE=24905541;WS=24905523;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,359:1.00:359
chr14	24905548	rs2277489	G	A	11119.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=430;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=168;NR=100;PP=2965;SC=TCTGGGAGGTGGGCAAGGGCC;SOR=1.057;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=270;TCF=169;TCR=101;TR=268;WE=24905556;WS=24905538;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,420:1.00:420
chr14	24909281	rs1043839	C	T	4776.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=70;NR=36;PP=2048;SC=GCCCTTGCCACGACCTACTTA;SOR=1.141;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=106;TCF=70;TCR=36;TR=106;WE=24909289;WS=24909271;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,180:1.00:180
chr14	24909362	rs1043831	T	C	7407.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=277;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=100;NR=63;PP=2965;SC=CAGTGTTCGCTGTGGGATCAC;SOR=1.006;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=163;TCF=100;TCR=63;TR=163;WE=24909370;WS=24909352;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,276:1.00:276
chr14	24909475	rs3211056	C	G	10765.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=404;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=141;NR=108;PP=2965;SC=GGGCAGCACCCAAGGTCTGGG;SOR=0.865;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=250;TCF=141;TCR=109;TR=249;WE=24909483;WS=24909465;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,400:1.00:400
chr14	24909731	rs2273628	C	T	12474.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=477;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=137;NR=139;PP=2965;SC=TACAGGGGTCCTCTCAGCCTT;SOR=0.706;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=277;TCF=137;TCR=140;TR=276;WE=24909739;WS=24909721;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,463:1.00:463
chr14	24910210	rs712487	C	A	6046.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=59;NR=93;PP=2965;SC=TCCCCTTGGCCTCACCTTCTC;SOR=1.035;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=152;TCF=59;TCR=93;TR=152;WE=24910218;WS=24910200;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,228:1.00:228
chr14	24910317	rs10668100	C	CTT	4880.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=50;PP=2714;SC=TGGAGGAACTCTGGTTGCAGG;SOR=1.101;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=53;TCF=3;TCR=50;TR=53;WE=24910325;WS=24910307;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr14	24910846	rs11628143	C	T	547.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=16;NR=3;PP=420;SC=GTTCCCCTGGCGAATATAAGG;SOR=2.948;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=19;TCF=16;TCR=3;TR=19;WE=24910854;WS=24910836;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr14	24910876	rs11158703	G	A	588.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=16;NR=5;PP=434;SC=TTTGGGGGGCGTACCTACACC;SOR=2.200;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=16;TCR=5;TR=21;WE=24910884;WS=24910866;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr14	24910973	rs11625819	TT	GA	8293.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=58;NR=37;PP=2947;SC=CGGCTGCCGATTACCTCTTTT;SOR=0.993;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=107;TCF=65;TCR=42;TR=95;WE=24910982;WS=24910963;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,180:1.00:180
chr14	24911116	rs11158704	C	T	5197.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=55;NR=67;PP=2341;SC=CCCTGAATTTCGGCTTAAGAG;SOR=0.828;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=122;TCF=55;TCR=67;TR=122;WE=24911124;WS=24911106;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,156:1.00:156
chr14	24911138	rs11628866	G	T	1497.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.075;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=31;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=35;PP=881;ReadPosRankSum=-1.732;SC=AACAGTCAACGTCTCCTGTAG;SOR=0.766;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=102;TCF=41;TCR=61;TR=58;WE=24911146;WS=24911128;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,68:0.58:117
chr14	24911169	rs11158705	C	T	2798.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=33;NR=50;PP=2072;SC=CATTCATTTCCTGGGCATCCT;SOR=1.095;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=83;TCF=33;TCR=50;TR=83;WE=24911177;WS=24911159;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr14	24911764	rs1956903	G	A	2733.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=35;NR=41;PP=1971;SC=CTGACACCAGGCTTCTCCCCA;SOR=0.763;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=76;TCF=35;TCR=41;TR=76;WE=24911772;WS=24911754;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr14	24911852	rs12897925	C	G	7067.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=277;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=146;NR=67;PP=2965;SC=GCTAGGAGGCCAAGGCCAGGT;SOR=1.530;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=213;TCF=146;TCR=67;TR=213;WE=24911860;WS=24911842;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,265:1.00:265
chr14	24912008	rs17184766	T	C	9013.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=1.561;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=844;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=108;NR=128;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.583;SC=TGCGTAAAGTTTAGAGTTTAC;SOR=0.700;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=489;TCF=228;TCR=261;TR=236;WE=24912016;WS=24911998;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:391,430:0.52:821
chr14	24970942	rs4600392	A	G	5328.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=40;NR=76;PP=2353;SC=CTCCCAACCAAGTAAAGGGGT;SOR=1.190;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=116;TCF=40;TCR=76;TR=116;WE=24970950;WS=24970932;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,194:1.00:194
chr14	24974621	rs5250	G	A	495.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.358;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.117;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=4;PP=271;ReadPosRankSum=-0.087;SC=GAGGCTTAGGGTTGTGGCTGA;SOR=0.946;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=34;TCF=23;TCR=11;TR=15;WE=24974629;WS=24974611;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,23:0.46:50
chr14	24974920	rs12100565	T	A	382.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-1.966;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=13;PP=253;ReadPosRankSum=-0.227;SC=TCCACTCCTGTCTGCCAGCCA;SOR=0.798;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=37;TCF=8;TCR=29;TR=16;WE=24974928;WS=24974910;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,18:0.43:42
chr14	24975435	rs5249	G	T	5953.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=44;NR=92;PP=2830;SC=AGTTGAATTGGGATGGGAAGG;SOR=1.242;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=136;TCF=44;TCR=92;TR=136;WE=24975443;WS=24975425;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,219:1.00:219
chr14	24975509	rs1885108	T	C	729.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.428;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.886;HP=1;HapScore=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=20;ReadPosRankSum=0.029;SC=AATGAAGGACTGTCAGTCCTC;SOR=0.512;Source=Platypus;TCF=27;TR=33;WE=24975517;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,36:0.45:80
chr14	25043068	rs1885597	T	G	272.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=3.066;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.768;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=10;PP=189;ReadPosRankSum=-1.155;SC=TGCTCCTGCTTCCCTGAGCTC;SOR=2.448;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=27;TCF=4;TCR=23;TR=10;WE=25043076;WS=25043058;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,13:0.37:35
chr14	25043671	rs45567233	T	C	4568.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=2.257;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=358;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=83;PP=2547;ReadPosRankSum=0.473;SC=AGCCACTGGGTTCACGTTTCG;SOR=0.716;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=238;TCF=95;TCR=143;TR=141;WE=25043679;WS=25043661;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:151,200:0.57:351
chr14	25044712	rs1957523	C	T	2305.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.595;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.777;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=49;PP=996;ReadPosRankSum=0.709;SC=AAGATGGGGACGGCAGGAGAG;SOR=0.576;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=148;TCF=42;TCR=106;TR=70;WE=25044720;WS=25044702;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:101,110:0.52:211
chr14	25045589	rs12878578	A	G	300.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=7;PP=163;SC=CTGCTCAGGAAGTTTGCCCAC;SOR=2.494;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=8;WE=25045597;WS=25045579;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr14	25078914	rs1957526	A	C	852.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=4;NR=19;PP=528;SC=GGTACAGTAAACTCAGAGACC;SOR=2.546;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=4;TCR=19;TR=23;WE=25078922;WS=25078904;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr14	25102160	rs8192917	C	T	7989.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=295;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=120;NR=87;PP=2965;SC=GAAGTCGTCTCGTATCAGGAA;SOR=0.935;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=207;TCF=120;TCR=87;TR=207;WE=25102168;WS=25102150;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,292:1.00:292
chr14	25281843	rs712491	C	T	754.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.122;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=11;PP=343;ReadPosRankSum=-1.391;SC=GCGGAGGTCCCGAATTCTTGT;SOR=0.714;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=49;TCF=28;TCR=21;TR=25;WE=25281851;WS=25281833;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,37:0.57:65
chr14	25287095	rs854398	T	C	753.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=23;NR=0;PP=633;SC=ATGAATGAGATGACAAGACAG;SOR=6.439;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=23;TCF=23;TCR=0;TR=23;WE=25287103;WS=25287085;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr14	25287224	rs8007336	C	T	2436.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.129;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=31;PP=1223;ReadPosRankSum=0.144;SC=TGGGAATATTCTTCTCATTGC;SOR=0.691;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=138;TCF=87;TCR=51;TR=80;WE=25287232;WS=25287214;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:96,115:0.55:211
chr14	25288227	rs749594	T	C	1235.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.555;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.807;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=14;PP=765;ReadPosRankSum=0.705;SC=AGAAGCCTGCTCCTCTCTTGG;SOR=0.796;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=80;TCF=58;TCR=22;TR=47;WE=25288235;WS=25288217;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,55:0.55:100
chr14	25288513	rs872978	C	T	2864.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.112;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=337;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=48;PP=1235;ReadPosRankSum=1.037;SC=GCAGAAAGGCCGCTCGTCTAG;SOR=0.699;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=217;TCF=99;TCR=118;TR=86;WE=25288521;WS=25288503;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:187,145:0.44:332
chr14	25288648	rs872979	T	A	620.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=1.907;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.103;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=18;PP=395;ReadPosRankSum=-0.109;SC=ATCACTGACATGCCAGTCATT;SOR=0.968;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=62;TCF=17;TCR=45;TR=23;WE=25288656;WS=25288638;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,30:0.41:73
chr14	25288687	rs2282034	G	A	294.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.03;BaseQRankSum=2.672;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=10;PP=225;ReadPosRankSum=0.043;SC=TATCTGTGGAGGCTCAAAAGG;SOR=0.582;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=32;TCF=5;TCR=27;TR=12;WE=25288695;WS=25288677;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,13:0.39:33
chr14	26939474	rs1245213	T	A	484.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.66;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=4;PP=146;SC=CAAAGCTAAATTAATCAGGAC;SOR=0.892;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=10;TCF=6;TCR=4;TR=10;WE=26939482;WS=26939464;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr14	27066701	.	CTTTTCTT	C	58.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.949;ClippingRankSum=0.000;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.26;ReadPosRankSum=-0.544;SOR=0.582;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,5:0.28:18
chr14	28102476	rs35170395	CTA	C	597.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.249;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.153;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=7;PP=345;ReadPosRankSum=1.288;SC=CCATACATCTCTATATATATG;SOR=0.193;SbPval=0.95;Source=Platypus;TC=20;TCF=9;TCR=11;TR=9;WE=28102485;WS=28102466;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,18:0.51:35
chr14	28102684	rs9672019	C	T	36.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.440;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=3.424;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=3.06;ReadPosRankSum=1.691;SOR=0.105;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,3:0.25:12
chr14	29238047	rs68024132	GC	G	210.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.315;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.956;NF=0;NR=8;PP=119;ReadPosRankSum=-2.552;SC=TTTTTATTAAGCCCCCCCCTC;SOR=1.061;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=0;TCR=17;TR=8;WE=29238055;WS=29238037;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,10:0.59:17
chr14	29242271	rs35069942	AT	A	124.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.697;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=2.366;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.78;ReadPosRankSum=-0.902;SOR=0.242;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,15:0.45:33
chr14	29247285	.	C	CT	32.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.451;ClippingRankSum=0.000;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.15;MQRankSum=2.020;QD=0.47;ReadPosRankSum=-1.753;SOR=0.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:56,13:0.19:69
chr14	29261309	rs56025822	A	AAAC	6892.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.334;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=411;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.749;HP=7;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=5.369;NF=27;NR=65;PP=2980;ReadPosRankSum=-0.823;SC=AGCACTAAAAAAAACAAACAA;SOR=0.740;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=198;TCF=57;TCR=141;TR=92;WE=29261317;WS=29261294;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:208,192:0.48:400
chr14	30047580	rs2273815	C	T	2014.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=31;PP=912;SC=AAAAAAATTACCAGTAAAAAT;SOR=1.402;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=43;TCF=12;TCR=31;TR=43;WE=30047588;WS=30047570;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr14	30047690	rs11365023	CA	C	141.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;QD=17.72;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr14	30066929	rs2230505	A	G	8770.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=329;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=89;NR=127;PP=2965;SC=ACTTCTCTCCAATGATCCGGG;SOR=0.959;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=218;TCF=89;TCR=129;TR=216;WE=30066937;WS=30066919;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,327:1.00:327
chr14	30066976	rs3783299	A	T	6645.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=252;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=61;NR=97;PP=2965;SC=TGTTGATGAAAGGATTTGCAG;SOR=1.022;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=161;TCF=63;TCR=98;TR=158;WE=30066984;WS=30066966;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,250:1.00:250
chr14	30068194	rs2273813	T	G	8681.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.650;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=339;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=116;NR=95;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.828;SC=TAGCAATGCTTCCAACTGGCT;SOR=0.856;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=214;TCF=117;TCR=97;TR=211;WE=30068202;WS=30068184;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,329:0.99:331
chr14	30103441	rs1191599	T	C	570.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=1;PP=408;SC=TTTCCTAACTTCGTTGCTTGC;SOR=4.407;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=16;TCF=15;TCR=1;TR=16;WE=30103449;WS=30103431;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr14	30125577	rs5007053	A	G	2600.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=64;NR=16;PP=1876;SC=TGACCTGATTATTCTCATAAA;SOR=2.441;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=80;TCF=64;TCR=16;TR=80;WE=30125585;WS=30125567;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr14	30125660	rs6571317	A	G	8278.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=331;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=134;NR=82;PP=2965;SC=AATTTCTAGCACCAGGTAGCA;SOR=1.068;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=216;TCF=134;TCR=82;TR=216;WE=30125668;WS=30125650;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,322:1.00:322
chr14	30194899	rs11626603	T	C	2447.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.439;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=235;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.496;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=53;PP=973;ReadPosRankSum=-1.733;SC=ACAAATACCATGAGAGTGTAA;SOR=0.754;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=162;TCF=55;TCR=107;TR=79;WE=30194907;WS=30194889;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:106,123:0.54:229
chr14	31050215	rs58049	A	T	169.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-0.503;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=5;PP=139;ReadPosRankSum=0.077;SC=ATTGACTGCAAGTAATAAAAG;SOR=0.892;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=18;TCF=9;TCR=9;TR=10;WE=31050223;WS=31050205;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,9:0.47:19
chr14	31091758	rs229143	T	A	1723.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.032;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.827;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=43;PP=896;ReadPosRankSum=-0.862;SC=TGGGGAGAAGTTGCCATTAGC;SOR=1.031;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=131;TCF=40;TCR=91;TR=57;WE=31091766;WS=31091748;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,81:0.48:169
chr14	31099603	rs117482355	A	T	451.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=0.026;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=5;PP=287;ReadPosRankSum=0.389;SC=ATTAAAATAAAATTTACTTCA;SOR=0.916;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=26;TCF=19;TCR=7;TR=18;WE=31099611;WS=31099593;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,20:0.69:29
chr14	31099738	rs229150	A	G	1265.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=0.911;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=17;PP=568;ReadPosRankSum=0.004;SC=CTATCTGTGAAGGAGCTAAGA;SOR=0.691;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=63;TCF=31;TCR=32;TR=35;WE=31099746;WS=31099728;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,63:0.52:122
chr14	31103434	rs179287	A	G	145.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-2.515;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=6;PP=105;ReadPosRankSum=-0.812;SC=AGTATTATACAGTAGTCCTCT;SOR=1.402;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=6;WE=31103442;WS=31103424;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,6:0.67:9
chr14	31103871	rs17362475	G	T	396.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-2.414;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=0;PP=141;ReadPosRankSum=0.952;SC=CTAAAATAAGGGTGAGATTAG;SOR=0.330;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=15;TCR=0;TR=8;WE=31103879;WS=31103863;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,10:0.59:17
chr14	31103891	rs229155	A	G	406.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-3.061;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=0;PP=136;ReadPosRankSum=1.852;SC=GGAAGTCCACACTGGTGCAGA;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=21;TCR=1;TR=10;WE=31103899;WS=31103881;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,12:0.50:24
chr14	31107564	rs229162	T	G	591.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.277;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.334;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=17;PP=378;ReadPosRankSum=1.167;SC=AACAACAGAATTGTTTAGGCT;SOR=0.368;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=54;TCF=15;TCR=39;TR=25;WE=31107572;WS=31107554;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,32:0.43:74
chr14	31171727	rs73254548	G	A	377.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-2.355;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.820;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=9;PP=210;ReadPosRankSum=-0.561;SC=TTCCTTATCTGGCCCACCCTG;SOR=0.264;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=24;TCF=10;TCR=14;TR=17;WE=31171735;WS=31171717;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,19:0.73:26
chr14	31188414	rs11625381	A	G	66.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.026;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=8.921;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=5.14;ReadPosRankSum=-0.035;SOR=0.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,5:0.38:13
chr14	31204721	rs73254580	C	A	199.78	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.422;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5003;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=1;PP=106;ReadPosRankSum=-0.660;SC=AAGGGGTTTACAAATATGTTT;SOR=0.582;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=9;TCF=7;TCR=2;TR=7;WE=31204729;WS=31204711;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,9:0.82:11
chr14	31355096	rs1045644	C	G	13734.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.065;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=511;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=189;NR=124;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.608;SC=AAGCTGTGCACTCATGAACAA;SOR=0.580;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=320;TCF=193;TCR=127;TR=313;WE=31355104;WS=31355086;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,506:0.99:509
chr14	31380191	rs3736742	T	G	2322.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.325;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=12;PP=1290;ReadPosRankSum=2.836;SC=TTTGAGGTATTTACTTTTGTC;SOR=1.207;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=62;TCF=49;TCR=13;TR=60;WE=31380199;WS=31380181;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,87:0.97:90
chr14	31404277	rs9322868	T	C	4857.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.294;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=88;NR=41;PP=2677;ReadPosRankSum=1.336;SC=TGCCACCATATATTTATACAC;SOR=0.545;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=130;TCF=89;TCR=41;TR=129;WE=31404285;WS=31404267;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,179:0.99:180
chr14	31424790	rs56235217	TA	T	781.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.268;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=2.169;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.33;ReadPosRankSum=-1.360;SOR=0.503;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:3,48:0.94:51
chr14	31535603	rs6571386	G	C	9793.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=374;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=78;NR=130;PP=2965;SC=TTTGTTATTAGTGAGTCTCAG;SOR=1.020;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=208;TCF=78;TCR=130;TR=208;WE=31535611;WS=31535593;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,364:1.00:364
chr14	31538984	rs7155228	C	G	2836.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=52;NR=21;PP=1649;SC=CTAGAACTTACGCATGTCATT;SOR=1.516;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=74;TCF=52;TCR=22;TR=73;WE=31538992;WS=31538974;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr14	31549745	rs11621299	T	G	1804.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=1.494;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.082;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=22;PP=882;ReadPosRankSum=-0.399;SC=CAGTGTCTTTTTTCTAACCCT;SOR=0.789;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=116;TCF=73;TCR=43;TR=58;WE=31549753;WS=31549735;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:121,91:0.43:212
chr14	31582380	rs1315794	A	G	1806.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=29;NR=15;PP=1030;SC=AGTAAACTGAAGCTGTTCATC;SOR=1.329;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=44;TCF=29;TCR=15;TR=44;WE=31582388;WS=31582370;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr14	31582526	rs2273483	T	C	8094.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=309;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=106;NR=81;PP=2965;SC=CAACTATATATAGAATACGCA;SOR=0.877;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=187;TCF=106;TCR=81;TR=187;WE=31582534;WS=31582516;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,306:1.00:306
chr14	31583512	rs61976859	C	T	1068.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=1.053;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.722;HP=7;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=24;PP=563;ReadPosRankSum=-0.494;SC=TTTTCCTTTTCTTTATCAGAA;SOR=0.970;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=65;TCF=24;TCR=41;TR=37;WE=31583520;WS=31583502;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,50:0.54:93
chr14	31597685	rs7157007	C	G	2480.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=62;NR=4;PP=1816;SC=TATTCCTGAACTGCTAAATTT;SOR=4.921;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=66;TCF=62;TCR=4;TR=66;WE=31597693;WS=31597675;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr14	31610939	rs12888959	T	C	1159.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=22;NR=5;PP=605;SC=ACATGTATAATATGTTACTTT;SOR=1.775;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=27;TCF=22;TCR=5;TR=27;WE=31610947;WS=31610929;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr14	31625994	rs35553721	CA	C	733.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.921;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FS=4.060;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.11;MQRankSum=0.000;QD=8.34;ReadPosRankSum=0.128;SOR=0.330;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,61:0.69:88
chr14	31647241	rs2274201	G	A	9555.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=359;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=143;NR=91;PP=2965;SC=CACACTGTTCGGCTAAGTCTC;SOR=1.086;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=235;TCF=144;TCR=91;TR=234;WE=31647249;WS=31647231;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,351:1.00:351
chr14	31647448	rs34666986	G	A	2755.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-2.286;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=287;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.731;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=59;PP=1344;ReadPosRankSum=-0.964;SC=GTAAGAAAGTGCGAGGAGGAC;SOR=0.529;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=185;TCF=61;TCR=124;TR=92;WE=31647456;WS=31647438;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:139,134:0.49:273
chr14	31778080	rs144369949	C	CA	45.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.658;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.39;ReadPosRankSum=1.249;SOR=0.404;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,9:0.27:33
chr14	31793053	rs57656564	GAT	G	2187.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.997;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5018;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=42;PP=1828;ReadPosRankSum=-0.283;SC=TCAACTGAAAGATATATATAT;SOR=1.068;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=53;TCF=0;TCR=53;TR=42;WE=31793064;WS=31793043;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,66:0.94:70
chr14	31795361	rs3736917	A	G	2826.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.199;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=17;PP=1738;ReadPosRankSum=-0.780;SC=ATAATGTCCAATACTTACCAG;SOR=0.882;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=75;TCF=58;TCR=17;TR=74;WE=31795369;WS=31795351;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,96:0.99:97
chr14	31806943	rs4595710	T	C	1966.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=7;NR=51;PP=1538;SC=GGACACAATTTATAAATACAT;SOR=3.056;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=58;TCF=7;TCR=51;TR=58;WE=31806951;WS=31806933;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr14	31809486	rs8012940	C	T	972.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=24;NR=3;PP=598;SC=TTTGCTTATACTGGTATCAAA;SOR=3.193;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=27;TCF=24;TCR=3;TR=27;WE=31809494;WS=31809476;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr14	31809568	rs11408327	G	GA	4521.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.346;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.235;NF=50;NR=33;PP=2972;ReadPosRankSum=-0.394;SC=AGATGCAGAGGAAACAAACAT;SOR=0.713;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=90;TCF=55;TCR=35;TR=83;WE=31809576;WS=31809558;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,153:0.99:154
chr14	31819047	rs3736918	C	T	6615.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=255;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=87;NR=70;PP=2965;SC=TCATCTACCACTTGGGCTAAT;SOR=0.854;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=157;TCF=87;TCR=70;TR=157;WE=31819055;WS=31819037;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,253:1.00:253
chr14	31819913	rs7158257	A	G	3528.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=42;NR=50;PP=1641;SC=AGCTGTTCCAATATAAGAAGC;SOR=0.833;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=92;TCF=42;TCR=50;TR=92;WE=31819921;WS=31819903;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,135:1.00:135
chr14	31819966	rs10602248	TTTTG	T	1538.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=0;NR=22;PP=1269;SC=GTAGGTAAGTTTTTGTTTGTT;SOR=1.675;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=42;TCF=3;TCR=39;TR=22;WE=31819977;WS=31819956;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr14	31828076	rs942907	A	C	3770.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=1.876;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.712;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=64;PP=2421;ReadPosRankSum=1.841;SC=ATTGAATCTAATCAAGAGTAA;SOR=0.753;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=111;TCF=47;TCR=64;TR=109;WE=31828084;WS=31828066;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,133:0.99:134
chr14	31841162	rs5025288	T	C	3912.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=25;NR=78;PP=1883;SC=TAATCAACCATGAAAGGCACA;SOR=1.706;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=103;TCF=25;TCR=78;TR=103;WE=31841170;WS=31841152;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,151:1.00:151
chr14	31849524	rs4981841	T	A	1389.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=41;NR=1;PP=1086;SC=AAAGGCTTTTTAAGGTGACTA;SOR=6.229;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=42;TCF=41;TCR=1;TR=42;WE=31849532;WS=31849518;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr14	31858025	rs3887865	C	T	3485.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=60;NR=22;PP=1589;SC=AAGAGTTAGACTGAGATACTG;SOR=1.437;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=82;TCF=60;TCR=22;TR=82;WE=31858033;WS=31858015;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr14	31864300	rs7142126	T	C	1942.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=49;NR=13;PP=1489;SC=GAGATAGTCCTAGCTGACTAC;SOR=2.904;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=63;TCF=50;TCR=13;TR=62;WE=31864308;WS=31864290;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr14	31864485	rs7141532	G	C	12437.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=475;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=121;NR=140;PP=2965;SC=CTGTGACAAGGTGCAGCGGCA;SOR=0.773;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=261;TCF=121;TCR=140;TR=261;WE=31864493;WS=31864475;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,464:1.00:464
chr14	31922408	rs34278949	G	A	5509.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=100;NR=53;PP=2853;SC=GCCTCCCAACGTGTTGGGATT;SOR=1.296;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=154;TCF=100;TCR=54;TR=153;WE=31922416;WS=31922398;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,211:1.00:211
chr14	32019884	rs76342166	G	A	303.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-1.739;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.083;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=1;PP=244;ReadPosRankSum=-0.062;SC=TTTGGCGAAAGGAAAACAGGG;SOR=1.609;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=35;TCF=31;TCR=4;TR=14;WE=32019892;WS=32019874;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,14:0.36:39
chr14	32032129	rs10143899	C	T	670.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.702;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5033;FS=2.509;HP=5;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=12;PP=256;ReadPosRankSum=0.745;SC=GCTCATTTTTCCCCATTTTTA;SOR=0.948;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=23;TCF=9;TCR=14;TR=19;WE=32032137;WS=32032119;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,30:0.91:33
chr14	32032214	rs10144137	G	A	279.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=8;PP=205;SC=TATTTGTGGTGGATCACTAAT;SOR=2.303;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=2;TCR=8;TR=10;WE=32032222;WS=32032204;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr14	32034147	rs3759779	A	T	78.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.284;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.15;ReadPosRankSum=-1.024;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,7:0.28:25
chr14	32142544	.	A	AT	25	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;FR=0.4999;HP=12;HapScore=2;MGOF=5;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=3;NR=0;PP=25;QD=10.3333333333;SC=AAAAGAGAGGATTTTTTTTTT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=9;TCR=0;TR=3;WE=32142552;WS=32142534;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:6,3:0.33:9
chr14	32296018	rs1540425	A	G	2022.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=8;NR=44;PP=1290;SC=TTAGTCCTGTACAGAAGTCTT;SOR=2.517;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=52;TCF=8;TCR=44;TR=52;WE=32296026;WS=32296008;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr14	32315901	rs8006872	A	G	2956.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=27;NR=60;PP=1853;SC=GGAGTCTCACACCTGTAATCC;SOR=1.587;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=88;TCF=27;TCR=61;TR=87;WE=32315909;WS=32315891;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr14	32319233	rs10132352	G	A	2231.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.080;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FS=1.829;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=23.01;ReadPosRankSum=-0.743;SOR=0.489;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,56:0.58:97
chr14	32319241	rs8009753	T	G	2262.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.426;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FS=0.752;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=20.76;ReadPosRankSum=0.370;SOR=0.602;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:49,60:0.55:109
chr14	32319488	rs8009002	C	T	785.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=0.782;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.187;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=23;PP=521;ReadPosRankSum=-2.042;SC=GAAGATTAAGCGTTTATATTT;SOR=0.476;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=47;TCF=12;TCR=35;TR=32;WE=32319496;WS=32319478;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,35:0.64:55
chr14	32328508	rs4981131	G	C	682.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.136;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.971;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=16;PP=310;ReadPosRankSum=-0.047;SC=TCTAAGGAAAGAATGTCTTCA;SOR=0.483;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=60;TCF=12;TCR=48;TR=20;WE=32328516;WS=32328498;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,33:0.41:80
chr14	32414145	rs1278926	C	A	1359.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=29;NR=7;PP=797;SC=CTGCTGGGACCGACTGCAGCT;SOR=2.078;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=36;TCF=29;TCR=7;TR=36;WE=32414153;WS=32414135;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr14	32414386	rs1278927	C	A	3593.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=26;NR=55;PP=1687;SC=TTAATAGGGTCAAAGGAGGGT;SOR=1.284;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=81;TCF=26;TCR=55;TR=81;WE=32414394;WS=32414376;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,134:1.00:134
chr14	32414463	rs1278928	T	C	989.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=22;PP=644;SC=TGGGCAGGCATCCATTATGTG;SOR=3.126;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=25;TCF=3;TCR=22;TR=25;WE=32414471;WS=32414453;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr14	32419235	rs1278941	A	G	1101.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-1.132;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=14;PP=633;ReadPosRankSum=0.118;SC=CAGCCTGCCCAGGTTTATTAA;SOR=0.667;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=87;TCF=59;TCR=28;TR=46;WE=32419243;WS=32419225;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,54:0.56:97
chr14	32419331	rs1278942	C	T	2833.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.725;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=344;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.780;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=48;PP=1192;ReadPosRankSum=-2.706;SC=TAAGAGCATACTCCCTGAAGA;SOR=0.592;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=210;TCF=110;TCR=100;TR=97;WE=32419339;WS=32419321;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:183,157:0.46:340
chr14	32419548	rs1278943	C	T	114.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-2.670;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.166;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=6;PP=78;ReadPosRankSum=1.218;SC=CCCCTTCATACTGATCTAATA;SOR=0.042;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=21;TCF=1;TCR=20;TR=7;WE=32419556;WS=32419538;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,7:0.30:23
chr14	32438586	rs1952967	T	G	1938.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.660;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=281;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.067;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.791;NF=27;NR=33;PP=718;ReadPosRankSum=0.688;SC=AGAAAAGCACTGTTGGCTGTA;SOR=0.822;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=151;TCF=75;TCR=76;TR=60;WE=32438594;WS=32438576;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:171,109:0.39:280
chr14	32563640	rs8004384	A	G	1501.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=25;PP=806;SC=GCTTGTTGTTACTTTTTTAAA;SOR=1.101;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=15;TCR=25;TR=40;WE=32563648;WS=32563630;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr14	33046388	rs1950703	A	G	4316.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.638;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=450;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.521;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=58;PP=1682;ReadPosRankSum=-0.961;SC=AAACTACAGAAAATTGGACTC;SOR=0.678;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=258;TCF=129;TCR=129;TR=114;WE=33046396;WS=33046378;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:230,216:0.48:446
chr14	33046471	rs768787	T	G	2382.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=2.406;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=271;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=54;PP=1281;ReadPosRankSum=1.274;SC=GTGTTGTTCTTGCTGTCAATA;SOR=0.714;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=189;TCF=64;TCR=125;TR=80;WE=33046479;WS=33046461;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:152,115:0.43:267
chr14	33147414	rs1950697	C	G	1119.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=31;NR=1;PP=941;SC=AAAAGGAGCACTATAATGATG;SOR=5.610;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=32;TCF=31;TCR=1;TR=32;WE=33147422;WS=33147404;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr14	33165084	rs3742927	A	T	228.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=1;PP=166;SC=CTCTTCTCTTATTGTAGATAA;SOR=2.833;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=7;TCR=1;TR=8;WE=33165092;WS=33165074;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr14	33165182	rs3742929	C	T	1438.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=25;NR=13;PP=732;SC=CTACATTTTGCGCCTTATCTT;SOR=1.262;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=25;TCR=13;TR=38;WE=33165190;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr14	33242863	rs2273163	T	C	3017.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.882;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=303;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.511;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=36;PP=1375;ReadPosRankSum=0.701;SC=ACTCATAGATTGGTTTCTCTC;SOR=0.563;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=186;TCF=120;TCR=66;TR=95;WE=33242871;WS=33242853;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:159,144:0.48:303
chr14	33292743	rs2239647	A	C	2865.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.407;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=260;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.864;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=42;PP=1538;ReadPosRankSum=-3.624;SC=GGCAAAAGGGAAAACCGAATG;SOR=0.441;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=176;TCF=100;TCR=76;TR=89;WE=33292751;WS=33292733;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:123,133:0.52:256
chr14	33293122	rs1051695	A	G	5253.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.357;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=537;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=75;NR=84;PP=2403;ReadPosRankSum=0.300;SC=TTCTATCAGCAACATTTCCTG;SOR=0.680;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=349;TCF=166;TCR=183;TR=159;WE=33293130;WS=33293112;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:263,255:0.49:518
chr14	33293531	rs4647899	T	A	2856.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.337;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=247;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.564;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=48;PP=1560;ReadPosRankSum=-0.864;SC=GAGCCTTGTTTCTCTAGTGCT;SOR=0.583;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=172;TCF=91;TCR=81;TR=97;WE=33293539;WS=33293521;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:109,131:0.55:240
chr14	33294042	rs2057121	G	A	1486.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.757;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.689;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=37;PP=799;ReadPosRankSum=1.934;SC=TCCTCATGCCGTATATGTATT;SOR=0.834;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=94;TCF=20;TCR=74;TR=45;WE=33294050;WS=33294032;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,69:0.50:138
chr14	33525317	rs35719018	G	GA	388.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-2.119;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.794;HP=10;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.061;NF=0;NR=18;PP=230;ReadPosRankSum=1.151;SC=TAGTGGGGGAGAAAAAAAAAC;SOR=0.243;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=49;TCF=1;TCR=48;TR=18;WE=33525325;WS=33525307;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,24:0.49:49
chr14	34029215	rs61587557	C	CA	126.90	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.024;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.06;ReadPosRankSum=0.363;SOR=0.275;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,11:0.79:14
chr14	34047414	rs1958541	T	C	4610.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=2.647;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=457;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.528;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=79;PP=2071;ReadPosRankSum=-0.690;SC=TTTTTCCCTCTTTGAGACGGA;SOR=0.769;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=279;TCF=107;TCR=172;TR=122;WE=34047422;WS=34047404;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:234,218:0.48:452
chr14	34149916	rs2297118	T	C	1509.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.499;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.639;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=28;PP=772;ReadPosRankSum=0.401;SC=CAAGGGGCTCTTGTGGCTTTT;SOR=0.451;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=117;TCF=49;TCR=68;TR=53;WE=34149930;WS=34149906;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:89,76:0.46:165
chr14	34149997	rs2297117	T	C	555.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-3.072;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.433;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=14;PP=227;ReadPosRankSum=0.654;SC=GCAAAATGCATGAGGCAGTAC;SOR=0.260;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=43;TCF=12;TCR=31;TR=21;WE=34150005;WS=34149987;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,28:0.55:51
chr14	34243477	rs8019077	T	A	689.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.802;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.870;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=6;PP=383;ReadPosRankSum=-0.024;SC=GCATTTCTCATAAGAAATGCT;SOR=0.977;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=60;TCF=43;TCR=17;TR=25;WE=34243485;WS=34243467;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,35:0.40:88
chr14	34263034	.	T	TA	67.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.301;ClippingRankSum=0.000;DP=96;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.86;ReadPosRankSum=-0.592;SOR=0.576;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:63,16:0.20:79
chr14	34396100	rs10137361	C	T	955.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=21;NR=6;PP=572;SC=TTTAAAACTACATAAAATTGA;SOR=1.885;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=28;TCF=22;TCR=6;TR=27;WE=34396108;WS=34396090;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr14	34985645	rs7797	G	A	10918.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=410;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=120;NR=146;PP=2965;SC=CTGCCTTCTCGGCAGCATCTT;SOR=0.830;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=268;TCF=121;TCR=147;TR=266;WE=34985653;WS=34985635;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,402:1.00:402
chr14	34985666	rs201504462	C	A	3422.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-3.085;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=366;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=67;PP=1672;ReadPosRankSum=0.053;SC=CCCGGTTAGACCTCATCTTCT;SOR=0.702;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=245;TCF=105;TCR=140;TR=115;WE=34985674;WS=34985656;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:190,171:0.47:361
chr14	34993822	.	C	CA	435	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;FR=0.5000;HP=12;HapScore=2;MGOF=117;MMLQ=17;MQ=59.28;NF=22;NR=17;PP=435;QD=11.3076923077;SC=ACTCTGACTTCAAAAAAAAAA;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=52;TCF=33;TCR=19;TR=39;WE=34993830;WS=34993812;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:13,39:0.75:52
chr14	34993859	rs111420332	A	ATGTGTGTG,ATGTGTGTGTG	3097.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=24;NF=34,34;NR=33,33;PP=455,1720;SC=TAAACAAAATATGTATGTGTG;SOR=0.839;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=88;TCF=49;TCR=39;TR=67,67;WE=34993872;WS=34993849;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.27,0.71:113
chr14	34993863	rs61981524	A	G	6321.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.91;QD=43.00;SOR=0.973;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,147:1.00:147
chr14	34998705	rs12147949	T	C	5618.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=59;NR=108;PP=2861;SC=TATTAGGATATGGCTAAGAAT;SOR=1.308;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=167;TCF=59;TCR=108;TR=167;WE=34998713;WS=34998695;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,220:1.00:220
chr14	35037008	rs11156848	T	C	3204.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=35;NR=41;PP=1624;SC=TTATTTAATTTACATAATAGT;SOR=0.918;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=76;TCF=35;TCR=41;TR=76;WE=35037016;WS=35036998;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr14	35045136	rs34357905	G	GT	285.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.429;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.86;MQRankSum=0.000;QD=17.86;ReadPosRankSum=1.164;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,15:0.94:16
chr14	35050586	rs4403967	G	T	253.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=7;NR=3;PP=195;SC=TCTTGATCTCGTGACCTCGTG;SOR=2.093;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=7;TCR=3;TR=10;WE=35050594;WS=35050576;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr14	35062312	rs12432539	C	T	2319.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=29;NR=36;PP=1177;SC=GGTTATGATACTCCAAAAGAA;SOR=0.906;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=65;TCF=29;TCR=36;TR=65;WE=35062320;WS=35062302;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr14	35075022	rs7151774	G	T	6239.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=64;NR=86;PP=2959;SC=AAGCTAAGGGGATCCAGAATG;SOR=0.927;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=151;TCF=65;TCR=86;TR=150;WE=35075030;WS=35075012;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,235:1.00:235
chr14	35182348	rs35515423	GA	G	432.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.704;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FS=6.476;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.48;ReadPosRankSum=0.000;SOR=1.020;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:44,35:0.44:79
chr14	35182406	rs35219728	GATA	G	3195.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-0.403;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.663;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=2.361;NF=29;NR=34;PP=2092;ReadPosRankSum=0.013;SC=GACTGACTATGATAATAATAA;SOR=0.771;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=104;TCF=55;TCR=49;TR=63;WE=35182416;WS=35182396;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,85:0.60:141
chr14	35183888	rs117211470	C	G	429.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.227;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=16.284;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.33;ReadPosRankSum=0.298;SOR=0.392;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,20:0.67:30
chr14	35222626	rs3832925	A	ATTGT	747.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=1.163;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=2;PP=712;ReadPosRankSum=-0.216;SC=TGGTCAATCAATTGTTATTGC;SOR=0.892;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=41;TCF=33;TCR=8;TR=16;WE=35222634;WS=35222616;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,18:0.43:42
chr14	35223971	rs8009900	A	G	191.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-3.195;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=9;NR=0;PP=139;ReadPosRankSum=1.139;SC=AATAAATATCAAAGATGCTAT;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=13;TCR=0;TR=9;WE=35223979;WS=35223961;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,9:0.69:13
chr14	35224294	rs8010579	C	T	54.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.645;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.979;HP=2;HapScore=2;MGOF=32;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=4;PP=55;ReadPosRankSum=-0.524;SC=TGTGTCTATACAGATATATAT;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=0;TCR=4;TR=4;WE=35224302;WS=35224284;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,3:0.60:5
chr14	35227880	rs61981201	G	T	1472.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-1.612;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.303;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=18;PP=859;ReadPosRankSum=-1.024;SC=ATAATATACAGGAATACATTT;SOR=0.857;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=138;TCF=95;TCR=43;TR=60;WE=35227888;WS=35227870;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:98,73:0.43:171
chr14	35230906	rs17526787	G	A	116.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=3.265;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=0;PP=62;ReadPosRankSum=-0.062;SC=CTCAACATTCGATATTTCCAA;SOR=0.963;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=13;TCR=0;TR=5;WE=35230914;WS=35230896;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,6:0.35:17
chr14	35230980	rs45620534	C	T	976.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-1.315;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.863;HP=6;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=6;PP=510;ReadPosRankSum=0.152;SC=TTGTCTTTTTCTGCATCTTCT;SOR=0.562;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=73;TCF=57;TCR=16;TR=30;WE=35230988;WS=35230970;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,45:0.47:95
chr14	35231108	rs1044140	A	T	4526.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.839;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=414;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.103;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=78;NR=55;PP=2052;ReadPosRankSum=0.628;SC=TTTCTGGTGTATTATTAGCAC;SOR=0.792;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=265;TCF=151;TCR=114;TR=133;WE=35231116;WS=35231098;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:191,219:0.53:410
chr14	35240664	rs41309244	C	G	2408.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.983;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.423;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=18;PP=1206;ReadPosRankSum=-2.717;SC=TAAAGGCCAACTCAAAATTAC;SOR=0.544;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=136;TCF=100;TCR=36;TR=72;WE=35240672;WS=35240654;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,102:0.63:162
chr14	35243006	rs2275146	G	A	522.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-1.909;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.511;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=15;PP=320;ReadPosRankSum=0.386;SC=AGTTCAATATGCATATAAAAT;SOR=0.346;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=35;TCF=6;TCR=29;TR=19;WE=35243014;WS=35242996;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,23:0.56:41
chr14	35249324	rs17527243	A	G	1372.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.705;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=14.834;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=13;PP=747;ReadPosRankSum=-1.159;SC=AGAGGAGCTGAATTAATAAAG;SOR=0.116;SbPval=0.17;Source=Platypus;TC=80;TCF=63;TCR=17;TR=44;WE=35249332;WS=35249314;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,59:0.60:98
chr14	35331288	rs17592803	G	A	3286.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.433;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=323;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.797;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=45;PP=1403;ReadPosRankSum=0.847;SC=CAGTTTCTTCGACAAAATATC;SOR=0.472;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=198;TCF=115;TCR=83;TR=95;WE=35331296;WS=35331278;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:159,161:0.50:320
chr14	35343629	rs2145031	A	C	798.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.365;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FS=0.904;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.09;ReadPosRankSum=1.431;SOR=0.546;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,39:0.54:72
chr14	35476673	rs28456062	G	A	226.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=7;PP=143;SC=ATATAAAAATGTAAAGCCTGG;SOR=3.056;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=8;WE=35476681;WS=35476663;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr14	35477785	rs1712351	G	A	1267.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=20;NR=8;PP=562;SC=TATATGTATAGTTTGTTATAT;SOR=1.378;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=28;TCF=20;TCR=8;TR=28;WE=35477793;WS=35477775;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr14	35478090	rs35812379	C	CT	39.90	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.619;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=3.332;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=4.99;ReadPosRankSum=1.150;SOR=0.105;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,5:0.62:8
chr14	35497266	rs17510813	C	T	2126.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.680;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.327;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-1.054;NF=48;NR=26;PP=1074;ReadPosRankSum=-0.298;SC=CCTACGCTGACTCAAAATCTT;SOR=0.386;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=141;TCF=97;TCR=44;TR=74;WE=35497282;WS=35497256;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:91,103:0.53:194
chr14	35515606	rs4007475	TGG	T	997.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=6;PP=590;SC=AGGCGGGCGCTGGGCGGGTGA;SOR=2.030;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=16;TCF=9;TCR=7;TR=14;WE=35515615;WS=35515596;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr14	35515957	rs45530731	C	A	5636.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-1.392;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=542;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.521;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=68;NR=82;PP=2255;ReadPosRankSum=0.366;SC=TGGAGTTCCTCCTCACTGCAC;SOR=0.773;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=282;TCF=132;TCR=150;TR=150;WE=35515965;WS=35515947;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:258,279:0.52:537
chr14	35546373	rs3211139	T	C	4637.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.677;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=480;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=70;NR=59;PP=2041;ReadPosRankSum=0.042;SC=TTACCTGGGGTCCCTACTTAT;SOR=0.683;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=291;TCF=156;TCR=135;TR=129;WE=35546381;WS=35546363;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:243,229:0.49:472
chr14	35546498	rs8011242	T	A	2838.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-2.927;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=250;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.334;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=60;PP=1495;ReadPosRankSum=1.049;SC=AAATAGGATGTTTCCAAACTG;SOR=0.407;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=169;TCF=57;TCR=112;TR=97;WE=35546506;WS=35546488;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:113,132:0.54:245
chr14	35550464	rs139237361	TAA	T	608.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.374;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.086;NF=2;NR=13;PP=390;ReadPosRankSum=0.826;SC=TTCAAACTCTTAAGTTTTTTT;SOR=0.616;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=28;TCF=2;TCR=26;TR=15;WE=35550475;WS=35550454;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,17:0.49:35
chr14	35565873	rs80012713	C	A	2155.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.694;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=254;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.979;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=36;PP=970;ReadPosRankSum=-0.552;SC=TAGAAGATAGCAACTGTCAAG;SOR=0.776;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=156;TCF=69;TCR=87;TR=62;WE=35565881;WS=35565863;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:142,108:0.43:250
chr14	35568424	rs76597992	C	T	308.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.093;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.696;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=1;PP=176;ReadPosRankSum=0.722;SC=ATAATATCCTCATAATATCTA;SOR=1.688;SbPval=0.92;Source=Platypus;TC=22;TCF=17;TCR=5;TR=10;WE=35568432;WS=35568414;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,14:0.48:29
chr14	35576458	rs10132769	A	C	901.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-1.351;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.577;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=15;PP=414;ReadPosRankSum=-0.058;SC=ACTACAGTTTACATTTTAGTG;SOR=0.540;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=74;TCF=41;TCR=33;TR=32;WE=35576466;WS=35576448;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,48:0.47:103
chr14	35579228	rs144725443	AGTTT	A	574.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=1.747;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.289;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.238;NF=0;NR=14;PP=522;ReadPosRankSum=0.795;SC=CTAAAATGAGAGTTTGTTGGC;SOR=2.015;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=34;TCF=1;TCR=33;TR=14;WE=35579239;WS=35579218;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,17:0.41:41
chr14	35579968	rs76932844	C	T	436.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-2.728;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.169;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=10;PP=161;ReadPosRankSum=-0.573;SC=TTGTGCTTAACATTTGTTTAA;SOR=0.446;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=37;TCF=12;TCR=25;TR=16;WE=35579976;WS=35579958;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,23:0.48:48
chr14	35591174	rs1056879	T	C	9039.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.345;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=832;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=136;NR=121;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.199;SC=ATGGCCGACTTCCGCGCAGCA;SOR=0.656;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=491;TCF=263;TCR=228;TR=257;WE=35591182;WS=35591164;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:395,429:0.52:824
chr14	35595842	rs79131050	C	T	394.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.020;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=3;PP=218;ReadPosRankSum=2.721;SC=TTGAACTTTTCGGACTTCTTG;SOR=0.591;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=30;TCF=23;TCR=7;TR=14;WE=35595850;WS=35595832;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,18:0.53:34
chr14	35596092	rs10147080	C	A	279.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.124;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=9;PP=205;ReadPosRankSum=0.288;SC=AGGATAATTACAAGTTTGTAA;SOR=0.527;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=21;TCF=5;TCR=16;TR=12;WE=35596100;WS=35596082;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,12:0.55:22
chr14	35596604	rs57818081	CATT	C	1401.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-2.681;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.786;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.783;NF=11;NR=7;PP=768;ReadPosRankSum=-1.105;SC=TTAATTTCCTCATTGTTCATT;SOR=0.168;SbPval=0.24;Source=Platypus;TC=32;TCF=23;TCR=9;TR=18;WE=35596614;WS=35596594;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,36:0.64:56
chr14	35735967	rs11156878	A	G	3287.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.013;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=364;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.267;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=60;PP=1686;ReadPosRankSum=-0.740;SC=GCCAAACGGAATCTGCGACTG;SOR=0.569;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=235;TCF=110;TCR=125;TR=116;WE=35735975;WS=35735957;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:188,165:0.47:353
chr14	35736198	.	T	TAA	111.74	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.887;ClippingRankSum=-0.000;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=13.97;ReadPosRankSum=1.150;SOR=1.402;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,7:0.88:8
chr14	35747817	rs61988272	T	C	864.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.074;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=12;PP=337;ReadPosRankSum=0.256;SC=ATTCCATCCATGCGGCTCTGC;SOR=0.784;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=54;TCF=30;TCR=24;TR=28;WE=35747825;WS=35747807;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,44:0.50:88
chr14	35777358	rs8012896	T	G	311.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.278;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=8;PP=149;ReadPosRankSum=-1.005;SC=CCAAGTGCAGTGGCTCACACC;SOR=0.610;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=19;TCF=5;TCR=14;TR=11;WE=35777366;WS=35777348;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,15:0.60:25
chr14	35779397	rs33988739	CT	C	422.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.402;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=2.617;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.31;MQRankSum=1.267;QD=6.61;ReadPosRankSum=0.586;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,39:0.61:64
chr14	35779543	rs10140819	G	A	259.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.931;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.563;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.424;NF=3;NR=7;PP=114;ReadPosRankSum=-0.040;SC=TATGTTTTTAGTAGAGACAGG;SOR=0.368;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=29;TCF=7;TCR=22;TR=10;WE=35779551;WS=35779533;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,13:0.37:35
chr14	35781904	rs17597267	T	C	515.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-0.122;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.954;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=5;PP=359;ReadPosRankSum=0.804;SC=AATGGGAATTTACCTGTTACC;SOR=0.323;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=49;TCF=39;TCR=10;TR=21;WE=35781912;WS=35781894;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,23:0.44:52
chr14	35781938	rs80315070	G	T	987.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.967;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.596;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=12;PP=522;ReadPosRankSum=0.897;SC=GTGATAACCTGTATTTTATCA;SOR=0.526;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=88;TCF=59;TCR=29;TR=36;WE=35781946;WS=35781928;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,49:0.45:110
chr14	35782300	rs17597281	C	G	839.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.933;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.831;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=19;PP=450;ReadPosRankSum=1.245;SC=TTTTTTTATGCTATATAGAAC;SOR=0.869;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=54;TCF=19;TCR=35;TR=28;WE=35782308;WS=35782290;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,41:0.48:85
chr14	35782343	.	C	G	478.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.172;ClippingRankSum=0.000;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=12;PP=250;ReadPosRankSum=0.140;SC=CTATACAAAGCTATTCCTGAA;SOR=0.653;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=31;TCF=9;TCR=22;TR=17;WE=35782351;WS=35782333;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,24:0.52:46
chr14	35783706	rs77796720	G	A	3307.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.907;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=335;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.292;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=46;PP=1245;ReadPosRankSum=-0.698;SC=AGGTGGAGGCGTGTGAGTCCA;SOR=0.659;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=194;TCF=100;TCR=94;TR=97;WE=35783714;WS=35783696;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:163,170:0.51:333
chr14	35871093	rs696	C	T	113.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=2.100;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=0;PP=54;ReadPosRankSum=-0.674;SC=CGTTTTGGGCCAGGCAGTGTG;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=9;TCR=0;TR=4;WE=35871101;WS=35871083;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,5:0.50:10
chr14	35871217	rs8904	G	A	942.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.417;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.489;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=11;PP=389;ReadPosRankSum=0.329;SC=GCCCCTTTGCGCTCATAACGT;SOR=1.014;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=78;TCF=47;TCR=31;TR=31;WE=35871225;WS=35871207;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,50:0.45:112
chr14	35871407	rs1022714	A	G	1709.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=167;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=18;NR=28;PP=535;SC=ACAGGCTGAGAGAGTTTGCCT;SOR=1.044;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=50;TCF=18;TCR=32;TR=46;WE=35871415;WS=35871397;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr14	35871441	rs70937092	A	AGTAAGCTATTAAAAAAAGG	1398.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=7;NR=9;PP=1575;SC=TTAAAAAAAGAGGGGGGGCAG;SOR=0.693;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=21;TCF=7;TCR=14;TR=16;WE=35871449;WS=35871431;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr14	35871960	rs2233419	G	A	2300.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.590;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=235;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.011;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=39;PP=1006;ReadPosRankSum=0.226;SC=AGTGCGTCGGGGGCAGGAAGC;SOR=0.624;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=160;TCF=67;TCR=93;TR=69;WE=35871968;WS=35871950;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:119,112:0.48:231
chr14	35872094	rs2233417	C	T	432.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-2.639;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.403;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=12;PP=193;ReadPosRankSum=-0.255;SC=AAAAGTATAACCACCTGTTTC;SOR=0.278;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=40;TCF=5;TCR=35;TR=15;WE=35872102;WS=35872084;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,23:0.39:59
chr14	35872765	rs2233416	G	A	866.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.943;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.240;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=9;PP=484;ReadPosRankSum=0.185;SC=CTAGGATGTGGGCTGATGTGA;SOR=1.259;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=69;TCF=40;TCR=29;TR=30;WE=35872773;WS=35872755;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,42:0.45:94
chr14	35872792	rs2233415	A	G	1617.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.193;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.058;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=23;PP=841;ReadPosRankSum=0.499;SC=AGGTGAGGGTAAATAGTGCTC;SOR=0.418;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=90;TCF=54;TCR=36;TR=49;WE=35872800;WS=35872782;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,76:0.54:140
chr14	35872926	rs1050851	G	A	1356.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.245;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.299;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=23;PP=739;ReadPosRankSum=2.225;SC=AGTTGAGGAAGGCCAGGTCTC;SOR=0.563;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=95;TCF=43;TCR=52;TR=45;WE=35872934;WS=35872916;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,67:0.45:148
chr14	35873567	rs2233411	A	T	345.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.406;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=1.465;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.24;ReadPosRankSum=-1.175;SOR=1.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,38:0.58:66
chr14	36004075	rs1958260	A	G	7670.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=286;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=102;NR=61;PP=2965;SC=GCACCCACGGACTGCGCGTCT;SOR=1.027;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=164;TCF=102;TCR=62;TR=163;WE=36004083;WS=36004065;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,281:1.00:281
chr14	36044337	rs61622892	G	GA	514	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.046;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.28;ReadPosRankSum=-1.382;SOR=0.826;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,30:0.83:36
chr14	36096255	rs34349314	G	GA	1087.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.157;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FS=2.328;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.26;MQRankSum=0.864;QD=9.30;ReadPosRankSum=1.308;SOR=1.139;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,80:0.68:117
chr14	36121087	rs35892589	CA	C	560.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.457;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.357;HP=9;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.371;NF=0;NR=13;PP=221;ReadPosRankSum=0.116;SC=GATCTGTAAGCAAAAAAAAAT;SOR=1.269;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=1;TCR=14;TR=13;WE=36121095;WS=36121077;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,29:0.97:30
chr14	36218039	rs56861116	C	CA	98.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.214;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=6.58;ReadPosRankSum=-1.965;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,8:0.53:15
chr14	36231816	rs11847872	G	A	984.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=9;PP=409;SC=AGACAATTCAGAGATCTTTAG;SOR=0.859;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=11;TCR=9;TR=20;WE=36231824;WS=36231806;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr14	36240374	.	T	C	69.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.249;ClippingRankSum=0.000;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=2.103;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.76;MQRankSum=-2.985;QD=3.17;ReadPosRankSum=0.058;SOR=1.302;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,4:0.18:22
chr14	36334030	rs12890607	G	C	1174.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=25;NR=12;PP=722;SC=AATTTAGGATGCCAAAGCATT;SOR=1.508;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=37;TCF=25;TCR=12;TR=37;WE=36334038;WS=36334020;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr14	36768276	rs4900833	T	C	2940.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=51;NR=31;PP=1349;SC=ATGACAAGGATGAGAGGAGTT;SOR=1.109;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=83;TCF=51;TCR=32;TR=82;WE=36768284;WS=36768266;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr14	36781037	rs7154340	C	T	1371.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=33;NR=12;PP=1044;SC=CATCTAACCACAAGTATGAAG;SOR=1.981;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=47;TCF=34;TCR=13;TR=45;WE=36781045;WS=36781027;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr14	36789729	rs3168891	T	G	5694.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=69;NR=58;PP=2422;SC=AGAGGTTGGGTCTGCATCTTC;SOR=0.769;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=127;TCF=69;TCR=58;TR=127;WE=36789737;WS=36789719;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,216:1.00:216
chr14	36789775	rs2899849	A	T	8568.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=33;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=53;NR=62;PP=2218;SC=CGGGCGATTAAGCTCCGTGGC;SOR=0.808;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=116;TCF=53;TCR=63;TR=115;WE=36789783;WS=36789765;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,201:1.00:201
chr14	36789795	rs11558802	G	A	8508.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=34;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=49;NR=64;PP=2318;SC=CAGCAGCCATGATATCTTCTC;SOR=0.854;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=113;TCF=49;TCR=64;TR=113;WE=36789803;WS=36789785;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,199:1.00:199
chr14	36840650	rs3742592	A	T	10870.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.337;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=423;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.030;NF=145;NR=125;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.654;SC=CCAACCTACAACCCAGGGTCT;SOR=0.553;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=273;TCF=145;TCR=128;TR=270;WE=36840658;WS=36840640;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,417:0.99:420
chr14	36944004	.	A	G	1362.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.559;ClippingRankSum=0.000;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=14;PP=748;ReadPosRankSum=0.315;SC=ACATAAAGATAAAATATGCCA;SOR=0.694;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=90;TCF=63;TCR=27;TR=46;WE=36944012;WS=36943994;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,63:0.51:123
chr14	36944188	rs1012914	G	A	4363.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=33;NR=66;PP=2020;SC=CTATTTCTGCGTAACAAATTA;SOR=1.319;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=99;TCF=33;TCR=66;TR=99;WE=36944196;WS=36944178;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,160:1.00:160
chr14	36947065	rs111333986	G	A	1583.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.777;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.376;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=26;PP=726;ReadPosRankSum=1.592;SC=GTCCCCACTCGTCTCCTCCCC;SOR=0.597;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=84;TCF=41;TCR=43;TR=52;WE=36947073;WS=36947055;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,77:0.57:135
chr14	36988928	rs149047715	A	AAG	2016.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.675;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.531;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.986;NF=4;NR=38;PP=1665;ReadPosRankSum=-0.313;SC=TTAGGTCTCAAAGAGAGAGAG;SOR=1.236;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=103;TCF=14;TCR=89;TR=42;WE=36988939;WS=36988918;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,72:0.50:144
chr14	37051427	rs11624339	C	T	418.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.335;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=8;PP=147;ReadPosRankSum=-1.025;SC=CGCAATCCACCACGCACTTAC;SOR=0.582;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=39;TCF=21;TCR=18;TR=17;WE=37051435;WS=37051417;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,24:0.43:56
chr14	37051634	rs35669843	G	C	643.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=2.004;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=12;PP=337;ReadPosRankSum=0.308;SC=GGCAGGCTGGGAACGGAGGGG;SOR=0.559;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=35;TCF=12;TCR=23;TR=20;WE=37051642;WS=37051624;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,29:0.55:53
chr14	37131993	rs12883298	G	C	821.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-3.107;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.113;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=5;PP=500;ReadPosRankSum=0.238;SC=GTAGTTAGTAGGGGACGGGTG;SOR=1.030;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=66;TCF=55;TCR=11;TR=32;WE=37132001;WS=37131983;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,36:0.47:77
chr14	37132048	rs12882923	A	G	1850.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.562;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.715;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=26;PP=949;ReadPosRankSum=-0.786;SC=AGTGGCAGGCAGCTGTCCCAA;SOR=0.819;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=162;TCF=103;TCR=59;TR=76;WE=37132056;WS=37132038;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:112,97:0.46:209
chr14	37135753	rs4904210	G	C	1931.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.835;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.704;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=36;PP=934;ReadPosRankSum=0.434;SC=CGCCCCGCACGCGGTGAACGG;SOR=0.709;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=108;TCF=55;TCR=53;TR=68;WE=37135761;WS=37135743;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,94:0.58:161
chr14	37140504	rs8004187	C	T	264.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.056;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=8;PP=154;ReadPosRankSum=-0.865;SC=TAACCTCTAACTGCCAGACAT;SOR=0.693;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=14;TCF=3;TCR=11;TR=10;WE=37140512;WS=37140494;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,12:0.71:17
chr14	37153163	rs1884217	A	G	1589.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.281;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.616;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=35;PP=831;ReadPosRankSum=-0.925;SC=TGAGATAGGGACCCAGCATTT;SOR=0.777;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=102;TCF=38;TCR=64;TR=56;WE=37153171;WS=37153153;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,77:0.52:148
chr14	37153185	rs10132292	T	A	1047.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.618;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=30;PP=588;ReadPosRankSum=-0.764;SC=AAAAAATAAATTATTTGGAAT;SOR=0.762;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=84;TCF=25;TCR=59;TR=43;WE=37153193;WS=37153175;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,53:0.47:112
chr14	37194681	rs58321507	AAAAT	A	586.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-2.052;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.845;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=3;PP=200;ReadPosRankSum=0.172;SC=ACTCTGTCCCAAAATAAATAA;SOR=0.239;SbPval=0.18;Source=Platypus;TC=24;TCF=18;TCR=6;TR=6;WE=37194692;WS=37194671;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,16:0.50:32
chr14	37203617	rs3061575	T	TTA	3424.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=20;NR=23;PP=1668;SC=TTTTAGTGCTTTATATATAAT;SOR=1.233;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=43;TCF=20;TCR=23;TR=43;WE=37203625;WS=37203607;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr14	37203642	rs5807904	TA	T	5320.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=28;NR=33;PP=1646;SC=TTTAATGTCTTAAGAGTTTGT;SOR=1.110;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=63;TCF=29;TCR=34;TR=61;WE=37203650;WS=37203630;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,146:1.00:146
chr14	37344229	rs5807914	A	AG	8259.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=26;NR=77;PP=2936;SC=GATAAAGAAAATCCAATAAAC;SOR=0.783;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=106;TCF=26;TCR=80;TR=103;WE=37344237;WS=37344219;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,207:1.00:207
chr14	37344275	rs712384	C	T	3774.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=41;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=42;NR=58;PP=1834;SC=TCCTTGATCCCGTCGATTTCT;SOR=0.898;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=100;TCF=42;TCR=58;TR=100;WE=37344283;WS=37344265;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,137:1.00:137
chr14	37344347	rs2021404	C	T	1979.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=39;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=16;NR=40;PP=1230;SC=TAGTAATAGGCTAGTGGCAAA;SOR=1.819;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=56;TCF=16;TCR=40;TR=56;WE=37344355;WS=37344337;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr14	37641880	rs1403	C	A	2305.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.550;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=250;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=45;PP=1063;ReadPosRankSum=-0.149;SC=GGCGCCCACGCCCTTCTCTAT;SOR=0.715;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=147;TCF=54;TCR=93;TR=72;WE=37641888;WS=37641870;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:134,114:0.46:248
chr14	37739846	rs66866056	C	CT	262.75	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.091;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.20;MQRankSum=0.676;QD=9.73;ReadPosRankSum=1.385;SOR=1.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,20:0.74:27
chr14	37838604	rs35277854	C	CA	706.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.083;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=4.206;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.60;ReadPosRankSum=0.265;SOR=2.770;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:3,35:0.92:38
chr14	37992663	.	G	GT	47.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.301;ClippingRankSum=0.000;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.70;ReadPosRankSum=1.222;SOR=0.498;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,7:0.25:28
chr14	38016044	rs10151200	C	G	200.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.070;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.277;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=1;PP=182;ReadPosRankSum=0.540;SC=CTTTATCAGCCAGGACATTCT;SOR=2.584;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=20;TCF=17;TCR=3;TR=12;WE=38016052;WS=38016034;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,12:0.41:29
chr14	38061742	rs7144658	C	T	3213.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-3.282;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=336;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.359;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=43;PP=1563;ReadPosRankSum=1.568;SC=GGCATGCCGGCTACTGCGCCG;SOR=0.827;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=203;TCF=119;TCR=84;TR=107;WE=38061750;WS=38061732;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:166,162:0.49:328
chr14	38064009	rs762083	G	C	2055.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=3.409;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.108;HP=5;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=12;PP=1255;ReadPosRankSum=2.371;SC=CCCCCGGCCCGCCTGCCTGCC;SOR=1.266;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=130;TCF=104;TCR=26;TR=72;WE=38064017;WS=38063999;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,83:0.61:135
chr14	38064215	rs79519281	G	C	3236.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.330;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=400;ExcessHet=3.0103;FS=1.197;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.22;ReadPosRankSum=1.186;SOR=0.772;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:231,163:0.41:394
chr14	38152274	rs1547102	G	A	407.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=0.959;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=14;PP=262;ReadPosRankSum=0.198;SC=GGCTGGGGGCGGGGGTGATGG;SOR=0.801;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=43;TCF=5;TCR=38;TR=15;WE=38152282;WS=38152264;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,21:0.40:53
chr14	38165784	rs960787	A	G	220.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=0.397;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=2;PP=114;ReadPosRankSum=-0.983;SC=GAAACTATCAATTTACTTTTA;SOR=0.693;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=10;TCF=8;TCR=2;TR=8;WE=38165792;WS=38165774;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,10:0.71:14
chr14	38205027	rs1570399	T	C	530.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=2;PP=382;SC=TTCTCTTTGGTTCTTTTGTTA;SOR=2.833;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=16;TCF=14;TCR=2;TR=16;WE=38205035;WS=38205017;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr14	38206818	rs4901157	G	A	1036.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=19;NR=7;PP=555;SC=TAGCTTATCAGATAGTATCTG;SOR=1.609;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=19;TCR=7;TR=26;WE=38206826;WS=38206808;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr14	38207008	rs11439106	A	AT	495.76	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.567;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=11;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=18;PP=316;ReadPosRankSum=0.372;SC=TAATCACCTTATTTTTTTTTA;SOR=1.532;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=24;TCF=0;TCR=24;TR=18;WE=38207026;WS=38206998;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,26:0.90:29
chr14	38207018	rs17107021	A	T	702.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=8;NR=20;PP=523;SC=ATTTTTTTTTAAAAGCATCTA;SOR=2.147;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=28;TCF=8;TCR=20;TR=28;WE=38207026;WS=38206998;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr14	38218872	rs17768594	T	G	438.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.69;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=1;PP=137;SC=TAGGATATCCTCCTTTAACAA;SOR=1.493;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=7;TCR=1;TR=8;WE=38218880;WS=38218862;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr14	38218986	rs143786564	A	G	416.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.695;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.192;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=6;PP=155;ReadPosRankSum=-1.558;SC=CTTTTCCAAGACAAAATTAAT;SOR=0.446;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=31;TCF=18;TCR=13;TR=13;WE=38218994;WS=38218976;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,23:0.53:43
chr14	38222291	rs4901176	G	C	3044.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=36;NR=32;PP=1272;SC=TGTACCTCCCGCTGTCCCTAT;SOR=0.818;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=68;TCF=36;TCR=32;TR=68;WE=38222299;WS=38222281;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr14	38256944	rs12586423	T	C	166.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=0.696;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=7;PP=121;ReadPosRankSum=-0.453;SC=ATGTAATATGTATACTACTAT;SOR=0.789;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=39;TCF=13;TCR=26;TR=10;WE=38256952;WS=38256934;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,12:0.26:47
chr14	38260089	rs7153624	C	T	1740.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.856;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=35;PP=935;ReadPosRankSum=-0.979;SC=TGTAAAAAATCGAAAACCTGA;SOR=1.352;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=55;TCF=19;TCR=36;TR=53;WE=38260097;WS=38260079;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,68:0.97:70
chr14	38264358	rs969446	C	T	689.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=18;NR=5;PP=487;SC=TTAAGAAAAACATGTATGTTA;SOR=2.494;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=23;TCF=18;TCR=5;TR=23;WE=38264366;WS=38264348;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr14	38265344	rs1951639	T	A	304.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.71;SOR=2.494;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr14	38266074	rs9805910	C	T	2416.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.300;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=306;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.121;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=41;PP=983;ReadPosRankSum=-2.276;SC=AGGTCTTGGACGGAATCAGCT;SOR=0.756;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=180;TCF=90;TCR=90;TR=78;WE=38266082;WS=38266064;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:173,129:0.43:302
chr14	38277999	rs4901284	C	T	1136.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.064;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.648;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=13;PP=491;ReadPosRankSum=-0.022;SC=AATAGTTATACAGCATTTTAT;SOR=0.814;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=78;TCF=44;TCR=34;TR=33;WE=38278007;WS=38277989;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,60:0.45:133
chr14	38295646	rs10483494	T	C	775.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=23;PP=501;SC=CTTTTTAAAGTGACTTATGGA;SOR=3.407;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=26;TCF=3;TCR=23;TR=26;WE=38295654;WS=38295636;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr14	38310606	rs10151474	G	A	320.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=7;NR=1;PP=167;SC=TTTCTGTATAGTAAGTTGCCA;SOR=1.981;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=7;TCR=1;TR=8;WE=38310614;WS=38310596;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr14	38678356	rs12437095	G	A	1229.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.392;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.527;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=16;PP=522;ReadPosRankSum=-0.702;SC=TCCTCTCCACGGTCGCCTGTG;SOR=0.619;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=62;TCF=30;TCR=32;TR=32;WE=38678364;WS=38678346;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,59:0.55:108
chr14	38678492	rs12434340	T	C	1030.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.074;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.57;ReadPosRankSum=-0.258;SOR=0.773;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,52:0.63:82
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chr14	39502539	rs11418467	G	GA	1666.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.61;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=3;NR=26;PP=1024;SC=ACTCCTAGAGGAAAAAAGATA;SOR=1.127;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=29;TCF=3;TCR=26;TR=29;WE=39502547;WS=39502529;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr14	39502626	rs11283010	A	AAATAGAAC	727.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=1;NR=11;PP=754;SC=AAATCATTTGAAATGCCTATG;SOR=2.179;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=12;TCF=1;TCR=11;TR=12;WE=39502634;WS=39502616;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr14	39511952	rs3837584	CT	C	382.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.235;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.991;NF=4;NR=4;PP=203;ReadPosRankSum=-0.912;SC=AGTAAAAAGACTTTACATGCA;SOR=0.741;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=21;TCF=14;TCR=7;TR=8;WE=39511960;WS=39511942;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,16:0.35:46
chr14	39512122	rs4902326	T	A	1232.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.39;SOR=0.737;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr14	39514231	rs1884384	T	A	1162.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=28;NR=8;PP=780;SC=GCGAATACATTAATAGGTTGA;SOR=2.247;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=36;TCF=28;TCR=8;TR=36;WE=39514239;WS=39514221;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr14	39516714	.	C	CA	97.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.052;ClippingRankSum=0.000;DP=101;ExcessHet=3.0103;FS=8.154;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.15;ReadPosRankSum=0.569;SOR=1.845;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:68,17:0.20:85
chr14	39517655	rs56258100	CA	C	48.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.621;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=1.984;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.49;MQRankSum=1.418;QD=2.56;ReadPosRankSum=-1.097;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,7:0.37:19
chr14	39517691	rs4902344	T	A	934.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=17;NR=9;PP=480;SC=GGTGGCACACTCCTGTAGTCC;SOR=1.308;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=17;TCR=9;TR=26;WE=39517699;WS=39517681;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr14	39517925	rs11556216	T	C	776.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.614;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=16;PP=374;ReadPosRankSum=-0.406;SC=ATTCTCCAAATTTCTGACACT;SOR=0.784;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=53;TCF=20;TCR=33;TR=24;WE=39517933;WS=39517915;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,38:0.51:74
chr14	39524614	rs11301994	AT	A	246.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.172;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.14;ReadPosRankSum=1.606;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,12:0.44:27
chr14	39532492	rs55993688	T	C	1729.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.428;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.181;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=19;PP=893;ReadPosRankSum=1.579;SC=CAAATGTACGTTGTACGTTTT;SOR=0.500;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=92;TCF=60;TCR=32;TR=51;WE=39532500;WS=39532482;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,80:0.56:142
chr14	39543508	rs12164875	T	C	415.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-3.419;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=0;PP=279;ReadPosRankSum=-0.296;SC=ATGTGTTGCCTTGAAGTAGTG;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=28;TCF=28;TCR=0;TR=15;WE=39543516;WS=39543498;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,17:0.50:34
chr14	39543814	rs147995893	T	TAAG	865.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-0.272;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.931;NF=1;NR=16;PP=724;ReadPosRankSum=1.660;SC=CAAAATGATCTAAGGACTAAA;SOR=0.765;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=35;TCF=2;TCR=33;TR=17;WE=39543822;WS=39543804;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,22:0.56:39
chr14	39554886	.	TTA	T	115.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.152;ClippingRankSum=0.000;DP=91;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.35;ReadPosRankSum=0.826;SOR=0.620;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:72,14:0.16:86
chr14	39554891	rs56156769	T	C	710.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.904;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FS=0.820;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.90;ReadPosRankSum=0.258;SOR=0.830;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:56,34:0.38:90
chr14	39554893	rs8009506	T	C	1923.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.411;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FS=2.210;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=21.61;ReadPosRankSum=0.598;SOR=1.011;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,52:0.58:89
chr14	39556185	rs8018720	G	C	6073.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=66;NR=85;PP=2829;SC=GCTTGAGTAAGTGGTACTTTA;SOR=0.943;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=151;TCF=66;TCR=85;TR=151;WE=39556193;WS=39556175;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,230:1.00:230
chr14	39565403	rs3818163	T	A	827.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=1;NR=24;PP=703;SC=GTTCAAAATATGAATGTTCTC;SOR=5.058;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=25;TCF=1;TCR=24;TR=25;WE=39565411;WS=39565393;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr14	39583481	rs2277458	A	G	1448.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=19;NR=4;PP=573;SC=GTCTATTAGTACGCCTGCGCT;SOR=1.402;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=19;TCR=4;TR=23;WE=39583489;WS=39583471;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr14	39587348	rs10136536	A	G	620.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.719;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.554;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=13;PP=301;ReadPosRankSum=0.331;SC=CTGTTCTTAGACTGTAGCTGG;SOR=0.399;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=38;TCF=13;TCR=25;TR=21;WE=39587356;WS=39587338;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,28:0.58:48
chr14	39591081	rs200666636	T	TG	271.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.746;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.59;ReadPosRankSum=-0.457;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,10:0.50:20
chr14	39591083	.	A	T	280.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.108;ClippingRankSum=0.000;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.04;ReadPosRankSum=-0.721;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,10:0.50:20
chr14	39591107	rs8008726	G	T	189.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.605;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=1.740;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.04;ReadPosRankSum=0.494;SOR=1.270;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,11:0.52:21
chr14	39591565	rs61692397	C	CT	199.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-0.599;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=11;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=2;PP=230;ReadPosRankSum=0.243;SC=GACTTAACTTCTTTTTTTTTA;SOR=0.368;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=34;TCF=31;TCR=3;TR=19;WE=39591573;WS=39591555;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,14:0.52:27
chr14	39591613	rs60205535	G	GT	491.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.836;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FS=7.627;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.39;ReadPosRankSum=-0.034;SOR=1.841;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,36:0.47:77
chr14	39605542	rs9322993	T	C	2057.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=39;NR=9;PP=1207;SC=TTTAACCAGTTTCTTATTGAT;SOR=1.852;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=49;TCF=39;TCR=10;TR=48;WE=39605550;WS=39605532;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr14	39620788	rs8003485	A	T	169.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=28.31;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr14	39620936	rs8003807	C	T	3768.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=54;NR=42;PP=1627;SC=GTAAGAAAGGCGAATTCAACT;SOR=0.881;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=96;TCF=54;TCR=42;TR=96;WE=39620944;WS=39620926;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,149:1.00:149
chr14	39623533	rs12147991	T	C	611.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.627;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=17;PP=288;ReadPosRankSum=1.182;SC=CCAAAGTCAATGTACCTAGCA;SOR=0.715;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=57;TCF=21;TCR=36;TR=28;WE=39623541;WS=39623523;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,35:0.39:89
chr14	39627433	rs35270180	G	A	155.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=3.782;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.310;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=7;NR=0;PP=125;ReadPosRankSum=1.772;SC=ACTAAAATACGATATTTATAT;SOR=2.546;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=11;TCR=1;TR=7;WE=39627441;WS=39627423;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,7:0.47:15
chr14	39627695	rs9322994	C	T	362.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.038;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.114;HP=3;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=10;PP=135;ReadPosRankSum=0.053;SC=AATGCCAGAACAGCACTGAAC;SOR=0.977;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=44;TCF=15;TCR=29;TR=13;WE=39627703;WS=39627685;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,23:0.32:71
chr14	39627747	rs761804	A	G	811.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=10;NR=17;PP=464;SC=TTTGAGACAGATTCTGGCTCT;SOR=1.402;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=27;TCF=10;TCR=17;TR=27;WE=39627755;WS=39627737;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr14	39644498	rs1061583	G	A	962.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.628;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.629;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=16;PP=412;ReadPosRankSum=-0.315;SC=CGGTCGCCGTGAGAACTTTGC;SOR=0.986;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=118;TCF=61;TCR=57;TR=37;WE=39644506;WS=39644488;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:124,60:0.33:184
chr14	39645863	rs2252040	G	A	1443.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=17;NR=26;PP=806;SC=AAATATAAATGTTTATTAACA;SOR=1.118;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=43;TCF=17;TCR=26;TR=43;WE=39645871;WS=39645853;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr14	39645921	rs3215670	G	GC	62.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.868;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=4;PP=41;ReadPosRankSum=1.784;SC=GCCACTCCCTGCCCCCCCCAA;SOR=0.527;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=2;TCR=12;TR=4;WE=39645929;WS=39645911;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,5:0.33:15
chr14	39647188	.	T	A	22	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;FR=0.5000;HP=7;HapScore=2;MGOF=2;MMLQ=28;MQ=60.0;NF=1;NR=3;PP=22;QD=14.1928031368;SC=ATGTTTTTTTTAAAAAATCCT;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=13;TCF=4;TCR=9;TR=4;WE=39647196;WS=39647178;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:9,4:0.31:13
chr14	39650234	rs2180792	A	T	4309.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=55;NR=51;PP=2276;SC=AGAATGTAAAACCCTTTCTCC;SOR=0.732;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=107;TCF=55;TCR=52;TR=106;WE=39650242;WS=39650224;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,155:1.00:155
chr14	39651193	rs532	A	G	593.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.183;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=20;PP=460;ReadPosRankSum=-1.258;SC=CTTTTTGGAAAATACAGACTG;SOR=0.350;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=37;TCF=1;TCR=36;TR=21;WE=39651201;WS=39651183;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,22:0.58:38
chr14	39703324	rs7141840	A	G	4156.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.574;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=446;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.092;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=67;NR=58;PP=1936;ReadPosRankSum=0.903;SC=TTAGCATGGCAAAATTTGGCG;SOR=0.782;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=260;TCF=136;TCR=124;TR=125;WE=39703332;WS=39703314;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:227,210:0.48:437
chr14	39703498	rs7143646	T	C	1953.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=2.527;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=42;PP=1079;ReadPosRankSum=1.741;SC=TAAAATCTTATTGTGGTCACG;SOR=0.735;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=126;TCF=41;TCR=85;TR=60;WE=39703506;WS=39703488;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:91,88:0.49:179
chr14	39716201	rs11845046	A	G	713.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=0.759;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=7;PP=417;ReadPosRankSum=-0.091;SC=GTGAAAATATATATCCTTATG;SOR=0.737;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=39;TCF=25;TCR=14;TR=21;WE=39716209;WS=39716191;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,30:0.58:52
chr14	39716808	rs3825549	T	C	2259.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.758;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.789;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=49;PP=1333;ReadPosRankSum=0.538;SC=TTTTCCCAATTCCATATCATC;SOR=0.838;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=144;TCF=54;TCR=90;TR=78;WE=39716816;WS=39716798;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:93,101:0.52:194
chr14	39722023	rs10134365	G	C	1849.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.702;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=32;PP=1006;ReadPosRankSum=-0.147;SC=ATCTTCTAAAGATAGTGATGA;SOR=0.710;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=146;TCF=83;TCR=63;TR=74;WE=39722031;WS=39722013;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:105,97:0.48:202
chr14	39734473	rs17693279	G	A	114.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=1.151;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=3;PP=71;ReadPosRankSum=0.765;SC=ATGTCAAAACGGGATCACAGT;SOR=0.586;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=16;TCF=9;TCR=7;TR=7;WE=39734481;WS=39734463;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,7:0.41:17
chr14	39736680	rs7140561	T	C	3210.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=46;NR=29;PP=1515;SC=GAGCCCGGGGTTACCCCTCAA;SOR=1.034;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=75;TCF=46;TCR=29;TR=75;WE=39736688;WS=39736670;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr14	39748480	rs7158558	G	A	1024.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=23;NR=14;PP=671;SC=GACGTTAAATGAATTGATTTA;SOR=1.096;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=37;TCF=23;TCR=14;TR=37;WE=39748488;WS=39748470;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr14	39760393	rs2274399	A	G	167.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.655;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.87;ReadPosRankSum=1.019;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,10:0.59:17
chr14	39763006	rs956109	T	C	47.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.158;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=3.67;ReadPosRankSum=-0.563;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,4:0.31:13
chr14	39763111	rs956108	G	A	1154.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.190;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=10;PP=559;ReadPosRankSum=-0.827;SC=CACTTATGGAGCTAAAGTGTT;SOR=0.741;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=56;TCF=37;TCR=19;TR=33;WE=39763119;WS=39763101;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,52:0.61:85
chr14	39773639	rs2274398	G	T	836.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=11;NR=7;PP=367;SC=TACATCTCTTGGCAGAGAATG;SOR=0.957;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=11;TCR=7;TR=18;WE=39773647;WS=39773629;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr14	39777676	rs1950952	G	C	102.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-1.981;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=0;PP=32;ReadPosRankSum=-0.792;SC=TCTTCAGACTGAACAAGCATC;SOR=0.527;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=3;WE=39777684;WS=39777666;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,5:0.71:7
chr14	39784004	rs75318507	GTA	G	689.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.095;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FS=3.284;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.71;ReadPosRankSum=2.136;SOR=1.194;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,34:0.48:71
chr14	39784012	.	A	ATGTGTG	444.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-3.090;ClippingRankSum=0.000;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.302;HP=2;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=42;PP=1369;ReadPosRankSum=0.862;SC=AGGTATATATATATGTGTGTG;SOR=1.358;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=67;TCF=11;TCR=56;TR=49;WE=39784023;WS=39783994;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,31:0.41:75
chr14	39784014	rs2415539	A	G	1408.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.058;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FS=4.616;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.04;ReadPosRankSum=-2.006;SOR=0.336;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,39:0.53:74
chr14	39784042	rs2415540	A	G	1176.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-1.610;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.909;HP=2;HapScore=1;MGOF=44;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=53;PP=1386;ReadPosRankSum=0.980;SC=GTGTGTGTGTATATATATATA;SOR=0.223;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=84;TCF=24;TCR=60;TR=72;WE=39784050;WS=39784032;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,53:0.88:60
chr14	39784965	rs10150863	G	T	1339.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=10;NR=26;PP=755;SC=CAAATTGTATGTTTTTTTCAG;SOR=1.436;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=36;TCF=10;TCR=26;TR=36;WE=39784973;WS=39784955;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr14	39796048	rs36031495	GT	G	2675.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=25;NR=36;PP=1206;SC=AGATTTGTATGTTTTTTTTTC;SOR=1.052;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=71;TCF=30;TCR=41;TR=61;WE=39796056;WS=39796038;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr14	39815250	rs141233863	TTTC	T	2067.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.303;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.496;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=14;PP=862;ReadPosRankSum=-0.579;SC=ACTTTGTGCTTTTCTTCTTTA;SOR=1.022;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=39;TCF=10;TCR=29;TR=21;WE=39815260;WS=39815240;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,54:0.50:108
chr14	39818028	rs1140952	A	G	2576.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.753;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=258;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.981;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=57;PP=1431;ReadPosRankSum=0.034;SC=TCTTGCTCCAATCAGAGGTCC;SOR=0.606;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=176;TCF=64;TCR=112;TR=94;WE=39818036;WS=39818018;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:130,123:0.49:253
chr14	39818145	rs1060878	G	A	961.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.112;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=23;PP=539;ReadPosRankSum=0.024;SC=TTTTCCACCAGGGGATTTCCC;SOR=0.701;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=56;TCF=15;TCR=41;TR=32;WE=39818153;WS=39818135;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,45:0.56:81
chr14	39818222	rs7156249	G	T	1409.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=21;PP=597;SC=TCAATATGTGGTTTATTAATC;SOR=1.061;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=35;TCF=14;TCR=21;TR=35;WE=39818230;WS=39818212;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr14	39856043	rs10146207	G	C	4680.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=75;NR=41;PP=2590;SC=TCAGCAACTCGTCTCTCTTCT;SOR=1.262;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=116;TCF=75;TCR=41;TR=116;WE=39856051;WS=39856033;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,169:1.00:169
chr14	39868646	rs3814860	C	A	281.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-1.083;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=2;PP=198;ReadPosRankSum=1.431;SC=AGGATTAATTCACACTACTGA;SOR=0.922;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=28;TCF=23;TCR=5;TR=13;WE=39868663;WS=39868636;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,13:0.46:28
chr14	39870296	rs10146622	T	C	802.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.249;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=8;PP=570;ReadPosRankSum=0.724;SC=CTTGATACTATAAAGGTCAGT;SOR=0.701;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=59;TCF=46;TCR=13;TR=34;WE=39870304;WS=39870286;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,36:0.53:68
chr14	39871017	rs7156962	T	C	5030.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.301;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=482;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.744;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=88;PP=2400;ReadPosRankSum=-0.962;SC=AGGACAGCCATTTCAGTTGCC;SOR=0.836;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=278;TCF=117;TCR=161;TR=145;WE=39871025;WS=39871007;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:230,243:0.51:473
chr14	39871168	rs7157316	T	C	449.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=1.898;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.692;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=17;PP=339;ReadPosRankSum=0.474;SC=AATTTTGAGATCTATTTTTCC;SOR=0.368;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=47;TCF=6;TCR=41;TR=20;WE=39871176;WS=39871158;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,20:0.41:49
chr14	39871742	rs7158282	T	C	438.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.172;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=9;PP=195;ReadPosRankSum=-0.469;SC=TTAAAATGATTTGCTAAATAA;SOR=0.646;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=31;TCF=8;TCR=23;TR=12;WE=39871750;WS=39871732;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,22:0.42:53
chr14	39900672	rs8006123	T	C	1183.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=1.723;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=8;PP=751;ReadPosRankSum=-0.956;SC=AACACTGAAGTTGGCCGGGCA;SOR=0.765;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=74;TCF=58;TCR=16;TR=40;WE=39900680;WS=39900662;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,50:0.58:86
chr14	39901157	rs61999077	C	A	3186.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.105;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=318;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.848;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=51;PP=1532;ReadPosRankSum=0.954;SC=CGCTGGGCAGCGACGCAGCGC;SOR=0.642;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=215;TCF=98;TCR=117;TR=95;WE=39901165;WS=39901147;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:165,152:0.48:317
chr14	42355771	rs721222	C	T	285.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=0.061;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=1;PP=192;ReadPosRankSum=0.327;SC=AATTAAATCACTGGATGCTAA;SOR=0.627;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=37;TCF=34;TCR=3;TR=13;WE=42355779;WS=42355761;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,15:0.35:43
chr14	42360633	rs6572117	T	C	3246.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.879;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=344;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.176;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=56;PP=1789;ReadPosRankSum=-0.225;SC=TCATGCAGTCTCAGTTTTTGG;SOR=0.517;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=246;TCF=135;TCR=111;TR=115;WE=42360641;WS=42360623;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:179,157:0.47:336
chr14	42997963	rs9323070	A	G	1806.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.580;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.827;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=36;PP=872;ReadPosRankSum=0.757;SC=CACTTTTCCTATGCATTATTT;SOR=0.925;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=110;TCF=49;TCR=61;TR=60;WE=42997971;WS=42997953;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,87:0.56:156
chr14	42998026	rs10148466	T	C	1836.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=17;NR=39;PP=971;SC=AACTGCTCATTGTTTTCTTAC;SOR=1.483;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=56;TCF=17;TCR=39;TR=56;WE=42998034;WS=42998016;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr14	44975511	rs45478391	G	A	2364.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.092;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=248;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.983;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=36;PP=1166;ReadPosRankSum=0.831;SC=TAAAAGTACCGGGGGACCTTT;SOR=0.609;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=168;TCF=80;TCR=88;TR=72;WE=44975519;WS=44975501;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:131,113:0.46:244
chr14	45403616	rs35728857	T	C	5369.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=2.255;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=544;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.426;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=88;NR=97;PP=2962;ReadPosRankSum=0.463;SC=TGTTTTCTGATAGTGACGCCA;SOR=0.541;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=350;TCF=154;TCR=196;TR=185;WE=45403624;WS=45403606;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:280,256:0.48:536
chr14	45571012	rs34278709	CT	C	186.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.485;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FS=2.384;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.20;ReadPosRankSum=0.804;SOR=0.403;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:54,31:0.36:85
chr14	45664914	rs45478292	T	C	168.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=0.640;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=5;PP=77;ReadPosRankSum=-0.566;SC=ACATGTTAGTTTTTTAAAACT;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=0;TCR=11;TR=5;WE=45664922;WS=45664904;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,7:0.50:14
chr14	47314938	rs1388568	C	T	6242.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=241;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=113;NR=63;PP=2965;SC=TTTAACGTTACAACAAACCAA;SOR=1.254;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=177;TCF=114;TCR=63;TR=176;WE=47314946;WS=47314928;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,233:1.00:233
chr14	47315127	rs1388567	G	A	5093.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=45;NR=106;PP=2965;SC=TTGCAGATCAGTTTCTCTTGA;SOR=1.572;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=151;TCF=45;TCR=106;TR=151;WE=47315135;WS=47315117;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,187:1.00:187
chr14	47324127	rs3007133	G	A	543.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=16;NR=2;PP=446;SC=TGCTTATATCGTGGAATTTCT;SOR=3.500;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=18;TCF=16;TCR=2;TR=18;WE=47324135;WS=47324117;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr14	47341131	rs2933208	C	G	536.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.56;SOR=1.828;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr14	47528470	rs8009302	T	C	3163.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.659;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=336;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=43;PP=1225;ReadPosRankSum=0.860;SC=TCTCAGACTTTGTAGAGCTTC;SOR=0.702;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=213;TCF=118;TCR=95;TR=99;WE=47528478;WS=47528460;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:173,161:0.48:334
chr14	47528551	rs10144183	T	A	2759.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.301;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=286;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.412;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=46;PP=1138;ReadPosRankSum=-0.555;SC=TTGGAAGAAGTCAATATATTT;SOR=0.782;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=169;TCF=73;TCR=96;TR=81;WE=47528559;WS=47528541;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:148,137:0.48:285
chr14	47530841	rs7147260	A	C	1199.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.524;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=5.481;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.00;ReadPosRankSum=2.182;SOR=2.246;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,31:0.65:48
chr14	47530845	rs7147741	G	C	1175.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.405;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=6.315;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=26.72;ReadPosRankSum=1.097;SOR=2.564;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,30:0.68:44
chr14	47687187	rs8011854	A	C	458.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.627;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=1.399;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.76;ReadPosRankSum=0.250;SOR=0.412;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,22:0.56:39
chr14	47770560	rs71418153	A	G	525.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-0.398;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.163;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=9;PP=298;ReadPosRankSum=0.608;SC=ACACTTTTTGACTTCTGAGAA;SOR=0.452;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=40;TCF=26;TCR=14;TR=23;WE=47770568;WS=47770550;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,27:0.56:48
chr14	47770841	rs2275504	C	G	508.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.709;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=3.038;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.41;ReadPosRankSum=0.866;SOR=0.301;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,23:0.56:41
chr14	50032993	rs10149195	G	C	305.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.52;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr14	50044392	rs2883438	T	C	3773.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=60;NR=43;PP=1980;SC=ACCCTGTTGTTAATACCTCTG;SOR=0.859;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=103;TCF=60;TCR=43;TR=103;WE=50044400;WS=50044382;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,141:1.00:141
chr14	50065359	rs2281837	C	G	23984.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=911;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=283;NR=279;PP=2965;SC=GACGTGCGCCCGCAACGCGTA;SOR=0.702;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=563;TCF=283;TCR=280;TR=562;WE=50065367;WS=50065349;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,896:1.00:896
chr14	50065717	rs2281836	G	C	4472.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.222;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=58;PP=2788;ReadPosRankSum=2.707;SC=CCAGCTTGACGTGGTTGTGGC;SOR=0.719;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=113;TCF=55;TCR=58;TR=113;WE=50065725;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,156:0.99:158
chr14	50068299	rs11625804	C	G	3118.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.735;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=36;PP=1614;ReadPosRankSum=2.555;SC=GATTCCTGCTCTCATGGAGTT;SOR=0.932;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=86;TCF=50;TCR=36;TR=86;WE=50068307;WS=50068289;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,119:0.98:121
chr14	50069282	rs2354444	A	T	1550.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=41;PP=1107;SC=TGAAGTACAGAGGCATAGTCA;SOR=6.399;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=43;TCF=1;TCR=42;TR=42;WE=50069290;WS=50069272;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr14	50070384	rs7146398	T	C	1305.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.91;QD=26.12;SOR=1.051;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr14	50070427	.	AA	TT	791	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.65;FR=1.0000;HP=20;HapScore=1;MGOF=83;MMLQ=28;MQ=54.18;NF=0;NR=11;PP=791;QD=76.7698068057;SC=TTTTTTTTTTAATGAGACAGA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=0;TCR=12;TR=11;WE=50070436;WS=50070417;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:1,11:0.92:12
chr14	50074014	rs2354445	G	T	1342.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=35;NR=8;PP=1144;SC=GTAAATCATTGTATCACATTC;SOR=2.833;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=43;TCF=35;TCR=8;TR=43;WE=50074022;WS=50074004;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr14	50080871	rs6572592	G	A	802.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=23;NR=0;PP=604;SC=TATACTAATCGCTTAATAATT;SOR=5.136;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=23;TCF=23;TCR=0;TR=23;WE=50080879;WS=50080861;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr14	50087753	rs7519	T	C	3680.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=45;NR=50;PP=1510;SC=GCGGCGCCGATGCTCGAGCTG;SOR=0.749;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=95;TCF=45;TCR=50;TR=95;WE=50087761;WS=50087743;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,144:1.00:144
chr14	50092471	rs9989177	T	C	3217.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.472;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.163;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=47;PP=1973;ReadPosRankSum=1.515;SC=GTTTAAGTTATCTTTTTCCTC;SOR=0.362;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=91;TCF=44;TCR=47;TR=90;WE=50092479;WS=50092461;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,115:0.99:116
chr14	50094913	rs2985696	C	A	283.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=8;PP=190;SC=CTAATAAGTCCCACTTGACAA;SOR=1.802;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=3;TCR=8;TR=11;WE=50094921;WS=50094903;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr14	50100386	rs2985687	T	C	11990.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.243;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=461;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=153;NR=162;PP=2965;ReadPosRankSum=0.353;SC=ACTCCTCGCGTGTTTCCACAC;SOR=0.724;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=319;TCF=155;TCR=164;TR=315;WE=50100394;WS=50100376;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,453:0.99:457
chr14	50100683	rs2985686	C	G	3566.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=33;NR=52;PP=1856;SC=CTCCGTCCTCCGCGCGACTCC;SOR=1.044;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=85;TCF=33;TCR=52;TR=85;WE=50100691;WS=50100673;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chr14	50101370	rs2985685	G	A	5789.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.650;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=67;NR=62;PP=2522;ReadPosRankSum=-0.936;SC=CCAGGGCCGTGGCGTCCAGCA;SOR=0.711;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=131;TCF=69;TCR=62;TR=129;WE=50101378;WS=50101360;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,222:0.99:224
chr14	50101682	rs2985684	C	G	13541.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.716;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=519;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=152;NR=155;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.822;SC=CCACCCCGCGCTCACGCTCTA;SOR=0.697;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=307;TCF=152;TCR=155;TR=307;WE=50101690;WS=50101672;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,513:1.00:515
chr14	50122352	rs45510695	A	G	890.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.810;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.804;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=7;PP=370;ReadPosRankSum=-1.483;SC=TGAACCCTTAAAAGAGTTCAA;SOR=0.563;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=60;TCF=44;TCR=16;TR=25;WE=50122360;WS=50122342;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,43:0.45:96
chr14	50175792	rs11157703	T	C	780.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=22;NR=5;PP=542;SC=TAGTATTTTATTAGCAATTTT;SOR=2.468;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=27;TCF=22;TCR=5;TR=27;WE=50175800;WS=50175782;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr14	50192609	rs10147220	A	G	454.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=10;PP=274;SC=TCTGTTGCCCAGGCTGGAGTA;SOR=1.911;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=2;TCR=10;TR=12;WE=50192617;WS=50192599;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr14	50195679	rs4301946	A	G	6068.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=247;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=71;NR=59;PP=2298;SC=CCGCGCATACATGTGCAGTTC;SOR=0.807;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=130;TCF=71;TCR=59;TR=130;WE=50195687;WS=50195669;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,239:1.00:239
chr14	50199337	rs60013005	A	AT	538.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.658;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=3;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=6;PP=244;ReadPosRankSum=1.384;SC=GTGAGGGCAGATTTTTTTTTT;SOR=1.402;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=23;TCF=14;TCR=9;TR=18;WE=50199345;WS=50199327;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,27:0.90:30
chr14	50199375	rs10146753	A	C	2310.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=40;NR=18;PP=1214;SC=AAAACCTTTTATTTTGATTAA;SOR=1.375;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=60;TCF=41;TCR=19;TR=58;WE=50199383;WS=50199365;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr14	50206702	rs4898631	G	A	242.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.61;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=5;NR=3;PP=133;SC=AAGTTCAATCGTGTCTCTTTT;SOR=1.402;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=5;TCR=3;TR=8;WE=50206710;WS=50206692;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr14	50241258	rs4499141	A	C	5228.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=85;NR=38;PP=2533;SC=ACTTACATACATTTAATTTAT;SOR=1.291;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=123;TCF=85;TCR=38;TR=123;WE=50241266;WS=50241248;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,200:1.00:200
chr14	50244835	rs4900949	C	T	2920.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=46;NR=43;PP=1588;SC=CTAAGATAAACTGCTTGTATC;SOR=0.784;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=89;TCF=46;TCR=43;TR=89;WE=50244843;WS=50244825;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr14	50245374	rs6572613	C	A	185.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.22;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr14	50247290	rs4900952	G	T	1148.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=22;NR=11;PP=571;SC=TAATTGCAGGGGGGGGAAAAA;SOR=1.230;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=33;TCF=22;TCR=11;TR=33;WE=50247298;WS=50247280;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr14	50251369	rs10143621	A	G	3755.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=41;NR=41;PP=1479;SC=TCCTTTTTACATTCAGAAGAT;SOR=0.707;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=82;TCF=41;TCR=41;TR=82;WE=50251377;WS=50251359;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,147:1.00:147
chr14	50251888	rs8009346	C	T	5983.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=94;NR=75;PP=2965;SC=ACTAAATAGACGTTACAAAAC;SOR=0.877;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=169;TCF=94;TCR=75;TR=169;WE=50251896;WS=50251878;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,223:1.00:223
chr14	50272952	rs10131948	A	G	140.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.652;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=11.73;ReadPosRankSum=1.599;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,7:0.58:12
chr14	50280577	rs3126194	T	C	339.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=6;PP=267;SC=ACACTTCAGCTTCCCAAAGTG;SOR=0.693;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=12;TCF=6;TCR=6;TR=12;WE=50280585;WS=50280567;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr14	50280688	rs3126195	T	A	1361.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.62;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=11;PP=494;SC=GAATTCTGAATAGAAAGAAAT;SOR=0.981;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=16;TCR=11;TR=27;WE=50280696;WS=50280678;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr14	50298153	rs11365862	AT	A	246.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.839;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5103;FS=0.000;HP=14;HapScore=3;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=18;PP=201;ReadPosRankSum=0.118;SC=ACAGAATTTTATTTTTTTTTT;SOR=0.813;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=25;TCF=1;TCR=24;TR=19;WE=50298172;WS=50298143;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,17:0.77:22
chr14	50298962	rs3100906	T	A	4609.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.06;QD=25.61;SOR=0.911;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,180:1.00:180
chr14	50299051	rs56170989	CT	C	393.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.551;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.6771;FS=0.000;HP=16;HapScore=3;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.474;NF=1;NR=23;PP=258;ReadPosRankSum=1.316;SC=AGATTTACTTCTTTTTTTTTT;SOR=1.179;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=35;TCF=1;TCR=34;TR=24;WE=50299060;WS=50299041;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,26:0.93:28
chr14	50300310	rs3100904	A	G	1391.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=17;NR=23;PP=697;SC=AAGTGCTTACAAAATAATGTT;SOR=0.970;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=40;TCF=17;TCR=23;TR=40;WE=50300318;WS=50300300;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr14	50319327	rs3126160	T	C	10621.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=411;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=139;NR=106;PP=2965;SC=TAAGGAAACATATCAAGCTGG;SOR=0.920;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=246;TCF=139;TCR=107;TR=245;WE=50319335;WS=50319317;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,408:1.00:408
chr14	50319499	rs3100887	G	T	7011.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=272;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=72;NR=113;PP=2965;SC=ACTACCGCAAGTTCCTCTACT;SOR=1.107;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=185;TCF=72;TCR=113;TR=185;WE=50319507;WS=50319489;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,267:1.00:267
chr14	50459609	rs10134002	T	C	6204.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.901;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=246;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=68;NR=84;PP=2965;ReadPosRankSum=0.395;SC=GATAAGAGAATAAGAGCTTCA;SOR=0.826;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=154;TCF=69;TCR=85;TR=152;WE=50459617;WS=50459599;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,239:0.98:243
chr14	50459673	rs10134096	T	C	3281.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.636;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=67;PP=2102;ReadPosRankSum=1.254;SC=TCATCTCCCATTGGGTTCAAT;SOR=1.105;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=93;TCF=25;TCR=68;TR=92;WE=50459681;WS=50459663;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,117:0.98:120
chr14	50477643	rs4900978	G	C	2412.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=41;NR=21;PP=1380;SC=CACATGCCATGTCACTTACTT;SOR=1.206;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=62;TCF=41;TCR=21;TR=62;WE=50477651;WS=50477633;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr14	50550242	rs2355666	C	T	394.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=1.033;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.058;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.905;NF=11;NR=2;PP=242;ReadPosRankSum=-1.112;SC=AGGCTGTTCCCGTGACAAGAA;SOR=0.082;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=23;TCF=21;TCR=2;TR=13;WE=50550250;WS=50550232;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,16:0.59:27
chr14	50555664	rs2883738	G	T	667.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=16;NR=3;PP=434;SC=CCCAAATTCCGATGTTGAAAT;SOR=2.737;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=20;TCF=16;TCR=4;TR=19;WE=50555672;WS=50555654;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr14	50579480	rs79235752	AC	A	621.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.597;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=7;PP=225;ReadPosRankSum=-0.684;SC=AATAATATGAACTGACCTGTG;SOR=0.752;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=22;TCF=4;TCR=18;TR=8;WE=50579488;WS=50579470;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,20:0.40:50
chr14	50583083	rs11157729	G	T	4297.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.788;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=445;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.521;HP=4;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=74;NR=76;PP=2456;ReadPosRankSum=-0.690;SC=CAGCGCGTGGGCCCCGTCGCC;SOR=0.729;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=304;TCF=156;TCR=148;TR=150;WE=50583091;WS=50583073;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:225,204:0.48:429
chr14	50585248	rs2227276	C	T	3219.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.879;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=283;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.439;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=56;PP=1531;ReadPosRankSum=1.196;SC=AGCATCGACGCGGTACCCTTG;SOR=0.658;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=200;TCF=97;TCR=103;TR=109;WE=50585256;WS=50585238;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:121,155:0.56:276
chr14	50585574	rs10658395	C	CA	173.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=0.989;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.657;HP=10;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=8;PP=69;ReadPosRankSum=-1.170;SC=ATATTTCCCTCAAAAAAAAAA;SOR=1.247;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=0;TCR=18;TR=8;WE=50585582;WS=50585564;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,14:0.48:29
chr14	50596862	rs3759597	T	C	245.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=8;PP=184;SC=AAAAATTAACTCAGAACCTTC;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=8;WE=50596870;WS=50596852;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr14	50600995	rs28565912	A	T	72.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.291;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.27;ReadPosRankSum=0.222;SOR=0.553;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,7:0.22:32
chr14	50605267	rs35961944	A	AT	399.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.254;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=6.343;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.18;MQRankSum=0.000;QD=7.69;ReadPosRankSum=-1.125;SOR=0.692;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,27:0.52:52
chr14	50611845	rs2064667	C	T	2418.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=44;NR=18;PP=1271;SC=ATGCTAATTTCATCATCCCCG;SOR=1.481;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=62;TCF=44;TCR=18;TR=62;WE=50611853;WS=50611835;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr14	50612401	rs1014879	T	C	543.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=3;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=12;PP=375;SC=AAAAAGACAATTAACCCAAAA;SOR=1.402;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=18;TCF=6;TCR=12;TR=18;WE=50612422;WS=50612391;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr14	50612414	rs726797	C	T	452.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=3;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=11;PP=320;SC=ACCCAAAAGACAGATGAACAC;SOR=2.049;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=3;TCR=11;TR=14;WE=50612422;WS=50612391;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr14	50616878	rs2229869	G	A	3512.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.461;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=374;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.797;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=66;PP=1819;ReadPosRankSum=1.536;SC=GGCTTACTCCGTTTGCCTGAG;SOR=0.631;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=237;TCF=101;TCR=136;TR=118;WE=50616886;WS=50616868;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:187,174:0.48:361
chr14	50619927	rs11628935	A	G	1359.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-1.186;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.509;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=24;PP=596;ReadPosRankSum=0.242;SC=TTAGTGAAACATAAGTGTTCA;SOR=0.522;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=87;TCF=39;TCR=48;TR=45;WE=50619935;WS=50619917;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,67:0.58:116
chr14	50623657	rs3736759	G	A	4498.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.298;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=1.419;HP=2;HapScore=1;MGOF=35;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=84;NR=26;PP=2288;ReadPosRankSum=0.544;SC=CACATAAAATGTGTGTGTGTG;SOR=1.064;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=113;TCF=87;TCR=26;TR=110;WE=50623665;WS=50623647;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:9,131:0.94:140
chr14	50623679	rs3736760	G	A	4747.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.147;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FS=3.490;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=27.76;ReadPosRankSum=-0.942;SOR=1.192;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,152:0.89:171
chr14	50623683	rs3736761	A	G	4747.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.227;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FS=2.103;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=27.60;ReadPosRankSum=-0.444;SOR=1.083;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,152:0.88:172
chr14	50626836	rs4900992	C	T	1003.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=24;PP=617;SC=GCTTATTCAACAGCTAGCAAC;SOR=2.012;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=30;TCF=6;TCR=24;TR=30;WE=50626844;WS=50626826;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr14	50641347	rs10782418	T	G	6149.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=2.104;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=114;PP=2965;ReadPosRankSum=0.725;SC=AACAGAAACGTCTACTAAAAA;SOR=0.529;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=175;TCF=60;TCR=115;TR=174;WE=50641355;WS=50641337;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,225:1.00:226
chr14	50647250	rs199667374	TTA	T	152.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.698;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=1.734;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.33;MQRankSum=0.833;QD=5.27;ReadPosRankSum=2.844;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,20:0.69:29
chr14	50649088	rs2024811	C	T	386.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-1.279;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.851;HP=4;HapScore=2;MGOF=51;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=4;PP=153;ReadPosRankSum=0.023;SC=TTTATGGAAACGGGGTCTCAC;SOR=0.195;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=24;TCF=19;TCR=5;TR=13;WE=50649096;WS=50649078;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,18:0.58:31
chr14	50655146	rs139780957	CTATT	C	1254.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-1.448;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.162;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=6;PP=444;ReadPosRankSum=-0.358;SC=AAAAAAGTGACTATTTATGAT;SOR=0.976;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=19;TCF=9;TCR=10;TR=11;WE=50655157;WS=50655136;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,32:0.65:49
chr14	50666263	rs1955924	C	T	40.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-1.020;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=0;PP=21;ReadPosRankSum=-0.596;SC=GGAAATATCACGGTTACTCTG;SOR=0.223;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=13;TCR=0;TR=4;WE=50666271;WS=50666253;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,4:0.31:13
chr14	50670965	rs1075537	G	C	2020.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=35;NR=16;PP=1026;SC=TCATACAGTGGTTGAGTGACT;SOR=1.379;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=52;TCF=35;TCR=17;TR=51;WE=50670973;WS=50670955;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr14	50671133	rs12888783	A	G	1312.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-1.542;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.821;HP=7;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=27;PP=641;ReadPosRankSum=1.283;SC=TGAACCTTTAAAAAAAAGTTA;SOR=0.383;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=66;TCF=23;TCR=43;TR=45;WE=50671141;WS=50671123;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,63:0.60:105
chr14	50697878	rs2273326	C	T	2611.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.196;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=315;ExcessHet=3.0103;FS=6.327;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.48;ReadPosRankSum=-0.164;SOR=1.032;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:159,149:0.48:308
chr14	50704331	rs4901000	C	T	8823.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=338;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=113;NR=94;PP=2965;SC=AAGCTACAAGCGCTACCAGTC;SOR=0.812;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=207;TCF=113;TCR=94;TR=207;WE=50704339;WS=50704321;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,337:1.00:337
chr14	50732042	rs12432673	G	A	3183.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.278;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=275;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.311;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=43;PP=1458;ReadPosRankSum=-1.186;SC=CATAGGTCAGGACTGTATTTA;SOR=0.760;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=167;TCF=88;TCR=79;TR=97;WE=50732050;WS=50732032;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:120,153:0.56:273
chr14	50735846	.	G	GA	508.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.466;ClippingRankSum=0.000;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=7;HapScore=3;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=6;PP=443;ReadPosRankSum=-0.128;SC=CCACCTGCTTGAAAAAAATGA;SOR=0.688;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=49;TCF=30;TCR=19;TR=19;WE=50735854;WS=50735836;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,29:0.49:59
chr14	50745123	rs10658363	A	ATTACTT	232.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=38.80;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr14	50750577	rs12433038	A	G	4237.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=79;NR=28;PP=2416;SC=AGAAAAGACAAGGATGGCTTA;SOR=1.642;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=107;TCF=79;TCR=28;TR=107;WE=50750585;WS=50750567;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,147:1.00:147
chr14	50769717	rs2297995	G	A	10094.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=398;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=98;NR=124;PP=2965;SC=CGCCACCAACGATGACTATAT;SOR=0.841;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=222;TCF=98;TCR=124;TR=222;WE=50769725;WS=50769707;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,389:1.00:389
chr14	50769868	rs1962578	G	A	513.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-0.554;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=14;PP=332;ReadPosRankSum=2.675;SC=GCGGCCGGTCGCAGTGGCTCA;SOR=0.906;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=30;TCF=7;TCR=23;TR=18;WE=50769876;WS=50769858;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,22:0.58:38
chr14	50778816	rs2275591	A	C	11046.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=431;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=136;NR=106;PP=2965;SC=ACCGGCGAAAAGCCCGCGGGC;SOR=0.854;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=244;TCF=136;TCR=108;TR=242;WE=50778824;WS=50778806;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,426:1.00:426
chr14	50786004	rs12433794	A	G	5615.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=2.703;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.196;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=72;PP=2504;ReadPosRankSum=-0.177;SC=GGCTGTAGTGAAAAAGGGATG;SOR=0.374;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=136;TCF=64;TCR=72;TR=136;WE=50786012;WS=50785994;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,214:1.00:215
chr14	50788213	rs2275592	C	T	11746.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=448;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=135;NR=114;PP=2965;SC=CAAATGATGCCGTTTGGAAAA;SOR=0.801;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=249;TCF=135;TCR=114;TR=249;WE=50788221;WS=50788203;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,445:1.00:445
chr14	50789078	rs11357954	GT	G	772.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.93;SOR=4.407;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr14	50789101	rs10685266	A	AATAC	1736.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=20;NR=1;PP=1136;SC=GGATCTCACTAATTTATCTTC;SOR=2.362;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=21;TCF=20;TCR=1;TR=21;WE=50789109;WS=50789091;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr14	50789578	rs8017316	G	C	597.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=14;PP=452;SC=TCCTGTGTTTGATATTTATTT;SOR=2.948;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=16;TCF=2;TCR=14;TR=16;WE=50789586;WS=50789568;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr14	50792273	rs8003113	A	G	1906.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=38;NR=15;PP=1061;SC=AGTAAATTGAATTTATTTTTA;SOR=1.678;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=54;TCF=38;TCR=16;TR=53;WE=50792281;WS=50792263;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr14	50798743	rs4901016	G	A	2022.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=43;NR=17;PP=1280;SC=CATGCAGGCTGGAAACCCTGG;SOR=1.488;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=61;TCF=43;TCR=18;TR=60;WE=50798751;WS=50798733;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr14	50799126	rs7161563	G	C	8460.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=309;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=84;NR=119;PP=2965;SC=GTCAGCCTTTGAGTAGGGTCC;SOR=0.979;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=203;TCF=84;TCR=119;TR=203;WE=50799134;WS=50799116;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,307:1.00:307
chr14	50799338	rs7141289	T	C	4366.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=67;NR=48;PP=2342;SC=ATTAAATAAATAGTTTCTAGA;SOR=0.951;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=115;TCF=67;TCR=48;TR=115;WE=50799346;WS=50799328;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,163:1.00:163
chr14	50801102	rs7141402	G	A	2098.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=46;NR=16;PP=1386;SC=ACTGACCTCAGGTGATCTGCC;SOR=1.997;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=62;TCF=46;TCR=16;TR=62;WE=50801110;WS=50801092;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr14	50802727	rs7148089	A	C	11950.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=459;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=178;NR=121;PP=2965;SC=TCCATAGCTTAAATATTTCTC;SOR=0.976;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=300;TCF=178;TCR=122;TR=299;WE=50802735;WS=50802717;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,446:1.00:446
chr14	50802840	rs7148292	A	G	11130.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=412;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=111;NR=178;PP=2965;SC=GATGAGGCCAACTGGTTGCCT;SOR=1.083;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=289;TCF=111;TCR=178;TR=289;WE=50802848;WS=50802830;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,408:1.00:408
chr14	50807624	rs11570840	C	T	400.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-1.515;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=1;PP=312;ReadPosRankSum=-0.392;SC=AATGAGGCTTCGAGTTTTCCT;SOR=0.527;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=23;TCF=22;TCR=1;TR=15;WE=50807632;WS=50807614;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,15:0.65:23
chr14	50808802	rs7142237	G	T	1596.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=29;NR=17;PP=822;SC=GTTGTATCAAGAACTTTTTCA;SOR=1.160;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=46;TCF=29;TCR=17;TR=46;WE=50808810;WS=50808792;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr14	50808965	rs11570836	A	C	679.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-0.607;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=18;PP=386;ReadPosRankSum=-1.201;SC=CAAAACAAAAACAATATTAAG;SOR=0.741;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=49;TCF=18;TCR=31;TR=28;WE=50808973;WS=50808955;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,34:0.60:57
chr14	50809873	rs3049935	C	CTTTT	319.82	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.036;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.28;MQRankSum=-0.000;QD=21.32;ReadPosRankSum=0.115;SOR=0.569;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,12:0.80:15
chr14	50809895	rs2226054	G	C	592.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=48;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=19;PP=555;SC=TTTTTTTTGAGTTGGGTCAAA;SOR=4.174;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=20;TCF=1;TCR=19;TR=20;WE=50809903;WS=50809885;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr14	50824839	rs11157737	G	A	5270.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=73;NR=51;PP=2264;SC=TCTTCTTCCAGTGCACACAAA;SOR=0.886;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=126;TCF=74;TCR=52;TR=124;WE=50824847;WS=50824829;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,202:1.00:202
chr14	50824954	rs11157738	T	C	3954.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.85;SOR=1.106;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,153:1.00:153
chr14	50825033	rs11570816	T	C	1241.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=31;PP=911;SC=CCGGATTGCTTCCAGTGAAAT;SOR=2.303;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=9;TCR=31;TR=40;WE=50825041;WS=50825023;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr14	50828838	rs10137638	A	G	781.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-2.455;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=-0.273;NF=14;NR=13;PP=440;ReadPosRankSum=-0.480;SC=GCCTCCCTGCAGGGCAGGGCT;SOR=0.316;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=28;TCF=14;TCR=14;TR=27;WE=50828846;WS=50828828;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,33:0.97:34
chr14	50844119	rs10143848	T	C	336.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.188;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=4;PP=183;ReadPosRankSum=-3.230;SC=CCTGGTTACATTGGGTTTCCT;SOR=0.439;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=30;TCF=23;TCR=7;TR=15;WE=50844127;WS=50844109;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,16:0.50:32
chr14	50844367	rs59930863	G	GA	4011.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=6;NR=30;PP=1657;SC=GGGGTGGGAGGAGCCCAGGGA;SOR=0.787;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=38;TCF=6;TCR=32;TR=36;WE=50844375;WS=50844357;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr14	50844856	rs1890978	A	G	2659.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=51;NR=28;PP=1459;SC=TAGGAAAAGCAACTCAGTTCC;SOR=1.702;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=79;TCF=51;TCR=28;TR=79;WE=50844864;WS=50844846;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr14	50845231	rs7151046	C	A	347.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.448;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.423;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=7;PP=149;ReadPosRankSum=-0.709;SC=AGGACACCTGCAGACAGTTCT;SOR=1.136;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=20;TCF=5;TCR=15;TR=8;WE=50845239;WS=50845221;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,16:0.48:33
chr14	50856927	rs10131126	A	G	8733.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=323;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=132;NR=94;PP=2965;SC=GTCATAGACAATGTCCCAGCT;SOR=0.971;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=226;TCF=132;TCR=94;TR=226;WE=50856935;WS=50856917;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,315:1.00:315
chr14	50863716	rs10136595	C	G	636.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=16;NR=2;PP=365;SC=CCCGGCCGCCCTCCCGGCTGC;SOR=2.494;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=18;TCF=16;TCR=2;TR=18;WE=50863724;WS=50863708;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr14	50877491	rs1265878	C	A	1188.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=34;PP=1006;SC=AGATGAGATGCGATCTCTCAT;SOR=4.351;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=38;TCF=4;TCR=34;TR=37;WE=50877499;WS=50877481;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr14	50929508	rs11624731	C	A	7667.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=284;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=65;NR=130;PP=2965;SC=TGCTAAAAGACAACAAAATGA;SOR=1.263;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=196;TCF=66;TCR=130;TR=195;WE=50929516;WS=50929498;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,278:1.00:278
chr14	50942047	rs12717408	C	T	444.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=14;PP=371;SC=AAAAAATTTACTGGCACTTTA;SOR=5.421;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=0;TCR=15;TR=14;WE=50942055;WS=50942037;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr14	50949196	rs11364906	TA	T	434.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=11;PP=282;SC=ACAGTCTACTTAAAAAAAATG;SOR=1.127;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=16;TCF=3;TCR=13;TR=13;WE=50949204;WS=50949186;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr14	50971446	rs7146431	C	T	2625.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=41;NR=27;PP=1110;SC=AAGACTTCTTCTGGGAAGAAG;SOR=0.925;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=70;TCF=41;TCR=29;TR=68;WE=50971454;WS=50971436;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr14	51054598	rs35014209	A	G	1626.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.465;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.617;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=25;PP=725;ReadPosRankSum=-0.338;SC=AGGAGGAGCCAGTGAAAAAGG;SOR=0.512;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=111;TCF=63;TCR=48;TR=54;WE=51054606;WS=51054588;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:94,84:0.47:178
chr14	51057727	rs1060197	G	A	8595.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=340;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=85;NR=110;PP=2965;SC=GTGGATCTGAGCGAGAGACCA;SOR=0.846;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=195;TCF=85;TCR=110;TR=195;WE=51057735;WS=51057717;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,334:1.00:334
chr14	51058234	rs2934684	G	T	8068.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=298;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=132;NR=75;PP=2965;SC=TATCAATAATGTACTCTTCTT;SOR=1.300;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=207;TCF=132;TCR=75;TR=207;WE=51058242;WS=51058224;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,293:1.00:293
chr14	51060452	rs2291672	A	G	247.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=22.52;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr14	51062236	.	TTCTC	T,TTC	3423.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.239;ClippingRankSum=0.000;DP=128;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=30.30;ReadPosRankSum=1.515;SOR=0.767;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:4,26,83:0.23,0.73:113
chr14	51062357	rs3759588	G	A	2913.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.130;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=364;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.258;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=48;PP=1229;ReadPosRankSum=-0.558;SC=TCAGGTGAGCGAGTGTTAAAT;SOR=0.835;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=217;TCF=105;TCR=112;TR=87;WE=51062365;WS=51062347;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:209,153:0.42:362
chr14	51062455	rs10131107	G	A	1601.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.351;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.539;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=42;PP=1068;ReadPosRankSum=-0.223;SC=ATTTCATTGAGAAACCATTTT;SOR=0.325;SbPval=0.24;Source=Platypus;TC=87;TCF=22;TCR=65;TR=61;WE=51062463;WS=51062445;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,68:0.62:109
chr14	51087263	rs11157759	A	G	548.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.285;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=5;PP=431;ReadPosRankSum=-2.513;SC=ATTCTGTGGCATGGAGGACTG;SOR=0.859;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=40;TCF=33;TCR=7;TR=27;WE=51087271;WS=51087253;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,25:0.64:39
chr14	51089727	rs3736307	G	T	258.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=7;NR=0;PP=173;SC=TGAAACTTTTGTACTACTTTT;SOR=3.056;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=7;TCR=0;TR=7;WE=51089735;WS=51089717;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr14	51096610	rs3080579	G	GTTCTT	2360.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=15;NR=11;PP=1275;SC=TATCTGTTCTGAAATGCTCAC;SOR=1.480;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=30;TCF=18;TCR=12;TR=26;WE=51096618;WS=51096600;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr14	51096644	rs138369461	G	GAAT	2073.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.607;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.103;HP=2;HapScore=2;MGOF=27;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=17;PP=1043;ReadPosRankSum=0.485;SC=AAGCAAAGTTGATTATAATGC;SOR=1.201;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=39;TCF=16;TCR=23;TR=30;WE=51096652;WS=51096634;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,51:0.57:89
chr14	51097536	rs2934692	G	A	1282.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=24;NR=10;PP=654;SC=GCAAATTTCAGCTTTGTAAAT;SOR=1.562;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=34;TCF=24;TCR=10;TR=34;WE=51097544;WS=51097526;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr14	51107452	rs871643	T	C	4642.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=83;NR=39;PP=2692;SC=CAAATTTGTGTTGTAAATGTA;SOR=1.430;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=122;TCF=83;TCR=39;TR=122;WE=51107460;WS=51107442;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,165:1.00:165
chr14	51107737	rs4075253	G	A	456.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.330;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.285;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=16;PP=365;ReadPosRankSum=-0.451;SC=TACACCACCTGAAAGGTAATG;SOR=1.445;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=32;TCF=3;TCR=29;TR=17;WE=51107745;WS=51107727;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,18:0.53:34
chr14	51134038	rs45479904	C	G	1252.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=2.334;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=11;PP=939;ReadPosRankSum=0.725;SC=GCTCTCTGCTCTGCTGTGTAA;SOR=0.610;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=97;TCF=76;TCR=21;TR=49;WE=51134046;WS=51134028;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,51:0.50:101
chr14	51196142	rs2984274	T	C	1017.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=20;NR=8;PP=583;SC=TGTGTGCCATTAGATTTAGGT;SOR=1.432;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=28;TCF=20;TCR=8;TR=28;WE=51196150;WS=51196132;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr14	51204996	rs11376	C	T	11355.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=437;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=115;NR=132;PP=2965;SC=TGGATTCCAACTGACGGACCT;SOR=0.750;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=247;TCF=115;TCR=132;TR=247;WE=51205004;WS=51204986;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,430:1.00:430
chr14	51206021	rs3015485	A	G	8888.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=332;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=112;NR=91;PP=2965;SC=AGCTTCTCCAATTACCTTCTC;SOR=0.808;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=204;TCF=113;TCR=91;TR=203;WE=51206029;WS=51206011;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,328:1.00:328
chr14	51208236	rs76858548	T	TGTA	6400.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=64;NR=23;PP=2924;SC=ATAACCAAGTTGTCCTAAGAT;SOR=2.720;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=97;TCF=68;TCR=29;TR=87;WE=51208244;WS=51208226;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,141:1.00:141
chr14	51223106	rs2295846	G	T	946.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=7;PP=491;SC=TGCTCTCTTCGTGAAGACTAC;SOR=1.609;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=17;TCR=7;TR=24;WE=51223114;WS=51223096;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr14	51223789	rs2073347	C	T	13059.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=495;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=187;NR=159;PP=2965;SC=AACATTCAGCCCCTCATTTTC;SOR=0.816;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=348;TCF=188;TCR=160;TR=346;WE=51223797;WS=51223779;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,482:1.00:482
chr14	51224374	rs12882191	T	G	12445.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=2.128;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=486;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=174;NR=144;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.597;SC=CTGTAAAAACTGCTCTGTTTG;SOR=0.281;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=319;TCF=175;TCR=144;TR=318;WE=51224382;WS=51224364;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,473:1.00:474
chr14	51224658	rs2073348	T	A	8567.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=2.139;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=317;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=90;NR=132;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.061;SC=TCTGAAGCATTGAGAGAGGAG;SOR=0.957;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=226;TCF=93;TCR=133;TR=222;WE=51224666;WS=51224648;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,304:0.99:308
chr14	51225132	rs2073349	G	T	5594.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=71;NR=61;PP=2598;SC=GCAGCTCCTGGGCTTCCGCAC;SOR=0.732;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=132;TCF=71;TCR=61;TR=132;WE=51225140;WS=51225122;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,210:1.00:210
chr14	51226439	rs12892462	C	G	1165.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=21;NR=7;PP=663;SC=GATCTCCTGACCTCGTGATCC;SOR=1.666;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=28;TCF=21;TCR=7;TR=28;WE=51226447;WS=51226433;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr14	51228682	rs6572694	G	A	2009.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=17;NR=47;PP=1256;SC=CAATAACACAGTGTGGCATCT;SOR=2.062;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=64;TCF=17;TCR=47;TR=64;WE=51228690;WS=51228672;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr14	51230431	rs150650334	CTT	C	1920.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.605;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.25;MQRankSum=0.283;QD=23.71;ReadPosRankSum=1.555;SOR=0.832;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:11,70:0.86:81
chr14	51237701	rs17793018	A	G	9195.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=362;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=85;NR=105;PP=2965;SC=CCACCTGATCAACTCGTTCCC;SOR=0.786;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=190;TCF=85;TCR=105;TR=190;WE=51237709;WS=51237691;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,360:1.00:360
chr14	51239067	rs8020503	C	G	9694.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=373;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=117;NR=114;PP=2965;SC=GCCAGGTGTCCAGTATTCTCT;SOR=0.709;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=231;TCF=117;TCR=114;TR=231;WE=51239075;WS=51239057;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,371:1.00:371
chr14	51245666	rs7143959	T	C	1999.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=20;NR=40;PP=1326;SC=AGTGTATCCATCTAGATGAGT;SOR=1.418;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=60;TCF=20;TCR=40;TR=60;WE=51245674;WS=51245656;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr14	51289873	.	G	GT	140.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.405;ClippingRankSum=0.000;DP=233;ExcessHet=3.0103;FS=1.429;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.63;ReadPosRankSum=0.289;SOR=0.529;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:183,40:0.18:223
chr14	51289874	rs1547077	G	T	3857.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.384;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FS=4.372;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.30;ReadPosRankSum=0.363;SOR=0.417;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,185:0.83:223
chr14	51290141	rs9672090	A	G	3815.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=27;NR=75;PP=2208;SC=GTGATCGTCCATACGGCAGAT;SOR=1.627;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=102;TCF=27;TCR=75;TR=102;WE=51290149;WS=51290131;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,137:1.00:137
chr14	51297448	rs201889202	G	GC	833.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=29.78;SOR=2.147;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr14	51324884	rs2027343	A	G	3482.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.331;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=316;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.746;HP=3;HapScore=3;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.926;NF=47;NR=69;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.768;SC=ACAGCATCAGATTTCTGAAAA;SOR=0.523;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=210;TCF=79;TCR=131;TR=116;WE=51324903;WS=51324874;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:143,169:0.54:312
chr14	51324894	rs72242050	AAG	A	1830.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.500;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=272;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=3;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.407;NF=3;NR=61;PP=2972;ReadPosRankSum=1.290;SC=ATTTCTGAAAAAGAGAGGAAA;SOR=0.664;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=129;TCF=5;TCR=124;TR=64;WE=51324903;WS=51324874;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:118,113:0.49:231
chr14	51338875	rs11850408	A	C	1171.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=17;NR=14;PP=552;SC=GTGGCGGCGTATCGGGACACG;SOR=0.780;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=17;TCR=14;TR=31;WE=51338883;WS=51338865;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr14	51344584	rs10672040	C	CAA,CAAA	2225.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.26;QD=28.91;SOR=1.445;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:0,60,17:0.78,0.22:77
chr14	51347023	rs12889998	T	C	429.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=3;PP=272;SC=CTTTTTGTGGTGTTAGATTTT;SOR=2.049;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=11;TCR=3;TR=14;WE=51347031;WS=51347013;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
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chr14	51353493	rs7158183	T	C	455.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=11;PP=305;SC=TTTGAACATATAGACACCAAA;SOR=2.049;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=3;TCR=11;TR=14;WE=51353501;WS=51353483;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
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chr14	51370849	rs7154732	T	C	4464.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.677;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=432;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=73;NR=67;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.486;SC=GATGGTTATCTTTCCTCCTGG;SOR=0.663;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=288;TCF=146;TCR=142;TR=140;WE=51370860;WS=51370839;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:206,217:0.51:423
chr14	51370852	rs34800262	C	G	4063.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.435;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=424;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.521;HP=3;HapScore=4;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=67;NR=75;PP=2962;ReadPosRankSum=0.520;SC=GGTTATCTTTCCTCCTGGCTT;SOR=0.710;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=287;TCF=142;TCR=145;TR=142;WE=51370860;WS=51370839;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:218,199:0.48:417
chr14	51372098	rs3216001	CA	C	1552.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.206;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.692;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=7;PP=1334;ReadPosRankSum=1.528;SC=TTTCTAGAGACAATTCTAGAG;SOR=1.060;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=97;TCF=76;TCR=21;TR=40;WE=51372106;WS=51372088;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:89,56:0.39:145
chr14	51375699	rs11414268	T	TA	437.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.163;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FS=2.108;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.66;ReadPosRankSum=-1.257;SOR=0.950;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:65,29:0.31:94
chr14	51375797	rs8004768	T	G	186.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-2.015;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.850;HP=1;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=12;PP=179;ReadPosRankSum=-0.818;SC=ATTCAAAGACTTCATTATAGA;SOR=1.230;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=35;TCF=2;TCR=33;TR=13;WE=51375805;WS=51375787;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,12:0.27:44
chr14	51375826	rs8004788	T	C	124.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=3.781;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=7;PP=106;ReadPosRankSum=0.316;SC=TGAGTATATATAACTTTTAAC;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=0;TCR=18;TR=7;WE=51375834;WS=51375816;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,6:0.30:20
chr14	51376774	rs15669	G	A	2072.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.821;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.977;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=37;PP=1001;ReadPosRankSum=0.081;SC=CCGAGGCTTCGGTGCCTGCAG;SOR=0.518;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=138;TCF=54;TCR=84;TR=66;WE=51376782;WS=51376764;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:129,102:0.44:231
chr14	51376880	rs2275464	T	C	748.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.030;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.089;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=20;PP=491;ReadPosRankSum=0.556;SC=TTGTATTGTATTGAAGCATTT;SOR=0.530;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=49;TCF=12;TCR=37;TR=28;WE=51376888;WS=51376870;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,32:0.55:58
chr14	51378590	rs11356035	CT	C	5775.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.849;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=435;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.037;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=2.567;NF=38;NR=64;PP=2948;ReadPosRankSum=-0.872;SC=CTGGGGCAGCCTTTGGGGAAG;SOR=0.946;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=239;TCF=78;TCR=161;TR=102;WE=51378598;WS=51378580;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:221,204:0.48:425
chr14	51379100	rs10142003	G	A	842.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.177;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.049;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=24;PP=534;ReadPosRankSum=-1.509;SC=TTTTTGAGACGGAGTCTCACT;SOR=0.542;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=57;TCF=14;TCR=43;TR=32;WE=51379108;WS=51379090;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,38:0.58:66
chr14	51381286	rs4901066	T	C	366.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=1.248;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.269;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=5;PP=241;ReadPosRankSum=0.812;SC=CAGCATGGAGTCCTGTGTGAC;SOR=0.477;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=35;TCF=26;TCR=9;TR=16;WE=51381294;WS=51381276;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,18:0.42:43
chr14	51382358	rs1890701	T	C	1315.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=31;PP=850;SC=GTTAGCTCTATGGAGGTGCCA;SOR=1.863;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=42;TCF=11;TCR=31;TR=42;WE=51382366;WS=51382348;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr14	51382744	rs12880129	C	T	578.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=4.608;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.758;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=21;PP=424;ReadPosRankSum=0.812;SC=CCCCACTGCACGGGCCAAACC;SOR=1.395;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=47;TCF=5;TCR=42;TR=22;WE=51382752;WS=51382734;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,24:0.49:49
chr14	51387554	rs946618	G	C	699.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.182;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.898;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=9;PP=574;ReadPosRankSum=-0.826;SC=TGCTTAGTCAGTGAAGTTCAG;SOR=0.346;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=41;TCF=29;TCR=12;TR=27;WE=51387562;WS=51387544;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,26:0.60:43
chr14	51390840	rs41317304	C	T	2233.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.224;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.349;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=46;PP=1115;ReadPosRankSum=0.391;SC=TACAGTATTGCTTAGAATTTA;SOR=0.890;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=134;TCF=52;TCR=82;TR=73;WE=51390848;WS=51390830;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:107,109:0.50:216
chr14	51398580	rs11844515	C	T	917.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-1.755;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.635;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=28;PP=606;ReadPosRankSum=-1.034;SC=ATGGCAGCCACAAAACATTGT;SOR=0.394;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=59;TCF=14;TCR=45;TR=39;WE=51398588;WS=51398570;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,40:0.66:61
chr14	51410969	rs77316189	G	A	7844.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-3.803;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=735;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=137;NR=98;PP=2962;ReadPosRankSum=0.606;SC=CGAAGTAGTAGTCGCGGGTGG;SOR=0.668;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=487;TCF=280;TCR=207;TR=235;WE=51410977;WS=51410959;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:341,387:0.53:728
chr14	51445969	rs2275463	C	G	523.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.229;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=2.851;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.70;ReadPosRankSum=0.682;SOR=1.274;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:45,23:0.34:68
chr14	51446216	rs2275462	T	G	2449.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.153;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=47;PP=1290;ReadPosRankSum=1.126;SC=TTTTTCTATTTAAGTCGAGGA;SOR=0.686;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=145;TCF=58;TCR=87;TR=77;WE=51446224;WS=51446206;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:97,113:0.54:210
chr14	51475794	rs2297889	A	T	1300.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.020;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.653;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=14;PP=585;ReadPosRankSum=0.618;SC=ATGCAAGGACATACCTTTCAC;SOR=0.591;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=98;TCF=65;TCR=33;TR=42;WE=51475802;WS=51475784;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,64:0.46:138
chr14	51491956	rs11848681	T	C	7614.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=284;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=105;NR=78;PP=2965;SC=CCGGCGGGTTTCCTTGCGTCC;SOR=0.904;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=183;TCF=105;TCR=78;TR=183;WE=51491964;WS=51491946;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,279:1.00:279
chr14	51492135	rs11268748	C	CCACACAGGTGTTTT	5174.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=42;PP=1363;SC=ACCAACAAGGCCAGCGAGACT;SOR=1.761;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=65;TCF=6;TCR=59;TR=45;WE=51492143;WS=51492125;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr14	51710508	rs35110538	T	TA	1368.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=20;NR=5;PP=1043;SC=TTAAATTTTTTATCCCAAGAT;SOR=2.362;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=20;TCR=5;TR=25;WE=51710516;WS=51710498;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr14	51710551	rs10131881	A	T	1419.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.062;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.125;HP=8;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.349;NF=43;NR=13;PP=759;ReadPosRankSum=0.905;SC=AACTTTTTTTAAAAAAAAATC;SOR=2.015;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=58;TCF=44;TCR=14;TR=56;WE=51710559;WS=51710533;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,69:0.97:71
chr14	51712092	rs4606635	T	C	1560.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.517;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=17;PP=897;ReadPosRankSum=-0.276;SC=TATTTGAAGATTCTAAATTAT;SOR=0.651;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=107;TCF=76;TCR=31;TR=57;WE=51712100;WS=51712082;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,72:0.53:137
chr14	51716161	rs59489282	GT	G	986.94	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.797;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.9994;FS=1.345;HP=11;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=19;PP=333;ReadPosRankSum=-0.662;SC=CAGATTTTTAGTTTTTTTTTT;SOR=0.608;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=30;TCF=7;TCR=23;TR=25;WE=51716169;WS=51716151;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,58:0.87:67
chr14	51716188	rs7161242	T	G	2430.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-2.195;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.245;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=31;PP=1019;ReadPosRankSum=1.004;SC=GATTTTAGACTTGCCATAACT;SOR=0.428;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=58;TCF=27;TCR=31;TR=57;WE=51716196;WS=51716178;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,94:0.99:95
chr14	51716467	rs7160810	G	A	2016.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=15;NR=20;PP=590;SC=GACCACAGCCGTACCCATACC;SOR=0.850;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=35;TCF=15;TCR=20;TR=35;WE=51716475;WS=51716457;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr14	51720906	rs11157811	T	G	185.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=0;PP=119;SC=TGGTTTTTTTTATCTTATCTT;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=5;TCR=0;TR=5;WE=51720914;WS=51720896;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr14	52165083	rs6572784	T	G	551.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.732;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=16;PP=326;ReadPosRankSum=-2.761;SC=TGATTTTCATTTTTAGTGTAG;SOR=0.972;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=31;TCF=6;TCR=25;TR=19;WE=52165091;WS=52165073;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,24:0.60:40
chr14	52179059	rs4901146	T	C	151.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=2.253;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.310;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=7;NR=0;PP=120;ReadPosRankSum=0.045;SC=CTTTTAATTATTGTCTGTATT;SOR=2.546;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=11;TCR=0;TR=7;WE=52179067;WS=52179055;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,7:0.47:15
chr14	52182081	rs731715	T	A	6284.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.391;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=567;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.522;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=98;NR=85;PP=2834;ReadPosRankSum=-0.861;SC=GCTTGCCTTCTGCCCGGAAGC;SOR=0.627;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=359;TCF=195;TCR=164;TR=183;WE=52182089;WS=52182071;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:262,303:0.54:565
chr14	52186972	rs2277494	A	G	8039.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.667;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=812;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=134;NR=111;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.302;SC=ACACGGGGCCAGAAGACAGCT;SOR=0.742;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=513;TCF=275;TCR=238;TR=245;WE=52186980;WS=52186962;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:400,406:0.50:806
chr14	52194407	rs4433726	G	A	3001.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-4.344;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=271;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=12.841;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=36;PP=1533;ReadPosRankSum=-2.965;SC=CTCTTTACAAGGCAAATATTC;SOR=0.301;SbPval=0.23;Source=Platypus;TC=192;TCF=132;TCR=60;TR=97;WE=52194415;WS=52194397;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:123,141:0.53:264
chr14	52294397	rs6572795	G	A	1373.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=33;NR=7;PP=963;SC=ATTACACGCAGTGGAAAAGCA;SOR=2.560;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=33;TCR=7;TR=40;WE=52294405;WS=52294387;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr14	52308314	rs10498437	G	A	10935.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=421;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=117;NR=122;PP=2965;SC=GAAGTCCACAGTAATATTTCA;SOR=0.713;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=239;TCF=117;TCR=122;TR=239;WE=52308322;WS=52308304;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,412:1.00:412
chr14	52308447	rs17124603	A	G	2573.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=15;NR=57;PP=1651;SC=ATTGTGAAATAGACATGACTT;SOR=2.250;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=72;TCF=15;TCR=57;TR=72;WE=52308455;WS=52308437;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr14	52381114	rs1253685	T	C	887.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=25;PP=619;SC=TGAATCTTCTTGAAGGATCCT;SOR=2.833;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=29;TCF=4;TCR=25;TR=29;WE=52381122;WS=52381104;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr14	52383228	rs11322270	GA	G	1519.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.797;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.22;MQRankSum=1.445;QD=8.68;ReadPosRankSum=0.969;SOR=0.677;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:76,99:0.57:175
chr14	52383297	rs61971474	G	A	1291.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.380;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.720;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.276;NF=14;NR=26;PP=628;ReadPosRankSum=1.017;SC=TGCAGCTGGCGCAGCTTCAAC;SOR=0.802;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=72;TCF=26;TCR=46;TR=40;WE=52383305;WS=52383287;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,62:0.56:111
chr14	52418810	rs1497089	T	C	875.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-1.169;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=27;PP=426;ReadPosRankSum=0.466;SC=TGAGAACCACTGTCCTATGGG;SOR=0.762;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=82;TCF=23;TCR=59;TR=36;WE=52418818;WS=52418800;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,46:0.48:96
chr14	52465460	rs1151570	G	A	783.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=20;PP=589;SC=ATGTTTTTATGATGTGCTTTC;SOR=3.098;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=4;TCR=20;TR=24;WE=52465468;WS=52465450;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr14	52468641	rs1151573	G	A	1101.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.04;SOR=1.230;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr14	52471017	rs34688526	G	GAAAT	3521.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=19;NR=14;PP=1912;SC=TACTTGGGAGGAAATAAATGG;SOR=1.179;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=43;TCF=23;TCR=20;TR=33;WE=52471025;WS=52471007;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr14	52472620	rs72261409	AAGTC	A	2355.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=34;PP=1813;SC=CTAGATAAAGAAGTCAGTCAG;SOR=1.877;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=36;TCF=1;TCR=35;TR=35;WE=52472631;WS=52472610;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr14	52474721	rs1476284	C	T	3926.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.884;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=57;PP=1872;ReadPosRankSum=0.693;SC=AAAGAATAGCCATGTAGCCTG;SOR=0.997;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=97;TCF=39;TCR=58;TR=95;WE=52474729;WS=52474711;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,148:0.99:150
chr14	52474818	rs72558680	TTAG	T	1477.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-1.018;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.9993;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=17;PP=833;ReadPosRankSum=0.000;SC=TTGGGCTGCATTAGTAGTGTC;SOR=0.874;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=24;TCF=1;TCR=23;TR=18;WE=52474828;WS=52474808;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,35:0.97:36
chr14	52477835	rs1151579	G	A	1455.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=29;PP=942;SC=GCCCTCCAACGGTCGGGTGGG;SOR=1.656;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=43;TCF=14;TCR=29;TR=43;WE=52477843;WS=52477825;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr14	52477867	rs10146989	G	A	845.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=19;PP=557;SC=GCAGGGGAAAGCAAAGCCCAA;SOR=2.226;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=6;TCR=19;TR=25;WE=52477875;WS=52477857;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr14	52478315	rs1051069	A	G	3843.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=43;NR=53;PP=1778;SC=GTTCCAGACCAGCACGGCTGA;SOR=0.852;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=96;TCF=43;TCR=53;TR=96;WE=52478323;WS=52478305;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,147:1.00:147
chr14	52481917	rs946615	C	T	11804.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.780;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=461;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=138;NR=160;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.048;SC=ACTGGTCATCCCGGGGGGTGC;SOR=0.817;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=300;TCF=138;TCR=162;TR=298;WE=52481925;WS=52481907;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,442:1.00:444
chr14	52494072	rs2273429	G	A	6582.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=255;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=64;NR=88;PP=2965;SC=ACTGAAAAGAGAAGAAGATAA;SOR=0.911;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=152;TCF=64;TCR=88;TR=152;WE=52494080;WS=52494062;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,251:1.00:251
chr14	52495375	rs7144352	C	T	4333.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=63;NR=29;PP=1784;SC=AAAACACTGACAGATTAAAGA;SOR=1.207;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=92;TCF=63;TCR=29;TR=92;WE=52495383;WS=52495365;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,165:1.00:165
chr14	52496387	rs2273430	C	A	5237.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=50;NR=78;PP=2686;SC=GCAAGGATTCCCCGGAGTGGG;SOR=1.081;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=128;TCF=50;TCR=78;TR=128;WE=52496395;WS=52496377;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,192:1.00:192
chr14	52496407	rs2273431	C	T	4466.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=35;NR=67;PP=2283;SC=GGTCTGAATCCTCTGCATGAG;SOR=1.223;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=104;TCF=35;TCR=69;TR=102;WE=52496415;WS=52496397;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,156:1.00:156
chr14	52505360	rs753051	A	G	2363.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=63;NR=16;PP=1496;SC=TACCTAGCACATAACACAGCA;SOR=2.383;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=79;TCF=63;TCR=16;TR=79;WE=52505368;WS=52505350;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr14	52505375	rs753050	A	G	3195.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=75;NR=23;PP=1887;SC=ACAGCATGGCACTAGGTAACC;SOR=2.021;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=99;TCF=75;TCR=24;TR=98;WE=52505383;WS=52505365;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr14	52505517	rs2273432	G	A	5614.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.763;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=567;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=84;NR=69;PP=2093;ReadPosRankSum=-0.509;SC=CTCTTTCTTCGTCATTATACA;SOR=0.721;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=319;TCF=173;TCR=146;TR=153;WE=52505525;WS=52505507;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:280,284:0.50:564
chr14	52505771	rs2029978	TT	AG	2478.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;JOINED;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=37;PP=2048;SC=TTTTCTGCAGTTTTTTTCATC;SOR=3.180;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=41;TCF=4;TCR=37;TR=41;WE=52505780;WS=52505761;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr14	52505811	rs2029976	C	T	552.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=55;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=18;PP=460;SC=CCTTGGGAACCTCCTGAGTTT;SOR=5.892;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=0;TCR=18;TR=18;WE=52505819;WS=52505801;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr14	52507429	rs3742536	A	G	3330.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=44;NR=43;PP=1624;SC=AAATTTGCTGAGACGTAAGGC;SOR=0.693;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=87;TCF=44;TCR=43;TR=87;WE=52507437;WS=52507419;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr14	52509101	rs1982963	G	A	8716.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=336;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=80;NR=140;PP=2965;SC=AGGCTTGGACGTCATCCTGGC;SOR=1.158;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=220;TCF=80;TCR=140;TR=220;WE=52509109;WS=52509091;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,325:1.00:325
chr14	52509483	rs56834750	TG	CA	9334.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=90;NR=40;PP=2947;SC=CAGGAGTTCCTGGCCCCAGTC;SOR=1.263;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=137;TCF=92;TCR=45;TR=130;WE=52509492;WS=52509473;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,208:1.00:208
chr14	52509501	rs3818186	T	C	6170.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=33;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=96;NR=57;PP=2965;SC=GTCAATTACCTTCAGGCAGAC;SOR=1.109;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=153;TCF=96;TCR=57;TR=153;WE=52509509;WS=52509491;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,226:1.00:226
chr14	52520853	rs904059	A	G	7336.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=281;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=103;NR=104;PP=2965;SC=CATTCACATCATAGTAATCCA;SOR=0.737;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=207;TCF=103;TCR=104;TR=207;WE=52520861;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,278:1.00:278
chr14	52527096	.	AAG	A	74.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-1.386;ClippingRankSum=0.000;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=1.770;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.67;MQRankSum=-0.814;QD=2.87;ReadPosRankSum=0.318;SOR=0.754;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,7:0.27:26
chr14	52527098	rs975026	G	A	50.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.976;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.67;MQRankSum=0.000;QD=2.67;ReadPosRankSum=1.929;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,10:0.53:19
chr14	52534997	rs7151874	T	C	921.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=23;PP=517;SC=CCTTCCCCACTGGCCAGGGAG;SOR=2.649;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=26;TCF=3;TCR=23;TR=26;WE=52535005;WS=52534987;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr14	52535387	rs984051	A	C	5991.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.994;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.632;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=118;NR=53;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.800;SC=GGGCTCCAGGAGTGGGGTCTG;SOR=1.369;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=172;TCF=118;TCR=54;TR=171;WE=52535395;WS=52535377;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,214:1.00:215
chr14	52535415	rs984050	G	A	3081.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-3.172;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=310;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.161;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=42;PP=1390;ReadPosRankSum=0.167;SC=CCCTCTGGAGGCAGGGTTTCC;SOR=0.443;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=222;TCF=141;TCR=81;TR=104;WE=52535423;WS=52535405;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:153,151:0.50:304
chr14	52535648	rs3920038	G	T	1833.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.296;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=251;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.033;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=43;PP=939;ReadPosRankSum=-0.322;SC=CATTAGCAACGGCAGCAGCAG;SOR=0.603;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=169;TCF=54;TCR=115;TR=64;WE=52535656;WS=52535638;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:155,95:0.38:250
chr14	52536512	rs1497082	T	C	10448.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=400;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=114;NR=131;PP=2965;SC=GACCATGAAATACTACTGTGT;SOR=0.760;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=245;TCF=114;TCR=131;TR=245;WE=52536520;WS=52536502;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,399:1.00:399
chr14	52736310	rs11157908	C	T	6839.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-0.988;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=263;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=92;PP=2790;ReadPosRankSum=-0.975;SC=GCCAATCCCACGTTCTCGAAA;SOR=0.407;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=142;TCF=49;TCR=93;TR=141;WE=52736318;WS=52736300;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,259:1.00:260
chr14	52741646	rs17125273	G	A	2620.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=2.586;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=267;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.554;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=64;PP=1536;ReadPosRankSum=-2.101;SC=ACAGGAGCCGGTGCAGCAATT;SOR=0.815;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=189;TCF=57;TCR=132;TR=88;WE=52741654;WS=52741636;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:140,122:0.47:262
chr14	52781195	rs1254598	G	A	2569.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=44;NR=22;PP=1310;SC=GGAACGCTCCGGCTCTCAGAC;SOR=1.305;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=67;TCF=45;TCR=22;TR=66;WE=52781203;WS=52781185;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr14	52793786	rs45622535	A	G	152.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.058;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=2.447;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=10.18;ReadPosRankSum=0.312;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,7:0.47:15
chr14	52794007	rs2229187	A	G	4648.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.730;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=396;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.375;HP=6;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=90;NR=60;PP=2483;ReadPosRankSum=0.910;SC=TTAGGTTTTTATCAATTAATT;SOR=0.653;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=267;TCF=163;TCR=104;TR=150;WE=52794015;WS=52793997;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:173,211:0.55:384
chr14	52794234	rs708502	T	C	3417.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=24;NR=82;PP=2554;SC=AAATTGTTCCTTGGAGAAATG;SOR=2.474;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=107;TCF=24;TCR=83;TR=106;WE=52794242;WS=52794224;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr14	52906081	rs2249922	T	G	3078.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.774;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=352;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=60;PP=1450;ReadPosRankSum=3.058;SC=AAATATGCCCTCAAGATTCCT;SOR=0.690;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=221;TCF=94;TCR=127;TR=104;WE=52906089;WS=52906071;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:188,159:0.46:347
chr14	52906179	rs2249925	C	T	641.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=3.584;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=23;PP=436;ReadPosRankSum=0.536;SC=AATAGTAATTCGTAGAACATT;SOR=0.833;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=65;TCF=10;TCR=55;TR=26;WE=52906187;WS=52906169;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,30:0.39:76
chr14	52907353	rs1952254	C	T	673.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.021;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.883;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=4;PP=220;ReadPosRankSum=0.819;SC=CTTTTTTATACTGAGGATTTA;SOR=0.840;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=40;TCF=25;TCR=15;TR=13;WE=52907361;WS=52907343;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,35:0.47:74
chr14	52923622	rs8008680	A	G	154.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=1.019;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=1;PP=99;ReadPosRankSum=-0.478;SC=TTGGTCTAAAATAAAAGAATA;SOR=0.175;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=14;TCF=13;TCR=1;TR=7;WE=52923630;WS=52923612;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,7:0.50:14
chr14	52929575	rs79329980	T	A	118.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=2.246;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.722;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=0;PP=47;ReadPosRankSum=-0.044;SC=TAGGTAGTTGTAGCCAGAAAG;SOR=2.129;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=10;TCR=5;TR=4;WE=52929583;WS=52929565;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,7:0.33:21
chr14	52937255	rs7155490	C	T	1854.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.222;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.582;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=25;PP=736;ReadPosRankSum=0.238;SC=AGGAGATCTTCGGTTCCTAAC;SOR=0.780;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=99;TCF=52;TCR=47;TR=53;WE=52937263;WS=52937245;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,89:0.55:162
chr14	52957731	.	GAAA	G	230.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.377;ClippingRankSum=0.000;DP=104;ExcessHet=3.0103;FS=10.635;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.05;ReadPosRankSum=0.442;SOR=1.479;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:42,15:0.26:57
chr14	52981552	rs11387534	G	GA	208.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.860;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=3.046;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.35;ReadPosRankSum=-0.784;SOR=0.317;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,18:0.38:48
chr14	53008971	rs3818515	A	G	181.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=1.507;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.274;HP=6;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=9;NR=0;PP=163;ReadPosRankSum=-1.029;SC=TATGAAAAAAATATATTTCCA;SOR=2.712;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=14;TCR=1;TR=9;WE=53008979;WS=53008961;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,9:0.50:18
chr14	53019944	rs147785041	A	G	1040.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.320;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=6.941;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=21.24;ReadPosRankSum=-0.653;SOR=1.839;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,27:0.55:49
chr14	53019944	.	AGC	GGT	703	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=17;NR=2;PP=703;QD=39.814098677;SC=CGGCGGGGGCAGCGGAGGCGG;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=37;TCF=30;TCR=7;TR=19;WE=53019954;WS=53019934;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:18,19:0.51:37
chr14	53019946	rs112566626	C	T	1040.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.522;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=6.376;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.64;ReadPosRankSum=0.020;SOR=1.809;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,28:0.53:53
chr14	53063621	rs4901287	G	A	505.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=2.238;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=5;PP=393;ReadPosRankSum=0.426;SC=TGTCTTCTGCGTCAACCTTGC;SOR=0.859;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=63;TCF=49;TCR=14;TR=26;WE=53063629;WS=53063611;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,25:0.40:63
chr14	53098902	rs762063	G	A	2332.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.320;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.133;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=39;PP=994;ReadPosRankSum=-0.909;SC=CCAGACTGTCGTCGTGGGCTC;SOR=0.744;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=109;TCF=52;TCR=57;TR=71;WE=53098910;WS=53098892;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,114:0.58:195
chr14	53100760	rs11157925	A	G	618.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-5.008;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=14.281;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=14;PP=288;ReadPosRankSum=-0.510;SC=AAGGTGATTTAGTGGTAATAT;SOR=0.025;SbPval=0.2;Source=Platypus;TC=31;TCF=4;TCR=27;TR=18;WE=53100768;WS=53100750;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,27:0.68:40
chr14	53110384	rs4898762	T	C	270.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=2.252;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.935;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=10;PP=233;ReadPosRankSum=0.340;SC=GAAACCATCTTAGATAAATTT;SOR=1.639;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=23;TCF=5;TCR=18;TR=12;WE=53110392;WS=53110374;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,12:0.50:24
chr14	53130317	.	CA	C	103.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.156;ClippingRankSum=0.000;DP=109;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.07;ReadPosRankSum=1.535;SOR=0.747;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:69,28:0.29:97
chr14	53130507	rs17125636	T	C	3230.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=2.236;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=288;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=60;PP=1722;ReadPosRankSum=0.055;SC=ACAACGCAAATAAGTAATTTA;SOR=0.707;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=193;TCF=75;TCR=118;TR=98;WE=53130515;WS=53130497;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:133,146:0.52:279
chr14	53133036	rs12885338	T	C	741.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.493;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.898;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=7;PP=387;ReadPosRankSum=-0.032;SC=TGATTTTGTTTATAAAGAGAA;SOR=0.477;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=66;TCF=48;TCR=18;TR=26;WE=53133044;WS=53133026;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,39:0.44:89
chr14	53197042	rs2277493	G	C	739.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-1.804;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.442;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=1;PP=359;ReadPosRankSum=1.521;SC=CTGGGACCCTGTAGTCTGCGT;SOR=1.165;SbPval=0.96;Source=Platypus;TC=45;TCF=38;TCR=7;TR=20;WE=53197050;WS=53197036;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,29:0.54:54
chr14	53235545	rs2274274	A	T	529.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.607;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=1.054;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.71;MQRankSum=2.119;QD=9.46;ReadPosRankSum=-0.917;SOR=0.509;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,26:0.46:56
chr14	53250293	rs2296494	G	C	471.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.772;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.238;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=12;PP=174;ReadPosRankSum=-0.242;SC=TGGGCTTACAGGCAATTATTT;SOR=0.976;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=30;TCF=7;TCR=23;TR=14;WE=53250301;WS=53250283;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,24:0.55:44
chr14	53325090	rs6572868	C	T	7531.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=276;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=125;NR=59;PP=2965;SC=AAACAGTATTCCTATTCACAC;SOR=1.309;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=184;TCF=125;TCR=59;TR=184;WE=53325098;WS=53325080;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,273:1.00:273
chr14	53326454	rs3818453	C	A	6467.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=245;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=64;NR=108;PP=2965;SC=AAGAAAAGAACGGTTAAAAAC;SOR=1.078;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=176;TCF=65;TCR=111;TR=172;WE=53326462;WS=53326444;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,242:1.00:242
chr14	53345266	rs2357946	G	C	9094.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=355;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=134;NR=90;PP=2965;SC=ACCCTTTACCGGAATAAGTCC;SOR=1.015;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=225;TCF=135;TCR=90;TR=224;WE=53345274;WS=53345256;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,347:1.00:347
chr14	53345378	rs2357947	G	A	8126.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=315;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=82;NR=123;PP=2965;SC=TGGCCTGCTCGTAAAGCTGAT;SOR=1.022;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=205;TCF=82;TCR=123;TR=205;WE=53345386;WS=53345368;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,306:1.00:306
chr14	53348540	rs62003529	T	G	2345.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.142;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=249;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.142;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=39;PP=1014;ReadPosRankSum=-1.315;SC=GTAAAGAACATCAGTGCCTAT;SOR=0.853;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=149;TCF=69;TCR=80;TR=69;WE=53348548;WS=53348530;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:128,119:0.48:247
chr14	53386172	rs5808695	A	ATAAT	31.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQ=60.98;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=3;PP=88;ReadPosRankSum=0.876;SC=TTTAACAGCAATAATTAACTA;SOR=0.223;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=3;WE=53386180;WS=53386162;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,2:0.29:7
chr14	53513478	rs10599915	AAG	A	10030.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=237;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=73;NR=43;PP=2969;SC=CATGTCCTTCAAGAGAGTTCA;SOR=1.724;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=130;TCF=80;TCR=50;TR=116;WE=53513487;WS=53513467;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,234:1.00:234
chr14	53522324	rs5808701	T	TA	2264.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=29;NR=14;PP=1940;SC=CCCCCAAACTTATGTCTAGGA;SOR=2.157;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=45;TCF=30;TCR=15;TR=43;WE=53522332;WS=53522314;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr14	53525392	rs915436	C	T	2304.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=15;NR=51;PP=1425;SC=GAAGTGTTATCTTTCAACAAA;SOR=2.162;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=67;TCF=15;TCR=52;TR=66;WE=53525400;WS=53525382;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr14	53529669	rs4898778	A	T	6464.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=253;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.16;SOR=0.855;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,238:1.00:238
chr14	53539471	rs875663	A	G	1658.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=16;NR=35;PP=1009;SC=AGTCTCTGTTACAGGAAAGTA;SOR=1.571;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=51;TCF=16;TCR=35;TR=51;WE=53539479;WS=53539461;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr14	53619463	rs2358188	G	A	4791.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=42;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=55;NR=97;PP=2965;SC=GCTGCGGCGGGTGCAGCGACA;SOR=1.412;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=152;TCF=55;TCR=97;TR=152;WE=53619471;WS=53619453;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,172:1.00:172
chr14	53619480	rs140904345	T	TGCCGCC	4089.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.153;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=31;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.178;NF=11;NR=77;PP=2802;ReadPosRankSum=-0.640;SC=GACAAGGAGCTGCCGCCGCCG;SOR=1.329;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=112;TCF=16;TCR=96;TR=88;WE=53619495;WS=53619470;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,144:0.99:146
chr14	53619544	rs2358189	G	A	5050.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=41;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=52;NR=68;PP=2514;SC=CGGCGGAGCTGAAGTCATAGT;SOR=0.876;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=122;TCF=52;TCR=70;TR=120;WE=53619552;WS=53619534;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,188:1.00:188
chr14	54415291	rs12898159	C	T	179.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.326;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=5;PP=88;ReadPosRankSum=-0.599;SC=TCCCTACACCCGTCATTCCAG;SOR=0.495;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=19;TCF=6;TCR=13;TR=8;WE=54415299;WS=54415281;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,11:0.41:27
chr14	54417522	rs17563	A	G	1663.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=-0.772;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.319;HP=3;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=24;PP=656;ReadPosRankSum=0.737;SC=AGAGGAGATCACCTCGTTCTC;SOR=0.791;SbPval=0.26;Source=Platypus;TC=91;TCF=46;TCR=45;TR=41;WE=54417530;WS=54417512;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,86:0.49:174
chr14	54418865	rs74486266	A	G	6919.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.812;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=680;ExcessHet=3.0103;FS=1.088;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.24;ReadPosRankSum=0.443;SOR=0.647;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:329,347:0.51:676
chr14	54418986	rs2761880	T	C	5146.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=35;NR=105;PP=2965;SC=AAAGAATAAATAAACACCAAT;SOR=1.802;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=140;TCF=35;TCR=105;TR=140;WE=54418994;WS=54418976;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,180:1.00:180
chr14	54863577	rs2235961	G	A	1086.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.386;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=16;PP=541;ReadPosRankSum=-0.273;SC=CTAGGAACCAGTCAGCGATTA;SOR=0.791;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=65;TCF=40;TCR=25;TR=40;WE=54863585;WS=54863567;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,49:0.56:88
chr14	54868922	rs202192816	CA	C	556.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.275;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FS=3.445;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.47;ReadPosRankSum=1.398;SOR=0.381;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,51:0.59:86
chr14	54869027	rs35529322	C	CGT	584.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.973;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=20;PP=596;ReadPosRankSum=1.215;SC=CATGTGTGTGCGTGTGTGTGT;SOR=0.709;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=36;TCF=1;TCR=35;TR=21;WE=54869036;WS=54869017;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,27:0.39:70
chr14	54875276	rs4251623	C	A	219.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.306;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=0;PP=103;ReadPosRankSum=1.133;SC=AGAATCCTTGCTTAGGATGAA;SOR=0.836;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=11;TCR=1;TR=6;WE=54875284;WS=54875266;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,8:0.53:15
chr14	54875514	rs2179896	A	G	521.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.410;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.855;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=12;PP=215;ReadPosRankSum=1.644;SC=ACAGGTAGGTATAATATCACG;SOR=0.850;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=59;TCF=26;TCR=33;TR=21;WE=54875522;WS=54875504;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,30:0.35:85
chr14	54875607	rs4251626	AA	GC	256.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.094;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.27;ReadPosRankSum=-1.200;SOR=0.770;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,8:0.32:25
chr14	54897265	rs10400770	T	G	611.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-0.547;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.324;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=23;PP=465;ReadPosRankSum=1.419;SC=AATGCTTTCCTTTTACCATCT;SOR=1.897;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=48;TCF=9;TCR=39;TR=27;WE=54897273;WS=54897255;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,27:0.50:54
chr14	54903617	rs2298078	C	A	3037.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.878;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=321;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.344;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=51;PP=1392;ReadPosRankSum=0.314;SC=ATAATGCCATCGATATGGCTT;SOR=0.785;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=199;TCF=93;TCR=106;TR=92;WE=54903625;WS=54903607;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:163,149:0.48:312
chr14	54947501	rs59955412	T	C	264.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.62;BaseQRankSum=0.827;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=0;PP=64;ReadPosRankSum=0.821;SC=TCAACAATGTTCATCTTTAAA;SOR=0.857;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=15;TCR=2;TR=5;WE=54947509;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,14:0.37:38
chr14	55034879	rs3742558	T	C	566.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=16;PP=496;SC=CAACCCCCGCTCCTCCCTCCG;SOR=5.892;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=0;TCR=16;TR=16;WE=55034887;WS=55034869;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr14	55154053	rs11626473	C	T	4640.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=60;NR=61;PP=2142;SC=CTTGGCATCTCGGGGAGGACC;SOR=0.693;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=121;TCF=60;TCR=61;TR=121;WE=55154061;WS=55154043;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,176:1.00:176
chr14	55168673	rs1022754	A	G	843.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=28;NR=2;PP=602;SC=AAATATAGCCAGACTATGTAG;SOR=4.615;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=30;TCF=28;TCR=2;TR=30;WE=55168681;WS=55168663;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr14	55203703	rs10133272	G	T	1580.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-3.221;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.672;HP=7;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=18;PP=829;ReadPosRankSum=2.602;SC=CAGGATAAAGGGGGGGGAATA;SOR=0.595;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=102;TCF=74;TCR=28;TR=57;WE=55203711;WS=55203693;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,76:0.55:139
chr14	55218435	rs2295822	A	G	357.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-0.807;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.209;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=12;PP=260;ReadPosRankSum=-0.174;SC=TGCTTCTTTGAAAGCTGATGC;SOR=0.169;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=40;TCF=10;TCR=30;TR=17;WE=55218443;WS=55218425;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,18:0.42:43
chr14	55221345	rs911612	G	A	360.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=9;NR=2;PP=304;SC=TGACGGCACCGGTGGCAGACT;SOR=1.981;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=11;TCF=9;TCR=2;TR=11;WE=55221353;WS=55221342;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr14	55227103	rs12879706	C	T	3043.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.443;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=258;ExcessHet=3.0103;FS=1.008;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.32;ReadPosRankSum=-0.092;SOR=0.613;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:111,136:0.55:247
chr14	55236970	rs78925229	G	A	1661.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=3.181;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.277;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=45;PP=1022;ReadPosRankSum=2.653;SC=TTTGTAATGCGTAGTGGTTCC;SOR=0.931;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=156;TCF=53;TCR=103;TR=65;WE=55236978;WS=55236960;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:131,83:0.39:214
chr14	55241531	.	CAAAAA	C	1116.75	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.474;ClippingRankSum=0.000;DP=78;ExcessHet=3.0103;FS=2.627;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.14;MQRankSum=0.645;QD=17.18;ReadPosRankSum=1.173;SOR=0.203;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,43:0.66:65
chr14	55243152	rs1951437	C	T	3825.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.808;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=350;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.391;HP=5;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=43;PP=1619;ReadPosRankSum=-0.079;SC=TTGCCAACCCCGGGGGCAGCA;SOR=0.738;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=211;TCF=124;TCR=87;TR=106;WE=55243160;WS=55243142;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:164,184:0.53:348
chr14	55243209	rs1951438	G	A	4310.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.742;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=368;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.382;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=58;PP=1733;ReadPosRankSum=-0.543;SC=GGACCCGCTCGCTGCCCGTGC;SOR=0.660;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=238;TCF=124;TCR=114;TR=120;WE=55243217;WS=55243199;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:157,207:0.57:364
chr14	55255673	rs11431	C	T	5810.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.753;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=696;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.522;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=85;NR=93;PP=2457;ReadPosRankSum=0.815;SC=AAGCTGAAGACGAGAGTGACC;SOR=0.664;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=404;TCF=192;TCR=212;TR=178;WE=55255681;WS=55255663;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:390,304:0.44:694
chr14	55344901	rs28477407	C	T	636.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.630;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=12;PP=309;ReadPosRankSum=1.183;SC=GGAGTTCCCTCTGAACCCATA;SOR=0.619;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=56;TCF=28;TCR=28;TR=24;WE=55344909;WS=55344891;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,34:0.40:84
chr14	55423735	rs77561506	G	A	2647.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.178;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=303;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.953;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=35;PP=1397;ReadPosRankSum=2.109;SC=TGCAGATGAGGGTAGCTGAAA;SOR=0.828;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=184;TCF=110;TCR=74;TR=91;WE=55423743;WS=55423725;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:165,132:0.44:297
chr14	55473900	rs9323275	T	C	363.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.163;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=2;PP=284;ReadPosRankSum=-0.990;SC=GAGCCGAGATTGCACCACTGC;SOR=0.859;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=34;TCF=26;TCR=8;TR=15;WE=55473908;WS=55473890;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,18:0.45:40
chr14	55493350	rs1187878	T	C	5553.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=119;NR=41;PP=2965;SC=GAGTCATTTTTAGCTGACTGC;SOR=1.938;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=160;TCF=119;TCR=41;TR=160;WE=55493358;WS=55493340;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,194:1.00:194
chr14	55493408	rs1201378	T	C	12911.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=487;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=166;NR=115;PP=2965;SC=ACCTAAAACGTTGTTTCTCAA;SOR=0.906;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=282;TCF=166;TCR=116;TR=281;WE=55493416;WS=55493398;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,483:1.00:483
chr14	55629650	.	T	TA	68.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.871;ClippingRankSum=0.000;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.76;ReadPosRankSum=-1.328;SOR=0.657;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,11:0.28:39
chr14	55890995	rs117997536	G	T	1261.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.749;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=25;PP=575;ReadPosRankSum=-0.532;SC=AAAGGAAAATGTTAAAAATAG;SOR=0.641;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=92;TCF=35;TCR=57;TR=40;WE=55891003;WS=55890985;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,63:0.45:140
chr14	55902542	rs7149317	G	A	1974.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=34;NR=23;PP=1086;SC=CTAATTATTGGAAGGAATACT;SOR=0.984;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=57;TCF=34;TCR=23;TR=57;WE=55902550;WS=55902532;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr14	55902698	rs113744998	T	TAA	717.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.825;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=22.43;ReadPosRankSum=-0.046;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,30:0.94:32
chr14	55907025	rs8020152	T	A	3410.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=46;NR=27;PP=1506;SC=ATGGTCGCTATGAGTTTTAAG;SOR=1.010;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=73;TCF=46;TCR=27;TR=73;WE=55907033;WS=55907015;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chr14	55907172	rs8019270	C	G	2103.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.633;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.46;ReadPosRankSum=0.832;SOR=0.865;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,85:0.99:86
chr14	56079039	rs34879854	A	T	12768.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.733;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=484;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=165;NR=137;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.827;SC=ATGCTTTGGCAGTAGAAGATG;SOR=0.827;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=306;TCF=166;TCR=140;TR=302;WE=56079047;WS=56079029;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,476:1.00:478
chr14	56100160	rs10135907	G	T	753.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=22;PP=594;SC=AGACTTTTGTGTTTTTACATT;SOR=4.174;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=24;TCF=2;TCR=22;TR=24;WE=56100168;WS=56100150;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr14	56103882	rs10483647	A	G	1040.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=24;NR=6;PP=690;SC=AGGCAAAGAAAGAGACCTCTG;SOR=2.368;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=30;TCF=24;TCR=6;TR=30;WE=56103890;WS=56103872;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr14	56106080	rs369782699	CT	C	54.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.220;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=3.304;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.71;ReadPosRankSum=1.440;SOR=1.352;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,10:0.31:32
chr14	56108033	rs2341890	G	A	1404.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=14;NR=25;PP=673;SC=CTCTGAAACAGTGTTTCTGTA;SOR=1.159;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=39;TCF=14;TCR=25;TR=39;WE=56108041;WS=56108023;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr14	56126456	rs7160678	C	A	3777.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=48;NR=50;PP=1922;SC=TTTATAAAGTCGTAACTATTT;SOR=0.735;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=98;TCF=48;TCR=50;TR=98;WE=56126464;WS=56126446;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,143:1.00:143
chr14	56142480	rs3736877	A	G	721.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=1.898;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.500;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=4;PP=573;ReadPosRankSum=1.324;SC=TTCATTCTTCAGTCCTAGAGG;SOR=2.910;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=28;TCF=24;TCR=4;TR=28;WE=56142488;WS=56142470;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,29:0.94:31
chr14	56645265	rs17762499	C	T	496.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=1.389;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.404;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=17;PP=335;ReadPosRankSum=0.111;SC=TCTTTCCTTTCGTCTTTTCAT;SOR=0.450;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=43;TCF=8;TCR=35;TR=22;WE=56645273;WS=56645255;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,23:0.49:47
chr14	56755425	rs34574403	C	CA	772.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=22;PP=489;SC=TTAATTGGAGCAAAAAAAAAT;SOR=2.584;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=25;TCF=1;TCR=24;TR=23;WE=56755433;WS=56755415;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr14	56763990	rs151133207	CAG	C	1918.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.588;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.566;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.928;NF=1;NR=28;PP=1228;ReadPosRankSum=-0.654;SC=AGGAGGGTGACAGGGGCTGGA;SOR=1.288;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=55;TCF=4;TCR=51;TR=29;WE=56763999;WS=56763980;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,50:0.55:91
chr14	56764019	rs72720081	G	A	615.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-2.404;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.170;HP=1;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=17;PP=344;ReadPosRankSum=-0.067;SC=GAGGGGACATGGTGATGAAAC;SOR=0.138;SbPval=0.12;Source=Platypus;TC=54;TCF=13;TCR=41;TR=27;WE=56764027;WS=56764009;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,31:0.48:64
chr14	56958173	rs1889382	C	G	640.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=16;NR=5;PP=379;SC=CCCTCAGGCCCATGTCTGTTC;SOR=1.981;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=22;TCF=16;TCR=6;TR=21;WE=56958181;WS=56958163;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr14	56958247	rs12893562	C	T	2940.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=0.869;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=20;PP=1486;ReadPosRankSum=1.132;SC=GAGAAATACTCCAAATGAATT;SOR=1.329;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=66;TCF=46;TCR=20;TR=66;WE=56958255;WS=56958237;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,110:0.98:112
chr14	56958328	rs12894026	G	A	4567.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=0.617;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=49;PP=1864;ReadPosRankSum=2.270;SC=CAGTTTCAGCGCCACATCGGG;SOR=0.750;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=104;TCF=55;TCR=49;TR=104;WE=56958336;WS=56958318;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,179:0.99:181
chr14	56958470	rs77231572	T	C	323.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.737;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.604;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=10;PP=172;ReadPosRankSum=-0.652;SC=TTGTTTTTAATGTTGCTGACA;SOR=0.368;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=26;TCF=6;TCR=20;TR=15;WE=56958478;WS=56958460;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,17:0.53:32
chr14	57046606	rs10150734	T	A	123.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-1.292;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.876;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=1;PP=28;ReadPosRankSum=-0.682;SC=GCTGGCCGTGTCCTTCTCCCT;SOR=0.132;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=16;TCF=14;TCR=2;TR=5;WE=57046614;WS=57046596;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,8:0.38:21
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chr14	57052511	rs3737171	G	T	3962.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=2.389;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=381;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.163;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=52;PP=1820;ReadPosRankSum=-0.642;SC=CTTTGTTCACGCTGGTGGCTA;SOR=0.587;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=229;TCF=126;TCR=103;TR=112;WE=57052519;WS=57052501;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:192,187:0.49:379
chr14	57070501	rs10782433	A	G	5108.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=77;NR=45;PP=2484;SC=TTTTTGTTGGAAAAGAAGATT;SOR=1.149;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=122;TCF=77;TCR=45;TR=122;WE=57070509;WS=57070491;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,188:1.00:188
chr14	57072203	rs3818777	T	A	64.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=3.139;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=0;PP=42;ReadPosRankSum=1.712;SC=GAATGCTTGGTTTTAATATAA;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=12;TCR=0;TR=4;WE=57072211;WS=57072193;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,4:0.29:14
chr14	57072338	rs3737170	C	T	725.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=1.500;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=15;PP=414;ReadPosRankSum=0.586;SC=GTAACCAGCACACAATAATAC;SOR=0.656;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=56;TCF=28;TCR=28;TR=30;WE=57072346;WS=57072328;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,38:0.43:89
chr14	57082648	rs2275024	A	G	923.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.339;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.774;HP=2;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=12;PP=333;ReadPosRankSum=1.323;SC=AATAAGTTAGATTGTTTTTTG;SOR=0.818;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=53;TCF=29;TCR=24;TR=28;WE=57082656;WS=57082638;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,48:0.52:93
chr14	57083897	rs2275023	G	A	400.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.478;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.846;HP=7;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=3;PP=107;ReadPosRankSum=0.230;SC=ATTATTTTTTGTAGGGACAGA;SOR=0.235;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=22;TCF=16;TCR=6;TR=9;WE=57083905;WS=57083887;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,20:0.53:38
chr14	57084208	rs3068785	T	TTTAA	121.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=4;PP=176;ReadPosRankSum=2.189;SC=GAATGCAGTGTTTAACACAGT;SOR=0.941;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=4;WE=57084216;WS=57084198;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,4:0.57:7
chr14	57088433	rs12589087	A	T	1552.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-2.004;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.930;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=37;PP=833;ReadPosRankSum=-0.112;SC=AAGTATATGAAAAATATACTT;SOR=0.485;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=125;TCF=33;TCR=92;TR=52;WE=57088441;WS=57088423;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:95,75:0.44:170
chr14	57088506	rs12589117	C	T	401.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=2.707;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.114;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=14;PP=296;ReadPosRankSum=0.885;SC=AAATGGTGGACGGGTACAGTT;SOR=0.119;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=29;TCF=2;TCR=27;TR=16;WE=57088514;WS=57088496;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,17:0.55:31
chr14	57092038	rs2274706	A	G	1890.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=2.697;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=23;PP=1331;ReadPosRankSum=0.767;SC=ATTACTTGATAAACTTGATTC;SOR=0.688;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=123;TCF=86;TCR=37;TR=74;WE=57092046;WS=57092028;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,80:0.56:142
chr14	57099859	rs1041316	G	A	3358.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=27;NR=47;PP=1508;SC=CTTACAAAAAGTATCTATAAC;SOR=1.115;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=74;TCF=27;TCR=47;TR=74;WE=57099867;WS=57099849;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr14	57101682	rs913742	A	G	5504.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.452;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=515;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQ=60.04;MQRankSum=-0.077;NF=79;NR=80;PP=2348;ReadPosRankSum=1.314;SC=TGACTATTCTACATTTTTGTG;SOR=0.684;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=291;TCF=143;TCR=148;TR=159;WE=57101690;WS=57101672;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:242,271:0.53:513
chr14	57113851	rs74244839	G	A	455.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-1.578;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=2;PP=311;ReadPosRankSum=-0.796;SC=TTTACTGGAGGCTGCTTGAAT;SOR=0.620;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=51;TCF=42;TCR=9;TR=20;WE=57113868;WS=57113841;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,20:0.43:46
chr14	57116759	rs7156095	T	G	1410.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=-0.083;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.397;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=16;PP=483;ReadPosRankSum=0.377;SC=CAAGTTGCTTTCTTTTTCTTT;SOR=0.562;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=58;TCF=31;TCR=27;TR=30;WE=57116767;WS=57116749;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,66:0.57:116
chr14	57116979	rs1958530	A	G	343.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=12;PP=295;SC=TTCGGCCTGAAGAGCCAGTGG;SOR=4.977;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=0;TCR=12;TR=12;WE=57116987;WS=57116969;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr14	57196766	rs10151357	C	T	1348.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=26;NR=13;PP=687;SC=TTTTTTTCCACTGGGGAAAAT;SOR=1.436;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=39;TCF=26;TCR=13;TR=39;WE=57196774;WS=57196756;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr14	57672540	rs3742577	T	C	1689.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.987;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=20;PP=799;ReadPosRankSum=0.098;SC=CCTACTTTGATAGTTTTTTAA;SOR=0.720;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=127;TCF=84;TCR=43;TR=58;WE=57672548;WS=57672530;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:91,85:0.48:176
chr14	57672715	rs3742578	C	T	1832.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.199;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=43;PP=949;ReadPosRankSum=0.518;SC=TCATTTTCAACATCATAATTT;SOR=0.725;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=129;TCF=43;TCR=86;TR=65;WE=57672723;WS=57672705;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:96,90:0.48:186
chr14	57735443	.	C	G	748.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-1.579;ClippingRankSum=0.000;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.797;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=25;PP=579;ReadPosRankSum=-0.922;SC=GCGCGGCGCACAGGTCTCCGC;SOR=1.288;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=59;TCF=8;TCR=51;TR=27;WE=57735451;WS=57735433;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,30:0.45:67
chr14	57857600	rs182019048	C	T	239.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.257;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=1.580;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.22;ReadPosRankSum=0.293;SOR=1.104;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,13:0.50:26
chr14	57863385	rs12894584	C	T	978.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.042;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.998;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=8;PP=656;ReadPosRankSum=1.627;SC=AAAATGCTTACCAATGGTTGG;SOR=0.859;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=72;TCF=58;TCR=14;TR=40;WE=57863393;WS=57863375;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,43:0.53:81
chr14	57866623	rs2152360	A	G	2095.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.25;SOR=0.818;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr14	57876265	rs11620639	G	A	9400.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=364;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=91;NR=114;PP=2965;SC=ACTATCATCCGCACAGAATCG;SOR=0.828;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=205;TCF=91;TCR=114;TR=205;WE=57876273;WS=57876255;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,361:1.00:361
chr14	57938124	rs1152531	C	T	1918.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.224;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.538;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=24;PP=818;ReadPosRankSum=0.355;SC=CTGTCCTGGTCCTCACCAGTG;SOR=0.758;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=105;TCF=56;TCR=49;TR=53;WE=57938132;WS=57938114;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:92,93:0.50:185
chr14	57938260	rs1152530	T	C	2229.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=13;NR=35;PP=1136;SC=CCAGGGACAGTAGTTATTCAC;SOR=1.439;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=48;TCF=13;TCR=35;TR=48;WE=57938268;WS=57938250;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr14	57945689	rs1152525	G	A	4162.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=82;NR=33;PP=2356;SC=TTTGGCCCACGGCACAGCGAT;SOR=1.548;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=115;TCF=82;TCR=33;TR=115;WE=57945697;WS=57945679;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,153:1.00:153
chr14	57948380	rs1152522	T	C	882.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.598;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=18;PP=470;ReadPosRankSum=1.744;SC=TAGTACCTGCTATGAAAGACA;SOR=0.646;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=57;TCF=24;TCR=33;TR=31;WE=57948388;WS=57948370;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,45:0.51:89
chr14	57957654	rs1203339	T	C	397.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.103;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.91;ReadPosRankSum=1.799;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,18:0.72:25
chr14	57957664	rs1203338	T	A	1189.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=36.05;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
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chr14	58038544	rs725048	T	G	2305.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=1.664;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.257;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=23;PP=1463;ReadPosRankSum=0.381;SC=ACATCGTACTTTCTTACTTTA;SOR=0.590;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=152;TCF=112;TCR=40;TR=82;WE=58038552;WS=58038534;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,100:0.54:184
chr14	58047219	rs17093357	G	C	2070.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.923;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=30;PP=849;ReadPosRankSum=-1.518;SC=TTATATGAATGAGATCTGGCT;SOR=0.738;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=97;TCF=41;TCR=56;TR=52;WE=58047227;WS=58047209;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,94:0.53:177
chr14	58056257	rs1190313	G	T	1700.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.802;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FS=1.136;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.90;ReadPosRankSum=0.894;SOR=0.600;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:103,88:0.46:191
chr14	58060586	rs180872	C	T	244.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=0.495;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=4;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=2;PP=525;ReadPosRankSum=-1.473;SC=CATTCTGTGACAATGGCGAGA;SOR=0.602;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=21;TCF=18;TCR=3;TR=11;WE=58060606;WS=58060576;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,11:0.48:23
chr14	58060598	rs238377	C	G	339.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=1.581;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=4;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=3;PP=525;ReadPosRankSum=-1.646;SC=ATGGCGAGATCTTTCTATTTA;SOR=0.392;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=27;TCF=22;TCR=5;TR=14;WE=58060606;WS=58060576;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,14:0.50:28
chr14	58063689	rs75538780	G	C	1237.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-2.174;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.756;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=37;PP=662;ReadPosRankSum=-0.492;SC=ACGTATTCAGGGGTTGGGCCA;SOR=0.861;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=94;TCF=22;TCR=72;TR=46;WE=58063697;WS=58063679;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,61:0.50:122
chr14	58471349	rs17807721	G	A	400.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-2.685;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.239;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.898;NF=11;NR=0;PP=222;ReadPosRankSum=-0.258;SC=AGGACTAACGGCCTGATAGCA;SOR=3.383;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=19;TCR=0;TR=11;WE=58471357;WS=58471342;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,15:0.60:25
chr14	58471378	.	C	CT	32.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.147;ClippingRankSum=0.000;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.19;MQRankSum=2.191;QD=0.58;ReadPosRankSum=0.075;SOR=0.518;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:46,10:0.18:56
chr14	58471699	rs727203	T	C	1854.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-0.127;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.096;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=34;PP=1304;ReadPosRankSum=0.357;SC=GTGTGCTTTATTAAGTAAATT;SOR=0.561;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=126;TCF=63;TCR=63;TR=70;WE=58471707;WS=58471689;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,79:0.54:145
chr14	58478873	rs3837616	GA	G	280.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-0.275;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.774;HP=7;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=4;PP=71;ReadPosRankSum=-1.467;SC=TTCTCACTAGGAAAAAAATAA;SOR=0.346;SbPval=0.26;Source=Platypus;TC=17;TCF=1;TCR=16;TR=5;WE=58478881;WS=58478863;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,18:0.46:39
chr14	58478979	rs3783688	G	T	103.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=20.78;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr14	58478990	rs3783689	T	A	105.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=21.18;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr14	58583024	rs72716915	T	C	1395.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.015;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.11;ReadPosRankSum=1.492;SOR=0.744;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:68,70:0.51:138
chr14	58583166	rs111439524	G	A	368.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-2.793;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=12;PP=243;ReadPosRankSum=-1.106;SC=GCCGAGGCAGGCAGACTTCTT;SOR=0.553;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=31;TCF=7;TCR=24;TR=16;WE=58583174;WS=58583156;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,18:0.43:42
chr14	58598252	rs45483691	G	C	1313.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.502;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.104;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=15;PP=479;ReadPosRankSum=-2.336;SC=GTTGGTCCAGGCCATATGAGG;SOR=0.826;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=82;TCF=44;TCR=38;TR=35;WE=58598260;WS=58598242;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,67:0.48:140
chr14	58600107	rs2180520	T	A	214.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=1.784;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=12;HapScore=4;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=8;PP=230;ReadPosRankSum=-0.103;SC=CCTATTTTTTTAAAAAAAAAA;SOR=0.693;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=28;TCF=5;TCR=23;TR=11;WE=58600115;WS=58600090;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,10:0.43:23
chr14	58605790	rs3829765	G	A	3218.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.021;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=302;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=39;PP=1520;ReadPosRankSum=-0.146;SC=TCCAGGCTGGGTTTCTTTGTT;SOR=0.678;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=191;TCF=114;TCR=77;TR=97;WE=58605798;WS=58605780;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:143,151:0.51:294
chr14	58606251	rs12100853	T	C	171.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=3.923;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=6;PP=104;ReadPosRankSum=-1.446;SC=AGATGGTAGGTAGGAGAGGAC;SOR=1.426;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=1;TCR=14;TR=6;WE=58606259;WS=58606241;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,7:0.44:16
chr14	58690427	rs34387083	TA	T	350.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.601;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FS=0.665;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.06;MQRankSum=1.697;QD=2.00;ReadPosRankSum=-0.741;SOR=0.606;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:130,45:0.26:175
chr14	58758279	rs149972156	TAC	T	1294.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.341;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=361;ExcessHet=3.0103;FS=1.088;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.85;ReadPosRankSum=-1.338;SOR=0.611;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:261,75:0.22:336
chr14	58811588	.	TTTTA	T	46.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=0.619;ClippingRankSum=0.000;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=2;PP=61;ReadPosRankSum=0.742;SC=CAGTTTTGGATTTTATTTATT;SOR=1.179;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=2;WE=58811599;WS=58811578;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,3:0.18:17
chr14	58831142	rs1051858	A	G	3112.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=37;NR=41;PP=1698;SC=AATGGAAAAAACAGAAGAAGT;SOR=0.784;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=79;TCF=38;TCR=41;TR=78;WE=58831150;WS=58831132;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr14	58832185	rs72014011	CTTT	C	390.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.913;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=5.312;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.24;MQRankSum=0.861;QD=10.28;ReadPosRankSum=-0.852;SOR=0.193;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,23:0.61:38
chr14	58863051	rs140260851	G	A	3633.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.545;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=365;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=49;PP=1617;ReadPosRankSum=-1.508;SC=TGAGGAGCAGGGCACGCAGGT;SOR=0.705;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=212;TCF=112;TCR=100;TR=105;WE=58863059;WS=58863041;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:181,178:0.50:359
chr14	58869510	rs7153357	T	C	1575.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=18;PP=472;SC=TTGTGAGTTATGACAGCTTAT;SOR=0.906;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=32;TCF=14;TCR=18;TR=32;WE=58869518;WS=58869500;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr14	58875135	.	C	CA	615.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.778;ClippingRankSum=0.000;DP=151;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.14;MQRankSum=1.269;QD=4.56;ReadPosRankSum=1.309;SOR=0.749;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:74,61:0.45:135
chr14	58907006	rs138818880	TTC	T	404.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.725;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.58;ReadPosRankSum=-0.081;SOR=0.730;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:92,21:0.19:113
chr14	58907825	rs71107948	AT	A	107.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=9;NR=3;PP=227;SC=AATATATACAATTTTTTTTCA;SOR=3.912;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=12;TCF=9;TCR=3;TR=12;WE=58907833;WS=58907815;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr14	58917225	rs1748970	C	G	1827.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=47;NR=3;PP=1342;SC=AAAGTATAGGCAAGAGTAATA;SOR=4.103;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=51;TCF=48;TCR=3;TR=50;WE=58917233;WS=58917215;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr14	58917454	rs1748971	G	A	6270.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=239;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=63;NR=110;PP=2965;SC=TGGAAGTGTCGTGTCACAGAG;SOR=1.179;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=173;TCF=63;TCR=110;TR=173;WE=58917462;WS=58917444;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,233:1.00:233
chr14	58920240	rs1748975	A	C	977.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=20;PP=597;SC=GAGTTTTGTTAAGATTTTTCA;SOR=1.547;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=28;TCF=8;TCR=20;TR=28;WE=58920248;WS=58920230;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr14	58923395	rs1743721	G	A	3677.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=70;NR=28;PP=1944;SC=ATCTTCTGTAGCGTTGAAACT;SOR=1.523;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=99;TCF=70;TCR=29;TR=98;WE=58923403;WS=58923385;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,134:1.00:134
chr14	58926527	rs1748980	C	T	38.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=19.37;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr14	58932772	rs1743716	A	G	5467.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=45;NR=87;PP=2543;SC=AATATGTGGGATGGATTTTAT;SOR=1.241;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=133;TCF=45;TCR=88;TR=132;WE=58932780;WS=58932762;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,206:1.00:206
chr14	58934371	rs1632390	G	A	1662.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=39;NR=4;PP=1087;SC=TGAGAATATAGCCATTAAGAT;SOR=3.139;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=43;TCF=39;TCR=4;TR=43;WE=58934379;WS=58934361;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr14	58937416	rs1748986	T	C	10099.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=394;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=90;NR=116;PP=2965;SC=GAAGCATCTCTTCCTCCTGTG;SOR=0.862;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=207;TCF=90;TCR=117;TR=206;WE=58937424;WS=58937406;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,382:1.00:382
chr14	58937575	.	A	AT	50.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.674;ClippingRankSum=-0.000;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=4.23;ReadPosRankSum=0.405;SOR=0.307;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,6:0.50:12
chr14	58953617	rs1743702	T	C	1285.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=33;NR=5;PP=856;SC=TACTTAACCCTGCCATCAATT;SOR=3.109;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=33;TCR=5;TR=38;WE=58953625;WS=58953607;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr14	58953746	rs1617510	C	G	7526.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=2.323;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=295;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=90;NR=73;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.644;SC=CACCCCACTGCCTACCCCACA;SOR=0.268;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=164;TCF=91;TCR=73;TR=163;WE=58953754;WS=58953736;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,289:1.00:290
chr14	58954588	rs5808973	T	TA	2658.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=30;NR=28;PP=820;SC=TCTGTCCTTTTAAAAAAAAAC;SOR=1.287;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=68;TCF=35;TCR=33;TR=58;WE=58954596;WS=58954578;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr14	59112677	rs34015825	G	A	4374.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.299;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=429;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.213;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=78;PP=2278;ReadPosRankSum=1.350;SC=CGCTGCCTCCGACCTTCAGAG;SOR=0.831;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=272;TCF=130;TCR=142;TR=140;WE=59112685;WS=59112667;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:212,212:0.50:424
chr14	59113537	rs61755641	C	G	2128.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.564;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=296;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.140;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=31;PP=1355;ReadPosRankSum=-1.053;SC=AGTGCGAGTCCCTGTTCCACT;SOR=0.951;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=217;TCF=141;TCR=76;TR=96;WE=59113545;WS=59113527;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:176,114:0.39:290
chr14	59787325	.	G	GT	182.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.392;ClippingRankSum=0.000;DP=170;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.13;MQRankSum=0.000;QD=1.22;ReadPosRankSum=-1.476;SOR=0.754;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:119,31:0.21:150
chr14	59789586	rs8021976	A	G	6091.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=247;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=98;NR=58;PP=2824;SC=GCACTTAAGCATGGTGCATTT;SOR=1.099;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=156;TCF=98;TCR=58;TR=156;WE=59789594;WS=59789576;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,237:1.00:237
chr14	59789727	rs8022614	G	A	8901.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=335;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=105;NR=115;PP=2965;SC=GCTGTATAAAGGCGTTAATGA;SOR=0.768;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=222;TCF=106;TCR=116;TR=220;WE=59789735;WS=59789717;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,330:1.00:330
chr14	59797115	rs941883	A	G	1259.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=27;NR=7;PP=762;SC=CCTAATAAAGATCCTCATAAT;SOR=2.356;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=34;TCF=27;TCR=7;TR=34;WE=59797123;WS=59797105;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr14	59797235	rs941884	A	G	6253.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=241;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=70;NR=60;PP=2630;SC=ATGAGCTACAACAGAAACTGG;SOR=0.781;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=130;TCF=70;TCR=60;TR=130;WE=59797243;WS=59797225;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,236:1.00:236
chr14	59798473	rs2146012	C	G	1718.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=44;NR=4;PP=1414;SC=AAATAACCATCCCTGTTCTTT;SOR=3.830;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=48;TCF=44;TCR=4;TR=48;WE=59798481;WS=59798463;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr14	59804999	rs1958180	A	G	6854.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.302;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=830;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=135;NR=94;PP=2962;ReadPosRankSum=0.148;SC=CTTACCCTACATCACTTGTTT;SOR=0.715;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=479;TCF=277;TCR=202;TR=229;WE=59805007;WS=59804989;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:462,363:0.44:825
chr14	59814502	rs941886	C	A	471.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-3.229;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=15;PP=324;ReadPosRankSum=-0.290;SC=AACTTAATGACCTTATTCTCT;SOR=1.179;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=27;TCF=2;TCR=25;TR=16;WE=59814510;WS=59814492;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,19:0.59:32
chr14	59820780	rs10713024	AT	A	307.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.231;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.37;MQRankSum=-1.079;QD=7.51;ReadPosRankSum=-1.004;SOR=0.749;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,27:0.66:41
chr14	59834048	rs10130669	C	T	329.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.995;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=1.648;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.16;ReadPosRankSum=-0.162;SOR=0.361;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,17:0.47:36
chr14	59931840	rs3742645	G	T	284.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.264;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=3.093;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.63;ReadPosRankSum=-1.666;SOR=0.293;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,16:0.48:33
chr14	59931931	rs1752428	T	G	101.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.947;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.99;ReadPosRankSum=-2.692;SOR=0.834;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,9:0.26:34
chr14	59939727	rs8660	T	C	4624.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.662;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=436;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.522;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=79;NR=61;PP=2254;ReadPosRankSum=1.686;SC=TCATCTTCTATTATAAAGCTT;SOR=0.760;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=264;TCF=145;TCR=119;TR=140;WE=59939735;WS=59939717;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:209,223:0.52:432
chr14	59941143	rs8013894	A	G	1570.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.849;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.210;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=21;PP=754;ReadPosRankSum=1.623;SC=TAATAAATGCATCTACTTGCC;SOR=0.804;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=135;TCF=89;TCR=46;TR=63;WE=59941151;WS=59941133;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:93,83:0.47:176
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chr14	59942953	rs10634233	T	TCAAC	190.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=0.296;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=3;PP=121;ReadPosRankSum=-2.097;SC=CAAAAAAAGATCACATGCAAA;SOR=0.976;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=0;TCR=11;TR=3;WE=59942961;WS=59942943;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,6:0.43:14
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chr14	59965429	rs1271507	T	C	1398.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.161;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FS=1.536;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.68;ReadPosRankSum=-1.065;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:67,64:0.49:131
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chr14	59977606	rs11305995	CA	C	770.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.616;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQ=60.08;MQRankSum=1.079;NF=1;NR=34;PP=445;ReadPosRankSum=-0.091;SC=GGATCATGTCCAAAAAAAAAT;SOR=0.725;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=86;TCF=2;TCR=84;TR=35;WE=59977614;WS=59977596;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,49:0.46:106
chr14	59978366	rs10635523	A	ATG	9832.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=53;NR=77;PP=2957;SC=TTCCACCCTGATGCGTGCATG;SOR=0.959;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=136;TCF=56;TCR=80;TR=130;WE=59978374;WS=59978356;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,218:1.00:218
chr14	59988324	rs12887189	C	T	3977.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-2.381;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=411;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.521;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=62;PP=1516;ReadPosRankSum=-0.121;SC=AGACAAGTCGCTTGAGGTGTG;SOR=0.740;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=230;TCF=104;TCR=126;TR=110;WE=59988332;WS=59988314;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:202,207:0.51:409
chr14	59992258	rs1956366	G	T	1520.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.936;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.301;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=34;PP=889;ReadPosRankSum=0.398;SC=ATTAATTTCTGAAGTATCCAG;SOR=0.840;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=105;TCF=39;TCR=66;TR=54;WE=59992266;WS=59992248;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,73:0.48:152
chr14	59992284	rs1956365	C	T	1077.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.284;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.801;HP=4;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=27;PP=642;ReadPosRankSum=-1.126;SC=GATAGATATTCTTCCTTAGAA;SOR=1.029;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=78;TCF=25;TCR=53;TR=38;WE=59992292;WS=59992274;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,49:0.51:97
chr14	59993663	rs8011271	A	G	224.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.038;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=2;PP=115;ReadPosRankSum=0.153;SC=TATATGTGTTATAACAAAGAT;SOR=0.693;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=8;TCR=3;TR=7;WE=59993671;WS=59993653;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,10:0.71:14
chr14	59998301	rs2145042	T	C	211.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.383;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=21.18;ReadPosRankSum=-1.668;SOR=1.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,6:0.60:10
chr14	59998310	rs2145041	G	T	211.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.902;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=21.18;ReadPosRankSum=-0.637;SOR=1.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,6:0.60:10
chr14	60004844	rs4261431	C	T	1825.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.272;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.524;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=28;PP=774;ReadPosRankSum=-0.169;SC=TGCCACAAATCCACTGATCTC;SOR=0.638;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=119;TCF=61;TCR=58;TR=55;WE=60004852;WS=60004834;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:103,92:0.47:195
chr14	60010118	rs35772349	C	T	832.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.979;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.747;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=18;PP=404;ReadPosRankSum=-0.425;SC=TGTCTACTCTCTTTTGTGACA;SOR=0.905;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=63;TCF=25;TCR=38;TR=27;WE=60010126;WS=60010108;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,42:0.49:86
chr14	60031996	rs1980580	G	A	1226.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-1.301;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.914;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=23;PP=511;ReadPosRankSum=0.356;SC=GCTTCTCCCTGGGAGGAAAGA;SOR=0.551;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=104;TCF=38;TCR=66;TR=38;WE=60032004;WS=60031986;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:114,68:0.37:182
chr14	60032046	rs1980579	A	G	857.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-1.951;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.638;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=23;PP=423;ReadPosRankSum=-1.793;SC=TAAGAAAGGAATAGTCTGTGT;SOR=0.540;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=81;TCF=26;TCR=55;TR=35;WE=60032054;WS=60032036;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,45:0.43:104
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chr14	60039374	rs12886261	G	A	594.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-0.943;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=4;PP=214;ReadPosRankSum=1.414;SC=ACTTCATTCTGTTATAAGATC;SOR=0.712;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=33;TCF=24;TCR=9;TR=16;WE=60039382;WS=60039364;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,30:0.53:57
chr14	60041749	rs35273647	G	GA	713.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.478;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.023;HP=9;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=20;PP=334;ReadPosRankSum=-0.695;SC=TGATTGTTCTGAAAAAAAAAT;SOR=0.491;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=43;TCF=1;TCR=42;TR=21;WE=60041757;WS=60041739;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,38:0.58:66
chr14	60043323	rs6573272	G	A	529.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=2.012;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.957;HP=3;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=7;PP=261;ReadPosRankSum=0.724;SC=TCCAGCGCCCGAGGGGCGTCT;SOR=0.937;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=40;TCF=23;TCR=17;TR=18;WE=60043331;WS=60043313;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,29:0.45:65
chr14	60043422	rs4898996	A	G	1285.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=19;PP=587;SC=GGGAGGGGCCAGTGGAGACGG;SOR=0.963;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=34;TCF=14;TCR=20;TR=33;WE=60043430;WS=60043412;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
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chr14	60071972	rs1950787	T	C	737.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.712;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=5;PP=410;ReadPosRankSum=-2.101;SC=CTTCTGACTCTAGAATATAAT;SOR=0.761;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=60;TCF=46;TCR=14;TR=25;WE=60071980;WS=60071962;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,35:0.45:78
chr14	60072023	rs1950786	G	A	5002.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=83;NR=48;PP=2394;SC=GCAGTTTACAGTATTACACCT;SOR=1.131;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=132;TCF=83;TCR=49;TR=131;WE=60072031;WS=60072013;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,189:1.00:189
chr14	60073935	rs1956372	A	G	671.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.527;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.269;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=8;PP=317;ReadPosRankSum=0.957;SC=TGCATCTGTGAGCTGAAATAC;SOR=0.391;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=47;TCF=32;TCR=15;TR=21;WE=60073943;WS=60073925;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,33:0.46:72
chr14	60076783	rs1998111	G	C	2296.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.621;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=27;PP=910;ReadPosRankSum=-1.750;SC=TTCAGACAAAGAGAAGATAGA;SOR=0.710;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=128;TCF=70;TCR=58;TR=61;WE=60076791;WS=60076773;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:113,114:0.50:227
chr14	60411549	rs35724288	AT	A	550.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.622;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.377;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=8;PP=241;ReadPosRankSum=0.631;SC=TAAATTATGTATATACACACA;SOR=0.405;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=17;TCF=1;TCR=16;TR=9;WE=60411557;WS=60411539;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,17:0.52:33
chr14	60444652	rs219328	A	T	635.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=15;NR=3;PP=395;SC=GAGTTTGTTAATTATTAAACT;SOR=2.124;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=15;TCR=3;TR=18;WE=60444660;WS=60444642;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr14	60451770	rs219341	G	A	728.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=15;NR=9;PP=373;SC=ACTTCAGTTTGATGTAGAATG;SOR=1.255;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=15;TCR=9;TR=24;WE=60451778;WS=60451760;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr14	60451816	rs219342	G	A	1496.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=30;NR=16;PP=800;SC=ATTTTATTTTGCTTCAGAGTC;SOR=1.342;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=46;TCF=30;TCR=16;TR=46;WE=60451824;WS=60451806;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr14	60468661	rs219369	C	T	2073.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=41;NR=15;PP=1227;SC=CCTTTTTTCACTGTATTTTTT;SOR=1.641;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=56;TCF=41;TCR=15;TR=56;WE=60468669;WS=60468651;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr14	60483598	rs219388	C	T	254.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=2;NR=5;PP=110;SC=ATACAACTTACCTAAATATAA;SOR=1.609;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=7;TCF=2;TCR=5;TR=7;WE=60483606;WS=60483588;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr14	60484931	rs219391	C	T	514.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=0;PP=318;SC=TTCAGCCGATCATTTAACCAA;SOR=3.383;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=12;TCR=0;TR=12;WE=60484939;WS=60484921;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr14	60485240	rs219392	G	A	799.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=19;PP=507;SC=GGTTTCCAATGCAAATTATTC;SOR=2.226;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=5;TCR=19;TR=24;WE=60485248;WS=60485230;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr14	60498579	rs17834334	C	A	194.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=3.065;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=8;NR=0;PP=147;ReadPosRankSum=-1.734;SC=AATACTGTCACTCAAGCTCAC;SOR=0.818;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=15;TCR=0;TR=8;WE=60498587;WS=60498569;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,8:0.53:15
chr14	60498876	rs219409	C	T	447.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=2;NR=11;PP=276;SC=TAGTTTTATGCTTCTGTATGC;SOR=2.584;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=2;TCR=11;TR=13;WE=60498884;WS=60498866;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr14	60519920	rs95425	C	T	5464.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=55;NR=87;PP=2719;SC=CAAAGAAAAACTCGGTAATAA;SOR=1.118;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=142;TCF=55;TCR=87;TR=142;WE=60519928;WS=60519910;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,205:1.00:205
chr14	60530107	rs61994053	C	T	984.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.542;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FS=0.697;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.09;MQRankSum=1.155;QD=8.42;ReadPosRankSum=1.646;SOR=0.578;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:66,51:0.44:117
chr14	60530160	rs201841893	TA	T	167.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.891;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.12;MQRankSum=1.505;QD=2.43;ReadPosRankSum=-0.986;SOR=0.564;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:43,26:0.38:69
chr14	60574539	rs12465	A	G	11832.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=442;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=155;NR=124;PP=2965;SC=GAACACTTTTATACCAGTTAG;SOR=0.855;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=279;TCF=155;TCR=124;TR=279;WE=60574547;WS=60574529;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,437:1.00:437
chr14	60581673	rs35459418	CT	C	3196.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.970;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FS=3.318;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.06;MQRankSum=0.242;QD=19.61;ReadPosRankSum=0.074;SOR=0.319;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:7,156:0.96:163
chr14	60581863	rs219314	G	A	11748.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=441;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=143;NR=159;PP=2965;SC=CCAGTGGTCCGGAAAAACATT;SOR=0.759;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=302;TCF=143;TCR=159;TR=302;WE=60581871;WS=60581853;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,434:1.00:434
chr14	60581935	rs150687	C	T	11483.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=434;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=122;NR=141;PP=2965;SC=TAGAAACTAGCTTGCTTCATC;SOR=0.791;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=264;TCF=123;TCR=141;TR=263;WE=60581943;WS=60581925;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,426:1.00:426
chr14	60582053	rs150688	G	A	6464.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.297;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=246;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=84;NR=104;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.676;SC=AATTCAAAGCGTATATATCAT;SOR=0.317;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=189;TCF=84;TCR=105;TR=188;WE=60582061;WS=60582043;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,238:1.00:239
chr14	60587879	.	CT	C	103.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.141;ClippingRankSum=0.000;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=13.982;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.76;ReadPosRankSum=2.133;SOR=0.489;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,18:0.31:59
chr14	60616914	.	C	CA	631.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.082;ClippingRankSum=0.000;DP=227;ExcessHet=3.0103;FS=0.729;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.19;MQRankSum=2.108;QD=4.10;ReadPosRankSum=-1.087;SOR=0.593;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:99,55:0.36:154
chr14	60712515	rs8018093	G	C	3383.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=68;NR=28;PP=1904;SC=CCAGGGTAGGGGGCACACCCT;SOR=1.649;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=97;TCF=68;TCR=29;TR=96;WE=60712523;WS=60712505;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr14	60750349	rs4899009	C	A	556.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=15;PP=411;SC=AATTCTGAAACCAGTTTTTGG;SOR=2.948;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=3;TCR=15;TR=18;WE=60750357;WS=60750339;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr14	60750365	rs8012816	C	T	502.81	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-1.804;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=14;PP=365;ReadPosRankSum=0.692;SC=TTTGGCACAACTGTAGGATAC;SOR=1.609;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=18;TCF=3;TCR=15;TR=17;WE=60750373;WS=60750355;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,18:0.95:19
chr14	60752196	rs10653822	A	ATGCG	232.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=1;PP=291;SC=ACACGCACGCATGCGTGCACA;SOR=3.912;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=11;TCF=8;TCR=3;TR=6;WE=60752204;WS=60752189;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr14	60921673	rs1262175	T	C	738.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.38;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr14	60923783	rs11625921	C	T	1360.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=17;NR=21;PP=682;SC=TCATTTTCTACTGACTTCCCA;SOR=0.941;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=38;TCF=17;TCR=21;TR=38;WE=60923791;WS=60923773;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr14	60925417	.	TCTTA	T	2292.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-1.683;ClippingRankSum=0.000;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.501;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=24;PP=1101;ReadPosRankSum=-0.194;SC=ATTTTGATTCTCTTACTTGTC;SOR=0.779;SbPval=0.99;Source=Platypus;TC=51;TCF=10;TCR=41;TR=25;WE=60925428;WS=60925407;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,59:0.55:108
chr14	60928201	rs1956549	G	A	1617.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=22;NR=27;PP=976;SC=AGAGATTAAAGCATTTTCTTA;SOR=0.906;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=50;TCF=22;TCR=28;TR=49;WE=60928209;WS=60928191;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr14	60932569	rs10529202	AACACACACACACACACACACAC	A	1402.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.84;SOR=1.681;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr14	60935281	rs12878738	C	T	2127.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=22;NR=25;PP=873;SC=GAACACAAAACAAAATAATTA;SOR=0.796;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=47;TCF=22;TCR=25;TR=47;WE=60935289;WS=60935271;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr14	60944896	.	C	CAAAAAAAAAAA	1291	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;FR=1.0000;HP=13;HapScore=1;MGOF=87;MMLQ=28;MQ=50.34;NF=1;NR=1;PP=1291;QD=648.0;SC=GACTCCATCTCAAAAAAAAAA;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=5;TCF=4;TCR=1;TR=2;WE=60944904;WS=60944889;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:3,2:0.40:5
chr14	60944959	rs11845369	A	G	875.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=50;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=23;NR=10;PP=611;SC=ACATTCTTACACACCATGTCC;SOR=1.308;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=23;TCR=10;TR=33;WE=60944967;WS=60944949;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr14	60945203	rs11158285	G	A	633.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=3;NR=13;PP=384;SC=AAAGAGAAACGAATCTTTCTC;SOR=1.931;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=16;TCF=3;TCR=13;TR=16;WE=60945211;WS=60945193;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr14	60975956	rs1956558	T	C	5515.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=94;NR=50;PP=2965;SC=GTCGGGGTCGTCCGCTCCCGG;SOR=1.242;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=144;TCF=94;TCR=50;TR=144;WE=60975964;WS=60975946;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,201:1.00:201
chr14	60976537	rs33912345	C	A	18526.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-2.811;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=695;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=200;NR=220;PP=2965;ReadPosRankSum=0.639;SC=GCGCACGCGGCACCTGCTACG;SOR=0.732;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=423;TCF=202;TCR=221;TR=420;WE=60976545;WS=60976527;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,681:1.00:683
chr14	60978071	rs1061108	C	G	3473.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=79;PP=2438;SC=TCCAGCGCCACAGAAGCCAGG;SOR=2.813;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=91;TCF=12;TCR=79;TR=91;WE=60978079;WS=60978061;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr14	61118783	rs4899014	C	T	2607.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=9;NR=69;PP=1923;SC=CCTCGGAGGCCGTGACTGGGC;SOR=3.860;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=78;TCF=9;TCR=69;TR=78;WE=61118791;WS=61118773;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr14	61124940	rs10143202	A	G	8686.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=346;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=89;NR=111;PP=2965;SC=ATTCATGGACATATTTAAAGG;SOR=0.805;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=202;TCF=90;TCR=112;TR=200;WE=61124948;WS=61124930;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,338:1.00:338
chr14	61180657	rs3742636	T	G	7030.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=258;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=94;NR=69;PP=2965;SC=GGCCAGTGGATGCAGGCCACT;SOR=0.895;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=163;TCF=94;TCR=69;TR=163;WE=61180665;WS=61180647;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,247:1.00:247
chr14	61445967	rs7142228	A	G	6827.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=271;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=93;NR=66;PP=2965;SC=TGTTTGAAAGACAGCTGATGA;SOR=0.933;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=160;TCF=93;TCR=67;TR=159;WE=61445975;WS=61445957;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,258:1.00:258
chr14	61446607	.	T	TA	150.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.118;ClippingRankSum=0.000;DP=120;ExcessHet=3.0103;FS=0.986;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.77;ReadPosRankSum=0.163;SOR=0.534;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:63,22:0.26:85
chr14	61448510	rs2296924	A	G	1222.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=10;NR=22;PP=697;SC=GGGAGGGAAAATAATAAACAT;SOR=1.364;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=33;TCF=10;TCR=23;TR=32;WE=61448518;WS=61448500;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr14	61449167	rs2296923	T	C	1905.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=36;NR=18;PP=1309;SC=GGAATTTCTTTACGAAATTTT;SOR=1.609;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=54;TCF=36;TCR=18;TR=54;WE=61449175;WS=61449157;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr14	61449328	rs976272	T	A	6216.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=2.569;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=254;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=73;PP=2228;ReadPosRankSum=-1.307;SC=AGCTTATGTTTTGGCTAATAC;SOR=0.332;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=129;TCF=53;TCR=76;TR=125;WE=61449336;WS=61449318;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,246:1.00:247
chr14	61451329	rs2182985	G	A	590.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.202;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.575;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=2;PP=434;ReadPosRankSum=0.024;SC=ACATAATTCTGCTACTCAGAG;SOR=1.633;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=38;TCF=35;TCR=3;TR=23;WE=61451337;WS=61451319;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,25:0.54:46
chr14	61451589	rs2149303	C	T	594.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-2.209;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=16;PP=324;ReadPosRankSum=1.514;SC=ACATATAGAACTGGATGTCTC;SOR=0.824;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=50;TCF=11;TCR=39;TR=21;WE=61451597;WS=61451579;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,27:0.46:59
chr14	61453739	rs33922839	C	CT	6078.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=31;NR=55;PP=2976;SC=ATCTGTTTCTCTTCTTTTTTC;SOR=0.933;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=92;TCF=34;TCR=58;TR=86;WE=61453747;WS=61453729;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,193:1.00:193
chr14	61453887	rs200167514	CT	C	189.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.721;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.79;ReadPosRankSum=-0.262;SOR=0.733;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:71,35:0.33:106
chr14	61453942	rs12891495	C	T	1423.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=6;NR=45;PP=1277;SC=GAGTATAATACGTAACTAACT;SOR=2.494;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=51;TCF=6;TCR=45;TR=51;WE=61453950;WS=61453932;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr14	61497058	rs1465147	T	C	144.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=50;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=3;PP=114;SC=TAATCTTCCATATGTTGTCAT;SOR=1.022;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=5;TCF=2;TCR=3;TR=5;WE=61497066;WS=61497057;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr14	61497147	rs1465146	A	T	628.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=16;NR=3;PP=365;SC=TAGGAACACTATTTATTCTTT;SOR=1.802;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=20;TCF=16;TCR=4;TR=19;WE=61497155;WS=61497137;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr14	61497285	rs1465145	T	C	2562.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=31;NR=34;PP=949;SC=TGTATTAATTTGATAAATATG;SOR=0.713;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=65;TCF=31;TCR=34;TR=65;WE=61497293;WS=61497275;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr14	61509924	rs2296921	T	C	1818.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=19;NR=24;PP=913;SC=TAGAGAAAGGTTTCCAGGTAA;SOR=0.784;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=44;TCF=20;TCR=24;TR=43;WE=61509932;WS=61509914;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr14	61747644	rs3196765	A	G	2639.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=3.112;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=304;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=54;PP=1516;ReadPosRankSum=0.195;SC=CCGAGCAGTTACCGGTGCCCG;SOR=0.674;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=214;TCF=93;TCR=121;TR=95;WE=61747652;WS=61747634;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:172,126:0.42:298
chr14	61789318	rs1886466	C	G	828.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=3;NR=16;PP=419;SC=TCTTCGTCCACGTGGCCGCGG;SOR=2.019;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=19;TCF=3;TCR=16;TR=19;WE=61789326;WS=61789308;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr14	61915751	rs2296273	G	A	3605.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.193;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=78;NR=31;PP=2277;ReadPosRankSum=-0.709;SC=AAGGATGGGCGCACCAGCTGC;SOR=0.728;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=110;TCF=79;TCR=31;TR=109;WE=61915759;WS=61915741;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,130:0.99:131
chr14	61952429	rs1536016	T	C	3834.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.867;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=407;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.763;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=76;PP=2039;ReadPosRankSum=-0.498;SC=CCTCTCCTGGTATGATCCATC;SOR=0.742;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=264;TCF=101;TCR=163;TR=122;WE=61952437;WS=61952419;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:213,185:0.46:398
chr14	61995673	rs2463117	C	T	176.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=1.083;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.139;HP=3;HapScore=2;MGOF=59;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=1;PP=225;ReadPosRankSum=0.883;SC=GAAGCTCATGCGGCCGCATGT;SOR=2.115;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=27;TCF=23;TCR=4;TR=12;WE=61995681;WS=61995663;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,8:0.42:19
chr14	61995691	.	CGT	C,CGTGTGTGTGTGT	927.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=59.90;QD=29.93;SOR=2.670;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:0,16,15:0.52,0.48:31
chr14	61997226	rs1088680	C	T	5230.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=71;NR=61;PP=2350;SC=AGGCAGAGAACGAAGATGACC;SOR=0.842;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=132;TCF=71;TCR=61;TR=132;WE=61997234;WS=61997216;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,200:1.00:200
chr14	61997393	rs1088679	T	C	2245.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=18;NR=41;PP=1359;SC=TTTTCAGTACTTCCCACCAGT;SOR=1.493;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=59;TCF=18;TCR=41;TR=59;WE=61997401;WS=61997383;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr14	62037297	rs798792	C	A	863.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=16;NR=10;PP=529;SC=TCCTGAACAGCATCCAGTTTG;SOR=0.957;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=16;TCR=10;TR=26;WE=62037305;WS=62037287;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr14	62204748	rs372062450	TA	T	208.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.031;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.22;ReadPosRankSum=-0.333;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,20:0.50:40
chr14	62205175	rs10138153	T	C	1744.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=4;NR=42;PP=1241;SC=TTCAAACACTTATTTGAACCA;SOR=3.651;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=46;TCF=4;TCR=42;TR=46;WE=62205183;WS=62205165;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr14	62207557	rs11549465	C	T	5480.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.581;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=561;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.100;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=107;NR=70;PP=2764;ReadPosRankSum=0.249;SC=TCAGTTGTCACCATTAGAAAG;SOR=0.798;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=380;TCF=222;TCR=158;TR=177;WE=62207565;WS=62207547;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:288,260:0.47:548
chr14	62208005	rs4902080	T	C	982.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=27;PP=788;SC=AACTTTCTGATATATATGCCC;SOR=4.047;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=32;TCF=5;TCR=27;TR=32;WE=62208013;WS=62207995;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr14	62211578	rs60361955	CGTGTGT	CGT,C	237.19	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=0.514;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=3;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=0,0;NR=4,4;PP=81,81;ReadPosRankSum=2.100;SC=TGTGCTATTTCGTGTGTGTGT;SOR=1.329;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=4,4;WE=62211591;WS=62211568;set=Intersection	GT:AF:DP	0/1:0.82:11
chr14	62212675	rs4902082	C	T	161.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=0.026;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.566;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=6;PP=88;ReadPosRankSum=0.177;SC=GGCGCGGTGGCTCACACCTGT;SOR=1.214;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=22;TCF=8;TCR=14;TR=8;WE=62212683;WS=62212665;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,10:0.32:31
chr14	62213848	rs2057482	T	C	2093.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.508;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.549;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.958;NF=23;NR=37;PP=1012;ReadPosRankSum=-2.125;SC=TGGTGGCTCATTACCTAAAGC;SOR=0.614;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=115;TCF=43;TCR=72;TR=60;WE=62213856;WS=62213838;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,98:0.53:186
chr14	62213929	rs5809121	A	AT	624.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=0.283;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.269;HP=4;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.872;NF=1;NR=21;PP=747;ReadPosRankSum=0.947;SC=GGTTAGTTCAATTTTGATCCC;SOR=1.030;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=37;TCF=2;TCR=35;TR=22;WE=62213937;WS=62213919;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,29:0.59:49
chr14	62233806	rs1254677	A	G	1297.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=26;PP=728;SC=CAAGTACCATATTTTTATAAT;SOR=1.426;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=38;TCF=11;TCR=27;TR=37;WE=62233814;WS=62233796;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr14	62462766	rs8019076	T	C	2878.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=42;NR=26;PP=1393;SC=TCTCAGGATGTTCAGAACTTC;SOR=1.008;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=68;TCF=42;TCR=26;TR=68;WE=62462774;WS=62462756;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr14	62463303	rs61743836	G	A	2354.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.445;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FS=0.671;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.31;ReadPosRankSum=1.215;SOR=0.586;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:72,64:0.47:136
chr14	62463311	rs62639692	A	G	2243.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.479;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.86;ReadPosRankSum=0.916;SOR=0.646;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:59,60:0.50:119
chr14	62546001	rs1892051	C	G	547.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=1.964;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.582;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=4;PP=367;ReadPosRankSum=-0.548;SC=TGCATGCTCACAGGAAAGGAT;SOR=0.275;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=32;TCF=27;TCR=5;TR=19;WE=62546009;WS=62545991;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,22:0.56:39
chr14	62546256	rs2353777	C	T	1241.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=0.698;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.577;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=29;PP=623;ReadPosRankSum=-2.200;SC=TAAGGAAATACGAACCCAGAG;SOR=0.499;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=93;TCF=29;TCR=64;TR=42;WE=62546264;WS=62546246;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,59:0.51:115
chr14	62547469	rs7148330	G	A	112.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-0.260;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.727;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=0;PP=87;ReadPosRankSum=0.838;SC=GGATTCTGAAGGAGCACAAAG;SOR=2.409;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=15;TCR=3;TR=6;WE=62547477;WS=62547459;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,6:0.30:20
chr14	63174616	rs7161127	T	C	13183.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=499;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=165;NR=150;PP=2965;SC=AATCTGTTTTTCTTAGTGGGT;SOR=0.798;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=317;TCF=165;TCR=152;TR=315;WE=63174624;WS=63174606;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,497:1.00:497
chr14	63269317	rs12588427	T	C	1710.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.522;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.525;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=39;PP=764;ReadPosRankSum=-0.094;SC=AGGTGAGAGATGAATAAGTGA;SOR=0.880;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=117;TCF=48;TCR=69;TR=62;WE=63269325;WS=63269307;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:98,89:0.48:187
chr14	63417285	.	TA	T	166.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.719;ClippingRankSum=0.000;DP=85;ExcessHet=3.0103;FS=1.082;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.25;MQRankSum=1.826;QD=2.38;ReadPosRankSum=0.755;SOR=0.909;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:46,24:0.34:70
chr14	63453773	rs1950975	A	G	5338.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.620;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=512;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.103;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=90;NR=66;PP=2379;ReadPosRankSum=-0.574;SC=GGGAAGCAAAATTCATCTCAT;SOR=0.808;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=324;TCF=180;TCR=144;TR=156;WE=63453781;WS=63453763;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:253,255:0.50:508
chr14	63779846	rs5809192	G	GA	5262.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=7;NR=88;PP=2972;SC=CCCATAGATAGAAACAGAGAA;SOR=1.299;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=99;TCF=7;TCR=92;TR=95;WE=63779854;WS=63779836;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,177:1.00:177
chr14	63784378	rs34096978	G	A	3520.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.330;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=345;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.296;HP=1;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=73;NR=40;PP=1789;ReadPosRankSum=-0.048;SC=GTCTCACAGCGACCCCAGCAG;SOR=0.791;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=235;TCF=149;TCR=86;TR=113;WE=63784386;WS=63784368;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:177,167:0.49:344
chr14	63784407	rs11382440	A	AG	17088.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=471;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=79;NR=129;PP=2936;SC=GGTGATCCGAAGCCCCTGCAG;SOR=0.941;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=212;TCF=80;TCR=132;TR=208;WE=63784415;WS=63784397;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,466:1.00:466
chr14	63881729	.	TTA	T	78.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.637;ClippingRankSum=-0.000;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=1;PP=112;ReadPosRankSum=-0.231;SC=TAACTTATGTTTATATATATA;SOR=0.495;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=7;TCF=5;TCR=2;TR=3;WE=63881738;WS=63881719;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,4:0.44:9
chr14	63888597	rs140147434	T	G	400.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.412;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.528;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=2;PP=268;ReadPosRankSum=-1.650;SC=TAACTTTCCATTAGTGTACTC;SOR=0.116;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=22;TCF=20;TCR=2;TR=14;WE=63888605;WS=63888594;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,16:0.64:25
chr14	64375985	rs2275018	G	T	5800.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=55;NR=81;PP=2617;SC=ACAGAAACTGGGGAAACCTTA;SOR=0.981;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=136;TCF=55;TCR=81;TR=136;WE=64375993;WS=64375975;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,218:1.00:218
chr14	64408852	rs33976862	G	C	478.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.358;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.812;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=16;PP=361;ReadPosRankSum=1.406;SC=CAATTATCCTGCACTTTCATG;SOR=1.287;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=49;TCF=16;TCR=33;TR=22;WE=64408860;WS=64408842;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,25:0.42:60
chr14	64421392	rs1255874	G	A	2763.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=60;NR=21;PP=1776;SC=GGGGTGTTACGTTCTTTTTAA;SOR=1.760;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=81;TCF=60;TCR=21;TR=81;WE=64421400;WS=64421382;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr14	64423187	rs2792201	C	A	5673.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=70;NR=46;PP=2270;SC=CAACTCTCTTCAGCTGATGTG;SOR=0.928;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=117;TCF=70;TCR=47;TR=116;WE=64423195;WS=64423177;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,215:1.00:215
chr14	64423316	rs34939365	G	A	821.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.542;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.077;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=22;PP=491;ReadPosRankSum=0.086;SC=TATCATTTAAGTATACAAATT;SOR=0.524;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=56;TCF=11;TCR=45;TR=28;WE=64423324;WS=64423306;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,36:0.52:69
chr14	64428154	rs1255884	A	G	1187.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-2.232;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.861;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=9;PP=710;ReadPosRankSum=-0.450;SC=CCTGTGAACCAAATGGCAGAG;SOR=0.548;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=81;TCF=65;TCR=16;TR=44;WE=64428162;WS=64428144;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,55:0.54:101
chr14	64430770	rs34753731	G	A	160.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=1.632;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.965;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=7;PP=103;ReadPosRankSum=-1.284;SC=AGAGTTGAGCGTAAGTATGTT;SOR=2.303;SbPval=0.93;Source=Platypus;TC=24;TCF=7;TCR=17;TR=8;WE=64430778;WS=64430760;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,9:0.33:27
chr14	64443258	.	CTTT	C	1454.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.334;ClippingRankSum=0.000;DP=98;ExcessHet=3.0103;FS=10.626;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.33;MQRankSum=1.601;QD=15.64;ReadPosRankSum=0.636;SOR=0.886;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,61:0.66:93
chr14	64449237	.	CAA	C	32.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.670;ClippingRankSum=0.000;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.21;ReadPosRankSum=-0.537;SOR=0.336;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,6:0.22:27
chr14	64457079	rs1255907	G	A	318.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-2.222;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.657;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=3;PP=142;ReadPosRankSum=-0.493;SC=TTAATGTTTAGCATATAATCA;SOR=0.283;SbPval=0.26;Source=Platypus;TC=17;TCF=14;TCR=3;TR=10;WE=64457087;WS=64457069;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,15:0.56:27
chr14	64457441	rs1273193	G	A	167.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=0.731;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=6;PP=114;ReadPosRankSum=1.341;SC=AATTTAAAGCGTATCAGAAAA;SOR=1.230;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=16;TCF=5;TCR=11;TR=8;WE=64457449;WS=64457431;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,8:0.50:16
chr14	64460536	rs60596461	A	AT	210.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.363;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.59;ReadPosRankSum=-0.151;SOR=1.112;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,16:0.50:32
chr14	64462007	rs1255912	A	C	448.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.013;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.381;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=10;PP=216;ReadPosRankSum=-0.161;SC=TAGGATGAAAACTGTTCTGAA;SOR=0.411;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=37;TCF=14;TCR=23;TR=18;WE=64462015;WS=64461997;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,24:0.47:51
chr14	64462071	rs1255913	G	T	157.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-1.379;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=6;PP=88;ReadPosRankSum=-0.254;SC=CTTCACACTCGCAGCAGAGCC;SOR=0.784;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=0;TCR=14;TR=6;WE=64462079;WS=64462061;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,8:0.40:20
chr14	64468918	.	GT	AT	243	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;FR=0.5000,0.5000;HP=9;HapScore=4;MGOF=2;MMLQ=26;MQ=60.0;NF=1,0;NR=8,3;PP=243,147;QD=30.8634680608;SC=AGCCATGACAGTTTTTTTTTC;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=13;TCF=2;TCR=11;TR=9,3;WE=64468926;WS=64468908;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:4,9:0.69:13
chr14	64468918	.	GT	GTT	243	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;FR=0.5000,0.5000;HP=9;HapScore=4;MGOF=2;MMLQ=26;MQ=60.0;NF=1,0;NR=8,3;PP=243,147;QD=30.8634680608;SC=AGCCATGACAGTTTTTTTTTC;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=13;TCF=2;TCR=11;TR=9,3;WE=64468926;WS=64468908;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:8,3:0.27:11
chr14	64468918	rs12147217	G	A,GT	280.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;QD=21.59;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:0,8,5:0.62,0.38:13
chr14	64469828	rs17751301	C	T	3274.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.073;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=374;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=55;PP=1569;ReadPosRankSum=1.394;SC=AGATGCTGAACGGGGTGATGA;SOR=0.696;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=243;TCF=123;TCR=120;TR=112;WE=64469836;WS=64469818;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:205,165:0.45:370
chr14	64470137	rs34215796	C	A	1194.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.347;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=33;PP=767;ReadPosRankSum=-0.535;SC=CTTCCTATGTCTTTCTGCTTC;SOR=0.759;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=99;TCF=33;TCR=66;TR=50;WE=64470145;WS=64470127;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,56:0.47:118
chr14	64476680	rs7146588	T	A	52.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=0.255;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.769;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=1;PP=44;ReadPosRankSum=-0.907;SC=TTTTCTATTCTTAGTCTTGAA;SOR=1.609;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=14;TCF=12;TCR=2;TR=5;WE=64476688;WS=64476670;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,4:0.25:16
chr14	64484419	rs200143024	C	T	931.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.238;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=15;PP=392;ReadPosRankSum=-1.581;SC=ACAGAAAAGGCCCTTCAAAAA;SOR=0.693;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=58;TCF=29;TCR=29;TR=30;WE=64484427;WS=64484409;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,48:0.49:98
chr14	64491695	rs4902264	T	C	9446.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=372;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=103;NR=99;PP=2965;SC=TGGAAAGGAATGGAAGAACCA;SOR=0.715;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=202;TCF=103;TCR=99;TR=202;WE=64491703;WS=64491685;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,368:1.00:368
chr14	64494278	rs10151127	C	T	1634.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=32;NR=12;PP=977;SC=GCTCATAGAACTAAAGAAGAA;SOR=1.649;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=44;TCF=32;TCR=12;TR=44;WE=64494286;WS=64494268;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr14	64496749	rs4027402	C	T	6570.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=254;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=62;NR=99;PP=2965;SC=GATCAAATAGCGGTTGAGGAA;SOR=1.016;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=161;TCF=62;TCR=99;TR=161;WE=64496757;WS=64496739;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,247:1.00:247
chr14	64496872	rs3866737	G	C	771.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=19;PP=560;SC=AGAAATTCCAGTGGTATTCAG;SOR=3.014;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=21;TCF=2;TCR=19;TR=21;WE=64496880;WS=64496862;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr14	64497930	rs4027404	G	A	6222.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=236;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=98;NR=64;PP=2965;SC=TGTCTCAACAGCATTCTCAAA;SOR=1.060;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=164;TCF=98;TCR=66;TR=162;WE=64497938;WS=64497920;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,233:1.00:233
chr14	64498037	rs4027405	G	A	7475.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=299;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=96;NR=108;PP=2965;SC=GGAATCAGCTGCAGTGGAAAA;SOR=0.785;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=204;TCF=96;TCR=108;TR=204;WE=64498045;WS=64498027;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,295:1.00:295
chr14	64501192	rs9783605	G	A	597.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=16;NR=4;PP=442;SC=TTTTTCTTTAGTAAATGTCAT;SOR=2.303;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=16;TCR=4;TR=20;WE=64501200;WS=64501182;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr14	64519035	rs1890908	A	G	9809.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=362;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=86;NR=182;PP=2965;SC=CTATGAGGGCAGTGATTTAAA;SOR=1.398;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=269;TCF=86;TCR=183;TR=268;WE=64519043;WS=64519025;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,355:1.00:355
chr14	64519455	rs3829767	A	G	2720.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=35;NR=38;PP=1465;SC=GGAACACAAGATAAAGTTTTG;SOR=0.797;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=73;TCF=35;TCR=38;TR=73;WE=64519463;WS=64519445;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr14	64520416	rs10138253	G	A	1057.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=22;PP=704;SC=TGGGTGCGGGGGCTCACGCCT;SOR=2.115;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=27;TCF=5;TCR=22;TR=27;WE=64520424;WS=64520406;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr14	64522550	rs10676670	T	TAATAA	611.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=61.43;QD=40.78;SOR=5.549;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr14	64522674	rs8010911	G	C	5882.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=76;NR=55;PP=2594;SC=TGTCTTGAATGATGCTTATGA;SOR=0.907;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=132;TCF=76;TCR=56;TR=131;WE=64522682;WS=64522664;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,224:1.00:224
chr14	64522843	rs8010699	A	G	4760.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=63;NR=72;PP=2649;SC=ACAGTAGCACACATCCAGGAC;SOR=0.774;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=135;TCF=63;TCR=72;TR=135;WE=64522851;WS=64522833;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,179:1.00:179
chr14	64523094	rs7153376	G	A	403.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=11;PP=253;SC=TTTTTTCTCTGTCATTAACAC;SOR=3.126;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=12;TCF=1;TCR=11;TR=12;WE=64523102;WS=64523084;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr14	64532107	rs1255972	A	G	1309.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=37;NR=3;PP=882;SC=CAGGAAAACCATAATAGTATG;SOR=4.003;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=40;TCF=37;TCR=3;TR=40;WE=64532115;WS=64532097;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr14	64537295	rs1255965	T	G	711.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.675;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=3;PP=477;ReadPosRankSum=0.278;SC=AAAAATTATGTCTACTTCAGG;SOR=1.402;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=21;TCF=18;TCR=3;TR=20;WE=64537303;WS=64537285;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,25:0.96:26
chr14	64537657	rs1255964	G	A	2741.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=23;NR=51;PP=1481;SC=TATTAAGGACGTGTGCTTGAC;SOR=1.519;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=75;TCF=23;TCR=52;TR=74;WE=64537665;WS=64537647;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr14	64542872	rs1255960	G	A	684.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=20;PP=556;SC=ATGACTATCAGGAGGAAAATA;SOR=3.912;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=23;TCF=3;TCR=20;TR=22;WE=64542880;WS=64542862;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr14	64551688	rs1255953	C	T	6011.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=237;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=76;NR=68;PP=2539;SC=CTTACAGACACGTGGGCTCCT;SOR=0.737;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=144;TCF=76;TCR=68;TR=144;WE=64551696;WS=64551678;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,233:1.00:233
chr14	64564527	rs8007972	C	T	523.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=16;NR=0;PP=441;SC=GGAGCTATACCGTACCAGAGA;SOR=5.670;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=16;TCR=0;TR=16;WE=64564535;WS=64564517;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr14	64565582	rs9323444	T	C	2196.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=13;NR=42;PP=1222;SC=TAGAACCAGATCTCTAAAAGA;SOR=1.734;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=55;TCF=13;TCR=42;TR=55;WE=64565590;WS=64565572;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr14	64604595	rs12881815	G	A	2822.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.587;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=269;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.932;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=43;PP=1281;ReadPosRankSum=0.532;SC=GAGCTGTCCTGAATTAGAGGG;SOR=0.737;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=160;TCF=79;TCR=81;TR=86;WE=64604603;WS=64604585;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:127,140:0.52:267
chr14	64656682	.	AT	A	161.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.835;ClippingRankSum=0.000;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=2.774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.41;ReadPosRankSum=0.485;SOR=0.354;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:42,25:0.37:67
chr14	64855004	.	A	G	1776.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.590;ClippingRankSum=0.000;DP=226;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.334;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=18;PP=648;ReadPosRankSum=0.063;SC=GCAGGGGGAGAAGCGGGCAGG;SOR=0.880;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=134;TCF=77;TCR=57;TR=46;WE=64855012;WS=64854994;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:125,94:0.43:219
chr14	64879352	rs10678665	A	AT	325.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.550;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FS=5.379;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.71;ReadPosRankSum=0.719;SOR=0.199;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,32:0.56:57
chr14	64882380	rs1950902	A	G	7601.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=275;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=90;NR=94;PP=2965;SC=AATGCTGGGAAACTTGCTAGA;SOR=0.723;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=184;TCF=90;TCR=94;TR=184;WE=64882388;WS=64882370;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,272:1.00:272
chr14	64908845	rs2236225	G	A	12260.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.232;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=465;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=154;NR=152;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.894;SC=ATTGCAGACCGGATCGCACTC;SOR=0.698;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=315;TCF=161;TCR=154;TR=306;WE=64908853;WS=64908835;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,453:0.99:457
chr14	64909151	rs2236224	G	A	2136.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.222;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.472;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=42;PP=1236;ReadPosRankSum=-0.987;SC=TCTGATTATCGGCAGTGTGCT;SOR=2.242;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=53;TCF=10;TCR=43;TR=51;WE=64909159;WS=64909141;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,76:0.97:78
chr14	64911627	rs1256143	T	C	435.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=2.492;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=14;PP=304;ReadPosRankSum=0.285;SC=AGGGAAGATGTACCTCACAAA;SOR=0.634;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=36;TCF=6;TCR=30;TR=17;WE=64911635;WS=64911617;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,18:0.49:37
chr14	64926433	rs75480958	GTGCT	G	559.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=5;NR=1;PP=306;SC=AAACATTTCAGTGCTTGCTTA;SOR=2.303;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=8;TCF=7;TCR=1;TR=6;WE=64926444;WS=64926423;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr14	64935720	rs1256149	C	T	10974.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=404;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=135;NR=147;PP=2965;SC=AGCAATAGCACAACTTCTGGA;SOR=0.740;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=282;TCF=135;TCR=147;TR=282;WE=64935728;WS=64935710;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,395:1.00:395
chr14	64988114	rs10624421	C	CAA	2662.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=41;NR=7;PP=2513;SC=ATTGTAATAGCAGTCATGCAA;SOR=3.500;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=50;TCF=43;TCR=7;TR=48;WE=64988122;WS=64988104;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr14	64988830	rs45512391	C	A	4497.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.670;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=481;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.519;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=78;NR=65;PP=2295;ReadPosRankSum=-0.302;SC=AAATTATCTACTCCAAAAGAA;SOR=0.761;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=290;TCF=153;TCR=137;TR=143;WE=64988838;WS=64988820;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:255,216:0.46:471
chr14	65008251	rs1063391	C	T	15063.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=583;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=181;NR=176;PP=2965;SC=CGGCCGGCGACACCCACCTGG;SOR=0.732;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=359;TCF=181;TCR=178;TR=357;WE=65008259;WS=65008241;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,581:1.00:581
chr14	65009220	rs11551976	C	T	5348.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.670;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=628;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.59;ReadPosRankSum=0.168;SOR=0.653;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:342,281:0.45:623
chr14	65009534	rs35270454	C	CT	1815.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.152;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.38;MQRankSum=0.372;QD=20.40;ReadPosRankSum=2.992;SOR=0.776;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:4,85:0.96:89
chr14	65016702	rs7156953	T	G	7096.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=263;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=99;NR=68;PP=2965;SC=CCGTATGGCTTCCAGGGCGAG;SOR=0.996;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=167;TCF=99;TCR=68;TR=167;WE=65016710;WS=65016692;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,261:1.00:261
chr14	65019693	rs201070060	A	AT	49.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.420;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.16;ReadPosRankSum=0.469;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,7:0.30:23
chr14	65028728	rs2038271	C	G	948.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-1.745;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=24;PP=630;ReadPosRankSum=1.000;SC=ATATGAATTTCTTTCCTGTTT;SOR=1.402;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=30;TCF=5;TCR=25;TR=29;WE=65028736;WS=65028718;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,34:0.97:35
chr14	65031534	rs6573560	C	T	10342.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.558;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=410;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=115;NR=115;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.726;SC=TTTGCAGAAACTGATGGTCCA;SOR=0.698;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=232;TCF=116;TCR=116;TR=230;WE=65031542;WS=65031524;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,401:1.00:403
chr14	65031572	rs4902293	A	G	9816.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.609;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=384;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=97;NR=122;PP=2965;ReadPosRankSum=2.146;SC=TAACTTCCCAATCATGCCAGA;SOR=0.833;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=221;TCF=98;TCR=123;TR=219;WE=65031580;WS=65031562;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,379:0.99:381
chr14	65032226	rs8007313	C	T	7710.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=296;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=92;NR=99;PP=2965;SC=CATACATACACATATCCATAC;SOR=0.729;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=192;TCF=93;TCR=99;TR=191;WE=65032234;WS=65032216;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,283:1.00:283
chr14	65068221	rs11158545	C	A	10300.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=391;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;NF=121;PP=2965;SC=TTCGAATCCACCATTTCTGCG;SOR=0.758;Source=Platypus;TCF=121;WE=65068229;WS=65068211;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,382:1.00:382
chr14	65068330	rs372346293	CTG	C	11074.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.474;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=262;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=35;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.622;NF=24;NR=96;PP=2957;ReadPosRankSum=2.121;SC=CAATTCCTATCTGTCAGTTCC;SOR=0.998;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=125;TCF=25;TCR=100;TR=120;WE=65068354;WS=65068320;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,252:0.98:256
chr14	65068333	.	T	C	11082.77	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=2.080;ClippingRankSum=0.000;DP=256;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=56.42;MQRankSum=0.622;QD=43.29;ReadPosRankSum=2.189;SOR=0.998;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:4,252:0.98:256
chr14	65068336	rs369006858	G	A	11172.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.191;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=258;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=56.45;MQRankSum=0.635;QD=43.31;ReadPosRankSum=2.151;SOR=0.996;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:4,254:0.98:258
chr14	65068341	rs377267839	TTCTC	T	11231.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.238;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=257;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=35;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.714;NF=16;NR=96;PP=2965;ReadPosRankSum=2.133;SC=TGTCAGTTCCTTCTCGGCATT;SOR=0.987;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=113;TCF=16;TCR=97;TR=112;WE=65068354;WS=65068320;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,253:0.98:257
chr14	65068346	.	G	A	11015.77	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.931;ClippingRankSum=0.000;DP=255;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=35;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.787;NF=71;NR=96;PP=2965;ReadPosRankSum=2.006;SC=GTTCCTTCTCGGCATTTCTTT;SOR=1.010;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=190;TCF=75;TCR=115;TR=167;WE=65068354;WS=65068320;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,251:0.98:255
chr14	65289978	rs179338	A	G	1259.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=27;PP=717;SC=GCAGAACGCCATGTCATCTGC;SOR=2.200;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=6;TCR=27;TR=33;WE=65289986;WS=65289968;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr14	65381022	rs72726294	C	T	2248.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=4.328;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.179;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=68;NR=23;PP=1655;ReadPosRankSum=1.706;SC=CACCCTTTGCCCACGCACGGT;SOR=0.820;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=189;TCF=139;TCR=50;TR=91;WE=65381030;WS=65381012;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:115,97:0.46:212
chr14	65392722	rs72726300	T	C	949.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.135;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=11;PP=434;ReadPosRankSum=-0.812;SC=CTCTTTGTTTTAGCAGATTTG;SOR=0.705;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=62;TCF=38;TCR=24;TR=29;WE=65392730;WS=65392712;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,47:0.49:96
chr14	65392918	rs2147615	G	A	67.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.876;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.24;ReadPosRankSum=1.304;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,6:0.38:16
chr14	65392929	.	C	CT	75.52	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.363;ClippingRankSum=-0.000;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=3.233;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=7.55;ReadPosRankSum=0.549;SOR=0.093;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,7:0.70:10
chr14	65406675	rs6413431	A	AGGAG	406.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-2.085;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=6;PP=297;ReadPosRankSum=2.077;SC=TTCACTGTGAAAGAGAGAGAG;SOR=0.653;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=2;TCR=10;TR=6;WE=65406683;WS=65406665;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,11:0.65:17
chr14	65406801	.	AT	A	69.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.846;ClippingRankSum=0.000;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.48;ReadPosRankSum=-0.559;SOR=0.963;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,16:0.34:47
chr14	65407000	rs2071566	C	T	2130.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.116;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=264;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=46;PP=1099;ReadPosRankSum=3.688;SC=CCTACCGACCCACCTACCCAT;SOR=0.709;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=164;TCF=73;TCR=91;TR=83;WE=65407008;WS=65406990;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:151,111:0.42:262
chr14	65410001	rs17880939	T	C	3121.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.619;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=394;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=54;PP=1220;ReadPosRankSum=0.292;SC=TTCTTCTCTTTGTTGCTTTCC;SOR=0.705;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=228;TCF=110;TCR=118;TR=105;WE=65410009;WS=65409991;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:224,168:0.43:392
chr14	65410200	rs3831077	CT	C	576.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-2.831;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.758;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.915;NF=0;NR=11;PP=391;ReadPosRankSum=-1.184;SC=ACTGTACCATCTCCTATATTA;SOR=0.293;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=23;TCF=0;TCR=23;TR=11;WE=65410208;WS=65410190;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,18:0.58:31
chr14	65415366	rs1886506	C	T	559.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.111;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.894;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=14;PP=404;ReadPosRankSum=-1.317;SC=GAGCGGGCGCCTGGTCACCAG;SOR=0.538;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=70;TCF=28;TCR=42;TR=24;WE=65415374;WS=65415356;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,27:0.32:84
chr14	65415472	rs141876654	TGAAA	T	1293.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.431;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=11;PP=518;ReadPosRankSum=-0.300;SC=AGGACATTTCTGAAAGAGAGT;SOR=0.646;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=39;TCF=6;TCR=33;TR=13;WE=65415483;WS=65415462;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,36:0.38:96
chr14	65418475	rs17752452	G	C	982.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-3.642;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.810;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=29;PP=455;ReadPosRankSum=-0.652;SC=GAAAAACTGGGGAGCTAAAGG;SOR=0.483;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=80;TCF=19;TCR=61;TR=38;WE=65418483;WS=65418465;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,50:0.49:102
chr14	65419293	rs45454295	A	G	4085.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.882;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=351;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.306;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=47;PP=1688;ReadPosRankSum=0.668;SC=TCAACACCTGAAGAAAGGAAG;SOR=0.836;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=205;TCF=112;TCR=93;TR=112;WE=65419301;WS=65419283;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:150,198:0.57:348
chr14	65453493	rs3215788	TG	T	584.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.860;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.959;NF=14;NR=3;PP=415;ReadPosRankSum=-0.622;SC=CTCTGCCCAATGGGGGGCGGC;SOR=0.627;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=34;TCF=29;TCR=5;TR=17;WE=65453501;WS=65453492;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,24:0.55:44
chr14	65470831	rs12587546	A	G	3883.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=71;NR=40;PP=1926;SC=TGCAGAACCCATCTTACAGTA;SOR=1.225;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=113;TCF=72;TCR=41;TR=111;WE=65470839;WS=65470821;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,151:1.00:151
chr14	65472874	rs56964460	C	CT	455.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.658;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.13;MQRankSum=0.963;QD=6.42;ReadPosRankSum=0.029;SOR=0.829;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,39:0.55:71
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chr14	65801811	rs12881755	A	G	2866.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=35;NR=29;PP=1180;SC=AATGTAGGTAAGAAAGGTGCT;SOR=0.916;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=73;TCF=35;TCR=38;TR=64;WE=65801819;WS=65801801;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr14	65878807	rs1953416	C	T	4134.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.948;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=400;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.175;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=65;PP=1983;ReadPosRankSum=-0.099;SC=CTGTCGCAGCCGCGGGTCGGG;SOR=0.654;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=247;TCF=124;TCR=123;TR=129;WE=65878815;WS=65878797;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:195,197:0.50:392
chr14	66028446	rs2229677	A	G	2575.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.440;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=284;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.434;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=40;PP=1062;ReadPosRankSum=0.488;SC=GCTTAAAACAACAGAATGAAG;SOR=0.644;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=163;TCF=71;TCR=92;TR=73;WE=66028454;WS=66028436;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:151,132:0.47:283
chr14	66028505	rs3825639	T	C	1614.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.123;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.602;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=37;PP=742;ReadPosRankSum=-0.336;SC=AAATACTGAATGAAGAATGAT;SOR=0.524;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=125;TCF=41;TCR=84;TR=58;WE=66028513;WS=66028495;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:104,85:0.45:189
chr14	66082573	rs8012278	A	G	286.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=2.502;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.515;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=1;PP=161;ReadPosRankSum=-1.165;SC=ATTTGGTACTACTTTTGTGCT;SOR=0.191;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=24;TCF=22;TCR=2;TR=10;WE=66082581;WS=66082563;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,12:0.43:28
chr14	66136163	rs35949016	C	A	2270.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.330;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.046;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=46;PP=1323;ReadPosRankSum=0.251;SC=GAGACATGCACAGACAGATCT;SOR=0.616;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=153;TCF=67;TCR=86;TR=85;WE=66136171;WS=66136153;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:106,110:0.51:216
chr14	66200177	rs3742597	A	G	1053.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.367;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=29;PP=626;ReadPosRankSum=1.316;SC=TTGTGTGTCTATGTGTTGTTA;SOR=0.646;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=75;TCF=20;TCR=55;TR=39;WE=66200185;WS=66200167;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,48:0.55:88
chr14	66209190	rs1054218	C	G	398.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.838;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=14;PP=300;ReadPosRankSum=-1.247;SC=CAAACCATTTCAGCCAAACTG;SOR=0.845;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=39;TCF=6;TCR=33;TR=16;WE=66209198;WS=66209180;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,19:0.37:51
chr14	67382683	rs376213718	G	T	2100.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.075;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=25;PP=1015;ReadPosRankSum=0.663;SC=GGCATTCATAGCAATTTAGTG;SOR=0.658;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=148;TCF=92;TCR=56;TR=69;WE=67382691;WS=67382673;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:121,104:0.46:225
chr14	67555878	rs12323748	A	G	31.41	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.524;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=61;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=71;PP=2082;ReadPosRankSum=0.524;SC=TTTTTTTTCAAATTTTTGGCT;SOR=0.223;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=74;TCF=2;TCR=72;TR=72;WE=67555886;WS=67555868;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,4:0.80:5
chr14	67790332	.	A	AAT	218.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.330;ClippingRankSum=0.000;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=1.790;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.05;ReadPosRankSum=-0.846;SOR=1.339;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,13:0.24:54
chr14	67814219	rs71129819	C	CT	486.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.231;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FS=1.100;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.13;MQRankSum=0.805;QD=9.01;ReadPosRankSum=0.646;SOR=0.916;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,34:0.63:54
chr14	67819567	rs10718799	CA	C	1041.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.414;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.36;MQRankSum=0.353;QD=18.28;ReadPosRankSum=-0.655;SOR=0.832;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,55:0.96:57
chr14	67848479	rs34614329	CT	C	144.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.629;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=255;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.08;MQRankSum=2.759;QD=0.73;ReadPosRankSum=0.391;SOR=0.628;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:159,38:0.19:197
chr14	67855190	rs150974897	C	A	1369.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=27;PP=745;SC=AGTAAGGAAGCTTGGGCCTCT;SOR=1.656;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=38;TCF=11;TCR=27;TR=38;WE=67855198;WS=67855180;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr14	68022410	rs3742868	C	T	2711.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=50;NR=16;PP=1454;SC=CTGACACTCTCGAGCCACTTG;SOR=1.634;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=67;TCF=50;TCR=17;TR=66;WE=68022418;WS=68022400;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr14	68028538	rs11628043	A	G	475.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=10;NR=5;PP=302;SC=AGTGAGCCAAAATTGCTCCAC;SOR=0.914;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=17;TCF=10;TCR=7;TR=15;WE=68028546;WS=68028537;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr14	68029118	rs45616031	C	A	5739.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.116;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=568;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.522;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=101;NR=105;PP=2867;ReadPosRankSum=1.674;SC=CCCCTTCAACCTCATCTGGGA;SOR=0.621;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=354;TCF=168;TCR=186;TR=206;WE=68029126;WS=68029108;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:275,287:0.51:562
chr14	68035879	rs3825725	A	G	2548.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.461;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=262;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.498;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=35;PP=1231;ReadPosRankSum=0.433;SC=TGCTGTGGCCACATCGGGCAT;SOR=0.808;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=167;TCF=97;TCR=70;TR=87;WE=68035887;WS=68035869;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:130,129:0.50:259
chr14	68036853	rs2273593	G	C	581.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=3.598;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.778;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=20;PP=465;ReadPosRankSum=-0.743;SC=CCAGGGAGCTGAGCCCAGCAC;SOR=1.154;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=43;TCF=5;TCR=38;TR=22;WE=68036861;WS=68036843;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,22:0.51:43
chr14	68038697	rs2236234	C	G	1185.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=1.908;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=25;PP=910;ReadPosRankSum=1.636;SC=TGAACATGGGCGTCCCCACTT;SOR=0.754;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=82;TCF=37;TCR=45;TR=45;WE=68038705;WS=68038687;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,48:0.53:90
chr14	68038729	rs2236233	A	G	2344.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=52;NR=26;PP=1727;SC=GTGACCCCCCAGCAGCTCCAC;SOR=1.347;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=78;TCF=52;TCR=26;TR=78;WE=68038737;WS=68038719;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr14	68038779	rs2236232	T	G	1481.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=3.259;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=17;PP=1064;ReadPosRankSum=0.144;SC=GGTGGTCAAGTCTCAGCAGCT;SOR=0.752;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=124;TCF=88;TCR=36;TR=59;WE=68038787;WS=68038769;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,65:0.44:148
chr14	68039027	rs2236231	A	G	2347.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.355;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=277;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.510;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=52;PP=1250;ReadPosRankSum=-1.196;SC=GCAGGGTGGAAGCAGAATGCA;SOR=0.584;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=204;TCF=74;TCR=130;TR=85;WE=68039035;WS=68039017;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:154,115:0.43:269
chr14	68040389	rs11625701	T	C	673.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.943;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=7;PP=432;ReadPosRankSum=3.598;SC=TCACCCATCATAACACAGCCA;SOR=0.739;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=57;TCF=43;TCR=14;TR=26;WE=68040397;WS=68040379;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,32:0.40:81
chr14	68042255	rs4902490	A	G	1497.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.911;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.166;NF=19;NR=29;PP=664;ReadPosRankSum=-0.338;SC=CTGCCACTCTATGTCCTGATG;SOR=0.717;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=116;TCF=46;TCR=70;TR=48;WE=68042263;WS=68042245;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:104,78:0.43:182
chr14	68042496	rs4902491	A	G	545.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-1.088;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.343;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=5;PP=388;ReadPosRankSum=-0.764;SC=AGACTCCCTCATCCCCCACTG;SOR=1.133;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=63;TCF=49;TCR=14;TR=28;WE=68042504;WS=68042486;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,30:0.41:73
chr14	68044005	rs4902492	C	T	5441.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=75;NR=59;PP=2617;SC=TCTCTGGTTCCGTGCTTTGGG;SOR=0.840;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=135;TCF=75;TCR=60;TR=134;WE=68044013;WS=68043995;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,202:1.00:202
chr14	68045753	rs7152499	T	C	1097.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=0.623;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.780;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.517;NF=33;NR=11;PP=746;ReadPosRankSum=-1.005;SC=CTGCCCCAGCTACAGTTTTGG;SOR=1.011;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=92;TCF=67;TCR=25;TR=44;WE=68045761;WS=68045743;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,50:0.47:106
chr14	68045840	rs10635755	C	CTTCT	4920.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.379;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=240;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.194;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQ=60.18;MQRankSum=1.886;NF=15;NR=31;PP=2447;ReadPosRankSum=0.937;SC=TCCCCTCTTCCGTCTTTTTAG;SOR=0.828;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=95;TCF=27;TCR=68;TR=46;WE=68045848;WS=68045830;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:111,127:0.53:238
chr14	68045935	rs6573781	G	A	1503.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.139;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.610;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.484;NF=17;NR=33;PP=765;ReadPosRankSum=0.371;SC=CCAGGCCATCGCGCATGGAAG;SOR=0.785;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=97;TCF=33;TCR=64;TR=50;WE=68045943;WS=68045925;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,74:0.48:154
chr14	68053259	rs10144151	T	G	303.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=2.317;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.174;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=11;PP=205;ReadPosRankSum=-0.579;SC=TTCCTTGTTGTGGGGAAGACC;SOR=0.172;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=23;TCF=0;TCR=23;TR=11;WE=68053267;WS=68053249;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,13:0.48:27
chr14	68053802	rs734028	T	C	6363.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.079;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=531;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.524;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=102;NR=90;PP=2962;ReadPosRankSum=0.511;SC=TTGCAGAAGCTACCTTCATCA;SOR=0.660;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=342;TCF=182;TCR=160;TR=192;WE=68053810;WS=68053792;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:230,297:0.56:527
chr14	68053977	rs6573783	A	C	11948.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=440;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=126;NR=179;PP=2965;SC=CGATTCCCCAACACCACTAGT;SOR=0.984;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=305;TCF=126;TCR=179;TR=305;WE=68053985;WS=68053967;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,434:1.00:434
chr14	68056966	rs34870406	AT	A	80.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.690;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.47;ReadPosRankSum=0.621;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,19:0.35:55
chr14	68066949	rs11547225	G	A	5247.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.311;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=558;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=72;NR=94;PP=2297;ReadPosRankSum=-0.759;SC=CCCGCACCGCGCGGCGCTGCA;SOR=0.695;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=334;TCF=143;TCR=191;TR=166;WE=68066957;WS=68066939;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:293,262:0.47:555
chr14	68066979	rs7154825	C	T	9932.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=369;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=93;NR=153;PP=2965;SC=CCGGCCCTGGCCGTCTCGCCC;SOR=1.139;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=246;TCF=93;TCR=153;TR=246;WE=68066987;WS=68066969;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,369:1.00:369
chr14	68108747	rs12896052	G	A	451.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=2.311;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=3;PP=309;ReadPosRankSum=-0.513;SC=TAATAGGATCGAGATAATCTT;SOR=0.965;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=26;TCF=22;TCR=4;TR=18;WE=68108755;WS=68108737;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,19:0.63:30
chr14	68113293	rs742869	G	A	1977.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.124;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=248;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.586;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=23;PP=779;ReadPosRankSum=0.852;SC=ACCCACGGACGCACATGATAA;SOR=0.571;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=149;TCF=92;TCR=57;TR=58;WE=68113301;WS=68113283;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:140,103:0.42:243
chr14	68151984	rs2273160	C	G	811.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-2.715;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.906;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=23;PP=542;ReadPosRankSum=0.444;SC=TAGCCCAAAACAGAAAAGGAT;SOR=0.208;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=40;TCF=7;TCR=33;TR=29;WE=68151992;WS=68151974;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,33:0.73:45
chr14	68191109	rs148944474	GTTT	G,GTT	894.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.104;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FS=1.007;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.18;ReadPosRankSum=-0.935;SOR=0.874;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:20,25,35:0.31,0.44:80
chr14	68191115	rs201143586	T	G	204.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.342;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FS=5.181;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.63;ReadPosRankSum=-1.769;SOR=1.402;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:58,20:0.26:78
chr14	68191368	rs61991867	G	A	740.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.764;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=18;PP=375;ReadPosRankSum=0.146;SC=TCCCACTGGGGCCTCTGTCCA;SOR=0.655;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=66;TCF=21;TCR=45;TR=26;WE=68191376;WS=68191358;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,36:0.42:85
chr14	68192653	rs7156725	G	C	1568.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=42;NR=9;PP=1219;SC=CTATCAAAATGTTACCCCAAC;SOR=2.833;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=51;TCF=42;TCR=9;TR=51;WE=68192661;WS=68192643;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr14	68196636	rs718212	C	T	551.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-2.287;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=20;PP=487;ReadPosRankSum=-0.894;SC=GGTGAAATCTCTTTCCCATTC;SOR=0.765;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=34;TCF=3;TCR=31;TR=23;WE=68196644;WS=68196626;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,22:0.59:37
chr14	68220251	rs12880908	C	T	202.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-3.307;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=0;PP=121;ReadPosRankSum=2.256;SC=GGCAAAGTGGCCTAGAGTCTT;SOR=1.148;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=23;TCF=22;TCR=1;TR=8;WE=68220259;WS=68220241;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,10:0.40:25
chr14	68220499	rs111891063	A	AATC	3366.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-2.398;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.801;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=32;PP=1675;ReadPosRankSum=-0.659;SC=AAGGAAAGGGAATCATGCTTA;SOR=0.560;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=98;TCF=11;TCR=87;TR=37;WE=68220507;WS=68220489;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:99,91:0.48:190
chr14	68234539	rs3742883	T	C	11383.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=420;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=90;NR=154;PP=2965;SC=AGGGCTTTCATTCTTGGAGCT;SOR=1.076;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=244;TCF=90;TCR=154;TR=244;WE=68234547;WS=68234529;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,414:1.00:414
chr14	68236522	rs2295111	G	A	724.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=1.568;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.902;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=16;PP=389;ReadPosRankSum=0.014;SC=TTTATACATGGTATTAACTAC;SOR=0.825;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=50;TCF=17;TCR=33;TR=24;WE=68236530;WS=68236512;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,34:0.47:73
chr14	68241611	rs11158695	A	G	218.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-3.059;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.056;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=2;PP=152;ReadPosRankSum=1.198;SC=CAAGATAAACAATTAATAATG;SOR=0.154;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=22;TCF=18;TCR=4;TR=12;WE=68241619;WS=68241601;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,12:0.60:20
chr14	68241648	rs141953477	CAAA	C	714.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.048;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=3.779;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.43;ReadPosRankSum=-0.732;SOR=0.213;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,26:0.63:41
chr14	68242898	rs12886915	G	A	65.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.051;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=4;PP=37;ReadPosRankSum=0.670;SC=TTCTCACTGGGAAGGGGAAGG;SOR=0.735;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=18;TCF=4;TCR=14;TR=5;WE=68242906;WS=68242888;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,5:0.25:20
chr14	68244202	rs767972	C	T	178.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.222;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=2;PP=94;ReadPosRankSum=0.864;SC=CTCAGGTATGCCTTCCCAACA;SOR=0.941;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=16;TCF=10;TCR=6;TR=7;WE=68244210;WS=68244199;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,9:0.47:19
chr14	68246855	rs2295106	T	A	657.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.755;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.761;HP=6;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=11;PP=502;ReadPosRankSum=-1.038;SC=GTTATTTTTTTAAAAAGTGAA;SOR=0.836;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=78;TCF=49;TCR=29;TR=33;WE=68246863;WS=68246845;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,41:0.36:115
chr14	68246876	rs2295107	C	T	1160.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.267;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.926;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=16;PP=640;ReadPosRankSum=-2.018;SC=CATTGATATGCAGAAAGGGGC;SOR=0.956;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=97;TCF=60;TCR=37;TR=46;WE=68246884;WS=68246866;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:94,62:0.40:156
chr14	68248281	rs2235962	C	T	610.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.968;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=1.030;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.91;ReadPosRankSum=-0.458;SOR=0.519;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,31:0.55:56
chr14	68249499	rs2235967	C	T	3460.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.962;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=355;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=46;PP=1517;ReadPosRankSum=-0.404;SC=CTGCTCACCACATGCCACAGC;SOR=0.690;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=237;TCF=136;TCR=101;TR=110;WE=68249507;WS=68249489;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:178,171:0.49:349
chr14	68264867	rs12891164	A	G	3499.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.287;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=307;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.108;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=45;PP=1827;ReadPosRankSum=-0.045;SC=GCTTCTCAGGAGGGCTGCGGC;SOR=0.876;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=225;TCF=126;TCR=99;TR=109;WE=68264875;WS=68264857;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:144,158:0.52:302
chr14	68273412	rs145323881	GT	G	1357.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-0.721;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.225;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.407;NF=2;NR=22;PP=784;ReadPosRankSum=2.339;SC=AAACAAGACGGTTATCAGGAA;SOR=0.367;SbPval=0.26;Source=Platypus;TC=48;TCF=2;TCR=46;TR=24;WE=68273420;WS=68273402;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,45:0.51:88
chr14	68273430	rs181576	A	G	625.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=3.132;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.583;HP=1;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=-0.827;NF=3;NR=17;PP=342;ReadPosRankSum=-1.044;SC=GAAACCAAGAACTCTTCTTTT;SOR=1.478;SbPval=0.93;Source=Platypus;TC=53;TCF=15;TCR=38;TR=20;WE=68273438;WS=68273420;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,30:0.42:71
chr14	68274020	rs181572	C	G	632.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-1.010;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=5;PP=232;ReadPosRankSum=-1.117;SC=ATTAGATGTCCTGAGCCACAC;SOR=0.628;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=18;TCR=8;TR=16;WE=68274028;WS=68274010;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,27:0.57:47
chr14	68280848	rs181563	A	C	668.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.320;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=17;PP=427;ReadPosRankSum=-1.588;SC=TTTGTCATCCAAGACAGATTT;SOR=0.527;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=38;TCF=10;TCR=28;TR=23;WE=68280856;WS=68280838;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,28:0.62:45
chr14	68290372	rs17783124	T	G	1390.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.849;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.352;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=38;PP=857;ReadPosRankSum=0.291;SC=TTTTTATTGATAAGTTTTATG;SOR=0.918;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=108;TCF=32;TCR=76;TR=48;WE=68290380;WS=68290362;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,65:0.49:133
chr14	68290426	rs28604984	T	C	531.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-3.504;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=20;PP=312;ReadPosRankSum=-0.977;SC=ACTTGAAATATGAAAATGTAG;SOR=0.653;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=41;TCF=4;TCR=37;TR=21;WE=68290434;WS=68290416;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,27:0.55:49
chr14	68290464	rs28623567	G	A	251.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-3.351;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=8;PP=134;ReadPosRankSum=-1.587;SC=AAATGATGGTGCTTTTCCATA;SOR=0.264;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=0;TCR=16;TR=8;WE=68290472;WS=68290454;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,11:0.55:20
chr14	68301767	rs34564590	G	GA	849.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.001;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.704;HP=8;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=15;PP=513;ReadPosRankSum=-1.035;SC=TATAGAGGTTGAAAAAAAACT;SOR=0.778;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=87;TCF=43;TCR=44;TR=31;WE=68301775;WS=68301757;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,54:0.42:130
chr14	68331437	rs961700	G	A	1123.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-1.361;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.789;HP=3;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=13;PP=704;ReadPosRankSum=0.977;SC=TTCTCAACTAGAAGTTTCTCA;SOR=0.842;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=83;TCF=59;TCR=24;TR=46;WE=68331445;WS=68331427;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,53:0.51:104
chr14	68773296	rs3837659	AC	A	7595.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.088;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=430;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.517;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=64;PP=2948;ReadPosRankSum=-0.857;SC=ATATCTTTTGACCAATTTGCA;SOR=0.726;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=181;TCF=40;TCR=141;TR=80;WE=68773306;WS=68773286;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:227,198:0.47:425
chr14	68773298	rs60593979	C	G	7604.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.426;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=425;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.091;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=65;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.095;SC=ATCTTTTGACCAATTTGCATT;SOR=0.728;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=277;TCF=136;TCR=141;TR=131;WE=68773306;WS=68773286;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:226,199:0.47:425
chr14	68773353	rs2180770	G	A	2274.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.364;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=258;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.835;HP=2;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=62;PP=1456;ReadPosRankSum=-0.371;SC=TGATCCTCTGGCCTAATAAAC;SOR=0.876;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=200;TCF=68;TCR=132;TR=93;WE=68773361;WS=68773343;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:147,111:0.43:258
chr14	68773469	rs3784104	A	G	420.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-0.854;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.361;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=12;PP=229;ReadPosRankSum=-0.273;SC=ATGAACTTGCATGGCCGAAGT;SOR=0.458;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=33;TCF=5;TCR=28;TR=15;WE=68773477;WS=68773459;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,20:0.44:45
chr14	68878369	rs10146772	C	A	181.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=0.596;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.077;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=5;PP=70;ReadPosRankSum=-1.791;SC=CTATTAGGGCCTAAAGAAACC;SOR=1.426;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=3;TCR=10;TR=5;WE=68878377;WS=68878359;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,9:0.53:17
chr14	68934690	rs2074562	A	G	365.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=1;PP=253;SC=TGGAATAAGCATACAGCCTTT;SOR=2.985;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=12;TCF=11;TCR=1;TR=12;WE=68934698;WS=68934687;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr14	68935789	rs2525505	T	C	3572.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=45;NR=54;PP=1976;SC=GCTCAGGATATACATCTGTCC;SOR=0.854;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=99;TCF=45;TCR=54;TR=99;WE=68935797;WS=68935779;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr14	68944343	rs67962762	CT	C	403.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.703;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=295;ExcessHet=3.0103;FS=2.051;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.46;ReadPosRankSum=1.977;SOR=0.894;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:200,76:0.28:276
chr14	69012355	rs2525529	C	G	5856.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=59;NR=76;PP=2608;SC=AGAACGGGGACAGGGCATGCC;SOR=0.859;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=135;TCF=59;TCR=76;TR=135;WE=69012363;WS=69012345;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,219:1.00:219
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chr14	69117512	rs8023214	T	C	5091.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=54;NR=68;PP=1868;SC=TTGGCACATTTGCATATCTGG;SOR=0.877;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=122;TCF=54;TCR=68;TR=122;WE=69117520;WS=69117502;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,199:1.00:199
chr14	69262441	rs3742887	A	G	1172.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.453;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=18;PP=629;ReadPosRankSum=-0.976;SC=CCCGCCGACCAAGGGTTTGTT;SOR=0.703;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=84;TCF=49;TCR=35;TR=42;WE=69262449;WS=69262431;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,59:0.52:113
chr14	69263074	rs6573857	G	A	213.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-0.781;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=7;PP=116;ReadPosRankSum=-0.246;SC=TGGGCCGCAGGACCCCAGAAG;SOR=0.631;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=22;TCF=5;TCR=17;TR=9;WE=69263082;WS=69263064;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,11:0.42:26
chr14	69328441	rs393673	A	G	5351.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=90;NR=51;PP=2578;SC=AGGGTCTCTCAGTTGTCTGGG;SOR=1.195;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=141;TCF=90;TCR=51;TR=141;WE=69328449;WS=69328431;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,207:1.00:207
chr14	69328594	rs412638	G	A	7835.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.842;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=301;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=100;NR=108;PP=2965;ReadPosRankSum=2.231;SC=TATGCCAACAGTAGCAATTAC;SOR=0.763;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=209;TCF=100;TCR=109;TR=208;WE=69328602;WS=69328584;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,294:0.99:296
chr14	69328613	rs440689	C	T	8297.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=315;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=100;NR=111;PP=2965;SC=ACAAAAATGACGTCATGATCA;SOR=0.773;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=212;TCF=100;TCR=112;TR=211;WE=69328621;WS=69328603;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,312:1.00:312
chr14	69328777	rs143969515	C	CTT	490.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.187;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.64;MQRankSum=1.111;QD=12.91;ReadPosRankSum=-0.932;SOR=0.963;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,30:0.79:38
chr14	69329116	rs424806	T	C	325.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.440;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.749;HP=2;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=6;PP=177;ReadPosRankSum=-1.397;SC=CAAAAATAGGTTCTCTTATTG;SOR=0.307;SbPval=0.24;Source=Platypus;TC=32;TCF=23;TCR=9;TR=15;WE=69329124;WS=69329106;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,19:0.41:46
chr14	69329149	rs1742501	C	T	1753.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=35;NR=15;PP=971;SC=CAAAGGATCCCGAAGGCCTTC;SOR=1.536;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=52;TCF=35;TCR=17;TR=50;WE=69329157;WS=69329139;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr14	69346793	rs139852069	G	A	1649.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=1.609;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.599;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=45;PP=1072;ReadPosRankSum=0.963;SC=TGGCGATGGTGGTGAGCAGCT;SOR=0.758;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=145;TCF=46;TCR=99;TR=66;WE=69346801;WS=69346783;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:93,76:0.45:169
chr14	69445646	rs4902685	A	G	1210.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.541;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=8;PP=812;ReadPosRankSum=-0.723;SC=TGGGGGCTGCAGCGGGCGGGG;SOR=0.628;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=94;TCF=71;TCR=23;TR=51;WE=69445654;WS=69445636;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,56:0.60:93
chr14	69521345	rs61741172	G	A	4008.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.195;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=61;PP=2338;ReadPosRankSum=-1.023;SC=CTGCCTCCCCGGTCACCAAGG;SOR=1.085;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=101;TCF=40;TCR=61;TR=100;WE=69521353;WS=69521335;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,142:0.99:144
chr14	69798284	rs1147461	G	A	5545.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=48;NR=85;PP=2702;SC=TTCTGCTCCCGGGGGTGGGGC;SOR=1.157;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=134;TCF=49;TCR=85;TR=133;WE=69798292;WS=69798274;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,206:1.00:206
chr14	69920249	.	AAGAG	A	314.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=19.67;ReadPosRankSum=-1.137;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,9:0.56:16
chr14	69988954	rs10146531	T	G	8217.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=311;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=112;NR=100;PP=2965;SC=GATCTCAGGGTTCCTTTGCTG;SOR=0.780;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=212;TCF=112;TCR=100;TR=212;WE=69988962;WS=69988944;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,311:1.00:311
chr14	69992873	rs8004574	A	G	1882.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=50;PP=1482;SC=GACACCATTGACTTTGGGGTC;SOR=5.856;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=51;TCF=1;TCR=50;TR=51;WE=69992881;WS=69992863;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr14	69994473	rs1885400	C	G	4973.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=94;NR=45;PP=2641;SC=AGTCGGAACCCCACCCTTCCT;SOR=1.329;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=141;TCF=94;TCR=47;TR=139;WE=69994481;WS=69994463;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,190:1.00:190
chr14	70037611	rs7494244	A	T	6903.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=261;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=82;NR=90;PP=2965;SC=AAAACTATCAAAACTGGTGAG;SOR=0.790;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=172;TCF=82;TCR=90;TR=172;WE=70037619;WS=70037601;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,258:1.00:258
chr14	70245877	rs113692047	TA	T	701.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.112;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FS=1.700;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.08;MQRankSum=0.959;QD=5.75;ReadPosRankSum=-1.961;SOR=0.874;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:59,63:0.52:122
chr14	70346689	rs56307916	C	T	418.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-0.425;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=13;PP=269;ReadPosRankSum=1.257;SC=ACCACTCTCCCTTTCTTGACC;SOR=0.693;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=40;TCF=9;TCR=31;TR=16;WE=70346697;WS=70346679;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,20:0.39:51
chr14	70418881	rs3742909	G	A	7280.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.292;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=763;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.516;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=109;NR=107;PP=2962;ReadPosRankSum=0.669;SC=GTGACCCACAGTGCAACCTCC;SOR=0.713;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=448;TCF=220;TCR=228;TR=216;WE=70418889;WS=70418871;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:397,358:0.47:755
chr14	70459370	rs227419	T	C	414.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=2.828;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.746;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=10;PP=216;ReadPosRankSum=1.129;SC=CTCCCAGGAATTGGTACACTC;SOR=0.157;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=29;TCF=3;TCR=26;TR=12;WE=70459378;WS=70459360;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,16:0.48:33
chr14	70480215	rs1885482	T	A	793.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-2.990;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.810;HP=1;HapScore=2;MGOF=34;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=13;PP=282;ReadPosRankSum=2.013;SC=GGAGGTGAGATTGTGAGCAGG;SOR=0.532;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=56;TCF=21;TCR=35;TR=22;WE=70480223;WS=70480205;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,44:0.50:88
chr14	70490264	rs2281663	A	G	564.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.563;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=14;PP=308;ReadPosRankSum=0.450;SC=ATACTCATCTATTCATCAATT;SOR=0.711;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=31;TCF=7;TCR=24;TR=17;WE=70490272;WS=70490254;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,25:0.58:43
chr14	70496867	rs227402	C	T	1956.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.395;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=263;ExcessHet=3.0103;FS=2.769;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.08;MQRankSum=0.233;QD=7.56;ReadPosRankSum=-0.096;SOR=0.867;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:150,109:0.42:259
chr14	70496919	rs59217337	CT	C,CTT	1537.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.823;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=270;ExcessHet=3.0103;FS=2.704;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.16;MQRankSum=1.121;QD=7.54;ReadPosRankSum=-1.445;SOR=1.071;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:33,112,59:0.55,0.29:204
chr14	70515779	rs61977411	G	A	3110.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.323;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=366;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.748;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=1.626;NF=39;NR=65;PP=1581;ReadPosRankSum=1.628;SC=AGATAAACAGGCAAGAGAACG;SOR=0.810;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=216;TCF=81;TCR=135;TR=104;WE=70515787;WS=70515769;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:206,157:0.43:363
chr14	70517985	rs61977412	T	A	373.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-3.363;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=11;PP=167;ReadPosRankSum=-2.002;SC=ATCCTTCTATTTCCCTTTGTT;SOR=0.693;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=38;TCF=9;TCR=29;TR=13;WE=70517993;WS=70517975;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,19:0.42:45
chr14	70522353	rs998919	T	G	751.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=22;NR=3;PP=605;SC=TCTCATAATTTCTTCATGTGG;SOR=4.091;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=25;TCF=22;TCR=3;TR=25;WE=70522361;WS=70522343;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr14	70522684	rs10142899	A	C	1440.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=13;NR=25;PP=806;SC=ACGCAAAAAGAAGCCTTTGGA;SOR=1.358;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=40;TCF=14;TCR=26;TR=38;WE=70522692;WS=70522674;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr14	70530378	rs41285486	G	C	650.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.220;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.79;ReadPosRankSum=-1.747;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,25:0.57:44
chr14	70530706	rs150956	C	G	708.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=16;PP=534;SC=AGTCAGCCAGCAGACAAAAAC;SOR=2.030;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=5;TCR=16;TR=21;WE=70530714;WS=70530696;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr14	70634087	rs2114024	A	G	12615.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=495;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=133;NR=164;PP=2965;SC=GGTAGAAGGCACGGCTCTTCT;SOR=0.840;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=298;TCF=133;TCR=165;TR=297;WE=70634095;WS=70634077;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,479:1.00:479
chr14	70634801	rs17765575	T	C	3879.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-2.864;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=381;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.902;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=69;NR=70;PP=1700;ReadPosRankSum=0.493;SC=GTTTCTTAATTGTCACCTCCC;SOR=0.546;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=275;TCF=143;TCR=132;TR=139;WE=70634809;WS=70634791;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:182,191:0.51:373
chr14	70712880	rs2296918	A	C	4724.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=2.099;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=628;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.324;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-18.456;NF=105;NR=125;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.153;SC=TAGCAGTAGGAACTGTCACTA;SOR=0.852;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=487;TCF=227;TCR=260;TR=230;WE=70712888;WS=70712870;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:379,234:0.38:613
chr14	70713720	rs34309925	AATC	A	6743.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.562;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=383;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=2.396;NF=32;NR=57;PP=2964;ReadPosRankSum=1.315;SC=TAAATGAAGAAATCATGGTTC;SOR=0.688;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=192;TCF=70;TCR=122;TR=89;WE=70713730;WS=70713710;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:201,177:0.47:378
chr14	70713858	rs61979492	T	C	4339.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=3.009;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=448;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.967;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-7.684;NF=84;NR=74;PP=2737;ReadPosRankSum=1.313;SC=TCTGTTAAGCTACATCTCATA;SOR=0.702;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=308;TCF=150;TCR=158;TR=158;WE=70713866;WS=70713848;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:239,203:0.46:442
chr14	70713961	rs199806705	GT	AC	5595.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=2.516;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=320;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;JOINED;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-7.870;NF=40;NR=57;PP=2944;ReadPosRankSum=-0.094;SC=GAGTGAGGCCGTTTATTTTTA;SOR=0.698;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=225;TCF=96;TCR=129;TR=97;WE=70713970;WS=70713951;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:171,147:0.46:318
chr14	70713981	rs12586570	A	G	2464.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.090;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=260;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.538;HP=3;HapScore=3;MGOF=25;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-6.805;NF=34;NR=55;PP=2962;ReadPosRankSum=0.272;SC=AATACTCCTCAAAAGCCCCCA;SOR=0.575;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=195;TCF=71;TCR=124;TR=89;WE=70714000;WS=70713971;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:139,119:0.46:258
chr14	70713992	rs4902799	C	A	2598.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.305;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.100;HP=3;HapScore=3;MGOF=25;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=5.762;NF=27;NR=67;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.406;SC=AAAGCCCCCACAACAAGCACT;SOR=1.270;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=176;TCF=61;TCR=115;TR=94;WE=70714000;WS=70713971;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:106,118:0.53:224
chr14	70714162	rs4899340	A	G	409.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.467;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.52;MQRankSum=-5.425;QD=12.05;ReadPosRankSum=-0.673;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,12:0.35:34
chr14	70714172	rs4899341	T	C	495.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.898;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.33;MQRankSum=-5.186;QD=13.05;ReadPosRankSum=-1.395;SOR=0.577;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,15:0.39:38
chr14	70714259	rs7144638	A	G	855.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.459;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.937;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-3.524;NF=23;NR=16;PP=423;ReadPosRankSum=-0.942;SC=CACCACTTCCAGGGAAGTGAA;SOR=0.389;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=78;TCF=48;TCR=30;TR=39;WE=70714267;WS=70714249;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,43:0.50:86
chr14	70714300	rs112607032	A	G	207.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.056;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FS=2.932;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.51;MQRankSum=-6.556;QD=1.53;ReadPosRankSum=-4.059;SOR=1.066;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:111,25:0.18:136
chr14	70795756	rs7157430	G	T	55.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.154;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=5.07;ReadPosRankSum=-0.269;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,4:0.36:11
chr14	70795769	rs56128802	T	A	148.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.791;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=4;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=0;PP=97;ReadPosRankSum=0.915;SC=TTTCAAATGATTATAGTTTAT;SOR=0.941;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=11;TCR=3;TR=3;WE=70795780;WS=70795759;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,4:0.27:15
chr14	70795772	rs10648369	T	TAC	139.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.061;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=0;PP=97;ReadPosRankSum=0.170;SC=CAAATGATTATAGTTTATCAA;SOR=1.236;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=8;TCR=2;TR=2;WE=70795780;WS=70795759;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,5:0.31:16
chr14	70809496	rs72733767	A	G	815.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.657;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.916;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=15;PP=340;ReadPosRankSum=-0.564;SC=CCAGAATTCAAATTCAGCCTA;SOR=0.869;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=46;TCF=19;TCR=27;TR=24;WE=70809504;WS=70809486;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,40:0.57:70
chr14	70826458	rs17475333	T	G	755.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.637;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=17;PP=399;ReadPosRankSum=1.431;SC=TGGTTTCCGCTAGGCAAAAGC;SOR=0.673;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=53;TCF=15;TCR=38;TR=24;WE=70826466;WS=70826448;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,36:0.46:78
chr14	70924237	rs3751520	C	A	407.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.563;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FS=4.823;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.66;MQRankSum=-11.622;QD=2.63;ReadPosRankSum=2.394;SOR=1.277;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:136,19:0.12:155
chr14	70924249	rs3751521	A	G	420.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.049;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FS=3.064;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.65;MQRankSum=-12.373;QD=2.61;ReadPosRankSum=-0.286;SOR=1.076;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:139,22:0.14:161
chr14	70924462	rs3751523	A	G	2636.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NR=37;SC=AGAAGCTCTTAGTTTCTAGAC;SOR=0.756;Source=Platypus;TCR=37;WE=70924470;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr14	70924501	rs8010994	C	G	3664.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.824;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FS=1.745;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=53.44;MQRankSum=3.059;QD=34.25;ReadPosRankSum=0.683;SOR=1.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:6,101:0.94:107
chr14	70924501	.	CCGTGCA	GCGTGCA,GCGTGCC	832	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.31;FR=0.5000,0.5000;HP=1;HapScore=2;MMLQ=24;NR=33,17;SC=ACACAGATGACCGTGCACTCC;Source=Platypus;TCR=36;WE=70924515;WS=70924491;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.94:97
chr14	70924507	rs3751524	A	C	1304.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.697;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.95;MQRankSum=-1.209;QD=11.86;ReadPosRankSum=0.494;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:55,55:0.50:110
chr14	70924852	rs3829455	A	C	1547.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=4.430;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=330;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.716;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-16.701;NF=45;NR=59;PP=1510;ReadPosRankSum=-3.679;SC=TTCTGGAGCTAGTTGTTGTGG;SOR=0.864;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=246;TCF=103;TCR=143;TR=104;WE=70924860;WS=70924842;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:237,90:0.28:327
chr14	70925257	rs12436346	A	G	4187.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=44.09;QD=31.97;SOR=1.521;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr14	70925818	rs2022624	T	C	710.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=11.665;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=431;ExcessHet=3.0103;FS=16.659;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.65;MQRankSum=-12.422;QD=1.72;ReadPosRankSum=-2.027;SOR=2.205;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:356,58:0.14:414
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chr14	71067156	.	G	GA	63.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.815;ClippingRankSum=0.000;DP=109;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.62;ReadPosRankSum=0.159;SOR=0.750;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:84,19:0.18:103
chr14	71108784	.	CGCG	C	38	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;FR=0.5000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=0;NR=2;PP=38;QD=24.0;SC=CCCGGGAAGGCGCGGCGGCGG;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=6;TCR=10;TR=2;WE=71108794;WS=71108774;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:14,2:0.12:16
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chr14	71109153	rs4902834	C	G	3130.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.168;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=392;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.206;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=54;PP=1659;ReadPosRankSum=1.430;SC=GGACTCGCGCCCGGCCTCCCC;SOR=0.631;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=262;TCF=142;TCR=120;TR=114;WE=71109161;WS=71109143;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:225,161:0.42:386
chr14	71109276	rs3742852	G	C	4394.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.770;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=481;ExcessHet=3.0103;FS=1.112;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.33;ReadPosRankSum=0.227;SOR=0.603;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:256,215:0.46:471
chr14	71197755	rs1476610	T	G	1438.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=26;PP=847;SC=TGACCTAGAATGCCATGATCC;SOR=1.329;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=41;TCF=15;TCR=26;TR=41;WE=71197763;WS=71197745;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr14	71199452	rs3829955	G	A	2916.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.687;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=298;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.883;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=42;PP=1268;ReadPosRankSum=0.627;SC=TGACCAGGGGGTTGTGGGTAC;SOR=0.630;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=193;TCF=103;TCR=90;TR=89;WE=71199460;WS=71199442;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:149,146:0.49:295
chr14	71202650	rs4141095	C	T	4229.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=59;NR=60;PP=2219;SC=ACCAGGACAGCTGGTGAAAGG;SOR=0.731;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=119;TCF=59;TCR=60;TR=119;WE=71202658;WS=71202640;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,159:1.00:159
chr14	71202835	rs67403253	ACAC	A	1496.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.381;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.547;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=20;PP=807;ReadPosRankSum=-0.235;SC=GGCTGGATTCACACCACATCG;SOR=1.240;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=41;TCF=4;TCR=37;TR=20;WE=71202845;WS=71202825;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,39:0.59:66
chr14	71204973	rs7153601	C	T	2570.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.908;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=269;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=30;PP=1112;ReadPosRankSum=-0.047;SC=CTTCATCTCCCGAGGCAAGCT;SOR=0.701;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=167;TCF=102;TCR=65;TR=77;WE=71204981;WS=71204963;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:140,124:0.47:264
chr14	71208996	rs4899368	A	G	1451.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=37;NR=3;PP=1076;SC=TCAGTCCCGGACTCCCTCAAA;SOR=3.912;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=40;TCF=37;TCR=3;TR=40;WE=71209004;WS=71208990;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr14	71215822	rs79518608	T	C	207.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=0.319;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.963;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=4;PP=59;ReadPosRankSum=0.366;SC=AACTACCTCTTACTTCTTCCA;SOR=0.180;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=10;TCF=1;TCR=9;TR=5;WE=71215830;WS=71215812;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,9:0.64:14
chr14	71216863	rs10630067	C	CAT	6021.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQ=60.08;NF=4;NR=60;PP=2957;SC=TGCAATAGCTCGAGTCTTTTC;SOR=1.376;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=67;TCF=4;TCR=63;TR=64;WE=71216871;WS=71216853;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,134:1.00:134
chr14	71227913	rs3814872	A	C	7134.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=284;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=62;NR=108;PP=2965;SC=GGCAAGGAAAAGAATACAGAA;SOR=1.066;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=170;TCF=62;TCR=108;TR=170;WE=71227921;WS=71227903;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,274:1.00:274
chr14	71267345	rs4902857	C	T	243.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.255;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=1;PP=116;ReadPosRankSum=0.291;SC=ACAACTGCAACTGCTCTGAGC;SOR=0.693;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=17;TCF=14;TCR=3;TR=8;WE=71267353;WS=71267335;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,12:0.50:24
chr14	71275986	rs3742847	C	A	228.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-1.363;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=5;PP=49;ReadPosRankSum=1.274;SC=GGACCCCCCCCCAACGACGGC;SOR=0.551;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=19;TCF=8;TCR=11;TR=8;WE=71275994;WS=71275976;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,13:0.59:22
chr14	71434943	rs139623749	C	T	2025.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.646;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.500;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=35;PP=886;ReadPosRankSum=-0.079;SC=CGTCTTGGAACAGCAGCAACT;SOR=0.624;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=136;TCF=65;TCR=71;TR=70;WE=71434951;WS=71434933;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:109,105:0.49:214
chr14	71444788	rs3814871	G	A	12303.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.952;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=467;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=143;NR=151;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.488;SC=GCCGGCATAGGGACTATGTTT;SOR=0.508;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=302;TCF=148;TCR=154;TR=294;WE=71444796;WS=71444778;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:7,456:0.98:463
chr14	71445413	rs4391999	A	G	953.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=19;PP=544;SC=CTGCTTTTTCATACTATTAAT;SOR=1.885;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=6;TCR=19;TR=25;WE=71445421;WS=71445403;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr14	71455540	rs3829954	A	G	7733.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.777;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=294;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=76;NR=151;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.645;SC=TCTTTCCTATACATTTAAGCC;SOR=0.593;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=229;TCF=77;TCR=152;TR=227;WE=71455548;WS=71455530;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,278:1.00:279
chr14	71462759	rs56021283	T	G	1369.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=2.060;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=8.270;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=37;PP=1027;ReadPosRankSum=1.376;SC=TAGGAGCACTTTTTACATAGG;SOR=3.543;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=42;TCF=5;TCR=37;TR=42;WE=71462767;WS=71462749;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,46:0.98:47
chr14	71485692	rs1859914	A	T	1533.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=39;NR=10;PP=1025;SC=CTTATACTTAAGATATACTTA;SOR=2.345;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=49;TCF=39;TCR=10;TR=49;WE=71485700;WS=71485682;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr14	71495288	rs34488204	C	T	538.79	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.236;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=1;PP=438;ReadPosRankSum=-0.554;SC=AACTGAATTTCTGAAATTCAG;SOR=3.056;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=19;TCF=18;TCR=1;TR=18;WE=71495296;WS=71495279;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,18:0.95:19
chr14	71500626	rs11461235	G	GT	711.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=1;NR=9;PP=174;SC=TGTATTTTCTGTTTTTTTTTC;SOR=0.765;SbPval=0.92;Source=Platypus;TC=13;TCF=3;TCR=10;TR=10;WE=71500634;WS=71500616;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr14	71513930	rs3217014	TG	T	598.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=10;PP=415;SC=TGCAAGGCACTGTGAGATTAA;SOR=2.584;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=0;TCR=10;TR=10;WE=71513938;WS=71513920;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr14	71517327	.	G	GT	348.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.546;ClippingRankSum=0.000;DP=217;ExcessHet=3.0103;FS=1.397;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.70;ReadPosRankSum=1.779;SOR=0.559;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:160,45:0.22:205
chr14	71568683	rs34093157	T	A	1075.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=26;NR=10;PP=721;SC=CCTTTAAAAATTTATATATTA;SOR=1.788;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=36;TCF=26;TCR=10;TR=36;WE=71568691;WS=71568673;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr14	71568997	.	A	AT	148.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.214;ClippingRankSum=0.000;DP=121;ExcessHet=3.0103;FS=5.866;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.63;ReadPosRankSum=-0.130;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:69,22:0.24:91
chr14	72040525	rs6574016	G	A	877.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=24;PP=646;SC=TGGTATTCCAGTACTTTTTCC;SOR=3.912;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=26;TCF=2;TCR=24;TR=26;WE=72040533;WS=72040515;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
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chr14	72138484	rs45440200	A	G	441.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.818;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=14;PP=293;ReadPosRankSum=0.016;SC=GAGCCAAGTTACTGAACCTTG;SOR=0.527;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=34;TCF=7;TCR=27;TR=18;WE=72138492;WS=72138474;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,20:0.51:39
chr14	72201985	rs2097887	C	A	8928.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=343;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=96;NR=99;PP=2965;SC=TTTCTTCTCTCCTTTCCAGTC;SOR=0.705;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=196;TCF=96;TCR=100;TR=195;WE=72201993;WS=72201975;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,338:1.00:338
chr14	72204878	rs57209428	TAA	T	179.76	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.730;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=3.701;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.82;ReadPosRankSum=1.134;SOR=2.448;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,13:0.57:23
chr14	72457218	rs1476745	C	G	2618.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.673;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=252;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.872;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=30;PP=1539;ReadPosRankSum=-1.930;SC=CTGCTCACAGCTGCACAGGGA;SOR=0.486;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=199;TCF=142;TCR=57;TR=96;WE=72457226;WS=72457208;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:123,119:0.49:242
chr14	72457365	rs2238275	T	G	5613.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.758;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=515;ExcessHet=3.0103;FS=1.730;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.23;ReadPosRankSum=0.950;SOR=0.782;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:245,255:0.51:500
chr14	72457682	rs7156200	A	C	1141.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=2.101;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.791;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=32;PP=734;ReadPosRankSum=-0.455;SC=TGACAGGCCTAATCACTCACC;SOR=0.458;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=112;TCF=23;TCR=89;TR=41;WE=72457690;WS=72457672;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,50:0.41:121
chr14	72925171	rs2238186	G	C	1876.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.504;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.573;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=34;PP=855;ReadPosRankSum=0.716;SC=AAAACCTAGGGATATCTGAGG;SOR=0.636;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=109;TCF=35;TCR=74;TR=52;WE=72925179;WS=72925161;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,87:0.51:172
chr14	72932330	.	G	GTGGA	1557.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.958;ClippingRankSum=0.000;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.555;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=2.784;NF=7;NR=15;PP=898;ReadPosRankSum=-0.158;SC=GGGTGGATGGGTGGATGGATG;SOR=0.316;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=48;TCF=18;TCR=30;TR=22;WE=72932341;WS=72932316;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,44:0.50:88
chr14	72932563	rs75036480	G	A	1263.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.767;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.408;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=27;PP=687;ReadPosRankSum=-0.077;SC=ATACATATAAGAAGAGAGTAA;SOR=0.499;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=100;TCF=36;TCR=64;TR=44;WE=72932571;WS=72932553;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,58:0.49:119
chr14	72936954	rs8012037	T	C	86.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-2.503;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=5;PP=31;ReadPosRankSum=0.053;SC=GGATAAGTTTTGTCTTCATAA;SOR=0.770;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=1;TCR=17;TR=5;WE=72936962;WS=72936944;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,6:0.32:19
chr14	72939495	rs10131300	C	A	1817.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-2.758;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.138;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=29;PP=885;ReadPosRankSum=-0.599;SC=TAGCCCCTAGCAACAGGAGCA;SOR=0.585;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=137;TCF=82;TCR=55;TR=67;WE=72939503;WS=72939485;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:97,93:0.49:190
chr14	72944943	rs2239277	T	G	1350.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=0.871;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.610;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=21;PP=620;ReadPosRankSum=-1.995;SC=AATTTTAGTTTGGTCTTAACA;SOR=0.639;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=70;TCF=29;TCR=41;TR=37;WE=72944951;WS=72944933;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,67:0.46:145
chr14	73006865	rs56953388	CT	C	188.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.097;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=241;ExcessHet=3.0103;FS=1.348;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.93;MQRankSum=0.000;QD=0.96;ReadPosRankSum=-1.182;SOR=0.579;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:152,45:0.23:197
chr14	73014081	rs111635181	AC	A	74.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.270;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FS=7.782;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.23;ReadPosRankSum=-0.258;SOR=0.010;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:51,10:0.16:61
chr14	73079291	rs10649920	G	GAA	17925.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=511;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=16;NR=183;PP=2930;SC=GGGAAGGGAGGAAACAGTGCA;SOR=1.033;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=215;TCF=17;TCR=198;TR=199;WE=73079301;WS=73079281;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,460:1.00:460
chr14	73138189	rs1060570	C	A	3004.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.225;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=302;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.377;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=40;PP=1396;ReadPosRankSum=-0.466;SC=CGGTGCATCACCTGGTGACGG;SOR=0.797;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=193;TCF=101;TCR=92;TR=89;WE=73138197;WS=73138179;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:157,142:0.47:299
chr14	73181428	rs4903049	T	G	2106.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=0.508;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=52;PP=1487;ReadPosRankSum=-0.755;SC=TGTTCACAACTCCAAGAGGTG;SOR=1.952;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=61;TCF=8;TCR=53;TR=60;WE=73181436;WS=73181418;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,69:0.99:70
chr14	73190444	rs35285137	G	GA	600.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.247;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FS=0.816;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.89;ReadPosRankSum=-1.240;SOR=0.597;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:59,43:0.42:102
chr14	73198506	rs6574094	T	C	6374.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=250;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=67;NR=66;PP=2130;SC=CCAGCAGGTGTGGGAATACCT;SOR=0.701;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=133;TCF=67;TCR=66;TR=133;WE=73198514;WS=73198496;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,249:1.00:249
chr14	73220020	rs3742836	A	G	1894.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.284;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.205;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=34;PP=1014;ReadPosRankSum=-1.297;SC=GGTGGGTGCAATCGTCTCTTC;SOR=0.573;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=115;TCF=51;TCR=64;TR=63;WE=73220028;WS=73220010;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,88:0.52:169
chr14	73220153	rs3742835	C	T	1207.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=2.897;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.499;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=21;PP=499;ReadPosRankSum=-1.142;SC=TGACTAACCCCGTCATTCACA;SOR=1.103;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=62;TCF=22;TCR=40;TR=28;WE=73220161;WS=73220143;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,57:0.50:114
chr14	73220188	rs41314521	A	G	717.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.124;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=13;PP=268;ReadPosRankSum=1.032;SC=AAGCCCAGAGAGAAGTGACTT;SOR=0.704;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=44;TCF=12;TCR=32;TR=17;WE=73220196;WS=73220178;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,34:0.45:76
chr14	73240486	rs8015749	A	G	217.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=1.940;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.820;HP=3;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=2;PP=188;ReadPosRankSum=-0.703;SC=GTTAACCTATATTATAGCATA;SOR=1.460;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=27;TCF=20;TCR=7;TR=11;WE=73240494;WS=73240476;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,11:0.42:26
chr14	73240509	rs12433339	C	T	457.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=0.014;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=7;PP=327;ReadPosRankSum=0.253;SC=TCAGAATTTCCTTCCTTTTTA;SOR=0.527;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=35;TCF=24;TCR=11;TR=21;WE=73240517;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,22:0.54:41
chr14	73358764	rs8006178	A	C	114.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=1.979;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.112;HP=4;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=1;PP=52;ReadPosRankSum=-1.719;SC=TGGAGCGAGTAGGGGAACACA;SOR=1.329;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=17;TCF=13;TCR=4;TR=5;WE=73358772;WS=73358757;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,6:0.33:18
chr14	73358945	rs11158986	A	C	6161.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=236;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=66;NR=70;PP=2639;SC=GGGGAAACTGAAAATCAGTTG;SOR=0.693;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=136;TCF=66;TCR=70;TR=136;WE=73358953;WS=73358935;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,234:1.00:234
chr14	73360819	rs5809598	T	TTGTC	13935.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.674;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=574;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.208;NF=31;NR=171;PP=2965;ReadPosRankSum=0.467;SC=TAACAGAATATTGTCTCAGAG;SOR=1.010;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=226;TCF=32;TCR=194;TR=202;WE=73360829;WS=73360809;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,519:1.00:521
chr14	73360842	rs78898062	G	T	4064.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.726;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=426;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.457;HP=2;HapScore=2;MGOF=40;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=87;PP=2130;ReadPosRankSum=-0.644;SC=CTAAAGGTTCGCTCAGGGGAA;SOR=0.869;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=285;TCF=118;TCR=167;TR=145;WE=73360850;WS=73360832;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:227,198:0.47:425
chr14	73360949	rs2215901	A	G	1929.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-2.292;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=34;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=52;PP=1430;ReadPosRankSum=0.151;SC=AGTTATTAGGAGAGCTGTCAA;SOR=5.453;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=54;TCF=0;TCR=54;TR=52;WE=73360957;WS=73360939;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,61:0.98:62
chr14	73404680	rs3815500	A	C	2615.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.621;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=264;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.013;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=39;PP=1229;ReadPosRankSum=-1.460;SC=CTCTTTTAGGAACAGAAATGA;SOR=0.707;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=153;TCF=77;TCR=76;TR=71;WE=73404688;WS=73404670;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:130,124:0.49:254
chr14	73404825	rs2302586	G	C	733.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.197;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.954;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=18;PP=415;ReadPosRankSum=-1.078;SC=TGTGCTTCTGGCATTGTACAC;SOR=0.507;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=60;TCF=15;TCR=45;TR=24;WE=73404833;WS=73404815;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,34:0.44:77
chr14	73406668	rs887936	C	T	697.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=4.495;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.912;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=23;PP=537;ReadPosRankSum=0.196;SC=GGCTGAGACCCGTTCCTGGCT;SOR=1.542;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=64;TCF=16;TCR=48;TR=28;WE=73406676;WS=73406658;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,31:0.41:76
chr14	73408355	rs3742832	G	A	892.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-3.220;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=3;PP=638;ReadPosRankSum=-0.687;SC=TTTAGTGCCTGTTTCCTTCAT;SOR=1.061;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=56;TCF=50;TCR=6;TR=32;WE=73408363;WS=73408348;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,35:0.57:61
chr14	73409683	rs2240980	C	G	4649.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.558;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=516;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.113;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=91;NR=52;PP=1917;ReadPosRankSum=-2.524;SC=ATCCATGCCCCCACCCTCTGT;SOR=0.835;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=323;TCF=195;TCR=128;TR=143;WE=73409691;WS=73409673;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:269,242:0.47:511
chr14	73418732	rs3214336	GT	G	516.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=17;PP=374;SC=AGAAGCATGTGTTTTTTTTAC;SOR=2.494;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=0;TCR=19;TR=17;WE=73418740;WS=73418722;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr14	73421262	rs56832550	ACTC	A	3682.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.148;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.153;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.026;NF=7;NR=42;PP=1989;ReadPosRankSum=2.002;SC=TTGAAATTGGACTCCTCTGTG;SOR=0.607;SbPval=0.15;Source=Platypus;TC=103;TCF=9;TCR=94;TR=49;WE=73421272;WS=73421252;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:99,96:0.49:195
chr14	73421284	rs57911111	A	C	1838.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=1.605;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.346;HP=1;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=40;PP=1015;ReadPosRankSum=0.800;SC=GCCATCTAGTACTCTTTGACA;SOR=0.541;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=119;TCF=37;TCR=82;TR=62;WE=73421292;WS=73421274;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,82:0.53:155
chr14	73425315	rs7144193	C	T	4036.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.844;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=390;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.202;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=80;NR=52;PP=2026;ReadPosRankSum=0.329;SC=TCTCCTCTTTCCTAGTGGGCC;SOR=0.777;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=251;TCF=149;TCR=102;TR=132;WE=73425323;WS=73425305;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:192,194:0.50:386
chr14	73440864	rs12931	C	T	5078.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=0.093;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=655;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=65;PP=1702;ReadPosRankSum=-2.009;SC=GAGCAATGAGCGTTCCACCTT;SOR=0.717;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=337;TCF=167;TCR=170;TR=129;WE=73440872;WS=73440854;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:379,272:0.42:651
chr14	73460109	rs374753534	TA	T	115.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.715;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.81;ReadPosRankSum=-0.334;SOR=0.593;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:46,18:0.28:64
chr14	73460113	rs11159002	A	G	218.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.298;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.37;ReadPosRankSum=0.175;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:44,21:0.32:65
chr14	73491270	rs80259615	C	T	1712.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.350;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.680;HP=5;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=46;PP=1038;ReadPosRankSum=-1.802;SC=GAGCTTGCCCCGGGGGTGAAG;SOR=0.798;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=110;TCF=34;TCR=76;TR=66;WE=73491278;WS=73491260;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,79:0.58:136
chr14	73491307	rs3742828	C	A	1102.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=5.991;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.688;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=37;PP=876;ReadPosRankSum=-0.102;SC=GAAGACTGCACGAAACTTCCA;SOR=2.170;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=71;TCF=9;TCR=62;TR=40;WE=73491315;WS=73491297;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,41:0.55:75
chr14	73563899	.	C	CTTTTTT	388.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.686;ClippingRankSum=0.000;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=64.26;MQRankSum=1.618;QD=24.30;ReadPosRankSum=1.738;SOR=0.412;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,15:0.94:16
chr14	73566796	.	T	C	72.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.842;ClippingRankSum=-0.000;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=12.13;ReadPosRankSum=-0.431;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,4:0.67:6
chr14	73664853	rs165932	G	T	4044.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=34;NR=54;PP=1611;SC=TATTTGAGAAGGATATTGAAT;SOR=1.017;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=88;TCF=34;TCR=54;TR=88;WE=73664861;WS=73664843;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,154:1.00:154
chr14	73716633	rs2293793	T	C	1503.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.427;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.604;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=15;PP=761;ReadPosRankSum=-1.249;SC=AAGCCTTGGGTCTTGGGGAGG;SOR=0.610;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=108;TCF=73;TCR=35;TR=45;WE=73716641;WS=73716623;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,73:0.46:158
chr14	73716774	rs177393	G	A	3216.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-2.017;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=317;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.887;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=53;PP=1325;ReadPosRankSum=-2.639;SC=TTGATGGGACGCCCTGCGAGC;SOR=0.578;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=191;TCF=79;TCR=112;TR=93;WE=73716782;WS=73716764;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:152,157:0.51:309
chr14	73717901	rs12432062	G	A	1317.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.947;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.458;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=41;PP=870;ReadPosRankSum=-0.004;SC=GTGGCCTTTGGTTAGGACTCG;SOR=1.074;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=111;TCF=25;TCR=86;TR=51;WE=73717909;WS=73717891;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,61:0.44:140
chr14	73718879	rs2242610	A	G	1150.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=1.866;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.705;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=38;PP=797;ReadPosRankSum=0.187;SC=AGGGGAGGGCATGGGCCCTGT;SOR=1.270;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=83;TCF=12;TCR=71;TR=43;WE=73718887;WS=73718869;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,46:0.53:87
chr14	73719303	rs8017937	G	A	1463.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=2.921;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.504;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=12;PP=917;ReadPosRankSum=0.213;SC=CCCAGGGAACGCGCTTGGTGA;SOR=0.844;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=108;TCF=81;TCR=27;TR=53;WE=73719311;WS=73719293;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,65:0.47:137
chr14	73719323	rs11159011	G	A	2174.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.085;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.858;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=16;PP=1340;ReadPosRankSum=-0.154;SC=AATGTTGACTGGCGTCTGCCC;SOR=0.876;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=153;TCF=112;TCR=41;TR=75;WE=73719331;WS=73719313;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:107,100:0.48:207
chr14	73720003	rs4346152	C	T	1149.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=2.453;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=33;PP=708;ReadPosRankSum=1.375;SC=TTGGTGGCAGCGGGCCTCCTG;SOR=0.597;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=78;TCF=14;TCR=64;TR=42;WE=73720011;WS=73719993;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,51:0.52:98
chr14	73721162	rs2293796	G	A	1322.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.367;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.862;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=15;PP=804;ReadPosRankSum=-0.591;SC=CTAGCTGTCCGAACTGGCGTG;SOR=0.442;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=83;TCF=60;TCR=23;TR=49;WE=73721170;WS=73721152;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,61:0.60:101
chr14	73725659	rs2293797	C	A	3545.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.245;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=355;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.750;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=39;PP=1451;ReadPosRankSum=-0.064;SC=CCCTCTCCGTCCCACATGGAC;SOR=0.800;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=215;TCF=126;TCR=89;TR=102;WE=73725667;WS=73725649;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:175,176:0.50:351
chr14	73727509	rs177389	T	G	2102.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.183;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.815;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=32;PP=1102;ReadPosRankSum=-0.075;SC=ACCGGGGGCATGCCCAGGTCA;SOR=0.842;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=125;TCF=66;TCR=59;TR=71;WE=73727517;WS=73727499;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,99:0.54:183
chr14	73728957	rs177387	G	A	1128.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.534;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=15;PP=646;ReadPosRankSum=-0.164;SC=TGCTTTATAAGTGGGGAAGGG;SOR=0.628;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=89;TCF=60;TCR=29;TR=43;WE=73728965;WS=73728947;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,56:0.47:120
chr14	73730290	rs177385	C	A	10396.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=400;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=154;NR=103;PP=2965;SC=GAACACACTGCTTAGGGTGGT;SOR=0.978;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=257;TCF=154;TCR=103;TR=257;WE=73730298;WS=73730280;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,387:1.00:387
chr14	73730661	.	GGCCCCCCGACCTCCTCTGACAGGTGTGTGTGACA	G	5053.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=1.572;ClippingRankSum=0.000;DP=563;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.335;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=13.218;NF=21;NR=117;PP=2907;ReadPosRankSum=11.001;SC=TGTGTGTGACGGCCCCCCGAC;SOR=1.034;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=241;TCF=43;TCR=198;TR=138;WE=73730703;WS=73730651;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:200,138:0.41:338
chr14	73730695	rs1145948	A	G	3309.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-3.141;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=541;ExcessHet=3.0103;FS=7.483;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=64.57;MQRankSum=-12.414;QD=10.25;ReadPosRankSum=-2.471;SOR=0.449;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:144,179:0.55:323
chr14	73732302	rs177383	C	G	1041.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.881;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.773;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=27;PP=633;ReadPosRankSum=1.220;SC=GAGCTGCTAGCGCATGGTCAT;SOR=0.804;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=78;TCF=27;TCR=51;TR=41;WE=73732310;WS=73732292;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,49:0.49:100
chr14	73822226	.	AT	A	371.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.107;ClippingRankSum=0.000;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.367;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=4;PP=245;ReadPosRankSum=-0.271;SC=ATGTGAAGGGATTTGTTTTTT;SOR=0.430;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=26;TCF=16;TCR=10;TR=9;WE=73822234;WS=73822216;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,15:0.37:41
chr14	73957682	rs10144461	C	G	1265.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=34;NR=2;PP=970;SC=TTTAGCTTCGCCCCCGGCCGG;SOR=4.021;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=36;TCF=34;TCR=2;TR=36;WE=73957690;WS=73957672;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr14	73957772	rs10144469	A	G	6097.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=101;NR=58;PP=2965;SC=GGGCGGCCGAAGCGCCGGCGC;SOR=1.189;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=159;TCF=101;TCR=58;TR=159;WE=73957780;WS=73957762;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,224:1.00:224
chr14	73957981	rs150704374	G	GC	6967.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=86;PP=2936;SC=GGCGGTGGCGGCGTCCCGGAC;SOR=1.240;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=98;TCF=11;TCR=87;TR=96;WE=73957989;WS=73957971;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,188:1.00:188
chr14	73958375	rs758109	T	C	11190.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=407;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=148;NR=119;PP=2965;SC=CAGATCACTTTTACCGGCGCC;SOR=0.893;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=271;TCF=149;TCR=122;TR=267;WE=73958383;WS=73958365;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,403:1.00:403
chr14	73958812	rs3813563	T	C	11208.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=2.338;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1072;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.739;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=163;NR=184;PP=2962;ReadPosRankSum=1.024;SC=CGACCCCGAGTCCCAACCGAG;SOR=0.549;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=704;TCF=313;TCR=391;TR=347;WE=73958820;WS=73958802;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:509,524:0.51:1033
chr14	73959703	rs10631979	C	CT,CTT	2120.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.858;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FS=1.892;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.93;ReadPosRankSum=-0.197;SOR=0.751;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:36,78,50:0.48,0.30:164
chr14	73961765	rs11365617	CA	C	475.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.574;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.30;ReadPosRankSum=-0.571;SOR=1.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,25:0.96:26
chr14	73961821	rs4519287	T	C	753.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.602;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.297;HP=2;HapScore=2;MGOF=28;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=6;PP=465;ReadPosRankSum=0.111;SC=AGAGTACCCTTTCCTGACTCT;SOR=0.394;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=47;TCF=38;TCR=9;TR=26;WE=73961829;WS=73961811;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,32:0.58:55
chr14	73961841	rs1019056	T	C	3064.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=52;NR=11;PP=1517;SC=TTTCATCCTCTAAGGCTTGCT;SOR=2.174;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=63;TCF=52;TCR=11;TR=63;WE=73961849;WS=73961831;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr14	73963383	rs8014577	T	C	2056.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=26;NR=39;PP=1279;SC=GGTACATTTCTCTGAAAGATA;SOR=1.108;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=66;TCF=27;TCR=39;TR=65;WE=73963391;WS=73963373;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr14	73973364	rs35842680	A	G	96.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=1.311;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.748;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=5;PP=62;ReadPosRankSum=1.796;SC=GGCATCCTGCATAATTAATGT;SOR=1.136;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=19;TCF=7;TCR=12;TR=7;WE=73973372;WS=73973354;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,7:0.29:24
chr14	73987491	rs76899909	G	A	252.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.022;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=3;PP=106;ReadPosRankSum=0.410;SC=CCAGCCCCCAGCAATCTTCCA;SOR=0.646;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=27;TCF=19;TCR=8;TR=10;WE=73987499;WS=73987481;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,14:0.41:34
chr14	73989859	rs1074501	C	T	851.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=3.041;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.274;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=27;PP=582;ReadPosRankSum=1.528;SC=CTGGTCATACCGCGTCCCAGC;SOR=1.439;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=70;TCF=20;TCR=50;TR=35;WE=73989867;WS=73989849;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,40:0.43:92
chr14	74004639	.	CTG	C	373.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.927;ClippingRankSum=0.000;DP=365;ExcessHet=3.0103;FS=3.514;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.03;MQRankSum=2.623;QD=1.30;ReadPosRankSum=1.336;SOR=0.436;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:247,40:0.14:287
chr14	74036370	rs60568739	G	T	607.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.725;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-1.674;NF=15;NR=7;PP=363;ReadPosRankSum=1.861;SC=CCATGGGGCTGCTCTGGGCCT;SOR=0.723;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=62;TCF=41;TCR=21;TR=22;WE=74036378;WS=74036360;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,30:0.36:83
chr14	74036674	rs34765603	G	GC	1001.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=0.178;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.487;HP=7;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.841;NF=2;NR=42;PP=998;ReadPosRankSum=-0.557;SC=TTATGTGTATGCCCCCCCGCC;SOR=1.501;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=113;TCF=9;TCR=104;TR=44;WE=74036682;WS=74036663;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,47:0.38:125
chr14	74040341	rs34585397	T	C	2287.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=3.977;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=243;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.785;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-1.955;NF=21;NR=66;PP=1550;ReadPosRankSum=0.659;SC=TCAGGTCTCTTCTTAAATGGT;SOR=1.055;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=188;TCF=51;TCR=137;TR=87;WE=74040349;WS=74040331;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:132,104:0.44:236
chr14	74041748	rs149033118	A	G	969.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=39.78;QD=33.44;SOR=6.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
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chr14	74083901	rs17128948	G	A	1371.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.945;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=26;PP=629;ReadPosRankSum=-1.829;SC=CCAAAGGTGCGTTCTGGTGAT;SOR=0.695;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=110;TCF=48;TCR=62;TR=47;WE=74083909;WS=74083891;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:98,72:0.42:170
chr14	74192165	rs10136165	T	C	696.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=2.933;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.120;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=18;PP=388;ReadPosRankSum=-0.650;SC=CGCCCATGGTTTCTGCAGGCA;SOR=1.781;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=42;TCF=8;TCR=34;TR=20;WE=74192173;WS=74192155;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,28:0.54:52
chr14	74192968	rs143224767	AGGG	A	1736.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=0.777;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.689;NF=1;NR=28;PP=974;ReadPosRankSum=-0.333;SC=GTGAGATCACAGGGGGTGGGG;SOR=0.605;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=49;TCF=1;TCR=48;TR=29;WE=74192978;WS=74192958;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,46:0.60:77
chr14	74192994	rs2336074	A	G	679.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=3.330;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.472;HP=2;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=23;PP=532;ReadPosRankSum=0.959;SC=CAGAAAACAGACCTCAGGTCC;SOR=1.270;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=48;TCF=9;TCR=39;TR=27;WE=74193002;WS=74192984;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,27:0.55:49
chr14	74193427	rs887508	A	G	3333.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.499;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=297;ExcessHet=3.0103;FS=1.952;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.34;ReadPosRankSum=-0.994;SOR=0.578;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:130,164:0.56:294
chr14	74196686	rs2075025	T	C	3092.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.568;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=339;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.285;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=55;PP=1443;ReadPosRankSum=0.342;SC=TCATGTCCTCTGCCTGGAGAA;SOR=0.620;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=225;TCF=116;TCR=109;TR=113;WE=74196694;WS=74196676;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:181,156:0.46:337
chr14	74196792	rs8019058	T	C	2272.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.778;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=249;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.157;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=46;PP=1305;ReadPosRankSum=-0.377;SC=TTAGTCTGCCTACCACACCCA;SOR=0.559;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=176;TCF=74;TCR=102;TR=83;WE=74196800;WS=74196782;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:134,113:0.46:247
chr14	74196844	rs6574140	T	C	1477.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=1.467;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.609;HP=4;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=35;PP=827;ReadPosRankSum=-1.150;SC=AAAAGCCCTTTTTATCATCTC;SOR=0.797;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=109;TCF=35;TCR=74;TR=50;WE=74196852;WS=74196834;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,71:0.45:158
chr14	74196872	rs76529453	G	C	779.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.715;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.751;HP=1;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=23;PP=442;ReadPosRankSum=-0.345;SC=GCAGAAGTCAGCAAACTTTTT;SOR=0.893;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=69;TCF=17;TCR=52;TR=29;WE=74196880;WS=74196862;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,40:0.41:98
chr14	74203789	rs17782124	G	A	2279.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.975;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.533;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=24;PP=1197;ReadPosRankSum=0.264;SC=GTTCTGTTCAGGACCCTTCCC;SOR=0.643;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=130;TCF=88;TCR=42;TR=71;WE=74203797;WS=74203779;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:95,105:0.52:200
chr14	74205198	rs72365435	GCAGCCGCC	G	477.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.724;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.746;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=1.255;NF=4;NR=1;PP=790;ReadPosRankSum=-1.189;SC=AGCAAATCCTGCAGCCGCCCA;SOR=1.627;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=17;TCF=13;TCR=4;TR=5;WE=74205213;WS=74205188;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,14:0.41:34
chr14	74205878	rs17782128	C	T	1905.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.350;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.013;HP=3;HapScore=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=36;PP=867;ReadPosRankSum=-1.213;SC=AGGGTTGCTGCGGCATGGAAT;SOR=0.787;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=141;TCF=65;TCR=76;TR=65;WE=74205886;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:139,98:0.41:237
chr14	74205925	.	CCTG	C	667.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.484;ClippingRankSum=0.000;DP=216;ExcessHet=3.0103;FS=2.687;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.71;ReadPosRankSum=0.097;SOR=0.978;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:152,28:0.16:180
chr14	74206481	rs758774	T	C	3289.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.343;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=386;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.374;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=52;PP=1597;ReadPosRankSum=-1.995;SC=CAGGCCCATATACCACAGAGT;SOR=0.664;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=237;TCF=113;TCR=124;TR=101;WE=74206489;WS=74206471;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:213,165:0.44:378
chr14	74206658	rs758773	G	A	3231.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.059;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=327;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.405;HP=5;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=60;PP=1819;ReadPosRankSum=1.317;SC=CCTGGCCCCCGAAGAGGCAAC;SOR=0.671;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=243;TCF=119;TCR=124;TR=119;WE=74206666;WS=74206648;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:163,157:0.49:320
chr14	74206847	rs758772	A	G	1014.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-0.908;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.725;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=28;PP=582;ReadPosRankSum=-0.884;SC=GACGCTGGACAGTGAGGTCGG;SOR=0.978;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=88;TCF=30;TCR=58;TR=40;WE=74206855;WS=74206837;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,48:0.48:99
chr14	74340797	rs11159042	A	T	9206.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=371;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=120;NR=102;PP=2965;SC=TCGTTGATGGAGGAGGTATTG;SOR=0.790;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=222;TCF=120;TCR=102;TR=222;WE=74340805;WS=74340787;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,367:1.00:367
chr14	74340927	rs75892130	A	G	1124.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.307;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FS=1.468;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.39;ReadPosRankSum=-0.343;SOR=0.519;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:77,57:0.43:134
chr14	74343981	rs45542836	T	A	851.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-1.828;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=17;PP=478;ReadPosRankSum=-0.804;SC=TTGGATAAATTTTTTTTTTCT;SOR=0.610;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=27;TCF=9;TCR=18;TR=26;WE=74343989;WS=74343971;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,32:0.97:33
chr14	74349227	rs8005140	G	A	1500.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=13;NR=27;PP=881;SC=TTTTTGAGACGGAGTCTTGCT;SOR=1.524;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=13;TCR=27;TR=40;WE=74349235;WS=74349217;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr14	74358703	rs140665239	CCT	C	3872.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=39;NR=20;PP=2706;SC=CTTAATGCCCCCTCTCTCTTT;SOR=2.030;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=64;TCF=43;TCR=21;TR=59;WE=74358712;WS=74358693;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr14	74361126	.	C	CT	559.74	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.328;ClippingRankSum=0.000;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=4.499;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.46;MQRankSum=0.000;QD=10.98;ReadPosRankSum=0.167;SOR=0.170;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,37:0.73:51
chr14	74364674	.	C	CAA	61.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=6.17;ReadPosRankSum=2.260;SOR=1.911;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,5:0.50:10
chr14	74371467	rs35370876	TA	T	705.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=19;NR=1;PP=778;SC=GCTATAGTTTTAACAAAGTCT;SOR=4.091;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=20;TCF=19;TCR=1;TR=20;WE=74371475;WS=74371466;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr14	74375956	rs2302136	A	C	2161.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=52;NR=18;PP=1332;SC=GTAAGTCATTAGACTCTGAAT;SOR=1.966;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=70;TCF=52;TCR=18;TR=70;WE=74375964;WS=74375946;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr14	74388908	rs1127392	T	C	2084.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=21;NR=29;PP=883;SC=GAGTTGATGATGGTAAGACTT;SOR=0.968;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=50;TCF=21;TCR=29;TR=50;WE=74388916;WS=74388898;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
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chr14	74399291	rs2336547	G	A	2309.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=21;NR=40;PP=1223;SC=CTTGCTATCAGTCATCCTGTC;SOR=1.275;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=61;TCF=21;TCR=40;TR=61;WE=74399299;WS=74399281;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
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chr14	74404756	rs28927675	T	C	11279.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.496;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=445;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.81;ReadPosRankSum=-1.231;SOR=0.735;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,435:1.00:437
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chr14	74413420	rs7148485	T	C	586.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=7;NR=9;PP=306;SC=TGGGGAGAATTTGGGGTCTGC;SOR=0.874;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=17;TCF=7;TCR=10;TR=16;WE=74413428;WS=74413410;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr14	74416600	rs11621743	T	C	3446.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=68;NR=23;PP=1972;SC=GCCCCTGCTGTCTGTCTCCAA;SOR=1.857;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=92;TCF=69;TCR=23;TR=91;WE=74416608;WS=74416590;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr14	74424938	rs3180946	T	C	9068.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.346;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=346;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=103;NR=128;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.499;SC=CTTGGGTTCATATTACCCTAG;SOR=0.296;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=232;TCF=103;TCR=129;TR=231;WE=74424946;WS=74424928;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,337:1.00:338
chr14	74425056	rs3764859	C	A	2714.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=18;NR=54;PP=1726;SC=CTCTGGTTTTCGATTTAAGCT;SOR=1.906;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=74;TCF=20;TCR=54;TR=72;WE=74425064;WS=74425046;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr14	74426284	rs71954619	G	GT	197.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.115;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.39;ReadPosRankSum=0.990;SOR=0.703;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:113,29:0.20:142
chr14	74428286	rs7141392	A	G	4546.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=53;NR=58;PP=2434;SC=AAGGATTCAGATACTATGGGG;SOR=0.782;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=111;TCF=53;TCR=58;TR=111;WE=74428294;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,163:1.00:163
chr14	74428445	rs8500	G	A	8881.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=340;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=113;NR=97;PP=2965;SC=TTCAGGTTCCGTGAGCCACCT;SOR=0.793;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=210;TCF=113;TCR=97;TR=210;WE=74428453;WS=74428435;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,334:1.00:334
chr14	74433552	rs13743	A	T	469.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=2.155;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=2;PP=349;ReadPosRankSum=-0.411;SC=ATGTCCCCAGACTAGTTCAGA;SOR=1.981;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=16;TCF=14;TCR=2;TR=15;WE=74433560;WS=74433542;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,16:0.94:17
chr14	74433859	rs3742813	T	C	5923.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=46;NR=102;PP=2965;SC=TTTGCAGGCTTCCCACTACTC;SOR=1.358;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=148;TCF=46;TCR=102;TR=148;WE=74433867;WS=74433849;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,214:1.00:214
chr14	74439495	rs11623794	G	A	2425.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=57;NR=17;PP=1622;SC=TAATCACCCCGACAAAGCACC;SOR=2.359;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=74;TCF=57;TCR=17;TR=74;WE=74439503;WS=74439485;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr14	74441537	rs2074933	T	C	4473.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.976;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=76;NR=41;PP=2525;ReadPosRankSum=-0.857;SC=ATCTTTTCCTTCATAGAATGG;SOR=1.250;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=118;TCF=76;TCR=42;TR=117;WE=74441545;WS=74441527;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,163:0.99:165
chr14	74441684	rs2074932	G	A	3957.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.866;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=71;PP=2149;ReadPosRankSum=1.710;SC=CCAAATCCCAGGTAACTGTAA;SOR=1.394;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=104;TCF=32;TCR=72;TR=103;WE=74441692;WS=74441674;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,146:0.99:148
chr14	74444090	rs201751093	G	GA	572.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.468;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FS=7.802;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.48;MQRankSum=1.509;QD=9.87;ReadPosRankSum=-0.131;SOR=0.191;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,38:0.66:58
chr14	74449664	rs12431489	A	G	2848.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=39;NR=27;PP=1396;SC=AAAAACTCATAAAGTATTCAT;SOR=0.941;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=66;TCF=39;TCR=27;TR=66;WE=74449672;WS=74449654;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr14	74454819	rs12434581	T	A	645.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=17;PP=463;SC=TTTCCCAAGATGTGGCTGGGT;SOR=2.400;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=5;TCR=17;TR=22;WE=74454827;WS=74454809;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr14	74527203	rs8017248	G	A	1183.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=32;NR=3;PP=832;SC=GAAACTTTGCGGGGGTTAATA;SOR=3.912;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=35;TCF=32;TCR=3;TR=35;WE=74527211;WS=74527193;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr14	74665543	rs10145171	G	A	2804.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=60;NR=23;PP=1692;SC=AAATCAATCTGCATTTTTAAA;SOR=1.454;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=88;TCF=60;TCR=28;TR=83;WE=74665551;WS=74665533;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr14	74711883	rs35435463	C	T	2707.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.202;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=255;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=45;PP=1322;ReadPosRankSum=-1.170;SC=TCTTTACCTCCTACCAGCTAG;SOR=0.673;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=165;TCF=84;TCR=81;TR=93;WE=74711891;WS=74711873;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:121,130:0.52:251
chr14	74726515	rs11383441	G	GC	3130.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQ=60.11;NF=3;NR=42;PP=1867;SC=TTGGGGTCCTGCCCTGCGGTG;SOR=1.445;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=46;TCF=3;TCR=43;TR=45;WE=74726523;WS=74726505;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr14	74753278	rs929449	T	C	24582.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=943;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=274;NR=310;PP=2965;SC=CCCTGGCCGCTGGCAGAGGAG;SOR=0.782;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=584;TCF=274;TCR=310;TR=584;WE=74753286;WS=74753268;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,938:1.00:938
chr14	74759006	rs3742801	C	T	7681.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.527;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=295;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=107;NR=78;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.185;SC=AAGCCCCACTCGCTCTCGCCC;SOR=0.503;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=187;TCF=109;TCR=78;TR=185;WE=74759014;WS=74758996;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,290:0.99:293
chr14	74759301	rs4148078	G	T	11969.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.763;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=457;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=157;NR=134;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.872;SC=ACAGGTCGATGAGCTGGGTGA;SOR=0.820;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=292;TCF=158;TCR=134;TR=291;WE=74759309;WS=74759291;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,449:1.00:451
chr14	74759477	rs4148077	C	T	14360.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.944;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=541;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=177;NR=163;PP=2965;ReadPosRankSum=1.929;SC=CTAAGCTCTGCGGGACTCAGG;SOR=0.755;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=344;TCF=178;TCR=166;TR=340;WE=74759485;WS=74759467;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,530:1.00:532
chr14	74766352	rs2301345	A	G	1071.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.450;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.347;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=22;PP=612;ReadPosRankSum=1.444;SC=CTGGGGATCAAGCCAACCTGG;SOR=0.493;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=85;TCF=37;TCR=48;TR=41;WE=74766360;WS=74766342;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,54:0.45:120
chr14	74767128	rs7158118	G	A	330.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=2.408;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.752;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=10;PP=200;ReadPosRankSum=-1.532;SC=AACAGACCACGGATACAAAGG;SOR=2.088;SbPval=0.97;Source=Platypus;TC=25;TCF=7;TCR=18;TR=11;WE=74767136;WS=74767118;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,15:0.45:33
chr14	74876355	rs61734850	G	C	1408.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.071;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.295;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=25;PP=695;ReadPosRankSum=0.774;SC=GGCAGGACCAGCTGGGTGGGG;SOR=0.733;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=103;TCF=49;TCR=54;TR=46;WE=74876363;WS=74876345;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,71:0.48:147
chr14	74943295	rs8021664	T	C	4164.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.452;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=364;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.291;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=86;PP=2232;ReadPosRankSum=-0.037;SC=CATGGGAACATCTGCAGAAAG;SOR=0.835;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=235;TCF=86;TCR=149;TR=134;WE=74943303;WS=74943285;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:167,191:0.53:358
chr14	74947200	rs373421076	CT	C	45.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.198;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.72;MQRankSum=0.792;QD=3.27;ReadPosRankSum=-2.352;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,6:0.43:14
chr14	74970448	rs5809669	G	GC	596.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=5;PP=280;SC=AGCCTGGAAGGCCCTCCTGGG;SOR=0.793;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=9;TCF=3;TCR=6;TR=8;WE=74970456;WS=74970438;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr14	74972008	rs10146812	A	T	546.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=2.460;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.493;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=18;PP=401;ReadPosRankSum=0.541;SC=TACCTGTATTACCTCACTGAG;SOR=1.981;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=29;TCF=3;TCR=26;TR=19;WE=74972016;WS=74971998;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,21:0.70:30
chr14	74972942	rs2286411	G	A	1767.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.185;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.975;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=45;PP=1079;ReadPosRankSum=-0.976;SC=GGCAGCCCGTGCCCCCTGCCC;SOR=0.994;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=131;TCF=46;TCR=85;TR=67;WE=74972950;WS=74972932;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,82:0.53:156
chr14	74973556	.	A	ATGTG	881.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.500;ClippingRankSum=0.000;DP=132;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.65;MQRankSum=-0.562;QD=11.76;ReadPosRankSum=0.922;SOR=0.593;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,36:0.48:75
chr14	74973579	rs45537036	T	C	845.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.989;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FS=4.833;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.84;MQRankSum=1.222;QD=10.84;ReadPosRankSum=-0.273;SOR=1.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:45,33:0.42:78
chr14	74973581	rs60130392	T	C	1166.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.185;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FS=3.343;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.90;MQRankSum=1.061;QD=14.96;ReadPosRankSum=0.166;SOR=1.169;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:43,35:0.45:78
chr14	74973583	.	C	CGT,CGCGCGCAT	2580.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=84;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.90;QD=34.41;SOR=2.147;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:2,38,35:0.51,0.47:75
chr14	74976986	rs7160756	A	G	2699.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=1.540;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.817;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=63;PP=1932;ReadPosRankSum=1.746;SC=GGCAGGCTCCAAGCATCTCAG;SOR=2.461;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=81;TCF=18;TCR=63;TR=80;WE=74976994;WS=74976976;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,92:0.98:94
chr14	74983491	rs147745131	GT	G	1146.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=3.440;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=22.261;HP=3;HapScore=3;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=4;PP=1440;ReadPosRankSum=-0.217;SC=GGGTGGTGGGGTGGCAGGGCG;SOR=2.833;SbPval=0.99;Source=Platypus;TC=59;TCF=34;TCR=25;TR=22;WE=74983503;WS=74983481;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,33:0.31:106
chr14	74983495	rs63395061	C	G	1227.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=2.656;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=25.822;HP=2;HapScore=3;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=3;PP=1431;ReadPosRankSum=-0.878;SC=GGTGGGGTGGCAGGGCGCTTC;SOR=2.905;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=113;TCF=72;TCR=41;TR=38;WE=74983503;WS=74983481;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,37:0.32:114
chr14	74983841	rs2302114	C	T	546.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-0.663;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.561;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=17;PP=385;ReadPosRankSum=1.242;SC=TAGCTCAGGCCCCTGATAAAC;SOR=1.329;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=37;TCF=6;TCR=31;TR=19;WE=74983849;WS=74983831;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,22:0.50:44
chr14	74989433	rs699371	T	C	1288.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.288;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=10;PP=930;ReadPosRankSum=0.761;SC=ACTCGGCCTCTTAGCCCCTGC;SOR=1.483;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=45;TCF=35;TCR=10;TR=44;WE=74989441;WS=74989423;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,47:0.94:50
chr14	74991855	rs862031	A	G	6458.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=250;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=83;NR=69;PP=2767;SC=CCAGCACATCAGTGGAGGGGG;SOR=0.802;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=152;TCF=83;TCR=69;TR=152;WE=74991863;WS=74991845;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,249:1.00:249
chr14	74991959	rs862030	T	C	1424.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.442;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.636;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=33;PP=708;ReadPosRankSum=-0.523;SC=GAGGTGGGGTTGTGGCCCCTT;SOR=0.605;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=100;TCF=36;TCR=64;TR=54;WE=74991967;WS=74991949;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,71:0.50:141
chr14	74992800	rs699374	A	G	1816.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.663;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.382;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=44;PP=933;ReadPosRankSum=-0.410;SC=CAGGTGCATGAGTGACACTGG;SOR=0.956;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=145;TCF=50;TCR=95;TR=63;WE=74992808;WS=74992790;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:105,88:0.46:193
chr14	74992861	rs699375	A	C	741.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.306;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=19;PP=369;ReadPosRankSum=-1.556;SC=CCTCTGCCGTACCTGTGATGT;SOR=0.651;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=68;TCF=16;TCR=52;TR=24;WE=74992869;WS=74992851;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,36:0.40:91
chr14	74999108	rs862025	C	T	1084.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.496;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.696;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=11;PP=536;ReadPosRankSum=-0.012;SC=CCACCCCCACCCCATCCCTGC;SOR=0.898;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=67;TCF=47;TCR=20;TR=34;WE=74999116;WS=74999098;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,51:0.54:94
chr14	75002607	rs3742794	G	T	2280.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.526;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.536;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=34;PP=1190;ReadPosRankSum=0.956;SC=CTTGAGCCCAGCCCTGGCCCT;SOR=0.764;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=130;TCF=69;TCR=61;TR=76;WE=75002615;WS=75002597;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,107:0.56:190
chr14	75002775	rs4899522	G	A	1770.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.065;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.448;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=25;PP=779;ReadPosRankSum=1.629;SC=GCTGGGAAGCGGGTGCAGTCT;SOR=0.631;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=110;TCF=54;TCR=56;TR=56;WE=75002783;WS=75002765;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,87:0.51:171
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chr14	75017650	rs934999	G	C	2988.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=57;NR=18;PP=1590;SC=AAATGGGAGAGTCTGCAGACA;SOR=1.863;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=75;TCF=57;TCR=18;TR=75;WE=75017658;WS=75017640;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
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chr14	75151047	rs9671386	G	A	255.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=1;PP=196;SC=AGTTCCTGGAGGGAGTTGAAA;SOR=3.056;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=8;TCR=1;TR=9;WE=75151055;WS=75151037;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
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chr14	75200697	rs3825708	G	A	4682.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-2.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=445;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.524;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=52;PP=1693;ReadPosRankSum=1.305;SC=TTCTCAGACTGGTCAGTCGTT;SOR=0.620;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=232;TCF=128;TCR=104;TR=112;WE=75200705;WS=75200687;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:208,233:0.53:441
chr14	75276079	rs957345	C	G	5699.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.010;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=94;NR=42;PP=2736;ReadPosRankSum=-0.787;SC=ATTCTGTTCTCTAGCCTCCAG;SOR=0.515;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=141;TCF=95;TCR=46;TR=136;WE=75276087;WS=75276069;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,204:1.00:205
chr14	75278211	rs12588415	G	A	756.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=18;NR=7;PP=514;SC=AACATTTACTGTGTGGAGTAC;SOR=1.781;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=18;TCR=7;TR=25;WE=75278219;WS=75278201;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr14	75278302	rs8022046	G	A	3074.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.394;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=1.880;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=25;PP=1527;ReadPosRankSum=2.189;SC=TTGCTGAAGCGCTTCCTATTA;SOR=1.208;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=74;TCF=49;TCR=25;TR=74;WE=75278310;WS=75278292;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,117:0.97:121
chr14	75279395	rs2302834	T	A	7309.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=290;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=100;NR=81;PP=2965;SC=GCCACCAGCCTCCTCCAGCTC;SOR=0.901;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=181;TCF=100;TCR=81;TR=181;WE=75279403;WS=75279385;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,283:1.00:283
chr14	75282873	rs200535544	ATT	A,AT	1630.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.339;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FS=2.095;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.35;ReadPosRankSum=1.336;SOR=0.488;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:19,33,80:0.25,0.61:132
chr14	75287730	rs79860790	CT	C	161.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.469;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.15;MQRankSum=1.254;QD=2.41;ReadPosRankSum=-0.355;SOR=0.651;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:46,21:0.31:67
chr14	75374285	rs190445043	C	T	1534.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.217;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.037;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=28;PP=758;ReadPosRankSum=0.397;SC=GGACCGTCTACACTCCAGTGG;SOR=0.526;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=85;TCF=36;TCR=49;TR=52;WE=75374293;WS=75374275;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,76:0.50:151
chr14	75378296	rs3081755	GTGTGTA	G	4124.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.054;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.422;NF=20;NR=25;PP=2546;ReadPosRankSum=-1.888;SC=ATGTGTGTTTGTGTGTATGTG;SOR=1.445;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=73;TCF=35;TCR=38;TR=45;WE=75378340;WS=75378286;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,96:0.98:98
chr14	75378331	rs759057	T	C	4240.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.120;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.434;NF=66;NR=43;PP=2213;ReadPosRankSum=-1.760;SC=TGTGTGTGTGTGCATGCATGT;SOR=1.138;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=113;TCF=68;TCR=45;TR=109;WE=75378340;WS=75378286;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,165:0.98:169
chr14	75386530	rs60425478	T	TGG	364.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.698;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=8.337;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.63;ReadPosRankSum=2.089;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:40,15:0.27:55
chr14	75386576	rs2286913	G	A	1960.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.843;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.852;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-1.104;NF=42;NR=23;PP=1080;ReadPosRankSum=2.801;SC=ACTGCTCAGCGGCCGCTGCAG;SOR=0.498;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=120;TCF=80;TCR=40;TR=65;WE=75386584;WS=75386566;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,91:0.55:164
chr14	75388183	rs7156590	C	T	4865.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.144;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=492;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.750;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=95;PP=2316;ReadPosRankSum=-1.148;SC=GGACCGTGCTCGTGAGCAAGG;SOR=0.811;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=343;TCF=140;TCR=203;TR=154;WE=75388191;WS=75388173;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:247,237:0.49:484
chr14	75412908	rs8005277	A	G	4740.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=89;NR=42;PP=2492;SC=GGGACCCCGCACACTCACAGG;SOR=1.399;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=131;TCF=89;TCR=42;TR=131;WE=75412916;WS=75412898;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,182:1.00:182
chr14	75415194	rs2159907	G	C	4534.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=68;NR=46;PP=2250;SC=CTACCCACCCGACCCCGGAGA;SOR=1.000;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=114;TCF=68;TCR=46;TR=114;WE=75415202;WS=75415184;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,169:1.00:169
chr14	75416000	rs2268614	C	T	2657.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.630;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=224;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.039;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=39;PP=1145;ReadPosRankSum=-0.296;SC=ATCTTCTTCCCTCTCCAGGTA;SOR=0.609;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=152;TCF=83;TCR=69;TR=85;WE=75416008;WS=75415990;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:97,126:0.57:223
chr14	75470446	rs175041	C	A	5594.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=45;NR=86;PP=2712;SC=GTCACAGGCACATAAGGGAAC;SOR=1.195;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=132;TCF=45;TCR=87;TR=131;WE=75470454;WS=75470436;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,207:1.00:207
chr14	75471392	.	ATTTT	A	435.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;QD=48.41;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr14	75471398	.	T	A	104.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.967;ClippingRankSum=-0.000;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=14.97;ReadPosRankSum=-0.000;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,5:0.71:7
chr14	75471400	.	T	A	538.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=48.98;SOR=1.270;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr14	75471402	.	T	A	538.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.44;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr14	75471404	.	T	A	538.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.44;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr14	75471406	.	T	A	538.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.44;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr14	75471409	.	T	A	500.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.701;ClippingRankSum=0.000;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=3.358;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=35.77;ReadPosRankSum=2.292;SOR=0.636;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,12:0.86:14
chr14	75475756	.	C	T	2093.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.251;ClippingRankSum=0.000;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.265;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=25;PP=1160;ReadPosRankSum=1.381;SC=AGAAGGTCAGCGTGCATTGCC;SOR=0.854;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=140;TCF=91;TCR=49;TR=77;WE=75475764;WS=75475746;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,96:0.56:170
chr14	75483812	rs13712	T	C	1611.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.874;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.905;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=23;PP=832;ReadPosRankSum=-0.466;SC=GAGGCATGGATTGCTGCAGGC;SOR=0.856;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=121;TCF=63;TCR=58;TR=51;WE=75483820;WS=75483802;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,80:0.48:168
chr14	75485406	rs175052	G	A	840.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=22;NR=5;PP=593;SC=GAAACTTCCAGTGCAGATTTT;SOR=2.546;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=27;TCF=22;TCR=5;TR=27;WE=75485414;WS=75485396;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr14	75485489	rs175053	A	G	4107.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=66;NR=32;PP=2258;SC=AGAAAGAGAAAATAAACTTTG;SOR=1.324;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=100;TCF=68;TCR=32;TR=98;WE=75485497;WS=75485479;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,147:1.00:147
chr14	75489632	rs175057	C	T	3443.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.358;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=387;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=54;PP=1454;ReadPosRankSum=0.671;SC=GAAAAGAAAACGGAACAACGA;SOR=0.711;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=237;TCF=124;TCR=113;TR=114;WE=75489640;WS=75489622;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:206,177:0.46:383
chr14	75497130	rs175070	C	A	3036.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=71;NR=21;PP=2083;SC=CCTGGCACACCGCAGGTAAAT;SOR=2.131;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=92;TCF=71;TCR=21;TR=92;WE=75497138;WS=75497120;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr14	75505008	rs3742780	G	C	3306.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.309;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=320;ExcessHet=3.0103;FS=1.906;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.60;ReadPosRankSum=1.150;SOR=0.572;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:151,161:0.52:312
chr14	75505016	rs175075	A	G	12012.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=348;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=35.54;SOR=1.080;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,338:1.00:338
chr14	75506549	.	CATATATATATATATATAT	C,CAT	1909.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.740;ClippingRankSum=0.000;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=7.920;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=28.08;ReadPosRankSum=-0.734;SOR=2.294;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:4,22,42:0.32,0.62:68
chr14	75513709	rs61752723	C	T	6394.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.649;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=657;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.521;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=103;NR=115;PP=2962;ReadPosRankSum=0.824;SC=GTTTCTCTTTCGGAACCCTTC;SOR=0.616;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=451;TCF=222;TCR=229;TR=218;WE=75513717;WS=75513699;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:323,324:0.50:647
chr14	75513828	rs175080	G	A	4099.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.446;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=427;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.093;HP=1;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=68;NR=70;PP=2343;ReadPosRankSum=-1.756;SC=TCTCAAACTAGGCATCTGTTG;SOR=0.598;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=304;TCF=143;TCR=161;TR=138;WE=75513836;WS=75513818;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:226,194:0.46:420
chr14	75513883	rs175081	T	C	11037.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=382;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=148;NR=138;PP=2965;SC=TTCTCTGAGTTAAGGATGTGG;SOR=0.747;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=286;TCF=148;TCR=138;TR=286;WE=75513891;WS=75513873;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,380:1.00:380
chr14	75528580	rs10129657	G	A	171.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=4.227;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.806;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=7;PP=121;ReadPosRankSum=0.164;SC=CAAGGTGGGCGGATCACCTGA;SOR=3.198;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=5;TCR=16;TR=7;WE=75528588;WS=75528570;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,8:0.31:26
chr14	75535927	rs175499	G	A	1381.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.229;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.509;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=23;PP=617;ReadPosRankSum=0.671;SC=GGCCCGCCCAGCGCAGCCGAG;SOR=0.519;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=79;TCF=34;TCR=45;TR=42;WE=75535935;WS=75535917;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,66:0.57:116
chr14	75537381	rs11546525	C	T	5233.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.576;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=540;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.517;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=87;NR=72;PP=2234;ReadPosRankSum=-0.472;SC=AAGACTCTTACGAACAAGGTG;SOR=0.735;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=318;TCF=172;TCR=146;TR=159;WE=75537389;WS=75537371;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:273,262:0.49:535
chr14	75538217	rs3742778	G	T	3231.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.267;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=270;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.937;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-1.146;NF=50;NR=58;PP=1672;ReadPosRankSum=-0.107;SC=CAAAATTCAGGTCCATTCCAG;SOR=0.631;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=186;TCF=84;TCR=102;TR=108;WE=75538225;WS=75538207;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:115,153:0.57:268
chr14	75538258	.	A	AG	1951.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.359;ClippingRankSum=0.000;DP=211;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=2.479;NF=17;NR=40;PP=1998;ReadPosRankSum=0.149;SC=GAGGCTCAAAAGGGAAAGGCT;SOR=0.685;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=127;TCF=37;TCR=90;TR=57;WE=75538266;WS=75538248;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:108,90:0.45:198
chr14	75544101	rs12589815	C	T	516.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.331;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=3;PP=284;ReadPosRankSum=-0.489;SC=AGTCAGTTACCGCTGTTGCTC;SOR=1.074;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=23;TCF=18;TCR=5;TR=16;WE=75544109;WS=75544091;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,22:0.71:31
chr14	75544189	rs12589876	G	A	864.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.030;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.758;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=14;PP=432;ReadPosRankSum=1.724;SC=ACTCAGGAAGGAGATAGGTGC;SOR=0.590;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=57;TCF=31;TCR=26;TR=28;WE=75544197;WS=75544179;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,44:0.45:97
chr14	75551254	rs175487	C	T	2994.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=61;NR=19;PP=1669;SC=GGGGGCTCTACAGGCTCAGGA;SOR=1.654;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=83;TCF=61;TCR=22;TR=80;WE=75551262;WS=75551244;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr14	75551442	rs175486	A	C	9745.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=368;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=94;NR=119;PP=2965;SC=CTAGTCACAGAAGTAGTTCAG;SOR=0.844;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=214;TCF=94;TCR=120;TR=213;WE=75551450;WS=75551432;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,368:1.00:368
chr14	75553655	rs175485	T	C	2783.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=62;NR=16;PP=1843;SC=TTCAGTACTTTGTGTTTTGTT;SOR=2.204;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=79;TCF=62;TCR=17;TR=78;WE=75553663;WS=75553645;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr14	75572559	rs119077	T	C	947.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=28;NR=4;PP=773;SC=CGGAAATAAATACCTTGATAC;SOR=3.545;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=32;TCF=28;TCR=4;TR=32;WE=75572567;WS=75572549;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr14	75574087	rs10146482	C	T	4048.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=2.160;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=449;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=67;PP=1691;ReadPosRankSum=-0.508;SC=TGACACCTGACGGATAGCTTT;SOR=0.715;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=266;TCF=118;TCR=148;TR=119;WE=75574095;WS=75574077;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:239,207:0.46:446
chr14	75577005	.	A	G	2951.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=-0.587;ClippingRankSum=0.000;DP=287;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.429;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=44;PP=1060;ReadPosRankSum=1.025;SC=TTAGTTTTTAAGAGTCTCTTG;SOR=0.726;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=153;TCF=67;TCR=86;TR=78;WE=75577013;WS=75576995;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:137,148:0.52:285
chr14	75579979	.	G	A	1472.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-2.332;ClippingRankSum=0.000;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.611;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=22;PP=910;ReadPosRankSum=0.434;SC=TTAGTACTCTGATCAAGCCTC;SOR=0.907;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=91;TCF=55;TCR=36;TR=59;WE=75579987;WS=75579969;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,69:0.63:110
chr14	75580152	rs175464	G	A	2833.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=26;NR=51;PP=1544;SC=GGAAATGGGCGACATCGGATC;SOR=1.314;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=77;TCF=26;TCR=51;TR=77;WE=75580160;WS=75580142;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr14	75587351	rs175454	T	C	2088.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=28.23;SOR=1.641;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr14	75590822	rs8017642	G	A	4632.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.485;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=412;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.524;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=67;NR=63;PP=1902;ReadPosRankSum=1.104;SC=TAATGTTGTCGTGCTGCAGCA;SOR=0.717;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=233;TCF=118;TCR=115;TR=130;WE=75590830;WS=75590812;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:180,225:0.56:405
chr14	75590846	rs175449	A	T	2815.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.927;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=331;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.329;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=48;PP=1303;ReadPosRankSum=-0.615;SC=CCAGAATAACAATCTCATTCA;SOR=0.605;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=209;TCF=96;TCR=113;TR=93;WE=75590854;WS=75590836;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:183,141:0.44:324
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chr14	75601782	rs175444	G	C	1448.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=3.146;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.785;HP=1;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=35;PP=945;ReadPosRankSum=0.858;SC=GGCAGGGGAGGTGGGTAAAGG;SOR=0.853;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=89;TCF=25;TCR=64;TR=49;WE=75601790;WS=75601772;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,59:0.54:109
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chr14	75614504	rs3832966	A	ACCCG	1754.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-2.003;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=2.661;NF=0;NR=45;PP=2166;ReadPosRankSum=-0.073;SC=TTACCCACCCACCCGCCCGCC;SOR=1.096;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=96;TCF=0;TCR=96;TR=45;WE=75614512;WS=75614494;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,47:0.59:80
chr14	75735859	rs4903300	G	A	8532.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=323;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=129;NR=80;PP=2965;SC=AGTACTAGTAGCAAAGGAACT;SOR=1.061;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=209;TCF=129;TCR=80;TR=209;WE=75735867;WS=75735849;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,321:1.00:321
chr14	75745551	rs2239615	T	A	2691.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=66;NR=14;PP=1787;SC=GCAGCGAGCATCTGAGAAGCC;SOR=2.761;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=80;TCF=66;TCR=14;TR=80;WE=75745559;WS=75745541;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr14	75745626	rs7101	C	T	9185.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=341;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=144;NR=74;PP=2965;SC=CAGCTCTGCTCCACAGCGCCC;SOR=1.259;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=220;TCF=145;TCR=75;TR=218;WE=75745634;WS=75745616;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,337:1.00:337
chr14	75746690	rs1046117	C	T	15164.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.699;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=593;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=182;NR=165;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.434;SC=TCGTCTCCTCCGTGGCCCCAT;SOR=0.747;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=352;TCF=184;TCR=168;TR=347;WE=75746698;WS=75746680;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,573:1.00:575
chr14	75747407	rs3216792	AG	A	5939.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=33;NR=61;PP=2966;SC=TTAAAACTTAAGGGGAAAGTT;SOR=0.824;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=97;TCF=35;TCR=62;TR=94;WE=75747415;WS=75747397;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,177:1.00:177
chr14	75758770	rs3742770	G	A	6355.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.858;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=247;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=93;NR=52;PP=2961;ReadPosRankSum=-1.311;SC=GAACCACTCCGGCTCTGGCCA;SOR=1.164;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=149;TCF=96;TCR=53;TR=145;WE=75758778;WS=75758760;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,239:0.99:241
chr14	75758885	rs3742769	A	G	9219.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.796;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=364;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=103;NR=111;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.786;SC=AAGTTTGAGCATCCCTTGCTC;SOR=0.710;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=216;TCF=104;TCR=112;TR=214;WE=75758893;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,353:0.99:355
chr14	75759060	rs3742768	C	T	7116.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.789;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=276;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=87;PP=2965;ReadPosRankSum=0.370;SC=ATTATCCATACGGGCCTGCTG;SOR=0.876;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=153;TCF=66;TCR=87;TR=153;WE=75759068;WS=75759050;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,271:0.99:273
chr14	75760855	rs3742767	G	C	9948.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=-0.471;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=380;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=126;NR=85;PP=2965;ReadPosRankSum=0.462;SC=TTGCTCCAGGGCAGGTCGCAG;SOR=0.537;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=214;TCF=128;TCR=86;TR=211;WE=75760863;WS=75760845;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,374:0.99:377
chr14	75904660	rs3625	A	G	1480.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.443;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=20;PP=782;ReadPosRankSum=0.473;SC=TTCGGTGACCACAGGCTCCCT;SOR=0.638;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=99;TCF=64;TCR=35;TR=53;WE=75904668;WS=75904650;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,72:0.54:133
chr14	75989286	rs175722	G	T	1190.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=31;PP=915;SC=CACCCATTCTGCCAAAGCCCC;SOR=3.500;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=34;TCF=3;TCR=31;TR=34;WE=75989294;WS=75989276;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr14	76045193	rs148092740	GTC	G	1822.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.977;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.776;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.378;NF=28;NR=9;PP=1473;ReadPosRankSum=1.159;SC=GCAGCCTCTAGTCTCTGTTTC;SOR=0.340;SbPval=0.18;Source=Platypus;TC=84;TCF=70;TCR=14;TR=37;WE=76045202;WS=76045183;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,49:0.52:94
chr14	76045691	rs8011292	C	T	3998.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.420;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=385;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=70;NR=60;PP=2076;ReadPosRankSum=0.789;SC=CATTGACTGGCTGTCCATGTG;SOR=0.710;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=244;TCF=136;TCR=108;TR=130;WE=76045699;WS=76045681;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:186,192:0.51:378
chr14	76129287	rs2302592	C	G	989.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.775;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.146;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=5;PP=556;ReadPosRankSum=-0.413;SC=AGGTTGAGCACTGTTTAGGAA;SOR=0.924;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=50;TCF=40;TCR=10;TR=30;WE=76129295;WS=76129277;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,40:0.66:61
chr14	76156609	rs2303345	C	T	8055.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.240;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=878;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=113;NR=103;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.008;SC=GGATTCAAGGCTTTTCACATC;SOR=0.705;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=475;TCF=250;TCR=225;TR=216;WE=76156617;WS=76156599;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:470,403:0.46:873
chr14	76173860	rs1005224	T	A	477.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=1.902;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=0;PP=332;ReadPosRankSum=-1.400;SC=TCATGTGGAGTGTAGGAATGT;SOR=1.179;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=20;TCR=1;TR=16;WE=76173868;WS=76173859;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,18:0.78:23
chr14	76175565	rs1981898	C	A	1116.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-2.425;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=25;PP=574;ReadPosRankSum=0.442;SC=TAAAAGAAGGCTACCTATTTA;SOR=0.692;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=79;TCF=30;TCR=49;TR=39;WE=76175573;WS=76175555;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,55:0.48:115
chr14	76175594	rs1981899	G	A	730.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.527;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.977;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=19;PP=429;ReadPosRankSum=-2.348;SC=TGCTTTGACAGATATTATTGT;SOR=0.874;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=56;TCF=17;TCR=39;TR=26;WE=76175602;WS=76175584;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,33:0.49:68
chr14	76175666	rs8007792	C	A	134.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-1.340;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=5;PP=61;ReadPosRankSum=-1.209;SC=GTTTTTTTCACATGTATCCTA;SOR=0.569;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=2;TCR=16;TR=5;WE=76175674;WS=76175656;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,7:0.35:20
chr14	76198818	rs5809726	CT	C	1084.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.444;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FS=1.484;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.16;MQRankSum=1.587;QD=7.14;ReadPosRankSum=-0.945;SOR=0.874;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:71,81:0.53:152
chr14	76200523	rs17183712	A	G	1077.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=1.597;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=26;PP=627;ReadPosRankSum=-0.192;SC=AAAAAATTATATTTTCAGGGA;SOR=0.667;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=86;TCF=31;TCR=55;TR=41;WE=76200531;WS=76200513;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,51:0.47:108
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chr14	76203747	rs967889	A	T	1242.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=31;NR=5;PP=814;SC=GTGTGAAAGAAAATAAATGTT;SOR=2.636;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=36;TCF=31;TCR=5;TR=36;WE=76203755;WS=76203738;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
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chr14	76232398	rs2359870	T	C	2899.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=58;NR=21;PP=1848;SC=TGATTCTTCGTATTTAGTGAT;SOR=1.779;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=79;TCF=58;TCR=21;TR=79;WE=76232406;WS=76232388;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
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chr14	76287061	rs12206	T	C	4358.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.05;SOR=0.788;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,174:1.00:174
chr14	76352929	rs1882827	C	T	1660.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=46;NR=2;PP=1274;SC=AGCTAAATCTCATTTGTCAGT;SOR=5.058;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=48;TCF=46;TCR=2;TR=48;WE=76352937;WS=76352922;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr14	76368544	rs1133834	T	C	3726.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.455;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=384;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.768;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=55;PP=1757;ReadPosRankSum=-0.559;SC=CCTGCAGCCTTTGTGCCCATC;SOR=0.648;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=222;TCF=107;TCR=115;TR=107;WE=76368552;WS=76368534;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:200,181:0.48:381
chr14	76370530	rs10137007	T	C	2371.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.757;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=253;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.49;ReadPosRankSum=-0.361;SOR=0.697;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:126,124:0.50:250
chr14	76370545	.	CA	C	325.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.205;ClippingRankSum=0.000;DP=224;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.05;MQRankSum=1.706;QD=1.87;ReadPosRankSum=0.454;SOR=0.725;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:120,54:0.31:174
chr14	76432136	rs3917187	T	C	4089.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-0.194;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=85;PP=2652;ReadPosRankSum=-0.592;SC=TCTGCTCCTATAGGGACTCAT;SOR=0.923;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=115;TCF=29;TCR=86;TR=114;WE=76432144;WS=76432126;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,140:0.99:141
chr14	76488551	rs2058941	A	G	1137.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=26;NR=10;PP=684;SC=CTGAGGTCGCACCACTGCACT;SOR=1.721;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=36;TCF=26;TCR=10;TR=36;WE=76488559;WS=76488541;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr14	76542875	.	G	T	2463.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.471;ClippingRankSum=0.000;DP=258;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=33;PP=1434;ReadPosRankSum=-0.928;SC=GTGAAGAGCTGGGTAGTGCTT;SOR=0.702;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=188;TCF=122;TCR=66;TR=93;WE=76542883;WS=76542865;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:134,119:0.47:253
chr14	76619167	rs3813547	A	C	1721.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=2.889;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=52;PP=1270;ReadPosRankSum=0.024;SC=CTGAGTTTTTAAAGCAGTAAT;SOR=0.711;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=125;TCF=25;TCR=100;TR=65;WE=76619175;WS=76619157;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,70:0.50:139
chr14	76638466	rs3783997	A	G	1064.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.400;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=26;PP=561;ReadPosRankSum=0.321;SC=CACATTAACTATCTGAATTTT;SOR=0.649;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=67;TCF=20;TCR=47;TR=39;WE=76638474;WS=76638456;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,52:0.52:100
chr14	76640125	rs2289836	A	C	183.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=1.654;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.881;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=9;PP=150;ReadPosRankSum=-0.109;SC=CATTATGTAGAATGTGAATGG;SOR=1.670;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=23;TCF=2;TCR=21;TR=9;WE=76640133;WS=76640115;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,8:0.36:22
chr14	76644623	rs2121069	G	A	2566.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-1.644;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=266;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.681;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=33;PP=840;ReadPosRankSum=1.789;SC=AGAATCCTGCGTTGAGAAGTA;SOR=0.553;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=138;TCF=74;TCR=64;TR=68;WE=76644631;WS=76644613;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:130,132:0.50:262
chr14	76662446	rs1900127	C	T	1009.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.708;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.929;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=30;PP=711;ReadPosRankSum=0.695;SC=CATGGGAAAACTGAGACTACA;SOR=0.874;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=70;TCF=15;TCR=55;TR=38;WE=76662454;WS=76662436;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,43:0.49:88
chr14	76777029	.	CTTTTTTTTTT	C	418.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.937;ClippingRankSum=0.000;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=34.89;ReadPosRankSum=-0.292;SOR=0.293;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,11:0.92:12
chr14	76777055	rs117331657	T	G	613.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.558;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=50;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=6;PP=302;ReadPosRankSum=1.458;SC=TTTTTTTTTGTCAGCTGCCTG;SOR=0.446;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=33;TCF=24;TCR=9;TR=18;WE=76777063;WS=76777045;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,18:0.72:25
chr14	76948262	rs11480158	C	CT	2999.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.125;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.587;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.293;NF=29;NR=22;PP=1955;ReadPosRankSum=0.555;SC=GAGCAAGGCCCTGAAGGACCC;SOR=0.606;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=99;TCF=56;TCR=43;TR=51;WE=76948270;WS=76948252;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,95:0.55:173
chr14	76948862	rs10134248	T	C	1183.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-1.131;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=14;PP=748;ReadPosRankSum=0.649;SC=CCAACTTTGCTTCCTGACCCA;SOR=0.746;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=101;TCF=70;TCR=31;TR=47;WE=76948870;WS=76948852;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,57:0.43:132
chr14	76957887	rs2361293	T	C	4040.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=48;NR=51;PP=1662;SC=CGCTGCCCTATGACGACAAGC;SOR=0.785;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=99;TCF=48;TCR=51;TR=99;WE=76957895;WS=76957877;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,157:1.00:157
chr14	76964926	rs10139705	C	T	2327.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=32;NR=43;PP=1410;SC=GTCCCAGAGGCGGGGGTTTCT;SOR=1.096;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=78;TCF=32;TCR=46;TR=75;WE=76964934;WS=76964916;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr14	77229539	rs2270324	G	A	2014.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=20;NR=33;PP=1116;SC=GGCCAAGAGTGAAGCCACACT;SOR=1.051;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=53;TCF=20;TCR=33;TR=53;WE=77229547;WS=77229529;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr14	77236147	rs7142166	G	A	523.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=5.135;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=0;PP=265;ReadPosRankSum=-0.726;SC=AAGAGTCTTCGAATGAGTGGG;SOR=0.613;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=46;TCF=43;TCR=3;TR=20;WE=77236155;WS=77236137;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,22:0.48:46
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chr14	77239567	rs2075772	A	G	2443.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.538;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=234;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.015;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=37;PP=970;ReadPosRankSum=-1.076;SC=ATCCTTCCTCACCTGAAGGGG;SOR=0.612;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=136;TCF=59;TCR=77;TR=69;WE=77239575;WS=77239557;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:109,121:0.53:230
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chr14	77305833	rs12893724	C	T	530.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-0.536;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=16;PP=363;ReadPosRankSum=0.973;SC=AATTATATTACCTCAGATGGT;SOR=0.824;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=33;TCF=6;TCR=27;TR=19;WE=77305841;WS=77305823;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,23:0.57:40
chr14	77311296	rs12896621	A	G	4226.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=32;NR=84;PP=2577;SC=GGGAAGAATCACTTGGCAGAG;SOR=1.547;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=116;TCF=32;TCR=84;TR=116;WE=77311304;WS=77311286;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,150:1.00:150
chr14	77319773	rs372697027	GGTGTGT	G,GGT	1561.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.128;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.79;MQRankSum=0.738;QD=31.87;ReadPosRankSum=-0.345;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:2,37,10:0.76,0.20:49
chr14	77332367	rs1882844	C	T	5462.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=63;NR=49;PP=2026;SC=GCTTGAACCCCACTGGGACAA;SOR=0.813;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=112;TCF=63;TCR=49;TR=112;WE=77332375;WS=77332357;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,210:1.00:210
chr14	77333852	rs2293805	A	G	261.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-2.249;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.590;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=10;PP=178;ReadPosRankSum=1.058;SC=GAGCTCCTCCAGCTTTCCTGT;SOR=0.157;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=32;TCF=5;TCR=27;TR=13;WE=77333860;WS=77333842;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,13:0.38:34
chr14	77336428	rs11625243	G	A	5180.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=64;NR=58;PP=2092;SC=CCATGAGGCTGTACGGGTGCT;SOR=0.786;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=122;TCF=64;TCR=58;TR=122;WE=77336436;WS=77336418;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,201:1.00:201
chr14	77493647	rs61991619	A	G	972.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.662;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.583;HP=1;HapScore=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.587;NF=24;NR=18;ReadPosRankSum=-1.171;SC=GTTCCACCGCAGCGGCGGCGG;SOR=1.135;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=75;TCF=42;TCR=33;TR=42;WE=77493655;WS=77493634;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,53:0.46:114
chr14	77493761	rs200317113	TTGCTGC	T	5455.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=16;NR=43;PP=2898;SC=TGAGCTGTTGTTGCTGCTGCT;SOR=0.725;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=65;TCF=19;TCR=46;TR=59;WE=77493777;WS=77493751;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
chr14	77600344	rs7141511	G	T	1046.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-3.954;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.839;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=32;PP=634;ReadPosRankSum=0.588;SC=CCAGGCCACCGGCATAACTGC;SOR=0.401;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=97;TCF=30;TCR=67;TR=51;WE=77600352;WS=77600334;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,54:0.50:109
chr14	77686303	rs2287377	A	C	3095.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=55;NR=20;PP=1523;SC=GCAGCTGAGAACTTTTCTCTC;SOR=1.528;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=75;TCF=55;TCR=20;TR=75;WE=77686311;WS=77686293;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr14	77697967	rs375566	A	G	8902.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=356;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=128;NR=96;PP=2965;SC=GGGACGACGCACGCATCTACA;SOR=0.901;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=224;TCF=128;TCR=96;TR=224;WE=77697975;WS=77697957;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,347:1.00:347
chr14	77699933	rs17750404	C	T	991.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.507;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.565;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=25;PP=538;ReadPosRankSum=0.360;SC=ACATGGGCAGCGTTTTGCTGA;SOR=0.519;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=89;TCF=26;TCR=63;TR=36;WE=77699941;WS=77699923;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,51:0.43:118
chr14	77703057	rs403291	A	G	1882.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.552;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.126;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=29;PP=705;ReadPosRankSum=-0.664;SC=TGGGGTTTGCACCCAGGAATA;SOR=0.791;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=114;TCF=48;TCR=66;TR=46;WE=77703065;WS=77703047;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:97,93:0.49:190
chr14	77704974	rs8010477	G	C	11687.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=438;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=177;NR=124;PP=2965;SC=CCAAAAGACTGAGGTGTCTGG;SOR=1.018;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=301;TCF=177;TCR=124;TR=301;WE=77704982;WS=77704964;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,429:1.00:429
chr14	77705726	rs4899646	C	T	1880.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=1.131;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.511;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=23;PP=898;ReadPosRankSum=1.627;SC=CCCCACAGGCCGACTCAGCAC;SOR=0.764;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=128;TCF=80;TCR=48;TR=61;WE=77705734;WS=77705716;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:121,94:0.44:215
chr14	77708804	rs61731611	C	T	2931.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-2.286;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=341;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.283;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=58;PP=1401;ReadPosRankSum=2.330;SC=ACCCCAAAGACATTATTTGGT;SOR=0.778;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=223;TCF=107;TCR=116;TR=108;WE=77708812;WS=77708794;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:186,154:0.45:340
chr14	77709120	rs2287380	A	G	2376.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=61;NR=6;PP=1928;SC=GTTGCATGCAAGTCTGGGCCC;SOR=3.973;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=67;TCF=61;TCR=6;TR=67;WE=77709128;WS=77709110;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr14	77709450	rs409109	T	G	1390.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=3.427;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.748;HP=4;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=44;PP=1002;ReadPosRankSum=0.279;SC=GATCAAGGAATAATTCAGGCG;SOR=0.946;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=113;TCF=23;TCR=90;TR=53;WE=77709458;WS=77709440;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,59:0.48:124
chr14	77737088	rs4903565	G	A	2881.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=-2.144;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=279;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.325;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=36;PP=1181;ReadPosRankSum=1.390;SC=CCAGCGCCCCGGCAGCGGCCA;SOR=0.512;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=161;TCF=99;TCR=62;TR=84;WE=77737096;WS=77737078;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:132,144:0.52:276
chr14	77745193	rs3209079	A	C	7298.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.783;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=283;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=85;NR=92;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.120;SC=CGCCTCCTCGAAGCAGGACCT;SOR=0.738;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=179;TCF=86;TCR=93;TR=177;WE=77745201;WS=77745183;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,270:0.99:272
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chr14	77750057	rs2216089	T	G	1873.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=41;NR=10;PP=1221;SC=AATGGATCTGTAGCATGGCAT;SOR=2.231;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=51;TCF=41;TCR=10;TR=51;WE=77750065;WS=77750047;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
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chr14	77751925	rs2270419	C	T	10958.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=413;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=130;NR=114;PP=2965;SC=TTCCAAATTTCCTGTTTACGA;SOR=0.800;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=244;TCF=130;TCR=114;TR=244;WE=77751933;WS=77751915;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,411:1.00:411
chr14	77755221	rs2287387	T	G	6685.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=258;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=65;NR=95;PP=2965;SC=CTCACCAGGCTAGTATTAATC;SOR=0.958;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=160;TCF=65;TCR=95;TR=160;WE=77755229;WS=77755211;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,252:1.00:252
chr14	77757743	rs7153929	G	A	58.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.647;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=4.20;ReadPosRankSum=1.321;SOR=1.402;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,6:0.43:14
chr14	77778485	rs61442105	T	C	393.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-3.119;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.304;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=16;PP=267;ReadPosRankSum=1.030;SC=AAACAATTAATGCAAAAGTCT;SOR=0.260;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=39;TCF=3;TCR=36;TR=18;WE=77778493;WS=77778475;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,19:0.46:41
chr14	77786669	rs11629257	G	T	1014.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=2.299;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.202;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=10;PP=603;ReadPosRankSum=0.040;SC=CCCCTCCACCGTGGCCCTCCT;SOR=1.315;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=85;TCF=59;TCR=26;TR=39;WE=77786677;WS=77786659;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,48:0.41:116
chr14	77790872	rs8016187	T	A	3761.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.956;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=390;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.77;ReadPosRankSum=-1.658;SOR=0.697;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:196,189:0.49:385
chr14	77793207	rs7975	G	A	2874.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-1.794;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=289;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.426;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=43;PP=1198;ReadPosRankSum=1.070;SC=CATCGACTACGAGACGGTGCC;SOR=0.665;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=157;TCF=76;TCR=81;TR=85;WE=77793215;WS=77793197;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:142,144:0.50:286
chr14	77794283	rs1046428	T	C	10488.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=406;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=110;NR=127;PP=2965;SC=CTAGAGGAGATGCGTCCCACT;SOR=0.808;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=237;TCF=110;TCR=127;TR=237;WE=77794291;WS=77794273;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,404:1.00:404
chr14	77795311	rs5809824	CT	C	4142.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=49;NR=24;PP=2921;SC=CCTCAGGGCCCTTGGTTGAAG;SOR=2.012;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=76;TCF=51;TCR=25;TR=73;WE=77795319;WS=77795301;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr14	77795638	rs2270423	G	A	446.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-3.368;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.421;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=18;PP=345;ReadPosRankSum=-1.898;SC=AGCCTCCCAGGCTGCTTTGGG;SOR=2.044;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=47;TCF=5;TCR=42;TR=19;WE=77795646;WS=77795628;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,20:0.38:52
chr14	77796641	rs731346	G	A	8317.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=315;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=93;NR=98;PP=2965;SC=AACCCACCGGGACCTCTTTCA;SOR=0.759;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=191;TCF=93;TCR=98;TR=191;WE=77796649;WS=77796631;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,310:1.00:310
chr14	77796758	rs8177573	C	T	1768.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-1.347;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.615;HP=3;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=40;PP=917;ReadPosRankSum=-0.992;SC=AGTCAGGCCCCACTCAGCTGG;SOR=0.544;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=97;TCF=30;TCR=67;TR=60;WE=77796766;WS=77796748;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,79:0.66:119
chr14	77810194	rs17105723	G	C	1728.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.354;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.363;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=37;PP=989;ReadPosRankSum=-0.246;SC=GGTTAAAGGAGTATTCGAGTG;SOR=0.549;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=117;TCF=29;TCR=88;TR=50;WE=77810202;WS=77810184;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,76:0.47:161
chr14	77843353	rs10141317	G	T	1175.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.63;BaseQRankSum=0.413;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.727;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=11;PP=327;ReadPosRankSum=0.742;SC=GCGGGCTGTGGGGCTCCAGGA;SOR=0.784;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=50;TCF=28;TCR=22;TR=27;WE=77843361;WS=77843343;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,60:0.57:105
chr14	77843384	rs3742737	G	T	1338.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.63;BaseQRankSum=0.440;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=16;PP=422;ReadPosRankSum=-2.751;SC=TCAGCCGCCTGCAGGTCAGAC;SOR=0.681;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=53;TCF=26;TCR=27;TR=32;WE=77843392;WS=77843374;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,65:0.59:110
chr14	77843814	rs11844594	T	C	1043.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.530;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.690;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=13;PP=398;ReadPosRankSum=-0.795;SC=GATGGAGAGCTGGAGCCTGAG;SOR=0.616;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=78;TCF=49;TCR=29;TR=35;WE=77843822;WS=77843804;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,54:0.46:118
chr14	77844869	rs4903576	A	G	4597.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.292;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=437;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.104;HP=7;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=87;NR=66;PP=2339;ReadPosRankSum=0.150;SC=GTCAAATGAGAAAAAAAATCC;SOR=0.823;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=292;TCF=161;TCR=131;TR=153;WE=77844877;WS=77844859;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:210,220:0.51:430
chr14	77845121	rs2193595	A	G	1691.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.350;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.042;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=36;PP=1053;ReadPosRankSum=0.565;SC=ACTAAGTGACAAATTTAGAAA;SOR=0.882;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=107;TCF=42;TCR=65;TR=58;WE=77845129;WS=77845111;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,77:0.51:151
chr14	77857672	rs34048381	C	CT	219.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.394;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FS=3.318;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.72;ReadPosRankSum=1.068;SOR=0.288;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,24:0.41:59
chr14	77872509	rs13379432	T	G	899.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.771;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.811;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=16;PP=339;ReadPosRankSum=0.230;SC=AAATACCAGTTAGCACCACCA;SOR=0.542;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=62;TCF=19;TCR=43;TR=24;WE=77872517;WS=77872499;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,44:0.47:93
chr14	77872933	rs139730228	TACACACACACAC	T,TACACACACAC	535.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=6.021;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.51;SOR=2.381;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:1,14,6:0.67,0.29:21
chr14	77880493	rs8005759	C	T	1351.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.226;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FS=0.636;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.80;ReadPosRankSum=-1.279;SOR=0.585;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:69,69:0.50:138
chr14	77880524	.	CTTTT	C,CTT	1038.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.450;ClippingRankSum=0.000;DP=80;ExcessHet=3.0103;FS=2.386;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.55;ReadPosRankSum=0.524;SOR=1.819;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:10,15,31:0.27,0.55:56
chr14	77880593	rs11159258	T	C	120.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.057;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.398;HP=1;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=7;PP=105;ReadPosRankSum=-1.403;SC=GGGGTGATCTTGACTCACCGC;SOR=1.927;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=26;TCF=7;TCR=19;TR=9;WE=77880601;WS=77880583;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,9:0.33:27
chr14	77889040	rs8017215	T	C	2368.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.001;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=251;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.563;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=36;PP=1275;ReadPosRankSum=-1.031;SC=AGCAGTGAGATTCTTGTCCAT;SOR=0.571;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=176;TCF=107;TCR=69;TR=86;WE=77889048;WS=77889030;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:126,119:0.49:245
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chr14	77901758	rs35499137	G	GAA	538.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.178;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=2.741;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.58;ReadPosRankSum=1.766;SOR=1.781;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,27:0.93:29
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chr14	77908994	.	G	A	2383.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.224;ClippingRankSum=0.000;DP=232;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=38;PP=1038;ReadPosRankSum=1.783;SC=TCCAGCTCTCGGAAGAGGATC;SOR=0.693;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=141;TCF=63;TCR=78;TR=66;WE=77909002;WS=77908984;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:116,116:0.50:232
chr14	77914752	rs2091916	A	G	2585.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.843;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=275;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.054;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=32;PP=1269;ReadPosRankSum=-0.956;SC=AACAAATGAGAACTGAAGAGA;SOR=0.830;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=173;TCF=101;TCR=72;TR=82;WE=77914760;WS=77914742;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:141,126:0.47:267
chr14	77916220	rs112017861	G	A	365.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-1.324;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.307;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=14;PP=235;ReadPosRankSum=1.791;SC=CTTAAAAAAGGTTTTATTCAT;SOR=0.237;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=44;TCF=6;TCR=38;TR=17;WE=77916228;WS=77916210;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,19:0.37:52
chr14	77919587	rs2364158	T	C	10952.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=406;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=184;NR=102;PP=2965;SC=GTAGAGCCTTTATCAGTGATA;SOR=1.232;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=286;TCF=184;TCR=102;TR=286;WE=77919595;WS=77919577;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,397:1.00:397
chr14	77923678	.	A	G	1949.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=0.307;ClippingRankSum=0.000;DP=202;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.530;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=21;PP=774;ReadPosRankSum=-1.097;SC=CCCAGTCCCAAGCGTACTCCA;SOR=0.763;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=104;TCF=60;TCR=44;TR=53;WE=77923686;WS=77923668;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:98,95:0.49:193
chr14	77926011	rs1061629	C	T	2411.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=1.628;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=250;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.968;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=30;PP=1351;ReadPosRankSum=0.268;SC=AACACTGTTCCTGGCAGTGCA;SOR=0.906;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=181;TCF=112;TCR=69;TR=87;WE=77926019;WS=77926001;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:123,114:0.48:237
chr14	77928476	rs12436593	C	T	1235.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.294;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.562;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=18;PP=616;ReadPosRankSum=0.495;SC=AAGGAGTGGACTAATGACATT;SOR=0.773;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=138;TCF=85;TCR=53;TR=49;WE=77928484;WS=77928466;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:119,70:0.37:189
chr14	77928525	rs1061638	A	G	6903.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.270;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=268;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.148;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=87;NR=76;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.033;SC=CAGGAGTACAATACAAAGGAC;SOR=0.487;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=166;TCF=88;TCR=78;TR=163;WE=77928533;WS=77928515;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,261:0.99:264
chr14	77928735	rs11159262	A	G	386.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-1.130;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=10;PP=185;ReadPosRankSum=-1.099;SC=ATATGGTGCCATTGGAAACTT;SOR=0.760;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=31;TCF=8;TCR=23;TR=13;WE=77928743;WS=77928725;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,19:0.47:40
chr14	77930752	rs11624314	G	A	547.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-1.166;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.273;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=5;PP=360;ReadPosRankSum=-0.764;SC=TGAACATACTGTATTCTATAG;SOR=1.022;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=48;TCF=38;TCR=10;TR=23;WE=77930760;WS=77930742;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,25:0.48:52
chr14	77932017	rs7146595	A	C	1684.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.387;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=35;PP=879;ReadPosRankSum=-0.321;SC=AGAGGTAAGTAAGTCTTGTCC;SOR=0.675;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=115;TCF=40;TCR=75;TR=52;WE=77932025;WS=77932007;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,79:0.48:164
chr14	77932111	rs7146784	A	G	167.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.345;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=9;PP=135;ReadPosRankSum=0.232;SC=GGTACTCACAAACTCACAACT;SOR=0.354;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=35;TCF=5;TCR=30;TR=10;WE=77932119;WS=77932101;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,10:0.28:36
chr14	77934393	rs138877566	TC	T	75.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.135;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=1.820;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.99;ReadPosRankSum=-0.496;SOR=0.330;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,8:0.42:19
chr14	77934758	rs4903584	A	G	851.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-2.600;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.779;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=17;PP=432;ReadPosRankSum=-0.981;SC=GATTGGGTACATTGTAGTATA;SOR=0.872;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=77;TCF=42;TCR=35;TR=39;WE=77934766;WS=77934748;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,47:0.50:94
chr14	77935239	rs5809831	T	TG	490.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=2.069;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.883;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=1;PP=470;ReadPosRankSum=0.346;SC=TTAGTAGAGATGGAGTTTCAC;SOR=1.179;SbPval=0.94;Source=Platypus;TC=42;TCF=34;TCR=8;TR=14;WE=77935247;WS=77935229;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,20:0.34:58
chr14	77935520	rs7250	G	A	3844.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.515;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=428;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.527;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=66;PP=1641;ReadPosRankSum=-0.885;SC=AAGAGCGGACGCGACAGGGCT;SOR=0.627;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=261;TCF=108;TCR=153;TR=116;WE=77935528;WS=77935510;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:228,195:0.46:423
chr14	77935677	rs11982	G	A	651.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-1.412;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.815;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=21;PP=422;ReadPosRankSum=-1.344;SC=GGATTGCATCGTCCCAGCTGC;SOR=0.169;SbPval=0.26;Source=Platypus;TC=51;TCF=8;TCR=43;TR=27;WE=77935685;WS=77935667;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,29:0.54:54
chr14	77951124	rs3742728	C	T	2284.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.126;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=241;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.021;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=50;ReadPosRankSum=0.534;SC=GGAGGGGTGGCGTTGCCTGGG;SOR=0.786;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=169;TCF=63;TCR=106;TR=79;WE=77951132;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:129,108:0.46:237
chr14	77951364	rs7156032	G	A	729.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=2.046;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.880;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=11;PP=294;ReadPosRankSum=-1.382;SC=GGGTCTGACCGGGTCATAAAC;SOR=0.893;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=51;TCF=18;TCR=33;TR=14;WE=77951372;WS=77951354;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,35:0.45:78
chr14	77984573	rs926114	C	T	3456.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=41;NR=58;PP=1832;SC=TACAGAGGACCTGCTGTCCTC;SOR=1.005;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=99;TCF=41;TCR=58;TR=99;WE=77984581;WS=77984563;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
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chr14	78002223	rs28628767	G	A	1795.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.644;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=21;PP=941;ReadPosRankSum=-0.469;SC=TGGAGAAGTAGACAGGTTCAA;SOR=0.699;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=137;TCF=87;TCR=50;TR=59;WE=78002231;WS=78002213;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:100,85:0.46:185
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chr14	78028803	rs2364602	A	G	6809.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=265;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=90;NR=78;PP=2808;SC=GTGATGCATGATTCAGTTCAT;SOR=0.813;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=170;TCF=91;TCR=79;TR=168;WE=78028811;WS=78028793;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,263:1.00:263
chr14	78036899	rs11344772	AG	A	3312.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.448;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=234;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.361;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=67;PP=2724;ReadPosRankSum=1.654;SC=CCTGAATTTAAGAATTACTCA;SOR=0.546;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=137;TCF=6;TCR=131;TR=71;WE=78036907;WS=78036889;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:111,119:0.52:230
chr14	78036935	rs4903606	A	G	1678.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-1.304;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.978;HP=2;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=49;PP=1059;ReadPosRankSum=1.098;SC=AAATCATAGTATATGTGTTGT;SOR=0.405;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=111;TCF=22;TCR=89;TR=63;WE=78036943;WS=78036925;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,72:0.58:124
chr14	78063440	rs12435993	A	C	394.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=1.039;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.490;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=1;PP=239;ReadPosRankSum=-1.102;SC=ATGTGTACCCAAATTTCTGAG;SOR=1.167;SbPval=0.93;Source=Platypus;TC=40;TCF=33;TCR=7;TR=15;WE=78063448;WS=78063430;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,19:0.43:44
chr14	78063823	rs34670650	AT	A	251.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.243;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.582;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=10;PP=305;ReadPosRankSum=-1.497;SC=TACCTTAAGAATTTTCTAAGT;SOR=0.163;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=31;TCF=2;TCR=29;TR=11;WE=78063831;WS=78063813;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,13:0.41:32
chr14	78140329	rs6493	G	A	2174.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.442;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.589;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=37;PP=1141;ReadPosRankSum=-0.906;SC=TCTTCAAGTAGCTGGCACACA;SOR=0.435;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=154;TCF=84;TCR=70;TR=74;WE=78140337;WS=78140319;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:111,104:0.48:215
chr14	78140355	rs6494	T	A	1983.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=1.404;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.050;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=37;PP=1071;ReadPosRankSum=-0.315;SC=CAGTCCTCCATAGAACAAGGC;SOR=0.699;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=149;TCF=77;TCR=72;TR=70;WE=78140363;WS=78140345;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:102,96:0.48:198
chr14	78141858	rs3783981	A	G	63.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.941;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=12.797;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.75;ReadPosRankSum=1.268;SOR=0.591;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,5:0.29:17
chr14	78170896	rs8021036	C	G	2683.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=21;NR=57;PP=1642;SC=AACCTCCAAACACATTTCTTG;SOR=1.839;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=79;TCF=22;TCR=57;TR=78;WE=78170904;WS=78170886;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr14	78174473	rs11159286	A	C	3768.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=50;NR=51;PP=1779;SC=CTCAGCAGCGAGAGGTGCTGC;SOR=0.749;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=101;TCF=50;TCR=51;TR=101;WE=78174481;WS=78174463;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,144:1.00:144
chr14	78176851	rs1076496	A	G	2088.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-2.095;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.105;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=25;PP=1068;ReadPosRankSum=0.418;SC=ACCGGGAAACACACTGGATTG;SOR=0.820;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=157;TCF=106;TCR=51;TR=78;WE=78176859;WS=78176841;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:106,106:0.50:212
chr14	78183706	rs176959	C	T	429.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.446;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=2;PP=334;ReadPosRankSum=-0.334;SC=GAGGAGAAAACGAAAGAACAA;SOR=0.567;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=50;TCF=45;TCR=5;TR=20;WE=78183714;WS=78183697;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,20:0.39:51
chr14	78184566	rs176960	C	A	8247.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=314;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=112;NR=91;PP=2965;SC=CCTCAAACTGCACTGGTCCTT;SOR=0.871;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=203;TCF=112;TCR=91;TR=203;WE=78184574;WS=78184556;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,303:1.00:303
chr14	78184661	rs17825620	T	G	3517.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-2.169;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=377;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.223;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=55;PP=1386;ReadPosRankSum=0.399;SC=TATGAACTACTTTGCTTTCAC;SOR=0.664;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=227;TCF=115;TCR=112;TR=109;WE=78184669;WS=78184651;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:185,182:0.50:367
chr14	78186969	rs45465691	C	G	2008.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.864;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.820;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=36;PP=1122;ReadPosRankSum=-0.834;SC=GCATTTACATCCAAATGTAAA;SOR=0.840;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=125;TCF=54;TCR=71;TR=60;WE=78186977;WS=78186959;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:93,89:0.49:182
chr14	78187316	rs176965	A	C	555.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.682;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=19;PP=473;ReadPosRankSum=0.213;SC=GATGATACATAATCAAGCTGG;SOR=1.453;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=26;TCF=2;TCR=24;TR=21;WE=78187324;WS=78187306;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,20:0.74:27
chr14	78189136	rs72687205	G	T	796.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.922;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FS=1.714;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.05;ReadPosRankSum=0.679;SOR=0.509;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:57,42:0.42:99
chr14	78189697	rs11626900	T	C	2348.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.239;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=236;ExcessHet=3.0103;FS=1.014;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.17;ReadPosRankSum=1.306;SOR=0.621;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:118,113:0.49:231
chr14	78197365	rs114763	C	T	1928.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.829;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.397;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=13;PP=1236;ReadPosRankSum=-0.758;SC=CAGCTCTTCTCTCCCTGGCTT;SOR=0.859;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=134;TCF=101;TCR=33;TR=67;WE=78197373;WS=78197355;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,82:0.51:162
chr14	78199019	rs12587825	T	A	1436.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-1.628;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.650;HP=6;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=31;PP=770;ReadPosRankSum=0.410;SC=TTAATTTTATTTTTTTCGAGC;SOR=0.763;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=79;TCF=22;TCR=57;TR=44;WE=78199027;WS=78199009;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,70:0.51:137
chr14	78200392	rs10134425	G	T	756.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-0.013;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=18;PP=363;ReadPosRankSum=-0.323;SC=TGTTTAGGGTGAGTATATAAA;SOR=0.713;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=45;TCF=14;TCR=31;TR=25;WE=78200400;WS=78200382;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,38:0.49:78
chr14	78221501	.	ACT	A	229.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.154;ClippingRankSum=-0.000;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=14.36;ReadPosRankSum=-0.363;SOR=1.002;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,7:0.44:16
chr14	78221502	.	C	CAA	153	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;FR=0.5000;HP=6;HapScore=4;MGOF=0;MMLQ=28;MQ=60.0;NF=0;NR=2;PP=153;QD=94.0;SC=ATTTAAAAAACTCTTATGTTT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=0;TCR=11;TR=2;WE=78221512;WS=78221492;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:9,2:0.18:11
chr14	78221503	.	TC	GA	134	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;FR=0.5000;HP=2;HapScore=4;MGOF=0;MMLQ=26;MQ=60.0;NF=1;NR=2;PP=134;QD=62.4892916207;SC=TTTAAAAAACTCTTATGTTTA;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=12;TCF=2;TCR=10;TR=3;WE=78221512;WS=78221492;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:9,3:0.25:12
chr14	78221504	.	C	CAAGA	229.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.154;ClippingRankSum=-0.000;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=14.36;ReadPosRankSum=-0.206;SOR=1.002;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,7:0.44:16
chr14	78226850	rs1477264	G	A	1007.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=2.488;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=11.772;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=6;PP=768;ReadPosRankSum=2.101;SC=AAGGTAACCGGAAACAGCAAA;SOR=2.140;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=55;TCF=44;TCR=11;TR=37;WE=78226858;WS=78226840;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,42:0.55:77
chr14	78234796	rs8015313	C	T	261.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=2.172;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.990;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=10;PP=197;ReadPosRankSum=-0.485;SC=TTTTTACAGGCATGATCAACC;SOR=1.314;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=36;TCF=13;TCR=23;TR=14;WE=78234804;WS=78234786;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,14:0.35:40
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chr14	78285461	rs3214433	GT	G	1642.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.415;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.937;NF=3;NR=40;PP=1305;ReadPosRankSum=1.286;SC=GCTACGGTAGGTTTTTCCCTT;SOR=0.728;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=84;TCF=5;TCR=79;TR=43;WE=78285469;WS=78285451;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,81:0.52:155
chr14	78288709	rs9323652	A	G	1756.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-2.086;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.824;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=19;PP=762;ReadPosRankSum=-1.034;SC=CCTGTACTGCAAGGTTTGGGC;SOR=0.568;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=139;TCF=94;TCR=45;TR=58;WE=78288717;WS=78288699;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:102,91:0.47:193
chr14	78325698	rs7149884	C	T	822.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.445;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.311;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=21;PP=538;ReadPosRankSum=0.323;SC=CTTGCAGCCTCGACCAGGGTG;SOR=0.412;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=54;TCF=16;TCR=38;TR=31;WE=78325706;WS=78325688;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,37:0.59:63
chr14	78353259	.	AC	A	535.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.371;ClippingRankSum=0.000;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=11.549;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.19;MQRankSum=1.262;QD=9.74;ReadPosRankSum=1.032;SOR=2.741;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,22:0.40:55
chr14	78353261	.	ACACACACACAC	A	523.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=3.355;ClippingRankSum=0.000;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=16.597;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.17;MQRankSum=1.319;QD=8.59;ReadPosRankSum=0.853;SOR=3.230;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,23:0.38:61
chr14	78353368	rs17826188	T	C	3242.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-2.712;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=304;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.992;HP=1;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=43;PP=1525;ReadPosRankSum=2.327;SC=CTGGCCCATCTTCCTGGCTCC;SOR=0.436;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=204;TCF=127;TCR=77;TR=101;WE=78353376;WS=78353358;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:147,154:0.51:301
chr14	78365612	rs2287650	C	T	1752.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=2.117;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.420;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=30;PP=781;ReadPosRankSum=2.036;SC=GTAGGTGGGACGATGCAATGC;SOR=0.952;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=101;TCF=45;TCR=56;TR=50;WE=78365620;WS=78365602;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:92,86:0.48:178
chr14	78366933	rs3837641	G	GAAC	11364.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=0.931;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=714;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.471;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=2.158;NF=49;NR=76;PP=2982;ReadPosRankSum=0.363;SC=GCGTCTCAAGGAACAACAACA;SOR=0.921;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=291;TCF=114;TCR=177;TR=125;WE=78366941;WS=78366923;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:348,300:0.46:648
chr14	78366967	rs734654	A	G	8964.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=1.233;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=911;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.469;NF=142;NR=116;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.435;SC=AATGGGACAGAAAGTTGTAAG;SOR=0.716;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=498;TCF=275;TCR=223;TR=258;WE=78366975;WS=78366957;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:470,437:0.48:907
chr14	78374292	rs17106595	C	T	4815.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.272;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=432;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.107;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=85;PP=2094;ReadPosRankSum=0.767;SC=GCTGCTGTGCCGGGGAACGTG;SOR=0.619;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=280;TCF=116;TCR=164;TR=148;WE=78374300;WS=78374282;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:191,234:0.55:425
chr14	78390631	rs150422608	TAAACTC	T	358.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.464;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=1;PP=345;ReadPosRankSum=1.447;SC=TAAGAAATCTTAAACTCAAAG;SOR=0.941;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=16;TCF=14;TCR=2;TR=8;WE=78390644;WS=78390621;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,10:0.56:18
chr14	78390841	rs143243521	C	T	2235.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=0.792;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=279;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.051;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=40;PP=1215;ReadPosRankSum=1.003;SC=AGATGATCTTCGTCAATGGCT;SOR=0.614;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=146;TCF=76;TCR=70;TR=80;WE=78390849;WS=78390831;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:152,115:0.43:267
chr14	78392008	rs11850022	C	T	1076.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=0.750;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.113;HP=1;HapScore=4;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=8;PP=1536;ReadPosRankSum=-0.526;SC=AAGGCACAGTCCTCACCGTCG;SOR=1.085;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=67;TCF=51;TCR=16;TR=36;WE=78392020;WS=78391998;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,45:0.56:80
chr14	78392012	rs28545798	A	T	714.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=1.353;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.395;HP=3;HapScore=4;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=8;PP=1188;ReadPosRankSum=0.279;SC=CACAGTCCTCACCGTCGTCTT;SOR=0.376;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=69;TCF=53;TCR=16;TR=30;WE=78392020;WS=78391998;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,35:0.43:82
chr14	78744823	rs10134857	G	A	1425.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=40;NR=7;PP=1045;SC=GGGTGAAGGTGGAACTAAGTG;SOR=2.925;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=40;TCR=7;TR=47;WE=78744831;WS=78744813;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr14	78748366	rs10147289	C	T	5000.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=71;NR=42;PP=2286;SC=TTTGAGTTTGCAGGGTTCCAA;SOR=1.112;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=113;TCF=71;TCR=42;TR=113;WE=78748374;WS=78748356;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,185:1.00:185
chr14	78766814	rs4903742	A	G	834.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=28;NR=5;PP=638;SC=AAGCTTCCACATTGTATGTTT;SOR=3.126;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=34;TCF=29;TCR=5;TR=33;WE=78766822;WS=78766804;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr14	79176133	rs12147248	G	T	386.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=10;PP=253;SC=AATGGCTGTTGTAAAATTATG;SOR=3.767;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=0;TCR=10;TR=10;WE=79176141;WS=79176123;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr14	79181046	rs1465481	A	T	8254.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=313;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=128;NR=59;PP=2965;SC=TAGGTTTCTTACATTTGGTTA;SOR=1.248;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=188;TCF=128;TCR=60;TR=187;WE=79181054;WS=79181036;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,302:1.00:302
chr14	79270093	rs2288140	G	A	2851.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.743;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=267;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.511;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=57;PP=1341;ReadPosRankSum=0.893;SC=TGGTGGCTACGACCTCCAGGG;SOR=0.809;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=176;TCF=68;TCR=108;TR=91;WE=79270101;WS=79270083;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:125,136:0.52:261
chr14	79276733	rs4133797	C	A	856.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.061;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=20.90;ReadPosRankSum=-2.354;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:3,38:0.93:41
chr14	79433527	.	G	GT	155.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.083;ClippingRankSum=0.000;DP=127;ExcessHet=3.0103;FS=5.927;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.09;MQRankSum=1.644;QD=1.32;ReadPosRankSum=-2.339;SOR=0.301;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:91,27:0.23:118
chr14	79454519	rs154325	G	C	1798.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.614;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=35;PP=939;ReadPosRankSum=-0.327;SC=GGAACTTTGTGAAGATGTTTG;SOR=0.696;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=104;TCF=37;TCR=67;TR=54;WE=79454527;WS=79454509;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,82:0.53:154
chr14	80290425	rs932265	A	G	974.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=28;PP=787;SC=CCCCAGCTTCAGGTGTTGTGT;SOR=3.193;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=33;TCF=5;TCR=28;TR=33;WE=80290433;WS=80290415;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr14	80669639	.	TA	T	138.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.520;ClippingRankSum=0.000;DP=166;ExcessHet=3.0103;FS=2.039;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.07;MQRankSum=1.655;QD=1.05;ReadPosRankSum=-2.058;SOR=0.595;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:94,38:0.29:132
chr14	80993330	rs34838656	G	GA	1358.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.452;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.23;MQRankSum=0.519;QD=15.27;ReadPosRankSum=1.745;SOR=0.880;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:15,74:0.83:89
chr14	80993774	rs11159467	A	T	94.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=18.98;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr14	81251255	rs327463	T	C	12428.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.955;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=476;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=186;NR=122;PP=2965;ReadPosRankSum=1.153;SC=AGTCCTGATATGATTCTCAGC;SOR=1.020;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=311;TCF=188;TCR=123;TR=308;WE=81251263;WS=81251245;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,469:1.00:471
chr14	81360893	rs34375242	C	CA	226.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.856;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=1.820;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.45;ReadPosRankSum=-1.975;SOR=1.270;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,16:0.67:24
chr14	81360958	rs2288347	C	T	1478.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.62;BaseQRankSum=-1.899;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.082;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.258;NF=13;NR=16;PP=470;ReadPosRankSum=0.199;SC=ATTGGAAAGACGTTGTCTACT;SOR=0.328;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=30;TCF=14;TCR=16;TR=29;WE=81360966;WS=81360948;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,60:0.98:61
chr14	81371088	rs8016507	A	G	2838.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=69;NR=24;PP=1718;SC=AAGTTCAAGCATTAGTCATTT;SOR=1.791;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=93;TCF=69;TCR=24;TR=93;WE=81371096;WS=81371078;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr14	81422257	rs2239610	G	C	2180.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=2.598;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=236;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.357;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=56;PP=1354;ReadPosRankSum=0.945;SC=GAGGTGGCCCGAAGTGCACAA;SOR=0.894;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=180;TCF=58;TCR=122;TR=78;WE=81422265;WS=81422247;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:130,102:0.44:232
chr14	81528412	rs17111401	T	A	562.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=1.312;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.980;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=3;PP=419;ReadPosRankSum=0.229;SC=GCTTTTTAATTATGTGTTTTT;SOR=1.782;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=43;TCF=33;TCR=10;TR=21;WE=81528420;WS=81528402;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,24:0.50:48
chr14	81574687	rs3837640	T	TTCTC,TTC	1801.73	.	AC=2,0;AF=1.00,0.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;NF=6,6;NR=12,12;PP=698,26;SC=ACCTAATTCATTCTCTCTCTC;SOR=0.850;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=20;TCF=8;TCR=12;TR=18,18;WE=81574695;WS=81574677;set=Intersection	GT:AF:DP	1/1:1.00:42
chr14	81574845	.	T	TTTTTTTCTTTTTAC	5950.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=130;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=63.87;QD=48.78;SOR=1.276;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr14	81574959	rs3783942	A	G	8517.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=318;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=82;NR=103;PP=2965;SC=TGTATAGGCTACCTCTTGGAA;SOR=0.870;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=185;TCF=82;TCR=103;TR=185;WE=81574967;WS=81574949;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,316:1.00:316
chr14	81575005	rs3783941	C	A	4647.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=47;NR=86;PP=2784;SC=GAAGGCCCCACGCTCCAGTAT;SOR=1.206;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=133;TCF=47;TCR=86;TR=133;WE=81575013;WS=81574995;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,170:1.00:170
chr14	81609779	rs113951800	G	A	4919.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.981;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=539;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.526;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=85;NR=68;PP=2599;ReadPosRankSum=0.917;SC=TGGCCTTTGCGGATTTCTGCA;SOR=0.625;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=349;TCF=200;TCR=149;TR=153;WE=81609787;WS=81609769;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:290,240:0.45:530
chr14	81610583	rs1991517	G	C	11493.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=424;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=128;NR=151;PP=2965;SC=TTACCCACGAGATGAGGCAGG;SOR=0.813;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=279;TCF=128;TCR=151;TR=279;WE=81610591;WS=81610573;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,422:1.00:422
chr14	81651742	rs3214570	GT	G	534.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.987;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.596;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.678;NF=14;NR=5;PP=581;ReadPosRankSum=0.504;SC=CTCTAACAGGGTTTTCGTACT;SOR=1.226;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=39;TCF=27;TCR=12;TR=19;WE=81651750;WS=81651732;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,26:0.43:61
chr14	81659236	rs73344366	G	A	522.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-0.204;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.094;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=17;PP=307;ReadPosRankSum=-1.933;SC=ATCAAGTATGGTACACAGAAA;SOR=0.506;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=55;TCF=14;TCR=41;TR=23;WE=81659244;WS=81659226;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,26:0.43:60
chr14	81662747	rs10145323	C	T	346.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-3.342;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=10;PP=180;ReadPosRankSum=-1.080;SC=GCATAATCCTCCCCTTCTCTG;SOR=0.327;SbPval=0.25;Source=Platypus;TC=25;TCF=2;TCR=23;TR=12;WE=81662755;WS=81662737;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,15:0.50:30
chr14	81667852	rs8019633	A	T	1333.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=25;NR=11;PP=778;SC=AACTTCAAGTAGTTAATATAG;SOR=1.514;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=36;TCF=25;TCR=11;TR=36;WE=81667860;WS=81667842;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr14	81676360	rs201118427	C	CT	911.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.201;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FS=4.261;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.24;ReadPosRankSum=1.133;SOR=1.445;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:63,26:0.29:89
chr14	81676361	.	A	AC	912.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-2.304;ClippingRankSum=0.000;DP=112;ExcessHet=3.0103;FS=4.261;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.26;ReadPosRankSum=1.205;SOR=1.445;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:63,26:0.29:89
chr14	81676362	rs199721074	G	T	921.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-1.031;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FS=2.452;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.24;ReadPosRankSum=0.876;SOR=1.123;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:63,27:0.30:90
chr14	81676370	rs368782223	CTTTATCATACA	C	910.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-1.069;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FS=2.452;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.12;ReadPosRankSum=0.964;SOR=1.123;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:63,27:0.30:90
chr14	81676382	rs372189020	GAATGGTCCCACAAGAAATAT	G	952.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=1.346;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FS=4.134;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.70;ReadPosRankSum=0.801;SOR=1.347;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:48,27:0.36:75
chr14	81686938	rs145594822	A	AT	4594.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.449;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQ=60.08;MQRankSum=0.183;NF=2;NR=54;PP=1508;ReadPosRankSum=1.131;SC=AAAAAAAACTATAACACCCGG;SOR=0.334;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=60;TCF=2;TCR=58;TR=56;WE=81686946;WS=81686928;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,120:0.99:121
chr14	81737076	rs2241621	A	C	4160.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=45;NR=56;PP=1699;SC=TCTTCTACAGAGATAGATCTC;SOR=0.837;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=101;TCF=45;TCR=56;TR=101;WE=81737084;WS=81737066;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,161:1.00:161
chr14	81743565	rs36017951	T	C	8261.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=2.171;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=932;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.109;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=105;NR=119;PP=2962;ReadPosRankSum=0.561;SC=CTCTGCCCCATTGACACTTGT;SOR=0.718;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=539;TCF=265;TCR=274;TR=224;WE=81743573;WS=81743555;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:518,406:0.44:924
chr14	81744736	rs3813535	A	G	5826.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=66;NR=85;PP=2965;SC=CTCCAAGGTGAAGCCTCAGTT;SOR=0.888;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=152;TCF=66;TCR=86;TR=151;WE=81744744;WS=81744726;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,200:1.00:200
chr14	81745152	rs12887344	G	A	271.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.730;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=2.172;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.94;ReadPosRankSum=-0.318;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,13:0.62:21
chr14	81864803	.	AG	A	1000.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-1.440;ClippingRankSum=0.000;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.799;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=12;PP=398;ReadPosRankSum=-1.586;SC=GGGCTGGAGTAGGGGTATGGT;SOR=0.242;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=41;TCF=3;TCR=38;TR=14;WE=81864811;WS=81864793;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,37:0.48:77
chr14	85995608	rs12590399	T	G	1190.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.242;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=3.778;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=20.18;ReadPosRankSum=1.406;SOR=1.236;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,34:0.58:59
chr14	85995614	rs12587861	G	A	1137.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.464;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=2.886;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=23.22;ReadPosRankSum=1.824;SOR=1.404;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,28:0.57:49
chr14	86088056	rs10141266	T	C	7752.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=297;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=99;NR=96;PP=2965;SC=AGGGCGTAACTGTACTCTACC;SOR=0.714;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=197;TCF=100;TCR=97;TR=195;WE=86088064;WS=86088046;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,291:1.00:291
chr14	87386566	rs61981246	A	G	676.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=1.274;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.110;HP=1;HapScore=2;MGOF=28;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=7;PP=426;ReadPosRankSum=0.942;SC=TAAATGCTCAATAATGCAATT;SOR=0.984;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=44;TCF=31;TCR=13;TR=26;WE=87386574;WS=87386556;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,30:0.55:55
chr14	87386811	rs60411414	CT	C	207.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.288;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=3.053;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.16;MQRankSum=0.976;QD=5.61;ReadPosRankSum=1.052;SOR=0.330;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,20:0.54:37
chr14	88400353	rs412915	C	T	1381.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.593;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.969;HP=5;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=34;PP=819;ReadPosRankSum=-0.072;SC=CCTGGAAAAACGTTCACAGAG;SOR=0.750;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=121;TCF=58;TCR=63;TR=61;WE=88400361;WS=88400343;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:89,72:0.45:161
chr14	88400449	rs413750	T	C	1739.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=32.83;SOR=1.938;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr14	88400449	.	TG	CA,CG	469	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.3;FR=0.5000,0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MMLQ=28;MQ=60.0;NF=3,11;NR=15,34;PP=251,469;QD=16.9148819368;SC=TATCTATTACTGCAGAAATAG;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=46;TCF=11;TCR=35;TR=18,45;WE=88400458;WS=88400439;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.39:46
chr14	88400450	rs432946	G	A	473.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.042;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=1.263;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.67;ReadPosRankSum=-1.262;SOR=1.038;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,22:0.45:49
chr14	88400486	rs1042029	A	G	293.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-1.227;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=28;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=11;PP=216;ReadPosRankSum=0.059;SC=TTAAAGAGGCATTTTTAAAAT;SOR=0.551;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=20;TCF=1;TCR=19;TR=12;WE=88400494;WS=88400476;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,12:0.67:18
chr14	88401213	rs421262	T	C	6815.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=264;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=70;NR=101;PP=2806;SC=ATGCCAGAGGTGAAATGACCC;SOR=0.947;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=173;TCF=70;TCR=103;TR=171;WE=88401221;WS=88401203;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,262:1.00:262
chr14	88406120	rs45626938	C	T	1656.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.566;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FS=7.867;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.81;ReadPosRankSum=0.401;SOR=1.412;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:75,45:0.38:120
chr14	88406127	rs45567441	G	C	1742.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.337;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FS=8.678;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.81;ReadPosRankSum=0.837;SOR=1.434;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:85,51:0.38:136
chr14	88406404	rs417276	T	C	752.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=21;PP=523;SC=GTGGGGTTCTTGAGTGGCATC;SOR=2.468;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=6;TCR=21;TR=27;WE=88406412;WS=88406394;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr14	88407716	rs34752717	T	TA	661.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.623;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.22;MQRankSum=1.175;QD=5.38;ReadPosRankSum=-1.533;SOR=0.763;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:71,52:0.42:123
chr14	88407734	rs448805	G	C	5566.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.16;QD=32.36;SOR=1.233;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,172:1.00:172
chr14	88407875	rs421466	T	A	8229.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=323;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=99;NR=116;PP=2962;SC=TCTCTATGTATACATCACACT;SOR=0.800;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=215;TCF=99;TCR=116;TR=215;WE=88407896;WS=88407865;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,314:1.00:314
chr14	88407888	rs398607	A	G	2542.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.455;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=283;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.454;HP=4;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=52;PP=1159;ReadPosRankSum=0.076;SC=ATCACACTTTATAGTCAGATT;SOR=0.791;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=193;TCF=80;TCR=113;TR=87;WE=88407896;WS=88407865;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:146,128:0.47:274
chr14	88407917	rs12432149	G	A	2376.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=2.354;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.558;HP=1;HapScore=2;MGOF=30;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=56;PP=1488;ReadPosRankSum=2.330;SC=AAAATAAAACGGTTGATTAGT;SOR=0.622;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=147;TCF=42;TCR=105;TR=81;WE=88407925;WS=88407907;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:93,103:0.53:196
chr14	88411803	rs444902	T	C	1128.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=28;NR=2;PP=747;SC=GTTCTTGAAATAGGAGGACCA;SOR=3.145;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=30;TCF=28;TCR=2;TR=30;WE=88411811;WS=88411793;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr14	88411837	rs366615	G	A	869.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-2.426;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.049;HP=2;HapScore=2;MGOF=27;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=5;PP=495;ReadPosRankSum=0.252;SC=ACTTCAAAATGTACCTGACAA;SOR=0.542;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=49;TCF=40;TCR=9;TR=27;WE=88411845;WS=88411827;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,38:0.58:66
chr14	88411947	rs367327	T	C	4242.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=52;NR=59;PP=1742;SC=CGGCAGCCCATGTAATGGGTC;SOR=0.742;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=111;TCF=52;TCR=59;TR=111;WE=88411955;WS=88411937;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,166:1.00:166
chr14	88414211	rs398076	G	A	1517.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.421;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=26;PP=657;ReadPosRankSum=-0.589;SC=AACTGCCATCGCTGTCAAGGA;SOR=0.693;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=95;TCF=42;TCR=53;TR=46;WE=88414219;WS=88414201;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,75:0.50:150
chr14	88414283	rs398343	G	A	2520.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.72;SOR=1.014;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr14	88416390	rs440426	A	G	1164.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=10;NR=23;PP=692;SC=CTATTTATCAAGAGAAACACC;SOR=1.556;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=10;TCR=23;TR=33;WE=88416398;WS=88416380;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr14	88416441	rs451073	C	T	432.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=3;NR=8;PP=219;SC=TAGGAAAACACTGTTCAAGCA;SOR=1.371;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=3;TCR=8;TR=11;WE=88416449;WS=88416431;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr14	88417095	rs11300320	GA	G	1650.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.020;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=11;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=30;PP=620;ReadPosRankSum=-0.105;SC=TTATGACTCTGAAAAAAAAAA;SOR=0.743;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=37;TCF=6;TCR=31;TR=36;WE=88417104;WS=88417085;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,85:0.98:87
chr14	88417161	rs431748	C	T	1796.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=25;PP=704;SC=AAAAGTTCAACAGTTAATGCC;SOR=0.971;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=15;TCR=25;TR=40;WE=88417169;WS=88417151;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr14	88417244	rs443019	C	T	217.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=6;PP=133;SC=GACTTTTTTACAATATAATAT;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=6;WE=88417252;WS=88417234;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr14	88431898	rs12888666	C	T	3139.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.180;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=266;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=43;PP=1604;ReadPosRankSum=0.419;SC=TCCATGGCTCCTGGGCCGTCA;SOR=0.718;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=158;TCF=87;TCR=71;TR=96;WE=88431906;WS=88431888;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:114,146:0.56:260
chr14	88453186	rs2165567	A	G	433.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=2.791;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.153;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=7;PP=327;ReadPosRankSum=0.868;SC=ACAACCTTCTATTACAAGCAG;SOR=0.446;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=55;TCF=39;TCR=16;TR=20;WE=88453194;WS=88453176;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,20:0.34:58
chr14	88453278	rs2119702	T	G	2304.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=2.284;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=250;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.988;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=30;PP=1268;ReadPosRankSum=0.862;SC=TCTGTAGTTTTCAAATCCCCA;SOR=0.773;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=162;TCF=97;TCR=65;TR=78;WE=88453286;WS=88453268;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:136,111:0.45:247
chr14	88453424	rs2119703	G	A	1833.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.219;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.584;HP=9;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=43;PP=1228;ReadPosRankSum=-0.525;SC=GAGTTTTGAGGAAAAAAAAAG;SOR=0.635;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=140;TCF=52;TCR=88;TR=69;WE=88453432;WS=88453413;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,94:0.53:176
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chr14	88454910	rs2289511	G	A	535.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-1.126;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.670;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=8;PP=236;ReadPosRankSum=-3.285;SC=AAGAAATCCAGTCATGAATAT;SOR=0.374;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=27;TCF=11;TCR=16;TR=15;WE=88454918;WS=88454900;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,26:0.60:43
chr14	88459280	rs143228205	C	A	413.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-1.269;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=5;PP=285;ReadPosRankSum=-0.847;SC=GGGCTCTTGCCGCCCCCCGCG;SOR=0.439;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=22;TCF=16;TCR=6;TR=17;WE=88459288;WS=88459270;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,18:0.78:23
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chr14	88459448	rs111887056	C	G	2385.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.62;BaseQRankSum=1.813;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.488;HP=3;HapScore=4;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=25;PP=2099;ReadPosRankSum=0.592;SC=GCCGAACCCGCGGCCGCAGTC;SOR=0.759;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=122;TCF=73;TCR=49;TR=64;WE=88459456;WS=88459424;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:111,115:0.51:226
chr14	88459467	rs112992946	C	G	2572.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.61;BaseQRankSum=2.227;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=246;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.547;HP=3;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=29;PP=1215;ReadPosRankSum=1.894;SC=TCATAGCTTTCGCTCGGCGTT;SOR=0.831;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=132;TCF=76;TCR=56;TR=71;WE=88459475;WS=88459457;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:122,122:0.50:244
chr14	88459656	rs76999174	A	G	1811.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.953;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.583;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=38;PP=1271;ReadPosRankSum=-0.557;SC=GAGTGTTGAGAAAAGAAGCAG;SOR=0.745;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=137;TCF=68;TCR=69;TR=74;WE=88459664;WS=88459646;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,81:0.51:160
chr14	88477413	rs6574978	C	T	4174.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.007;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=556;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=83;NR=69;PP=2347;ReadPosRankSum=-0.257;SC=TTGATTATACCTGGAATAAAG;SOR=0.649;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=361;TCF=202;TCR=159;TR=152;WE=88477421;WS=88477403;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:336,213:0.39:549
chr14	88477443	.	T	A	5001.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.123;ClippingRankSum=0.000;DP=631;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=92;NR=76;PP=2644;ReadPosRankSum=-0.668;SC=CTTTCTCTCCTGCCTTGTGCA;SOR=0.705;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=385;TCF=212;TCR=173;TR=168;WE=88477451;WS=88477433;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:367,252:0.41:619
chr14	88651826	rs144490234	A	AAC	2206.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.708;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=260;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.517;HP=4;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=2.448;NF=21;NR=25;PP=1709;ReadPosRankSum=0.618;SC=GAATATTAAAAACACACACAC;SOR=0.644;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=126;TCF=62;TCR=64;TR=46;WE=88651837;WS=88651816;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:141,87:0.38:228
chr14	88652389	rs3742692	C	T	2625.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=2.061;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=242;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=52;PP=1316;ReadPosRankSum=1.291;SC=GGATGGTGGCCGCCCGCTGCA;SOR=0.674;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=167;TCF=66;TCR=101;TR=86;WE=88652397;WS=88652379;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:116,124:0.52:240
chr14	88654235	rs424752	A	G	338.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-2.138;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=3;PP=260;ReadPosRankSum=-0.905;SC=TCCAGCCCACAGGACAGAGAC;SOR=0.563;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=49;TCF=41;TCR=8;TR=20;WE=88654243;WS=88654225;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,19:0.40:48
chr14	88658764	rs12898054	G	C	1589.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.519;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.827;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=31;PP=771;ReadPosRankSum=1.064;SC=TCTAGGAAGAGCAAAGGAGAA;SOR=0.559;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=120;TCF=50;TCR=70;TR=54;WE=88658772;WS=88658754;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:102,83:0.45:185
chr14	88792816	rs3742690	T	G	3071.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=29;NR=53;PP=1645;SC=AAGATGCCGCTCCAAGCGGTT;SOR=1.262;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=82;TCF=29;TCR=53;TR=82;WE=88792824;WS=88792806;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr14	88792884	rs3742689	T	C	324.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.468;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=10;PP=165;ReadPosRankSum=-1.065;SC=GGGTTAAGTCTGGTGGAAAGA;SOR=0.955;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=26;TCF=7;TCR=19;TR=12;WE=88792892;WS=88792874;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,17:0.50:34
chr14	88852031	rs709886	A	G	661.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=15;NR=6;PP=417;SC=ACGGCCTGGCAACGGTTTCCC;SOR=1.609;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=21;TCF=15;TCR=6;TR=21;WE=88852039;WS=88852021;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr14	88852166	rs4904448	G	A	1822.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.828;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.112;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.301;NF=25;NR=24;PP=740;ReadPosRankSum=1.616;SC=ACTAAGCATGGATGGCAGCCG;SOR=0.538;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=85;TCF=45;TCR=40;TR=49;WE=88852174;WS=88852156;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,88:0.61:145
chr14	88852279	rs5810413	TG	T	1468.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=21;PP=812;SC=GGCCGCCCCTTGGGGCGCTTC;SOR=1.280;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=24;TCF=1;TCR=23;TR=22;WE=88852287;WS=88852269;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr14	88857706	rs75595762	T	G	575.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.019;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.298;HP=8;HapScore=3;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=4;PP=402;ReadPosRankSum=-0.854;SC=AATTTATGATTTTTTTTTCTT;SOR=1.154;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=42;TCF=34;TCR=8;TR=23;WE=88857714;WS=88857694;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,25:0.50:50
chr14	88862529	rs3179969	G	A	337.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=1.177;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.363;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=10;PP=182;ReadPosRankSum=0.379;SC=TCCAGTAAGCGTGAGTACCAG;SOR=1.179;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=28;TCF=9;TCR=19;TR=13;WE=88862537;WS=88862519;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,17:0.46:37
chr14	88894210	rs2295135	T	G	323.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-1.375;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=11;PP=216;ReadPosRankSum=1.484;SC=TGGTTATAGCTCTCTCTGAAT;SOR=0.722;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=27;TCF=9;TCR=18;TR=17;WE=88894218;WS=88894200;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,17:0.55:31
chr14	88895669	rs386579	T	G	2963.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.44;SOR=1.402;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr14	88895941	rs61975260	C	G	306.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-4.914;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.564;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=13;PP=224;ReadPosRankSum=-0.949;SC=AATTCAATAACAGTTTTAGTT;SOR=0.165;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=37;TCF=3;TCR=34;TR=15;WE=88895949;WS=88895931;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,15:0.41:37
chr14	88935925	rs2297129	A	G	3358.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.931;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=364;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.387;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=71;NR=43;PP=1701;ReadPosRankSum=1.042;SC=TCTCTTGCCCAGTAAGGAGGT;SOR=0.657;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=244;TCF=151;TCR=93;TR=114;WE=88935933;WS=88935915;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:191,168:0.47:359
chr14	88936254	rs2297128	A	G	6084.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.859;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=626;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=89;NR=100;PP=2962;ReadPosRankSum=0.547;SC=CTTAAGAGAAATAAGTACCTA;SOR=0.667;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=404;TCF=190;TCR=214;TR=189;WE=88936262;WS=88936244;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:325,293:0.47:618
chr14	88938652	rs2274736	A	G	3350.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.109;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=340;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.789;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=57;PP=1659;ReadPosRankSum=0.830;SC=CTCCACTCTCACATCATCATA;SOR=0.591;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=212;TCF=104;TCR=108;TR=116;WE=88938660;WS=88938642;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:165,170:0.51:335
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chr14	88946622	rs2401751	G	A	3845.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.973;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=310;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=74;PP=2163;ReadPosRankSum=0.775;SC=CGACCGTTGAGGTCAATCTGG;SOR=0.688;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=221;TCF=97;TCR=124;TR=131;WE=88946630;WS=88946612;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:128,176:0.58:304
chr14	88967280	rs45446997	T	C	2130.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=1.631;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.522;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=42;PP=1096;ReadPosRankSum=1.825;SC=CTGCTAGAGTTCCCTGGACTG;SOR=0.892;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=128;TCF=52;TCR=76;TR=69;WE=88967288;WS=88967270;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,100:0.53:190
chr14	88967336	rs816069	C	A	767.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-2.303;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=25;PP=526;ReadPosRankSum=0.779;SC=AGTAACTATTCAGGAAGACAA;SOR=0.693;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=68;TCF=12;TCR=56;TR=31;WE=88967344;WS=88967326;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,34:0.43:80
chr14	88970925	rs1998670	C	T	5140.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.717;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=511;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.527;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=94;PP=2296;ReadPosRankSum=1.123;SC=TAATGACTCTCGTCACTATCA;SOR=0.645;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=333;TCF=133;TCR=200;TR=157;WE=88970933;WS=88970915;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:248,248:0.50:496
chr14	88971758	rs2274735	T	G	469.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=2.033;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=13;PP=304;ReadPosRankSum=0.128;SC=TATTTAAATTTCATTGCAAAA;SOR=0.769;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=35;TCF=10;TCR=25;TR=18;WE=88971766;WS=88971748;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,21:0.48:44
chr14	88974131	rs34965888	GAT	G	31.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.981;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=5.441;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=4.53;ReadPosRankSum=-1.465;SOR=0.027;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,2:0.29:7
chr14	88974417	rs10143744	T	C	377.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=0.869;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.329;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=8;PP=229;ReadPosRankSum=0.565;SC=CTCATTGAGATACAATGCATT;SOR=0.216;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=25;TCF=7;TCR=18;TR=13;WE=88974425;WS=88974407;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,17:0.50:34
chr14	88983670	rs10150986	G	A	799.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.739;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.587;HP=2;HapScore=4;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=25;PP=1268;ReadPosRankSum=-0.622;SC=GACTTCAGTCGCACTAATCCC;SOR=1.134;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=63;TCF=10;TCR=53;TR=28;WE=88983681;WS=88983660;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,34:0.47:72
chr14	88983673	rs4904452	C	A	818.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-3.799;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.206;HP=1;HapScore=4;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=27;PP=1410;ReadPosRankSum=0.560;SC=TTCAGTCGCACTAATCCCTGA;SOR=0.498;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=60;TCF=9;TCR=51;TR=33;WE=88983681;WS=88983660;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,36:0.53:68
chr14	89016855	rs2896079	G	T	583.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-2.237;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=19;PP=396;ReadPosRankSum=0.009;SC=ATCCTCTCCGGATGGGACGAA;SOR=0.793;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=47;TCF=6;TCR=41;TR=21;WE=89016863;WS=89016845;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,25:0.47:53
chr14	89037482	rs10682918	C	CAT	2671.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=9;NR=23;PP=445;SC=AGATTCATAACTTTTTTTTTT;SOR=0.804;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=33;TCF=9;TCR=24;TR=32;WE=89037490;WS=89037472;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr14	89042180	rs1469602	T	G	2493.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=26;NR=21;PP=924;SC=CTTAACTCTTTTAGACCTTCT;SOR=0.778;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=47;TCF=26;TCR=21;TR=47;WE=89042188;WS=89042170;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr14	89061298	rs78648645	G	A	1540.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.033;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.135;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.950;NF=26;NR=33;PP=993;ReadPosRankSum=-0.577;SC=GAGTGTCCAAGAATGAAGCAA;SOR=0.472;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=95;TCF=37;TCR=58;TR=59;WE=89061306;WS=89061288;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,71:0.53:133
chr14	89063167	rs2297124	A	G	16340.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=641;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=200;NR=196;PP=2965;SC=GTAATGTTTCAAGTTGTACTG;SOR=0.715;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=396;TCF=200;TCR=196;TR=396;WE=89063175;WS=89063157;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,633:1.00:633
chr14	89082396	rs61173654	A	AT	574.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.400;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.298;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=5;PP=560;ReadPosRankSum=-1.076;SC=TGACTAGCTGATTTCATAAAC;SOR=0.430;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=50;TCF=35;TCR=15;TR=17;WE=89082404;WS=89082386;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,28:0.39:72
chr14	89087278	rs35953031	T	TA	497.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.076;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FS=2.926;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.05;MQRankSum=0.000;QD=3.27;ReadPosRankSum=0.661;SOR=1.104;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:100,52:0.34:152
chr14	89087801	rs941668	A	G	639.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.195;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.789;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=22;PP=414;ReadPosRankSum=-0.237;SC=AAATTTTTCTATGACTACAGG;SOR=1.185;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=42;TCF=2;TCR=40;TR=23;WE=89087809;WS=89087791;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,27:0.52:52
chr14	89088266	rs4635267	C	T	3567.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.175;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=444;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=88;NR=54;PP=1871;ReadPosRankSum=-0.234;SC=TACATAAATACGTGATTCTTA;SOR=0.704;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=301;TCF=189;TCR=112;TR=142;WE=89088274;WS=89088256;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:252,183:0.42:435
chr14	89088357	rs56144430	G	A	5097.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.295;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=614;ExcessHet=3.0103;FS=2.784;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.50;ReadPosRankSum=1.613;SOR=0.929;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:321,279:0.47:600
chr14	89088388	rs2983488	G	C	10385.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=2.531;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=454;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=8.075;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=244;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.072;SC=CCTCCCCCTTGTCCGCCTCCA;SOR=3.425;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=322;TCF=78;TCR=244;TR=306;WE=89088396;WS=89088378;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,436:0.99:439
chr14	89089149	rs11382327	C	CT	1282.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.879;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=11;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.340;NF=4;NR=34;PP=757;ReadPosRankSum=-0.986;SC=TAAGCAGAATCTTTTTTTTTT;SOR=0.746;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=44;TCF=4;TCR=40;TR=38;WE=89089157;WS=89089139;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,57:0.98:58
chr14	89094243	rs1144916	G	C	1440.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=37;PP=1105;SC=ATATTCATCTGTGAAACATGG;SOR=3.033;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=45;TCF=8;TCR=37;TR=45;WE=89094251;WS=89094233;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr14	89105287	rs1152383	T	A	359.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=6;PP=144;SC=GTTTGAAAATTTTAAGATGTA;SOR=1.112;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=3;TCR=6;TR=9;WE=89105295;WS=89105277;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr14	89148486	rs17260380	C	T	313.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=1.298;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=9;PP=175;ReadPosRankSum=1.677;SC=AATAGGATACCGAATAGTGAG;SOR=0.495;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=0;TCR=13;TR=9;WE=89148494;WS=89148476;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,13:0.76:17
chr14	89151392	rs17204164	C	A	661.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.288;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.902;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=8;PP=363;ReadPosRankSum=1.085;SC=CACTTTTATCCACTTCTAGTA;SOR=1.096;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=64;TCF=41;TCR=23;TR=25;WE=89151400;WS=89151382;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,35:0.38:93
chr14	89205265	rs17188228	T	C	1170.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=1.559;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.322;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=24;PP=727;ReadPosRankSum=-1.317;SC=ATCACAGTAATTGGTTTAAAA;SOR=0.566;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=102;TCF=54;TCR=48;TR=48;WE=89205273;WS=89205255;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,60:0.41:146
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chr14	89307320	rs17700296	T	C	3593.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-2.292;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=376;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.683;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=68;NR=70;PP=1728;ReadPosRankSum=0.957;SC=TTGATCAGACTGTATGAGAGT;SOR=0.532;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=265;TCF=142;TCR=123;TR=138;WE=89307328;WS=89307310;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:192,181:0.49:373
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chr14	89647259	rs140257053	G	GGCAGAGAACATGCATGGA	954.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.063;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.339;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=16;PP=2970;ReadPosRankSum=0.520;SC=AGAGACAGAGGGCAGAGACAG;SOR=1.140;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=48;TCF=3;TCR=45;TR=17;WE=89647267;WS=89647249;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,27:0.35:78
chr14	89647297	rs34338248	T	TAC	84.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.839;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.096;HP=2;HapScore=1;MGOF=103;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=19;PP=214;ReadPosRankSum=-0.475;SC=CACGTGCACATACACACACAC;SOR=1.946;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=38;TCF=1;TCR=37;TR=19;WE=89647306;WS=89647287;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,6:0.19:31
chr14	89747473	rs7147341	T	C	4673.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=49;NR=76;PP=2198;SC=TGACACCCTTTGAAAATGCAT;SOR=1.121;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=125;TCF=49;TCR=76;TR=125;WE=89747481;WS=89747463;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,176:1.00:176
chr14	89867978	rs12147030	T	C	19838.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=762;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=212;NR=223;PP=2965;SC=CCCTCTACTATAGCCACGATT;SOR=0.712;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=436;TCF=213;TCR=223;TR=435;WE=89867986;WS=89867968;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,759:1.00:759
chr14	89884022	rs7422	A	C	931.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.182;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.503;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=13;PP=494;ReadPosRankSum=-1.126;SC=AAGAATTACGATGCGGGCGAG;SOR=0.843;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=68;TCF=37;TCR=31;TR=31;WE=89884030;WS=89884012;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,48:0.41:117
chr14	89885466	rs10136170	T	C	2937.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.799;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=302;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=35;PP=1348;ReadPosRankSum=-0.005;SC=CTTCTTGCATTCTCAAACATA;SOR=0.713;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=184;TCF=108;TCR=76;TR=85;WE=89885474;WS=89885456;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:158,137:0.46:295
chr14	90095445	rs100016	T	C	2703.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.012;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=318;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=40;PP=1047;ReadPosRankSum=1.295;SC=CAGTGTGAGATGGATCATCTC;SOR=0.711;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=187;TCF=106;TCR=81;TR=91;WE=90095453;WS=90095435;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:168,141:0.46:309
chr14	90097911	.	GA	G	37.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.332;ClippingRankSum=0.000;DP=100;ExcessHet=3.0103;FS=4.094;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.41;ReadPosRankSum=0.463;SOR=0.989;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:72,19:0.21:91
chr14	90263500	rs9026	T	A	3804.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=90;NR=16;PP=2456;SC=ATCACAAGTCTGTAGCATGAC;SOR=2.712;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=107;TCF=91;TCR=16;TR=106;WE=90263508;WS=90263490;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr14	90263525	rs1555616	C	A	5305.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=114;NR=38;PP=2965;SC=TTAGTAGAGTCGAGTCTGCTG;SOR=1.859;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=154;TCF=116;TCR=38;TR=152;WE=90263533;WS=90263515;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,191:1.00:191
chr14	90303065	rs8021113	T	C	3237.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=28.40;SOR=1.528;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr14	90303113	rs8019848	A	T	1215.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=29;PP=841;SC=CTGTAATCCCAGCACTTTGGG;SOR=2.531;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=35;TCF=6;TCR=29;TR=35;WE=90303121;WS=90303103;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr14	90303383	rs8020323	A	G	1750.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=28;NR=19;PP=786;SC=TGCACAGGTGAGGGGTGTGCC;SOR=0.980;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=47;TCF=28;TCR=19;TR=47;WE=90303391;WS=90303373;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr14	90303435	rs12437204	T	A	3421.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.93;QD=43.87;SOR=0.798;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr14	90303445	rs12437206	T	C	3430.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.93;QD=43.43;SOR=0.718;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr14	90358233	.	C	T	312.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.619;ClippingRankSum=0.000;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.684;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=4;PP=183;ReadPosRankSum=-0.612;SC=ACGTGGCGGGCGCGCCTGGCG;SOR=0.129;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=21;TCF=16;TCR=5;TR=12;WE=90358241;WS=90358223;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,14:0.61:23
chr14	90451303	rs1296406	A	G	234.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=2;PP=185;SC=TCTTGTAGGCATTCCATCATT;SOR=2.093;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=7;TCR=2;TR=9;WE=90451311;WS=90451293;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr14	90456188	rs2401863	G	T	2241.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=17;NR=35;PP=986;SC=CTACTATTGCGTAGAAATTTG;SOR=1.153;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=52;TCF=17;TCR=35;TR=52;WE=90456196;WS=90456178;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr14	90528967	rs12878088	C	A	2462.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=32;NR=44;PP=1389;SC=CTCATCCTTTCATTCATCCAT;SOR=0.999;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=77;TCF=33;TCR=44;TR=76;WE=90528975;WS=90528957;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr14	90651357	rs12147332	G	A	875.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-0.937;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.760;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=22;PP=516;ReadPosRankSum=-0.842;SC=GAAGCCAGGAGTGGATGCTGG;SOR=0.949;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=55;TCF=19;TCR=36;TR=33;WE=90651365;WS=90651347;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,47:0.52:90
chr14	90722824	rs2277516	G	C	422.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.342;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.688;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=2;PP=169;ReadPosRankSum=0.604;SC=AGCACAACTTGGTCAGCGCAG;SOR=1.329;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=21;TCF=16;TCR=5;TR=11;WE=90722832;WS=90722814;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,18:0.60:30
chr14	90723000	rs2277515	A	G	1241.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.693;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.277;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=19;PP=478;ReadPosRankSum=1.073;SC=GGGTCTCAGCAGCCTGAGGCG;SOR=0.476;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=76;TCF=33;TCR=43;TR=37;WE=90723008;WS=90722990;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,63:0.50:126
chr14	90723059	rs2277514	T	C	786.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-0.372;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=18;PP=474;ReadPosRankSum=1.471;SC=TCTTCTCCTTTTGCCGGCCTG;SOR=0.683;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=54;TCF=23;TCR=31;TR=32;WE=90723067;WS=90723049;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,37:0.57:65
chr14	90723109	rs6575119	T	G	608.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=18;PP=484;SC=ACCGCGCTCATGTCCACCGCG;SOR=3.716;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=20;TCF=2;TCR=18;TR=20;WE=90723117;WS=90723099;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr14	90723152	rs3825662	A	G	277.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.330;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=37;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=5;PP=102;ReadPosRankSum=-1.113;SC=TTGCCCGGGGATCCTGGGGCC;SOR=1.085;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=10;TCF=2;TCR=8;TR=6;WE=90723160;WS=90723142;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,8:0.57:14
chr14	90725730	.	G	C	787.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=2.020;ClippingRankSum=0.000;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=19;PP=461;ReadPosRankSum=0.422;SC=TTTAGAAAAGGTTATTGACCT;SOR=0.668;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=49;TCF=11;TCR=38;TR=25;WE=90725738;WS=90725720;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,32:0.57:56
chr14	90726676	rs11844225	G	A	1839.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.127;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.767;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=35;PP=789;ReadPosRankSum=-1.626;SC=CTCTAGCTTTGTGATTCATTT;SOR=0.552;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=122;TCF=44;TCR=78;TR=58;WE=90726684;WS=90726666;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:107,93:0.47:200
chr14	90729931	rs8022531	T	C	230.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-0.282;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.397;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=7;PP=125;ReadPosRankSum=-0.861;SC=GGCTGCTTTGTAAATCTAGCG;SOR=1.051;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=26;TCF=11;TCR=15;TR=11;WE=90729939;WS=90729921;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,13:0.41:32
chr14	90729984	rs8015510	C	T	170.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=0.551;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.043;HP=6;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=4;PP=135;ReadPosRankSum=0.387;SC=CTGCTTTTTTCCCTTGGCATT;SOR=0.193;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=23;TCF=15;TCR=8;TR=8;WE=90729992;WS=90729974;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,8:0.32:25
chr14	90730071	rs4811	C	T	660.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.160;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.110;NF=22;NR=7;PP=469;ReadPosRankSum=0.065;SC=TGGAAGAGATCATTGATGACA;SOR=0.693;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=58;TCF=42;TCR=16;TR=29;WE=90730079;WS=90730061;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,29:0.50:58
chr14	90730265	rs2282030	G	A	1298.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.286;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.441;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=34;PP=738;ReadPosRankSum=1.833;SC=TTCCTGTCCCGTGGAAGTAGA;SOR=0.836;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=102;TCF=41;TCR=61;TR=54;WE=90730273;WS=90730255;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,64:0.52:123
chr14	90731687	rs34260220	GA	G	511.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.167;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.18;MQRankSum=1.451;QD=6.56;ReadPosRankSum=-0.802;SOR=0.868;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,49:0.63:78
chr14	90734826	rs11624246	A	G	1189.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-2.441;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.673;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=30;PP=642;ReadPosRankSum=-0.042;SC=CTTGAGAATGAGCAATCTCAG;SOR=0.612;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=105;TCF=36;TCR=69;TR=45;WE=90734834;WS=90734816;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,60:0.45:132
chr14	90736055	rs10599013	CAG	C	463.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=0.553;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=11;PP=417;ReadPosRankSum=1.502;SC=AGGGTTAAAACAGAGCATGAT;SOR=0.610;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=0;TCR=20;TR=11;WE=90736064;WS=90736045;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,13:0.48:27
chr14	90740274	rs6575121	T	C	8810.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.730;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=816;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.517;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-1.763;NF=121;NR=143;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.781;SC=TGTGATTGCATTGGACCCATG;SOR=0.660;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=527;TCF=238;TCR=289;TR=264;WE=90740282;WS=90740264;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:397,411:0.51:808
chr14	90740324	rs34512486	ATCT	A	10108.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.182;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=616;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=2.571;NF=30;NR=107;PP=2966;ReadPosRankSum=-0.421;SC=AAAGTTTACAATCTTCTTAAT;SOR=0.667;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=305;TCF=61;TCR=244;TR=137;WE=90740334;WS=90740314;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:290,266:0.48:556
chr14	90740588	rs10140761	G	C	1497.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=2.261;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=31;PP=885;ReadPosRankSum=-4.282;SC=TCCGTGTGGGGTGTATGTGCA;SOR=0.733;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=118;TCF=45;TCR=73;TR=50;WE=90740596;WS=90740578;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:108,73:0.40:181
chr14	90744672	rs10184	G	A	2763.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=2.184;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=264;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.197;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=29;PP=1448;ReadPosRankSum=0.822;SC=CCGTTTTCCCGCTGCTCTCTA;SOR=0.867;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=188;TCF=123;TCR=65;TR=94;WE=90744680;WS=90744662;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:125,130:0.51:255
chr14	90745422	rs3737035	T	C	3363.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.655;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=351;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=52;PP=1667;ReadPosRankSum=0.834;SC=CCAAGGGCAATTCTGAAGTGC;SOR=0.703;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=206;TCF=111;TCR=95;TR=111;WE=90745430;WS=90745412;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:180,168:0.48:348
chr14	90752845	rs113463686	CA	C	1629.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.975;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.810;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=32;PP=1139;ReadPosRankSum=-0.649;SC=ACCTGCAAGGCAAAGGCTCAC;SOR=0.862;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=61;TCF=1;TCR=60;TR=33;WE=90752853;WS=90752835;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,56:0.54:103
chr14	90752908	rs7160304	G	T	428.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-2.159;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.174;HP=1;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=16;PP=315;ReadPosRankSum=-0.305;SC=AGAGATGCCTGAGTGATGATA;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=32;TCF=2;TCR=30;TR=16;WE=90752916;WS=90752898;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,18:0.47:38
chr14	90756503	rs3742672	G	A	416.96	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.870;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=2.969;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.86;ReadPosRankSum=0.343;SOR=0.180;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,19:0.90:21
chr14	90767607	rs3825661	C	T	6085.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=80;NR=55;PP=2384;SC=GCAGATCTTTCACGCTGTCGG;SOR=0.901;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=138;TCF=80;TCR=58;TR=135;WE=90767615;WS=90767597;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,230:1.00:230
chr14	90767746	rs3742669	C	A	4025.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=36;NR=62;PP=2118;SC=GGGGAAGAAGCCTGGTTGATA;SOR=1.119;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=99;TCF=36;TCR=63;TR=98;WE=90767767;WS=90767736;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,149:1.00:149
chr14	90767759	rs3742668	G	A	831.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.392;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.409;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=20;PP=402;ReadPosRankSum=-0.411;SC=GGTTGATACCGTTAAAGGGAA;SOR=0.500;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=77;TCF=26;TCR=51;TR=32;WE=90767767;WS=90767736;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,47:0.39:122
chr14	90767856	rs3742667	T	C	269.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-1.353;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=4;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=6;PP=407;ReadPosRankSum=0.101;SC=CTGTGATACATGTCTTGATTT;SOR=0.645;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=27;TCF=12;TCR=15;TR=11;WE=90767868;WS=90767846;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,15:0.41:37
chr14	90767860	rs3742666	T	C	495.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=1.115;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.301;HP=1;HapScore=4;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=9;PP=691;ReadPosRankSum=0.074;SC=GATACATGTCTTGATTTAAAG;SOR=0.974;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=25;TCF=10;TCR=15;TR=14;WE=90767868;WS=90767846;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,20:0.57:35
chr14	90767965	rs74740432	G	A	1137.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-2.659;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.466;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=4;PP=846;ReadPosRankSum=1.511;SC=ACTATATATAGTACATAAAAA;SOR=1.482;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=88;TCF=77;TCR=11;TR=43;WE=90767973;WS=90767955;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,45:0.48:93
chr14	90768183	rs8020828	C	T	4582.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.061;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=472;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.523;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=69;NR=89;PP=2474;ReadPosRankSum=0.465;SC=CTGAACATTCCAGTTCATCTT;SOR=0.619;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=301;TCF=127;TCR=174;TR=158;WE=90768191;WS=90768173;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:242,223:0.48:465
chr14	90769539	rs2149647	C	T	2926.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.863;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=316;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.121;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=64;PP=1546;ReadPosRankSum=0.478;SC=ACAATGCTTACTGATTTTCTT;SOR=0.885;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=213;TCF=78;TCR=135;TR=96;WE=90769547;WS=90769529;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:170,142:0.46:312
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chr14	90770210	rs4904670	C	G	942.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=25;NR=6;PP=718;SC=AATTGCTGCACAGTCCATCAG;SOR=2.694;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=25;TCR=6;TR=31;WE=90770218;WS=90770200;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr14	90863489	rs12886342	G	A	3179.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-4.526;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.689;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=95;NR=45;PP=2677;ReadPosRankSum=-0.795;SC=CAGCAGCAGCGGCATCGGAGG;SOR=0.127;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=146;TCF=101;TCR=45;TR=140;WE=90863497;WS=90863476;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:6,123:0.95:129
chr14	90865283	rs2300497	T	C	1490.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=32;NR=7;PP=886;SC=CACTTAAGAGTATAAACTTCA;SOR=1.938;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=39;TCF=32;TCR=7;TR=39;WE=90865291;WS=90865273;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr14	90865462	rs2300498	C	G	4588.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=34;NR=60;PP=1858;SC=TTACTGCCTCCAACGAAGTGT;SOR=1.030;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=94;TCF=34;TCR=60;TR=94;WE=90865470;WS=90865452;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,176:1.00:176
chr14	90866346	rs2268433	C	T	426.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.983;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.269;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=2;PP=285;ReadPosRankSum=-1.081;SC=AACTGGAAAACCTATGTTGAA;SOR=1.022;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=43;TCF=36;TCR=7;TR=18;WE=90866354;WS=90866336;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,21:0.38:56
chr14	91007618	rs1294572	T	C	600.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=4;PP=423;SC=GGCCTCAGTGTGGCAGATTCA;SOR=2.531;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=15;TCR=4;TR=19;WE=91007626;WS=91007608;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr14	91007944	rs145392805	CAG	C	193.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.717;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.26;ReadPosRankSum=1.781;SOR=0.716;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:135,19:0.12:154
chr14	91084338	rs754247	C	T	1523.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.647;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.599;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=19;PP=655;ReadPosRankSum=0.056;SC=TCAGCAGTGCCTCGTCCGGGC;SOR=0.781;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=95;TCF=54;TCR=41;TR=45;WE=91084346;WS=91084328;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,75:0.49:153
chr14	91113537	rs1286422	A	G	510.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-0.282;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=16;PP=365;ReadPosRankSum=-0.401;SC=CATGTAAACCATTTCCCTCTT;SOR=0.892;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=37;TCF=9;TCR=28;TR=21;WE=91113545;WS=91113527;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,22:0.54:41
chr14	91121273	rs3742661	G	A	1735.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.197;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.557;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=19;PP=684;ReadPosRankSum=-1.038;SC=TGGGAATCCCGCAGGGTAGAC;SOR=0.753;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=112;TCF=68;TCR=44;TR=50;WE=91121281;WS=91121263;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,86:0.49:176
chr14	91123575	rs3742660	T	C	13512.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=525;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=177;NR=147;PP=2965;SC=TGGCATCGTCTGGCTTCAGGC;SOR=0.826;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=325;TCF=178;TCR=147;TR=324;WE=91123583;WS=91123565;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,525:1.00:525
chr14	91123753	rs140054949	G	A	1477.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=0.654;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.029;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=40;PP=944;ReadPosRankSum=0.476;SC=CCAAGCAAGCGGGGGCCTGAG;SOR=0.423;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=96;TCF=22;TCR=74;TR=53;WE=91123761;WS=91123743;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,63:0.59:107
chr14	91142779	rs1077697	C	T	816.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-3.346;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.947;HP=6;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=10;PP=562;ReadPosRankSum=-0.230;SC=TAGAGGGGGGCCCAGGACCAG;SOR=0.549;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=80;TCF=60;TCR=20;TR=36;WE=91142787;WS=91142769;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,38:0.45:85
chr14	91156151	rs942738	G	A	624.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.317;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.968;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=19;PP=395;ReadPosRankSum=1.570;SC=ATCACATTGTGCTAAGCACTA;SOR=0.859;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=49;TCF=17;TCR=32;TR=29;WE=91156159;WS=91156141;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,31:0.48:64
chr14	91161862	rs10146731	C	T	3590.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.858;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=357;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.802;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=48;PP=1448;ReadPosRankSum=0.309;SC=GGTTTTGAGTCGTTCTTGTTT;SOR=0.740;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=218;TCF=124;TCR=94;TR=113;WE=91161870;WS=91161852;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:169,182:0.52:351
chr14	91162063	rs12893100	C	T	443.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-2.457;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=14;PP=249;ReadPosRankSum=-0.286;SC=CATGCCTAGCCATCTTTGGTT;SOR=0.772;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=35;TCF=3;TCR=32;TR=14;WE=91162071;WS=91162053;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,18:0.44:41
chr14	91165572	rs1749699	G	A	13239.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.337;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=500;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=135;NR=160;PP=2965;ReadPosRankSum=1.581;SC=GTCCCTCTGTGATCAAACCAA;SOR=0.272;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=297;TCF=135;TCR=162;TR=295;WE=91165580;WS=91165562;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,496:1.00:497
chr14	91165606	rs1742100	G	A	10284.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=384;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=104;NR=152;PP=2965;SC=ATGGGAAGAAGGCCAGAGCTC;SOR=0.987;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=257;TCF=105;TCR=152;TR=256;WE=91165614;WS=91165596;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,384:1.00:384
chr14	91196317	rs10135495	T	C	141.79	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=0.812;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5103;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.282;NF=4;NR=2;PP=65;ReadPosRankSum=1.383;SC=GTAGTTCATATTTAAAATTCC;SOR=1.609;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=8;TCF=5;TCR=3;TR=6;WE=91196325;WS=91196312;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,7:0.78:9
chr14	91211121	rs76723365	G	A	2128.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.481;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.222;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=25;PP=1075;ReadPosRankSum=0.019;SC=GAACAAACACGTGGTCCTCAC;SOR=1.008;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=118;TCF=71;TCR=47;TR=71;WE=91211129;WS=91211111;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,102:0.54:189
chr14	91361016	rs143072679	A	G	430.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=0.877;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.779;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=17;PP=261;ReadPosRankSum=0.559;SC=TCTACCACCAATACGTTTAAA;SOR=1.688;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=62;TCF=7;TCR=55;TR=18;WE=91361024;WS=91361006;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,21:0.31:67
chr14	91365646	rs11380703	G	GA	1030.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.154;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=255;ExcessHet=3.0103;FS=0.591;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.13;MQRankSum=1.602;QD=4.66;ReadPosRankSum=0.678;SOR=0.746;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:129,92:0.42:221
chr14	91372685	rs60178849	CA	C	187.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.299;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.16;MQRankSum=1.313;QD=3.48;ReadPosRankSum=-0.821;SOR=0.569;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,23:0.43:54
chr14	91409615	rs111743702	A	AT	30.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.860;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=2.626;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.18;ReadPosRankSum=1.135;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,7:0.27:26
chr14	91444763	.	G	A	4299.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.979;ClippingRankSum=0.000;DP=513;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=67;NR=71;PP=1920;ReadPosRankSum=-1.468;SC=ATGCTCTGTGGTTTTGGCCTT;SOR=0.711;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=286;TCF=139;TCR=147;TR=138;WE=91444771;WS=91444753;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:279,224:0.45:503
chr14	91518809	rs147133961	TA	T	38.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.269;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=3.52;ReadPosRankSum=0.888;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,6:0.55:11
chr14	91592748	rs57615276	C	CTTCTT	3964.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=23;NR=20;PP=2403;SC=ATGTCTGTGCCTTCTTATAAT;SOR=1.697;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=44;TCF=24;TCR=20;TR=43;WE=91592756;WS=91592738;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
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chr14	91642234	rs2295528	A	G	10767.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.746;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=428;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=156;NR=112;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.849;SC=TTCTAATTGGATGCTCCCTGC;SOR=0.952;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=268;TCF=156;TCR=112;TR=268;WE=91642242;WS=91642224;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,405:1.00:407
chr14	91662615	rs2295527	A	G	1432.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=2.153;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.641;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=19;PP=884;ReadPosRankSum=-0.415;SC=ATGTTGTTCAACAACAGTAAT;SOR=0.770;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=108;TCF=69;TCR=39;TR=53;WE=91662623;WS=91662605;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,66:0.47:139
chr14	91662832	rs2295525	A	G	987.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-3.361;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.140;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=30;PP=595;ReadPosRankSum=-0.714;SC=CGTATGTCGCATCCCAGTTTA;SOR=0.291;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=80;TCF=16;TCR=64;TR=40;WE=91662840;WS=91662822;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,45:0.52:87
chr14	91662886	rs3818201	A	G	244.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=3.327;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=30;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=9;PP=151;ReadPosRankSum=0.698;SC=CACTTAGCCAACAAAGTGTCT;SOR=0.984;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=30;TCF=4;TCR=26;TR=10;WE=91662894;WS=91662876;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,11:0.37:30
chr14	91671124	rs2295524	G	A	1899.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-2.562;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=29;PP=706;ReadPosRankSum=-1.460;SC=ACGGCACGGGGATGTCATCGC;SOR=0.706;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=110;TCF=49;TCR=61;TR=51;WE=91671132;WS=91671114;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:89,94:0.51:183
chr14	91681609	rs28625887	G	A	475.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-0.692;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.869;HP=4;HapScore=4;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=1;PP=662;ReadPosRankSum=0.645;SC=CAAAGAATTTGTGTTTCTAGC;SOR=2.275;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=25;TCF=21;TCR=4;TR=13;WE=91681631;WS=91681605;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,13:0.48:27
chr14	91681623	rs11622036	C	T	619.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-0.524;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.042;HP=1;HapScore=4;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=2;PP=662;ReadPosRankSum=0.733;SC=TTCTAGCAAGCTCCCAGATGA;SOR=1.961;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=37;TCF=31;TCR=6;TR=19;WE=91681631;WS=91681605;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,19:0.46:41
chr14	91690000	.	CT	C	151.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.058;ClippingRankSum=0.000;DP=259;ExcessHet=3.0103;FS=4.450;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.04;MQRankSum=2.088;QD=0.60;ReadPosRankSum=-1.513;SOR=0.410;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:199,53:0.21:252
chr14	91690287	rs75775892	A	G	550.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=3.086;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.169;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=18;PP=386;ReadPosRankSum=2.837;SC=CTGATCCCCAAACCACTCTGC;SOR=1.688;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=41;TCF=3;TCR=38;TR=18;WE=91690295;WS=91690277;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,21:0.49:43
chr14	91710562	.	GACACAC	G,GAC	687.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.93;QD=34.39;SOR=2.531;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:0,10,10:0.50,0.50:20
chr14	91717214	rs11852149	C	T	4677.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.696;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=439;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=69;NR=76;PP=2195;ReadPosRankSum=1.771;SC=AAGTTGTGGCCGACCCAAGGT;SOR=0.683;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=287;TCF=141;TCR=146;TR=145;WE=91717222;WS=91717204;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:211,226:0.52:437
chr14	91739081	rs941920	A	G	4117.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.673;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=40;PP=1762;ReadPosRankSum=-0.798;SC=GGCCCGGCCGAGGTGGGGAGC;SOR=0.914;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=96;TCF=55;TCR=41;TR=94;WE=91739089;WS=91739071;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,158:0.99:160
chr14	91751788	rs11341843	TC	T	4992.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.181;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=399;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.129;HP=6;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=64;PP=2413;ReadPosRankSum=2.281;SC=ATCCTGAGGCTCCCCCTAAAA;SOR=0.753;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=164;TCF=35;TCR=129;TR=79;WE=91751796;WS=91751778;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:199,190:0.49:389
chr14	91751808	rs17802308	G	C	3890.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-2.529;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=379;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.206;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=68;PP=1728;ReadPosRankSum=-1.446;SC=ACTGTGTTGTGCTGAAGAAAT;SOR=0.625;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=250;TCF=113;TCR=137;TR=127;WE=91751816;WS=91751798;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:184,194:0.51:378
chr14	91760522	rs12891713	C	T	1760.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=-0.321;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.099;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=18;PP=687;ReadPosRankSum=-0.787;SC=CTTACATGTACTGCTTCTGCT;SOR=0.808;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=116;TCF=72;TCR=44;TR=53;WE=91760530;WS=91760512;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:110,95:0.46:205
chr14	91763637	rs3742656	C	T	3630.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=63;NR=34;PP=1920;SC=GCTCCCCTGGCGCTGGCCTCA;SOR=1.213;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=98;TCF=64;TCR=34;TR=97;WE=91763645;WS=91763627;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,135:1.00:135
chr14	91763971	rs5810533	CTT	CT,C	267.73	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.516;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=12;HapScore=3;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=0,0;NR=18,18;PP=50,183;ReadPosRankSum=-2.686;SC=CCTCTCTGGGCTTTTTTTTTT;SOR=2.147;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=28;TCF=0;TCR=28;TR=18,18;WE=91763980;WS=91763961;set=Intersection	GT:AF:DP	0/1:0.86:21
chr14	91773568	rs1970912	T	C	1657.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=2.691;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=28;PP=773;ReadPosRankSum=-2.585;SC=ACTCCTTCTTTAGCTACAGGT;SOR=0.688;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=111;TCF=44;TCR=67;TR=44;WE=91773576;WS=91773558;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:92,78:0.46:170
chr14	91776434	rs2277507	G	A	1734.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=15;NR=31;PP=891;SC=CCCGGGCCACGGCTGCCTCCG;SOR=1.573;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=46;TCF=15;TCR=31;TR=46;WE=91776442;WS=91776424;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr14	91806204	rs12883434	C	A	775.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-2.401;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=4;PP=466;ReadPosRankSum=-1.386;SC=CCAGGCTGACCGGGCCACCGA;SOR=0.937;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=38;TCF=33;TCR=5;TR=26;WE=91806212;WS=91806194;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,30:0.68:44
chr14	91883267	rs1285844	A	C	2610.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=24;NR=51;PP=2020;SC=CAGAGACTGGACGGGTCAGTG;SOR=1.759;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=75;TCF=24;TCR=51;TR=75;WE=91883275;WS=91883257;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr14	91883499	rs1742546	G	A	7495.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=293;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=86;NR=88;PP=2965;SC=AAATCAGTGCGCCCACCCCAG;SOR=0.707;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=175;TCF=86;TCR=89;TR=174;WE=91883507;WS=91883489;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,292:1.00:292
chr14	91883967	rs3742654	G	T	3141.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.252;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=314;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.415;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=42;PP=1415;ReadPosRankSum=0.727;SC=GGAGCCAGGCGCACTCACCCA;SOR=0.644;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=175;TCF=95;TCR=80;TR=93;WE=91883975;WS=91883957;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:154,152:0.50:306
chr14	91884116	rs3742653	C	A	850.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=1.885;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=24;PP=525;ReadPosRankSum=-0.571;SC=GGCTCCGCAGCGAGCAGCGGG;SOR=0.693;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=63;TCF=13;TCR=50;TR=29;WE=91884124;WS=91884106;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,37:0.50:74
chr14	91925027	rs10135595	G	T	1087.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.733;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.758;HP=5;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=18;PP=475;ReadPosRankSum=-1.685;SC=ACTGCGCTTTGTTGTGGATTT;SOR=0.579;SbPval=0.24;Source=Platypus;TC=77;TCF=44;TCR=33;TR=34;WE=91925035;WS=91925017;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,60:0.48:126
chr14	91927717	rs8006817	G	A	1440.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.060;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=13;PP=492;ReadPosRankSum=-0.235;SC=TGGGAGTCAAGAATGTACCTT;SOR=0.723;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=95;TCF=57;TCR=38;TR=34;WE=91927725;WS=91927707;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:97,74:0.43:171
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chr14	91929281	rs61490765	CTTAAT	C	325.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=-0.714;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=3;PP=156;ReadPosRankSum=1.426;SC=CAAGATGAGGCTTAATTTAAT;SOR=0.399;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=4;WE=91929293;WS=91929271;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,9:0.64:14
chr14	91937143	rs10873409	G	A	1043.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.853;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=7;PP=555;ReadPosRankSum=1.499;SC=ATACCAACATGTCAATATACA;SOR=0.754;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=75;TCF=56;TCR=19;TR=35;WE=91937151;WS=91937133;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,48:0.51:94
chr14	91941909	rs71989693	TAAAAC	T	148.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=11.44;ReadPosRankSum=0.156;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,5:0.38:13
chr14	91942318	rs139615837	C	CA	1184.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.748;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=21;PP=610;ReadPosRankSum=-1.154;SC=GCCCTGCAGACAAAAAACATT;SOR=0.667;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=54;TCF=5;TCR=49;TR=23;WE=91942326;WS=91942308;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,59:0.52:114
chr14	91942342	rs10145724	T	A	2129.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=19;NR=38;PP=1134;SC=TTTTCCTGTATTTATAAAAAT;SOR=1.329;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=57;TCF=19;TCR=38;TR=57;WE=91942350;WS=91942332;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr14	91942407	rs10145809	T	G	841.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=34;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=5;NR=20;PP=570;SC=TGAAAAAACTTCAATGTAAAA;SOR=2.833;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=5;TCR=20;TR=25;WE=91942415;WS=91942397;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr14	91948043	rs17127374	T	C	1250.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.901;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=16;PP=466;ReadPosRankSum=1.506;SC=GAACTCTGTATGTCTGATGAA;SOR=0.643;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=93;TCF=58;TCR=35;TR=42;WE=91948051;WS=91948033;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,63:0.49:128
chr14	91948643	rs6575195	G	A	1721.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=51;PP=1388;SC=ACCTATAATGGTCATTTTCAA;SOR=5.211;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=51;TCF=0;TCR=51;TR=51;WE=91948651;WS=91948633;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr14	91957236	rs10131200	T	A	354.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.65;SOR=0.818;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr14	91957281	rs35166291	C	T	73.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.611;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=7.38;ReadPosRankSum=-0.000;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,5:0.50:10
chr14	92040589	rs34650717	TC	T	1206.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.525;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.441;NF=22;NR=4;PP=823;ReadPosRankSum=0.809;SC=CTCGGGCGCCTCCGCCCCGCG;SOR=0.544;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=57;TCF=50;TCR=7;TR=26;WE=92040597;WS=92040579;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,40:0.50:80
chr14	92041075	rs1704614	C	G	857.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=20;PP=595;SC=GCAGTGCCTACAGAGATCTGG;SOR=2.546;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=4;TCR=20;TR=24;WE=92041083;WS=92041065;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr14	92053395	rs2295789	G	C	2600.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-2.657;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=241;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.675;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=70;NR=30;PP=1405;ReadPosRankSum=-0.599;SC=ACTACTGACAGGGTCAATGCT;SOR=0.830;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=192;TCF=131;TCR=61;TR=100;WE=92053403;WS=92053385;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:112,122:0.52:234
chr14	92058445	rs1285637	G	A	3516.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=27;NR=75;PP=2276;SC=TGAAGAAGTGGAATTCCTGAG;SOR=1.769;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=102;TCF=27;TCR=75;TR=102;WE=92058453;WS=92058435;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr14	92074545	rs1743159	T	A	818.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=1.998;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.212;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=5;PP=516;ReadPosRankSum=0.685;SC=AGCTTCACCTTCTCATTTAAC;SOR=2.093;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=27;TCF=21;TCR=6;TR=25;WE=92074553;WS=92074535;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,31:0.94:33
chr14	92074856	rs1743158	C	A	266.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=9;PP=217;SC=CAATTTTTAGCTACAGGTATT;SOR=4.615;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=9;WE=92074864;WS=92074846;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr14	92084004	rs1620238	C	G	3481.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=42;NR=40;PP=1470;SC=CATCAAAAGTCACTTCAGCTG;SOR=0.723;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=82;TCF=42;TCR=40;TR=82;WE=92084012;WS=92083994;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,136:1.00:136
chr14	92088016	rs1296082	G	A	3867.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=84;NR=28;PP=2443;SC=TGTATTTCACGATGTTGAGGG;SOR=1.897;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=113;TCF=84;TCR=29;TR=112;WE=92088024;WS=92088006;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,140:1.00:140
chr14	92102759	rs17127484	A	G	711.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.349;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=9;PP=352;ReadPosRankSum=1.035;SC=AAATAAATGCATATCACTACC;SOR=0.677;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=74;TCF=51;TCR=23;TR=29;WE=92102767;WS=92102749;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,40:0.40:99
chr14	92126456	rs200431786	TCTCTCA	T	383.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.921;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.248;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.825;NF=1;NR=39;PP=522;ReadPosRankSum=1.950;SC=TCTCTCTCTCTCTCTCACACA;SOR=1.101;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=45;TCF=2;TCR=43;TR=40;WE=92126475;WS=92126446;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,21:0.36:58
chr14	92126458	rs369775954	TCTCACA	T	110.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-1.510;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=1.328;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.44;MQRankSum=-0.720;QD=1.98;ReadPosRankSum=0.893;SOR=0.899;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:44,12:0.21:56
chr14	92140428	rs1285655	G	A	2590.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.755;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=27;PP=1149;ReadPosRankSum=1.411;SC=CTTTCAGTCTGTAGAATTGCC;SOR=0.884;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=64;TCF=37;TCR=27;TR=64;WE=92140436;WS=92140418;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,101:0.98:103
chr14	92174343	rs4605095	C	T	465.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-2.454;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=2;PP=259;ReadPosRankSum=0.976;SC=ATTGTGAGTGCCTCAAGGGTC;SOR=0.906;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=31;TCF=25;TCR=6;TR=17;WE=92174351;WS=92174333;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,22:0.58:38
chr14	92185731	rs17783516	G	A	683.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.135;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=10;PP=370;ReadPosRankSum=-0.757;SC=CCAGACCCAGGGGTAAAAGAA;SOR=0.655;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=71;TCF=45;TCR=26;TR=26;WE=92185739;WS=92185721;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,38:0.34:113
chr14	92189366	rs17127513	T	A	529.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=0.421;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=8;PP=335;ReadPosRankSum=1.478;SC=TAATAACATATCACAGAGTAA;SOR=0.880;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=42;TCF=29;TCR=13;TR=25;WE=92189374;WS=92189356;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,26:0.53:49
chr14	92189548	rs35078318	G	GA	190.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.157;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=3.041;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.30;ReadPosRankSum=-0.276;SOR=1.302;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,16:0.44:36
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chr14	92251479	rs10131036	T	C	734.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=0.288;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.248;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=7;PP=481;ReadPosRankSum=-0.786;SC=TAGAAAAATATAAGGAAGGAT;SOR=0.381;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=74;TCF=59;TCR=15;TR=29;WE=92251487;WS=92251469;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,34:0.40:85
chr14	92264080	rs71120197	TA	T	742.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.087;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FS=2.684;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.16;MQRankSum=0.962;QD=5.80;ReadPosRankSum=0.984;SOR=0.996;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:62,66:0.52:128
chr14	92268615	rs2402073	T	A,G	3686.77	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=28;NF=35,31;NR=19,23;PP=824,669;SC=ATACAGTCTCTTCACTTCTGA;SOR=1.022;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=109;TCF=66;TCR=43;TR=54,54;WE=92268623;WS=92268605;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.55,0.45:159
chr14	92280037	rs10134181	T	C	1513.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=1.372;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=16;PP=661;ReadPosRankSum=0.945;SC=GAAGTCAAAATAAAACTCACA;SOR=0.727;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=83;TCF=50;TCR=33;TR=42;WE=92280045;WS=92280027;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,74:0.49:151
chr14	92336775	rs929608	T	C	342.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.494;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.378;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=11;PP=174;ReadPosRankSum=0.038;SC=GCCTGCATGGTGGCCCTGCAG;SOR=1.721;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=1;TCR=17;TR=11;WE=92336783;WS=92336765;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,16:0.67:24
chr14	92343764	rs2430341	C	T	5506.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=73;NR=62;PP=2341;SC=GCATACAGCACGTTCCTAGGA;SOR=0.771;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=135;TCF=73;TCR=62;TR=135;WE=92343772;WS=92343754;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,212:1.00:212
chr14	92343894	rs145515678	G	A	2229.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-1.365;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.583;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=35;PP=943;ReadPosRankSum=0.762;SC=AGGCCCCAGGGTAGCGGGTCG;SOR=0.625;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=102;TCF=43;TCR=59;TR=63;WE=92343902;WS=92343884;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,106:0.62:170
chr14	92347680	rs2430347	A	G	6998.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=278;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=86;NR=73;PP=2770;SC=GGATGGGGTCAATGCATTTGA;SOR=0.776;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=159;TCF=86;TCR=73;TR=159;WE=92347688;WS=92347670;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,273:1.00:273
chr14	92349472	rs75974376	G	A	1524.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.873;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=38;PP=982;ReadPosRankSum=2.484;SC=ACATGGGGATGGGAGCTTAGT;SOR=0.733;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=111;TCF=37;TCR=74;TR=57;WE=92349480;WS=92349462;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:97,74:0.43:171
chr14	92403660	rs2474028	T	C	323.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-3.362;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=13;PP=196;ReadPosRankSum=0.126;SC=ACACCTAGGGTGGTCCCAACT;SOR=0.648;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=28;TCF=5;TCR=23;TR=16;WE=92403668;WS=92403650;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,16:0.57:28
chr14	92420861	rs2430336	C	T	286.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.359;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.03;ReadPosRankSum=-1.285;SOR=0.657;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,14:0.54:26
chr14	92441066	rs1051340	C	T	197.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.327;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.61;MQRankSum=-2.052;QD=3.96;ReadPosRankSum=-1.291;SOR=0.811;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,16:0.32:50
chr14	92441129	.	G	GA	30.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.886;ClippingRankSum=0.000;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.67;ReadPosRankSum=-0.638;SOR=0.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,9:0.20:46
chr14	92460098	rs2273185	C	A	1191.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-2.605;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.809;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=11;PP=333;ReadPosRankSum=0.251;SC=AAAGACTCTACAAGTAACTGT;SOR=0.836;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=51;TCF=28;TCR=23;TR=26;WE=92460106;WS=92460088;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,58:0.63:92
chr14	92461963	rs34736578	CT	C	309.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.587;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.73;ReadPosRankSum=1.909;SOR=0.582;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,27:0.59:46
chr14	92473943	rs3818095	T	C	500.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-1.206;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.156;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=6;PP=322;ReadPosRankSum=0.089;SC=TTAGTTTACTTAGTAGAATGT;SOR=0.261;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=51;TCF=39;TCR=12;TR=19;WE=92473951;WS=92473933;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,25:0.42:60
chr14	92477168	rs2277526	A	G	1597.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=5.102;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.427;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=13;PP=1187;ReadPosRankSum=1.021;SC=TCTGAACTTTACCCAGGTACT;SOR=1.026;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=130;TCF=100;TCR=30;TR=61;WE=92477176;WS=92477158;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:89,66:0.43:155
chr14	92491853	rs2295171	T	C	117.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.194;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=8.900;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.57;ReadPosRankSum=-0.474;SOR=3.180;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,6:0.18:33
chr14	92505915	rs17127898	T	A	1538.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=2.793;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.544;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=11;PP=950;ReadPosRankSum=-0.412;SC=GTGCCCTCCATCAGCATATCC;SOR=1.005;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=103;TCF=77;TCR=26;TR=53;WE=92505923;WS=92505905;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,67:0.54:125
chr14	92537354	.	C	CCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTG	1101.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=0.556;ClippingRankSum=0.000;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.566;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=4.426;NF=2;NR=14;PP=812;ReadPosRankSum=-0.122;SC=GATAGGTCCCCCTGCTGCTGC;SOR=0.712;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=65;TCF=6;TCR=59;TR=16;WE=92537364;WS=92537344;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,42:0.34:123
chr14	92560311	rs2402108	A	G	444.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.229;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=29;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.049;NF=1;NR=15;PP=340;ReadPosRankSum=-2.271;SC=TTTTTGTGACAGAGTCTTGCT;SOR=1.179;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=27;TCF=3;TCR=24;TR=16;WE=92560319;WS=92560301;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,18:0.60:30
chr14	92562967	.	CA	C	96.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.359;ClippingRankSum=0.000;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=6.660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.59;ReadPosRankSum=0.649;SOR=0.126;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:40,21:0.34:61
chr14	92563254	rs35079962	A	AT	206.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.812;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.46;ReadPosRankSum=-1.674;SOR=0.663;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,17:0.53:32
chr14	92582472	rs13350	G	A	903.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=17;NR=9;PP=463;SC=AGACATTTCAGATTCTTCATG;SOR=1.244;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=17;TCR=9;TR=26;WE=92582480;WS=92582462;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr14	92582655	rs11160044	T	A	1076.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=33.65;SOR=1.681;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr14	92582680	rs12050222	T	C	732.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.10;SOR=4.294;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr14	92584021	rs36078150	C	CTTTT	1135.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.774;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=4;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=20;PP=324;ReadPosRankSum=-0.629;SC=AATACAACTGCTTTGTTTTTT;SOR=0.859;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=25;TCF=4;TCR=21;TR=24;WE=92584034;WS=92584011;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,50:0.93:54
chr14	92584064	rs12882784	A	G	1265.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=49;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=18;PP=664;SC=CATCTGGGCCAGGTGCGGTGG;SOR=0.963;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=33;TCF=14;TCR=19;TR=32;WE=92584072;WS=92584054;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr14	92585205	rs7152991	T	C	673.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=15;NR=3;PP=474;SC=GTAGTCCCAGTTACTCAGGAG;SOR=2.303;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=15;TCR=3;TR=18;WE=92585213;WS=92585195;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr14	92585304	rs34114160	C	A	1776.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.32;QD=26.13;SOR=1.098;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr14	92585332	rs10649809	G	GAA	2600.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.462;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.83;MQRankSum=0.375;QD=28.90;ReadPosRankSum=0.144;SOR=0.284;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,89:0.99:90
chr14	92588002	rs3818263	T	G	5604.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.713;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=224;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=86;NR=57;PP=2528;ReadPosRankSum=-1.062;SC=CCTCAGCGCCTACAGCGACCC;SOR=0.989;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=145;TCF=87;TCR=58;TR=143;WE=92588010;WS=92587992;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,221:0.99:223
chr14	92588155	rs10603293	ATTTT	A	7959.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=236;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=14;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=88;PP=1272;SC=GACTCCTCTCATTTTTTTTTT;SOR=1.270;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=104;TCF=7;TCR=97;TR=95;WE=92588167;WS=92588145;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,192:1.00:192
chr14	92588192	rs12886909	T	C	4198.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=38;NR=85;PP=2850;SC=TTACCAATAATTTCTGAATAA;SOR=1.445;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=123;TCF=38;TCR=85;TR=123;WE=92588200;WS=92588182;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,152:1.00:152
chr14	92588219	rs7148709	G	A	2211.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=40;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=16;NR=56;PP=1682;SC=GCTCCAGACAGACGAGGCGTG;SOR=2.073;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=73;TCF=16;TCR=57;TR=72;WE=92588227;WS=92588209;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr14	92627668	rs2025071	T	A	2421.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=22;NR=50;PP=1413;SC=GTAATTCTTGTTTGGTATTTT;SOR=1.557;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=72;TCF=22;TCR=50;TR=72;WE=92627676;WS=92627658;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr14	92627710	rs2025070	T	C	819.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=24;PP=620;SC=TTTATATTCATGATCATGACC;SOR=2.621;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=5;TCR=24;TR=29;WE=92627718;WS=92627700;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr14	92792255	rs941646	G	A	7755.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=300;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=78;NR=116;PP=2965;SC=TGCCAGACACGTGGAGAAATA;SOR=0.977;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=195;TCF=79;TCR=116;TR=194;WE=92792263;WS=92792245;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,293:1.00:293
chr14	92792432	rs941645	T	C	992.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=25;PP=729;SC=GTTTATGGACTTGAGTGGGAA;SOR=3.126;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=28;TCF=3;TCR=25;TR=28;WE=92792440;WS=92792422;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr14	92905817	rs4900122	A	G	1629.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.685;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.512;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=34;PP=805;ReadPosRankSum=0.425;SC=ATAAATGCCAAGCCAAGAAGG;SOR=0.734;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=131;TCF=51;TCR=80;TR=55;WE=92905825;WS=92905807;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:129,85:0.40:214
chr14	92909073	rs941650	T	C	3305.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.998;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=355;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.387;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=48;PP=1149;ReadPosRankSum=-2.004;SC=TCATCACCCATGGGGACGTCG;SOR=0.651;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=227;TCF=119;TCR=108;TR=99;WE=92909081;WS=92909063;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:180,170:0.49:350
chr14	92911579	rs78521571	GG	AT	5650.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.173;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=334;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.648;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=28;PP=2543;ReadPosRankSum=-1.087;SC=AATTGGCTCTGGGTGCCTGGG;SOR=0.911;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=193;TCF=112;TCR=81;TR=72;WE=92911588;WS=92911569;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:175,148:0.46:323
chr14	92915663	.	CA	C	153.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.677;ClippingRankSum=0.000;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=6.778;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.80;ReadPosRankSum=0.163;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,10:0.31:32
chr14	92915665	.	CA	C	153.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.043;ClippingRankSum=0.000;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=6.778;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.80;ReadPosRankSum=0.020;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,10:0.31:32
chr14	92915666	.	A	C	511	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;FR=1.0000;HP=4;HapScore=1;MGOF=63;MMLQ=28;MQ=60.0;NF=4;NR=17;PP=511;QD=25.9891053594;SC=ACACACACACACCCTCTCACA;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=47;TCF=8;TCR=39;TR=21;WE=92915674;WS=92915656;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:26,21:0.45:47
chr14	92920371	rs7144273	C	T	2778.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.347;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=303;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.418;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=38;PP=1010;ReadPosRankSum=-0.497;SC=AGTTTGGACCCAGGACCCGAC;SOR=0.645;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=174;TCF=90;TCR=84;TR=78;WE=92920379;WS=92920361;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:160,142:0.47:302
chr14	92922713	rs7158400	T	C	1312.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.185;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.616;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=17;PP=582;ReadPosRankSum=-0.589;SC=CTTTATCACATGCCTTGGTGT;SOR=0.528;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=70;TCF=46;TCR=24;TR=44;WE=92922721;WS=92922703;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,61:0.57:107
chr14	92959216	rs11623883	G	A	2095.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.677;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=18;PP=840;ReadPosRankSum=-0.786;SC=AGCCTTGATCGAGGGACAAGG;SOR=0.872;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=47;TCF=26;TCR=21;TR=43;WE=92959224;WS=92959206;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,83:0.98:85
chr14	92959363	.	G	C	94	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=80;MMLQ=28;MQ=58.22;NF=0;NR=4;PP=94;QD=32.1928031368;SC=CACACACACAGAGAAAGATTT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=1;TCR=15;TR=4;WE=92959371;WS=92959353;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:12,4:0.25:16
chr14	92960025	rs4904942	T	C	2662.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=19;NR=41;PP=1396;SC=ACACTGGCGTTCTCCTCTCCC;SOR=1.329;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=60;TCF=19;TCR=41;TR=60;WE=92960033;WS=92960015;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr14	93118198	rs3814830	C	T	3150.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.519;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=338;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.398;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=58;PP=1314;ReadPosRankSum=-1.355;SC=CCTCTGATGCCACCTCACCCA;SOR=0.720;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=204;TCF=81;TCR=123;TR=95;WE=93118206;WS=93118188;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:175,159:0.48:334
chr14	93118668	rs3742717	C	T	5707.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.604;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=597;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.522;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQ=59.99;MQRankSum=0.000;NF=102;NR=105;PP=2962;ReadPosRankSum=0.764;SC=CCTGAGGACACGCCCCGGGAG;SOR=0.653;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=426;TCF=213;TCR=213;TR=207;WE=93118677;WS=93118658;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:300,267:0.47:567
chr14	93118669	rs3742716	G	A	6388.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-4.108;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=602;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.101;HP=5;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQ=59.99;MQRankSum=0.000;NF=111;NR=109;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.284;SC=CTGAGGACACGCCCCGGGAGA;SOR=0.701;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=430;TCF=212;TCR=218;TR=220;WE=93118677;WS=93118658;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:272,301:0.53:573
chr14	93151596	rs114797792	C	A	2778.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.474;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=298;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=55;PP=1291;ReadPosRankSum=-1.817;SC=GCTGCTCCAGCCGCCCAGCCC;SOR=0.720;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=197;TCF=85;TCR=112;TR=96;WE=93151604;WS=93151586;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:152,141:0.48:293
chr14	93178191	rs1951708	A	G	19346.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=736;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=187;NR=240;PP=2965;SC=CCACGTCCGAATCTTCCATCC;SOR=0.864;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=429;TCF=187;TCR=242;TR=427;WE=93178199;WS=93178181;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,732:1.00:732
chr14	93198972	rs12885208	A	T	2890.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=63;NR=19;PP=1753;SC=CTTAACAAAAAAAAGATTAGT;SOR=1.981;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=82;TCF=63;TCR=19;TR=82;WE=93198980;WS=93198962;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr14	93199203	rs1613441	T	A	4776.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=34;NR=80;PP=2587;SC=CAACAAGAACTGATAAACATT;SOR=1.501;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=115;TCF=35;TCR=80;TR=114;WE=93199211;WS=93199193;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,170:1.00:170
chr14	93276654	rs1040835	T	C	7277.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=272;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=96;NR=76;PP=2965;SC=TCTGCAGACTTTTCAGGAGAG;SOR=0.842;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=174;TCF=96;TCR=78;TR=172;WE=93276662;WS=93276644;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,271:1.00:271
chr14	93276806	rs1040833	C	T	3448.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=34.15;SOR=1.633;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr14	93276806	.	CTA	TTA,TTG	571	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.37;FR=0.5000,0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MMLQ=23;MQ=60.0;NF=19,6;NR=52,25;PP=571,517;QD=8.53198890912;SC=CATTAACTGTCTAATATAATT;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=71;TCF=19;TCR=52;TR=71,31;WE=93276816;WS=93276796;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:1.00:71
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chr14	93286291	rs10716250	AC	A	2406.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=39;PP=1670;SC=GCTTAGGGTTACCCCACAAGT;SOR=1.257;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=45;TCF=5;TCR=40;TR=44;WE=93286299;WS=93286281;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr14	93286342	rs35459649	C	T	532.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-3.024;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.681;HP=3;HapScore=2;MGOF=31;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.809;NF=5;NR=17;PP=386;ReadPosRankSum=0.740;SC=GTGGCCTGCCCCTCCACACCT;SOR=0.209;SbPval=0.21;Source=Platypus;TC=35;TCF=5;TCR=30;TR=22;WE=93286350;WS=93286332;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,23:0.57:40
chr14	93290723	rs3818256	A	G	1426.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=35;NR=9;PP=1068;SC=TATTCACTTAATTATATACTC;SOR=2.511;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=44;TCF=35;TCR=9;TR=44;WE=93290731;WS=93290713;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr14	93290856	rs2273646	T	C	12285.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=277;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.68;SOR=0.700;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,275:1.00:275
chr14	93290859	rs2273645	C	T	12235.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=274;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.98;SOR=0.708;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,272:1.00:272
chr14	93303604	rs4904994	C	T	3196.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=79;NR=17;PP=2245;SC=AATTGTTCTTCTGTGGTAGCC;SOR=2.746;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=96;TCF=79;TCR=17;TR=96;WE=93303612;WS=93303594;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr14	93303850	rs113573267	T	TG	5640.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=77;PP=2992;SC=CTAGTTTTTTTTTTTGTTTGT;SOR=2.476;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=95;TCF=1;TCR=94;TR=78;WE=93303863;WS=93303840;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
chr14	93303854	rs74598769	T	C	5615.77	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.29;SOR=2.584;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr14	93303855	rs34061602	G	T	5615.77	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.29;SOR=2.500;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr14	93389403	rs7159323	A	C	2010.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=44;NR=14;PP=1296;SC=GGGACTGGACACCTGGGGAGT;SOR=2.303;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=58;TCF=44;TCR=14;TR=58;WE=93389411;WS=93389393;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr14	93389435	rs9658638	C	T	1259.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.434;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=22;PP=718;ReadPosRankSum=-1.801;SC=AAGGGGGCGGCACCGCTGACG;SOR=0.721;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=87;TCF=50;TCR=37;TR=49;WE=93389443;WS=93389425;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,61:0.50:121
chr14	93392834	rs7146118	C	A	3487.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=3.214;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.592;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=70;NR=29;PP=1885;ReadPosRankSum=-0.984;SC=GGATCATGGACTCCCAAAGAC;SOR=0.210;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=101;TCF=72;TCR=29;TR=99;WE=93392842;WS=93392824;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,133:0.98:136
chr14	93395979	rs118094697	G	A	2130.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.265;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=27;PP=1076;ReadPosRankSum=0.961;SC=GCTTACAGATGGGGAAATGGA;SOR=0.728;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=134;TCF=83;TCR=51;TR=72;WE=93395987;WS=93395969;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:95,104:0.52:199
chr14	93398031	rs9658655	G	C	4494.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.218;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=486;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.522;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=62;PP=1797;ReadPosRankSum=0.441;SC=GCTACAAGGAGATCCGGAAAG;SOR=0.639;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=255;TCF=115;TCR=140;TR=115;WE=93398039;WS=93398021;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:252,226:0.47:478
chr14	93398078	rs9658656	G	A	2819.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.685;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=357;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.01;ReadPosRankSum=-1.398;SOR=0.701;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:198,154:0.44:352
chr14	93399101	rs729940	C	T	2760.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.940;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=306;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.894;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=55;PP=1299;ReadPosRankSum=-1.918;SC=GCCATCCTCCCGGGAGGACAG;SOR=0.769;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=203;TCF=81;TCR=122;TR=88;WE=93399109;WS=93399091;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:160,136:0.46:296
chr14	93401178	rs941581	A	G	8023.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=306;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=83;NR=107;PP=2965;SC=CGGCCATTGAAGCAGAGCTGG;SOR=0.879;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=190;TCF=83;TCR=107;TR=190;WE=93401186;WS=93401168;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,302:1.00:302
chr14	93401249	rs138998698	G	A	1272.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=2.413;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.546;HP=1;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=35;PP=921;ReadPosRankSum=0.030;SC=TGGCAGGGCTGGCCCCAGGGC;SOR=1.000;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=93;TCF=28;TCR=65;TR=47;WE=93401257;WS=93401239;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,56:0.48:116
chr14	93401316	rs7610	T	C	1302.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=33;PP=821;SC=ATGGCCCGGATGCTGCTTCCG;SOR=2.303;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=7;TCR=33;TR=40;WE=93401324;WS=93401306;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr14	93404674	rs6575304	T	C	1134.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=29;NR=8;PP=855;SC=TCAGCAGTTGTGGCCAGTGGC;SOR=2.613;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=38;TCF=30;TCR=8;TR=37;WE=93404682;WS=93404664;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr14	93404737	rs8006516	C	T	1002.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.423;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=13;PP=504;ReadPosRankSum=-0.678;SC=GAAGGACAAACGACAGGCTGG;SOR=0.699;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=88;TCF=54;TCR=34;TR=36;WE=93404745;WS=93404727;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,49:0.45:108
chr14	93406954	rs45585434	C	T	668.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-4.007;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=2;PP=410;ReadPosRankSum=-1.998;SC=GAGGCTCCCGCGCCTATCCTC;SOR=0.733;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=51;TCF=46;TCR=5;TR=23;WE=93406962;WS=93406944;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,28:0.51:55
chr14	93407062	rs1043542	A	G	8627.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=339;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=114;NR=82;PP=2965;SC=CACTAGAGACAAGGGGGTGGA;SOR=0.909;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=196;TCF=114;TCR=82;TR=196;WE=93407070;WS=93407052;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,335:1.00:335
chr14	93407248	rs11446	A	G	1252.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.164;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.667;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=26;PP=630;ReadPosRankSum=1.684;SC=TGGGGGGCCCAGAGGACGCCC;SOR=0.388;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=84;TCF=22;TCR=62;TR=38;WE=93407256;WS=93407238;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,57:0.49:117
chr14	93407301	rs13316	C	A	526.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.670;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.995;HP=3;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=16;PP=287;ReadPosRankSum=-1.101;SC=CAGCCCAGACCCCAGCGCGGA;SOR=1.368;SbPval=0.95;Source=Platypus;TC=47;TCF=8;TCR=39;TR=17;WE=93407309;WS=93407291;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,26:0.38:68
chr14	93412609	rs1998054	A	G	1892.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=43;NR=14;PP=1156;SC=ACCCCGCCTCACCTGCCTGGT;SOR=1.745;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=57;TCF=43;TCR=14;TR=57;WE=93412617;WS=93412599;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr14	93429060	rs2295392	G	A	5325.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=62;NR=58;PP=2123;SC=GCGGTCTACAGCGCCTGCCCT;SOR=0.753;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=120;TCF=62;TCR=58;TR=120;WE=93429068;WS=93429050;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,206:1.00:206
chr14	93532665	rs370298561	ATG	A	354.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.721;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FS=11.360;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.73;ReadPosRankSum=-2.309;SOR=0.129;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:101,29:0.22:130
chr14	93649501	rs1046099	A	G	1139.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=20;NR=10;PP=544;SC=TGCTCTACTCATTGCCATATC;SOR=1.508;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=31;TCF=21;TCR=10;TR=30;WE=93649509;WS=93649491;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr14	93651992	rs1268371	T	C	1212.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=33;PP=757;SC=GCGGGTATTATGGACCTGTTT;SOR=2.511;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=8;TCR=33;TR=41;WE=93652000;WS=93651982;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr14	93673580	rs2255370	A	G	527.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=4;PP=252;SC=TACGCCCCTCACGGCCGCTTT;SOR=1.230;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=11;TCR=4;TR=15;WE=93673588;WS=93673570;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr14	93681725	rs1263395	G	A	2631.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=21;NR=51;PP=1473;SC=ACTGGGCTCTGTGGTTATAAA;SOR=1.585;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=72;TCF=21;TCR=51;TR=72;WE=93681733;WS=93681715;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr14	93686568	.	CTT	C	107.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.469;ClippingRankSum=0.000;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.26;ReadPosRankSum=0.226;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,10:0.30:33
chr14	93688562	.	CATT	C	391.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.306;ClippingRankSum=0.000;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.615;NF=6;NR=2;PP=267;ReadPosRankSum=-1.048;SC=ATTTAGACTACATTATTAACA;SOR=0.540;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=16;TCF=12;TCR=4;TR=8;WE=93688572;WS=93688552;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,12:0.46:26
chr14	93712644	rs55659625	TA	T	772.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.514;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.07;MQRankSum=1.035;QD=5.29;ReadPosRankSum=0.051;SOR=0.698;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:76,70:0.48:146
chr14	93717733	rs17749274	G	C	631.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-1.533;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=3;PP=277;ReadPosRankSum=0.524;SC=CATATACAGAGAGGCTCAAAC;SOR=0.744;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=62;TCF=48;TCR=14;TR=21;WE=93717741;WS=93717723;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,31:0.41:75
chr14	93953904	rs61992611	G	A	2671.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=3;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=43;NR=12;PP=1107;SC=CTTTATTGGAGCTATTTTTTT;SOR=2.093;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=61;TCF=46;TCR=15;TR=55;WE=93953915;WS=93953894;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr14	93953907	rs33942732	A	AT	1032.06	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=1.762;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.652;HP=12;HapScore=3;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.487;NF=25;NR=9;PP=360;ReadPosRankSum=-0.058;SC=TATTGGAGCTATTTTTTTTTT;SOR=1.763;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=47;TCF=32;TCR=15;TR=34;WE=93953915;WS=93953894;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,57:0.85:67
chr14	93962691	rs8006093	G	A	611.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=17;NR=4;PP=437;SC=TCTTATATATGTATATCAAAG;SOR=2.303;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=21;TCF=17;TCR=4;TR=21;WE=93962699;WS=93962681;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr14	93994870	rs17094893	A	G	3242.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=51;NR=39;PP=1587;SC=ACCCAGGAACAGGAGAGTTCA;SOR=0.916;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=90;TCF=51;TCR=39;TR=90;WE=93994878;WS=93994860;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
chr14	93994954	rs28420706	G	A	4026.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=44;NR=56;PP=1784;SC=AACCACCCCCGTTGTATCTCT;SOR=0.830;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=101;TCF=45;TCR=56;TR=100;WE=93994962;WS=93994944;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,154:1.00:154
chr14	93998806	rs942068	C	A	2875.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=57;NR=23;PP=1697;SC=ACAGAGTGAGCCACTGTCTCA;SOR=1.586;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=80;TCF=57;TCR=23;TR=80;WE=93998814;WS=93998796;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr14	94007075	rs1951716	C	T	2473.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=28;NR=33;PP=1083;SC=GGCAGCTGGGCCTCTCCTCTT;SOR=0.823;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=61;TCF=28;TCR=33;TR=61;WE=94007083;WS=94007065;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr14	94008753	rs12893237	A	G	3310.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=56;NR=24;PP=1670;SC=TAATGCACCTATAATAATTTT;SOR=1.362;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=81;TCF=56;TCR=25;TR=80;WE=94008761;WS=94008743;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr14	94088587	rs4905081	G	A	9339.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=347;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=125;NR=129;PP=2965;SC=TTCTCCCTCCGTCCCCAGCCA;SOR=0.722;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=255;TCF=126;TCR=129;TR=254;WE=94088595;WS=94088577;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,345:1.00:345
chr14	94097287	rs2148563	G	A	10900.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=426;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=125;NR=182;PP=2965;SC=TTTCATCTATGCATTTATTTT;SOR=1.022;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=309;TCF=125;TCR=184;TR=307;WE=94097295;WS=94097277;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,418:1.00:418
chr14	94103602	rs4905082	G	A	10148.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=391;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=92;NR=128;PP=2965;SC=ACGTGCCAACGTGCCTAAACC;SOR=0.908;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=220;TCF=92;TCR=128;TR=220;WE=94103610;WS=94103592;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,388:1.00:388
chr14	94109829	rs943318	G	A	662.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=13;NR=7;PP=325;SC=AAAAACAGCCGTGTGTGTAGT;SOR=1.220;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=13;TCR=7;TR=20;WE=94109837;WS=94109819;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr14	94129223	.	A	AAC	60	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MMLQ=28;MQ=60.0;NF=0;NR=2;PP=60;QD=31.5;SC=AAACACTTTAAACACACACAC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=1;TCR=13;TR=2;WE=94129231;WS=94129213;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:12,2:0.14:14
chr14	94152768	rs2296686	C	G	2822.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=68;NR=9;PP=1666;SC=GCTGGGCAGACAGTCACAGAC;SOR=4.735;SbPval=0.99;Source=Platypus;TC=92;TCF=68;TCR=24;TR=77;WE=94152776;WS=94152758;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr14	94160521	rs943323	C	A	2207.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=42;NR=21;PP=1375;SC=TCTGGTTTGACGTTTCAGAGG;SOR=1.409;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=63;TCF=42;TCR=21;TR=63;WE=94160529;WS=94160511;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr14	94160611	rs960888	G	A	4679.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=53;NR=55;PP=2166;SC=GGTCTTCTGCGGCTGCAAACT;SOR=0.752;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=108;TCF=53;TCR=55;TR=108;WE=94160619;WS=94160601;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,173:1.00:173
chr14	94187832	rs1887197	C	T	3133.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.48;SOR=1.089;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr14	94192137	rs10873436	C	T	1295.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=29;NR=10;PP=886;SC=CTGGCCCCACCGGCTGGCAGC;SOR=2.007;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=39;TCF=29;TCR=10;TR=39;WE=94192145;WS=94192127;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr14	94245452	rs34914817	A	G	140.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-3.309;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.757;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=0;PP=80;ReadPosRankSum=-0.043;SC=CCTCGGCCACACTCAGTGGAT;SOR=0.105;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=16;TCR=0;TR=6;WE=94245460;WS=94245442;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,8:0.42:19
chr14	94245649	rs4905087	A	G	6748.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.442;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=430;ExcessHet=3.0103;FS=1.143;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.92;ReadPosRankSum=-0.186;SOR=0.563;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:246,178:0.42:424
chr14	94245652	rs4900195	C	T	6777.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.369;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=437;ExcessHet=3.0103;FS=1.139;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.73;ReadPosRankSum=-0.469;SOR=0.588;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:249,182:0.42:431
chr14	94253883	rs144186506	TG	T	2567.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=2.126;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.312;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=17;PP=1129;ReadPosRankSum=0.956;SC=GTGGGGTGGCTGCAAGAGGCC;SOR=0.855;SbPval=0.23;Source=Platypus;TC=62;TCF=21;TCR=41;TR=30;WE=94253891;WS=94253873;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,75:0.51:146
chr14	94394715	rs11554726	C	T	6386.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-0.247;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=619;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.521;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=97;NR=94;PP=2774;ReadPosRankSum=1.485;SC=TGGATAAGTCCGCACCCTGCC;SOR=0.667;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=354;TCF=174;TCR=180;TR=191;WE=94394723;WS=94394705;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:298,312:0.51:610
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chr14	94405871	rs10873442	G	C	3268.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.348;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=382;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.701;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=60;PP=1239;ReadPosRankSum=1.218;SC=CGCGCTCGGGGGCCAGCGGCG;SOR=0.806;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=232;TCF=105;TCR=127;TR=105;WE=94405879;WS=94405861;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:201,169:0.46:370
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chr14	94410464	.	G	A	813.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.409;ClippingRankSum=0.000;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.190;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=17;PP=356;ReadPosRankSum=0.162;SC=CTCAGCCACGGCCCAGACCAG;SOR=0.955;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=38;TCF=11;TCR=27;TR=23;WE=94410472;WS=94410454;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,36:0.68:53
chr14	94417421	rs7147919	G	A	4654.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.962;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=446;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.245;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=75;NR=88;PP=2469;ReadPosRankSum=-0.989;SC=TGCCGTAGGCGTTCTTGGATT;SOR=0.477;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=304;TCF=128;TCR=176;TR=163;WE=94417429;WS=94417411;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:202,227:0.53:429
chr14	94417541	rs4277287	A	G	2056.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-2.186;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.135;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=45;PP=1082;ReadPosRankSum=2.029;SC=TGGTGTCTGCATTGTGCTGCA;SOR=0.454;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=105;TCF=28;TCR=77;TR=65;WE=94417549;WS=94417531;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,93:0.60:155
chr14	94417586	rs4483793	G	A	1057.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.498;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.053;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=28;PP=646;ReadPosRankSum=0.043;SC=TCTTGCGCTCGCAGGCTGTGC;SOR=1.449;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=57;TCF=14;TCR=43;TR=35;WE=94417594;WS=94417576;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,45:0.58:77
chr14	94419888	rs4243701	A	G	306.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.254;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=11;PP=246;ReadPosRankSum=-0.952;SC=CATGTAGGAGAAAGATACTCA;SOR=1.179;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=26;TCF=3;TCR=23;TR=12;WE=94419896;WS=94419878;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,12:0.48:25
chr14	94582130	rs3833507	T	TGGCCATGGC	7691.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.080;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.161;NF=55;NR=27;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.244;SC=CCTGCAGTTGTGGCTGTGCCC;SOR=0.863;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=92;TCF=62;TCR=30;TR=82;WE=94582138;WS=94582120;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,155:0.99:156
chr14	94594768	rs958187	T	G	5683.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.915;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=110;NR=37;PP=2965;ReadPosRankSum=1.551;SC=TCACGGAACTTCAGGGTGAGA;SOR=0.894;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=151;TCF=112;TCR=39;TR=147;WE=94594776;WS=94594758;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,192:0.99:193
chr14	94595945	rs143824994	G	T	3525.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.006;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=388;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.777;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=59;PP=1628;ReadPosRankSum=-0.280;SC=AAATGACAGCGTTCTTGGGGT;SOR=0.754;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=226;TCF=105;TCR=121;TR=107;WE=94595953;WS=94595935;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:196,179:0.48:375
chr14	94595989	rs2273514	T	C	2652.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.075;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=283;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=54;PP=1492;ReadPosRankSum=1.309;SC=GGGACGCGCCTACTCTGCCCT;SOR=0.703;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=181;TCF=69;TCR=112;TR=88;WE=94595997;WS=94595979;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:141,130:0.48:271
chr14	94700138	rs4905172	C	G	1489.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=32;PP=898;SC=TTATTACATTCGTTTAAAATG;SOR=1.981;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=42;TCF=10;TCR=32;TR=42;WE=94700146;WS=94700128;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr14	94700838	rs10139110	T	C	550.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.255;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=6.569;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.88;ReadPosRankSum=0.231;SOR=0.234;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:49,31:0.39:80
chr14	94716442	rs45483104	G	T	809.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.213;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=9;PP=302;ReadPosRankSum=0.787;SC=AAATTGATTTGGTGGGGTCAA;SOR=0.659;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=54;TCF=33;TCR=21;TR=24;WE=94716450;WS=94716432;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,41:0.53:78
chr14	94722764	rs6575403	C	A	107.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=-1.415;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=1;PP=28;ReadPosRankSum=0.637;SC=TAGTTATTAACTTCACTCAAG;SOR=0.527;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=8;TCF=6;TCR=2;TR=4;WE=94722772;WS=94722754;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,6:0.60:10
chr14	94725570	rs74390442	A	G	316.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.040;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=2;PP=108;ReadPosRankSum=-0.595;SC=TGAAAGGAATATTTTAAACTT;SOR=0.610;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=20;TCF=14;TCR=6;TR=7;WE=94725578;WS=94725560;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,15:0.48:31
chr14	94732107	rs3827899	T	C	1831.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.013;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.635;HP=4;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=24;PP=830;ReadPosRankSum=0.065;SC=AATACATTTTTCTTTTTTCTG;SOR=0.603;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=91;TCF=53;TCR=38;TR=54;WE=94732115;WS=94732097;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,87:0.61:143
chr14	94732228	rs61680676	C	T	1006.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=2.205;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.955;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=19;PP=480;ReadPosRankSum=-0.739;SC=GTGCTAGGTACGATCTGTAAG;SOR=1.037;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=53;TCF=18;TCR=35;TR=26;WE=94732236;WS=94732218;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,46:0.56:82
chr14	94745083	rs5810667	G	GT	108.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.665;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FS=0.854;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.18;MQRankSum=3.487;QD=0.76;ReadPosRankSum=-0.542;SOR=0.808;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:118,25:0.17:143
chr14	94756119	rs2232704	C	T	802.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.260;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=13;PP=494;ReadPosRankSum=1.509;SC=TAGAAAATCACGTAGCGTTAA;SOR=0.644;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=88;TCF=59;TCR=29;TR=37;WE=94756127;WS=94756109;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,42:0.38:111
chr14	94756794	rs941590	T	C	3442.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=2.203;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=313;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.361;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=62;PP=1761;ReadPosRankSum=0.338;SC=CTCTTCCTCCTTGGGAGCCTG;SOR=0.789;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=222;TCF=98;TCR=124;TR=106;WE=94756802;WS=94756784;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:150,158:0.51:308
chr14	94770990	rs2273399	G	A	532.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-1.321;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.066;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=17;PP=308;ReadPosRankSum=-0.371;SC=GTGCGTTCTCGCTTTCCTGAC;SOR=1.002;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=54;TCF=13;TCR=41;TR=21;WE=94770998;WS=94770980;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,27:0.42:64
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chr14	94776219	rs2228542	C	T	5262.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.194;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=522;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.515;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=89;NR=89;PP=2830;ReadPosRankSum=1.770;SC=AGGGGAGCTCCGAGTCATGAA;SOR=0.662;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=318;TCF=158;TCR=160;TR=178;WE=94776227;WS=94776209;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:250,254:0.50:504
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chr14	94833033	rs1956172	T	C	3552.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.358;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=327;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.327;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=59;PP=1658;ReadPosRankSum=-0.267;SC=CAGAGAATGGTATTGTCCTGC;SOR=0.781;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=189;TCF=75;TCR=114;TR=97;WE=94833041;WS=94833023;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:156,166:0.52:322
chr14	94909630	rs3818257	C	T	3082.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=31;NR=51;PP=1433;SC=CTCTGTCTGTCGGCAGCCTGA;SOR=1.085;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=82;TCF=31;TCR=51;TR=82;WE=94909638;WS=94909620;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr14	94912799	rs12888805	G	A	2011.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.257;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.047;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=34;PP=1007;ReadPosRankSum=0.097;SC=TCTGGAGGACGGTGCAAGCCA;SOR=0.708;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=120;TCF=61;TCR=59;TR=62;WE=94912807;WS=94912789;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:99,98:0.50:197
chr14	94912896	rs1885137	T	G	2368.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.064;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.114;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=27;PP=924;ReadPosRankSum=1.561;SC=AAAGAAACTTTCCTGCTTCTG;SOR=0.667;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=111;TCF=55;TCR=56;TR=55;WE=94912904;WS=94912886;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,108:0.55:195
chr14	94914455	rs10129672	A	T	1684.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=2.109;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=3;PP=1276;ReadPosRankSum=-0.757;SC=TAATTCTGTCAGAGCAAGCCT;SOR=2.546;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=48;TCF=45;TCR=3;TR=47;WE=94914463;WS=94914445;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,53:0.98:54
chr14	94929541	rs2224418	G	A	4545.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=47;NR=81;PP=2467;SC=AGTAAGAGGGGCCATCCTTCG;SOR=1.227;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=128;TCF=47;TCR=81;TR=128;WE=94929549;WS=94929531;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,169:1.00:169
chr14	94930956	rs12891900	T	C	730.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-0.985;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.561;HP=2;HapScore=2;MGOF=37;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=8;PP=411;ReadPosRankSum=-2.190;SC=CAGGCCTCTGTTTCCTTATCA;SOR=0.105;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=37;TCF=28;TCR=9;TR=26;WE=94930964;WS=94930946;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,31:0.72:43
chr14	94930980	rs11628686	A	G	906.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-3.836;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.508;HP=1;HapScore=3;MGOF=34;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=11;PP=1313;ReadPosRankSum=-0.361;SC=AAATAAGAGCATGTGATTAAT;SOR=0.180;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=53;TCF=40;TCR=13;TR=36;WE=94930992;WS=94930970;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,43:0.68:63
chr14	94930984	rs13379439	G	T	405.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=0.314;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.445;HP=1;HapScore=3;MGOF=34;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=2;PP=661;ReadPosRankSum=0.360;SC=AAGAGCATGTGATTAATTCTG;SOR=1.911;SbPval=0.94;Source=Platypus;TC=54;TCF=40;TCR=14;TR=17;WE=94930992;WS=94930970;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,20:0.31:64
chr14	94931016	rs8020984	T	G	3485.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=71;NR=24;PP=2146;SC=AGCTTGGACTTTTTTGCAAAT;SOR=1.837;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=97;TCF=71;TCR=26;TR=95;WE=94931024;WS=94931006;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr14	94931105	rs11628722	A	G	8434.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=327;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=111;NR=90;PP=2965;SC=TTTGTCAAAGACATTTTGGAT;SOR=0.839;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=201;TCF=111;TCR=90;TR=201;WE=94931113;WS=94931095;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,320:1.00:320
chr14	94933377	rs28694507	A	T	218.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-3.425;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=0;PP=127;ReadPosRankSum=-0.577;SC=TGTTAGCACAATCTCTCCCTC;SOR=0.188;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=18;TCR=0;TR=8;WE=94933385;WS=94933368;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,10:0.50:20
chr14	94933473	rs28618118	C	A	905.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=-3.451;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.664;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=11;PP=290;ReadPosRankSum=2.128;SC=GCTCCACTTTCTCAGTGTTCT;SOR=0.513;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=54;TCF=32;TCR=22;TR=25;WE=94933481;WS=94933463;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,47:0.49:95
chr14	94933640	rs28583900	A	T	1407.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-1.178;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.791;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=21;PP=517;ReadPosRankSum=1.649;SC=TCATGGGGACATGCACAGTGA;SOR=0.667;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=123;TCF=58;TCR=65;TR=45;WE=94933648;WS=94933630;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:115,78:0.40:193
chr14	94933695	rs17090921	G	A	1635.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-1.085;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.480;HP=2;HapScore=3;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=25;PP=1462;ReadPosRankSum=-1.424;SC=TGTATATTCAGGGTGAAAGGG;SOR=0.479;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=103;TCF=40;TCR=63;TR=44;WE=94933717;WS=94933685;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:93,83:0.47:176
chr14	94933709	rs6575433	C	T	1850.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.084;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.966;HP=3;HapScore=3;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=37;PP=2067;ReadPosRankSum=1.457;SC=GAAAGGGCTTCTCCCACTTGG;SOR=0.885;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=95;TCF=34;TCR=61;TR=56;WE=94933717;WS=94933685;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,88:0.53:165
chr14	94935566	rs4900231	G	A	1724.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.433;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.073;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=23;PP=874;ReadPosRankSum=-1.233;SC=AGAAAATGTGGTTCACCAGAA;SOR=0.799;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=132;TCF=79;TCR=53;TR=61;WE=94935574;WS=94935556;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:130,88:0.40:218
chr14	94935901	rs12879019	G	C	3213.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-1.377;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=348;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.762;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=61;PP=1471;ReadPosRankSum=-2.095;SC=TGGAGAATCTGGGTCTTGGTG;SOR=0.708;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=266;TCF=133;TCR=133;TR=118;WE=94935909;WS=94935891;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:185,161:0.47:346
chr14	94936107	rs4905204	G	A	1945.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.570;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.318;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=41;PP=968;ReadPosRankSum=-0.130;SC=GGGGGCATTGGCCGGGGACAC;SOR=0.849;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=109;TCF=38;TCR=71;TR=60;WE=94936115;WS=94936097;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,89:0.59:152
chr14	94964789	rs12433651	A	G	1313.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-0.259;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.826;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=35;PP=844;ReadPosRankSum=-1.070;SC=AGAAAAAAAGAACATGATAAC;SOR=0.461;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=89;TCF=25;TCR=64;TR=52;WE=94964797;WS=94964779;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,57:0.57:100
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chr14	95033671	rs3827893	A	T	488.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=1;NR=12;PP=311;SC=TAGAGAGTGAACACCAAATTA;SOR=2.712;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=13;TCF=1;TCR=12;TR=13;WE=95033679;WS=95033661;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
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chr14	95566103	rs35300142	AC	A	795.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-1.103;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FS=3.030;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.09;MQRankSum=-0.685;QD=13.04;ReadPosRankSum=0.012;SOR=1.262;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,31:0.51:61
chr14	95566105	rs367764979	ACAC	A	278.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.821;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FS=1.366;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.09;MQRankSum=-0.634;QD=5.47;ReadPosRankSum=0.438;SOR=1.161;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,16:0.31:51
chr14	95566108	.	C	A	1885	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;FR=1.0000;HP=4;HapScore=1;MGOF=47;MMLQ=24;MQ=59.9;NF=64;NR=33;PP=1885;QD=19.7914557995;SC=CACACACACACAAACTTACCA;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=98;TCF=64;TCR=34;TR=97;WE=95566116;WS=95566098;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:1,97:0.99:98
chr14	95578675	rs2297730	T	C	4852.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.496;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=445;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=97;PP=2481;ReadPosRankSum=1.538;SC=GCCCCAACATTTTTAAAGTTC;SOR=0.688;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=290;TCF=107;TCR=183;TR=155;WE=95578683;WS=95578665;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:204,230:0.53:434
chr14	95581961	rs11624081	G	A	3257.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.472;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=377;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.380;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=35;PP=1473;ReadPosRankSum=-2.047;SC=CTTAAACTGTGCAACATTCCC;SOR=0.722;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=229;TCF=141;TCR=88;TR=95;WE=95581969;WS=95581951;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:208,164:0.44:372
chr14	95591070	rs67737119	G	A	630.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.552;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=20;PP=441;ReadPosRankSum=-1.254;SC=TTCATGTGGGGTTTAACTGGG;SOR=0.903;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=42;TCF=11;TCR=31;TR=25;WE=95591078;WS=95591060;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,27:0.61:44
chr14	95596279	rs1953535	G	A	294.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.400;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.107;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=1;PP=225;ReadPosRankSum=0.586;SC=TTCATACACTGCAGCCAAACT;SOR=2.636;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=16;TCF=14;TCR=2;TR=12;WE=95596287;WS=95596269;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,12:0.67:18
chr14	95659481	rs10142477	T	A	95.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.697;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.68;ReadPosRankSum=0.567;SOR=0.518;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,7:0.27:26
chr14	95659747	rs3180753	C	T	1954.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.121;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.647;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=37;PP=993;ReadPosRankSum=0.604;SC=CTTCTGAGTACTGTACCTGCA;SOR=0.585;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=91;TCF=31;TCR=60;TR=56;WE=95659755;WS=95659737;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,89:0.61:145
chr14	95660242	rs1128468	A	G	4962.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.314;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=521;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.187;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=90;PP=2046;ReadPosRankSum=-1.711;SC=TCAACTGAACATAGCTAAAAT;SOR=0.900;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=315;TCF=137;TCR=178;TR=150;WE=95660250;WS=95660232;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:258,254:0.50:512
chr14	95660981	rs2282274	A	G	2155.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.484;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.678;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=44;PP=1105;ReadPosRankSum=0.217;SC=GGAGCTCTTCATGGCTCAGTT;SOR=0.569;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=156;TCF=65;TCR=91;TR=76;WE=95660989;WS=95660971;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:106,107:0.50:213
chr14	95661028	rs2282275	G	A	1235.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.924;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.754;HP=3;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=32;PP=745;ReadPosRankSum=-0.371;SC=CCACGTATGGGTTTAGGCAAG;SOR=0.551;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=93;TCF=27;TCR=66;TR=44;WE=95661036;WS=95661018;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,57:0.51:111
chr14	95670804	rs5810715	C	CA	1038.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.385;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FS=2.188;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.07;MQRankSum=1.053;QD=7.81;ReadPosRankSum=0.948;SOR=0.518;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:69,64:0.48:133
chr14	95670886	rs1763729	A	G	898.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.364;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=5.692;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.25;MQRankSum=0.937;QD=20.90;ReadPosRankSum=-0.981;SOR=0.186;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,24:0.56:43
chr14	95670887	rs1763730	T	G	898.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.407;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=5.692;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.25;MQRankSum=0.937;QD=20.90;ReadPosRankSum=-0.981;SOR=0.186;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,24:0.56:43
chr14	95677280	rs1187604	T	C	212.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=-1.026;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=4;PP=57;ReadPosRankSum=1.098;SC=AGGTGCAAGGTCAGCATGCAG;SOR=0.495;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=4;WE=95677288;WS=95677270;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,10:0.67:15
chr14	95682150	.	CTCTGTGTGTGTGTG	C	237.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.388;ClippingRankSum=0.000;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.678;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=2.228;NF=0;NR=33;PP=450;ReadPosRankSum=3.211;SC=CTCTCTCTCTCTCTGTGTGTG;SOR=0.326;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=48;TCF=0;TCR=48;TR=33;WE=95682173;WS=95682140;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,18:0.35:51
chr14	95682152	rs377356751	CTGTGTGTGTGTGTG	C	128.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=2.758;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.006;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-3.623;NF=0;NR=30;PP=561;ReadPosRankSum=1.953;SC=CTCTCTCTCTCTGTGTGTGTG;SOR=2.147;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=46;TCF=1;TCR=45;TR=30;WE=95682173;WS=95682140;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,12:0.23:52
chr14	95688959	rs945456	C	G	2127.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.409;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.574;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=23;PP=695;ReadPosRankSum=-0.919;SC=TGGGGAGCCTCTGTGCTGGGA;SOR=0.639;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=90;TCF=45;TCR=45;TR=48;WE=95688967;WS=95688949;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,96:0.58:166
chr14	95696275	rs72710126	G	A	1544.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-3.889;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.424;HP=4;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=14;PP=873;ReadPosRankSum=-0.579;SC=CCGGCAGGGGGAGGCACTTAT;SOR=0.494;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=117;TCF=87;TCR=30;TR=55;WE=95696283;WS=95696265;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,70:0.52:134
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chr14	95898487	rs1187747	G	A	1861.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.145;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FS=1.120;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.22;ReadPosRankSum=0.794;SOR=0.823;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:98,104:0.51:202
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chr14	95906441	rs910791	A	G	2624.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=18;NR=44;PP=1231;SC=AGCCCAGGGCATCCTGAGTGC;SOR=1.469;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=62;TCF=18;TCR=44;TR=62;WE=95906449;WS=95906431;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr14	95906476	rs910790	C	T	438.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.597;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.98;ReadPosRankSum=1.173;SOR=0.623;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,25:0.45:55
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chr14	95910969	.	CAG	TAG	2964	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;FR=1.0000,0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MMLQ=28;MQ=65.0;NF=32,45;NR=67,37;PP=2964,1214;QD=20;SC=GCAGGCTCTGCAGAGACACAG;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=104;TCF=33;TCR=71;TR=99,82;WE=95910978;WS=95910959;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:79,82:0.51:161
chr14	95910969	rs36019358	CAG	C	2173.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=2.059;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=256;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000,0.5000;FS=0.461;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-14.308;NF=32,45;NR=67,37;PP=2964,1214;ReadPosRankSum=-0.095;SC=GCAGGCTCTGCAGAGACACAG;SOR=0.726;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=104;TCF=33;TCR=71;TR=99,82;WE=95910978;WS=95910959;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:145,108:0.43:253
chr14	95910971	.	G	T	3029.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-1.600;ClippingRankSum=0.000;DP=254;ExcessHet=3.0103;FS=0.461;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=65.39;MQRankSum=14.310;QD=11.98;ReadPosRankSum=-0.299;SOR=0.661;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:108,145:0.57:253
chr14	95918466	rs7144636	A	G	4942.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.155;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=44.93;ReadPosRankSum=-0.173;SOR=1.376;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,109:0.99:110
chr14	95918473	rs7144641	A	G	5318.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.909;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=41.88;ReadPosRankSum=-0.491;SOR=1.364;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,126:0.99:127
chr14	95918548	rs11362194	AC	A	12113.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.128;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=362;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.199;NF=71;NR=100;PP=2967;ReadPosRankSum=1.137;SC=GTTCCAGCACACCCTGAGTCC;SOR=1.085;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=174;TCF=72;TCR=102;TR=171;WE=95918556;WS=95918538;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,358:0.99:362
chr14	95918625	rs4905318	T	C	12119.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.664;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=480;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.153;NF=138;NR=170;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.727;SC=TATCAGAGAGTGGCTTCAGGT;SOR=0.483;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=310;TCF=139;TCR=171;TR=308;WE=95918633;WS=95918615;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,476:0.99:479
chr14	95918741	rs4905319	G	A	5028.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.73;SOR=2.323;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr14	95918745	rs4905320	C	T	4973.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.63;SOR=2.281;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr14	95918759	rs4905321	C	T	2273.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=11;NR=52;PP=1493;SC=AGGTGAGGCTCCTCAACAGGA;SOR=2.660;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=63;TCF=11;TCR=52;TR=63;WE=95918767;WS=95918731;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr14	95921741	rs4905324	C	T	5557.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-2.261;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=78;NR=41;PP=2207;ReadPosRankSum=0.711;SC=GTGCCACCAGCTCGTCCTCGG;SOR=0.427;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=120;TCF=79;TCR=41;TR=119;WE=95921749;WS=95921731;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,212:1.00:213
chr14	95923421	.	CAAA	C,CA	3034.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.255;ClippingRankSum=0.000;DP=190;ExcessHet=3.0103;FS=1.616;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=59.97;MQRankSum=-0.188;QD=17.85;ReadPosRankSum=1.275;SOR=1.131;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:34,50,86:0.29,0.51:170
chr14	95923470	rs146162422	ACTGTC	A	15898.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.836;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=362;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.094;NF=81;NR=107;PP=2957;ReadPosRankSum=-1.022;SC=ACCCTCTGTGACTGTCCCTAG;SOR=0.997;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=193;TCF=84;TCR=109;TR=188;WE=95923482;WS=95923460;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,358:0.99:360
chr14	95923670	rs2024863	A	C	9881.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.914;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=379;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.347;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=98;NR=140;PP=2965;ReadPosRankSum=2.105;SC=GCAGATCTACACGCTTCTGTG;SOR=0.761;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=244;TCF=98;TCR=146;TR=238;WE=95923678;WS=95923660;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,371:0.99:374
chr14	95923756	rs10610273	GGT	G	43.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.229;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.65;ReadPosRankSum=-2.574;SOR=0.606;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:56,11:0.16:67
chr14	95932223	rs12434921	A	G	904.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.827;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=8;PP=428;ReadPosRankSum=-1.225;SC=GGGTGGATACATGGATGGGTG;SOR=0.627;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=70;TCF=52;TCR=18;TR=32;WE=95932231;WS=95932213;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,45:0.51:89
chr14	95932628	rs4900270	T	C	2162.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.891;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.992;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=63;PP=1241;ReadPosRankSum=0.013;SC=ACCTGCCTCCTGGGTCGGGGG;SOR=0.440;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=173;TCF=50;TCR=123;TR=95;WE=95932636;WS=95932618;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:112,108:0.49:220
chr14	95983330	rs150722048	T	C	8718.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=0.739;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=905;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.519;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=139;NR=105;PP=2962;ReadPosRankSum=0.679;SC=CCCACCCTCTTCTCATCCTAG;SOR=0.735;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=529;TCF=287;TCR=242;TR=244;WE=95983338;WS=95983320;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:466,429:0.48:895
chr14	95999820	rs3825546	T	C	3677.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.632;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=356;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=64;PP=1755;ReadPosRankSum=2.117;SC=GTGGCAACAGTGACCAGAAAC;SOR=0.692;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=220;TCF=109;TCR=111;TR=127;WE=95999828;WS=95999810;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:165,179:0.52:344
chr14	96000090	rs45528633	G	A	568.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.582;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.461;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=19;PP=429;ReadPosRankSum=-0.994;SC=TGAGTGCTGGGTAGGAAGTCA;SOR=1.214;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=37;TCF=8;TCR=29;TR=24;WE=96000098;WS=96000080;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,24:0.59:41
chr14	96009307	rs716315	C	T	2376.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.881;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.060;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=25;PP=1082;ReadPosRankSum=-0.957;SC=CATTTTGTTACAGTCATCATC;SOR=0.619;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=143;TCF=94;TCR=49;TR=72;WE=96009315;WS=96009297;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:104,114:0.52:218
chr14	96103099	rs4905366	A	G	3060.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=51;NR=38;PP=1557;SC=TCACCTCACCATCTGCTCAGG;SOR=0.955;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=89;TCF=51;TCR=38;TR=89;WE=96103107;WS=96103089;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr14	96103269	rs11160283	G	A	2470.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=39;PP=1111;SC=TCTACTACACGCCCAGCCCTG;SOR=1.143;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=57;TCF=18;TCR=39;TR=57;WE=96103277;WS=96103259;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr14	96131432	rs1743491	A	G	3729.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=33;NR=57;PP=1807;SC=TGGAGGTGATATGCTTGAGAT;SOR=1.054;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=90;TCF=33;TCR=57;TR=90;WE=96131440;WS=96131422;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,140:1.00:140
chr14	96152728	rs11160284	T	C	776.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.811;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.890;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=7;PP=481;ReadPosRankSum=-1.259;SC=ACGCCGGAGCTGCTCCATTTA;SOR=0.924;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=56;TCF=36;TCR=20;TR=27;WE=96152736;WS=96152718;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,37:0.50:74
chr14	96157187	rs1064017	G	A	4443.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.481;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=513;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.102;HP=4;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=75;NR=74;PP=1940;ReadPosRankSum=-0.428;SC=GCTCTACCCCGGGAGGAAGTA;SOR=0.758;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=339;TCF=158;TCR=181;TR=149;WE=96157195;WS=96157177;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:258,235:0.48:493
chr14	96157331	rs2075770	G	T	1054.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.041;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=30;PP=651;ReadPosRankSum=0.463;SC=TGGCCCCCTTGGGGTTCTTGT;SOR=0.701;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=96;TCF=23;TCR=73;TR=40;WE=96157339;WS=96157321;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,52:0.40:129
chr14	96157482	rs1743530	C	T	348.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.228;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.356;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=3;PP=193;ReadPosRankSum=0.529;SC=GGGAAATCCACAAGCTGGAGT;SOR=1.022;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=29;TCF=20;TCR=9;TR=13;WE=96157490;WS=96157472;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,17:0.47:36
chr14	96157698	rs1748958	A	G	2562.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=28;NR=39;PP=1229;SC=TGTGCGTCTCAGTGTAGGGAT;SOR=0.888;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=67;TCF=28;TCR=39;TR=67;WE=96157706;WS=96157688;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr14	96179118	.	G	GA	153.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.226;ClippingRankSum=0.000;DP=244;ExcessHet=3.0103;FS=3.371;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.64;ReadPosRankSum=2.296;SOR=0.774;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:196,43:0.18:239
chr14	96556828	rs2369421	C	T	1084.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=1.959;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=4;PP=760;ReadPosRankSum=0.222;SC=GGCCAGACGCCGCTGTAGCCA;SOR=0.712;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=70;TCF=61;TCR=9;TR=37;WE=96556836;WS=96556818;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,45:0.57:79
chr14	96556914	rs2093722	T	C	9642.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=379;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=139;NR=107;PP=2965;SC=TCCAAGCCAATGCTGTCCTTC;SOR=0.888;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=246;TCF=139;TCR=107;TR=246;WE=96556922;WS=96556904;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,367:1.00:367
chr14	96557121	rs10148419	T	C	7561.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=285;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=106;NR=115;PP=2965;SC=GCTTGGAGGCTGGCCAGACCA;SOR=0.783;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=222;TCF=106;TCR=116;TR=221;WE=96557129;WS=96557111;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,278:1.00:278
chr14	96671139	rs1799722	C	T	1205.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.895;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.598;HP=1;HapScore=2;MGOF=60;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=23;PP=654;ReadPosRankSum=-2.095;SC=GATGACATCACTACCCAGCCC;SOR=0.685;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=92;TCF=46;TCR=46;TR=46;WE=96671147;WS=96671129;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:94,63:0.40:157
chr14	96671207	rs71103505	GGGTGGGGAC	G	2173.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.207;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=21;PP=2983;ReadPosRankSum=-0.037;SC=CTCCGAGGAGGGGTGGGGACG;SOR=0.650;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=47;TCF=5;TCR=42;TR=23;WE=96671223;WS=96671197;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,56:0.57:98
chr14	96703347	rs2069577	C	A	830.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-1.478;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=10;PP=493;ReadPosRankSum=-0.414;SC=CTGGAGAATGCGTGTATTTTG;SOR=0.689;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=68;TCF=47;TCR=21;TR=33;WE=96703355;WS=96703337;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,41:0.48:85
chr14	96707457	rs5224	A	G	5917.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-3.486;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=581;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.182;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=98;NR=92;PP=2762;ReadPosRankSum=-1.688;SC=AGATCCAGACAGAGAGGAGGG;SOR=0.581;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=358;TCF=171;TCR=187;TR=190;WE=96707465;WS=96707447;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:277,295:0.52:572
chr14	96728961	rs3073017	TTTG	T	74.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.366;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=4.260;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.98;MQRankSum=0.489;QD=9.34;ReadPosRankSum=0.414;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,5:0.62:8
chr14	96730142	rs2071084	A	G	2842.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-2.398;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=282;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.278;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=48;PP=1488;ReadPosRankSum=0.171;SC=GAGTGCTGCCAACATTTATCA;SOR=0.709;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=194;TCF=98;TCR=96;TR=101;WE=96730150;WS=96730132;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:135,141:0.51:276
chr14	96742603	rs12893091	G	A	6273.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=61;NR=105;PP=2965;SC=AGCTGAAATGGAGGCGTGAGG;SOR=1.209;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=167;TCF=61;TCR=106;TR=166;WE=96742611;WS=96742593;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,226:1.00:226
chr14	96757361	rs10454690	T	A	1087.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=24;PP=597;SC=TTAAAACAAATTCTACAAATT;SOR=1.666;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=34;TCF=10;TCR=24;TR=34;WE=96757369;WS=96757351;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr14	96758160	rs2275022	C	T	550.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=2;NR=18;PP=505;SC=AAATATATATCTTACAATACA;SOR=3.611;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=20;TCF=2;TCR=18;TR=20;WE=96758168;WS=96758150;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr14	96761557	rs1770547	A	C	2789.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.892;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=61;PP=1828;ReadPosRankSum=-0.667;SC=TTCTTAGCAAACATTTAAATC;SOR=1.362;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=75;TCF=13;TCR=62;TR=74;WE=96761565;WS=96761547;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,95:0.99:96
chr14	96768514	rs3215949	G	GA	1227.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.755;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.6179;FS=2.153;HP=11;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=37;PP=443;ReadPosRankSum=0.680;SC=TTAAAAATAAGAAAAAAAAAG;SOR=1.609;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=48;TCF=3;TCR=45;TR=40;WE=96768522;WS=96768504;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:5,61:0.92:66
chr14	96770952	rs36013915	C	CA	619.74	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.093;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.39;ReadPosRankSum=2.568;SOR=0.745;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,48:0.73:66
chr14	96771959	rs2289622	A	G	6828.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=261;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=104;NR=70;PP=2965;SC=GGGAGGGACTATTCCAAAATC;SOR=1.010;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=175;TCF=104;TCR=71;TR=174;WE=96771967;WS=96771949;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,251:1.00:251
chr14	96777408	rs3759602	T	C	3357.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=75;NR=23;PP=1986;SC=AATGTAAACATGTCACGACAT;SOR=1.971;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=98;TCF=75;TCR=23;TR=98;WE=96777416;WS=96777398;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr14	96777468	rs3759601	G	C	7259.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=270;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=104;NR=75;PP=2965;SC=GACCTTCTTTGAAAGGCTCCA;SOR=0.923;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=179;TCF=104;TCR=75;TR=179;WE=96777476;WS=96777458;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,268:1.00:268
chr14	96779895	rs1890914	A	G	343.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=10;PP=255;SC=GAAAATCATAACGGTAAAAGG;SOR=4.977;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=0;TCR=10;TR=10;WE=96779903;WS=96779885;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr14	96781912	rs9323945	T	C	5479.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=44;NR=68;PP=2376;SC=ATCACTCCATTCACTATGCCT;SOR=0.979;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=112;TCF=44;TCR=68;TR=112;WE=96781920;WS=96781902;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,204:1.00:204
chr14	96795029	rs61736675	A	G	1858.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.046;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.68;ReadPosRankSum=0.842;SOR=0.735;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:96,96:0.50:192
chr14	96797724	rs1822372	G	A	5029.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=91;NR=42;PP=2743;SC=TAAGGTGATCGTGTGAGCAAG;SOR=1.471;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=135;TCF=91;TCR=44;TR=133;WE=96797732;WS=96797714;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,182:1.00:182
chr14	96813703	rs4905483	A	T	2382.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=18;NR=61;PP=1756;SC=CAGGTTCATTATGAATCACAA;SOR=2.112;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=79;TCF=18;TCR=61;TR=79;WE=96813711;WS=96813693;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
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chr14	96848565	.	CT	C	241.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.818;ClippingRankSum=0.000;DP=90;ExcessHet=3.0103;FS=3.787;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.78;ReadPosRankSum=0.740;SOR=1.317;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:57,30:0.34:87
chr14	96852071	rs1545280	T	C	2296.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=19;NR=31;PP=1045;SC=AATGTTGATATAAAGCTTAAA;SOR=1.013;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=50;TCF=19;TCR=31;TR=50;WE=96852079;WS=96852061;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr14	96864309	rs8019939	A	G	164.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-2.323;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=7;NR=1;PP=107;ReadPosRankSum=-0.635;SC=CCTTGGTGGCACCCAGCAAGC;SOR=0.495;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=12;TCF=11;TCR=1;TR=8;WE=96864317;WS=96864299;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,8:0.67:12
chr14	96875317	rs2275556	G	A	1687.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.828;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.589;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=38;PP=953;ReadPosRankSum=0.242;SC=TAACATTTCAGCCATAACACC;SOR=0.966;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=121;TCF=47;TCR=74;TR=60;WE=96875325;WS=96875307;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,80:0.48:167
chr14	96916228	rs10444759	C	T	411.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.146;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.24;MQRankSum=1.070;QD=9.58;ReadPosRankSum=0.803;SOR=0.627;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,21:0.49:43
chr14	96916232	rs11424079	G	GT	591.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.087;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.26;MQRankSum=0.000;QD=22.76;ReadPosRankSum=0.390;SOR=1.781;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:3,23:0.88:26
chr14	96922575	rs56356389	CAAA	C	428.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.255;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=28.802;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.86;ReadPosRankSum=0.000;SOR=4.162;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,16:0.67:24
chr14	96922752	rs2369679	C	G	9313.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=358;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=95;NR=126;PP=2965;SC=AATTGGCCAACTACTACAAAC;SOR=0.901;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=221;TCF=95;TCR=126;TR=221;WE=96922760;WS=96922742;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,347:1.00:347
chr14	96939108	rs60920648	T	C	694.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=0.979;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.876;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=11;PP=280;ReadPosRankSum=0.743;SC=TTTATTTCCCTAAGATCACAT;SOR=0.891;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=33;TCF=14;TCR=19;TR=16;WE=96939116;WS=96939098;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,36:0.47:77
chr14	96987437	rs10139164	A	G	403.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=1.403;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5100;FS=1.440;HP=1;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=10;PP=234;ReadPosRankSum=1.911;SC=TATATGAAATAATTTCATATA;SOR=1.127;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=18;TCF=7;TCR=11;TR=16;WE=96987445;WS=96987427;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,20:0.62:32
chr14	96993995	rs7146883	A	G	150.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.091;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=4;PP=71;ReadPosRankSum=0.281;SC=ACCTTTCTAAACACTTGGCAT;SOR=0.892;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=12;TCF=4;TCR=8;TR=6;WE=96994003;WS=96993985;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,7:0.54:13
chr14	96998621	rs10533972	TTG	T	301.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.180;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=8.369;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.63;MQRankSum=2.532;QD=4.87;ReadPosRankSum=-0.689;SOR=1.946;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,24:0.39:62
chr14	97022123	rs146485027	AT	A	553.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.423;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.31;MQRankSum=1.385;QD=8.03;ReadPosRankSum=-0.787;SOR=0.648;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,36:0.52:69
chr14	97299853	rs2145635	A	G	3137.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.375;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=313;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.867;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=45;PP=1566;ReadPosRankSum=0.422;SC=AGAGCTCTGCAAAGAGACATC;SOR=0.636;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=184;TCF=107;TCR=77;TR=103;WE=97299861;WS=97299843;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:150,156:0.51:306
chr14	97312642	rs1951311	G	A	207.96	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=7;PP=217;ReadPosRankSum=1.593;SC=TGGGATTTGTGTGAAAGAATT;SOR=1.609;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=8;WE=97312650;WS=97312632;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,8:0.89:9
chr14	97321689	rs2230532	C	T	4661.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=1.742;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=532;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=70;PP=1934;ReadPosRankSum=0.439;SC=CACACAATGGCGTGGGTATGT;SOR=0.719;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=289;TCF=134;TCR=155;TR=130;WE=97321697;WS=97321679;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:288,239:0.45:527
chr14	98217929	rs12893126	T	C	534.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=4;PP=350;SC=TGAGGGGGACTGAGAGGAACG;SOR=1.981;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=13;TCR=4;TR=17;WE=98217937;WS=98217919;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr14	98435696	rs2124843	T	C	13716.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=528;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=157;NR=138;PP=2965;SC=AATATGGCTGTAAAGCTCGGT;SOR=0.748;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=296;TCF=158;TCR=138;TR=295;WE=98435704;WS=98435686;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,522:1.00:522
chr14	98444253	rs8015127	C	A	1412.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.246;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FS=2.072;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.61;ReadPosRankSum=-0.818;SOR=0.872;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:77,70:0.48:147
chr14	98444369	rs8016584	T	C	3986.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=26;NR=56;PP=1745;SC=ACCAAGCTGGTTTCCTCTCCG;SOR=1.171;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=82;TCF=26;TCR=56;TR=82;WE=98444377;WS=98444359;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,145:1.00:145
chr14	99392468	rs200318	C	G	1009.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=21;NR=4;PP=620;SC=TGCATCACCTCTGTGTTGGCG;SOR=2.235;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=26;TCF=22;TCR=4;TR=25;WE=99392476;WS=99392458;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr14	99641543	.	GCTC	G	87.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.284;ClippingRankSum=0.000;DP=288;ExcessHet=3.0103;FS=9.361;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.44;ReadPosRankSum=1.590;SOR=1.825;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:183,16:0.08:199
chr14	99642647	rs2487507	T	A	3979.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=30;NF=33;NR=76;PP=2321;SC=GGGATCCCAGTGCCCTGCCTG;SOR=1.626;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=109;TCF=33;TCR=76;TR=109;WE=99642655;WS=99642637;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,140:1.00:140
chr14	99737635	.	G	GCGCCGCTGC	1001.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.843;ClippingRankSum=0.000;DP=302;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.483;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=2.203;NF=4;NR=55;PP=2982;ReadPosRankSum=1.805;SC=AGCCGCCGCCGCGCCGCTGCC;SOR=1.324;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=124;TCF=7;TCR=117;TR=59;WE=99737643;WS=99737625;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:148,54:0.27:202
chr14	99737699	.	G	GT	1692	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;FR=0.5000;HP=9;HapScore=1;MGOF=53;MMLQ=23;MQ=60.25;NF=2;NR=34;PP=1692;QD=47.4722222222;SC=CCGGGTTGGTGTTTTTTTTCC;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=100;TCF=5;TCR=95;TR=36;WE=99737707;WS=99737689;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:64,36:0.36:100
chr14	99871812	rs1262304	T	G	4313.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=41;NR=76;PP=2367;SC=ATTTAGACACTAAATAGCTGA;SOR=1.267;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=118;TCF=41;TCR=77;TR=117;WE=99871820;WS=99871802;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,159:1.00:159
chr14	99876505	rs1047351	A	G	2281.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.23;SOR=0.917;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr14	99924979	rs67963270	TAA	T	2064.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=8;NR=26;PP=1428;SC=TTGTAACATTTAAAGTCAGGT;SOR=1.225;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=36;TCF=8;TCR=28;TR=34;WE=99924988;WS=99924969;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr14	99929801	rs2273386	G	A	4396.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.056;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FS=2.037;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.27;ReadPosRankSum=0.224;SOR=1.385;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:4,170:0.98:174
chr14	99988724	rs2400681	A	G	511.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=13;PP=319;SC=CCGCTTATCCATCCCCCGAGC;SOR=3.500;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=14;TCF=1;TCR=13;TR=14;WE=99988732;WS=99988714;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
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chr14	100046271	rs34139518	T	TC	6944.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=1.896;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=486;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.529;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.753;NF=50;NR=65;PP=2933;ReadPosRankSum=-1.450;SC=TCTGGCTCAGTCCAAGACTTT;SOR=0.772;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=241;TCF=97;TCR=144;TR=115;WE=100046279;WS=100046261;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:240,238:0.50:478
chr14	100069742	rs8007401	G	A	2403.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=51;NR=26;PP=1646;SC=GCCCGCTCAGGCTGGCCTGGC;SOR=1.497;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=77;TCF=51;TCR=26;TR=77;WE=100069750;WS=100069732;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr14	100070030	rs78667152	G	A	2951.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-2.235;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=302;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.911;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=45;PP=1289;ReadPosRankSum=-0.053;SC=CGTCGAGGAAGCAGCAGAGCT;SOR=0.626;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=179;TCF=92;TCR=87;TR=89;WE=100070038;WS=100070020;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:154,146:0.49:300
chr14	100125721	rs7145262	C	T	884.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.779;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=10;PP=391;ReadPosRankSum=-2.160;SC=TGAGCCCTGGCTCAGGGCGAC;SOR=0.752;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=55;TCF=36;TCR=19;TR=29;WE=100125729;WS=100125711;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,42:0.49:85
chr14	100126183	rs112888640	A	C	437.10	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=33.62;SOR=5.283;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr14	100126193	rs189114263	C	A	339.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.385;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=28.31;ReadPosRankSum=0.842;SOR=3.258;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,11:0.92:12
chr14	100135306	rs12436072	G	A	2574.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=2.422;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.953;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=61;PP=1491;ReadPosRankSum=-1.347;SC=CCCAGGGCCAGGGTGGGGCCC;SOR=0.958;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=172;TCF=55;TCR=117;TR=85;WE=100135314;WS=100135296;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:108,114:0.51:222
chr14	100141689	rs7158073	T	C	2571.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.034;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=255;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.463;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=27;PP=1016;ReadPosRankSum=0.605;SC=GAGGTGTTCGTGGGCGGACGC;SOR=0.749;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=149;TCF=94;TCR=55;TR=76;WE=100141697;WS=100141679;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:124,128:0.51:252
chr14	100150975	rs61984440	T	C	1197.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.618;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FS=0.844;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.77;ReadPosRankSum=-0.586;SOR=0.558;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:53,34:0.39:87
chr14	100150981	rs190490250	C	T	1206.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.390;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FS=1.824;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.03;ReadPosRankSum=-1.146;SOR=0.490;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:51,35:0.41:86
chr14	100158241	rs4900442	C	T	1153.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.680;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=31;PP=762;ReadPosRankSum=1.458;SC=CCCTGCCTTTCCTTGGGTTGG;SOR=0.653;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=91;TCF=26;TCR=65;TR=43;WE=100158249;WS=100158231;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,54:0.47:116
chr14	100161941	.	T	TTTATTA,TTTA	234.73	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.383;ClippingRankSum=-0.000;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=7.782;HP=2;HapScore=3;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=-0.000;NF=0,0;NR=6,6;PP=126,75;ReadPosRankSum=-0.674;SC=CCATTCCAGCTTTATTATTAT;SOR=3.590;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=1;TCR=16;TR=6,6;WE=100161949;WS=100161931;set=Intersection	GT:AF:DP	0/1:0.86:7
chr14	100166228	rs3742377	G	A	3048.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.568;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=303;ExcessHet=3.0103;FS=2.174;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.97;MQRankSum=0.000;QD=12.20;ReadPosRankSum=2.307;SOR=0.556;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:101,149:0.60:250
chr14	100166300	rs943881	T	C	3134.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.64;BaseQRankSum=-1.173;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=469;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.495;HP=1;HapScore=1;MGOF=77;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=91;PP=2962;ReadPosRankSum=1.449;SC=CATCAAGCAGTCGCTCCCCAC;SOR=0.805;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=337;TCF=120;TCR=217;TR=110;WE=100166308;WS=100166290;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:203,166:0.45:369
chr14	100166489	rs943880	G	C	612.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.599;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQ=59.97;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=23;PP=505;ReadPosRankSum=0.975;SC=AGGCAGTAGGGGCTGCCGAAG;SOR=0.829;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=64;TCF=15;TCR=49;TR=30;WE=100166497;WS=100166479;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,31:0.42:74
chr14	100172899	rs2273839	A	G	396.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.702;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=2;PP=212;ReadPosRankSum=0.000;SC=TCTGCACAGTATCCTCTCTGT;SOR=0.527;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=20;TCF=18;TCR=2;TR=12;WE=100172907;WS=100172889;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,18:0.51:35
chr14	100174092	rs34955990	A	AT	400.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.962;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FS=0.993;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.27;ReadPosRankSum=0.176;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:44,32:0.42:76
chr14	100174178	rs36018216	G	A	375.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=0.892;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=13;PP=286;ReadPosRankSum=1.253;SC=ATTGCCTAAAGTAAAGGCTTA;SOR=0.730;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=25;TCF=3;TCR=22;TR=15;WE=100174186;WS=100174168;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,15:0.62:24
chr14	100182082	rs3752957	T	C	650.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.268;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=6;PP=212;ReadPosRankSum=0.010;SC=TTCGGGGTGGTGGGGGAGAGG;SOR=0.728;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=62;TCF=38;TCR=24;TR=18;WE=100182090;WS=100182072;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,38:0.40:96
chr14	100184589	rs7151522	A	G	1408.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=37;PP=977;SC=GCCTTGGCACATGCTGTTCCC;SOR=2.494;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=46;TCF=9;TCR=37;TR=46;WE=100184597;WS=100184579;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr14	100188144	rs2273840	A	C	371.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=2.394;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=3;PP=288;ReadPosRankSum=0.643;SC=GGTGAGGCTGATGTCCCAGGG;SOR=0.446;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=31;TCF=26;TCR=5;TR=16;WE=100188152;WS=100188136;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,16:0.52:31
chr14	100189287	rs10151332	C	T	2236.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.310;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=243;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.851;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=32;PP=1023;ReadPosRankSum=-0.831;SC=TTGTAGGACCCCTGACTGTTC;SOR=0.774;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=161;TCF=83;TCR=78;TR=74;WE=100189295;WS=100189277;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:130,111:0.46:241
chr14	100317376	rs72708401	G	A	673.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=2.701;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.951;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=24;PP=533;ReadPosRankSum=0.539;SC=ACCAAAGGTGGGCGTTTGAGT;SOR=1.609;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=52;TCF=10;TCR=42;TR=28;WE=100317384;WS=100317366;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,28:0.52:54
chr14	100331876	rs11160553	T	C	3647.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=2.131;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=438;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.526;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=43;PP=1605;ReadPosRankSum=-1.890;SC=AGACCCTGCCTTTAAGAACCA;SOR=0.776;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=219;TCF=118;TCR=101;TR=100;WE=100331884;WS=100331866;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:248,186:0.43:434
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chr14	100344698	rs1191118	T	C	452.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=1;PP=258;SC=TGATCTCCGTTGCTAGGCCTG;SOR=3.126;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=11;TCF=10;TCR=1;TR=11;WE=100344706;WS=100344688;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr14	100357643	rs1191100	C	T	2978.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.573;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=271;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.707;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=57;PP=1385;ReadPosRankSum=-0.680;SC=AAGTAGCCAGCTTCAGGGGCC;SOR=0.875;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=178;TCF=66;TCR=112;TR=86;WE=100357651;WS=100357633;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:129,140:0.52:269
chr14	100360855	rs1191098	A	G	311.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-3.028;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=1;PP=133;ReadPosRankSum=-0.843;SC=TTAGAATGACAGAAGGGTAAA;SOR=0.399;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=20;TCF=18;TCR=2;TR=11;WE=100360863;WS=100360845;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,16:0.62:26
chr14	100363336	rs17652784	T	C	195.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-1.793;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.780;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=3;PP=153;ReadPosRankSum=-0.451;SC=GTATTTGTCATGGAATATTTG;SOR=0.061;SbPval=0.13;Source=Platypus;TC=24;TCF=21;TCR=3;TR=10;WE=100363344;WS=100363326;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,10:0.38:26
chr14	100363671	rs2273707	GA	CG	1271.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.466;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.601;HP=2;HapScore=2;JOINED;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=16;PP=936;ReadPosRankSum=-0.148;SC=CTCAGAAGGCGAAGGTAGGAG;SOR=1.244;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=48;TCF=21;TCR=27;TR=26;WE=100363680;WS=100363661;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,34:0.49:70
chr14	100376715	rs2145859	G	A	904.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.414;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.831;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=22;PP=469;ReadPosRankSum=-0.200;SC=ATGGTTTTTGGTAATGTTGTA;SOR=0.555;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=58;TCF=21;TCR=37;TR=36;WE=100376723;WS=100376705;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,46:0.53:86
chr14	100404351	rs2295787	T	C	2895.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=3.011;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=298;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.217;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=73;PP=1837;ReadPosRankSum=-0.538;SC=TCTTGTCAGATTGCTCGGCTG;SOR=1.067;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=213;TCF=76;TCR=137;TR=106;WE=100404359;WS=100404341;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:162,135:0.45:297
chr14	100406193	rs4900449	T	A	1343.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-0.534;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.029;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=12;PP=813;ReadPosRankSum=-0.242;SC=CAGAGCAGGTTCCCAAGTGAG;SOR=1.277;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=107;TCF=77;TCR=30;TR=54;WE=100406201;WS=100406183;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,65:0.49:133
chr14	100551246	rs142193644	C	T	1054.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=3.908;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.118;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=39;PP=787;ReadPosRankSum=1.680;SC=ACCTCCTCACCGCCCACCCCT;SOR=1.644;SbPval=0.97;Source=Platypus;TC=97;TCF=26;TCR=71;TR=45;WE=100551254;WS=100551236;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,49:0.49:100
chr14	100607595	rs56051501	C	T	4750.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-3.008;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=437;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=90;PP=2269;ReadPosRankSum=-0.077;SC=TGAGCATGCCCTGTGCCCTTC;SOR=0.732;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=285;TCF=114;TCR=171;TR=153;WE=100607603;WS=100607585;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:196,229:0.54:425
chr14	100613093	rs2236317	C	T	3258.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.523;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=272;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=68;NR=41;PP=1634;ReadPosRankSum=1.272;SC=GGAGGCAGCCCGGGCTCACAG;SOR=0.670;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=200;TCF=123;TCR=77;TR=109;WE=100613101;WS=100613083;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:113,150:0.57:263
chr14	100615205	rs2281660	G	C	550.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-5.202;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.563;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=4;PP=330;ReadPosRankSum=-0.074;SC=CAAAAAGGGAGAGGCTGCTGG;SOR=0.102;SbPval=0.14;Source=Platypus;TC=53;TCF=48;TCR=5;TR=21;WE=100615213;WS=100615195;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,25:0.43:58
chr14	100615665	rs4905936	T	C	7717.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=295;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=88;NR=112;PP=2965;SC=TGCGGGCGGGTGTGCAGAAGA;SOR=0.871;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=200;TCF=88;TCR=112;TR=200;WE=100615673;WS=100615655;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,290:1.00:290
chr14	100615961	rs4905937	C	T	5146.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.089;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=591;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.104;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=81;NR=93;PP=2674;ReadPosRankSum=-1.937;SC=AGCCAGCAGGCCAGCATCTGC;SOR=0.771;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=362;TCF=176;TCR=186;TR=174;WE=100615969;WS=100615951;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:324,257:0.44:581
chr14	100758394	.	G	A	536.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=0.351;ClippingRankSum=0.000;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.699;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=5;PP=313;ReadPosRankSum=-0.443;SC=TCTGAGCTTCGTGACTCTACA;SOR=0.185;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=42;TCF=35;TCR=7;TR=22;WE=100758402;WS=100758384;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,25:0.56:45
chr14	100758502	rs11557208	G	A	1821.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.696;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.59;ReadPosRankSum=0.380;SOR=0.675;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:81,91:0.53:172
chr14	100759046	rs3825555	C	A	14154.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.901;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=524;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=140;NR=152;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.031;SC=CGAAGCTGGGCGTCTCACGCA;SOR=0.765;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=294;TCF=142;TCR=152;TR=292;WE=100759054;WS=100759036;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,516:1.00:518
chr14	100759277	rs3742379	C	T	11465.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=432;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=121;NR=126;PP=2965;SC=GGCCCAGGGCCCGGAGGGTGT;SOR=0.731;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=249;TCF=121;TCR=128;TR=247;WE=100759285;WS=100759267;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,426:1.00:426
chr14	100792093	rs9324019	C	G	5414.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.506;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=108;NR=35;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.457;SC=CGGCCCCACTCTCCTCACCGT;SOR=0.475;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=145;TCF=110;TCR=35;TR=143;WE=100792101;WS=100792083;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,185:0.99:187
chr14	100792220	rs7155877	C	T	18921.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=733;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=249;NR=195;PP=2965;SC=CACCTGTCCACGGCCAGGAGA;SOR=0.876;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=444;TCF=249;TCR=195;TR=444;WE=100792228;WS=100792210;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,723:1.00:723
chr14	100792482	rs1951519	C	A	11622.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=453;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=111;NR=168;PP=2965;SC=CTGAAGCCCACTTCTCCTGCA;SOR=1.007;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=279;TCF=111;TCR=168;TR=279;WE=100792490;WS=100792472;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,443:1.00:443
chr14	100795139	rs35007880	G	T	6669.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=1.011;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=631;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=104;NR=72;PP=2824;ReadPosRankSum=0.505;SC=CAGCAGCGGCGGCTTTCGGCC;SOR=0.689;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=356;TCF=209;TCR=147;TR=176;WE=100795147;WS=100795129;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:304,319:0.51:623
chr14	100795630	rs4905950	C	T	729.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-4.788;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.152;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=5;PP=467;ReadPosRankSum=-0.790;SC=GGGCCGGAAGCGTGAGTCCAG;SOR=0.167;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=51;TCF=43;TCR=8;TR=27;WE=100795638;WS=100795620;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,31:0.53:58
chr14	100795663	rs10147903	G	A	1497.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=0.303;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.628;HP=4;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=15;PP=813;ReadPosRankSum=-0.048;SC=TGGGCGCCCCGATCAGGCTCC;SOR=0.493;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=93;TCF=68;TCR=25;TR=53;WE=100795671;WS=100795653;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,68:0.58:117
chr14	100801423	rs2234532	T	C	1452.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=42;PP=1000;SC=ATGTCCTGAGTGGCTCCTTCC;SOR=3.098;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=50;TCF=8;TCR=42;TR=50;WE=100801431;WS=100801413;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr14	100803364	rs2234530	A	G	6276.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.600;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=105;NR=50;PP=2965;ReadPosRankSum=1.120;SC=TGGGTGGCAGAAGGCGGCTGT;SOR=0.886;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=157;TCF=107;TCR=50;TR=155;WE=100803372;WS=100803354;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,224:0.99:227
chr14	100803655	rs2234528	C	A	2152.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.843;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=58;PP=1709;ReadPosRankSum=1.798;SC=ATTCTGGACCCGGGAAAGGCC;SOR=1.981;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=68;TCF=9;TCR=59;TR=67;WE=100803663;WS=100803645;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,70:0.99:71
chr14	100808493	rs5810992	G	GA	4644.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.738;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=15;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.183;NF=51;NR=45;PP=2279;ReadPosRankSum=-1.558;SC=AGGAAAAAAAGAAAAAAAATT;SOR=1.440;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=108;TCF=57;TCR=51;TR=96;WE=100808501;WS=100808483;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,194:0.99:196
chr14	100808510	rs1373	T	A	6733.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.737;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=261;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=117;NR=65;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.591;SC=AATTCAAAATTTTACCTAAAT;SOR=1.210;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=184;TCF=118;TCR=66;TR=182;WE=100808518;WS=100808500;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,259:0.99:261
chr14	100808845	rs9453	G	A	1678.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=9;NR=33;PP=937;SC=GTGGAGTGCAGCAGGGCTGGT;SOR=1.812;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=42;TCF=9;TCR=33;TR=42;WE=100808853;WS=100808835;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr14	100813077	rs941923	T	C	4391.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=88;NR=35;PP=2552;SC=GCAGTGGGCCTCTTACCAATG;SOR=1.685;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=124;TCF=88;TCR=36;TR=123;WE=100813085;WS=100813067;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,159:1.00:159
chr14	100820980	rs1009812	G	A	600.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=13;PP=385;SC=TTTGGAAATGGAAAATATAGA;SOR=1.828;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=4;TCR=13;TR=17;WE=100820988;WS=100820970;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr14	100826773	rs2234524	C	G	1100.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=19;NR=9;PP=501;SC=TCAGTCTTACCACAGCTGGCC;SOR=1.230;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=28;TCF=19;TCR=9;TR=28;WE=100826781;WS=100826763;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr14	100831835	rs1998902	C	T	661.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=16;NR=3;PP=470;SC=GAGAATCGCTCGAACTCAGGA;SOR=2.030;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=20;TCF=16;TCR=4;TR=19;WE=100831843;WS=100831825;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr14	100831916	rs34591719	CA	C	314.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.403;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=1.317;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.15;ReadPosRankSum=-1.268;SOR=1.009;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,30:0.68:44
chr14	100832065	rs34767407	CT	C	270.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.549;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=3.358;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.33;MQRankSum=0.000;QD=14.25;ReadPosRankSum=-0.671;SOR=0.707;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,18:0.95:19
chr14	100832252	rs724392	C	T	793.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.514;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=7;PP=412;ReadPosRankSum=0.087;SC=GTTACGGAATCACCCAAAGGT;SOR=0.815;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=47;TCF=34;TCR=13;TR=24;WE=100832260;WS=100832242;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,36:0.50:72
chr14	100832282	rs2146105	C	G	2841.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=44;NR=22;PP=1379;SC=AGTGACCTTGCGCACTTACAG;SOR=1.201;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=66;TCF=44;TCR=22;TR=66;WE=100832290;WS=100832272;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr14	100832391	rs724391	T	C	6094.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=242;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=71;NR=74;PP=2336;SC=GCCAAGGGAGTGTCACAGTTT;SOR=0.736;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=145;TCF=71;TCR=74;TR=145;WE=100832399;WS=100832381;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,237:1.00:237
chr14	100847523	rs2181170	T	C	8134.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=311;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=103;NR=100;PP=2965;SC=GAGAAGCGATTGGGGATCTTG;SOR=0.700;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=203;TCF=103;TCR=100;TR=203;WE=100847531;WS=100847513;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,303:1.00:303
chr14	100847707	rs2273800	A	G	3459.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.134;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=341;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.396;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=68;PP=1968;ReadPosRankSum=0.101;SC=TCATCTTTCCATGCTCAAAGT;SOR=0.741;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=229;TCF=112;TCR=117;TR=131;WE=100847715;WS=100847697;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:166,168:0.50:334
chr14	100847930	rs3742387	A	G	2137.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.327;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=293;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.267;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=46;PP=1166;ReadPosRankSum=2.513;SC=TTATTCAGCCATATTTGAATA;SOR=0.794;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=208;TCF=103;TCR=105;TR=85;WE=100847938;WS=100847920;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:177,114:0.39:291
chr14	100934602	rs4905966	C	T	830.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=1.877;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.843;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=18;PP=487;ReadPosRankSum=1.042;SC=TATACGCTTGCGTGGCAGAGG;SOR=0.501;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=67;TCF=22;TCR=45;TR=28;WE=100934610;WS=100934592;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,39:0.46:84
chr14	100995793	rs7493442	G	C	559.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-2.378;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.622;HP=5;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=15;PP=280;ReadPosRankSum=0.055;SC=TCTCAGAAGTGGGGGGCAGGA;SOR=0.337;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=30;TCF=7;TCR=23;TR=20;WE=100995801;WS=100995783;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,26:0.70:37
chr14	100996312	rs13065	T	C	3996.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.972;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=433;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.104;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=72;NR=49;PP=1845;ReadPosRankSum=0.518;SC=GCACCACCTATCACCCCGTGC;SOR=0.795;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=267;TCF=151;TCR=116;TR=121;WE=100996320;WS=100996302;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:228,200:0.47:428
chr14	101005215	rs12893951	T	C	5810.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-1.555;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=359;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.729;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=55;PP=1326;ReadPosRankSum=-0.570;SC=GCAGTGAGCCTGCGTAGCTGG;SOR=0.728;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=224;TCF=114;TCR=110;TR=105;WE=101005223;WS=101005205;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:195,161:0.45:356
chr14	101005236	rs12892571	A	G	5641.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-1.324;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=367;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=49;PP=1371;ReadPosRankSum=0.689;SC=GGAAGGCCTCATGCTGGAAGC;SOR=0.709;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=219;TCF=112;TCR=107;TR=99;WE=101005244;WS=101005226;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:207,156:0.43:363
chr14	101007072	rs6575788	C	G	3018.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=7;NR=67;PP=2022;SC=CCCTCTCTGGCCTCCACACTC;SOR=3.430;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=74;TCF=7;TCR=67;TR=74;WE=101007080;WS=101007062;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr14	101010364	rs4073550	G	A	522.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-4.016;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.356;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=16;PP=305;ReadPosRankSum=-0.691;SC=CAACCCAGTCGCTCGATTGCA;SOR=0.204;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=43;TCF=6;TCR=37;TR=20;WE=101010382;WS=101010354;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,25:0.49:51
chr14	101012813	rs71421237	C	G	4187.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.83;QD=29.08;SOR=0.809;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,144:1.00:144
chr14	101034419	rs58030748	T	C	647.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=3.680;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.090;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=20;PP=459;ReadPosRankSum=-0.111;SC=CGTCCCCAGCTTCCAGTCCCG;SOR=0.115;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=41;TCF=1;TCR=40;TR=21;WE=101034427;WS=101034409;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,24:0.53:45
chr14	101036052	rs7141087	T	C	7470.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=0.067;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=409;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=52;PP=1521;ReadPosRankSum=0.982;SC=AATCCAAGTGTTCCTCCATCC;SOR=0.637;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=236;TCF=123;TCR=113;TR=108;WE=101036060;WS=101036042;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:203,199:0.50:402
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chr14	101138230	rs8011237	A	C	2826.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.737;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=290;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.418;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=36;PP=1493;ReadPosRankSum=-1.327;SC=CTCTCCTAGAACTTTCTGTCG;SOR=0.789;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=168;TCF=92;TCR=76;TR=84;WE=101138238;WS=101138220;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:147,135:0.48:282
chr14	101194944	rs10151914	T	G	185.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.54;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr14	101198417	rs6575799	A	G	6552.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=262;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=109;NR=76;PP=2965;SC=TGCCAACAACAGGACCTGCGT;SOR=0.987;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=185;TCF=109;TCR=76;TR=185;WE=101198425;WS=101198407;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,253:1.00:253
chr14	101200445	rs17577779	T	C	3909.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=106;NR=7;PP=2965;SC=TGTTGTAGCCTAGCCCCTGAG;SOR=5.119;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=113;TCF=106;TCR=7;TR=113;WE=101200453;WS=101200435;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr14	101200645	rs1802710	T	C	26848.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=1013;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=283;NR=298;PP=2965;SC=GCACTGACATTGGGGGCGACT;SOR=0.709;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=583;TCF=284;TCR=299;TR=581;WE=101200653;WS=101200635;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,1006:1.00:1006
chr14	101280856	rs73347569	A	G	1224.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-2.508;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.719;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=25;PP=608;ReadPosRankSum=2.260;SC=GCCATTCCTCAGACCAGGTGG;SOR=0.584;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=76;TCF=31;TCR=45;TR=43;WE=101280864;WS=101280846;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,60:0.55:110
chr14	101280914	rs73347570	A	G	817.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-2.384;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.086;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=16;PP=372;ReadPosRankSum=-0.289;SC=GGTGCTAGATAGTCACAAAAC;SOR=0.446;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=47;TCF=14;TCR=33;TR=24;WE=101280922;WS=101280904;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,38:0.55:69
chr14	101301012	rs10132552	T	C	1473.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.103;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.250;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=14;PP=809;ReadPosRankSum=1.823;SC=CAGCCCCGTGTCTCCTCAGGG;SOR=0.947;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=103;TCF=68;TCR=35;TR=50;WE=101301020;WS=101301002;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,69:0.51:136
chr14	101301261	rs11160606	C	T	555.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=4.320;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.948;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=20;PP=409;ReadPosRankSum=-0.520;SC=TGCATTCACCCGCGCGGCCAT;SOR=1.639;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=42;TCF=6;TCR=36;TR=22;WE=101301269;WS=101301251;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,23:0.52:44
chr14	101302800	rs12889884	C	G	382.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.404;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=9;PP=193;ReadPosRankSum=2.044;SC=GGAGAGCTGCCTGGAGTGGAG;SOR=0.507;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=18;TCF=4;TCR=14;TR=12;WE=101302808;WS=101302790;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,17:0.65:26
chr14	101311731	rs139003317	CCCT	C	5500.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.004;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=286;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.397;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQ=60.04;MQRankSum=0.997;NF=24;NR=30;PP=2194;ReadPosRankSum=0.883;SC=TCCTCATCCGCCCTCCTCCTC;SOR=1.031;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=131;TCF=55;TCR=76;TR=54;WE=101311741;WS=101311721;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:140,143:0.51:283
chr14	101311766	rs7153819	C	T	3817.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.726;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=420;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.189;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=1.041;NF=68;NR=46;PP=1459;ReadPosRankSum=1.890;SC=TGAGGTTCTACTCTGTGACCT;SOR=0.884;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=247;TCF=140;TCR=107;TR=114;WE=101311774;WS=101311756;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:216,201:0.48:417
chr14	101335604	rs12886011	A	C	1665.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=44;PP=910;SC=TGTGGGCATGAGTGCAGAGGA;SOR=1.802;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=58;TCF=12;TCR=46;TR=56;WE=101335612;WS=101335594;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr14	101340805	rs41286558	G	A	689.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=1.891;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.929;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=7;PP=315;ReadPosRankSum=1.405;SC=CTTGCACTGCGCTTCCGGGAG;SOR=1.097;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=61;TCF=36;TCR=25;TR=23;WE=101340813;WS=101340795;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,35:0.41:86
chr14	101347037	rs34696219	AG	A	2530.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.559;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.307;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=21;PP=1051;ReadPosRankSum=0.377;SC=TGCTGGAGACAGGGAGGCGTC;SOR=0.445;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=89;TCF=41;TCR=48;TR=33;WE=101347045;WS=101347027;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:98,89:0.48:187
chr14	101349017	rs6575805	A	G	8693.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=334;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=125;NR=105;PP=2965;SC=GGGAGAGCGCAAACGGCTGGT;SOR=0.866;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=231;TCF=125;TCR=106;TR=230;WE=101349025;WS=101349007;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,324:1.00:324
chr14	101349764	rs34163305	C	T	3917.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.767;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=418;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.108;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=73;PP=1943;ReadPosRankSum=0.157;SC=GCTGTGGGTACGGCTTCTCGT;SOR=0.827;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=297;TCF=130;TCR=167;TR=126;WE=101349772;WS=101349754;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:222,190:0.46:412
chr14	101350298	rs3825569	T	C	7048.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=264;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=94;NR=77;PP=2965;SC=ACTCAAACACTTCGGACATGG;SOR=0.834;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=172;TCF=94;TCR=78;TR=171;WE=101350306;WS=101350288;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,255:1.00:255
chr14	101350670	rs35401447	C	CTCT	6896.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=1.206;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.229;NF=35;NR=57;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.715;SC=TCTGGTTTTGCTCTTGAGGAG;SOR=0.693;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=100;TCF=38;TCR=62;TR=92;WE=101350678;WS=101350660;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,158:0.99:160
chr14	101391354	rs34857222	G	T	2194.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.683;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=42;PP=1224;ReadPosRankSum=2.327;SC=ACAAAGAAATGTGTAAGTGAA;SOR=1.065;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=71;TCF=28;TCR=43;TR=69;WE=101391362;WS=101391344;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,86:0.98:88
chr14	101396148	rs35436326	G	A	1419.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=26;NR=9;PP=692;SC=CAAGGATCTTGTTCTTAGTTT;SOR=1.445;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=36;TCF=26;TCR=10;TR=35;WE=101396156;WS=101396138;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr14	101403072	rs1956732	T	C	152.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=38.01;SOR=3.258;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr14	101403075	rs1956731	C	A	152.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=38.01;SOR=3.258;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr14	101406011	rs1951026	G	A	2718.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=26;NR=39;PP=1344;SC=ATGAGTCTAGGACCTTGTTCA;SOR=1.000;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=65;TCF=26;TCR=39;TR=65;WE=101406030;WS=101406001;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr14	101406022	rs1951025	T	A	2312.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=24;NR=37;PP=1249;SC=ACCTTGTTCATGGGCCTTTTG;SOR=1.022;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=61;TCF=24;TCR=37;TR=61;WE=101406030;WS=101406001;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr14	101409763	rs35829821	A	G	5823.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=72;NR=56;PP=2370;SC=GAAGGTATACATGAATGAAGA;SOR=0.864;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=129;TCF=72;TCR=57;TR=128;WE=101409771;WS=101409753;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,226:1.00:226
chr14	101412173	rs11847325	G	C	678.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=5;NR=16;PP=440;SC=TTTTAGTAAAGAAGTATATGG;SOR=2.124;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=5;TCR=16;TR=21;WE=101412181;WS=101412163;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr14	101418192	rs10713875	TG	T	2151.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.65;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=9;NR=12;PP=799;SC=GGCCCAAGCTTGGGACCAATG;SOR=0.976;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=9;TCR=12;TR=21;WE=101418200;WS=101418182;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr14	101420572	rs8015089	G	A	290.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=9;NR=1;PP=224;SC=TATCAAAGTGGCAGATTATAT;SOR=3.258;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=9;TCR=1;TR=10;WE=101420580;WS=101420564;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr14	101423634	rs12887775	T	C	2192.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.131;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=35;PP=1173;ReadPosRankSum=1.352;SC=TATTTAAGAATATATAAGGAT;SOR=0.364;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=61;TCF=25;TCR=36;TR=60;WE=101423642;WS=101423624;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,84:0.99:85
chr14	101429287	rs34448411	G	A	430.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=12;NR=2;PP=299;SC=ATACTGTTCTGTGGAATTTGT;SOR=3.126;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=14;TCF=12;TCR=2;TR=14;WE=101429295;WS=101429277;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr14	101429459	rs72700530	G	C	2833.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=37;NR=38;PP=1557;SC=CTGAGACTCTGAGGTTAGTAC;SOR=0.752;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=77;TCF=37;TCR=40;TR=75;WE=101429467;WS=101429449;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr14	101429568	rs16791	G	A	1403.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=30;PP=830;SC=TAGTTCATGAGTTTTGATTGT;SOR=1.565;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=42;TCF=12;TCR=30;TR=42;WE=101429576;WS=101429558;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr14	101429659	rs17172	G	A	283.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=6;PP=133;SC=ATTATGAAATGTGAGGTGAGG;SOR=1.270;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=2;TCR=6;TR=8;WE=101429667;WS=101429649;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr14	101431194	rs4547276	A	G	6288.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.759;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=243;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=96;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.899;SC=GTCTGTTAGAAAAGATACATG;SOR=1.089;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=154;TCF=57;TCR=97;TR=152;WE=101431202;WS=101431184;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,236:0.99:238
chr14	101431216	rs34144313	C	G	4582.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.356;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=84;PP=2428;ReadPosRankSum=1.523;SC=CCCATTCTCTCTGTTTCAAAT;SOR=0.821;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=129;TCF=43;TCR=86;TR=125;WE=101431224;WS=101431206;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,173:0.98:176
chr14	101432440	rs111435301	C	CAGA	15453.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.63;DB;DP=375;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=17;NR=85;PP=2965;SC=AGGTCCATCACAGAAGTAGAG;SOR=0.902;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=112;TCF=19;TCR=93;TR=102;WE=101432448;WS=101432430;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,345:1.00:345
chr14	101433552	rs2145502	C	T	2725.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=21;NR=52;PP=1434;SC=GTTCACTTCACTGTATTATTA;SOR=1.454;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=73;TCF=21;TCR=52;TR=73;WE=101433560;WS=101433542;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr14	101434356	rs4143956	A	T	626.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=1.881;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=0;PP=552;ReadPosRankSum=-0.734;SC=TTCAAGAATCATATTCTTTTT;SOR=4.712;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=21;TCR=0;TR=20;WE=101434364;WS=101434346;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,20:0.95:21
chr14	101435167	rs34991312	A	C	435.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=1;PP=323;SC=ATATATAACGAATATTGGTGA;SOR=3.912;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=13;TCF=12;TCR=1;TR=13;WE=101435175;WS=101435157;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr14	101435371	rs12432302	A	G	4550.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=54;NR=60;PP=2213;SC=AGAAAAGAAAACCAGTTCTTT;SOR=0.777;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=114;TCF=54;TCR=60;TR=114;WE=101435379;WS=101435361;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,171:1.00:171
chr14	101435515	rs35820579	T	C	611.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=17;PP=488;SC=CAAGAAGTAATATTAATATGT;SOR=5.892;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=0;TCR=17;TR=17;WE=101435523;WS=101435505;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr14	101436435	rs61991083	T	C	2327.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=18;NR=56;PP=1394;SC=AATAAATGAATGTATAAATGA;SOR=1.981;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=74;TCF=18;TCR=56;TR=74;WE=101436443;WS=101436425;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr14	101439870	rs1956727	G	T	2521.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.969;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=17;PP=1618;ReadPosRankSum=1.752;SC=GACTGATGTGGATTTCTTATT;SOR=1.262;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=79;TCF=62;TCR=17;TR=78;WE=101439878;WS=101439860;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,90:0.99:91
chr14	101439916	rs1956726	T	G	5830.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.920;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=95;NR=47;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.906;SC=GTATTAGTGTTAAATCAAAGA;SOR=1.325;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=144;TCF=96;TCR=48;TR=142;WE=101439924;WS=101439906;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,211:0.99:213
chr14	101442218	rs12893444	A	G	10690.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.497;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=417;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=130;NR=127;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.243;SC=TACATGTCTGAAATTCTGAGG;SOR=0.388;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=267;TCF=131;TCR=136;TR=257;WE=101442226;WS=101442208;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,405:0.99:408
chr14	101442793	rs12895798	T	C	3254.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.63;SOR=0.879;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
chr14	101447373	rs34158896	T	C	8796.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.621;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=338;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=110;NR=90;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.725;SC=GGCGTATGAGTCATCTACAGT;SOR=0.834;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=201;TCF=110;TCR=91;TR=200;WE=101447381;WS=101447363;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,332:0.99:334
chr14	101447517	rs10131435	A	G	2857.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=23;NR=63;PP=1749;SC=ATACATTTTCATTCTATTTTT;SOR=1.848;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=87;TCF=23;TCR=64;TR=86;WE=101447525;WS=101447507;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr14	101453344	rs3742401	G	A	4092.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=65;NR=38;PP=2028;SC=TAAATTTAAAGACAACATAGA;SOR=1.157;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=103;TCF=65;TCR=38;TR=103;WE=101453352;WS=101453334;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,154:1.00:154
chr14	101454403	rs35097045	G	C	2238.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=2.308;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=7.413;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=6;PP=1691;ReadPosRankSum=0.306;SC=AAAGCTCTTGGATTTTTAAAA;SOR=4.528;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=68;TCF=61;TCR=7;TR=66;WE=101454411;WS=101454393;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,72:0.97:74
chr14	101459660	rs12880424	C	T	2450.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-2.015;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=55;PP=1462;ReadPosRankSum=1.139;SC=TAATAGAAATCTAATCTATTC;SOR=0.648;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=82;TCF=25;TCR=57;TR=80;WE=101459668;WS=101459650;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,94:0.99:95
chr14	101489858	rs12892719	C	T	389.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-2.114;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=13;PP=187;ReadPosRankSum=1.588;SC=ATGTGTTTTTCTGCATGATGC;SOR=0.791;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=35;TCF=9;TCR=26;TR=17;WE=101489866;WS=101489848;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,20:0.48:42
chr14	101492224	rs7141987	T	C	930.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.115;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.905;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=21;PP=589;ReadPosRankSum=-0.093;SC=GCGCTCAGTGTGACCCAGCGG;SOR=0.393;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=71;TCF=27;TCR=44;TR=37;WE=101492232;WS=101492214;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,43:0.50:86
chr14	101492548	rs12586258	C	T	1536.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.197;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.807;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=38;PP=827;ReadPosRankSum=1.992;SC=ATCTGCGAGGCGTTTGCGACA;SOR=0.412;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=94;TCF=23;TCR=71;TR=53;WE=101492556;WS=101492538;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,69:0.58:118
chr14	101495787	rs4906031	G	A	1183.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=29;NR=9;PP=793;SC=GTGAAGGCTTGAAGAGCTTTT;SOR=2.093;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=39;TCF=29;TCR=10;TR=38;WE=101495795;WS=101495786;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr14	101496145	rs9324030	A	G	562.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.670;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=14;PP=380;ReadPosRankSum=0.730;SC=CGAGGCTGACAGCGTGCCATG;SOR=0.544;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=39;TCF=11;TCR=28;TR=21;WE=101496153;WS=101496135;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,25:0.50:50
chr14	101496574	rs12435041	C	T	828.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.992;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=1.202;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.58;ReadPosRankSum=0.771;SOR=1.041;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,23:0.46:50
chr14	101496579	rs12435042	C	G	802.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.060;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=1.192;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.08;ReadPosRankSum=-0.370;SOR=0.906;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,22:0.47:47
chr14	101498483	rs8018238	C	T	741.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.317;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.603;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=24;PP=568;ReadPosRankSum=0.159;SC=CTGATCAGGACCTCCCTACCC;SOR=1.488;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=65;TCF=16;TCR=49;TR=30;WE=101498491;WS=101498473;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,32:0.53:60
chr14	101506158	.	T	TC	493.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.687;ClippingRankSum=0.000;DP=190;ExcessHet=3.0103;FS=10.399;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.81;MQRankSum=0.000;QD=3.25;ReadPosRankSum=-0.863;SOR=1.911;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:108,44:0.29:152
chr14	101507727	rs12894467	C	T	1327.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.552;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=18;PP=526;ReadPosRankSum=-0.250;SC=TAATCCTTCACGCATTTGCTT;SOR=0.723;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=91;TCF=47;TCR=44;TR=38;WE=101507735;WS=101507717;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,67:0.44:151
chr14	101512972	rs11160618	C	T	1186.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.583;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=0.884;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.41;ReadPosRankSum=2.185;SOR=0.521;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:46,31:0.40:77
chr14	101512972	.	CCA	TCG	1124	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;FR=0.5000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MMLQ=24;MQ=59.99;NF=15;NR=13;PP=1124;QD=42.0524241022;SC=CGTGCTGTGCCCATTGTCTCA;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=67;TCF=37;TCR=30;TR=28;WE=101512982;WS=101512962;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:39,28:0.42:67
chr14	101512974	rs10140057	A	G	1186.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.642;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.21;ReadPosRankSum=1.532;SOR=0.652;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:45,33:0.42:78
chr14	101514371	rs10132916	T	C	1588.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.185;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.186;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=39;PP=645;ReadPosRankSum=0.819;SC=GAGGGGACATTGGTGCCTGCC;SOR=0.982;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=133;TCF=52;TCR=81;TR=58;WE=101514379;WS=101514361;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:105,86:0.45:191
chr14	101514950	rs10144193	A	T	1042.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.199;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.121;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=11;PP=520;ReadPosRankSum=-0.950;SC=GCATATGAATAGTTGGCTAGA;SOR=0.409;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=54;TCF=39;TCR=15;TR=34;WE=101514958;WS=101514940;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,47:0.64:74
chr14	101518760	rs1951032	G	A	746.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.748;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.675;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=9;PP=287;ReadPosRankSum=1.512;SC=TGGTGAAGACGTGGGCCGTCA;SOR=0.876;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=59;TCF=37;TCR=22;TR=26;WE=101518768;WS=101518750;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,41:0.44:94
chr14	101518910	rs4906032	A	G	1550.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.438;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.318;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=25;PP=586;ReadPosRankSum=1.090;SC=CCTTCAGGCAAGGGGTCTTGG;SOR=0.580;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=97;TCF=43;TCR=54;TR=46;WE=101518918;WS=101518900;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,78:0.55:143
chr14	101520527	rs28752084	A	C	556.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=3.880;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.224;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=3;PP=457;ReadPosRankSum=1.169;SC=GGACACCCGTAAGCTGCCTCA;SOR=1.884;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=44;TCF=36;TCR=8;TR=23;WE=101520535;WS=101520517;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,23:0.46:50
chr14	101522556	rs56103835	T	C	793.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.053;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=9;PP=329;ReadPosRankSum=-3.289;SC=TGCCACCTCATGGTACTCGGA;SOR=0.737;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=48;TCF=31;TCR=17;TR=24;WE=101522564;WS=101522546;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,39:0.51:77
chr14	101531854	rs61992671	A	G	2832.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.060;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=320;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.411;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=51;PP=1211;ReadPosRankSum=-0.615;SC=CTGGTCCACTAGCCGTCCGTA;SOR=0.722;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=197;TCF=81;TCR=116;TR=85;WE=101531862;WS=101531844;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:174,142:0.45:316
chr14	102252650	rs150794694	GT	G	130.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.886;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.23;ReadPosRankSum=0.605;SOR=0.631;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,12:0.57:21
chr14	102263464	rs1746598	A	C	1038.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.784;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.523;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=10;PP=555;ReadPosRankSum=-1.092;SC=GATTTTGCCCACAGTAGGAGC;SOR=0.855;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=96;TCF=68;TCR=28;TR=39;WE=102263472;WS=102263454;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,53:0.42:127
chr14	102322900	rs34486272	A	AC	667.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=1.385;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.234;HP=7;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=1;PP=747;ReadPosRankSum=0.171;SC=TGTTTACCCCACCCATCTCCT;SOR=2.833;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=50;TCF=47;TCR=3;TR=24;WE=102322908;WS=102322894;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,25:0.47:53
chr14	102356761	rs116910053	C	T	362.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.407;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.431;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=14;PP=247;ReadPosRankSum=1.005;SC=AATTCAAATACAATTTCACTG;SOR=1.077;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=40;TCF=7;TCR=33;TR=16;WE=102356769;WS=102356751;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,18:0.38:47
chr14	102446161	rs3818188	G	A	4910.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.719;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=491;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.516;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=78;NR=74;PP=2347;ReadPosRankSum=0.879;SC=TCAGCCTGCCGATTCATCCAA;SOR=0.745;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=303;TCF=154;TCR=149;TR=152;WE=102446169;WS=102446151;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:248,240:0.49:488
chr14	102474751	rs45508391	G	A	1777.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=2.392;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.031;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.980;NF=13;NR=41;PP=1013;ReadPosRankSum=-0.320;SC=TCTACCTCTTGGATTAGAAAT;SOR=0.969;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=116;TCF=34;TCR=82;TR=54;WE=102474759;WS=102474741;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,77:0.50:153
chr14	102496394	rs3830916	AGT	A	817.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=2.031;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.638;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=13;PP=1174;ReadPosRankSum=2.972;SC=AGGGAGAGAGAGTGTGTGTGT;SOR=1.565;SbPval=0.24;Source=Platypus;TC=75;TCF=32;TCR=43;TR=28;WE=102496405;WS=102496372;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,37:0.32:116
chr14	102496651	rs17541366	A	C	885.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-2.347;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.820;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=23;PP=380;ReadPosRankSum=-1.147;SC=TTTGATGTCTAGGAAGGGTGG;SOR=0.578;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=71;TCF=20;TCR=51;TR=32;WE=102496659;WS=102496641;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,46:0.49:93
chr14	102499400	.	A	T	1947.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=1.525;ClippingRankSum=0.000;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=19;PP=1048;ReadPosRankSum=0.142;SC=CGTCTTTTACAGTGACGCCAT;SOR=0.691;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=147;TCF=101;TCR=46;TR=65;WE=102499408;WS=102499390;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:106,92:0.46:198
chr14	102507065	rs17541540	G	C	2615.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=0.342;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=305;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.894;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=49;PP=1243;ReadPosRankSum=0.340;SC=GGGTTTTGCTGCTTAAAGGGA;SOR=0.771;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=167;TCF=66;TCR=101;TR=81;WE=102507073;WS=102507055;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:161,135:0.46:296
chr14	102510428	rs1190606	A	G	616.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.069;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=13;PP=508;ReadPosRankSum=-0.648;SC=TGTATCTGGGAAGGATGCTGC;SOR=0.708;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=52;TCF=26;TCR=26;TR=26;WE=102510436;WS=102510418;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,25:0.48:52
chr14	102548224	rs2298877	T	C	3905.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.895;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=65;PP=2412;ReadPosRankSum=-0.818;SC=GGTAATACTCTTGGTTTCTAT;SOR=1.042;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=109;TCF=44;TCR=65;TR=108;WE=102548232;WS=102548214;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,144:0.99:146
chr14	102548384	rs6575895	C	T	3039.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=56;NR=36;PP=1740;SC=ACTGAAAGTTCACCATTTTCT;SOR=1.127;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=92;TCF=56;TCR=36;TR=92;WE=102548392;WS=102548374;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr14	102549262	rs10782495	A	G	1690.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=26;NR=11;PP=697;SC=AGCCACACACAACATAGTTTT;SOR=1.318;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=26;TCR=11;TR=37;WE=102549270;WS=102549252;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr14	102550069	.	T	TA	323.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.455;ClippingRankSum=0.000;DP=175;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.06;MQRankSum=1.483;QD=2.19;ReadPosRankSum=1.351;SOR=0.627;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:106,42:0.28:148
chr14	102550569	rs3742429	G	A	1443.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=21;NR=9;PP=818;SC=ATTTAGTAGAGATGGGGTTTC;SOR=1.345;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=21;TCR=9;TR=30;WE=102550577;WS=102550559;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr14	102550803	rs4947	G	A	4715.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=55;NR=59;PP=2342;SC=ACAATTTGATGTTGTTCTTTT;SOR=0.751;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=114;TCF=55;TCR=59;TR=114;WE=102550811;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,177:1.00:177
chr14	102551795	rs35308930	T	TTAA	8184.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=19;NR=54;PP=2924;SC=AAAAATTGACTTAATACATTC;SOR=0.715;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=83;TCF=22;TCR=61;TR=73;WE=102551803;WS=102551785;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,182:1.00:182
chr14	102552773	rs8004640	A	G	38323.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=874;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.99;QD=44.25;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,866:1.00:866
chr14	102552773	.	AAT	GAG	2947	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;FR=1.0000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=194;NR=292;PP=2947;QD=20;SC=GGCAACACGAAATTCCATCGC;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=504;TCF=198;TCR=306;TR=486;WE=102552783;WS=102552763;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:18,486:0.96:504
chr14	102552775	rs3736807	T	G	38323.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=843;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.99;QD=45.95;SOR=1.017;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,834:1.00:834
chr14	102568296	rs10873531	G	A	3453.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=55;NR=43;PP=1856;SC=CCAGTGACGCGGTGACAGGGA;SOR=0.908;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=98;TCF=55;TCR=43;TR=98;WE=102568304;WS=102568286;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr14	102568367	rs8005905	T	A	3614.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=35;NR=47;PP=1630;SC=CCAGACACCATCAGATGCCAG;SOR=0.883;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=82;TCF=35;TCR=47;TR=82;WE=102568375;WS=102568357;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,136:1.00:136
chr14	102803070	rs369596864	CT	C	114.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.457;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.35;ReadPosRankSum=-0.087;SOR=0.753;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:63,22:0.26:85
chr14	102808330	rs12590618	C	T	2668.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=2.272;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.073;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=54;PP=1415;ReadPosRankSum=1.528;SC=TGGTTGCTGTCGGCGAAGCCA;SOR=0.515;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=165;TCF=57;TCR=108;TR=88;WE=102808338;WS=102808320;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:105,120:0.53:225
chr14	102808554	rs34220197	CGTGGA	C	184.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.572;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.010;HP=1;HapScore=4;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=6;PP=468;ReadPosRankSum=0.490;SC=CGGTCGTCACCGTGGAGCCAG;SOR=1.863;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=0;TCR=13;TR=6;WE=102808570;WS=102808544;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,6:0.38:16
chr14	102808562	rs56144634	C	G	193.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.635;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.010;HP=1;HapScore=4;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=6;PP=487;ReadPosRankSum=0.820;SC=ACCGTGGAGCCAGAGCCCTCA;SOR=1.863;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=1;TCR=13;TR=6;WE=102808570;WS=102808544;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,6:0.38:16
chr14	102814945	rs7012	G	A	1318.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.567;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.277;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=15;PP=732;ReadPosRankSum=-1.684;SC=GATGCAGCCTGCTGTCGCTCT;SOR=0.930;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=87;TCF=56;TCR=31;TR=45;WE=102814953;WS=102814935;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,63:0.48:130
chr14	102815042	rs7011	C	T	1922.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-1.711;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.499;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=28;PP=655;ReadPosRankSum=-2.534;SC=GGCCACCGTGCGCTTCAGGAG;SOR=0.733;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=129;TCF=65;TCR=64;TR=55;WE=102815050;WS=102815032;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:112,100:0.47:212
chr14	102873886	rs60215817	A	G	1635.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.724;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.437;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=28;PP=849;ReadPosRankSum=0.204;SC=TCATCTGCTTAGAAAGTTTAT;SOR=0.736;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=82;TCF=40;TCR=42;TR=51;WE=102873894;WS=102873876;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,74:0.62:120
chr14	102891646	rs4906197	A	G	1213.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.576;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.340;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=22;PP=586;ReadPosRankSum=-0.346;SC=AAGGGACGCCACCATATCTTC;SOR=0.502;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=83;TCF=31;TCR=52;TR=37;WE=102891654;WS=102891636;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,59:0.49:121
chr14	102894559	.	GTTT	G	517.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.346;ClippingRankSum=0.000;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=1.545;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.15;ReadPosRankSum=0.738;SOR=0.340;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,30:0.59:51
chr14	102894593	rs1309353	G	A	2921.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.63;SOR=1.302;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr14	102901201	rs10149146	A	G	4644.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.452;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=499;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.522;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=78;NR=92;PP=2430;ReadPosRankSum=-1.233;SC=AGAGCAGGACATCCTAACCAG;SOR=0.643;SbPval=0.44;Source=Platypus;TCF=159;TR=170;WE=102901209;WS=102901191;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:257,226:0.47:483
chr14	102904551	rs142320181	CCCCGCTCCCTGCT	C	945.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-0.992;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.661;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.401;NF=1;NR=13;PP=2970;ReadPosRankSum=0.145;SC=AGGTTCGCCTCCCCGCTCCCT;SOR=0.363;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=34;TCF=1;TCR=33;TR=14;WE=102904571;WS=102904541;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,25:0.52:48
chr14	102918686	rs1190554	T	C	4477.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=1.242;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=585;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.501;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=90;NR=59;PP=1923;ReadPosRankSum=0.201;SC=GCAGGCGGCTTGGTGCAGACA;SOR=0.886;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=345;TCF=198;TCR=147;TR=149;WE=102918694;WS=102918676;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:350,231:0.40:581
chr14	102919047	rs2295976	C	T	384.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=2.195;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=11;PP=184;ReadPosRankSum=-0.226;SC=CAAAACTGCCCGGCCTGTGTC;SOR=0.746;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=32;TCF=4;TCR=28;TR=12;WE=102919055;WS=102919037;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,18:0.45:40
chr14	102964359	rs146599191	C	CGCCCAAGCTCCCAGCTCCATCTGT	1997.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.263;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FS=9.477;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.21;ReadPosRankSum=-1.430;SOR=1.708;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:64,40:0.38:104
chr14	102964654	rs2403058	A	G	806.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.571;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.137;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=21;PP=440;ReadPosRankSum=-1.528;SC=CAGGGGCTTCAGAGTGACTCC;SOR=0.439;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=59;TCF=17;TCR=42;TR=30;WE=102964662;WS=102964644;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,38:0.54:71
chr14	103059220	rs1057881	G	A	1929.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.39;SOR=0.746;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
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chr14	103192774	rs372942415	CT	C	578.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.348;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FS=1.500;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.94;ReadPosRankSum=0.600;SOR=0.551;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:82,65:0.44:147
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chr14	103389003	rs2295829	G	C	1413.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.268;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.59;ReadPosRankSum=-0.870;SOR=0.715;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:65,39:0.38:104
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chr14	103397055	rs1190233	G	C	2406.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.102;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=59;PP=1424;ReadPosRankSum=-1.324;SC=CTCTCCACCCGCTCTGGCCCC;SOR=0.726;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=153;TCF=53;TCR=100;TR=90;WE=103397063;WS=103397045;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:92,112:0.55:204
chr14	103405852	rs77448485	G	C	728.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.607;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=1;PP=654;ReadPosRankSum=1.359;SC=AGCCTCGCAGGCACTGCCTTT;SOR=1.347;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=42;TCF=41;TCR=1;TR=28;WE=103405860;WS=103405846;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,27:0.63:43
chr14	103412268	rs2403107	T	C	348.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-4.713;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.928;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=13;PP=182;ReadPosRankSum=-0.708;SC=GGATTGAGTCTGCAAGGATTT;SOR=0.160;SbPval=0.21;Source=Platypus;TC=34;TCF=6;TCR=28;TR=18;WE=103412276;WS=103412258;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,19:0.50:38
chr14	103413941	rs8007924	T	C	660.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=18;NR=1;PP=505;SC=AGGCTGGAGGTTGAGACCCTA;SOR=3.816;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=19;TCF=18;TCR=1;TR=19;WE=103413949;WS=103413931;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr14	103434530	rs2093414	T	A	2259.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=28.60;SOR=2.215;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr14	103440282	rs1018550	G	T	11520.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=423;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=190;NR=90;PP=2965;SC=TTCCATCATCGGCATGAACGT;SOR=1.335;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=287;TCF=191;TCR=96;TR=280;WE=103440290;WS=103440272;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,415:1.00:415
chr14	103449773	rs2269322	C	T	672.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=3.726;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=1;PP=482;ReadPosRankSum=-0.955;SC=GTCCAAACCCCGTCACCTCTT;SOR=0.344;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=45;TCF=44;TCR=1;TR=23;WE=103449781;WS=103449767;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,26:0.50:52
chr14	103449863	rs36061149	C	CA	1172.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.526;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=349;ExcessHet=3.0103;FS=2.624;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.03;MQRankSum=1.250;QD=3.91;ReadPosRankSum=-0.510;SOR=0.903;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:185,115:0.38:300
chr14	103523598	rs34302315	T	C	112.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-3.247;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.900;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=9;PP=85;ReadPosRankSum=-1.717;SC=GCTCGGCGGCTGCGAGCCCCG;SOR=0.163;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=29;TCF=2;TCR=27;TR=10;WE=103523606;WS=103523588;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,8:0.30:27
chr14	103570134	rs373916287	CGT	C	404.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.412;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=6.032;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.33;MQRankSum=1.843;QD=6.53;ReadPosRankSum=-2.402;SOR=0.207;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,21:0.34:62
chr14	103576292	rs28418471	G	A	993.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.830;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.097;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=9;PP=555;ReadPosRankSum=1.250;SC=TCCCAAGCCCGTGGGTTCGCC;SOR=0.922;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=51;TCF=35;TCR=16;TR=34;WE=103576300;WS=103576282;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,43:0.69:62
chr14	103576415	rs729184	A	G	5084.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=76;NR=57;PP=2522;SC=CTGGGCCGCCAGCGGAACCAG;SOR=0.908;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=133;TCF=76;TCR=57;TR=133;WE=103576423;WS=103576405;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,193:1.00:193
chr14	103576443	rs729183	TC	CG	4435.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.655;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.034;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=37;PP=2701;ReadPosRankSum=0.833;SC=TGCAGCACACTCAAGACCTGC;SOR=0.472;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=142;TCF=80;TCR=62;TR=77;WE=103576452;WS=103576433;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:89,112:0.56:201
chr14	103576803	rs11355422	CG	C	1404.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=2.006;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=12;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=39;PP=623;ReadPosRankSum=1.624;SC=GCCTATCGGGCGGGGGGGGGC;SOR=0.705;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=84;TCF=6;TCR=78;TR=42;WE=103576811;WS=103576793;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,58:0.59:98
chr14	103597322	rs2234137	A	G	2428.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=52;NR=23;PP=1326;SC=CAGGGAGGGCAGGGAGGCTGC;SOR=1.609;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=75;TCF=52;TCR=23;TR=75;WE=103597330;WS=103597312;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr14	103597565	rs749206	G	A	2327.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=12;NR=52;PP=1521;SC=GTGGAGGGAGGAGGAGCTGCT;SOR=2.245;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=64;TCF=12;TCR=52;TR=64;WE=103597573;WS=103597555;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr14	103599005	rs8176366	TGTGTCTGC	T	13303.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.793;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=317;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=88;PP=2986;ReadPosRankSum=0.760;SC=GGTGTGTGTCTGTGTCTGCGT;SOR=0.959;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=148;TCF=47;TCR=101;TR=130;WE=103599020;WS=103598995;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,302:0.99:304
chr14	103599938	rs2234143	C	T	5540.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=63;NR=78;PP=2633;SC=AGATAGGCCGCTGGTGCCTCT;SOR=0.854;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=141;TCF=63;TCR=78;TR=141;WE=103599946;WS=103599928;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,212:1.00:212
chr14	103802918	.	C	CA	224.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.126;ClippingRankSum=0.000;DP=108;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.37;ReadPosRankSum=-0.365;SOR=0.725;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:70,25:0.26:95
chr14	103918182	rs2273702	G	C	1259.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.474;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.325;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=15;PP=583;ReadPosRankSum=1.713;SC=TTCATAGTTAGAGTTTATATG;SOR=0.960;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=80;TCF=47;TCR=33;TR=43;WE=103918190;WS=103918172;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,64:0.52:122
chr14	103923414	rs2273700	A	G	123.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.304;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=3.090;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=11.25;ReadPosRankSum=1.501;SOR=0.148;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,7:0.64:11
chr14	103923475	rs2273699	A	G	317.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.096;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=2;PP=156;ReadPosRankSum=0.400;SC=TCTCTCACCTATAGGTGAAGT;SOR=0.481;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=18;TCF=15;TCR=3;TR=9;WE=103923483;WS=103923465;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,15:0.45:33
chr14	103928657	rs4906326	T	A	1383.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=31;NR=5;PP=902;SC=TGAGTATTCATTATGTGTGAA;SOR=2.560;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=37;TCF=32;TCR=5;TR=36;WE=103928665;WS=103928647;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr14	103931879	rs1116095	A	G	1850.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=2.160;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.598;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=14;PP=1066;ReadPosRankSum=2.303;SC=TTTTGTCTTGATGTTTTCCCT;SOR=0.777;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=127;TCF=97;TCR=30;TR=61;WE=103931887;WS=103931869;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:95,84:0.47:179
chr14	103932888	rs1951393	C	T	1809.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=48;PP=1283;SC=AAGCACAAGTCATATGAACAG;SOR=3.370;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=55;TCF=7;TCR=48;TR=55;WE=103932896;WS=103932878;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr14	103933341	rs11320440	CA	C	994.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=6.320;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.18;MQRankSum=0.000;QD=27.63;SOR=2.485;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,35:0.97:36
chr14	103933348	rs201971883	A	G	225.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.716;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=1.238;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.18;MQRankSum=-0.592;QD=5.13;ReadPosRankSum=0.893;SOR=0.976;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,21:0.48:44
chr14	103933556	rs8010247	A	G	763.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.334;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.917;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=14;PP=334;ReadPosRankSum=2.121;SC=GAGCTGAAATACCCTGTATGT;SOR=0.518;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=54;TCF=21;TCR=33;TR=24;WE=103933564;WS=103933546;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,37:0.52:71
chr14	103934488	rs10137161	T	C	8197.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=309;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=88;NR=127;PP=2965;SC=AGAAGTGTTTTTTCAAGCCAA;SOR=0.985;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=216;TCF=88;TCR=128;TR=215;WE=103934496;WS=103934478;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,301:1.00:301
chr14	103934654	rs12892292	T	C	58.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.413;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.59;MQRankSum=-0.967;QD=4.90;ReadPosRankSum=-0.392;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,4:0.33:12
chr14	103946636	rs8014010	A	G	1463.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=32;NR=7;PP=939;SC=TAAAAGACTGACATTCCTATT;SOR=2.448;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=39;TCF=32;TCR=7;TR=39;WE=103946644;WS=103946626;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr14	103964807	rs202211193	A	AT	299.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.660;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.15;MQRankSum=0.000;QD=4.28;ReadPosRankSum=-0.551;SOR=0.852;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,29:0.41:70
chr14	103986255	rs1803283	C	T	2627.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-1.630;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=235;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.651;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=25;PP=882;ReadPosRankSum=-1.273;SC=CCAGCCGCTGCTCCATCTCGA;SOR=0.573;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=116;TCF=76;TCR=40;TR=67;WE=103986263;WS=103986245;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:96,130:0.58:226
chr14	103987078	rs2071408	G	A	1532.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=2.507;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.839;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=41;PP=1107;ReadPosRankSum=-1.322;SC=AACACGGGGCGGGCGGGGGAA;SOR=0.571;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=95;TCF=22;TCR=73;TR=54;WE=103987086;WS=103987068;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,61:0.56:108
chr14	103988180	rs1136165	G	T	650.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=1.729;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.853;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=11;PP=439;ReadPosRankSum=1.821;SC=TCTCGATGGCGCGGCGCTCCC;SOR=0.981;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=60;TCF=37;TCR=23;TR=30;WE=103988188;WS=103988170;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,34:0.41:83
chr14	103995489	rs2765038	C	G	961.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=28.29;SOR=7.112;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr14	103996396	rs2765037	G	A	5535.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=65;NR=51;PP=2275;SC=CAATGGTGGCGGTGCGTGTGC;SOR=0.847;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=116;TCF=65;TCR=51;TR=116;WE=103996404;WS=103996386;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,207:1.00:207
chr14	103996733	rs2756138	C	G	2449.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=11;NR=57;PP=1652;SC=CCTACAGACACATGTGGCTCC;SOR=2.749;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=68;TCF=11;TCR=57;TR=68;WE=103996741;WS=103996723;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr14	104000802	rs11350625	AG	A	551.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-1.078;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.539;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=1.561;NF=8;NR=4;PP=326;ReadPosRankSum=-0.513;SC=CTCAGACCCTAGGGTGGGAGT;SOR=0.235;SbPval=0.1;Source=Platypus;TC=33;TCF=28;TCR=5;TR=12;WE=104000810;WS=104000799;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,21:0.47:45
chr14	104001517	rs2756119	G	A	3215.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.371;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=298;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=57;PP=1738;ReadPosRankSum=1.975;SC=AGGAGGGAGGGGGGCATTGAC;SOR=0.717;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=195;TCF=91;TCR=104;TR=107;WE=104001525;WS=104001507;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:139,149:0.52:288
chr14	104027557	rs11625397	C	T	1954.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=10;NR=43;PP=1262;SC=TGATAACTTACTACAGCACAA;SOR=2.200;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=53;TCF=10;TCR=43;TR=53;WE=104027565;WS=104027547;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr14	104027595	rs34186780	T	G	721.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=1.849;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=18;PP=478;ReadPosRankSum=0.221;SC=AATGGTATATTAAGTCATTCT;SOR=0.481;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=4;TCR=25;TR=21;WE=104027603;WS=104027585;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,27:0.77:35
chr14	104028196	rs34050832	C	CA	1391.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.493;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=9;HapScore=3;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=27;PP=590;ReadPosRankSum=-1.059;SC=TCCACTCTCTCAAAAAAAAAC;SOR=0.660;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=94;TCF=35;TCR=59;TR=41;WE=104028204;WS=104028186;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:91,84:0.48:175
chr14	104028270	rs7148456	T	C	2753.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.013;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=283;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=2.072;NF=45;NR=50;PP=1233;ReadPosRankSum=1.215;SC=GAGTCCACAATGGCCTAATGC;SOR=0.694;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=182;TCF=89;TCR=93;TR=95;WE=104028278;WS=104028260;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:145,137:0.49:282
chr14	104029246	rs2274269	G	A	296.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=1.529;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.402;HP=3;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=3;PP=97;ReadPosRankSum=-1.475;SC=CCGCGCCGCCGCGCTTCCTCG;SOR=0.412;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=25;TCF=17;TCR=8;TR=8;WE=104029254;WS=104029236;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,15:0.44:34
chr14	104029378	rs2274268	C	G	599.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.902;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.938;HP=5;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=10;PP=252;ReadPosRankSum=1.814;SC=CTTTCTCCCCCCTCTCTGCCG;SOR=0.456;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=56;TCF=34;TCR=22;TR=22;WE=104029386;WS=104029368;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,32:0.41:78
chr14	104029449	rs2274267	G	A	1689.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=2.186;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.586;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=27;PP=1020;ReadPosRankSum=0.847;SC=GCAGGGATACGGCGCCCAGCG;SOR=1.005;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=98;TCF=54;TCR=44;TR=62;WE=104029457;WS=104029439;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,82:0.50:163
chr14	104029792	rs2296483	G	A	2145.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=19;NR=42;PP=1431;SC=CTTACCGTGCGTTTTTTTTCG;SOR=1.609;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=62;TCF=19;TCR=43;TR=61;WE=104029812;WS=104029782;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr14	104029819	rs2296482	T	G	421.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.048;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.97;ReadPosRankSum=-0.120;SOR=0.775;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,20:0.43:47
chr14	104053764	rs2403197	C	T	699.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-1.517;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=21;PP=451;ReadPosRankSum=-0.176;SC=GGAGTGTTTTCTTACCTGAAT;SOR=0.843;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=46;TCF=11;TCR=35;TR=27;WE=104053772;WS=104053754;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,31:0.62:50
chr14	104129352	rs7150141	G	A	437.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.171;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=1.168;NF=5;NR=15;PP=281;ReadPosRankSum=0.996;SC=TTATGTATCTGTATAAACTAT;SOR=0.784;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=46;TCF=10;TCR=36;TR=20;WE=104129360;WS=104129342;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,22:0.44:50
chr14	104135966	rs12896171	A	G	1322.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.068;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.521;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=24;PP=521;ReadPosRankSum=-0.413;SC=CATTCTTTTAATATTTTATTT;SOR=0.517;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=76;TCF=25;TCR=51;TR=36;WE=104135974;WS=104135956;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,65:0.55:119
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chr14	104139570	rs11160757	G	T	5483.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.204;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=76;PP=2552;ReadPosRankSum=-0.557;SC=GAGTGCTTTCGTCCCAAGTCC;SOR=0.312;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=136;TCF=59;TCR=77;TR=135;WE=104139578;WS=104139560;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,208:1.00:209
chr14	104143928	rs4906357	A	C	7894.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=282;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=65;NR=143;PP=2965;SC=TTTTACATGAATTTTATTGAA;SOR=1.436;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=208;TCF=65;TCR=143;TR=208;WE=104143936;WS=104143918;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,277:1.00:277
chr14	104145843	rs142650373	C	T	2499.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.178;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=273;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.935;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=50;PP=1399;ReadPosRankSum=-1.266;SC=GTGGCCCTGACGGAGGGGAGG;SOR=0.682;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=192;TCF=96;TCR=96;TR=98;WE=104145851;WS=104145833;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:135,130:0.49:265
chr14	104151400	rs35011804	C	T	1141.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.161;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.601;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=32;PP=706;ReadPosRankSum=-0.035;SC=GGGGCGCAGGCCCTGCCGTCT;SOR=0.910;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=89;TCF=25;TCR=64;TR=44;WE=104151408;WS=104151390;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,53:0.44:120
chr14	104165753	rs861539	G	A	1840.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.627;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.620;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=21;PP=1143;ReadPosRankSum=-0.100;SC=CTCACGCAGCGTGGCCCCCAG;SOR=0.769;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=123;TCF=82;TCR=41;TR=65;WE=104165761;WS=104165743;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,83:0.54:154
chr14	104165927	rs1799796	T	C	2901.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.352;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=325;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.853;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=59;PP=1155;ReadPosRankSum=-1.717;SC=TGGGGACAGCTGTCATTGTCT;SOR=0.768;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=208;TCF=85;TCR=123;TR=96;WE=104165935;WS=104165917;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:172,149:0.46:321
chr14	104167075	rs861537	C	T	2797.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=35;NR=41;PP=1326;SC=GTGAGTCCCACGGCCTGCAGC;SOR=0.787;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=76;TCF=35;TCR=41;TR=76;WE=104167083;WS=104167065;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr14	104167545	rs709399	G	A	6962.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=258;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=56;NR=100;PP=2965;SC=CAGTGACCCCGACCTGGCCCC;SOR=1.092;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=157;TCF=56;TCR=101;TR=156;WE=104167553;WS=104167535;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,258:1.00:258
chr14	104167564	rs861536	A	G	2280.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.970;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.546;HP=2;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=44;PP=994;ReadPosRankSum=1.298;SC=CCGCTCCAGGATGGGACTGCC;SOR=0.624;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=120;TCF=41;TCR=79;TR=68;WE=104167572;WS=104167554;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,109:0.57:192
chr14	104172807	rs861531	C	A	2728.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.462;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=362;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.783;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=63;PP=1324;ReadPosRankSum=-2.243;SC=CATCTCTCCTCCTCACAGCTC;SOR=0.807;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=258;TCF=107;TCR=151;TR=104;WE=104172815;WS=104172797;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:211,145:0.41:356
chr14	104177190	.	A	AACAC	1162.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=0.968;ClippingRankSum=0.000;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.241;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=3;PP=760;ReadPosRankSum=-0.164;SC=TGTAGTTAAGAACACACACAC;SOR=1.511;SbPval=0.94;Source=Platypus;TC=59;TCF=45;TCR=14;TR=26;WE=104177201;WS=104177180;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,33:0.45:74
chr14	104178186	rs3212038	A	G	39.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=2.128;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.233;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=3;PP=31;ReadPosRankSum=-0.903;SC=GCCACTCTGCATCCCCTGTCG;SOR=2.419;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=1;TCR=5;TR=3;WE=104178194;WS=104178176;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,3:0.30:10
chr14	104193099	rs2295151	C	G	1993.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.368;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=235;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.489;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=29;PP=1076;ReadPosRankSum=0.635;SC=GACCAAGCTGCGTTTTAACGC;SOR=0.644;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=135;TCF=79;TCR=56;TR=65;WE=104193107;WS=104193089;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:128,100:0.44:228
chr14	104193285	.	G	GT	38.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.689;ClippingRankSum=0.000;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.43;ReadPosRankSum=-0.266;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,8:0.30:27
chr14	104193286	.	T	TTTTTTTTTTTG	281.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.682;ClippingRankSum=0.000;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.43;ReadPosRankSum=-0.377;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,8:0.30:27
chr14	104194196	rs1535100	C	G	7146.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=263;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=64;NR=91;PP=2965;SC=AGTGCGCCCTCGTGTCCCTCA;SOR=0.960;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=155;TCF=64;TCR=91;TR=155;WE=104194204;WS=104194186;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,259:1.00:259
chr14	104194278	rs1535099	C	T	1478.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.510;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.408;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=30;PP=712;ReadPosRankSum=-0.066;SC=TGCACAGTCCCGCGCGCTCCG;SOR=0.554;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=95;TCF=36;TCR=59;TR=51;WE=104194286;WS=104194268;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,71:0.53:133
chr14	104195610	rs2295148	T	C	544.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-3.246;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.374;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=22;PP=355;ReadPosRankSum=1.627;SC=ATCAGGCAGCTGCCCTGAGGA;SOR=0.462;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=52;TCF=7;TCR=45;TR=26;WE=104195618;WS=104195600;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,27:0.49:55
chr14	104199356	rs2295146	C	T	3953.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.886;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=385;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.127;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=59;PP=1551;ReadPosRankSum=0.720;SC=GGACCAGTAACTCTACGTGGG;SOR=0.660;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=232;TCF=120;TCR=112;TR=110;WE=104199364;WS=104199346;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:187,196:0.51:383
chr14	104199580	rs8548	A	C	473.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-0.455;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=12.044;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=15;PP=326;ReadPosRankSum=-1.561;SC=GTGTATTGTCAATACTTAATT;SOR=0.026;SbPval=0.15;Source=Platypus;TC=36;TCF=5;TCR=31;TR=20;WE=104199588;WS=104199570;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,22:0.61:36
chr14	104202304	rs2295145	G	A	562.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-3.414;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=1;PP=419;ReadPosRankSum=1.523;SC=AGAGACACGGGCAGCTAGTTT;SOR=0.385;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=55;TCF=53;TCR=2;TR=23;WE=104202312;WS=104202294;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,24:0.41:59
chr14	104203938	rs8004408	G	A	1077.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-3.291;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.152;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=11;PP=645;ReadPosRankSum=-0.702;SC=CAAACAGAAAGCTGTGCTGAA;SOR=0.369;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=79;TCF=59;TCR=20;TR=38;WE=104203946;WS=104203928;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,49:0.52:94
chr14	104212949	rs2295141	T	C	1013.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=2.558;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.187;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=25;PP=601;ReadPosRankSum=-0.589;SC=AGTCCTAAGCTTAGTGCAAGA;SOR=1.214;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=67;TCF=17;TCR=50;TR=30;WE=104212957;WS=104212939;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,44:0.46:95
chr14	104216293	rs2295140	C	T	3230.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.191;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=349;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.338;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=81;PP=1918;ReadPosRankSum=0.280;SC=AAAATACAACCTTTATGATTT;SOR=0.797;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=263;TCF=88;TCR=175;TR=118;WE=104216301;WS=104216283;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:181,159:0.47:340
chr14	104219578	rs35740460	C	CT	97.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.207;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=11;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=8;PP=101;ReadPosRankSum=0.619;SC=TTAGTTGATCCTTTTTTTTTT;SOR=1.179;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=2;TCR=20;TR=8;WE=104219586;WS=104219568;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,8:0.47:17
chr14	104251006	rs4900594	C	T	297.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-1.581;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.647;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=3;PP=219;ReadPosRankSum=-1.028;SC=GGGATACCAACTTTCCCTCTA;SOR=0.086;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=32;TCF=28;TCR=4;TR=15;WE=104251014;WS=104250996;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,15:0.48:31
chr14	104251276	rs3742369	T	C	2040.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.728;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.776;HP=5;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=40;PP=1152;ReadPosRankSum=2.036;SC=ACATCTTTTTTACTCCAGAAT;SOR=0.568;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=123;TCF=44;TCR=79;TR=67;WE=104251284;WS=104251266;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:99,96:0.49:195
chr14	104261002	.	TA	T	169.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.451;ClippingRankSum=0.000;DP=241;ExcessHet=3.0103;FS=0.662;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.04;MQRankSum=1.981;QD=0.74;ReadPosRankSum=1.970;SOR=0.778;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:182,48:0.21:230
chr14	104394835	rs9324065	T	C	3206.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=43;NR=33;PP=1284;SC=TGCCGACGCCTGGGCCTTGAG;SOR=0.845;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=76;TCF=43;TCR=33;TR=76;WE=104394843;WS=104394825;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr14	104394850	rs9324066	C	T	1681.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.779;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FS=4.927;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.29;ReadPosRankSum=-1.352;SOR=0.581;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:65,84:0.56:149
chr14	104429302	rs140667603	A	AGT,AGTGT	572.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.920;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=10;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=10,10;NR=6,6;PP=230,278;ReadPosRankSum=0.384;SC=TTTGTATTTGAGTGTGTGTGT;SOR=0.503;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=18;TCF=11;TCR=7;TR=16,16;WE=104429310;WS=104429292;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.55,0.32:22
chr14	104429453	rs6576013	A	G	3069.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=34;NR=33;PP=1232;SC=GCAGTGTGACATGCATCCCAG;SOR=0.710;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=67;TCF=34;TCR=33;TR=67;WE=104429461;WS=104429443;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr14	104436931	rs11851097	C	T	3319.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.058;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=332;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.825;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=61;PP=1499;ReadPosRankSum=1.309;SC=TCCGCAAACTCTTAAGAACAA;SOR=0.597;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=218;TCF=89;TCR=129;TR=109;WE=104436939;WS=104436921;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:162,164:0.50:326
chr14	104441925	rs10147923	C	T	783.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=3.042;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.690;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=22;PP=496;ReadPosRankSum=0.479;SC=TTATAGTGAGCGTACTCTTGT;SOR=1.201;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=49;TCF=9;TCR=40;TR=25;WE=104441933;WS=104441915;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,33:0.55:60
chr14	104452405	rs10143030	C	G	979.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.662;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=13;PP=632;ReadPosRankSum=-0.146;SC=AGCACGTGTTCAGACATTGCT;SOR=0.723;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=74;TCF=48;TCR=26;TR=37;WE=104452413;WS=104452395;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,46:0.46:99
chr14	104452640	rs10143389	G	A	1854.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.235;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.507;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=42;PP=1059;ReadPosRankSum=0.414;SC=TTGATGACTTGGATATGAAGG;SOR=0.622;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=160;TCF=56;TCR=104;TR=67;WE=104452648;WS=104452630;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:134,93:0.41:227
chr14	104465037	rs10133836	T	C	3569.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=35;NR=46;PP=1677;SC=TGAGTTGGGCTTCTAAAACCA;SOR=0.770;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=82;TCF=35;TCR=47;TR=81;WE=104465045;WS=104465027;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,133:1.00:133
chr14	104470686	rs28391043	G	A	930.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=2.287;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.268;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.842;NF=6;NR=30;PP=2213;ReadPosRankSum=-0.041;SC=ATTCACTTTGGTCATTGTCAA;SOR=1.155;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=82;TCF=17;TCR=65;TR=36;WE=104470717;WS=104470676;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,41:0.43:96
chr14	104470698	rs151098927	GTTTATTTATTTA	G,GTTTATTTA	1476.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=24;NF=0,0;NR=27,27;PP=2992,2170;SC=CATTGTCAAAGTTTATTTATT;SOR=5.838;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=51;TCF=1;TCR=50;TR=27,27;WE=104470717;WS=104470676;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.51,0.49:37
chr14	104471857	rs12147828	C	T	1115.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=2.237;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.485;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=24;PP=538;ReadPosRankSum=0.540;SC=CTCACTTTCCCGCTAACTCTG;SOR=1.236;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=54;TCF=14;TCR=40;TR=30;WE=104471865;WS=104471847;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,49:0.59:83
chr14	104473253	rs4900607	A	G	170.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=0.218;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.438;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=6;PP=73;ReadPosRankSum=0.844;SC=TACCACAAACATATGAGGTAG;SOR=1.165;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=24;TCF=8;TCR=16;TR=8;WE=104473261;WS=104473243;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,11:0.31:36
chr14	104475034	rs4906401	A	G	142.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=0.389;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=6;PP=97;ReadPosRankSum=0.628;SC=TATTTCCCCTATGTATACTTT;SOR=1.402;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=12;TCF=3;TCR=9;TR=8;WE=104475042;WS=104475024;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,7:0.64:11
chr14	104481016	rs7150795	G	A	2568.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=65;NR=14;PP=1803;SC=CTGCTCTGATGACATATGTAC;SOR=2.706;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=79;TCF=65;TCR=14;TR=79;WE=104481024;WS=104481006;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr14	104481083	rs11160779	T	C	2790.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.077;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=277;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.007;NF=61;NR=39;PP=1535;ReadPosRankSum=-0.910;SC=ATATGAAGAATTGAAGACTAG;SOR=0.723;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=198;TCF=121;TCR=77;TR=100;WE=104481091;WS=104481073;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:136,136:0.50:272
chr14	104481200	rs59025288	A	AT	3033.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.360;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=367;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.330;HP=9;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=59;PP=1149;ReadPosRankSum=-1.523;SC=TTTCCTGGATATTTTTTTTCC;SOR=0.617;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=149;TCF=14;TCR=135;TR=66;WE=104481208;WS=104481190;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:163,169:0.51:332
chr14	104484346	rs34317359	G	A	182.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-0.923;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=1;PP=161;ReadPosRankSum=0.693;SC=CTAAAACAGTGTGCAGCAGCT;SOR=1.179;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=20;TCF=18;TCR=2;TR=10;WE=104484354;WS=104484336;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,9:0.39:23
chr14	104484646	rs12589669	T	C	1162.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.464;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.612;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=24;PP=428;ReadPosRankSum=-0.463;SC=TATGGGCTGCTGCAATTGGCT;SOR=0.431;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=78;TCF=27;TCR=51;TR=39;WE=104484654;WS=104484636;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,59:0.55:108
chr14	104491086	rs72042212	TACACACACACAC	T	403.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=40.37;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr14	104497543	rs10135507	C	T	2844.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.897;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=309;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=51;PP=1258;ReadPosRankSum=2.612;SC=AGAAATATCTCATCCGGATTT;SOR=0.669;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=187;TCF=77;TCR=110;TR=89;WE=104497551;WS=104497533;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:156,145:0.48:301
chr14	104498472	rs4906405	G	A	1378.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=29;PP=858;SC=CTGCTTTTCTGTTTATAGATC;SOR=1.863;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=41;TCF=12;TCR=29;TR=41;WE=104498480;WS=104498462;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr14	104498530	.	ATCTTT	A	242	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;FR=0.5000;HP=3;HapScore=2;MGOF=29;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=1;NR=5;PP=242;QD=42.1666666667;SC=GGAATGTGTTATCTTTTCTTT;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=13;TCF=1;TCR=12;TR=6;WE=104498542;WS=104498520;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:7,6:0.46:13
chr14	104500427	rs10150865	A	G	7713.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=301;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=80;NR=110;PP=2965;SC=GATCCTGTTTATTCCTTGTCC;SOR=0.883;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=197;TCF=80;TCR=117;TR=190;WE=104500435;WS=104500417;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,296:1.00:296
chr14	104500527	.	TTTC	T	61.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=1.456;ClippingRankSum=-0.000;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=2.480;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=4.75;ReadPosRankSum=1.930;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,5:0.38:13
chr14	104500530	rs10151066	C	T	112.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-1.456;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=2.480;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=8.67;ReadPosRankSum=-2.004;SOR=0.148;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,8:0.62:13
chr14	104501551	rs3830999	AT	A	760.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.919;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=13;PP=452;ReadPosRankSum=0.021;SC=TTATTGATTTATTTATGCTTG;SOR=1.022;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=0;TCR=17;TR=13;WE=104501559;WS=104501541;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,25:0.76:33
chr14	104518453	rs7150461	A	G	1513.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-3.233;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.006;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=51;PP=1158;ReadPosRankSum=-0.568;SC=CACACCCCTCAGGAAGCTGTG;SOR=0.959;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=106;TCF=16;TCR=90;TR=60;WE=104518461;WS=104518443;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,61:0.55:111
chr14	104552382	rs1770988	A	G	55.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.398;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=2.622;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.49;ReadPosRankSum=0.000;SOR=0.148;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,5:0.31:16
chr14	104559506	rs1744282	C	T	101.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=3.667;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=11.339;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=0;PP=96;ReadPosRankSum=0.241;SC=CTGACCACCACAGCCGCCACA;SOR=3.325;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=32;TCF=23;TCR=9;TR=8;WE=104559514;WS=104559496;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,7:0.21:33
chr14	104559552	rs941951	G	C	372.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.358;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=3;PP=184;ReadPosRankSum=-0.446;SC=CCTGCCTGGGGATGGCTGGTC;SOR=0.709;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=52;TCF=36;TCR=16;TR=14;WE=104559560;WS=104559542;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,20:0.30:67
chr14	104559623	rs941952	T	C	1358.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-0.987;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=11;PP=412;ReadPosRankSum=-0.201;SC=CATCCTGACCTACGTCCTTGC;SOR=0.650;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=93;TCF=55;TCR=38;TR=30;WE=104559631;WS=104559613;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:105,72:0.41:177
chr14	104559852	rs941953	T	C	3014.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.881;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=335;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=2.979;NF=52;NR=41;PP=1442;ReadPosRankSum=0.334;SC=ACCAGAGGATTCTCTACACCG;SOR=0.703;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=201;TCF=114;TCR=87;TR=93;WE=104559860;WS=104559842;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:184,148:0.45:332
chr14	104559919	rs1770984	T	C	4857.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.103;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=301;ExcessHet=3.0103;FS=11.974;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.32;MQRankSum=3.446;QD=16.25;ReadPosRankSum=-1.431;SOR=0.744;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:168,131:0.44:299
chr14	104559922	rs1744284	C	G	4813.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.346;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=293;ExcessHet=3.0103;FS=12.283;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.33;MQRankSum=3.470;QD=16.49;ReadPosRankSum=-1.191;SOR=0.743;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:165,127:0.43:292
chr14	104559959	.	CTGGGTGGGGCTGTGGTGTGTGGGTGGGGCTGAGGTGTG	C	1609.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.955;ClippingRankSum=0.000;DP=184;ExcessHet=3.0103;FS=36.195;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.53;MQRankSum=2.994;QD=18.50;ReadPosRankSum=1.670;SOR=1.839;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:44,43:0.49:87
chr14	104561998	rs1770983	T	C	4504.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=0.867;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=439;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=72;PP=1995;ReadPosRankSum=0.258;SC=GCCCAGGTAATCCCAGGGGCC;SOR=0.710;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=255;TCF=109;TCR=146;TR=127;WE=104562006;WS=104561988;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:215,217:0.50:432
chr14	104562060	rs56007227	G	A	2020.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.141;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.163;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=45;PP=1039;ReadPosRankSum=-1.530;SC=AGTCAGCGCTGTGGGCGGCCG;SOR=0.589;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=138;TCF=43;TCR=95;TR=67;WE=104562068;WS=104562050;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:94,101:0.52:195
chr14	104563874	rs7156718	C	T	2009.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.972;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.540;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=23;PP=899;ReadPosRankSum=-1.161;SC=TCAGCTACTCCGTGGCCTCTC;SOR=0.648;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=118;TCF=74;TCR=44;TR=59;WE=104563882;WS=104563864;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,97:0.52:187
chr14	104569709	rs1467844	A	G	50.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.398;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=2.808;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=5.64;ReadPosRankSum=-1.383;SOR=1.518;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,4:0.44:9
chr14	104569801	rs8012482	C	G	191.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=1.701;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.520;HP=6;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=0;PP=55;ReadPosRankSum=-1.868;SC=GCTCTGAAAACAAGGGAGGAG;SOR=1.123;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=10;TCR=5;TR=4;WE=104569809;WS=104569791;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,11:0.39:28
chr14	104570904	rs1744299	T	C	5699.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=67;NR=88;PP=2559;SC=CCACCCCTCATGGGCTGGGGG;SOR=0.959;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=155;TCF=67;TCR=88;TR=155;WE=104570912;WS=104570894;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,218:1.00:218
chr14	104571826	rs1744300	A	G	2649.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=10;NR=64;PP=1952;SC=GCAGCTGGGGACTGTGCACCC;SOR=3.180;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=74;TCF=10;TCR=64;TR=74;WE=104571834;WS=104571816;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr14	104573690	rs1744301	A	G	4176.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=26;NR=71;PP=2059;SC=CAGGTAATGGAGCTAGGGCTG;SOR=1.517;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=97;TCF=26;TCR=71;TR=97;WE=104573698;WS=104573680;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,151:1.00:151
chr14	104575466	rs1771012	C	T	3035.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=61;NR=24;PP=1823;SC=GGCCGGTCCCCGTCCCTGTGC;SOR=1.721;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=86;TCF=61;TCR=25;TR=85;WE=104575474;WS=104575456;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr14	104575531	rs1744302	C	G	2275.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.046;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=264;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.459;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=32;PP=1081;ReadPosRankSum=-0.980;SC=CTGGGCTGGCCAGGGCAGAAG;SOR=0.645;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=155;TCF=89;TCR=66;TR=75;WE=104575539;WS=104575521;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:139,116:0.45:255
chr14	104578817	rs11850264	G	A	3567.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.563;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=332;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.876;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=81;NR=45;PP=1868;ReadPosRankSum=0.094;SC=CCCTGCCTTCGCACTCTACCT;SOR=0.624;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=249;TCF=163;TCR=86;TR=126;WE=104578825;WS=104578807;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:153,167:0.52:320
chr14	104640011	rs2275593	T	C	668.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=0.885;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=11;PP=375;ReadPosRankSum=-1.407;SC=GGCCCCTGGCTACACCATCAT;SOR=0.620;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=53;TCF=24;TCR=29;TR=22;WE=104640019;WS=104640001;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,30:0.44:68
chr14	104641612	rs4906422	T	C	10218.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=0.953;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1006;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.518;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=134;NR=143;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.954;SC=CCTCCAAGGGTCCCCGAGACG;SOR=0.651;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=541;TCF=256;TCR=285;TR=277;WE=104641620;WS=104641602;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:496,497:0.50:993
chr14	104642341	rs2487304	A	G	6037.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-0.387;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=645;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.724;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=88;NR=81;PP=2380;ReadPosRankSum=2.775;SC=GGTCCCGGCCAGTCAGCATCA;SOR=0.753;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=352;TCF=177;TCR=175;TR=169;WE=104642349;WS=104642331;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:338,306:0.48:644
chr14	104642422	rs3742947	A	G	5048.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=1.648;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=493;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.748;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=88;PP=2309;ReadPosRankSum=-0.068;SC=TGGAGGGGGCAGCCTGGGCCG;SOR=0.851;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=286;TCF=123;TCR=163;TR=145;WE=104642430;WS=104642412;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:245,245:0.50:490
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chr14	104644147	rs11621644	C	T	2132.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.744;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.755;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=43;PP=885;ReadPosRankSum=0.808;SC=GCAGCGCCTCCTCCGCCCCTG;SOR=1.106;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=126;TCF=48;TCR=78;TR=64;WE=104644155;WS=104644137;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:106,104:0.50:210
chr14	104645755	rs35751202	G	GC	540.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-2.492;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.086;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=9;PP=290;ReadPosRankSum=0.781;SC=ACCCAGCCCGGCCCACCGTGT;SOR=1.306;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=4;TCR=16;TR=9;WE=104645763;WS=104645745;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,21:0.62:34
chr14	104647004	rs10141693	G	A	551.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.170;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=7.173;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.22;ReadPosRankSum=-1.268;SOR=0.078;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,27:0.50:54
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chr14	104710651	rs7141507	C	T	4672.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.007;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=71;NR=42;PP=2234;ReadPosRankSum=2.089;SC=CGGCTGGCTCCTGGCCTCGAC;SOR=0.612;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=116;TCF=72;TCR=44;TR=113;WE=104710659;WS=104710641;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,174:0.98:177
chr14	104940930	rs28453989	C	T	11070.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=428;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=115;NR=111;PP=2965;SC=CCTCACTCTCCCCTTAGAGCG;SOR=0.703;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=232;TCF=115;TCR=117;TR=226;WE=104940938;WS=104940920;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,422:1.00:422
chr14	104940967	rs28699424	G	A	8928.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=340;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=85;NR=118;PP=2965;SC=AATTAAGCTGGGGGCAAATGG;SOR=0.928;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=205;TCF=86;TCR=119;TR=203;WE=104940975;WS=104940957;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,338:1.00:338
chr14	104941016	rs28715110	G	A	4710.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=35;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=47;NR=87;PP=2807;SC=GAGGATGGGGGACTGCCCGGG;SOR=1.347;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=134;TCF=47;TCR=87;TR=134;WE=104941024;WS=104941006;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,170:1.00:170
chr14	105055118	rs111285011	TGACGGGCAG	T	5458.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.487;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.180;NF=7;NR=36;PP=2984;ReadPosRankSum=-1.650;SC=CCTGCGGCTCTGACGGGCAGG;SOR=0.279;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=55;TCF=7;TCR=48;TR=43;WE=105055134;WS=105055108;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,124:0.99:125
chr14	105060024	rs12879330	A	G	940.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-2.032;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=25;PP=507;ReadPosRankSum=-0.069;SC=CAGGGTCAGAAGCCGTTGGGG;SOR=0.771;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=67;TCF=10;TCR=57;TR=29;WE=105060032;WS=105060014;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,43:0.43:99
chr14	105063203	rs8021732	A	G	173.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-0.115;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.031;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=1;PP=108;ReadPosRankSum=0.840;SC=CACAGTGCACAGTGGGACCAG;SOR=1.214;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=22;TCF=18;TCR=4;TR=9;WE=105063211;WS=105063193;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,10:0.40:25
chr14	105063298	rs8022340	G	C	1123.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.540;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FS=2.481;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.47;ReadPosRankSum=-0.411;SOR=1.091;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:45,53:0.54:98
chr14	105070791	rs3803313	G	T	899.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-2.481;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=7;PP=445;ReadPosRankSum=-1.101;SC=GTCCCTTGCAGAGGAAGAAGA;SOR=0.712;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=65;TCF=51;TCR=14;TR=32;WE=105070799;WS=105070781;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,43:0.52:82
chr14	105150273	rs7153053	C	T	1488.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-1.238;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=14;PP=982;ReadPosRankSum=0.987;SC=GGTTGGGGTGCGGGTGGGTCT;SOR=0.765;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=114;TCF=84;TCR=30;TR=56;WE=105150281;WS=105150263;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,67:0.50:134
chr14	105150580	rs34369401	C	T	1335.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-2.271;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=37;PP=833;ReadPosRankSum=-0.422;SC=GGAGGGACAGCTCGAGGGCTC;SOR=0.781;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=83;TCF=16;TCR=67;TR=45;WE=105150588;WS=105150570;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,56:0.56:100
chr14	105167807	rs4983530	C	T	5198.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=60;NR=43;PP=2164;SC=GCGCGGACCCCGAGCTGTGCA;SOR=0.872;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=104;TCF=60;TCR=44;TR=103;WE=105167815;WS=105167797;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,192:1.00:192
chr14	105170163	rs7145815	G	A	1319.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=0.753;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=20;PP=1452;ReadPosRankSum=0.605;SC=AGTGCAGCAGGGCAGGGTCAG;SOR=0.719;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=71;TCF=38;TCR=33;TR=42;WE=105170183;WS=105170153;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,65:0.52:125
chr14	105170175	rs7146817	T	G	1408.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=0.360;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=4;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=19;PP=1452;ReadPosRankSum=1.317;SC=CAGGGTCAGGTGCTCTGGGTG;SOR=0.649;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=79;TCF=47;TCR=32;TR=44;WE=105170183;WS=105170153;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,68:0.49:140
chr14	105170222	rs7145851	G	A	1940.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.270;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.468;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=24;PP=783;ReadPosRankSum=-0.675;SC=AGTGGCCTCCGAACCCTCTGA;SOR=0.514;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=101;TCF=59;TCR=42;TR=51;WE=105170230;WS=105170212;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:99,97:0.49:196
chr14	105172315	rs79559717	G	A	274.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.696;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=3;PP=121;ReadPosRankSum=-0.330;SC=AGGCTGCCCCGCCTGCGTGTT;SOR=0.590;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=40;TCF=31;TCR=9;TR=12;WE=105172323;WS=105172305;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,18:0.31:59
chr14	105173862	.	ACCCCACCCCCAC	A	2236.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.649;ClippingRankSum=0.000;DP=214;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.064;HP=6;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.826;NF=0;NR=66;PP=2985;ReadPosRankSum=0.526;SC=GCAGGCGTCCACCCCACCCCC;SOR=3.133;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=150;TCF=1;TCR=149;TR=66;WE=105173881;WS=105173852;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,88:0.60:146
chr14	105179043	rs4497619	G	C	1050.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.536;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.868;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=16;PP=630;ReadPosRankSum=0.450;SC=CCTGCTCCTTGTCAGAGACCA;SOR=0.544;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=63;TCF=35;TCR=28;TR=35;WE=105179051;WS=105179033;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,44:0.56:78
chr14	105179194	rs10133301	T	C	2958.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-1.643;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=293;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.423;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=31;PP=915;ReadPosRankSum=-2.343;SC=GGGCACTGGATGAGCTGTTTG;SOR=0.665;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=164;TCF=94;TCR=70;TR=73;WE=105179202;WS=105179184;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:145,147:0.50:292
chr14	105180484	rs9672043	C	T	1209.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.352;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.629;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=21;PP=715;ReadPosRankSum=-0.249;SC=GAGGCTGCACCTGGGCTGGCT;SOR=0.622;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=115;TCF=73;TCR=42;TR=54;WE=105180492;WS=105180474;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,63:0.44:144
chr14	105180565	rs4983535	T	C	2998.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.435;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=347;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=42;PP=1366;ReadPosRankSum=1.528;SC=CTGCAGGAGATCCCGTGGGCA;SOR=0.679;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=195;TCF=105;TCR=90;TR=89;WE=105180573;WS=105180555;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:193,152:0.44:345
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chr14	105185083	rs138798126	TAC	T	2154.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.711;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.256;NF=9;NR=20;PP=1131;ReadPosRankSum=1.064;SC=CCTGATATTGTACCCAGCAAA;SOR=0.684;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=65;TCF=21;TCR=44;TR=29;WE=105185092;WS=105185073;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:91,59:0.39:150
chr14	105196235	rs34672588	G	A	1821.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.03;SOR=1.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr14	105196365	rs33958252	T	C	6879.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.63;DB;DP=271;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=60;NR=69;PP=2517;SC=GAGTCTCCAGTTACTGAGTGG;SOR=0.739;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=129;TCF=60;TCR=69;TR=129;WE=105196373;WS=105196355;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,264:1.00:264
chr14	105201596	rs7149183	T	C	980.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=23;PP=645;SC=AGCCTCCACCTGCCCCACCAG;SOR=1.609;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=10;TCR=23;TR=33;WE=105201604;WS=105201586;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr14	105206172	rs71421880	T	A	1765.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.746;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.499;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=29;PP=671;ReadPosRankSum=-0.447;SC=GCCGGGACACTCTCACCCTCG;SOR=0.636;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=138;TCF=62;TCR=76;TR=53;WE=105206180;WS=105206162;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:125,94:0.43:219
chr14	105207040	rs12894569	C	T	6447.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.551;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=716;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=92;NR=127;PP=2962;ReadPosRankSum=0.097;SC=ATGAGTTTTCCTCCAGGTACC;SOR=0.711;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=456;TCF=195;TCR=261;TR=219;WE=105207048;WS=105207030;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:373,319:0.46:692
chr14	105207134	rs3803307	A	G	8088.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=301;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=83;NR=142;PP=2965;SC=GAGGACCAGCATGGACCATGA;SOR=1.238;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=225;TCF=83;TCR=142;TR=225;WE=105207142;WS=105207124;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,293:1.00:293
chr14	105208037	rs4983539	A	C	1795.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=45;NR=4;PP=1271;SC=CGGCCACTCCACCAGGACAGG;SOR=3.461;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=50;TCF=45;TCR=5;TR=49;WE=105208045;WS=105208027;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr14	105208057	rs4983384	C	T	648.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-2.581;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.293;HP=3;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=5;PP=396;ReadPosRankSum=-1.108;SC=GCCAGGCTGGCGACCCCACGG;SOR=0.437;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=61;TCF=50;TCR=11;TR=25;WE=105208065;WS=105208047;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,31:0.41:75
chr14	105208393	rs75268661	G	A	346.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=0.133;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.284;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=11;PP=180;ReadPosRankSum=-0.456;SC=CCAGGCAGGGGTGCCGGGGGT;SOR=0.919;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=41;TCF=10;TCR=31;TR=13;WE=105208401;WS=105208383;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,18:0.38:47
chr14	105209504	.	C	T	6123.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.475;ClippingRankSum=0.000;DP=726;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=107;NR=89;PP=2828;ReadPosRankSum=1.274;SC=CTAAGATATGCTCACATGGTC;SOR=0.673;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=445;TCF=248;TCR=197;TR=196;WE=105209512;WS=105209494;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:406,314:0.44:720
chr14	105211426	rs7155192	G	A	812.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=28.03;SOR=2.226;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr14	105213101	rs76912679	G	A	801.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=2.422;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.890;HP=3;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=4;PP=469;ReadPosRankSum=1.245;SC=CCTGTTTTCCGCTGCGGGAGG;SOR=0.352;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=56;TCF=50;TCR=6;TR=27;WE=105213109;WS=105213091;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,35:0.49:71
chr14	105213343	rs6644	A	G	8806.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.107;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=346;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.445;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=90;NR=144;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.961;SC=TGTTTTAGTCACAGACTGAGC;SOR=0.945;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=237;TCF=92;TCR=145;TR=234;WE=105213351;WS=105213333;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,330:0.99:333
chr14	105213376	rs10254	C	T	2645.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=1.308;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=235;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.106;HP=2;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=68;PP=1503;ReadPosRankSum=-0.604;SC=GCCCTGGCAGCGTCTGGACTT;SOR=0.811;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=182;TCF=54;TCR=128;TR=94;WE=105213384;WS=105213366;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:106,121:0.53:227
chr14	105219467	rs3809453	A	G	1357.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=37;NR=12;PP=981;SC=ATGGGCGCGCAGCTGTGACGT;SOR=2.170;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=49;TCF=37;TCR=12;TR=49;WE=105219475;WS=105219457;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr14	105219976	rs12889167	T	C	3071.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=57;NR=22;PP=1721;SC=CCTGGTGCTTTCTCAGGACTG;SOR=1.675;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=79;TCF=57;TCR=22;TR=79;WE=105219984;WS=105219966;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr14	105220210	rs7151424	G	A	4660.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=29;NR=78;PP=2241;SC=GCCACAGGTGGTCGGGGCAGG;SOR=1.596;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=107;TCF=29;TCR=78;TR=107;WE=105220218;WS=105220200;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,171:1.00:171
chr14	105222037	rs1132975	C	T	1848.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=1.269;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.554;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=23;PP=815;ReadPosRankSum=-0.080;SC=AAGGCTGTGCCGTCGTTCACC;SOR=0.613;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=100;TCF=60;TCR=40;TR=54;WE=105222045;WS=105222027;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,88:0.49:178
chr14	105223194	rs34992074	C	CAT	2965.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQ=60.47;NF=5;NR=31;PP=1869;SC=AGAACACACACGTGTGGCCCC;SOR=1.263;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=36;TCF=5;TCR=31;TR=36;WE=105223202;WS=105223184;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr14	105223495	rs35550015	G	C	434.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-2.190;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.317;HP=2;HapScore=2;MGOF=30;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=2;PP=267;ReadPosRankSum=-0.922;SC=TTTGGTTGTAGACCCTCTCAG;SOR=1.402;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=35;TCF=28;TCR=7;TR=16;WE=105223503;WS=105223485;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,19:0.46:41
chr14	105223525	rs12590163	T	C	2604.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.262;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=17;PP=1562;ReadPosRankSum=1.018;SC=GGAGTGTTTGTGTAGTCTCCC;SOR=0.871;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=73;TCF=56;TCR=17;TR=72;WE=105223533;WS=105223515;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,92:0.99:93
chr14	105223694	rs143402483	CAT	C	9098.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.440;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=532;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.104;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=2.199;NF=20;NR=69;PP=2964;ReadPosRankSum=3.729;SC=CATCCAGACACATGTGGAACT;SOR=0.616;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=212;TCF=42;TCR=170;TR=89;WE=105223703;WS=105223684;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:288,240:0.45:528
chr14	105223853	rs35165446	T	C	862.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-2.100;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.688;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=29;PP=554;ReadPosRankSum=-0.926;SC=CGGAGAGCCCTGGGCAGGGGG;SOR=0.344;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=63;TCF=13;TCR=50;TR=38;WE=105223861;WS=105223843;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,40:0.62:65
chr14	105225620	rs10142660	G	T	2597.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-4.191;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.187;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=32;PP=1417;ReadPosRankSum=1.758;SC=CTAGACTGATGATGCCCGCAG;SOR=0.466;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=166;TCF=116;TCR=50;TR=95;WE=105225628;WS=105225610;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:92,118:0.56:210
chr14	105233095	rs2498804	C	A	2092.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.090;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.997;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=38;PP=913;ReadPosRankSum=-1.479;SC=TCTAAGTGCTCAAGTCACTTT;SOR=0.908;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=125;TCF=46;TCR=79;TR=57;WE=105233103;WS=105233085;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:123,105:0.46:228
chr14	105238591	rs55839843	CCTGAG	C	1422.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.256;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.014;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.015;NF=15;NR=3;PP=1340;ReadPosRankSum=-2.435;SC=GCAGCAGGCTCCTGAGGTGAG;SOR=0.880;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=42;TCF=30;TCR=12;TR=18;WE=105238612;WS=105238581;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,35:0.51:69
chr14	105238604	rs2498800	C	T	1482.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-2.584;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.051;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=5;PP=1360;ReadPosRankSum=-0.931;SC=GAGGTGAGGGCGAGTGTGTGG;SOR=0.432;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=63;TCF=49;TCR=14;TR=25;WE=105238612;WS=105238581;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,41:0.51:81
chr14	105239192	rs2494732	T	C	424.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=2.037;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=2;PP=258;ReadPosRankSum=0.747;SC=GTGTAGCCTGTAGCTGGGATG;SOR=0.544;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=38;TCF=34;TCR=4;TR=16;WE=105239200;WS=105239182;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,19:0.40:47
chr14	105239894	rs1130233	C	T	1510.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.713;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FS=5.916;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.26;ReadPosRankSum=0.907;SOR=0.418;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:118,90:0.43:208
chr14	105240344	.	G	A	3595.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=2.205;ClippingRankSum=0.000;DP=366;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.356;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=55;PP=1673;ReadPosRankSum=-1.834;SC=CTGGAACTGCGGCCCCACAGG;SOR=0.679;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=197;TCF=99;TCR=98;TR=102;WE=105240352;WS=105240334;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:187,174:0.48:361
chr14	105241378	rs3730346	C	T	4611.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-2.029;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=418;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.103;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=90;NR=59;PP=2307;ReadPosRankSum=1.516;SC=ACCCCGCACCCTCATCTCCAC;SOR=0.810;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=280;TCF=167;TCR=113;TR=149;WE=105241386;WS=105241368;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:191,221:0.54:412
chr14	105242228	rs2498797	T	C	1837.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=4.252;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.801;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=51;PP=1190;ReadPosRankSum=1.267;SC=CAAGCGTGGTTCCACAGCTGT;SOR=0.813;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=110;TCF=15;TCR=95;TR=58;WE=105242236;WS=105242218;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,73:0.54:135
chr14	105242831	rs3001371	C	T	541.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-2.245;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.237;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=3;PP=262;ReadPosRankSum=-1.776;SC=CCAAACCCCACAGGCAGGACT;SOR=0.100;SbPval=0.24;Source=Platypus;TC=40;TCF=36;TCR=4;TR=17;WE=105242839;WS=105242827;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,26:0.48:54
chr14	105242966	rs2494735	T	C	2799.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.440;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=344;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=33;PP=829;ReadPosRankSum=-0.791;SC=GCTGCCCAAGTGCCTGGCCTG;SOR=0.704;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=212;TCF=120;TCR=92;TR=78;WE=105242974;WS=105242956;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:191,148:0.44:339
chr14	105246325	rs2494737	T	A	981.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-2.402;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=10;PP=625;ReadPosRankSum=0.416;SC=AGCCCAGGACTTGGAGGCTCC;SOR=0.709;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=67;TCF=49;TCR=18;TR=38;WE=105246333;WS=105246315;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,44:0.57:77
chr14	105246407	rs3730358	G	A	2488.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.546;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.318;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=29;PP=1339;ReadPosRankSum=0.122;SC=AATCCCGAGAGGCCAAGGGGA;SOR=0.862;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=155;TCF=97;TCR=58;TR=83;WE=105246415;WS=105246397;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:103,118:0.53:221
chr14	105258892	rs2494748	C	T	6682.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.706;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=580;ExcessHet=3.0103;FS=0.526;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.64;ReadPosRankSum=1.888;SOR=0.742;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:260,314:0.55:574
chr14	105258892	.	CA	TG	2944	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;FR=0.5000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=117;NR=81;PP=2944;QD=20;SC=CTACTACCCCCATCTCTCCCT;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=352;TCF=207;TCR=145;TR=198;WE=105258901;WS=105258882;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:154,198:0.56:352
chr14	105258893	rs2494749	A	G	21152.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=596;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=35.85;SOR=1.028;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,590:1.00:590
chr14	105267579	rs12878684	A	G	11276.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=445;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=131;NR=122;PP=2965;SC=GCCGCCTGAGACAGCAGCGCG;SOR=0.795;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=253;TCF=131;TCR=122;TR=253;WE=105267587;WS=105267569;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,431:1.00:431
chr14	105268104	rs10141867	G	A	3355.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-1.480;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=356;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=50;PP=1343;ReadPosRankSum=-1.334;SC=CCCTGGACCTGTCGTTGAAGT;SOR=0.712;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=211;TCF=95;TCR=116;TR=91;WE=105268112;WS=105268094;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:178,167:0.48:345
chr14	105268228	rs4983387	G	A	7712.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=294;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=71;NR=81;PP=2965;SC=CTCACTGTCCGAACAGGAGGA;SOR=0.772;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=152;TCF=71;TCR=81;TR=152;WE=105268236;WS=105268218;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,289:1.00:289
chr14	105309252	rs12895703	T	C	5078.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=46.59;SOR=1.813;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr14	105309256	rs12894371	A	T	5078.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.04;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr14	105309608	rs12878750	C	T	1537.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=41;PP=1169;SC=TGATGGTCTGCGGGTGTGAGC;SOR=3.215;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=49;TCF=8;TCR=41;TR=49;WE=105309616;WS=105309598;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr14	105335049	rs12431850	C	T	236.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=2.013;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=6;PP=147;ReadPosRankSum=0.167;SC=CCGGATGCACCGAGGGCTCTG;SOR=0.409;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=18;TCF=6;TCR=12;TR=10;WE=105335057;WS=105335039;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,11:0.50:22
chr14	105344111	rs78118267	G	A	112.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=1.385;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.871;HP=6;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=5;PP=620;ReadPosRankSum=-0.666;SC=TGGTGCCCCCGCGGCCCTGCC;SOR=0.754;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=77;TCF=63;TCR=14;TR=37;WE=105344119;WS=105344107;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,7:0.37:19
chr14	105344157	rs75824199	G	A	282.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.446;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=25;PP=901;ReadPosRankSum=0.038;SC=ACCACCCTGCGGCCCTGCCCA;SOR=1.112;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=127;TCF=74;TCR=53;TR=59;WE=105344165;WS=105344147;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,16:0.50:32
chr14	105344188	rs370824172	TCCCC	T	941.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.029;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=26.91;ReadPosRankSum=-0.200;SOR=1.075;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,25:0.71:35
chr14	105344293	rs61995995	C	T	9629.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=0.167;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=511;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.443;HP=2;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.972;NF=70;NR=82;PP=2561;ReadPosRankSum=0.151;SC=TCATCCGCTTCGGCTACGATA;SOR=0.766;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=286;TCF=141;TCR=145;TR=152;WE=105344301;WS=105344283;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:241,257:0.52:498
chr14	105344318	rs2304758	G	A	9758.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=0.500;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=540;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.428;HP=1;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.983;NF=75;NR=84;PP=2261;ReadPosRankSum=0.179;SC=GCCCCTGAGCGTCCCTCCTCC;SOR=0.759;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=310;TCF=155;TCR=155;TR=159;WE=105344326;WS=105344308;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:259,270:0.51:529
chr14	105344347	rs2304757	C	G	4710.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=1.455;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=485;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.720;HP=3;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=71;NR=80;PP=2114;ReadPosRankSum=-0.023;SC=TTCTCAGTCCCCAGGACCACA;SOR=0.758;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=311;TCF=153;TCR=158;TR=151;WE=105344355;WS=105344337;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:243,238:0.49:481
chr14	105344419	rs34009344	A	G	1833.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.729;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.910;HP=2;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=51;PP=1172;ReadPosRankSum=-0.991;SC=ACAGAGCACCAAGGATGACCC;SOR=1.073;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=142;TCF=34;TCR=108;TR=63;WE=105344427;WS=105344409;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:97,80:0.45:177
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chr14	105344761	rs41317300	C	T	4941.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.829;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=507;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.100;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=69;NR=68;PP=2014;ReadPosRankSum=-1.074;SC=GCTCTGTGTTCGCCTTAACAC;SOR=0.605;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=283;TCF=148;TCR=135;TR=137;WE=105344769;WS=105344751;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:253,245:0.49:498
chr14	105344872	rs61995998	C	T	1653.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=3.735;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.667;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=43;PP=1051;ReadPosRankSum=1.646;SC=GGCTCAGCCACGAGGGCTCAG;SOR=1.001;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=130;TCF=43;TCR=87;TR=62;WE=105344880;WS=105344862;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:99,76:0.43:175
chr14	105346632	rs72700176	G	A	3041.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-0.861;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=302;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.419;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=32;PP=1115;ReadPosRankSum=-0.351;SC=AGCATGAAAAGTACACCAGCC;SOR=0.737;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=159;TCF=91;TCR=68;TR=77;WE=105346640;WS=105346617;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:152,149:0.50:301
chr14	105349220	rs2028415	T	G	1167.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=2.785;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.766;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=18;PP=729;ReadPosRankSum=-0.214;SC=CAGAGGGTGGTGTGTGAAGGG;SOR=0.700;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=67;TCF=36;TCR=31;TR=36;WE=105349228;WS=105349210;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,50:0.52:96
chr14	105349388	rs2028414	A	C	2573.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.038;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=296;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.962;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=39;PP=1070;ReadPosRankSum=-0.198;SC=CCAAGGGACCAGTGCAGCAGG;SOR=0.584;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=182;TCF=101;TCR=81;TR=83;WE=105349396;WS=105349378;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:160,129:0.45:289
chr14	105349877	rs10145119	C	T	2110.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.295;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FS=3.131;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.26;ReadPosRankSum=1.171;SOR=0.412;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,55:0.63:87
chr14	105349886	rs10145122	C	T	2081.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.478;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FS=2.130;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=26.35;ReadPosRankSum=-0.113;SOR=0.454;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,53:0.67:79
chr14	105349897	rs10145031	A	G	1223.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=2.345;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.821;HP=2;HapScore=3;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=25;PP=2406;ReadPosRankSum=-0.918;SC=AGGGGACCGGACTTTGGCTGG;SOR=0.350;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=55;TCF=15;TCR=40;TR=36;WE=105349905;WS=105349867;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,49:0.70:70
chr14	105350133	rs144916387	C	T	1015.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.073;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.924;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=5;PP=516;ReadPosRankSum=2.004;SC=TCCTTTCTCTCGGCCTGACAA;SOR=0.566;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=60;TCF=48;TCR=12;TR=27;WE=105350141;WS=105350123;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,44:0.52:85
chr14	105350355	rs2841236	A	G	4839.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.450;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=644;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=69;NR=69;PP=1965;ReadPosRankSum=-0.284;SC=ACGAGGACACACCCCGAAAGA;SOR=0.693;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=356;TCF=179;TCR=177;TR=138;WE=105350363;WS=105350345;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:377,258:0.41:635
chr14	105350799	rs9788593	C	T	2400.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.314;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=296;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.522;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=50;PP=1266;ReadPosRankSum=0.749;SC=AGGAGGAGGACGACAGCCTCA;SOR=0.504;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=182;TCF=59;TCR=123;TR=76;WE=105350807;WS=105350789;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:158,128:0.45:286
chr14	105350868	rs9788594	C	T	2902.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.551;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=249;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-1.103;NF=32;NR=51;PP=1183;ReadPosRankSum=-0.521;SC=TGGAGGAGGCCCGGAAGATGA;SOR=0.663;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=171;TCF=62;TCR=109;TR=83;WE=105350876;WS=105350858;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:137,111:0.45:248
chr14	105350930	rs9788596	G	A	1537.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.716;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.796;HP=6;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-1.068;NF=11;NR=27;PP=497;ReadPosRankSum=0.174;SC=GGAACGGGGGGGTGGAGGCGA;SOR=0.861;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=91;TCF=26;TCR=65;TR=38;WE=105350938;WS=105350914;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,43:0.46:94
chr14	105351579	rs72700189	G	A	381.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=0.211;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.837;HP=3;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=4;PP=203;ReadPosRankSum=-0.632;SC=TGCATGTCCCGGCCACCAGCC;SOR=0.223;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=30;TCF=24;TCR=6;TR=15;WE=105351587;WS=105351569;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,18:0.55:33
chr14	105351637	rs2582549	A	G	915.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.129;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.813;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=14;PP=531;ReadPosRankSum=-0.672;SC=GGGGGTGGCCAGTGTCAGTGG;SOR=0.588;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=67;TCF=44;TCR=23;TR=38;WE=105351645;WS=105351627;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,45:0.51:88
chr14	105351673	rs894038	C	T	1339.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.378;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.600;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=24;PP=781;ReadPosRankSum=2.041;SC=GCTTCTCTGACCCTCGGTGCC;SOR=0.601;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=100;TCF=59;TCR=41;TR=54;WE=105351681;WS=105351663;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,68:0.44:156
chr14	105352255	rs2251389	T	A	2782.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.131;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=334;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=42;PP=1599;ReadPosRankSum=-2.259;SC=CGGCAGGCCCTGGGTGGCGCG;SOR=0.698;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=220;TCF=131;TCR=89;TR=103;WE=105352263;WS=105352245;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:181,142:0.44:323
chr14	105352536	rs7144557	C	T	1742.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.216;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.190;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=32;PP=751;ReadPosRankSum=-0.313;SC=TGACCACGGACACAGGCTGCC;SOR=0.500;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=98;TCF=34;TCR=64;TR=50;WE=105352544;WS=105352526;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,82:0.57:143
chr14	105354293	rs2582548	A	G	2100.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.730;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.610;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=42;PP=1044;ReadPosRankSum=-0.540;SC=GGGCCCGCTCAGGCAGTGCCC;SOR=0.836;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=138;TCF=60;TCR=78;TR=71;WE=105354301;WS=105354283;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:124,106:0.46:230
chr14	105356137	rs2919629	G	C	2466.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.259;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=293;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.538;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=71;PP=1726;ReadPosRankSum=1.524;SC=GTGCCAGTGCGTTTTCTTGAG;SOR=0.795;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=214;TCF=64;TCR=150;TR=100;WE=105356145;WS=105356127;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:149,125:0.46:274
chr14	105356241	.	A	G	117	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=26;MMLQ=22;MQ=60.0;NF=2;NR=6;PP=117;QD=18.9714015684;SC=ATGGATGGACAAATGGATGGA;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=16;TCF=3;TCR=13;TR=8;WE=105356249;WS=105356231;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:8,8:0.50:16
chr14	105359305	rs3742938	GG	AC	4298.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=-1.889;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.612;HP=2;HapScore=2;JOINED;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=28;PP=1659;ReadPosRankSum=3.524;SC=CTTTCCTGCCGGCTGCAGGCT;SOR=0.634;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=115;TCF=61;TCR=54;TR=54;WE=105359314;WS=105359295;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:114,112:0.50:226
chr14	105359827	rs2247712	T	C	2556.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.237;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=243;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.497;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=26;PP=1375;ReadPosRankSum=1.824;SC=AGCCTCTGCCTGGGGCCCACG;SOR=0.742;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=176;TCF=123;TCR=53;TR=88;WE=105359835;WS=105359817;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:119,117:0.50:236
chr14	105360746	rs2841244	T	C	2241.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.384;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=235;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.033;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=56;PP=1252;ReadPosRankSum=0.338;SC=CCCCTTGGCCTGCCCCCAGCC;SOR=0.776;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=186;TCF=74;TCR=112;TR=88;WE=105360754;WS=105360736;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:121,109:0.47:230
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chr14	105395374	rs117751669	G	A	695.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=0.779;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.013;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=19;PP=504;ReadPosRankSum=0.426;SC=GGCTCAGCTTGGTGGTAGGGT;SOR=1.314;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=47;TCF=18;TCR=29;TR=28;WE=105395382;WS=105395364;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,29:0.56:52
chr14	105395446	rs80117472	G	A	309.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-4.016;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.154;HP=1;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=11;PP=180;ReadPosRankSum=-2.504;SC=GTGTCAAGGAGCTGGGCCTCT;SOR=1.828;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=22;TCF=5;TCR=17;TR=13;WE=105395454;WS=105395444;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,13:0.59:22
chr14	105396269	rs75364586	C	T	6160.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-2.592;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=721;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.525;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=106;NR=78;PP=2431;ReadPosRankSum=-0.026;SC=ATGAAGCTAGCACTTAGCAAG;SOR=0.768;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=432;TCF=240;TCR=192;TR=184;WE=105396277;WS=105396259;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:394,319:0.45:713
chr14	105398392	rs74316182	G	A	7137.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.085;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=655;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.102;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=118;NR=95;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.371;SC=GGCAGCCTTCGGCAAGGGCGT;SOR=0.807;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=412;TCF=219;TCR=193;TR=213;WE=105398400;WS=105398382;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:305,344:0.53:649
chr14	105398544	rs61745186	A	G	5272.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.470;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=493;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.522;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=82;NR=99;PP=2962;ReadPosRankSum=0.852;SC=CGGGCGTGGGAAAGGCGGCCC;SOR=0.780;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=343;TCF=161;TCR=182;TR=181;WE=105398552;WS=105398534;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:240,240:0.50:480
chr14	105398698	rs117846862	C	A	2515.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=2.078;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=266;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=55;PP=1362;ReadPosRankSum=-0.055;SC=CATAGGTGAGCGCGATCAGAT;SOR=0.720;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=184;TCF=66;TCR=118;TR=87;WE=105398706;WS=105398688;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:140,122:0.47:262
chr14	105398787	rs2582533	G	C	1271.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=39;PP=895;SC=CACCTCAGGAGGGAGGGGCTG;SOR=3.611;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=45;TCF=5;TCR=40;TR=44;WE=105398795;WS=105398777;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr14	105404384	rs1048257	T	C	3427.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=45;NR=18;PP=1309;SC=TCTCTTGTACTGATGAGCCAT;SOR=1.092;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=65;TCF=46;TCR=19;TR=63;WE=105404392;WS=105404374;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chr14	105405599	rs3742935	G	C	7123.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=270;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=103;NR=86;PP=2965;SC=CTGGGGGCAGGGAAGGAGAAC;SOR=0.837;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=189;TCF=103;TCR=86;TR=189;WE=105405607;WS=105405589;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,266:1.00:266
chr14	105405942	rs28454709	G	A	9056.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-1.619;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=331;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.287;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=131;NR=113;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.544;SC=CAGCAGTGGAGAGGTGCAGCT;SOR=0.435;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=245;TCF=131;TCR=114;TR=244;WE=105405950;WS=105405932;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,323:1.00:324
chr14	105406238	rs2819419	A	C	13090.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=2.124;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=481;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=131;NR=174;PP=2965;ReadPosRankSum=0.422;SC=TCCTGCGAGTACTTGGTCATG;SOR=0.507;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=307;TCF=133;TCR=174;TR=305;WE=105406246;WS=105406228;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,477:1.00:478
chr14	105406372	rs61421370	C	T	3062.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=2.607;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=326;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.615;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=52;PP=1527;ReadPosRankSum=0.211;SC=TGGGACATCCCCGAGCCCACA;SOR=1.022;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=184;TCF=81;TCR=103;TR=82;WE=105406380;WS=105406362;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:177,146:0.45:323
chr14	105407031	rs11623422	A	G	10793.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.827;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=411;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=127;NR=154;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.918;SC=CTGGGCCCTGAGACACACAGG;SOR=0.860;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=281;TCF=127;TCR=154;TR=281;WE=105407039;WS=105407021;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,399:1.00:401
chr14	105407208	rs11851053	T	C	7678.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=291;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=105;NR=84;PP=2965;SC=TAGGAAAAGATACCTGACCAA;SOR=0.850;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=189;TCF=105;TCR=84;TR=189;WE=105407216;WS=105407198;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,285:1.00:285
chr14	105407327	rs77215854	G	A	1959.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.525;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=239;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.610;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=36;PP=1195;ReadPosRankSum=-0.168;SC=TTGGGAAGAGGAATATCAGCC;SOR=0.569;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=159;TCF=74;TCR=85;TR=73;WE=105407335;WS=105407317;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:141,95:0.40:236
chr14	105407525	rs76611205	G	A	3672.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.338;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=387;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.375;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=68;NR=51;PP=1751;ReadPosRankSum=0.314;SC=TGCATGGATGGCTCTGAACAA;SOR=0.735;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=246;TCF=136;TCR=110;TR=119;WE=105407533;WS=105407515;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:193,180:0.48:373
chr14	105407798	rs4465542	T	C	12737.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.803;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=496;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=164;NR=171;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.220;SC=ATGGGAAATGTGGAAGTCTTC;SOR=0.735;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=338;TCF=165;TCR=173;TR=335;WE=105407806;WS=105407788;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,486:1.00:488
chr14	105408182	rs9672139	T	G	3268.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=2.473;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=290;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=45;PP=1856;ReadPosRankSum=-0.027;SC=ACCTCGGGCATGTGGCCTTCT;SOR=0.693;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=201;TCF=114;TCR=87;TR=103;WE=105408190;WS=105408172;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:143,143:0.50:286
chr14	105408315	rs28600075	T	C	14279.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.898;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=540;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=204;NR=171;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.938;SC=CCTCCATCTTTGGCGCAGACA;SOR=0.804;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=380;TCF=206;TCR=174;TR=375;WE=105408323;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,532:1.00:534
chr14	105408811	rs2819421	A	G	12381.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=479;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=194;NR=156;PP=2965;SC=CTCCACCTTCAGCGCAGACAC;SOR=0.897;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=350;TCF=194;TCR=156;TR=350;WE=105408819;WS=105408801;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,472:1.00:472
chr14	105408955	rs2819422	A	G	14490.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.818;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=546;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=-0.297;NF=168;NR=187;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.087;SC=CTCCAGCCGCACACTGTCCAG;SOR=0.750;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=357;TCF=169;TCR=188;TR=355;WE=105408963;WS=105408945;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,543:1.00:545
chr14	105409907	rs10141053	T	C	5109.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.372;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=557;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-1.301;NF=91;NR=90;PP=2357;ReadPosRankSum=1.995;SC=TTGGCCGTCATGTCCTTGTCG;SOR=0.681;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=349;TCF=175;TCR=174;TR=181;WE=105409915;WS=105409897;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:288,258:0.47:546
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chr14	105410411	rs11160825	C	T	14929.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.896;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=569;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=19.379;NF=200;NR=172;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.093;SC=ACATCCTTGTCGGCCAGGGAC;SOR=0.650;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=434;TCF=230;TCR=204;TR=372;WE=105410443;WS=105410401;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:9,558:0.98:567
chr14	105410775	rs2819424	A	G	15021.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=576;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=205;NR=158;PP=2965;SC=GGAGACTCACATCGGCTTCCA;SOR=0.878;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=365;TCF=206;TCR=159;TR=363;WE=105410783;WS=105410765;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,575:1.00:575
chr14	105410827	rs28380382	C	T	17011.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=623;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=221;NR=190;PP=2965;SC=CATGGACTTCCCTGGGGCCGA;SOR=0.809;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=414;TCF=222;TCR=192;TR=411;WE=105410835;WS=105410817;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,616:1.00:616
chr14	105411153	rs34499888	G	A	3085.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.078;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=299;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.520;HP=3;HapScore=4;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.993;NF=50;NR=46;PP=2962;ReadPosRankSum=0.186;SC=CCTCGGGCACGGGGCCCTCCA;SOR=0.681;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=210;TCF=104;TCR=106;TR=96;WE=105411170;WS=105411143;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:149,145:0.49:294
chr14	105411162	rs61316883	C	T	3108.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.609;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=295;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.940;HP=1;HapScore=4;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-1.003;NF=54;NR=60;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.071;SC=CGGGGCCCTCCAGGAGTTCCA;SOR=0.743;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=213;TCF=104;TCR=109;TR=114;WE=105411170;WS=105411143;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:147,144:0.49:291
chr14	105411700	rs4264326	A	G	12015.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-2.184;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=455;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=-0.033;NF=168;NR=134;PP=2965;ReadPosRankSum=0.790;SC=CTCCAGGTCCACAGAAGGGAG;SOR=0.885;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=304;TCF=169;TCR=135;TR=302;WE=105411708;WS=105411690;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,452:1.00:454
chr14	105411781	rs10438247	G	A	17372.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=642;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=207;NR=177;PP=2965;SC=CTCCGCCTTCGGCGCAGACAC;SOR=0.799;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=387;TCF=210;TCR=177;TR=384;WE=105411789;WS=105411771;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,634:1.00:634
chr14	105411957	rs373797895	G	A	890.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.390;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=367;ExcessHet=3.0103;FS=54.029;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.68;MQRankSum=-14.476;QD=2.43;ReadPosRankSum=-4.556;SOR=3.378;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:316,50:0.14:366
chr14	105411971	rs28737397	T	C	652.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.004;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=336;ExcessHet=3.0103;FS=61.856;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.62;MQRankSum=-16.356;QD=1.95;ReadPosRankSum=-5.160;SOR=4.552;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:298,37:0.11:335
chr14	105412005	rs28564728	A	G	446.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.531;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FS=0.788;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.51;MQRankSum=-15.098;QD=1.94;ReadPosRankSum=-2.562;SOR=0.554;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:204,26:0.11:230
chr14	105412009	rs28714612	A	G	446.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.670;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FS=1.682;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.45;MQRankSum=-14.829;QD=2.01;ReadPosRankSum=-1.565;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:196,26:0.12:222
chr14	105412066	rs77154428	C	T	511.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.003;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.46;MQRankSum=-9.983;QD=3.63;ReadPosRankSum=4.735;SOR=0.625;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:105,36:0.26:141
chr14	105412541	rs12433837	CA	TG	8301.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.373;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=-1.945;NF=43;NR=103;PP=2947;ReadPosRankSum=0.429;SC=GGGCCCTTGACATCTATCTGG;SOR=1.489;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=158;TCF=50;TCR=108;TR=146;WE=105412569;WS=105412531;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,192:0.99:194
chr14	105412554	rs12436986	T	G	7209.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.031;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FS=2.587;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=45.75;MQRankSum=-2.638;QD=47.43;ReadPosRankSum=1.829;SOR=1.641;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,150:0.99:152
chr14	105412561	rs3000771	C	T	6304.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.928;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=46.10;MQRankSum=-1.743;QD=44.71;ReadPosRankSum=1.518;SOR=0.613;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,140:0.99:141
chr14	105413057	.	GA	TG	106.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.908;ClippingRankSum=0.000;DP=344;ExcessHet=3.0103;FS=10.058;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.38;MQRankSum=-13.290;QD=0.32;ReadPosRankSum=2.427;SOR=1.084;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:312,26:0.08:338
chr14	105413142	rs200865013	TG	CA	406.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.123;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=285;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.29;MQRankSum=-3.563;QD=1.44;ReadPosRankSum=-0.813;SOR=0.634;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:254,29:0.10:283
chr14	105413204	rs2582514	G	T	14187.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=326;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=141;NR=96;PP=2965;SC=GGCTGAATGCGGATGTCAGTG;SOR=1.036;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=237;TCF=141;TCR=96;TR=237;WE=105413212;WS=105413194;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,322:1.00:322
chr14	105413223	rs55797226	A	G	15176.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=372;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=149;NR=113;PP=2965;SC=TGGTCTTAAGATCCCCTTGCA;SOR=0.950;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=262;TCF=149;TCR=113;TR=262;WE=105413231;WS=105413213;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,364:1.00:364
chr14	105413790	rs11848564	G	A	6969.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.221;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=684;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.088;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=98;NR=108;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.722;SC=ACGCCTCGATGGACTCGCCTG;SOR=0.739;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=425;TCF=210;TCR=215;TR=206;WE=105413798;WS=105413780;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:347,332:0.49:679
chr14	105414238	rs60754080	C	A	20840.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.937;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=488;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=-0.511;NF=194;NR=151;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.966;SC=GGAGAGGCTCCCGTCGGCCTC;SOR=0.303;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=354;TCF=195;TCR=159;TR=345;WE=105414260;WS=105414228;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,482:1.00:483
chr14	105414252	rs60106058	C	T	21909.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.457;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=542;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=-0.713;NF=211;NR=162;PP=2965;ReadPosRankSum=0.224;SC=CGGCCTCCACCTTCGGCGCAG;SOR=0.159;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=377;TCF=213;TCR=164;TR=373;WE=105414260;WS=105414228;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,535:1.00:537
chr14	105414280	rs2819429	T	G	17401.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=666;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQ=58.41;NF=246;NR=199;PP=2965;SC=CACCGAGGCCTCGATGGACTT;SOR=0.880;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=445;TCF=246;TCR=199;TR=445;WE=105414288;WS=105414270;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,661:1.00:661
chr14	105414629	rs72702027	G	A	9215.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=329;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=125;NR=112;PP=2965;SC=GGGCCCTCTGGGAGTTTCACA;SOR=0.770;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=237;TCF=125;TCR=112;TR=237;WE=105414637;WS=105414619;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,324:1.00:324
chr14	105414790	rs2582513	A	G	16722.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=615;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=194;NR=178;PP=2965;SC=GGACTTGCCAAGGGCAGACAC;SOR=0.743;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=372;TCF=194;TCR=178;TR=372;WE=105414798;WS=105414780;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,609:1.00:609
chr14	105414810	rs10145032	C	G	17138.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=629;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=195;NR=175;PP=2965;SC=CCCCAAACGACAGCATCTTGA;SOR=0.763;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=370;TCF=195;TCR=175;TR=370;WE=105414818;WS=105414800;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,621:1.00:621
chr14	105415200	rs10145566	G	C	2294.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.824;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=249;ExcessHet=3.0103;FS=1.574;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.46;MQRankSum=-7.356;QD=9.29;ReadPosRankSum=0.854;SOR=0.590;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:152,95:0.38:247
chr14	105415229	rs10134675	T	C	2343.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.143;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=285;ExcessHet=3.0103;FS=0.968;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.96;MQRankSum=-10.487;QD=8.22;ReadPosRankSum=-0.177;SOR=0.604;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:191,94:0.33:285
chr14	105415242	rs200922560	C	T	820.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.892;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=309;ExcessHet=3.0103;FS=1.336;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.03;MQRankSum=-14.460;QD=2.66;ReadPosRankSum=3.068;SOR=0.834;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:269,40:0.13:309
chr14	105415250	rs201959909	G	C	949.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.008;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=307;ExcessHet=3.0103;FS=2.059;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.78;MQRankSum=-14.363;QD=3.09;ReadPosRankSum=3.908;SOR=0.887;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:264,43:0.14:307
chr14	105415264	rs201041268	GA	AT	919.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.821;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=323;ExcessHet=3.0103;FS=2.046;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.76;MQRankSum=-14.165;QD=2.85;ReadPosRankSum=5.772;SOR=0.879;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:280,43:0.13:323
chr14	105415352	rs12890949	G	C	11002.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=420;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=157;NR=126;PP=2965;SC=TTGGTAGTCAGGTCCTTGTTG;SOR=0.830;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=287;TCF=159;TCR=128;TR=283;WE=105415360;WS=105415342;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,419:1.00:419
chr14	105415469	rs11846918	T	C	8765.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=313;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=47;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=100;NR=145;PP=2965;SC=GGGACTCTCATTTCCACCTTG;SOR=1.153;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=245;TCF=100;TCR=145;TR=245;WE=105415477;WS=105415459;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,312:1.00:312
chr14	105415497	rs201263008	T	C	97.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.571;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=252;ExcessHet=3.0103;FS=4.453;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.17;MQRankSum=-8.545;QD=0.39;ReadPosRankSum=2.935;SOR=1.110;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:216,35:0.14:251
chr14	105415551	rs201988473	C	G	402.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.326;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.56;MQRankSum=-8.592;QD=1.94;ReadPosRankSum=-0.535;SOR=0.684;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:170,38:0.18:208
chr14	105415577	rs375265904	G	A	246.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.263;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FS=6.306;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.09;MQRankSum=-6.025;QD=1.31;ReadPosRankSum=-1.114;SOR=1.515;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:169,20:0.11:189
chr14	105415587	.	G	A	189.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.173;ClippingRankSum=0.000;DP=197;ExcessHet=3.0103;FS=11.264;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.15;MQRankSum=-6.908;QD=0.98;ReadPosRankSum=-1.725;SOR=2.003;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:177,17:0.09:194
chr14	105415608	rs11850848	G	C	4220.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.552;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=0.6253;FS=7.889;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=10.262;NF=66;NR=61;PP=2347;ReadPosRankSum=0.248;SC=CCTCGGGCACGTGGCCCTCCG;SOR=0.305;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=144;TCF=71;TCR=73;TR=127;WE=105415616;WS=105415607;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,170:0.92:184
chr14	105415745	rs117379881	C	G	5051.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.405;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=370;ExcessHet=3.0103;FS=2.301;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.80;MQRankSum=-2.915;QD=13.84;ReadPosRankSum=0.900;SOR=0.821;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:229,136:0.37:365
chr14	105415748	rs118171013	G	A	5067.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.563;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=375;ExcessHet=3.0103;FS=1.755;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.81;MQRankSum=-2.879;QD=13.70;ReadPosRankSum=1.111;SOR=0.811;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:230,140:0.38:370
chr14	105416010	rs2582511	T	C	9340.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=357;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=100;NR=155;PP=2965;SC=CCTTAACATCTGTCTGGGGGC;SOR=1.123;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=255;TCF=100;TCR=155;TR=255;WE=105416018;WS=105416000;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,347:1.00:347
chr14	105416220	rs2819435	T	A	15540.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=593;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=217;NR=184;PP=2965;SC=GGAGGCTCACTTCGGCCTCCA;SOR=0.816;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=401;TCF=217;TCR=184;TR=401;WE=105416228;WS=105416210;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,586:1.00:586
chr14	105417222	rs2013274	C	T	6628.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.203;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=508;ExcessHet=3.0103;FS=17.234;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.76;MQRankSum=-17.637;QD=13.18;ReadPosRankSum=2.564;SOR=1.505;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:319,184:0.37:503
chr14	105417225	rs2894635	C	G	6559.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.683;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=507;ExcessHet=3.0103;FS=17.823;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.82;MQRankSum=-17.927;QD=13.07;ReadPosRankSum=2.150;SOR=1.582;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:324,178:0.35:502
chr14	105417228	rs2248960	C	T	6398.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.610;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=511;ExcessHet=3.0103;FS=21.681;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.85;MQRankSum=-18.274;QD=12.65;ReadPosRankSum=1.750;SOR=1.607;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:331,175:0.35:506
chr14	105417243	rs77111827	T	C	2386.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=2.832;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=486;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=35.571;HP=1;HapScore=1;MGOF=37;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-20.423;NF=23;NR=92;PP=1460;ReadPosRankSum=-2.293;SC=ACACATCCACTGAGGCCTCGA;SOR=2.321;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=324;TCF=134;TCR=190;TR=115;WE=105417251;WS=105417233;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:341,140:0.29:481
chr14	105417396	rs144323040	C	G	7417.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-2.202;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=286;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.443;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=-0.149;NF=70;NR=96;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.979;SC=CTCCTGGGGCCTCGACATCCA;SOR=0.549;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=167;TCF=71;TCR=96;TR=166;WE=105417404;WS=105417386;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,284:1.00:285
chr14	105417765	rs2894636	A	C	7676.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.313;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.98;MQRankSum=-0.113;QD=42.89;ReadPosRankSum=2.379;SOR=0.988;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:4,175:0.98:179
chr14	105417766	rs2396457	G	A	7811.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.549;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.98;MQRankSum=-0.114;QD=43.89;ReadPosRankSum=2.357;SOR=1.005;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:4,174:0.98:178
chr14	105417768	rs2396458	C	A	7871.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.505;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.98;MQRankSum=-0.113;QD=43.98;ReadPosRankSum=2.153;SOR=0.988;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:4,175:0.98:179
chr14	105417774	rs2013228	G	A	8087.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.449;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.93;MQRankSum=-0.274;QD=41.69;ReadPosRankSum=1.219;SOR=0.976;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:4,190:0.98:194
chr14	105417837	rs76231332	A	G	6862.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.243;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=276;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=50;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=-0.358;NF=83;NR=83;PP=2965;ReadPosRankSum=-2.633;SC=CGTCCTTGTCAGCCAGGGACA;SOR=0.708;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=169;TCF=85;TCR=84;TR=166;WE=105417845;WS=105417827;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:6,270:0.98:276
chr14	105417894	rs2819440	C	G	7151.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=260;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=62;NR=89;PP=2965;SC=CCGGGGCCTGCATGTCCACCT;SOR=0.912;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=151;TCF=62;TCR=89;TR=151;WE=105417902;WS=105417884;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,260:1.00:260
chr14	105418064	rs377198190	A	G	186.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.379;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FS=21.010;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.23;MQRankSum=-11.639;QD=1.36;ReadPosRankSum=-0.962;SOR=3.505;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:123,14:0.10:137
chr14	105418077	.	A	G	638.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.077;ClippingRankSum=0.000;DP=147;ExcessHet=3.0103;FS=30.079;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.48;MQRankSum=-12.026;QD=4.35;ReadPosRankSum=-2.913;SOR=3.555;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:123,24:0.16:147
chr14	105418080	.	C	A	641.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.732;ClippingRankSum=0.000;DP=148;ExcessHet=3.0103;FS=29.610;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.47;MQRankSum=-12.061;QD=4.34;ReadPosRankSum=-2.556;SOR=3.511;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:123,25:0.17:148
chr14	105418098	.	C	T	1550.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.597;ClippingRankSum=0.000;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=22.973;HP=2;HapScore=2;MGOF=41;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-12.881;NF=42;NR=5;PP=2494;ReadPosRankSum=-2.905;SC=CCTCCAGGAGCTTCACGTCCA;SOR=2.337;SbPval=0.99;Source=Platypus;TC=138;TCF=100;TCR=38;TR=47;WE=105418178;WS=105418088;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:129,42:0.25:171
chr14	105418119	rs201187390	G	C	2229.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.994;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FS=38.239;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.39;MQRankSum=-13.871;QD=11.04;ReadPosRankSum=-0.972;SOR=2.624;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:138,64:0.32:202
chr14	105418127	rs200332960	C	T	1676.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.368;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=235;ExcessHet=3.0103;FS=5.855;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.23;MQRankSum=-9.625;QD=7.14;ReadPosRankSum=2.653;SOR=1.151;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:182,53:0.23:235
chr14	105418134	.	A	G	1717.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.359;ClippingRankSum=0.000;DP=245;ExcessHet=3.0103;FS=2.777;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.91;MQRankSum=-9.389;QD=7.04;ReadPosRankSum=3.334;SOR=0.943;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:188,56:0.23:244
chr14	105418136	rs201387577	C	T	1717.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.223;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=250;ExcessHet=3.0103;FS=3.616;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.97;MQRankSum=-9.443;QD=6.90;ReadPosRankSum=3.809;SOR=0.973;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:193,56:0.22:249
chr14	105418149	rs147978925	A	T	1843.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.921;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=294;ExcessHet=3.0103;FS=71.827;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.45;MQRankSum=-10.593;QD=6.29;ReadPosRankSum=-1.321;SOR=4.181;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:237,56:0.19:293
chr14	105418155	rs141600524	G	C	2231.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.209;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=317;ExcessHet=3.0103;FS=51.737;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.98;MQRankSum=-10.633;QD=7.06;ReadPosRankSum=-1.342;SOR=2.990;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:248,68:0.22:316
chr14	105418166	rs78116894	T	C	6810.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.733;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=371;ExcessHet=3.0103;FS=41.914;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.03;MQRankSum=-16.483;QD=18.56;ReadPosRankSum=-0.014;SOR=1.906;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:179,188:0.51:367
chr14	105418170	rs200879546	G	C	2613.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.565;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=407;ExcessHet=3.0103;FS=5.209;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.29;MQRankSum=-10.006;QD=6.49;ReadPosRankSum=2.405;SOR=1.049;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:310,93:0.23:403
chr14	105418194	rs78447535	A	G	4502.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=4.114;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=560;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.744;HP=1;HapScore=1;MGOF=66;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-4.699;NF=104;NR=33;PP=2381;ReadPosRankSum=-2.090;SC=TGGAGGGGAGACTCACGTCGG;SOR=1.294;SbPval=0.97;Source=Platypus;TC=390;TCF=244;TCR=146;TR=137;WE=105418202;WS=105418184;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:334,219:0.40:553
chr14	105418502	rs201268922	G	T	2421.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.543;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=449;ExcessHet=3.0103;FS=4.324;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.55;MQRankSum=-4.302;QD=5.48;ReadPosRankSum=-0.971;SOR=1.160;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:354,88:0.20:442
chr14	105418504	rs151013711	G	T	3963.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.324;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=437;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.53;MQRankSum=-5.568;QD=9.22;ReadPosRankSum=-2.484;SOR=0.665;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:298,132:0.31:430
chr14	105418535	rs146664186	C	G	362.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.608;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=360;ExcessHet=3.0103;FS=21.690;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.44;MQRankSum=-7.055;QD=1.02;ReadPosRankSum=-2.854;SOR=2.169;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:322,35:0.10:357
chr14	105418547	.	A	G	153.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.120;ClippingRankSum=0.000;DP=349;ExcessHet=3.0103;FS=32.750;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.46;MQRankSum=-7.314;QD=0.44;ReadPosRankSum=-4.457;SOR=3.162;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:318,28:0.08:346
chr14	105418638	rs78353106	A	G	3291.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.512;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=528;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQ=59.99;MQRankSum=-1.347;NF=76;NR=44;PP=1824;ReadPosRankSum=-2.601;SC=CAGTAGAAGCAGGCTGAATGC;SOR=0.682;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=357;TCF=214;TCR=143;TR=120;WE=105418646;WS=105418628;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:334,183:0.35:517
chr14	105419551	rs201524595	C	G	4767.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.331;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FS=2.225;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.80;MQRankSum=-2.213;QD=20.55;ReadPosRankSum=1.389;SOR=0.874;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:114,118:0.51:232
chr14	105419557	rs78204285	G	A	4860.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.842;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=236;ExcessHet=3.0103;FS=2.198;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.80;MQRankSum=-2.148;QD=20.68;ReadPosRankSum=1.792;SOR=0.844;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:112,123:0.52:235
chr14	105419559	rs74525871	A	G	4862.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.787;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FS=2.228;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.80;MQRankSum=-2.119;QD=20.96;ReadPosRankSum=1.765;SOR=0.860;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:109,123:0.53:232
chr14	105419568	rs78110724	A	G	4973.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.453;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=239;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.81;MQRankSum=-1.983;QD=20.90;ReadPosRankSum=0.711;SOR=0.719;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:104,134:0.56:238
chr14	105420215	rs2278607	T	C	5286.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=4.551;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=541;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.754;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=80;NR=116;PP=2962;ReadPosRankSum=2.062;SC=TTCAGGCCAGTACCCGCTTTT;SOR=0.834;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=402;TCF=173;TCR=229;TR=196;WE=105420223;WS=105420205;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:290,242:0.45:532
chr14	105420927	rs879210	A	G	3997.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.209;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=416;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.522;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=64;PP=1889;ReadPosRankSum=-0.168;SC=GTGCGTCCCTAGGTTCGTAGG;SOR=0.610;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=244;TCF=110;TCR=134;TR=120;WE=105420935;WS=105420917;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:211,193:0.48:404
chr14	105421050	rs879209	T	G	2754.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.233;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=299;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.885;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=57;PP=1434;ReadPosRankSum=0.828;SC=TCCCCACCCTTGGTTTGGAGA;SOR=0.749;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=184;TCF=76;TCR=108;TR=95;WE=105421058;WS=105421040;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:156,140:0.47:296
chr14	105421236	rs66540327	CAGCCAGCAGGGTAGTGA	C	1244.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.728;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.151;NF=10;NR=12;PP=2967;ReadPosRankSum=-0.674;SC=CTCCCAGGCTCAGCCAGCAGG;SOR=0.693;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=59;TCF=26;TCR=33;TR=22;WE=105421260;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,34:0.44:77
chr14	105421554	rs117591144	G	C	837.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.786;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.698;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=22;PP=410;ReadPosRankSum=0.597;SC=TGGCTGGCGAGGAGGGTCCCG;SOR=0.965;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=72;TCF=26;TCR=46;TR=32;WE=105421562;WS=105421544;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,43:0.45:96
chr14	105444702	rs145620270	A	G	77.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=2.965;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.398;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=2;PP=55;ReadPosRankSum=1.248;SC=CGGGCGGCCGACCTCGGACTG;SOR=0.223;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=9;TCF=3;TCR=6;TR=4;WE=105444710;WS=105444692;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,4:0.36:11
chr14	105452035	rs10150682	A	G	664.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=5;PP=355;SC=GCGGGTCCTGAACGGCGGGGG;SOR=1.519;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=17;TCF=12;TCR=5;TR=17;WE=105452043;WS=105452025;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr14	105452221	.	T	TGCGGGGCCCGGGCCCGGGCCCAGGACAC	322.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.62;BaseQRankSum=0.857;ClippingRankSum=0.000;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.306;NF=1;NR=3;PP=2251;ReadPosRankSum=0.723;SC=CCAAGGTGGGTGCGGGGACTC;SOR=0.673;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=13;TCF=1;TCR=12;TR=4;WE=105452229;WS=105452211;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,10:0.40:25
chr14	105457771	rs2247140	A	G	3993.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=38.40;SOR=1.094;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr14	105457771	.	ATGATCTCCT	GTGATCTCCG,GTGATCTCCT	518	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.54;FR=0.5000,0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=23,44;NR=14,28;PP=518,458;QD=15.445077699;SC=GCCGTGCCTCATGATCTCCTC;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=72;TCF=44;TCR=28;TR=37,72;WE=105457788;WS=105457761;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.51:72
chr14	105457780	rs2289454	T	G	1450.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.886;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FS=0.747;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.07;ReadPosRankSum=0.137;SOR=0.558;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,70:0.63:111
chr14	105459140	rs2241865	A	C	426.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=0.320;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=2;PP=168;ReadPosRankSum=-1.358;SC=AGGGCGACACAGGGGAAACTG;SOR=0.608;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=36;TCF=28;TCR=8;TR=12;WE=105459148;WS=105459130;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,21:0.45:47
chr14	105461067	rs894039	C	T	5962.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=61;NR=66;PP=2396;SC=CAAGCTCAAACTGACACTCTT;SOR=0.765;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=127;TCF=61;TCR=66;TR=127;WE=105461075;WS=105461057;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,228:1.00:228
chr14	105478102	rs3803294	G	A	8259.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.296;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=733;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.518;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=123;NR=122;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.342;SC=AGCGGCACAGGTTGGGCTCCA;SOR=0.668;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=463;TCF=235;TCR=228;TR=245;WE=105478110;WS=105478092;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:327,391:0.54:718
chr14	105523663	rs7147439	G	A	677.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-2.169;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.694;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=22;PP=432;ReadPosRankSum=0.077;SC=ATCAGATTGAGTCACAAGTTA;SOR=0.256;SbPval=0.22;Source=Platypus;TC=66;TCF=11;TCR=55;TR=29;WE=105523671;WS=105523653;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,33:0.43:76
chr14	105609335	rs10149229	A	G	4438.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.225;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=495;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=94;NR=61;PP=2374;ReadPosRankSum=0.511;SC=CCGGCCGCTCAATGGGGTTGC;SOR=0.740;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=330;TCF=200;TCR=130;TR=155;WE=105609343;WS=105609325;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:258,225:0.47:483
chr14	105611282	rs2272591	A	G	3826.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=-2.063;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=347;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.392;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=43;PP=1216;ReadPosRankSum=-0.759;SC=CCACCTCCACAGCACTGGCCC;SOR=0.657;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=175;TCF=92;TCR=83;TR=91;WE=105611290;WS=105611272;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:155,189:0.55:344
chr14	105614032	rs2242636	C	G	488.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.768;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=3.830;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.86;ReadPosRankSum=0.532;SOR=0.186;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,23:0.51:45
chr14	105615026	rs2242634	A	G	381.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=3.244;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=5;PP=253;ReadPosRankSum=-0.776;SC=TCAGGGTGATAAGGGGCCCAC;SOR=0.802;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=21;TCR=11;TR=14;WE=105615034;WS=105615016;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,17:0.40:43
chr14	105617042	rs1057744	C	T	3446.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.149;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=410;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.116;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=44;PP=1387;ReadPosRankSum=1.519;SC=CTGGCACACTCGTCTCGTTCC;SOR=0.606;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=224;TCF=129;TCR=95;TR=98;WE=105617050;WS=105617032;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:231,175:0.43:406
chr14	105617467	rs116916276	G	A	2166.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.141;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.452;HP=2;HapScore=2;MGOF=27;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=4.418;NF=31;NR=35;PP=908;ReadPosRankSum=1.283;SC=GGTGGGAGCCGTGGGGCTCGG;SOR=0.483;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=127;TCF=55;TCR=72;TR=66;WE=105617475;WS=105617457;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,101:0.56:180
chr14	105617541	.	A	AGCAGCCCCT	2983	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;FR=0.5000;HP=4;HapScore=2;MGOF=12;MMLQ=28;NF=13;NR=31;PP=2983;QD=20;SC=CAGCAGCCCCAGCAGCCCCCG;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=97;TCF=31;TCR=66;TR=44;WE=105617558;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:53,44:0.45:97
chr14	105617549	.	C	CTG	3171.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.822;ClippingRankSum=0.000;DP=192;ExcessHet=3.0103;FS=1.930;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=62.42;MQRankSum=7.411;QD=19.34;ReadPosRankSum=0.587;SOR=0.642;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:74,90:0.55:164
chr14	105617550	.	C	A	2962	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;FR=0.5000;HP=4;HapScore=2;MGOF=12;MMLQ=28;NF=25;NR=32;PP=2962;QD=20;SC=CAGCAGCCCCCGCAGCCCCAG;SbPval=0.63;Source=Platypus;TCF=52;TR=57;WE=105617558;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:56,57:0.50:113
chr14	105617550	.	C	CAGCCCCA	3171.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.665;ClippingRankSum=0.000;DP=189;ExcessHet=3.0103;FS=2.768;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=62.24;MQRankSum=7.203;QD=19.70;ReadPosRankSum=1.230;SOR=0.678;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:75,86:0.53:161
chr14	105618670	rs2238287	T	C	1272.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=-2.002;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.403;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=28;PP=545;ReadPosRankSum=1.641;SC=TGAGCTGTGGTGCCTGAAAGG;SOR=0.483;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=81;TCF=26;TCR=55;TR=45;WE=105618678;WS=105618660;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,63:0.52:122
chr14	105622056	rs2816679	A	G	17429.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=656;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=219;NR=266;PP=2965;SC=CCCTCCACGCAGCCCAGCGGC;SOR=0.828;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=485;TCF=219;TCR=266;TR=485;WE=105622064;WS=105622046;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,647:1.00:647
chr14	105643619	rs10139596	G	A	825.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.776;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.878;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=16;PP=404;ReadPosRankSum=-0.571;SC=AAGGACACACGGGCAGCTGAG;SOR=0.518;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=58;TCF=22;TCR=36;TR=27;WE=105643627;WS=105643609;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,41:0.53:77
chr14	105643652	rs10139450	A	C	644.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.663;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.074;HP=3;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=17;PP=307;ReadPosRankSum=-1.051;SC=CTCGCAGCTGAGGCCGGGTGA;SOR=0.921;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=42;TCF=12;TCR=30;TR=22;WE=105643660;WS=105643642;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,32:0.56:57
chr14	105644151	rs1882848	T	C	865.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.114;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=18;PP=460;ReadPosRankSum=-0.187;SC=CACAGACCCATTGCACCCACT;SOR=0.693;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=65;TCF=28;TCR=37;TR=31;WE=105644159;WS=105644141;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,45:0.50:90
chr14	105647562	rs67388067	GGCGGGGGCCGCGAGCTCT	G	332.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=0.403;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=3;PP=1936;ReadPosRankSum=-0.994;SC=CGCCCGGACAGGCGGGGGCCG;SOR=0.593;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=12;TCF=2;TCR=10;TR=4;WE=105647587;WS=105647552;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,10:0.37:27
chr14	105715327	rs2816604	A	C	351.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.169;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.53;ReadPosRankSum=-0.910;SOR=0.619;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,17:0.65:26
chr14	105715515	rs2816605	C	T	1438.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=1.183;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=240;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.343;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=17;PP=671;ReadPosRankSum=1.253;SC=TGTTCAACAACGAGCTCATGG;SOR=0.878;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=119;TCF=73;TCR=46;TR=47;WE=105715523;WS=105715505;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:155,82:0.35:237
chr14	105716034	rs2816606	C	T	4430.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=2.867;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=415;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.522;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=77;PP=2135;ReadPosRankSum=-3.251;SC=CCACTCTGTACGCTGCTAAGA;SOR=0.640;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=268;TCF=112;TCR=156;TR=134;WE=105716042;WS=105716024;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:197,211:0.52:408
chr14	105722726	rs1008628	T	C	4667.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.190;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=450;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.090;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=67;NR=66;PP=1846;ReadPosRankSum=-1.080;SC=ACTTCCTGACTGGGCAGGCAG;SOR=0.667;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=254;TCF=122;TCR=132;TR=133;WE=105722734;WS=105722716;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:214,229:0.52:443
chr14	105886220	.	TCGG	T	60.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.169;ClippingRankSum=-0.000;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=5.06;ReadPosRankSum=0.498;SOR=0.551;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,3:0.25:12
chr14	105905126	rs4983620	C	T	1847.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.31;SOR=1.270;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr14	105911639	rs6576102	G	A	3096.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=75;NR=15;PP=1933;SC=CCCGAGGGGTGGTGTGGTTAC;SOR=2.501;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=91;TCF=76;TCR=15;TR=90;WE=105911647;WS=105911629;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr14	105916420	rs4983409	C	T	15042.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=573;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=199;NR=134;PP=2965;SC=AAATGGAGAACCCGGAAATGG;SOR=0.946;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=333;TCF=199;TCR=134;TR=333;WE=105916428;WS=105916410;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,564:1.00:564
chr14	105924538	rs7492915	G	A	1823.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=40;NR=11;PP=1222;SC=CCCCGCACCCGGGGAGGAGAG;SOR=2.231;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=51;TCF=40;TCR=11;TR=51;WE=105924546;WS=105924528;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr14	105924786	rs4074001	G	A	5816.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=47;NR=94;PP=2965;SC=GGTGGGTGTTGGGGACGTGAC;SOR=1.222;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=142;TCF=48;TCR=94;TR=141;WE=105924794;WS=105924776;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,212:1.00:212
chr14	105929443	rs7143366	C	T	3383.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.592;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=27;PP=1828;ReadPosRankSum=-1.223;SC=GCCTTCTGGCCGCAGCCCTGC;SOR=0.731;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=94;TCF=65;TCR=29;TR=91;WE=105929451;WS=105929433;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,121:0.99:122
chr14	105929505	rs56013805	G	A	4019.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.61;BaseQRankSum=0.632;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=384;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.371;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=41;PP=1521;ReadPosRankSum=0.341;SC=TGTGTGACACGCCTCCTCCCA;SOR=0.721;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=205;TCF=122;TCR=83;TR=103;WE=105929513;WS=105929495;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:185,197:0.52:382
chr14	105929745	rs74092385	C	T	1436.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.543;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.851;HP=1;HapScore=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=17;PP=683;ReadPosRankSum=1.230;SC=GTGGTGCTCTCCTCTCCGTAG;SOR=0.849;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=84;TCF=43;TCR=41;TR=41;WE=105929753;WS=105929735;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,62:0.55:113
chr14	105930923	rs11845995	G	A	2742.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.270;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=280;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.436;HP=6;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=39;PP=1262;ReadPosRankSum=-1.143;SC=GGGGACACCCGCCCTGCCTGC;SOR=0.648;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=202;TCF=108;TCR=94;TR=85;WE=105930931;WS=105930913;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:146,132:0.47:278
chr14	105931315	rs67940422	GTCC	G	220.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.662;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.830;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=4;PP=217;ReadPosRankSum=1.332;SC=GGAGCCCCACGTCCTCCTCGG;SOR=1.179;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=15;TCF=6;TCR=9;TR=6;WE=105931325;WS=105931305;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,7:0.37:19
chr14	105931585	rs4983339	A	G	1960.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=18;NR=28;PP=841;SC=ACCCAAGCTCATGCACTGGTG;SOR=1.022;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=46;TCF=18;TCR=28;TR=46;WE=105931593;WS=105931575;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr14	105932636	rs34378689	C	CAG	1503.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-0.161;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.180;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=6;PP=1132;ReadPosRankSum=1.456;SC=GATGGGGCCTCGGGTGGGGGC;SOR=0.190;SbPval=0.19;Source=Platypus;TC=65;TCF=55;TCR=10;TR=25;WE=105932644;WS=105932626;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,40:0.47:86
chr14	105935721	rs10150545	A	G	3626.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=66;NR=40;PP=2087;SC=CCATTGTCCCAAGGTGGCTGA;SOR=1.146;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=106;TCF=66;TCR=40;TR=106;WE=105935729;WS=105935711;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,136:1.00:136
chr14	105935824	rs13707	G	A	10411.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=397;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=122;NR=104;PP=2965;SC=CCACGGACAGGCCAGGCACAT;SOR=0.789;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=226;TCF=122;TCR=104;TR=226;WE=105935832;WS=105935814;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,392:1.00:392
chr14	105936064	rs10150915	A	G	2495.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=202;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=53;NR=19;PP=1275;SC=GGTCCGTGTAACTCACTGGGG;SOR=1.824;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=72;TCF=53;TCR=19;TR=72;WE=105936072;WS=105936054;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr14	105936100	rs144496498	A	ACCTTGGCTGGTGGCC	6461.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.821;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.483;HP=3;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=17;PP=2065;ReadPosRankSum=-0.261;SC=CAGGCACAGCACCTCCCAGCG;SOR=2.871;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=76;TCF=54;TCR=22;TR=62;WE=105936108;WS=105936090;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,125:0.98:127
chr14	105936126	.	G	T	2656.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-3.482;ClippingRankSum=0.000;DP=261;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.267;HP=2;HapScore=1;MGOF=137;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=1.057;NF=57;NR=22;PP=965;ReadPosRankSum=0.416;SC=CCTGCAGGTTGAGGTGGAGCT;SOR=0.535;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=185;TCF=136;TCR=49;TR=79;WE=105936134;WS=105936116;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:131,125:0.49:256
chr14	105945891	rs11849001	C	T	5764.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-0.761;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=703;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.767;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=83;NR=94;PP=2533;ReadPosRankSum=0.216;SC=TCCACTGTTCCCCCGACCCAC;SOR=0.572;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=422;TCF=191;TCR=231;TR=177;WE=105945899;WS=105945881;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:391,296:0.43:687
chr14	105953474	rs7160858	G	T	277.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=2;PP=185;SC=CGAGGGGCGGGGTCTCCAAGG;SOR=2.303;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=7;TCR=2;TR=9;WE=105953482;WS=105953464;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr14	105953595	rs7140395	T	C	2408.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=31;NR=18;PP=952;SC=CCCGGAGCCGTCATGCCCAAG;SOR=0.959;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=49;TCF=31;TCR=18;TR=49;WE=105953603;WS=105953585;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr14	105954682	rs1128308	C	G	3275.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.185;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=477;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.559;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=67;NR=75;PP=1802;ReadPosRankSum=1.130;SC=AAGGCAAACCCTACTGCAACC;SOR=0.758;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=344;TCF=171;TCR=173;TR=142;WE=105954690;WS=105954672;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:285,178:0.38:463
chr14	105954739	rs7145303	A	G	2286.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.166;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=329;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.618;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=76;PP=1664;ReadPosRankSum=1.088;SC=TGCTCCCGTCATCCCCACCCC;SOR=0.622;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=261;TCF=81;TCR=180;TR=82;WE=105954748;WS=105954729;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:193,120:0.38:313
chr14	105960319	rs61641418	A	G	605.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.24;SOR=6.439;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr14	105962234	rs7494350	T	C	4971.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=1.208;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=72;NR=52;PP=2225;ReadPosRankSum=-0.601;SC=GAGCGGGAGCTGCCCAAAACC;SOR=0.961;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=128;TCF=74;TCR=54;TR=124;WE=105962242;WS=105962224;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,191:0.98:195
chr14	105962369	rs7494717	A	G	5755.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=61;NR=85;PP=2935;SC=ACTGGGCAGCACCCTTGGATC;SOR=0.964;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=146;TCF=61;TCR=85;TR=146;WE=105962377;WS=105962351;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,214:1.00:214
chr14	105963944	rs4983426	CT	TC	886.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-1.016;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.969;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=12;PP=859;ReadPosRankSum=0.716;SC=TCTGGGGAGGCTCACTGCTGC;SOR=0.904;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=52;TCF=22;TCR=30;TR=18;WE=105963953;WS=105963934;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,25:0.37:67
chr14	106053461	rs11970	T	A	376.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=39.84;QD=26.91;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr14	106053975	rs72713340	G	A	3984.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.108;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=322;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.357;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=75;PP=1981;ReadPosRankSum=-0.367;SC=TGGTTCCATGGCTGGGCACAG;SOR=0.801;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=220;TCF=93;TCR=127;TR=128;WE=106053983;WS=106053965;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:134,183:0.58:317
chr14	106054428	rs9972103	C	G	1567.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=44.85;QD=29.03;SOR=1.220;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr14	106054456	rs61984162	A	G	2842.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=50;NR=38;PP=1658;SC=TCCTGGCTGGAATTCGTGTAG;SOR=1.043;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=88;TCF=50;TCR=38;TR=88;WE=106054464;WS=106054446;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr14	106054748	rs74519992	G	A	848.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.803;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=742;ExcessHet=3.0103;FS=0.737;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.70;MQRankSum=-6.931;QD=1.18;ReadPosRankSum=3.201;SOR=0.594;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:606,115:0.16:721
chr14	106054791	rs73357622	G	T	3815.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.080;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=452;ExcessHet=3.0103;FS=2.855;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.49;MQRankSum=-6.568;QD=8.46;ReadPosRankSum=5.976;SOR=0.481;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:326,125:0.28:451
chr14	106054796	rs74091253	A	G	3899.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.113;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=390;ExcessHet=3.0103;FS=8.295;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.45;MQRankSum=-5.903;QD=10.03;ReadPosRankSum=4.054;SOR=0.419;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:269,120:0.31:389
chr14	106054812	rs111444508	C	T	1270.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.645;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=284;ExcessHet=3.0103;FS=3.191;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.42;MQRankSum=-4.910;QD=4.76;ReadPosRankSum=2.990;SOR=0.487;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:190,77:0.29:267
chr14	106054854	.	A	T	1198.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.525;ClippingRankSum=0.000;DP=114;ExcessHet=3.0103;FS=11.222;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.33;MQRankSum=-3.300;QD=10.70;ReadPosRankSum=-3.486;SOR=0.192;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:76,36:0.32:112
chr14	106054858	.	T	C	1173.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.054;ClippingRankSum=0.000;DP=102;ExcessHet=3.0103;FS=8.144;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.25;MQRankSum=-3.364;QD=11.51;ReadPosRankSum=-4.186;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:70,32:0.31:102
chr14	106066454	rs4983454	T	C	8382.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=319;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=146;NR=122;PP=2965;SC=GTGAGGGGCTTGCTGCCTCAT;SOR=0.821;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=271;TCF=147;TCR=124;TR=268;WE=106066462;WS=106066444;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,313:1.00:313
chr14	106067618	rs12884681	G	A	6091.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=139;NR=92;PP=2965;SC=TCTTGCCCCCGCGTCCTGGCC;SOR=1.108;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=233;TCF=141;TCR=92;TR=231;WE=106067626;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,221:1.00:221
chr14	106110330	rs8014709	T	C	8282.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=304;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=134;NR=97;PP=2965;SC=CCAGCTGGGGTCTGTCCCTGG;SOR=0.987;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=232;TCF=134;TCR=98;TR=231;WE=106110338;WS=106110320;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,299:1.00:299
chr14	106173790	rs17349690	A	G	6433.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-5.228;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=479;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=14.611;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=2.252;NF=87;NR=111;PP=2962;ReadPosRankSum=6.640;SC=GAACCAGCACATCCTTGGGGC;SOR=0.237;SbPval=0.16;Source=Platypus;TC=343;TCF=124;TCR=219;TR=198;WE=106173798;WS=106173780;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:178,298:0.63:476
chr14	106173808	rs371291470	G	A	1879.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=7.652;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=374;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=78.114;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-10.529;NF=10;NR=81;PP=1624;ReadPosRankSum=-3.210;SC=GGCTGAAGCCGCGTGCCAGGC;SOR=3.267;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=276;TCF=90;TCR=186;TR=91;WE=106173816;WS=106173798;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:275,99:0.26:374
chr14	106173971	rs10220590	T	C	2606.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.713;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FS=18.225;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=44.56;MQRankSum=1.647;QD=30.31;ReadPosRankSum=0.936;SOR=4.058;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,84:0.98:86
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chr14	106174261	rs1407	C	G	1480.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-2.107;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=243;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.402;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=49;PP=1003;ReadPosRankSum=1.509;SC=AGAGGTCACGCTCAGGTGGTC;SOR=1.190;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=196;TCF=60;TCR=136;TR=65;WE=106174269;WS=106174251;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:161,75:0.32:236
chr14	106174518	rs12433324	A	G	955.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.332;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.192;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=18;PP=372;ReadPosRankSum=1.577;SC=GTCAGCACATACTTCCCCATG;SOR=0.525;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=90;TCF=35;TCR=55;TR=32;WE=106174526;WS=106174508;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,53:0.38:140
chr14	106175037	rs58621233	C	CATGCCATG	2193.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.348;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=605;ExcessHet=3.0103;FS=48.391;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.29;MQRankSum=-11.300;QD=4.00;ReadPosRankSum=-5.236;SOR=4.533;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:469,80:0.15:549
chr14	106175040	rs59809572	C	CCCAGGAGGACAG	1678.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.960;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=537;ExcessHet=3.0103;FS=43.326;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.45;MQRankSum=-11.733;QD=3.14;ReadPosRankSum=-6.668;SOR=5.095;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:465,70:0.13:535
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chr14	106175045	.	T	TG	950.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=8.960;ClippingRankSum=0.000;DP=494;ExcessHet=3.0103;FS=32.540;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.41;MQRankSum=-13.572;QD=1.93;ReadPosRankSum=-6.177;SOR=4.394;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:443,50:0.10:493
chr14	106175046	.	A	C	848.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=11.230;ClippingRankSum=0.000;DP=485;ExcessHet=3.0103;FS=27.637;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.40;MQRankSum=-13.908;QD=1.75;ReadPosRankSum=-5.789;SOR=3.740;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:437,47:0.10:484
chr14	106188045	rs11624491	C	T	1933.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=46;NR=12;PP=1323;SC=TTCCTGGGGTCGTTGCAACAG;SOR=2.376;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=58;TCF=46;TCR=12;TR=58;WE=106188053;WS=106188035;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr14	106188230	rs1134590	C	T	3448.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=44.24;QD=26.53;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chr14	106188309	rs11624581	C	T	1863.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=24;NR=47;PP=1531;SC=CGTGCTGTGCCGGGCGTCCGG;SOR=1.539;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=71;TCF=24;TCR=47;TR=71;WE=106188317;WS=106188299;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr14	106208082	rs11621259	G	T	1501.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=49.39;QD=44.17;SOR=3.258;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr14	106208086	rs1045853	A	C	1582.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=50.55;QD=42.78;SOR=3.086;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr14	106209340	rs11552998	T	C	1844.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=24;NR=22;PP=813;SC=AGCCCAGGGCTGCTGTGCCCC;SOR=0.779;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=46;TCF=24;TCR=22;TR=46;WE=106209348;WS=106209330;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr14	106236128	rs12890621	T	A	1301.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=16;NR=23;PP=971;SC=CGTGCTGTTGTACTGCTCCTC;SOR=1.055;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=39;TCF=16;TCR=23;TR=39;WE=106236136;WS=106236122;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr14	106236451	rs12895160	T	G	6792.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=55.75;QD=42.99;SOR=0.944;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,158:1.00:158
chr14	106236458	rs11628528	C	T	6708.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=55.52;QD=43.56;SOR=0.984;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,154:1.00:154
chr14	106237105	rs2753552	A	G	6218.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=234;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=60;NR=116;PP=2965;SC=GAGAGAAGGTATCTGAGCTGA;SOR=1.336;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=176;TCF=60;TCR=116;TR=176;WE=106237113;WS=106237095;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,228:1.00:228
chr14	106237642	rs2983777	T	G	1347.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=22;NR=15;PP=662;SC=TCACCGGTTCTGGGAAGTAGT;SOR=0.981;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=22;TCR=15;TR=37;WE=106237650;WS=106237632;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr14	106237811	rs11621054	C	T	482.82	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.905;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.349;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=-0.154;NF=3;NR=14;PP=313;ReadPosRankSum=-0.578;SC=AGAGGCCCCTCGGTTCTTGTC;SOR=2.200;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=3;TCR=14;TR=17;WE=106237819;WS=106237801;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,21:0.91:23
chr14	106303325	rs3764172	A	G	3388.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=68;NR=32;PP=2016;SC=AGAAGACTGGATTCTGTGGCG;SOR=1.407;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=100;TCF=68;TCR=32;TR=100;WE=106303333;WS=106303315;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr14	106303699	rs10139433	G	A	1784.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=42;NR=12;PP=1271;SC=CCCTGGACCAGCTCTGGCATG;SOR=2.226;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=54;TCF=42;TCR=12;TR=54;WE=106303707;WS=106303689;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr14	106303846	rs1005582	C	T	9807.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=375;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=136;NR=111;PP=2965;SC=GTGGACAGGGCGGTCCACAGG;SOR=0.836;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=247;TCF=136;TCR=111;TR=247;WE=106303854;WS=106303836;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,371:1.00:371
chr14	106303948	rs1005581	A	G	6712.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=251;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=71;NR=111;PP=2965;SC=GGGGAGGAACAGGGGCTGAGT;SOR=1.076;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=183;TCF=71;TCR=112;TR=182;WE=106303956;WS=106303938;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,249:1.00:249
chr14	106304899	rs762807	G	T	1511.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=25;PP=775;SC=ACAGATAATGGGAGACACGTG;SOR=1.199;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=13;TCR=25;TR=38;WE=106304907;WS=106304889;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr14	106306841	rs709589	C	T	5221.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=52;NR=91;PP=2797;SC=GTGGTGCTCCCGGGCTGTGGA;SOR=1.185;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=146;TCF=52;TCR=94;TR=143;WE=106306849;WS=106306831;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,191:1.00:191
chr14	106307054	rs2753491	C	G	907.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=10;NR=13;PP=587;SC=AGGCTGTCAGCCTCTGGCCAC;SOR=0.976;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=23;TCF=10;TCR=13;TR=23;WE=106307062;WS=106307044;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr14	106307418	rs2753492	G	A	12165.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=467;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=147;NR=142;PP=2965;SC=GGACCTTCCCGGCCACCTCCC;SOR=0.728;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=291;TCF=149;TCR=142;TR=289;WE=106307426;WS=106307408;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,460:1.00:460
chr14	106311030	rs12589570	GT	AC	1643.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;JOINED;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=17;NR=6;PP=428;SC=GGTCCGTTCAGTGTCCCTCTC;SOR=1.493;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=24;TCF=17;TCR=7;TR=23;WE=106311039;WS=106311020;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr14	106311374	rs2856940	A	G	387.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.24;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr14	106318248	rs1059713	A	T	3615.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.252;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=346;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.469;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=53;PP=1432;ReadPosRankSum=-0.917;SC=ACCCGGAGGCAGCGCCCCTTT;SOR=0.633;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=207;TCF=106;TCR=101;TR=101;WE=106318256;WS=106318238;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:166,174:0.51:340
chr14	106318342	rs2256593	T	C	3158.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.191;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=308;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.415;HP=3;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=57;PP=1384;ReadPosRankSum=-0.073;SC=ATGCTTTCCCTGTGGTCGGGA;SOR=0.723;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=190;TCF=90;TCR=100;TR=106;WE=106318350;WS=106318332;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:144,159:0.52:303
chr14	106318440	rs2256589	T	C	7256.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.72;SOR=0.793;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,166:1.00:166
chr14	106318450	rs2753504	G	A	7651.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.23;SOR=0.704;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,177:1.00:177
chr14	106321590	rs12365	C	A	3950.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=68;NR=32;PP=2010;SC=CTCACCGGGGCCACACATGGA;SOR=1.308;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=100;TCF=68;TCR=32;TR=100;WE=106321598;WS=106321580;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,146:1.00:146
chr14	106321663	rs1059216	T	C	3584.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-1.326;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=353;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.748;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=48;PP=1318;ReadPosRankSum=-0.071;SC=ATGCTCTGGCTGAGCCAGTCG;SOR=0.810;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=203;TCF=107;TCR=96;TR=107;WE=106321671;WS=106321653;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:172,178:0.51:350
chr14	106321913	rs1136534	G	A	2022.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=3.007;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=250;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=31;PP=1106;ReadPosRankSum=1.645;SC=GAGGCAGCTCGGCAATCACTG;SOR=0.676;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=173;TCF=94;TCR=79;TR=68;WE=106321921;WS=106321903;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:146,100:0.41:246
chr14	106329287	rs13379369	G	A	388.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=0.273;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.704;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=1;PP=159;ReadPosRankSum=0.599;SC=CCCAGTGCCCGTCCCCTCCTG;SOR=0.092;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=19;TCF=18;TCR=1;TR=10;WE=106329295;WS=106329277;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,17:0.68:25
chr14	106329435	rs1950943	T	G	4266.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.520;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=279;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.443;HP=2;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=29;PP=1117;ReadPosRankSum=-0.989;SC=GTGGTCCCTTTGCCCCAGACG;SOR=0.662;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=178;TCF=109;TCR=69;TR=72;WE=106329443;WS=106329425;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:162,117:0.42:279
chr14	106329449	.	ATG	A	4572.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.747;ClippingRankSum=0.000;DP=334;ExcessHet=3.0103;FS=2.495;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.11;ReadPosRankSum=1.560;SOR=0.835;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:199,125:0.39:324
chr14	106329451	.	GTA	ACC	2934	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;FR=0.5000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MMLQ=20;MQ=59.95;NF=39;NR=27;PP=2934;QD=20;SC=AGACGTCCATGTAGTAGTAGT;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=196;TCF=111;TCR=85;TR=66;WE=106329461;WS=106329440;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:130,66:0.34:196
chr14	106329453	.	A	ACC	4254.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.837;ClippingRankSum=0.000;DP=323;ExcessHet=3.0103;FS=2.528;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.38;ReadPosRankSum=1.159;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:201,117:0.37:318
chr14	106329919	rs3752943	G	A	8091.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=318;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=86;NR=67;PP=2965;SC=CCCTCTCCCCGGCTTTCTTTC;SOR=0.821;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=153;TCF=86;TCR=67;TR=153;WE=106329927;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,313:1.00:313
chr14	106330117	rs3752944	G	A	1644.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.210;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FS=11.228;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=20.06;ReadPosRankSum=-1.915;SOR=1.240;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,44:0.54:82
chr14	106330126	rs3752945	C	A	1556.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.343;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FS=9.498;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=20.22;ReadPosRankSum=-1.825;SOR=0.891;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,39:0.51:77
chr14	106330178	rs61126474	G	A	872.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-2.750;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=8;PP=645;ReadPosRankSum=0.803;SC=GGGTTGTTGGGCATTGGACCC;SOR=0.767;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=75;TCF=58;TCR=17;TR=34;WE=106330186;WS=106330168;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,36:0.44:82
chr14	106330197	rs60847425	T	C	930.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.373;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=5;PP=665;ReadPosRankSum=1.858;SC=CCCAGAGGCCTAGGGTGGCCC;SOR=0.852;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=83;TCF=71;TCR=12;TR=35;WE=106330205;WS=106330187;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,38:0.43:89
chr14	106330320	rs2857385	A	C	19687.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=735;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=235;NR=186;PP=2965;SC=GCCCCCCAGGATGCTCCGGGG;SOR=0.866;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=421;TCF=235;TCR=186;TR=421;WE=106330328;WS=106330310;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,735:1.00:735
chr14	106330355	rs74678017	C	G	9228.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-0.629;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=931;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.521;HP=2;HapScore=2;MGOF=33;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=134;NR=124;PP=2962;ReadPosRankSum=1.892;SC=GACCCAGCACCCTTATTTCCC;SOR=0.696;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=488;TCF=243;TCR=245;TR=258;WE=106330363;WS=106330345;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:463,467:0.50:930
chr14	106330370	rs2857384	G	A	23730.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=925;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.77;SOR=0.791;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,921:1.00:921
chr14	106330880	rs2236228	C	T	1961.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.530;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.727;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=33;PP=789;ReadPosRankSum=0.528;SC=TGCCCAGACACAAACCTGTGC;SOR=0.441;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=135;TCF=56;TCR=79;TR=63;WE=106330888;WS=106330870;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:113,102:0.47:215
chr14	106346740	rs2244932	A	G	680.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.337;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=10;PP=311;ReadPosRankSum=0.071;SC=CCCGGCCCCCATCCTCACCAT;SOR=0.646;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=76;TCF=49;TCR=27;TR=28;WE=106346748;WS=106346730;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,39:0.38:104
chr14	106346795	rs2244930	G	T	5001.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=73;NR=55;PP=2366;SC=GGTCATGAGGGCTGGGAAGGT;SOR=0.890;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=128;TCF=73;TCR=55;TR=128;WE=106346803;WS=106346785;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,187:1.00:187
chr14	106347467	rs2516984	A	C	19134.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.311;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=716;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.99;MQRankSum=-0.027;QD=26.99;ReadPosRankSum=-0.551;SOR=0.379;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,708:1.00:709
chr14	106350569	rs2516978	C	T	4550.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=102;NR=35;PP=2891;SC=GTGCAGGGCACCAGCCCATCG;SOR=2.049;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=138;TCF=103;TCR=35;TR=137;WE=106350577;WS=106350559;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,160:1.00:160
chr14	106350623	rs2753523	G	C	10583.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=398;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=154;NR=107;PP=2965;SC=GGTCTGGGCAGAAACCCTCGG;SOR=0.972;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=263;TCF=156;TCR=107;TR=261;WE=106350631;WS=106350613;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,395:1.00:395
chr14	106350696	rs2857368	A	G	16817.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=1.869;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=664;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=188;NR=177;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.084;SC=CTGCGAGTCCAGTCAGTTTTT;SOR=0.415;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=366;TCF=188;TCR=178;TR=365;WE=106350704;WS=106350686;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,655:1.00:658
chr14	106354353	rs2516972	C	T	3603.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=59;NR=24;PP=1993;SC=AGCCCCTCAGCCCCAGGAGTG;SOR=1.536;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=85;TCF=61;TCR=24;TR=83;WE=106354361;WS=106354347;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr14	106356974	rs2753529	G	C	4412.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.61;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=39;NR=34;PP=1618;SC=TGGGTTCAGGGCGGCTGCTCC;SOR=0.755;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=73;TCF=39;TCR=34;TR=73;WE=106356982;WS=106356964;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,165:1.00:165
chr14	106357749	rs2254707	C	T	6156.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=35;NR=145;PP=2965;SC=AGAGGCCAGCCACCTCACAAC;SOR=2.645;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=181;TCF=35;TCR=146;TR=180;WE=106357757;WS=106357739;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,215:1.00:215
chr14	106359259	rs2857366	A	G	644.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=13;NR=8;PP=433;SC=TCCCACTGAGAGAACCCTCCC;SOR=1.179;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=13;TCR=8;TR=21;WE=106359267;WS=106359249;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr14	106359327	rs3021114	GC	AG	1483.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.477;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.199;HP=1;HapScore=2;JOINED;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.285;NF=12;NR=12;PP=748;ReadPosRankSum=-1.004;SC=AAGCAGGTGAGCTGGAGGCCT;SOR=0.473;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=37;TCF=18;TCR=19;TR=24;WE=106359336;WS=106359317;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,38:0.73:52
chr14	106359495	rs34536736	C	G	77.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-1.812;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.363;HP=3;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=-2.936;NF=3;NR=5;PP=79;ReadPosRankSum=-0.647;SC=TCCCAGGGAACAGGGAGGGTC;SOR=0.169;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=15;TCF=4;TCR=11;TR=8;WE=106359503;WS=106359485;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,6:0.43:14
chr14	106361418	rs2753533	T	C	7802.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=301;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=98;NR=83;PP=2932;SC=CGATCAAAATTGTAACATGGC;SOR=0.768;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=181;TCF=98;TCR=83;TR=181;WE=106361426;WS=106361408;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,301:1.00:301
chr14	106361561	rs61993631	GC	AT	8161.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;JOINED;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.86;QD=44.60;SOR=1.088;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,183:1.00:183
chr14	106361564	rs61993633	A	T	8112.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.85;QD=45.83;SOR=1.103;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,177:1.00:177
chr14	106369335	rs2857353	G	A	2151.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-3.179;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.547;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=24;PP=1196;ReadPosRankSum=-0.611;SC=GGCTGAGATGGCCCAGGTGTC;SOR=0.508;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=183;TCF=130;TCR=53;TR=77;WE=106369343;WS=106369325;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:119,100:0.46:219
chr14	106369534	rs2516960	A	G	3813.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.169;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=401;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-1.528;NF=48;NR=80;PP=2007;ReadPosRankSum=-0.773;SC=GTGGCCAGAGACCTTTCCCAC;SOR=0.700;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=299;TCF=115;TCR=184;TR=128;WE=106369542;WS=106369524;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:213,182:0.46:395
chr14	106370603	rs2857350	G	C	1529.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.61;BaseQRankSum=-0.237;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.458;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=13;PP=443;ReadPosRankSum=1.001;SC=AAACCTACCGGCAGGCCTGGG;SOR=0.486;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=51;TCF=21;TCR=30;TR=24;WE=106370611;WS=106370593;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,71:0.62:115
chr14	106375551	rs2857348	C	A	394.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.043;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.16;ReadPosRankSum=-2.031;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,11:0.48:23
chr14	106375555	rs2516957	A	G	391.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.045;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.67;ReadPosRankSum=-0.958;SOR=0.960;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,11:0.44:25
chr14	106375638	rs2857347	T	C	1614.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=0.008;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.079;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=15;PP=516;ReadPosRankSum=0.523;SC=GTGGGGACACTGTGGGGCTCC;SOR=0.918;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=81;TCF=49;TCR=32;TR=43;WE=106375646;WS=106375628;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,80:0.54:149
chr14	106376144	rs2516956	A	G	1279.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-2.423;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.986;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=14;PP=805;ReadPosRankSum=-0.205;SC=GCAGGGTGCCATGGACAGGAG;SOR=0.384;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=98;TCF=75;TCR=23;TR=53;WE=106376152;WS=106376134;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,61:0.53:116
chr14	106376354	rs2516955	A	G	5515.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.463;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=573;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=85;NR=99;PP=2680;ReadPosRankSum=-0.899;SC=TGGGCTCAGCACAACTTGGTC;SOR=0.677;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=345;TCF=157;TCR=188;TR=184;WE=106376362;WS=106376344;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:287,274:0.49:561
chr14	106377944	rs2516952	C	G	283.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-1.913;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=2;PP=183;ReadPosRankSum=-0.070;SC=GAATGAGGCCCTGGGATGTTG;SOR=0.892;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=19;TCF=16;TCR=3;TR=12;WE=106377952;WS=106377934;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,14:0.54:26
chr14	106380073	rs2856850	A	G	394.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-2.170;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.958;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=4;PP=195;ReadPosRankSum=-1.275;SC=TTTGGGTCACAGGCTGCACTG;SOR=0.368;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=21;TCF=16;TCR=5;TR=15;WE=106380081;WS=106380063;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,19:0.76:25
chr14	106380144	rs149711953	G	A	955.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.548;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FS=1.477;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.10;ReadPosRankSum=-1.765;SOR=0.545;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:65,53:0.45:118
chr14	106380174	rs2157630	C	A	3327.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=40;NR=29;PP=1323;SC=GCTGTGGCAGCAGGTTCCCAG;SOR=0.879;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=69;TCF=40;TCR=29;TR=69;WE=106380182;WS=106380164;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
chr14	106382687	rs2857339	C	T	2183.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.65;BaseQRankSum=0.587;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=263;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=33;PP=997;ReadPosRankSum=-0.454;SC=TCACTGTGGGCATAGCAGCTG;SOR=0.706;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=122;TCF=59;TCR=63;TR=63;WE=106382695;WS=106382677;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:147,111:0.43:258
chr14	106385211	.	AGTGGGGTTC	A	262.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.049;ClippingRankSum=0.000;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=1.922;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.68;MQRankSum=-3.761;QD=13.14;ReadPosRankSum=1.022;SOR=1.402;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,8:0.40:20
chr14	106385221	.	AG	A	262.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=1.687;ClippingRankSum=0.000;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=1.922;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.68;MQRankSum=-3.761;QD=13.14;ReadPosRankSum=0.811;SOR=1.402;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,8:0.40:20
chr14	106385233	rs2857334	A	G	307.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.175;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.27;MQRankSum=-3.752;QD=13.38;ReadPosRankSum=0.063;SOR=1.048;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,9:0.39:23
chr14	106385234	rs2857333	C	T	304.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.155;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.27;MQRankSum=-3.752;QD=13.25;ReadPosRankSum=0.032;SOR=1.048;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,9:0.39:23
chr14	106385245	rs2857332	C	G	319.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.398;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=1.585;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.16;MQRankSum=-4.126;QD=10.66;ReadPosRankSum=0.484;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,10:0.33:30
chr14	106385332	rs2250700	G	C	420.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.691;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-2.039;NF=5;NR=7;PP=167;ReadPosRankSum=-2.729;SC=GGCCAGGAGAGAGTTTTGGAC;SOR=0.736;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=34;TCF=15;TCR=19;TR=12;WE=106385340;WS=106385322;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,22:0.42:52
chr14	106388588	rs2516944	A	T	947.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-2.956;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.150;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=28;PP=580;ReadPosRankSum=0.579;SC=GACAACCCCAAATTCAGACCT;SOR=0.529;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=58;TCF=11;TCR=47;TR=36;WE=106388596;WS=106388578;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,40:0.60:67
chr14	106436780	rs67875134	A	G	2914.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.205;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=282;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-1.366;NF=45;NR=45;PP=1249;ReadPosRankSum=-1.509;SC=TCCATCTTGCATATAAACGTT;SOR=0.678;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=172;TCF=84;TCR=88;TR=90;WE=106436788;WS=106436770;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:134,143:0.52:277
chr14	106437080	rs72715495	C	T	4639.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.409;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=450;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.530;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=91;PP=2257;ReadPosRankSum=0.428;SC=AAAAACACACCGGCCTGAATG;SOR=0.634;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=290;TCF=108;TCR=182;TR=148;WE=106437088;WS=106437070;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:211,225:0.52:436
chr14	106452628	rs7144717	T	G	2459.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=5.119;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=235;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.210;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-4.119;NF=67;NR=15;PP=1643;ReadPosRankSum=1.472;SC=CCTCCTCCCTTGGGTTTCTGA;SOR=1.182;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=178;TCF=134;TCR=44;TR=82;WE=106452636;WS=106452618;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:129,104:0.45:233
chr14	106452766	rs112806369	T	A	9874.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.384;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1086;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.330;NF=170;NR=140;PP=2962;ReadPosRankSum=0.409;SC=ATGGTGACCCTGCCCTGAAAC;SOR=0.672;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=684;TCF=375;TCR=309;TR=310;WE=106452774;WS=106452756;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:584,490:0.46:1074
chr14	106471268	rs1143505	A	G	11812.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.843;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=639;ExcessHet=3.0103;FS=1.129;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.62;MQRankSum=-9.553;QD=18.57;ReadPosRankSum=-1.880;SOR=0.577;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:335,301:0.47:636
chr14	106471273	rs77346190	C	T	12125.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.928;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=675;ExcessHet=3.0103;FS=0.530;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.64;MQRankSum=-9.355;QD=18.04;ReadPosRankSum=-2.110;SOR=0.639;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:348,324:0.48:672
chr14	106471353	rs34069216	C	T	12342.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.783;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1146;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.521;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-9.233;NF=198;NR=187;PP=2962;ReadPosRankSum=1.327;SC=CCCTGGAACTCCTGTGAATAT;SOR=0.711;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=733;TCF=370;TCR=363;TR=385;WE=106471361;WS=106471343;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:549,590:0.52:1139
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chr14	106471528	rs35966079	C	A	7211.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.606;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=483;ExcessHet=3.0103;FS=5.269;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.19;MQRankSum=-8.918;QD=15.06;ReadPosRankSum=-0.229;SOR=1.074;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:281,198:0.41:479
chr14	106471534	rs36065697	A	G	7155.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.017;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=460;ExcessHet=3.0103;FS=4.188;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.93;MQRankSum=-11.313;QD=15.87;ReadPosRankSum=-1.146;SOR=0.987;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:262,189:0.42:451
chr14	106471547	rs1143496	A	G	3925.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.942;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=400;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=12.087;HP=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-12.880;NF=43;NR=97;ReadPosRankSum=-0.058;SC=CTGGGAGTGGACACCTGTAGA;SOR=1.158;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=274;TCF=96;TCR=178;TR=140;WE=106471555;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:231,167:0.42:398
chr14	106471580	rs56320742	GC	TT	4776.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.786;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=304;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.079;HP=5;HapScore=4;JOINED;MGOF=29;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-13.965;NF=34;NR=64;PP=2944;ReadPosRankSum=0.055;SC=GTGGATGGAAGCCCCCTTGAC;SOR=1.165;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=208;TCF=82;TCR=126;TR=98;WE=106471603;WS=106471570;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:172,127:0.42:299
chr14	106471595	rs34652473	T	C	2748.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.362;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=286;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.425;HP=1;HapScore=4;MGOF=29;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-13.794;NF=37;NR=67;PP=2962;ReadPosRankSum=0.566;SC=CTTGACTGGCTTCGATCCCTT;SOR=1.075;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=204;TCF=78;TCR=126;TR=104;WE=106471603;WS=106471570;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:160,120:0.43:280
chr14	106471689	rs56372013	A	C	2040.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.526;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.654;HP=3;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-5.539;NF=26;NR=40;PP=792;ReadPosRankSum=-0.590;SC=CATGGTGAGGAGTTGTGCTCT;SOR=0.848;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=131;TCF=55;TCR=76;TR=66;WE=106471697;WS=106471679;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:114,105:0.48:219
chr14	106478137	rs147818197	C	T	494.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=2.497;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.462;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-3.365;NF=21;NR=5;PP=382;ReadPosRankSum=-0.395;SC=CGGCCGTGTCCGCGGCGGTCA;SOR=1.550;SbPval=0.92;Source=Platypus;TC=95;TCF=65;TCR=30;TR=26;WE=106478145;WS=106478127;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:103,32:0.24:135
chr14	106478194	rs76899215	C	T	2559.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.734;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=245;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.894;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-5.188;NF=47;NR=31;PP=1080;ReadPosRankSum=-0.166;SC=TGTCTACTGACATGGTGACTC;SOR=0.525;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=168;TCF=104;TCR=64;TR=78;WE=106478202;WS=106478184;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:117,123:0.51:240
chr14	106478311	.	A	ACCACTG	5908.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.079;ClippingRankSum=0.000;DP=367;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.277;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-2.651;NF=5;NR=54;PP=2964;ReadPosRankSum=2.170;SC=AGTAGTAACTACTGATGGAGC;SOR=0.778;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=156;TCF=16;TCR=140;TR=59;WE=106478319;WS=106478301;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:195,155:0.44:350
chr14	106478355	rs202003233	CC	GT	2979.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-1.441;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.457;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=27;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-3.347;NF=23;NR=44;PP=2117;ReadPosRankSum=0.360;SC=GACAGGGTCTCCGAAGGCTTC;SOR=0.878;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=175;TCF=70;TCR=105;TR=67;WE=106478364;WS=106478345;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:127,82:0.39:209
chr14	106478401	rs78225485	G	A	55.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.027;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FS=7.421;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.62;MQRankSum=-0.916;QD=0.45;ReadPosRankSum=-1.598;SOR=0.207;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:106,18:0.15:124
chr14	106494269	rs12895651	T	C	7519.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=283;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=84;NR=84;PP=2965;SC=TTATCATCATTCCAATAAATG;SOR=0.722;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=169;TCF=84;TCR=85;TR=168;WE=106494277;WS=106494259;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,278:1.00:278
chr14	106518418	rs113047412	A	G	5143.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.367;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=522;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.037;NF=117;NR=75;PP=2890;ReadPosRankSum=-3.214;SC=AGTAATACACAGCCGTGTCCT;SOR=0.661;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=371;TCF=231;TCR=140;TR=192;WE=106518426;WS=106518408;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:265,250:0.49:515
chr14	106518848	rs2073679	T	C	8791.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=5.668;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=801;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-3.756;NF=104;NR=142;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.416;SC=TCAGCCCCAATTCCATGGTGA;SOR=0.713;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=471;TCF=202;TCR=269;TR=246;WE=106518856;WS=106518838;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:378,409:0.52:787
chr14	106578952	rs11160922	A	T	3528.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=67;NR=34;PP=1869;SC=TGATTCATTCAACAATCCCTG;SOR=1.434;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=103;TCF=67;TCR=36;TR=101;WE=106578960;WS=106578942;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,129:1.00:129
chr14	106586259	rs11625174	T	G	4061.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=2.478;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=516;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.532;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=75;NR=61;PP=2121;ReadPosRankSum=-0.595;SC=GGATAGTATGTGTCACCAGCA;SOR=0.781;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=320;TCF=171;TCR=149;TR=136;WE=106586267;WS=106586249;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:303,207:0.41:510
chr14	106667592	rs3751514	G	A	4918.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-4.256;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=452;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.338;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-1.359;NF=95;NR=57;PP=2468;ReadPosRankSum=1.517;SC=CTCGCACAGTGATACAAGGCC;SOR=0.481;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=314;TCF=206;TCR=108;TR=152;WE=106667600;WS=106667582;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:212,229:0.52:441
chr14	106667891	rs201914172	AAC	A	17333.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.480;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1035;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-1.000;NF=131;NR=342;PP=2964;ReadPosRankSum=2.474;SC=GACACCTGCAAACACAGAGAC;SOR=0.674;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=512;TCF=133;TCR=379;TR=473;WE=106667912;WS=106667881;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:503,500:0.50:1003
chr14	106667902	rs58794564	A	AC	36258.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.828;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1029;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=-0.328;NF=112;NR=359;PP=2936;ReadPosRankSum=0.113;SC=ACACAGAGACACCTGGTCAGA;SOR=0.827;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=488;TCF=116;TCR=372;TR=471;WE=106667912;WS=106667881;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,1003:1.00:1005
chr14	106691657	rs34019594	T	C	3606.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.914;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=243;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.63;MQRankSum=-4.436;QD=14.97;ReadPosRankSum=0.571;SOR=0.649;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:101,140:0.58:241
chr14	106691688	rs201063032	C	A	79.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.800;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=477;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.06;MQRankSum=-5.959;QD=0.17;ReadPosRankSum=-3.024;SOR=0.591;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:418,53:0.11:471
chr14	106691778	rs4470054	T	A	6756.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.519;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1269;ExcessHet=3.0103;FS=3.355;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.25;MQRankSum=-29.249;QD=5.34;ReadPosRankSum=7.796;SOR=0.864;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1027,238:0.19:1265
chr14	106691796	.	GTAA	G	2635.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-2.867;ClippingRankSum=0.000;DP=1380;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.90;MQRankSum=-29.437;QD=1.95;ReadPosRankSum=5.420;SOR=0.780;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1200,151:0.11:1351
chr14	106691800	.	C	G	2490.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-3.736;ClippingRankSum=0.000;DP=1341;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.88;MQRankSum=-29.257;QD=1.87;ReadPosRankSum=4.983;SOR=0.788;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1182,147:0.11:1329
chr14	106692143	rs73377566	A	C	2665.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.171;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=330;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.408;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=56;PP=1131;ReadPosRankSum=0.382;SC=CTCGGTGCTCAGTGCTGATCA;SOR=0.659;SbPval=0.55;Source=Platypus;TCF=79;TR=90;WE=106692151;WS=106692133;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:187,141:0.43:328
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chr14	106725521	rs143792912	A	C	2365.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.166;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1145;ExcessHet=3.0103;FS=4.463;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.80;MQRankSum=-7.479;QD=2.07;ReadPosRankSum=-2.368;SOR=0.896;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1015,126:0.11:1141
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chr14	106733261	.	G	T	3358.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.842;ClippingRankSum=0.000;DP=1302;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.48;MQRankSum=-19.952;QD=2.61;ReadPosRankSum=-3.527;SOR=0.728;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1124,162:0.13:1286
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chr14	106733437	rs112335453	G	C	435.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.043;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=290;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.40;MQRankSum=-7.929;QD=1.53;ReadPosRankSum=0.305;SOR=0.695;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:237,47:0.17:284
chr14	106733458	rs116600694	G	A	1135.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.865;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=254;ExcessHet=3.0103;FS=2.270;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.73;MQRankSum=-5.411;QD=4.56;ReadPosRankSum=1.690;SOR=0.478;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:206,43:0.17:249
chr14	106733461	rs78432605	C	G	1132.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.268;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=256;ExcessHet=3.0103;FS=2.244;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.73;MQRankSum=-5.437;QD=4.51;ReadPosRankSum=2.115;SOR=0.501;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:208,43:0.17:251
chr14	106733463	rs116472681	G	A	1144.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.006;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=251;ExcessHet=3.0103;FS=2.238;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.79;MQRankSum=-4.964;QD=4.65;ReadPosRankSum=2.227;SOR=0.512;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:204,42:0.17:246
chr14	106733520	rs2338199	C	A	3368.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.072;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.887;HP=1;HapScore=1;MGOF=33;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.865;NF=29;NR=47;PP=1492;ReadPosRankSum=-1.484;SC=CCCTGGAACTCAGGATTCTCT;SOR=1.074;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=131;TCF=56;TCR=75;TR=76;WE=106733540;WS=106733510;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,115:0.57:203
chr14	106733532	rs116710349	G	A	1236.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.560;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FS=2.055;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.96;MQRankSum=-1.871;QD=5.67;ReadPosRankSum=-2.465;SOR=0.921;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:170,48:0.22:218
chr14	106733555	rs8013154	A	G	1087.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.237;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FS=0.638;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.73;MQRankSum=-4.750;QD=5.41;ReadPosRankSum=-0.887;SOR=0.796;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:158,43:0.21:201
chr14	106733593	rs4511432	G	A	878.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.166;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.289;HP=2;HapScore=2;MGOF=35;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=21;PP=489;ReadPosRankSum=0.209;SC=GAGGTGCTGCGCTCTGGGGGC;SOR=0.967;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=101;TCF=40;TCR=61;TR=32;WE=106733601;WS=106733583;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,49:0.36:136
chr14	106733638	rs8013719	G	C	538.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.506;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FS=0.967;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.87;MQRankSum=-5.604;QD=6.12;ReadPosRankSum=-0.186;SOR=0.827;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:67,21:0.24:88
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chr14	106733679	rs116541104	G	C	169.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.306;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.69;MQRankSum=-4.414;QD=4.35;ReadPosRankSum=-1.854;SOR=0.951;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,7:0.18:39
chr14	106733682	rs114939362	G	C	172.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.500;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.59;MQRankSum=-4.281;QD=4.67;ReadPosRankSum=-2.808;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,7:0.19:37
chr14	106758201	rs2073677	G	T	795.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=0.047;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.809;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=28;PP=577;ReadPosRankSum=0.091;SC=TACTCTATGGGGTGCACTCAG;SOR=1.609;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=72;TCF=19;TCR=53;TR=34;WE=106758209;WS=106758191;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,36:0.45:80
chr14	106780782	rs369196874	G	A	590.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.159;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FS=20.719;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.86;MQRankSum=-10.517;QD=2.63;ReadPosRankSum=-3.758;SOR=1.311;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:196,29:0.13:225
chr14	106780786	rs200993225	C	G	721.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.246;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FS=25.635;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.37;MQRankSum=-10.470;QD=3.12;ReadPosRankSum=-3.132;SOR=1.489;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:197,34:0.15:231
chr14	106780801	rs56407212	C	T	1471.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-2.653;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.806;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=3.461;NF=21;NR=33;PP=719;ReadPosRankSum=1.201;SC=CCTGCAGCTGCACCTGGGACA;SOR=0.858;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=151;TCF=65;TCR=86;TR=54;WE=106780825;WS=106780791;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:126,75:0.37:201
chr14	106780803	rs200533358	C	G	680.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.072;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FS=26.169;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.45;MQRankSum=-9.030;QD=3.30;ReadPosRankSum=-2.260;SOR=1.145;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:160,46:0.22:206
chr14	106780817	rs8009554	A	C	6371.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=62;NR=86;PP=2962;SC=GGACAGGACCACTGTGAACAG;SOR=0.973;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=148;TCF=62;TCR=86;TR=148;WE=106780825;WS=106780791;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,208:1.00:208
chr14	106791006	rs10148365	C	T	19995.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-4.198;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1257;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.921;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-3.059;NF=379;NR=230;PP=2962;ReadPosRankSum=0.685;SC=CACTGTGTCTCTCGCACAGTA;SOR=0.529;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=895;TCF=559;TCR=336;TR=609;WE=106791014;WS=106790996;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:399,852:0.68:1251
chr14	106791119	rs4502119	A	G	14638.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-3.342;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=2143;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.536;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-2.200;NF=266;NR=243;PP=2962;ReadPosRankSum=2.816;SC=CGGAGTCTGCATAGTATTTAT;SOR=0.733;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=1393;TCF=707;TCR=686;TR=509;WE=106791139;WS=106791109;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1333,802:0.38:2135
chr14	106791131	rs10148460	A	G	15611.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.137;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=2089;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-3.445;NF=261;NR=240;PP=2962;ReadPosRankSum=2.111;SC=AGTATTTATTACTTCCATCAT;SOR=0.667;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=1352;TCF=702;TCR=650;TR=501;WE=106791139;WS=106791109;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1280,800:0.38:2080
chr14	106791200	rs8017285	GC	AG	21825.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.389;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1619;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.542;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-4.103;NF=243;NR=220;PP=2944;ReadPosRankSum=-0.652;SC=CCCAGTGCATGCCATAGCTAC;SOR=0.774;SbPval=0.51;Source=Platypus;TCF=691;TR=463;WE=106791209;WS=106791190;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1019,596:0.37:1615
chr14	106805236	rs61740539	C	T	1807.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=3.398;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.844;HP=1;HapScore=2;MGOF=39;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=2.833;NF=51;NR=16;PP=1311;ReadPosRankSum=0.391;SC=CGGCCGTGTCCGCGGCAGTCA;SOR=1.223;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=161;TCF=114;TCR=47;TR=67;WE=106805250;WS=106805226;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:110,79:0.42:189
chr14	106805242	rs61740532	A	G	840.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-1.131;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=14.256;HP=1;HapScore=2;MGOF=39;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-9.239;NF=29;NR=20;PP=725;ReadPosRankSum=-0.634;SC=TGTCCGCGGCAGTCACAGAGC;SOR=0.219;SbPval=0.08;Source=Platypus;TC=171;TCF=124;TCR=47;TR=49;WE=106805250;WS=106805226;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:147,52:0.26:199
chr14	106805278	rs61739320	A	G	6279.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.935;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=321;ExcessHet=3.0103;FS=2.127;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.33;MQRankSum=-6.423;QD=20.13;ReadPosRankSum=-0.926;SOR=0.851;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:97,215:0.69:312
chr14	106805282	rs199855112	G	C	1032.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.131;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=344;ExcessHet=3.0103;FS=0.517;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.58;MQRankSum=-16.913;QD=3.09;ReadPosRankSum=-2.313;SOR=0.614;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:267,67:0.20:334
chr14	106805299	rs61739267	A	G	1616.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.991;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=456;ExcessHet=3.0103;FS=1.375;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.71;MQRankSum=-17.826;QD=3.67;ReadPosRankSum=-2.856;SOR=0.575;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:342,99:0.22:441
chr14	106805341	rs200481782	G	A	8040.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.020;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=813;ExcessHet=3.0103;FS=1.234;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.52;MQRankSum=-16.785;QD=9.90;ReadPosRankSum=-1.170;SOR=0.794;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:580,232:0.29:812
chr14	106805341	.	GTA	ATG	2944	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;FR=0.5000;HP=2;HapScore=1;MGOF=62;MMLQ=26;MQ=57.07;NF=93;NR=66;PP=2944;QD=20;SC=TGCTCCCACTGTAATAGATGT;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=522;TCF=300;TCR=222;TR=159;WE=106805351;WS=106805331;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:363,159:0.30:522
chr14	106805343	rs200864088	A	G	8040.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.868;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=831;ExcessHet=3.0103;FS=0.580;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.54;MQRankSum=-16.711;QD=9.69;ReadPosRankSum=-1.530;SOR=0.791;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:590,240:0.29:830
chr14	106805380	rs201158628	G	T	9626.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.651;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=955;ExcessHet=3.0103;FS=1.216;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.50;MQRankSum=-15.222;QD=10.09;ReadPosRankSum=6.182;SOR=0.841;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:674,280:0.29:954
chr14	106805381	rs77489245	T	G	20648.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.489;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=957;ExcessHet=3.0103;FS=0.588;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.50;MQRankSum=-7.637;QD=21.60;ReadPosRankSum=4.430;SOR=0.755;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:262,694:0.73:956
chr14	106805386	rs199616126	G	C	9944.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.540;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=966;ExcessHet=3.0103;FS=1.921;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.52;MQRankSum=-15.015;QD=10.31;ReadPosRankSum=5.788;SOR=0.839;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:678,287:0.30:965
chr14	106805395	rs61995641	G	A	7258.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-2.828;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=965;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.531;HP=1;HapScore=1;MGOF=59;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=6.786;NF=113;NR=128;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.434;SC=GGCGGATCCAGCTCCAGTAGT;SOR=0.728;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=597;TCF=292;TCR=305;TR=241;WE=106805416;WS=106805370;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:571,393:0.41:964
chr14	106805402	rs117757529	T	G	10699.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.684;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=962;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.874;HP=1;HapScore=1;MGOF=59;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-14.808;NF=109;NR=104;PP=2962;ReadPosRankSum=0.919;SC=CCAGCTCCAGTAGTAACCACC;SOR=0.701;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=596;TCF=285;TCR=311;TR=213;WE=106805416;WS=106805370;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:642,319:0.33:961
chr14	106805408	rs61995642	C	T	6931.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.421;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=960;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.130;HP=2;HapScore=1;MGOF=59;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=6.976;NF=109;NR=128;PP=2962;ReadPosRankSum=0.608;SC=CCAGTAGTAACCACCACTGCT;SOR=0.780;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=598;TCF=286;TCR=312;TR=237;WE=106805416;WS=106805370;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:589,370:0.39:959
chr14	106805439	rs142283571	T	C	4284.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.729;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=751;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.95;MQRankSum=-9.744;QD=5.74;ReadPosRankSum=-0.917;SOR=0.670;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:495,252:0.34:747
chr14	106805439	.	TA	CG	1905	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;FR=0.5000;HP=1;HapScore=1;MGOF=74;MMLQ=24;MQ=55.9;NF=75;NR=96;PP=1905;QD=11.453028508;SC=CCAGAGACAGTACAGGTGAGG;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=499;TCF=216;TCR=283;TR=171;WE=106805448;WS=106805429;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:328,171:0.34:499
chr14	106805440	rs6576153	A	G	31207.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=740;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=79;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=213;NR=277;PP=2962;SC=CAGAGACAGTACAGGTGAGGG;SOR=0.865;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=494;TCF=214;TCR=280;TR=490;WE=106805448;WS=106805429;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,739:1.00:739
chr14	106805481	rs111274188	G	A	3914.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.476;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=403;ExcessHet=3.0103;FS=1.269;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.55;MQRankSum=-8.797;QD=9.74;ReadPosRankSum=0.684;SOR=0.832;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:285,117:0.29:402
chr14	106805485	rs113376532	C	G	3857.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.057;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=389;ExcessHet=3.0103;FS=3.150;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.22;MQRankSum=-9.005;QD=9.94;ReadPosRankSum=0.576;SOR=0.883;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:277,111:0.29:388
chr14	106805502	rs200772933	C	G	2405.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.597;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=289;ExcessHet=3.0103;FS=10.964;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.55;MQRankSum=-9.225;QD=8.35;ReadPosRankSum=2.268;SOR=1.371;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:218,70:0.24:288
chr14	106805508	rs4462488	G	A	11190.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=271;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=74;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=62;NR=162;PP=2962;SC=TGCACCTGGGGCAGGACCCCT;SOR=1.654;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=224;TCF=62;TCR=162;TR=224;WE=106805516;WS=106805492;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,270:1.00:270
chr14	106805533	rs144243881	A	C	1475.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=5.765;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=236;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.102;HP=2;HapScore=1;MGOF=75;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-9.029;NF=10;NR=52;PP=1090;ReadPosRankSum=-1.632;SC=ACAGAGAGACACACAGTGAGC;SOR=1.431;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=188;TCF=44;TCR=144;TR=62;WE=106805541;WS=106805523;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:177,57:0.24:234
chr14	106815862	rs112373679	A	G	12413.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.889;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1300;ExcessHet=3.0103;FS=1.947;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.71;MQRankSum=-10.380;QD=9.60;ReadPosRankSum=3.308;SOR=0.871;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:926,367:0.28:1293
chr14	106815868	rs111734923	C	A	12563.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.692;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1279;ExcessHet=3.0103;FS=1.952;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.60;MQRankSum=-9.718;QD=9.88;ReadPosRankSum=3.933;SOR=0.875;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:906,366:0.29:1272
chr14	106815970	rs138488134	T	C	3472.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.550;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=658;ExcessHet=3.0103;FS=0.579;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.81;MQRankSum=-4.543;QD=5.37;ReadPosRankSum=-0.050;SOR=0.747;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:448,199:0.31:647
chr14	106816057	rs368016204	A	C	1016.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.261;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FS=1.986;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=45.53;MQRankSum=-3.950;QD=5.35;ReadPosRankSum=0.719;SOR=0.435;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:140,50:0.26:190
chr14	106816119	rs200776385	A	G	63.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.761;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=39.78;MQRankSum=0.720;QD=1.88;ReadPosRankSum=0.701;SOR=0.057;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,6:0.18:34
chr14	106845193	rs10129987	C	G	928.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=39.58;QD=34.40;SOR=6.666;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr14	106845209	rs10129994	C	G	1709.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=46.70;QD=34.20;SOR=5.590;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr14	106845308	rs112027281	A	T	3508.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.361;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=419;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-1.228;NF=71;NR=35;PP=1611;ReadPosRankSum=-1.299;SC=CACACTTCCGACCTCTCACAG;SOR=0.651;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=283;TCF=185;TCR=98;TR=106;WE=106845316;WS=106845298;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:233,176:0.43:409
chr14	106845417	rs112759551	C	T	9139.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=-1.997;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1013;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-1.887;NF=156;NR=119;PP=2962;ReadPosRankSum=0.506;SC=GATGATGAATCGGCCCTTCAC;SOR=0.724;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=638;TCF=354;TCR=284;TR=275;WE=106845425;WS=106845407;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:545,456:0.46:1001
chr14	106859070	rs74093595	G	A	621.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-0.605;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.738;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=18;PP=414;ReadPosRankSum=-0.182;SC=CGTCATCCAGGACTTTGACTG;SOR=1.179;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=41;TCF=10;TCR=31;TR=23;WE=106859078;WS=106859060;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,26:0.54:48
chr14	106859191	rs61997354	G	C	427.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=0.341;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-6.468;NF=17;NR=6;PP=386;ReadPosRankSum=-0.872;SC=GGACTGTATTGTCTCACAGTT;SOR=0.498;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=59;TCF=46;TCR=13;TR=23;WE=106859199;WS=106859181;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,19:0.35:54
chr14	106859351	rs1008525	G	C	3290.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=47.19;QD=26.75;SOR=1.323;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr14	106859421	rs11160957	A	C	42.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=40.00;QD=21.37;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr14	106866565	rs58308167	C	A	11482.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.614;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1180;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.101;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=170;NR=165;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.742;SC=CCCACTCCAGCCCCTTCCCTG;SOR=0.590;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=688;TCF=366;TCR=322;TR=335;WE=106866573;WS=106866555;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:613,559:0.48:1172
chr14	106877445	rs60581578	C	T	5538.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.725;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=329;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=4;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=37;PP=2962;ReadPosRankSum=1.021;SC=AGGAGGGAGACGACTGAGAAG;SOR=0.685;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=179;TCF=87;TCR=92;TR=76;WE=106877455;WS=106877435;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:184,143:0.44:327
chr14	106877447	rs57593057	A	ATGATCT	5479.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.433;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=334;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=4;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=37;PP=2954;ReadPosRankSum=1.288;SC=GAGGGAGACGACTGAGAAGAT;SOR=0.672;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=112;TCF=25;TCR=87;TR=46;WE=106877455;WS=106877435;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:186,146:0.44:332
chr14	106877551	rs8020298	A	C	5081.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=41;NR=66;PP=2455;SC=TGCACCTGCGACCGCCCCCTC;SOR=0.974;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=110;TCF=43;TCR=67;TR=107;WE=106877559;WS=106877541;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,183:1.00:183
chr14	106922052	rs10782500	T	G	1332.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=2.450;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.050;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=6;PP=1007;ReadPosRankSum=0.442;SC=AATTGCATATTTAGGCTATTT;SOR=0.154;SbPval=0.22;Source=Platypus;TC=71;TCF=65;TCR=6;TR=47;WE=106922060;WS=106922042;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,50:0.65:77
chr14	106922368	rs6576168	C	T	2444.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-2.218;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=244;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=65;PP=1449;ReadPosRankSum=1.152;SC=AGTAAAAACACAGGACTCATA;SOR=0.655;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=174;TCF=48;TCR=126;TR=93;WE=106922376;WS=106922358;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:116,116:0.50:232
chr14	106926146	rs61999675	G	A	2955.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=2.972;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=277;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.200;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=75;NR=24;PP=1720;ReadPosRankSum=-0.467;SC=TTCCTGCAGCGAGGTTTTTGT;SOR=0.843;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=197;TCF=149;TCR=48;TR=99;WE=106926154;WS=106926136;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:140,134:0.49:274
chr14	106937467	.	G	GC	659.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=18;PP=764;SC=ACTTTGAGAGGCAAGGTGGGT;SOR=2.948;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=0;TCR=18;TR=18;WE=106937475;WS=106937457;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr14	106940351	rs142032068	C	T	600.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.258;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=404;ExcessHet=3.0103;FS=27.967;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.02;MQRankSum=-17.700;QD=1.49;ReadPosRankSum=-2.825;SOR=2.759;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:345,59:0.15:404
chr14	106940373	.	T	C	2216.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.085;ClippingRankSum=0.000;DP=487;ExcessHet=3.0103;FS=3.633;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.98;MQRankSum=5.847;QD=4.59;ReadPosRankSum=2.085;SOR=0.525;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:341,142:0.29:483
chr14	106967052	rs11848941	C	A	4534.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.519;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=484;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.149;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.881;NF=115;NR=49;PP=2629;ReadPosRankSum=-0.531;SC=CTGTGTCTCTCGCACAGTAAT;SOR=0.803;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=339;TCF=231;TCR=108;TR=164;WE=106967060;WS=106967042;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:251,220:0.47:471
chr14	107013201	rs2073673	G	T	8555.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.445;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=763;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.045;NF=155;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.053;SC=CGCCCTGGCTGTACCAAGCCT;SOR=0.702;Source=Platypus;TCF=303;WE=107013209;WS=107013191;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:358,389:0.52:747
chr14	107034659	.	A	G	846.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.225;ClippingRankSum=0.000;DP=112;ExcessHet=3.0103;FS=1.838;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.93;MQRankSum=-3.089;QD=7.56;ReadPosRankSum=-0.037;SOR=0.911;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:85,27:0.24:112
chr14	107034665	.	TCA	T	807.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.885;ClippingRankSum=0.000;DP=122;ExcessHet=3.0103;FS=1.890;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.95;MQRankSum=-2.714;QD=6.62;ReadPosRankSum=0.920;SOR=0.971;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:96,26:0.21:122
chr14	107034668	.	T	TCC	813.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=3.847;ClippingRankSum=0.000;DP=115;ExcessHet=3.0103;FS=0.887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.94;MQRankSum=-2.613;QD=7.08;ReadPosRankSum=-1.647;SOR=0.893;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:89,26:0.23:115
chr14	107034679	rs370585113	C	T	967.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.285;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FS=0.808;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.95;MQRankSum=-2.486;QD=7.62;ReadPosRankSum=0.326;SOR=0.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:96,31:0.24:127
chr14	107034681	.	G	C	967.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.697;ClippingRankSum=0.000;DP=124;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.95;MQRankSum=-2.446;QD=7.80;ReadPosRankSum=0.003;SOR=0.662;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:93,31:0.25:124
chr14	107034705	rs200210193	G	A	1402.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.893;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FS=3.383;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.25;ReadPosRankSum=0.061;SOR=0.995;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:128,42:0.25:170
chr14	107034707	rs201053767	G	T	1402.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.205;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FS=3.287;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.02;ReadPosRankSum=-0.461;SOR=0.993;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:130,45:0.26:175
chr14	107034789	rs72686840	G	A	3177.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.523;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=437;ExcessHet=3.0103;FS=3.878;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.34;ReadPosRankSum=-1.215;SOR=1.083;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:321,112:0.26:433
chr14	107034807	rs72686841	G	A	3698.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.207;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=513;ExcessHet=3.0103;FS=2.919;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.25;ReadPosRankSum=-0.271;SOR=0.977;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:380,130:0.25:510
chr14	107034822	rs199503234	C	G	3935.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.385;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=565;ExcessHet=3.0103;FS=2.047;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.99;ReadPosRankSum=-0.187;SOR=0.852;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:417,146:0.26:563
chr14	107034846	rs199610746	TC	GT	5378.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.918;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=704;ExcessHet=3.0103;FS=0.628;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.66;ReadPosRankSum=2.185;SOR=0.777;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:536,166:0.24:702
chr14	107034854	rs201350766	C	A	5866.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.344;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=733;ExcessHet=3.0103;FS=2.147;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.04;ReadPosRankSum=2.545;SOR=0.885;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:560,170:0.23:730
chr14	107034863	rs199809351	C	T	5858.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.743;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=755;ExcessHet=3.0103;FS=2.085;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.79;ReadPosRankSum=2.034;SOR=0.896;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:573,179:0.24:752
chr14	107034869	rs200774123	AG	CA	5933.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.334;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=778;ExcessHet=3.0103;FS=3.057;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.67;ReadPosRankSum=2.602;SOR=0.958;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:596,178:0.23:774
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chr14	107034920	rs72686843	C	T	3606.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.458;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=974;ExcessHet=3.0103;FS=1.296;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.75;ReadPosRankSum=0.545;SOR=0.586;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:723,238:0.25:961
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chr14	107048929	rs35608607	T	C	1075.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.814;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FS=25.169;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=43.96;MQRankSum=-0.411;QD=5.07;ReadPosRankSum=-2.940;SOR=2.315;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:166,46:0.22:212
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chr14	107078790	rs1858692	C	T	5715.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.700;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=584;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=72;NR=88;PP=2441;ReadPosRankSum=-0.424;SC=AAGAAGAGGACCCTCCAAATC;SOR=0.689;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=352;TCF=156;TCR=196;TR=160;WE=107078798;WS=107078780;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:298,280:0.48:578
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chr14	107082879	rs59681319	C	CG	2527.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=57.17;QD=45.96;SOR=1.487;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
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chr14	107082881	rs59072447	T	TA,TTAG	2519.73	.	AC=2,0;AF=1.00,0.00;ALERT;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=16;PP=1103;SC=ATGAGAAGCTTGATATATATT;SOR=1.412;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=4;TCR=16;TR=20;WE=107082905;WS=107082861;set=Intersection	GT:AF:DP	1/1:1.00:56
chr14	107082882	rs61261254	G	GA	2519.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=57.28;QD=44.21;SOR=1.342;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr14	107082889	rs4043174	A	ATTT	2146.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=16;PP=1039;SC=CTTGATATATATTTAATCTGT;SOR=0.866;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=22;TCF=6;TCR=16;TR=20;WE=107082905;WS=107082861;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr14	107082897	rs2337902	T	A	2093.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=20;NR=18;PP=851;SC=ATATTTAATCTGTAAGCTATA;SOR=0.823;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=20;TCR=18;TR=38;WE=107082905;WS=107082861;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr14	107113763	rs377318229	A	G	63.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.402;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=404;ExcessHet=3.0103;FS=1.911;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.35;MQRankSum=-12.385;QD=0.16;ReadPosRankSum=-6.930;SOR=0.951;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:355,46:0.11:401
chr14	107113780	rs200164853	G	A	2625.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.969;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=523;ExcessHet=3.0103;FS=0.700;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.43;MQRankSum=-10.022;QD=5.04;ReadPosRankSum=-6.759;SOR=0.777;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:428,93:0.18:521
chr14	107113785	rs201264785	C	T	2969.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.485;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=561;ExcessHet=3.0103;FS=0.664;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.47;MQRankSum=-9.373;QD=5.31;ReadPosRankSum=-7.056;SOR=0.797;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:448,111:0.20:559
chr14	107113846	rs201523378	A	G	10894.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.508;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1030;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.68;MQRankSum=-7.386;QD=10.65;ReadPosRankSum=2.922;SOR=0.718;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:715,308:0.30:1023
chr14	107113851	rs2072045	C	T	16394.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-2.114;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1057;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=29;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=7.304;NF=236;NR=203;PP=2962;ReadPosRankSum=-3.197;SC=TTCACAGAGTCTGCATAATAT;SOR=0.666;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=607;TCF=340;TCR=267;TR=439;WE=107113866;WS=107113836;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:321,729:0.69:1050
chr14	107113855	rs111637096	A	G	11755.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.531;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1093;ExcessHet=3.0103;FS=0.565;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.70;MQRankSum=-7.317;QD=10.82;ReadPosRankSum=4.204;SOR=0.724;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:755,331:0.30:1086
chr14	107113858	rs111853090	A	G	11743.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.637;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1107;ExcessHet=3.0103;FS=0.566;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.71;MQRankSum=-7.273;QD=10.68;ReadPosRankSum=4.655;SOR=0.744;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:762,338:0.31:1100
chr14	107113968	rs113324720	C	A	3157.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.758;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=754;ExcessHet=3.0103;FS=11.234;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.31;MQRankSum=-1.276;QD=4.22;ReadPosRankSum=0.625;SOR=0.807;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:554,194:0.26:748
chr14	107114009	rs11846079	T	C	23856.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.253;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=838;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=-0.601;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.380;SC=GACCAAGCCTTCCCCAGACTC;SOR=0.261;SbPval=0.52;Source=Platypus;WE=107114017;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,824:1.00:825
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chr14	107114193	rs2073670	A	G	18215.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-4.296;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=780;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=1.517;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=25.163;NF=167;NR=307;PP=2965;ReadPosRankSum=1.020;SC=CCCAAACTCCATCATGACTCT;SOR=0.340;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=498;TCF=174;TCR=324;TR=474;WE=107114201;WS=107114183;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:28,741:0.96:769
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chr14	107170005	rs1141720	T	C	5766.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.159;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1268;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-3.082;NF=123;NR=119;PP=2466;ReadPosRankSum=-1.038;SC=CTCGTGGATTTGTCCGCGGTA;SOR=0.656;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=796;TCF=414;TCR=382;TR=242;WE=107170013;WS=107169995;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:891,365:0.29:1256
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chr14	107170077	rs11845244	C	T	14383.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.440;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1262;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.559;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-2.061;NF=137;NR=122;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.339;SC=GGGATGATCCCTCCCATCCAC;SOR=0.747;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=806;TCF=403;TCR=403;TR=259;WE=107170085;WS=107170067;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:846,409:0.33:1255
chr14	107170219	rs2187989	C	G	4738.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-2.818;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=525;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.809;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=89;PP=2527;ReadPosRankSum=0.526;SC=GCACCAGCTGCACCTGGGACT;SOR=0.543;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=366;TCF=133;TCR=233;TR=145;WE=107170227;WS=107170209;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:301,216:0.42:517
chr14	107170243	rs74089692	G	C	2008.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.014;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=466;ExcessHet=3.0103;FS=0.605;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.35;ReadPosRankSum=-0.421;SOR=0.744;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:343,119:0.26:462
chr14	107170398	rs4448834	C	T	3055.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.042;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.418;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=63;PP=1792;ReadPosRankSum=0.732;SC=GGGGCTTCTTCAGAGGAGGAA;SOR=0.883;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=151;TCF=55;TCR=96;TR=96;WE=107170418;WS=107170388;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,138:0.62:221
chr14	107170410	rs10220412	G	C	1032.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=2.135;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.085;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=29;PP=613;ReadPosRankSum=1.091;SC=GAGGAGGAATGTGGTTGTTAT;SOR=0.925;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=125;TCF=41;TCR=84;TR=39;WE=107170418;WS=107170388;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:125,56:0.31:181
chr14	107178795	rs10144331	A	G	6662.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=85;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=80;NR=41;PP=2499;SC=TTGTACAGGAAGCGCCCTGGG;SOR=1.267;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=121;TCF=80;TCR=41;TR=121;WE=107178803;WS=107178785;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,172:1.00:172
chr14	107178832	rs10144402	A	G	7211.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=260;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=50;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=127;NR=53;PP=2965;SC=TCCGTGCACAATAATACGTGG;SOR=1.465;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=180;TCF=127;TCR=53;TR=180;WE=107178840;WS=107178822;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,255:1.00:255
chr14	107178941	rs10133751	T	A	3827.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.859;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=683;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=76;NR=63;PP=1812;ReadPosRankSum=0.820;SC=TGTGCTGTAGTATTTATCATC;SOR=0.636;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=438;TCF=247;TCR=191;TR=139;WE=107178949;WS=107178931;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:454,222:0.33:676
chr14	107178965	rs2073669	A	C	9695.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.130;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=721;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.545;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=142;NR=131;PP=2962;ReadPosRankSum=2.327;SC=CCAATCAATGAGTGCAAGCCA;SOR=0.619;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=456;TCF=241;TCR=215;TR=273;WE=107178973;WS=107178955;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:258,454:0.64:712
chr14	107179017	rs61732209	A	G	2988.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.608;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=614;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=70;PP=1676;ReadPosRankSum=-0.817;SC=CAGCTCACACACATTCCACTA;SOR=0.693;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=406;TCF=189;TCR=217;TR=130;WE=107179025;WS=107179007;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:428,182:0.30:610
chr14	107179106	rs10144703	C	T	1965.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.689;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=405;ExcessHet=3.0103;FS=2.416;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.00;ReadPosRankSum=0.022;SOR=0.738;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:284,109:0.28:393
chr14	107179268	rs10144801	A	G	2681.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.559;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=420;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.176;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=67;PP=1473;ReadPosRankSum=-0.332;SC=TCCATGGTGGAGAGCAGGATT;SOR=0.775;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=307;TCF=117;TCR=190;TR=105;WE=107179276;WS=107179258;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:267,144:0.35:411
chr14	107198866	rs1987970	T	G	3210.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=66;NR=21;PP=1876;SC=CCGCCCCCTGTTGGCCCCACG;SOR=2.036;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=87;TCF=66;TCR=21;TR=87;WE=107198874;WS=107198856;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr14	107211211	rs2073668	G	A	7456.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.618;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=811;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.525;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-1.678;NF=162;NR=117;PP=2962;ReadPosRankSum=0.275;SC=AGCCTCCCCCGGACTCCACCA;SOR=0.759;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=589;TCF=336;TCR=253;TR=279;WE=107211219;WS=107211201;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:435,365:0.46:800
chr14	107282785	.	TG	CT	300.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.045;ClippingRankSum=0.000;DP=367;ExcessHet=3.0103;FS=51.082;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.34;MQRankSum=-17.745;QD=0.82;ReadPosRankSum=-0.220;SOR=4.001;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:334,32:0.09:366
chr14	107282791	.	A	C	336.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.921;ClippingRankSum=0.000;DP=381;ExcessHet=3.0103;FS=56.526;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.27;MQRankSum=-18.160;QD=0.89;ReadPosRankSum=0.797;SOR=4.152;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:346,34:0.09:380
chr14	107282809	rs201928713	T	C	984.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.435;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=408;ExcessHet=3.0103;FS=28.794;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.87;MQRankSum=-19.144;QD=2.42;ReadPosRankSum=0.646;SOR=3.277;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:359,48:0.12:407
chr14	107282813	rs199801132	CA	AG	1227.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.647;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=411;ExcessHet=3.0103;FS=31.310;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.82;MQRankSum=-19.273;QD=2.99;ReadPosRankSum=0.534;SOR=3.173;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:358,52:0.13:410
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chr14	107282846	rs200859769	G	A	2991.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.800;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=410;ExcessHet=3.0103;FS=5.235;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.50;MQRankSum=-15.441;QD=7.31;ReadPosRankSum=-0.632;SOR=1.161;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:318,91:0.22:409
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chr15	20279469	.	A	G	262.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.405;ClippingRankSum=0.000;DP=139;ExcessHet=3.0103;FS=0.803;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.25;MQRankSum=-3.961;QD=1.89;ReadPosRankSum=-0.576;SOR=0.702;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:112,27:0.19:139
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chr15	20433733	rs3926481	A	C	515.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-4.843;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.192;HP=4;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.138;NF=21;NR=4;PP=333;ReadPosRankSum=-0.886;SC=CCTTCATAAAAACACATCAAA;SOR=0.465;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=79;TCF=68;TCR=11;TR=25;WE=20433741;WS=20433728;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,28:0.32:88
chr15	20433755	rs4114043	G	A	2463.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=2.742;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.872;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-2.032;NF=66;NR=15;PP=1523;ReadPosRankSum=1.645;SC=GTGAGTTTACGCTATGAGAAA;SOR=0.896;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=113;TCF=90;TCR=23;TR=81;WE=20433763;WS=20433745;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,100:0.74:135
chr15	20444794	rs2722084	C	T	4689.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.366;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=906;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.989;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-15.537;NF=67;NR=134;PP=2852;ReadPosRankSum=-1.173;SC=ATAATCTCCTCCCCGGGCTCC;SOR=0.871;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=629;TCF=221;TCR=408;TR=201;WE=20444802;WS=20444783;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:631,265:0.30:896
chr15	20445987	rs4931804	C	T	1289.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.043;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=626;ExcessHet=3.0103;FS=0.674;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.96;MQRankSum=-3.418;QD=2.09;ReadPosRankSum=1.422;SOR=0.769;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:497,121:0.20:618
chr15	20446043	rs1823751	T	A	11223.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.367;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=830;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-2.471;NF=115;NR=125;PP=2962;ReadPosRankSum=0.227;SC=GGTGAAGCGGTTGCTTCGAGG;SOR=0.732;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=470;TCF=227;TCR=243;TR=240;WE=20446057;WS=20446033;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:382,441:0.54:823
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chr15	20447987	rs8024775	A	G	387.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=2.212;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-5.336;NF=30;NR=3;PP=721;ReadPosRankSum=1.316;SC=ATATATTTCTACTGTTCATAA;SOR=0.546;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=56;TCF=49;TCR=7;TR=33;WE=20447995;WS=20447977;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,17:0.40:42
chr15	20448056	rs8024950	A	G	968.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=5.168;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=14.038;HP=3;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-13.258;NF=75;NR=27;PP=1817;ReadPosRankSum=-3.407;SC=CACCATACTCACCAAAGTGAA;SOR=1.688;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=189;TCF=132;TCR=57;TR=102;WE=20448064;WS=20448046;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:130,53:0.29:183
chr15	20448077	rs3963874	T	C	1578.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=3.912;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=327;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=15.224;HP=3;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-14.711;NF=67;NR=29;PP=1832;ReadPosRankSum=-6.476;SC=GAGCTGTCCCTTTAGGTCATT;SOR=1.540;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=268;TCF=174;TCR=94;TR=96;WE=20448085;WS=20448067;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:160,76:0.32:236
chr15	20448164	rs55697731	T	C	761.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.827;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=916;ExcessHet=3.0103;FS=1.649;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.26;MQRankSum=-0.506;QD=0.84;ReadPosRankSum=-2.272;SOR=0.926;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:774,136:0.15:910
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chr15	20450435	rs67775629	AC	A	1201.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.383;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=264;ExcessHet=3.0103;FS=2.549;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.62;ReadPosRankSum=0.364;SOR=0.942;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:210,50:0.19:260
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chr15	20453896	rs2601517	G	C	2244.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.080;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.605;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-1.375;NF=40;NR=21;PP=1128;ReadPosRankSum=2.075;SC=GGACCCACATGTGGATGCAGA;SOR=0.754;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=101;TCF=63;TCR=38;TR=61;WE=20453904;WS=20453886;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,97:0.61:158
chr15	20453992	rs4931912	T	C	450.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.124;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FS=10.341;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.61;MQRankSum=-4.659;QD=2.04;ReadPosRankSum=-2.739;SOR=1.301;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:188,33:0.15:221
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chr15	20454042	rs7168242	A	T	686.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.753;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.038;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-5.174;NF=19;NR=19;PP=401;ReadPosRankSum=4.251;SC=GCTTCACTGCAAAGAGAACCA;SOR=0.570;SbPval=0.2;Source=Platypus;TC=134;TCF=53;TCR=81;TR=38;WE=20454050;WS=20454032;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:168,51:0.23:219
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chr15	20456517	rs12593833	T	C	323.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-1.131;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-1.405;NF=11;NR=5;PP=220;ReadPosRankSum=-2.280;SC=ATCCTCTGCCTTCAGCCTGTG;SOR=0.673;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=34;TCF=23;TCR=11;TR=16;WE=20456525;WS=20456507;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,17:0.46:37
chr15	20456640	rs8041606	A	G	1300.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.569;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=31;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-9.476;NF=37;NR=21;PP=776;ReadPosRankSum=2.831;SC=CCTGGTGGTCAATGAGGAGGA;SOR=0.741;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=125;TCF=83;TCR=42;TR=58;WE=20456648;WS=20456630;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,67:0.46:147
chr15	20456665	rs8026258	T	A	2936.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.128;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FS=1.132;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.00;MQRankSum=-11.656;QD=14.76;ReadPosRankSum=0.707;SOR=0.604;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:121,78:0.39:199
chr15	20456673	rs8033709	C	G	3281.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.634;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FS=0.519;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.16;MQRankSum=-11.359;QD=15.63;ReadPosRankSum=-0.308;SOR=0.631;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:126,84:0.40:210
chr15	20456677	rs8037872	G	A	3454.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.516;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.27;MQRankSum=-11.168;QD=15.70;ReadPosRankSum=-0.964;SOR=0.679;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:131,89:0.40:220
chr15	20456682	rs58201907	G	C	3536.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.615;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.23;MQRankSum=-10.451;QD=15.51;ReadPosRankSum=-2.350;SOR=0.700;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:131,97:0.43:228
chr15	20456740	rs2954579	A	G	5112.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.066;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=272;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.923;HP=2;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-2.318;NF=80;NR=87;PP=2570;ReadPosRankSum=-0.753;SC=CTCTTTCACCAGCGCCTGGCT;SOR=0.498;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=197;TCF=92;TCR=105;TR=167;WE=20456748;WS=20456730;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,229:0.84:272
chr15	20456787	rs60265308	C	T	1910.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-2.691;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.302;HP=1;HapScore=1;MGOF=31;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-3.034;NF=29;NR=46;PP=1081;ReadPosRankSum=-0.282;SC=CCTCTCCCACCTGAAATAGAA;SOR=0.546;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=166;TCF=63;TCR=103;TR=75;WE=20456795;WS=20456777;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:129,99:0.43:228
chr15	20457155	rs11856094	A	C	7875.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.812;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=244;ExcessHet=3.0103;FS=1.351;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.95;MQRankSum=-6.973;QD=32.41;ReadPosRankSum=4.429;SOR=0.567;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:52,191:0.79:243
chr15	20457155	.	ACC	CCT	2944	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;FR=0.5000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MMLQ=28;MQ=50.44;NF=120;NR=45;PP=2944;QD=20;SC=GCCAGCATTTACCGCCCACTC;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=206;TCF=152;TCR=54;TR=165;WE=20457165;WS=20457154;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:41,165:0.80:206
chr15	20457157	rs11854770	C	T	7875.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.921;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=254;ExcessHet=3.0103;FS=0.594;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.01;MQRankSum=-7.443;QD=31.13;ReadPosRankSum=5.325;SOR=0.642;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:59,194:0.77:253
chr15	20457291	rs6599891	T	C	14568.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=2.694;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=894;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-13.396;NF=225;NR=228;PP=2962;ReadPosRankSum=0.935;SC=TGGGCTTGTGTAAGCATCATT;SOR=0.618;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=610;TCF=309;TCR=301;TR=453;WE=20457299;WS=20457281;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:254,637:0.71:891
chr15	20457319	rs8038741	C	A	11036.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.522;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=945;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.100;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-5.401;NF=175;NR=185;PP=2962;ReadPosRankSum=0.102;SC=GCACGCTGAGCATGGCAGGGC;SOR=0.604;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=613;TCF=289;TCR=324;TR=360;WE=20457327;WS=20457309;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:424,519:0.55:943
chr15	20462585	rs3901622	A	G	1180.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.635;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.880;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=14;PP=723;ReadPosRankSum=-1.777;SC=CCCAGCCTGCATCTGCCAATA;SOR=0.861;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=165;TCF=117;TCR=48;TR=54;WE=20462593;WS=20462575;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:154,69:0.31:223
chr15	20462613	rs28374902	G	C	1064.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.031;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=293;ExcessHet=3.0103;FS=0.504;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.55;MQRankSum=-2.420;QD=3.68;ReadPosRankSum=1.877;SOR=0.636;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:216,73:0.25:289
chr15	20462690	rs6422224	T	G	9111.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.283;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=493;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.503;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-4.086;NF=101;NR=139;PP=2962;ReadPosRankSum=0.084;SC=CAGAACCCCATTGAGGGAGTC;SOR=0.853;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=301;TCF=130;TCR=171;TR=240;WE=20462698;WS=20462680;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,407:0.83:492
chr15	20462720	rs28522508	G	A	470.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.422;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=438;ExcessHet=3.0103;FS=1.572;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.93;MQRankSum=-0.320;QD=1.07;ReadPosRankSum=-0.261;SOR=0.857;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:369,69:0.16:438
chr15	20462792	rs62009635	T	G	2387.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=1.476;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FS=1.332;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.98;MQRankSum=4.977;QD=15.21;ReadPosRankSum=-0.402;SOR=0.541;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:91,66:0.42:157
chr15	20462793	rs77195941	ATTT	A	2378.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.807;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FS=1.352;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.00;MQRankSum=5.129;QD=15.55;ReadPosRankSum=0.223;SOR=0.568;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:91,62:0.41:153
chr15	20462828	rs8039793	A	G	528.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.316;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.957;HP=2;HapScore=2;MGOF=31;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.202;NF=8;NR=16;PP=346;ReadPosRankSum=-1.292;SC=ACAGAGTCTCACTCTGTCGCC;SOR=0.307;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=59;TCF=16;TCR=43;TR=24;WE=20462836;WS=20462818;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,26:0.41:64
chr15	20464736	rs112424577	C	CA	868.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.982;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=412;ExcessHet=3.0103;FS=5.932;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.98;MQRankSum=3.847;QD=2.49;ReadPosRankSum=1.043;SOR=0.829;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:247,102:0.29:349
chr15	20464811	rs4983664	C	T	1963.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.937;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=546;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.69;MQRankSum=2.534;QD=3.66;ReadPosRankSum=0.869;SOR=0.702;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:395,141:0.26:536
chr15	20464860	rs7177447	G	T	2555.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=2.601;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=308;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.244;HP=5;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-2.464;NF=39;NR=70;PP=1821;ReadPosRankSum=0.070;SC=TGTTTTACTTGTTTATTTTTT;SOR=0.903;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=238;TCF=92;TCR=146;TR=109;WE=20464868;WS=20464850;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:175,128:0.42:303
chr15	20465014	rs62009640	T	C	167.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.885;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FS=3.796;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.73;MQRankSum=-2.503;QD=2.12;ReadPosRankSum=-1.333;SOR=0.794;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:63,16:0.20:79
chr15	20465103	rs6599901	A	C	480.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=4.156;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-7.107;NF=15;NR=19;PP=553;ReadPosRankSum=-2.435;SC=GTGATCCACCAACCTCGGCCT;SOR=0.754;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=103;TCF=48;TCR=55;TR=34;WE=20465111;WS=20465093;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:101,32:0.24:133
chr15	20465167	rs10794632	A	T	1956.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=0.458;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.716;HP=3;HapScore=4;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-3.568;NF=13;NR=25;PP=962;ReadPosRankSum=3.097;SC=TAGGACTTGTATTATTTATTT;SOR=0.912;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=103;TCF=44;TCR=59;TR=38;WE=20465190;WS=20465157;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:130,60:0.32:190
chr15	20465176	rs139363573	TTA	T	313.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.658;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.88;MQRankSum=3.613;QD=1.82;ReadPosRankSum=-2.471;SOR=0.722;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:141,31:0.18:172
chr15	20465182	rs10794633	T	A	1903.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.609;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FS=2.063;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.79;MQRankSum=-2.822;QD=11.54;ReadPosRankSum=4.269;SOR=0.898;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:109,56:0.34:165
chr15	20465246	rs8038116	G	A	654.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=-0.240;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.964;HP=3;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-1.995;NF=7;NR=15;PP=258;ReadPosRankSum=0.311;SC=GTGCAGTGGCGCCATCTCAGC;SOR=1.032;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=53;TCF=23;TCR=30;TR=22;WE=20465254;WS=20465236;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,35:0.44:79
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chr15	20467100	rs4983661	A	G	4151.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.524;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=383;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.216;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-1.267;NF=70;NR=55;PP=1904;ReadPosRankSum=-0.269;SC=CACGTGAAGCACCAGCGCAGA;SOR=0.587;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=237;TCF=139;TCR=98;TR=125;WE=20467108;WS=20467090;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:165,205:0.55:370
chr15	20467242	rs59808209	C	T	2114.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.022;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=280;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.941;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-1.396;NF=40;NR=50;PP=1162;ReadPosRankSum=1.588;SC=GCTGGGCGTCCGACAAGCCTG;SOR=0.631;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=213;TCF=91;TCR=122;TR=90;WE=20467250;WS=20467232;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:166,109:0.40:275
chr15	20468050	rs4983831	A	G	3407.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=5.243;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=374;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.817;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-1.634;NF=82;NR=47;PP=2195;ReadPosRankSum=2.039;SC=ACTTGGAAAAACTACCCTCCC;SOR=0.755;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=290;TCF=186;TCR=104;TR=129;WE=20468058;WS=20468040;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:210,157:0.43:367
chr15	20476942	rs4983659	C	T	1824.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.459;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1176;ExcessHet=3.0103;FS=0.733;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.56;ReadPosRankSum=-0.620;SOR=0.596;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:974,198:0.17:1172
chr15	20477005	rs4248783	G	C	4437.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.465;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=2467;ExcessHet=3.0103;FS=0.690;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.75;MQRankSum=-0.895;QD=1.81;ReadPosRankSum=-0.503;SOR=0.641;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2007,446:0.18:2453
chr15	20477090	rs4931940	T	C	3022.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.044;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1901;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.60;ReadPosRankSum=0.384;SOR=0.631;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1556,337:0.18:1893
chr15	20481817	rs61468854	CA	C	464.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=3.145;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.629;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=2;PP=512;ReadPosRankSum=2.606;SC=CACTCAACCCCAAACCTGATG;SOR=2.235;SbPval=0.96;Source=Platypus;TC=52;TCF=37;TCR=15;TR=17;WE=20481825;WS=20481810;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,19:0.33:57
chr15	20482021	rs28602347	C	G	2783.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.056;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=558;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.47;MQRankSum=0.692;QD=5.05;ReadPosRankSum=-0.864;SOR=0.722;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:389,162:0.29:551
chr15	20482082	.	C	T	477.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.088;ClippingRankSum=0.000;DP=524;ExcessHet=3.0103;FS=0.739;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.93;MQRankSum=0.418;QD=0.92;ReadPosRankSum=0.338;SOR=0.787;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:446,76:0.15:522
chr15	20482083	rs28576026	G	A	4237.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.317;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=515;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.527;HP=3;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-1.146;NF=67;NR=82;PP=2135;ReadPosRankSum=1.679;SC=AGCTCCAGCCGCACTTGTTCC;SOR=0.772;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=336;TCF=153;TCR=183;TR=149;WE=20482091;WS=20482072;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:292,221:0.43:513
chr15	20482115	rs28702675	A	G	3290.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.025;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=398;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.368;HP=3;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.337;NF=53;NR=70;PP=1747;ReadPosRankSum=-0.470;SC=GTTCGCGGCCACTCTGTTCAA;SOR=0.721;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=277;TCF=117;TCR=160;TR=123;WE=20482123;WS=20482105;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:227,169:0.43:396
chr15	20482142	rs60748331	A	C	2321.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-1.457;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=302;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.312;NF=37;NR=60;PP=1075;ReadPosRankSum=-1.436;SC=GAGGGAGAGAAGTGCCCTCAG;SOR=0.704;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=229;TCF=86;TCR=143;TR=97;WE=20482150;WS=20482132;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:175,126:0.42:301
chr15	20588554	rs112526901	C	G	2491.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=45.34;QD=44.50;SOR=2.564;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr15	20588563	rs2291972	A	G	2966.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=46.92;QD=45.64;SOR=2.730;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr15	20588571	rs113432051	T	G	3158.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=48.93;QD=42.12;SOR=2.334;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr15	20588693	rs74318793	C	T	7379.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.652;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=301;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=-0.489;NF=79;NR=93;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.082;SC=CCAAAAACAACATCTGGACAT;SOR=0.778;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=175;TCF=80;TCR=95;TR=172;WE=20588701;WS=20588683;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,292:0.99:296
chr15	20613957	.	G	A	2462.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.741;ClippingRankSum=0.000;DP=474;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.193;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-2.089;NF=45;NR=50;PP=1220;ReadPosRankSum=1.156;SC=GCTTGATAGCGTCACAGGGAG;SOR=0.717;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=281;TCF=142;TCR=139;TR=95;WE=20613965;WS=20613947;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:319,146:0.31:465
chr15	20614059	rs4931989	C	T	1043.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.977;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.351;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.716;NF=11;NR=26;PP=499;ReadPosRankSum=0.338;SC=CTTATTGTTACAGACATGTTA;SOR=0.564;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=130;TCF=38;TCR=92;TR=37;WE=20614067;WS=20614049;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:115,57:0.33:172
chr15	20614087	rs57902346	G	A	359.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.025;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FS=3.427;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.39;MQRankSum=-1.850;QD=3.07;ReadPosRankSum=-1.302;SOR=0.331;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:91,26:0.22:117
chr15	20874863	rs62000628	T	C	5605.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.162;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=878;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.551;HP=3;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=123;NR=81;PP=2557;ReadPosRankSum=1.412;SC=TATTTTAAGGTGTGCATTATC;SOR=0.760;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=549;TCF=319;TCR=230;TR=204;WE=20874871;WS=20874853;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:565,309:0.35:874
chr15	20874897	rs7497658	A	G	20690.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.038;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1138;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.694;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-2.002;NF=277;NR=263;PP=2962;ReadPosRankSum=0.153;SC=CCTATTCTGCATATGGTGGTG;SOR=0.542;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=651;TCF=341;TCR=310;TR=540;WE=20874905;WS=20874887;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:204,930:0.82:1134
chr15	20874927	rs62000629	T	A	9656.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=2.260;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1048;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.520;HP=5;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-1.263;NF=136;NR=161;PP=2962;ReadPosRankSum=0.540;SC=GCAGTTCCAATAAATTCAGCA;SOR=0.726;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=642;TCF=299;TCR=343;TR=297;WE=20874935;WS=20874917;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:563,480:0.46:1043
chr15	20875094	rs12148785	G	A	676.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.021;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.932;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=22;PP=403;ReadPosRankSum=1.478;SC=TTATTAAGAGGTTAAAAATAA;SOR=0.448;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=91;TCF=18;TCR=73;TR=28;WE=20875102;WS=20875084;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,36:0.31:115
chr15	20876515	rs6422240	A	G	19264.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=2.406;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1095;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-3.870;NF=252;NR=257;PP=2962;ReadPosRankSum=0.035;SC=CAGCAAAGGTACTCCATGAGA;SOR=0.673;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=633;TCF=310;TCR=323;TR=509;WE=20876523;WS=20876505;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:235,846:0.78:1081
chr15	21145503	rs74912473	G	T	198.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.580;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=12.704;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-2.755;NF=11;NR=0;PP=158;ReadPosRankSum=-0.808;SC=TGCAACTCTAGCTCTTAACAT;SOR=3.816;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=24;TCF=19;TCR=5;TR=11;WE=21145511;WS=21145493;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,9:0.41:22
chr15	22318824	rs35131467	AC	A	2426.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-0.706;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.136;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=1.902;NF=45;NR=12;PP=2255;ReadPosRankSum=1.279;SC=TAATAAAGTTACATTTGATAA;SOR=1.040;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=85;TCF=67;TCR=18;TR=57;WE=22318832;WS=22318815;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,73:0.67:109
chr15	22318963	rs1429506	A	T	8806.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.581;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=695;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.531;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-9.507;NF=151;NR=114;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.437;SC=TATCACAGAAAAGAACAAGGT;SOR=0.785;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=428;TCF=239;TCR=189;TR=265;WE=22318971;WS=22318953;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:280,407:0.59:687
chr15	22319148	rs71455753	C	G	4750.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.607;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=656;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.133;HP=5;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=77;NR=81;PP=2458;ReadPosRankSum=0.425;SC=AGCATAGGAACAAAGGATAAA;SOR=0.621;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=435;TCF=205;TCR=230;TR=158;WE=22319156;WS=22319138;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:405,243:0.38:648
chr15	22319166	rs1429505	G	T	9366.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.370;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=718;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.534;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=131;NR=144;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.772;SC=AAAGAGAAAGGTGCCAATTAT;SOR=0.715;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=449;TCF=218;TCR=231;TR=275;WE=22319174;WS=22319156;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:275,431:0.61:706
chr15	22319295	rs4779264	T	C	6889.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.935;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=484;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.146;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=85;NR=118;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.997;SC=TGGGCCACAGTAGGATAGCTG;SOR=0.810;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=332;TCF=145;TCR=187;TR=203;WE=22319303;WS=22319285;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:177,299:0.63:476
chr15	22319565	rs4779265	G	A	3837.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.357;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=651;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-2.403;NF=52;NR=90;PP=2019;ReadPosRankSum=1.081;SC=TTTAGTTGCAGTAACATAACA;SOR=0.693;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=412;TCF=156;TCR=256;TR=142;WE=22319573;WS=22319555;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:421,219:0.34:640
chr15	22332751	rs930109	T	C	17868.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=658;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=238;NR=195;PP=2965;SC=TGAGATGTTTTTGCTGACAGT;SOR=0.840;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=437;TCF=238;TCR=199;TR=433;WE=22332759;WS=22332741;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,653:1.00:653
chr15	22332803	rs61663027	G	A	4851.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.959;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=837;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-0.481;NF=85;NR=80;PP=2106;ReadPosRankSum=1.377;SC=AACCCTTTGCGCTACCTTATA;SOR=0.700;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=500;TCF=252;TCR=248;TR=165;WE=22332811;WS=22332793;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:554,277:0.33:831
chr15	22332859	rs62004745	G	T	9997.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.189;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=719;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.541;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=2.392;NR=158;PP=2962;ReadPosRankSum=1.305;SC=TTGCCTGCTGGTGTGGGGGTT;SOR=0.747;Source=Platypus;TCR=235;WE=22332867;WS=22332849;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:260,453:0.64:713
chr15	22344871	rs28571003	A	G	4146.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.874;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=746;ExcessHet=3.0103;FS=0.560;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.96;MQRankSum=0.695;QD=5.60;ReadPosRankSum=-0.418;SOR=0.622;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:499,241:0.33:740
chr15	22344879	rs1366870	C	G	23543.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.108;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=723;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=-0.327;NF=237;NR=250;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.120;SC=CTATTCCTCACCCACAGCACC;SOR=0.544;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=491;TCF=240;TCR=251;TR=487;WE=22344887;WS=22344861;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,714:1.00:717
chr15	22344951	rs1366871	T	C	10486.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=328;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=44.89;QD=32.07;SOR=0.944;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,327:1.00:327
chr15	22345097	rs12440831	C	T	11089.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-1.002;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=543;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=11.834;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=11.007;NF=145;NR=202;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.023;SC=CATCACTGTCCTGGTTGGGGG;SOR=0.643;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=429;TCF=195;TCR=234;TR=347;WE=22345105;WS=22345087;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,461:0.85:540
chr15	22345178	rs61690271	C	A	1916.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.669;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=459;ExcessHet=3.0103;FS=4.685;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.13;MQRankSum=-1.893;QD=4.19;ReadPosRankSum=1.168;SOR=0.624;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:331,127:0.28:458
chr15	22345306	rs12438744	A	C	4741.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=2.429;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=301;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.122;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=2.077;NF=71;NR=97;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.122;SC=TTGGCCTCCTACACAGTCATT;SOR=0.846;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=233;TCF=100;TCR=133;TR=168;WE=22345314;WS=22345296;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:93,199:0.68:292
chr15	22368862	rs1835183	G	A	21550.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-4.884;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1524;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.542;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-1.064;NF=345;NR=328;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.480;SC=TCTTTTGATGGATGCATTGCA;SOR=0.680;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=1064;TCF=532;TCR=532;TR=673;WE=22368870;WS=22368852;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:543,959:0.64:1502
chr15	22368905	rs1835182	G	A	22433.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.693;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1620;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-2.426;NF=337;NR=312;PP=2962;ReadPosRankSum=2.898;SC=CTGGGGCTTCGGAGATGTTCT;SOR=0.726;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=1062;TCF=550;TCR=512;TR=649;WE=22368913;WS=22368895;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:590,1008:0.63:1598
chr15	22369248	rs491208	T	C	26621.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=938;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=410;NR=366;PP=2965;SC=TCTGGCCTTGTTCAAGAAACT;SOR=0.852;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=777;TCF=410;TCR=367;TR=776;WE=22369256;WS=22369238;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,935:1.00:935
chr15	22369426	rs4087943	G	A	6696.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=2.152;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=979;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-2.228;NF=105;NR=136;PP=2962;ReadPosRankSum=0.480;SC=TTCCCTTTACGTAATCCCATT;SOR=0.673;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=653;TCF=283;TCR=370;TR=241;WE=22369434;WS=22369416;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:594,352:0.37:946
chr15	22382655	rs535034	A	C	3541.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=0.458;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=-0.540;NF=40;NR=67;PP=2638;ReadPosRankSum=0.047;SC=CCCTCTATTTATTTCTGGGCA;SOR=0.524;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=112;TCF=42;TCR=70;TR=107;WE=22382663;WS=22382645;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,115:0.99:116
chr15	22382728	rs2808136	C	T	2705.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.007;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FS=2.904;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=45.73;MQRankSum=-1.042;QD=30.06;ReadPosRankSum=1.164;SOR=1.863;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,88:0.98:90
chr15	22382739	rs2671839	A	G	3386.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=69;NR=33;PP=2472;SC=TCTCTGAGAAAAAGGTAATCT;SOR=1.675;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=103;TCF=70;TCR=33;TR=102;WE=22382747;WS=22382718;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr15	22382821	rs12438969	G	C	17968.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.699;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=405;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=58.13;MQRankSum=1.909;QD=44.48;ReadPosRankSum=0.388;SOR=0.291;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:4,400:0.99:404
chr15	22382828	rs62006709	C	A	18341.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.884;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=431;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=58.41;MQRankSum=2.170;QD=42.66;ReadPosRankSum=0.597;SOR=0.291;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:4,426:0.99:430
chr15	22383064	rs12441468	C	A	10906.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=245;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=56.99;QD=45.26;SOR=0.961;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,241:1.00:241
chr15	22383064	.	CTA	ATG	2947	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;FR=1.0000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MMLQ=27;MQ=56.81;NF=100;NR=75;PP=2947;QD=20;SC=GGTGGAGCTTCTAATGGTCTT;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=181;TCF=102;TCR=79;TR=175;WE=22383074;WS=22383054;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:6,175:0.97:181
chr15	22383066	rs559754	A	G	10906.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=252;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=57.12;QD=44.16;SOR=0.954;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,247:1.00:247
chr15	22413700	rs267612	A	G	873.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.390;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FS=3.131;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.64;MQRankSum=-11.882;QD=4.24;ReadPosRankSum=-1.052;SOR=0.984;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:160,46:0.22:206
chr15	22413940	rs7167256	T	C	2178.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.047;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=365;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=15.048;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-2.396;NF=56;NR=52;PP=1385;ReadPosRankSum=1.636;SC=ATTATCCAGGTGGTCCTCATC;SOR=0.420;SbPval=0.18;Source=Platypus;TC=317;TCF=135;TCR=182;TR=108;WE=22413948;WS=22413930;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:243,117:0.32:360
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chr15	22466126	rs1985064	A	C	37094.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=1.448;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1410;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=-0.336;NF=501;NR=410;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.400;SC=GCTGTGCTCGAAGATGTGTCC;SOR=0.465;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=922;TCF=508;TCR=414;TR=911;WE=22466134;WS=22466116;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:13,1379:0.99:1392
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chr15	22483277	rs753259	A	G	3253.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=34;NR=63;PP=1997;SC=ACGGTGAGGCACTGAGCTCTA;SOR=1.382;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=97;TCF=34;TCR=63;TR=97;WE=22483285;WS=22483267;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr15	22489900	rs113115466	T	C	228.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.319;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FS=2.964;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.94;MQRankSum=-4.365;QD=1.36;ReadPosRankSum=-2.107;SOR=1.051;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:145,23:0.14:168
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chr15	22489958	rs111826301	C	T	649.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.787;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FS=1.706;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.94;MQRankSum=-4.048;QD=3.89;ReadPosRankSum=2.753;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:141,26:0.16:167
chr15	22489966	rs72687799	A	C	713.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.566;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FS=0.772;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.94;MQRankSum=-3.723;QD=4.41;ReadPosRankSum=0.968;SOR=0.547;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:133,29:0.18:162
chr15	22489988	rs72687801	G	A	488.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.714;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FS=2.801;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.93;MQRankSum=-3.385;QD=3.65;ReadPosRankSum=-0.909;SOR=0.439;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:106,28:0.21:134
chr15	22490019	rs112521162	T	C	243.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.017;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.62;ReadPosRankSum=-0.517;SOR=0.600;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:75,18:0.19:93
chr15	22490035	rs72687802	A	G	219.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.332;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FS=2.791;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.10;ReadPosRankSum=0.432;SOR=1.161;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:58,13:0.18:71
chr15	22513129	rs118140945	G	A	109.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-1.115;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=2;PP=31;ReadPosRankSum=0.762;SC=GGTGCTTCTGGTTTGAGATGG;SOR=0.693;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=17;TCF=11;TCR=6;TR=6;WE=22513137;WS=22513119;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,8:0.31:26
chr15	22848150	rs372317024	CA	C	177.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.542;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=1.072;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.33;MQRankSum=1.965;QD=3.06;ReadPosRankSum=-1.124;SOR=0.532;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,21:0.36:58
chr15	22925851	rs4134802	C	T	3914.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=1.294;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=450;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=81;NR=40;PP=1737;ReadPosRankSum=2.123;SC=TGCCCCTGCCCGACCAGCAGC;SOR=0.692;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=292;TCF=194;TCR=98;TR=121;WE=22925859;WS=22925841;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:256,192:0.43:448
chr15	22926229	rs2289824	G	A	1752.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.779;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.227;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=23;PP=1026;ReadPosRankSum=-0.514;SC=TTTTCTTAGTGTAAAAACAAT;SOR=0.957;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=154;TCF=94;TCR=60;TR=68;WE=22926237;WS=22926219;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:122,86:0.41:208
chr15	22926307	rs7403459	A	G	9727.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.987;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=379;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=106;NR=114;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.826;SC=TCAAGGGTGCACCTGCCCTGT;SOR=0.234;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=221;TCF=106;TCR=115;TR=220;WE=22926315;WS=22926297;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,377:1.00:378
chr15	22927952	rs2289823	C	T	1241.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-0.754;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.958;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=10;PP=710;ReadPosRankSum=0.387;SC=TTTGGGTGGTCATTGTGGCCC;SOR=0.559;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=74;TCF=60;TCR=14;TR=43;WE=22927960;WS=22927942;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,51:0.57:90
chr15	22928533	rs12148589	G	C	1157.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.244;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=31;PP=491;ReadPosRankSum=-0.035;SC=ATAATCTGGGGGGGGTGTAAC;SOR=0.711;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=99;TCF=32;TCR=67;TR=45;WE=22928541;WS=22928523;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,60:0.49:122
chr15	22929905	rs2305094	CA	GG	2524.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-1.199;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.380;HP=2;HapScore=2;JOINED;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=33;PP=1762;ReadPosRankSum=0.082;SC=GGTGAGCACCCACCTCGCGCA;SOR=0.866;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=110;TCF=41;TCR=69;TR=53;WE=22929914;WS=22929895;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,67:0.48:140
chr15	22933456	rs56238917	G	T	86.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-2.189;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=17;NR=1;PP=279;ReadPosRankSum=-0.328;SC=GCAGATGACTGTAGGGGAAAG;SOR=0.941;SbPval=0.94;Source=Platypus;TC=33;TCF=28;TCR=5;TR=18;WE=22933464;WS=22933446;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,4:0.57:7
chr15	22933511	rs1867599	A	T	164.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.662;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.68;ReadPosRankSum=-1.151;SOR=0.648;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,11:0.38:29
chr15	22939192	rs11633474	G	A	5020.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-2.205;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.672;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=39;PP=2044;ReadPosRankSum=-0.590;SC=AGGTGGTTCCGCTATTTGGGG;SOR=0.718;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=107;TCF=67;TCR=40;TR=105;WE=22939200;WS=22939182;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,190:0.99:191
chr15	22940670	rs3751566	C	T	1271.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.425;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=13;PP=785;ReadPosRankSum=1.239;SC=TGAGCTGCCCCAGTGCTGTGG;SOR=0.701;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=97;TCF=71;TCR=26;TR=49;WE=22940678;WS=22940660;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,58:0.49:119
chr15	22955013	rs2289816	T	G	724.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.511;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=7.116;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.42;ReadPosRankSum=-0.624;SOR=2.857;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,26:0.55:47
chr15	22955307	rs3217548	AC	A	1025.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.888;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.919;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=22;PP=759;ReadPosRankSum=1.526;SC=CCCCGCCTGCACCCTCTCCCT;SOR=1.335;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=45;TCF=3;TCR=42;TR=23;WE=22955315;WS=22955297;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,36:0.51:71
chr15	22958104	rs4134803	A	G	459.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-1.175;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=4;PP=213;ReadPosRankSum=1.204;SC=GCAGGCACCCAGCACACAGCC;SOR=0.569;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=35;TCF=27;TCR=8;TR=18;WE=22958112;WS=22958094;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,24:0.51:47
chr15	22960868	rs2289818	G	C	3291.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=1.676;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=391;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=55;PP=1644;ReadPosRankSum=0.553;SC=AGCAGTTCCTGTACGACGAAA;SOR=0.684;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=222;TCF=100;TCR=122;TR=103;WE=22960876;WS=22960858;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:216,167:0.44:383
chr15	22960938	rs2289819	C	T	1964.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.090;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.637;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=49;PP=1047;ReadPosRankSum=-0.389;SC=AATTAAATCTCCTTTCTCTTT;SOR=0.815;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=149;TCF=49;TCR=100;TR=74;WE=22960946;WS=22960928;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:131,101:0.44:232
chr15	22999940	rs11307802	TG	T	251.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-1.746;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=-0.000;NF=7;NR=1;PP=239;ReadPosRankSum=0.053;SC=AACAGCCACCTGGCTGCCCGG;SOR=0.275;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=16;TCF=15;TCR=1;TR=8;WE=22999948;WS=22999931;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,9:0.56:16
chr15	23006299	.	T	TTCA	2379.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.374;ClippingRankSum=0.000;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.171;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=2.957;NF=11;NR=18;PP=1290;ReadPosRankSum=-0.089;SC=TTAAGCTTTCTTCATTATTAT;SOR=0.830;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=63;TCF=19;TCR=44;TR=29;WE=23006307;WS=23006289;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,65:0.49:132
chr15	23006910	rs28572108	C	A	636.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.557;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.083;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=21;PP=459;ReadPosRankSum=-3.400;SC=TTCTTAAACACAGAATGCAAA;SOR=0.938;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=58;TCF=10;TCR=48;TR=23;WE=23006918;WS=23006900;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,29:0.40:72
chr15	23049369	rs12592629	G	A	1301.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.726;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.740;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=29;PP=656;ReadPosRankSum=-1.094;SC=ACAGTCACCCGGAGCCACCGC;SOR=0.840;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=76;TCF=23;TCR=53;TR=40;WE=23049377;WS=23049359;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,58:0.52:111
chr15	23052632	rs11263683	T	C	1301.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.288;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=18;PP=564;ReadPosRankSum=-0.130;SC=CAGCCTGAGTTGTCACACTCT;SOR=0.660;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=72;TCF=41;TCR=31;TR=41;WE=23052640;WS=23052622;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,63:0.50:125
chr15	23059394	rs1991922	C	T	11007.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=423;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=125;NR=118;PP=2965;SC=CTTCAATACACCCATCATGGA;SOR=0.737;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=243;TCF=125;TCR=118;TR=243;WE=23059402;WS=23059384;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,421:1.00:421
chr15	23086364	.	GGCC	G	4800.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.688;ClippingRankSum=0.000;DP=461;ExcessHet=3.0103;FS=2.023;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.21;ReadPosRankSum=1.385;SOR=0.579;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:147,132:0.47:279
chr15	23131745	rs7181884	G	A	1624.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=48;NR=16;PP=1331;SC=TAGTCCAGACGTATCTTTTCT;SOR=2.221;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=64;TCF=48;TCR=16;TR=64;WE=23131753;WS=23131735;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr15	23132075	rs56264744	G	GA	1858.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.703;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FS=1.279;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.41;MQRankSum=0.000;QD=17.87;ReadPosRankSum=0.180;SOR=0.987;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:10,94:0.90:104
chr15	23138992	rs202076313	G	A	727.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=40.00;QD=31.64;SOR=6.358;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr15	23181922	rs1994761	T	C	282.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.962;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=370;ExcessHet=3.0103;FS=6.015;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.62;MQRankSum=0.725;QD=0.78;ReadPosRankSum=2.718;SOR=0.667;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:306,58:0.16:364
chr15	23182267	rs12050782	G	A	8823.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=2.712;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=367;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.979;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=7.123;NF=109;NR=141;PP=2965;ReadPosRankSum=5.145;SC=AAATGGAAAAGTCATCATATG;SOR=0.936;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=257;TCF=116;TCR=141;TR=250;WE=23182275;WS=23182257;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:16,337:0.95:353
chr15	23200698	rs58552405	A	T	2372.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=44.40;QD=27.91;SOR=1.450;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr15	23685004	rs34879341	G	GCAT	11907.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.344;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=277;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.77;MQRankSum=-0.092;QD=44.60;ReadPosRankSum=2.321;SOR=1.263;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,265:0.99:267
chr15	23685541	rs375981990	CT	C	39904.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.69;DB;DP=1056;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=37;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=97;NR=307;PP=2977;SC=CCCACATCTTCTTCTTCCTGC;SOR=1.103;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=413;TCF=98;TCR=315;TR=404;WE=23685549;WS=23685531;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,1043:1.00:1043
chr15	23685583	rs368496365	T	C	3076.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.939;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=899;ExcessHet=3.0103;FS=1.575;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.56;MQRankSum=-5.368;QD=3.44;ReadPosRankSum=-5.239;SOR=0.867;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:744,150:0.17:894
chr15	23685604	.	TC	T	2420.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=3.342;ClippingRankSum=0.000;DP=723;ExcessHet=3.0103;FS=0.779;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.66;MQRankSum=-2.715;QD=3.38;ReadPosRankSum=-9.161;SOR=0.773;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:614,103:0.14:717
chr15	23685606	.	TCTTCCTGCTCCCACATCTTCTCCTCCTGCTCCCGCATCTTC	T	2183.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.567;ClippingRankSum=0.000;DP=738;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.67;MQRankSum=-2.865;QD=2.99;ReadPosRankSum=-9.402;SOR=0.766;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:630,100:0.14:730
chr15	23685639	rs374969803	C	T	2530.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=0.491;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=464;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.784;HP=2;HapScore=2;MGOF=51;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-3.257;NF=41;NR=104;PP=2519;ReadPosRankSum=3.287;SC=CTCCTGCTCCCGCATCTTCTC;SOR=1.006;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=321;TCF=99;TCR=222;TR=145;WE=23685655;WS=23685615;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:309,145:0.32:454
chr15	23685895	rs111853398	C	T	3993.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.254;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=891;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.90;MQRankSum=-12.033;QD=4.51;ReadPosRankSum=0.760;SOR=0.744;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:624,261:0.29:885
chr15	23685922	.	C	CCCGCATCTTCTCCTCCTGCTT	4345.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.255;ClippingRankSum=0.000;DP=993;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.18;MQRankSum=-8.526;QD=5.31;ReadPosRankSum=2.014;SOR=0.712;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:599,219:0.27:818
chr15	23686010	.	T	TCTC	3582.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.292;ClippingRankSum=0.000;DP=1022;ExcessHet=3.0103;FS=7.961;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.55;MQRankSum=-8.449;QD=3.56;ReadPosRankSum=5.452;SOR=1.264;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:856,150:0.15:1006
chr15	23686019	.	G	C	3218.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.290;ClippingRankSum=0.000;DP=925;ExcessHet=3.0103;FS=8.091;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.68;MQRankSum=-11.440;QD=3.50;ReadPosRankSum=0.335;SOR=1.419;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:785,135:0.15:920
chr15	23686031	rs75983100	T	C	2500.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.209;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=884;ExcessHet=3.0103;FS=6.895;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.69;MQRankSum=-12.022;QD=2.84;ReadPosRankSum=-3.546;SOR=1.463;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:767,114:0.13:881
chr15	23686045	.	A	ATCTTCTCCTCCTGGCCCCACATCT	2017.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.693;ClippingRankSum=0.000;DP=863;ExcessHet=3.0103;FS=7.620;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.68;MQRankSum=-12.840;QD=2.34;ReadPosRankSum=-7.755;SOR=1.481;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:766,95:0.11:861
chr15	23686228	.	G	GTCTCCTCCTCTTCCCGCATCT	3119.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.180;ClippingRankSum=0.000;DP=321;ExcessHet=3.0103;FS=3.265;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.93;MQRankSum=-1.012;QD=18.57;ReadPosRankSum=1.339;SOR=0.987;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:86,82:0.49:168
chr15	23686598	rs35708006	T	C	4722.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.561;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=397;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.634;HP=1;HapScore=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.906;NF=66;NR=82;ReadPosRankSum=-2.552;SC=TCCCGCAGCTTCTTCTGCTCC;SOR=0.832;SbPval=0.65;Source=Platypus;TR=148;WE=23686606;WS=23686588;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:180,217:0.55:397
chr15	23686673	rs59122400	G	A	3648.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.427;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=295;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=72;NR=62;PP=2962;ReadPosRankSum=0.256;SC=TCCTGTCTCCGCATCTTCTCC;SOR=0.702;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=228;TCF=120;TCR=108;TR=134;WE=23686695;WS=23686663;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:122,172:0.59:294
chr15	23686687	rs113964342	T	G	2500.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.472;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=348;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.345;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.846;NF=57;NR=39;PP=2962;ReadPosRankSum=0.885;SC=CTTCTCCTCCTGCTCCCGCAT;SOR=0.797;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=245;TCF=136;TCR=109;TR=96;WE=23686695;WS=23686663;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:190,134:0.41:324
chr15	23686914	rs57504140	T	A	576.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.747;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.61;ReadPosRankSum=0.207;SOR=0.590;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,32:0.48:67
chr15	23686924	rs58446506	T	C	1174.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.675;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=1.447;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=22.59;ReadPosRankSum=0.241;SOR=0.412;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,30:0.58:52
chr15	23687812	rs2344891	T	G	4727.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=27;NR=93;PP=2533;SC=GGTCTCATTTTTTTTTCTTTT;SOR=2.039;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=121;TCF=27;TCR=94;TR=120;WE=23687826;WS=23687802;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,145:1.00:145
chr15	23687818	rs72495057	CT	C	549.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.093;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.17;MQRankSum=1.509;QD=6.54;ReadPosRankSum=-1.113;SOR=0.582;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:44,40:0.48:84
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chr15	23811592	rs2239669	C	T	2833.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.278;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=293;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.221;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=54;PP=1616;ReadPosRankSum=1.671;SC=CATCTGCCCCCGAGGCTCCTC;SOR=0.775;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=214;TCF=104;TCR=110;TR=101;WE=23811600;WS=23811582;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:150,132:0.47:282
chr15	23932467	rs3743340	G	A	1383.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=24;PP=802;SC=TGCTGCGCGCGGCGCCTTCCG;SOR=1.270;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=39;TCF=14;TCR=25;TR=38;WE=23932475;WS=23932457;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr15	24921150	rs199753715	C	T	2975.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.577;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=419;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.361;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=41;PP=1555;ReadPosRankSum=0.705;SC=CACCCCGCGCCCTTTCCGCGG;SOR=0.953;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=246;TCF=141;TCR=105;TR=104;WE=24921158;WS=24921140;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:259,157:0.38:416
chr15	24921771	rs1563102	G	C	6640.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.450;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=779;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.098;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=120;NR=97;PP=2940;ReadPosRankSum=-0.453;SC=CCGGCATCTTGGAAAGCCTGA;SOR=0.774;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=504;TCF=264;TCR=240;TR=217;WE=24921779;WS=24921761;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:442,331:0.43:773
chr15	25200303	rs220029	G	A	1021.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.061;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=16;PP=485;ReadPosRankSum=0.574;SC=TTGGAGTACTGAATAAACGGA;SOR=0.683;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=63;TCF=29;TCR=34;TR=30;WE=25200311;WS=25200293;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,49:0.52:94
chr15	25219512	rs705	T	C	4893.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.824;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=532;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=88;NR=70;PP=2045;ReadPosRankSum=0.953;SC=TAGGAGAACCTGCGTCATACC;SOR=0.683;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=336;TCF=188;TCR=148;TR=158;WE=25219520;WS=25219502;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:279,245:0.47:524
chr15	25222304	rs2732020	C	A	57.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.210;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=2.430;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=5.78;ReadPosRankSum=-0.736;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,4:0.40:10
chr15	25230402	rs1991274	T	A	297.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.088;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=9;PP=179;ReadPosRankSum=1.555;SC=TTCCTATCAGTACAGGTTAAG;SOR=1.061;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=20;TCF=6;TCR=14;TR=12;WE=25230410;WS=25230392;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,14:0.56:25
chr15	25232026	rs3832976	CGT	C	326.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.628;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.99;ReadPosRankSum=1.684;SOR=0.770;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:139,25:0.15:164
chr15	25304777	rs2732022	G	A	3512.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.383;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=427;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.482;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=73;NR=42;PP=1736;ReadPosRankSum=-0.355;SC=CGGAACTGAGGTCCAGCGCGT;SOR=0.891;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=273;TCF=164;TCR=109;TR=115;WE=25304785;WS=25304767;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:246,178:0.42:424
chr15	25304877	rs2732021	C	A	3993.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-0.320;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=467;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.115;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=69;PP=1748;ReadPosRankSum=0.726;SC=TAAATGTCTGCCATCACACGC;SOR=0.609;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=263;TCF=105;TCR=158;TR=120;WE=25304885;WS=25304867;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:256,206:0.45:462
chr15	25307562	rs7402542	A	G	14525.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=579;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=200;NR=127;PP=2965;SC=CGTTCTCATCAGAACTGAGGT;SOR=1.028;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=327;TCF=200;TCR=127;TR=327;WE=25307570;WS=25307552;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,569:1.00:569
chr15	25307730	rs62001990	G	C	1630.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-4.342;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.845;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=56;PP=994;ReadPosRankSum=0.533;SC=GGAGATTTGTGGGGGCACTGG;SOR=0.828;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=128;TCF=16;TCR=112;TR=63;WE=25307738;WS=25307720;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,76:0.51:150
chr15	25310440	rs6576402	A	G	2437.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=62;PP=1787;SC=TACACAGGTCAGAGAGTCATA;SOR=3.230;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=71;TCF=9;TCR=62;TR=71;WE=25310448;WS=25310430;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr15	25312912	rs62001999	G	A	1172.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-2.454;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.937;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.990;NF=43;NR=7;PP=876;ReadPosRankSum=1.744;SC=GGTGTCAAATGTTCTGCCTCT;SOR=1.318;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=92;TCF=78;TCR=14;TR=50;WE=25312920;WS=25312902;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,49:0.52:95
chr15	25318447	rs11638645	G	A	4087.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.094;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=418;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.531;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=77;PP=1774;ReadPosRankSum=-1.177;SC=TTTTGTGGTCGTTTTGACCAT;SOR=0.795;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=244;TCF=88;TCR=156;TR=119;WE=25318455;WS=25318437;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:204,201:0.50:405
chr15	25319287	.	GT	G	590.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.808;ClippingRankSum=0.000;DP=135;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.08;MQRankSum=1.080;QD=5.09;ReadPosRankSum=0.255;SOR=0.745;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:58,58:0.50:116
chr15	25324141	rs4344720	C	T	905.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-2.560;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.612;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=6;PP=568;ReadPosRankSum=-0.653;SC=TCCCTTCATACGGTATGTGTT;SOR=0.108;SbPval=0.24;Source=Platypus;TC=54;TCF=47;TCR=7;TR=32;WE=25324149;WS=25324131;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,37:0.62:60
chr15	25324348	rs11632591	A	G	3524.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=2.234;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=318;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.376;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=69;PP=1829;ReadPosRankSum=0.734;SC=CCGTTGCATGAAGCATTCTTC;SOR=0.926;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=211;TCF=82;TCR=129;TR=104;WE=25324356;WS=25324338;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:157,160:0.50:317
chr15	25330550	rs3803328	T	A	3635.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-2.382;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=341;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.836;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-1.982;NF=74;NR=45;PP=1857;ReadPosRankSum=0.106;SC=GATGACTTCCTTATATACATT;SOR=0.637;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=246;TCF=154;TCR=92;TR=119;WE=25330558;WS=25330540;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:167,171:0.51:338
chr15	25333038	rs2433225	T	C	3269.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-3.194;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=331;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.428;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.236;NF=38;NR=82;PP=1580;ReadPosRankSum=-1.205;SC=GTGGCTCCCATGTATAGGAAA;SOR=0.461;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=243;TCF=69;TCR=174;TR=120;WE=25333046;WS=25333028;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:164,159:0.49:323
chr15	25350018	rs62002008	G	A	1062.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=2.006;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.446;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=32;PP=687;ReadPosRankSum=1.393;SC=GTCTGTATGTGTTTGTATATA;SOR=1.031;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=108;TCF=34;TCR=74;TR=43;WE=25350026;WS=25350008;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,52:0.41:126
chr15	25415693	rs2739837	T	C	239.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=0.173;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=1;PP=167;ReadPosRankSum=-0.622;SC=ATGGTGACCATGGAGGAAGAC;SOR=0.481;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=22;TCF=21;TCR=1;TR=11;WE=25415701;WS=25415692;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,11:0.44:25
chr15	25415759	rs2714734	G	A	729.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.662;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.919;HP=5;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=8;PP=453;ReadPosRankSum=1.170;SC=GCCAGCCCCCGGTGCGCTGAA;SOR=0.836;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=65;TCF=47;TCR=18;TR=30;WE=25415767;WS=25415749;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,35:0.44:79
chr15	25415809	rs2739838	C	T	1208.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.819;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.201;HP=1;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=12;PP=744;ReadPosRankSum=-0.976;SC=CTGCACTGAGCTGTGGTGAGC;SOR=1.164;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=110;TCF=78;TCR=32;TR=48;WE=25415817;WS=25415799;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:98,63:0.39:161
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chr15	25425827	rs61555256	C	CG	2277.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-2.103;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.544;HP=6;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.880;NF=3;NR=58;PP=1719;ReadPosRankSum=0.990;SC=ACGGCATCTCCGGGGGGCACA;SOR=0.758;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=113;TCF=10;TCR=103;TR=61;WE=25425835;WS=25425817;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,111:0.57:195
chr15	25429448	rs72546346	G	C	5023.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.488;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=243;ExcessHet=3.0103;FS=3.747;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=20.76;ReadPosRankSum=1.124;SOR=0.480;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:114,128:0.53:242
chr15	25429458	rs2011153	A	G	5440.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.682;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=282;ExcessHet=3.0103;FS=3.367;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.80;MQRankSum=1.016;QD=19.50;ReadPosRankSum=0.690;SOR=0.511;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:129,150:0.54:279
chr15	25432842	rs2017626	C	A	3230.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.375;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=301;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.133;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQ=59.96;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=59;PP=1506;ReadPosRankSum=-0.179;SC=GAGCTAGAGACCTGGAGGCTC;SOR=0.544;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=218;TCF=88;TCR=130;TR=105;WE=25432850;WS=25432832;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:143,157:0.52:300
chr15	25434642	rs8179188	C	T	3391.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.431;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=404;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=51;PP=1531;ReadPosRankSum=0.096;SC=CGCTGAGGCCCAGCTTAGGTG;SOR=0.722;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=239;TCF=126;TCR=113;TR=110;WE=25434650;WS=25434618;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:230,172:0.43:402
chr15	25434755	rs72486633	A	G	2084.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.934;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.082;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=30;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=46;PP=1045;ReadPosRankSum=-0.562;SC=GGGGTGCCCAACCCAGTCTCT;SOR=0.776;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=156;TCF=54;TCR=102;TR=66;WE=25434763;WS=25434745;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:113,100:0.47:213
chr15	25438493	rs7172888	A	G	6075.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.975;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=483;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.533;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-1.697;NF=99;NR=70;PP=2760;ReadPosRankSum=-2.205;SC=ACCTTATATTATCCTGAAGAG;SOR=0.773;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=303;TCF=175;TCR=128;TR=169;WE=25438501;WS=25438483;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:198,276:0.58:474
chr15	25438610	rs17841114	T	C	6506.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=2.135;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=563;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=104;NR=112;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.159;SC=GTAGAGCCAATTGTATTTTGG;SOR=0.678;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=354;TCF=171;TCR=183;TR=216;WE=25438618;WS=25438600;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:248,306:0.55:554
chr15	25439966	rs80102683	G	A	1223.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-0.857;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.578;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=17;PP=706;ReadPosRankSum=-2.220;SC=CACAGCCAGGGCATCTTACCC;SOR=1.078;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=98;TCF=62;TCR=36;TR=50;WE=25439974;WS=25439956;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,58:0.52:112
chr15	25442956	rs7496915	C	A	2535.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-3.522;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=242;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.505;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=64;PP=1404;ReadPosRankSum=-1.906;SC=CCCAGGCTCCCTTTGTGGGCT;SOR=0.621;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=189;TCF=59;TCR=130;TR=94;WE=25442964;WS=25442946;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:119,119:0.50:238
chr15	25444577	rs11630308	C	T	2283.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.320;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=244;ExcessHet=3.0103;FS=1.569;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.60;ReadPosRankSum=1.994;SOR=0.807;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:121,117:0.49:238
chr15	25444783	rs72546354	G	A	1851.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.505;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.647;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=46;PP=1085;ReadPosRankSum=0.810;SC=AGGGCATCTGGGGGGCCCAGC;SOR=0.803;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=117;TCF=36;TCR=81;TR=65;WE=25444791;WS=25444773;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,83:0.56:149
chr15	25523705	rs1977036	C	T	468.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.789;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=18;PP=379;ReadPosRankSum=0.554;SC=AGTCAGTGTGCACTTTAGTGT;SOR=0.818;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=34;TCF=5;TCR=29;TR=21;WE=25523713;WS=25523695;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,21:0.52:40
chr15	25652101	rs8032479	C	G	930.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=23;NR=3;PP=711;SC=AATTACATAACAACTAAAAAC;SOR=2.765;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=26;TCF=23;TCR=3;TR=26;WE=25652109;WS=25652092;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr15	25924539	rs1047700	T	C	1573.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-1.074;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.563;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=17;PP=787;ReadPosRankSum=0.837;SC=GGTCTGGCCCTTGAAGTCCTG;SOR=0.628;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=114;TCF=79;TCR=35;TR=53;WE=25924547;WS=25924529;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:107,79:0.42:186
chr15	25925094	rs3816800	C	G	1883.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.439;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=39;PP=975;ReadPosRankSum=-0.150;SC=TGGGGAAAACCCTCCCCTGGA;SOR=0.638;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=96;TCF=28;TCR=68;TR=56;WE=25925102;WS=25925084;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,85:0.59:145
chr15	25925195	rs3736186	T	C	874.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=11;NR=13;PP=618;SC=GAGACCCACATAGAGCAGAAG;SOR=0.836;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=24;TCF=11;TCR=13;TR=24;WE=25925203;WS=25925185;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr15	25926179	rs2076744	C	T	1630.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.192;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FS=0.609;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.02;ReadPosRankSum=-0.200;SOR=0.786;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:69,79:0.53:148
chr15	25926186	rs2076743	G	A	5415.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=3;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=41;NR=52;PP=2191;SC=AGGCGGCGTCGGCCATGTTAA;SOR=0.864;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=93;TCF=41;TCR=52;TR=93;WE=25926212;WS=25926169;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,150:1.00:150
chr15	25926198	rs2076742	C	G	2456.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.636;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FS=1.320;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.22;MQRankSum=-0.453;QD=17.06;ReadPosRankSum=-0.670;SOR=0.567;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:77,67:0.47:144
chr15	25926204	rs2076741	C	G	2420.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.701;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FS=1.328;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.22;MQRankSum=-0.338;QD=16.58;ReadPosRankSum=1.032;SOR=0.551;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:83,63:0.43:146
chr15	25926325	rs35849027	T	TAAC	1573.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.86;QD=42.53;SOR=1.802;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr15	25933094	rs3743438	C	T	817.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=2.218;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.871;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=21;PP=456;ReadPosRankSum=-0.099;SC=GAACACAGTGCGAGCGTGGCC;SOR=1.111;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=57;TCF=20;TCR=37;TR=31;WE=25933102;WS=25933084;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,40:0.44:90
chr15	25947274	rs753898	G	C	1957.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.526;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.330;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=41;PP=1085;ReadPosRankSum=1.574;SC=CAGTGTGAGCGAACCCGCTTC;SOR=0.575;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=115;TCF=40;TCR=75;TR=64;WE=25947282;WS=25947264;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,87:0.58:151
chr15	25953091	rs28451772	G	A	804.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-2.321;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.058;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=6;PP=538;ReadPosRankSum=0.587;SC=ACTCCACACTGCCCTTAGGCA;SOR=0.979;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=72;TCF=56;TCR=16;TR=33;WE=25953099;WS=25953081;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,36:0.47:77
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chr15	25963599	rs8024374	A	G	2681.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=17;NR=55;PP=1565;SC=TGGGCGGAGCAGAAAGAAACC;SOR=1.981;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=72;TCF=17;TCR=55;TR=72;WE=25963607;WS=25963589;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
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chr15	25972202	rs33946132	C	CAAAA	759.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.45;QD=39.99;SOR=2.494;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
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chr15	25981367	rs7177724	C	T	646.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=14;PP=330;SC=TTTTCTGTCTCGCATCCGCGG;SOR=1.893;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=3;TCR=14;TR=17;WE=25981375;WS=25981357;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr15	25981391	rs76763121	C	T	268.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.046;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=39;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=9;PP=157;ReadPosRankSum=-0.475;SC=GCACATTTCACGGGGGAAGAA;SOR=0.610;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=14;TCF=2;TCR=12;TR=11;WE=25981399;WS=25981381;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,13:0.68:19
chr15	26026139	rs8038726	A	G	334.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-1.078;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=2;PP=275;ReadPosRankSum=-1.379;SC=TAATGCCTGCAAGGCCCTGGA;SOR=1.112;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=31;TCF=27;TCR=4;TR=17;WE=26026147;WS=26026129;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,16:0.50:32
chr15	26260450	rs12440137	C	T	1483.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.517;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FS=2.445;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.36;ReadPosRankSum=1.613;SOR=0.952;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:61,59:0.49:120
chr15	26260456	rs370137954	CT	C	205.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.738;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FS=1.931;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.42;ReadPosRankSum=1.730;SOR=0.986;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:102,43:0.30:145
chr15	26260477	rs12437822	T	C	2197.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.072;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=236;ExcessHet=3.0103;FS=3.709;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.47;ReadPosRankSum=1.211;SOR=0.954;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:121,111:0.48:232
chr15	26806064	rs3751582	T	C	793.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=1.103;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.192;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=11;PP=495;ReadPosRankSum=-2.074;SC=GGGGTCAAGGTGGTGGAGAGC;SOR=0.420;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=71;TCF=52;TCR=19;TR=35;WE=26806072;WS=26806054;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,36:0.49:74
chr15	26806393	rs3751583	T	C	2025.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.355;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.562;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=39;PP=1071;ReadPosRankSum=1.261;SC=ACTTTCCTTTTATGTTTTCTC;SOR=0.627;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=115;TCF=43;TCR=72;TR=64;WE=26806401;WS=26806383;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,94:0.53:177
chr15	26887814	rs754186	A	G	3130.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.231;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=382;ExcessHet=3.0103;FS=4.581;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.40;ReadPosRankSum=0.260;SOR=0.998;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:179,154:0.46:333
chr15	26887879	rs754185	T	C	1861.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.696;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.624;HP=2;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=74;PP=2105;ReadPosRankSum=-0.733;SC=TGTGAGTTATTTGCGAGAAAG;SOR=0.806;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=203;TCF=45;TCR=158;TR=97;WE=26887887;WS=26887869;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:100,88:0.47:188
chr15	27018187	.	TGCC	T	731.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.050;ClippingRankSum=0.000;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=1.664;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.944;NF=1;NR=8;PP=390;ReadPosRankSum=-0.868;SC=CTCCTGCTGCTGCCGCCGCCG;SOR=0.491;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=13;TCF=2;TCR=11;TR=9;WE=27018197;WS=27018177;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,21:0.72:29
chr15	27019040	rs4906901	C	A	425.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-3.781;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.757;NF=0;NR=21;PP=392;ReadPosRankSum=-1.456;SC=TTCATTTATACAATTGGACCT;SOR=0.357;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=58;TCF=0;TCR=58;TR=21;WE=27019057;WS=27019030;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,18:0.39:46
chr15	27182357	rs140682	T	C	6689.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.695;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=685;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.729;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=86;NR=113;PP=2962;ReadPosRankSum=1.842;SC=CTGAAGTCGTTTACGTCTGGA;SOR=0.832;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=375;TCF=172;TCR=203;TR=199;WE=27182365;WS=27182347;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:350,325:0.48:675
chr15	27184435	rs12910925	C	T	5134.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.415;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=508;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.521;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=74;NR=74;PP=2224;ReadPosRankSum=0.290;SC=GAGGTCTCCTCGTGCCTCCCA;SOR=0.619;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=299;TCF=157;TCR=142;TR=148;WE=27184443;WS=27184425;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:256,250:0.49:506
chr15	27184482	rs34560927	C	T	4674.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.494;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=475;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.520;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=80;PP=2129;ReadPosRankSum=-1.486;SC=ACTGGGGCATCGCCAATGAAA;SOR=0.661;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=285;TCF=120;TCR=165;TR=137;WE=27184490;WS=27184472;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:248,226:0.48:474
chr15	27184517	rs17647384	G	A	3380.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=2.165;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=351;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.390;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=67;PP=1824;ReadPosRankSum=-0.697;SC=AAGAACAGGCGACACCTCTCT;SOR=0.718;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=224;TCF=87;TCR=137;TR=109;WE=27184525;WS=27184507;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:189,161:0.46:350
chr15	27188335	rs140683	T	A	836.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-2.071;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=10;PP=426;ReadPosRankSum=0.211;SC=TTTCCGTTTTTCACTCTGCCC;SOR=0.635;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=68;TCF=48;TCR=20;TR=32;WE=27188343;WS=27188325;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,41:0.47:87
chr15	27188353	rs140684	C	A	3998.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.830;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=27;PP=1583;ReadPosRankSum=-0.718;SC=CCCTGCCTGACCCCCGCAGGG;SOR=0.571;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=85;TCF=58;TCR=27;TR=84;WE=27188361;WS=27188343;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,122:0.99:123
chr15	27188459	rs140685	C	T	3464.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.884;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=366;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.795;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=46;PP=1522;ReadPosRankSum=-0.082;SC=GGTTCATAGCCGTGTGCTATG;SOR=0.639;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=213;TCF=119;TCR=94;TR=101;WE=27188467;WS=27188449;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:188,172:0.48:360
chr15	27216746	rs2288694	C	T	1463.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.871;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.217;HP=6;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=28;PP=639;ReadPosRankSum=-1.756;SC=GTAAGTGGCGCGGGGGCCGCA;SOR=0.819;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=98;TCF=42;TCR=56;TR=46;WE=27216754;WS=27216736;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,76:0.46:166
chr15	27271789	rs35270520	G	T	2215.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=-0.424;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=250;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.469;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=22;PP=903;ReadPosRankSum=0.879;SC=CTGCTCATGTGTGTTTCCACC;SOR=0.660;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=134;TCF=84;TCR=50;TR=58;WE=27271797;WS=27271779;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:136,110:0.45:246
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chr15	27772676	rs140679	C	T	8001.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=305;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=119;NR=78;PP=2965;SC=TTTTTGTGACCGTGTGCTTCC;SOR=0.987;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=198;TCF=120;TCR=78;TR=197;WE=27772684;WS=27772666;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,299:1.00:299
chr15	27772892	rs2303879	G	A	2363.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=20;NR=52;PP=1808;SC=CAAATACCCAGTTCAACAAGA;SOR=1.936;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=72;TCF=20;TCR=52;TR=72;WE=27772900;WS=27772882;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr15	27890359	rs1841875	T	C	1028.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=2.105;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.752;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=7;PP=636;ReadPosRankSum=0.842;SC=GAAAATATGGTATCAAAGATA;SOR=1.119;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=71;TCF=50;TCR=21;TR=33;WE=27890367;WS=27890349;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,48:0.44:108
chr15	27890491	rs1871017	G	T	1919.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.573;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=29;PP=925;ReadPosRankSum=0.167;SC=GTGTGAAGCTGATCGTTGTGT;SOR=0.703;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=122;TCF=56;TCR=66;TR=55;WE=27890499;WS=27890481;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:102,90:0.47:192
chr15	27890571	rs5811500	GT	G	2872.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.284;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.268;NF=5;NR=40;PP=886;ReadPosRankSum=2.276;SC=GATTGTTGGGGTTTTTTTTTA;SOR=1.153;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=52;TCF=5;TCR=47;TR=45;WE=27890579;WS=27890561;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,87:0.96:91
chr15	27890589	rs1871018	A	G	1070.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.305;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.797;HP=1;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-1.112;NF=11;NR=24;PP=596;ReadPosRankSum=-0.554;SC=TTAAGATATAACTAGACATGG;SOR=0.914;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=64;TCF=22;TCR=42;TR=35;WE=27890597;WS=27890579;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,49:0.56:87
chr15	28090173	rs12592307	C	T	4074.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.325;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=455;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.101;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=66;PP=1857;ReadPosRankSum=0.073;SC=CGACGTTTGCCGACGCGCCAA;SOR=0.600;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=281;TCF=145;TCR=136;TR=130;WE=28090181;WS=28090163;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:244,206:0.46:450
chr15	28096453	rs8025804	A	G	661.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-1.109;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.185;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=6;PP=406;ReadPosRankSum=-1.062;SC=AATCTGATACACACTAACTGT;SOR=0.990;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=52;TCF=40;TCR=12;TR=28;WE=28096461;WS=28096443;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,32:0.55:58
chr15	28096538	rs1800419	A	G	1657.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=2.563;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=19;PP=781;ReadPosRankSum=1.795;SC=CTCCCAGGCAAGCACCGAAGG;SOR=0.665;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=116;TCF=74;TCR=42;TR=49;WE=28096546;WS=28096528;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:101,80:0.44:181
chr15	28116173	rs12594397	C	T	1410.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=0.192;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=8;PP=943;ReadPosRankSum=-0.472;SC=TGCTCACTTTCGTCCTCTACA;SOR=0.697;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=89;TCF=76;TCR=13;TR=51;WE=28116181;WS=28116163;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,57:0.55:104
chr15	28116275	rs7175046	G	C	12107.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.720;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=459;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=170;NR=124;PP=2965;ReadPosRankSum=2.165;SC=AAGTTGAGCCGTCGACATGGA;SOR=0.894;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=294;TCF=170;TCR=124;TR=294;WE=28116283;WS=28116265;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,456:1.00:458
chr15	28116934	.	C	CT	51.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.173;ClippingRankSum=0.000;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=1.490;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.03;ReadPosRankSum=-0.932;SOR=1.167;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,11:0.22:50
chr15	28171147	rs2594928	T	C	385.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=1;PP=303;SC=ATTACAACCTTCATTGTTTTC;SOR=2.833;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=13;TCF=11;TCR=2;TR=12;WE=28171155;WS=28171137;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr15	28195534	rs11632387	C	T	911.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.081;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=9;PP=590;ReadPosRankSum=1.143;SC=AGGCCTGAGGCGTAATTAAAA;SOR=0.631;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=62;TCF=47;TCR=15;TR=35;WE=28195542;WS=28195524;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,40:0.56:71
chr15	28196821	rs7173419	T	C	1410.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-1.689;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.586;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=13;PP=782;ReadPosRankSum=1.794;SC=TCTCTGGCCTTCCACCAGCCC;SOR=0.405;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=99;TCF=75;TCR=24;TR=49;WE=28196829;WS=28196811;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,65:0.52:126
chr15	28200408	rs7170989	T	C	1473.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.039;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.071;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=33;PP=641;ReadPosRankSum=-2.300;SC=TCACGCTGCGTGGTGAGATCG;SOR=0.915;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=95;TCF=32;TCR=63;TR=48;WE=28200416;WS=28200398;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,75:0.49:153
chr15	28211758	rs4778218	A	G	532.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.63;BaseQRankSum=0.213;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=3;PP=158;ReadPosRankSum=0.341;SC=GATACTTCCTAATAAGAACTT;SOR=0.609;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=22;TCF=17;TCR=5;TR=12;WE=28211766;WS=28211748;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,25:0.58:43
chr15	28211921	rs1800411	G	A	1050.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.538;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=19;PP=417;ReadPosRankSum=2.662;SC=GGAGAACAAGGCAAATCCCAA;SOR=0.735;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=58;TCF=26;TCR=32;TR=35;WE=28211929;WS=28211911;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,52:0.63:83
chr15	28228644	rs12910433	G	A	2142.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.567;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.470;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=36;PP=1003;ReadPosRankSum=-0.796;SC=CACAAATGGAGGAAAATGAAA;SOR=0.907;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=124;TCF=54;TCR=70;TR=59;WE=28228652;WS=28228634;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:96,100:0.51:196
chr15	28230097	rs1900758	C	T	831.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=2.316;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=2;PP=574;ReadPosRankSum=-0.689;SC=TGGGCTCAACCGCCCCCACCT;SOR=0.412;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=51;TCF=48;TCR=3;TR=29;WE=28230105;WS=28230091;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,32:0.60:53
chr15	28231793	rs10852218	T	C	8799.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=338;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=135;NR=80;PP=2965;SC=AGATCATCTATGGGGAAAAGA;SOR=1.088;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=220;TCF=135;TCR=85;TR=215;WE=28231801;WS=28231783;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,332:1.00:332
chr15	28235773	rs1800404	C	T	7840.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=292;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=64;NR=106;PP=2965;SC=CCAGCATGGCCGCCAGAGTTC;SOR=1.045;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=171;TCF=64;TCR=107;TR=170;WE=28235781;WS=28235763;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,288:1.00:288
chr15	28356859	rs1129038	C	T	2258.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=46;NR=21;PP=1302;SC=CAGCAGCGAGCGCTCTGCTGC;SOR=1.668;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=68;TCF=47;TCR=21;TR=67;WE=28356867;WS=28356849;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr15	28357230	rs4778245	T	C	2526.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=25;NR=43;PP=1386;SC=CGGCTGCAGTTTACTTTACTG;SOR=1.191;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=68;TCF=25;TCR=43;TR=68;WE=28357238;WS=28357220;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr15	28359744	rs7495441	G	A	934.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=20;NR=5;PP=525;SC=CAACAGAGACGGATGACCACC;SOR=2.049;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=20;TCR=5;TR=25;WE=28359752;WS=28359734;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr15	28360081	rs7497014	T	C	722.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=22;PP=581;SC=TGCAAGTGCATGGCACACACC;SOR=2.753;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=27;TCF=5;TCR=22;TR=27;WE=28360089;WS=28360071;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr15	28360888	rs5811542	C	CT	1917.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=42;PP=1946;SC=CTAAAAGCCTCTAACTCTTCA;SOR=3.098;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=45;TCF=1;TCR=44;TR=43;WE=28360896;WS=28360878;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr15	28361764	rs4778247	C	T	624.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=18;NR=2;PP=523;SC=AACTCAAGAGCAGGCACAGGC;SOR=3.716;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=20;TCF=18;TCR=2;TR=20;WE=28361772;WS=28361757;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr15	28362459	rs7495875	G	A	6259.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=43;NR=111;PP=2965;SC=AGACCCTGCCGTCTGGGGCGC;SOR=1.487;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=154;TCF=43;TCR=111;TR=154;WE=28362467;WS=28362449;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,226:1.00:226
chr15	28375872	rs6416603	A	G	1780.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=6;NR=49;PP=1337;SC=TTAGTGCAACATAAAATCATA;SOR=3.500;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=55;TCF=6;TCR=49;TR=55;WE=28375880;WS=28375862;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr15	28377196	rs10627923	C	CCT	5304.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=38;NR=32;PP=2976;SC=CCTGGGGGCCCGACTGCGGTG;SOR=1.530;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=72;TCF=39;TCR=33;TR=70;WE=28377204;WS=28377186;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr15	28377772	rs8025035	C	T	2140.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=58;NR=2;PP=1663;SC=ATGCAGCCTCCGGCCTCTGCA;SOR=6.091;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=61;TCF=59;TCR=2;TR=60;WE=28377780;WS=28377762;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr15	28378122	rs4778141	T	G	992.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=30;PP=783;SC=AACTCAAAAGTTCACCACTTC;SOR=6.994;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=30;TCF=0;TCR=30;TR=30;WE=28378130;WS=28378112;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr15	28386626	rs11636232	C	T	3421.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-1.618;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=391;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.220;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=70;NR=40;PP=1523;ReadPosRankSum=0.836;SC=CTCCGATTAACTGCACGGGTC;SOR=0.587;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=229;TCF=153;TCR=76;TR=110;WE=28386634;WS=28386616;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:203,175:0.46:378
chr15	28414665	rs7494786	T	C	1033.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=22;NR=8;PP=603;SC=TAAGAATATGTGATAAGGCCT;SOR=1.802;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=22;TCR=8;TR=30;WE=28414673;WS=28414655;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr15	28419566	rs201182375	T	C	367.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.017;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FS=0.964;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.90;MQRankSum=-3.320;QD=4.09;ReadPosRankSum=-0.069;SOR=0.538;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:66,24:0.27:90
chr15	28419619	rs141441362	C	T	711.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.861;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.32;MQRankSum=-3.222;QD=3.73;ReadPosRankSum=1.096;SOR=0.720;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:138,53:0.28:191
chr15	28419695	rs149592795	T	C	797.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.724;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.38;MQRankSum=-0.749;QD=3.42;ReadPosRankSum=-0.419;SOR=0.736;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:173,60:0.26:233
chr15	28419746	rs139335991	G	A	300.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.863;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FS=1.885;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.69;MQRankSum=-0.918;QD=2.55;ReadPosRankSum=-2.677;SOR=0.912;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:93,25:0.21:118
chr15	28419774	.	C	T	109.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.318;ClippingRankSum=0.000;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=3.744;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.26;MQRankSum=-1.626;QD=1.59;ReadPosRankSum=-1.004;SOR=1.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:61,8:0.12:69
chr15	28419779	.	A	G	136.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.681;ClippingRankSum=0.000;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=1.759;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.69;MQRankSum=-1.185;QD=2.58;ReadPosRankSum=-2.400;SOR=0.990;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:46,7:0.13:53
chr15	28419786	.	A	T	145.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.996;ClippingRankSum=0.000;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.79;MQRankSum=-0.799;QD=3.47;ReadPosRankSum=-4.091;SOR=0.378;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,6:0.14:42
chr15	28441817	rs2525936	G	T	872.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-0.998;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=-0.401;NF=6;NR=37;PP=675;ReadPosRankSum=0.183;SC=GTAGTTATTTGTTTTTTACAA;SOR=1.654;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=45;TCF=6;TCR=39;TR=43;WE=28441825;WS=28441806;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,41:0.95:43
chr15	28473275	.	T	TA	106.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.628;ClippingRankSum=0.000;DP=76;ExcessHet=3.0103;FS=1.098;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.50;ReadPosRankSum=0.152;SOR=0.884;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:55,16:0.23:71
chr15	28502279	rs11631797	A	G	9645.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=361;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=146;NR=120;PP=2965;SC=AGTCCGCGGAACCATCCATCC;SOR=0.846;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=267;TCF=146;TCR=121;TR=266;WE=28502287;WS=28502269;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,349:1.00:349
chr15	28517258	.	C	G	235.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.782;ClippingRankSum=-0.000;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.37;MQRankSum=-2.697;QD=15.72;ReadPosRankSum=-0.293;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,7:0.47:15
chr15	28517261	rs374453464	G	A	263.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.757;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=3.214;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.30;MQRankSum=-2.778;QD=14.65;ReadPosRankSum=-0.106;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,8:0.44:18
chr15	28517280	.	G	A	397.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.125;ClippingRankSum=0.000;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=2.318;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.14;MQRankSum=-2.427;QD=18.08;ReadPosRankSum=-0.561;SOR=1.942;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,11:0.50:22
chr15	28517282	.	TG	GC	439.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.125;ClippingRankSum=0.000;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=4.993;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.31;MQRankSum=-2.527;QD=19.12;ReadPosRankSum=-0.163;SOR=2.336;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,11:0.48:23
chr15	28517287	.	T	A	430.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.559;ClippingRankSum=0.000;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=1.935;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.46;MQRankSum=-2.409;QD=17.95;ReadPosRankSum=0.147;SOR=1.639;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,12:0.50:24
chr15	28517291	.	T	C	583.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.168;ClippingRankSum=0.000;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.42;MQRankSum=-2.750;QD=17.69;ReadPosRankSum=1.329;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,14:0.42:33
chr15	28517295	.	A	G	616.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.891;ClippingRankSum=0.000;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.87;MQRankSum=-2.805;QD=15.81;ReadPosRankSum=1.500;SOR=0.915;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,16:0.41:39
chr15	28517303	.	T	G	634.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.495;ClippingRankSum=0.000;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=2.877;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.26;MQRankSum=-2.947;QD=13.51;ReadPosRankSum=1.860;SOR=1.314;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,18:0.38:47
chr15	28517305	.	T	A	677.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=2.779;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.33;MQRankSum=-3.042;QD=13.83;ReadPosRankSum=2.135;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,18:0.37:49
chr15	28517310	rs199951842	G	A	730.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.801;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=1.144;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.47;MQRankSum=-2.743;QD=13.79;ReadPosRankSum=0.934;SOR=0.906;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,22:0.42:53
chr15	28517436	rs75181529	T	C	724.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.304;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FS=8.177;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.48;MQRankSum=-2.866;QD=3.61;ReadPosRankSum=3.064;SOR=0.759;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:147,54:0.27:201
chr15	29008641	rs372586219	GCCCCTCCATGGATCACCGGCA	G	1592.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=1.395;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.708;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.290;NF=12;NR=15;PP=2963;ReadPosRankSum=2.442;SC=GAGCTGGCAGGCCCCTCCATG;SOR=0.792;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=65;TCF=25;TCR=40;TR=27;WE=29008669;WS=29008631;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,44:0.38:117
chr15	29008851	rs145357312	C	T	173.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.314;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FS=0.975;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.48;MQRankSum=-6.893;QD=1.49;ReadPosRankSum=-0.423;SOR=0.822;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:100,17:0.15:117
chr15	29009050	rs112804410	A	AC	10697.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.398;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=719;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-23.995;NF=43;NR=101;PP=2954;ReadPosRankSum=3.454;SC=TATAGGACTTAGACACCCTTG;SOR=0.681;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=287;TCF=89;TCR=198;TR=144;WE=29009058;WS=29009040;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:392,325:0.45:717
chr15	29009311	rs142374134	A	G	783.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.378;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FS=11.011;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.81;MQRankSum=-5.296;QD=4.28;ReadPosRankSum=-1.276;SOR=1.568;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:136,47:0.26:183
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chr15	29052369	.	G	T	555.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=3.309;ClippingRankSum=0.000;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.108;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=22;PP=448;ReadPosRankSum=0.068;SC=ATTGTCAGAAGTACAGATTCT;SOR=2.383;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=44;TCF=2;TCR=42;TR=22;WE=29052377;WS=29052359;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,22:0.49:45
chr15	29093527	rs58669327	TG	T	523.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.071;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.632;HP=8;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-3.609;NF=13;NR=5;PP=264;ReadPosRankSum=0.799;SC=CCAGAGGCACTGGGGGGGGCC;SOR=0.307;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=41;TCF=28;TCR=13;TR=18;WE=29093535;WS=29093517;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,24:0.44:54
chr15	29347019	rs8040932	T	C	1405.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.157;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.599;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=26;PP=566;ReadPosRankSum=1.425;SC=GAAGAGAGGCTGAAGTGGCCC;SOR=0.631;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=97;TCF=38;TCR=59;TR=43;WE=29347027;WS=29347009;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,72:0.47:154
chr15	29368221	rs2279498	A	G	1688.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.749;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.548;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=31;PP=771;ReadPosRankSum=0.102;SC=CTACTTAACAATTGTTATGTG;SOR=0.720;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=124;TCF=62;TCR=62;TR=61;WE=29368229;WS=29368211;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:93,86:0.48:179
chr15	29385149	rs4779760	A	G	1508.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=46;NR=4;PP=1103;SC=TGCAGATGGCAATGGTTGGGC;SOR=3.952;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=50;TCF=46;TCR=4;TR=50;WE=29385157;WS=29385139;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr15	29385204	rs4779761	A	G	4069.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=69;NR=36;PP=2212;SC=TCCTTGTGCTATGGCCAGGCA;SOR=1.324;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=106;TCF=69;TCR=37;TR=105;WE=29385212;WS=29385194;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,147:1.00:147
chr15	29386593	rs8037972	G	A	2843.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=27;NR=47;PP=1482;SC=GTGGGGGCTGGGGGGTTCCCC;SOR=1.222;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=75;TCF=27;TCR=48;TR=74;WE=29386601;WS=29386583;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr15	29390858	rs57100286	G	A	1498.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.269;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.934;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=31;PP=743;ReadPosRankSum=0.448;SC=ATAGGCCCTCGTTCTCAGCAG;SOR=0.489;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=104;TCF=35;TCR=69;TR=51;WE=29390866;WS=29390848;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,74:0.48:154
chr15	29390915	rs59616706	C	T	742.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=1.894;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=21;PP=469;ReadPosRankSum=0.085;SC=GCCCATAGCCCGGGCTGCGGG;SOR=0.733;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=59;TCF=16;TCR=43;TR=29;WE=29390923;WS=29390905;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,34:0.51:67
chr15	29394009	rs73370275	C	T	3296.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.231;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=379;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.283;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=74;PP=1833;ReadPosRankSum=-0.877;SC=CTTGCCAGGGCACTCCCCTCC;SOR=0.944;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=239;TCF=99;TCR=140;TR=121;WE=29394020;WS=29393999;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:214,163:0.43:377
chr15	29398781	rs3816857	C	T	671.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.719;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=7;PP=335;ReadPosRankSum=1.450;SC=TTGCCGCCAGCCCCTCTCACA;SOR=0.582;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=52;TCF=39;TCR=13;TR=25;WE=29398789;WS=29398771;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,34:0.48:71
chr15	29399148	rs2306935	G	T	1183.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-1.532;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=32;PP=620;ReadPosRankSum=-0.817;SC=GGCCCAGGGAGACCCACCCGG;SOR=0.671;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=102;TCF=31;TCR=71;TR=47;WE=29399156;WS=29399138;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,58:0.47:123
chr15	29415560	rs3751562	G	A	22402.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.615;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=869;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=243;NR=242;PP=2965;ReadPosRankSum=0.800;SC=GGTCCAGAACGTCAGCGCCGA;SOR=0.707;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=489;TCF=245;TCR=244;TR=485;WE=29415568;WS=29415550;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,862:1.00:864
chr15	29415698	rs3751563	A	G	10237.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.553;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=388;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.605;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=95;NR=148;PP=2965;ReadPosRankSum=0.475;SC=AAACCCTGGCATCCGCATAGG;SOR=0.662;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=245;TCF=96;TCR=149;TR=243;WE=29415706;WS=29415676;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,382:1.00:383
chr15	29416901	rs2279482	A	G	2977.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.230;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=322;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=36;PP=1416;ReadPosRankSum=0.481;SC=GCTCCCAGGCACAGCCTCAGA;SOR=0.703;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=200;TCF=123;TCR=77;TR=97;WE=29416909;WS=29416891;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:164,153:0.48:317
chr15	29417099	rs12438521	G	C	5100.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=48;NR=88;PP=2963;SC=GACACCCACCGAGCGGCAGAT;SOR=1.211;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=136;TCF=48;TCR=88;TR=136;WE=29417107;WS=29417089;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,178:1.00:178
chr15	29417146	rs2279481	G	A	1895.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.051;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FS=0.935;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=20.83;ReadPosRankSum=0.205;SOR=0.517;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,50:0.55:91
chr15	29417146	.	GTG	ATC	1551	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=24;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=10;NR=33;PP=1551;QD=37.3132063921;SC=CAGGCCTGCCGTGGGTCAAGT;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=82;TCF=19;TCR=63;TR=43;WE=29417156;WS=29417136;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:39,43:0.52:82
chr15	29417148	rs2279480	G	C	1895.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.406;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FS=2.128;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=21.54;ReadPosRankSum=0.815;SOR=0.430;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,47:0.53:88
chr15	29418520	rs2256273	C	T	569.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.273;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=8;PP=269;ReadPosRankSum=-1.259;SC=GCGGGACACACGCCCGGGACC;SOR=0.754;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=44;TCF=30;TCR=14;TR=24;WE=29418528;WS=29418510;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,30:0.47:64
chr15	29418573	rs2672680	AT	GC	1527.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.373;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.770;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=11;PP=679;ReadPosRankSum=2.059;SC=CTGGAGACACATGGCCAGGGG;SOR=0.592;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=67;TCF=38;TCR=29;TR=25;WE=29418582;WS=29418563;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,41:0.43:96
chr15	29418745	rs968476	G	T	1089.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.025;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=21;PP=494;ReadPosRankSum=2.985;SC=GGGGACGCTGGCGTGGGACAG;SOR=0.683;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=70;TCF=30;TCR=40;TR=36;WE=29418753;WS=29418735;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,53:0.51:104
chr15	29421014	rs2306934	G	C	562.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.433;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=10;PP=208;ReadPosRankSum=-1.214;SC=AGCCAGCACTGGTGTTTGGGT;SOR=0.671;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=72;TCF=37;TCR=35;TR=22;WE=29421022;WS=29421004;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,38:0.30:125
chr15	29421054	rs2306933	C	T	724.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.295;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=12;PP=261;ReadPosRankSum=-0.210;SC=CACCTGCTGACCTATACTTGT;SOR=0.631;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=73;TCF=33;TCR=40;TR=23;WE=29421062;WS=29421044;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:91,44:0.33:135
chr15	29428556	rs8023368	C	G	2326.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=46;NR=17;PP=1460;SC=TTGTCTGGGGCCCCAGGCCTC;SOR=1.609;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=63;TCF=46;TCR=17;TR=63;WE=29428564;WS=29428546;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr15	29429347	rs61741714	G	A	640.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.910;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.466;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=13;PP=288;ReadPosRankSum=1.266;SC=GAACGGTGCCGTGAGGAGTCA;SOR=0.571;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=45;TCF=24;TCR=21;TR=24;WE=29429355;WS=29429337;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,34:0.54:63
chr15	29444130	rs59230279	GC	G	3058.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=48;PP=2093;SC=CCCAGAATGAGCCGAGGTCGA;SOR=1.638;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=52;TCF=2;TCR=50;TR=50;WE=29444138;WS=29444120;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr15	29544523	rs11071669	A	C	2070.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.530;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=236;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.611;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=26;PP=1439;ReadPosRankSum=-0.837;SC=CTCTTGTACAAAATCAAATCC;SOR=1.050;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=180;TCF=119;TCR=61;TR=87;WE=29544531;WS=29544513;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:129,101:0.44:230
chr15	29544656	rs4583203	T	C	4099.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.473;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=449;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.524;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=75;PP=1615;ReadPosRankSum=-0.911;SC=TTACACACACTGCAGAAAGCA;SOR=0.606;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=276;TCF=113;TCR=163;TR=131;WE=29544664;WS=29544646;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:225,216:0.49:441
chr15	29862654	rs111717681	C	G	82.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.847;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.218;HP=6;HapScore=4;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=1;PP=59;ReadPosRankSum=-1.527;SC=AGCGCCTAGCCCCCCCGGCCC;SOR=1.508;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=15;TCF=12;TCR=3;TR=7;WE=29862662;WS=29862651;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,6:0.35:17
chr15	29998061	rs41280056	G	A	565.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-1.556;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=18;PP=375;ReadPosRankSum=0.428;SC=TAATCAAGAAGTTACTTTAAC;SOR=0.767;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=46;TCF=10;TCR=36;TR=23;WE=29998069;WS=29998051;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,27:0.48:56
chr15	30008856	rs7166878	C	A	4952.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=72;NR=41;PP=2316;SC=TCTGAGAATGCGCTGGCTTTG;SOR=1.066;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=113;TCF=72;TCR=41;TR=113;WE=30008864;WS=30008846;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,186:1.00:186
chr15	30008889	rs2229518	G	A	1927.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.420;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.079;HP=1;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=23;PP=808;ReadPosRankSum=-1.670;SC=GATGGCTGGCGGCAATGTGTG;SOR=0.609;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=125;TCF=74;TCR=51;TR=55;WE=30008897;WS=30008879;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:110,96:0.47:206
chr15	30010328	rs72143374	TA	T	239.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.333;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.06;MQRankSum=1.431;QD=2.28;ReadPosRankSum=-0.631;SOR=0.813;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:64,41:0.39:105
chr15	30011427	rs11073215	C	T	602.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=3;NR=16;PP=431;SC=TATTAAACTACGATTTAATAT;SOR=2.737;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=19;TCF=3;TCR=16;TR=19;WE=30011435;WS=30011417;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr15	30012975	rs11636849	C	T	987.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.081;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=24;PP=545;ReadPosRankSum=2.101;SC=TGGCCTTTATCGTACAAGGCA;SOR=0.782;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=74;TCF=22;TCR=52;TR=32;WE=30012983;WS=30012965;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,47:0.47:100
chr15	30018553	rs4073316	A	T	2539.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.186;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=255;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=33;PP=1170;ReadPosRankSum=0.300;SC=TTTACTGAACAAGTCAAAAAA;SOR=0.676;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=153;TCF=90;TCR=63;TR=82;WE=30018561;WS=30018543;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:116,124:0.52:240
chr15	30064495	rs1383315	C	T	410.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-1.718;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.756;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=15;PP=287;ReadPosRankSum=0.873;SC=AATTTCTCTTCAGATCAATGA;SOR=1.246;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=35;TCF=4;TCR=31;TR=16;WE=30064503;WS=30064485;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,18:0.46:39
chr15	30065373	rs17571101	G	A	1040.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.100;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.482;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=11;PP=652;ReadPosRankSum=-0.706;SC=AAGACAGTACGCCAGTGCCTG;SOR=0.334;SbPval=0.26;Source=Platypus;TC=89;TCF=71;TCR=18;TR=42;WE=30065381;WS=30065363;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,50:0.45:112
chr15	30069920	rs34542662	AT	A	1187.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=20;NR=6;PP=1043;SC=CAAATGTACTATTCTTTTGAC;SOR=2.833;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=20;TCR=6;TR=26;WE=30069928;WS=30069910;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr15	30070198	rs1904812	A	C	1490.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=32;PP=894;SC=TTTGGTAGTTATTTTATTTTC;SOR=2.093;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=39;TCF=7;TCR=32;TR=39;WE=30070206;WS=30070188;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr15	30663397	rs199781709	A	AAAC	398.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=3.358;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=39.63;MQRankSum=-1.722;QD=15.34;ReadPosRankSum=-2.240;SOR=0.148;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,12:0.46:26
chr15	30663407	rs149768281	C	T	330.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.184;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=4.191;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=39.91;MQRankSum=0.427;QD=15.75;ReadPosRankSum=2.282;SOR=2.584;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,13:0.62:21
chr15	30664453	rs149526715	C	T	4955.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=47.62;QD=25.03;SOR=0.843;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,198:1.00:198
chr15	30665280	rs201490160	TCA	T	2484.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=47.01;QD=43.59;SOR=1.238;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr15	30700159	rs62016504	A	G	2815.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.719;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=775;ExcessHet=3.0103;FS=7.401;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.23;MQRankSum=-20.000;QD=3.64;ReadPosRankSum=-3.451;SOR=1.289;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:641,132:0.17:773
chr15	30700168	.	C	CTTG	2319.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.369;ClippingRankSum=0.000;DP=713;ExcessHet=3.0103;FS=9.858;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.96;MQRankSum=-21.253;QD=3.26;ReadPosRankSum=-0.249;SOR=1.665;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:611,100:0.14:711
chr15	30700263	rs2564642	T	C	4938.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=43;NR=119;PP=2965;SC=TGCCCTCTCCTTCTCTGCCCC;SOR=2.017;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=163;TCF=43;TCR=120;TR=162;WE=30700271;WS=30700253;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,165:1.00:165
chr15	30700278	rs62016505	C	T	3694.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=31;NR=103;PP=2965;SC=TGCCCCCACCCCCACAAAGCC;SOR=2.519;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=135;TCF=31;TCR=104;TR=134;WE=30700286;WS=30700268;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr15	31048067	rs116457401	T	C	153.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=2.348;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-4.494;NF=4;NR=1;PP=55;ReadPosRankSum=0.963;SC=GGAAGTGTCTTGCTCACCTCC;SOR=1.112;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=23;TCF=16;TCR=7;TR=5;WE=31048075;WS=31048057;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,5:0.20:25
chr15	31048088	rs61998400	T	C	202.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=4.391;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.198;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-3.980;NF=7;NR=1;PP=135;ReadPosRankSum=0.477;SC=AGCTCTGTGGTACTTCCAACT;SOR=1.981;SbPval=0.92;Source=Platypus;TC=28;TCF=20;TCR=8;TR=8;WE=31048096;WS=31048078;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,8:0.25:32
chr15	31048241	rs11633095	A	G	913.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.059;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.762;NF=13;NR=18;PP=435;ReadPosRankSum=2.050;SC=CACCTCACCCACTGCTGGGTC;SOR=0.765;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=56;TCF=23;TCR=33;TR=31;WE=31048249;WS=31048231;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,43:0.54:80
chr15	31060115	rs4779494	T	C	1827.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=-0.494;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=268;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-8.826;NF=38;NR=26;PP=854;ReadPosRankSum=0.243;SC=AACCACTTCCTTTGCTCATCC;SOR=0.705;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=146;TCF=89;TCR=57;TR=64;WE=31060123;WS=31060105;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:161,102:0.39:263
chr15	31119861	rs3829484	G	A	346.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.477;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.056;NF=8;NR=6;PP=171;ReadPosRankSum=0.018;SC=ACCAGGTGTGGGGCTGTTGGC;SOR=0.509;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=27;TCF=17;TCR=10;TR=14;WE=31119869;WS=31119851;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,18:0.50:36
chr15	31129037	rs11070624	G	A	2030.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.961;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=241;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.203;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.271;NF=36;NR=29;PP=957;ReadPosRankSum=1.617;SC=GCCTGGTTCCGGAGGTACTGC;SOR=0.866;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=156;TCF=82;TCR=74;TR=65;WE=31129045;WS=31129027;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:136,104:0.43:240
chr15	31197564	rs4779794	G	A	2391.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.366;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=249;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.783;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=42;PP=1432;ReadPosRankSum=-1.029;SC=ATGGTAAGAGGAAGTAAAATA;SOR=0.782;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=182;TCF=93;TCR=89;TR=92;WE=31197572;WS=31197554;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:133,115:0.46:248
chr15	31203093	rs3794594	C	T	349.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.621;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.820;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=12;PP=232;ReadPosRankSum=0.760;SC=AGATTGTATACTTGATTGAAC;SOR=1.609;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=29;TCF=5;TCR=24;TR=14;WE=31203101;WS=31203083;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,16:0.46:35
chr15	31218164	rs2959037	T	C	1912.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-2.484;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.507;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=39;PP=666;ReadPosRankSum=2.173;SC=GGCTTTCTCTTGTGGCACCCA;SOR=0.484;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=110;TCF=29;TCR=81;TR=55;WE=31218172;WS=31218154;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,96:0.52:184
chr15	31220709	rs143970863	T	TTGTGTG	1488.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.155;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=18;PP=998;ReadPosRankSum=2.333;SC=AAAACAGATTTTGTGTGTGTG;SOR=0.722;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=60;TCF=21;TCR=39;TR=26;WE=31220722;WS=31220699;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,52:0.50:105
chr15	31221745	rs10152143	C	A	85.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-1.133;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=4;PP=57;ReadPosRankSum=-1.242;SC=TAGTATATATCATATATAAAA;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=4;WE=31221753;WS=31221735;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,4:0.50:8
chr15	31229420	rs2955795	T	C	1219.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.805;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=18;PP=311;ReadPosRankSum=-0.750;SC=AAGTCTGCCATGTGGTTGCAG;SOR=0.702;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=111;TCF=54;TCR=57;TR=34;WE=31229428;WS=31229410;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:104,69:0.40:173
chr15	31233220	rs2955792	C	T	900.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=28;NR=3;PP=744;SC=CAATTAGAGACGACAGAAAGT;SOR=3.912;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=31;TCF=28;TCR=3;TR=31;WE=31233228;WS=31233210;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr15	31233352	rs3840035	GTGAC	G	5082.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.704;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=292;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.694;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.849;NF=18;NR=41;PP=2759;ReadPosRankSum=1.097;SC=GGCTGCTAATGTGACTGACTA;SOR=0.484;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=137;TCF=50;TCR=87;TR=59;WE=31233363;WS=31233329;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:151,134:0.47:285
chr15	31235357	rs2293319	C	T	494.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=16;PP=412;SC=CTCATCATTACACAGGTTAAA;SOR=5.670;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=0;TCR=16;TR=16;WE=31235365;WS=31235347;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr15	31244083	rs2955790	T	G	6690.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=2.659;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=264;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=117;NR=57;PP=2965;ReadPosRankSum=1.734;SC=TAGCTAAAACTGATGTGATTT;SOR=0.806;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=176;TCF=119;TCR=57;TR=174;WE=31244091;WS=31244073;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,257:0.99:260
chr15	31244263	rs2955789	C	T	5978.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=57;NR=119;PP=2965;SC=AAAGGAAAAGCAGTGTTAAAA;SOR=1.434;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=177;TCF=58;TCR=119;TR=176;WE=31244271;WS=31244253;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,221:1.00:221
chr15	31245880	rs1404467	C	T	1140.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=8;NR=24;PP=672;SC=TTATTTTATACGATCCCTATC;SOR=1.721;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=8;TCR=24;TR=32;WE=31245888;WS=31245870;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr15	31251333	rs11340006	GA	G	3229.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.956;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.306;NF=9;NR=60;PP=1396;ReadPosRankSum=0.813;SC=GGCTGGAGGGGAAAAAAAAAA;SOR=1.056;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=82;TCF=9;TCR=73;TR=69;WE=31251342;WS=31251323;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,157:0.98:161
chr15	31251366	rs2949573	G	A	3258.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=27;NR=53;PP=1620;SC=TGTGCTAAAAGCAGGAATAGT;SOR=1.207;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=80;TCF=27;TCR=53;TR=80;WE=31251374;WS=31251356;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr15	31253221	.	ACCT	A	479.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.013;ClippingRankSum=0.000;DP=463;ExcessHet=3.0103;FS=2.196;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.27;ReadPosRankSum=-1.163;SOR=0.926;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:340,37:0.10:377
chr15	31267147	rs1133642	C	T	2531.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=27;NR=28;PP=965;SC=TGACAATTTGCTCAATACATG;SOR=0.714;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=58;TCF=28;TCR=30;TR=55;WE=31267155;WS=31267137;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr15	31330280	rs2288242	A	G	2852.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-2.092;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=291;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.426;HP=4;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=41;PP=1123;ReadPosRankSum=0.249;SC=TGCCATCCTCATTTTCCTTGG;SOR=0.747;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=160;TCF=84;TCR=76;TR=88;WE=31330288;WS=31330270;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:143,147:0.51:290
chr15	31330313	rs12913672	A	G	3237.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-2.700;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=313;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.412;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=47;PP=1131;ReadPosRankSum=1.680;SC=AGAAATCATCATATGTGCGAA;SOR=0.646;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=167;TCF=79;TCR=88;TR=93;WE=31330321;WS=31330303;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:146,165:0.53:311
chr15	31352749	rs141540242	G	T	2978.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.001;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=305;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.920;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=44;PP=1402;ReadPosRankSum=-0.376;SC=AGTTTCACCGGCCAGTGGGGC;SOR=0.582;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=198;TCF=108;TCR=90;TR=94;WE=31352757;WS=31352739;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:150,147:0.49:297
chr15	31362148	rs138133192	C	G	1412.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=1.716;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.570;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=23;PP=802;ReadPosRankSum=1.327;SC=ATGAAGAAGACCAGGTATCTG;SOR=0.789;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=130;TCF=71;TCR=59;TR=52;WE=31362156;WS=31362133;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:104,70:0.40:174
chr15	31362352	rs2241493	C	T	1552.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.957;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.86;ReadPosRankSum=0.226;SOR=0.735;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:67,76:0.53:143
chr15	31362654	rs17815804	G	A	785.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.160;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.726;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=15;PP=479;ReadPosRankSum=0.104;SC=ACATTGGATGGTTGCTCTTTC;SOR=0.773;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=81;TCF=48;TCR=33;TR=37;WE=31362662;WS=31362644;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,43:0.39:109
chr15	31369123	rs4779816	A	G	7539.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=301;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=92;NR=85;PP=2965;SC=AGAGTCTTTCATGCTAGGAAT;SOR=0.728;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=177;TCF=92;TCR=85;TR=177;WE=31369131;WS=31369113;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,287:1.00:287
chr15	31369223	rs4779817	C	T	6870.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=265;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=69;NR=95;PP=2922;SC=TGGACCAATACATTCCCAAGC;SOR=0.958;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=165;TCF=70;TCR=95;TR=164;WE=31369231;WS=31369213;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,261:1.00:261
chr15	31453147	rs75638145	G	A	4326.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=-1.110;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=507;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.522;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=66;PP=1710;ReadPosRankSum=0.205;SC=AGCGAGCCCCGCTTGAAGGAG;SOR=0.642;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=253;TCF=109;TCR=144;TR=117;WE=31453155;WS=31453137;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:274,228:0.45:502
chr15	31516008	rs1865873	T	C	1676.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.387;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.269;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=36;PP=827;ReadPosRankSum=-1.411;SC=GAAAGGAAACTTAGGTCGCCA;SOR=0.590;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=114;TCF=32;TCR=82;TR=50;WE=31516016;WS=31515998;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,79:0.47:167
chr15	31521505	rs3835087	CGG	C	2998.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.18;QD=37.48;SOR=0.719;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr15	31776004	rs2338682	C	G	618.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=5;NR=13;PP=345;SC=TGCGGCCAGGCACTGGTCCGC;SOR=1.519;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=18;TCF=5;TCR=13;TR=18;WE=31776012;WS=31775994;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr15	31776021	rs2338681	T	C	456.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=9;PP=235;SC=CCGCTGGCGCTCGCACGCCGC;SOR=1.609;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=11;TCF=2;TCR=9;TR=11;WE=31776029;WS=31776011;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr15	31776210	rs199744400	TGGC	T	2031.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.17;QD=43.23;SOR=2.352;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr15	31793930	rs7164569	A	G	1898.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.324;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=265;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.968;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=30;PP=878;ReadPosRankSum=-0.023;SC=CCATGGACACAAGGGCAGAGA;SOR=0.619;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=138;TCF=74;TCR=64;TR=62;WE=31793938;WS=31793920;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:154,104:0.40:258
chr15	31862448	rs1459198	C	T	1221.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=2.460;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=25;PP=534;ReadPosRankSum=0.072;SC=GCATGAATAACGGTCTCATCA;SOR=0.684;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=86;TCF=23;TCR=63;TR=33;WE=31862456;WS=31862438;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,59:0.44:133
chr15	32322777	.	G	T	1177.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.66;BaseQRankSum=1.872;ClippingRankSum=0.000;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.701;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=11;PP=478;ReadPosRankSum=-1.124;SC=GCGCCGGCTCGCTGCAGCTCC;SOR=0.798;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=61;TCF=35;TCR=26;TR=30;WE=32322785;WS=32322767;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,57:0.50:113
chr15	32393486	rs201765366	C	CT,CTT	2126.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.019;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=248;ExcessHet=3.0103;FS=2.458;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.13;MQRankSum=0.867;QD=10.80;ReadPosRankSum=1.525;SOR=0.529;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:57,75,65:0.38,0.33:197
chr15	32393663	rs28650375	C	A	1981.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=13;NR=56;PP=1561;SC=GGAAAAAAAACCAAAAAAACA;SOR=2.867;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=69;TCF=13;TCR=56;TR=69;WE=32393671;WS=32393644;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr15	32450062	rs199927660	C	T	1298.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=46.91;QD=27.63;SOR=2.352;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr15	32971934	rs7177843	C	T	2467.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.512;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=290;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.434;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=36;PP=1152;ReadPosRankSum=-1.453;SC=AATTGAATTGCACTGCAATGA;SOR=0.655;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=178;TCF=100;TCR=78;TR=79;WE=32971942;WS=32971924;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:157,126:0.45:283
chr15	32984196	rs6494593	A	G	756.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=20;PP=561;SC=AGTCTGTAGCAATTCTAGCAA;SOR=3.014;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=22;TCF=2;TCR=20;TR=22;WE=32984204;WS=32984186;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr15	33010412	rs2293582	G	A	4212.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-1.877;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=379;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.708;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-1.322;NF=61;NR=39;PP=1544;ReadPosRankSum=-0.294;SC=AGGGAAGAGGGCCGCAAACCA;SOR=0.841;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=214;TCF=122;TCR=92;TR=100;WE=33010420;WS=33010402;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:177,202:0.53:379
chr15	33010483	rs3207357	T	C	3293.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=2.703;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=328;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.310;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=54;PP=1572;ReadPosRankSum=-2.014;SC=TCGGGTGCGTTGTTCGCGGGG;SOR=0.627;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=220;TCF=115;TCR=105;TR=109;WE=33010491;WS=33010473;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:167,159:0.49:326
chr15	33010736	rs2293581	G	A	2046.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-2.694;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.170;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=43;PP=996;ReadPosRankSum=-1.522;SC=GAGCGCAGGAGCATCCGGACC;SOR=1.005;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=125;TCF=51;TCR=74;TR=67;WE=33010744;WS=33010726;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,103:0.53:193
chr15	33066327	rs16958710	G	A	1129.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=1.337;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.939;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=10;PP=734;ReadPosRankSum=0.693;SC=TTGTTCCTGCGGCTTAATGAG;SOR=0.469;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=84;TCF=65;TCR=19;TR=42;WE=33066335;WS=33066317;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,51:0.53:96
chr15	33066478	rs16958712	C	T	4247.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.327;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=522;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=73;NR=77;PP=2065;ReadPosRankSum=-1.571;SC=AGGTCCTCCACCTCCAGTGCC;SOR=0.710;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=318;TCF=160;TCR=158;TR=150;WE=33066486;WS=33066468;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:295,222:0.43:517
chr15	33066582	rs28569405	T	A	2500.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-2.371;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.861;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=56;PP=1323;ReadPosRankSum=0.150;SC=AATGAATGTATCATTTTCTTT;SOR=0.550;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=150;TCF=46;TCR=104;TR=82;WE=33066590;WS=33066572;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,116:0.58:199
chr15	33068889	rs71818992	T	TTC	316.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.550;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=1.374;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.12;ReadPosRankSum=0.674;SOR=1.190;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,14:0.36:39
chr15	33096624	.	AGGAGGTCTG	A	379.06	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.168;ClippingRankSum=0.000;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=34.46;ReadPosRankSum=-0.158;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,10:0.91:11
chr15	33096635	.	ATTCGGGGGGGGG	A	421.25	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.840;ClippingRankSum=0.000;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=38.30;ReadPosRankSum=0.158;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,10:0.91:11
chr15	33096663	rs12898436	G	C	304.84	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;QD=38.10;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:0,8:1.00:8
chr15	33096666	rs12900156	A	G	286.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=40.97;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr15	33191023	rs173224	A	G	2144.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.882;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=295;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=40;PP=1163;ReadPosRankSum=1.630;SC=TCCACGTAATACCATTTCTTA;SOR=0.696;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=173;TCF=79;TCR=94;TR=75;WE=33191031;WS=33191013;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:177,114:0.39:291
chr15	33193953	.	TAC	T	60.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.277;ClippingRankSum=0.000;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=3.751;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.96;ReadPosRankSum=0.327;SOR=0.086;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,5:0.16:31
chr15	33200804	rs10713398	CA	C	355.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.362;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FS=1.427;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.59;ReadPosRankSum=2.150;SOR=1.101;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,37:0.69:54
chr15	33218472	rs201622952	GA	G	166.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.204;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FS=2.059;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.22;MQRankSum=2.408;QD=1.94;ReadPosRankSum=0.810;SOR=0.777;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:62,24:0.28:86
chr15	33261232	rs2930131	G	A	1088.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=3.530;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=9;PP=521;ReadPosRankSum=-0.274;SC=TTGGAGGTGCGGGAGACAAAG;SOR=0.663;SbPval=0.94;Source=Platypus;TC=86;TCF=54;TCR=32;TR=38;WE=33261240;WS=33261222;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,50:0.48:105
chr15	33357262	rs2306277	A	G	2168.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-2.835;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.257;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=35;PP=834;ReadPosRankSum=0.170;SC=CTGCTCAGTCAGGCTGTGGTC;SOR=0.835;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=124;TCF=61;TCR=63;TR=61;WE=33357270;WS=33357252;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,107:0.55:193
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chr15	33359574	rs11858145	C	A	7446.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=2.103;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=288;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=92;NR=89;PP=2965;ReadPosRankSum=1.596;SC=AGATAAAACACCACTAGGGGA;SOR=0.223;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=181;TCF=92;TCR=89;TR=181;WE=33359582;WS=33359564;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,278:1.00:279
chr15	33380985	rs2291066	A	C	6774.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.095;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=438;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.528;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=53;PP=1795;ReadPosRankSum=-1.301;SC=CACAATCACCAAGATTTCTAC;SOR=0.631;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=245;TCF=135;TCR=110;TR=114;WE=33380993;WS=33380975;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:246,183:0.43:429
chr15	33381000	rs2291065	A	T	7103.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.770;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=478;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=67;NR=58;PP=1822;ReadPosRankSum=-0.492;SC=TTCTACTTACATGGAGATCCA;SOR=0.666;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=267;TCF=145;TCR=122;TR=125;WE=33381008;WS=33380990;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:267,200:0.43:467
chr15	33446258	rs28377066	G	A	5877.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.588;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=498;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.104;HP=4;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=82;NR=90;PP=2704;ReadPosRankSum=0.573;SC=GCTCCAGCCCGCTCGGCGGCC;SOR=0.575;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=306;TCF=141;TCR=165;TR=172;WE=33446266;WS=33446248;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:223,274:0.55:497
chr15	33446311	rs28507600	G	C	4883.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.605;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=377;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.249;HP=4;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=86;PP=1951;ReadPosRankSum=-0.345;SC=CTGCAGTCAGGGGGCAGCACT;SOR=0.782;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=257;TCF=114;TCR=143;TR=150;WE=33446319;WS=33446301;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:145,231:0.61:376
chr15	33757840	rs2596163	G	A	962.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=21;NR=10;PP=652;SC=GAAATGATGCGATCTCAGGTT;SOR=1.483;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=31;TCF=21;TCR=10;TR=31;WE=33757848;WS=33757830;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr15	33765761	rs2245508	A	G	1046.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.602;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.742;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=23;PP=542;ReadPosRankSum=0.722;SC=TGTCCGCCCTACACCTTCTTC;SOR=0.582;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=91;TCF=29;TCR=62;TR=35;WE=33765769;WS=33765751;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,50:0.44:113
chr15	33765803	rs2278470	A	T	369.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-4.826;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.443;HP=5;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=12;PP=222;ReadPosRankSum=-1.137;SC=CATTTAGGGGAGATACTGCTG;SOR=0.050;SbPval=0.18;Source=Platypus;TC=36;TCF=2;TCR=34;TR=14;WE=33765811;WS=33765793;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,16:0.43:37
chr15	33795710	rs2572204	A	G	4721.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.002;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=93;NR=43;PP=2453;ReadPosRankSum=-1.174;SC=ACCTTTTTGCATTCCTATTCA;SOR=1.496;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=138;TCF=94;TCR=44;TR=136;WE=33795718;WS=33795700;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,184:0.99:186
chr15	33822969	rs12900227	T	C	2498.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.609;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=259;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.474;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=57;PP=1386;ReadPosRankSum=-0.025;SC=GCAGGAACAATTGGAACATAA;SOR=0.751;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=181;TCF=60;TCR=121;TR=83;WE=33822977;WS=33822959;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:133,119:0.47:252
chr15	33840414	rs1435100	A	G	4629.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=47;NR=62;PP=2045;SC=AGGTAATGGAAGGCCTGGGAA;SOR=0.917;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=109;TCF=47;TCR=62;TR=109;WE=33840422;WS=33840404;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,176:1.00:176
chr15	33842222	rs1865496	C	G	632.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-0.824;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=3;PP=495;ReadPosRankSum=-0.945;SC=AGCAAGCCAGCAGCCTGGTGC;SOR=1.981;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=23;TCF=20;TCR=3;TR=22;WE=33842230;WS=33842212;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,22:0.96:23
chr15	33855345	rs2304379	G	A	115.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.567;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=5;PP=77;ReadPosRankSum=-0.701;SC=ATTTTGTGATGGATTGTACAC;SOR=0.368;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=13;TCF=1;TCR=12;TR=6;WE=33855353;WS=33855335;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,6:0.40:15
chr15	33858935	rs11853872	G	A	2382.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.940;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=282;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.463;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=40;PP=1095;ReadPosRankSum=-0.888;SC=AGAGATGCCAGCGTGAGGAGT;SOR=0.621;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=168;TCF=81;TCR=87;TR=80;WE=33858943;WS=33858925;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:147,123:0.46:270
chr15	33872143	rs8041153	A	G	1849.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.704;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.085;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=25;PP=927;ReadPosRankSum=2.115;SC=GCTGCTGGCCAGTGCCTAAAC;SOR=0.412;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=100;TCF=66;TCR=34;TR=63;WE=33872151;WS=33872133;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,89:0.60:149
chr15	33872177	rs674155	C	T	1885.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.293;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.617;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=18;PP=746;ReadPosRankSum=-0.328;SC=TGGTTTTTAGCGGAAACAATC;SOR=0.993;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=147;TCF=89;TCR=58;TR=58;WE=33872185;WS=33872167;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:131,97:0.43:228
chr15	33872438	rs8023510	G	A	213.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=0.394;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=9;PP=161;ReadPosRankSum=1.669;SC=CTGCATGCACGTGTTTATGAG;SOR=0.631;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=25;TCF=5;TCR=20;TR=12;WE=33872446;WS=33872428;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,12:0.38:32
chr15	33873656	rs748299	A	G	2538.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.319;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=259;ExcessHet=3.0103;FS=0.479;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.07;ReadPosRankSum=0.243;SOR=0.760;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:133,119:0.47:252
chr15	33873656	.	AC	GT	1293	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;FR=0.5000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MMLQ=25;MQ=60.0;NF=59;NR=26;PP=1293;QD=15.8407985278;SC=AGCATAAGGGACTGTGCTTTC;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=182;TCF=124;TCR=58;TR=85;WE=33873665;WS=33873646;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:97,85:0.47:182
chr15	33873657	rs668570	C	T	8904.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=261;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=35.06;SOR=1.430;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,254:1.00:254
chr15	33873751	rs2077268	G	A	5771.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.058;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=577;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.100;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=89;NR=86;PP=2438;ReadPosRankSum=0.049;SC=CCGCTTAAATGTCTACAATAG;SOR=0.610;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=334;TCF=161;TCR=173;TR=175;WE=33873759;WS=33873741;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:287,288:0.50:575
chr15	33873901	rs748298	C	T	1061.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-2.778;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=32;PP=672;ReadPosRankSum=1.389;SC=TTTCCACGTGCAATCCCAAGA;SOR=0.571;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=63;TCF=11;TCR=52;TR=39;WE=33873909;WS=33873891;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,46:0.63:73
chr15	33876449	rs10431811	G	A	1130.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-4.157;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.679;HP=5;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=10;PP=748;ReadPosRankSum=-1.172;SC=AAAAAAGAAAGAATTGTGTCA;SOR=0.230;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=100;TCF=82;TCR=18;TR=45;WE=33876457;WS=33876439;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,51:0.46:110
chr15	33876517	rs2643364	A	G	9491.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=347;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=163;NR=94;PP=2965;SC=AGCAAGTGAAATATTCGACAG;SOR=1.175;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=259;TCF=163;TCR=96;TR=257;WE=33876525;WS=33876507;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,345:1.00:345
chr15	33876543	rs624954	C	T	11939.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=459;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=179;NR=127;PP=2965;SC=CAAGTTCTCACGCCCATCATT;SOR=0.959;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=309;TCF=181;TCR=128;TR=306;WE=33876551;WS=33876533;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,454:1.00:454
chr15	33893769	rs2437135	C	T	8841.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=353;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=111;NR=104;PP=2965;SC=GCCACCACCACCATTCCAAAT;SOR=0.771;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=216;TCF=111;TCR=105;TR=215;WE=33893777;WS=33893759;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,338:1.00:338
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chr15	33920662	rs35706688	T	C	3901.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.251;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=387;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.702;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=70;NR=58;PP=2120;ReadPosRankSum=0.774;SC=ACTTGCTCCTTTTCCTTTAGG;SOR=0.559;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=258;TCF=146;TCR=112;TR=128;WE=33920670;WS=33920652;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:197,184:0.48:381
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chr15	33925364	rs2291732	G	A	2176.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.151;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=49;PP=1052;ReadPosRankSum=0.481;SC=GATCATCCACGTGCCGTTTTG;SOR=0.668;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=146;TCF=45;TCR=101;TR=71;WE=33925372;WS=33925354;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:105,106:0.50:211
chr15	33939768	rs79620659	A	G	513.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=0.351;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=18;PP=373;ReadPosRankSum=1.336;SC=TTAATTGCCAATTACTCTGTC;SOR=0.698;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=52;TCF=14;TCR=38;TR=25;WE=33939776;WS=33939758;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,25:0.42:60
chr15	33954652	rs4780144	C	T	11303.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=432;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=134;NR=151;PP=2965;SC=CAGGAATATCCGCCTCTTCCC;SOR=0.766;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=288;TCF=134;TCR=154;TR=285;WE=33954660;WS=33954642;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,425:1.00:425
chr15	33955262	rs66533161	GTGAC	G	538.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-1.494;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.805;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=10;PP=468;ReadPosRankSum=-0.478;SC=GCTTGGCATAGTGACTGACCA;SOR=0.177;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=0;TCR=13;TR=10;WE=33955273;WS=33955252;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,14:0.78:18
chr15	33962559	rs11072596	G	C	608.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-1.556;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.887;NF=15;NR=6;PP=320;ReadPosRankSum=-1.260;SC=AATGTTCTTTGTGACACTATG;SOR=0.627;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=35;TCF=26;TCR=9;TR=21;WE=33962567;WS=33962549;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,28:0.58:48
chr15	33990250	rs1111611	G	A	1863.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=15;NR=43;PP=1263;SC=GCAGGAGCACGAGGTGACTTG;SOR=1.999;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=58;TCF=15;TCR=43;TR=58;WE=33990258;WS=33990240;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr15	33990294	rs1390161	G	A	457.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.967;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=16;PP=320;ReadPosRankSum=0.493;SC=CCTTGCCTCAGTTTCTCTTCC;SOR=0.818;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=31;TCF=4;TCR=27;TR=18;WE=33990302;WS=33990284;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,20:0.61:33
chr15	33993143	rs11629683	G	C	2871.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.552;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=288;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=37;PP=1443;ReadPosRankSum=0.021;SC=GTCTTCCTCTGTCCTTTTCTT;SOR=0.697;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=200;TCF=115;TCR=85;TR=89;WE=33993151;WS=33993133;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:147,136:0.48:283
chr15	34015013	rs2293027	G	A	3049.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.500;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=282;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.907;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=48;PP=1474;ReadPosRankSum=-1.712;SC=GGGGAAACGGGCTCTTGGCAG;SOR=0.632;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=184;TCF=97;TCR=87;TR=99;WE=34015021;WS=34015003;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:133,147:0.52:280
chr15	34016274	rs6495228	G	A	1287.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-1.722;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.436;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=14;PP=628;ReadPosRankSum=-0.897;SC=AGCAGCACGGGGGACGATGAA;SOR=0.446;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=83;TCF=57;TCR=26;TR=40;WE=34016282;WS=34016264;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,62:0.52:119
chr15	34021276	rs7498093	T	G	894.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.830;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.330;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=24;PP=556;ReadPosRankSum=0.453;SC=ATTGTGAAATTAGTAATGTTG;SOR=0.353;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=71;TCF=16;TCR=55;TR=32;WE=34021284;WS=34021266;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,41:0.48:85
chr15	34030865	rs4780171	T	C	1535.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.302;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=34;PP=879;ReadPosRankSum=-1.244;SC=ACAGCCGTCATCTGTTTAGCA;SOR=0.719;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=84;TCF=29;TCR=55;TR=51;WE=34030873;WS=34030855;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,69:0.63:110
chr15	34038511	rs3812937	A	G	306.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-0.822;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.450;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=8;PP=174;ReadPosRankSum=0.902;SC=CCAGTGGGCAAGTGCCTCAGG;SOR=0.345;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=32;TCF=8;TCR=24;TR=11;WE=34038519;WS=34038501;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,15:0.38:40
chr15	34049615	rs2288604	A	G	1740.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.347;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.846;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=22;PP=938;ReadPosRankSum=0.660;SC=ACACTTTTAAATGAACCAAAT;SOR=0.558;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=135;TCF=89;TCR=46;TR=61;WE=34049623;WS=34049605;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:104,85:0.45:189
chr15	34049814	rs148404688	A	C	1677.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.774;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.194;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=39;PP=998;ReadPosRankSum=0.691;SC=CTACAAGATAAAGGGAAGGTG;SOR=0.529;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=106;TCF=29;TCR=77;TR=58;WE=34049822;WS=34049804;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,75:0.51:147
chr15	34061142	rs3214581	C	CA	1138.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.829;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=16;PP=1070;ReadPosRankSum=2.431;SC=CATCATAAAGCAAGGCTGTGT;SOR=0.726;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=61;TCF=28;TCR=33;TR=30;WE=34061150;WS=34061132;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,43:0.52:83
chr15	34064043	rs1429754	T	C	1895.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=46;NR=16;PP=1249;SC=TCTGCCCAGATGACACTGCCA;SOR=2.200;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=62;TCF=46;TCR=16;TR=62;WE=34064051;WS=34064033;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr15	34080321	.	G	C	463.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.924;ClippingRankSum=0.000;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.760;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=3;PP=336;ReadPosRankSum=0.841;SC=GCCATCCTGAGTCGATGGGAT;SOR=1.581;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=56;TCF=44;TCR=12;TR=21;WE=34080329;WS=34080311;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,22:0.37:59
chr15	34094048	rs35048413	G	T	851.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-2.922;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=30;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=2;PP=536;ReadPosRankSum=-0.771;SC=AATGTTTGCTGTTTCAATTCT;SOR=0.820;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=63;TCF=56;TCR=7;TR=28;WE=34094056;WS=34094038;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,34:0.48:71
chr15	34094201	rs2115747	C	T	6223.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.321;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=586;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.100;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=99;NR=75;PP=2526;ReadPosRankSum=-2.700;SC=CTCTTCAACCCTAACCTCAGC;SOR=0.801;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=330;TCF=180;TCR=150;TR=174;WE=34094209;WS=34094191;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:280,300:0.52:580
chr15	34099822	rs2879436	G	A	6760.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=244;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=59;NR=119;PP=2965;SC=TAGAGGTGCCGGGCTCTGGCC;SOR=1.421;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=180;TCF=61;TCR=119;TR=178;WE=34099830;WS=34099812;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,242:1.00:242
chr15	34103272	rs4780181	C	G	3483.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=26;NR=60;PP=1839;SC=GAACTCACACCGGCTTTCCTT;SOR=1.335;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=87;TCF=26;TCR=61;TR=86;WE=34103280;WS=34103262;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,129:1.00:129
chr15	34111876	rs10631080	A	AAAAT	2818.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.360;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=279;ExcessHet=3.0103;FS=0.643;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.08;ReadPosRankSum=-0.221;SOR=0.626;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:90,75:0.45:165
chr15	34112825	rs1036005	C	T	5466.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=102;NR=48;PP=2965;SC=ATGTTCCTGGCTTTACACAAC;SOR=1.459;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=151;TCF=103;TCR=48;TR=150;WE=34112833;WS=34112815;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,198:1.00:198
chr15	34112865	rs1036006	G	A	8801.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=343;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=136;NR=98;PP=2965;SC=TGTGAATTACGTCCTGTCCCC;SOR=0.951;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=234;TCF=136;TCR=98;TR=234;WE=34112873;WS=34112855;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,337:1.00:337
chr15	34112906	rs1036007	C	A	11707.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=454;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=144;NR=137;PP=2965;SC=TATTAGATTTCCCTTTAATTT;SOR=0.729;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=281;TCF=144;TCR=137;TR=281;WE=34112914;WS=34112896;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,448:1.00:448
chr15	34113054	rs3815965	G	A	4291.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=33;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=23;NR=67;PP=2090;SC=CACCCTCCAAGGCCAATAGGC;SOR=1.448;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=91;TCF=24;TCR=67;TR=90;WE=34113062;WS=34113044;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,155:1.00:155
chr15	34113454	rs35254800	AT	A	2752.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=28;NR=26;PP=1266;SC=TTTCCCTGTGATTTTTTTTCC;SOR=1.188;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=58;TCF=29;TCR=29;TR=54;WE=34113462;WS=34113444;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr15	34113536	rs2288614	A	G	4911.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=65;NR=55;PP=2376;SC=GTGGTGCTGCAGAGATGGTCC;SOR=0.828;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=120;TCF=65;TCR=55;TR=120;WE=34113544;WS=34113526;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,188:1.00:188
chr15	34115088	rs8032198	C	T	1647.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=40;NR=10;PP=1062;SC=ATTCCATAAGCAGAGCGTCCA;SOR=2.342;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=50;TCF=40;TCR=10;TR=50;WE=34115096;WS=34115078;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr15	34117946	rs374750569	TTC	T	191.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.809;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.81;MQRankSum=0.000;QD=10.65;ReadPosRankSum=1.159;SOR=0.269;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,17:0.94:18
chr15	34118994	rs4041449	C	CAG	8819.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=100;PP=2930;SC=ACACAGCACTCGGGCAAAACT;SOR=1.471;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=106;TCF=5;TCR=101;TR=104;WE=34119002;WS=34118984;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,199:1.00:199
chr15	34129357	rs7182398	C	T	3096.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=28;NR=61;PP=1785;SC=CCTGGTCTGACGGACGAAGCC;SOR=1.490;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=89;TCF=28;TCR=61;TR=89;WE=34129365;WS=34129347;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr15	34132875	rs4780184	G	A	5652.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=126;NR=35;PP=2965;SC=GACATATATAGCAGGACACTT;SOR=2.160;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=162;TCF=126;TCR=36;TR=161;WE=34132883;WS=34132865;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,194:1.00:194
chr15	34133130	rs3764232	A	G	3783.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.934;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=83;PP=2400;ReadPosRankSum=-0.880;SC=ATGGTAGATAATTCTTAGGCC;SOR=0.922;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=115;TCF=31;TCR=84;TR=114;WE=34133138;WS=34133120;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,133:0.99:134
chr15	34135826	rs2303868	G	A	3591.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=23;NR=80;PP=2308;SC=TACTAAGTATGCTATGTGTAG;SOR=2.019;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=104;TCF=23;TCR=81;TR=103;WE=34135834;WS=34135816;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr15	34136971	rs7181900	T	C	878.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=24;NR=5;PP=642;SC=ACTATTTGTATAGCACATGCT;SOR=2.694;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=24;TCR=5;TR=29;WE=34136979;WS=34136961;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr15	34137292	rs12899715	C	G	926.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=7;NR=25;PP=677;SC=TGGATCTAATCTCACTCCTTG;SOR=2.448;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=7;TCR=25;TR=32;WE=34137300;WS=34137282;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr15	34140735	rs2278314	A	G	868.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=8;NR=17;PP=456;SC=TTTGATTTCTAGGACTTTTCT;SOR=1.681;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=8;TCR=17;TR=25;WE=34140743;WS=34140725;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr15	34146783	rs2303308	G	A	6877.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=254;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=72;NR=105;PP=2965;SC=ACGTGCTGGGGGAACACTTAT;SOR=1.004;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=177;TCF=72;TCR=105;TR=177;WE=34146791;WS=34146773;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,248:1.00:248
chr15	34146886	rs713201	T	C	5160.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.902;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.481;HP=4;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=80;NR=61;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.703;SC=TCAGTGTGTCTCCCAAAATAA;SOR=0.582;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=142;TCF=80;TCR=62;TR=141;WE=34146894;WS=34146876;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,184:0.99:185
chr15	34146922	rs713203	C	T	7782.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=284;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=127;NR=68;PP=2965;SC=AATGAGCACACTATGAGGCAA;SOR=1.224;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=195;TCF=127;TCR=68;TR=195;WE=34146930;WS=34146912;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,281:1.00:281
chr15	34151668	rs7180084	G	C	4317.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=92;NR=35;PP=2793;SC=TTCCCCTCTCGTGGCTTAGGG;SOR=1.719;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=132;TCF=94;TCR=38;TR=127;WE=34151676;WS=34151658;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,155:1.00:155
chr15	34152777	rs2303310	T	A	10714.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.461;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=442;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.255;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=151;NR=116;PP=2965;ReadPosRankSum=1.044;SC=TTGCTTTGTCTTTGTATTTAA;SOR=0.655;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=273;TCF=153;TCR=120;TR=267;WE=34152785;WS=34152767;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:10,425:0.98:435
chr15	34156284	rs11072759	C	G	4426.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=51;NR=59;PP=2078;SC=TTAATCCATGCGAATGAACTT;SOR=0.767;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=110;TCF=51;TCR=59;TR=110;WE=34156292;WS=34156274;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,166:1.00:166
chr15	34156312	rs11072760	T	C	4239.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=49;NR=61;PP=2094;SC=GACCAGAGTATCTAATACTAT;SOR=0.853;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=110;TCF=49;TCR=61;TR=110;WE=34156320;WS=34156302;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,160:1.00:160
chr15	34376465	.	C	T	395.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.044;ClippingRankSum=0.000;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=0;PP=310;ReadPosRankSum=-0.188;SC=TTGCTTCACACGGTTTTCCAA;SOR=0.638;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=33;TCF=33;TCR=0;TR=16;WE=34376473;WS=34376461;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,16:0.48:33
chr15	34380216	rs377063587	TA	T	280.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.552;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FS=4.118;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.26;ReadPosRankSum=1.067;SOR=1.041;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:167,55:0.25:222
chr15	34435255	rs74482733	T	C	1339.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.36;SOR=0.729;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr15	34437854	rs146687820	TA	T	625.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=4;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=2;NR=6;PP=176;SC=GGAGAGAAATTAAAAAAAAAT;SOR=1.473;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=9;TCF=2;TCR=7;TR=8;WE=34437871;WS=34437844;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr15	34437863	rs4780222	A	G	634.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=4;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=6;PP=197;SC=TTAAAAAAAAATCAAATAACT;SOR=1.473;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=10;TCF=4;TCR=6;TR=10;WE=34437871;WS=34437844;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr15	34439170	rs16958836	A	T	12501.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=0.627;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=486;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=107;NR=163;PP=2965;ReadPosRankSum=0.928;SC=CTTTTAAAAAATTGTTACCTT;SOR=0.958;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=271;TCF=108;TCR=163;TR=270;WE=34439178;WS=34439160;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,481:1.00:483
chr15	34441102	rs6495551	C	T	972.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=9;NR=26;PP=711;SC=CAGTTGACCACAGTAAACAAA;SOR=2.115;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=35;TCF=9;TCR=26;TR=35;WE=34441110;WS=34441092;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr15	34520887	rs71119951	CT	C	133.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.561;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.25;MQRankSum=0.567;QD=8.36;ReadPosRankSum=0.240;SOR=1.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,14:0.88:16
chr15	34521253	rs7167503	A	T	898.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.68;SOR=1.002;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr15	34528948	rs4577050	G	A	6289.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=239;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=75;NR=73;PP=2755;SC=GCATGTGCCGGAGCATCTGGG;SOR=0.702;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=148;TCF=75;TCR=73;TR=148;WE=34528956;WS=34528938;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,237:1.00:237
chr15	34529488	rs35994446	G	GT	284.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.284;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.56;ReadPosRankSum=1.063;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,16:0.76:21
chr15	34537435	rs4371122	C	T	1823.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=34;NR=20;PP=962;SC=AATAAACATGCATTATTTATC;SOR=1.244;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=54;TCF=34;TCR=20;TR=54;WE=34537443;WS=34537425;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr15	34537940	.	C	T	1121.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.269;ClippingRankSum=0.000;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.442;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=11;PP=535;ReadPosRankSum=-0.116;SC=TTGTAGCAGCCTCGGTGCACC;SOR=1.453;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=83;TCF=50;TCR=33;TR=37;WE=34537948;WS=34537930;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,57:0.42:135
chr15	34542606	rs17236791	T	C	3567.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=35;NR=59;PP=2016;SC=TAACATGAGATAGAAAGTAGA;SOR=1.196;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=94;TCF=35;TCR=59;TR=94;WE=34542614;WS=34542596;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,129:1.00:129
chr15	34543055	rs10851964	G	A	2348.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=50;NR=26;PP=1731;SC=AAATCACTCCGTGGGTCTGAC;SOR=1.497;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=76;TCF=50;TCR=26;TR=76;WE=34543063;WS=34543045;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr15	34543298	rs11382535	G	GA	2342.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.652;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=1.081;HP=10;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=57;PP=723;ReadPosRankSum=-0.543;SC=GCAGCAGTATGAAAAAAAAAA;SOR=0.500;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=82;TCF=5;TCR=77;TR=62;WE=34543306;WS=34543288;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:15,119:0.89:134
chr15	34547757	rs11421665	G	GA	406.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=1;NR=11;PP=447;SC=AGTAAAAGGTGAAAGTGTTAT;SOR=3.126;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=13;TCF=1;TCR=12;TR=12;WE=34547765;WS=34547747;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr15	34640054	rs150911418	AAAAAAT	A	2222.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=27;NR=6;PP=1611;SC=ACTCCATCTCAAAAAATAAAA;SOR=3.830;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=42;TCF=34;TCR=8;TR=33;WE=34640067;WS=34640044;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr15	34640218	rs374230	C	T	26244.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=996;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=377;NR=238;PP=2965;SC=AGTGCCGCCCCGTCTCCATCC;SOR=1.063;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=621;TCF=380;TCR=241;TR=615;WE=34640226;WS=34640208;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,977:1.00:977
chr15	34640378	rs430083	T	C	23022.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=892;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=238;NR=363;PP=2965;SC=TGACAGGGGATGGGGGCCCTT;SOR=1.015;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=605;TCF=239;TCR=366;TR=601;WE=34640386;WS=34640368;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,875:1.00:875
chr15	34640959	rs371061	G	A	1120.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=10;NR=27;PP=717;SC=AGTTTAGGCTGTTTAGGACTA;SOR=1.900;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=37;TCF=10;TCR=27;TR=37;WE=34640967;WS=34640949;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr15	34643103	rs347796	A	G	4197.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=34;NR=51;PP=1849;SC=CCGCAGAGAGACTTGTGTGGG;SOR=0.952;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=85;TCF=34;TCR=51;TR=85;WE=34643111;WS=34643093;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,154:1.00:154
chr15	34646769	rs61737334	G	A	2201.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.498;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=248;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=40;PP=978;ReadPosRankSum=-1.447;SC=GAAGGAGTATGTTGACATCAT;SOR=0.697;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=152;TCF=74;TCR=78;TR=78;WE=34646777;WS=34646759;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:130,116:0.47:246
chr15	34647875	rs114366417	T	G	2139.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.034;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.623;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=28;PP=987;ReadPosRankSum=0.263;SC=AAAGGTTTCTTCTTCAGGAAA;SOR=0.510;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=116;TCF=64;TCR=52;TR=58;WE=34647883;WS=34647865;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,99:0.56:178
chr15	34647972	rs78773193	C	T	2273.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.264;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.490;HP=4;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=34;PP=1237;ReadPosRankSum=0.087;SC=CTGCCATCCCCCAGCAGCTGG;SOR=0.837;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=144;TCF=74;TCR=70;TR=76;WE=34647980;WS=34647962;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,104:0.54:191
chr15	34651752	rs71464862	C	T	111.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=1.817;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=0;PP=24;ReadPosRankSum=-0.000;SC=TGATGGTGCCCCAAGTGCCCG;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=8;TCR=1;TR=3;WE=34651760;WS=34651742;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,5:0.45:11
chr15	34651983	rs34997758	T	C	351.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.564;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=7;PP=134;ReadPosRankSum=0.000;SC=AGTTCTCTCCTCATGCCATGG;SOR=0.693;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=31;TCF=13;TCR=18;TR=12;WE=34651991;WS=34651973;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,19:0.42:45
chr15	34653914	rs35483472	T	C	471.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.874;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=11.235;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.51;ReadPosRankSum=1.532;SOR=0.074;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,22:0.54:41
chr15	34654339	rs10626628	T	TTCTC,TTCTCTC	13801.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.037;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=461;ExcessHet=3.0103;FS=1.066;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.07;MQRankSum=0.209;QD=37.50;ReadPosRankSum=0.399;SOR=0.891;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:18,196,154:0.53,0.42:368
chr15	34654718	rs2279686	C	T	1164.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=27;NR=5;PP=939;SC=CTCCACGCCCCTGTGGTTCCT;SOR=3.026;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=32;TCF=27;TCR=5;TR=32;WE=34654726;WS=34654708;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr15	34655092	rs2339434	T	C	2217.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=19;NR=39;PP=928;SC=GCTCCTTCCCTGGCTCCCACA;SOR=1.286;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=60;TCF=20;TCR=40;TR=58;WE=34655100;WS=34655082;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr15	34657589	rs4984237	A	G	371.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=3;PP=212;SC=ATCAGGGCACATTACTTAGAG;SOR=2.303;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=8;TCR=3;TR=11;WE=34657597;WS=34657579;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr15	34781272	rs3812939	A	T	2930.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.054;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=346;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-1.608;NF=50;NR=54;PP=1481;ReadPosRankSum=-0.493;SC=GTTTTTCATCAGGTAATGGTT;SOR=0.696;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=234;TCF=114;TCR=120;TR=104;WE=34781280;WS=34781262;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:193,149:0.44:342
chr15	34781807	rs8033870	T	A	1042.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.019;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.50;MQRankSum=-3.830;QD=14.09;ReadPosRankSum=-0.948;SOR=0.670;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:44,30:0.41:74
chr15	34781815	rs8028789	C	T	1045.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.588;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FS=2.151;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.43;MQRankSum=-4.004;QD=14.94;ReadPosRankSum=-0.978;SOR=0.407;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:43,27:0.39:70
chr15	34782508	rs12593353	A	C	1902.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=1.429;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.793;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQ=59.96;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=28;PP=1058;ReadPosRankSum=0.579;SC=TGCGTAGCTCACGGCGTTGCA;SOR=0.438;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=122;TCF=71;TCR=51;TR=60;WE=34782516;WS=34782498;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,84:0.54:156
chr15	34819940	rs141306407	G	C	34.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=36.12;QD=17.37;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr15	35045312	rs651724	T	A	4225.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.565;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=424;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.521;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=69;NR=75;PP=2286;ReadPosRankSum=0.776;SC=CTAGGAAGACTGTAGAGTAGC;SOR=0.748;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=276;TCF=133;TCR=143;TR=144;WE=35045320;WS=35045302;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:203,211:0.51:414
chr15	35046816	rs2277558	T	A	675.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.441;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.839;HP=6;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=21;PP=439;ReadPosRankSum=-0.993;SC=AGCAATTTTTTAAAAAATCCT;SOR=0.838;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=77;TCF=22;TCR=55;TR=30;WE=35046824;WS=35046806;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,40:0.40:100
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chr15	35149313	.	T	TA	89.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.795;ClippingRankSum=0.000;DP=186;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.06;MQRankSum=1.947;QD=0.69;ReadPosRankSum=-0.657;SOR=0.604;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:106,24:0.18:130
chr15	35168056	rs2290321	C	T	983.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.160;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=10;PP=620;ReadPosRankSum=2.000;SC=ATCAGCACACCCAAACTGTAC;SOR=1.270;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=29;TCF=19;TCR=10;TR=29;WE=35168064;WS=35168046;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,37:0.95:39
chr15	35168262	.	TCATAAA	T	627.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.019;ClippingRankSum=0.000;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.480;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=1.029;NF=0;NR=10;PP=436;ReadPosRankSum=-0.628;SC=ACAACTACCATCATAAACATA;SOR=1.071;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=0;TCR=22;TR=10;WE=35168275;WS=35168252;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,18:0.51:35
chr15	35185812	rs6495722	A	G	496.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.783;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-1.119;NF=34;NR=3;PP=802;ReadPosRankSum=-0.043;SC=ATGCGTGCACACACACACACA;SOR=0.820;SbPval=0.98;Source=Platypus;TC=65;TCF=51;TCR=14;TR=37;WE=35185831;WS=35185798;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,27:0.57:47
chr15	35185814	rs370012565	A	G	49.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.706;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.16;MQRankSum=0.000;QD=0.89;ReadPosRankSum=0.011;SOR=0.760;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:47,9:0.16:56
chr15	35196492	rs12898639	C	T	200.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=0;PP=161;SC=ATAAAAGTTACTTAAATTATG;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=7;TCR=0;TR=7;WE=35196500;WS=35196482;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr15	35207397	rs2044920	C	G	1662.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=3;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=5;NR=52;PP=1541;SC=AGGAAAAAAACATCCATATTT;SOR=4.332;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=59;TCF=6;TCR=53;TR=57;WE=35207418;WS=35207387;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr15	35230924	rs12594085	A	G	2064.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=23;NR=13;PP=733;SC=TGCACTGAGTAAAAAAGAAGA;SOR=0.941;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=36;TCF=23;TCR=13;TR=36;WE=35230942;WS=35230914;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr15	35230934	rs10701045	A	ATAGT	3607.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=14;NR=14;PP=1738;SC=AAAAAAGAAGATACCAGAAAG;SOR=0.995;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=29;TCF=14;TCR=15;TR=28;WE=35230942;WS=35230914;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr15	35245178	rs73375055	T	C	638.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.652;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=10;PP=255;ReadPosRankSum=1.488;SC=CGTTTCAGAGTTATTAACACA;SOR=0.668;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=36;TCF=16;TCR=20;TR=18;WE=35245186;WS=35245168;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,32:0.55:58
chr15	35252767	rs11636350	G	A	1924.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=47;NR=14;PP=1387;SC=AACCCTATGGGATTTGATACC;SOR=2.200;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=61;TCF=47;TCR=14;TR=61;WE=35252775;WS=35252757;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr15	35256624	rs9920529	C	G	2268.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=24;NR=35;PP=1144;SC=TATCTGAAGGCACTACACAGG;SOR=1.101;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=60;TCF=24;TCR=36;TR=59;WE=35256632;WS=35256614;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr15	35261649	rs7164169	A	G	21387.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=-0.396;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=814;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=267;NR=194;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.684;SC=CCTCCTCCGGACTCCTAAATC;SOR=0.647;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=465;TCF=268;TCR=197;TR=461;WE=35261670;WS=35261639;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,807:1.00:810
chr15	35261952	rs7164070	C	T	837.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=23;PP=621;SC=ATATCCTCAGCCTTCAGAGTC;SOR=3.334;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=26;TCF=3;TCR=23;TR=26;WE=35261960;WS=35261942;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr15	35664406	rs141638132	TA	T	162.74	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=1.417;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.9995;FS=2.869;HP=10;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=1;PP=101;ReadPosRankSum=1.518;SC=TGAGGACACCTAAAAAAAAAA;SOR=1.942;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=10;TCF=8;TCR=2;TR=8;WE=35664414;WS=35664396;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,12:0.80:15
chr15	35674184	rs80019930	T	G	863.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=18;PP=501;SC=TGCTCTCTTATCTGGTACTAA;SOR=1.473;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=27;TCF=9;TCR=18;TR=27;WE=35674192;WS=35674174;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr15	35703269	rs16960864	G	C	760.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=19;PP=419;SC=TATTCCCCTTGGGTAACTGGT;SOR=1.765;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=27;TCF=8;TCR=19;TR=26;WE=35703277;WS=35703259;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr15	36218922	rs6495804	T	A	691.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=46.12;SOR=1.112;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr15	36218926	rs62005169	T	A	736.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.34;SOR=0.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr15	36218930	rs1532477	T	A	916.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.66;SOR=1.230;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr15	36218934	rs1532476	T	A	916.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.66;SOR=1.230;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr15	36219181	rs145934061	AAAG	A	182.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.088;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=3.976;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.94;ReadPosRankSum=1.293;SOR=0.683;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,14:0.61:23
chr15	36937405	rs11073191	G	T	3161.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.35;SOR=0.910;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr15	36937606	rs11073192	A	C	389.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=4;NR=10;PP=248;SC=TGTTTTAAGTATTTTATTCAA;SOR=1.765;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=4;TCR=10;TR=14;WE=36937614;WS=36937596;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr15	36946153	rs10220771	G	A	6075.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=103;NR=45;PP=2965;SC=TTTCCCTTCAGTGCTTTCCTA;SOR=1.315;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=148;TCF=103;TCR=45;TR=148;WE=36946161;WS=36946143;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,226:1.00:226
chr15	36946303	rs3784678	C	G	9195.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-2.278;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=366;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=100;NR=130;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.577;SC=GTCTAGGTACCTGAATGGAGT;SOR=0.322;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=233;TCF=101;TCR=132;TR=230;WE=36946311;WS=36946293;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,353:1.00:354
chr15	36946441	rs10220785	C	T	1307.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=3;NR=34;PP=921;SC=ACAATTATAACTACCTTTGGA;SOR=3.467;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=37;TCF=3;TCR=34;TR=37;WE=36946449;WS=36946431;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
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chr15	36983962	rs7183415	T	C	5437.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.178;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=547;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.522;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=70;NR=90;PP=2431;ReadPosRankSum=1.248;SC=ATCAGGTCTATCAGGTATTAA;SOR=0.776;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=328;TCF=147;TCR=181;TR=160;WE=36983970;WS=36983952;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:268,271:0.50:539
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chr15	37026565	rs1037439	A	G	724.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.447;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.894;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.948;NF=8;NR=10;PP=279;ReadPosRankSum=1.247;SC=TTCCAGAGGTACTTTATTCCT;SOR=0.745;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=40;TCF=21;TCR=19;TR=18;WE=37026573;WS=37026555;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,37:0.49:76
chr15	37026600	rs3045912	AT	A,ATT	1248.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.530;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.19;MQRankSum=0.316;QD=25.48;ReadPosRankSum=-0.127;SOR=0.312;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:1,22,26:0.45,0.53:49
chr15	37026612	rs2078369	A	T	1023.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.292;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=1.065;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.20;MQRankSum=0.983;QD=19.32;ReadPosRankSum=1.525;SOR=0.481;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,28:0.53:53
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chr15	37110648	.	C	T	603.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.293;ClippingRankSum=0.000;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=12;PP=265;ReadPosRankSum=-0.763;SC=CGGCTCCGGCCCAGAGGGACC;SOR=0.710;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=49;TCF=18;TCR=31;TR=18;WE=37110656;WS=37110627;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,30:0.45:67
chr15	37173119	rs67033548	A	AT	4701.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.860;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=48;PP=2667;ReadPosRankSum=-0.223;SC=GTTTGCATTGATTTTTTGTGG;SOR=1.141;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=94;TCF=38;TCR=56;TR=81;WE=37173127;WS=37173109;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,180:0.99:182
chr15	37173147	rs12909623	T	G	6134.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.768;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=86;NR=68;PP=2917;ReadPosRankSum=0.285;SC=AAATTTGCGGTGTTTCAGGAA;SOR=0.870;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=156;TCF=87;TCR=69;TR=154;WE=37173155;WS=37173137;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,231:0.99:233
chr15	37173267	rs12903788	G	A	8322.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=320;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=79;NR=103;PP=2965;SC=ACCCAACTCAGGACTCTAAAG;SOR=0.835;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=182;TCF=79;TCR=103;TR=182;WE=37173275;WS=37173257;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,315:1.00:315
chr15	37173945	rs4451907	A	G	544.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=2;NR=11;PP=268;SC=TGTTGCCACAATAAAGGGATG;SOR=2.093;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=2;TCR=11;TR=13;WE=37173953;WS=37173935;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr15	37187197	rs61146116	A	AT	595.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=11;NR=10;PP=677;SC=TCAAAGAGGAATTTTTTCCCC;SOR=0.859;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=22;TCF=11;TCR=11;TR=21;WE=37187205;WS=37187187;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr15	37242440	rs11293336	GA	G	1667.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.352;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FS=7.058;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.22;MQRankSum=0.802;QD=12.17;ReadPosRankSum=0.656;SOR=0.207;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,116:0.85:137
chr15	37375938	rs77652060	C	T	1035.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.211;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=15;PP=483;ReadPosRankSum=-2.615;SC=TTAGTCATGCCTACTTTGCAC;SOR=0.655;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=83;TCF=49;TCR=34;TR=35;WE=37375946;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:94,57:0.38:151
chr15	37387971	rs3751544	C	T	587.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-1.873;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.957;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=15;PP=301;ReadPosRankSum=-0.499;SC=TAGTGGAGTCCCTGAAGAAGA;SOR=0.492;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=54;TCF=17;TCR=37;TR=23;WE=37387979;WS=37387961;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,31:0.44:70
chr15	37390440	rs75232629	A	C	1148.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.147;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.545;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=25;PP=448;ReadPosRankSum=0.906;SC=GCAGGAGGTGAGGGAGAACAG;SOR=0.877;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=81;TCF=34;TCR=47;TR=42;WE=37390448;WS=37390430;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,57:0.53:107
chr15	38230565	rs59125264	TG	T	2556.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=35;PP=1547;SC=CTTGAACCACTGGAGTGCTGA;SOR=1.329;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=2;TCR=38;TR=37;WE=38230573;WS=38230555;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr15	38233223	rs1021796	T	C	388.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-3.923;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=0;PP=340;ReadPosRankSum=-0.722;SC=TTAATTCCTCTATCAGGAGAC;SOR=0.836;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=27;TCF=27;TCR=0;TR=16;WE=38233231;WS=38233213;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,15:0.54:28
chr15	38233869	rs2937991	T	C	5966.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.038;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=224;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.893;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=90;NR=55;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.143;SC=TTTGATTTCCTAGGTAATGAA;SOR=0.870;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=146;TCF=90;TCR=56;TR=145;WE=38233877;WS=38233859;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,222:1.00:223
chr15	38258772	rs2959336	A	C	4963.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.360;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=79;NR=34;PP=2440;ReadPosRankSum=1.798;SC=AGGCTACAGCAAGAAACCTCA;SOR=0.884;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=114;TCF=80;TCR=34;TR=113;WE=38258780;WS=38258762;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,182:0.98:185
chr15	38590722	rs8040553	T	G	1851.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=33;NR=17;PP=1008;SC=TAAAAAAAATTAACTTCTGGT;SOR=1.318;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=51;TCF=34;TCR=17;TR=50;WE=38590730;WS=38590712;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr15	38590771	rs8036280	A	G	2392.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.73;SOR=1.061;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr15	38590854	rs8034630	G	A	3251.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=30;NR=42;PP=1450;SC=AAGGATTTTTGAAGTGATGAA;SOR=0.906;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=72;TCF=30;TCR=42;TR=72;WE=38590862;WS=38590844;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr15	38614525	rs7182445	G	A	4884.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=60;NR=66;PP=2494;SC=TTGATGACAAGAAGTTTGGTC;SOR=0.748;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=127;TCF=60;TCR=67;TR=126;WE=38614533;WS=38614515;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,185:1.00:185
chr15	38616815	rs1879939	G	A	70.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=0;PP=49;SC=AGGGGCAAATGCAAGTGGCCA;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=3;TCR=0;TR=3;WE=38616823;WS=38616805;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr15	38617113	rs1879938	C	T	860.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.04;SOR=1.127;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr15	38617113	.	CTC	TTG	497	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;FR=1.0000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MMLQ=26;MQ=60.0;NF=6;NR=8;PP=497;QD=39.3191339187;SC=TTCTAAGACACTCTATTTGTC;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=14;TCF=6;TCR=8;TR=14;WE=38617123;WS=38617103;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr15	38617115	rs1879937	C	G	860.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.04;SOR=1.127;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr15	38631840	rs7163339	T	C	2538.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-0.902;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=17;PP=1736;ReadPosRankSum=0.682;SC=TATATACTTATTGACTTGCTA;SOR=1.179;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=79;TCF=62;TCR=17;TR=78;WE=38631848;WS=38631830;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,90:0.99:91
chr15	38631920	rs7179118	G	A	2231.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.237;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=258;ExcessHet=3.0103;FS=0.974;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.68;ReadPosRankSum=-0.487;SOR=0.771;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:145,112:0.44:257
chr15	38631930	rs7180446	C	A	9067.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.830;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=269;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=33.83;ReadPosRankSum=-0.993;SOR=1.000;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,266:0.99:268
chr15	38632148	rs7181472	A	G	2019.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=13;NR=42;PP=1255;SC=GTAGAAATTGAATGATGTCAT;SOR=1.965;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=55;TCF=13;TCR=42;TR=55;WE=38632156;WS=38632138;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr15	38641773	rs61670754	G	GTT	3680.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.30;SOR=1.967;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr15	38641774	.	A	T	1042	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;FR=1.0000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MMLQ=27;MQ=59.73;NF=7;NR=36;PP=1042;QD=25.0411909895;SC=TAATTAATAGATAGGTAAAGT;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=46;TCF=7;TCR=39;TR=43;WE=38641785;WS=38641764;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:3,43:0.93:46
chr15	38641774	rs34352434	A	AAAT	3681.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=46.02;SOR=2.133;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr15	38641776	.	A	AAATTAGT	2554	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;FR=1.0000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MMLQ=28;MQ=59.67;NF=0;NR=35;PP=2554;QD=20;SC=ATTAATAGATAGGTAAAGTTT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=36;TCF=0;TCR=36;TR=35;WE=38641785;WS=38641764;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:1,35:0.97:36
chr15	38641777	.	G	A	1037	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;FR=1.0000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MMLQ=26;MQ=59.7;NF=5;NR=34;PP=1037;QD=27.4813131422;SC=TTAATAGATAGGTAAAGTTTT;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=42;TCF=5;TCR=37;TR=39;WE=38641785;WS=38641764;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:3,39:0.93:42
chr15	38641777	rs59928364	G	GTA	3337.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.72;SOR=2.400;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr15	38643574	rs3751526	T	C	10242.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=375;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=136;NR=102;PP=2965;SC=AAGAAAATGTTAGGGGAAAAT;SOR=0.863;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=238;TCF=136;TCR=102;TR=238;WE=38643582;WS=38643564;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,367:1.00:367
chr15	38794566	rs12324402	A	G	5345.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.784;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=511;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.519;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=88;NR=78;PP=2432;ReadPosRankSum=-1.315;SC=CAATCTTTTCAAATTCTTCCT;SOR=0.654;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=300;TCF=162;TCR=138;TR=166;WE=38794574;WS=38794556;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:242,266:0.52:508
chr15	38804020	rs11413668	T	TA	607.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=0.152;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=14;PP=488;ReadPosRankSum=-1.070;SC=GAGTCTCCCTTACGCTGGTTA;SOR=0.859;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=30;TCF=1;TCR=29;TR=14;WE=38804028;WS=38804010;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,21:0.49:43
chr15	38990769	rs7172816	T	C	377.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-2.232;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.037;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=18;PP=267;ReadPosRankSum=0.785;SC=GTTACAGGGATGTCAAACTAG;SOR=1.609;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=45;TCF=2;TCR=43;TR=19;WE=38990777;WS=38990759;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,20:0.37:54
chr15	38990803	rs12595568	T	G	226.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=3.928;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=9;PP=180;ReadPosRankSum=0.136;SC=GTGTGGTGTGTAAGATGTTGG;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=1;TCR=17;TR=9;WE=38990811;WS=38990793;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,9:0.47:19
chr15	39544512	rs11853050	C	T	3482.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=2.772;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=371;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.779;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=68;NR=43;PP=1706;ReadPosRankSum=-0.007;SC=CATCACATGACGGAGCTCCCT;SOR=0.852;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=228;TCF=135;TCR=93;TR=111;WE=39544520;WS=39544502;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:198,170:0.46:368
chr15	39876062	rs3830465	C	CAT	4351.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=48;NR=39;PP=2977;SC=CGTATACACACGTGCGCATAC;SOR=0.914;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=94;TCF=49;TCR=45;TR=87;WE=39876070;WS=39876052;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr15	39879517	rs2664141	C	T	8834.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=343;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.98;SOR=1.142;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,340:1.00:340
chr15	39880277	rs35275624	G	A	3148.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.008;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=307;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.795;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=40;PP=1299;ReadPosRankSum=-0.623;SC=ACTGGTCCCCGTGGTCATCTT;SOR=0.505;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=186;TCF=107;TCR=79;TR=86;WE=39880285;WS=39880267;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:146,155:0.51:301
chr15	39880818	rs41338344	C	T	1474.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.310;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.776;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=19;PP=631;ReadPosRankSum=-0.445;SC=TCTGCAACAACCCCACACCCC;SOR=0.836;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=83;TCF=42;TCR=41;TR=44;WE=39880826;WS=39880808;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,74:0.48:153
chr15	39882178	rs2228262	A	G	2105.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.211;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.208;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=47;PP=1104;ReadPosRankSum=1.200;SC=GGCTGGCCCAATGAGAACCTG;SOR=0.805;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=121;TCF=39;TCR=82;TR=69;WE=39882186;WS=39882168;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,98:0.55:177
chr15	39884667	rs45461294	G	A	2553.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=69;NR=14;PP=1833;SC=CCCACTGGCTGTATCAAACAA;SOR=2.859;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=85;TCF=70;TCR=15;TR=83;WE=39884675;WS=39884657;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr15	39885301	rs2228263	T	C	9178.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.733;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=354;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=97;NR=119;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.839;SC=GTGAGACCGATTTCCGCCGAT;SOR=0.848;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=216;TCF=97;TCR=119;TR=216;WE=39885309;WS=39885291;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,345:0.99:347
chr15	39885533	rs17632916	A	G	4576.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=81;NR=52;PP=2965;SC=GAGGATGTCTAGGAACATGAT;SOR=1.079;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=135;TCF=82;TCR=53;TR=133;WE=39885541;WS=39885523;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,156:1.00:156
chr15	39887493	rs146948724	A	AACTGAT	1481.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=22;NR=2;PP=1592;SC=TTAACTTATTAACTAAGATGT;SOR=3.675;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=28;TCF=25;TCR=3;TR=24;WE=39887501;WS=39887483;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr15	39887649	rs1051442	C	T	8499.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.960;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=335;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.104;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=89;NR=96;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.447;SC=CTTGAGAAAACCCCCAGGATC;SOR=0.301;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=186;TCF=90;TCR=96;TR=185;WE=39887657;WS=39887639;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,328:1.00:329
chr15	39888246	rs41315060	C	T	2578.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=8;NR=63;PP=1817;SC=TGATCCCCACCCTTACTCATC;SOR=3.312;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=71;TCF=8;TCR=63;TR=71;WE=39888254;WS=39888236;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr15	39894495	rs4415979	C	T	3426.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=0.559;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=30;PP=1050;ReadPosRankSum=-0.620;SC=CAGGAATGCCCATAGCCAGGA;SOR=0.708;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=64;TCF=32;TCR=32;TR=61;WE=39894503;WS=39894485;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,135:0.99:137
chr15	39910431	rs10152640	A	G	1015.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=27;PP=710;SC=TCAGAGAGACATGATGTGGAC;SOR=2.649;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=32;TCF=5;TCR=27;TR=32;WE=39910439;WS=39910421;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr15	40005772	rs937961	C	T	2397.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.266;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=292;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.897;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=1.573;NF=32;NR=37;PP=838;ReadPosRankSum=-1.426;SC=TTCACCATCACGGTCAGGTTT;SOR=0.752;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=178;TCF=84;TCR=94;TR=69;WE=40005780;WS=40005762;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:158,129:0.45:287
chr15	40005793	rs372148357	GA	G	1018.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.709;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=239;ExcessHet=3.0103;FS=1.179;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.09;MQRankSum=1.192;QD=4.83;ReadPosRankSum=-0.195;SOR=0.825;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:126,85:0.40:211
chr15	40005920	rs937962	C	T	272.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=2.337;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=10;PP=177;ReadPosRankSum=0.305;SC=ATATGTATAACGCTTTAAAGT;SOR=0.551;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=36;TCF=7;TCR=29;TR=13;WE=40005928;WS=40005910;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,14:0.36:39
chr15	40019053	rs148196533	A	AAC	373.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.403;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.24;MQRankSum=1.185;QD=9.84;ReadPosRankSum=1.408;SOR=0.821;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,15:0.39:38
chr15	40030417	rs76708045	A	C	2462.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.447;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.516;HP=2;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=51;PP=1366;ReadPosRankSum=-1.372;SC=AGAATTTATTAATGGAAAATA;SOR=0.652;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=144;TCF=48;TCR=96;TR=76;WE=40030425;WS=40030407;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:95,112:0.54:207
chr15	40030440	rs1906163	G	A	3901.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=27;NR=80;PP=2490;SC=ATATACTCAAGGAAATTCACA;SOR=1.592;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=107;TCF=27;TCR=80;TR=107;WE=40030448;WS=40030430;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,138:1.00:138
chr15	40030509	rs16969773	T	C	1357.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=38;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=33;PP=1041;SC=CAAAGAAAAGTTGCAAGATTA;SOR=3.365;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=37;TCF=4;TCR=33;TR=37;WE=40030517;WS=40030499;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr15	40031715	rs8033687	C	T	727.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=20;NR=0;PP=555;SC=AGTACTGGTTCATAAAAGTTT;SOR=6.273;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=20;TCR=0;TR=20;WE=40031723;WS=40031705;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr15	40062825	rs1565560	C	A,T	2848.77	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;QD=27.39;SOR=1.774;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:0,16,88:0.15,0.85:104
chr15	40062838	rs7179838	G	A	2818.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=21;NR=68;PP=1927;SC=AAAAAAAACAGTTTCCGAAAA;SOR=1.935;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=89;TCF=21;TCR=68;TR=89;WE=40062846;WS=40062811;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr15	40062855	rs1565561	C	T	1960.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=59;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=51;PP=1535;SC=AAAATACTGTCTTTTTTTAAA;SOR=2.049;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=66;TCF=15;TCR=51;TR=66;WE=40062863;WS=40062845;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr15	40062884	rs7180846	T	C	1112.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=62;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=4;NR=32;PP=1005;SC=TTCTAGAATATTTTGACACTA;SOR=3.442;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=37;TCF=5;TCR=32;TR=36;WE=40062892;WS=40062874;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr15	40099769	rs66490630	T	C	2561.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-0.477;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=278;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.002;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=30;PP=1027;ReadPosRankSum=1.156;SC=TAGTTATTACTTAATCCCAGG;SOR=0.583;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=146;TCF=82;TCR=64;TR=65;WE=40099777;WS=40099759;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:144,131:0.48:275
chr15	40226495	rs566792	T	C	4383.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=1.633;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=449;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=59;PP=1770;ReadPosRankSum=-0.581;SC=TGGAGGCCATTTACGGCGCGG;SOR=0.737;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=242;TCF=112;TCR=130;TR=109;WE=40226503;WS=40226485;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:235,213:0.48:448
chr15	40235550	.	C	T	110.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.099;ClippingRankSum=0.000;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.34;MQRankSum=-2.155;QD=2.13;ReadPosRankSum=-1.627;SOR=0.639;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:42,10:0.19:52
chr15	40248122	rs8030025	G	A	221.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=1.068;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.363;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=7;PP=165;ReadPosRankSum=2.139;SC=CAATATATTAGGTGTATTTTT;SOR=1.609;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=15;TCF=5;TCR=10;TR=9;WE=40248130;WS=40248112;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,9:0.64:14
chr15	40254155	rs510949	A	G	2302.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=19;NR=47;PP=1536;SC=AGTTAATCACAAAGGAATGGG;SOR=1.581;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=66;TCF=19;TCR=47;TR=66;WE=40254163;WS=40254145;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr15	40259504	rs522933	G	A	717.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.579;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=1.118;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.19;MQRankSum=0.871;QD=12.82;ReadPosRankSum=1.026;SOR=0.542;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,33:0.59:56
chr15	40259519	rs33911018	C	CT,CTT	870.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.264;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FS=6.233;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.14;MQRankSum=0.000;QD=11.77;ReadPosRankSum=-1.552;SOR=0.218;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:19,28,27:0.38,0.36:74
chr15	40265799	rs2307105	A	G	6444.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=244;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=92;NR=57;PP=2965;SC=TCAGATTCTGAAGGACAAGAT;SOR=1.040;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=151;TCF=94;TCR=57;TR=149;WE=40265807;WS=40265789;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,238:1.00:238
chr15	40269052	rs34298786	G	A	3456.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.767;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=428;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.125;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.179;NF=42;NR=64;PP=1424;ReadPosRankSum=-1.400;SC=TCCTGTAAGCGCACGGCGCGG;SOR=0.822;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=246;TCF=100;TCR=146;TR=106;WE=40269060;WS=40269042;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:247,179:0.42:426
chr15	40269102	rs149792847	A	AT	1209.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.486;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FS=1.218;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.09;MQRankSum=1.791;QD=6.20;ReadPosRankSum=0.771;SOR=0.806;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:117,78:0.40:195
chr15	40269126	rs112695691	T	TTTCC	1784.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.471;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FS=3.543;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=21.25;ReadPosRankSum=1.614;SOR=0.348;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,47:0.56:84
chr15	40270214	rs7174071	A	G	1925.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=30;NR=19;PP=928;SC=GTATTTAAAAATGTCCATGTT;SOR=1.042;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=49;TCF=30;TCR=19;TR=49;WE=40270222;WS=40270204;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr15	40282625	rs4144472	T	C	3695.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=26;NR=79;PP=2584;SC=GACTCAGATGTCTTGATAATC;SOR=1.981;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=105;TCF=26;TCR=79;TR=105;WE=40282633;WS=40282615;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr15	40284523	rs7178419	C	T	1503.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-1.843;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.411;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=39;PP=889;ReadPosRankSum=-0.559;SC=AGGTTTTATTCTACGGCAGAT;SOR=0.560;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=109;TCF=31;TCR=78;TR=56;WE=40284531;WS=40284513;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,71:0.51:140
chr15	40284802	rs11070241	C	T	259.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-0.179;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=0;PP=204;ReadPosRankSum=0.682;SC=TGTGGCCATACGTGACTTATG;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=20;TCR=0;TR=11;WE=40284810;WS=40284798;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,11:0.50:22
chr15	40285120	rs11633992	A	G	2859.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=1.924;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=6.778;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=72;PP=2088;ReadPosRankSum=0.672;SC=AGCATTTGGGATTTAGTCCCG;SOR=2.692;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=88;TCF=16;TCR=72;TR=88;WE=40285128;WS=40285110;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,99:0.99:100
chr15	40291140	rs2412457	C	T	373.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=0;NR=11;PP=265;SC=CTTAAAATGTCATTAGACTTG;SOR=3.767;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=0;TCR=11;TR=11;WE=40291148;WS=40291130;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr15	40299200	rs143968955	TTTTG	T	4171.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=35;PP=2024;SC=ACCTTTCATATTTTGTTTATT;SOR=0.999;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=41;TCF=6;TCR=35;TR=40;WE=40299211;WS=40299190;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr15	40300092	rs2279581	T	C	1542.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=43;NR=3;PP=1233;SC=CAGGTCAAATTTGTCTTTCAG;SOR=4.849;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=47;TCF=43;TCR=4;TR=46;WE=40300100;WS=40300084;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr15	40308859	rs35602605	G	T	8834.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=341;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=84;NR=102;PP=2965;SC=GAAGAAACTCGGCATCAAGTT;SOR=0.812;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=186;TCF=84;TCR=102;TR=186;WE=40308867;WS=40308849;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,337:1.00:337
chr15	40313083	rs12916520	G	T	1759.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=38;NR=13;PP=1014;SC=ACTGTAACCGGTCTGTTTCTG;SOR=1.793;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=52;TCF=38;TCR=14;TR=51;WE=40313091;WS=40313073;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr15	40314942	.	CT	C	46.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.059;ClippingRankSum=0.000;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.88;ReadPosRankSum=-2.081;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,12:0.23:53
chr15	40322552	rs2250402	G	T	3843.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=51;NR=42;PP=1853;SC=AAACTCTCTTGGTCTCAGGTT;SOR=0.871;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=93;TCF=51;TCR=42;TR=93;WE=40322560;WS=40322542;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,144:1.00:144
chr15	40324837	rs2291621	C	T	5266.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=67;NR=56;PP=2174;SC=AGCCCTTTTACAGCACAATAG;SOR=0.775;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=123;TCF=67;TCR=56;TR=123;WE=40324845;WS=40324827;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,202:1.00:202
chr15	40328575	rs7535	G	C	11899.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=445;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=134;NR=136;PP=2965;SC=GCTGTTGTTGGTGCTGTTGCT;SOR=0.716;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=272;TCF=135;TCR=137;TR=270;WE=40328583;WS=40328565;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,443:1.00:443
chr15	40329033	rs2291619	A	G	3421.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=79;NR=24;PP=2120;SC=CGGTATTAGCATTGAAATTCA;SOR=1.944;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=103;TCF=79;TCR=24;TR=103;WE=40329041;WS=40329023;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,129:1.00:129
chr15	40329613	rs72731412	T	C	1706.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=12;NR=35;PP=1260;SC=ATAGAAGATATATTTAAACTA;SOR=2.187;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=12;TCR=35;TR=47;WE=40329621;WS=40329603;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr15	40330518	rs1059395	T	G	4100.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=84;NR=40;PP=2327;SC=TCGGTAGCTCTTAACAGACAC;SOR=1.448;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=124;TCF=84;TCR=40;TR=124;WE=40330526;WS=40330508;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,155:1.00:155
chr15	40330564	rs7321	C	T	7640.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=299;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=99;NR=87;PP=2965;SC=CCACAGTACCCTTCTTTGGAA;SOR=0.772;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=186;TCF=99;TCR=87;TR=186;WE=40330572;WS=40330554;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,289:1.00:289
chr15	40330693	rs937215	C	T	5205.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=47;NR=84;PP=2604;SC=GATGACCTAACCCAGCCCCGC;SOR=1.115;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=131;TCF=47;TCR=84;TR=131;WE=40330701;WS=40330683;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,195:1.00:195
chr15	40556685	rs7162809	A	G	14729.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.659;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=570;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=159;NR=184;PP=2965;ReadPosRankSum=1.208;SC=ATTTTATAAAAACACACCCCC;SOR=0.795;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=347;TCF=162;TCR=185;TR=343;WE=40556693;WS=40556675;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,553:1.00:555
chr15	40556713	rs12902461	T	C	13511.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.753;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=512;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=143;NR=192;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.917;SC=GCCTGCTCCATAGGGGACTTG;SOR=0.917;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=337;TCF=144;TCR=193;TR=335;WE=40556721;WS=40556703;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,501:1.00:503
chr15	40558744	rs748556	G	A	6090.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=2.049;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.029;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=113;PP=2965;ReadPosRankSum=0.733;SC=AGTGGGTGTAGGGACACAGGC;SOR=0.964;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=182;TCF=68;TCR=114;TR=178;WE=40558752;WS=40558734;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,219:1.00:220
chr15	40565055	rs2253603	G	A	13025.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.696;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=510;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=165;NR=155;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.704;SC=TCAGGCCCCCGCCTGCCCCCA;SOR=0.722;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=320;TCF=165;TCR=155;TR=320;WE=40565063;WS=40565045;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,497:1.00:499
chr15	40573716	rs4924446	A	G	2803.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=39;NR=25;PP=1304;SC=ACCGAGACAGACAGAGCGTTG;SOR=1.125;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=64;TCF=39;TCR=25;TR=64;WE=40573724;WS=40573706;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr15	40582128	.	AAGAGAGAGAGAGAGAG	A,AAG	4945.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=207;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.16;QD=38.94;SOR=1.544;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:0,67,60:0.53,0.47:127
chr15	40582165	rs62021886	A	T	1696.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.720;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=252;ExcessHet=3.0103;FS=10.858;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.13;MQRankSum=1.823;QD=10.04;ReadPosRankSum=3.894;SOR=1.405;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:88,81:0.48:169
chr15	40582167	rs62021887	A	T	4079.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.763;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=258;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.13;MQRankSum=0.831;QD=27.38;ReadPosRankSum=4.518;SOR=0.759;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,122:0.82:149
chr15	40582169	rs8036867	A	T	9870.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.219;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=260;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.12;MQRankSum=0.446;QD=40.62;ReadPosRankSum=3.700;SOR=0.610;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:8,235:0.97:243
chr15	40582713	rs34370826	TAG	T	2102.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=23;NR=9;PP=1485;SC=GATCCATTTGTAGAGAGGCCC;SOR=2.124;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=38;TCF=28;TCR=10;TR=32;WE=40582722;WS=40582703;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr15	40583093	rs2412506	A	G	2354.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=37;NR=13;PP=1510;SC=CAGAGGGAGTACGGGGGGCGG;SOR=2.073;SbPval=0.99;Source=Platypus;TC=71;TCF=37;TCR=34;TR=50;WE=40583101;WS=40583083;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr15	40583458	rs936209	A	G	8550.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=317;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=73;NR=96;PP=2965;SC=CACCGCCACGAGCCTTACCTC;SOR=0.865;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=169;TCF=73;TCR=96;TR=169;WE=40583466;WS=40583448;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,313:1.00:313
chr15	40583876	rs9972418	T	G	12351.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=460;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=136;NR=175;PP=2965;SC=GGCTGGGCTGTCAGGTGCTCT;SOR=0.892;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=311;TCF=136;TCR=175;TR=311;WE=40583884;WS=40583866;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,449:1.00:449
chr15	40593939	rs2305647	C	T	2779.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=15;NR=69;PP=1941;SC=GTAGGGGATACAGACAAACCT;SOR=2.858;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=84;TCF=15;TCR=69;TR=84;WE=40593947;WS=40593929;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr15	40595414	rs1869902	G	C	3954.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=73;NR=37;PP=2178;SC=CTTCCCACCCGCACAGGGACC;SOR=1.373;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=110;TCF=73;TCR=37;TR=110;WE=40595422;WS=40595404;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,142:1.00:142
chr15	40595627	rs1869901	G	A	3421.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=31;NR=58;PP=1979;SC=GGTCAAGAATGAGCAATAGGG;SOR=1.285;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=89;TCF=31;TCR=58;TR=89;WE=40595635;WS=40595617;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr15	40627845	rs55641696	G	A	3115.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.179;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=299;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=77;NR=31;PP=1767;ReadPosRankSum=-1.866;SC=GCTCCATCCCGCTCTGCTTCT;SOR=0.685;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=222;TCF=159;TCR=63;TR=108;WE=40627853;WS=40627835;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:154,141:0.48:295
chr15	40630913	rs72733403	C	T	5886.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.120;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=550;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=115;NR=81;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.031;SC=GAAGAGGCTGCCTGCCGATGC;SOR=0.674;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=396;TCF=233;TCR=163;TR=196;WE=40630921;WS=40630903;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:268,272:0.50:540
chr15	40632302	rs12440659	G	C	4840.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.349;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=488;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.524;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=86;PP=2407;ReadPosRankSum=-0.552;SC=ACCCAAGGAAGAGATCCCAGA;SOR=0.771;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=322;TCF=139;TCR=183;TR=146;WE=40632310;WS=40632292;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:247,235:0.49:482
chr15	40645311	rs71920686	GGT	G	110.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.831;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=1.623;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.43;ReadPosRankSum=-1.470;SOR=0.732;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,9:0.36:25
chr15	40645347	.	T	TGC	449.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=0.096;ClippingRankSum=0.000;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.495;HP=2;HapScore=4;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=10;PP=367;ReadPosRankSum=2.157;SC=TGTGTGTGTGTGCGCGCGCGC;SOR=0.250;SbPval=0.95;Source=Platypus;TC=41;TCF=15;TCR=26;TR=12;WE=40645355;WS=40645337;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,20:0.48:42
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chr15	40648372	rs12900982	T	C	3174.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.087;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=239;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=12.788;HP=2;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-1.432;NF=10;NR=74;PP=1613;ReadPosRankSum=-4.805;SC=CCCACCATGGTCCAGGGCCCT;SOR=1.616;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=226;TCF=67;TCR=159;TR=84;WE=40648380;WS=40648362;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:103,100:0.49:203
chr15	40648396	rs371153968	T	C	2168.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=4.722;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=329;ExcessHet=3.0103;FS=12.814;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.76;MQRankSum=-0.203;QD=7.92;ReadPosRankSum=-4.704;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:152,122:0.45:274
chr15	40648397	rs374256648	G	C	2178.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=2.691;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=324;ExcessHet=3.0103;FS=12.988;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.76;MQRankSum=-0.245;QD=8.10;ReadPosRankSum=-4.721;SOR=1.348;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:152,117:0.43:269
chr15	40648398	.	G	A	2165.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-4.452;ClippingRankSum=0.000;DP=319;ExcessHet=3.0103;FS=16.470;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.75;MQRankSum=-0.339;QD=8.27;ReadPosRankSum=-4.075;SOR=1.503;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:154,108:0.41:262
chr15	40648405	rs9707826	C	T	1788.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.750;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=251;ExcessHet=3.0103;FS=48.093;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.69;MQRankSum=-1.018;QD=9.27;ReadPosRankSum=0.178;SOR=3.651;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:141,52:0.27:193
chr15	40648610	rs62017981	C	T	2204.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-3.506;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.070;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=49;PP=1082;ReadPosRankSum=-0.720;SC=AAACAGCCTCCTAGAGGCCAC;SOR=0.435;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=141;TCF=37;TCR=104;TR=70;WE=40648618;WS=40648600;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:107,106:0.50:213
chr15	40650445	.	T	TGCCGCCGCCACC	824.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.270;ClippingRankSum=0.000;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.649;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-1.583;NF=6;NR=7;PP=436;ReadPosRankSum=-1.806;SC=CCGCCGCCGCTGCCGCCGCCA;SOR=1.459;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=23;TCF=10;TCR=13;TR=13;WE=40650457;WS=40650435;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,18:0.44:41
chr15	40650449	.	G	GCCGCCA	651.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.407;ClippingRankSum=0.000;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.130;HP=4;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.101;NF=6;NR=8;PP=559;ReadPosRankSum=1.726;SC=CGCCGCTGCCGCCGCCACCGC;SOR=0.484;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=24;TCF=10;TCR=14;TR=14;WE=40650457;WS=40650435;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,18:0.36:50
chr15	40650784	rs111246437	GC	G	1667.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.422;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.277;HP=6;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQ=60.09;MQRankSum=0.823;NF=1;NR=30;PP=818;ReadPosRankSum=-0.913;SC=CAAGCTCCAGGCCCCCCTCGC;SOR=0.356;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=60;TCF=1;TCR=59;TR=31;WE=40650792;WS=40650774;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,65:0.61:107
chr15	40655845	rs1898883	C	G	16672.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.744;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=635;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=229;NR=178;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.343;SC=CAAGGCTGTGCCCCCTGAGGC;SOR=0.419;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=411;TCF=232;TCR=179;TR=407;WE=40655853;WS=40655835;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:6,628:0.99:634
chr15	40655873	rs1898882	G	C	7278.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-2.239;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=743;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.521;HP=1;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=113;NR=111;PP=2962;ReadPosRankSum=2.448;SC=GAGAGAAGCTGCTCCCTCCAC;SOR=0.598;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=448;TCF=233;TCR=215;TR=224;WE=40655881;WS=40655863;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:376,361:0.49:737
chr15	40660515	rs35565646	G	A	5332.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.663;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=471;ExcessHet=3.0103;FS=1.724;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.52;ReadPosRankSum=-0.322;SOR=0.669;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:219,244:0.53:463
chr15	40660566	rs72733420	G	A	4570.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.145;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=462;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=75;NR=71;PP=2536;ReadPosRankSum=-0.712;SC=GCTTCGACGCGGAGTATCGCC;SOR=0.685;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=323;TCF=168;TCR=155;TR=146;WE=40660574;WS=40660556;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:245,213:0.47:458
chr15	40662748	rs3803359	G	A	2155.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.074;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.735;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=31;PP=1198;ReadPosRankSum=-0.967;SC=ACCTGCTTGCGACCTGCTGAG;SOR=0.494;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=124;TCF=76;TCR=48;TR=75;WE=40662756;WS=40662738;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,99:0.57:173
chr15	40681676	rs6492944	T	A	2385.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.797;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.504;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=30;PP=964;ReadPosRankSum=0.123;SC=AACCCTTTTATCTTTTCATGT;SOR=0.764;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=128;TCF=72;TCR=56;TR=67;WE=40681684;WS=40681666;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:97,116:0.54:213
chr15	40683780	rs2289332	G	A	4401.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=62;NR=51;PP=2084;SC=GTGAAAGGGCGCAAGGGCTGA;SOR=0.815;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=114;TCF=62;TCR=52;TR=113;WE=40683788;WS=40683770;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,172:1.00:172
chr15	40684232	rs72733427	G	A	1898.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.943;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.519;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=30;PP=787;ReadPosRankSum=2.288;SC=CAGGTGAGAGGCAGACATCAC;SOR=0.626;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=117;TCF=56;TCR=61;TR=59;WE=40684240;WS=40684222;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:106,94:0.47:200
chr15	40684289	rs72733428	T	C	1258.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.292;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.720;HP=3;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=30;PP=713;ReadPosRankSum=0.290;SC=TGGGGTCTTTTCTGTTTTTCT;SOR=0.810;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=79;TCF=28;TCR=51;TR=46;WE=40684297;WS=40684279;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,61:0.54:113
chr15	40684387	rs10681422	G	GTTT	214.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;QD=19.52;SOR=2.584;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,9:0.82:11
chr15	40685206	rs11321442	AT	A,ATT	1592.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.258;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=11;HapScore=4;MGOF=10;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.341;NF=22,22;NR=22,22;PP=164,499;ReadPosRankSum=-0.530;SC=TTTTCCACTAATTTTTTTTTT;SOR=0.938;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=60;TCF=29;TCR=31;TR=44,44;WE=40685214;WS=40685196;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.40,0.53:112
chr15	40685326	rs28379196	A	G	3385.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.564;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=413;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.118;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=1.659;NF=62;NR=42;PP=1320;ReadPosRankSum=-1.027;SC=AATCCATTCTATGGAAACTTG;SOR=0.585;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=270;TCF=158;TCR=112;TR=104;WE=40685334;WS=40685316;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:238,174:0.42:412
chr15	40685406	rs8036457	A	T	3764.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.035;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=443;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.522;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=65;PP=1617;ReadPosRankSum=-0.282;SC=TGCTTGGATGAATCATGGGAT;SOR=0.642;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=278;TCF=120;TCR=158;TR=116;WE=40685414;WS=40685396;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:251,191:0.43:442
chr15	40685508	rs8037941	T	C	1631.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-3.075;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.827;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=35;PP=674;ReadPosRankSum=0.137;SC=CTAAAACCAGTGCATAGAAAT;SOR=0.415;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=127;TCF=40;TCR=87;TR=54;WE=40685516;WS=40685498;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,81:0.49:166
chr15	40685850	rs11541643	A	G	1854.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.565;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.610;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=37;PP=895;ReadPosRankSum=-0.384;SC=TCTCAGAGGAAGCTACTTAGG;SOR=0.622;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=117;TCF=43;TCR=74;TR=58;WE=40685858;WS=40685840;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,86:0.55:155
chr15	40699940	rs2289331	T	C	3100.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.751;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.218;NF=36;NR=57;PP=1943;ReadPosRankSum=1.677;SC=AGTTGGGAGGTCCGGGCAGTC;SOR=0.407;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=94;TCF=36;TCR=58;TR=93;WE=40699948;WS=40699930;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,114:0.99:115
chr15	40700006	rs3214685	G	GTT	1878.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=27;PP=1776;SC=AGCTCACACAGTTCTGGTAAA;SOR=1.179;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=46;TCF=14;TCR=32;TR=39;WE=40700014;WS=40699996;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr15	40700022	rs10518693	C	T	445.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.491;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=10;ReadPosRankSum=0.432;SC=GTAAATGAAGCCTCTCTAAGA;SOR=0.741;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=42;TCF=19;TCR=23;TR=18;WE=40700030;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,18:0.43:42
chr15	40703339	rs8034416	C	T	988.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=18;NR=6;PP=486;SC=ACTTTACCGACACCCTGGTCT;SOR=1.739;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=24;TCF=18;TCR=6;TR=24;WE=40703347;WS=40703329;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr15	40703609	rs4924466	A	G	3326.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=41;NR=45;PP=1831;SC=CATTATCAGGATAATGGAGCA;SOR=0.744;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=87;TCF=41;TCR=46;TR=86;WE=40703617;WS=40703599;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr15	40705105	rs2289330	A	G	2282.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=35;NR=23;PP=1214;SC=TAGGAAGGTGAGTGCCTTCTT;SOR=0.928;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=59;TCF=35;TCR=24;TR=58;WE=40705113;WS=40705095;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr15	40705159	rs2289329	T	C	1205.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.184;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.658;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=18;PP=513;ReadPosRankSum=1.105;SC=GGCTAATCTGTAACCAGGACC;SOR=0.648;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=86;TCF=44;TCR=42;TR=37;WE=40705167;WS=40705149;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,59:0.46:128
chr15	40705225	rs2229312	C	T	1286.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.864;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=25;PP=549;ReadPosRankSum=1.071;SC=AGAAGCTGGACAAGCTGGGGA;SOR=0.660;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=87;TCF=36;TCR=51;TR=43;WE=40705233;WS=40705215;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,68:0.47:144
chr15	40708422	rs11070270	A	G	6289.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=237;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=62;NR=87;PP=2965;SC=GGGGCAGTGGACCAGCTGCTG;SOR=0.996;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=149;TCF=62;TCR=87;TR=149;WE=40708430;WS=40708412;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,231:1.00:231
chr15	40711270	rs2075625	C	G	2023.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.552;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=20;PP=1130;ReadPosRankSum=-2.336;SC=AGGAGGCGGACGTTGCAGTGA;SOR=0.686;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=140;TCF=98;TCR=42;TR=67;WE=40711278;WS=40711260;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:101,95:0.48:196
chr15	40712737	rs11790	T	C	3694.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.950;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=51;PP=1795;ReadPosRankSum=-0.939;SC=GTCCTATTCCTGTCCTCCAGC;SOR=0.780;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=97;TCF=46;TCR=51;TR=97;WE=40712745;WS=40712727;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,142:0.99:144
chr15	40716253	rs2304645	G	C	1424.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-2.746;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.759;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=14;PP=835;ReadPosRankSum=-0.006;SC=CCACCACCCAGCCACTCTCAG;SOR=0.616;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=99;TCF=74;TCR=25;TR=54;WE=40716261;WS=40716243;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,66:0.56:118
chr15	40727879	rs72733450	C	A	693.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-2.308;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=15;PP=319;ReadPosRankSum=-1.087;SC=CTACCCACTTCTCCAGCCTCA;SOR=0.576;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=52;TCF=18;TCR=34;TR=23;WE=40727887;WS=40727869;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,33:0.50:66
chr15	40751555	rs3803357	C	A	15059.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.740;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=563;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=182;NR=187;PP=2965;ReadPosRankSum=0.401;SC=GCCATCTCATCAGCCCCTGAG;SOR=0.246;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=371;TCF=183;TCR=188;TR=369;WE=40751563;WS=40751545;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,550:1.00:551
chr15	40756817	rs79551107	G	A	1135.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.157;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.451;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=21;PP=429;ReadPosRankSum=-1.813;SC=CTAAGACGTGGTAGGGGGAGG;SOR=0.565;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=84;TCF=31;TCR=53;TR=33;WE=40756825;WS=40756807;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,58:0.48:121
chr15	40820805	rs7164166	A	G	201.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=0;PP=157;SC=AGGGGAAGACACCAGGTCTGG;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=8;TCR=0;TR=8;WE=40820813;WS=40820801;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr15	40824710	rs8029208	T	C	271.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=8;PP=213;SC=TTCACAGCTGTTCACCATGAG;SOR=3.056;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=9;WE=40824718;WS=40824700;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr15	40827030	rs12916323	C	G	5791.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.707;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=1.855;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=97;NR=44;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.466;SC=ATTAGTGTTTCAACATGTATA;SOR=0.351;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=146;TCF=101;TCR=45;TR=141;WE=40827038;WS=40827020;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:5,213:0.98:218
chr15	40856989	rs3803354	C	T	18303.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-2.352;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=714;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=183;NR=240;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.865;SC=TGGCCCCTTACCCCAGGGCAG;SOR=0.303;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=426;TCF=183;TCR=243;TR=423;WE=40856997;WS=40856979;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,699:1.00:700
chr15	40862191	rs141235042	G	GGTTTTGTTTTGTTTTGTTTT	2947.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.07;QD=44.00;SOR=2.799;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr15	40898643	rs7177192	G	C	1180.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=13;NR=10;PP=416;SC=GGGAATGAAAGAGTTCAGGTA;SOR=0.823;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=23;TCF=13;TCR=10;TR=23;WE=40898651;WS=40898633;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr15	40900943	rs35446763	CA	C	373.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.762;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=4.129;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.34;ReadPosRankSum=-0.547;SOR=0.180;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,31:0.77:40
chr15	40902947	.	AATTT	A	79	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;FR=0.5000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=0;NR=3;PP=79;QD=31.0;SC=ATAGTAAGTAAATTTATTTAT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=7;TCR=13;TR=3;WE=40902958;WS=40902937;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:17,3:0.15:20
chr15	40903684	rs12911738	A	G	416.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=6;NR=6;PP=201;SC=AGAAACAGAAACAGGAGAAAA;SOR=0.804;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=12;TCF=6;TCR=6;TR=12;WE=40903692;WS=40903674;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr15	40903814	rs12912058	C	A	90.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=3;PP=55;SC=TTCAGAAAACCAGTTATTTGC;SOR=1.609;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=1;TCR=3;TR=4;WE=40903822;WS=40903804;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr15	40907698	rs11427985	T	TG	1232.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.61;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=6;PP=333;SC=CCAGGCACGGTGCTCACGCCT;SOR=0.693;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=2;TCR=6;TR=8;WE=40907706;WS=40907688;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr15	40913840	rs2412541	G	T	4228.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=39;NR=77;PP=2617;SC=CAGTAATTATGCTAAAATGTA;SOR=1.366;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=116;TCF=39;TCR=77;TR=116;WE=40913848;WS=40913830;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,147:1.00:147
chr15	40914177	rs11858113	T	C	6498.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=253;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=84;NR=64;PP=2749;SC=GGTGAAAATATGGATTTGACT;SOR=0.868;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=148;TCF=84;TCR=64;TR=148;WE=40914185;WS=40914167;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,246:1.00:246
chr15	40914772	rs11855334	C	T	8043.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.987;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=310;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=82;NR=107;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.656;SC=GCCACACTGTCGTCATTGGAT;SOR=0.309;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=190;TCF=82;TCR=108;TR=189;WE=40914780;WS=40914762;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,300:1.00:301
chr15	40915045	rs8041534	T	G	2528.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-1.651;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=35;PP=1617;ReadPosRankSum=-0.647;SC=TTGATAAGACTATTGTATTTT;SOR=0.320;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=83;TCF=48;TCR=35;TR=82;WE=40915053;WS=40915035;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,96:0.99:97
chr15	40915190	rs8040502	A	G	7596.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.018;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=291;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=110;NR=81;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.586;SC=ATATACATGTAGGCAGGATGA;SOR=0.324;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=194;TCF=111;TCR=83;TR=191;WE=40915198;WS=40915180;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,280:1.00:281
chr15	40915894	rs11070285	T	C	16486.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=647;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=200;NR=192;PP=2965;SC=TCCTGCCAAATGAAATAGCTA;SOR=0.751;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=395;TCF=201;TCR=194;TR=392;WE=40915902;WS=40915884;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,638:1.00:638
chr15	40916801	rs16970911	A	G	3618.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=48;NR=43;PP=1978;SC=TCATTTCTCAACCGACCAACC;SOR=0.788;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=91;TCF=48;TCR=43;TR=91;WE=40916809;WS=40916791;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chr15	40937727	rs6492959	C	T	2421.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=49;NR=23;PP=1445;SC=TAGACAATTACATGGAATTAA;SOR=1.481;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=72;TCF=49;TCR=23;TR=72;WE=40937735;WS=40937717;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr15	40939448	rs8041095	G	A	290.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=5;PP=111;SC=CAAGCCGGGCGGATCACCTGA;SOR=1.802;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=1;TCR=5;TR=6;WE=40939456;WS=40939438;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr15	40942715	rs34904135	GT	G	597.52	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.071;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=1.544;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.71;ReadPosRankSum=0.000;SOR=0.615;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,40:0.85:47
chr15	40947023	rs10444817	C	T	835.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=16;NR=10;PP=436;SC=GCCAAGACTGCGCCATTGCAC;SOR=1.112;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=27;TCF=17;TCR=10;TR=26;WE=40947031;WS=40947013;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr15	40949526	rs2412544	C	T	1809.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.61;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=19;NR=17;PP=704;SC=CATAATTTCACTGGATTTTTT;SOR=0.750;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=36;TCF=19;TCR=17;TR=36;WE=40949534;WS=40949516;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr15	40951461	.	CA	C	63.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.503;ClippingRankSum=0.000;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.77;ReadPosRankSum=-0.392;SOR=0.784;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,12:0.33:36
chr15	40998305	rs45592734	T	A	1081.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-1.878;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=7;PP=776;ReadPosRankSum=-0.598;SC=TTATATATATTTTTTTGCCAT;SOR=1.378;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=38;TCF=30;TCR=8;TR=36;WE=40998313;WS=40998295;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,38:0.97:39
chr15	41030579	rs34355108	C	CA	1592.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-0.656;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=7.068;HP=9;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=8;PP=691;ReadPosRankSum=0.562;SC=GACTCTGTCTCAAAAAAAAAG;SOR=1.863;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=46;TCF=34;TCR=12;TR=34;WE=41030587;WS=41030569;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:7,75:0.91:82
chr15	41030865	rs2304582	C	G	1911.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=50;PP=1464;SC=TGCATTGTCCCCTATCCCTGT;SOR=3.841;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=58;TCF=8;TCR=50;TR=58;WE=41030873;WS=41030855;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr15	41036448	rs4923884	G	A	5017.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=43;NR=74;PP=2398;SC=TTCCAAGCTAGTATGTTACAG;SOR=1.204;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=119;TCF=43;TCR=76;TR=117;WE=41036456;WS=41036438;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,185:1.00:185
chr15	41047024	rs7169010	G	A	1399.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=23;PP=752;SC=GCAGGCAGGCGGGCGGGCGGG;SOR=1.473;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=7;TCR=23;TR=30;WE=41047032;WS=41047014;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr15	41060070	.	T	TA	936.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.859;ClippingRankSum=0.000;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.19;MQRankSum=0.379;QD=17.03;ReadPosRankSum=0.689;SOR=1.101;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:5,50:0.91:55
chr15	41063244	rs1866170	C	T	3989.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=36;NR=75;PP=2262;SC=TGGGCAAAGCCGGGGTGACTG;SOR=1.366;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=112;TCF=36;TCR=76;TR=111;WE=41063252;WS=41063234;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,147:1.00:147
chr15	41065890	rs2289219	C	T	5539.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=76;NR=43;PP=2486;SC=GCTCCGAGACCTGAGCGCCCA;SOR=1.055;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=119;TCF=76;TCR=43;TR=119;WE=41065898;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,204:1.00:204
chr15	41071867	.	CA	C	356.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.960;ClippingRankSum=0.000;DP=101;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.35;ReadPosRankSum=0.925;SOR=0.803;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:45,37:0.45:82
chr15	41099899	rs142730574	T	TGGGGC	2580.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=21;NR=20;PP=947;SC=AGTGGGCGTGTGGGGCGGGGC;SOR=1.569;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=60;TCF=32;TCR=28;TR=41;WE=41099912;WS=41099889;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr15	41101124	rs3743033	C	G	1023.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=28;NR=3;PP=798;SC=CTTCATTTGGCTTGAATAAGG;SOR=4.047;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=31;TCF=28;TCR=3;TR=31;WE=41101132;WS=41101115;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr15	41101145	rs3743034	C	T	1932.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=48;NR=6;PP=1370;SC=TACTGGAAACCGAGGAATTGC;SOR=3.187;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=54;TCF=48;TCR=6;TR=54;WE=41101153;WS=41101135;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr15	41104771	rs141515751	GAAAGAAAGAAAGAAAGAA	G	2095.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=64.52;QD=40.30;SOR=2.049;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr15	41104817	rs35853942	A	G	3571.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=62.81;QD=36.45;SOR=1.361;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr15	41104874	rs17657877	G	C	5386.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=44;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=81;NR=66;PP=2850;SC=TCTCGGCCTTGCTGATGGCAT;SOR=0.842;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=148;TCF=82;TCR=66;TR=147;WE=41104882;WS=41104864;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,200:1.00:200
chr15	41105658	rs3736286	G	A	4602.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.752;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=61;PP=1903;ReadPosRankSum=-1.587;SC=TCCCGTCTCCGCCTCATTGCC;SOR=0.919;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=107;TCF=45;TCR=62;TR=105;WE=41105666;WS=41105648;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,174:0.99:176
chr15	41105926	rs690347	T	G	2932.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=51;NR=29;PP=1603;SC=TGAAGAAGCTTCCCTGGATGA;SOR=1.200;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=80;TCF=51;TCR=29;TR=80;WE=41105934;WS=41105916;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr15	41109371	rs12148058	G	A	299.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=5;NR=4;PP=135;SC=CCTGGCCAACGTGGTAAAACC;SOR=0.859;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=9;TCF=5;TCR=4;TR=9;WE=41109379;WS=41109361;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr15	41146581	rs3736287	T	C	3296.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=59;NR=27;PP=1655;SC=CTGACCTCCCTTCCACCCGTC;SOR=1.336;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=86;TCF=59;TCR=27;TR=86;WE=41146589;WS=41146571;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr15	41148199	rs659232	C	T	13417.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=516;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=155;NR=167;PP=2965;SC=GTGGTTGTTACGGCAACAAGA;SOR=0.753;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=322;TCF=155;TCR=167;TR=322;WE=41148207;WS=41148189;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,513:1.00:513
chr15	41149161	rs690458	G	C	9407.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.770;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=359;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=95;NR=139;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.433;SC=ACCACACCACGCGGCCCCTCT;SOR=1.007;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=237;TCF=97;TCR=140;TR=234;WE=41149169;WS=41149151;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,348:0.99:350
chr15	41165739	rs1814692	A	C	9170.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=341;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=110;NR=118;PP=2965;SC=TAGCCCCCCGACACATGGAAT;SOR=0.730;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=228;TCF=110;TCR=118;TR=228;WE=41165747;WS=41165729;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,332:1.00:332
chr15	41193274	rs9806730	T	C	3438.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=31;NR=54;PP=1485;SC=GCTTTAGATGTGGAAGGGCTT;SOR=1.162;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=85;TCF=31;TCR=54;TR=85;WE=41193282;WS=41193264;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr15	41193316	rs9806683	C	T	1933.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=41;PP=1278;SC=GCTGGCTTCCCTTGCAGAGAG;SOR=1.999;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=56;TCF=15;TCR=41;TR=56;WE=41193324;WS=41193306;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr15	41224124	rs3212278	G	A	1260.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.527;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=32;PP=967;ReadPosRankSum=-0.764;SC=CAGACCTCCTGTCTCTTCCCA;SOR=1.565;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=41;TCF=8;TCR=33;TR=40;WE=41224132;WS=41224114;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,42:0.98:43
chr15	41246237	rs3033592	A	ATC	1165.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=9;NR=11;PP=1026;SC=GACCACTGACATGTCAGTGTT;SOR=0.765;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=21;TCF=9;TCR=12;TR=20;WE=41246245;WS=41246227;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr15	41276158	rs11855248	G	A	1496.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=12;NR=22;PP=586;SC=GACCCCCTGTGCTCACCGCCC;SOR=1.034;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=12;TCR=22;TR=34;WE=41276166;WS=41276148;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr15	41308142	rs200056630	CA	C	44.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.224;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=2.009;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.60;ReadPosRankSum=-1.138;SOR=1.445;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,9:0.32:28
chr15	41313064	rs3214068	C	G	1384.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=29;NR=14;PP=803;SC=CTTGCCAAAGCGAGGAACACA;SOR=1.358;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=44;TCF=30;TCR=14;TR=43;WE=41313072;WS=41313054;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr15	41315357	rs12148744	T	C	2482.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=62;NR=17;PP=1762;SC=TTCCAACTTATTCATTTTTCC;SOR=2.303;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=84;TCF=66;TCR=18;TR=79;WE=41315365;WS=41315347;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr15	41315591	rs72527311	A	AAT	4606.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=56;PP=2848;SC=TTTAAAAAGTAAGTCTAGACT;SOR=1.565;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=66;TCF=5;TCR=61;TR=60;WE=41315599;WS=41315581;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr15	41339481	rs11070320	C	T	784.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=7;PP=460;SC=TTATTCTTAACAAAAGAAAAT;SOR=1.460;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=16;TCR=7;TR=23;WE=41339489;WS=41339471;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr15	41342006	rs3986307	C	A	1532.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.400;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=10;PP=1027;ReadPosRankSum=-1.473;SC=ATTGCCTGAACCTGGGAGCCA;SOR=1.402;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=45;TCF=35;TCR=10;TR=44;WE=41342014;WS=41341996;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,52:0.98:53
chr15	41342093	.	C	CA	2066.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.498;ClippingRankSum=0.000;DP=239;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.485;HP=12;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=31;PP=1512;ReadPosRankSum=1.728;SC=TCTCAAAAAACAAAAAACAAA;SOR=0.638;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=115;TCF=54;TCR=61;TR=53;WE=41342101;WS=41342083;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:129,106:0.45:235
chr15	41346092	rs2899010	T	C	2643.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=58;NR=25;PP=1703;SC=TTGGTGCCTATTGAGGCTTAA;SOR=1.562;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=83;TCF=58;TCR=25;TR=83;WE=41346100;WS=41346082;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr15	41347658	rs2306083	G	A	684.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=20;PP=517;SC=GTATTAGTGTGTAAGTGCCTA;SOR=4.003;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=22;TCF=2;TCR=20;TR=22;WE=41347666;WS=41347648;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr15	41350764	.	TGTGC	T	64.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.592;ClippingRankSum=0.000;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=1.382;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.77;MQRankSum=0.000;QD=1.01;ReadPosRankSum=1.429;SOR=0.963;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:55,9:0.14:64
chr15	41350766	rs72522214	TGC	T	682.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=1.054;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=1.142;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.77;MQRankSum=0.000;QD=13.93;ReadPosRankSum=-0.460;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,25:0.51:49
chr15	41350768	.	CGTGT	C	227.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-1.311;ClippingRankSum=0.000;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=1.389;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.79;MQRankSum=0.000;QD=4.22;ReadPosRankSum=0.613;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:42,12:0.22:54
chr15	41350772	rs58264392	T	C	727.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.708;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=2.389;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.77;MQRankSum=0.000;QD=13.48;ReadPosRankSum=0.392;SOR=1.092;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,26:0.48:54
chr15	41350774	.	T	C	65.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.415;ClippingRankSum=0.000;DP=74;ExcessHet=3.0103;FS=1.401;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.78;MQRankSum=0.000;QD=0.98;ReadPosRankSum=1.996;SOR=1.026;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:58,9:0.13:67
chr15	41373029	rs1983400	T	C	765.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=16;NR=4;PP=453;SC=CCAGCCTGGGTGGCTGAGACT;SOR=1.781;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=16;TCR=4;TR=20;WE=41373037;WS=41373020;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr15	41476101	rs521088	T	C	1535.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=31;NR=12;PP=898;SC=AAGCCATCTGTATGGCCTTAA;SOR=1.528;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=44;TCF=31;TCR=13;TR=43;WE=41476109;WS=41476091;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr15	41476209	rs522063	T	C	4977.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=78;NR=45;PP=2687;SC=GAAACCACAGTCTTTCTGATA;SOR=1.128;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=124;TCF=78;TCR=46;TR=123;WE=41476217;WS=41476199;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,179:1.00:179
chr15	41476465	rs690733	G	A	11435.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-2.041;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=424;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=124;NR=144;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.871;SC=AATCCTCACTGGTTTCCCCTT;SOR=0.394;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=275;TCF=127;TCR=148;TR=268;WE=41476473;WS=41476455;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,418:1.00:419
chr15	41476856	rs111604343	C	CT	583.74	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.501;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.12;MQRankSum=0.000;QD=9.89;ReadPosRankSum=-0.790;SOR=0.784;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,43:0.73:59
chr15	41476875	rs2467297	T	C	2296.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=40;PP=903;SC=TTTTTTGAGATGGAGTCTCGC;SOR=2.381;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=51;TCF=11;TCR=40;TR=50;WE=41476883;WS=41476865;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr15	41483631	rs11371504	T	TA	4339.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=54;NR=20;PP=2965;SC=GGACATCCTTTACACCCACCT;SOR=2.303;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=77;TCF=56;TCR=21;TR=74;WE=41483644;WS=41483621;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr15	41483636	rs2412609	C	T	4444.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=75;NR=22;PP=2338;SC=TCCTTTACACCCACCTGAATT;SOR=2.279;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=98;TCF=76;TCR=22;TR=97;WE=41483644;WS=41483621;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr15	41483682	rs1971131	A	G	6800.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.734;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=251;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.184;NF=119;NR=55;PP=2965;ReadPosRankSum=0.282;SC=AGAGATATTTAGGGGCTACTT;SOR=0.551;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=177;TCF=122;TCR=55;TR=174;WE=41483690;WS=41483672;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,245:1.00:246
chr15	41487861	rs33987701	C	CA	362.79	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.931;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=1.987;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.49;MQRankSum=0.798;QD=8.64;ReadPosRankSum=0.418;SOR=1.708;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,30:0.71:42
chr15	41507865	rs113857856	T	C	2790.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=62;NR=23;PP=1677;SC=ACCTGGGCGATAGAGCAAGAC;SOR=1.522;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=85;TCF=62;TCR=23;TR=85;WE=41507873;WS=41507855;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr15	41507883	rs113812559	C	CA,CAA	2571.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.692;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FS=2.972;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.20;MQRankSum=0.000;QD=17.86;ReadPosRankSum=-1.280;SOR=1.458;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:15,101,28:0.70,0.19:144
chr15	41509288	rs7173086	T	A	6148.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.669;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=143;NR=39;PP=2965;ReadPosRankSum=0.310;SC=AAATTATTCCTTCTTACCTAA;SOR=2.358;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=184;TCF=144;TCR=40;TR=182;WE=41509296;WS=41509278;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,215:0.99:217
chr15	41555249	rs7175912	T	C	330.96	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.917;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.9970;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=8;PP=201;ReadPosRankSum=-0.611;SC=CCTTTTTTGGTCGTGTGACTT;SOR=1.473;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=10;TCF=1;TCR=9;TR=9;WE=41555257;WS=41555239;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,12:0.92:13
chr15	41556395	rs72739605	G	A	8032.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.737;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=311;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=97;NR=99;PP=2965;ReadPosRankSum=2.203;SC=GAGAGAGATCGAGACTGAAAT;SOR=0.726;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=197;TCF=97;TCR=100;TR=196;WE=41556403;WS=41556385;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,303:0.99:305
chr15	41571408	.	C	CA	226.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.608;ClippingRankSum=0.000;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.15;ReadPosRankSum=-0.231;SOR=0.656;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,19:0.43:44
chr15	41605653	rs8032846	G	C	352.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=8;PP=205;SC=AAAAAGCCTGGCTTCTTAATG;SOR=2.147;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=9;WE=41605661;WS=41605643;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr15	41750096	rs11313160	TC	T	725.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=16;PP=326;SC=CTCGTCGTTGTCCCCCCCCCG;SOR=3.611;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=1;TCR=19;TR=17;WE=41750104;WS=41750086;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr15	41766966	rs167581	G	A	1134.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=9;NR=27;PP=740;SC=GGGGGCTGCTGTTCTCTCTGT;SOR=1.900;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=37;TCF=9;TCR=28;TR=36;WE=41766974;WS=41766956;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr15	41794176	rs72739669	G	A	5517.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=89;NR=52;PP=2924;SC=TGCCCTGGCCGCTGCCTGCGC;SOR=1.112;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=141;TCF=89;TCR=52;TR=141;WE=41794184;WS=41794166;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,202:1.00:202
chr15	41800012	.	C	T	806.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-4.259;ClippingRankSum=0.000;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.176;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=22;PP=470;ReadPosRankSum=-0.289;SC=CTTGAACACCCCTAAAGCACT;SOR=0.307;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=59;TCF=11;TCR=48;TR=28;WE=41800020;WS=41800002;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,35:0.53:66
chr15	41810439	rs932959	G	C	906.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=28;PP=645;SC=ACATACATAAGGTGTGTGGAT;SOR=3.675;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=31;TCF=3;TCR=28;TR=31;WE=41810447;WS=41810429;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr15	41813279	rs3743031	C	T	12568.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=486;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=141;NR=125;PP=2965;SC=ACCGAGGGACCCTGCTGCTTC;SOR=0.754;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=266;TCF=141;TCR=125;TR=266;WE=41813287;WS=41813269;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,474:1.00:474
chr15	41815516	rs8027526	G	C	10940.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=408;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=121;NR=151;PP=2965;SC=GACAGGCGCTGCATGTCCTGG;SOR=0.841;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=272;TCF=121;TCR=151;TR=272;WE=41815524;WS=41815506;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,404:1.00:404
chr15	41815649	rs2297377	A	G	4772.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=44;NR=85;PP=2601;SC=ACAGCCCAAAAGAGCACATTT;SOR=1.272;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=129;TCF=44;TCR=85;TR=129;WE=41815657;WS=41815639;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,175:1.00:175
chr15	41819322	rs2297380	C	T	8563.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=321;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=101;NR=116;PP=2965;SC=AAGACAAGGCCCAGCTAGGCT;SOR=0.778;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=217;TCF=101;TCR=116;TR=217;WE=41819339;WS=41819312;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,317:1.00:317
chr15	41819998	rs11070334	G	A	838.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=18;NR=7;PP=632;SC=CCATGCCCAGGAACAGGAATA;SOR=2.066;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=18;TCR=7;TR=25;WE=41820006;WS=41819988;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr15	41827243	rs7181115	A	G	1782.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=42;PP=1252;SC=ATAGACCCAAACTTTCCTCAG;SOR=2.833;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=48;TCF=6;TCR=42;TR=48;WE=41827251;WS=41827233;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr15	41827655	rs2297381	C	T	759.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=19;NR=1;PP=517;SC=AAAAATGACCCTATGATTGTG;SOR=3.528;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=20;TCF=19;TCR=1;TR=20;WE=41827663;WS=41827645;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr15	41829230	rs721772	A	G	8050.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=303;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=82;NR=103;PP=2965;SC=TTCTTCACCAACTGCACTGCT;SOR=0.866;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=185;TCF=82;TCR=103;TR=185;WE=41829238;WS=41829220;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,298:1.00:298
chr15	41851684	.	T	C	269.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=1.461;ClippingRankSum=0.000;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.869;HP=5;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=6;PP=116;ReadPosRankSum=0.168;SC=GGGGTGGGGGTCCGGAGCCGA;SOR=2.494;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=2;TCR=8;TR=6;WE=41851692;WS=41851674;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,11:0.73:15
chr15	41857216	rs11639399	G	A	2348.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=61;NR=12;PP=1647;SC=CTGAGTCCCCGTCCACAGCAC;SOR=3.042;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=73;TCF=61;TCR=12;TR=73;WE=41857224;WS=41857209;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr15	41860411	rs7171675	G	A	396.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=11;NR=1;PP=271;SC=CTCTTTGGCTGCAGCCCCAGC;SOR=2.985;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=12;TCF=11;TCR=1;TR=12;WE=41860419;WS=41860409;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr15	41860490	rs12148316	T	A	2918.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=50;NR=25;PP=1382;SC=GAAGAAGTGATCCCCGAGGCC;SOR=1.200;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=75;TCF=50;TCR=25;TR=75;WE=41860498;WS=41860480;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr15	41863181	rs8024626	G	A	6204.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=80;NR=60;PP=2837;SC=TGGGAGGAAGGTTGGCAGGGA;SOR=0.883;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=140;TCF=80;TCR=60;TR=140;WE=41863189;WS=41863171;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,228:1.00:228
chr15	41991315	rs2178004	A	T	8304.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=317;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=87;NR=105;PP=2965;SC=AGATTTGAAGACTTTGCGGCA;SOR=0.834;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=192;TCF=87;TCR=105;TR=192;WE=41991323;WS=41991305;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,317:1.00:317
chr15	42026764	rs1918314	C	T	10248.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=396;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=109;NR=123;PP=2965;SC=TCACCTGTGACTTGGAGGATG;SOR=0.789;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=233;TCF=109;TCR=124;TR=232;WE=42026772;WS=42026754;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,392:1.00:392
chr15	42028354	rs2577960	C	A	705.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=11;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=20;NR=3;PP=524;SC=TCAACTTTTTCTTTTTTATTA;SOR=2.925;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=23;TCF=20;TCR=3;TR=23;WE=42028362;WS=42028344;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr15	42041712	rs2695163	G	A	10860.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.508;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=417;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=123;NR=138;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.116;SC=TTCAGATGAAGAGAGAATCTC;SOR=0.395;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=262;TCF=124;TCR=138;TR=261;WE=42041720;WS=42041702;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,404:0.99:407
chr15	42046568	rs2695164	A	G	767.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=19;NR=4;PP=567;SC=AGGGGAACAAACATTTGAAAA;SOR=2.584;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=19;TCR=4;TR=23;WE=42046576;WS=42046558;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr15	42059210	rs61752718	A	G	2547.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.847;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=281;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=40;PP=1291;ReadPosRankSum=0.585;SC=GAGAACAGCAACAGCACAGAC;SOR=0.705;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=188;TCF=100;TCR=88;TR=84;WE=42059218;WS=42059200;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:154,124:0.45:278
chr15	42059521	rs2605570	A	T	2303.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=15;NR=52;PP=1463;SC=GAGGGGAAATAGATCTCACCT;SOR=2.162;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=67;TCF=15;TCR=52;TR=67;WE=42059529;WS=42059511;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
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chr15	42105918	rs1201689	C	G	18137.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.936;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=715;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=217;NR=203;PP=2965;ReadPosRankSum=0.295;SC=CCTGCACTTCCTTAGCACCTT;SOR=0.736;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=421;TCF=218;TCR=203;TR=420;WE=42105926;WS=42105908;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,705:0.99:709
chr15	42109223	rs1197689	T	C	4280.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=33;NR=65;PP=2246;SC=TCACTGCTGTTAAGTTTGCAG;SOR=1.216;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=99;TCF=33;TCR=66;TR=98;WE=42109231;WS=42109213;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,153:1.00:153
chr15	42111745	.	C	CGG,CGGG	1013.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.546;ClippingRankSum=0.000;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=59.87;MQRankSum=0.000;QD=33.79;ReadPosRankSum=-0.434;SOR=3.841;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:1,7,22:0.23,0.73:30
chr15	42114414	rs2303517	C	T	4589.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=75;NR=60;PP=2749;SC=CTCCCCTCCCCACACCCAGAC;SOR=1.582;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=137;TCF=75;TCR=62;TR=135;WE=42114422;WS=42114404;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,170:1.00:170
chr15	42115019	rs34055060	C	T	2152.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-0.579;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=25;PP=1628;ReadPosRankSum=-1.017;SC=TTTCCCCAGCCCTATCTGGCT;SOR=1.244;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=70;TCF=43;TCR=27;TR=67;WE=42115027;WS=42115014;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,70:0.97:72
chr15	42115426	rs1197688	A	G	4401.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=29;NR=71;PP=2317;SC=ACAGGGTGAGAAGCCTGATGG;SOR=1.432;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=100;TCF=29;TCR=71;TR=100;WE=42115434;WS=42115416;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,154:1.00:154
chr15	42120437	rs13380315	C	G	2572.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.686;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=37;PP=1074;ReadPosRankSum=-0.997;SC=GGGAGGGGCCCTGGGATGCCG;SOR=1.029;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=61;TCF=23;TCR=38;TR=59;WE=42120445;WS=42120427;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,101:0.98:103
chr15	42132896	rs1122884	C	T	13326.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=513;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=178;NR=151;PP=2965;SC=CCCACATCCTCGCCAGCCACT;SOR=0.834;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=331;TCF=180;TCR=151;TR=329;WE=42132904;WS=42132886;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,497:1.00:497
chr15	42133885	rs1648837	TG	CA	9829.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=224;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=78;NR=84;PP=2947;SC=CTCGGGGGACTGTGGTGGGGG;SOR=0.720;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=168;TCF=80;TCR=88;TR=162;WE=42133894;WS=42133875;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,221:1.00:221
chr15	42134301	rs1648835	A	C	5080.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=74;NR=52;PP=2650;SC=CCCTCCCATAACTCTATGGCT;SOR=0.967;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=127;TCF=74;TCR=53;TR=126;WE=42134309;WS=42134291;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,187:1.00:187
chr15	42134371	rs1648834	G	C	9957.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.577;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=384;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=118;NR=98;PP=2965;ReadPosRankSum=2.105;SC=TCTTAGGTCTGCATTCTTTGT;SOR=0.786;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=221;TCF=119;TCR=102;TR=216;WE=42134379;WS=42134361;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,381:0.99:383
chr15	42134523	rs1648833	C	T	2486.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=22;NR=61;PP=1824;SC=GGGGCTGGGACCCAGGCCACA;SOR=2.093;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=83;TCF=22;TCR=61;TR=83;WE=42134531;WS=42134513;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr15	42134652	rs1672464	G	A	1391.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.77;SOR=0.767;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr15	42134839	rs1672465	T	C	1581.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=18;NR=29;PP=762;SC=ACAACCAGGGTGCGGGGCTGG;SOR=1.107;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=48;TCF=19;TCR=29;TR=47;WE=42134847;WS=42134829;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr15	42134930	rs1648832	G	T	551.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=13;PP=347;SC=TTGCGCTCGAGGGGGCACGAA;SOR=2.093;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=4;TCR=13;TR=17;WE=42134938;WS=42134920;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr15	42135988	rs1672466	C	T	4871.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=53;NR=76;PP=2451;SC=TGCAGCTGGACGGAGACCTGC;SOR=1.010;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=129;TCF=53;TCR=76;TR=129;WE=42135996;WS=42135978;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,186:1.00:186
chr15	42137282	rs1648829	G	A	7120.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=257;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=114;NR=71;PP=2965;SC=CGGGGGCTGCGGCCTGGGGGC;SOR=1.091;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=186;TCF=115;TCR=71;TR=185;WE=42137290;WS=42137272;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,253:1.00:253
chr15	42137576	rs1648828	C	T	5039.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.35;SOR=2.244;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr15	42137581	rs1648827	A	C	4710.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=46.18;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr15	42138321	rs1197670	A	G	6784.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=265;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=132;NR=73;PP=2965;SC=GGGGGTTCACACCTCTTCCCC;SOR=1.351;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=205;TCF=132;TCR=73;TR=205;WE=42138329;WS=42138311;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,251:1.00:251
chr15	42138456	rs1197669	G	A	21100.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=794;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=249;NR=256;PP=2965;SC=CAGCCGGCAGGATAGCTGAGT;SOR=0.737;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=506;TCF=250;TCR=256;TR=505;WE=42138464;WS=42138446;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,787:1.00:787
chr15	42139038	rs890508	G	A	5700.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=50;NR=94;PP=2965;SC=TTCCAGGTTGGGAAGGGTGGG;SOR=1.277;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=146;TCF=52;TCR=94;TR=144;WE=42139046;WS=42139028;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,204:1.00:204
chr15	42139390	rs3214531	GT	G	1177.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=21;NR=7;PP=818;SC=GGTGTGGAGAGTTTTTTTCCA;SOR=2.303;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=35;TCF=24;TCR=11;TR=28;WE=42139398;WS=42139380;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr15	42143145	rs58422701	C	CCA	13027.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=1.606;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=747;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=96;PP=2970;ReadPosRankSum=1.230;SC=AGCCTGGCACCCACAGTCACA;SOR=0.709;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=305;TCF=95;TCR=210;TR=142;WE=42143153;WS=42143135;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:374,353:0.49:727
chr15	42143533	rs1197665	T	G	8667.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=333;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=80;NR=139;PP=2965;SC=GCCCTGCAAGTTCCCGCGGCA;SOR=1.172;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=219;TCF=80;TCR=139;TR=219;WE=42143541;WS=42143523;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,322:1.00:322
chr15	42143597	rs890507	A	G	3174.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=25;NR=72;PP=2169;SC=AGGTCGCATGAGCCACACGCA;SOR=2.002;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=97;TCF=25;TCR=72;TR=97;WE=42143605;WS=42143587;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr15	42144332	rs1197662	T	C	1045.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=20;NR=9;PP=635;SC=ACTGCATGCTTCAGGGAGACC;SOR=1.387;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=20;TCR=9;TR=29;WE=42144340;WS=42144322;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr15	42144977	.	GGC	G	1595	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;FR=0.5000;HP=10;HapScore=1;MGOF=18;MMLQ=28;MQ=59.74;NF=14;NR=49;PP=1595;QD=25.4603174603;SC=TGGGGGGGGGGGCCCAGAGCC;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=212;TCF=41;TCR=171;TR=63;WE=42144989;WS=42144956;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:149,63:0.30:212
chr15	42144978	rs111432071	GC	G	1228.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.264;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=265;ExcessHet=3.0103;FS=12.341;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.98;MQRankSum=0.000;QD=5.04;ReadPosRankSum=3.730;SOR=0.284;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:172,72:0.30:244
chr15	42144979	rs1197661	C	G	3331.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.016;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=259;ExcessHet=3.0103;FS=17.368;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.98;MQRankSum=0.000;QD=13.65;ReadPosRankSum=-3.524;SOR=1.566;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:88,156:0.64:244
chr15	42145936	rs1197660	G	C	5841.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.045;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=85;PP=2934;ReadPosRankSum=0.188;SC=CAGTCGGCAGGCCTCCGTCTG;SOR=0.648;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=140;TCF=54;TCR=86;TR=139;WE=42145944;WS=42145926;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,212:0.99:215
chr15	42147206	rs1648826	T	C	4479.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=40;NR=71;PP=2155;SC=CAGGGTCACTTGAGATGGTAT;SOR=1.118;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=111;TCF=40;TCR=71;TR=111;WE=42147214;WS=42147196;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,166:1.00:166
chr15	42147663	rs1672467	G	C	9060.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=339;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=105;NR=95;PP=2965;SC=CTGCAGCCCTGCCTTTCCAGG;SOR=0.748;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=201;TCF=105;TCR=96;TR=200;WE=42147671;WS=42147653;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,333:1.00:333
chr15	42148550	rs28495273	T	C	504.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=11;NR=4;PP=292;SC=TGTTCCAGGCTTGCCTGCTGT;SOR=1.609;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=11;TCR=4;TR=15;WE=42148558;WS=42148543;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr15	42148800	rs56230030	C	T	8782.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=357;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=99;NR=98;PP=2965;SC=CCAGGTTCTGCGGGGGAGGAG;SOR=0.699;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=198;TCF=100;TCR=98;TR=197;WE=42148808;WS=42148790;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,351:1.00:351
chr15	42149596	rs1197675	C	G	9661.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.675;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=373;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=111;NR=128;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.208;SC=TCGCCCACCCCAGGCAGGGCC;SOR=0.772;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=241;TCF=112;TCR=129;TR=239;WE=42149604;WS=42149586;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,368:0.99:370
chr15	42149952	rs1197674	T	C	881.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=25;PP=570;SC=TCAGGACTGCTGGTACCAGGG;SOR=2.303;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=7;TCR=25;TR=32;WE=42149960;WS=42149942;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr15	42150888	rs890503	G	A	9801.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.537;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=391;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=117;NR=103;PP=2965;ReadPosRankSum=2.380;SC=CAGCATGGCTGTGTCCAGCAA;SOR=0.731;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=222;TCF=117;TCR=105;TR=220;WE=42150896;WS=42150878;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,379:0.99:381
chr15	42155841	rs1648841	T	C	3619.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=67;NR=27;PP=2017;SC=CTCTAGGCAGTGCCCCCTCCC;SOR=1.591;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=95;TCF=68;TCR=27;TR=94;WE=42155849;WS=42155831;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr15	42156321	rs1197657	T	C	1109.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=34;PP=803;SC=CCCCGGAGCATGAGGAACTGC;SOR=3.312;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=39;TCF=5;TCR=34;TR=39;WE=42156329;WS=42156311;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr15	42159623	rs8032462	T	C	3592.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=77;NR=22;PP=2369;SC=ACCCCAGCCTTGCAGGCTCAT;SOR=2.041;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=99;TCF=77;TCR=22;TR=99;WE=42159631;WS=42159613;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr15	42168400	rs2290559	C	T	8711.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.815;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=332;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=100;NR=88;PP=2965;ReadPosRankSum=1.336;SC=GATGTTTCTGCGCGCTCCGGA;SOR=0.801;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=189;TCF=101;TCR=88;TR=188;WE=42168408;WS=42168390;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,329:0.99:331
chr15	42170499	rs1201690	T	G	6426.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.58;SOR=2.220;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,141:1.00:141
chr15	42170506	rs747780	C	T	6835.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.26;SOR=2.363;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,158:1.00:158
chr15	42171537	rs1197683	A	G	4276.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=49;NR=40;PP=1616;SC=AGGGCGTGGCAGGTGTCCTCT;SOR=0.755;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=89;TCF=49;TCR=40;TR=89;WE=42171545;WS=42171527;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,165:1.00:165
chr15	42171877	rs1197685	A	G	1130.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=18;NR=9;PP=584;SC=AGTCAGGCCCAGGCTGGGCAC;SOR=1.292;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=27;TCF=18;TCR=9;TR=27;WE=42171885;WS=42171867;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr15	42175104	rs1197691	G	C	971.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=24;PP=685;SC=GAGAAAACTGGCAGGCCAACA;SOR=3.334;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=28;TCF=4;TCR=24;TR=28;WE=42175112;WS=42175103;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr15	42175507	rs1197692	T	C	11131.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=406;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=160;NR=111;PP=2965;SC=GTCCCCCACCTTGCTGTGTTT;SOR=0.937;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=273;TCF=161;TCR=112;TR=271;WE=42175515;WS=42175497;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,400:1.00:400
chr15	42178155	rs1210795	T	C	10334.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.804;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=402;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=123;NR=144;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.110;SC=GGCTGCCTTGTGCTGGAAGCG;SOR=0.262;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=269;TCF=124;TCR=145;TR=267;WE=42178163;WS=42178145;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,396:1.00:397
chr15	42185439	rs1672459	C	G	3818.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.938;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=70;NR=49;PP=2189;ReadPosRankSum=-0.697;SC=AGCTGGGGGCCTGGTATGGGT;SOR=0.368;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=120;TCF=71;TCR=49;TR=119;WE=42185447;WS=42185429;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,145:0.99:146
chr15	42187661	rs1704380	T	C	3018.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=20;NR=64;PP=1980;SC=TCCTTTCCCATTCTCCATCAT;SOR=2.040;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=84;TCF=20;TCR=64;TR=84;WE=42187669;WS=42187651;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr15	42211486	rs1704396	A	G	3137.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.020;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=311;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.459;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=44;PP=1440;ReadPosRankSum=0.211;SC=GGATGTCTCTAAAGAGGTCCT;SOR=0.704;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=197;TCF=100;TCR=97;TR=96;WE=42211494;WS=42211476;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:152,154:0.50:306
chr15	42235173	rs11631075	G	A	1403.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.370;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.443;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=20;PP=795;ReadPosRankSum=0.734;SC=CCTGGAGGACGGATAGAATAA;SOR=0.549;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=91;TCF=59;TCR=32;TR=53;WE=42235181;WS=42235163;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,68:0.54:127
chr15	42276176	rs1704348	T	C	468.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=0.619;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.238;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=15;PP=240;ReadPosRankSum=-0.263;SC=TCTACACCTGTGGGCAGCAGG;SOR=0.976;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=36;TCF=10;TCR=26;TR=20;WE=42276184;WS=42276166;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,24:0.55:44
chr15	42279598	rs28438985	G	A	679.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.080;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=2.367;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.57;ReadPosRankSum=1.255;SOR=0.418;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,35:0.49:71
chr15	42281719	rs1668579	G	A	4571.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.947;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=543;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=72;NR=89;PP=2287;ReadPosRankSum=2.434;SC=ACTTCTGCAGGCCCACCTCGT;SOR=0.692;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=347;TCF=154;TCR=193;TR=161;WE=42281727;WS=42281709;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:296,235:0.44:531
chr15	42281790	rs1530837	A	G	2469.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.842;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.393;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=69;PP=1625;ReadPosRankSum=-0.050;SC=GTCTCAGGCCAGGGAGCCGTC;SOR=1.071;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=170;TCF=43;TCR=127;TR=88;WE=42281798;WS=42281780;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:103,107:0.51:210
chr15	42287578	rs1668586	G	A	2027.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.057;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.206;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=24;PP=942;ReadPosRankSum=0.271;SC=CTGATAGACCGGTGATGTAGC;SOR=0.736;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=115;TCF=57;TCR=58;TR=55;WE=42287586;WS=42287568;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,96:0.52:184
chr15	42287606	rs4924595	T	C	1701.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=2.279;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.029;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=35;PP=1046;ReadPosRankSum=0.727;SC=GTCCAGGAGGTTCAGCTTCTG;SOR=0.805;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=127;TCF=63;TCR=64;TR=62;WE=42287614;WS=42287596;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:113,84:0.43:197
chr15	42289522	rs1704357	C	T	1815.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=14;NR=38;PP=1124;SC=GACACAGCTTCAGGGTCCATT;SOR=1.646;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=52;TCF=14;TCR=38;TR=52;WE=42289530;WS=42289512;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr15	42292532	rs1668557	T	C	1060.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=25;PP=593;SC=ACTACCCACCTGCAACTTGGT;SOR=2.038;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=7;TCR=25;TR=32;WE=42292540;WS=42292522;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr15	42297092	rs2598464	G	A	7734.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=299;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=86;NR=100;PP=2965;SC=GAAGCTACTTGATGGCCAGGA;SOR=0.756;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=188;TCF=87;TCR=101;TR=186;WE=42297100;WS=42297082;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,293:1.00:293
chr15	42298133	rs1704366	A	G	1325.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=34;NR=4;PP=988;SC=GGAATCAGCAACAGCTATGAG;SOR=3.365;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=39;TCF=34;TCR=5;TR=38;WE=42298141;WS=42298123;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr15	42302590	rs1668568	A	G	1747.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=5;NR=48;PP=1304;SC=AGATAAAGAAATATTCCTGGC;SOR=3.538;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=53;TCF=5;TCR=48;TR=53;WE=42302598;WS=42302580;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr15	42362298	rs12906547	T	G	680.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-0.413;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.580;HP=6;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=16;PP=381;ReadPosRankSum=0.510;SC=CAGTGCCTGGTGGGGAGAAGG;SOR=0.204;SbPval=0.26;Source=Platypus;TC=47;TCF=14;TCR=33;TR=26;WE=42362306;WS=42362288;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,32:0.55:58
chr15	42362821	rs2459692	C	G	1453.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=36;NR=13;PP=939;SC=TTCGGGACCCCGGCGGTGTGG;SOR=2.024;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=50;TCF=36;TCR=14;TR=49;WE=42362829;WS=42362811;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr15	42363769	rs1668589	A	G	5321.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=48;NR=89;PP=2832;SC=ACCAAAAGAGATCAGCCTCAG;SOR=1.208;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=138;TCF=49;TCR=89;TR=137;WE=42363777;WS=42363751;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,193:1.00:193
chr15	42364652	rs1668587	G	A	813.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=24;PP=645;SC=CAGTGGCTCCGCCAGGACAGG;SOR=3.767;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=26;TCF=2;TCR=24;TR=26;WE=42364660;WS=42364642;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr15	42371752	rs4924618	A	T	575.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-2.091;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=6;PP=416;ReadPosRankSum=0.297;SC=TGCAGCATGGACTCCAGCACT;SOR=0.534;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=53;TCF=42;TCR=11;TR=25;WE=42371760;WS=42371742;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,26:0.46:56
chr15	42373432	rs600415	C	T	817.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.771;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=21;PP=456;ReadPosRankSum=-2.110;SC=GGGAAGGGACCGCATAGTTGG;SOR=0.716;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=54;TCF=14;TCR=40;TR=29;WE=42373440;WS=42373422;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,37:0.55:67
chr15	42373810	rs11635685	G	C	3919.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.530;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=346;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.394;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=77;NR=75;PP=2170;ReadPosRankSum=-0.574;SC=CAGCTCCTCAGGGCTGTGGCA;SOR=0.664;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=257;TCF=131;TCR=126;TR=152;WE=42373818;WS=42373800;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:154,184:0.54:338
chr15	42374601	rs138949725	A	ATCAT	3530.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.465;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=332;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.043;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=1.671;NF=2;NR=44;PP=2409;ReadPosRankSum=-1.144;SC=AAGGGAAAGCATCATTCATTC;SOR=0.527;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=156;TCF=5;TCR=151;TR=46;WE=42374609;WS=42374591;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,92:0.52:176
chr15	42377744	rs605253	C	G	5264.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.587;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=67;NR=63;PP=2352;ReadPosRankSum=3.164;SC=AATCAGAGAGCATGAGCAAGT;SOR=0.693;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=130;TCF=67;TCR=63;TR=130;WE=42377752;WS=42377734;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,204:0.99:206
chr15	42433382	rs694456	A	T	2195.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.200;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=252;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=22;PP=793;ReadPosRankSum=0.869;SC=TGATGCCCCTACTAGACACAC;SOR=0.664;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=149;TCF=90;TCR=59;TR=58;WE=42433390;WS=42433372;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:134,111:0.45:245
chr15	42433802	rs2280248	A	G	1970.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.072;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.863;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=25;PP=1121;ReadPosRankSum=0.532;SC=CTGGCTTCTCAGTGCCCTCAG;SOR=0.865;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=132;TCF=85;TCR=47;TR=73;WE=42433810;WS=42433792;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,94:0.51:184
chr15	42434254	rs655427	G	A	1607.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=2.319;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.569;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=26;PP=813;ReadPosRankSum=-0.391;SC=AGGTCTCCACGTTGTTCAGGA;SOR=0.636;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=112;TCF=63;TCR=49;TR=56;WE=42434262;WS=42434244;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,81:0.49:167
chr15	42434505	rs654527	C	A	492.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-4.132;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.400;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=13;PP=318;ReadPosRankSum=1.574;SC=GGCTGGCTCCCTGCGGGCCCT;SOR=0.254;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=32;TCF=6;TCR=26;TR=17;WE=42434513;WS=42434495;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,21:0.52:40
chr15	42434837	rs1356410	T	C	3465.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=1.035;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=422;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=48;PP=1136;ReadPosRankSum=-0.924;SC=GCCTCCTCCATGTCCTCAGGG;SOR=0.720;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=223;TCF=106;TCR=117;TR=92;WE=42434845;WS=42434827;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:231,182:0.44:413
chr15	42436043	rs681264	G	A	753.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-1.310;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=5;PP=490;ReadPosRankSum=-1.547;SC=TGGAACCCAGGCCGTCCACAA;SOR=0.844;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=50;TCF=39;TCR=11;TR=26;WE=42436051;WS=42436033;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,31:0.56:55
chr15	42436599	rs636535	T	C	284.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-0.872;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.485;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=5;PP=117;ReadPosRankSum=-0.208;SC=GAGCCAGAGGTGCAGGCAGGA;SOR=0.320;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=25;TCF=16;TCR=9;TR=12;WE=42436607;WS=42436589;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,15:0.50:30
chr15	42437711	rs621560	T	C	452.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=2.415;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=7;PP=320;ReadPosRankSum=2.053;SC=ATTCTTCTTGTCTCTGCCAGG;SOR=0.772;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=57;TCF=38;TCR=19;TR=21;WE=42437719;WS=42437701;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,23:0.35:66
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chr15	42442186	rs60486546	A	G	2357.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=3.515;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.152;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=28;PP=1516;ReadPosRankSum=0.809;SC=GGAGGGAAAAATGTCATCCCC;SOR=0.801;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=156;TCF=101;TCR=55;TR=82;WE=42442194;WS=42442176;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:96,97:0.50:193
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chr15	42442823	rs73403546	G	C	2207.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.179;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=271;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.941;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=39;PP=985;ReadPosRankSum=-2.237;SC=GCTGCCAGCAGCTCCATCAGC;SOR=0.784;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=179;TCF=85;TCR=94;TR=71;WE=42442831;WS=42442813;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:156,114:0.42:270
chr15	42443049	rs74009020	G	A	149.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.783;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=5.315;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=8.81;ReadPosRankSum=-0.778;SOR=0.105;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,8:0.47:17
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chr15	42445654	rs1703754	A	G	834.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.118;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.634;HP=3;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=20;PP=450;ReadPosRankSum=0.731;SC=CAGGGTTTGGAGTGGGGCGAG;SOR=0.871;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=82;TCF=36;TCR=46;TR=32;WE=42445662;WS=42445644;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,41:0.42:97
chr15	42445679	rs681029	T	A	658.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.984;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.963;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=14;PP=397;ReadPosRankSum=1.113;SC=CCGCCCAACATGCAGATGGGT;SOR=0.687;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=75;TCF=39;TCR=36;TR=25;WE=42445687;WS=42445669;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,30:0.35:85
chr15	42445724	rs624841	C	G	1152.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.599;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=14;PP=660;ReadPosRankSum=-0.964;SC=GGCCAGGCCTCCAAGGCCAGT;SOR=0.666;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=100;TCF=62;TCR=38;TR=36;WE=42445732;WS=42445714;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,50:0.41:121
chr15	42445987	rs1624183	A	G	405.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.654;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=15;PP=301;ReadPosRankSum=-0.277;SC=TGTCATGGACATAGGAGGGGC;SOR=0.950;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=35;TCF=3;TCR=32;TR=16;WE=42445995;WS=42445977;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,18:0.47:38
chr15	42446208	rs678778	C	T	311.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=4.526;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=0;PP=220;ReadPosRankSum=-2.720;SC=TGGCCTGTGCCGACCAGAGCC;SOR=0.909;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=34;TCF=33;TCR=1;TR=12;WE=42446216;WS=42446198;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,13:0.36:36
chr15	42453963	rs16972779	T	C	1311.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.159;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.581;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=22;PP=703;ReadPosRankSum=1.105;SC=AAATCCGCTCTTCCTGGACCT;SOR=0.399;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=77;TCF=32;TCR=45;TR=41;WE=42453971;WS=42453953;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,61:0.54:113
chr15	42459034	rs1619030	T	C	4007.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=3.654;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=465;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.533;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=82;PP=2267;ReadPosRankSum=1.089;SC=GAGCCTTCTTTAGCACGTGCT;SOR=0.724;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=310;TCF=120;TCR=190;TR=131;WE=42459042;WS=42459024;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:265,189:0.42:454
chr15	42481143	.	G	A	230.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.779;ClippingRankSum=0.000;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=0;PP=170;ReadPosRankSum=0.063;SC=TAGCCTGGGCGACAGAACAAG;SOR=1.022;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=14;TCR=1;TR=7;WE=42481151;WS=42481139;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,11:0.48:23
chr15	42491708	rs73407403	C	T	121.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.800;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=2;PP=76;ReadPosRankSum=0.311;SC=TATTTTAAATCGATGTTGCCT;SOR=0.368;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=21;TCF=16;TCR=5;TR=7;WE=42491716;WS=42491698;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,7:0.33:21
chr15	42492185	rs2928335	C	A	1510.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.050;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FS=1.532;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.49;ReadPosRankSum=-2.271;SOR=0.556;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:44,68:0.61:112
chr15	42503953	.	G	GA	45.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.710;ClippingRankSum=0.000;DP=310;ExcessHet=3.0103;FS=5.877;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.17;ReadPosRankSum=0.640;SOR=0.330;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:225,39:0.15:264
chr15	42510402	rs3736099	T	C	242.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.796;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=1;PP=182;ReadPosRankSum=0.377;SC=TTATTCCTATTCTTTTAATTA;SOR=0.804;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=19;TCF=17;TCR=2;TR=10;WE=42510410;WS=42510392;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,10:0.53:19
chr15	42519136	rs1678988	T	C	2901.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=25;NR=40;PP=1344;SC=GTACAACATTTATACACATTA;SOR=1.008;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=65;TCF=25;TCR=40;TR=65;WE=42519144;WS=42519126;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr15	42520760	rs1678987	C	T	2115.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=51;NR=11;PP=1408;SC=TTAAAAACCACAGATCCTTCT;SOR=2.568;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=62;TCF=51;TCR=11;TR=62;WE=42520768;WS=42520750;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr15	42520829	rs1712417	T	C	7079.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=267;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=113;NR=63;PP=2965;SC=ACTTTCTATGTCCACCCATGG;SOR=1.152;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=177;TCF=114;TCR=63;TR=176;WE=42520837;WS=42520819;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,260:1.00:260
chr15	42523341	rs56119841	T	TC	8964.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=252;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=59;NR=58;PP=2965;SC=GAAACCCATCTCAAGGGGAGA;SOR=1.253;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=123;TCF=62;TCR=61;TR=117;WE=42523349;WS=42523331;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,251:1.00:251
chr15	42524065	rs1630294	T	C	6773.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=259;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=93;NR=60;PP=2937;SC=CAGGCGTCAATTGCTGAGAGG;SOR=0.982;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=153;TCF=93;TCR=60;TR=153;WE=42524073;WS=42524055;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,257:1.00:257
chr15	42524165	rs1712420	C	T	5045.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=51;NR=82;PP=2548;SC=GTTAAAGTTGCTAGAAGTCTA;SOR=1.057;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=134;TCF=52;TCR=82;TR=133;WE=42524173;WS=42524155;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,190:1.00:190
chr15	42528676	rs1679012	C	T	1572.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.858;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.180;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=42;PP=875;ReadPosRankSum=-2.044;SC=AGGCCAGATGCCAATACTAGA;SOR=0.791;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=136;TCF=42;TCR=94;TR=59;WE=42528684;WS=42528666;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:115,77:0.40:192
chr15	42529892	rs66512609	C	CT	306.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.362;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.43;MQRankSum=0.000;QD=10.22;ReadPosRankSum=-0.624;SOR=1.061;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,23:0.77:30
chr15	42531768	rs11070363	C	T	1241.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=24;NR=8;PP=637;SC=CTGAATTGCACAGGAACAATT;SOR=1.880;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=24;TCR=8;TR=32;WE=42531776;WS=42531758;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr15	42553218	rs5812215	AT	A	2168.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.948;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FS=2.471;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.68;MQRankSum=0.300;QD=22.83;ReadPosRankSum=1.800;SOR=0.962;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:3,92:0.97:95
chr15	42560312	rs2412681	C	T	2482.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=22;NR=51;PP=1525;SC=ATATCCTATTCATTTCGTACC;SOR=1.584;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=73;TCF=22;TCR=51;TR=73;WE=42560320;WS=42560302;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr15	42564369	rs4244587	C	T	575.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.563;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.20;ReadPosRankSum=-2.452;SOR=0.715;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:49,31:0.39:80
chr15	42564369	.	CA	TG	169	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;FR=0.5000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=8;NR=6;PP=169;QD=15.8905624902;SC=CTTCAATTACCAAAGCATCAT;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=44;TCF=22;TCR=22;TR=14;WE=42564378;WS=42564359;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:30,14:0.32:44
chr15	42564370	rs4244588	A	G	2674.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=33.02;SOR=0.718;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr15	42564902	rs7181758	A	C	796.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=23;NR=1;PP=714;SC=CTATTTCTTCAATTTTAACCA;SOR=5.058;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=24;TCF=23;TCR=1;TR=24;WE=42564910;WS=42564893;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr15	42568547	rs8043515	C	G	1740.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=23;NR=29;PP=905;SC=TTTATTTAGTCTTGAAGATGA;SOR=0.818;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=52;TCF=23;TCR=29;TR=52;WE=42568555;WS=42568537;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr15	42568630	rs8023678	G	A	722.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=8;NR=15;PP=449;SC=AAATATAGTAGCTAGATCAAA;SOR=1.302;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=8;TCR=15;TR=23;WE=42568638;WS=42568620;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr15	42570105	rs12916792	G	C	76.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=19.01;SOR=3.258;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr15	42570113	rs369093079	GAAA	G	86.74	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.524;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=6.990;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=17.35;ReadPosRankSum=1.282;SOR=3.229;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,4:0.80:5
chr15	42570201	rs12916523	A	G	1088.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.19;SOR=1.038;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr15	42570433	rs8024390	C	T	356.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=7;PP=224;SC=TCAAGAAAGACAAGATGTCAT;SOR=1.609;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=3;TCR=7;TR=10;WE=42570441;WS=42570423;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr15	42570718	rs8024732	A	G	4322.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-0.438;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=525;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=53;PP=1460;ReadPosRankSum=-0.984;SC=TCCACCTATCAGGCATTATTG;SOR=0.678;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=286;TCF=159;TCR=127;TR=118;WE=42570726;WS=42570708;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:289,234:0.45:523
chr15	42573067	rs8037020	C	T	71.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.115;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=1;PP=37;ReadPosRankSum=0.056;SC=TACTGTAGATCAGTTTCTCTT;SOR=0.330;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=15;TCF=13;TCR=2;TR=5;WE=42573075;WS=42573057;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,5:0.28:18
chr15	42575956	rs2412688	A	G	3063.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.958;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=353;ExcessHet=3.0103;FS=0.388;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.73;ReadPosRankSum=1.515;SOR=0.686;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:196,155:0.44:351
chr15	42575963	rs2412689	A	G	12168.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=357;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=34.18;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,356:1.00:356
chr15	42579822	rs11070371	T	C	1870.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=50;NR=9;PP=1436;SC=CTAATTATTGTAATTGGTGCA;SOR=2.869;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=61;TCF=52;TCR=9;TR=59;WE=42579830;WS=42579812;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr15	42579948	rs8037627	T	C	11714.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=464;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=141;NR=119;PP=2965;SC=TTAAAATTAATGAAGAGACTC;SOR=0.798;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=261;TCF=142;TCR=119;TR=260;WE=42579956;WS=42579938;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,459:1.00:459
chr15	42579984	rs16973008	G	A	4597.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.169;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=528;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=58;PP=1729;ReadPosRankSum=1.344;SC=TTGAAGTTCCGGATGTCCTCA;SOR=0.673;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=277;TCF=137;TCR=140;TR=116;WE=42579992;WS=42579974;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:289,236:0.45:525
chr15	42580106	rs8036596	A	C	1600.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=1.552;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.852;HP=6;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=42;PP=1054;ReadPosRankSum=-1.700;SC=TGCACTTCTTATTTTGGCTGC;SOR=0.549;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=92;TCF=19;TCR=73;TR=55;WE=42580114;WS=42580096;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,65:0.60:109
chr15	42584909	rs4923939	C	T	8491.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=326;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=113;NR=82;PP=2965;SC=CAGCTTGTTTCTCTCTTCCTG;SOR=0.929;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=195;TCF=113;TCR=82;TR=195;WE=42584917;WS=42584899;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,318:1.00:318
chr15	42589987	rs4924651	T	C	1257.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.93;SOR=1.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr15	42589996	rs4924652	C	T	1206.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.70;SOR=1.781;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr15	42590034	rs72029141	TATTCATTC	T	548.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=51;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=0;NR=10;PP=1884;SC=TTCATTCATTTATTCATTCAT;SOR=5.283;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=0;TCR=11;TR=10;WE=42590049;WS=42590024;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr15	42603083	rs2412694	C	T	5546.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=42;NR=95;PP=2725;SC=TGTTCTGTTACATATCCAATG;SOR=1.371;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=138;TCF=43;TCR=95;TR=137;WE=42603091;WS=42603073;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,207:1.00:207
chr15	42606094	rs7173358	A	G	530.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=101;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=3;PP=388;SC=AGGCTGCAGTAAGCACTGTTC;SOR=2.712;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=14;TCR=3;TR=17;WE=42606102;WS=42606084;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr15	42606153	rs141877658	A	AAACAACAAC,AAACAACAACAAC	2748.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=26;NF=20,20;NR=5,5;PP=386,221;SC=CTATCTCTAAAAACAACAGCA;SOR=3.003;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=42;TCF=32;TCR=10;TR=25,25;WE=42606169;WS=42606143;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.59,0.41:41
chr15	42606161	rs11637731	G	A	3349.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.73;QD=38.07;SOR=1.863;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr15	42619508	rs1659215	C	T	6567.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=252;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=100;NR=61;PP=2965;SC=ACAATGCATCCTACTGTGAGG;SOR=1.085;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=164;TCF=100;TCR=64;TR=161;WE=42619516;WS=42619498;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,250:1.00:250
chr15	42641755	rs71823989	CTCAAA	C	1697.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.999;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.347;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=27;PP=1237;ReadPosRankSum=1.924;SC=GTTCAGCATCCTCAAATCAAA;SOR=1.888;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=59;TCF=1;TCR=58;TR=27;WE=42641767;WS=42641745;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,45:0.47:95
chr15	42643529	rs7181742	T	C	2285.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.290;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FS=2.198;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.81;ReadPosRankSum=0.248;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:76,60:0.44:136
chr15	42643538	rs7180279	A	G	2613.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.936;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FS=3.674;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.54;ReadPosRankSum=-1.631;SOR=0.982;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:81,77:0.49:158
chr15	42644105	rs3743008	A	G	465.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=2.259;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.795;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=3;PP=372;ReadPosRankSum=0.060;SC=TAAAAGTGCTATTAATTTGGA;SOR=0.372;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=39;TCF=34;TCR=5;TR=20;WE=42644113;WS=42644095;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,19:0.49:39
chr15	42677959	rs28364393	G	A	1317.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-0.003;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.657;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=18;PP=631;ReadPosRankSum=-1.401;SC=CTCAGTCTTCGCTGAAGTCAG;SOR=0.624;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=95;TCF=58;TCR=37;TR=46;WE=42677967;WS=42677949;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,65:0.51:128
chr15	42694944	rs2241827	T	C	2503.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=67;NR=8;PP=1773;SC=CAGGACAGGATGTTCCTCCCG;SOR=3.312;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=75;TCF=67;TCR=8;TR=75;WE=42694952;WS=42694934;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr15	42701688	rs3115883	T	C	2804.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=25;NR=62;PP=1623;SC=CTTTGGACTTTGGTGGAGCCA;SOR=1.702;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=87;TCF=25;TCR=62;TR=87;WE=42701696;WS=42701678;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr15	42703406	rs3115884	T	C	2619.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=66;NR=20;PP=1877;SC=ACTGGGCACATGGTCCTCTGA;SOR=2.226;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=86;TCF=66;TCR=20;TR=86;WE=42703414;WS=42703396;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr15	42703886	rs72093530	CGG	C	50.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.566;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=7.25;ReadPosRankSum=-0.697;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,3:0.43:7
chr15	42704105	rs3098423	C	T	8548.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=353;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=84;NR=120;PP=2965;SC=ATCAGTCATGCTCCTCCTCCA;SOR=0.961;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=206;TCF=84;TCR=122;TR=204;WE=42704123;WS=42704095;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,350:1.00:350
chr15	42758159	rs2244773	T	A	1398.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=26;NR=12;PP=689;SC=ACATTTGCTTTTGACGGATTA;SOR=1.287;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=26;TCR=12;TR=38;WE=42758167;WS=42758149;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr15	42764519	rs7177521	G	C	8199.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=319;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=91;NR=97;PP=2965;SC=CAACGTCACAGCTGCAATGAG;SOR=0.745;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=190;TCF=91;TCR=99;TR=188;WE=42764527;WS=42764509;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,316:1.00:316
chr15	42805000	rs4573906	G	A	983.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=10;NR=8;PP=427;SC=CTCCTGCCTCGGCCTCCCAAA;SOR=0.804;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=18;TCF=10;TCR=8;TR=18;WE=42805008;WS=42804990;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr15	42820451	rs9302112	C	T	3233.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.587;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=30;PP=1606;ReadPosRankSum=1.072;SC=ACTCCTGACTCTTATATAGAA;SOR=0.437;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=85;TCF=55;TCR=30;TR=84;WE=42820459;WS=42820441;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,122:0.99:123
chr15	42822077	.	A	G	1144.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=1.088;ClippingRankSum=0.000;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=31;PP=743;ReadPosRankSum=0.057;SC=TCAGTAATAGACATCTGTGCT;SOR=0.716;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=68;TCF=18;TCR=50;TR=43;WE=42822085;WS=42822067;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,50:0.62:80
chr15	42851464	rs11070374	C	T	2135.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=35;NR=22;PP=1049;SC=GCTGGGATTACAGGAGTGAGC;SOR=0.876;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=58;TCF=35;TCR=23;TR=57;WE=42851472;WS=42851454;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr15	42930891	rs1197550	A	T	2345.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=31;NR=21;PP=999;SC=TTTCTACTTAACTCTAGTTTT;SOR=0.972;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=52;TCF=31;TCR=21;TR=52;WE=42930899;WS=42930881;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr15	43018122	.	T	G	163.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-2.144;ClippingRankSum=0.000;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=1;PP=282;ReadPosRankSum=1.629;SC=TGCAGTTAGCTAAGATCGTGC;SOR=1.329;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=43;TCF=40;TCR=3;TR=20;WE=43018130;WS=43018112;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,9:0.43:21
chr15	43075531	rs9920092	C	T	528.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=14;NR=3;PP=357;SC=TCACCAGATACCAAATCTGCC;SOR=2.419;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=14;TCR=3;TR=17;WE=43075539;WS=43075521;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr15	43075942	.	TA	T	32.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.647;ClippingRankSum=0.000;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=2.730;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.56;ReadPosRankSum=-2.758;SOR=1.483;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,7:0.33:21
chr15	43104115	rs143101383	CAT	C	30.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.686;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.18;ReadPosRankSum=-1.467;SOR=0.046;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,4:0.15:26
chr15	43170690	rs10650948	T	TAC,TACAC	1221.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.992;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=2.780;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.429;NF=19,19;NR=18,18;PP=370,863;ReadPosRankSum=-0.347;SC=CCGATATGTATACACACACAC;SOR=1.246;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=55;TCF=29;TCR=26;TR=37,37;WE=43170699;WS=43170680;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.46,0.34:102
chr15	43237805	rs11352938	AT	A	219.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=9;PP=323;SC=AAAAAGGGATATTTTCCCTTC;SOR=4.615;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=0;TCR=10;TR=9;WE=43237830;WS=43237795;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr15	43237813	rs67230215	TTCACCATTGA	T	367.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=6;PP=2210;SC=ATATTTTCCCTTCACCATTGA;SOR=4.615;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=6;WE=43237830;WS=43237795;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr15	43244699	rs2277532	A	G	1493.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=6;NR=35;PP=997;SC=AACAAAACAAATAAGTACCAT;SOR=2.584;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=6;TCR=35;TR=41;WE=43244707;WS=43244689;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr15	43256121	rs2054389	T	C	1831.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=28;NR=15;PP=836;SC=CAATATTTTATCCCCATAGTA;SOR=1.211;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=43;TCF=28;TCR=15;TR=43;WE=43256129;WS=43256111;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr15	43322113	rs3736054	C	A	3278.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=68;NR=25;PP=2013;SC=TCTTGAGGTACATAGAGATAA;SOR=1.823;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=93;TCF=68;TCR=25;TR=93;WE=43322121;WS=43322103;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr15	43324942	rs6493077	C	T	1027.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.870;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=15;PP=443;ReadPosRankSum=-0.751;SC=TCATCCAGTCCAGTATTTTTT;SOR=1.075;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=25;TCF=9;TCR=16;TR=23;WE=43324950;WS=43324932;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,41:0.95:43
chr15	43328663	rs3784265	C	T	1410.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=21;NR=17;PP=846;SC=TATCTTCTCTCCTTAGAAAGA;SOR=0.859;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=38;TCF=21;TCR=17;TR=38;WE=43328671;WS=43328653;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr15	43330175	rs7166596	A	T	2980.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=80;PP=2316;SC=TTCTCACGTGAAAAATGGAAG;SOR=3.567;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=94;TCF=14;TCR=80;TR=94;WE=43330183;WS=43330165;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr15	43348679	rs78940367	C	T	165.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=2.850;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.358;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=7;PP=132;ReadPosRankSum=1.930;SC=TAAATCACTACTAAAGACCTT;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=1;TCR=11;TR=7;WE=43348687;WS=43348669;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,7:0.50:14
chr15	43352041	rs4924704	G	A	2894.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=34;NR=43;PP=1751;SC=TGAAGGGAACGAACCAAAAAA;SOR=0.859;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=77;TCF=34;TCR=43;TR=77;WE=43352049;WS=43352031;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr15	43378118	.	CA	C	292.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.608;ClippingRankSum=0.000;DP=91;ExcessHet=3.0103;FS=2.301;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.57;ReadPosRankSum=-0.864;SOR=0.379;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:45,37:0.45:82
chr15	43398108	rs68062403	A	G	6423.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.039;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=311;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.187;HP=8;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=103;NR=89;PP=2939;ReadPosRankSum=0.213;SC=GACCGGGGGGAGGACAAAAGA;SOR=1.093;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=206;TCF=109;TCR=97;TR=192;WE=43398116;WS=43398091;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:16,275:0.95:291
chr15	43430749	.	CT	C	204.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.976;ClippingRankSum=0.000;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.25;ReadPosRankSum=-0.666;SOR=0.645;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,19:0.49:39
chr15	43430934	rs117093529	G	A	664.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.250;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=13;PP=327;ReadPosRankSum=-2.530;SC=CAGGGGTCTCGCTATTTTGCC;SOR=0.749;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=49;TCF=21;TCR=28;TR=23;WE=43430942;WS=43430924;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,33:0.45:74
chr15	43453056	rs11070392	C	G	1135.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=24;PP=725;SC=ATACAGTAGTCCTCCCTTATC;SOR=2.362;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=5;TCR=24;TR=29;WE=43453064;WS=43453046;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
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chr15	43478511	rs530118	C	T	4111.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.795;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.586;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=57;PP=1887;ReadPosRankSum=-0.986;SC=ACCTTTTGCACGCACGCCAGG;SOR=0.661;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=98;TCF=41;TCR=57;TR=97;WE=43478519;WS=43478501;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,152:0.99:153
chr15	43481299	rs6493079	A	G	1077.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.167;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=67.09;MQRankSum=2.261;QD=20.34;ReadPosRankSum=1.213;SOR=0.290;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,52:0.98:53
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chr15	43483541	.	CTTTTT	C	128.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.595;ClippingRankSum=0.000;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=11.389;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.44;ReadPosRankSum=2.697;SOR=0.601;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,5:0.25:20
chr15	43512847	rs3832982	AC	A	339.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.046;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.30;MQRankSum=1.875;QD=5.76;ReadPosRankSum=-0.672;SOR=0.312;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,22:0.37:59
chr15	43527236	rs579178	A	G	1260.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=34;PP=910;SC=CAAGTACCAAATCCCAGGGAA;SOR=3.716;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=38;TCF=4;TCR=34;TR=38;WE=43527244;WS=43527226;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr15	43568999	rs530683	C	T	1887.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=35;NR=15;PP=934;SC=GGTCCTGTGACGCCATGGGGC;SOR=1.451;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=50;TCF=35;TCR=15;TR=50;WE=43569007;WS=43568989;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr15	43668608	.	T	C	1242.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.512;ClippingRankSum=0.000;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.576;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=17;PP=682;ReadPosRankSum=1.159;SC=ATTGGTTTGTTTGTATAACTT;SOR=0.497;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=74;TCF=47;TCR=27;TR=41;WE=43668616;WS=43668598;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,57:0.53:107
chr15	43701946	rs56813954	TA	T	439.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.667;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=12.457;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.21;MQRankSum=0.878;QD=9.99;ReadPosRankSum=-1.027;SOR=0.080;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,26:0.59:44
chr15	43784000	rs555252	C	T	8094.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=277;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=107;NR=124;PP=2965;SC=ACCAACAAACCTTAATACAAA;SOR=0.842;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=232;TCF=107;TCR=125;TR=231;WE=43784008;WS=43783990;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,271:1.00:271
chr15	43903040	.	G	A	1955.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.806;ClippingRankSum=0.000;DP=182;ExcessHet=3.0103;FS=0.579;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.29;MQRankSum=-7.565;QD=10.93;ReadPosRankSum=-0.415;SOR=0.629;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:80,99:0.55:179
chr15	43903198	.	TTG	T	1062.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.976;ClippingRankSum=0.000;DP=319;ExcessHet=3.0103;FS=2.288;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.28;MQRankSum=1.977;QD=6.36;ReadPosRankSum=-0.083;SOR=0.940;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:106,61:0.37:167
chr15	43924420	rs144399798	C	T	851.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.549;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FS=11.724;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.23;MQRankSum=-10.369;QD=4.24;ReadPosRankSum=-3.299;SOR=1.724;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:170,31:0.15:201
chr15	43924422	rs142408593	T	C	851.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.290;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FS=11.128;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.25;MQRankSum=-9.857;QD=4.20;ReadPosRankSum=-3.632;SOR=1.643;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:169,34:0.17:203
chr15	43924652	.	G	A	383.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.857;ClippingRankSum=0.000;DP=87;ExcessHet=3.0103;FS=2.390;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.09;MQRankSum=-4.560;QD=4.62;ReadPosRankSum=0.907;SOR=0.381;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:61,22:0.27:83
chr15	43927623	rs375933133	CA	C	786.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.377;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=531;ExcessHet=3.0103;FS=1.494;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.08;MQRankSum=3.661;QD=1.73;ReadPosRankSum=0.388;SOR=0.588;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:334,121:0.27:455
chr15	43941125	rs2470122	G	C	2243.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=23;NR=34;PP=845;SC=CCCGCCCGCCGGACGAAGGCG;SOR=0.965;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=57;TCF=23;TCR=34;TR=57;WE=43941133;WS=43941115;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr15	44002670	rs373529135	TTG	T	754.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.217;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=400;ExcessHet=3.0103;FS=0.639;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.12;MQRankSum=-4.282;QD=2.74;ReadPosRankSum=-2.838;SOR=0.770;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:214,61:0.22:275
chr15	44023810	.	CT	C	231.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.360;ClippingRankSum=0.000;DP=104;ExcessHet=3.0103;FS=4.551;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.27;MQRankSum=1.411;QD=2.32;ReadPosRankSum=1.034;SOR=1.302;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:73,27:0.27:100
chr15	44028569	rs56181031	G	C	1206.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=46.40;QD=28.06;SOR=1.954;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr15	44038899	rs2411284	C	T	7481.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.944;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=295;ExcessHet=3.0103;FS=3.070;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.82;MQRankSum=-0.146;QD=25.45;ReadPosRankSum=-0.528;SOR=0.278;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,293:1.00:294
chr15	44053617	rs8040336	C	T	742.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-0.752;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.280;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=5;PP=616;ReadPosRankSum=0.075;SC=ATTTTGACTTCTAAGATGGAA;SOR=0.439;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=62;TCF=52;TCR=10;TR=29;WE=44053625;WS=44053607;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,31:0.48:65
chr15	44061802	rs1053492	C	T	8779.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=345;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=144;NR=93;PP=2965;SC=GGTGTGGTCACTGTAAGAACC;SOR=1.056;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=237;TCF=144;TCR=93;TR=237;WE=44061810;WS=44061792;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,332:1.00:332
chr15	44062874	rs7181912	A	T	2166.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=28.14;SOR=1.300;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr15	44068160	rs3844075	C	G	6846.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=250;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=94;NR=56;PP=2965;SC=AGGGTGGAGACCTCTTAAGCA;SOR=1.046;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=150;TCF=94;TCR=56;TR=150;WE=44068168;WS=44068150;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,248:1.00:248
chr15	44084705	rs4644832	G	A	15414.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=567;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=147;NR=252;PP=2965;SC=CGCGCTCTGTGGCCACCCTCA;SOR=1.158;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=401;TCF=149;TCR=252;TR=399;WE=44084713;WS=44084695;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,558:1.00:558
chr15	44090251	.	C	CT	95.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.894;ClippingRankSum=0.000;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.74;ReadPosRankSum=1.423;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,12:0.34:35
chr15	44090854	rs654276	T	C	955.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=17;NR=13;PP=607;SC=TGAGAGGGGGTTGGGACAGGC;SOR=1.002;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=17;TCR=13;TR=30;WE=44090862;WS=44090844;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr15	44091351	rs656473	A	T	3203.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=26;NR=68;PP=2172;SC=AGTGTGTGTGAGAGAAATGGC;SOR=1.898;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=94;TCF=26;TCR=68;TR=94;WE=44091359;WS=44091341;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr15	44091987	.	AACG	A	3756.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.897;ClippingRankSum=0.000;DP=211;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.294;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQ=60.05;MQRankSum=1.020;NF=13;NR=39;PP=2298;ReadPosRankSum=0.576;SC=AACGAACCAGAACGACATTAG;SOR=0.482;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=108;TCF=22;TCR=86;TR=52;WE=44091997;WS=44091977;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:100,98:0.49:198
chr15	44107382	.	G	GT	126.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.822;ClippingRankSum=0.000;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.52;ReadPosRankSum=-1.699;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,15:0.42:36
chr15	44120559	rs678084	T	G	4629.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=37;NR=73;PP=2454;SC=TACCACACCATCCCTGGTAAG;SOR=1.339;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=110;TCF=37;TCR=73;TR=110;WE=44120567;WS=44120549;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,164:1.00:164
chr15	44194474	.	G	C	1595.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=2.450;ClippingRankSum=0.000;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.682;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=29;PP=912;ReadPosRankSum=1.256;SC=GAATAAAGAAGATGAGATGAT;SOR=0.919;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=106;TCF=48;TCR=58;TR=50;WE=44194482;WS=44194464;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:99,74:0.43:173
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chr15	44859547	rs5812277	CA	C	151.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.768;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FS=1.050;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.63;ReadPosRankSum=1.552;SOR=0.846;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:61,32:0.34:93
chr15	44877800	.	TA	T	72.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.350;ClippingRankSum=0.000;DP=74;ExcessHet=3.0103;FS=1.129;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.23;ReadPosRankSum=2.434;SOR=0.955;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,21:0.36:59
chr15	44903285	rs12909507	C	A	403.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.36;QD=26.92;SOR=1.112;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr15	44943757	rs3759871	A	G	4984.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=3.975;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=451;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.427;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=91;NR=73;PP=2937;ReadPosRankSum=2.355;SC=GCCAAGGGAAAAACACTGCAT;SOR=0.851;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=302;TCF=164;TCR=138;TR=164;WE=44943765;WS=44943744;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:223,219:0.50:442
chr15	44949206	rs201913015	T	TA	99.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.679;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.41;MQRankSum=2.228;QD=1.96;ReadPosRankSum=0.087;SOR=0.420;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,14:0.27:51
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chr15	44966389	rs8026845	T	C	7651.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=297;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=76;NR=82;PP=2965;SC=ATTCCCAGCATACCAGGGGCC;SOR=0.749;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=160;TCF=76;TCR=84;TR=158;WE=44966397;WS=44966379;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,292:1.00:292
chr15	45028919	rs11388295	C	CT	2186.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-1.844;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.762;HP=11;HapScore=3;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.932;NF=12;NR=30;PP=555;ReadPosRankSum=-0.744;SC=GTGAGTGACCCTTTTTTTTTT;SOR=0.837;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=58;TCF=17;TCR=41;TR=42;WE=45028927;WS=45028909;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,121:0.77:157
chr15	45047134	rs2470911	G	A	5805.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-0.536;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=565;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.428;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=85;NR=70;PP=2447;ReadPosRankSum=0.932;SC=CGATCCAGGCGACTATGTTGA;SOR=0.820;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=294;TCF=154;TCR=140;TR=155;WE=45047142;WS=45047124;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:275,285:0.51:560
chr15	45047573	rs3100139	C	T	1229.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=32;PP=868;SC=CATTTCTTCACGGTGGGTGAG;SOR=3.664;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=36;TCF=3;TCR=33;TR=35;WE=45047581;WS=45047563;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr15	45048757	rs3759881	T	A	916.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=5;NR=16;PP=469;SC=ATATATTATCTACACACTAAA;SOR=1.751;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=5;TCR=16;TR=21;WE=45048765;WS=45048747;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr15	45059390	rs6493127	C	T	2912.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=55;NR=24;PP=1746;SC=GTTTACCCCCCTTTCTCCCAT;SOR=1.499;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=82;TCF=57;TCR=25;TR=79;WE=45059398;WS=45059380;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr15	45060014	rs3100143	A	T	3740.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=23;NR=78;PP=2240;SC=TTAAAGAGGTATTGAAATATT;SOR=1.851;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=101;TCF=23;TCR=78;TR=101;WE=45060022;WS=45060004;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,134:1.00:134
chr15	45123909	.	TA	T	364.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.907;ClippingRankSum=0.000;DP=118;ExcessHet=3.0103;FS=10.213;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.84;MQRankSum=-6.625;QD=3.72;ReadPosRankSum=1.260;SOR=1.792;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:54,44:0.45:98
chr15	45250755	rs373082	CA	TG	1615.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQ=59.92;NF=2;NR=30;PP=1605;SC=CAGCCAAATCCAGCTAATCTC;SOR=3.855;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=32;TCF=2;TCR=30;TR=32;WE=45250764;WS=45250745;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr15	45353230	rs2854446	C	T	10165.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=373;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=161;NR=92;PP=2965;SC=TGCTCCCACCCTCGGACATGG;SOR=1.191;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=258;TCF=164;TCR=94;TR=253;WE=45353238;WS=45353220;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,365:1.00:365
chr15	45357410	rs2854437	T	G	2529.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=50;NR=19;PP=1462;SC=GCATATATAATACTATTGTTA;SOR=1.662;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=70;TCF=51;TCR=19;TR=69;WE=45357418;WS=45357400;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr15	45361011	rs28662287	C	T	961.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=45.10;QD=26.72;SOR=1.371;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr15	45361046	.	AT	A	793.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.906;ClippingRankSum=0.000;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=2.519;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.37;MQRankSum=-1.718;QD=13.93;ReadPosRankSum=1.228;SOR=0.991;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:3,54:0.95:57
chr15	45387550	rs199138	A	G	4108.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=92;NR=28;PP=2694;SC=TGGAGCCAGGAGCTTTCTCTC;SOR=1.965;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=120;TCF=92;TCR=28;TR=120;WE=45387558;WS=45387540;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,144:1.00:144
chr15	45388382	rs2554451	C	T	1763.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=14;NR=40;PP=1144;SC=TCTGAGCAAGCGGGGCTCCTG;SOR=1.888;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=54;TCF=14;TCR=40;TR=54;WE=45388390;WS=45388372;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr15	45391566	rs269869	A	T	3892.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=42;NR=30;PP=1549;SC=AGGAGAAACCATCCCCAGAAC;SOR=0.838;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=73;TCF=43;TCR=30;TR=72;WE=45391574;WS=45391556;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,146:1.00:146
chr15	45392075	rs269868	G	A	7118.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=264;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=74;NR=100;PP=2965;SC=CGAGGGTGGCGAGGCAAAGCC;SOR=0.929;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=174;TCF=74;TCR=100;TR=174;WE=45392083;WS=45392065;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,262:1.00:262
chr15	45398965	rs269862	G	T	2352.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=34;NR=27;PP=1665;SC=CAAATAGCCAGCCCCTCAGGC;SOR=0.887;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=61;TCF=34;TCR=27;TR=61;WE=45398973;WS=45398955;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr15	45399467	rs190599	A	G	27203.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=1030;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=385;NR=301;PP=2965;SC=GACAGCACCAAGTGATTCCCC;SOR=0.879;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=686;TCF=385;TCR=301;TR=686;WE=45399475;WS=45399457;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,1019:1.00:1019
chr15	45400164	rs269861	T	C	1825.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=47;NR=9;PP=1423;SC=CAAGGGCTCATAGGGGCTGTC;SOR=2.872;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=56;TCF=47;TCR=9;TR=56;WE=45400172;WS=45400158;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr15	45400358	rs269860	C	G	14010.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.655;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=547;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=165;NR=168;PP=2965;ReadPosRankSum=1.128;SC=CCAGGAGCCCCCCAAGGAGCA;SOR=0.697;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=335;TCF=166;TCR=169;TR=333;WE=45400366;WS=45400348;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,543:1.00:545
chr15	45402140	.	C	A	1411.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.259;ClippingRankSum=0.000;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.613;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=21;PP=627;ReadPosRankSum=0.284;SC=GCTTTGAAAACCCTTGTTCAG;SOR=0.779;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=89;TCF=49;TCR=40;TR=47;WE=45402148;WS=45402130;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,72:0.50:145
chr15	45404066	rs2001616	G	A	11451.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.623;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=445;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=152;NR=99;PP=2965;ReadPosRankSum=0.476;SC=GTCGAACACGGGGTCTCCAGG;SOR=0.959;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=253;TCF=153;TCR=100;TR=251;WE=45404074;WS=45404056;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,438:1.00:440
chr15	45404979	rs182090	T	G	9783.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=370;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=101;NR=139;PP=2965;SC=CCCAAACCTCTCCCTAAGCCT;SOR=0.956;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=241;TCF=101;TCR=140;TR=240;WE=45404987;WS=45404969;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,365:1.00:365
chr15	45405463	rs269856	G	T	5409.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=78;NR=86;PP=2965;SC=TCAGGGAGCCGCTTGCCGCAC;SOR=0.747;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=167;TCF=78;TCR=89;TR=164;WE=45405471;WS=45405453;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,189:1.00:189
chr15	45408414	rs2576090	C	G	9876.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.892;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=388;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=82;NR=155;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.831;SC=AGCCCGTGTCCGTCTGCTCGT;SOR=1.248;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=238;TCF=82;TCR=156;TR=237;WE=45408422;WS=45408404;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,369:0.99:371
chr15	45408691	rs2576091	C	G	12383.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=278;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.87;SOR=1.082;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,276:1.00:276
chr15	45408699	rs2252371	C	T	7817.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.786;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=295;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=26.77;ReadPosRankSum=0.184;SOR=1.042;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,290:0.99:292
chr15	45408710	rs2554459	A	G	8452.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=332;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=135;NR=99;PP=2965;SC=GCCTCACCCCACAGGGACCCC;SOR=0.929;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=234;TCF=135;TCR=99;TR=234;WE=45408718;WS=45408681;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,327:1.00:327
chr15	45408933	rs2576092	T	C	2771.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=24;NR=64;PP=1713;SC=CTATGGTAAGTGCTGGAGGGA;SOR=2.063;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=88;TCF=24;TCR=64;TR=88;WE=45408941;WS=45408923;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr15	45409271	rs955152	C	T	2854.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=49;NR=27;PP=1528;SC=CACAGCGGGTCCCCCCACTCC;SOR=1.222;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=77;TCF=49;TCR=28;TR=76;WE=45409279;WS=45409261;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr15	45424286	rs1706810	C	G	875.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.231;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=24;PP=577;ReadPosRankSum=1.155;SC=TCTGGGCTCCCCCAAGGACAG;SOR=0.751;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=68;TCF=21;TCR=47;TR=35;WE=45424294;WS=45424276;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,41:0.48:86
chr15	45428712	rs72724253	C	T	2960.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.893;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=252;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.465;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=41;PP=1321;ReadPosRankSum=-0.800;SC=GTCCTCTCTTCTCCTATTTCC;SOR=0.749;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=148;TCF=79;TCR=69;TR=92;WE=45428720;WS=45428702;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:107,144:0.57:251
chr15	45433646	rs1648283	T	G	4580.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-1.383;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=424;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.522;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=67;PP=1839;ReadPosRankSum=-1.174;SC=GTGGTGGGTCTGGAGCCTCGT;SOR=0.620;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=246;TCF=121;TCR=125;TR=133;WE=45433654;WS=45433636;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:191,230:0.55:421
chr15	45434493	rs2292464	C	T	61.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-2.260;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.808;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=2;PP=54;ReadPosRankSum=-0.398;SC=AAGTCAGCTCCAGGGAGAATT;SOR=0.148;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=7;TCF=2;TCR=5;TR=3;WE=45434501;WS=45434483;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,4:0.44:9
chr15	45435217	rs2292465	T	C	557.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.871;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.868;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=3;PP=364;ReadPosRankSum=0.328;SC=AAGCTCCCCATGGGATGCAGA;SOR=1.207;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=48;TCF=39;TCR=9;TR=22;WE=45435225;WS=45435207;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,25:0.46:54
chr15	45439910	rs938129	A	G	4976.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=56;NR=73;PP=2680;SC=TCTGTTGGAGATGGGGAAGCC;SOR=0.950;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=129;TCF=56;TCR=73;TR=129;WE=45439918;WS=45439900;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,181:1.00:181
chr15	45443012	rs8041911	T	C	2367.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.798;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=37;PP=1042;ReadPosRankSum=-1.843;SC=TCAAACAAATTAGAAAAGGAC;SOR=0.718;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=134;TCF=58;TCR=76;TR=62;WE=45443020;WS=45443002;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:104,114:0.52:218
chr15	45444518	rs1706804	A	G	7664.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=-1.332;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=838;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=128;NR=97;PP=2962;ReadPosRankSum=1.165;SC=CGGGCATCACAGACACCACCC;SOR=0.729;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=447;TCF=253;TCR=194;TR=225;WE=45444526;WS=45444508;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:433,395:0.48:828
chr15	45445499	rs1648304	G	C	1155.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.682;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.642;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=11;PP=772;ReadPosRankSum=0.193;SC=CTCTGGCCAGGGTCCTCGATC;SOR=0.927;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=96;TCF=69;TCR=27;TR=46;WE=45445507;WS=45445489;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,53:0.48:110
chr15	45445691	.	AAT	A	4596.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.068;ClippingRankSum=0.000;DP=311;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.48;ReadPosRankSum=-0.646;SOR=0.669;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:133,164:0.55:297
chr15	45445692	.	ATGTGTGTGTGTGTG	A	798.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-5.837;ClippingRankSum=0.000;DP=315;ExcessHet=3.0103;FS=16.495;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.61;ReadPosRankSum=5.312;SOR=1.955;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:173,48:0.22:221
chr15	45445734	.	GTGTGTGTGTGTA	G	682.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.812;ClippingRankSum=0.000;DP=189;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.04;ReadPosRankSum=-0.106;SOR=0.664;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:123,46:0.27:169
chr15	45445746	.	A	G	641	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=210;MMLQ=28;MQ=59.74;NF=8;NR=43;PP=641;QD=13.2504159323;SC=GTGTGTGTGTATAATGGGGAG;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=108;TCF=21;TCR=87;TR=51;WE=45445754;WS=45445736;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:57,51:0.47:108
chr15	45446084	rs11306605	CA	C	1216.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.325;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FS=0.816;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.07;MQRankSum=0.625;QD=9.51;ReadPosRankSum=1.613;SOR=0.607;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,91:0.71:128
chr15	45446156	rs2458236	C	T	2779.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.916;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=323;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.842;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.939;NF=47;NR=41;PP=1034;ReadPosRankSum=-1.584;SC=CAGGTCTGAGCTCCCCCAGAA;SOR=0.658;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=188;TCF=96;TCR=92;TR=88;WE=45446164;WS=45446146;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:169,151:0.47:320
chr15	45454720	rs1706811	G	A	757.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.030;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FS=16.107;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.36;ReadPosRankSum=0.323;SOR=3.119;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:50,31:0.38:81
chr15	45457106	rs12438755	G	T	3457.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.915;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=320;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.412;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=70;PP=1790;ReadPosRankSum=-0.440;SC=CTAGGCCCCTGCCCGGGGGTT;SOR=0.661;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=222;TCF=84;TCR=138;TR=113;WE=45457114;WS=45457096;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:154,163:0.51:317
chr15	45457127	rs7169193	C	T	2531.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.438;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=241;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.485;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=61;PP=1522;ReadPosRankSum=-0.155;SC=CTGCCCACTGCCCAGTTGAGC;SOR=0.634;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=183;TCF=63;TCR=120;TR=95;WE=45457135;WS=45457117;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:121,119:0.50:240
chr15	45467540	rs1632144	C	G	5563.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=70;NR=58;PP=2309;SC=TCACCTTCCGCGGTGGCCCCA;SOR=0.812;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=128;TCF=70;TCR=58;TR=128;WE=45467548;WS=45467530;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,212:1.00:212
chr15	45544319	rs2899376	T	G	271.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=7;NR=0;PP=182;SC=CTCCTCTACATTGAGGGCAGG;SOR=3.056;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=7;TCR=0;TR=7;WE=45544327;WS=45544309;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr15	45545378	rs17215668	GC	G	909.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.332;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=5;PP=569;ReadPosRankSum=0.452;SC=TTCAGGCTTGGCCCTGAATTT;SOR=0.749;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=38;TCF=27;TCR=11;TR=17;WE=45545386;WS=45545368;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,33:0.43:77
chr15	45545478	rs11854484	C	T	1533.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.158;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.213;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=20;PP=535;ReadPosRankSum=0.059;SC=ACAGTGAACCCGGGGCTGGAG;SOR=0.500;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=129;TCF=78;TCR=51;TR=44;WE=45545486;WS=45545468;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:125,83:0.40:208
chr15	45554267	rs1060896	C	A	3819.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.673;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=379;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=55;PP=1450;ReadPosRankSum=0.356;SC=CACACGCCAGCTTGTTCAAGA;SOR=0.713;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=229;TCF=113;TCR=116;TR=107;WE=45554275;WS=45554257;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:184,190:0.51:374
chr15	45556829	rs11631021	A	G	639.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=1.839;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.222;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=3;PP=309;ReadPosRankSum=0.803;SC=ACTCACATTGAAATAATATTC;SOR=1.002;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=32;TCF=26;TCR=6;TR=17;WE=45556837;WS=45556819;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,27:0.55:49
chr15	45557456	rs11632419	C	A	1795.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.290;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.845;HP=3;HapScore=4;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=43;PP=2273;ReadPosRankSum=-0.992;SC=AGATCAGCGCCCCTGTATACC;SOR=0.868;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=136;TCF=45;TCR=91;TR=62;WE=45557476;WS=45557446;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:105,86:0.45:191
chr15	45557468	rs2271438	A	G	1463.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=2.050;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.249;HP=3;HapScore=4;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=42;PP=2273;ReadPosRankSum=-1.718;SC=CTGTATACCAATTTGACCCTA;SOR=1.131;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=118;TCF=35;TCR=83;TR=56;WE=45557476;WS=45557446;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,66:0.44:149
chr15	45561868	rs2413769	C	A	319.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-2.495;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=8;PP=149;ReadPosRankSum=0.494;SC=ACTACAAAGCCAGCAGAACAG;SOR=0.481;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=17;TCF=3;TCR=14;TR=9;WE=45561876;WS=45561858;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,15:0.65:23
chr15	45567529	rs12440356	T	C	3366.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.221;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=348;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.810;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=73;NR=42;PP=1808;ReadPosRankSum=-0.263;SC=GTATAACTTATTGATATGTTT;SOR=0.583;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=240;TCF=157;TCR=83;TR=115;WE=45567537;WS=45567519;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:177,165:0.48:342
chr15	45654327	rs1145086	A	G	2602.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.741;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=234;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=44;PP=1046;ReadPosRankSum=2.408;SC=TAGGACTGTAAGGTGCCTCGG;SOR=0.702;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=141;TCF=56;TCR=85;TR=73;WE=45654335;WS=45654317;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:106,125:0.54:231
chr15	45661678	rs1288775	T	A	3382.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.252;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=325;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.415;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=71;PP=1650;ReadPosRankSum=1.352;SC=AATGCCCTCCTTGCTTCTGGT;SOR=0.728;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=200;TCF=68;TCR=132;TR=109;WE=45661686;WS=45661668;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:157,163:0.51:320
chr15	45669055	rs12437840	C	A	456.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-1.415;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=8;PP=148;ReadPosRankSum=1.312;SC=TATTGCATTGCTCTATCAGTA;SOR=0.547;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=38;TCF=10;TCR=28;TR=11;WE=45669063;WS=45669045;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,23:0.40:58
chr15	45669094	rs12437887	G	A	354.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=0.813;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.348;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=7;PP=170;ReadPosRankSum=-1.702;SC=TGGAGATGGAGTAAAAATCCA;SOR=0.437;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=30;TCF=11;TCR=19;TR=12;WE=45669102;WS=45669084;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,17:0.49:35
chr15	45694516	rs1346266	G	T	781.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-3.061;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.107;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=5;PP=506;ReadPosRankSum=-1.387;SC=AACGCAGTCTGCCCTAGCGCA;SOR=0.538;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=66;TCF=54;TCR=12;TR=28;WE=45694524;WS=45694506;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,33:0.46:71
chr15	45694579	rs1820518	C	T	1719.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=0.211;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=20;PP=839;ReadPosRankSum=1.368;SC=TTTTGTGGGCCGGGTGGGTTT;SOR=0.690;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=142;TCF=94;TCR=48;TR=62;WE=45694587;WS=45694569;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:95,81:0.46:176
chr15	45694610	rs1365610	C	T	2289.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-0.605;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=243;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=31;PP=1130;ReadPosRankSum=-1.464;SC=TTTCGTCTGCCTGGTTCATCT;SOR=0.707;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=182;TCF=113;TCR=69;TR=85;WE=45694618;WS=45694600;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:125,111:0.47:236
chr15	45695382	rs7182723	G	A	519.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=1.820;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.661;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=10;PP=365;ReadPosRankSum=0.783;SC=CAGCTGGTGCGGGCCGTGGCG;SOR=0.358;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=56;TCF=37;TCR=19;TR=23;WE=45695390;WS=45695372;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,24:0.39:62
chr15	45695695	rs1153849	G	A	3408.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.847;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=364;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.788;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.517;NF=49;NR=52;PP=1408;ReadPosRankSum=1.359;SC=CGCTGCGTAGGCCCGGGAGAT;SOR=0.744;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=225;TCF=112;TCR=113;TR=101;WE=45695703;WS=45695685;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:194,170:0.47:364
chr15	45695763	rs117332547	G	C	2794.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.202;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=313;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.872;HP=3;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.917;NF=35;NR=49;PP=1232;ReadPosRankSum=-1.595;SC=AACCTCGGCCGCTTCTGGCGC;SOR=0.625;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=188;TCF=77;TCR=111;TR=84;WE=45695771;WS=45695753;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:171,141:0.45:312
chr15	45695830	rs3833012	GT	G	1620.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.003;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.346;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=2.040;NF=0;NR=29;PP=971;ReadPosRankSum=0.776;SC=TGAGGTTGGAGTTGGGGCTCT;SOR=0.473;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=72;TCF=1;TCR=71;TR=29;WE=45695838;WS=45695820;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,59:0.42:139
chr15	45706739	rs12440038	A	G	717.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.626;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.066;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=5;PP=326;ReadPosRankSum=-0.128;SC=ATTATACTAAAACAACTCTTC;SOR=0.460;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=57;TCF=42;TCR=15;TR=22;WE=45706747;WS=45706729;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,35:0.47:74
chr15	45725117	rs139660520	G	GT	143.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.818;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=1.335;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.19;MQRankSum=1.476;QD=2.57;ReadPosRankSum=-2.227;SOR=0.395;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,17:0.30:56
chr15	45777344	rs1153829	T	C	2117.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.222;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.091;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=33;PP=1091;ReadPosRankSum=-0.842;SC=AGGCAGGAGTTCCCAAAATAC;SOR=0.597;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=120;TCF=65;TCR=55;TR=68;WE=45777352;WS=45777334;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:99,102:0.51:201
chr15	45779810	rs2453531	G	A	1094.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.528;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.562;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=16;PP=458;ReadPosRankSum=0.732;SC=TACAGATGGGGTCAGCAATCT;SOR=0.884;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=64;TCF=35;TCR=29;TR=36;WE=45779818;WS=45779800;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,55:0.52:105
chr15	45894485	.	CT	C	97.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.434;ClippingRankSum=0.000;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.48;ReadPosRankSum=-0.360;SOR=0.655;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:50,16:0.24:66
chr15	45951064	rs16946633	T	G	120.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.497;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.796;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=1;PP=71;ReadPosRankSum=1.407;SC=CCCACGATGGTTTCTACCTTG;SOR=0.129;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=14;TCF=12;TCR=2;TR=5;WE=45951072;WS=45951054;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,6:0.40:15
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chr15	45962041	rs11638918	A	G	958.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.722;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.163;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=16;PP=384;ReadPosRankSum=-1.301;SC=CTTAGACCACATGGAACCACA;SOR=0.518;SbPval=0.17;Source=Platypus;TC=74;TCF=43;TCR=31;TR=29;WE=45962049;WS=45962031;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,53:0.41:129
chr15	45968535	rs12914266	A	C	1073.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=1.521;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=29;PP=679;ReadPosRankSum=-0.878;SC=AGCTGTCAGCATGAAGCGTTG;SOR=0.665;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=95;TCF=28;TCR=67;TR=41;WE=45968543;WS=45968525;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,51:0.42:121
chr15	45974536	rs62008308	G	A	241.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=4.803;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.844;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=0;PP=167;ReadPosRankSum=2.064;SC=TGGAGAGGGCGTGGACTGGTA;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=27;TCF=26;TCR=1;TR=10;WE=45974544;WS=45974532;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,11:0.37:30
chr15	45974593	rs62008309	A	G	1009.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=4.015;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.058;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=6;PP=702;ReadPosRankSum=-1.864;SC=CACAGTGTATAGAGTAAGGAA;SOR=1.065;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=85;TCF=63;TCR=22;TR=34;WE=45974601;WS=45974583;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,42:0.45:94
chr15	45980713	rs377607911	CT	C	154.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.119;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=1.370;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.22;MQRankSum=1.174;QD=3.87;ReadPosRankSum=-0.352;SOR=0.430;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,20:0.50:40
chr15	45981117	rs2304897	C	T	262.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-2.684;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.882;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=3;PP=192;ReadPosRankSum=0.567;SC=GTACAAAAAGCTAGAATATAC;SOR=0.338;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=26;TCF=22;TCR=4;TR=14;WE=45981125;WS=45981107;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,13:0.48:27
chr15	45981317	rs10643	G	A	4271.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.068;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=435;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.101;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=76;NR=64;PP=1943;ReadPosRankSum=0.339;SC=AAGCAGAGCCGCTAGAAACCT;SOR=0.821;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=263;TCF=137;TCR=126;TR=140;WE=45981325;WS=45981307;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:213,214:0.50:427
chr15	47873477	rs4775698	T	G	464.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.883;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.979;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=5;PP=229;ReadPosRankSum=-1.708;SC=ATAAGTCCTGTGGTTTACATT;SOR=0.849;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=38;TCF=27;TCR=11;TR=17;WE=47873485;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,25:0.38:65
chr15	47873549	rs4775699	C	T	599.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.971;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=11;PP=361;ReadPosRankSum=0.522;SC=GGCAGAACTACATATAAACAA;SOR=0.723;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=50;TCF=27;TCR=23;TR=24;WE=47873557;WS=47873539;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,30:0.43:70
chr15	47873605	rs4774498	T	A	2935.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.776;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=30;PP=1201;ReadPosRankSum=-0.977;SC=TGGGAAGTAGTTTGAGAAAAG;SOR=0.784;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=66;TCF=35;TCR=31;TR=64;WE=47873613;WS=47873595;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,113:0.98:115
chr15	47873773	rs8039513	A	G	307.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-4.131;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.067;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=9;PP=169;ReadPosRankSum=-0.162;SC=GCATTCTAGGAGGAGTAGTGG;SOR=0.148;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=19;TCF=1;TCR=18;TR=10;WE=47873781;WS=47873763;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,13:0.59:22
chr15	48053730	rs9920019	A	G	869.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.707;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.738;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=8;PP=597;ReadPosRankSum=0.000;SC=AATTTGTTTTATCTCTAGTGC;SOR=1.718;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=60;TCF=37;TCR=23;TR=29;WE=48053738;WS=48053720;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,34:0.52:65
chr15	48058071	rs532598	G	A	2654.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.411;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.225;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=70;NR=26;PP=1506;ReadPosRankSum=-0.376;SC=AATAGGTGCAGTGCTGAGAAT;SOR=0.939;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=168;TCF=119;TCR=49;TR=96;WE=48058079;WS=48058061;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:98,123:0.56:221
chr15	48058484	rs528882	G	T	411.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.180;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=2.573;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.75;ReadPosRankSum=1.153;SOR=0.389;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,26:0.43:61
chr15	48058687	.	G	GT	120.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.148;ClippingRankSum=0.000;DP=102;ExcessHet=3.0103;FS=0.992;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.11;MQRankSum=1.975;QD=1.26;ReadPosRankSum=-0.244;SOR=0.503;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:76,20:0.21:96
chr15	48059137	rs11353659	CT	C	326.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.502;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.83;ReadPosRankSum=1.149;SOR=0.883;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,25:0.68:37
chr15	48063076	rs568215	T	C	2998.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.938;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=313;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=41;PP=1521;ReadPosRankSum=-0.352;SC=CTGCTCTTCCTACTCCTGAGT;SOR=0.714;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=206;TCF=118;TCR=88;TR=99;WE=48063084;WS=48063066;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:161,145:0.47:306
chr15	48443699	rs2470103	T	C	16436.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=639;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=211;NR=193;PP=2965;SC=TCCAAAGCCTTGATTTATTCC;SOR=0.751;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=405;TCF=211;TCR=194;TR=404;WE=48443707;WS=48443689;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,636:1.00:636
chr15	48450517	rs3736482	T	C	2115.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=12;NR=44;PP=1404;SC=AACTCTCTGATATTTTAATTA;SOR=2.173;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=56;TCF=12;TCR=44;TR=56;WE=48450525;WS=48450507;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr15	48460786	rs11070626	T	C	3006.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=73;NR=20;PP=2021;SC=CCCCTGCCTATATGAAGATTA;SOR=2.280;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=94;TCF=74;TCR=20;TR=93;WE=48460794;WS=48460776;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr15	48460927	rs8023906	C	T	13288.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=514;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=142;NR=150;PP=2965;SC=TTTTCTCCAGCGCCCGAATTC;SOR=0.725;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=293;TCF=143;TCR=150;TR=292;WE=48460935;WS=48460917;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,510:1.00:510
chr15	48520699	rs1484547	T	C	531.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=11;NR=6;PP=315;SC=TAATACATCATACTCTATAGA;SOR=1.402;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=11;TCR=6;TR=17;WE=48520707;WS=48520689;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr15	48538979	rs35669481	A	AAAC	1999.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=24;NR=7;PP=1565;SC=TGTCTCAAACAAACAACAACA;SOR=2.303;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=37;TCF=29;TCR=8;TR=31;WE=48538987;WS=48538969;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr15	48539026	rs11636073	A	T	4802.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=31;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=66;NR=23;PP=1770;SC=CAGGGGGAAAAAATGTAGTTG;SOR=1.915;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=89;TCF=66;TCR=23;TR=89;WE=48539034;WS=48539016;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr15	48539043	rs8028035	G	A	5842.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=80;NR=39;PP=2236;SC=GTTGAAAGCCGTTTGCTTATG;SOR=1.457;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=119;TCF=80;TCR=39;TR=119;WE=48539051;WS=48539033;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,150:1.00:150
chr15	48539587	rs6493311	T	C	3919.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-2.035;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=358;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.830;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=62;PP=1436;ReadPosRankSum=0.046;SC=CAAAGGGATATGGGAAAAACA;SOR=0.558;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=214;TCF=98;TCR=116;TR=120;WE=48539595;WS=48539577;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:159,194:0.55:353
chr15	48541618	.	T	C	822.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=5.810;ClippingRankSum=0.000;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.458;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=3;PP=637;ReadPosRankSum=0.490;SC=AGTAAATATGTATCCCCAAAG;SOR=1.190;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=90;TCF=79;TCR=11;TR=33;WE=48541626;WS=48541608;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,35:0.35:101
chr15	48541700	rs2279365	G	A	4440.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.619;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=434;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.551;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=106;NR=58;PP=2458;ReadPosRankSum=0.513;SC=TTCAAGCTTCGAGGCTATAAC;SOR=0.528;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=327;TCF=222;TCR=105;TR=164;WE=48541708;WS=48541690;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:211,214:0.50:425
chr15	48561834	rs1484551	A	G	5757.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=95;NR=61;PP=2681;SC=GATTGCCCACATTTTTATGTC;SOR=1.071;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=156;TCF=95;TCR=61;TR=156;WE=48561842;WS=48561824;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,227:1.00:227
chr15	48580713	rs1552311	T	C	2149.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.00;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr15	48584083	rs2291342	A	C	1422.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.880;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.358;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=29;PP=731;ReadPosRankSum=-0.945;SC=TTAACAAGAGACATTGATTAC;SOR=0.841;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=93;TCF=35;TCR=58;TR=45;WE=48584091;WS=48584073;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,68:0.49:140
chr15	48593701	rs11858596	G	T	799.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-3.124;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.759;HP=8;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=22;PP=500;ReadPosRankSum=0.428;SC=GTTTTTTTTGGGGGGGGGAAC;SOR=0.321;SbPval=0.23;Source=Platypus;TC=60;TCF=14;TCR=46;TR=32;WE=48593709;WS=48593691;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,37:0.54:69
chr15	48623248	rs66822811	TCGGGCGCGGTGTCTTGCCCACAGCTTGGGGAGCGGCCC	T	553.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.717;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=5.476;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.58;ReadPosRankSum=-0.424;SOR=1.721;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,16:0.36:44
chr15	48625023	rs28381107	C	A	968.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.469;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=23;PP=530;ReadPosRankSum=0.425;SC=TACATTCATCCGGCCCAGGGC;SOR=0.626;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=86;TCF=30;TCR=56;TR=36;WE=48625031;WS=48625013;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,48:0.43:112
chr15	48628050	rs11857732	C	A	141.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-1.685;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=0;PP=52;ReadPosRankSum=0.357;SC=TGGAATTTTTCTAAACTAGTC;SOR=0.892;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=19;TCR=1;TR=6;WE=48628058;WS=48628042;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,8:0.35:23
chr15	48712699	rs3214528	AT	A	374.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-0.149;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=1.119;NF=18;NR=1;PP=288;ReadPosRankSum=0.494;SC=CTCAATTATAATTTTTTTTCT;SOR=1.022;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=58;TCF=51;TCR=7;TR=19;WE=48712707;WS=48712689;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,24:0.46:52
chr15	48713996	rs1820488	G	T	1243.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=13;NR=22;PP=955;SC=GGCCAACAACGCTTCACATAC;SOR=1.387;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=35;TCF=13;TCR=22;TR=35;WE=48714004;WS=48713986;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr15	48720526	rs363832	G	C	542.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.237;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.102;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=4;PP=306;ReadPosRankSum=-1.982;SC=GGAAAGTGCGGTGCCAACTGT;SOR=0.481;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=53;TCF=43;TCR=10;TR=18;WE=48720534;WS=48720516;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,26:0.37:70
chr15	48729648	rs2042746	T	C	1513.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=9;NR=31;PP=945;SC=TCTCCACAAGTATTTTGAGGT;SOR=1.697;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=9;TCR=31;TR=40;WE=48729656;WS=48729638;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr15	48736684	rs2303502	A	T	9605.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.151;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=363;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=152;NR=85;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.542;SC=TCATTCTGCTAAGTCCAGTGG;SOR=0.423;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=240;TCF=153;TCR=87;TR=237;WE=48736692;WS=48736674;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,356:1.00:357
chr15	48749040	rs112092957	C	CGT,CGTGT	1604.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.295;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=61.16;MQRankSum=0.804;QD=32.09;ReadPosRankSum=-1.411;SOR=0.392;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:3,17,30:0.34,0.60:50
chr15	48764655	.	TAA	T	579.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.593;ClippingRankSum=0.000;DP=119;ExcessHet=3.0103;FS=3.582;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.57;ReadPosRankSum=1.015;SOR=1.220;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:67,37:0.36:104
chr15	48807637	rs4775765	C	T	5233.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=61;NR=79;PP=2558;SC=CTCACACCGGCAACTCCCAGG;SOR=0.866;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=142;TCF=62;TCR=80;TR=140;WE=48807645;WS=48807627;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,198:1.00:198
chr15	48826427	.	G	GA	296.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.558;ClippingRankSum=0.000;DP=118;ExcessHet=3.0103;FS=1.898;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.27;MQRankSum=2.662;QD=3.00;ReadPosRankSum=-0.633;SOR=0.439;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:71,28:0.28:99
chr15	48903126	rs1018148	A	G	3459.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=31;NR=64;PP=2041;SC=GGTCCCTCACAAACTTTGCTA;SOR=1.392;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=95;TCF=31;TCR=64;TR=95;WE=48903134;WS=48903116;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr15	49040864	rs34352957	TA	T	314.74	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.768;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.26;ReadPosRankSum=-0.944;SOR=0.458;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,27:0.79:34
chr15	49047982	.	A	G	620.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=1.404;ClippingRankSum=0.000;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.929;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=5;PP=436;ReadPosRankSum=0.147;SC=TAAACCACTGACAAAAACATA;SOR=1.250;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=42;TCF=33;TCR=9;TR=25;WE=49047990;WS=49047972;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,27:0.55:49
chr15	49064607	rs146867646	CA	C	244.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-1.321;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=12;HapScore=4;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=1;PP=167;ReadPosRankSum=-2.265;SC=CGCCCTGTCTCAAAAAAAAAA;SOR=0.756;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=35;TCF=31;TCR=4;TR=16;WE=49064616;WS=49064606;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,19:0.68:28
chr15	49097732	.	CT	C	61.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.960;ClippingRankSum=0.000;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=7.545;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.37;ReadPosRankSum=-0.507;SOR=1.518;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,13:0.29:45
chr15	49098016	rs1426200	C	A	1682.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=46;PP=1395;SC=GGTGATTCACCGAAAATAGCT;SOR=3.872;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=53;TCF=7;TCR=46;TR=52;WE=49098024;WS=49098006;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr15	49143232	rs17467239	G	T	771.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.637;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.063;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=2;PP=356;ReadPosRankSum=0.107;SC=GCAACATTCTGGGCCTATCTG;SOR=1.013;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=45;TCF=36;TCR=9;TR=19;WE=49143240;WS=49143222;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,33:0.50:66
chr15	49148356	rs16961733	C	A	1986.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=2.880;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.599;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=40;PP=1012;ReadPosRankSum=0.515;SC=AGAGGCTGGGCGAAAATTCAA;SOR=0.795;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=107;TCF=35;TCR=72;TR=56;WE=49148364;WS=49148346;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,88:0.54:163
chr15	49149828	rs4774526	C	T	1446.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=28;NR=12;PP=849;SC=CAAATAAATACATACAGATAA;SOR=1.609;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=28;TCR=12;TR=40;WE=49149836;WS=49149818;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr15	49168649	rs34156861	TAC	T	323.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=0.066;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=1.037;NF=4;NR=4;PP=313;ReadPosRankSum=1.491;SC=CATATATATATACACACACAC;SOR=1.038;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=16;TCF=9;TCR=7;TR=8;WE=49168658;WS=49168641;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,12:0.71:17
chr15	49168841	rs34224664	G	A	573.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.63;BaseQRankSum=0.538;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.047;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=11;PP=255;ReadPosRankSum=0.585;SC=TCCAATGTTCGAGGGCAGGAA;SOR=0.906;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=30;TCF=12;TCR=18;TR=18;WE=49168849;WS=49168831;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,29:0.55:53
chr15	49285001	rs34895054	G	C	3286.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.552;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=423;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.81;ReadPosRankSum=-2.264;SOR=0.702;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:244,177:0.42:421
chr15	49325289	rs11638215	A	C	2983.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=3.596;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=297;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.114;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=1.121;NF=26;NR=80;PP=1920;ReadPosRankSum=-0.010;SC=GCTGTTGTAAAAGCTGTTGCT;SOR=0.857;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=247;TCF=68;TCR=179;TR=106;WE=49325297;WS=49325279;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:164,132:0.45:296
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chr15	49421868	rs507054	T	G	565.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=0.813;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=13;PP=346;ReadPosRankSum=2.401;SC=TGCTTGGCAATGATATAAAGT;SOR=0.527;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=22;TCF=7;TCR=15;TR=20;WE=49421876;WS=49421858;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,22:0.96:23
chr15	49423098	rs2289390	C	T	470.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=14;PP=364;SC=TGCTTCTCAACTTTCATATGC;SOR=5.549;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=0;TCR=14;TR=14;WE=49423106;WS=49423088;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr15	49429410	rs17473148	A	G	631.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=2.100;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.992;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=8;PP=388;ReadPosRankSum=-0.172;SC=CTCGTTCTAAATATAATTTTC;SOR=1.085;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=61;TCF=36;TCR=25;TR=24;WE=49429418;WS=49429400;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,32:0.37:86
chr15	49436413	.	A	T	639.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.313;ClippingRankSum=0.000;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.979;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=6;PP=224;ReadPosRankSum=-1.339;SC=TCCCCTCAAAACAAATCTTAC;SOR=0.294;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=42;TCF=30;TCR=12;TR=16;WE=49436421;WS=49436403;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,32:0.47:68
chr15	49487225	rs11635814	T	C	200.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.828;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=2;PP=58;ReadPosRankSum=-0.146;SC=TGATGTTGTATCATCTTATCC;SOR=0.542;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=19;TCF=12;TCR=7;TR=6;WE=49487233;WS=49487215;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,12:0.43:28
chr15	49493250	.	AGT	A,AGTGT	248.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.614;ClippingRankSum=0.000;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=3;MGOF=5;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=2;PP=39;ReadPosRankSum=0.134;SC=AGGCATATGGAGTGTGTGTGT;SOR=0.941;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=8;TCF=3;TCR=5;TR=3;WE=49493259;WS=49493240;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.54,0.38:13
chr15	49620200	rs1055254	C	T	2207.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.302;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.324;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=27;PP=991;ReadPosRankSum=-0.340;SC=GGGGAGGCTGCACAGTATCAA;SOR=0.837;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=108;TCF=57;TCR=51;TR=62;WE=49620208;WS=49620190;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,105:0.56:187
chr15	49620971	rs3075141	ATT	A	416.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.135;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=2.706;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.19;MQRankSum=0.795;QD=12.63;ReadPosRankSum=0.245;SOR=0.269;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,20:0.61:33
chr15	49627813	.	C	G	1193.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.664;ClippingRankSum=0.000;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.467;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=30;PP=776;ReadPosRankSum=2.629;SC=TGAAGAGTCTCAAGTATAAAC;SOR=1.305;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=77;TCF=26;TCR=51;TR=42;WE=49627821;WS=49627803;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,53:0.51:103
chr15	49716845	rs16962440	T	C	278.78	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.530;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5013;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=9;PP=205;ReadPosRankSum=-0.322;SC=TTTCAGGTGATATGTTTTCTC;SOR=0.804;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=13;TCF=2;TCR=11;TR=11;WE=49716853;WS=49716835;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,11:0.85:13
chr15	49867122	rs12901416	A	G	250.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=2.454;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.527;HP=4;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=0;PP=164;ReadPosRankSum=-0.169;SC=ATCCAGAAAAACATTTTTGTA;SOR=1.721;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=14;TCR=1;TR=8;WE=49867130;WS=49867112;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,10:0.56:18
chr15	49867148	rs12902794	T	C	346.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.078;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=3;PP=225;ReadPosRankSum=1.516;SC=CTTATCTCTATTGAAAAATTA;SOR=0.733;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=21;TCF=18;TCR=3;TR=14;WE=49867156;WS=49867138;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,16:0.57:28
chr15	49867323	rs12902107	G	A	768.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.443;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.822;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=19;PP=385;ReadPosRankSum=-0.174;SC=AAAAAAACAAGAGAGAGATGC;SOR=0.882;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=64;TCF=25;TCR=39;TR=30;WE=49867331;WS=49867302;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,41:0.47:87
chr15	49869141	rs12912703	C	G	220.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.673;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=6;PP=113;ReadPosRankSum=1.172;SC=CTATCACTCACTAACATAATT;SOR=0.693;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=21;TCF=8;TCR=13;TR=9;WE=49869149;WS=49869131;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,11:0.50:22
chr15	49869576	rs12148716	T	C	2845.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.733;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=320;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=54;PP=1344;ReadPosRankSum=-0.418;SC=ATATGTCATATCTAAAATAAA;SOR=0.671;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=200;TCF=78;TCR=122;TR=89;WE=49869584;WS=49869566;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:169,144:0.46:313
chr15	49917341	rs3210227	G	A	1069.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.422;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FS=0.682;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.91;ReadPosRankSum=3.175;SOR=0.586;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:64,56:0.47:120
chr15	49923026	rs1976551	C	G	1386.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=31;NR=7;PP=956;SC=TACAGCCGCTCCCCATCACTC;SOR=2.461;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=31;TCR=7;TR=38;WE=49923034;WS=49923016;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr15	49927093	rs28671247	A	G	387.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.097;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=11;PP=196;ReadPosRankSum=1.720;SC=CTGAATACCTATACATTTTGC;SOR=0.627;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=43;TCF=16;TCR=27;TR=18;WE=49927101;WS=49927083;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,22:0.40:55
chr15	49935503	.	CTT	C	113.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.417;ClippingRankSum=0.000;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.40;MQRankSum=1.377;QD=4.74;ReadPosRankSum=-0.252;SOR=0.917;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,9:0.38:24
chr15	50152583	rs4774549	G	T	3079.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=23;NR=53;PP=1638;SC=CAAAAGCATAGCCAGACCTTC;SOR=1.466;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=76;TCF=23;TCR=53;TR=76;WE=50152591;WS=50152573;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr15	50189303	rs2413975	A	G	165.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=1.764;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=7;NR=0;PP=117;ReadPosRankSum=-1.510;SC=TTCCAGCTAGATACATATTCT;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=14;TCR=0;TR=7;WE=50189311;WS=50189301;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,7:0.50:14
chr15	50189448	rs2413976	C	A	3667.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.08;QD=28.21;SOR=1.306;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chr15	50226313	rs2452524	G	T	7072.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=273;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=76;NR=107;PP=2965;SC=TCCATCAGATGGTGGTCAAAG;SOR=0.994;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=183;TCF=76;TCR=107;TR=183;WE=50226321;WS=50226303;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,270:1.00:270
chr15	50265071	rs77124965	G	C	537.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=1.024;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=18;PP=432;ReadPosRankSum=1.901;SC=TAAGAAGTCTGCCAAAGTCTC;SOR=1.044;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=35;TCF=4;TCR=31;TR=20;WE=50265079;WS=50265061;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,20:0.57:35
chr15	50271735	rs2413995	C	T	295.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-3.011;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=0;PP=209;ReadPosRankSum=0.079;SC=TATTGCACTGCTGAAACTTTA;SOR=2.448;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=14;TCR=0;TR=11;WE=50271743;WS=50271729;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,12:0.80:15
chr15	50301983	rs7175148	T	C	361.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-2.373;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.594;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=15;PP=242;ReadPosRankSum=-0.605;SC=TTAACCAGAGTGGACTTTGAG;SOR=0.404;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=38;TCF=8;TCR=30;TR=20;WE=50301991;WS=50301973;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,18:0.49:37
chr15	50311135	rs12591825	C	A	5628.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.369;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=617;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=75;NR=75;PP=2962;ReadPosRankSum=2.686;SC=TACCAGAGTACTTCCTGTCAT;SOR=0.670;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=349;TCF=171;TCR=178;TR=150;WE=50311156;WS=50311125;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:331,283:0.46:614
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chr15	50366282	rs28450157	A	G	4183.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-1.046;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=365;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.251;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=59;PP=1906;ReadPosRankSum=-0.402;SC=TCTTTAGGTAAGACCTATCCT;SOR=0.643;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=205;TCF=101;TCR=104;TR=121;WE=50366290;WS=50366272;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:157,199:0.56:356
chr15	50366426	rs28510642	G	C	868.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=2.586;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=23;PP=580;ReadPosRankSum=-1.928;SC=TGTAGGCCCAGAGAAACAAAT;SOR=0.693;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=43;TCF=5;TCR=38;TR=25;WE=50366434;WS=50366416;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,33:0.59:56
chr15	50399125	rs73402903	T	C	726.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=0.805;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.788;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=11;PP=396;ReadPosRankSum=0.690;SC=TTGGAAGAACTCAAAACTTAC;SOR=0.853;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=72;TCF=45;TCR=27;TR=31;WE=50399133;WS=50399115;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,39:0.40:98
chr15	50489677	rs1863511	A	T	4479.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=83;NR=43;PP=2506;SC=TTGTTTTGATATTTTTCTTAT;SOR=1.315;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=126;TCF=83;TCR=43;TR=126;WE=50489685;WS=50489667;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,165:1.00:165
chr15	50518146	rs8043431	A	G	872.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=3.358;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=5;PP=719;ReadPosRankSum=0.428;SC=GGGAAAAATTATAAAAGATTT;SOR=0.919;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=43;TCF=36;TCR=7;TR=31;WE=50518154;WS=50518136;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,31:0.72:43
chr15	50521265	rs5812509	T	TA	5286.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.382;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=426;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.516;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.769;NF=14;NR=66;PP=2925;ReadPosRankSum=1.888;SC=GATCTGTACCTAACCCATAGA;SOR=0.743;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=168;TCF=38;TCR=130;TR=80;WE=50521273;WS=50521255;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:211,204:0.49:415
chr15	50526004	rs199563798	GAACT	G	695.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=0.188;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=2;PP=436;ReadPosRankSum=1.254;SC=ACAGTTCTTTGAACTAATAAA;SOR=0.495;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=24;TCF=19;TCR=5;TR=11;WE=50526015;WS=50525994;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,19:0.59:32
chr15	50526030	rs16963464	T	A	590.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-2.887;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=4;PP=393;ReadPosRankSum=1.006;SC=ATAAATAGCCTTAACACTTCT;SOR=0.702;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=46;TCF=38;TCR=8;TR=24;WE=50526038;WS=50526020;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,27:0.55:49
chr15	50526249	rs17848313	A	T	2313.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.610;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.107;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=38;PP=902;ReadPosRankSum=-1.062;SC=GATTCCTACCACTTAGGGAAC;SOR=0.591;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=138;TCF=55;TCR=83;TR=67;WE=50526257;WS=50526239;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:92,109:0.54:201
chr15	50534514	rs2073440	T	G	1795.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=2.727;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.907;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=19;PP=1012;ReadPosRankSum=-0.986;SC=GAGAGCTGCATTCAGGAAAGC;SOR=0.873;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=129;TCF=85;TCR=44;TR=59;WE=50534522;WS=50534504;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:99,82:0.45:181
chr15	50534832	rs1549521	A	G	2939.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.686;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=379;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.745;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=45;PP=1517;ReadPosRankSum=1.412;SC=GATGGAGGCCATTTTCCCTTT;SOR=0.798;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=264;TCF=152;TCR=112;TR=111;WE=50534840;WS=50534822;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:213,152:0.42:365
chr15	50544545	rs80275773	C	T	1231.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=3.752;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=7;PP=992;ReadPosRankSum=-0.885;SC=AGGGAGCCACCGTACAGATTT;SOR=0.818;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=97;TCF=84;TCR=13;TR=50;WE=50544553;WS=50544535;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,49:0.49:99
chr15	50544871	rs34406040	G	A	5461.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.890;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=526;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.752;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=95;PP=2562;ReadPosRankSum=-0.163;SC=TGAAGGAGTCGGCATACTCAA;SOR=0.835;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=322;TCF=137;TCR=185;TR=155;WE=50544879;WS=50544861;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:262,259:0.50:521
chr15	50546935	.	TTCTCTCTC	T	802.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.224;ClippingRankSum=0.000;DP=82;ExcessHet=3.0103;FS=3.299;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.26;MQRankSum=0.624;QD=36.49;ReadPosRankSum=-0.333;SOR=2.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,17:0.77:22
chr15	50555710	rs854160	T	C	2181.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=48;PP=1118;SC=AAGAAGGAGATGGATTTGGCC;SOR=2.112;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=59;TCF=11;TCR=48;TR=59;WE=50555718;WS=50555700;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr15	50557738	rs854163	G	A	3132.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.696;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=344;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.393;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQ=60.03;MQRankSum=-0.954;NF=59;NR=44;PP=1349;ReadPosRankSum=0.410;SC=ACCAGCAGCCGTTCCTGCAGG;SOR=0.729;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=204;TCF=116;TCR=88;TR=103;WE=50557746;WS=50557728;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:177,163:0.48:340
chr15	50570999	rs11372405	G	GT	491.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.720;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FS=2.307;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.11;MQRankSum=1.296;QD=6.07;ReadPosRankSum=-0.062;SOR=1.079;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:45,36:0.44:81
chr15	50581634	rs34330339	T	TA	1788.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.822;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FS=6.758;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.91;ReadPosRankSum=2.387;SOR=1.739;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:15,105:0.88:120
chr15	50581869	rs374196509	GA	G	182.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.336;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=522;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.02;MQRankSum=2.213;QD=0.45;ReadPosRankSum=-0.390;SOR=0.695;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:329,79:0.19:408
chr15	50596070	rs7164798	T	C	702.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=1.393;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.289;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=5;PP=483;ReadPosRankSum=-0.644;SC=ATAGATAAAATACTAAGTAGG;SOR=1.075;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=47;TCF=37;TCR=10;TR=27;WE=50596078;WS=50596060;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,30:0.57:53
chr15	50596341	.	G	GA	53.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.532;ClippingRankSum=0.000;DP=122;ExcessHet=3.0103;FS=3.714;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.52;ReadPosRankSum=0.559;SOR=0.320;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:83,21:0.20:104
chr15	50601811	rs11636564	T	C	2773.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=66;NR=20;PP=1891;SC=ATAAACACAATACTGACTACA;SOR=2.117;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=86;TCF=66;TCR=20;TR=86;WE=50601819;WS=50601801;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr15	50602067	rs35446819	T	C	1089.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.382;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.777;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=28;PP=495;ReadPosRankSum=0.092;SC=TTTCCCTTCCTGTCTTTATTA;SOR=0.608;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=76;TCF=20;TCR=56;TR=39;WE=50602075;WS=50602045;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,55:0.53:104
chr15	50652513	rs139520399	C	CA	617.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-0.107;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.715;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=8;PP=746;ReadPosRankSum=-0.749;SC=TCACCATCCTCAAAGGTGTTA;SOR=0.246;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=39;TCF=27;TCR=12;TR=21;WE=50652521;WS=50652503;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,27:0.56:48
chr15	50733849	rs117862182	T	A	48.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=2.515;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=3;PP=22;ReadPosRankSum=-0.319;SC=ACAGTGTTATTATTTACAAAT;SOR=0.283;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=3;WE=50733857;WS=50733839;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,3:0.33:9
chr15	50754453	.	C	CT	92.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.128;ClippingRankSum=0.000;DP=83;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.13;MQRankSum=1.953;QD=1.24;ReadPosRankSum=-0.006;SOR=0.661;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:59,16:0.21:75
chr15	50769520	rs61733869	G	A	3937.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-2.763;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=408;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.517;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=48;PP=1450;ReadPosRankSum=1.599;SC=TTCTAAACCTGCTGCCCAGAC;SOR=0.737;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=224;TCF=119;TCR=105;TR=105;WE=50769528;WS=50769510;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:204,198:0.49:402
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chr15	50782335	rs2289108	G	A	888.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=27;NR=2;PP=777;SC=GAAGTTTATCGCCATTTTATT;SOR=4.407;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=29;TCF=27;TCR=2;TR=29;WE=50782343;WS=50782325;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr15	50854029	.	T	TA	83.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.466;ClippingRankSum=0.000;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=1.370;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.90;ReadPosRankSum=0.563;SOR=1.063;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,12:0.27:44
chr15	50867841	rs118029886	C	T	128.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-0.195;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=1;PP=57;ReadPosRankSum=-1.510;SC=TAATGTAATCCCACCCACATT;SOR=0.446;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=7;TCF=6;TCR=1;TR=5;WE=50867849;WS=50867831;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,6:0.67:9
chr15	50873112	.	T	TA	153.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.039;ClippingRankSum=0.000;DP=208;ExcessHet=3.0103;FS=1.557;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.10;MQRankSum=2.158;QD=0.81;ReadPosRankSum=2.755;SOR=0.877;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:158,32:0.17:190
chr15	50888619	rs675011	A	T	1353.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=11;NR=27;PP=714;SC=ACAACTTAAAAATAGTAATTC;SOR=1.565;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=38;TCF=11;TCR=27;TR=38;WE=50888627;WS=50888609;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr15	50901929	rs35281039	TA	T	44.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.372;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FS=10.738;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.16;MQRankSum=2.856;QD=0.36;ReadPosRankSum=0.794;SOR=1.969;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:101,23:0.19:124
chr15	50941108	rs2063011	C	G	4058.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=28;NR=88;PP=2580;SC=GAGATTAAAACACCCTTCAAA;SOR=1.924;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=116;TCF=28;TCR=88;TR=116;WE=50941116;WS=50941098;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,145:1.00:145
chr15	51204364	rs1147129	G	A	3239.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-0.126;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=369;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.233;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.558;NF=38;NR=48;PP=1315;ReadPosRankSum=1.145;SC=TGCATAGTCAGTGCCAACACA;SOR=0.776;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=190;TCF=88;TCR=102;TR=86;WE=51204372;WS=51204354;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:200,166:0.45:366
chr15	51204394	rs3214932	C	CT	4548.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=0.903;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=311;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.380;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.565;NF=9;NR=46;PP=2285;ReadPosRankSum=0.310;SC=GAAATCTAGTCACTGTGGACT;SOR=0.793;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=116;TCF=19;TCR=97;TR=55;WE=51204402;WS=51204384;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:165,136:0.45:301
chr15	51207818	rs2663553	G	C	366.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.507;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=11;PP=253;ReadPosRankSum=-1.130;SC=CCTTGAAGTTGCATCTATTAT;SOR=0.836;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=31;TCF=10;TCR=21;TR=16;WE=51207826;WS=51207808;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,18:0.49:37
chr15	51217361	rs2306331	T	C	3278.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.181;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=300;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.421;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=48;PP=1104;ReadPosRankSum=-2.964;SC=GATTTTCCCCTGCGAAATGAT;SOR=0.661;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=171;TCF=85;TCR=86;TR=94;WE=51217369;WS=51217351;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:133,165:0.55:298
chr15	51217475	rs2306332	G	A	662.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-4.274;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.815;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=21;PP=442;ReadPosRankSum=0.429;SC=AGAAGTTTATGCTAGAAAATT;SOR=0.169;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=50;TCF=7;TCR=43;TR=26;WE=51217483;WS=51217465;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,29:0.54:54
chr15	51233812	rs2291107	T	C	1619.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.034;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.642;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=13;PP=797;ReadPosRankSum=1.222;SC=CTTTTGAAATTTGCTGTGTAT;SOR=0.763;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=93;TCF=62;TCR=31;TR=44;WE=51233820;WS=51233802;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,71:0.51:139
chr15	51240398	rs144809125	ATGCAGTGACTT	A	1037.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-1.273;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.174;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=14;PP=2970;ReadPosRankSum=0.906;SC=ATAGTTAGTTATGCAGTGACT;SOR=0.436;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=34;TCF=0;TCR=34;TR=14;WE=51240416;WS=51240388;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,28:0.45:62
chr15	51276128	rs2306335	A	G	501.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-3.985;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=2;PP=377;ReadPosRankSum=0.389;SC=TATTAGTTCCAGGCTTGAATT;SOR=0.651;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=36;TCF=33;TCR=3;TR=23;WE=51276136;WS=51276118;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,23:0.68:34
chr15	51293164	rs3840015	G	GT	536.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.152;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=1;PP=472;ReadPosRankSum=-1.842;SC=TTTGAAATTTGTTGTTTAGAA;SOR=1.022;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=32;TCF=27;TCR=5;TR=15;WE=51293172;WS=51293154;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,21:0.57:37
chr15	51294832	rs3825798	G	A	1811.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.400;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.213;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=48;PP=1118;ReadPosRankSum=1.686;SC=TACTGTATCAGTGTCAAAAGG;SOR=0.844;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=144;TCF=52;TCR=92;TR=71;WE=51294840;WS=51294822;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,88:0.50:176
chr15	51350655	rs76241791	AT	A	1596.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.727;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.199;HP=7;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=44;PP=1145;ReadPosRankSum=1.916;SC=GGTAAAAAAAATATATATAAA;SOR=1.576;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=49;TCF=5;TCR=44;TR=49;WE=51350663;WS=51350644;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,69:0.95:73
chr15	51386892	rs201887319	CCGGGCGGCG	C	458.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.215;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=1.837;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.58;MQRankSum=1.273;QD=20.85;ReadPosRankSum=0.334;SOR=1.244;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,13:0.59:22
chr15	51502844	rs4646	A	C	3123.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.630;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=321;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.411;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=52;PP=1749;ReadPosRankSum=-1.022;SC=AGCAGATGACAAATAGCACCT;SOR=0.651;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=228;TCF=122;TCR=106;TR=109;WE=51502852;WS=51502834;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:162,150:0.48:312
chr15	51502986	rs10046	G	A	3136.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.009;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=339;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.400;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=56;PP=1740;ReadPosRankSum=-1.196;SC=GCTCCAGAGTGGGTACTGACC;SOR=0.727;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=229;TCF=110;TCR=119;TR=106;WE=51502994;WS=51502976;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:176,152:0.46:328
chr15	51503727	rs12591172	G	A	197.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.645;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=1;PP=102;ReadPosRankSum=1.562;SC=CAGCTGTCTTGTCCACATTTG;SOR=0.368;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=10;TCF=9;TCR=1;TR=7;WE=51503735;WS=51503717;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,9:0.75:12
chr15	51503881	rs28757202	T	A	1975.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.387;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.723;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=29;PP=843;ReadPosRankSum=-0.294;SC=CTACACCATATGCAAATTGAA;SOR=0.504;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=94;TCF=53;TCR=41;TR=60;WE=51503889;WS=51503871;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,97:0.57:169
chr15	51504061	rs28757200	C	T	244.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-3.444;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.142;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=7;PP=111;ReadPosRankSum=0.057;SC=GCTCATGGGGCCATTTGATGA;SOR=0.120;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=20;TCF=2;TCR=18;TR=8;WE=51504069;WS=51504051;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,12:0.46:26
chr15	51504811	rs1065779	A	C	704.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=3.483;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=19;PP=483;ReadPosRankSum=-0.420;SC=TCCATCTGTGATTGGTATTAA;SOR=1.071;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=37;TCF=4;TCR=33;TR=21;WE=51504819;WS=51504801;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,26:0.65:40
chr15	51507508	rs2289105	T	C	1087.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=2.155;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.425;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=30;PP=710;ReadPosRankSum=0.500;SC=CACTCAAGGATCAACAACCTC;SOR=1.159;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=63;TCF=15;TCR=48;TR=37;WE=51507516;WS=51507498;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,44:0.57:77
chr15	51507782	rs2289106	T	G	2567.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-2.441;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=20;PP=1167;ReadPosRankSum=-1.446;SC=ATTACAGAACTGCTAGAGAAA;SOR=0.692;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=141;TCF=103;TCR=38;TR=79;WE=51507790;WS=51507772;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,124:0.60:208
chr15	51510702	rs1143704	T	A	482.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.686;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=2;PP=283;ReadPosRankSum=-0.312;SC=ACCAATCCAATTGTACTCATA;SOR=0.923;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=41;TCF=32;TCR=9;TR=17;WE=51510710;WS=51510692;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,23:0.50:46
chr15	51510868	rs4324076	A	C	3215.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=1.029;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=345;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.853;HP=8;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=38;PP=1370;ReadPosRankSum=1.492;SC=GGAAAAAAAAACACACATACA;SOR=0.801;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=186;TCF=99;TCR=87;TR=83;WE=51510876;WS=51510849;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:179,159:0.47:338
chr15	51514572	rs28757184	G	A	2589.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.012;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.515;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=35;PP=1197;ReadPosRankSum=0.533;SC=CAAGAAGAGCGTGTTAGAGGT;SOR=0.826;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=147;TCF=77;TCR=70;TR=81;WE=51514580;WS=51514562;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:104,123:0.54:227
chr15	51519869	rs149494347	C	CAATAAATAAATAAATA	618.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-0.828;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=2;PP=971;ReadPosRankSum=0.854;SC=GAGCCTGTCTCAATAAATAAA;SOR=0.540;SbPval=0.23;Source=Platypus;TC=23;TCF=20;TCR=3;TR=7;WE=51519877;WS=51519859;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,10:0.45:22
chr15	51519945	rs28892005	A	AAAG	2800.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.794;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.594;HP=5;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=1.141;NF=20;NR=19;PP=1707;ReadPosRankSum=2.088;SC=CATAGACAAAAAAGATTGTAG;SOR=0.619;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=97;TCF=53;TCR=44;TR=39;WE=51519953;WS=51519935;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:93,73:0.44:166
chr15	51520206	rs1065778	T	C	645.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=5.302;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.645;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=20;PP=459;ReadPosRankSum=1.941;SC=GACTAGGAGGTAGCTCTCTTA;SOR=1.562;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=59;TCF=10;TCR=49;TR=22;WE=51520214;WS=51520196;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,26:0.38:69
chr15	51529112	rs700518	T	C	1872.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.610;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FS=0.511;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.14;ReadPosRankSum=-1.376;SOR=0.717;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:107,98:0.48:205
chr15	51529265	rs3759811	T	C	609.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.595;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.754;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=12;PP=305;ReadPosRankSum=0.030;SC=TGCAACTGTTTTGTGTTACTC;SOR=0.327;SbPval=0.18;Source=Platypus;TC=46;TCF=15;TCR=31;TR=22;WE=51529273;WS=51529255;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,31:0.44:70
chr15	51529349	rs10550124	GAAACA	G	278.76	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=7;PP=343;SC=AAAGTGATTTGAAACAAAACA;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=0;TCR=12;TR=7;WE=51529361;WS=51529339;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr15	51534547	rs727479	C	A	229.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.136;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=8;PP=157;ReadPosRankSum=0.396;SC=GGGGGCATGGCGGAAACAAAG;SOR=0.804;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=28;TCF=9;TCR=19;TR=12;WE=51534555;WS=51534537;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,14:0.38:37
chr15	51669625	rs17602686	A	C	2228.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.402;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=250;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.168;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=25;PP=950;ReadPosRankSum=1.008;SC=GTCTGCTCTGATGACCCTCTC;SOR=0.855;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=145;TCF=78;TCR=67;TR=59;WE=51669633;WS=51669615;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:133,111:0.45:244
chr15	51689624	rs1147142	A	C	2095.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=32;NR=20;PP=1267;SC=TCCCCCTTCTACCTCTTGCCT;SOR=1.108;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=53;TCF=32;TCR=21;TR=52;WE=51689632;WS=51689614;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr15	51689772	rs17648128	G	A	3480.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.468;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=395;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=45;PP=1225;ReadPosRankSum=-0.885;SC=CGGCAGCCAAGCATGTTCAAC;SOR=0.674;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=215;TCF=109;TCR=106;TR=93;WE=51689780;WS=51689762;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:210,180:0.46:390
chr15	51748610	rs3736485	A	G	222.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.139;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.350;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=5;PP=101;ReadPosRankSum=-1.416;SC=GTATGCAGAAAAGATGAGGAA;SOR=0.180;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=15;TCF=2;TCR=13;TR=6;WE=51748618;WS=51748600;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,10:0.53:19
chr15	51749726	rs930920	A	C	763.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.774;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=2.441;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.32;ReadPosRankSum=-0.652;SOR=0.426;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,33:0.53:62
chr15	51750652	rs11630842	G	A	245.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.701;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.868;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=2;PP=175;ReadPosRankSum=1.495;SC=ATAACCATTTGGTGGGTACTT;SOR=2.093;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=20;TCF=15;TCR=5;TR=11;WE=51750660;WS=51750642;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,11:0.61:18
chr15	51750846	rs7165887	G	A	1829.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.277;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.533;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=25;PP=1173;ReadPosRankSum=1.708;SC=AGGCAGAATCGATGATTTAAG;SOR=0.767;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=157;TCF=100;TCR=57;TR=70;WE=51750854;WS=51750836;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:117,86:0.42:203
chr15	51751091	rs111734926	TAGCAGC	T	3129.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=45;PP=2900;SC=GAAGAAAATGTAGCAGCAGCA;SOR=2.336;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=70;TCF=3;TCR=67;TR=48;WE=51751104;WS=51751081;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr15	51758345	rs10706765	CA	C	844.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.648;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQ=60.22;MQRankSum=0.352;NF=11;NR=10;PP=348;ReadPosRankSum=-0.803;SC=AAAGAAAAGCCAAAAAAAAAA;SOR=0.791;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=25;TCF=13;TCR=12;TR=21;WE=51758353;WS=51758335;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,46:0.94:49
chr15	51770456	rs11291027	AT	A	1513.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=13;PP=538;SC=ATTTTGGGTGATTTTTTTTTA;SOR=1.054;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=27;TCF=13;TCR=14;TR=26;WE=51770464;WS=51770446;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr15	51780722	rs17524750	C	T	3953.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.861;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=458;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=71;NR=64;PP=1897;ReadPosRankSum=0.046;SC=TGTTGAATCACGTTAAGTGTC;SOR=0.653;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=281;TCF=150;TCR=131;TR=135;WE=51780730;WS=51780712;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:252,201:0.44:453
chr15	51783820	rs10851500	T	C	5107.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.333;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=496;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.434;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=78;NR=66;PP=2237;ReadPosRankSum=-0.107;SC=TCACCCACCATCCTATGCCCA;SOR=0.546;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=295;TCF=170;TCR=125;TR=144;WE=51783828;WS=51783810;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:242,247:0.51:489
chr15	51783981	rs12101858	G	C	1528.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=3.394;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.423;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=42;PP=1064;ReadPosRankSum=-0.123;SC=CTGCGTAACTGTATCAAATAA;SOR=0.554;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=131;TCF=32;TCR=99;TR=59;WE=51783989;WS=51783971;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,66:0.43:154
chr15	51791559	rs12102203	A	G	7778.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.043;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=656;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=115;NR=97;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.911;SC=TCTGCATTAGAACTATCAGCT;SOR=0.684;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=393;TCF=214;TCR=179;TR=212;WE=51791567;WS=51791549;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:291,361:0.55:652
chr15	51795172	rs12592889	G	A	1405.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-2.007;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.128;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=32;PP=726;ReadPosRankSum=-1.264;SC=AAGAATCTACGTTCTTCTGTC;SOR=0.296;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=98;TCF=29;TCR=69;TR=50;WE=51795180;WS=51795162;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,68:0.52:130
chr15	51829812	rs17524906	G	A	3124.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.633;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=348;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.820;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=38;PP=1380;ReadPosRankSum=-0.475;SC=AGTTAGCAGCGTTTCAATCTT;SOR=0.746;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=212;TCF=129;TCR=83;TR=100;WE=51829820;WS=51829802;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:185,158:0.46:343
chr15	51829995	rs12904173	T	C	1160.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.320;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.778;HP=5;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=34;PP=874;ReadPosRankSum=3.030;SC=AAGCATTAAATAATTCATTTA;SOR=0.589;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=89;TCF=24;TCR=65;TR=49;WE=51830003;WS=51829985;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,53:0.50:107
chr15	51857220	rs11070857	C	T	349.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=9;NR=4;PP=238;SC=GACTATATCACATTATTATCA;SOR=1.609;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=13;TCF=9;TCR=4;TR=13;WE=51857228;WS=51857210;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr15	51868373	rs2414105	A	G	1330.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.773;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FS=5.931;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.64;ReadPosRankSum=-4.264;SOR=0.774;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:87,67:0.44:154
chr15	51868380	rs59569487	TA	T	183.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.395;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.48;ReadPosRankSum=1.149;SOR=0.593;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,21:0.51:41
chr15	51914662	rs2278990	G	A	2482.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.277;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.672;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=29;PP=1237;ReadPosRankSum=0.607;SC=TCACCGTGAAGGGGACATCCC;SOR=0.872;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=129;TCF=70;TCR=59;TR=70;WE=51914670;WS=51914652;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:99,116:0.54:215
chr15	51914716	rs2278989	T	C	2873.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.828;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=250;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.140;HP=3;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=40;PP=1380;ReadPosRankSum=0.357;SC=GGTTGACAGCTCCGGTGAGGA;SOR=0.612;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=145;TCF=71;TCR=74;TR=83;WE=51914724;WS=51914706;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:113,136:0.55:249
chr15	51914778	rs6493514	T	G	1922.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.251;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=37;PP=952;ReadPosRankSum=0.383;SC=GCGCGGGAGGTGCGACAAGCT;SOR=0.647;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=105;TCF=46;TCR=59;TR=67;WE=51914786;WS=51914768;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,91:0.57:160
chr15	51974910	rs2054166	A	T	56.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.450;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=3.979;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=5.68;ReadPosRankSum=-0.366;SOR=0.078;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,4:0.40:10
chr15	51975608	rs2305710	G	A	755.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=0.859;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.866;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=20;PP=433;ReadPosRankSum=-0.058;SC=TCTACTAAGAGTGGATTGGAT;SOR=0.904;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=66;TCF=23;TCR=43;TR=29;WE=51975616;WS=51975598;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,37:0.45:82
chr15	51981593	.	TGG	T	958	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;FR=0.5000;HP=5;HapScore=3;MGOF=16;MMLQ=21;MQ=60.08;NF=1;NR=31;PP=958;QD=30.71875;SC=TGCATATGCATGGGGGTGTGT;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=88;TCF=2;TCR=86;TR=32;WE=51981608;WS=51981583;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:56,32:0.36:88
chr15	51981597	.	G	GGT	370.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.513;ClippingRankSum=0.000;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=3;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=1.045;NF=0;NR=31;PP=571;ReadPosRankSum=1.152;SC=TATGCATGGGGGTGTGTGTGT;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=85;TCF=1;TCR=84;TR=31;WE=51981608;WS=51981583;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,22:0.24:91
chr15	52005713	rs2305720	C	T	878.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=0.884;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=19;PP=439;ReadPosRankSum=-0.392;SC=AAAGTCTCCCCGCAGAGCCCA;SOR=0.744;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=61;TCF=24;TCR=37;TR=31;WE=52005721;WS=52005703;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,42:0.54:78
chr15	52017345	rs2414116	A	G	517.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=1.034;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.645;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=15;PP=288;ReadPosRankSum=-2.003;SC=GAGACACAGAATTACATATAA;SOR=1.236;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=32;TCF=3;TCR=29;TR=15;WE=52017353;WS=52017335;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,22:0.54:41
chr15	52029406	rs2606128	G	A	88.56	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=0.210;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=7;NR=2;PP=104;ReadPosRankSum=-0.431;SC=CGAGCCGCCCGGGGACGCACG;SOR=0.941;SbPval=0.21;Source=Platypus;TC=21;TCF=19;TCR=2;TR=9;WE=52029414;WS=52029405;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,5:0.83:6
chr15	52043327	rs12903500	C	T	3681.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.359;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=383;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=81;NR=42;PP=1729;ReadPosRankSum=-0.345;SC=TTGGGCTCTCCAGCCCCTCAC;SOR=0.690;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=273;TCF=179;TCR=94;TR=123;WE=52043335;WS=52043317;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:196,180:0.48:376
chr15	52060657	rs61348403	C	CT	1562.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.202;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=305;ExcessHet=3.0103;FS=3.971;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.14;MQRankSum=1.993;QD=6.08;ReadPosRankSum=-0.095;SOR=0.970;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:140,117:0.46:257
chr15	52155314	rs2570251	T	C	491.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=1.442;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.422;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=15;PP=346;ReadPosRankSum=1.917;SC=CTTCCACCCTTTCCTCCACTT;SOR=0.412;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=38;TCF=9;TCR=29;TR=21;WE=52155322;WS=52155304;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,21:0.52:40
chr15	52185937	rs2959307	G	A	565.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.901;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=1.557;NF=15;NR=5;PP=240;ReadPosRankSum=0.498;SC=ACTCCGGCCTGGGCGAAAGTG;SOR=0.714;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=48;TCF=33;TCR=15;TR=20;WE=52185945;WS=52185927;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,31:0.46:67
chr15	52185961	rs11370809	C	CA	643.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.999;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.19;MQRankSum=1.497;QD=6.25;ReadPosRankSum=0.653;SOR=0.667;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:54,49:0.48:103
chr15	52186158	rs2959285	A	C	632.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-0.650;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=17;PP=340;ReadPosRankSum=-0.690;SC=TGTGCTAATCAGAGTGGTTTT;SOR=0.770;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=56;TCF=21;TCR=35;TR=27;WE=52186166;WS=52186148;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,34:0.49:69
chr15	52192262	rs113447185	A	AGTTAT	547.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.332;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=0;PP=634;ReadPosRankSum=0.045;SC=ACATTAAGGCAGTTAATTAAT;SOR=0.631;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=30;TCF=30;TCR=0;TR=12;WE=52192270;WS=52192256;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,14:0.48:29
chr15	52239380	rs2414122	C	A	137.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=1.274;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.854;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=0;PP=61;ReadPosRankSum=0.650;SC=ATTTCAGTGACGTGTGTAGAC;SOR=0.096;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=15;TCR=0;TR=5;WE=52239388;WS=52239377;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,7:0.41:17
chr15	52239617	.	C	CT	133.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.889;ClippingRankSum=0.000;DP=124;ExcessHet=3.0103;FS=0.990;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.97;MQRankSum=0.548;QD=1.45;ReadPosRankSum=0.190;SOR=0.952;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:73,19:0.21:92
chr15	52246665	rs2959293	G	A	748.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-1.418;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.926;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=11;PP=202;ReadPosRankSum=0.498;SC=CCCTTCAGGCGTTTTGTGCTC;SOR=0.724;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=45;TCF=22;TCR=23;TR=17;WE=52246673;WS=52246655;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,39:0.53:74
chr15	52250789	rs2593187	T	C	77.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.281;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.86;ReadPosRankSum=0.827;SOR=1.236;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,5:0.31:16
chr15	52252799	rs2258248	C	T	1012.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.531;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.741;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=11;PP=445;ReadPosRankSum=-0.195;SC=AACTTTATGCCTGGCCTTGAA;SOR=0.579;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=72;TCF=48;TCR=24;TR=33;WE=52252807;WS=52252789;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,51:0.48:106
chr15	52257874	rs2241503	A	G	729.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=3.297;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.206;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=4;PP=546;ReadPosRankSum=0.716;SC=AGATGGGAATAAAGACTAAAT;SOR=1.033;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=62;TCF=50;TCR=12;TR=28;WE=52257882;WS=52257864;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,30:0.45:66
chr15	52264094	rs17612102	T	C	1100.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=4.440;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.732;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=38;PP=868;ReadPosRankSum=-0.086;SC=GTGAACCTGTTCTCGCCTGGG;SOR=1.208;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=95;TCF=15;TCR=80;TR=42;WE=52264102;WS=52264084;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,44:0.47:93
chr15	52439779	.	C	CT	59.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.108;ClippingRankSum=0.000;DP=107;ExcessHet=3.0103;FS=1.426;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.10;MQRankSum=1.880;QD=0.83;ReadPosRankSum=1.778;SOR=0.333;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:57,15:0.21:72
chr15	52486335	rs59434591	G	A	1135.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=28;PP=750;SC=GCAAAACACAGCTATCTCTAG;SOR=2.670;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=33;TCF=5;TCR=28;TR=33;WE=52486343;WS=52486325;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr15	52487523	rs3751604	T	A	2474.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=56;NR=30;PP=1701;SC=ATCAACATCTTATACCATAGT;SOR=1.389;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=86;TCF=56;TCR=30;TR=86;WE=52487531;WS=52487513;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr15	52504142	rs2278295	T	C	1294.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=30;PP=893;SC=CCTAAGGAACTTGTGACTAGG;SOR=2.780;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=36;TCF=6;TCR=30;TR=36;WE=52504150;WS=52504132;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr15	52505563	rs3751608	C	T	3539.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=31;NR=56;PP=1782;SC=TCTCCTACCCCATTCTGGCTG;SOR=1.187;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=87;TCF=31;TCR=56;TR=87;WE=52505571;WS=52505553;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr15	52506655	rs6493546	C	T	509.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=13;NR=3;PP=357;SC=AGGATCCTTTCGTTAGCCCAG;SOR=2.303;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=16;TCF=13;TCR=3;TR=16;WE=52506663;WS=52506645;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr15	52515678	rs4405492	G	T	3690.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=67;NR=33;PP=1990;SC=TGAATTTGACGCCACTGACAA;SOR=1.346;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=101;TCF=67;TCR=34;TR=100;WE=52515686;WS=52515668;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,135:1.00:135
chr15	52531941	rs11635028	A	G	8596.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=320;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=114;NR=78;PP=2965;SC=TGATCTTCCAACTTTTTCTGC;SOR=0.946;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=193;TCF=114;TCR=79;TR=192;WE=52531949;WS=52531931;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,316:1.00:316
chr15	52534344	rs3751631	G	A	6446.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=256;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=84;NR=64;PP=2653;SC=CAAGATACCCGCGGCAGTGCT;SOR=0.873;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=149;TCF=84;TCR=65;TR=148;WE=52534352;WS=52534334;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,251:1.00:251
chr15	52539673	rs10163109	C	T	6336.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=235;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=88;NR=59;PP=2965;SC=CAACTGTGGTCCGGAAATGCT;SOR=1.025;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=147;TCF=88;TCR=59;TR=147;WE=52539681;WS=52539663;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,234:1.00:234
chr15	52540783	rs376658771	TCA	T	96.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.514;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FS=3.173;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.82;ReadPosRankSum=0.009;SOR=0.259;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:102,16:0.14:118
chr15	52548784	.	A	ACACGCGCGCG	2294.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=72;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=62.22;QD=35.86;SOR=1.931;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,63:0.98:64
chr15	52553007	rs4497629	C	G	3185.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=70;NR=24;PP=2034;SC=AAAAACCATGCGGCTCTCAAC;SOR=1.919;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=96;TCF=71;TCR=25;TR=94;WE=52553015;WS=52552997;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr15	52556429	rs4776032	A	G	5232.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=61;NR=65;PP=2140;SC=TGATCTGCACATTGCCCAGAT;SOR=0.775;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=126;TCF=61;TCR=65;TR=126;WE=52556437;WS=52556419;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,202:1.00:202
chr15	52561891	.	AT	A	254.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.501;ClippingRankSum=0.000;DP=277;ExcessHet=3.0103;FS=4.761;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.04;MQRankSum=1.827;QD=0.98;ReadPosRankSum=-0.428;SOR=1.094;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:202,57:0.22:259
chr15	52564191	rs3751629	T	C	541.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=1;NR=17;PP=469;SC=AGGCCCTTCCTCTCAGCTGAG;SOR=4.407;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=18;TCF=1;TCR=17;TR=18;WE=52564199;WS=52564181;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr15	52571270	.	G	GT	532.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.149;ClippingRankSum=0.000;DP=198;ExcessHet=3.0103;FS=0.769;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.05;MQRankSum=0.000;QD=3.39;ReadPosRankSum=0.588;SOR=0.824;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:101,56:0.36:157
chr15	52587880	rs12907067	C	T	3752.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=46;NR=41;PP=1545;SC=ACGTGCGAGGCTCGGGGGCTG;SOR=0.721;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=88;TCF=46;TCR=42;TR=87;WE=52587888;WS=52587870;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,144:1.00:144
chr15	52615712	rs2290334	T	C	1244.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=4.180;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=36;PP=944;ReadPosRankSum=-0.235;SC=ATTGAACAGATACCAAAAGAC;SOR=0.730;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=93;TCF=21;TCR=72;TR=47;WE=52615720;WS=52615702;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,51:0.47:108
chr15	52628489	rs8035295	T	C	676.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=16;NR=2;PP=474;SC=TTTTCCTCATTTAAAAATGTA;SOR=2.737;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=18;TCF=16;TCR=2;TR=18;WE=52628497;WS=52628479;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr15	52640990	rs11386962	T	TA	521.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.544;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=2.277;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.35;ReadPosRankSum=-1.361;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:4,30:0.88:34
chr15	52643564	rs1058219	G	A	2538.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.691;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=224;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=33;PP=1084;ReadPosRankSum=-0.413;SC=ATGAGGACACGGTAGGCAGGT;SOR=0.719;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=136;TCF=68;TCR=68;TR=65;WE=52643572;WS=52643554;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:100,122:0.55:222
chr15	52656722	.	T	TA	123.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.214;ClippingRankSum=0.000;DP=135;ExcessHet=3.0103;FS=0.879;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.95;ReadPosRankSum=0.432;SOR=0.549;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:107,23:0.18:130
chr15	52667450	rs3816449	T	C	1174.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=2.201;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.291;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=14;PP=736;ReadPosRankSum=1.761;SC=AGATGTGAAATTTGGTTAATG;SOR=1.010;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=110;TCF=74;TCR=36;TR=47;WE=52667458;WS=52667440;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,58:0.43:135
chr15	52667552	rs2414145	G	A	8549.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=323;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=98;NR=101;PP=2965;SC=ACTGAAGAACGATAGTGGCAG;SOR=0.699;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=199;TCF=98;TCR=101;TR=199;WE=52667560;WS=52667542;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,321:1.00:321
chr15	52668822	rs1009157	G	A	606.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=0.522;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=18;PP=357;ReadPosRankSum=1.483;SC=AAGAAAAAATGTCTAAAAGCA;SOR=0.636;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=42;TCF=7;TCR=35;TR=22;WE=52668830;WS=52668812;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,27:0.53:51
chr15	52671784	rs2242058	C	T	2502.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-2.069;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=286;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.931;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=29;PP=1237;ReadPosRankSum=-1.949;SC=AACCACAAGGCCTTCTGCTCA;SOR=0.773;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=193;TCF=123;TCR=70;TR=82;WE=52671792;WS=52671774;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:160,124:0.44:284
chr15	52675261	rs4774621	T	C	6966.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=260;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=104;NR=66;PP=2965;SC=TATGTACTTTTTCACTGGGTG;SOR=1.045;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=170;TCF=104;TCR=66;TR=170;WE=52675269;WS=52675251;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,255:1.00:255
chr15	52681573	rs1724623	A	G	3584.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=30;NR=65;PP=1913;SC=ATATTCATGGAAAAAAGGAAG;SOR=1.376;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=95;TCF=30;TCR=65;TR=95;WE=52681581;WS=52681563;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,134:1.00:134
chr15	52684004	rs1669872	C	A	2441.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=51;NR=16;PP=1365;SC=GAAAGCATAACCCCTACTTGT;SOR=1.863;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=68;TCF=51;TCR=17;TR=67;WE=52684012;WS=52683994;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr15	52689526	rs2924130	T	C	7001.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=271;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=76;NR=91;PP=2965;SC=CGCGGGCATTTGTGGCCTGCA;SOR=0.820;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=167;TCF=76;TCR=91;TR=167;WE=52689534;WS=52689516;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,266:1.00:266
chr15	52689631	rs1724577	T	G	4876.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=2.166;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=70;PP=2309;ReadPosRankSum=-0.509;SC=CACCCATGAGTTCACAGAAGA;SOR=0.386;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=116;TCF=45;TCR=71;TR=115;WE=52689639;WS=52689621;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,183:0.99:184
chr15	52702400	rs10518689	G	A	114.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=0.512;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.557;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=0;PP=90;ReadPosRankSum=-0.750;SC=TTCAGTCCAAGTGTGGTTGGA;SOR=2.419;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=23;TCF=19;TCR=4;TR=7;WE=52702408;WS=52702390;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,7:0.27:26
chr15	52702699	rs72623980	T	C	554.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.371;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=4.778;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.28;ReadPosRankSum=0.058;SOR=0.570;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,30:0.45:67
chr15	52702785	.	A	ATTT	99.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.671;ClippingRankSum=-0.000;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=5.54;ReadPosRankSum=-1.077;SOR=0.582;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,5:0.28:18
chr15	52708189	rs1669858	C	T	161.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.494;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=2;PP=80;ReadPosRankSum=1.052;SC=TTTTTACTTTCCCTAGATTTT;SOR=1.230;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=15;TCF=10;TCR=5;TR=7;WE=52708197;WS=52708179;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,8:0.50:16
chr15	52708534	rs11856752	T	G	1099.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.207;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.908;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=25;PP=544;ReadPosRankSum=-1.691;SC=GTAACTGCCATTGCTGCCTAT;SOR=0.350;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=84;TCF=28;TCR=56;TR=41;WE=52708542;WS=52708524;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,57:0.49:117
chr15	52725334	rs11853875	C	T	1054.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.771;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=10;PP=458;ReadPosRankSum=1.219;SC=ACTCCCTTCACTTTATGCCAA;SOR=0.703;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=66;TCF=43;TCR=23;TR=30;WE=52725342;WS=52725324;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,52:0.47:111
chr15	52876874	.	T	TA	34	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;FR=0.5000;HP=11;HapScore=2;MGOF=4;MMLQ=27;MQ=60.9;NF=4;NR=0;PP=34;QD=10.75;SC=AGTCACAGTTTAAAAAAAAAA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=11;TCR=0;TR=4;WE=52876882;WS=52876864;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:7,4:0.36:11
chr15	52897478	rs2414163	T	C	2539.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.743;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=56;PP=1636;ReadPosRankSum=-0.722;SC=AATTGTAATATTTAAATACCA;SOR=0.678;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=81;TCF=24;TCR=57;TR=80;WE=52897486;WS=52897468;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,93:0.99:94
chr15	52901433	rs12915981	C	T	3516.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=64;NR=33;PP=2206;SC=TTATTAGGTACTAAGTTTTTC;SOR=1.426;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=97;TCF=64;TCR=33;TR=97;WE=52901441;WS=52901423;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr15	52901638	rs3751614	T	C	10632.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.156;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=399;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=117;PP=2965;ReadPosRankSum=0.083;SC=GCTCCAAGTGTTGAGCAATCC;SOR=0.785;Source=Platypus;TCF=118;WE=52901646;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,385:0.99:389
chr15	52901977	rs2414166	G	A	11573.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=424;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=135;NR=151;PP=2965;SC=TCAAATGTTGGGCAATTCTTG;SOR=0.792;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=286;TCF=135;TCR=151;TR=286;WE=52901985;WS=52901967;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,420:1.00:420
chr15	52904046	rs4776063	C	A	1491.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=1.395;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.489;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=35;PP=999;ReadPosRankSum=-0.944;SC=AGAAAATTATCATTGTAAAGT;SOR=2.259;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=46;TCF=10;TCR=36;TR=44;WE=52904054;WS=52904036;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,53:0.96:55
chr15	53081800	rs61735385	G	C	1773.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.606;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=33;PP=624;ReadPosRankSum=-1.180;SC=TCATACCTGGGGGAGTCTCGC;SOR=0.645;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=99;TCF=33;TCR=66;TR=50;WE=53081808;WS=53081790;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,86:0.55:157
chr15	53082214	rs149161886	GTC	G	848.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.496;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=32;PP=995;ReadPosRankSum=-0.526;SC=GTGGGGCTCTGTCTCTCTCTC;SOR=0.739;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=62;TCF=5;TCR=57;TR=35;WE=53082227;WS=53082204;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,37:0.56:66
chr15	53230504	rs113229762	G	C	683.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=0.075;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.193;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=10;PP=432;ReadPosRankSum=-1.575;SC=TATGAATGGTGATACCATGTT;SOR=0.446;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=56;TCF=35;TCR=21;TR=22;WE=53230512;WS=53230494;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,28:0.45:62
chr15	53815527	rs139512794	A	AAG,AAGAG	4889.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.426;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=4,4;NR=84,84;PP=752,2852;ReadPosRankSum=1.019;SC=GAGCTATTAAAAGAGAGAGAG;SOR=0.747;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=113;TCF=5;TCR=108;TR=88,88;WE=53815535;WS=53815517;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.18,0.76:140
chr15	53905729	rs62005937	T	C	598.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=16;NR=4;PP=407;SC=GCTAGTGTAATCACAAACATA;SOR=1.931;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=16;TCR=4;TR=20;WE=53905737;WS=53905719;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr15	53905779	rs35292476	C	T	1815.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=36;NR=13;PP=973;SC=TATTTTGACACTGCTAACCAG;SOR=1.352;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=49;TCF=36;TCR=13;TR=49;WE=53905787;WS=53905769;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr15	53905820	rs34829468	GA	G	2181.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=11;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=14;NR=29;PP=855;SC=TCCTTTCACAGAAAAAAAAAA;SOR=0.925;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=48;TCF=17;TCR=31;TR=43;WE=53905829;WS=53905810;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr15	53997089	rs578595	C	A	822.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=25;NR=4;PP=655;SC=CAAATGCCAGCAAATTATTTA;SOR=3.258;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=29;TCF=25;TCR=4;TR=29;WE=53997097;WS=53997079;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr15	53998314	rs690235	G	T	2652.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=12;NR=70;PP=1891;SC=ATTCTAACTAGAGAGAGATGG;SOR=2.910;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=82;TCF=12;TCR=70;TR=82;WE=53998322;WS=53998304;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr15	54003091	rs551225	G	A	8956.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=338;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=111;NR=88;PP=2965;SC=CAGTAAATGAGGATAAATGGT;SOR=0.869;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=201;TCF=112;TCR=89;TR=199;WE=54003099;WS=54003081;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,331:1.00:331
chr15	54005244	rs2459380	T	A	803.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=6;NR=15;PP=425;SC=AGAAGTTACTTGGCAATAGAA;SOR=1.765;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=21;TCF=6;TCR=15;TR=21;WE=54005252;WS=54005234;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr15	54008795	rs690337	T	C	14824.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=574;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQ=60.06;NF=169;NR=146;PP=2965;SC=AGGAAGTGAGTGTACTTACAC;SOR=0.796;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=316;TCF=169;TCR=147;TR=315;WE=54008803;WS=54008785;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,572:1.00:572
chr15	54008845	rs690346	T	C	14051.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=546;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=31;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=143;NR=154;PP=2965;SC=GCCTTCTCCATGCACTGTCCA;SOR=0.723;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=297;TCF=143;TCR=154;TR=297;WE=54008853;WS=54008835;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,544:1.00:544
chr15	54008889	rs34828731	GA	G	12004.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=335;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=83;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=14;NR=126;PP=2967;SC=CTCCCTAGCAGAAGATAACTT;SOR=1.123;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=140;TCF=14;TCR=126;TR=140;WE=54008897;WS=54008879;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,325:1.00:325
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chr15	54306925	rs12437941	G	A	7380.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=276;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=78;NR=91;PP=2965;SC=TTTGAATGGAGGTGTTCAGGG;SOR=0.807;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=172;TCF=80;TCR=92;TR=169;WE=54306933;WS=54306915;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,275:1.00:275
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chr15	54847509	rs8039515	G	T	278.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.171;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.083;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=1;PP=124;ReadPosRankSum=0.027;SC=AATGCATTCAGGTGCAGAAGA;SOR=1.360;SbPval=0.95;Source=Platypus;TC=38;TCF=28;TCR=10;TR=10;WE=54847517;WS=54847499;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,15:0.33:45
chr15	54847677	rs11639005	C	T	2246.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.293;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.638;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=39;PP=1053;ReadPosRankSum=0.685;SC=CAAGACAATGCGCTATAATGG;SOR=0.612;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=154;TCF=75;TCR=79;TR=79;WE=54847685;WS=54847667;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:110,109:0.50:219
chr15	54847786	rs11639014	A	G	1313.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.782;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.564;HP=2;HapScore=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=27;PP=569;ReadPosRankSum=-0.734;SC=CCCTGATCTTAGCCATGTATC;SOR=1.131;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=81;TCF=30;TCR=51;TR=41;WE=54847794;WS=54847776;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,62:0.53:118
chr15	54914716	rs2681964	C	T	98.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-1.745;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=6;PP=132;ReadPosRankSum=0.154;SC=AAAAACTGCACAATTATTTTA;SOR=0.512;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=18;TCF=3;TCR=15;TR=7;WE=54914724;WS=54914706;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,6:0.33:18
chr15	54915975	rs2414332	A	T	2552.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.737;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.490;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=23;PP=1459;ReadPosRankSum=-0.679;SC=CTAAAATGTGATATTTCCTTT;SOR=0.880;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=158;TCF=110;TCR=48;TR=86;WE=54915990;WS=54915965;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:97,115:0.54:212
chr15	54918911	rs11856235	T	C	615.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-2.417;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.561;HP=2;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=2;PP=439;ReadPosRankSum=-1.156;SC=ATATCCTATTTGCCAACATAA;SOR=0.051;SbPval=0.21;Source=Platypus;TC=57;TCF=55;TCR=2;TR=24;WE=54918919;WS=54918903;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,25:0.42:59
chr15	54918943	rs11852743	G	A	1142.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-4.638;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.541;HP=4;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=6;PP=799;ReadPosRankSum=0.397;SC=AATGTATACAGTTTTCAGCAG;SOR=0.369;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=100;TCF=85;TCR=15;TR=45;WE=54918951;WS=54918933;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,48:0.44:108
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chr15	55526886	rs72742261	C	T	250.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=0.437;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=2;PP=175;ReadPosRankSum=2.180;SC=CAGATCCCAACCTTTGTCCTC;SOR=1.022;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=14;TCF=12;TCR=2;TR=11;WE=55526894;WS=55526876;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,11:0.69:16
chr15	55653031	rs501231	A	G	2902.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=28;NR=40;PP=1430;SC=TCCTTCTCCAAGGATACTCTT;SOR=0.946;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=68;TCF=28;TCR=40;TR=68;WE=55653039;WS=55653021;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr15	55657617	rs377151087	GTT	G	327.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.991;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.21;ReadPosRankSum=0.135;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,12:0.92:13
chr15	55710365	rs56070549	T	C	6765.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.94;QD=45.11;SOR=1.134;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,150:1.00:150
chr15	55710369	rs6493785	T	A	6715.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.94;QD=43.89;SOR=1.216;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,153:1.00:153
chr15	55839223	rs148716691	C	T	1459.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.297;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.619;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=28;PP=658;ReadPosRankSum=-0.341;SC=ATGGATTTGACGAAGGTAGTG;SOR=0.631;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=95;TCF=38;TCR=57;TR=48;WE=55839231;WS=55839213;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,73:0.51:144
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chr15	55841032	rs12917202	A	G	1016.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-2.009;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.300;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=17;PP=604;ReadPosRankSum=0.633;SC=AAAACTTATGACCAAGTTCAA;SOR=0.385;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=118;TCF=82;TCR=36;TR=46;WE=55841040;WS=55841022;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:95,57:0.38:152
chr15	55841195	.	T	TA	76.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.002;ClippingRankSum=0.000;DP=273;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.04;MQRankSum=2.378;QD=0.35;ReadPosRankSum=1.793;SOR=0.706;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:184,38:0.17:222
chr15	55881111	rs1992236	A	G	2140.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.76;SOR=0.968;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr15	55972660	.	C	CT	290.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.733;ClippingRankSum=0.000;DP=284;ExcessHet=3.0103;FS=0.626;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.07;ReadPosRankSum=-1.871;SOR=0.798;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:221,51:0.19:272
chr15	55974742	.	T	TTTTATTTATTTA	931.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.287;ClippingRankSum=0.000;DP=104;ExcessHet=3.0103;FS=1.445;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.93;MQRankSum=0.036;QD=22.73;ReadPosRankSum=-0.027;SOR=1.034;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,25:0.61:41
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chr15	56030756	rs4774222	T	C	5102.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.897;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.51;ReadPosRankSum=-0.688;SOR=0.500;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,199:1.00:200
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chr15	56032975	rs7182733	G	A	871.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=23;PP=662;SC=TTCAGGGTATGAGATGACGAA;SOR=3.334;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=25;TCF=2;TCR=23;TR=25;WE=56032983;WS=56032965;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr15	56034878	rs11632579	G	A	1179.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=29;NR=5;PP=745;SC=TGGCGGTTCCGGACAGGCCGC;SOR=2.531;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=29;TCR=5;TR=34;WE=56034886;WS=56034868;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr15	56035010	rs12910180	G	A	5028.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.61;BaseQRankSum=0.654;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=45;PP=1880;ReadPosRankSum=0.847;SC=ACAGCGGTAAGAGAAAGCAGA;SOR=0.693;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=89;TCF=44;TCR=45;TR=89;WE=56035018;WS=56035000;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,192:0.99:194
chr15	56122347	rs2288344	T	G	852.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=2.481;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.678;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=25;PP=540;ReadPosRankSum=-0.666;SC=GACGTAGGACTGGGTTCTGGG;SOR=1.251;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=47;TCF=7;TCR=40;TR=28;WE=56122355;WS=56122337;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,36:0.59:61
chr15	56122664	rs12910830	T	C	3702.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.431;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=397;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.367;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=55;PP=1780;ReadPosRankSum=0.304;SC=AACAGAGGAATCTCACTCTCT;SOR=0.663;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=257;TCF=141;TCR=116;TR=120;WE=56122672;WS=56122654;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:202,186:0.48:388
chr15	56125135	rs8024944	C	A	1703.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.431;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.167;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=24;PP=777;ReadPosRankSum=0.951;SC=TGGAAGCTTGCGGATTCGTCA;SOR=0.795;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=115;TCF=62;TCR=53;TR=55;WE=56125143;WS=56125125;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:91,85:0.48:176
chr15	56125182	rs8026172	T	A	2173.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.084;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.807;HP=6;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=29;PP=901;ReadPosRankSum=0.129;SC=TCCATTTTTTTAATGATCTAT;SOR=0.677;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=128;TCF=63;TCR=65;TR=64;WE=56125190;WS=56125172;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:105,109:0.51:214
chr15	56130286	rs11071227	A	T	1538.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=27;NR=12;PP=825;SC=AATAAAATACATACTAATAAA;SOR=1.371;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=39;TCF=27;TCR=12;TR=39;WE=56130294;WS=56130276;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr15	56130909	rs8028559	A	G	123.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.823;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=12.38;ReadPosRankSum=-0.084;SOR=0.307;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,6:0.60:10
chr15	56132616	rs11858692	C	T	650.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-0.830;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.141;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=6;PP=376;ReadPosRankSum=1.857;SC=AATTATACTTCGTCTATACTA;SOR=0.286;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=34;TCF=25;TCR=9;TR=21;WE=56132624;WS=56132606;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,28:0.67:42
chr15	56133959	rs9788664	C	T	107.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.675;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=3;PP=51;ReadPosRankSum=-0.151;SC=TTAGTAGAGACGGGGTTTCAC;SOR=0.512;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=12;TCR=10;TR=6;WE=56133967;WS=56133949;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,8:0.31:26
chr15	56139153	rs2288346	T	C	745.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.63;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=13;NR=3;PP=362;SC=GTATTTATTATAAACATGACT;SOR=1.609;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=16;TCF=13;TCR=3;TR=16;WE=56139161;WS=56139143;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr15	56140995	rs12232351	T	A	3677.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.816;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=316;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.412;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=46;PP=1627;ReadPosRankSum=-1.176;SC=AGCATTTCTATACACTTACAG;SOR=0.726;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=206;TCF=110;TCR=96;TR=102;WE=56141003;WS=56140985;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:139,173:0.55:312
chr15	56144888	.	AATATATATATAT	A,AAT	637.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;QD=39.86;SOR=2.049;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:0,9,7:0.56,0.44:16
chr15	56152598	rs4774228	A	G	4443.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=77;NR=48;PP=2127;SC=ATCTAAGAGCATCTTACTGAG;SOR=1.096;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=125;TCF=77;TCR=48;TR=125;WE=56152606;WS=56152588;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,174:1.00:174
chr15	56152729	rs2303579	T	C	7463.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=274;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=89;NR=84;PP=2965;SC=GAAGGCCTGGTTGCTATACAT;SOR=0.769;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=173;TCF=89;TCR=84;TR=173;WE=56152737;WS=56152719;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,270:1.00:270
chr15	56152872	rs2303580	C	T	8765.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=336;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=88;NR=98;PP=2965;SC=GGAAGACTCTCGGTTGTCAAC;SOR=0.768;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=187;TCF=88;TCR=99;TR=186;WE=56152880;WS=56152862;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,330:1.00:330
chr15	56161919	rs1912402	C	T	922.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.064;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=20;PP=440;ReadPosRankSum=0.320;SC=ACTTTAACACCGGGAGAAAAG;SOR=0.689;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=64;TCF=23;TCR=41;TR=32;WE=56161927;WS=56161909;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,44:0.53:83
chr15	56197559	rs34941284	T	TG	2740.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.846;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.452;HP=6;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.554;NF=11;NR=38;PP=1356;ReadPosRankSum=0.882;SC=CACTAACAATTGGGGGGTTTC;SOR=0.540;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=96;TCF=25;TCR=71;TR=49;WE=56197567;WS=56197549;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,110:0.56:197
chr15	56243792	rs10718511	TA	T	114.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.951;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.17;ReadPosRankSum=-0.304;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,12:0.75:16
chr15	56258809	rs6493829	A	T	50.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.935;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.38;ReadPosRankSum=1.777;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,5:0.33:15
chr15	56386577	rs7170589	T	G	10502.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=388;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=129;NR=126;PP=2965;SC=CGACCAAAATTAGTGTCATGA;SOR=0.704;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=256;TCF=130;TCR=126;TR=255;WE=56386585;WS=56386567;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,386:1.00:386
chr15	56387142	rs34361729	G	A	3801.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.678;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=366;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.722;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=67;NR=65;PP=2028;ReadPosRankSum=-0.555;SC=TGCTGGAAGTGTGAGATGACA;SOR=0.595;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=256;TCF=136;TCR=120;TR=132;WE=56387150;WS=56387132;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:176,183:0.51:359
chr15	56387931	rs11071247	C	T	16855.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=627;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=175;NR=224;PP=2965;SC=CCTGGGTCTCCTGCAATGTAG;SOR=0.842;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=402;TCF=175;TCR=227;TR=399;WE=56387939;WS=56387921;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,617:1.00:617
chr15	56390616	rs748344	T	G	608.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-2.497;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=17;PP=324;ReadPosRankSum=-0.574;SC=AATACTCTCCTTTATAGAAGG;SOR=0.567;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=40;TCF=8;TCR=32;TR=21;WE=56390624;WS=56390606;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,27:0.56:48
chr15	56394295	rs17238601	T	C	759.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.614;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.034;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=8;PP=446;ReadPosRankSum=1.785;SC=AAATGAGACTTTGCAGGATGC;SOR=1.450;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=58;TCF=37;TCR=21;TR=27;WE=56394303;WS=56394285;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,38:0.48:79
chr15	56535174	rs2460649	A	G	733.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=2.707;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.509;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=5;PP=444;ReadPosRankSum=-1.132;SC=ACCTCCAGAGATCCTACAAAT;SOR=1.222;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=59;TCF=44;TCR=15;TR=26;WE=56535182;WS=56535164;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,33:0.45:74
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chr15	56680944	rs1477589	T	C	354.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=9;PP=242;SC=GGAAAAAATGTTAGGTGAAAT;SOR=2.670;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=1;TCR=9;TR=10;WE=56680952;WS=56680934;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr15	56686239	rs34544252	A	T	125.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=0.435;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=1;PP=42;ReadPosRankSum=-0.602;SC=GCCCCCTAACAGATATCTCCT;SOR=0.446;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=15;TCF=12;TCR=3;TR=5;WE=56686247;WS=56686229;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,7:0.44:16
chr15	56719797	rs795785	G	T	1049.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.24;SOR=0.793;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
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chr15	56721264	rs795787	G	A	2145.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=39;NR=20;PP=1162;SC=GTGGTAACATGCAAAAAATCT;SOR=1.358;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=59;TCF=39;TCR=20;TR=59;WE=56721272;WS=56721254;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr15	56721406	rs808730	C	T	3020.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=32;NR=46;PP=1481;SC=GAGAAAAATACTTTGTGGGTT;SOR=0.990;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=78;TCF=32;TCR=46;TR=78;WE=56721414;WS=56721396;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr15	56757251	rs12148572	G	C	761.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-1.222;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.843;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=23;PP=387;ReadPosRankSum=1.534;SC=GCAGCCCCAAGGAGCGCACCT;SOR=0.872;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=71;TCF=26;TCR=45;TR=34;WE=56757259;WS=56757241;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,40:0.47:86
chr15	56923536	rs3803457	A	G	1716.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=45;NR=5;PP=1299;SC=TGGTGAATTGATTTGTTTGAT;SOR=4.255;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=50;TCF=45;TCR=5;TR=50;WE=56923544;WS=56923532;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr15	56923714	rs8043381	G	A	15301.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=588;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=204;NR=166;PP=2965;SC=TTTCTTTTTCGTCTTCCAGGT;SOR=0.852;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=370;TCF=204;TCR=166;TR=370;WE=56923722;WS=56923704;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,579:1.00:579
chr15	56946296	rs8028457	C	A	717.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=16;NR=8;PP=488;SC=AAAACAACAACATACTTTAAT;SOR=1.445;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=24;TCF=16;TCR=8;TR=24;WE=56946304;WS=56946286;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr15	56946980	rs12911381	T	G	14499.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.216;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=565;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=206;NR=145;PP=2965;ReadPosRankSum=0.543;SC=GAGTCAGTCTTGGCTCCACAA;SOR=0.934;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=359;TCF=209;TCR=150;TR=351;WE=56946988;WS=56946970;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:8,552:0.99:560
chr15	56961272	rs12911191	T	A	589.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=13;PP=351;SC=ACTTGCGGTTTAACATCTCCT;SOR=3.056;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=14;TCF=1;TCR=13;TR=14;WE=56961280;WS=56961262;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr15	56981703	rs1871861	T	A	1133.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=31.49;SOR=3.797;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr15	57210297	rs3803455	G	A	1833.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.429;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=9;PP=1030;ReadPosRankSum=-0.693;SC=CGGAACGGCCGAGGAGGATGG;SOR=1.153;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=51;TCF=42;TCR=9;TR=50;WE=57210305;WS=57210287;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,69:0.99:70
chr15	57210562	rs213150	C	A	4890.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=48;NR=71;PP=2130;SC=ACGGTACCTGCCACCCCGCTC;SOR=0.994;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=119;TCF=48;TCR=71;TR=119;WE=57210570;WS=57210552;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,187:1.00:187
chr15	57210627	rs2165461	G	C	2190.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=41;PP=1309;SC=GCTTCTCGAGGTGCCTGCGAG;SOR=1.673;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=56;TCF=15;TCR=41;TR=56;WE=57210635;WS=57210617;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr15	57364814	rs2951904	G	A	2220.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.830;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.24;ReadPosRankSum=1.051;SOR=0.947;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,86:0.98:88
chr15	57484572	.	C	CT	447.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.167;ClippingRankSum=0.000;DP=268;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.03;ReadPosRankSum=-0.326;SOR=0.732;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:168,53:0.24:221
chr15	57484613	rs12914481	G	A	3203.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=38;NR=68;PP=2203;SC=TTAAGACAGCGTCTCACTCTG;SOR=1.590;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=107;TCF=39;TCR=68;TR=106;WE=57484621;WS=57484603;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr15	57523542	rs1037958	A	G	5474.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.663;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=113;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.104;SC=GAGAATACCTATATTCAGGCC;SOR=1.130;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=156;TCF=40;TCR=116;TR=152;WE=57523550;WS=57523532;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,201:0.99:204
chr15	57524756	rs2248620	G	A	3426.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=35;NR=69;PP=2398;SC=GGCTTACCGCGTTTACCATGC;SOR=1.362;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=104;TCF=35;TCR=69;TR=104;WE=57524764;WS=57524746;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr15	57524857	rs2290938	T	C	5173.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=90;NR=53;PP=2653;SC=GTCCATTTTATGTGAATATTA;SOR=1.132;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=144;TCF=90;TCR=54;TR=143;WE=57524865;WS=57524847;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,194:1.00:194
chr15	57540268	rs193075893	C	G	2183.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.284;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.617;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=22;PP=1098;ReadPosRankSum=0.243;SC=GGACTCATGTCTTCCAACTCA;SOR=0.757;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=110;TCF=68;TCR=42;TR=61;WE=57540276;WS=57540258;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,92:0.61:152
chr15	57555523	rs7182038	C	A	2847.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=26;NR=51;PP=1607;SC=CATAGGTAAACATACTTGAGA;SOR=1.336;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=77;TCF=26;TCR=51;TR=77;WE=57555531;WS=57555513;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr15	57731335	rs1280395	A	C	11282.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=421;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=157;NR=142;PP=2965;SC=CAGAATTAATACAGATGACAG;SOR=0.811;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=300;TCF=158;TCR=142;TR=299;WE=57731343;WS=57731325;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,409:1.00:409
chr15	57731728	rs1280396	A	G	3491.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=36;NR=67;PP=2092;SC=GAACCGGGCAACAGCAACTTC;SOR=1.329;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=103;TCF=36;TCR=67;TR=103;WE=57731736;WS=57731718;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr15	57732743	rs1280398	T	C	7042.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=280;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.52;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,276:1.00:276
chr15	57732774	rs17820299	C	T	1981.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.537;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=254;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.90;ReadPosRankSum=0.338;SOR=0.712;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:144,107:0.43:251
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chr15	57884181	rs1690328	T	C	2320.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.63;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=20;NR=25;PP=894;SC=GCACGCTTATTCTGCCCGGGA;SOR=0.836;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=45;TCF=20;TCR=25;TR=45;WE=57884189;WS=57884171;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr15	57910444	rs935548	A	G	9886.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=366;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=78;NR=137;PP=2965;SC=CATGCAAGAGAATGGAGTTGG;SOR=1.117;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=215;TCF=78;TCR=137;TR=215;WE=57910452;WS=57910434;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,363:1.00:363
chr15	57914094	rs2934439	G	T	322.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=10;PP=253;SC=AAGAATAATCGTATTCATATT;SOR=3.442;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=11;TCF=1;TCR=10;TR=11;WE=57914102;WS=57914084;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr15	57918090	rs2958059	A	G	4784.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.623;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.040;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=76;PP=2244;ReadPosRankSum=-0.621;SC=TTGGCCTGCAAGTACTCATCT;SOR=0.975;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=114;TCF=38;TCR=76;TR=113;WE=57918098;WS=57918080;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,179:0.99:180
chr15	57922169	rs59322468	A	ATTTTTTTTTTT	389.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.90;QD=38.97;SOR=3.258;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr15	57924586	rs2733593	T	A	1992.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.200;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.869;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=12;PP=1151;ReadPosRankSum=-0.925;SC=TGCCAATTCCTCTGGGCCCTG;SOR=1.842;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=56;TCF=43;TCR=13;TR=54;WE=57924594;WS=57924576;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,74:0.97:76
chr15	57967219	rs1991252	T	C	11758.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=463;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=121;NR=127;PP=2965;SC=AGGCCAAGACTGAAGTGGAAA;SOR=0.706;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=249;TCF=121;TCR=128;TR=248;WE=57967227;WS=57967209;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,461:1.00:461
chr15	57967285	rs5812908	AT	A	3543.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-1.521;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=252;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.666;HP=11;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQ=60.13;MQRankSum=0.461;NF=6;NR=83;PP=1338;ReadPosRankSum=-0.809;SC=GAATTTCCTGATTTTTTTTTT;SOR=1.316;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=116;TCF=10;TCR=106;TR=89;WE=57967293;WS=57967274;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:12,186:0.94:198
chr15	57976523	rs6493944	A	G	2277.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=46;NR=13;PP=1401;SC=CATTTTCTAGAGTTGTCTTAC;SOR=1.952;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=60;TCF=47;TCR=13;TR=59;WE=57976531;WS=57976513;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr15	57976583	rs2554032	A	C	5622.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-1.161;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=84;NR=40;PP=2494;ReadPosRankSum=2.142;SC=CCTGACCTGCATTTTCTCATT;SOR=0.481;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=125;TCF=85;TCR=40;TR=124;WE=57976591;WS=57976573;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,214:1.00:215
chr15	58000861	rs184344900	T	A	1061.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-1.021;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.638;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=16;PP=645;ReadPosRankSum=-0.708;SC=ATGTTATATCTCAAGTTAAAA;SOR=0.531;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=84;TCF=52;TCR=32;TR=42;WE=58000869;WS=58000851;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,51:0.51:100
chr15	58000981	rs1062707	C	T	7465.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=278;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=102;NR=78;PP=2965;SC=TGAAAGCTGCCATTGCAGAAT;SOR=0.911;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=180;TCF=102;TCR=78;TR=180;WE=58000989;WS=58000971;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,271:1.00:271
chr15	58247563	rs4646640	C	G	1311.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=28;PP=822;SC=TTATCACCTGCGAACAGCAAG;SOR=1.814;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=38;TCF=10;TCR=28;TR=38;WE=58247571;WS=58247553;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr15	58253062	rs3784263	C	T	10274.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=402;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=112;NR=142;PP=2965;SC=GAAAACATAGCACTGTGAGTT;SOR=0.879;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=255;TCF=113;TCR=142;TR=254;WE=58253070;WS=58253052;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,396:1.00:396
chr15	58253106	rs3784262	T	C	7256.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.877;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=284;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=68;NR=120;PP=2965;ReadPosRankSum=1.380;SC=CTGACTGGCATGGTATTTCTT;SOR=0.434;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=189;TCF=68;TCR=121;TR=188;WE=58253114;WS=58253096;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,280:1.00:281
chr15	58253269	rs3784260	T	G	5547.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=2.044;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=224;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=92;NR=55;PP=2724;ReadPosRankSum=-0.707;SC=AAGGAGATACTTGTTTATTTC;SOR=0.425;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=148;TCF=93;TCR=55;TR=147;WE=58253277;WS=58253259;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,214:1.00:215
chr15	58256127	rs4646626	C	T	3164.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=40;NR=40;PP=1428;SC=CTCCCCACTACGCGCCTCTTG;SOR=0.743;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=81;TCF=40;TCR=41;TR=80;WE=58256135;WS=58256117;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr15	58256296	rs4646625	C	T	1013.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=9;NR=25;PP=681;SC=ATGTTCTCACCGCTTTGCCTG;SOR=1.802;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=34;TCF=9;TCR=25;TR=34;WE=58256304;WS=58256286;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr15	58257847	rs3784259	C	T	3401.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=61;NR=26;PP=1801;SC=GCTAGTGTCCCATCAAAAGTG;SOR=1.445;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=88;TCF=62;TCR=26;TR=87;WE=58257855;WS=58257837;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr15	58287435	rs3985733	C	A	67.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-0.584;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=22;HapScore=3;MGOF=33;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.812;NF=5;NR=28;PP=392;ReadPosRankSum=-0.547;SC=AAAAAAAAAACAAACAGAAAT;SOR=0.754;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=84;TCF=10;TCR=74;TR=33;WE=58287443;WS=58287422;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,7:0.58:12
chr15	58306793	rs12903202	A	G	2559.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.858;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=291;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.430;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=50;PP=1334;ReadPosRankSum=0.466;SC=AGAGTTATCGATAGCCCAAGC;SOR=0.657;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=199;TCF=90;TCR=109;TR=93;WE=58306801;WS=58306783;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:161,128:0.44:289
chr15	58430763	rs34945403	A	G	2994.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=2.469;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=255;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.493;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=73;NR=29;PP=1786;ReadPosRankSum=1.254;SC=AGAAGCCCCAAGATGCAGCCT;SOR=0.632;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=194;TCF=142;TCR=52;TR=102;WE=58430771;WS=58430753;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:121,131:0.52:252
chr15	58465171	rs2292712	G	A	960.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.646;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=13;PP=489;ReadPosRankSum=0.194;SC=GTAGTTCTCTGCCTAGAAGAC;SOR=0.620;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=81;TCF=52;TCR=29;TR=37;WE=58465179;WS=58465161;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,49:0.45:108
chr15	58465483	rs2292713	C	T	235.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=2.529;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.702;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=8;PP=150;ReadPosRankSum=-1.641;SC=TAGGCACAGGCGAGAAAAAGC;SOR=1.148;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=2;TCR=19;TR=8;WE=58465491;WS=58465473;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,12:0.39:31
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chr15	58476092	rs3832977	G	GA	1257.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.372;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.477;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=12;PP=1036;ReadPosRankSum=2.105;SC=ACAAGTGAGTGAAAAACTAGA;SOR=0.948;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=73;TCF=40;TCR=33;TR=32;WE=58476100;WS=58476082;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,61:0.53:116
chr15	58476281	rs1867380	A	G	2815.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.064;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=256;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.458;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=54;PP=1481;ReadPosRankSum=0.785;SC=AGTCTTTAAGACAGAACAATC;SOR=0.730;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=171;TCF=71;TCR=100;TR=92;WE=58476289;WS=58476271;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:120,134:0.53:254
chr15	58571401	rs72739147	A	T	2198.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.745;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=321;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.423;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=40;PP=1195;ReadPosRankSum=-2.025;SC=TCTTCCTTTCATAAAGAAGCT;SOR=0.690;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=188;TCF=93;TCR=95;TR=81;WE=58571409;WS=58571391;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:196,117:0.37:313
chr15	58729144	rs17190517	C	T	2984.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.977;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=55;PP=1574;ReadPosRankSum=-0.747;SC=TCCCATAGAACGGTGTTGATA;SOR=0.667;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=76;TCF=20;TCR=56;TR=75;WE=58729152;WS=58729134;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,110:0.99:111
chr15	58834741	rs690	G	T	3788.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=71;NR=35;PP=2165;SC=AGGAATCTGTGCAACTCTCTC;SOR=1.364;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=106;TCF=71;TCR=35;TR=106;WE=58834749;WS=58834731;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,136:1.00:136
chr15	58837910	rs2414592	T	C	3692.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=0.865;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=24;PP=1520;ReadPosRankSum=-0.833;SC=TCCTTGCTCCTGCGTAACCCT;SOR=1.171;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=78;TCF=53;TCR=25;TR=76;WE=58837918;WS=58837900;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,140:0.99:142
chr15	58837933	rs6080	C	A	1528.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-1.491;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.234;HP=3;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=14;PP=595;ReadPosRankSum=1.124;SC=CCCCTGCTTTCCCATTAGGGC;SOR=0.801;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=95;TCF=62;TCR=33;TR=42;WE=58837941;WS=58837923;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,76:0.46:164
chr15	58838038	rs6084	C	G	3128.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.163;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=274;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.935;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=48;PP=1449;ReadPosRankSum=1.315;SC=ATACCTTTACCCGGGAGCACA;SOR=0.774;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=188;TCF=98;TCR=90;TR=100;WE=58838046;WS=58838028;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:118,152:0.56:270
chr15	58840450	rs1007543	A	C	3902.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=85;NR=36;PP=2589;SC=CTCCTGTGGGATGAGAACCAA;SOR=1.828;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=121;TCF=85;TCR=36;TR=121;WE=58840458;WS=58840440;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,136:1.00:136
chr15	58853079	rs3829462	C	A	5076.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=79;NR=35;PP=2308;SC=ATTACCAGTTCAAGATCCAGT;SOR=1.341;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=114;TCF=79;TCR=35;TR=114;WE=58853087;WS=58853069;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,191:1.00:191
chr15	58853109	rs3829461	A	G	6843.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=280;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=92;NR=53;PP=2592;SC=AAACTGAGACACCAATACAAA;SOR=1.060;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=145;TCF=92;TCR=53;TR=145;WE=58853117;WS=58853099;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,271:1.00:271
chr15	58853212	rs71964604	GAC	G	12046.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=293;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=16;NR=99;PP=2969;SC=CTAGGGTGATGACACACTTAT;SOR=0.978;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=123;TCF=17;TCR=106;TR=115;WE=58853226;WS=58853202;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,268:1.00:268
chr15	58853218	rs55913623	C	T	12260.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=284;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=77;NR=103;PP=2965;SC=TGATGACACACTTATTTTTCT;SOR=0.993;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=185;TCF=77;TCR=108;TR=180;WE=58853226;WS=58853202;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,279:1.00:279
chr15	58853307	rs4774305	C	G	3104.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=47;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=17;NR=66;PP=1843;SC=AAACCAAAAACTATCTGAGAC;SOR=2.058;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=83;TCF=17;TCR=66;TR=83;WE=58853315;WS=58853297;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr15	58853363	rs1869129	C	T	1132.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=26;PP=738;SC=AAAGACATTACCGTGACACAG;SOR=2.554;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=4;TCR=26;TR=30;WE=58853371;WS=58853353;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr15	58857230	rs4775080	G	C	1429.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=32;NR=9;PP=914;SC=ACCCTCTTCCGTCACCCCCTG;SOR=2.078;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=41;TCF=32;TCR=9;TR=41;WE=58857238;WS=58857220;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr15	58857255	rs4775081	A	G	2049.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=42;NR=18;PP=1207;SC=TCACTGCCAGATGCCGGCCTG;SOR=1.547;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=60;TCF=42;TCR=18;TR=60;WE=58857263;WS=58857245;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr15	58857378	rs17269397	A	G	7088.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=269;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=95;NR=76;PP=2965;SC=CTGCCAACAGATCTCCCAACA;SOR=0.873;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=171;TCF=95;TCR=76;TR=171;WE=58857386;WS=58857368;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,264:1.00:264
chr15	58891949	.	G	GA	232.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.475;ClippingRankSum=0.000;DP=116;ExcessHet=3.0103;FS=0.923;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.37;ReadPosRankSum=1.798;SOR=0.502;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:72,26:0.27:98
chr15	58974349	.	G	GA	23	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;FR=0.4999;HP=12;HapScore=2;MGOF=46;MMLQ=26;MQ=59.12;NF=1;NR=1;PP=23;QD=16.0;SC=TCTTTGTGTAGAAAAAAAAAA;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=8;TCF=4;TCR=4;TR=2;WE=58974357;WS=58974339;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:6,2:0.25:8
chr15	58983875	.	C	CTT	86.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.792;ClippingRankSum=-0.000;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=2.276;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.75;MQRankSum=-0.000;QD=6.67;ReadPosRankSum=-1.047;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,7:0.54:13
chr15	59009930	.	T	TA	34.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.472;ClippingRankSum=0.000;DP=147;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.26;ReadPosRankSum=1.116;SOR=0.623;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:112,21:0.16:133
chr15	59064422	rs200544208	C	A	2981.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.256;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=294;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.569;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=56;PP=1324;ReadPosRankSum=-0.783;SC=ATGTTTTGCTCCTGGCCTGGA;SOR=0.870;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=187;TCF=69;TCR=118;TR=83;WE=59064430;WS=59064412;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:149,144:0.49:293
chr15	59094494	.	CT	C	109.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.452;ClippingRankSum=0.000;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.33;ReadPosRankSum=0.467;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,14:0.30:47
chr15	59144199	rs16940850	A	G	1535.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=17;NR=27;PP=806;SC=AAATGTGATGATCATGGCTGG;SOR=1.123;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=44;TCF=17;TCR=27;TR=44;WE=59144207;WS=59144189;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr15	59175965	rs77145198	A	G	1317.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=1.425;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.578;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=25;PP=567;ReadPosRankSum=2.037;SC=GTTCAACCACATGTCGCTCCT;SOR=0.779;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=85;TCF=33;TCR=52;TR=41;WE=59175973;WS=59175955;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:100,70:0.41:170
chr15	59176071	rs112196913	C	A	339.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.055;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=11;PP=206;ReadPosRankSum=-1.170;SC=CTGAGGCAGGCGGATCACCTG;SOR=0.859;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=30;TCF=8;TCR=22;TR=14;WE=59176079;WS=59176061;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,17:0.49:35
chr15	59179264	rs2124203	G	A	4720.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.609;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=601;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.527;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=85;NR=70;PP=2092;ReadPosRankSum=0.895;SC=CAGGGGGAGCGCCTCTCACAC;SOR=0.757;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=357;TCF=191;TCR=166;TR=155;WE=59179272;WS=59179254;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:349,250:0.42:599
chr15	59185929	rs4238332	T	C	282.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=8;NR=0;PP=189;SC=ACAAAGCTTATATCTGGATTA;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=8;TCR=0;TR=8;WE=59185937;WS=59185919;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
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chr15	59347929	rs1446239	C	A	995.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.769;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.737;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=16;PP=543;ReadPosRankSum=1.649;SC=GCCAGGGTTCCAGTTCTCATG;SOR=1.007;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=67;TCF=37;TCR=30;TR=38;WE=59347937;WS=59347919;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,49:0.54:91
chr15	59358845	rs62002543	A	C	364.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=3.584;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=1;PP=225;ReadPosRankSum=0.775;SC=CATTATTTACAGAGATTTGAA;SOR=1.022;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=38;TCF=35;TCR=3;TR=14;WE=59358853;WS=59358835;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,16:0.38:42
chr15	59358862	rs62002544	G	A	619.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=3.167;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=2;PP=373;ReadPosRankSum=-1.597;SC=TGAAATTACCGAACATTTCTT;SOR=0.899;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=53;TCF=45;TCR=8;TR=22;WE=59358870;WS=59358852;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,28:0.45:62
chr15	59359102	rs151224376	A	G	6118.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.019;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=632;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=93;NR=94;PP=2888;ReadPosRankSum=-0.942;SC=ATCCTCATACAAGTTGCTTTC;SOR=0.687;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=385;TCF=191;TCR=194;TR=187;WE=59359110;WS=59359092;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:323,300:0.48:623
chr15	59368167	rs7178935	G	A	2449.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.476;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.499;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=23;PP=1108;ReadPosRankSum=1.773;SC=CATTGCCAGTGGACCTGAGCA;SOR=0.643;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=143;TCF=95;TCR=48;TR=70;WE=59368175;WS=59368157;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:107,116:0.52:223
chr15	59368510	rs4775115	T	G	411.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-0.803;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=13;PP=251;ReadPosRankSum=-1.613;SC=GTTCTTAAATTTTTAGTATTT;SOR=0.922;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=30;TCF=5;TCR=25;TR=15;WE=59368518;WS=59368500;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,18:0.55:33
chr15	59376202	rs146786527	ATTTAT	A	337.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.244;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.44;ReadPosRankSum=-1.452;SOR=0.665;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,11:0.28:40
chr15	59376531	rs12915899	T	C	226.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=1.124;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=6;PP=119;ReadPosRankSum=1.385;SC=TTGTGATTGATTGCTTTGCAG;SOR=0.446;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=20;TCF=3;TCR=17;TR=7;WE=59376539;WS=59376521;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,11:0.38:29
chr15	59381769	rs2289895	A	T	794.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-3.807;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.376;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=9;PP=457;ReadPosRankSum=-0.452;SC=TGAGCAGTTGAATTGAAAACA;SOR=0.201;SbPval=0.21;Source=Platypus;TC=58;TCF=46;TCR=12;TR=31;WE=59381777;WS=59381759;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,36:0.55:65
chr15	59406581	rs8039514	T	C	792.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.164;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=9;PP=337;ReadPosRankSum=-0.187;SC=TTTAAGCCAGTTGGCTCTGCA;SOR=0.621;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=44;TCF=28;TCR=16;TR=23;WE=59406589;WS=59406571;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,40:0.52:77
chr15	59415934	rs3830310	CAT	C	76.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=0.608;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.680;HP=3;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=6;PP=245;ReadPosRankSum=-0.000;SC=ATATTAATAACATGTGGGAGT;SOR=0.086;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=14;TCF=4;TCR=10;TR=8;WE=59415943;WS=59415924;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,3:0.43:7
chr15	59429111	rs11539756	G	A	314.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=3.110;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.618;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=10;PP=226;ReadPosRankSum=1.150;SC=TGCAGAGGGCGGGTCCTCCCT;SOR=0.148;SbPval=0.2;Source=Platypus;TC=29;TCF=2;TCR=27;TR=12;WE=59429119;WS=59429101;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,13:0.39:33
chr15	59453236	rs7182408	C	T	108.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.251;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.72;ReadPosRankSum=-1.437;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,7:0.37:19
chr15	59453384	rs2306791	T	C	959.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-1.456;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.715;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=12;PP=277;ReadPosRankSum=0.951;SC=GGGAGCCCCCTGCACTCCAGG;SOR=0.813;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=63;TCF=31;TCR=32;TR=25;WE=59453392;WS=59453374;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,51:0.47:109
chr15	59453578	rs7165444	G	A	56.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.074;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.963;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=4;PP=43;ReadPosRankSum=0.727;SC=CTGAGGATGCGCACCGCATCC;SOR=1.981;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=4;WE=59453586;WS=59453568;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,4:0.29:14
chr15	59455520	rs11858347	A	C	1091.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.105;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=31;PP=691;ReadPosRankSum=0.240;SC=GAGATTGGACAAACACACTTG;SOR=0.662;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=100;TCF=31;TCR=69;TR=48;WE=59455528;WS=59455510;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,53:0.45:119
chr15	59464039	rs2306788	G	A	487.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.352;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.722;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=5;PP=246;ReadPosRankSum=0.735;SC=TTGGAACAGCGGACCGTGATG;SOR=0.298;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=38;TCF=28;TCR=10;TR=17;WE=59464047;WS=59464029;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,24:0.50:48
chr15	59466489	rs58124311	C	A	5693.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-2.972;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=572;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.520;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=96;PP=2280;ReadPosRankSum=-2.995;SC=GCCCCAATCCCTGAACAACAC;SOR=0.738;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=325;TCF=130;TCR=195;TR=156;WE=59466497;WS=59466479;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:285,283:0.50:568
chr15	59487930	rs2306786	C	G	590.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-3.425;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=20;PP=432;ReadPosRankSum=1.457;SC=TTTCCGAAAGCTTTGCCGACT;SOR=1.022;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=30;TCF=1;TCR=29;TR=21;WE=59487938;WS=59487920;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,23:0.68:34
chr15	59494673	rs2306787	C	T	1043.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.448;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.456;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=24;PP=570;ReadPosRankSum=0.436;SC=GCCTGCCTTTCTAGAGGATGG;SOR=1.226;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=59;TCF=19;TCR=40;TR=32;WE=59494681;WS=59494663;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,45:0.56:81
chr15	59497708	rs140060017	G	GAATTTCATTGAACAAAATGT	3877.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.065;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=355;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=9.410;NF=3;NR=39;PP=2897;ReadPosRankSum=0.980;SC=GAAAGAAATCGAATTTCATTG;SOR=0.703;SbPval=0.12;Source=Platypus;TC=140;TCF=4;TCR=136;TR=42;WE=59497716;WS=59497698;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:108,100:0.48:208
chr15	59499120	rs76593785	C	T	975.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=3.050;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.917;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=7;PP=558;ReadPosRankSum=0.029;SC=TCTCTCTCTCCACTTCTTCAG;SOR=0.983;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=67;TCF=50;TCR=17;TR=32;WE=59499128;WS=59499110;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,42:0.47:89
chr15	59499472	rs61741295	G	A	2797.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=2.644;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=281;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.933;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-4.480;NF=64;NR=35;PP=1648;ReadPosRankSum=0.296;SC=AGGGTGAGACGATGGATCTTC;SOR=0.781;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=196;TCF=122;TCR=74;TR=99;WE=59499480;WS=59499462;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:146,131:0.47:277
chr15	59500117	rs61753957	T	C	2206.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.280;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=243;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.595;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=1.858;NF=40;NR=27;PP=1083;ReadPosRankSum=1.458;SC=CCACCATAATTAAGGGCCTCT;SOR=0.455;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=167;TCF=105;TCR=62;TR=67;WE=59500125;WS=59500107;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:125,106:0.46:231
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chr15	59548475	rs4508371	C	T	23558.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=908;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=247;NR=249;PP=2965;SC=TAAGGATCTTCTTCATACCTG;SOR=0.695;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=498;TCF=247;TCR=251;TR=496;WE=59548483;WS=59548465;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,905:1.00:905
chr15	59664607	rs7175010	C	A	284.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.66;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=7;NR=1;PP=163;SC=CCCCTGGCCCCGGCAGCGCGC;SOR=2.494;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=7;TCR=1;TR=8;WE=59664615;WS=59664597;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr15	59750930	rs11071448	G	A	2118.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=2.583;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=255;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.335;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=45;PP=1098;ReadPosRankSum=2.585;SC=TTACATTATCGGAGAATGGTT;SOR=0.955;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=160;TCF=64;TCR=96;TR=68;WE=59750938;WS=59750920;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:147,105:0.42:252
chr15	59750960	rs7359171	A	G	1574.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.477;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.240;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=36;PP=803;ReadPosRankSum=-0.262;SC=GGCAAGAGAAACACTATTGTG;SOR=0.836;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=117;TCF=41;TCR=76;TR=53;WE=59750968;WS=59750950;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,79:0.47:169
chr15	59752053	rs3803445	G	A	778.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.230;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.936;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=7;PP=506;ReadPosRankSum=-0.185;SC=TGTATTTCCAGACTTCTCTGG;SOR=1.341;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=64;TCF=44;TCR=20;TR=31;WE=59752061;WS=59752043;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,36:0.49:74
chr15	59784334	rs4291860	C	A	75.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-2.057;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.522;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=1;PP=47;ReadPosRankSum=1.085;SC=TTAAGTGTGCCTTAGGTGACT;SOR=0.105;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=9;TCF=8;TCR=1;TR=4;WE=59784342;WS=59784326;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,4:0.44:9
chr15	59784493	rs4296198	C	T	1358.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=0.700;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.385;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=19;PP=726;ReadPosRankSum=1.742;SC=AGATTCGTGCCCGGGACAACA;SOR=0.832;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=101;TCF=61;TCR=40;TR=49;WE=59784501;WS=59784483;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,65:0.49:132
chr15	59784648	rs4417505	A	G	838.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-1.330;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.932;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=17;PP=346;ReadPosRankSum=-0.121;SC=AAACTCCATTATAGTGGGGAA;SOR=0.479;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=51;TCF=13;TCR=38;TR=24;WE=59784656;WS=59784638;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,41:0.51:80
chr15	59911834	rs55968994	G	A	2533.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=1.555;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.555;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=66;PP=1676;ReadPosRankSum=0.067;SC=CAGTGTGGGTGGGAGACCAGG;SOR=0.884;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=173;TCF=56;TCR=117;TR=95;WE=59911842;WS=59911824;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:93,111:0.54:204
chr15	59911892	rs3743119	G	T	2135.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=58;PP=1643;SC=TGCTATTAGAGTGTGGGTAAG;SOR=4.407;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=62;TCF=4;TCR=58;TR=62;WE=59911900;WS=59911882;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr15	59931429	rs2306354	G	C	1207.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=14;NR=17;PP=577;SC=ACTATTTTAAGACTATCAAAA;SOR=0.776;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=14;TCR=17;TR=31;WE=59931437;WS=59931419;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr15	59931556	rs8033208	G	C	498.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=4;NR=9;PP=280;SC=GAGATACAAAGATGCTTAGCT;SOR=1.292;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=13;TCF=4;TCR=9;TR=13;WE=59931564;WS=59931546;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr15	59944203	rs11637071	A	G	227.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=1;PP=173;SC=ATATTTAATGATATCATTCAA;SOR=1.863;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=5;TCF=4;TCR=1;TR=5;WE=59944211;WS=59944197;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr15	59944300	rs4774340	T	C	1598.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=30;NR=8;PP=873;SC=CTGGGTCAAATAGTCCAAGAT;SOR=1.773;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=38;TCF=30;TCR=8;TR=38;WE=59944308;WS=59944290;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr15	59960155	rs6151570	G	C	1171.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=25;NR=7;PP=708;SC=AGGAACTCTGGGTTCACCCTG;SOR=1.900;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=25;TCR=7;TR=32;WE=59960163;WS=59960145;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr15	59960941	rs6151566	CCT	C	737.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=11;NR=0;PP=575;SC=ATGGCTTCTTCCTCTTTTTCT;SOR=3.500;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=11;TCR=1;TR=11;WE=59960950;WS=59960931;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr15	59960980	rs6151565	C	T	1081.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=24;NR=6;PP=652;SC=CACGCGCGCGCGCGCACAGTT;SOR=2.303;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=30;TCF=24;TCR=6;TR=30;WE=59960988;WS=59960970;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr15	59961646	rs2307273	T	C	857.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=4;NR=22;PP=684;SC=TACAAAATAATAGTTGAAAAA;SOR=2.546;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=4;TCR=22;TR=26;WE=59961654;WS=59961636;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr15	59963272	rs56337803	C	CA	304.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.638;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=3.104;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.10;MQRankSum=-0.586;QD=15.24;ReadPosRankSum=-0.811;SOR=2.093;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:3,17:0.85:20
chr15	59964798	rs4774342	C	G	2191.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=44;NR=14;PP=1330;SC=AATTAGCTCACAATTCTGTCC;SOR=2.012;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=58;TCF=44;TCR=14;TR=58;WE=59964806;WS=59964788;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr15	59972353	.	G	GT	61.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.613;ClippingRankSum=0.000;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=6.703;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.47;ReadPosRankSum=1.035;SOR=2.358;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,11:0.26:42
chr15	59972372	rs6151510	A	C	2011.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=1.824;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.512;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=18;PP=1221;ReadPosRankSum=1.201;SC=TTTTTTGGACAAAGAAACGTG;SOR=1.320;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=63;TCF=44;TCR=19;TR=59;WE=59972380;WS=59972362;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,64:0.98:65
chr15	59974525	.	CA	C	30.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.501;ClippingRankSum=0.000;DP=73;ExcessHet=3.0103;FS=3.207;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.45;ReadPosRankSum=0.630;SOR=0.289;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:54,14:0.21:68
chr15	60643302	rs3743269	T	C	1153.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.932;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.754;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=14;PP=664;ReadPosRankSum=2.006;SC=GTCCCCTTCCTCCATCCATGA;SOR=0.593;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=79;TCF=56;TCR=23;TR=42;WE=60643310;WS=60643292;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,53:0.48:110
chr15	60649579	rs5813020	TC	T	1555.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.830;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=28;PP=1033;ReadPosRankSum=-0.141;SC=GAATCTATACTCCTACCCCTT;SOR=0.692;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=59;TCF=2;TCR=57;TR=30;WE=60649587;WS=60649569;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,51:0.49:105
chr15	60653205	rs17845226	C	A	1354.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.086;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.92;MQRankSum=1.199;QD=7.57;ReadPosRankSum=0.333;SOR=0.721;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:105,74:0.41:179
chr15	60678298	rs11855679	T	A	5136.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=31;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=71;NR=57;PP=2367;SC=GGAAAAAAAGTACAACAAAAA;SOR=0.856;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=128;TCF=71;TCR=57;TR=128;WE=60678306;WS=60678288;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,197:1.00:197
chr15	60678328	rs11858864	C	T	5971.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=33;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=78;NR=64;PP=2795;SC=AAGAGGCTCTCCTTTACTCTG;SOR=0.816;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=143;TCF=78;TCR=65;TR=142;WE=60678336;WS=60678318;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,223:1.00:223
chr15	60678350	rs7182242	T	C	5675.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=36;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=66;NR=71;PP=2754;SC=AGCACAGCGATTCATTATGCT;SOR=0.761;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=137;TCF=66;TCR=71;TR=137;WE=60678358;WS=60678340;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,211:1.00:211
chr15	60685141	.	TAAA	T	828.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.106;ClippingRankSum=0.000;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.83;ReadPosRankSum=0.134;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,34:0.77:44
chr15	60685176	rs11631777	G	A	995.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.161;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.139;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=9;PP=522;ReadPosRankSum=0.735;SC=ACTGGGTGAGGAGAGGGGTTC;SOR=1.280;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=72;TCF=45;TCR=27;TR=32;WE=60685184;WS=60685151;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,49:0.45:109
chr15	60689877	rs12904258	A	G	106.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=1.615;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=4;PP=127;ReadPosRankSum=0.000;SC=AGGGCTTCTTAGAGAAGCCCG;SOR=0.255;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=38;TCF=24;TCR=14;TR=11;WE=60689885;WS=60689867;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,7:0.35:20
chr15	60689927	rs12904756	G	C	2825.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.66;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=49;NR=31;PP=1743;SC=CCGGCCCGAGGGCCGGTGGCC;SOR=1.287;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=80;TCF=49;TCR=31;TR=80;WE=60689935;WS=60689917;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr15	60690089	rs12904657	A	G	3257.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.482;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=358;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.810;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=64;PP=1580;ReadPosRankSum=-0.717;SC=CAGCGTCTCCACACCCCGCTA;SOR=0.637;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=232;TCF=104;TCR=128;TR=119;WE=60690097;WS=60690079;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:181,167:0.48:348
chr15	60720488	rs59228235	T	C	254.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.297;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.552;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=4;PP=106;ReadPosRankSum=0.495;SC=TACAACTTTATCCTTCCTATG;SOR=0.191;SbPval=0.23;Source=Platypus;TC=24;TCF=18;TCR=6;TR=10;WE=60720496;WS=60720478;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,14:0.45:31
chr15	60724118	rs12437617	C	G	355.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.238;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.84;ReadPosRankSum=0.122;SOR=0.720;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,21:0.40:52
chr15	60724317	rs60675189	T	TA	164.87	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=0;NR=3;PP=98;SC=ATACAAAAAATCTGAAACTTA;SOR=1.022;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=0;TCR=3;TR=3;WE=60724325;WS=60724307;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr15	60734697	rs1063100	A	G	418.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.117;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.65;ReadPosRankSum=-0.793;SOR=0.575;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,25:0.40:63
chr15	60740915	rs1901993	C	T	706.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=18;NR=3;PP=527;SC=ATCAATAGATCGAAAAAATGA;SOR=2.833;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=18;TCR=3;TR=21;WE=60740923;WS=60740905;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr15	60742063	rs1869484	G	T	1708.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.856;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.505;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=31;PP=717;ReadPosRankSum=-1.814;SC=AATTGGTAAAGTATTAGTAAA;SOR=0.768;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=125;TCF=56;TCR=69;TR=56;WE=60742071;WS=60742053;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:125,91:0.42:216
chr15	60748810	rs7163427	T	A	81.82	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.282;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=59;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=1;PP=29;ReadPosRankSum=0.842;SC=ACACACACACTATTTCAGACA;SOR=0.693;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=7;TCF=4;TCR=3;TR=3;WE=60748818;WS=60748800;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,4:0.80:5
chr15	60768469	rs3759910	C	T	68.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.843;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=2.218;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.05;ReadPosRankSum=-0.879;SOR=0.180;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,6:0.35:17
chr15	60771289	rs3743267	A	G	10058.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-0.274;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=980;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=131;NR=164;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.600;SC=GCGCGCCCAAAAAAGACCATA;SOR=0.700;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=566;TCF=248;TCR=318;TR=295;WE=60771297;WS=60771279;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:475,494:0.51:969
chr15	60771438	rs11389291	G	GC	835.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=1.271;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=26;PP=1018;ReadPosRankSum=0.773;SC=GCAGCGAAGTGCGAGACTGGG;SOR=0.406;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=71;TCF=1;TCR=70;TR=27;WE=60771446;WS=60771428;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,29:0.41:70
chr15	60789798	rs11071539	G	T	7315.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=297;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=95;NR=81;PP=2965;SC=AGGCTCTTAAGGTAGACACCT;SOR=0.811;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=176;TCF=95;TCR=81;TR=176;WE=60789806;WS=60789788;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,284:1.00:284
chr15	60791954	rs2290430	A	C	1196.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-2.102;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=11;PP=634;ReadPosRankSum=-2.264;SC=TGAAATGGAAATTTATTTCTT;SOR=0.638;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=48;TCF=34;TCR=14;TR=37;WE=60791962;WS=60791944;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,52:0.81:64
chr15	60797607	rs7171309	T	C	2217.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.379;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.646;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=14;PP=1310;ReadPosRankSum=-2.421;SC=CCTGATGACATTCATTCTTTA;SOR=0.776;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=126;TCF=99;TCR=27;TR=73;WE=60797615;WS=60797597;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,96:0.58:166
chr15	60824108	rs10851682	T	C	5254.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=47;NR=81;PP=2206;SC=CTTATAAAAGTGTTCCCTGAT;SOR=1.092;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=128;TCF=47;TCR=81;TR=128;WE=60824116;WS=60824098;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,205:1.00:205
chr15	60849026	rs78039601	A	C	3887.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.125;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=358;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.805;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=58;PP=2075;ReadPosRankSum=-0.752;SC=GAAACCTTGCAAATTACAGTG;SOR=0.748;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=233;TCF=120;TCR=113;TR=120;WE=60849034;WS=60849016;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:167,182:0.52:349
chr15	61521567	.	A	G	465	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;FR=1.0000;HP=2;HapScore=2;MGOF=99;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=2;NR=15;PP=465;QD=29.3983066204;SC=CGACCGGCGAAAGCAGGAGGG;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=17;TCF=2;TCR=15;TR=17;WE=61521589;WS=61521557;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr15	61521579	.	AAA	GAG	919	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;FR=1.0000;HP=4;HapScore=2;MGOF=99;MMLQ=29;MQ=60.0;NF=2;NR=15;PP=919;QD=57.203992639;SC=GCAGGAGGGAAAAAGCAGGCG;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=18;TCF=2;TCR=16;TR=17;WE=61521589;WS=61521557;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:1,17:0.94:18
chr15	62146969	rs2241491	T	A	1458.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.218;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=8;PP=897;ReadPosRankSum=0.288;SC=CATAGTTATATTTGGGAGAGC;SOR=0.957;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=41;TCF=33;TCR=8;TR=40;WE=62146977;WS=62146959;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,51:0.98:52
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chr15	62175019	rs12912348	T	C	682.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.527;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=17;PP=399;ReadPosRankSum=0.790;SC=ATTGATCAAATTGAAAAAATC;SOR=0.502;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=37;TCF=8;TCR=29;TR=22;WE=62175027;WS=62175009;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,27:0.64:42
chr15	62199342	rs28413840	T	A	1641.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=45;NR=7;PP=1223;SC=AAAGCTACTTTTTCTGGAAAT;SOR=3.383;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=52;TCF=45;TCR=7;TR=52;WE=62199350;WS=62199337;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr15	62201333	rs35201581	GA	G	3601.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=1.284;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=236;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=12;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.509;NF=9;NR=74;PP=1234;ReadPosRankSum=0.692;SC=TTCTATTGTAGAAAAAAAAAA;SOR=0.675;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=94;TCF=9;TCR=85;TR=83;WE=62201342;WS=62201323;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:15,193:0.93:208
chr15	62202290	rs34965045	C	T	1940.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=54;NR=4;PP=1410;SC=CAAACCTGCACGTTCTGCACA;SOR=4.582;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=58;TCF=54;TCR=4;TR=58;WE=62202298;WS=62202280;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr15	62202482	rs10851704	C	T	11958.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=464;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=123;NR=164;PP=2965;SC=GCCTGACAAACTTTCTGGCCA;SOR=0.899;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=287;TCF=123;TCR=164;TR=287;WE=62202490;WS=62202472;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,457:1.00:457
chr15	62210274	rs11071639	G	T	1502.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=37;NR=12;PP=990;SC=GAAGTTATTTGCCAGAATATA;SOR=1.938;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=49;TCF=37;TCR=12;TR=49;WE=62210282;WS=62210264;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr15	62223273	rs9788670	C	T	5925.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=237;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=81;NR=71;PP=2712;SC=GTATTGCAAACTCAGAGCTGA;SOR=0.773;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=152;TCF=81;TCR=71;TR=152;WE=62223281;WS=62223263;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,231:1.00:231
chr15	62232767	.	G	C	491.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-2.457;ClippingRankSum=0.000;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.762;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=2;PP=320;ReadPosRankSum=1.400;SC=CCTACATTCTGATATCCACTA;SOR=0.341;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=33;TCF=29;TCR=4;TR=16;WE=62232775;WS=62232757;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,20:0.54:37
chr15	62232796	rs7172838	C	T	1534.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-1.138;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=12;PP=1040;ReadPosRankSum=-0.575;SC=CTATGATCAACGAGAAAAGCC;SOR=1.117;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=53;TCF=41;TCR=12;TR=52;WE=62232804;WS=62232786;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,56:0.98:57
chr15	62246554	rs17238266	T	C	731.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=2.124;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.017;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=8;PP=499;ReadPosRankSum=2.131;SC=GTAAGTTTAGTAGAGGTAATT;SOR=0.988;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=63;TCF=43;TCR=20;TR=30;WE=62246562;WS=62246544;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,34:0.45:76
chr15	62265019	rs3833020	A	AT	730.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=9;PP=432;SC=AAACTGCATGAAACACTCAAA;SOR=1.127;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=11;TCF=2;TCR=9;TR=11;WE=62265027;WS=62265009;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr15	62265507	rs11071645	G	A	781.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=14;NR=9;PP=396;SC=AAGAGACTCAGAGTCACACTA;SOR=1.143;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=23;TCF=14;TCR=9;TR=23;WE=62265515;WS=62265497;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr15	62284101	rs8032433	A	G	2477.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=13;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=63;PP=2040;SC=TTTTTTTTTTAACGCTACGTA;SOR=6.154;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=66;TCF=2;TCR=64;TR=65;WE=62284109;WS=62284077;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr15	62304420	rs140372940	GACACAC	G,GAC	1070.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=0.659;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2,2;NR=22,22;PP=614,392;ReadPosRankSum=-0.179;SC=TTCAGACTCAGACACACACAC;SOR=1.061;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=32;TCF=2;TCR=30;TR=24,24;WE=62304435;WS=62304410;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.71,0.26:34
chr15	62306244	rs117929248	C	T	413.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.728;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.962;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=11;PP=214;ReadPosRankSum=-0.116;SC=TCATTAATAGCGCTCTAATAC;SOR=0.569;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=37;TCF=14;TCR=23;TR=19;WE=62306252;WS=62306234;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,24:0.38:64
chr15	62325518	rs12917535	A	T	35.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=0;PP=55;SC=TTTTGAGATTAAAAAAAAATT;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=3;TCR=0;TR=3;WE=62325526;WS=62325508;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr15	62327127	rs2414758	T	C	3064.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=47;NR=28;PP=1575;SC=TGTGATGTTATTGAATGGTTA;SOR=1.085;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=75;TCF=47;TCR=28;TR=75;WE=62327135;WS=62327117;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr15	62352374	rs11639147	A	G	2117.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=56;NR=11;PP=1378;SC=GGGGAGTCTCAGGCGGCGCAG;SOR=2.484;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=67;TCF=56;TCR=11;TR=67;WE=62352382;WS=62352364;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr15	62456358	rs8040712	A	C	2920.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=24;NR=50;PP=1552;SC=GCGCCTCCGAACAGGCTCTCC;SOR=1.358;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=74;TCF=24;TCR=50;TR=74;WE=62456366;WS=62456348;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr15	62456487	rs147804873	G	A	451.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-2.174;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.055;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=6;PP=172;ReadPosRankSum=0.106;SC=CGCTCAGGAAGCGGGGCCCTG;SOR=0.439;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=29;TCF=12;TCR=17;TR=13;WE=62456495;WS=62456477;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,25:0.51:49
chr15	62456945	rs8025811	G	A	246.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.64;BaseQRankSum=1.375;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.412;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.915;NF=3;NR=2;PP=99;ReadPosRankSum=-0.377;SC=CTGCGAGCGCGGGTCCCAGTC;SOR=0.681;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=16;TCF=10;TCR=6;TR=5;WE=62456953;WS=62456935;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,13:0.42:31
chr15	62535864	rs11635709	T	C	12212.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.591;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=433;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=128;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.651;SC=TCCGGTGGGTTTCCCCACACA;SOR=1.471;Source=Platypus;TCF=134;WE=62535872;WS=62535854;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,427:1.00:428
chr15	62539151	rs7402021	T	C	8204.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=123;NR=28;PP=2965;SC=CATCCACCTCTCTGGCATTCT;SOR=2.578;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=179;TCF=137;TCR=42;TR=151;WE=62539170;WS=62539141;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,182:1.00:182
chr15	62539153	rs59880159	T	TGG	8430.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=81;NR=32;PP=2969;SC=TCCACCTCTCTGGCATTCTAA;SOR=2.616;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=131;TCF=90;TCR=41;TR=113;WE=62539170;WS=62539141;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,185:1.00:185
chr15	62539162	rs2955803	A	C	9748.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=240;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=151;NR=64;PP=2965;SC=CTGGCATTCTAAGCCATCCCC;SOR=1.787;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=216;TCF=151;TCR=65;TR=215;WE=62539170;WS=62539141;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,237:1.00:237
chr15	62539185	rs2945418	T	C	9805.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=372;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=43;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=189;NR=100;PP=2965;SC=AGCCCTCTGATGCCAGTCCTG;SOR=1.333;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=290;TCF=189;TCR=101;TR=289;WE=62539193;WS=62539175;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,364:1.00:364
chr15	62539894	rs17271570	A	G	656.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.788;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.156;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=15;PP=348;ReadPosRankSum=-1.241;SC=GCTAGGTTCAATGTACAACTT;SOR=1.438;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=37;TCF=11;TCR=26;TR=19;WE=62539902;WS=62539884;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,29:0.55:53
chr15	62932556	rs35757182	G	C	633.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-0.597;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=19;PP=441;ReadPosRankSum=1.661;SC=GGTGGAGAGTGAGTGGCTAGA;SOR=0.732;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=59;TCF=22;TCR=37;TR=31;WE=62932564;WS=62932546;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,33:0.44:75
chr15	62936830	rs11852582	C	T	3115.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=33;NR=69;PP=2055;SC=CTCTCCTGTGCACCTTGCGGA;SOR=1.589;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=102;TCF=33;TCR=69;TR=102;WE=62936838;WS=62936820;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr15	62939440	rs938979	T	C	500.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=1.386;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=3;PP=274;ReadPosRankSum=0.838;SC=ATTATTATCGTGAACATCAGG;SOR=0.693;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=37;TCF=30;TCR=7;TR=17;WE=62939448;WS=62939430;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,22:0.50:44
chr15	62944448	rs10775179	G	C	610.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.754;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=19;PP=439;ReadPosRankSum=-0.190;SC=TTAACACGCCGAGTTCTGCCT;SOR=0.569;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=43;TCF=7;TCR=36;TR=23;WE=62944456;WS=62944438;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,25:0.52:48
chr15	62967342	rs1878785	A	G	5394.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=93;NR=52;PP=2521;SC=CACCACATACAGTAACTACCT;SOR=1.168;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=145;TCF=93;TCR=52;TR=145;WE=62967350;WS=62967332;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,212:1.00:212
chr15	62967395	rs1878784	C	T	7194.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=275;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=91;NR=81;PP=2965;SC=TAACTGGTCCCGACCACTGTC;SOR=0.793;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=172;TCF=91;TCR=81;TR=172;WE=62967403;WS=62967385;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,271:1.00:271
chr15	62967554	rs1878783	T	C	2339.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=42;PP=1032;SC=GTGTTCACCTTGGCCCCTTCT;SOR=1.691;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=57;TCF=15;TCR=42;TR=57;WE=62967562;WS=62967544;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr15	62979016	rs12917611	A	C	934.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=23;PP=508;SC=GCAGAGGGCAAGGAGAGCACT;SOR=1.493;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=35;TCF=12;TCR=23;TR=35;WE=62979024;WS=62979006;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr15	62985267	rs2009523	G	A	538.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.711;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=15;PP=323;ReadPosRankSum=-0.160;SC=GGTGGCTCACGCCTGTAATCC;SOR=0.880;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=28;TCF=7;TCR=21;TR=19;WE=62985275;WS=62985257;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,25:0.66:38
chr15	62989775	rs8034474	T	C	2629.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=46;NR=19;PP=1421;SC=GTGCCTCTTTTAGTTGGCCTT;SOR=1.514;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=65;TCF=46;TCR=19;TR=65;WE=62989783;WS=62989765;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr15	62990916	rs12906130	G	A	2504.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=56;NR=20;PP=1541;SC=GGTCCCAGGCGTGTGGGATGA;SOR=1.828;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=76;TCF=56;TCR=20;TR=76;WE=62990924;WS=62990906;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr15	62990971	rs12905981	C	T	6157.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=83;NR=59;PP=2674;SC=CCAGCAGGCCCTGATGGGGAC;SOR=0.932;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=144;TCF=84;TCR=60;TR=142;WE=62990979;WS=62990961;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,231:1.00:231
chr15	62993238	.	G	A	713.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.895;ClippingRankSum=0.000;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.172;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=9;PP=366;ReadPosRankSum=-0.530;SC=ATTTTATGGCGGGGCTTCTCC;SOR=0.473;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=35;TCF=23;TCR=12;TR=24;WE=62993246;WS=62993228;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,33:0.66:50
chr15	62994428	rs12594220	G	C	319.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=13;PP=281;SC=CAATCACTCAGGTTCTGATGG;SOR=5.136;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=0;TCR=13;TR=13;WE=62994436;WS=62994418;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr15	62994784	rs67465793	C	T	1744.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=46;NR=5;PP=1246;SC=GTTTGTGAGACACTGGATGTT;SOR=3.500;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=51;TCF=46;TCR=5;TR=51;WE=62994792;WS=62994774;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr15	62994928	rs12908653	G	A	9530.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=365;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=126;NR=105;PP=2965;SC=GAGGAAATGCGTTTTCTTTCC;SOR=0.811;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=231;TCF=126;TCR=105;TR=231;WE=62994936;WS=62994918;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,358:1.00:358
chr15	63009733	rs938983	A	G	4243.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.787;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=67;NR=40;PP=2337;ReadPosRankSum=1.709;SC=ATGCATGTATATTGCATATGC;SOR=0.439;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=108;TCF=68;TCR=40;TR=107;WE=63009741;WS=63009723;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,152:0.99:153
chr15	63009804	rs1320191	C	T	7517.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.732;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=290;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=93;NR=68;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.859;SC=CAGCGGCAGCCACACAGACCA;SOR=0.894;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=163;TCF=94;TCR=69;TR=161;WE=63009812;WS=63009794;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,282:0.99:284
chr15	63014548	rs10775181	A	G	5666.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=56;NR=57;PP=2153;SC=TCATCTCTCTATAGCCTGGAA;SOR=0.721;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=114;TCF=56;TCR=58;TR=113;WE=63014556;WS=63014538;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,215:1.00:215
chr15	63030398	rs12900862	T	C	7661.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=294;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=98;NR=70;PP=2965;SC=TGCTTCTCTCTCTCCACGAAT;SOR=0.930;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=168;TCF=98;TCR=70;TR=168;WE=63030406;WS=63030388;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,289:1.00:289
chr15	63040516	.	C	CA	209.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.118;ClippingRankSum=0.000;DP=110;ExcessHet=3.0103;FS=1.915;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.20;MQRankSum=1.478;QD=2.00;ReadPosRankSum=0.767;SOR=0.483;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:78,27:0.26:105
chr15	63044379	rs7171264	A	G	4320.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=91;NR=31;PP=2845;SC=AATCCAAATAAAGGAGAAAAT;SOR=1.895;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=122;TCF=91;TCR=31;TR=122;WE=63044387;WS=63044369;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,150:1.00:150
chr15	63044637	rs7176359	A	G	5060.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-2.611;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=101;PP=2965;ReadPosRankSum=0.239;SC=GTAAGGGGCTAGTCCCGATGC;SOR=0.423;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=139;TCF=36;TCR=103;TR=137;WE=63044645;WS=63044627;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,179:0.99:181
chr15	63047778	rs8033767	C	T	8770.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.660;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=338;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=110;NR=91;PP=2965;ReadPosRankSum=2.637;SC=CAGCCTTGTGCAATGCCTGCC;SOR=0.839;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=203;TCF=112;TCR=91;TR=201;WE=63047786;WS=63047768;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,335:0.99:337
chr15	63054439	rs2030040	C	G	3001.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=48;NR=27;PP=1292;SC=GTCTTCGACCCTGACTTTGAT;SOR=1.159;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=76;TCF=48;TCR=28;TR=75;WE=63054447;WS=63054429;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr15	63055658	rs10152548	T	A	1052.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=25;NR=3;PP=717;SC=GAGGTGACTGTGTCAGGGAGG;SOR=2.964;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=28;TCF=25;TCR=3;TR=28;WE=63055666;WS=63055648;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr15	63063141	rs34815657	C	CT	1219.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.175;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FS=0.717;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.14;MQRankSum=0.000;QD=8.53;ReadPosRankSum=0.647;SOR=0.646;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:54,89:0.62:143
chr15	63075920	.	CTGTGTGTG	C,CTG	1607.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.837;ClippingRankSum=0.000;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.267;NF=10,10;NR=19,19;PP=135,1101;ReadPosRankSum=-1.140;SC=GCGTTTCTCTCTGTGTGTGTG;SOR=0.933;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=32;TCF=12;TCR=20;TR=29,29;WE=63075935;WS=63075908;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.15,0.82:65
chr15	63336099	rs62013181	C	G	4356.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.102;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=570;ExcessHet=3.0103;FS=0.527;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.66;ReadPosRankSum=1.004;SOR=0.641;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:334,235:0.41:569
chr15	63340416	rs73431508	A	G	1825.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.557;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.470;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=19;PP=818;ReadPosRankSum=0.354;SC=CTAGAAGTGGAAGCCAGAGCC;SOR=0.880;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=132;TCF=81;TCR=51;TR=55;WE=63340424;WS=63340406;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:113,89:0.44:202
chr15	63340607	rs4075047	T	C	1875.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.623;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.227;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=25;PP=601;ReadPosRankSum=0.002;SC=CCCTGGAGGCTGCGACTTCCG;SOR=0.567;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=94;TCF=38;TCR=56;TR=43;WE=63340615;WS=63340597;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,90:0.54:166
chr15	63340647	rs4374117	A	G	2714.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=32;NR=44;PP=1371;SC=GGGCGCCGCCATCGCACAGAG;SOR=0.973;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=76;TCF=32;TCR=44;TR=76;WE=63340655;WS=63340637;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr15	63340989	rs148517607	C	CG	4377.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.234;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=267;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQ=60.04;MQRankSum=1.132;NF=23;NR=34;PP=2980;ReadPosRankSum=0.509;SC=GCTTCCCCCCCCGCAGGCCCC;SOR=0.674;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=129;TCF=46;TCR=83;TR=57;WE=63340998;WS=63340972;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:144,114:0.44:258
chr15	63340990	rs117389407	C	T	4386.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.360;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=267;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.950;HP=7;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=32;PP=2962;ReadPosRankSum=0.573;SC=CTTCCCCCCCCGCAGGCCCCG;SOR=0.774;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=191;TCF=108;TCR=83;TR=74;WE=63340998;WS=63340972;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:148,116:0.44:264
chr15	63349096	rs4775613	G	A	5758.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=78;NR=57;PP=2545;SC=CTTCCTATCTGAAATCAGCAT;SOR=0.902;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=139;TCF=78;TCR=61;TR=135;WE=63349104;WS=63349086;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,219:1.00:219
chr15	63351687	rs4775614	A	G	2392.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=40;NR=20;PP=1225;SC=AAGCCTCACAAGCCACAGCAG;SOR=1.204;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=60;TCF=40;TCR=20;TR=60;WE=63351695;WS=63351677;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr15	63351840	rs1071646	C	A	4161.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=40;NR=54;PP=1880;SC=TGAAAGAGGCCAAGCACATTG;SOR=0.914;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=94;TCF=40;TCR=54;TR=94;WE=63351848;WS=63351830;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,158:1.00:158
chr15	63353760	rs4774472	C	A	2639.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=65;NR=15;PP=1878;SC=TCCTGGAAAACCTAAACATTT;SOR=2.783;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=81;TCF=66;TCR=15;TR=80;WE=63353768;WS=63353750;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr15	63358032	rs58304847	CT	C	68.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.229;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=4.803;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.40;ReadPosRankSum=1.088;SOR=0.245;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,13:0.27:49
chr15	63358246	rs7668	G	T	2090.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=1.355;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.509;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=33;PP=849;ReadPosRankSum=2.302;SC=GCTTTCTATTGTACAGAAGCT;SOR=0.737;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=114;TCF=47;TCR=67;TR=54;WE=63358254;WS=63358236;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:104,102:0.50:206
chr15	63363401	rs201620283	C	CATTTTGTTTT	2722.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=56;PP=1499;SC=CACATTCTTTCGTTTTGTTTT;SOR=3.643;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=57;TCF=0;TCR=57;TR=56;WE=63363409;WS=63363391;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr15	63413997	rs8182083	C	T	1153.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.08;SOR=0.976;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr15	63414083	rs34317102	A	C	1068.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.704;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.494;HP=1;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=14;PP=549;ReadPosRankSum=1.137;SC=GTACCGGCTCATGTCAGCAGT;SOR=0.801;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=73;TCF=38;TCR=35;TR=32;WE=63414091;WS=63414073;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,50:0.48:104
chr15	63414119	rs139879323	G	A	1159.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.639;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.458;HP=4;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=22;PP=642;ReadPosRankSum=2.721;SC=CGCCCCCGGGGGCTTGGCCTC;SOR=0.746;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=76;TCF=38;TCR=38;TR=41;WE=63414127;WS=63414109;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,57:0.48:119
chr15	63414723	rs189796619	TGG	CTC	842.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=3.346;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.263;HP=4;HapScore=2;JOINED;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=2;PP=1096;ReadPosRankSum=0.198;SC=GGGGCCCAGGTGGAGGGGGCG;SOR=1.038;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=40;TCF=31;TCR=9;TR=15;WE=63414733;WS=63414713;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,22:0.45:49
chr15	63433766	rs2729835	G	A	4399.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-2.666;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=408;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.522;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=73;NR=77;PP=2309;ReadPosRankSum=-0.737;SC=GTTGTGGAAAGGAAACAAACG;SOR=0.721;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=279;TCF=139;TCR=140;TR=150;WE=63433774;WS=63433756;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:190,213:0.53:403
chr15	63434110	rs8468	C	T	439.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=-1.685;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.817;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=16;PP=324;ReadPosRankSum=1.748;SC=TAGAGTATAACTGAATGCAGA;SOR=1.189;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=35;TCF=5;TCR=30;TR=18;WE=63434118;WS=63434100;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,18:0.51:35
chr15	63449543	rs7170846	A	C	3825.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=4.482;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=361;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.813;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=83;NR=52;PP=2263;ReadPosRankSum=0.940;SC=TCCGTCCCATATGACTCTCGG;SOR=0.742;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=255;TCF=154;TCR=101;TR=135;WE=63449551;WS=63449533;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:182,170:0.48:352
chr15	63449680	rs2292038	C	G	4891.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=1.831;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=483;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.760;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=97;PP=2586;ReadPosRankSum=1.733;SC=GATCTGCGCTCGGCATCAACT;SOR=0.867;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=274;TCF=107;TCR=167;TR=154;WE=63449688;WS=63449670;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:228,233:0.51:461
chr15	63515946	rs11632192	A	G	165.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-4.101;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=8;NR=1;PP=103;ReadPosRankSum=0.625;SC=GTTAAGTGACACATGACTGTA;SOR=0.223;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=18;TCF=17;TCR=1;TR=9;WE=63515954;WS=63515936;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,9:0.53:17
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chr15	63516266	rs17828874	G	C	1016.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=2.308;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.939;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=26;PP=632;ReadPosRankSum=0.301;SC=TCAAAACAAGGAAATGCTTAT;SOR=0.979;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=64;TCF=14;TCR=50;TR=31;WE=63516274;WS=63516256;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,43:0.49:88
chr15	63547859	rs3784673	G	C	796.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-2.701;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=16;PP=294;ReadPosRankSum=-2.366;SC=CTGTCTGCAAGGCAGCTGAGC;SOR=0.716;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=56;TCF=24;TCR=32;TR=26;WE=63547867;WS=63547849;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,41:0.53:77
chr15	63552039	.	AT	A	36.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.600;ClippingRankSum=0.000;DP=73;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.66;ReadPosRankSum=-1.122;SOR=0.671;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:44,12:0.21:56
chr15	63554822	.	G	GTA	35.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.912;ClippingRankSum=0.000;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.55;ReadPosRankSum=0.772;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,4:0.17:23
chr15	63554824	rs72363505	GTA	G,ATA	446.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.559;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=3.067;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.42;MQRankSum=0.000;QD=20.31;ReadPosRankSum=-0.229;SOR=0.148;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:2,9,11:0.41,0.50:22
chr15	63569902	rs117618017	C	T	7176.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=0.585;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=837;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.522;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=107;NR=99;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.461;SC=ACCATCGCCACCGAGCCGTTG;SOR=0.632;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=438;TCF=237;TCR=201;TR=206;WE=63569910;WS=63569892;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:441,376:0.46:817
chr15	63570340	rs11858705	T	A	321.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-2.073;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.634;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.483;NF=8;NR=3;PP=138;ReadPosRankSum=-0.964;SC=GACTTCCGCCTATTAGAATCA;SOR=0.184;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=23;TCF=18;TCR=5;TR=11;WE=63570348;WS=63570330;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,16:0.50:32
chr15	63570441	rs142298628	GAA	G	496.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.358;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FS=1.881;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.25;MQRankSum=1.933;QD=3.94;ReadPosRankSum=-0.374;SOR=1.030;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:90,36:0.29:126
chr15	63571279	rs35859954	G	GT	104.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.770;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=7.956;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.15;MQRankSum=1.766;QD=1.54;ReadPosRankSum=-0.439;SOR=2.155;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:51,17:0.25:68
chr15	63578709	rs58838039	CT	C	938.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.661;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FS=3.274;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.20;MQRankSum=1.784;QD=6.39;ReadPosRankSum=1.033;SOR=0.998;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:63,84:0.57:147
chr15	63594455	rs142260418	T	A	392.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=0.995;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=4;PP=276;ReadPosRankSum=-2.180;SC=TGAGGTGTGGTGGACACCCCG;SOR=0.538;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=27;TCF=20;TCR=7;TR=14;WE=63594463;WS=63594445;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,18:0.56:32
chr15	63639016	rs2270764	A	G	1500.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=9;NR=35;PP=947;SC=TCTTTTCTGAATCCCCGGAGG;SOR=2.259;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=44;TCF=9;TCR=35;TR=44;WE=63639024;WS=63639006;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr15	63668010	.	C	CT	78.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.251;ClippingRankSum=0.000;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.54;ReadPosRankSum=0.275;SOR=0.770;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,10:0.32:31
chr15	63848805	rs3751043	C	G	3322.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=31;NR=37;PP=1385;SC=TTTATTCTTTCACCTGTGGTG;SOR=0.775;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=69;TCF=32;TCR=37;TR=68;WE=63848813;WS=63848795;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr15	63862637	.	A	G	795.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=2.544;ClippingRankSum=0.000;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.736;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=8;PP=491;ReadPosRankSum=0.684;SC=TTTAGGGGCTATCAACAGCAG;SOR=1.023;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=77;TCF=52;TCR=25;TR=32;WE=63862645;WS=63862627;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,39:0.38:103
chr15	63921152	rs35700814	CT	C	65.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.963;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.45;MQRankSum=0.464;QD=4.70;ReadPosRankSum=-0.393;SOR=0.399;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,9:0.64:14
chr15	63922752	rs10851731	T	A	11236.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.906;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=436;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=117;NR=144;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.057;SC=CCACATCTTCTATGATTACTC;SOR=0.463;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=263;TCF=117;TCR=146;TR=261;WE=63922760;WS=63922742;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,424:0.99:427
chr15	63929599	rs71131175	GAT	G	1132.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-1.578;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=11.132;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=3;PP=890;ReadPosRankSum=1.148;SC=GTGAAAACCTGATATGATTTT;SOR=0.045;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=70;TCF=64;TCR=6;TR=22;WE=63929608;WS=63929589;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,31:0.42:73
chr15	63932513	rs2228517	G	C	2823.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.516;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=288;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.433;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=44;PP=1344;ReadPosRankSum=-0.105;SC=CAGGGTCAGGGAGACAGTTCT;SOR=0.696;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=183;TCF=91;TCR=92;TR=85;WE=63932521;WS=63932503;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:144,138:0.49:282
chr15	63935149	rs10519223	A	G	3817.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=2.093;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=414;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.527;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=73;NR=44;PP=1925;ReadPosRankSum=-0.936;SC=TATAACTACAATATTACCTTT;SOR=0.764;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=250;TCF=154;TCR=96;TR=117;WE=63935157;WS=63935139;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:220,186:0.46:406
chr15	63937209	rs2229749	C	G	17288.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=667;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=214;NR=190;PP=2965;SC=TTGATTCCTGCTCCCACCATC;SOR=0.781;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=405;TCF=214;TCR=191;TR=404;WE=63937217;WS=63937199;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,662:1.00:662
chr15	63953153	rs2272209	A	G	3518.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=45;NR=36;PP=1528;SC=AAAATAAAGAAGCTCTCAAAA;SOR=0.820;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=81;TCF=45;TCR=36;TR=81;WE=63953161;WS=63953143;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr15	63954029	rs2228511	C	T	7557.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=284;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=115;NR=66;PP=2965;SC=ACAGGTAGTACGGATTTCCAC;SOR=1.118;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=181;TCF=115;TCR=66;TR=181;WE=63954037;WS=63954019;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,278:1.00:278
chr15	63956925	rs139830307	C	T	528.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-2.719;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=17;PP=354;ReadPosRankSum=-0.636;SC=AAATTTGAAACACATCTTTAT;SOR=0.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=29;TCF=1;TCR=28;TR=17;WE=63956933;WS=63956915;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,21:0.64:33
chr15	63958762	rs1815130	T	C	781.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=13;PP=413;SC=CCTAGTATTGTCCAAGTTTAA;SOR=1.609;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=18;TCF=5;TCR=13;TR=18;WE=63958770;WS=63958752;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr15	63966513	rs111577041	CA	C	129.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.409;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FS=0.791;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.05;MQRankSum=2.009;QD=0.70;ReadPosRankSum=1.697;SOR=0.834;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:143,43:0.23:186
chr15	63966572	rs145406028	C	T	3939.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.431;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=435;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.522;HP=4;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQ=60.02;MQRankSum=-0.934;NF=84;NR=63;PP=2256;ReadPosRankSum=-0.225;SC=ACTGGTCTTCCAAAAGCCCAT;SOR=0.762;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=282;TCF=160;TCR=122;TR=147;WE=63966580;WS=63966562;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:226,199:0.47:425
chr15	63970456	rs2228510	T	C	2913.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.770;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=301;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.956;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=49;PP=1106;ReadPosRankSum=-0.126;SC=AGGATACGGATGAGCTGAATA;SOR=0.832;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=185;TCF=85;TCR=100;TR=86;WE=63970464;WS=63970446;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:142,148:0.51:290
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chr15	63984772	rs11630720	T	C	2915.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.460;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=286;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.435;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=59;PP=1215;ReadPosRankSum=-1.417;SC=GCAGCTACAGTGAAGAGACAA;SOR=0.733;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=185;TCF=79;TCR=106;TR=105;WE=63984780;WS=63984762;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:133,147:0.52:280
chr15	63988357	rs2255243	C	G	3447.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=68;NR=23;PP=2022;SC=CTCTCCCTTGCCTCCTGTGTG;SOR=1.792;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=91;TCF=68;TCR=23;TR=91;WE=63988365;WS=63988347;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr15	63998863	rs17186968	T	G	86.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=2.655;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=0;PP=84;ReadPosRankSum=0.241;SC=AAGACAATCATATCTAAATAC;SOR=0.527;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=10;TCR=0;TR=5;WE=63998871;WS=63998853;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,4:0.44:9
chr15	63998900	rs142578274	T	G	251.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.956;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=1.431;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.63;ReadPosRankSum=1.805;SOR=1.041;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,14:0.42:33
chr15	63998914	rs34366173	CTT	C	660.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.454;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.21;MQRankSum=0.657;QD=13.48;ReadPosRankSum=1.095;SOR=0.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,28:0.57:49
chr15	64015369	rs143278098	T	C	2083.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.671;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=25;PP=1155;ReadPosRankSum=2.009;SC=CCCTTTATCTTCTTTATCTTA;SOR=0.700;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=119;TCF=79;TCR=40;TR=73;WE=64015377;WS=64015359;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,97:0.54:178
chr15	64017798	rs11632718	A	G	237.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=1.862;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=8;PP=157;ReadPosRankSum=-0.370;SC=CCGTACTGCAATAAGATACTG;SOR=0.972;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=24;TCF=5;TCR=19;TR=10;WE=64017806;WS=64017788;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,11:0.41:27
chr15	64020073	rs9920746	C	T	1255.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=9;NR=23;PP=619;SC=GGGACAATTGCTTCAAATGAA;SOR=1.659;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=9;TCR=23;TR=32;WE=64020081;WS=64020063;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr15	64025223	rs35978932	T	C	2198.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=1.209;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=236;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=28;PP=949;ReadPosRankSum=-1.979;SC=ATCTGACAGATTTCCGTAGCC;SOR=0.716;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=134;TCF=70;TCR=64;TR=60;WE=64025231;WS=64025213;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:126,109:0.46:235
chr15	64039050	rs8034675	T	C	317.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=0.966;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.300;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=4;PP=211;ReadPosRankSum=0.670;SC=GTTGAATATATTGTATAGCTA;SOR=1.085;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=45;TCF=33;TCR=12;TR=17;WE=64039058;WS=64039040;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,17:0.35:48
chr15	64039879	rs11631436	G	A	1367.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.364;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.248;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=13;PP=450;ReadPosRankSum=-1.083;SC=ACACACGCGCGCGCACACACA;SOR=0.824;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=89;TCF=56;TCR=33;TR=35;WE=64039887;WS=64039869;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:94,71:0.43:165
chr15	64048990	rs2271241	T	C	917.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=2.905;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=27;PP=614;ReadPosRankSum=-1.016;SC=TCTGTGAGTATCAAAGTATAA;SOR=0.662;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=60;TCF=10;TCR=50;TR=32;WE=64048998;WS=64048980;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,37:0.53:70
chr15	64050300	rs12912999	G	A	1446.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.61;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=24;NR=11;PP=818;SC=AAAATACTCAGTATTATTTAA;SOR=1.436;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=35;TCF=24;TCR=11;TR=35;WE=64050308;WS=64050290;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr15	64056437	rs3764186	T	C	2854.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=2.704;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=258;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.939;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=65;PP=1735;ReadPosRankSum=-0.161;SC=GGGAGAGACATATGCATTAAA;SOR=0.898;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=170;TCF=52;TCR=118;TR=90;WE=64056445;WS=64056427;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:122,126:0.51:248
chr15	64067037	rs2228515	T	C	5517.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.116;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=549;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.519;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=91;NR=101;PP=2962;ReadPosRankSum=-2.268;SC=CAAGAAGATATCGCAATGAGC;SOR=0.757;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=403;TCF=194;TCR=209;TR=192;WE=64067045;WS=64067027;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:275,263:0.49:538
chr15	64200675	rs113724599	C	T	928.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.708;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.023;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-1.000;NF=23;NR=6;PP=451;ReadPosRankSum=0.582;SC=AAGGGAGCCCCGCTGGGCCCA;SOR=1.028;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=56;TCF=42;TCR=14;TR=29;WE=64200683;WS=64200665;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,41:0.51:80
chr15	64200980	.	G	A	189.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-0.106;ClippingRankSum=0.000;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.527;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=5;PP=118;ReadPosRankSum=-0.159;SC=GATCTGAAACGAGGCCAGACC;SOR=0.197;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=17;TCF=3;TCR=14;TR=7;WE=64200988;WS=64200970;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,8:0.44:18
chr15	64214954	rs920762	G	C	2778.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=46;NR=24;PP=1367;SC=CAGCCTGCCAGAAATTCCTCA;SOR=1.314;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=70;TCF=46;TCR=24;TR=70;WE=64214962;WS=64214944;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr15	64214993	rs920761	G	C	1201.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.843;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.328;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=16;PP=513;ReadPosRankSum=0.964;SC=AGCTCTGACAGGGATTCACTG;SOR=0.550;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=94;TCF=59;TCR=35;TR=41;WE=64215001;WS=64214983;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,63:0.42:150
chr15	64215375	rs4776669	G	C	12767.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=468;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=133;NR=179;PP=2965;SC=ATCCCAGGTCGACCCGAGCCA;SOR=0.907;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=312;TCF=133;TCR=179;TR=312;WE=64215383;WS=64215365;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,461:1.00:461
chr15	64217094	rs16947584	T	A	1451.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.703;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.538;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=27;PP=756;ReadPosRankSum=-0.308;SC=TGATGATCCATGAGGACAGAA;SOR=0.738;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=123;TCF=60;TCR=63;TR=51;WE=64217102;WS=64217084;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:116,75:0.39:191
chr15	64222598	rs200278398	C	A	1156.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.604;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.625;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=18;PP=637;ReadPosRankSum=1.113;SC=GTGGCCTATCCAACTTACCAC;SOR=0.771;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=92;TCF=55;TCR=37;TR=45;WE=64222606;WS=64222588;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,61:0.42:144
chr15	64263532	rs6494457	C	A	2196.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-3.136;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.257;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-1.038;NF=55;NR=30;PP=1387;ReadPosRankSum=1.117;SC=AAGGGCTGGTCGGCACTGGGC;SOR=0.317;SbPval=0.23;Source=Platypus;TC=160;TCF=113;TCR=47;TR=85;WE=64263540;WS=64263522;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,99:0.52:189
chr15	64263784	rs7180050	G	A	1054.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=2.467;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=4;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=30;PP=1385;ReadPosRankSum=-1.889;SC=GCGGGGGGAGGGGAGGCCCAG;SOR=0.640;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=77;TCF=12;TCR=65;TR=34;WE=64263803;WS=64263774;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,45:0.46:97
chr15	64263795	rs7180057	G	A	644.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.495;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.570;HP=3;HapScore=4;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=24;PP=1385;ReadPosRankSum=0.024;SC=GGAGGCCCAGGCCCAGTCAGC;SOR=1.424;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=64;TCF=9;TCR=55;TR=26;WE=64263803;WS=64263774;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,29:0.39:75
chr15	64275645	rs55986634	G	A	724.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.214;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.502;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=4;PP=450;ReadPosRankSum=0.168;SC=GGTTGCTGCTGCCCCCTGGGG;SOR=1.259;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=61;TCF=48;TCR=13;TR=26;WE=64275653;WS=64275635;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,33:0.41:81
chr15	64283625	rs7168753	T	C	1605.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=38;PP=917;SC=CCTCGTTTCATGAGCCTGTTT;SOR=2.265;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=45;TCF=7;TCR=38;TR=45;WE=64283633;WS=64283615;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr15	64365340	rs4622459	C	T	2430.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=11;NR=52;PP=1461;SC=GAACTTAAACCTGTTTTTGGC;SOR=2.359;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=63;TCF=11;TCR=52;TR=63;WE=64365348;WS=64365330;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr15	64367775	rs332234	T	C	803.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=11;NR=12;PP=390;SC=AAAACATTAATGCATTCTAAG;SOR=1.044;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=24;TCF=11;TCR=13;TR=23;WE=64367783;WS=64367765;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr15	64385851	rs332259	T	C	3256.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=82;NR=18;PP=2333;SC=TACCATAAACTTCTAGCGCTT;SOR=2.615;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=101;TCF=83;TCR=18;TR=100;WE=64385859;WS=64385841;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr15	64404958	rs376284102	CA	C	30.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.551;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.21;MQRankSum=3.882;QD=0.26;ReadPosRankSum=-2.061;SOR=0.596;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:97,23:0.19:120
chr15	64410484	rs2290117	G	T	2079.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=22;NR=38;PP=1167;SC=TTTAGATATTGAGGACTGTGT;SOR=1.150;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=60;TCF=22;TCR=38;TR=60;WE=64410492;WS=64410474;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr15	64418221	rs2290119	C	G	1733.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=36;NR=12;PP=1087;SC=GGATGACTTTCAAGATACCAT;SOR=2.041;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=48;TCF=36;TCR=12;TR=48;WE=64418229;WS=64418211;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr15	64418397	rs1130603	G	A	6764.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=259;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=75;NR=85;PP=2965;SC=TTGTCCCTCCGCCCCCGGAGA;SOR=0.809;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=160;TCF=75;TCR=85;TR=160;WE=64418405;WS=64418387;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,254:1.00:254
chr15	64418483	rs2290121	C	T	3347.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.976;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=60;PP=1691;ReadPosRankSum=-0.546;SC=AAAATTCACTCACTGTTCAGT;SOR=0.636;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=84;TCF=23;TCR=61;TR=83;WE=64418491;WS=64418473;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,125:0.99:126
chr15	64428657	rs2290122	G	A	7088.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=277;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=77;NR=84;PP=2834;SC=TGCTTGTTTTGGGAGTACTCT;SOR=0.730;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=162;TCF=78;TCR=84;TR=161;WE=64428665;WS=64428647;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,275:1.00:275
chr15	64445681	rs34975001	GC	G	4512.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=41;NR=47;PP=2966;SC=GGGTGGAGGGGCTTTTTTTTG;SOR=0.968;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=90;TCF=42;TCR=48;TR=88;WE=64445689;WS=64445671;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr15	64448365	rs2253557	C	T	2343.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=21;NR=47;PP=1319;SC=AAGGTGGAAGCAGGAGGGCAT;SOR=1.329;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=68;TCF=21;TCR=47;TR=68;WE=64448373;WS=64448355;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr15	64675313	rs11635527	C	T	761.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=19;PP=527;SC=ATGAATTGCTCGAACTTAGAA;SOR=1.609;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=8;TCR=19;TR=27;WE=64675321;WS=64675303;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr15	64679594	rs112815338	A	T	2160.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.307;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.49;ReadPosRankSum=2.565;SOR=0.637;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:74,99:0.57:173
chr15	64686097	rs374610419	CA	C	3431.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.220;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.515;NF=20;NR=28;PP=1727;ReadPosRankSum=0.174;SC=TACTGAGAAACAGTGTAAGTT;SOR=0.722;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=83;TCF=34;TCR=49;TR=48;WE=64686105;WS=64686087;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,100:0.57:175
chr15	64693149	rs11380356	G	GT	1673.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.34;QD=23.25;SOR=2.173;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr15	64706259	rs2046356	G	A	5508.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=93;NR=44;PP=2792;SC=ACCAATTGTTGCATCCTTTTG;SOR=1.265;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=137;TCF=93;TCR=44;TR=137;WE=64706267;WS=64706249;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,203:1.00:203
chr15	64710827	rs4776494	T	C	2302.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.771;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=28;PP=1244;ReadPosRankSum=-0.985;SC=TCAGCACCAGTTGCGAATCCA;SOR=0.887;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=67;TCF=38;TCR=29;TR=65;WE=64710835;WS=64710817;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,88:0.98:90
chr15	64717845	rs11453373	C	CT	83.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.710;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FS=3.438;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.63;ReadPosRankSum=-1.425;SOR=1.182;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:109,23:0.17:132
chr15	64737103	rs7167394	G	C	103.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=0;PP=77;SC=ATGGAAAGTAGTATCATCAGA;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=4;TCR=0;TR=4;WE=64737111;WS=64737097;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr15	64737225	rs7167612	G	A	1675.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=21;NR=17;PP=611;SC=TCAGTCAAGAGTCTGATTCTC;SOR=0.814;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=38;TCF=21;TCR=17;TR=38;WE=64737233;WS=64737215;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr15	64742670	rs7172012	T	A	752.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=20;NR=9;PP=685;SC=CTCAGAGCTTTGAGTTCCTGC;SOR=1.445;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=30;TCF=21;TCR=9;TR=29;WE=64742678;WS=64742660;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr15	64915106	rs525878	C	T	13187.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=500;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=161;NR=174;PP=2965;SC=TCTCATCTCCCTGTGAGCAGA;SOR=0.734;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=337;TCF=162;TCR=175;TR=335;WE=64915114;WS=64915096;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,492:1.00:492
chr15	64972760	rs376039877	TTG	T	51.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.147;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.23;ReadPosRankSum=-1.080;SOR=0.437;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,7:0.17:42
chr15	64983837	.	A	AT	158.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.129;ClippingRankSum=0.000;DP=102;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.98;ReadPosRankSum=0.588;SOR=0.811;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:60,20:0.25:80
chr15	64995432	.	ACCG	A	74.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.029;ClippingRankSum=0.000;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.27;ReadPosRankSum=-1.025;SOR=0.853;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:52,7:0.12:59
chr15	65033311	rs6494489	C	T	3029.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=50;NR=30;PP=1544;SC=GGAGGAACTACGGCCCTTCAG;SOR=1.179;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=80;TCF=50;TCR=30;TR=80;WE=65033319;WS=65033301;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr15	65040928	rs12911708	C	T	2448.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=15;NR=59;PP=1608;SC=CACGTTAAATCGGCCTGTCAT;SOR=2.330;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=74;TCF=15;TCR=59;TR=74;WE=65040936;WS=65040918;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr15	65041622	rs6494493	C	A	7823.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-2.178;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=301;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.040;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=96;NR=98;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.199;SC=TGTTCTCCACCTACTCACGTT;SOR=0.255;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=196;TCF=97;TCR=99;TR=194;WE=65041630;WS=65041612;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,297:1.00:298
chr15	65054533	rs72744744	C	T	3324.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.101;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=47;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=78;NR=24;PP=2268;ReadPosRankSum=-1.508;SC=GCCTTGTGCCCCACTAGCTAT;SOR=1.058;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=103;TCF=79;TCR=24;TR=102;WE=65054541;WS=65054523;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,114:0.99:115
chr15	65054562	rs57945504	T	TG	7002.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=55;NR=53;PP=2957;SC=TGGGGATGGGTGCTGGAGCAG;SOR=1.305;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=108;TCF=55;TCR=53;TR=108;WE=65054579;WS=65054552;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,188:1.00:188
chr15	65054571	rs71133474	A	AG	7838.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=54;NR=61;PP=2936;SC=GTGCTGGAGCAGGCCCAGCCA;SOR=1.237;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=117;TCF=56;TCR=61;TR=115;WE=65054579;WS=65054552;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,221:1.00:221
chr15	65113493	rs1872592	G	A	16202.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=619;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=209;NR=204;PP=2965;SC=GGAGAGGAGCGTGGGGTGCTT;SOR=0.744;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=413;TCF=209;TCR=204;TR=413;WE=65113501;WS=65113483;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,605:1.00:605
chr15	65113764	rs67278573	CTT	C	415.74	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.083;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.86;ReadPosRankSum=-1.079;SOR=0.610;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,23:0.77:30
chr15	65116328	rs12899195	A	G	1791.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=38;NR=10;PP=1161;SC=CGCGCAGAGGAAAGCAGCGCG;SOR=2.080;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=48;TCF=38;TCR=10;TR=48;WE=65116336;WS=65116318;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr15	65140715	rs35048171	C	G	10718.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.214;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=427;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=164;NR=103;PP=2965;ReadPosRankSum=1.108;SC=GGACACATCCCTTGTGTGACC;SOR=1.080;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=267;TCF=164;TCR=103;TR=267;WE=65140723;WS=65140705;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,417:0.99:421
chr15	65204285	rs11071820	G	T	2581.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.310;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.07;ReadPosRankSum=-0.493;SOR=0.293;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,102:0.99:103
chr15	65209718	rs34503100	G	GTGTC	3141.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-2.032;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.565;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=24;PP=1776;ReadPosRankSum=0.386;SC=CTGTGTGTACGTGTCTGTCTG;SOR=0.769;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=67;TCF=11;TCR=56;TR=30;WE=65209729;WS=65209708;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,82:0.49:169
chr15	65209818	rs2056496	A	G	901.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.755;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.835;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=20;PP=500;ReadPosRankSum=0.509;SC=GCAGACATTCAGGTGCAGAGT;SOR=0.880;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=57;TCF=22;TCR=35;TR=31;WE=65209826;WS=65209808;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,43:0.51:84
chr15	65209880	rs2056497	A	C	400.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=1.359;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=13;PP=268;ReadPosRankSum=0.556;SC=ATTCTGTTTTACTCCTGTACA;SOR=0.754;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=31;TCF=9;TCR=22;TR=18;WE=65209888;WS=65209870;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,18:0.56:32
chr15	65234869	rs3057944	C	CTT	817.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.614;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=235;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.05;MQRankSum=0.000;QD=5.14;ReadPosRankSum=-0.765;SOR=0.660;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:86,73:0.46:159
chr15	65235776	rs34988193	A	G	3526.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=2.572;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=400;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQ=60.05;MQRankSum=1.598;NF=47;NR=69;PP=1776;ReadPosRankSum=0.940;SC=CCTGAGAGATAAGGTACCTCT;SOR=0.703;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=261;TCF=107;TCR=154;TR=116;WE=65235784;WS=65235766;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:222,175:0.44:397
chr15	65235861	rs35136467	TC	T	1144.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.569;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FS=1.894;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.18;MQRankSum=1.747;QD=10.70;ReadPosRankSum=-1.240;SOR=1.002;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:64,43:0.40:107
chr15	65236875	rs2414865	T	C	887.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.675;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.668;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=17;PP=510;ReadPosRankSum=-1.009;SC=TGGCAGTGGCTGTCCGCAGCA;SOR=0.818;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=84;TCF=42;TCR=42;TR=36;WE=65236883;WS=65236865;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,49:0.37:133
chr15	65242260	rs67821096	C	T	924.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-2.524;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.309;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=21;PP=413;ReadPosRankSum=0.789;SC=GCAGCAGGGCCCTCCAAGGGC;SOR=0.346;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=73;TCF=20;TCR=53;TR=32;WE=65242268;WS=65242250;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,46:0.47:98
chr15	65268979	rs4776255	C	G	751.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=7;NR=17;PP=464;SC=GACTCAAACACTGACATTTCT;SOR=2.387;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=7;TCR=17;TR=24;WE=65268987;WS=65268969;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr15	65273399	rs4776659	T	C	740.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=1.736;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=19;PP=437;ReadPosRankSum=-0.233;SC=GTGGAAAACCTTATAAATTTG;SOR=0.653;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=50;TCF=12;TCR=38;TR=25;WE=65273407;WS=65273389;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,32:0.55:58
chr15	65275609	rs111408068	T	TATAA	331.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=3.090;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.77;MQRankSum=0.319;QD=27.64;ReadPosRankSum=-0.802;SOR=0.086;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,9:0.75:12
chr15	65298672	rs4776660	G	A	1263.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=8;NR=33;PP=867;SC=GGAACAGACCGTAAACATGAC;SOR=2.252;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=8;TCR=33;TR=41;WE=65298680;WS=65298662;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr15	65308981	rs12912782	T	A	1350.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-4.610;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=43;PP=941;ReadPosRankSum=1.204;SC=CAACTTTTCTTTATGTTCAAA;SOR=0.608;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=94;TCF=13;TCR=81;TR=50;WE=65308989;WS=65308971;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,56:0.54:104
chr15	65312614	.	CA	C	214.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.079;ClippingRankSum=0.000;DP=120;ExcessHet=3.0103;FS=3.523;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.26;ReadPosRankSum=0.595;SOR=1.244;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:68,27:0.28:95
chr15	65315961	rs4776661	T	C	1472.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.288;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=11;PP=802;ReadPosRankSum=1.374;SC=CAGGCTGACATCAACATTTAA;SOR=0.721;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=98;TCF=76;TCR=22;TR=50;WE=65315969;WS=65315951;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,71:0.47:150
chr15	65321936	rs199599204	G	A	1778.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.412;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FS=1.850;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.05;ReadPosRankSum=1.465;SOR=0.852;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:84,93:0.53:177
chr15	65344035	rs2946676	G	A	1852.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=14;NR=46;PP=1282;SC=TCACTTAGGGGTCATTGCTGT;SOR=2.267;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=60;TCF=14;TCR=46;TR=60;WE=65344043;WS=65344025;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr15	65347405	rs2232762	G	A	1684.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-1.182;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.641;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=30;PP=934;ReadPosRankSum=1.665;SC=CATGCCGCGCGGTGAGCGGGG;SOR=0.590;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=104;TCF=51;TCR=53;TR=60;WE=65347413;WS=65347395;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,79:0.58:137
chr15	65350743	rs2232759	C	G	3076.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.745;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=298;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.932;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=42;PP=1597;ReadPosRankSum=0.576;SC=CTGGAGATAACGGCCAAGCAG;SOR=0.811;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=204;TCF=119;TCR=85;TR=103;WE=65350751;WS=65350733;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:149,147:0.50:296
chr15	65350968	rs2232758	T	A	2289.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.764;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=50;PP=1302;ReadPosRankSum=1.245;SC=GGGGTGAAGGTGAGAAGCCCC;SOR=0.693;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=156;TCF=57;TCR=99;TR=78;WE=65350976;WS=65350958;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:106,106:0.50:212
chr15	65351484	rs7175752	C	G	110.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-3.067;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.424;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=0;PP=55;ReadPosRankSum=-1.550;SC=CATGTCTCTCCAGGCCCTGTC;SOR=2.179;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=8;TCR=1;TR=5;WE=65351492;WS=65351474;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,6:0.55:11
chr15	65357434	rs2232754	C	T	594.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-1.114;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.151;HP=4;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=0;PP=400;ReadPosRankSum=-0.020;SC=GTCATCCTGGCGGCTTCTCCC;SOR=2.168;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=42;TCF=38;TCR=4;TR=20;WE=65357442;WS=65357424;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,25:0.46:54
chr15	65357491	rs2232753	G	A	3486.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=61;NR=27;PP=1727;SC=CCCACGGGGTGGGTCCCAGGA;SOR=1.277;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=89;TCF=62;TCR=27;TR=88;WE=65357499;WS=65357481;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr15	65369395	rs2919358	C	T	3139.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-0.392;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=350;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.189;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=45;PP=1478;ReadPosRankSum=-0.187;SC=CTGCTGCAGGCCGTGGAGTGC;SOR=0.504;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=210;TCF=114;TCR=96;TR=94;WE=65369403;WS=65369385;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:183,155:0.46:338
chr15	65369531	rs2946642	G	T	3232.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=-0.057;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=329;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.405;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=52;PP=1475;ReadPosRankSum=1.097;SC=ACAGTGCCGCGCTCTTCATCT;SOR=0.500;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=192;TCF=77;TCR=115;TR=92;WE=65369539;WS=65369521;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:161,153:0.49:314
chr15	65369951	rs2919359	A	G	13428.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=508;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=144;NR=128;PP=2965;SC=TCGGCGGCGAATTCCAGAGGA;SOR=0.763;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=272;TCF=144;TCR=128;TR=272;WE=65369959;WS=65369941;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,501:1.00:501
chr15	65370353	rs2919360	T	C	16343.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.449;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=621;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=193;NR=242;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.664;SC=TGGTGCGCGGTGACACCGTCT;SOR=0.461;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=437;TCF=194;TCR=243;TR=435;WE=65370361;WS=65370343;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,608:1.00:609
chr15	65370652	rs12901617	T	C	887.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=2.817;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=28;PP=640;ReadPosRankSum=-0.163;SC=ACACCCAGGTTTGGTGCCTTC;SOR=0.634;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=61;TCF=6;TCR=55;TR=31;WE=65370660;WS=65370642;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,36:0.49:74
chr15	65394631	.	G	C	529.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.984;ClippingRankSum=0.000;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.157;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=9;PP=306;ReadPosRankSum=-2.179;SC=GAGGGCGCGGGGCCGGGAGAC;SOR=1.272;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=43;TCF=23;TCR=20;TR=24;WE=65394639;WS=65394621;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,27:0.45:60
chr15	65449169	rs2946670	C	T	18325.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=707;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=208;NR=186;PP=2965;SC=GAACAAAATACTCAACTGCTT;SOR=0.752;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=394;TCF=208;TCR=186;TR=394;WE=65449177;WS=65449159;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,700:1.00:700
chr15	65477364	.	AC	A	1154.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.271;ClippingRankSum=0.000;DP=523;ExcessHet=3.0103;FS=10.406;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.02;MQRankSum=1.986;QD=2.40;ReadPosRankSum=0.982;SOR=0.219;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:388,94:0.20:482
chr15	65489128	rs938952	C	T	6159.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=236;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=58;NR=48;PP=2327;SC=ACCACTCCACCCTGGCGCTGG;SOR=0.774;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=106;TCF=58;TCR=48;TR=106;WE=65489136;WS=65489118;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,229:1.00:229
chr15	65489688	rs2679117	T	C	30880.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=1188;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=338;NR=332;PP=2965;SC=CCCCACTGTCTGCCGATGAGT;SOR=0.705;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=670;TCF=338;TCR=332;TR=670;WE=65489696;WS=65489678;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,1177:1.00:1177
chr15	65490901	rs2679118	T	C	13557.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.229;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=494;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=191;NR=139;PP=2965;ReadPosRankSum=1.190;SC=GTGATGGGCTTTTTCCGACGA;SOR=0.332;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=333;TCF=192;TCR=141;TR=330;WE=65490909;WS=65490891;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,483:1.00:484
chr15	65491166	rs142684447	C	T	5474.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.954;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=488;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.444;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=74;NR=79;PP=2439;ReadPosRankSum=-0.799;SC=TCCGAGTTTCCGTACACCGCT;SOR=0.526;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=317;TCF=142;TCR=175;TR=153;WE=65491174;WS=65491156;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:233,250:0.52:483
chr15	65494212	rs2073711	A	G	1329.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=28;NR=13;PP=763;SC=AGGCTTACCTATGACAATCAG;SOR=1.426;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=42;TCF=28;TCR=14;TR=41;WE=65494220;WS=65494202;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr15	65495820	rs2072048	A	G	1765.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.07;SOR=1.206;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr15	65495827	rs2073707	A	G	1724.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.39;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr15	65496475	rs2585035	T	G	1607.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=37;NR=7;PP=1065;SC=GATAATATAGTGCCATGTGGG;SOR=2.628;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=44;TCF=37;TCR=7;TR=44;WE=65496483;WS=65496465;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr15	65496587	rs2585034	C	T	8450.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=321;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=113;NR=55;PP=2965;SC=ACCAGCCCTACCCCAAAGAAT;SOR=1.171;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=168;TCF=113;TCR=55;TR=168;WE=65496595;WS=65496577;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,317:1.00:317
chr15	65497849	rs2681038	A	G	3286.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=26;NR=60;PP=1898;SC=CTCTTGAGGGAACTCTGTCAG;SOR=1.473;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=87;TCF=26;TCR=61;TR=86;WE=65497857;WS=65497839;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr15	65497891	rs68021609	G	T	1868.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.431;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=40;PP=1174;ReadPosRankSum=-0.595;SC=TTCTTCTCTGGTAAAGACAAG;SOR=0.651;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=58;TCF=17;TCR=41;TR=57;WE=65497899;WS=65497881;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,68:0.99:69
chr15	65553246	rs2304896	C	T	1240.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.384;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.638;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=23;PP=607;ReadPosRankSum=2.177;SC=TCTGTGAATACACCAGGAGGT;SOR=0.593;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=103;TCF=49;TCR=54;TR=45;WE=65553254;WS=65553236;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,62:0.46:136
chr15	65621138	rs11853777	G	A	2024.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.353;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.330;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=29;PP=951;ReadPosRankSum=-0.182;SC=GGATAGAAATGCTGGGGAGCC;SOR=0.502;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=137;TCF=83;TCR=54;TR=68;WE=65621146;WS=65621128;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,97:0.52:187
chr15	65621441	rs12907128	C	A	2398.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.469;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=278;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.279;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=23;PP=760;ReadPosRankSum=-1.314;SC=AGTGGCAGCACGGAGAGCTGG;SOR=0.844;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=138;TCF=73;TCR=65;TR=55;WE=65621449;WS=65621431;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:154,124:0.45:278
chr15	65621857	rs509652	T	C	5873.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=92;NR=50;PP=2965;SC=CATTTAGGGCTAGAATGCCAG;SOR=1.201;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=142;TCF=92;TCR=50;TR=142;WE=65621865;WS=65621847;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,210:1.00:210
chr15	65623124	rs3058049	C	CTCTA	1532.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.307;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.891;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.440;NF=1;NR=18;PP=918;ReadPosRankSum=-0.473;SC=CCAGTGGAAGCTCTATCTTTC;SOR=1.446;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=44;TCF=3;TCR=41;TR=19;WE=65623132;WS=65623114;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,41:0.50:82
chr15	65623166	rs11634591	G	T	566.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.543;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=15;PP=332;ReadPosRankSum=1.447;SC=ACCCCCAAAAGCCTGACAGCC;SOR=0.560;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=42;TCF=13;TCR=29;TR=23;WE=65623174;WS=65623156;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,27:0.53:51
chr15	65624228	rs686739	G	C	16760.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=645;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=222;NR=180;PP=2965;SC=TCCAGGCCCCGCTTTCCCTGC;SOR=0.859;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=402;TCF=222;TCR=180;TR=402;WE=65624236;WS=65624218;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,635:1.00:635
chr15	65628351	.	G	T	916.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-3.741;ClippingRankSum=0.000;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.654;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=29;PP=595;ReadPosRankSum=1.186;SC=AGGTAGGAGAGAATGGGCTGC;SOR=0.395;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=61;TCF=11;TCR=50;TR=37;WE=65628359;WS=65628341;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,40:0.61:66
chr15	65667724	rs666623	A	G	823.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-2.748;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.954;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=27;PP=572;ReadPosRankSum=-0.011;SC=ATGCCAGTTCAGCAGAGTGGC;SOR=0.486;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=65;TCF=14;TCR=51;TR=35;WE=65667732;WS=65667714;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,40:0.50:80
chr15	65676617	rs2292933	T	C	4511.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=0.496;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=548;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.742;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=62;PP=1582;ReadPosRankSum=-0.777;SC=CAGGAGCCTCTGGAGGCAGGG;SOR=0.748;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=290;TCF=143;TCR=147;TR=127;WE=65676625;WS=65676607;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:306,235:0.43:541
chr15	65678141	rs7183130	A	T	1067.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=21;NR=10;PP=676;SC=TATTTAGAAAAGAGCCGCAAT;SOR=1.493;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=31;TCF=21;TCR=10;TR=31;WE=65678149;WS=65678131;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr15	65681801	rs11071841	G	A	2578.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=2.816;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=247;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.888;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=58;PP=1526;ReadPosRankSum=0.862;SC=CTCCCAGCAGGGCAGACTCCT;SOR=0.881;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=177;TCF=62;TCR=115;TR=85;WE=65681809;WS=65681791;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:127,117:0.48:244
chr15	65684422	rs3216754	T	TC	1221.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.559;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.805;HP=4;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.598;NF=15;NR=33;PP=1595;ReadPosRankSum=1.961;SC=ACTTGCCCAGTCCCCACTGAA;SOR=1.341;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=114;TCF=36;TCR=78;TR=48;WE=65684430;WS=65684412;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,49:0.45:110
chr15	65684533	rs2277582	A	G	1942.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=-0.034;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=257;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.983;HP=1;HapScore=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.237;NF=22;NR=36;PP=1082;ReadPosRankSum=0.811;SC=CCACATCCCAAGCCTGGTCTC;SOR=0.788;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=142;TCF=58;TCR=84;TR=58;WE=65684541;WS=65684523;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:154,102:0.40:256
chr15	65685695	rs2277583	G	A	1097.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.116;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=13;PP=523;ReadPosRankSum=0.943;SC=CTCTAACCCCGTACCATGGCT;SOR=0.636;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=78;TCF=50;TCR=28;TR=38;WE=65685703;WS=65685685;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,55:0.46:119
chr15	65685968	rs11638647	G	A	139.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=1.042;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=6;PP=78;ReadPosRankSum=-0.512;SC=CGGTTCCTCCGTGCCCGTGGG;SOR=0.922;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=1;TCR=17;TR=6;WE=65685976;WS=65685958;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,7:0.35:20
chr15	65686908	rs12437686	A	G	870.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-2.118;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=27;PP=558;ReadPosRankSum=0.228;SC=GAACATCAGCATGAGCTCTGC;SOR=0.662;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=69;TCF=15;TCR=54;TR=33;WE=65686916;WS=65686898;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,39:0.49:79
chr15	65688558	rs35517676	C	CT	4339.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=90;PP=2988;SC=GTCTCTGCCCCCCCCCCAGTA;SOR=5.994;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=121;TCF=30;TCR=91;TR=92;WE=65688566;WS=65688548;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr15	65688791	rs66699194	T	G	2119.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.227;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.526;HP=4;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=60;PP=1436;ReadPosRankSum=-0.369;SC=ACCCCACCCCTAAATTTACCC;SOR=0.430;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=175;TCF=54;TCR=121;TR=89;WE=65688799;WS=65688781;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:96,104:0.52:200
chr15	65688824	rs1550028	C	G	3204.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=86;PP=2510;SC=CCTGCCCTCCCATATGTCCCA;SOR=3.632;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=99;TCF=13;TCR=86;TR=98;WE=65688832;WS=65688814;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr15	65689267	rs12442757	T	C	2643.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.710;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=294;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=33;PP=1023;ReadPosRankSum=-0.002;SC=GGGCTGCGCGTTGGCAATTAG;SOR=0.679;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=165;TCF=95;TCR=70;TR=76;WE=65689275;WS=65689257;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:147,135:0.48:282
chr15	65694613	rs12439363	C	G	668.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-1.653;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=7;PP=386;ReadPosRankSum=-0.121;SC=GGCCTGGACCCCTTGAGGTCC;SOR=0.669;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=41;TCF=30;TCR=11;TR=25;WE=65694621;WS=65694603;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,32:0.62:52
chr15	65715171	rs147704873	G	A	306.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.711;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.519;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=10;PP=170;ReadPosRankSum=0.000;SC=CGAGGAGCCCGCGGCCGCGGC;SOR=1.483;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=28;TCF=11;TCR=17;TR=14;WE=65715179;WS=65715161;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,19:0.45:42
chr15	65744267	rs377663509	TA	T	284.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.636;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.09;MQRankSum=1.439;QD=2.48;ReadPosRankSum=0.945;SOR=0.760;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:72,43:0.37:115
chr15	65756072	rs3825891	T	C	2469.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.788;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=237;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.009;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=19;PP=1033;ReadPosRankSum=-0.036;SC=TATGGGTGTATGTATATATGT;SOR=0.903;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=138;TCF=94;TCR=44;TR=70;WE=65756080;WS=65756062;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:112,118:0.51:230
chr15	65782451	rs60062953	A	AT	3005.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=47;NR=14;PP=2763;SC=AAGATTTAGAACTGTGCACTT;SOR=2.864;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=63;TCF=49;TCR=14;TR=61;WE=65782459;WS=65782441;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr15	65792839	rs11071846	G	A	1442.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-5.187;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.306;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=11;PP=1013;ReadPosRankSum=0.704;SC=CTTTGTTGGTGGGTAAACTGA;SOR=0.290;SbPval=0.18;Source=Platypus;TC=91;TCF=78;TCR=13;TR=54;WE=65792847;WS=65792829;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,60:0.58:103
chr15	65804213	rs352478	C	T	732.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=17;NR=6;PP=543;SC=ACATATTTAACATAGGCAGAC;SOR=1.893;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=17;TCR=6;TR=23;WE=65804221;WS=65804203;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr15	65804537	rs352477	A	T	966.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=19;NR=8;PP=749;SC=GTCACTGATTAATTTATTCAT;SOR=1.536;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=19;TCR=8;TR=27;WE=65804545;WS=65804527;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr15	65804986	rs9635366	G	A	2377.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=2.574;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.112;HP=4;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=56;PP=1346;ReadPosRankSum=-0.102;SC=AAAAAAAAGCGGGGGAGTGGG;SOR=0.808;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=163;TCF=50;TCR=113;TR=76;WE=65804994;WS=65804964;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:106,108:0.50:214
chr15	65822777	rs452306	C	T	476.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-1.527;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.424;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=2;PP=284;ReadPosRankSum=0.013;SC=AGGCCCGCTGCTGGCGCCGCC;SOR=1.029;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=33;TCF=29;TCR=4;TR=17;WE=65822785;WS=65822769;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,22:0.51:43
chr15	65822823	rs422390	C	G	2389.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=54;NR=15;PP=1558;SC=GCGCGGCCCGCGAGCGTGGGG;SOR=2.191;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=70;TCF=54;TCR=16;TR=69;WE=65822831;WS=65822813;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr15	65847112	.	C	CA	49.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.859;ClippingRankSum=0.000;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=1.492;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.79;ReadPosRankSum=0.580;SOR=0.405;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:50,13:0.21:63
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chr15	65902922	rs6494529	G	A	689.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.839;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.867;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=7;PP=332;ReadPosRankSum=-0.057;SC=CTAGACGTTTGTAATTCTTCC;SOR=0.545;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=54;TCF=37;TCR=17;TR=22;WE=65902930;WS=65902912;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,35:0.43:82
chr15	65903398	rs4366668	G	A	9972.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.270;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1046;ExcessHet=3.0103;FS=0.517;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.62;ReadPosRankSum=2.289;SOR=0.715;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:523,514:0.50:1037
chr15	65916527	rs3743171	A	T	2677.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.317;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.155;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=30;PP=1202;ReadPosRankSum=1.205;SC=CATCGGTTCTACTTATCAGCA;SOR=0.913;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=141;TCF=81;TCR=60;TR=77;WE=65916535;WS=65916517;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,125:0.60:210
chr15	65935195	rs12101597	C	G	348.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-1.902;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.840;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=4;PP=246;ReadPosRankSum=-0.056;SC=CCAGGCAGAGCCTTTGATCCA;SOR=0.307;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=28;TCF=22;TCR=6;TR=15;WE=65935203;WS=65935185;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,15:0.54:28
chr15	65956602	rs57260104	TAAA	T	103.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.718;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=1;PP=37;ReadPosRankSum=-0.297;SC=ACTACTAATATAAAAATACTT;SOR=0.836;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=6;TCF=3;TCR=3;TR=2;WE=65956612;WS=65956592;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,4:0.31:13
chr15	65959729	rs12591647	T	C	1321.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.066;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.809;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=9;PP=794;ReadPosRankSum=0.586;SC=ATTAGGAATATGCAAACATTA;SOR=0.881;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=88;TCF=68;TCR=20;TR=46;WE=65959737;WS=65959719;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,58:0.53:109
chr15	65960195	rs6494531	A	G	173.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.03;BaseQRankSum=1.457;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.084;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=3;PP=142;ReadPosRankSum=-0.590;SC=AGACTACTTAAGACAAGGGGA;SOR=0.976;SbPval=0.25;Source=Platypus;TC=25;TCF=12;TCR=13;TR=9;WE=65960203;WS=65960185;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,8:0.33:24
chr15	65982628	rs34408949	AC	A	129.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-0.859;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=0;PP=96;ReadPosRankSum=-0.840;SC=TACAAAACTTACATACCCAAT;SOR=0.275;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=17;TCR=2;TR=4;WE=65982636;WS=65982618;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,6:0.26:23
chr15	65982677	rs28513670	A	G	679.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.255;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.646;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=3;PP=297;ReadPosRankSum=-1.140;SC=AGAATAGTTAAAACGAGTAAG;SOR=0.356;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=51;TCF=42;TCR=9;TR=18;WE=65982685;WS=65982667;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,32:0.44:72
chr15	65994034	rs16948954	T	C	546.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=0.699;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=2;PP=373;ReadPosRankSum=1.043;SC=GCATAAATTATTTCTGCCATT;SOR=0.914;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=46;TCF=41;TCR=5;TR=21;WE=65994042;WS=65994024;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,23:0.47:49
chr15	65994602	rs28377658	A	G	707.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-2.496;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.228;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=2;PP=381;ReadPosRankSum=1.028;SC=GTGAGACCCCATCTCAAAAAA;SOR=1.022;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=61;TCF=53;TCR=8;TR=26;WE=65994610;WS=65994592;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,34:0.49:70
chr15	65994733	rs17810074	C	T	5322.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.004;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=521;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.516;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=90;NR=83;PP=2443;ReadPosRankSum=-0.447;SC=GACAGACTTTCACATAAGCTG;SOR=0.654;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=339;TCF=180;TCR=159;TR=173;WE=65994741;WS=65994723;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:256,259:0.50:515
chr15	65995082	rs16948959	C	G	88.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.802;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=0;PP=22;ReadPosRankSum=-0.571;SC=TCCATCTTCACAGTGCTTTGG;SOR=0.093;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=10;TCR=0;TR=3;WE=65995090;WS=65995072;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,5:0.42:12
chr15	66007972	rs28687655	A	T	676.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.799;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.429;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=17;PP=502;ReadPosRankSum=-0.211;SC=CTGTTCAACAAAAATATATAA;SOR=0.400;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=42;TCF=13;TCR=29;TR=27;WE=66007980;WS=66007962;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,30:0.55:55
chr15	66010379	rs2060454	C	T	222.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.479;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=7;PP=97;ReadPosRankSum=-1.462;SC=ACTCACAAAACACTCATGATG;SOR=0.593;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=28;TCF=9;TCR=19;TR=9;WE=66010387;WS=66010369;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,11:0.32:34
chr15	66011630	rs2060455	A	G	181.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.087;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=13.98;ReadPosRankSum=-1.217;SOR=0.307;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,9:0.69:13
chr15	66023799	rs28556680	G	T	3762.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.707;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=392;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.671;HP=5;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=79;PP=1949;ReadPosRankSum=-1.486;SC=AACACTATTAGAAAAGTTTCC;SOR=0.602;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=259;TCF=107;TCR=152;TR=139;WE=66023807;WS=66023789;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:195,187:0.49:382
chr15	66025010	rs11071849	G	A	332.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-2.364;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.105;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=5;PP=164;ReadPosRankSum=-2.011;SC=TCCTCATTCAGAATTGTTATT;SOR=0.242;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=18;TCF=12;TCR=6;TR=13;WE=66025018;WS=66025000;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,16:0.73:22
chr15	66044604	rs8033741	A	T	1762.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.31;QD=29.88;SOR=8.189;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr15	66161723	rs12909265	G	C	1286.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-4.662;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=8;PP=939;ReadPosRankSum=-0.518;SC=CACCGCCCTTGTTGGGCTCAG;SOR=0.571;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=85;TCF=73;TCR=12;TR=48;WE=66161731;WS=66161713;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,51:0.54:95
chr15	66257236	rs36088570	C	CA	1372.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=16;NR=6;PP=884;SC=CGCCCATTCCCAGCTCATACC;SOR=2.073;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=22;TCF=16;TCR=6;TR=22;WE=66257244;WS=66257226;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr15	66257408	rs333550	T	C	3928.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=48;NR=43;PP=1591;SC=GCAGTCACAGTGCTGTGAGCA;SOR=0.720;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=91;TCF=48;TCR=43;TR=91;WE=66257416;WS=66257398;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,150:1.00:150
chr15	66273081	rs113207474	C	T	1737.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.672;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.561;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=20;PP=844;ReadPosRankSum=-0.769;SC=GCTCAGCCCTCCAGTGCCCCA;SOR=0.643;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=100;TCF=59;TCR=41;TR=47;WE=66273089;WS=66273071;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:89,82:0.48:171
chr15	66274690	rs551474	T	C	5169.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=78;NR=73;PP=2563;SC=GGGTGCCAGGTGCGCAGAGCT;SOR=0.735;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=151;TCF=78;TCR=73;TR=151;WE=66274698;WS=66274680;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,194:1.00:194
chr15	66386853	rs7168565	G	A	2346.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.646;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=246;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.824;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=26;PP=865;ReadPosRankSum=0.408;SC=ATGGGGAGAGGGAGGAAGAAC;SOR=0.653;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=133;TCF=67;TCR=66;TR=59;WE=66386861;WS=66386843;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:126,118:0.48:244
chr15	66600955	rs6494563	T	A	1047.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.252;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.553;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=11;PP=430;ReadPosRankSum=0.347;SC=ATCTATATAGTCCAAAGGATA;SOR=0.455;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=82;TCF=59;TCR=23;TR=32;WE=66600963;WS=66600945;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,52:0.44:118
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chr15	66612818	rs750295	A	C	965.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=0.325;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=7;PP=523;ReadPosRankSum=-0.546;SC=CTTGGAACCCAGTATTGTTTG;SOR=0.743;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=70;TCF=55;TCR=15;TR=35;WE=66612826;WS=66612808;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,44:0.56:79
chr15	66614922	rs10518685	A	C	871.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-0.762;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.656;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=7;PP=460;ReadPosRankSum=-0.186;SC=AAGGTAATTGAGAATGAATGA;SOR=0.170;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=51;TCF=41;TCR=10;TR=29;WE=66614930;WS=66614912;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,39:0.64:61
chr15	66618342	rs3803412	A	G	4334.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.078;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=412;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=68;NR=70;PP=2087;ReadPosRankSum=-0.157;SC=AAAGACTTGGATGAGAAGAGC;SOR=0.663;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=286;TCF=141;TCR=145;TR=138;WE=66618350;WS=66618332;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:197,206:0.51:403
chr15	66621346	rs17258507	A	G	3727.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=3.541;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=443;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.530;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=67;NR=58;PP=2067;ReadPosRankSum=0.127;SC=GATAATGCGAACGACCCCCAC;SOR=0.640;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=301;TCF=164;TCR=137;TR=125;WE=66621354;WS=66621336;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:255,182:0.42:437
chr15	66629394	rs34848112	T	C	953.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.402;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.281;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=18;PP=555;ReadPosRankSum=-0.139;SC=TTTAAAGTATTGGCAATAGCA;SOR=0.905;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=88;TCF=50;TCR=38;TR=44;WE=66629402;WS=66629384;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,52:0.41:126
chr15	66629666	rs28537939	C	A	175.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-2.572;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=16;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=5;PP=97;ReadPosRankSum=1.795;SC=CTAAATATATCTTTTTTTTTT;SOR=0.495;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=5;WE=66629674;WS=66629656;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,8:0.67:12
chr15	66641417	rs11856320	T	C	393.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.566;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=4;PP=167;ReadPosRankSum=0.261;SC=TAACAAAATCTTCATGTAAAA;SOR=0.784;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=26;TCF=16;TCR=10;TR=11;WE=66641425;WS=66641407;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,19:0.51:37
chr15	66644521	rs9806123	C	G	3956.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=49;NR=46;PP=1699;SC=TGGAGGTACACGAACAGGTGC;SOR=0.706;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=95;TCF=49;TCR=46;TR=95;WE=66644529;WS=66644511;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,153:1.00:153
chr15	66645300	rs62627274	GA	G	1224.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.302;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=1.000;NF=8;NR=21;PP=721;ReadPosRankSum=-0.596;SC=TCCTCTAGGGGAAAAAATTAA;SOR=0.691;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=57;TCF=13;TCR=44;TR=29;WE=66645308;WS=66645290;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,66:0.51:130
chr15	66645341	rs28614039	A	G	1151.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=1.319;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.517;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=22;PP=575;ReadPosRankSum=-1.829;SC=AATAGTCTCCACTATATAGAC;SOR=0.881;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=77;TCF=36;TCR=41;TR=38;WE=66645349;WS=66645331;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,56:0.50:111
chr15	66679819	rs4483802	G	C	1548.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=2.383;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.767;HP=3;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.025;NF=19;NR=39;PP=751;ReadPosRankSum=0.714;SC=GGCCCGAGCCGGGGAGCAGGA;SOR=1.119;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=113;TCF=42;TCR=71;TR=58;WE=66679827;WS=66679809;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,79:0.49:160
chr15	66679850	rs71447901	TG	T	1350.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.131;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.832;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.376;NF=1;NR=27;PP=967;ReadPosRankSum=-1.123;SC=GGCTCCGATCTGGTTTGTCAC;SOR=1.342;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=53;TCF=4;TCR=49;TR=28;WE=66679858;WS=66679840;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,47:0.52:90
chr15	66694420	rs74326592	A	T	615.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=2.644;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.381;HP=1;HapScore=4;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=20;PP=863;ReadPosRankSum=-1.216;SC=TTTATAAATGATGTGGTTACT;SOR=1.145;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=48;TCF=7;TCR=41;TR=22;WE=66694439;WS=66694410;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,26:0.49:53
chr15	66694431	rs16949879	A	G	457.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=1.880;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=4;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=15;PP=863;ReadPosRankSum=-1.222;SC=TGTGGTTACTACATTGTTCCA;SOR=0.593;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=40;TCF=6;TCR=34;TR=17;WE=66694439;WS=66694410;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,21:0.48:44
chr15	66727597	rs16949924	G	C	1867.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.277;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.568;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=49;PP=920;ReadPosRankSum=-0.353;SC=TTGATTAACAGGTAATTGGAT;SOR=0.970;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=135;TCF=44;TCR=91;TR=68;WE=66727605;WS=66727587;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,92:0.52:178
chr15	66727689	rs368099654	A	AT,ATT	683.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.242;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=3.047;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.54;ReadPosRankSum=-0.925;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:2,15,18:0.43,0.51:35
chr15	66735551	rs6494573	C	T	639.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=0.914;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.095;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=11;PP=271;ReadPosRankSum=-1.695;SC=CAGCCACAGCCGAAAGTTATC;SOR=0.873;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=40;TCF=20;TCR=20;TR=19;WE=66735559;WS=66735541;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,32:0.50:64
chr15	66745890	rs7169326	G	A	3196.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=36;NR=35;PP=1324;SC=CAGTGAGTAGGTGATTCCTGG;SOR=0.709;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=71;TCF=36;TCR=35;TR=71;WE=66745898;WS=66745880;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr15	66787518	rs74765803	C	T	2021.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.031;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=22;PP=995;ReadPosRankSum=0.725;SC=GGAGAGTTGCCACCTTATTAA;SOR=0.731;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=130;TCF=86;TCR=44;TR=69;WE=66787526;WS=66787508;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,94:0.53:178
chr15	66792761	rs28706938	A	G	1078.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.718;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.76;ReadPosRankSum=-1.110;SOR=0.734;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:79,60:0.43:139
chr15	66793480	rs11071895	C	T	1611.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=29;NR=16;PP=912;SC=AGCCTGTATTCCAACAAAAGA;SOR=1.342;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=46;TCF=29;TCR=17;TR=45;WE=66793488;WS=66793470;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr15	66793613	rs12905087	T	G	1943.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.554;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.119;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=34;PP=1017;ReadPosRankSum=-0.178;SC=ACAAAATCATTTGTTTCAGAA;SOR=0.702;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=122;TCF=61;TCR=61;TR=65;WE=66793621;WS=66793603;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:97,95:0.49:192
chr15	66795585	rs36076768	T	G	2854.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.387;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=385;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.583;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=61;PP=1364;ReadPosRankSum=0.782;SC=GCAAACAGCATCAGAACATCC;SOR=0.920;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=273;TCF=125;TCR=148;TR=103;WE=66795593;WS=66795575;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:229,154:0.40:383
chr15	66795937	rs28673176	C	T	1919.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.060;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.518;HP=4;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=41;PP=950;ReadPosRankSum=-0.097;SC=CATACGCCAACAATACCATTA;SOR=0.765;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=133;TCF=58;TCR=75;TR=71;WE=66795945;WS=66795927;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:104,97:0.48:201
chr15	66795980	rs8043062	A	G	3274.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=27;NR=63;PP=1884;SC=TGGTATGGTGAGGCAAACAAC;SOR=1.473;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=92;TCF=27;TCR=65;TR=90;WE=66795988;WS=66795970;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
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chr15	66801138	rs62011884	A	G	808.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.334;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.63;ReadPosRankSum=0.935;SOR=0.784;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:40,44:0.52:84
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chr15	66812841	rs35497031	T	C	337.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.297;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=4;PP=155;ReadPosRankSum=1.071;SC=TTGTGGTACATTGAGAATGTG;SOR=0.776;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=31;TCF=21;TCR=10;TR=13;WE=66812849;WS=66812831;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,19:0.40:47
chr15	66816135	rs35996387	C	A	259.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.601;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=6;PP=142;ReadPosRankSum=1.370;SC=TTTTTATAAACATGTGTGCTA;SOR=0.719;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=22;TCF=7;TCR=15;TR=9;WE=66816143;WS=66816125;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,14:0.42:33
chr15	66816183	rs6494579	C	G	428.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=12;PP=300;SC=CTCAAAACTTCTTCAGATGTT;SOR=3.126;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=13;TCF=1;TCR=12;TR=13;WE=66816191;WS=66816173;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr15	66820396	.	AG	A	443.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-0.693;ClippingRankSum=0.000;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=10;PP=440;ReadPosRankSum=-1.327;SC=CTTTATTGTCAGCACTGGTTA;SOR=0.741;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=33;TCF=6;TCR=27;TR=13;WE=66820404;WS=66820386;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,16:0.35:46
chr15	66821174	rs6494580	G	C	6986.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=266;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=111;NR=61;PP=2965;SC=TTCTCTGAAGGTTGCTTCTTT;SOR=1.166;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=172;TCF=111;TCR=61;TR=172;WE=66821182;WS=66821164;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,264:1.00:264
chr15	66824526	rs4488397	A	T	601.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=1.683;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=5;PP=367;ReadPosRankSum=-2.138;SC=CTTCTCTTTTACTTGTTGGGT;SOR=0.534;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=39;TCF=31;TCR=8;TR=22;WE=66824534;WS=66824516;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,25:0.56:45
chr15	66825594	rs12592213	G	A	32.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.108;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=4.68;ReadPosRankSum=-0.484;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,3:0.43:7
chr15	66829396	rs12439324	T	G	259.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.203;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.925;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=3;PP=170;ReadPosRankSum=-1.469;SC=CGCTGATGTTTTAGTTAGTAG;SOR=0.138;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=22;TCF=18;TCR=4;TR=12;WE=66829404;WS=66829386;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,12:0.48:25
chr15	66840985	rs11858742	A	C	2171.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.660;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.493;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=38;PP=957;ReadPosRankSum=-0.368;SC=TGAGAACAGGATCATTTTAGT;SOR=0.745;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=127;TCF=50;TCR=77;TR=61;WE=66840993;WS=66840975;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:114,108:0.49:222
chr15	66841033	rs11071898	G	A	956.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.712;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.764;HP=4;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=26;PP=583;ReadPosRankSum=-1.810;SC=ACTGTATTGGGAAAACTTAAA;SOR=0.815;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=85;TCF=27;TCR=58;TR=36;WE=66841041;WS=66841023;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,46:0.43:108
chr15	66857424	.	CA	C	569.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.031;ClippingRankSum=0.000;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=10;HapScore=3;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.791;NF=14;NR=4;PP=235;ReadPosRankSum=-1.794;SC=TTAGTAACTTCAAAAAAAAAA;SOR=0.627;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=32;TCF=22;TCR=10;TR=18;WE=66857433;WS=66857414;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,36:0.78:46
chr15	66857791	rs34436793	G	A	394.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.869;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.830;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=14;PP=276;ReadPosRankSum=-1.606;SC=TTGGCTTAGGGCAAAGGCCAA;SOR=1.532;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=30;TCF=4;TCR=26;TR=15;WE=66857799;WS=66857781;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,17:0.50:34
chr15	66874670	rs8041988	C	T	1600.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.677;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.893;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=28;PP=680;ReadPosRankSum=1.863;SC=AGAGTGTGAGCTGTGAATGGA;SOR=0.846;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=104;TCF=49;TCR=55;TR=48;WE=66874678;WS=66874660;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,82:0.49:168
chr15	66956824	rs7178388	A	T	460.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=7;NR=6;PP=189;SC=TATTTGTTTTATTATTATTGT;SOR=0.693;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=7;TCR=6;TR=13;WE=66956832;WS=66956814;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr15	66976149	rs2414910	G	T	645.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=14;NR=5;PP=417;SC=TCCAAAGGGAGCTCTGTCCCA;SOR=1.708;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=19;TCF=14;TCR=5;TR=19;WE=66976157;WS=66976139;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr15	67003841	rs2245159	C	T	401.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-1.789;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=4;PP=213;ReadPosRankSum=-1.867;SC=CCCAAGCCTGCGGCTTTAACT;SOR=0.527;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=35;TCF=27;TCR=8;TR=16;WE=67003849;WS=67003831;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,19:0.51:37
chr15	67224274	rs4776331	A	G	222.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.417;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.350;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=9;PP=167;ReadPosRankSum=1.280;SC=CTGGGGGGAGATAATATGCCT;SOR=1.981;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=16;TCF=2;TCR=14;TR=10;WE=67224282;WS=67224264;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,10:0.50:20
chr15	67234251	rs266383	A	G	11222.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=427;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=135;NR=143;PP=2965;SC=TTCACCCAGAACAGTTTCTCC;SOR=0.722;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=279;TCF=136;TCR=143;TR=278;WE=67234259;WS=67234241;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,422:1.00:422
chr15	67234340	rs7183187	G	A	2028.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.187;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=252;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.270;HP=1;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=57;PP=1227;ReadPosRankSum=0.412;SC=CTTTTCCTCAGCAAGGTCTCT;SOR=1.184;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=176;TCF=62;TCR=114;TR=80;WE=67234348;WS=67234330;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:148,103:0.41:251
chr15	67391394	rs5813427	GT	G	4996.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=53;PP=2681;SC=CCTTTCTGTGGTTGCCGCCCT;SOR=0.831;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=65;TCF=12;TCR=53;TR=65;WE=67391402;WS=67391384;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,137:1.00:137
chr15	67391497	rs1866319	C	A	825.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=22;PP=598;SC=CTCTTGTTCACAGTCACAGGG;SOR=3.258;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=25;TCF=3;TCR=22;TR=25;WE=67391505;WS=67391487;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr15	67430223	rs1866318	T	C	2116.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=47;NR=16;PP=1381;SC=TTGGATTTCTTCTGTCTGGGT;SOR=1.949;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=63;TCF=47;TCR=16;TR=63;WE=67430231;WS=67430213;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr15	67435075	rs745103	G	A	724.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.022;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=10;PP=418;ReadPosRankSum=-0.886;SC=ACTGTGCTAAGTAACAGTGGA;SOR=0.636;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=40;TCF=27;TCR=13;TR=29;WE=67435083;WS=67435065;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,34:0.61:56
chr15	67457335	rs1065080	A	G	5171.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=74;NR=61;PP=2735;SC=ACCACGAGCTACGGGCCATGG;SOR=0.848;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=135;TCF=74;TCR=61;TR=135;WE=67457343;WS=67457325;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,192:1.00:192
chr15	67457485	rs2289261	G	C	2773.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.541;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.331;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=29;PP=1614;ReadPosRankSum=1.912;SC=ACCTCTCCCCGGCTCCCCATC;SOR=0.370;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=168;TCF=121;TCR=47;TR=90;WE=67457493;WS=67457475;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:98,116:0.54:214
chr15	67473790	rs117185005	C	T	2163.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.043;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=269;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.965;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=50;PP=1014;ReadPosRankSum=-0.407;SC=GGAGACACATCGGTATGGGGT;SOR=0.787;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=195;TCF=76;TCR=119;TR=79;WE=67473798;WS=67473780;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:151,114:0.43:265
chr15	67476952	rs2289791	G	T	431.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-1.333;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.869;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=2;PP=277;ReadPosRankSum=1.894;SC=GGGGAAGCTGGCAGTCACTGG;SOR=1.708;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=31;TCF=26;TCR=5;TR=16;WE=67476960;WS=67476942;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,18:0.47:38
chr15	67476970	rs2289790	T	C	556.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=1.075;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.253;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=5;PP=365;ReadPosRankSum=0.352;SC=TGGGAGCAGCTCTGCTGTTCT;SOR=0.976;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=37;TCF=27;TCR=10;TR=19;WE=67476978;WS=67476960;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,23:0.51:45
chr15	67501033	rs2289262	G	A	799.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-0.249;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.187;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=20;PP=478;ReadPosRankSum=-0.643;SC=CAATTTAATCGTAGTCTATTT;SOR=0.497;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=47;TCF=12;TCR=35;TR=28;WE=67501041;WS=67501023;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,34:0.62:55
chr15	67528374	rs7173826	T	G	5763.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.319;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=643;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.524;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=69;NR=94;PP=2444;ReadPosRankSum=-2.359;SC=CCATGTTTGATGCACCATTCT;SOR=0.771;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=376;TCF=169;TCR=207;TR=163;WE=67528382;WS=67528364;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:346,290:0.46:636
chr15	67547301	rs3743347	C	A	7210.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-2.543;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=688;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.519;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=96;NR=121;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.751;SC=AAACGGGCTTCCCCCGGCCCT;SOR=0.633;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=403;TCF=176;TCR=227;TR=217;WE=67547309;WS=67547291;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:329,352:0.52:681
chr15	67596815	rs10438290	T	G	2446.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=26;NR=41;PP=1302;SC=GTTGTTTTAATGAGCTCTTAT;SOR=1.105;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=67;TCF=26;TCR=41;TR=67;WE=67596823;WS=67596805;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr15	67652097	rs3743349	G	C	1499.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.799;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.051;HP=4;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=18;PP=677;ReadPosRankSum=-0.548;SC=AATGGGGAAGGGGGTGAGGCT;SOR=1.004;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=109;TCF=69;TCR=40;TR=54;WE=67652105;WS=67652087;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,71:0.49:145
chr15	67687968	rs4275804	T	C	845.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.351;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.602;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=18;PP=351;ReadPosRankSum=-0.448;SC=TTGGACAATTTCCAAGTCTTC;SOR=0.542;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=78;TCF=24;TCR=54;TR=26;WE=67687976;WS=67687958;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,44:0.40:110
chr15	67692502	rs7495023	T	C	9383.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=357;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=124;NR=111;PP=2965;SC=AAATACAGCGTTGGCTCTTTA;SOR=0.801;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=236;TCF=124;TCR=112;TR=235;WE=67692510;WS=67692492;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,350:1.00:350
chr15	67768151	rs3985641	G	C	4956.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=55;NR=68;PP=2425;SC=TGGCTATGATGTTGAGGTATG;SOR=0.846;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=126;TCF=55;TCR=71;TR=123;WE=67768159;WS=67768141;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,181:1.00:181
chr15	67782440	rs10574862	AGGAAAT	A	5667.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=59;PP=2945;SC=CAATAAGCTAAGGAAATAGAC;SOR=1.051;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=65;TCF=5;TCR=60;TR=63;WE=67782453;WS=67782430;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chr15	67872983	rs7172298	T	C	357.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-0.826;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=3;PP=258;ReadPosRankSum=2.874;SC=TCAAGGCTGATATGTATATAC;SOR=0.352;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=18;TCF=15;TCR=3;TR=15;WE=67872991;WS=67872973;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,15:0.79:19
chr15	67879418	rs28730805	G	A	325.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=0.550;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.814;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=10;PP=177;ReadPosRankSum=-0.067;SC=TTTAGACTGGGTGCTGAGAAG;SOR=1.329;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=25;TCF=5;TCR=20;TR=12;WE=67879426;WS=67879408;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,15:0.47:32
chr15	67885058	rs28637534	T	C	444.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=3;PP=274;SC=TTATTGCTTTTGATTACTAAC;SOR=2.049;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=11;TCR=3;TR=14;WE=67885066;WS=67885048;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr15	67951150	rs12438118	G	T	8044.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-1.132;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=837;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.517;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.622;NF=107;NR=132;PP=2962;ReadPosRankSum=0.620;SC=ACGCTTATGTGCTCCAACCTG;SOR=0.729;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=491;TCF=220;TCR=271;TR=239;WE=67951158;WS=67951140;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:424,404:0.49:828
chr15	67951228	rs5813451	GA	G	6505.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.898;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=343;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.619;HP=9;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.223;NF=5;NR=157;PP=2986;ReadPosRankSum=2.045;SC=AACTTCTTCTGAAAAAAAAAT;SOR=1.659;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=188;TCF=6;TCR=182;TR=162;WE=67951236;WS=67951218;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,289:0.99:291
chr15	67962763	rs35395156	A	G	746.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-2.484;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.256;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=13;PP=273;ReadPosRankSum=-0.015;SC=TTTAGCAAACAAAGACCTGTG;SOR=0.525;SbPval=0.24;Source=Platypus;TC=60;TCF=35;TCR=25;TR=25;WE=67962771;WS=67962753;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,41:0.49:84
chr15	67984705	rs4343227	G	A	6640.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=130;NR=47;PP=2965;SC=ATTTCGGATTGAGCAGATGAT;SOR=1.660;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=177;TCF=130;TCR=47;TR=177;WE=67984713;WS=67984695;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,237:1.00:237
chr15	67985931	rs8034680	T	C	2243.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=24;NR=32;PP=848;SC=GCAAAAATAATGTTTAAAACC;SOR=0.965;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=56;TCF=24;TCR=32;TR=56;WE=67985939;WS=67985921;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr15	68040864	rs12592919	G	A	1810.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.038;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=23;PP=769;ReadPosRankSum=-1.311;SC=TAAAGATATTGCATAGAGGCT;SOR=0.705;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=125;TCF=73;TCR=52;TR=56;WE=68040872;WS=68040854;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:108,91:0.46:199
chr15	68041070	rs8037011	A	G	1209.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=7;NR=28;PP=758;SC=GCTCTGAGCTATGTTACGTGA;SOR=2.200;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=35;TCF=7;TCR=28;TR=35;WE=68041078;WS=68041060;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr15	68112037	rs2127164	C	T	1998.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.571;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.592;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=22;PP=802;ReadPosRankSum=-1.173;SC=GCGCTGGTCTCACCTATGATC;SOR=0.587;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=144;TCF=85;TCR=59;TR=54;WE=68112045;WS=68112027;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:134,102:0.43:236
chr15	68112096	rs2127165	A	G	2390.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.300;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=268;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.353;HP=5;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=34;PP=1007;ReadPosRankSum=-0.284;SC=ACGGCCTCCCACCAAATCCGG;SOR=0.588;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=158;TCF=85;TCR=73;TR=68;WE=68112104;WS=68112086;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:141,124:0.47:265
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chr15	68116400	rs28675295	C	A	3219.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.505;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=342;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.883;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=80;PP=1930;ReadPosRankSum=-0.085;SC=TCGGCTCGGGCGCTGTCTTCA;SOR=0.812;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=259;TCF=90;TCR=169;TR=119;WE=68116408;WS=68116390;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:178,152:0.46:330
chr15	68117300	rs7170185	T	A	2037.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.006;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.519;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=36;PP=1044;ReadPosRankSum=0.403;SC=AGCTAAGAAGTGGATCCCAAC;SOR=0.941;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=126;TCF=57;TCR=69;TR=61;WE=68117308;WS=68117290;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,91:0.53:172
chr15	68118194	rs4776984	A	C	2147.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-2.604;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=41;PP=1053;ReadPosRankSum=-0.954;SC=CCCAACTCGGAGCGCCCTGCT;SOR=0.675;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=162;TCF=72;TCR=90;TR=75;WE=68118202;WS=68118184;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:110,100:0.48:210
chr15	68119741	rs80000622	G	A	4228.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-2.581;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=322;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.969;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=79;PP=2345;ReadPosRankSum=-0.190;SC=CGGCGGCAGCGGCAGCTGCTG;SOR=0.573;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=231;TCF=97;TCR=134;TR=139;WE=68119749;WS=68119731;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:118,189:0.62:307
chr15	68120014	rs62015251	C	T	4160.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=2.209;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=385;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.307;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=67;NR=55;PP=1877;ReadPosRankSum=0.758;SC=GGGAGGCGTACGGCGCGGGGC;SOR=0.546;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=241;TCF=138;TCR=103;TR=122;WE=68120022;WS=68120004;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:181,191:0.51:372
chr15	68121428	rs28539889	T	A	784.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=2.238;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.508;HP=2;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=8;PP=541;ReadPosRankSum=2.195;SC=CTCCGTCGGCTTTCCCTCTTG;SOR=1.232;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=53;TCF=36;TCR=17;TR=30;WE=68121436;WS=68121418;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,37:0.47:79
chr15	68121483	rs7183168	A	C	5283.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-1.512;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=42;PP=2070;ReadPosRankSum=-0.612;SC=GCAGGGCGCCACCCTAATCGC;SOR=0.344;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=107;TCF=65;TCR=42;TR=106;WE=68121491;WS=68121473;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,201:1.00:202
chr15	68122509	rs28587941	T	C	2722.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.522;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=264;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=34;PP=1198;ReadPosRankSum=0.179;SC=TCTCTTGAAATTCGGTTTGTT;SOR=0.714;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=161;TCF=93;TCR=68;TR=85;WE=68122517;WS=68122499;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:127,133:0.51:260
chr15	68124853	rs12901293	G	C	1426.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-0.547;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.298;HP=4;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=11;PP=922;ReadPosRankSum=0.872;SC=GTGGGAGTTGGGGGTAGGGGT;SOR=0.275;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=90;TCF=66;TCR=24;TR=48;WE=68124861;WS=68124843;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,58:0.62:94
chr15	68346549	rs11855475	T	C	1539.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=44;NR=2;PP=1068;SC=GGGCGGAGGCTAGAGGCGGGC;SOR=5.670;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=55;TCF=44;TCR=11;TR=46;WE=68346557;WS=68346539;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr15	68434212	rs113300929	T	TG	569.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.729;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FS=8.445;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.91;ReadPosRankSum=1.641;SOR=1.904;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:45,27:0.38:72
chr15	68445912	rs11633620	T	A	2548.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=44;NR=23;PP=1285;SC=TGTTTTCTACTTCTTTTTTTT;SOR=1.227;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=68;TCF=45;TCR=23;TR=67;WE=68445922;WS=68445902;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr15	68468695	rs12438361	T	C	958.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-4.267;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.743;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=9;PP=590;ReadPosRankSum=-0.818;SC=GGTTTTCTACTCTCTGGCTCC;SOR=0.232;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=67;TCF=53;TCR=14;TR=34;WE=68468703;WS=68468685;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,42:0.57:74
chr15	68492028	rs11071986	G	A	2980.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=0.697;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=325;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.403;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=50;PP=1337;ReadPosRankSum=1.505;SC=CTCTGCACACGGCCCAGAGGG;SOR=0.659;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=179;TCF=78;TCR=101;TR=89;WE=68492036;WS=68492018;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:176,149:0.46:325
chr15	68510770	rs8025947	A	G	723.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=2.904;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.737;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=6;PP=528;ReadPosRankSum=-0.819;SC=TCAGTTTACTAGGAGATAAAG;SOR=1.532;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=69;TCF=49;TCR=20;TR=30;WE=68510778;WS=68510760;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,32:0.42:76
chr15	68522090	rs144971454	GGCGGAGCGGA	G	206.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.940;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=1.526;NF=3;NR=7;PP=1406;ReadPosRankSum=-0.498;SC=CCCGGGGCGGGGCGGAGCGGA;SOR=1.112;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=15;TCF=5;TCR=10;TR=10;WE=68522113;WS=68522080;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,10:0.50:20
chr15	68522105	.	A	AGCGGAGCGGAGGGAGGCGGG	103.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.732;ClippingRankSum=0.000;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=-0.934;NF=3;NR=6;PP=2481;ReadPosRankSum=0.532;SC=AGCGGAGCGGAGCGGAGCGGA;SOR=0.941;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=12;TCF=3;TCR=9;TR=9;WE=68522113;WS=68522080;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,5:0.33:15
chr15	68583175	rs6494729	T	C	13381.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=499;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NR=156;PP=2965;SC=TGGCTGTCAATTCCAATACTC;SOR=0.697;SbPval=0.52;Source=Platypus;TCR=156;WE=68583183;WS=68583165;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,493:1.00:493
chr15	68603625	rs898591	C	T	3422.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=29;NR=65;PP=2151;SC=AGGCCATCACCACCTCGTCCG;SOR=1.460;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=94;TCF=29;TCR=65;TR=94;WE=68603633;WS=68603615;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr15	68605067	rs4776394	A	C	354.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=2.304;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.311;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=5;PP=219;ReadPosRankSum=0.431;SC=GGGGGTGCTCAGATCCCGTCC;SOR=1.085;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=43;TCF=27;TCR=16;TR=16;WE=68605075;WS=68605057;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,20:0.32:63
chr15	68605169	rs4777035	G	A	1191.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=0.800;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.577;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=17;PP=458;ReadPosRankSum=3.258;SC=CGAGCTGTTGGGCTTGACCTC;SOR=0.756;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=91;TCF=45;TCR=46;TR=33;WE=68605177;WS=68605159;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:108,64:0.37:172
chr15	68608095	rs79232487	T	C	2062.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.036;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=39;PP=1094;ReadPosRankSum=1.124;SC=TGTCTGGGCATTGCTGGGACC;SOR=0.703;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=120;TCF=55;TCR=65;TR=72;WE=68608103;WS=68608085;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,98:0.56:176
chr15	68608187	rs34136572	T	A	386.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=2.063;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=11;PP=211;ReadPosRankSum=1.106;SC=GTTGGGGAGCTGCTGGCTGGG;SOR=0.502;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=40;TCF=7;TCR=33;TR=13;WE=68608195;WS=68608177;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,18:0.37:49
chr15	68609833	rs1516871	T	C	1746.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=48;PP=1200;SC=TATGAAAGCCTGGACCACAGC;SOR=2.531;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=60;TCF=12;TCR=48;TR=60;WE=68609841;WS=68609823;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr15	68613566	rs72741168	A	G	307.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.750;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.310;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=5;PP=171;ReadPosRankSum=1.387;SC=ATATTACAGAAGAGACTTTCC;SOR=0.430;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=32;TCF=23;TCR=9;TR=14;WE=68613574;WS=68613556;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,17:0.45:38
chr15	68613778	rs3736494	G	T	2649.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.254;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.72;ReadPosRankSum=1.331;SOR=0.657;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:106,74:0.41:180
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chr15	68613922	rs8041788	C	T	445.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.483;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=9;PP=139;ReadPosRankSum=0.322;SC=GCTCTGTCTCCACCACACTAG;SOR=0.693;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=37;TCF=13;TCR=24;TR=13;WE=68613930;WS=68613912;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,23:0.45:51
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chr15	68624641	rs6494733	A	C	6346.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.791;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=600;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=97;NR=89;PP=2962;ReadPosRankSum=1.006;SC=GGTTGGGGGCACCTGAGAAGC;SOR=0.703;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=361;TCF=190;TCR=171;TR=186;WE=68624649;WS=68624631;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:289,303:0.51:592
chr15	68631740	rs2125998	A	G	475.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-6.688;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.096;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=0;PP=332;ReadPosRankSum=0.110;SC=GAATATACACAGCAGGCCCCT;SOR=0.194;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=42;TCF=42;TCR=0;TR=22;WE=68631748;WS=68631732;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,25:0.49:51
chr15	68641362	rs61119953	AG	A	2744.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=72;PP=2050;SC=CTCTCTTTCGAGGGGGGGCTC;SOR=3.160;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=79;TCF=4;TCR=75;TR=75;WE=68641370;WS=68641352;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr15	68656864	rs2306013	A	G	947.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=28;NR=4;PP=680;SC=CCGGAATGGCATAAGCAGGGA;SOR=2.964;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=32;TCF=28;TCR=4;TR=32;WE=68656872;WS=68656854;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr15	68656960	rs2306012	A	G	4590.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=62;NR=49;PP=2033;SC=CAGGATGGACATGAGGGTGTG;SOR=0.762;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=111;TCF=62;TCR=49;TR=111;WE=68656968;WS=68656950;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,178:1.00:178
chr15	68724262	rs2305078	G	C	2830.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=28;NR=34;PP=1106;SC=CTGGGAGGAGGGTCGCGTCCC;SOR=0.786;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=63;TCF=28;TCR=35;TR=62;WE=68724270;WS=68724252;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr15	68937441	rs2291534	C	T	2646.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=66;NR=14;PP=1919;SC=AGAGCCCAGCCGAGGCCCTTC;SOR=2.807;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=81;TCF=67;TCR=14;TR=80;WE=68937449;WS=68937431;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr15	68987315	rs11072043	A	C	1209.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=34;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=34;NR=2;PP=977;SC=TGTGGCCCAGACTGACTTGGC;SOR=4.977;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=36;TCF=34;TCR=2;TR=36;WE=68987323;WS=68987305;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr15	68987341	rs7359311	A	G	1822.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=46;NR=9;PP=1333;SC=AGGGCCCAAAAACAAAAATAA;SOR=2.910;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=55;TCF=46;TCR=9;TR=55;WE=68987349;WS=68987331;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr15	68987450	rs149581487	TTC	T	42.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.907;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=397;ExcessHet=3.0103;FS=0.668;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.11;ReadPosRankSum=1.121;SOR=0.814;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:349,34:0.09:383
chr15	69003788	rs71402285	G	A	513.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=1.861;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=4;PP=351;ReadPosRankSum=0.207;SC=TGCATGGGGCGCTTCTCCCAG;SOR=0.824;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=34;TCF=28;TCR=6;TR=21;WE=69003796;WS=69003786;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,23:0.57:40
chr15	69003913	rs36077420	G	A	2723.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.972;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=267;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.455;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=35;PP=1406;ReadPosRankSum=-0.511;SC=TGGGTGAGCCGGTGAAGATGA;SOR=0.744;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=180;TCF=108;TCR=72;TR=90;WE=69003921;WS=69003903;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:127,133:0.51:260
chr15	69007656	rs1542746	T	G	15117.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=572;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=147;NR=229;PP=2965;SC=CCTAGGTAAGTGGCCCCGAGG;SOR=1.036;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=377;TCF=147;TCR=230;TR=376;WE=69007664;WS=69007646;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,564:1.00:564
chr15	69011119	rs33913544	C	T	1925.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.132;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.121;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=39;PP=883;ReadPosRankSum=-0.197;SC=AGGGCCTGATCGAGCCCATCT;SOR=0.793;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=121;TCF=46;TCR=75;TR=62;WE=69011127;WS=69011109;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:99,95:0.49:194
chr15	69011389	rs1491640	A	C,G	8677.77	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;QD=42.13;SOR=1.553;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:0,96,110:0.47,0.53:206
chr15	69011389	.	AGTGAC	CGTGAT,GGTGAT	1594	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.41;FR=0.5000,0.5000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MMLQ=23;MQ=59.98;NF=47,68;NR=29,28;PP=924,1594;QD=12.8614194061;SC=GAGCAGGTAGAGTGACTGGAG;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=177;TCF=119;TCR=58;TR=76,96;WE=69011402;WS=69011379;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.43:177
chr15	69011394	rs1491639	C	T	9542.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=224;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.77;SOR=1.556;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,218:1.00:218
chr15	69011918	rs55921407	C	T	912.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.883;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=19;PP=391;ReadPosRankSum=0.738;SC=ATTACCTCCACAGGCCCTGGA;SOR=0.748;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=57;TCF=15;TCR=42;TR=25;WE=69011926;WS=69011908;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,44:0.48:92
chr15	69075474	rs2290428	G	A	4471.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.546;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=498;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.114;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=79;PP=1964;ReadPosRankSum=-1.051;SC=CCCTTGTAGCGTCTTCAGTGT;SOR=0.585;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=328;TCF=133;TCR=195;TR=137;WE=69075482;WS=69075464;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:265,222:0.46:487
chr15	69077032	rs12442034	C	G	2253.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.826;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=57;PP=1347;ReadPosRankSum=-1.209;SC=AGATAGCATGCGCAGACCATG;SOR=0.655;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=168;TCF=61;TCR=107;TR=92;WE=69077040;WS=69077022;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:99,107:0.52:206
chr15	69112946	rs4777089	C	A	547.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.14;QD=22.82;SOR=2.124;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr15	69112971	rs35802209	G	GCA	1770.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.696;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FS=0.997;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.57;MQRankSum=1.474;QD=18.07;ReadPosRankSum=0.604;SOR=0.850;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,78:0.80:98
chr15	69238445	rs3743093	G	A	11439.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=427;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=121;NR=150;PP=2965;SC=ACTGGCATTGGGATCTCTACA;SOR=0.829;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=276;TCF=126;TCR=150;TR=271;WE=69238453;WS=69238435;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,421:1.00:421
chr15	69325581	rs311893	C	T	13371.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=509;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=162;NR=138;PP=2965;SC=CCAAGGGCTGCGGCCAGTGCC;SOR=0.767;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=300;TCF=162;TCR=138;TR=300;WE=69325589;WS=69325571;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,506:1.00:506
chr15	69327825	rs311889	C	T	9349.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.429;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=382;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.20;ReadPosRankSum=3.102;SOR=0.825;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,369:0.99:371
chr15	69328226	rs12907196	C	T	5986.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.669;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=237;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=76;NR=72;PP=2677;ReadPosRankSum=-0.796;SC=GCTGCTCCTCCTCATGTTCAT;SOR=0.729;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=153;TCF=76;TCR=77;TR=148;WE=69328234;WS=69328216;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,228:0.99:230
chr15	69329623	rs34924807	GA	AG	1346.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.535;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.332;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=28;PP=1622;ReadPosRankSum=0.766;SC=GGAGCAGCTGGATACCCTGTC;SOR=2.160;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=37;TCF=8;TCR=29;TR=35;WE=69329632;WS=69329613;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,47:0.96:49
chr15	69347593	rs311905	G	A	3340.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=68;NR=28;PP=1807;SC=AAGCCCCAGGGTAAGGTAGTG;SOR=1.572;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=96;TCF=68;TCR=28;TR=96;WE=69347601;WS=69347583;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr15	69349087	rs311906	T	C	2157.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=22;NR=33;PP=860;SC=TCTGCTTCATTGCATTAGTAT;SOR=0.979;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=56;TCF=22;TCR=34;TR=55;WE=69349095;WS=69349077;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr15	69676892	.	A	G	774	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;FR=1.0000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MMLQ=24;MQ=55.24;NF=31;NR=4;PP=774;QD=23.1077489299;SC=CGTGTTCATCATGGAGGGTGA;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=35;TCF=31;TCR=4;TR=35;WE=69676912;WS=69676882;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr15	69676904	.	C	T	1027	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;FR=1.0000;HP=4;HapScore=1;MGOF=18;MMLQ=27;MQ=56.9;NF=40;NR=5;PP=1027;QD=23.5949158344;SC=GGAGGGTGAGCGGGCCCTCCG;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=48;TCF=41;TCR=7;TR=45;WE=69676912;WS=69676882;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:3,45:0.94:48
chr15	69676944	.	T	C	2003	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;FR=1.0000;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MMLQ=20;MQ=59.73;NF=72;NR=43;PP=2003;QD=17.7197496743;SC=GCGGGTCCTCTGTGTTCATGG;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=117;TCF=74;TCR=43;TR=115;WE=69676952;WS=69676934;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:2,115:0.98:117
chr15	69683945	rs2242464	C	G	7183.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-1.709;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=281;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.586;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=100;NR=66;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.989;SC=AACCTGGACACTCTTGGACCT;SOR=0.651;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=168;TCF=100;TCR=68;TR=166;WE=69683953;WS=69683935;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,273:1.00:274
chr15	69684376	rs7183388	G	A	3028.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=39;NR=33;PP=1308;SC=AGCCCGGGCAGTGGAGCCAAG;SOR=0.798;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=72;TCF=39;TCR=33;TR=72;WE=69684397;WS=69684366;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr15	69684389	rs11634798	A	T	3333.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=2.261;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=36;PP=1413;ReadPosRankSum=1.414;SC=GAGCCAAGAAAAAAAAGAAAT;SOR=0.263;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=80;TCF=43;TCR=37;TR=78;WE=69684397;WS=69684366;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,128:0.99:129
chr15	69684477	rs58280155	T	A	2852.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=38;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=31;NR=38;PP=1220;SC=GCTGGTTTTATTTTATTTTTT;SOR=0.822;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=69;TCF=31;TCR=38;TR=69;WE=69684489;WS=69684467;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr15	69684481	rs112633523	AT	A	1907.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.652;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=13;HapScore=1;MGOF=38;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=34;PP=741;ReadPosRankSum=0.836;SC=GTTTTATTTTATTTTTTTTTG;SOR=0.887;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=43;TCF=5;TCR=38;TR=39;WE=69684489;WS=69684467;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,90:0.98:92
chr15	69684507	rs11634850	A	G	2015.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=46;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=24;NR=35;PP=1087;SC=AGTAGAGACAAGGTTTCGCCA;SOR=1.012;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=59;TCF=24;TCR=35;TR=59;WE=69684515;WS=69684497;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr15	69709686	rs3759825	G	A	4339.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=52;NR=34;PP=1654;SC=GCAAAAGGTCGAACTTTCTTC;SOR=0.931;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=86;TCF=52;TCR=34;TR=86;WE=69709694;WS=69709676;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,166:1.00:166
chr15	69709792	rs61751119	C	T	1898.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=0.413;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=252;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.989;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=26;PP=626;ReadPosRankSum=1.811;SC=AATAATACAACTGTTCAGCTT;SOR=0.763;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=118;TCF=54;TCR=64;TR=48;WE=69709800;WS=69709782;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:143,101:0.41:244
chr15	69715488	rs7180624	C	T	265.94	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.308;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.77;ReadPosRankSum=0.584;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,14:0.78:18
chr15	69728949	rs3825858	A	G	11598.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=463;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.11;SOR=0.783;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,462:1.00:462
chr15	69729099	.	A	AT	67.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.449;ClippingRankSum=0.000;DP=89;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.15;ReadPosRankSum=-1.151;SOR=0.678;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:46,13:0.22:59
chr15	69732483	rs4776448	G	A	5428.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=48;NR=94;PP=2965;SC=AGTTAGGTTCGATATTTTGAA;SOR=1.371;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=143;TCF=48;TCR=95;TR=142;WE=69732491;WS=69732473;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,188:1.00:188
chr15	69732736	rs937724	C	T	7735.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=297;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=90;NR=92;PP=2965;SC=CTATTGTTACCGAACCTAAAA;SOR=0.721;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=183;TCF=90;TCR=93;TR=182;WE=69732744;WS=69732726;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,290:1.00:290
chr15	69740350	rs13613	A	G	1628.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=51;PP=1327;SC=CTTGTATAGTATATGTTTTGC;SOR=3.952;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=60;TCF=7;TCR=53;TR=58;WE=69740358;WS=69740340;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr15	69747675	rs1463911	A	T	774.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=14;NR=12;PP=451;SC=GAGATTTTTTAAAAAATAGTA;SOR=0.752;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=27;TCF=14;TCR=13;TR=26;WE=69747683;WS=69747665;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr15	69754221	rs8041861	T	C	16075.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=0.444;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=653;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=172;NR=183;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.771;SC=CAATGATGAATGGAACCAGAA;SOR=0.731;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=355;TCF=172;TCR=183;TR=355;WE=69754229;WS=69754211;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,638:1.00:640
chr15	70345626	rs1057865	C	T	1523.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=2.006;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=26;PP=740;ReadPosRankSum=1.547;SC=AGGAGCGCACCGTGTTGTCCA;SOR=0.727;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=132;TCF=68;TCR=64;TR=55;WE=70345634;WS=70345616;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:151,84:0.36:235
chr15	70346923	rs2228178	C	T	1693.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.587;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.127;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=40;PP=921;ReadPosRankSum=0.113;SC=GGGGCGTGGGCGAGGCCAGGT;SOR=0.795;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=141;TCF=59;TCR=82;TR=68;WE=70346931;WS=70346913;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:111,84:0.43:195
chr15	70347362	rs4777227	C	A	3205.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=71;NR=23;PP=2101;SC=CAGCTGGAGGCGGCGCAGCAG;SOR=2.036;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=94;TCF=71;TCR=23;TR=94;WE=70347370;WS=70347352;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr15	70347816	rs11440222	A	AG	1322.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=32;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=23;PP=1132;SC=CGAGGTAGACATGATTAACAG;SOR=3.193;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=25;TCF=1;TCR=24;TR=24;WE=70347824;WS=70347806;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr15	70348468	rs3817045	G	A	524.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-1.942;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=3;PP=384;ReadPosRankSum=-1.028;SC=ACAGTTTCCTGGGGTTGCAAC;SOR=1.051;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=34;TCF=29;TCR=5;TR=21;WE=70348476;WS=70348458;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,22:0.65:34
chr15	70348523	rs2270871	G	C	2580.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=52;NR=22;PP=1332;SC=TCCAAAGGGAGGTGCACCAGG;SOR=1.445;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=74;TCF=52;TCR=22;TR=74;WE=70348531;WS=70348513;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr15	70349744	rs8036209	T	C	1851.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-1.668;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.582;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=21;PP=682;ReadPosRankSum=0.917;SC=GTCCAACCACTGGCTCCCCAC;SOR=0.630;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=115;TCF=73;TCR=42;TR=56;WE=70349752;WS=70349734;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,90:0.54:166
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chr15	70388403	.	G	A	940.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-3.987;ClippingRankSum=0.000;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=7;PP=584;ReadPosRankSum=-0.318;SC=GCCGCCCCTAGGTCGGGAGCC;SOR=0.845;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=67;TCF=54;TCR=13;TR=35;WE=70388411;WS=70388393;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,40:0.56:72
chr15	70388449	rs71149952	AG	A	6367.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=43;NR=56;PP=2974;SC=GGAGCCGCGCAGGGGACCCAC;SOR=1.038;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=104;TCF=47;TCR=57;TR=99;WE=70388457;WS=70388439;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,186:1.00:186
chr15	70958937	rs2241530	G	A	30.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.240;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.37;ReadPosRankSum=0.460;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,3:0.23:13
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chr15	70971741	rs67256203	CTAAA	C,CTAAATAAATAAA	775.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=24;NF=2,2;NR=4,4;PP=524,278;SC=GACCCCATCTCTAAATAAATA;SOR=2.093;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=10;TCF=3;TCR=7;TR=6,6;WE=70971752;WS=70971731;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.60,0.40:20
chr15	70971792	.	C	CA	100	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;FR=0.5000;HP=9;HapScore=3;MGOF=10;MMLQ=26;MQ=60.0;NF=3;NR=5;PP=100;QD=14.25;SC=AGAGATTAGGCAAAAAAAAAG;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=29;TCF=11;TCR=18;TR=8;WE=70971800;WS=70971782;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:21,8:0.28:29
chr15	70991925	rs4776525	G	C	11970.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-2.257;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1150;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.516;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=171;NR=170;PP=2962;ReadPosRankSum=0.035;SC=CAAGGATTGAGGTCACTTTTT;SOR=0.670;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=657;TCF=323;TCR=334;TR=341;WE=70991933;WS=70991915;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:541,603:0.53:1144
chr15	71125093	rs3825970	G	A	3672.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.597;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=319;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.862;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=73;PP=1887;ReadPosRankSum=1.312;SC=CCACGATGGCGCACTCCTGGG;SOR=0.765;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=228;TCF=98;TCR=130;TR=125;WE=71125101;WS=71125083;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:145,169:0.54:314
chr15	71125204	rs1549317	A	G	1681.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.966;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.088;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=37;PP=1062;ReadPosRankSum=-1.674;SC=CAAAAGTCCCAAAAAGCTTGA;SOR=0.803;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=151;TCF=72;TCR=79;TR=69;WE=71125212;WS=71125194;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:122,86:0.41:208
chr15	71175296	rs1528828	A	G	2803.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=22;NR=60;PP=1677;SC=ACCTTATAGGATTTTATCTTT;SOR=1.935;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=82;TCF=22;TCR=60;TR=82;WE=71175304;WS=71175286;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr15	71184278	rs2959174	G	T	1123.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.813;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.610;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=10;PP=484;ReadPosRankSum=-0.850;SC=AGCTCTCCTCGCGTGTCCAGG;SOR=0.799;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=97;TCF=66;TCR=31;TR=35;WE=71184286;WS=71184268;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:105,60:0.36:165
chr15	71184495	rs2955035	A	G	1740.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.462;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.682;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=26;PP=875;ReadPosRankSum=1.173;SC=CGGCGCGGCAACCCCGCACGA;SOR=0.733;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=144;TCF=70;TCR=74;TR=56;WE=71184503;WS=71184485;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:130,88:0.40:218
chr15	71185793	rs2955036	T	C	47.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-0.271;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=1;PP=69;ReadPosRankSum=0.221;SC=AACAAGATCATTTACCAGAAA;SOR=0.180;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=15;TCF=12;TCR=3;TR=6;WE=71185801;WS=71185783;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,4:0.31:13
chr15	71185837	rs2955037	G	A	276.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.178;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=3;PP=159;ReadPosRankSum=-1.027;SC=TTTTTTTGTTGTATTTCTGTT;SOR=0.859;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=27;TCF=17;TCR=10;TR=12;WE=71185845;WS=71185827;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,14:0.48:29
chr15	71185853	rs5813612	CTT	C	427.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.507;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.97;ReadPosRankSum=-0.712;SOR=0.660;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,20:0.51:39
chr15	71186811	rs1881568	C	G	2449.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=68;NR=4;PP=2066;SC=AAGATTATTTCCCCATAATGT;SOR=5.283;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=72;TCF=68;TCR=4;TR=72;WE=71186819;WS=71186801;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr15	71193188	rs3830648	A	AAT	242.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-0.664;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=1;PP=238;ReadPosRankSum=0.152;SC=AAATTCTCCAAATATAAGATG;SOR=0.752;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=24;TCF=21;TCR=3;TR=7;WE=71193196;WS=71193178;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,9:0.32:28
chr15	71276480	rs3834543	GCAA	G	2856.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.127;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.252;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=21;PP=1335;ReadPosRankSum=-1.121;SC=AGTGGGACTTGCAACAACAAC;SOR=0.835;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=79;TCF=31;TCR=48;TR=34;WE=71276490;WS=71276470;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,75:0.47:160
chr15	71341050	rs1713569	G	A	1206.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-1.712;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.782;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=8;PP=783;ReadPosRankSum=1.592;SC=TGATGAAATTGGGGCACAATA;SOR=0.813;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=87;TCF=69;TCR=18;TR=43;WE=71341058;WS=71341040;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,55:0.47:116
chr15	71548937	rs4777350	T	C	6680.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.867;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=266;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=119;NR=49;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.011;SC=GCATATTTAATATCTGCTTTA;SOR=1.454;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=170;TCF=120;TCR=50;TR=168;WE=71548945;WS=71548927;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,251:0.99:253
chr15	71704320	rs8040015	C	T	414.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-3.211;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.893;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=14;PP=296;ReadPosRankSum=2.376;SC=GATGGGGCTGCTTGGTCAGCC;SOR=0.199;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=36;TCF=7;TCR=29;TR=19;WE=71704328;WS=71704310;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,19:0.53:36
chr15	72023422	rs2277540	C	T	11053.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=430;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=148;NR=107;PP=2965;SC=GGTGTGCATACGTGCCAAGTG;SOR=0.918;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=257;TCF=148;TCR=109;TR=255;WE=72023430;WS=72023412;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,421:1.00:421
chr15	72037610	rs2291994	G	A	2702.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=25;NR=41;PP=1321;SC=GCCTATTACCGGGTCACTTCA;SOR=1.081;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=66;TCF=25;TCR=41;TR=66;WE=72037618;WS=72037600;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr15	72050163	rs2625533	C	G	3372.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.028;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.625;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=20;PP=1765;ReadPosRankSum=-1.146;SC=AGCATTCCATCCTCCTTTCCA;SOR=1.669;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=81;TCF=60;TCR=21;TR=79;WE=72050171;WS=72050153;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,121:0.98:123
chr15	72073003	rs2291275	C	T	10382.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=403;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=98;NR=164;PP=2965;SC=AGCCTGTCCCCGCCCCCAGGG;SOR=1.101;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=263;TCF=99;TCR=164;TR=262;WE=72073011;WS=72072993;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,392:1.00:392
chr15	72105928	rs11351249	AC	A	9485.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=302;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=45;NR=82;PP=2969;SC=TTGGCGGTGGACCCCCACGGA;SOR=0.869;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=135;TCF=49;TCR=86;TR=127;WE=72105936;WS=72105918;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,294:1.00:294
chr15	72186286	rs2128112	A	T	716.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=19;PP=534;SC=ATAATCCTGAACCTACGCATA;SOR=3.442;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=3;TCR=19;TR=22;WE=72186294;WS=72186276;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr15	72191073	rs2415128	T	C	16593.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.947;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=647;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=214;NR=198;PP=2965;ReadPosRankSum=1.440;SC=CCTCCAAGGATCTGGGTCTCT;SOR=0.321;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=415;TCF=215;TCR=200;TR=412;WE=72191081;WS=72191063;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,627:1.00:628
chr15	72191266	rs2415129	C	T	12198.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=457;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=131;NR=164;PP=2965;SC=ATCCTCCCATCCTGAAGGGTC;SOR=0.854;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=295;TCF=131;TCR=164;TR=295;WE=72191274;WS=72191256;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,454:1.00:454
chr15	72252189	rs5813671	T	TA	328.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.195;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=5.633;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.98;ReadPosRankSum=1.687;SOR=1.931;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,31:0.56:55
chr15	72300031	rs3759820	A	C	704.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=21;NR=1;PP=565;SC=TCTTTTGGAAATGCTATTTAA;SOR=4.892;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=22;TCF=21;TCR=1;TR=22;WE=72300039;WS=72300026;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr15	72302894	rs2957742	G	C	739.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=23;PP=632;SC=ATGTATAAATGCAAATTAGAG;SOR=4.977;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=24;TCF=1;TCR=23;TR=24;WE=72302902;WS=72302884;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr15	72431883	rs7175792	G	C	1067.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=21;NR=8;PP=738;SC=GCATTTTACAGTCAGGTATTT;SOR=2.012;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=21;TCR=8;TR=29;WE=72431891;WS=72431873;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr15	72432583	rs930871	A	G	6107.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=45;NR=101;PP=2965;SC=AGATCTCATTACCACACTTGC;SOR=1.434;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=147;TCF=46;TCR=101;TR=146;WE=72432591;WS=72432573;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,221:1.00:221
chr15	72454729	rs897731	C	G	5283.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=53;NR=64;PP=2291;SC=CTGAAGAAAGCGGCAATACGG;SOR=0.806;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=117;TCF=53;TCR=64;TR=117;WE=72454737;WS=72454719;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,203:1.00:203
chr15	72457551	rs2959944	A	G	1116.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=25;NR=3;PP=703;SC=GGCAGGTTTAAGAGATGCCCT;SOR=3.321;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=28;TCF=25;TCR=3;TR=28;WE=72457559;WS=72457541;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr15	72460339	rs8025939	T	A	1763.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=9;NR=51;PP=1524;SC=AAACAGTCCATTCCCCAGCGT;SOR=4.139;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=60;TCF=9;TCR=51;TR=60;WE=72460347;WS=72460329;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr15	72462165	rs11072348	A	C	4024.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.964;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=43;PP=2223;ReadPosRankSum=0.799;SC=GTGTGTATCTATGACTGGGAA;SOR=0.934;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=113;TCF=65;TCR=48;TR=107;WE=72462173;WS=72462155;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,146:0.99:148
chr15	72462831	rs7182776	T	C	1136.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=29;PP=842;SC=GGAGCCGTCTTATACCAGGAA;SOR=3.026;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=34;TCF=4;TCR=30;TR=33;WE=72462839;WS=72462821;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr15	72509647	rs8192395	C	CA	2216.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.180;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=17;PP=1205;ReadPosRankSum=1.212;SC=CTGTGAAACTCAGACTCATCC;SOR=0.693;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=57;TCF=25;TCR=32;TR=30;WE=72509655;WS=72509637;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,72:0.50:144
chr15	72543656	rs2959904	T	C	911.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=9;NR=18;PP=517;SC=AGCTATCCTTTCTGAACAAGC;SOR=1.244;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=29;TCF=11;TCR=18;TR=27;WE=72543664;WS=72543646;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr15	72545876	rs1426166	T	C	1921.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=9;SC=CGTTATCTCCTTGGAGAGGTG;SOR=1.828;SbPval=0.54;Source=Platypus;TCF=9;WE=72545884;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr15	72546765	rs2912227	A	G	5937.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=67;NR=62;PP=2648;SC=TGGGCAGGCAAAGGAGAGGGG;SOR=0.757;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=130;TCF=68;TCR=62;TR=129;WE=72546773;WS=72546755;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,223:1.00:223
chr15	72556799	rs11072352	G	A	4135.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=86;NR=38;PP=2536;SC=TTTTGGAAGGGGGCATTCCAT;SOR=1.708;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=124;TCF=86;TCR=38;TR=124;WE=72556807;WS=72556789;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,148:1.00:148
chr15	72557955	rs1426170	T	C	1023.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=9;NR=17;PP=522;SC=GTCTTAGCTATAGCCTTACAC;SOR=1.329;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=9;TCR=17;TR=26;WE=72557963;WS=72557945;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr15	72559326	rs62022788	T	G	420.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=1;NR=10;PP=293;SC=TTTGTGAGAGTCTCAGTCTCT;SOR=3.767;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=11;TCF=1;TCR=10;TR=11;WE=72559334;WS=72559316;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr15	72637795	rs4777502	T	C	8293.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=320;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=107;NR=84;PP=2965;SC=ACCTCAGCAATTCACAGCGGA;SOR=0.865;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=191;TCF=107;TCR=84;TR=191;WE=72637803;WS=72637785;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,313:1.00:313
chr15	72638892	rs1800431	T	C	2432.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.253;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=28;PP=1033;ReadPosRankSum=-0.838;SC=GGTTCCACTATGTAGAAATCC;SOR=0.278;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=61;TCF=33;TCR=28;TR=60;WE=72638900;WS=72638882;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,94:0.99:95
chr15	72859047	rs11403578	A	AT	269.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=0;NR=10;PP=204;SC=CTATTGATAGATTTTTTTTTA;SOR=2.147;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=0;TCR=13;TR=10;WE=72859055;WS=72859037;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr15	72864578	rs5813687	AT	A	207.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.031;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=2.128;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.16;MQRankSum=0.000;QD=6.29;ReadPosRankSum=-0.208;SOR=1.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,22:0.67:33
chr15	72875521	.	G	GT	323.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.128;ClippingRankSum=0.000;DP=225;ExcessHet=3.0103;FS=2.993;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.53;ReadPosRankSum=-1.176;SOR=0.461;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:164,48:0.23:212
chr15	72879653	rs139334001	A	ATTG	3046.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=6;NR=21;PP=1367;SC=TCTTAACTATATTGTACTTTT;SOR=0.752;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=32;TCF=6;TCR=26;TR=27;WE=72879661;WS=72879643;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr15	72968748	.	G	GT	295.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.197;ClippingRankSum=0.000;DP=156;ExcessHet=3.0103;FS=2.274;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.07;MQRankSum=0.000;QD=2.99;ReadPosRankSum=-1.432;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:67,32:0.32:99
chr15	72987588	rs4777527	G	T	3184.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.09;QD=25.89;SOR=0.742;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr15	72987636	.	AT	A	70.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.244;ClippingRankSum=0.000;DP=76;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.14;MQRankSum=1.840;QD=1.09;ReadPosRankSum=1.249;SOR=0.562;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:49,16:0.25:65
chr15	72996605	rs140357694	G	A	442.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-1.353;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=3;PP=292;ReadPosRankSum=-0.557;SC=GGTAACATAGGCTCCTGAAAT;SOR=0.856;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=29;TCF=24;TCR=5;TR=17;WE=72996613;WS=72996595;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,19:0.59:32
chr15	73002035	rs8033604	G	A	2306.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=37;NR=21;PP=1162;SC=AAAATATGCTGCCTAGCTCCA;SOR=1.065;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=59;TCF=37;TCR=22;TR=58;WE=73002043;WS=73002025;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr15	73004739	rs33923961	G	A	617.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-0.892;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.143;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=17;PP=338;ReadPosRankSum=-0.342;SC=ACAAGTTCAAGTACAGTCATG;SOR=0.263;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=42;TCF=9;TCR=33;TR=23;WE=73004747;WS=73004729;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,28:0.60:47
chr15	73021855	rs6495015	T	C	877.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=4.334;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.830;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.892;NF=28;NR=4;PP=640;ReadPosRankSum=-1.455;SC=CCTCCCAAAGTGCTGGGATTA;SOR=1.392;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=56;TCF=47;TCR=9;TR=32;WE=73021863;WS=73021845;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,34:0.54:63
chr15	73023937	rs12914333	T	C	11032.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=426;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=139;NR=170;PP=2965;SC=TGGCACCCTTTGATTGGAAGA;SOR=0.853;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=310;TCF=140;TCR=170;TR=309;WE=73023945;WS=73023927;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,415:1.00:415
chr15	73024181	rs9806635	G	A	2249.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=14;NR=57;PP=1563;SC=TAGAGATCCTGTAGGAATCTG;SOR=2.690;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=71;TCF=14;TCR=57;TR=71;WE=73024189;WS=73024171;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr15	73027478	rs2277598	T	C	966.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.729;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.610;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=18;PP=433;ReadPosRankSum=1.809;SC=CTGGAAGATATAGAAAATGCC;SOR=0.895;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=73;TCF=28;TCR=45;TR=26;WE=73027486;WS=73027468;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,46:0.45:103
chr15	73028367	rs28397892	C	G	310.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.396;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=1.283;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.18;ReadPosRankSum=1.977;SOR=1.018;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,16:0.42:38
chr15	73028375	rs12324395	G	A	1158.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=3;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=16;PP=263;SC=ATCAAGCCCAGATCATCCAAA;SOR=1.179;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=26;TCF=9;TCR=17;TR=25;WE=73028383;WS=73028357;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr15	73044575	rs9460	G	A	36.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.795;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=3.06;ReadPosRankSum=1.408;SOR=0.582;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,3:0.25:12
chr15	73048529	rs2304598	G	A	1063.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-1.321;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.731;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.331;NF=21;NR=23;PP=822;ReadPosRankSum=1.167;SC=GATGCCAAGAGAGGCTGGAAC;SOR=0.588;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=92;TCF=41;TCR=51;TR=44;WE=73048537;WS=73048519;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,46:0.43:106
chr15	73052840	rs8024644	T	C	5958.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.332;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=311;ExcessHet=3.0103;FS=2.028;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.93;ReadPosRankSum=-0.759;SOR=0.578;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:141,158:0.53:299
chr15	73052845	rs8023358	A	G	5925.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.020;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=291;ExcessHet=3.0103;FS=2.823;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=21.16;ReadPosRankSum=-1.037;SOR=0.530;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:130,150:0.54:280
chr15	73067234	rs11634630	T	C	8501.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=327;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=98;NR=93;PP=2965;SC=GGAACTCTGATGCAACCTGGG;SOR=0.744;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=191;TCF=98;TCR=93;TR=191;WE=73067242;WS=73067224;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,322:1.00:322
chr15	73418741	.	AT	A	249.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.740;ClippingRankSum=0.000;DP=184;ExcessHet=3.0103;FS=0.756;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.12;MQRankSum=2.491;QD=1.42;ReadPosRankSum=-0.286;SOR=0.541;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:132,44:0.25:176
chr15	73428204	rs376822156	CT	C	380.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.194;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FS=0.994;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.84;MQRankSum=0.000;QD=4.76;ReadPosRankSum=1.166;SOR=0.954;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,43:0.54:80
chr15	73545714	.	AT	A	56.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.057;ClippingRankSum=0.000;DP=91;ExcessHet=3.0103;FS=2.459;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.59;MQRankSum=4.019;QD=0.70;ReadPosRankSum=-1.636;SOR=1.133;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:60,21:0.26:81
chr15	73545732	rs2623989	T	C	3185.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=54;NR=43;PP=1971;SC=TTTTTTTTTGTTTCTCTAGTT;SOR=0.862;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=103;TCF=60;TCR=43;TR=97;WE=73545740;WS=73545722;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr15	73564989	rs12914819	A	C	2921.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=23;NR=67;PP=1710;SC=TGCTGGGAGAAGTGGGAGTCT;SOR=1.791;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=91;TCF=23;TCR=68;TR=90;WE=73564997;WS=73564979;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr15	73566942	rs497539	G	A	13460.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=527;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=203;NR=119;PP=2965;SC=GGGGGTTTTAGTTTTTTTCCT;SOR=1.104;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=323;TCF=203;TCR=120;TR=322;WE=73566950;WS=73566932;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,511:1.00:511
chr15	73580950	.	CT	C	174.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.260;ClippingRankSum=0.000;DP=163;ExcessHet=3.0103;FS=0.934;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.07;MQRankSum=1.773;QD=1.40;ReadPosRankSum=0.316;SOR=0.520;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:97,28:0.22:125
chr15	73581444	rs489531	A	G	5211.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=106;NR=38;PP=2804;SC=GCTCAGTGGCATAGGGCACAT;SOR=1.634;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=144;TCF=106;TCR=38;TR=144;WE=73581452;WS=73581434;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,195:1.00:195
chr15	73590579	rs2292915	C	T	5166.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=107;NR=36;PP=2965;SC=TAGCACTGATCGCAAGTGCTA;SOR=1.948;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=143;TCF=107;TCR=36;TR=143;WE=73590587;WS=73590569;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,181:1.00:181
chr15	73614834	rs529004	T	C	4295.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=62;NR=44;PP=1956;SC=ATAGATTGGATGGCAGTTTGG;SOR=0.985;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=106;TCF=62;TCR=44;TR=106;WE=73614842;WS=73614824;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,161:1.00:161
chr15	73616635	rs481579	T	C	4029.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=47;NR=65;PP=1846;SC=ATGCACAGCCTGCCCAGGCCA;SOR=0.980;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=112;TCF=47;TCR=65;TR=112;WE=73616643;WS=73616625;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,156:1.00:156
chr15	73848808	rs922687	A	C	1224.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=3.339;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=32;PP=787;ReadPosRankSum=-1.462;SC=CCTTTGTTCAATTCTTTGTTT;SOR=0.793;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=71;TCF=11;TCR=60;TR=36;WE=73848816;WS=73848798;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,48:0.57:84
chr15	73884282	rs117241608	C	T	639.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.236;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=5;PP=452;ReadPosRankSum=-1.569;SC=CTCCCACCTTCCCAGGAGCTG;SOR=0.527;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=36;TCF=28;TCR=8;TR=22;WE=73884290;WS=73884272;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,26:0.65:40
chr15	73889752	rs200463196	G	GA	75.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.063;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FS=1.820;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.98;ReadPosRankSum=0.016;SOR=0.315;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:62,15:0.19:77
chr15	73982965	rs6495076	G	A	828.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-2.155;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.379;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=5;PP=593;ReadPosRankSum=-0.178;SC=TTTATCAGGAGCCCACTTTTC;SOR=1.116;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=72;TCF=58;TCR=14;TR=33;WE=73982973;WS=73982955;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,36:0.46:79
chr15	74000839	rs2291011	G	A	1823.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.879;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.92;ReadPosRankSum=-0.705;SOR=0.715;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:73,94:0.56:167
chr15	74032234	rs11857595	C	T	896.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.814;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.835;HP=1;HapScore=2;MGOF=29;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=1.451;NF=29;NR=9;PP=730;ReadPosRankSum=0.182;SC=ATGTGCCCACCGCCCCCGGCC;SOR=1.034;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=59;TCF=44;TCR=15;TR=38;WE=74032242;WS=74032224;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,38:0.67:57
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chr15	74180923	.	TTCC	T	3503.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.187;ClippingRankSum=0.000;DP=154;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=61.06;MQRankSum=0.489;QD=36.50;ReadPosRankSum=-1.096;SOR=1.305;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:3,93:0.97:96
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chr15	74219582	rs3825942	G	A	4442.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-1.633;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=493;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=80;NR=58;PP=1928;ReadPosRankSum=-2.501;SC=CGGCACGGGGGCTCCGCCTCC;SOR=0.687;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=291;TCF=167;TCR=124;TR=138;WE=74219590;WS=74219572;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:263,225:0.46:488
chr15	74234082	rs11638944	C	G	374.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=0.066;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.407;HP=5;HapScore=2;MGOF=31;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=5;PP=289;ReadPosRankSum=-0.604;SC=GCCCTGGAGTCCCCCCTGCCC;SOR=0.283;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=29;TCF=22;TCR=7;TR=17;WE=74234090;WS=74234072;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,17:0.55:31
chr15	74234171	rs8042181	A	G	1884.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=38;NR=16;PP=1203;SC=ATTCCAATGCAGAATGGAGTC;SOR=1.002;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=54;TCF=38;TCR=16;TR=54;WE=74234179;WS=74234161;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr15	74238734	rs2304720	T	C	1242.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=3.589;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.358;HP=8;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=27;PP=827;ReadPosRankSum=1.199;SC=CAACCCCCCCTCATCTCCCCC;SOR=1.048;SbPval=0.93;Source=Platypus;TC=117;TCF=56;TCR=61;TR=41;WE=74238742;WS=74238710;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,62:0.46:134
chr15	74239613	rs74026313	G	A	1078.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=6.835;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.569;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=34;PP=791;ReadPosRankSum=-0.403;SC=AAGGAGTTGGGGAGGCAAAGA;SOR=2.682;SbPval=0.94;Source=Platypus;TC=73;TCF=6;TCR=67;TR=35;WE=74239621;WS=74239603;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,39:0.48:81
chr15	74244278	rs8818	C	G	979.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=23;PP=654;SC=CCCACAGGCACGGAGGGGCAT;SOR=2.235;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=26;TCF=3;TCR=23;TR=26;WE=74244286;WS=74244268;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr15	74276551	rs9630436	T	C	3113.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.118;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FS=0.607;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.69;ReadPosRankSum=0.148;SOR=0.791;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:90,86:0.49:176
chr15	74276560	rs9630437	T	C	2920.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.170;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FS=0.665;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.72;ReadPosRankSum=-0.166;SOR=0.816;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:80,76:0.49:156
chr15	74277795	rs10851866	T	C	2527.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=31;NR=33;PP=1025;SC=CGGCCTCCACTGCCAGCTCCA;SOR=0.756;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=64;TCF=31;TCR=33;TR=64;WE=74277803;WS=74277785;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr15	74280867	rs11072460	T	G	789.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=3.719;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.746;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=3;PP=608;ReadPosRankSum=-0.056;SC=CTGACTCTTTTCTCAAAGTGA;SOR=1.598;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=43;TCF=38;TCR=5;TR=28;WE=74280875;WS=74280857;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,29:0.59:49
chr15	74281382	rs117291840	C	T	278.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=1.099;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.737;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=4;PP=173;ReadPosRankSum=0.511;SC=GGCTGAGGTCCTGGCACCACA;SOR=0.321;SbPval=0.26;Source=Platypus;TC=23;TCF=18;TCR=5;TR=12;WE=74281390;WS=74281372;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,13:0.46:28
chr15	74282833	rs3214695	G	GC	959.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.470;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.832;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=16;PP=571;ReadPosRankSum=0.114;SC=AACTGGACCTGCACGACAGCT;SOR=0.836;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=45;TCF=3;TCR=42;TR=16;WE=74282841;WS=74282823;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,34:0.37:91
chr15	74282880	rs3816197	C	T	418.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-2.581;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.931;HP=2;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=12;PP=235;ReadPosRankSum=0.047;SC=GTACCTTACGCCCACCTTCCC;SOR=0.346;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=41;TCF=10;TCR=31;TR=17;WE=74282888;WS=74282870;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,20:0.45:44
chr15	74284209	rs3816198	C	G	337.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.687;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.999;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=9;PP=199;ReadPosRankSum=-0.835;SC=ATAGGAGCAACGCTGGCTGGC;SOR=1.473;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=19;TCF=7;TCR=12;TR=13;WE=74284217;WS=74284199;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,15:0.71:21
chr15	74284406	rs2304715	C	G	1613.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.794;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=21;PP=849;ReadPosRankSum=0.274;SC=TCCCCCCCGGCTCCGCCGTGC;SOR=0.644;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=133;TCF=86;TCR=47;TR=58;WE=74284414;WS=74284396;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,75:0.46:163
chr15	74317043	rs2277599	T	C	573.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-2.624;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.754;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=4;PP=233;ReadPosRankSum=-1.311;SC=TCCTTCCAGCTGCCCCTCCAG;SOR=0.337;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=36;TCF=28;TCR=8;TR=17;WE=74317051;WS=74317033;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,27:0.55:49
chr15	74323604	rs80344031	T	A	3367.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.788;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=330;ExcessHet=3.0103;FS=2.365;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.24;ReadPosRankSum=-0.981;SOR=0.839;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:166,163:0.50:329
chr15	74325182	rs2304716	A	G	1150.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=34;PP=981;SC=GTGTTTGCTCAACGCCTTCTC;SOR=3.442;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=39;TCF=5;TCR=34;TR=39;WE=74325190;WS=74325172;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr15	74326711	rs2304718	G	A	1318.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=0.317;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.070;HP=3;HapScore=3;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=12;PP=1975;ReadPosRankSum=0.135;SC=CAGGGCATCCGTTTCCCCCAG;SOR=0.474;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=85;TCF=67;TCR=18;TR=51;WE=74326725;WS=74326701;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,58:0.64:90
chr15	74326717	rs77769571	C	T	757.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=3.778;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.963;HP=4;HapScore=3;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=6;PP=1318;ReadPosRankSum=0.004;SC=ATCCGTTTCCCCCAGCCGACT;SOR=0.975;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=91;TCF=71;TCR=20;TR=36;WE=74326725;WS=74326701;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,35:0.36:98
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chr15	74328141	rs743581	G	T	5404.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=2.087;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=498;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=78;NR=91;PP=2943;ReadPosRankSum=-1.746;SC=CTTGGAGCAGGTGTTCCCCCT;SOR=0.690;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=342;TCF=161;TCR=181;TR=169;WE=74328149;WS=74328131;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:242,250:0.51:492
chr15	74421336	rs80172572	C	A	5945.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=-0.945;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=576;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.522;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=88;NR=75;PP=2834;ReadPosRankSum=1.120;SC=CTGGCTGTCCCACCACAGGAT;SOR=0.637;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=313;TCF=175;TCR=138;TR=163;WE=74421344;WS=74421326;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:285,289:0.50:574
chr15	74466271	rs923118	G	T	304.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=0.919;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.672;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=10;PP=154;ReadPosRankSum=-1.506;SC=TTGGGCGCCCGTGGCCCTGCA;SOR=1.059;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=27;TCF=3;TCR=24;TR=11;WE=74466279;WS=74466261;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,15:0.43:35
chr15	74467796	rs11854957	C	T	8148.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=1.694;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=832;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.523;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=110;NR=143;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.102;SC=TGACCACGGCCGTGTCCATCC;SOR=0.626;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=533;TCF=220;TCR=313;TR=253;WE=74467804;WS=74467786;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:428,392:0.48:820
chr15	74467856	rs1052622	G	A	5946.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.567;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=556;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=74;NR=117;PP=2962;ReadPosRankSum=0.349;SC=TCAAGGGTACGCCGCTGAGCC;SOR=0.736;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=386;TCF=157;TCR=229;TR=191;WE=74467864;WS=74467846;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:271,280:0.51:551
chr15	74468494	rs3848160	C	T	1021.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-2.395;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.507;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=29;PP=624;ReadPosRankSum=2.131;SC=TAGCCCCACCCAGGGCTTCCC;SOR=1.236;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=69;TCF=19;TCR=50;TR=38;WE=74468502;WS=74468484;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,47:0.56:84
chr15	74472716	rs351242	G	A	1535.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.863;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.268;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=43;PP=931;ReadPosRankSum=0.215;SC=TCCCCTGCAGGCAGCACATGG;SOR=0.906;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=117;TCF=31;TCR=86;TR=57;WE=74472724;WS=74472706;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,71:0.49:145
chr15	74473073	rs12912578	A	G	319.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=3.106;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.771;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=0;PP=262;ReadPosRankSum=0.309;SC=CATCCTTCCTAGAAGAAGCTG;SOR=2.985;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=17;TCR=1;TR=12;WE=74473081;WS=74473063;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,12:0.67:18
chr15	74473302	rs12913041	A	G	3160.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.039;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=299;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.82;ReadPosRankSum=1.629;SOR=0.689;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:140,152:0.52:292
chr15	74477216	rs351238	G	A	521.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=4.725;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.814;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=0;PP=321;ReadPosRankSum=0.195;SC=AGCCCGGGCCGGCAGAGCCCT;SOR=2.897;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=51;TCF=47;TCR=4;TR=20;WE=74477224;WS=74477206;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,23:0.42:55
chr15	74477239	rs351237	G	A	850.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-2.926;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=8;PP=493;ReadPosRankSum=-0.525;SC=CCTCCCTCCAGGCCCAGGGCC;SOR=0.615;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=76;TCF=59;TCR=17;TR=33;WE=74477247;WS=74477229;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,39:0.46:85
chr15	74483415	rs351228	T	C	6275.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=240;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=84;NR=76;PP=2872;SC=ACAAGGATTCTGGGGAGCAGG;SOR=0.780;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=160;TCF=84;TCR=76;TR=160;WE=74483423;WS=74483405;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,238:1.00:238
chr15	74487846	rs971757	G	A	3898.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.821;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=401;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.362;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=78;NR=57;PP=2028;ReadPosRankSum=-0.714;SC=CCATGCTGGAGGGGCAGACAT;SOR=0.718;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=269;TCF=156;TCR=113;TR=135;WE=74487854;WS=74487836;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:207,192:0.48:399
chr15	74487969	rs971756	A	T	3624.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=2.947;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=395;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=66;PP=1870;ReadPosRankSum=0.343;SC=ACTAGTCTCAACTCTGTGATC;SOR=0.677;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=237;TCF=96;TCR=141;TR=114;WE=74487977;WS=74487959;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:214,176:0.45:390
chr15	74488238	rs35255788	T	C	164.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.519;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.756;HP=1;HapScore=4;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=1;PP=333;ReadPosRankSum=0.051;SC=GCCCATCTCATTGACAGCTGT;SOR=2.584;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=13;TCF=9;TCR=4;TR=7;WE=74488260;WS=74488236;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,7:0.54:13
chr15	74488252	rs34147822	T	C	201.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.597;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.752;HP=2;HapScore=4;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=7;NR=2;PP=333;ReadPosRankSum=-0.048;SC=CAGCTGTTCCTGTTACTCTCA;SOR=2.093;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=17;TCF=11;TCR=6;TR=9;WE=74488260;WS=74488236;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,9:0.53:17
chr15	74488424	rs11857410	G	A	1310.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.840;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.170;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=14;PP=625;ReadPosRankSum=-0.114;SC=AGGGAGCTCAGGAGGACCATG;SOR=0.821;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=118;TCF=75;TCR=43;TR=43;WE=74488432;WS=74488414;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:127,71:0.36:198
chr15	74489883	rs351218	A	G	1111.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=9;NR=26;PP=830;SC=CACTCATGTGACATCTTGGGG;SOR=2.012;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=35;TCF=9;TCR=26;TR=35;WE=74489891;WS=74489873;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr15	74494388	rs12912258	C	T	700.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-4.203;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.247;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=11;PP=377;ReadPosRankSum=-0.435;SC=AGTGGCAGAGCCAGACCTAGC;SOR=0.173;SbPval=0.22;Source=Platypus;TC=63;TCF=45;TCR=18;TR=29;WE=74494396;WS=74494378;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,35:0.51:68
chr15	74494684	rs34975666	GA	G	3300.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.220;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=422;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.740;HP=10;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=1.735;NF=23;NR=73;PP=1228;ReadPosRankSum=-0.755;SC=GCTTAAAAGAGAAAAAAAAAG;SOR=0.674;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=213;TCF=61;TCR=152;TR=96;WE=74494692;WS=74494674;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:203,204:0.50:407
chr15	74500105	rs12915846	G	A	2264.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.565;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.800;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=47;PP=1155;ReadPosRankSum=-0.961;SC=ATGCGGGCCCGTGAGCTTGGG;SOR=0.555;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=141;TCF=45;TCR=96;TR=70;WE=74500113;WS=74500095;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:94,106:0.53:200
chr15	74528985	rs351175	T	G	1621.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=27;NR=12;PP=909;SC=CAGGACTGATTCCTGATCACC;SOR=1.342;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=39;TCF=27;TCR=12;TR=39;WE=74528993;WS=74528975;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr15	74529130	rs11633321	T	G	2692.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=26;NR=39;PP=1346;SC=CGTCCCTCCTTCAAAGTCCTT;SOR=0.992;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=65;TCF=26;TCR=39;TR=65;WE=74529138;WS=74529120;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr15	74536285	rs67845844	CA	C	440.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.890;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.01;MQRankSum=-1.400;QD=7.60;ReadPosRankSum=0.912;SOR=0.646;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,38:0.66:58
chr15	74536400	rs10552820	TAAG	T	9854.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=22;NR=68;PP=2967;SC=TGTCTCCCTCTAAGAAGGAGA;SOR=0.817;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=95;TCF=23;TCR=72;TR=90;WE=74536410;WS=74536390;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,221:1.00:221
chr15	74558927	rs440793	A	G	2147.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=38;NR=24;PP=1140;SC=CCCTACTCTCAACAATGTCTC;SOR=1.075;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=62;TCF=38;TCR=24;TR=62;WE=74558935;WS=74558917;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr15	74560566	rs1038436	C	T	5615.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=104;NR=39;PP=2965;SC=ATTATCAGCTCGGAGCCCCAG;SOR=1.633;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=144;TCF=105;TCR=39;TR=143;WE=74560574;WS=74560556;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,201:1.00:201
chr15	74572242	rs351165	T	A	1924.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=44;NR=9;PP=1297;SC=CAAATATCTGTGTATGCCTTG;SOR=2.412;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=55;TCF=45;TCR=10;TR=53;WE=74572250;WS=74572232;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr15	74572917	rs351164	A	G	3857.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=94;NR=34;PP=2597;SC=GAAAGCAGGCAGCGGGAGACA;SOR=2.066;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=128;TCF=94;TCR=34;TR=128;WE=74572925;WS=74572907;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,143:1.00:143
chr15	74588024	rs1484212	T	C	665.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-0.293;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.994;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=5;PP=351;ReadPosRankSum=0.466;SC=GGGGTGTAGATGGTGTGCTTA;SOR=0.945;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=60;TCF=46;TCR=14;TR=26;WE=74588032;WS=74588014;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,32:0.43:75
chr15	74622365	rs2277601	C	T	467.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=2;PP=291;SC=AGGATCAAGTCATAACCACCC;SOR=2.584;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=11;TCR=2;TR=13;WE=74622373;WS=74622355;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr15	74622457	rs2277602	A	C	1697.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=21;NR=17;PP=714;SC=ACTGACTTTCAAGTGTAGATG;SOR=0.787;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=38;TCF=21;TCR=17;TR=38;WE=74622465;WS=74622447;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr15	74622678	rs1564782	G	A	784.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=7;NR=14;PP=376;SC=GGCAAAGCCAGTGAGGCCCAG;SOR=1.329;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=22;TCF=8;TCR=14;TR=21;WE=74622686;WS=74622668;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr15	74623272	rs2277605	G	A	7769.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.683;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=300;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=108;NR=76;PP=2965;ReadPosRankSum=3.171;SC=GGGCCAAGGTGGACTCCCAGG;SOR=0.932;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=186;TCF=110;TCR=76;TR=184;WE=74623280;WS=74623262;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,296:0.99:298
chr15	74623302	rs2277606	T	C	9298.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.823;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=351;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=26.64;ReadPosRankSum=-0.900;SOR=0.901;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,347:0.99:349
chr15	74627222	rs2279356	G	T	1453.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=40;NR=3;PP=1154;SC=TTTGCTTTCTGCCTGGACAGC;SOR=4.317;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=43;TCF=40;TCR=3;TR=43;WE=74627230;WS=74627212;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr15	74628242	rs900802	C	T	7624.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.906;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=292;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=126;NR=67;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.541;SC=GGGGTACTCACGCACCCCGCT;SOR=1.257;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=196;TCF=128;TCR=68;TR=193;WE=74628250;WS=74628232;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,285:0.99:287
chr15	74628891	rs2959003	A	G	1976.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=20;NR=42;PP=1318;SC=TATCATTGTGAAATACTCCAT;SOR=1.451;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=62;TCF=20;TCR=42;TR=62;WE=74628899;WS=74628881;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr15	74703929	rs741761	T	C	1210.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.366;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.037;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=11;PP=542;ReadPosRankSum=-0.928;SC=TGCAGCGGCCTTGGTCCCAGC;SOR=1.034;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=84;TCF=47;TCR=37;TR=33;WE=74703937;WS=74703919;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,59:0.42:139
chr15	74709566	rs2075590	T	G	575.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=3.082;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=5;PP=395;ReadPosRankSum=-0.981;SC=CTTTCCTGCATGGCCCCAGCG;SOR=0.627;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=48;TCF=39;TCR=9;TR=23;WE=74709574;WS=74709565;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,24:0.44:54
chr15	74709975	rs2075589	G	A	4853.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-1.455;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=467;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.761;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=84;PP=2136;ReadPosRankSum=-0.480;SC=TGAAGGGGGCGTAGCCTCTCA;SOR=0.546;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=296;TCF=123;TCR=173;TR=147;WE=74709983;WS=74709965;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:225,236:0.51:461
chr15	74710593	rs28362912	C	T	9980.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=375;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=119;NR=65;PP=2965;SC=CCCTCCATACCCCCTCCCCCA;SOR=1.062;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=185;TCF=120;TCR=65;TR=184;WE=74710601;WS=74710583;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,371:1.00:371
chr15	74742468	rs2289188	A	G	1203.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.666;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.626;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=23;PP=579;ReadPosRankSum=2.198;SC=CCTCAGCCATAACAGGAGTTC;SOR=0.767;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=98;TCF=42;TCR=56;TR=39;WE=74742476;WS=74742458;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,60:0.41:145
chr15	74749015	rs7166701	A	G	1111.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.036;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=18;PP=632;ReadPosRankSum=-0.124;SC=GATCAGATCTAAAAAAAGAAC;SOR=0.726;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=88;TCF=45;TCR=43;TR=36;WE=74749023;WS=74749005;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,57:0.40:142
chr15	74836316	rs8043032	A	G	1178.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.243;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.563;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.419;NF=42;NR=29;PP=1194;ReadPosRankSum=3.598;SC=AGCAGCAGCAACAACAGAAGC;SOR=0.627;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=156;TCF=97;TCR=59;TR=71;WE=74836324;WS=74836303;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:135,65:0.32:200
chr15	74865017	rs377466587	CA	C	179.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.054;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FS=8.198;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.15;MQRankSum=1.813;QD=1.29;ReadPosRankSum=0.454;SOR=0.186;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:107,32:0.23:139
chr15	74865440	rs10459648	C	T	351.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.607;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.442;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=5;PP=230;ReadPosRankSum=0.176;SC=GAATTTTTCACTGTGTGTTTT;SOR=0.269;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=22;TCF=10;TCR=12;TR=12;WE=74865448;WS=74865430;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,14:0.54:26
chr15	74883851	rs4886601	T	G	2533.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.495;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=251;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=41;PP=1108;ReadPosRankSum=-0.366;SC=ACTGGGGTTTTGGGGCAAGAG;SOR=0.711;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=142;TCF=61;TCR=81;TR=72;WE=74883859;WS=74883841;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:123,122:0.50:245
chr15	74888196	rs74781061	A	G	803.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.040;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.799;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-9.435;NF=7;NR=21;PP=470;ReadPosRankSum=-2.325;SC=CTCATCTCACAGAGCCCACGT;SOR=0.794;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=80;TCF=22;TCR=58;TR=28;WE=74888204;WS=74888186;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,39:0.37:105
chr15	74890354	rs3184088	G	A	986.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.700;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.464;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.850;NF=17;NR=13;PP=426;ReadPosRankSum=1.106;SC=GGGTAGCCTAGGCAGTGAGTA;SOR=0.412;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=70;TCF=44;TCR=26;TR=30;WE=74890362;WS=74890344;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,51:0.43:119
chr15	74914649	rs56298217	G	A	1922.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.015;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.141;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=35;PP=1121;ReadPosRankSum=-0.053;SC=TCTAGTGCGCGTGGTGCCTTA;SOR=0.580;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=149;TCF=70;TCR=79;TR=70;WE=74914657;WS=74914639;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:96,90:0.48:186
chr15	74919593	rs11629749	C	G	1448.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.631;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.356;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=26;PP=1088;ReadPosRankSum=0.604;SC=GGTGTGAGGACCTCTGGCAGT;SOR=0.748;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=131;TCF=68;TCR=63;TR=61;WE=74919601;WS=74919583;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,61:0.45:137
chr15	74925421	rs74814207	TT	GC	1015.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.113;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.543;HP=2;HapScore=2;JOINED;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=11;PP=628;ReadPosRankSum=-0.215;SC=AAGGCTGGCCTTCTTAAAGCT;SOR=0.132;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=27;TCF=3;TCR=24;TR=13;WE=74925430;WS=74925411;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,26:0.62:42
chr15	74933127	rs74394157	C	T	256.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-1.610;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.291;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=10;PP=202;ReadPosRankSum=-0.874;SC=CTCTGCAGAGCTCAAGTAGTG;SOR=1.765;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=20;TCF=4;TCR=16;TR=11;WE=74933135;WS=74933117;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,11:0.48:23
chr15	74948063	rs7497342	A	G	627.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=3.779;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.026;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=1;PP=330;ReadPosRankSum=-1.999;SC=GTGGGACCTGATGCAACTCAC;SOR=1.813;SbPval=0.99;Source=Platypus;TC=49;TCF=36;TCR=13;TR=17;WE=74948071;WS=74948053;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,27:0.45:60
chr15	75012987	rs1799814	G	T	3466.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.442;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=344;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.037;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=70;PP=1753;ReadPosRankSum=-0.398;SC=GCGGGCAATGGTCTCACCGAT;SOR=0.867;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=250;TCF=120;TCR=130;TR=122;WE=75012995;WS=75012977;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:166,171:0.51:337
chr15	75041917	rs762551	C	A	433.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-0.679;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=3;PP=285;ReadPosRankSum=0.735;SC=CTCTGTGGGCCCAGGACGCAT;SOR=0.922;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=30;TCF=24;TCR=6;TR=16;WE=75041925;WS=75041912;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,19:0.54:35
chr15	75044238	rs2472304	G	A	1124.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-0.393;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.451;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=36;PP=853;ReadPosRankSum=-0.620;SC=GAAGCCTTGAGACCCAGGTTG;SOR=1.158;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=92;TCF=16;TCR=76;TR=41;WE=75044246;WS=75044228;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,46:0.46:101
chr15	75047426	rs2470890	C	T	846.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.768;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.163;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=28;PP=579;ReadPosRankSum=0.939;SC=TCTCCATCAACTGAAGAAGAC;SOR=1.115;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=73;TCF=16;TCR=57;TR=35;WE=75047434;WS=75047416;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,40:0.43:93
chr15	75080872	rs2168519	T	C	349.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.221;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=5;PP=243;ReadPosRankSum=0.787;SC=TCAGCTGTAATTCCCGTGTTC;SOR=0.892;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=20;TCF=14;TCR=6;TR=16;WE=75080880;WS=75080862;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,16:0.73:22
chr15	75081078	rs2168518	G	A	1186.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=2.409;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.692;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=16;PP=531;ReadPosRankSum=-0.576;SC=GCCTCCAGCCGTCAGTCTCCC;SOR=0.598;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=74;TCF=39;TCR=35;TR=32;WE=75081086;WS=75081068;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,57:0.50:115
chr15	75094312	rs149938893	C	T	2498.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.418;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.372;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=41;PP=1148;ReadPosRankSum=-0.431;SC=CAGGATCTGACGCTGCTTCTT;SOR=0.527;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=133;TCF=60;TCR=73;TR=78;WE=75094320;WS=75094302;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:93,119:0.56:212
chr15	75114322	rs11636952	T	C	1273.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.616;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.722;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=35;PP=604;ReadPosRankSum=-0.012;SC=CAGAGAGGACTGGGCTGGGCC;SOR=0.793;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=98;TCF=31;TCR=67;TR=50;WE=75114330;WS=75114312;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,64:0.55:116
chr15	75115895	rs7162232	G	A	2186.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=3.335;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=240;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.990;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=31;PP=945;ReadPosRankSum=-2.938;SC=ACCACCCCCGGTTAGGGATGC;SOR=0.734;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=147;TCF=74;TCR=73;TR=60;WE=75115903;WS=75115885;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:129,109:0.46:238
chr15	75129594	rs2290573	G	A	2428.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.422;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=247;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.275;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=31;PP=1167;ReadPosRankSum=-1.280;SC=AGCTACGGGGGTGAGGGGGAC;SOR=0.379;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=180;TCF=112;TCR=68;TR=77;WE=75129602;WS=75129584;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:124,118:0.49:242
chr15	75130093	rs12898397	T	C	4466.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.040;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=446;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.100;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=64;PP=1816;ReadPosRankSum=2.925;SC=TGTGCCCACCTTGACCTGCTC;SOR=0.628;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=265;TCF=126;TCR=139;TR=120;WE=75130101;WS=75130083;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:224,218:0.49:442
chr15	75130573	rs2290572	A	G	1153.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-1.273;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.899;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=8;PP=528;ReadPosRankSum=1.943;SC=GGGTGGCCAGAGGCCCTGTGG;SOR=0.559;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=57;TCF=43;TCR=14;TR=32;WE=75130581;WS=75130563;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,50:0.60:83
chr15	75131661	rs4886615	A	G	2587.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.050;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=271;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.046;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=52;PP=1245;ReadPosRankSum=-1.303;SC=GTGATAAGGCAGCTGCTGAAT;SOR=0.841;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=173;TCF=71;TCR=102;TR=84;WE=75131669;WS=75131651;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:141,129:0.48:270
chr15	75131959	rs936227	A	G	762.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=2.386;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.701;HP=5;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=20;PP=498;ReadPosRankSum=1.275;SC=GGTGCGCAAAAAAGTCCTGGA;SOR=1.276;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=53;TCF=19;TCR=34;TR=27;WE=75131967;WS=75131949;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,35:0.47:75
chr15	75132490	rs12908814	C	G	2273.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.544;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=288;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.473;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=34;PP=1272;ReadPosRankSum=0.296;SC=ATACTCCAGTCTCTGCAGGTC;SOR=0.815;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=221;TCF=134;TCR=87;TR=91;WE=75132498;WS=75132480;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:169,115:0.40:284
chr15	75135447	rs2290574	T	C	1659.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.197;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FS=3.404;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.22;ReadPosRankSum=-0.318;SOR=0.954;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:95,85:0.47:180
chr15	75140854	rs3765066	G	A	165.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=0.767;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.696;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=2;PP=80;ReadPosRankSum=-0.179;SC=GGGCACTGGCGGGGCTCTGTG;SOR=0.136;SbPval=0.19;Source=Platypus;TC=20;TCF=18;TCR=2;TR=8;WE=75140862;WS=75140846;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,9:0.39:23
chr15	75142761	rs2305668	T	G	1370.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.487;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.430;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=11;PP=783;ReadPosRankSum=-0.592;SC=TATTCTGCTCTAAGACTCAGA;SOR=1.005;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=109;TCF=81;TCR=28;TR=53;WE=75142769;WS=75142751;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,67:0.50:134
chr15	75183935	rs11638130	G	A	1455.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.412;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.622;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=33;PP=806;ReadPosRankSum=-1.082;SC=AGGACAGAGTGCGGTGCAGAG;SOR=0.618;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=101;TCF=38;TCR=63;TR=53;WE=75183943;WS=75183925;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,72:0.50:145
chr15	75185670	rs7495739	A	G	2522.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.551;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=328;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.851;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=46;PP=1260;ReadPosRankSum=-0.376;SC=AGGTGGACACAGTTATATTCC;SOR=0.758;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=215;TCF=109;TCR=106;TR=96;WE=75185678;WS=75185660;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:189,135:0.42:324
chr15	75189930	rs1130741	A	G	3876.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.746;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=397;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.375;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=49;PP=1629;ReadPosRankSum=-1.571;SC=AGGGGACAGTAATAGCCAGCA;SOR=0.808;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=241;TCF=123;TCR=118;TR=110;WE=75189938;WS=75189920;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:203,192:0.49:395
chr15	75310075	rs12593566	C	A	4583.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=66;NR=32;PP=1990;SC=GAACTAACCCCTTCTGACCTC;SOR=1.227;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=98;TCF=66;TCR=32;TR=98;WE=75310083;WS=75310065;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,169:1.00:169
chr15	75311036	rs2289583	C	A	681.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.320;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=14;PP=482;ReadPosRankSum=0.214;SC=GGGGAGGGAGCACTGTTTTTT;SOR=0.705;Source=Platypus;TCF=20;TR=26;WS=75311026;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,29:0.59:49
chr15	75336729	rs2304899	A	G	18241.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=1.303;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=709;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=197;NR=197;PP=2965;ReadPosRankSum=1.715;SC=TCTGCCAGATATGGAAGAGCC;SOR=0.708;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=401;TCF=201;TCR=200;TR=394;WE=75336737;WS=75336719;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:8,693:0.99:701
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chr15	75499602	rs12591506	C	A	18432.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=655;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=196;NR=253;PP=2965;SC=GAACAATGTGCGGGCTGTGCC;SOR=0.891;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=452;TCF=199;TCR=253;TR=449;WE=75499610;WS=75499592;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,651:1.00:651
chr15	75499619	rs11072531	T	C	15857.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=584;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=184;NR=228;PP=2965;SC=TGCCACAGCCTGGTGCCTTCC;SOR=0.864;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=412;TCF=184;TCR=228;TR=412;WE=75499627;WS=75499609;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,580:1.00:580
chr15	75499861	rs11072532	G	A	16372.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=666;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=205;NR=205;PP=2965;SC=CAGAAGGAGGGCGCAAGGCCA;SOR=0.725;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=423;TCF=218;TCR=205;TR=410;WE=75499869;WS=75499851;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,644:1.00:644
chr15	75499995	rs28509789	T	G	6209.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.555;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=547;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=89;NR=111;PP=2962;ReadPosRankSum=1.730;SC=TGAGCCTGACTCAGCCCCAGC;SOR=0.732;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=357;TCF=158;TCR=199;TR=200;WE=75500003;WS=75499985;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:252,288:0.53:540
chr15	75503147	rs3743211	G	A	6711.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=251;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=103;NR=63;PP=2965;SC=GTGGCCAGAGGTGAGCCAGAG;SOR=1.115;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=166;TCF=103;TCR=63;TR=166;WE=75503155;WS=75503137;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,246:1.00:246
chr15	75518241	rs1994639	G	C	466.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=51.66;QD=42.43;SOR=1.270;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr15	75518246	rs1994640	A	G	515.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=53.03;QD=39.67;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr15	75521833	rs6495165	G	C	4035.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=59;NR=32;PP=2260;SC=TCCCCCTGGGGAGGTGAAAAG;SOR=1.187;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=91;TCF=59;TCR=32;TR=91;WE=75521841;WS=75521823;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,141:1.00:141
chr15	75524729	.	A	G	2690.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.718;ClippingRankSum=0.000;DP=244;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.480;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=29;PP=1144;ReadPosRankSum=-0.944;SC=CTGGTGGTGGATGATCTTACG;SOR=0.436;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=157;TCF=103;TCR=54;TR=77;WE=75524737;WS=75524719;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:107,126:0.54:233
chr15	75594160	rs4886678	A	G	1319.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.32;QD=42.57;SOR=3.056;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr15	75594160	.	ACG	GCA	1158	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;FR=1.0000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MMLQ=28;MQ=59.68;NF=3;NR=20;PP=1158;QD=52.6725162984;SC=CTGGGGCTGTACGCTGGACTT;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=26;TCF=4;TCR=22;TR=23;WE=75594170;WS=75594150;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:3,23:0.88:26
chr15	75594162	rs4886679	G	A	1319.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.25;QD=47.13;SOR=3.258;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr15	75630562	rs143588533	C	T	1840.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-2.036;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.181;HP=4;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-3.329;NF=22;NR=49;PP=1098;ReadPosRankSum=-0.332;SC=TTCTCTGGGGCTAGGGCCTCA;SOR=0.823;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=151;TCF=48;TCR=103;TR=71;WE=75630570;WS=75630552;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:106,88:0.45:194
chr15	75630635	rs7166436	A	T	350.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-4.651;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.637;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-2.633;NF=1;NR=13;PP=241;ReadPosRankSum=0.079;SC=GCTCTGAGCCAGTCCCCAGGA;SOR=0.129;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=38;TCF=1;TCR=37;TR=14;WE=75630643;WS=75630625;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,16:0.37:43
chr15	75631223	rs34786833	G	A	667.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.276;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=9;PP=331;ReadPosRankSum=-0.459;SC=AGCAGTGCCTGTGGCTCCAGG;SOR=0.770;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=58;TCF=37;TCR=21;TR=26;WE=75631231;WS=75631213;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,33:0.49:67
chr15	75643615	.	CTTTT	C	166.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.040;ClippingRankSum=0.000;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=8.141;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.81;ReadPosRankSum=2.658;SOR=1.447;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,7:0.41:17
chr15	75648617	rs5745935	G	A	3040.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-0.054;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=246;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.474;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=51;PP=1324;ReadPosRankSum=2.213;SC=TCGGAACCCCGTCCCCAGCAC;SOR=0.732;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=133;TCF=51;TCR=82;TR=85;WE=75648625;WS=75648607;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:99,147:0.60:246
chr15	75653378	rs7174408	T	C	2561.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=58;NR=18;PP=1612;SC=AGCCAAGGCCTGGCCTGACCT;SOR=1.981;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=77;TCF=59;TCR=18;TR=76;WE=75653386;WS=75653368;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr15	75656147	.	C	CA	122.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.837;ClippingRankSum=0.000;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=1.913;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.61;ReadPosRankSum=-1.118;SOR=0.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,16:0.34:47
chr15	75692303	rs4886699	A	C	13559.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.652;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=526;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=197;NR=139;PP=2965;ReadPosRankSum=0.460;SC=CATCTTAATAACCCTCAGAGA;SOR=0.952;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=336;TCF=197;TCR=139;TR=336;WE=75692311;WS=75692293;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,518:1.00:520
chr15	75699523	rs8024276	G	A	2259.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.836;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.525;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=47;PP=1127;ReadPosRankSum=-0.386;SC=GATTCAACGAGTGGTTTTCTC;SOR=0.620;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=137;TCF=48;TCR=89;TR=74;WE=75699531;WS=75699513;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:94,112:0.54:206
chr15	75816458	rs66583490	TA	T	311.92	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.994;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=1.983;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.17;ReadPosRankSum=-0.905;SOR=0.330;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,28:0.82:34
chr15	75816649	rs12904319	A	C	1231.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-0.028;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.408;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=29;PP=677;ReadPosRankSum=0.360;SC=CCTAAAAAGGAAGCACAGCAA;SOR=0.537;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=101;TCF=39;TCR=62;TR=49;WE=75816657;WS=75816639;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,61:0.47:131
chr15	75909803	rs11547316	A	G	3335.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.095;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=396;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.47;ReadPosRankSum=1.132;SOR=0.714;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:215,179:0.45:394
chr15	75916931	rs4886719	T	G	1388.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=47.89;SOR=2.226;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr15	75916940	rs4886720	T	G	1544.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=38.62;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr15	75932129	rs13737	G	T	5909.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.594;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=86;NR=75;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.957;SC=CAAAGGCCACGGCAGCCTGAA;SOR=0.542;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=164;TCF=88;TCR=76;TR=161;WE=75932137;WS=75932119;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:5,209:0.98:214
chr15	75967814	rs1127646	A	G	76.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-0.921;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=1;PP=38;ReadPosRankSum=-0.303;SC=AGACAGCACCAGGCATGGAAG;SOR=0.693;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=10;TCF=8;TCR=2;TR=5;WE=75967822;WS=75967804;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,5:0.50:10
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chr15	75970070	rs8023621	C	T	2317.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.543;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.689;HP=5;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=24;PP=983;ReadPosRankSum=-0.092;SC=GTGGCTGGGGCGCTGGGGACA;SOR=0.851;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=135;TCF=84;TCR=51;TR=67;WE=75970078;WS=75970060;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:104,111:0.52:215
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chr15	76017452	rs55905564	C	T	4969.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=1.439;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=555;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=88;NR=61;PP=2155;ReadPosRankSum=-2.649;SC=CTTACAGGTCCGGGGCCCGCC;SOR=0.667;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=353;TCF=207;TCR=146;TR=149;WE=76017460;WS=76017442;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:303,242:0.44:545
chr15	76030993	rs12904654	A	G	938.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=1.145;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.711;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=15;PP=344;ReadPosRankSum=-1.493;SC=CGCCCACCCTAAGGCCCCGCC;SOR=0.354;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=33;TCF=5;TCR=28;TR=17;WE=76031001;WS=76030983;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,28:0.54:52
chr15	76031008	rs7181595	C	T	883.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-1.085;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.530;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=14;PP=319;ReadPosRankSum=-0.860;SC=CCCGCCCCAGCCCAGTGCCAG;SOR=0.317;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=33;TCF=6;TCR=27;TR=16;WE=76031016;WS=76030998;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,26:0.50:52
chr15	76067911	rs12101948	A	G	1264.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-2.763;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.428;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=21;PP=635;ReadPosRankSum=-0.313;SC=CAGGTGCCTGATACGTGACTG;SOR=0.523;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=105;TCF=62;TCR=43;TR=51;WE=76067919;WS=76067901;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,64:0.50:128
chr15	76067987	rs34243492	A	G	2036.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.605;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=247;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=37;PP=930;ReadPosRankSum=0.886;SC=GAAGAAACTCAACAGAGTAAA;SOR=0.723;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=160;TCF=75;TCR=85;TR=69;WE=76067995;WS=76067977;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:130,109:0.46:239
chr15	76074518	rs3991352	T	G	1312.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=1.551;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=12.108;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-5.527;NF=29;NR=27;PP=911;ReadPosRankSum=-2.148;SC=ACACAGGTGATGCTTTGCAGA;SOR=0.172;SbPval=0.22;Source=Platypus;TC=94;TCF=57;TCR=37;TR=56;WE=76074526;WS=76074508;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,57:0.58:99
chr15	76075437	rs62028907	G	A	516.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.405;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=13;PP=290;ReadPosRankSum=-1.158;SC=AAGACGCTACGGGAGCAGGGT;SOR=0.756;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=34;TCF=9;TCR=25;TR=17;WE=76075445;WS=76075427;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,23:0.55:42
chr15	76075943	rs11852472	C	A	1169.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.596;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FS=0.735;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.25;ReadPosRankSum=-1.582;SOR=0.782;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:46,58:0.56:104
chr15	76084875	rs12708521	C	T	3346.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.614;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=359;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.160;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.192;NF=62;NR=39;PP=1432;ReadPosRankSum=1.383;SC=TGGTCTTGGGCGTGAGACCAA;SOR=0.973;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=215;TCF=123;TCR=92;TR=101;WE=76084883;WS=76084865;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:189,165:0.47:354
chr15	76136194	rs2047866	C	T	680.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=1.672;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=20;PP=451;ReadPosRankSum=-0.090;SC=CACGGTGAGGCGCCCGGCCGC;SOR=0.755;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=66;TCF=26;TCR=40;TR=33;WE=76136202;WS=76136184;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,36:0.46:78
chr15	76168406	rs66475371	C	CA	236.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.338;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=2.963;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.27;ReadPosRankSum=1.001;SOR=0.148;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,17:0.81:21
chr15	76175828	rs1868020	G	A	1674.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=19;NR=24;PP=843;SC=TTTTTTATAGGGACGAGATCT;SOR=0.790;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=43;TCF=19;TCR=24;TR=43;WE=76175836;WS=76175818;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr15	76182949	rs335713	C	T	1346.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=9;NR=30;PP=859;SC=TTTAAAATAGCGTCTACTTTC;SOR=2.352;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=40;TCF=10;TCR=30;TR=39;WE=76182957;WS=76182939;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr15	76183191	rs62028936	T	A	1221.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.057;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FS=0.656;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.62;ReadPosRankSum=1.755;SOR=0.788;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:63,64:0.50:127
chr15	76189624	rs335692	A	G	529.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=8;PP=222;SC=CTGTCACCCCAGCTGGAGTGC;SOR=0.874;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=15;TCF=7;TCR=8;TR=15;WE=76189632;WS=76189614;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr15	76191644	rs28607641	A	T	95.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.712;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=47;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=1;PP=66;ReadPosRankSum=1.068;SC=ATATATATATATTTTTTACGG;SOR=0.527;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=7;TCF=6;TCR=1;TR=5;WE=76191652;WS=76191634;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,5:0.71:7
chr15	76191743	.	C	CT	53.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.435;ClippingRankSum=0.000;DP=117;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.47;ReadPosRankSum=1.249;SOR=0.662;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:94,20:0.18:114
chr15	76191802	rs335689	G	A	7371.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=286;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=92;NR=69;PP=2884;SC=ATGGCTAAATGTGTTGACTGT;SOR=0.843;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=162;TCF=92;TCR=70;TR=161;WE=76191810;WS=76191792;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,284:1.00:284
chr15	76191852	rs335688	T	C	7749.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=294;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=77;NR=89;PP=2965;SC=AAAATCTTTCTAACATGCAGA;SOR=0.785;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=168;TCF=79;TCR=89;TR=166;WE=76191860;WS=76191842;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,293:1.00:293
chr15	76191966	rs335687	T	C	1447.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=38;PP=963;SC=TTACAGCCTTTGCATTTTGCT;SOR=2.833;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=46;TCF=8;TCR=38;TR=46;WE=76191974;WS=76191956;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr15	76197071	rs3073843	A	ATCT	2415.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=29;PP=1714;SC=TTAAAGGAACATCTCGTTCCG;SOR=1.262;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=34;TCF=2;TCR=32;TR=31;WE=76197079;WS=76197061;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr15	76222140	rs335679	G	T	1160.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.912;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=6;PP=853;ReadPosRankSum=-0.604;SC=TGGAGTGCAAGTCAGTAACAT;SOR=1.755;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=39;TCF=33;TCR=6;TR=38;WE=76222148;WS=76222135;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,41:0.98:42
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chr15	76251344	rs11638364	C	T	99.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=1.131;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.671;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=0;PP=46;ReadPosRankSum=-0.194;SC=TTTTTAGAGACAGGGTCTTGC;SOR=2.110;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=18;TCR=4;TR=6;WE=76251352;WS=76251334;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,6:0.27:22
chr15	76251452	rs12913434	A	G	868.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-0.393;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.476;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=13;PP=365;ReadPosRankSum=0.624;SC=CCTCCCAAGCAGCTAGGACTA;SOR=0.842;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=63;TCF=33;TCR=30;TR=30;WE=76251460;WS=76251442;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,49:0.42:117
chr15	76510073	rs1533600	G	A	625.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=19;PP=460;SC=CTTGTGCAAAGTATCAATTAC;SOR=3.352;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=21;TCF=2;TCR=19;TR=21;WE=76510081;WS=76510063;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr15	76518346	rs11281932	C	CCCTTA	1430.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=19;PP=1154;SC=ATTTTAACTTCCAATATATTA;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=25;TCF=0;TCR=25;TR=19;WE=76518354;WS=76518336;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr15	76584686	rs3215000	T	TA	961.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=20;NR=7;PP=1083;SC=ATTGGCTACATAAACAGTCTG;SOR=2.899;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=29;TCF=21;TCR=8;TR=27;WE=76584694;WS=76584676;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr15	76584755	rs138629105	A	G	1220.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.211;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.473;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=17;PP=620;ReadPosRankSum=0.974;SC=CAGATTCCACATTCTCAACCT;SOR=0.855;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=85;TCF=54;TCR=31;TR=47;WE=76584763;WS=76584745;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,61:0.51:119
chr15	76630303	rs4636879	T	C	11758.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=0.020;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=470;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=106;NR=165;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.377;SC=AGCGGGACTATGTCAGGTGAG;SOR=0.657;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=276;TCF=108;TCR=168;TR=271;WE=76630311;WS=76630293;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:5,462:0.99:467
chr15	76632907	rs7180257	A	G	8065.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=299;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=70;NR=123;PP=2965;SC=GACGGTGAGCAGCCGCTGGGC;SOR=1.144;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=193;TCF=70;TCR=123;TR=193;WE=76632915;WS=76632897;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,296:1.00:296
chr15	76673627	rs17460201	T	C	868.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=20;NR=4;PP=624;SC=TTATTCCTTATGCCCCAATTC;SOR=2.303;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=20;TCR=4;TR=24;WE=76673635;WS=76673617;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr15	76957958	rs280021	A	G	245.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=6;NR=3;PP=171;SC=ACATCACTAAAAGTTTTTCTT;SOR=1.402;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=6;TCR=3;TR=9;WE=76957966;WS=76957948;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr15	77064389	rs66496622	TGAA	T	1299.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=23;PP=1109;SC=CTATTAACTATGAAGAAGAAG;SOR=3.407;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=1;TCR=28;TR=24;WE=77064399;WS=77064379;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr15	77085740	rs3102707	C	A	685.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=15;PP=408;SC=TCACTGGAAACAACAAGGCAG;SOR=1.893;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=5;TCR=15;TR=20;WE=77085748;WS=77085730;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr15	77231158	rs4886841	C	T	7811.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=300;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=78;NR=115;PP=2965;SC=TAACTTTGGGCAAGTTATTAA;SOR=0.965;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=194;TCF=78;TCR=116;TR=193;WE=77231166;WS=77231148;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,296:1.00:296
chr15	77234101	.	C	CT	74.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.083;ClippingRankSum=0.000;DP=142;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.56;ReadPosRankSum=-0.585;SOR=0.621;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:111,23:0.17:134
chr15	77241568	rs1711018	T	C	3703.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=35;NR=70;PP=1664;SC=CTTTAATCTCTGAGCCTGTCT;SOR=1.324;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=105;TCF=35;TCR=70;TR=105;WE=77241576;WS=77241558;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,147:1.00:147
chr15	77308387	rs7173067	G	A	5876.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=224;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=61;NR=73;PP=2636;SC=ATAAGGACAGGAGAAGGGTTC;SOR=0.776;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=134;TCF=61;TCR=73;TR=134;WE=77308395;WS=77308377;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,223:1.00:223
chr15	77308463	rs143940023	A	G	1069.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=3.477;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.830;HP=1;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=28;PP=697;ReadPosRankSum=2.188;SC=TCAGGAAGGAATGACAGGTCC;SOR=1.181;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=89;TCF=31;TCR=58;TR=39;WE=77308471;WS=77308453;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,50:0.45:112
chr15	77310345	rs12900395	C	G	1887.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=37;NR=14;PP=1178;SC=AAAGCCAGGTCTGGAGTCCCA;SOR=1.721;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=51;TCF=37;TCR=14;TR=51;WE=77310353;WS=77310335;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr15	77310636	rs3812911	G	C	4161.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.368;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=63;PP=2394;ReadPosRankSum=1.182;SC=GAAGCAGGTGGCTTCCGCTCG;SOR=0.323;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=115;TCF=51;TCR=64;TR=114;WE=77310644;WS=77310626;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,150:0.99:151
chr15	77322029	rs3935339	C	T	476.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=3.168;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=17;PP=348;ReadPosRankSum=-1.008;SC=CAATCATGGGCGCGGCGCTCT;SOR=0.446;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=35;TCF=4;TCR=31;TR=20;WE=77322037;WS=77322019;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,21:0.51:41
chr15	77323009	rs2469237	T	C	4916.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=42;NR=59;PP=1669;SC=GGGGCCCAAGTGAGGCAGTTG;SOR=0.896;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=101;TCF=42;TCR=59;TR=101;WE=77323017;WS=77322999;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,192:1.00:192
chr15	77323029	rs12903227	C	A	1537.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-1.182;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.593;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=30;PP=674;ReadPosRankSum=1.981;SC=GGGGAAGGTACCTGTTACTCA;SOR=0.799;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=89;TCF=34;TCR=55;TR=47;WE=77323037;WS=77323019;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,79:0.50:158
chr15	77324734	rs149195362	C	T	3951.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.388;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=437;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=67;NR=62;PP=1806;ReadPosRankSum=1.236;SC=CAGAGCCCCCCGGTGAGGTCC;SOR=0.706;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=261;TCF=132;TCR=129;TR=129;WE=77324742;WS=77324718;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:232,201:0.46:433
chr15	77324880	rs4078354	A	G	2273.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.359;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.489;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=37;PP=1069;ReadPosRankSum=-0.382;SC=GGTTGTGGGGAGTTGGGTCCC;SOR=0.653;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=132;TCF=56;TCR=76;TR=64;WE=77324888;WS=77324870;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:115,108:0.48:223
chr15	77328108	rs11373069	G	GA	2662.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=15;NR=33;PP=1913;SC=AGTGTCCCCAGAAGGGGAGGG;SOR=0.693;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=50;TCF=15;TCR=35;TR=48;WE=77328116;WS=77328098;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr15	77344793	rs11737	T	A	3368.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.122;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=350;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.392;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=61;PP=1613;ReadPosRankSum=1.652;SC=GCTTCTTCACTACTAGAGCCT;SOR=0.734;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=203;TCF=84;TCR=119;TR=105;WE=77344801;WS=77344783;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:179,165:0.48:344
chr15	77363451	rs11072641	T	C	177.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-3.459;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.690;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=8;PP=97;ReadPosRankSum=0.859;SC=CCCCAGCAAGTGCCTCGCTCC;SOR=0.061;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=19;TCF=2;TCR=17;TR=10;WE=77363459;WS=77363441;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,10:0.48:21
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chr15	77407114	rs1867780	C	G	2032.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.256;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FS=7.425;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.07;ReadPosRankSum=-2.902;SOR=0.933;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:122,102:0.46:224
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chr15	77907139	rs61737308	C	T	4652.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.683;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=299;ExcessHet=3.0103;FS=1.978;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.93;ReadPosRankSum=1.068;SOR=0.816;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:168,124:0.42:292
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chr15	77907775	rs2271397	T	C	14166.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=417;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=34.22;SOR=0.732;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,414:1.00:414
chr15	77907775	.	TAGGATAACG	CAGGATAACA,CAGGATAACG	2036	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.49;FR=0.5000,0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=62,132;NR=62,129;PP=2036,1893;QD=16.8505473779;SC=TGTAGTCCAGTAGGATAACGA;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=262;TCF=132;TCR=130;TR=124,261;WE=77907792;WS=77907765;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.47:262
chr15	77907784	rs2271398	G	A	3622.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.654;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=415;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.77;ReadPosRankSum=-0.319;SOR=0.720;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:234,179:0.43:413
chr15	78189075	rs4569232	G	A	3072.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.733;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=333;ExcessHet=3.0103;FS=1.796;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.30;MQRankSum=-0.939;QD=9.23;ReadPosRankSum=0.701;SOR=0.796;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:180,153:0.46:333
chr15	78189084	rs4243062	T	C	11091.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=318;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=55.58;QD=34.88;SOR=0.840;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,318:1.00:318
chr15	78189206	rs4886959	C	T	1158.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.419;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.303;NF=14;NR=22;ReadPosRankSum=-0.419;SC=CCAGGAACACCGCCTGGGCCT;SOR=0.656;Source=Platypus;TCF=23;TR=36;WE=78189214;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,53:0.56:95
chr15	78189268	rs11630652	A	T	653.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.208;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-3.131;NF=13;NR=15;PP=472;ReadPosRankSum=0.069;SC=AAGACCTCAGAGTCAATGGCC;SOR=0.648;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=46;TCF=20;TCR=26;TR=28;WE=78189276;WS=78189258;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,30:0.48:63
chr15	78189370	rs4441238	A	C	3404.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=48;NR=37;PP=1712;SC=ATGCCTATGGACATTATGAAG;SOR=0.895;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=85;TCF=48;TCR=37;TR=85;WE=78189378;WS=78189360;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chr15	78196212	rs7178928	A	G	229.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=8;NR=0;PP=175;SC=CAGGGCCAGGAAGGAAGGGGT;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=8;TCR=0;TR=8;WE=78196220;WS=78196202;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr15	78207762	rs57642131	C	A	1189.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.555;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.76;MQRankSum=-5.478;QD=14.51;ReadPosRankSum=2.455;SOR=0.749;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:49,33:0.40:82
chr15	78207864	rs66955965	C	A	449.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.137;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-1.427;NF=27;NR=9;PP=596;ReadPosRankSum=-1.181;SC=CAAGGGGCAACACCAGCTCTT;SOR=0.735;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=87;TCF=57;TCR=30;TR=36;WE=78207872;WS=78207854;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,28:0.32:87
chr15	78207914	rs67793790	T	C	516.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.782;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FS=2.239;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.23;MQRankSum=-3.364;QD=5.07;ReadPosRankSum=-0.285;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:70,32:0.31:102
chr15	78207974	rs71400903	T	C	764.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.116;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.663;HP=1;HapScore=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-5.837;NF=11;NR=30;PP=758;ReadPosRankSum=0.987;SC=AGATGTTGCATGCCCTACCTT;SOR=0.328;SbPval=0.19;Source=Platypus;TC=89;TCF=17;TCR=72;TR=41;WE=78207982;WS=78207964;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,48:0.40:119
chr15	78208021	rs58158543	T	C	2132.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.322;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.595;HP=1;HapScore=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-4.295;NF=25;NR=43;PP=1501;ReadPosRankSum=-0.143;SC=TGATGACATCTTCCATCTCCT;SOR=0.527;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=137;TCF=47;TCR=90;TR=68;WE=78208029;WS=78208011;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,98:0.53:186
chr15	78208141	rs58331113	C	T	2448.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.520;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.618;HP=3;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-2.982;NF=31;NR=48;PP=1248;ReadPosRankSum=0.545;SC=TGCAGCTCCCCGTGCCCATGC;SOR=1.066;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=152;TCF=67;TCR=85;TR=79;WE=78208149;WS=78208131;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:100,117:0.54:217
chr15	78208236	rs76380402	A	G	494.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.888;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FS=31.825;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.85;MQRankSum=-7.986;QD=3.69;ReadPosRankSum=-0.425;SOR=3.146;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:113,21:0.16:134
chr15	78208239	rs74587726	T	C	459.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.601;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FS=29.076;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.63;MQRankSum=-6.985;QD=3.36;ReadPosRankSum=-0.719;SOR=3.042;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:117,20:0.15:137
chr15	78211339	rs71400918	T	C	2040.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.399;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FS=0.704;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.85;MQRankSum=-1.231;QD=17.15;ReadPosRankSum=-0.158;SOR=0.818;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:65,54:0.45:119
chr15	78211344	rs144363575	C	T	2078.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.368;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FS=1.423;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.95;MQRankSum=-1.263;QD=15.99;ReadPosRankSum=0.213;SOR=0.852;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:72,58:0.45:130
chr15	78211345	rs12592294	A	G	4400.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.811;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=58;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=-0.315;NF=53;NR=29;PP=1036;ReadPosRankSum=-0.066;SC=CTCCTGTAGCATCTTCTGCTG;SOR=1.152;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=89;TCF=55;TCR=34;TR=82;WE=78211353;WS=78211329;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,129:0.98:131
chr15	78211411	.	GCCTCCTGCTCTCGGAGCATCT	G	2912.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.053;ClippingRankSum=0.000;DP=239;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.712;HP=3;HapScore=2;MGOF=31;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.159;NF=9;NR=26;PP=2964;ReadPosRankSum=1.599;SC=CACCCTCTGCGCCTCCTGCTC;SOR=0.993;SbPval=0.19;Source=Platypus;TC=78;TCF=14;TCR=64;TR=35;WE=78211439;WS=78211401;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:134,87:0.39:221
chr15	78211471	rs67630434	C	T	1672.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.379;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FS=1.863;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.32;MQRankSum=-3.279;QD=9.61;ReadPosRankSum=-0.014;SOR=0.847;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:91,83:0.48:174
chr15	78232240	rs12907147	G	C	2236.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.049;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=297;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.214;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=46;PP=986;ReadPosRankSum=0.386;SC=GTGGGTCCAGGGTGGCCCTGG;SOR=0.896;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=184;TCF=83;TCR=101;TR=79;WE=78232248;WS=78232230;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:176,120:0.41:296
chr15	78235104	rs60257193	T	G	6346.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.217;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=617;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-1.408;NF=81;NR=100;PP=2836;ReadPosRankSum=1.059;SC=AGGGAGGGAGTCAGGTAATCA;SOR=0.719;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=356;TCF=161;TCR=195;TR=181;WE=78235112;WS=78235094;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:306,308:0.50:614
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chr15	78269731	rs11852862	G	T	1636.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=56.46;QD=44.24;SOR=0.984;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
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chr15	78276660	rs12916320	A	G	4141.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=42;NR=38;PP=1563;SC=AAGGGGGTGTATGAGAACCAG;SOR=0.732;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=80;TCF=42;TCR=38;TR=80;WE=78276668;WS=78276650;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,157:1.00:157
chr15	78310306	.	G	GA	46.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.430;ClippingRankSum=0.000;DP=214;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.05;MQRankSum=2.193;QD=0.27;ReadPosRankSum=-1.081;SOR=0.725;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:144,26:0.15:170
chr15	78337225	rs4886995	G	A	2096.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.163;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.664;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=21;PP=958;ReadPosRankSum=-0.255;SC=TTCATATGCTGCTTTCTAAAG;SOR=0.830;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=131;TCF=85;TCR=46;TR=62;WE=78337233;WS=78337215;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:119,103:0.46:222
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chr15	78390414	rs2289524	T	C	5998.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-3.754;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=622;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.121;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=89;NR=138;PP=2717;ReadPosRankSum=0.747;SC=TTCAAAGAGATGCTGACTGCT;SOR=0.600;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=446;TCF=164;TCR=282;TR=227;WE=78390422;WS=78390404;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:306,303:0.50:609
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chr15	78401540	rs12592068	A	C	249.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=4;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=12;NR=1;PP=276;SC=ATGTTCCCCCACCGCATATTC;SOR=3.056;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=13;TCF=12;TCR=1;TR=13;WE=78401548;WS=78401527;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr15	78403004	rs1992469	A	G	4070.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=59;NR=37;PP=1902;SC=TCACCTGGGAACTTGCTCGAA;SOR=1.047;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=97;TCF=59;TCR=38;TR=96;WE=78403012;WS=78402994;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,149:1.00:149
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chr15	78423479	rs8040395	T	C	7651.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.440;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=628;ExcessHet=3.0103;FS=0.552;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.48;ReadPosRankSum=1.576;SOR=0.801;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:228,385:0.63:613
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chr15	78457242	rs12904700	A	G	386.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=3.354;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.774;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=2;PP=226;ReadPosRankSum=-1.228;SC=ACTTCCTTTTAGTGGAGAATG;SOR=2.564;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=29;TCF=21;TCR=8;TR=13;WE=78457250;WS=78457232;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,16:0.44:36
chr15	78457537	rs11394499	C	CT	499.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.716;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=11;HapScore=3;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=17;PP=216;ReadPosRankSum=0.000;SC=CAAAATGATGCTTTTTTTTTT;SOR=0.678;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=46;TCF=5;TCR=41;TR=20;WE=78457545;WS=78457527;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,31:0.57:54
chr15	78458485	rs3816253	T	C	1541.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=0.384;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.414;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=17;PP=983;ReadPosRankSum=1.379;SC=CTTTTCCCGATGTGTAGGTTC;SOR=0.874;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=121;TCF=87;TCR=34;TR=63;WE=78458493;WS=78458475;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,71:0.49:146
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chr15	78463890	rs11638547	G	T	896.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.398;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=19;PP=374;ReadPosRankSum=-1.136;SC=GAAATGAGAAGAAATGAGTGA;SOR=0.755;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=76;TCF=34;TCR=42;TR=34;WE=78463898;WS=78463880;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,49:0.44:112
chr15	78466127	rs2304824	T	C	2156.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.492;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=242;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=34;PP=938;ReadPosRankSum=-2.126;SC=CAGAACTCCATAGCTTGTTCA;SOR=0.663;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=146;TCF=60;TCR=86;TR=57;WE=78466135;WS=78466117;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:135,104:0.44:239
chr15	78466597	rs11631653	C	T	516.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-2.882;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=18.294;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=5;PP=324;ReadPosRankSum=0.726;SC=GCAGGCAGCACGGACTTGAGT;SOR=0.012;SbPval=0.08;Source=Platypus;TC=48;TCF=43;TCR=5;TR=22;WE=78466605;WS=78466592;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,24:0.45:53
chr15	78472157	rs370177754	TCA	T	172.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.344;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.363;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=5;PP=159;ReadPosRankSum=0.375;SC=ACAGAAGAAATCACACACACA;SOR=0.223;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=1;TCR=13;TR=5;WE=78472166;WS=78472147;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,8:0.57:14
chr15	78473309	rs12915634	G	A	3150.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=3.754;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=270;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.905;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=84;PP=1979;ReadPosRankSum=0.434;SC=AGGCCTGTTGGGTCAGGGGCA;SOR=0.981;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=218;TCF=56;TCR=162;TR=107;WE=78473317;WS=78473299;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:130,133:0.51:263
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chr15	78474776	rs66983917	AC	A	2618.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.877;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=257;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.295;HP=9;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=38;PP=1076;ReadPosRankSum=2.136;SC=ACCCCCTTGCACCCCCCCCAC;SOR=0.424;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=147;TCF=67;TCR=80;TR=64;WE=78474792;WS=78474766;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:125,114:0.48:239
chr15	78501420	rs139633551	C	CCTGT	603.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=2.245;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.126;HP=2;HapScore=4;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=1;PP=1065;ReadPosRankSum=-0.638;SC=TCCAGGGAGCCCTGTCTGTCA;SOR=1.426;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=36;TCF=32;TCR=4;TR=13;WE=78501441;WS=78501410;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,16:0.44:36
chr15	78501433	rs3902931	T	C	516.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=1.260;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=4;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.176;NF=15;NR=2;PP=1058;ReadPosRankSum=0.218;SC=GTCTGTCAGTTAGGGTGGGGC;SOR=0.683;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=43;TCF=38;TCR=5;TR=17;WE=78501441;WS=78501410;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,21:0.44:48
chr15	78504780	rs10706612	GA	G	1388.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.308;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.222;HP=7;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQ=60.07;MQRankSum=1.025;NF=10;NR=18;PP=604;ReadPosRankSum=0.184;SC=CCAGCAGAATGAAAAAAACCC;SOR=0.800;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=65;TCF=23;TCR=42;TR=28;WE=78504788;WS=78504770;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,80:0.49:162
chr15	78518951	.	C	CA	65.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.306;ClippingRankSum=0.000;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.05;ReadPosRankSum=-0.859;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,10:0.31:32
chr15	78519135	.	T	TATATATAATATATATAATATATATATATATATA	51.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.381;ClippingRankSum=-0.000;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.53;MQRankSum=-0.000;QD=4.31;ReadPosRankSum=1.083;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,3:0.25:12
chr15	78556589	rs12898295	C	G	636.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.561;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=7;PP=310;ReadPosRankSum=-1.120;SC=AGGGGGCGGCCTCGGGGCGGC;SOR=0.620;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=41;TCF=28;TCR=13;TR=24;WE=78556597;WS=78556579;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,31:0.56:55
chr15	78557005	rs28484827	A	G	1211.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=4.314;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.908;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=7;PP=716;ReadPosRankSum=-0.558;SC=GTGACGCGCGAGCGGGCGGCG;SOR=0.888;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=92;TCF=69;TCR=23;TR=39;WE=78557013;WS=78556995;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,49:0.45:109
chr15	78557086	rs66489434	GC	G	9913.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.798;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=352;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.15;MQRankSum=0.260;QD=29.33;ReadPosRankSum=1.161;SOR=0.486;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:4,334:0.99:338
chr15	78558509	rs2037347	G	A	1341.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-1.422;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=12;PP=765;ReadPosRankSum=-0.052;SC=CATTCATTGTGGTCCGCTTCT;SOR=0.677;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=80;TCF=57;TCR=23;TR=45;WE=78558517;WS=78558499;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,59:0.63:94
chr15	78563103	rs3169166	A	C	554.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.432;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.517;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=13;PP=344;ReadPosRankSum=0.277;SC=ATCATGCTTTAAAAGGATATG;SOR=0.362;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=44;TCF=16;TCR=28;TR=23;WE=78563111;WS=78563093;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,29:0.48:61
chr15	78565414	rs11629630	A	G	504.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-0.676;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.219;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=10;PP=334;ReadPosRankSum=1.047;SC=CAACGCCACTAATTTTTTTTC;SOR=0.358;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=59;TCF=39;TCR=20;TR=25;WE=78565422;WS=78565403;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,34:0.43:79
chr15	78567853	rs967821	G	T	2569.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.241;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=289;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.614;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=32;PP=1182;ReadPosRankSum=-0.808;SC=TGAAAGATGGGCAAAAGATAC;SOR=0.854;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=178;TCF=102;TCR=76;TR=82;WE=78567861;WS=78567843;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:147,130:0.47:277
chr15	78572359	rs9806426	C	G	9584.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=364;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=142;NR=94;PP=2965;SC=CTGCCTTCCTCCTTCCTAATT;SOR=0.974;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=238;TCF=142;TCR=96;TR=236;WE=78572367;WS=78572349;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,352:1.00:352
chr15	78578482	rs3832993	TG	T	3049.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.668;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=255;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.022;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=2.478;NF=4;NR=47;PP=1714;ReadPosRankSum=0.964;SC=TTGTCTGAAATGGGAAAGTTT;SOR=0.779;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=122;TCF=10;TCR=112;TR=51;WE=78578490;WS=78578472;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:130,108:0.45:238
chr15	78581892	rs1879153	C	T	1881.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=43;NR=12;PP=1248;SC=AATGGCATTTCAATGAAAGAA;SOR=2.194;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=55;TCF=43;TCR=12;TR=55;WE=78581900;WS=78581882;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr15	78581938	rs16969675	C	A	1228.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.256;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.659;HP=4;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=16;PP=676;ReadPosRankSum=-1.442;SC=CCCAGTTTGTCAAAATAAGAT;SOR=0.606;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=96;TCF=63;TCR=33;TR=43;WE=78581946;WS=78581928;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,60:0.45:134
chr15	78585433	rs2280365	C	A	518.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=0.179;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=1;PP=357;ReadPosRankSum=0.391;SC=ATTTCCCGGACTGCAACTGGA;SOR=0.427;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=40;TCF=39;TCR=1;TR=22;WE=78585441;WS=78585423;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,24:0.53:45
chr15	78587111	rs138711577	TTTG	T	1558.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-0.333;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=1.685;NF=16;NR=10;PP=1091;ReadPosRankSum=-1.812;SC=TGTTCAGGTTTTTGTTGTTGT;SOR=0.596;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=52;TCF=32;TCR=20;TR=26;WE=78587121;WS=78587101;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,43:0.52:82
chr15	78587743	rs34232388	C	CTT	77.70	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.674;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=9.71;ReadPosRankSum=0.674;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,5:0.62:8
chr15	78587910	rs1040262	A	G	4951.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=69;NR=56;PP=2295;SC=TTTAGGAGCCAGGCAAGAATG;SOR=0.874;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=126;TCF=69;TCR=57;TR=125;WE=78587918;WS=78587900;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,190:1.00:190
chr15	78632830	rs1127472	C	G	2881.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=36;NR=34;PP=1325;SC=ACGAGCTGCTCAAGGCACTGG;SOR=0.693;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=72;TCF=36;TCR=36;TR=70;WE=78632838;WS=78632820;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr15	78633595	rs2139440	T	G	5907.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.900;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=240;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=92;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.110;SC=AGCGTCCCCGTGTCCCCGCTC;SOR=0.992;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=158;TCF=65;TCR=93;TR=156;WE=78633603;WS=78633585;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,226:0.98:230
chr15	78730591	rs954144	C	T	8497.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=325;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=108;NR=75;PP=2965;SC=CTTGCCAGTCCGCCTGTCTTC;SOR=0.934;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=187;TCF=108;TCR=79;TR=183;WE=78730599;WS=78730581;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,321:1.00:321
chr15	78758677	rs2958720	G	C	2644.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=37;NR=26;PP=1156;SC=GCTCTCTCCAGTTAAAGTGCA;SOR=0.930;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=63;TCF=37;TCR=26;TR=63;WE=78758685;WS=78758667;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr15	78758853	rs2938672	A	C	420.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=11;PP=208;SC=TTTTTCTTAAAGTTTATTAAT;SOR=1.739;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=14;TCF=2;TCR=12;TR=13;WE=78758861;WS=78758843;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr15	78764106	.	T	C	1700.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.396;ClippingRankSum=0.000;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=21;PP=769;ReadPosRankSum=0.375;SC=TTTTTAAGAATGTGGCAGTGA;SOR=0.684;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=117;TCF=77;TCR=40;TR=60;WE=78764114;WS=78764096;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:89,86:0.49:175
chr15	78777312	rs9788758	G	A	2005.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=35;PP=1141;SC=AATTATTGTTGGCTTTTCTGT;SOR=1.483;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=53;TCF=18;TCR=35;TR=52;WE=78777320;WS=78777302;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr15	78780104	rs2230940	T	C	4766.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=53;NR=45;PP=1832;SC=GGATGTTCAATTTGTGTGGGA;SOR=0.759;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=98;TCF=53;TCR=45;TR=98;WE=78780112;WS=78780094;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,186:1.00:186
chr15	78786410	rs4887060	A	C	4276.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=54;NR=65;PP=2797;SC=TGAGAATGCAAACAAAGTATT;SOR=0.823;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=119;TCF=54;TCR=65;TR=119;WE=78786418;WS=78786400;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,145:1.00:145
chr15	78789488	rs13180	C	T	7041.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.826;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=271;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=103;NR=55;PP=2965;ReadPosRankSum=2.436;SC=CTGTTTTGGCCGAAAGTTATG;SOR=1.127;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=161;TCF=103;TCR=58;TR=158;WE=78789496;WS=78789478;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,262:0.99:264
chr15	78807250	.	C	CTCTCTCTATATA	912.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.838;ClippingRankSum=0.000;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.31;MQRankSum=0.000;QD=22.82;ReadPosRankSum=2.055;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,31:0.77:40
chr15	78807407	rs183603441	T	A	2605.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=-2.255;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=240;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=30;PP=914;ReadPosRankSum=0.248;SC=AGCTATTGTATGAAATTGGAA;SOR=0.669;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=136;TCF=77;TCR=59;TR=69;WE=78807415;WS=78807397;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:111,127:0.53:238
chr15	78819627	rs67056220	CA	C	73.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.600;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=4.337;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.45;MQRankSum=0.873;QD=3.07;ReadPosRankSum=0.396;SOR=2.694;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,12:0.50:24
chr15	78825498	rs12907169	G	C	752.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=20;NR=0;PP=544;SC=GAAATGGAAGGGGAATGAATT;SOR=4.977;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=20;TCR=0;TR=20;WE=78825506;WS=78825491;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr15	78825562	rs12906951	C	T	3268.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=60;NR=27;PP=1738;SC=GTATCAATCACGGAGATCTTA;SOR=1.589;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=87;TCF=60;TCR=27;TR=87;WE=78825570;WS=78825552;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr15	78836661	.	CT	C	72.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.361;ClippingRankSum=0.000;DP=95;ExcessHet=3.0103;FS=3.018;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.11;MQRankSum=1.562;QD=1.07;ReadPosRankSum=1.183;SOR=0.307;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:52,16:0.24:68
chr15	78880577	rs12898919	G	C	781.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.080;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.859;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=10;PP=366;ReadPosRankSum=0.823;SC=AAAATTTCTGGTGTGACAAAA;SOR=0.529;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=55;TCF=35;TCR=20;TR=26;WE=78880585;WS=78880567;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,39:0.49:80
chr15	78909452	rs3743075	T	C	1135.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.749;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.435;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=16;PP=573;ReadPosRankSum=-1.891;SC=AGGGGTTCCATTTCAGCTTGT;SOR=0.666;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=77;TCF=38;TCR=39;TR=36;WE=78909460;WS=78909442;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,55:0.49:112
chr15	78909480	rs3743074	G	A	1131.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.950;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.572;HP=3;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=17;PP=555;ReadPosRankSum=-0.050;SC=CCAGATCTCGGGGAAGGAAGC;SOR=0.662;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=73;TCF=35;TCR=38;TR=38;WE=78909488;WS=78909470;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,56:0.50:113
chr15	78909539	rs3743073	G	T	893.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.344;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FS=0.918;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.41;ReadPosRankSum=1.200;SOR=0.560;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,44:0.61:72
chr15	78911038	rs34844435	C	CA	1302.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.176;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=15;PP=1115;ReadPosRankSum=-0.449;SC=AGGAGAATTACAAAACAAGAC;SOR=0.731;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=68;TCF=35;TCR=33;TR=32;WE=78911046;WS=78911028;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,61:0.48:128
chr15	78911181	rs8040868	T	C	2637.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.791;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=236;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.219;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.941;NF=36;NR=48;PP=1397;ReadPosRankSum=0.569;SC=ACACGTTGGCTACAGGCCGGA;SOR=0.854;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=148;TCF=65;TCR=83;TR=84;WE=78911189;WS=78911171;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:111,123:0.53:234
chr15	78911230	rs8192475	C	T	1347.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=2.136;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.438;HP=2;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-1.008;NF=18;NR=37;PP=789;ReadPosRankSum=0.330;SC=CTCAAATAGACGGTGCTCAGC;SOR=0.893;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=101;TCF=34;TCR=67;TR=55;WE=78911238;WS=78911220;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,65:0.49:133
chr15	78911261	rs2869547	T	C	2211.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=23;NR=49;PP=1302;SC=CTGGCCACTGTGGGAAGCAGC;SOR=1.582;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=72;TCF=23;TCR=49;TR=72;WE=78911269;WS=78911251;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr15	78913044	rs12907519	T	C	1869.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.691;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.528;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.026;NF=31;NR=23;PP=702;ReadPosRankSum=0.350;SC=CCCTAACGCCTGTGCGCGTAC;SOR=0.760;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=113;TCF=62;TCR=51;TR=54;WE=78913052;WS=78913034;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:98,95:0.49:193
chr15	78913067	rs66793222	ACAG	A	2816.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-2.225;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.040;NF=10;NR=24;PP=1437;ReadPosRankSum=1.899;SC=GGCAGCAGAGACAGCAGCAGC;SOR=0.647;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=80;TCF=23;TCR=57;TR=34;WE=78913080;WS=78913057;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,74:0.49:152
chr15	78917399	rs1948	A	G	3455.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.622;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=466;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.310;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=78;NR=40;ReadPosRankSum=-2.360;SC=GGGCCTCATCAGCCACAACCC;SOR=0.985;SbPval=0.73;Source=Platypus;TCF=170;TR=118;WE=78917407;WS=78917389;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:274,187:0.41:461
chr15	78923505	rs12914008	G	A	6451.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=-0.041;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=712;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=81;NR=109;PP=2877;ReadPosRankSum=-0.132;SC=GCTGTTCCAGGTCAGGCGGTA;SOR=0.722;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=415;TCF=180;TCR=235;TR=190;WE=78923513;WS=78923495;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:383,323:0.46:706
chr15	79044330	rs11632672	A	G	733.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=17;NR=8;PP=449;SC=CCCATGTTCCAGAACACACAC;SOR=1.382;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=17;TCR=8;TR=25;WE=79044338;WS=79044320;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr15	79045521	rs12917502	T	C	4910.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.747;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=44.92;MQRankSum=-1.687;QD=28.06;ReadPosRankSum=-0.617;SOR=0.307;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,174:0.99:175
chr15	79054900	rs7495616	C	G	1720.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=15;NR=29;PP=988;SC=ACCACAGGGGCCTGAGCACTG;SOR=1.292;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=44;TCF=15;TCR=29;TR=44;WE=79054940;WS=79054890;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr15	79054911	rs11852980	A	G	1890.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=51.87;QD=40.23;SOR=1.378;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr15	79054919	rs11853054	G	A	1829.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=50.48;QD=48.15;SOR=1.493;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr15	79054932	rs11072801	G	C	760.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=46.98;QD=30.43;SOR=1.358;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr15	79056526	rs3830240	TC	T	412.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=5;PP=203;SC=GGGAAAGGCATCCAGGCCCAC;SOR=1.445;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=7;TCF=2;TCR=5;TR=6;WE=79056534;WS=79056516;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr15	79057093	rs6495267	G	A	699.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.703;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.153;HP=6;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=11;PP=253;ReadPosRankSum=-0.458;SC=TCCCATCCCCGCCAGGCCTCC;SOR=0.428;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=21;TCF=10;TCR=11;TR=20;WE=79057101;WS=79057083;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,30:0.97:31
chr15	79058572	rs1809421	T	G	1815.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=19;NR=20;PP=752;SC=GGGGTGCTCCTCGGCCCTTGG;SOR=0.750;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=39;TCF=19;TCR=20;TR=39;WE=79058580;WS=79058562;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr15	79058923	rs1809422	G	A	277.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.67;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=5;PP=159;SC=TGGCAGGCACGGGGCTACCCG;SOR=0.859;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=9;TCF=4;TCR=5;TR=9;WE=79058931;WS=79058913;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr15	79058951	rs28699256	T	C	389.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.67;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=5;PP=139;SC=CGCAGCAGGATGGCTGTGTGG;SOR=0.693;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=5;TCR=5;TR=10;WE=79058959;WS=79058941;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr15	79060367	.	GGGGGTGGGGAGTTGGCGGGGGAT	G	43.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;ClippingRankSum=-0.000;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.52;MQRankSum=-0.000;QD=14.58;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,2:0.67:3
chr15	79063474	rs1809409	A	T	690.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=13;NR=6;PP=371;SC=AAGCCCCTGCAGGTGGGGCTG;SOR=1.220;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=13;TCR=6;TR=19;WE=79063482;WS=79063464;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr15	79064080	rs11635931	G	A	2711.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=41;NR=27;PP=1139;SC=CCGGGTCCTCGCTCCGCAGTG;SOR=1.015;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=68;TCF=41;TCR=27;TR=68;WE=79064088;WS=79064070;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr15	79064143	rs11635870	C	G	2799.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=33;NR=37;PP=1174;SC=CGCGTGCGCCCGCTGGGATCA;SOR=0.767;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=70;TCF=33;TCR=37;TR=70;WE=79064151;WS=79064133;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr15	79065380	rs7177201	T	C	1783.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=47;NR=6;PP=1336;SC=GAAGGGGCCATCAGGTGAAGA;SOR=3.296;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=53;TCF=47;TCR=6;TR=53;WE=79065388;WS=79065372;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr15	79065562	rs8036224	A	G	5192.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=72;NR=93;PP=2965;SC=CACACAAGGAAGGGAGGGCCC;SOR=0.921;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=165;TCF=72;TCR=93;TR=165;WE=79065570;WS=79065552;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,192:1.00:192
chr15	79069121	rs11854507	A	G	4876.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=47;NR=60;PP=2006;SC=TGCCGTCCACAGCTGCATCCA;SOR=0.871;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=107;TCF=47;TCR=60;TR=107;WE=79069129;WS=79069111;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,181:1.00:181
chr15	79083376	rs2277546	C	A	1785.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=44;NR=14;PP=1237;SC=CAGGCCAAGGCGGCCTTCACT;SOR=2.157;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=58;TCF=44;TCR=14;TR=58;WE=79083384;WS=79083366;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr15	79083591	rs2277545	T	C	4117.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=34;NR=70;PP=2305;SC=GGGGGTCAGGTTGTCACGAGG;SOR=1.847;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=105;TCF=35;TCR=70;TR=104;WE=79083599;WS=79083568;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,147:1.00:147
chr15	79089007	rs3743057	T	C	13804.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.323;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=532;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=130;NR=192;PP=2965;ReadPosRankSum=1.921;SC=CATCAGCTACTACCAGGGTCT;SOR=0.349;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=324;TCF=131;TCR=193;TR=322;WE=79089015;WS=79088997;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,516:1.00:517
chr15	79089111	rs3825807	A	G	3074.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=19;NR=68;PP=2167;SC=TCCCGTCGAGACTCCAGCTCT;SOR=2.303;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=87;TCF=19;TCR=68;TR=87;WE=79089119;WS=79089101;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr15	79092481	rs3971703	G	C	160.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=1;PP=85;SC=GAGCCAATCTGCACATCCCAC;SOR=1.329;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=3;TCR=1;TR=4;WE=79092489;WS=79092471;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr15	79092750	rs7173267	G	C	6873.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-2.163;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=266;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=112;NR=63;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.720;SC=GCTCGTAGAAGGCGGGCGCGT;SOR=0.439;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=176;TCF=113;TCR=63;TR=175;WE=79092758;WS=79092740;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,259:1.00:260
chr15	79217690	rs2044226	G	C	18642.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=719;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=231;NR=191;PP=2965;SC=AGTAGATGCCGGTTCTATACA;SOR=0.808;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=423;TCF=232;TCR=191;TR=422;WE=79217698;WS=79217680;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,715:1.00:715
chr15	79231518	rs11638844	A	G	10013.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=390;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.14;QD=25.94;SOR=0.714;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,386:1.00:386
chr15	79231523	rs35398112	G	GA	7059.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.206;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=388;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.388;HP=15;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.656;NF=23;NR=114;PP=2219;ReadPosRankSum=-2.328;SC=TCTGTAAAAAGAAAAAAAAAA;SOR=0.467;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=158;TCF=26;TCR=132;TR=137;WE=79231535;WS=79231508;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:33,328:0.91:361
chr15	79231616	rs10400902	A	G	4522.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQ=60.32;NF=36;NR=83;PP=2489;SC=CGAAAACTGGACTAAATTTAA;SOR=1.553;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=119;TCF=36;TCR=83;TR=119;WE=79231624;WS=79231606;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,165:1.00:165
chr15	79237180	rs1036937	C	A	16623.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=610;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=180;NR=148;PP=2965;SC=GTTCTCCCAGCGTCCACTCTA;SOR=0.833;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=329;TCF=181;TCR=148;TR=328;WE=79237188;WS=79237170;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,610:1.00:610
chr15	79237247	rs1036938	C	G	19131.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=698;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=174;NR=190;PP=2965;SC=GGAGTTCACGCACAGTTCGGC;SOR=0.740;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=366;TCF=175;TCR=191;TR=364;WE=79237255;WS=79237237;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,698:1.00:698
chr15	79237324	rs1036939	C	A	7400.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.884;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=283;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=72;NR=128;PP=2965;ReadPosRankSum=1.641;SC=TGGCCCACATCGCAGCGCTGG;SOR=0.480;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=203;TCF=74;TCR=129;TR=200;WE=79237332;WS=79237314;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,278:1.00:279
chr15	79237403	rs67943698	GGA	G	1488.94	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-0.751;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.167;HP=7;HapScore=1;MGOF=33;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=46;PP=846;ReadPosRankSum=0.332;SC=GCGCGGGGGGGGAGCGGCACG;SOR=1.706;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=53;TCF=5;TCR=48;TR=49;WE=79237413;WS=79237380;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:6,57:0.90:63
chr15	79254480	rs4778732	T	A	5268.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=81;NR=44;PP=2563;SC=TGGGCTGGGCTCAGCTTCAGG;SOR=1.161;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=128;TCF=81;TCR=47;TR=125;WE=79254488;WS=79254470;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,194:1.00:194
chr15	79264097	rs4238514	G	A	1589.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=45;NR=4;PP=1235;SC=AGCTGGGCTCGAGAGAATTCT;SOR=3.872;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=49;TCF=45;TCR=4;TR=49;WE=79264105;WS=79264091;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
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chr15	79271100	rs8037975	G	A	109.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-2.057;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=2;PP=69;ReadPosRankSum=0.342;SC=GAGAGGGGGTGCGGGAAGCAT;SOR=0.416;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=22;TCF=17;TCR=5;TR=8;WE=79271108;WS=79271090;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,8:0.35:23
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chr15	79288011	rs6495359	A	C	5827.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=76;NR=59;PP=2761;SC=GATGCCTGTGATGGGTCAGGG;SOR=0.819;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=135;TCF=76;TCR=59;TR=135;WE=79288019;WS=79288001;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,217:1.00:217
chr15	79288182	rs34428440	G	T	1448.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.088;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FS=3.613;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.82;ReadPosRankSum=0.962;SOR=1.045;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:72,41:0.36:113
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chr15	79290349	rs34906037	C	T	448.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=1.262;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.283;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=2;PP=273;ReadPosRankSum=0.935;SC=CTTCACCTCCCGGGCCTCTGA;SOR=0.273;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=70;TCF=62;TCR=8;TR=19;WE=79290357;WS=79290339;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,23:0.29:78
chr15	79290366	rs35819709	C	CA	922.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-1.452;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.646;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=5;PP=865;ReadPosRankSum=-0.035;SC=CTGACCAGCCCACATGGAGGC;SOR=0.331;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=84;TCF=68;TCR=16;TR=24;WE=79290374;WS=79290356;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,34:0.30:113
chr15	79290600	rs4778771	C	T	1821.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.800;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=342;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.434;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=46;PP=941;ReadPosRankSum=-1.210;SC=TTGAGCTGCTCTGCAGTGGTC;SOR=0.641;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=238;TCF=95;TCR=143;TR=81;WE=79290608;WS=79290590;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:218,107:0.33:325
chr15	79291262	rs12914556	C	T	4801.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.936;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=359;ExcessHet=3.0103;FS=0.869;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.92;ReadPosRankSum=0.157;SOR=0.636;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:125,220:0.64:345
chr15	79294162	rs145647446	CTTAATT	C	1122.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=1.572;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.504;HP=6;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.534;NF=1;NR=23;PP=1022;ReadPosRankSum=0.343;SC=TTTTACTTTTCTTAATTTTAA;SOR=1.231;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=91;TCF=4;TCR=87;TR=24;WE=79294175;WS=79294152;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,34:0.30:112
chr15	79312330	rs2304993	G	A	1666.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=1.966;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.683;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=14;PP=1010;ReadPosRankSum=-1.875;SC=AGGAGTGAGCGTGTGTGTATC;SOR=0.998;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=97;TCF=73;TCR=24;TR=60;WE=79312338;WS=79312320;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,72:0.61:119
chr15	79317602	rs2304992	C	T	1376.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.511;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=20;PP=867;ReadPosRankSum=-0.973;SC=GCCAGGACAGCGCCTGCATGA;SOR=0.688;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=147;TCF=99;TCR=48;TR=58;WE=79317610;WS=79317592;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:123,70:0.36:193
chr15	79324419	rs2304991	A	G	916.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-4.270;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.476;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=13;PP=519;ReadPosRankSum=-0.736;SC=CATCCCCCACACCTGCCTCCC;SOR=0.545;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=141;TCF=105;TCR=36;TR=49;WE=79324427;WS=79324409;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:97,53:0.35:150
chr15	79327686	rs736554	C	T	552.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.785;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=16;PP=294;ReadPosRankSum=1.694;SC=GAAAACTGCACCGGCAGGATG;SOR=0.624;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=70;TCF=19;TCR=51;TR=22;WE=79327694;WS=79327676;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,30:0.34:89
chr15	79502096	rs12903401	G	C	8059.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.915;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=305;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=110;NR=65;PP=2965;ReadPosRankSum=0.348;SC=TTTACATCTTGTCCTGCAAAG;SOR=1.029;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=179;TCF=111;TCR=68;TR=175;WE=79502104;WS=79502086;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,293:0.99:295
chr15	79586361	rs8038778	T	C	15132.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=547;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=180;NR=182;PP=2965;SC=CCCGTTTGCCTCAACTGAAGA;SOR=0.719;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=362;TCF=180;TCR=182;TR=362;WE=79586369;WS=79586351;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,545:1.00:545
chr15	79606137	rs3825933	G	A	7166.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=262;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=121;NR=74;PP=2965;SC=ACTGCTATGTGGAGGACCCCC;SOR=1.126;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=196;TCF=122;TCR=74;TR=195;WE=79606145;WS=79606127;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,257:1.00:257
chr15	79606408	rs3784544	C	T	2322.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=55;PP=1592;SC=CTTCATTGGCCTCTGTCTAGG;SOR=2.584;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=67;TCF=12;TCR=55;TR=67;WE=79606416;WS=79606398;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr15	79614206	rs906440	T	A	3181.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=71;NR=13;PP=1992;SC=GCACAGACTCTTAGTTAGCAT;SOR=2.480;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=84;TCF=71;TCR=13;TR=84;WE=79614214;WS=79614196;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr15	79614418	rs906439	A	G	18553.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-2.448;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=720;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=193;NR=232;PP=2965;ReadPosRankSum=0.336;SC=GGGCCCGAGCAGAAGACCTTA;SOR=0.258;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=428;TCF=193;TCR=235;TR=425;WE=79614426;WS=79614408;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,715:1.00:716
chr15	79748603	rs7183867	C	T	9854.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.418;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=628;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.566;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=159;NR=166;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.660;SC=GTGCCCGGTTCGACCTGTCGC;SOR=0.627;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=453;TCF=227;TCR=226;TR=325;WE=79748611;WS=79748593;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:189,435:0.70:624
chr15	79749447	rs11634652	G	T	12215.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.840;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=820;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.555;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=163;NR=182;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.493;SC=GTATTCCCCGGTTCCTGACAA;SOR=0.708;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=508;TCF=246;TCR=262;TR=345;WE=79749455;WS=79749437;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:269,539:0.67:808
chr15	79750307	rs1004724	T	C	9296.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=345;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=124;NR=128;PP=2965;SC=TTGGCGAAATTGAACGGAAGC;SOR=0.735;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=252;TCF=124;TCR=128;TR=252;WE=79750315;WS=79750297;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,341:1.00:341
chr15	79755604	rs2297773	A	G	8729.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.766;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=629;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.176;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=97;NR=161;PP=2962;ReadPosRankSum=1.311;SC=TTCTTGGACCATTGAGGAGTA;SOR=0.599;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=399;TCF=144;TCR=255;TR=258;WE=79755612;WS=79755594;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:218,401:0.65:619
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chr15	80191343	rs7257	G	A	7107.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.914;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=513;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.545;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.648;NF=112;NR=91;PP=2962;ReadPosRankSum=0.040;SC=TTCACAATATGGAGTGTCCTT;SOR=0.767;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=315;TCF=173;TCR=142;TR=203;WE=80191351;WS=80191333;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:176,329:0.65:505
chr15	80191488	rs12440609	C	T	3181.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.145;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FS=1.778;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.33;ReadPosRankSum=1.843;SOR=0.835;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:80,142:0.64:222
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chr15	80215597	rs2303824	G	T	8653.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-0.154;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=609;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.549;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=108;NR=120;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.326;SC=TTATTCGTCCGCCTCGGGTCC;SOR=0.747;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=355;TCF=168;TCR=187;TR=228;WE=80215605;WS=80215587;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:199,390:0.66:589
chr15	80216015	rs3803540	C	A	9689.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=2.799;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=659;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=123;NR=142;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.545;SC=ACAGATGAACCGCCTCCTCAG;SOR=0.681;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=391;TCF=182;TCR=209;TR=265;WE=80216023;WS=80216005;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:228,428:0.65:656
chr15	80216123	rs148244841	C	T	5921.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.064;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=370;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.428;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=110;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.318;SC=CTGTAGGTGACCTCAGAGCGT;SOR=0.746;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=236;TCF=88;TCR=148;TR=176;WE=80216131;WS=80216113;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:103,260:0.72:363
chr15	80259955	rs146807490	TGTAA	T	10356.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=3.607;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=474;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.106;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.285;NF=41;NR=68;PP=2954;ReadPosRankSum=2.276;SC=TTGATAAAGCTGTAAGTGCCT;SOR=0.817;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=199;TCF=68;TCR=131;TR=109;WE=80259972;WS=80259945;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:210,256:0.55:466
chr15	80259964	rs16971619	C	T	10496.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=3.148;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=494;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=1.270;NF=102;NR=76;PP=2962;ReadPosRankSum=1.298;SC=CTGTAAGTGCCTTCTCTACTC;SOR=0.735;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=306;TCF=175;TCR=131;TR=178;WE=80259972;WS=80259945;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:218,272:0.56:490
chr15	80260014	rs8026803	T	C	7203.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=2.087;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=570;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.532;HP=3;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.664;NF=98;NR=107;PP=2827;ReadPosRankSum=-0.687;SC=CCAGCATAGGTGTGTGATTGT;SOR=0.745;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=325;TCF=157;TCR=168;TR=205;WE=80260022;WS=80260004;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:225,342:0.60:567
chr15	80263217	rs3826007	C	T	11023.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-2.691;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=782;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.549;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=169;NR=172;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.504;SC=GTTAATGATGCCGTCTTCAAA;SOR=0.539;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=527;TCF=250;TCR=277;TR=341;WE=80263225;WS=80263207;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:279,486:0.64:765
chr15	80263345	rs1138358	A	C	10370.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.612;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=685;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.561;HP=4;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=130;NR=168;PP=2962;ReadPosRankSum=0.640;SC=AGAACGCAACATTTTGTAGCA;SOR=0.794;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=428;TCF=191;TCR=237;TR=298;WE=80263353;WS=80263335;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:218,461:0.68:679
chr15	80263406	rs1138357	C	T	6227.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-2.785;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=409;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=128;PP=2962;ReadPosRankSum=0.198;SC=CTGTAGGACGCACTGCAGATA;SOR=0.698;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=293;TCF=100;TCR=193;TR=192;WE=80263414;WS=80263396;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:133,274:0.67:407
chr15	80365745	rs2866367	T	G	850.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=22;PP=621;SC=AATTGTAGTGTATTTCAGTAC;SOR=2.833;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=4;TCR=22;TR=26;WE=80365753;WS=80365735;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr15	80367831	rs2469600	G	C	1675.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=34;PP=1071;SC=AGAGTGGAAAGTAGTTTTCTA;SOR=1.649;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=48;TCF=14;TCR=34;TR=48;WE=80367839;WS=80367821;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr15	80405098	rs12594035	C	G	21071.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-1.959;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=805;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQ=59.99;MQRankSum=0.000;NF=254;NR=213;PP=2965;ReadPosRankSum=1.423;SC=CCTCATGTCTCTTTATTACCC;SOR=0.270;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=470;TCF=256;TCR=214;TR=467;WE=80405106;WS=80405088;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,801:1.00:802
chr15	80413935	rs934003	C	T	830.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=19;NR=5;PP=541;SC=CAACATACTACATATTAAAAG;SOR=2.019;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=25;TCF=20;TCR=5;TR=24;WE=80413943;WS=80413925;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr15	80414173	rs1522636	C	G	3053.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=29;NR=45;PP=1471;SC=GTAAGATGTACTCTCTGAATT;SOR=1.009;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=74;TCF=29;TCR=45;TR=74;WE=80414181;WS=80414163;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr15	80460524	rs1545119	A	G	8618.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=322;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.85;SOR=0.725;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,321:1.00:321
chr15	80460576	.	G	GT	1647.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.136;ClippingRankSum=0.000;DP=379;ExcessHet=3.0103;FS=0.951;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.85;ReadPosRankSum=1.137;SOR=0.620;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:205,135:0.40:340
chr15	80464669	rs7180031	A	G	1402.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.816;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.735;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=30;PP=717;ReadPosRankSum=-0.346;SC=GAAGCTGAAGATCTGGTGCAG;SOR=0.824;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=77;TCF=28;TCR=49;TR=47;WE=80464677;WS=80464659;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,64:0.58:111
chr15	80465248	rs58363292	GA	G	7941.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=92;NR=42;PP=2965;SC=GATCTTTGTGGAGATGGCAGT;SOR=2.117;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=136;TCF=92;TCR=44;TR=134;WE=80465256;WS=80465238;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,198:1.00:198
chr15	80465300	rs3752693	G	A	6997.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.643;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=457;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.243;NF=149;NR=80;PP=2962;ReadPosRankSum=0.827;SC=GGAGGGGGTCGTTGGGAGATG;SOR=0.682;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=326;TCF=210;TCR=116;TR=229;WE=80465308;WS=80465290;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:138,314:0.69:452
chr15	80470040	rs2162550	G	A	2791.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.140;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.960;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=58;PP=1442;ReadPosRankSum=-0.927;SC=GGGTCAGCCTGTGGGCCTGGA;SOR=0.904;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=135;TCF=48;TCR=87;TR=88;WE=80470048;WS=80470030;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,125:0.66:189
chr15	80472431	rs2043691	C	A	11483.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=440;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=165;NR=108;PP=2965;SC=CTAAGCCTGCCGCTGCTCATT;SOR=1.034;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=274;TCF=166;TCR=108;TR=273;WE=80472439;WS=80472421;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,425:1.00:425
chr15	80672260	rs36104834	C	A	1025.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.381;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.285;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=8;PP=583;ReadPosRankSum=-0.251;SC=ACTCAAAAAGCTTAATCACAT;SOR=0.928;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=137;TCF=104;TCR=33;TR=40;WE=80672268;WS=80672250;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:120,54:0.31:174
chr15	80672310	rs35187631	A	C	11300.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=416;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=173;NR=73;PP=2965;SC=CATAAACTTCATTCTCTCCCC;SOR=1.327;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=247;TCF=173;TCR=74;TR=246;WE=80672318;WS=80672300;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,411:1.00:411
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chr15	80806183	rs11072922	T	C	904.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.665;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.287;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=19;PP=510;ReadPosRankSum=0.590;SC=ATCTACTTGATGGCAGCACCA;SOR=0.567;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=130;TCF=80;TCR=50;TR=46;WE=80806191;WS=80806173;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:121,55:0.31:176
chr15	80883836	rs76700021	G	T	606.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=1.236;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.806;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=8;PP=296;ReadPosRankSum=-1.650;SC=CCCTCCAGCCGCAGTGGTTCT;SOR=0.540;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=81;TCF=55;TCR=26;TR=23;WE=80883844;WS=80883826;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,34:0.30:112
chr15	80884171	rs3935130	C	A	227.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.993;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=7.361;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.73;ReadPosRankSum=1.019;SOR=2.346;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:48,13:0.21:61
chr15	80886191	rs8033706	T	C	234.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-4.047;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.890;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=13;PP=165;ReadPosRankSum=0.916;SC=GGCGCATCATTGCTCCACTCT;SOR=0.241;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=37;TCF=4;TCR=33;TR=15;WE=80886199;WS=80886181;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,14:0.36:39
chr15	80889460	rs74700936	A	T	1099.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.937;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.635;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=17;PP=690;ReadPosRankSum=1.870;SC=CAATGTGACTACATGTTCTCC;SOR=0.756;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=122;TCF=81;TCR=41;TR=48;WE=80889468;WS=80889450;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:99,56:0.36:155
chr15	80889699	rs60225999	G	A	1161.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.144;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.652;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=33;PP=722;ReadPosRankSum=-0.927;SC=CAGAATAGAAGTGTCCTTTAT;SOR=0.760;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=110;TCF=30;TCR=80;TR=46;WE=80889707;WS=80889689;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,58:0.39:148
chr15	80987812	rs62007944	T	C	9033.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=345;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=102;NR=66;PP=2932;SC=TCTCGCTGGGTGAGCTGTGCT;SOR=0.889;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=168;TCF=102;TCR=66;TR=168;WE=80987820;WS=80987802;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,343:1.00:343
chr15	81176721	rs35343835	C	G	360.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.101;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FS=0.856;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.08;ReadPosRankSum=-0.487;SOR=0.566;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:90,27:0.23:117
chr15	81179876	rs11631636	G	A	680.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.152;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.887;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=6;PP=476;ReadPosRankSum=1.425;SC=GCTTCTTCTGGAGAAGAGAAG;SOR=0.859;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=94;TCF=75;TCR=19;TR=32;WE=81179884;WS=81179866;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,35:0.32:110
chr15	81179948	rs74030631	C	T	4498.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.807;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=339;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.888;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=83;NR=56;PP=2226;ReadPosRankSum=1.297;SC=CCTGACGCTGCTTCAACTCTG;SOR=0.619;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=216;TCF=132;TCR=84;TR=139;WE=81179956;WS=81179938;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:116,210:0.64:326
chr15	81180981	rs8028511	G	A	2809.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=61;NR=21;PP=1735;SC=TTGCCTTGGAGTCACAACTTT;SOR=2.054;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=82;TCF=61;TCR=21;TR=82;WE=81180989;WS=81180971;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr15	81199236	rs2271164	A	G	1587.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.830;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.130;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-0.777;NF=25;NR=39;PP=902;ReadPosRankSum=1.059;SC=CTATGATGTCAGCCTCTAGAC;SOR=0.511;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=161;TCF=56;TCR=105;TR=64;WE=81199244;WS=81199226;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:139,86:0.38:225
chr15	81199258	rs115865339	G	A	1894.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.917;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.164;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.847;NF=20;NR=50;PP=1154;ReadPosRankSum=-0.556;SC=GGCCTTCTTGGTAGGGATGAG;SOR=0.987;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=120;TCF=37;TCR=83;TR=70;WE=81199266;WS=81199248;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,85:0.59:144
chr15	81212608	rs1553647	G	A	23903.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=897;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=242;NR=339;PP=2965;SC=ACTCCTACCCGGGGTACATCC;SOR=0.949;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=586;TCF=246;TCR=340;TR=581;WE=81212616;WS=81212598;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,890:1.00:890
chr15	81234741	rs1553646	C	G	2638.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=10;NR=58;PP=1702;SC=CTGTGTCCTGCGGCTGCTGGC;SOR=2.941;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=68;TCF=10;TCR=58;TR=68;WE=81234749;WS=81234731;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr15	81410106	rs1533055	G	A	8117.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.715;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1532;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=139;NR=140;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.383;SC=CTTCCTCCTCGCTGACTTCAT;SOR=0.652;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=920;TCF=474;TCR=446;TR=279;WE=81410114;WS=81410096;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1028,485:0.32:1513
chr15	81410202	rs2280440	C	T	6463.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.943;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1249;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=108;NR=150;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.979;SC=TCTCCTAGTCCTTCTCATCTT;SOR=0.741;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=784;TCF=327;TCR=457;TR=258;WE=81410210;WS=81410192;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:847,381:0.31:1228
chr15	81410488	rs2250029	G	A	482.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.803;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FS=2.616;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.96;ReadPosRankSum=-0.291;SOR=0.907;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:88,34:0.28:122
chr15	81426539	rs2683255	G	C	1140.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=29;NR=2;PP=835;SC=CAGGGCGAGGGTGCGCGCTGT;SOR=3.797;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=31;TCF=29;TCR=2;TR=31;WE=81426547;WS=81426529;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr15	81426637	rs78657016	GG	AC	5261.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=2.518;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.034;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=70;NR=31;PP=2944;ReadPosRankSum=-0.266;SC=GCATGGTGTCGGAGGGAGGCC;SOR=1.027;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=158;TCF=105;TCR=53;TR=101;WE=81426646;WS=81426627;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,132:0.61:215
chr15	81427603	rs80224042	C	T	2932.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.340;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=224;ExcessHet=3.0103;FS=1.092;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.58;ReadPosRankSum=-0.693;SOR=0.611;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:79,137:0.63:216
chr15	81428830	rs8038176	T	C	5664.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.004;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=350;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.444;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=112;NR=62;PP=2726;ReadPosRankSum=-1.716;SC=GCATGGTTTATGTAATAAACT;SOR=0.664;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=248;TCF=160;TCR=88;TR=174;WE=81428838;WS=81428820;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:98,246:0.72:344
chr15	81430305	rs55908952	C	G	282.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=2.941;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.551;HP=7;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=2;PP=245;ReadPosRankSum=0.839;SC=TGATTATAAACAAAATTGCAT;SOR=1.179;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=45;TCF=36;TCR=9;TR=15;WE=81430313;WS=81430295;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,14:0.30:47
chr15	81480785	.	G	A	1681.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-2.003;ClippingRankSum=0.000;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.188;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=42;PP=941;ReadPosRankSum=1.378;SC=CAGTGAGAGCGTTCTGTATAA;SOR=0.395;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=80;TCF=15;TCR=65;TR=53;WE=81480793;WS=81480775;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,73:0.70:105
chr15	81489324	rs8037800	G	A	478.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=1.130;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=2;PP=297;ReadPosRankSum=-1.880;SC=GCCGGCCTCCGTCTGAGAACT;SOR=0.446;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=22;TCF=20;TCR=2;TR=17;WE=81489332;WS=81489314;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,20:0.80:25
chr15	81489631	rs191753582	G	A	1416.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.144;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.027;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=36;PP=852;ReadPosRankSum=2.397;SC=GCTGGGGTCAGGGGCAGGAGC;SOR=0.542;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=124;TCF=41;TCR=83;TR=57;WE=81489639;WS=81489621;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:95,70:0.42:165
chr15	81518209	rs980618	G	A	872.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=8;NR=21;PP=582;SC=CACTGGAACTGTAACAATGAG;SOR=1.911;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=30;TCF=8;TCR=22;TR=29;WE=81518217;WS=81518199;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr15	81558045	rs78482832	A	G	8868.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.633;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=648;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.543;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=114;NR=119;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.023;SC=CCAATGACCAAGAAATCTGCA;SOR=0.600;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=368;TCF=177;TCR=191;TR=233;WE=81558053;WS=81558035;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:232,413:0.64:645
chr15	81561750	rs149584644	T	TA	3257.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.794;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.684;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.938;NF=27;NR=20;PP=1902;ReadPosRankSum=-1.185;SC=TTCTGGTTGTTACGCTGCCTG;SOR=0.781;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=71;TCF=39;TCR=32;TR=47;WE=81561758;WS=81561740;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,103:0.70:147
chr15	81565286	.	AACCTCTGAG	A	63	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;FR=0.5000;HP=2;HapScore=1;MGOF=33;MMLQ=20;MQ=60.0;NF=8;NR=0;PP=63;QD=10.125;SC=TGTTGTTGTTAACCTCTGAGA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=16;TCR=1;TR=8;WE=81565302;WS=81565285;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:9,8:0.47:17
chr15	81565652	rs67847307	T	G	417.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.424;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.072;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=10;PP=153;ReadPosRankSum=-0.800;SC=TCTTGAGTTGTCAGGATACGG;SOR=0.492;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=46;TCF=12;TCR=34;TR=14;WE=81565660;WS=81565642;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,23:0.37:63
chr15	81582406	rs11632576	G	C	2456.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=14;NR=53;PP=1679;SC=AGCTCAGACAGTATAATAGTG;SOR=2.362;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=67;TCF=14;TCR=53;TR=67;WE=81582414;WS=81582396;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr15	81582868	rs8031107	G	A	6701.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=263;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=69;NR=84;PP=2889;SC=AGAGGCATCAGTGGAGTCTGG;SOR=0.817;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=153;TCF=69;TCR=84;TR=153;WE=81582876;WS=81582858;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,255:1.00:255
chr15	81584373	rs11635336	G	T	1023.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=3.661;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.620;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=36;PP=692;ReadPosRankSum=1.458;SC=AGCAGGCAGGGTAGACAGAGG;SOR=1.111;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=138;TCF=33;TCR=105;TR=46;WE=81584381;WS=81584363;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:110,51:0.32:161
chr15	81584389	rs4072680	C	T	819.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=3.271;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.965;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=31;PP=531;ReadPosRankSum=0.566;SC=AGAGGGAGGACGGAGCTGAGG;SOR=1.029;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=112;TCF=22;TCR=90;TR=38;WE=81584397;WS=81584379;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,41:0.34:120
chr15	81587757	rs17875496	T	A	3225.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.380;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=600;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.197;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=71;NR=53;PP=1599;ReadPosRankSum=1.253;SC=CTGTTCTAAGTTGTAAAGCTG;SOR=0.869;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=364;TCF=196;TCR=168;TR=124;WE=81587765;WS=81587747;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:408,188:0.32:596
chr15	81589448	rs17875502	G	A	1374.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.011;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=27;PP=702;ReadPosRankSum=-0.282;SC=CTTCCAAAAGGAAGGGTCTTT;SOR=0.888;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=46;TCF=8;TCR=38;TR=31;WE=81589456;WS=81589438;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,55:0.73:75
chr15	81592311	rs141838039	C	T	10919.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.912;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=755;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.553;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQ=60.01;MQRankSum=-1.416;NR=158;PP=2962;ReadPosRankSum=0.188;SC=TGAGGAAGGACGGTTTTCTGG;SOR=0.763;SbPval=0.58;Source=Platypus;TCR=235;WE=81592319;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:250,503:0.67:753
chr15	81592802	rs11073001	A	G	1983.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.180;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=323;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.462;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=47;PP=984;ReadPosRankSum=0.150;SC=CCTTGGACACAGGGTTCTCGC;SOR=0.594;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=212;TCF=70;TCR=142;TR=72;WE=81592810;WS=81592792;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:211,108:0.34:319
chr15	81592891	rs11630277	C	T	593.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.604;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.946;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=20;PP=426;ReadPosRankSum=1.953;SC=TAAAAATAATCCTATATATAA;SOR=1.780;SbPval=0.95;Source=Platypus;TC=57;TCF=15;TCR=42;TR=23;WE=81592899;WS=81592881;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,26:0.39:67
chr15	81600510	rs11632978	A	T	4328.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.231;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=961;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.579;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=101;NR=91;PP=2236;ReadPosRankSum=-0.080;SC=TTGCACAAAAATCTCACTAGC;SOR=0.644;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=612;TCF=331;TCR=281;TR=192;WE=81600518;WS=81600500;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:679,277:0.29:956
chr15	81600995	rs4238526	A	G	6923.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=264;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=74;NR=94;PP=2965;SC=ATGAAATCTTACAGCTGGGTG;SOR=0.859;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=169;TCF=75;TCR=94;TR=168;WE=81601003;WS=81600985;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,258:1.00:258
chr15	81616177	rs148236522	C	CT	1947.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.957;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=453;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=3.711;NF=17;NR=45;PP=929;ReadPosRankSum=-0.523;SC=CAGGCCCAATCTTTTTTTTAA;SOR=0.730;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=204;TCF=46;TCR=158;TR=62;WE=81616185;WS=81616167;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:285,132:0.32:417
chr15	81624768	rs4417518	C	T	8059.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=294;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=111;NR=77;PP=2965;SC=GCCTAGACATCTGAACAAATC;SOR=0.967;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=188;TCF=111;TCR=77;TR=188;WE=81624776;WS=81624758;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,294:1.00:294
chr15	81625385	rs11636318	C	T	15689.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.692;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=608;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=184;NR=217;PP=2965;ReadPosRankSum=1.995;SC=GTAAGAGTCACATTCATTAAT;SOR=0.832;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=402;TCF=185;TCR=217;TR=401;WE=81625393;WS=81625375;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,599:1.00:601
chr15	81631681	rs4489964	C	T	4364.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-0.812;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=111;NR=19;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.737;SC=TCAATATGATCTAATTCCCTT;SOR=1.897;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=131;TCF=112;TCR=19;TR=130;WE=81631689;WS=81631671;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,142:0.99:143
chr15	81636267	rs7161991	C	T	19402.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=741;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=203;NR=255;PP=2965;SC=CAAACTTGCTCTCCAGATCCC;SOR=0.837;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=459;TCF=203;TCR=256;TR=458;WE=81636275;WS=81636257;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,727:1.00:727
chr15	81637284	rs4278705	G	A	6398.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=241;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=92;NR=88;PP=2965;SC=CTTCTTCAGGGGCTGTCCTGG;SOR=0.710;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=181;TCF=92;TCR=89;TR=180;WE=81637292;WS=81637274;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,238:1.00:238
chr15	81642100	.	CT	C	77.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.825;ClippingRankSum=0.000;DP=99;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.34;ReadPosRankSum=-1.757;SOR=0.451;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,19:0.33:58
chr15	81649001	rs7167034	T	C	4738.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=50;NR=84;PP=2205;SC=CTAGCACCCATGGAGCCTTTG;SOR=1.172;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=134;TCF=50;TCR=84;TR=134;WE=81649009;WS=81648991;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,185:1.00:185
chr15	81651624	rs55904609	A	G	1184.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.320;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.275;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=19;PP=569;ReadPosRankSum=0.919;SC=CATCCCCACAATGATAACCAG;SOR=0.569;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=124;TCF=77;TCR=47;TR=45;WE=81651632;WS=81651614;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:109,61:0.36:170
chr15	81651651	rs12903128	G	A	3311.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=2.076;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=250;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.575;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=38;PP=1775;ReadPosRankSum=1.288;SC=CATTTTATGCGACTGCTGTAA;SOR=0.805;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=163;TCF=97;TCR=66;TR=99;WE=81651659;WS=81651641;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:98,149:0.60:247
chr15	81654757	rs5814058	T	TG	1090.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.110;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.958;NF=1;NR=17;PP=643;ReadPosRankSum=-1.947;SC=CCTTTAATTATGATTATGGCT;SOR=0.675;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=61;TCF=5;TCR=56;TR=18;WE=81654765;WS=81654747;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,40:0.35:115
chr15	81660718	rs7162538	A	G	2126.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-1.804;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=434;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=44;PP=924;ReadPosRankSum=-0.342;SC=CACACTTACAATTTCTGCAAA;SOR=0.672;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=242;TCF=103;TCR=139;TR=80;WE=81660726;WS=81660708;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:287,132:0.32:419
chr15	81660812	rs55873314	C	CT	1273.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.839;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FS=2.376;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.99;ReadPosRankSum=-0.807;SOR=0.390;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:49,36:0.42:85
chr15	81660814	.	C	CTACTCTACT,CT	1274.73	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-0.874;ClippingRankSum=0.000;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.396;HP=4;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=14;PP=1935;ReadPosRankSum=-0.367;SC=TGGAGTTACACAAATACTTCA;SOR=0.421;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=56;TCF=1;TCR=55;TR=14;WE=81660822;WS=81660802;set=Intersection	GT:AF:DP	0/1:0.40:82
chr15	81665021	rs76902501	T	A	816.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.201;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=246;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.33;ReadPosRankSum=-0.966;SOR=0.689;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:187,58:0.24:245
chr15	81665211	rs71451583	C	CGTGTGTGT	458.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.648;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.11;ReadPosRankSum=-1.080;SOR=0.960;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,17:0.49:35
chr15	81666431	rs77997646	A	G	1392.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.148;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=356;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.910;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=33;PP=720;ReadPosRankSum=-2.087;SC=GAGCTAACCCACTGCTAACAA;SOR=0.750;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=223;TCF=112;TCR=111;TR=64;WE=81666439;WS=81666421;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:259,95:0.27:354
chr15	81666529	rs11634486	G	A	2641.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-3.472;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.198;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=56;PP=1385;ReadPosRankSum=-2.276;SC=TGCTCTGCCCGCTAGTTCTCA;SOR=0.306;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=113;TCF=34;TCR=79;TR=85;WE=81666537;WS=81666519;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,114:0.75:152
chr15	82335444	rs11073028	G	A	2650.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=30.82;SOR=3.365;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr15	82387927	rs8033451	A	C	1300.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=3.572;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=257;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=40;PP=904;ReadPosRankSum=-0.967;SC=TCTACACCCCACTGAGTTCAG;SOR=0.662;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=203;TCF=68;TCR=135;TR=61;WE=82387935;WS=82387917;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:177,72:0.29:249
chr15	82387951	rs1969090	G	C	4383.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-1.192;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=101;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.672;SC=GTCCAATGAAGCACTGACATT;SOR=0.909;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=140;TCF=38;TCR=102;TR=139;WE=82387959;WS=82387941;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,156:0.99:157
chr15	82431219	rs2457497	A	G	1434.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.864;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=47;PP=1014;ReadPosRankSum=0.770;SC=TCATGGATCAATCATATGGCT;SOR=0.653;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=163;TCF=52;TCR=111;TR=71;WE=82431227;WS=82431209;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:135,75:0.36:210
chr15	82443939	rs4725	G	A	1862.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.976;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=375;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.488;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=29;PP=1105;ReadPosRankSum=0.057;SC=GTCCATAGCAGTCAGTGAGTG;SOR=0.858;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=272;TCF=165;TCR=107;TR=81;WE=82443947;WS=82443929;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:261,109:0.29:370
chr15	82444437	rs905450	A	G	3958.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.329;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=732;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=74;NR=72;PP=1977;ReadPosRankSum=-0.331;SC=GAGTATTTTCACCCTCATTCA;SOR=0.683;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=457;TCF=226;TCR=231;TR=146;WE=82444445;WS=82444427;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:493,232:0.32:725
chr15	82450268	rs9944185	C	A	715.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.872;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.821;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=31;PP=522;ReadPosRankSum=0.494;SC=GACAATGGCTCTGGCTACTGA;SOR=1.139;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=128;TCF=31;TCR=97;TR=39;WE=82450276;WS=82450258;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:109,41:0.27:150
chr15	82512118	rs116871238	G	A	3935.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.488;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=729;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.887;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.385;NF=55;NR=90;PP=1790;ReadPosRankSum=-1.056;SC=TCTTCCTGGAGCACAGGTTTA;SOR=0.873;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=428;TCF=176;TCR=252;TR=145;WE=82512126;WS=82512108;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:495,234:0.32:729
chr15	82512429	rs2292189	C	G	4595.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=104;NR=36;PP=2617;SC=CTCTTGGCTCCTCTCCTTTTG;SOR=1.854;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=141;TCF=105;TCR=36;TR=140;WE=82512437;WS=82512419;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,174:1.00:174
chr15	82517649	.	T	TA	224.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.106;ClippingRankSum=0.000;DP=179;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.83;MQRankSum=0.000;QD=1.30;ReadPosRankSum=0.809;SOR=0.664;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:133,40:0.23:173
chr15	82523358	rs11073036	G	A	1272.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.023;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.728;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=31;PP=713;ReadPosRankSum=0.915;SC=AACGATTATTGATTTCTGTGA;SOR=0.840;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=86;TCF=27;TCR=59;TR=45;WE=82523366;WS=82523348;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,59:0.52:113
chr15	82523405	rs12324875	A	G	648.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.793;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=18;PP=403;ReadPosRankSum=-0.348;SC=GTGTATTACTAAACTTAATCC;SOR=0.675;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=39;TCF=7;TCR=32;TR=21;WE=82523413;WS=82523395;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,27:0.59:46
chr15	82530630	rs1972460	A	G	3415.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-1.991;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=234;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.414;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=2.158;NF=92;NR=35;PP=1945;ReadPosRankSum=0.403;SC=AGATTTAATCAGATGCAAACA;SOR=1.089;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=182;TCF=129;TCR=53;TR=127;WE=82530638;WS=82530620;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,159:0.70:228
chr15	82530987	rs141675106	T	C	520.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-3.665;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-1.875;NF=3;NR=22;PP=385;ReadPosRankSum=1.937;SC=TAAGCATACATGAATGGAGGT;SOR=0.968;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=34;TCF=3;TCR=31;TR=25;WE=82530995;WS=82530977;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,24:0.67:36
chr15	82533686	rs11548681	T	G	3882.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.548;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=814;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.201;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.454;NF=68;NR=79;PP=1741;ReadPosRankSum=0.956;SC=TTGATACTTCTGAGGAAAAGT;SOR=0.735;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=466;TCF=230;TCR=236;TR=147;WE=82533694;WS=82533676;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:552,247:0.31:799
chr15	82544927	rs3902959	C	T	4533.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-1.092;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=102;NR=27;PP=2750;ReadPosRankSum=-0.808;SC=GAATAAAATACGTGGAATATA;SOR=1.081;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=130;TCF=103;TCR=27;TR=129;WE=82544935;WS=82544917;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,161:0.99:162
chr15	82545214	rs4344697	A	T	3426.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=27;NR=76;PP=2264;SC=ACTTATATTTAATTTGTTATT;SOR=1.896;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=103;TCF=27;TCR=76;TR=103;WE=82545222;WS=82545204;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr15	82555242	rs11631813	A	G	12465.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-0.286;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=840;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.562;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=137;NR=160;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.284;SC=GAGTATGAGGAGCTGGTGTCT;SOR=0.658;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=444;TCF=200;TCR=244;TR=297;WE=82555250;WS=82555232;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:263,572:0.69:835
chr15	82558034	rs3858954	G	C	1032.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=20;NR=13;PP=716;SC=GAGTCTTAAAGCCAAGCAAGA;SOR=1.121;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=33;TCF=20;TCR=13;TR=33;WE=82558042;WS=82558024;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr15	82558236	.	G	GA	99.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.012;ClippingRankSum=0.000;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.18;MQRankSum=1.803;QD=2.04;ReadPosRankSum=-0.058;SOR=0.701;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,12:0.24:49
chr15	82563991	rs16973457	C	T	7394.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=271;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=110;NR=63;PP=2965;SC=CGCCATGTGCCAGAAGAATAT;SOR=1.179;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=174;TCF=110;TCR=64;TR=173;WE=82563999;WS=82563981;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,268:1.00:268
chr15	82574879	rs11630197	T	C	2822.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-3.642;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.442;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.660;NF=40;NR=75;PP=1920;ReadPosRankSum=-0.555;SC=TTTTCAACCATGGGAAATCCC;SOR=0.862;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=152;TCF=54;TCR=98;TR=115;WE=82574887;WS=82574869;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,122:0.73:167
chr15	83215251	rs1267657	T	C	10664.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=413;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=125;NR=126;PP=2965;SC=GAGAATCTTCTAGGTAGGGGT;SOR=0.703;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=251;TCF=125;TCR=126;TR=251;WE=83215259;WS=83215241;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,410:1.00:410
chr15	83224696	rs1145171	C	T	7494.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=289;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=106;NR=64;PP=2965;SC=GGTCCCAGGACGGCCACACAG;SOR=1.056;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=170;TCF=106;TCR=64;TR=170;WE=83224704;WS=83224686;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,287:1.00:287
chr15	83230904	rs66642827	CT	C	2105.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.505;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=481;ExcessHet=3.0103;FS=1.391;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.16;MQRankSum=2.855;QD=5.12;ReadPosRankSum=-0.898;SOR=0.690;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:201,210:0.51:411
chr15	83240293	rs783544	A	C	9683.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=368;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=92;NR=144;PP=2965;SC=CTGTTTTGGAAAGGAGCACAG;SOR=1.055;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=236;TCF=92;TCR=144;TR=236;WE=83240301;WS=83240283;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,358:1.00:358
chr15	83241984	rs11336258	AT	A	174.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.644;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=269;ExcessHet=3.0103;FS=0.728;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.04;MQRankSum=0.000;QD=0.88;ReadPosRankSum=1.568;SOR=0.819;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:155,44:0.22:199
chr15	83297138	rs10400906	C	T	10331.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=394;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=108;NR=133;PP=2965;SC=AGAAGACAATCTGATAGAGAT;SOR=0.828;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=241;TCF=108;TCR=133;TR=241;WE=83297146;WS=83297128;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,393:1.00:393
chr15	83332299	rs115787806	C	T	2822.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.037;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=264;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.451;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=37;PP=1252;ReadPosRankSum=0.445;SC=TGACTTTTACCACCCAAACTC;SOR=0.740;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=170;TCF=98;TCR=72;TR=87;WE=83332307;WS=83332289;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:125,137:0.52:262
chr15	83334128	.	AACACACACACAC	A,AACACACACAC	521.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.454;ClippingRankSum=0.000;DP=82;ExcessHet=3.0103;FS=1.882;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.13;MQRankSum=0.572;QD=19.32;ReadPosRankSum=-1.720;SOR=0.673;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:5,11,11:0.41,0.41:27
chr15	83334185	.	ACT	A	344	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;FR=0.5000;HP=2;HapScore=1;MGOF=34;MMLQ=24;MQ=59.49;NF=9;NR=23;PP=344;QD=10.84375;SC=ACACACACACACTTCAACCCT;SbPval=0.02;Source=Platypus;TC=112;TCF=59;TCR=53;TR=32;WE=83334194;WS=83334175;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:80,32:0.29:112
chr15	83346959	.	G	A	1211.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.149;ClippingRankSum=0.000;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.547;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=26;PP=598;ReadPosRankSum=-0.067;SC=GGGTGGGTTGGCCAGTGGACT;SOR=0.639;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=134;TCF=60;TCR=74;TR=48;WE=83346967;WS=83346949;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:127,69:0.35:196
chr15	83378248	rs78366152	G	C	288.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.687;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.75;ReadPosRankSum=0.923;SOR=0.818;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,16:0.48:33
chr15	83433778	rs8036185	A	G	300.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.972;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=7.666;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.01;ReadPosRankSum=-0.725;SOR=0.136;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:54,21:0.28:75
chr15	83438317	rs71156049	C	CA	961.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.154;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.81;ReadPosRankSum=0.108;SOR=1.366;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:3,51:0.94:54
chr15	83449089	.	C	CT	92.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.952;ClippingRankSum=0.000;DP=74;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.72;ReadPosRankSum=1.554;SOR=0.578;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,15:0.28:54
chr15	83455137	rs11259947	A	G	975.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.280;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FS=2.760;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.46;ReadPosRankSum=1.053;SOR=0.498;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:160,59:0.27:219
chr15	83481880	rs35270670	A	G	264.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=2.219;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.393;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=2;PP=168;ReadPosRankSum=1.150;SC=GGAAAAGCCAACACCATGGTA;SOR=1.061;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=43;TCF=32;TCR=11;TR=12;WE=83481888;WS=83481870;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,14:0.30:47
chr15	83519982	rs79448007	T	C	1786.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.787;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=358;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=32;PP=938;ReadPosRankSum=1.838;SC=ATCTTTCAGCTCCTACATGAA;SOR=0.711;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=231;TCF=134;TCR=97;TR=76;WE=83519990;WS=83519972;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:247,109:0.31:356
chr15	83521036	rs1256429	C	T	19589.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.055;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=749;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=185;NR=250;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.668;SC=AAAGCAGGGACGCCAGCTTAA;SOR=0.900;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=437;TCF=186;TCR=251;TR=435;WE=83521044;WS=83521026;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,740:0.99:744
chr15	83523368	rs1256426	C	G	8768.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=327;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=107;NR=75;PP=2965;SC=CAGCTGGCCTCGGGGCTCACT;SOR=0.909;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=182;TCF=107;TCR=75;TR=182;WE=83523376;WS=83523358;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,324:1.00:324
chr15	83528056	rs55861392	G	GT	502.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.9999;FS=0.000;HP=15;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=1;NR=23;PP=228;SC=ACAAGTTTTTGTTTTTTTTTT;SOR=3.528;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=35;TCF=2;TCR=33;TR=24;WE=83528064;WS=83528046;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr15	83673733	rs71451677	A	G	2781.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.285;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=532;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.568;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=54;PP=1360;ReadPosRankSum=0.258;SC=TTCTGGATATAGGAAATCAAA;SOR=0.593;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=308;TCF=127;TCR=181;TR=99;WE=83673741;WS=83673723;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:365,164:0.31:529
chr15	83677270	.	C	CA	644.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.746;ClippingRankSum=0.000;DP=421;ExcessHet=3.0103;FS=3.907;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.05;MQRankSum=2.312;QD=1.65;ReadPosRankSum=0.377;SOR=0.976;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:298,92:0.24:390
chr15	83680287	rs4842860	A	G	12896.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.602;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=518;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=139;NR=162;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.713;SC=ATCTCGGCGCAAAGAAGCCGA;SOR=0.789;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=303;TCF=140;TCR=163;TR=301;WE=83680295;WS=83680277;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,501:1.00:503
chr15	83680426	rs12906626	C	G	1483.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=2.875;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=8.009;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=42;PP=1207;ReadPosRankSum=-0.982;SC=AGCGGCCCCACCGCCCGGCGC;SOR=4.849;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=47;TCF=4;TCR=43;TR=45;WE=83680434;WS=83680416;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,47:0.96:49
chr15	83686759	rs17158127	T	C	1052.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=26;NR=0;PP=675;SC=TTGTGGCCATTTATGTTTTTG;SOR=4.112;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=27;TCF=26;TCR=1;TR=26;WE=83686767;WS=83686749;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr15	83735449	rs66531444	AGCCCG	A	1625.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=10;PP=1233;SC=GGGATCTCCCAGCCCGGCCCG;SOR=0.914;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=23;TCF=13;TCR=10;TR=21;WE=83735467;WS=83735439;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
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chr15	83838099	rs11259967	G	A	1212.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.132;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.442;NF=12;NR=25;PP=626;ReadPosRankSum=1.353;SC=CCCGGGAGGCGGAGCTTGCAG;SOR=0.794;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=59;TCF=20;TCR=39;TR=37;WE=83838107;WS=83838089;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,51:0.64:80
chr15	83933572	rs76169557	A	G	13165.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.516;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=938;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=151;NR=217;PP=2962;ReadPosRankSum=0.432;SC=TGCATCCTAAACCCAAACCAG;SOR=0.708;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=580;TCF=239;TCR=341;TR=368;WE=83933580;WS=83933562;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:337,594:0.64:931
chr15	83937081	rs11854520	C	T	2220.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-2.362;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.513;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=58;PP=1487;ReadPosRankSum=0.247;SC=TTCGGCAGCACTTATTGAGCA;SOR=0.496;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=123;TCF=35;TCR=88;TR=84;WE=83937089;WS=83937071;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,94:0.68:139
chr15	83952138	rs113930428	A	T	249.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-1.624;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=9;PP=154;ReadPosRankSum=-0.382;SC=GAGACCCCGCAGCGGCCTCCT;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=1;TCR=19;TR=9;WE=83952146;WS=83952128;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,11:0.50:22
chr15	84116490	rs62027509	C	A	521.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-3.750;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=21;PP=406;ReadPosRankSum=-0.853;SC=GGGCCGCCTGCTCTCTCCTCG;SOR=0.909;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=66;TCF=4;TCR=62;TR=21;WE=84116498;WS=84116480;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,25:0.33:76
chr15	84257351	rs7182482	G	A	1612.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.131;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.382;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=14;PP=1078;ReadPosRankSum=-1.955;SC=AAGGCAGAGAGGATGTGTGTT;SOR=0.969;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=158;TCF=121;TCR=37;TR=65;WE=84257359;WS=84257341;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:146,84:0.37:230
chr15	84324441	rs2730080	G	A	5676.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.414;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=411;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.850;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=113;NR=65;PP=2811;ReadPosRankSum=-0.098;SC=TGCCATGGGGGCCAGAGCTGG;SOR=0.869;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=260;TCF=160;TCR=100;TR=178;WE=84324449;WS=84324431;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:146,262:0.64:408
chr15	84373319	rs3079595	C	CAG	5332.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=85;PP=2957;SC=GGTCAGGAAACTGTCTCTAAA;SOR=2.776;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=86;TCF=0;TCR=86;TR=85;WE=84373327;WS=84373309;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr15	84373370	rs890309	G	A	734.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=0.821;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=39;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-1.442;NF=3;NR=28;PP=609;ReadPosRankSum=1.146;SC=TGCAATACAAGTACAACAGAC;SOR=1.119;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=41;TCF=3;TCR=38;TR=31;WE=84373378;WS=84373360;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,29:0.69:42
chr15	84473531	rs7179507	G	A	1067.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=24;PP=752;SC=CTCTAAAACTGATGGTCTCTT;SOR=1.493;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=34;TCF=10;TCR=24;TR=34;WE=84473539;WS=84473521;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr15	84488529	rs4583200	T	C	799.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=0.993;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.368;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=7;PP=449;ReadPosRankSum=-0.169;SC=TCTCACTGGGTGATGTGCATG;SOR=0.268;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=37;TCF=29;TCR=8;TR=26;WE=84488537;WS=84488519;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,32:0.70:46
chr15	84488636	rs4483821	A	G	3504.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.740;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=249;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.504;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=70;NR=47;PP=1664;ReadPosRankSum=0.069;SC=TATCAGGGGCATTACTATGAA;SOR=0.628;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=169;TCF=103;TCR=66;TR=117;WE=84488644;WS=84488626;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,165:0.67:245
chr15	84507075	rs12901128	C	T	1228.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-1.510;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.898;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.756;NF=12;NR=34;PP=727;ReadPosRankSum=0.829;SC=TTGGAAGTAGCTTTTGTACCA;SOR=0.898;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=74;TCF=20;TCR=54;TR=46;WE=84507083;WS=84507065;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,56:0.62:90
chr15	84539619	rs4144691	C	G	5390.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.026;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=363;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.841;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=76;NR=64;PP=2234;ReadPosRankSum=-0.130;SC=CGGCGTCTTTCTCGTAGAAAA;SOR=0.782;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=215;TCF=114;TCR=101;TR=140;WE=84539627;WS=84539609;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:119,242:0.67:361
chr15	84554018	rs8028931	G	C	2071.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.964;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.458;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=44;PP=1161;ReadPosRankSum=0.889;SC=AGATAAATTAGACATTTACAT;SOR=0.458;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=105;TCF=32;TCR=73;TR=66;WE=84554026;WS=84554008;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,89:0.66:135
chr15	84566444	rs7162129	T	C	1255.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=2.467;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=4;PP=845;ReadPosRankSum=-1.331;SC=GAAATACAAGTATCACAGAAA;SOR=0.898;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=58;TCF=51;TCR=7;TR=40;WE=84566452;WS=84566434;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,47:0.71:66
chr15	84568504	rs6603004	A	G	12738.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.648;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=858;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=161;NR=209;PP=2962;ReadPosRankSum=0.823;SC=GACCTTTTGTAGGAATAATCA;SOR=0.669;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=538;TCF=234;TCR=304;TR=370;WE=84568512;WS=84568494;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:260,585:0.69:845
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chr15	84582124	rs4842838	G	T	6150.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=2.322;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=442;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.180;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=130;PP=2962;ReadPosRankSum=-2.161;SC=AGCAACATGCGTGGGAGGTAT;SOR=0.824;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=303;TCF=96;TCR=207;TR=188;WE=84582132;WS=84582114;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:167,269:0.62:436
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chr15	84651290	rs7176737	T	C	10936.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.816;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=706;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=180;NR=137;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.660;SC=TAAAAATCCATGGTCTTGCTG;SOR=0.665;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=467;TCF=265;TCR=202;TR=317;WE=84651298;WS=84651280;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:214,483:0.69:697
chr15	84657643	rs11629550	T	A	1410.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.135;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.70;ReadPosRankSum=2.799;SOR=0.661;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,62:0.65:96
chr15	84749820	rs139071720	TTTA	T	2013.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.549;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FS=0.613;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.04;MQRankSum=1.280;QD=9.41;ReadPosRankSum=2.715;SOR=0.781;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:153,61:0.29:214
chr15	84753177	rs12437525	A	G	2438.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=29;NR=41;PP=1317;SC=AATTGCTGGCAAGAAAAACAG;SOR=1.006;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=73;TCF=30;TCR=43;TR=70;WE=84753185;WS=84753167;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr15	84758840	rs1567086	A	G	1248.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.991;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.420;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=3;PP=785;ReadPosRankSum=-1.754;SC=AGACCCCGTCACTACAAAAAT;SOR=1.675;SbPval=0.95;Source=Platypus;TC=75;TCF=64;TCR=11;TR=45;WE=84758848;WS=84758830;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,56:0.65:86
chr15	84950209	rs10152249	T	C	2517.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=26;NR=50;PP=1997;SC=ATGGCAAATTTTGACCATTGC;SOR=1.310;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=76;TCF=26;TCR=50;TR=76;WE=84950217;WS=84950199;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr15	85149771	rs2271433	G	T	14221.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=547;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=148;NR=169;PP=2965;SC=TGTAGCTGTCGTTGCTTCCCT;SOR=0.805;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=319;TCF=148;TCR=171;TR=317;WE=85149779;WS=85149761;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,545:1.00:545
chr15	85159397	rs10083683	C	G	1919.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=38;NR=11;PP=1248;SC=GAACCTGGGACGCAGAGGTTG;SOR=1.926;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=49;TCF=38;TCR=11;TR=49;WE=85159405;WS=85159387;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr15	85163998	rs2044502	G	C	12076.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=440;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=183;NR=141;PP=2965;SC=CAGGGACACAGCCCAGGTGAG;SOR=0.900;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=324;TCF=183;TCR=141;TR=324;WE=85164006;WS=85163988;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,433:1.00:433
chr15	85175102	rs2121452	G	A	9549.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.651;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=363;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=152;NR=99;PP=2965;ReadPosRankSum=1.849;SC=TTTAGAGTGCGGTTGCAAAGC;SOR=0.383;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=252;TCF=153;TCR=99;TR=251;WE=85175110;WS=85175092;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,360:1.00:361
chr15	85186637	rs510875	G	C	1193.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=26;NR=3;PP=728;SC=AGTCCTACATGAGCACCCTTG;SOR=2.670;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=29;TCF=26;TCR=3;TR=29;WE=85186645;WS=85186629;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr15	85188994	rs2271432	T	C	28341.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=1079;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=290;NR=349;PP=2965;SC=CCAGCCGGCCTGAAGCACAGC;SOR=0.827;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=641;TCF=290;TCR=351;TR=639;WE=85189002;WS=85188984;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,1065:1.00:1065
chr15	85191274	rs7169629	C	G	6374.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=45;NR=98;PP=2965;SC=GCTTGGGACTCCACTTCCCAT;SOR=1.309;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=144;TCF=45;TCR=99;TR=143;WE=85191282;WS=85191264;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,228:1.00:228
chr15	85198362	rs1107179	G	T	2820.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=62;NR=21;PP=1954;SC=ACCAGGCATTGTATGTAAAGA;SOR=1.863;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=83;TCF=62;TCR=21;TR=83;WE=85198370;WS=85198352;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr15	85200754	rs2292462	G	T	1613.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=41;PP=1174;SC=TGGTGGCAAAGCCTGCTCCCT;SOR=4.534;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=45;TCF=4;TCR=41;TR=45;WE=85200762;WS=85200744;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr15	85231144	rs16974494	G	C	569.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=15;PP=482;SC=ACAGAAATGTGTATTGTTCTC;SOR=3.383;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=17;TCF=2;TCR=15;TR=17;WE=85231152;WS=85231134;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr15	85235757	rs12900890	C	T	2216.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=16;NR=38;PP=1122;SC=CTCCAACAAACTCTAAAATTC;SOR=1.525;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=55;TCF=17;TCR=38;TR=54;WE=85235765;WS=85235747;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr15	85259053	rs6496355	C	A	2945.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=68;NR=22;PP=1974;SC=GCCCCGCCCCCGGTAGGCCCT;SOR=2.124;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=90;TCF=68;TCR=22;TR=90;WE=85259061;WS=85259043;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr15	85333953	rs2241645	A	G	4534.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.860;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=775;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.553;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=83;NR=74;PP=2214;ReadPosRankSum=0.918;SC=AGGTATGCCAAATGCTGCTGC;SOR=0.608;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=459;TCF=255;TCR=204;TR=157;WE=85333961;WS=85333943;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:515,255:0.33:770
chr15	85341859	rs8182086	G	A	6993.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=0.548;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1420;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.206;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=108;NR=150;PP=2962;ReadPosRankSum=0.184;SC=GAGCTGTCAAGCCTCCAGTCT;SOR=0.826;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=819;TCF=371;TCR=448;TR=258;WE=85341867;WS=85341849;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:985,426:0.30:1411
chr15	85360004	rs55736017	A	C	683.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=2.799;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.843;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=7;PP=410;ReadPosRankSum=-1.084;SC=AATCTATGCTAGTTACTGGGG;SOR=0.988;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=74;TCF=52;TCR=22;TR=28;WE=85360012;WS=85359994;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,34:0.35:98
chr15	85360101	rs11857356	T	C	1539.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.261;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=296;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.888;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=23;PP=920;ReadPosRankSum=-0.009;SC=GGCTTGTCTATGTGCTGGGCC;SOR=0.882;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=214;TCF=141;TCR=73;TR=73;WE=85360109;WS=85360091;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:202,89:0.31:291
chr15	85370597	rs891286	C	G	240.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.159;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.080;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=0;PP=138;ReadPosRankSum=-0.668;SC=CGGGGTGCTGCAGCTCTGGCC;SOR=1.581;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=18;TCR=4;TR=7;WE=85370605;WS=85370587;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,11:0.39:28
chr15	85382193	rs1896864	C	A	742.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.640;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FS=3.670;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.32;ReadPosRankSum=0.481;SOR=0.988;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:171,53:0.24:224
chr15	85383839	rs3803406	G	A	2606.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.299;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=521;ExcessHet=3.0103;FS=0.579;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.15;ReadPosRankSum=0.217;SOR=0.615;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:356,150:0.30:506
chr15	85401259	rs306197	C	T	6769.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=254;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=87;NR=91;PP=2965;SC=GAGGTTTCCCCTGAGGGGCCT;SOR=0.735;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=179;TCF=87;TCR=92;TR=178;WE=85401267;WS=85401249;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,243:1.00:243
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chr15	85402708	.	G	A	1576.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.099;ClippingRankSum=0.000;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.983;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=40;PP=924;ReadPosRankSum=0.025;SC=TGAACCTATCGCCTCATTAAT;SOR=1.134;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=84;TCF=21;TCR=63;TR=51;WE=85402716;WS=85402698;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,67:0.61:110
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chr15	85411692	rs3748380	C	T	1322.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=1.723;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.100;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=39;PP=764;ReadPosRankSum=0.203;SC=CGGTAGCCTCCGCAGAGGCTG;SOR=0.500;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=154;TCF=41;TCR=113;TR=55;WE=85411700;WS=85411682;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:118,66:0.36:184
chr15	85438397	rs8187753	A	C	475.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=5.052;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=14;PP=402;ReadPosRankSum=0.857;SC=GGGAGGGCCCATGAGCTGAGG;SOR=0.735;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=66;TCF=26;TCR=40;TR=22;WE=85438405;WS=85438387;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,22:0.31:72
chr15	85447220	rs1545470	C	T	1864.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-0.901;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.168;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=26;PP=1183;ReadPosRankSum=-1.386;SC=GCTGTTTCTCCTCCTCCCAGC;SOR=0.208;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=96;TCF=63;TCR=33;TR=74;WE=85447228;WS=85447210;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,80:0.79:101
chr15	85447431	rs2290272	G	A	3669.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.160;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=611;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.547;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=70;NR=65;PP=1817;ReadPosRankSum=1.435;SC=CTGCGTGTTCGTCGCTCTCCT;SOR=0.752;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=371;TCF=189;TCR=182;TR=135;WE=85447439;WS=85447421;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:396,208:0.34:604
chr15	85448684	rs2290270	G	C	1945.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=44;NR=8;PP=1336;SC=TCTGGGCAGGGCAATGCCCCC;SOR=2.531;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=52;TCF=44;TCR=8;TR=52;WE=85448692;WS=85448674;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr15	85448875	rs8187758	C	A	2286.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.310;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=366;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.971;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=41;PP=1159;ReadPosRankSum=0.394;SC=GCTGGGCGAGCAGATCCGGGT;SOR=0.575;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=229;TCF=108;TCR=121;TR=82;WE=85448883;WS=85448865;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:229,125:0.35:354
chr15	85448992	rs67047009	G	T	482.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-4.271;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=18;PP=309;ReadPosRankSum=0.021;SC=GAAGGCTTGGGACCTGGAGGG;SOR=0.501;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=54;TCF=7;TCR=47;TR=21;WE=85449000;WS=85448982;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,22:0.39:56
chr15	85451818	.	G	GCC	1195.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.029;ClippingRankSum=0.000;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.899;HP=9;HapScore=3;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=21;PP=637;ReadPosRankSum=-0.742;SC=GCCAGGTGGTGCCCCCCCCCG;SOR=0.569;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=70;TCF=33;TCR=37;TR=38;WE=85451826;WS=85451808;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,37:0.53:70
chr15	85451852	rs4980349	T	C	1100.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.272;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.218;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=-0.713;NF=28;NR=18;PP=619;ReadPosRankSum=1.258;SC=GGGGACTACGTCCCTGGGCCA;SOR=0.814;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=141;TCF=85;TCR=56;TR=46;WE=85451860;WS=85451842;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:120,63:0.34:183
chr15	85452095	rs2305365	C	T	62.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-1.235;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=4;PP=32;ReadPosRankSum=-0.125;SC=AGAGGGGAGTCTGGGCATGGT;SOR=0.465;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=15;TCF=2;TCR=13;TR=5;WE=85452103;WS=85452085;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,5:0.25:20
chr15	85461898	rs1562885	G	C	2444.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.125;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=321;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.927;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=46;PP=1175;ReadPosRankSum=-0.283;SC=GGTTCACACTGTCCCAGAATG;SOR=0.580;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=205;TCF=77;TCR=128;TR=75;WE=85461906;WS=85461888;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:190,125:0.40:315
chr15	85461971	rs1562884	G	A	766.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.086;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.029;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=25;PP=466;ReadPosRankSum=0.541;SC=CCCTTCCAGAGTCCCCTGTTC;SOR=0.916;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=70;TCF=7;TCR=63;TR=27;WE=85461979;WS=85461961;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,36:0.38:94
chr15	85467207	rs3825875	T	C	3850.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.252;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=717;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.39;ReadPosRankSum=-0.214;SOR=0.687;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:486,229:0.32:715
chr15	85467275	rs3803390	C	T	11813.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=2.068;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=857;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.156;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=156;NR=185;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.088;SC=CTGAAGTCCACGTTGTCATGA;SOR=0.817;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=530;TCF=250;TCR=280;TR=341;WE=85467283;WS=85467265;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:301,550:0.65:851
chr15	85469711	rs2343674	G	A	1020.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.562;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.987;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=7;PP=585;ReadPosRankSum=-1.478;SC=TAGGATTACAGGCATGAGCCA;SOR=0.954;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=51;TCF=36;TCR=15;TR=29;WE=85469719;WS=85469701;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,44:0.62:71
chr15	85476441	rs2305367	G	A	19131.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.174;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=760;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.424;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=202;NR=269;PP=2965;ReadPosRankSum=0.761;SC=CCCTCTCCAAGCTGGTCTACC;SOR=0.749;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=475;TCF=204;TCR=271;TR=471;WE=85476449;WS=85476431;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:7,742:0.99:749
chr15	85478153	rs7163966	G	T	4648.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=96;NR=37;PP=2759;SC=AGGATTTCCCGCTCTGAAATG;SOR=1.759;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=133;TCF=96;TCR=37;TR=133;WE=85478161;WS=85478143;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,164:1.00:164
chr15	85478410	rs2242048	A	G	13394.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.994;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=492;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=161;NR=135;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.615;SC=TGGACATCCAAGGGCTCAGCT;SOR=0.821;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=298;TCF=162;TCR=136;TR=296;WE=85478418;WS=85478400;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,479:1.00:481
chr15	85487960	rs11479919	GC	G	32142.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=970;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=91;NR=272;PP=2966;SC=CGGGGGCCCTGCCCCACCCAC;SOR=0.725;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=377;TCF=99;TCR=278;TR=363;WE=85487968;WS=85487940;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,947:1.00:947
chr15	85488128	rs2305366	G	A	1255.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.235;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=244;ExcessHet=3.0103;FS=12.911;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.30;ReadPosRankSum=1.185;SOR=1.464;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:168,69:0.29:237
chr15	85488572	rs8025045	T	G	4495.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=27;NR=106;PP=2943;SC=TTGGGAAGGGTTCATGGAGTG;SOR=2.425;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=133;TCF=27;TCR=106;TR=133;WE=85488580;WS=85488562;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,158:1.00:158
chr15	85607563	rs11073916	G	A	6710.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.061;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=456;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=126;NR=92;PP=2962;ReadPosRankSum=1.791;SC=CTCTTTCTCCGTTGTCTTTTC;SOR=0.689;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=311;TCF=181;TCR=130;TR=218;WE=85607571;WS=85607553;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:149,306:0.67:455
chr15	85607586	rs150857058	A	G	3208.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.081;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=556;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=51;PP=1409;ReadPosRankSum=-1.890;SC=TTTTAAGCCAATCTCTTTCTT;SOR=0.681;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=369;TCF=200;TCR=169;TR=112;WE=85607594;WS=85607576;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:368,185:0.33:553
chr15	85607670	rs11073917	G	T	7860.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.389;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=538;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.866;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=86;NR=128;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.004;SC=AATAATGAACGATGCTGTATT;SOR=0.872;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=315;TCF=132;TCR=183;TR=214;WE=85607678;WS=85607660;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:179,355:0.66:534
chr15	85632682	rs115312120	C	T	2831.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.751;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.608;HP=5;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=45;PP=1277;ReadPosRankSum=-0.189;SC=TTCTGGATTTCTTGTTTTGCT;SOR=0.597;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=113;TCF=50;TCR=63;TR=81;WE=85632690;WS=85632672;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,130:0.71:182
chr15	85632728	rs61246885	AT	A	1045.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.078;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.919;HP=11;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=31;PP=409;ReadPosRankSum=0.191;SC=CTCCAATATGATTTTTTTTTT;SOR=0.476;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=54;TCF=3;TCR=51;TR=33;WE=85632736;WS=85632718;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,64:0.69:93
chr15	85652486	rs2304420	G	C	1382.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=3.275;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.412;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=42;PP=1087;ReadPosRankSum=-0.288;SC=GAACCCTCTGGAAACTAGTGT;SOR=1.521;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=69;TCF=10;TCR=59;TR=48;WE=85652494;WS=85652476;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,50:0.71:70
chr15	85656568	rs2304422	A	G	3551.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=0.913;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=240;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=75;NR=44;PP=2052;ReadPosRankSum=0.827;SC=AGGTGCCCAGAGTTGTGCATG;SOR=0.701;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=185;TCF=116;TCR=69;TR=119;WE=85656576;WS=85656558;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,154:0.65:236
chr15	85659150	rs71466073	C	CA	974.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.249;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FS=4.584;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.05;MQRankSum=1.114;QD=5.45;ReadPosRankSum=-0.031;SOR=1.113;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:90,89:0.50:179
chr15	85681188	rs192260739	C	G	1719.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=2.494;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.191;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=47;PP=1263;ReadPosRankSum=1.577;SC=ATTTGGAATTCCTGAGGGCAG;SOR=1.387;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=75;TCF=15;TCR=60;TR=58;WE=85681196;WS=85681178;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,65:0.70:93
chr15	86029097	rs11856869	C	G	2560.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=7;NR=70;PP=2002;SC=AACCATATGTCCATGAATATA;SOR=4.021;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=78;TCF=7;TCR=71;TR=77;WE=86029105;WS=86029087;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr15	86064909	rs1483581	T	C	2301.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=9;NR=55;PP=1665;SC=GTGTAGACAGTATAAAAAAAT;SOR=2.864;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=64;TCF=9;TCR=55;TR=64;WE=86064917;WS=86064899;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr15	86087212	rs7162720	C	T	22293.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=831;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=262;NR=233;PP=2965;SC=GCCTTATTTCCCTCCTCTCAT;SOR=0.768;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=497;TCF=262;TCR=235;TR=495;WE=86087220;WS=86087202;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,824:1.00:824
chr15	86087309	rs2291049	T	C	18998.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=736;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=196;NR=251;PP=2965;SC=CAGCTCTGTATCTTGCCTTCT;SOR=0.894;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=449;TCF=198;TCR=251;TR=447;WE=86087317;WS=86087299;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,718:1.00:718
chr15	86123809	rs114703106	C	T	1859.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.752;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=311;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.645;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=41;PP=1064;ReadPosRankSum=-1.599;SC=GAGCCTGATACGCGGCCACTA;SOR=0.534;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=244;TCF=111;TCR=133;TR=79;WE=86123817;WS=86123799;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:206,102:0.33:308
chr15	86125304	rs7179919	C	T	1693.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.368;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.552;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=34;PP=798;ReadPosRankSum=-1.135;SC=CAGAGAAGATCATTTTACCTG;SOR=0.881;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=90;TCF=33;TCR=57;TR=52;WE=86125312;WS=86125294;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,76:0.63:120
chr15	86198561	rs1861856	G	C	2138.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.646;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=26;PP=1443;ReadPosRankSum=-0.136;SC=GGAATCCACTGAGAAGCCATT;SOR=0.738;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=113;TCF=76;TCR=37;TR=79;WE=86198569;WS=86198551;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,91:0.66:137
chr15	86253768	rs8037947	T	A	3534.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=2.963;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=259;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.676;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=89;NR=33;PP=2146;ReadPosRankSum=0.722;SC=TCAGGGCTTGTCAGAGGTGAA;SOR=0.839;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=203;TCF=147;TCR=56;TR=122;WE=86253776;WS=86253758;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:104,151:0.59:255
chr15	86253911	rs8038249	T	G	8644.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-2.258;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=599;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=103;NR=152;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.667;SC=ATTCCCTTTCTGACTTTCTGG;SOR=0.645;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=373;TCF=147;TCR=226;TR=255;WE=86253919;WS=86253901;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:194,402:0.67:596
chr15	86259233	.	CT	C	232.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.139;ClippingRankSum=0.000;DP=89;ExcessHet=3.0103;FS=2.551;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.36;MQRankSum=2.105;QD=3.37;ReadPosRankSum=-0.848;SOR=0.346;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:44,25:0.36:69
chr15	86273745	rs116261620	A	C	556.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.743;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FS=16.216;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.71;ReadPosRankSum=-1.159;SOR=2.164;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:115,35:0.23:150
chr15	86278174	rs2241267	C	T	1265.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.738;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FS=0.789;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.53;ReadPosRankSum=1.658;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:44,57:0.56:101
chr15	86278479	rs16943741	A	G	623.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.916;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.496;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=17;PP=360;ReadPosRankSum=0.397;SC=ACCGCTCCCAATCAGCAAATT;SOR=1.140;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=34;TCF=9;TCR=25;TR=22;WE=86278487;WS=86278469;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,27:0.69:39
chr15	86278770	rs11308004	AC	A	897.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.972;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=236;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.055;HP=10;HapScore=4;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=28;PP=1537;ReadPosRankSum=0.580;SC=AAAAAAAAAAACAACCCTATT;SOR=0.477;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=115;TCF=54;TCR=61;TR=44;WE=86278779;WS=86278746;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:128,82:0.39:210
chr15	86284342	rs16943792	C	T	2988.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.348;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.582;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=48;PP=1307;ReadPosRankSum=1.240;SC=AGAGGGCGCTCACTCGCAGCT;SOR=0.783;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=109;TCF=46;TCR=63;TR=83;WE=86284350;WS=86284332;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,137:0.71:194
chr15	86312698	.	T	C	8749.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.986;ClippingRankSum=0.000;DP=672;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=130;NR=132;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.598;SC=CTCAGCGTTCTCCTCGTTGAT;SOR=0.689;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=433;TCF=216;TCR=217;TR=262;WE=86312706;WS=86312688;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:270,390:0.59:660
chr15	86313048	rs2614657	T	C	4864.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.758;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=301;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=97;PP=2671;ReadPosRankSum=0.097;SC=ACATGGTGCGTCAGCTTGTGG;SOR=0.607;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=220;TCF=72;TCR=148;TR=144;WE=86313056;WS=86313038;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:92,205:0.69:297
chr15	86368835	rs4627292	A	G	726.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.61;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=10;NR=6;PP=293;SC=TCTCTCTACTAGGAGACTGCC;SOR=0.836;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=10;TCR=6;TR=16;WE=86368843;WS=86368825;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr15	86368898	rs4414449	G	A	1435.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.63;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=13;NR=10;PP=461;SC=AAGTAATTGCGGTCTTTGTCA;SOR=0.804;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=23;TCF=13;TCR=10;TR=23;WE=86368906;WS=86368888;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr15	86368959	rs4577031	A	T	1056.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=13;PP=408;SC=CTAAAGATTAATTTAGGGAGA;SOR=0.788;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=24;TCF=11;TCR=13;TR=24;WE=86368967;WS=86368949;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
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chr15	86685325	rs58977055	C	T	2189.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-1.103;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.570;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=53;PP=1303;ReadPosRankSum=-0.442;SC=CTCATGCTTTCATATGGCGGA;SOR=1.083;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=112;TCF=36;TCR=76;TR=75;WE=86685333;WS=86685315;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,94:0.69:137
chr15	86687082	rs62012444	C	A	2996.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=2.639;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.155;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=72;PP=1864;ReadPosRankSum=-0.339;SC=AAGAGGTACTCGTACTCCAAG;SOR=0.809;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=166;TCF=50;TCR=116;TR=103;WE=86687090;WS=86687072;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,129:0.61:212
chr15	86687116	rs62012445	C	T	1786.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-1.380;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.041;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=55;PP=1289;ReadPosRankSum=0.349;SC=TGAAAAGGCACTTCTAGGGTT;SOR=1.396;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=99;TCF=14;TCR=85;TR=62;WE=86687124;WS=86687106;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,70:0.61:114
chr15	86697596	rs7161846	G	C	10482.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.619;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=405;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=124;NR=96;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.734;SC=TTCCTCCACTGTACTCATTGT;SOR=0.848;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=224;TCF=125;TCR=99;TR=220;WE=86697604;WS=86697586;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,399:1.00:401
chr15	86702076	rs62012457	T	A	3064.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-4.126;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.973;HP=4;HapScore=1;MGOF=66;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=10;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.572;SC=AAGTTGCCCCTTAAAGATTTA;SOR=0.545;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=110;TCF=92;TCR=18;TR=71;WE=86702085;WS=86702066;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,77:0.69:112
chr15	86702077	rs138607491	TA	T	3055.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-3.287;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.973;HP=3;HapScore=1;MGOF=66;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=10;PP=2971;ReadPosRankSum=-0.584;SC=AGTTGCCCCTTAAAGATTTAA;SOR=0.545;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=84;TCF=68;TCR=16;TR=53;WE=86702085;WS=86702066;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,77:0.69:112
chr15	86768264	rs35578252	CT	C	502.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.725;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=377;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.06;MQRankSum=2.275;QD=1.86;ReadPosRankSum=1.271;SOR=0.742;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:189,81:0.30:270
chr15	86800209	rs1353578	C	T	6998.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=264;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=73;NR=113;PP=2965;SC=TCCCGGTCCCCGGGTGCATCA;SOR=1.077;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=186;TCF=73;TCR=113;TR=186;WE=86800217;WS=86800199;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,261:1.00:261
chr15	86806029	rs1566088	C	T	12084.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=465;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=142;NR=164;PP=2965;SC=TGGAAACAGACGTGAACAAGC;SOR=0.776;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=307;TCF=143;TCR=164;TR=306;WE=86806037;WS=86806019;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,452:1.00:452
chr15	86807761	rs10520618	A	G	13605.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.005;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=505;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQ=60.02;MQRankSum=0.104;NF=169;NR=172;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.435;SC=ATTCTTCTGAAAGTGAAATCC;SOR=0.370;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=346;TCF=171;TCR=175;TR=341;WE=86807769;WS=86807751;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,491:0.99:494
chr15	86809807	rs8041327	C	T	859.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=16;PP=459;SC=TGATGAAAATCCAGGTTAAAG;SOR=1.839;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=4;TCR=16;TR=20;WE=86809815;WS=86809797;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr15	86814654	rs11852354	T	G	2321.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=53;NR=12;PP=1582;SC=ATATTTATGATTGCATTTAGG;SOR=2.524;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=65;TCF=53;TCR=12;TR=65;WE=86814662;WS=86814644;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr15	86814866	rs11858435	A	G	11045.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=427;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=128;NR=143;PP=2965;SC=AGCCCACCCTATATTCTGTGA;SOR=0.799;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=272;TCF=128;TCR=144;TR=271;WE=86814874;WS=86814856;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,415:1.00:415
chr15	86838464	rs62015567	G	C	3311.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.411;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=267;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.779;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=68;NR=31;PP=1843;ReadPosRankSum=1.090;SC=TAATATACATGCCTGCTTTAT;SOR=0.883;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=181;TCF=119;TCR=62;TR=99;WE=86838472;WS=86838454;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:119,146:0.55:265
chr15	86940607	rs61998175	A	G	4364.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.836;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=371;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.383;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=75;NR=55;PP=1746;ReadPosRankSum=1.237;SC=GACATCGTCCATATCAGGTGA;SOR=0.739;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=209;TCF=123;TCR=86;TR=130;WE=86940615;WS=86940597;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:152,218:0.59:370
chr15	86940622	rs4362360	T	C	5071.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.794;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=404;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=75;NR=61;PP=1861;ReadPosRankSum=0.657;SC=AGGTGATCACTGCTCGAGTTC;SOR=0.701;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=219;TCF=123;TCR=96;TR=136;WE=86940630;WS=86940612;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:157,245:0.61:402
chr15	87089452	.	G	GT	116.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.160;ClippingRankSum=0.000;DP=73;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.54;ReadPosRankSum=-1.719;SOR=0.667;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,17:0.37:46
chr15	87097468	rs9788743	T	C	1118.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.925;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.436;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=6;PP=836;ReadPosRankSum=-0.877;SC=TTAGGGTTAATAAATGATTTA;SOR=0.046;SbPval=0.25;Source=Platypus;TC=56;TCF=50;TCR=6;TR=39;WE=87097476;WS=87097458;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,42:0.71:59
chr15	87099537	rs752270	T	C	5189.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.090;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=299;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.635;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=81;PP=2433;ReadPosRankSum=1.051;SC=AGCATTTATCTTGTGAAATTT;SOR=0.815;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=184;TCF=75;TCR=109;TR=134;WE=87099545;WS=87099527;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,224:0.75:297
chr15	87217488	rs11853730	T	C	7975.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=300;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=97;NR=82;PP=2965;SC=CAGTTAATGCTTTGTTTAACT;SOR=0.814;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=179;TCF=97;TCR=82;TR=179;WE=87217496;WS=87217478;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,295:1.00:295
chr15	87217613	rs8028043	A	G	4613.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=49;NR=83;PP=2575;SC=CTCCTGGCTCAAGCTGCAACT;SOR=1.199;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=132;TCF=49;TCR=83;TR=132;WE=87217621;WS=87217603;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,172:1.00:172
chr15	87217721	rs11856329	C	G	569.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=14;PP=383;SC=TTCCATTGCTCAATATCTCAG;SOR=2.948;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=16;TCF=2;TCR=14;TR=16;WE=87217729;WS=87217711;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr15	87531281	rs1006030	A	C	7602.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=282;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=89;NR=75;PP=2965;SC=TTGCCATTACAAACTTTTTCA;SOR=0.790;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=165;TCF=90;TCR=75;TR=164;WE=87531289;WS=87531271;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,279:1.00:279
chr15	88423463	rs1560975	C	T	2202.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.397;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=16;PP=1077;ReadPosRankSum=2.295;SC=TCTTATGAGCCCTCCCCCAAT;SOR=0.736;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=112;TCF=81;TCR=31;TR=63;WE=88423471;WS=88423453;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,95:0.64:149
chr15	88428702	rs2117655	C	A	180.79	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=2.200;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.9776;FS=6.532;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=7;NR=0;PP=144;ReadPosRankSum=0.719;SC=TAGAACAATACGGGAGAGTTA;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=8;TCR=1;TR=7;WE=88428710;WS=88428692;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,7:0.78:9
chr15	88459539	.	G	GA	208.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.198;ClippingRankSum=0.000;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.73;ReadPosRankSum=1.274;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,16:0.52:31
chr15	88476166	rs1006046	A	C	1300.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=3.437;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=5;PP=988;ReadPosRankSum=0.030;SC=GGGGTAGTATAATTTCTGGCT;SOR=1.179;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=56;TCF=50;TCR=6;TR=45;WE=88476174;WS=88476165;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,47:0.78:60
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chr15	88690736	rs202101442	CCTTCTTCTTCTTCTTCTTCTT	C,CCTTCTTCTTCTTCTTCTT	6687.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=322;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=23;NF=4,4;NR=79,79;PP=2995,2995;SC=GCTTTGTTTTCCTTCTTCTTC;SOR=1.513;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=128;TCF=8;TCR=120;TR=83,83;WE=88690767;WS=88690726;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.76,0.24:172
chr15	89056040	rs13835	C	A	967.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=30;NR=0;PP=745;SC=ACCCTCACTCCTCTCTCTGGC;SOR=5.486;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=30;TCF=30;TCR=0;TR=30;WE=89056048;WS=89056030;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr15	89071124	rs34611303	A	AAAC	2617.19	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.209;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FS=2.400;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.44;MQRankSum=0.654;QD=36.35;ReadPosRankSum=0.433;SOR=0.307;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:5,67:0.93:72
chr15	89151262	rs2350271	T	A	307.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-1.956;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=2;PP=143;ReadPosRankSum=-0.085;SC=TGGTTTTTTTTAATTATTATT;SOR=0.524;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=42;TCF=35;TCR=7;TR=13;WE=89151270;WS=89151252;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,17:0.34:50
chr15	89155014	rs41276928	C	T	1638.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.328;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.844;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=17;PP=715;ReadPosRankSum=-0.439;SC=GACCTGGTGGCGAGGGGAGGG;SOR=1.015;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=68;TCF=43;TCR=25;TR=50;WE=89155022;WS=89155004;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,76:0.73:104
chr15	89155270	rs12908122	A	G	212.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.704;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=10;PP=161;ReadPosRankSum=-1.029;SC=TCACCACCCTAAACACCCATC;SOR=0.819;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=50;TCF=18;TCR=32;TR=16;WE=89155278;WS=89155260;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,17:0.23:73
chr15	89169858	rs8027765	A	G	22636.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=870;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=241;NR=255;PP=2965;SC=CTACCATGGCAATGTCCTCTA;SOR=0.721;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=496;TCF=241;TCR=255;TR=496;WE=89169866;WS=89169848;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,866:1.00:866
chr15	89172352	rs3826040	C	T	2662.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=64;NR=12;PP=1864;SC=GCTGCCTCCCCCCACAGGGAT;SOR=3.030;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=77;TCF=64;TCR=13;TR=76;WE=89172360;WS=89172342;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr15	89172558	rs3743475	G	C	21869.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=826;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=217;NR=258;PP=2965;SC=CCCGGGATACGACCTATGTCC;SOR=0.801;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=476;TCF=217;TCR=259;TR=475;WE=89172566;WS=89172548;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,818:1.00:818
chr15	89173136	rs3826039	A	C	1860.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=52;NR=6;PP=1426;SC=TATGGTGTACAGTTGAGGTTC;SOR=3.841;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=58;TCF=52;TCR=6;TR=58;WE=89173144;WS=89173126;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr15	89173657	rs3826038	A	T	1378.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-1.901;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=34;PP=876;ReadPosRankSum=-0.637;SC=CCAGAGGAGTAGGGGTCATCT;SOR=2.066;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=40;TCF=5;TCR=35;TR=39;WE=89173665;WS=89173647;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,48:0.98:49
chr15	89193497	rs12595827	A	T	11017.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=438;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=113;NR=154;PP=2965;SC=ACGGCAGCTGAGTGAAAGCAA;SOR=0.908;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=267;TCF=113;TCR=154;TR=267;WE=89193505;WS=89193487;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,428:1.00:428
chr15	89193584	rs8041679	G	C	3534.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=22;NR=68;PP=2222;SC=GGCTGGGGCAGTCACAGCTGG;SOR=1.883;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=90;TCF=22;TCR=68;TR=90;WE=89193592;WS=89193574;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr15	89195245	rs59188950	C	T	3853.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-1.001;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=103;NR=14;PP=2838;ReadPosRankSum=-1.122;SC=CCCAAGGTCACACAGCCAGTC;SOR=1.528;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=121;TCF=107;TCR=14;TR=117;WE=89195253;WS=89195235;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,132:0.99:134
chr15	89195526	rs1137166	A	G	8539.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=302;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=56;NR=173;PP=2965;SC=AGCGCCTCCTACACAAGAGCA;SOR=1.804;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=230;TCF=56;TCR=174;TR=229;WE=89195534;WS=89195516;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,294:1.00:294
chr15	89385151	rs2293087	T	G	2155.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=2.498;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=331;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=69;PP=1419;ReadPosRankSum=0.984;SC=AAGGCCACCTTCCCCTCCCCA;SOR=0.719;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=274;TCF=70;TCR=204;TR=94;WE=89385159;WS=89385141;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:216,109:0.34:325
chr15	89386543	rs11324188	AG	A	7070.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.800;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=282;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=26.00;ReadPosRankSum=-0.799;SOR=1.013;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,270:0.99:272
chr15	89386652	rs34949187	G	A	3693.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.015;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=589;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.149;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQ=60.02;MQRankSum=1.343;NF=70;NR=52;PP=1564;ReadPosRankSum=-1.005;SC=GAGTGCCGGCGGCTGGGTGCC;SOR=0.609;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=353;TCF=205;TCR=148;TR=122;WE=89386660;WS=89386642;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:373,208:0.36:581
chr15	89390434	rs12911138	G	A	720.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.102;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.945;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=7;PP=319;ReadPosRankSum=0.915;SC=GCTGCACACCGTGGGTCCCTG;SOR=0.551;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=50;TCF=37;TCR=13;TR=26;WE=89390442;WS=89390424;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,36:0.51:70
chr15	89391160	rs2272023	C	A	2260.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.953;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=307;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=33;PP=1344;ReadPosRankSum=1.187;SC=TTGTGAGCCCCCGGACCCCAT;SOR=0.671;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=235;TCF=152;TCR=83;TR=93;WE=89391168;WS=89391150;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:180,116:0.39:296
chr15	89392745	rs1568116	T	C	11886.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=434;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=183;NR=110;PP=2965;SC=CTCACAATGCTACGCTGGCCA;SOR=1.073;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=293;TCF=183;TCR=110;TR=293;WE=89392767;WS=89392735;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,430:1.00:430
chr15	89398105	rs2351491	C	T	4015.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.629;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=595;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.187;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=92;NR=49;PP=1978;ReadPosRankSum=-2.433;SC=CTTGGCCTCCCACTGGCGCAG;SOR=0.586;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=404;TCF=270;TCR=134;TR=141;WE=89398113;WS=89398095;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:377,210:0.36:587
chr15	89398330	rs3743399	G	A	7516.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=1.660;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1166;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.156;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=111;NR=134;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.357;SC=CATCAGCCTCGGAAGAGCCGT;SOR=0.601;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=749;TCF=320;TCR=429;TR=245;WE=89398338;WS=89398320;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:752,409:0.35:1161
chr15	89398605	rs938608	G	T	3414.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.795;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=431;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.005;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=49;PP=958;ReadPosRankSum=-0.205;SC=GAGTGGCCCAGCACTCCTACG;SOR=0.914;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=257;TCF=106;TCR=151;TR=78;WE=89398613;WS=89398595;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:306,117:0.28:423
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chr15	89400339	rs2882676	A	C	1398.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.863;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=251;ExcessHet=3.0103;FS=2.381;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.69;ReadPosRankSum=0.915;SOR=0.522;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:169,77:0.31:246
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chr15	89402239	rs1042631	T	C	5451.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-1.521;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=829;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=93;NR=88;PP=2060;ReadPosRankSum=-0.734;SC=AAGCTAACCTTGAGAGATCCT;SOR=0.709;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=499;TCF=262;TCR=237;TR=181;WE=89402247;WS=89402229;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:520,302:0.37:822
chr15	89402596	rs698621	T	G	4348.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.433;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=868;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=75;NR=99;PP=2183;ReadPosRankSum=1.032;SC=CAACAGATGCTTCCATCCCAG;SOR=0.737;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=535;TCF=237;TCR=298;TR=174;WE=89402604;WS=89402586;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:587,263:0.31:850
chr15	89436244	rs8024779	T	C	2290.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.917;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=455;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.570;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=45;PP=1357;ReadPosRankSum=0.477;SC=TGGAGTCCTGTCTGGGCACTC;SOR=0.784;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=289;TCF=157;TCR=132;TR=101;WE=89436252;WS=89436234;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:316,138:0.30:454
chr15	89436295	rs8039131	G	A	3211.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.057;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=619;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.566;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=65;PP=1526;ReadPosRankSum=0.441;SC=ACTGCATCCTGCTGAGTGACT;SOR=0.769;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=345;TCF=168;TCR=177;TR=124;WE=89436303;WS=89436285;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:424,192:0.31:616
chr15	89444760	rs2015495	T	C	244.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.810;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.330;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=4;PP=113;ReadPosRankSum=0.623;SC=CCCAGCCCCATATCCCAAGAA;SOR=0.371;SbPval=0.2;Source=Platypus;TC=34;TCF=12;TCR=22;TR=9;WE=89444768;WS=89444750;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,15:0.35:43
chr15	89449137	rs3743388	C	G	1697.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.978;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=317;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.439;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=43;PP=900;ReadPosRankSum=0.790;SC=AAACTCCTAGCAGGGAAGGGA;SOR=0.724;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=200;TCF=84;TCR=116;TR=70;WE=89449145;WS=89449127;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:214,101:0.32:315
chr15	89450546	rs1878327	C	T	3146.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.437;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=682;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.64;ReadPosRankSum=-2.764;SOR=0.672;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:481,197:0.29:678
chr15	89450587	rs1878326	G	T	2123.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.048;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=498;ExcessHet=3.0103;FS=1.243;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.29;ReadPosRankSum=0.908;SOR=0.610;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:358,137:0.28:495
chr15	89731347	rs2239288	G	C	2964.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-1.178;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.617;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=67;NR=30;PP=1762;ReadPosRankSum=0.766;SC=CTGGCTTGCTGTGGCAAGGAA;SOR=0.615;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=145;TCF=102;TCR=43;TR=97;WE=89731355;WS=89731337;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,126:0.68:184
chr15	89734396	rs78702289	G	A	4422.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.317;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=317;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.916;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=96;PP=2553;ReadPosRankSum=0.914;SC=TGGCCATCACGGGCTCAGAAT;SOR=0.778;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=212;TCF=72;TCR=140;TR=147;WE=89734404;WS=89734386;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:117,195:0.62:312
chr15	89734466	rs2239287	G	A	387.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.375;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FS=3.517;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.51;ReadPosRankSum=0.789;SOR=1.553;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:66,20:0.23:86
chr15	89736558	rs6496562	T	C	5608.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.511;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=413;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=88;PP=2649;ReadPosRankSum=-2.434;SC=CAGGTAAGTGTTTCTTCCTGC;SOR=0.740;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=256;TCF=109;TCR=147;TR=152;WE=89736566;WS=89736548;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:161,252:0.61:413
chr15	89754954	rs950541	G	A	1253.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=2.744;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.350;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=9;PP=856;ReadPosRankSum=-0.522;SC=GCTGCCGTGCGACAGAACTCT;SOR=1.211;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=76;TCF=59;TCR=17;TR=48;WE=89754962;WS=89754944;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,53:0.65:81
chr15	89758552	rs4932483	A	G	2025.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=10;NR=50;PP=1440;SC=CAGAGACCTGACCTCCTGCCA;SOR=2.973;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=60;TCF=10;TCR=50;TR=60;WE=89758560;WS=89758542;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr15	89761664	rs3825991	C	A	2016.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=1.920;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.934;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=19;PP=1235;ReadPosRankSum=0.377;SC=ACCTTAGAACCGGCCAGTCTA;SOR=1.276;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=110;TCF=73;TCR=37;TR=68;WE=89761672;WS=89761654;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,86:0.65:133
chr15	89804043	rs17803620	C	T	6013.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=2.158;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=428;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.825;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=85;NR=78;PP=2590;ReadPosRankSum=-1.697;SC=AAAGAAATAGCGTCTGAGATC;SOR=0.748;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=258;TCF=131;TCR=127;TR=163;WE=89804051;WS=89804033;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:151,276:0.65:427
chr15	89804111	rs16942918	G	A	5133.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.006;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=345;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.878;HP=5;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=81;PP=2237;ReadPosRankSum=0.962;SC=TTGGGGGTAGGTTTTTGAGGG;SOR=0.641;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=214;TCF=93;TCR=121;TR=144;WE=89804119;WS=89804101;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:109,233:0.68:342
chr15	89805189	rs3217022	C	CTG	517.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=13;PP=525;ReadPosRankSum=0.733;SC=GAATTTATGTCTGGAGGTTTT;SOR=1.179;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=26;TCF=0;TCR=26;TR=13;WE=89805197;WS=89805179;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,14:0.61:23
chr15	89806710	rs1981623	C	T	3889.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.833;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=317;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.360;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=57;PP=2962;ReadPosRankSum=0.429;SC=CATCTTTTCCCTTTTCTTTGT;SOR=0.617;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=184;TCF=96;TCR=88;TR=114;WE=89806729;WS=89806700;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:125,189:0.60:314
chr15	89806721	rs1981624	G	A	4016.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.368;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=314;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=61;PP=2962;ReadPosRankSum=-2.066;SC=TTTTCTTTGTGTATCCTGCTT;SOR=0.697;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=186;TCF=91;TCR=95;TR=118;WE=89806729;WS=89806700;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:119,192:0.62:311
chr15	89811482	rs7497351	T	C	1013.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-1.314;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.314;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=9;PP=594;ReadPosRankSum=0.238;SC=TGCCACCACATCGGGCTGATT;SOR=0.421;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=55;TCF=43;TCR=12;TR=34;WE=89811498;WS=89811476;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,44:0.64:69
chr15	89811543	rs7496308	G	C	2452.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.481;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=28;PP=1588;ReadPosRankSum=-1.076;SC=ATCAAGTGATGCGCCCGCCTT;SOR=0.677;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=120;TCF=79;TCR=41;TR=82;WE=89811551;WS=89811533;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,101:0.70:144
chr15	89816541	rs72300014	TA	T	697.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.123;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FS=7.714;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.01;ReadPosRankSum=2.671;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:50,66:0.57:116
chr15	89816742	.	TAA	T	369.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.610;ClippingRankSum=0.000;DP=126;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.87;ReadPosRankSum=0.444;SOR=0.919;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,22:0.35:63
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chr15	89838236	rs7183618	G	A	9548.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=360;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=100;NR=114;PP=2965;SC=CTCTGCAGAAGGTACAGCAGC;SOR=0.774;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=215;TCF=101;TCR=114;TR=214;WE=89838244;WS=89838226;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,356:1.00:356
chr15	89838318	rs35875311	A	T	2693.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.081;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.572;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=53;PP=1406;ReadPosRankSum=1.144;SC=CCTCTGTGACATAACTCGGTA;SOR=0.641;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=129;TCF=44;TCR=85;TR=81;WE=89838326;WS=89838308;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,122:0.65:188
chr15	89844688	rs2159081	A	C	4689.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.228;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=339;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.862;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=82;PP=2290;ReadPosRankSum=-0.174;SC=TAGTACCGCTAACTTAATCCC;SOR=0.759;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=222;TCF=83;TCR=139;TR=130;WE=89844696;WS=89844678;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:128,209:0.62:337
chr15	89857698	rs16943011	T	G	1577.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=4.486;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.741;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=4;PP=2962;ReadPosRankSum=0.128;SC=GCCAAAAATTTTAGATTACTG;SOR=1.965;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=82;TCF=73;TCR=9;TR=56;WE=89857719;WS=89857688;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,57:0.63:91
chr15	89857711	rs71464462	A	ATACAAG	2728.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=2.132;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.520;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=4;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.576;SC=GATTACTGGTATACAACTGCA;SOR=2.042;SbPval=0.96;Source=Platypus;TC=88;TCF=73;TCR=15;TR=49;WE=89857719;WS=89857688;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,64:0.64:100
chr15	89858602	rs1138465	T	C	3883.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.529;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=301;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.453;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=75;PP=1566;ReadPosRankSum=0.775;SC=GAGAGGATGGTGAAGATGAAA;SOR=0.739;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=189;TCF=62;TCR=127;TR=107;WE=89858610;WS=89858592;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:107,183:0.63:290
chr15	89859932	rs3087377	A	AC	1334.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-0.632;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=13;PP=1240;ReadPosRankSum=-1.137;SC=GGGAGCCTGCACCACCCCGAT;SOR=0.800;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=62;TCF=39;TCR=23;TR=35;WE=89859940;WS=89859922;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,45:0.59:76
chr15	89860786	rs2307438	A	C	3752.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.432;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=235;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.110;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=70;PP=2039;ReadPosRankSum=0.228;SC=GACCCAATCTACTCTCACAGT;SOR=0.615;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=170;TCF=69;TCR=101;TR=120;WE=89860794;WS=89860776;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,163:0.70:232
chr15	89862341	rs2302084	A	G	12438.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.808;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=910;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=189;NR=195;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.713;SC=CTAAGGGACCAGAAACAGAGG;SOR=0.693;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=593;TCF=293;TCR=300;TR=384;WE=89862349;WS=89862331;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:329,569:0.63:898
chr15	89862366	rs2246900	T	C	11942.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=2.234;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=823;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.540;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=186;NR=180;PP=2962;ReadPosRankSum=0.202;SC=ACTTTGTCTTTCAGCATCTCA;SOR=0.718;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=572;TCF=286;TCR=286;TR=366;WE=89862374;WS=89862356;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:299,514:0.63:813
chr15	89863928	rs2307449	T	G	822.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=3.436;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.899;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=2;PP=601;ReadPosRankSum=-1.279;SC=GAACAGATGGTAGTACTAAAG;SOR=1.863;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=36;TCF=33;TCR=3;TR=27;WE=89863936;WS=89863919;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,31:0.67:46
chr15	89864316	rs2307433	G	GCTAC	10967.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.703;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=437;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.835;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.052;NF=44;NR=74;PP=2954;ReadPosRankSum=1.924;SC=CTGTCAATATGCTGAGGGGCT;SOR=0.573;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=219;TCF=87;TCR=132;TR=118;WE=89864324;WS=89864306;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:147,268:0.65:415
chr15	89866954	rs2072266	A	G	609.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=1.709;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.169;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=4;PP=395;ReadPosRankSum=0.801;SC=CTTAAGACCTAGGGAACTCTG;SOR=0.204;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=35;TCF=30;TCR=5;TR=21;WE=89866962;WS=89866944;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,24:0.63:38
chr15	89867154	rs2072267	A	G	5949.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.583;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=420;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.155;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=81;NR=87;PP=2743;ReadPosRankSum=-2.945;SC=CAAGGACCAAAGTAGTGAAGC;SOR=0.733;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=253;TCF=125;TCR=128;TR=168;WE=89867162;WS=89867144;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:147,270:0.65:417
chr15	89869768	rs3176183	A	AC	1416.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=1.062;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.603;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=4;PP=1287;ReadPosRankSum=-0.771;SC=CTGTGCCAGAACCCAGACCAG;SOR=1.221;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=71;TCF=60;TCR=11;TR=35;WE=89869776;WS=89869758;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,50:0.54:93
chr15	89871499	rs3176174	T	C	2394.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.494;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.499;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=22;PP=1712;ReadPosRankSum=-0.637;SC=GCCCTCCCCTTCAGGGCCTCT;SOR=0.539;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=148;TCF=111;TCR=37;TR=88;WE=89871507;WS=89871489;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,98:0.62:159
chr15	89876236	rs2283430	C	A	4476.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-2.323;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=298;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.615;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=109;NR=35;PP=2614;ReadPosRankSum=-1.267;SC=AGCACCCAGCCCGTAACAGGA;SOR=0.813;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=226;TCF=168;TCR=58;TR=144;WE=89876244;WS=89876226;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:102,189:0.65:291
chr15	89876827	.	T	TTGCTGC	4403.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.852;ClippingRankSum=0.000;DP=524;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.004;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=2.547;NF=20;NR=91;PP=2992;ReadPosRankSum=0.497;SC=GAGGCTGCTGTTGCTGCTGCT;SOR=0.826;SbPval=0.21;Source=Platypus;TC=247;TCF=35;TCR=212;TR=111;WE=89876837;WS=89876817;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:129,190:0.60:319
chr15	90022837	rs2289352	C	T	301.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.805;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FS=2.746;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.13;ReadPosRankSum=1.072;SOR=1.229;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:54,19:0.26:73
chr15	90023558	rs17807723	G	A	9253.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.628;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=626;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.561;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=107;NR=151;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.145;SC=TCTAGGTTGCGTCGGTAGAGG;SOR=0.764;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=371;TCF=158;TCR=213;TR=258;WE=90023566;WS=90023548;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:204,419:0.67:623
chr15	90026485	rs4932134	T	C	755.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=1.376;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.982;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=19;PP=431;ReadPosRankSum=-0.990;SC=GCTGGGGCAATAGCAAAAAGT;SOR=0.213;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=75;TCF=13;TCR=62;TR=25;WE=90026493;WS=90026475;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,35:0.38:91
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chr15	90118767	rs56144360	G	A	3820.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.289;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=286;ExcessHet=3.0103;FS=1.146;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.10;ReadPosRankSum=0.217;SOR=0.817;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:99,172:0.63:271
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chr15	90129227	rs1540503	A	C	2496.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.904;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=5.593;HP=1;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=49;PP=1511;ReadPosRankSum=1.713;SC=CAGTCTTTTCAAGCATCGGGA;SOR=1.996;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=60;TCF=11;TCR=49;TR=59;WE=90129235;WS=90129217;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,86:0.99:87
chr15	90135172	rs35892197	C	T	749.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-0.092;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.145;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=3;PP=615;ReadPosRankSum=-0.436;SC=CTTTGTATGTCCTTTGGAGGG;SOR=0.952;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=97;TCF=85;TCR=12;TR=32;WE=90135180;WS=90135162;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,34:0.33:103
chr15	90135196	rs8041127	A	G	5035.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=126;NR=35;PP=2965;SC=CAGTCAGTCCAGGGGAGGAGC;SOR=2.228;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=163;TCF=128;TCR=35;TR=161;WE=90135204;WS=90135186;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,188:1.00:188
chr15	90135432	rs34494298	A	G	7806.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=295;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=72;NR=145;PP=2965;SC=TATCTCTTGAATATTGATTAT;SOR=1.387;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=219;TCF=73;TCR=146;TR=217;WE=90135440;WS=90135422;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,285:1.00:285
chr15	90138670	rs8042146	C	T	4481.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=62;NR=48;PP=1881;SC=ATACCATGTGCCGTTCCTTAA;SOR=0.867;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=111;TCF=62;TCR=49;TR=110;WE=90138678;WS=90138660;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,172:1.00:172
chr15	90138926	rs16974170	A	G	251.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-1.996;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.315;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=8;PP=179;ReadPosRankSum=0.000;SC=TTTATTGACTATCTGCTACAT;SOR=0.662;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=17;TCF=8;TCR=9;TR=13;WE=90138934;WS=90138916;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,12:0.71:17
chr15	90144851	rs4932233	T	C	5219.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=83;NR=89;PP=2965;SC=TCAAAACCTATGTATGGTGTT;SOR=0.736;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=172;TCF=83;TCR=89;TR=172;WE=90144859;WS=90144841;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,188:1.00:188
chr15	90144894	rs4932234	T	C	6555.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-0.583;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=111;NR=84;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.079;SC=AGGACTACTTTTTAGGCTGGG;SOR=0.349;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=198;TCF=112;TCR=86;TR=195;WE=90144902;WS=90144884;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,218:1.00:219
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chr15	90159575	rs56036125	T	C	5595.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=1.778;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=433;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.139;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=95;NR=52;PP=2682;ReadPosRankSum=0.530;SC=CCCTTGGCCTTACTGCTGCTT;SOR=0.795;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=252;TCF=157;TCR=95;TR=147;WE=90159583;WS=90159565;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:169,256:0.60:425
chr15	90161355	rs2289486	G	A	11112.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-2.280;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=438;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=154;NR=112;PP=2965;ReadPosRankSum=0.165;SC=GTGGTATGGAGTAATCCTTGT;SOR=0.314;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=267;TCF=155;TCR=112;TR=266;WE=90161363;WS=90161345;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,432:1.00:433
chr15	90168108	rs894157	C	T	10784.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=2.013;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=393;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.169;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=117;NR=129;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.023;SC=GATGCCTTCCCGTGACGTGCA;SOR=0.348;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=249;TCF=118;TCR=131;TR=246;WE=90168116;WS=90168098;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,389:1.00:390
chr15	90168693	rs1866928	T	A	6321.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.459;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=419;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.192;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=76;NR=89;PP=2807;ReadPosRankSum=-0.862;SC=ACTGCTTGAGTCAGAGGGCAA;SOR=0.752;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=249;TCF=120;TCR=129;TR=165;WE=90168701;WS=90168683;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:127,282:0.69:409
chr15	90169331	rs55653159	A	G	6116.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-0.138;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=477;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=69;NR=95;PP=2610;ReadPosRankSum=-2.902;SC=TTCCTGTGACAGACTGTCTGA;SOR=0.705;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=275;TCF=118;TCR=157;TR=164;WE=90169339;WS=90169321;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:182,289:0.61:471
chr15	90170237	rs3743372	C	T	3808.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.373;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=252;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.516;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=70;PP=1883;ReadPosRankSum=-0.750;SC=TCCTTTCAGTCGCGCTTTCTC;SOR=0.772;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=177;TCF=79;TCR=98;TR=125;WE=90170245;WS=90170227;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,172:0.70:244
chr15	90172133	rs12914042	C	G	1256.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.719;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.172;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=31;PP=919;ReadPosRankSum=2.040;SC=AATAAAGGCTCGAGGGAGAGT;SOR=0.806;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=165;TCF=80;TCR=85;TR=57;WE=90172141;WS=90172123;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:139,64:0.32:203
chr15	90172419	rs143394914	GGGGTGGGGGCTGTGGGCTGGGT	G	884.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.68;BaseQRankSum=-0.761;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.125;HP=4;HapScore=2;MGOF=30;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=1.042;NF=1;NR=10;PP=2971;ReadPosRankSum=3.145;SC=CAGGGCTGTGGGGGTGGGGGC;SOR=0.874;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=23;TCF=4;TCR=19;TR=11;WE=90172448;WS=90172409;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,24:0.50:48
chr15	90172600	rs74251725	G	A	1203.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-3.353;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.114;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=7;PP=906;ReadPosRankSum=0.753;SC=GGGCCGGGCTGCTCACCTCGA;SOR=0.917;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=66;TCF=56;TCR=10;TR=44;WE=90172608;WS=90172590;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,50:0.63:79
chr15	90172834	rs72750748	T	G	11053.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.914;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=824;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.537;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=147;NR=170;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.843;SC=GGCTCAGCCCTCATCATGACC;SOR=0.740;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=515;TCF=243;TCR=272;TR=317;WE=90172842;WS=90172824;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:304,514:0.63:818
chr15	90173734	rs35820949	C	CAG	882.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=3.857;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.342;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=22;PP=906;ReadPosRankSum=1.674;SC=CCTGCAGAGACGGGCACGCGT;SOR=1.121;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=57;TCF=1;TCR=56;TR=22;WE=90173742;WS=90173724;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,25:0.37:68
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chr15	90177157	rs894156	C	T	7123.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.319;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=503;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=82;NR=128;PP=2962;ReadPosRankSum=-2.612;SC=ACGGGGCTACCGCGAGCCTGC;SOR=0.703;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=334;TCF=138;TCR=196;TR=210;WE=90177167;WS=90177147;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:167,331:0.66:498
chr15	90177159	rs11633151	C	T	2606.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.528;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=482;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.557;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=66;PP=2962;ReadPosRankSum=3.105;SC=GGGGCTACCGCGAGCCTGCCA;SOR=0.635;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=325;TCF=134;TCR=191;TR=118;WE=90177167;WS=90177147;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:317,159:0.33:476
chr15	90188514	rs894159	A	G	9577.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=357;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=135;NR=102;PP=2965;SC=GCTGGCCCAGAACCGTGGAGG;SOR=0.899;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=237;TCF=135;TCR=102;TR=237;WE=90188522;WS=90188504;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,349:1.00:349
chr15	90190048	rs1110060	A	G	1131.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.067;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.467;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=21;PP=497;ReadPosRankSum=0.701;SC=ACCCAGCCTCACCCTCTTCTC;SOR=0.540;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=170;TCF=101;TCR=69;TR=48;WE=90190056;WS=90190038;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:161,70:0.30:231
chr15	90191827	rs8037349	T	C	6055.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=100;NR=43;PP=2930;SC=CCGCTCGCCGTCTCTTCGGGT;SOR=1.386;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=143;TCF=100;TCR=43;TR=143;WE=90191835;WS=90191817;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,222:1.00:222
chr15	90192905	rs4932240	T	C	6465.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=145;NR=48;PP=2965;SC=AGGTAAGCACTCCACTCCAAA;SOR=1.997;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=193;TCF=145;TCR=48;TR=193;WE=90192913;WS=90192895;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,227:1.00:227
chr15	90195712	rs11634571	G	A	1197.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=2.783;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.342;HP=1;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=11;PP=772;ReadPosRankSum=-0.558;SC=CTAGGAAATCGACTCTTCCTC;SOR=0.822;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=141;TCF=108;TCR=33;TR=50;WE=90195720;WS=90195702;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:122,62:0.34:184
chr15	90195765	rs11630003	AA	GG	19828.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=450;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=169;NR=89;PP=2947;SC=GCAAGAGGACAAGGCAGAAAT;SOR=1.132;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=278;TCF=174;TCR=104;TR=258;WE=90195774;WS=90195755;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,439:1.00:439
chr15	90195967	rs8179066	C	G	15634.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=594;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=147;NR=210;PP=2965;SC=CCTCCTGCCCCGCATCCTCGG;SOR=0.932;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=358;TCF=147;TCR=211;TR=357;WE=90195975;WS=90195957;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,585:1.00:585
chr15	90196008	rs8179065	C	T	6823.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-0.498;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=517;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.538;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=74;NR=109;PP=2962;ReadPosRankSum=0.541;SC=AAGTGTCGGTCACGGCCCAGA;SOR=0.635;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=305;TCF=121;TCR=184;TR=183;WE=90196016;WS=90195998;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:201,307:0.60:508
chr15	90208310	rs1052700	A	T	1222.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-2.740;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=37;PP=846;ReadPosRankSum=-0.442;SC=CTGGGAGCCTAGATCATCAGA;SOR=1.011;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=61;TCF=13;TCR=48;TR=47;WE=90208318;WS=90208300;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,49:0.79:62
chr15	90211047	rs894162	A	T	4277.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=15;NR=107;PP=2965;SC=GGCAGCAGATAGCTGGCTCAA;SOR=3.643;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=122;TCF=15;TCR=107;TR=122;WE=90211055;WS=90211037;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,140:1.00:140
chr15	90213134	rs2304794	T	A	3185.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=68;NR=26;PP=2053;SC=CAGTGGCTGGTTGAGCCACCT;SOR=1.609;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=94;TCF=68;TCR=26;TR=94;WE=90213142;WS=90213124;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr15	90213229	rs6496589	G	C	9335.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=350;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=141;NR=82;PP=2965;SC=TCCTTGTCTGGAGGGAGGAGG;SOR=1.116;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=226;TCF=143;TCR=83;TR=223;WE=90213237;WS=90213219;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,341:1.00:341
chr15	90214948	rs1077903	C	A	3509.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=29;NR=70;PP=2150;SC=TGCCCTCTTTCGCCCTTGTCT;SOR=1.628;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=99;TCF=29;TCR=70;TR=99;WE=90214956;WS=90214938;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr15	90226947	rs7169981	C	A	10036.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=369;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=131;NR=137;PP=2965;SC=GATCCCTGACCAGGCTCAGCA;SOR=0.715;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=268;TCF=131;TCR=137;TR=268;WE=90226955;WS=90226937;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,368:1.00:368
chr15	90245174	rs4287542	T	A	3732.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=33;NR=61;PP=1809;SC=CTGGTGAACCTTCTGTTTGAC;SOR=1.237;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=94;TCF=33;TCR=61;TR=94;WE=90245182;WS=90245164;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,139:1.00:139
chr15	90245253	rs4316730	C	T	731.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=7;NR=17;PP=503;SC=TCCAGCCCACCGTCTACCCTC;SOR=1.697;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=7;TCR=17;TR=24;WE=90245261;WS=90245243;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr15	90245298	rs4306477	G	C	388.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=2;NR=9;PP=272;SC=GTAAGCAGTTGACCAGGAGCC;SOR=2.147;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=11;TCF=2;TCR=9;TR=11;WE=90245306;WS=90245288;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr15	90246336	rs16974175	A	G	14783.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=557;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=163;NR=175;PP=2965;SC=CCACAGATTTAGGGAATGAAA;SOR=0.752;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=338;TCF=163;TCR=175;TR=338;WE=90246344;WS=90246326;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,556:1.00:556
chr15	90248819	rs17238056	A	T	2893.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=29;NR=44;PP=1545;SC=ATAAGGAAGGACTTTACCTAG;SOR=1.036;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=74;TCF=29;TCR=45;TR=73;WE=90248827;WS=90248809;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr15	90255099	rs8036614	T	C	2069.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=1.366;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.033;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=11;PP=1413;ReadPosRankSum=-1.049;SC=TGTCCAATTCTTGTACAAAAA;SOR=2.599;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=66;TCF=54;TCR=12;TR=64;WE=90255107;WS=90255089;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,75:0.97:77
chr15	90260145	rs7163367	T	A	5235.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=59;NR=71;PP=2315;SC=TTCTCAGAACTCCCTTGGTCC;SOR=0.875;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=130;TCF=59;TCR=71;TR=130;WE=90260153;WS=90260135;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,201:1.00:201
chr15	90270567	rs3743117	T	C	2029.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=15;NR=34;PP=1065;SC=CAGGTGAGCCTCCTAATCCCG;SOR=1.426;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=49;TCF=15;TCR=34;TR=49;WE=90270575;WS=90270557;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr15	90274639	rs5814401	T	TG	5927.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.835;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.168;NF=38;NR=65;PP=2969;ReadPosRankSum=-0.444;SC=GTGCAGAGTCTGGGGGAACCG;SOR=0.953;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=112;TCF=45;TCR=67;TR=103;WE=90274647;WS=90274629;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,222:0.99:224
chr15	90293701	rs2305442	G	A	1509.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=27;NR=13;PP=710;SC=CTGTGCGCGGGGGCACGGACG;SOR=1.270;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=44;TCF=27;TCR=17;TR=40;WE=90293709;WS=90293691;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr15	90293776	rs2305441	A	C	2584.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=34;NR=28;PP=1094;SC=CCTGCCCTTCAGGGCACGCCG;SOR=0.845;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=62;TCF=34;TCR=28;TR=62;WE=90293784;WS=90293766;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr15	90294281	rs28368490	A	C	4413.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.602;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.98;MQRankSum=0.000;QD=42.85;ReadPosRankSum=1.262;SOR=0.638;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,102:0.99:103
chr15	90294289	rs28377352	T	G	4271.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.318;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.98;MQRankSum=0.000;QD=43.15;ReadPosRankSum=1.575;SOR=0.545;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,98:0.99:99
chr15	90294296	.	G	GCGGGGCTCGGCA	2969	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;FR=1.0000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=8;NR=22;PP=2969;QD=20;SC=GCCTGGCCGCGCGGGGCTCGC;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=59;TCF=12;TCR=47;TR=30;WE=90294314;WS=90294271;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:29,30:0.51:59
chr15	90294304	.	C	CG	3676.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=87;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.98;QD=44.30;SOR=1.048;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr15	90294306	.	C	G	1160	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;FR=1.0000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=31;NR=49;PP=1160;QD=14.9346401568;SC=GCGGGGCTCGCCACGGGGCTG;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=80;TCF=31;TCR=49;TR=80;WE=90294314;WS=90294271;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr15	90294306	.	C	CACGGGGCTCGG	4133.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=85;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.98;QD=49.80;SOR=0.987;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr15	90308026	rs35308090	G	T	522.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=10;PP=240;SC=TGCTTTTTTTGGTAGAGACAA;SOR=1.230;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=5;TCR=10;TR=15;WE=90308034;WS=90308016;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr15	90308061	rs34284515	T	G	761.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=33;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=11;PP=358;SC=GCCTAGGATGTTCTCGAACTC;SOR=0.906;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=19;TCF=8;TCR=11;TR=19;WE=90308069;WS=90308051;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr15	90308110	rs34936212	A	G	1025.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.72;QD=25.64;SOR=0.793;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr15	90308166	rs72754547	A	C	884.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=64;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=9;NR=9;PP=338;SC=GTAATTCTATATCAAAAAAGC;SOR=0.804;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=19;TCF=9;TCR=10;TR=18;WE=90308174;WS=90308156;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr15	90308194	rs72754548	G	A	561.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=22.47;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr15	90308231	rs62023459	A	T	580.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=65;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=4;NR=5;PP=160;SC=GGATTACGCCAGTAATCCTAG;SOR=0.818;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=9;TCF=4;TCR=5;TR=9;WE=90308239;WS=90308221;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr15	90308253	rs62024160	G	A	500.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.62;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=73;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=4;PP=134;SC=ACTTTGGGAGGCCGAGGCAGG;SOR=0.693;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=4;TCR=4;TR=8;WE=90308261;WS=90308243;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr15	90308305	rs62024161	T	C	288.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=35;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=5;PP=117;SC=CTGGCTAACATGGTGAAACCT;SOR=1.022;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=3;TCR=5;TR=8;WE=90308313;WS=90308295;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr15	90320134	rs199821487	AGGGCAGGGGCAG	A	5642.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=68;PP=2985;SC=GGCAGGGGCAAGGGCAGGGGC;SOR=1.441;Source=Platypus;TC=131;TCF=81;TCR=50;WE=90320153;WS=90320124;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,135:1.00:135
chr15	90328551	rs10584	G	C	8568.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-2.084;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=326;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=145;NR=81;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.185;SC=CACCTTGCATGGGGGCCGGGT;SOR=0.458;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=228;TCF=146;TCR=82;TR=226;WE=90328559;WS=90328541;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,316:1.00:317
chr15	90328774	rs71464487	A	AAC	8284.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.292;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.145;NF=7;NR=82;PP=2930;ReadPosRankSum=0.835;SC=CTGGGTCCCTAACAGCCTTGA;SOR=0.693;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=105;TCF=7;TCR=98;TR=89;WE=90328782;WS=90328764;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,190:0.99:191
chr15	90333616	rs8192299	T	C	3547.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=82;NR=25;PP=2286;SC=CAGGGCCACGTGGGAGAAGAA;SOR=2.404;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=107;TCF=82;TCR=25;TR=107;WE=90333624;WS=90333606;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr15	90333654	rs8192298	A	T	5232.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=95;NR=47;PP=2573;SC=CTGGGAAGGAAGTAGGCAGAG;SOR=1.381;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=142;TCF=95;TCR=47;TR=142;WE=90333662;WS=90333644;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,197:1.00:197
chr15	90333980	rs1992250	A	C	1417.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=18;NR=20;PP=1034;SC=ATACGCCCACACGCCACGTTT;SOR=0.784;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=18;TCR=20;TR=38;WE=90333988;WS=90333970;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr15	90334240	rs25654	A	G	11347.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=447;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=121;NR=125;PP=2965;SC=GACCTTGCCCAATGACGTTGT;SOR=0.711;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=250;TCF=124;TCR=126;TR=246;WE=90334248;WS=90334230;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,438:1.00:438
chr15	90334345	rs7168329	C	G	4955.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=46;NR=77;PP=2687;SC=CAGATGCTGTCTCAGCTACTG;SOR=1.080;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=123;TCF=46;TCR=77;TR=123;WE=90334353;WS=90334335;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,180:1.00:180
chr15	90334415	rs7169161	A	G	1813.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=46;PP=1240;SC=CTATGCCTGCATCCTCTCAAC;SOR=2.985;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=52;TCF=6;TCR=46;TR=52;WE=90334423;WS=90334405;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr15	90335379	rs8179197	G	C	10734.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.205;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=418;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=186;NR=101;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.319;SC=CCCACCCTGCGCCAAGACTCA;SOR=0.721;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=287;TCF=186;TCR=101;TR=287;WE=90335387;WS=90335369;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,397:0.99:400
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chr15	90335788	rs25651	C	T	10671.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=411;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=114;NR=165;PP=2965;SC=ATTAACCTCGCTGTACCTGCC;SOR=1.001;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=279;TCF=114;TCR=165;TR=279;WE=90335796;WS=90335778;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,398:1.00:398
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chr15	90455940	rs1256836	G	C	2156.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=69;PP=2157;SC=AGCCGGGGCAGGGGAGGCCGA;SOR=2.584;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=79;TCF=10;TCR=69;TR=79;WE=90455948;WS=90455930;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr15	90616617	rs2277556	T	C	1073.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-3.462;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.122;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=50;PP=746;ReadPosRankSum=1.703;SC=GAGCCCCGGCTGGGTGAAACT;SOR=1.139;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=168;TCF=23;TCR=145;TR=56;WE=90616625;WS=90616607;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:120,59:0.33:179
chr15	90617539	rs6496620	C	T	2996.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-2.161;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=499;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.158;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=53;PP=1383;ReadPosRankSum=1.948;SC=GGGCCAAGCGCAATGGACAGA;SOR=0.573;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=300;TCF=163;TCR=137;TR=110;WE=90617547;WS=90617529;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:316,170:0.35:486
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chr15	90627616	rs60147683	T	C	4819.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=2.072;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=377;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.424;HP=6;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=90;PP=2041;ReadPosRankSum=0.299;SC=ACATCAGGGGTGGCTCCAGGC;SOR=0.884;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=231;TCF=100;TCR=131;TR=153;WE=90627624;WS=90627606;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:143,229:0.62:372
chr15	90628537	rs11540478	G	A	7293.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.135;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=495;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.189;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=122;NR=84;PP=2962;ReadPosRankSum=0.230;SC=GGCGGGTGACGGTCCCATGAG;SOR=0.576;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=293;TCF=180;TCR=113;TR=206;WE=90628545;WS=90628527;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:154,327:0.68:481
chr15	90628777	rs9972549	T	C	1867.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=2.564;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=49;PP=1218;ReadPosRankSum=-0.835;SC=CTGTTCCAGGTCTCTTCACCC;SOR=0.730;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=96;TCF=19;TCR=77;TR=61;WE=90628785;WS=90628767;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,73:0.65:112
chr15	90634684	rs11316815	CG	C	4142.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.019;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=255;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=67;NR=36;PP=2427;ReadPosRankSum=1.105;SC=ACCAGGACAACGGGGGGGTCC;SOR=0.693;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=173;TCF=113;TCR=60;TR=103;WE=90634692;WS=90634674;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,161:0.66:243
chr15	90634941	rs10852126	A	G	4304.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-2.043;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=234;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.631;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.551;NF=45;NR=106;PP=2778;ReadPosRankSum=0.703;SC=CTCTCCTCCCAGCCAGGCCCG;SOR=0.626;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=190;TCF=56;TCR=134;TR=151;WE=90634949;WS=90634931;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,178:0.77:230
chr15	90634994	rs34936041	GC	G	1716.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-1.148;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.524;NF=0;NR=42;PP=1535;ReadPosRankSum=-2.777;SC=GGCTCCAGCTGCCCGGTGTCC;SOR=0.792;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=56;TCF=0;TCR=56;TR=42;WE=90635002;WS=90634984;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,55:0.81:68
chr15	90744960	rs11547964	G	A	495.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-0.066;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.499;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=17;PP=303;ReadPosRankSum=0.395;SC=GGATCAGCCTGCCTCTGGGTG;SOR=1.143;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=69;TCF=18;TCR=51;TR=20;WE=90744968;WS=90744950;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,26:0.32:82
chr15	90763285	rs3751658	C	A	1335.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-5.261;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.493;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=44;PP=879;ReadPosRankSum=-0.055;SC=CACACCCTGGCACAAAGCGCA;SOR=0.466;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=150;TCF=26;TCR=124;TR=53;WE=90763293;WS=90763275;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:111,65:0.37:176
chr15	90764202	rs7174036	A	G	4801.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.134;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=331;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.910;HP=5;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=80;NR=52;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.305;SC=CCATGTGTCCACCCTCCTGCA;SOR=0.627;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=204;TCF=126;TCR=78;TR=132;WE=90764211;WS=90764192;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:104,225:0.68:329
chr15	90764203	rs3825998	C	A	1832.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.509;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=334;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.431;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=27;PP=2106;ReadPosRankSum=1.284;SC=CATGTGTCCACCCTCCTGCAG;SOR=0.724;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=206;TCF=127;TCR=79;TR=74;WE=90764211;WS=90764192;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:227,105:0.32:332
chr15	90764219	rs4932305	G	A	1968.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-3.056;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=393;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.798;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=34;PP=949;ReadPosRankSum=0.883;SC=TGCAGAACATGGAGAACTTCA;SOR=0.583;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=222;TCF=131;TCR=91;TR=79;WE=90764227;WS=90764209;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:267,123:0.32:390
chr15	90764348	rs3825999	C	G	2306.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.037;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=493;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.569;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=55;PP=2826;ReadPosRankSum=1.532;SC=GGCAGGATGGCTTCATTGAGG;SOR=0.750;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=316;TCF=147;TCR=169;TR=102;WE=90764367;WS=90764338;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:340,144:0.30:484
chr15	90764359	rs3826001	T	G	2093.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.120;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=439;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=52;PP=2826;ReadPosRankSum=1.328;SC=TTCATTGAGGTTCCATGTAGG;SOR=0.725;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=294;TCF=130;TCR=164;TR=93;WE=90764367;WS=90764338;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:303,131:0.30:434
chr15	90765093	rs66795544	CG	C	5529.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=0;NR=90;PP=2951;SC=TTTCCCATCCCGCCAAGGAGT;SOR=2.985;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=92;TCF=0;TCR=92;TR=90;WE=90765112;WS=90765083;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr15	90765104	rs35147120	A	G	5216.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=13;NR=85;PP=2501;SC=GCCAAGGAGTACAGCTTGGCT;SOR=3.200;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=98;TCF=13;TCR=85;TR=98;WE=90765112;WS=90765083;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr15	90766754	rs908048	A	G	1526.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=46;NR=11;PP=1123;SC=ATGGCTCAGCATGTGCCTAAG;SOR=2.794;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=57;TCF=46;TCR=11;TR=57;WE=90766762;WS=90766744;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr15	90768156	rs1040083	A	G	6683.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=260;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=119;NR=64;PP=2965;SC=CCTGCCTGCCACCCCGAGGTG;SOR=1.257;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=183;TCF=119;TCR=64;TR=183;WE=90768164;WS=90768146;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,254:1.00:254
chr15	90768320	rs11073918	C	T	9868.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.641;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=399;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=122;NR=136;PP=2965;ReadPosRankSum=2.265;SC=CCGCATGCTGCTGCTGCAGCC;SOR=0.412;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=259;TCF=122;TCR=137;TR=258;WE=90768328;WS=90768310;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,375:0.99:378
chr15	90768452	rs144836049	C	T	3904.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.166;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=252;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.093;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=59;PP=1822;ReadPosRankSum=-1.280;SC=AAGGGGTGCACGTGGCTGGTG;SOR=0.601;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=157;TCF=69;TCR=88;TR=106;WE=90768460;WS=90768442;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,171:0.71:242
chr15	90768959	rs908044	A	C	5690.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.593;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=371;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.896;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=106;NR=60;PP=2554;ReadPosRankSum=1.668;SC=CAGCCTGTACAGGAGCTGTGG;SOR=0.831;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=242;TCF=150;TCR=92;TR=166;WE=90768967;WS=90768949;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:112,253:0.69:365
chr15	90771060	rs2271553	C	A	1710.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.643;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=303;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.895;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=34;PP=996;ReadPosRankSum=1.526;SC=AGGGGCATAGCCCAGAGGGAG;SOR=0.394;SbPval=0.26;Source=Platypus;TC=238;TCF=151;TCR=87;TR=79;WE=90771068;WS=90771050;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:203,95:0.32:298
chr15	90771704	rs3751656	G	A	8580.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-2.399;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=571;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.200;HP=5;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=119;NR=151;PP=2962;ReadPosRankSum=1.295;SC=CTAGCACCCCGCTCGATCACC;SOR=0.576;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=389;TCF=163;TCR=226;TR=270;WE=90771712;WS=90771694;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:176,381:0.68:557
chr15	90771750	rs3751655	T	G	11987.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.236;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=458;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=125;NR=176;PP=2965;ReadPosRankSum=1.964;SC=CCCCCCGGGGTCCCGAGTCTT;SOR=0.984;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=301;TCF=125;TCR=176;TR=301;WE=90771758;WS=90771729;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,443:0.99:447
chr15	90772200	rs1044246	G	A	1500.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-3.729;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.601;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=14;PP=914;ReadPosRankSum=-0.622;SC=GGAAGAGATAGCATGGCATGC;SOR=0.616;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=183;TCF=141;TCR=42;TR=61;WE=90772208;WS=90772190;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:140,74:0.35:214
chr15	90772831	rs7024	C	T	2834.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.036;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=608;ExcessHet=3.0103;FS=0.598;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.72;ReadPosRankSum=-0.003;SOR=0.624;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:427,173:0.29:600
chr15	90773782	rs2073706	C	T	878.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-2.625;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=18;PP=304;ReadPosRankSum=1.470;SC=AAGAGGAGGGCAGGGACTAAA;SOR=0.673;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=89;TCF=37;TCR=52;TR=31;WE=90773790;WS=90773772;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:100,55:0.35:155
chr15	90774259	rs1044813	G	C	1691.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.104;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=306;ExcessHet=3.0103;FS=1.524;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.60;ReadPosRankSum=1.460;SOR=0.815;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:211,91:0.30:302
chr15	90774447	rs34604050	TAGAG	T	10738.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=2.288;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1096;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.574;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQ=60.04;MQRankSum=3.098;NF=48;NR=87;PP=2966;ReadPosRankSum=-0.891;SC=CATCAAAGTCTAGAGAGCAGA;SOR=0.824;SbPval=0.26;Source=Platypus;TC=436;TCF=134;TCR=302;TR=135;WE=90774458;WS=90774437;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:746,312:0.29:1058
chr15	90775397	rs2073703	G	A	1007.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.113;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FS=6.099;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.46;ReadPosRankSum=-0.359;SOR=1.300;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:83,52:0.39:135
chr15	90775643	rs4451921	G	A	5465.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-2.050;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=363;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=104;PP=2640;ReadPosRankSum=0.255;SC=GCTGCTCATTGTCAACCAGGT;SOR=0.672;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=243;TCF=91;TCR=152;TR=168;WE=90775651;WS=90775633;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:110,248:0.69:358
chr15	90775700	rs4628940	G	A	882.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=1.685;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.713;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=32;PP=614;ReadPosRankSum=-1.033;SC=ATCAGGCAACGGTAAGCAAAA;SOR=0.811;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=130;TCF=33;TCR=97;TR=42;WE=90775708;WS=90775690;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:108,47:0.30:155
chr15	90776984	rs8025610	G	C	3030.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.218;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FS=1.152;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.57;ReadPosRankSum=1.138;SOR=0.593;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:67,141:0.68:208
chr15	90784053	rs12901778	A	T	1507.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-2.749;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.001;HP=10;HapScore=3;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=9;PP=2130;ReadPosRankSum=1.336;SC=CTCAAAAAAAAAAATAAATAA;SOR=0.558;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=85;TCF=68;TCR=17;TR=51;WE=90784065;WS=90784035;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,63:0.66:95
chr15	90784057	rs113126276	T	A	158.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.223;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.60;ReadPosRankSum=0.304;SOR=0.576;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:78,21:0.21:99
chr15	90784207	rs7166441	A	G	14125.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=541;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=188;NR=164;PP=2965;SC=GGACTGGGGCAGGCAAACCAT;SOR=0.774;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=352;TCF=188;TCR=164;TR=352;WE=90784215;WS=90784191;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,539:1.00:539
chr15	90784250	rs7171194	T	C	13888.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.898;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=532;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=182;NR=192;PP=2965;ReadPosRankSum=1.658;SC=AAGGATCTCATGGCAGAAGGG;SOR=0.716;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=376;TCF=182;TCR=194;TR=374;WE=90784258;WS=90784240;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,528:1.00:530
chr15	90784930	rs10152994	C	A	7193.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.848;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=522;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.535;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=119;NR=103;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.145;SC=TGGGCCAGGGCCTGACTTGGA;SOR=0.644;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=338;TCF=184;TCR=154;TR=222;WE=90784938;WS=90784920;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:191,321:0.63:512
chr15	90785060	rs10153004	C	T	10037.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-3.484;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=690;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.919;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=175;NR=166;PP=2962;ReadPosRankSum=0.548;SC=TCAGCCCTCACAGGGGTCCGA;SOR=0.644;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=502;TCF=249;TCR=253;TR=341;WE=90785068;WS=90785050;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:205,468:0.70:673
chr15	90794102	rs4932171	G	A	882.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.940;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.77;ReadPosRankSum=-0.670;SOR=0.656;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:129,56:0.30:185
chr15	90794188	rs4932309	C	T	223.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-1.999;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=9;PP=130;ReadPosRankSum=-0.077;SC=CCTTCAACATCTGGAGGAGCT;SOR=0.610;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=32;TCF=5;TCR=27;TR=10;WE=90794196;WS=90794178;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,12:0.34:35
chr15	90794757	rs4357917	T	G	18379.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=3.394;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=706;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=206;NR=197;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.199;SC=CTCCCACTCTTCCTGATTTAT;SOR=0.147;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=406;TCF=206;TCR=200;TR=403;WE=90794765;WS=90794747;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,690:1.00:692
chr15	90794845	rs2882858	G	A	2911.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-2.415;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=414;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.143;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=57;PP=1128;ReadPosRankSum=-1.059;SC=CCAGCCCGTCGCTCACACTGT;SOR=0.584;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=262;TCF=95;TCR=167;TR=92;WE=90794853;WS=90794835;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:249,159:0.39:408
chr15	90796558	rs12912620	G	A	2830.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.498;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=447;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=45;PP=1255;ReadPosRankSum=-2.662;SC=GACAGACTGCGCTGTCTCACT;SOR=0.675;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=263;TCF=148;TCR=115;TR=102;WE=90796566;WS=90796548;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:271,158:0.37:429
chr15	90796704	rs12914094	C	T	1407.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.654;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.567;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=38;PP=772;ReadPosRankSum=2.882;SC=GTGGCTGTCCCCTTGTGCAGA;SOR=0.612;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=150;TCF=50;TCR=100;TR=58;WE=90796712;WS=90796694;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:118,73:0.38:191
chr15	90798953	rs2063739	C	T	2256.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.020;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=477;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.735;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=51;PP=1254;ReadPosRankSum=-0.363;SC=ATGCCACTTACTCTGGGGGCT;SOR=0.494;SbPval=0.25;Source=Platypus;TC=326;TCF=185;TCR=141;TR=102;WE=90798961;WS=90798943;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:330,139:0.30:469
chr15	90799282	rs1996179	A	G	1190.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.920;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.388;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=22;PP=713;ReadPosRankSum=-0.565;SC=CTCCAGGAAGAGCATGGACTA;SOR=0.272;SbPval=0.19;Source=Platypus;TC=122;TCF=79;TCR=43;TR=49;WE=90799290;WS=90799272;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,59:0.41:144
chr15	90800293	rs2063741	G	A	2102.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.649;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=428;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.98;ReadPosRankSum=-0.235;SOR=0.652;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:295,127:0.30:422
chr15	90800408	rs2063742	C	G	4035.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.855;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=735;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.190;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=71;NR=65;PP=1728;ReadPosRankSum=-0.464;SC=ATATGCGAGTCTACGTCCTGA;SOR=0.625;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=415;TCF=198;TCR=217;TR=136;WE=90800416;WS=90800398;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:493,235:0.32:728
chr15	90800449	rs2063743	C	T	3792.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-2.451;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=637;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.837;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=71;PP=1566;ReadPosRankSum=-0.802;SC=CGGATCTTCACATATGAGGAG;SOR=0.556;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=385;TCF=169;TCR=216;TR=136;WE=90800457;WS=90800439;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:411,221:0.35:632
chr15	90801059	rs55674131	A	T	678.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=2.450;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.558;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=22;PP=547;ReadPosRankSum=1.517;SC=GCCCAGGGAAACTCAGCCTTT;SOR=0.090;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=39;TCF=5;TCR=34;TR=27;WE=90801067;WS=90801049;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,26:0.65:40
chr15	90801248	rs2048706	C	A	1342.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-3.969;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.427;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=10;PP=893;ReadPosRankSum=0.168;SC=ACTGGCCTTCCTCTGAGCACT;SOR=0.855;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=196;TCF=160;TCR=36;TR=62;WE=90801256;WS=90801238;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:146,71:0.33:217
chr15	90801584	rs2048707	G	C	1299.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=5.088;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.313;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=37;PP=849;ReadPosRankSum=0.674;SC=GTACACTCAGGTGGTGGAACA;SOR=0.349;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=116;TCF=13;TCR=103;TR=43;WE=90801592;WS=90801574;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,54:0.39:140
chr15	90802227	rs67188155	G	T	3302.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-1.465;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=252;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.023;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=75;PP=1802;ReadPosRankSum=-1.206;SC=TCCTTTAGATGAAGAATGTGG;SOR=0.781;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=187;TCF=63;TCR=124;TR=110;WE=90802235;WS=90802217;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:102,146:0.59:248
chr15	90805084	rs12592600	A	G	1771.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=47;NR=3;PP=1430;SC=ATGTGGGGCTAGCCAAAGATG;SOR=4.615;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=50;TCF=47;TCR=3;TR=50;WE=90805092;WS=90805077;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr15	90809633	rs9635390	G	A	11201.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=433;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=131;NR=140;PP=2965;SC=CAGATACGGTGAGACTCAGGA;SOR=0.726;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=272;TCF=132;TCR=140;TR=271;WE=90809641;WS=90809623;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,427:1.00:427
chr15	90818400	rs4533265	A	T	4841.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=75;NR=47;PP=2260;SC=CTGCCGCTGGATCCTGACCCT;SOR=1.078;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=122;TCF=75;TCR=47;TR=122;WE=90818408;WS=90818390;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,187:1.00:187
chr15	90818469	rs12595409	C	T	1977.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-2.949;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=361;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.860;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=25;PP=739;ReadPosRankSum=0.488;SC=CGGCTGGCTGCAGTCGAGCGA;SOR=0.814;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=207;TCF=121;TCR=86;TR=64;WE=90818477;WS=90818459;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:236,119:0.34:355
chr15	90818641	rs56294733	G	C	3166.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.024;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=645;ExcessHet=3.0103;FS=1.961;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.99;ReadPosRankSum=-1.192;SOR=0.878;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:454,180:0.28:634
chr15	90818827	rs4595780	G	A	3267.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.925;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=656;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.736;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=82;PP=1569;ReadPosRankSum=0.215;SC=AACTGGGCCTGCGGCTTTGGG;SOR=0.938;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=414;TCF=164;TCR=250;TR=123;WE=90818835;WS=90818817;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:456,193:0.30:649
chr15	90892246	rs61754952	G	C	2612.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-5.027;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.854;HP=4;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=43;PP=1493;ReadPosRankSum=1.168;SC=CGGATTAAAAGGTAGAACTGG;SOR=0.439;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=139;TCF=77;TCR=62;TR=88;WE=90892254;WS=90892236;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,113:0.67:169
chr15	90892293	rs2589973	C	T	3297.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.534;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.535;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=73;NR=33;PP=2034;ReadPosRankSum=0.145;SC=GTACTTCCTCCTGTCCAGATC;SOR=0.746;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=181;TCF=122;TCR=59;TR=106;WE=90892301;WS=90892283;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,133:0.61:218
chr15	90892412	rs61190836	C	T	12315.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.223;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=944;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.531;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=-0.383;NF=183;NR=161;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.763;SC=GATGGACCTCCTTGTACTGGA;SOR=0.746;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=538;TCF=282;TCR=256;TR=344;WE=90892420;WS=90892402;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:363,576:0.61:939
chr15	90892585	rs7162211	G	C	1534.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.656;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.124;HP=2;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=43;PP=990;ReadPosRankSum=1.286;SC=GTGCGGGAGGGCAGAAGGTGG;SOR=1.781;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=70;TCF=3;TCR=67;TR=44;WE=90892593;WS=90892575;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,54:0.76:71
chr15	90897885	rs8042825	G	C	2718.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.146;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=42;PP=1353;ReadPosRankSum=-1.641;SC=AACTGATGACGCTTGATAATG;SOR=0.665;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=124;TCF=57;TCR=67;TR=80;WE=90897893;WS=90897875;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,125:0.62:202
chr15	90897952	rs8023776	C	T	2460.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-2.001;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.571;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=47;PP=1222;ReadPosRankSum=-0.628;SC=AGAATCCTCTCCAGGAATGCC;SOR=0.644;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=120;TCF=43;TCR=77;TR=74;WE=90897960;WS=90897942;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,112:0.62:180
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chr15	90901969	rs16944263	C	T	814.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.027;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.440;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=2;PP=546;ReadPosRankSum=0.316;SC=ACCAAATACACGTTAGAGCTC;SOR=0.368;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=32;TCF=30;TCR=2;TR=26;WE=90901977;WS=90901959;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,32:0.84:38
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chr15	90982756	rs6496675	C	T	1500.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.652;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=37;PP=874;ReadPosRankSum=-0.166;SC=GAAAAAAATACGAATAACTTG;SOR=0.778;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=75;TCF=19;TCR=56;TR=49;WE=90982764;WS=90982746;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,65:0.64:101
chr15	90983706	rs8027211	T	C	3030.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=2.317;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.417;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=27;PP=1636;ReadPosRankSum=1.349;SC=CTTAGCTTGATTGACTGATTA;SOR=1.042;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=141;TCF=95;TCR=46;TR=92;WE=90983714;WS=90983696;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,132:0.65:202
chr15	90992687	rs2301829	A	G	471.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=1.016;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=2;PP=300;ReadPosRankSum=-1.505;SC=ACTTATGACTATGGCTCTCTC;SOR=1.358;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=19;TCF=17;TCR=2;TR=16;WE=90992695;WS=90992677;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,19:0.79:24
chr15	91009147	rs2074581	T	G	1333.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=2.507;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.524;HP=1;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=5;PP=1042;ReadPosRankSum=-0.331;SC=CATATTTAATTGAGTCTAGGA;SOR=0.412;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=71;TCF=65;TCR=6;TR=47;WE=91009155;WS=91009137;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,50:0.64:78
chr15	91009177	rs2074582	A	G	2281.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=2.807;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=18;PP=1601;ReadPosRankSum=-0.358;SC=CTTCACATGTATGTTACATGT;SOR=0.660;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=118;TCF=94;TCR=24;TR=81;WE=91009185;WS=91009167;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,88:0.68:130
chr15	91009192	rs2074583	T	C	2693.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.018;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.436;HP=3;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=75;NR=27;PP=1658;ReadPosRankSum=-0.247;SC=ACATGTACCCTGATTTCATGA;SOR=1.032;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=144;TCF=105;TCR=39;TR=102;WE=91009200;WS=91009182;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,111:0.69:161
chr15	91009381	rs2074584	G	A	8016.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.010;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=523;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.190;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=111;PP=2962;ReadPosRankSum=0.551;SC=AAGGTGCTCCGTACAGCTTGA;SOR=0.808;Source=Platypus;TC=349;TCF=162;TCR=187;WE=91009389;WS=91009371;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:158,356:0.69:514
chr15	91009484	rs2074585	G	A	6283.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-2.184;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=436;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.555;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=87;NR=93;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.528;SC=TCTGGTAACAGTTCTTTCCCG;SOR=0.696;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=280;TCF=137;TCR=143;TR=180;WE=91009492;WS=91009474;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:137,280:0.67:417
chr15	91010776	rs1505936	T	C	3075.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.596;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.583;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=44;PP=1201;ReadPosRankSum=0.271;SC=GGGATGAACCTCCAAATTTTG;SOR=0.637;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=108;TCF=43;TCR=65;TR=72;WE=91010784;WS=91010766;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,135:0.70:192
chr15	91017232	rs1145325	G	A	8599.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.220;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=610;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=3.699;NF=87;NR=130;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.201;SC=GGCCATTAGGGGCAATTTTGC;SOR=0.705;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=346;TCF=140;TCR=206;TR=217;WE=91017254;WS=91017222;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:220,384:0.64:604
chr15	91017274	rs10657378	T	TTTC	10653.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.767;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=466;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.182;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=3.602;NF=19;NR=110;PP=2968;ReadPosRankSum=2.251;SC=AACAGAGAAATTTCTTCTTTT;SOR=0.825;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=205;TCF=32;TCR=173;TR=129;WE=91017282;WS=91017264;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:143,268:0.65:411
chr15	91026477	rs8040585	T	C	1632.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.703;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=23.66;ReadPosRankSum=-1.345;SOR=0.651;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,46:0.67:69
chr15	91037754	rs28516870	G	A	219.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.834;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=7;NR=0;PP=130;ReadPosRankSum=-0.441;SC=AAGCAATTTAGTAATATTTCC;SOR=0.818;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=10;TCR=0;TR=7;WE=91037762;WS=91037746;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,9:0.75:12
chr15	91040725	rs2301832	A	T	829.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-4.007;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.448;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=25;PP=455;ReadPosRankSum=-1.269;SC=TGAGGGTTTCAGCATGTCTGG;SOR=0.267;SbPval=0.26;Source=Platypus;TC=88;TCF=12;TCR=76;TR=31;WE=91040733;WS=91040715;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,41:0.38:107
chr15	91043183	rs201766044	ACTGT	A	1908.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=1.538;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.834;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=12;PP=2517;ReadPosRankSum=-1.332;SC=GACTTGATTAACTGTCAAAAT;SOR=1.635;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=43;TCF=31;TCR=12;TR=40;WE=91043209;WS=91043173;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,47:0.65:72
chr15	91043192	rs72311245	ATGTTTTGTTT	A,ATTGTTT	2959.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-0.918;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=25,20;NR=12,12;PP=2987,1131;ReadPosRankSum=-0.831;SC=AACTGTCAAAATGTTTTGTTT;SOR=0.802;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=39;TCF=26;TCR=13;TR=37,32;WE=91043209;WS=91043173;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.29,0.69:78
chr15	91043197	.	T	A	1918.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=1.795;ClippingRankSum=0.000;DP=80;ExcessHet=3.0103;FS=11.847;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.93;ReadPosRankSum=-1.492;SOR=2.049;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,49:0.66:74
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chr15	91083186	rs7174198	C	T	3713.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=4.364;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.429;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=98;NR=26;PP=2419;ReadPosRankSum=-2.469;SC=ATTCTTGAACCGTTCCCCTAC;SOR=1.417;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=180;TCF=135;TCR=45;TR=124;WE=91083194;WS=91083176;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,146:0.70:209
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chr15	91312313	rs17273206	G	A	6359.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-4.194;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=428;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.223;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=145;NR=74;PP=2962;ReadPosRankSum=2.277;SC=ACAGAATCATGAGGTGATGTG;SOR=0.591;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=320;TCF=216;TCR=104;TR=219;WE=91312321;WS=91312303;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:130,284:0.69:414
chr15	91312823	rs3815003	T	C	1632.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-0.490;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.634;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=53;PP=1092;ReadPosRankSum=0.344;SC=AGGTGTAAGTTGTTGCACGTC;SOR=0.892;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=107;TCF=23;TCR=84;TR=68;WE=91312831;WS=91312813;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,74:0.58:128
chr15	91337479	rs2227933	G	A	3101.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.207;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=39;PP=1161;ReadPosRankSum=1.443;SC=AAAATATAACGGAATGCAGGA;SOR=0.722;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=118;TCF=58;TCR=60;TR=76;WE=91337487;WS=91337469;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,144:0.66:217
chr15	91337623	rs3214113	AT	A	158.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.973;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.35;ReadPosRankSum=1.323;SOR=1.061;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,11:0.58:19
chr15	91341599	rs17273842	T	G	847.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.720;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.686;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=16;PP=480;ReadPosRankSum=0.508;SC=TTTGAGTTACTTCAATTGAAA;SOR=0.228;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=41;TCF=16;TCR=25;TR=30;WE=91341607;WS=91341589;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,39:0.65:60
chr15	91346923	rs2227934	C	A	2272.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.172;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.670;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=48;PP=1146;ReadPosRankSum=0.921;SC=GAAATAAAGCCCAAACTGTAC;SOR=0.791;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=103;TCF=36;TCR=67;TR=73;WE=91346931;WS=91346913;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,102:0.69:148
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chr15	91358271	rs10685387	G	GGAA	2706.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.639;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.839;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=18;PP=2964;ReadPosRankSum=-2.706;SC=CAGGTTGAGAGGAAGGTCATT;SOR=1.565;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=115;TCF=79;TCR=36;TR=66;WE=91358283;WS=91358261;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,104:0.64:163
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chr15	91419432	rs11372849	T	TC	7244.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=57;NR=60;PP=2936;SC=GTCCCCCGCCTCCCGGGGACT;SOR=1.280;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=125;TCF=62;TCR=63;TR=117;WE=91419440;WS=91419422;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,220:1.00:220
chr15	91420279	rs28509319	G	A	7436.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=2.185;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=532;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=107;NR=132;PP=2962;ReadPosRankSum=1.836;SC=GAGGGAGGCCGTGATCCCTGC;SOR=0.738;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=364;TCF=164;TCR=200;TR=239;WE=91420287;WS=91420269;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:189,337:0.64:526
chr15	91420631	rs57509730	T	C	775.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-1.767;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=8;PP=445;ReadPosRankSum=-1.085;SC=GTGTGGGAGATGGGGGCTGGG;SOR=0.770;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=35;TCF=23;TCR=12;TR=24;WE=91420639;WS=91420621;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,32:0.71:45
chr15	91420646	rs59312952	CAG	C	1588.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.596;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.045;NF=13;NR=11;PP=927;ReadPosRankSum=0.568;SC=GCTGGGTACTCAGGGGATGAT;SOR=0.689;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=37;TCF=22;TCR=15;TR=24;WE=91420655;WS=91420636;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,41:0.66:62
chr15	91420940	rs2071410	C	G	794.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.495;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.875;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=26;PP=572;ReadPosRankSum=1.235;SC=GCCACTTTCCCACTGTGGATC;SOR=1.082;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=117;TCF=50;TCR=67;TR=41;WE=91420948;WS=91420930;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:136,51:0.27:187
chr15	91420973	rs1573643	T	C	579.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.043;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.540;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=21;PP=297;ReadPosRankSum=1.612;SC=GGCTGTTCCATGGAGGGTTCC;SOR=1.066;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=92;TCF=35;TCR=57;TR=31;WE=91420981;WS=91420963;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:95,39:0.29:134
chr15	91421283	rs1573644	T	C	318.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.850;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=3;PP=236;ReadPosRankSum=0.391;SC=GGTGCAGGGCTGGGTGTGCTC;SOR=0.693;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=52;TCF=41;TCR=11;TR=16;WE=91421291;WS=91421273;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,18:0.28:64
chr15	91422543	rs8039305	T	C	4817.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=105;NR=33;PP=2964;SC=AGCTGGGACCTGGGGTTCTTG;SOR=2.084;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=138;TCF=105;TCR=33;TR=138;WE=91422551;WS=91422533;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,166:1.00:166
chr15	91423022	rs6496734	C	T	11356.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=2.623;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=760;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.159;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=155;NR=194;PP=2962;ReadPosRankSum=1.561;SC=CAGGCTGGCCCGGCAGGCTGG;SOR=0.618;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=526;TCF=227;TCR=299;TR=349;WE=91423030;WS=91423012;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:261,489:0.65:750
chr15	91423543	rs6224	G	T	3286.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-1.840;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=67;PP=1990;ReadPosRankSum=-0.764;SC=CAGCGCCGCCGCCTCTCACAG;SOR=0.635;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=99;TCF=31;TCR=68;TR=97;WE=91423551;WS=91423533;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,122:0.99:123
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chr15	91425232	rs6227	C	T	308.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-0.826;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.265;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=8;PP=157;ReadPosRankSum=-1.453;SC=GTGGAGACTGCTTCCCATCCT;SOR=0.443;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=55;TCF=21;TCR=34;TR=15;WE=91425240;WS=91425222;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,19:0.30:64
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chr15	91428521	rs11330240	CT	C	18306.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.746;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=470;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.126;NF=73;NR=167;PP=2957;ReadPosRankSum=1.649;SC=TGGGTGCTGGCTGTATCTGCC;SOR=0.228;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=246;TCF=74;TCR=172;TR=240;WE=91428529;WS=91428511;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,455:1.00:456
chr15	91428589	rs7183988	T	G	6946.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=2.299;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=536;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.118;HP=2;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.239;NF=93;NR=88;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.457;SC=GGCAGGCCAATGCTTGGGAGC;SOR=0.598;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=338;TCF=167;TCR=171;TR=181;WE=91428597;WS=91428579;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:222,312:0.58:534
chr15	91428636	rs7177338	G	A	7660.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-4.168;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=611;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.549;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=-0.389;NF=106;NR=105;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.057;SC=CATCTGTGCTGTATAGTCCTG;SOR=0.538;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=361;TCF=172;TCR=189;TR=211;WE=91428644;WS=91428626;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:223,385:0.63:608
chr15	91428955	rs1894400	C	T	269.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-2.992;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=10;PP=168;ReadPosRankSum=-0.593;SC=AACCTTGATGCAGCTTCCTCT;SOR=1.022;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=26;TCF=4;TCR=22;TR=11;WE=91428963;WS=91428945;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,13:0.42:31
chr15	91430436	rs2071383	T	C	30907.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=1148;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=267;NR=319;PP=2965;SC=GTGACAAGGCTAAGGACAAGT;SOR=0.772;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=587;TCF=267;TCR=320;TR=586;WE=91430444;WS=91430426;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,1137:1.00:1137
chr15	91430630	.	C	T	2099.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-3.007;ClippingRankSum=0.000;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.866;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=53;PP=1244;ReadPosRankSum=-1.853;SC=CCCTGGCCCCCACCCTTGAGC;SOR=0.582;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=95;TCF=23;TCR=72;TR=71;WE=91430638;WS=91430620;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,89:0.74:120
chr15	91434277	rs2229074	C	T	5102.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.987;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=410;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.771;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=76;NR=100;PP=2631;ReadPosRankSum=0.275;SC=TGTGGTACCACGGGGCCATCC;SOR=0.649;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=267;TCF=112;TCR=155;TR=176;WE=91434285;WS=91434267;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:158,241:0.60:399
chr15	91435172	rs2677734	G	A	4525.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.658;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=290;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=99;NR=49;PP=2438;ReadPosRankSum=2.602;SC=TGCTCCCCACGTGGTCCCACC;SOR=0.686;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=214;TCF=142;TCR=72;TR=148;WE=91435180;WS=91435162;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,201:0.70:286
chr15	91436765	rs2856849	G	C	4330.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=3.048;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=278;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=75;PP=2569;ReadPosRankSum=-0.533;SC=GTTGGCCTCTGTGGTAGACAG;SOR=0.693;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=194;TCF=76;TCR=118;TR=122;WE=91436773;WS=91436755;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,176:0.67:263
chr15	91436965	rs2227989	C	T	10536.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.915;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=699;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.555;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=175;NR=145;PP=2962;ReadPosRankSum=0.435;SC=GAGAGGAAGCCGATGGGGTCT;SOR=0.643;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=457;TCF=253;TCR=204;TR=320;WE=91436973;WS=91436955;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:226,463:0.67:689
chr15	91437388	rs2521501	A	T	1444.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-2.643;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=247;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.564;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=48;PP=957;ReadPosRankSum=-1.135;SC=CCCACCAGGCAGAATAAGAAT;SOR=0.616;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=195;TCF=46;TCR=149;TR=64;WE=91437396;WS=91437378;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:169,77:0.31:246
chr15	91447686	rs2238340	G	A	699.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.373;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.464;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=30;PP=734;ReadPosRankSum=0.775;SC=GTCAGTACAGGACAGGAGCCT;SOR=1.713;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=50;TCF=3;TCR=47;TR=31;WE=91447694;WS=91447676;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,27:0.57:47
chr15	91449015	rs2072078	A	G	9729.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.008;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=664;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=124;NR=147;PP=2962;ReadPosRankSum=1.213;SC=TGGCCAATACAAGGGAGGGAC;SOR=0.733;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=402;TCF=187;TCR=215;TR=271;WE=91449023;WS=91449005;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:214,445:0.68:659
chr15	91450441	rs2677744	G	A	3229.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=3.271;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.087;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=90;NR=26;PP=2061;ReadPosRankSum=0.074;SC=TTACAGCCTCGCGGTCTATCA;SOR=0.423;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=187;TCF=147;TCR=40;TR=116;WE=91450449;WS=91450431;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,135:0.66:206
chr15	91452595	rs2106673	A	G	5444.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.451;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=452;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.517;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=110;NR=70;PP=2617;ReadPosRankSum=-0.405;SC=AAGAAGTCCCAGCTGTTCCGA;SOR=0.909;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=280;TCF=165;TCR=115;TR=180;WE=91452603;WS=91452585;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:179,263:0.60:442
chr15	91452836	rs2677748	T	C	348.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.334;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FS=2.995;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.78;ReadPosRankSum=2.451;SOR=1.280;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:42,31:0.42:73
chr15	91455618	rs6496737	C	T	3249.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-5.592;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.564;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=73;PP=2072;ReadPosRankSum=0.573;SC=GCCACCTGACCCACAGTGGAC;SOR=0.275;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=140;TCF=32;TCR=108;TR=99;WE=91455626;WS=91455608;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,126:0.72:175
chr15	91456102	rs1266492	T	C	8370.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-1.589;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=533;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.925;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=122;NR=99;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.493;SC=CTGCTCTTTCTCTAGCCCTAC;SOR=0.540;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=320;TCF=182;TCR=138;TR=221;WE=91456110;WS=91456092;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:156,372:0.70:528
chr15	91461305	rs1266484	C	T	2803.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=6.002;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.432;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=86;NR=6;PP=2071;ReadPosRankSum=0.212;SC=CCCTTGAGTCCAGGCACACCA;SOR=0.524;SbPval=0.24;Source=Platypus;TC=134;TCF=128;TCR=6;TR=92;WE=91461313;WS=91461295;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,98:0.67:147
chr15	91475265	rs111756313	C	T	7085.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-3.239;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=470;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.920;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=93;NR=121;PP=2962;ReadPosRankSum=2.069;SC=AGGCTCCTGGCAGAGAAGGGG;SOR=0.516;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=303;TCF=124;TCR=179;TR=214;WE=91475273;WS=91475255;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:143,321:0.69:464
chr15	91482935	rs12440774	G	C	1195.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.630;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=17;PP=584;ReadPosRankSum=-0.712;SC=GCCGTGATTTGTTCCATGCTT;SOR=0.646;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=57;TCF=29;TCR=28;TR=34;WE=91482943;WS=91482925;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,56:0.59:95
chr15	91483520	rs72630486	G	A	2267.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.845;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=24;PP=1107;ReadPosRankSum=-1.231;SC=ATTATAATGTGCTTCCTTTGA;SOR=0.662;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=97;TCF=64;TCR=33;TR=68;WE=91483528;WS=91483510;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,102:0.67:153
chr15	91485730	rs115978927	C	G	4318.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.320;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=316;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.037;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=86;NR=57;PP=2216;ReadPosRankSum=-1.945;SC=CGTGGAAAGCCAGGCTGTGTC;SOR=0.924;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=197;TCF=116;TCR=81;TR=143;WE=91485738;WS=91485720;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:102,203:0.67:305
chr15	91486305	rs8034551	C	T	2835.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.739;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=575;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.572;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=65;PP=1220;ReadPosRankSum=-1.753;SC=TCTGGGTCATCGACCAAGGTA;SOR=0.796;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=335;TCF=137;TCR=198;TR=106;WE=91486313;WS=91486295;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:397,175:0.31:572
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chr15	91491216	rs2304940	T	C	2583.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=1.559;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.178;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=59;PP=2962;ReadPosRankSum=1.273;SC=CGTCCTGCTCTCTGGCTCAGG;SOR=0.929;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=134;TCF=48;TCR=86;TR=92;WE=91491224;WS=91491194;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,105:0.67:157
chr15	91491760	rs2304941	C	T	1478.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=3.384;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.607;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=5;PP=815;ReadPosRankSum=-0.315;SC=GGGAGTTTCCCGAATTCATCC;SOR=1.483;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=76;TCF=61;TCR=15;TR=41;WE=91491768;WS=91491750;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,58:0.62:94
chr15	91492877	rs749938	C	T	2728.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.210;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.232;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=29;PP=1331;ReadPosRankSum=0.786;SC=CCGCCTTCTCCCCACAGGGTC;SOR=0.838;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=135;TCF=86;TCR=49;TR=85;WE=91492885;WS=91492867;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,120:0.65:185
chr15	91500296	rs10852140	T	C	2193.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.084;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.696;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=72;PP=1948;ReadPosRankSum=1.007;SC=GCTCCCCCCATCCCCGCCGCC;SOR=0.331;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=145;TCF=25;TCR=120;TR=88;WE=91500304;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,87:0.61:143
chr15	91503049	rs6496741	A	G	1156.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.566;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=12;PP=458;ReadPosRankSum=-0.739;SC=TGTCCCCAGGAGCGGATGCGA;SOR=0.713;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=49;TCF=31;TCR=18;TR=31;WE=91503057;WS=91503039;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,53:0.69:77
chr15	91503752	rs1867220	T	C	1449.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.732;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.901;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=40;PP=793;ReadPosRankSum=-0.479;SC=GGAGGCACTCTGCTCCACTCG;SOR=1.314;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=72;TCF=20;TCR=52;TR=53;WE=91503760;WS=91503742;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,66:0.73:91
chr15	91504181	rs3743451	G	A	1734.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.571;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.110;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=22;PP=686;ReadPosRankSum=-1.000;SC=GCTGTGGGCTGTGCCAAGCTG;SOR=0.519;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=81;TCF=46;TCR=35;TR=47;WE=91504189;WS=91504171;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,81:0.56:144
chr15	91504819	rs75775767	C	T	2270.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-2.305;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.584;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=24;PP=1026;ReadPosRankSum=0.519;SC=CCAGTGGAGACGATGGCAAAG;SOR=0.415;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=103;TCF=70;TCR=33;TR=70;WE=91504827;WS=91504809;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,102:0.72:142
chr15	91509734	rs14280	A	G	1097.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-1.692;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=18;PP=596;ReadPosRankSum=1.028;SC=TCATACATGCATACCCCCAAC;SOR=0.666;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=122;TCF=81;TCR=41;TR=50;WE=91509742;WS=91509724;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,61:0.40:151
chr15	91512509	rs145838057	A	AC	801.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=0.622;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.026;HP=7;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=1.973;NF=8;NR=18;PP=627;ReadPosRankSum=-1.321;SC=TTCCTACACAACCCCCCCTTA;SOR=0.468;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=48;TCF=12;TCR=36;TR=26;WE=91512517;WS=91512499;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,35:0.58:60
chr15	91513832	rs139256619	GGGA	G	3276.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.514;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.169;NF=5;NR=37;PP=1773;ReadPosRankSum=0.119;SC=AAATGACTATGGGAGGAGGCA;SOR=0.651;SbPval=0.25;Source=Platypus;TC=76;TCF=6;TCR=70;TR=42;WE=91513842;WS=91513822;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,84:0.60:140
chr15	91517780	rs12898311	G	C	11843.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.317;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=800;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.218;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=243;NR=131;PP=2962;ReadPosRankSum=0.740;SC=TACTTTCTTCGTCTTTTCCCA;SOR=0.588;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=541;TCF=359;TCR=182;TR=374;WE=91517788;WS=91517770;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:248,523:0.68:771
chr15	91523713	rs1867226	C	G	5626.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.598;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=361;ExcessHet=3.0103;FS=3.285;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.99;ReadPosRankSum=0.409;SOR=0.898;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:97,255:0.72:352
chr15	91523763	.	T	TTG	1099.90	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.975;ClippingRankSum=0.000;DP=93;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.25;ReadPosRankSum=1.827;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,57:0.69:83
chr15	91524841	rs7172758	G	T	21080.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=795;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=248;NR=243;PP=2965;SC=GTGGTCTAATGCTTCCATACA;SOR=0.708;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=491;TCF=248;TCR=243;TR=491;WE=91524849;WS=91524831;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,792:1.00:792
chr15	91525197	rs2301826	C	T	6777.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.315;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=484;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=89;NR=121;PP=2962;ReadPosRankSum=1.427;SC=GCAAGATGGTCGTCTCTCCTT;SOR=0.690;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=326;TCF=141;TCR=185;TR=210;WE=91525205;WS=91525187;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:170,308:0.64:478
chr15	91525318	rs11857612	C	T	1166.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.050;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=12.986;HP=4;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=40;PP=870;ReadPosRankSum=1.505;SC=GTTAAACTAACAAGTAAGTCA;SOR=2.323;SbPval=0.94;Source=Platypus;TC=80;TCF=14;TCR=66;TR=44;WE=91525326;WS=91525308;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,48:0.55:87
chr15	91527451	rs8031684	T	A	4936.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.969;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=327;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.260;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=103;PP=2538;ReadPosRankSum=-0.118;SC=TCCTCAAATTTCTTTTTTCTT;SOR=0.485;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=224;TCF=67;TCR=157;TR=151;WE=91527459;WS=91527441;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:99,217:0.69:316
chr15	91543630	rs71154160	T	TA	40.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.928;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.05;MQRankSum=0.000;QD=0.21;ReadPosRankSum=-0.795;SOR=0.714;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:164,31:0.16:195
chr15	91543761	rs11073964	C	T	5690.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.328;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=429;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.797;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.774;NF=99;NR=78;PP=2765;ReadPosRankSum=1.275;SC=TAAGCACCACCGAAGACGTAA;SOR=0.855;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=269;TCF=143;TCR=126;TR=177;WE=91543769;WS=91543751;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:156,264:0.63:420
chr15	91544539	.	C	CA	993.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.226;ClippingRankSum=0.000;DP=395;ExcessHet=3.0103;FS=1.178;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.08;MQRankSum=2.333;QD=3.19;ReadPosRankSum=2.976;SOR=0.788;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:202,110:0.35:312
chr15	91546497	rs4244883	T	G	1099.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-2.370;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.316;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=31;PP=758;ReadPosRankSum=-0.983;SC=AGAGTATACATTTGGTTCTAA;SOR=0.495;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=52;TCF=8;TCR=44;TR=38;WE=91546505;WS=91546487;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,44:0.69:64
chr15	91549511	rs59910084	TGGGGCCCACAGCCTGGTATAAGCAG	T	2793.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.105;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.118;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=1.168;NF=9;NR=7;PP=2963;ReadPosRankSum=-1.935;SC=CTCTCAGAGCTGGGGCCCACA;SOR=1.024;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=48;TCF=21;TCR=27;TR=16;WE=91549543;WS=91549501;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,71:0.70:102
chr15	91550232	rs59648701	G	A	5685.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.313;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=408;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=70;NR=92;PP=2433;ReadPosRankSum=0.596;SC=CCTTGGTTTCGCCATCCTCCT;SOR=0.725;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=262;TCF=115;TCR=147;TR=162;WE=91550245;WS=91550222;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:144,260:0.64:404
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chr15	91550983	rs57941827	T	C	5142.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.517;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=366;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.404;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=97;NR=74;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.344;SC=ACCACATCACTATCACTTGTG;SOR=0.654;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=260;TCF=148;TCR=112;TR=171;WE=91550991;WS=91550973;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:128,225:0.64:353
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chr15	91810011	rs11629714	C	T	470.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.408;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.928;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=18;PP=305;ReadPosRankSum=0.111;SC=CTGAACATCCCCACCAACCTG;SOR=1.057;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=82;TCF=27;TCR=55;TR=25;WE=91810019;WS=91810001;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,30:0.26:114
chr15	91810997	rs56175742	G	A	451.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-0.377;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.448;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=17;PP=337;ReadPosRankSum=0.999;SC=GTGGCAAGTAGCAGAAAACCA;SOR=1.047;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=40;TCF=10;TCR=30;TR=21;WE=91811005;WS=91810987;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,20:0.51:39
chr15	91825027	rs1117388	C	T	1854.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=1.298;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.870;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=36;PP=931;ReadPosRankSum=2.113;SC=ATTTTGAAGACGTAACATCAA;SOR=0.958;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=107;TCF=46;TCR=61;TR=59;WE=91825035;WS=91825017;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,87:0.56:155
chr15	91827264	rs2301664	C	T	3080.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.427;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=37;PP=1415;ReadPosRankSum=-0.087;SC=TCTACGAGCACAAGTTCATCA;SOR=0.720;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=144;TCF=90;TCR=54;TR=96;WE=91827272;WS=91827254;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,142:0.65:218
chr15	91827485	rs115104130	A	G	2921.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.438;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FS=0.940;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=29.51;ReadPosRankSum=-1.516;SOR=0.539;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,72:0.73:99
chr15	91827488	rs76198337	C	T	2921.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.754;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FS=2.003;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=29.51;ReadPosRankSum=-1.463;SOR=0.489;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,72:0.73:99
chr15	92293742	rs113356190	G	A	677.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.346;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.29;ReadPosRankSum=1.996;SOR=0.560;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,33:0.65:51
chr15	92397106	rs368016879	AGCG	A	4930.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-1.592;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.586;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.591;NF=18;NR=38;PP=2319;ReadPosRankSum=-0.070;SC=GGAAAGCGGCAGCGGCGGCGG;SOR=0.629;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=108;TCF=39;TCR=69;TR=56;WE=92397119;WS=92397096;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,126:0.67:188
chr15	92397615	rs56403444	T	TC	1938.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.022;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.710;HP=7;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=1.095;NF=13;NR=25;PP=1027;ReadPosRankSum=-1.485;SC=ACTATTCCTCTCCCCCCATAA;SOR=0.807;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=73;TCF=21;TCR=52;TR=38;WE=92397623;WS=92397605;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,79:0.63:125
chr15	92397670	rs7173207	C	A	1780.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.697;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FS=3.073;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.08;MQRankSum=0.805;QD=12.45;ReadPosRankSum=1.552;SOR=0.641;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:55,88:0.62:143
chr15	92459187	rs4077721	T	C	1052.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=0.061;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=14;PP=627;ReadPosRankSum=1.045;SC=GGCATCTTCTTGGATTGGCTC;SOR=0.688;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=118;TCF=86;TCR=32;TR=47;WE=92459195;WS=92459177;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,50:0.39:128
chr15	92638193	rs2286355	G	A	11206.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=433;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=135;NR=140;PP=2965;SC=ACGTGGATGCGGTCTTCATTG;SOR=0.717;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=276;TCF=135;TCR=141;TR=275;WE=92638201;WS=92638183;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,427:1.00:427
chr15	92638326	.	GCCTCT	G	3255.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DP=76;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.86;SOR=2.206;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr15	92638331	.	T	TGAG	3255.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DP=72;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.86;SOR=2.206;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr15	92638332	.	GT	G	1673	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;FR=1.0000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MMLQ=28;MQ=60.0;NF=3;NR=34;PP=1673;QD=46.3783783784;SC=CCCTGCCTCTGTAGCTGGGGC;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=37;TCF=3;TCR=34;TR=37;WE=92638340;WS=92638317;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr15	92638333	.	T	TG	3255.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=72;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.86;SOR=2.336;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr15	92647645	rs1517618	G	C	24417.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=915;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=240;NR=275;PP=2965;SC=CGCACTCAGAGCCCGCCATGG;SOR=0.780;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=515;TCF=240;TCR=275;TR=515;WE=92647653;WS=92647635;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,910:1.00:910
chr15	92647834	rs917355	A	G	2209.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=7;NR=57;PP=1533;SC=GGGGTGATGAATGAAGGGGTG;SOR=2.895;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=65;TCF=7;TCR=58;TR=64;WE=92647842;WS=92647824;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr15	92663630	rs6496893	A	G	7842.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=290;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=149;NR=66;PP=2965;SC=AGGAGCAGGGAGCTATAAGAT;SOR=1.502;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=216;TCF=150;TCR=66;TR=215;WE=92663638;WS=92663620;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,282:1.00:282
chr15	92714879	rs2240589	C	T	3384.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-3.114;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=235;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.550;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=91;NR=25;PP=2082;ReadPosRankSum=-3.900;SC=CACTTTATTGCTTTGACTGCC;SOR=0.753;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=187;TCF=144;TCR=43;TR=116;WE=92714887;WS=92714869;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,146:0.62:234
chr15	92715131	rs2270061	A	T	3689.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=3.942;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=242;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.574;HP=5;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=101;PP=2486;ReadPosRankSum=1.317;SC=AGAACAGCCCACCACCACCCA;SOR=0.771;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=198;TCF=43;TCR=155;TR=129;WE=92715139;WS=92715121;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,150:0.64:235
chr15	92715167	rs2270060	C	T	2314.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=5.427;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.932;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=70;PP=1626;ReadPosRankSum=-0.107;SC=TCACTTAGCGCGCTCCTCCCT;SOR=0.959;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=120;TCF=16;TCR=104;TR=81;WE=92715175;WS=92715157;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,91:0.65:140
chr15	92937268	rs3743365	G	T	13080.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=293;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.26;SOR=1.561;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,289:1.00:289
chr15	92937276	rs3743364	C	T	13662.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=323;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.96;SOR=1.430;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,318:1.00:318
chr15	92977670	rs2242113	T	G	2495.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=4.089;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.763;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=65;PP=1750;ReadPosRankSum=-1.936;SC=GCAAATTGCTTCTCTTCGTCA;SOR=0.857;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=132;TCF=30;TCR=102;TR=83;WE=92977678;WS=92977660;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,95:0.64:148
chr15	93015427	rs1455773	G	A	4933.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.930;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=360;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.882;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=105;NR=43;PP=2405;ReadPosRankSum=-1.864;SC=CTTGCACCCGGCTGACCCCCA;SOR=0.766;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=241;TCF=168;TCR=73;TR=148;WE=93015435;WS=93015417;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:127,222:0.64:349
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chr15	93043545	rs7178722	T	G	7050.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=271;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=105;NR=69;PP=2965;SC=GGCTCCATGCTAATGACCTCG;SOR=1.016;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=174;TCF=105;TCR=69;TR=174;WE=93043553;WS=93043535;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,268:1.00:268
chr15	93173467	rs112680504	G	C	5958.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.204;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=431;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=95;NR=80;PP=2439;ReadPosRankSum=-0.166;SC=CGAATACTGTGGAGTCCTCAT;SOR=0.724;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=272;TCF=148;TCR=124;TR=175;WE=93173475;WS=93173457;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:155,274:0.64:429
chr15	93198513	rs503112	C	A	1984.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.091;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.407;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=24;PP=1190;ReadPosRankSum=-0.197;SC=CCCTGTCGGCCGGCGGGGGAA;SOR=1.146;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=118;TCF=78;TCR=40;TR=79;WE=93198521;WS=93198503;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,93:0.65:144
chr15	93198620	.	G	A	1517.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.593;ClippingRankSum=0.000;DP=298;ExcessHet=3.0103;FS=0.972;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.58;MQRankSum=-1.538;QD=5.11;ReadPosRankSum=-0.587;SOR=0.611;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:209,88:0.30:297
chr15	93198671	rs501381	A	G	6318.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=70;NR=95;PP=2965;SC=AGGCGTCGCCACTGCTGTTGG;SOR=0.974;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=165;TCF=70;TCR=95;TR=165;WE=93198691;WS=93198661;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,231:1.00:231
chr15	93198678	rs68056278	TTGGAGC	T	8748.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=224;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=80;PP=2975;SC=GCCACTGCTGTTGGAGCTGGA;SOR=1.000;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=106;TCF=14;TCR=92;TR=93;WE=93198691;WS=93198661;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,199:1.00:199
chr15	93198784	rs2438194	A	G	2215.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=33;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=17;NR=46;PP=1478;SC=GGTTCGGGCCACGGCGCGGAG;SOR=2.179;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=63;TCF=17;TCR=46;TR=63;WE=93198792;WS=93198774;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr15	93306459	rs56099640	G	A	151.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=0.584;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=17.458;HP=1;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=9;PP=178;ReadPosRankSum=0.661;SC=GGAGTGCAGTGGCATGATCTT;SOR=4.168;SbPval=0.99;Source=Platypus;TC=23;TCF=10;TCR=13;TR=10;WE=93306467;WS=93306449;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,7:0.33:21
chr15	93306602	rs11634113	TG	CA	1354.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=41;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=10;PP=1246;SC=AGGGTTTCACTGTGTTAGCCA;SOR=1.329;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=27;TCF=17;TCR=10;TR=27;WE=93306611;WS=93306599;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr15	93339219	rs7164758	T	C	6721.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.972;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=456;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.679;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=88;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.844;SC=CAGCAGCAGCTGGGATTATGC;SOR=0.708;Source=Platypus;TCF=137;WE=93339227;WS=93339209;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:141,301:0.68:442
chr15	93339701	rs28575385	A	T	4444.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.625;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=304;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.946;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=70;PP=1967;ReadPosRankSum=0.698;SC=ATGCCTAGAAATCAGAAGGGC;SOR=0.628;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=191;TCF=89;TCR=102;TR=133;WE=93339709;WS=93339691;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:94,206:0.69:300
chr15	93447631	rs1439619	T	G	1519.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-2.132;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.762;HP=6;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=24;PP=821;ReadPosRankSum=-1.811;SC=ACGGCTCCCCTGGGGGGCGGG;SOR=0.322;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=157;TCF=105;TCR=52;TR=62;WE=93447639;WS=93447621;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:115,86:0.43:201
chr15	93447996	rs2033843	G	A	609.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=2.779;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.150;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=8;PP=381;ReadPosRankSum=0.461;SC=ATACCTTAGCGTCCCTTCTCC;SOR=0.437;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=93;TCF=73;TCR=20;TR=30;WE=93448004;WS=93447986;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,31:0.32:98
chr15	93487854	rs1320819	G	C	353.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-2.322;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=12;PP=204;ReadPosRankSum=-1.403;SC=CTAGACACGTGCTAGGTTTAT;SOR=0.446;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=36;TCF=5;TCR=31;TR=13;WE=93487862;WS=93487844;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,17:0.44:39
chr15	93496874	rs1371390	C	T	298.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-4.623;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.882;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=14;PP=185;ReadPosRankSum=0.147;SC=TTAAAGCCTTCAGTAGATCAT;SOR=0.215;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=60;TCF=4;TCR=56;TR=16;WE=93496882;WS=93496864;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,18:0.25:71
chr15	93510603	rs4777755	A	G	3932.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=54;NR=41;PP=1976;SC=AGGGGAGAGAAAATGGCTACC;SOR=0.823;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=95;TCF=54;TCR=41;TR=95;WE=93510611;WS=93510593;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,145:1.00:145
chr15	93510828	rs144172255	GT	G	177.74	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.336;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=5.651;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.58;ReadPosRankSum=1.486;SOR=2.448;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,14:0.52:27
chr15	93515798	.	G	GAGGGTCTTAATTTTTACTTGCATGCCTTTAGGCTACCATATGAAAGTGGTCATGA	828.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.44;SOR=3.716;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr15	93521604	rs11074121	A	G	8835.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=342;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.91;SOR=0.947;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,341:1.00:341
chr15	93521651	rs11074122	T	G	5013.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=43;NR=108;PP=2965;SC=GCTTTAGGGTTGGGGGCCAGG;SOR=1.360;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=152;TCF=43;TCR=109;TR=151;WE=93521659;WS=93521641;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,179:1.00:179
chr15	93522312	rs2272461	G	A	2101.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.35;SOR=2.409;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr15	93543956	rs12591124	G	A	1182.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-1.741;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.785;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=32;PP=773;ReadPosRankSum=0.712;SC=TCTGAAATGTGTTTGGTTTAC;SOR=0.307;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=59;TCF=11;TCR=48;TR=41;WE=93543964;WS=93543946;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,48:0.70:69
chr15	93552330	rs12915582	C	T	6287.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=241;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=97;NR=42;PP=2773;SC=ACAAGACTTACTTTCTGCAGA;SOR=1.274;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=141;TCF=99;TCR=42;TR=139;WE=93552338;WS=93552320;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,235:1.00:235
chr15	93563164	.	C	CA	572.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.352;ClippingRankSum=0.000;DP=123;ExcessHet=3.0103;FS=3.146;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.26;MQRankSum=1.686;QD=4.85;ReadPosRankSum=-1.907;SOR=0.416;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:66,52:0.44:118
chr15	93563661	rs964034	G	C	919.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=2.794;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.838;HP=5;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=25;PP=635;ReadPosRankSum=-1.021;SC=GTTTTGTTTTGTGGGTCATAG;SOR=0.341;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=42;TCF=4;TCR=38;TR=28;WE=93563669;WS=93563651;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,34:0.72:47
chr15	93567526	rs28558199	G	A	721.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.729;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FS=1.660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.07;MQRankSum=1.683;QD=4.54;ReadPosRankSum=-0.399;SOR=0.498;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:117,42:0.26:159
chr15	93567864	rs12906163	A	C	7561.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.188;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=599;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.546;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=85;NR=154;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.964;SC=CCTGGATCATAGGTCTCCTTT;SOR=0.779;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=379;TCF=136;TCR=243;TR=239;WE=93567872;WS=93567854;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:223,361:0.62:584
chr15	93588264	rs4299103	G	C	1150.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=3.423;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.276;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=13;PP=735;ReadPosRankSum=1.791;SC=GGAGCGGGACGAGGGCGCCCA;SOR=0.493;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=164;TCF=122;TCR=42;TR=48;WE=93588272;WS=93588254;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:129,57:0.31:186
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chr15	93595855	rs1997382	T	C	2270.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=16;NR=61;PP=1454;SC=GAGCCACCCATGCCACACACA;SOR=2.503;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=77;TCF=16;TCR=61;TR=77;WE=93595863;WS=93595845;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
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chr15	93616283	rs112633977	A	AAGG	10848.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=2.699;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=432;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.181;HP=6;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=2.621;NF=23;NR=93;PP=2972;ReadPosRankSum=1.307;SC=TTCAGAAAAAAAGAAGAAAAT;SOR=0.816;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=160;TCF=32;TCR=128;TR=116;WE=93616291;WS=93616273;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:129,277:0.68:406
chr15	93616933	rs55816698	C	G	19539.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.494;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1342;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.547;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=218;NR=326;PP=2962;ReadPosRankSum=0.480;SC=CTCTGCATCTCAGCTACTAAC;SOR=0.785;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=885;TCF=362;TCR=523;TR=544;WE=93616941;WS=93616923;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:479,853:0.64:1332
chr15	93616975	rs4598860	A	G	13238.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-2.296;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=917;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=152;NR=255;PP=2962;ReadPosRankSum=-2.501;SC=TCGTGGCCCCAGGCCACCCAT;SOR=0.684;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=639;TCF=240;TCR=399;TR=407;WE=93616983;WS=93616965;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:321,594:0.65:915
chr15	93844616	rs12914371	T	A	742.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=19;NR=2;PP=543;SC=GACTTCTTAGTGGTAGCACCT;SOR=3.442;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=21;TCF=19;TCR=2;TR=21;WE=93844624;WS=93844614;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr15	93844762	rs12909691	C	T	7783.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=283;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=126;NR=71;PP=2965;SC=TTCGTCCAACCTTTTGGATTG;SOR=1.220;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=199;TCF=126;TCR=73;TR=197;WE=93844770;WS=93844752;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,283:1.00:283
chr15	93844836	rs34239935	G	A	20753.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=469;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.98;QD=44.54;SOR=0.719;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,466:1.00:466
chr15	93844843	rs12914719	T	A	20864.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=475;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.98;QD=44.21;SOR=0.763;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,472:1.00:472
chr15	94304132	rs12905790	C	T	1315.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.692;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.213;HP=5;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=8;PP=864;ReadPosRankSum=0.172;SC=TAAAATAAAACAGCTGAGATG;SOR=1.076;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=166;TCF=134;TCR=32;TR=54;WE=94304140;WS=94304122;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:132,65:0.33:197
chr15	94304189	rs12910750	T	C	3538.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.966;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=552;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.550;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=81;NR=49;PP=1716;ReadPosRankSum=0.831;SC=GGTGATTTAATTGAAGTCACC;SOR=0.643;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=380;TCF=243;TCR=137;TR=130;WE=94304197;WS=94304179;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:353,193:0.35:546
chr15	94410009	rs11857265	C	T	263.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-2.961;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.769;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=1;PP=120;ReadPosRankSum=-0.699;SC=TAATAATCAGCGCCACATCTG;SOR=0.223;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=12;TCF=11;TCR=1;TR=8;WE=94410017;WS=94410000;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,12:0.75:16
chr15	94410296	rs12908831	A	G	3152.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.080;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=58;PP=1555;ReadPosRankSum=2.086;SC=AAATAATAACATAATCTCATC;SOR=0.588;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=152;TCF=62;TCR=90;TR=101;WE=94410304;WS=94410286;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,145:0.64:226
chr15	94841420	rs75426544	T	C	756.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.177;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.47;ReadPosRankSum=1.164;SOR=0.567;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:45,21:0.32:66
chr15	94841430	rs79161311	G	A	882.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.857;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.77;ReadPosRankSum=1.017;SOR=0.730;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:56,26:0.32:82
chr15	94841440	rs34741618	A	AGTT	1005.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.330;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.86;ReadPosRankSum=1.392;SOR=0.624;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:72,30:0.29:102
chr15	94841691	rs61737195	G	A	890.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.060;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.96;MQRankSum=0.000;QD=4.32;ReadPosRankSum=-0.967;SOR=0.656;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:153,53:0.26:206
chr15	94842034	rs117268644	C	T	585.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.416;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FS=3.785;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.95;MQRankSum=0.018;QD=7.06;ReadPosRankSum=0.449;SOR=1.489;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:56,27:0.33:83
chr15	94857347	rs294553	T	A	753.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=13;NR=7;PP=366;SC=GGATGACACCTCTGCATCCAC;SOR=1.143;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=13;TCR=7;TR=20;WE=94857355;WS=94857337;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr15	94857890	rs294552	G	A	1028.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=23;NR=7;PP=639;SC=CTTAGCCACAGGATCGATTAA;SOR=1.863;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=23;TCR=7;TR=30;WE=94857898;WS=94857880;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr15	94858686	rs1655455	G	A	1208.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=3.034;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.989;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=11;PP=777;ReadPosRankSum=0.970;SC=CTCCAAAATCGAGAAGTATTT;SOR=0.359;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=152;TCF=126;TCR=26;TR=53;WE=94858694;WS=94858676;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:108,59:0.35:167
chr15	94858889	rs12101974	T	G	12487.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=1.157;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=888;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=142;NR=197;PP=2962;ReadPosRankSum=0.997;SC=TCTGTTATGGTGGGTGTAGCC;SOR=0.689;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=543;TCF=228;TCR=315;TR=339;WE=94858897;WS=94858879;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:307,570:0.65:877
chr15	94858980	rs8024196	G	A	3449.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=2.184;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.992;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=94;PP=2393;ReadPosRankSum=-0.184;SC=GATAGACAGTGGCTCAAATCT;SOR=0.533;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=191;TCF=41;TCR=150;TR=121;WE=94858988;WS=94858970;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,139:0.62:224
chr15	94859051	rs294550	C	T	290.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-2.049;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.736;HP=1;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=13;PP=200;ReadPosRankSum=0.105;SC=ACCTTACTATCCTTCTTTATT;SOR=1.414;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=50;TCF=6;TCR=44;TR=14;WE=94859059;WS=94859041;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,15:0.27:55
chr15	94859068	rs294549	T	C	189.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=4.366;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.568;HP=2;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=9;PP=153;ReadPosRankSum=-0.788;SC=TATTATTAGGTTAATGATACG;SOR=1.819;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=32;TCF=3;TCR=29;TR=9;WE=94859076;WS=94859058;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,9:0.26:34
chr15	94882509	rs4984382	C	T	161.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.334;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=3.332;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.44;ReadPosRankSum=0.226;SOR=1.387;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,11:0.23:47
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chr15	94884108	rs8025851	G	C	5399.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=97;NR=41;PP=2965;SC=GAGTGATCGTGTTAAATTTGA;SOR=1.537;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=139;TCF=97;TCR=42;TR=138;WE=94884116;WS=94884098;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,193:1.00:193
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chr15	94899586	rs3784658	A	C	237.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=3.419;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=10;PP=173;ReadPosRankSum=-0.194;SC=AAAAAAATTAAAAATTGTTTC;SOR=0.415;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=35;TCF=3;TCR=32;TR=11;WE=94899594;WS=94899576;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,11:0.31:35
chr15	94927493	rs3217405	AT	A	921.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-2.152;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQ=60.16;MQRankSum=0.716;NF=0;NR=27;PP=820;ReadPosRankSum=-0.844;SC=GTATCCTTTCATTTTTATAGA;SOR=0.602;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=49;TCF=2;TCR=47;TR=27;WE=94927501;WS=94927483;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,43:0.68:63
chr15	94942497	rs2289009	T	C	1148.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=29;PP=885;SC=ATAGAGTATGTATACTGGTAA;SOR=3.086;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=5;TCR=29;TR=34;WE=94942505;WS=94942487;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr15	94945324	rs6497203	G	A	2416.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=20;NR=49;PP=1415;SC=ATATTACAGCGTAGGTGATTA;SOR=1.609;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=70;TCF=20;TCR=50;TR=69;WE=94945332;WS=94945314;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr15	94945704	rs7180682	A	G	27271.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=614;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=235;NR=155;PP=2965;SC=ACACATTGCAATTTCATTCAG;SOR=1.022;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=391;TCF=236;TCR=155;TR=390;WE=94945712;WS=94945694;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,607:1.00:607
chr15	94945719	rs7178698	G	T	29885.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=725;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=254;NR=176;PP=2965;SC=ATTCAGCACCGCAAAGAGGAA;SOR=0.960;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=434;TCF=256;TCR=178;TR=430;WE=94945727;WS=94945709;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,713:1.00:713
chr15	94986276	.	CT	C	249.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.879;ClippingRankSum=0.000;DP=206;ExcessHet=3.0103;FS=1.801;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.05;MQRankSum=1.602;QD=1.84;ReadPosRankSum=0.050;SOR=0.910;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:93,43:0.32:136
chr15	96876611	rs7173047	T	A	209.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.647;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.238;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=6;PP=96;ReadPosRankSum=0.543;SC=CCTCGCCGGCTTTCCCCGGCC;SOR=0.473;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=32;TCF=14;TCR=18;TR=11;WE=96876619;WS=96876601;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,14:0.32:44
chr15	96880510	rs3833035	ATTC	A	887.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=1.355;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.038;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=6;PP=926;ReadPosRankSum=2.398;SC=TGATGACTGAATTCTTCTTCT;SOR=0.901;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=52;TCF=37;TCR=15;TR=21;WE=96880523;WS=96880500;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,27:0.34:79
chr15	97970963	rs4128671	T	C	3208.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.915;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=540;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=50;PP=1571;ReadPosRankSum=0.271;SC=AAATCTGTCTTTGATTCCGCT;SOR=0.700;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=332;TCF=184;TCR=148;TR=112;WE=97970971;WS=97970953;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:350,180:0.34:530
chr15	98301845	rs2048115	C	T	2923.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=40;NR=41;PP=1634;SC=TTTTTTCCAGCTTTAAGTTCA;SOR=0.711;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=81;TCF=40;TCR=41;TR=81;WE=98301853;WS=98301835;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr15	98302002	rs143322276	TAAC	T	862.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=2;NR=15;PP=791;SC=GAACAATTTTTAACAATAGTG;SOR=3.056;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=18;TCF=2;TCR=16;TR=17;WE=98302012;WS=98301992;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr15	98504100	rs4965046	G	C	2617.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=38;NR=27;PP=1131;SC=GGATGGGCGGGGAGGCTGGGT;SOR=1.029;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=65;TCF=38;TCR=27;TR=65;WE=98504108;WS=98504090;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr15	98504322	rs112100339	C	T	2581.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.269;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FS=2.715;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.34;ReadPosRankSum=1.254;SOR=0.918;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:64,116:0.64:180
chr15	98504326	rs12101554	A	G	6848.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.855;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=37.42;ReadPosRankSum=-1.278;SOR=0.796;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,181:0.99:183
chr15	98512622	rs5814833	CT	C	2029.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.348;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=254;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.119;HP=7;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.179;NF=7;NR=63;PP=1851;ReadPosRankSum=1.613;SC=AAGCAAAGCTCTTTTTTAAAA;SOR=0.612;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=116;TCF=9;TCR=107;TR=70;WE=98512636;WS=98512612;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,123:0.59:207
chr15	98513845	rs2130882	T	C	2704.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-1.934;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.638;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=35;PP=1607;ReadPosRankSum=-0.603;SC=AGATGTGGTATCAGAGGAAGA;SOR=0.541;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=123;TCF=80;TCR=43;TR=95;WE=98513853;WS=98513835;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,118:0.79:150
chr15	98514282	rs62023730	A	G	4887.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.911;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=401;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.491;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=119;NR=52;PP=2605;ReadPosRankSum=0.991;SC=GCATATAACCATCATATAATT;SOR=0.540;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=283;TCF=201;TCR=82;TR=171;WE=98514290;WS=98514272;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:160,231:0.59:391
chr15	98514489	rs3803385	A	G	5078.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.654;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=369;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.828;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=114;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.004;SC=CTTTTTGGGAAAGAGACAGGA;SOR=0.441;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=282;TCF=80;TCR=202;TR=164;WE=98514497;WS=98514469;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:142,217:0.60:359
chr15	98514532	rs3803386	G	C	1319.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=4.094;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=44;PP=1009;ReadPosRankSum=0.055;SC=TGAACGTCAAGACTGAAGGCA;SOR=0.719;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=132;TCF=16;TCR=116;TR=50;WE=98514540;WS=98514522;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,54:0.38:141
chr15	98984518	rs200301114	A	ATC	103.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.560;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.96;ReadPosRankSum=0.856;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,11:0.31:35
chr15	98995052	rs56374714	G	GT	10098.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=327;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=55;NR=97;PP=2975;SC=CACAAGGGGGGTTACCTTGGT;SOR=0.862;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=164;TCF=59;TCR=105;TR=152;WE=98995060;WS=98995042;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,317:1.00:317
chr15	98995081	rs12101356	A	G	10382.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=390;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=136;NR=123;PP=2965;SC=GGAGACATCGAGCAGCTAACC;SOR=0.752;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=259;TCF=136;TCR=123;TR=259;WE=98995089;WS=98995071;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,383:1.00:383
chr15	99023968	rs4528551	T	G	1979.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.916;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=367;ExcessHet=3.0103;FS=1.332;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.50;ReadPosRankSum=0.195;SOR=0.777;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:243,117:0.32:360
chr15	99192754	.	CTTTTTTTTT	C	4793.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.199;ClippingRankSum=0.000;DP=188;ExcessHet=3.0103;FS=10.776;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.74;MQRankSum=0.996;QD=27.24;ReadPosRankSum=2.491;SOR=0.742;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,155:0.88:176
chr15	99251356	rs7174918	C	T	978.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.041;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.984;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=27;PP=625;ReadPosRankSum=-0.040;SC=ATGCTGACTGCTGCTTTCTCT;SOR=0.858;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=57;TCF=14;TCR=43;TR=36;WE=99251364;WS=99251346;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,43:0.61:70
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chr15	99467934	rs1464430	A	C	899.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.567;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.131;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=18;PP=285;ReadPosRankSum=-1.525;SC=TGGAGGGAGAAGAAACGTGGT;SOR=0.470;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=82;TCF=27;TCR=55;TR=30;WE=99467942;WS=99467924;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:94,53:0.36:147
chr15	99477911	rs2715449	T	G	3132.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=67;NR=27;PP=2121;SC=AAAGTTGACATCAAGCCATGC;SOR=1.654;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=94;TCF=67;TCR=27;TR=94;WE=99477919;WS=99477901;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr15	99478493	rs10400894	T	C	1255.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=29;NR=7;PP=875;SC=AACACAGGCATCAGCAAGGGC;SOR=2.303;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=36;TCF=29;TCR=7;TR=36;WE=99478513;WS=99478483;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr15	99478505	rs34389972	A	AC	1743.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=31;NR=7;PP=1609;SC=AGCAAGGGCCACCTGACCCTC;SOR=2.925;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=40;TCF=32;TCR=8;TR=38;WE=99478513;WS=99478483;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr15	99492045	rs2684789	G	A	3343.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-1.933;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=73;PP=2029;ReadPosRankSum=-0.652;SC=CTGGTCCTGCGCCTCCCTTGC;SOR=0.948;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=96;TCF=22;TCR=74;TR=95;WE=99492053;WS=99492035;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,121:0.99:122
chr15	99492061	rs17847195	G	A	1545.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-0.131;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=44;PP=992;ReadPosRankSum=1.739;SC=CTTGCCAGGCGTGGCTAAGAG;SOR=0.645;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=80;TCF=14;TCR=66;TR=53;WE=99492069;WS=99492051;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,64:0.68:94
chr15	99500256	rs2593053	G	A	9801.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=369;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=180;NR=89;PP=2965;SC=GCGCCCTCCCGGTTTGGACCC;SOR=1.371;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=271;TCF=180;TCR=91;TR=269;WE=99500264;WS=99500246;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,359:1.00:359
chr15	99511793	rs1521484	C	G	9446.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.667;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=361;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.063;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQ=60.03;MQRankSum=0.122;NF=116;NR=113;PP=2965;ReadPosRankSum=2.250;SC=TCCAGCATTTCCTGGATGATG;SOR=0.391;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=230;TCF=116;TCR=114;TR=229;WE=99511812;WS=99511783;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,357:0.99:360
chr15	99511804	rs5814919	A	AC	12453.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.327;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=348;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.057;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQ=60.03;MQRankSum=0.126;NF=34;NR=112;PP=2971;ReadPosRankSum=1.486;SC=CTGGATGATGACTCTCAAGGC;SOR=0.384;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=150;TCF=34;TCR=116;TR=146;WE=99511812;WS=99511783;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,338:0.99:341
chr15	99514431	rs199848298	GGGGGGGGGT	G	190.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-1.163;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=5.691;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.78;ReadPosRankSum=1.163;SOR=0.169;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,13:0.39:33
chr15	99514432	rs201352743	GGGGGGGGT	G	303.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=2.212;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=3.319;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.47;ReadPosRankSum=-0.198;SOR=1.402;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,16:0.55:29
chr15	99544429	rs2593051	G	A	9029.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.927;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=350;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=149;NR=86;PP=2965;ReadPosRankSum=1.238;SC=GAGAGTCCGCGGCTTCATTCT;SOR=1.186;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=240;TCF=151;TCR=89;TR=235;WE=99544437;WS=99544419;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,334:0.99:336
chr15	99646107	rs60530833	A	AG	2241.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=32;PP=1520;SC=CGCAGGAGGCAAGGCGCTGCG;SOR=1.160;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=36;TCF=4;TCR=32;TR=36;WE=99646115;WS=99646097;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr15	99653666	rs2305446	C	T	958.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.941;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.209;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=5;PP=606;ReadPosRankSum=1.692;SC=TGTTTAATAACGCCGGGTGTT;SOR=0.128;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=55;TCF=49;TCR=6;TR=33;WE=99653674;WS=99653656;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,40:0.63:63
chr15	99653800	rs2305445	T	C	7282.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.138;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=495;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.871;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=115;NR=85;PP=2779;ReadPosRankSum=0.681;SC=CTTTAGAGAGTGATTGACTGC;SOR=0.805;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=299;TCF=167;TCR=132;TR=200;WE=99653808;WS=99653790;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:159,330:0.67:489
chr15	99670989	rs3743248	T	C	9830.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-2.432;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=686;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.552;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=164;NR=106;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.799;SC=CCAAGCAGCCTCAGGAGAACA;SOR=0.761;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=426;TCF=255;TCR=171;TR=270;WE=99670997;WS=99670979;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:240,437:0.65:677
chr15	99671760	rs260087	T	C	5561.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=3.176;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=351;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.410;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=69;NR=79;PP=2962;ReadPosRankSum=0.222;SC=GCATTCGCTTTAGGCGTTGGG;SOR=0.732;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=223;TCF=106;TCR=117;TR=148;WE=99671768;WS=99671750;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:119,226:0.66:345
chr15	99672722	rs2292288	A	G	8360.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.507;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=559;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.153;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=125;NR=127;PP=2962;ReadPosRankSum=0.040;SC=GATAGTGCAGAGGACACATCA;SOR=0.610;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=379;TCF=193;TCR=186;TR=252;WE=99672730;WS=99672712;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:191,355:0.65:546
chr15	99701857	rs3803472	A	G	4293.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=1.689;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=324;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.416;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=69;NR=48;PP=1858;ReadPosRankSum=1.266;SC=CACACAGTAGATGCTTAATGG;SOR=0.741;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=172;TCF=102;TCR=70;TR=117;WE=99701865;WS=99701847;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:125,198:0.61:323
chr15	99715352	rs2602016	A	G	5213.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.219;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=393;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.778;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=79;PP=2347;ReadPosRankSum=0.064;SC=TCAGGATGATAAGATGTGCCT;SOR=0.742;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=249;TCF=115;TCR=134;TR=143;WE=99715360;WS=99715342;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:152,238:0.61:390
chr15	99798934	rs7162949	G	A	3379.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.241;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=246;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.644;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=43;PP=1642;ReadPosRankSum=1.225;SC=CCTGTGGCTTGTATTCACTTT;SOR=0.796;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=164;TCF=88;TCR=76;TR=99;WE=99798942;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,153:0.64:238
chr15	99799750	rs1976589	T	C	6063.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-2.514;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=396;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.397;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-1.322;NF=114;NR=114;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.598;SC=ACAGAATCTCTGTGTGCTTTG;SOR=0.667;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=321;TCF=162;TCR=159;TR=228;WE=99799758;WS=99799740;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:118,271:0.70:389
chr15	100230790	rs3730280	A	G	1050.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.880;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.236;HP=4;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=17;PP=420;ReadPosRankSum=-0.208;SC=AGACAAGTCTATTTCAAATAC;SOR=0.390;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=43;TCF=14;TCR=29;TR=27;WE=100230798;WS=100230780;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,48:0.69:70
chr15	100230908	rs325385	T	C	326.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=2;NR=4;PP=89;SC=AAGCCAGGCATAGAAAGATAG;SOR=1.179;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=6;TCF=2;TCR=4;TR=6;WE=100230916;WS=100230898;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr15	100243487	rs34131461	GT	G	4263.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=48;NR=41;PP=2938;SC=GTCCAAATATGTTTTTTCTAA;SOR=1.447;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=95;TCF=51;TCR=44;TR=89;WE=100243495;WS=100243477;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,169:1.00:169
chr15	100246834	rs325409	T	G	1719.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=44;NR=9;PP=1314;SC=GAAAATGACATTCATATGAAA;SOR=2.753;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=54;TCF=45;TCR=9;TR=53;WE=100246842;WS=100246824;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr15	100246936	rs325408	T	C	18867.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=424;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.82;SOR=1.265;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,421:1.00:421
chr15	100246942	rs325407	G	A	19526.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=453;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.39;SOR=1.189;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,450:1.00:450
chr15	100251015	rs325403	C	G	5847.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.697;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=396;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.835;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=112;PP=2855;ReadPosRankSum=-0.769;SC=CCTACACACTCTCTTTTCCTA;SOR=0.632;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=258;TCF=83;TCR=175;TR=166;WE=100251023;WS=100251005;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:131,259:0.66:390
chr15	100269309	rs6598263	T	G	5975.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=140;NR=47;PP=2965;SC=AAGCTGGGCCTAGTCTTTAAA;SOR=1.965;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=187;TCF=140;TCR=47;TR=187;WE=100269317;WS=100269299;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,224:1.00:224
chr15	100269680	rs2061007	G	C	10872.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.449;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=730;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=150;NR=169;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.635;SC=TGACTGCACTGCACGCTCAAT;SOR=0.635;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=485;TCF=231;TCR=254;TR=319;WE=100269688;WS=100269670;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:256,464:0.64:720
chr15	100269796	rs6598264	A	G	11656.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=456;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=159;NR=186;PP=2965;SC=CTGTGGTCTCAGAAGACGGGC;SOR=0.923;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=348;TCF=160;TCR=188;TR=345;WE=100269804;WS=100269786;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,442:1.00:442
chr15	100271253	rs12185079	C	T	739.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=0.584;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.815;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=8;PP=403;ReadPosRankSum=0.459;SC=AAAGAGATTTCTTAAATTAAG;SOR=0.807;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=76;TCF=53;TCR=23;TR=30;WE=100271261;WS=100271243;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,38:0.38:99
chr15	100272337	rs73466515	A	G	99.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=1.636;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.737;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=6;PP=68;ReadPosRankSum=-0.268;SC=CTCAGCATACATCATCAACAG;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=23;TCF=3;TCR=20;TR=6;WE=100272345;WS=100272327;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,6:0.27:22
chr15	100331253	rs1060457	G	A	1449.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.832;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=276;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=24;PP=690;ReadPosRankSum=0.843;SC=GGCCCTAGTTGTGCCTCCTCG;SOR=0.715;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=183;TCF=103;TCR=80;TR=55;WE=100331261;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:181,85:0.32:266
chr15	100331819	rs2958994	A	G	1755.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.786;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=262;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.984;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=25;PP=633;ReadPosRankSum=-1.075;SC=CAAGCAACCCAGAGGACCTGG;SOR=0.733;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=166;TCF=84;TCR=82;TR=54;WE=100331827;WS=100331809;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:160,97:0.38:257
chr15	100332799	rs11639102	A	C	5912.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.415;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=566;ExcessHet=3.0103;FS=0.568;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.51;MQRankSum=-22.624;QD=10.52;ReadPosRankSum=5.878;SOR=0.599;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:389,173:0.31:562
chr15	100332807	rs11633999	C	T	5905.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.171;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=589;ExcessHet=3.0103;FS=0.569;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.58;MQRankSum=-22.904;QD=10.11;ReadPosRankSum=5.253;SOR=0.631;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:407,177:0.30:584
chr15	100339897	rs12910401	T	C	1826.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.457;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=364;ExcessHet=3.0103;FS=0.413;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.42;MQRankSum=-6.351;QD=5.03;ReadPosRankSum=0.191;SOR=0.735;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:252,111:0.31:363
chr15	100339938	rs12905599	C	T	961.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.665;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=280;ExcessHet=3.0103;FS=3.222;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.27;MQRankSum=-6.856;QD=3.46;ReadPosRankSum=-0.920;SOR=0.955;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:213,65:0.23:278
chr15	100341157	rs12916271	T	C	1158.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.285;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=276;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.194;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-1.143;NF=45;NR=13;PP=816;ReadPosRankSum=-4.119;SC=ACCTGCATCCTCAGTGCCACA;SOR=1.104;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=205;TCF=148;TCR=57;TR=58;WE=100341165;WS=100341147;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:199,70:0.26:269
chr15	100345136	rs202231117	TA	T	1488.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.362;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=304;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.13;MQRankSum=-5.513;QD=4.90;ReadPosRankSum=0.001;SOR=0.686;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:191,113:0.37:304
chr15	100347024	.	A	G	137.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=47.50;QD=22.97;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr15	100514561	rs2581340	G	C	2705.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=0.225;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.841;HP=3;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=73;NR=15;PP=1831;ReadPosRankSum=0.973;SC=GGGTGGGTGGGTTTCAGACCT;SOR=0.543;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=129;TCF=108;TCR=21;TR=88;WE=100514569;WS=100514551;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,103:0.69:150
chr15	100514614	rs2573652	T	C	5987.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=2.632;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=375;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=118;NR=63;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.689;SC=GTGTCACGAGTTCGGCGGTGG;SOR=0.686;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=274;TCF=177;TCR=97;TR=181;WE=100514622;WS=100514604;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:116,256:0.69:372
chr15	100516472	rs11634977	G	A	1202.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=2.675;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.204;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=33;PP=805;ReadPosRankSum=-1.819;SC=TGAGGTCAAGGGACTGGGATG;SOR=1.532;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=59;TCF=7;TCR=52;TR=36;WE=100516480;WS=100516462;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,44:0.64:69
chr15	100533218	rs7175995	C	T	509.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.534;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.28;ReadPosRankSum=0.739;SOR=0.689;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:89,30:0.25:119
chr15	100537494	rs12900132	C	T	1293.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-2.008;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.215;HP=6;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=16;PP=727;ReadPosRankSum=0.613;SC=GACCTGGGGGCGAGCGAGGGC;SOR=0.587;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=165;TCF=120;TCR=45;TR=56;WE=100537513;WS=100537484;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:147,70:0.32:217
chr15	100603776	rs6598297	T	A	8617.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=2.111;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=325;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.007;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=131;NR=72;PP=2965;ReadPosRankSum=1.895;SC=AACACAGGCGTGAAACCAGCC;SOR=0.945;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=203;TCF=131;TCR=72;TR=203;WE=100603784;WS=100603766;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,316:1.00:317
chr15	100672237	rs12907333	T	G	15745.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=606;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=162;NR=183;PP=2965;SC=TTCCTCTGCCTGAAGCGGGCT;SOR=0.783;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=345;TCF=162;TCR=183;TR=345;WE=100672245;WS=100672227;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,604:1.00:604
chr15	100693032	rs10664668	C	CTT	2402.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.163;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=250;ExcessHet=3.0103;FS=0.746;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.17;MQRankSum=0.830;QD=13.89;ReadPosRankSum=-0.709;SOR=0.596;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:57,116:0.67:173
chr15	100695347	rs8024690	T	C	2213.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.230;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=332;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.875;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=33;PP=1065;ReadPosRankSum=0.000;SC=GAAGTACTTTTGATTGCATTC;SOR=0.749;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=209;TCF=123;TCR=86;TR=83;WE=100695355;WS=100695337;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:204,119:0.37:323
chr15	100794172	rs7172834	T	A	1325.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=2.390;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=10;PP=997;ReadPosRankSum=0.228;SC=TAACTTCAAATCATTTCAGGA;SOR=0.992;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=62;TCF=51;TCR=11;TR=52;WE=100794180;WS=100794162;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,52:0.79:66
chr15	100794363	rs4369638	C	T	5576.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.241;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=365;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.876;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=93;PP=2554;ReadPosRankSum=0.120;SC=ACGGTTCATCCTTGTGTACAC;SOR=0.807;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=225;TCF=97;TCR=128;TR=159;WE=100794371;WS=100794353;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:111,253:0.70:364
chr15	100801698	rs4965613	G	A	2864.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=1.444;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=30;PP=1403;ReadPosRankSum=-1.743;SC=TCACAAACACGGCAGCATCCA;SOR=0.744;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=124;TCF=80;TCR=44;TR=84;WE=100801706;WS=100801688;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,129:0.69:187
chr15	100801965	rs6598316	G	T	1166.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-2.939;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.190;HP=1;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=31;PP=734;ReadPosRankSum=0.769;SC=GATGACTCACGGCCCTCGAAG;SOR=0.172;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=64;TCF=17;TCR=47;TR=46;WE=100801973;WS=100801955;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,50:0.70:71
chr15	100802495	rs4965296	G	A	3903.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.822;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FS=3.031;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.19;ReadPosRankSum=-0.064;SOR=0.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:56,99:0.64:155
chr15	100802499	rs4965297	A	G	3928.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.106;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FS=3.960;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.18;ReadPosRankSum=0.255;SOR=1.029;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:57,99:0.63:156
chr15	100821426	rs7496614	G	A	2328.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.736;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=23;PP=1333;ReadPosRankSum=-1.374;SC=CCCCGGCTCCGGACTCACCAT;SOR=0.735;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=101;TCF=71;TCR=30;TR=73;WE=100821434;WS=100821416;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,98:0.69:142
chr15	100821467	rs7496640	G	A	3267.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=2.301;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.534;HP=1;HapScore=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=46;PP=1877;ReadPosRankSum=-0.838;SC=ACCTCTGGGCGGCCTCGGCCC;SOR=0.748;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=156;TCF=89;TCR=67;TR=107;WE=100821475;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,144:0.67:214
chr15	100821576	rs7496668	G	A	3484.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.433;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.528;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=65;PP=1994;ReadPosRankSum=-0.484;SC=CCAGTCCCGCGAAGGCCTGCC;SOR=0.765;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=166;TCF=72;TCR=94;TR=113;WE=100821584;WS=100821566;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,147:0.67:220
chr15	100821647	rs7497712	T	C	2353.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.824;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.821;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=48;PP=1100;ReadPosRankSum=-1.102;SC=CTTGGCTTACTGACTTCCAAA;SOR=1.111;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=114;TCF=45;TCR=69;TR=75;WE=100821655;WS=100821637;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,109:0.64:169
chr15	100871329	rs11639041	G	A	3898.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.832;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=256;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=94;PP=2467;ReadPosRankSum=-1.715;SC=CCCCCCGGAGGGGCAGGCAAG;SOR=0.714;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=197;TCF=51;TCR=146;TR=126;WE=100871337;WS=100871319;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,158:0.64:248
chr15	100889496	rs2289584	T	G	8283.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=307;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=103;NR=107;PP=2965;SC=GACAGCTCGATTCTGATGGGC;SOR=0.753;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=210;TCF=103;TCR=107;TR=210;WE=100889504;WS=100889486;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,307:1.00:307
chr15	100942843	rs1023782	G	T	779.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=22;NR=0;PP=601;SC=ATGTGGGGTCGGTGTGGGGCC;SOR=6.439;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=22;TCR=0;TR=22;WE=100942851;WS=100942840;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr15	100942962	rs2439928	T	C	6120.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=101;NR=54;PP=2722;SC=CTCTCAGCCCTGAGGCCGTTC;SOR=1.194;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=155;TCF=101;TCR=54;TR=155;WE=100942970;WS=100942952;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,227:1.00:227
chr15	100996038	rs12595207	C	T	12569.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=465;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=161;NR=107;PP=2965;SC=TTCAACAGTCCGGGCCTCACC;SOR=0.965;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=270;TCF=161;TCR=109;TR=268;WE=100996054;WS=100996028;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,462:1.00:462
chr15	101009474	rs34108242	A	T	1106.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=28;NR=4;PP=772;SC=CACTTGACACAAATAACTGGA;SOR=3.383;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=32;TCF=28;TCR=4;TR=32;WE=101009482;WS=101009470;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr15	101009530	rs12909732	G	A	4122.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=71;NR=29;PP=1950;SC=ACCATGCACTGAGGCCACCTC;SOR=1.448;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=102;TCF=71;TCR=31;TR=100;WE=101009538;WS=101009520;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,155:1.00:155
chr15	101019529	rs2654574	C	T	2617.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=42;NR=13;PP=1115;SC=AGGGATGACACAGTAGTGAAC;SOR=1.538;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=57;TCF=44;TCR=13;TR=55;WE=101019537;WS=101019519;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr15	101019693	.	G	GA	80.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.578;ClippingRankSum=0.000;DP=145;ExcessHet=3.0103;FS=0.894;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.60;ReadPosRankSum=-0.407;SOR=0.863;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:112,22:0.16:134
chr15	101019819	rs2587763	G	T	685.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=19;PP=525;SC=ATTGACCTTTGCCATATTCTT;SOR=3.352;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=3;TCR=19;TR=22;WE=101019827;WS=101019809;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr15	101041896	rs1354332	T	C	11606.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=2.090;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=434;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=201;NR=97;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.617;SC=CAAATACACGTCTGATAATCA;SOR=1.138;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=299;TCF=201;TCR=98;TR=298;WE=101041904;WS=101041886;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,421:1.00:422
chr15	101109358	rs28438569	A	G	441.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=57;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=17;NR=2;PP=540;SC=AAACCCTTTTATGGTGATGAT;SOR=3.383;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=18;TCR=2;TR=19;WE=101109366;WS=101109354;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr15	101109392	rs79985453	C	T	654.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=2.507;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=11.505;HP=2;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=0;PP=612;ReadPosRankSum=0.364;SC=CTCATTGAGACATAATTTATA;SOR=3.116;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=42;TCF=39;TCR=3;TR=26;WE=101109400;WS=101109382;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,26:0.60:43
chr15	101109677	rs8451	C	A	19942.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=768;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=221;NR=258;PP=2965;SC=GAACCAGAGGCCTTGATGGAG;SOR=0.811;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=479;TCF=221;TCR=258;TR=479;WE=101109685;WS=101109667;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,750:1.00:750
chr15	101109794	rs12157	C	G	12881.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=491;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=128;NR=180;PP=2965;SC=CTAAACACTGCTCTGTGGATT;SOR=0.944;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=308;TCF=128;TCR=180;TR=308;WE=101109802;WS=101109784;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,478:1.00:478
chr15	101109818	rs12460	G	A	11123.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=425;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=122;NR=160;PP=2965;SC=CGTCAGAATCGTCAGAGCTGT;SOR=0.905;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=282;TCF=122;TCR=160;TR=282;WE=101109826;WS=101109808;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,414:1.00:414
chr15	101109893	rs6598356	C	A	7479.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=280;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=90;NR=105;PP=2965;SC=TGGTGTGAGCCCCCTTGGACA;SOR=0.776;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=195;TCF=90;TCR=105;TR=195;WE=101109901;WS=101109883;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,273:1.00:273
chr15	101110265	rs2411836	T	A	3550.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=40;NR=48;PP=1764;SC=CATTTTCATGTGTGTGATGGT;SOR=0.818;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=89;TCF=41;TCR=48;TR=88;WE=101110273;WS=101110255;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,134:1.00:134
chr15	101110302	rs2411837	C	G	3002.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=36;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=29;NR=46;PP=1469;SC=CTGAGTCAAGCTTTCAGTGGC;SOR=1.035;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=75;TCF=29;TCR=46;TR=75;WE=101110310;WS=101110292;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr15	101110356	rs2411838	T	C	2675.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=52;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=16;NR=38;PP=860;SC=TGCAGATTAATGACCTTACAA;SOR=1.478;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=54;TCF=16;TCR=38;TR=54;WE=101110364;WS=101110346;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr15	101110372	rs3084804	AAC	A	2176.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=37;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=28;PP=1294;SC=TACAAAAATAAACAGTTTTAC;SOR=1.225;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=28;TCF=0;TCR=28;TR=28;WE=101110381;WS=101110362;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr15	101112342	rs1493652	T	C	2665.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=66;PP=2020;SC=TATATATAAATTCATAGTGTC;SOR=3.482;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=76;TCF=10;TCR=66;TR=76;WE=101112350;WS=101112332;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr15	101113748	rs2062816	C	T	1765.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=45;NR=18;PP=1253;SC=GGATAACATACAGCTTAAATT;SOR=1.644;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=64;TCF=46;TCR=18;TR=63;WE=101113756;WS=101113738;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr15	101113862	rs12719734	C	T	8275.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=313;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=121;NR=64;PP=2965;SC=TTACCTTTCACTTCACTTGCT;SOR=1.157;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=186;TCF=121;TCR=65;TR=185;WE=101113870;WS=101113852;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,310:1.00:310
chr15	101113950	rs12592868	A	G	15878.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=594;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=235;NR=153;PP=2965;SC=CATGATCTGGACTAGTGATAA;SOR=1.015;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=391;TCF=235;TCR=156;TR=388;WE=101113958;WS=101113940;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,582:1.00:582
chr15	101114418	rs8039437	G	A	5562.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=35;NR=104;PP=2965;SC=AAATGGTGTCGAAATGAGTCA;SOR=1.683;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=139;TCF=35;TCR=104;TR=139;WE=101114426;WS=101114408;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,196:1.00:196
chr15	101115448	rs4965678	C	A	396.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=11;PP=289;SC=ATATGTGGCACACCGAGAAGG;SOR=3.767;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=0;TCR=11;TR=11;WE=101115456;WS=101115438;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr15	101120963	rs11247226	T	C	6110.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.320;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=248;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=1.982;HP=1;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=105;PP=2690;ReadPosRankSum=-0.043;SC=AGATAAAAGATGTAATCATGG;SOR=1.323;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=156;TCF=49;TCR=107;TR=152;WE=101120971;WS=101120953;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,240:0.98:244
chr15	101152745	rs4965683	A	C	2112.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=46;PP=1423;SC=TACTCAACATATTATTCTCTC;SOR=2.303;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=58;TCF=12;TCR=46;TR=58;WE=101152753;WS=101152735;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr15	101425703	rs4646656	T	C	1046.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-0.794;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=29;PP=536;ReadPosRankSum=0.576;SC=GCTAGCTGCGTGAATTGGCAT;SOR=0.804;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=63;TCF=15;TCR=48;TR=37;WE=101425711;WS=101425693;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,48:0.62:77
chr15	101436307	rs4646669	C	T	1373.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=2.344;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.639;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=31;PP=732;ReadPosRankSum=-0.674;SC=ATTTGACACCCGTGAGCTTTT;SOR=1.131;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=71;TCF=24;TCR=47;TR=43;WE=101436315;WS=101436297;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,64:0.56:115
chr15	101436387	rs72633248	T	A	340.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=1.397;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.995;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=10;PP=185;ReadPosRankSum=0.619;SC=TAACAACCAGTTAAAAAAAGT;SOR=1.292;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=28;TCF=9;TCR=19;TR=13;WE=101436395;WS=101436377;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,17:0.47:36
chr15	101440988	rs4646674	A	C	3630.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=2.564;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.551;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=74;PP=2027;ReadPosRankSum=-0.435;SC=TGTGTGTGAAACCATGGTGCT;SOR=0.777;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=154;TCF=45;TCR=109;TR=104;WE=101440996;WS=101440978;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,151:0.68:223
chr15	101441055	rs4646675	T	C	844.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-1.228;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.229;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=28;PP=538;ReadPosRankSum=-1.175;SC=TCCCTCTCCGTGAAAGGAATG;SOR=1.061;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=51;TCF=7;TCR=44;TR=32;WE=101441063;WS=101441045;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,39:0.60:65
chr15	101445900	rs3825924	G	A	777.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.254;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=18;PP=436;ReadPosRankSum=-0.263;SC=GAGGTACAAGGGGGCTGTGGC;SOR=0.651;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=29;TCF=7;TCR=22;TR=24;WE=101445908;WS=101445890;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,33:0.82:40
chr15	101447588	rs4646684	A	G	2225.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.173;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.729;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=52;PP=1255;ReadPosRankSum=0.079;SC=TGTATATTATATACCAAGCCC;SOR=0.578;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=114;TCF=27;TCR=87;TR=69;WE=101447596;WS=101447578;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,93:0.63:147
chr15	101527052	rs1551467	A	G	14041.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=537;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=139;NR=197;PP=2965;SC=AGAAGCTTCCAAACTTTCAGA;SOR=0.985;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=337;TCF=139;TCR=198;TR=336;WE=101527060;WS=101527042;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,535:1.00:535
chr15	101527096	rs1551466	G	C	8011.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=281;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=70;NR=157;PP=2965;SC=TTTTTCCTACGACTCTGACCA;SOR=1.567;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=227;TCF=70;TCR=157;TR=227;WE=101527104;WS=101527086;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,281:1.00:281
chr15	101527411	rs2168376	CA	TG	18232.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=415;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=119;NR=123;PP=2947;SC=AATACAGGGCCATCCTGACCC;SOR=0.723;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=248;TCF=123;TCR=125;TR=242;WE=101527420;WS=101527401;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,408:1.00:408
chr15	101527635	rs7176015	G	A	23729.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.835;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=913;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=252;NR=264;PP=2965;ReadPosRankSum=1.006;SC=TAACATTTCAGCCCACACTGC;SOR=0.387;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=519;TCF=252;TCR=267;TR=516;WE=101527643;WS=101527625;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,900:1.00:903
chr15	101529118	rs4357923	C	T	2663.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=18;NR=64;PP=1816;SC=GCTCTCAAATCACCTCTGTGA;SOR=2.461;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=83;TCF=18;TCR=65;TR=82;WE=101529126;WS=101529108;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr15	101550858	rs12595297	G	T	13119.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=312;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.10;QD=42.19;SOR=0.943;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,311:1.00:311
chr15	101550861	.	CTT	C,CT	4708.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.641;ClippingRankSum=0.000;DP=330;ExcessHet=3.0103;FS=0.860;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.16;MQRankSum=0.579;QD=15.54;ReadPosRankSum=1.561;SOR=0.874;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:21,83,199:0.27,0.66:303
chr15	101555399	rs2034809	G	A	8977.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=321;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=202;NR=67;PP=2965;SC=TGCAGCGTGCGCCCCTGCCAG;SOR=2.016;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=272;TCF=204;TCR=68;TR=269;WE=101555407;WS=101555389;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,314:1.00:314
chr15	101561980	rs66832637	CGTGTGTGT	C,CGT	3269.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=20;NF=29,29;NR=10,10;PP=300,1638;SC=CACGTGTGTGCGTGTGTGTGT;SOR=3.098;SbPval=0.99;Source=Platypus;TC=73;TCF=37;TCR=36;TR=39,39;WE=101561999;WS=101561970;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.26,0.74:87
chr15	101567547	rs41319544	G	C	13351.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.587;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=533;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=124;NR=204;PP=2965;ReadPosRankSum=0.349;SC=TGAAGGACGTGGGCAGCACCA;SOR=0.597;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=331;TCF=125;TCR=206;TR=328;WE=101567555;WS=101567537;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,521:0.99:524
chr15	101591784	rs13329684	C	T	2980.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=80;NR=6;PP=2255;SC=TTCAGCCTGTCTCTTGGGTAC;SOR=4.294;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=87;TCF=80;TCR=7;TR=86;WE=101591792;WS=101591774;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr15	101591834	rs13329662	G	A	7050.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.209;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=256;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=137;NR=58;PP=2965;ReadPosRankSum=1.406;SC=AAGGCCTCAGGGCCTGGGGTG;SOR=0.664;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=196;TCF=138;TCR=58;TR=195;WE=101591842;WS=101591824;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,254:1.00:255
chr15	101591857	rs10710683	CG	C	9956.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=322;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=78;NR=82;PP=2975;SC=GAGTGCTGCTCGGGGGGCCCT;SOR=1.234;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=189;TCF=99;TCR=90;TR=160;WE=101591865;WS=101591847;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,318:1.00:318
chr15	101601564	rs72766872	A	T	1506.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=40;PP=1119;SC=GGTGGGGGCCACATTCATAAA;SOR=3.398;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=45;TCF=5;TCR=40;TR=45;WE=101601572;WS=101601554;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr15	101606809	.	A	G	10089.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.991;ClippingRankSum=0.000;DP=727;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.813;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=144;NR=120;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.812;SC=ACGGCTACCGACAAATCGCTT;SOR=0.830;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=439;TCF=234;TCR=205;TR=264;WE=101606817;WS=101606799;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:265,455:0.63:720
chr15	101607513	rs2925201	T	C	11497.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=270;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.22;SOR=1.078;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,266:1.00:266
chr15	101607519	rs111609923	T	C	11189.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=251;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.04;QD=45.12;SOR=1.156;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,248:1.00:248
chr15	101607626	.	ATGTGTGTG	A,ATG	479	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.24;FR=0.5000,0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=29;MMLQ=24;MQ=60.28;NF=0,0;NR=13,13;PP=61,479;QD=4.92307692308;SC=CTCAGTTCAAATGTGTGTGTG;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=27;TCF=0;TCR=27;TR=13,13;WE=101607641;WS=101607616;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.48:27
chr15	101717680	rs8024370	G	T	5892.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.763;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=424;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.335;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=86;NR=90;PP=2831;ReadPosRankSum=-0.830;SC=CCAGCTGCTGGGTGGACCCAT;SOR=0.506;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=284;TCF=148;TCR=136;TR=176;WE=101717688;WS=101717670;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:152,268:0.64:420
chr15	101718097	rs28364839	C	G	8025.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.464;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=587;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=100;NR=138;PP=2962;ReadPosRankSum=1.334;SC=CTGTAGTAAACACGAGGTCGA;SOR=0.730;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=380;TCF=162;TCR=218;TR=238;WE=101718105;WS=101718087;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:223,351:0.61:574
chr15	101791262	rs7171436	C	A	1441.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-3.425;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=11;PP=1132;ReadPosRankSum=-0.346;SC=CGGGCGGAGGCGAGAGCCAGG;SOR=0.613;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=108;TCF=89;TCR=19;TR=61;WE=101791270;WS=101791252;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,60:0.55:109
chr15	101791359	rs7176149	C	G	5834.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.775;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=506;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.114;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=96;NR=68;PP=2469;ReadPosRankSum=0.296;SC=CGGCCACGGCCCGAGTCTGCA;SOR=0.790;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=288;TCF=163;TCR=125;TR=164;WE=101791367;WS=101791349;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:222,284:0.56:506
chr15	101791605	rs7175303	G	A	1246.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.63;BaseQRankSum=0.568;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.136;HP=3;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=25;PP=537;ReadPosRankSum=1.684;SC=CCAGCACGAAGCCCAGGACGA;SOR=0.988;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=34;TCF=4;TCR=30;TR=28;WE=101791613;WS=101791595;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,56:0.76:74
chr15	101791694	.	GCAGGCT	G	207.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.728;ClippingRankSum=-0.000;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=20.77;ReadPosRankSum=-1.073;SOR=0.569;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,7:0.70:10
chr15	101791704	.	CG	C	206.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.369;ClippingRankSum=-0.000;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=25.84;ReadPosRankSum=-2.369;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,5:0.62:8
chr15	101791709	.	CCTCA	C	79.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.598;ClippingRankSum=-0.000;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=13.29;ReadPosRankSum=-1.960;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,3:0.50:6
chr15	101791714	.	GC	G	37.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=1.036;ClippingRankSum=-0.000;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=7.55;ReadPosRankSum=-1.645;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,2:0.40:5
chr15	101791720	.	T	C	46.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.842;ClippingRankSum=-0.000;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=9.35;ReadPosRankSum=-1.645;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,2:0.40:5
chr15	101813213	rs35124753	G	GA	64.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.038;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.47;ReadPosRankSum=0.259;SOR=0.648;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,10:0.23:44
chr15	101816619	.	AT	A	87.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.072;ClippingRankSum=0.000;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=1.404;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.25;MQRankSum=1.356;QD=2.25;ReadPosRankSum=-1.287;SOR=0.458;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,14:0.36:39
chr15	101826919	rs28698071	G	A	381.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-3.429;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.680;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=2;PP=208;ReadPosRankSum=-1.562;SC=CATTACATAAGAGAGCTCCAA;SOR=0.257;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=17;TCF=15;TCR=2;TR=12;WE=101826927;WS=101826909;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,15:0.75:20
chr15	101827759	rs35525027	T	C	1534.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-0.909;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.330;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=16;PP=864;ReadPosRankSum=-0.274;SC=ATGGTGCATATGTGCCACATT;SOR=1.150;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=74;TCF=51;TCR=23;TR=55;WE=101827767;WS=101827749;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,67:0.73:92
chr15	101827855	rs61752834	C	T	3552.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.168;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.951;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=44;PP=1701;ReadPosRankSum=0.848;SC=TATGTAATTCCCATACCTTAG;SOR=0.554;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=150;TCF=92;TCR=58;TR=110;WE=101827863;WS=101827845;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,157:0.74:212
chr15	101832387	rs8028930	A	G	772.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=0.342;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=18;PP=462;ReadPosRankSum=-0.971;SC=AAGCAAAAAGAACCCTTTTCT;SOR=0.793;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=32;TCF=10;TCR=22;TR=26;WE=101832395;WS=101832377;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,32:0.84:38
chr15	101853293	rs144162911	G	A	1250.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.728;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=282;ExcessHet=3.0103;FS=1.093;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.56;ReadPosRankSum=-0.769;SOR=0.799;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:197,77:0.28:274
chr15	101871941	rs34318939	G	GA	2147.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.943;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=275;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.964;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQ=60.04;MQRankSum=1.533;NF=5;NR=31;PP=1241;ReadPosRankSum=-0.115;SC=CCAGGCAAGAGAGACACACAA;SOR=0.815;SbPval=0.92;Source=Platypus;TC=126;TCF=30;TCR=96;TR=36;WE=101871949;WS=101871931;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:186,80:0.30:266
chr15	101872306	rs2073592	G	A	495.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.351;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=18;PP=305;ReadPosRankSum=2.148;SC=AAATAAGCCAGATGCTGCCTG;SOR=0.693;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=65;TCF=13;TCR=52;TR=23;WE=101872314;WS=101872296;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,26:0.32:80
chr15	101887794	rs1030	T	C	311.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=2.463;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.319;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=2;PP=227;ReadPosRankSum=0.625;SC=TCAACAACTGTTTGTGAGCCA;SOR=1.569;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=27;TCF=21;TCR=6;TR=13;WE=101887802;WS=101887784;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,15:0.41:37
chr15	101929632	rs33912717	AT	A	3980.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.787;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=389;ExcessHet=3.0103;FS=0.432;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.14;MQRankSum=1.467;QD=10.48;ReadPosRankSum=-1.232;SOR=0.660;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:117,263:0.69:380
chr15	101929825	rs6598460	G	C	1342.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=3.451;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=36;PP=1002;ReadPosRankSum=2.269;SC=AACTCACTCTGTGGAGAAGGC;SOR=0.588;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=71;TCF=10;TCR=61;TR=42;WE=101929833;WS=101929815;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,50:0.63:79
chr15	101970308	rs2643354	G	A	1328.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.562;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=256;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.037;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=34;PP=677;ReadPosRankSum=-0.906;SC=GAAATGGCATGTGACAGCTCT;SOR=0.916;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=153;TCF=62;TCR=91;TR=53;WE=101970316;WS=101970298;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:175,80:0.31:255
chr15	102003442	rs12907397	C	T	5731.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=53;NR=84;PP=2668;SC=ATGGGAGAGACGAGAGAGGCA;SOR=1.075;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=137;TCF=53;TCR=84;TR=137;WE=102003450;WS=102003432;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,213:1.00:213
chr15	102029475	rs201114579	C	CG	558.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.749;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.941;HP=2;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.713;NF=11;NR=3;PP=534;ReadPosRankSum=-1.489;SC=TTCCCACGCGCGCGCGGGGCC;SOR=1.501;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=18;TCF=12;TCR=6;TR=14;WE=102029483;WS=102029465;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,18:0.72:25
chr15	102029519	rs186935141	C	A	771.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=2.021;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.231;HP=5;HapScore=2;MGOF=29;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.787;NF=19;NR=9;PP=486;ReadPosRankSum=0.798;SC=GAGGCGCCCCCCTCGCGCGCG;SOR=1.460;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=43;TCF=28;TCR=15;TR=28;WE=102029527;WS=102029509;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,34:0.64:53
chr15	102029597	rs1135910	C	G	2044.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.894;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.510;HP=2;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=1.140;NF=31;NR=28;PP=868;ReadPosRankSum=-1.315;SC=AGTTGAGGTACCCGTGCGCCG;SOR=0.762;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=83;TCF=43;TCR=40;TR=59;WE=102029605;WS=102029587;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,93:0.70:132
chr15	102029685	rs199543153	G	GGC	4494.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=42;PP=2012;SC=GCGCGGCGGGGGCGGAGCAGG;SOR=1.022;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=44;TCF=0;TCR=44;TR=42;WE=102029693;WS=102029675;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr15	102173681	rs117342284	G	C	1043.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-4.341;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.044;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=10;PP=683;ReadPosRankSum=0.182;SC=TGCAGTTGTAGGAGTGAGGCC;SOR=0.404;SbPval=0.25;Source=Platypus;TC=104;TCF=86;TCR=18;TR=44;WE=102173689;WS=102173671;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,49:0.41:119
chr15	102185368	.	TA	T	92.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.575;ClippingRankSum=0.000;DP=360;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.31;ReadPosRankSum=0.548;SOR=0.696;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:245,55:0.18:300
chr15	102191869	rs672314	G	A	5771.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.980;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=106;NR=46;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.897;SC=ATAACTACATGTATTTACTAG;SOR=0.584;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=154;TCF=107;TCR=47;TR=152;WE=102191877;WS=102191859;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,215:1.00:216
chr15	102192418	rs3743188	C	T	31747.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=1.018;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1186;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=491;NR=281;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.971;SC=CTCGCAGCTCCCGGGGCCCTG;SOR=0.692;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=791;TCF=493;TCR=298;TR=772;WE=102192426;WS=102192408;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,1155:1.00:1158
chr15	102192548	rs2939587	A	C	35095.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=1342;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=341;NR=514;PP=2965;SC=CCTCAGCGGGAGCACCCCTCC;SOR=1.001;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=858;TCF=341;TCR=517;TR=855;WE=102192556;WS=102192538;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,1325:1.00:1325
chr15	102215765	rs8024223	G	A	10638.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=1.034;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=414;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=141;NR=91;PP=2965;ReadPosRankSum=1.006;SC=TCTTCCATACGACTAAAATGA;SOR=0.957;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=236;TCF=143;TCR=93;TR=232;WE=102215773;WS=102215755;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,406:0.99:410
chr15	102249178	rs8038125	T	G	7562.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.962;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=285;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=74;NR=127;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.679;SC=CTTTCCTTTGTCCTGGAGCCT;SOR=0.459;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=202;TCF=74;TCR=128;TR=201;WE=102249186;WS=102249168;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,276:1.00:277
chr15	102251993	rs11247320	G	A	4015.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=76;NR=32;PP=2252;SC=GTAAGGGCCAGCAGTATACAG;SOR=1.545;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=109;TCF=76;TCR=33;TR=108;WE=102252001;WS=102251983;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,144:1.00:144
chr15	102255246	.	G	GT	472.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.620;ClippingRankSum=0.000;DP=206;ExcessHet=3.0103;FS=1.589;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.05;ReadPosRankSum=-2.224;SOR=0.897;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:111,44:0.28:155
chr15	102264476	rs1143136	C	A	16452.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=0.726;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=618;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=178;NR=159;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.262;SC=CTGTAGGGCGCGTTCAGCTGC;SOR=0.746;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=341;TCF=180;TCR=161;TR=337;WE=102264484;WS=102264466;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,616:1.00:618
chr15	102277480	rs1052887	G	C	11702.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=447;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=160;NR=109;PP=2965;SC=CTGAATGGTTGTTCTTAGTAT;SOR=0.962;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=273;TCF=160;TCR=113;TR=269;WE=102277488;WS=102277470;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,441:1.00:441
chr15	102312009	rs111745531	G	A	72.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.609;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FS=6.439;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.13;MQRankSum=-2.321;QD=0.34;ReadPosRankSum=1.825;SOR=0.688;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:187,29:0.13:216
chr15	102312055	rs62026996	C	T	1180.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.443;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=255;ExcessHet=3.0103;FS=1.681;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.97;MQRankSum=-3.594;QD=4.63;ReadPosRankSum=-0.837;SOR=0.576;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:181,74:0.29:255
chr15	102312240	rs59860046	GA	G	1648.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.013;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=577;ExcessHet=3.0103;FS=4.606;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.89;MQRankSum=-20.287;QD=2.90;ReadPosRankSum=3.329;SOR=0.964;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:471,98:0.17:569
chr15	102312315	rs57638732	GA	G	15624.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=435;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=160;NR=220;PP=2951;SC=GCTTCACCTGGAAGGGAGGGG;SOR=1.644;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=392;TCF=164;TCR=228;TR=380;WE=102312323;WS=102312305;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,424:1.00:424
chr15	102312835	rs62026997	C	T	5643.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.858;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=903;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.556;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=79;ReadPosRankSum=-0.026;SC=CACCCCCAGTCACTGGGGCTG;SOR=0.787;SbPval=0.63;Source=Platypus;TCF=245;WE=102312843;WS=102312825;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:585,306:0.34:891
chr15	102313716	rs352719	A	G	503.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.880;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.00;ReadPosRankSum=1.680;SOR=0.732;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:93,33:0.26:126
chr15	102315736	rs11852801	A	G	337.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.032;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FS=1.962;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.81;ReadPosRankSum=0.107;SOR=0.972;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:95,25:0.21:120
chr16	81639	rs118023239	C	A	737.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=22;NR=4;PP=571;SC=CATTTGAGATCCGCGTATAAA;SOR=3.098;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=22;TCR=4;TR=26;WE=81647;WS=81629;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr16	103423	rs2541593	C	A	3546.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=69;NR=32;PP=2079;SC=AGTCGGAGGACGCGGAAGGCC;SOR=1.318;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=101;TCF=69;TCR=32;TR=101;WE=103431;WS=103413;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,136:1.00:136
chr16	103449	rs11376822	C	CG	6121.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=31;NR=46;PP=2973;SC=GAGTCGCCCGCGCCCAGCGCC;SOR=0.876;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=78;TCF=31;TCR=47;TR=77;WE=103457;WS=103439;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,164:1.00:164
chr16	103517	rs183360	A	C	6717.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=258;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=76;NR=82;PP=2723;SC=GTGTTGCAGGAGAAGCGGTGG;SOR=0.773;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=158;TCF=76;TCR=82;TR=158;WE=103525;WS=103507;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,258:1.00:258
chr16	103923	rs2562145	C	G	2936.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=48;NR=28;PP=1318;SC=AGACGGAGGCCGCGGGTGGGC;SOR=1.081;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=76;TCF=48;TCR=28;TR=76;WE=103931;WS=103913;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr16	105320	rs216596	A	G	857.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.15;SOR=3.611;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr16	105325	rs2858042	G	A	889.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.37;SOR=3.816;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr16	105444	rs2541594	C	T	4556.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=60;NR=41;PP=1888;SC=CACTTCTGCCCTTGGTCTTTT;SOR=0.935;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=104;TCF=60;TCR=44;TR=101;WE=105452;WS=105434;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,173:1.00:173
chr16	106777	rs216597	G	C	1566.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=42;PP=1217;SC=GCAGAGGGCAGCTGGAGGGGC;SOR=4.047;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=46;TCF=4;TCR=42;TR=46;WE=106785;WS=106767;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr16	106952	rs11435836	G	GC	811.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=11;NR=5;PP=672;SC=GATGGCCACTGCACTTCCTGG;SOR=1.828;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=11;TCR=5;TR=16;WE=106960;WS=106942;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr16	107275	rs1045001	T	G	1157.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=27;PP=832;SC=TGCCCAACAGTAACTGTCAGC;SOR=2.362;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=6;TCR=27;TR=33;WE=107283;WS=107265;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr16	108585	rs216598	T	C	7895.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=307;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=92;NR=120;PP=2965;SC=TGATGAACCCTGAGATGTGGG;SOR=0.863;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=213;TCF=93;TCR=120;TR=212;WE=108593;WS=108575;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,304:1.00:304
chr16	108796	rs34941405	T	TG	2754.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=27;PP=1241;SC=GCAGTGGGGCTGGCAGGCCCC;SOR=0.855;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=32;TCF=3;TCR=29;TR=30;WE=108804;WS=108786;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr16	109665	rs3213509	A	G	3480.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.124;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=321;ExcessHet=3.0103;FS=4.323;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.95;ReadPosRankSum=-0.899;SOR=0.715;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:157,161:0.51:318
chr16	109671	rs216599	A	G	11352.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=326;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=35.26;SOR=0.706;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,322:1.00:322
chr16	110165	rs216600	T	C	4648.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=70;NR=37;PP=2368;SC=TGGCATTCTCTCCCACATGAC;SOR=1.145;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=108;TCF=71;TCR=37;TR=107;WE=110173;WS=110154;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,168:1.00:168
chr16	110925	rs2562146	T	C	1731.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.49;SOR=1.573;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr16	112151	rs216602	A	G	140.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.47;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr16	112513	rs216604	T	C	3757.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=80;NR=24;PP=2477;SC=TCTCTGCCCCTCTTCCCTGCC;SOR=1.900;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=105;TCF=80;TCR=25;TR=104;WE=112521;WS=112503;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chr16	113883	rs10659183	G	GCC	10961.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=254;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=19;NR=108;PP=2967;SC=GGGGCAGCATGCTGCCCCCAG;SOR=1.100;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=135;TCF=21;TCR=114;TR=127;WE=113894;WS=113873;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,244:1.00:244
chr16	113886	rs11285099	GC	G	10985.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=240;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=15;NR=110;PP=2969;SC=GCAGCATGCTGCCCCCAGGCC;SOR=1.099;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=132;TCF=19;TCR=113;TR=125;WE=113894;WS=113873;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,237:1.00:237
chr16	113970	rs2157115	T	C	5366.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.242;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=41;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.159;NF=46;NR=86;PP=2340;ReadPosRankSum=-0.071;SC=AGCCACCCCCTGAACTGTTAG;SOR=0.633;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=133;TCF=46;TCR=87;TR=132;WE=113978;WS=113960;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,210:0.99:213
chr16	114535	rs2562147	A	G	1264.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=16;NR=16;PP=646;SC=GAGAGCGGTCAGTATCCAGAA;SOR=0.735;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=16;TCR=16;TR=32;WE=114543;WS=114525;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr16	115041	rs2288490	C	T	3077.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.159;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=331;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.398;HP=5;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=43;PP=1283;ReadPosRankSum=0.812;SC=GGCAGGCCTGCGGGGCATGGT;SOR=0.720;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=190;TCF=97;TCR=93;TR=90;WE=115049;WS=115031;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:171,157:0.48:328
chr16	115072	rs6600227	A	C	3050.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.267;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=318;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.849;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=50;PP=1168;ReadPosRankSum=-0.099;SC=ATAATGACAAAGCTGACATCT;SOR=0.633;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=187;TCF=89;TCR=98;TR=98;WE=115080;WS=115062;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:159,158:0.50:317
chr16	128179	rs2562162	T	C	1438.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=17;NR=17;PP=567;SC=ACTGCCCCCCTTCTCCCGGCT;SOR=0.728;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=34;TCF=17;TCR=17;TR=34;WE=128187;WS=128169;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr16	136888	rs743725	T	C	2041.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=20;NR=38;PP=968;SC=GATGGGTGGGTGTGAGCCCAA;SOR=1.281;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=58;TCF=20;TCR=38;TR=58;WE=136896;WS=136878;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr16	138772	rs57321480	A	AG	8343.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=224;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=30;NR=59;PP=2957;SC=ATGCTCCGACAGCTGGCCAGC;SOR=0.865;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=90;TCF=31;TCR=59;TR=89;WE=138780;WS=138762;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,224:1.00:224
chr16	142825	rs2541618	T	C	916.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=26;PP=781;SC=GGCAGGTGGGTCAGGACAGTG;SOR=3.334;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=4;TCR=26;TR=30;WE=142833;WS=142815;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr16	148352	rs2541616	G	A	4269.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=44;NR=72;PP=2388;SC=ACCCTGCACCGGGTATGCACC;SOR=1.129;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=116;TCF=44;TCR=72;TR=116;WE=148360;WS=148342;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,157:1.00:157
chr16	160447	.	C	T	1404.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.396;ClippingRankSum=0.000;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=14;PP=820;ReadPosRankSum=-0.828;SC=GGAGCCCTACCTGTTGACGCT;SOR=0.627;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=100;TCF=73;TCR=27;TR=51;WE=160455;WS=160437;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,64:0.54:118
chr16	160668	rs808892	T	C	2107.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=18;NR=42;PP=1394;SC=GCCTCAGCCTTCCAAGTAGCT;SOR=1.547;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=60;TCF=18;TCR=42;TR=60;WE=160676;WS=160658;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr16	188303	.	AGAGGAGGACGGAGCCGGAGGCGGAGGGGGCCT	A	368.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.827;ClippingRankSum=0.000;DP=106;ExcessHet=3.0103;FS=3.135;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.70;ReadPosRankSum=-0.804;SOR=1.286;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,12:0.32:38
chr16	203118	.	G	GACAGTGGGGAGGGGACAGTGGGGAGAGGACAGTAAGGAGGGGACCATGGGGAGGAC	84.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=21.18;ReadPosRankSum=-1.150;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,1:0.25:4
chr16	203132	rs2541598	C	G	70.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.282;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.68;MQRankSum=1.282;QD=11.79;ReadPosRankSum=1.036;SOR=2.093;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,3:0.50:6
chr16	203135	rs2858919	T	A	70.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.282;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.68;MQRankSum=1.282;QD=11.79;ReadPosRankSum=1.036;SOR=2.093;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,3:0.50:6
chr16	203144	rs2947790	A	G	43.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.718;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.17;MQRankSum=-1.465;QD=6.25;ReadPosRankSum=-0.000;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,3:0.43:7
chr16	216593	rs141494605	T	C	3926.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.304;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=348;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.781;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=57;PP=2018;ReadPosRankSum=-0.553;SC=TAATCCAGTGTTTCCACGTCG;SOR=0.795;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=226;TCF=117;TCR=109;TR=122;WE=216601;WS=216583;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:157,180:0.53:337
chr16	223706	rs2541640	A	G	5046.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=42;NR=104;PP=2965;SC=CTGAGTGGGCAGCAGCCTGTG;SOR=1.789;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=146;TCF=42;TCR=104;TR=146;WE=223714;WS=223696;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,179:1.00:179
chr16	277458	rs1203974	G	A	266.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=8;PP=189;SC=CCCATCAAATGCAATGAAAAG;SOR=4.615;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=8;WE=277466;WS=277448;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr16	284833	rs7202423	T	G	2066.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=46;PP=1376;SC=AGCGGCGCGGTCGGGTGAGAG;SOR=2.765;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=54;TCF=8;TCR=46;TR=54;WE=284841;WS=284823;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr16	322934	rs9940585	C	T	5219.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-2.512;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=74;NR=53;PP=2207;ReadPosRankSum=0.839;SC=CCCCGGGCTGCGGAGGGGAGA;SOR=0.334;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=128;TCF=75;TCR=53;TR=127;WE=322942;WS=322924;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,199:1.00:200
chr16	323102	rs116973511	C	T	1123.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.391;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.83;ReadPosRankSum=-1.225;SOR=0.618;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:42,53:0.56:95
chr16	324030	rs112344350	T	TG	458.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=2.765;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.588;HP=9;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=3;PP=374;ReadPosRankSum=0.184;SC=GCGGGAAGGGTGGGGGGTCCC;SOR=1.445;SbPval=0.98;Source=Platypus;TC=56;TCF=30;TCR=26;TR=15;WE=324038;WS=324020;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,23:0.29:79
chr16	324052	rs2685126	A	G	912.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=2.614;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=17;PP=769;ReadPosRankSum=-2.043;SC=CCTTCTCATAATCCACCAGGG;SOR=0.711;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=100;TCF=62;TCR=38;TR=46;WE=324060;WS=324042;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,46:0.36:127
chr16	324837	rs7204164	A	G	5550.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=2.236;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=479;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.130;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=91;NR=57;PP=2602;ReadPosRankSum=-1.632;SC=GGGGCGATGGACCACCAGCCC;SOR=0.588;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=340;TCF=192;TCR=148;TR=148;WE=324845;WS=324827;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:230,242:0.51:472
chr16	325683	rs200964940	C	CG	310.75	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.63;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=4;MGOF=52;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=3;PP=408;SC=GGGGAGACCCCGGAGACCCCC;SOR=1.179;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=6;TCF=3;TCR=3;TR=6;WE=325703;WS=325673;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr16	325695	rs201791993	A	AG	368.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.63;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=4;MGOF=52;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=3;PP=409;SC=GAGACCCCCAAGGGCCCCAGG;SOR=1.609;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=7;TCF=4;TCR=3;TR=7;WE=325703;WS=325673;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr16	325732	rs202190256	A	AG	697.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.67;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=58;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=5;PP=856;SC=GGCCTCGCAGACCTCCGCCCC;SOR=1.292;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=5;TCR=5;TR=10;WE=325740;WS=325722;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr16	325771	rs111978133	GT	G	981.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.68;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=78;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=8;PP=542;SC=GCGCCCCCGTGTCCCCATGCT;SOR=1.697;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=4;TCR=8;TR=12;WE=325779;WS=325761;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr16	325873	.	C	T	283.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.67;BaseQRankSum=-0.221;ClippingRankSum=0.000;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.273;HP=2;HapScore=2;MGOF=50;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.868;NF=3;NR=3;PP=76;ReadPosRankSum=-0.320;SC=GCATCTGCGCCCGGGGGCGGC;SOR=0.657;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=16;TCF=7;TCR=9;TR=6;WE=325881;WS=325863;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,17:0.46:37
chr16	325943	.	A	AG	840.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.65;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=36;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=3;NR=5;PP=313;SC=GGGATGACCGACGTCCCGCCC;SOR=1.085;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=3;TCR=5;TR=8;WE=325951;WS=325933;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr16	330661	.	C	CG	257.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.96;SOR=3.912;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr16	330678	rs368146102	G	A	266.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.65;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=53;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=5;NR=1;PP=99;SC=GCCGCGCGCCGCCATGCTGGG;SOR=2.584;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=5;TCR=1;TR=6;WE=330686;WS=330668;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr16	330823	rs146218748	G	C	422.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.359;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=8;PP=208;ReadPosRankSum=0.643;SC=CCCCTCCCCCGCGGCAACTTT;SOR=0.610;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=30;TCF=15;TCR=15;TR=16;WE=330831;WS=330813;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,22:0.51:43
chr16	332558	rs61572786	CG	C	572.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.809;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FS=4.133;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.95;ReadPosRankSum=-0.702;SOR=0.209;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:43,29:0.40:72
chr16	333138	rs28365941	T	C	268.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.61;BaseQRankSum=-0.621;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.922;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=3;PP=96;ReadPosRankSum=0.567;SC=GGCCCCCTTATCTGCCCCCGC;SOR=0.283;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=13;TCF=9;TCR=4;TR=8;WE=333146;WS=333128;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,12:0.60:20
chr16	336660	rs11647490	G	A	14356.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.788;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=547;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=161;NR=163;PP=2965;ReadPosRankSum=1.097;SC=TGGATGCCACGGCCAACGAGC;SOR=0.712;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=331;TCF=166;TCR=165;TR=324;WE=336668;WS=336650;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,537:1.00:539
chr16	396264	rs1805105	A	G	3307.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-2.353;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=487;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.538;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=60;PP=1527;ReadPosRankSum=-0.300;SC=CATCGTCCTCATCCATGTCCT;SOR=0.617;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=313;TCF=162;TCR=151;TR=121;WE=396272;WS=396254;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:295,184:0.38:479
chr16	419283	rs11434190	A	AG	3804.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=10;NR=45;PP=2488;SC=AGGGGGGCCCAGGCAACTGCC;SOR=1.287;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=57;TCF=10;TCR=47;TR=55;WE=419291;WS=419273;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr16	447416	rs7190051	A	G	34.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.524;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=6.95;ReadPosRankSum=1.645;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,3:0.60:5
chr16	449162	rs7185254	T	C	1041.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=0.518;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=19;PP=654;ReadPosRankSum=0.323;SC=CCTGTGGGGATGGGGTTGGGG;SOR=0.748;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=87;TCF=48;TCR=39;TR=43;WE=449170;WS=449152;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,49:0.48:103
chr16	449178	rs2363759	T	G	946.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.855;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.794;HP=2;HapScore=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=17;ReadPosRankSum=-1.850;SC=TGGGGGATCCTTCTCGGCCTT;SOR=1.095;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=82;TCF=48;TCR=34;TR=44;WE=449186;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,46:0.50:92
chr16	449345	rs763151	G	C	4216.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=2.131;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=470;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.106;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=54;PP=1782;ReadPosRankSum=-0.308;SC=CACGTTTACTGTCTGCGGCTC;SOR=0.699;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=265;TCF=132;TCR=133;TR=110;WE=449353;WS=449335;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:254,207:0.45:461
chr16	449554	rs2071914	G	C	3659.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.276;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=439;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.114;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=56;PP=1450;ReadPosRankSum=1.512;SC=CCCAGCAAAGGGAGGGGCCCT;SOR=0.683;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=252;TCF=130;TCR=122;TR=112;WE=449562;WS=449544;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:251,185:0.42:436
chr16	449659	rs14293	G	A	3750.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.174;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=436;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=67;PP=1718;ReadPosRankSum=0.014;SC=TCCGCGCCTCGAGGGCCATGA;SOR=0.650;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=263;TCF=116;TCR=147;TR=123;WE=449667;WS=449649;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:233,196:0.46:429
chr16	449980	rs28394836	C	T	795.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.314;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.309;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=7;PP=499;ReadPosRankSum=-2.283;SC=GGGGTTGGCACGGGGCAACTT;SOR=1.061;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=63;TCF=48;TCR=15;TR=31;WE=449988;WS=449970;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,35:0.48:73
chr16	450165	rs448063	T	C	3656.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=2.421;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=387;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.696;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=65;PP=2017;ReadPosRankSum=-0.660;SC=GTCCCTGGGATTCCTCAGGGT;SOR=0.849;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=234;TCF=111;TCR=123;TR=117;WE=450173;WS=450155;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:204,177:0.46:381
chr16	450309	rs5841	C	T	1148.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.244;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.591;HP=5;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=27;PP=537;ReadPosRankSum=-0.372;SC=GCTGGGCAGACGGGGGCCAGC;SOR=0.514;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=78;TCF=21;TCR=57;TR=39;WE=450317;WS=450299;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,57:0.50:113
chr16	452159	rs112988705	CCTTT	C	504.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.030;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.90;MQRankSum=1.510;QD=21.94;ReadPosRankSum=0.221;SOR=0.818;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,14:0.61:23
chr16	455646	rs873477	A	G	1377.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=1.292;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=21;PP=546;ReadPosRankSum=0.030;SC=AGGCAGACAGATCCCGTTTGT;SOR=0.700;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=73;TCF=33;TCR=40;TR=37;WE=455654;WS=455636;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,69:0.48:144
chr16	456239	rs11391097	G	GC	5048.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=41;NR=41;PP=2936;SC=TGGGCCTTCAGCCTGGACTGG;SOR=1.560;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=82;TCF=41;TCR=41;TR=82;WE=456247;WS=456229;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,142:1.00:142
chr16	456291	rs11391098	G	GC	9069.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.62;DB;DP=284;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=32;NR=76;PP=2975;SC=CTGGGCAGATGCCCCGGGAGT;SOR=0.805;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=112;TCF=36;TCR=76;TR=108;WE=456299;WS=456281;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,281:1.00:281
chr16	456416	rs3743890	T	G	2344.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.776;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=250;ExcessHet=3.0103;FS=0.464;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.49;ReadPosRankSum=-0.012;SOR=0.749;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:129,118:0.48:247
chr16	456483	rs3785290	T	C	961.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.663;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.603;HP=4;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=28;PP=568;ReadPosRankSum=0.636;SC=CCAGAGGCTATGGGGATGTTG;SOR=0.446;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=93;TCF=30;TCR=63;TR=46;WE=456491;WS=456473;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,49:0.45:108
chr16	460578	rs11315123	CT	C	309.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=1.165;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=11.553;HP=4;HapScore=4;MGOF=38;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.730;NF=5;NR=2;PP=392;ReadPosRankSum=-0.672;SC=GGGCCTCCCCCTGACGGCCGC;SOR=1.402;SbPval=0.09;Source=Platypus;TC=16;TCF=6;TCR=10;TR=7;WE=460598;WS=460575;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,10:0.77:13
chr16	460590	.	C	T	214	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;FR=0.5000;HP=2;HapScore=4;MGOF=38;MMLQ=24;MQ=58.97;NF=1;NR=3;PP=214;QD=62.1928031368;SC=GACGGCCGCCCGCTCCCTGCC;SbPval=0.14;Source=Platypus;TC=14;TCF=9;TCR=5;TR=4;WE=460598;WS=460575;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:10,4:0.29:14
chr16	460602	rs369241969	C	T	139.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.119;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=13.729;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.28;MQRankSum=-0.709;QD=3.68;ReadPosRankSum=-0.671;SOR=1.633;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,14:0.37:38
chr16	460618	rs150042425	A	G	86.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.753;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=12.894;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.28;MQRankSum=-0.495;QD=2.28;ReadPosRankSum=-2.512;SOR=2.003;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,9:0.24:38
chr16	460622	rs9936889	A	G	57.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.607;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=4.936;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.29;MQRankSum=-0.316;QD=1.56;ReadPosRankSum=-1.893;SOR=0.696;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,5:0.14:37
chr16	460625	.	C	T	42.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.625;ClippingRankSum=0.000;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=5.017;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.28;MQRankSum=-0.311;QD=1.13;ReadPosRankSum=-2.146;SOR=0.687;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,5:0.13:38
chr16	461697	rs4984667	C	T	1202.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-4.363;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.588;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=36;PP=828;ReadPosRankSum=0.211;SC=CCTCCCGGCCCCTGCGCCAGC;SOR=0.192;SbPval=0.19;Source=Platypus;TC=82;TCF=17;TCR=65;TR=50;WE=461705;WS=461687;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,53:0.58:92
chr16	476096	rs1883371	A	G	207.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=6;NR=1;PP=139;SC=CGGGGGCGGCACAACTGGCTC;SOR=2.833;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=6;TCR=1;TR=7;WE=476104;WS=476086;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr16	532248	rs9935319	A	G	1206.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=31;NR=5;PP=885;SC=GTAGAGACAAATTTCACTTTG;SOR=2.891;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=36;TCF=31;TCR=5;TR=36;WE=532256;WS=532238;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr16	532279	rs12917958	C	G	1706.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=44;NR=6;PP=1343;SC=TGGTCTTGAGCTCCTGGGTTC;SOR=3.300;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=50;TCF=44;TCR=6;TR=50;WE=532287;WS=532269;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr16	538711	rs3079539	C	CT,CTT	394.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.226;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.79;ReadPosRankSum=-0.577;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:3,11,11:0.44,0.44:25
chr16	539088	rs3830847	T	TAA	4819.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=72;PP=2969;SC=CGTGCATTGGTGAGAGAACTT;SOR=2.066;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=74;TCF=2;TCR=72;TR=74;WE=539101;WS=539078;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr16	539093	rs74390230	G	C	4532.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=17;NR=64;PP=2034;SC=ATTGGTGAGAGAACTTGCTTT;SOR=2.303;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=81;TCF=17;TCR=64;TR=81;WE=539101;WS=539078;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr16	601632	rs3213574	T	C	2747.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.950;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=338;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.399;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=46;PP=991;ReadPosRankSum=-1.898;SC=GCAGTGAGGGTGTCTTCTGGA;SOR=0.647;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=188;TCF=82;TCR=106;TR=86;WE=601640;WS=601622;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:191,146:0.43:337
chr16	613168	rs12597975	A	G	316.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-3.760;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=2;PP=202;ReadPosRankSum=0.502;SC=CCCAGGCTCCAGTCCCTGGAG;SOR=0.293;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=21;TCF=19;TCR=2;TR=15;WE=613176;WS=613158;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,15:0.68:22
chr16	615326	rs59985111	T	C	537.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.849;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=15;PP=312;ReadPosRankSum=0.816;SC=GCCTGAGGTCTGACTGTCTCT;SOR=0.716;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=50;TCF=21;TCR=29;TR=25;WE=615334;WS=615316;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,28:0.45:62
chr16	622565	rs12917944	A	G	4390.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=2.858;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=436;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=71;NR=60;PP=2189;ReadPosRankSum=-0.909;SC=CCTCGTCCCTAAGGATGTGGT;SOR=0.656;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=266;TCF=144;TCR=122;TR=131;WE=622573;WS=622555;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:226,209:0.48:435
chr16	624114	rs2071979	A	G	6079.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=2.728;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=630;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.091;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=99;NR=87;PP=2962;ReadPosRankSum=2.165;SC=CTGCGTCTCGACGGACAGCGG;SOR=0.601;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=381;TCF=210;TCR=171;TR=186;WE=624122;WS=624104;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:332,292:0.47:624
chr16	624713	rs4984669	C	T	1419.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.239;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.350;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=25;PP=727;ReadPosRankSum=0.379;SC=GACCCATTTGCCTGCTGTTGG;SOR=0.581;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=96;TCF=44;TCR=52;TR=48;WE=624721;WS=624703;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,68:0.51:134
chr16	626346	rs2071980	A	C	243.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.245;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.974;HP=5;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=7;PP=108;ReadPosRankSum=-1.117;SC=CCACCGCCCCACAAAGCCAGT;SOR=0.287;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=22;TCF=3;TCR=19;TR=8;WE=626354;WS=626336;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,12:0.46:26
chr16	628302	rs3752568	A	G	205.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-1.614;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.916;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=3;PP=142;ReadPosRankSum=0.760;SC=GTGGGAGCCCATCACGAAAGA;SOR=0.245;SbPval=0.25;Source=Platypus;TC=28;TCF=24;TCR=4;TR=12;WE=628310;WS=628292;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,12:0.36:33
chr16	628994	rs113780855	TGGGC	T	3052.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.785;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=273;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=3;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=2.005;NF=25;NR=25;PP=2969;ReadPosRankSum=1.073;SC=AGGCTCCGGCTGGGCGGGCGT;SOR=0.674;SbPval=0.2;Source=Platypus;TC=116;TCF=47;TCR=69;TR=50;WE=629014;WS=628984;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:108,82:0.43:190
chr16	629006	rs59476302	C	T	3199.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.729;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FS=0.591;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.05;MQRankSum=1.067;QD=18.93;ReadPosRankSum=1.085;SOR=0.783;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:89,80:0.47:169
chr16	630089	rs7191939	C	T	1079.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=3.714;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=7;PP=781;ReadPosRankSum=0.595;SC=CGCAAGGTCCCGACTGCAGCT;SOR=0.779;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=69;TCF=59;TCR=10;TR=41;WE=630097;WS=630079;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,42:0.55:76
chr16	630201	.	C	A	3728.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-1.511;ClippingRankSum=0.000;DP=434;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=51;PP=1569;ReadPosRankSum=3.518;SC=CGGGACTCTGCTCTTCACCAT;SOR=0.672;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=228;TCF=126;TCR=102;TR=112;WE=630209;WS=630191;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:234,191:0.45:425
chr16	630367	rs7192508	C	T	1727.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-2.796;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=42;PP=905;ReadPosRankSum=0.524;SC=TCTCCTGCTGCAGGCCACGTG;SOR=0.656;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=97;TCF=20;TCR=77;TR=51;WE=630375;WS=630357;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,73:0.58:125
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chr16	632073	rs916414	C	T	763.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.634;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.918;HP=2;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=8;PP=343;ReadPosRankSum=-0.607;SC=GCTTTGATGCCGGCCTGGCAG;SOR=0.546;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=55;TCF=38;TCR=17;TR=25;WE=632081;WS=632063;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,35:0.47:74
chr16	632115	rs916415	G	A	1177.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=1.130;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.194;HP=3;HapScore=2;MGOF=30;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.174;NF=29;NR=12;PP=594;ReadPosRankSum=1.874;SC=CGGAGGGGGCGGGGAGAGCTT;SOR=0.898;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=90;TCF=63;TCR=27;TR=41;WE=632123;WS=632105;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,61:0.43:143
chr16	632138	rs4262946	C	T	1410.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=2.264;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.508;HP=2;HapScore=2;MGOF=33;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=1.225;NF=33;NR=15;PP=659;ReadPosRankSum=0.799;SC=TGGGTGGCCACGGCCAGCAGC;SOR=1.029;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=118;TCF=76;TCR=42;TR=48;WE=632146;WS=632128;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:106,72:0.40:178
chr16	632180	rs4984897	G	C	2178.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.016;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=275;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.636;HP=1;HapScore=2;MGOF=39;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=1.214;NF=54;NR=28;PP=1245;ReadPosRankSum=-1.314;SC=GAAGGTACCTGCAGCCTCTGC;SOR=1.061;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=175;TCF=106;TCR=69;TR=82;WE=632188;WS=632170;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:163,112:0.41:275
chr16	632198	rs916416	T	A	2206.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=3.947;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=309;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.865;HP=5;HapScore=2;MGOF=39;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.297;NF=50;NR=35;PP=1340;ReadPosRankSum=1.197;SC=TGCTCATGTGTGGGGCCAGCC;SOR=0.922;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=189;TCF=105;TCR=84;TR=85;WE=632206;WS=632188;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:193,116:0.38:309
chr16	632225	rs4006748	T	C	4712.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=2.204;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=342;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.001;HP=1;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.312;NF=50;NR=42;PP=2962;ReadPosRankSum=1.895;SC=CGTCCCCTCGTCAGCCGCTTG;SOR=0.854;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=209;TCF=110;TCR=99;TR=92;WE=632241;WS=632215;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:215,126:0.37:341
chr16	632230	rs67976359	CG	C	4876.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=2.512;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=359;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.633;HP=1;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.311;NF=13;NR=42;PP=2948;ReadPosRankSum=1.552;SC=CCTCGTCAGCCGCTTGCTATC;SOR=0.955;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=133;TCF=29;TCR=104;TR=55;WE=632241;WS=632215;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:225,132:0.37:357
chr16	632233	rs62030874	T	C	4877.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.739;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=352;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.663;HP=1;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=43;PP=2962;ReadPosRankSum=0.975;SC=CGTCAGCCGCTTGCTATCCTT;SOR=0.943;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=219;TCF=113;TCR=106;TR=92;WE=632241;WS=632215;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:216,134:0.38:350
chr16	633125	rs1045277	T	C	3126.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.230;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=331;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=41;PP=1250;ReadPosRankSum=-2.933;SC=GCGCATGTCCTGTGCTTTGTG;SOR=0.712;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=215;TCF=115;TCR=100;TR=91;WE=633133;WS=633115;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:165,154:0.48:319
chr16	633353	rs710924	TG	CA	8978.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.222;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=427;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.523;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=74;NR=69;PP=2944;ReadPosRankSum=-0.961;SC=GCCCACCCTGTGTACCCAGGT;SOR=0.736;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=267;TCF=136;TCR=131;TR=143;WE=633362;WS=633343;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:188,229:0.55:417
chr16	633764	rs8642	G	A	2792.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.508;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.671;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=56;PP=1526;ReadPosRankSum=1.854;SC=CAGGTCCTGCGGCCAAATCTG;SOR=0.559;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=166;TCF=56;TCR=110;TR=86;WE=633772;WS=633754;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:105,124:0.54:229
chr16	633843	rs8675	A	G	1464.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.053;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FS=2.006;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.31;ReadPosRankSum=0.010;SOR=1.075;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:40,40:0.50:80
chr16	633851	rs8909	T	C	1402.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.102;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FS=2.184;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.48;ReadPosRankSum=0.816;SOR=1.138;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,36:0.50:72
chr16	640440	rs61753371	C	T	1300.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-2.965;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=19;PP=459;ReadPosRankSum=-0.260;SC=AACGGTAAGGCCCGGCCCGCG;SOR=0.614;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=52;TCF=21;TCR=31;TR=33;WE=640448;WS=640430;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,61:0.66:92
chr16	646421	rs4984672	A	G	1568.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.137;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.321;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=37;PP=854;ReadPosRankSum=-1.255;SC=GTTGCATCACAGCTGAGTCCT;SOR=0.919;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=92;TCF=31;TCR=61;TR=54;WE=646429;WS=646411;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,74:0.57:129
chr16	668443	rs34011309	A	G	760.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=1.225;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.135;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.549;NF=4;NR=19;PP=427;ReadPosRankSum=-0.609;SC=AGGCTGGAGTACAGTGGCACA;SOR=0.168;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=49;TCF=6;TCR=43;TR=23;WE=668451;WS=668433;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,32:0.53:60
chr16	675067	rs62623587	C	A	2229.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.095;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.602;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=39;PP=923;ReadPosRankSum=1.250;SC=GGGGGATTCACTGATGGACTG;SOR=0.671;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=132;TCF=67;TCR=65;TR=70;WE=675075;WS=675057;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:102,113:0.53:215
chr16	675087	rs3838962	AC	A	3796.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.059;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.657;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.373;NF=7;NR=38;PP=1676;ReadPosRankSum=-0.504;SC=GGCCGAGAGGACACTTAGCTT;SOR=0.844;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=87;TCF=17;TCR=70;TR=45;WE=675095;WS=675077;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:104,112:0.52:216
chr16	675215	rs2269556	G	A	928.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-0.532;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.673;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.474;NF=21;NR=12;PP=542;ReadPosRankSum=0.829;SC=CATGGAAGGCGCCCACCCCCC;SOR=1.249;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=69;TCF=35;TCR=34;TR=33;WE=675223;WS=675205;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,41:0.49:84
chr16	677629	rs2269557	T	C	2929.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.244;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=309;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.430;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=68;PP=1411;ReadPosRankSum=-1.278;SC=CTAGCGGGGATGGGCGGGGCC;SOR=0.641;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=206;TCF=69;TCR=137;TR=104;WE=677637;WS=677619;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:153,148:0.49:301
chr16	679412	rs9929621	C	T	282.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-2.450;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.651;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=6;PP=108;ReadPosRankSum=0.506;SC=TGACCTGCCGCGGTTGGCTGG;SOR=0.395;SbPval=0.13;Source=Platypus;TC=31;TCF=21;TCR=10;TR=11;WE=679420;WS=679402;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,17:0.38:45
chr16	679814	rs12447874	T	C	10721.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=414;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=133;NR=115;PP=2965;SC=AAGCCCCTCCTTGGCAGCTCC;SOR=0.766;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=250;TCF=134;TCR=116;TR=248;WE=679822;WS=679804;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,398:1.00:398
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chr16	682566	rs2269561	T	C	3915.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=-1.901;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=374;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.693;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=48;PP=1075;ReadPosRankSum=-0.187;SC=CCCACCTAAGTGTCCCCCATC;SOR=0.602;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=201;TCF=107;TCR=94;TR=100;WE=682574;WS=682556;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:173,197:0.53:370
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chr16	708071	rs2071831	G	C	1678.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.439;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.149;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.972;NF=42;NR=21;PP=1172;ReadPosRankSum=0.803;SC=CAGGGCAGGTGCTGCCTGGGT;SOR=1.116;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=121;TCF=77;TCR=44;TR=63;WE=708079;WS=708061;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,70:0.49:142
chr16	708275	rs45613635	C	A	3638.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.380;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=352;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.769;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=70;PP=1743;ReadPosRankSum=-0.456;SC=CTCTGGGCCACCTGCTGGTGT;SOR=0.807;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=244;TCF=104;TCR=140;TR=118;WE=708283;WS=708265;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:170,176:0.51:346
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chr16	709001	rs4984906	C	A	4415.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-4.288;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=504;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=79;NR=58;PP=1850;ReadPosRankSum=-2.372;SC=TGTCCTGGCCCCTACTGAGAG;SOR=0.680;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=328;TCF=186;TCR=142;TR=137;WE=709009;WS=708991;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:269,227:0.46:496
chr16	709157	rs7194532	T	C	6334.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-1.320;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=656;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.094;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=109;NR=108;PP=2740;ReadPosRankSum=1.598;SC=GGGGTGCAGGTGCTGCGCTGA;SOR=0.631;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=427;TCF=207;TCR=220;TR=217;WE=709165;WS=709147;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:327,312:0.49:639
chr16	711326	rs9932282	G	C	1397.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-0.399;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.589;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=16;PP=830;ReadPosRankSum=0.194;SC=CTCACGCCTGGCCTCTTGCCT;SOR=0.425;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=102;TCF=73;TCR=29;TR=47;WE=711334;WS=711316;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,60:0.50:121
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chr16	717085	rs7197072	C	T	742.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.943;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=19;PP=442;ReadPosRankSum=-1.261;SC=ACCTGTGCCCCGGGCTCCTCG;SOR=0.602;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=54;TCF=13;TCR=41;TR=24;WE=717093;WS=717075;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,33:0.54:61
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chr16	717828	rs3752490	G	T	1039.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-1.472;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=28;PP=569;ReadPosRankSum=0.088;SC=GGCATTTATTGCATTATTGCT;SOR=0.760;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=93;TCF=28;TCR=65;TR=38;WE=717836;WS=717818;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,52:0.44:119
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chr16	720041	rs3752489	C	T	212.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.372;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.574;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=4;PP=155;ReadPosRankSum=0.272;SC=CCCTTCTGCTCTCCCCCAGCC;SOR=1.270;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=23;TCF=14;TCR=9;TR=12;WE=720049;WS=720031;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,12:0.44:27
chr16	720986	rs1139897	G	A	3135.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.898;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=264;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.727;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=52;PP=1867;ReadPosRankSum=-0.368;SC=CGGGAGGACCGGCTGACCCTG;SOR=0.542;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=196;TCF=104;TCR=92;TR=106;WE=720994;WS=720976;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:120,138:0.53:258
chr16	721798	rs146789763	T	TCCCCTG	5003.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=0.372;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=378;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=26.648;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=4.301;NF=3;NR=87;PP=2976;ReadPosRankSum=1.278;SC=GCATGGCGAGTCCCCTGCCCC;SOR=3.086;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=240;TCF=34;TCR=206;TR=90;WE=721812;WS=721788;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:143,131:0.48:274
chr16	722331	rs3177338	C	T	3049.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=3.022;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=307;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.876;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=48;PP=1554;ReadPosRankSum=-0.654;SC=GGTAGGGGCCCGTGGAGTGGG;SOR=0.620;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=195;TCF=93;TCR=102;TR=94;WE=722339;WS=722321;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:156,144:0.48:300
chr16	722548	rs1128550	A	G	2519.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.060;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=301;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=44;PP=1420;ReadPosRankSum=2.235;SC=AGGTCAATGGACAGGAGAAGT;SOR=0.718;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=197;TCF=92;TCR=105;TR=85;WE=722556;WS=722538;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:172,123:0.42:295
chr16	723647	rs1045716	C	G	668.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.551;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=18;PP=443;ReadPosRankSum=-0.105;SC=CCTGGGTGTGCCTCGCTGCTG;SOR=0.941;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=31;TCF=4;TCR=27;TR=22;WE=723655;WS=723637;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,25:0.60:42
chr16	732287	rs3216838	GC	G	7819.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.843;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=536;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.100;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=2.888;NF=36;NR=90;PP=2948;ReadPosRankSum=1.122;SC=TGCAGGTGAGGCCTGCGGCTG;SOR=0.630;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=260;TCF=71;TCR=189;TR=126;WE=732295;WS=732277;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:265,254:0.49:519
chr16	735794	rs11640115	A	G	12175.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=2.664;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1200;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.010;NF=184;NR=194;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.075;SC=CTGCCCGACAATGGGGCGGGC;SOR=0.648;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=711;TCF=339;TCR=372;TR=378;WE=735802;WS=735784;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:594,584:0.50:1178
chr16	735921	rs763053	T	C	6858.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.839;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=659;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NR=145;PP=2962;ReadPosRankSum=0.594;SC=TGTCGCTCCGTGCATCTCCTT;SOR=0.666;Source=Platypus;WE=735929;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:306,335:0.52:641
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chr16	740404	rs4984682	C	G	4946.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.284;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=488;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.105;HP=4;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=85;NR=54;PP=2207;ReadPosRankSum=0.028;SC=AAGCCGCTGTCTTTCCCGTCC;SOR=0.805;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=287;TCF=169;TCR=118;TR=139;WE=740412;WS=740394;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:252,235:0.48:487
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chr16	747454	rs12922098	T	C	717.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.109;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=17;PP=419;ReadPosRankSum=-1.385;SC=AGTGAGTCTGTTGCTGAGTCT;SOR=0.681;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=46;TCF=18;TCR=28;TR=27;WE=747462;WS=747444;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,34:0.56:61
chr16	766001	rs1076939	T	G	1186.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.398;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FS=54.525;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.02;ReadPosRankSum=-1.209;SOR=3.037;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:128,69:0.35:197
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chr16	766485	rs6600231	G	A	1756.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.208;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.239;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=22;PP=926;ReadPosRankSum=-1.629;SC=ATGGGCTCTCGCTATTCTGCC;SOR=0.573;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=130;TCF=88;TCR=42;TR=67;WE=766493;WS=766475;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,86:0.50:171
chr16	767426	rs5815052	T	TG	119.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.131;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=4.434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.44;ReadPosRankSum=-0.862;SOR=1.802;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,5:0.23:22
chr16	767430	rs10682	C	G	128.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.091;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=4.434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.85;ReadPosRankSum=-0.784;SOR=1.802;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,5:0.23:22
chr16	767519	rs4589552	T	C	132.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.265;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=6;PP=146;ReadPosRankSum=0.586;SC=AGCCCAGCCTTGGGCCTGCCT;SOR=0.941;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=13;TCF=5;TCR=8;TR=9;WE=767527;WS=767509;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,7:0.64:11
chr16	771286	rs11540049	C	T	418.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.361;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=5;PP=140;ReadPosRankSum=-2.150;SC=TGGAGCAGGACGACCCGGTCG;SOR=0.602;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=23;TCF=14;TCR=9;TR=12;WE=771294;WS=771276;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,22:0.51:43
chr16	771750	rs3752555	T	C	2389.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-1.724;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=270;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.486;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=33;PP=928;ReadPosRankSum=0.160;SC=GCCCACCTGCTGGCGGGCGCC;SOR=0.590;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=170;TCF=99;TCR=71;TR=78;WE=771758;WS=771740;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:144,122:0.46:266
chr16	772061	rs55956436	C	T	2331.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.687;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=44;PP=1376;ReadPosRankSum=-0.433;SC=TCTCCCCGGCCGGGGCGACTT;SOR=0.696;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=146;TCF=63;TCR=83;TR=79;WE=772069;WS=772051;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:109,107:0.50:216
chr16	772141	rs11867009	G	C	2381.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.790;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=243;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.983;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=43;PP=1355;ReadPosRankSum=-1.649;SC=CGTGGTAGGTGCGGGGTTGCC;SOR=0.782;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=159;TCF=78;TCR=81;TR=82;WE=772149;WS=772131;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:128,115:0.47:243
chr16	772842	rs12599130	T	C	4543.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.404;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=396;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.366;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=69;NR=72;PP=2349;ReadPosRankSum=-0.051;SC=ACAGGTCTGCTTTTAGCGCCT;SOR=0.732;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=262;TCF=129;TCR=133;TR=141;WE=772850;WS=772832;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:180,210:0.54:390
chr16	773291	rs35843452	GC	G	2444.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.623;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.034;HP=8;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=30;PP=836;ReadPosRankSum=-0.502;SC=GGAGGCATGGGCCCCCCCCGT;SOR=1.000;SbPval=0.24;Source=Platypus;TC=127;TCF=52;TCR=75;TR=59;WE=773299;WS=773281;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:98,102:0.51:200
chr16	773313	rs58842228	G	GC	2269.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.176;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=32;PP=933;ReadPosRankSum=1.120;SC=CTCCTGTGGCGCCCCCCCCAG;SOR=0.714;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=127;TCF=52;TCR=75;TR=54;WE=773321;WS=773303;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:99,114:0.54:213
chr16	773341	rs4984920	G	A	2933.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-2.087;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=277;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.010;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.947;NF=55;NR=49;PP=1475;ReadPosRankSum=1.091;SC=AGCCATCCGTGTATAGGGACA;SOR=0.679;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=202;TCF=103;TCR=99;TR=104;WE=773349;WS=773331;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:129,146:0.53:275
chr16	774045	rs145548033	TGGGGCAGTGGGTGGGTGG	T	1477.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.758;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=13.527;HP=5;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=5;PP=2972;ReadPosRankSum=-1.153;SC=GGGGCCAGTGTGGGGCAGTGG;SOR=0.114;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=56;TCF=39;TCR=17;TR=22;WE=774070;WS=774035;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,39:0.48:81
chr16	774520	rs4984921	C	T	2436.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.395;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=284;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.394;HP=5;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=39;PP=1361;ReadPosRankSum=-1.174;SC=CTGGAGGCGGCGGGCTGGGTC;SOR=0.605;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=195;TCF=95;TCR=100;TR=82;WE=774528;WS=774510;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:148,117:0.44:265
chr16	774692	rs2071950	A	G	3411.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-1.603;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=319;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.406;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=70;PP=1926;ReadPosRankSum=0.092;SC=ACTGCCTGCCAGGCGCAGTGT;SOR=0.724;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=251;TCF=122;TCR=129;TR=136;WE=774700;WS=774682;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:150,167:0.53:317
chr16	778024	rs1406814	T	C	1731.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=1.974;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=26;PP=824;ReadPosRankSum=-0.114;SC=CCACCCACCATCACTGGTGAG;SOR=0.731;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=99;TCF=45;TCR=54;TR=46;WE=778032;WS=778014;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:109,86:0.44:195
chr16	778158	rs1406815	C	G	514.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.118;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.476;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=12;PP=265;ReadPosRankSum=2.273;SC=GGCTTCGTCCCGGGCTGGCGG;SOR=1.519;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=37;TCF=14;TCR=23;TR=17;WE=778166;WS=778148;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,25:0.43:58
chr16	778820	rs12448432	G	A	4051.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.107;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=457;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.741;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=53;ReadPosRankSum=0.809;SC=ACGAGCACACGCTTAGCAACC;SOR=0.603;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=212;TCF=111;TCR=101;TR=105;WE=778828;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:200,202:0.50:402
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chr16	781633	rs3829492	G	A	5213.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.095;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=507;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=71;NR=82;PP=2318;ReadPosRankSum=-1.115;SC=GCCGGAACACGTGCTCCAGGT;SOR=0.686;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=298;TCF=137;TCR=161;TR=153;WE=781641;WS=781623;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:241,257:0.52:498
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chr16	789761	rs3752556	A	G	1240.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=2.198;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.074;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=21;PP=638;ReadPosRankSum=-0.340;SC=GAGACCCCAAATCAGCCCCTG;SOR=0.467;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=86;TCF=37;TCR=49;TR=40;WE=789769;WS=789751;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,60:0.43:139
chr16	813650	rs3765319	G	A	3905.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=27;NR=52;PP=1427;SC=AGGAGGCTGCGCCCCTGGACG;SOR=1.082;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=79;TCF=27;TCR=52;TR=79;WE=813658;WS=813640;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,149:1.00:149
chr16	814295	rs7185150	A	G	558.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=13;PP=403;SC=CTGGCCACCCAAGCTGACCAC;SOR=2.303;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=2;TCR=13;TR=15;WE=814303;WS=814285;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr16	814494	rs7185523	A	G	1964.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=42;NR=11;PP=1004;SC=CCCATCCCCCAGGGCAGCGCT;SOR=1.905;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=54;TCF=42;TCR=12;TR=53;WE=814502;WS=814484;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr16	815370	rs7197395	T	C	6644.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.43;SOR=0.937;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,153:1.00:153
chr16	815379	rs7197402	T	C	6684.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.57;SOR=1.171;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,150:1.00:150
chr16	815628	rs1737340	A	G	15537.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.491;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=609;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=205;NR=192;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.907;SC=GTGAGACCCCAATCCCCAGCC;SOR=0.237;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=399;TCF=206;TCR=193;TR=397;WE=815636;WS=815618;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,596:1.00:597
chr16	816294	rs3765322	T	G	11720.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=450;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=158;NR=159;PP=2965;SC=CCCCAGCCCCTCTGGGAGTGA;SOR=0.716;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=317;TCF=158;TCR=159;TR=317;WE=816302;WS=816284;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,441:1.00:441
chr16	817016	rs72440262	AGCCAGGGAGTCCCTG	A	4722.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.999;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.269;NF=11;NR=75;PP=2957;ReadPosRankSum=1.918;SC=TTCCTGGGTGAGCCAGGGAGT;SOR=1.398;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=95;TCF=11;TCR=84;TR=86;WE=817038;WS=817006;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,171:0.99:173
chr16	817339	rs3765325	G	T	3285.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=52;NR=38;PP=1588;SC=GGGGTGTGAGGTGAGGCCTCA;SOR=0.976;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=90;TCF=52;TCR=38;TR=90;WE=817347;WS=817329;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr16	817546	rs113334623	A	AG	68.84	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.150;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.09;MQRankSum=-0.000;QD=17.21;ReadPosRankSum=0.674;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,3:0.75:4
chr16	817554	.	C	CCA	68.84	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.967;ClippingRankSum=-0.000;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.96;MQRankSum=-0.000;QD=22.95;ReadPosRankSum=0.967;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,2:0.67:3
chr16	818559	rs1135210	A	G	3164.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=50;NR=47;PP=1902;SC=AGACCTCAGCATGCAAGGTGG;SOR=0.853;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=98;TCF=50;TCR=48;TR=97;WE=818567;WS=818549;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr16	818802	rs1057147	G	A	33083.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=2.162;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1274;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=357;NR=362;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.265;SC=GGCACGGGTGGTCCCCGTTCC;SOR=0.704;SbPval=0.52;Source=Platypus;TCF=360;TR=719;WE=818810;WS=818792;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:10,1259:0.99:1269
chr16	820143	rs9746539	T	C	3251.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=54;NR=32;PP=1621;SC=CCAGTGGGGCTGGTGGGGCTG;SOR=1.123;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=86;TCF=54;TCR=32;TR=86;WE=820151;WS=820133;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr16	820328	rs3765328	A	C	3874.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=42;NR=57;PP=2122;SC=CGTGGGGCCAACTTCTGGGCC;SOR=0.844;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=99;TCF=42;TCR=57;TR=99;WE=820336;WS=820318;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,140:1.00:140
chr16	820480	.	G	GCACCCC	2356.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=129;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=46.21;SOR=4.534;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr16	820622	rs74636066	G	A	4848.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.52;SOR=0.874;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,190:1.00:190
chr16	820888	rs12599339	T	C	3507.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=39;NR=34;PP=1364;SC=CTGCCGAAGGTCTCATGGGCC;SOR=0.693;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=73;TCF=39;TCR=34;TR=73;WE=820896;WS=820878;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,136:1.00:136
chr16	820944	rs12599363	T	A	2724.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=28;NR=33;PP=996;SC=GGAGGAGAGGTCCAGGGCCCC;SOR=0.853;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=61;TCF=28;TCR=33;TR=61;WE=820952;WS=820934;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr16	824098	rs9927150	T	G	1787.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=33;NR=16;PP=1016;SC=CAAGAACTTGTCCAAACTACT;SOR=1.341;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=49;TCF=33;TCR=16;TR=49;WE=824106;WS=824088;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr16	825124	rs34636186	C	G	6068.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-2.025;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=74;NR=69;PP=2713;ReadPosRankSum=-1.400;SC=AGCCACCCCCCACACGCTCCG;SOR=0.230;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=144;TCF=74;TCR=70;TR=143;WE=825132;WS=825114;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,230:1.00:231
chr16	828844	rs1737342	A	G	967.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=20;PP=574;SC=GCAGAAGGGCATGGGCCGCAC;SOR=1.121;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=33;TCF=13;TCR=20;TR=33;WE=828852;WS=828834;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr16	829955	rs3765329	G	C	205.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=6;PP=259;SC=CTGGCGGCCAGCCCCAGACCC;SOR=1.179;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=14;TCF=8;TCR=6;TR=14;WE=829963;WS=829952;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr16	833291	rs35339491	C	G	6569.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.914;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=256;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=71;NR=69;PP=2726;ReadPosRankSum=1.934;SC=GGACACAGATCCACCATGTGT;SOR=0.725;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=140;TCF=71;TCR=69;TR=140;WE=833299;WS=833281;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,252:0.98:256
chr16	836992	rs2272896	G	C	20182.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.991;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=769;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=-0.116;NF=213;NR=274;PP=2965;ReadPosRankSum=0.202;SC=CCACCCCAACGCACGATGCCC;SOR=0.915;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=494;TCF=215;TCR=279;TR=487;WE=837000;WS=836982;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,754:0.99:758
chr16	837310	rs531278	A	G	1088.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=17;NR=17;PP=855;SC=TGGGGTGGGAATCCTGAGTCC;SOR=0.749;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=34;TCF=17;TCR=17;TR=34;WE=837318;WS=837300;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr16	838407	rs10542661	GCC	G	602.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.559;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=9.294;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=31.72;ReadPosRankSum=1.123;SOR=4.163;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,16:0.84:19
chr16	839084	rs2277901	A	C	2215.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=42;NR=20;PP=1123;SC=AGGAAGAGGCAGGTGGACGCC;SOR=1.387;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=62;TCF=42;TCR=20;TR=62;WE=839092;WS=839074;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr16	839262	rs569951	A	G	6145.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=65;NR=65;PP=2526;SC=TGAACTTCAGATCGGAGGAGA;SOR=0.711;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=130;TCF=65;TCR=65;TR=130;WE=839270;WS=839252;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,230:1.00:230
chr16	839949	rs11425062	C	CT	21590.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=582;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=118;NR=127;PP=2967;SC=CTTGCTTCCCCTCCTGCTTTT;SOR=1.103;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=258;TCF=125;TCR=133;TR=245;WE=839957;WS=839939;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,581:1.00:581
chr16	839996	rs4984925	T	C	23189.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=0.658;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=871;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=37;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.200;NF=289;NR=215;PP=2965;ReadPosRankSum=0.186;SC=GCCCCCAATTTCCCTTTGCAG;SOR=0.867;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=505;TCF=289;TCR=216;TR=504;WE=840004;WS=839986;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,868:1.00:870
chr16	840014	rs4984926	A	C	23011.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=0.552;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=877;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=35;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.365;NF=279;NR=239;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.697;SC=CAGCTGACCCATCTGGATGGC;SOR=0.569;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=521;TCF=281;TCR=240;TR=518;WE=840022;WS=840004;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:7,869:0.99:876
chr16	840378	rs3765263	A	G	10591.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.816;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=393;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=118;NR=95;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.547;SC=GAGGCCCAGAAGCTTTCAGAC;SOR=0.817;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=215;TCF=119;TCR=96;TR=213;WE=840386;WS=840368;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,391:0.99:393
chr16	840409	rs3765264	T	C	11338.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.958;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=434;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=133;NR=104;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.897;SC=GGTGACTTGGTTGGCCCTTCC;SOR=0.843;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=239;TCF=134;TCR=105;TR=237;WE=840417;WS=840399;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,428:0.99:432
chr16	840769	rs3765266	A	G	751.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=1.898;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=18;PP=496;ReadPosRankSum=-0.832;SC=TGGGCCTCGGAGACGGAGTGG;SOR=1.473;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=22;TCF=3;TCR=19;TR=21;WE=840777;WS=840759;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,26:0.96:27
chr16	841966	rs742319	C	T	7891.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-1.701;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=302;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=90;NR=85;PP=2965;ReadPosRankSum=0.590;SC=ATGTGAGGTCCGTCTCTGGCT;SOR=0.257;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=176;TCF=91;TCR=85;TR=175;WE=841974;WS=841956;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,298:1.00:299
chr16	842450	rs2277897	C	T	15623.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-0.206;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=617;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=161;NR=165;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.444;SC=CCGCCATCAACGTCCTCCTGA;SOR=0.693;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=329;TCF=163;TCR=166;TR=326;WE=842458;WS=842440;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:8,606:0.99:614
chr16	842686	rs4984929	C	T	7427.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=280;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=88;NR=112;PP=2965;SC=GGTGCCAACCCTGGGGTCCCT;SOR=0.883;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=200;TCF=88;TCR=112;TR=200;WE=842694;WS=842676;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,274:1.00:274
chr16	842706	rs742320	G	A	7302.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=270;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=70;NR=121;PP=2965;SC=TGGCCCTGCCGCCTCTCCTCA;SOR=1.107;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=191;TCF=70;TCR=121;TR=191;WE=842714;WS=842696;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,267:1.00:267
chr16	842826	rs74908091	A	G	3619.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=41;NR=56;PP=1919;SC=GTGGAGCCCCAGGAGCCGTGT;SOR=0.937;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=97;TCF=41;TCR=56;TR=97;WE=842834;WS=842816;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,135:1.00:135
chr16	843084	rs3833825	C	CGGGTG	789.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.778;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.87;MQRankSum=0.000;QD=46.45;ReadPosRankSum=0.306;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,16:0.94:17
chr16	845442	.	C	CT	531	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;FR=0.5000;HP=2;HapScore=1;MGOF=25;MMLQ=24;MQ=51.71;NF=0;NR=29;PP=531;QD=19.2068965517;SC=GCCCCGTGCCCGCCCCCCCAA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=42;TCF=0;TCR=42;TR=29;WE=845465;WS=845428;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:13,29:0.69:42
chr16	845449	.	CCAAA	C	2944	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;FR=0.5000;HP=6;HapScore=1;MGOF=29;MMLQ=21;MQ=48.44;NF=0;NR=29;PP=2944;QD=20;SC=GCCCGCCCCCCCAAACACACT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=30;TCF=0;TCR=30;TR=29;WE=845465;WS=845428;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:1,29:0.97:30
chr16	845455	.	ACA	GTG	2934	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;FR=0.5000;HP=2;HapScore=1;MGOF=25;MMLQ=24;MQ=49.11;NF=1;NR=23;PP=2934;QD=20;SC=CCCCCCAAACACACTGCCCGT;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=30;TCF=1;TCR=29;TR=24;WE=845465;WS=845428;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:6,24:0.80:30
chr16	845901	rs2982244	T	C	19218.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=728;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=205;NR=203;PP=2965;SC=GAGCACACATTTGTACAGCCT;SOR=0.704;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=414;TCF=206;TCR=208;TR=408;WE=845909;WS=845891;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,714:1.00:714
chr16	846652	rs79562574	C	T	2596.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.234;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.061;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=16;PP=1539;ReadPosRankSum=-0.472;SC=TTGGAGTGCCCGGCGGCTCTC;SOR=1.968;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=76;TCF=58;TCR=18;TR=72;WE=846660;WS=846642;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,92:0.98:94
chr16	847597	rs2294450	T	C	1016.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=23;NR=7;PP=668;SC=GGTGTTCTGGTCCCTCCTCCC;SOR=2.012;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=23;TCR=7;TR=30;WE=847605;WS=847587;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr16	847743	rs2294451	C	T	2597.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=43;NR=15;PP=1207;SC=ACAGCAGTCCCGAGTGCAGGT;SOR=1.836;SbPval=0.98;Source=Platypus;TC=77;TCF=43;TCR=34;TR=58;WE=847751;WS=847733;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr16	849166	rs2272900	C	A	2716.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=64;PP=1749;SC=GTAGTCCCCACCCCCGCTGCT;SOR=2.352;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=78;TCF=14;TCR=64;TR=78;WE=849174;WS=849156;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr16	855342	rs614048	A	G	1803.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=33;NR=14;PP=1014;SC=AGTGCAGGGGATGGCCCTGCT;SOR=1.467;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=33;TCR=14;TR=47;WE=855350;WS=855332;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr16	855717	rs1005190	C	G	14338.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.824;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=536;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=152;NR=188;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.277;SC=GAGCTCCCAACCAGCTCAGGA;SOR=0.861;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=342;TCF=153;TCR=189;TR=340;WE=855725;WS=855707;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,525:1.00:527
chr16	857673	rs58297819	G	A	2727.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=17;NR=32;PP=967;SC=AAGACGGTCAGGGCTGGCCCC;SOR=1.329;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=49;TCF=17;TCR=32;TR=49;WE=857681;WS=857663;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr16	857697	rs59540665	C	A	2114.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=28;PP=755;SC=GCGTGGCGGGCCCTCGGGGCA;SOR=1.958;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=36;TCF=8;TCR=28;TR=36;WE=857705;WS=857687;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
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chr16	997682	rs34656293	C	T	167.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=0.810;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=12.632;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=6;PP=105;ReadPosRankSum=-0.581;SC=GAAGGGATGGCGGTGCTGCCG;SOR=0.016;SbPval=0.15;Source=Platypus;TC=20;TCF=3;TCR=17;TR=9;WE=997690;WS=997672;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,9:0.41:22
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chr16	1004743	rs3751665	C	T	1040.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-1.334;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.660;HP=5;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=27;PP=532;ReadPosRankSum=-0.754;SC=GCTCAGAATGCGGGGCGAGGC;SOR=0.481;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=87;TCF=27;TCR=60;TR=41;WE=1004751;WS=1004733;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,52:0.50:104
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chr16	1034930	rs56253414	C	A	3242.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.403;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=337;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.398;HP=3;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=57;PP=1482;ReadPosRankSum=0.323;SC=GCGGCCCCGCCCCACCCGAGC;SOR=0.667;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=230;TCF=105;TCR=125;TR=106;WE=1034938;WS=1034920;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:170,159:0.48:329
chr16	1035077	rs11542179	C	T	3364.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-2.628;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=333;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.403;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=35;PP=1409;ReadPosRankSum=0.803;SC=AGCAGCCGAGCCCCGGCCACT;SOR=0.654;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=201;TCF=122;TCR=79;TR=90;WE=1035085;WS=1035067;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:171,158:0.48:329
chr16	1035422	rs11542180	G	C	1032.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-5.883;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=38;PP=660;ReadPosRankSum=-0.085;SC=CAGGCGTCAGGGGGCAGCCTT;SOR=0.717;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=81;TCF=9;TCR=72;TR=43;WE=1035430;WS=1035412;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,48:0.55:88
chr16	1035456	rs11866418	A	G	815.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-3.929;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.508;HP=3;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=29;PP=665;ReadPosRankSum=-1.587;SC=GTGTGTGACCAGGGCGGGAGG;SOR=1.802;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=53;TCF=3;TCR=50;TR=30;WE=1035464;WS=1035446;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,30:0.59:51
chr16	1115377	rs11649498	C	T	648.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.652;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=8;PP=338;ReadPosRankSum=-0.372;SC=CACGCTGATCCGGGCTGAGAC;SOR=0.711;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=40;TCF=25;TCR=15;TR=22;WE=1115385;WS=1115367;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,31:0.54:57
chr16	1115842	rs143173222	CGGCA	C	4071.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.465;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=244;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.323;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQ=60.04;MQRankSum=1.084;NF=26;NR=29;PP=2438;ReadPosRankSum=0.188;SC=GAGGCAGGAACGGCAGGCGGT;SOR=1.016;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=121;TCF=52;TCR=69;TR=55;WE=1115853;WS=1115832;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:125,108:0.46:233
chr16	1115904	rs66626263	G	A	3298.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=2.781;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=316;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.408;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQ=60.03;MQRankSum=-0.987;NF=53;NR=45;PP=1639;ReadPosRankSum=0.352;SC=CTGCCGGGCCGGAGGCGCCTG;SOR=0.720;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=212;TCF=112;TCR=100;TR=98;WE=1115912;WS=1115894;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:157,155:0.50:312
chr16	1116169	rs7189857	A	G	1855.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.970;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FS=1.261;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.07;MQRankSum=0.909;QD=11.97;ReadPosRankSum=0.929;SOR=0.763;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:69,86:0.55:155
chr16	1116220	rs34024516	T	TG	3158.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.20;QD=31.59;SOR=1.755;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
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chr16	1129872	rs169068	C	T	4445.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.382;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=395;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.364;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=94;PP=2179;ReadPosRankSum=1.729;SC=GCCACGGAGCCGCGTCCAGAC;SOR=0.547;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=273;TCF=84;TCR=189;TR=144;WE=1129880;WS=1129862;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:181,208:0.53:389
chr16	1129912	rs642249	A	G	5702.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=36;NR=116;PP=2965;SC=AGGCCACGCCACCCGCGCACC;SOR=1.916;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=152;TCF=36;TCR=116;TR=152;WE=1129920;WS=1129902;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,199:1.00:199
chr16	1131181	rs12599155	C	T	7040.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-3.178;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=650;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.117;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=92;NR=157;PP=2962;ReadPosRankSum=0.519;SC=GGCACCTTGGCCTTGCTCTGA;SOR=0.772;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=478;TCF=181;TCR=297;TR=249;WE=1131189;WS=1131171;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:301,341:0.53:642
chr16	1244877	rs9936834	G	A	3307.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.14;SOR=1.290;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,137:1.00:137
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chr16	1255030	rs2974835	A	G	533.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-0.256;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.826;NF=25;NR=0;PP=368;ReadPosRankSum=-0.059;SC=GGTGGGAGCCACGGGTGGGGG;SOR=0.330;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=50;TCF=41;TCR=9;TR=25;WE=1255038;WS=1255022;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,25:0.57:44
chr16	1256085	rs11646893	C	T	978.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.897;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.892;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=8;PP=372;ReadPosRankSum=-0.200;SC=CGCTGACCCTCGCCCCCACCT;SOR=0.459;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=52;TCF=36;TCR=16;TR=25;WE=1256093;WS=1256075;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,46:0.55:83
chr16	1257731	rs12930875	G	A	13564.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.642;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=550;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=167;NR=138;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.360;SC=CCCCACTCACGGGGCCCCTCA;SOR=0.444;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=310;TCF=171;TCR=139;TR=305;WE=1257739;WS=1257721;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,537:0.99:540
chr16	1258033	rs41292285	G	T	2322.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=0.364;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=252;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.462;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=30;PP=1024;ReadPosRankSum=0.412;SC=GTGTTCCCTGGCCGTGACCCC;SOR=0.634;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=139;TCF=76;TCR=63;TR=67;WE=1258041;WS=1258023;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:137,114:0.45:251
chr16	1260021	rs8056494	G	T	1805.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.294;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=21;PP=858;ReadPosRankSum=-0.499;SC=AGAAGCCGCCGCCTCATCCCA;SOR=0.678;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=99;TCF=60;TCR=39;TR=55;WE=1260029;WS=1260011;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,79:0.61:129
chr16	1260481	rs8063574	T	C	7032.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.567;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=715;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=114;NR=95;PP=2962;ReadPosRankSum=1.142;SC=CTGACATTGATCCCGGCAGCA;SOR=0.697;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=418;TCF=227;TCR=191;TR=209;WE=1260489;WS=1260471;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:348,338:0.49:686
chr16	1260767	rs2738897	G	A	2885.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.603;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=301;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.973;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=69;PP=1832;ReadPosRankSum=0.534;SC=CCTGAGCTCAGTGCCATTGGC;SOR=0.403;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=218;TCF=68;TCR=150;TR=107;WE=1260775;WS=1260757;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:153,137:0.47:290
chr16	1261024	rs2738898	C	T	552.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=0.643;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.968;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=13;PP=365;ReadPosRankSum=-0.101;SC=AGTCCCCTGACGCCACTGCCC;SOR=0.551;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=55;TCF=25;TCR=30;TR=25;WE=1261032;WS=1261014;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,27:0.44:61
chr16	1261119	rs2738899	G	A	1383.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-4.548;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.670;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=15;PP=1035;ReadPosRankSum=0.907;SC=GCCGGCGCCTGGCAGCTGCTG;SOR=0.509;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=117;TCF=90;TCR=27;TR=58;WE=1261127;WS=1261109;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,60:0.48:126
chr16	1261219	rs2753326	A	G	9587.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.351;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=525;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.33;ReadPosRankSum=-0.280;SOR=0.644;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:277,246:0.47:523
chr16	1261222	rs2753325	A	G	9771.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.062;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=545;ExcessHet=3.0103;FS=0.518;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.06;ReadPosRankSum=-1.108;SOR=0.653;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:280,261:0.48:541
chr16	1261282	rs4984637	T	C	6678.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.977;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=656;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.521;HP=3;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=93;NR=104;PP=2962;ReadPosRankSum=0.997;SC=TTTTTGGCATTTTGGGTGTGC;SOR=0.625;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=391;TCF=178;TCR=213;TR=197;WE=1261290;WS=1261261;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:330,318:0.49:648
chr16	1261377	rs2738900	G	A	2563.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.229;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=255;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NR=65;PP=1711;ReadPosRankSum=-0.003;SC=CAGCGCCGCTGCGGGACGGGG;SOR=0.668;Source=Platypus;TCR=123;WE=1261385;WS=1261367;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:128,119:0.48:247
chr16	1265720	rs3897150	C	T	2406.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-0.744;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=266;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.960;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=53;PP=1164;ReadPosRankSum=1.800;SC=GCTGAAGCTGCGTCCCTGCTG;SOR=0.772;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=164;TCF=59;TCR=105;TR=80;WE=1265728;WS=1265710;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:139,123:0.47:262
chr16	1266803	rs11395347	C	CT	1924.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=25;NR=9;PP=1399;SC=TTCCACTTGGCCGGGCCCGGA;SOR=2.160;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=34;TCF=25;TCR=9;TR=34;WE=1266811;WS=1266793;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr16	1266900	rs59516507	G	A	1340.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.251;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.804;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-1.100;NF=28;NR=18;PP=585;ReadPosRankSum=-0.219;SC=CTGCCCGCCCGTCTGACCCAG;SOR=0.847;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=122;TCF=71;TCR=51;TR=46;WE=1266908;WS=1266890;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:123,75:0.38:198
chr16	1268494	rs2745136	C	T	3856.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.411;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=339;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=63;PP=1881;ReadPosRankSum=-0.096;SC=GCGCCAGGGACGCCCCAAACC;SOR=0.691;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=227;TCF=111;TCR=116;TR=127;WE=1268502;WS=1268484;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:151,183:0.55:334
chr16	1269029	rs2738893	T	C	3180.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.848;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=334;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=46;PP=1446;ReadPosRankSum=-1.495;SC=CCAGATCCCATTGGCTGTGTC;SOR=0.685;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=211;TCF=113;TCR=98;TR=98;WE=1269037;WS=1269019;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:169,160:0.49:329
chr16	1270162	rs1054645	G	A	3748.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.799;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=455;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.524;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=70;PP=1805;ReadPosRankSum=-2.325;SC=TTCGGACAGCGCTGCGTCTCC;SOR=0.616;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=297;TCF=131;TCR=166;TR=130;WE=1270170;WS=1270152;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:248,198:0.44:446
chr16	1270349	rs4247094	T	C	2036.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.876;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.819;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=31;PP=1134;ReadPosRankSum=-1.349;SC=ACAGCGTGGATGCTCAGGGCT;SOR=0.552;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=128;TCF=71;TCR=57;TR=66;WE=1270357;WS=1270339;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:92,93:0.50:185
chr16	1271890	rs1004041	G	T	2749.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-2.519;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=298;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=39;PP=1291;ReadPosRankSum=0.605;SC=CGGGGAGGAAGAAGCCAGCCA;SOR=0.710;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=197;TCF=110;TCR=87;TR=90;WE=1271898;WS=1271880;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:161,134:0.45:295
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chr16	1272865	rs4984639	G	A	615.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.735;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=13;PP=319;ReadPosRankSum=0.153;SC=TGGGGAGACAGAGTGATCTCC;SOR=0.584;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=37;TCF=12;TCR=25;TR=19;WE=1272873;WS=1272855;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,29:0.56:52
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chr16	1291598	rs200334042	G	A	200.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.187;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.04;MQRankSum=-2.693;QD=1.06;ReadPosRankSum=-4.556;SOR=0.641;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:171,18:0.10:189
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chr16	1291717	rs202230226	T	TG	727.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.810;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=259;ExcessHet=3.0103;FS=2.107;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.82;MQRankSum=-2.818;QD=2.96;ReadPosRankSum=0.058;SOR=0.906;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:203,43:0.17:246
chr16	1291753	rs369483846	CCTGGGCTCCCT	C	432.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.451;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FS=3.768;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=44.62;MQRankSum=-0.294;QD=3.64;ReadPosRankSum=0.799;SOR=1.270;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:100,19:0.16:119
chr16	1291800	rs375717182	G	C	178.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.223;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=6.910;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=39.58;MQRankSum=3.517;QD=3.31;ReadPosRankSum=-1.526;SOR=0.016;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:43,11:0.20:54
chr16	1291831	rs202156919	G	C	31.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.432;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=39.00;MQRankSum=0.000;QD=0.79;ReadPosRankSum=0.113;SOR=0.018;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,4:0.10:40
chr16	1291850	rs200171211	T	C	37.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.043;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=39.00;MQRankSum=0.000;QD=1.02;ReadPosRankSum=-0.442;SOR=0.021;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,4:0.11:37
chr16	1292147	rs145402040	G	A	111.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.924;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FS=23.495;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.12;MQRankSum=-3.638;QD=0.66;ReadPosRankSum=0.264;SOR=3.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:150,20:0.12:170
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chr16	1292257	rs17135220	G	T	3913.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.492;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=467;ExcessHet=3.0103;FS=1.277;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.45;MQRankSum=-4.911;QD=8.42;ReadPosRankSum=4.017;SOR=0.593;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:345,120:0.26:465
chr16	1292425	rs67723611	T	C	418.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=4.479;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.153;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-3.622;NF=0;NR=15;PP=334;ReadPosRankSum=-0.488;SC=GACCCTTCCCTATCCTGAGCC;SOR=2.531;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=31;TCF=4;TCR=27;TR=15;WE=1292433;WS=1292415;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,16:0.50:32
chr16	1306642	rs61739908	C	T	1364.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.630;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.277;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.284;NF=25;NR=20;PP=741;ReadPosRankSum=-1.410;SC=CGGGGGCTCCCTCATCCACCC;SOR=0.725;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=93;TCF=48;TCR=45;TR=45;WE=1306650;WS=1306632;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,67:0.44:154
chr16	1306802	rs2401930	A	G	165.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.442;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=9.770;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.01;MQRankSum=-3.788;QD=3.38;ReadPosRankSum=-1.263;SOR=1.465;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:42,7:0.14:49
chr16	1306817	rs3993983	G	A	233.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.681;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=13.031;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.31;MQRankSum=-2.227;QD=4.41;ReadPosRankSum=-1.146;SOR=1.697;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:42,11:0.21:53
chr16	1306873	rs113333718	G	A	536.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=2.208;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.263;HP=2;HapScore=2;MGOF=33;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-2.396;NF=14;NR=5;PP=378;ReadPosRankSum=-1.625;SC=AGCTGCTGCCGGTCAGCAGGA;SOR=1.457;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=68;TCF=43;TCR=25;TR=19;WE=1306881;WS=1306863;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,30:0.30:101
chr16	1306918	rs74470113	C	T	1928.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.737;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FS=3.083;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.47;MQRankSum=-6.979;QD=12.69;ReadPosRankSum=0.046;SOR=0.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:100,52:0.34:152
chr16	1306921	rs78324915	G	A	1925.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.083;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FS=2.127;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.29;MQRankSum=-7.228;QD=12.42;ReadPosRankSum=-0.101;SOR=0.896;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:101,54:0.35:155
chr16	1306927	rs79472859	C	T	1989.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.076;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FS=2.046;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.41;MQRankSum=-7.253;QD=12.21;ReadPosRankSum=-0.284;SOR=0.875;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:105,58:0.36:163
chr16	1306971	rs72775466	A	G	1660.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.954;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FS=1.310;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.28;MQRankSum=-8.642;QD=9.54;ReadPosRankSum=2.421;SOR=0.823;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:124,50:0.29:174
chr16	1306973	rs79313952	A	G	1660.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.938;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FS=0.623;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.28;MQRankSum=-8.765;QD=9.54;ReadPosRankSum=2.710;SOR=0.800;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:125,49:0.28:174
chr16	1306986	rs72775467	C	T	704.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.806;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.25;MQRankSum=-9.371;QD=3.85;ReadPosRankSum=2.174;SOR=0.679;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:135,48:0.26:183
chr16	1323781	rs1610294	T	C	2557.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.058;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.686;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=54;PP=1084;ReadPosRankSum=-1.873;SC=ACCAGGGGGCTGCCTGAGTCA;SOR=0.572;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=152;TCF=52;TCR=100;TR=84;WE=1323789;WS=1323771;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:99,124:0.56:223
chr16	1358608	rs148430996	ATGAGGGAGGGAGGGAATTAG	A	1065.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=61.84;QD=42.63;SOR=2.584;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr16	1358917	rs11644706	A	T	526.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.08;SOR=1.508;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr16	1358976	rs11645809	T	A	350.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.38;SOR=1.112;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr16	1364140	rs9941160	T	C	8594.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=332;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=94;NR=110;PP=2965;SC=GCGGACAGGCTCCCTCGGCTG;SOR=0.818;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=205;TCF=94;TCR=111;TR=204;WE=1364148;WS=1364130;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,321:1.00:321
chr16	1364281	rs4984806	T	C	6460.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=242;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=75;NR=71;PP=2965;SC=GTGGTTGTTTTCTTTTCTCTC;SOR=0.736;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=147;TCF=76;TCR=71;TR=146;WE=1364289;WS=1364271;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,239:1.00:239
chr16	1370303	rs909916	T	C	6130.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.17;SOR=0.721;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,142:1.00:142
chr16	1370309	rs909917	C	G	6191.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.55;SOR=0.895;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,139:1.00:139
chr16	1370597	rs4017786	G	C	4093.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=31;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=41;NR=79;PP=2557;SC=GGGAGTGGAGGACACAGGCTC;SOR=1.334;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=120;TCF=41;TCR=79;TR=120;WE=1370605;WS=1370587;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,145:1.00:145
chr16	1370614	rs8063770	C	G	3382.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=42;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=27;NR=75;PP=2244;SC=GCTCACCCTACGGACAGCCAG;SOR=1.863;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=103;TCF=27;TCR=76;TR=102;WE=1370622;WS=1370604;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr16	1370630	rs8043720	A	G	2435.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=55;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=62;PP=1843;SC=GCCAGGGTCCACGCCTCTGTG;SOR=3.640;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=70;TCF=8;TCR=62;TR=70;WE=1370638;WS=1370620;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr16	1374656	rs761060	A	G	2395.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=54;NR=18;PP=1513;SC=TGGTCTGCCCAGCTGGCTCCG;SOR=1.942;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=72;TCF=54;TCR=18;TR=72;WE=1374664;WS=1374646;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr16	1374818	rs8063	A	G	10774.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=-0.042;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=411;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=110;NR=93;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.975;SC=GGCATCGTCAAAAGGAAGGGA;SOR=0.423;SbPval=0.15;Source=Platypus;TC=246;TCF=111;TCR=135;TR=203;WE=1374826;WS=1374808;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,401:0.99:404
chr16	1388416	rs13338616	T	C	1354.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=28;NR=11;PP=862;SC=CCATCCAGGCTGTGGGTGAGC;SOR=1.708;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=39;TCF=28;TCR=11;TR=39;WE=1388424;WS=1388406;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr16	1388888	rs7197416	C	T	9276.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=349;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=124;NR=90;PP=2965;SC=TGAGCTGACCCGGCTCTTTCT;SOR=0.960;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=214;TCF=124;TCR=90;TR=214;WE=1388896;WS=1388878;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,343:1.00:343
chr16	1389153	rs7202563	C	A	9890.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=375;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=78;NR=139;PP=2965;SC=TCACCCTGGGCCCCACACACA;SOR=1.112;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=218;TCF=78;TCR=140;TR=217;WE=1389161;WS=1389129;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,372:1.00:372
chr16	1389751	rs113792347	C	G	4709.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=42;NR=88;PP=2903;SC=GGTGCACACACACACACGCAC;SOR=1.464;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=135;TCF=44;TCR=91;TR=130;WE=1389759;WS=1389734;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,173:1.00:173
chr16	1391221	rs34468534	G	A	13033.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=478;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=139;NR=180;PP=2965;SC=AGCAGACCTCGGCTGCGCCGA;SOR=0.880;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=319;TCF=139;TCR=180;TR=319;WE=1391229;WS=1391211;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,475:1.00:475
chr16	1391871	rs2369699	C	G	8725.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=319;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=115;NR=73;PP=2965;SC=ACATCTGGTACAGGCCCCTGC;SOR=0.960;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=189;TCF=115;TCR=74;TR=188;WE=1391879;WS=1391861;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,318:1.00:318
chr16	1392877	rs742458	T	C	6650.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=262;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=71;NR=69;PP=2211;SC=GATGTGGGGCTGTCCCGCCTC;SOR=0.716;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=140;TCF=71;TCR=69;TR=140;WE=1392885;WS=1392867;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,261:1.00:261
chr16	1394507	rs1132356	A	C	7824.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=2.114;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=284;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.549;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=98;NR=71;PP=2965;ReadPosRankSum=1.310;SC=ATCCTGAATGACAAGAGTCCC;SOR=0.625;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=169;TCF=98;TCR=71;TR=169;WE=1394515;WS=1394497;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,282:1.00:283
chr16	1394551	rs11248872	A	G	8935.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.853;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=351;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=152;NR=96;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.744;SC=GACCCTGGCCATGAGGGGTAC;SOR=1.133;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=248;TCF=152;TCR=96;TR=248;WE=1394559;WS=1394541;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,346:0.99:348
chr16	1394741	rs151251565	AGCCAACAGG	A	19639.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=478;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=46;NR=167;PP=2957;SC=CTGGGGTCGGAGCCAACAGGG;SOR=0.828;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=227;TCF=53;TCR=174;TR=213;WE=1394757;WS=1394731;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,440:1.00:440
chr16	1397518	rs34339539	G	GC	7513.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.754;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=240;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.131;NF=37;NR=77;PP=2966;ReadPosRankSum=1.267;SC=GCACCCAGGGGCCCCTCCTGA;SOR=0.306;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=122;TCF=42;TCR=80;TR=114;WE=1397526;WS=1397508;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,233:1.00:234
chr16	1398077	rs34766513	C	CCT	35153.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=801;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=99;NR=244;PP=2930;SC=GCGAGACTCCCGACTGGCCTC;SOR=0.719;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=354;TCF=101;TCR=253;TR=343;WE=1398085;WS=1398064;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,784:1.00:784
chr16	1407792	rs4984644	T	C	630.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=8;NR=6;PP=251;SC=GGGATGACAGTCATGAGCCAC;SOR=0.846;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=14;TCF=8;TCR=6;TR=14;WE=1407800;WS=1407782;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr16	1407809	rs4984820	T	C	694.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=7;PP=247;SC=CCACCGCGCCTGGCCTCGACT;SOR=0.836;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=16;TCF=9;TCR=7;TR=16;WE=1407817;WS=1407799;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr16	1411894	rs76594024	G	A	7906.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.808;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=750;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.517;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=115;NR=107;PP=2962;ReadPosRankSum=0.687;SC=AGTTCTGCCCGTTCCACAACG;SOR=0.669;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=455;TCF=237;TCR=218;TR=222;WE=1411902;WS=1411884;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:366,380:0.51:746
chr16	1417408	rs4984823	T	C	2139.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=33;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=48;PP=1422;SC=CTGCAGACCCTCTTGCCTGTG;SOR=2.681;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=61;TCF=12;TCR=49;TR=60;WE=1417416;WS=1417398;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr16	1419947	rs11248874	A	G	3549.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=60;NR=38;PP=1928;SC=TTGCAGTCCAACCTGGGCGAC;SOR=1.085;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=98;TCF=60;TCR=38;TR=98;WE=1419955;WS=1419937;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chr16	1433766	rs12918814	T	C	10025.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=393;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=128;NR=132;PP=2965;SC=CGGGTCCTGATGGTGCTGGGG;SOR=0.730;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=261;TCF=128;TCR=133;TR=260;WE=1433774;WS=1433756;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,385:1.00:385
chr16	1447278	rs61738727	A	G	1655.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=13;NR=28;PP=869;SC=CGTGCTTCACACTGGGGCAGG;SOR=1.316;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=41;TCF=13;TCR=28;TR=41;WE=1447286;WS=1447268;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr16	1451519	rs761068	G	A	2199.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=33;NR=22;PP=973;SC=CTGTTCTCGCGCTGTGCCCGC;SOR=1.039;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=55;TCF=33;TCR=22;TR=55;WE=1451527;WS=1451509;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr16	1455900	rs8044833	C	T	13914.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=543;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=193;NR=138;PP=2965;SC=CCTCAGGAAGCTCTCACCTGA;SOR=0.945;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=332;TCF=193;TCR=139;TR=331;WE=1455908;WS=1455890;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,530:1.00:530
chr16	1458381	rs1609562	G	C	616.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.82;SOR=0.963;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr16	1458561	rs2179534	T	C	1535.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.64;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=13;NR=15;PP=511;SC=TGGGGAGCCATAGGATGAGGA;SOR=0.726;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=28;TCF=13;TCR=15;TR=28;WE=1458569;WS=1458551;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr16	1464636	rs111437424	A	C	2613.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.34;SOR=0.844;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr16	1476465	rs4984834	A	G	464.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=10;PP=235;SC=AGTTAATCTCAGTCTCAAACA;SOR=1.863;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=3;TCR=10;TR=13;WE=1476473;WS=1476455;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr16	1484338	rs7192100	A	G	4209.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=70;NR=43;PP=2001;SC=TCAGCCCCACAGGCCCTGGGT;SOR=1.124;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=114;TCF=70;TCR=44;TR=113;WE=1484346;WS=1484328;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,164:1.00:164
chr16	1484392	rs12598718	G	C	6285.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=79;NR=67;PP=2965;SC=GCTCTAATGAGTACAAAGCCA;SOR=0.821;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=148;TCF=79;TCR=69;TR=146;WE=1484400;WS=1484382;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,230:1.00:230
chr16	1484473	rs7192331	A	G	6547.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=253;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=91;NR=80;PP=2965;SC=GGGCTTCTCCAGGACCCCTCC;SOR=0.776;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=171;TCF=91;TCR=80;TR=171;WE=1484481;WS=1484463;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,248:1.00:248
chr16	1489234	rs45514093	G	A	227.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-1.372;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.935;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=8;PP=151;ReadPosRankSum=1.014;SC=CTGTCCCCAAGCCCTGAGCCC;SOR=0.320;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=21;TCF=4;TCR=17;TR=11;WE=1489242;WS=1489224;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,11:0.48:23
chr16	1492660	rs760993	T	C	1840.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=37;NR=20;PP=1255;SC=AACAGAGGAATGGGAAACACA;SOR=1.402;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=57;TCF=37;TCR=20;TR=57;WE=1492668;WS=1492650;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr16	1493030	rs1883480	C	G	5510.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=60;NR=81;PP=2770;SC=GCAGCCTCGGCGGGCTGGGGG;SOR=0.915;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=141;TCF=60;TCR=81;TR=141;WE=1493038;WS=1493020;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,207:1.00:207
chr16	1493098	rs760994	G	A	2579.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=31;NR=49;PP=1972;SC=TCTGAAGGCCGCCCAGGCACG;SOR=1.233;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=80;TCF=31;TCR=49;TR=80;WE=1493106;WS=1493088;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr16	1493130	rs760995	C	T	2857.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=47;NR=37;PP=2035;SC=CCTTTTCTAGCTGGACCTGGA;SOR=0.999;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=84;TCF=47;TCR=37;TR=84;WE=1493138;WS=1493120;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr16	1493397	rs115280269	G	A	835.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.699;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=19;PP=487;ReadPosRankSum=0.565;SC=CTGGCCCCTGGGAGCTCTGGG;SOR=0.745;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=74;TCF=26;TCR=48;TR=30;WE=1493405;WS=1493387;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,40:0.43:94
chr16	1493759	rs12596752	C	T	5104.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=81;NR=53;PP=2684;SC=GCGGCGGCGACGTGGTCCTCC;SOR=1.002;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=134;TCF=81;TCR=53;TR=134;WE=1493767;WS=1493749;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,190:1.00:190
chr16	1497137	rs12599176	C	T	3592.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.538;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=63;PP=1908;ReadPosRankSum=-0.712;SC=CAGAGGCAGGCGGGACCCTCA;SOR=0.508;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=98;TCF=34;TCR=64;TR=97;WE=1497145;WS=1497127;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,132:0.99:133
chr16	1498197	rs2235578	A	G	2341.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=52;NR=15;PP=1380;SC=GCGTCCACACAGCCCTCCATG;SOR=1.809;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=67;TCF=52;TCR=15;TR=67;WE=1498205;WS=1498187;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr16	1498520	rs12597739	A	G	3288.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=32;NR=53;PP=1922;SC=TGCCCGTCACACGCCACCAAC;SOR=1.104;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=85;TCF=32;TCR=53;TR=85;WE=1498528;WS=1498510;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
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chr16	1499377	rs742408	C	T	4054.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=40;NR=44;PP=1536;SC=CAGGCCCAAACCCACCAAGAT;SOR=0.772;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=84;TCF=40;TCR=44;TR=84;WE=1499385;WS=1499367;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,156:1.00:156
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chr16	1505599	rs7190701	C	T	2503.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=47;NR=16;PP=1325;SC=TGGGCAGGACCAAGGCCTGAC;SOR=1.775;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=66;TCF=47;TCR=19;TR=63;WE=1505607;WS=1505589;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr16	1507209	rs117974048	C	T	3116.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=2.223;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=388;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.378;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=44;PP=1600;ReadPosRankSum=-0.086;SC=TGCCCGTGCCCGTGCCCATGG;SOR=0.719;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=254;TCF=149;TCR=105;TR=108;WE=1507217;WS=1507199;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:227,156:0.41:383
chr16	1507778	rs9922189	T	C	7428.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-0.342;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=804;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=94;NR=108;PP=2476;ReadPosRankSum=-1.191;SC=GGGAGACGCATGGCCTCTGAT;SOR=0.685;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=440;TCF=205;TCR=235;TR=202;WE=1507786;WS=1507768;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:418,383:0.48:801
chr16	1536372	rs28444604	G	A	4189.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=2.657;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=407;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=69;NR=52;PP=2106;ReadPosRankSum=1.415;SC=GGATGGATCCGGGCAGCAGGG;SOR=0.680;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=240;TCF=138;TCR=102;TR=121;WE=1536380;WS=1536362;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:211,194:0.48:405
chr16	1536535	rs2745098	C	T	3182.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.197;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=334;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.393;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=64;PP=1567;ReadPosRankSum=-0.572;SC=GACCACGTTCCTGGTGGAGGC;SOR=0.846;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=213;TCF=80;TCR=133;TR=99;WE=1536543;WS=1536525;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:176,156:0.47:332
chr16	1536677	rs12928073	C	A	574.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.305;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=13;PP=246;ReadPosRankSum=0.091;SC=CCACTCCCGGCTGCCACCCTT;SOR=0.527;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=29;TCF=4;TCR=25;TR=16;WE=1536685;WS=1536667;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,26:0.59:44
chr16	1537451	rs28473314	C	G	1416.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.275;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.24;ReadPosRankSum=3.118;SOR=0.720;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:67,59:0.47:126
chr16	1537455	rs2667673	T	C	1425.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.279;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FS=0.669;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.69;ReadPosRankSum=2.860;SOR=0.772;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:63,59:0.48:122
chr16	1537839	rs2745101	G	A	3353.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=2.742;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=390;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.059;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=77;NR=41;PP=1967;ReadPosRankSum=-1.938;SC=GCCTGTGACCGGTTGACTGCC;SOR=1.094;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=256;TCF=151;TCR=105;TR=118;WE=1537847;WS=1537829;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:223,164:0.42:387
chr16	1538363	rs1040499	C	A	3323.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.089;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=383;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.830;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=77;NR=37;PP=1780;ReadPosRankSum=-0.540;SC=CCCGACAGGCCCACAGCACTC;SOR=1.012;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=265;TCF=165;TCR=100;TR=114;WE=1538371;WS=1538353;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:218,164:0.43:382
chr16	1538433	rs2745102	A	G	5671.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=0.734;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=638;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.523;HP=2;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=86;NR=87;PP=2609;ReadPosRankSum=0.688;SC=GACTGCCACAAGGTGGACCTG;SOR=0.652;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=363;TCF=175;TCR=188;TR=173;WE=1538441;WS=1538423;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:346,286:0.45:632
chr16	1538464	rs2745103	C	T	6092.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-0.534;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=660;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=78;NR=92;PP=2559;ReadPosRankSum=2.077;SC=GTTTCCACTCCCCATGACACT;SOR=0.708;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=360;TCF=168;TCR=192;TR=170;WE=1538472;WS=1538454;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:350,305:0.47:655
chr16	1538692	rs2667675	A	C	2233.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=1.574;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.679;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=36;PP=1471;ReadPosRankSum=1.605;SC=ATGTTTACCAATCTGCTTCTG;SOR=0.821;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=159;TCF=88;TCR=71;TR=83;WE=1538700;WS=1538682;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:107,103:0.49:210
chr16	1544301	rs2667660	GA	CG	11562.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.544;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=630;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.105;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=114;NR=64;PP=2944;ReadPosRankSum=1.287;SC=AGCACCCTCAGAGGTTCGACT;SOR=0.817;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=392;TCF=226;TCR=166;TR=178;WE=1544310;WS=1544291;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:325,296:0.48:621
chr16	1545448	rs2235624	A	G	3082.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=42;NR=31;PP=1200;SC=CAGCAGACGCAGCCCGGCTTC;SOR=0.906;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=73;TCF=42;TCR=31;TR=73;WE=1545456;WS=1545438;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr16	1547220	rs2235630	C	T	690.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=15;PP=536;SC=TCCCCTTGCCCGGTCCTGTCC;SOR=1.358;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=9;TCR=15;TR=24;WE=1547228;WS=1547210;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr16	1549343	rs11344586	GC	G	6749.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.607;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=454;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.473;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQ=60.05;MQRankSum=1.416;NF=12;NR=95;PP=2948;ReadPosRankSum=1.678;SC=CGGTGAGGACGCCACGGAGGG;SOR=0.883;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=204;TCF=25;TCR=179;TR=107;WE=1549351;WS=1549333;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:218,219:0.50:437
chr16	1551826	rs72779276	C	G	978.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=2.230;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.726;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=20;PP=704;ReadPosRankSum=0.140;SC=GGGAGGCGAACCCCTCACACT;SOR=0.447;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=86;TCF=33;TCR=53;TR=36;WE=1551834;WS=1551816;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,41:0.42:98
chr16	1557090	rs11248882	A	G	1241.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.314;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.987;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=26;PP=714;ReadPosRankSum=0.833;SC=GGCCTGTGCTAACCATGGATC;SOR=0.411;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=64;TCF=20;TCR=44;TR=40;WE=1557098;WS=1557080;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,54:0.60:90
chr16	1557268	rs3736721	C	T	632.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-2.072;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.830;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=11;PP=248;ReadPosRankSum=-1.455;SC=GTGGGGACGGCGTCGGGACCC;SOR=0.506;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=52;TCF=31;TCR=21;TR=24;WE=1557276;WS=1557258;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,35:0.44:79
chr16	1557794	rs12927760	A	T	1848.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=16;NR=41;PP=1173;SC=TGTGTGTGTGAGAGATGTGTC;SOR=1.609;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=59;TCF=16;TCR=43;TR=57;WE=1557802;WS=1557784;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
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chr16	1570857	rs932391	T	C	989.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.147;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.409;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=34;PP=571;ReadPosRankSum=-0.437;SC=GGCCGGGAACTGAAGTGCGCC;SOR=1.123;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=116;TCF=35;TCR=81;TR=45;WE=1570865;WS=1570847;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:91,54:0.37:145
chr16	1573810	rs2745176	A	G	13249.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=509;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=163;NR=155;PP=2965;SC=CCAGGTCCCCACCGGTGGCCA;SOR=0.721;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=318;TCF=163;TCR=155;TR=318;WE=1573818;WS=1573800;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,505:1.00:505
chr16	1578329	.	CACGTGTGCACACACACGCATGCACGCACGT	C	7233.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.842;ClippingRankSum=0.000;DP=444;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=15.191;NF=19;NR=71;PP=2973;ReadPosRankSum=0.457;SC=CGCATGCACGCACGTGTGCAC;SOR=0.675;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=181;TCF=33;TCR=148;TR=90;WE=1578366;WS=1578319;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:235,192:0.45:427
chr16	1578434	rs149176109	G	GCA	1949.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.212;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FS=2.313;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.07;MQRankSum=0.000;QD=16.11;ReadPosRankSum=-1.102;SOR=0.684;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:60,61:0.50:121
chr16	1578514	rs1983600	A	C	2937.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=1.449;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=325;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.708;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=50;PP=1570;ReadPosRankSum=1.811;SC=ACATGCAGGCACACACACAGG;SOR=0.509;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=208;TCF=112;TCR=96;TR=99;WE=1578522;WS=1578504;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:174,141:0.45:315
chr16	1578725	rs1983601	G	A	1231.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-3.022;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.883;HP=5;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=37;PP=757;ReadPosRankSum=0.655;SC=CAGCCTCCCCGCTGGCACGGT;SOR=0.472;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=84;TCF=17;TCR=67;TR=48;WE=1578733;WS=1578715;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,57:0.56:101
chr16	1584618	rs2076438	T	C	2624.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.533;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FS=3.227;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=20.35;ReadPosRankSum=-0.172;SOR=1.016;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:58,71:0.55:129
chr16	1584628	rs12446975	G	A	2539.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.882;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FS=8.695;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=21.89;ReadPosRankSum=-0.893;SOR=1.348;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:53,63:0.54:116
chr16	1605051	rs9932984	A	G	822.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.529;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=23;PP=540;ReadPosRankSum=-0.382;SC=GCGCTCCATCAACGCACACCT;SOR=0.813;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=53;TCF=11;TCR=42;TR=28;WE=1605059;WS=1605041;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,36:0.52:69
chr16	1608082	rs2076436	A	G	1397.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.342;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.580;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=26;PP=663;ReadPosRankSum=-0.849;SC=ACACCATCTGAGGGATGTGGT;SOR=0.752;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=107;TCF=51;TCR=56;TR=48;WE=1608090;WS=1608072;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,73:0.46:160
chr16	1608177	rs2235641	A	G	948.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.940;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=20;PP=462;ReadPosRankSum=1.091;SC=TTCATATGTAAAGCTGAAGCC;SOR=0.718;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=74;TCF=26;TCR=48;TR=30;WE=1608185;WS=1608167;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,48:0.42:115
chr16	1706435	rs61739874	C	T	7491.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.605;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=769;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.522;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=107;NR=93;PP=2962;ReadPosRankSum=0.102;SC=CGCTTCTAGACCCCTTGCCCC;SOR=0.624;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=428;TCF=240;TCR=188;TR=200;WE=1706443;WS=1706425;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:397,367:0.48:764
chr16	1716010	rs8058190	A	C	2208.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.787;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.903;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=24;PP=1316;ReadPosRankSum=-0.765;SC=CCCTGCGGCCACATCCTGCTG;SOR=0.444;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=127;TCF=94;TCR=33;TR=79;WE=1716018;WS=1716000;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,99:0.58:171
chr16	1728147	rs113571946	A	G	244.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.428;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.897;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=1;PP=81;ReadPosRankSum=0.884;SC=GACCGTTCAAAGCCTAAGTCG;SOR=0.307;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=12;TCF=10;TCR=2;TR=6;WE=1728155;WS=1728137;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,12:0.55:22
chr16	1815946	rs2575371	C	T	16310.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=0.389;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=626;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=209;NR=145;PP=2965;ReadPosRankSum=0.931;SC=GCTGACGGGCCGTCCCTCTCC;SOR=0.774;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=356;TCF=209;TCR=147;TR=354;WE=1815954;WS=1815936;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:5,608:0.99:613
chr16	1817431	rs2575369	C	T	988.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=16;NR=12;PP=611;SC=GACTCAGGCTCGAACAGGCGC;SOR=0.869;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=28;TCF=16;TCR=12;TR=28;WE=1817439;WS=1817421;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr16	1817754	rs2076427	A	G	7021.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=259;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=111;NR=89;PP=2965;SC=GCCACGCCAGATGGGGTGGTG;SOR=0.862;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=201;TCF=112;TCR=89;TR=200;WE=1817776;WS=1817744;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,254:1.00:254
chr16	1817768	rs2076428	T	G	6990.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=252;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=100;NR=95;PP=2965;SC=GGTGGTGGGGTGCTCAAGGCC;SOR=0.709;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=195;TCF=100;TCR=95;TR=195;WE=1817776;WS=1817744;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,248:1.00:248
chr16	1817935	rs2076429	A	C	8787.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=334;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=92;NR=130;PP=2965;SC=TGGCCTGCACACCTGCAGGGG;SOR=0.933;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=222;TCF=92;TCR=130;TR=222;WE=1817943;WS=1817925;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,332:1.00:332
chr16	1818152	rs2076430	CT	TC	16639.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=372;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=142;NR=85;PP=2947;SC=GCCTCTCCCACTCTCCACCTG;SOR=1.145;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=239;TCF=149;TCR=90;TR=227;WE=1818161;WS=1818142;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,370:1.00:370
chr16	1818503	rs2076431	G	C	5832.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=63;NR=80;PP=2965;SC=CCCTGAATGGGAGTGTGCTGG;SOR=0.859;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=143;TCF=63;TCR=80;TR=143;WE=1818511;WS=1818493;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,206:1.00:206
chr16	1818634	rs146699789	G	A	2529.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=2.420;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.862;HP=3;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=33;PP=1364;ReadPosRankSum=0.314;SC=ATTGGTGAGCGGGGCCCAGGG;SOR=0.965;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=157;TCF=86;TCR=71;TR=80;WE=1818642;WS=1818624;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:101,113:0.53:214
chr16	1818680	rs2072989	G	C	6440.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=242;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=94;NR=92;PP=2965;SC=GAGCCTGGCCGTCACTCTGCT;SOR=0.746;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=187;TCF=95;TCR=92;TR=186;WE=1818688;WS=1818670;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,232:1.00:232
chr16	1820992	rs11890	T	A	16983.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=639;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=190;NR=216;PP=2965;SC=GCCCCTGCCATACCTGTGCGG;SOR=0.776;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=407;TCF=190;TCR=217;TR=406;WE=1821000;WS=1820982;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,627:1.00:627
chr16	1822797	rs34595082	C	CACCT	1468.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-1.664;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.348;NF=11;NR=6;PP=956;ReadPosRankSum=1.073;SC=GGGGTGCACGCACCTGCGCCG;SOR=0.784;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=24;TCF=15;TCR=9;TR=17;WE=1822805;WS=1822787;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,33:0.97:34
chr16	1823444	rs761065	C	G	3742.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.832;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=41;PP=1885;ReadPosRankSum=0.272;SC=CGGAGCAGGTCCTGAAGCGCC;SOR=0.862;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=97;TCF=55;TCR=42;TR=95;WE=1823452;WS=1823434;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,139:0.99:141
chr16	1825768	rs2745169	A	C	10273.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=393;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=112;NR=139;PP=2965;SC=TGCTCACATGAGGTTCTAAAA;SOR=0.835;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=252;TCF=113;TCR=139;TR=251;WE=1825776;WS=1825758;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,390:1.00:390
chr16	1826302	rs2437732	G	T	6574.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.957;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=254;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=125;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.045;SC=CCTGGGCGGTGGGGGAGGACC;SOR=1.231;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=191;TCF=61;TCR=130;TR=186;WE=1826310;WS=1826292;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,246:0.99:248
chr16	1826377	rs2235636	A	G	1308.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.85;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr16	1827836	rs1178432	T	C	5171.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=91;NR=36;PP=2761;SC=CGAACCGCGATGAGAAGCTGG;SOR=1.473;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=127;TCF=91;TCR=36;TR=127;WE=1827844;WS=1827826;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,185:1.00:185
chr16	1836709	rs2575351	G	C	8773.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=333;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=108;NR=113;PP=2965;SC=CCCGCATCCCGGTGGAGGCCT;SOR=0.762;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=221;TCF=108;TCR=113;TR=221;WE=1836717;WS=1836699;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,329:1.00:329
chr16	1836796	rs2235648	C	A	8760.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.958;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=331;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=98;NR=113;PP=2965;ReadPosRankSum=0.946;SC=GCCCCAGTATCCCCCGCATGC;SOR=0.789;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=212;TCF=98;TCR=114;TR=211;WE=1836804;WS=1836786;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,325:0.99:327
chr16	1837900	rs344358	T	C	6720.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=257;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=82;NR=100;PP=2965;SC=GTGTCCCTGCTGGTGCGCCTG;SOR=0.855;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=183;TCF=82;TCR=101;TR=182;WE=1837908;WS=1837890;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,251:1.00:251
chr16	1837991	rs111886912	C	T	3133.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.151;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=310;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.719;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=40;PP=1387;ReadPosRankSum=0.542;SC=TGTAGGAAGACGGGCTTGCGG;SOR=0.805;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=174;TCF=89;TCR=85;TR=91;WE=1837999;WS=1837981;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:156,151:0.49:307
chr16	1838640	rs344359	T	C	7270.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=280;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=97;NR=78;PP=2965;SC=AGGAGTTCCCTGGGAGCCCCG;SOR=0.824;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=175;TCF=97;TCR=78;TR=175;WE=1838648;WS=1838630;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,275:1.00:275
chr16	1838836	rs1065656	C	G	2363.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=17;NR=56;PP=1675;SC=CAGCGTCAGCCGGAGAGCTTC;SOR=2.084;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=73;TCF=17;TCR=56;TR=73;WE=1838844;WS=1838826;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr16	1842209	rs3751893	A	G	4654.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=47;NR=65;PP=2214;SC=CCGGGACTCCATCAGGCAGGC;SOR=0.917;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=112;TCF=47;TCR=65;TR=112;WE=1842217;WS=1842199;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,176:1.00:176
chr16	1843672	rs3817902	T	C	3360.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.61;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=33;NR=34;PP=1011;SC=CAGGGCAGGCTGCAGGCAGGC;SOR=0.724;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=67;TCF=33;TCR=34;TR=67;WE=1843680;WS=1843662;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chr16	1844781	rs2256923	A	G	1804.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=37;NR=21;PP=1033;SC=GGGCACAGCCAGGGCTCGGGG;SOR=1.329;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=59;TCF=38;TCR=21;TR=58;WE=1844789;WS=1844771;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr16	1859150	rs1057071	G	A	5355.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.26;SOR=1.552;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr16	1859153	rs1057070	T	C	5532.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.378;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=42.89;ReadPosRankSum=1.608;SOR=0.705;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,128:0.99:129
chr16	1859432	rs1628812	G	C	5071.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=44;NR=99;PP=2518;SC=CACGCCCACCGGAGGAGCCAG;SOR=1.501;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=144;TCF=44;TCR=100;TR=143;WE=1859440;WS=1859422;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,193:1.00:193
chr16	1859476	rs1629513	G	A	3581.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.68;SOR=2.419;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr16	1859482	rs1629534	A	C	3516.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.52;SOR=2.332;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr16	1859730	rs2745199	G	A	4051.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=68;NR=45;PP=2102;SC=AGGGGCCCGCGCCCACCACCT;SOR=1.127;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=113;TCF=68;TCR=45;TR=113;WE=1859738;WS=1859720;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,152:1.00:152
chr16	1859850	rs1742442	A	G	9300.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=360;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=93;NR=109;PP=2965;SC=AGAGAAACGCACCACTTTATC;SOR=0.816;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=203;TCF=93;TCR=110;TR=202;WE=1859858;WS=1859840;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,359:1.00:359
chr16	1870037	rs144480059	TGGGCTGCCTGCTGAGCTGAGG	T	3758.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.769;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=310;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=1.420;NF=3;NR=52;PP=2923;ReadPosRankSum=0.497;SC=ACAGGAGACCTGGGCTGCCTG;SOR=0.670;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=102;TCF=4;TCR=98;TR=55;WE=1870065;WS=1870027;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,141:0.98:144
chr16	1872160	rs238680	G	A	3233.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=62;NR=28;PP=1810;SC=GTGAGTCCCGGGTCTTTCTCA;SOR=1.493;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=91;TCF=62;TCR=29;TR=90;WE=1872168;WS=1872150;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr16	1872479	rs238679	A	G	1668.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=39;PP=1098;SC=GGCCGCTGACATGGCCCGTCC;SOR=2.303;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=50;TCF=11;TCR=39;TR=50;WE=1872487;WS=1872469;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr16	1873087	rs104843	C	A	2176.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=15;NR=51;PP=1583;SC=AGGCCCTCCACGACAGGACGC;SOR=2.368;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=66;TCF=15;TCR=51;TR=66;WE=1873095;WS=1873077;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr16	1902889	rs1617255	T	C	300.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=7;NR=2;PP=193;SC=TCAAAGTTCATTGTAAGTTTT;SOR=1.802;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=7;TCR=2;TR=9;WE=1902897;WS=1902885;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr16	1904239	rs10500322	T	A	4832.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=44;NR=87;PP=2733;SC=TTCACCTATATGTAGAAGTTC;SOR=1.307;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=132;TCF=44;TCR=88;TR=131;WE=1904247;WS=1904229;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,175:1.00:175
chr16	1907652	rs428123	G	A	3539.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=75;NR=24;PP=2148;SC=CCAGCTGATCGTGACCACTCC;SOR=1.953;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=100;TCF=76;TCR=24;TR=99;WE=1907660;WS=1907642;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr16	1907701	rs408286	AG	CA	11570.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=262;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=102;NR=67;PP=2947;SC=CTCCCCTGCCAGATTGCACTT;SOR=1.048;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=181;TCF=105;TCR=76;TR=169;WE=1907710;WS=1907691;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,260:1.00:260
chr16	1907946	rs411193	C	T	1086.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=27;PP=750;SC=ATTGCAAAAACACAAGAAAGT;SOR=3.086;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=29;TCF=2;TCR=27;TR=29;WE=1907954;WS=1907936;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr16	1910219	rs391288	A	T	454.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=13;NR=0;PP=354;SC=AAAGCCATTTATCATGTGACT;SOR=5.421;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=13;TCR=0;TR=13;WE=1910227;WS=1910209;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr16	1910373	rs433268	C	G	4948.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=67;NR=47;PP=2346;SC=TGATCATTCTCGCACAATCTC;SOR=0.959;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=114;TCF=67;TCR=47;TR=114;WE=1910381;WS=1910363;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,184:1.00:184
chr16	1912139	rs380846	T	C	5328.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=40;NR=98;PP=2965;SC=CCAATGCTTTTATTTTTCAAA;SOR=1.432;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=138;TCF=40;TCR=98;TR=138;WE=1912147;WS=1912129;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,193:1.00:193
chr16	1917998	rs1742444	T	C	1513.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=31;NR=14;PP=997;SC=AATGAGTATCTATATACTTGC;SOR=1.487;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=45;TCF=31;TCR=14;TR=45;WE=1918006;WS=1917988;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr16	1918125	rs1742446	T	G	4714.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=45;NR=49;PP=1815;SC=GCCATATTTGTCTGCAGATCT;SOR=0.750;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=94;TCF=45;TCR=49;TR=94;WE=1918133;WS=1918115;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,179:1.00:179
chr16	1968255	.	C	T	204.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.099;ClippingRankSum=0.000;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5003;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=4;PP=55;ReadPosRankSum=1.538;SC=GCCCGCAGAGCGGCCCCTTGC;SOR=1.179;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=9;TCF=2;TCR=7;TR=5;WE=1968263;WS=1968245;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,10:0.67:15
chr16	1968338	rs199930198	T	TC	552.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=32.51;SOR=1.061;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr16	1989111	rs377290620	G	A	2405.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.687;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=255;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.972;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=45;PP=1107;ReadPosRankSum=0.119;SC=TGGGCTGCCCGCCTAGTGACC;SOR=0.617;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=167;TCF=70;TCR=97;TR=80;WE=1989119;WS=1989101;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:130,120:0.48:250
chr16	1990994	rs13331553	T	C	11732.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.436;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1230;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=171;NR=165;PP=2962;ReadPosRankSum=0.833;SC=CCCACACGCCTATTTCCCAAG;SOR=0.684;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=730;TCF=366;TCR=364;TR=336;WE=1991002;WS=1990984;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:648,575:0.47:1223
chr16	1991513	rs9934331	G	C	837.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-1.958;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.138;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=23;PP=434;ReadPosRankSum=0.009;SC=CCCGTTCCGAGGGTAGGCTGT;SOR=0.547;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=52;TCF=14;TCR=38;TR=32;WE=1991521;WS=1991503;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,39:0.65:60
chr16	1992930	rs41286697	C	G	499.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-3.071;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.308;HP=4;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=3;PP=170;ReadPosRankSum=0.722;SC=CTCCTCGCCCCCAGGCTCCCC;SOR=0.375;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=30;TCR=7;TR=15;WE=1992938;WS=1992920;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,24:0.50:48
chr16	1994743	rs2754179	G	A	2832.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.538;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=22.31;ReadPosRankSum=3.112;SOR=0.717;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:55,72:0.57:127
chr16	1994749	rs2531332	A	C	2894.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.484;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FS=0.687;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=21.60;ReadPosRankSum=2.682;SOR=0.620;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:58,76:0.57:134
chr16	1994931	rs61276345	C	CAAGAG	4858.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.486;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=259;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.465;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=43;PP=2920;ReadPosRankSum=-0.102;SC=GCCTTAGTCACTCTGGCCAGA;SOR=0.656;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=112;TCF=12;TCR=100;TR=50;WE=1994939;WS=1994921;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:124,126:0.50:250
chr16	1994980	rs11640479	G	T	1137.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-1.238;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=32;PP=701;ReadPosRankSum=0.584;SC=ATCACTCAGGGCCGGCCCTAC;SOR=0.635;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=92;TCF=19;TCR=73;TR=39;WE=1994988;WS=1994970;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,50:0.47:107
chr16	1996075	rs1003904	G	A	1038.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-6.396;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.647;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=38;PP=810;ReadPosRankSum=0.175;SC=TGACTATCACGCCGCCCCTAC;SOR=1.136;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=84;TCF=5;TCR=79;TR=40;WE=1996083;WS=1996065;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,42:0.46:92
chr16	1996535	rs35725974	C	CA	1885.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.940;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.423;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=14;PP=1177;ReadPosRankSum=0.395;SC=ATGCCCCCTACATGTATACCA;SOR=0.322;SbPval=0.21;Source=Platypus;TC=64;TCF=41;TCR=23;TR=30;WE=1996543;WS=1996525;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,60:0.58:103
chr16	1997411	rs141895087	G	A	7154.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-1.445;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=631;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=77;NR=111;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.811;SC=GTCACGCCACGGCCCACGGGA;SOR=0.678;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=354;TCF=148;TCR=206;TR=188;WE=1997419;WS=1997401;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:279,344:0.55:623
chr16	2004718	rs2815301	T	C	4178.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=31;NR=56;PP=1997;SC=CAGCTGCCAGTTCCCAGATTA;SOR=1.061;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=87;TCF=31;TCR=56;TR=87;WE=2004726;WS=2004708;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,150:1.00:150
chr16	2011126	rs758335	A	G	951.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=29;NR=7;PP=713;SC=CCGATGAGGCATTTGAGTCTG;SOR=2.712;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=36;TCF=29;TCR=7;TR=36;WE=2011134;WS=2011116;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr16	2014031	rs6366	C	G	1048.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=25;PP=681;SC=TCAGTTCTTTCGAAATGAATT;SOR=2.712;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=28;TCF=3;TCR=25;TR=28;WE=2014039;WS=2014021;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr16	2014283	rs2286466	A	G	3166.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=53;NR=33;PP=1799;SC=GTACCTTAATAGGCAGGGAGA;SOR=1.159;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=86;TCF=53;TCR=33;TR=86;WE=2014291;WS=2014273;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr16	2014424	rs403609	C	G	3625.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.935;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=50;PP=1702;ReadPosRankSum=-0.834;SC=CCCAGGGGCCCGACCCCGAGC;SOR=0.953;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=88;TCF=37;TCR=51;TR=87;WE=2014432;WS=2014414;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,136:0.99:138
chr16	2034137	rs56119017	C	T	453.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=4;PP=309;SC=GCCTCCGGCTCCTGTGGCCGC;SOR=2.049;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=17;TCF=12;TCR=5;TR=16;WE=2034145;WS=2034127;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr16	2034661	rs2075812	T	C	3849.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=1.099;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=70;NR=44;PP=2160;ReadPosRankSum=1.004;SC=CGGAGTCCAGTGGGCCACCGG;SOR=1.138;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=116;TCF=71;TCR=45;TR=114;WE=2034669;WS=2034651;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,138:0.99:140
chr16	2035762	rs72766613	T	C	1742.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.933;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=8;PP=1318;ReadPosRankSum=0.096;SC=CCAGGTGTAGTTCACAGCAGT;SOR=1.911;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=54;TCF=46;TCR=8;TR=53;WE=2035770;WS=2035752;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,56:0.98:57
chr16	2035784	rs72766615	C	T	3119.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.004;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=16;PP=1868;ReadPosRankSum=-1.270;SC=CCCCAGCTCTCCTTCCTTGAC;SOR=1.033;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=80;TCF=64;TCR=16;TR=79;WE=2035792;WS=2035774;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,105:0.99:106
chr16	2036048	rs1046495	T	C	5381.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=43;NR=94;PP=2965;SC=CAGCCAGAGCTCATGGGACAG;SOR=1.442;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=137;TCF=43;TCR=94;TR=137;WE=2036056;WS=2036038;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,191:1.00:191
chr16	2039792	rs112521723	G	A	1879.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.69;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=14;NR=19;PP=606;SC=TGGCTGGTGGGTTCCTGAGGA;SOR=0.804;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=14;TCR=19;TR=33;WE=2039800;WS=2039782;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
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chr16	2048796	rs1058474	C	T	3970.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=62;NR=47;PP=2358;SC=GCTGAAGGTTCCTCTCCCGGA;SOR=0.945;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=109;TCF=62;TCR=47;TR=109;WE=2048804;WS=2048786;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,140:1.00:140
chr16	2048826	rs2240691	C	G	5040.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=73;NR=62;PP=2739;SC=GGACTAGGTACGCCCGTGGGG;SOR=0.832;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=135;TCF=73;TCR=62;TR=135;WE=2048834;WS=2048816;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,182:1.00:182
chr16	2049640	rs2286469	A	G	6128.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=237;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=78;NR=64;PP=2502;SC=CGGGCCCTCCATGTGTCCATT;SOR=0.827;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=142;TCF=78;TCR=64;TR=142;WE=2049648;WS=2049630;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,237:1.00:237
chr16	2049728	rs11248905	C	T	5922.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=71;NR=74;PP=2705;SC=GGACAGGTAGCGGGCGGGGGC;SOR=0.729;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=145;TCF=71;TCR=74;TR=145;WE=2049736;WS=2049718;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,226:1.00:226
chr16	2049849	rs12149722	T	C	6075.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-0.154;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=237;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQ=60.14;MQRankSum=0.220;NF=72;NR=62;PP=2477;ReadPosRankSum=-0.894;SC=CCGTGGGGCGTGTGCTCAGAA;SOR=0.406;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=137;TCF=74;TCR=63;TR=134;WE=2049857;WS=2049839;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,231:0.99:234
chr16	2049882	rs141374045	G	GTCC	10188.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=0.950;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=279;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=1.292;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.694;NF=22;NR=58;PP=2983;ReadPosRankSum=0.130;SC=CCGGGCCGCCGTCCTCCTCCT;SOR=0.618;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=97;TCF=25;TCR=72;TR=80;WE=2049890;WS=2049872;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:9,239:0.96:248
chr16	2050192	rs11556528	G	T	3785.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-2.040;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=44;PP=1963;ReadPosRankSum=-0.551;SC=GCAGGAGGAGGAAGTGGAGGC;SOR=0.286;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=98;TCF=54;TCR=44;TR=97;WE=2050200;WS=2050182;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,140:0.99:141
chr16	2050917	rs142385527	C	A	678.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.192;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.39;ReadPosRankSum=-0.614;SOR=0.342;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,33:0.94:35
chr16	2051060	rs61743532	T	A	8047.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.700;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=312;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.802;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=132;NR=80;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.610;SC=GATCCTCAGGTCCCCGCGCCG;SOR=0.803;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=213;TCF=132;TCR=81;TR=212;WE=2051068;WS=2051050;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,299:1.00:300
chr16	2051428	rs72766631	G	A	6226.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.269;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.174;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=133;NR=45;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.105;SC=AGAAAAGAGAGAGAAACTTGT;SOR=2.036;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=180;TCF=134;TCR=46;TR=178;WE=2051436;WS=2051418;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,220:0.99:222
chr16	2051452	rs117679198	C	G	9792.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.075;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=384;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=190;NR=76;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.100;SC=CACCAAGGACCCTCAACAGAC;SOR=1.603;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=268;TCF=191;TCR=77;TR=266;WE=2051460;WS=2051442;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,372:0.99:374
chr16	2059621	rs11366527	GC	G	6019.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=39;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=18;NR=54;PP=2757;SC=GGTCGCAGCGGCCCCAGCGCC;SOR=0.716;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=74;TCF=18;TCR=56;TR=72;WE=2059629;WS=2059611;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,176:1.00:176
chr16	2059674	rs71384660	T	C	5903.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=89;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=38;NR=52;PP=1780;SC=GCTCCCGCCTTCCCGCTCAGG;SOR=0.898;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=90;TCF=38;TCR=52;TR=90;WE=2059682;WS=2059664;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,148:1.00:148
chr16	2059698	rs71384661	T	G	5307.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.76;SOR=0.994;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr16	2059708	rs71384662	T	G	4786.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.59;SOR=1.115;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr16	2059710	rs71384663	T	G	4647.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.26;SOR=1.125;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr16	2059736	rs71148116	CG	C	2389.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=36.21;SOR=1.284;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr16	2059762	rs71148117	GC	G	1910.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=152;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=29;PP=962;SC=CCGGGATCCGGCCCCCCTCTC;SOR=1.765;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=31;TCF=2;TCR=29;TR=31;WE=2059770;WS=2059752;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr16	2059778	rs71148118	GT	G	1832.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=116;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=21;PP=1033;SC=CTCTCGGCCGGTCGTGGCGCC;SOR=1.981;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=24;TCF=3;TCR=21;TR=24;WE=2059798;WS=2059768;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr16	2059782	rs71384664	T	C	1681.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.26;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr16	2059790	rs968417	A	C	1490.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=46.59;SOR=1.911;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr16	2059939	rs968418	A	C	8411.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=34;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=116;NR=31;PP=2965;SC=CCGCTCTACCATGAGCCGACC;SOR=2.080;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=148;TCF=116;TCR=32;TR=147;WE=2059947;WS=2059929;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,184:1.00:184
chr16	2059955	rs62038790	A	G	10034.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=249;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=34;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=136;NR=53;PP=2965;SC=CGACCGCTCGAAGGTCCGCGC;SOR=1.600;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=189;TCF=136;TCR=53;TR=189;WE=2059963;WS=2059945;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,249:1.00:249
chr16	2059997	rs61742167	C	T	10811.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.843;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=422;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=154;NR=102;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.211;SC=CTCCTCTGGGCCACGCGTGTC;SOR=0.952;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=256;TCF=154;TCR=102;TR=256;WE=2060005;WS=2059987;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,414:0.99:418
chr16	2088222	rs369719523	CAG	C	218.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.589;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=3.088;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.29;ReadPosRankSum=0.624;SOR=0.571;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,12:0.24:51
chr16	2088378	rs200451810	CAT	C	920.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.507;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.986;HP=2;HapScore=1;MGOF=126;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=43;PP=1119;ReadPosRankSum=-0.585;SC=CAGCTCCACACATGTTTCCAC;SOR=0.867;SbPval=0.95;Source=Platypus;TC=71;TCF=14;TCR=57;TR=48;WE=2088387;WS=2088368;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,27:0.34:80
chr16	2088401	.	A	AC	141.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.501;ClippingRankSum=0.000;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=42;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=41;PP=940;ReadPosRankSum=0.369;SC=AATACCAGAGACCCCCCCCCT;SOR=0.693;SbPval=0.95;Source=Platypus;TC=55;TCF=4;TCR=51;TR=42;WE=2088424;WS=2088391;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,12:0.23:52
chr16	2088405	rs149481694	CCCCCCTTCCCCT	C	841.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.282;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=3.757;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=22.15;ReadPosRankSum=1.154;SOR=2.226;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,22:0.58:38
chr16	2100599	.	CT	C	115.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.183;ClippingRankSum=0.000;DP=87;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.52;ReadPosRankSum=0.798;SOR=0.671;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,20:0.43:46
chr16	2111779	rs17135764	T	C	1249.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=0.084;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.382;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=15;PP=682;ReadPosRankSum=-1.064;SC=GGGCTGAGGGTGTCTCCATGC;SOR=0.338;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=99;TCF=72;TCR=27;TR=48;WE=2111787;WS=2111769;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,55:0.51:107
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chr16	2133901	rs30259	C	T	257.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-1.044;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=9;PP=196;ReadPosRankSum=1.447;SC=GTGCCTGCACCCTGGGAACTG;SOR=1.022;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=21;TCF=4;TCR=17;TR=11;WE=2133909;WS=2133891;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,11:0.48:23
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chr16	2138269	rs1748	T	C	7774.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=0.536;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=710;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=93;NR=101;PP=2962;ReadPosRankSum=0.426;SC=ACCCCACCGATATCTACCCCT;SOR=0.719;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=392;TCF=191;TCR=201;TR=194;WE=2138277;WS=2138259;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:334,371:0.53:705
chr16	2138584	rs1051771	G	C	4484.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.683;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=419;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.537;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=103;PP=1956;ReadPosRankSum=-1.809;SC=TCATCTCCTCGGTGGAGGACT;SOR=0.774;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=292;TCF=103;TCR=189;TR=155;WE=2138592;WS=2138574;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:188,223:0.54:411
chr16	2138670	rs36032671	TAA	T	2045.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.143;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=4;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.136;NF=2;NR=35;PP=2394;ReadPosRankSum=-0.506;SC=GTGAAATAAATAAAGTCCTGA;SOR=0.731;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=77;TCF=5;TCR=72;TR=37;WE=2138690;WS=2138660;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,55:0.44:124
chr16	2138682	rs45498900	C	T	1305.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.313;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.706;HP=3;HapScore=4;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.982;NF=7;NR=27;PP=2457;ReadPosRankSum=0.712;SC=AAGTCCTGACCCCAGTGCACA;SOR=1.071;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=80;TCF=19;TCR=61;TR=34;WE=2138690;WS=2138660;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,55:0.50:110
chr16	2201270	rs36234	G	C	265.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-0.619;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=6;PP=109;ReadPosRankSum=-0.574;SC=GTTGCAGCTCGTTAGTTACTG;SOR=0.735;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=20;TCF=9;TCR=11;TR=11;WE=2201278;WS=2201260;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,17:0.37:46
chr16	2203456	rs26931	T	C	7738.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=259;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=99;NR=85;PP=2965;SC=GAGGAAGCCGTCCAGTCCCTA;SOR=0.851;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=184;TCF=99;TCR=85;TR=184;WE=2203464;WS=2203446;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,257:1.00:257
chr16	2223142	rs117921232	G	A	1738.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=4.136;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.286;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=14;PP=1034;ReadPosRankSum=-0.746;SC=GGGAGGCACCGGCAGGGACCC;SOR=0.939;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=107;TCF=79;TCR=28;TR=58;WE=2223150;WS=2223132;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,76:0.53:144
chr16	2231210	rs188507692	G	A	1039.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.844;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.446;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=17;PP=526;ReadPosRankSum=-0.111;SC=TCGAGACATGGGGCTGCTGGG;SOR=0.541;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=71;TCF=40;TCR=31;TR=35;WE=2231218;WS=2231200;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,51:0.46:112
chr16	2233565	rs889495	T	C	905.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=2.080;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.127;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=9;PP=527;ReadPosRankSum=0.192;SC=CGGGTGGGAGTTGTGGCCAGG;SOR=0.929;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=47;TCF=32;TCR=15;TR=29;WE=2233573;WS=2233555;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,38:0.68:56
chr16	2236611	rs25848	C	T	888.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.281;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.318;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=7;PP=550;ReadPosRankSum=-0.054;SC=CCCAGAAACCCAGCCCTGCTG;SOR=0.374;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=83;TCF=67;TCR=16;TR=33;WE=2236619;WS=2236601;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,41:0.42:97
chr16	2237549	rs26835	C	T	91.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.379;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.37;ReadPosRankSum=0.562;SOR=0.394;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,6:0.29:21
chr16	2239402	rs27381	C	T	4222.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.882;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=447;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.199;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=78;PP=1992;ReadPosRankSum=-0.204;SC=CGCTGCCCCGCCCCCGCTCGG;SOR=0.904;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=263;TCF=122;TCR=141;TR=135;WE=2239410;WS=2239392;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:225,209:0.48:434
chr16	2255804	rs3214648	TG	T	775.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.162;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.930;HP=11;HapScore=3;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.197;NF=16;NR=5;PP=865;ReadPosRankSum=0.196;SC=GCTGCGGAGGTGGGGGGGGGA;SOR=0.998;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=54;TCF=35;TCR=19;TR=21;WE=2255815;WS=2255794;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,37:0.42:88
chr16	2255807	rs112805476	G	A	1126.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-2.816;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.043;HP=8;HapScore=3;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-1.136;NF=25;NR=10;PP=605;ReadPosRankSum=-0.203;SC=GCGGAGGTGGGGGGGGGACGG;SOR=0.434;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=66;TCF=51;TCR=15;TR=35;WE=2255815;WS=2255794;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,51:0.57:89
chr16	2256047	rs3217423	AC	A	1152.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.375;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.376;NF=20;NR=10;PP=872;ReadPosRankSum=0.441;SC=CTGACCTTTGACCCCTGCCGT;SOR=0.669;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=102;TCF=58;TCR=44;TR=30;WE=2256055;WS=2256037;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,47:0.35:134
chr16	2256326	rs27699	C	T	5635.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-3.232;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=567;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=86;NR=94;PP=2918;ReadPosRankSum=2.353;SC=GGCCTCAGGGCTACCTTCCCG;SOR=0.658;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=370;TCF=174;TCR=196;TR=180;WE=2256334;WS=2256316;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:293,271:0.48:564
chr16	2256461	rs26863	C	G	5473.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.790;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=514;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=81;NR=95;PP=2914;ReadPosRankSum=0.899;SC=GGGTCGACCTCAGCACAGCCA;SOR=0.723;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=347;TCF=163;TCR=184;TR=176;WE=2256469;WS=2256451;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:250,256:0.51:506
chr16	2257105	rs26862	C	G	2203.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.446;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=255;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.478;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=26;PP=1209;ReadPosRankSum=2.049;SC=GCCTGCACCCCAACCAGGTGA;SOR=0.638;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=165;TCF=110;TCR=55;TR=77;WE=2257113;WS=2257095;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:139,111:0.44:250
chr16	2259766	rs26858	A	G	556.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-3.031;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.935;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=14;PP=290;ReadPosRankSum=0.164;SC=CTGGCTTGGCAGGGCCGGGTA;SOR=0.294;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=39;TCF=12;TCR=27;TR=21;WE=2259774;WS=2259756;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,27:0.61:44
chr16	2259865	rs25852	C	G	1387.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=28;NR=9;PP=937;SC=CCTGAAACCACAGCTCCAGCC;SOR=1.814;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=28;TCR=9;TR=37;WE=2259873;WS=2259855;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr16	2260612	rs26856	T	C	6428.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=71;NR=87;PP=2965;SC=AGGAGCAGGCTCACGGCTCTC;SOR=0.884;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=159;TCF=71;TCR=88;TR=158;WE=2260620;WS=2260602;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,226:1.00:226
chr16	2264853	rs25850	G	C	34.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.799;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=2.90;ReadPosRankSum=0.431;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,4:0.33:12
chr16	2282256	rs26839	G	A	6211.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=243;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=92;NR=73;PP=2947;SC=GGCAGCCCCCGCCAGCAGGGG;SOR=0.894;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=165;TCF=92;TCR=73;TR=165;WE=2282264;WS=2282246;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,238:1.00:238
chr16	2285357	rs26840	C	T	4930.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.788;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=411;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.523;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=71;NR=66;PP=2083;ReadPosRankSum=0.705;SC=CCATCACCATCGCCACCCCCG;SOR=0.643;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=260;TCF=134;TCR=126;TR=137;WE=2285365;WS=2285347;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:174,232:0.57:406
chr16	2285437	rs138375156	G	A	3320.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.273;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=326;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.320;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=66;PP=1867;ReadPosRankSum=-0.069;SC=CTTGCCGCCCGGGCAGGGACA;SOR=0.618;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=220;TCF=99;TCR=121;TR=121;WE=2285445;WS=2285427;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:158,162:0.51:320
chr16	2287026	rs117794268	C	T	2527.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.549;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=243;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.294;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=53;PP=1381;ReadPosRankSum=-1.155;SC=CCGCACCCGCCGCTCCTCCCC;SOR=0.880;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=159;TCF=74;TCR=85;TR=92;WE=2287034;WS=2287016;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:114,119:0.51:233
chr16	2288224	rs27620	G	A	578.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-3.568;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.298;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=5;PP=403;ReadPosRankSum=1.560;SC=CAAAGGGCCAGTGGTGACACC;SOR=0.471;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=48;TCF=38;TCR=10;TR=22;WE=2288232;WS=2288214;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,24:0.49:49
chr16	2317777	rs11646649	CT	GG	376.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;JOINED;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=3;PP=121;SC=GCGCTCCCCGCTGGTCTGAGT;SOR=0.892;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=7;TCF=3;TCR=4;TR=6;WE=2317786;WS=2317767;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr16	2318170	rs143373048	TA	T	15833.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=456;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=54;NR=115;PP=2951;SC=AGCGATGACGTAAACGCCTGG;SOR=0.800;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=171;TCF=55;TCR=116;TR=169;WE=2318178;WS=2318160;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,449:1.00:449
chr16	2320803	rs8058021	G	T	37.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.319;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=4.72;ReadPosRankSum=0.319;SOR=0.307;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,2:0.25:8
chr16	2320810	.	C	T	112	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;FR=0.5417;HP=1;HapScore=2;MGOF=51;MMLQ=26;MQ=58.91;NF=3;NR=7;PP=112;QD=14.6771212547;SC=AGCGGAGGGTCACCTGCTGAG;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=12;TCF=4;TCR=8;TR=10;WE=2320818;WS=2320800;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:2,10:0.83:12
chr16	2320828	.	C	T	109	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;FR=0.5268;HP=3;HapScore=2;MGOF=63;MMLQ=28;MQ=60.0;NF=2;NR=6;PP=109;QD=17.9714015684;SC=GAGCTGGGCACGGGCTTCTCG;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=10;TCF=3;TCR=7;TR=8;WE=2320836;WS=2320818;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:2,8:0.80:10
chr16	2320829	rs8058038	G	T	40.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.712;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=5.82;ReadPosRankSum=0.712;SOR=0.148;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,2:0.29:7
chr16	2320838	rs8058046	G	C	40.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.068;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=5.82;ReadPosRankSum=0.712;SOR=0.148;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,2:0.29:7
chr16	2328790	rs150928	G	A	708.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.971;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=6;PP=463;ReadPosRankSum=0.362;SC=TTCCTACGTGGAGCTACCTGG;SOR=0.693;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=45;TCF=36;TCR=9;TR=27;WE=2328798;WS=2328780;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,30:0.62:48
chr16	2331430	rs149532	A	G	3029.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=1.535;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=239;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.025;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=43;PP=1416;ReadPosRankSum=-1.130;SC=GGGAGTCCGGACTGGGGGCCA;SOR=0.619;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=137;TCF=62;TCR=75;TR=79;WE=2331438;WS=2331420;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:93,139:0.60:232
chr16	2334554	rs1183064	A	T	375.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=2.727;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.108;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=12;PP=238;ReadPosRankSum=0.516;SC=GTGAGGGGGCACCTCCCAGGG;SOR=0.260;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=41;TCF=9;TCR=32;TR=17;WE=2334562;WS=2334544;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,17:0.39:44
chr16	2338363	rs313908	C	G	1271.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.336;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.447;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=29;PP=736;ReadPosRankSum=-0.518;SC=GACACCGGCACCGCTTGGGGC;SOR=0.341;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=75;TCF=20;TCR=55;TR=42;WE=2338371;WS=2338353;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,55:0.60:92
chr16	2349371	rs170447	T	C	2062.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.922;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.580;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=17;PP=1135;ReadPosRankSum=-0.464;SC=GGGGGCCTGCTGGTGGCAGGG;SOR=0.769;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=146;TCF=109;TCR=37;TR=72;WE=2349379;WS=2349361;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:99,94:0.49:193
chr16	2367336	rs13332514	G	A	4066.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.549;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=466;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.744;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=64;PP=1754;ReadPosRankSum=0.289;SC=TAGAGATGGCGAAGCACAGCA;SOR=0.820;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=271;TCF=126;TCR=145;TR=112;WE=2367344;WS=2367326;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:257,205:0.44:462
chr16	2367424	rs13332547	G	A	1794.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.801;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.736;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=42;PP=1055;ReadPosRankSum=-1.595;SC=ACAGGCATGAGTCGGGCGTGG;SOR=0.550;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=168;TCF=61;TCR=107;TR=69;WE=2367432;WS=2367414;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:129,88:0.41:217
chr16	2369485	rs5815117	C	CA	481.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.781;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.66;MQRankSum=0.000;QD=11.20;ReadPosRankSum=0.439;SOR=0.546;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,31:0.72:43
chr16	2369774	rs45480502	G	A	4693.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.944;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=432;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.100;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=72;PP=2061;ReadPosRankSum=1.172;SC=TGGCGGCATCGGCATGGTACT;SOR=0.592;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=237;TCF=95;TCR=142;TR=123;WE=2369782;WS=2369764;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:207,221:0.52:428
chr16	2373786	rs323060	C	A	1249.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=23;PP=661;SC=GCTGTCACAGCCGAGAACTCA;SOR=1.559;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=9;TCR=23;TR=32;WE=2373794;WS=2373776;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr16	2375961	rs46725	C	T	1158.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=29;NR=8;PP=809;SC=CCTGCCCAGCCGCGTGGAGGC;SOR=2.191;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=29;TCR=8;TR=37;WE=2375969;WS=2375951;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr16	2479712	rs13337091	A	C	450.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.65;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=8;PP=208;SC=AGCCCCTCGGAGCCTTCCCCC;SOR=2.049;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=9;WE=2479720;WS=2479702;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr16	2485620	rs146413013	ACACACACACATATATATG	A	942.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.49;QD=42.85;SOR=2.737;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr16	2485665	rs147350588	CACATATATATATATATAT	C,CAT	1471.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.29;QD=42.05;SOR=2.649;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:0,19,16:0.54,0.46:35
chr16	2485896	rs12928789	A	G	3884.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=34;NR=61;PP=1897;SC=CCCCACCTGCATGTTGGCGCT;SOR=1.203;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=95;TCF=34;TCR=61;TR=95;WE=2485904;WS=2485886;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,142:1.00:142
chr16	2486998	rs12921396	A	T	2371.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=57;NR=13;PP=1591;SC=GGAGGGCTCTACTCTCCTGAA;SOR=2.419;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=70;TCF=57;TCR=13;TR=70;WE=2487020;WS=2486988;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr16	2487012	rs34456414	C	CT	4548.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=41;NR=27;PP=2967;SC=TCCTGAAACACAGCTGCTTTG;SOR=1.695;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=72;TCF=43;TCR=29;TR=68;WE=2487020;WS=2486988;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr16	2488211	rs12926008	T	C	5311.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=61;NR=94;PP=2465;SC=CAGAAGGGGGTGTCCAAGGCC;SOR=1.114;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=155;TCF=61;TCR=94;TR=155;WE=2488219;WS=2488201;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,207:1.00:207
chr16	2489533	rs28647184	T	G	1645.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=24;NR=28;PP=1188;SC=CTTGGATGCGTTTCTGTCCAC;SOR=0.914;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=52;TCF=24;TCR=28;TR=52;WE=2489541;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr16	2498828	rs28417759	A	G	6647.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=299;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=105;NR=86;PP=2965;SC=AGTGGGCTCCACCCTGAGACC;SOR=0.765;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=197;TCF=111;TCR=86;TR=191;WE=2498836;WS=2498818;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,286:1.00:286
chr16	2498849	rs28670436	G	A	9026.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=399;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=113;NR=104;PP=2965;SC=CCTTCTCGGCGTTGCAGGTTT;SOR=0.715;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=229;TCF=125;TCR=104;TR=217;WE=2498857;WS=2498839;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,374:1.00:374
chr16	2499011	rs8060813	T	C	5590.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=28.09;SOR=2.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,199:1.00:199
chr16	2499786	.	G	GTCCCCTCCA	4654.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.63;BaseQRankSum=-0.319;ClippingRankSum=0.000;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=9.147;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=1.269;NF=10;NR=67;PP=2408;ReadPosRankSum=0.629;SC=CATCCCCTCCGTCCCCTCCAT;SOR=5.421;SbPval=0.99;Source=Platypus;TC=114;TCF=34;TCR=80;TR=77;WE=2499803;WS=2499776;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,94:0.98:96
chr16	2510603	rs4786284	C	T	3737.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.251;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=41;PP=1862;ReadPosRankSum=2.534;SC=GGCCGTGCGACGGCTGCCCGT;SOR=0.785;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=89;TCF=48;TCR=41;TR=89;WE=2510611;WS=2510593;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,134:0.99:136
chr16	2512523	rs3810794	G	A	1441.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-0.240;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.991;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=19;PP=668;ReadPosRankSum=-0.734;SC=AGGAGCTCTCGGCAGGTCAGT;SOR=0.541;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=105;TCF=61;TCR=44;TR=44;WE=2512531;WS=2512513;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,72:0.46:158
chr16	2514270	rs62621760	G	C	1062.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.878;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.269;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=21;PP=531;ReadPosRankSum=-0.697;SC=ACAGAGGTCCGCAGCCTTGAG;SOR=0.422;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=91;TCF=37;TCR=54;TR=39;WE=2514278;WS=2514260;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,55:0.43:129
chr16	2747857	rs3094475	C	T	423.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.597;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=6;PP=258;ReadPosRankSum=1.600;SC=AGCGTGGATTCTTTGGTTTAG;SOR=0.781;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=50;TCF=33;TCR=17;TR=20;WE=2747865;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,25:0.39:64
chr16	2749195	rs3094473	A	G	3788.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=2.264;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=464;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=58;PP=1692;ReadPosRankSum=0.802;SC=GTGACTGTCCAGGATGTGGGG;SOR=0.714;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=243;TCF=120;TCR=123;TR=116;WE=2749203;WS=2749185;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:264,197:0.43:461
chr16	2802684	rs2240146	T	C	1061.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=9;PP=347;SC=GTGGCGCAGTTGGAGCCCGTT;SOR=0.902;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=22;TCF=13;TCR=9;TR=21;WE=2802692;WS=2802674;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr16	2808363	rs3094778	C	T	248.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.937;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=2;PP=229;ReadPosRankSum=2.325;SC=CAGAGCGAGACTCTTATTTTT;SOR=0.519;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=19;TCR=3;TR=14;WE=2808371;WS=2808353;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,13:0.54:24
chr16	2810623	rs2285879	T	G	502.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-3.197;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.601;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=15;PP=347;ReadPosRankSum=-0.277;SC=TTTTCCTGCATTTCTCTCCTA;SOR=0.278;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=24;TCF=4;TCR=20;TR=19;WE=2810631;WS=2810613;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,20:0.80:25
chr16	2812647	rs2240142	C	T	3933.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.936;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=449;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.774;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=88;PP=2388;ReadPosRankSum=-0.907;SC=GCAGTAGAAGCTTAGTTAGAC;SOR=0.823;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=331;TCF=135;TCR=196;TR=145;WE=2812655;WS=2812637;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:247,188:0.43:435
chr16	2812890	rs2240141	A	G	3668.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.693;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=329;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.260;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=67;PP=2204;ReadPosRankSum=-0.308;SC=CATGCCCTAAACAAAAGTCAC;SOR=0.647;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=236;TCF=121;TCR=115;TR=128;WE=2812898;WS=2812880;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:157,168:0.52:325
chr16	2812939	rs2240140	C	A	3935.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.518;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=373;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.784;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=69;NR=65;PP=2128;ReadPosRankSum=0.943;SC=ATCCTCCCAACCTAAAGCTAA;SOR=0.695;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=264;TCF=134;TCR=130;TR=134;WE=2812947;WS=2812929;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:183,185:0.50:368
chr16	2814162	rs3094775	G	A	2194.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.301;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=255;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.800;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=33;PP=992;ReadPosRankSum=-0.529;SC=CCCCGCCAAGGGAAAGAAGTG;SOR=0.635;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=161;TCF=78;TCR=83;TR=69;WE=2814170;WS=2814152;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:139,111:0.44:250
chr16	2815237	rs3094773	A	C	9638.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=366;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=126;NR=95;PP=2965;SC=AGCCAAGACAAGAACCCCACT;SOR=0.886;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=222;TCF=127;TCR=95;TR=221;WE=2815245;WS=2815227;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,360:1.00:360
chr16	2818161	rs2301802	T	C	2301.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.518;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.508;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=41;PP=1237;ReadPosRankSum=-0.393;SC=GCTCCTCCTCTTCTTCATCAT;SOR=0.772;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=154;TCF=67;TCR=87;TR=70;WE=2818169;WS=2818151;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:105,105:0.50:210
chr16	2818704	rs3094792	T	G	4526.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.266;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=467;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.100;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=62;PP=1875;ReadPosRankSum=1.435;SC=GGAAGGAGACTACCCAGCTTC;SOR=0.607;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=270;TCF=143;TCR=127;TR=126;WE=2818712;WS=2818694;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:236,225:0.49:461
chr16	2820882	rs1050134	G	T	895.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-1.893;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.232;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=18;PP=364;ReadPosRankSum=1.458;SC=GTCTTTGGGGGATTCCACCAC;SOR=0.513;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=102;TCF=43;TCR=59;TR=32;WE=2820890;WS=2820872;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,51:0.37:139
chr16	2821573	rs8017	C	T	1174.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.536;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FS=0.692;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.87;ReadPosRankSum=1.113;SOR=0.827;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:62,57:0.48:119
chr16	2822174	rs2285877	G	A	2859.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.424;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=300;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=37;PP=942;ReadPosRankSum=0.518;SC=TGGTGTTCACGTGTGATCATC;SOR=0.710;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=157;TCF=72;TCR=85;TR=68;WE=2822182;WS=2822164;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:151,144:0.49:295
chr16	2825594	rs3094774	A	G	900.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=2.013;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=14;PP=278;ReadPosRankSum=-0.737;SC=GAGGCCCTACATGGGGCAAGT;SOR=0.723;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=66;TCF=28;TCR=38;TR=24;WE=2825602;WS=2825584;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,49:0.41:119
chr16	2834826	rs12931183	A	G	2724.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-1.593;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=269;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.048;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=40;PP=1091;ReadPosRankSum=-0.469;SC=GAGGAGCCTAAGTCCCAGCCC;SOR=0.579;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=147;TCF=65;TCR=82;TR=75;WE=2834834;WS=2834816;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:131,133:0.50:264
chr16	2835189	rs12599918	G	A	1776.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.044;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.546;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=41;PP=1052;ReadPosRankSum=0.075;SC=GAAGAGGAGGGACCTCTGAGA;SOR=0.612;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=140;TCF=53;TCR=87;TR=68;WE=2835197;WS=2835179;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:103,86:0.46:189
chr16	2836027	rs7195287	T	G	3593.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=3.132;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=327;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=63;PP=2034;ReadPosRankSum=-0.417;SC=CAGGTGTTGGTGGGGAGACAC;SOR=0.677;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=231;TCF=107;TCR=124;TR=117;WE=2836035;WS=2836017;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:157,162:0.51:319
chr16	2836271	rs11643898	C	G	977.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=0.131;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=26;PP=659;ReadPosRankSum=2.482;SC=CTTATTTAACCCTCCCCAGAG;SOR=0.693;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=77;TCF=25;TCR=52;TR=38;WE=2836279;WS=2836261;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,44:0.50:88
chr16	2837592	rs34341809	T	G	2747.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=2.781;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.743;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=40;PP=2232;ReadPosRankSum=0.897;SC=GGGCTTAAAGTGCCAGGAGAG;SOR=0.830;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=169;TCF=66;TCR=103;TR=64;WE=2837611;WS=2837582;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:134,82:0.38:216
chr16	2837603	rs11076829	C	T	2553.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=2.580;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.947;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=39;PP=2232;ReadPosRankSum=1.662;SC=GCCAGGAGAGCGCGAGGCTCA;SOR=0.855;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=151;TCF=52;TCR=99;TR=58;WE=2837611;WS=2837582;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:112,71:0.39:183
chr16	2849411	rs61747736	C	G	9367.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.288;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=813;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.108;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=150;NR=131;PP=2962;ReadPosRankSum=0.053;SC=CCCTGACGCACTTGGGGTTTT;SOR=0.586;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=529;TCF=290;TCR=239;TR=281;WE=2849419;WS=2849401;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:359,440:0.55:799
chr16	2867450	rs71386691	G	C	865.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=11;PP=446;SC=AGGCGGCGCCGTTATCAGGTA;SOR=0.957;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=26;TCF=11;TCR=15;TR=22;WE=2867458;WS=2867440;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr16	2867530	.	GA	G	72	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=35;MMLQ=27;MQ=58.09;NF=1;NR=1;PP=72;QD=53.5;SC=TGAGGGGGTAGAGGGGGGCCT;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=6;TCF=2;TCR=4;TR=2;WE=2867538;WS=2867520;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:4,2:0.33:6
chr16	2871121	rs11076844	T	C	3737.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=33;NR=63;PP=2188;SC=GTGAGTGTCCTTGCCACCACT;SOR=1.389;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=96;TCF=33;TCR=63;TR=96;WE=2871129;WS=2871111;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr16	2871555	rs10641	G	A	6651.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=252;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=74;NR=91;PP=2965;SC=CCTCCTGGCCGCTACTCTTTT;SOR=0.878;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=165;TCF=74;TCR=91;TR=165;WE=2871563;WS=2871545;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,245:1.00:245
chr16	2880614	rs2190809	T	C	1911.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=31;NR=17;PP=1013;SC=CCTGGAGGGGTGGGGTCCCCT;SOR=1.146;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=48;TCF=31;TCR=17;TR=48;WE=2880622;WS=2880604;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr16	2880870	rs2240614	G	C	659.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=16;PP=384;SC=CTCAGGGCAGGGGGTAAGCAC;SOR=2.215;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=4;TCR=16;TR=20;WE=2880878;WS=2880860;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr16	2882197	rs12373	G	T	1225.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=7;NR=32;PP=864;SC=AGGCCATCTGGGTGGTGGTGG;SOR=2.584;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=39;TCF=7;TCR=32;TR=39;WE=2882205;WS=2882187;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr16	2891418	rs12596044	C	G	403.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.559;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.164;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=15;PP=389;ReadPosRankSum=1.130;SC=CCCTAACATCCCTCTGCCCTT;SOR=0.492;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=64;TCF=30;TCR=34;TR=27;WE=2891426;WS=2891408;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,23:0.43:54
chr16	2891540	rs11859372	C	G	1665.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-2.343;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=21;PP=845;ReadPosRankSum=1.382;SC=GGAGTAGGGGCTGTTTGAGTG;SOR=0.658;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=104;TCF=61;TCR=43;TR=54;WE=2891548;WS=2891530;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,77:0.55:141
chr16	2891569	.	G	A	2510.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.517;ClippingRankSum=0.000;DP=216;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.690;HP=1;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=27;PP=1299;ReadPosRankSum=1.311;SC=AGATGTCTACGGTACCTGAAG;SOR=0.823;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=148;TCF=93;TCR=55;TR=81;WE=2891577;WS=2891559;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:99,117:0.54:216
chr16	2891635	rs11860210	C	G	8872.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-2.198;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=326;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.374;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=123;NR=96;PP=2965;ReadPosRankSum=1.224;SC=GGCACACAGGCTGGCAGGGGA;SOR=0.498;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=220;TCF=123;TCR=97;TR=219;WE=2891643;WS=2891625;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,323:1.00:324
chr16	2892370	rs3810801	C	A	2290.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.282;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.132;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=31;PP=1254;ReadPosRankSum=1.885;SC=CCTGCTGCTGCCACTGCCCAA;SOR=0.825;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=125;TCF=72;TCR=53;TR=76;WE=2892378;WS=2892360;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,106:0.55:192
chr16	2903047	rs1054912	G	C	3496.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=42;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=64;NR=7;PP=1888;SC=AGATCCAGATGTGGATCTGGC;SOR=3.716;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=71;TCF=64;TCR=7;TR=71;WE=2903055;WS=2903037;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr16	2903068	rs113609771	A	C	1845.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=3.057;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.956;HP=1;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=10;PP=1177;ReadPosRankSum=-0.877;SC=CGCCTTTCAGATCCGAGCCCC;SOR=0.462;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=112;TCF=95;TCR=17;TR=60;WE=2903089;WS=2903058;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,73:0.57:127
chr16	2903081	rs3743944	G	A	6265.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=115;NR=37;PP=2962;SC=CGAGCCCCGCGTCCCGCTGCG;SOR=2.041;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=153;TCF=115;TCR=38;TR=152;WE=2903089;WS=2903058;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,181:1.00:181
chr16	2903845	rs2074294	G	T	1258.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-1.415;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=3;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=15;PP=1703;ReadPosRankSum=-3.055;SC=GGCCAGGGGTGGGGGGCTCGA;SOR=0.650;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=112;TCF=77;TCR=35;TR=47;WE=2903858;WS=2903835;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,62:0.43:143
chr16	2903850	rs112285893	G	C	1876.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.117;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=3;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=24;PP=2438;ReadPosRankSum=2.894;SC=GGGGTGGGGGGCTCGAGGGAG;SOR=0.701;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=121;TCF=80;TCR=41;TR=70;WE=2903858;WS=2903835;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,86:0.56:153
chr16	2906934	rs732532	G	A	823.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-1.240;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=15;PP=372;ReadPosRankSum=-0.414;SC=AGTGAGGAAGGCCCCCAACAC;SOR=0.658;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=53;TCF=20;TCR=33;TR=23;WE=2906942;WS=2906924;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,42:0.46:92
chr16	2946433	rs2285824	C	T	1022.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-0.167;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.358;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=2;PP=709;ReadPosRankSum=0.085;SC=GCCTGAGGGACAGGCCCTGGG;SOR=1.828;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=91;TCF=83;TCR=8;TR=39;WE=2946441;WS=2946428;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,43:0.44:98
chr16	2949248	rs7281	T	C	1134.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.604;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.51;ReadPosRankSum=-1.175;SOR=0.750;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:53,55:0.51:108
chr16	2949269	.	C	CT	141.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.286;ClippingRankSum=0.000;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.37;ReadPosRankSum=0.757;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,17:0.40:42
chr16	2972534	rs11865663	C	A	263.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-1.986;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=1;PP=171;ReadPosRankSum=-0.743;SC=TTTGACTGCCCTGGGGACCTC;SOR=0.776;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=27;TCF=24;TCR=3;TR=12;WE=2972542;WS=2972524;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,14:0.44:32
chr16	2973249	rs11642228	T	A	670.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.563;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.623;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=21;PP=432;ReadPosRankSum=0.412;SC=GAGGCTGTTTTTGTTTATTTT;SOR=1.230;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=50;TCF=13;TCR=37;TR=27;WE=2973257;WS=2973239;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,31:0.46:67
chr16	2980272	rs3743949	A	G	1818.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=3.500;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.729;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=11;PP=1304;ReadPosRankSum=0.491;SC=ACCAGCCCTGAGAGTCTGGGC;SOR=0.807;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=144;TCF=117;TCR=27;TR=67;WE=2980280;WS=2980262;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,75:0.48:157
chr16	2983138	rs2074363	C	T	2572.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.192;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=266;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.446;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=37;PP=1125;ReadPosRankSum=-0.934;SC=TAGGACAGGCCCGGCCCCTCG;SOR=0.651;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=167;TCF=88;TCR=79;TR=77;WE=2983146;WS=2983128;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:136,129:0.49:265
chr16	2983483	rs2074362	C	G	1644.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.504;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.863;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=27;PP=872;ReadPosRankSum=-0.308;SC=CCCTGACTCTCACCAGGCCTC;SOR=0.559;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=126;TCF=67;TCR=59;TR=55;WE=2983491;WS=2983473;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:95,80:0.46:175
chr16	2986233	rs9933986	G	T	278.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=3.208;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.319;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=0;PP=164;ReadPosRankSum=1.759;SC=ATTTTCATCCGTGTGGAAGGG;SOR=1.667;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=38;TCF=30;TCR=8;TR=10;WE=2986241;WS=2986223;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,14:0.30:46
chr16	2986266	rs9921749	C	A	1099.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=3.344;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.499;HP=2;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=3;PP=388;ReadPosRankSum=-0.740;SC=CCCATGGTCACACCACCCCCT;SOR=1.514;SbPval=0.92;Source=Platypus;TC=65;TCF=50;TCR=15;TR=24;WE=2986274;WS=2986256;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,28:0.37:76
chr16	2986289	rs9921808	C	G	1383.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=0.897;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.654;HP=3;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=10;PP=632;ReadPosRankSum=-0.328;SC=CGTGGCCTGGCGTCCCCACCT;SOR=0.896;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=93;TCF=66;TCR=27;TR=39;WE=2986297;WS=2986279;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,45:0.39:114
chr16	2986323	rs9928222	T	C	1788.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=2.303;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.279;HP=3;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=23;PP=1018;ReadPosRankSum=-0.782;SC=TTCTGTCTCGTGGTCCCCAGG;SOR=1.007;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=143;TCF=88;TCR=55;TR=69;WE=2986331;WS=2986313;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:104,85:0.45:189
chr16	2986840	rs2074358	G	C	3769.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.147;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=372;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.205;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=57;PP=1618;ReadPosRankSum=-0.975;SC=GGACGGACGAGTGACGCAGCA;SOR=0.825;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=212;TCF=94;TCR=118;TR=98;WE=2986848;WS=2986830;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:188,181:0.49:369
chr16	2987002	rs2074357	C	T	1163.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.113;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.492;HP=4;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=21;PP=544;ReadPosRankSum=-0.156;SC=TCCTGGGCTCCGGGGCCACCT;SOR=0.419;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=83;TCF=32;TCR=51;TR=37;WE=2987010;WS=2986992;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,55:0.48:114
chr16	2987074	rs140936158	G	GCTCTGAGAGCTGGTGTCCGCTGCTCCTCCCCTCCCATTTCTC	1039.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.434;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FS=1.177;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.18;ReadPosRankSum=-0.438;SOR=0.990;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,21:0.49:43
chr16	3016885	rs58462745	A	G	5699.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=65;NR=84;PP=2965;SC=GGTCCTCAGGATGCTGACTGC;SOR=0.952;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=150;TCF=66;TCR=84;TR=149;WE=3016893;WS=3016875;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,206:1.00:206
chr16	3017124	rs11641195	C	A	1521.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-2.838;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.120;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=30;PP=742;ReadPosRankSum=-2.240;SC=CTGCTCCGCGCCTTCGATGGC;SOR=0.527;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=106;TCF=43;TCR=63;TR=53;WE=3017132;WS=3017114;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,73:0.51:142
chr16	3017272	rs2285827	G	T	903.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=1.374;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.495;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=16;PP=398;ReadPosRankSum=-0.025;SC=CGCCCTGCCCGCTGTTCCCAC;SOR=0.981;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=69;TCF=32;TCR=37;TR=27;WE=3017280;WS=3017262;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,46:0.40:115
chr16	3021116	rs4786365	T	C	6182.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.965;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=240;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=97;NR=54;PP=2878;ReadPosRankSum=2.920;SC=CCCTTGAGGATGTGACTGAAA;SOR=1.144;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=151;TCF=97;TCR=54;TR=151;WE=3021124;WS=3021106;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,232:0.99:234
chr16	3024188	rs2074528	T	C	4749.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=64;NR=65;PP=2485;SC=AGGATGTGGGTGGGCGGACCC;SOR=0.705;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=129;TCF=64;TCR=65;TR=129;WE=3024196;WS=3024178;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,175:1.00:175
chr16	3024347	rs56382954	C	T	4715.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=1.289;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=488;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=79;NR=55;PP=2121;ReadPosRankSum=-1.120;SC=AGCAGGGCCTCGGCCGTGGCC;SOR=0.685;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=289;TCF=166;TCR=123;TR=134;WE=3024355;WS=3024337;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:234,224:0.49:458
chr16	3063264	rs2227269	C	T	2020.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.753;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=27;PP=979;ReadPosRankSum=0.700;SC=ACAAGCCTTCCCCCTCCTGCT;SOR=0.698;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=117;TCF=68;TCR=49;TR=64;WE=3063272;WS=3063254;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,98:0.55:178
chr16	3065596	rs2257295	T	C	2530.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.818;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=298;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.160;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=38;PP=957;ReadPosRankSum=-0.354;SC=TCCCGGATGATGGCATGCGCC;SOR=0.540;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=181;TCF=84;TCR=97;TR=77;WE=3065604;WS=3065586;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:163,131:0.45:294
chr16	3071420	rs2232798	T	A	2760.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=28;NR=35;PP=1091;SC=TGGGAAATCATTCGGGAGGAG;SOR=0.789;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=63;TCF=28;TCR=35;TR=63;WE=3071428;WS=3071410;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr16	3073240	rs10508	G	T	945.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-2.851;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.522;HP=4;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=11;PP=336;ReadPosRankSum=0.859;SC=CTACCTGAGTGGGGGCAGGGC;SOR=0.186;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=66;TCF=40;TCR=26;TR=30;WE=3073248;WS=3073230;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,46:0.58:79
chr16	3074426	rs56708449	G	C	4229.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.818;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=423;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=74;PP=1805;ReadPosRankSum=-1.852;SC=TGGCTGGGACGGGGCGGGCAG;SOR=0.682;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=259;TCF=120;TCR=139;TR=139;WE=3074434;WS=3074416;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:208,211:0.50:419
chr16	3075633	rs2526260	G	C	443.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.105;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.299;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=3;PP=266;ReadPosRankSum=0.539;SC=GGCAGGTTTTGGGGGAAGCAG;SOR=0.928;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=41;TCF=33;TCR=8;TR=17;WE=3075641;WS=3075623;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,20:0.42:48
chr16	3075701	rs2717664	C	T	2193.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.529;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.742;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=21;PP=1094;ReadPosRankSum=-0.708;SC=TCCAGTCTTTCCCTGCAGACA;SOR=0.560;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=150;TCF=105;TCR=45;TR=68;WE=3075709;WS=3075691;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:117,101:0.46:218
chr16	3075999	rs2245000	C	G	13445.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.493;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=479;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=206;NR=168;PP=2965;ReadPosRankSum=0.538;SC=GGTGGGTATACCTGTGGAGTC;SOR=0.298;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=375;TCF=207;TCR=168;TR=374;WE=3076007;WS=3075989;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,473:1.00:474
chr16	3077710	rs56382043	CT	C	1556.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.351;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FS=1.614;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.23;MQRankSum=0.000;QD=15.11;ReadPosRankSum=1.189;SOR=0.411;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:9,94:0.91:103
chr16	3078165	rs12448103	A	G	1637.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-1.352;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.061;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=31;PP=719;ReadPosRankSum=0.022;SC=GCCCAGGCGCAGCGAGAAGCG;SOR=0.876;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=100;TCF=48;TCR=52;TR=56;WE=3078173;WS=3078155;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,81:0.55:147
chr16	3078544	rs2079244	T	G	2669.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.890;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.197;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=28;PP=1836;ReadPosRankSum=-0.887;SC=GGGACTTCTGTACCCGGGCGG;SOR=1.097;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=78;TCF=50;TCR=28;TR=78;WE=3078552;WS=3078534;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,91:0.99:92
chr16	3078616	rs5815143	CATT	C	8516.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=28;NR=60;PP=2957;SC=GAGTGGGGATCATTATAACCC;SOR=0.908;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=92;TCF=30;TCR=62;TR=88;WE=3078626;WS=3078606;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,193:1.00:193
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chr16	3086447	rs7206805	C	G	7829.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=-0.320;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=776;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=115;NR=94;PP=2962;ReadPosRankSum=0.515;SC=CCTCCGGGGGCTCACCACCCA;SOR=0.664;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=388;TCF=214;TCR=174;TR=209;WE=3086455;WS=3086437;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:386,380:0.50:766
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chr16	3097568	rs3743937	C	A	554.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.817;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=20;PP=374;ReadPosRankSum=0.289;SC=CCCCACCCCTCCCCAGCCCTG;SOR=0.627;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=59;TCF=11;TCR=48;TR=25;WE=3097576;WS=3097558;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,27:0.40:68
chr16	3097596	rs3743936	T	A	1030.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=26;PP=697;SC=ACCCAGCCTGTCCACCGCCCA;SOR=3.145;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=29;TCF=3;TCR=26;TR=29;WE=3097604;WS=3097586;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr16	3100095	rs10431961	C	T	2771.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-0.468;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=280;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.443;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=29;PP=1187;ReadPosRankSum=-0.687;SC=GGCGGCGTCGCCGGTACGCTC;SOR=0.597;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=146;TCF=90;TCR=56;TR=70;WE=3100103;WS=3100085;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:143,135:0.49:278
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chr16	3106066	rs55977932	G	T	243.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.803;HP=4;HapScore=2;MGOF=35;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-1.673;NF=2;NR=5;PP=98;ReadPosRankSum=0.172;SC=GACCTGGGGTGGGGGTGGTAC;SOR=0.353;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=11;TCF=4;TCR=7;TR=7;WE=3106074;WS=3106056;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,11:0.79:14
chr16	3106994	rs1064948	A	T	471.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-1.325;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.301;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=4;PP=319;ReadPosRankSum=1.227;SC=CCTTTCCCCAAGCAGGGGCGG;SOR=0.957;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=49;TCF=40;TCR=9;TR=21;WE=3107002;WS=3106984;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,22:0.42:52
chr16	3108404	rs7359440	A	G	1729.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.931;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=23;PP=975;ReadPosRankSum=-1.462;SC=CCCGGCCTCCACCCTGCAGGG;SOR=0.708;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=116;TCF=69;TCR=47;TR=60;WE=3108412;WS=3108394;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,80:0.53:150
chr16	3108713	rs79530442	G	C	2208.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.162;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.594;HP=3;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=31;PP=1444;ReadPosRankSum=-1.704;SC=CCTGGGGGTGGGGAGAGGGAT;SOR=0.771;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=186;TCF=113;TCR=73;TR=93;WE=3108721;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,95:0.53:179
chr16	3109032	rs7188234	G	A	7438.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-2.861;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=718;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.821;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=76;NR=127;PP=2962;ReadPosRankSum=0.881;SC=CAGGCCGCAGGACGTTGGCCT;SOR=0.564;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=438;TCF=152;TCR=286;TR=203;WE=3109040;WS=3109022;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:353,363:0.51:716
chr16	3117272	.	CTG	C	85.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-0.296;ClippingRankSum=-0.000;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.363;HP=2;HapScore=2;MGOF=32;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=5;PP=72;ReadPosRankSum=0.835;SC=CCATGTGTCTCTGTGTGTGTG;SOR=0.169;SbPval=0.08;Source=Platypus;TC=19;TCF=12;TCR=7;TR=7;WE=3117281;WS=3117262;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,6:0.43:14
chr16	3117937	rs2239303	G	A	1531.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=2.831;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=25;PP=865;ReadPosRankSum=2.656;SC=ACTGATGTGGGGTGCAGAGGA;SOR=0.660;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=118;TCF=60;TCR=58;TR=54;WE=3117945;WS=3117927;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:116,78:0.40:194
chr16	3118865	rs12934561	T	C	1593.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=39;NR=7;PP=1136;SC=GGGCTGTGGTTGGGAAACCAA;SOR=2.790;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=46;TCF=39;TCR=7;TR=46;WE=3118873;WS=3118858;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr16	3119020	rs371244098	A	G	390.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.212;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FS=17.505;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=45.15;MQRankSum=-1.335;QD=4.16;ReadPosRankSum=-0.212;SOR=0.966;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:68,26:0.28:94
chr16	3119167	rs34184287	T	C	1993.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.506;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.79;MQRankSum=-0.796;QD=10.61;ReadPosRankSum=-2.313;SOR=0.720;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:98,90:0.48:188
chr16	3119297	rs71818662	C	CG	5542.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.516;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=524;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=11.829;HP=6;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-19.946;NF=0;NR=79;PP=2972;ReadPosRankSum=2.939;SC=CGGAGCCCCACGGGGGGACAA;SOR=1.448;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=250;TCF=41;TCR=209;TR=79;WE=3119312;WS=3119287;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:334,160:0.32:494
chr16	3119304	rs2981599	A	G	5577.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=2.450;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=512;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=11.977;HP=6;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=-20.048;NF=33;NR=77;PP=2962;ReadPosRankSum=1.543;SC=CCACGGGGGGACAAGGAGGAG;SOR=1.433;SbPval=0.95;Source=Platypus;TC=332;TCF=143;TCR=189;TR=110;WE=3119312;WS=3119287;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:354,158:0.31:512
chr16	3131566	rs2741927	G	T	861.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=16;NR=12;PP=530;SC=CTGAGAGGCCGGGGTGTGGCC;SOR=1.044;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=29;TCF=16;TCR=13;TR=28;WE=3131574;WS=3131556;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr16	3131663	rs4247354	A	G	734.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=39.72;QD=31.95;SOR=6.358;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr16	3131895	rs117921794	T	C	143.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=39.80;QD=28.78;SOR=3.611;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr16	3131937	rs191732434	A	C	1006.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=44.39;QD=45.76;SOR=3.912;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr16	3131940	rs58826170	C	CGG	1038.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=45.89;QD=43.28;SOR=4.091;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr16	3141713	rs12935803	G	C	1090.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=2.425;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.870;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=21;PP=610;ReadPosRankSum=-0.547;SC=AAAACTACAGGGTAGAGAAGT;SOR=0.684;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=116;TCF=56;TCR=60;TR=46;WE=3141721;WS=3141703;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:100,58:0.37:158
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chr16	3166587	rs224178	A	G	719.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-1.551;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.164;HP=4;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=25;PP=541;ReadPosRankSum=-2.640;SC=GGTGTTAGGGAGAGGTCCTGC;SOR=1.012;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=70;TCF=13;TCR=57;TR=29;WE=3166595;WS=3166577;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,31:0.42:73
chr16	3166618	rs4785928	C	G	842.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.013;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.52;ReadPosRankSum=-0.615;SOR=0.791;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,32:0.63:51
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chr16	3191356	rs2735537	G	A	1233.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-2.063;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.544;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=23;PP=505;ReadPosRankSum=-2.712;SC=TGAGCAGCTGGCTTGGCCGGA;SOR=0.547;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=80;TCF=32;TCR=48;TR=39;WE=3191364;WS=3191346;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,59:0.54:109
chr16	3197623	rs2735507	C	T	1203.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.862;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.166;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=14;PP=738;ReadPosRankSum=-1.355;SC=GTCAAGTCCACGACCTTGAAC;SOR=0.202;SbPval=0.23;Source=Platypus;TC=80;TCF=60;TCR=20;TR=44;WE=3197631;WS=3197613;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,53:0.58:91
chr16	3199118	rs2238385	C	T	858.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-2.900;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.700;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=29;PP=642;ReadPosRankSum=0.200;SC=ATTCTGATCACCTCCTATGAA;SOR=0.347;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=76;TCF=18;TCR=58;TR=40;WE=3199126;WS=3199108;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,39:0.52:75
chr16	3199713	rs2735514	C	T	3203.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.509;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=340;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.894;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=45;PP=1431;ReadPosRankSum=-2.327;SC=GGCGGGTGTGCGAGCAGGAGG;SOR=0.701;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=205;TCF=101;TCR=104;TR=95;WE=3199721;WS=3199703;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:177,160:0.47:337
chr16	3266552	rs2741916	G	A	1273.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.750;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.506;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=34;PP=710;ReadPosRankSum=0.384;SC=TTCAATAATGGTATAGGCTTA;SOR=0.890;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=98;TCF=24;TCR=74;TR=44;WE=3266560;WS=3266542;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,60:0.45:134
chr16	3283691	rs61731430	G	A	3621.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.440;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=338;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.351;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=59;PP=1783;ReadPosRankSum=-0.471;SC=GGAGTCTGGCGGAACTCTCAG;SOR=0.587;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=225;TCF=108;TCR=117;TR=119;WE=3283699;WS=3283681;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:156,175:0.53:331
chr16	3293888	rs1231122	C	T	2628.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.742;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=251;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.515;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=43;PP=1172;ReadPosRankSum=-0.463;SC=CAATCAGCTCCGGAACTACGG;SOR=0.598;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=174;TCF=93;TCR=81;TR=88;WE=3293896;WS=3293878;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:122,128:0.51:250
chr16	3293922	rs1231123	A	T	3114.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.408;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=354;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.388;HP=6;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=49;PP=1377;ReadPosRankSum=1.333;SC=AGGGAAAAAAATCCTGAGCAT;SOR=0.658;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=220;TCF=121;TCR=99;TR=105;WE=3293930;WS=3293912;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:190,161:0.46:351
chr16	3294347	rs11466042	T	C	540.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.429;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.073;HP=2;HapScore=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=14;ReadPosRankSum=-0.612;SC=CAGGGACAGATGGAGGAGAGG;SOR=0.527;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=43;TCF=17;TCR=26;TR=25;WE=3294355;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,27:0.52:52
chr16	3294678	rs1231124	G	A	312.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=1.349;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.771;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=10;PP=207;ReadPosRankSum=-0.545;SC=ATTCTCCACAGGGCACACCTA;SOR=1.609;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=19;TCF=4;TCR=15;TR=12;WE=3294686;WS=3294668;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,14:0.52:27
chr16	3297073	rs224206	A	G	5239.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.165;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=506;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.523;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQ=59.98;MQRankSum=0.000;NF=96;NR=70;PP=2214;ReadPosRankSum=0.624;SC=CAATCAGCGCATCGAGCAGGG;SOR=0.755;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=320;TCF=182;TCR=138;TR=166;WE=3297081;WS=3297063;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:239,265:0.53:504
chr16	3297175	rs224207	T	C	8363.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.174;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=491;ExcessHet=3.0103;FS=0.527;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.21;ReadPosRankSum=-0.763;SOR=0.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:262,224:0.46:486
chr16	3297181	rs224208	C	T	8166.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.148;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=466;ExcessHet=3.0103;FS=0.526;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.72;ReadPosRankSum=-1.670;SOR=0.757;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:247,214:0.46:461
chr16	3298642	rs224211	G	A	933.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.164;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.38;ReadPosRankSum=-0.250;SOR=0.722;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,49:0.54:90
chr16	3298865	rs224212	T	C	1550.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.324;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.613;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=15;PP=864;ReadPosRankSum=-0.649;SC=TCTTCCCACCTTCCTCCCAGG;SOR=0.770;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=119;TCF=83;TCR=36;TR=52;WE=3298873;WS=3298855;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,73:0.46:159
chr16	3299749	rs224213	G	A	3850.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.985;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=373;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.710;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=59;PP=1798;ReadPosRankSum=1.333;SC=GGGCGTGGCAGCGGGGACTCG;SOR=0.681;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=229;TCF=112;TCR=117;TR=121;WE=3299757;WS=3299739;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:171,192:0.53:363
chr16	3405875	rs1009429	T	C	830.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=17;NR=4;PP=535;SC=CCAACAGCTTTTTCTTGACTT;SOR=2.387;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=21;TCF=17;TCR=4;TR=21;WE=3405883;WS=3405865;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr16	3405994	rs1228348	A	G	4875.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=1.088;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=96;NR=46;PP=2738;ReadPosRankSum=-0.968;SC=TGGGCATATCAGACCATCCCC;SOR=1.392;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=144;TCF=97;TCR=47;TR=142;WE=3406002;WS=3405984;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,187:0.99:189
chr16	3406387	rs1218763	C	G	12331.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=459;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=170;NR=118;PP=2965;SC=TGATTGCCTGCCTGGGTGGCT;SOR=0.957;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=288;TCF=170;TCR=118;TR=288;WE=3406395;WS=3406377;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,449:1.00:449
chr16	3438865	rs11643983	G	A	3858.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.588;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=52;PP=1716;ReadPosRankSum=-0.821;SC=GGGAGAAACTGCTGGATGGTT;SOR=0.818;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=94;TCF=42;TCR=52;TR=94;WE=3438873;WS=3438855;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,151:0.99:153
chr16	3440390	rs4786412	C	T	10352.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=237;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.24;SOR=0.800;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,234:1.00:234
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chr16	3441697	rs7204842	A	C,AC	3453.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.177;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=39.70;ReadPosRankSum=-0.498;SOR=0.453;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:1,59,27:0.68,0.31:87
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chr16	3452453	rs377727247	C	CTT,CTTT	3215.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.400;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=243;ExcessHet=3.0103;FS=7.048;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.86;MQRankSum=1.058;QD=21.44;ReadPosRankSum=-1.415;SOR=0.119;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:13,89,48:0.59,0.32:150
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chr16	3490922	rs2270494	G	C	2288.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=18;NR=39;PP=1249;SC=GATCCTCAAAGAGTATTGGTC;SOR=1.367;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=57;TCF=18;TCR=39;TR=57;WE=3490930;WS=3490912;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr16	3498551	rs144731879	G	A	956.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.299;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.753;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=20;PP=531;ReadPosRankSum=-0.091;SC=GTGAGTCAAAGCGCTCTGTGT;SOR=0.488;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=61;TCF=21;TCR=40;TR=33;WE=3498559;WS=3498541;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,46:0.51:91
chr16	3533577	rs1137454	C	G	2800.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.150;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=264;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=60;PP=1464;ReadPosRankSum=0.153;SC=TCAACGGCGGCCACCCTCCCT;SOR=0.668;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=183;TCF=51;TCR=132;TR=81;WE=3533585;WS=3533567;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:135,127:0.48:262
chr16	3534654	rs4785935	G	A	1385.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.553;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.380;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=15;PP=836;ReadPosRankSum=2.658;SC=GTGCCCTGGCGAGCGTGGTCA;SOR=0.821;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=114;TCF=82;TCR=32;TR=54;WE=3534662;WS=3534644;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,67:0.46:146
chr16	3534892	rs13740	G	A	8660.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.566;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=769;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.733;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=130;NR=129;PP=2962;ReadPosRankSum=0.629;SC=CCCACCCTTCGGCCGCCCGCA;SOR=0.573;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=476;TCF=249;TCR=227;TR=259;WE=3534900;WS=3534882;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:354,409:0.54:763
chr16	3535116	rs4785936	T	C	9312.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=349;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=96;NR=137;PP=2965;SC=GCCACAAAAGTGGAAGGCCCT;SOR=0.946;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=233;TCF=96;TCR=137;TR=233;WE=3535124;WS=3535106;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,343:1.00:343
chr16	3535540	rs2240075	G	A	4830.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.174;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=434;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.520;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQ=60.02;MQRankSum=-1.095;NF=79;NR=65;PP=2068;ReadPosRankSum=2.442;SC=CGCATGCACCGTCCCCAGGGC;SOR=0.743;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=260;TCF=140;TCR=120;TR=144;WE=3535548;WS=3535530;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:196,237:0.55:433
chr16	3535573	rs201536634	CT	C	5126.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.291;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=387;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.174;NF=24;NR=64;PP=2954;ReadPosRankSum=1.978;SC=GCTGCATTCACTGGGAGGGGC;SOR=0.676;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=187;TCF=45;TCR=142;TR=88;WE=3535581;WS=3535563;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:220,161:0.42:381
chr16	3583173	rs3751837	C	T	1380.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.255;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.534;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=31;PP=662;ReadPosRankSum=0.313;SC=TTCTGTTCTGCCTCATGTGTT;SOR=0.634;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=155;TCF=63;TCR=92;TR=53;WE=3583181;WS=3583163;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:128,77:0.38:205
chr16	3594162	rs60164526	GA	G	184.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.131;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FS=3.848;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.21;MQRankSum=2.526;QD=1.92;ReadPosRankSum=1.447;SOR=0.316;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:62,34:0.35:96
chr16	3599655	rs12448257	G	A	2363.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.234;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=240;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=32;PP=842;ReadPosRankSum=-1.541;SC=CAGGTGCCTCGTCAAAGAAAC;SOR=0.726;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=141;TCF=70;TCR=71;TR=63;WE=3599663;WS=3599645;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:119,121:0.50:240
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chr16	3605924	rs146562000	A	AAAAT	595.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.408;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=6;PP=275;ReadPosRankSum=-0.662;SC=CACCCTAATAAAAATAAATAA;SOR=0.631;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=24;TCF=2;TCR=22;TR=6;WE=3605932;WS=3605914;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,16:0.57:28
chr16	3611610	rs8050566	C	T	1279.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.518;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.256;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=15;PP=749;ReadPosRankSum=-0.337;SC=TCCGTGGCAGCGCCGCTGGCC;SOR=1.020;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=107;TCF=69;TCR=38;TR=50;WE=3611618;WS=3611600;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,61:0.47:131
chr16	3613126	rs12445430	C	T	2426.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=0.153;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.683;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=25;PP=869;ReadPosRankSum=-0.076;SC=GGAGGTAGGCCAGGGCAGCGC;SOR=0.720;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=79;TCF=41;TCR=38;TR=51;WE=3613134;WS=3613116;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,66:0.55:119
chr16	3613150	rs8044743	A	G	2870.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-1.611;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=27;PP=868;ReadPosRankSum=-2.046;SC=GCGCGGGACCAGTCAGCCTGG;SOR=0.732;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=89;TCF=49;TCR=40;TR=58;WE=3613158;WS=3613140;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,87:0.63:139
chr16	3627358	rs758747	C	T	144.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=4.622;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.772;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=7;PP=134;ReadPosRankSum=-0.280;SC=AGTGCAGCCCCGACCTTCTGC;SOR=2.215;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=23;TCF=6;TCR=17;TR=8;WE=3627366;WS=3627348;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,8:0.27:30
chr16	3634746	rs12933120	C	A	606.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.566;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.061;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=8;PP=391;ReadPosRankSum=0.302;SC=CCACTGTGGGCAACAAGCTTT;SOR=0.973;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=45;TCF=30;TCR=15;TR=26;WE=3634754;WS=3634736;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,29:0.52:56
chr16	3639139	rs3810812	A	G	2840.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=4.252;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=306;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.421;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=49;PP=1654;ReadPosRankSum=-1.678;SC=TCGGCCTGCTATTCCCCAGGG;SOR=0.646;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=196;TCF=88;TCR=108;TR=92;WE=3639147;WS=3639129;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:175,130:0.43:305
chr16	3642792	rs75184268	G	A	1237.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=3.183;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.685;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=22;PP=737;ReadPosRankSum=-1.061;SC=GGGCGGCCTCGGTGCTCACGT;SOR=0.732;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=83;TCF=42;TCR=41;TR=43;WE=3642800;WS=3642782;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,58:0.50:117
chr16	3656482	rs8061528	C	T	3182.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.566;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=387;ExcessHet=3.0103;FS=1.677;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.40;ReadPosRankSum=2.185;SOR=0.610;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:213,166:0.44:379
chr16	3706337	rs758745	C	T	307.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=1.202;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.882;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=13;PP=235;ReadPosRankSum=0.410;SC=CCCAAGGTCCCGGACCAATGG;SOR=1.248;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=30;TCF=5;TCR=25;TR=15;WE=3706345;WS=3706327;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,14:0.52:27
chr16	3707409	rs1799892	G	C	1486.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-4.038;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=53;PP=918;ReadPosRankSum=1.798;SC=CTCATAGGTCGGGCTTCAGAA;SOR=0.689;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=132;TCF=29;TCR=103;TR=69;WE=3707417;WS=3707399;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,72:0.53:136
chr16	3707747	rs1053874	G	A	2801.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.583;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=281;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=28;PP=1304;ReadPosRankSum=0.731;SC=ATGCTGCTCCGAGGCGCCGTT;SOR=0.693;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=187;TCF=124;TCR=63;TR=86;WE=3707755;WS=3707737;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:133,133:0.50:266
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chr16	3708282	rs35081909	AT	A	202.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.117;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=242;ExcessHet=3.0103;FS=6.305;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.15;ReadPosRankSum=-2.458;SOR=0.325;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:137,40:0.23:177
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chr16	3726160	rs8050400	A	G	2219.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.850;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=30;PP=776;ReadPosRankSum=1.382;SC=AGGCAGGCAAAGAAAGGAAAA;SOR=0.714;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=107;TCF=46;TCR=61;TR=51;WE=3726168;WS=3726150;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:95,107:0.53:202
chr16	3738887	rs2072379	C	T	773.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.268;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.830;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=6;PP=499;ReadPosRankSum=-0.839;SC=GAAACCAAAACAGATTCTGGT;SOR=1.281;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=66;TCF=50;TCR=16;TR=32;WE=3738895;WS=3738877;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,37:0.46:81
chr16	3739243	.	CTT	C	93.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.484;ClippingRankSum=-0.000;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=2.392;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=3.47;ReadPosRankSum=-0.753;SOR=1.552;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,9:0.33:27
chr16	3808052	.	T	TA	270.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.585;ClippingRankSum=0.000;DP=92;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.43;ReadPosRankSum=-1.139;SOR=0.620;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:55,24:0.30:79
chr16	3811556	rs886528	A	G	4977.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.290;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=546;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.101;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=68;NR=85;PP=2425;ReadPosRankSum=-0.400;SC=ATTTCCATCAAAGCCCAGGAT;SOR=0.792;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=327;TCF=152;TCR=175;TR=153;WE=3811564;WS=3811546;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:295,248:0.46:543
chr16	3930140	.	GGCC	G	40.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.099;ClippingRankSum=0.000;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=2.865;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.14;ReadPosRankSum=1.178;SOR=2.012;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,3:0.16:19
chr16	4015729	rs879620	C	T	949.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-1.896;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.248;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=9;PP=539;ReadPosRankSum=-0.949;SC=ACAAATATTACTGTGTTTCGA;SOR=0.354;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=83;TCF=65;TCR=18;TR=37;WE=4015737;WS=4015719;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,46:0.48:96
chr16	4016676	rs2230742	A	G	11091.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=420;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=142;NR=158;PP=2965;SC=CTCCGCTGTCATGGTTCTTGG;SOR=0.773;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=300;TCF=142;TCR=158;TR=300;WE=4016684;WS=4016666;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,416:1.00:416
chr16	4027423	rs2072346	C	T	1263.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=33;NR=7;PP=936;SC=CCAGGCCCTACGCAACCTCGG;SOR=2.833;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=33;TCR=7;TR=40;WE=4027431;WS=4027413;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr16	4027605	rs2240735	C	T	8030.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.61;DB;DP=309;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=72;NR=82;PP=2871;SC=CGGCAATCAGCGCGGCCGAGC;SOR=0.753;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=154;TCF=72;TCR=82;TR=154;WE=4027613;WS=4027595;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,307:1.00:307
chr16	4027688	rs2531990	T	C	3722.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=36;NR=53;PP=1814;SC=ACCCCTGCTATACCCGGCCGC;SOR=1.066;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=89;TCF=36;TCR=53;TR=89;WE=4027696;WS=4027678;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,136:1.00:136
chr16	4027749	rs2601774	A	G	1702.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=32;PP=951;SC=ACTGAGTCTCACTCTGTCGCC;SOR=1.961;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=40;TCF=8;TCR=32;TR=40;WE=4027757;WS=4027739;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr16	4033436	rs2230739	T	C	1293.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.536;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.644;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=14;PP=343;ReadPosRankSum=0.242;SC=GGGAGTTCTTTATGACCTGTG;SOR=0.593;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=81;TCF=35;TCR=46;TR=25;WE=4033444;WS=4033426;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,65:0.49:134
chr16	4039141	rs2072341	A	G	8890.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=326;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=71;NR=148;PP=2965;SC=CCAGCACCATAACTGTGCCAA;SOR=1.274;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=220;TCF=71;TCR=149;TR=219;WE=4039149;WS=4039131;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,321:1.00:321
chr16	4042449	rs2239307	C	T	1313.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=33;PP=917;SC=CCCCGACCTCCGCTGCGGGGC;SOR=3.467;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=36;TCF=3;TCR=33;TR=36;WE=4042457;WS=4042439;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr16	4042470	rs2239308	T	C	504.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-3.571;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=15;PP=281;ReadPosRankSum=1.793;SC=GCTGCTGCACTGGGCGTGGGA;SOR=0.495;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=26;TCF=3;TCR=23;TR=17;WE=4042478;WS=4042460;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,23:0.70:33
chr16	4043292	rs2239309	C	G	2073.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=38;NR=27;PP=1285;SC=GTGCGGAGTGCTGTTACCCAA;SOR=0.984;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=65;TCF=38;TCR=27;TR=65;WE=4043300;WS=4043282;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr16	4057637	rs73490521	A	G	950.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.415;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.071;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=25;PP=585;ReadPosRankSum=0.253;SC=TGCTCTCTGGAGAGGACTCAC;SOR=0.990;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=60;TCF=17;TCR=43;TR=33;WE=4057645;WS=4057627;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,42:0.57:74
chr16	4165432	rs2530898	T	C	314.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=6;PP=110;SC=GCTGGTGGGGTGGGGAAGCCA;SOR=1.609;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=2;TCR=6;TR=8;WE=4165440;WS=4165422;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr16	4242093	rs8051399	C	T	639.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=4.334;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=2;PP=470;ReadPosRankSum=2.062;SC=AAACCAGGACCTCTCAGACAG;SOR=0.796;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=60;TCF=54;TCR=6;TR=25;WE=4242101;WS=4242083;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,27:0.42:65
chr16	4245393	rs11076822	T	C	359.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=2.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.501;HP=2;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=1;PP=238;ReadPosRankSum=0.293;SC=GAGATGAGGTTTCACTATGTT;SOR=1.863;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=29;TCF=24;TCR=5;TR=12;WE=4245401;WS=4245391;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,14:0.44:32
chr16	4245426	rs11076823	C	T	679.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=3.288;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.650;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=4;PP=489;ReadPosRankSum=-0.022;SC=CTTGAACCTCCGGCCTCAAGG;SOR=1.329;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=45;TCF=37;TCR=8;TR=25;WE=4245434;WS=4245416;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,26:0.55:47
chr16	4245693	rs10852643	A	G	7093.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=265;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=61;NR=98;PP=2965;SC=GTGAGAAGGAACGGGCGCTGT;SOR=1.024;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=159;TCF=61;TCR=98;TR=159;WE=4245701;WS=4245683;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,262:1.00:262
chr16	4253034	rs17136872	T	C	582.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.016;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=2;PP=384;ReadPosRankSum=-0.387;SC=CACAAGTCCTTGCACACATCA;SOR=0.679;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=59;TCF=53;TCR=6;TR=23;WE=4253042;WS=4253024;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,25:0.39:64
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chr16	4254758	rs62039298	A	T	3246.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=12;NR=84;PP=2383;SC=GCCAAGTTACACTGGACTGAG;SOR=3.390;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=96;TCF=12;TCR=84;TR=96;WE=4254766;WS=4254748;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr16	4256705	rs13334805	G	A	4954.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=98;NR=38;PP=2743;SC=GGACGGGGTTGCTGTTAGGGA;SOR=1.584;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=137;TCF=98;TCR=39;TR=136;WE=4256713;WS=4256695;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,182:1.00:182
chr16	4256755	rs58255304	TC	T	12020.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=374;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQ=60.14;NF=76;NR=96;PP=2972;SC=GGACTCTCCCTCCCCCTGATG;SOR=1.028;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=181;TCF=77;TCR=104;TR=172;WE=4256763;WS=4256745;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,370:1.00:370
chr16	4257060	rs13334970	G	A	8658.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=323;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=136;NR=118;PP=2965;SC=GCAGATCCCCGCCTTCCTGGG;SOR=0.792;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=256;TCF=137;TCR=119;TR=254;WE=4257068;WS=4257050;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,317:1.00:317
chr16	4257281	rs9922726	A	C	26689.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=615;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.26;SOR=0.779;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,603:1.00:603
chr16	4257286	rs9924822	T	C	26553.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=606;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.63;SOR=0.788;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,595:1.00:595
chr16	4258173	rs889807	T	C	1228.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=10;NR=26;PP=806;SC=CAAGAGTCTATAATAACCTAG;SOR=1.775;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=36;TCF=10;TCR=26;TR=36;WE=4258181;WS=4258163;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr16	4382351	rs34543395	C	A	2837.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.320;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=306;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.421;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=44;PP=1164;ReadPosRankSum=0.753;SC=AAGAGAGAAGCGGGAGAGGAC;SOR=0.745;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=192;TCF=87;TCR=105;TR=78;WE=4382359;WS=4382341;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:156,143:0.48:299
chr16	4386814	rs669561	T	C	6522.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=1.928;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=745;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.526;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=118;NR=79;PP=2786;ReadPosRankSum=-1.028;SC=GCACCCACTATGTGGACAAGC;SOR=0.756;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=436;TCF=258;TCR=178;TR=197;WE=4386822;WS=4386804;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:416,327:0.44:743
chr16	4405469	rs79336516	CT	C	38.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.279;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.94;ReadPosRankSum=-1.306;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,11:0.27:41
chr16	4410867	rs140995663	TCACTGCTGGCCCCACCTCTCCA	T	1612.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.171;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.706;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=5.789;NF=15;NR=17;PP=2964;ReadPosRankSum=-0.202;SC=CCGCCACTCCTCACTGCTGGC;SOR=0.609;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=73;TCF=39;TCR=34;TR=32;WE=4410896;WS=4410857;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,47:0.38:124
chr16	4414727	rs2277852	G	A	1429.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-2.759;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=21;PP=749;ReadPosRankSum=1.530;SC=TGAGGCCCAGGCCCCCCGACT;SOR=0.717;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=115;TCF=69;TCR=46;TR=52;WE=4414735;WS=4414717;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:98,74:0.43:172
chr16	4414987	rs2277851	G	A	2958.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.653;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=292;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.489;HP=1;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=67;NR=72;PP=2095;ReadPosRankSum=-1.027;SC=GGATGGGGGCGAGGAAGCAAG;SOR=0.497;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=295;TCF=137;TCR=158;TR=139;WE=4414995;WS=4414977;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:145,145:0.50:290
chr16	4415410	rs3747575	G	T	2130.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=2.975;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=241;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.483;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=24;PP=1138;ReadPosRankSum=1.021;SC=GGCCCTGTTCGAGTTCCTCCT;SOR=0.642;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=151;TCF=94;TCR=57;TR=62;WE=4415418;WS=4415400;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:139,100:0.42:239
chr16	4415455	rs3747576	C	G	2549.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.400;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=299;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.393;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=42;PP=1295;ReadPosRankSum=0.847;SC=GGACTCCAGGCTGTGGATGTG;SOR=0.697;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=186;TCF=92;TCR=94;TR=87;WE=4415463;WS=4415445;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:170,127:0.43:297
chr16	4431202	rs758044	A	G	7378.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=0.034;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1003;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=128;NR=133;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.490;SC=TGGACCTGACAGCCAACAGGC;SOR=0.670;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=606;TCF=297;TCR=309;TR=261;WE=4431210;WS=4431191;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:590,392:0.40:982
chr16	4445327	rs3747579	C	T	2701.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=1.437;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=285;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.432;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=35;PP=1021;ReadPosRankSum=0.323;SC=GTCAAAGATCCGCAGCTGCTT;SOR=0.710;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=148;TCF=73;TCR=75;TR=68;WE=4445335;WS=4445317;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:149,134:0.47:283
chr16	4484328	rs4785962	A	G	689.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-3.191;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=6;PP=332;ReadPosRankSum=-1.088;SC=ATGTACTCACAGTTTTCTTTT;SOR=0.593;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=58;TCF=47;TCR=11;TR=29;WE=4484336;WS=4484318;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,36:0.51:71
chr16	4484396	rs1139653	A	T	2504.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=2.401;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=264;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.990;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=19;PP=1162;ReadPosRankSum=-0.671;SC=AACAAAACATAACCCTTTCAT;SOR=0.778;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=166;TCF=114;TCR=52;TR=69;WE=4484404;WS=4484386;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:138,118:0.46:256
chr16	4484613	rs4785964	A	G	1370.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.109;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=35;PP=790;ReadPosRankSum=-1.710;SC=TGCCCATATGAATAGGTCTCA;SOR=0.749;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=105;TCF=29;TCR=76;TR=48;WE=4484621;WS=4484603;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,63:0.47:133
chr16	4516092	rs3747584	T	C	968.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=2.255;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=7;PP=589;ReadPosRankSum=-1.134;SC=CCGCGGTCTGTTACACCAACG;SOR=0.815;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=51;TCF=37;TCR=14;TR=28;WE=4516100;WS=4516082;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,41:0.54:76
chr16	4519439	rs11557236	G	A	5567.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-2.470;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=555;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.518;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=83;NR=103;PP=2530;ReadPosRankSum=2.378;SC=TTCCAGGAGTGTGCGGGCCAC;SOR=0.661;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=368;TCF=164;TCR=204;TR=186;WE=4519447;WS=4519429;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:271,277:0.51:548
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chr16	4562746	rs72768338	T	C	4524.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=2.323;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=445;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.518;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=66;PP=2266;ReadPosRankSum=0.188;SC=AGGCAGCCAGTTGACCCTGGT;SOR=0.651;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=265;TCF=128;TCR=137;TR=129;WE=4562754;WS=4562736;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:222,211:0.49:433
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chr16	4649103	.	G	GA	83.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.132;ClippingRankSum=0.000;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.18;MQRankSum=1.626;QD=1.50;ReadPosRankSum=0.605;SOR=0.533;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:42,14:0.25:56
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chr16	4660196	rs2306770	G	C	9025.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.484;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=887;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=117;NR=146;PP=2962;ReadPosRankSum=1.425;SC=ACGGTGCCTGGGGCCACGAGG;SOR=0.741;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=505;TCF=231;TCR=274;TR=263;WE=4660204;WS=4660186;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:436,447:0.51:883
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chr16	4660342	rs841184	C	T	4892.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=59;NR=93;PP=2965;SC=GCAGGACCCACGGAGCCGGGA;SOR=1.199;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=152;TCF=59;TCR=93;TR=152;WE=4660350;WS=4660332;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,167:1.00:167
chr16	4664412	rs138923012	T	TG	305.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.68;BaseQRankSum=1.172;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=12;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=4;PP=133;ReadPosRankSum=-0.318;SC=ACAAAAGGGGTGGGGGGGGTC;SOR=0.818;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=8;TCF=2;TCR=6;TR=6;WE=4664420;WS=4664402;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,15:0.56:27
chr16	4664833	rs860889	T	G	7376.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=2.307;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=286;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=81;NR=111;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.204;SC=GCCTCCCTCCTCCGCCCGCGC;SOR=0.328;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=193;TCF=81;TCR=112;TR=192;WE=4664841;WS=4664823;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,281:1.00:282
chr16	4674954	rs3747587	C	G	4648.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=1.679;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=452;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.431;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=77;NR=50;PP=1818;ReadPosRankSum=-1.287;SC=CCGGCAGCGCCGCGCACCATG;SOR=0.879;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=257;TCF=144;TCR=113;TR=127;WE=4674962;WS=4674944;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:217,229:0.51:446
chr16	4675116	rs1386092	G	T	2674.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.693;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.104;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=66;PP=1481;ReadPosRankSum=-0.529;SC=CGGGCGCGGGGGCGGGGACTC;SOR=1.045;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=154;TCF=47;TCR=107;TR=90;WE=4675124;WS=4675106;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:89,121:0.58:210
chr16	4700318	rs373572089	CA	C	149.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.142;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FS=2.498;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.80;ReadPosRankSum=2.450;SOR=0.384;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:55,28:0.34:83
chr16	4707432	rs3747590	A	G	551.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.478;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=14;PP=287;ReadPosRankSum=-0.992;SC=GGGTGGGGCCAGCACAGTGGG;SOR=0.628;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=52;TCF=14;TCR=38;TR=20;WE=4707440;WS=4707422;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,29:0.36:80
chr16	4714639	rs1659479	T	C	6186.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.521;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=607;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.103;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=115;NR=74;PP=2917;ReadPosRankSum=2.429;SC=TCCAGCTCATTTGTTGACCGA;SOR=0.770;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=385;TCF=229;TCR=156;TR=189;WE=4714647;WS=4714629;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:300,294:0.49:594
chr16	4715012	rs3813746	C	T	1337.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.662;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=16;PP=621;ReadPosRankSum=-0.347;SC=GCTGAGCCCTCGGTGCCGCAG;SOR=0.642;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=78;TCF=49;TCR=29;TR=45;WE=4715020;WS=4715002;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,59:0.60:99
chr16	4718388	rs34069734	A	G	3448.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.095;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=336;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.820;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=66;PP=1731;ReadPosRankSum=-0.572;SC=GCATACTCATACATAGACACA;SOR=0.594;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=219;TCF=86;TCR=133;TR=112;WE=4718396;WS=4718378;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:163,167:0.51:330
chr16	4721468	rs715109	T	C	6468.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-0.424;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=597;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.102;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQ=60.05;MQRankSum=-1.838;NF=96;NR=81;PP=2674;ReadPosRankSum=0.378;SC=AAGGTGTGTATCTGGGTGAGG;SOR=0.781;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=303;TCF=157;TCR=146;TR=177;WE=4721476;WS=4721458;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:280,315:0.53:595
chr16	4721583	rs1160869	ACAT	A	2238.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.656;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.958;NF=1;NR=35;PP=1338;ReadPosRankSum=0.808;SC=CCGCTAGACAACATCATTTTT;SOR=0.721;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=109;TCF=5;TCR=104;TR=36;WE=4721593;WS=4721573;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:121,64:0.35:185
chr16	4723451	rs2289314	A	G	1934.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=1.285;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.520;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=20;PP=953;ReadPosRankSum=-0.643;SC=CAGGAGCCGTACTCTGGCCTT;SOR=0.746;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=129;TCF=84;TCR=45;TR=59;WE=4723459;WS=4723441;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:115,93:0.45:208
chr16	4736080	rs144808025	TTCTGGCTGCGC	T	951.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=0.659;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.133;NF=9;NR=12;PP=2935;ReadPosRankSum=-0.356;SC=CCGCGTTGAATTCTGGCTGCG;SOR=0.738;SbPval=0.16;Source=Platypus;TC=61;TCF=36;TCR=25;TR=21;WE=4736098;WS=4736070;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,46:0.45:103
chr16	4736316	rs841225	C	T	2554.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.486;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=284;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=50;PP=1173;ReadPosRankSum=-0.857;SC=TACGTGACCTCCCAGACGCGC;SOR=0.714;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=184;TCF=69;TCR=115;TR=79;WE=4736324;WS=4736306;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:151,129:0.46:280
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chr16	4747136	rs841215	G	C	1867.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.990;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.553;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=28;PP=1015;ReadPosRankSum=-0.412;SC=GCCTCTCCCGGCCAGGCTCAG;SOR=0.569;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=114;TCF=55;TCR=59;TR=58;WE=4747144;WS=4747126;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:96,87:0.48:183
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chr16	4794873	rs2075469	C	T	1243.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.988;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.518;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=10;PP=436;ReadPosRankSum=1.114;SC=ATCCTCAGACCGCATGGTGCC;SOR=0.395;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=83;TCF=61;TCR=22;TR=31;WE=4794881;WS=4794863;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,61:0.47:129
chr16	4796393	rs737700	A	G	3214.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-3.189;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=335;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.842;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=44;PP=1573;ReadPosRankSum=0.687;SC=TCAAGGAAGCAGGGCTCCCAG;SOR=0.761;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=226;TCF=131;TCR=95;TR=108;WE=4796401;WS=4796383;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:165,162:0.50:327
chr16	4796595	rs759988	T	C	1963.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-3.262;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.966;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=44;PP=793;ReadPosRankSum=-1.073;SC=TGGTGGATCCTGATGGGGAGG;SOR=0.393;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=117;TCF=29;TCR=88;TR=60;WE=4796603;WS=4796585;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,96:0.56:172
chr16	4796871	rs2341988	A	G	7181.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=281;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=91;NR=61;PP=2965;SC=AGCCCCAACAAGAGTTGGAAC;SOR=0.949;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=154;TCF=93;TCR=61;TR=152;WE=4796879;WS=4796861;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,269:1.00:269
chr16	4797109	rs12926158	G	A	341.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.070;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.909;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=12;PP=261;ReadPosRankSum=-1.207;SC=CACATTTACCGCCTGTGGTGA;SOR=1.634;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=26;TCF=7;TCR=19;TR=15;WE=4797117;WS=4797099;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,15:0.58:26
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chr16	4797457	rs17853375	C	T	4047.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.071;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=404;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.169;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=67;NR=70;PP=1993;ReadPosRankSum=0.436;SC=GCTCAGGCCCCTGAAGACACA;SOR=0.619;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=271;TCF=127;TCR=144;TR=137;WE=4797465;WS=4797447;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:203,197:0.49:400
chr16	4801723	rs921863	G	A	847.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.820;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.925;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=20;PP=534;ReadPosRankSum=0.132;SC=TGTATTGGGGGACCCTAAACC;SOR=0.859;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=55;TCF=20;TCR=35;TR=32;WE=4801731;WS=4801713;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,38:0.54:70
chr16	4802370	rs3747601	C	A	1066.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.946;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.736;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=7;PP=517;ReadPosRankSum=-2.921;SC=AGTTTCAGGCCTGGTGATCAG;SOR=0.999;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=64;TCF=45;TCR=19;TR=31;WE=4802378;WS=4802360;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,49:0.52:95
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chr16	4812209	rs12599765	G	A	1729.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.267;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.890;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=23;PP=702;ReadPosRankSum=1.380;SC=TAACAAGGAAGTGTGACACAC;SOR=0.532;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=106;TCF=62;TCR=44;TR=50;WE=4812217;WS=4812199;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,86:0.49:174
chr16	4812816	rs2290561	G	A	3963.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-2.654;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=327;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.771;HP=5;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=76;PP=1973;ReadPosRankSum=-0.453;SC=AAAAATCCCCGCAGGGCCCCA;SOR=0.509;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=240;TCF=101;TCR=139;TR=136;WE=4812824;WS=4812806;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:127,191:0.60:318
chr16	4815425	rs4786548	T	C	1621.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.214;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=15;PP=1010;ReadPosRankSum=-0.012;SC=GGCTGAGAAATCTTTTGCAGT;SOR=0.760;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=112;TCF=83;TCR=29;TR=60;WE=4815433;WS=4815415;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,74:0.54:138
chr16	4815602	rs12919587	T	C	3950.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.241;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=370;ExcessHet=3.0103;FS=2.222;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.79;ReadPosRankSum=0.389;SOR=0.830;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:182,184:0.50:366
chr16	4815608	rs4786549	A	G	12405.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=346;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=36.06;SOR=0.924;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,344:1.00:344
chr16	4833421	rs7201715	A	G	518.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=0.980;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.306;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=6;PP=344;ReadPosRankSum=1.439;SC=GATGTGTGGGAAGGAAATCAC;SOR=0.446;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=43;TCF=32;TCR=11;TR=21;WE=4833429;WS=4833411;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,23:0.52:44
chr16	4833615	rs6500634	C	T	2204.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.034;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=289;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.441;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=37;PP=1043;ReadPosRankSum=1.912;SC=CCTCTGCCCCCGCTGACCCCA;SOR=0.742;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=171;TCF=83;TCR=88;TR=73;WE=4833623;WS=4833605;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:161,117:0.42:278
chr16	4833970	rs759991	C	T	2622.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.662;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=260;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.503;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=30;PP=1033;ReadPosRankSum=-0.922;SC=CGCAGCAGTGCACCCGGGTGT;SOR=0.797;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=157;TCF=89;TCR=68;TR=74;WE=4833978;WS=4833960;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:124,131:0.51:255
chr16	4834165	rs8043579	C	T	1989.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.022;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.84;ReadPosRankSum=-0.028;SOR=0.648;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,50:0.65:77
chr16	4834168	rs8043725	C	T	1989.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.920;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=26.89;ReadPosRankSum=-0.638;SOR=0.593;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,50:0.68:74
chr16	4835794	rs3833435	G	GA	783.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.848;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=2.742;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.45;ReadPosRankSum=3.068;SOR=0.610;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:43,32:0.43:75
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chr16	4846068	rs2075465	T	C	2540.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-2.152;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=240;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.600;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=47;PP=1114;ReadPosRankSum=0.065;SC=TGCCGGCCTCTGGGACCTGCA;SOR=0.787;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=152;TCF=73;TCR=79;TR=84;WE=4846076;WS=4846058;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:112,125:0.53:237
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chr16	4847524	rs1982515	T	C	1431.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.143;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.357;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=28;PP=727;ReadPosRankSum=-1.605;SC=GAGGGTGCTGTAGGTTGCTGA;SOR=0.760;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=91;TCF=42;TCR=49;TR=49;WE=4847532;WS=4847514;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,70:0.51:136
chr16	4847619	.	T	TGGGGTACACCAGACCCCAAGACTGGGGCGCTCTGAGGGCGTGGCAGGGCCCTCAGAACCCCTGCCCACTGTG	941.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.283;ClippingRankSum=0.000;DP=88;ExcessHet=3.0103;FS=1.030;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.26;ReadPosRankSum=0.231;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:53,18:0.25:71
chr16	4848494	rs8053790	C	G	274.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-1.140;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.005;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=0;PP=168;ReadPosRankSum=-0.889;SC=GGCACCCCTCCGCGTCCATCC;SOR=2.925;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=20;TCR=2;TR=11;WE=4848502;WS=4848486;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,13:0.54:24
chr16	4849705	rs11553876	C	T	4348.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.207;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=398;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.628;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=72;NR=67;PP=1968;ReadPosRankSum=1.951;SC=CCTCAGCGCCCGTCTTGAACT;SOR=0.598;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=246;TCF=133;TCR=113;TR=139;WE=4849713;WS=4849695;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:187,210:0.53:397
chr16	4855279	rs8064024	A	G	2975.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.295;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=283;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.239;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=38;PP=1210;ReadPosRankSum=-0.964;SC=TATCGTTGTCAGACTGGTCCA;SOR=0.786;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=172;TCF=89;TCR=83;TR=86;WE=4855287;WS=4855269;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:134,148:0.52:282
chr16	4861709	rs2085329	G	C	8413.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=322;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=116;NR=77;PP=2965;SC=GGCCTGTCACGTGGGCCAGGG;SOR=0.939;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=193;TCF=116;TCR=77;TR=193;WE=4861717;WS=4861699;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,315:1.00:315
chr16	4867565	rs6500635	A	G	529.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-2.941;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.497;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=5;PP=322;ReadPosRankSum=-1.012;SC=CCCAGACTCCACCGATCCAAC;SOR=0.356;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=66;TCF=56;TCR=10;TR=25;WE=4867573;WS=4867555;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,29:0.36:81
chr16	4872970	rs2075466	G	C	1639.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.441;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.508;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=32;PP=764;ReadPosRankSum=0.466;SC=CCAGTTATCTGCCACCAAAGG;SOR=0.746;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=154;TCF=63;TCR=91;TR=56;WE=4872978;WS=4872960;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:138,84:0.38:222
chr16	4873743	rs138220015	CAA	C	956.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.884;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FS=3.896;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.11;ReadPosRankSum=0.192;SOR=1.091;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,51:0.65:79
chr16	4897103	rs111601308	C	G	2162.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.059;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.961;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=21;PP=1170;ReadPosRankSum=-0.893;SC=AGCGCCGGCACCTTCTCTTCC;SOR=0.555;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=118;TCF=83;TCR=35;TR=67;WE=4897111;WS=4897093;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,96:0.55:175
chr16	4897153	rs2072595	A	G	3499.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-2.362;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=317;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.863;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=45;PP=1520;ReadPosRankSum=1.180;SC=AGGCAGCTCCAGGGCCGGCAG;SOR=0.751;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=202;TCF=116;TCR=86;TR=109;WE=4897161;WS=4897143;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:142,169:0.54:311
chr16	4903243	rs8056889	C	T	326.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=2.292;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=12;PP=236;ReadPosRankSum=0.936;SC=GCTTCCGTAGCGGGGAAGCAA;SOR=0.475;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=36;TCF=7;TCR=29;TR=16;WE=4903251;WS=4903233;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,16:0.40:40
chr16	4908504	rs3747613	C	G	955.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.185;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.921;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=12;PP=637;ReadPosRankSum=0.723;SC=TGATGAAGTTCAAGGCCACAG;SOR=0.870;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=57;TCF=39;TCR=18;TR=37;WE=4908512;WS=4908494;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,43:0.58:74
chr16	4908667	rs3747614	A	G	2706.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.022;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=244;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=42;PP=1205;ReadPosRankSum=-0.532;SC=CTGAGGCGGTAAGTAGTTACT;SOR=0.721;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=149;TCF=73;TCR=76;TR=80;WE=4908675;WS=4908657;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:111,131:0.54:242
chr16	4918732	rs56159834	A	T	405.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.03;BaseQRankSum=-3.948;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.706;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=2;PP=312;ReadPosRankSum=-2.373;SC=GACTGTATTGACAGGTGCTCT;SOR=0.269;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=24;TCF=22;TCR=2;TR=16;WE=4918740;WS=4918722;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,16:0.67:24
chr16	4920412	rs7200395	T	C	4333.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.488;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=445;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.430;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=93;NR=75;PP=2269;ReadPosRankSum=0.124;SC=TCTTAAGCAATGATGCGTCTG;SOR=0.862;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=316;TCF=167;TCR=149;TR=168;WE=4920420;WS=4920402;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:227,207:0.48:434
chr16	4920661	rs6500637	T	C	1332.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.488;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.496;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=38;PP=739;ReadPosRankSum=-1.341;SC=CGCTTGCAGGTGCAACCCTCC;SOR=0.992;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=87;TCF=23;TCR=64;TR=51;WE=4920669;WS=4920651;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,63:0.52:121
chr16	4923091	rs2251666	G	A	1971.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.342;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=47;PP=1265;ReadPosRankSum=-1.233;SC=CAGTTTGCTCGGGTCACATGT;SOR=0.679;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=154;TCF=57;TCR=97;TR=77;WE=4923099;WS=4923081;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:114,93:0.45:207
chr16	4924160	rs12445265	A	G	1821.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=1.554;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.598;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=23;PP=1116;ReadPosRankSum=0.338;SC=CAACAGGCCAATGTTGGCATC;SOR=0.609;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=129;TCF=88;TCR=41;TR=70;WE=4924168;WS=4924150;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,82:0.49:166
chr16	4927285	rs12444761	C	T	2198.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-2.866;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.119;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=22;PP=1398;ReadPosRankSum=-1.360;SC=CCCAGACTGGCCTGGCAGGTT;SOR=1.138;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=180;TCF=124;TCR=56;TR=83;WE=4927293;WS=4927275;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:116,98:0.46:214
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chr16	4933939	rs2037912	G	C	5466.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.911;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=545;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=79;NR=88;PP=2634;ReadPosRankSum=-1.293;SC=TGCAGGTTTTGCCTCTCCAGC;SOR=0.653;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=340;TCF=160;TCR=180;TR=167;WE=4933947;WS=4933929;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:273,263:0.49:536
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chr16	4934564	rs1049207	C	G	9647.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.093;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=530;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.521;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=80;NR=84;PP=2788;ReadPosRankSum=0.257;SC=CCTCGGCCCGCAGGCCTGGCT;SOR=0.623;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=345;TCF=175;TCR=170;TR=164;WE=4934572;WS=4934554;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:271,257:0.49:528
chr16	4935146	rs1049206	C	T	5854.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-1.245;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=648;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=79;NR=79;PP=2299;ReadPosRankSum=-0.710;SC=CCTTCTCCTGCACCACCACTT;SOR=0.722;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=359;TCF=180;TCR=179;TR=158;WE=4935154;WS=4935136;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:349,295:0.46:644
chr16	4938160	rs2734742	T	G	4036.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=56;NR=43;PP=2050;SC=TCACGTGGCTTCTCCTTCCAT;SOR=0.836;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=101;TCF=56;TCR=45;TR=99;WE=4938168;WS=4938150;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,148:1.00:148
chr16	4938280	rs2075637	T	C	1239.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.292;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.520;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=21;PP=561;ReadPosRankSum=-1.126;SC=GACAGACATGTTCCTGTACCC;SOR=0.540;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=77;TCF=29;TCR=48;TR=35;WE=4938288;WS=4938270;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,59:0.52:114
chr16	4938321	rs2075636	A	T	488.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.844;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.036;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=12;PP=282;ReadPosRankSum=1.544;SC=GCCCTGTGCCATGTGCTGGTT;SOR=0.544;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=45;TCF=14;TCR=31;TR=18;WE=4938329;WS=4938311;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,25:0.42:59
chr16	4939116	rs8060738	C	T	629.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=-2.270;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.938;NF=8;NR=10;PP=172;ReadPosRankSum=-1.953;SC=TTTAAAAAAGCAACCATGGAT;SOR=0.658;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=30;TCF=13;TCR=17;TR=18;WE=4939124;WS=4939106;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,33:0.55:60
chr16	4939232	rs71139659	TG	T	33.25	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=63.51;QD=11.08;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr16	4940387	rs11644917	G	A	1701.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.881;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=28;PP=699;ReadPosRankSum=1.439;SC=ATGCCTCACCGAGCCCTCATT;SOR=0.758;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=75;TCF=26;TCR=49;TR=44;WE=4940403;WS=4940377;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,71:0.55:130
chr16	4940809	rs2471844	A	G	8703.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=328;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=89;NR=133;PP=2965;SC=CCAGGTCCGGACAGTGCTCCT;SOR=0.999;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=222;TCF=89;TCR=133;TR=222;WE=4940817;WS=4940799;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,319:1.00:319
chr16	4940989	rs2471843	A	C	798.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=33.28;SOR=2.925;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr16	4940989	.	ACTGAA	CCTGAA,CCTGAG	271	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.39;FR=0.5000,0.5000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MMLQ=28;MQ=60.0;NF=4,0;NR=19,5;PP=271,34;QD=13.2944005455;SC=GATGACACCCACTGAAGCCCC;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=4;TCR=19;TR=23,5;WE=4941002;WS=4940979;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:1.00:23
chr16	4940994	rs760118	A	G	111.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.205;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=2.788;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.32;ReadPosRankSum=-0.518;SOR=1.730;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,6:0.29:21
chr16	4942099	rs1049205	C	T	2369.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.444;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.509;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=36;PP=996;ReadPosRankSum=0.028;SC=GTCCTCCACCCGGGTCCTCAG;SOR=0.649;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=134;TCF=60;TCR=74;TR=68;WE=4942107;WS=4942089;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:95,112:0.54:207
chr16	4944518	rs1876363	C	G	11489.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=428;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=111;NR=134;PP=2965;SC=TCACAAAACACACGGCCGGAG;SOR=0.817;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=247;TCF=113;TCR=134;TR=245;WE=4944526;WS=4944508;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,425:1.00:425
chr16	4945221	rs12709119	A	G	9796.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=367;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=122;NR=84;PP=2965;SC=TTACCCCAAAAACTTTGTAGT;SOR=0.950;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=208;TCF=123;TCR=85;TR=206;WE=4945229;WS=4945211;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,364:1.00:364
chr16	4947534	rs8051246	T	C	247.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=0;PP=130;SC=ATCAGAAGCATGGGTGCTGGG;SOR=3.056;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=6;WE=4947542;WS=4947524;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr16	4948936	rs12443906	C	T	1353.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=31;NR=5;PP=970;SC=GGGGTCTGCCCGAGCTCCAGG;SOR=2.885;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=37;TCF=32;TCR=5;TR=36;WE=4948944;WS=4948926;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr16	4949440	rs76087945	G	A	560.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.961;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.665;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=18;PP=346;ReadPosRankSum=1.040;SC=GCCACTGCTCGCTTCCTTCCC;SOR=1.949;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=45;TCF=5;TCR=40;TR=19;WE=4949448;WS=4949430;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,24:0.44:55
chr16	4952598	rs2048098	C	G	481.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=1.438;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.252;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=18;PP=352;ReadPosRankSum=-1.080;SC=GGCCCCCCACCCAGACCCCGG;SOR=1.851;SbPval=0.93;Source=Platypus;TC=57;TCF=12;TCR=45;TR=20;WE=4952606;WS=4952588;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,23:0.33:70
chr16	4961003	rs8057613	A	G	2549.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=21;NR=47;PP=1430;SC=GGTGGGGGCTATGTCCCCACC;SOR=1.559;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=70;TCF=22;TCR=48;TR=68;WE=4961011;WS=4960993;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr16	5009433	rs7200245	G	A	7371.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-2.094;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=278;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=67;NR=115;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.527;SC=AGTTGGAGGGGCTTGAGATCA;SOR=0.413;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=184;TCF=67;TCR=117;TR=182;WE=5009441;WS=5009423;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,275:1.00:276
chr16	5041778	rs2972265	T	C	5159.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=83;NR=40;PP=2543;SC=CCTGTGGTGATCCTGTGACCC;SOR=1.272;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=123;TCF=83;TCR=40;TR=123;WE=5041786;WS=5041768;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,188:1.00:188
chr16	5046787	rs2270260	G	C	2558.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=40;NR=15;PP=1241;SC=TGCCCCGGCTGGTTCTGTAAT;SOR=1.280;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=56;TCF=40;TCR=16;TR=55;WE=5046795;WS=5046777;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr16	5050897	rs2286966	G	C	3224.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=31;NR=47;PP=1564;SC=GGTGTGAGGGGAGCACAAGGC;SOR=1.015;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=78;TCF=31;TCR=47;TR=78;WE=5050905;WS=5050887;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr16	5055864	rs55930593	CA	C	888.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.635;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FS=0.895;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.98;MQRankSum=-0.380;QD=7.60;ReadPosRankSum=2.446;SOR=0.877;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,82:0.70:117
chr16	5056122	rs2302555	C	T	859.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=7;NR=24;PP=656;SC=CTGGGATTCCCGGAGTGGGGC;SOR=1.981;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=7;TCR=24;TR=31;WE=5056130;WS=5056112;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr16	5061085	rs2908669	A	C	3428.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=59;NR=26;PP=1819;SC=GGCAGGGCTGATGTGTTTCAG;SOR=1.392;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=85;TCF=59;TCR=26;TR=85;WE=5061093;WS=5061075;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr16	5075542	rs887854	G	A	4022.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=52;NR=39;PP=1595;SC=GAGGCTCCCCGTTCATCTCCT;SOR=0.828;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=91;TCF=52;TCR=39;TR=91;WE=5075550;WS=5075532;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,156:1.00:156
chr16	5077395	rs71402581	TGGGAGGA	T	3333.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.64;QD=42.74;SOR=1.493;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
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chr16	5083209	rs35962888	G	A	595.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-3.371;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=1;PP=342;ReadPosRankSum=0.238;SC=GAACACGGAGGCACGGCTACA;SOR=0.914;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=37;TCF=33;TCR=4;TR=18;WE=5083217;WS=5083199;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,25:0.54:46
chr16	5083483	rs2972272	T	C	4075.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.960;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=67;PP=2298;ReadPosRankSum=0.873;SC=AGCCGCCGGGTCCACCGGGCT;SOR=1.082;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=110;TCF=41;TCR=69;TR=107;WE=5083491;WS=5083473;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,149:0.99:151
chr16	5094570	rs8055684	G	A	3152.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=26;NR=47;PP=1291;SC=TCAGCCAGACGCGGTGGCTCA;SOR=1.039;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=75;TCF=27;TCR=48;TR=73;WE=5094578;WS=5094560;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr16	5098072	rs78565395	C	T	521.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-2.565;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.147;HP=1;HapScore=2;MGOF=31;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=18;PP=376;ReadPosRankSum=-0.395;SC=TTCTATTGGCCAGGCTGGGTG;SOR=1.460;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=29;TCF=2;TCR=27;TR=19;WE=5098080;WS=5098062;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,21:0.64:33
chr16	5105365	rs741167	C	T	5822.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=52;NR=99;PP=2965;SC=GAAGTAAAGACGGGGGCCCTC;SOR=1.311;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=151;TCF=52;TCR=99;TR=151;WE=5105373;WS=5105355;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,215:1.00:215
chr16	5105440	rs741166	T	C	2227.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=13;NR=50;PP=1495;SC=CCACCTGCCTTCATCTGCCTG;SOR=2.179;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=63;TCF=13;TCR=50;TR=63;WE=5105448;WS=5105430;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr16	5106184	rs741164	C	T	7528.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=290;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=76;NR=90;PP=2965;SC=CCTGTGTGCACCCCCTCTGGG;SOR=0.803;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=166;TCF=76;TCR=90;TR=166;WE=5106192;WS=5106174;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,285:1.00:285
chr16	5108808	rs17137557	G	A	817.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=22;PP=576;SC=GAAAGATGACGCTAGAGCTAT;SOR=3.258;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=25;TCF=3;TCR=22;TR=25;WE=5108816;WS=5108798;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr16	5110271	rs2270834	C	T	8868.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.688;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=345;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=101;NR=96;PP=2965;ReadPosRankSum=0.177;SC=GCAAATAGGGCAAGTGCAGGG;SOR=0.760;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=199;TCF=102;TCR=97;TR=197;WE=5110279;WS=5110261;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,339:0.99:341
chr16	5122072	rs112683515	G	GGTCT	3714.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.383;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.601;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQ=60.05;MQRankSum=1.097;NF=18;NR=39;PP=1834;ReadPosRankSum=2.667;SC=AGTGGCCAAGGGTCTGGGAGG;SOR=0.837;SbPval=0.26;Source=Platypus;TC=89;TCF=23;TCR=66;TR=57;WE=5122080;WS=5122062;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:116,98:0.46:214
chr16	5122191	rs34061670	C	CG	2783.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=45;PP=2004;SC=ATTAGACGAGCGGTTCTGCCC;SOR=1.439;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=47;TCF=2;TCR=45;TR=47;WE=5122199;WS=5122181;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr16	5123055	rs369118784	C	T	2258.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-0.007;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.992;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=41;PP=1231;ReadPosRankSum=1.501;SC=CTCCAGAATCCTCTGAATCCA;SOR=0.588;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=167;TCF=81;TCR=86;TR=83;WE=5123063;WS=5123045;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:111,110:0.50:221
chr16	5123270	rs62036244	C	T	485.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-0.263;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.420;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=15;PP=274;ReadPosRankSum=0.610;SC=GTGTATCAGCCTCTGCCTCCC;SOR=1.395;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=49;TCF=12;TCR=37;TR=18;WE=5123278;WS=5123260;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,22:0.40:55
chr16	5125365	rs4786590	C	T	9438.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.749;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=357;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=129;NR=95;PP=2965;ReadPosRankSum=0.999;SC=GGTTTCCTCCCCTTCAAGTCT;SOR=0.897;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=227;TCF=130;TCR=97;TR=224;WE=5125373;WS=5125355;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,353:0.99:355
chr16	5127335	rs11076869	T	A	5927.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=106;NR=53;PP=2965;SC=CTCAGGGAGCTCAAACTCTCC;SOR=1.354;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=159;TCF=106;TCR=53;TR=159;WE=5127343;WS=5127325;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,219:1.00:219
chr16	5517175	rs34212245	T	TTC	324.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.463;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=6.715;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.58;MQRankSum=0.000;QD=4.85;ReadPosRankSum=-0.403;SOR=1.151;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,29:0.43:67
chr16	6533549	rs7187508	C	A	1279.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.246;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FS=1.883;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.35;ReadPosRankSum=0.310;SOR=0.815;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:99,75:0.43:174
chr16	6704474	rs11640601	A	G	7478.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.05;SOR=1.742;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,166:1.00:166
chr16	6704474	.	AAAGAAC	GAAGAAG,GAAGTAG	1308	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.37;FR=0.5000,0.5000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MMLQ=22;MQ=60.0;NF=54,41;NR=28,10;PP=1308,791;QD=16.6032667666;SC=ATGACTCGAGAAAGAACTATT;SbPval=0.23;Source=Platypus;TC=140;TCF=101;TCR=39;TR=82,51;WE=6704488;WS=6704464;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.59:140
chr16	6704478	rs35760157	A	T	1575.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.675;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FS=8.473;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.11;ReadPosRankSum=-1.383;SOR=1.287;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:99,74:0.43:173
chr16	6704480	rs11645523	C	G	7753.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.81;SOR=1.596;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,177:1.00:177
chr16	6704555	rs12921150	CT	AA	7654.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.827;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=449;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.187;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=75;NR=50;PP=2944;ReadPosRankSum=0.869;SC=GACCATAAGTCTGACTCCTGT;SOR=0.906;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=275;TCF=149;TCR=126;TR=125;WE=6704564;WS=6704545;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:243,200:0.45:443
chr16	6704733	rs72762974	C	T	2418.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.118;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=317;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=55;PP=1268;ReadPosRankSum=-0.746;SC=AGGCATGCCCCTCTCGATGAT;SOR=0.706;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=209;TCF=79;TCR=130;TR=89;WE=6704741;WS=6704723;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:183,127:0.41:310
chr16	6704749	rs2058527	T	G	6998.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.065;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=275;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=69;NR=117;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.174;SC=ATGATGGTTTTTAGGTGATTC;SOR=1.128;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=188;TCF=70;TCR=118;TR=186;WE=6704757;WS=6704739;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,267:0.99:269
chr16	7101976	rs10500344	T	A	3381.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=73;NR=27;PP=2183;SC=GCTGAGTAATTAAAAGTAACT;SOR=1.837;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=100;TCF=73;TCR=27;TR=100;WE=7101984;WS=7101966;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr16	7645808	rs12935264	C	G	70.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.67;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=2;MGOF=49;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=4;PP=77;SC=ACTGGCCTTACTTTTTTTTTT;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=0;TCR=4;TR=4;WE=7645816;WS=7645798;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr16	7657432	rs4616299	A	G	4423.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=45;NR=75;PP=2232;SC=AATAACCTGAAGCAAGTGAAT;SOR=1.199;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=120;TCF=45;TCR=75;TR=120;WE=7657440;WS=7657422;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,167:1.00:167
chr16	7703785	rs3217052	G	GCT	3929.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.113;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=305;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.940;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=43;PP=2095;ReadPosRankSum=0.814;SC=GACAGCCTGTGCTCTCTCTCT;SOR=0.766;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=113;TCF=31;TCR=82;TR=56;WE=7703794;WS=7703775;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:142,141:0.50:283
chr16	7704032	rs2302216	T	C	1384.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=34.62;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr16	7704032	.	TGGTCTTGAC	CGGTCTTGAC,CGGTCTTGAT	251	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.31;FR=0.5000,0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=9,3;NR=25,15;PP=167,251;QD=5.93444742786;SC=GAGCGCATGATGGTCTTGACT;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=34;TCF=9;TCR=25;TR=34,18;WE=7704049;WS=7704022;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:1.00:34
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chr16	7726691	rs2191134	A	G	518.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=5;PP=279;SC=TTTGGGTAACAGCTGCTCTGG;SOR=1.508;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=18;TCF=13;TCR=5;TR=18;WE=7726699;WS=7726681;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr16	7743418	rs60812796	C	CTT	496.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.129;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FS=18.627;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.21;ReadPosRankSum=-0.139;SOR=2.891;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:62,56:0.47:118
chr16	7758948	rs2270127	G	C	780.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-1.012;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.913;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=7;PP=394;ReadPosRankSum=-0.082;SC=GCTTCTCACTGGAAGATGAGT;SOR=0.972;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=79;TCF=60;TCR=19;TR=30;WE=7758956;WS=7758938;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,37:0.38:97
chr16	7759164	rs7196923	T	C	7271.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=284;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.25;SOR=0.977;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,277:1.00:277
chr16	7760846	.	TAA	T	320.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.697;ClippingRankSum=0.000;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.36;MQRankSum=0.808;QD=15.27;ReadPosRankSum=-2.105;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,14:0.67:21
chr16	8619750	rs7198383	C	T	4453.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=83;NR=36;PP=2528;SC=GCCCCTCCCTCCCCTCCACGA;SOR=1.495;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=121;TCF=85;TCR=36;TR=119;WE=8619758;WS=8619740;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,161:1.00:161
chr16	8620096	rs9922116	T	C	2289.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=54;PP=1575;SC=GCCACGCTGCTCAGCGTCCAG;SOR=3.345;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=67;TCF=13;TCR=54;TR=67;WE=8620104;WS=8620086;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr16	8728953	rs1731044	C	T	3588.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=46;NR=30;PP=1443;SC=AGGTCTTGTCCGCTTCCTGTG;SOR=0.957;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=78;TCF=46;TCR=32;TR=76;WE=8728961;WS=8728943;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,134:1.00:134
chr16	8729124	rs2302607	G	A	1813.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.566;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.942;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=31;PP=923;ReadPosRankSum=0.117;SC=CACGGGGCTCGCTAGCATCAT;SOR=0.597;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=108;TCF=53;TCR=55;TR=62;WE=8729132;WS=8729114;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,87:0.54:162
chr16	8729254	rs3108687	C	A	2377.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=36;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=32;PP=934;SC=GGCAGAGGCACTGGAAATTGG;SOR=1.467;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=47;TCF=14;TCR=33;TR=46;WE=8729262;WS=8729244;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr16	8729275	rs1641040	T	C	2007.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=39;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=8;NR=26;PP=852;SC=ATGTTAGCTGTTGTTGATTTT;SOR=1.828;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=8;TCR=26;TR=34;WE=8729283;WS=8729265;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr16	8729323	rs1731043	A	T	560.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=64;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=13;PP=402;SC=CTCTCCATTTATTCTCAGTGA;SOR=2.419;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=14;TCF=1;TCR=13;TR=14;WE=8729331;WS=8729313;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr16	8732733	rs1362345	C	G	858.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=24;NR=0;PP=702;SC=CGCACTGTCTCTCCCCATCAG;SOR=6.518;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=24;TCF=24;TCR=0;TR=24;WE=8732741;WS=8732723;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr16	8732882	rs5815485	CA	C	6621.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=275;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=32;NR=75;PP=2975;SC=TCTCTCTAGGCAAAAAACATG;SOR=0.812;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=119;TCF=38;TCR=81;TR=107;WE=8732890;WS=8732872;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,265:1.00:265
chr16	8733071	rs1641048	A	G	2240.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=25;NR=45;PP=1370;SC=TGTTTAGCAGATAGGACAGAC;SOR=1.292;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=70;TCF=25;TCR=45;TR=70;WE=8733079;WS=8733061;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr16	8734803	rs11646452	G	A	313.79	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=81;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=18;NR=3;PP=408;SC=GGATGGATGGGTGGGTGGATG;SOR=1.863;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=22;TCF=18;TCR=4;TR=21;WE=8734811;WS=8734793;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr16	8734830	.	G	GCTGGCTGT	1314.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=35;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=19;NR=7;PP=1345;SC=TGGCTGGCTGGCTGGCTGGCT;SOR=1.863;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=32;TCF=24;TCR=8;TR=26;WE=8734838;WS=8734820;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr16	8735120	rs8062990	T	C	3393.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=48;NR=52;PP=2355;SC=GCTCTGTGGTTTTGACAGAGC;SOR=0.746;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=100;TCF=48;TCR=52;TR=100;WE=8735128;WS=8735110;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr16	8735200	rs8045911	G	A	4998.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=72;NR=54;PP=2639;SC=ATGAGCACCAGCTGTCATTCT;SOR=0.950;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=126;TCF=72;TCR=54;TR=126;WE=8735220;WS=8735190;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,181:1.00:181
chr16	8735212	rs1629322	T	C	5377.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=77;NR=53;PP=2475;SC=TGTCATTCTCTGAGCGCCTGC;SOR=0.974;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=131;TCF=77;TCR=54;TR=130;WE=8735220;WS=8735190;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,199:1.00:199
chr16	8735245	rs1641055	C	T	7768.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=293;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=32;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=96;NR=72;PP=2965;SC=ACCTCACGTTCATTTTCTTCT;SOR=0.893;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=168;TCF=96;TCR=72;TR=168;WE=8735253;WS=8735235;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,293:1.00:293
chr16	8735355	rs1641056	A	G	5218.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=52;NR=88;PP=2730;SC=GTAGGGGCATAGACCCGAGTT;SOR=1.132;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=140;TCF=52;TCR=88;TR=140;WE=8735363;WS=8735345;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,194:1.00:194
chr16	8736028	rs1614616	T	C	11201.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=423;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=119;NR=113;PP=2965;SC=AATTTCTGACTTGTACGATCA;SOR=0.742;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=233;TCF=119;TCR=114;TR=232;WE=8736036;WS=8736018;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,420:1.00:420
chr16	8736150	rs1615559	A	C	6350.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.835;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=101;NR=76;PP=2965;ReadPosRankSum=1.184;SC=CCGGGAGTTCAGTTTTAGAAG;SOR=0.308;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=177;TCF=101;TCR=76;TR=177;WE=8736158;WS=8736140;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,227:1.00:228
chr16	8736246	rs1731007	G	A	13979.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=525;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=173;NR=145;PP=2965;SC=CTCTCTGTGCGGATTGCTCTG;SOR=0.829;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=325;TCF=178;TCR=147;TR=318;WE=8736254;WS=8736236;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,517:1.00:517
chr16	8736264	rs2241102	G	A	5411.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.159;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=615;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=92;NR=73;PP=2419;ReadPosRankSum=-0.493;SC=CTGAAAAGTCGATTTCTGTAA;SOR=0.684;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=369;TCF=206;TCR=163;TR=165;WE=8736272;WS=8736254;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:332,276:0.45:608
chr16	8736499	rs1618219	C	T	2122.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=64;PP=1604;SC=GTGTCCTTGTCAGTGTCATTA;SOR=4.558;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=70;TCF=5;TCR=65;TR=69;WE=8736507;WS=8736489;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr16	8738350	rs11645418	C	T	6154.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=115;NR=60;PP=2965;SC=GCAAGGTGGGCAGAAACAGCA;SOR=1.312;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=175;TCF=115;TCR=60;TR=175;WE=8738358;WS=8738340;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,231:1.00:231
chr16	8738398	rs1641065	A	G	9588.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.781;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=357;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=34;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=139;NR=107;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.286;SC=TGTGCGTCCGACTGGCTGGTT;SOR=0.890;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=248;TCF=140;TCR=108;TR=246;WE=8738406;WS=8738388;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,354:0.99:356
chr16	8738427	rs1641066	T	C	11137.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=411;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=35;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=136;NR=133;PP=2965;SC=CAACTTCACATTGAGACACTT;SOR=0.698;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=269;TCF=136;TCR=133;TR=269;WE=8738435;WS=8738417;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,411:1.00:411
chr16	8738499	rs1731000	G	A	9091.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=336;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=37;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=88;NR=138;PP=2965;SC=GGAGCAGCTCGCAGATGGCAA;SOR=1.019;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=226;TCF=88;TCR=138;TR=226;WE=8738507;WS=8738489;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,336:1.00:336
chr16	8738579	rs1641067	A	G	3195.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=36;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=24;NR=74;PP=2169;SC=GCCTCCAGCAACTGGTAGGTC;SOR=2.024;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=98;TCF=24;TCR=74;TR=98;WE=8738587;WS=8738569;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr16	8738622	rs9933132	C	T	1345.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=58;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=38;PP=1057;SC=GGTTGCTTTACTGTGAAGCGG;SOR=3.816;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=41;TCF=3;TCR=38;TR=41;WE=8738630;WS=8738612;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr16	8739954	rs1641070	G	A	1383.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=27;NR=7;PP=802;SC=TCTTTTCTCTGTTTGCTGCAG;SOR=2.208;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=34;TCF=27;TCR=7;TR=34;WE=8739962;WS=8739944;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr16	8740015	rs1730994	A	C	2945.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=53;NR=21;PP=1663;SC=TCGCCTCCACAAGGCGCGGCG;SOR=1.544;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=74;TCF=53;TCR=21;TR=74;WE=8740023;WS=8740005;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr16	8740418	rs1641072	T	C	9032.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=351;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=112;NR=119;PP=2965;SC=GCCATCATATTGCCGCTCGGC;SOR=0.746;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=232;TCF=113;TCR=119;TR=231;WE=8740426;WS=8740408;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,345:1.00:345
chr16	8740503	rs1730992	G	A	5902.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=57;NR=99;PP=2965;SC=TGAGAAGGAAGAGGCAGGAGC;SOR=1.228;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=157;TCF=57;TCR=100;TR=156;WE=8740511;WS=8740493;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,210:1.00:210
chr16	8740653	rs1641073	C	T	1668.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=12;NR=25;PP=862;SC=AGTGATCTTCCTCAGAGGTGT;SOR=1.255;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=37;TCF=12;TCR=25;TR=37;WE=8740661;WS=8740643;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr16	8832479	rs57866199	G	T	844.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.584;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FS=3.695;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.82;ReadPosRankSum=-2.711;SOR=0.348;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:58,28:0.33:86
chr16	8832485	rs201922810	G	T	732.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.464;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FS=4.433;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.90;ReadPosRankSum=-2.440;SOR=0.245;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:52,22:0.30:74
chr16	8832491	rs7205552	T	G	1087.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.948;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FS=4.794;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.73;ReadPosRankSum=1.274;SOR=1.586;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,45:0.69:65
chr16	8832515	rs13336159	C	T	280.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.916;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.717;HP=2;HapScore=2;MGOF=48;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=17;PP=358;ReadPosRankSum=-0.479;SC=GTATGTGTGTCTGAGATGGAG;SOR=0.129;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=44;TCF=4;TCR=40;TR=20;WE=8832523;WS=8832505;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,10:0.25:40
chr16	8841834	rs8055737	G	T	375.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.197;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=2;PP=163;ReadPosRankSum=-0.116;SC=AAAGTAATATGGTTGACTAAT;SOR=0.693;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=24;TCF=20;TCR=4;TR=11;WE=8841842;WS=8841824;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,17:0.50:34
chr16	8844389	rs2229157	C	T	698.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-2.318;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.333;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=16;PP=411;ReadPosRankSum=0.941;SC=TCTCCTCTGTCCCCATAGGTA;SOR=0.258;SbPval=0.26;Source=Platypus;TC=40;TCF=11;TCR=29;TR=25;WE=8844397;WS=8844379;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,31:0.60:52
chr16	8851026	rs59134991	T	TTTTA	1368.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.715;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=13;PP=712;ReadPosRankSum=0.404;SC=TTATCTCCCTTTTTATTTATT;SOR=0.741;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=50;TCF=3;TCR=47;TR=14;WE=8851034;WS=8851016;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,37:0.45:83
chr16	8858580	rs2302608	T	A	8091.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=302;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=133;NR=65;PP=2965;SC=CTCACGGCTATTTCCCTCCCC;SOR=1.270;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=199;TCF=133;TCR=66;TR=198;WE=8858588;WS=8858570;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,297:1.00:297
chr16	8858700	rs148949594	G	GCA	3720.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.710;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=518;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.754;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=1.274;NF=14;NR=72;PP=2599;ReadPosRankSum=0.236;SC=GAGGTTTGGGGCACACACACA;SOR=0.592;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=241;TCF=35;TCR=206;TR=86;WE=8858730;WS=8858690;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:267,153:0.36:420
chr16	8861847	.	TA	T	47.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.664;ClippingRankSum=0.000;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=1.810;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.84;ReadPosRankSum=2.439;SOR=0.738;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,9:0.35:26
chr16	8862212	rs8049072	C	T	559.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=34;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=15;PP=430;SC=ACATATTGTCCCACTGATTGC;SOR=2.419;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=3;TCR=15;TR=18;WE=8862220;WS=8862202;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr16	8862506	rs1273406	C	A	890.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=26;NR=3;PP=659;SC=ATATACACCTCCTATGCACCC;SOR=3.477;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=29;TCF=26;TCR=3;TR=29;WE=8862514;WS=8862498;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr16	8862592	rs1273407	T	C	4526.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=89;NR=43;PP=2422;SC=CTGACAGCCTTGCGCTGAAAT;SOR=1.430;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=135;TCF=90;TCR=45;TR=132;WE=8862600;WS=8862582;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,165:1.00:165
chr16	8868776	rs1641022	C	A	1886.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=37;NR=16;PP=1051;SC=TGGACGAGGTCCAGACCGGAG;SOR=1.545;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=53;TCF=37;TCR=16;TR=53;WE=8868784;WS=8868766;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr16	8890574	rs11642272	G	A	673.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.938;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=21;PP=476;ReadPosRankSum=-0.390;SC=ATTGCCAGACGAGGGAAGGGT;SOR=0.724;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=65;TCF=18;TCR=47;TR=29;WE=8890582;WS=8890564;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,31:0.44:71
chr16	8896094	rs2304469	G	A	2147.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.355;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.797;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=36;PP=1157;ReadPosRankSum=-1.098;SC=AGTCAGACCGGTCTTCATATT;SOR=0.675;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=141;TCF=69;TCR=72;TR=74;WE=8896102;WS=8896084;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,99:0.53:187
chr16	8904877	rs34742119	T	TATG	856.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.192;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.155;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=8;PP=639;ReadPosRankSum=1.095;SC=GCTGTTTATCTATGTTGCCCA;SOR=0.460;SbPval=0.21;Source=Platypus;TC=42;TCF=28;TCR=14;TR=17;WE=8904885;WS=8904867;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,21:0.37:57
chr16	8905054	rs11074924	T	C	1737.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.379;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=34;PP=873;ReadPosRankSum=-1.473;SC=TTCTGAAATATCTTTGGTGAA;SOR=0.654;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=108;TCF=42;TCR=66;TR=57;WE=8905062;WS=8905044;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,86:0.49:174
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chr16	8948974	rs6898	T	C	1038.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-2.161;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=8;PP=570;ReadPosRankSum=-2.628;SC=GCCTCCTCCCTGCAAAGTCTC;SOR=0.735;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=74;TCF=58;TCR=16;TR=36;WE=8948982;WS=8948964;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,47:0.49:96
chr16	8952113	rs62033507	C	A	656.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-2.038;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=7;PP=369;ReadPosRankSum=2.288;SC=GTCCTCACACCCAGCGCCCAT;SOR=0.693;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=54;TCF=38;TCR=16;TR=25;WE=8952121;WS=8952103;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,31:0.50:62
chr16	8952248	rs988065	A	G	8282.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=319;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=103;NR=83;PP=2965;SC=CATCAGCTGGAGTAATGAAGC;SOR=0.820;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=186;TCF=103;TCR=83;TR=186;WE=8952256;WS=8952238;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,317:1.00:317
chr16	8953081	rs8097	C	G	1159.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.081;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FS=3.774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.51;ReadPosRankSum=0.498;SOR=1.145;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:63,59:0.48:122
chr16	8953264	rs1677483	C	T	422.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.854;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.084;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=17;PP=310;ReadPosRankSum=0.547;SC=CCCATGTCCACGTCTGACAGT;SOR=1.949;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=33;TCF=7;TCR=26;TR=20;WE=8953272;WS=8953254;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,20:0.57:35
chr16	8955470	rs1657074	T	G	4471.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.369;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=430;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.519;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=73;NR=84;PP=2417;ReadPosRankSum=1.345;SC=CTCAGTTCTGTCGGGCTGGGA;SOR=0.664;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=278;TCF=127;TCR=151;TR=157;WE=8955478;WS=8955460;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:196,216:0.52:412
chr16	8955627	rs1657075	C	A	584.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-3.441;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.955;HP=4;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=19;PP=394;ReadPosRankSum=-0.484;SC=GGGCCAGGGCCCCCGCATGAC;SOR=0.387;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=35;TCF=2;TCR=33;TR=21;WE=8955635;WS=8955617;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,24:0.60:40
chr16	8988386	rs28362503	CG	C	462.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=1;PP=206;SC=CACCAGCCCCCGGGGGGGGGA;SOR=2.712;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=13;TCF=11;TCR=2;TR=11;WE=8988394;WS=8988376;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr16	8989403	rs1677473	A	G	4963.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=86;NR=54;PP=2765;SC=TAAAAACACAAATCAAGCTAC;SOR=1.154;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=142;TCF=88;TCR=54;TR=140;WE=8989411;WS=8989393;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,181:1.00:181
chr16	8992342	rs2304465	G	A	5533.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.837;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=608;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=90;NR=69;PP=2437;ReadPosRankSum=0.874;SC=CCAAAACCCCGAGCCTTCTCT;SOR=0.683;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=324;TCF=182;TCR=142;TR=159;WE=8992350;WS=8992332;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:317,281:0.47:598
chr16	8992828	rs2289109	G	T	1219.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-1.182;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.211;HP=3;HapScore=2;MGOF=29;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=8;PP=774;ReadPosRankSum=2.859;SC=ATGTGGTCAAGATGTGAGTGG;SOR=1.127;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=76;TCF=63;TCR=13;TR=44;WE=8992836;WS=8992818;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,54:0.55:98
chr16	8992868	rs2437724	AC	CA	8546.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=106;NR=41;PP=2947;SC=CAAGAAATGGACTGTCAGGTG;SOR=1.537;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=154;TCF=107;TCR=47;TR=147;WE=8992877;WS=8992858;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,193:1.00:193
chr16	8994563	rs2447919	C	T	998.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.595;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=19;PP=518;ReadPosRankSum=-0.381;SC=CTTCCATGTACTTAAGTATTT;SOR=0.634;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=67;TCF=31;TCR=36;TR=37;WE=8994571;WS=8994553;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,51:0.46:110
chr16	8995177	rs199579856	GAAA	G,GAA	1135.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.114;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.38;MQRankSum=0.381;QD=24.69;ReadPosRankSum=-0.943;SOR=1.508;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:2,23,21:0.50,0.46:46
chr16	8995927	rs2304466	G	A	1132.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=2.214;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.549;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=13;PP=622;ReadPosRankSum=-2.138;SC=CAGGCGTCTCGTGGGCACTTA;SOR=0.989;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=80;TCF=54;TCR=26;TR=41;WE=8995935;WS=8995901;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,53:0.48:110
chr16	8996377	rs2447918	C	T	156.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.114;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=5;PP=60;ReadPosRankSum=0.699;SC=AATAAAAACACGCTCATATTT;SOR=0.693;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=16;TCF=3;TCR=13;TR=6;WE=8996385;WS=8996367;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,9:0.50:18
chr16	8998571	rs2437727	G	C	372.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.815;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.470;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=8;PP=129;ReadPosRankSum=0.974;SC=AGGCTGAGGCGGGCCGATCAC;SOR=0.368;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=20;TCF=6;TCR=14;TR=12;WE=8998579;WS=8998561;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,19:0.59:32
chr16	9004564	rs2447916	C	A	16251.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=611;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=266;NR=148;PP=2965;SC=TAAAGAAGAACGCTACAACAG;SOR=1.192;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=414;TCF=266;TCR=148;TR=414;WE=9004572;WS=9004554;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,599:1.00:599
chr16	9010213	rs7195624	T	G	45.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=2.744;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=154;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=0;PP=22;ReadPosRankSum=-0.114;SC=TAACTAGACATCTGCTGCCTT;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=12;TCR=1;TR=3;WE=9010221;WS=9010203;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,3:0.27:11
chr16	9010260	rs138207509	ATTTTCTGAATTAGGTC	A	667.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.561;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=4;PP=2963;ReadPosRankSum=0.221;SC=AAAGATGGGCATTTTCTGAAT;SOR=0.776;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=16;TCF=8;TCR=8;TR=8;WE=9010283;WS=9010250;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,18:0.51:35
chr16	9010446	rs57510291	A	AC	4826.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=52;PP=2709;SC=CTCCATTTAAAGCTCAACTTT;SOR=0.743;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=60;TCF=7;TCR=53;TR=59;WE=9010454;WS=9010436;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr16	9010826	rs140589701	T	TAA	193.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.490;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=4.242;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.20;ReadPosRankSum=0.254;SOR=1.356;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,12:0.63:19
chr16	9014350	rs1677470	T	C	3959.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=33;NR=73;PP=2333;SC=AGAACACACATTTTATTCCCA;SOR=1.478;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=107;TCF=33;TCR=74;TR=106;WE=9014358;WS=9014340;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,140:1.00:140
chr16	9014385	rs7189170	G	A	845.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-0.160;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.925;HP=2;HapScore=2;MGOF=33;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=20;PP=449;ReadPosRankSum=2.543;SC=TTAGTGCCCTGTACTTAATAG;SOR=0.438;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=66;TCF=18;TCR=48;TR=29;WE=9014393;WS=9014375;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,40:0.47:86
chr16	9014434	rs2447912	T	G	909.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=31;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=6;NR=25;PP=620;SC=TCCCAACTTTTTTGCTAATTT;SOR=2.584;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=6;TCR=25;TR=31;WE=9014442;WS=9014424;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr16	9015252	rs30761	A	T	2046.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=31.98;SOR=1.127;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr16	9015252	.	ATTTCAT	TTTTCAC,TTTTCAT	576	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.37;FR=0.5000,0.5000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MMLQ=28;MQ=60.0;NF=3,22;NR=15,34;PP=330,576;QD=21.3037708257;SC=CCCATTTATGATTTCATTGCT;SbPval=0.98;Source=Platypus;TC=56;TCF=22;TCR=34;TR=18,56;WE=9015266;WS=9015242;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.32:56
chr16	9015258	rs9940652	T	C	454.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.325;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=7.747;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.22;ReadPosRankSum=-1.474;SOR=1.883;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:42,21:0.33:63
chr16	9017061	rs139138924	T	TACAACGATGTGGGGGTTTGTAGTTGCATCATTTAA	5316.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.83;QD=71.85;SOR=2.712;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
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chr16	10524957	rs34430103	G	T	5628.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.939;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=521;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.517;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=84;NR=81;PP=2642;ReadPosRankSum=0.227;SC=AGCATGAGGGGGCTTGTAGTC;SOR=0.675;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=319;TCF=163;TCR=156;TR=165;WE=10524965;WS=10524947;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:246,266:0.52:512
chr16	10525230	rs34404959	T	C	900.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-2.264;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=20;PP=336;ReadPosRankSum=0.053;SC=TTTTGAAAACTGATGAGTGTA;SOR=0.726;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=80;TCF=28;TCR=52;TR=30;WE=10525238;WS=10525220;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,49:0.42:117
chr16	10527613	rs7205853	C	A	291.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-0.698;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=11;PP=185;ReadPosRankSum=0.149;SC=CTTTCACTTGCTGCAGAGCTG;SOR=0.636;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=14;TCR=27;TR=17;WE=10527621;WS=10527603;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,17:0.37:46
chr16	10532211	rs1532824	A	C	143.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.362;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=6.818;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=11.98;ReadPosRankSum=-1.139;SOR=0.039;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,8:0.67:12
chr16	10566146	rs4453490	G	T	381.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=1.085;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.9999;FS=2.205;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=11;PP=249;ReadPosRankSum=1.186;SC=AAATGAAAAAGTTAAATGTAC;SOR=1.493;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=18;TCF=6;TCR=12;TR=16;WE=10566154;WS=10566136;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,18:0.82:22
chr16	10567751	rs56766112	C	CTTTTTTT	135.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.342;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=2.452;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.52;ReadPosRankSum=-1.055;SOR=0.188;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,6:0.20:30
chr16	10567984	rs62027485	G	A	258.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-1.254;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.561;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=9;PP=155;ReadPosRankSum=-0.046;SC=TTTAGCTCATGTGCAGATTCA;SOR=1.071;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=26;TCF=6;TCR=20;TR=12;WE=10567992;WS=10567974;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,14:0.45:31
chr16	10625605	rs149380057	GATGAATGA	G	1612.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.59;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr16	10625887	rs7195563	C	T	8920.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=336;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=118;NR=91;PP=2965;SC=GCATTCACCTCCCCATCTCCA;SOR=0.876;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=210;TCF=119;TCR=91;TR=209;WE=10625895;WS=10625877;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,330:1.00:330
chr16	10625997	rs7194566	G	A	7361.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=275;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=94;NR=98;PP=2965;SC=CAGGGAGCGCGTTAGAAATGC;SOR=0.801;SbPval=0.5;Source=Platypus;TCF=94;TR=192;WE=10626005;WS=10625987;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,272:1.00:272
chr16	10626059	rs35914943	AG	A	5271.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-1.028;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.174;NF=15;NR=86;PP=1981;ReadPosRankSum=0.194;SC=GTCTGGGGTGAGGGGGGGGGC;SOR=0.414;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=107;TCF=15;TCR=92;TR=101;WE=10626068;WS=10626049;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,181:0.99:182
chr16	10627085	rs4780939	A	G	598.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=12;PP=343;SC=TGTAGAGACAAGATTTTGCCA;SOR=1.721;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=4;TCR=12;TR=16;WE=10627093;WS=10627075;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr16	10631945	rs1504883	G	A	809.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-1.056;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=16;PP=325;ReadPosRankSum=-1.340;SC=CGGGAAAAGGGCAGGGGCGCA;SOR=0.640;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=63;TCF=21;TCR=42;TR=24;WE=10631953;WS=10631935;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,39:0.43:90
chr16	10631985	rs1504884	T	C	1358.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=26;PP=636;SC=GCCGGCACTGTGGGGTACACA;SOR=1.402;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=39;TCF=13;TCR=26;TR=39;WE=10631993;WS=10631975;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr16	10769958	rs2719710	T	C	13964.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=539;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=163;NR=171;PP=2965;SC=CTCCCGCAGCTGGATGGAGTT;SOR=0.727;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=335;TCF=163;TCR=172;TR=334;WE=10769966;WS=10769948;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,535:1.00:535
chr16	10770075	rs2719711	A	G	6168.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=44;NR=105;PP=2965;SC=GCAGTCCTGGAAGACCTCAGA;SOR=1.513;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=149;TCF=44;TCR=105;TR=149;WE=10770083;WS=10770065;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,217:1.00:217
chr16	10770091	rs2719712	T	C	4500.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.982;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.708;HP=3;HapScore=1;MGOF=36;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=91;PP=2345;ReadPosRankSum=-0.185;SC=TCAGAATCTGTGGTTTCTCCG;SOR=1.723;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=128;TCF=36;TCR=92;TR=126;WE=10770099;WS=10770081;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,171:0.99:173
chr16	10770160	rs12925749	C	T	1631.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-2.064;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=39;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=39;PP=1051;ReadPosRankSum=1.760;SC=TTGTAGGGTGCTTGGGATGTT;SOR=2.303;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=43;TCF=3;TCR=40;TR=42;WE=10770168;WS=10770150;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,54:0.98:55
chr16	10775822	rs10221070	G	T	2013.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=38;NR=19;PP=1085;SC=GACACGCCAGGGATGGGGAGG;SOR=1.432;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=57;TCF=38;TCR=19;TR=57;WE=10775830;WS=10775812;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr16	10776063	rs10221071	G	T	1380.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=11;NR=33;PP=898;SC=CCACACAGCAGGTGTGTGTTG;SOR=2.124;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=44;TCF=11;TCR=33;TR=44;WE=10776071;WS=10776053;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr16	10783088	.	TA	T	326.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.178;ClippingRankSum=0.000;DP=261;ExcessHet=3.0103;FS=2.120;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.04;MQRankSum=1.913;QD=1.32;ReadPosRankSum=0.379;SOR=0.708;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:184,64:0.26:248
chr16	10788106	rs2251984	A	G	3392.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=81;NR=25;PP=2118;SC=CAAGGGAAGCAGAATGAGCGT;SOR=2.176;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=106;TCF=81;TCR=25;TR=106;WE=10788114;WS=10788096;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
chr16	10788129	rs2251985	G	T	5045.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=100;NR=40;PP=2871;SC=AGTATCCCCAGGACACAGCCA;SOR=1.703;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=140;TCF=100;TCR=40;TR=140;WE=10788137;WS=10788119;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,182:1.00:182
chr16	10788624	rs145995713	T	C	2540.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.960;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=248;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=38;PP=1087;ReadPosRankSum=-0.442;SC=GTAGGGCTGATAGCATTCCTG;SOR=0.706;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=136;TCF=59;TCR=77;TR=67;WE=10788632;WS=10788614;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:120,123:0.51:243
chr16	10840847	rs4780323	C	G	711.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=0.805;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.122;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=7;PP=477;ReadPosRankSum=-2.304;SC=GCACTTATTTCTACCATTGTC;SOR=0.489;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=64;TCF=50;TCR=14;TR=31;WE=10840855;WS=10840837;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,32:0.48:66
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chr16	10855521	rs36097495	CT	C	198.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.693;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FS=4.722;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.11;MQRankSum=2.597;QD=1.06;ReadPosRankSum=-1.091;SOR=1.133;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:147,41:0.22:188
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chr16	10861914	rs2233541	T	C	2632.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.035;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=276;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.459;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=49;PP=1038;ReadPosRankSum=0.278;SC=GAGTACTAAATGCAGATGCCT;SOR=0.600;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=188;TCF=81;TCR=107;TR=89;WE=10861922;WS=10861904;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:137,134:0.49:271
chr16	10862964	rs11716	A	G	1997.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=0.447;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=256;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.544;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=27;PP=835;ReadPosRankSum=-0.481;SC=AGTTCCTGAAACGAGAGAATG;SOR=0.578;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=132;TCF=61;TCR=71;TR=52;WE=10862972;WS=10862954;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:148,104:0.41:252
chr16	10864350	rs9925173	T	A	577.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.221;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=14;PP=314;ReadPosRankSum=1.349;SC=AGGACGGTTCTACCCATTTCA;SOR=0.749;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=44;TCF=16;TCR=28;TR=22;WE=10864358;WS=10864340;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,28:0.51:55
chr16	10989374	rs11074937	C	T	6505.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=67;NR=109;PP=2965;SC=CTGGTCCCTGCCCTCCCGTCA;SOR=1.149;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=176;TCF=67;TCR=109;TR=176;WE=10989382;WS=10989364;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,230:1.00:230
chr16	10992715	rs6498121	T	G	3635.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=36;NR=45;PP=1703;SC=CCAAGGTGGGTACAATAGAGA;SOR=0.886;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=81;TCF=36;TCR=45;TR=81;WE=10992723;WS=10992705;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,134:1.00:134
chr16	10995235	rs45508200	C	T	3974.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.381;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=431;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=82;NR=58;PP=1922;ReadPosRankSum=-0.498;SC=AATGTTAGAGCGAGGGGAGGA;SOR=0.700;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=283;TCF=164;TCR=119;TR=140;WE=10995252;WS=10995225;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:223,199:0.47:422
chr16	10995850	rs6498124	G	T	1744.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=51;NR=3;PP=1370;SC=TCCCAGGAAGGCCCCTCCAAG;SOR=4.443;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=54;TCF=51;TCR=3;TR=54;WE=10995858;WS=10995840;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr16	10995933	rs8046121	A	G	7477.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=285;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=118;NR=69;PP=2965;SC=TCTCCTAGTGAGACCAGTGAG;SOR=1.170;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=188;TCF=119;TCR=69;TR=187;WE=10995941;WS=10995923;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,277:1.00:277
chr16	10996332	rs6498125	C	G	31.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.515;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=3.53;ReadPosRankSum=-1.180;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,3:0.33:9
chr16	11001743	rs2229320	G	A	2092.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.843;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.684;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=38;PP=1055;ReadPosRankSum=2.195;SC=GGCTGCAGCCGGGGACACTGC;SOR=0.711;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=144;TCF=72;TCR=72;TR=70;WE=11001751;WS=11001733;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:110,100:0.48:210
chr16	11002133	rs4781018	C	G	1666.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=29;PP=834;SC=AGAATGGATTCTCTCCATTTT;SOR=1.329;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=43;TCF=14;TCR=29;TR=43;WE=11002141;WS=11002123;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr16	11002904	rs2228238	G	A	7613.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.864;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=289;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=126;NR=79;PP=2965;ReadPosRankSum=0.175;SC=TGAGCGACACGGTGGCGCTGT;SOR=1.080;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=208;TCF=127;TCR=81;TR=205;WE=11002912;WS=11002894;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,283:0.99:285
chr16	11002927	rs7197779	A	G	10823.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=422;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=153;NR=117;PP=2965;SC=GAGTCCCTGCAGCAGCATGGG;SOR=0.903;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=270;TCF=153;TCR=117;TR=270;WE=11002935;WS=11002917;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,416:1.00:416
chr16	11010150	rs6498130	G	T	896.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.402;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.718;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=5;PP=518;ReadPosRankSum=-0.724;SC=GGCTGAGGAGGCCCTCACTGG;SOR=1.332;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=58;TCF=43;TCR=15;TR=29;WE=11010158;WS=11010140;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,40:0.49:81
chr16	11012234	rs45509299	T	C	5346.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=1.067;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=488;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=86;NR=60;PP=2477;ReadPosRankSum=0.174;SC=AGAACTCTCCTTGAGGTCAAA;SOR=0.686;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=286;TCF=170;TCR=116;TR=146;WE=11012242;WS=11012224;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:235,252:0.52:487
chr16	11015906	rs6498134	A	G	3513.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=76;NR=29;PP=2177;SC=ATAAATATTGATTCCTTCCCC;SOR=1.812;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=105;TCF=76;TCR=29;TR=105;WE=11015914;WS=11015896;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr16	11016045	rs2229322	C	T	5242.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.527;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=424;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=72;NR=78;PP=2104;ReadPosRankSum=1.688;SC=ACTGCATCTGCGACGTGGGAG;SOR=0.689;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=249;TCF=117;TCR=132;TR=150;WE=11016053;WS=11016035;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:167,251:0.60:418
chr16	11016508	rs57798917	G	A	177.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=4.186;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.814;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=8;PP=148;ReadPosRankSum=0.519;SC=TCTGTAAAGTGGGGACAGTAA;SOR=2.564;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=3;TCR=18;TR=8;WE=11016516;WS=11016498;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,8:0.33:24
chr16	11017058	rs4781024	G	A	4343.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=-1.803;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=439;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.105;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=76;NR=51;PP=1981;ReadPosRankSum=-0.783;SC=CCTCTAACCTGGCTCTGAGTC;SOR=0.838;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=237;TCF=137;TCR=100;TR=127;WE=11017066;WS=11017048;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:212,217:0.51:429
chr16	11038824	rs3743976	C	T	69.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.973;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=5.81;ReadPosRankSum=-0.114;SOR=0.269;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,4:0.33:12
chr16	11062936	rs17229044	C	T	145.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.857;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.358;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=0;PP=47;ReadPosRankSum=-0.026;SC=GATTCAAGTACATTAACGTGG;SOR=0.078;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=9;TCR=0;TR=4;WE=11062944;WS=11062935;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,7:0.54:13
chr16	11064865	rs35498388	AT	A	315.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.431;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=1.602;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.21;MQRankSum=0.856;QD=6.44;ReadPosRankSum=0.174;SOR=1.308;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,32:0.65:49
chr16	11114006	rs2286975	G	A	2154.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.323;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.980;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=27;PP=983;ReadPosRankSum=-0.707;SC=ATCTAGGGCTGAAAAGCTGTC;SOR=0.918;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=141;TCF=79;TCR=62;TR=70;WE=11114014;WS=11113996;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:116,109:0.48:225
chr16	11136048	rs2302557	C	G	4375.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=52;NR=42;PP=1996;SC=GGATAGGCAGCAGTCTTGGGT;SOR=0.837;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=94;TCF=52;TCR=42;TR=94;WE=11136056;WS=11136038;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,161:1.00:161
chr16	11137740	rs35371708	GA	G	462.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.063;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FS=1.989;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.12;MQRankSum=2.071;QD=4.37;ReadPosRankSum=1.829;SOR=1.056;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:64,42:0.40:106
chr16	11154770	rs2286973	G	A	2407.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.825;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=247;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=33;PP=1153;ReadPosRankSum=0.393;SC=CCATCCGGGTGTTCTTCATGC;SOR=0.696;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=166;TCF=95;TCR=71;TR=77;WE=11154778;WS=11154760;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:121,119:0.50:240
chr16	11214668	rs3217121	AAC	A,AACAC	853.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=1.329;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=0,0;NR=32,32;PP=933,531;ReadPosRankSum=1.443;SC=GTTGGCTACAAACACACACAC;SOR=1.085;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=49;TCF=0;TCR=49;TR=32,32;WE=11214679;WS=11214658;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.52,0.40:40
chr16	11250413	rs7189563	C	A	3579.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-3.635;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=33;PP=1684;ReadPosRankSum=-1.245;SC=ACCCGCCTTCCTCCTGCTGCC;SOR=0.723;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=97;TCF=63;TCR=34;TR=94;WE=11250421;WS=11250403;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,138:0.98:141
chr16	11250774	rs370045010	GC	G	124.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.032;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=10.39;ReadPosRankSum=1.519;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,7:0.58:12
chr16	11348706	rs11549428	C	G	1943.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.376;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.547;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=21;PP=840;ReadPosRankSum=1.057;SC=CCGGTCAAATCTGGAAGGGGA;SOR=0.708;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=107;TCF=55;TCR=52;TR=51;WE=11348714;WS=11348696;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,89:0.53:167
chr16	11349403	rs27829	A	C	2025.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=21;NR=36;PP=944;SC=AGAGACAAAGAGGTGAGCTGG;SOR=1.136;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=57;TCF=21;TCR=36;TR=57;WE=11349411;WS=11349393;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr16	11350059	rs27831	T	C	1483.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=14;PP=489;SC=GCTCGCTCTGTTCGGCGCCCG;SOR=0.841;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=11;TCR=14;TR=25;WE=11350067;WS=11350049;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr16	11367143	rs438289	G	A	6926.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=71;NR=29;PP=2108;SC=GTTGCGGGTCGGGAGGGTGTC;SOR=1.478;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=100;TCF=71;TCR=29;TR=100;WE=11367162;WS=11367133;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,157:1.00:157
chr16	11367154	rs429744	C	T	7148.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=73;NR=34;PP=2332;SC=GGAGGGTGTCCGCTTGGGCTC;SOR=1.377;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=109;TCF=74;TCR=35;TR=107;WE=11367162;WS=11367133;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,164:1.00:164
chr16	11369855	rs2070923	G	T	1754.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.280;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FS=8.596;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.98;MQRankSum=0.000;QD=11.54;ReadPosRankSum=2.424;SOR=0.318;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:65,87:0.57:152
chr16	11369930	rs1646022	C	G	1494.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.586;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.011;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=29;PP=1154;ReadPosRankSum=-1.608;SC=CAGGGACATGCAGGGCAAGGC;SOR=1.196;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=131;TCF=70;TCR=61;TR=63;WE=11369938;WS=11369920;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,69:0.43:159
chr16	11374866	rs737008	G	T	1576.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=2.005;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.548;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=19;PP=837;ReadPosRankSum=1.564;SC=CTTCTACATCGCGGTCTGTAC;SOR=0.989;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=124;TCF=74;TCR=50;TR=55;WE=11374874;WS=11374856;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:96,77:0.45:173
chr16	11439639	rs918737	T	C	1083.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=2.038;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=14;PP=426;ReadPosRankSum=1.014;SC=GCCCGGGCCTTACCGGGCGCC;SOR=0.732;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=46;TCF=22;TCR=24;TR=26;WE=11439647;WS=11439629;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,51:0.56:91
chr16	11439733	rs918739	G	T	624.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-1.004;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=15;PP=368;ReadPosRankSum=-0.649;SC=GGCGGGTCTGGCCCTCCTCCG;SOR=0.616;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=39;TCF=16;TCR=23;TR=26;WE=11439741;WS=11439723;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,31:0.60:52
chr16	11444403	rs2032929	T	C	247.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.235;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.320;HP=2;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=4;PP=116;ReadPosRankSum=-0.204;SC=GCCGAGATTGTGCCACTGCAC;SOR=0.999;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=29;TCF=18;TCR=11;TR=12;WE=11444411;WS=11444393;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,14:0.38:37
chr16	11444430	rs2032930	T	G	412.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.656;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.42;ReadPosRankSum=-0.694;SOR=0.830;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,22:0.45:49
chr16	11444454	rs57767216	GA	G	2020.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=29.29;SOR=1.054;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr16	11444469	rs2032931	C	T	766.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.488;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FS=0.770;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.99;ReadPosRankSum=-0.111;SOR=0.606;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:53,43:0.45:96
chr16	11537347	.	A	AAGAGAGAG,AAGAGAGAGAGAGAG	3517.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=61.27;QD=76.47;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:0,27,19:0.59,0.41:46
chr16	11537471	rs12925081	C	T	2327.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.847;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.110;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=-1.468;NF=32;NR=38;PP=1002;ReadPosRankSum=-1.749;SC=GGAAGAAGACCCGGATGGGGT;SOR=0.594;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=148;TCF=60;TCR=88;TR=70;WE=11537479;WS=11537461;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:96,107:0.53:203
chr16	11540596	rs4359463	A	C	2719.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.980;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=301;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.892;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=54;PP=1635;ReadPosRankSum=0.729;SC=TGCCCCAGACACACTCACGTA;SOR=0.755;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=216;TCF=102;TCR=114;TR=100;WE=11540604;WS=11540586;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:161,130:0.45:291
chr16	11540712	rs4500747	T	C	1841.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.118;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.168;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=40;PP=806;ReadPosRankSum=1.375;SC=GCCTATCAGCTGTGAAGGTCT;SOR=0.824;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=130;TCF=47;TCR=83;TR=60;WE=11540720;WS=11540702;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:94,91:0.49:185
chr16	11541685	rs4296278	A	G	1159.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.070;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.745;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=10;PP=705;ReadPosRankSum=-1.240;SC=AGGTCAGCAGAGATTCTCCAG;SOR=0.985;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=79;TCF=57;TCR=22;TR=41;WE=11541693;WS=11541675;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,52:0.51:101
chr16	11541896	rs4238608	G	A	2906.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.938;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=295;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.898;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=53;PP=1316;ReadPosRankSum=0.585;SC=GCACCAATCCGCACAGCCGTG;SOR=0.769;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=182;TCF=76;TCR=106;TR=90;WE=11541904;WS=11541886;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:146,143:0.49:289
chr16	11542894	rs4467099	C	T	3700.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-2.053;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=408;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.528;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=75;NR=51;PP=1643;ReadPosRankSum=-0.121;SC=TGCACTGCTGCGTTCCAGGCT;SOR=0.647;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=248;TCF=153;TCR=95;TR=126;WE=11542902;WS=11542884;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:215,186:0.46:401
chr16	11544673	rs12932948	G	A	1907.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.126;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.566;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=31;PP=828;ReadPosRankSum=-0.306;SC=CAGGTTCAAGGCTCCTGCAAG;SOR=0.773;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=105;TCF=46;TCR=59;TR=55;WE=11544681;WS=11544663;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,91:0.54:170
chr16	11544741	rs6498192	G	A	945.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.262;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.724;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=22;PP=556;ReadPosRankSum=0.841;SC=GCAGGCAGCTGGAGGTCCCGA;SOR=0.776;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=72;TCF=26;TCR=46;TR=36;WE=11544749;WS=11544731;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,48:0.44:108
chr16	11544824	rs6498194	G	A	113.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=1.615;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.368;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=7;PP=116;ReadPosRankSum=0.677;SC=TTTCTAGGACGTTGGTAATGT;SOR=2.833;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=23;TCF=5;TCR=18;TR=8;WE=11544832;WS=11544814;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,7:0.27:26
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chr16	11553842	rs7206698	G	C	3401.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.824;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=377;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.680;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=53;PP=1488;ReadPosRankSum=-0.682;SC=TCTTGTCCCAGTGCTTCCCGT;SOR=0.791;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=227;TCF=111;TCR=116;TR=97;WE=11553850;WS=11553832;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:206,170:0.45:376
chr16	11554737	rs8046254	C	T	370.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.66;BaseQRankSum=-0.104;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=2;PP=164;ReadPosRankSum=-0.424;SC=CAGCGTATCTCAGCTCACGGA;SOR=0.776;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=21;TCF=16;TCR=5;TR=10;WE=11554745;WS=11554727;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,17:0.47:36
chr16	11554867	rs8050530	C	T	1953.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.204;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.839;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=22;PP=941;ReadPosRankSum=-0.087;SC=GAGCTGGCCCCGTTGCTGCAG;SOR=0.846;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=126;TCF=79;TCR=47;TR=64;WE=11554875;WS=11554857;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,93:0.51:183
chr16	11555016	rs6498202	C	G	2837.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.137;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=288;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.418;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=49;PP=1278;ReadPosRankSum=1.029;SC=GGTCAGCCCCCAGGGACCAGC;SOR=0.795;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=156;TCF=66;TCR=90;TR=84;WE=11555024;WS=11555006;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:141,142:0.50:283
chr16	11556121	rs4254342	A	G	840.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.444;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.886;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=25;PP=604;ReadPosRankSum=1.088;SC=GGAACCGCTCAGCCTCGCCAC;SOR=0.894;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=65;TCF=18;TCR=47;TR=36;WE=11556129;WS=11556111;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,38:0.44:86
chr16	11643631	rs9935945	G	A	1976.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.616;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=44;PP=1092;ReadPosRankSum=1.638;SC=CACGGAGCGCGTTACTGATCA;SOR=0.681;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=114;TCF=36;TCR=78;TR=66;WE=11643639;WS=11643621;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,91:0.53:172
chr16	11643727	rs79852290	G	A	632.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=0.396;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.337;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=15;PP=354;ReadPosRankSum=-0.944;SC=GGAATTTTGAGATGGGATCAT;SOR=1.115;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=35;TCF=11;TCR=24;TR=21;WE=11643735;WS=11643717;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,30:0.54:56
chr16	11650325	rs3743582	G	A	1937.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.805;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.276;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=31;PP=931;ReadPosRankSum=-1.258;SC=CCAGGGTGGAGGGCCAAGGAA;SOR=0.761;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=135;TCF=68;TCR=67;TR=57;WE=11650333;WS=11650315;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:96,92:0.49:188
chr16	11769948	rs1050068	C	T	2996.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.144;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=335;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.829;HP=4;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=52;PP=1377;ReadPosRankSum=0.755;SC=CCACCACGGGCGTGGTCACAG;SOR=0.763;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=202;TCF=97;TCR=105;TR=97;WE=11769956;WS=11769938;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:183,152:0.45:335
chr16	11769963	rs1050069	C	T	2936.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-1.127;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=357;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.803;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=51;PP=1252;ReadPosRankSum=0.356;SC=TCACAGTCATCGTCATCCTCA;SOR=0.740;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=204;TCF=97;TCR=107;TR=95;WE=11769971;WS=11769953;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:197,156:0.44:353
chr16	11773662	rs3190321	C	G	1347.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=1.883;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=38;PP=893;ReadPosRankSum=1.144;SC=GTGATGGGGACGTCTTCGGGG;SOR=0.766;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=106;TCF=32;TCR=74;TR=54;WE=11773670;WS=11773652;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,62:0.50:124
chr16	11773743	rs7188511	G	T	296.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=0.707;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.746;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=12;PP=233;ReadPosRankSum=0.118;SC=CCAACACAATGAGTCCAAAAG;SOR=1.627;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=31;TCF=6;TCR=25;TR=14;WE=11773751;WS=11773733;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,14:0.41:34
chr16	11797365	rs71406275	TAC	T	143.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.038;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=4;PP=170;ReadPosRankSum=0.678;SC=AGGCTTTTGATACACACACAC;SOR=0.804;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=27;TCF=13;TCR=14;TR=8;WE=11797376;WS=11797355;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,13:0.25:52
chr16	11815336	rs116983106	C	G	258.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.426;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=1.243;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.64;ReadPosRankSum=2.202;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,20:0.51:39
chr16	11824056	rs11639945	T	G	930.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=14;NR=10;PP=451;SC=GACCTTCAAATAGTTATATAC;SOR=0.869;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=24;TCF=14;TCR=10;TR=24;WE=11824064;WS=11824046;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr16	11828018	rs4780398	A	G	1372.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=15;NR=26;PP=700;SC=ATTTAAAAATAGAATGATTCC;SOR=1.329;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=41;TCF=15;TCR=26;TR=41;WE=11828026;WS=11828008;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr16	11859034	rs75779711	C	A	606.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=9;NR=11;PP=372;SC=GAAAGATTATCAAAAAAAATA;SOR=0.963;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=21;TCF=9;TCR=12;TR=20;WE=11859042;WS=11859024;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr16	11862376	rs34038330	G	GA	140.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.257;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FS=1.275;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.55;MQRankSum=3.387;QD=2.39;ReadPosRankSum=0.401;SOR=0.425;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:43,16:0.27:59
chr16	11870561	.	G	T	1001.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-2.513;ClippingRankSum=0.000;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.944;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=11;PP=506;ReadPosRankSum=-0.018;SC=CATTTATTATGATGTAAATGG;SOR=0.377;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=79;TCF=58;TCR=21;TR=34;WE=11870569;WS=11870551;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,48:0.46:104
chr16	11969724	rs33657	G	C	12282.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-2.095;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=463;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=124;NR=140;PP=2965;ReadPosRankSum=0.451;SC=GATCTTGTTTGACAAAACGGG;SOR=0.343;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=266;TCF=125;TCR=141;TR=264;WE=11969732;WS=11969714;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,457:1.00:458
chr16	11991944	rs33635	C	T	1028.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=8;NR=24;PP=664;SC=CCATCCATTTCACTTATCTTT;SOR=1.863;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=8;TCR=24;TR=32;WE=11991952;WS=11991934;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr16	12008941	rs33619	T	G	7424.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=281;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=73;NR=131;PP=2965;SC=CCATCTCAAGTGGGTAACTGC;SOR=1.265;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=206;TCF=73;TCR=133;TR=204;WE=12008949;WS=12008931;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,273:1.00:273
chr16	12009279	rs424518	A	G	7768.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.201;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=298;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=26.70;ReadPosRankSum=1.345;SOR=0.405;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,290:1.00:291
chr16	12009614	rs435108	G	A	4462.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=79;NR=38;PP=2965;SC=ACAGAGAGCGGGAAATGGAGG;SOR=1.626;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=120;TCF=82;TCR=38;TR=117;WE=12009622;WS=12009604;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,146:1.00:146
chr16	12009781	rs434762	G	A	19750.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=2.699;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=747;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=213;NR=218;PP=2965;ReadPosRankSum=2.421;SC=CGGCGGCGGCGGCAGCTCAAC;SOR=0.701;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=435;TCF=216;TCR=219;TR=431;WE=12009789;WS=12009771;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:6,739:0.99:745
chr16	12021332	rs256390	G	A	6253.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=75;NR=91;PP=2965;SC=TCTTGGGTTCGGGTGGTGATT;SOR=0.911;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=170;TCF=76;TCR=94;TR=166;WE=12021340;WS=12021322;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,200:1.00:200
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chr16	12021388	.	T	C	1422.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.654;ClippingRankSum=0.000;DP=267;ExcessHet=3.0103;FS=12.222;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.38;MQRankSum=-1.763;QD=5.35;ReadPosRankSum=-7.948;SOR=0.791;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:164,102:0.38:266
chr16	12021395	.	C	G	1114.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.789;ClippingRankSum=0.000;DP=227;ExcessHet=3.0103;FS=5.868;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.33;MQRankSum=-1.855;QD=4.91;ReadPosRankSum=-8.235;SOR=0.671;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:152,75:0.33:227
chr16	12021398	.	T	C	847.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.740;ClippingRankSum=0.000;DP=224;ExcessHet=3.0103;FS=4.385;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.40;MQRankSum=-2.044;QD=4.12;ReadPosRankSum=-8.628;SOR=0.575;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:144,62:0.30:206
chr16	12021403	.	A	G	706.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.982;ClippingRankSum=0.000;DP=198;ExcessHet=3.0103;FS=1.340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.47;MQRankSum=-1.809;QD=3.93;ReadPosRankSum=-9.283;SOR=0.577;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:134,46:0.26:180
chr16	12031390	rs677507	C	T	8216.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=312;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=122;NR=71;PP=2965;SC=AAAGTTAGTACACTCACCCAA;SOR=1.041;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=194;TCF=122;TCR=72;TR=193;WE=12031398;WS=12031380;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,311:1.00:311
chr16	12031448	rs636664	T	C	8733.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=343;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=101;NR=109;PP=2965;SC=TTCTCGGAAATGCAATAATGA;SOR=0.729;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=210;TCF=101;TCR=109;TR=210;WE=12031456;WS=12031438;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,342:1.00:342
chr16	12060163	rs373496	A	G	5272.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=52;NR=82;PP=2621;SC=AGGAAGATAAACTCTGAACCA;SOR=1.059;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=135;TCF=52;TCR=83;TR=134;WE=12060171;WS=12060153;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,202:1.00:202
chr16	12145683	rs373216147	CT	C	499.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.297;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FS=2.641;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.42;ReadPosRankSum=0.493;SOR=0.462;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:86,60:0.41:146
chr16	12154875	rs3894905	G	A	453.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-0.657;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.172;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=12;PP=225;ReadPosRankSum=0.461;SC=ATTTCGGAACGTGGAGCAGAT;SOR=0.211;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=28;TCF=4;TCR=24;TR=15;WE=12154883;WS=12154865;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,20:0.65:31
chr16	12162969	rs1641843	A	G	1946.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-1.497;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=282;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.409;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=32;PP=849;ReadPosRankSum=-0.192;SC=ACGTTCTCCCAGATCCTGGAC;SOR=0.627;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=169;TCF=82;TCR=87;TR=69;WE=12162977;WS=12162959;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:157,109:0.41:266
chr16	12181510	rs11648468	C	T	559.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-3.472;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.203;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=4;PP=313;ReadPosRankSum=0.217;SC=CGTCATTATGCGAGATGCCTC;SOR=0.307;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=42;TCF=35;TCR=7;TR=20;WE=12181518;WS=12181500;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,26:0.54:48
chr16	12181702	rs11648228	G	T	4544.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=2.793;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=461;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.733;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=84;NR=60;PP=2278;ReadPosRankSum=2.173;SC=CCTGGTTGACGTGGCTGGGAA;SOR=0.856;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=276;TCF=150;TCR=126;TR=144;WE=12181710;WS=12181692;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:234,216:0.48:450
chr16	12183500	rs12596549	C	A	381.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.357;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.120;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=4;PP=192;ReadPosRankSum=-0.331;SC=GCTGGCATTGCGCTGCCAGAA;SOR=1.300;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=28;TCF=18;TCR=10;TR=14;WE=12183508;WS=12183490;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,18:0.55:33
chr16	12223637	rs62038898	A	G	415.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-0.221;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.204;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=10;PP=240;ReadPosRankSum=1.005;SC=TGAGGGATGGAGAGGTAAGCA;SOR=0.928;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=35;TCF=16;TCR=19;TR=16;WE=12223645;WS=12223627;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,21:0.50:42
chr16	12296803	rs1701115	G	T	11394.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=415;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=199;NR=92;PP=2965;SC=CTGGTGGCGTGGGAGGTGACA;SOR=1.369;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=291;TCF=199;TCR=92;TR=291;WE=12296811;WS=12296793;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,413:1.00:413
chr16	12297234	.	A	G	2962	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.6;FR=0.5000;HP=1;HapScore=1;MGOF=28;MMLQ=22;MQ=57.78;NF=187;NR=101;PP=2962;QD=20;SC=GGAGGTGACAACTCTGAAGTT;SbPval=0.93;Source=Platypus;TC=834;TCF=453;TCR=381;TR=288;WE=12297255;WS=12297224;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:546,288:0.35:834
chr16	12297247	.	A	G	2962	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.6;FR=0.5000;HP=2;HapScore=1;MGOF=28;MMLQ=17;MQ=58.05;NF=215;NR=124;PP=2962;QD=20;SC=CTGAAGTTGTATAGTGTGGCC;SbPval=0.92;Source=Platypus;TC=871;TCF=460;TCR=411;TR=339;WE=12297255;WS=12297224;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:532,339:0.39:871
chr16	12297313	.	T	A	2962	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;FR=0.5000;HP=3;HapScore=1;MGOF=52;MMLQ=20;MQ=56.62;NF=133;NR=232;PP=2962;QD=20;SC=TTGTGTAGTGTGGCCTTGCTG;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=836;TCF=388;TCR=448;TR=365;WE=12297321;WS=12297303;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:471,365:0.44:836
chr16	12297353	.	GT	AG	2944	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;FR=0.5000;HP=1;HapScore=1;MGOF=40;MMLQ=28;NF=66;NR=158;PP=2944;QD=20;SC=TGGAGGTGACGTCTCTGAAGT;SbPval=0.96;Source=Platypus;TCF=282;TR=224;WE=12297362;WS=12297343;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:441,224:0.34:665
chr16	12297562	rs1701113	G	A	4258.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=29;NR=84;PP=2612;SC=TTTGCTGTAAGACAACCATCC;SOR=1.826;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=113;TCF=29;TCR=84;TR=113;WE=12297570;WS=12297552;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,149:1.00:149
chr16	12536703	rs11075077	A	G	292.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.61;BaseQRankSum=0.914;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=2;PP=76;ReadPosRankSum=0.100;SC=CTCCCATCTCAGCCTCACAAG;SOR=0.941;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=15;TCF=9;TCR=6;TR=6;WE=12536711;WS=12536693;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,15:0.54:28
chr16	12536988	rs11646776	A	T	664.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.545;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.834;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=16;PP=336;ReadPosRankSum=-1.152;SC=ATCTGCCTAAATCCTGCCGGG;SOR=0.330;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=34;TCF=9;TCR=25;TR=23;WE=12536996;WS=12536978;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,31:0.65:48
chr16	12758966	rs1713480	T	C	8398.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=317;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=77;NR=115;PP=2965;SC=GAACACGACTTTGACACCTGC;SOR=0.925;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=193;TCF=77;TCR=116;TR=192;WE=12758974;WS=12758956;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,313:1.00:313
chr16	12759027	rs1713479	A	G	3358.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=22;NR=66;PP=1946;SC=TAGGTAACCTAGGGTCTCCAG;SOR=1.797;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=89;TCF=23;TCR=66;TR=88;WE=12759035;WS=12759017;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr16	13002359	rs9938751	T	C	10905.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=421;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=138;NR=119;PP=2965;SC=CTGCTGTTTATGGAGGCACAG;SOR=0.792;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=257;TCF=138;TCR=119;TR=257;WE=13002367;WS=13002349;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,420:1.00:420
chr16	13297242	rs13331224	C	T	1960.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.330;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.436;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=19;PP=1194;ReadPosRankSum=-0.481;SC=TCTGTGTCTTCACTTCCAGAT;SOR=0.553;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=120;TCF=86;TCR=34;TR=66;WE=13297250;WS=13297232;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,83:0.57:145
chr16	13307302	rs7195991	C	A	1813.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-4.442;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.475;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=46;PP=980;ReadPosRankSum=-1.305;SC=CGTCTAAGTTCCAGTGTGTAG;SOR=0.388;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=115;TCF=34;TCR=81;TR=69;WE=13307310;WS=13307292;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,85:0.60:141
chr16	14013993	rs1799797	T	A	828.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-1.474;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=10;PP=560;ReadPosRankSum=0.561;SC=TTCCTTCGGCTGCGTTCGGCT;SOR=0.674;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=84;TCF=62;TCR=22;TR=38;WE=14014001;WS=14013983;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,41:0.43:96
chr16	14014240	rs762521	G	A	649.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.929;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=17;PP=347;ReadPosRankSum=-0.336;SC=GTGCGGCCGCGCTGGCGCGGG;SOR=0.633;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=66;TCF=20;TCR=46;TR=24;WE=14014248;WS=14014230;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,34:0.42:81
chr16	14016109	rs34861763	C	CT	57.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.145;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=4.425;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.11;ReadPosRankSum=0.148;SOR=0.155;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,11:0.21:52
chr16	14026007	rs254942	G	A	2894.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=41;NR=30;PP=1333;SC=TTAACTTTTCGTATTAGGTTG;SOR=0.912;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=72;TCF=42;TCR=30;TR=71;WE=14026015;WS=14025997;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr16	14026902	rs11337706	CA	C	213.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.196;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=12.503;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.34;ReadPosRankSum=1.766;SOR=1.828;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,28:0.70:40
chr16	14026951	rs3136130	G	T	823.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.61;BaseQRankSum=-0.196;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.723;HP=1;HapScore=2;MGOF=29;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=19;PP=614;ReadPosRankSum=0.417;SC=GTAGCCTGGCGAGGTGATGTG;SOR=0.747;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=80;TCF=40;TCR=40;TR=42;WE=14026959;WS=14026941;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,48:0.45:107
chr16	14031520	rs31869	G	A	299.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=2;PP=216;SC=TCAAATATTTGTTATTTGAGC;SOR=1.802;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=8;TCR=2;TR=10;WE=14031528;WS=14031510;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr16	14038545	rs1799799	T	C	3030.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.834;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FS=3.032;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=21.05;ReadPosRankSum=-0.279;SOR=0.477;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:65,79:0.55:144
chr16	14038552	rs1799800	G	A	3206.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.239;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FS=2.013;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=20.30;ReadPosRankSum=0.163;SOR=0.539;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:71,87:0.55:158
chr16	14041667	.	C	T	3089.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.396;ClippingRankSum=0.000;DP=332;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=48;PP=1505;ReadPosRankSum=2.815;SC=CTTTAAATAACGGCCGCCTCT;SOR=0.699;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=232;TCF=120;TCR=112;TR=102;WE=14041675;WS=14041657;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:177,149:0.46:326
chr16	14041958	rs1799801	T	C	3129.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.355;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=392;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.857;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=67;PP=1536;ReadPosRankSum=-0.056;SC=CAGCAGATTCTGAAACCCTTC;SOR=0.884;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=264;TCF=125;TCR=139;TR=120;WE=14041966;WS=14041948;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:224,164:0.42:388
chr16	14530726	rs113631743	G	A	1403.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=1.381;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=36;PP=930;ReadPosRankSum=0.099;SC=GGCCTGTGACGGCTGCAGACG;SOR=0.692;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=101;TCF=31;TCR=70;TR=53;WE=14530734;WS=14530716;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,60:0.49:123
chr16	14675943	rs72787692	C	G	1480.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.398;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.327;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=14;PP=669;ReadPosRankSum=-2.348;SC=AAGCCCCACACTCGACAGTAA;SOR=0.492;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=80;TCF=54;TCR=26;TR=38;WE=14675951;WS=14675933;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,68:0.54:127
chr16	14700251	rs113976422	AG	A	73.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.387;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FS=1.105;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.04;ReadPosRankSum=-1.115;SOR=1.007;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:55,16:0.23:71
chr16	14700254	rs4782156	G	A	1224.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.882;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FS=2.324;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.33;ReadPosRankSum=0.699;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,59:0.79:75
chr16	14738116	.	G	GT	56.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.531;ClippingRankSum=0.000;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=3.653;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.90;ReadPosRankSum=0.893;SOR=1.569;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:51,12:0.19:63
chr16	14738525	rs376559546	CT	C	118.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.224;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FS=2.906;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.98;ReadPosRankSum=-0.800;SOR=0.317;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,21:0.35:60
chr16	14742400	rs11546303	T	G	2623.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.551;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=271;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.471;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=46;PP=1166;ReadPosRankSum=-1.547;SC=AATCAGCAGATGGGAGGGGGA;SOR=0.813;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=157;TCF=67;TCR=90;TR=76;WE=14742408;WS=14742390;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:138,129:0.48:267
chr16	14772624	.	C	CA	30.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.426;ClippingRankSum=0.000;DP=180;ExcessHet=3.0103;FS=0.823;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.12;MQRankSum=3.160;QD=0.19;ReadPosRankSum=2.302;SOR=0.568;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:141,25:0.15:166
chr16	14951630	rs199610264	CT	C	673.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.810;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FS=2.224;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.98;MQRankSum=-0.392;QD=9.36;ReadPosRankSum=-1.342;SOR=1.727;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,56:0.78:72
chr16	14968859	rs77578560	C	T	3041.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.906;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=341;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.56;MQRankSum=-1.454;QD=8.95;ReadPosRankSum=0.664;SOR=0.676;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:180,160:0.47:340
chr16	14969016	rs79100490	T	A	471.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.658;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FS=15.314;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.57;MQRankSum=-4.547;QD=2.51;ReadPosRankSum=0.725;SOR=0.193;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:145,43:0.23:188
chr16	15068908	rs28418438	C	G	472.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.143;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.50;ReadPosRankSum=-0.872;SOR=0.651;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:78,27:0.26:105
chr16	15069202	rs71232880	T	C	142.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.272;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.82;MQRankSum=-6.302;QD=3.40;ReadPosRankSum=-1.521;SOR=0.576;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,12:0.29:42
chr16	15082496	rs199809419	C	T	1699.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.619;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=413;ExcessHet=3.0103;FS=0.590;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.09;MQRankSum=-1.885;QD=4.17;ReadPosRankSum=-0.987;SOR=0.771;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:295,113:0.28:408
chr16	15083131	rs4985166	A	T	630.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=3.194;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=14.338;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-11.812;NF=18;NR=31;PP=717;ReadPosRankSum=-1.680;SC=CACCTGGGGGATAATGGGGCC;SOR=1.723;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=156;TCF=69;TCR=87;TR=49;WE=15083139;WS=15083121;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:153,44:0.22:197
chr16	15083383	rs139221308	G	A	834.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.835;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FS=6.094;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.79;MQRankSum=-1.405;QD=10.98;ReadPosRankSum=1.379;SOR=0.972;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,44:0.58:76
chr16	15083561	rs145963881	G	A	415.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.076;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.276;HP=2;HapScore=4;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-1.863;NF=7;NR=5;PP=120;ReadPosRankSum=0.410;SC=TGCAGGCAACGCACGCGGCGC;SOR=0.586;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=36;TCF=17;TCR=19;TR=12;WE=15083577;WS=15083551;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,23:0.42:55
chr16	15083569	.	C	CGCA	51.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.563;ClippingRankSum=0.000;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=4.406;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.36;MQRankSum=-1.784;QD=1.20;ReadPosRankSum=1.812;SOR=1.811;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,5:0.12:43
chr16	15083868	rs9928601	A	C	647.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.63;BaseQRankSum=0.373;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.126;HP=3;HapScore=2;MGOF=28;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=6;PP=214;ReadPosRankSum=-0.518;SC=AGGACCAGGGAAGCAGGTGCA;SOR=0.818;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=23;TCF=13;TCR=10;TR=14;WE=15083876;WS=15083858;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,31:0.62:50
chr16	15090275	rs11279533	ATATTATATG	A	1855.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.533;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.828;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.715;NF=5;NR=18;PP=2978;ReadPosRankSum=-1.201;SC=CTTATATATGATATTATATGT;SOR=0.458;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=51;TCF=9;TCR=42;TR=23;WE=15090291;WS=15090265;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,48:0.58:83
chr16	15091589	rs11421981	C	CT	2213.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.459;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FS=0.608;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.35;MQRankSum=-6.434;QD=11.24;ReadPosRankSum=-0.928;SOR=0.788;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:68,129:0.65:197
chr16	15092116	rs6498535	C	T	426.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.131;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.65;MQRankSum=0.000;QD=7.36;ReadPosRankSum=-0.100;SOR=0.427;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:44,14:0.24:58
chr16	15092122	rs139576977	C	T	442.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.418;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=1.365;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.66;MQRankSum=0.000;QD=7.26;ReadPosRankSum=-0.551;SOR=0.412;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:46,15:0.25:61
chr16	15100202	rs71271216	A	G	1800.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.527;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.597;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-8.854;NF=52;NR=22;PP=1159;ReadPosRankSum=1.472;SC=GTTGACTTATACAATCCTTAA;SOR=0.605;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=159;TCF=111;TCR=48;TR=74;WE=15100210;WS=15100192;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:95,83:0.47:178
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chr16	15116521	rs4985160	C	T	1740.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.701;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=666;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.25;MQRankSum=-13.009;QD=2.62;ReadPosRankSum=0.120;SOR=0.650;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:517,147:0.22:664
chr16	15116625	rs1058637	G	T	2503.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=2.774;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=265;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.707;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-2.222;NF=20;NR=67;PP=1500;ReadPosRankSum=-1.162;SC=TAGTATATAAGTTCATCTGTT;SOR=0.940;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=198;TCF=54;TCR=144;TR=87;WE=15116633;WS=15116615;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:142,116:0.45:258
chr16	15120411	rs62039476	T	C	327.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.802;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FS=8.558;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.83;MQRankSum=-6.348;QD=3.68;ReadPosRankSum=-0.322;SOR=1.942;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:71,18:0.20:89
chr16	15129940	rs3198697	C	T	1679.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.003;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.280;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=15;PP=772;ReadPosRankSum=0.459;SC=CAGTCAGTCACATTGAAGACT;SOR=0.937;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=118;TCF=77;TCR=41;TR=52;WE=15129948;WS=15129930;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:116,85:0.42:201
chr16	15135071	rs7498279	G	A	885.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=23;PP=764;SC=GGAGCTCCTCGATGCAGAAAG;SOR=2.910;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=27;TCF=4;TCR=23;TR=27;WE=15135079;WS=15135061;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr16	15135269	rs9926473	T	G	650.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=17;NR=1;PP=472;SC=TCCTTCCTGGTAGACGAGGGG;SOR=3.611;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=19;TCF=17;TCR=2;TR=18;WE=15135277;WS=15135264;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr16	15155898	rs2966157	T	C	1006.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.016;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.467;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.923;NF=6;NR=21;PP=528;ReadPosRankSum=-0.649;SC=AAAGCCAGTGTAGTGGCACAC;SOR=0.200;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=44;TCF=8;TCR=36;TR=27;WE=15155906;WS=15155888;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,43:0.69:62
chr16	15168760	rs4985147	T	C	400.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.054;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=10;PP=163;ReadPosRankSum=-1.181;SC=AAAAATTCAATGTCAAAGTGG;SOR=0.576;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=29;TCF=7;TCR=22;TR=14;WE=15168768;WS=15168750;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,21:0.48:44
chr16	15173746	rs2941253	G	A	350.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=3.225;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.716;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=2;PP=210;ReadPosRankSum=3.018;SC=GAGTCACCACGCCTGGCCAAG;SOR=0.239;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=28;TCR=5;TR=12;WE=15173754;WS=15173736;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,16:0.42:38
chr16	15178688	rs8061051	C	A	1073.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=3.768;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.389;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.217;NF=8;NR=29;PP=743;ReadPosRankSum=0.151;SC=TTTGGGAGGCCGAGGTGGGTG;SOR=0.376;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=68;TCF=15;TCR=53;TR=37;WE=15178696;WS=15178678;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,43:0.54:80
chr16	15187912	rs11075256	G	C	3942.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=64;NR=33;PP=1815;SC=CACGCCATGAGCTTTGTCCCA;SOR=1.186;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=97;TCF=64;TCR=33;TR=97;WE=15187920;WS=15187902;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,151:1.00:151
chr16	15493046	rs153001	G	A	283.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=8;NR=0;PP=189;SC=AATGAGGCACGTAAACTACAT;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=8;TCR=0;TR=8;WE=15493054;WS=15493038;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr16	15596142	rs12448500	G	C	2562.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.720;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=31;PP=1151;ReadPosRankSum=-0.876;SC=TAGCCAGGATGTGAAGCCTGT;SOR=0.693;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=64;TCF=31;TCR=33;TR=61;WE=15596150;WS=15596132;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,98:0.98:100
chr16	15695059	rs2071331	A	G	1190.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.335;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.559;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=31;PP=736;ReadPosRankSum=1.796;SC=ACATGTGCACACCGTCGCCAG;SOR=0.872;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=92;TCF=31;TCR=61;TR=47;WE=15695067;WS=15695049;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,55:0.48:115
chr16	15696480	rs71293163	A	AAGGAAAGAAGGAGGGAGGCAGAG	2012.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=49.09;SOR=0.843;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr16	15702060	rs72770197	C	T	71.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.068;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=10.25;ReadPosRankSum=-0.180;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,4:0.57:7
chr16	15705605	rs7185421	A	G	805.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.977;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.767;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=13;PP=281;ReadPosRankSum=2.925;SC=CAAAGCAAATAGTTTATTTAT;SOR=0.551;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=55;TCF=19;TCR=36;TR=21;WE=15705613;WS=15705595;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,43:0.43:100
chr16	15727459	rs5815838	AT	A	686.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.934;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FS=1.046;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.12;MQRankSum=0.842;QD=7.89;ReadPosRankSum=0.840;SOR=0.967;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,48:0.55:87
chr16	15771601	rs6498567	T	C	1145.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.328;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=14;PP=472;ReadPosRankSum=-2.418;SC=TGTGCTACTGTGTCTAGCCTT;SOR=0.719;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=70;TCF=42;TCR=28;TR=36;WE=15771609;WS=15771591;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,54:0.51:105
chr16	15781054	rs8044738	A	G	2032.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.998;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.503;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=26;PP=920;ReadPosRankSum=1.089;SC=CCCATTCTGCAGGTAAAGAGC;SOR=0.739;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=130;TCF=72;TCR=58;TR=60;WE=15781062;WS=15781044;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:108,102:0.49:210
chr16	15793795	rs78273375	G	A	808.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=1.047;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.808;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=26;PP=562;ReadPosRankSum=0.325;SC=AGTCACCATAGTTAGTTAGCT;SOR=0.859;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=90;TCF=27;TCR=63;TR=36;WE=15793803;WS=15793785;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,40:0.38:105
chr16	15810882	rs8059010	G	C	1265.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-3.332;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.205;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=4;PP=783;ReadPosRankSum=0.578;SC=AGGCATCACAGAGCTTGCTTC;SOR=1.144;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=89;TCF=75;TCR=14;TR=42;WE=15810890;WS=15810872;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,55:0.49:112
chr16	15811254	rs76459240	G	C	756.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=2.859;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=22;PP=530;ReadPosRankSum=1.512;SC=AAGCCCAAGAGAGCGCACTGA;SOR=0.776;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=52;TCF=8;TCR=44;TR=26;WE=15811262;WS=15811244;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,30:0.48:63
chr16	15812096	rs12917928	G	A	1215.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=0.789;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=11;PP=395;ReadPosRankSum=1.381;SC=GCCGCCACGCGTGTGTTGACT;SOR=0.630;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=58;TCF=35;TCR=23;TR=27;WE=15812104;WS=15812086;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,58:0.53:109
chr16	15812309	rs34839877	G	A	346.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.033;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=10;PP=181;ReadPosRankSum=1.325;SC=GGGGAAGGGCGGCCATGGTGG;SOR=0.627;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=40;TCF=12;TCR=28;TR=14;WE=15812317;WS=15812299;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,20:0.31:64
chr16	15813633	rs17284411	G	A	816.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-2.081;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.082;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=21;PP=398;ReadPosRankSum=-0.675;SC=CTGCTGCCCAGTTCAGCTTTG;SOR=0.420;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=62;TCF=21;TCR=41;TR=32;WE=15813641;WS=15813623;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,42:0.53:79
chr16	15813945	rs2075512	C	T	1913.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.161;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.716;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=20;PP=1015;ReadPosRankSum=-0.221;SC=CTGCTGACTTCGGTGGCCTGA;SOR=0.916;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=130;TCF=87;TCR=43;TR=63;WE=15813953;WS=15813935;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:89,87:0.49:176
chr16	15832314	rs114678631	G	A	230.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-3.352;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=2;PP=101;ReadPosRankSum=-0.883;SC=GGGCTGCAGTGAGCCATGATC;SOR=0.446;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=14;TCF=11;TCR=3;TR=8;WE=15832322;WS=15832304;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,11:0.65:17
chr16	15832663	rs74009417	T	C	281.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=2.481;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=9;PP=186;ReadPosRankSum=-0.598;SC=TATAACAAAATACAACTAGAG;SOR=0.317;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=0;TCR=17;TR=9;WE=15832671;WS=15832653;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,11:0.58:19
chr16	15838940	rs2384934	G	C	8238.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=318;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=122;NR=87;PP=2965;SC=GAGTGAAGAAGCAGGGCTGGG;SOR=0.977;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=209;TCF=122;TCR=87;TR=209;WE=15838948;WS=15838930;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,309:1.00:309
chr16	15841773	rs12931799	G	A	5581.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.424;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=614;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.526;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=100;NR=88;PP=2921;ReadPosRankSum=2.520;SC=AGCCTTTGGGGATGGCATTCG;SOR=0.768;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=385;TCF=202;TCR=183;TR=188;WE=15841781;WS=15841763;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:338,274:0.45:612
chr16	15841839	rs12935582	G	A	6974.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-1.066;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=742;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=110;NR=112;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.270;SC=GGTACCTCCAGCATCCATTCC;SOR=0.717;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=435;TCF=217;TCR=218;TR=222;WE=15841847;WS=15841829;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:382,344:0.47:726
chr16	15843899	rs6498570	G	A	6391.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=244;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=93;NR=67;PP=2965;SC=TGGGGTCCTCGGGGTAGGTGG;SOR=0.930;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=160;TCF=93;TCR=67;TR=160;WE=15843907;WS=15843889;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,242:1.00:242
chr16	15850204	rs2272554	A	G	5305.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.01;SOR=0.954;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,204:1.00:204
chr16	15853596	rs2280764	C	G	1100.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=0.103;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.517;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=33;PP=882;ReadPosRankSum=0.841;SC=CTGCAGAGGGCAACCAGGGGA;SOR=1.329;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=72;TCF=23;TCR=49;TR=45;WE=15853604;WS=15853586;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,47:0.55:85
chr16	15865716	.	G	A	101.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-0.865;ClippingRankSum=0.000;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.831;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=4;PP=45;ReadPosRankSum=-0.678;SC=GCATCGTCACGTAGACAGCCT;SOR=0.169;SbPval=0.26;Source=Platypus;TC=17;TCF=1;TCR=16;TR=5;WE=15865724;WS=15865706;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,6:0.30:20
chr16	15865734	rs138482163	C	T	38.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.744;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=5.643;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=3.52;ReadPosRankSum=0.955;SOR=0.027;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,3:0.27:11
chr16	15869801	rs2072619	T	C	2571.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=51;NR=13;PP=1519;SC=TGAAGAACTGTTCATATGTCA;SOR=2.303;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=65;TCF=52;TCR=13;TR=64;WE=15869809;WS=15869791;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr16	15876471	rs2075513	T	C	2103.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.094;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.702;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=61;PP=1082;ReadPosRankSum=1.739;SC=TAGACCCTGATGCTAATGTTC;SOR=0.824;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=171;TCF=53;TCR=118;TR=87;WE=15876479;WS=15876461;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:116,108:0.48:224
chr16	15892465	.	TA	T	92.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.281;ClippingRankSum=0.000;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=1.491;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.11;ReadPosRankSum=1.392;SOR=1.061;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,19:0.43:44
chr16	15967236	rs8056910	T	C	489.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.556;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=3;PP=319;ReadPosRankSum=0.299;SC=ATATTAGATATAAGCAGAATT;SOR=0.801;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=29;TCF=25;TCR=4;TR=18;WE=15967244;WS=15967226;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,21:0.58:36
chr16	15973654	rs8045082	G	T	1092.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=24;NR=14;PP=682;SC=TTAAAAAAATGTCTTACATTG;SOR=1.206;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=24;TCR=14;TR=38;WE=15973662;WS=15973644;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr16	16108282	rs4148337	T	C	447.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-0.039;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=4;PP=143;ReadPosRankSum=1.155;SC=CCAGCCTGGGTGACAAGAGTG;SOR=0.816;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=28;TCF=17;TCR=11;TR=12;WE=16108290;WS=16108272;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,24:0.45:53
chr16	16110244	rs185005	C	G	3215.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.66;SOR=2.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr16	16110253	rs246215	T	C	3322.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.72;SOR=2.124;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr16	16126758	rs924137	C	T	592.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.640;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=2.083;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.94;ReadPosRankSum=1.609;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,15:0.43:35
chr16	16126764	rs924138	T	C	645.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.615;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.14;ReadPosRankSum=0.072;SOR=0.954;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,19:0.47:40
chr16	16130514	rs903880	C	A	4060.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.182;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FS=1.664;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.06;ReadPosRankSum=-0.944;SOR=0.820;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:103,110:0.52:213
chr16	16130524	rs246232	C	G	3892.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.021;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FS=1.735;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.56;ReadPosRankSum=-2.105;SOR=0.831;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:97,102:0.51:199
chr16	16138322	rs246221	T	C	1084.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.258;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=11;PP=428;ReadPosRankSum=1.440;SC=CGGTGAAGGTTGTGTACTCCT;SOR=0.772;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=61;TCF=40;TCR=21;TR=32;WE=16138330;WS=16138312;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,51:0.57:90
chr16	16139714	rs35587	T	C	3860.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.731;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=378;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.687;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=54;PP=1554;ReadPosRankSum=1.981;SC=AGTTCGTGAATGACACGAAGG;SOR=0.802;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=216;TCF=114;TCR=102;TR=118;WE=16139722;WS=16139704;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:181,191:0.51:372
chr16	16139878	rs35588	A	G	2366.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.228;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.587;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=50;PP=1209;ReadPosRankSum=-0.997;SC=AAGGTAGGGGACGCTGTGCCA;SOR=1.128;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=130;TCF=49;TCR=81;TR=73;WE=16139886;WS=16139868;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,107:0.60:178
chr16	16142224	rs45494903	C	T	992.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.872;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=26;PP=527;ReadPosRankSum=1.898;SC=GGCAGTGGGCCGAGGGAGTGG;SOR=0.633;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=104;TCF=38;TCR=66;TR=42;WE=16142232;WS=16142214;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,52:0.40:129
chr16	16149871	rs35595	G	A	258.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-0.113;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.616;HP=6;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=2;PP=232;ReadPosRankSum=-0.963;SC=AAGTTTATGAGAAAAATAGCT;SOR=1.085;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=35;TCF=29;TCR=6;TR=15;WE=16149879;WS=16149861;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,13:0.34:38
chr16	16161976	rs35604	G	A	10654.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=399;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=172;NR=114;PP=2965;SC=ACTCTCACTCGGGGCACAGCA;SOR=1.083;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=287;TCF=173;TCR=114;TR=286;WE=16161984;WS=16161966;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,396:1.00:396
chr16	16162019	rs35605	T	C	14652.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=556;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=207;NR=160;PP=2965;SC=GCAGGTGGCCTTGTGCACATT;SOR=0.900;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=367;TCF=207;TCR=160;TR=367;WE=16162027;WS=16162009;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,550:1.00:550
chr16	16184232	rs2074087	C	G	4113.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=59;NR=28;PP=2002;SC=CATGTGCACTCACGTGGCCGG;SOR=1.186;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=88;TCF=59;TCR=29;TR=87;WE=16184240;WS=16184222;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,146:1.00:146
chr16	16200756	rs11075296	C	T	4021.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=25;NR=88;PP=2570;SC=TAAGTGATGACAGTGGCTGGA;SOR=2.110;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=113;TCF=25;TCR=88;TR=113;WE=16200764;WS=16200746;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,142:1.00:142
chr16	16205141	rs4780592	A	G	2967.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.600;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FS=2.393;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=23.93;ReadPosRankSum=2.867;SOR=0.488;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:51,73:0.59:124
chr16	16205141	.	ACA	GCG	1328	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=23;MMLQ=23;MQ=60.0;NF=27;NR=13;PP=1328;QD=34.5366968716;SC=GCTGGGTGGCACAGTGCTGGT;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=79;TCF=54;TCR=25;TR=40;WE=16205151;WS=16205131;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:39,40:0.51:79
chr16	16205143	rs4780593	A	G	3015.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.888;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FS=1.521;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.52;ReadPosRankSum=2.294;SOR=0.529;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:48,75:0.61:123
chr16	16205161	rs4238623	G	A	3318.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.734;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.169;HP=5;HapScore=4;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=16;PP=2241;ReadPosRankSum=1.916;SC=TGAAGCCCCCGACCTTGTGGG;SOR=0.517;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=103;TCF=67;TCR=36;TR=50;WE=16205175;WS=16205151;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,91:0.61:148
chr16	16205167	rs111263400	G	GTGGGGC	3675.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-1.355;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.158;HP=3;HapScore=4;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=13;PP=2260;ReadPosRankSum=1.673;SC=CCCCGACCTTGTGGGGCTGGG;SOR=0.502;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=74;TCF=25;TCR=49;TR=22;WE=16205175;WS=16205151;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,89:0.60:148
chr16	16205449	rs3851716	G	A	1132.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-1.928;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=28;PP=774;ReadPosRankSum=-0.650;SC=GGTTGGTGCCGCTGTCTCCCA;SOR=1.708;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=33;TCF=4;TCR=29;TR=32;WE=16205457;WS=16205439;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,40:0.98:41
chr16	16219596	rs113369901	G	GAA,GAAAAAAAA	5244.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;QD=33.19;SOR=1.151;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:0,98,60:0.62,0.38:158
chr16	16232201	rs45587033	GT	G	6293.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.434;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=277;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQ=60.04;MQRankSum=0.141;NF=38;NR=69;PP=2965;ReadPosRankSum=0.766;SC=CTATCTCCTGGTTTTTTTCTT;SOR=0.510;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=121;TCF=44;TCR=77;TR=107;WE=16232209;WS=16232191;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,267:0.99:270
chr16	16248681	rs2066738	G	A	1827.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.300;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.949;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=28;PP=919;ReadPosRankSum=-0.428;SC=GGTCAGAGCCGGGTCCCACCA;SOR=0.538;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=115;TCF=64;TCR=51;TR=60;WE=16248689;WS=16248671;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,88:0.54:164
chr16	16251435	rs3896244	G	A	1734.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=33;NR=16;PP=985;SC=CTGTGGAGGTGGCTGGTGCCC;SOR=1.402;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=49;TCF=33;TCR=16;TR=49;WE=16251443;WS=16251425;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr16	16253283	rs56822940	GC	G	5481.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.400;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FS=2.580;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=28.70;ReadPosRankSum=0.598;SOR=0.349;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,189:0.99:191
chr16	16253570	rs2238470	C	T	1598.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-2.114;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=50;PP=1288;ReadPosRankSum=-0.731;SC=AGGAATGGGACAGTCTGAGGA;SOR=4.332;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=53;TCF=2;TCR=51;TR=52;WE=16253578;WS=16253560;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,53:0.98:54
chr16	16255195	rs3851721	T	G	1121.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.87;SOR=4.174;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr16	16255205	rs2376957	C	T	1216.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.96;SOR=3.841;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr16	16255240	rs3213470	G	A	2131.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=52;NR=11;PP=1472;SC=GCAGGGGTCCGACAGTCTCTG;SOR=2.681;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=63;TCF=52;TCR=11;TR=63;WE=16255248;WS=16255230;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr16	16263837	rs7201980	T	C	348.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=32;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=9;PP=181;SC=CAGACCTCACTGGTTCTCCCG;SOR=2.303;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=1;TCR=9;TR=10;WE=16263845;WS=16263827;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr16	16267079	rs11866320	A	G	1642.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=49;NR=0;PP=1106;SC=TTTGGTGGGAAGACTTGGGCC;SOR=7.864;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=61;TCF=49;TCR=12;TR=49;WE=16267087;WS=16267069;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr16	16271357	rs6416668	T	C	13771.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.670;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=545;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=170;NR=144;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.795;SC=AGAAGACACATGAGGGCCCCC;SOR=0.758;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=314;TCF=170;TCR=144;TR=314;WE=16271365;WS=16271347;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,535:1.00:537
chr16	16272670	rs7500834	T	C	8370.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=318;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=100;NR=102;PP=2965;SC=CCTGGAGTAGTCCACCAGGCC;SOR=0.739;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=202;TCF=100;TCR=102;TR=202;WE=16272678;WS=16272660;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,311:1.00:311
chr16	16278948	rs41278182	C	T	1688.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=7;NR=38;PP=1068;SC=GCCTCTGCATCGGAGAGGCCC;SOR=2.342;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=46;TCF=7;TCR=39;TR=45;WE=16278956;WS=16278938;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr16	16280921	rs8056103	T	C	2053.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=52;NR=15;PP=1444;SC=CATTATGGGCTGGGGTGGCCC;SOR=1.885;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=67;TCF=52;TCR=15;TR=67;WE=16280929;WS=16280911;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr16	16283973	rs55707615	G	A	159.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.414;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.925;HP=6;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=0;PP=101;ReadPosRankSum=-0.516;SC=CCCCACCCCCGCACTCCTTCC;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=14;TCR=2;TR=8;WE=16283981;WS=16283963;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,10:0.43:23
chr16	16284265	rs2239322	T	C	1040.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.296;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FS=1.946;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.34;ReadPosRankSum=-1.702;SOR=0.486;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,43:0.55:78
chr16	16284272	rs7193932	C	T	2516.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=37.01;SOR=1.542;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr16	16286586	rs76470239	C	T	1338.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.050;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.916;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=15;PP=716;ReadPosRankSum=0.390;SC=AAGCCAGACCCGTGGGCTCGC;SOR=0.406;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=71;TCF=50;TCR=21;TR=44;WE=16286594;WS=16286576;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,59:0.61:97
chr16	16286614	rs6498618	G	C	1238.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.305;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.099;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=13;PP=501;ReadPosRankSum=-1.511;SC=TCTCCCCTCCGCATCTCCCAC;SOR=0.885;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=92;TCF=57;TCR=35;TR=36;WE=16286622;WS=16286604;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,62:0.41:150
chr16	16291816	rs58394656	G	C	3590.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.62;SOR=6.471;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chr16	16291858	rs12929920	G	C	3133.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.156;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=301;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.444;HP=3;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=67;NR=49;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.149;SC=TTCAAATCCCGTCTTCCTCCT;SOR=0.471;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=245;TCF=146;TCR=99;TR=116;WE=16291879;WS=16291848;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:142,151:0.52:293
chr16	16291871	rs9940089	G	C	3768.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-2.192;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=371;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.387;HP=1;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=70;NR=58;PP=2962;ReadPosRankSum=0.373;SC=TTCCTCCTCTGGCATACCTGC;SOR=0.570;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=273;TCF=153;TCR=120;TR=128;WE=16291879;WS=16291848;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:176,184:0.51:360
chr16	16291971	rs9940825	C	T	5306.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-1.100;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=565;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.731;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=71;NR=83;PP=2962;ReadPosRankSum=1.409;SC=GCTGCACGTCCACGGACACCA;SOR=0.584;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=325;TCF=144;TCR=181;TR=154;WE=16291991;WS=16291961;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:284,269:0.49:553
chr16	16291983	rs9930886	A	G	4753.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.403;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=507;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.522;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=82;PP=2962;ReadPosRankSum=0.829;SC=CGGACACCAGATTGACCACAT;SOR=0.624;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=304;TCF=132;TCR=172;TR=148;WE=16291991;WS=16291961;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:255,241:0.49:496
chr16	16297168	.	C	T	189	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MMLQ=28;MQ=42.21;NF=11;NR=0;PP=189;QD=20.3428375043;SC=GAGCACCAGACGTATAGGCAG;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=27;TCF=25;TCR=2;TR=11;WE=16297176;WS=16297159;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:16,11:0.41:27
chr16	16306169	.	A	AT	43.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.172;ClippingRankSum=0.000;DP=134;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.13;MQRankSum=-2.159;QD=0.33;ReadPosRankSum=0.648;SOR=0.640;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:113,21:0.16:134
chr16	16306192	rs116914614	G	T	1391.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.586;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FS=0.626;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.15;MQRankSum=-2.248;QD=10.01;ReadPosRankSum=0.956;SOR=0.779;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:68,71:0.51:139
chr16	16350133	.	CT	C	109.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.141;ClippingRankSum=0.000;DP=78;ExcessHet=3.0103;FS=1.773;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.44;MQRankSum=-5.723;QD=1.52;ReadPosRankSum=-0.947;SOR=1.169;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:52,20:0.28:72
chr16	17190040	rs3889206	G	T	1649.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.575;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.282;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.090;NF=45;NR=21;PP=1043;ReadPosRankSum=-1.520;SC=TTGAAAATCCGTCAGAATAAT;SOR=0.487;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=124;TCF=89;TCR=35;TR=66;WE=17190048;WS=17190030;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,75:0.51:146
chr16	17202801	rs34511974	G	A	2645.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=-0.283;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=270;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.935;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=41;PP=1175;ReadPosRankSum=-1.110;SC=GGCTGAGGACGGGGTTTAGGC;SOR=0.651;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=150;TCF=77;TCR=73;TR=81;WE=17202809;WS=17202791;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:132,133:0.50:265
chr16	17221423	rs4782034	C	T	1043.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=23;NR=6;PP=736;SC=TCCAAGTCCTCTTCTCCTCCA;SOR=2.115;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=23;TCR=6;TR=29;WE=17221431;WS=17221413;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr16	17228368	rs12708815	G	A	6287.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=239;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=99;NR=62;PP=2965;SC=GGGACGTCTCGGCCCGTCGAA;SOR=1.126;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=161;TCF=99;TCR=62;TR=161;WE=17228376;WS=17228358;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,235:1.00:235
chr16	17294295	rs11075341	C	T	770.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-3.071;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.736;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=11;PP=410;ReadPosRankSum=-0.761;SC=GACGGACAGACCCCGAAGAAA;SOR=0.243;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=70;TCF=51;TCR=19;TR=32;WE=17294303;WS=17294285;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,41:0.48:86
chr16	17432427	rs4782002	T	C	8801.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=332;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQ=60.03;NF=93;NR=113;PP=2965;SC=CTGTTCTCTGTCGGGAATGGT;SOR=0.862;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=207;TCF=94;TCR=113;TR=206;WE=17432435;WS=17432417;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,330:1.00:330
chr16	18542933	rs199825917	C	T	825.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.450;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=477;ExcessHet=3.0103;FS=1.481;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.07;MQRankSum=-11.208;QD=1.77;ReadPosRankSum=-1.855;SOR=0.912;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:380,86:0.18:466
chr16	18591606	.	G	A	1774.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.838;ClippingRankSum=0.000;DP=154;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=43.81;MQRankSum=0.697;QD=11.60;ReadPosRankSum=-0.729;SOR=0.668;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:77,76:0.50:153
chr16	18804753	.	CTTTTT	C	31.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.180;ClippingRankSum=-0.000;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=4.53;ReadPosRankSum=1.068;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,2:0.29:7
chr16	18823379	rs2606556	T	C	7068.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=267;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=65;NR=92;PP=2965;SC=CAAGATTTTTTTGGATCAGCT;SOR=0.922;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=157;TCF=65;TCR=92;TR=157;WE=18823387;WS=18823369;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,259:1.00:259
chr16	19041491	rs4381586	T	C	1067.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=21;NR=9;PP=559;SC=ACTACTCTTCTGGTTCCCTGC;SOR=1.552;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=21;TCR=9;TR=30;WE=19041499;WS=19041481;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr16	19041595	rs28583298	G	A	3010.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=38;NR=31;PP=1360;SC=ACCATTGATGGGGTGAAATTT;SOR=0.822;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=70;TCF=38;TCR=32;TR=69;WE=19041603;WS=19041585;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr16	19046960	rs12933286	T	C	1321.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.964;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.994;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=14;PP=658;ReadPosRankSum=-0.528;SC=TCTTTTGCTGTTGTTTCTATA;SOR=1.255;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=71;TCF=42;TCR=29;TR=41;WE=19046968;WS=19046950;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,60:0.58:104
chr16	19049378	rs8043993	A	G	2644.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.399;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=264;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.511;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=55;PP=1578;ReadPosRankSum=0.347;SC=AGGTAAATTAACTTGTACTCT;SOR=0.601;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=177;TCF=68;TCR=109;TR=93;WE=19049386;WS=19049368;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:131,126:0.49:257
chr16	19051520	rs11074355	A	G	264.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-2.448;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.246;HP=3;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=2;PP=142;ReadPosRankSum=-1.070;SC=TTGTTTGCCCAACACACATAG;SOR=0.223;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=24;TCF=21;TCR=3;TR=11;WE=19051528;WS=19051510;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,13:0.54:24
chr16	19056069	rs55792501	A	G	481.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=22.94;SOR=2.200;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr16	19056769	rs12051270	G	A	1642.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.096;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=34;PP=848;ReadPosRankSum=1.263;SC=AAGTAAGTGCGAGGGGTGCCC;SOR=0.651;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=126;TCF=55;TCR=71;TR=61;WE=19056777;WS=19056759;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:97,84:0.46:181
chr16	19063220	.	A	AT	132.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.934;ClippingRankSum=0.000;DP=98;ExcessHet=3.0103;FS=3.245;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.11;MQRankSum=0.000;QD=1.98;ReadPosRankSum=1.728;SOR=0.237;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:48,19:0.28:67
chr16	19067933	rs17854511	G	A	2314.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.800;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=240;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.160;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=24;PP=1172;ReadPosRankSum=-0.859;SC=TCCCCAAGACGGTGAGCACCT;SOR=1.053;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=151;TCF=91;TCR=60;TR=71;WE=19067941;WS=19067923;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:126,113:0.47:239
chr16	19079037	rs17357834	G	A	1368.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.534;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FS=1.206;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.44;ReadPosRankSum=-0.754;SOR=0.565;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:110,74:0.40:184
chr16	19079095	rs4531717	T	G	1699.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=40;PP=1249;SC=CCTGCGCCGGTCTAGCGAGCT;SOR=1.961;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=54;TCF=14;TCR=40;TR=54;WE=19079103;WS=19079085;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr16	19079998	rs34593927	AAG	A	74.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.501;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=17;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQ=63.02;MQRankSum=0.842;NF=2;NR=1;PP=41;ReadPosRankSum=0.524;SC=AAAAAAAAAAAAGAAATTTCA;SOR=1.609;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=4;TCF=3;TCR=1;TR=3;WE=19080007;WS=19079991;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,4:0.67:6
chr16	19080184	rs4630530	C	T	183.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.110;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.99;ReadPosRankSum=0.684;SOR=0.569;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,10:0.43:23
chr16	19080227	rs75015998	C	CTG	637.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=9;PP=490;SC=AAAAAACAAACAAATTAAAAA;SOR=1.473;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=1;TCR=9;TR=10;WE=19080235;WS=19080217;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
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chr16	19089562	rs8051232	C	G	914.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=3.218;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.438;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=26;PP=573;ReadPosRankSum=-1.081;SC=GTACAGTTATCGTTGTACTTT;SOR=1.270;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=62;TCF=13;TCR=49;TR=30;WE=19089570;WS=19089552;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,40:0.50:80
chr16	19127347	rs11074362	C	T	6117.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=0.550;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=541;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.520;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=85;NR=80;PP=2494;ReadPosRankSum=0.990;SC=GTGCCCCCCACCCCGGAGTCA;SOR=0.637;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=297;TCF=158;TCR=139;TR=165;WE=19127355;WS=19127337;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:245,291:0.54:536
chr16	19183957	rs113855661	C	CT	2810.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.314;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=273;ExcessHet=3.0103;FS=8.697;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.12;MQRankSum=0.523;QD=12.27;ReadPosRankSum=-0.701;SOR=0.357;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:53,176:0.77:229
chr16	19278429	rs11379176	T	TAAA	491.87	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.999;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=3.736;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.59;ReadPosRankSum=1.484;SOR=2.494;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,18:0.90:20
chr16	19310092	rs1548450	T	C	3727.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-2.788;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=407;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.186;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=78;PP=1511;ReadPosRankSum=-1.113;SC=AGACCTGGGCTGAGGCCGACC;SOR=0.771;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=258;TCF=101;TCR=157;TR=125;WE=19310100;WS=19310082;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:207,190:0.48:397
chr16	19315621	rs16971804	C	G	245.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-1.841;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.696;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=8;PP=148;ReadPosRankSum=-1.439;SC=GTCACAGTTACAGCATGACCA;SOR=0.199;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=27;TCF=7;TCR=20;TR=12;WE=19315629;WS=19315611;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,13:0.41:32
chr16	19333111	rs8049175	T	C	4688.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=69;NR=40;PP=2240;SC=GGCCAAATATTATTCAGGGTG;SOR=1.078;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=109;TCF=69;TCR=40;TR=109;WE=19333119;WS=19333101;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,175:1.00:175
chr16	19333153	rs8047832	A	C	6317.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=250;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=37;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=74;NR=68;PP=2177;SC=ACATTTGAATAGGTAGACTGA;SOR=0.742;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=142;TCF=74;TCR=68;TR=142;WE=19333161;WS=19333143;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,248:1.00:248
chr16	19333224	rs8048432	G	A	5300.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=40;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=44;NR=73;PP=2334;SC=TGCCCAACTAGAACTAAAAGG;SOR=1.063;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=117;TCF=44;TCR=73;TR=117;WE=19333232;WS=19333214;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,200:1.00:200
chr16	19333241	rs6497343	G	C	4034.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=37;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=31;NR=63;PP=2025;SC=AAGGCTGACCGTCCCCTGAAT;SOR=1.282;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=94;TCF=31;TCR=63;TR=94;WE=19333249;WS=19333231;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,147:1.00:147
chr16	19455284	rs8052298	T	C	1008.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=38;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=23;NR=8;PP=557;SC=GATGGATAAATGGATGGATAA;SOR=1.552;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=32;TCF=23;TCR=9;TR=31;WE=19455292;WS=19455274;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr16	19455318	rs144130376	AATGGATGG	A	2436.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=10;NR=13;PP=1908;SC=TACATGATTGAATGGATGGAT;SOR=1.199;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=26;TCF=11;TCR=15;TR=23;WE=19455333;WS=19455308;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr16	19455615	rs4782247	G	A	727.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=6;NR=17;PP=562;SC=GGAAAAAACTGAAATCACTGG;SOR=1.445;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=6;TCR=17;TR=23;WE=19455623;WS=19455605;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr16	19460842	rs6497373	A	G	8691.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=336;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=76;NR=92;PP=2965;SC=AATCGGCAATATCTCCTTCCT;SOR=0.807;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=168;TCF=76;TCR=92;TR=168;WE=19460850;WS=19460832;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,332:1.00:332
chr16	19471665	rs6497375	T	C	9810.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=374;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=118;NR=125;PP=2965;SC=AGGTATGGACTAAAGGCTTTT;SOR=0.704;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=245;TCF=119;TCR=126;TR=243;WE=19471673;WS=19471655;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,372:1.00:372
chr16	19473957	rs142120469	C	T	678.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=0.636;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.956;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=12;PP=354;ReadPosRankSum=2.074;SC=TGTGGTGGCTCATGCCTGTAA;SOR=0.527;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=43;TCF=20;TCR=23;TR=24;WE=19473965;WS=19473947;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,32:0.51:63
chr16	19477343	.	A	G	463.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.732;ClippingRankSum=0.000;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=6;PP=200;ReadPosRankSum=0.714;SC=TCTCATGACCATAATCGTTTA;SOR=0.716;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=51;TCF=34;TCR=17;TR=20;WE=19477363;WS=19477333;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,27:0.42:64
chr16	19481220	.	CT	C	255	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;FR=0.5000;HP=18;HapScore=4;MGOF=10;MMLQ=22;MQ=60.0;NF=1;NR=21;PP=255;QD=11.7727272727;SC=TGTAACTTTTCTTTTTTTTTT;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=63;TCF=3;TCR=60;TR=22;WE=19481242;WS=19481210;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:41,22:0.35:63
chr16	19481234	rs4444328	T	G	2118.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;QD=27.16;SOR=1.688;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr16	19481234	.	T	TG	355	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;FR=1.0000;HP=13;HapScore=4;MGOF=10;MMLQ=28;MQ=60.0;NF=1;NR=21;PP=355;QD=16.3181818182;SC=TTTTTTTTTTTGAATTGGAGT;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=53;TCF=3;TCR=50;TR=22;WE=19481242;WS=19481210;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:31,22:0.42:53
chr16	19503598	rs1475962	C	T	6040.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=70;NR=76;PP=2740;SC=CCTTTTTAAACGCTGTATAAA;SOR=0.774;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=146;TCF=70;TCR=76;TR=146;WE=19503606;WS=19503588;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,229:1.00:229
chr16	19503770	rs1967950	T	G	1186.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.38;SOR=2.147;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr16	19503773	rs1967951	T	G	1251.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.71;SOR=2.147;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr16	19505406	rs1475964	T	C	597.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=16;NR=3;PP=449;SC=GGGGATAATTTGGTTTTACTG;SOR=2.531;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=19;TCF=16;TCR=3;TR=19;WE=19505414;WS=19505396;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr16	19505730	rs2245423	T	C	1954.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=25;NR=31;PP=1061;SC=GGACACGAGCTTGCCTCCATG;SOR=0.864;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=56;TCF=25;TCR=31;TR=56;WE=19505738;WS=19505720;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr16	19505751	rs2856608	G	A	1485.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=18;NR=30;PP=849;SC=TAAAAAGCGCGTCAGAGAACT;SOR=1.262;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=48;TCF=18;TCR=30;TR=48;WE=19505759;WS=19505741;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr16	19508573	rs2187659	A	G	5236.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.808;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FS=2.848;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=39.98;ReadPosRankSum=1.847;SOR=1.821;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,129:0.98:131
chr16	19508583	rs2187660	C	G	4910.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.325;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FS=3.319;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=43.85;ReadPosRankSum=2.591;SOR=2.137;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,110:0.98:112
chr16	19509333	rs2245086	C	T	6701.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.682;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=264;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=80;NR=91;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.258;SC=GGGGAGGAGACGAAAATGGAA;SOR=0.815;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=173;TCF=81;TCR=92;TR=171;WE=19509341;WS=19509323;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,259:0.99:261
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chr16	19548740	rs17227190	A	G	2711.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.955;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=288;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.924;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=53;PP=1353;ReadPosRankSum=-0.374;SC=GTTTTGAGAAAGTTAAACGGA;SOR=0.620;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=209;TCF=86;TCR=123;TR=91;WE=19548748;WS=19548730;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:145,132:0.48:277
chr16	19553183	rs17325092	T	C	792.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.491;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.677;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=9;PP=327;ReadPosRankSum=0.093;SC=AGGTTTAGCATGTTACAATAA;SOR=1.081;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=74;TCF=48;TCR=26;TR=29;WE=19553191;WS=19553173;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,43:0.38:114
chr16	19580490	rs62026186	T	C	2463.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.832;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=239;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.647;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=23;PP=1188;ReadPosRankSum=0.190;SC=GCTGTAGCCATCTCAGTCCAG;SOR=0.838;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=166;TCF=112;TCR=54;TR=80;WE=19580498;WS=19580480;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:115,117:0.50:232
chr16	19589695	.	CA	C	45.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.252;ClippingRankSum=0.000;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=1.220;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.75;ReadPosRankSum=-1.022;SOR=0.436;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:47,14:0.23:61
chr16	19598562	rs111461972	G	A	670.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.840;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.337;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=9;PP=426;ReadPosRankSum=-1.160;SC=CCAACACTGGGGATTACAATT;SOR=1.115;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=51;TCF=32;TCR=19;TR=27;WE=19598570;WS=19598552;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,30:0.54:56
chr16	19619602	rs67705839	C	CT	799.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.693;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.07;MQRankSum=0.000;QD=6.50;ReadPosRankSum=0.975;SOR=0.611;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:64,59:0.48:123
chr16	19693539	rs112984771	T	C	2613.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-2.405;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=248;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.615;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=34;PP=1025;ReadPosRankSum=-0.650;SC=TTTTCGGTTCTCTGCTAGGAT;SOR=0.497;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=128;TCF=71;TCR=57;TR=68;WE=19693547;WS=19693529;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:110,128:0.54:238
chr16	19693729	rs3815036	C	T	856.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-3.362;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.194;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=21;PP=356;ReadPosRankSum=-0.811;SC=GAGCCTCCCCCACCAAACCAT;SOR=0.409;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=67;TCF=17;TCR=50;TR=29;WE=19693737;WS=19693719;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,44:0.52:85
chr16	19702964	rs112017899	C	T	646.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-2.023;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.260;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=17;PP=421;ReadPosRankSum=0.853;SC=GTTTTCTCTGCCTGGACTGCG;SOR=0.484;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=44;TCF=10;TCR=34;TR=23;WE=19702972;WS=19702954;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,26:0.53:49
chr16	19710702	rs9935063	A	G	787.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-3.254;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=4;PP=503;ReadPosRankSum=2.207;SC=CAGCAAATACATGGCAGAGCT;SOR=0.870;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=70;TCF=60;TCR=10;TR=34;WE=19710710;WS=19710693;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,39:0.50:78
chr16	19716505	rs739565	A	G	4548.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.408;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=462;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.740;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=73;NR=67;PP=2048;ReadPosRankSum=0.818;SC=CCAACACTGGAGATGATGGAG;SOR=0.654;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=273;TCF=136;TCR=137;TR=140;WE=19716513;WS=19716495;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:230,226:0.50:456
chr16	19721731	rs720175	A	G	1122.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.849;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=16;PP=433;ReadPosRankSum=-0.566;SC=GGGCCTGGACATACTTGGTTC;SOR=0.693;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=74;TCF=39;TCR=35;TR=34;WE=19721739;WS=19721721;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,59:0.50:118
chr16	19721755	rs720174	C	T	1332.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=1.139;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=18;PP=511;ReadPosRankSum=-1.392;SC=TGCTCCACTCCTCATGCTGGA;SOR=0.755;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=71;TCF=33;TCR=38;TR=32;WE=19721763;WS=19721745;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,65:0.50:130
chr16	19721806	rs720173	C	T	1122.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=1.310;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.674;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=17;PP=390;ReadPosRankSum=-1.708;SC=GCCACCTCCTCGCAGAGCCCT;SOR=0.786;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=64;TCF=26;TCR=38;TR=27;WE=19721814;WS=19721796;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,57:0.47:122
chr16	19799962	rs4782283	T	A	164.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=7;NR=1;PP=112;SC=CTGTTTTTTTTAAAAAAATCC;SOR=2.303;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=7;TCR=1;TR=8;WE=19799970;WS=19799961;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr16	19800133	rs6497404	G	A	1187.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-1.806;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.681;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=9;PP=384;ReadPosRankSum=0.269;SC=ATTCTCATGGGCATATAACCA;SOR=0.791;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=62;TCF=40;TCR=22;TR=27;WE=19800141;WS=19800123;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,61:0.50:121
chr16	19800213	rs7191155	T	C	1645.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.360;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=19;PP=593;ReadPosRankSum=-0.649;SC=GAAGCAGCCCTCTACATTCAA;SOR=0.680;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=98;TCF=54;TCR=44;TR=41;WE=19800221;WS=19800203;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,83:0.48:173
chr16	19838260	rs16969203	G	A	604.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.898;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.037;HP=3;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=9;PP=339;ReadPosRankSum=-0.684;SC=CATCCAACTGGTTTGTAAAGG;SOR=0.450;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=57;TCF=37;TCR=20;TR=23;WE=19838268;WS=19838250;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,31:0.44:71
chr16	19838302	rs75971389	C	T	2447.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-3.044;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.147;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=21;PP=573;ReadPosRankSum=-0.079;SC=AGCTAGTGTACAGAAGTGTGT;SOR=0.387;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=104;TCF=66;TCR=38;TR=49;WE=19838310;WS=19838292;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,65:0.45:144
chr16	19838319	rs79851136	G	C	2536.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-2.459;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.571;HP=4;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=23;PP=582;ReadPosRankSum=2.785;SC=GTGTCGAAAAGGGACTAAAGT;SOR=0.610;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=129;TCF=78;TCR=51;TR=55;WE=19838327;WS=19838309;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:105,72:0.41:177
chr16	19867672	rs6497413	C	G	2194.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.349;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.528;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=27;PP=1176;ReadPosRankSum=-0.439;SC=TCCATGGGGCCGGAACCATGA;SOR=0.741;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=149;TCF=98;TCR=51;TR=81;WE=19867680;WS=19867662;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:93,109:0.54:202
chr16	19868687	rs2729	G	C	611.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=11;NR=7;PP=282;SC=TCTGCCCATGGTTTACAGCCT;SOR=1.179;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=11;TCR=7;TR=18;WE=19868695;WS=19868677;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr16	19873107	rs2074427	G	A	334.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.692;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.112;HP=4;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=4;PP=210;ReadPosRankSum=0.773;SC=GCTGCTCCCCGACACCGTAGA;SOR=0.997;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=40;TCF=28;TCR=12;TR=16;WE=19873115;WS=19873097;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,19:0.32:60
chr16	19883082	rs172907	A	G	897.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.738;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.867;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=6;PP=435;ReadPosRankSum=0.505;SC=GAAGAAGAGTATCTTTTGAGA;SOR=0.459;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=68;TCF=53;TCR=15;TR=26;WE=19883090;WS=19883072;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,42:0.45:93
chr16	19884285	rs2240047	C	T	516.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=4;NR=12;PP=283;SC=CAAGCGCACACGGCACCTTTG;SOR=1.981;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=4;TCR=12;TR=16;WE=19884293;WS=19884275;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr16	20015634	rs2764782	A	G	293.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=1.053;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=1;PP=230;ReadPosRankSum=0.795;SC=ATTTATTGAGAGTCCTTTATG;SOR=1.085;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=32;TCF=30;TCR=2;TR=14;WE=20015642;WS=20015624;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,14:0.39:36
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chr16	20084743	rs34142406	G	A	1593.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.929;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.303;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.007;NF=32;NR=19;PP=754;ReadPosRankSum=0.085;SC=GGGAGGACGGGGGATTCTGGG;SOR=0.564;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=106;TCF=65;TCR=41;TR=51;WE=20084751;WS=20084733;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,76:0.50:151
chr16	20322425	rs11647569	T	C	1096.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=24;NR=5;PP=653;SC=CTAACCTAGCTTGGCCTTGAT;SOR=2.073;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=24;TCR=5;TR=29;WE=20322447;WS=20322415;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr16	20322439	rs11642182	A	G	1308.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=30;NR=4;PP=773;SC=CCTTGATTCTATTAATACCAA;SOR=2.409;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=36;TCF=30;TCR=6;TR=34;WE=20322447;WS=20322415;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr16	20328685	rs1129818	T	C	7483.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=293;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=75;NR=118;PP=2965;SC=TGGAATCACGTTGATTTGAGC;SOR=1.051;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=195;TCF=76;TCR=119;TR=193;WE=20328693;WS=20328675;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,277:1.00:277
chr16	20334679	rs4411505	C	T	4118.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.974;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=-6.104;NF=85;NR=31;PP=2229;ReadPosRankSum=0.810;SC=GTGCCCCTAACTGGGGTAATT;SOR=1.564;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=119;TCF=86;TCR=33;TR=116;WE=20334687;WS=20334669;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,154:0.99:156
chr16	20334807	rs368914613	AC	A	923.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.813;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.34;MQRankSum=2.843;QD=7.96;ReadPosRankSum=0.888;SOR=1.270;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:62,54:0.47:116
chr16	20334932	rs4393582	G	A	1663.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=45;PP=2026;SC=TTTATAAACTGGGAAATTTCA;SOR=3.830;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=50;TCF=5;TCR=45;TR=50;WE=20334940;WS=20334922;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr16	20335325	rs12930599	G	A	5003.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.899;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=545;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.525;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=96;NR=65;PP=2313;ReadPosRankSum=-0.267;SC=ACATGGGAGCGTCTGTCTGGC;SOR=0.774;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=356;TCF=211;TCR=145;TR=161;WE=20335333;WS=20335315;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:285,248:0.47:533
chr16	20339131	rs4643330	T	C	3100.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.817;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=49;PP=1611;ReadPosRankSum=0.970;SC=TCTTCATAATTAATCAATGAA;SOR=1.140;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=80;TCF=30;TCR=50;TR=76;WE=20339139;WS=20339121;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,116:0.98:118
chr16	20352532	rs141800038	G	A	2242.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.168;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=240;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.481;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=44;PP=1046;ReadPosRankSum=-0.915;SC=TGGTGCCCACGTAGAGAAAAG;SOR=0.763;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=167;TCF=69;TCR=98;TR=74;WE=20352540;WS=20352522;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:121,114:0.49:235
chr16	20355651	rs8054296	G	A	563.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=10;PP=298;SC=GTGGCCGGGCGCATTAGCTCA;SOR=1.230;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=6;TCR=10;TR=16;WE=20355659;WS=20355641;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr16	20360101	rs7193058	G	A	5186.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=86;NR=61;PP=2965;SC=GGTGCGCCTGGCACGGATCCG;SOR=1.026;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=148;TCF=86;TCR=62;TR=147;WE=20360109;WS=20360091;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,185:1.00:185
chr16	20370810	rs9652588	C	T	10672.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.894;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=585;ExcessHet=3.0103;FS=0.518;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.59;ReadPosRankSum=0.687;SOR=0.713;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:298,276:0.48:574
chr16	20370816	rs9652589	C	T	10601.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.460;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=586;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.41;ReadPosRankSum=1.393;SOR=0.670;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:297,279:0.48:576
chr16	20370981	rs9929710	A	C	1029.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=3.791;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.076;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=31;PP=740;ReadPosRankSum=0.668;SC=TTGTGGTTGTAATAGTCAAGC;SOR=1.048;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=86;TCF=19;TCR=67;TR=38;WE=20370989;WS=20370971;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,42:0.45:94
chr16	20376734	rs8052918	A	G	6970.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=256;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=124;NR=61;PP=2965;SC=CCTCTTGGAGATACTTACAGA;SOR=1.376;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=186;TCF=124;TCR=62;TR=185;WE=20376742;WS=20376724;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,251:1.00:251
chr16	20376755	rs8054266	T	C	9095.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=342;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=150;NR=86;PP=2965;SC=ACATCACAAATACGTCCTTTT;SOR=1.192;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=236;TCF=150;TCR=86;TR=236;WE=20376763;WS=20376745;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,335:1.00:335
chr16	20386115	rs4522429	T	C	10817.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=407;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=131;NR=112;PP=2965;SC=ACCAGAGACCTCTCACTAGCA;SOR=0.786;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=245;TCF=132;TCR=113;TR=243;WE=20386123;WS=20386105;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,402:1.00:402
chr16	20395908	rs9926996	T	C	264.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.437;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=1;PP=196;ReadPosRankSum=-0.654;SC=CTTTACCCTATAGCTGTTAAG;SOR=0.481;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=17;TCF=16;TCR=1;TR=11;WE=20395916;WS=20395898;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,11:0.65:17
chr16	20488803	rs1634306	T	A	6322.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=240;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=49.75;QD=26.34;SOR=0.797;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,240:1.00:240
chr16	20492000	rs146233716	A	G	1939.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=42.31;QD=32.88;SOR=2.683;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr16	20498079	rs2072080	T	G	3505.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=25;NR=74;PP=2323;SC=TTCCTATGATTATATGAGATT;SOR=1.837;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=99;TCF=25;TCR=74;TR=99;WE=20498087;WS=20498069;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr16	20551855	rs28750179	A	G	780.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=21;NR=6;PP=546;SC=GTCAGCCACCATGTCCGGCCC;SOR=2.546;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=21;TCR=6;TR=27;WE=20551863;WS=20551845;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr16	20552075	rs16970280	G	T	6214.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=239;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=66;NR=94;PP=2851;SC=GCGAGGCCAGGATCACAAATG;SOR=0.976;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=161;TCF=66;TCR=95;TR=160;WE=20552083;WS=20552065;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,238:1.00:238
chr16	20570661	rs62035059	T	C	1954.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=42.07;QD=29.18;SOR=1.230;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr16	20602287	rs28736286	A	G	374.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-2.991;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-4.815;NF=2;NR=15;PP=332;ReadPosRankSum=-0.662;SC=CTAAAGTCCCAGCTGCCCAGA;SOR=0.465;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=29;TCF=4;TCR=25;TR=17;WE=20602295;WS=20602277;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,16:0.55:29
chr16	20634775	rs3087812	T	C	2958.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=2.287;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=280;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.910;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=43;PP=1388;ReadPosRankSum=2.337;SC=GGATTTGCCTTAGGTGTGCAG;SOR=0.623;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=157;TCF=82;TCR=75;TR=87;WE=20634783;WS=20634765;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:137,142:0.51:279
chr16	20638576	rs1692729	A	T	4002.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.167;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=352;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.289;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=63;PP=1728;ReadPosRankSum=1.962;SC=CATCCATCTTACCTCTGTCCC;SOR=0.608;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=212;TCF=90;TCR=122;TR=114;WE=20638584;WS=20638566;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:152,190:0.56:342
chr16	20647887	rs163238	G	T	172.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-1.742;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=0;PP=69;ReadPosRankSum=1.256;SC=AAAAGTTCCAGGTGGGTTCAG;SOR=0.836;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=12;TCR=1;TR=6;WE=20647895;WS=20647877;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,8:0.53:15
chr16	20647921	rs62033279	C	T	331.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=1;PP=161;ReadPosRankSum=-0.723;SC=GGAGAATGCACGGTGAGCTTC;SOR=0.874;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=21;TCF=18;TCR=3;TR=10;WE=20647929;WS=20647911;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,15:0.54:28
chr16	20648572	.	G	GATAAAAA,GATAAA	4140.73	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.586;ClippingRankSum=0.000;DP=246;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.476;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=1.609;NF=19;NR=30;PP=2964;ReadPosRankSum=0.958;SC=AGGGATAAATGAGAAGAGAGG;SOR=0.728;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=126;TCF=50;TCR=76;TR=49;WE=20648590;WS=20648562;set=Intersection	GT:AF:DP	0/1:0.44:237
chr16	20648574	rs2355930	G	A	4171.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.122;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=243;ExcessHet=3.0103;FS=1.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.31;ReadPosRankSum=0.885;SOR=0.775;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:136,105:0.44:241
chr16	20648580	rs201196954	AGG	A	4022.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.555;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=250;ExcessHet=3.0103;FS=0.470;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.22;ReadPosRankSum=-0.335;SOR=0.753;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:139,109:0.44:248
chr16	20648702	rs151328	G	A	4137.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.841;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=397;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.631;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=57;PP=1645;ReadPosRankSum=0.469;SC=CCTGGACGTCGTAGGGTGGAG;SOR=0.602;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=214;TCF=97;TCR=117;TR=110;WE=20648710;WS=20648692;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:192,203:0.51:395
chr16	20749461	rs9788809	T	C	388.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.230;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=4;PP=258;ReadPosRankSum=2.931;SC=CGTACTATAATGTATCTAATA;SOR=0.580;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=24;TCF=17;TCR=7;TR=13;WE=20749469;WS=20749451;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,19:0.56:34
chr16	20750498	rs34908456	AT	A	82.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.217;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=3.94;ReadPosRankSum=-0.957;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,9:0.43:21
chr16	20753123	rs234271	T	C	11218.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=422;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=150;NR=103;PP=2965;SC=TCCTCGTCTATCGCCGGCGCG;SOR=0.950;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=254;TCF=150;TCR=104;TR=253;WE=20753131;WS=20753113;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,416:1.00:416
chr16	20792188	rs5715	T	C	3798.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.547;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=357;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.387;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=70;ReadPosRankSum=0.098;SC=AGGTATACTTTCACAAAAGTG;SOR=0.725;SbPval=0.58;Source=Platypus;TCF=114;TR=123;WE=20792196;WS=20792178;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:173,176:0.50:349
chr16	20796508	rs8058758	T	C	1139.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=1.312;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.749;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=34;PP=822;ReadPosRankSum=-0.641;SC=ACAGTCTCCTTATGATTATTT;SOR=0.509;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=84;TCF=20;TCR=64;TR=47;WE=20796516;WS=20796498;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,51:0.50:103
chr16	20802172	rs2301770	C	T	3050.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.533;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=243;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.472;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=46;PP=1444;ReadPosRankSum=0.324;SC=GAAGAAATACCCAAATTCTTG;SOR=0.705;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=168;TCF=83;TCR=85;TR=91;WE=20802180;WS=20802162;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:105,136:0.56:241
chr16	20810067	rs3213646	T	C	1947.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=2.397;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=36;PP=1200;ReadPosRankSum=1.467;SC=CTTTTGCATATAGATAGGTGA;SOR=0.686;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=115;TCF=51;TCR=64;TR=65;WE=20810075;WS=20810057;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,87:0.51:170
chr16	20811681	rs2301771	C	T	6770.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=-1.189;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=765;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=102;NR=96;PP=2807;ReadPosRankSum=0.868;SC=TTAACAGCTGCTTTCTTTTAC;SOR=0.674;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=408;TCF=216;TCR=192;TR=198;WE=20811689;WS=20811671;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:411,349:0.46:760
chr16	20824697	rs34169933	A	AG	1270.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.062;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.930;HP=1;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.827;NF=2;NR=74;PP=1632;ReadPosRankSum=-2.073;SC=ACCTCTCCCAAGCTCCATCAT;SOR=0.294;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=89;TCF=2;TCR=87;TR=76;WE=20824705;WS=20824687;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,41:0.61:67
chr16	20827647	rs5816137	AT	A	489.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.293;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.79;ReadPosRankSum=0.952;SOR=0.627;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,36:0.72:50
chr16	20843671	.	T	C	1380.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-3.726;ClippingRankSum=0.000;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.905;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=45;PP=843;ReadPosRankSum=1.119;SC=TATCCTCTTTTGAGTCTATTA;SOR=0.473;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=95;TCF=15;TCR=80;TR=56;WE=20843679;WS=20843661;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,65:0.57:114
chr16	20855309	rs9929443	A	G	773.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.458;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.737;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=18;PP=337;ReadPosRankSum=0.428;SC=TGGCCATAGAATCCTTGGATG;SOR=0.818;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=78;TCF=31;TCR=47;TR=28;WE=20855317;WS=20855299;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,43:0.39:111
chr16	20856633	.	CT	C	32.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.650;ClippingRankSum=0.000;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=2.241;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.31;ReadPosRankSum=-2.506;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,7:0.28:25
chr16	20860897	rs6654	C	T	358.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-2.760;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=12;PP=253;ReadPosRankSum=1.238;SC=CAGCAGACAGCTTTATGGAAA;SOR=1.091;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=27;TCF=2;TCR=25;TR=12;WE=20860905;WS=20860887;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,15:0.47:32
chr16	20873767	rs7187522	T	G	4464.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.829;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=453;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=89;PP=2582;ReadPosRankSum=-0.996;SC=CCTGCACCCCTCCTGCTATGT;SOR=0.704;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=315;TCF=133;TCR=182;TR=154;WE=20873775;WS=20873757;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:230,211:0.48:441
chr16	20926781	rs11424042	C	CA	168.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.819;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=1.524;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.22;ReadPosRankSum=-0.408;SOR=1.148;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,19:0.47:40
chr16	20956098	.	GAC	G	94.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=1.214;ClippingRankSum=0.000;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=6;PP=131;ReadPosRankSum=-1.858;SC=AGTAGCACAGGACACACACAC;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=25;TCF=1;TCR=24;TR=6;WE=20956107;WS=20956088;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,7:0.23:31
chr16	20986506	rs3115438	C	T	480.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=13;NR=2;PP=301;SC=GGTATAACCACGCTCATTCGG;SOR=2.179;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=13;TCR=2;TR=15;WE=20986514;WS=20986496;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr16	20999464	rs4783517	C	A	2455.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=12;NR=55;PP=1655;SC=AGGATGCACACGAGGTGGCTT;SOR=2.642;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=68;TCF=13;TCR=55;TR=67;WE=20999472;WS=20999454;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr16	21008690	rs3115446	T	C	10498.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=402;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=131;NR=112;PP=2965;SC=TTGTGTCTTTTTTGTCAAACC;SOR=0.798;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=245;TCF=131;TCR=114;TR=243;WE=21008698;WS=21008680;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,398:1.00:398
chr16	21030897	rs3095922	T	C	1889.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=44;NR=16;PP=1196;SC=GTTTAGAACATGTAATTCCAA;SOR=1.863;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=60;TCF=44;TCR=16;TR=60;WE=21030905;WS=21030887;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr16	21035826	rs330135	G	C	915.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=22;NR=7;PP=609;SC=GTTGCCTCCAGGGACTATGAA;SOR=2.165;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=22;TCR=7;TR=29;WE=21035834;WS=21035818;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
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chr16	21063298	rs139853718	C	CTATTT	705.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=0.920;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=10;PP=636;ReadPosRankSum=0.314;SC=ATTCTCCAAACTATTTTATTT;SOR=0.776;SbPval=0.2;Source=Platypus;TC=44;TCF=3;TCR=41;TR=12;WE=21063306;WS=21063288;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,18:0.51:35
chr16	21078693	rs861424	T	G	1256.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=1.737;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.532;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=18;PP=457;ReadPosRankSum=-0.781;SC=GAAGCTTCTCTGCCATCCGTG;SOR=0.637;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=122;TCF=63;TCR=59;TR=36;WE=21078701;WS=21078683;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:136,72:0.35:208
chr16	21136477	rs7191215	A	G	3984.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=61;NR=37;PP=1977;SC=AAAGGTCCAAATGCAGGTCCC;SOR=1.103;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=99;TCF=62;TCR=37;TR=98;WE=21136485;WS=21136467;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,148:1.00:148
chr16	21152073	rs7202719	CA	TG	933.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-1.226;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.584;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=15;PP=664;ReadPosRankSum=-0.754;SC=TTTGGTTCTCCAGAGAGGTGC;SOR=1.195;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=56;TCF=17;TCR=39;TR=19;WE=21152082;WS=21152063;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,26:0.38:69
chr16	21152481	rs8061542	G	T	302.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.153;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=10;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=1;PP=127;ReadPosRankSum=-0.760;SC=TTTTTTTTTTGATTAAAGTGA;SOR=0.741;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=25;TCF=19;TCR=6;TR=8;WE=21152489;WS=21152471;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,16:0.47:34
chr16	21156775	rs76242255	G	A	792.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.868;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.721;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=17;PP=346;ReadPosRankSum=0.908;SC=AACATCTCTCGATGAGCCTGA;SOR=0.463;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=70;TCF=23;TCR=47;TR=26;WE=21156783;WS=21156765;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,41:0.42:98
chr16	21156829	rs6497538	G	A	356.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.851;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=11;PP=179;ReadPosRankSum=-2.181;SC=AGTGCCTTATGCTATGTTTCT;SOR=0.648;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=34;TCF=6;TCR=28;TR=13;WE=21156837;WS=21156819;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,18:0.40:45
chr16	21157297	rs146113453	G	A	2695.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.783;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=290;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.432;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=31;PP=1054;ReadPosRankSum=-0.714;SC=GCAGCCAGGTGTGCATACCTG;SOR=0.747;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=173;TCF=103;TCR=70;TR=80;WE=21157305;WS=21157287;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:147,140:0.49:287
chr16	21161526	rs7204599	A	G	259.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.895;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.812;HP=1;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-2.272;NF=20;NR=1;PP=281;ReadPosRankSum=0.184;SC=AGCCTGGGCAACAAAGAGCAA;SOR=2.575;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=58;TCF=43;TCR=15;TR=21;WE=21161534;WS=21161516;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,15:0.28:54
chr16	21161552	rs11074486	T	A	181.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.996;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FS=2.294;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.83;MQRankSum=0.000;QD=1.98;ReadPosRankSum=-1.117;SOR=0.998;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:75,17:0.18:92
chr16	21161559	rs11074487	T	A	377.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.920;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.84;MQRankSum=0.000;QD=4.02;ReadPosRankSum=-2.835;SOR=0.743;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:73,21:0.22:94
chr16	21185384	rs1046480	G	A	1870.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.327;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=234;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.614;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=40;PP=985;ReadPosRankSum=0.542;SC=CTGTGGTTTGGGCTTCGTATC;SOR=0.809;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=152;TCF=69;TCR=83;TR=69;WE=21185392;WS=21185374;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:130,98:0.43:228
chr16	21190853	rs1063087	A	C	2754.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.357;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=282;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=52;PP=1312;ReadPosRankSum=-0.156;SC=AGTCTGCAGAATTCGAGGGGC;SOR=0.700;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=179;TCF=68;TCR=111;TR=84;WE=21190861;WS=21190843;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:144,135:0.48:279
chr16	21210006	rs7189430	C	T	365.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.339;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=2;PP=222;ReadPosRankSum=-0.479;SC=TGTTTAGACTCACCACGGGTA;SOR=0.846;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=31;TCF=26;TCR=5;TR=14;WE=21210014;WS=21209996;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,17:0.44:39
chr16	21215672	rs2075526	A	G	1167.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.226;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.658;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=20;PP=468;ReadPosRankSum=-0.226;SC=CCTTCTGTCCAGGAGATATAA;SOR=0.611;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=79;TCF=31;TCR=48;TR=36;WE=21215680;WS=21215662;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,59:0.45:131
chr16	21221209	rs140858485	A	G	776.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-2.408;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.051;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=16;PP=353;ReadPosRankSum=-1.386;SC=TATGACTTGCAGCCAGAGGCT;SOR=0.435;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=56;TCF=18;TCR=38;TR=25;WE=21221217;WS=21221199;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,37:0.51:73
chr16	21222596	rs2075519	C	A	1180.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.456;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.680;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=13;PP=635;ReadPosRankSum=-1.036;SC=GTTTTCTCTGCTAAGAAGACT;SOR=0.821;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=94;TCF=61;TCR=33;TR=42;WE=21222604;WS=21222586;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,59:0.46:129
chr16	21222941	rs2075521	C	A	1061.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-2.244;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=30;PP=732;ReadPosRankSum=-0.397;SC=AAGCCAGCCGCATCCACACCC;SOR=0.701;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=65;TCF=10;TCR=55;TR=35;WE=21222949;WS=21222931;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,42:0.57:74
chr16	21272591	rs14122	G	C	1951.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=32;NR=19;PP=917;SC=ACTTGAACACGGTGGTCTTCT;SOR=1.134;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=51;TCF=32;TCR=19;TR=51;WE=21272599;WS=21272581;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr16	21272768	rs34784464	T	TA	219.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.220;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.16;ReadPosRankSum=1.625;SOR=0.582;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,17:0.71:24
chr16	21273286	rs226048	A	G	515.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=2.036;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=4;PP=405;ReadPosRankSum=-0.601;SC=CTGGAAGGGAAGTTAATGAAA;SOR=0.752;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=41;TCF=33;TCR=8;TR=22;WE=21273294;WS=21273276;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,22:0.51:43
chr16	21286699	rs2733911	C	T	1051.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=0.700;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=9;PP=802;ReadPosRankSum=1.008;SC=CTAATAATTTCGTGAATTACT;SOR=0.699;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=79;TCF=61;TCR=18;TR=42;WE=21286707;WS=21286689;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,44:0.52:84
chr16	21286927	rs226045	A	G	1373.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.143;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=32;PP=770;ReadPosRankSum=-0.377;SC=TTGGAGGAAAAGAGAGACAGT;SOR=0.741;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=104;TCF=35;TCR=69;TR=48;WE=21286935;WS=21286917;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,67:0.46:147
chr16	21289023	rs2075628	G	A	119.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.958;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.128;HP=5;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=6;PP=86;ReadPosRankSum=-0.115;SC=CCCTCTTCCAGCCCCCGCATC;SOR=1.688;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=19;TCF=5;TCR=14;TR=7;WE=21289031;WS=21289013;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,7:0.33:21
chr16	21289626	rs3848259	C	G	1714.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.093;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.329;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=23;PP=567;ReadPosRankSum=-0.080;SC=CACGTACCCTCGGCTGTGCCC;SOR=0.551;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=124;TCF=52;TCR=72;TR=43;WE=21289634;WS=21289616;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:129,91:0.41:220
chr16	21360715	rs2547194	G	A	208.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.62;BaseQRankSum=1.933;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.261;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-2.887;NF=9;NR=8;PP=261;ReadPosRankSum=-1.041;SC=CCAAGGTGCCGCAGGGGGAGC;SOR=1.473;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=41;TCF=21;TCR=20;TR=17;WE=21360723;WS=21360705;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,15:0.24:63
chr16	21388110	rs2686119	T	C	776.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.248;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.418;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-10.102;NF=18;NR=22;PP=501;ReadPosRankSum=0.000;SC=CTCCCTGGAGTGCTACCTGCA;SOR=0.865;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=94;TCF=42;TCR=52;TR=40;WE=21388118;WS=21388100;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:96,48:0.33:144
chr16	21396859	rs368310563	CT	C	77.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.953;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FS=3.857;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.77;MQRankSum=-7.775;QD=0.43;ReadPosRankSum=-0.134;SOR=1.092;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:145,36:0.20:181
chr16	21397273	.	C	CTG	194.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.323;ClippingRankSum=0.000;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.49;MQRankSum=-5.421;QD=4.87;ReadPosRankSum=-1.347;SOR=0.582;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,12:0.30:40
chr16	21531494	rs42138	T	C	7956.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=299;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=74;NR=84;PP=2965;SC=ATGCCCGAGCTCATGATGGCG;SOR=0.741;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=158;TCF=74;TCR=84;TR=158;WE=21531502;WS=21531484;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,295:1.00:295
chr16	21531609	rs42139	C	T	815.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-2.180;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.281;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.741;NF=9;NR=14;PP=201;ReadPosRankSum=-0.158;SC=TGGCGGCCATCATCTTCTCCC;SOR=0.927;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=80;TCF=34;TCR=46;TR=23;WE=21531617;WS=21531599;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:91,48:0.35:139
chr16	21531681	rs42140	C	G	666.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.378;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.830;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-1.056;NF=5;NR=12;PP=219;ReadPosRankSum=-0.823;SC=GGCCCGCACCCGCCATGCTCT;SOR=0.580;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=59;TCF=19;TCR=40;TR=17;WE=21531689;WS=21531671;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,34:0.37:93
chr16	21608472	rs194548	G	A	286.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-3.731;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=0;PP=233;ReadPosRankSum=-0.091;SC=GCTGTCCCCAGTGGGCAATCT;SOR=1.230;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=32;TCF=31;TCR=1;TR=14;WE=21608480;WS=21608462;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,13:0.42:31
chr16	21623944	.	CT	C	301.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.142;ClippingRankSum=0.000;DP=125;ExcessHet=3.0103;FS=0.931;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.60;ReadPosRankSum=-0.133;SOR=0.520;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:67,49:0.42:116
chr16	21652720	rs1055740	A	G	563.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.835;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.960;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=3;PP=356;ReadPosRankSum=-0.702;SC=TTACATTCTGACATCCTTCTT;SOR=0.260;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=24;TCF=20;TCR=4;TR=15;WE=21652728;WS=21652710;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,22:0.67:33
chr16	21689775	.	GTA	G	23	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;FR=0.4999;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MMLQ=26;MQ=60.47;NF=1;NR=1;PP=23;QD=16.5;SC=GTGTGTGTGTGTATATATATA;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=15;TCF=10;TCR=5;TR=2;WE=21689784;WS=21689765;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:13,2:0.13:15
chr16	21696080	rs68184103	ATTATTATTT	A	123.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.340;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=2.216;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=62.53;MQRankSum=0.000;QD=8.25;ReadPosRankSum=1.534;SOR=1.432;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,5:0.33:15
chr16	21696083	rs201146251	ATTATTT	A	171.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-2.402;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=2.522;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=62.53;MQRankSum=-0.000;QD=13.21;ReadPosRankSum=-1.712;SOR=0.204;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,6:0.46:13
chr16	21730449	rs215901	C	T	2264.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=36;NR=23;PP=1116;SC=ATTCTCTTCTCGCAGGCTCTG;SOR=1.005;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=59;TCF=36;TCR=23;TR=59;WE=21730457;WS=21730439;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr16	21732575	rs35864988	C	T	354.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.226;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=11.234;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.65;ReadPosRankSum=1.117;SOR=2.726;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,18:0.44:41
chr16	21732836	rs8060224	A	G	689.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.372;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.825;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=14;PP=312;ReadPosRankSum=0.264;SC=GAAAATGTCAATAATACTGAG;SOR=0.822;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=55;TCF=22;TCR=33;TR=23;WE=21732844;WS=21732826;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,36:0.42:85
chr16	21739430	rs4408531	T	C	1075.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=1.425;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.643;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=11;PP=671;ReadPosRankSum=-0.918;SC=AAATGATCTGTCTGCCTCGGC;SOR=0.330;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=65;TCF=50;TCR=15;TR=38;WE=21739438;WS=21739420;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,47:0.53:88
chr16	21747556	rs56065183	C	T	1020.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.122;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-2.207;NF=27;NR=10;PP=576;ReadPosRankSum=1.533;SC=ATTATTATTCCTCTTCTTTCA;SOR=0.610;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=70;TCF=52;TCR=18;TR=37;WE=21747564;WS=21747546;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,48:0.48:99
chr16	21771908	.	A	G	172	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MMLQ=21;MQ=45.74;NF=5;NR=9;PP=172;QD=14.7693723248;SC=GCTGGCCAACATGTGTAGAGA;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=29;TCF=9;TCR=20;TR=14;WE=21771916;WS=21771898;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:15,14:0.48:29
chr16	21781496	rs199973756	T	TA	322.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.879;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.94;MQRankSum=-3.935;QD=4.48;ReadPosRankSum=-0.450;SOR=0.770;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:47,25:0.35:72
chr16	21814059	.	A	AG	1665.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.924;ClippingRankSum=0.000;DP=173;ExcessHet=3.0103;FS=0.593;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.97;MQRankSum=1.152;QD=10.22;ReadPosRankSum=-1.285;SOR=0.610;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:85,78:0.48:163
chr16	21817457	rs202140854	G	A	218.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.554;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.85;MQRankSum=-5.544;QD=1.26;ReadPosRankSum=1.422;SOR=0.679;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:143,30:0.17:173
chr16	21821976	rs148768203	C	CA	167.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.198;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=3.010;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.50;MQRankSum=2.881;QD=4.66;ReadPosRankSum=-0.283;SOR=1.911;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,15:0.42:36
chr16	21821986	rs199544209	A	AAC	598.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.087;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.75;MQRankSum=-4.023;QD=14.60;ReadPosRankSum=-0.248;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,21:0.51:41
chr16	21823661	rs138577648	A	C	596.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=5.274;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=356;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.274;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-5.171;NF=39;NR=54;PP=1514;ReadPosRankSum=-5.973;SC=AAAACAGTCTATGCTGATACA;SOR=0.958;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=276;TCF=119;TCR=157;TR=93;WE=21823669;WS=21823651;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:295,58:0.16:353
chr16	21970546	rs2967178	T	C	3177.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=41;NR=31;PP=1454;SC=GCATGAGATGTTGTTTTTAGC;SOR=0.871;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=74;TCF=43;TCR=31;TR=72;WE=21970554;WS=21970536;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr16	21976762	rs4850	G	A	1257.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.280;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.073;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=19;PP=495;ReadPosRankSum=0.920;SC=GCAGCTTACCGGAATGCCTTG;SOR=0.834;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=87;TCF=44;TCR=43;TR=36;WE=21976770;WS=21976752;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,65:0.45:146
chr16	21992122	rs2965803	T	C	737.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=3;NR=16;PP=487;SC=GTATTATTCTTATGTTTGGTG;SOR=2.494;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=19;TCF=3;TCR=16;TR=19;WE=21992130;WS=21992112;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr16	21994284	.	CA	C	30.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.349;ClippingRankSum=-0.000;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=2.56;ReadPosRankSum=-0.386;SOR=1.863;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,6:0.50:12
chr16	22012146	rs143239876	AATG	A	506.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.891;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=1.291;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.56;ReadPosRankSum=0.568;SOR=0.473;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,18:0.38:48
chr16	22012374	rs141574396	C	T	2068.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.020;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.776;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=45;PP=1010;ReadPosRankSum=2.488;SC=TGCATGGTCCCGGGAGGTCAG;SOR=0.853;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=123;TCF=49;TCR=74;TR=73;WE=22012382;WS=22012364;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:91,104:0.53:195
chr16	22018845	rs35256986	T	C	7294.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.504;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=682;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=128;NR=89;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.956;SC=TCTTAATGTGTTTCTGTCTCT;SOR=0.720;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=434;TCF=258;TCR=176;TR=217;WE=22018853;WS=22018835;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:320,348:0.52:668
chr16	22092067	rs72784938	A	C	160.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-0.702;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.098;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=3;PP=98;ReadPosRankSum=-1.056;SC=ATTTTACATCAATGAAGTCGG;SOR=0.243;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=19;TCF=14;TCR=5;TR=9;WE=22092075;WS=22092057;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,9:0.45:20
chr16	22114691	.	T	TA	46.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.187;ClippingRankSum=0.000;DP=120;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.42;ReadPosRankSum=-0.267;SOR=0.781;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:92,20:0.18:112
chr16	22128052	rs11649656	TT	GC	14041.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=315;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=124;NR=83;PP=2947;SC=GACCTGGGATTTCCACTTCTC;SOR=0.982;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=212;TCF=127;TCR=85;TR=207;WE=22128061;WS=22128042;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,312:1.00:312
chr16	22134674	.	TA	T	63.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.151;ClippingRankSum=0.000;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.19;MQRankSum=1.642;QD=1.14;ReadPosRankSum=-0.281;SOR=0.645;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:43,13:0.23:56
chr16	22144318	rs1105929	C	T	4203.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=0.123;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=522;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.534;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=75;NR=37;PP=1647;ReadPosRankSum=-2.904;SC=ATGGACACCACACCCCCTGCC;SOR=0.770;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=278;TCF=179;TCR=99;TR=112;WE=22144326;WS=22144308;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:301,217:0.42:518
chr16	22144578	rs1105928	A	C	882.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.256;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=13.990;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=26;PP=627;ReadPosRankSum=0.651;SC=GTGATGGTTGAACAACAATGT;SOR=0.024;SbPval=0.14;Source=Platypus;TC=54;TCF=8;TCR=46;TR=34;WE=22144586;WS=22144568;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,35:0.65:54
chr16	22149612	rs112136401	C	CTG	845.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=0.693;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.849;NF=17;NR=4;PP=837;ReadPosRankSum=1.140;SC=GTCCCTCCTGCTGTGTGTGTG;SOR=0.596;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=40;TCF=29;TCR=11;TR=21;WE=22149621;WS=22149602;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,32:0.54:59
chr16	22161136	rs1991020	T	C	5427.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=55;NR=67;PP=2330;SC=TGCAGAGAGCTTTCAGTCATG;SOR=0.824;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=122;TCF=55;TCR=67;TR=122;WE=22161144;WS=22161126;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,209:1.00:209
chr16	22161286	rs10521117	A	C	156.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=3.119;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.935;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=7;PP=126;ReadPosRankSum=-0.311;SC=CCTTGACGCAAAACAAATACC;SOR=2.655;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=4;TCR=14;TR=7;WE=22161294;WS=22161276;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,7:0.33:21
chr16	22178256	rs6497575	G	A	2330.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.356;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=246;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.471;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=36;PP=1109;ReadPosRankSum=0.034;SC=GCCCTGTACCGTGCCTTCGAA;SOR=0.633;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=159;TCF=84;TCR=75;TR=74;WE=22178264;WS=22178246;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:123,117:0.49:240
chr16	22178492	rs8060335	T	G	57.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.213;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.41;ReadPosRankSum=1.247;SOR=0.534;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,9:0.38:24
chr16	22192896	rs9930499	G	A	2902.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.056;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=328;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=59;PP=1617;ReadPosRankSum=0.531;SC=AGGCACGGATGAACTGGGTCC;SOR=0.673;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=213;TCF=94;TCR=119;TR=106;WE=22192904;WS=22192886;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:177,147:0.45:324
chr16	22193666	rs5816171	A	AT	1071.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.699;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FS=2.549;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.13;MQRankSum=0.000;QD=8.31;ReadPosRankSum=1.786;SOR=0.472;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:60,69:0.53:129
chr16	22237118	rs9935059	A	G	2699.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.656;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=266;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.449;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=44;PP=1203;ReadPosRankSum=1.907;SC=CGAGCTGGCCATGATGGTGAT;SOR=0.734;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=183;TCF=94;TCR=89;TR=91;WE=22237126;WS=22237108;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:125,136:0.52:261
chr16	22237273	rs17841292	C	G	1313.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.350;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.981;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQ=60.06;MQRankSum=-0.834;NF=18;NR=28;PP=696;ReadPosRankSum=-1.002;SC=CAGCGGGTCCCCGGCAAACTC;SOR=0.866;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=99;TCF=40;TCR=59;TR=46;WE=22237281;WS=22237263;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:95,68:0.42:163
chr16	22256193	rs4783451	T	C	1303.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-3.592;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=43;PP=749;ReadPosRankSum=-2.068;SC=TGCTAATGCGTGCTTAAGGCC;SOR=0.738;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=120;TCF=25;TCR=95;TR=53;WE=22256201;WS=22256183;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,65:0.45:144
chr16	22260293	.	AT	A	61.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.776;ClippingRankSum=0.000;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.20;ReadPosRankSum=-0.770;SOR=0.602;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,11:0.39:28
chr16	22261900	rs2303187	G	A	1725.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.435;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.550;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=24;PP=836;ReadPosRankSum=0.099;SC=GGCATGTAAGGGGAGCACCTC;SOR=0.621;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=105;TCF=63;TCR=42;TR=58;WE=22261908;WS=22261890;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:93,87:0.48:180
chr16	22262514	rs2303186	C	A	3947.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.058;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=380;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=47;PP=1607;ReadPosRankSum=1.112;SC=AGTGGAAGGGCGCCTCCAACT;SOR=0.681;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=209;TCF=106;TCR=103;TR=95;WE=22262522;WS=22262504;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:183,190:0.51:373
chr16	22262737	rs113591855	CT	C	91.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.473;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=6.690;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.16;ReadPosRankSum=-0.870;SOR=0.035;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,11:0.38:29
chr16	22269867	rs4783453	A	G	8317.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=327;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=97;NR=91;PP=2965;SC=GGGAGCCCCCAAGTAAGGACC;SOR=0.744;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=189;TCF=97;TCR=92;TR=188;WE=22269875;WS=22269857;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,320:1.00:320
chr16	22310429	rs142630131	G	C	1722.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.616;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.698;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=46;PP=777;ReadPosRankSum=-1.376;SC=GAGGAGGCTGGGGGAGGCTTT;SOR=0.946;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=135;TCF=39;TCR=96;TR=60;WE=22310437;WS=22310419;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:98,89:0.48:187
chr16	22328094	rs2290830	G	T	2895.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.367;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=50;PP=1482;ReadPosRankSum=0.545;SC=GAGGACTGTGGCCCCTCCTGT;SOR=0.708;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=81;TCF=27;TCR=54;TR=76;WE=22328102;WS=22328084;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,109:0.97:112
chr16	22579730	rs372533285	ATG	A	569.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.852;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=3.792;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.90;MQRankSum=-2.690;QD=7.70;ReadPosRankSum=-0.223;SOR=0.334;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,35:0.47:74
chr16	22587868	rs4783422	G	C	165.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.710;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FS=32.235;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.18;MQRankSum=-6.492;QD=1.93;ReadPosRankSum=2.494;SOR=5.124;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:73,13:0.15:86
chr16	22826339	rs208951	A	G	4859.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=2.635;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=437;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=68;NR=72;PP=2289;ReadPosRankSum=-3.349;SC=TTATCCGAGTACACCCGGACG;SOR=0.744;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=259;TCF=126;TCR=133;TR=140;WE=22826347;WS=22826329;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:202,228:0.53:430
chr16	23079353	rs8047644	T	C	417.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.337;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.157;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=2;PP=196;ReadPosRankSum=-0.700;SC=TAAAACACTTTGATTGCAGAA;SOR=0.906;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=45;TCF=36;TCR=9;TR=14;WE=23079361;WS=23079343;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,21:0.36:59
chr16	23079501	rs35254998	G	A	2890.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.999;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=309;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.500;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=47;PP=1432;ReadPosRankSum=-1.845;SC=TTGGATTTGCGAGCGGACAGC;SOR=0.495;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=183;TCF=98;TCR=85;TR=92;WE=23079509;WS=23079491;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:160,140:0.47:300
chr16	23080634	rs10083789	C	A	5705.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=3.292;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=593;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.747;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=72;NR=92;PP=2736;ReadPosRankSum=-1.324;SC=GTGCTCACGGCGACTATGACT;SOR=0.840;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=351;TCF=166;TCR=185;TR=164;WE=23080642;WS=23080624;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:310,275:0.47:585
chr16	23200963	rs5738	G	A	1932.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.860;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.753;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=43;PP=1067;ReadPosRankSum=-1.274;SC=CATGCACATCGAGTCCAAGCA;SOR=0.842;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=138;TCF=48;TCR=90;TR=63;WE=23200971;WS=23200953;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:112,93:0.45:205
chr16	23205657	rs4247210	G	C	221.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-0.354;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.717;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=8;PP=162;ReadPosRankSum=1.103;SC=GGGGCAGCAGGACAGTGGGGA;SOR=0.080;SbPval=0.22;Source=Platypus;TC=40;TCF=8;TCR=32;TR=12;WE=23205665;WS=23205647;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,13:0.31:42
chr16	23221183	rs5740	A	G	14163.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.635;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=552;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=148;NR=176;PP=2965;ReadPosRankSum=0.738;SC=ACAGATTGGCAGGGGCACCCA;SOR=0.800;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=325;TCF=148;TCR=177;TR=324;WE=23221191;WS=23221173;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,548:1.00:550
chr16	23221238	rs4281710	A	G	7874.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.804;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=299;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=74;NR=132;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.307;SC=GTTATATCTAAGCTGGGGTGT;SOR=1.163;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=206;TCF=74;TCR=132;TR=206;WE=23221246;WS=23221228;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,296:0.99:298
chr16	23223233	rs9941210	G	T	350.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-3.641;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.480;HP=3;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=6;PP=219;ReadPosRankSum=0.187;SC=GGCATAAGGGGCAGGTTCATG;SOR=0.324;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=36;TCF=26;TCR=10;TR=18;WE=23223241;WS=23223223;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,18:0.50:36
chr16	23223262	rs9941215	G	A	531.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=0.320;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.059;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=8;PP=405;ReadPosRankSum=1.099;SC=CAAGGTTAAGGGAGGCTGACC;SOR=0.939;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=52;TCF=35;TCR=17;TR=26;WE=23223270;WS=23223252;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,26:0.44:59
chr16	23223300	rs9931527	T	C	960.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.238;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.552;HP=4;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=14;PP=637;ReadPosRankSum=0.032;SC=TGCAGGAAACTCCCTGACATC;SOR=1.016;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=79;TCF=54;TCR=25;TR=45;WE=23223308;WS=23223290;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,50:0.45:111
chr16	23224106	rs12708649	T	C	2854.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=0.214;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=325;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.409;HP=5;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=45;PP=988;ReadPosRankSum=-0.111;SC=GTGAGACGGGTGGCTGGGTTG;SOR=0.736;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=180;TCF=80;TCR=100;TR=76;WE=23224114;WS=23224096;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:167,149:0.47:316
chr16	23224416	rs13306653	G	A	2194.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.142;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=252;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.900;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=31;PP=1141;ReadPosRankSum=0.829;SC=TTCTCTCTCCGTTGTAGAAGT;SOR=0.513;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=174;TCF=111;TCR=63;TR=76;WE=23224424;WS=23224394;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:133,111:0.45:244
chr16	23224517	rs13306654	T	G	2729.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.721;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=302;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.378;HP=3;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=51;PP=1287;ReadPosRankSum=-0.877;SC=CTCTGTCTCTTCCCACCACAG;SOR=0.801;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=232;TCF=102;TCR=130;TR=87;WE=23224525;WS=23224507;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:166,135:0.45:301
chr16	23225984	rs11643517	A	G	779.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.100;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.774;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=9;PP=378;ReadPosRankSum=-0.159;SC=GAGGACTGGTAATCTGGTAGG;SOR=0.847;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=73;TCF=46;TCR=27;TR=27;WE=23225992;WS=23225974;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,40:0.39:103
chr16	23226787	rs5723	C	G	2785.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-3.722;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=266;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=75;PP=1677;ReadPosRankSum=-0.675;SC=TGGATGAGCTCTGAGGCAGGG;SOR=0.680;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=200;TCF=54;TCR=146;TR=103;WE=23226795;WS=23226777;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:127,129:0.50:256
chr16	23360199	rs238547	T	C	4343.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.969;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=415;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.65;ReadPosRankSum=-0.177;SOR=0.669;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:195,213:0.52:408
chr16	23379377	rs3214467	A	AG	535.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.377;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=20;PP=559;ReadPosRankSum=0.644;SC=GGTGGGACTGAGGGGGGACCA;SOR=0.648;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=48;TCF=2;TCR=46;TR=21;WE=23379385;WS=23379367;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,23:0.49:47
chr16	23382909	rs34622290	G	C	513.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.584;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.542;HP=4;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=5;PP=310;ReadPosRankSum=0.440;SC=CCTTCCTTTTGGCTGGAATCC;SOR=1.577;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=29;TCF=20;TCR=9;TR=19;WE=23382917;WS=23382899;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,21:0.66:32
chr16	23382967	rs13306634	C	T	1610.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=2.889;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.241;HP=4;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=5;PP=704;ReadPosRankSum=-1.376;SC=TCTGGCGCCCCCTCTGGCGCC;SOR=1.024;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=74;TCF=61;TCR=13;TR=34;WE=23382975;WS=23382957;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,40:0.48:84
chr16	23382982	rs3214466	CT	C	1887.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-1.398;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=2.290;NF=27;NR=11;PP=1290;ReadPosRankSum=-0.852;SC=GGCGCCCCCCCTGGCACCTGC;SOR=0.693;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=80;TCF=56;TCR=24;TR=38;WE=23382990;WS=23382972;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,52:0.50:104
chr16	23383247	rs2303157	G	A	1275.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.922;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.797;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=37;PP=867;ReadPosRankSum=-0.624;SC=GCCCCTGTCCGGGTTTATGGG;SOR=0.448;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=94;TCF=19;TCR=75;TR=48;WE=23383255;WS=23383237;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,57:0.50:115
chr16	23388415	rs250570	G	C	1180.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.244;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.683;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=11;PP=580;ReadPosRankSum=0.623;SC=CCAGCCAGAGGCTCAGCAGGG;SOR=0.774;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=86;TCF=58;TCR=28;TR=36;WE=23388423;WS=23388405;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,57:0.46:124
chr16	23400494	rs250586	C	A	1516.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=41;PP=1184;SC=CTGAATACGACACAGAGAAGC;SOR=3.702;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=46;TCF=5;TCR=41;TR=46;WE=23400502;WS=23400484;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr16	23457290	rs71379679	TA	T	213.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.566;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FS=2.495;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.12;MQRankSum=1.124;QD=3.50;ReadPosRankSum=1.403;SOR=0.371;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,26:0.43:61
chr16	23486197	rs11074559	A	G	2097.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.22;SOR=1.392;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr16	23489711	rs1135045	C	G	2623.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=49;NR=15;PP=1460;SC=GCTGGCTGTGCTGAGAGGAGG;SOR=1.802;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=64;TCF=49;TCR=15;TR=64;WE=23489719;WS=23489701;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr16	23490353	rs4968008	T	G	10967.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=427;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=116;NR=135;PP=2965;SC=AGCAACTTACTGAAGGTCATG;SOR=0.787;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=251;TCF=116;TCR=135;TR=251;WE=23490361;WS=23490343;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,423:1.00:423
chr16	23498305	rs35896041	G	GTTT	273.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.67;QD=30.42;SOR=3.056;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr16	23506940	rs722069	G	A	1262.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-2.305;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=3;PP=1028;ReadPosRankSum=-0.812;SC=CCCTAAAACAGTCTTGAGAGA;SOR=3.209;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=42;TCF=39;TCR=3;TR=41;WE=23506948;WS=23506930;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,41:0.98:42
chr16	23521643	rs1071685	G	C	6518.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=244;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=66;NR=57;PP=2417;SC=GCTACTCACTGAGCCACAGCT;SOR=0.796;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=123;TCF=66;TCR=57;TR=123;WE=23521651;WS=23521633;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,244:1.00:244
chr16	23521750	rs2285522	T	C	2581.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=32;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=24;NR=43;PP=1029;SC=GCCCCGACGCTGCGGCCGCGG;SOR=1.072;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=67;TCF=24;TCR=43;TR=67;WE=23521758;WS=23521740;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr16	23521780	rs2285521	C	T	1656.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=32;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=10;NR=31;PP=839;SC=CCTCTTCAGCCGCTGTAGCGT;SOR=1.498;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=41;TCF=10;TCR=31;TR=41;WE=23521788;WS=23521770;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr16	23532990	rs1060170	G	A	431.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.014;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.81;ReadPosRankSum=-0.321;SOR=0.569;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,21:0.48:44
chr16	23533008	rs11074565	G	A	1591.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=30;NR=14;PP=808;SC=TTGTCCTTTTGTGACTGACAT;SOR=1.498;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=46;TCF=30;TCR=16;TR=44;WE=23533016;WS=23532998;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr16	23535680	rs1468138	A	C	4063.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=65;NR=38;PP=2077;SC=CACTGCCCGAAACATCCTCTC;SOR=1.209;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=104;TCF=66;TCR=38;TR=103;WE=23535688;WS=23535670;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,150:1.00:150
chr16	23536366	rs6497670	T	C	685.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=12;NR=7;PP=345;SC=TAATTCTATATTGTATTCACT;SOR=1.358;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=12;TCR=7;TR=19;WE=23536374;WS=23536356;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr16	23536684	rs6497671	T	C	6223.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=59;NR=96;PP=2965;SC=AAGCTCATACTAGATCTTTCT;SOR=1.061;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=155;TCF=59;TCR=96;TR=155;WE=23536692;WS=23536674;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,226:1.00:226
chr16	23540798	rs2072062	C	T	6653.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=254;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=104;NR=62;PP=2965;SC=GTGTGGAACCCTGAGCTCAGC;SOR=1.188;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=170;TCF=107;TCR=63;TR=166;WE=23540806;WS=23540788;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,244:1.00:244
chr16	23541223	rs2072061	G	A	3729.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.638;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=80;PP=2316;ReadPosRankSum=1.237;SC=TGCAGTCTGCGGAAGAAATCA;SOR=0.812;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=113;TCF=31;TCR=82;TR=109;WE=23541231;WS=23541213;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,134:0.99:135
chr16	23546561	rs2073951	G	C	4009.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=35;NR=49;PP=1784;SC=TCCAGCCATAGACCAGGTCCT;SOR=0.945;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=84;TCF=35;TCR=49;TR=84;WE=23546569;WS=23546551;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,149:1.00:149
chr16	23555726	rs2369009	C	T	2485.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=50;NR=21;PP=1350;SC=AGATGCCTGACCCACAGAAAC;SOR=1.559;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=71;TCF=50;TCR=21;TR=71;WE=23555734;WS=23555716;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr16	23557718	rs7196534	T	C	3398.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=38;NR=50;PP=1656;SC=AGCTCAGAGATCTTGGGCAAG;SOR=0.882;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=88;TCF=38;TCR=50;TR=88;WE=23557726;WS=23557708;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr16	23557790	rs4968019	T	C	1737.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=18;NR=28;PP=795;SC=AACTTTCTCATGAGGATCATC;SOR=1.098;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=46;TCF=18;TCR=28;TR=46;WE=23557798;WS=23557780;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr16	23563501	rs7187920	C	T	5671.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=77;NR=51;PP=2416;SC=CAATATTCTCCGCTGCCCCAG;SOR=0.946;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=132;TCF=77;TCR=55;TR=128;WE=23563509;WS=23563491;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,210:1.00:210
chr16	23573687	.	G	GT	476.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.153;ClippingRankSum=0.000;DP=108;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.03;MQRankSum=0.000;QD=6.62;ReadPosRankSum=0.859;SOR=0.724;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,37:0.51:72
chr16	23606895	rs240744	G	T	7266.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=281;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=86;NR=80;PP=2965;SC=ATCCTTATTGGTCAAAGGTCA;SOR=0.744;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=166;TCF=86;TCR=80;TR=166;WE=23606903;WS=23606885;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,279:1.00:279
chr16	23615042	.	T	TA	250.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.721;ClippingRankSum=0.000;DP=119;ExcessHet=3.0103;FS=1.017;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.09;MQRankSum=0.000;QD=2.73;ReadPosRankSum=0.221;SOR=0.468;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:66,26:0.28:92
chr16	23625463	rs249936	A	T	1303.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=33;PP=908;SC=ACAAACCAGTATTCAGAAAAT;SOR=2.687;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=7;TCR=33;TR=40;WE=23625471;WS=23625453;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr16	23649800	rs201458864	TTC	T	4504.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=2.394;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=263;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.505;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQ=60.04;MQRankSum=1.056;NF=17;NR=37;PP=2372;ReadPosRankSum=0.669;SC=TCACACTATGTTCTCTGTTTC;SOR=0.587;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=98;TCF=34;TCR=64;TR=54;WE=23649809;WS=23649790;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:134,122:0.48:256
chr16	23722280	rs56342512	G	A	6738.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.812;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=258;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=83;NR=83;PP=2965;ReadPosRankSum=2.326;SC=TGCTTAGTGCGTGGAGACTTC;SOR=0.693;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=167;TCF=83;TCR=84;TR=166;WE=23722288;WS=23722270;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,254:0.99:256
chr16	23768380	rs5816221	T	TG	1687.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=26;NR=8;PP=1253;SC=GGAAAATTATTGGGGGATATG;SOR=2.049;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=42;TCF=31;TCR=11;TR=34;WE=23768388;WS=23768370;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr16	23768700	rs117059722	A	T	888.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=2.172;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=4;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=23;PP=1136;ReadPosRankSum=0.449;SC=GGGCAGACAGACTTGGGAAAC;SOR=0.879;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=46;TCF=8;TCR=38;TR=28;WE=23768718;WS=23768690;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,36:0.60:60
chr16	23768710	rs109592	C	T	398.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=2.807;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=4;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=12;PP=733;ReadPosRankSum=-0.675;SC=ACTTGGGAAACGTTCAACGGA;SOR=0.563;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=38;TCF=8;TCR=30;TR=15;WE=23768718;WS=23768690;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,19:0.40:48
chr16	23768802	rs80950	T	G	1760.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=33;NR=18;PP=1098;SC=GTTGGGAGCATGGAGAGCTGA;SOR=1.329;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=51;TCF=33;TCR=18;TR=51;WE=23768810;WS=23768792;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr16	23848762	rs3729883	G	A	584.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.200;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.883;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=12;PP=274;ReadPosRankSum=0.742;SC=CTATTTGTGGGAAGAGAGGGT;SOR=0.840;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=48;TCF=22;TCR=26;TR=21;WE=23848770;WS=23848752;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,31:0.42:74
chr16	24043676	rs1971276	C	G	1844.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=9;NR=34;PP=950;SC=CCCCTGTCCTCGTTGGGGCTG;SOR=1.793;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=43;TCF=9;TCR=34;TR=43;WE=24043684;WS=24043666;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr16	24135112	rs1013316	T	C	783.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.324;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FS=7.055;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.53;ReadPosRankSum=0.249;SOR=0.216;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,39:0.57:68
chr16	24185815	rs72154122	CT	C	363.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.058;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.76;ReadPosRankSum=-0.426;SOR=0.647;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:139,68:0.33:207
chr16	24357998	rs5816249	T	TG	2700.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=24;NR=19;PP=1784;SC=GGACCCAGGCTGGCCCCCAGA;SOR=1.734;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=47;TCF=24;TCR=23;TR=43;WE=24358006;WS=24357988;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
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chr16	24567320	rs7202501	A	G	1004.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.502;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=27;PP=689;ReadPosRankSum=0.277;SC=TTTCTTGGTTAATACTGCCTT;SOR=0.796;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=62;TCF=13;TCR=49;TR=34;WE=24567328;WS=24567310;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,41:0.52:79
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chr16	24572884	rs34473709	CTT	C	523.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.066;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.824;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=2;PP=146;ReadPosRankSum=-0.442;SC=TTCGTAAACACTTTGAGTTCC;SOR=0.330;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=12;TCF=8;TCR=4;TR=5;WE=24572893;WS=24572874;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,14:0.61:23
chr16	24574691	rs66509757	CT	C	1030.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.841;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FS=2.066;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.74;ReadPosRankSum=0.272;SOR=0.906;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:62,91:0.59:153
chr16	24578330	rs7194163	G	T	253.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-0.832;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=0;PP=205;ReadPosRankSum=0.047;SC=TACTAATGTTGCTACACTAGT;SOR=1.765;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=18;TCR=0;TR=10;WE=24578338;WS=24578327;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,10:0.50:20
chr16	24578458	rs7195386	T	C	2864.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.113;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=253;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.541;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=69;NR=24;PP=1676;ReadPosRankSum=0.401;SC=GAATTTATTTTTCCAGAAGTA;SOR=0.978;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=174;TCF=123;TCR=51;TR=93;WE=24578466;WS=24578448;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:118,127:0.52:245
chr16	24579397	rs7201851	T	C	276.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=3.089;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=11;PP=225;ReadPosRankSum=0.619;SC=AGTGTAAATTTTATTGTGTAG;SOR=0.818;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=28;TCF=3;TCR=25;TR=12;WE=24579405;WS=24579387;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,12:0.41:29
chr16	24583406	rs7593	A	G	3027.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.916;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=346;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.393;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=39;PP=1306;ReadPosRankSum=0.082;SC=TGGAGAAAGCAAAAGAGAGCC;SOR=0.659;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=195;TCF=107;TCR=88;TR=83;WE=24583414;WS=24583396;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:190,153:0.45:343
chr16	24676090	rs149786252	T	TCA	215.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.381;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=2.473;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.51;MQRankSum=1.005;QD=10.79;ReadPosRankSum=-0.836;SOR=1.659;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,11:0.55:20
chr16	24682117	rs72768619	C	T	1209.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.430;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.639;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=17;PP=727;ReadPosRankSum=-0.218;SC=CACAATTTCTCCCAGACAGCT;SOR=0.585;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=119;TCF=79;TCR=40;TR=49;WE=24682125;WS=24682107;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,62:0.42:148
chr16	24682396	rs75849092	G	T	2722.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.224;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=259;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.984;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=69;PP=1625;ReadPosRankSum=0.323;SC=AGCAGCTGCCGCACCGACAGC;SOR=0.794;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=182;TCF=63;TCR=119;TR=103;WE=24682404;WS=24682386;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:125,130:0.51:255
chr16	24741005	.	T	TCGGTGTCGGCGG	898.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=1.439;ClippingRankSum=0.000;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.785;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=8;PP=2188;ReadPosRankSum=-0.447;SC=GGCGGCGGTGTCGGCGGCGGC;SOR=1.609;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=25;TCF=7;TCR=18;TR=11;WE=24741029;WS=24740979;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,27:0.40:67
chr16	24741686	rs7202252	T	C	4858.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=62;NR=76;PP=2748;SC=CCGATTCGCCTTTTCTGGGTT;SOR=0.902;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=138;TCF=62;TCR=76;TR=138;WE=24741694;WS=24741676;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,177:1.00:177
chr16	24802331	rs72770409	C	T	677.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-1.507;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.872;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=-0.794;NF=11;NR=19;PP=488;ReadPosRankSum=-0.974;SC=CAAACCTGCTCTGAGGTGGGG;SOR=0.681;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=77;TCF=28;TCR=49;TR=30;WE=24802339;WS=24802321;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,31:0.40:77
chr16	24807165	rs1030211	G	A	2774.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=44;NR=22;PP=1318;SC=AGGTCTTCCAGTTCCAAACCC;SOR=1.292;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=66;TCF=44;TCR=22;TR=66;WE=24807173;WS=24807155;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr16	24820823	rs56154395	CA	C	337.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.570;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=8.122;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.15;MQRankSum=1.001;QD=6.25;ReadPosRankSum=-0.268;SOR=0.323;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,31:0.57:54
chr16	24834233	rs2303085	C	T	1435.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.720;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.537;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=25;PP=772;ReadPosRankSum=1.195;SC=GCATGCAGCACGGCCCGCTGA;SOR=0.544;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=84;TCF=49;TCR=35;TR=55;WE=24834241;WS=24834223;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,65:0.58:112
chr16	24881192	rs2667751	C	A	912.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.276;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.733;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=10;PP=604;ReadPosRankSum=0.957;SC=GACTTTGTCTCCAAGATCTGA;SOR=0.960;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=86;TCF=61;TCR=25;TR=39;WE=24881200;WS=24881182;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,45:0.44:103
chr16	24883316	rs2667745	T	G	620.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.827;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=21.41;ReadPosRankSum=-0.795;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,18:0.62:29
chr16	24883338	rs2667746	C	T	689.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=2.547;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=3;PP=479;ReadPosRankSum=0.234;SC=ATTTGAAGGCCAGCACAGGTG;SOR=0.843;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=39;TCF=35;TCR=4;TR=25;WE=24883346;WS=24883328;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,25:0.61:41
chr16	24888454	rs274074	C	T	748.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.972;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.096;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=3;PP=541;ReadPosRankSum=-0.048;SC=CAAGGGATGACGTATGACTCT;SOR=1.329;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=55;TCF=45;TCR=10;TR=27;WE=24888462;WS=24888444;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,33:0.51:65
chr16	24902194	rs274081	T	C	7226.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=281;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=90;NR=66;PP=2768;SC=TTCTAGGTTTTGCCGCGGTTG;SOR=0.890;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=157;TCF=91;TCR=66;TR=156;WE=24902202;WS=24902184;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,275:1.00:275
chr16	24902434	rs274082	T	C	310.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.338;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.10;ReadPosRankSum=0.727;SOR=0.252;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,15:0.54:28
chr16	24921854	.	AT	A	337.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.290;ClippingRankSum=0.000;DP=214;ExcessHet=3.0103;FS=0.704;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.05;MQRankSum=1.623;QD=1.89;ReadPosRankSum=-1.461;SOR=0.593;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:131,48:0.27:179
chr16	24921945	rs17178990	C	A	613.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-1.457;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.878;NF=5;NR=22;PP=484;ReadPosRankSum=2.009;SC=GATCTGTCCCCACGCTCCGGC;SOR=0.506;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=44;TCF=8;TCR=36;TR=27;WE=24921953;WS=24921935;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,26:0.59:44
chr16	24923012	rs112544021	CT	C	196.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;QD=17.88;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr16	24931691	rs55808472	G	A	769.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-3.164;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.943;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=25;PP=450;ReadPosRankSum=-2.493;SC=GTCAGCCCATGCACACAGGGT;SOR=0.523;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=71;TCF=16;TCR=55;TR=33;WE=24931699;WS=24931681;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,39:0.46:84
chr16	24947131	rs72770485	T	G	1855.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.521;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.943;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=39;PP=938;ReadPosRankSum=0.481;SC=GTTTACTTGGTGCCATATAAA;SOR=0.881;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=127;TCF=47;TCR=80;TR=58;WE=24947139;WS=24947121;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,87:0.51:170
chr16	24953527	rs72770489	G	A	295.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-2.650;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.822;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=6;PP=146;ReadPosRankSum=-1.895;SC=GGAGCTCTAAGACACCCCTCA;SOR=0.048;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=15;TCF=1;TCR=14;TR=7;WE=24953535;WS=24953517;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,13:0.62:21
chr16	24955183	rs17624477	T	C	1753.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=-0.690;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=32;PP=745;ReadPosRankSum=-0.577;SC=CAGCAAGTGTTCTGCAAAGCA;SOR=0.699;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=117;TCF=47;TCR=70;TR=53;WE=24955191;WS=24955173;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:110,92:0.46:202
chr16	24958985	rs16974243	G	A	1607.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=3.101;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.542;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=43;PP=1038;ReadPosRankSum=-0.590;SC=CTTCCTGCCTGGGTGCACAAT;SOR=1.343;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=89;TCF=22;TCR=67;TR=53;WE=24958993;WS=24958975;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,67:0.58:116
chr16	24975425	rs12599343	G	T	406.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-2.433;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.981;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=1;PP=348;ReadPosRankSum=-0.348;SC=TATTCTGATAGAAATTATTTA;SOR=1.574;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=38;TCF=36;TCR=2;TR=18;WE=24975433;WS=24975415;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,18:0.41:44
chr16	24980189	rs12103073	G	A	2352.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-0.009;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.695;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=44;PP=925;ReadPosRankSum=-1.627;SC=CAACAGGAACGCATTAGGGTG;SOR=0.820;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=129;TCF=48;TCR=81;TR=66;WE=24980197;WS=24980179;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:97,114:0.54:211
chr16	24990136	rs58340349	G	GA	158.87	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=3;PP=166;SC=CAACAAAACTGTTTTCTTTCC;SOR=1.981;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=5;TCF=2;TCR=3;TR=5;WE=24990144;WS=24990126;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr16	25043277	rs11074669	G	A	15622.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=604;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=192;NR=179;PP=2965;SC=CGACGAGGGCGTGGGCTGCAC;SOR=0.737;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=371;TCF=192;TCR=179;TR=371;WE=25043285;WS=25043267;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,599:1.00:599
chr16	25066321	rs67051289	A	AG	115.87	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=41.74;QD=23.17;SOR=3.611;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr16	25066332	rs12924642	A	C	39.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=39.50;QD=19.87;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr16	25137289	rs7189229	G	C	743.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=20;NR=2;PP=564;SC=CTTCAGAACTGCCATCAGCAG;SOR=3.442;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=22;TCF=20;TCR=2;TR=22;WE=25137297;WS=25137279;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr16	25137385	rs11861481	G	A	779.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.61;BaseQRankSum=0.272;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.011;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-1.164;NF=22;NR=7;PP=375;ReadPosRankSum=-1.047;SC=GGACAGTGAGGTCCTTCTTCC;SOR=1.149;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=101;TCF=64;TCR=37;TR=29;WE=25137393;WS=25137375;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:140,51:0.27:191
chr16	25137449	rs7188975	A	T	1061.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.234;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=241;ExcessHet=3.0103;FS=0.522;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.00;MQRankSum=-0.128;QD=4.42;ReadPosRankSum=-4.537;SOR=0.769;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:171,69:0.29:240
chr16	25151398	rs10681142	A	ACT	263.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=0.704;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.764;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=1.455;NF=9;NR=0;PP=333;ReadPosRankSum=-0.110;SC=ATCCTTAAACACTATTGCTCT;SOR=2.093;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=20;TCR=2;TR=9;WE=25151406;WS=25151388;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,9:0.35:26
chr16	25163017	rs139504024	G	GGTGTGT,GGTGTGTGT	2473.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.70;QD=44.17;SOR=4.534;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:3,16,37:0.29,0.66:56
chr16	25172274	rs277899	G	T	1221.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.075;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.726;HP=1;HapScore=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.087;NF=12;NR=27;ReadPosRankSum=0.429;SC=TTGGAAGATAGGATTTTGGTT;SOR=0.830;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=96;TCF=31;TCR=65;TR=39;WE=25172282;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,54:0.47:114
chr16	25172307	rs111379361	A	AT	881.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.857;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=7.017;HP=13;HapScore=3;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.566;NF=25;NR=22;PP=499;ReadPosRankSum=1.228;SC=CCTCTTACGTATTTTTTTTTT;SOR=0.692;SbPval=0.15;Source=Platypus;TC=68;TCF=28;TCR=40;TR=47;WE=25172315;WS=25172297;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,55:0.82:67
chr16	25180610	rs6497812	G	A	943.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=9;NR=17;PP=469;SC=CTTTGCAGATGTGATCATGGA;SOR=1.270;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=9;TCR=17;TR=26;WE=25180618;WS=25180600;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr16	25704145	rs2943336	A	G	2764.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=48;NR=32;PP=1515;SC=GGAGGCGCCCAGGACGCCTGG;SOR=1.072;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=80;TCF=48;TCR=32;TR=80;WE=25704153;WS=25704135;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr16	25944700	rs4303490	A	G	7334.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=278;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=76;NR=92;PP=2965;SC=CATAATCTCAAACAGAGGTGT;SOR=0.833;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=172;TCF=79;TCR=93;TR=168;WE=25944708;WS=25944690;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,272:1.00:272
chr16	27078376	.	T	C	5172.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.660;ClippingRankSum=0.000;DP=500;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=94;NR=68;PP=2598;ReadPosRankSum=-1.151;SC=GGGAATCCTCTGTCCAGAATG;SOR=0.664;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=349;TCF=202;TCR=147;TR=162;WE=27078384;WS=27078366;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:257,237:0.48:494
chr16	27215267	rs877585	G	A	2277.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=46;NR=21;PP=1316;SC=GCGCTTTAGCGGTTCTTGGCG;SOR=1.501;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=67;TCF=46;TCR=21;TR=67;WE=27215275;WS=27215257;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr16	27215380	rs908382	A	C	6107.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=243;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=75;NR=73;PP=2427;SC=GCCGCAAGGCAGGCTGGAAAC;SOR=0.702;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=148;TCF=75;TCR=73;TR=148;WE=27215388;WS=27215370;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,235:1.00:235
chr16	27222442	.	CT	C	282.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.038;ClippingRankSum=0.000;DP=173;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.06;MQRankSum=0.000;QD=1.78;ReadPosRankSum=1.338;SOR=0.665;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:103,56:0.35:159
chr16	27226437	rs8054431	G	T	1969.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-2.126;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=38;PP=932;ReadPosRankSum=-0.919;SC=GAGGAGCCAGGCTGTAAGTCT;SOR=0.680;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=136;TCF=51;TCR=85;TR=61;WE=27226445;WS=27226427;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:106,98:0.48:204
chr16	27227122	rs7405158	T	C	1264.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-1.745;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.728;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=10;PP=809;ReadPosRankSum=0.501;SC=CCAGGGCCTCTAAGGGTTGGA;SOR=0.433;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=93;TCF=72;TCR=21;TR=46;WE=27227130;WS=27227112;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,58:0.50:115
chr16	27227168	rs11645703	T	G	2642.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.342;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.032;HP=4;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=32;PP=1481;ReadPosRankSum=-0.155;SC=GGGTGACGGGTGCTGCAGCTG;SOR=0.781;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=163;TCF=101;TCR=62;TR=90;WE=27227176;WS=27227158;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:106,121:0.53:227
chr16	27236403	rs2958	G	A	526.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=1.082;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.358;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.149;NF=17;NR=4;PP=340;ReadPosRankSum=1.488;SC=CCTGAAACACGGACGCCTTTC;SOR=0.102;SbPval=0.18;Source=Platypus;TC=48;TCF=43;TCR=5;TR=21;WE=27236411;WS=27236393;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,25:0.45:56
chr16	27238034	rs34940876	C	T	1265.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.676;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.231;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=23;PP=720;ReadPosRankSum=1.163;SC=CCCTGCCCTGCGGGTACCTGG;SOR=0.565;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=127;TCF=74;TCR=53;TR=52;WE=27238042;WS=27238024;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:105,67:0.39:172
chr16	27238110	rs1127228	C	T	2133.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.763;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=281;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.922;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=39;PP=911;ReadPosRankSum=2.113;SC=GGATGTATTGCTCCATCTCCA;SOR=0.754;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=164;TCF=76;TCR=88;TR=72;WE=27238118;WS=27238100;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:163,115:0.41:278
chr16	27244548	rs28456036	A	G	639.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-1.005;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.356;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=22;PP=491;ReadPosRankSum=0.309;SC=AGTCTGGCAGAGGCACAGTAA;SOR=1.688;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=48;TCF=7;TCR=41;TR=24;WE=27244556;WS=27244538;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,26:0.51:51
chr16	27245712	rs34939984	C	T	906.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=3.537;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.003;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=32;PP=583;ReadPosRankSum=-0.548;SC=CCAGGCACTGCGGGCCGCAGG;SOR=1.057;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=109;TCF=23;TCR=86;TR=37;WE=27245720;WS=27245702;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,44:0.36:122
chr16	27253059	rs28363677	G	A	1102.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=27;NR=5;PP=728;SC=ACTTAGTGACGAACCGTCCTC;SOR=2.833;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=32;TCF=27;TCR=5;TR=32;WE=27253067;WS=27253049;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr16	27269023	rs7201652	T	C	1140.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-4.067;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.418;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=38;PP=688;ReadPosRankSum=0.004;SC=TCATTCTTCATGCTGTTTACT;SOR=0.325;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=89;TCF=22;TCR=67;TR=52;WE=27269031;WS=27269013;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,57:0.58:99
chr16	27356203	rs1805010	A	G	1905.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=2.810;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.895;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=28;PP=1058;ReadPosRankSum=-0.185;SC=CCACACGTGTATCCCTGAGAA;SOR=0.921;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=125;TCF=66;TCR=59;TR=66;WE=27356211;WS=27356193;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:118,95:0.45:213
chr16	27356359	rs2074572	C	T	1158.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.660;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=15;ReadPosRankSum=0.410;SC=GGGCGGAGTGCGGCAGGGGTG;SOR=0.633;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=84;TCF=42;TCR=42;TR=39;WE=27356367;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,51:0.57:89
chr16	27356398	rs2072130	C	T	885.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.864;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=5;PP=489;ReadPosRankSum=-1.408;SC=GCTGCCTGGGCTGAGGGTGGG;SOR=0.848;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=79;TCF=42;TCR=37;TR=32;WE=27356406;WS=27356388;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,39:0.57:69
chr16	27356667	rs3024560	T	G	2113.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=2.510;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.428;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=51;PP=1203;ReadPosRankSum=0.193;SC=ACTGGGAACATTCCTTCCATT;SOR=1.157;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=150;TCF=55;TCR=95;TR=74;WE=27356675;WS=27356657;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:89,96:0.52:185
chr16	27366562	rs3024634	A	G	141.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.767;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.16;ReadPosRankSum=-0.607;SOR=0.416;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,8:0.35:23
chr16	27367334	rs4787423	C	T	1041.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.264;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.513;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=24;PP=538;ReadPosRankSum=0.097;SC=CAATAATACGCATTTACTGAG;SOR=1.176;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=84;TCF=31;TCR=53;TR=36;WE=27367342;WS=27367324;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,53:0.41:128
chr16	27367413	rs3116572	T	C	207.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.606;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=4.561;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.94;ReadPosRankSum=0.977;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,10:0.53:19
chr16	27370932	rs138640688	AGTG	A	377.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-1.123;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.091;NF=6;NR=2;PP=278;ReadPosRankSum=-1.107;SC=TCTGGAATCTAGTGGTGTTGG;SOR=0.693;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=18;TCF=12;TCR=6;TR=8;WE=27370942;WS=27370922;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,11:0.50:22
chr16	27371158	rs3024660	C	T	2044.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.360;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FS=4.724;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.47;ReadPosRankSum=0.013;SOR=0.423;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:67,97:0.59:164
chr16	27373558	rs3024676	C	A	2863.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.107;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=313;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.965;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=29;PP=1272;ReadPosRankSum=0.320;SC=CCCTGACCAACCTTTGCTTTT;SOR=0.993;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=187;TCF=112;TCR=75;TR=87;WE=27373566;WS=27373548;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:169,142:0.46:311
chr16	27373872	rs1805011	A	C	1812.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.524;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=28;PP=885;ReadPosRankSum=-0.532;SC=GAGGGAAGGGAGGGCATTGTG;SOR=0.693;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=121;TCF=67;TCR=54;TR=62;WE=27373880;WS=27373862;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,84:0.50:168
chr16	27373915	rs2234898	G	T	2785.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.122;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=241;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=34;PP=1371;ReadPosRankSum=1.423;SC=TCCTGGACCTGCTCGGAGAGG;SOR=0.716;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=159;TCF=92;TCR=67;TR=82;WE=27373923;WS=27373905;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:112,127:0.53:239
chr16	27373964	rs1805012	T	C	6348.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.065;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=316;ExcessHet=3.0103;FS=0.418;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=20.15;ReadPosRankSum=1.284;SOR=0.646;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:151,164:0.52:315
chr16	27373972	rs2234900	T	C	6579.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.143;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=332;ExcessHet=3.0103;FS=1.336;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.88;ReadPosRankSum=-0.096;SOR=0.607;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:156,175:0.53:331
chr16	27374180	rs1805015	T	C	7240.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.048;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=724;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=121;NR=104;PP=2962;ReadPosRankSum=-3.361;SC=CTTCAGCAACTCCCTGAGCCA;SOR=0.724;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=458;TCF=242;TCR=216;TR=225;WE=27374188;WS=27374170;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:374,342:0.48:716
chr16	27374400	rs1801275	A	G	5223.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.134;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=570;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=80;NR=91;PP=2519;ReadPosRankSum=0.073;SC=AGTGGCTATCAGGAGTTTGTA;SOR=0.701;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=354;TCF=170;TCR=184;TR=171;WE=27374408;WS=27374390;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:302,264:0.47:566
chr16	27414378	rs6498021	T	G	7553.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=284;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=123;NR=69;PP=2965;SC=TTCAAAACAATGGCTGGTGTG;SOR=1.150;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=194;TCF=124;TCR=70;TR=192;WE=27414386;WS=27414368;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,277:1.00:277
chr16	27441283	rs179760	A	G	6113.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=246;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=86;NR=60;PP=2614;SC=TCCAAGAATCAGGGGCAAGTC;SOR=0.943;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=146;TCF=86;TCR=60;TR=146;WE=27441291;WS=27441273;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,239:1.00:239
chr16	27449059	rs3093344	C	T	918.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=3.584;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.055;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=27;PP=567;ReadPosRankSum=1.583;SC=CTTAGCTCACCGCAGCCCTGA;SOR=1.105;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=83;TCF=20;TCR=63;TR=33;WE=27449067;WS=27449049;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,42:0.44:96
chr16	27456613	rs963154	G	C	2448.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.553;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=47;PP=1449;ReadPosRankSum=-0.725;SC=GCCAGGGGATGAGGAAGGCAG;SOR=0.728;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=64;TCF=16;TCR=48;TR=63;WE=27456621;WS=27456603;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,87:0.99:88
chr16	27457158	rs3093375	T	G	705.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=18;NR=3;PP=500;SC=GAGACTTACTTCTCCCATTTT;SOR=2.925;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=18;TCR=3;TR=21;WE=27457166;WS=27457148;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr16	27457518	rs3093377	C	G	514.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.295;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.482;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=16;PP=352;ReadPosRankSum=-0.444;SC=CCTAGAGCATCCAGGTCTCAG;SOR=1.179;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=37;TCF=9;TCR=28;TR=19;WE=27457526;WS=27457508;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,23:0.53:43
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chr16	27474910	rs12919017	A	G	4419.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=2.124;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=484;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.524;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=72;PP=2040;ReadPosRankSum=-0.859;SC=ACTCTCTGTGAACCCTGAGGG;SOR=0.756;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=280;TCF=120;TCR=160;TR=123;WE=27474918;WS=27474900;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:261,219:0.46:480
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chr16	27483256	rs12933827	G	A	3105.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=2.152;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=279;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.083;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=71;PP=1829;ReadPosRankSum=-1.340;SC=AACACAGGGCGGCGAGGGTGA;SOR=0.834;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=196;TCF=69;TCR=127;TR=103;WE=27483264;WS=27483246;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:127,143:0.53:270
chr16	27494675	rs232062	C	T	1445.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.724;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.518;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=16;PP=833;ReadPosRankSum=0.287;SC=CTCTGAACTTCCGTCCTTCAT;SOR=0.527;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=97;TCF=68;TCR=29;TR=48;WE=27494683;WS=27494665;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,64:0.52:124
chr16	27501189	rs232067	C	T	1204.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.095;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.642;HP=6;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=28;PP=666;ReadPosRankSum=-0.425;SC=CCGGCCACTGCGGGGGTCTGA;SOR=0.584;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=109;TCF=43;TCR=66;TR=47;WE=27501197;WS=27501179;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,63:0.45:141
chr16	27506825	rs232071	G	A	1459.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.334;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.638;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=34;PP=777;ReadPosRankSum=-0.331;SC=TAAAGCAAGAGAGGGAGAGGG;SOR=0.756;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=99;TCF=24;TCR=75;TR=43;WE=27506833;WS=27506815;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,69:0.46:150
chr16	27510117	rs11452553	C	CA	4816.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=57;PP=2965;SC=CTTGGCTCCACAGTCGATTCC;SOR=1.085;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=64;TCF=6;TCR=58;TR=63;WE=27510125;WS=27510107;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chr16	27512760	rs232072	T	C	785.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=2.443;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=19;PP=501;ReadPosRankSum=-0.759;SC=CGGTACCCAATAGAAACAAGG;SOR=0.765;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=59;TCF=20;TCR=39;TR=28;WE=27512768;WS=27512750;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,35:0.49:71
chr16	27561584	rs4787969	G	A	2017.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.317;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=259;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.520;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=25;PP=691;ReadPosRankSum=3.871;SC=CCTAGGCCATGAACCCCTGGA;SOR=0.687;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=142;TCF=69;TCR=73;TR=53;WE=27561592;WS=27561574;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:147,109:0.43:256
chr16	27629661	rs4787980	G	C	819.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=0.218;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.540;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=6;PP=553;ReadPosRankSum=-1.285;SC=CTCTCAGCCTGCTGCGCCGGT;SOR=1.230;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=63;TCF=48;TCR=15;TR=31;WE=27629669;WS=27629651;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,35:0.47:75
chr16	27639893	.	G	A	526.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-0.942;ClippingRankSum=0.000;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.116;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=2;PP=410;ReadPosRankSum=0.456;SC=ACGCTTCACTGTGGGAACAGC;SOR=1.609;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=41;TCF=35;TCR=6;TR=21;WE=27639901;WS=27639883;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,23:0.46:50
chr16	27642249	rs233453	A	G	1208.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-2.225;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.939;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=9;PP=719;ReadPosRankSum=-1.001;SC=TGCCACAACCACGCTGTAGTC;SOR=0.538;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=80;TCF=63;TCR=17;TR=45;WE=27642257;WS=27642239;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,56:0.62:91
chr16	27666204	rs233470	A	G	367.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=1.949;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=11;PP=222;ReadPosRankSum=-1.158;SC=TAATCCCAGCACTTTGGGAGG;SOR=1.034;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=26;TCF=4;TCR=22;TR=12;WE=27666212;WS=27666194;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,16:0.50:32
chr16	27692835	rs12923861	G	A	1307.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=2.285;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.348;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=30;PP=745;ReadPosRankSum=-0.241;SC=TCCCAGACCAGGAGAGGATGT;SOR=0.832;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=90;TCF=31;TCR=59;TR=45;WE=27692843;WS=27692825;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,63:0.43:146
chr16	27709825	rs12920169	C	T	503.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=2.187;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=13;PP=341;ReadPosRankSum=-1.869;SC=ACTGCAGGTGCGCTCCGGGCT;SOR=0.760;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=37;TCF=12;TCR=25;TR=19;WE=27709833;WS=27709815;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,23:0.51:45
chr16	27713103	rs9923148	C	T	982.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-1.902;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.928;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=18;PP=356;ReadPosRankSum=0.812;SC=GCTTTTCCTACGTTTTTTTCA;SOR=0.533;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=43;TCF=13;TCR=30;TR=26;WE=27713111;WS=27713093;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,47:0.63:75
chr16	27715377	rs34773854	AT	A	1089.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-0.724;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.034;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=2.235;NF=1;NR=23;PP=658;ReadPosRankSum=0.880;SC=CAGAACAGGCATTTCGCATCA;SOR=0.405;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=75;TCF=3;TCR=72;TR=24;WE=27715385;WS=27715367;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,42:0.38:110
chr16	27720201	rs12930355	C	T	1045.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=2.829;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.707;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=31;PP=682;ReadPosRankSum=-0.377;SC=AACACAGCCACGCCTGGGGAG;SOR=0.999;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=84;TCF=22;TCR=62;TR=41;WE=27720209;WS=27720191;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,47:0.43:109
chr16	27752135	rs12447120	C	T	1800.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-1.014;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.492;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=37;PP=952;ReadPosRankSum=1.894;SC=ATGACTCAGACATCTTTAACC;SOR=0.652;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=133;TCF=52;TCR=81;TR=63;WE=27752143;WS=27752125;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:137,93:0.40:230
chr16	27752314	rs5816442	T	TC	701.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=19;PP=772;SC=GCCAGTTAGCTCCTGGACCTC;SOR=4.712;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=0;TCR=19;TR=19;WE=27752322;WS=27752304;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr16	27772901	rs4787984	G	A	8602.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=336;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=87;NR=118;PP=2965;SC=CGACTCCCGGGCCCTGGACAA;SOR=0.913;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=206;TCF=87;TCR=119;TR=205;WE=27772909;WS=27772891;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,329:1.00:329
chr16	27777831	rs8043555	A	G	4301.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=46;NR=63;PP=1975;SC=TCAGTCCAGCATCAGGGAAGC;SOR=0.902;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=109;TCF=46;TCR=63;TR=109;WE=27777839;WS=27777821;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,166:1.00:166
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chr16	27819065	rs1645358	C	T	379.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-0.404;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.198;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=15;PP=338;ReadPosRankSum=0.813;SC=TCCCATTCTACTAATGAAGAA;SOR=1.609;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=32;TCF=4;TCR=28;TR=17;WE=27819073;WS=27819055;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,15:0.47:32
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chr16	27861762	rs9923711	C	T	1427.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=31;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=20;NR=15;PP=716;SC=CATCTGCATGCGAATGATAAA;SOR=0.808;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=35;TCF=20;TCR=15;TR=35;WE=27861770;WS=27861752;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr16	27861779	rs9923632	A	C	693.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.914;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.61;ReadPosRankSum=0.478;SOR=0.722;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,31:0.56:55
chr16	27861785	rs9923715	C	A	2027.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=35.57;SOR=0.960;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr16	27896017	rs35025078	C	G	1768.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-1.049;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.175;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=45;PP=957;ReadPosRankSum=0.640;SC=TAGACTCACCCTGTGCCTATT;SOR=0.799;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=132;TCF=40;TCR=92;TR=64;WE=27896025;WS=27896007;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:103,87:0.46:190
chr16	27974418	rs2051742	T	C	1826.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=41;NR=12;PP=1174;SC=GCCACCAAGGTAGGAAAGATG;SOR=1.839;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=53;TCF=41;TCR=12;TR=53;WE=27974426;WS=27974408;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr16	27974487	rs2051743	T	C	4672.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.681;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=44;PP=1651;ReadPosRankSum=-1.116;SC=CTTTCTCCGATGCCGGGGCCA;SOR=0.923;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=108;TCF=63;TCR=45;TR=106;WE=27974495;WS=27974477;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,181:0.99:183
chr16	28123226	rs205384	G	A	3120.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.544;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=304;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=61;PP=1621;ReadPosRankSum=0.120;SC=TGAGGCTGGCGTGGTTGATGG;SOR=0.666;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=198;TCF=77;TCR=121;TR=100;WE=28123234;WS=28123216;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:148,148:0.50:296
chr16	28132951	rs33048	T	C	1618.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=2.255;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=21;PP=900;ReadPosRankSum=-0.242;SC=GGGGGCAAGGTCTTTCCTAAA;SOR=0.670;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=113;TCF=69;TCR=44;TR=51;WE=28132959;WS=28132941;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:101,76:0.43:177
chr16	28133152	rs39998	C	A	1351.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.482;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=34;PP=764;ReadPosRankSum=0.106;SC=ACAGACAAGGCTGGTACCAGC;SOR=0.733;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=84;TCF=18;TCR=66;TR=42;WE=28133160;WS=28133142;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,62:0.52:119
chr16	28137248	rs39631	C	A	1618.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-0.323;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.360;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=45;PP=1005;ReadPosRankSum=1.440;SC=GTCCAGCAAGCCACACACAGC;SOR=1.008;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=165;TCF=57;TCR=108;TR=67;WE=28137256;WS=28137238;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:119,78:0.40:197
chr16	28143489	rs9930464	C	T	944.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.24;SOR=1.061;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr16	28157351	rs28379290	T	C	787.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=19;NR=6;PP=510;SC=CATGGCTGTCTCTTAGGCCAC;SOR=2.147;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=19;TCR=6;TR=25;WE=28157359;WS=28157341;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr16	28167914	rs10445001	C	A	594.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.050;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=4;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-1.001;NF=7;NR=13;PP=590;ReadPosRankSum=-0.183;SC=TTAAGTAATTCTCCTTCAAAA;SOR=0.818;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=41;TCF=16;TCR=25;TR=20;WE=28167928;WS=28167904;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,27:0.52:52
chr16	28167920	rs34751450	C	CAA	308.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.020;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.23;MQRankSum=1.318;QD=7.92;ReadPosRankSum=2.513;SOR=0.664;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,15:0.38:39
chr16	28181306	rs28479048	A	G	2461.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=13;NR=46;PP=1424;SC=CATTAAAGCTATGAAGCATCT;SOR=1.900;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=60;TCF=14;TCR=46;TR=59;WE=28181314;WS=28181296;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr16	28181378	rs9927275	C	G	533.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.767;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=11;PP=234;ReadPosRankSum=-1.285;SC=TAGAGGCCAGCTCCAATGGCT;SOR=0.772;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=21;TCF=5;TCR=16;TR=14;WE=28181386;WS=28181368;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,24:0.73:33
chr16	28328916	rs113394773	C	T	6454.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.954;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=247;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=27.35;ReadPosRankSum=-0.566;SOR=0.288;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,235:1.00:236
chr16	28508716	rs40832	T	C	4690.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=62;NR=63;PP=2277;SC=TTGGAAGGGGTGCTTGGGCAA;SOR=0.716;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=125;TCF=62;TCR=63;TR=125;WE=28508724;WS=28508706;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,174:1.00:174
chr16	28603393	rs27742	T	C	121.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=46.79;QD=24.38;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr16	28617485	rs1801030	C	T	10579.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=414;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=170;NR=150;PP=2965;SC=TGCTGAACCACGAAGTCCACG;SOR=0.919;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=321;TCF=171;TCR=150;TR=320;WE=28617493;WS=28617475;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,410:1.00:410
chr16	28618238	rs7499134	A	G	22899.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=857;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQ=59.99;NF=263;NR=246;PP=2965;SC=ACCACCCCTTAGCTCCACACT;SOR=0.731;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=509;TCF=263;TCR=246;TR=509;WE=28618246;WS=28618228;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,850:1.00:850
chr16	28618708	rs11648192	C	T	3593.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=26;NR=76;PP=2239;SC=TGAGGACCCACCCTCTAGCTT;SOR=1.845;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=102;TCF=26;TCR=76;TR=102;WE=28618716;WS=28618698;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
chr16	28620800	rs3760091	C	G	5027.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.722;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=392;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=85;PP=2496;ReadPosRankSum=0.877;SC=AGCAAAAGCACAGGCCTAGGC;SOR=0.680;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=251;TCF=108;TCR=143;TR=150;WE=28620808;WS=28620790;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:150,231:0.61:381
chr16	28621311	rs2077412	T	C	1008.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=2.407;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=9;PP=464;ReadPosRankSum=-1.399;SC=ATTGTGGGTGTTGTGTGGGGA;SOR=0.741;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=89;TCF=54;TCR=35;TR=28;WE=28621319;WS=28621301;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:109,55:0.34:164
chr16	28631314	rs141320733	T	TTGTGTG	1087.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.32;SOR=1.802;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr16	28631332	.	G	GTGTGTA	366	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=24;MMLQ=28;MQ=60.0;NF=4;NR=5;PP=366;QD=41.4444444444;SC=GTGTGTGTGTGTATATACACA;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=18;TCF=8;TCR=10;TR=9;WE=28631340;WS=28631322;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:9,9:0.50:18
chr16	28631360	rs28410083	A	T	1143.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=20;NR=11;PP=539;SC=AGATACTGATAACATTTTCAA;SOR=1.038;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=20;TCR=11;TR=31;WE=28631368;WS=28631350;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr16	28835900	rs12920514	G	A	1886.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.529;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.140;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=31;PP=928;ReadPosRankSum=-0.941;SC=AGGTCGAGGGGATGGGGTGTG;SOR=0.575;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=108;TCF=50;TCR=58;TR=60;WE=28835908;WS=28835890;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:93,93:0.50:186
chr16	28838073	rs12448482	A	G	547.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=0.356;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.218;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=7;PP=354;ReadPosRankSum=-0.553;SC=CGTACTCTGGACTTCTTAAAC;SOR=0.402;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=46;TCF=34;TCR=12;TR=22;WE=28838081;WS=28838063;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,26:0.50:52
chr16	28842257	.	C	CA	356.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.014;ClippingRankSum=0.000;DP=72;ExcessHet=3.0103;FS=1.134;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.15;MQRankSum=1.042;QD=5.85;ReadPosRankSum=-0.382;SOR=1.058;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,30:0.49:61
chr16	28842311	rs4344749	A	G	2596.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=41;NR=53;PP=2018;SC=CAAAGGCACAACGGCCTCTGA;SOR=0.776;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=95;TCF=42;TCR=53;TR=94;WE=28842319;WS=28842301;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr16	28844068	rs7498491	T	A	1026.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-0.851;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=18;PP=503;ReadPosRankSum=-1.192;SC=CCTCTGTTCTTTTGGCACTGT;SOR=0.640;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=52;TCF=25;TCR=27;TR=35;WE=28844076;WS=28844058;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,47:0.71:66
chr16	28845584	rs35725751	C	T	3814.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.905;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=410;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.524;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=64;PP=1770;ReadPosRankSum=-0.562;SC=GATTTGGTTGCGCTGGTTGAG;SOR=0.771;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=262;TCF=121;TCR=141;TR=116;WE=28845592;WS=28845574;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:218,188:0.46:406
chr16	28856819	rs8061877	C	T	2407.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.780;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=243;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.992;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=38;PP=1125;ReadPosRankSum=0.692;SC=AGGAAAAGAACACACCTCTCA;SOR=0.601;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=157;TCF=85;TCR=72;TR=80;WE=28856827;WS=28856809;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:121,119:0.50:240
chr16	28883327	rs28433345	T	C	443.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-2.750;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.477;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=11;PP=161;ReadPosRankSum=-0.610;SC=TGAGTGTGCATGTCTCCAGGC;SOR=0.368;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=42;TCF=8;TCR=34;TR=13;WE=28883335;WS=28883317;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,25:0.40:63
chr16	28903656	rs6565261	C	A	604.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.878;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=21;PP=627;ReadPosRankSum=0.530;SC=TGACCTCAGGCCAAGAACCCC;SOR=0.787;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=83;TCF=32;TCR=51;TR=36;WE=28903664;WS=28903646;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,33:0.33:100
chr16	28903763	rs200957871	CTG	C	1354.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.463;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=29.45;ReadPosRankSum=-2.115;SOR=0.676;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,34:0.74:46
chr16	28903764	.	TGTAA	T	787	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;FR=0.5000;HP=1;HapScore=4;MGOF=8;MMLQ=28;MQ=60.0;NF=0;NR=11;PP=787;QD=75.4545454545;SC=TGAGAAAGGCTGTAACCTTGG;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=0;TCR=21;TR=11;WE=28903777;WS=28903754;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:10,11:0.52:21
chr16	28903767	rs200961662	AAC	A	1351.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.210;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=28.76;ReadPosRankSum=-1.953;SOR=0.578;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,34:0.72:47
chr16	28903769	.	C	A	795	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;FR=0.5000;HP=2;HapScore=4;MGOF=8;MMLQ=28;MQ=60.0;NF=4;NR=11;PP=795;QD=55.3180808365;SC=AAGGCTGTAACCTTGGCTCCT;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=29;TCF=8;TCR=21;TR=15;WE=28903777;WS=28903754;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:14,15:0.52:29
chr16	28906084	rs9931989	G	C	6337.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.918;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=247;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=90;NR=67;PP=2867;ReadPosRankSum=1.187;SC=GGTGGAAGGAGGGTATGACAG;SOR=0.881;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=159;TCF=91;TCR=68;TR=157;WE=28906092;WS=28906074;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,241:0.99:243
chr16	28913787	rs7189927	T	C	2226.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=21;NR=46;SC=CCCATGCAGGTGCTGAGAGGG;SOR=1.640;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=67;TCF=21;TCR=46;TR=67;WE=28913795;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr16	28915433	rs2071342	A	C	1473.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=3.680;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.350;HP=4;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=15;PP=1051;ReadPosRankSum=1.442;SC=CGTGCCTGGGAGATGCACCTG;SOR=0.972;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=132;TCF=95;TCR=37;TR=59;WE=28915441;WS=28915423;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,63:0.44:143
chr16	28915527	rs10499	G	A	15937.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=611;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=200;NR=157;PP=2965;SC=AAGGAAGTGAGCATCCTTTTG;SOR=0.852;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=357;TCF=200;TCR=157;TR=357;WE=28915535;WS=28915517;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,607:1.00:607
chr16	28922149	rs11646653	C	T	11317.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=444;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=128;NR=116;PP=2965;SC=CCTTCCACCACGTGCAACTGA;SOR=0.730;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=244;TCF=128;TCR=116;TR=244;WE=28922157;WS=28922139;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,440:1.00:440
chr16	28925978	rs3924376	T	C	8186.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.255;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=337;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.272;HP=5;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=124;NR=94;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.669;SC=CAGCGCCCCCTGGCCGTGCCC;SOR=0.646;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=220;TCF=125;TCR=95;TR=218;WE=28925986;WS=28925968;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,314:0.99:317
chr16	28944396	rs2904880	C	G	6892.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=259;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=73;NR=70;PP=2845;SC=GCCTCCGTGTCTCCCACCGAG;SOR=0.693;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=143;TCF=73;TCR=70;TR=143;WE=28944404;WS=28944386;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,258:1.00:258
chr16	28944700	rs35979293	G	T	2818.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.138;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=307;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.359;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=53;PP=1313;ReadPosRankSum=-0.291;SC=ACGATCGCCCGGCCAGAGATA;SOR=0.784;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=205;TCF=93;TCR=112;TR=96;WE=28944708;WS=28944690;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:166,141:0.46:307
chr16	28962755	rs12449272	G	A	322.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-3.179;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.707;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=9;PP=229;ReadPosRankSum=0.461;SC=CGGCGGAAGGGCCAAGGGCTT;SOR=0.074;SbPval=0.22;Source=Platypus;TC=26;TCF=6;TCR=20;TR=14;WE=28962763;WS=28962745;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,14:0.54:26
chr16	28993049	rs6565300	A	C	4842.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NR=81;PP=2965;SC=AATTCGGTCGATACTGTCCCC;SOR=0.845;Source=Platypus;TCR=81;WE=28993057;WS=28993039;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,168:1.00:168
chr16	28993649	rs11301233	AC	A	5323.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.893;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=462;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=2.665;NF=40;NR=53;PP=2452;ReadPosRankSum=-0.223;SC=ACAGGGACAAACCCCCCATTC;SOR=0.729;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=207;TCF=85;TCR=122;TR=93;WE=28993657;WS=28993639;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:229,229:0.50:458
chr16	28995757	rs7140	C	A	4963.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.932;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.33;ReadPosRankSum=0.518;SOR=0.272;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,195:0.99:196
chr16	28997997	rs1131543	G	A	5157.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.107;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=490;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=78;NR=66;PP=2307;ReadPosRankSum=-0.732;SC=GTGAGGATGCGGATGAGGATG;SOR=0.703;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=268;TCF=145;TCR=123;TR=144;WE=28998005;WS=28997987;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:233,249:0.52:482
chr16	29001460	rs9929088	A	C	12686.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=477;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=152;NR=130;PP=2965;SC=TACCTGCTGAACCCCGTCAGC;SOR=0.808;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=282;TCF=152;TCR=130;TR=282;WE=29001468;WS=29001450;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,474:1.00:474
chr16	29088128	rs67548829	TACAACTATTGCTGTTATACTAAAGACCAATAGAAATAGCAAGATTAATTAAGATACCAGTTGAAA	T	5137.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=58.83;QD=41.77;SOR=1.708;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr16	29088221	rs2442141	A	G	730.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=46.51;QD=29.23;SOR=3.014;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr16	29102086	.	G	A	394.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.470;ClippingRankSum=0.000;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.63;MQRankSum=-0.739;QD=12.34;ReadPosRankSum=-1.943;SOR=0.681;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,19:0.59:32
chr16	29102189	rs56374327	C	CT	382.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=43.39;QD=38.27;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr16	29102197	rs190400	C	A	446.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=41.05;QD=40.62;SOR=1.270;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr16	29113263	rs149472124	C	T	3914.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=103;NR=16;PP=2922;SC=CAGAGTCACTCCAGCATGTTA;SOR=3.276;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=123;TCF=103;TCR=20;TR=119;WE=29113271;WS=29113253;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr16	29113497	rs11366120	AT	A	7468.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.416;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=454;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=-5.471;NF=15;NR=180;PP=2988;ReadPosRankSum=-0.312;SC=GAGGAGGTGGATTTTTTTTTT;SOR=0.800;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=224;TCF=16;TCR=208;TR=195;WE=29113505;WS=29113477;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:15,362:0.96:377
chr16	29127350	rs1540389	T	C	1028.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=29;NR=3;PP=777;SC=TCTGAATAGATAGAGTTGAGA;SOR=3.675;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=32;TCF=29;TCR=3;TR=32;WE=29127358;WS=29127343;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr16	29142059	rs1642020	G	C	1948.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=30;NR=20;PP=915;SC=CTGGCGGGGAGAGCCAGGAGA;SOR=0.859;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=50;TCF=30;TCR=20;TR=50;WE=29142067;WS=29142049;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr16	29142189	rs1642021	A	T	833.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=46.43;QD=26.06;SOR=0.957;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr16	29142204	rs1642022	A	G	730.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=47.09;QD=27.07;SOR=1.302;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr16	29150636	rs34323521	A	AC	492.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=2;PP=451;SC=ACCAAGGGTGACCCCCCACAG;SOR=2.712;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=17;TCF=15;TCR=2;TR=14;WE=29150644;WS=29150626;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr16	29150785	rs1646119	G	A	3127.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=35;NR=39;PP=1225;SC=TTGGCCGCTCGTTCTAGTTTA;SOR=0.709;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=74;TCF=35;TCR=39;TR=74;WE=29150793;WS=29150775;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr16	29323692	rs8055762	G	A	1403.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.819;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.306;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-1.497;NF=28;NR=18;PP=651;ReadPosRankSum=-0.425;SC=AATGGCACCTGGCTGGGCGAC;SOR=0.561;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=98;TCF=64;TCR=34;TR=46;WE=29323700;WS=29323682;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,71:0.47:151
chr16	29323824	rs139142574	G	A	1999.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.327;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.580;NF=30;NR=31;PP=769;ReadPosRankSum=-0.781;SC=CTCTTCCACCGCGAGGTGCAG;SOR=0.695;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=135;TCF=65;TCR=70;TR=61;WE=29323832;WS=29323814;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:104,102:0.50:206
chr16	29332380	rs257878	T	C	3716.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=40;NR=54;PP=1489;SC=GAGCTTCTCGTGGAGAATGCC;SOR=0.919;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=94;TCF=40;TCR=54;TR=94;WE=29332388;WS=29332370;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,145:1.00:145
chr16	29337651	rs140530121	A	ACAGAG	1624.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.560;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.625;HP=3;HapScore=4;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-9.888;NF=16;NR=8;PP=2035;ReadPosRankSum=-0.885;SC=CCCCGTTCACACCTGTTTCCT;SOR=1.574;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=56;TCF=31;TCR=25;TR=24;WE=29337666;WS=29337641;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,42:0.38:111
chr16	29337658	rs2934463	T	G	1736.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.932;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.573;HP=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-10.281;NF=27;NR=13;ReadPosRankSum=-0.198;SC=CACACCTGTTTCCTCCACAGA;SOR=1.164;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=84;TCF=54;TCR=30;TR=40;WE=29337666;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,50:0.41:123
chr16	29340099	rs28598582	T	C	477.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.499;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.100;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-1.133;NF=2;NR=14;PP=225;ReadPosRankSum=0.593;SC=GTGCACATAGTGGGCCTGCAG;SOR=1.382;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=30;TCF=7;TCR=23;TR=16;WE=29340107;WS=29340089;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,24:0.60:40
chr16	29342546	rs9745639	T	C	3924.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.056;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=379;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.776;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-5.451;NF=70;NR=51;PP=1468;ReadPosRankSum=-0.808;SC=TTCCTCCTCTTGTTCTTTGTA;SOR=0.646;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=268;TCF=143;TCR=125;TR=121;WE=29342554;WS=29342536;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:185,191:0.51:376
chr16	29370680	rs200754599	G	T	2783.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.698;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=578;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-9.667;NF=63;NR=78;PP=1728;ReadPosRankSum=0.800;SC=AGACCAGGGCGCCAGGCCTTG;SOR=0.691;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=443;TCF=192;TCR=251;TR=141;WE=29370688;WS=29370670;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:399,179:0.31:578
chr16	29375898	.	A	G	357.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.329;ClippingRankSum=0.000;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=2.218;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.57;MQRankSum=-1.073;QD=12.78;ReadPosRankSum=-0.255;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,15:0.54:28
chr16	29375985	.	C	CT	1113.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.349;ClippingRankSum=0.000;DP=159;ExcessHet=3.0103;FS=0.681;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.38;MQRankSum=-4.035;QD=7.33;ReadPosRankSum=-0.999;SOR=0.831;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:68,84:0.55:152
chr16	29376400	.	CTG	C	833.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.63;BaseQRankSum=-1.705;ClippingRankSum=0.000;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.710;HP=3;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=-5.884;NF=2;NR=36;PP=509;ReadPosRankSum=-0.412;SC=CCTCACGCTTCTGTGTGTGTG;SOR=0.494;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=99;TCF=5;TCR=94;TR=38;WE=29376411;WS=29376390;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:91,57:0.39:148
chr16	29624247	rs28455095	C	A	1543.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=34;NR=18;PP=1077;SC=GAAGTGTAAACGAATGAATGA;SOR=1.609;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=52;TCF=34;TCR=18;TR=52;WE=29624255;WS=29624237;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr16	29644794	rs11150561	A	G	1439.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.576;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.311;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-11.904;NF=24;NR=45;PP=1064;ReadPosRankSum=-2.003;SC=TCACTCCACTATAAATACACC;SOR=0.582;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=154;TCF=45;TCR=109;TR=69;WE=29644802;WS=29644784;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:99,68:0.41:167
chr16	29645078	rs12597368	C	A	3038.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.018;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=252;ExcessHet=3.0103;FS=0.497;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.05;MQRankSum=-3.469;QD=12.16;ReadPosRankSum=-1.040;SOR=0.655;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:114,136:0.54:250
chr16	29645104	rs35388990	CA	C	2151.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.075;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=410;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.09;MQRankSum=-1.566;QD=5.77;ReadPosRankSum=4.089;SOR=0.695;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:179,194:0.52:373
chr16	29647700	rs200123374	C	T	563.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.498;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=44.76;MQRankSum=-2.109;QD=10.84;ReadPosRankSum=0.492;SOR=0.840;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,25:0.48:52
chr16	29675436	rs139180392	C	G	5029.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.016;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=558;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.113;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=103;NR=87;PP=2914;ReadPosRankSum=-0.222;SC=GATCCCACACCGTGACAGGTG;SOR=0.603;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=395;TCF=223;TCR=172;TR=190;WE=29675444;WS=29675426;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:296,250:0.46:546
chr16	29705854	rs9936468	C	T	1088.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=19;NR=14;PP=736;SC=CCGCAGTCCCCCCCCTGGGAC;SOR=1.096;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=37;TCF=22;TCR=15;TR=33;WE=29705862;WS=29705852;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr16	29705974	rs140872647	C	CT	2228.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.772;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.082;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=2.608;NF=21;NR=24;PP=1634;ReadPosRankSum=-0.206;SC=GCTGTTCTCTCTTCCCCCCAG;SOR=0.789;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=97;TCF=45;TCR=52;TR=45;WE=29705983;WS=29705964;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:121,91:0.43:212
chr16	29706444	rs2303255	C	T	1131.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.774;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.667;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=24;PP=587;ReadPosRankSum=-1.600;SC=GGCGGGGCCGCCTCGCACCGC;SOR=0.613;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=84;TCF=28;TCR=56;TR=38;WE=29706452;WS=29706434;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,57:0.44:130
chr16	29708350	rs9932770	A	G	1418.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=20;NR=13;PP=573;SC=GGCTGACTTCACTCTGAAGGT;SOR=1.009;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=33;TCF=20;TCR=13;TR=33;WE=29708358;WS=29708340;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr16	29790669	rs235634	T	A	8701.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.04;SOR=0.938;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,207:1.00:207
chr16	29790678	rs183527	T	G	8443.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.64;SOR=0.998;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,185:1.00:185
chr16	29790767	rs235635	A	G	2804.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=34;NR=39;PP=1701;SC=AACAGGGGTGATGCAGAGAAA;SOR=0.892;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=73;TCF=34;TCR=39;TR=73;WE=29790775;WS=29790757;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr16	29790864	rs235636	G	A	3413.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=45;NR=44;PP=1814;SC=AGAGTATGGAGGTGGTGGTGG;SOR=0.756;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=90;TCF=46;TCR=44;TR=89;WE=29790872;WS=29790854;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chr16	29791561	rs235637	T	G	9512.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=2.187;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=357;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=128;NR=103;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.360;SC=GAAGAAGCTGTTATTTGTGAC;SOR=0.292;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=234;TCF=130;TCR=104;TR=231;WE=29791569;WS=29791551;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,355:1.00:356
chr16	29791721	rs235638	G	C	7667.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=285;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=78;NR=120;PP=2965;SC=GTTTACCCCAGTAGCTGCAGC;SOR=1.056;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=198;TCF=78;TCR=120;TR=198;WE=29791729;WS=29791711;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,280:1.00:280
chr16	29791818	rs35586094	TA	T	881.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=33;PP=765;SC=AATGGCTCAATAAAAAAAATA;SOR=4.021;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=37;TCF=1;TCR=36;TR=34;WE=29791826;WS=29791808;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,40:0.95:42
chr16	29809634	rs5816499	TACAC	T	1003.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.82;SOR=1.051;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr16	29809673	rs202102958	ATTTC	A	886.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.322;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.035;HP=3;HapScore=1;MGOF=30;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=19;PP=2010;ReadPosRankSum=1.626;SC=ACACACGCTAATTTCTTTCTT;SOR=0.859;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=34;TCF=12;TCR=22;TR=26;WE=29809684;WS=29809663;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,24:0.46:52
chr16	29811319	rs235648	C	T	6971.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=272;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=76;NR=122;PP=2965;SC=AAGAGGAGATCGGGAGCCCTG;SOR=1.166;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=199;TCF=77;TCR=122;TR=198;WE=29811327;WS=29811309;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,264:1.00:264
chr16	29814234	rs2450399	G	A	7427.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=285;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=78;NR=102;PP=2965;SC=TGAAGACAGTGGAAGAGAAGG;SOR=0.869;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=184;TCF=81;TCR=103;TR=180;WE=29814242;WS=29814224;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,281:1.00:281
chr16	29817998	rs111993640	C	T	3378.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=63;NR=18;PP=1683;SC=CGCTGAGCCCCGGGGGCCCCG;SOR=1.753;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=83;TCF=64;TCR=19;TR=81;WE=29818006;WS=29817988;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr16	29821744	rs2516825	G	A	8134.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=309;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=101;NR=112;PP=2965;SC=CTCCTCTTCTGTCAGACCTGA;SOR=0.783;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=214;TCF=101;TCR=113;TR=213;WE=29821752;WS=29821734;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,301:1.00:301
chr16	29821983	.	C	CT	41.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.540;ClippingRankSum=0.000;DP=124;ExcessHet=3.0103;FS=4.107;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.09;MQRankSum=2.098;QD=0.53;ReadPosRankSum=-0.100;SOR=0.309;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:64,15:0.19:79
chr16	29822841	rs11150572	A	C	1164.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=33;NR=3;PP=1007;SC=CCCCAGCCGCATCCCTCCCCA;SOR=4.294;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=36;TCF=33;TCR=3;TR=36;WE=29822849;WS=29822831;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr16	29822957	rs72798131	C	T	2353.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.152;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=275;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.455;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=29;PP=1179;ReadPosRankSum=0.304;SC=GAAAGCTGCACCTGTCCCTCA;SOR=0.655;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=176;TCF=115;TCR=61;TR=80;WE=29822965;WS=29822947;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:156,115:0.42:271
chr16	29823202	rs12923293	A	G	2092.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=53;PP=1510;SC=CTGCTCGTAGAGACGCCTCCA;SOR=2.899;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=63;TCF=10;TCR=53;TR=63;WE=29823210;WS=29823192;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr16	29825126	rs11150573	T	C	9836.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=387;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=112;NR=135;PP=2965;SC=CAGCTCCCAGTTGGCAGGTCC;SOR=0.872;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=248;TCF=112;TCR=136;TR=247;WE=29825134;WS=29825116;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,362:1.00:362
chr16	29828710	rs8058824	C	G	1568.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.372;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FS=0.610;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.88;MQRankSum=0.000;QD=9.68;ReadPosRankSum=1.473;SOR=0.594;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:88,74:0.46:162
chr16	29830829	rs11864180	T	C	798.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.258;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=8;PP=487;ReadPosRankSum=0.566;SC=AGGTATGGTGTACACCACCTC;SOR=0.655;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=47;TCF=35;TCR=12;TR=28;WE=29830837;WS=29830819;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,36:0.54:67
chr16	29842891	rs34127220	C	T	6393.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=-1.022;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=649;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.521;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=88;NR=80;PP=2385;ReadPosRankSum=1.116;SC=CCTCCAGCCACCCCCATCCTC;SOR=0.633;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=319;TCF=173;TCR=146;TR=168;WE=29842899;WS=29842881;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:322,322:0.50:644
chr16	29848417	rs13331733	A	G	381.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-0.032;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.463;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=12;PP=234;ReadPosRankSum=1.370;SC=GTTCTTACACACCTGAGACAC;SOR=0.426;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=35;TCF=8;TCR=27;TR=16;WE=29848425;WS=29848407;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,18:0.49:37
chr16	29852860	rs3815824	C	T	312.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-1.988;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=1;PP=198;ReadPosRankSum=-0.265;SC=GACAGCTGGGCGGATCTTCCT;SOR=1.609;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=15;TCF=13;TCR=2;TR=11;WE=29852868;WS=29852850;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,13:0.76:17
chr16	29855731	rs9939514	G	A	921.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.956;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.845;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=8;PP=515;ReadPosRankSum=1.483;SC=ACCAGCCTGGGCAACATGGCA;SOR=1.085;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=70;TCF=49;TCR=21;TR=33;WE=29855739;WS=29855721;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,44:0.47:94
chr16	29857316	rs4787480	G	A	2149.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-1.517;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=246;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.466;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=35;PP=865;ReadPosRankSum=-0.739;SC=TTGAGAACTAGAGGAGGAGAC;SOR=0.656;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=137;TCF=63;TCR=74;TR=66;WE=29857324;WS=29857306;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:129,114:0.47:243
chr16	29859430	rs11350750	CT	C	691.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-1.927;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.695;HP=15;HapScore=3;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=27;PP=376;ReadPosRankSum=-1.180;SC=CCCCTGGCATCTTTTTTTTTT;SOR=0.283;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=36;TCF=2;TCR=34;TR=29;WE=29859439;WS=29859420;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,42:0.95:44
chr16	29872361	rs3815822	G	A	1035.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=1.355;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.529;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=11;PP=482;ReadPosRankSum=2.443;SC=ACACCCTTCCGTCTAGGCTCA;SOR=0.861;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=72;TCF=50;TCR=22;TR=35;WE=29872369;WS=29872351;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,52:0.44:117
chr16	29906546	rs4787484	C	T	605.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.672;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=11;PP=484;ReadPosRankSum=-1.316;SC=CAGTATGGCCCCTGCCCTTCC;SOR=0.715;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=73;TCF=48;TCR=25;TR=31;WE=29906554;WS=29906536;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,36:0.44:82
chr16	29907298	rs34549819	G	GT	1601.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.528;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.845;HP=7;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=38;PP=1543;ReadPosRankSum=0.959;SC=TTTTTGTTTTGTTTGAGACAG;SOR=0.297;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=66;TCF=4;TCR=62;TR=41;WE=29907306;WS=29907288;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,65:0.66:98
chr16	29908433	rs11649499	C	G	1210.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=25;PP=718;SC=CGTGGGGTCCCGATCAGATCC;SOR=1.414;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=36;TCF=11;TCR=25;TR=36;WE=29908441;WS=29908423;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr16	29910431	.	GTTT	G	266.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.076;ClippingRankSum=0.000;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=7.991;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.19;MQRankSum=1.251;QD=10.67;ReadPosRankSum=1.745;SOR=0.415;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,13:0.52:25
chr16	29910518	rs11344	C	G	218.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.152;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.956;NF=7;NR=11;PP=243;ReadPosRankSum=0.670;SC=CAGAATTGGGCTAGGGGTCGC;SOR=0.551;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=26;TCF=8;TCR=18;TR=18;WE=29910526;WS=29910508;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,10:0.59:17
chr16	29912802	rs140411458	G	GGGT	8243.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.112;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=367;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.390;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQ=60.06;MQRankSum=1.202;NF=27;NR=62;PP=2921;ReadPosRankSum=2.644;SC=GGGCAGCTCAGGGTGGCCCAG;SOR=0.651;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=169;TCF=56;TCR=113;TR=89;WE=29912810;WS=29912792;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:148,207:0.58:355
chr16	29918034	rs1129700	T	C	1120.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.090;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=19;PP=738;ReadPosRankSum=-0.865;SC=GGGGTTGGGATGGGTGGAGAA;SOR=0.678;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=74;TCF=44;TCR=30;TR=47;WE=29918042;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,50:0.63:79
chr16	29923510	rs4548895	G	A	543.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.399;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.297;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=18;PP=345;ReadPosRankSum=-0.057;SC=AGCTCCGCCAGCCTCTCTGCC;SOR=1.473;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=44;TCF=12;TCR=32;TR=23;WE=29923518;WS=29923500;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,26:0.49:53
chr16	29934754	rs12596042	T	A	790.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.329;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.875;HP=9;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=29;PP=648;ReadPosRankSum=0.571;SC=TAAAAAAAAATTTTTGTAGAG;SOR=0.831;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=70;TCF=16;TCR=54;TR=34;WE=29934762;WS=29934743;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,45:0.52:86
chr16	29937081	rs5816505	G	GA	2137.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.038;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=1.344;NF=25;NR=15;PP=1506;ReadPosRankSum=0.313;SC=GGGGTCTGGGGTGGGGGCACG;SOR=0.701;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=80;TCF=48;TCR=32;TR=40;WE=29937090;WS=29937071;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,67:0.53:126
chr16	29982961	rs9932702	C	T	212.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.049;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.74;MQRankSum=-2.247;QD=4.53;ReadPosRankSum=-1.734;SOR=0.850;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,16:0.34:47
chr16	29993108	rs11642046	C	G	3785.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.695;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=449;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.912;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=89;NR=84;PP=2521;ReadPosRankSum=-1.735;SC=TGGGCCCAGGCGTTAGGCCAT;SOR=0.569;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=395;TCF=192;TCR=203;TR=173;WE=29993116;WS=29993098;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:243,194:0.44:437
chr16	29994736	rs3814884	T	A	5111.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.072;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=492;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.547;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=139;NR=67;PP=2962;ReadPosRankSum=0.798;SC=AGTGCAGCACTCCTCTGAGTC;SOR=0.774;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=415;TCF=275;TCR=140;TR=206;WE=29994744;WS=29994726;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:251,229:0.48:480
chr16	29994922	rs3814883	C	T	20104.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.64;BaseQRankSum=-1.224;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1995;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.517;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=262;NR=311;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.705;SC=CCACCTCTTCCGCCCGCCGCC;SOR=0.644;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=1138;TCF=511;TCR=627;TR=573;WE=29994930;WS=29994912;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:965,1004:0.51:1969
chr16	29998200	rs4077410	A	G	1336.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.478;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.228;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=19;PP=705;ReadPosRankSum=-0.594;SC=AGGCTGGGACATGGAGCTTGT;SOR=0.775;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=88;TCF=44;TCR=44;TR=41;WE=29998208;WS=29998190;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,62:0.49:126
chr16	30000901	rs3814881	G	A	1965.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.438;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.259;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=20;PP=883;ReadPosRankSum=0.425;SC=CCCTTGATCCGTCCACTGCAT;SOR=0.571;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=113;TCF=76;TCR=37;TR=58;WE=30000909;WS=30000891;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,92:0.56:165
chr16	30016022	rs12928610	C	T	1522.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-2.106;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.715;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=19;PP=474;ReadPosRankSum=0.450;SC=GCTGCCGGGACCCCGAGGAGG;SOR=0.611;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=59;TCF=25;TCR=34;TR=33;WE=30016030;WS=30016012;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,71:0.62:114
chr16	30017895	rs3814880	T	C	4219.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.118;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=434;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=67;NR=82;PP=1849;ReadPosRankSum=-0.086;SC=CCTCCCTCCATGTCCCGTCCC;SOR=0.665;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=299;TCF=134;TCR=165;TR=149;WE=30017903;WS=30017885;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:210,211:0.50:421
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chr16	30018720	rs12921753	C	T	1503.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=3.378;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.827;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=51;PP=1127;ReadPosRankSum=2.765;SC=CTAAACACTACGTCTCATCTG;SOR=0.299;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=102;TCF=11;TCR=91;TR=59;WE=30018728;WS=30018710;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,62:0.56:110
chr16	30021402	rs1140239	C	T	2148.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.779;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FS=2.365;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.18;ReadPosRankSum=0.943;SOR=0.864;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:110,101:0.48:211
chr16	30037128	rs11544328	A	C	2730.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=2.192;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=353;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.367;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=58;PP=1426;ReadPosRankSum=-3.762;SC=AGTCTCCCTTACCCTGTCGCC;SOR=0.847;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=216;TCF=80;TCR=136;TR=87;WE=30037136;WS=30037118;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:211,139:0.40:350
chr16	30093779	rs2278557	C	G	1636.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.930;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=22;PP=808;ReadPosRankSum=-1.427;SC=TGCTTGAGTTCCAACCCCACT;SOR=0.715;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=128;TCF=78;TCR=50;TR=57;WE=30093787;WS=30093769;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:94,81:0.46:175
chr16	30096468	rs34627357	T	TG	238.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.261;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.775;HP=9;HapScore=3;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.260;NF=0;NR=8;PP=100;ReadPosRankSum=1.273;SC=AGGCTGGGCGTGGGGGGGGCT;SOR=1.352;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=2;TCR=19;TR=8;WE=30096476;WS=30096458;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,14:0.45:31
chr16	30097630	rs2289292	C	T	333.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-2.648;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.124;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=5;PP=161;ReadPosRankSum=1.389;SC=GGAGAAAGTGCGGGGCAAAGG;SOR=0.211;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=29;TCF=21;TCR=8;TR=13;WE=30097638;WS=30097620;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,17:0.45:38
chr16	30098189	rs3833842	GTGA	G	3687.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.276;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.847;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=2.316;NF=5;NR=35;PP=1783;ReadPosRankSum=0.630;SC=AACAGTGGTGGTGATGATGAT;SOR=0.879;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=77;TCF=13;TCR=64;TR=40;WE=30098199;WS=30098179;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,97:0.54:181
chr16	30101998	.	C	T	3562.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.671;ClippingRankSum=0.000;DP=368;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.392;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=40;PP=1511;ReadPosRankSum=0.794;SC=CGGGAACCACCCAGTCCTAGC;SOR=0.662;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=245;TCF=151;TCR=94;TR=104;WE=30102006;WS=30101988;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:182,169:0.48:351
chr16	30119525	rs8061772	C	A	1125.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=26;NR=7;PP=791;SC=GTGGTGGTCACGGCCTCACCT;SOR=2.362;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=26;TCR=7;TR=33;WE=30119533;WS=30119515;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr16	30134679	rs61764202	C	T	505.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=1.678;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.460;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=3;PP=353;ReadPosRankSum=0.745;SC=GTCACGTGACCCGCCCCGCGC;SOR=1.414;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=41;TCF=30;TCR=11;TR=19;WE=30134687;WS=30134669;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,22:0.47:47
chr16	30198151	rs1132812	A	G	1406.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.615;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.199;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=24;PP=649;ReadPosRankSum=-1.115;SC=GGGAGATCCCAGATGGGGGCC;SOR=0.758;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=98;TCF=48;TCR=50;TR=44;WE=30198159;WS=30198141;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:97,73:0.43:170
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chr16	30386262	rs8046445	C	T	3701.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=42;NR=54;PP=1884;SC=GTAGCTGGTTCCCAGTCCAAC;SOR=0.862;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=96;TCF=42;TCR=54;TR=96;WE=30386270;WS=30386252;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,139:1.00:139
chr16	30390314	rs12447833	T	C	4460.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=96;NR=33;PP=2675;SC=TTGGAGGCTCTGATACTGTCC;SOR=1.973;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=130;TCF=97;TCR=33;TR=129;WE=30390322;WS=30390304;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,155:1.00:155
chr16	30393660	rs4787643	G	A	14238.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=545;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=135;NR=170;PP=2965;SC=GGTTGGGGAGGGCAGCAAAAC;SOR=0.841;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=306;TCF=136;TCR=170;TR=305;WE=30393668;WS=30393650;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,533:1.00:533
chr16	30393771	rs4788409	G	A	3326.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=40;SC=GCTAGGAAGAGTCAGTGGGGT;SOR=1.282;Source=Platypus;TCF=40;WE=30393779;WS=30393761;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr16	30407269	rs13333093	C	A	4886.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.218;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=51;PP=2053;ReadPosRankSum=1.620;SC=TGTGGCCGGCCGAGATCCTGG;SOR=0.232;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=100;TCF=48;TCR=52;TR=99;WE=30407277;WS=30407259;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,182:0.99:183
chr16	30408765	rs12921440	C	T	3461.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=44;NR=36;PP=1621;SC=GTAGGAAATGCCTCTCTCAAA;SOR=0.840;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=81;TCF=45;TCR=36;TR=80;WE=30408773;WS=30408755;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,129:1.00:129
chr16	30410445	rs4788413	C	T	4049.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=34;NR=70;PP=1954;SC=CCAGGGAGGGCGGAGGCCCAG;SOR=1.273;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=105;TCF=34;TCR=71;TR=104;WE=30410453;WS=30410435;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,149:1.00:149
chr16	30424888	rs11314620	GT	G	1275.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.849;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.272;NF=6;NR=21;PP=546;ReadPosRankSum=2.020;SC=GAAATTTTGGGTTTTTTTTTC;SOR=0.865;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=30;TCF=6;TCR=24;TR=27;WE=30424896;WS=30424878;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,61:0.97:63
chr16	30485393	rs11574938	G	C	3285.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.621;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=272;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=44;PP=1439;ReadPosRankSum=-0.729;SC=CGCCCTGGAGGGGAAGCGCAG;SOR=0.672;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=181;TCF=99;TCR=82;TR=96;WE=30485401;WS=30485383;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:117,152:0.57:269
chr16	30490854	rs11862597	G	A	799.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.150;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=21;PP=490;ReadPosRankSum=0.472;SC=ACCATGAAAGGAAATGTTAGT;SOR=0.722;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=61;TCF=14;TCR=47;TR=27;WE=30490862;WS=30490844;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,36:0.46:78
chr16	30492666	.	TAAAA	T	190.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.969;ClippingRankSum=0.000;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.39;MQRankSum=0.000;QD=8.67;ReadPosRankSum=-1.509;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,8:0.36:22
chr16	30492690	rs10871452	A	C	399.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.080;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=4.235;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.19;MQRankSum=-0.831;QD=7.84;ReadPosRankSum=-3.274;SOR=0.284;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,22:0.43:51
chr16	30495412	rs2285459	T	C	1860.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.272;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.705;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=31;PP=798;ReadPosRankSum=0.090;SC=ATTTCAGCTCTTCACTCTCCA;SOR=0.836;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=113;TCF=56;TCR=57;TR=53;WE=30495420;WS=30495402;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,89:0.52:171
chr16	30495657	rs7197010	T	C	505.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-1.504;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.983;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=11;PP=214;ReadPosRankSum=-0.428;SC=AGGCCGGGCTTGGTGGCTCAC;SOR=0.287;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=48;TCF=19;TCR=29;TR=22;WE=30495665;WS=30495647;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,28:0.42:67
chr16	30500761	rs3087438	G	A	1256.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-4.523;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.310;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=28;PP=573;ReadPosRankSum=3.851;SC=TCAGATGGTCGCTCAGCCTGG;SOR=0.163;SbPval=0.23;Source=Platypus;TC=74;TCF=24;TCR=50;TR=47;WE=30500769;WS=30500751;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,60:0.68:88
chr16	30505512	rs1978079	C	T	6305.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.059;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=805;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.89;ReadPosRankSum=2.683;SOR=0.712;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:465,334:0.42:799
chr16	30505512	.	CA	TG	2431	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;FR=0.5000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MMLQ=27;MQ=59.99;NF=96;NR=84;PP=2431;QD=13.8025993048;SC=CCTAACTCCACACCCCACACA;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=441;TCF=230;TCR=211;TR=180;WE=30505521;WS=30505502;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:261,180:0.41:441
chr16	30505513	rs4350585	A	G	27149.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=810;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=228;NR=210;PP=2962;SC=CTAACTCCACACCCCACACAC;SOR=0.762;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=442;TCF=230;TCR=212;TR=438;WE=30505521;WS=30505502;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,805:1.00:805
chr16	30507972	rs28708641	T	C	692.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=2.144;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.840;HP=7;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=19;PP=484;ReadPosRankSum=1.454;SC=TTTATTTTGGTTTTTTTTAGA;SOR=0.430;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=35;TCF=5;TCR=30;TR=22;WE=30507980;WS=30507962;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,26:0.72:36
chr16	30510571	rs1557672	C	T	3922.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.662;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=384;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.208;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=67;NR=52;PP=1732;ReadPosRankSum=-1.552;SC=AGCTCTCCTCCTGCTCCCAGG;SOR=0.627;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=254;TCF=145;TCR=109;TR=119;WE=30510579;WS=30510561;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:187,191:0.51:378
chr16	30518041	rs2230433	G	C	5054.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.627;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=566;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.100;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=80;NR=69;PP=2392;ReadPosRankSum=-0.187;SC=CACAGATCCAGAGCCCTGCGT;SOR=0.786;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=341;TCF=177;TCR=164;TR=149;WE=30518049;WS=30518031;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:306,253:0.45:559
chr16	30518096	rs2230434	C	T	3927.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.268;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=421;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=78;PP=2054;ReadPosRankSum=0.278;SC=GCCTGAGTAACTTGGAAGAAG;SOR=0.640;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=294;TCF=124;TCR=170;TR=137;WE=30518104;WS=30518086;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:218,196:0.47:414
chr16	30536672	rs3751847	A	G	5842.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.971;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=544;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.429;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=91;NR=96;PP=2962;ReadPosRankSum=1.538;SC=CGCAGATGCCACAGATGTTAG;SOR=0.537;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=369;TCF=170;TCR=199;TR=187;WE=30536680;WS=30536662;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:262,274:0.51:536
chr16	30536918	rs10871453	C	G	3111.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.224;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=350;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.814;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=54;PP=1533;ReadPosRankSum=-1.336;SC=GACTCTTTTCCTCGGGGTTCA;SOR=0.678;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=222;TCF=110;TCR=112;TR=102;WE=30536926;WS=30536908;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:188,158:0.46:346
chr16	30538259	rs3794703	T	C	121.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=7.61;ReadPosRankSum=-1.426;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,8:0.50:16
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chr16	30724070	rs4889500	G	T	6306.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=2.253;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=247;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.119;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=80;NR=87;PP=2965;ReadPosRankSum=1.633;SC=AGTTGAAACGGTGGTGCCCCA;SOR=0.316;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=167;TCF=80;TCR=87;TR=167;WE=30724078;WS=30724060;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,241:1.00:242
chr16	30724221	rs4889501	C	T	1251.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=29.11;SOR=2.584;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr16	30732406	rs1470129	C	G	3564.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=57;NR=40;PP=2257;SC=GCTGGGGACACGGGTCTAGTA;SOR=1.010;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=97;TCF=57;TCR=40;TR=97;WE=30732414;WS=30732396;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr16	30734963	rs4889502	C	A	15838.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.852;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=601;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=269;NR=133;PP=2965;ReadPosRankSum=0.837;SC=TGCCATCCTCCCTCCCTGGGC;SOR=1.330;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=404;TCF=270;TCR=134;TR=402;WE=30734971;WS=30734953;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,593:1.00:595
chr16	30760409	.	GTGC	CTGC	2356	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;FR=0.5000,0.5000;HP=1;HapScore=4;MGOF=75;MMLQ=20;MQ=46.55;NF=16,18;NR=25,77;PP=1912,2356;QD=47.4822246963;SC=GGTGGTGGTGGTGCTGCTGCT;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=205;TCF=69;TCR=136;TR=41,95;WE=30760434;WS=30760396;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:164,41:0.20:205
chr16	30760409	.	GTGC	G	2356	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;FR=0.5000,0.5000;HP=1;HapScore=4;MGOF=75;MMLQ=20;MQ=46.55;NF=16,18;NR=25,77;PP=1912,2356;QD=47.4822246963;SC=GGTGGTGGTGGTGCTGCTGCT;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=205;TCF=69;TCR=136;TR=41,95;WE=30760434;WS=30760396;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:56,95:0.63:151
chr16	30762640	rs4889504	C	T	7043.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=263;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=62;NR=106;PP=2965;SC=GCAGACGACCCCCCACCTCCT;SOR=1.092;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=168;TCF=62;TCR=106;TR=168;WE=30762648;WS=30762630;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,258:1.00:258
chr16	30766247	rs9941201	G	A	5563.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=72;NR=64;PP=2539;SC=TGGCAAATCAGTGCAACTTGG;SOR=0.731;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=136;TCF=72;TCR=64;TR=136;WE=30766255;WS=30766237;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,214:1.00:214
chr16	30768492	rs71820772	GCTCTGGC	G	2249.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=23;PP=1628;SC=GCTCCTCTGGGCTCTGGCCTC;SOR=1.201;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=29;TCF=4;TCR=25;TR=27;WE=30768506;WS=30768482;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr16	30770267	rs7188077	C	G	2149.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=43;NR=16;PP=1331;SC=GTCCTGATGTCATCCAAACCC;SOR=2.015;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=59;TCF=43;TCR=16;TR=59;WE=30770275;WS=30770257;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr16	30772004	rs35446957	GAA	G	2228.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.305;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.986;HP=9;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.153;NF=7;NR=24;PP=980;ReadPosRankSum=1.141;SC=TATAGTAAAAGAAAAAGAGTA;SOR=0.528;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=70;TCF=12;TCR=58;TR=31;WE=30772013;WS=30771994;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:91,70:0.43:161
chr16	30772040	rs4889505	A	G	3304.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=34;NR=50;PP=1549;SC=TATCATGACAAGGCTGTGACA;SOR=0.971;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=84;TCF=34;TCR=50;TR=84;WE=30772048;WS=30772030;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chr16	30773822	rs1550477	T	C	1816.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=44;NR=4;PP=1263;SC=CTCCTCCCGTTTGACGCCCCT;SOR=3.500;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=48;TCF=44;TCR=4;TR=48;WE=30773830;WS=30773812;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr16	30779716	rs7195142	A	G	6747.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=257;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=85;NR=99;PP=2965;SC=CGGGAGCTTCAGGAACGGGAA;SOR=0.837;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=184;TCF=85;TCR=99;TR=184;WE=30779724;WS=30779706;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,251:1.00:251
chr16	30780828	rs4889506	A	G	5867.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=60;NR=89;PP=2965;SC=TGCAGAAGCTAGAGGAGAAGG;SOR=1.032;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=149;TCF=60;TCR=89;TR=149;WE=30780836;WS=30780818;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,216:1.00:216
chr16	30832463	rs6565205	A	C	8405.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=305;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=139;NR=64;PP=2965;SC=GACACCGTCCAGCAGGTGGGC;SOR=1.456;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=203;TCF=139;TCR=64;TR=203;WE=30832483;WS=30832453;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,299:1.00:299
chr16	30832475	rs6565206	T	C	8902.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.939;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=336;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.741;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=143;NR=72;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.708;SC=CAGGTGGGCATGCCGTGGTGT;SOR=0.271;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=217;TCF=145;TCR=72;TR=215;WE=30832483;WS=30832453;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,327:0.99:329
chr16	30832701	rs8045550	A	C	13910.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=497;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=139;NR=194;PP=2965;SC=TGGGCGGGGGAAGAGTGAAGG;SOR=0.912;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=334;TCF=139;TCR=195;TR=333;WE=30832709;WS=30832691;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,491:1.00:491
chr16	30833246	rs9319587	C	T	8584.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=0.206;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=808;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.522;HP=2;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=146;NR=107;PP=2962;ReadPosRankSum=0.155;SC=CATCCCCCTTCGTTCACACCT;SOR=0.756;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=473;TCF=268;TCR=205;TR=253;WE=30833254;WS=30833236;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:384,419:0.52:803
chr16	30833272	rs8046609	A	G	25103.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=961;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=284;NR=246;PP=2965;SC=AACCGACAGCAACATGGGAGC;SOR=0.758;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=533;TCF=285;TCR=248;TR=530;WE=30833280;WS=30833262;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,954:1.00:954
chr16	30833321	rs8046001	C	T	7826.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=1.501;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=852;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=29;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=113;NR=122;PP=2962;ReadPosRankSum=1.709;SC=GATACTCCTCCGGACTCTGGG;SOR=0.718;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=505;TCF=244;TCR=261;TR=235;WE=30833329;WS=30833311;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:450,398:0.47:848
chr16	30833425	rs4889510	G	C	4646.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=20;NR=117;PP=2965;SC=CTCCCGTGTTGCAGGGGCTGC;SOR=3.352;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=137;TCF=20;TCR=117;TR=137;WE=30833433;WS=30833415;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,148:1.00:148
chr16	30886643	rs897984	T	C	2545.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=1.458;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=270;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.036;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=47;PP=1390;ReadPosRankSum=-0.103;SC=ACTGCTGAGGTTGCCCGAGGT;SOR=0.454;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=171;TCF=60;TCR=111;TR=79;WE=30886651;WS=30886633;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:143,121:0.46:264
chr16	30936081	rs35675346	G	A	2887.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-2.503;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=280;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=47;PP=1510;ReadPosRankSum=1.520;SC=CGGAAAGGGGGAATCTGGGGT;SOR=0.698;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=186;TCF=102;TCR=84;TR=105;WE=30936089;WS=30936071;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:131,148:0.53:279
chr16	30938811	rs12930545	A	G	1170.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.292;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=17;PP=600;ReadPosRankSum=0.627;SC=GGTGGGGCAGATTGTCAGGGA;SOR=0.671;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=83;TCF=48;TCR=35;TR=41;WE=30938819;WS=30938801;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,56:0.49:115
chr16	30964940	rs9926903	A	G	18536.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=668;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=250;NR=211;PP=2965;SC=CACCGTCCCAAGCTGAGCCAG;SOR=0.861;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=461;TCF=250;TCR=211;TR=461;WE=30964948;WS=30964930;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,666:1.00:666
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chr16	30999142	rs9938550	A	G	4863.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.519;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=445;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.522;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=69;NR=59;PP=1984;ReadPosRankSum=-0.549;SC=GCAGCGGGCAACCCTGATGGG;SOR=0.761;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=274;TCF=144;TCR=130;TR=128;WE=30999150;WS=30999132;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:206,234:0.53:440
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chr16	31004169	rs17855121	T	C	6180.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.456;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=577;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.537;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=113;NR=84;PP=2474;ReadPosRankSum=1.323;SC=CCCCAATGGATGACGCCAAGA;SOR=0.756;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=386;TCF=219;TCR=167;TR=197;WE=31004177;WS=31004159;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:272,304:0.53:576
chr16	31004812	rs12445568	T	C	13097.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.745;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=517;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=149;NR=210;PP=2965;ReadPosRankSum=2.347;SC=TGATCTAGGGTGACGAGGGAG;SOR=0.971;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=359;TCF=149;TCR=210;TR=359;WE=31004820;WS=31004802;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,509:1.00:511
chr16	31004926	rs7194921	C	T	2427.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=65;PP=1728;SC=GCACATTATTCACCTGCTCTT;SOR=3.638;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=74;TCF=8;TCR=66;TR=73;WE=31004934;WS=31004916;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr16	31012813	rs61239537	G	T	2092.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.84;SOR=2.642;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr16	31044683	rs58726213	A	G	10172.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=381;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=149;NR=97;PP=2965;SC=CGTACAAATGACGTATTCCTA;SOR=1.024;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=246;TCF=149;TCR=97;TR=246;WE=31044691;WS=31044673;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,374:1.00:374
chr16	31044897	rs12445650	G	A	3361.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=23;NR=80;PP=2523;SC=TGCGGGAGCTGGAGCGGGGAA;SOR=2.345;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=104;TCF=23;TCR=81;TR=103;WE=31044905;WS=31044887;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr16	31045925	.	G	A	557.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=0.195;ClippingRankSum=0.000;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.267;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=16;PP=355;ReadPosRankSum=1.327;SC=TATCTGGGGAGTGTGTGGCCC;SOR=1.981;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=37;TCF=13;TCR=24;TR=21;WE=31045933;WS=31045915;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,26:0.62:42
chr16	31049155	rs55979739	A	G	1458.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=41;NR=7;PP=961;SC=ATAAGAGCTCATGCTATTTGC;SOR=2.753;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=48;TCF=41;TCR=7;TR=48;WE=31049163;WS=31049145;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr16	31050023	rs732173	C	A	2042.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.876;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=40.86;ReadPosRankSum=-0.539;SOR=1.010;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,49:0.98:50
chr16	31050033	rs732172	C	T	1992.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.814;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=41.52;ReadPosRankSum=-0.767;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,47:0.98:48
chr16	31075708	rs2032917	C	G	15305.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=548;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=150;NR=187;PP=2965;SC=GTACAGGACACGCACTTGTAG;SOR=0.893;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=337;TCF=150;TCR=187;TR=337;WE=31075716;WS=31075698;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,546:1.00:546
chr16	31088865	.	C	T	4097.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.899;ClippingRankSum=0.000;DP=421;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=60;PP=1953;ReadPosRankSum=1.661;SC=TCACTCTGTTCTAAGCAGCTG;SOR=0.676;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=264;TCF=134;TCR=130;TR=121;WE=31088873;WS=31088855;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:217,197:0.48:414
chr16	31090407	rs35713203	G	C	5686.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=54;NR=76;PP=2965;SC=GAAGAGGAAGGAGTGGCAGAG;SOR=1.003;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=130;TCF=54;TCR=76;TR=130;WE=31090415;WS=31090397;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,197:1.00:197
chr16	31090666	rs143403072	C	G	3051.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-2.396;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=277;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.303;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=53;PP=1441;ReadPosRankSum=-0.550;SC=TGGACAGTGTCTTGGAGGACA;SOR=0.711;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=201;TCF=99;TCR=102;TR=99;WE=31090674;WS=31090656;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:126,147:0.54:273
chr16	31091209	rs3751855	T	C	3934.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=56;NR=37;PP=1930;SC=GGCTGGAGACTGCCGAGAAGG;SOR=1.048;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=93;TCF=56;TCR=37;TR=93;WE=31091217;WS=31091199;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,142:1.00:142
chr16	31092075	rs7196726	G	A	4902.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=79;NR=57;PP=2965;SC=CATAGTGGAGGCTGGGTTCCT;SOR=0.983;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=136;TCF=79;TCR=57;TR=136;WE=31092083;WS=31092065;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,170:1.00:170
chr16	31095171	rs11865038	C	T	3071.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=47;NR=56;PP=1944;SC=CTCATCCTCACGGCTTTGGTC;SOR=2.468;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=103;TCF=47;TCR=56;TR=103;WE=31095179;WS=31095161;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr16	31095204	rs11864806	G	C	2155.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=3;NR=49;PP=1537;SC=CCCATTCCTCGAAGGAACAGG;SOR=5.421;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=52;TCF=3;TCR=49;TR=52;WE=31095212;WS=31095194;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr16	31095251	rs11864839	G	C	1031.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=36;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=30;PP=789;SC=AGAATACTGAGGCTCAAAGCG;SOR=4.174;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=34;TCF=4;TCR=30;TR=34;WE=31095259;WS=31095241;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr16	31096164	rs7199949	G	C	3766.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=0.795;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=39;PP=1667;ReadPosRankSum=-0.915;SC=TGGTGGTCAGGATAGGGCAGG;SOR=0.707;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=82;TCF=42;TCR=40;TR=80;WE=31096172;WS=31096154;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,141:0.99:143
chr16	31097574	rs4889535	G	C	904.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=15;NR=10;PP=663;SC=CTGATTGCAGGTCTTTCCCCC;SOR=1.071;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=15;TCR=10;TR=25;WE=31097582;WS=31097564;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr16	31122229	rs1549296	C	T	1259.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=8;NR=26;PP=901;SC=TTCTTTGTCACAGGGGCTGCC;SOR=2.093;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=8;TCR=26;TR=34;WE=31122237;WS=31122219;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr16	31122571	rs889555	C	T	9719.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.580;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=374;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.062;HP=7;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=124;NR=123;PP=2965;ReadPosRankSum=0.790;SC=GGCTTGGGGGCGGACAGGAAC;SOR=0.390;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=249;TCF=126;TCR=123;TR=247;WE=31122579;WS=31122561;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,367:0.99:370
chr16	31131614	rs4527034	A	G	7169.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=278;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=105;NR=96;PP=2965;SC=GCGTGGGTGCAGGGAGTTGGC;SOR=0.770;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=201;TCF=105;TCR=96;TR=201;WE=31131622;WS=31131604;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,268:1.00:268
chr16	31141826	rs1549295	A	G	7286.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=280;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=93;NR=90;PP=2965;SC=CGGAGAAGCCACTGTCTGACC;SOR=0.708;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=184;TCF=93;TCR=91;TR=183;WE=31141834;WS=31141816;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,272:1.00:272
chr16	31141880	rs1549294	A	G	7611.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=277;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=92;NR=92;PP=2965;SC=GGGTGCTGCTAGAGATCCTGC;SOR=0.693;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=186;TCF=92;TCR=94;TR=184;WE=31141888;WS=31141870;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,272:1.00:272
chr16	31142381	rs2855479	A	G	1773.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=43;NR=5;PP=1408;SC=GGGCTTCCCTACCCCTCCCCA;SOR=3.528;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=48;TCF=43;TCR=5;TR=48;WE=31142389;WS=31142371;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr16	31151521	rs8047469	A	G	425.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.267;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.70;MQRankSum=0.000;QD=14.19;ReadPosRankSum=2.120;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:3,27:0.90:30
chr16	31152697	rs150305650	T	TAAACAAAC	3234.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=11;NR=9;PP=1332;SC=TAATTTTTTTTAAACAAACAA;SOR=2.001;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=32;TCF=15;TCR=17;TR=20;WE=31152705;WS=31152687;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr16	31152717	rs889547	T	C	3866.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.22;QD=39.06;SOR=1.384;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr16	31153105	rs1549300	A	G	10494.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=389;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=110;NR=128;PP=2965;SC=CAGGGCCCCAATCCCAGGCTA;SOR=0.773;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=239;TCF=110;TCR=129;TR=238;WE=31153113;WS=31153089;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,387:1.00:387
chr16	31153780	rs889546	G	A	1272.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-2.422;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=9;PP=783;ReadPosRankSum=2.400;SC=CGCGTTCCGCGGGCCCCGCCC;SOR=0.368;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=29;TCR=9;TR=38;WE=31153788;WS=31153770;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,46:0.96:48
chr16	31154358	rs78924645	G	A	4892.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.195;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.427;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=63;PP=1972;ReadPosRankSum=-1.267;SC=TCCCGCACACGTGGCTGGAAA;SOR=0.895;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=97;TCF=34;TCR=63;TR=97;WE=31154366;WS=31154348;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,184:0.98:187
chr16	31191482	rs929867	A	G	11083.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=416;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=119;NR=103;PP=2965;SC=AGGCGTCGGTACTCAGCGGTG;SOR=0.805;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=222;TCF=119;TCR=103;TR=222;WE=31191490;WS=31191472;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,412:1.00:412
chr16	31193942	rs741810	C	A	8089.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.917;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=322;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=104;NR=114;PP=2965;ReadPosRankSum=0.722;SC=ACACTTCAGGCTATGGCCAGA;SOR=0.786;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=220;TCF=105;TCR=115;TR=218;WE=31193950;WS=31193932;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,312:0.99:316
chr16	31196141	rs71771375	GTCTTTTTACTT	G	1001.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.800;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=1;PP=2972;ReadPosRankSum=0.808;SC=TTTCCTAGCTGTCTTTTTACT;SOR=1.765;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=24;TCF=21;TCR=3;TR=18;WE=31196159;WS=31196131;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,25:0.96:26
chr16	31202698	.	A	AT	261.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.334;ClippingRankSum=0.000;DP=112;ExcessHet=3.0103;FS=2.020;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.10;MQRankSum=1.387;QD=2.64;ReadPosRankSum=-0.448;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:68,31:0.31:99
chr16	31284618	rs201225943	T	TA	434.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.320;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FS=3.437;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.11;MQRankSum=1.710;QD=2.42;ReadPosRankSum=0.661;SOR=1.042;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:127,53:0.29:180
chr16	31341424	rs41321249	C	A	4061.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.546;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=536;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=65;PP=1835;ReadPosRankSum=-1.605;SC=ACGTGCCACACCAAGGAGCGC;SOR=0.704;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=291;TCF=138;TCR=153;TR=122;WE=31341432;WS=31341414;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:315,216:0.41:531
chr16	31342608	rs7188189	T	C	2002.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=38;PP=1044;SC=TGCTCCCCGCTGCTCCCCCAC;SOR=1.833;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=51;TCF=13;TCR=38;TR=51;WE=31342616;WS=31342598;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr16	31371193	rs4264407	C	G	10475.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=386;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=118;NR=159;PP=2965;SC=GTGGGTGCTTCGATCCTGGTG;SOR=0.950;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=277;TCF=118;TCR=159;TR=277;WE=31371201;WS=31371183;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,382:1.00:382
chr16	31374624	rs17853815	G	A	4189.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-1.563;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=426;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=61;PP=1979;ReadPosRankSum=1.053;SC=CCCAGGAGAGGAGGAGAACCG;SOR=0.723;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=247;TCF=125;TCR=122;TR=126;WE=31374632;WS=31374614;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:212,203:0.49:415
chr16	31384422	rs146920512	AAAGAAG	A	998.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=14;NR=13;PP=1561;SC=TCTTAAAAAAAAAGAAGAAGA;SOR=2.030;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=32;TCF=16;TCR=16;TR=27;WE=31384435;WS=31384412;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr16	31384554	rs2070896	T	C	3272.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=29;NR=50;PP=2089;SC=TCTCCTTTCCTTCACCTGATA;SOR=1.236;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=79;TCF=29;TCR=50;TR=79;WE=31384562;WS=31384544;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr16	31392189	rs11150620	G	C	959.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.574;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=12;PP=439;ReadPosRankSum=-1.091;SC=GAGGATGGGAGTGCTCTGACA;SOR=0.602;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=52;TCF=29;TCR=23;TR=28;WE=31392197;WS=31392179;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,44:0.59:75
chr16	31404467	rs8050328	T	G	2257.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=1.498;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.245;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=14;PP=1519;ReadPosRankSum=0.332;SC=CCCTGCAGGTTGTGGAGGGGG;SOR=2.093;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=66;TCF=51;TCR=15;TR=64;WE=31404475;WS=31404457;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,75:0.97:77
chr16	31404571	rs8050500	T	C	9325.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.629;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=362;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=116;NR=97;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.078;SC=TGTGCCCCTCTTCCTGCTGTG;SOR=0.812;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=215;TCF=117;TCR=98;TR=213;WE=31404579;WS=31404561;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,354:0.99:356
chr16	31405463	rs112895789	A	G,AG	3130.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;QD=42.89;SOR=2.737;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:0,59,14:0.81,0.19:73
chr16	31422429	rs12444660	T	C	908.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=19;NR=10;PP=671;SC=CCCTCTGCTCTGTGGATGTGG;SOR=1.402;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=29;TCF=19;TCR=10;TR=29;WE=31422437;WS=31422419;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr16	31435366	rs116943658	GA	AG	5728.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.670;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.604;HP=5;HapScore=1;JOINED;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=-0.642;NF=40;NR=60;PP=2947;ReadPosRankSum=0.919;SC=GGGCACCCCCGAAGCTCTGAG;SOR=0.677;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=111;TCF=49;TCR=62;TR=100;WE=31435375;WS=31435356;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,132:0.99:133
chr16	31435918	.	C	CT	35.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.709;ClippingRankSum=0.000;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=2.884;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.99;ReadPosRankSum=-1.550;SOR=2.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,6:0.33:18
chr16	31439232	rs200013837	G	GCGCCC	231.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=38.63;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr16	31439244	.	A	C	152.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=50.68;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr16	31470540	rs3813002	T	C	1560.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=37;NR=5;PP=1176;SC=TCGGAGGCCCTGGCCCACCTG;SOR=2.925;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=42;TCF=37;TCR=5;TR=42;WE=31470548;WS=31470534;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr16	31470886	rs151069962	T	A	5750.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-3.445;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=458;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.294;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=76;NR=97;PP=2641;ReadPosRankSum=1.620;SC=TCGCTCTCGTTCTGCCTCGCG;SOR=0.485;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=290;TCF=118;TCR=172;TR=173;WE=31470894;WS=31470876;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:184,268:0.59:452
chr16	31471378	rs9926717	A	G	5663.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.804;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=91;PP=2693;ReadPosRankSum=2.060;SC=CTTGCTCTCTAGACCCGGGCA;SOR=1.289;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=139;TCF=47;TCR=92;TR=138;WE=31471386;WS=31471368;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,213:0.99:215
chr16	31496263	.	C	T	2839.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.892;ClippingRankSum=0.000;DP=302;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.375;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=41;PP=1000;ReadPosRankSum=-0.980;SC=CTCTTTTTTCCAATAACCCCA;SOR=0.600;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=180;TCF=81;TCR=99;TR=77;WE=31496271;WS=31496253;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:156,144:0.48:300
chr16	31503751	rs4536493	A	G	2211.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=18;NR=45;PP=1431;SC=TGTCTGCCCCAAGACCTTGGC;SOR=1.580;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=63;TCF=18;TCR=45;TR=63;WE=31503759;WS=31503741;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr16	31519048	rs11861164	A	G	4036.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=67;NR=46;PP=2396;SC=GCAGGGCTGAAAGCAGCAATA;SOR=0.987;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=113;TCF=67;TCR=46;TR=113;WE=31519056;WS=31519038;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,145:1.00:145
chr16	31539386	rs8050390	G	A	1297.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-1.730;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=13;PP=842;ReadPosRankSum=0.614;SC=TTAAGGGGAGGAAGTGGGTTG;SOR=0.664;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=43;TCF=30;TCR=13;TR=42;WE=31539394;WS=31539376;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,48:0.98:49
chr16	31575186	rs7192364	C	T	2606.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=44;NR=22;PP=1347;SC=CCTTTCCTGCCCAAACTCAGT;SOR=1.265;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=68;TCF=44;TCR=24;TR=66;WE=31575194;WS=31575176;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr16	31580272	rs4889673	C	T	4262.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=60;NR=53;PP=2381;SC=GCCATGGCGCCTTCCATAGTA;SOR=0.746;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=115;TCF=60;TCR=55;TR=113;WE=31580280;WS=31580262;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,152:1.00:152
chr16	31580530	rs4889548	A	C	4956.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=51;NR=65;PP=2379;SC=CTGACGTTGAACCATTTGACA;SOR=0.920;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=116;TCF=51;TCR=65;TR=116;WE=31580538;WS=31580520;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,183:1.00:183
chr16	31613625	rs34368131	GT	G	6567.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.068;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=421;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.881;NF=28;NR=62;PP=2954;ReadPosRankSum=1.493;SC=TGAAGAATAAGTAAAACATTT;SOR=0.694;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=198;TCF=62;TCR=136;TR=90;WE=31613633;WS=31613615;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:215,201:0.48:416
chr16	31724836	rs2884713	T	C	675.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=2.174;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.878;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=16;PP=362;ReadPosRankSum=-0.596;SC=GAGGTTAGCTTCGGGGTCTGG;SOR=0.860;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=69;TCF=26;TCR=43;TR=24;WE=31724844;WS=31724826;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,33:0.41:80
chr16	31734197	rs34186495	G	GA	602.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-1.282;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.230;HP=9;HapScore=3;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=29;PP=439;ReadPosRankSum=0.841;SC=CTGTTTCCAGGAAAAAAAAAT;SOR=1.650;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=64;TCF=1;TCR=63;TR=29;WE=31734205;WS=31734187;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,36:0.51:70
chr16	31770696	rs34487972	G	GA	1388.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.189;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.257;HP=7;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=20;PP=659;ReadPosRankSum=-0.632;SC=ATCCTATGGTGAAAAAAATCA;SOR=0.481;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=53;TCF=16;TCR=37;TR=26;WE=31770704;WS=31770686;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,71:0.55:129
chr16	31770723	rs12921028	T	A	1553.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.195;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=22;PP=568;ReadPosRankSum=1.047;SC=TAATCTCTGCTTGAGAAAAAG;SOR=0.693;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=93;TCF=47;TCR=46;TR=44;WE=31770731;WS=31770713;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,78:0.49:158
chr16	31926619	rs3850114	G	A	3332.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.44;SOR=0.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr16	31987931	rs489120	G	A	239.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.946;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=43.91;MQRankSum=-0.272;QD=10.42;ReadPosRankSum=0.453;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,11:0.48:23
chr16	32486756	rs28495417	A	G	347.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=0.063;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-2.245;NF=9;NR=5;PP=173;ReadPosRankSum=0.189;SC=GGGAGACAGGACACCTACCAC;SOR=0.776;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=48;TCF=29;TCR=19;TR=14;WE=32486764;WS=32486746;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,20:0.38:53
chr16	32890081	.	C	T	38.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=40.00;QD=19.37;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr16	32893880	rs149083075	G	A	4462.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.764;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.268;NF=99;NR=66;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.918;SC=GGGGACTGGCGGTCAGCAAGC;SOR=1.246;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=170;TCF=102;TCR=68;TR=165;WE=32893888;WS=32893870;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,173:0.99:175
chr16	32936906	.	G	A	65.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=41.41;QD=21.76;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr16	32945402	.	ATT	A	83.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.998;ClippingRankSum=-0.000;DP=72;ExcessHet=3.0103;FS=5.434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=5.98;ReadPosRankSum=0.686;SOR=1.447;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,7:0.50:14
chr16	33372666	rs4985326	C	T	1774.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.146;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=280;ExcessHet=3.0103;FS=1.864;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.37;MQRankSum=-14.514;QD=6.41;ReadPosRankSum=-0.434;SOR=0.879;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:219,58:0.21:277
chr16	33372673	rs4985325	T	C	1805.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.577;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=308;ExcessHet=3.0103;FS=3.282;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.47;MQRankSum=-14.472;QD=5.92;ReadPosRankSum=0.207;SOR=0.923;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:244,61:0.20:305
chr16	33372677	rs4985324	C	T	1796.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.058;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=324;ExcessHet=3.0103;FS=4.103;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.47;MQRankSum=-15.132;QD=5.60;ReadPosRankSum=0.509;SOR=1.008;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:259,62:0.19:321
chr16	33372694	rs4985323	T	C	1150.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.154;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=392;ExcessHet=3.0103;FS=2.661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.43;MQRankSum=-15.134;QD=2.96;ReadPosRankSum=-2.914;SOR=0.853;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:302,87:0.22:389
chr16	33380000	rs4536488	G	A	968.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.495;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=360;ExcessHet=3.0103;FS=2.831;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.88;MQRankSum=-9.767;QD=2.74;ReadPosRankSum=3.442;SOR=0.618;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:276,78:0.22:354
chr16	33380074	rs28591591	A	G	818.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.578;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=342;ExcessHet=3.0103;FS=2.287;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.86;MQRankSum=-10.593;QD=2.42;ReadPosRankSum=-2.669;SOR=0.856;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:270,69:0.20:339
chr16	33380234	rs57545706	C	T	43.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.776;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.64;ReadPosRankSum=1.393;SOR=0.547;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:59,9:0.13:68
chr16	33380263	rs57312786	C	G	105.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.431;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.46;ReadPosRankSum=1.286;SOR=0.458;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,9:0.21:43
chr16	33390329	rs12232434	G	C	1120.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.100;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.235;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-2.427;NF=29;NR=13;PP=548;ReadPosRankSum=0.406;SC=TTAGAAACAGGTTCACAATTG;SOR=0.563;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=149;TCF=106;TCR=43;TR=42;WE=33390337;WS=33390319;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:148,65:0.31:213
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chr16	33391213	rs4082382	C	T	483.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.664;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.25;MQRankSum=-1.432;QD=6.63;ReadPosRankSum=-0.094;SOR=0.596;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:56,17:0.23:73
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chr16	33424634	rs60026982	T	C	1938.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.888;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FS=0.951;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.16;MQRankSum=-2.838;QD=21.31;ReadPosRankSum=1.012;SOR=0.550;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:44,47:0.52:91
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chr16	33424691	rs2632824	T	C	2644.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.488;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=251;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.602;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-3.424;NF=68;NR=29;PP=1547;ReadPosRankSum=0.875;SC=GGCCAGACTTTGTAGTTTGTA;SOR=0.822;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=186;TCF=130;TCR=56;TR=97;WE=33424699;WS=33424681;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:128,121:0.49:249
chr16	33424787	rs2632823	C	T	6982.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.854;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=663;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-1.362;NF=136;NR=100;PP=2962;ReadPosRankSum=1.122;SC=CGTGGGAATGCAGAAAACGTA;SOR=0.740;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=445;TCF=257;TCR=188;TR=236;WE=33424795;WS=33424777;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:321,334:0.51:655
chr16	33424917	rs1906318	A	C	7495.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.353;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=697;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.100;HP=1;HapScore=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-13.718;NF=122;NR=137;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.379;SC=TCAGCCAGCAACTTGTGCCTC;SOR=0.781;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=482;TCF=231;TCR=251;TR=259;WE=33424925;WS=33424907;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:342,351:0.51:693
chr16	33424950	rs2927971	C	T	6374.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.125;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=629;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.097;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-13.705;NF=112;NR=135;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.408;SC=GCTGCACGGCCTCAGGTCAAG;SOR=0.785;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=466;TCF=215;TCR=251;TR=247;WE=33424958;WS=33424940;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:326,296:0.48:622
chr16	33530607	rs79470439	G	A	136.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.282;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.31;MQRankSum=-1.282;QD=27.35;ReadPosRankSum=-0.253;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,4:0.80:5
chr16	33530615	rs141353651	ACCTT	A	118.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.450;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=3.680;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.14;MQRankSum=-2.450;QD=14.84;ReadPosRankSum=1.282;SOR=0.039;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,4:0.50:8
chr16	33530621	rs373785170	G	C	127.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.450;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=3.680;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.14;MQRankSum=-2.450;QD=15.97;ReadPosRankSum=1.100;SOR=0.039;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,4:0.50:8
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chr16	33530639	rs75805537	A	T	121.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.823;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=8.751;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.37;MQRankSum=-2.823;QD=12.18;ReadPosRankSum=1.465;SOR=0.020;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,4:0.40:10
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chr16	33534205	rs75274563	T	C	3482.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.566;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=319;ExcessHet=3.0103;FS=10.537;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.56;MQRankSum=-17.207;QD=10.92;ReadPosRankSum=-5.672;SOR=1.198;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:222,97:0.30:319
chr16	33534209	rs111304289	T	A	3494.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.219;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=316;ExcessHet=3.0103;FS=9.453;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.58;MQRankSum=-17.000;QD=11.06;ReadPosRankSum=-5.747;SOR=1.171;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:217,99:0.31:316
chr16	33534212	rs74015084	C	T	3461.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.617;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=313;ExcessHet=3.0103;FS=9.466;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.59;MQRankSum=-16.915;QD=11.06;ReadPosRankSum=-5.154;SOR=1.155;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:215,98:0.31:313
chr16	33534254	rs79370116	C	A	758.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.575;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=249;ExcessHet=3.0103;FS=1.206;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.45;MQRankSum=-10.563;QD=3.05;ReadPosRankSum=2.171;SOR=0.807;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:193,56:0.22:249
chr16	33534278	rs10445205	A	G	1820.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=-1.071;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.121;HP=1;HapScore=2;MGOF=77;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=-12.791;NF=29;NR=53;PP=1200;ReadPosRankSum=1.993;SC=GATGAAATGCATGTAATTAAG;SOR=0.595;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=148;TCF=50;TCR=98;TR=82;WE=33534286;WS=33534268;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:110,91:0.45:201
chr16	33534325	rs375310866	CT	C	1787.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-1.756;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.930;HP=4;HapScore=4;MGOF=47;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-8.422;NF=2;NR=34;PP=2963;ReadPosRankSum=0.881;SC=GGGCTCACAACTTTTGATCCC;SOR=0.452;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=69;TCF=2;TCR=67;TR=36;WE=33534362;WS=33534315;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,47:0.51:93
chr16	33534330	rs28594967	G	A	1749.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.453;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.905;HP=4;HapScore=4;MGOF=47;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-8.520;NF=11;NR=26;PP=2692;ReadPosRankSum=0.678;SC=CACAACTTTTGATCCCAGCAC;SOR=0.526;SbPval=0.26;Source=Platypus;TC=69;TCF=16;TCR=53;TR=37;WE=33534362;WS=33534315;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,45:0.51:89
chr16	33534344	rs78083012	G	T	1368.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.007;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.14;MQRankSum=-7.700;QD=19.55;ReadPosRankSum=0.241;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,35:0.50:70
chr16	33534346	rs375719784	G	T	938.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.266;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.40;MQRankSum=-7.134;QD=13.41;ReadPosRankSum=-0.319;SOR=0.586;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,34:0.49:70
chr16	33534352	rs78884180	G	C	1098.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.461;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=1.238;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.91;MQRankSum=-6.972;QD=19.62;ReadPosRankSum=0.189;SOR=0.399;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,26:0.46:56
chr16	33534354	rs74594913	C	T	972.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.325;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.94;MQRankSum=-6.849;QD=18.01;ReadPosRankSum=-0.009;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,25:0.46:54
chr16	33534369	rs74800708	C	CAA	562.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.61;BaseQRankSum=3.374;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.481;HP=1;HapScore=2;MGOF=84;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-6.002;NF=3;NR=13;PP=626;ReadPosRankSum=0.844;SC=GCAGATCATACGAGGTCAGGT;SOR=1.230;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=31;TCF=5;TCR=26;TR=16;WE=33534377;WS=33534359;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,16:0.40:40
chr16	33539512	rs78972024	C	T	1548.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-2.140;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.247;HP=1;HapScore=1;MGOF=29;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-8.686;NF=66;NR=26;PP=1598;ReadPosRankSum=1.727;SC=TAGACAACTGCTAAGTTTTAG;SOR=0.495;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=144;TCF=105;TCR=39;TR=92;WE=33539520;WS=33539502;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,72:0.50:143
chr16	33539541	rs80334711	A	C	1637.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-3.343;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.249;HP=5;HapScore=2;MGOF=35;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-12.212;NF=66;NR=49;PP=1544;ReadPosRankSum=0.728;SC=AATATAAAAAATGAGATTCAG;SOR=0.328;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=206;TCF=126;TCR=80;TR=115;WE=33539549;WS=33539531;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:123,90:0.42:213
chr16	33539588	rs79792636	T	G	1266.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.484;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=316;ExcessHet=3.0103;FS=24.533;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.24;MQRankSum=-14.155;QD=4.02;ReadPosRankSum=4.353;SOR=1.535;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:240,75:0.24:315
chr16	33539634	rs76750868	C	T	888.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=5.848;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=314;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=35.600;HP=1;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-13.363;NF=31;NR=65;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.462;SC=TGTGCAACAGCATCCGGTCTG;SOR=2.543;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=246;TCF=99;TCR=147;TR=96;WE=33539656;WS=33539624;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:257,50:0.16:307
chr16	33539648	rs56161129	C	A	607.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=10.141;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=273;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=41.437;HP=2;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-13.205;NF=8;NR=58;PP=2962;ReadPosRankSum=0.382;SC=CGGTCTGTAGCGACTCCTACA;SOR=3.444;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=210;TCF=71;TCR=139;TR=66;WE=33539656;WS=33539624;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:238,35:0.13:273
chr16	33730644	.	C	T	1426.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.972;ClippingRankSum=0.000;DP=327;ExcessHet=3.0103;FS=0.454;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.29;MQRankSum=-3.752;QD=4.52;ReadPosRankSum=1.226;SOR=0.736;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:225,91:0.29:316
chr16	33738476	.	G	A	868.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.459;ClippingRankSum=0.000;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.082;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.525;NF=24;NR=2;PP=460;ReadPosRankSum=-0.184;SC=AAGGGTGAGGGGTGCAGGGAG;SOR=1.791;SbPval=0.98;Source=Platypus;TC=72;TCF=55;TCR=17;TR=26;WE=33738484;WS=33738466;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,38:0.43:89
chr16	33816336	rs112280634	A	G	486.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=2.249;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.496;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-7.950;NF=23;NR=27;PP=658;ReadPosRankSum=0.097;SC=CCCCATTCTCAGCTTTTGAAC;SOR=0.634;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=171;TCF=70;TCR=101;TR=50;WE=33816344;WS=33816326;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:166,41:0.20:207
chr16	33961019	.	G	A	136.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.261;ClippingRankSum=0.000;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=14.357;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.16;MQRankSum=-4.731;QD=3.11;ReadPosRankSum=-0.408;SOR=0.476;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,7:0.16:44
chr16	33961030	rs77469183	T	A	84.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.204;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=11.994;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.26;MQRankSum=-5.554;QD=1.70;ReadPosRankSum=-2.021;SOR=0.032;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:44,6:0.12:50
chr16	33961323	.	G	A	127.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.727;ClippingRankSum=0.000;DP=110;ExcessHet=3.0103;FS=14.547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.81;MQRankSum=-2.536;QD=1.21;ReadPosRankSum=0.611;SOR=1.105;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:92,14:0.13:106
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chr16	33965484	.	G	T	372.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-1.130;ClippingRankSum=0.000;DP=430;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.43;MQRankSum=-12.178;QD=0.87;ReadPosRankSum=-0.183;SOR=0.756;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:390,39:0.09:429
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chr16	33965493	.	T	C	8483.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.404;ClippingRankSum=0.000;DP=473;ExcessHet=3.0103;FS=1.134;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.48;MQRankSum=0.007;QD=17.97;ReadPosRankSum=0.349;SOR=0.786;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:258,214:0.45:472
chr16	33965496	.	A	T	8676.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.369;ClippingRankSum=0.000;DP=490;ExcessHet=3.0103;FS=1.134;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.52;MQRankSum=0.033;QD=17.74;ReadPosRankSum=0.686;SOR=0.824;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:269,220:0.45:489
chr16	33965505	rs375920374	C	T	9118.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.877;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=548;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.57;MQRankSum=0.013;QD=16.70;ReadPosRankSum=-0.131;SOR=0.722;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:292,254:0.47:546
chr16	33965507	rs74614199	G	C	287.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.746;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=570;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.246;HP=2;HapScore=1;MGOF=106;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-13.600;NF=128;NR=68;PP=2962;ReadPosRankSum=1.521;SC=TTGCAGGACAGATTGATCATC;SOR=1.056;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=550;TCF=346;TCR=204;TR=196;WE=33965515;WS=33965472;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:522,45:0.08:567
chr16	33965518	.	G	C	193.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.495;ClippingRankSum=0.000;DP=650;ExcessHet=3.0103;FS=2.491;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.57;MQRankSum=-13.036;QD=0.30;ReadPosRankSum=2.250;SOR=1.127;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:598,48:0.07:646
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chr16	33965533	rs78817399	A	C	16842.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.545;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=722;ExcessHet=3.0103;FS=2.514;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.75;MQRankSum=-9.874;QD=23.56;ReadPosRankSum=-0.830;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:294,421:0.59:715
chr16	33965537	.	C	T	859.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.688;ClippingRankSum=0.000;DP=741;ExcessHet=3.0103;FS=7.275;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.78;MQRankSum=-14.341;QD=1.17;ReadPosRankSum=0.690;SOR=1.771;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:669,64:0.09:733
chr16	33965538	rs146300192	A	G	17925.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.330;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=745;ExcessHet=3.0103;FS=2.512;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.79;MQRankSum=-9.903;QD=24.32;ReadPosRankSum=0.012;SOR=0.895;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:305,432:0.59:737
chr16	33965542	.	C	T	14130.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.344;ClippingRankSum=0.000;DP=789;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.86;MQRankSum=-1.451;QD=18.09;ReadPosRankSum=1.421;SOR=0.704;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:405,376:0.48:781
chr16	33965560	rs75603223	T	A	20494.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.859;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=869;ExcessHet=3.0103;FS=1.141;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.09;MQRankSum=-8.721;QD=23.83;ReadPosRankSum=0.309;SOR=0.800;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:325,535:0.62:860
chr16	33965560	.	TTGCCTGTCTG	ATGCCTGTCTA,ATGCCTGTCTG	2962	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.48;FR=0.5000,0.5000;HP=2;HapScore=1;MGOF=136;MMLQ=28;MQ=55.77;NF=91,287;NR=95,256;PP=1074,2962;QD=6.06165524119;SC=TCCCAGGGCTTTGCCTGTCTG;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=752;TCF=391;TCR=361;TR=186,543;WE=33965603;WS=33965550;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.25:752
chr16	33965563	.	C	T	147.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.271;ClippingRankSum=0.000;DP=870;ExcessHet=3.0103;FS=0.826;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.13;MQRankSum=-6.632;QD=0.17;ReadPosRankSum=-5.826;SOR=0.707;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:757,101:0.12:858
chr16	33965582	rs199951204	C	T	15829.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.388;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=897;ExcessHet=3.0103;FS=0.521;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.31;MQRankSum=-2.572;QD=17.85;ReadPosRankSum=5.718;SOR=0.664;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:451,436:0.49:887
chr16	33965589	rs62030476	G	A	17511.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.507;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=875;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.43;MQRankSum=-1.880;QD=20.29;ReadPosRankSum=0.488;SOR=0.670;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:393,470:0.54:863
chr16	33965627	.	T	A	4880.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.603;ClippingRankSum=0.000;DP=760;ExcessHet=3.0103;FS=2.138;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.31;MQRankSum=-9.059;QD=6.88;ReadPosRankSum=2.094;SOR=0.532;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:550,159:0.22:709
chr16	33965636	.	G	A	4873.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.121;ClippingRankSum=0.000;DP=713;ExcessHet=3.0103;FS=2.191;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.39;MQRankSum=-2.960;QD=6.99;ReadPosRankSum=1.915;SOR=0.509;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:541,156:0.22:697
chr16	33965644	rs72799208	A	G	16840.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.330;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=637;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.705;HP=1;HapScore=1;MGOF=150;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-3.729;NF=153;NR=245;PP=2962;ReadPosRankSum=0.470;SC=GGGTTCCCTGACGTGGCCTGC;SOR=0.515;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=547;TCF=208;TCR=339;TR=398;WE=33965680;WS=33965608;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:192,434:0.69:626
chr16	33965646	.	G	A	5902.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.348;ClippingRankSum=0.000;DP=623;ExcessHet=3.0103;FS=3.798;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.56;MQRankSum=-8.905;QD=9.65;ReadPosRankSum=1.243;SOR=0.431;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:447,165:0.27:612
chr16	33965655	rs113687113	C	A	8756.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=3.092;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=540;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=146;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=3.953;NF=54;NR=110;PP=2962;ReadPosRankSum=1.305;SC=CGTGGCCTGCCGGGGCCCTCC;SOR=0.712;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=499;TCF=175;TCR=324;TR=164;WE=33965680;WS=33965608;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:187,218:0.54:405
chr16	33965666	.	G	A	7014.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.428;ClippingRankSum=0.000;DP=456;ExcessHet=3.0103;FS=2.645;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.93;MQRankSum=1.616;QD=15.66;ReadPosRankSum=0.835;SOR=0.888;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:272,176:0.39:448
chr16	33965669	.	C	G	6506.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.003;ClippingRankSum=0.000;DP=436;ExcessHet=3.0103;FS=0.566;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.96;MQRankSum=1.369;QD=15.17;ReadPosRankSum=1.465;SOR=0.790;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:265,164:0.38:429
chr16	33965672	.	C	T	3813.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.564;ClippingRankSum=0.000;DP=413;ExcessHet=3.0103;FS=5.229;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.95;MQRankSum=1.034;QD=9.37;ReadPosRankSum=1.585;SOR=0.405;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:301,106:0.26:407
chr16	33965681	.	G	GA	5418.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.435;ClippingRankSum=0.000;DP=358;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.995;HP=2;HapScore=1;MGOF=170;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.809;NF=5;NR=95;PP=2954;ReadPosRankSum=0.343;SC=CCCAAGTGCAGACCGGCGACG;SOR=0.832;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=297;TCF=17;TCR=280;TR=100;WE=33965719;WS=33965671;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:214,138:0.39:352
chr16	33965684	.	C	T	2979.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.334;ClippingRankSum=0.000;DP=341;ExcessHet=3.0103;FS=6.457;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.96;MQRankSum=0.000;QD=8.84;ReadPosRankSum=1.267;SOR=0.416;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:247,90:0.27:337
chr16	33965688	.	G	C	2995.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.318;ClippingRankSum=0.000;DP=311;ExcessHet=3.0103;FS=6.048;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.95;MQRankSum=0.000;QD=9.73;ReadPosRankSum=1.103;SOR=0.397;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:226,82:0.27:308
chr16	33965690	rs74964080	C	T	4759.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=4.486;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=305;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.718;HP=1;HapScore=1;MGOF=170;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=89;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.508;SC=AGACCGGCGACGTCCGCCCTC;SOR=0.956;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=337;TCF=81;TCR=256;TR=115;WE=33965719;WS=33965671;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:178,124:0.41:302
chr16	33965696	.	C	T	690.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.120;ClippingRankSum=0.000;DP=259;ExcessHet=3.0103;FS=3.196;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.69;ReadPosRankSum=-1.699;SOR=0.980;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:206,51:0.20:257
chr16	33965708	.	G	A	3137.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.627;ClippingRankSum=0.000;DP=205;ExcessHet=3.0103;FS=4.060;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.38;ReadPosRankSum=0.099;SOR=1.075;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:126,78:0.38:204
chr16	33965711	rs76711006	G	A	5775.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.130;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.477;HP=2;HapScore=1;MGOF=173;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=137;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.686;SC=CTCTGCCGCCGTGCCCGCCCC;SOR=0.955;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=220;TCF=46;TCR=174;TR=169;WE=33965719;WS=33965671;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,141:0.73:193
chr16	33965727	.	C	T	2204.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.050;ClippingRankSum=0.000;DP=151;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.70;ReadPosRankSum=0.046;SOR=0.641;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:91,59:0.39:150
chr16	33965731	.	C	T	2225.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.511;ClippingRankSum=0.000;DP=142;ExcessHet=3.0103;FS=2.823;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.79;ReadPosRankSum=-0.418;SOR=0.432;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:84,57:0.40:141
chr16	33965735	.	C	T	2067.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.942;ClippingRankSum=0.000;DP=135;ExcessHet=3.0103;FS=2.963;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.43;ReadPosRankSum=-0.173;SOR=0.411;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:81,53:0.40:134
chr16	33965741	rs111610856	C	T	2427.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.662;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.82;ReadPosRankSum=-1.983;SOR=0.684;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:60,69:0.53:129
chr16	33965754	rs111429621	C	G	66.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.771;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.62;ReadPosRankSum=1.240;SOR=0.551;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:97,10:0.09:107
chr16	34318731	rs6563853	T	G	8327.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=306;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=65;NR=148;PP=2965;SC=CATGCACATGTAGGAATGGGA;SOR=1.448;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=215;TCF=65;TCR=150;TR=213;WE=34318739;WS=34318721;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,298:1.00:298
chr16	34681938	rs237988	C	T	3123.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=39;NR=45;PP=1711;SC=ATGAGTTCTTCCATGTTTAGA;SOR=0.802;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=84;TCF=39;TCR=45;TR=84;WE=34681946;WS=34681928;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr16	34682019	rs237989	G	A	2898.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=28;NR=38;PP=1317;SC=AGTATGAGTGGTTTCATGGTT;SOR=0.896;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=66;TCF=28;TCR=38;TR=66;WE=34682027;WS=34682009;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr16	46565019	rs1436436	T	G	3323.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=40;NR=52;PP=1793;SC=GTCGTACCTTTTTACAGGATT;SOR=0.882;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=92;TCF=40;TCR=52;TR=92;WE=46565027;WS=46565009;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr16	46602819	rs12934443	C	T	15488.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.545;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=593;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=187;NR=190;PP=2965;ReadPosRankSum=0.100;SC=AGCCAGAGCTCCTCCTCATGG;SOR=0.446;SbPval=0.53;Source=Platypus;TCF=189;TR=377;WE=46602827;WS=46602809;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:5,578:0.99:583
chr16	46637746	rs4967259	T	C	1419.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=24;NR=18;PP=761;SC=CTACTGCTGATGAAAGGCAGG;SOR=0.892;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=42;TCF=24;TCR=18;TR=42;WE=46637754;WS=46637736;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr16	46642114	rs147085903	GGT	G	133.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-1.862;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.549;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=1.924;NF=2;NR=3;PP=93;ReadPosRankSum=-1.726;SC=AGTGAGTGTGGGTGTGTGTGT;SOR=0.301;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=26;TCF=14;TCR=12;TR=5;WE=46642125;WS=46642104;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,10:0.22:45
chr16	46642456	rs8052092	A	G	523.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=14;PP=399;SC=CACACAACATAGAGACCTTTT;SOR=1.863;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=19;TCF=4;TCR=15;TR=18;WE=46642464;WS=46642446;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr16	46651417	rs34949348	TA	T	1135.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=15;NR=5;PP=837;SC=ACATGGCAATTAGATGTGAAA;SOR=2.226;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=22;TCF=15;TCR=7;TR=20;WE=46651425;WS=46651407;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr16	46655210	rs6598679	A	G	9688.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=381;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=131;NR=103;PP=2965;SC=CGCCCAGCCCATGCGCTCCGG;SOR=0.853;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=234;TCF=131;TCR=103;TR=234;WE=46655218;WS=46655200;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,376:1.00:376
chr16	46696284	rs168745	G	A	7085.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=271;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=82;NR=104;PP=2965;SC=TCAGAGGTTCGTGATTCTCTT;SOR=0.837;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=186;TCF=82;TCR=104;TR=186;WE=46696292;WS=46696274;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,266:1.00:266
chr16	46697098	rs2304492	A	G	2268.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=15;NR=45;PP=1417;SC=AAACATTTTAAGTTACCTTAA;SOR=1.730;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=60;TCF=15;TCR=45;TR=60;WE=46697106;WS=46697088;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr16	46705502	rs36310	T	C	1608.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=32;NR=16;PP=1030;SC=TTTAATTCAGTTGCAATTCCT;SOR=1.453;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=48;TCF=32;TCR=16;TR=48;WE=46705510;WS=46705492;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr16	46714529	rs700582	A	G	2833.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=59;NR=13;PP=1895;SC=ACACTTTTATACATTCTACAA;SOR=2.303;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=72;TCF=59;TCR=13;TR=72;WE=46714537;WS=46714519;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr16	46715191	rs700581	G	A	1838.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=36;NR=18;PP=1044;SC=TTGTTAAGAAGTTACCCTTAA;SOR=1.385;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=54;TCF=36;TCR=18;TR=54;WE=46715199;WS=46715181;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr16	46723598	rs33994299	T	C	10905.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=412;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.99;SOR=0.713;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,404:1.00:404
chr16	46743355	rs11420228	G	GA	840.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.336;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=4.136;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.93;ReadPosRankSum=0.105;SOR=1.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,53:0.82:65
chr16	46743675	rs4141491	G	A	5013.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=30;NR=90;PP=2907;SC=CTGAGTCAGTGGAACAGATTA;SOR=1.692;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=122;TCF=32;TCR=90;TR=120;WE=46743683;WS=46743665;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,175:1.00:175
chr16	46755213	rs194055	C	G	2318.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=18;NR=56;PP=1597;SC=ACATGAATGGCTCAGGGCAGC;SOR=2.162;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=74;TCF=18;TCR=56;TR=74;WE=46755221;WS=46755203;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr16	46764482	rs36460	A	C	3148.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=60;NR=28;PP=1915;SC=TAAGCCCCCCAACCAAGGCAG;SOR=1.302;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=88;TCF=60;TCR=28;TR=88;WE=46764490;WS=46764472;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr16	46773752	rs28185	G	T	424.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=13;NR=3;PP=307;SC=CAACCCCGAGGTGTTCAAGGG;SOR=2.584;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=16;TCF=13;TCR=3;TR=16;WE=46773760;WS=46773751;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr16	46773999	rs28407821	C	A	3783.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=49;NR=58;PP=1929;SC=TCAGACTGCACCCCACTGGTG;SOR=0.823;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=107;TCF=49;TCR=58;TR=107;WE=46774007;WS=46773989;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,145:1.00:145
chr16	46858579	rs71134504	C	CT	89.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=14.97;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr16	47001626	rs2034598	G	A	2865.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-1.204;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=345;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.972;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=53;PP=1339;ReadPosRankSum=-1.135;SC=ATGACACACAGAAATTGTGCT;SOR=0.554;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=200;TCF=71;TCR=129;TR=85;WE=47001634;WS=47001616;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:190,146:0.43:336
chr16	47005573	.	T	TAAAAA	72.37	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.98;QD=24.12;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr16	47177664	.	G	C	161.41	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-1.221;ClippingRankSum=-0.000;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5081;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=3;PP=65;ReadPosRankSum=-0.140;SC=CCTGAGGAGAGCTCAGGTCCT;SOR=0.223;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=7;TCF=3;TCR=4;TR=6;WE=47177672;WS=47177654;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,8:0.89:9
chr16	47399670	rs76973321	CT	C	491.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.472;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=0.985;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.45;ReadPosRankSum=-0.975;SOR=0.853;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,41:0.62:66
chr16	48122582	rs7193955	G	A	5505.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.042;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=77;PP=2606;ReadPosRankSum=1.264;SC=ATCTCCCCACGGCTGGGCCAG;SOR=0.571;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=146;TCF=63;TCR=83;TR=138;WE=48122590;WS=48122572;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:5,215:0.98:220
chr16	48164777	rs12149826	T	C	2230.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.716;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=248;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.010;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=42;PP=997;ReadPosRankSum=-0.128;SC=AAAACTTCATTACATTAAACA;SOR=0.786;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=157;TCF=56;TCR=101;TR=62;WE=48164785;WS=48164767;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:132,109:0.45:241
chr16	48226479	rs12443685	C	T	2754.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.069;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=295;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=35;PP=1184;ReadPosRankSum=1.593;SC=TCCTCGTGACCTTGGTGAAAA;SOR=0.687;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=187;TCF=109;TCR=78;TR=84;WE=48226487;WS=48226469;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:153,137:0.47:290
chr16	48381641	rs147541309	C	T	317.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=3.633;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=13;PP=221;ReadPosRankSum=-0.975;SC=AGCCTGCACCCGGCCAGGCAG;SOR=1.051;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=32;TCF=1;TCR=31;TR=13;WE=48381649;WS=48381631;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,15:0.38:39
chr16	48390512	rs8053839	G	T	377.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=1.570;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.172;HP=7;HapScore=3;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=3;PP=354;ReadPosRankSum=-0.126;SC=TTTTTTGTTTGTTTTACAAAC;SOR=2.187;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=36;TCF=28;TCR=8;TR=19;WE=48390520;WS=48390498;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,16:0.41:39
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chr16	49314837	rs61735589	T	G	1879.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.278;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.270;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=18;PP=979;ReadPosRankSum=-1.507;SC=GGCTGACCTGTATGGTTTGTC;SOR=0.843;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=121;TCF=81;TCR=40;TR=61;WE=49314845;WS=49314827;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,87:0.53:164
chr16	49412531	rs27813	A	G	2641.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.590;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=285;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.588;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=40;PP=1196;ReadPosRankSum=-1.122;SC=GGCCCCGGCCACCAGAATCCT;SOR=0.781;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=178;TCF=94;TCR=84;TR=90;WE=49412539;WS=49412512;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:145,136:0.48:281
chr16	49430229	rs27795	C	T	406.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-0.073;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=4;PP=168;ReadPosRankSum=0.418;SC=AGAACAGGTACGGTTTGAAGT;SOR=0.495;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=21;TCF=16;TCR=5;TR=14;WE=49430237;WS=49430219;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,17:0.71:24
chr16	49660026	rs16947716	A	G	2169.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=2.033;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=23;PP=1256;ReadPosRankSum=0.495;SC=TGGAACCGCAAATTTAAAACC;SOR=0.743;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=136;TCF=94;TCR=42;TR=76;WE=49660034;WS=49660016;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,93:0.58:160
chr16	49660233	rs45575238	C	T	1999.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-2.040;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.782;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=44;PP=1102;ReadPosRankSum=0.994;SC=AGCAAAAGTTCCTAGGGGGCC;SOR=0.504;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=125;TCF=41;TCR=84;TR=70;WE=49660241;WS=49660223;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,92:0.54:169
chr16	49669726	rs147898137	C	T	5847.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.946;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=555;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.096;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=97;NR=97;PP=2794;ReadPosRankSum=-0.872;SC=GGCCGGTCGGCGGGCTCGGGC;SOR=0.599;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=378;TCF=182;TCR=196;TR=194;WE=49669734;WS=49669716;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:264,283:0.52:547
chr16	49670390	rs3803667	A	G	7846.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.544;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=748;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.733;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=124;NR=141;PP=2962;ReadPosRankSum=0.815;SC=AGGCCGCCCCACAGATGTCAC;SOR=0.593;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=495;TCF=223;TCR=272;TR=265;WE=49670398;WS=49670380;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:356,378:0.51:734
chr16	49672520	rs3803665	A	G	8879.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.976;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=340;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=114;NR=101;PP=2965;ReadPosRankSum=1.426;SC=TGTGCCGGTCACGGCTCCTCT;SOR=0.768;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=217;TCF=115;TCR=102;TR=215;WE=49672528;WS=49672510;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,330:0.99:332
chr16	50059279	rs9934704	C	A	429.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.484;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=1.038;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.67;ReadPosRankSum=0.329;SOR=0.766;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,24:0.43:56
chr16	50059314	rs9924833	A	G	358.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.67;BaseQRankSum=0.362;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=5;PP=127;ReadPosRankSum=2.937;SC=GCTCCGGAGGAGCCGGCGTCG;SOR=0.631;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=20;TCF=10;TCR=10;TR=10;WE=50059322;WS=50059304;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,20:0.41:49
chr16	50059500	rs7194313	C	T	1838.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.079;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.910;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=24;PP=929;ReadPosRankSum=0.663;SC=TTTCTTTTCACTGGCAGACAC;SOR=0.872;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=122;TCF=73;TCR=49;TR=64;WE=50059508;WS=50059490;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,89:0.52:172
chr16	50060203	rs17213264	A	G	496.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=0.304;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.175;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=6;PP=274;ReadPosRankSum=0.290;SC=GACCTGAAGCAGTTAAGAGTA;SOR=1.352;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=35;TCF=22;TCR=13;TR=19;WE=50060211;WS=50060193;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,25:0.53:47
chr16	50067905	rs9302745	G	A	278.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=1.525;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.006;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=6;PP=200;ReadPosRankSum=0.172;SC=CTTGTGATCCGACCGCCTCGG;SOR=0.294;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=43;TCF=31;TCR=12;TR=16;WE=50067913;WS=50067895;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,15:0.34:44
chr16	50069312	rs2041918	C	G	1516.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.282;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.198;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=22;PP=832;ReadPosRankSum=1.472;SC=AAAATTCTGTCTTTTCATTTT;SOR=1.011;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=101;TCF=54;TCR=47;TR=55;WE=50069320;WS=50069302;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,75:0.50:150
chr16	50100253	rs4389139	T	A	5879.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=1.283;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=732;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.524;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=90;NR=67;PP=2464;ReadPosRankSum=-2.618;SC=GCGCGCCTTCTGACCCTTTTC;SOR=0.718;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=385;TCF=213;TCR=172;TR=157;WE=50100261;WS=50100243;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:429,302:0.41:731
chr16	50100274	rs6500280	G	C	9717.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-1.163;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=780;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.769;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=119;NR=125;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.855;SC=GCTCTCATCCGCAGCTCCAGC;SOR=0.620;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=415;TCF=214;TCR=201;TR=244;WE=50100282;WS=50100264;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:316,459:0.59:775
chr16	50102618	rs60730387	G	GAAAT	6508.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=55;NR=29;PP=2918;SC=GCTAAAAATAGAAATGTGAGA;SOR=2.406;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=107;TCF=65;TCR=42;TR=84;WE=50102626;WS=50102608;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,140:1.00:140
chr16	50106594	rs2287197	T	C	1402.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.018;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FS=0.621;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.16;ReadPosRankSum=0.380;SOR=0.638;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:68,70:0.51:138
chr16	50109478	rs12931497	G	A	1960.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=2.360;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=246;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=20;PP=917;ReadPosRankSum=-1.628;SC=TTTTTGCCTCGTAGCATATTG;SOR=0.767;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=140;TCF=88;TCR=52;TR=57;WE=50109486;WS=50109468;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:141,102:0.42:243
chr16	50112971	rs66756058	GT	G	327.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=11;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=0;NR=14;PP=273;SC=TAATACAGCTGTTTTTTTTTT;SOR=3.383;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=0;TCR=18;TR=14;WE=50112979;WS=50112961;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr16	50117828	rs5816672	CT	C	1222.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.185;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FS=1.315;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.11;MQRankSum=1.349;QD=6.37;ReadPosRankSum=3.052;SOR=0.815;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:85,107:0.56:192
chr16	50118245	rs877639	G	A	1780.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.274;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=41;PP=997;ReadPosRankSum=-0.518;SC=GCATGGGAAAGGCTTAAGCAA;SOR=0.634;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=96;TCF=28;TCR=68;TR=58;WE=50118253;WS=50118235;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,79:0.62:127
chr16	50120122	rs2287196	C	T	283.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.841;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=0;PP=121;ReadPosRankSum=-0.043;SC=CACTTCCTTTCCAGAATGAAC;SOR=0.446;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=14;TCR=0;TR=7;WE=50120130;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,13:0.52:25
chr16	50128872	rs10852606	T	C	47.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=15.76;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr16	50251590	rs3887556	G	A	504.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.145;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.975;HP=3;HapScore=2;MGOF=29;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-1.271;NF=5;NR=6;PP=102;ReadPosRankSum=-0.028;SC=AGAATTTAGCGTTTATACAAC;SOR=0.745;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=39;TCF=18;TCR=21;TR=11;WE=50251598;WS=50251580;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,28:0.45:62
chr16	50251671	rs10530119	G	GTCTCTCTCTC,GTCTCTCTCTCTCTCTCTC	399.06	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.660;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=7.404;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=2,2;NR=8,8;PP=119,1456;ReadPosRankSum=0.230;SC=GCATGTTGCTGTCTCTCTCTC;SOR=1.155;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=17;TCF=3;TCR=14;TR=10,10;WE=50251679;WS=50251661;set=Intersection	GT:AF:DP	0/1:0.86:14
chr16	50261735	rs4624170	C	T	8657.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=339;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=125;NR=77;PP=2965;SC=TTATAACTCACGTGACTTGTG;SOR=1.002;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=202;TCF=125;TCR=77;TR=202;WE=50261743;WS=50261725;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,331:1.00:331
chr16	50323211	rs13332825	T	C	3074.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=42;NR=29;PP=1204;SC=CCTCCCAAAGTGTTGGGATTA;SOR=0.936;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=71;TCF=42;TCR=29;TR=71;WE=50323219;WS=50323201;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr16	50326661	rs8051594	A	G	13352.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=521;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=134;NR=171;PP=2965;SC=TGCAGGATGCATCCCGGGACC;SOR=0.865;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=305;TCF=134;TCR=171;TR=305;WE=50326669;WS=50326651;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,515:1.00:515
chr16	50327456	rs2302713	C	T	3471.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=27;NR=67;PP=2009;SC=GGGGACTGGGCCCACCGTTCC;SOR=1.688;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=94;TCF=27;TCR=67;TR=94;WE=50327464;WS=50327446;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr16	50328421	rs2302716	T	C	1195.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=32;NR=7;PP=938;SC=CTATGGAGGCTGAGGAAGGAC;SOR=2.891;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=39;TCF=32;TCR=7;TR=39;WE=50328429;WS=50328411;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr16	50328483	rs8061123	G	C	3104.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=63;NR=31;PP=1965;SC=AGACAGTCCTGCGTGCTCCTG;SOR=1.445;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=95;TCF=63;TCR=32;TR=94;WE=50328491;WS=50328473;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr16	50342847	rs2302681	C	G	2284.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=14;NR=42;PP=1194;SC=CCCCTTTGTACACTCAGGGCT;SOR=1.725;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=56;TCF=14;TCR=42;TR=56;WE=50342855;WS=50342837;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr16	50345710	.	GCCC	G	1052.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.247;ClippingRankSum=0.000;DP=73;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=28.45;ReadPosRankSum=0.129;SOR=1.302;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,35:0.95:37
chr16	50345778	rs2302679	T	C	491.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=31;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=11;NR=46;PP=1013;SC=TGGGGTGGGGTGGGCTCAGGT;SOR=1.230;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=62;TCF=12;TCR=50;TR=57;WE=50345786;WS=50345768;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr16	50346748	rs3214383	T	TCC	1779.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=31;NR=4;PP=1601;SC=TTGCCACTCTTCCTGTCCCCT;SOR=2.891;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=38;TCF=33;TCR=5;TR=35;WE=50346756;WS=50346738;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr16	50348409	rs9926131	A	T	1560.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=2.038;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=5.185;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=41;PP=1106;ReadPosRankSum=1.032;SC=GCCATCTATTATGAAAGGTTT;SOR=3.300;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=48;TCF=6;TCR=42;TR=46;WE=50348417;WS=50348399;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,53:0.96:55
chr16	50359901	rs8046783	G	A	873.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=6;NR=20;PP=519;SC=TACTTCATTGGCTGGTTTGCA;SOR=2.165;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=6;TCR=20;TR=26;WE=50359909;WS=50359891;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr16	50367633	rs56370009	T	TA	296.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5958;FS=0.000;HP=10;HapScore=3;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;NF=3;NR=5;PP=102;SC=TAATACTAAGTAAAAAAAAAA;SOR=1.022;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=9;TCF=3;TCR=6;TR=8;WE=50367641;WS=50367623;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr16	50368863	rs143461189	GCATTTTTTTCCCCA	G	1181.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=11;PP=2957;SC=TTAAAGTAATGCATTTTTTTC;SOR=2.387;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=13;TCF=1;TCR=12;TR=12;WE=50368884;WS=50368853;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr16	50642201	rs933566	G	C	12601.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.987;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=478;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=138;NR=155;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.871;SC=CTGTCTTCTTGTAGGAGCTCG;SOR=0.763;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=300;TCF=142;TCR=158;TR=293;WE=50642209;WS=50642191;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,472:0.99:476
chr16	51098427	rs1528601	G	C	485.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=0.356;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.018;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=11;PP=335;ReadPosRankSum=1.890;SC=GAATGTTTATGTTATGGTGTT;SOR=0.465;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=37;TCF=20;TCR=17;TR=20;WE=51098435;WS=51098417;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,23:0.47:49
chr16	51098557	rs74876208	T	C	871.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.054;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.834;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=14;PP=430;ReadPosRankSum=-0.420;SC=AAGAAAGGCATTATTACTTGC;SOR=0.745;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=52;TCF=27;TCR=25;TR=29;WE=51098565;WS=51098547;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,42:0.52:81
chr16	51098662	.	AAC	A	46	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;FR=0.5000;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MMLQ=28;MQ=60.0;NF=0;NR=2;PP=46;QD=26.0;SC=TAGCAGGTAAAACACACACAC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=2;TCR=13;TR=2;WE=51098671;WS=51098652;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:13,2:0.13:15
chr16	51171175	rs4614723	C	T	9501.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=366;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=92;NR=141;PP=2965;SC=AGCCCACTAACAGGTGAGCTG;SOR=0.989;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=233;TCF=92;TCR=141;TR=233;WE=51171183;WS=51171165;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,359:1.00:359
chr16	51173559	rs1965024	G	A	12873.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.997;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=476;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=140;NR=173;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.993;SC=TCGACATCTCGAGGGGCAAAG;SOR=0.839;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=317;TCF=140;TCR=177;TR=313;WE=51173567;WS=51173549;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,466:1.00:468
chr16	51177113	rs4399530	A	C	1134.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=33;NR=1;PP=932;SC=TGTCCTGAACATTTTATTATA;SOR=4.921;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=35;TCF=34;TCR=1;TR=34;WE=51177121;WS=51177103;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr16	51177327	rs34204387	G	GAA,GAAA	5973.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.143;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=290;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.26;MQRankSum=0.434;QD=26.43;ReadPosRankSum=-0.649;SOR=0.471;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:7,143,76:0.63,0.34:226
chr16	52085593	rs1582317	A	G	2320.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.285;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.525;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=25;PP=1390;ReadPosRankSum=1.119;SC=TATGGGGAGAAAATTAATATC;SOR=0.762;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=173;TCF=120;TCR=53;TR=84;WE=52085601;WS=52085583;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:111,107:0.49:218
chr16	52107849	rs33338	C	A	4545.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=43;NR=79;PP=2290;SC=TGAGGCTTGACTGCAAGGATT;SOR=1.185;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=122;TCF=43;TCR=79;TR=122;WE=52107857;WS=52107839;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,171:1.00:171
chr16	52473263	rs9925256	A	G	2174.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.398;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=46;PP=1085;ReadPosRankSum=0.835;SC=GAGAGGCGACAGGGGAGTGCT;SOR=0.686;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=143;TCF=51;TCR=92;TR=70;WE=52473271;WS=52473253;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:105,102:0.49:207
chr16	52502318	rs2287144	A	G	2435.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-2.246;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=266;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.534;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=40;PP=1276;ReadPosRankSum=0.404;SC=CTTGTGCCACATAAGAGAGAG;SOR=0.504;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=199;TCF=127;TCR=72;TR=101;WE=52502326;WS=52502308;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:131,127:0.49:258
chr16	52502571	rs9928698	A	C	698.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=1.768;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.129;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=22;PP=472;ReadPosRankSum=1.512;SC=TGGTGTTGCTAAATAAAAGAG;SOR=0.456;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=65;TCF=10;TCR=55;TR=26;WE=52502579;WS=52502561;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,31:0.41:75
chr16	52580500	rs3095602	G	A	1345.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.603;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FS=2.284;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.85;ReadPosRankSum=0.937;SOR=0.505;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:58,66:0.53:124
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chr16	53037529	rs6499205	T	C	198.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=0.815;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=5;PP=87;ReadPosRankSum=0.382;SC=TGGTGAGATGTAGTTTCATGG;SOR=0.368;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=11;TCF=1;TCR=10;TR=6;WE=53037537;WS=53037519;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,9:0.53:17
chr16	53319390	rs112281896	T	TAATGA	502.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=11;NR=0;PP=604;SC=GATTAAAAAATAATGAAATCC;SOR=4.977;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=12;TCR=0;TR=11;WE=53319398;WS=53319380;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr16	53338409	rs56028815	GTTC	G	8005.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.695;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=448;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.523;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=2.641;NF=16;NR=81;PP=2970;ReadPosRankSum=0.332;SC=TCAGGCTCTAGTTCTTCTTCA;SOR=0.748;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=189;TCF=30;TCR=159;TR=97;WE=53338419;WS=53338399;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:206,210:0.50:416
chr16	53341748	rs6499548	T	G	2962.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.363;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=316;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=46;PP=1581;ReadPosRankSum=-0.145;SC=AATACAGCGATCCCAGTGTAC;SOR=0.675;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=214;TCF=116;TCR=98;TR=97;WE=53341756;WS=53341738;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:164,141:0.46:305
chr16	53404203	rs10775327	C	A	3747.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=29;NR=86;PP=2542;SC=GGAACTTTTACCTGACTAAAA;SOR=2.017;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=115;TCF=29;TCR=86;TR=115;WE=53404211;WS=53404193;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,133:1.00:133
chr16	53476804	rs17800577	G	A	6375.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=248;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=62;NR=99;PP=2873;SC=AGGAATACACGTTAGTCTGTG;SOR=0.998;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=163;TCF=63;TCR=100;TR=161;WE=53476812;WS=53476794;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,245:1.00:245
chr16	53481010	rs17800727	A	G	1111.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.316;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FS=1.707;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.83;ReadPosRankSum=2.511;SOR=0.525;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,58:0.62:94
chr16	53487218	rs9941254	C	T	908.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=28;NR=0;PP=720;SC=AAATTCTTAGCGTTGAAATAG;SOR=6.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=28;TCF=28;TCR=0;TR=28;WE=53487226;WS=53487214;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr16	53493346	rs66521736	AT	A	160.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.276;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.65;ReadPosRankSum=0.715;SOR=0.521;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,15:0.34:44
chr16	53496439	rs55875935	GT	G	137.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.911;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.24;MQRankSum=1.415;QD=3.44;ReadPosRankSum=0.341;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,14:0.35:40
chr16	53496598	rs7204496	G	A	2360.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=27;NR=30;PP=926;SC=ATTGATCAGCGCAATGAAACA;SOR=0.780;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=58;TCF=27;TCR=31;TR=57;WE=53496606;WS=53496588;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr16	53499599	rs1072910	A	G	761.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=23;PP=600;SC=GAGGGTGGCAATTAGGTTTAA;SOR=5.058;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=24;TCF=1;TCR=23;TR=24;WE=53499607;WS=53499589;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr16	53503934	rs1131220	G	A	24618.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=731;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=34.58;SOR=0.739;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,712:1.00:712
chr16	53503934	.	GCCTGGGCGC	ACCTGGGCGC,ACCTGGGCGG	2962	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.52;FR=0.5000,0.5000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MMLQ=28;MQ=59.99;NF=226,90;NR=238,100;PP=2962,2944;QD=20;SC=ATGGAGGGACGCCTGGGCGCA;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=465;TCF=227;TCR=238;TR=464,190;WE=53503951;WS=53503924;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:1.00:465
chr16	53503943	rs11540358	C	G	6497.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.909;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=716;ExcessHet=3.0103;FS=0.523;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.34;ReadPosRankSum=0.060;SOR=0.637;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:382,314:0.45:696
chr16	53504721	rs10748	T	C	10857.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=410;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=102;NR=144;PP=2965;SC=TTCAGATGAATTGAGGAAAAA;SOR=0.932;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=246;TCF=102;TCR=144;TR=246;WE=53504729;WS=53504711;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,408:1.00:408
chr16	53513033	rs8043918	C	T	9005.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-2.181;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=352;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=123;NR=102;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.879;SC=TGGTAGTTGCCATGTCTCTCA;SOR=0.276;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=227;TCF=125;TCR=102;TR=225;WE=53513041;WS=53513023;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,349:1.00:350
chr16	53513055	rs8049033	T	C	9320.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.603;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=362;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=109;NR=110;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.370;SC=AGCACTCTTATTGTTTGCCAG;SOR=0.375;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=222;TCF=111;TCR=111;TR=219;WE=53513063;WS=53513045;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,357:0.99:360
chr16	53524308	rs3929	G	C	4150.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=24;NR=88;PP=2786;SC=TCCAGCTGATGAGTTACAGCC;SOR=2.186;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=112;TCF=24;TCR=88;TR=112;WE=53524316;WS=53524298;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,139:1.00:139
chr16	53526551	rs9931702	C	T	1891.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.116;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.153;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=33;PP=784;ReadPosRankSum=1.184;SC=CAAATGAAGACATTTTAGAAA;SOR=0.580;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=123;TCF=53;TCR=70;TR=61;WE=53526559;WS=53526541;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,95:0.52:183
chr16	53534095	rs17193678	T	A	1167.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.132;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.299;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=21;PP=476;ReadPosRankSum=-1.337;SC=CAGAAGCAAATGGGTTTTCTT;SOR=0.573;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=101;TCF=38;TCR=63;TR=35;WE=53534103;WS=53534085;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:94,62:0.40:156
chr16	53644739	rs183924092	G	A	2575.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.466;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=241;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.223;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=38;PP=1359;ReadPosRankSum=1.590;SC=CAGAGATCCCGTACTCATTCG;SOR=0.563;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=184;TCF=116;TCR=68;TR=99;WE=53644747;WS=53644729;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:115,125:0.52:240
chr16	53656275	rs113083177	CA	C	163.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.820;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=1.471;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.96;ReadPosRankSum=1.907;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,17:0.52:33
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chr16	53843848	rs75582195	G	A	71.80	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-1.282;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=0.5032;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=2;PP=34;ReadPosRankSum=-0.000;SC=GCGAGACTCTGTCTCTAAAAG;SOR=0.223;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=5;TCF=3;TCR=2;TR=4;WE=53843856;WS=53843847;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,4:0.80:5
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chr16	54273780	rs17253625	C	T	2859.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.665;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=270;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.447;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=38;PP=1297;ReadPosRankSum=-0.676;SC=CAAGCAAGAGCGGGCGGAATG;SOR=0.652;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=178;TCF=104;TCR=74;TR=91;WE=54273788;WS=54273770;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:131,137:0.51:268
chr16	54274354	rs16953243	A	C	722.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=2.478;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.844;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=5;PP=353;ReadPosRankSum=-0.159;SC=CACAGCCTGGAAAAAGCAGAG;SOR=0.839;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=64;TCF=46;TCR=18;TR=21;WE=54274362;WS=54274344;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,35:0.37:95
chr16	54274562	rs17253832	T	C	1905.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.163;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=41;PP=1016;ReadPosRankSum=0.132;SC=AAAGTATCACTAAGAGCAAGG;SOR=0.675;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=145;TCF=52;TCR=93;TR=65;WE=54274570;WS=54274552;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:123,95:0.44:218
chr16	54274615	rs55970991	G	T	937.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-4.005;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.292;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=27;PP=564;ReadPosRankSum=-0.811;SC=AGGAAAGAAGGATTCATTTCA;SOR=0.245;SbPval=0.25;Source=Platypus;TC=78;TCF=16;TCR=62;TR=37;WE=54274623;WS=54274605;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,46:0.50:92
chr16	54279640	rs72811791	G	T	1107.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=2.184;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=19;PP=589;ReadPosRankSum=1.888;SC=GCACCAGGGCGCTGGGAGTGC;SOR=0.675;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=73;TCF=31;TCR=42;TR=34;WE=54279648;WS=54279630;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,51:0.48:107
chr16	54279687	rs16953255	G	C	1267.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.692;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=0.992;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.92;ReadPosRankSum=-0.313;SOR=0.925;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,33:0.49:67
chr16	54279693	rs72811792	A	G	1234.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.375;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FS=2.069;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.39;ReadPosRankSum=0.694;SOR=0.998;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,33:0.46:71
chr16	54318102	rs8050831	C	T	3076.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=65;NR=24;PP=1901;SC=TGCTCGGCGTCCTCTCCTTTC;SOR=1.791;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=89;TCF=65;TCR=24;TR=89;WE=54318110;WS=54318092;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr16	54318172	rs1126960	C	A	6896.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=262;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=90;NR=64;PP=2950;SC=TGGGCACGGGCTGGAAAGCTG;SOR=0.929;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=154;TCF=90;TCR=64;TR=154;WE=54318180;WS=54318162;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,262:1.00:262
chr16	54318528	rs1450355	A	G	1325.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.00;SOR=1.436;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr16	54319571	rs1868692	A	G	3903.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=39;NR=68;PP=2270;SC=AGGGAGCGCGAGTGAGCCCCA;SOR=1.195;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=107;TCF=39;TCR=68;TR=107;WE=54319579;WS=54319561;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,139:1.00:139
chr16	54319994	rs1868691	G	C	1083.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=20;PP=648;SC=GGAGAGGGGGGCCGACCCCCG;SOR=1.493;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=9;TCR=20;TR=29;WE=54320002;WS=54319984;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr16	55359126	rs31078	A	T	1762.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-2.485;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.293;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=36;PP=754;ReadPosRankSum=-0.512;SC=GCCTCTGATCATCCTCCTCTT;SOR=0.576;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=106;TCF=38;TCR=68;TR=58;WE=55359134;WS=55359116;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,87:0.56:155
chr16	55359141	rs31079	T	C	1672.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.063;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.640;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=33;PP=808;ReadPosRankSum=-0.710;SC=CCTCTTGTGTTCTGGGGGAAG;SOR=0.586;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=94;TCF=31;TCR=63;TR=51;WE=55359149;WS=55359131;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,78:0.55:143
chr16	55360208	rs31081	G	T	878.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-3.866;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=9;HapScore=3;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=1;PP=361;ReadPosRankSum=-0.380;SC=GGTGGGGGGGGGGTCTCTGAC;SOR=0.455;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=84;TCF=63;TCR=21;TR=34;WE=55360216;WS=55360190;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,43:0.61:70
chr16	55361493	rs31082	C	T	887.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.778;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FS=2.972;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.55;ReadPosRankSum=0.068;SOR=0.702;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:107,53:0.33:160
chr16	55362502	rs31085	G	A	104.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-1.089;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=0;PP=73;ReadPosRankSum=0.232;SC=ATTACACTGAGGATGCCCTGA;SOR=1.002;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=23;TCF=21;TCR=2;TR=6;WE=55362510;WS=55362492;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,6:0.26:23
chr16	55362542	rs31086	C	G	543.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=2.193;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.122;HP=4;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=4;PP=311;ReadPosRankSum=-0.768;SC=AAAAGCTTCTCGGGGATGGAC;SOR=1.008;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=46;TCF=35;TCR=11;TR=19;WE=55362550;WS=55362532;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,25:0.41:61
chr16	55363238	rs31087	G	A	2271.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-3.655;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=47;PP=953;ReadPosRankSum=0.384;SC=TGGGCCCCCAGCGGCGCTGGG;SOR=0.726;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=143;TCF=47;TCR=96;TR=68;WE=55363246;WS=55363228;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:95,113:0.54:208
chr16	55513331	rs2287073	G	C	839.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-2.697;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.028;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=8;PP=591;ReadPosRankSum=1.591;SC=CAGGCGGCGAGGCGGCCACAC;SOR=0.543;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=58;TCF=44;TCR=14;TR=32;WE=55513339;WS=55513321;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,36:0.52:69
chr16	55515593	rs1030870	G	A	654.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.632;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.177;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=7;PP=356;ReadPosRankSum=0.500;SC=GTGTTGTCCAGAGGCAATGCA;SOR=0.399;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=57;TCF=41;TCR=16;TR=23;WE=55515601;WS=55515583;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,31:0.44:71
chr16	55515621	rs1030869	T	C	1040.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.671;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.461;HP=3;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=12;PP=493;ReadPosRankSum=-0.349;SC=CTTAAGAAGATAACTCTGGAC;SOR=0.563;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=91;TCF=61;TCR=30;TR=34;WE=55515629;WS=55515611;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,54:0.43:127
chr16	55515695	rs708269	A	T	3317.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.109;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=284;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.444;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=45;PP=1340;ReadPosRankSum=-0.204;SC=TGATGATGTTAGGCAAGTGAC;SOR=0.592;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=162;TCF=86;TCR=76;TR=94;WE=55515703;WS=55515685;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:120,160:0.57:280
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chr16	55516767	rs1030868	G	A	987.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-1.095;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=8;PP=620;ReadPosRankSum=-0.058;SC=GCTTTGGTCAGTACTGTGCCA;SOR=0.790;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=76;TCF=58;TCR=18;TR=37;WE=55516775;WS=55516757;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,43:0.52:83
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chr16	55532458	rs2287076	T	C	753.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-3.737;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.646;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=28;PP=460;ReadPosRankSum=1.424;SC=GTTCAGAGGTTGGTGGGCTCT;SOR=0.384;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=69;TCF=10;TCR=59;TR=34;WE=55532466;WS=55532448;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,37:0.49:75
chr16	55536622	rs243835	C	T	756.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.642;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.922;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=12;PP=423;ReadPosRankSum=3.376;SC=CTGGGTGCTCCCATCCAGGCC;SOR=0.448;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=63;TCF=41;TCR=22;TR=31;WE=55536630;WS=55536612;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,38:0.49:78
chr16	55536687	rs243834	A	G	2169.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.821;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.542;HP=3;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=22;PP=869;ReadPosRankSum=-0.895;SC=CTGTTTCTTTACAGATACAAT;SOR=0.750;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=104;TCF=56;TCR=48;TR=50;WE=55536695;WS=55536677;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,100:0.55:183
chr16	55536727	rs14070	C	T	1830.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.726;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.528;HP=3;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=31;PP=1005;ReadPosRankSum=-1.611;SC=ATCCTGGCTTCCCCAAGCTCA;SOR=0.629;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=111;TCF=52;TCR=59;TR=59;WE=55536735;WS=55536717;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:106,88:0.45:194
chr16	55539191	rs243832	C	G	1511.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.557;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.864;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=15;PP=786;ReadPosRankSum=0.557;SC=TTCCCAGGAACCTTCTGTGTG;SOR=1.044;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=108;TCF=66;TCR=42;TR=47;WE=55539199;WS=55539181;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,71:0.47:152
chr16	55543073	rs17302903	G	C	1744.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.128;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.990;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=14;PP=811;ReadPosRankSum=-0.479;SC=GCTTCGGCCGGGTTCTACGCC;SOR=0.887;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=112;TCF=75;TCR=37;TR=48;WE=55543081;WS=55543063;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,79:0.47:167
chr16	55543322	rs2241147	G	T	1164.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.518;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.688;HP=5;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=28;PP=634;ReadPosRankSum=1.701;SC=GTCAGAGGGGGGTCCAGGTAA;SOR=1.363;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=96;TCF=29;TCR=67;TR=40;WE=55543330;WS=55543312;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,53:0.60:89
chr16	55562257	rs837549	G	A	1506.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=44;NR=2;PP=1286;SC=TTAATTAACAGAGCTAATTAC;SOR=5.464;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=46;TCF=44;TCR=2;TR=46;WE=55562265;WS=55562253;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr16	55562466	rs837550	G	A	6281.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.269;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=582;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=72;NR=102;PP=2689;ReadPosRankSum=-2.113;SC=TACCTTCTATGGTATCTCGAA;SOR=0.668;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=350;TCF=147;TCR=203;TR=174;WE=55562474;WS=55562456;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:266,302:0.53:568
chr16	55579899	rs2397722	G	A	728.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=7;NR=15;PP=442;SC=CAATCTATAAGTATTTTCCCC;SOR=1.302;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=7;TCR=15;TR=22;WE=55579907;WS=55579889;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr16	55583139	rs143728020	CT	C	192.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.594;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=10;HapScore=4;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=1;PP=230;ReadPosRankSum=0.205;SC=AATATGATTACTTTTTTTTTT;SOR=1.127;SbPval=0.95;Source=Platypus;TC=25;TCF=18;TCR=7;TR=10;WE=55583157;WS=55583129;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,14:0.58:24
chr16	55583149	rs2160277	T	A	49.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.258;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.953;HP=9;HapScore=4;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=2;PP=112;ReadPosRankSum=2.331;SC=CTTTTTTTTTTAAAAAAAATG;SOR=1.312;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=30;TCF=24;TCR=6;TR=11;WE=55583157;WS=55583129;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,8:0.26:31
chr16	55583448	rs9934904	A	T	165.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=6;PP=159;SC=GTCAGAGTTGAGAATTTATCT;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=6;WE=55583456;WS=55583438;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr16	55601388	rs1502003	A	G	2964.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.414;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=328;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=56;PP=1352;ReadPosRankSum=-0.901;SC=CTATCAAAGAATGGCTGCAGT;SOR=0.672;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=205;TCF=75;TCR=130;TR=88;WE=55601396;WS=55601378;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:168,144:0.46:312
chr16	55612918	rs4784549	T	A	168.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-0.948;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=7;NR=1;PP=115;ReadPosRankSum=1.927;SC=TTTCTAGCCCTTGCCACAGTA;SOR=1.022;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=14;TCF=12;TCR=2;TR=8;WE=55612926;WS=55612908;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,8:0.57:14
chr16	55617127	rs12934747	C	T	278.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-2.745;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=11;PP=220;ReadPosRankSum=-0.497;SC=ATTTTTAAAACAAAAATGATA;SOR=1.179;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=0;TCR=17;TR=11;WE=55617135;WS=55617117;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,11:0.61:18
chr16	55728081	rs28613651	T	G	2833.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=27;NR=56;PP=1725;SC=TGACTCTTGTTGGGTGGCAGA;SOR=1.390;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=83;TCF=27;TCR=56;TR=83;WE=55728089;WS=55728071;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr16	55731735	rs8047672	G	A	1164.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=34;NR=1;PP=945;SC=GGAGGCTCTAGGAACCCTGGG;SOR=5.784;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=35;TCF=34;TCR=1;TR=35;WE=55731743;WS=55731725;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
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chr16	55739006	rs6499773	T	A	640.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-3.860;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.428;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=1;PP=434;ReadPosRankSum=-2.007;SC=CTTTTGATATTTTTTCAGGTT;SOR=1.651;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=44;TCF=41;TCR=3;TR=23;WE=55739014;WS=55738996;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,26:0.57:46
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chr16	55854412	rs2307229	A	T	437.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.525;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FS=5.492;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.14;MQRankSum=-2.414;QD=2.33;ReadPosRankSum=-0.310;SOR=0.782;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:150,38:0.20:188
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chr16	55854514	rs8192940	G	A	327.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=5.479;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.676;HP=2;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=14;PP=243;ReadPosRankSum=1.244;SC=TCCAGTAGTGGGCTGACCCTC;SOR=1.570;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=59;TCF=6;TCR=53;TR=15;WE=55854522;WS=55854504;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,16:0.25:65
chr16	55862605	rs3848300	G	A	1188.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.440;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=294;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.481;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=21;PP=511;ReadPosRankSum=1.700;SC=GGATCAGCCCGTCAGGGGACT;SOR=0.657;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=183;TCF=112;TCR=71;TR=53;WE=55862613;WS=55862595;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:205,80:0.28:285
chr16	55866894	rs56278207	T	TA	7155.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=1.696;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=454;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-1.499;NF=30;NR=65;PP=2963;ReadPosRankSum=-0.285;SC=GTGCCCCGCATTTTGATTTCA;SOR=0.675;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=179;TCF=49;TCR=130;TR=95;WE=55866902;WS=55866884;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:235,212:0.47:447
chr16	55880323	rs11864688	G	A	760.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.17;SOR=1.863;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr16	55895285	rs12446482	G	T	973.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-5.028;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.410;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=7;PP=570;ReadPosRankSum=0.216;SC=TCCGTTCGAAGGGCAAGCCTG;SOR=0.248;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=71;TCF=61;TCR=10;TR=39;WE=55895293;WS=55895275;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,43:0.54:79
chr16	55897233	rs11076125	G	C	903.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=2.569;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.738;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=12;PP=439;ReadPosRankSum=-0.368;SC=GGAGAGGAAGGTGGCAAGGTG;SOR=0.509;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=54;TCF=22;TCR=32;TR=22;WE=55897241;WS=55897223;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,41:0.47:87
chr16	55897289	rs11076126	C	T	500.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.142;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.134;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=9;PP=236;ReadPosRankSum=-1.458;SC=TCATGGGCCTCCAGGTAAGGG;SOR=0.473;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=36;TCF=14;TCR=22;TR=16;WE=55897297;WS=55897279;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,24:0.51:47
chr16	55899703	rs11076128	T	C	292.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=0.611;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=1;PP=188;ReadPosRankSum=1.389;SC=CTGTCCTGTATGTGAAATGAG;SOR=0.606;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=30;TCF=26;TCR=4;TR=12;WE=55899711;WS=55899698;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,14:0.40:35
chr16	55905636	rs3859108	A	G	6464.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=245;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=70;NR=73;PP=2792;SC=CCTTGAGCATATGTTGATCTA;SOR=0.701;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=143;TCF=70;TCR=73;TR=143;WE=55905644;WS=55905626;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,243:1.00:243
chr16	55907811	rs2397965	C	T	1716.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.241;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=235;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.494;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=39;PP=884;ReadPosRankSum=0.748;SC=GTTCGTAAATCGCAGGGATCC;SOR=0.766;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=153;TCF=68;TCR=85;TR=69;WE=55907819;WS=55907801;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:138,92:0.40:230
chr16	55909163	rs7194945	T	C	2182.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-4.282;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.165;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=56;PP=1026;ReadPosRankSum=-0.511;SC=CTGTGAACATTGACGGCGGCT;SOR=0.591;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=155;TCF=47;TCR=108;TR=82;WE=55909171;WS=55909153;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:91,107:0.54:198
chr16	56226638	rs149880726	G	GCA	416.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.032;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.91;ReadPosRankSum=0.519;SOR=0.476;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,18:0.51:35
chr16	56227965	rs59779556	T	G	996.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.405;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.654;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=12;PP=479;ReadPosRankSum=1.299;SC=AAATCTTGGATGTGTAACAGG;SOR=0.484;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=73;TCF=49;TCR=24;TR=33;WE=56227973;WS=56227955;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,48:0.46:104
chr16	56228066	rs1190761	A	G	5777.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=224;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=78;NR=66;PP=2642;SC=TCTTATTTTTATTCGAGAGCT;SOR=0.778;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=144;TCF=78;TCR=66;TR=144;WE=56228074;WS=56228056;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,219:1.00:219
chr16	56362725	rs2241952	T	C	3498.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-4.068;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=341;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.345;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=76;PP=1523;ReadPosRankSum=0.524;SC=AGCGGGCGCATGGCCTGGAGC;SOR=0.494;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=263;TCF=99;TCR=164;TR=129;WE=56362733;WS=56362715;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:157,175:0.53:332
chr16	56368689	rs1065375	C	T	5554.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.435;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=565;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=78;NR=79;PP=2339;ReadPosRankSum=1.982;SC=ACCAGCCCACCGAGCAGGACA;SOR=0.672;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=318;TCF=158;TCR=160;TR=157;WE=56368697;WS=56368679;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:277,274:0.50:551
chr16	56396486	rs4924	C	T	4423.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.135;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=492;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=79;NR=80;PP=2242;ReadPosRankSum=-0.523;SC=GTGGGACGTACGCATGAGGCA;SOR=0.687;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=346;TCF=173;TCR=173;TR=159;WE=56396494;WS=56396476;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:262,219:0.46:481
chr16	56401294	rs2241957	T	C	493.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.431;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=3;PP=285;ReadPosRankSum=1.413;SC=AAGACCACTGTCGGGACCACA;SOR=0.826;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=24;TCF=20;TCR=4;TR=16;WE=56401302;WS=56401284;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,20:0.67:30
chr16	56403323	rs12922835	G	C	1329.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.228;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.685;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=31;PP=640;ReadPosRankSum=0.856;SC=GCAGGCTTTGGGCAGTGAATG;SOR=0.828;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=86;TCF=30;TCR=56;TR=47;WE=56403331;WS=56403313;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,65:0.52:125
chr16	56436824	rs2440472	A	G	2807.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.093;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=298;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.936;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=69;NR=30;PP=1489;ReadPosRankSum=0.459;SC=ACATTCTGACATACTCTGGGA;SOR=0.772;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=194;TCF=133;TCR=61;TR=99;WE=56436832;WS=56436814;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:145,141:0.49:286
chr16	56438656	rs12931750	C	T	284.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-1.402;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=1;PP=115;ReadPosRankSum=1.148;SC=CTGCCTTACACCCAGTGGCAA;SOR=0.646;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=15;TCF=13;TCR=2;TR=8;WE=56438664;WS=56438646;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,11:0.61:18
chr16	56441862	rs2920704	A	G	3160.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.325;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=287;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=43;PP=1557;ReadPosRankSum=0.080;SC=CAAGTCCTGCATCCAGTATCT;SOR=0.717;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=183;TCF=108;TCR=75;TR=104;WE=56441870;WS=56441852;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:129,151:0.54:280
chr16	56442066	rs4238787	C	T	785.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-1.559;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.964;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=24;PP=456;ReadPosRankSum=0.307;SC=CATTCTTCTTCATGGAAGTGT;SOR=0.954;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=71;TCF=15;TCR=56;TR=29;WE=56442074;WS=56442056;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,38:0.42:90
chr16	56443521	rs376778065	T	C	829.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-4.030;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.155;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=24;PP=389;ReadPosRankSum=0.942;SC=AAAATGTTTATGAAGGTGAGT;SOR=0.438;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=58;TCF=13;TCR=45;TR=32;WE=56443529;WS=56443511;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,42:0.56:75
chr16	56459332	.	T	TCGCTGCCGCTGC	513.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.69;BaseQRankSum=1.295;ClippingRankSum=0.000;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.910;NF=0;NR=1;PP=27;ReadPosRankSum=-0.398;SC=GGCTCTGGCGTCGCTGCCGCT;SOR=0.836;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=1;TCR=9;TR=1;WE=56459340;WS=56459322;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,13:0.76:17
chr16	56468561	rs8056687	C	T	419.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-1.951;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.577;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=7;PP=195;ReadPosRankSum=1.135;SC=AGTTTTACAACAAACCCAAAA;SOR=0.330;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=31;TCF=18;TCR=13;TR=14;WE=56468569;WS=56468551;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,22:0.48:46
chr16	56501806	rs2288055	C	T	1020.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.63;BaseQRankSum=1.539;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=15;PP=429;ReadPosRankSum=-0.225;SC=CATCTGCTGCCTCTTCGTAAG;SOR=0.700;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=54;TCF=26;TCR=28;TR=27;WE=56501814;WS=56501796;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,49:0.45:108
chr16	56535193	rs375331369	CA	C	120.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.060;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=1.402;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.12;ReadPosRankSum=1.362;SOR=0.354;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,19:0.33:57
chr16	56545175	rs11373	T	C	4590.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=0.516;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=465;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.521;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=66;PP=2003;ReadPosRankSum=-0.652;SC=CCCAGCACAATTGCATTTGCC;SOR=0.757;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=247;TCF=121;TCR=126;TR=124;WE=56545183;WS=56545165;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:234,225:0.49:459
chr16	56548501	rs4784677	C	T	5837.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=70;NR=96;PP=2965;SC=CTGGTTAATGCTGAGAAGAGA;SOR=0.919;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=168;TCF=72;TCR=96;TR=166;WE=56548509;WS=56548491;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,223:1.00:223
chr16	56599221	rs182221	C	G	894.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-3.179;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.883;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=22;PP=437;ReadPosRankSum=0.032;SC=CTGGCCACCTCTGGGGCAGCT;SOR=0.391;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=86;TCF=26;TCR=60;TR=33;WE=56599229;WS=56599211;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,44:0.41:107
chr16	56601720	rs666636	A	G	6754.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.44;SOR=0.988;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,152:1.00:152
chr16	56601720	.	ATT	GTC	2947	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;FR=1.0000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MMLQ=24;MQ=59.81;NF=39;NR=58;PP=2947;QD=20;SC=TGTAAAACATATTGGAAGAGT;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=99;TCF=40;TCR=59;TR=97;WE=56601730;WS=56601710;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:2,97:0.98:99
chr16	56601722	rs666647	T	C	6754.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.73;SOR=0.974;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,151:1.00:151
chr16	56601833	rs12928152	GG	AC	946.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-0.572;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;JOINED;MGOF=26;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=14;PP=737;ReadPosRankSum=-1.513;SC=GGGAGGCCGAGGCGGGTGGAT;SOR=0.898;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=29;TCF=7;TCR=22;TR=18;WE=56601842;WS=56601823;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,24:0.69:35
chr16	56602798	rs11643815	G	A	3775.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.995;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=384;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.771;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=68;NR=51;PP=1652;ReadPosRankSum=-0.425;SC=TGTGCCCGGGGCTGCATCTGC;SOR=0.650;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=257;TCF=147;TCR=110;TR=119;WE=56602806;WS=56602788;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:194,187:0.49:381
chr16	56623191	rs7195310	C	T	1311.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=33;PP=879;SC=AGTGCGCGCACAGCGGCGGCG;SOR=2.608;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=39;TCF=6;TCR=33;TR=39;WE=56623199;WS=56623181;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr16	56660816	rs72818417	G	A	3489.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.246;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=304;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.504;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=80;NR=56;PP=2308;ReadPosRankSum=-0.258;SC=TGCCCCGTGGGCTGTGCCAAG;SOR=0.853;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=257;TCF=145;TCR=112;TR=136;WE=56660824;WS=56660806;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:146,154:0.51:300
chr16	56660841	rs72818418	C	T	4072.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.771;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=373;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.228;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=87;NR=77;PP=2459;ReadPosRankSum=0.125;SC=CCCAGGGCTGCGTCTGCAAAG;SOR=0.778;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=293;TCF=154;TCR=139;TR=164;WE=56660849;WS=56660831;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:177,189:0.52:366
chr16	56666848	rs56096004	G	A	386.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=3.070;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.607;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=13;PP=343;ReadPosRankSum=-0.514;SC=TGGGCCTCTGGGTCAGAGTTA;SOR=3.126;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=24;TCF=7;TCR=17;TR=16;WE=56666856;WS=56666838;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,15:0.56:27
chr16	56666886	rs1827208	C	T	117.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-2.152;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.632;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=2;PP=46;ReadPosRankSum=1.349;SC=GGCAGTCCCGCTCCACATCAC;SOR=0.105;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=11;TCF=4;TCR=7;TR=4;WE=56666894;WS=56666876;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,6:0.50:12
chr16	56667242	rs55963173	T	A	3116.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-1.111;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=254;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.333;HP=1;HapScore=2;MGOF=33;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=58;PP=1497;ReadPosRankSum=1.123;SC=CGTTTTTCTCTTCCTTGCAGG;SOR=0.986;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=180;TCF=80;TCR=100;TR=100;WE=56667250;WS=56667232;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:108,141:0.57:249
chr16	56667282	rs1827210	C	A	5272.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=59;NR=86;PP=2965;SC=GGCTCCTGCACGTGCAAAGAG;SOR=0.982;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=146;TCF=60;TCR=86;TR=145;WE=56667290;WS=56667272;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,186:1.00:186
chr16	56667614	rs2270836	C	T	1310.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-1.198;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=22;PP=753;ReadPosRankSum=0.438;SC=TGGGGCAGGGCGGTGCCCGGT;SOR=0.660;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=87;TCF=43;TCR=44;TR=45;WE=56667622;WS=56667604;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,60:0.51:117
chr16	56667854	rs2270837	A	G	5473.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.677;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQ=59.95;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=106;PP=2878;ReadPosRankSum=-0.654;SC=TTCTTTTTATATTAAATATGT;SOR=0.494;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=163;TCF=55;TCR=108;TR=160;WE=56667862;WS=56667844;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,211:1.00:212
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chr16	56673249	rs11647171	T	C	4321.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.339;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=311;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.529;HP=5;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=-1.670;NF=52;NR=43;PP=1025;ReadPosRankSum=-0.325;SC=AGAGTGAGTGTGGGGCCATCT;SOR=0.552;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=208;TCF=123;TCR=85;TR=95;WE=56673257;WS=56673239;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:179,128:0.42:307
chr16	56673436	rs58069153	A	AAG	5098.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=72;PP=2965;SC=AACTGAGGCCAAGAGTGCACC;SOR=1.534;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=79;TCF=3;TCR=76;TR=75;WE=56673444;WS=56673426;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr16	56683626	rs7189840	G	A	813.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=3.697;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=27;PP=643;ReadPosRankSum=-1.280;SC=CAAGAGAGCTGGTATGTGTGA;SOR=0.819;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=64;TCF=11;TCR=53;TR=31;WE=56683634;WS=56683616;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,32:0.48:66
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chr16	56686380	rs2013775	T	C	6476.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.041;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=641;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=122;NR=87;PP=2710;ReadPosRankSum=0.686;SC=GGAGCTCTGATGGCTGGCCCT;SOR=0.692;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=424;TCF=246;TCR=178;TR=209;WE=56686388;WS=56686370;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:311,322:0.51:633
chr16	56686470	rs12051311	C	T	7683.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-3.208;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=718;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=3;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=86;NR=130;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.543;SC=CTGCCTTTTTCGCTTCCTTGC;SOR=0.713;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=433;TCF=175;TCR=258;TR=216;WE=56686479;WS=56686460;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:342,371:0.52:713
chr16	56686471	rs964374	G	T	7172.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.568;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=704;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.524;HP=2;HapScore=3;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=88;NR=125;PP=2962;ReadPosRankSum=0.220;SC=TGCCTTTTTCGCTTCCTTGCA;SOR=0.639;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=428;TCF=172;TCR=256;TR=213;WE=56686479;WS=56686460;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:363,336:0.48:699
chr16	56687031	rs35231457	AT	A	1821.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.868;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.345;HP=11;HapScore=3;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=42;PP=494;ReadPosRankSum=-0.469;SC=ACTAACCTGGATTTTTTTTTT;SOR=1.035;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=81;TCF=13;TCR=68;TR=50;WE=56687040;WS=56687021;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,124:0.62:200
chr16	56691893	rs186322428	G	T	4175.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=-1.336;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=387;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.192;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=37;PP=1284;ReadPosRankSum=-1.131;SC=GCCGGCTGTTGGGGTCCACCA;SOR=0.762;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=182;TCF=102;TCR=80;TR=89;WE=56691901;WS=56691883;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:180,206:0.53:386
chr16	56701827	rs12448654	T	C	3232.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.555;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=331;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.334;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=80;NR=53;PP=1750;ReadPosRankSum=0.521;SC=ACACTCTCTATGGTGTCTGGG;SOR=0.601;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=261;TCF=159;TCR=102;TR=133;WE=56701835;WS=56701817;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:167,160:0.49:327
chr16	56702000	rs904770	T	C	8517.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.002;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=310;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=69;NR=125;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.046;SC=CCAGCGGCTGTTTTTATAGTC;SOR=0.433;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=196;TCF=70;TCR=126;TR=194;WE=56702008;WS=56701990;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,307:1.00:308
chr16	56709728	rs8046181	GA	CG	4113.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;JOINED;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=40.73;SOR=3.567;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr16	56718015	.	ATT	A,AT	2011.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.189;ClippingRankSum=0.000;DP=269;ExcessHet=3.0103;FS=5.422;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.04;MQRankSum=0.449;QD=9.72;ReadPosRankSum=-0.056;SOR=0.343;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:43,75,89:0.36,0.43:207
chr16	56855496	rs2118017	C	G	2723.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=26;NR=32;PP=1167;SC=TCGCAGAGCTCGATGATAAGG;SOR=0.813;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=58;TCF=26;TCR=32;TR=58;WE=56855504;WS=56855486;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr16	56904587	rs1529927	C	G	11464.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=429;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=133;NR=111;PP=2965;SC=CGCATCATTGCCGTGGTCTCG;SOR=0.766;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=244;TCF=133;TCR=111;TR=244;WE=56904595;WS=56904577;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,425:1.00:425
chr16	56904752	rs71152213	C	CT	265.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.309;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=3.319;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.30;MQRankSum=1.520;QD=5.01;ReadPosRankSum=0.420;SOR=1.476;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,23:0.43:53
chr16	56911932	.	G	GTCCCTCCCTCCCTCTCTCCCTCCC	109.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.054;ClippingRankSum=0.000;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.37;MQRankSum=4.619;QD=3.33;ReadPosRankSum=-1.474;SOR=0.017;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,3:0.09:33
chr16	56913419	rs3816119	C	T	2947.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.359;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=262;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.119;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=33;PP=1348;ReadPosRankSum=-0.484;SC=GGCTCAGCCCCCACCGTGGAG;SOR=0.564;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=162;TCF=106;TCR=56;TR=88;WE=56913438;WS=56913409;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:126,135:0.52:261
chr16	56917953	rs2304483	T	C	2057.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.008;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.724;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=24;PP=916;ReadPosRankSum=0.711;SC=CTGGTGCCCTTGGCCCAGGGT;SOR=0.837;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=152;TCF=96;TCR=56;TR=72;WE=56917961;WS=56917943;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:112,98:0.47:210
chr16	56918125	rs35797045	C	A	1486.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-2.319;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.171;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=35;PP=751;ReadPosRankSum=0.431;SC=AGGTGCGCATCTCAGCTGCGG;SOR=0.493;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=112;TCF=40;TCR=72;TR=56;WE=56918133;WS=56918115;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,76:0.53:144
chr16	56919073	rs11076172	G	A	4481.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.243;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=443;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.524;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=85;NR=55;PP=2075;ReadPosRankSum=-1.354;SC=ACGGGTGCCCGGTGCCTAGAG;SOR=0.745;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=284;TCF=166;TCR=118;TR=140;WE=56919081;WS=56919063;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:207,220:0.52:427
chr16	56919235	rs5802	G	A	3876.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.626;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=365;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.390;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=79;PP=2003;ReadPosRankSum=0.059;SC=TCAGCTACTCGGTGGGCCTCA;SOR=0.655;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=247;TCF=93;TCR=154;TR=127;WE=56919243;WS=56919225;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:171,184:0.52:355
chr16	56919348	rs12596776	C	G	811.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-1.786;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.498;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=23;PP=490;ReadPosRankSum=1.248;SC=GTTTCCAAGCCTAGACCTGTC;SOR=1.188;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=44;TCF=7;TCR=37;TR=27;WE=56919356;WS=56919338;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,33:0.63:52
chr16	56926176	rs12443855	G	A	811.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=2.654;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.245;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=20;PP=468;ReadPosRankSum=-0.491;SC=TTCTTGTGACGGTGGTGCCTG;SOR=0.397;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=53;TCF=7;TCR=46;TR=24;WE=56926184;WS=56926166;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,33:0.50:66
chr16	56926828	rs2278489	T	A	1491.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-2.667;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.276;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=18;PP=849;ReadPosRankSum=-0.346;SC=GATGCGCGGCTGCTGGCTCTG;SOR=0.477;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=112;TCF=79;TCR=33;TR=56;WE=56926836;WS=56926818;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,72:0.51:141
chr16	56933315	rs9922270	T	C	1782.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=39;NR=10;PP=1214;SC=GCATGAGAATTGCTTGAACCT;SOR=2.187;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=49;TCF=39;TCR=10;TR=49;WE=56933323;WS=56933305;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr16	56933519	rs11643718	G	A	4215.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.774;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=420;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=86;PP=2162;ReadPosRankSum=0.565;SC=CAGAACCCTCGGGCTGAGCAG;SOR=0.718;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=277;TCF=118;TCR=159;TR=152;WE=56933527;WS=56933509;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:204,209:0.51:413
chr16	56938290	rs2289116	G	A	3915.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=1.539;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=377;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.686;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=54;PP=1847;ReadPosRankSum=-1.802;SC=GTGACCACTCGGCTTTCTCCC;SOR=0.604;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=209;TCF=118;TCR=91;TR=118;WE=56938298;WS=56938280;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:181,191:0.51:372
chr16	56938387	rs2289115	C	T	2320.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=3.477;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.712;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=45;PP=1181;ReadPosRankSum=-2.113;SC=AAGTAGTGCCCGGCTGGTGGG;SOR=0.936;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=143;TCF=58;TCR=85;TR=71;WE=56938395;WS=56938377;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:120,109:0.48:229
chr16	56966011	rs37025	G	A	4608.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.760;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=429;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.235;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=80;NR=46;PP=2108;ReadPosRankSum=-1.617;SC=CCGCAGAGCCGGGCGCGGGGC;SOR=0.967;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=272;TCF=159;TCR=113;TR=126;WE=56966019;WS=56966001;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:209,218:0.51:427
chr16	56966071	rs37024	T	G	6525.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.409;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=656;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=105;NR=79;PP=2737;ReadPosRankSum=0.719;SC=AGACGTGAACTGTCGTTGCAG;SOR=0.733;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=389;TCF=216;TCR=173;TR=184;WE=56966079;WS=56966061;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:321,330:0.51:651
chr16	56968889	rs1820787	G	A	1952.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-1.585;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.513;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=-1.835;NF=50;NR=33;PP=1080;ReadPosRankSum=-0.249;SC=CTCCCACAGTGCTTGGATTAC;SOR=0.633;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=179;TCF=112;TCR=67;TR=83;WE=56968897;WS=56968879;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:116,99:0.46:215
chr16	56973335	rs2133783	A	G	756.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.363;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.687;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=24;PP=537;ReadPosRankSum=2.102;SC=AATTTTATCCATGTTACCTGT;SOR=1.292;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=55;TCF=13;TCR=42;TR=30;WE=56973343;WS=56973325;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,34:0.49:69
chr16	56994394	rs61631085	GT	G	966.25	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=1.510;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=11;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.895;NF=17;NR=19;PP=501;ReadPosRankSum=1.083;SC=TAGTTATTTGGTTTTTTTTTT;SOR=0.829;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=41;TCF=20;TCR=21;TR=36;WE=56994402;WS=56994384;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,58:0.85:68
chr16	56994528	rs17231506	C	T	2235.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.730;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=269;ExcessHet=3.0103;FS=4.131;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.20;MQRankSum=-0.293;QD=8.53;ReadPosRankSum=-0.358;SOR=0.945;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:140,122:0.47:262
chr16	56994894	rs4783961	G	A	8969.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=353;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=95;NR=102;PP=2965;SC=GTGCAAACTCGGGACTAGGGC;SOR=0.734;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=198;TCF=96;TCR=102;TR=197;WE=56994902;WS=56994884;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,345:1.00:345
chr16	56995038	rs4783962	T	C	1637.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=15;NR=36;PP=1131;SC=CAGCACTTGGTCATCTGGTCA;SOR=1.781;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=51;TCF=15;TCR=36;TR=51;WE=56995046;WS=56995028;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr16	56995236	rs1800775	C	A	1352.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.167;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.547;HP=6;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=18;PP=657;ReadPosRankSum=-1.456;SC=CTGTATACCCCCCCAGAGTTA;SOR=0.974;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=104;TCF=62;TCR=42;TR=49;WE=56995244;WS=56995226;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:102,72:0.41:174
chr16	56996158	rs3816117	T	C	815.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.988;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.199;HP=3;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=22;PP=439;ReadPosRankSum=-0.084;SC=ATGGGCTGAGTGGAGCTGTCA;SOR=1.173;Source=Platypus;TCF=30;TR=36;WE=56996166;WS=56996148;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,39:0.55:71
chr16	56996211	rs711752	G	A	1085.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.152;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.595;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=15;PP=518;ReadPosRankSum=0.237;SC=GTTCTTTGGTGAGAAGGTCCT;SOR=0.495;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=75;TCF=40;TCR=35;TR=31;WE=56996219;WS=56996201;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,51:0.49:105
chr16	56996288	rs708272	G	A	827.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-1.155;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.482;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=13;PP=321;ReadPosRankSum=-0.799;SC=ACTGGGGTTCGAGTTAGGGTT;SOR=0.637;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=69;TCF=31;TCR=38;TR=26;WE=56996296;WS=56996278;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,47:0.39:119
chr16	57003723	rs891141	G	T	3018.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=56;NR=39;PP=2416;SC=GTTTGCAGGGGTGGGGACCCC;SOR=1.037;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=95;TCF=56;TCR=39;TR=95;WE=57003731;WS=57003713;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr16	57003977	rs891142	T	C	13899.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=315;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.69;SOR=1.092;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,311:1.00:311
chr16	57003980	rs891143	T	C	13874.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=315;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.61;SOR=1.110;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,311:1.00:311
chr16	57004889	rs7205804	G	A	4201.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.488;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=419;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.415;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=68;NR=56;PP=1764;ReadPosRankSum=-1.054;SC=CACACTAGGCGCTCCATGGAT;SOR=0.792;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=252;TCF=131;TCR=121;TR=124;WE=57004897;WS=57004879;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:210,209:0.50:419
chr16	57005301	rs1532625	C	T	2369.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.509;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=239;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.997;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=43;PP=1062;ReadPosRankSum=-1.914;SC=CTGGTGAGTGCGTTTCTGTCT;SOR=0.626;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=164;TCF=69;TCR=95;TR=76;WE=57005309;WS=57005277;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:122,115:0.49:237
chr16	57007451	rs289714	G	A	3437.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=29;NR=60;PP=1923;SC=GCTGCTAGGGGATCCAGATGG;SOR=1.262;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=89;TCF=29;TCR=60;TR=89;WE=57007459;WS=57007441;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr16	57015463	rs7195984	G	A	3270.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=60;NR=28;PP=1801;SC=CTATGAGACAGAAGCACTGGC;SOR=1.402;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=88;TCF=60;TCR=28;TR=88;WE=57015471;WS=57015453;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr16	57016092	rs5882	G	A	2278.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.004;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=224;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.490;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=41;PP=1017;ReadPosRankSum=-0.074;SC=CTCCGAGTCCGTCCAGAGCTT;SOR=0.747;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=147;TCF=70;TCR=77;TR=75;WE=57016100;WS=57016082;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:108,113:0.51:221
chr16	57017474	rs289741	G	A	1737.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.491;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.940;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=40;PP=1171;ReadPosRankSum=0.280;SC=AGCCCAGCTCGCCCCTCTCTC;SOR=0.944;SbPval=0.67;Source=Platypus;TCR=72;TR=70;WE=57017482;WS=57017464;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,76:0.52:145
chr16	57017762	rs289742	C	G	212.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=2.833;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=9;PP=123;ReadPosRankSum=1.485;SC=CCAAGAGCTGCGGAGTCCTTC;SOR=0.330;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=28;TCF=1;TCR=27;TR=9;WE=57017770;WS=57017752;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,10:0.38:26
chr16	57056295	rs149634155	AGGAGGCTGT	A	1884.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=0.366;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=2.753;NF=1;NR=35;PP=2978;ReadPosRankSum=-2.297;SC=TCCAAGCTGGAGGAGGCTGTG;SOR=0.743;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=91;TCF=2;TCR=89;TR=36;WE=57056311;WS=57056285;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,50:0.57:88
chr16	57057545	rs62035545	T	A	1386.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-1.801;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.617;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=11;PP=967;ReadPosRankSum=-0.662;SC=TGACCCAGCCTCTGCCTGCTG;SOR=0.880;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=107;TCF=81;TCR=26;TR=53;WE=57057553;WS=57057535;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,61:0.49:125
chr16	57057619	rs1684575	G	T	3066.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-3.148;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=325;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.029;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=43;PP=1396;ReadPosRankSum=-0.933;SC=GTGGACTGGAGTTCCCCAAAG;SOR=0.534;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=219;TCF=133;TCR=86;TR=102;WE=57057627;WS=57057609;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:168,152:0.47:320
chr16	57057654	rs1672865	A	G	3839.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.828;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=432;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=54;PP=1607;ReadPosRankSum=-0.565;SC=CTCAGCCCAGATCCCCAGACC;SOR=0.664;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=274;TCF=148;TCR=126;TR=118;WE=57057662;WS=57057644;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:231,194:0.46:425
chr16	57060213	rs9938543	C	T	6910.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.667;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=697;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=103;NR=109;PP=2962;ReadPosRankSum=0.470;SC=GGGCACTTGCCCACCTCGTCC;SOR=0.673;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=440;TCF=215;TCR=225;TR=212;WE=57060221;WS=57060203;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:354,334:0.49:688
chr16	57060340	rs34531240	T	C	8961.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.161;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=807;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.522;HP=1;HapScore=4;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=146;NR=114;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.300;SC=GCCTGCTGACTTCCTTCTGCG;SOR=0.739;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=522;TCF=286;TCR=236;TR=260;WE=57060361;WS=57060330;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:379,410:0.52:789
chr16	57060353	rs28438857	T	C	8713.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-2.492;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=815;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=4;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=147;NR=120;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.891;SC=CTTCTGCGTCTGCACAGGCCC;SOR=0.674;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=530;TCF=291;TCR=239;TR=267;WE=57060361;WS=57060330;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:381,420:0.52:801
chr16	57062177	rs1684576	T	A	4140.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.882;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=386;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.87;ReadPosRankSum=0.745;SOR=0.700;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:181,200:0.52:381
chr16	57068107	rs3995817	C	T	3618.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=0.709;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=433;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.750;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=54;PP=1341;ReadPosRankSum=-0.445;SC=TCCAGGTCCACGATGCGGAGG;SOR=0.706;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=226;TCF=113;TCR=113;TR=104;WE=57068115;WS=57068097;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:230,188:0.45:418
chr16	57071113	rs1684579	T	C	1318.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.803;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FS=2.767;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.06;MQRankSum=1.366;QD=6.94;ReadPosRankSum=-2.872;SOR=0.938;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:123,67:0.35:190
chr16	57071113	.	TA	CG	543	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;FR=0.5000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MMLQ=24;MQ=60.04;NF=29;NR=12;PP=543;QD=14.5479969479;SC=ACAGCCTCAGTAACAACGGGC;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=135;TCF=92;TCR=43;TR=41;WE=57071122;WS=57071103;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:94,41:0.30:135
chr16	57071114	rs1672867	A	G	6631.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=92;NR=45;PP=1390;SC=CAGCCTCAGTAACAACGGGCT;SOR=1.390;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=140;TCF=95;TCR=45;TR=137;WE=57071122;WS=57071103;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,195:1.00:195
chr16	57071209	rs9926871	T	C	4656.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.386;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=365;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=131.514;HP=4;HapScore=1;MGOF=30;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.382;NF=77;NR=49;PP=1845;ReadPosRankSum=3.824;SC=GGGAGCTCCCTCAGACCACGG;SOR=0.334;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=298;TCF=169;TCR=129;TR=126;WE=57071217;WS=57071199;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:138,219:0.61:357
chr16	57071226	rs142016487	TCC	T	8590.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.271;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=364;ExcessHet=3.0103;FS=189.083;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.09;MQRankSum=1.154;QD=26.27;ReadPosRankSum=0.629;SOR=0.166;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:110,217:0.66:327
chr16	57071236	rs55857123	C	T	8620.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.453;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=347;ExcessHet=3.0103;FS=210.900;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.09;MQRankSum=1.254;QD=25.58;ReadPosRankSum=0.167;SOR=0.145;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:115,222:0.66:337
chr16	57071335	rs1651670	G	A	1888.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.429;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.908;HP=2;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQ=60.06;MQRankSum=0.887;NF=15;NR=53;PP=1273;ReadPosRankSum=1.154;SC=CGTTACAGCCGGCACCCCTCT;SOR=0.215;SbPval=0.24;Source=Platypus;TC=121;TCF=21;TCR=100;TR=68;WE=57071343;WS=57071325;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,84:0.57:148
chr16	57071375	rs1672866	T	C	919.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-3.283;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=28;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=36;PP=660;ReadPosRankSum=1.792;SC=AGGCTGCTCATGGTTTATACC;SOR=0.880;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=72;TCF=7;TCR=65;TR=40;WE=57071383;WS=57071365;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,42:0.54:78
chr16	57073683	rs864750	G	C	3373.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.844;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=334;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=39;PP=1568;ReadPosRankSum=0.921;SC=CCCCTCTTTTGTCTTCACAGC;SOR=0.708;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=187;TCF=114;TCR=73;TR=97;WE=57073691;WS=57073673;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:171,161:0.48:332
chr16	57075406	rs56171037	T	C	2039.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.855;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.504;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=18;PP=1008;ReadPosRankSum=0.130;SC=GGCTGACACATTGTGGCCTCC;SOR=0.883;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=120;TCF=78;TCR=42;TR=60;WE=57075414;WS=57075396;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:98,96:0.49:194
chr16	57076018	rs919377	G	C	1203.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.637;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.729;HP=6;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=35;PP=717;ReadPosRankSum=1.397;SC=GCTGGGGCAGGGGGGGAGCAT;SOR=1.066;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=75;TCF=21;TCR=54;TR=46;WE=57076026;WS=57076008;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,57:0.55:103
chr16	57076115	rs158482	T	G	1107.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=20;PP=618;SC=CAATGTAAGTTCTCGGTGAAG;SOR=1.329;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=30;TCF=10;TCR=20;TR=30;WE=57076123;WS=57076105;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr16	57077523	rs2399596	G	A	4757.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.325;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=457;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.531;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=100;PP=2368;ReadPosRankSum=-1.155;SC=TCAGGTGAGCGTGCCTCTCCG;SOR=0.633;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=320;TCF=117;TCR=203;TR=160;WE=57077531;WS=57077513;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:229,223:0.49:452
chr16	57077581	rs2399595	C	T	1664.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=3.314;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.684;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=57;PP=1190;ReadPosRankSum=0.942;SC=TCTGCTCCCACGTGGGCCCCT;SOR=0.624;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=146;TCF=31;TCR=115;TR=73;WE=57077589;WS=57077571;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,78:0.47:165
chr16	57088886	rs45533741	G	T	3597.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.940;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=303;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.921;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=85;NR=46;PP=2143;ReadPosRankSum=0.969;SC=TGCTGGCCCCGTGGGGGCATC;SOR=0.619;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=240;TCF=158;TCR=82;TR=131;WE=57088894;WS=57088876;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:138,158:0.53:296
chr16	57091950	rs7201038	C	A	616.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-2.400;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.129;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=3;PP=316;ReadPosRankSum=2.556;SC=ACCTCTGATCCCCGCCACTGC;SOR=0.509;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=45;TCF=37;TCR=8;TR=20;WE=57091958;WS=57091940;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,29:0.49:59
chr16	57091977	rs7206703	T	C	1148.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.577;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.704;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=9;PP=621;ReadPosRankSum=-1.828;SC=CCCCCTACAGTCTCTCAGCAA;SOR=0.944;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=76;TCF=54;TCR=22;TR=37;WE=57091985;WS=57091967;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,52:0.51:102
chr16	57095842	rs142124514	AAAAG	A	1133.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.177;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FS=0.802;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.10;MQRankSum=1.425;QD=11.57;ReadPosRankSum=0.459;SOR=0.845;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:65,33:0.34:98
chr16	57096110	rs60812088	T	C	2144.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.414;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.566;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=24;PP=844;ReadPosRankSum=1.136;SC=TCATAATCCATCACTCCTAAA;SOR=0.532;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=106;TCF=65;TCR=41;TR=57;WE=57096118;WS=57096100;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,104:0.56:185
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chr16	57103579	rs289710	G	A	3287.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.839;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=237;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.752;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=73;NR=29;PP=1619;ReadPosRankSum=0.116;SC=TCCAAGCTCTGTGGTGGCTTA;SOR=0.866;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=158;TCF=107;TCR=51;TR=102;WE=57103587;WS=57103569;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,148:0.65:229
chr16	57103854	rs289711	T	C	514.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-1.850;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=16;PP=247;ReadPosRankSum=2.172;SC=GTGGAGGGATTGGGGACAAGT;SOR=0.534;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=45;TCF=8;TCR=37;TR=19;WE=57103862;WS=57103844;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,27:0.47:58
chr16	57111825	rs27392	T	C	4622.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=2.739;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=532;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.112;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=76;NR=74;PP=2466;ReadPosRankSum=0.636;SC=GCAGGCCCAGTACTCAATGCT;SOR=0.674;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=344;TCF=169;TCR=175;TR=150;WE=57111833;WS=57111815;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:303,226:0.43:529
chr16	57111993	rs11432614	T	TG	543.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.600;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.13;MQRankSum=1.256;QD=8.00;ReadPosRankSum=-0.522;SOR=0.850;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,29:0.43:68
chr16	57112001	rs75220858	T	G	1173.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.601;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=1.684;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.16;MQRankSum=1.104;QD=17.01;ReadPosRankSum=-0.734;SOR=1.197;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,32:0.46:69
chr16	57113229	rs42221	A	G	1771.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.048;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=32;PP=977;ReadPosRankSum=0.014;SC=CTGCCTGCCTAGGGGACCAGT;SOR=0.721;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=125;TCF=56;TCR=69;TR=58;WE=57113237;WS=57113219;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,80:0.49:163
chr16	57114924	rs154045	A	G	589.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-0.681;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=7;PP=356;ReadPosRankSum=0.715;SC=CACGACTGGCACCCTGCTTTC;SOR=0.557;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=33;TCF=23;TCR=10;TR=23;WE=57114932;WS=57114914;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,28:0.74:38
chr16	57114982	rs154044	C	T	1397.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=2.054;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.716;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=17;PP=671;ReadPosRankSum=0.278;SC=GCTCTCCTGCCGCTGACTTTG;SOR=0.776;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=72;TCF=45;TCR=27;TR=46;WE=57114990;WS=57114972;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,64:0.58:111
chr16	57115274	rs154043	T	C	714.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-2.200;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.348;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=8;PP=521;ReadPosRankSum=0.806;SC=TCAGCCTTCCTGCTGCACCTG;SOR=0.414;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=52;TCF=38;TCR=14;TR=27;WE=57115282;WS=57115264;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,30:0.49:61
chr16	57116287	rs27195	A	G	3271.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.983;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=302;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.894;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=35;PP=1338;ReadPosRankSum=-0.427;SC=ACAGATGGCAAAGATGGGAGG;SOR=0.631;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=188;TCF=113;TCR=75;TR=87;WE=57116295;WS=57116277;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:137,157:0.53:294
chr16	57116514	rs27194	T	A	710.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-2.497;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=22;PP=501;ReadPosRankSum=-0.390;SC=ACTGGGATAATTGACTCAGGA;SOR=0.733;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=45;TCF=5;TCR=40;TR=24;WE=57116522;WS=57116504;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,29:0.57:51
chr16	57144920	rs8053682	TG	AC	2563.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-1.807;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.003;HP=1;HapScore=2;JOINED;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=38;PP=1956;ReadPosRankSum=1.513;SC=GGATCCAGGATGTCTGATGGA;SOR=0.340;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=104;TCF=24;TCR=80;TR=51;WE=57144929;WS=57144910;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,67:0.54:123
chr16	57155457	rs4783976	T	C	193.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.113;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=1;PP=130;ReadPosRankSum=-0.258;SC=GTGGACATCCTGGGAGGCTCC;SOR=0.846;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=24;TCF=19;TCR=5;TR=9;WE=57155465;WS=57155447;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,10:0.38:26
chr16	57170936	rs72778715	G	C	1085.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-4.475;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.158;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=7;PP=650;ReadPosRankSum=-0.327;SC=TGTCTCACAAGGCCTATGCTA;SOR=0.464;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=90;TCF=78;TCR=12;TR=42;WE=57170944;WS=57170926;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,49:0.47:104
chr16	57171233	rs2305693	C	G	14497.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=550;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=112;NR=261;PP=2965;SC=CCAGGAAACACGCACGTCCTC;SOR=1.481;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=373;TCF=112;TCR=261;TR=373;WE=57171241;WS=57171223;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,524:1.00:524
chr16	57197745	rs62037356	G	T	7232.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=269;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=113;NR=49;PP=2965;SC=TATAAACTCTGGCCTGGTAAT;SOR=1.288;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=164;TCF=113;TCR=51;TR=162;WE=57197753;WS=57197735;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,260:1.00:260
chr16	57249981	rs11391063	A	AT	3069.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.492;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=473;ExcessHet=3.0103;FS=3.725;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.14;MQRankSum=0.864;QD=6.96;ReadPosRankSum=-1.607;SOR=0.893;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:203,238:0.54:441
chr16	57255363	rs7206038	T	C	3228.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=25;NR=53;PP=1356;SC=ATGGGAGCAGTGGCAGTTTGC;SOR=1.262;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=78;TCF=25;TCR=53;TR=78;WE=57255371;WS=57255353;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr16	57261146	rs11643790	A	C	2569.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=58;NR=19;PP=1786;SC=CATCATCCAGAAAGCTTAGAA;SOR=2.022;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=77;TCF=58;TCR=19;TR=77;WE=57261154;WS=57261136;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr16	57272961	rs3217258	ACT	A	1940.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=39;PP=606;SC=GAAAAAAAAAACTCTCTAATC;SOR=3.160;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=42;TCF=0;TCR=42;TR=39;WE=57272971;WS=57272951;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr16	57392733	rs4359426	A	C	8900.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=335;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=97;NR=98;PP=2965;SC=CAGAGCATGGATCGCCTACAG;SOR=0.717;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=195;TCF=97;TCR=98;TR=195;WE=57392741;WS=57392723;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,332:1.00:332
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chr16	57481305	rs178602	T	C	1377.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.423;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.409;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=17;PP=545;ReadPosRankSum=0.134;SC=CTCCACGCCTTGCGCCTCTCG;SOR=0.872;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=85;TCF=51;TCR=34;TR=44;WE=57481313;WS=57481295;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,67:0.52:130
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chr16	57496931	rs223837	G	C	3148.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.459;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=258;ExcessHet=3.0103;FS=1.075;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.40;ReadPosRankSum=-0.778;SOR=0.797;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:109,145:0.57:254
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chr16	57503360	rs170365	C	T	1502.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.564;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.833;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=37;PP=996;ReadPosRankSum=-1.224;SC=TTCTGGATTCCTCTTGGGCAT;SOR=1.008;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=117;TCF=41;TCR=76;TR=54;WE=57503368;WS=57503350;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:89,69:0.44:158
chr16	57503773	rs223874	G	A	1326.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.140;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=45;PP=1025;ReadPosRankSum=-0.016;SC=GCTTTAGACCGTTTTTCCAGA;SOR=0.597;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=103;TCF=19;TCR=84;TR=57;WE=57503781;WS=57503763;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,57:0.50:114
chr16	57504283	rs72788062	A	G	1632.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=2.084;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.306;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=31;PP=879;ReadPosRankSum=1.244;SC=GCCTGGTTGGACATGGGAAGG;SOR=0.831;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=92;TCF=32;TCR=60;TR=45;WE=57504291;WS=57504273;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,73:0.49:150
chr16	57508692	rs117641927	G	A	506.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.942;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=4;PP=308;ReadPosRankSum=-0.313;SC=GCTGGGAGGCGAGAGGGTCCT;SOR=0.551;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=45;TCF=35;TCR=10;TR=19;WE=57508700;WS=57508682;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,24:0.47:51
chr16	57509164	rs223877	A	G	1160.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.956;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.427;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=25;PP=600;ReadPosRankSum=1.192;SC=ATGCAGCTCCAGAGCCCGGTA;SOR=0.565;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=93;TCF=36;TCR=57;TR=42;WE=57509172;WS=57509154;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,58:0.46:126
chr16	57509572	rs371787338	ATCTCTCTCTCTC	A,ATCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTC	917.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;QD=38.24;SOR=2.494;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:0,20,4:0.83,0.17:24
chr16	57562423	rs8045906	T	C	2262.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.834;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=268;ExcessHet=3.0103;FS=1.492;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.70;ReadPosRankSum=0.226;SOR=0.678;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:139,121:0.47:260
chr16	57562804	rs12935069	G	A	12585.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=494;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=141;NR=133;PP=2965;SC=TCCGACCACCGGCGCATGGTC;SOR=0.730;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=275;TCF=141;TCR=134;TR=274;WE=57562812;WS=57562794;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,491:1.00:491
chr16	57563111	rs4784815	A	G	298.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.298;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=7;PP=132;ReadPosRankSum=0.142;SC=GCGGGCCCTGAGCTCGAACTC;SOR=0.511;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=16;TCF=6;TCR=10;TR=12;WE=57563119;WS=57563101;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,15:0.62:24
chr16	57625470	rs11646739	C	T	1536.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=35;NR=3;PP=968;SC=TGATCATTCCCATAGCAACCA;SOR=3.442;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=39;TCF=36;TCR=3;TR=38;WE=57625478;WS=57625460;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr16	57689883	rs1376041	T	C	1506.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.039;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.239;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=22;PP=709;ReadPosRankSum=-0.471;SC=TGGTGCTCACTTTCCAGCACC;SOR=0.585;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=110;TCF=52;TCR=58;TR=46;WE=57689891;WS=57689873;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,74:0.47:159
chr16	57690606	rs11866912	C	A	2183.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.083;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.573;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=46;PP=1111;ReadPosRankSum=0.980;SC=TTCATATATTCAGTCATTTAT;SOR=0.776;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=125;TCF=39;TCR=86;TR=66;WE=57690614;WS=57690596;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,99:0.54:182
chr16	57691265	rs2305309	C	A	2577.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-1.746;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=275;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.682;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=30;PP=863;ReadPosRankSum=2.100;SC=GGCCAGCTCTCTCCTGTCTCC;SOR=0.536;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=160;TCF=95;TCR=65;TR=70;WE=57691273;WS=57691255;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:136,132:0.49:268
chr16	57695568	rs17240890	C	T	663.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=2.176;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.261;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=5;PP=482;ReadPosRankSum=-1.652;SC=AAATGCTGCCCGTGCTGGCCA;SOR=1.473;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=60;TCF=46;TCR=14;TR=29;WE=57695576;WS=57695558;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,29:0.46:63
chr16	57695604	rs2290177	C	T	1155.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.875;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.888;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=15;PP=610;ReadPosRankSum=-1.124;SC=TGCCTTTGCCCGCAGGTGCTG;SOR=0.357;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=95;TCF=68;TCR=27;TR=44;WE=57695612;WS=57695594;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,56:0.48:117
chr16	57697532	rs10852554	T	G	4283.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=40;NR=67;PP=2351;SC=AAGCAGAGATTCGGCCTCGTC;SOR=1.208;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=107;TCF=40;TCR=67;TR=107;WE=57697540;WS=57697522;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,155:1.00:155
chr16	57697568	rs10852555	C	A	1939.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.003;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=35;PP=1179;ReadPosRankSum=2.896;SC=CCCCCGAGCCCGGCCCAGCCC;SOR=1.226;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=57;TCF=21;TCR=36;TR=55;WE=57697576;WS=57697558;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,72:0.97:74
chr16	57702473	rs7205731	T	C	945.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=24;PP=682;SC=CTCAGCACCTTCTCTAGCCCT;SOR=3.056;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=27;TCF=3;TCR=24;TR=27;WE=57702481;WS=57702463;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr16	57708297	rs4784841	T	C	287.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.248;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=2.039;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.72;ReadPosRankSum=1.208;SOR=1.538;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,13:0.39:33
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chr16	57708642	rs4784003	T	G	521.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=2.293;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.076;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=15;PP=404;ReadPosRankSum=-0.621;SC=ACACAAGTAATCCTAGCACTT;SOR=0.915;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=44;TCF=17;TCR=27;TR=23;WE=57708650;WS=57708632;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,24:0.46:52
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chr16	57710366	.	C	T	228.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=2.117;ClippingRankSum=0.000;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=10;PP=163;ReadPosRankSum=1.556;SC=CCCTCCCCCACGTCCCAATTG;SOR=0.466;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=40;TCF=8;TCR=32;TR=13;WE=57710374;WS=57710356;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,13:0.30:43
chr16	57713250	rs4238795	C	T	3011.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.589;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=314;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.417;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=64;PP=1487;ReadPosRankSum=0.618;SC=GGCCTGGCAGCCACTGCAGGG;SOR=0.658;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=226;TCF=87;TCR=139;TR=104;WE=57713258;WS=57713240;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:162,149:0.48:311
chr16	57713536	rs4784006	G	A	2123.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.774;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.068;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=20;PP=1193;ReadPosRankSum=-0.680;SC=ACAGTCGCACGCTTCACACGC;SOR=0.399;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=148;TCF=115;TCR=33;TR=75;WE=57713544;WS=57713526;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,96:0.53:182
chr16	57722328	rs12444859	C	T	1559.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.301;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=20;PP=566;ReadPosRankSum=0.925;SC=CAGTCTCCTCCTCTACTGCAA;SOR=0.688;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=125;TCF=65;TCR=60;TR=41;WE=57722336;WS=57722318;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:142,85:0.37:227
chr16	57722576	rs11648336	T	A	120.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.404;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.958;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=3;PP=23;ReadPosRankSum=-0.619;SC=TAAGCAGGTTTGCAAGGCTCT;SOR=1.371;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=11;TCF=4;TCR=7;TR=4;WE=57722584;WS=57722566;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,7:0.39:18
chr16	57735900	rs7196016	G	C	8263.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.458;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=738;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.743;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=123;NR=110;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.974;SC=AAGGGGAACTGCTTTGACTTC;SOR=0.743;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=432;TCF=217;TCR=215;TR=233;WE=57735908;WS=57735890;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:345,390:0.53:735
chr16	57741346	rs12933056	C	T	839.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.840;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.505;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=5;PP=654;ReadPosRankSum=0.709;SC=CCATCTGACTCGTAGTCACCC;SOR=1.118;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=74;TCF=62;TCR=12;TR=35;WE=57741354;WS=57741336;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,35:0.44:79
chr16	57741612	rs2122486	G	C	3048.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.713;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=329;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.674;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQ=59.98;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=65;ReadPosRankSum=1.396;SC=GGGGGAGCTGGGTGGGTGTGG;SOR=0.900;SbPval=0.68;Source=Platypus;TCF=95;TR=108;WE=57741620;WS=57741602;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:168,149:0.47:317
chr16	57756643	rs3809611	C	T	3713.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.140;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=363;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.384;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=52;PP=1884;ReadPosRankSum=0.117;SC=ACCCGCTGCCCGAACGGGAAG;SOR=0.665;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=213;TCF=118;TCR=95;TR=117;WE=57756651;WS=57756633;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:173,181:0.51:354
chr16	57762401	rs2923147	T	C	2269.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.552;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FS=1.116;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.52;ReadPosRankSum=-0.580;SOR=0.607;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:85,112:0.57:197
chr16	57771126	rs1061546	G	T	921.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.035;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.097;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=16;PP=556;ReadPosRankSum=1.688;SC=TATTTTGTGGGTGGGGCTTCA;SOR=0.448;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=72;TCF=41;TCR=31;TR=32;WE=57771134;WS=57771116;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,43:0.45:95
chr16	57771337	rs58845971	A	G	600.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.008;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.095;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=16;PP=349;ReadPosRankSum=-0.615;SC=ACCATTATGTAAATCATGACT;SOR=0.973;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=44;TCF=13;TCR=31;TR=22;WE=57771345;WS=57771327;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,28:0.49:57
chr16	57775537	rs61620199	C	T	3489.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.551;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=344;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.787;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=34;PP=1442;ReadPosRankSum=1.793;SC=GCAGGGTCACCCCTCCTTCAC;SOR=0.806;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=198;TCF=119;TCR=79;TR=94;WE=57775545;WS=57775527;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:171,170:0.50:341
chr16	57778488	rs2967152	A	G	2208.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.825;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=262;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.535;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=40;PP=928;ReadPosRankSum=-0.685;SC=CTGCAGTTGTACTGCTTCCTC;SOR=0.598;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=166;TCF=63;TCR=103;TR=66;WE=57778496;WS=57778478;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:141,112:0.44:253
chr16	57778550	rs2967153	C	G	3094.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=27;NR=57;PP=1719;SC=AGCACTAACCCGGCAGTGTGG;SOR=1.392;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=85;TCF=27;TCR=58;TR=84;WE=57778558;WS=57778540;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr16	57785138	rs9938236	C	T	4847.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.208;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=476;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.104;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=85;NR=54;PP=2119;ReadPosRankSum=-0.328;SC=CTGACCTCTCCTGACTCTGCC;SOR=0.785;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=290;TCF=174;TCR=116;TR=139;WE=57785146;WS=57785128;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:240,231:0.49:471
chr16	57785813	rs34438625	T	C	1884.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.894;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.333;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=29;PP=815;ReadPosRankSum=-1.479;SC=GCAGCCAAGATGCCTGGTCAC;SOR=0.622;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=92;TCF=44;TCR=48;TR=58;WE=57785821;WS=57785803;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,87:0.60:144
chr16	57786984	rs200584307	T	G	7682.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.955;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=726;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.521;HP=1;HapScore=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=121;NR=115;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.481;SC=CTCCGCTTTCTGCAGATAGGT;SOR=0.637;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=477;TCF=247;TCR=230;TR=236;WE=57786992;WS=57786974;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:349,375:0.52:724
chr16	57787027	rs12922275	C	T	8012.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.136;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=840;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.521;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=146;NR=137;PP=2962;ReadPosRankSum=0.714;SC=TCTCCTCCTACGTGGTGGATC;SOR=0.712;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=561;TCF=282;TCR=279;TR=283;WE=57787035;WS=57787017;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:430,403:0.48:833
chr16	57790161	rs34131744	G	T	3561.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.132;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=495;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=85;NR=58;PP=1858;ReadPosRankSum=-0.591;SC=TGTATGTGTGGGTGTGTCTGT;SOR=0.700;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=361;TCF=213;TCR=148;TR=143;WE=57790169;WS=57790149;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:283,188:0.40:471
chr16	57790920	rs6994	T	C	573.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=1.414;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=13;PP=302;ReadPosRankSum=0.151;SC=CCCACTCCTGTTCCTTGTGCA;SOR=0.593;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=40;TCF=11;TCR=29;TR=18;WE=57790928;WS=57790910;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,26:0.51:51
chr16	57792688	rs71387192	G	A	7249.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=2.581;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=731;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.093;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=114;NR=121;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.517;SC=GAGGGGAGACGGGGCAGAAGA;SOR=0.610;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=452;TCF=210;TCR=242;TR=235;WE=57792696;WS=57792678;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:375,348:0.48:723
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chr16	57793222	rs71281832	G	GC	3215.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.967;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.236;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=2.687;NF=8;NR=57;PP=2562;ReadPosRankSum=-0.263;SC=CGGTCCTGTGGCGGGGCTCAC;SOR=0.481;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=130;TCF=12;TCR=118;TR=65;WE=57793230;WS=57793212;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:109,109:0.50:218
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chr16	57803911	rs3803590	A	G	3884.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-2.604;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=346;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.810;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=78;PP=1833;ReadPosRankSum=-1.608;SC=GGTGCGGGAGAGAGAGGGGCA;SOR=0.598;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=229;TCF=85;TCR=144;TR=125;WE=57803919;WS=57803901;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:159,181:0.53:340
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chr16	57805176	rs2967165	A	G	2428.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=3.615;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.699;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=20;PP=1212;ReadPosRankSum=-0.014;SC=GGCGCCGACTAAGCCGCTCCT;SOR=1.062;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=145;TCF=94;TCR=51;TR=67;WE=57805184;WS=57805166;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:114,105:0.48:219
chr16	57806030	rs2965789	A	G	213.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=3.114;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=1;PP=136;ReadPosRankSum=1.260;SC=AGGGTGGGATATGCGGGCTCA;SOR=0.446;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=25;TCF=24;TCR=1;TR=9;WE=57806038;WS=57806021;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,10:0.32:31
chr16	57822440	rs74022043	G	A	1174.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=3.178;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=4;PP=737;ReadPosRankSum=-0.347;SC=TCCCTCCTGCGCTGGCTTCAC;SOR=0.805;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=74;TCF=65;TCR=9;TR=39;WE=57822448;WS=57822430;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,50:0.55:91
chr16	57822734	rs74022044	C	T	1587.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=4.012;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.484;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=47;PP=962;ReadPosRankSum=0.975;SC=CAGGGCCCAGCGGGTCCAGTC;SOR=0.941;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=115;TCF=20;TCR=95;TR=56;WE=57822742;WS=57822724;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,72:0.49:148
chr16	57829099	rs71387196	A	C	1956.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.443;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=35;PP=1007;ReadPosRankSum=0.563;SC=ACCACTGGCCAAAGACTGCTA;SOR=0.705;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=132;TCF=64;TCR=68;TR=68;WE=57829107;WS=57829089;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:125,99:0.44:224
chr16	57837374	rs78959678	C	T	1354.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.140;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.696;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=32;PP=754;ReadPosRankSum=1.292;SC=GCAGATAATCCCAGGAGGGCG;SOR=0.606;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=97;TCF=28;TCR=69;TR=46;WE=57837382;WS=57837364;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,62:0.48:128
chr16	57837462	rs8043981	C	A	219.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-1.377;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=9;PP=160;ReadPosRankSum=-0.579;SC=CGGGCAACTCCAGGTGGGTTC;SOR=0.602;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=18;TCF=2;TCR=16;TR=11;WE=57837470;WS=57837452;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,11:0.48:23
chr16	57850141	rs1477404	C	G	2080.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.880;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=234;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=24;PP=857;ReadPosRankSum=-0.899;SC=AACCGAGGCCCGGAAAGTGTC;SOR=0.680;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=158;TCF=95;TCR=63;TR=63;WE=57850149;WS=57850131;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:125,108:0.46:233
chr16	57921752	rs11076207	A	G	902.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-1.935;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=12;PP=611;ReadPosRankSum=0.478;SC=GTTCCCAACCACATTACCTGT;SOR=0.760;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=81;TCF=58;TCR=23;TR=42;WE=57921760;WS=57921742;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,45:0.49:91
chr16	57922084	rs11864445	T	G	971.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-3.115;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.076;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=32;PP=669;ReadPosRankSum=-1.473;SC=GGTGGTGATTTTGGCTGGTGA;SOR=0.513;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=80;TCF=12;TCR=68;TR=38;WE=57922092;WS=57922074;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,42:0.49:86
chr16	57937856	rs413562	G	C	1656.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.699;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.892;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=26;PP=445;ReadPosRankSum=-2.152;SC=AGGTCTGTCCGGCGGTGGCGG;SOR=0.855;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=96;TCF=37;TCR=59;TR=37;WE=57937864;WS=57937846;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,84:0.49:172
chr16	57937895	rs437920	G	A	832.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.729;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.751;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=14;PP=273;ReadPosRankSum=0.080;SC=TCTGGGGGAAGGGTTATGGGA;SOR=0.578;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=68;TCF=21;TCR=47;TR=19;WE=57937903;WS=57937885;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,45:0.42:107
chr16	57946973	rs434961	A	G	1423.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-2.855;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=40;PP=893;ReadPosRankSum=-0.367;SC=ACGGGCGCCGAGACTCAGGGC;SOR=0.748;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=110;TCF=30;TCR=80;TR=55;WE=57946981;WS=57946963;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,65:0.49:134
chr16	57949251	rs483053	G	A	1751.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.270;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.564;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=32;PP=769;ReadPosRankSum=-0.367;SC=TGAAATCCCAGTGGGACACCA;SOR=0.614;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=107;TCF=48;TCR=59;TR=60;WE=57949259;WS=57949241;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,90:0.53:171
chr16	57950057	rs376270	G	A	3155.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.251;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=304;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.496;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=41;PP=1540;ReadPosRankSum=-0.188;SC=ACTTCAGGTAGTTATTTCGCA;SOR=0.840;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=188;TCF=109;TCR=79;TR=104;WE=57950065;WS=57950047;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:146,153:0.51:299
chr16	57950178	rs440565	G	C	2900.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.797;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=279;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.038;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=58;PP=1586;ReadPosRankSum=-0.342;SC=ACCCCACCCTGAAACGAGCAT;SOR=0.824;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=182;TCF=71;TCR=111;TR=89;WE=57950186;WS=57950168;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:137,135:0.50:272
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chr16	57952870	rs489106	A	G	856.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=3.088;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.020;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=6;PP=651;ReadPosRankSum=-0.899;SC=TGAAAGGTATAAAAGATCATG;SOR=0.915;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=74;TCF=60;TCR=14;TR=35;WE=57952878;WS=57952860;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,37:0.44:85
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chr16	57957138	rs247065	G	C	651.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=15;NR=13;PP=729;SC=CACCCTCCCCGCAGTCTTTCA;SOR=0.776;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=30;TCF=15;TCR=15;TR=28;WE=57957146;WS=57957128;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
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chr16	57984483	rs152143	G	A	1576.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=36;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=38;PP=1062;SC=TGGGATGTGCGGGAGAGTGGG;SOR=3.745;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=40;TCF=2;TCR=38;TR=40;WE=57984491;WS=57984473;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr16	57991123	rs34759686	GC	G	973.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.257;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.908;HP=6;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.987;NF=8;NR=10;PP=470;ReadPosRankSum=0.619;SC=GACCCTAACTGCCCCCCTGTG;SOR=0.518;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=39;TCF=21;TCR=18;TR=18;WE=57991131;WS=57991113;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,38:0.52:73
chr16	57991317	rs503686	C	T	3096.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=35;NR=57;PP=1599;SC=AATCCTGCCACGGCCTCTTCA;SOR=1.123;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=92;TCF=35;TCR=57;TR=92;WE=57991325;WS=57991307;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr16	57992119	rs399634	T	A	866.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-6.261;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=1;PP=660;ReadPosRankSum=0.898;SC=CCTCCCCCGCTGACTGTGAAC;SOR=1.002;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=75;TCF=72;TCR=3;TR=35;WE=57992127;WS=57992117;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,35:0.46:76
chr16	57992424	rs78224588	G	A	2468.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=2.683;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.857;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=53;PP=1406;ReadPosRankSum=2.367;SC=TGTCCAGGTGGGAAGGGTCAT;SOR=0.844;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=139;TCF=43;TCR=96;TR=74;WE=57992432;WS=57992414;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,106:0.55:192
chr16	57992499	rs73545176	C	G	652.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-0.074;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.173;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=21;PP=445;ReadPosRankSum=0.592;SC=AAAGGCAGAGCCTGCCAGGAG;SOR=0.976;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=54;TCF=11;TCR=43;TR=26;WE=57992507;WS=57992489;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,29:0.48:60
chr16	57994724	rs2288485	C	T	2570.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-1.688;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=292;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=41;PP=1183;ReadPosRankSum=1.706;SC=AACTCCCTGCCTCTCCCTTCC;SOR=0.708;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=172;TCF=86;TCR=86;TR=80;WE=57994732;WS=57994714;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:158,131:0.45:289
chr16	57996960	rs13336595	C	T	6959.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=271;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=73;NR=97;PP=2965;SC=CAGTACCCTGCGGCTGGGACT;SOR=0.871;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=171;TCF=74;TCR=97;TR=170;WE=57996968;WS=57996950;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,266:1.00:266
chr16	57998345	rs3859043	C	T	4456.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=70;NR=44;PP=2360;SC=GGGGAGAATGCGGGCCCCCCT;SOR=1.077;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=114;TCF=70;TCR=44;TR=114;WE=57998353;WS=57998335;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,163:1.00:163
chr16	57998543	rs75649887	A	G	1436.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.153;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FS=6.397;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.16;ReadPosRankSum=0.867;SOR=0.882;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:96,80:0.45:176
chr16	58019065	rs35768173	TG	T	1691.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=2.244;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=12.092;HP=9;HapScore=4;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=12;PP=909;ReadPosRankSum=-0.457;SC=GGGCTTGTCCTGGGGGGGGGC;SOR=0.120;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=37;TCF=19;TCR=18;TR=21;WE=58019078;WS=58019055;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,46:0.60:77
chr16	58019070	.	G	C	1751.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.339;ClippingRankSum=0.000;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=14.169;HP=8;HapScore=4;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=13;PP=888;ReadPosRankSum=-1.260;SC=TGTCCTGGGGGGGGGCGGATG;SOR=0.102;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=77;TCF=47;TCR=30;TR=34;WE=58019078;WS=58019055;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,49:0.61:80
chr16	58019396	rs9934227	G	A	7240.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-1.997;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=737;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=105;NR=117;PP=2962;ReadPosRankSum=0.049;SC=TACTGCCTCAGCCAGAACCCC;SOR=0.677;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=431;TCF=200;TCR=231;TR=222;WE=58019404;WS=58019386;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:365,366:0.50:731
chr16	58021395	rs2241771	A	C	3422.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.826;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=351;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.351;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=82;PP=1587;ReadPosRankSum=-0.691;SC=CTGGCCAGACAGAGGACTTAT;SOR=0.506;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=255;TCF=85;TCR=170;TR=125;WE=58021403;WS=58021385;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:170,172:0.50:342
chr16	58035429	rs3743559	C	A	1795.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=2.082;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.206;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=23;PP=858;ReadPosRankSum=1.322;SC=GCAGCGGCTCCGAGGATGAGT;SOR=0.581;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=106;TCF=61;TCR=45;TR=52;WE=58035437;WS=58035419;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,85:0.50:169
chr16	58036349	rs187145857	T	A	5244.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.233;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=317;ExcessHet=3.0103;FS=2.506;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.86;ReadPosRankSum=-1.482;SOR=0.840;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:173,138:0.44:311
chr16	58036349	.	TAA	AAT	2944	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;FR=0.5000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MMLQ=26;MQ=59.96;NF=67;NR=31;PP=2944;QD=20;SC=GCTAACAGGATAAATGTACTC;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=242;TCF=153;TCR=89;TR=98;WE=58036359;WS=58036339;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:144,98:0.40:242
chr16	58036351	rs3743561	A	T	5244.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.020;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=323;ExcessHet=3.0103;FS=3.091;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.55;ReadPosRankSum=-1.257;SOR=0.868;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:177,140:0.44:317
chr16	58053161	rs3743562	C	T	327.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-2.156;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=10;PP=157;ReadPosRankSum=-0.578;SC=TTATTAACAACACAGATCTTT;SOR=0.439;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=28;TCF=5;TCR=23;TR=12;WE=58053169;WS=58053151;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,16:0.50:32
chr16	58054099	rs16959641	C	G	2256.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.498;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.483;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=34;PP=1177;ReadPosRankSum=1.926;SC=GCACACTGAGCAAGTCCGCTG;SOR=0.652;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=166;TCF=96;TCR=70;TR=80;WE=58054107;WS=58054089;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:117,112:0.49:229
chr16	58200464	rs112507755	ACT	A	863.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.111;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=311;ExcessHet=3.0103;FS=1.307;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.03;MQRankSum=2.306;QD=2.89;ReadPosRankSum=1.625;SOR=0.551;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:248,51:0.17:299
chr16	58292214	rs1125849	A	G	860.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.703;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.959;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=10;PP=429;ReadPosRankSum=-0.491;SC=TTTTCTTAGAAGACACATCCT;SOR=0.476;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=56;TCF=38;TCR=18;TR=27;WE=58292222;WS=58292204;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,39:0.51:76
chr16	58292547	rs16959998	G	A	848.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=1.101;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.583;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=21;PP=551;ReadPosRankSum=1.057;SC=CCACATATGCGGATTTTCTTT;SOR=0.360;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=53;TCF=15;TCR=38;TR=31;WE=58292555;WS=58292537;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,35:0.60:58
chr16	58296542	rs9923694	T	C	622.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.744;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=4.629;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=20.09;ReadPosRankSum=-1.171;SOR=0.148;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,17:0.55:31
chr16	58296545	rs3815802	G	A	622.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.937;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=2.207;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=20.76;ReadPosRankSum=-0.847;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,16:0.53:30
chr16	58313566	rs6499945	T	G	799.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.506;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.81;ReadPosRankSum=-1.111;SOR=0.793;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,38:0.51:74
chr16	58313578	rs71155257	CT	C	1568.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.756;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.13;MQRankSum=0.754;QD=18.24;ReadPosRankSum=0.469;SOR=0.809;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,54:0.63:86
chr16	58318604	rs3815803	T	C	3521.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.013;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=323;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.987;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=53;PP=1545;ReadPosRankSum=-0.003;SC=CTCAGGACACTCATCGTCATG;SOR=0.655;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=195;TCF=98;TCR=97;TR=99;WE=58318612;WS=58318594;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:151,171:0.53:322
chr16	58318721	rs11313996	AT	A	353.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.533;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=2.944;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.55;ReadPosRankSum=1.189;SOR=1.448;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,31:0.57:54
chr16	58320211	rs4784916	T	C	336.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=2.003;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.481;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=12;PP=265;ReadPosRankSum=-0.307;SC=AGCTCATATTTCCTGTGTTAA;SOR=1.026;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=32;TCF=7;TCR=25;TR=15;WE=58320219;WS=58320201;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,15:0.41:37
chr16	58327646	rs2288012	A	G	2022.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=2.507;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.511;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=25;PP=1072;ReadPosRankSum=-0.426;SC=TGGTGGAAGAATAGAGAAGGC;SOR=0.634;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=143;TCF=91;TCR=52;TR=66;WE=58327654;WS=58327636;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:120,96:0.44:216
chr16	58429176	.	C	CTT	55.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.356;ClippingRankSum=0.000;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=1.631;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.99;ReadPosRankSum=-1.232;SOR=1.262;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,9:0.32:28
chr16	58528812	rs34720527	G	A	10720.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.427;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=410;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=168;NR=102;PP=2965;ReadPosRankSum=1.182;SC=GGCCCCACGGGCTCCCCAGAC;SOR=1.111;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=274;TCF=170;TCR=104;TR=270;WE=58528820;WS=58528802;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:6,401:0.99:407
chr16	58533932	rs982697	A	C	764.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=17;NR=4;PP=565;SC=AGCAGCCAATATGGGAGCTGG;SOR=2.494;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=21;TCF=17;TCR=4;TR=21;WE=58533940;WS=58533922;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr16	58538662	rs9928398	C	T	2226.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=57;PP=1600;SC=TCCCTGCTCTCGCTTCTCCTC;SOR=2.303;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=73;TCF=16;TCR=57;TR=73;WE=58538670;WS=58538652;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr16	58540037	.	CGT	C	416	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=28;MMLQ=24;MQ=60.26;NF=24;NR=14;PP=416;QD=11.0526315789;SC=GTTGAAAGAGCGTGTGTGTGT;SbPval=0.25;Source=Platypus;TC=58;TCF=41;TCR=17;TR=38;WE=58540046;WS=58540027;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:20,38:0.66:58
chr16	58540058	rs200871998	GTGTC	G	596.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.702;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FS=1.942;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.91;MQRankSum=0.000;QD=6.28;ReadPosRankSum=1.937;SOR=0.453;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:66,29:0.31:95
chr16	58540531	rs2271948	A	G	1036.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=1.455;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.331;HP=1;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=27;PP=757;ReadPosRankSum=0.391;SC=AAGGGGGGGAACTTCTGCAGA;SOR=0.368;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=66;TCF=18;TCR=48;TR=40;WE=58540539;WS=58540521;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,43:0.62:69
chr16	58542901	rs867583	G	A	3524.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.294;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=375;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.192;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=53;PP=1625;ReadPosRankSum=0.754;SC=CGACCACTACGACCTTCCTGA;SOR=0.581;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=209;TCF=112;TCR=97;TR=106;WE=58542909;WS=58542891;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:197,175:0.47:372
chr16	58544640	rs12597973	C	G	2762.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.276;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=308;ExcessHet=3.0103;FS=0.957;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.30;ReadPosRankSum=3.751;SOR=0.764;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:161,136:0.46:297
chr16	58545426	rs42945	A	G	3008.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.665;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=293;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.905;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=40;PP=1305;ReadPosRankSum=-0.251;SC=GCACCCACTCAGAGAGCAGCG;SOR=0.616;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=173;TCF=100;TCR=73;TR=93;WE=58545434;WS=58545416;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:134,152:0.53:286
chr16	58549932	rs4784046	T	C	1026.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.291;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.798;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=20;PP=580;ReadPosRankSum=1.107;SC=CGGAGAGCTGTTGTTCGTGGT;SOR=0.878;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=51;TCF=18;TCR=33;TR=31;WE=58549940;WS=58549922;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,50:0.55:91
chr16	58550028	.	T	TGGGGC	156.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=1.383;ClippingRankSum=-0.000;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=0;PP=91;ReadPosRankSum=-0.298;SC=GCTAGGGCCCTGGGGCGGGGC;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=6;TCR=5;TR=1;WE=58550036;WS=58550018;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,5:0.50:10
chr16	58550300	rs77328516	A	AAC	7537.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.796;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=425;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.097;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.069;NF=27;NR=57;PP=2964;ReadPosRankSum=0.259;SC=CTGCTGCAAGAAGTTTCCCCG;SOR=0.600;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=182;TCF=63;TCR=119;TR=84;WE=58550313;WS=58550290;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:222,196:0.47:418
chr16	58552228	rs2280397	G	A	1099.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.460;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.741;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=21;PP=641;ReadPosRankSum=-0.166;SC=AGTTGACTTTGTAGACTGGGT;SOR=0.660;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=74;TCF=36;TCR=38;TR=40;WE=58552236;WS=58552218;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,51:0.50:101
chr16	58552921	rs3607	G	A	1736.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.592;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.100;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=41;PP=899;ReadPosRankSum=-1.185;SC=AGTTGTTGGAGCTGACAAGTT;SOR=0.922;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=158;TCF=59;TCR=99;TR=61;WE=58552929;WS=58552911;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:136,89:0.40:225
chr16	58557209	rs71155275	G	GA	855.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.484;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FS=1.510;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.17;MQRankSum=1.582;QD=6.79;ReadPosRankSum=0.907;SOR=0.878;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:72,54:0.43:126
chr16	58559414	rs12596205	C	T	122.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-1.832;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=5;PP=69;ReadPosRankSum=-1.919;SC=ATTTAACAAACACACAGATGC;SOR=1.230;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=0;TCR=12;TR=5;WE=58559422;WS=58559404;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,6:0.40:15
chr16	58571185	rs2244453	C	T	1299.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=0.323;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.883;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=32;PP=705;ReadPosRankSum=-1.038;SC=TACAGACATACGCATGTATAG;SOR=0.451;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=84;TCF=25;TCR=59;TR=49;WE=58571193;WS=58571175;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,57:0.58:98
chr16	58573571	rs59302179	T	A	240.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-0.315;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.139;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=4;PP=103;ReadPosRankSum=-1.720;SC=ATTTATATTATGAAATCTTAA;SOR=0.061;SbPval=0.2;Source=Platypus;TC=23;TCF=17;TCR=6;TR=9;WE=58573579;WS=58573561;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,12:0.48:25
chr16	58573946	rs246195	C	T	172.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-2.433;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=8;PP=152;ReadPosRankSum=-0.051;SC=TAGAGGTCTACTAGTATGTTT;SOR=0.582;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=15;TCF=1;TCR=14;TR=9;WE=58573954;WS=58573936;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,8:0.47:17
chr16	58575489	rs11540994	G	A	5314.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=0.919;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=517;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.101;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=77;PP=1974;ReadPosRankSum=0.772;SC=CAAACTCTTCGTAAACAGCCA;SOR=0.697;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=277;TCF=134;TCR=143;TR=140;WE=58575497;WS=58575479;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:246,264:0.52:510
chr16	58577315	.	G	GA	116.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.608;ClippingRankSum=0.000;DP=115;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.09;MQRankSum=2.039;QD=1.05;ReadPosRankSum=-0.360;SOR=0.614;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:87,24:0.22:111
chr16	58577421	rs41260	C	T	884.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=2.586;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.676;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.707;NF=23;NR=16;PP=538;ReadPosRankSum=2.993;SC=TAAGTGGTAACGCCCAGTGCC;SOR=0.808;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=97;TCF=58;TCR=39;TR=39;WE=58577429;WS=58577411;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,47:0.34:137
chr16	58580213	rs2241570	T	C	2455.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.020;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=253;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.994;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=22;PP=1106;ReadPosRankSum=0.076;SC=CTTGACTAATTAGCACACTTA;SOR=0.621;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=164;TCF=110;TCR=54;TR=69;WE=58580221;WS=58580203;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:130,119:0.48:249
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chr16	58587737	rs11866002	C	T	3466.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.979;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=368;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.792;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=52;PP=1563;ReadPosRankSum=-1.465;SC=AAGCCAAATGCTGACAATACT;SOR=0.752;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=228;TCF=115;TCR=113;TR=106;WE=58587745;WS=58587727;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:185,176:0.49:361
chr16	58589112	rs1568399	G	A	1679.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.590;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.938;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=16;PP=883;ReadPosRankSum=-0.730;SC=CCCTGTCTGCGGGGTCAGGGA;SOR=0.856;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=127;TCF=88;TCR=39;TR=60;WE=58589120;WS=58589102;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:97,83:0.46:180
chr16	58594340	rs71739184	AT	A	457.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.022;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.54;ReadPosRankSum=0.960;SOR=0.705;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,38:0.79:48
chr16	58608436	rs8054895	A	G	650.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.054;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.994;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=9;PP=333;ReadPosRankSum=1.769;SC=CTTTCACTGAACCTCTTCTTC;SOR=0.485;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=62;TCF=43;TCR=19;TR=26;WE=58608444;WS=58608426;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,33:0.44:75
chr16	58610257	rs9936144	C	T	590.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=1.688;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=2;PP=322;ReadPosRankSum=0.145;SC=CTTGTGGATCCGCCCACCTCA;SOR=0.701;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=39;TCF=35;TCR=4;TR=18;WE=58610265;WS=58610247;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,24:0.45:53
chr16	58612510	rs35176616	T	TA	200.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-0.516;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=2;PP=160;ReadPosRankSum=0.194;SC=TTCAGAGATGTAAAAAAAAAT;SOR=0.776;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=29;TCF=26;TCR=3;TR=11;WE=58612518;WS=58612502;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,13:0.52:25
chr16	58614733	rs72790275	C	T	1034.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-4.090;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.236;HP=1;HapScore=4;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=26;PP=1124;ReadPosRankSum=0.171;SC=AATGTTTTCACTAGGCTATTG;SOR=0.303;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=52;TCF=5;TCR=47;TR=29;WE=58614751;WS=58614723;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,43:0.60:72
chr16	58614743	rs59119976	G	T	556.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=4.735;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.288;HP=3;HapScore=4;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=19;PP=1017;ReadPosRankSum=-0.472;SC=CTAGGCTATTGTCAATCTTAA;SOR=2.753;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=39;TCF=2;TCR=37;TR=19;WE=58614751;WS=58614723;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,23:0.43:53
chr16	58616984	rs17854029	T	C	4914.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.438;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=464;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.048;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=87;NR=73;PP=2589;ReadPosRankSum=1.251;SC=CATCTGTTAATCCTGAATGAG;SOR=0.731;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=299;TCF=149;TCR=150;TR=160;WE=58616992;WS=58616974;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:225,233:0.51:458
chr16	58620995	rs12443835	A	G	120.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-0.004;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=2;PP=61;ReadPosRankSum=-0.280;SC=ATAAAGAGAAATTAATTTCAG;SOR=0.693;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=14;TCF=10;TCR=4;TR=7;WE=58621003;WS=58620985;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,7:0.50:14
chr16	58621042	rs950844	A	G	157.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=0.224;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=3;PP=108;ReadPosRankSum=-0.201;SC=ACAGAGCCTCATGATTAAAAA;SOR=0.465;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=28;TCF=19;TCR=9;TR=10;WE=58621050;WS=58621032;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,10:0.38:26
chr16	58622596	rs34716647	TC	T	3887.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQ=60.21;NF=57;NR=15;PP=2957;SC=CCAGCTACAATCACTTCCGGA;SOR=2.742;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=75;TCF=59;TCR=16;TR=72;WE=58622604;WS=58622586;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr16	58703878	rs200232590	CAA	C	1054.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.409;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FS=1.665;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.97;MQRankSum=1.050;QD=7.64;ReadPosRankSum=1.067;SOR=0.951;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:89,49:0.36:138
chr16	58703966	rs9923128	A	G	3288.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=0.633;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=381;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.507;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=44;PP=1262;ReadPosRankSum=0.847;SC=ACAAAGCCACATTCCAATCCA;SOR=0.627;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=207;TCF=102;TCR=105;TR=96;WE=58703974;WS=58703956;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:207,173:0.46:380
chr16	58704861	rs9806843	A	G	1510.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-2.171;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.863;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=13;PP=952;ReadPosRankSum=0.452;SC=TCTCTCCTGCATGTTTTGAGC;SOR=0.953;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=91;TCF=70;TCR=21;TR=60;WE=58704869;WS=58704851;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,69:0.64:107
chr16	58705934	rs200662927	CAAAGG	C	472.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=2.757;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.131;HP=3;HapScore=3;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=0;PP=894;ReadPosRankSum=-1.103;SC=CACACAAGGCCAAAGGACCAT;SOR=1.946;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=27;TCF=22;TCR=5;TR=8;WE=58705953;WS=58705924;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,14:0.36:39
chr16	58705944	rs200048425	T	TC	514.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=4.023;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.338;HP=1;HapScore=3;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=0;PP=905;ReadPosRankSum=-1.504;SC=CAAAGGACCATGTTGGAAGCG;SOR=1.981;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=27;TCF=22;TCR=5;TR=8;WE=58705953;WS=58705924;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,15:0.37:41
chr16	58705945	rs62065312	G	C	523.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=0.015;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.122;HP=3;HapScore=3;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=0;PP=655;ReadPosRankSum=-1.079;SC=AAAGGACCATGTTGGAAGCGC;SOR=1.863;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=37;TCF=30;TCR=7;TR=8;WE=58705953;WS=58705924;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,14:0.35:40
chr16	58709250	.	G	GAA	62.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.347;ClippingRankSum=-0.000;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.56;MQRankSum=0.502;QD=4.83;ReadPosRankSum=-1.074;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,5:0.38:13
chr16	58709824	rs146093943	TGG	T,TGGG	4428.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.196;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=10;HapScore=4;MGOF=4;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=37,37;NR=38,38;PP=675,1331;ReadPosRankSum=1.065;SC=TCCCAGGTCTTGGGGGGGGGG;SOR=0.734;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=99;TCF=48;TCR=51;TR=75,75;WE=58709833;WS=58709814;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.54,0.35:182
chr16	58713798	rs7191331	G	A	4684.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.215;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=483;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.432;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=74;NR=89;PP=2446;ReadPosRankSum=-0.012;SC=GCCCCCCGCAGTGCTGAAGGC;SOR=0.813;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=305;TCF=148;TCR=157;TR=163;WE=58713806;WS=58713788;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:242,230:0.49:472
chr16	58743454	rs30842	A	C	6984.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-1.189;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=275;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=67;NR=77;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.657;SC=GTCAGCCATGACTTTCACTTC;SOR=0.266;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=145;TCF=67;TCR=78;TR=144;WE=58743462;WS=58743444;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,261:1.00:262
chr16	58750604	rs1058192	G	A	2018.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-1.844;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=15;PP=1232;ReadPosRankSum=0.654;SC=ATTGGCAGAGGCAAACATTAA;SOR=0.953;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=61;TCF=46;TCR=15;TR=60;WE=58750612;WS=58750594;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,72:0.99:73
chr16	58750869	rs7204324	A	T	678.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=1.627;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.056;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=24;PP=484;ReadPosRankSum=-0.192;SC=GGAAGACTCAACTTATACCCA;SOR=0.511;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=73;TCF=16;TCR=57;TR=31;WE=58750877;WS=58750859;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,32:0.43:74
chr16	58752466	rs11076256	C	T	1241.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.995;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.680;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=12;PP=657;ReadPosRankSum=-0.964;SC=AAGTCAAAACCGCAAGTCTTG;SOR=0.595;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=102;TCF=72;TCR=30;TR=40;WE=58752474;WS=58752456;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,56:0.40:141
chr16	58757668	rs14221	A	C	6042.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=71;NR=85;PP=2965;SC=CGCTAGGCAGAACGTAAGGCT;SOR=0.874;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=156;TCF=71;TCR=85;TR=156;WE=58757676;WS=58757658;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,214:1.00:214
chr16	58757683	rs257636	A	G	5026.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=74;NR=77;PP=2891;SC=AAGGCTTTCCATTATCATCCC;SOR=0.769;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=151;TCF=74;TCR=77;TR=151;WE=58757691;WS=58757673;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,189:1.00:189
chr16	58767848	rs12921667	G	A	566.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.787;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=5.136;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.25;MQRankSum=-1.189;QD=13.18;ReadPosRankSum=0.600;SOR=0.207;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,26:0.60:43
chr16	58767916	rs3217426	AGT	A	3633.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.372;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;MQ=60.19;MQRankSum=0.248;NF=20;NR=24;PP=2080;ReadPosRankSum=1.900;SC=GTGGCAGAAAAGTGTGTGTGT;SOR=1.234;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=50;TCF=21;TCR=29;TR=44;WE=58767925;WS=58767906;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,103:0.98:105
chr16	58768129	rs11558171	C	A	748.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.489;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=16;PP=347;ReadPosRankSum=-2.212;SC=TGCAGCAGGGCCATGGTGGAC;SOR=0.731;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=47;TCF=17;TCR=30;TR=25;WE=58768137;WS=58768119;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,37:0.56:66
chr16	59772759	.	CA	C	50.86	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=6.36;ReadPosRankSum=-0.887;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,7:0.88:8
chr16	60393236	rs62048716	C	T	1631.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.053;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.546;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.215;NF=32;NR=24;PP=801;ReadPosRankSum=2.782;SC=GCCTCTGAGACGAGGGATCCT;SOR=0.772;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=122;TCF=69;TCR=53;TR=56;WE=60393244;WS=60393226;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:101,83:0.45:184
chr16	60393404	rs2407146	T	A	1044.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.976;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-2.379;NF=13;NR=22;PP=487;ReadPosRankSum=-0.819;SC=ATCCCACCTGTCTGGAAAAGA;SOR=0.695;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=62;TCF=22;TCR=40;TR=35;WE=60393412;WS=60393394;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,50:0.53:95
chr16	64294574	rs111520540	T	TA	56.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.422;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=356;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.85;MQRankSum=-0.731;QD=0.17;ReadPosRankSum=1.420;SOR=0.658;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:294,47:0.14:341
chr16	64294842	rs140524664	C	T	2324.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.668;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=316;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.248;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.352;NF=46;NR=40;PP=1165;ReadPosRankSum=1.082;SC=ATCAGCTTTGCCATATTCTTT;SOR=0.673;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=184;TCF=88;TCR=96;TR=86;WE=64294850;WS=64294832;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:190,122:0.39:312
chr16	64982033	rs2280394	C	T	2029.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.514;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=48;PP=1119;ReadPosRankSum=0.722;SC=GGTAAGCATTCGTTAAGTCCA;SOR=0.662;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=136;TCF=52;TCR=84;TR=79;WE=64982041;WS=64982023;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,98:0.54:183
chr16	65005462	rs12597529	G	A	3307.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.422;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=306;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.823;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=68;NR=41;PP=1529;ReadPosRankSum=0.446;SC=CTCTGAATGCGTAGGAACCTT;SOR=0.904;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=195;TCF=118;TCR=77;TR=109;WE=65005470;WS=65005452;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:140,159:0.53:299
chr16	65015908	rs35214	C	G	789.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.842;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=8;PP=386;ReadPosRankSum=0.482;SC=CCTCTTGACTCTAAAATTCCC;SOR=0.712;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=64;TCF=44;TCR=20;TR=27;WE=65015916;WS=65015898;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,38:0.45:84
chr16	65016087	rs35213	A	C	4514.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=68;NR=62;PP=2389;SC=TCTTCTACTGAGATCTTGACG;SOR=0.819;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=131;TCF=69;TCR=62;TR=130;WE=65016095;WS=65016077;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,166:1.00:166
chr16	65016285	rs35212	C	A	2898.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=25;NR=57;PP=1774;SC=TTTATAGGGACGAGTGAATAT;SOR=1.499;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=83;TCF=25;TCR=58;TR=82;WE=65016293;WS=65016275;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr16	65022114	rs28216	C	T	6450.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=1.320;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=689;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.102;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=79;NR=108;PP=2780;ReadPosRankSum=-0.112;SC=TGATTTCAAACGATTCCATAC;SOR=0.795;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=396;TCF=174;TCR=222;TR=187;WE=65022122;WS=65022104;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:364,322:0.47:686
chr16	65025658	rs35196	T	C	3029.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=59;NR=25;PP=1851;SC=GAAAGCCAAGTCCACCTACTT;SOR=1.588;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=85;TCF=60;TCR=25;TR=84;WE=65025666;WS=65025648;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr16	65025718	rs35195	G	A	2268.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.054;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=236;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.482;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=28;PP=982;ReadPosRankSum=-0.289;SC=CAGTGTGATCGTCACTTTGGT;SOR=0.747;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=147;TCF=88;TCR=59;TR=69;WE=65025726;WS=65025708;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:120,112:0.48:232
chr16	65025849	rs35194	A	G	4615.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=44;NR=76;PP=2688;SC=CTGGACAGGTAAGCAGGCAAC;SOR=1.179;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=120;TCF=44;TCR=76;TR=120;WE=65025857;WS=65025839;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,163:1.00:163
chr16	65038674	rs35182	G	A	1523.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.505;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.726;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=30;PP=886;ReadPosRankSum=-0.661;SC=CATGGAAGGAGGGCCGCAGGT;SOR=0.813;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=116;TCF=57;TCR=59;TR=54;WE=65038682;WS=65038664;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:93,74:0.44:167
chr16	65397360	rs9939648	G	A	122.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.939;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=7;PP=92;ReadPosRankSum=1.851;SC=TTGAAGCCACGTGACTTCAGC;SOR=0.536;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=1;TCR=21;TR=7;WE=65397368;WS=65397350;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,7:0.27:26
chr16	65839621	rs139083721	CTCT	C	1748.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.102;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FS=0.746;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.47;MQRankSum=-0.009;QD=16.34;ReadPosRankSum=0.200;SOR=0.805;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:53,54:0.50:107
chr16	65839644	.	CTCT	C	1453.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.508;ClippingRankSum=0.000;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=0.895;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.61;MQRankSum=0.664;QD=18.88;ReadPosRankSum=-0.785;SOR=0.881;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,38:0.49:77
chr16	66420895	.	G	T	3247.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.843;ClippingRankSum=0.000;DP=325;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.327;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=69;PP=1631;ReadPosRankSum=2.049;SC=CGAAAACCTGGAGACTCCTTC;SOR=0.918;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=212;TCF=84;TCR=128;TR=107;WE=66420903;WS=66420885;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:161,159:0.50:320
chr16	66424173	.	AG	A	198.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=2.315;ClippingRankSum=0.000;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.969;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=0;PP=224;ReadPosRankSum=0.601;SC=TGAGAATCCCAGGGGTATTAT;SOR=2.494;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=14;TCR=4;TR=8;WE=66424181;WS=66424163;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,9:0.39:23
chr16	66432423	rs1049970	T	C	3120.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.330;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=341;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.822;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=48;PP=1562;ReadPosRankSum=0.927;SC=TTCAAATTCATCTTGAATACT;SOR=0.687;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=212;TCF=106;TCR=106;TR=99;WE=66432431;WS=66432413;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:179,158:0.47:337
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chr16	66436460	rs113672170	G	A	404.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-3.221;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=0;PP=248;ReadPosRankSum=0.512;SC=GAGGGCGTGGGGGTGGGGTTG;SOR=1.270;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=30;TCF=24;TCR=6;TR=13;WE=66436468;WS=66436450;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,16:0.62:26
chr16	66437131	rs1063438	A	T	1062.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=5.085;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=12.364;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=32;PP=706;ReadPosRankSum=0.041;SC=GGCCAGTCAGACGCCAGGCAC;SOR=2.510;SbPval=0.95;Source=Platypus;TC=63;TCF=6;TCR=57;TR=33;WE=66437139;WS=66437121;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,41:0.53:78
chr16	66601057	rs377761335	CT	C	165.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.080;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=261;ExcessHet=3.0103;FS=0.893;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.08;MQRankSum=0.000;QD=0.97;ReadPosRankSum=1.152;SOR=0.521;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:125,45:0.26:170
chr16	66646591	rs3743719	C	T	2599.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.676;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=256;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=57;PP=1220;ReadPosRankSum=0.171;SC=TCCACCCCTGCGCCTCACAGG;SOR=0.677;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=175;TCF=65;TCR=110;TR=90;WE=66646599;WS=66646581;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:117,133:0.53:250
chr16	66657495	rs12446021	G	A	4229.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=2.007;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=433;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.521;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=72;NR=72;PP=2234;ReadPosRankSum=0.786;SC=TAAGACCCACGATACCCAACC;SOR=0.642;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=283;TCF=137;TCR=146;TR=144;WE=66657503;WS=66657485;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:222,208:0.48:430
chr16	66730506	.	T	TCGC	233.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.62;BaseQRankSum=3.072;ClippingRankSum=0.000;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.820;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=3;PP=131;ReadPosRankSum=0.927;SC=GGCCGCCGCATCGCCGCCGCC;SOR=1.460;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=3;WE=66730514;WS=66730496;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,7:0.27:26
chr16	66757487	.	G	GT	616.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.197;ClippingRankSum=0.000;DP=250;ExcessHet=3.0103;FS=2.784;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.04;MQRankSum=0.000;QD=2.70;ReadPosRankSum=2.308;SOR=0.916;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:161,67:0.29:228
chr16	66757728	rs77481802	GA	G	618.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.048;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FS=3.075;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.15;MQRankSum=1.501;QD=5.20;ReadPosRankSum=0.571;SOR=1.141;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:65,54:0.45:119
chr16	66759682	rs2305311	C	A	490.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-2.582;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.963;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=7;PP=219;ReadPosRankSum=-0.340;SC=TCCATCCTTGCAGCACTACTC;SOR=0.490;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=53;TCF=37;TCR=16;TR=19;WE=66759690;WS=66759672;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,27:0.35:77
chr16	66759976	rs2305310	C	T	195.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=3.725;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.993;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=9;PP=149;ReadPosRankSum=0.367;SC=AACATTCATTCGCTACGATGC;SOR=1.845;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=1;TCR=20;TR=9;WE=66759984;WS=66759966;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,9:0.39:23
chr16	66762847	rs12599882	T	C	870.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=0.521;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=5;PP=476;ReadPosRankSum=-0.282;SC=GCAAGCTCTTTGTGACTTCCC;SOR=0.765;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=61;TCF=50;TCR=11;TR=29;WE=66762855;WS=66762837;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,36:0.51:70
chr16	66776657	rs4407052	G	A	1089.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=1.523;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.875;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=31;PP=733;ReadPosRankSum=1.621;SC=GGAAGATCTTGAAGGTGACAG;SOR=1.332;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=66;TCF=15;TCR=51;TR=39;WE=66776665;WS=66776647;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,47:0.57:82
chr16	66789125	rs11075643	A	G	198.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=0.071;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=8;PP=140;ReadPosRankSum=-2.266;SC=TGAGATGCAAATAAGTGCTTA;SOR=0.976;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=16;TCF=2;TCR=14;TR=9;WE=66789133;WS=66789115;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,9:0.56:16
chr16	66792714	rs363156	T	C	1589.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.285;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.622;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=26;PP=583;ReadPosRankSum=0.214;SC=ACTGAGTCGTTGTCTTCTACG;SOR=0.772;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=83;TCF=39;TCR=44;TR=48;WE=66792722;WS=66792704;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,77:0.55:141
chr16	66793226	rs363157	T	C	1147.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.084;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=30;PP=564;ReadPosRankSum=1.059;SC=TATGTGTAGATGTCACAAAAT;SOR=0.663;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=107;TCF=37;TCR=70;TR=45;WE=66793234;WS=66793216;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,60:0.44:137
chr16	66801241	rs34069156	C	CA	111.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.523;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.06;MQRankSum=1.485;QD=2.54;ReadPosRankSum=1.896;SOR=0.511;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,13:0.30:44
chr16	66806720	.	A	G	417.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=2.055;ClippingRankSum=0.000;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=12;PP=261;ReadPosRankSum=-0.908;SC=GGACAACTTCACAGCCCACCC;SOR=0.330;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=22;TCF=2;TCR=20;TR=13;WE=66806728;WS=66806710;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,16:0.70:23
chr16	66812653	rs363161	T	A	862.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-2.544;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.804;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=4;PP=544;ReadPosRankSum=1.355;SC=TCCTTCCACCTGTGAGAAACT;SOR=1.364;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=60;TCF=50;TCR=10;TR=30;WE=66812661;WS=66812643;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,36:0.54:67
chr16	66812797	rs363162	C	T	5597.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=2.452;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=678;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.528;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=97;NR=65;PP=2654;ReadPosRankSum=-0.290;SC=CCACAGTCTTCGTCACAACCA;SOR=0.657;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=391;TCF=233;TCR=158;TR=162;WE=66812805;WS=66812787;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:383,282:0.42:665
chr16	66842794	rs363169	A	T	370.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=2.374;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.182;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=3;PP=267;ReadPosRankSum=-0.937;SC=CGTTATCTTTAATATCATCAC;SOR=0.257;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=28;TCF=24;TCR=4;TR=15;WE=66842802;WS=66842784;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,15:0.56:27
chr16	66851224	rs9889170	T	C	624.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.239;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=9;PP=288;ReadPosRankSum=-0.431;SC=ACCATACAACTCCATAAGGAA;SOR=0.655;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=57;TCF=36;TCR=21;TR=23;WE=66851232;WS=66851214;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,34:0.34:101
chr16	66861470	rs11372346	C	CA	138.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.101;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.30;MQRankSum=1.211;QD=4.08;ReadPosRankSum=-0.356;SOR=0.784;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,13:0.38:34
chr16	66861966	rs152164	G	A	2489.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.404;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=344;ExcessHet=3.0103;FS=2.353;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.30;ReadPosRankSum=-1.139;SOR=0.739;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:203,138:0.40:341
chr16	66885652	rs151460	A	G	2216.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.288;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=260;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=47;PP=1130;ReadPosRankSum=0.486;SC=CCCCTGACCCAAGCAGCCCGA;SOR=0.720;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=173;TCF=66;TCR=107;TR=75;WE=66885660;WS=66885642;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:143,112:0.44:255
chr16	66886496	rs375038584	AAAAG	A	272.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.117;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=1.225;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.39;MQRankSum=1.658;QD=5.15;ReadPosRankSum=1.364;SOR=0.407;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,23:0.43:53
chr16	66886505	rs369232559	GAAAAGAA	G	446.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.691;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=1.133;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.34;MQRankSum=1.624;QD=7.32;ReadPosRankSum=2.147;SOR=0.437;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,27:0.44:61
chr16	66886559	rs152168	G	A	1727.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-3.478;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.352;HP=3;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=1.312;NF=34;NR=20;PP=837;ReadPosRankSum=-1.966;SC=GAAGTTGCTGGTTTGGTCCCA;SOR=0.351;SbPval=0.19;Source=Platypus;TC=107;TCF=76;TCR=31;TR=54;WE=66886567;WS=66886549;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,83:0.54:153
chr16	66946894	rs150509525	CGT	C	1523.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.526;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=441;ExcessHet=3.0103;FS=3.306;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.07;MQRankSum=2.712;QD=5.71;ReadPosRankSum=1.176;SOR=0.945;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:184,83:0.31:267
chr16	67197776	rs5817616	C	CG	1608.92	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.709;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=1.723;HP=8;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=44;PP=1105;ReadPosRankSum=1.076;SC=TGAGAGGGAACGGGGGGGGTG;SOR=1.404;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=64;TCF=11;TCR=53;TR=49;WE=67197784;WS=67197766;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:7,65:0.90:72
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chr16	67221050	rs9924876	A	G	9801.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=370;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=137;NR=106;PP=2965;SC=GCCTGGAGATAGGTGGCCTGG;SOR=0.875;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=243;TCF=137;TCR=106;TR=243;WE=67221058;WS=67221040;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,356:1.00:356
chr16	67229793	.	ACAG	A	804.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.717;ClippingRankSum=0.000;DP=506;ExcessHet=3.0103;FS=3.729;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.04;MQRankSum=3.624;QD=2.43;ReadPosRankSum=-0.397;SOR=0.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:287,44:0.13:331
chr16	67233266	rs12923138	A	C	3755.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=3.042;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=378;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=56;PP=1874;ReadPosRankSum=-0.247;SC=GATTGCCATCAAGATGCGTGA;SOR=0.680;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=205;TCF=94;TCR=111;TR=105;WE=67233274;WS=67233256;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:198,178:0.47:376
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chr16	67316600	rs7200919	G	A	5170.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.231;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=531;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.520;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=81;PP=2204;ReadPosRankSum=-0.215;SC=TGAGCCCCCAGTCCATAGCAG;SOR=0.750;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=306;TCF=134;TCR=172;TR=141;WE=67316608;WS=67316590;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:264,261:0.50:525
chr16	67324957	rs27860	T	C	3594.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=42;NR=71;PP=1863;SC=AGATGCAGAGTGGGGACTTCT;SOR=1.171;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=113;TCF=42;TCR=71;TR=113;WE=67324965;WS=67324947;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,140:1.00:140
chr16	67472376	.	GCA	G	146.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.667;ClippingRankSum=0.000;DP=101;ExcessHet=3.0103;FS=1.206;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.21;MQRankSum=2.780;QD=1.61;ReadPosRankSum=0.542;SOR=0.452;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:75,16:0.18:91
chr16	67670448	rs57092222	C	CA	62.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.395;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.20;MQRankSum=-0.611;QD=1.33;ReadPosRankSum=1.113;SOR=0.490;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,12:0.26:47
chr16	67670472	.	GTA	G	619.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.976;ClippingRankSum=0.000;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.099;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=1.414;NF=7;NR=11;PP=475;ReadPosRankSum=1.550;SC=GAAAGAAAGTGTATATATATA;SOR=0.404;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=46;TCF=18;TCR=28;TR=18;WE=67670483;WS=67670462;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,30:0.34:87
chr16	67854644	.	C	CA	49.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.031;ClippingRankSum=0.000;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=1.197;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.73;ReadPosRankSum=-0.289;SOR=0.469;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:55,13:0.19:68
chr16	67876823	rs377516180	ACAG	A	925.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.371;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=412;ExcessHet=3.0103;FS=2.749;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.02;MQRankSum=3.602;QD=2.64;ReadPosRankSum=-2.079;SOR=0.922;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:303,47:0.13:350
chr16	68025801	rs255051	G	C	7420.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=2.357;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=293;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.195;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=88;NR=73;PP=2747;ReadPosRankSum=-0.536;SC=GTAGAAGGTAGGTAAGATGGA;SOR=0.370;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=162;TCF=88;TCR=74;TR=161;WE=68025809;WS=68025791;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,287:1.00:288
chr16	68057096	rs237831	T	C	2660.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.391;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=263;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.461;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=54;PP=1540;ReadPosRankSum=-0.145;SC=ACCGGCCGCGTTAGAGCCATG;SOR=0.646;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=180;TCF=71;TCR=109;TR=91;WE=68057104;WS=68057086;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:131,125:0.49:256
chr16	68309184	rs111282396	G	C	1645.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.369;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FS=33.720;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.12;ReadPosRankSum=3.622;SOR=0.674;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:61,87:0.59:148
chr16	68325665	.	G	GGTGTGT,GGTGTGTGT	2109.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=185;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.35;QD=39.07;SOR=2.059;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:2,21,31:0.39,0.57:54
chr16	68344696	rs3803650	C	T	18112.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-2.164;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=691;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=224;NR=232;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.654;SC=TCTCTCCAAACCCTCCGACGT;SOR=0.228;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=457;TCF=224;TCR=233;TR=456;WE=68344704;WS=68344686;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,674:1.00:675
chr16	68344945	rs3743741	G	C	3972.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=34;NR=73;PP=2356;SC=CCCGCCCCGCGTGCTGGCCGC;SOR=1.510;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=107;TCF=34;TCR=73;TR=107;WE=68344953;WS=68344935;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,139:1.00:139
chr16	68345036	rs3743742	G	T	926.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=25;PP=771;SC=AGGTGGGGTCGCTTTGGGGTT;SOR=3.334;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=29;TCF=4;TCR=25;TR=29;WE=68345044;WS=68345026;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr16	68356187	rs7203220	A	C	386.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.66;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=6;NR=3;PP=157;SC=ACTGCAGCCTAGACTTCTTGG;SOR=1.112;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=6;TCR=3;TR=9;WE=68356195;WS=68356177;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr16	68356419	rs4783618	A	G	424.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=3;NR=9;PP=199;SC=CTTGTTTACCATGTGTATATC;SOR=1.371;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=12;TCF=3;TCR=9;TR=12;WE=68356427;WS=68356409;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr16	68363181	rs1111571	G	A	1830.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=17;NR=35;PP=923;SC=TAGCATAGAAGTGGGACCTCT;SOR=1.418;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=52;TCF=17;TCR=35;TR=52;WE=68363189;WS=68363171;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr16	68382447	rs2863975	T	C	793.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=24;PP=537;SC=GTCCTCCACATGCAACCTTAC;SOR=2.546;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=5;TCR=24;TR=29;WE=68382455;WS=68382437;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr16	68387373	rs1562479	C	T	5258.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=70;NR=67;PP=2527;SC=CGGGTGTGGACGGGGCTGCTC;SOR=0.744;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=137;TCF=70;TCR=67;TR=137;WE=68387381;WS=68387363;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,201:1.00:201
chr16	68387496	rs1868159	A	C	4076.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=48;NR=65;PP=2178;SC=TCTGCATAGTACCCCCGACCT;SOR=0.941;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=113;TCF=48;TCR=65;TR=113;WE=68387504;WS=68387486;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,151:1.00:151
chr16	68389772	rs1131933	C	T	1854.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.627;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.122;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=38;PP=881;ReadPosRankSum=0.640;SC=CCGAGGGCACCGTGGAGCTCA;SOR=0.605;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=131;TCF=47;TCR=84;TR=59;WE=68389780;WS=68389762;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:105,92:0.47:197
chr16	68391189	rs7192234	C	G	6936.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=254;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=73;NR=144;PP=2965;SC=GGCTTTCTAGCGGGGAAGGCT;SOR=1.478;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=217;TCF=73;TCR=144;TR=217;WE=68391197;WS=68391179;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,245:1.00:245
chr16	68395094	rs2279539	G	A	5437.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.844;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=93;NR=57;PP=2847;ReadPosRankSum=-0.898;SC=CAGAGGCCCCGCTGCTCCGGA;SOR=1.157;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=152;TCF=94;TCR=58;TR=150;WE=68395102;WS=68395084;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,206:0.99:208
chr16	68397530	rs3826167	T	G	2445.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=30;NR=43;PP=1547;SC=GGGGGTGGCCTCTGTGGGTGG;SOR=0.997;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=74;TCF=30;TCR=44;TR=73;WE=68397538;WS=68397520;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr16	68397909	rs1465470	A	G	3223.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.56;SOR=1.457;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr16	68397916	rs1465469	T	G	3160.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.90;SOR=1.483;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr16	68398924	rs1868158	C	T	11249.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=422;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=116;NR=153;PP=2965;SC=CCCTACCTTGCGGGGCATGCA;SOR=0.932;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=269;TCF=116;TCR=153;TR=269;WE=68398932;WS=68398914;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,417:1.00:417
chr16	68573945	rs1182968	C	T	858.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-5.576;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=28;PP=616;ReadPosRankSum=1.012;SC=GTGGTGCGATCTTGTGGGAGG;SOR=0.499;SbPval=0.18;Source=Platypus;TC=64;TCF=3;TCR=61;TR=31;WE=68573953;WS=68573935;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,35:0.45:78
chr16	68591156	rs1728784	T	A	1276.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.515;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=16;PP=601;ReadPosRankSum=-1.359;SC=GGCTCAAGCGTTCTGCCGGCC;SOR=0.719;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=73;TCF=43;TCR=30;TR=40;WE=68591164;WS=68591146;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,60:0.59:101
chr16	68591230	rs1728785	A	C	2713.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=2.324;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=37;PP=1222;ReadPosRankSum=0.687;SC=GCATTTTATTATTAATACGGC;SOR=0.709;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=120;TCF=59;TCR=61;TR=74;WE=68591238;WS=68591220;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:92,125:0.58:217
chr16	68591350	rs1645929	A	G	817.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=2.125;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.649;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=22;PP=488;ReadPosRankSum=-0.654;SC=GATCTCTAGGATACATAGCTA;SOR=1.254;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=58;TCF=20;TCR=38;TR=32;WE=68591358;WS=68591340;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,38:0.52:73
chr16	68597030	rs61746929	C	T	2978.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-1.260;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=312;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.863;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=46;PP=1257;ReadPosRankSum=2.603;SC=TGATCTCTTACATGCTACATT;SOR=0.633;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=202;TCF=104;TCR=98;TR=91;WE=68597038;WS=68597020;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:158,149:0.49:307
chr16	68598007	rs1177648	A	G	7666.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.786;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=697;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.521;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=111;NR=101;PP=2962;ReadPosRankSum=0.374;SC=CTCTCACTCAAGATGAAAGCA;SOR=0.769;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=416;TCF=212;TCR=204;TR=212;WE=68598015;WS=68597997;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:335,356:0.52:691
chr16	68679770	rs2236393	G	A	214.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-1.592;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.713;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=6;PP=104;ReadPosRankSum=0.637;SC=TCAGTTCCCGGGGAGGCGCAG;SOR=0.148;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=15;TCF=3;TCR=12;TR=9;WE=68679778;WS=68679760;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,11:0.58:19
chr16	68710165	rs3118229	T	C	1188.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-2.828;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.386;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=8;PP=744;ReadPosRankSum=-0.501;SC=AAGCCAAGTCTCCCTTCTGCA;SOR=0.406;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=63;TCF=51;TCR=12;TR=40;WE=68710173;WS=68710155;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,50:0.65:77
chr16	68712217	rs2296410	T	C	793.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=0.627;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.897;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=21;PP=596;ReadPosRankSum=-0.275;SC=CATTGGTGGCTCCAGGGACCC;SOR=0.936;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=74;TCF=28;TCR=46;TR=32;WE=68712225;WS=68712207;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,34:0.44:78
chr16	68713597	.	CAA	C	82.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.763;ClippingRankSum=0.000;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=5.798;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.35;ReadPosRankSum=1.487;SOR=2.419;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,7:0.37:19
chr16	68732049	rs3114409	A	C	4027.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.792;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=368;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.396;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=89;NR=45;PP=1975;ReadPosRankSum=-0.564;SC=AGCTGGCAAGAGGCAGGACCC;SOR=0.737;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=255;TCF=166;TCR=89;TR=134;WE=68732057;WS=68732039;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:169,184:0.52:353
chr16	68771372	rs3743674	C	T	1822.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.65;BaseQRankSum=-0.814;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.140;HP=3;HapScore=2;MGOF=69;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.738;NF=19;NR=19;PP=408;ReadPosRankSum=0.356;SC=TGCAGGTACCCCGGATCCCCT;SOR=0.592;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=84;TCF=44;TCR=40;TR=38;WE=68771380;WS=68771362;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:92,93:0.50:185
chr16	68771418	rs147838237	C	CGCCCCAGCCCCGT	2387.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.65;BaseQRankSum=0.414;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.282;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.922;NF=1;NR=12;PP=2964;ReadPosRankSum=1.978;SC=GCAAGCTCCGCGCCCCAGCCC;SOR=1.080;SbPval=0.95;Source=Platypus;TC=51;TCF=11;TCR=40;TR=13;WE=68771426;WS=68771408;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,64:0.45:141
chr16	68771547	rs3743675	G	C	105.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.357;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.21;ReadPosRankSum=1.149;SOR=0.473;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,9:0.27:33
chr16	68855966	rs35187787	G	A	3113.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.498;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=352;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.887;HP=6;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=44;PP=1455;ReadPosRankSum=0.688;SC=GAATGACAACGCCCCCATACC;SOR=0.544;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=203;TCF=115;TCR=88;TR=92;WE=68855974;WS=68855951;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:190,155:0.45:345
chr16	68857441	rs1801552	T	C	2089.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.557;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.090;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=36;PP=852;ReadPosRankSum=-2.031;SC=AAGGGGCCGCTGGCGTCTGTA;SOR=0.583;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=143;TCF=66;TCR=77;TR=69;WE=68857449;WS=68857431;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:101,101:0.50:202
chr16	68863752	rs33965115	G	A	1293.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=3.824;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.861;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=38;PP=969;ReadPosRankSum=0.100;SC=AAGCTCAGGAGGAGTTGTGTC;SOR=1.020;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=89;TCF=23;TCR=66;TR=49;WE=68863760;WS=68863742;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,53:0.54:99
chr16	69056606	rs113972965	C	CA	57.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.564;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=2.077;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.40;ReadPosRankSum=-0.849;SOR=1.256;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,6:0.35:17
chr16	69143577	rs2232228	A	G	2853.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.838;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=315;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.065;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=57;PP=1614;ReadPosRankSum=0.590;SC=GCATTGCCGCATACCAGGAGG;SOR=0.749;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=210;TCF=102;TCR=108;TR=102;WE=69143585;WS=69143567;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:171,137:0.44:308
chr16	69166366	.	G	GC	187.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.61;BaseQRankSum=1.329;ClippingRankSum=0.000;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=0;PP=94;ReadPosRankSum=-3.111;SC=AGCCTCCCGTGCCCCCCGCCC;SOR=0.760;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=11;TCR=7;TR=3;WE=69166374;WS=69166356;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,11:0.28:39
chr16	69170568	rs3815821	G	A	665.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.032;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.314;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=3;PP=453;ReadPosRankSum=-0.165;SC=TGAATTTGTGGTAATGTTGAG;SOR=1.121;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=42;TCF=34;TCR=8;TR=22;WE=69170576;WS=69170558;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,28:0.57:49
chr16	69171630	rs3217261	GGT	G	399.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.143;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=5.902;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.63;MQRankSum=1.659;QD=11.76;ReadPosRankSum=-0.088;SOR=1.863;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,15:0.44:34
chr16	69177268	rs2288036	C	T	1884.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.972;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.575;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=43;PP=1051;ReadPosRankSum=0.427;SC=CTAATGCTGACGTGCAGTCCA;SOR=0.603;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=119;TCF=37;TCR=82;TR=64;WE=69177276;WS=69177258;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:89,89:0.50:178
chr16	69194501	.	C	CT	94.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.233;ClippingRankSum=0.000;DP=80;ExcessHet=3.0103;FS=1.365;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.02;ReadPosRankSum=-1.401;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,13:0.28:47
chr16	69293926	.	C	CT	93.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.843;ClippingRankSum=0.000;DP=207;ExcessHet=3.0103;FS=4.770;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.47;ReadPosRankSum=0.436;SOR=0.362;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:164,36:0.18:200
chr16	69354682	rs17702834	C	T	2684.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.139;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.489;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=52;PP=1390;ReadPosRankSum=-1.325;SC=GGTGAGTCTTCCCCAGGAGAA;SOR=0.754;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=143;TCF=56;TCR=87;TR=84;WE=69354690;WS=69354672;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:103,125:0.55:228
chr16	69354963	rs1127231	A	G	2493.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=1.660;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=266;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=31;PP=962;ReadPosRankSum=1.574;SC=GGTTTGAAAAACGAATTTATA;SOR=0.679;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=142;TCF=74;TCR=68;TR=64;WE=69354971;WS=69354953;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:137,126:0.48:263
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chr16	69356612	rs72795271	C	G	1579.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.398;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.920;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=31;PP=825;ReadPosRankSum=2.251;SC=TGGTAAGTGACTTGACAGGGG;SOR=0.878;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=88;TCF=40;TCR=48;TR=53;WE=69356620;WS=69356602;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,76:0.51:148
chr16	69356694	rs114488427	CA	TG	1195.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-2.518;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.055;HP=1;HapScore=2;JOINED;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-1.256;NF=7;NR=16;PP=892;ReadPosRankSum=-1.045;SC=TTCTCCAGGCCAGGCATGGTA;SOR=0.869;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=47;TCF=16;TCR=31;TR=23;WE=69356703;WS=69356684;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,31:0.55:56
chr16	69363734	rs2242414	A	G	256.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-0.754;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.982;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=5;PP=136;ReadPosRankSum=0.626;SC=AGCGGGCTCTACCCCACAGGA;SOR=0.134;SbPval=0.22;Source=Platypus;TC=30;TCF=22;TCR=8;TR=12;WE=69363742;WS=69363724;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,14:0.41:34
chr16	69364030	rs3852691	G	A	3227.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.690;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=274;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.442;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=43;PP=1382;ReadPosRankSum=0.037;SC=CGCGCAGGGGGAAGGGCTCCA;SOR=0.675;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=175;TCF=88;TCR=87;TR=88;WE=69364038;WS=69364020;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:122,151:0.55:273
chr16	69364443	rs8057004	A	G	289.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.572;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=7;PP=124;ReadPosRankSum=-0.676;SC=CACAGTGGCCAAAGACTCAGC;SOR=1.009;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=18;TCF=4;TCR=14;TR=8;WE=69364451;WS=69364433;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,14:0.50:28
chr16	69365122	rs181040346	G	C	556.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-3.103;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.340;HP=7;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=17;PP=248;ReadPosRankSum=0.365;SC=AGGCCGGGGAGGGGGGGGCGG;SOR=1.542;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=40;TCF=6;TCR=34;TR=19;WE=69365130;WS=69365112;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,29:0.69:42
chr16	69372927	rs3759979	T	C	749.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-0.350;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=2;PP=469;ReadPosRankSum=-0.252;SC=ACAGTACCTATCTCGAAGGCT;SOR=0.495;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=44;TCF=41;TCR=3;TR=25;WE=69372935;WS=69372920;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,31:0.58:53
chr16	69373414	rs11542583	T	C	1817.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.524;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.050;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=33;PP=589;ReadPosRankSum=1.686;SC=GAGCCGCTGCTGTGGCCGTGG;SOR=0.593;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=133;TCF=49;TCR=84;TR=53;WE=69373422;WS=69373404;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:126,98:0.44:224
chr16	69373851	rs28372928	C	T	1661.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.295;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.541;HP=6;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=21;PP=733;ReadPosRankSum=1.499;SC=GGAGTGGGGGCGCGGTGCCGG;SOR=0.743;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=119;TCF=72;TCR=47;TR=54;WE=69373859;WS=69373841;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:102,84:0.45:186
chr16	69375658	rs8053850	G	A	847.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.473;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.864;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=25;PP=526;ReadPosRankSum=-1.074;SC=CAACACTCTGGCCTCTTCAGG;SOR=1.329;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=57;TCF=14;TCR=43;TR=31;WE=69375666;WS=69375648;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,37:0.54:68
chr16	69381769	rs16958777	C	T	7451.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.392;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=762;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=96;NR=108;PP=2962;ReadPosRankSum=1.105;SC=CATAGAAGACCCCAAAGTTGA;SOR=0.707;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=443;TCF=211;TCR=232;TR=204;WE=69381777;WS=69381759;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:389,369:0.49:758
chr16	69395141	.	G	GA	46.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.108;ClippingRankSum=0.000;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.47;MQRankSum=3.175;QD=0.82;ReadPosRankSum=-0.479;SOR=0.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:45,12:0.21:57
chr16	69395212	rs34295116	G	A	1961.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=0.898;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.170;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.765;NF=46;NR=37;PP=1281;ReadPosRankSum=0.643;SC=TTTCTAGTTCGGAGACAAGCA;SOR=0.448;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=157;TCF=93;TCR=64;TR=83;WE=69395220;WS=69395202;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:97,95:0.49:192
chr16	69404241	rs12325060	G	A	279.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=0.418;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.932;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=3;PP=212;ReadPosRankSum=0.788;SC=GCCTGCTTTTGCATTTTTAAG;SOR=1.569;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=39;TCF=28;TCR=11;TR=15;WE=69404249;WS=69404231;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,15:0.33:45
chr16	69419394	rs34415214	G	A	4208.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.071;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=472;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=100;NR=86;PP=2962;ReadPosRankSum=0.309;SC=GCAAAGCTGGGAGAGAAGACA;SOR=0.675;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=424;TCF=220;TCR=204;TR=186;WE=69419402;WS=69419384;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:257,208:0.45:465
chr16	69599803	rs8048032	A	G	603.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=13;PP=433;SC=GGGGGCCGCCACGGCTCTTCC;SOR=2.636;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=2;TCR=13;TR=15;WE=69599811;WS=69599793;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr16	69602249	rs9937747	A	G	553.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.02;QD=29.14;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,15:0.79:19
chr16	69602281	rs62052822	A	G	133.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.954;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.80;MQRankSum=-0.566;QD=7.04;ReadPosRankSum=2.238;SOR=1.140;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,6:0.32:19
chr16	69704122	rs72523664	C	CTG	1151.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-2.091;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.936;HP=5;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.949;NF=1;NR=17;PP=601;ReadPosRankSum=0.931;SC=TAATAAATCACTTTTTATTTC;SOR=0.321;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=33;TCF=3;TCR=30;TR=18;WE=69704130;WS=69704112;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,30:0.55:55
chr16	69704204	rs3217435	CT	C	181.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.064;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=30;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=8;PP=120;ReadPosRankSum=-1.252;SC=AAAATTTAAGCTTTTTTTATA;SOR=0.593;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=1;TCR=10;TR=8;WE=69704212;WS=69704194;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,11:0.69:16
chr16	69711311	rs3743673	A	T	527.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=1.278;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=22;PP=445;ReadPosRankSum=0.754;SC=TATGAAGATGACTAGCCAACC;SOR=0.563;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=51;TCF=9;TCR=42;TR=27;WE=69711319;WS=69711301;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,24:0.47:51
chr16	69745145	rs1800566	G	A	1212.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.687;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.587;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=22;PP=423;ReadPosRankSum=-0.129;SC=GTCAGTTGAGGTTCTAAGACT;SOR=0.543;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=67;TCF=19;TCR=48;TR=31;WE=69745153;WS=69745135;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,59:0.54:110
chr16	69752464	rs689452	C	G	889.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=21;PP=599;SC=AAAGCACACACGGAAAACCCA;SOR=1.751;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=9;TCR=21;TR=30;WE=69752472;WS=69752454;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr16	69782855	rs3811348	C	T	1291.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=2.292;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.450;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.043;NF=40;NR=7;PP=860;ReadPosRankSum=1.438;SC=GCAGCCAACCCGCACGTCCTC;SOR=1.148;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=88;TCF=71;TCR=17;TR=47;WE=69782863;WS=69782845;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,52:0.55:94
chr16	69783599	rs11646303	G	A	571.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.408;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=2.381;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.21;ReadPosRankSum=1.480;SOR=0.401;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,26:0.46:56
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chr16	69959223	rs2270838	G	A	1619.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=2.228;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.311;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=16;PP=755;ReadPosRankSum=-1.026;SC=CCTGCAAAGCGCTCAAATGTG;SOR=0.951;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=125;TCF=79;TCR=46;TR=51;WE=69959231;WS=69959213;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:116,82:0.41:198
chr16	69963355	rs1566452	G	A	5912.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=239;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=62;NR=62;PP=2348;SC=TGGCAGAGAAGAGACAGGACA;SOR=0.702;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=126;TCF=62;TCR=64;TR=124;WE=69963363;WS=69963345;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,231:1.00:231
chr16	69965024	rs2270840	A	T	10324.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=382;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=112;NR=105;PP=2965;SC=GAGAAATCGCATGAACCCCTG;SOR=0.725;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=217;TCF=112;TCR=105;TR=217;WE=69965032;WS=69965014;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,378:1.00:378
chr16	69965281	rs8052727	T	G	4424.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=83;NR=48;PP=2577;SC=TCTAGGAAGCTAGTTTTCATT;SOR=1.250;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=131;TCF=83;TCR=48;TR=131;WE=69965289;WS=69965271;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,163:1.00:163
chr16	69965592	rs2291961	A	G	4890.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=81;NR=67;PP=2965;SC=CCAGGGCGTGAGTCTTGGTGA;SOR=0.921;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=149;TCF=82;TCR=67;TR=148;WE=69965600;WS=69965582;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,163:1.00:163
chr16	69967093	rs2102066	G	A	2087.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=35;PP=1095;SC=CCTCTGCGTCGACGGACTCCT;SOR=1.457;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=48;TCF=13;TCR=35;TR=48;WE=69967101;WS=69967083;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr16	69967732	rs8047818	G	A	1083.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=24;NR=5;PP=639;SC=AGGTTAGCCCGGGTGCTTGTC;SOR=2.303;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=24;TCR=5;TR=29;WE=69967740;WS=69967722;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr16	69967897	rs2270841	T	C	7762.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=316;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=100;NR=90;PP=2925;SC=TCCTGTCTCATGAGGTGCTCA;SOR=0.733;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=191;TCF=101;TCR=90;TR=190;WE=69967905;WS=69967887;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,308:1.00:308
chr16	69970000	rs2270842	T	G	5843.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=60;NR=105;PP=2965;SC=CTGAGCTCTTTTCCAGCCTCT;SOR=1.349;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=165;TCF=60;TCR=105;TR=165;WE=69970008;WS=69969990;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,197:1.00:197
chr16	69970329	rs1983016	A	G	10013.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.782;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=379;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=104;NR=174;PP=2965;ReadPosRankSum=0.214;SC=TCCGGGTCACAGAGGAGAACA;SOR=1.160;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=282;TCF=105;TCR=177;TR=278;WE=69970337;WS=69970319;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,375:0.99:377
chr16	69973127	rs2270843	A	G	1786.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=2.017;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.952;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=21;PP=1130;ReadPosRankSum=0.185;SC=AGTGGGATGGAGAAGAGCTGT;SOR=1.224;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=126;TCF=71;TCR=55;TR=62;WE=69973135;WS=69973117;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:91,80:0.47:171
chr16	69973622	rs10712484	GC	G	8895.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=135;NR=33;PP=2951;SC=GGCCTGACTGGCAGCCCCTGA;SOR=3.072;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=177;TCF=139;TCR=38;TR=168;WE=69973630;WS=69973612;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,225:1.00:225
chr16	69973655	rs4985461	C	G	11687.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=421;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=226;NR=99;PP=2965;SC=GTGGTGCAAGCCCTGTGGCCC;SOR=1.598;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=326;TCF=227;TCR=99;TR=325;WE=69973663;WS=69973645;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,410:1.00:410
chr16	69973825	rs3748389	G	A	7001.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.718;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=667;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.112;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=73;NR=121;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.426;SC=AGGAGACCGAGGGCTTTGGAC;SOR=0.801;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=415;TCF=166;TCR=249;TR=194;WE=69973833;WS=69973815;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:325,328:0.50:653
chr16	69988373	rs2549097	T	C	4528.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.684;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=-1.716;NF=67;NR=43;PP=1965;ReadPosRankSum=-0.810;SC=GCGGGCTTGGTGTCCTTTGTC;SOR=0.976;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=112;TCF=68;TCR=44;TR=110;WE=69988381;WS=69988349;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,174:0.99:176
chr16	69988472	rs75776403	C	T	1938.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.898;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=15.463;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.931;NF=24;NR=44;PP=1030;ReadPosRankSum=-1.708;SC=ACCCACTACACGCAGGTGAGT;SOR=0.999;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=98;TCF=42;TCR=56;TR=68;WE=69988480;WS=69988462;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,87:0.76:115
chr16	70010458	rs3206834	G	A	2880.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=29;NR=40;PP=1396;SC=GAGGGTGGAAGGGGAATAAGA;SOR=0.936;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=69;TCF=29;TCR=40;TR=69;WE=70010466;WS=70010448;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr16	70016416	rs3748385	T	A	2359.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-2.299;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.586;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=55;PP=1288;ReadPosRankSum=0.100;SC=GAAGAAACTCTTTTCTTTGTG;SOR=0.501;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=147;TCF=46;TCR=101;TR=84;WE=70016424;WS=70016406;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,110:0.55:200
chr16	70068086	rs34921671	G	C	1576.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.305;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.570;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.840;NF=32;NR=17;PP=675;ReadPosRankSum=-1.093;SC=GATTACAAAGGTATTGGCCCA;SOR=0.772;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=124;TCF=78;TCR=46;TR=49;WE=70068094;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:96,78:0.45:174
chr16	70072983	.	G	GT	33.25	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=11;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=2;PP=30;SC=GTTGCTTCAAGTTTTTTTTTT;SOR=1.179;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=2;TCF=0;TCR=2;TR=2;WE=70072991;WS=70072973;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr16	70076912	rs58544385	GA	G	652.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.367;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FS=2.824;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.51;MQRankSum=-4.761;QD=6.59;ReadPosRankSum=-0.222;SOR=0.426;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:45,54:0.55:99
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chr16	70099593	rs889377	T	C	151.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=45.73;QD=25.31;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr16	70154480	rs200469748	A	G	1724.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.263;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=505;ExcessHet=3.0103;FS=1.276;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.43;MQRankSum=-21.093;QD=3.43;ReadPosRankSum=-3.348;SOR=0.755;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:373,130:0.26:503
chr16	70161263	rs2549532	T	C	1085.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=9.995;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=274;ExcessHet=3.0103;FS=24.617;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.84;MQRankSum=-12.047;QD=3.96;ReadPosRankSum=-0.935;SOR=1.688;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:213,61:0.22:274
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chr16	70163691	rs4985506	C	T	6375.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=7.370;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=876;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.541;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-27.869;NF=204;NR=183;PP=2962;ReadPosRankSum=1.724;SC=ACTTAACTAGCGTCCAGGGTA;SOR=0.622;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=685;TCF=364;TCR=321;TR=387;WE=70163699;WS=70163681;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:547,324:0.37:871
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chr16	70164741	rs2549541	T	C	1395.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.995;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=552;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.36;MQRankSum=-18.112;QD=2.54;ReadPosRankSum=1.502;SOR=0.673;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:437,112:0.20:549
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chr16	70165793	rs4985507	G	C	7639.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.207;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1145;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.340;NF=113;NR=122;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.176;SC=TGGTTTGCTTGTGGGGACTAG;SOR=0.666;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=666;TCF=318;TCR=348;TR=235;WE=70165801;WS=70165783;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:711,423:0.37:1134
chr16	70165914	rs2113175	T	C	2158.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-3.046;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.426;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-6.128;NF=18;NR=80;PP=1571;ReadPosRankSum=-1.284;SC=TGAATGCCTGTGTTCATTGAA;SOR=1.323;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=204;TCF=51;TCR=153;TR=98;WE=70165922;WS=70165904;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:111,100:0.47:211
chr16	70166225	rs2549550	C	A	8102.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=3.436;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=638;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.810;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-4.907;NF=74;NR=156;PP=2962;ReadPosRankSum=1.533;SC=GCATTATAACCGTAGTGCCTT;SOR=0.842;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=433;TCF=154;TCR=279;TR=230;WE=70166233;WS=70166215;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:259,366:0.59:625
chr16	70170004	rs8045700	C	A	982.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.675;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.506;HP=5;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.371;NF=27;NR=7;PP=812;ReadPosRankSum=0.948;SC=AAGAGGTTTTCTGAAAGGGGA;SOR=1.942;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=55;TCF=45;TCR=10;TR=34;WE=70170024;WS=70169994;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,32:0.52:62
chr16	70170016	rs8045569	A	G	382.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.327;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FS=2.689;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.38;MQRankSum=1.183;QD=5.04;ReadPosRankSum=1.710;SOR=1.088;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:55,21:0.28:76
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chr16	70172890	rs142218067	C	T	522.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.748;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=256;ExcessHet=3.0103;FS=2.186;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=45.18;MQRankSum=-3.148;QD=2.08;ReadPosRankSum=1.566;SOR=0.898;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:208,43:0.17:251
chr16	70176076	rs2549125	G	T	1196.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.236;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=356;ExcessHet=3.0103;FS=0.515;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.91;MQRankSum=-16.726;QD=3.46;ReadPosRankSum=-0.080;SOR=0.731;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:269,77:0.22:346
chr16	70176321	rs113493832	CT	C	4081.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.809;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1240;ExcessHet=3.0103;FS=0.537;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.08;MQRankSum=-1.799;QD=3.84;ReadPosRankSum=0.142;SOR=0.645;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:629,434:0.41:1063
chr16	70177577	rs2303198	G	A	148.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.858;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=567;ExcessHet=3.0103;FS=5.744;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.32;MQRankSum=-7.310;QD=0.26;ReadPosRankSum=-3.449;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:500,67:0.12:567
chr16	70177618	rs7191901	G	A	874.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.298;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=380;ExcessHet=3.0103;FS=3.081;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.35;MQRankSum=-12.697;QD=2.31;ReadPosRankSum=2.118;SOR=0.917;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:307,72:0.19:379
chr16	70177648	rs2303200	G	A	4615.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=3.342;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.694;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-4.244;NF=28;NR=130;PP=2962;ReadPosRankSum=0.700;SC=GCGCTTCTCCGGGAACCATAA;SOR=0.787;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=204;TCF=39;TCR=165;TR=158;WE=70177656;WS=70177638;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,176:0.77:228
chr16	70178401	rs7192962	A	T	78.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.032;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=40.00;MQRankSum=0.000;QD=4.15;ReadPosRankSum=0.107;SOR=0.148;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,5:0.26:19
chr16	70181537	rs145995386	C	T	1194.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.248;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FS=1.934;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.29;MQRankSum=-2.519;QD=7.07;ReadPosRankSum=1.417;SOR=0.857;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:101,68:0.40:169
chr16	70182249	rs62050975	C	T	185.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.198;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-1.817;NF=20;NR=1;PP=368;ReadPosRankSum=0.000;SC=CTTGCCTTGACGTCTGTCTCC;SOR=0.368;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=64;TCF=58;TCR=6;TR=21;WE=70182257;WS=70182239;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,13:0.22:60
chr16	70182325	rs55843501	T	C	1466.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=10.948;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=42.522;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-12.663;NF=65;NR=9;PP=1684;ReadPosRankSum=-1.189;SC=CCTTGACAAGTAATGTGAGTG;SOR=3.014;SbPval=0.99;Source=Platypus;TC=163;TCF=119;TCR=44;TR=74;WE=70182333;WS=70182315;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:128,61:0.32:189
chr16	70182375	rs62050977	T	C	4562.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=6.346;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=428;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=12.326;HP=2;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-2.538;NF=78;NR=27;PP=1786;ReadPosRankSum=-3.701;SC=AGGAGATGAGTGTGGGCTATG;SOR=1.507;SbPval=0.97;Source=Platypus;TC=288;TCF=171;TCR=117;TR=105;WE=70182383;WS=70182365;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:300,126:0.30:426
chr16	70182390	rs62050978	T	G	5238.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=4.666;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=476;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.475;HP=3;HapScore=2;MGOF=30;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-1.380;NF=81;NR=44;PP=2251;ReadPosRankSum=-3.331;SC=GCTATGCAAATGGGATCCGGG;SOR=1.219;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=311;TCF=172;TCR=139;TR=125;WE=70182398;WS=70182380;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:309,164:0.35:473
chr16	70182489	rs145754705	ACTTCCCTTCC	A	5583.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.017;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=359;ExcessHet=3.0103;FS=0.523;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.70;MQRankSum=4.346;QD=24.28;ReadPosRankSum=-0.167;SOR=0.744;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:88,142:0.62:230
chr16	70187164	rs2287979	G	A	3668.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-3.835;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=103;NR=19;PP=2551;ReadPosRankSum=-0.801;SC=TCAAGGATGAGACATCCTGGG;SOR=0.713;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=158;TCF=134;TCR=24;TR=122;WE=70187172;WS=70187154;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,140:0.77:181
chr16	70187270	rs2287980	T	G	12398.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=2.111;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=984;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=211;NR=139;PP=2962;ReadPosRankSum=0.445;SC=CTGCTGCTTATGAACTTTCTG;SOR=0.702;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=622;TCF=371;TCR=251;TR=350;WE=70187278;WS=70187260;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:411,563:0.58:974
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chr16	70292798	rs34846578	CAG	C	569.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.006;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.767;HP=3;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.147;NF=12;NR=2;PP=549;ReadPosRankSum=0.954;SC=TCTGATACAACAGAGTGAGAG;SOR=1.236;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=29;TCF=24;TCR=5;TR=14;WE=70292807;WS=70292794;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,16:0.46:35
chr16	70299590	rs146880293	C	CA	707.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.854;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.873;HP=8;HapScore=3;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=20;PP=350;ReadPosRankSum=-1.041;SC=GGAGGTGTGTCAAAAAAAACA;SOR=0.898;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=45;TCF=4;TCR=41;TR=23;WE=70299598;WS=70299580;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,45:0.51:89
chr16	70303580	rs2070203	G	A	4081.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.704;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=373;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.226;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=64;PP=1861;ReadPosRankSum=0.482;SC=TGGTCCGAGCGTGGTCAGCCA;SOR=0.691;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=225;TCF=112;TCR=113;TR=125;WE=70303588;WS=70303570;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:172,196:0.53:368
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chr16	70422231	rs4985526	C	T	318.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=0.679;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=2;PP=195;ReadPosRankSum=-1.145;SC=CAAGATGGTCCTGTCACCCAT;SOR=0.446;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=25;TCF=21;TCR=4;TR=12;WE=70422239;WS=70422221;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,14:0.52:27
chr16	70500875	rs56366805	T	C	2959.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.026;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=370;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.798;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=51;PP=1038;ReadPosRankSum=-0.289;SC=TGAGACTACCTGGGACTGCCT;SOR=0.759;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=220;TCF=105;TCR=115;TR=95;WE=70500883;WS=70500865;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:201,160:0.44:361
chr16	70502610	rs12446395	C	G	801.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=0.966;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.699;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=4;PP=527;ReadPosRankSum=-0.451;SC=TGGAGTCTGGCTGCTGGAGTG;SOR=1.616;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=54;TCF=45;TCR=9;TR=28;WE=70502618;WS=70502600;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,32:0.49:65
chr16	70506752	rs17884087	C	T	863.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=4.712;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.450;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=4;PP=668;ReadPosRankSum=1.364;SC=GCCTGGCCCCCGACCTGAATT;SOR=1.762;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=56;TCF=47;TCR=9;TR=31;WE=70506760;WS=70506742;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,33:0.52:63
chr16	70506907	rs7192865	T	C	3932.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-0.692;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=402;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.192;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=50;PP=1352;ReadPosRankSum=-0.121;SC=TGTGGGACCCTGAGACGCTGC;SOR=0.666;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=213;TCF=105;TCR=108;TR=106;WE=70506915;WS=70506897;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:196,196:0.50:392
chr16	70513384	rs11075764	C	G	1153.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.770;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.519;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=18;PP=672;ReadPosRankSum=0.057;SC=TAACCAGGGGCTATATCTGTA;SOR=0.593;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=70;TCF=33;TCR=37;TR=37;WE=70513392;WS=70513374;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,52:0.49:106
chr16	70514828	rs7919	A	C	269.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.801;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=1;PP=175;ReadPosRankSum=-0.447;SC=CCCCCAAGCCAGACAGCCTCG;SOR=1.022;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=14;TCF=12;TCR=2;TR=9;WE=70514836;WS=70514821;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,11:0.69:16
chr16	70515355	rs11054	C	T	2164.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.719;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=288;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=35;PP=872;ReadPosRankSum=-0.592;SC=AGGCAATGAGCGACCTCAGCT;SOR=0.715;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=172;TCF=83;TCR=89;TR=66;WE=70515363;WS=70515345;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:168,114:0.40:282
chr16	70515600	rs6416698	T	G	1357.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=0.967;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.916;HP=7;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=25;PP=1020;ReadPosRankSum=-0.162;SC=GTCCTGGGGGTGGTGGCATGA;SOR=1.078;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=123;TCF=75;TCR=48;TR=66;WE=70515608;WS=70515589;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,69:0.46:150
chr16	70530359	rs2303793	A	G	1005.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.451;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.858;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=28;PP=677;ReadPosRankSum=-0.367;SC=TGCATAGAGGAATTGACAGTG;SOR=0.293;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=66;TCF=11;TCR=55;TR=35;WE=70530367;WS=70530349;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,42:0.53:79
chr16	70531366	rs2303792	C	T	264.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-2.028;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=10;PP=198;ReadPosRankSum=0.802;SC=GGTACACTGGCCCTAGCTCTG;SOR=0.914;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=20;TCF=2;TCR=18;TR=11;WE=70531374;WS=70531356;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,11:0.55:20
chr16	70531754	rs2303791	T	G	813.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=0.524;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.579;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=8;PP=511;ReadPosRankSum=-0.337;SC=GCAGGACCAATAAATATGACA;SOR=0.203;SbPval=0.24;Source=Platypus;TC=62;TCF=50;TCR=12;TR=30;WE=70531762;WS=70531744;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,36:0.49:73
chr16	70546234	rs3762171	G	A	2217.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.308;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=34;PP=1101;ReadPosRankSum=1.209;SC=ACCTGGGGCAGATCACCTTCC;SOR=0.676;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=138;TCF=69;TCR=69;TR=69;WE=70546242;WS=70546224;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:117,108:0.48:225
chr16	70548297	rs3931036	G	A	4137.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=54;NR=54;PP=1918;SC=GTAGCGATGAGTATGTGCTGC;SOR=0.705;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=108;TCF=54;TCR=54;TR=108;WE=70548305;WS=70548287;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,161:1.00:161
chr16	70553382	rs7204583	G	C	120.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-1.452;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=0;PP=101;ReadPosRankSum=-0.053;SC=TCCAAGGACTGTTTGAAAACC;SOR=0.770;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=17;TCR=0;TR=6;WE=70553390;WS=70553379;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,6:0.32:19
chr16	70560361	rs8051506	G	A	457.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.586;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=5;PP=201;ReadPosRankSum=0.259;SC=CACCACGCCCGGTCACATATG;SOR=0.521;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=40;TCF=30;TCR=10;TR=18;WE=70560369;WS=70560351;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,23:0.50:46
chr16	70569215	rs33910368	A	T	1437.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.125;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.22;ReadPosRankSum=-1.519;SOR=0.669;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:99,76:0.43:175
chr16	70575852	rs11645437	A	T	869.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-2.534;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.088;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=25;PP=541;ReadPosRankSum=0.365;SC=AAGCAGTTAGAGGTAGAAGTT;SOR=0.895;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=58;TCF=10;TCR=48;TR=30;WE=70575860;WS=70575842;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,37:0.51:73
chr16	70601254	rs7197262	G	A	921.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-1.893;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.478;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=12;PP=559;ReadPosRankSum=0.976;SC=TGGGCAGAGAGGTGAGGCCTG;SOR=0.421;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=50;TCF=35;TCR=15;TR=35;WE=70601262;WS=70601244;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,41:0.69:59
chr16	70602221	rs12909	C	T	3136.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.317;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=334;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=50;PP=1403;ReadPosRankSum=1.540;SC=TCCAGACTATCGGACATAGGG;SOR=0.676;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=198;TCF=92;TCR=106;TR=94;WE=70602229;WS=70602211;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:172,158:0.48:330
chr16	70603220	.	T	C	26	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MMLQ=28;MQ=60.0;NF=1;NR=3;PP=26;QD=15.1928031368;SC=GTAGCGAGTTTCTTAGAGAGA;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=11;TCF=3;TCR=8;TR=4;WE=70603228;WS=70603210;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:7,4:0.36:11
chr16	70680744	rs3813904	G	C	382.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-1.549;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.500;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=2;PP=222;ReadPosRankSum=-1.526;SC=TTCCCTGACTGAGTGACCACC;SOR=1.085;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=29;TCF=22;TCR=7;TR=14;WE=70680752;WS=70680734;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,17:0.52:33
chr16	70680850	rs3813905	C	G	1892.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.078;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=21;PP=943;ReadPosRankSum=0.656;SC=GGAACACCACCATGCCCCGGG;SOR=0.723;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=129;TCF=89;TCR=40;TR=67;WE=70680858;WS=70680840;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:95,94:0.50:189
chr16	70688303	rs55704776	C	T	257.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=1.739;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=1;PP=160;ReadPosRankSum=1.220;SC=TTCCAGATCCCGTGCCCCCCA;SOR=0.914;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=26;TCF=22;TCR=4;TR=10;WE=70688311;WS=70688293;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,12:0.40:30
chr16	70690989	rs8046424	G	C	1559.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.382;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.583;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=26;PP=747;ReadPosRankSum=1.798;SC=GCAGGAGGTGGAGACGCTGCT;SOR=0.628;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=101;TCF=46;TCR=55;TR=49;WE=70690997;WS=70690979;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,77:0.48:159
chr16	70693872	rs3214847	C	CT	3178.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.352;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=277;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.77;ReadPosRankSum=-0.425;SOR=0.692;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:71,178:0.71:249
chr16	70698094	rs77173170	G	A	2281.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-2.325;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=34;PP=1257;ReadPosRankSum=-0.919;SC=GCTGGACAGGGCGCGGCGCAC;SOR=0.725;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=127;TCF=69;TCR=58;TR=77;WE=70698102;WS=70698084;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,105:0.57:183
chr16	70708093	rs67662127	CAGTCTCAACAGCTATAGT	C	271.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.135;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=15.98;ReadPosRankSum=-1.160;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,8:0.47:17
chr16	70714811	.	C	CGG	307.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.627;ClippingRankSum=0.000;DP=118;ExcessHet=3.0103;FS=2.343;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.10;ReadPosRankSum=-1.108;SOR=1.525;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:56,19:0.25:75
chr16	70726940	rs2278984	G	C	2180.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=18;NR=45;PP=1380;SC=AGCCCACACTGCCTGCCTCCG;SOR=1.640;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=63;TCF=18;TCR=45;TR=63;WE=70726948;WS=70726930;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr16	70732483	rs7201952	G	A	1672.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-2.009;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.298;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=18;PP=772;ReadPosRankSum=-3.703;SC=GCTCACACAGGGTGTGCCCCC;SOR=0.425;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=95;TCF=65;TCR=30;TR=51;WE=70732491;WS=70732473;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,79:0.59:134
chr16	70732761	rs9673700	G	C	840.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=19;PP=564;SC=GACCTGGAAGGCTCTGTGTCT;SOR=1.863;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=6;TCR=19;TR=25;WE=70732769;WS=70732751;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr16	70794927	.	G	T	143.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.608;ClippingRankSum=-0.000;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=3.010;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=14.38;ReadPosRankSum=-0.316;SOR=0.105;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,4:0.40:10
chr16	70794929	.	G	T	143.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.837;ClippingRankSum=-0.000;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=2.632;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=13.07;ReadPosRankSum=-0.985;SOR=0.180;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,5:0.45:11
chr16	70796515	rs2305689	G	A	3363.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.745;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.295;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=39;PP=989;ReadPosRankSum=-1.397;SC=ACATCTGGAGGGCAGAGAAGC;SOR=0.852;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=154;TCF=64;TCR=90;TR=63;WE=70796523;WS=70796505;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:123,100:0.45:223
chr16	70796535	rs2305690	C	T	2944.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=3.823;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.225;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=36;PP=919;ReadPosRankSum=-1.944;SC=CAGGGGTGCCCGTGAGTGCTC;SOR=0.842;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=133;TCF=50;TCR=83;TR=55;WE=70796543;WS=70796525;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:98,77:0.44:175
chr16	70808234	rs52826576	G	A	4347.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=2.580;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=446;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.113;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=92;PP=2417;ReadPosRankSum=-0.578;SC=TTGGTCTCACGTTTTCTCACG;SOR=0.794;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=277;TCF=106;TCR=171;TR=150;WE=70808242;WS=70808224;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:223,209:0.48:432
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chr16	70818759	rs2271047	A	G	816.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.812;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.541;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=16;PP=378;ReadPosRankSum=-0.098;SC=AGGCACAGACAGGGGAGGGAC;SOR=0.368;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=44;TCF=15;TCR=29;TR=27;WE=70818767;WS=70818749;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,40:0.62:65
chr16	70867056	rs150445431	A	G	300.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=0.173;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.553;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-4.959;NF=2;NR=12;PP=206;ReadPosRankSum=0.535;SC=GAGACTGCCTAGGCTGAGGTT;SOR=1.431;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=34;TCF=6;TCR=28;TR=14;WE=70867064;WS=70867046;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,14:0.39:36
chr16	70913651	rs116891635	G	A	221.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.346;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=39.95;MQRankSum=1.005;QD=11.09;ReadPosRankSum=0.312;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,9:0.45:20
chr16	70917785	rs74706348	C	T	329.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=2.875;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.545;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-7.610;NF=16;NR=3;PP=262;ReadPosRankSum=1.189;SC=CAGATGAACACCTTTTAAGTG;SOR=2.200;SbPval=0.93;Source=Platypus;TC=55;TCF=39;TCR=16;TR=19;WE=70917793;WS=70917775;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,19:0.26:72
chr16	70935224	rs75445533	A	T	481.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=0;NR=13;PP=335;SC=ATAGGTAAACACATGTCATGG;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=0;TCR=13;TR=13;WE=70935232;WS=70935214;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr16	70954915	rs1798531	G	T	2260.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=42.93;QD=31.40;SOR=4.863;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr16	70972595	rs79004160	T	C	9111.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=353;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=141;NR=128;PP=2965;SC=GGCATCATATTCTTCCTCATC;SOR=0.912;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=269;TCF=141;TCR=128;TR=269;WE=70972603;WS=70972585;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,351:1.00:351
chr16	70972784	rs1615602	A	G	1231.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=41;PP=1074;SC=CTCATCCCTGATTGCAGGGGT;SOR=4.125;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=46;TCF=4;TCR=42;TR=45;WE=70972792;WS=70972774;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr16	70975561	rs200044904	C	T	236.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.783;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FS=7.798;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.54;MQRankSum=-7.747;QD=1.25;ReadPosRankSum=1.661;SOR=0.285;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:157,32:0.17:189
chr16	70993881	.	CT	GA	123	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;FR=0.5000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MMLQ=24;MQ=54.66;NF=0;NR=4;PP=123;QD=44.1169687156;SC=TAGTGTACGACTAGGCCCTTT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=3;TCR=19;TR=4;WE=70993890;WS=70993871;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:18,4:0.18:22
chr16	70998557	rs141145866	G	A	327.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.813;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.198;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-2.201;NF=20;NR=5;PP=397;ReadPosRankSum=-0.865;SC=AAACAGGTTGGTCCCAGAGCA;SOR=1.029;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=67;TCF=50;TCR=17;TR=25;WE=70998565;WS=70998547;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,18:0.38:47
chr16	71004735	rs76424707	G	A	1535.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.357;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.099;NF=16;NR=36;PP=925;ReadPosRankSum=0.887;SC=AAACACTGCTGAGGGGAAAAA;SOR=0.722;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=102;TCF=32;TCR=70;TR=52;WE=71004743;WS=71004725;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,68:0.53:129
chr16	71025394	rs149427312	C	T	543.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.908;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FS=23.777;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.38;MQRankSum=-4.047;QD=3.53;ReadPosRankSum=-0.490;SOR=0.202;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:111,43:0.28:154
chr16	71025835	.	C	G	671.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-2.479;ClippingRankSum=0.000;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.025;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.782;NF=9;NR=18;PP=355;ReadPosRankSum=-0.082;SC=AGTCTGGGGCCTACACATAGA;SOR=0.527;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=55;TCF=17;TCR=38;TR=27;WE=71025843;WS=71025825;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,33:0.56:59
chr16	71054116	rs183427172	T	C	1818.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.724;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.074;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-1.623;NF=42;NR=33;PP=1076;ReadPosRankSum=2.410;SC=CAGTCTCACATATAAAGAAGG;SOR=0.597;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=155;TCF=88;TCR=67;TR=75;WE=71054124;WS=71054106;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:113,95:0.46:208
chr16	71054333	.	TTG	T	64.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.395;ClippingRankSum=0.000;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=2.114;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.75;MQRankSum=-3.563;QD=2.70;ReadPosRankSum=-0.572;SOR=0.768;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,5:0.21:24
chr16	71100838	rs74361942	T	C	432.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=2.138;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-3.155;NF=8;NR=16;PP=388;ReadPosRankSum=-1.651;SC=TCTGGAGCACTATGTTGAAAG;SOR=0.636;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=73;TCF=27;TCR=46;TR=24;WE=71100846;WS=71100828;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,29:0.27:108
chr16	71101433	rs139282877	G	GA	45.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.511;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.671;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-4.137;NF=0;NR=4;PP=91;ReadPosRankSum=0.347;SC=ATTTTTAGTTGACAAGTTACA;SOR=2.110;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=1;TCR=18;TR=4;WE=71101441;WS=71101423;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,4:0.18:22
chr16	71103114	.	A	G	87	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MMLQ=28;MQ=45.45;NF=7;NR=0;PP=87;QD=17.3958875067;SC=AGGGCCCATGACTATTTTGAA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=31;TCF=27;TCR=4;TR=7;WE=71103122;WS=71103104;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:24,7:0.23:31
chr16	71103148	rs75792522	G	A	104.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.957;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-4.148;NF=14;NR=4;PP=220;ReadPosRankSum=-1.810;SC=AGCTGTGTGTGCAGGAAGGCC;SOR=0.910;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=59;TCF=44;TCR=15;TR=18;WE=71103156;WS=71103138;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,10:0.19:53
chr16	71109662	rs141412506	C	G	66.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=3.228;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-1.551;NF=4;NR=0;PP=29;ReadPosRankSum=0.070;SC=CACATGTGTACATCATGGCAT;SOR=1.051;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=20;TCR=2;TR=4;WE=71109670;WS=71109653;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,4:0.25:16
chr16	71209398	rs145925047	TACC	T	5232.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.630;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=318;ExcessHet=3.0103;FS=4.633;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.04;MQRankSum=2.475;QD=18.30;ReadPosRankSum=2.542;SOR=0.950;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:147,139:0.49:286
chr16	71218926	rs3785347	T	A	1084.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-2.004;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.848;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=34;PP=746;ReadPosRankSum=-0.815;SC=CCAAAGATTCTTAAGTGGATG;SOR=0.891;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=85;TCF=21;TCR=64;TR=44;WE=71218934;WS=71218916;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,49:0.48:102
chr16	71220880	rs12927616	T	C	710.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=2.773;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.229;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=25;PP=558;ReadPosRankSum=0.881;SC=ATACAGGTCATAATTTTTTTT;SOR=0.974;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=63;TCF=12;TCR=51;TR=30;WE=71220888;WS=71220870;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,30:0.48:63
chr16	71318001	rs3096381	G	T	4655.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.052;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=413;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.094;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=69;NR=68;PP=2238;ReadPosRankSum=2.408;SC=GCTAAAAGTTGTGAGTTCAGC;SOR=0.630;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=262;TCF=136;TCR=126;TR=137;WE=71318009;WS=71317991;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:195,215:0.52:410
chr16	71319646	rs3096380	G	A	2885.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-1.317;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=267;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.088;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=58;PP=1702;ReadPosRankSum=-0.864;SC=AATGCATTAAGTTCAGTGTGG;SOR=0.857;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=209;TCF=99;TCR=110;TR=105;WE=71319654;WS=71319636;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:135,130:0.49:265
chr16	71406147	rs148260825	G	A	1382.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.251;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.715;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=33;PP=672;ReadPosRankSum=1.082;SC=GCCCAGCCCTGTCTCCGATTG;SOR=0.798;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=90;TCF=21;TCR=69;TR=42;WE=71406155;WS=71406137;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,64:0.49:130
chr16	71411446	rs12445308	G	T	689.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.681;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FS=4.926;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.21;ReadPosRankSum=-1.068;SOR=1.358;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:50,34:0.40:84
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chr16	71483497	rs72795864	C	G	5651.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=2.010;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=576;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=84;NR=92;PP=2935;ReadPosRankSum=2.199;SC=TTTCCCCAATCCTGTACACCC;SOR=0.702;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=376;TCF=179;TCR=197;TR=176;WE=71483505;WS=71483487;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:297,265:0.47:562
chr16	71484621	rs66920642	CA	C	626.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.364;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.27;MQRankSum=1.745;QD=5.50;ReadPosRankSum=-2.472;SOR=0.729;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:58,56:0.49:114
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chr16	71509685	rs2288489	C	G	2366.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=1.547;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.620;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=39;PP=1435;ReadPosRankSum=0.817;SC=CGGAACTACTCGTGAAACTAT;SOR=0.751;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=179;TCF=93;TCR=86;TR=88;WE=71509693;WS=71509675;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:111,108:0.49:219
chr16	71601937	rs113110476	G	A	172.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=2.040;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=3;PP=88;ReadPosRankSum=0.649;SC=CCTTGACATGGTGCATTTGAG;SOR=0.951;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=24;TCF=14;TCR=10;TR=8;WE=71601945;WS=71601927;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,10:0.37:27
chr16	71603912	rs172650	C	A	1228.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-2.150;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.441;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=29;PP=606;ReadPosRankSum=-0.388;SC=TTAAAAATAGCCCCCTCATTG;SOR=0.459;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=84;TCF=20;TCR=64;TR=41;WE=71603920;WS=71603902;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,60:0.47:129
chr16	71607384	rs2432520	T	G	1935.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.062;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FS=1.892;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.32;ReadPosRankSum=-0.667;SOR=0.558;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:77,94:0.55:171
chr16	71660115	rs4788820	G	C	848.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.288;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FS=3.661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.24;ReadPosRankSum=0.530;SOR=1.065;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:57,46:0.45:103
chr16	71660310	rs4788821	G	A	680.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.135;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=11;PP=416;ReadPosRankSum=0.342;SC=CCGGGACCCGGAGAGAGACCA;SOR=0.693;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=61;TCF=38;TCR=23;TR=27;WE=71660318;WS=71660300;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,34:0.43:80
chr16	71663532	rs62053104	G	T	517.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.544;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FS=1.998;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.15;MQRankSum=1.232;QD=7.29;ReadPosRankSum=-0.222;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:42,29:0.41:71
chr16	71668634	rs12932850	T	G	2845.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.074;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=263;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.451;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=50;PP=1385;ReadPosRankSum=0.924;SC=CCCTGGGGGCTGTCCTGGCCA;SOR=0.730;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=173;TCF=80;TCR=93;TR=92;WE=71668642;WS=71668624;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:123,136:0.53:259
chr16	71668800	rs7206470	G	A	1029.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.410;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.675;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=29;PP=585;ReadPosRankSum=1.050;SC=GAAGTTTCCAGTGCTGGAAAA;SOR=0.903;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=84;TCF=27;TCR=57;TR=42;WE=71668808;WS=71668790;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,50:0.49:102
chr16	71674882	rs2303225	C	G	6590.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.877;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=727;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.092;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=84;NR=98;PP=2680;ReadPosRankSum=-0.476;SC=GAGAACAGCCCGGAAGTTACA;SOR=0.615;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=437;TCF=194;TCR=243;TR=182;WE=71674890;WS=71674872;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:390,330:0.46:720
chr16	71678663	rs3752681	T	C	1628.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.961;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.151;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=28;PP=865;ReadPosRankSum=1.192;SC=CCTTAACTCATAGCTTTGCAG;SOR=0.603;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=114;TCF=61;TCR=53;TR=59;WE=71678671;WS=71678653;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:97,84:0.46:181
chr16	71678679	rs7204608	G	C	1822.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.332;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=30;PP=721;ReadPosRankSum=1.078;SC=TGCAGTGTCAGGGAATGTGGT;SOR=0.693;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=116;TCF=58;TCR=58;TR=61;WE=71678687;WS=71678669;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:96,94:0.49:190
chr16	71689406	.	CT	C	143.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.358;ClippingRankSum=0.000;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=1.617;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.53;ReadPosRankSum=2.105;SOR=1.244;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,15:0.58:26
chr16	71692443	rs2303224	A	G	1945.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=2.918;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.367;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=16;PP=1203;ReadPosRankSum=0.000;SC=ATTTTTCCTTATAAGAATAAT;SOR=0.848;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=124;TCF=94;TCR=30;TR=66;WE=71692451;WS=71692433;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,83:0.52:161
chr16	71697752	rs1035545	T	C	569.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-1.538;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.475;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=8;PP=354;ReadPosRankSum=0.232;SC=CTGACAAATATAGAATTAATG;SOR=0.265;SbPval=0.26;Source=Platypus;TC=57;TCF=44;TCR=13;TR=26;WE=71697760;WS=71697742;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,29:0.41:70
chr16	71701248	rs1423983	G	A	986.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.050;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=26;PP=637;ReadPosRankSum=-0.148;SC=TAAGGGGGGAGCATACAAACA;SOR=0.709;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=68;TCF=21;TCR=47;TR=37;WE=71701256;WS=71701238;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,48:0.53:90
chr16	71703436	rs2032918	T	G	1167.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-2.116;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.912;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=31;PP=682;ReadPosRankSum=-0.154;SC=TAGGTGCTCATTGAATGCTGC;SOR=0.450;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=79;TCF=21;TCR=58;TR=44;WE=71703444;WS=71703426;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,53:0.58:92
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chr16	71757939	rs7201649	C	G	146.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=1.600;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=5;PP=76;ReadPosRankSum=-1.843;SC=AAGCAGCTGCCGGCGCCGAGT;SOR=0.859;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=5;WE=71757947;WS=71757929;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,7:0.54:13
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chr16	71787688	rs12050951	C	T	1465.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.048;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=20;PP=756;ReadPosRankSum=-1.559;SC=ATGATAACATCAGTATATCCC;SOR=0.735;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=130;TCF=85;TCR=45;TR=53;WE=71787696;WS=71787678;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:120,78:0.39:198
chr16	71790166	rs8053186	G	A	323.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=1.571;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=13;PP=256;ReadPosRankSum=0.731;SC=CAGATGTGCTGACGTCCTTGC;SOR=0.963;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=33;TCF=1;TCR=32;TR=14;WE=71790174;WS=71790156;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,14:0.37:38
chr16	71792208	rs7185997	T	C	571.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.509;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=5;PP=271;ReadPosRankSum=0.427;SC=TTTATGCTTTTTGAGAGTGCT;SOR=0.844;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=38;TCF=26;TCR=12;TR=18;WE=71792216;WS=71792198;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,28:0.50:56
chr16	71800384	rs12930206	T	A	868.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.545;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=17;PP=499;ReadPosRankSum=0.630;SC=AAACAAAAGGTTTGCCACAAT;SOR=0.649;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=51;TCF=23;TCR=28;TR=33;WE=71800392;WS=71800374;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,40:0.56:72
chr16	71804956	rs9635524	C	G	2596.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.359;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=270;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.943;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=33;PP=1422;ReadPosRankSum=-1.114;SC=ACAGCAGAAACGCGACTCCAC;SOR=0.759;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=173;TCF=105;TCR=68;TR=87;WE=71804964;WS=71804946;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:140,126:0.47:266
chr16	71805160	rs4788443	G	A	324.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=2.528;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.584;HP=10;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=25;PP=720;ReadPosRankSum=-0.498;SC=TGCTGCCTATGAAAAAAAAAA;SOR=1.821;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=69;TCF=15;TCR=54;TR=29;WE=71805168;WS=71805149;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,23:0.33:70
chr16	71823117	rs11645475	T	C	1110.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-0.575;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=8;PP=706;ReadPosRankSum=-2.329;SC=CAGAAAAAGATGGACAATCCC;SOR=0.632;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=81;TCF=66;TCR=15;TR=43;WE=71823125;WS=71823107;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,48:0.54:89
chr16	71879868	rs4788563	A	C	459.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=2.367;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.021;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=1;PP=290;ReadPosRankSum=0.265;SC=GGGCGGGACGAGCTTGACGCC;SOR=1.371;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=23;TCF=20;TCR=3;TR=15;WE=71879876;WS=71879858;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,18:0.69:26
chr16	71885423	rs61747555	A	G	3223.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-1.094;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=373;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.702;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=51;PP=1411;ReadPosRankSum=-0.467;SC=TTCTCAGGCCAGCTGTGCTCC;SOR=0.645;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=227;TCF=118;TCR=109;TR=102;WE=71885431;WS=71885413;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:206,164:0.44:370
chr16	71917058	rs2288029	G	A	1780.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.460;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=31;PP=756;ReadPosRankSum=0.152;SC=CACAGACTTTGGCAAGAAAAA;SOR=0.714;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=99;TCF=38;TCR=61;TR=48;WE=71917066;WS=71917048;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,83:0.53:158
chr16	71928850	rs11075908	T	C	847.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.845;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.032;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=16;PP=450;ReadPosRankSum=0.516;SC=TACTGAATTATACCACACAGA;SOR=0.883;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=44;TCF=15;TCR=29;TR=23;WE=71928858;WS=71928840;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,37:0.62:60
chr16	71951094	rs7350856	G	T	1911.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.554;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.983;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=43;PP=977;ReadPosRankSum=0.892;SC=AGAAAGGTTGGTTAATATAAG;SOR=0.891;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=144;TCF=57;TCR=87;TR=68;WE=71951102;WS=71951084;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:129,99:0.43:228
chr16	71955400	rs4788450	T	G	1232.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=0.427;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.374;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.085;NF=14;NR=19;PP=504;ReadPosRankSum=2.088;SC=TTTGTAGGTATGACCTTCTTT;SOR=0.803;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=61;TCF=29;TCR=32;TR=33;WE=71955408;WS=71955390;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,62:0.47:133
chr16	71955426	rs56089063	C	CAT	1929.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-0.825;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.599;HP=9;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQ=60.11;MQRankSum=1.010;NF=2;NR=17;PP=755;ReadPosRankSum=-0.075;SC=ACAAAAAAAACATTCTTTGCA;SOR=0.900;SbPval=0.92;Source=Platypus;TC=37;TCF=8;TCR=29;TR=19;WE=71955434;WS=71955416;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,51:0.50:101
chr16	71956592	rs75418123	A	AAG,AAGTGTG	12070.73	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;ALERT;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=1.906;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=655;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.775;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.797;NF=12;NR=115;PP=2971;ReadPosRankSum=2.954;SC=CAGTAAGTATATATAAGTGTG;SOR=0.846;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=278;TCF=26;TCR=252;TR=127;WE=71956605;WS=71956578;set=Intersection	GT:AF:DP	0/1:0.48:640
chr16	71956593	rs3038732	T	TGTGG	12071.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.801;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=642;ExcessHet=3.0103;FS=1.767;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.02;MQRankSum=1.040;QD=18.89;ReadPosRankSum=2.171;SOR=0.840;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:331,308:0.48:639
chr16	71956596	rs2335708	A	G	11464.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.107;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=604;ExcessHet=3.0103;FS=1.123;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.08;ReadPosRankSum=0.173;SOR=0.817;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:311,290:0.48:601
chr16	71956597	rs2335707	A	T	11437.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.556;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=587;ExcessHet=3.0103;FS=1.124;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.59;ReadPosRankSum=-0.235;SOR=0.806;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:300,284:0.49:584
chr16	71961389	rs34382355	CA	C	223.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.171;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.15;MQRankSum=1.148;QD=3.55;ReadPosRankSum=-0.784;SOR=0.818;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,27:0.43:63
chr16	71981414	rs149635567	C	CTTTG	3237.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.606;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.415;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.064;NF=21;NR=19;PP=2082;ReadPosRankSum=1.104;SC=CCAAGATCCTCTTTGTTGTTC;SOR=1.081;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=88;TCF=42;TCR=46;TR=40;WE=71981422;WS=71981404;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:93,84:0.47:177
chr16	71981630	rs9934803	T	G	620.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-2.050;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.968;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=8;PP=129;ReadPosRankSum=-0.328;SC=TAATTTCACATTAATTTTTGC;SOR=0.339;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=25;TCF=6;TCR=19;TR=11;WE=71981638;WS=71981620;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,23:0.57:40
chr16	71981652	rs9934812	T	G	277.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-1.298;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.614;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=5;PP=68;ReadPosRankSum=-2.379;SC=CAATGATGGGTACCAGGAGAA;SOR=0.086;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=17;TCF=4;TCR=13;TR=8;WE=71981660;WS=71981642;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,8:0.44:18
chr16	71983772	rs1035543	G	C	1448.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-1.589;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.155;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=25;PP=745;ReadPosRankSum=1.231;SC=TCAATTCCAAGCTATAAAGTG;SOR=0.587;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=96;TCF=50;TCR=46;TR=48;WE=71983780;WS=71983762;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,69:0.51:134
chr16	71986764	rs11648353	G	A	195.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.987;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=10.88;ReadPosRankSum=0.981;SOR=0.301;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,9:0.50:18
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chr16	71986995	rs12708919	G	A	1742.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.735;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.481;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=25;PP=675;ReadPosRankSum=0.268;SC=TGGACGCACTGAAAGAAAAGC;SOR=0.535;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=107;TCF=42;TCR=65;TR=45;WE=71987003;WS=71986985;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:104,90:0.46:194
chr16	71987948	.	CAA	C	53.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.500;ClippingRankSum=0.000;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.31;ReadPosRankSum=0.427;SOR=0.602;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,7:0.17:41
chr16	71987960	rs9888745	A	C	440.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.368;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=1.240;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.38;ReadPosRankSum=0.458;SOR=1.048;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,23:0.49:47
chr16	71988106	rs9921412	C	T	1207.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.150;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.693;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=20;PP=557;ReadPosRankSum=-0.110;SC=AGCCGTTGGACCCTTGTAAAC;SOR=0.580;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=107;TCF=58;TCR=49;TR=38;WE=71988114;WS=71988096;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:103,64:0.38:167
chr16	71988220	rs9921705	G	A	996.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-3.036;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.867;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=19;PP=375;ReadPosRankSum=-1.233;SC=GAAATCAGAAGAGGAAATACA;SOR=0.306;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=60;TCF=14;TCR=46;TR=26;WE=71988228;WS=71988210;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,48:0.55:87
chr16	72001136	rs4788587	G	A	2565.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.548;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=240;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.858;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=43;PP=1077;ReadPosRankSum=-1.003;SC=AGGCCCCCTCGTTCAAAGACT;SOR=0.895;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=138;TCF=63;TCR=75;TR=74;WE=72001144;WS=72001126;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:114,126:0.52:240
chr16	72007232	rs7197967	G	A	976.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.252;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.475;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=15;PP=569;ReadPosRankSum=0.568;SC=CTTGGCATCCGGCGCTGCTCC;SOR=0.473;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=94;TCF=64;TCR=30;TR=42;WE=72007240;WS=72007222;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,51:0.43:120
chr16	72011040	rs3929023	A	G	724.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.231;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.944;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=10;PP=325;ReadPosRankSum=-2.609;SC=TGAGCCTGACAGTTTGAGGCT;SOR=0.556;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=51;TCF=33;TCR=18;TR=27;WE=72011048;WS=72011030;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,37:0.55:67
chr16	72011181	rs1559401	G	T	2314.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-2.191;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.844;HP=2;HapScore=4;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=31;PP=2436;ReadPosRankSum=-1.676;SC=TCAGGTGGAAGTGAGTGCAGT;SOR=0.487;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=146;TCF=89;TCR=57;TR=73;WE=72011201;WS=72011171;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:107,111:0.51:218
chr16	72011193	rs1559400	A	C	1955.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.293;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.714;HP=2;HapScore=4;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=27;PP=2436;ReadPosRankSum=-0.192;SC=GAGTGCAGTTAGGCTGATACT;SOR=0.562;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=148;TCF=91;TCR=57;TR=67;WE=72011201;WS=72011171;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:113,97:0.46:210
chr16	72011261	rs1559399	A	G	2411.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.217;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=273;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=33;PP=1040;ReadPosRankSum=-2.018;SC=CTCACTATCAAGGATTTCTCC;SOR=0.665;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=170;TCF=90;TCR=80;TR=70;WE=72011269;WS=72011251;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:152,119:0.44:271
chr16	72011450	rs1559398	G	A	1146.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.314;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.34;MQRankSum=1.938;QD=23.89;ReadPosRankSum=0.788;SOR=0.714;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,31:0.65:48
chr16	72011456	rs139541803	G	GGTCTTC	1119.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.46;MQRankSum=1.835;QD=26.04;ReadPosRankSum=0.494;SOR=0.784;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,29:0.67:43
chr16	72011459	rs34408626	C	CT	807.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.704;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=3.524;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=28.85;ReadPosRankSum=0.673;SOR=1.493;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,18:0.64:28
chr16	72012072	rs8053841	C	T	929.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-1.630;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.306;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=8;PP=611;ReadPosRankSum=1.246;SC=TAACATAATTCCCTTTAAGTT;SOR=1.073;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=59;TCF=44;TCR=15;TR=34;WE=72012080;WS=72012062;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,38:0.58:65
chr16	72012368	rs201075633	G	GTA	231.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.518;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.96;MQRankSum=-1.158;QD=10.08;ReadPosRankSum=1.050;SOR=1.112;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,9:0.39:23
chr16	72012396	rs2113217	A	G	131.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.329;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.93;MQRankSum=-0.000;QD=11.98;ReadPosRankSum=0.145;SOR=1.270;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,7:0.64:11
chr16	72012398	rs2878405	A	G	131.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.091;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.93;MQRankSum=-0.000;QD=11.98;ReadPosRankSum=0.145;SOR=1.270;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,7:0.64:11
chr16	72012400	rs62053844	A	G	371.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.753;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.93;MQRankSum=-0.474;QD=26.55;ReadPosRankSum=0.290;SOR=1.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,10:0.71:14
chr16	72012402	rs62053845	A	G	371.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.513;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.92;MQRankSum=-0.474;QD=26.55;ReadPosRankSum=0.290;SOR=1.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,10:0.71:14
chr16	72012413	.	TATATATAC	T	125.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.054;ClippingRankSum=-0.000;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.88;MQRankSum=-0.000;QD=12.57;ReadPosRankSum=-2.394;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,7:0.70:10
chr16	72013797	rs7185272	G	C	5553.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.423;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=525;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.741;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=90;NR=97;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.437;SC=CAGCGGTAAAGTTGATATGTT;SOR=0.691;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=346;TCF=175;TCR=171;TR=187;WE=72013805;WS=72013787;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:246,263:0.52:509
chr16	72016177	rs35324670	C	CT	166.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.539;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=2.077;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.18;MQRankSum=0.000;QD=6.18;ReadPosRankSum=-1.004;SOR=0.850;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,14:0.52:27
chr16	72018099	rs12443563	C	T	831.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.525;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.814;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=20;PP=498;ReadPosRankSum=1.137;SC=CAAAATTACTCATACAAAATT;SOR=0.587;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=62;TCF=20;TCR=42;TR=30;WE=72018107;WS=72018089;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,42:0.47:90
chr16	72020294	rs4788590	G	A	1295.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=1.871;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.642;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=38;PP=885;ReadPosRankSum=0.421;SC=GTTCAGATGCGGCTGATGTTA;SOR=0.767;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=120;TCF=36;TCR=84;TR=54;WE=72020302;WS=72020284;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:91,62:0.41:153
chr16	72020323	rs4788591	A	G	963.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-1.287;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.731;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=28;PP=556;ReadPosRankSum=-3.284;SC=GTGATACTTGATAGTACTGAA;SOR=0.565;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=94;TCF=26;TCR=68;TR=40;WE=72020331;WS=72020313;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,50:0.40:124
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chr16	72042825	rs3213423	T	G	822.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=19;PP=533;SC=GTTTCCGGGGTCTCCTGCAAA;SOR=2.468;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=4;TCR=19;TR=23;WE=72042833;WS=72042815;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr16	72046268	rs1465457	C	G	845.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-2.381;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=24;PP=554;ReadPosRankSum=-1.415;SC=CCCAAGTGAGCAGTGGGGATT;SOR=1.052;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=46;TCF=5;TCR=41;TR=26;WE=72046276;WS=72046258;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,32:0.63:51
chr16	72048332	rs3764310	T	C	167.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.895;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=2;PP=142;ReadPosRankSum=0.955;SC=AATACCGGGATAGCCTTAGCG;SOR=0.527;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=25;TCF=20;TCR=5;TR=8;WE=72048340;WS=72048322;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,9:0.32:28
chr16	72048632	rs8062895	A	G	502.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-1.373;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.681;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=14;PP=267;ReadPosRankSum=0.080;SC=GCGTTCAGAGATATAAGATCT;SOR=0.209;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=32;TCF=5;TCR=27;TR=18;WE=72048640;WS=72048622;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,23:0.57:40
chr16	72050885	rs11075914	G	C	2122.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=41;NR=17;PP=1183;SC=CTATGGTGCCGTCTCACTCTG;SOR=1.493;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=58;TCF=41;TCR=17;TR=58;WE=72050893;WS=72050875;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr16	72057282	rs2288002	A	G	2239.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.442;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=42;PP=1101;ReadPosRankSum=-1.179;SC=TCGTGATGGGAATCATCATTC;SOR=0.696;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=112;TCF=41;TCR=71;TR=66;WE=72057290;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,103:0.58:179
chr16	72089958	rs148260617	ATG	A	241.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.482;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FS=0.870;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.11;MQRankSum=3.657;QD=1.22;ReadPosRankSum=0.590;SOR=0.545;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:172,26:0.13:198
chr16	72107692	rs146688744	CGT	C	121.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.355;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FS=3.321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.48;ReadPosRankSum=0.880;SOR=0.263;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:69,13:0.16:82
chr16	72110872	rs147707949	G	A	2882.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.764;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=310;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.425;NF=51;NR=45;PP=1650;ReadPosRankSum=2.302;SC=CCTGGTACGCGGCTGGGATCC;SOR=0.679;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=200;TCF=107;TCR=93;TR=96;WE=72110880;WS=72110862;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:166,138:0.45:304
chr16	72139396	rs150617	T	C	4345.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=63;NR=53;PP=2480;SC=ATTTTTCCCTTCCTGTATGTC;SOR=0.889;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=116;TCF=63;TCR=53;TR=116;WE=72139404;WS=72139386;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,154:1.00:154
chr16	72139537	rs42544	T	C	6981.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=273;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=87;NR=92;PP=2927;SC=AGAGAAGACATGGGAGGCAAG;SOR=0.754;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=179;TCF=87;TCR=92;TR=179;WE=72139545;WS=72139527;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,270:1.00:270
chr16	72184629	rs217180	C	T	1873.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.447;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.551;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=28;PP=852;ReadPosRankSum=0.626;SC=TCTAGAGAGGCGATCTTGTCC;SOR=0.506;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=125;TCF=71;TCR=54;TR=59;WE=72184637;WS=72184619;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:94,92:0.49:186
chr16	72822296	rs2228199	G	A	4086.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.321;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=355;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.080;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=52;PP=1810;ReadPosRankSum=1.086;SC=AAGTCAACGCGGCCTGCAGGG;SOR=0.648;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=220;TCF=108;TCR=112;TR=109;WE=72822304;WS=72822286;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:158,190:0.55:348
chr16	72822645	rs149133285	G	A	2075.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.825;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=37;PP=949;ReadPosRankSum=-0.529;SC=GGAGCTCAGCGACGCTGAGGA;SOR=0.655;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=115;TCF=44;TCR=71;TR=61;WE=72822653;WS=72822635;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:93,100:0.52:193
chr16	72827758	rs699444	T	C	2302.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-1.227;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.548;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=43;PP=1355;ReadPosRankSum=-0.720;SC=CAGGCCGATCTCCGCTGTCAC;SOR=0.664;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=153;TCF=75;TCR=78;TR=85;WE=72827766;WS=72827748;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,105:0.57:183
chr16	72832135	rs740178	T	A	2501.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=0.889;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.038;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=43;PP=1621;ReadPosRankSum=-1.887;SC=TATGGTCCTCTGCCAGAGTGG;SOR=0.733;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=167;TCF=83;TCR=84;TR=90;WE=72832143;WS=72832125;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:108,112:0.51:220
chr16	72832618	.	TA	T	100.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.432;ClippingRankSum=0.000;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=3.544;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.60;ReadPosRankSum=1.998;SOR=0.260;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,13:0.46:28
chr16	72984340	rs12149946	G	A	960.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.005;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.233;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=8;PP=502;ReadPosRankSum=0.270;SC=CAGAAAGAGCGCCTGAGCCAT;SOR=0.354;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=62;TCF=50;TCR=12;TR=32;WE=72984348;WS=72984330;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,45:0.50:90
chr16	72984668	rs2228200	C	T	6856.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=3.133;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=657;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.422;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=93;NR=123;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.620;SC=ACTCGTCCTCCGACAGGCTGC;SOR=0.861;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=419;TCF=189;TCR=230;TR=216;WE=72984676;WS=72984658;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:331,322:0.49:653
chr16	72991286	rs2157786	C	T	3779.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=60;NR=34;PP=1823;SC=CCTGGTTAAACTCCTATCATG;SOR=1.117;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=95;TCF=60;TCR=35;TR=94;WE=72991294;WS=72991276;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,144:1.00:144
chr16	72991660	rs10852515	C	G	8503.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=302;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=107;NR=124;PP=2965;SC=TTGGTTTGGTCGGCGAGGGGG;SOR=0.813;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=233;TCF=107;TCR=126;TR=231;WE=72991668;WS=72991650;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,299:1.00:299
chr16	72991715	rs4788682	A	G	7080.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.450;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=340;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=112;NR=105;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.678;SC=CGCCGCAGCCACCGCCGCCGC;SOR=0.780;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=230;TCF=119;TCR=111;TR=217;WE=72991723;WS=72991686;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:13,276:0.96:289
chr16	72992269	rs11075951	G	A	4870.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=2.326;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=466;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.415;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=68;NR=82;PP=2358;ReadPosRankSum=-0.372;SC=TGGCACTTTCGTCAGCGAAGT;SOR=0.792;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=300;TCF=148;TCR=152;TR=150;WE=72992277;WS=72992259;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:232,230:0.50:462
chr16	72993831	rs7193297	A	C	5309.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.940;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=78;NR=57;PP=2808;ReadPosRankSum=0.303;SC=GCGGGCTCGGAGGGGGGCCCG;SOR=0.327;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=136;TCF=79;TCR=57;TR=135;WE=72993839;WS=72993821;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,191:0.99:192
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chr16	73517250	rs147828241	A	AAG	260.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.824;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=4.715;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.53;MQRankSum=2.932;QD=4.57;ReadPosRankSum=1.034;SOR=1.524;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,16:0.28:57
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chr16	74366694	.	A	G	456.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-0.209;ClippingRankSum=0.000;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-6.303;NF=1;NR=28;PP=638;ReadPosRankSum=-1.171;SC=ATTTCATCCCAAAAGTGGTTA;SOR=1.092;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=55;TCF=1;TCR=54;TR=29;WE=74366702;WS=74366684;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,18:0.40:45
chr16	74368661	rs376725405	C	T	775.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.075;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FS=3.663;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.67;MQRankSum=0.857;QD=4.31;ReadPosRankSum=0.925;SOR=1.104;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:135,45:0.25:180
chr16	74372302	rs2549259	C	T	1374.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-2.234;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=326;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.924;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-15.381;NF=50;NR=12;PP=790;ReadPosRankSum=0.008;SC=AATAAATATGCAAAGTTTCCT;SOR=1.215;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=214;TCF=162;TCR=52;TR=62;WE=74372310;WS=74372292;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:228,82:0.26:310
chr16	74372914	rs11353924	GT	G	105.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.325;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=6.455;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.30;ReadPosRankSum=-1.376;SOR=2.973;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,13:0.41:32
chr16	74394425	rs3852692	A	G	1443.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=6.057;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.656;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-5.907;NF=54;NR=11;PP=1135;ReadPosRankSum=0.571;SC=CATGCTACTTAGCAACATTTA;SOR=1.566;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=157;TCF=125;TCR=32;TR=65;WE=74394433;WS=74394415;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:106,61:0.37:167
chr16	74394671	rs62055171	T	C	6399.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.964;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=658;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.014;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-12.168;NF=101;NR=171;PP=2962;ReadPosRankSum=2.032;SC=CGGCAGCTGATGCGCTGTTTC;SOR=1.145;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=515;TCF=212;TCR=303;TR=272;WE=74394679;WS=74394661;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:338,313:0.48:651
chr16	74394745	rs71391080	A	G	2064.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=9.181;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=375;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=66.631;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-16.201;NF=17;NR=92;PP=2239;ReadPosRankSum=-2.375;SC=GACAGCAACCAGTAGAACATC;SOR=2.868;SbPval=0.98;Source=Platypus;TC=270;TCF=78;TCR=192;TR=109;WE=74394753;WS=74394735;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:274,100:0.27:374
chr16	74425548	rs2868591	A	G	1846.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.714;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=944;ExcessHet=3.0103;FS=2.371;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.81;MQRankSum=-2.598;QD=2.00;ReadPosRankSum=1.197;SOR=0.931;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:751,174:0.19:925
chr16	74443401	.	T	C	1390.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.099;ClippingRankSum=0.000;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=6.088;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=41.67;MQRankSum=-7.211;QD=21.40;ReadPosRankSum=1.872;SOR=3.690;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,49:0.75:65
chr16	74443433	.	C	G	40.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.732;ClippingRankSum=0.000;DP=177;ExcessHet=3.0103;FS=3.652;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=45.54;MQRankSum=-0.984;QD=0.24;ReadPosRankSum=-1.371;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:151,18:0.11:169
chr16	74490732	rs148416765	T	C	505.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-0.182;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.547;HP=4;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=22;PP=376;ReadPosRankSum=1.453;SC=AGGAAGAGGGTGCACAACCAC;SOR=1.765;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=54;TCF=12;TCR=42;TR=26;WE=74490740;WS=74490722;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,26:0.45:58
chr16	74490789	rs12446054	G	A	272.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.543;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=10;PP=201;ReadPosRankSum=1.379;SC=TACATACTAGGAAACTTGATC;SOR=1.022;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=24;TCF=4;TCR=20;TR=12;WE=74490797;WS=74490779;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,12:0.48:25
chr16	74493752	rs71158515	C	CT	855.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.445;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FS=1.523;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.04;MQRankSum=0.000;QD=6.07;ReadPosRankSum=0.390;SOR=0.522;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:77,64:0.45:141
chr16	74501856	rs6564117	C	G	930.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.058;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=22;PP=581;ReadPosRankSum=-0.149;SC=CTGGCTTCTACATAGCAAAGT;SOR=0.705;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=67;TCF=17;TCR=50;TR=28;WE=74501864;WS=74501846;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,42:0.45:93
chr16	74503860	rs2303278	T	A	4076.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.284;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=436;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.737;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=56;PP=1934;ReadPosRankSum=-1.234;SC=GAAAGTGGAATGAAACAACTA;SOR=0.584;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=253;TCF=139;TCR=114;TR=120;WE=74503868;WS=74503850;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:229,201:0.47:430
chr16	74504005	rs2303279	T	C	3075.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.684;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=332;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.377;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=60;PP=1255;ReadPosRankSum=0.374;SC=TCAGAAGTTTTGTGGCAACTT;SOR=0.570;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=211;TCF=87;TCR=124;TR=106;WE=74504013;WS=74503995;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:169,159:0.48:328
chr16	74504097	rs12716764	G	C	2892.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=17;NR=58;PP=1809;SC=TGACCCACACGTGAGACATCA;SOR=2.054;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=75;TCF=17;TCR=58;TR=75;WE=74504105;WS=74504087;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr16	74508589	.	G	A	921.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=1.295;ClippingRankSum=0.000;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.427;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=26;PP=631;ReadPosRankSum=0.240;SC=ACAAGGCAAGGGGAGATATCA;SOR=0.360;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=63;TCF=11;TCR=52;TR=33;WE=74508597;WS=74508579;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,39:0.53:73
chr16	74530611	.	TAC	T,TACAC	759.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.599;ClippingRankSum=0.000;DP=106;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.07;ReadPosRankSum=1.705;SOR=1.148;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:9,26,19:0.48,0.35:54
chr16	74537591	rs4887772	C	T	3876.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.053;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=444;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.525;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=65;PP=1755;ReadPosRankSum=1.266;SC=GGTGATCCACCAAGCAGGAAA;SOR=0.773;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=273;TCF=132;TCR=141;TR=123;WE=74537599;WS=74537581;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:238,197:0.45:435
chr16	74566091	.	AAT	A	57.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=1.928;ClippingRankSum=0.000;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=7.454;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.81;MQRankSum=-0.791;QD=1.13;ReadPosRankSum=-0.262;SOR=1.954;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,12:0.24:51
chr16	74566092	rs202047611	ATAT	A	237.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-1.580;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=2.862;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.81;MQRankSum=0.000;QD=5.40;ReadPosRankSum=1.342;SOR=0.539;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,18:0.41:44
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chr16	74664810	rs7188880	A	T	2579.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.144;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=235;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.485;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=44;PP=1120;ReadPosRankSum=-2.045;SC=AGCTCCAGACAGGACGTCCAG;SOR=0.741;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=140;TCF=60;TCR=80;TR=77;WE=74664818;WS=74664800;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:107,121:0.53:228
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chr16	74678721	rs71682116	CA	C	284.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-0.582;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.069;HP=8;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.844;NF=2;NR=12;PP=273;ReadPosRankSum=-1.107;SC=AACAGAAGTGCAAAAAAAATG;SOR=0.273;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=26;TCF=2;TCR=24;TR=14;WE=74678729;WS=74678711;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,17:0.63:27
chr16	74695079	rs8058922	G	T	3998.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-2.718;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=385;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=67;NR=56;PP=1695;ReadPosRankSum=0.187;SC=GTTCTCCACAGTGTCTTCTCC;SOR=0.702;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=242;TCF=132;TCR=110;TR=123;WE=74695087;WS=74695069;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:181,199:0.52:380
chr16	74706298	rs4888274	A	T	1106.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.017;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=14;PP=621;ReadPosRankSum=0.678;SC=CACTCCTTGCACCCATAGATA;SOR=0.696;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=90;TCF=60;TCR=30;TR=42;WE=74706306;WS=74706288;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,55:0.43:128
chr16	74712905	rs6564158	A	T	795.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.598;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.769;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=18;PP=354;ReadPosRankSum=-1.781;SC=CGGGGAGCATAAGTACCTTTG;SOR=1.072;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=70;TCF=28;TCR=42;TR=27;WE=74712913;WS=74712895;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,40:0.40:101
chr16	74748345	rs34393456	T	C	178.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=4;PP=49;ReadPosRankSum=-0.368;SC=CCTGTGTCTTTTATTGTCCCC;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=1;TCR=11;TR=4;WE=74748353;WS=74748335;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,8:0.50:16
chr16	74750396	rs11554621	T	C	3853.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.709;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=362;ExcessHet=3.0103;FS=0.801;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.89;ReadPosRankSum=1.517;SOR=0.756;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:171,183:0.52:354
chr16	74750405	rs2301865	G	A	12104.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=341;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=36.35;SOR=0.813;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,333:1.00:333
chr16	74752841	rs6564161	C	G	935.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=1.370;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.780;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=13;PP=608;ReadPosRankSum=1.472;SC=CGGGCCCTCTCGGGCTGCACA;SOR=0.567;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=88;TCF=59;TCR=29;TR=40;WE=74752849;WS=74752831;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,44:0.42:104
chr16	74753079	rs2074629	C	T	1281.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=1.366;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.607;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=36;PP=790;ReadPosRankSum=0.472;SC=GCAGGGAGAGCGAGGTGAGGA;SOR=1.284;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=84;TCF=26;TCR=58;TR=49;WE=74753087;WS=74753069;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,56:0.58:96
chr16	74760292	rs11295057	CT	C	590.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=1.149;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=10.676;HP=14;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.588;NF=0;NR=26;PP=376;ReadPosRankSum=1.784;SC=GTACAGCTTTCTTTTTTTTTT;SOR=3.236;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=29;TCF=1;TCR=28;TR=26;WE=74760300;WS=74760282;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,34:0.92:37
chr16	74808425	rs929881	G	A	1823.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=23;NR=24;PP=945;SC=TACTGCTCCAGCCAGCGGCGC;SOR=0.722;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=47;TCF=23;TCR=24;TR=47;WE=74808433;WS=74808415;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr16	74908439	rs2870148	C	T	1412.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-3.169;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.060;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=27;PP=681;ReadPosRankSum=0.261;SC=GTCTTCCTCTCAAGACTCTAG;SOR=0.314;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=85;TCF=30;TCR=55;TR=47;WE=74908447;WS=74908429;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,64:0.55:117
chr16	74920374	rs4888305	C	T	97.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=3.872;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=5;PP=48;ReadPosRankSum=1.275;SC=TAAGACAGCACGTGGCCAATG;SOR=0.446;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=21;TCF=3;TCR=18;TR=6;WE=74920382;WS=74920364;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,6:0.25:24
chr16	74926520	rs11149776	C	T	1064.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=2.710;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.743;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=35;PP=680;ReadPosRankSum=0.752;SC=CCCAAATCAACGACTCCCAGT;SOR=0.994;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=106;TCF=25;TCR=81;TR=44;WE=74926528;WS=74926510;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,50:0.44:114
chr16	74927507	rs10718591	CA	C	1158.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.878;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FS=3.010;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.05;MQRankSum=1.027;QD=5.79;ReadPosRankSum=-1.997;SOR=0.464;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:98,102:0.51:200
chr16	74943867	rs113238843	G	GT	633.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.825;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FS=1.250;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.22;MQRankSum=0.805;QD=9.05;ReadPosRankSum=1.031;SOR=0.481;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,41:0.59:70
chr16	74943890	rs12325318	A	G	2482.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.62;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=21;NR=33;PP=1161;SC=TTTTGAGACAAAGTCTCTCTT;SOR=0.756;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=55;TCF=22;TCR=33;TR=54;WE=74943898;WS=74943880;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr16	74951706	rs148023114	CAA	C	932.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.543;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.15;MQRankSum=0.521;QD=16.36;ReadPosRankSum=-0.171;SOR=1.148;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,43:0.75:57
chr16	74983514	rs35489977	G	A	88.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.876;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.632;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=2;PP=104;ReadPosRankSum=0.705;SC=AACTTGTCTCGAGGTCTGTAT;SOR=0.180;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=11;TCF=9;TCR=2;TR=7;WE=74983522;WS=74983504;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,5:0.45:11
chr16	74985516	rs3743921	T	A	2330.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.153;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=35;PP=846;ReadPosRankSum=0.558;SC=CTTAAGGCAGTGAAGAGGAAG;SOR=0.719;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=129;TCF=53;TCR=76;TR=59;WE=74985524;WS=74985506;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:110,116:0.51:226
chr16	74993289	rs13335824	G	C	742.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.651;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=13;PP=476;ReadPosRankSum=2.416;SC=AGAGATGCCAGTCGCTCTTTA;SOR=0.699;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=83;TCF=54;TCR=29;TR=34;WE=74993297;WS=74993279;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,40:0.38:106
chr16	74999617	rs4888324	A	C	9013.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.807;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=466;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.64;ReadPosRankSum=-0.333;SOR=0.656;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:223,236:0.51:459
chr16	74999625	rs4887796	A	T	9248.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.103;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=481;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.64;ReadPosRankSum=0.367;SOR=0.705;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:226,245:0.52:471
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chr16	75034214	rs34462287	C	A	4550.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.479;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=519;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=76;NR=75;PP=2451;ReadPosRankSum=1.180;SC=GGCGTGTGTTCACTTGTGGAA;SOR=0.683;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=311;TCF=155;TCR=156;TR=151;WE=75034222;WS=75034204;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:286,226:0.44:512
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chr16	75148604	rs755099	G	A	6297.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.832;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=241;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=95;NR=73;PP=2965;ReadPosRankSum=0.378;SC=GCGTACAGAAGGCAGCCTCAG;SOR=0.907;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=171;TCF=96;TCR=75;TR=168;WE=75148612;WS=75148594;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,235:0.99:237
chr16	75186727	rs11859007	G	A	6060.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.875;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=117;NR=59;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.940;SC=GTCTCTAGGGGTTTCTAAACA;SOR=1.353;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=178;TCF=118;TCR=60;TR=176;WE=75186735;WS=75186717;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,227:0.99:229
chr16	75200378	rs9929570	T	C	920.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=18;NR=5;PP=522;SC=CCCGCCCACCTAGCCTCCCAA;SOR=1.751;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=23;TCF=18;TCR=5;TR=23;WE=75200386;WS=75200368;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr16	75200407	rs11865310	G	C	2260.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.48;SOR=1.244;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
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chr16	75200595	rs71380707	CAT	C	1480.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.085;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.877;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.012;NF=19;NR=12;PP=1267;ReadPosRankSum=0.592;SC=TGATGAATGACATAAAGTTTT;SOR=0.960;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=57;TCF=33;TCR=24;TR=31;WE=75200604;WS=75200585;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,41:0.51:81
chr16	75202998	rs12716783	A	C	1505.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=38;NR=7;PP=1212;SC=GTTTGAAAGGAAACATTTGCA;SOR=2.746;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=45;TCF=38;TCR=7;TR=45;WE=75203006;WS=75202988;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr16	75238103	rs4737	C	T	3903.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.438;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=383;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.370;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-1.979;NF=51;NR=44;PP=1363;ReadPosRankSum=1.787;SC=ATGAGCTTGGCGACACGGGCG;SOR=0.661;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=217;TCF=114;TCR=103;TR=95;WE=75238111;WS=75238093;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:187,192:0.51:379
chr16	75240883	rs72802352	G	A	444.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.307;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=4;PP=284;ReadPosRankSum=0.000;SC=CCCACACTGCGGTGCACAGCT;SOR=0.620;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=26;TCF=22;TCR=4;TR=18;WE=75240891;WS=75240873;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,20:0.62:32
chr16	75252820	rs68181471	AGC	A	330.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.130;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.401;HP=6;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=0;PP=204;ReadPosRankSum=-1.302;SC=TGGCTGGGGGAGCGGGGGGGG;SOR=2.603;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=14;TCR=8;TR=5;WE=75252829;WS=75252810;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,11:0.34:32
chr16	75258617	rs2287990	C	T	1970.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-3.508;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.732;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=20;PP=1191;ReadPosRankSum=-0.011;SC=ACTCTGGCGGCCCCCTGGTCT;SOR=0.486;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=148;TCF=110;TCR=38;TR=71;WE=75258625;WS=75258607;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:97,94:0.49:191
chr16	75263661	rs7190458	G	A	3711.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-2.775;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=378;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.775;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=53;PP=1682;ReadPosRankSum=1.103;SC=TGTGGGCGCTGAGGATGACGA;SOR=0.675;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=233;TCF=116;TCR=117;TR=110;WE=75263669;WS=75263651;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:192,184:0.49:376
chr16	75263974	rs6564241	T	C	786.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=1.839;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.704;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=20;PP=459;ReadPosRankSum=-0.312;SC=GAGTTGGAACTACAGGCCGAG;SOR=1.350;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=49;TCF=13;TCR=36;TR=24;WE=75263982;WS=75263964;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,34:0.52:65
chr16	75267676	rs4888361	A	G	1371.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-3.624;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.900;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=12;PP=959;ReadPosRankSum=1.997;SC=TCGGCCCTGCAGGGCAAGAGC;SOR=0.343;SbPval=0.26;Source=Platypus;TC=80;TCF=67;TCR=13;TR=58;WE=75267684;WS=75267666;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,61:0.69:89
chr16	75269267	rs3169330	A	G	3920.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.078;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=448;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.523;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=70;PP=2041;ReadPosRankSum=1.299;SC=CACTCTGGACAGCGGCCACAG;SOR=0.635;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=292;TCF=138;TCR=154;TR=136;WE=75269275;WS=75269257;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:243,199:0.45:442
chr16	75269534	rs3743613	C	T	5457.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=-1.170;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=474;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.103;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=89;NR=73;PP=2409;ReadPosRankSum=2.018;SC=TGCCCTCTGCCGGGGCTTCAC;SOR=0.805;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=298;TCF=157;TCR=141;TR=162;WE=75269542;WS=75269524;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:214,254:0.54:468
chr16	75269958	rs10623347	C	CCA	681.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-2.144;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=17;PP=636;ReadPosRankSum=0.661;SC=CAGCACCCAGCCACACACACA;SOR=0.678;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=38;TCF=2;TCR=36;TR=18;WE=75269967;WS=75269948;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,24:0.49:49
chr16	75270721	rs2278020	C	A	1373.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.391;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=13;PP=676;ReadPosRankSum=0.530;SC=CCCCTGTGCACACACCCAGAC;SOR=0.689;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=91;TCF=64;TCR=27;TR=43;WE=75270729;WS=75270711;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,68:0.46:147
chr16	75276295	rs7195938	A	G	957.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.624;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.701;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=12;PP=444;ReadPosRankSum=0.738;SC=GGGTGGCTGGACCCTTCTGTG;SOR=0.946;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=60;TCF=35;TCR=25;TR=31;WE=75276303;WS=75276285;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,45:0.48:93
chr16	75277344	rs4888363	A	T	2793.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.013;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=373;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=1.210;NF=45;NR=49;PP=1293;ReadPosRankSum=-1.094;SC=ATCACGACAAAGCTGCCAAGT;SOR=0.687;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=240;TCF=115;TCR=125;TR=94;WE=75277352;WS=75277334;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:219,151:0.41:370
chr16	75277446	rs76709948	AAGAC	A	2321.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-1.843;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQ=60.08;MQRankSum=1.032;NF=2;NR=33;PP=1569;ReadPosRankSum=-1.040;SC=GAACAACAATAAGACAGAGCT;SOR=0.719;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=86;TCF=5;TCR=81;TR=35;WE=75277457;WS=75277436;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,61:0.49:124
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chr16	75285164	rs1862738	A	C	772.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=1.130;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.338;HP=4;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=7;PP=504;ReadPosRankSum=0.161;SC=CCGCCAACGCACCCGAGGCGC;SOR=0.425;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=55;TCF=42;TCR=13;TR=29;WE=75285172;WS=75285154;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,34:0.55:62
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chr16	75339131	rs7192981	T	G	2476.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=17;NR=55;PP=1677;SC=CTGATCTCTATATTAACAGTT;SOR=2.219;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=73;TCF=18;TCR=55;TR=72;WE=75339139;WS=75339121;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr16	75445605	rs1109341	G	A	373.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-1.458;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=4;PP=200;ReadPosRankSum=-1.390;SC=TTGAGTTCAAGTATAACTCTC;SOR=0.627;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=30;TCF=22;TCR=8;TR=14;WE=75445613;WS=75445595;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,19:0.49:39
chr16	75445675	rs1109342	G	A	902.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.055;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=10;PP=363;ReadPosRankSum=0.704;SC=AGAGAGAGACGCTCATTTTTG;SOR=0.754;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=61;TCF=34;TCR=27;TR=24;WE=75445683;WS=75445665;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,45:0.47:95
chr16	75445906	rs247435	C	T	591.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=4;NR=14;PP=382;SC=ATATTGTTTACAGATACTTTT;SOR=2.200;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=4;TCR=14;TR=18;WE=75445914;WS=75445896;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr16	75448273	rs8056236	C	T	269.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.080;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.262;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=2;PP=211;ReadPosRankSum=-0.901;SC=TACCTATTAACATTTTCTTTA;SOR=0.223;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=21;TCF=18;TCR=3;TR=11;WE=75448281;WS=75448271;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,12:0.55:22
chr16	75448659	rs8051407	A	G	304.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=1.335;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.019;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=14;PP=257;ReadPosRankSum=-0.557;SC=AGACATTTTCATTAATACAAG;SOR=1.480;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=37;TCF=5;TCR=32;TR=15;WE=75448667;WS=75448649;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,14:0.39:36
chr16	75467063	rs185052	C	T	442.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=0.077;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.187;HP=1;HapScore=4;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=2;PP=691;ReadPosRankSum=-1.265;SC=GGAGCGGACGCTCGAGAACAG;SOR=1.358;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=32;TCF=25;TCR=7;TR=16;WE=75467084;WS=75467053;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,20:0.51:39
chr16	75467076	rs3833048	G	GC	588.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-1.374;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.229;HP=6;HapScore=4;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=7;PP=646;ReadPosRankSum=0.477;SC=GAGAACAGGAGCCCCCCTGGA;SOR=0.399;SbPval=0.2;Source=Platypus;TC=32;TCF=21;TCR=11;TR=14;WE=75467084;WS=75467053;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,25:0.50:50
chr16	75498252	rs150429885	C	CT	3275.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=3.562;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FS=1.758;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=64.27;MQRankSum=13.117;QD=16.71;ReadPosRankSum=-0.064;SOR=0.568;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:110,86:0.44:196
chr16	75498253	rs34904236	G	T	3284.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=3.105;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FS=1.107;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=64.26;MQRankSum=13.095;QD=16.51;ReadPosRankSum=-0.025;SOR=0.585;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:111,88:0.44:199
chr16	75498320	rs37596	C	A	2311.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.476;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.549;HP=3;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-7.963;NF=40;NR=44;PP=1537;ReadPosRankSum=-2.131;SC=AGCACGGCAGCGGCGACGGCG;SOR=0.642;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=153;TCF=73;TCR=80;TR=84;WE=75498328;WS=75498310;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,97:0.54:178
chr16	75513243	rs117435647	G	C	17565.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=2.169;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=703;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=-1.173;NF=219;NR=227;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.319;SC=CAGGCCTCCCGGGCCAGGGTG;SOR=0.714;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=456;TCF=223;TCR=233;TR=446;WE=75513251;WS=75513233;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:12,685:0.98:697
chr16	75632417	.	T	A	108.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.038;ClippingRankSum=0.000;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.94;ReadPosRankSum=0.070;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,9:0.41:22
chr16	75634174	.	G	C	1205.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.470;ClippingRankSum=0.000;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.652;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=22;PP=656;ReadPosRankSum=-2.784;SC=CCTGCTTCCGGAGTGTGCTCC;SOR=0.760;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=80;TCF=38;TCR=42;TR=41;WE=75634182;WS=75634164;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,60:0.48:126
chr16	75653422	rs57722018	T	TA	87.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.286;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=1.301;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.51;ReadPosRankSum=-0.011;SOR=0.970;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:43,15:0.26:58
chr16	75674252	.	TAA	T	80.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.205;ClippingRankSum=0.000;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=1.690;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.99;ReadPosRankSum=0.926;SOR=0.814;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,7:0.26:27
chr16	75703213	rs199883674	T	TA	624.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.528;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.78;ReadPosRankSum=0.373;SOR=0.727;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:57,51:0.47:108
chr16	75730037	rs5817959	T	TA	2173.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.335;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.342;HP=4;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.629;NF=4;NR=40;PP=1716;ReadPosRankSum=0.494;SC=CAGAAGCTGTTGGGGAATTTT;SOR=0.825;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=97;TCF=8;TCR=89;TR=44;WE=75730045;WS=75730027;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,69:0.43:159
chr16	75794738	rs7205764	T	C	2449.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.261;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=331;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.011;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=37;PP=1142;ReadPosRankSum=0.305;SC=CAGGATCTCATTCCCATCACC;SOR=0.654;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=189;TCF=94;TCR=95;TR=79;WE=75794746;WS=75794728;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:193,134:0.41:327
chr16	76311602	rs59314262	G	GT	8892.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=247;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=27;NR=77;PP=2957;SC=CGCTACTTCTGTATCTACTCA;SOR=0.752;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=109;TCF=30;TCR=79;TR=104;WE=76311610;WS=76311592;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,243:1.00:243
chr16	76343767	rs9927750	C	T	651.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.532;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=9;PP=233;ReadPosRankSum=1.015;SC=CTCTTGCAGCCGCCATGATTC;SOR=0.631;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=58;TCF=33;TCR=25;TR=20;WE=76343775;WS=76343757;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,36:0.39:93
chr16	76343812	rs8053810	GG	AA	1717.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.099;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;JOINED;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=14;PP=883;ReadPosRankSum=-0.286;SC=CTGTGAGTCCGGTTAAGTCTC;SOR=0.737;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=70;TCF=35;TCR=35;TR=29;WE=76343821;WS=76343802;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,45:0.43:105
chr16	76350438	rs747980	C	T	2484.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.327;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=276;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.444;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=49;PP=1187;ReadPosRankSum=1.207;SC=TGCTTTTCTCCTCTGACTGGC;SOR=0.730;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=184;TCF=74;TCR=110;TR=81;WE=76350446;WS=76350428;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:150,123:0.45:273
chr16	76389441	rs2866712	G	A	2251.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-0.234;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=273;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=34;PP=692;ReadPosRankSum=-2.243;SC=TAGTCTCTCGGGGAAAAAGTA;SOR=0.705;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=142;TCF=52;TCR=90;TR=52;WE=76389449;WS=76389431;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:152,116:0.43:268
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chr16	76461519	rs9927638	C	A	2339.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.393;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.854;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=56;PP=1262;ReadPosRankSum=1.094;SC=TTATCCAATACACTGACATAG;SOR=0.956;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=162;TCF=47;TCR=115;TR=73;WE=76461527;WS=76461509;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:125,109:0.47:234
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chr16	76482910	rs3947083	G	A	347.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=0.082;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=10;PP=258;ReadPosRankSum=-0.339;SC=TAATCTCCCAGAGGAAAATAC;SOR=0.418;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=22;TCF=4;TCR=18;TR=13;WE=76482918;WS=76482900;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,15:0.58:26
chr16	76495842	rs35994137	C	A	973.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.336;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.733;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=12;PP=534;ReadPosRankSum=0.480;SC=TAACTGATTTCATCTCCCTAG;SOR=0.959;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=62;TCF=37;TCR=25;TR=34;WE=76495850;WS=76495832;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,47:0.52:90
chr16	76496025	rs57292037	A	G	252.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-0.738;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.236;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=8;PP=95;ReadPosRankSum=0.220;SC=GCCAGGCTCTATGAGCAACTG;SOR=0.914;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=39;TCF=14;TCR=25;TR=11;WE=76496033;WS=76496015;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,15:0.35:43
chr16	76496131	rs34782687	C	T	214.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=3;NR=6;PP=129;SC=TCTTTGATCACGGACATTTTG;SOR=1.402;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=3;TCR=6;TR=9;WE=76496139;WS=76496121;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr16	76501542	rs1002974	A	G	437.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.379;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.805;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=16;PP=341;ReadPosRankSum=-0.359;SC=ACAGGAAATGAATTATATTTA;SOR=1.420;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=33;TCF=4;TCR=29;TR=17;WE=76501550;WS=76501532;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,18:0.49:37
chr16	76523792	rs7201030	A	G	851.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=19;PP=544;SC=TAAGTAAACCATGGTGTCTGT;SOR=2.303;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=25;TCF=5;TCR=20;TR=24;WE=76523800;WS=76523782;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr16	76532583	rs12933808	A	G	8638.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=347;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=75;NR=102;PP=2965;SC=CTGCTCTGCCAGGGAGACAGT;SOR=0.880;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=177;TCF=75;TCR=102;TR=177;WE=76532591;WS=76532573;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,335:1.00:335
chr16	76555015	rs11353699	CT	C	4075.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.374;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=254;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.70;ReadPosRankSum=-0.201;SOR=0.735;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:20,224:0.92:244
chr16	76569754	rs6564348	A	T	2118.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=18;NR=40;PP=1206;SC=GTTCTTTTCTATGCAGCTATT;SOR=1.522;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=58;TCF=18;TCR=40;TR=58;WE=76569762;WS=76569744;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr16	76574500	rs72799059	C	T	297.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.760;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.638;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=0;PP=234;ReadPosRankSum=-0.266;SC=ATGCTAACAACTGCTTAATGT;SOR=1.329;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=39;TCF=38;TCR=1;TR=14;WE=76574508;WS=76574499;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,14:0.33:42
chr16	76574842	rs72799060	T	A	1398.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=0.010;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.578;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=35;PP=823;ReadPosRankSum=0.432;SC=GACAGAGGCATATGCAGGCAT;SOR=0.473;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=96;TCF=30;TCR=66;TR=54;WE=76574850;WS=76574832;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,64:0.56:114
chr16	76587202	rs7202925	T	G	1719.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.085;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.530;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=20;PP=699;ReadPosRankSum=-0.349;SC=TGGACCAGGATACTGCACTGG;SOR=0.749;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=122;TCF=70;TCR=52;TR=49;WE=76587210;WS=76587192;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:105,88:0.46:193
chr16	76587331	rs7184958	T	C	2978.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-0.609;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=333;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.840;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=45;PP=1089;ReadPosRankSum=0.805;SC=GACACGTGACTGAGTCCAGCT;SOR=0.594;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=172;TCF=77;TCR=95;TR=83;WE=76587339;WS=76587321;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:164,155:0.49:319
chr16	76587647	rs4243123	G	C	4742.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=93;NR=47;PP=2880;SC=ATAATTCTCTGTGGTTTAAAA;SOR=1.302;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=141;TCF=93;TCR=48;TR=140;WE=76587655;WS=76587637;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,172:1.00:172
chr16	76592313	rs7196722	T	G	300.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-5.181;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=1;PP=190;ReadPosRankSum=-0.396;SC=TTATGATGACTTATTAAGCAA;SOR=0.576;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=31;TCF=29;TCR=2;TR=14;WE=76592321;WS=76592311;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,15:0.47:32
chr16	76592633	rs12599021	G	A	530.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=3.796;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.895;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=18;PP=380;ReadPosRankSum=-0.565;SC=AATAGCCAGGGGTTCTCAATG;SOR=2.219;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=42;TCF=4;TCR=38;TR=19;WE=76592641;WS=76592623;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,21:0.45:47
chr16	76902847	rs7500280	T	C	332.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.109;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=1.412;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.73;ReadPosRankSum=0.167;SOR=1.082;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,16:0.52:31
chr16	76902850	rs7499278	G	A	1024.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=34.16;SOR=0.976;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr16	77225217	rs3214483	A	AG	3189.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=29;PP=1335;SC=AAAGTGTTGGAGGGGGGACGT;SOR=0.732;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=43;TCF=12;TCR=31;TR=40;WE=77225225;WS=77225207;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr16	77228629	rs2232503	A	G	14613.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=550;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=160;NR=190;PP=2965;SC=CCCAGGAGCGAAATGTGCTGG;SOR=0.790;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=350;TCF=160;TCR=190;TR=350;WE=77228637;WS=77228619;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,537:1.00:537
chr16	77228866	rs2232504	T	C	12156.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=471;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=143;NR=175;PP=2965;SC=GGCGCCTGGTTGAAGATGGGA;SOR=0.865;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=318;TCF=143;TCR=175;TR=318;WE=77228874;WS=77228856;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,463:1.00:463
chr16	77233338	rs8398	C	T	3763.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.181;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=50;PP=1945;ReadPosRankSum=2.520;SC=GCGCAGGCCCCGCGTTGGAAA;SOR=0.732;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=106;TCF=56;TCR=50;TR=102;WE=77233346;WS=77233328;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,155:0.99:157
chr16	77233394	rs4888607	A	G	3653.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=38;NR=56;PP=2003;SC=GCCAGAAGCTACTGAGGAGGC;SOR=1.038;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=95;TCF=38;TCR=57;TR=94;WE=77233402;WS=77233384;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr16	77242063	rs75077644	C	T	519.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=0.473;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=8;PP=289;ReadPosRankSum=-0.427;SC=GACAGCCAGACACCAGTCTTC;SOR=0.781;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=56;TCF=37;TCR=19;TR=23;WE=77242071;WS=77242053;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,28:0.40:70
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chr16	77246988	rs7203616	T	G	7919.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=294;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=75;NR=146;PP=2965;SC=GCCGGACCCCTCCCACCAGTC;SOR=1.396;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=221;TCF=75;TCR=146;TR=221;WE=77246996;WS=77246978;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,286:1.00:286
chr16	77281779	rs35625788	GTC	G	787.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=16;NR=1;PP=785;SC=CTGGCTTGAGGTCTCTCATCA;SOR=4.514;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=19;TCF=18;TCR=1;TR=17;WE=77281788;WS=77281769;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
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chr16	77327226	rs4888618	C	A	4487.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=30.95;SOR=1.210;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,145:1.00:145
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chr16	77393207	rs2650907	G	C	1703.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-1.262;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.654;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=18;PP=916;ReadPosRankSum=0.621;SC=GTTCAAAGAGGCACTTACTTG;SOR=0.595;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=110;TCF=76;TCR=34;TR=56;WE=77393215;WS=77393197;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,77:0.54:142
chr16	77393445	rs72406902	GGAAA	G	927.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.765;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=24;PP=378;ReadPosRankSum=2.653;SC=CAGTGTTTTTGGAAAAAAAAA;SOR=0.929;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=37;TCF=4;TCR=33;TR=26;WE=77393459;WS=77393435;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,31:0.82:38
chr16	77393450	rs114891228	A	C	199.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-1.275;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=16;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=11;PP=396;ReadPosRankSum=1.411;SC=TTTTTGGAAAAAAAAAAAAAA;SOR=0.368;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=39;TCF=6;TCR=33;TR=12;WE=77393459;WS=77393435;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,14:0.52:27
chr16	77395948	rs1909802	C	G	456.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=1.233;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=3;PP=339;ReadPosRankSum=-1.797;SC=TAGAAAGTTTCCATACTGTGT;SOR=0.892;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=28;TCF=23;TCR=5;TR=18;WE=77395956;WS=77395938;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,18:0.62:29
chr16	77397899	rs1948718	T	C	754.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=4.439;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.464;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=24;PP=638;ReadPosRankSum=-0.247;SC=TATGTACATATAAATACAATT;SOR=1.432;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=55;TCF=13;TCR=42;TR=29;WE=77397907;WS=77397889;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,29:0.51:57
chr16	77398081	rs1948719	T	C	2456.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.232;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=30;PP=1135;ReadPosRankSum=-0.625;SC=ACACCCCCGCTTACCATGTTC;SOR=0.694;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=142;TCF=82;TCR=60;TR=73;WE=77398089;WS=77398071;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:101,119:0.54:220
chr16	77398386	rs2562119	A	T	48.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=2.369;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=3;PP=31;ReadPosRankSum=0.135;SC=TAACCAACACACCACCAATCC;SOR=1.270;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=3;WE=77398394;WS=77398376;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,3:0.38:8
chr16	77401684	rs2434895	T	G	1234.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-1.886;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=30;PP=665;ReadPosRankSum=1.540;SC=AGGGTTGGTTTTCAACAACTG;SOR=0.664;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=75;TCF=21;TCR=54;TR=41;WE=77401692;WS=77401674;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,55:0.58:95
chr16	77465036	rs1366545	C	G	564.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=16;NR=0;PP=415;SC=TCTGGGAGCACATTAGATTAA;SOR=5.784;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=16;TCR=0;TR=16;WE=77465044;WS=77465026;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr16	77756613	rs2914456	G	A	2502.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=14;NR=61;PP=1679;SC=TGATTTTGCAGCTCCCGCCAG;SOR=2.584;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=76;TCF=15;TCR=61;TR=75;WE=77756621;WS=77756603;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr16	77769369	rs308926	C	T	2033.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=28;NR=23;PP=1041;SC=GCCAAGCAGACGCCAGCATCA;SOR=0.859;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=51;TCF=28;TCR=23;TR=51;WE=77769377;WS=77769359;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr16	77769647	rs186305	C	T	2506.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=47;NR=25;PP=1488;SC=AAATAGAAGTCCAGTAAGTAT;SOR=1.321;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=72;TCF=47;TCR=25;TR=72;WE=77769655;WS=77769637;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr16	77775459	rs11648791	G	A	2847.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=56;NR=24;PP=1781;SC=TAATTTGTCTGTTTTGTTTTC;SOR=1.586;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=80;TCF=56;TCR=24;TR=80;WE=77775467;WS=77775449;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr16	77850966	rs2966053	T	C	2312.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.175;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.656;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=46;PP=1179;ReadPosRankSum=1.736;SC=TGGCTCTCAATTGAAGAGTAA;SOR=0.840;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=155;TCF=58;TCR=97;TR=70;WE=77850974;WS=77850956;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:113,110:0.49:223
chr16	77850999	rs2966052	A	G	1541.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.600;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=36;PP=854;ReadPosRankSum=-1.225;SC=ATCCATTGAGACAACAAAAGA;SOR=0.733;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=108;TCF=32;TCR=76;TR=50;WE=77851007;WS=77850989;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,71:0.50:143
chr16	77910418	rs3751765	A	G	793.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.863;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=23;PP=521;ReadPosRankSum=1.291;SC=AGGTACCTCTACATATGTGCC;SOR=0.697;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=52;TCF=11;TCR=41;TR=30;WE=77910426;WS=77910408;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,36:0.55:65
chr16	77912966	rs3751767	T	C	3380.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=79;NR=18;PP=2427;SC=TTTCAAGATTTCTCCAGTTCC;SOR=2.636;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=98;TCF=80;TCR=18;TR=97;WE=77912974;WS=77912956;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr16	77913219	rs9930395	C	T	1982.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.666;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.903;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=47;PP=975;ReadPosRankSum=1.895;SC=GACAGCGTCTCGTTCTGTCAC;SOR=0.541;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=137;TCF=41;TCR=96;TR=69;WE=77913227;WS=77913209;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:91,95:0.51:186
chr16	77918801	rs1864228	T	C	335.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-2.011;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.418;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=15;PP=243;ReadPosRankSum=-0.075;SC=TTTTCCCAGATGGGTTTGTTT;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=29;TCF=2;TCR=27;TR=15;WE=77918809;WS=77918791;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,16:0.55:29
chr16	78005906	rs77818551	G	T	1863.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.582;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=40;PP=947;ReadPosRankSum=0.494;SC=AGACACGGGTGGGGTAGAAGG;SOR=0.656;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=119;TCF=44;TCR=75;TR=64;WE=78005914;WS=78005896;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,89:0.55:162
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chr16	78062190	rs2735403	T	C	3738.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=27;NR=64;PP=2056;SC=GACAAATCAATAATGTGGCCA;SOR=1.406;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=92;TCF=28;TCR=64;TR=91;WE=78062198;WS=78062180;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,133:1.00:133
chr16	78062219	rs2204891	C	T	2228.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=34;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=13;NR=48;PP=1352;SC=GCCCCAATGCCGGGAGATGAT;SOR=2.103;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=61;TCF=13;TCR=48;TR=61;WE=78062227;WS=78062209;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr16	78063000	rs7197560	T	C	1871.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.273;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FS=4.571;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.14;ReadPosRankSum=-1.861;SOR=0.416;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:75,93:0.55:168
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chr16	78063143	rs7192416	C	T	3061.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=27;NR=48;PP=1432;SC=TCCAGTGCTACGGCCTAAAAC;SOR=1.230;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=75;TCF=27;TCR=48;TR=75;WE=78063151;WS=78063133;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr16	78064351	rs2293776	C	G	2584.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.079;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=304;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.428;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=30;PP=1156;ReadPosRankSum=-0.374;SC=CAGTCTGTCTCCGAGGCACTA;SOR=0.747;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=187;TCF=109;TCR=78;TR=74;WE=78064359;WS=78064341;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:166,130:0.44:296
chr16	78085722	rs35713571	A	C	1152.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.258;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.844;HP=3;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=13;PP=651;ReadPosRankSum=0.674;SC=TCAGCCTCCCAAAGTACTAGG;SOR=0.440;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=75;TCF=53;TCR=22;TR=39;WE=78085730;WS=78085712;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,52:0.54:96
chr16	78085754	rs2344923	C	A	5096.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=83;NR=44;PP=2369;SC=GAGCCACCCCCCCTGGCCAAC;SOR=1.179;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=128;TCF=84;TCR=44;TR=127;WE=78085762;WS=78085744;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,193:1.00:193
chr16	78133671	rs11545028	C	T	1498.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.786;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.942;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=18;PP=694;ReadPosRankSum=0.181;SC=CCTCCACAGTCAGCCATGGCA;SOR=1.136;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=103;TCF=58;TCR=45;TR=50;WE=78133679;WS=78133661;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,75:0.47:159
chr16	78142209	rs4887937	T	C	914.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=29.51;SOR=2.694;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr16	78142308	rs67493355	G	T	1185.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.595;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.265;HP=12;HapScore=3;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=22;PP=1086;ReadPosRankSum=3.185;SC=TGGATTTTTTGTTTTTTAACA;SOR=0.553;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=117;TCF=73;TCR=44;TR=57;WE=78142316;WS=78142291;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:89,72:0.45:161
chr16	78143607	rs2287972	C	T	1500.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.421;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=15;PP=939;ReadPosRankSum=0.345;SC=GGGCTCCTTCCCTTCCTGACC;SOR=0.659;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=130;TCF=90;TCR=40;TR=56;WE=78143615;WS=78143597;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,67:0.48:141
chr16	78148794	rs1469117	T	G	1041.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=28;NR=3;PP=822;SC=AATGGGGTTTTCCTAAAGTAT;SOR=4.047;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=31;TCF=28;TCR=3;TR=31;WE=78148802;WS=78148784;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr16	78148830	rs12934051	C	T	632.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=2.581;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=3;PP=354;ReadPosRankSum=0.724;SC=TTATAAATGCCTGTGTTCATT;SOR=0.659;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=46;TCF=35;TCR=11;TR=18;WE=78148838;WS=78148820;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,27:0.47:58
chr16	78149067	rs12934985	A	C	1956.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=248;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=41;PP=752;ReadPosRankSum=-0.866;SC=CTCTTCACTTAGTTATTTATC;SOR=0.692;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=158;TCF=63;TCR=95;TR=67;WE=78149075;WS=78149057;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:141,104:0.42:245
chr16	78149173	rs7203387	A	C	418.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-0.509;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.144;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=11;PP=222;ReadPosRankSum=-0.473;SC=TCCTTTTCAGATATCGTTTCA;SOR=0.293;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=33;TCF=7;TCR=26;TR=14;WE=78149181;WS=78149163;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,20:0.53:38
chr16	78198192	rs2303191	T	C	3484.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.750;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=388;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.541;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=63;PP=1506;ReadPosRankSum=-0.527;SC=AATGGGTAAGTGCTTGACTGT;SOR=0.505;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=268;TCF=118;TCR=150;TR=118;WE=78198200;WS=78198182;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:201,177:0.47:378
chr16	78312497	rs8050128	C	A	1099.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.992;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.553;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=12;PP=541;ReadPosRankSum=-0.170;SC=TTGTATCTTACAGAAAACAAA;SOR=0.978;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=57;TCF=34;TCR=23;TR=32;WE=78312505;WS=78312487;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,53:0.51:103
chr16	78420775	rs11545029	G	A	7303.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.744;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=298;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=89;NR=79;PP=2896;ReadPosRankSum=1.225;SC=CAAGGTAGAAGCAATGACCCT;SOR=0.750;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=172;TCF=91;TCR=81;TR=168;WE=78420783;WS=78420765;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,288:0.99:292
chr16	78790765	rs7199110	C	T	904.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.323;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.599;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=11;PP=455;ReadPosRankSum=-0.429;SC=GACATCAGAGCATGTGACTTA;SOR=1.038;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=86;TCF=56;TCR=30;TR=33;WE=78790773;WS=78790755;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,46:0.41:111
chr16	79245491	rs66481974	T	C	1040.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.151;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.730;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=5;PP=509;ReadPosRankSum=0.157;SC=TTGTCTTTCTTCTTGGATTTC;SOR=0.819;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=84;TCF=63;TCR=21;TR=30;WE=79245499;WS=79245481;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,51:0.42:121
chr16	79245765	rs73569323	C	T	2317.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-2.889;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=244;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.471;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=44;PP=1228;ReadPosRankSum=0.438;SC=CAGGGCTGGGCCCCTTCCAAA;SOR=0.639;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=165;TCF=74;TCR=91;TR=82;WE=79245773;WS=79245755;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:133,110:0.45:243
chr16	79245873	rs138002331	G	GGTAAA	2442.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.397;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.255;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.234;NF=8;NR=20;PP=1501;ReadPosRankSum=2.371;SC=GAATTCCTGGGGTAAAGTATC;SOR=0.630;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=92;TCF=28;TCR=64;TR=28;WE=79245881;WS=79245863;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:97,65:0.40:162
chr16	79245904	rs78687618	G	A	1517.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=2.532;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.581;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=23;PP=786;ReadPosRankSum=-0.449;SC=GGCTGGGCTAGGCATAGGTCT;SOR=0.635;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=122;TCF=57;TCR=65;TR=44;WE=79245912;WS=79245894;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,71:0.44:161
chr16	79619727	rs60080524	GAAA	G	2765.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.205;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.23;MQRankSum=0.265;QD=32.54;ReadPosRankSum=-1.067;SOR=1.306;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:3,82:0.96:85
chr16	79619835	rs60533944	G	A	1366.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.295;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FS=0.608;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.07;MQRankSum=1.055;QD=9.23;ReadPosRankSum=1.137;SOR=0.599;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:77,71:0.48:148
chr16	79628536	rs66467731	AT	A	452.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.568;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=6.260;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.17;MQRankSum=0.709;QD=9.63;ReadPosRankSum=-1.814;SOR=0.144;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,34:0.72:47
chr16	79633805	rs5818251	TGCC	T	4384.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=42;PP=2115;SC=GCCATTCTCCTGCCGCCGCCG;SOR=1.202;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=52;TCF=2;TCR=50;TR=44;WE=79633815;WS=79633795;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr16	79998075	rs66539665	T	G	8729.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.200;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=392;ExcessHet=3.0103;FS=8.539;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=22.97;ReadPosRankSum=8.122;SOR=1.330;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:45,335:0.88:380
chr16	80574886	rs9922406	T	C	10017.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.553;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=363;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=128;NR=108;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.804;SC=CCACTTCCTTTTTTGTCTCCT;SOR=0.269;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=239;TCF=129;TCR=110;TR=236;WE=80574894;WS=80574876;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,357:1.00:358
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chr16	80581547	rs6564762	C	T	1808.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.551;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.012;HP=1;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=15;PP=1065;ReadPosRankSum=-0.644;SC=CTGAGCATTGCACCCTTAGTA;SOR=1.082;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=118;TCF=85;TCR=33;TR=63;WE=80581555;WS=80581537;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,82:0.52:158
chr16	80581580	rs6564763	A	C	2795.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.331;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=280;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.891;HP=3;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=70;NR=35;PP=1782;ReadPosRankSum=0.177;SC=TTAGGATGCAAAATAAAACTG;SOR=0.974;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=198;TCF=126;TCR=72;TR=105;WE=80581588;WS=80581570;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:141,134:0.49:275
chr16	80581631	rs6564764	G	A	12212.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=480;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=154;NR=142;PP=2965;SC=TGCTTGCTACGTTTCCATTTT;SOR=0.776;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=297;TCF=154;TCR=143;TR=296;WE=80581639;WS=80581621;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,475:1.00:475
chr16	80582867	rs9937217	G	T	3146.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.353;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=377;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.785;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=56;PP=1457;ReadPosRankSum=0.273;SC=ATGTCACAGAGCAAGAACTTC;SOR=0.637;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=219;TCF=99;TCR=120;TR=103;WE=80582875;WS=80582857;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:212,162:0.43:374
chr16	80583497	rs11866734	C	T	5045.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.673;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=549;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.097;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=72;NR=88;PP=2371;ReadPosRankSum=-3.283;SC=TCAGAACGACCTGACTTTTCT;SOR=0.780;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=330;TCF=154;TCR=176;TR=160;WE=80583505;WS=80583487;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:289,253:0.47:542
chr16	80584342	rs8182107	A	C	1128.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=2.456;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=8;PP=754;ReadPosRankSum=0.195;SC=AAGAAAAAAGAAGACTAGTTG;SOR=0.800;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=84;TCF=64;TCR=20;TR=40;WE=80584350;WS=80584332;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,48:0.50:96
chr16	81014700	rs1477381	T	C	388.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=50;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=1;NR=11;PP=301;SC=AAAAAAAAAGTTCAAAAATAA;SOR=3.767;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=12;TCF=1;TCR=11;TR=12;WE=81014708;WS=81014690;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr16	81015560	rs2549822	C	T	2100.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=19;NR=36;PP=1093;SC=TAAATACTGCCACAGACATGA;SOR=1.252;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=55;TCF=19;TCR=36;TR=55;WE=81015568;WS=81015550;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr16	81022203	rs34522854	TA	T	3265.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=59;PP=1570;SC=GCACGTTTCCTAAAAAAAACA;SOR=0.976;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=71;TCF=8;TCR=63;TR=67;WE=81022211;WS=81022193;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,142:1.00:142
chr16	81022232	rs2549833	T	C	3236.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=33;NR=57;PP=1899;SC=AATTTAAGTCTCCATACGATT;SOR=1.258;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=92;TCF=34;TCR=58;TR=90;WE=81022240;WS=81022222;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr16	81025372	rs2244452	A	T	1216.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=29;NR=5;PP=822;SC=TGTGGTCTTCATCCGAAAACA;SOR=2.891;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=36;TCF=29;TCR=7;TR=34;WE=81025380;WS=81025362;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr16	81025490	rs2113196	A	C	6639.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.480;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=252;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=92;NR=64;PP=2965;ReadPosRankSum=0.461;SC=ATCAAAAACAAAGAAAATGTC;SOR=0.542;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=159;TCF=94;TCR=65;TR=156;WE=81025498;WS=81025472;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,248:0.99:251
chr16	81025506	rs2113197	T	A	7106.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.295;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=276;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=98;NR=74;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.917;SC=ATGTCACAGATAACAGGAGCC;SOR=0.501;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=175;TCF=100;TCR=75;TR=172;WE=81025514;WS=81025496;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,272:0.99:275
chr16	81050965	rs935939	A	T	2851.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQ=59.89;NF=24;NR=27;PP=962;SC=AAGTTTGGGAAGTTTTTCAGA;SOR=0.748;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=51;TCF=24;TCR=27;TR=51;WE=81050973;WS=81050955;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr16	81051327	rs935940	C	T	1551.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-1.045;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=21;PP=869;ReadPosRankSum=1.507;SC=ATTGTAGCTCCCTTGATTTTT;SOR=0.250;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=44;TCF=23;TCR=21;TR=44;WE=81051335;WS=81051317;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,60:0.98:61
chr16	81053682	rs10602593	CT	C	359.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.508;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=2.586;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.63;MQRankSum=0.891;QD=10.90;ReadPosRankSum=0.425;SOR=0.302;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,26:0.79:33
chr16	81061827	rs2549887	G	A	7732.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.745;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=300;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=121;NR=78;PP=2965;ReadPosRankSum=0.686;SC=GGCTGAGAGGGAAGAACCCCT;SOR=1.084;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=202;TCF=122;TCR=80;TR=199;WE=81061835;WS=81061817;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,293:0.99:295
chr16	81062030	rs2549888	G	T	3280.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=42;NR=50;PP=2403;SC=GCTCTCTCTTGCATCTTCTGC;SOR=0.811;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=92;TCF=42;TCR=50;TR=92;WE=81062038;WS=81062020;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr16	81062151	rs35608064	CTT	C	15216.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=345;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.03;QD=44.89;SOR=0.985;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,339:1.00:339
chr16	81062157	rs114305409	T	C	7516.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-1.275;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=360;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=1.826;HP=13;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.145;NF=118;NR=85;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.124;SC=TTCCCTTTTTTTTTTTTTTAA;SOR=0.814;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=232;TCF=136;TCR=96;TR=203;WE=81062179;WS=81062141;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:5,341:0.99:346
chr16	81062171	rs2602428	C	T	17622.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=432;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=143;NR=111;PP=2965;SC=TTTTTAATTTCAGGTATTGCA;SOR=0.887;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=255;TCF=144;TCR=111;TR=254;WE=81062179;WS=81062141;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,426:1.00:426
chr16	81066159	rs35840091	G	GT	133.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.296;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FS=4.019;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.07;MQRankSum=1.829;QD=0.89;ReadPosRankSum=-0.641;SOR=1.005;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:121,29:0.19:150
chr16	81069449	rs2602430	A	G	490.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.66;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=7;PP=175;SC=GGGCCTACGAACTGGGCCGGG;SOR=1.127;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=3;TCR=7;TR=10;WE=81069457;WS=81069439;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr16	81077915	rs2257378	T	C	15928.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.903;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=592;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=-0.273;NF=208;NR=181;PP=2965;ReadPosRankSum=0.996;SC=ATCTGCCTGCTCAGACATTGG;SOR=0.805;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=391;TCF=209;TCR=182;TR=389;WE=81077923;WS=81077905;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,583:1.00:585
chr16	81094760	rs804884	A	G	3545.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=71;NR=32;PP=1902;SC=GTTCTACCGCAACCGCTCAGA;SOR=1.525;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=103;TCF=71;TCR=32;TR=103;WE=81094768;WS=81094750;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,137:1.00:137
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chr16	81118289	rs7187102	C	T	1128.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.24;QD=26.25;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr16	81121145	rs7200400	T	C	689.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=19;NR=5;PP=496;SC=ACAAACAAATTACTATTCAAT;SOR=2.303;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=19;TCR=5;TR=24;WE=81121153;WS=81121135;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr16	81124714	.	T	TA	73.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.890;ClippingRankSum=0.000;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=1.326;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.50;ReadPosRankSum=0.912;SOR=0.998;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,11:0.22:49
chr16	81129822	rs8052579	G	A	691.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=8;NR=9;PP=286;SC=CGCGGCGGGTGACGGGACCGC;SOR=0.846;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=18;TCF=8;TCR=10;TR=17;WE=81129830;WS=81129812;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr16	81145630	rs8053975	C	G	2261.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=34;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=55;NR=17;PP=1579;SC=ACAGCAAAGACACCCTGTACT;SOR=2.211;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=74;TCF=57;TCR=17;TR=72;WE=81145638;WS=81145620;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr16	81145664	rs8054611	A	G	4040.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=80;NR=40;PP=2508;SC=ACCTTCCTTGAGTTCCCAGGG;SOR=1.373;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=122;TCF=82;TCR=40;TR=120;WE=81145683;WS=81145654;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,142:1.00:142
chr16	81145675	rs8059153	T	C	4624.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=84;NR=50;PP=2889;SC=GTTCCCAGGGTCTCCCTAACC;SOR=1.144;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=137;TCF=86;TCR=51;TR=134;WE=81145683;WS=81145654;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,163:1.00:163
chr16	81145737	rs8059318	T	G	9928.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=384;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=37;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=126;NR=118;PP=2965;SC=GCAGAGACCCTCCCCGAACTT;SOR=0.752;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=245;TCF=126;TCR=119;TR=244;WE=81145745;WS=81145727;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,383:1.00:383
chr16	81145807	rs8054182	C	G	11247.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=425;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=129;NR=137;PP=2965;SC=GGATGACAATCATAAAGCCTG;SOR=0.717;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=266;TCF=129;TCR=137;TR=266;WE=81145815;WS=81145797;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,423:1.00:423
chr16	81151122	rs4889238	A	C	15683.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=1.013;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=596;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=176;NR=156;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.838;SC=ACGTCTCTTTACTCATGCGCT;SOR=0.759;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=332;TCF=176;TCR=156;TR=332;WE=81151130;WS=81151112;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,591:0.99:595
chr16	81151163	rs8053191	C	T	11171.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.710;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=425;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=128;NR=148;PP=2965;ReadPosRankSum=1.978;SC=AAGTTGCGGCCGTGACTGCCC;SOR=0.802;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=279;TCF=129;TCR=150;TR=276;WE=81151171;WS=81151153;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,422:1.00:424
chr16	81157324	rs4889241	G	A	3865.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=47;NR=35;PP=1763;SC=GTAGACAGTGGACTCCACAAA;SOR=0.869;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=82;TCF=47;TCR=35;TR=82;WE=81157332;WS=81157314;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,146:1.00:146
chr16	81157521	rs4889242	G	A	1450.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=13;NR=27;PP=777;SC=GGGCCACCAGGCCAACAGAGC;SOR=1.329;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=13;TCR=27;TR=40;WE=81157529;WS=81157511;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr16	81164274	rs11150345	C	G	742.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=19;PP=497;SC=ACAGTCCCTGCTCAGGCAGGA;SOR=2.670;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=21;TCF=2;TCR=19;TR=21;WE=81164282;WS=81164264;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr16	81167342	rs11150346	T	G	808.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=18;PP=487;SC=CCCCTACGTGTGCAGAGGAGG;SOR=2.468;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=3;TCR=18;TR=21;WE=81167350;WS=81167332;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr16	81173030	rs4889243	A	G	870.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=26;NR=0;PP=523;SC=ATAAAGGAATAAAAGCCCAGG;SOR=5.353;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=34;TCF=26;TCR=8;TR=26;WE=81173038;WS=81173020;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr16	81173136	rs12918619	T	C	3429.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=60;NR=41;PP=1695;SC=GTGACGAACATGCTCTCCACG;SOR=1.539;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=101;TCF=60;TCR=41;TR=101;WE=81173144;WS=81173126;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr16	81173193	rs4889244	C	T	4602.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-2.268;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=60;PP=2065;ReadPosRankSum=0.166;SC=CTGGCCCTCCCGTAGTGCAGG;SOR=0.261;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=122;TCF=62;TCR=60;TR=121;WE=81173201;WS=81173183;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,180:0.99:181
chr16	81180988	rs7194136	C	G	8682.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=332;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=85;NR=94;PP=2965;SC=CTGATGTGTTCTGTGGATAAA;SOR=0.756;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=179;TCF=85;TCR=94;TR=179;WE=81180996;WS=81180978;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,328:1.00:328
chr16	81183266	rs8044870	A	G	1368.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=31;NR=7;PP=976;SC=CCAGCCACTAACCCTGACCTC;SOR=2.461;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=39;TCF=32;TCR=7;TR=38;WE=81183274;WS=81183256;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr16	81183624	.	CTTT	C	521.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;QD=23.72;SOR=1.473;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:3,19:0.86:22
chr16	81185326	rs11649028	G	A	3432.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=51;NR=35;PP=1663;SC=CCTGGGTGGCGGAACAAGACC;SOR=0.983;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=88;TCF=52;TCR=36;TR=86;WE=81185334;WS=81185316;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr16	81185416	rs8061038	A	G	7554.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=284;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=93;NR=75;PP=2965;SC=GAAACACCTTATCGAGGACGC;SOR=0.828;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=169;TCF=93;TCR=76;TR=168;WE=81185424;WS=81185406;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,282:1.00:282
chr16	81190294	rs4889251	G	A	342.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=2.194;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.547;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=5;PP=217;ReadPosRankSum=0.624;SC=CAGGTGATCCGTCCACCTTGG;SOR=0.330;SbPval=0.25;Source=Platypus;TC=31;TCF=24;TCR=7;TR=15;WE=81190316;WS=81190284;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,16:0.46:35
chr16	81190308	rs4889252	G	T	1544.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=26;NR=9;PP=729;SC=ACCTTGGCCTGCCAAAGTGCT;SOR=1.775;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=37;TCF=27;TCR=10;TR=35;WE=81190316;WS=81190284;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr16	81190328	rs4889253	G	A	674.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.361;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.020;HP=1;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=7;PP=426;ReadPosRankSum=-2.043;SC=TGGGATTACAGGCGTGAGCCA;SOR=0.850;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=50;TCF=35;TCR=15;TR=24;WE=81190336;WS=81190318;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,31:0.53:59
chr16	81190601	rs1453325	T	A,C	6415.77	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=283;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=26;NF=39,30;NR=66,40;PP=2962,2174;SC=TGGTGGATGTTGATGGCATTG;SOR=0.990;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=175;TCF=69;TCR=106;TR=105,70;WE=81190621;WS=81190591;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.52,0.48:274
chr16	81190613	rs1453324	A	G	2384.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.073;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=253;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.555;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=39;PP=2174;ReadPosRankSum=0.690;SC=ATGGCATTGGACATCACCAGG;SOR=0.598;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=156;TCF=57;TCR=99;TR=62;WE=81190621;WS=81190591;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:128,116:0.48:244
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chr16	81193156	rs10871403	C	G	5322.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=111;NR=44;PP=2965;SC=GCCAGAGGCACCAAAAGGGAA;SOR=1.908;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=155;TCF=111;TCR=44;TR=155;WE=81193165;WS=81193146;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,178:1.00:178
chr16	81193433	rs734823	G	C	1397.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.291;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.676;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=44;PP=829;ReadPosRankSum=2.208;SC=CTGTAGGAAAGGGGGTTCCAG;SOR=0.967;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=94;TCF=21;TCR=73;TR=56;WE=81193441;WS=81193423;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,66:0.56:118
chr16	81194382	rs2317117	T	C	8601.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.969;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=338;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=122;NR=91;PP=2965;ReadPosRankSum=0.041;SC=GTGCAATGTCTGGTCTCCAGT;SOR=0.904;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=218;TCF=125;TCR=93;TR=213;WE=81194390;WS=81194372;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,332:0.99:336
chr16	81194528	rs11647564	C	T	1665.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.090;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.367;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=43;PP=1009;ReadPosRankSum=-1.048;SC=CAGAAACAATCCTATTGAAGG;SOR=1.280;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=126;TCF=42;TCR=84;TR=58;WE=81194536;WS=81194518;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,75:0.47:159
chr16	81197117	rs4889255	A	G	3414.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=72;NR=29;PP=1986;SC=GCTTGAGCCCAGGAGGCAGAA;SOR=1.556;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=101;TCF=72;TCR=29;TR=101;WE=81197125;WS=81197107;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chr16	81198441	rs7191852	T	C	260.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-1.367;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=9;PP=162;ReadPosRankSum=0.628;SC=GAGGGAGCCCTCACACCTCCT;SOR=0.804;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=31;TCF=11;TCR=20;TR=14;WE=81198449;WS=81198431;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,14:0.44:32
chr16	81199429	rs12925622	G	A	2053.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=2.250;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=264;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.118;HP=2;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=31;PP=1031;ReadPosRankSum=0.664;SC=GACCTGTAACGCAGCTGGTTT;SOR=0.847;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=175;TCF=95;TCR=80;TR=72;WE=81199437;WS=81199419;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:157,105:0.40:262
chr16	81199520	rs12931217	T	C	4872.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=44;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=54;NR=85;PP=2242;SC=AGCAGGAGGGTGGTCTGCACA;SOR=1.130;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=139;TCF=54;TCR=85;TR=139;WE=81199528;WS=81199510;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,184:1.00:184
chr16	81199538	rs12931227	T	C	2512.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.123;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FS=0.583;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.52;ReadPosRankSum=0.364;SOR=0.782;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:105,68:0.39:173
chr16	81199544	rs12925771	G	A	2430.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.374;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.58;ReadPosRankSum=-0.624;SOR=0.699;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:91,65:0.42:156
chr16	81199554	rs12926898	CA	TG	1220.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.859;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FS=0.650;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.66;ReadPosRankSum=-1.489;SOR=0.812;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:81,60:0.43:141
chr16	81199572	rs12927442	A	G	3229.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=55;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=25;NR=57;PP=1950;SC=TGGCAATCTGAAAAAGGAGGC;SOR=1.487;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=82;TCF=25;TCR=57;TR=82;WE=81199580;WS=81199562;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr16	81199600	rs12599110	G	A	686.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=2.136;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.200;HP=1;HapScore=2;MGOF=74;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=21;PP=487;ReadPosRankSum=0.840;SC=TGTTGCTATGGACCTGCTGCC;SOR=1.865;SbPval=0.94;Source=Platypus;TC=53;TCF=13;TCR=40;TR=24;WE=81199608;WS=81199590;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,30:0.42:71
chr16	81201448	rs11313252	G	A	1453.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=59;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=22;NR=6;PP=557;SC=GATGGGGGGGGAAAGTTCCAC;SOR=2.368;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=29;TCF=23;TCR=6;TR=28;WE=81201456;WS=81201447;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr16	81201507	rs34188236	C	A	1102.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.492;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=9;PP=574;ReadPosRankSum=-0.064;SC=AGGTCTGCATCTGGCCTGGAC;SOR=0.688;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=83;TCF=60;TCR=23;TR=36;WE=81201515;WS=81201497;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,54:0.45:120
chr16	81201620	rs35292101	C	A	6236.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.348;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=322;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.49;ReadPosRankSum=-0.087;SOR=0.692;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:155,165:0.52:320
chr16	81201625	rs34504526	G	A	6162.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.739;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=315;ExcessHet=3.0103;FS=0.409;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.69;ReadPosRankSum=0.548;SOR=0.706;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:155,158:0.50:313
chr16	81201774	rs34172014	C	G	1057.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.700;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.871;HP=2;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=26;PP=671;ReadPosRankSum=-0.176;SC=CTGTGTCATTCAAGGGACAAG;SOR=0.475;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=73;TCF=25;TCR=48;TR=39;WE=81201782;WS=81201764;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,48:0.57:84
chr16	81201837	rs35055907	G	A	587.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.248;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=45;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=11;PP=256;ReadPosRankSum=0.442;SC=CCTGGCACACGAGCTCCCTGT;SOR=0.542;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=28;TCF=6;TCR=22;TR=14;WE=81201845;WS=81201827;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,18:0.58:31
chr16	81201853	rs72822032	C	A	516.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=2.377;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=55;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=10;PP=225;ReadPosRankSum=0.645;SC=CCTGTATCTCCGGCTTGAGAC;SOR=0.990;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=23;TCF=3;TCR=20;TR=11;WE=81201861;WS=81201843;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,14:0.56:25
chr16	81201868	rs34722210	G	T	490.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.006;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.51;MQRankSum=0.962;QD=23.37;ReadPosRankSum=0.315;SOR=0.631;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,12:0.57:21
chr16	81201872	rs76815905	C	T	451.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.605;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.54;MQRankSum=0.919;QD=22.59;ReadPosRankSum=0.000;SOR=0.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,12:0.60:20
chr16	81204172	rs11648241	A	C	83.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=2.418;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=34;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=0;PP=27;ReadPosRankSum=0.334;SC=ATAAGGAAGCACAGGAGCTGG;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=15;TCR=1;TR=4;WE=81204180;WS=81204166;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,5:0.29:17
chr16	81204188	rs1901819	A	G	383.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-2.654;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=2;PP=216;ReadPosRankSum=0.868;SC=GCTGGCAGCCAGATGTCAGGC;SOR=1.091;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=21;TCF=18;TCR=3;TR=15;WE=81204196;WS=81204178;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,17:0.65:26
chr16	81204423	rs11640279	T	C	6575.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.449;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=620;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.517;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=120;NR=91;PP=2707;ReadPosRankSum=-0.263;SC=GGAAAGAAGATGACAGAGGTC;SOR=0.751;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=400;TCF=221;TCR=179;TR=211;WE=81204431;WS=81204413;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:289,322:0.53:611
chr16	81204720	rs35271642	C	A	1522.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-3.013;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.903;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.785;NF=26;NR=38;PP=779;ReadPosRankSum=0.944;SC=AAATGTAATTCTGTGGCTCCA;SOR=0.496;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=137;TCF=48;TCR=89;TR=64;WE=81204728;WS=81204710;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,76:0.49:155
chr16	81208056	rs745209	A	G	841.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=4.874;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.505;HP=4;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=1;PP=418;ReadPosRankSum=2.518;SC=AAAGCAGGGGATGATGTGTTC;SOR=2.019;SbPval=0.97;Source=Platypus;TC=55;TCF=46;TCR=9;TR=21;WE=81208064;WS=81208050;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,24:0.39:62
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chr16	81208203	rs11150362	G	T	5449.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-2.082;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=536;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.523;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=92;NR=77;PP=2374;ReadPosRankSum=1.700;SC=CAGCCGCTTGGGAGACACCAC;SOR=0.615;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=324;TCF=181;TCR=143;TR=169;WE=81208211;WS=81208193;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:260,270:0.51:530
chr16	81208515	rs12596941	G	A	1838.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.025;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.288;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=30;PP=897;ReadPosRankSum=-0.041;SC=GTCTCCGAGTGCCACCTGTTA;SOR=0.369;SbPval=0.21;Source=Platypus;TC=135;TCF=54;TCR=81;TR=58;WE=81208523;WS=81208505;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:105,87:0.45:192
chr16	81213081	rs4889259	G	A	806.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=18;NR=3;PP=512;SC=CAGGAGGCTGGGACAGGAGGA;SOR=2.753;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=18;TCR=3;TR=21;WE=81213089;WS=81213071;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr16	81213142	rs4889260	C	T	2465.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=53;NR=19;PP=1478;SC=AGTGAGATCACATCTCTCTAT;SOR=1.802;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=72;TCF=53;TCR=19;TR=72;WE=81213150;WS=81213132;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr16	81213378	rs4889261	A	G	6068.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=53;NR=98;PP=2965;SC=GCAGGCATCCAGGAGGGGCTC;SOR=1.199;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=152;TCF=54;TCR=98;TR=151;WE=81213386;WS=81213368;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,225:1.00:225
chr16	81213422	rs4889262	C	T	3253.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=1.955;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=71;PP=2025;ReadPosRankSum=-1.051;SC=GGGCTGCTGACGCTACAGCCA;SOR=0.864;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=97;TCF=25;TCR=72;TR=96;WE=81213430;WS=81213412;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,115:0.99:116
chr16	81219329	rs9319563	G	T	14358.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=556;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=127;NR=181;PP=2965;SC=CAGACACTATGATCCATCAGG;SOR=0.916;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=309;TCF=127;TCR=182;TR=308;WE=81219337;WS=81219319;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,554:1.00:554
chr16	81219396	rs9674042	T	A	5881.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=50;NR=112;PP=2965;SC=TCATGAATAATAACATCAGCT;SOR=1.447;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=162;TCF=50;TCR=112;TR=162;WE=81219404;WS=81219386;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,211:1.00:211
chr16	81222447	rs10714779	CA	C	639.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.809;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FS=3.403;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.49;ReadPosRankSum=2.517;SOR=1.536;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,51:0.84:61
chr16	81222672	rs4889271	T	C	1585.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=11;NR=34;PP=1168;SC=TGGGGTGCTGTTGGCATTCCC;SOR=1.848;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=45;TCF=11;TCR=34;TR=45;WE=81222680;WS=81222662;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr16	81224234	rs12716909	T	C	3047.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=50;NR=24;PP=1543;SC=CATCTTTTCCTTGTGAGGTTA;SOR=1.315;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=74;TCF=50;TCR=24;TR=74;WE=81224242;WS=81224224;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr16	81224423	rs11647179	G	A	5134.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=56;NR=71;PP=2340;SC=CACCAGGGGCGTCAGCCTGTC;SOR=0.859;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=127;TCF=56;TCR=71;TR=127;WE=81224431;WS=81224413;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,193:1.00:193
chr16	81232275	rs7205673	G	A	2386.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=45;NR=21;PP=1395;SC=ACCTTCAACCGGAACAGCCAG;SOR=1.356;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=66;TCF=45;TCR=21;TR=66;WE=81232283;WS=81232265;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr16	81232564	rs7194871	T	G	7714.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=293;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=87;NR=96;PP=2965;SC=CCCATCAGTTTCTGGGTTTCT;SOR=0.736;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=183;TCF=87;TCR=96;TR=183;WE=81232572;WS=81232554;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,286:1.00:286
chr16	81240931	rs11150368	T	C	835.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=22;NR=3;PP=598;SC=CCGGACAGCCTACCCCAGCCA;SOR=3.258;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=25;TCF=22;TCR=3;TR=25;WE=81240939;WS=81240927;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr16	81241098	rs11150369	C	T	8065.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=35.85;SOR=0.738;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,225:1.00:225
chr16	81241098	.	CGG	TGC,TGG	1086	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.46;FR=0.5000,0.5000;HP=5;HapScore=2;MGOF=4;MMLQ=10;MQ=60.0;NF=35,76;NR=29,66;PP=776,1086;QD=12.9604355447;SC=CTTACCTCGGCGGGTTGTAGG;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=142;TCF=76;TCR=66;TR=64,142;WE=81241108;WS=81241088;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.45:142
chr16	81241100	rs11150370	G	C	2214.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.091;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FS=0.486;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.80;ReadPosRankSum=-1.074;SOR=0.763;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:110,116:0.51:226
chr16	81241249	rs72831349	T	A	688.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.918;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.02;ReadPosRankSum=1.019;SOR=0.551;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,22:0.51:43
chr16	81241269	rs4077826	G	A	510.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.368;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=22.21;ReadPosRankSum=1.469;SOR=0.519;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,14:0.61:23
chr16	81241965	rs72831353	T	C	608.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=1.580;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.665;HP=2;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=5;PP=458;ReadPosRankSum=-0.096;SC=GGGAGCAACTTTGAATGAGGG;SOR=1.258;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=42;TCF=32;TCR=10;TR=23;WE=81241973;WS=81241955;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,25:0.49:51
chr16	81242102	rs6420424	G	A	2476.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.114;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=287;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.900;HP=3;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=42;PP=1356;ReadPosRankSum=-0.458;SC=TCACCTTCCCGGCACTGGTAC;SOR=0.637;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=180;TCF=100;TCR=80;TR=92;WE=81242110;WS=81242092;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:158,128:0.45:286
chr16	81242148	rs55980345	GTT	G	4178.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.193;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=263;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.089;HP=3;HapScore=4;MGOF=26;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=43;PP=2947;ReadPosRankSum=0.686;SC=TCGGACACAGGTTTCCAAAGT;SOR=0.612;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=111;TCF=19;TCR=92;TR=52;WE=81242159;WS=81242138;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:148,111:0.43:259
chr16	81242151	rs5818326	T	C	4186.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.290;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=257;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.510;HP=2;HapScore=4;MGOF=26;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=43;PP=2962;ReadPosRankSum=0.607;SC=GACACAGGTTTCCAAAGTAGG;SOR=0.634;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=169;TCF=79;TCR=90;TR=81;WE=81242159;WS=81242138;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:144,111:0.44:255
chr16	81242194	rs6564838	T	C	6729.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=36.57;SOR=0.932;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,184:1.00:184
chr16	81242194	.	TCCTG	CCCTA,CCCTG	1090	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.45;FR=0.5000,0.5000;HP=3;HapScore=2;MGOF=29;MMLQ=28;MQ=60.0;NF=27,56;NR=37,78;PP=1061,1090;QD=17.4135605447;SC=TGACTGTAGCTCCTGGCACTG;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=135;TCF=57;TCR=78;TR=64,134;WE=81242206;WS=81242184;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.47:135
chr16	81242198	rs7499011	G	A	2064.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.592;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FS=1.874;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.60;ReadPosRankSum=1.446;SOR=0.537;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:83,95:0.53:178
chr16	81242366	rs6564839	T	C	1155.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=23;PP=673;SC=GAAGACCAGGTACTGGGCTAG;SOR=1.981;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=28;TCF=5;TCR=23;TR=28;WE=81242374;WS=81242356;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr16	81242386	rs6564840	T	G	457.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=1;NR=11;PP=284;SC=GGTACTCAGGTGAGGGAGAAG;SOR=2.584;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=12;TCF=1;TCR=11;TR=12;WE=81242394;WS=81242376;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
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chr16	81248935	rs8044334	T	G	767.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.434;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=20;PP=487;ReadPosRankSum=0.470;SC=GCAGGGGTGATAAATTGAATA;SOR=0.576;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=49;TCF=14;TCR=35;TR=29;WE=81248943;WS=81248925;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,35:0.52:67
chr16	81249927	rs7185774	C	T	2237.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.233;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.882;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=32;PP=976;ReadPosRankSum=1.163;SC=CCCGATGTGGCCGCAGGTGTC;SOR=0.511;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=122;TCF=67;TCR=55;TR=63;WE=81249935;WS=81249917;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:97,106:0.52:203
chr16	81249954	rs7191351	T	A	6091.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.761;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=234;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=79;NR=64;PP=2849;ReadPosRankSum=-0.844;SC=AGCGGCGGCCTGCCCTCCATG;SOR=0.802;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=144;TCF=80;TCR=64;TR=143;WE=81249962;WS=81249944;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,230:0.99:232
chr16	81253526	rs141224532	A	ATTATT	232.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.111;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=7;NR=0;PP=360;ReadPosRankSum=1.558;SC=TTAGACATGAATTATTTAATC;SOR=0.582;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=17;TCR=1;TR=7;WE=81253534;WS=81253524;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,7:0.47:15
chr16	81253637	rs9924275	A	G	2488.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.854;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FS=2.165;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.05;ReadPosRankSum=0.189;SOR=0.926;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:80,66:0.45:146
chr16	81253642	rs62052455	AG	TC	2566.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.771;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FS=1.324;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.11;ReadPosRankSum=0.512;SOR=0.850;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:83,67:0.45:150
chr16	81253745	rs9934272	C	G	3047.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.670;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=320;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.856;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=48;PP=1586;ReadPosRankSum=-0.333;SC=GGGAGATGTGCTTCTGCAGAA;SOR=0.748;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=227;TCF=128;TCR=99;TR=111;WE=81253767;WS=81253735;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:163,150:0.48:313
chr16	81253759	rs9924371	A	G	8560.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=340;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=130;NR=109;PP=2965;SC=TGCAGAAACCACTGGGTGCCT;SOR=0.819;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=239;TCF=130;TCR=109;TR=239;WE=81253767;WS=81253735;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,334:1.00:334
chr16	81253917	rs9924530	A	G	6013.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=52;NR=84;PP=2805;SC=CTCTGGCTTAACAGTGGTGGC;SOR=1.008;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=136;TCF=52;TCR=84;TR=136;WE=81253925;WS=81253907;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,223:1.00:223
chr16	81254023	rs35807120	T	TA	578.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-4.017;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.224;NF=0;NR=14;PP=454;ReadPosRankSum=1.220;SC=TCTTGGGACTTTCATATGCGG;SOR=0.392;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=26;TCF=0;TCR=26;TR=14;WE=81254031;WS=81254013;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,18:0.60:30
chr16	81301460	rs34500060	G	C	887.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=0.215;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.437;HP=6;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=0;PP=560;ReadPosRankSum=0.425;SC=TGTGGTCTTGGGGGGGCAGCC;SOR=1.678;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=50;TCF=48;TCR=2;TR=26;WE=81301468;WS=81301453;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,32:0.57:56
chr16	81301694	rs12934922	A	T	2832.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.457;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=283;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.988;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=49;PP=1252;ReadPosRankSum=0.383;SC=ACATCCGGAGAATGAGCTGGG;SOR=0.827;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=165;TCF=71;TCR=94;TR=83;WE=81301702;WS=81301684;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:140,141:0.50:281
chr16	81303759	rs4889294	T	C	1714.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.692;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=18;PP=1003;ReadPosRankSum=-1.829;SC=TGTGTCCTTTTTCAGACTTAT;SOR=0.741;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=106;TCF=71;TCR=35;TR=57;WE=81303767;WS=81303749;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,76:0.52:147
chr16	81314381	rs7188650	T	C	356.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=0.403;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=4;PP=262;ReadPosRankSum=-0.570;SC=TCAAGCATTTTAAAAAATATA;SOR=0.725;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=37;TCF=29;TCR=8;TR=17;WE=81314389;WS=81314371;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,17:0.41:41
chr16	81314496	rs7501331	C	T	1803.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.089;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FS=3.377;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.86;ReadPosRankSum=-3.024;SOR=0.479;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:89,94:0.51:183
chr16	81320830	rs8048342	A	G	1422.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=25;NR=20;PP=794;SC=ATCTTCATGCACTCCTATTTG;SOR=0.922;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=45;TCF=25;TCR=20;TR=45;WE=81320838;WS=81320820;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr16	81396287	rs12448327	C	T	3512.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.217;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=397;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.375;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=74;PP=1763;ReadPosRankSum=0.497;SC=TGTTTTGTGTCTGAGTTCAGG;SOR=0.730;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=253;TCF=90;TCR=163;TR=113;WE=81396295;WS=81396277;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:214,174:0.45:388
chr16	81398520	rs4889313	G	A	2911.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-2.501;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=292;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.892;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=39;PP=1116;ReadPosRankSum=0.352;SC=TTTAATATCTGTTCACCTGAC;SOR=0.762;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=179;TCF=94;TCR=85;TR=86;WE=81398528;WS=81398510;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:142,147:0.51:289
chr16	81398635	rs2608555	C	T	1308.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.739;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FS=2.074;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.84;ReadPosRankSum=0.478;SOR=0.900;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:79,69:0.47:148
chr16	81528953	rs17777059	A	G	316.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-3.068;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=2;PP=217;ReadPosRankSum=-1.282;SC=GGCGACCCACAGGCTTCTTGG;SOR=0.412;SbPval=0.24;Source=Platypus;TC=32;TCF=30;TCR=2;TR=15;WE=81528961;WS=81528943;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,16:0.42:38
chr16	81641452	rs7203914	A	G	103.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-0.108;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=5;PP=66;ReadPosRankSum=-1.527;SC=GCTGTAAACCAGGTCTGACTG;SOR=1.022;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=13;TCF=2;TCR=11;TR=6;WE=81641460;WS=81641442;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,6:0.35:17
chr16	81679151	rs4889356	A	G	5561.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-1.039;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=590;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.094;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=74;NR=90;PP=2247;ReadPosRankSum=1.963;SC=GAACCCTGGCATATGTGCTTG;SOR=0.764;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=328;TCF=153;TCR=175;TR=164;WE=81679159;WS=81679141;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:300,283:0.49:583
chr16	81704014	rs12920501	C	G	250.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.486;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=7;PP=155;ReadPosRankSum=0.824;SC=CTCGGACACACTGGACCTCAG;SOR=1.038;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=13;TCF=3;TCR=10;TR=9;WE=81704022;WS=81704004;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,11:0.65:17
chr16	81730381	rs9933631	C	A	8277.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=75;NR=63;PP=2963;SC=CGGAGTTTCCCGGCTAACACA;SOR=0.794;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=139;TCF=75;TCR=64;TR=138;WE=81730389;WS=81730371;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,227:1.00:227
chr16	81730396	rs151182692	T	TA	4671.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.500;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=235;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.478;HP=1;HapScore=4;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=32;PP=2954;ReadPosRankSum=3.616;SC=AACACAGTGCTGATCATGAAG;SOR=0.640;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=98;TCF=34;TCR=64;TR=45;WE=81730405;WS=81730386;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:113,120:0.52:233
chr16	81730397	rs370207043	G	A	4680.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-2.747;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=235;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.474;HP=1;HapScore=4;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=32;PP=2962;ReadPosRankSum=1.602;SC=ACACAGTGCTGATCATGAAGG;SOR=0.656;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=137;TCF=70;TCR=67;TR=63;WE=81730405;WS=81730386;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:113,121:0.52:234
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chr16	81816787	rs4476171	T	A	3313.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=41;NR=42;PP=1466;SC=TCCAGTGGACTATGGCCTAGA;SOR=0.740;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=84;TCF=41;TCR=43;TR=83;WE=81816795;WS=81816777;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,129:1.00:129
chr16	81819486	rs4354929	C	G	1117.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.015;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=11;PP=602;ReadPosRankSum=2.123;SC=GAAGTTCATGCCCTGTTAACT;SOR=0.638;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=83;TCF=57;TCR=26;TR=37;WE=81819494;WS=81819476;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,50:0.48:105
chr16	81819768	rs1143685	T	C	1125.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-2.673;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.054;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=29;PP=525;ReadPosRankSum=0.464;SC=GCAAGACCGCTGACAAGATCG;SOR=0.405;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=78;TCF=23;TCR=55;TR=43;WE=81819776;WS=81819758;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,54:0.59:91
chr16	81887903	rs4072831	A	G	456.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=2.846;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.165;HP=4;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=2;PP=281;ReadPosRankSum=-0.365;SC=GAAGGAGGGGACACTGAGTCC;SOR=0.250;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=29;TCF=26;TCR=3;TR=15;WE=81887911;WS=81887893;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,18:0.55:33
chr16	81887938	rs4522412	T	C	747.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.079;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.960;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=10;PP=477;ReadPosRankSum=1.249;SC=CTTTGCGGGATCCTGTTGGGG;SOR=0.507;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=65;TCF=48;TCR=17;TR=33;WE=81887946;WS=81887928;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,36:0.46:78
chr16	81887957	rs4072830	A	C	946.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=1.492;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=12;PP=572;ReadPosRankSum=1.732;SC=GGAAGGAAGGAGCCAGGCTGT;SOR=0.682;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=85;TCF=61;TCR=24;TR=40;WE=81887965;WS=81887947;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,45:0.44:103
chr16	81888152	rs1143686	A	G	2134.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.946;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.240;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=51;PP=1156;ReadPosRankSum=-0.660;SC=TCACCATCCTATATGGCACTC;SOR=0.999;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=137;TCF=44;TCR=93;TR=70;WE=81888160;WS=81888142;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:100,98:0.49:198
chr16	81888237	rs4072828	G	C	524.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=3.116;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.854;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=16;PP=359;ReadPosRankSum=1.106;SC=GTGCCTTAGTGTCTTCCTGAA;SOR=1.255;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=36;TCF=5;TCR=31;TR=18;WE=81888245;WS=81888227;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,20:0.53:38
chr16	81891998	rs4341734	G	C	2747.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.380;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=248;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.464;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.934;NF=48;NR=45;PP=1373;ReadPosRankSum=-0.535;SC=CGTAGTTGCTGATTCCTTTAT;SOR=0.675;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=175;TCF=87;TCR=88;TR=93;WE=81892006;WS=81891988;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:114,133:0.54:247
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chr16	81892895	rs41309272	C	T	1040.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=1.564;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=27;PP=580;ReadPosRankSum=1.719;SC=TTGTGATCTGCGGATGCCATG;SOR=0.767;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=89;TCF=30;TCR=59;TR=41;WE=81892903;WS=81892885;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,51:0.45:113
chr16	81902797	rs12445580	A	G	2668.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=2.167;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=259;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.968;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=31;PP=1430;ReadPosRankSum=1.261;SC=AGGTGACAGAACTGGGTCTCC;SOR=0.787;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=160;TCF=100;TCR=60;TR=83;WE=81902805;WS=81902787;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:130,125:0.49:255
chr16	81903055	rs4889420	G	A	547.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=2.389;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.606;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=19;PP=426;ReadPosRankSum=0.044;SC=GAGGGATCATGGACATATCTG;SOR=1.151;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=42;TCF=8;TCR=34;TR=22;WE=81903063;WS=81903045;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,22:0.52:42
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chr16	81904375	rs35039495	C	A	256.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-1.633;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=8;HapScore=4;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=1;PP=280;ReadPosRankSum=0.630;SC=ATTTCTGAAACAAAAATTATT;SOR=1.022;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=13;TCF=11;TCR=2;TR=5;WE=81904383;WS=81904364;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,8:0.57:14
chr16	81904433	rs34761601	TG	T	597.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.048;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.368;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=7;PP=553;ReadPosRankSum=-0.426;SC=AAAAATCATGTGGTCACTTTT;SOR=0.223;SbPval=0.2;Source=Platypus;TC=28;TCF=19;TCR=9;TR=15;WE=81904441;WS=81904423;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,21:0.55:38
chr16	81904674	rs7192509	T	C	746.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-2.458;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=23;PP=374;ReadPosRankSum=-0.410;SC=ATGAGAATGATGAAAGCATAC;SOR=0.826;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=54;TCF=16;TCR=38;TR=32;WE=81904682;WS=81904664;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,39:0.59:66
chr16	81904711	rs7192535	T	A	455.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-1.448;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=15;PP=299;ReadPosRankSum=0.669;SC=ATTGGCAAAATTCTTTAACCA;SOR=0.739;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=32;TCF=6;TCR=26;TR=18;WE=81904719;WS=81904701;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,20:0.57:35
chr16	81914583	rs11865395	C	T	2078.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.353;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.799;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=38;PP=994;ReadPosRankSum=1.070;SC=GTGTGTCGTTCGGGGCGGCTG;SOR=0.573;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=134;TCF=55;TCR=79;TR=67;WE=81914591;WS=81914573;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,97:0.52:187
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chr16	81925003	rs76593045	C	T	1370.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.713;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=19;PP=625;ReadPosRankSum=1.043;SC=CCCTGGTGGGCGCAGACCAGA;SOR=0.750;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=78;TCF=44;TCR=34;TR=45;WE=81925011;WS=81924993;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,67:0.56:119
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chr16	81941160	rs41301803	A	G	431.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-1.901;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=3;PP=133;ReadPosRankSum=0.854;SC=AGAATTCGCCATAAATGTCTA;SOR=0.693;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=28;TCF=21;TCR=7;TR=12;WE=81941168;WS=81941150;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,22:0.54:41
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chr16	81941444	rs71400183	C	T	316.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.095;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=1.225;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.89;ReadPosRankSum=-1.244;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,18:0.39:46
chr16	81953081	rs12448130	T	C	1455.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=24;NR=13;PP=681;SC=GTGTTCTTCCTGCTCCAGGGC;SOR=1.159;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=37;TCF=24;TCR=13;TR=37;WE=81953089;WS=81953071;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr16	81953368	rs12448152	A	G	2356.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=24;NR=41;PP=1201;SC=TTCACCATGTATCTGATACTG;SOR=1.116;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=65;TCF=24;TCR=41;TR=65;WE=81953376;WS=81953358;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr16	81954996	.	A	AT	478.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.427;ClippingRankSum=0.000;DP=124;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.04;ReadPosRankSum=-0.870;SOR=0.588;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:55,40:0.42:95
chr16	81956927	rs4485360	C	G	993.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=22;NR=5;PP=698;SC=TTGGGGCCTTCGATCCTTTGC;SOR=2.235;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=27;TCF=22;TCR=5;TR=27;WE=81956935;WS=81956917;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr16	81962071	rs4366702	A	C	566.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=1.131;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.067;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=11;PP=351;ReadPosRankSum=0.176;SC=TTCCACAGGCAGTATCTCTGC;SOR=0.491;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=47;TCF=28;TCR=19;TR=25;WE=81962079;WS=81962061;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,27:0.51:53
chr16	81965263	.	G	T	1271.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.550;ClippingRankSum=0.000;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.726;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=36;PP=831;ReadPosRankSum=1.212;SC=CACCAAGGTAGGCACCTGCTC;SOR=0.778;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=90;TCF=28;TCR=62;TR=53;WE=81965271;WS=81965253;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,60:0.53:114
chr16	81973442	rs11150425	T	C	687.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-1.766;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.170;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=7;PP=459;ReadPosRankSum=-0.896;SC=GAGATTGTCTTACCAGAAGGG;SOR=0.100;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=42;TCF=32;TCR=10;TR=24;WE=81973450;WS=81973432;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,28:0.62:45
chr16	81973474	rs4405546	C	A	937.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.131;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.170;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=7;PP=557;ReadPosRankSum=-0.999;SC=TGTGGCCTCTCATGAGCTTTG;SOR=1.201;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=72;TCF=50;TCR=22;TR=32;WE=81973482;WS=81973464;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,44:0.48:92
chr16	81973805	rs12923387	A	T	1028.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-3.875;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.702;HP=2;HapScore=4;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=14;PP=1066;ReadPosRankSum=0.115;SC=CTTGGAGAGCAGGTGTACAGC;SOR=0.112;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=44;TCF=11;TCR=33;TR=21;WE=81973815;WS=81973795;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,27:0.56:48
chr16	81973807	rs141767011	G	GTGCA	1044.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-2.193;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.751;HP=1;HapScore=4;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=13;PP=1066;ReadPosRankSum=0.156;SC=TGGAGAGCAGGTGTACAGCCT;SOR=0.111;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=30;TCF=0;TCR=30;TR=13;WE=81973815;WS=81973795;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,26:0.57:46
chr16	81990605	rs145405304	GGGCATGGTGGCTCACAGGCCA	G	509.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-0.167;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.036;NF=0;NR=9;PP=2923;ReadPosRankSum=0.313;SC=ATCCTTGGCCGGGCATGGTGG;SOR=0.776;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=33;TCF=1;TCR=32;TR=9;WE=81990633;WS=81990595;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,15:0.37:41
chr16	82033612	rs16956174	T	C	3255.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.749;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=270;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.452;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=54;PP=1430;ReadPosRankSum=-0.487;SC=TTGACTTCTTTGATCAGGTTT;SOR=0.740;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=161;TCF=72;TCR=89;TR=97;WE=82033620;WS=82033602;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:113,153:0.58:266
chr16	82033964	rs4383138	T	G	1304.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=2.774;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.766;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=31;PP=809;ReadPosRankSum=0.104;SC=TCACTATGCATGTTCCTTGGT;SOR=0.796;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=84;TCF=27;TCR=57;TR=45;WE=82033972;WS=82033954;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,56:0.54:103
chr16	82034435	rs6564956	C	G	374.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.516;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.015;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=12;PP=214;ReadPosRankSum=0.121;SC=AATGAGGACACTTTCCTTTTG;SOR=1.077;SbPval=0.23;Source=Platypus;TC=51;TCF=26;TCR=25;TR=19;WE=82034443;WS=82034425;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,23:0.31:74
chr16	82101728	rs8191134	T	G	1180.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.953;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.845;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=12;PP=514;ReadPosRankSum=0.135;SC=TATTTTCTCCTGTCACTCTGG;SOR=0.585;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=62;TCF=44;TCR=18;TR=38;WE=82101736;WS=82101718;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,58:0.62:93
chr16	82124776	rs2955154	G	T	1976.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=18;NR=36;PP=977;SC=TCAGTTAAAGGGGTGAAAACA;SOR=1.402;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=54;TCF=18;TCR=36;TR=54;WE=82124784;WS=82124766;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr16	82182820	rs28612577	A	G	1146.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=2.319;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=3;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=8;PP=1968;ReadPosRankSum=0.121;SC=GACTCCCTTGAAAGCTGCCGT;SOR=0.733;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=77;TCF=64;TCR=13;TR=45;WE=82182840;WS=82182810;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,47:0.57:83
chr16	82182832	rs11859599	C	G	1349.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-0.209;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=3;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=13;PP=1968;ReadPosRankSum=-0.217;SC=AGCTGCCGTGCACTGTGGGGT;SOR=0.610;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=94;TCF=73;TCR=21;TR=54;WE=82182840;WS=82182810;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,58:0.56:104
chr16	82197586	rs6564991	A	T	323.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.294;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.322;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=4;PP=125;ReadPosRankSum=0.343;SC=GAACAGAAACAATTTCATGGG;SOR=0.387;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=30;TCF=21;TCR=9;TR=11;WE=82197594;WS=82197576;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,17:0.44:39
chr16	82197662	rs6564992	T	C	875.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.141;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.385;HP=1;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=13;PP=330;ReadPosRankSum=0.082;SC=ACAAGCATCATCAGTATCAAT;SOR=0.470;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=80;TCF=49;TCR=31;TR=29;WE=82197670;WS=82197652;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,49:0.40:123
chr16	82197813	rs6564993	C	G	462.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-1.704;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.968;HP=7;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=11;PP=170;ReadPosRankSum=0.461;SC=TGAAAACAAACAAAATCAATG;SOR=0.515;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=51;TCF=15;TCR=36;TR=15;WE=82197821;WS=82197803;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,26:0.36:73
chr16	82197857	rs6564994	C	A	308.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-3.296;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.011;HP=3;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=8;PP=113;ReadPosRankSum=1.465;SC=ACTGAGGAAACCCCAAATAAT;SOR=0.136;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=27;TCF=4;TCR=23;TR=10;WE=82197865;WS=82197847;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,17:0.46:37
chr16	82197907	rs115347749	C	A	155.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-3.087;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.090;HP=2;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=4;PP=49;ReadPosRankSum=-0.682;SC=ATCTATGGAACCCATCTCAAG;SOR=0.086;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=5;WE=82197915;WS=82197897;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,8:0.67:12
chr16	82203705	rs2303265	A	C	8081.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.413;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=419;ExcessHet=3.0103;FS=0.524;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.29;ReadPosRankSum=1.963;SOR=0.634;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:212,207:0.49:419
chr16	82203711	rs2303264	G	T	8222.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.831;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=450;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.27;ReadPosRankSum=1.997;SOR=0.668;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:230,220:0.49:450
chr16	82203742	rs1134847	T	C	8773.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=2.372;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=562;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.105;HP=1;HapScore=2;MGOF=29;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=69;NR=64;PP=2168;ReadPosRankSum=3.619;SC=TCATGCGCAGTAGATTCTTGG;SOR=0.599;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=302;TCF=163;TCR=139;TR=133;WE=82203750;WS=82203732;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:319,243:0.43:562
chr16	82203758	rs2303262	C	T	8605.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.980;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=553;ExcessHet=3.0103;FS=0.529;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.59;ReadPosRankSum=2.695;SOR=0.625;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:325,227:0.41:552
chr16	82203768	rs2303261	G	T	8269.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.214;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=517;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.03;ReadPosRankSum=0.101;SOR=0.712;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:300,216:0.42:516
chr16	82672920	rs12444222	G	A	4748.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=100;NR=48;PP=2807;SC=GGGTCAGCCCGGGGTCATTTG;SOR=1.491;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=148;TCF=100;TCR=48;TR=148;WE=82672928;WS=82672910;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,175:1.00:175
chr16	82673047	rs4782724	C	T	10769.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=414;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=128;NR=128;PP=2965;SC=TGGGCGTGACCCACCTGCAGC;SOR=0.729;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=256;TCF=128;TCR=128;TR=256;WE=82673055;WS=82673037;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,399:1.00:399
chr16	82752831	rs9936126	G	T	82.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=0.842;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.5003;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=1;PP=54;ReadPosRankSum=-0.842;SC=GAGTTTCCACGAGCAGGAACC;SOR=0.368;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=6;TCF=5;TCR=1;TR=4;WE=82752839;WS=82752821;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,4:0.67:6
chr16	82882118	rs1585533	A	G	2556.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=68;NR=5;PP=2072;SC=TTTTTAAATTATTACTTTGTC;SOR=3.912;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=73;TCF=68;TCR=5;TR=73;WE=82882126;WS=82882113;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr16	82882174	.	A	ATT	1502	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;FR=1.0000;HP=13;HapScore=1;MGOF=20;MMLQ=21;MQ=59.88;NF=27;NR=24;PP=1502;QD=29.5490196078;SC=TACTATTGTGATTTTTTTTTT;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=167;TCF=77;TCR=90;TR=51;WE=82882196;WS=82882164;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:116,51:0.31:167
chr16	82882188	rs13336316	G	T	4216.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.242;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=322;ExcessHet=3.0103;FS=1.901;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.97;ReadPosRankSum=1.182;SOR=0.550;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:57,207:0.78:264
chr16	82882283	rs9935254	C	G	17301.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.550;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=672;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=164;NR=202;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.732;SC=GCCCTTTACTCATCTGTCTCC;SOR=0.859;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=369;TCF=166;TCR=203;TR=366;WE=82882291;WS=82882273;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,661:1.00:663
chr16	82891927	rs116969808	T	C	1779.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-2.384;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.007;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=30;PP=1025;ReadPosRankSum=0.633;SC=GGCAAACACATAAGCCGCTAT;SOR=0.543;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=126;TCF=79;TCR=47;TR=74;WE=82891935;WS=82891917;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,89:0.55:161
chr16	82917768	rs929847	G	C	2869.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=52;NR=26;PP=1630;SC=TCCTTATGCTGTTTCTTTCCA;SOR=1.396;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=79;TCF=52;TCR=27;TR=78;WE=82917776;WS=82917758;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr16	82917852	rs929848	T	C	5430.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=61;NR=66;PP=2074;SC=TGGGCTCCCATGAGAAGGAAA;SOR=0.741;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=127;TCF=61;TCR=66;TR=127;WE=82917860;WS=82917842;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,211:1.00:211
chr16	83065664	rs6565105	G	A	2896.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.414;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=327;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.330;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=39;PP=1337;ReadPosRankSum=-1.440;SC=ATGAGGTCTCGAGCCCATACT;SOR=0.611;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=210;TCF=119;TCR=91;TR=89;WE=83065672;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:178,144:0.45:322
chr16	83065965	rs2228685	T	A	297.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-0.471;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.809;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=7;PP=116;ReadPosRankSum=-0.378;SC=AATCCAACTCTAAAAATGTAG;SOR=0.126;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=19;TCF=2;TCR=17;TR=8;WE=83065973;WS=83065955;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,14:0.54:26
chr16	83159350	rs7196370	A	C	1956.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=44;NR=16;PP=1321;SC=GTTGAAATTAAGCAGGAAGAT;SOR=2.200;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=60;TCF=44;TCR=16;TR=60;WE=83159358;WS=83159340;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr16	83159519	rs72798389	A	G	3157.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.455;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=319;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.847;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=49;PP=1474;ReadPosRankSum=0.405;SC=TCGGTTTTCCAAAAACTAAAC;SOR=0.589;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=192;TCF=92;TCR=100;TR=99;WE=83159527;WS=83159509;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:160,157:0.50:317
chr16	83251210	rs4572385	G	A	48.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.189;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=6.97;ReadPosRankSum=-1.465;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,3:0.43:7
chr16	83542061	rs4782540	C	T	325.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-2.509;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.561;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=7;PP=97;ReadPosRankSum=0.221;SC=CACTCCCATACAGGCTTTCAA;SOR=0.223;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=22;TCF=7;TCR=15;TR=12;WE=83542069;WS=83542051;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,17:0.57:30
chr16	83542115	rs117609775	A	G	51.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=3;PP=28;ReadPosRankSum=0.598;SC=TCCTCTGACCATGGGAGTGTG;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=3;WE=83542123;WS=83542105;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,3:0.50:6
chr16	83658649	rs11639522	C	G	7409.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.623;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=285;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.347;HP=6;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=100;NR=62;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.157;SC=TATTTAAGCACAAAAATGGAC;SOR=0.759;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=168;TCF=102;TCR=66;TR=162;WE=83658657;WS=83658638;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,281:0.99:284
chr16	83704389	rs7203175	T	C	3166.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.036;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=296;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.554;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=35;PP=1265;ReadPosRankSum=-1.925;SC=TCTGCTTTGTTTGCAGTTTCA;SOR=0.847;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=164;TCF=92;TCR=72;TR=86;WE=83704397;WS=83704379;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:132,156:0.54:288
chr16	83775093	rs138398661	G	GTATA	68.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.463;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=2.963;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.02;MQRankSum=-0.000;QD=4.58;ReadPosRankSum=0.065;SOR=0.084;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,6:0.40:15
chr16	83775105	rs142704908	A	ATATATG	111.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.030;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=2.632;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.26;MQRankSum=-0.000;QD=7.45;ReadPosRankSum=-0.465;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,6:0.40:15
chr16	83781604	rs16961631	T	C	1014.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-0.976;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=12;PP=616;ReadPosRankSum=0.680;SC=TTTGGATTTTTGTTACCTAGG;SOR=0.627;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=87;TCF=66;TCR=21;TR=45;WE=83781612;WS=83781594;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,46:0.47:98
chr16	83816828	rs153654	A	G	1059.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.778;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.809;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=12;PP=729;ReadPosRankSum=-0.484;SC=AGTCTCATCCACTCTCACCAG;SOR=1.168;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=92;TCF=67;TCR=25;TR=49;WE=83816836;WS=83816818;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,54:0.45:119
chr16	83817019	rs1048612	A	G	1225.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.472;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.391;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=32;PP=791;ReadPosRankSum=-2.863;SC=GCAACGCGGCAGGGGCCCTGC;SOR=0.884;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=103;TCF=38;TCR=65;TR=49;WE=83817027;WS=83817009;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,61:0.45:137
chr16	83842792	rs8053753	G	T	142.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=3.138;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.935;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=1;PP=172;ReadPosRankSum=0.982;SC=TAACAGTGTCGAAAGAAAATT;SOR=2.655;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=23;TCF=18;TCR=5;TR=8;WE=83842800;WS=83842782;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,7:0.33:21
chr16	83873222	rs34435623	T	G	290.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=32;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=2;PP=202;SC=CCTCTATGATTTTTCTAAACA;SOR=1.863;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=6;TCR=2;TR=8;WE=83873230;WS=83873220;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr16	83873259	rs435383	G	A	716.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=47;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=16;NR=7;PP=491;SC=AGGAACAGAGGACTCATTTCT;SOR=1.528;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=16;TCR=7;TR=23;WE=83873267;WS=83873249;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr16	83873285	rs435367	G	A	881.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=55;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=18;NR=11;PP=435;SC=GTGTGTGTGTGTGCTCCTGTG;SOR=1.061;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=30;TCF=18;TCR=12;TR=29;WE=83873293;WS=83873275;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr16	83873306	.	GTGTGTC	G	95.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=1.264;ClippingRankSum=0.000;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.28;ReadPosRankSum=1.090;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,8:0.19:42
chr16	83873308	.	GTGTC	G	474.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.540;ClippingRankSum=0.000;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.30;ReadPosRankSum=0.643;SOR=0.551;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,20:0.48:42
chr16	83873312	rs367415	C	G	99.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.853;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=1.426;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.38;ReadPosRankSum=-0.576;SOR=0.399;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,10:0.24:42
chr16	83873471	rs34854190	G	A	842.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=8;NR=17;PP=449;SC=AAAATTCCCCGTTTTCAACTA;SOR=1.473;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=8;TCR=17;TR=25;WE=83873479;WS=83873461;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr16	83886589	rs12597522	A	T	9542.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-2.340;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=400;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=108;NR=144;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.809;SC=CCAGGGCTGGATTGGGTTGGA;SOR=0.918;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=259;TCF=114;TCR=145;TR=252;WE=83886597;WS=83886579;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,381:0.99:383
chr16	83933256	.	G	A	1459.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=-3.133;ClippingRankSum=0.000;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.424;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=25;PP=599;ReadPosRankSum=0.295;SC=CCCTCAAGCTGGTGGAGGGGC;SOR=0.355;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=81;TCF=30;TCR=51;TR=42;WE=83933264;WS=83933246;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,77:0.56:138
chr16	83933296	rs446036	T	C	1953.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=-0.772;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=34;PP=951;ReadPosRankSum=-0.614;SC=CCGCCGTCGATCCCCCGGCAG;SOR=0.616;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=49;TCF=14;TCR=35;TR=48;WE=83933304;WS=83933286;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,72:0.99:73
chr16	83982460	rs4782863	A	G	3175.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=1.339;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=94;NR=7;PP=2292;ReadPosRankSum=-0.671;SC=GGATCACGTCACAAGCTCTCA;SOR=3.021;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=102;TCF=95;TCR=7;TR=101;WE=83982468;WS=83982455;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,116:0.99:117
chr16	83982960	rs4782864	C	T	6137.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=239;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=92;NR=64;PP=2702;SC=TTGAGCACTCCAGGGTGGGGG;SOR=0.962;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=161;TCF=94;TCR=67;TR=156;WE=83982968;WS=83982950;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,232:1.00:232
chr16	83983071	rs4782865	C	T	7402.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=287;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=76;NR=98;PP=2965;SC=AAGTGGAGACCGAGAGGCTGC;SOR=0.895;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=176;TCF=77;TCR=99;TR=174;WE=83983079;WS=83983061;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,280:1.00:280
chr16	83983755	rs2245008	G	A	3573.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=35;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=78;NR=21;PP=2427;SC=CATGGCCCCAGCTGTGCCTAA;SOR=2.362;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=99;TCF=78;TCR=21;TR=99;WE=83983763;WS=83983745;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr16	83983775	rs12933677	T	C	5292.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.805;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.350;HP=3;HapScore=1;MGOF=37;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=106;NR=34;PP=2965;ReadPosRankSum=1.283;SC=ACCTCTTCCCTAAGCCTTTTT;SOR=1.937;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=143;TCF=107;TCR=36;TR=140;WE=83983783;WS=83983765;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,187:0.98:191
chr16	83983867	.	C	T	2965	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;FR=1.0000;HP=1;HapScore=1;MGOF=73;MMLQ=22;MQ=58.41;NF=167;NR=151;PP=2965;QD=20;SC=GGCAGATACGCACACACAGAC;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=319;TCF=168;TCR=151;TR=318;WE=83983875;WS=83983857;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:1,318:1.00:319
chr16	83983892	.	CA	TG	2947	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;FR=1.0000;HP=1;HapScore=1;MGOF=57;MMLQ=20;MQ=57.66;NF=134;NR=136;PP=2947;QD=20;SC=GCATACATACCAGCACACACG;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=276;TCF=139;TCR=137;TR=270;WE=83983901;WS=83983882;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:6,270:0.98:276
chr16	83983920	.	G	A	2965	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.64;FR=1.0000;HP=1;HapScore=1;MGOF=73;MMLQ=28;MQ=54.72;NF=103;NR=120;PP=2965;QD=20;SC=ACATGCACACGTGAGCACATG;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=225;TCF=104;TCR=121;TR=223;WE=83983928;WS=83983910;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:2,223:0.99:225
chr16	83984576	.	T	C	1094	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.62;FR=0.5000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MMLQ=24;MQ=41.88;NF=43;NR=13;PP=1094;QD=20.1566287955;SC=ACATACATACTGGCACACACG;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=79;TCF=62;TCR=17;TR=56;WE=83984587;WS=83984566;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:23,56:0.71:79
chr16	83984578	.	GCA	G	2690	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.62;FR=1.0000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MMLQ=24;MQ=41.88;NF=35;NR=18;PP=2690;QD=20;SC=ATACATACTGGCACACACGTA;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=65;TCF=42;TCR=23;TR=53;WE=83984587;WS=83984566;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:12,53:0.82:65
chr16	83984706	rs147293432	CCT	C	287.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.761;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=574;ExcessHet=3.0103;FS=3.184;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.54;ReadPosRankSum=-0.258;SOR=1.084;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:471,59:0.11:530
chr16	83984776	rs28555129	A	C	11571.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=441;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=102;NR=157;PP=2965;SC=TCTACCAGGAACCAGCCCCAG;SOR=1.122;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=261;TCF=103;TCR=158;TR=259;WE=83984788;WS=83984765;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,437:1.00:437
chr16	83984844	rs2244899	A	C	6271.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.231;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FS=2.936;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=41.53;ReadPosRankSum=-1.490;SOR=1.879;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,149:0.99:151
chr16	83984850	rs2244898	C	G	5898.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.285;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FS=3.183;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=44.35;ReadPosRankSum=-1.600;SOR=2.045;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,131:0.98:133
chr16	83986885	rs7203516	C	G	22545.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=508;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.09;SOR=0.847;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,500:1.00:500
chr16	83986888	rs7203864	G	A	22651.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=518;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.50;SOR=0.822;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,509:1.00:509
chr16	83992785	rs2665296	G	A	9733.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=367;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=149;NR=60;PP=2965;SC=TGAATGCGCCGCATCTAGATC;SOR=1.360;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=209;TCF=149;TCR=60;TR=209;WE=83992793;WS=83992775;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,360:1.00:360
chr16	83994569	rs2136662	G	T	1417.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.117;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.089;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=14;PP=544;ReadPosRankSum=-1.906;SC=TGGACCAAAGGGTTCCTTTCC;SOR=1.000;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=115;TCF=62;TCR=53;TR=40;WE=83994577;WS=83994559;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:119,77:0.39:196
chr16	83998557	rs733729	C	T	117.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-1.201;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.332;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=14;NR=2;PP=255;ReadPosRankSum=0.889;SC=CCTACAGCTACAGCCTAGTCC;SOR=0.544;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=41;TCF=38;TCR=3;TR=16;WE=83998565;WS=83998552;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,7:0.58:12
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chr16	83999000	rs3743627	C	G	6771.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.889;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=650;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=107;NR=101;PP=2962;ReadPosRankSum=1.087;SC=CCCTGGAGGCCGCCACAAGGG;SOR=0.695;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=398;TCF=203;TCR=195;TR=208;WE=83999008;WS=83998990;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:307,334:0.52:641
chr16	83999033	rs173776	A	G	6356.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-2.300;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=629;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=109;NR=93;PP=2962;ReadPosRankSum=4.404;SC=CCCCGGCCTCAGACCCTGTCC;SOR=0.691;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=397;TCF=211;TCR=186;TR=202;WE=83999041;WS=83999023;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:304,313:0.51:617
chr16	84027225	.	CTGTG	C,CTGTGTG	723.73	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.121;ClippingRankSum=0.000;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=3;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.605;NF=2,2;NR=20,20;PP=251,162;ReadPosRankSum=0.884;SC=GCAAGGTGAGCTGTGTGTGTG;SOR=1.493;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=47;TCF=3;TCR=44;TR=22,22;WE=84027240;WS=84027215;set=Intersection	GT:AF:DP	0/1:0.60:30
chr16	84065689	rs113463766	G	A	388.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.269;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.038;HP=2;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=14;PP=277;ReadPosRankSum=1.389;SC=TGCTGGCCAAGCTGTCCACCT;SOR=1.347;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=32;TCF=9;TCR=23;TR=17;WE=84065697;WS=84065679;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,18:0.44:41
chr16	84065710	rs907043	A	G	1057.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=18;PP=467;SC=CTGCCTCACCATCCTCATCTG;SOR=2.226;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=24;TCF=6;TCR=18;TR=24;WE=84065718;WS=84065700;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr16	84070238	rs8057543	C	A	543.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.180;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.599;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=5;PP=266;ReadPosRankSum=-0.404;SC=TCCTGCTCAACTGGAAACTCC;SOR=0.446;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=29;TCF=22;TCR=7;TR=19;WE=84070246;WS=84070228;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,24:0.71:34
chr16	84070500	rs1317524	C	G	883.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.559;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=1.240;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.80;ReadPosRankSum=-0.807;SOR=1.048;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,23:0.49:47
chr16	84070510	rs1876962	G	A	842.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.248;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.15;ReadPosRankSum=-0.507;SOR=0.748;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,21:0.48:44
chr16	84070514	rs1876960	A	C	745.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.914;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=1.227;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.19;ReadPosRankSum=-0.372;SOR=0.507;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,19:0.46:41
chr16	84075563	rs1105355	C	A	628.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.061;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=4.372;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.58;ReadPosRankSum=0.350;SOR=0.263;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,30:0.60:50
chr16	84075749	rs73254348	G	A	2113.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.140;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=30;PP=839;ReadPosRankSum=0.929;SC=GCTTCCTGGGGTCTGTCCCTC;SOR=0.649;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=103;TCF=45;TCR=58;TR=54;WE=84075757;WS=84075739;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,100:0.58:172
chr16	84088047	rs11607	C	T	1895.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-2.666;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=37;PP=997;ReadPosRankSum=1.033;SC=GTCAGCCAGGCTGCCGGTCAC;SOR=0.714;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=150;TCF=75;TCR=75;TR=75;WE=84088055;WS=84088037;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:114,95:0.45:209
chr16	84088968	rs8053890	T	C	1941.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=2.576;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.888;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=22;PP=1035;ReadPosRankSum=0.198;SC=CTCCTCTTGGTAGCTATAAAC;SOR=0.541;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=129;TCF=81;TCR=48;TR=56;WE=84088976;WS=84088958;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:91,87:0.49:178
chr16	84089207	rs6563996	G	T	1477.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.801;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.440;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=39;PP=907;ReadPosRankSum=-0.367;SC=GGGCCTTCTGGGCTGAGGGCT;SOR=0.861;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=110;TCF=37;TCR=73;TR=58;WE=84089215;WS=84089197;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,68:0.52:132
chr16	84089536	rs11415464	T	TG	295.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.645;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=2;PP=297;ReadPosRankSum=0.000;SC=GCCCGCCTCCTGGGGAGGGAG;SOR=0.773;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=10;TCF=7;TCR=3;TR=7;WE=84089544;WS=84089532;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,12:0.67:18
chr16	84089767	rs17849043	C	T	821.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.509;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.443;HP=9;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=21;PP=454;ReadPosRankSum=2.508;SC=TAAAACAAAACAAAAATAAGC;SOR=1.240;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=69;TCF=29;TCR=40;TR=32;WE=84089775;WS=84089757;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,42:0.42:99
chr16	84093062	rs2280024	G	A	2319.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=2.860;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=237;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.524;HP=5;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=54;PP=1373;ReadPosRankSum=0.899;SC=TCAACAAAAAGGAAAATCATC;SOR=0.976;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=160;TCF=59;TCR=101;TR=82;WE=84093070;WS=84093052;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:126,109:0.46:235
chr16	84093152	rs2280023	T	G	642.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=2.879;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.315;HP=4;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=20;PP=395;ReadPosRankSum=-2.165;SC=ACAGAGCCCCTGTGCTCTATT;SOR=1.402;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=59;TCF=17;TCR=42;TR=25;WE=84093160;WS=84093142;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,30:0.45:66
chr16	84101240	rs3835163	C	CACATTTT	2157.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.969;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.413;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=8;PP=1574;ReadPosRankSum=-0.054;SC=CCCCAAAAGTCTTATCCAAAT;SOR=1.524;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=51;TCF=27;TCR=24;TR=24;WE=84101248;WS=84101230;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,55:0.47:118
chr16	84101875	rs3817151	C	T	322.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-1.511;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.222;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=3;PP=181;ReadPosRankSum=0.428;SC=GGGATTCACTCCTCAGACATT;SOR=0.175;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=28;TCF=24;TCR=4;TR=14;WE=84101883;WS=84101865;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,16:0.50:32
chr16	84102135	rs870584	G	C	1995.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-0.461;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.492;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=48;PP=1216;ReadPosRankSum=-1.069;SC=CACAGGGCCGGCTCTGCAAGA;SOR=0.905;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=162;TCF=68;TCR=94;TR=81;WE=84102143;WS=84102125;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:99,96:0.49:195
chr16	84104478	rs1980011	C	T	115.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.539;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=1.640;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.31;ReadPosRankSum=2.174;SOR=0.280;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,9:0.26:35
chr16	84115279	rs3826139	T	C	329.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.148;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=3;PP=274;ReadPosRankSum=-0.482;SC=AGGCTTGTATTTTGTGCAGAG;SOR=0.460;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=29;TCF=25;TCR=4;TR=15;WE=84115287;WS=84115269;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,15:0.44:34
chr16	84115393	rs12933523	G	A	2394.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.164;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.283;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=20;PP=1003;ReadPosRankSum=1.763;SC=GATAGGCTCTGAGCAGATCGA;SOR=0.863;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=136;TCF=88;TCR=48;TR=68;WE=84115401;WS=84115383;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:113,114:0.50:227
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chr16	84115561	rs3743632	G	A	1410.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.026;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.259;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=32;PP=671;ReadPosRankSum=0.189;SC=TAAAAGAATGGAAATTGGACC;SOR=1.009;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=141;TCF=53;TCR=88;TR=44;WE=84115569;WS=84115551;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:129,74:0.36:203
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chr16	84203939	rs11644164	C	T	10280.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=-1.288;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1238;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.166;NF=179;NR=156;PP=2962;ReadPosRankSum=1.281;SC=CCACCACCACCGCCCCTGGGA;SOR=0.670;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=739;TCF=397;TCR=342;TR=335;WE=84203947;WS=84203929;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:681,539:0.44:1220
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chr16	84208335	rs3826151	G	T	6896.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-0.392;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=666;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=2.158;NF=91;NR=99;PP=2720;ReadPosRankSum=0.963;SC=CCAGGTTAAGGTCATTAGAAA;SOR=0.727;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=382;TCF=185;TCR=197;TR=190;WE=84208343;WS=84208325;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:318,344:0.52:662
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chr16	84209498	rs4782899	T	C	1794.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=3.469;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.313;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=17;PP=999;ReadPosRankSum=-0.275;SC=GATTCTGTTGTGAAAACAGAA;SOR=1.000;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=128;TCF=87;TCR=41;TR=59;WE=84209506;WS=84209488;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:108,84:0.44:192
chr16	84209634	rs2288019	C	G	4679.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.079;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=443;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=77;NR=77;PP=2430;ReadPosRankSum=-0.945;SC=TGGAAAACCTCCCCACAGACA;SOR=0.692;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=273;TCF=135;TCR=138;TR=154;WE=84209642;WS=84209624;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:212,226:0.52:438
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chr16	84209864	rs2288023	G	C	2887.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.485;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.663;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=60;PP=1621;ReadPosRankSum=0.985;SC=CTCACTTCCAGTGGAGACAGG;SOR=0.831;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=154;TCF=58;TCR=96;TR=96;WE=84209872;WS=84209854;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:95,130:0.58:225
chr16	84211465	rs2288024	T	C	2359.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=2.258;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=242;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.707;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=45;PP=1183;ReadPosRankSum=0.303;SC=CAGTTATATGTAGCATAAATG;SOR=0.956;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=143;TCF=53;TCR=90;TR=67;WE=84211473;WS=84211455;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:125,110:0.47:235
chr16	84211483	rs8692	C	T	2246.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.188;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.815;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=39;PP=1093;ReadPosRankSum=-0.461;SC=ATGGTTTAATCATAAATGTCT;SOR=0.558;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=119;TCF=45;TCR=74;TR=64;WE=84211491;WS=84211473;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,103:0.54:190
chr16	84211969	rs3208968	A	C	4891.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.306;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=450;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=83;PP=2333;ReadPosRankSum=-0.631;SC=CAGCCTAAAAAACGTGACCAT;SOR=0.707;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=274;TCF=116;TCR=158;TR=144;WE=84211977;WS=84211959;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:209,233:0.53:442
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chr16	84213114	rs2230130	C	T	2410.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-2.585;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=283;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=53;PP=1197;ReadPosRankSum=0.914;SC=CCTTGCGGAGCACACCCAGCC;SOR=0.717;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=201;TCF=76;TCR=125;TR=85;WE=84213122;WS=84213104;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:157,122:0.44:279
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chr16	84214837	rs2303234	G	C	4768.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.886;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=537;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.104;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=71;NR=76;PP=1953;ReadPosRankSum=-1.019;SC=GTCCCAGGCCGGTGACGCTGT;SOR=0.619;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=334;TCF=170;TCR=164;TR=147;WE=84214845;WS=84214827;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:284,236:0.45:520
chr16	84215133	rs4150149	C	T	4114.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.276;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=420;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.043;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=77;NR=79;PP=2386;ReadPosRankSum=0.453;SC=TCAAGGGTCGCGACATGCTCA;SOR=0.474;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=324;TCF=145;TCR=179;TR=156;WE=84215141;WS=84215123;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:215,196:0.48:411
chr16	84215314	rs3815814	T	C	5904.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=-0.409;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=706;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.104;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=83;NR=89;PP=2541;ReadPosRankSum=-0.324;SC=CAGCCCTGCCTCCAGCCCCTC;SOR=0.744;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=384;TCF=192;TCR=192;TR=172;WE=84215322;WS=84215304;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:397,307:0.44:704
chr16	84215390	rs2230127	T	C	5147.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.62;BaseQRankSum=-1.213;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=691;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.755;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=83;PP=1557;ReadPosRankSum=-0.628;SC=CCACCTGCATTGCCTGCAGAA;SOR=0.837;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=336;TCF=148;TCR=188;TR=140;WE=84215398;WS=84215380;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:396,287:0.42:683
chr16	84215692	rs2303237	C	T	8207.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-0.162;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=865;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=128;NR=105;PP=2962;ReadPosRankSum=1.343;SC=GATCAGTGCACGAGCTATGAT;SOR=0.686;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=500;TCF=271;TCR=229;TR=233;WE=84215700;WS=84215682;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:453,407:0.47:860
chr16	84217062	rs4782591	C	T	9030.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.986;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=376;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=82;NR=171;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.613;SC=CCGATACCGGCACCCTCCGCG;SOR=0.543;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=255;TCF=82;TCR=173;TR=253;WE=84217070;WS=84217052;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,365:1.00:366
chr16	84224805	rs8044351	G	C	3256.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=54;NR=40;PP=1518;SC=GCGCGAGATAGGGCCTAGCGC;SOR=0.920;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=94;TCF=54;TCR=40;TR=94;WE=84224813;WS=84224795;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr16	84224967	rs8044695	G	A	3346.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=42;NR=38;PP=1871;SC=AGTGCCTGGGGGCCCGCGCCC;SOR=0.762;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=80;TCF=42;TCR=38;TR=80;WE=84224975;WS=84224957;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr16	84225327	rs8049081	C	G	2833.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=18;NR=45;PP=1402;SC=ACGTGGGGAGCAGGGGGTCTG;SOR=1.329;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=64;TCF=18;TCR=46;TR=63;WE=84225335;WS=84225317;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr16	84228199	rs11864937	G	T	2182.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-2.287;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=258;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.506;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=45;PP=1073;ReadPosRankSum=2.082;SC=GTAATGGAGGGAGGGCCAGGC;SOR=0.500;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=169;TCF=68;TCR=101;TR=82;WE=84228207;WS=84228189;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:140,115:0.45:255
chr16	84228237	rs11646787	A	C	3790.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=38;NR=69;PP=2158;SC=GGACAAGAGGACTGAGGCTGG;SOR=1.307;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=107;TCF=38;TCR=69;TR=107;WE=84228245;WS=84228227;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,138:1.00:138
chr16	84228279	rs35446963	G	A	855.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-1.068;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.409;HP=1;HapScore=2;MGOF=39;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=23;PP=490;ReadPosRankSum=0.915;SC=GTGGCTGTGCGTGTGAGCAGG;SOR=0.408;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=59;TCF=12;TCR=47;TR=29;WE=84228287;WS=84228269;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,38:0.55:69
chr16	84228305	rs11864916	C	G	420.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-1.164;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=39;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=14;PP=341;ReadPosRankSum=0.423;SC=GGTTGCTGTACAAACCATCTG;SOR=0.818;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=36;TCF=6;TCR=30;TR=17;WE=84228313;WS=84228295;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,17:0.41:41
chr16	84228612	rs35353940	CT	C	26870.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=751;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=105;NR=196;PP=2951;SC=CGGACCCAGGCTTGTAGTGTC;SOR=0.817;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=308;TCF=108;TCR=200;TR=301;WE=84228620;WS=84228602;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,733:1.00:733
chr16	84228770	rs11149631	G	C	4677.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-2.059;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=505;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.104;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=74;NR=93;PP=2120;ReadPosRankSum=0.263;SC=GGCCTGTAAGGGGACTGTGGC;SOR=0.601;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=362;TCF=156;TCR=206;TR=167;WE=84228778;WS=84228760;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:262,233:0.47:495
chr16	84228873	rs11865115	C	T	4521.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-2.130;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=412;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.093;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=73;PP=2401;ReadPosRankSum=0.944;SC=TTGCCTTAGGCTGGGCCGTCT;SOR=0.605;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=269;TCF=118;TCR=151;TR=134;WE=84228881;WS=84228863;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:202,207:0.51:409
chr16	84229436	rs62049905	G	A	2711.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.969;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=292;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.576;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=54;PP=1438;ReadPosRankSum=-1.153;SC=CCCCCACCTCGGAAGGTGGCC;SOR=0.859;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=176;TCF=75;TCR=101;TR=90;WE=84229444;WS=84229426;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:153,134:0.47:287
chr16	84229559	rs2303238	T	C	8514.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=321;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=110;NR=82;PP=2965;SC=TGTCAGCCAGTGACAAGCTGG;SOR=0.878;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=193;TCF=110;TCR=83;TR=192;WE=84229567;WS=84229549;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,315:1.00:315
chr16	84229580	rs2303239	C	T	2517.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=2.147;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=322;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.772;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=27;PP=1173;ReadPosRankSum=-0.219;SC=CACGCTGGGCCGTGCTGGGGC;SOR=0.905;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=202;TCF=121;TCR=81;TR=77;WE=84229588;WS=84229570;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:192,126:0.40:318
chr16	84230067	.	GCAACCCCTTCGCT	G	2962	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;FR=0.5000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MMLQ=23;MQ=60.17;NF=6;NR=6;PP=2962;QD=20;SC=TAATCCCAGCGCAACCCCTTC;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=44;TCF=22;TCR=22;TR=12;WE=84230087;WS=84230057;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:32,12:0.27:44
chr16	84230082	.	AACCCCTTC	A	754.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.677;ClippingRankSum=0.000;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=2.178;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.58;ReadPosRankSum=1.459;SOR=0.457;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,24:0.40:60
chr16	84230091	.	GCTCAA	G	748.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=3.114;ClippingRankSum=0.000;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=0.999;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.70;ReadPosRankSum=0.927;SOR=0.488;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:40,24:0.38:64
chr16	84230096	.	A	G	198	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;FR=0.5000;HP=4;HapScore=2;MGOF=82;MMLQ=21;MQ=60.14;NF=13;NR=9;PP=198;QD=10.5805096612;SC=CCTTCGCTCAACCCCTTCCTA;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=51;TCF=33;TCR=18;TR=22;WE=84230104;WS=84230086;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:29,22:0.43:51
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chr16	84255809	rs56796255	T	C	2046.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.540;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.506;HP=6;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=26;PP=810;ReadPosRankSum=-0.061;SC=CATGTAGTCATGGGGGGTGCT;SOR=0.651;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=134;TCF=85;TCR=49;TR=66;WE=84255817;WS=84255799;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:108,103:0.49:211
chr16	84256410	rs7196482	C	T	3718.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=1.858;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=456;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.760;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=42;PP=1447;ReadPosRankSum=-2.494;SC=TAGGAGCTCCCGCTCGGCCTC;SOR=0.843;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=254;TCF=136;TCR=118;TR=100;WE=84256418;WS=84256400;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:261,190:0.42:451
chr16	84270381	rs244811	G	A	3857.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-2.653;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=381;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.377;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=67;NR=44;PP=1565;ReadPosRankSum=-0.263;SC=TGACACACAGGCTGACGGCTG;SOR=0.657;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=227;TCF=138;TCR=89;TR=111;WE=84270389;WS=84270371;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:185,188:0.50:373
chr16	84270476	rs11646443	G	A	5218.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.702;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=567;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.103;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=83;NR=73;PP=2249;ReadPosRankSum=-1.106;SC=TCGCGCAGCCGGTTCATGCAC;SOR=0.601;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=333;TCF=181;TCR=152;TR=156;WE=84270484;WS=84270466;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:302,260:0.46:562
chr16	84271193	rs11647665	C	T	2103.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.354;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=235;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.650;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=47;PP=1169;ReadPosRankSum=2.524;SC=GGCAAAGAGTCCTGGATGTCA;SOR=0.569;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=158;TCF=58;TCR=100;TR=78;WE=84271201;WS=84271183;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:120,104:0.46:224
chr16	84328494	rs400345	C	T	622.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=0.261;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=6;PP=425;ReadPosRankSum=0.398;SC=AGACTGTGCACGCTCCTGTCC;SOR=0.843;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=52;TCF=41;TCR=11;TR=27;WE=84328502;WS=84328484;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,29:0.47:62
chr16	84328752	rs369797	G	T	6172.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.78;SOR=0.960;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,141:1.00:141
chr16	84328756	rs401782	G	C	6123.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.70;SOR=1.072;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,134:1.00:134
chr16	84328826	rs429725	A	G	1110.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=43;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=30;PP=892;SC=TGCTCCCCCAAAACGTGGCAA;SOR=4.804;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=32;TCF=2;TCR=30;TR=31;WE=84328834;WS=84328816;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr16	84351828	rs187372	G	A	4045.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=60;NR=38;PP=1900;SC=AAGCCTGGGCGTTTCTCAGCT;SOR=1.036;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=98;TCF=60;TCR=38;TR=98;WE=84351836;WS=84351818;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,153:1.00:153
chr16	84357925	rs244786	G	T	2185.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=37;NR=19;PP=1119;SC=AGTGAGATGGGGAGACTGAAA;SOR=1.292;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=56;TCF=37;TCR=19;TR=56;WE=84357933;WS=84357915;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr16	84358103	rs150266820	C	CA	807.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.718;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.113;HP=9;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=20;PP=383;ReadPosRankSum=-0.130;SC=CCAGAGGGCACAAAAAAAAGG;SOR=0.384;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=47;TCF=3;TCR=44;TR=21;WE=84358111;WS=84358093;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,43:0.54:80
chr16	84358121	rs244787	A	C	1758.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=16;NR=36;PP=893;SC=AGGCAGTGAAAGTTTCTTATG;SOR=1.385;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=53;TCF=16;TCR=37;TR=52;WE=84358129;WS=84358111;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr16	84358139	rs57330047	A	C	678.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.502;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.075;HP=6;HapScore=2;MGOF=30;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=13;PP=302;ReadPosRankSum=0.308;SC=ATGTGAAGAAAAAAATAAAAG;SOR=0.498;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=40;TCF=13;TCR=27;TR=21;WE=84358147;WS=84358129;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,32:0.58:55
chr16	84360533	rs12933084	A	G	1977.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.127;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.876;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=37;PP=873;ReadPosRankSum=0.304;SC=GGACAACAGAAGCACTTTCAG;SOR=0.971;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=124;TCF=54;TCR=70;TR=60;WE=84360541;WS=84360523;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:114,100:0.47:214
chr16	84431973	rs12148971	C	T	231.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.582;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.296;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=0;PP=119;ReadPosRankSum=-0.726;SC=GATCATGACACTGCACTCCAG;SOR=1.415;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=40;TCF=31;TCR=9;TR=9;WE=84431981;WS=84431963;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,14:0.28:50
chr16	84438512	rs11149650	G	A	5449.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=90;NR=47;PP=2965;SC=GACCAGAGTCGTCTTTTCTGC;SOR=1.056;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=138;TCF=91;TCR=47;TR=137;WE=84438520;WS=84438502;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,197:1.00:197
chr16	84444113	rs2291006	C	T	343.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-1.031;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.792;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=2;PP=190;ReadPosRankSum=-0.463;SC=TAGCCTGCCACGCCCTGTCCC;SOR=0.307;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=37;TCF=34;TCR=3;TR=14;WE=84444121;WS=84444109;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,17:0.39:44
chr16	84444349	rs247818	A	C	7133.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=268;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=74;NR=109;PP=2965;SC=GCTGACCAAGATGGTTCCTCC;SOR=1.022;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=183;TCF=74;TCR=109;TR=183;WE=84444357;WS=84444339;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,264:1.00:264
chr16	84455961	rs2288573	A	G	1817.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=2.333;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.432;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=19;PP=1179;ReadPosRankSum=-0.293;SC=GGGGTGACAGAGAGATTCCAC;SOR=0.858;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=106;TCF=74;TCR=32;TR=63;WE=84455969;WS=84455951;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,77:0.57:136
chr16	84456642	rs247814	G	A	1829.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=41;NR=11;PP=1208;SC=ATACGCACAGGTCTTCAGTGC;SOR=2.119;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=52;TCF=41;TCR=11;TR=52;WE=84456650;WS=84456632;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr16	84456705	rs185063	C	T	1276.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.553;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.879;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=13;PP=703;ReadPosRankSum=-1.629;SC=ATCACTGAAGCTGTAGGATGG;SOR=1.037;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=104;TCF=64;TCR=40;TR=42;WE=84456713;WS=84456695;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:92,63:0.41:155
chr16	84459512	rs1887	G	C	478.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-4.203;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=20;PP=326;ReadPosRankSum=0.882;SC=AGGAAGGGTTGGGAAGGTGCA;SOR=0.610;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=35;TCF=2;TCR=33;TR=22;WE=84459520;WS=84459502;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,23:0.59:39
chr16	84472972	rs247905	G	A	1609.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-1.228;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.987;HP=4;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-1.021;NF=29;NR=24;PP=836;ReadPosRankSum=-1.352;SC=ATCCAGCCTGGGGGTTTCACA;SOR=0.389;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=108;TCF=66;TCR=42;TR=53;WE=84472980;WS=84472962;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,76:0.52:147
chr16	84473004	rs3085208	C	CTT	2907.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.859;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=1.884;NF=12;NR=29;PP=1675;ReadPosRankSum=0.925;SC=GGCAACTTCTCTTCTATAAAC;SOR=0.706;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=89;TCF=29;TCR=60;TR=41;WE=84473012;WS=84472994;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:100,86:0.46:186
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chr16	84481995	rs247891	T	C	760.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=20;NR=1;PP=537;SC=GTCCAGCACCTGTGAACAGCA;SOR=4.977;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=21;TCF=20;TCR=1;TR=21;WE=84482003;WS=84481985;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr16	84485573	rs247885	C	A	8613.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=323;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=148;NR=80;PP=2965;SC=TGACGTTTCTCGGTCTTGTGG;SOR=1.175;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=233;TCF=149;TCR=84;TR=228;WE=84485581;WS=84485563;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,320:1.00:320
chr16	84485817	rs72806637	A	G	891.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-1.826;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=26;PP=562;ReadPosRankSum=-0.495;SC=CTAGCCCTACAGGCTTAGAAA;SOR=0.795;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=57;TCF=10;TCR=47;TR=32;WE=84485825;WS=84485807;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,38:0.55:69
chr16	84486700	rs193704	G	A	731.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.049;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FS=1.823;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.41;ReadPosRankSum=0.507;SOR=0.999;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:50,37:0.43:87
chr16	84486867	rs2435172	A	G	8264.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=319;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=118;NR=96;PP=2965;SC=CTTGGCTGGCAGTGGGGCTGG;SOR=0.849;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=215;TCF=118;TCR=97;TR=214;WE=84486875;WS=84486857;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,315:1.00:315
chr16	84487056	rs247884	C	T	891.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=4.874;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.202;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=35;PP=711;ReadPosRankSum=1.249;SC=CTCATGCGTCCGTCGGGTGAC;SOR=1.841;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=83;TCF=14;TCR=69;TR=40;WE=84487064;WS=84487046;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,39:0.43:90
chr16	84488676	rs113623854	A	AGG	541.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.194;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FS=0.966;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.20;MQRankSum=2.482;QD=6.16;ReadPosRankSum=-2.169;SOR=0.508;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:66,22:0.25:88
chr16	84488691	rs72806642	G	A	1297.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.210;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-2.155;NF=16;NR=32;PP=815;ReadPosRankSum=1.791;SC=GGGGTCTCGCGGAGTCCCCAG;SOR=0.716;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=76;TCF=24;TCR=52;TR=48;WE=84488699;WS=84488681;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,56:0.70:80
chr16	84488734	rs79006868	C	G	485.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-1.302;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=14;PP=326;ReadPosRankSum=-1.222;SC=GTCAGTGTGGCAGGTGCCCCC;SOR=0.608;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=33;TCF=6;TCR=27;TR=19;WE=84488742;WS=84488724;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,21:0.64:33
chr16	84488754	rs247882	T	C	180.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=1.301;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=32;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=6;PP=97;ReadPosRankSum=1.353;SC=CAACCCCAAGTACCAACAGCC;SOR=0.582;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=3;TCR=17;TR=6;WE=84488762;WS=84488744;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,9:0.39:23
chr16	84492683	rs693552	A	C	2132.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=42;NR=14;PP=1340;SC=TCCAGCCCTCACGCAGGCCCG;SOR=1.997;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=56;TCF=42;TCR=14;TR=56;WE=84492691;WS=84492673;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr16	84493080	rs3743655	A	G	3599.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.987;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=337;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.285;HP=3;HapScore=4;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=58;PP=2962;ReadPosRankSum=0.484;SC=CCAAGGCTATAGGGATGAACA;SOR=0.620;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=207;TCF=97;TCR=110;TR=113;WE=84493089;WS=84493070;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:163,173:0.51:336
chr16	84493081	rs437299	G	A	3356.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=2.392;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=334;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.296;HP=2;HapScore=4;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=52;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.356;SC=CAAGGCTATAGGGATGAACAA;SOR=0.786;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=205;TCF=96;TCR=109;TR=93;WE=84493089;WS=84493070;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:172,161:0.48:333
chr16	84493144	rs410388	C	G	5478.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=57;NR=79;PP=2711;SC=TGTTGCACTGCAGTGAGACTG;SOR=0.979;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=136;TCF=57;TCR=79;TR=136;WE=84493152;WS=84493134;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,204:1.00:204
chr16	84493216	rs377261	T	C	1912.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=50;PP=1167;SC=TGGAACTTTCTGCTCCCTCTG;SOR=2.505;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=63;TCF=13;TCR=50;TR=63;WE=84493224;WS=84493206;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr16	84494020	rs393515	G	T	4065.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=58;NR=34;PP=1776;SC=TTGGCCTTACGGGGTGGTCTT;SOR=1.071;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=93;TCF=58;TCR=35;TR=92;WE=84494028;WS=84494010;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,153:1.00:153
chr16	84494252	rs72806651	C	T	4178.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.505;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=404;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.710;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=67;PP=1876;ReadPosRankSum=-0.313;SC=GTGTCTTGTTCGGAGCAGCTT;SOR=0.566;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=260;TCF=136;TCR=124;TR=133;WE=84494260;WS=84494242;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:199,201:0.50:400
chr16	84494450	rs381467	G	A	2744.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=16;NR=59;PP=1793;SC=GCCCTGGTGCGGTGCAGACGC;SOR=2.154;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=75;TCF=16;TCR=59;TR=75;WE=84494458;WS=84494440;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr16	84495224	rs369750	A	G	3795.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=97;NR=21;PP=2396;SC=GCTCCCAGCCATGCCCCAGGA;SOR=2.494;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=118;TCF=97;TCR=21;TR=118;WE=84495232;WS=84495214;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,141:1.00:141
chr16	84495770	rs2241639	G	A	493.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=1.883;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.116;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=14;PP=359;ReadPosRankSum=0.490;SC=AGGTGACCTCGACCAGGGCCA;SOR=1.302;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=40;TCF=6;TCR=34;TR=16;WE=84495778;WS=84495760;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,20:0.42:48
chr16	84497169	rs891258	G	A	2760.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.158;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=245;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.479;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=40;PP=1524;ReadPosRankSum=-0.371;SC=TCCTGCCGGCGCAACAGAGCT;SOR=0.741;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=189;TCF=116;TCR=73;TR=105;WE=84497177;WS=84497159;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:111,129:0.54:240
chr16	84497186	rs2241634	C	T	2862.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.590;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=317;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.868;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=41;PP=1376;ReadPosRankSum=0.967;SC=AGCTGCAGCCCGTCCTGAATC;SOR=0.627;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=210;TCF=119;TCR=91;TR=92;WE=84497194;WS=84497176;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:169,141:0.45:310
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chr16	84514341	rs444170	A	G	2511.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.702;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=311;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.899;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=45;PP=1109;ReadPosRankSum=1.229;SC=GACAGAGAATAGCATCAGCAA;SOR=0.829;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=177;TCF=83;TCR=94;TR=80;WE=84514349;WS=84514331;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:178,132:0.43:310
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chr16	84520396	rs422145	A	G	7081.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=267;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=98;NR=93;PP=2965;SC=AAGAGCAGGCACCAGCGGTGC;SOR=0.739;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=191;TCF=98;TCR=93;TR=191;WE=84520404;WS=84520386;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,266:1.00:266
chr16	84520537	rs431818	T	C	5795.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.860;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=71;NR=85;PP=2641;ReadPosRankSum=-0.611;SC=GAGCACAGGATGAGAAAGCCC;SOR=0.283;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=158;TCF=71;TCR=87;TR=156;WE=84520545;WS=84520527;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,223:1.00:224
chr16	84520780	rs378384	G	C	483.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=3;NR=7;PP=188;SC=ACTGAGCACAGAAAACAGGGC;SOR=1.292;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=3;TCR=7;TR=10;WE=84520788;WS=84520770;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr16	84522867	rs422918	C	A	902.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-1.157;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.124;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=4;PP=506;ReadPosRankSum=-0.516;SC=TGCATCACCGCGTCCACGCAC;SOR=1.088;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=76;TCF=60;TCR=16;TR=29;WE=84522875;WS=84522857;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,41:0.43:96
chr16	84522897	rs436278	G	C	1726.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.614;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=21;PP=1053;ReadPosRankSum=-1.414;SC=GCAGCTTCATGTCAGAGAGCA;SOR=0.736;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=128;TCF=85;TCR=43;TR=62;WE=84522905;WS=84522887;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,79:0.48:164
chr16	84528317	rs2435171	G	C	2211.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.865;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=27;PP=1045;ReadPosRankSum=-2.123;SC=TCACAACCTGGTAAAAATGAG;SOR=0.704;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=145;TCF=86;TCR=59;TR=68;WE=84528325;WS=84528307;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:110,106:0.49:216
chr16	84529382	rs8055536	G	C	2509.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.683;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=317;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=28;PP=1144;ReadPosRankSum=-0.542;SC=CTTTCAACAGGTGGGACATGG;SOR=0.706;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=190;TCF=110;TCR=80;TR=67;WE=84529390;WS=84529372;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:184,128:0.41:312
chr16	84531307	rs442288	G	C	325.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=1.391;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.268;HP=2;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=13;PP=264;ReadPosRankSum=-0.050;SC=GATGCGTTTAGACACTGTCTA;SOR=2.872;SbPval=0.93;Source=Platypus;TC=27;TCF=5;TCR=22;TR=14;WE=84531315;WS=84531297;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,14:0.45:31
chr16	84531780	rs501782	T	C	341.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=3.862;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.260;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=13;PP=255;ReadPosRankSum=-0.226;SC=AAAATAAATGTTGAGAATTAT;SOR=1.845;SbPval=0.96;Source=Platypus;TC=45;TCF=10;TCR=35;TR=14;WE=84531788;WS=84531770;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,16:0.31:52
chr16	84690467	rs72797510	C	T	1047.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=0.380;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.597;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=1;PP=700;ReadPosRankSum=-0.957;SC=AATGTGTCTTCTCTGTCCAGG;SOR=1.304;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=63;TCF=59;TCR=4;TR=32;WE=84690475;WS=84690457;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,40:0.56:72
chr16	84691044	rs3751762	C	T	9071.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.077;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=906;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.088;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=157;NR=145;PP=2962;ReadPosRankSum=0.793;SC=GCACGACCTCCTGCAGGCCGC;SOR=0.749;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=617;TCF=310;TCR=307;TR=302;WE=84691052;WS=84691034;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:447,432:0.49:879
chr16	84693149	rs67118461	G	A	331.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-0.672;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.127;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=7;PP=190;ReadPosRankSum=0.030;SC=GACTCAGAGCGTCTCCATCCC;SOR=0.502;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=54;TCF=36;TCR=18;TR=20;WE=84693157;WS=84693139;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,20:0.36:56
chr16	84693675	rs2303230	C	T	437.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=2.234;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=15;PP=309;ReadPosRankSum=0.184;SC=CCATGAGGGGCGGAGGGCGTG;SOR=1.220;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=25;TCF=2;TCR=23;TR=16;WE=84693683;WS=84693665;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,18:0.60:30
chr16	84695126	rs12924673	G	A	362.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-1.782;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=2;PP=266;ReadPosRankSum=0.786;SC=CGGCTCGGAGGGGGTAAGCCT;SOR=0.804;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=36;TCF=32;TCR=4;TR=16;WE=84695134;WS=84695116;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,16:0.44:36
chr16	84695280	rs17755815	A	G	3816.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.516;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=432;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=52;PP=1536;ReadPosRankSum=-0.349;SC=AGAACCTGCTATGCTACGACC;SOR=0.711;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=249;TCF=130;TCR=119;TR=112;WE=84695288;WS=84695270;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:233,195:0.46:428
chr16	84695490	rs12928590	C	T	2461.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.280;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=48;PP=1389;ReadPosRankSum=2.137;SC=CGCTGCTGCACGCCAACAGCG;SOR=0.677;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=162;TCF=76;TCR=86;TR=91;WE=84695498;WS=84695480;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:98,114:0.54:212
chr16	84695864	rs3087669	C	A	537.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-2.548;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.851;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=21;PP=434;ReadPosRankSum=1.642;SC=TTTTATGATTCTTGGTATTTC;SOR=2.777;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=39;TCF=2;TCR=37;TR=21;WE=84695872;WS=84695854;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,21:0.54:39
chr16	84774120	rs4510001	T	C	972.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-1.682;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=26;PP=514;ReadPosRankSum=1.459;SC=TGTATTTAATTGCTGAATCAC;SOR=0.634;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=71;TCF=24;TCR=47;TR=41;WE=84774128;WS=84774110;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,48:0.55:87
chr16	84778685	rs1862792	A	G	5784.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-1.305;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=612;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.742;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.553;NF=81;NR=88;PP=2271;ReadPosRankSum=0.202;SC=TATGGGTGACATGCCCCCGTC;SOR=0.611;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=368;TCF=190;TCR=178;TR=169;WE=84778693;WS=84778675;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:315,290:0.48:605
chr16	84792428	rs7202832	C	T	2637.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.973;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=236;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.644;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=45;PP=1070;ReadPosRankSum=-0.128;SC=CCTTCCTGGACGCCGTCCGCA;SOR=0.569;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=144;TCF=55;TCR=89;TR=73;WE=84792436;WS=84792418;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:99,128:0.56:227
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chr16	84798003	rs35893650	T	C	1595.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=2.751;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=40;PP=994;ReadPosRankSum=1.473;SC=CTGCCTGCTCTTCTCTTGCAC;SOR=0.693;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=108;TCF=26;TCR=82;TR=52;WE=84798011;WS=84797993;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,66:0.50:132
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chr16	84808969	rs2303232	G	C	1772.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=2.407;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.659;HP=1;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=41;PP=1038;ReadPosRankSum=-0.428;SC=GAGTCGGGGAGTCACGTGAGA;SOR=0.795;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=107;TCF=28;TCR=79;TR=56;WE=84808977;WS=84808959;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,76:0.52:147
chr16	84808984	rs774300	T	C	1425.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=4.324;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.947;HP=3;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=38;PP=952;ReadPosRankSum=0.996;SC=GTGAGAGTTTTACCTGAAACT;SOR=1.166;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=90;TCF=19;TCR=71;TR=47;WE=84808992;WS=84808974;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,58:0.50:117
chr16	84872051	rs1546124	G	C	810.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=3.288;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.483;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=6;PP=591;ReadPosRankSum=0.961;SC=AGCTCTGCCCGAGGAGCCCAG;SOR=1.424;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=65;TCF=51;TCR=14;TR=32;WE=84872059;WS=84872041;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,34:0.47:72
chr16	84879286	rs12931881	G	A	1522.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.754;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.074;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=21;PP=895;ReadPosRankSum=-0.425;SC=GCAGAGCATTGGCTGTAGGCT;SOR=0.510;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=124;TCF=82;TCR=42;TR=57;WE=84879294;WS=84879276;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,72:0.45:160
chr16	84879324	rs12051168	T	C	2491.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.774;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=285;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.022;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=34;PP=1132;ReadPosRankSum=0.484;SC=GGGGCGTTGCTGTATTTATGG;SOR=0.569;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=187;TCF=114;TCR=73;TR=83;WE=84879332;WS=84879314;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:156,126:0.45:282
chr16	84879464	rs12051468	A	G	2817.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.006;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=329;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=55;PP=1328;ReadPosRankSum=0.639;SC=CGGGCCCACCAGTCTGCTGGT;SOR=0.674;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=220;TCF=94;TCR=126;TR=96;WE=84879472;WS=84879454;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:180,142:0.44:322
chr16	84882911	rs4783086	T	C	1442.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=23;NR=15;PP=699;SC=CCCTCCCTCCTACCTGCCCGT;SOR=1.009;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=38;TCF=23;TCR=15;TR=38;WE=84882919;WS=84882901;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr16	84882974	rs4783087	C	A	2476.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=34;NR=22;PP=1111;SC=ACTGAGTGAGCGGTTTCTGCC;SOR=0.924;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=56;TCF=34;TCR=22;TR=56;WE=84882982;WS=84882964;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr16	84883102	rs8061351	C	T	5293.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=54;NR=51;PP=1864;SC=GCTCGGGGCCCATGTGCACGC;SOR=0.723;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=107;TCF=54;TCR=53;TR=105;WE=84883110;WS=84883092;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,203:1.00:203
chr16	84883195	rs140532417	A	ATTG	2438.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=29;PP=1598;SC=CCCCTGGGGGATTGTCAAATC;SOR=1.919;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=34;TCF=1;TCR=33;TR=30;WE=84883203;WS=84883185;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr16	84884072	rs4782673	T	G	3676.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=66;NR=31;PP=1973;SC=ACCCTTCACCTCGTACCTCTT;SOR=1.244;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=98;TCF=66;TCR=32;TR=97;WE=84884080;WS=84884062;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,142:1.00:142
chr16	84884116	rs4783090	A	G	7269.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=275;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=99;NR=61;PP=2965;SC=AGGCCAAATGATATCACCCTT;SOR=1.033;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=160;TCF=99;TCR=61;TR=160;WE=84884124;WS=84884106;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,270:1.00:270
chr16	84888295	rs4782674	C	T	1732.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=1.756;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.419;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=7;PP=1157;ReadPosRankSum=-0.422;SC=GGCCTCACGTCGTGGTTCCCT;SOR=1.270;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=96;TCF=79;TCR=17;TR=54;WE=84888303;WS=84888285;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,70:0.57:122
chr16	84888310	rs4782675	C	T	2180.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=2.371;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.640;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=10;PP=1410;ReadPosRankSum=0.027;SC=TTCCCTCTGACGGTTGTTTTT;SOR=1.179;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=122;TCF=99;TCR=23;TR=70;WE=84888318;WS=84888300;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,91:0.58:158
chr16	84888519	rs72337724	TAAAG	T	5603.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.080;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=349;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.896;HP=3;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQ=60.06;MQRankSum=1.531;NF=10;NR=61;PP=2944;ReadPosRankSum=0.433;SC=ACAGGGGAATTAAAGAAGTCA;SOR=0.985;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=171;TCF=28;TCR=143;TR=71;WE=84888530;WS=84888509;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:172,148:0.46:320
chr16	84888541	rs2646127	T	C	7121.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=273;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=71;NR=124;PP=2965;SC=TCACCCCTCCTGGCCCTATTT;SOR=1.162;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=195;TCF=71;TCR=124;TR=195;WE=84888549;WS=84888531;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,271:1.00:271
chr16	84888597	rs2646126	C	G	3051.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=31;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=26;NR=70;PP=1996;SC=TGAGCTGAGCCTCATCTCCAG;SOR=1.863;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=96;TCF=26;TCR=70;TR=96;WE=84888605;WS=84888587;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr16	84902353	rs4782676	G	A	3287.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.826;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=335;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.839;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=72;NR=48;PP=1846;ReadPosRankSum=0.664;SC=AGTATAGCACGGATTGGATTG;SOR=0.745;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=234;TCF=139;TCR=95;TR=120;WE=84902361;WS=84902343;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:168,161:0.49:329
chr16	84905980	rs721004	G	C	917.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.707;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.908;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=10;PP=585;ReadPosRankSum=1.762;SC=TGAAAAAAATGATAAACTCAT;SOR=0.919;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=59;TCF=39;TCR=20;TR=32;WE=84905988;WS=84905970;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,40:0.53:75
chr16	84907499	rs11298434	GT	G	920.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.886;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FS=3.603;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.86;ReadPosRankSum=-0.775;SOR=0.823;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:66,91:0.58:157
chr16	84907503	.	T	G	204.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.743;ClippingRankSum=0.000;DP=175;ExcessHet=3.0103;FS=19.385;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.23;ReadPosRankSum=-0.373;SOR=1.600;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:125,41:0.25:166
chr16	84907670	rs2934486	G	C	4082.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=3.170;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=315;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.193;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=87;PP=2362;ReadPosRankSum=-0.102;SC=TTTATCATGCGTGTGAACATT;SOR=0.892;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=233;TCF=86;TCR=147;TR=134;WE=84907678;WS=84907660;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:131,179:0.58:310
chr16	84914299	rs59111100	A	AAATT	1198.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.093;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.909;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=1.181;NF=2;NR=15;PP=763;ReadPosRankSum=-1.237;SC=CCTCTTAGCTAAATTAATTAA;SOR=0.924;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=60;TCF=7;TCR=53;TR=17;WE=84914307;WS=84914289;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,33:0.43:77
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chr16	84940479	rs1874008	T	C	1064.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-3.832;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=30;PP=519;ReadPosRankSum=-0.124;SC=TGCTGGGGCCTGGGGGTCTCC;SOR=0.616;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=65;TCF=12;TCR=53;TR=37;WE=84940487;WS=84940469;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,50:0.61:82
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chr16	85109328	rs16975200	A	G	470.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-0.986;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.482;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=3;PP=352;ReadPosRankSum=0.246;SC=TGTTTTGTGCATCTCCAGTGG;SOR=1.179;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=39;TCF=33;TCR=6;TR=24;WE=85109336;WS=85109318;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,23:0.53:43
chr16	85111987	rs2291968	C	T	4027.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=2.019;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=406;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.088;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=69;NR=64;PP=1865;ReadPosRankSum=-0.598;SC=TGGTGTGAGTCGCGTGTGTCA;SOR=0.757;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=264;TCF=132;TCR=132;TR=133;WE=85111995;WS=85111977;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:207,197:0.49:404
chr16	85112002	rs2291967	T	G	4315.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.568;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=415;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.100;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=70;NR=66;PP=2061;ReadPosRankSum=0.322;SC=GTGTCATCATTGTGCCTTCTC;SOR=0.725;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=262;TCF=130;TCR=132;TR=136;WE=85112010;WS=85111992;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:205,208:0.50:413
chr16	85120609	rs2291962	A	G	2069.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.260;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=224;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.664;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=30;PP=1138;ReadPosRankSum=0.190;SC=TCCCAGAGACAAGGGCCCAGC;SOR=0.581;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=159;TCF=102;TCR=57;TR=81;WE=85120617;WS=85120599;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:117,104:0.47:221
chr16	85141789	rs76073304	G	A	994.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=4.785;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.659;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=35;PP=793;ReadPosRankSum=-0.623;SC=GCCGGCACCCGGGAGCCGCGT;SOR=1.818;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=76;TCF=7;TCR=69;TR=37;WE=85141797;WS=85141779;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,38:0.47:81
chr16	85690338	rs4843185	G	A	182.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.183;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.397;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=6;PP=122;ReadPosRankSum=-1.068;SC=GCCCTGAATCGCAGCACCTGC;SOR=0.350;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=30;TCF=12;TCR=18;TR=11;WE=85690346;WS=85690328;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,12:0.32:38
chr16	85690878	rs34805959	C	CA	6109.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.568;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=416;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.535;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=4.430;NF=49;NR=57;PP=2972;ReadPosRankSum=2.343;SC=TGTTTCCCCCCACAGAGAAGC;SOR=0.644;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=216;TCF=100;TCR=116;TR=106;WE=85690886;WS=85690868;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:211,202:0.49:413
chr16	85691294	rs7404958	A	G	2499.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=25;NR=42;PP=1339;SC=CTGTTTGCCCAACATCCTGCC;SOR=1.119;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=67;TCF=25;TCR=42;TR=67;WE=85691302;WS=85691284;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr16	85706047	rs9940601	A	C	2023.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.641;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=234;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=31;PP=636;ReadPosRankSum=0.375;SC=GGTCTCAGAAAGGGAGCGGCT;SOR=0.715;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=126;TCF=61;TCR=65;TR=59;WE=85706055;WS=85706037;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:122,109:0.47:231
chr16	85712105	rs3815795	C	T	301.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=1.062;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.922;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=3;PP=241;ReadPosRankSum=1.586;SC=TGAAATTATGCGGCATCAAGG;SOR=1.329;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=19;TCF=14;TCR=5;TR=12;WE=85712113;WS=85712095;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,12:0.60:20
chr16	85720955	rs3815797	G	A	1312.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.772;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=14;PP=881;ReadPosRankSum=0.498;SC=CGGAACAGAGGGAGCACGGAC;SOR=0.720;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=127;TCF=91;TCR=36;TR=53;WE=85720963;WS=85720945;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,62:0.42:148
chr16	85721297	rs9930592	T	A	2347.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=1.880;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=45;PP=1263;ReadPosRankSum=-0.830;SC=CCAAATGCAATTAATAAAAAC;SOR=0.822;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=59;TCF=13;TCR=46;TR=58;WE=85721305;WS=85721287;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,86:0.99:87
chr16	85722355	rs2303204	GC	TT	2915.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.484;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.344;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=11;PP=1717;ReadPosRankSum=-1.217;SC=TGAAGGCCACGCGGGAGCCCC;SOR=0.853;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=115;TCF=80;TCR=35;TR=45;WE=85722364;WS=85722345;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,75:0.49:154
chr16	85722560	rs58171120	C	G	1448.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.906;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=40;PP=822;ReadPosRankSum=1.180;SC=CTCAGCGTCCCGGAGGAGACG;SOR=0.663;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=142;TCF=44;TCR=98;TR=59;WE=85722568;WS=85722550;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:110,74:0.40:184
chr16	85743732	rs2305357	C	G	804.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=18;NR=3;PP=564;SC=CGGGCCCCCACAGCCGACCCG;SOR=3.098;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=18;TCR=3;TR=21;WE=85743740;WS=85743722;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr16	85768717	rs1862733	C	T	2321.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.978;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.093;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=27;PP=1132;ReadPosRankSum=0.171;SC=CAGAGGGCTTCAACTCCCCTC;SOR=0.782;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=139;TCF=87;TCR=52;TR=74;WE=85768725;WS=85768707;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:97,107:0.52:204
chr16	85775064	rs388855	A	G	1444.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=34;NR=10;PP=832;SC=AGCTCCAGCCAGGATTCAGGT;SOR=2.179;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=44;TCF=34;TCR=10;TR=44;WE=85775072;WS=85775054;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr16	85775097	rs72803098	G	C	951.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.649;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=28;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=9;PP=522;ReadPosRankSum=-1.186;SC=AGGATGCAGTGAGGGTCAGGC;SOR=0.658;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=69;TCF=48;TCR=21;TR=31;WE=85775105;WS=85775087;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,44:0.51:86
chr16	85775175	rs446444	G	A	5668.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=63;NR=58;PP=2248;SC=GAACTCCCACGTGGAGAGTTT;SOR=0.768;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=122;TCF=63;TCR=59;TR=121;WE=85775183;WS=85775165;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,220:1.00:220
chr16	85813231	rs8587	A	C	1357.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=1.262;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.030;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=11;PP=970;ReadPosRankSum=2.345;SC=CACAGGCTACAAGATATTTTA;SOR=1.958;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=45;TCF=34;TCR=11;TR=45;WE=85813239;WS=85813221;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,50:0.96:52
chr16	85813526	rs301163	G	A	438.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=2;NR=12;PP=285;SC=CGGGCGGCTTGTAACAGCATC;SOR=3.258;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=14;TCF=2;TCR=12;TR=14;WE=85813534;WS=85813516;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr16	85813880	rs301164	T	C	1489.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=36;NR=7;PP=993;SC=GGTATCATGCTTCTGGAGAAA;SOR=2.540;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=43;TCF=36;TCR=7;TR=43;WE=85813888;WS=85813870;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr16	85813963	rs301165	C	T	6747.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=259;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=109;NR=58;PP=2965;SC=CCAGCCCGCGCGGCAGCATGG;SOR=1.174;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=167;TCF=109;TCR=58;TR=167;WE=85813971;WS=85813953;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,255:1.00:255
chr16	85814899	rs3081701	T	TAGTC	18788.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=427;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=39;NR=108;PP=2957;SC=GTCAAAGAAATAGGCTACCAC;SOR=0.708;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=154;TCF=39;TCR=115;TR=147;WE=85814907;WS=85814889;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,415:1.00:415
chr16	85814995	rs301166	A	G	6912.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=261;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=31;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQ=60.21;NF=63;NR=100;PP=2965;SC=AAAGACTGGCAGAGCCAACAG;SOR=1.039;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=163;TCF=63;TCR=100;TR=163;WE=85815003;WS=85814985;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,259:1.00:259
chr16	85815074	rs301167	C	T	1844.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=15;NR=43;PP=1283;SC=TCTTGCTCTGCTGCCCTAGCT;SOR=2.231;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=58;TCF=15;TCR=43;TR=58;WE=85815082;WS=85815064;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr16	85838093	rs2599088	G	A	287.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=45;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=1;PP=137;SC=CTTCCGAGTAGCTGGGACTAT;SOR=1.802;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=7;TCF=6;TCR=1;TR=6;WE=85838101;WS=85838089;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr16	85838115	rs2733963	G	A	250.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=42;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=1;PP=161;SC=GGCACGTGCCGCCACGCCCGG;SOR=2.093;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=6;TCR=1;TR=7;WE=85838123;WS=85838105;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr16	85838166	rs2599089	G	A	340.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=35;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=7;NR=3;PP=153;SC=GTTTCACCATGTTAGCCAGGA;SOR=1.329;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=7;TCR=3;TR=10;WE=85838174;WS=85838156;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr16	85838195	rs2733964	A	C	771.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=13;NR=5;PP=340;SC=ATCTCCTGACATCGTGATCCG;SOR=1.329;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=18;TCF=13;TCR=5;TR=18;WE=85838203;WS=85838185;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr16	85838503	rs2599090	T	C	850.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=50;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=13;NR=7;PP=412;SC=GACTCTCAACTTACATGGATT;SOR=1.214;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=13;TCR=7;TR=20;WE=85838511;WS=85838493;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr16	85838532	rs2733965	A	G	1450.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=35;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=26;NR=11;PP=712;SC=TTTATTCAATATGTTTTTCAG;SOR=1.329;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=26;TCR=11;TR=37;WE=85838540;WS=85838522;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr16	85838653	rs2599091	T	C	3917.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=53;NR=41;PP=1721;SC=CCAGAAGGCATTGAAGGAGAA;SOR=0.832;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=94;TCF=53;TCR=41;TR=94;WE=85838661;WS=85838643;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,152:1.00:152
chr16	85838804	rs11419687	G	GA	3253.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=38;PP=1868;SC=ACTGTCTAGAGGCAGTCTTGC;SOR=1.085;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=43;TCF=4;TCR=39;TR=42;WE=85838812;WS=85838794;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr16	85839140	rs2599092	T	C	2297.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=44;NR=13;PP=1280;SC=CATTTTCTTCTTTCCTTGCCC;SOR=1.923;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=57;TCF=44;TCR=13;TR=57;WE=85839148;WS=85839130;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr16	85839186	rs2733966	C	T	4748.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=31;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=69;NR=36;PP=2093;SC=TGTGCACGTACGTGCGTGAAC;SOR=1.185;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=106;TCF=69;TCR=37;TR=105;WE=85839194;WS=85839176;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,176:1.00:176
chr16	85839211	rs2075532	G	C	5994.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-1.784;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=235;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=7.436;HP=2;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=83;NR=48;PP=2644;ReadPosRankSum=1.911;SC=TGTGGCCTGGGTTGGTGTATC;SOR=0.689;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=134;TCF=83;TCR=51;TR=131;WE=85839219;WS=85839201;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,228:0.99:230
chr16	85839543	rs2641797	C	G	2605.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=19;NR=56;PP=1681;SC=GGTGGGCTGTCGGGGACCTCC;SOR=1.855;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=75;TCF=19;TCR=56;TR=75;WE=85839551;WS=85839533;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr16	85839977	rs2075553	G	C	2927.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=64;NR=17;PP=1908;SC=AGGCATTTTTGCATTCTGAAT;SOR=1.969;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=82;TCF=64;TCR=18;TR=81;WE=85839985;WS=85839967;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr16	85840035	rs5818557	CA	C	8622.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=51;NR=61;PP=2957;SC=GGGTTAATAACAGACCCGAAT;SOR=1.056;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=116;TCF=54;TCR=62;TR=112;WE=85840043;WS=85840025;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,216:1.00:216
chr16	86369306	rs3828516	C	A	517.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-3.134;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.695;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=2;PP=293;ReadPosRankSum=-1.135;SC=ACGCAGCACCCGCAGTCTCCA;SOR=0.247;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=32;TCF=29;TCR=3;TR=16;WE=86369314;WS=86369296;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,22:0.55:40
chr16	86369530	.	TC	T	3019.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.782;ClippingRankSum=0.000;DP=240;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.440;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQ=60.05;MQRankSum=1.152;NF=6;NR=36;PP=1390;ReadPosRankSum=-1.249;SC=GAATGATTCATCCTTGCCCCG;SOR=1.044;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=96;TCF=12;TCR=84;TR=42;WE=86369538;WS=86369520;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:132,101:0.43:233
chr16	86565826	rs3751803	C	G	2998.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-0.407;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=332;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.369;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=30;PP=1020;ReadPosRankSum=1.965;SC=CGGGCGTCCCCGGGGAGGTTC;SOR=0.840;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=174;TCF=98;TCR=76;TR=74;WE=86565834;WS=86565812;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:174,154:0.47:328
chr16	86574726	rs1025057	C	G	4484.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.235;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=422;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=76;NR=50;PP=2121;ReadPosRankSum=-0.031;SC=CCAGCAGAGACAGCATCATAA;SOR=0.743;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=264;TCF=156;TCR=108;TR=126;WE=86574734;WS=86574716;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:205,213:0.51:418
chr16	86574818	rs17192954	C	G	4529.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.619;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=454;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.522;HP=5;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=84;PP=2182;ReadPosRankSum=0.679;SC=GAGATAAAAACCACAAATGCA;SOR=0.760;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=293;TCF=124;TCR=169;TR=147;WE=86574826;WS=86574808;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:229,222:0.49:451
chr16	86574897	rs35698660	T	TA	280.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.781;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.62;ReadPosRankSum=1.751;SOR=0.585;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:74,33:0.31:107
chr16	86575460	rs3213418	C	G	3172.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-2.031;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=303;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=67;PP=1663;ReadPosRankSum=-0.033;SC=AAAGGGGCTGCTGGGAATGCC;SOR=0.702;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=212;TCF=76;TCR=136;TR=106;WE=86575468;WS=86575450;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:140,146:0.51:286
chr16	86585905	rs8046613	C	A	3216.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.559;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=257;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.582;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=68;PP=1731;ReadPosRankSum=-0.395;SC=CGCCCTGTTTCCAATGCAATC;SOR=0.821;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=184;TCF=61;TCR=123;TR=98;WE=86585913;WS=86585895;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:111,142:0.56:253
chr16	86588655	rs2354022	G	C	13771.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=520;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=154;NR=128;PP=2965;SC=GACCTCCTCGGCCGCTTCCGG;SOR=0.803;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=282;TCF=154;TCR=128;TR=282;WE=86588663;WS=86588645;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,517:1.00:517
chr16	87339278	rs11646030	T	C	497.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=2.661;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.026;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=2;PP=362;ReadPosRankSum=2.390;SC=CAGGTGGACGTCACCATGCCA;SOR=1.697;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=33;TCF=28;TCR=5;TR=19;WE=87339286;WS=87339268;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,20:0.59:34
chr16	87348415	rs118185906	A	G	158.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.338;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=1;PP=109;ReadPosRankSum=1.502;SC=ACGACAGCACATTACCCATCT;SOR=1.038;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=16;TCF=15;TCR=1;TR=9;WE=87348423;WS=87348405;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,9:0.45:20
chr16	87349333	rs6540037	A	G	2338.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=37;NR=21;PP=1277;SC=CCCCACAGGGATATGTTGGGG;SOR=1.179;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=58;TCF=37;TCR=21;TR=58;WE=87349341;WS=87349323;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr16	87349489	rs7193801	A	G	4733.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=57;NR=66;PP=2349;SC=GGGATGCTAGAGCACAGGCCT;SOR=0.809;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=123;TCF=57;TCR=66;TR=123;WE=87349497;WS=87349479;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,180:1.00:180
chr16	87349529	rs7198660	T	C	3560.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=35.26;SOR=1.190;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr16	87349529	.	TAATA	CAATA,CAATG	708	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.36;FR=0.5000,0.5000;HP=4;HapScore=2;MGOF=18;MMLQ=26;MQ=60.0;NF=33,15;NR=50,26;PP=566,708;QD=7.23820738009;SC=TGACTCTTAATAATAAAGCCC;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=83;TCF=33;TCR=50;TR=83,41;WE=87349541;WS=87349519;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:1.00:83
chr16	87349533	rs2277850	A	G	1087.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.237;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FS=0.784;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.45;ReadPosRankSum=0.000;SOR=0.818;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:47,48:0.51:95
chr16	87350773	rs3748393	C	A	3395.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.706;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=327;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.321;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=54;PP=1732;ReadPosRankSum=0.476;SC=CCGGCAGCAGCGCCTGAGGCT;SOR=0.619;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=204;TCF=104;TCR=100;TR=109;WE=87350781;WS=87350763;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:154,164:0.52:318
chr16	87350997	rs4843592	A	G	2991.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=20;NR=57;PP=1807;SC=GAGCCCAACAACGCCCGCGCG;SOR=1.825;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=78;TCF=20;TCR=58;TR=77;WE=87351005;WS=87350987;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr16	87376605	rs2303763	C	T	2179.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.376;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.510;HP=1;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=34;PP=942;ReadPosRankSum=0.360;SC=GAACAGAGTCCATCACAGCAT;SOR=0.768;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=115;TCF=55;TCR=60;TR=65;WE=87376613;WS=87376595;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:100,106:0.51:206
chr16	87376623	rs4843237	C	G	5124.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=49;NR=60;PP=2072;SC=CATCCCCCACCCCAGGCAGGT;SOR=0.834;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=109;TCF=49;TCR=60;TR=109;WE=87376631;WS=87376613;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,195:1.00:195
chr16	87377455	rs2303764	G	C	1082.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-1.006;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.805;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=42;PP=733;ReadPosRankSum=-0.276;SC=GCACTGCAATGGCACAGAGAA;SOR=1.402;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=98;TCF=22;TCR=76;TR=52;WE=87377463;WS=87377445;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,54:0.46:117
chr16	87416903	rs8058715	A	T	596.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=35;NR=6;PP=961;SC=CCCGCGCCCAACTGGTGGCCC;SOR=1.051;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=42;TCF=35;TCR=7;TR=41;WE=87416911;WS=87416893;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr16	87426028	rs8043569	T	C	2203.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.65;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=19;NR=19;PP=550;SC=CCCAGATCCCTGCACCATGCC;SOR=0.765;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=39;TCF=19;TCR=20;TR=38;WE=87426036;WS=87426018;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr16	87426256	rs72628299	A	G	134.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.823;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=2.158;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=8.98;ReadPosRankSum=0.135;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,8:0.53:15
chr16	87433180	rs144243810	C	G	2976.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.137;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=360;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.455;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=64;PP=1478;ReadPosRankSum=0.600;SC=ATTCCTGCCACTCAACTTCTC;SOR=0.869;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=230;TCF=100;TCR=130;TR=109;WE=87433188;WS=87433170;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:196,154:0.44:350
chr16	87436382	rs8044820	G	A	843.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=23;NR=1;PP=688;SC=ATCAAAGGAAGTGTCCTGTGC;SOR=5.136;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=24;TCF=23;TCR=1;TR=24;WE=87436390;WS=87436372;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr16	87436720	rs1054521	G	T	7615.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.762;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=296;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.203;NF=85;NR=121;PP=2965;ReadPosRankSum=3.723;SC=AAAAAATGCAGCTCTTCTAGA;SOR=0.999;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=210;TCF=86;TCR=124;TR=206;WE=87436728;WS=87436710;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,289:0.99:291
chr16	87436764	rs1054528	A	G	5222.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=47;NR=93;PP=2737;SC=AAAAAAAGGGATGTTACCAAC;SOR=1.321;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=142;TCF=48;TCR=94;TR=140;WE=87436772;WS=87436742;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,192:1.00:192
chr16	87445839	rs3748400	C	T	2320.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.888;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.813;HP=1;HapScore=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=31;PP=1175;ReadPosRankSum=0.306;SC=AGGGGGCCCACTGGCATACTG;SOR=0.557;SbPval=0.44;Source=Platypus;TCF=75;TR=68;WE=87445847;WS=87445829;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,103:0.55:187
chr16	87446053	rs2042395	G	A	2950.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=3.139;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=299;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.394;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=50;PP=1717;ReadPosRankSum=0.406;SC=TCCCCGTGGCGGCCGTGCTGG;SOR=0.608;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=206;TCF=107;TCR=99;TR=100;WE=87446061;WS=87446043;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:155,136:0.47:291
chr16	87446368	rs2241615	C	T	3957.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.837;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=418;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.093;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=71;NR=65;PP=2188;ReadPosRankSum=1.227;SC=TCCCTCTTTCCGGCTTGTGCA;SOR=0.737;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=292;TCF=148;TCR=144;TR=136;WE=87446376;WS=87446358;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:222,189:0.46:411
chr16	87452546	rs4240794	C	A	6351.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=237;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=59;NR=109;PP=2965;SC=AATTTACAGACAATGAAAATA;SOR=1.280;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=168;TCF=59;TCR=109;TR=168;WE=87452554;WS=87452536;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,233:1.00:233
chr16	87452584	rs8046992	C	T	984.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=2.311;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.778;HP=2;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=27;PP=582;ReadPosRankSum=-0.018;SC=TTTTTTGAGACGGTGTTTTGC;SOR=0.578;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=91;TCF=25;TCR=66;TR=40;WE=87452592;WS=87452574;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,49:0.43:113
chr16	87453342	.	G	GT	104.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.924;ClippingRankSum=0.000;DP=139;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.23;MQRankSum=2.935;QD=0.79;ReadPosRankSum=-0.805;SOR=0.686;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:105,27:0.20:132
chr16	87637893	.	C	CCTG,CCTGCTG	3884.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=0.289;ClippingRankSum=0.000;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=32;PP=1911;ReadPosRankSum=-0.840;SC=CAGGGAGCTGCCTGCTGCTGC;SOR=0.825;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=52;TCF=14;TCR=38;TR=42;WE=87637901;WS=87637883;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.13,0.86:145
chr16	87637911	.	G	GCTGCTA	1238	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MMLQ=28;MQ=60.14;NF=17;NR=32;PP=1238;QD=25.3469387755;SC=TGCTGCTGCTGCTGCTGCTGC;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=93;TCF=36;TCR=57;TR=49;WE=87637919;WS=87637901;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:44,49:0.53:93
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chr16	87677791	rs918367	A	C	2417.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.848;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=23;PP=1499;ReadPosRankSum=2.640;SC=TGGCTGCTTCAACCCTGTCCG;SOR=0.660;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=163;TCF=120;TCR=43;TR=88;WE=87677799;WS=87677781;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:97,108:0.53:205
chr16	87678144	rs918368	T	C	6794.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.024;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=664;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.516;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=121;NR=109;PP=2962;ReadPosRankSum=2.021;SC=CGCTGCTGAGTGGGCTGAAGC;SOR=0.655;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=438;TCF=231;TCR=207;TR=230;WE=87678152;WS=87678134;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:321,331:0.51:652
chr16	87723838	rs34767155	T	C	5646.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-1.771;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=517;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.522;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=79;NR=78;PP=2592;ReadPosRankSum=-1.167;SC=TGGAGACGCATCCCCAGAAAA;SOR=0.622;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=312;TCF=162;TCR=150;TR=157;WE=87723846;WS=87723828;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:245,268:0.52:513
chr16	87729334	rs34111279	C	CA	7337.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.302;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=454;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.088;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=2.642;NF=28;NR=83;PP=2970;ReadPosRankSum=0.296;SC=CGCTCCCTCTCCCCCTGCCTG;SOR=0.640;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=225;TCF=61;TCR=164;TR=111;WE=87729342;WS=87729324;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:219,223:0.50:442
chr16	87729699	rs74589749	C	T	1838.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=1.202;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.677;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=54;PP=1207;ReadPosRankSum=0.352;SC=ACTGTGCTCACGGACTTTGGG;SOR=0.784;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=126;TCF=35;TCR=91;TR=75;WE=87729707;WS=87729689;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,83:0.57:145
chr16	87729743	rs55681758	T	C	829.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-4.568;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=33;PP=617;ReadPosRankSum=0.813;SC=TCTGCTGGGCTGCATCTGACA;SOR=0.510;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=62;TCF=6;TCR=56;TR=37;WE=87729751;WS=87729733;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,37:0.59:63
chr16	87742092	rs2290018	G	A	2910.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-1.341;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=350;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.510;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=52;PP=1292;ReadPosRankSum=1.815;SC=CAGAATGAACGCACATACACG;SOR=0.530;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=211;TCF=90;TCR=121;TR=97;WE=87742100;WS=87742082;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:195,151:0.44:346
chr16	87748198	rs2081981	G	C	5409.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=68;NR=58;PP=2609;SC=GAAAGGAATTGTGTGAGAACC;SOR=0.796;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=126;TCF=68;TCR=58;TR=126;WE=87748216;WS=87748188;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,202:1.00:202
chr16	87760337	rs67926154	A	C	1318.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=26;NR=11;PP=871;SC=TTCCCGGTCCAACGCCTTGCC;SOR=1.203;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=38;TCF=27;TCR=11;TR=37;WE=87760345;WS=87760327;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr16	87764267	rs9934565	A	T	4435.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-3.307;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=426;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.464;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=75;PP=1817;ReadPosRankSum=-1.268;SC=TGAAATAAACAAAAAGACACT;SOR=0.520;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=283;TCF=114;TCR=169;TR=131;WE=87764275;WS=87764257;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:205,219:0.52:424
chr16	87788756	rs2303770	A	G	538.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-3.061;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=7;PP=353;ReadPosRankSum=-0.832;SC=CCAGACTCCCACGTGGGAAGA;SOR=0.586;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=43;TCF=32;TCR=11;TR=25;WE=87788764;WS=87788746;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,26:0.60:43
chr16	87871714	rs2287121	T	G	1484.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=27;PP=832;SC=GCCTCTCAGTTCCCCCAACCA;SOR=1.802;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=38;TCF=11;TCR=27;TR=38;WE=87871722;WS=87871704;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr16	87873247	rs750950	A	C	1169.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=2.104;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=5.616;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=4;PP=830;ReadPosRankSum=-0.035;SC=TCCGGTCTGGAAGGGACGGGC;SOR=3.556;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=37;TCF=32;TCR=5;TR=35;WE=87873255;WS=87873237;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,39:0.95:41
chr16	87903077	rs33996472	G	A	285.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.928;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.04;ReadPosRankSum=-0.679;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,13:0.68:19
chr16	87921917	rs149572777	G	A	936.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-2.938;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.871;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.439;NF=11;NR=23;PP=469;ReadPosRankSum=-0.345;SC=TGGTATGAGTGCAGGGTGAGC;SOR=0.513;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=74;TCF=23;TCR=51;TR=34;WE=87921925;WS=87921907;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,43:0.50:86
chr16	87935628	rs73239028	G	C	1862.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=0.751;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.726;HP=7;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=38;PP=806;ReadPosRankSum=1.336;SC=AGTGGATGGGGGGGGAAGCTC;SOR=0.566;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=136;TCF=57;TCR=79;TR=68;WE=87935636;WS=87935618;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:107,95:0.47:202
chr16	87935958	.	CA	C	3100.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.717;ClippingRankSum=0.000;DP=484;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.34;MQRankSum=-0.948;QD=6.81;ReadPosRankSum=0.143;SOR=0.747;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:224,231:0.51:455
chr16	87936161	rs4843730	A	G	3624.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-4.683;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=306;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.402;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.738;NF=38;NR=98;PP=2285;ReadPosRankSum=1.367;SC=TAAATTGATCAGCAAGAAATA;SOR=0.480;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=257;TCF=65;TCR=192;TR=136;WE=87936169;WS=87936151;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:138,159:0.54:297
chr16	87960560	rs12922226	A	T	2284.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=20;NR=41;PP=1222;SC=CACTGCAGGGAGAGAGACGGA;SOR=1.445;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=61;TCF=20;TCR=41;TR=61;WE=87960568;WS=87960550;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr16	87969777	.	TA	T	69.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.896;ClippingRankSum=0.000;DP=102;ExcessHet=3.0103;FS=2.526;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.11;MQRankSum=0.000;QD=0.76;ReadPosRankSum=-0.358;SOR=1.195;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:67,25:0.27:92
chr16	88008712	rs71156278	C	CT	3384.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=26;NR=21;PP=2143;SC=GGCCACTCTCCGTGCTCTGGA;SOR=1.450;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=48;TCF=27;TCR=21;TR=47;WE=88008720;WS=88008702;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr16	88012150	rs8052854	T	G	297.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=37;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=2;PP=118;SC=TTTAAAAGTTTCATTAAGTGA;SOR=1.270;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=6;TCF=4;TCR=2;TR=6;WE=88012158;WS=88012140;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr16	88017809	rs3815820	C	T	5219.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=65;NR=80;PP=2965;SC=CCATCCAGGTCCCCATGGTGG;SOR=0.768;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=145;TCF=65;TCR=80;TR=145;WE=88017817;WS=88017799;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,193:1.00:193
chr16	88051971	rs138533021	G	A	618.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-2.995;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.582;NF=15;NR=5;PP=266;ReadPosRankSum=1.423;SC=AGAGCGCTCTGCTGTCCTGAA;SOR=0.503;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=29;TCF=22;TCR=7;TR=20;WE=88051979;WS=88051961;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,29:0.73:40
chr16	88052161	rs7499814	C	A	4833.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=57;NR=50;PP=2066;SC=AGATGGCGCTCACGCTGCTGG;SOR=0.794;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=107;TCF=57;TCR=50;TR=107;WE=88052169;WS=88052151;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,185:1.00:185
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chr16	88066655	rs11641367	A	G	1899.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.220;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=0.894;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.34;MQRankSum=-4.990;QD=24.05;ReadPosRankSum=0.065;SOR=0.555;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,47:0.59:79
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chr16	88105394	.	C	CT	44.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.724;ClippingRankSum=0.000;DP=281;ExcessHet=3.0103;FS=0.682;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.08;MQRankSum=3.187;QD=0.18;ReadPosRankSum=1.403;SOR=0.576;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:210,36:0.15:246
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chr16	88123561	.	G	T	3230.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-3.183;ClippingRankSum=0.000;DP=231;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=40;PP=1356;ReadPosRankSum=-1.201;SC=TGCTGGGGAGGAAAGCGCTTA;SOR=0.679;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=138;TCF=74;TCR=64;TR=86;WE=88123569;WS=88123551;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,146:0.64:228
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chr16	88123697	rs8063654	C	A	4911.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQ=59.91;NF=61;NR=72;PP=2540;SC=GAGGCCCAGACCTGAGACCCC;SOR=0.846;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=133;TCF=61;TCR=72;TR=133;WE=88123705;WS=88123687;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,181:1.00:181
chr16	88124525	rs28650772	A	G	1541.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=17;NR=13;PP=616;SC=CCCACCTGCCACCTCAGAGGG;SOR=0.796;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=17;TCR=13;TR=30;WE=88124533;WS=88124515;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr16	88134285	rs11860533	A	G	2247.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=34;NR=21;PP=1253;SC=AGTGGGTTAGAAAACACCCGC;SOR=1.058;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=55;TCF=34;TCR=21;TR=55;WE=88134293;WS=88134275;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr16	88494947	rs11648572	T	C	20217.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=747;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=251;NR=198;PP=2965;SC=TGCCCTCTCTTCCCCTGGAGC;SOR=0.870;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=452;TCF=251;TCR=201;TR=449;WE=88494955;WS=88494937;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,745:1.00:745
chr16	88494976	rs11640794	A	C	24489.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=2.426;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=918;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=265;NR=259;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.605;SC=CGGCCCCGAGACCCTTCTCTG;SOR=0.242;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=525;TCF=266;TCR=259;TR=524;WE=88494984;WS=88494966;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,909:1.00:910
chr16	88495407	rs7199961	G	C	13316.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=496;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=191;NR=147;PP=2965;SC=CCCGCGGGGGGCCCCGAGTGG;SOR=0.887;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=340;TCF=191;TCR=149;TR=338;WE=88495415;WS=88495397;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,483:1.00:483
chr16	88495654	rs12927001	A	G	28947.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=1108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=384;NR=308;PP=2965;SC=GCGAGTCCCCACTGCCGTCAC;SOR=0.893;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=694;TCF=386;TCR=308;TR=692;WE=88495662;WS=88495644;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,1083:1.00:1083
chr16	88496008	rs12918876	T	C	4859.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.472;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=491;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.204;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=102;PP=2962;ReadPosRankSum=1.079;SC=GTGCGCCGCCTCCGTACCCCA;SOR=0.937;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=325;TCF=135;TCR=190;TR=168;WE=88496016;WS=88495997;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:239,232:0.49:471
chr16	88497031	rs9924504	T	C	9623.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=359;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=110;NR=115;PP=2965;SC=AGGAGCTCATTCTGAAGATCG;SOR=0.722;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=225;TCF=110;TCR=115;TR=225;WE=88497039;WS=88497021;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,355:1.00:355
chr16	88497400	rs9938800	G	A	6617.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=239;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=119;NR=63;PP=2965;SC=CCCGTGGCCCGTCTCGAAGCC;SOR=1.362;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=183;TCF=120;TCR=63;TR=182;WE=88497408;WS=88497390;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,236:1.00:236
chr16	88497446	rs7197071	A	G	11219.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=441;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=186;NR=103;PP=2965;SC=GGGAGGCCCCAAGTGTGCTGA;SOR=1.168;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=291;TCF=187;TCR=104;TR=289;WE=88497454;WS=88497436;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,431:1.00:431
chr16	88498221	rs4782300	C	T	23226.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.699;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=864;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=345;NR=257;PP=2965;ReadPosRankSum=2.359;SC=GCATCGCCACCGACCTTGGAG;SOR=0.726;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=606;TCF=345;TCR=261;TR=602;WE=88498229;WS=88498211;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:5,853:0.99:858
chr16	88498297	rs12445417	T	G	41182.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.353;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1160;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=35.87;ReadPosRankSum=-0.597;SOR=0.371;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:3,1145:1.00:1148
chr16	88498297	.	TGC	GGC,GGT	2962	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.52;FR=0.5000,0.5000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=366,190;NR=371,181;PP=2962,2944;QD=20;SC=GCAGCCTGTCTGCGAACAGGG;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=746;TCF=371;TCR=375;TR=737,371;WE=88498307;WS=88498287;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.99:746
chr16	88498299	rs199897247	C	T	12636.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.841;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1149;ExcessHet=3.0103;FS=1.104;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.14;ReadPosRankSum=0.976;SOR=0.678;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:524,610:0.54:1134
chr16	88499539	rs9931465	C	G	12121.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.771;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=473;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=152;NR=145;PP=2965;ReadPosRankSum=0.395;SC=TATCCAACACCCACCCTAGCA;SOR=0.724;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=300;TCF=153;TCR=147;TR=297;WE=88499547;WS=88499529;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,465:1.00:467
chr16	88501034	rs12598474	G	C	11108.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-1.404;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=409;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=184;NR=125;PP=2965;ReadPosRankSum=0.079;SC=CCCTGAGACCGGGCGCTCTGG;SOR=0.755;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=311;TCF=184;TCR=127;TR=309;WE=88501042;WS=88501024;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,401:1.00:402
chr16	88501971	rs3812956	T	A	5257.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.307;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=69;PP=2657;ReadPosRankSum=-0.292;SC=TTGGCCACTCTGGGACCTGGG;SOR=0.451;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=129;TCF=58;TCR=71;TR=126;WE=88501979;WS=88501961;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,192:0.98:195
chr16	88502505	rs1983014	A	G	6684.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=260;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=62;NR=97;PP=2965;SC=AGGAACCCGCATGTCTACGGG;SOR=1.028;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=159;TCF=62;TCR=97;TR=159;WE=88502513;WS=88502495;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,253:1.00:253
chr16	88504850	rs1105066	G	C	12327.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.794;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=445;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=183;NR=138;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.446;SC=CATGGTGTCTGAGGGGGGGCC;SOR=0.338;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=323;TCF=184;TCR=139;TR=321;WE=88504858;WS=88504840;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,438:1.00:439
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chr16	88505635	rs4782301	A	G	7145.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=2.178;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=762;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.528;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=86;NR=145;PP=2962;ReadPosRankSum=1.185;SC=CTGCCGAGCCACACACCCACC;SOR=0.739;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=478;TCF=181;TCR=297;TR=231;WE=88505643;WS=88505625;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:412,348:0.46:760
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chr16	88505748	rs45504291	G	A	2052.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.353;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.557;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=44;PP=1156;ReadPosRankSum=-0.110;SC=TAATTTCTAGGAGCAAGAGCC;SOR=0.645;SbPval=0.53;Source=Platypus;TCF=45;TR=67;WE=88505756;WS=88505724;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,93:0.51:181
chr16	88505786	rs78600508	C	A	1005.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=0.720;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.065;HP=2;HapScore=2;MGOF=33;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=29;PP=678;ReadPosRankSum=2.308;SC=GTTCCTGTCTCGGCCTGCCTC;SOR=0.425;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=77;TCF=20;TCR=57;TR=41;WE=88505794;WS=88505776;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,46:0.52:89
chr16	88520027	rs189408382	G	C	2425.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.413;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=247;ExcessHet=3.0103;FS=1.004;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.98;ReadPosRankSum=-0.459;SOR=0.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:121,122:0.50:243
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chr16	88555330	rs111593076	G	A	1857.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.941;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=23;PP=1071;ReadPosRankSum=2.115;SC=CTCTGGGCCCGAGCTCCCCAA;SOR=0.683;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=150;TCF=103;TCR=47;TR=72;WE=88555338;WS=88555320;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:120,95:0.44:215
chr16	88580985	rs8061511	C	G	509.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.120;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.169;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=27;PP=673;ReadPosRankSum=-1.043;SC=GCAACATGGACCCAGGGGACA;SOR=0.313;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=57;TCF=2;TCR=55;TR=28;WE=88580993;WS=88580975;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,21:0.49:43
chr16	88593209	rs199766456	CCT	C	33.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.058;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FS=1.261;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.43;ReadPosRankSum=-0.954;SOR=0.746;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:67,11:0.14:78
chr16	88593210	rs35678431	CT	C	2213.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.199;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=1.261;HP=2;HapScore=4;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=28;PP=971;ReadPosRankSum=0.891;SC=TGTTCCTACCCTCCCCCCCCA;SOR=0.728;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=65;TCF=35;TCR=30;TR=55;WE=88593222;WS=88593199;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,67:0.86:78
chr16	88593214	.	C	A	1139.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.717;ClippingRankSum=0.000;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=15.876;HP=7;HapScore=4;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=16;PP=627;ReadPosRankSum=2.175;SC=CCTACCCTCCCCCCCCAGAGC;SOR=0.854;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=85;TCF=54;TCR=31;TR=46;WE=88593222;WS=88593199;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,57:0.71:80
chr16	88599695	rs67712719	GGA	G	9809.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.39;SOR=1.347;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,221:1.00:221
chr16	88599697	.	AG	CC	2947	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;FR=1.0000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=51;NR=98;PP=2947;QD=20;SC=GCCAGAGCGGAGCCTCTGGCC;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=154;TCF=53;TCR=101;TR=149;WE=88599712;WS=88599687;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:5,149:0.97:154
chr16	88599699	.	CCTCTGG	C	2965	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;FR=1.0000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=5;NR=98;PP=2965;QD=20;SC=CAGAGCGGAGCCTCTGGCCCA;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=104;TCF=5;TCR=99;TR=103;WE=88599712;WS=88599687;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:1,103:0.99:104
chr16	88599700	rs67322929	CT	C	9827.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.29;SOR=1.391;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,217:1.00:217
chr16	88599702	rs67873604	CTGG	C	9702.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.92;SOR=1.380;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,216:1.00:216
chr16	88600079	rs13335396	C	G	8212.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=333;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.19;SOR=0.705;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,326:1.00:326
chr16	88601481	rs2279777	C	T	4489.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=17;NR=111;PP=2965;SC=CTCCTGGGAACCCCGCCACGC;SOR=3.152;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=128;TCF=17;TCR=111;TR=128;WE=88601489;WS=88601471;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,147:1.00:147
chr16	88620071	.	C	CAAAAA,CA	113.70	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.62;BaseQRankSum=0.674;ClippingRankSum=-0.000;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=12;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQ=63.51;MQRankSum=1.242;NF=4;NR=0;PP=67;ReadPosRankSum=-2.450;SC=TCCATCCCCCCAAAAAAAAAA;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=4;TCR=0;TR=4;WE=88620079;WS=88620067;set=Intersection	GT:AF:DP	0/1:0.33:12
chr16	88620148	rs11647546	C	G	311.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=2.422;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.181;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-1.189;NF=11;NR=1;PP=230;ReadPosRankSum=0.274;SC=GCTGCAGAAGCTTGCCTAACT;SOR=2.093;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=22;TCF=19;TCR=3;TR=12;WE=88620156;WS=88620138;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,14:0.42:33
chr16	88620195	rs2879897	T	G	652.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.857;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.004;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-1.238;NF=17;NR=7;PP=363;ReadPosRankSum=0.362;SC=TTTATACACTTTCCATTAAAA;SOR=1.009;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=47;TCF=32;TCR=15;TR=24;WE=88620203;WS=88620185;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,32:0.44:73
chr16	88633052	rs56983565	G	C	3336.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-1.678;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=363;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.809;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=37;PP=1146;ReadPosRankSum=-0.029;SC=CAAGAACGCTGGCAGGCTAAG;SOR=0.638;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=198;TCF=117;TCR=81;TR=92;WE=88633060;WS=88633042;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:180,170:0.49:350
chr16	88643457	rs936621	A	G	3487.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=0.438;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=68;NR=34;PP=2031;ReadPosRankSum=-0.219;SC=CCAGGAAAGTAGGGACAAGGT;SOR=0.895;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=106;TCF=70;TCR=36;TR=102;WE=88643465;WS=88643447;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,127:0.98:130
chr16	88644005	rs899728	A	G	2736.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=17;NR=40;PP=1272;SC=ATGAGGAGAAAGGCGAAGGCA;SOR=1.274;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=57;TCF=17;TCR=40;TR=57;WE=88644013;WS=88643995;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr16	88652794	rs12447794	C	A	364.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-0.243;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=0;PP=269;ReadPosRankSum=2.240;SC=GTGCTTCTCCCTGGTGCTGTG;SOR=1.721;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=17;TCR=0;TR=13;WE=88652802;WS=88652791;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,14:0.70:20
chr16	88652880	rs72809432	T	G	1159.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.763;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=11;PP=641;ReadPosRankSum=0.879;SC=TTTGGAAAATTGACGTGAATT;SOR=0.737;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=87;TCF=60;TCR=27;TR=38;WE=88652888;WS=88652870;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,55:0.48:114
chr16	88664443	rs8051141	C	T	393.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.646;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=3.010;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.75;ReadPosRankSum=2.368;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,15:0.71:21
chr16	88664758	rs3887592	T	C	1718.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.521;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.600;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=48;PP=1016;ReadPosRankSum=-1.046;SC=CTTCTTTCATTGTTAGCACAT;SOR=0.770;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=137;TCF=47;TCR=90;TR=72;WE=88664766;WS=88664748;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,84:0.51:164
chr16	88666035	rs6500481	G	A	1024.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=24;NR=5;PP=657;SC=CTCCCCAGAAGGACAACTGTG;SOR=2.432;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=24;TCR=5;TR=29;WE=88666043;WS=88666025;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
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chr16	88675194	rs9932692	A	G	2514.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=78;NR=11;PP=1785;SC=GTTTGTGAACAGATTTCCTAA;SOR=3.732;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=89;TCF=78;TCR=11;TR=89;WE=88675202;WS=88675184;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
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chr16	88697487	rs2291160	G	A	1078.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=32;NR=3;PP=823;SC=GGGGGCTCAAGGTCTTCCCCA;SOR=3.912;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=35;TCF=32;TCR=3;TR=35;WE=88697495;WS=88697477;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr16	88705804	rs2254073	T	C	1005.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=25;PP=567;SC=TGGGCCTTGGTGGTTCTCACC;SOR=1.923;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=8;TCR=25;TR=33;WE=88705812;WS=88705794;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr16	88709712	rs7195830	A	G	891.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=-0.439;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.840;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=8;PP=279;ReadPosRankSum=-1.412;SC=GCTTCGCTGCATTTATTGCAG;SOR=0.801;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=41;TCF=25;TCR=16;TR=22;WE=88709720;WS=88709702;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,45:0.57:79
chr16	88709828	rs1049254	A	G	668.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.877;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.149;HP=4;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=14;PP=304;ReadPosRankSum=-0.339;SC=CCCCGCCGCCACCGCAGCCTC;SOR=0.871;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=51;TCF=25;TCR=26;TR=28;WE=88709836;WS=88709818;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,36:0.59:61
chr16	88712712	.	T	TGCAGACCCAGGGGACGTGTGCGGACCGGGGCTGCAAAGTCTCAGCACAAG	1901.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.501;ClippingRankSum=0.000;DP=135;ExcessHet=3.0103;FS=4.681;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.29;ReadPosRankSum=-1.932;SOR=0.851;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:55,55:0.50:110
chr16	88712733	rs12926425	C	T	1016.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.472;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FS=7.315;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.55;ReadPosRankSum=-2.290;SOR=0.772;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:58,30:0.34:88
chr16	88712767	rs12933505	A	G	1140.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.201;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.869;HP=1;HapScore=3;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=9;PP=1855;ReadPosRankSum=-0.441;SC=GGGTGTTCTCAGCCTTGATGT;SOR=0.798;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=71;TCF=48;TCR=23;TR=27;WE=88712790;WS=88712757;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,31:0.35:88
chr16	88712780	rs12933512	A	C	1379.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.279;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.84;ReadPosRankSum=0.138;SOR=0.722;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:57,36:0.39:93
chr16	88712780	.	ACA	CCG	2013	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;FR=0.5000;HP=2;HapScore=3;MGOF=7;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=22;NR=10;PP=2013;QD=64.5771210894;SC=CTTGATGTGGACACTAGCGGC;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=78;TCF=55;TCR=23;TR=32;WE=88712790;WS=88712757;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:46,32:0.41:78
chr16	88712782	rs12709103	A	G	1379.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.354;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FS=0.873;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.52;ReadPosRankSum=-0.122;SOR=0.850;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:57,38:0.40:95
chr16	88713236	rs4673	A	G	6703.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=0.812;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=704;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.520;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=92;PP=2489;ReadPosRankSum=-0.054;SC=GCGGTCATGTACTTCTGTCCC;SOR=0.747;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=343;TCF=150;TCR=193;TR=158;WE=88713244;WS=88713226;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:370,333:0.47:703
chr16	88713473	rs4782308	G	A	3425.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.631;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=339;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.856;HP=5;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=83;NR=50;PP=2172;ReadPosRankSum=-1.866;SC=GGGCCCCGCAGCCCCCGGAGA;SOR=0.753;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=265;TCF=167;TCR=98;TR=133;WE=88713481;WS=88713463;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:167,160:0.49:327
chr16	88713501	rs4782393	A	G	5240.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.707;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=534;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=107;NR=78;PP=2799;ReadPosRankSum=-0.582;SC=GAGCAGGAGGAGACTCACCAG;SOR=0.690;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=364;TCF=210;TCR=154;TR=185;WE=88713509;WS=88713491;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:259,254:0.50:513
chr16	88714559	rs2306422	C	T	2503.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.222;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.100;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=57;PP=1252;ReadPosRankSum=-1.013;SC=GTGGGGCTCCCGTCCCGGGGG;SOR=0.593;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=159;TCF=54;TCR=105;TR=87;WE=88714567;WS=88714549;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:93,120:0.56:213
chr16	88716534	rs3812948	A	G	251.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-0.424;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.631;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=1;PP=160;ReadPosRankSum=-0.365;SC=GAGTGGTGGCAGCGGGCCCCT;SOR=1.055;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=29;TCF=26;TCR=3;TR=12;WE=88716542;WS=88716532;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,14:0.38:37
chr16	88717074	rs3794624	G	A	5888.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.452;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=684;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=85;NR=107;PP=2753;ReadPosRankSum=-1.427;SC=CTTCCCCTGCGCTGCAACTTC;SOR=0.713;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=420;TCF=189;TCR=231;TR=192;WE=88717082;WS=88717064;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:378,300:0.44:678
chr16	88717386	rs8053867	T	C	10420.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=395;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=112;NR=143;PP=2965;SC=CCAGCGCCTGTTCGTTGGCCC;SOR=0.872;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=255;TCF=112;TCR=143;TR=255;WE=88717394;WS=88717376;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,386:1.00:386
chr16	88719877	rs12926212	C	G	5909.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.924;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=84;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.655;SC=CTACAACAGTCTACAACAGGC;SOR=0.297;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=150;TCF=65;TCR=85;TR=149;WE=88719885;WS=88719867;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,220:1.00:221
chr16	88721012	rs12935454	G	A	2322.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=55;NR=8;PP=1491;SC=CTGTCTCAGCGCCACAGCCTT;SOR=2.985;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=63;TCF=55;TCR=8;TR=63;WE=88721020;WS=88721002;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr16	88723538	rs112485764	T	TG	253.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=2.242;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=11.335;HP=9;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=0;PP=155;ReadPosRankSum=3.219;SC=TTTGTAGAGATGGGGGGGGGT;SOR=4.565;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=10;TCR=2;TR=8;WE=88723546;WS=88723528;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,12:0.71:17
chr16	88724347	rs2279258	G	T	6965.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=258;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=99;NR=70;PP=2965;SC=GCCTGCAGCCGCGGCTGCCCC;SOR=0.965;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=170;TCF=99;TCR=71;TR=169;WE=88724355;WS=88724337;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,255:1.00:255
chr16	88729573	rs3794625	C	T	6587.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.363;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=728;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=91;NR=131;PP=2962;ReadPosRankSum=0.611;SC=TCACGCGCTACCACAGGATTG;SOR=0.676;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=459;TCF=183;TCR=276;TR=222;WE=88729581;WS=88729563;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:390,326:0.46:716
chr16	88752693	rs11076698	T	G	4299.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=53;NR=32;PP=1553;SC=CTCCCGCCCCTCAGGGTCGAG;SOR=1.013;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=88;TCF=55;TCR=33;TR=85;WE=88752701;WS=88752683;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,163:1.00:163
chr16	88762932	rs35639468	CT	C	1127.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.874;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FS=2.011;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.79;ReadPosRankSum=2.573;SOR=0.907;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:86,80:0.48:166
chr16	88762943	rs1132579	A	T	1146.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.306;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.63;ReadPosRankSum=-0.449;SOR=0.647;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:97,76:0.44:173
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chr16	88763958	rs11076700	G	A	1563.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.849;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.639;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=21;PP=692;ReadPosRankSum=-0.564;SC=AGACGCAGGCGGGTGGCTGCG;SOR=0.615;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=98;TCF=57;TCR=41;TR=49;WE=88763966;WS=88763948;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,76:0.55:137
chr16	88766168	rs55780854	C	T	1068.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-0.132;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.872;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=29;PP=648;ReadPosRankSum=-1.657;SC=GAGGGCAAGGCGGTCCTGAGA;SOR=0.582;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=76;TCF=23;TCR=53;TR=43;WE=88766176;WS=88766158;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,49:0.57:86
chr16	88767769	rs2306049	G	C	4170.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=2.233;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=64;PP=2162;ReadPosRankSum=-0.654;SC=GCAGGCGGCAGAGTGGGCACA;SOR=0.348;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=108;TCF=43;TCR=65;TR=107;WE=88767777;WS=88767759;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,156:0.99:157
chr16	88767861	rs2306048	C	G	1089.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=31;PP=893;SC=CCAGCCCGCCCCTCGGGTCTC;SOR=3.737;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=33;TCF=2;TCR=31;TR=33;WE=88767869;WS=88767851;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr16	88772491	rs7194105	A	G	863.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=23;NR=4;PP=706;SC=CCCAGTCCGGAGCTGCACCGG;SOR=3.180;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=27;TCF=23;TCR=4;TR=27;WE=88772499;WS=88772481;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr16	88772746	rs112070238	C	T	1689.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.25;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr16	88773528	rs11641194	C	A	5531.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.548;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=745;ExcessHet=3.0103;FS=0.536;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.47;ReadPosRankSum=0.309;SOR=0.640;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:449,292:0.39:741
chr16	88776141	rs4598894	G	A	2255.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.12;SOR=3.442;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr16	88776148	rs4377140	C	T	2367.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.28;SOR=2.958;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr16	88776297	rs4390574	T	C	12353.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=463;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=151;NR=132;PP=2965;SC=AGGACGCTGCTCACTGTGCGG;SOR=0.784;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=283;TCF=151;TCR=132;TR=283;WE=88776305;WS=88776287;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,460:1.00:460
chr16	88776499	rs61744010	G	T	4448.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=61;NR=66;PP=2965;SC=CCCACAGGCAGCCTGGCCTGC;SOR=0.733;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=127;TCF=61;TCR=66;TR=127;WE=88776507;WS=88776489;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,153:1.00:153
chr16	88777995	rs11076704	C	T	5244.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.685;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=69;NR=59;PP=2317;ReadPosRankSum=0.686;SC=GGAAAAGTGTCCTGTGGCTTA;SOR=0.765;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=131;TCF=71;TCR=60;TR=128;WE=88778003;WS=88777985;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,201:0.99:203
chr16	88778133	rs2879902	C	A	3509.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-2.348;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=53;PP=1565;ReadPosRankSum=2.092;SC=CTCCTAGTCCCTGGCCACTTG;SOR=0.317;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=93;TCF=39;TCR=54;TR=92;WE=88778141;WS=88778123;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,138:0.99:139
chr16	88778422	rs202238363	GGTGAGCGGGGGCCCA	G	3362.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.425;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.979;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-1.218;NF=46;NR=44;PP=2930;ReadPosRankSum=2.259;SC=AAGTGCTGATGGTGAGCGGGG;SOR=0.407;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=104;TCF=56;TCR=48;TR=90;WE=88778444;WS=88778412;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:122,91:0.43:213
chr16	88778427	rs11361741	GC	G	3517.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=4.086;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.245;HP=1;HapScore=1;MGOF=96;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.321;NF=54;NR=44;PP=2954;ReadPosRankSum=-1.472;SC=CTGATGGTGAGCGGGGGCCCA;SOR=1.127;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=98;TCF=54;TCR=44;TR=98;WE=88778444;WS=88778412;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:91,106:0.54:197
chr16	88778615	rs7205989	G	A	3612.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.615;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=375;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.304;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=55;PP=1746;ReadPosRankSum=-0.418;SC=CCAGGTGGAGGTGGCCCTGCA;SOR=0.674;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=257;TCF=127;TCR=130;TR=118;WE=88778623;WS=88778605;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:196,176:0.47:372
chr16	88778831	rs7201610	C	T	3520.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.071;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=65;PP=2031;ReadPosRankSum=0.441;SC=CGGAGGTGACCCCTGGGGGGC;SOR=1.317;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=99;TCF=33;TCR=66;TR=97;WE=88778839;WS=88778821;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,128:0.98:130
chr16	88779371	.	G	GC	541	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;FR=0.5751;HP=5;HapScore=1;MGOF=12;MMLQ=25;MQ=45.82;NF=0;NR=15;PP=541;QD=37.8;SC=GCCCCTGAGAGCCCCCTTCCC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=24;TCF=2;TCR=22;TR=15;WE=88779379;WS=88779361;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:9,15:0.62:24
chr16	88779739	rs11549837	A	G	2769.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=0.177;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=333;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.960;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=27;PP=960;ReadPosRankSum=0.512;SC=GATCCTCCACATGGCCCGAGC;SOR=0.866;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=182;TCF=106;TCR=76;TR=73;WE=88779747;WS=88779729;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:180,149:0.45:329
chr16	88779865	rs4782320	G	A	2066.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.310;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.115;HP=3;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=46;PP=1150;ReadPosRankSum=3.974;SC=GGTAGGCAGGGGCCTGGGTGT;SOR=0.592;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=153;TCF=58;TCR=95;TR=76;WE=88779873;WS=88779855;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:102,98:0.49:200
chr16	88779952	rs74757912	C	CCT	2899.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=34;NR=24;PP=2897;SC=AGTCCTGCGGCCTCGGATGGT;SOR=1.146;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=68;TCF=39;TCR=29;TR=58;WE=88779960;WS=88779942;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr16	88780023	rs1317756	G	A	1894.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-2.901;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.666;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.988;NF=53;NR=19;PP=1180;ReadPosRankSum=-0.148;SC=TTCGGGCCTTGACCTGGACCA;SOR=0.577;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=142;TCF=106;TCR=36;TR=72;WE=88780031;WS=88780013;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,81:0.50:162
chr16	88780175	rs4782321	G	A	6857.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-1.068;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=704;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=87;NR=107;PP=2658;ReadPosRankSum=-0.698;SC=CACACCAGCCGTCGACACCAA;SOR=0.693;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=401;TCF=182;TCR=219;TR=194;WE=88780183;WS=88780165;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:350,350:0.50:700
chr16	88780472	rs7205626	T	C	4743.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=94;NR=38;PP=2965;SC=ACGGCACCTGTCCTGGGGACT;SOR=1.762;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=133;TCF=94;TCR=39;TR=132;WE=88780480;WS=88780462;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,161:1.00:161
chr16	88780518	rs3826076	A	G	7741.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=310;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=117;NR=89;PP=2965;SC=GGGCTTTCCCATAGCCTCCAA;SOR=0.946;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=207;TCF=117;TCR=90;TR=206;WE=88780526;WS=88780508;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,298:1.00:298
chr16	88780634	rs11278302	AGGTGTG	A	4020.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.184;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=316;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=42;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=1.510;NF=19;NR=115;PP=2969;ReadPosRankSum=-1.330;SC=CACTGTGTACAGGTGTGGGTG;SOR=0.723;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=141;TCF=19;TCR=122;TR=134;WE=88780647;WS=88780624;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:125,111:0.47:236
chr16	88780635	rs149847195	G	GGTGT	4613.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.429;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=309;ExcessHet=3.0103;FS=0.478;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.04;MQRankSum=-1.492;QD=19.63;ReadPosRankSum=1.351;SOR=0.650;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:111,124:0.53:235
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chr16	88780923	rs8050715	C	G	10647.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.857;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=390;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=184;NR=100;PP=2965;ReadPosRankSum=1.399;SC=TGGGGTGATGCGGGGAGGGAG;SOR=0.484;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=286;TCF=186;TCR=100;TR=284;WE=88780931;WS=88780913;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,382:1.00:383
chr16	88781073	rs11549835	G	A	7912.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=2.248;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=824;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.520;HP=3;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=97;NR=126;PP=2962;ReadPosRankSum=0.226;SC=ACTGAGACCCGGACACCCCCG;SOR=0.747;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=491;TCF=219;TCR=272;TR=223;WE=88781081;WS=88781063;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:432,388:0.47:820
chr16	88781125	rs8043637	T	C	12463.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.871;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=478;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=139;NR=201;PP=2965;ReadPosRankSum=0.112;SC=CCCAGCGCTGTGGCCAGGGGG;SOR=0.974;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=341;TCF=140;TCR=201;TR=340;WE=88781138;WS=88781115;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,473:1.00:475
chr16	88781419	rs2306046	A	G	5852.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=69;NR=70;PP=2577;SC=GGGTGCTGGCAGGTTTCTTGG;SOR=0.729;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=139;TCF=69;TCR=70;TR=139;WE=88781427;WS=88781409;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,224:1.00:224
chr16	88781614	rs1058158	G	C	1360.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.753;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.121;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=25;PP=465;ReadPosRankSum=0.108;SC=AGGAGATCCGGGACTGTCTGA;SOR=0.817;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=126;TCF=55;TCR=71;TR=42;WE=88781622;WS=88781604;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:134,75:0.36:209
chr16	88781791	rs1061247	A	C	354.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=1.155;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=10;PP=234;ReadPosRankSum=1.021;SC=AATTAAAAAAAAAACTCTACA;SOR=0.892;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=26;TCF=7;TCR=19;TR=13;WE=88781799;WS=88781781;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,15:0.54:28
chr16	88782319	rs3214887	GC	G	6804.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.493;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=569;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.746;HP=7;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=2.170;NF=28;NR=113;PP=2976;ReadPosRankSum=1.526;SC=GCTGCGGGGTGCCCCCCCAGC;SOR=0.846;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=281;TCF=63;TCR=218;TR=141;WE=88782327;WS=88782309;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:252,270:0.52:522
chr16	88782676	rs2290902	A	G	5194.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.980;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=74;NR=57;PP=2773;ReadPosRankSum=-1.992;SC=GGAAGAGATTAGGGATGACCC;SOR=0.804;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=131;TCF=74;TCR=57;TR=131;WE=88782684;WS=88782666;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,188:0.99:190
chr16	88783100	rs1803382	T	C	5428.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.473;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=576;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.521;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=88;NR=88;PP=2109;ReadPosRankSum=-2.132;SC=GCCGTGACGATGTCCTCAGGG;SOR=0.628;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=363;TCF=187;TCR=176;TR=176;WE=88783108;WS=88783090;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:295,275:0.48:570
chr16	88783374	rs8044367	A	G	9766.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.633;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=372;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=168;NR=94;PP=2965;ReadPosRankSum=1.685;SC=GTGGTGCACCACCTTGGCCAG;SOR=0.478;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=265;TCF=171;TCR=94;TR=262;WE=88783382;WS=88783364;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,365:1.00:366
chr16	88783414	rs79934624	G	A	6391.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.498;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=585;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=115;NR=86;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.200;SC=TGGACAGGCGGACCCACACAT;SOR=0.649;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=385;TCF=226;TCR=159;TR=201;WE=88783422;WS=88783404;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:290,294:0.50:584
chr16	88783449	rs8057031	C	G	7922.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.616;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=784;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.518;HP=2;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=133;NR=112;PP=2962;ReadPosRankSum=0.868;SC=CGCCCAGCTTCAGGGTGACGG;SOR=0.651;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=479;TCF=262;TCR=217;TR=245;WE=88783457;WS=88783439;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:404,378:0.48:782
chr16	88783521	rs6500491	T	C	25433.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=974;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=274;NR=301;PP=2965;SC=TGAAGAGCAGTGGGAACCAGA;SOR=0.742;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=577;TCF=275;TCR=302;TR=575;WE=88783529;WS=88783511;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,963:1.00:963
chr16	88783738	rs4782432	A	G	1826.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-1.887;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=47;PP=1382;ReadPosRankSum=-0.733;SC=AGTATGGCACAGCGGTAGTAA;SOR=1.708;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=57;TCF=9;TCR=48;TR=56;WE=88783746;WS=88783728;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,61:0.98:62
chr16	88784114	rs11641326	T	C	1393.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.675;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=23;PP=665;ReadPosRankSum=-0.542;SC=TAAGAGACAGTCCATAGAATT;SOR=0.693;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=90;TCF=45;TCR=45;TR=47;WE=88784122;WS=88784104;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,70:0.46:152
chr16	88785072	rs4620939	G	C	72.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.842;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=12.13;ReadPosRankSum=-0.842;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,4:0.67:6
chr16	88785126	rs4520817	A	G	165.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.876;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=30;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=1;PP=91;ReadPosRankSum=1.086;SC=TCTTCTTTTTACTTTTTTAGA;SOR=0.693;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=9;TCF=8;TCR=1;TR=6;WE=88785134;WS=88785116;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,8:0.50:16
chr16	88785206	rs79311053	C	T	699.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.019;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=124;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=11;PP=435;ReadPosRankSum=-0.927;SC=GCCCTGTACTCCTGGCCTCAA;SOR=0.764;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=42;TCF=26;TCR=16;TR=28;WE=88785214;WS=88785196;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,34:0.55:62
chr16	88785242	rs113385327	A	C	1113.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.051;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.801;HP=2;HapScore=2;MGOF=181;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=18;PP=432;ReadPosRankSum=0.151;SC=CAGCCTCCAGAGTAGCTGGGA;SOR=0.547;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=59;TCF=35;TCR=24;TR=40;WE=88785250;WS=88785232;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,54:0.59:92
chr16	88785286	rs142864864	TTATTTTTTTG	T	2550.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.193;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.449;HP=2;HapScore=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=21;PP=2937;ReadPosRankSum=0.605;SC=CAGCTAACGTTTATTTTTTTG;SOR=0.545;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=45;TCF=14;TCR=31;TR=26;WE=88785303;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,65:0.58:112
chr16	88786967	rs4401037	C	T	5943.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=101;NR=121;PP=2965;SC=TCAGCCTGGGCCCAGTACCCG;SOR=2.303;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=222;TCF=101;TCR=121;TR=222;WE=88786975;WS=88786957;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,214:1.00:214
chr16	88787607	rs150376294	CCTT	C	6872.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.267;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=323;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.991;NF=22;NR=47;PP=2974;ReadPosRankSum=-0.745;SC=GCTGGGCCCTCCTTCTTCCTT;SOR=0.705;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=127;TCF=45;TCR=82;TR=69;WE=88787617;WS=88787597;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:139,178:0.56:317
chr16	88787673	rs35159887	G	A	3194.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.194;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=321;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.976;HP=3;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.484;NF=48;NR=54;PP=1647;ReadPosRankSum=0.922;SC=TCCACTTGGGGTTCTGGGGTC;SOR=0.785;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=203;TCF=100;TCR=103;TR=102;WE=88787681;WS=88787663;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:167,153:0.48:320
chr16	88787704	rs8043924	G	C	7259.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=272;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=94;NR=96;PP=2965;SC=GTCCGACCCTGGCTTCCACCT;SOR=0.716;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=191;TCF=94;TCR=97;TR=190;WE=88787712;WS=88787694;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,269:1.00:269
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chr16	88788903	rs4238687	T	G	6311.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=61;NR=98;PP=2965;SC=TCCTTTGGGGTACAAGGGAAT;SOR=1.179;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=159;TCF=61;TCR=98;TR=159;WE=88788911;WS=88788893;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,218:1.00:218
chr16	88788934	rs4238686	A	G	1819.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=0.228;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.551;HP=2;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=39;PP=1027;ReadPosRankSum=-0.375;SC=GGGGATGGCTAGGCGATGCCC;SOR=0.776;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=145;TCF=58;TCR=87;TR=65;WE=88788942;WS=88788924;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:100,85:0.46:185
chr16	88791458	rs11645197	G	A	778.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-1.508;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.811;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=15;PP=374;ReadPosRankSum=0.043;SC=CTGCCTCCGTGGCGGGGAGGA;SOR=0.676;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=56;TCF=30;TCR=26;TR=30;WE=88791466;WS=88791448;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,40:0.49:81
chr16	88792047	rs4782430	A	G	5794.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=66;NR=79;PP=2655;SC=TCCTGCGGTGAAAGTCAATGC;SOR=0.869;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=145;TCF=66;TCR=79;TR=145;WE=88792055;WS=88792037;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,220:1.00:220
chr16	88792097	rs4782429	A	G	3873.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=33;NR=60;PP=1907;SC=AAGCCCCTGTAGGGAGGCGGG;SOR=1.244;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=93;TCF=33;TCR=60;TR=93;WE=88792105;WS=88792087;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,142:1.00:142
chr16	88793068	rs143054492	T	TCAGCGGGGC	2068.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.134;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FS=29.054;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.05;MQRankSum=1.252;QD=15.44;ReadPosRankSum=-1.523;SOR=0.035;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:81,53:0.40:134
chr16	88793090	rs4516218	A	G	8262.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.22;QD=44.42;SOR=4.059;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,186:1.00:186
chr16	88793103	rs4424896	C	G	8677.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.19;QD=41.13;SOR=3.357;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,211:1.00:211
chr16	88793813	rs8057198	T	C	592.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=33;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=17;NR=5;PP=514;SC=GAGGTCTGCGTGCGTGCGTGC;SOR=2.531;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=17;TCR=5;TR=22;WE=88793821;WS=88793812;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr16	88793858	rs2242170	C	T	1231.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=31;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=25;NR=5;PP=752;SC=TGTGCCTGACCACACCTCCGC;SOR=3.193;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=33;TCF=25;TCR=8;TR=30;WE=88793880;WS=88793848;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr16	88793872	rs113907912	T	C	433.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=2.092;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.840;HP=2;HapScore=2;MGOF=31;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=5;PP=323;ReadPosRankSum=-0.183;SC=CCTCCGCCCGTGCACGCCTGT;SOR=0.081;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=39;TCF=28;TCR=11;TR=19;WE=88793880;WS=88793848;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,19:0.46:41
chr16	88793910	rs2242171	C	T	822.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.372;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=6.507;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.66;ReadPosRankSum=-0.444;SOR=2.028;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,38:0.58:65
chr16	88798398	rs113010486	A	G	242.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.276;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=1.922;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.14;ReadPosRankSum=0.093;SOR=0.283;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,13:0.65:20
chr16	88800176	rs11649478	G	T	1379.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.328;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.768;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=36;PP=845;ReadPosRankSum=0.300;SC=GAGGGTCAGTGCGGGGCACAA;SOR=0.856;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=77;TCF=17;TCR=60;TR=46;WE=88800184;WS=88800166;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,60:0.54:111
chr16	88800372	.	GTCC	G	706	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;FR=0.5000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=15;NR=27;PP=706;QD=17.0;SC=CGTCCCTGGAGTCCTCCTCCT;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=87;TCF=34;TCR=53;TR=42;WE=88800382;WS=88800362;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:45,42:0.48:87
chr16	88800395	rs144777557	CCTG	C	1495.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.145;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=249;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.531;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=28;PP=2090;ReadPosRankSum=3.206;SC=TCCTCCTCCTCCTGCTGCTGC;SOR=0.641;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=115;TCF=39;TCR=76;TR=42;WE=88800405;WS=88800382;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:128,80:0.38:208
chr16	88800477	rs77376965	G	A	3573.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.706;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=377;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.878;HP=4;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-2.727;NF=56;NR=61;PP=1756;ReadPosRankSum=-0.867;SC=GAGAGGGTCCGAAAATGTCAT;SOR=0.600;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=231;TCF=120;TCR=111;TR=117;WE=88800485;WS=88800467;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:196,179:0.48:375
chr16	88800545	rs66935855	CGCTTCT	C	4453.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.478;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.087;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=2.552;NF=8;NR=53;PP=2942;ReadPosRankSum=0.096;SC=CTGTCGGCACCGCTTCTGCTG;SOR=0.610;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=107;TCF=12;TCR=95;TR=61;WE=88800558;WS=88800535;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:91,116:0.56:207
chr16	88800785	rs35265318	C	T	1056.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.346;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.731;HP=3;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=13;PP=462;ReadPosRankSum=-0.483;SC=GCGCGGGAGGCGCGTGCCAGG;SOR=0.594;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=84;TCF=53;TCR=31;TR=35;WE=88800793;WS=88800775;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,51:0.47:108
chr16	88800814	rs35353288	G	A	1488.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.305;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=20;PP=690;ReadPosRankSum=-1.570;SC=CGTGCTCCATGTCGGTGAGCT;SOR=0.726;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=119;TCF=71;TCR=48;TR=52;WE=88800822;WS=88800804;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:95,78:0.45:173
chr16	88800913	rs34908386	C	T	1899.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.611;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.126;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-1.000;NF=33;NR=30;PP=857;ReadPosRankSum=-0.044;SC=AGAGCTCGGACACGCTGAACT;SOR=0.578;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=134;TCF=70;TCR=64;TR=63;WE=88800921;WS=88800903;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:96,94:0.49:190
chr16	88802511	rs36100417	G	T	492.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-5.752;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.293;HP=2;HapScore=2;MGOF=29;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=1;PP=304;ReadPosRankSum=-0.833;SC=AACCCTGATGGGTCTGCGCAC;SOR=0.061;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=35;TCF=34;TCR=1;TR=17;WE=88802519;WS=88802501;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,21:0.54:39
chr16	88802540	rs734918	G	C	885.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-3.960;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=3;PP=679;ReadPosRankSum=0.643;SC=CCCCGGATGTGGTGGTGCACA;SOR=0.608;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=68;TCF=62;TCR=6;TR=33;WE=88802548;WS=88802530;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,35:0.48:73
chr16	88802573	rs78905828	G	A	1575.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.793;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.699;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=16;PP=1045;ReadPosRankSum=0.252;SC=CCAAGGTCCAGACAGGGGTAG;SOR=0.786;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=120;TCF=88;TCR=32;TR=60;WE=88802581;WS=88802563;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,69:0.50:137
chr16	88802748	.	C	T	1615	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=48;NR=70;PP=1615;QD=13.9811119707;SC=GGCTGCGCACCGTCCAGATGA;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=229;TCF=96;TCR=133;TR=118;WE=88802756;WS=88802738;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:111,118:0.52:229
chr16	88802830	.	A	G	808	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;FR=0.5000;HP=4;HapScore=2;MGOF=12;MMLQ=29;MQ=58.9;NF=8;NR=38;PP=808;QD=18.3211133162;SC=CGCGGCAGAGAGGGCTGCACA;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=90;TCF=20;TCR=70;TR=46;WE=88802838;WS=88802820;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:44,46:0.51:90
chr16	88803195	rs4782410	T	C	5338.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=36.07;SOR=0.776;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,148:1.00:148
chr16	88803195	.	TCCCCACCCTG	CCCCCACCCTA,CCCCCACCCTG	595	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.55;FR=0.5000,0.5000;HP=6;HapScore=2;MGOF=1;MMLQ=26;MQ=59.84;NF=20,45;NR=19,37;PP=523,595;QD=14.7812275606;SC=TCTGCAGGCCTCCCCACCCTG;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=82;TCF=45;TCR=37;TR=39,82;WE=88803213;WS=88803185;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.48:82
chr16	88803205	rs142484519	G	A	1716.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.877;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.52;ReadPosRankSum=-1.390;SOR=0.716;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:64,85:0.57:149
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chr16	88803982	rs6500493	C	G	5762.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=71;NR=55;PP=2589;SC=CGCCGCAGGACGGAGCTCTGG;SOR=0.731;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=126;TCF=71;TCR=55;TR=126;WE=88803990;WS=88803972;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,214:1.00:214
chr16	88804618	rs8060643	G	A	3564.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-1.386;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=333;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.405;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=80;PP=2160;ReadPosRankSum=2.467;SC=AAAAGGGGCTGTGTGGCAAGC;SOR=0.565;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=258;TCF=111;TCR=147;TR=145;WE=88804626;WS=88804608;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:149,172:0.54:321
chr16	88804734	rs7184427	A	G	9299.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=349;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=104;NR=103;PP=2965;SC=CCCCACCGCGACGCAGAGTCT;SOR=0.716;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=207;TCF=104;TCR=103;TR=207;WE=88804742;WS=88804724;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,346:1.00:346
chr16	88804856	rs11076706	G	A	2034.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.931;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.380;HP=3;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.070;NF=33;NR=43;PP=1123;ReadPosRankSum=-0.384;SC=TGCCTGCGGGGCAGGGGCACA;SOR=0.871;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=147;TCF=66;TCR=81;TR=76;WE=88804864;WS=88804846;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:109,97:0.47:206
chr16	88804924	rs34600315	TC	T	3390.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.099;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=252;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.828;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.816;NF=19;NR=37;PP=1813;ReadPosRankSum=0.989;SC=ATCAGGGAACTCCCAAGACCC;SOR=0.534;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=124;TCF=49;TCR=75;TR=56;WE=88804932;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:128,118:0.48:246
chr16	88805183	rs7185630	G	A	4023.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-1.510;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=330;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.400;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=65;PP=1626;ReadPosRankSum=-1.392;SC=CAGGTGTATCGCACTGACGCC;SOR=0.572;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=190;TCF=72;TCR=118;TR=110;WE=88805191;WS=88805173;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:137,193:0.58:330
chr16	88805231	rs12443723	G	A	3473.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.604;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FS=0.586;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=20.93;ReadPosRankSum=1.300;SOR=0.613;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:74,92:0.55:166
chr16	88805236	rs7185664	G	A	3451.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.751;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.31;ReadPosRankSum=-0.407;SOR=0.734;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:58,84:0.59:142
chr16	88807878	rs2242164	G	A	2073.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.042;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.608;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=24;PP=1121;ReadPosRankSum=0.188;SC=TGACGCAGCTGCCCTCACCAG;SOR=0.927;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=132;TCF=84;TCR=48;TR=73;WE=88807886;WS=88807868;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,99:0.53:186
chr16	88808111	rs11076707	T	C	1237.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=40;PP=809;SC=CGGGTGGGAGTGTGGATGGGT;SOR=3.442;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=45;TCF=4;TCR=41;TR=44;WE=88808119;WS=88808101;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr16	88808311	.	T	C	151	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;FR=0.5000;HP=4;HapScore=2;MGOF=30;MMLQ=24;MQ=59.29;NF=8;NR=2;PP=151;QD=18.5771212547;SC=TCTCCAGGTGTGGGTGGGAGC;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=29;TCF=23;TCR=6;TR=10;WE=88808319;WS=88808301;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:19,10:0.34:29
chr16	88808743	rs6500495	A	G	4815.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=51;NR=50;PP=1981;SC=GCGGGGCACAATATGCAGGCA;SOR=0.693;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=102;TCF=51;TCR=51;TR=101;WE=88808751;WS=88808733;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,180:1.00:180
chr16	88808862	rs7201439	C	T	2608.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=33.45;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr16	88808862	.	CGGGGACGGGG	TGGGGACGGGA,TGGGGACGGGG	461	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.47;FR=0.5000,0.5000;HP=4;HapScore=2;MGOF=18;MMLQ=28;MQ=60.0;NF=8,19;NR=18,33;PP=461,243;QD=19.7872259562;SC=AGGCTGGTCCCGGGGACGGGG;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=52;TCF=19;TCR=33;TR=26,52;WE=88808880;WS=88808852;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.50:52
chr16	88808872	rs11644443	G	A	742.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.459;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=0.942;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.76;ReadPosRankSum=0.759;SOR=0.898;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,34:0.49:69
chr16	88808918	rs11648555	C	A	352.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=2.660;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=34;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=11;PP=247;ReadPosRankSum=0.116;SC=GCCCCCAGCCCGGCCAGAGCC;SOR=0.941;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=25;TCF=4;TCR=21;TR=13;WE=88808926;WS=88808908;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,15:0.48:31
chr16	88809368	rs28525359	G	T	3555.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.719;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=425;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.117;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=50;PP=1592;ReadPosRankSum=1.829;SC=GTTGCATCCCGATGCATGGCC;SOR=0.613;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=280;TCF=158;TCR=122;TR=111;WE=88809376;WS=88809358;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:243,180:0.43:423
chr16	88809434	rs9925084	A	G	5495.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.014;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=727;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=83;NR=72;PP=2269;ReadPosRankSum=-0.466;SC=CCTGCTGTGCACCAGGTCAGG;SOR=0.688;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=396;TCF=213;TCR=183;TR=155;WE=88809442;WS=88809424;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:432,290:0.40:722
chr16	88809480	rs9925171	A	G	5086.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.643;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=757;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=81;NR=78;PP=2264;ReadPosRankSum=-1.824;SC=CTGTGCACCCACACCTGGCAG;SOR=0.706;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=424;TCF=212;TCR=212;TR=159;WE=88809488;WS=88809470;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:476,277:0.37:753
chr16	88809686	rs9927855	T	C	5888.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=2.367;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=654;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=82;NR=89;PP=2779;ReadPosRankSum=1.989;SC=AGCTCACCCTTCAGCAGGGGT;SOR=0.699;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=383;TCF=185;TCR=198;TR=171;WE=88809694;WS=88809676;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:365,288:0.44:653
chr16	88809773	rs8048714	G	C	13158.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=489;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=141;NR=178;PP=2965;SC=ACCCCGGCACGTGCTGGCAGG;SOR=0.853;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=319;TCF=141;TCR=178;TR=319;WE=88809781;WS=88809763;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,484:1.00:484
chr16	88810129	rs8053135	A	G	6043.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=51;NR=103;PP=2965;SC=CTGACCGTGAAGCAGCCCTCA;SOR=1.372;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=154;TCF=51;TCR=103;TR=154;WE=88810137;WS=88810119;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,218:1.00:218
chr16	88815647	rs112962992	C	CA	292.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.499;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FS=0.734;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.89;MQRankSum=0.000;QD=1.95;ReadPosRankSum=0.119;SOR=0.614;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:114,36:0.24:150
chr16	88872145	rs507329	T	C	6273.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=237;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=79;NR=87;PP=2965;SC=TTTTGAGGAGTGCAATGTTGG;SOR=0.745;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=166;TCF=79;TCR=87;TR=166;WE=88872153;WS=88872135;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,234:1.00:234
chr16	88872511	rs510862	T	C	3978.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.405;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=443;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=57;PP=1589;ReadPosRankSum=1.044;SC=TGGTGGAGCATGTCAAGGAGC;SOR=0.690;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=261;TCF=140;TCR=121;TR=123;WE=88872519;WS=88872501;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:240,200:0.45:440
chr16	88931274	rs76267236	C	T	1388.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-1.282;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.650;HP=3;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=12;PP=592;ReadPosRankSum=0.390;SC=GATGACCCGGCCCCGGAAGAG;SOR=0.590;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=99;TCF=58;TCR=41;TR=39;WE=88931282;WS=88931264;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,67:0.46:145
chr16	88946955	rs564705	A	G	1490.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=30;NR=9;PP=903;SC=GTCCTGCCCTAAGTGTGAACC;SOR=2.004;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=39;TCF=30;TCR=9;TR=39;WE=88946963;WS=88946945;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
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chr16	88949000	rs4782504	A	G	430.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-2.152;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-3.701;NF=16;NR=5;PP=1198;ReadPosRankSum=0.395;SC=CTGTGTGTGCATGGCTGTGTG;SOR=0.504;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=37;TCF=29;TCR=8;TR=21;WE=88949008;WS=88948961;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,22:0.55:40
chr16	88958282	rs3743541	C	G	766.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.033;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.28;ReadPosRankSum=1.214;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,34:0.50:68
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chr16	89167075	rs11273288	C	CCCCAGGAGGCTCCCGGGAG	4344.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.673;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5034;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=9;PP=2964;ReadPosRankSum=0.515;SC=TCCAGCTCGGCCGCCTGTCAG;SOR=1.900;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=40;TCF=28;TCR=12;TR=29;WE=89167083;WS=89167056;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,73:0.99:74
chr16	89167094	rs7188200	T	C	4724.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.016;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=123;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.161;NF=90;NR=44;PP=2207;ReadPosRankSum=0.559;SC=AGTGCAATGCTGCCCCATGTG;SOR=1.439;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=136;TCF=91;TCR=45;TR=134;WE=89167102;WS=89167084;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,174:0.99:176
chr16	89167140	rs7201122	G	C	8354.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=306;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=61;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=121;NR=84;PP=2965;SC=GCGCCTTGGCGTCCTGCCGGC;SOR=1.007;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=205;TCF=121;TCR=84;TR=205;WE=89167148;WS=89167130;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,304:1.00:304
chr16	89167395	rs6500526	C	T	15415.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.050;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=355;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=43.55;ReadPosRankSum=0.745;SOR=0.752;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:4,350:0.99:354
chr16	89167404	rs7193255	T	C	15629.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.934;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=366;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=42.82;ReadPosRankSum=-0.278;SOR=0.721;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:4,361:0.99:365
chr16	89167431	rs6500527	G	C	9316.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.484;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=357;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=42;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=118;NR=117;PP=2965;ReadPosRankSum=2.148;SC=CCCAGTGGGCGTCATGGATGA;SOR=0.446;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=238;TCF=120;TCR=118;TR=235;WE=89167451;WS=89167421;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:5,348:0.99:353
chr16	89167443	rs6500528	T	C	9229.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.230;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=363;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=1.655;HP=3;HapScore=1;MGOF=42;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=111;NR=115;PP=2965;ReadPosRankSum=2.933;SC=CATGGATGAGTGGCGGTGTGG;SOR=0.475;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=227;TCF=112;TCR=115;TR=226;WE=89167451;WS=89167421;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:5,356:0.99:361
chr16	89167458	rs6500529	C	A	10035.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-2.362;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=382;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=56;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=117;NR=112;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.725;SC=GTGTGGCAGTCCCCCTCTACA;SOR=0.230;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=230;TCF=118;TCR=112;TR=229;WE=89167466;WS=89167448;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,379:1.00:380
chr16	89167792	rs8060043	C	T	3298.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=26;NR=66;PP=1866;SC=TTTCGGTGACCGCACAGCACT;SOR=1.649;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=92;TCF=26;TCR=66;TR=92;WE=89167800;WS=89167782;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr16	89167828	rs61729367	C	T	571.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-1.591;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.322;HP=2;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=21;PP=419;ReadPosRankSum=-1.324;SC=GCCAGAAGCACATCTTTTCAT;SOR=1.153;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=46;TCF=6;TCR=40;TR=24;WE=89167836;WS=89167818;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,26:0.46:57
chr16	89168981	rs4782457	T	C	2016.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=46;NR=16;PP=1376;SC=AGTCTTGCTCTTGCTCTCAGC;SOR=2.049;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=63;TCF=47;TCR=16;TR=62;WE=89168989;WS=89168971;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr16	89169205	rs4782456	C	G	8210.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-2.156;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.161;NF=53;NR=95;PP=2910;ReadPosRankSum=0.142;SC=CACCCTCAGACTAGGCGCCTT;SOR=0.470;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=150;TCF=54;TCR=96;TR=148;WE=89169228;WS=89169195;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,207:1.00:208
chr16	89169219	rs10578141	CCT	C	7126.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-2.029;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.185;NF=3;NR=79;PP=2966;ReadPosRankSum=0.998;SC=GCGCCTTTCCCCTGTCGGGGC;SOR=0.588;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=86;TCF=4;TCR=82;TR=82;WE=89169228;WS=89169195;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,157:0.99:158
chr16	89169312	rs4782455	T	C	816.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=40;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=6;NR=17;PP=474;SC=AGACTAGGCATCTTTTCCTGG;SOR=1.688;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=6;TCR=17;TR=23;WE=89169320;WS=89169302;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr16	89178457	.	G	GTGCCTGCTCATCTTCCCACCGAGTGCTTCCTTTCCTCCGCCGCCGTGGGTCTC	3451.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=143.82;SOR=4.977;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr16	89178773	rs4782449	A	G	1328.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=1.074;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.653;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=31;PP=798;ReadPosRankSum=-1.200;SC=TTTCCTTTCAATGTTCCCTCT;SOR=1.702;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=44;TCF=12;TCR=32;TR=42;WE=89178781;WS=89178763;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,51:0.96:53
chr16	89180664	rs9940965	C	G	3707.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=64;NR=35;PP=1835;SC=CAAGGGCCGCCTCCTGAGGGG;SOR=1.313;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=99;TCF=64;TCR=35;TR=99;WE=89180672;WS=89180654;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,141:1.00:141
chr16	89180883	rs3743979	G	A	3512.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.094;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=64;PP=1856;ReadPosRankSum=-0.768;SC=GACCACTGCCGTGCGCCTGCC;SOR=0.817;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=100;TCF=34;TCR=66;TR=97;WE=89180891;WS=89180873;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,135:0.98:138
chr16	89180935	rs3743980	G	T	1395.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-1.144;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=34;PP=934;ReadPosRankSum=-1.587;SC=CTTCCACTGTGCTCTGAGCCC;SOR=0.693;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=46;TCF=10;TCR=36;TR=44;WE=89180943;WS=89180925;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,50:0.96:52
chr16	89187378	rs3743983	G	C	3205.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=27;NR=75;PP=1970;SC=AGGCCCCCCAGGGTGGTTACA;SOR=1.923;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=102;TCF=27;TCR=75;TR=102;WE=89187386;WS=89187368;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr16	89188672	rs8058601	C	A	3886.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.939;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=-0.060;NF=72;NR=29;PP=2128;ReadPosRankSum=-1.537;SC=GGCCTGGGCCCCCCGCAGTGG;SOR=0.672;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=102;TCF=73;TCR=29;TR=101;WE=89188680;WS=89188662;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,140:0.99:141
chr16	89199651	rs12447947	G	A	1161.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.62;BaseQRankSum=-1.044;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.688;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=12;PP=302;ReadPosRankSum=-1.183;SC=CATTCACCCTGGATGGCTGGT;SOR=0.593;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=49;TCF=22;TCR=27;TR=23;WE=89199659;WS=89199641;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,60:0.51:117
chr16	89212200	rs4302032	A	G	1704.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=46;NR=9;PP=1164;SC=AGCCAGCACCAGGACGAGTGA;SOR=2.869;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=55;TCF=46;TCR=9;TR=55;WE=89212208;WS=89212190;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr16	89238190	rs12927793	G	A	7251.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=276;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=98;NR=67;PP=2965;SC=GCCTGGACGCGCTTCTTCGGG;SOR=0.836;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=165;TCF=98;TCR=67;TR=165;WE=89238198;WS=89238180;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,268:1.00:268
chr16	89250145	rs2287357	G	A	1754.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=4.982;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.305;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=53;PP=1319;ReadPosRankSum=1.486;SC=CTGCAAGGAAGGGCTCTGTGA;SOR=0.940;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=151;TCF=34;TCR=117;TR=66;WE=89250153;WS=89250135;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:95,73:0.43:168
chr16	89251851	rs2287354	A	G	1728.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=2.041;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.586;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=37;PP=960;ReadPosRankSum=-0.371;SC=CCCTGCCGTCACTGCAGAGCT;SOR=0.776;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=105;TCF=32;TCR=73;TR=54;WE=89251859;WS=89251841;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:89,80:0.47:169
chr16	89256695	rs72819366	G	A	6292.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.373;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=629;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=101;NR=99;PP=2962;ReadPosRankSum=0.212;SC=TCAAAGTGTCGGTGCAGAATG;SOR=0.643;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=395;TCF=204;TCR=191;TR=200;WE=89256703;WS=89256685;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:308,308:0.50:616
chr16	89258747	rs75791347	A	C	2058.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=0.044;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.716;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=28;PP=1114;ReadPosRankSum=0.302;SC=CCGCTGCGGCAAGGACGGCGT;SOR=0.832;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=127;TCF=75;TCR=52;TR=71;WE=89258755;WS=89258737;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:105,99:0.49:204
chr16	89259993	rs3815615	A	G	2342.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.037;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FS=5.066;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.70;ReadPosRankSum=0.355;SOR=1.037;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:106,113:0.52:219
chr16	89263851	rs3743986	T	C	4050.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-1.299;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=344;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=53;PP=1680;ReadPosRankSum=-0.256;SC=CCAGGCTCTCTCCCCAGGCCT;SOR=0.700;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=199;TCF=101;TCR=98;TR=110;WE=89263859;WS=89263841;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:149,194:0.57:343
chr16	89265087	rs61732365	A	G	9078.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.070;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=497;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.521;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=73;PP=2962;ReadPosRankSum=1.161;SC=TCCTCCAAGGAACTGTCCCCG;SOR=0.647;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=274;TCF=123;TCR=151;TR=134;WE=89265109;WS=89265077;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:248,246:0.50:494
chr16	89265100	rs61732366	GC	AT	4618.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.695;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=472;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.730;HP=3;HapScore=2;JOINED;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=62;PP=2944;ReadPosRankSum=1.939;SC=TGTCCCCGGGGCCCACGCCAC;SOR=0.574;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=258;TCF=113;TCR=145;TR=118;WE=89265109;WS=89265077;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:241,225:0.48:466
chr16	89265466	rs12926888	A	G	7168.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=1.233;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=637;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=100;NR=99;PP=2962;ReadPosRankSum=1.599;SC=TCATCAGGGCACCCAGCCCCT;SOR=0.663;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=343;TCF=177;TCR=166;TR=199;WE=89265474;WS=89265456;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:284,350:0.55:634
chr16	89267769	rs34679577	GC	G	813.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=61.24;QD=32.55;SOR=0.770;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr16	89287613	rs10586525	CAG	C	3173.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=0;NR=35;PP=1545;SC=TCCTGATACACAGTGTGTGTA;SOR=1.488;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=35;TCF=0;TCR=35;TR=35;WE=89287622;WS=89287603;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr16	89288418	rs9931258	A	G	2570.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=40;NR=21;PP=1383;SC=TCCTGCTAGGATGGAATGACT;SOR=1.154;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=61;TCF=40;TCR=21;TR=61;WE=89288426;WS=89288408;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr16	89291210	rs113560259	G	GGTGA	3873.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=41;PP=1816;SC=AGTTCTCCAAGGTAAGTGTGA;SOR=1.116;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=46;TCF=3;TCR=43;TR=43;WE=89291218;WS=89291199;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr16	89291309	rs28533907	A	T	641.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=77;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=5;NR=16;PP=433;SC=GTGTCAAGTTAAGCGGCTGTG;SOR=1.893;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=5;TCR=16;TR=21;WE=89291317;WS=89291299;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr16	89291945	rs11464538	A	AT	3922.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.130;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.516;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.288;NF=42;NR=54;PP=1194;ReadPosRankSum=0.054;SC=TTTTTAGGTCATTCTTCTTTC;SOR=1.106;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=102;TCF=43;TCR=59;TR=96;WE=89291959;WS=89291935;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:12,184:0.94:196
chr16	89291948	rs12926996	C	T	9068.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.934;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.05;MQRankSum=0.151;QD=45.57;ReadPosRankSum=-0.420;SOR=1.083;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,197:0.99:199
chr16	89291951	rs12926997	C	T	9114.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.818;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.05;MQRankSum=0.146;QD=42.59;ReadPosRankSum=-0.327;SOR=1.039;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,212:0.99:214
chr16	89293271	rs28417933	A	C	13881.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=2.743;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=532;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=165;NR=159;PP=2965;ReadPosRankSum=0.020;SC=ACCTTGTTCAAAATTGGAGAG;SOR=0.728;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=328;TCF=167;TCR=161;TR=324;WE=89293279;WS=89293261;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,521:0.99:525
chr16	89293614	rs4785626	A	G	7186.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.576;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=277;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=96;NR=91;PP=2965;ReadPosRankSum=2.622;SC=ACCCTGGGGAAAAGCCCTGTG;SOR=0.468;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=191;TCF=98;TCR=93;TR=187;WE=89293622;WS=89293604;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:5,266:0.98:271
chr16	89294381	rs28415940	T	C	11037.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.878;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=410;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=137;NR=152;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.882;SC=AAGCCCTTTATATGTACGGTA;SOR=0.802;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=290;TCF=137;TCR=153;TR=289;WE=89294389;WS=89294371;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,403:1.00:405
chr16	89294439	rs9921361	G	T	10238.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.912;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=387;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=112;NR=145;PP=2965;ReadPosRankSum=0.151;SC=AGCACATTCAGATTCACACTG;SOR=0.868;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=258;TCF=113;TCR=145;TR=257;WE=89294447;WS=89294429;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,381:0.99:383
chr16	89294511	rs28638280	C	T	8391.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=315;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=93;NR=102;PP=2965;SC=CGAGCCTAACCGAGCACATAC;SOR=0.732;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=196;TCF=93;TCR=103;TR=195;WE=89294519;WS=89294501;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,310:1.00:310
chr16	89294697	rs60437616	C	T	7173.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=278;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=87;NR=93;PP=2965;SC=GAAGGACTCACACAGGAGAGA;SOR=0.730;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=180;TCF=87;TCR=93;TR=180;WE=89294705;WS=89294687;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,273:1.00:273
chr16	89299054	rs71158785	T	TA	2239.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.69;QD=36.12;SOR=2.985;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr16	89299200	rs61078268	C	A	31742.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.861;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=734;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.124;NF=279;NR=194;PP=2965;ReadPosRankSum=0.867;SC=TGCATATGCACATCAACTCAC;SOR=0.555;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=474;TCF=280;TCR=194;TR=473;WE=89299208;WS=89299190;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,727:1.00:730
chr16	89299227	rs62068537	C	T	36695.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.517;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=826;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=289;NR=252;PP=2965;ReadPosRankSum=1.324;SC=TGCAACTCAACTCACACCGTA;SOR=0.803;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=543;TCF=289;TCR=254;TR=541;WE=89299235;WS=89299217;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,819:1.00:821
chr16	89299280	rs62068538	T	A	31944.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.535;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=840;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=32;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=-0.054;NF=248;NR=278;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.309;SC=CAACTCGCACTGCGTATGCAA;SOR=0.302;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=527;TCF=248;TCR=279;TR=526;WE=89299288;WS=89299270;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,779:1.00:780
chr16	89299888	.	T	TCG	14632.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=339;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.10;QD=43.42;SOR=0.711;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,337:1.00:337
chr16	89299890	.	A	ACTGCGTGTGCAACTCAACTCG	18197.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=362;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.16;QD=50.55;SOR=0.727;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,360:1.00:360
chr16	89299899	rs34175485	A	G	18759.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=475;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.53;QD=39.91;SOR=0.772;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,470:1.00:470
chr16	89300015	rs62068548	A	G	19052.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=744;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=285;NR=245;PP=2965;SC=CTCATACTGCATATGCAACTC;SOR=0.816;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=538;TCF=285;TCR=253;TR=530;WE=89300023;WS=89300005;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,737:1.00:737
chr16	89300147	rs62068549	A	G	20263.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.828;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=822;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=-0.188;NF=278;NR=297;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.849;SC=CTCGCACTGCATATGCAACTC;SOR=0.706;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=590;TCF=279;TCR=311;TR=575;WE=89300155;WS=89300114;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,807:1.00:809
chr16	89300425	rs61754918	C	T	2453.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.294;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=242;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.035;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=52;PP=1298;ReadPosRankSum=1.303;SC=TGTGAAAACCCTGTGGCCTCT;SOR=0.782;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=147;TCF=43;TCR=104;TR=72;WE=89300433;WS=89300415;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:128,110:0.46:238
chr16	89345122	rs3102367	G	A	2052.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=31;NR=17;PP=996;SC=GGAGACACAGGGGGTGGCTCT;SOR=1.117;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=49;TCF=31;TCR=18;TR=48;WE=89345130;WS=89345112;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr16	89345408	rs3096305	G	A	10795.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.739;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=419;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=121;NR=108;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.317;SC=CGGGCTGGAGGAAGCCGTGAC;SOR=0.449;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=230;TCF=121;TCR=109;TR=229;WE=89345416;WS=89345398;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,412:0.99:415
chr16	89350038	rs2279348	G	A	17277.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=651;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=204;NR=233;PP=2965;SC=CTCCCGGTGCGCCTCCTCGGG;SOR=0.797;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=437;TCF=204;TCR=233;TR=437;WE=89350046;WS=89350028;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,646:1.00:646
chr16	89350178	rs2279349	G	A	8404.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=303;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=96;NR=118;PP=2965;SC=TATGCTTTTCGGTCTGCTCTT;SOR=0.843;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=214;TCF=96;TCR=118;TR=214;WE=89350186;WS=89350168;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,299:1.00:299
chr16	89352149	rs72803305	G	A	866.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=2.286;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.609;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=23;PP=577;ReadPosRankSum=-0.415;SC=ATGTGTCTGCGGGAAGGTTCC;SOR=0.392;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=54;TCF=8;TCR=46;TR=28;WE=89352157;WS=89352139;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,34:0.53:64
chr16	89356880	.	A	AAT	416	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=24;MMLQ=23;MQ=43.93;NF=12;NR=0;PP=416;QD=38.25;SC=TCAGGGCTCCAGCGGGGGAGG;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=15;TCR=1;TR=12;WE=89356913;WS=89356871;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:4,12:0.75:16
chr16	89356881	.	GC	G	416	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=24;MMLQ=24;MQ=43.09;NF=10;NR=0;PP=416;QD=45.9;SC=CAGGGCTCCAGCGGGGGAGGC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=12;TCR=1;TR=10;WE=89356913;WS=89356871;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:3,10:0.77:13
chr16	89356882	.	CGGGGGAGGCTCAGGGCTCCAATG	C	868.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=58.33;QD=43.44;SOR=3.716;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr16	89356902	.	AAT	A	408	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=24;MMLQ=24;MQ=49.25;NF=15;NR=1;PP=408;QD=28.6425179523;SC=TCAGGGCTCCAATGGGGGGAG;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=19;TCF=17;TCR=2;TR=16;WE=89356913;WS=89356871;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:3,16:0.84:19
chr16	89356905	.	G	GC	434	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;FR=0.5000;HP=5;HapScore=2;MGOF=24;MMLQ=24;MQ=50.78;NF=15;NR=1;PP=434;QD=28.6875;SC=GGGCTCCAATGGGGGGAGGCT;SbPval=0.94;Source=Platypus;TC=24;TCF=20;TCR=4;TR=16;WE=89356913;WS=89356871;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:8,16:0.67:24
chr16	89371827	rs3114912	G	A	3657.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=35;NR=62;PP=1837;SC=TGTTTCATATGCCAGGAGAAG;SOR=1.204;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=98;TCF=35;TCR=63;TR=97;WE=89371847;WS=89371817;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,137:1.00:137
chr16	89371839	rs2277908	G	A	2862.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=28;NR=56;PP=1654;SC=CAGGAGAAGCGCATCTCTTAT;SOR=1.358;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=84;TCF=28;TCR=56;TR=84;WE=89371847;WS=89371817;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr16	89379936	rs3102350	T	C	3845.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=62;NR=41;PP=1859;SC=ACTGCAGAGTTGTGGGCTCCA;SOR=0.980;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=103;TCF=62;TCR=41;TR=103;WE=89379944;WS=89379926;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,140:1.00:140
chr16	89389645	rs3114900	G	C	3542.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.24;SOR=1.011;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,135:1.00:135
chr16	89574166	rs3809641	C	G	1773.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.853;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.392;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=39;PP=986;ReadPosRankSum=1.189;SC=AGTCCGAAGGCACAGGACGGA;SOR=0.549;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=148;TCF=63;TCR=85;TR=70;WE=89574174;WS=89574156;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:116,91:0.44:207
chr16	89576879	rs5818722	GT	G	446.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.906;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.02;ReadPosRankSum=1.651;SOR=0.668;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:43,46:0.52:89
chr16	89577046	rs3922633	C	T	1915.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.535;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.505;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=39;PP=862;ReadPosRankSum=-2.065;SC=TGCACACTTACCGCCTCAGCT;SOR=0.744;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=140;TCF=55;TCR=85;TR=63;WE=89577054;WS=89577036;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:116,98:0.46:214
chr16	89590060	rs28643511	G	A	235.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.251;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=2;PP=115;ReadPosRankSum=-0.910;SC=CGCGATCACGGCTCACTGCAG;SOR=0.512;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=19;TCF=16;TCR=3;TR=9;WE=89590068;WS=89590050;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,12:0.46:26
chr16	89590168	rs113476208	T	TATCTC	2745.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.205;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=10;PP=1509;ReadPosRankSum=-0.329;SC=GGTTTCCTCTTAGGTGGGAAC;SOR=0.679;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=74;TCF=43;TCR=31;TR=27;WE=89590176;WS=89590158;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:94,72:0.43:166
chr16	89590243	rs3803680	G	A	3531.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=1.363;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=354;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.823;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.469;NF=66;NR=29;PP=1488;ReadPosRankSum=0.467;SC=ACAGCACAGCGTTAGTCTTTG;SOR=0.749;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=214;TCF=142;TCR=72;TR=95;WE=89590251;WS=89590233;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:182,170:0.48:352
chr16	89590667	rs3803679	T	C	680.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.065;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=17;PP=333;ReadPosRankSum=-0.086;SC=TGAGTGAGGGTGCGGGAGGCC;SOR=0.803;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=42;TCF=11;TCR=31;TR=23;WE=89590675;WS=89590657;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,33:0.54:61
chr16	89592690	rs3935626	G	A	660.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=4.903;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=0;PP=500;ReadPosRankSum=1.173;SC=AGGGTTGCTCGTCTGTCCCTG;SOR=0.990;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=42;TCF=42;TCR=0;TR=24;WE=89592698;WS=89592680;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,26:0.57:46
chr16	89596106	rs3803676	C	T	512.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-2.152;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=13;PP=260;ReadPosRankSum=-0.212;SC=TAGCCTGAAGCCACAATTAGA;SOR=0.588;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=45;TCF=14;TCR=31;TR=18;WE=89596114;WS=89596096;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,25:0.48:52
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chr16	89614534	rs80324518	C	T	1493.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.134;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.337;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=31;PP=634;ReadPosRankSum=2.256;SC=ACAGGGGGCGCGCCCTGGGTG;SOR=0.576;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=109;TCF=36;TCR=73;TR=47;WE=89614542;WS=89614524;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,71:0.48:148
chr16	89628073	rs9930567	G	A	1062.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-2.563;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.695;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.420;NF=14;NR=26;PP=621;ReadPosRankSum=2.051;SC=GTCCCTGCAGGCCAACGTGCA;SOR=0.954;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=76;TCF=28;TCR=48;TR=40;WE=89628081;WS=89628063;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,49:0.51:96
chr16	89629218	rs258327	A	G	2893.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=38;NR=30;PP=1236;SC=GAGGTCCTCCAGGTTCTCCTG;SOR=0.844;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=69;TCF=38;TCR=31;TR=68;WE=89629226;WS=89629208;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr16	89645437	rs369230	G	T	1323.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.015;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.641;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQ=59.97;MQRankSum=-1.060;NF=17;NR=33;PP=770;ReadPosRankSum=2.186;SC=GGTGGCTCACGCCTGTAATCG;SOR=0.765;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=94;TCF=31;TCR=63;TR=50;WE=89645445;WS=89645427;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,65:0.46:140
chr16	89649675	rs455868	G	A	178.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-2.985;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=1;PP=126;ReadPosRankSum=0.134;SC=AGGGTCCGGGGCCGTTTGAGC;SOR=0.307;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=33;TCF=30;TCR=3;TR=10;WE=89649683;WS=89649665;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,10:0.28:36
chr16	89650371	rs408800	T	G	961.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.292;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=13;PP=572;ReadPosRankSum=-0.062;SC=CTGGGGCCTCTGGTCCCCCAC;SOR=0.767;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=58;TCF=37;TCR=21;TR=35;WE=89650379;WS=89650352;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,45:0.58:78
chr16	89653032	rs452176	G	A	2066.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.033;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.034;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=28;PP=982;ReadPosRankSum=-1.854;SC=CCTGGTAGGTGTTCAGAGCCA;SOR=0.793;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=141;TCF=82;TCR=59;TR=70;WE=89653040;WS=89653022;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:119,105:0.47:224
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chr16	89653540	.	CCCT	C	1965.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.817;ClippingRankSum=0.000;DP=110;ExcessHet=3.0103;FS=9.594;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.02;MQRankSum=0.998;QD=20.48;ReadPosRankSum=1.273;SOR=1.889;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:44,52:0.54:96
chr16	89653545	.	AGTCCG	A	1964.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.016;ClippingRankSum=0.000;DP=95;ExcessHet=3.0103;FS=7.762;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.02;MQRankSum=1.000;QD=20.90;ReadPosRankSum=1.609;SOR=1.793;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:42,52:0.55:94
chr16	89653552	.	GGCCCCGCCCCGCC	G	1935.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.227;ClippingRankSum=0.000;DP=86;ExcessHet=3.0103;FS=8.594;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.02;MQRankSum=1.004;QD=22.51;ReadPosRankSum=2.304;SOR=2.040;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,49:0.57:86
chr16	89653816	rs74213330	G	A	420.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=2.343;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=41;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=0;PP=313;ReadPosRankSum=1.079;SC=GCGGTTCCCCGTGAGCCGATG;SOR=1.101;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=25;TCF=24;TCR=1;TR=14;WE=89653824;WS=89653806;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,18:0.58:31
chr16	89653999	rs140664874	TTGAG	T	3691.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.590;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.102;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.031;NF=9;NR=28;PP=2109;ReadPosRankSum=0.931;SC=GAGTGAGCGTTTGAGTGAACC;SOR=0.585;SbPval=0.24;Source=Platypus;TC=78;TCF=14;TCR=64;TR=37;WE=89654010;WS=89653989;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:101,97:0.49:198
chr16	89656163	rs397564	A	G	759.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-1.757;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.049;HP=6;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=6;PP=500;ReadPosRankSum=0.198;SC=TCGGTTCCCCACCTCTGGCAG;SOR=0.945;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=68;TCF=57;TCR=11;TR=33;WE=89656171;WS=89656153;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,37:0.46:80
chr16	89656251	rs464349	T	C	3347.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.220;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=280;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.928;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=39;PP=1289;ReadPosRankSum=-0.512;SC=AAGTGGCCCCTGTTGCAGCCA;SOR=0.785;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=181;TCF=104;TCR=77;TR=98;WE=89656259;WS=89656241;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:119,159:0.57:278
chr16	89696999	rs395593	C	T	434.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=28.98;SOR=0.818;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr16	89704365	rs1126464	G	C	3497.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=1.161;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=376;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.219;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=45;PP=1608;ReadPosRankSum=0.171;SC=GAGGGTCTTCGAGGCTGTGGA;SOR=0.761;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=214;TCF=113;TCR=101;TR=100;WE=89704373;WS=89704355;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:195,174:0.47:369
chr16	89712889	rs460879	C	T	607.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.676;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.155;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=6;PP=257;ReadPosRankSum=1.386;SC=TCCCACAGCACCAGAGCGTGG;SOR=0.446;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=55;TCF=43;TCR=12;TR=21;WE=89712897;WS=89712879;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,31:0.42:73
chr16	89713174	rs460984	C	T	7759.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.805;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=697;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.520;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=101;NR=114;PP=2962;ReadPosRankSum=2.070;SC=CCCATGGGGCCCCACTCAGCT;SOR=0.630;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=432;TCF=200;TCR=232;TR=215;WE=89713182;WS=89713164;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:327,369:0.53:696
chr16	89717781	rs141950187	AAAAC	A	1006.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=2.236;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=5.465;HP=5;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.600;NF=15;NR=3;PP=748;ReadPosRankSum=-1.259;SC=TCCGTCTCAAAAAACAAACAA;SOR=3.477;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=23;TCF=18;TCR=5;TR=18;WE=89717792;WS=89717778;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,31:0.94:33
chr16	89720409	rs258338	T	A	3777.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=38;NR=62;PP=1848;SC=ACTCACTAGGTTCCTTCTAGA;SOR=1.163;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=100;TCF=38;TCR=62;TR=100;WE=89720417;WS=89720399;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,142:1.00:142
chr16	89724572	rs154664	T	C	1454.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=28;NR=11;PP=936;SC=TTATTCTGGATCCACGCAGGC;SOR=1.565;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=39;TCF=28;TCR=11;TR=39;WE=89724580;WS=89724562;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr16	89735923	rs9937322	G	C	298.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=0.974;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.651;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=10;PP=207;ReadPosRankSum=0.779;SC=CCTTTGCATGGCACTCGCTAC;SOR=2.546;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=18;TCF=3;TCR=15;TR=11;WE=89735931;WS=89735913;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,12:0.57:21
chr16	89751857	.	CCGCAGTGGGCGGTGGTTTGGGCCCGACCGAGCTGGTCT	C	960.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.278;ClippingRankSum=0.000;DP=118;ExcessHet=3.0103;FS=1.716;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.71;MQRankSum=-0.136;QD=10.11;ReadPosRankSum=-0.355;SOR=0.886;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:53,42:0.44:95
chr16	89751895	.	T	C	570	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MMLQ=24;MQ=57.84;NF=23;NR=11;PP=570;QD=17.7873886043;SC=CGAGCTGGTCTCGCAGTGGGC;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=81;TCF=57;TCR=24;TR=34;WE=89751903;WS=89751885;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:47,34:0.42:81
chr16	89753031	rs397891	G	C	591.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=1.049;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.640;HP=1;HapScore=2;MGOF=161;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=6;PP=412;ReadPosRankSum=-1.295;SC=GCTAAGGAGAGGAAGCCCGGG;SOR=1.542;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=66;TCF=47;TCR=19;TR=28;WE=89753039;WS=89753021;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,28:0.44:64
chr16	89753067	rs148588932	GGGCCGTCCGCGTCTGCGCCTGCGCGCAAGAGA	G	2234.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=1.792;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.305;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.148;NF=8;NR=15;PP=2963;ReadPosRankSum=1.118;SC=CTGCGCCGCGGGGCCGTCCGC;SOR=1.367;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=63;TCF=27;TCR=36;TR=23;WE=89753106;WS=89753057;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,60:0.44:137
chr16	89753971	rs258325	T	C	7717.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=295;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=72;NR=93;PP=2965;SC=GTTGGCCTTTTCTTTTTTGTT;SOR=0.846;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=165;TCF=72;TCR=93;TR=165;WE=89753979;WS=89753961;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,293:1.00:293
chr16	89754255	rs258324	T	G	2688.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=25;NR=50;PP=1471;SC=GGAAAGGGAGTTTGAGACTAG;SOR=1.321;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=75;TCF=25;TCR=50;TR=75;WE=89754263;WS=89754245;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr16	89757199	rs62068364	C	T	33.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.005;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.61;ReadPosRankSum=0.237;SOR=0.412;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,5:0.24:21
chr16	89758973	rs187282	A	G	6195.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=240;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=62;NR=84;PP=2789;SC=GCTGAGGCCTAACTCTGCTGC;SOR=0.907;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=146;TCF=62;TCR=84;TR=146;WE=89758981;WS=89758963;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,235:1.00:235
chr16	89760492	rs465507	C	G	1005.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=2.863;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.621;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=7;PP=733;ReadPosRankSum=-0.876;SC=TTCCAGGCCACCACAGGCTCT;SOR=0.350;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=70;TCF=59;TCR=11;TR=37;WE=89760500;WS=89760482;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,40:0.51:78
chr16	89760552	rs460057	T	C	5754.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=93;NR=62;PP=2594;SC=AGGAGCCGGCTGTATTGAGGT;SOR=1.039;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=155;TCF=93;TCR=62;TR=155;WE=89760560;WS=89760542;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,219:1.00:219
chr16	89761214	.	ACCCGCAGCCCCCGCCCGTGCCCACGCCCTCTGCG	A	886.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.441;ClippingRankSum=0.000;DP=236;ExcessHet=3.0103;FS=9.309;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.99;MQRankSum=0.000;QD=18.10;ReadPosRankSum=-0.657;SOR=0.076;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,22:0.45:49
chr16	89762189	rs367895796	C	A	3035.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.575;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=294;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.883;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=44;PP=1254;ReadPosRankSum=1.957;SC=GCTGACCAGGCGCCCGGGATC;SOR=0.666;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=177;TCF=89;TCR=88;TR=89;WE=89762197;WS=89762179;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:141,151:0.52:292
chr16	89763045	rs460367	C	T	3287.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=58;NR=23;PP=1679;SC=GCCGCCTGGGCGGGCTGTCCA;SOR=1.495;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=82;TCF=59;TCR=23;TR=81;WE=89763053;WS=89763035;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr16	89763263	rs462769	T	C	7145.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=271;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=76;NR=93;PP=2965;SC=GCAGATTGGCTCCAGCAGAGC;SOR=0.845;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=169;TCF=76;TCR=93;TR=169;WE=89763271;WS=89763253;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,267:1.00:267
chr16	89764549	rs3751695	G	A	2794.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.747;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=277;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.874;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=39;PP=1714;ReadPosRankSum=2.877;SC=GCCGGAGGGCGAAGCAGCCCA;SOR=0.973;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=195;TCF=110;TCR=85;TR=99;WE=89764557;WS=89764539;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:136,130:0.49:266
chr16	89774396	rs1110331	G	A	2789.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.105;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=268;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=41;PP=1151;ReadPosRankSum=-0.269;SC=GGTGTCATCTGAACGAACAGA;SOR=0.673;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=164;TCF=74;TCR=90;TR=74;WE=89774404;WS=89774386;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:128,133:0.51:261
chr16	89774411	rs11860230	T	C	6235.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=237;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=69;NR=85;PP=2961;SC=AACAGAAGGATACCCCCGGCC;SOR=0.858;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=154;TCF=69;TCR=85;TR=154;WE=89774419;WS=89774401;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,234:1.00:234
chr16	89775422	rs59660050	C	G	703.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=1.688;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.323;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=2.647;NF=14;NR=24;PP=603;ReadPosRankSum=1.370;SC=CTGAGCCACCCCTTATACCCC;SOR=1.393;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=72;TCF=28;TCR=44;TR=38;WE=89775437;WS=89775412;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,31:0.52:60
chr16	89775429	rs143353176	C	CCCCG	1982.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=35;PP=1895;SC=ACCCCTTATACCCCGCCCACC;SOR=5.376;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=44;TCF=2;TCR=42;TR=35;WE=89775437;WS=89775412;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr16	89777761	rs12920315	C	T	3711.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.818;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=343;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.501;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=50;PP=1675;ReadPosRankSum=-1.731;SC=CCAGGCTGGTCACGAGTGACA;SOR=0.537;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=197;TCF=111;TCR=86;TR=104;WE=89777769;WS=89777751;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:166,172:0.51:338
chr16	89778202	rs376041423	G	GC	516.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.508;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=1.289;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.97;ReadPosRankSum=0.929;SOR=0.684;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,15:0.41:37
chr16	89778219	rs28588261	A	T	632.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.481;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=1.083;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.41;ReadPosRankSum=1.189;SOR=0.677;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,21:0.41:51
chr16	89778224	rs7206836	G	C	1773.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=32.85;SOR=0.767;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr16	89782989	rs7206570	A	G	4259.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=55;NR=44;PP=2177;SC=CAGGCTGGGGAATGGGAGCAG;SOR=0.881;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=99;TCF=55;TCR=44;TR=99;WE=89782997;WS=89782979;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,149:1.00:149
chr16	89783187	rs4785706	C	T	2119.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=21;NR=36;PP=1120;SC=GCTGTGCTAGCTTCAGCATCT;SOR=1.179;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=57;TCF=21;TCR=36;TR=57;WE=89783195;WS=89783177;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr16	89784521	rs10468304	T	A	36267.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=1419;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=292;NR=528;PP=2965;SC=CTGTGATCCTTTGTGCAGCGG;SOR=1.118;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=824;TCF=295;TCR=529;TR=820;WE=89784529;WS=89784511;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,1393:1.00:1393
chr16	89787040	rs4785589	C	T	360.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-1.355;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.710;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=2;PP=270;ReadPosRankSum=-0.168;SC=CCGGGAACCGCGGCCCGGGAT;SOR=1.262;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=29;TCF=23;TCR=6;TR=16;WE=89787048;WS=89787031;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,16:0.53:30
chr16	89787340	rs117990130	C	T	202.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=1.783;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=10;PP=209;ReadPosRankSum=-1.267;SC=GGAACGCAGCCGGCGCTGGTG;SOR=0.941;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=38;TCF=11;TCR=27;TR=13;WE=89787348;WS=89787330;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,12:0.32:37
chr16	89787962	rs115025067	G	A	377.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=-1.095;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.317;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=3;PP=138;ReadPosRankSum=1.165;SC=CTCGCTTCCAGCGCGCCGAGC;SOR=0.473;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=19;TCF=12;TCR=7;TR=8;WE=89787970;WS=89787952;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,18:0.53:34
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chr16	89800529	rs9935559	C	T	3748.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.020;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=378;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.252;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=80;PP=1850;ReadPosRankSum=-0.361;SC=TACCCATCCCCGCCCCAAGAG;SOR=0.612;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=262;TCF=99;TCR=163;TR=132;WE=89800537;WS=89800519;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:181,184:0.50:365
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chr16	89805261	rs1800359	A	G	3830.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.156;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=583;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.533;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=74;PP=1663;ReadPosRankSum=-0.076;SC=TGTCCCCCACATGGCCCAAGG;SOR=0.654;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=356;TCF=160;TCR=196;TR=137;WE=89805269;WS=89805251;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:356,215:0.38:571
chr16	89812930	rs34019730	G	A	1807.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-3.294;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.121;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=29;PP=977;ReadPosRankSum=1.060;SC=AGATGCCAGAGGCAGCTGTGG;SOR=0.578;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=139;TCF=85;TCR=54;TR=71;WE=89812938;WS=89812920;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:98,98:0.50:196
chr16	89818491	rs3743860	T	C	1402.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.687;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.271;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=20;PP=771;ReadPosRankSum=-0.872;SC=AATATCTTAATAGCACGCGGC;SOR=0.815;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=117;TCF=74;TCR=43;TR=55;WE=89818499;WS=89818481;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,71:0.45:159
chr16	89831510	rs2159116	C	A	1677.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.884;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.947;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=47;PP=1136;ReadPosRankSum=0.920;SC=TTCTTCATTGCGCAAGTTTCA;SOR=0.544;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=149;TCF=51;TCR=98;TR=72;WE=89831518;WS=89831500;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:102,94:0.48:196
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chr16	89849480	rs2239359	C	T	361.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=1.262;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.231;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=9;PP=203;ReadPosRankSum=0.114;SC=CGGTACTTGCCGGGAACCAGG;SOR=0.264;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=46;TCF=17;TCR=29;TR=17;WE=89849488;WS=89849470;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,19:0.36:53
chr16	89858759	rs17226159	C	T	460.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-0.686;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.467;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=5;PP=350;ReadPosRankSum=-0.392;SC=AGCCACATCTCACCAGACATC;SOR=0.141;SbPval=0.21;Source=Platypus;TC=27;TCF=22;TCR=5;TR=17;WE=89858767;WS=89858756;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,18:0.60:30
chr16	89862202	rs17226075	C	T	307.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=2;PP=190;ReadPosRankSum=-0.041;SC=TCAAGACAGACGTAAAAGAGG;SOR=0.693;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=21;TCF=17;TCR=4;TR=12;WE=89862210;WS=89862192;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,14:0.58:24
chr16	89866160	rs7186192	A	G	1049.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.874;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.793;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=29;PP=699;ReadPosRankSum=0.548;SC=ACGGCACTTCAGGAGGCCGAG;SOR=0.584;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=78;TCF=23;TCR=55;TR=43;WE=89866168;WS=89866150;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,49:0.49:99
chr16	89869761	rs1800286	T	C	4629.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.611;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=488;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=70;NR=87;PP=2414;ReadPosRankSum=0.808;SC=TGAAAAACCATAAAACCAAAG;SOR=0.733;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=324;TCF=144;TCR=180;TR=157;WE=89869769;WS=89869751;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:245,233:0.49:478
chr16	89883007	rs1800282	A	T	660.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.62;BaseQRankSum=-0.701;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=10;PP=196;ReadPosRankSum=1.903;SC=GGAGTTCGGGACCCACGAGTC;SOR=0.743;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=43;TCF=22;TCR=21;TR=19;WE=89883015;WS=89882997;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,39:0.39:101
chr16	89902482	rs12598477	T	C	340.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=1.276;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.074;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=2;PP=169;ReadPosRankSum=-1.171;SC=GTTTAGGAGGTTAAGGCAGGA;SOR=1.270;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=32;TCF=24;TCR=8;TR=13;WE=89902490;WS=89902472;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,16:0.46:35
chr16	89911681	rs17719345	G	C	2144.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.432;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=224;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.121;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=22;PP=1187;ReadPosRankSum=0.115;SC=AGTGTTTATTGGGGTCCCGGG;SOR=0.912;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=156;TCF=101;TCR=55;TR=70;WE=89911689;WS=89911671;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:119,97:0.45:216
chr16	89922485	rs1105691	T	C	2789.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.029;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=306;ExcessHet=3.0103;FS=1.383;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.80;MQRankSum=-1.776;QD=9.46;ReadPosRankSum=-1.322;SOR=0.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:151,144:0.49:295
chr16	89925556	rs7200842	G	A	2916.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.332;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=314;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.876;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=35;PP=1132;ReadPosRankSum=0.226;SC=GCAGGGCCGCGTCTGGTGTGT;SOR=0.594;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=191;TCF=113;TCR=78;TR=83;WE=89925564;WS=89925546;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:164,146:0.47:310
chr16	89934833	rs145898020	C	T	407.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.215;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=9;PP=195;ReadPosRankSum=-0.493;SC=TTAGTAGCCTCGTGCCAAAAA;SOR=0.627;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=18;TCF=3;TCR=15;TR=11;WE=89934841;WS=89934823;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,17:0.74:23
chr16	89944842	.	A	AT	584.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.049;ClippingRankSum=0.000;DP=96;ExcessHet=3.0103;FS=4.524;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.11;MQRankSum=0.744;QD=7.40;ReadPosRankSum=-0.389;SOR=0.404;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:43,36:0.46:79
chr16	89952385	.	C	CGCCCTTCTCTGCGGCT	920.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.562;ClippingRankSum=0.000;DP=157;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.75;MQRankSum=4.429;QD=20.46;ReadPosRankSum=0.000;SOR=0.876;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,19:0.42:45
chr16	89964952	rs72813432	A	G	3293.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.441;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=272;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.495;HP=5;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=33;PP=1567;ReadPosRankSum=-0.043;SC=ATGTGGAACTATTTTGGATCT;SOR=0.499;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=185;TCF=124;TCR=61;TR=96;WE=89964960;WS=89964942;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:119,148:0.55:267
chr16	89973777	.	CTCCCAGT	C	2971	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;FR=0.5000;HP=1;HapScore=1;MGOF=37;MMLQ=24;MQ=58.9;NF=1;NR=66;PP=2971;QD=20;SC=CACCTCCCTCCTCCCAGTTCC;SbPval=0.97;Source=Platypus;TC=75;TCF=4;TCR=71;TR=67;WE=89973804;WS=89973767;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:8,67:0.89:75
chr16	89973796	.	A	G	1923	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;FR=0.5000;HP=3;HapScore=1;MGOF=37;MMLQ=27;MQ=60.12;NF=15;NR=56;PP=1923;QD=27.5742424302;SC=CCCAGCTCCCAGCTCCCACCT;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=79;TCF=19;TCR=60;TR=71;WE=89973804;WS=89973767;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:8,71:0.90:79
chr16	89977745	rs11538871	C	T	559.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.452;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.063;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=12;PP=233;ReadPosRankSum=0.956;SC=CTGAGTGTGTCGCTCCCTGGT;SOR=0.456;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=42;TCF=13;TCR=29;TR=19;WE=89977753;WS=89977735;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,31:0.46:68
chr16	89981303	.	G	T	495	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=26;MMLQ=25;MQ=57.4;NF=25;NR=2;PP=495;QD=19.6211560203;SC=ACATTTGTGTGTGTGTGCCTG;SbPval=0.97;Source=Platypus;TC=57;TCF=46;TCR=11;TR=27;WE=89981311;WS=89981293;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:30,27:0.47:57
chr16	89981345	.	T	TTG	1242	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MMLQ=23;MQ=58.29;NF=21;NR=15;PP=1242;QD=34.8055555556;SC=GGGTGCACATTTGTGTGTGTG;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=67;TCF=39;TCR=28;TR=36;WE=89981354;WS=89981333;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:31,36:0.54:67
chr16	89986144	rs1805008	C	T	4975.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.522;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=593;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.527;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=72;NR=66;PP=1987;ReadPosRankSum=-1.077;SC=GACCCTGCCGCGGGCGCGGCG;SOR=0.708;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=354;TCF=176;TCR=178;TR=138;WE=89986152;WS=89986134;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:336,252:0.43:588
chr16	90000044	rs77681059	C	T	5943.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.644;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=588;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.524;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=83;NR=109;PP=2777;ReadPosRankSum=1.486;SC=AAGCCCAGGTCGGTGGACGGG;SOR=0.607;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=388;TCF=164;TCR=224;TR=192;WE=90000052;WS=90000034;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:289,288:0.50:577
chr16	90000925	rs4396536	T	C	5833.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=61;NR=74;PP=2710;SC=TTCTCAAGACTCTGTCCAGAG;SOR=0.789;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=135;TCF=61;TCR=74;TR=135;WE=90000933;WS=90000915;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,216:1.00:216
chr16	90002290	rs1135425	T	C	476.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.090;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.509;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=14;PP=254;ReadPosRankSum=-0.476;SC=GGAGCCATCTTGCTGCCGACA;SOR=1.115;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=38;TCF=4;TCR=34;TR=15;WE=90002298;WS=90002280;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,23:0.47:49
chr16	90004868	rs56378598	C	T	3128.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.788;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=283;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.859;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=84;NR=30;PP=1869;ReadPosRankSum=0.950;SC=CTCGTGCCCTCGGTCTCTTGC;SOR=0.908;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=216;TCF=155;TCR=61;TR=114;WE=90004876;WS=90004858;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:134,140:0.51:274
chr16	90015247	rs183592656	T	A	110.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.702;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.62;ReadPosRankSum=-2.622;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,8:0.33:24
chr16	90015960	rs6500462	G	C	2758.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.202;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=366;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.384;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=35;PP=892;ReadPosRankSum=2.033;SC=CGCACACCGGGGTGACTTCTC;SOR=0.722;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=209;TCF=113;TCR=96;TR=78;WE=90015968;WS=90015950;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:217,149:0.41:366
chr16	90020861	rs7195043	C	T	1042.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.07;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr16	90027626	rs8063761	A	T	1740.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=9;NR=46;PP=1310;SC=TGCCTGCTTGATATCTTTAGG;SOR=3.037;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=55;TCF=9;TCR=46;TR=55;WE=90027634;WS=90027616;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr16	90028106	rs8048449	T	G	958.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=2.974;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=4;PP=747;ReadPosRankSum=-0.609;SC=GTGGGGTTTTTGTGAGGCAGG;SOR=0.553;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=70;TCF=62;TCR=8;TR=36;WE=90028114;WS=90028096;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,37:0.51:72
chr16	90030355	rs13330431	T	C	3895.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.05;SOR=1.276;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,144:1.00:144
chr16	90075412	rs2241084	T	C	190.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-0.037;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=8;PP=160;ReadPosRankSum=0.795;SC=GGAGAGAGTGTGCTGTGTCCT;SOR=1.022;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=19;TCF=4;TCR=15;TR=10;WE=90075420;WS=90075402;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,10:0.48:21
chr16	90102835	rs868045	A	G	2069.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.682;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=242;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=22;PP=1133;ReadPosRankSum=0.302;SC=TGAGGGACGAACTCGACTTGC;SOR=0.663;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=168;TCF=118;TCR=50;TR=71;WE=90102843;WS=90102825;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:140,99:0.41:239
chr16	90103087	rs4464078	C	T	3797.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.405;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=364;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.564;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=95;PP=2257;ReadPosRankSum=0.871;SC=AGCTCTCCACCCCAACACACC;SOR=0.889;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=268;TCF=85;TCR=183;TR=133;WE=90103095;WS=90103077;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:187,174:0.48:361
chr16	90103117	rs7498985	G	A	2708.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.009;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=263;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.017;HP=5;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=69;PP=1560;ReadPosRankSum=1.521;SC=TTATAAGATTGTTTGACAATG;SOR=0.793;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=180;TCF=48;TCR=132;TR=92;WE=90103125;WS=90103107;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:136,126:0.48:262
chr16	90103246	rs4374173	C	G	97.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-2.655;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=6;PP=83;ReadPosRankSum=1.204;SC=GAAGTGTGTTCTGGTTTGTAA;SOR=0.223;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=18;TCF=2;TCR=16;TR=7;WE=90103254;WS=90103236;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,6:0.33:18
chr16	90109711	rs3743825	A	G	6367.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=237;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=50;NR=98;PP=2965;SC=TCGGACAGACACTGGGCCAGG;SOR=1.228;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=148;TCF=50;TCR=98;TR=148;WE=90109719;WS=90109701;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,233:1.00:233
chr16	90109756	rs3833069	G	GC	950.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.411;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.148;HP=6;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQ=60.11;MQRankSum=1.158;NF=1;NR=25;PP=684;ReadPosRankSum=1.495;SC=CGACGTAGCTGCCCCCCTGGG;SOR=0.412;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=63;TCF=1;TCR=62;TR=26;WE=90109764;WS=90109746;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,41:0.44:94
chr16	90110027	rs3743824	G	A	1615.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=1.463;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.667;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=19;PP=1021;ReadPosRankSum=1.909;SC=CACAGTCGGCGGCACCTTCTC;SOR=0.593;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=114;TCF=80;TCR=34;TR=62;WE=90110035;WS=90110017;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,74:0.52:141
chr16	90110283	.	C	T	4322.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.718;ClippingRankSum=0.000;DP=407;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.096;HP=4;HapScore=3;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=72;NR=75;PP=2962;ReadPosRankSum=0.582;SC=AGCCAGCGTGCGGGAACGGGC;SOR=0.653;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=278;TCF=142;TCR=136;TR=147;WE=90110297;WS=90110273;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:189,209:0.53:398
chr16	90110289	rs1048148	C	A	4066.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=3.107;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=407;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.623;HP=3;HapScore=3;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=68;NR=60;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.685;SC=CGTGCGGGAACGGGCAGGCAG;SOR=0.702;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=274;TCF=139;TCR=135;TR=128;WE=90110297;WS=90110273;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:207,191:0.48:398
chr16	90110950	rs1048149	C	T	2967.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.492;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=344;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=41;PP=1022;ReadPosRankSum=0.490;SC=CCTCTTCCTCCAGTAGCCCTC;SOR=0.679;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=202;TCF=98;TCR=104;TR=79;WE=90110958;WS=90110940;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:194,150:0.44:344
chr16	90126993	rs150196149	A	G	3821.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.061;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=408;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.339;NF=67;NR=75;PP=1991;ReadPosRankSum=2.135;SC=GAAGGCCACCAGGTTCTGCTC;SOR=0.658;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=295;TCF=138;TCR=157;TR=142;WE=90127001;WS=90126983;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:215,188:0.47:403
chr16	90128224	rs2077426	C	G	1372.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.638;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.352;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=17;PP=817;ReadPosRankSum=1.879;SC=CAGAGCTAACCATGTTATCCC;SOR=1.074;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=110;TCF=73;TCR=37;TR=56;WE=90128232;WS=90128214;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,67:0.51:131
chr16	90133137	rs16966444	G	T	2186.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-2.174;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=244;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.080;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=26;PP=1311;ReadPosRankSum=0.582;SC=AATGATGATGGCAGACACTGC;SOR=0.603;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=193;TCF=140;TCR=53;TR=90;WE=90133145;WS=90133127;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:135,105:0.44:240
chr16	90141355	rs12925933	A	C	4264.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=1.195;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=459;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.517;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.514;NF=62;NR=52;PP=1721;ReadPosRankSum=-1.475;SC=CTTCATCGGAATCTTCTGTGT;SOR=0.725;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=257;TCF=135;TCR=122;TR=114;WE=90141363;WS=90141345;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:243,214:0.47:457
chr16	90141477	rs7196459	T	G	2025.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.656;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.727;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=44;PP=1113;ReadPosRankSum=1.420;SC=AGAGCTGGGATGAGGAACAAA;SOR=0.451;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=122;TCF=37;TCR=85;TR=68;WE=90141485;WS=90141467;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,93:0.54:171
chr16	90142087	rs35256427	G	A	3960.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=2.973;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=427;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=2.089;NF=92;NR=48;PP=2215;ReadPosRankSum=1.221;SC=CAGAGCAGTCGCTGATGCTAG;SOR=0.683;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=300;TCF=197;TCR=103;TR=140;WE=90142095;WS=90142077;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:218,188:0.46:406
chr16	90161065	rs8051193	A	T	1334.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.057;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-3.098;NF=32;NR=16;PP=736;ReadPosRankSum=1.110;SC=GCGGGCGAGGACTGGGGTGCG;SOR=0.661;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=89;TCF=59;TCR=30;TR=48;WE=90161073;WS=90161055;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,62:0.57:109
chr17	6115	rs61739713	G	C	7092.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=283;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=68;NR=83;PP=2359;SC=TGTACTTGAGGGAGATGAGGA;SOR=0.797;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=151;TCF=68;TCR=83;TR=151;WE=6123;WS=6105;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,280:1.00:280
chr17	6157	rs2294076	A	G	5096.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=48;NR=75;PP=2284;SC=ACTTGTCTTCAGTCTTGTCCA;SOR=1.022;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=123;TCF=48;TCR=75;TR=123;WE=6165;WS=6147;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,194:1.00:194
chr17	11743	rs34663111	A	G	246.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=0;PP=117;SC=CAAGCCCCCAAGCTGGAGTTG;SOR=2.093;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=5;TCR=0;TR=5;WE=11751;WS=11733;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr17	11830	rs62054999	A	G	1203.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=26;NR=9;PP=781;SC=GGGTGGGAGTAGGGGTTGGGG;SOR=2.093;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=35;TCF=26;TCR=9;TR=35;WE=11838;WS=11820;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr17	13905	rs6565705	G	A	4014.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=63;NR=42;PP=2015;SC=GGGCAGGCCTGGGTGGAACCC;SOR=0.992;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=107;TCF=63;TCR=44;TR=105;WE=13913;WS=13895;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,150:1.00:150
chr17	14008	rs2294075	G	C	6009.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=224;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=62;NR=78;PP=2689;SC=GGGCAGAGAAGAGCAAACGGT;SOR=0.865;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=141;TCF=62;TCR=79;TR=140;WE=14016;WS=13998;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,224:1.00:224
chr17	22211	rs2294074	G	A	503.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=14;NR=2;PP=344;SC=CCCACACAGCGCAGACATCCA;SOR=2.833;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=16;TCF=14;TCR=2;TR=16;WE=22219;WS=22201;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr17	69317	.	C	CTTTTTTTTT	486.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.30;QD=40.56;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr17	131516	rs12942829	C	A	731.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=13;NR=9;PP=584;SC=GAGGGCATATCCAGCCCACTC;SOR=1.022;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=22;TCF=13;TCR=9;TR=22;WE=131524;WS=131506;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr17	171098	rs73971738	T	G	5858.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.825;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=235;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=86;NR=68;PP=2611;ReadPosRankSum=1.356;SC=CGAGCCGCTCTGCCCTCTGGA;SOR=0.473;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=155;TCF=87;TCR=68;TR=154;WE=171106;WS=171088;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,232:0.99:235
chr17	171137	rs78269977	C	A	6354.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.597;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=251;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=78;NR=72;PP=2800;ReadPosRankSum=0.691;SC=CCACCTCCGCCGGGCTGAGGT;SOR=0.393;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=151;TCF=79;TCR=72;TR=150;WE=171145;WS=171127;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,245:0.99:248
chr17	177359	rs67434950	G	T	4679.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=46;NR=63;PP=2057;SC=GGCTGGGGGTGGGGAGTCACA;SOR=0.914;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=110;TCF=46;TCR=64;TR=109;WE=177367;WS=177349;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,178:1.00:178
chr17	181474	rs12953074	T	C	7361.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.677;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=289;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=98;NR=64;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.850;SC=GAGGGCCTCATCAGCCGACCC;SOR=0.953;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=162;TCF=98;TCR=64;TR=162;WE=181482;WS=181464;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,283:0.99:285
chr17	181674	rs76348932	T	C	3345.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=27;NR=65;PP=1535;SC=CCATTTGTCCTGGACAAAAAT;SOR=1.503;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=92;TCF=27;TCR=65;TR=92;WE=181682;WS=181664;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chr17	182990	.	A	C	1468	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;FR=1.0000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MMLQ=24;MQ=56.4;NF=19;NR=58;PP=1468;QD=19.5165092539;SC=GACACAGAGAAGGCCATTAGA;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=79;TCF=20;TCR=59;TR=77;WE=182998;WS=182980;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:2,77:0.97:79
chr17	260142	rs7503725	G	T	531.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=2;PP=263;SC=CCATGGAGACGCGTGGCCCTG;SOR=1.981;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=10;TCR=2;TR=12;WE=260150;WS=260132;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr17	260182	rs7502594	T	C	1080.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=37;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=21;NR=8;PP=494;SC=GAGTCGCCGATTAGTCGGCAT;SOR=1.609;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=30;TCF=21;TCR=9;TR=29;WE=260190;WS=260172;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr17	260248	rs374291590	C	T	1963.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=31;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=35;NR=15;PP=961;SC=GCGGCTGGACCGCCGCGGTGG;SOR=1.712;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=50;TCF=35;TCR=15;TR=50;WE=260256;WS=260238;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr17	260299	rs4581766	G	A	3007.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=57;NR=27;PP=1693;SC=CGGCGAGGAGGAGGAGCGGGA;SOR=1.786;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=87;TCF=57;TCR=30;TR=84;WE=260307;WS=260289;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr17	263294	rs35229416	C	G	1108.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=26;PP=783;SC=CCGACCCCGACGCCCTCAAGG;SOR=1.845;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=38;TCF=11;TCR=27;TR=37;WE=263302;WS=263284;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr17	295585	.	TA	T	135.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.468;ClippingRankSum=0.000;DP=102;ExcessHet=3.0103;FS=2.006;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.37;ReadPosRankSum=-0.316;SOR=0.473;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:75,24:0.24:99
chr17	504978	rs10521105	C	G	1428.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=41;NR=11;PP=962;SC=GCAAGCAGACCGATTTTCAGA;SOR=2.480;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=52;TCF=41;TCR=11;TR=52;WE=504986;WS=504968;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr17	505162	rs4968055	A	G	3755.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=38;NR=59;PP=1912;SC=GAGAAAGAGAAGTGTTTTCTG;SOR=1.085;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=97;TCF=38;TCR=59;TR=97;WE=505170;WS=505152;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,142:1.00:142
chr17	505250	rs4968092	A	G	1051.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=8;NR=25;PP=745;SC=GCTATCTGATAAAGAAGAACT;SOR=2.179;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=8;TCR=25;TR=33;WE=505258;WS=505240;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr17	600502	rs2657633	C	T	887.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=20;NR=4;PP=521;SC=AGGGACAGCACGTGGCTGCTG;SOR=2.165;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=20;TCR=4;TR=24;WE=600510;WS=600492;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr17	602469	rs2543781	G	C	1004.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=24;NR=5;PP=673;SC=TGGCAAACTTGAGATTTCAGT;SOR=2.833;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=30;TCF=24;TCR=6;TR=29;WE=602477;WS=602459;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr17	636266	rs141977343	A	AGGGCC	1860.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.143;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.677;HP=3;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=27;PP=889;ReadPosRankSum=-0.206;SC=GTCAGGCCGAAGGGCCGGGCC;SOR=1.712;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=50;TCF=21;TCR=29;TR=48;WE=636285;WS=636256;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,70:0.97:72
chr17	636320	rs111405529	T	TCTC	8172.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=33;NR=52;PP=2969;SC=CGCGCGCTGTTCTCTCCGCCC;SOR=1.018;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=88;TCF=36;TCR=52;TR=85;WE=636328;WS=636310;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,182:1.00:182
chr17	648157	rs1045481	G	A	1414.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.795;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=15;PP=775;ReadPosRankSum=-1.372;SC=CTTCAGGGCCGATGCCCTCAG;SOR=1.101;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=45;TCF=29;TCR=16;TR=43;WE=648165;WS=648147;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,56:0.97:58
chr17	648498	rs2740349	C	T	3970.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=50;NR=47;PP=2108;SC=GGAAGCCAATCACGACAGCTA;SOR=0.776;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=97;TCF=50;TCR=47;TR=97;WE=648506;WS=648488;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,148:1.00:148
chr17	649505	rs4968104	T	A	6566.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=2.135;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=252;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.099;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=87;NR=80;PP=2965;ReadPosRankSum=2.009;SC=GGGACCCTGCTCTTCCACAAA;SOR=0.301;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=168;TCF=87;TCR=81;TR=167;WE=649513;WS=649495;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,246:1.00:247
chr17	649935	rs2740348	G	C	9473.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=349;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=108;NR=95;PP=2965;SC=AAGTCTGGCTGTCGGAAGAGG;SOR=0.771;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=204;TCF=108;TCR=96;TR=203;WE=649943;WS=649925;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,345:1.00:345
chr17	673895	rs2644706	C	G	841.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=23;PP=620;SC=CTAGTCCACACTTTCCTGTGT;SOR=1.839;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=8;TCR=23;TR=31;WE=673903;WS=673885;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr17	680299	rs2273453	T	C	3110.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=19;NR=79;PP=1936;SC=AGAGAACTACTGGGCACAGAG;SOR=2.697;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=98;TCF=19;TCR=79;TR=98;WE=680307;WS=680289;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr17	685752	rs2249542	G	A	6047.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=70;NR=84;PP=2965;SC=TTTCCTTCCGGAGAGGTGGTG;SOR=0.818;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=154;TCF=70;TCR=84;TR=154;WE=685760;WS=685742;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,219:1.00:219
chr17	686589	rs35144249	C	CT	602.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.347;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FS=1.087;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.22;ReadPosRankSum=0.609;SOR=1.025;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,40:0.68:59
chr17	704480	rs570710	C	A	415.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=10;PP=255;SC=CCTGAAGAGCCGGCGTTTCCC;SOR=2.985;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=1;TCR=11;TR=11;WE=704488;WS=704470;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr17	707174	rs610542	C	G	201.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=6;PP=158;SC=CGGAAATGAACTTCCCCTTGG;SOR=2.584;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=1;TCR=6;TR=7;WE=707182;WS=707164;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr17	722478	rs78598486	G	A	297.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=1;PP=159;SC=GAGCTGCCATGCCCGGCCTGA;SOR=1.802;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=6;TCR=1;TR=7;WE=722486;WS=722468;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr17	725433	rs503779	C	T	870.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=8;PP=528;SC=GCAGGAGAATCGCTTGAACCC;SOR=1.839;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=27;TCF=19;TCR=8;TR=26;WE=725441;WS=725423;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr17	725727	rs61197180	G	A	2054.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=16;NR=40;PP=1167;SC=GACCCGCTGCGTCACGCTGCT;SOR=1.578;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=56;TCF=16;TCR=40;TR=56;WE=725735;WS=725717;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr17	799959	rs138299244	G	A	3253.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.976;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=33;PP=1895;ReadPosRankSum=-0.679;SC=ATTGACAGATGACATCTGTTT;SOR=0.520;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=95;TCF=62;TCR=33;TR=94;WE=799967;WS=799949;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,120:0.99:121
chr17	909451	rs2586306	A	T	604.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=16;PP=406;SC=TCCCTGTCCTAGGCCTCGTCC;SOR=2.303;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=4;TCR=16;TR=20;WE=909459;WS=909441;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr17	910401	rs2586305	G	A	1227.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.869;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=3.650;NF=33;NR=7;PP=923;ReadPosRankSum=-0.675;SC=CGGTGCCAGGGTACCTGCGCC;SOR=1.262;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=41;TCF=34;TCR=7;TR=40;WE=910409;WS=910391;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,44:0.98:45
chr17	910636	rs2586304	A	G	1225.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=32;PP=924;SC=CGCTGTGGGAACTCCTGAAGG;SOR=2.726;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=6;TCR=32;TR=38;WE=910644;WS=910626;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr17	915368	rs333652	A	G	8997.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=327;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=112;NR=118;PP=2965;SC=AGGGCAGAGAAAGAGGCCACC;SOR=0.718;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=231;TCF=112;TCR=119;TR=230;WE=915376;WS=915358;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,318:1.00:318
chr17	925764	rs2663345	A	G	2649.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=54;NR=23;PP=1627;SC=CGTCAACGTGACTGCTCCGAG;SOR=1.711;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=77;TCF=54;TCR=23;TR=77;WE=925772;WS=925754;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr17	953456	rs2257540	C	T	2952.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=17;NR=67;PP=1876;SC=CCTGAACCTCCGAAGCTGGGA;SOR=2.494;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=84;TCF=17;TCR=67;TR=84;WE=953464;WS=953446;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr17	954003	rs11653072	C	G	880.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=18;PP=501;SC=CATCTTGGCTCTCTCCTCCCT;SOR=1.911;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=23;TCF=5;TCR=18;TR=23;WE=954011;WS=953993;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr17	960221	rs2304959	C	G	6313.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=239;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=94;NR=69;PP=2965;SC=TGGGCCACCTCTGGTTCCCGA;SOR=0.918;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=164;TCF=94;TCR=70;TR=163;WE=960229;WS=960211;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,234:1.00:234
chr17	961149	rs9912632	T	A	936.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=19;NR=12;PP=575;SC=CGCTTAGAAATACAAAAGGCC;SOR=1.148;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=31;TCF=19;TCR=12;TR=31;WE=961157;WS=961139;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr17	961304	rs2260448	C	A	1232.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=17;PP=522;SC=AGGAGATAAGCATAAAGTGGG;SOR=0.823;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=32;TCF=13;TCR=19;TR=30;WE=961312;WS=961294;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr17	961900	rs2304961	G	A	617.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=5;PP=382;SC=TTTCCGGTTCGTACAGGTCAG;SOR=1.931;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=21;TCF=15;TCR=6;TR=20;WE=961908;WS=961890;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr17	970251	rs2258097	TG	CA	2374.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;JOINED;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.81;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr17	970413	rs2262150	C	T	2137.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.02;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr17	976711	rs2258893	T	C	3176.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=65;NR=24;PP=1761;SC=CCTGGCGGCATGGATACCGCG;SOR=1.781;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=89;TCF=65;TCR=24;TR=89;WE=976719;WS=976701;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr17	986742	rs2257468	A	G	2615.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=38;NR=31;PP=1279;SC=CAGGGTGGCTATGTGGGGAGC;SOR=0.866;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=69;TCF=38;TCR=31;TR=69;WE=986750;WS=986732;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr17	1012447	rs138356399	T	C	973.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=46;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=23;PP=521;SC=GACCCGGGACTGCATCCCGGA;SOR=2.494;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=26;TCF=3;TCR=23;TR=26;WE=1012455;WS=1012437;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr17	1083083	rs62070499	A	G	2229.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.349;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FS=5.714;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=27.19;ReadPosRankSum=0.393;SOR=2.072;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,81:0.99:82
chr17	1183354	rs6502774	T	C	8999.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=347;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=122;NR=83;PP=2965;SC=TCCGCCGCATTCCTGGACCTG;SOR=0.967;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=206;TCF=122;TCR=84;TR=205;WE=1183362;WS=1183344;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,335:1.00:335
chr17	1183464	rs6502776	A	G	12138.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-1.648;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=473;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=165;NR=139;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.690;SC=GGAGCAGAACAGCCAGGGCCT;SOR=0.274;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=305;TCF=166;TCR=139;TR=304;WE=1183472;WS=1183454;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,461:1.00:462
chr17	1264611	rs140254754	TA	T	925.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.054;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.19;MQRankSum=0.896;QD=9.95;ReadPosRankSum=0.194;SOR=0.658;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,71:0.76:93
chr17	1265325	rs3752827	T	A	2982.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=28;NR=43;PP=1394;SC=AAATTTTTTTTAAATCAGATT;SOR=0.905;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=72;TCF=29;TCR=43;TR=71;WE=1265333;WS=1265315;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr17	1359363	rs2229075	T	G	9259.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=352;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=96;NR=111;PP=2965;SC=CGACTCAACCTCCCCCAGTAC;SOR=0.801;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=208;TCF=96;TCR=112;TR=207;WE=1359371;WS=1359353;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,350:1.00:350
chr17	1370459	rs2302459	T	C	2065.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=35;NR=17;PP=918;SC=GTGAGGTGCCTGGGCTCTGCC;SOR=1.329;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=52;TCF=35;TCR=17;TR=52;WE=1370467;WS=1370449;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr17	1370720	rs2302457	C	T	4821.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-2.411;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=69;PP=2521;ReadPosRankSum=0.123;SC=CCTGGGTGCCCACACAGCCCC;SOR=0.929;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=132;TCF=61;TCR=71;TR=127;WE=1370728;WS=1370710;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,186:0.99:188
chr17	1371088	rs8069059	T	C	444.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=40.43;SOR=2.494;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr17	1371123	rs8072859	T	C	1249.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=31.24;SOR=1.292;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr17	1371473	rs8079811	C	G	3991.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=43;NR=60;PP=2110;SC=GGCTCCGCCCCTGCCCTGACC;SOR=0.982;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=103;TCF=43;TCR=60;TR=103;WE=1371481;WS=1371463;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,147:1.00:147
chr17	1371818	rs8080389	C	T	3612.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.26;SOR=0.956;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,143:1.00:143
chr17	1372987	rs9303175	T	G	7773.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=287;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=61;NR=113;PP=2965;SC=TGCTACTGCATCCTTTGGATA;SOR=1.127;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=174;TCF=61;TCR=113;TR=174;WE=1372995;WS=1372977;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,284:1.00:284
chr17	1373518	rs9905106	T	C	2884.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=33;NR=26;PP=949;SC=CAGGACATTCTGGGGCAGCTG;SOR=0.936;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=62;TCF=33;TCR=29;TR=59;WE=1373526;WS=1373508;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr17	1373612	rs8081370	C	T	2563.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=44;NR=13;PP=1110;SC=TGGCGCAGGACGAAGCCTCGG;SOR=2.441;SbPval=0.98;Source=Platypus;TC=74;TCF=44;TCR=30;TR=57;WE=1373620;WS=1373602;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr17	1377878	rs2286871	T	C	5688.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.88;SOR=0.902;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr17	1377884	rs2286872	C	T	5838.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.93;SOR=0.883;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,136:1.00:136
chr17	1381005	rs2286876	T	C	840.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=5;NR=19;PP=548;SC=TCACAGGGAGTCTCCACAGAG;SOR=2.226;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=5;TCR=19;TR=24;WE=1381013;WS=1380995;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr17	1384066	rs4790518	A	G	11385.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=435;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=126;NR=130;PP=2965;SC=TCTCCTCCTCACCCCCCTCCA;SOR=0.698;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=256;TCF=126;TCR=130;TR=256;WE=1384074;WS=1384056;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,433:1.00:433
chr17	1387334	.	C	CA	106.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.409;ClippingRankSum=0.000;DP=127;ExcessHet=3.0103;FS=0.941;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.09;MQRankSum=1.756;QD=0.91;ReadPosRankSum=0.117;SOR=0.511;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:93,24:0.21:117
chr17	1412455	rs5818804	GC	G	755.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=4;PP=665;SC=GGAACGGTCTGCCAGACCCAG;SOR=2.833;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=12;TCR=4;TR=16;WE=1412463;WS=1412445;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr17	1419853	rs3815465	C	A	1341.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=10;NR=23;PP=703;SC=CAGCGGGTCCCGGCCAGAGCA;SOR=1.345;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=10;TCR=23;TR=33;WE=1419861;WS=1419843;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr17	1424948	rs2277669	A	G	1850.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=31;PP=977;SC=ATCTGGAACAAAAAAAGCAGG;SOR=1.318;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=48;TCF=17;TCR=31;TR=48;WE=1424956;WS=1424938;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr17	1456318	rs2230463	G	A	4153.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=69;NR=43;PP=1924;SC=GGTAGATCTTGTGTGTGTACT;SOR=0.972;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=114;TCF=69;TCR=45;TR=112;WE=1456326;WS=1456308;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,160:1.00:160
chr17	1480088	rs7222193	G	A	848.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=21;PP=619;SC=TGGTGACCCCGGGCTGCACCG;SOR=4.255;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=24;TCF=2;TCR=22;TR=22;WE=1480096;WS=1480078;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr17	1489088	rs4790208	C	G	5327.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=71;NR=54;PP=2385;SC=GCTCCGGGAGCAGCTGGAGTG;SOR=0.875;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=125;TCF=71;TCR=54;TR=125;WE=1489096;WS=1489078;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,201:1.00:201
chr17	1490379	rs143498029	A	ACACTGCGTTTCCCG	2281.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=32;PP=2967;SC=TGCATTTCCCACACTGCGTTT;SOR=1.567;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=43;TCF=2;TCR=41;TR=33;WE=1490387;WS=1490369;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr17	1490409	rs8078582	T	C	1107.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.65;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.9999;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=471;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=21;PP=413;SC=CATTTCCCACTAAGCGTGACT;SOR=2.494;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=24;TCF=3;TCR=21;TR=24;WE=1490417;WS=1490399;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr17	1493972	rs7210368	T	G	621.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=36;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=17;NR=4;PP=397;SC=GGCAGACAGCTCCTGGGATGC;SOR=2.494;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=21;TCF=17;TCR=4;TR=21;WE=1493980;WS=1493964;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr17	1493999	rs7406591	G	C	1015.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=33;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=23;NR=6;PP=613;SC=TCCATGGCCCGGCTGGCCCGG;SOR=2.649;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=23;TCR=6;TR=29;WE=1494007;WS=1493989;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr17	1494027	rs4790668	T	C	1612.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=32;NR=11;PP=957;SC=TAACACATTCTGGCCGGTGGC;SOR=1.919;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=43;TCF=32;TCR=11;TR=43;WE=1494035;WS=1494017;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr17	1494567	rs12953268	G	A	3267.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=60;NR=25;PP=1924;SC=GGGTACCTGCGGCATCCGGCT;SOR=1.650;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=85;TCF=60;TCR=25;TR=85;WE=1494575;WS=1494557;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr17	1495028	rs55748456	A	G	124.87	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.97;SOR=3.611;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr17	1495029	.	G	GA	93.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.7951;FS=0.000;HP=4;HapScore=3;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=0;PP=310;ReadPosRankSum=1.150;SC=GGGGGGGGGAGGGGGCAGAGT;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=4;TCR=3;TR=3;WE=1495037;WS=1495018;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,3:0.75:4
chr17	1516267	rs7214201	A	G	404.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.422;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.38;ReadPosRankSum=0.105;SOR=1.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,31:0.79:39
chr17	1516480	rs7219369	T	C	4627.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=52;NR=52;PP=1884;SC=TTAAAAAATCTGTACTCACTG;SOR=0.727;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=104;TCF=52;TCR=52;TR=104;WE=1516488;WS=1516470;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,177:1.00:177
chr17	1530897	rs5018812	T	G	462.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=23;NR=14;PP=685;SC=TCTGATACCCTAGAGGCACTG;SOR=2.833;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=39;TCF=24;TCR=15;TR=37;WE=1530905;WS=1530887;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr17	1538546	rs4790250	C	T	6396.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=79;NR=82;PP=2965;SC=ACTGTCCGGCCACCAAGTGGG;SOR=0.727;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=161;TCF=79;TCR=82;TR=161;WE=1538554;WS=1538536;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,236:1.00:236
chr17	1538628	rs3744644	C	G	5546.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=94;NR=78;PP=2965;SC=CTTCTGCTTCCTCTGGGCCTG;SOR=0.869;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=172;TCF=94;TCR=78;TR=172;WE=1538636;WS=1538618;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,207:1.00:207
chr17	1542153	rs2272012	G	A	5819.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=68;NR=61;PP=2450;SC=AGCAGGCAAGGCCCAGGAAGA;SOR=0.789;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=129;TCF=68;TCR=61;TR=129;WE=1542161;WS=1542143;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,216:1.00:216
chr17	1542190	rs2272011	G	A	5766.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=64;NR=65;PP=2302;SC=AAGGCTGCCCGCGATGAGGGC;SOR=0.702;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=130;TCF=64;TCR=66;TR=129;WE=1542198;WS=1542180;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,217:1.00:217
chr17	1550438	.	A	AT	73.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.337;ClippingRankSum=0.000;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=2.840;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.95;ReadPosRankSum=0.749;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,9:0.36:25
chr17	1578768	rs141105551	G	A	714.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=10;NR=12;PP=554;SC=TTGACTATGGGCTTTTCCTCA;SOR=0.776;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=22;TCF=10;TCR=12;TR=22;WE=1578776;WS=1578758;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr17	1611433	rs4790809	A	G	3917.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=26;NR=60;PP=1848;SC=GCAAGCAGGCAGAGTTCAGTT;SOR=1.345;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=87;TCF=26;TCR=61;TR=86;WE=1611441;WS=1611423;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,143:1.00:143
chr17	1613203	.	T	TG	581.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.686;ClippingRankSum=0.000;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.203;HP=9;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.426;NF=7;NR=17;PP=507;ReadPosRankSum=1.357;SC=GGTGGGGACATGGGGGGGGGC;SOR=0.499;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=33;TCF=11;TCR=22;TR=24;WE=1613211;WS=1613193;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,23:0.96:24
chr17	1619815	rs62090014	T	C	7017.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=254;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=131;NR=45;PP=2965;SC=AAGCGCTACGTCAAACGAGAG;SOR=1.738;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=177;TCF=131;TCR=46;TR=176;WE=1619823;WS=1619805;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,248:1.00:248
chr17	1630992	rs9912287	G	A	12258.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-2.938;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=464;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=140;NR=187;PP=2965;ReadPosRankSum=0.002;SC=GCGCGGTGCTGAAGGACATCA;SOR=0.538;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=334;TCF=142;TCR=192;TR=327;WE=1631000;WS=1630982;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,449:0.99:452
chr17	1631340	rs35048651	TGAG	T	6756.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.773;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.290;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.303;NF=34;NR=58;PP=2978;ReadPosRankSum=0.912;SC=CAGGGGCTGCTGAGGAGGAGG;SOR=0.666;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=115;TCF=44;TCR=71;TR=92;WE=1631350;WS=1631330;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,156:0.98:159
chr17	1636950	rs11657394	C	A	6980.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.987;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=269;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=98;NR=74;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.704;SC=GGCACCGGGCCCGAGTGGGAC;SOR=0.321;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=174;TCF=100;TCR=74;TR=172;WE=1636958;WS=1636940;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,259:1.00:260
chr17	1637302	rs3809872	A	G	13489.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=0.824;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=506;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=134;NR=154;PP=2965;ReadPosRankSum=0.174;SC=TGGCACCCCTAAGCAGCGAGG;SOR=0.768;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=292;TCF=135;TCR=157;TR=288;WE=1637310;WS=1637292;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,494:1.00:496
chr17	1637458	rs8065251	G	A	7370.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.804;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=279;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=73;NR=110;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.178;SC=TTGAGGCCCCGCAGCACGTGG;SOR=1.054;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=183;TCF=73;TCR=110;TR=183;WE=1637466;WS=1637448;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,275:0.99:277
chr17	1639458	rs11549259	A	G	3534.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=40;NR=49;PP=1500;SC=ACACCCGCACAGGCCTGGTTC;SOR=0.799;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=89;TCF=40;TCR=49;TR=89;WE=1639466;WS=1639448;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,137:1.00:137
chr17	1640640	rs62090051	C	G	6265.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.259;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=236;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=5.813;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=120;NR=48;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.843;SC=CCTGCTGAGGCTCTCCTCTCC;SOR=1.492;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=171;TCF=121;TCR=50;TR=168;WE=1640648;WS=1640630;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,223:0.99:226
chr17	1640793	rs8077638	C	T	15967.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-2.327;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=627;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=175;NR=192;PP=2965;ReadPosRankSum=1.638;SC=TGTACGGCAGCGAGGTGGTCA;SOR=0.281;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=368;TCF=176;TCR=192;TR=367;WE=1640801;WS=1640783;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,609:1.00:610
chr17	1641035	rs2287322	A	G	1937.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=41;PP=1230;SC=GCGCGTGTCCACTCACCCTGT;SOR=1.911;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=56;TCF=15;TCR=41;TR=56;WE=1641043;WS=1641025;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr17	1648502	rs2070863	C	T	2042.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.270;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=22;PP=1054;ReadPosRankSum=1.013;SC=GCCCTTGGGCCGGCAGGTACT;SOR=0.898;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=57;TCF=27;TCR=30;TR=48;WE=1648510;WS=1648492;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,73:0.97:75
chr17	1649238	rs35388948	TG	T	9581.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.979;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=288;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=33;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQ=60.08;MQRankSum=0.193;NF=12;NR=105;PP=2951;ReadPosRankSum=-0.346;SC=CCAAGAGAGCTGGGAGGCCAG;SOR=1.057;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=118;TCF=12;TCR=106;TR=117;WE=1649246;WS=1649228;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,273:0.99:277
chr17	1649259	rs7503952	G	C	5961.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.130;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=26.15;ReadPosRankSum=-0.516;SOR=1.138;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:4,224:0.98:228
chr17	1649267	rs7501729	A	G	9560.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.824;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=44.68;ReadPosRankSum=0.305;SOR=1.168;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,212:0.99:214
chr17	1651780	rs2277695	A	G	1840.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=55;NR=6;PP=1351;SC=TGGGTGGGACAGGCAACGGGC;SOR=3.816;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=61;TCF=55;TCR=6;TR=61;WE=1651788;WS=1651770;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr17	1657653	rs1057335	G	A	21512.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.939;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=842;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=261;NR=277;PP=2965;ReadPosRankSum=3.041;SC=GGCAGCGTGAGGAACCCCAAC;SOR=0.725;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=545;TCF=267;TCR=278;TR=538;WE=1657661;WS=1657643;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:6,827:0.99:833
chr17	1657899	rs1057355	G	T	2776.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=19;NR=61;PP=1752;SC=CTTTCCAACCGGCTTTGTGGC;SOR=2.054;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=81;TCF=19;TCR=62;TR=80;WE=1657907;WS=1657889;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr17	1673104	rs11658342	G	A	3729.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=59;NR=25;PP=1778;SC=GCATCTCTGCGAGTCCCTGAA;SOR=1.352;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=84;TCF=59;TCR=25;TR=84;WE=1673112;WS=1673094;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,138:1.00:138
chr17	1673276	rs1136287	C	T	7467.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=290;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=74;NR=100;PP=2965;SC=CGATCCAGCACGAGCCCCACG;SOR=0.890;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=174;TCF=74;TCR=100;TR=174;WE=1673284;WS=1673266;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,286:1.00:286
chr17	1674544	rs71375537	CT	C	49.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.717;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=3.581;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.18;ReadPosRankSum=0.036;SOR=1.550;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,13:0.31:42
chr17	1675127	rs4274474	C	T	518.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=2;PP=406;SC=TGCTTGTCGTCGAGTCTCATA;SOR=3.258;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=13;TCR=2;TR=15;WE=1675135;WS=1675123;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr17	1675451	rs5008943	T	C	761.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=22;PP=621;SC=TACTCTGTAGTCCTAACTGGA;SOR=4.091;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=24;TCF=2;TCR=22;TR=24;WE=1675459;WS=1675441;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr17	1678256	rs2269344	G	C	827.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=17;NR=8;PP=459;SC=TCCCTTGAGTGGGGCAATTTT;SOR=1.536;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=17;TCR=8;TR=25;WE=1678264;WS=1678246;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr17	1679805	rs2071022	A	G	2043.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=47;NR=16;PP=1241;SC=GACTAACCACATGCTTTCTCA;SOR=1.863;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=64;TCF=48;TCR=16;TR=63;WE=1679813;WS=1679795;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr17	1680002	rs6828	T	C	5522.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=55;NR=69;PP=2220;SC=AGCTGAGTTATGAAGGCGAAG;SOR=0.866;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=124;TCF=55;TCR=69;TR=124;WE=1680010;WS=1679992;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,211:1.00:211
chr17	1684772	rs7224977	T	C	1941.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.526;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=29;PP=777;ReadPosRankSum=0.405;SC=TTCACTGATTTGTGAGGCAAA;SOR=0.570;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=51;TCF=20;TCR=31;TR=48;WE=1684780;WS=1684762;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,79:0.96:82
chr17	1686410	rs9902398	T	C	1778.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=23;NR=21;PP=826;SC=CTCCACCACGTAGAGACTCCT;SOR=0.752;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=44;TCF=23;TCR=21;TR=44;WE=1686418;WS=1686400;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr17	1686600	rs12149986	G	A	1162.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=22;NR=12;PP=737;SC=GGGCCACGGCGAAGTGCCCAC;SOR=1.206;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=22;TCR=12;TR=34;WE=1686608;WS=1686590;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr17	1687796	rs3815612	A	G	609.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=17;PP=470;SC=TGCCAGGGTCAGTTATCAACA;SOR=2.636;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=21;TCF=4;TCR=17;TR=21;WE=1687804;WS=1687786;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr17	1690302	rs68098051	CAA	C	2616.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=1.076;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.260;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.257;NF=0;NR=38;PP=1949;ReadPosRankSum=1.271;SC=ATATTGAAAGCAAGAGAGAGT;SOR=2.105;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=47;TCF=0;TCR=47;TR=38;WE=1690313;WS=1690292;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,68:0.97:70
chr17	1690305	rs117380376	G	T	2625.77	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-1.869;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.243;NF=8;NR=38;PP=1348;ReadPosRankSum=0.327;SC=TTGAAAGCAAGAGAGAGTCAA;SOR=1.030;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=53;TCF=11;TCR=42;TR=46;WE=1690313;WS=1690292;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,68:0.99:69
chr17	1704296	rs7224496	C	A	3663.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=32;NR=46;PP=1521;SC=TGTCTGTGCTCTGTTAATGTC;SOR=0.941;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=78;TCF=32;TCR=46;TR=78;WE=1704304;WS=1704286;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,142:1.00:142
chr17	1707762	rs8067685	A	G	557.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=17;NR=3;PP=388;SC=ATGAGCGCCCAGTCCGACTTT;SOR=3.160;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=17;TCR=3;TR=20;WE=1707770;WS=1707752;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr17	1715435	rs7503422	G	A	1950.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=15;NR=33;PP=1027;SC=AGGAAACAAAGTAAGCAGAAA;SOR=1.394;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=49;TCF=15;TCR=34;TR=48;WE=1715443;WS=1715425;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr17	1731268	rs8067660	T	C	6142.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=234;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=54;NR=80;PP=2768;SC=ATGATTTCCATTCATCCACAG;SOR=0.965;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=134;TCF=54;TCR=80;TR=134;WE=1731276;WS=1731258;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,230:1.00:230
chr17	1733399	rs5030749	A	G	1843.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=23;NR=21;PP=794;SC=TGGTCGGCCAACTGAGCGAGG;SOR=0.693;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=45;TCF=23;TCR=22;TR=44;WE=1733407;WS=1733389;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr17	1748028	rs4790827	A	G	2079.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=40;PP=1219;SC=GAATGGGAACAAATTTAGGAA;SOR=1.609;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=55;TCF=15;TCR=40;TR=55;WE=1748036;WS=1748018;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr17	1756351	rs2287321	A	G	3193.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.822;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=67;NR=30;PP=1709;ReadPosRankSum=0.579;SC=TCATTTGAACAGAATTTGTTT;SOR=1.416;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=99;TCF=68;TCR=31;TR=97;WE=1756359;WS=1756341;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,128:0.98:130
chr17	1761423	.	T	C	882.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.378;ClippingRankSum=0.000;DP=345;ExcessHet=3.0103;FS=4.926;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.25;MQRankSum=-12.288;QD=2.57;ReadPosRankSum=-7.459;SOR=0.696;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:303,41:0.12:344
chr17	1761425	.	C	A	897.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.281;ClippingRankSum=0.000;DP=356;ExcessHet=3.0103;FS=5.803;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.20;MQRankSum=-12.752;QD=2.53;ReadPosRankSum=-7.263;SOR=0.745;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:311,44:0.12:355
chr17	1761428	.	G	T	993.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.210;ClippingRankSum=0.000;DP=367;ExcessHet=3.0103;FS=5.774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.24;MQRankSum=-13.074;QD=2.72;ReadPosRankSum=-6.488;SOR=0.810;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:321,45:0.12:366
chr17	1761431	rs3809874	T	C	11318.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.780;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=384;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=72;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=-0.761;NF=152;NR=126;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.458;SC=TTTCCTAGGTTCCACATCAAG;SOR=0.775;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=295;TCF=155;TCR=140;TR=278;WE=1761465;WS=1761413;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,381:0.99:383
chr17	1761436	.	A	G	1422.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.745;ClippingRankSum=0.000;DP=406;ExcessHet=3.0103;FS=1.701;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.21;MQRankSum=-15.074;QD=3.52;ReadPosRankSum=-5.434;SOR=0.784;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:348,56:0.14:404
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chr17	1761447	.	G	A	1696.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.553;ClippingRankSum=0.000;DP=437;ExcessHet=3.0103;FS=2.570;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.24;MQRankSum=-16.777;QD=3.90;ReadPosRankSum=-3.475;SOR=0.937;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:369,66:0.15:435
chr17	1761457	.	C	T	1831.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.537;ClippingRankSum=0.000;DP=451;ExcessHet=3.0103;FS=2.457;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.03;MQRankSum=-17.730;QD=4.08;ReadPosRankSum=-1.940;SOR=0.995;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:374,75:0.17:449
chr17	1761482	.	C	T	917.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.147;ClippingRankSum=0.000;DP=428;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.549;HP=1;HapScore=1;MGOF=81;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-17.662;NF=40;NR=51;PP=1063;ReadPosRankSum=3.521;SC=AGAGGGAAGACGAGTGCAAAC;SOR=1.163;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=302;TCF=136;TCR=166;TR=91;WE=1761490;WS=1761472;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:343,83:0.19:426
chr17	1779216	rs375500915	CT	C	109.74	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.100;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.99;ReadPosRankSum=-0.464;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,14:0.64:22
chr17	1783812	rs2277694	T	C	2052.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=26;NR=18;PP=878;SC=GTGACACTTGTATATGTCTGG;SOR=0.914;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=44;TCF=26;TCR=18;TR=44;WE=1783820;WS=1783802;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr17	1795180	rs2230931	T	C	1890.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.93;SOR=0.770;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr17	1800217	rs7406062	G	C	983.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=26;NR=5;PP=644;SC=ACATTCAGGAGGAGGCTGTCA;SOR=2.649;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=26;TCR=5;TR=31;WE=1800225;WS=1800207;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr17	1839674	rs9902457	G	C	514.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=4;PP=345;SC=GCAGCCGAAGGCTCTACCAGC;SOR=1.863;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=12;TCR=4;TR=16;WE=1839682;WS=1839664;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr17	1840468	rs9903800	C	T	4887.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=59;NR=57;PP=2220;SC=GGTCGTGGAACGCCTTGTGGT;SOR=0.704;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=116;TCF=59;TCR=57;TR=116;WE=1840476;WS=1840458;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,183:1.00:183
chr17	1933381	rs2273981	G	A	6476.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.61;DB;DP=258;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=58;NR=65;PP=2163;SC=GCCCCCGCTGGCCGATCGGCG;SOR=0.749;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=124;TCF=58;TCR=66;TR=123;WE=1933389;WS=1933371;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,255:1.00:255
chr17	1937203	rs76946443	G	C	1254.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=39;PP=931;SC=TCATTACCCGGGTGGGTAAAG;SOR=4.758;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=42;TCF=3;TCR=39;TR=42;WE=1937211;WS=1937193;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr17	1940437	rs79957128	C	A	160.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=5;PP=115;SC=CTCCACTGCCCAGTCCATCAT;SOR=2.303;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=1;TCR=5;TR=6;WE=1940445;WS=1940427;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr17	1943888	rs2236375	T	C	11275.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-2.062;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=447;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=109;NR=169;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.134;SC=GCCTACTTCCTGAGGTGGATG;SOR=0.386;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=279;TCF=109;TCR=170;TR=278;WE=1943896;WS=1943878;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,437:1.00:438
chr17	1945041	rs7216804	A	G	8360.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=306;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=80;NR=84;PP=2965;SC=GCGAGACCCTAACCAAAGTCT;SOR=0.740;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=166;TCF=80;TCR=86;TR=164;WE=1945049;WS=1945031;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,305:1.00:305
chr17	1945201	rs76439887	T	G	1766.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=45;PP=1192;SC=GCGCCCCGCCTTTTGCCGTTG;SOR=2.376;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=58;TCF=13;TCR=45;TR=58;WE=1945209;WS=1945191;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr17	1945621	rs2015866	G	T	4944.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=4.001;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FS=22.361;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=23.32;ReadPosRankSum=-0.081;SOR=1.252;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:5,207:0.98:212
chr17	1964759	rs145926620	C	CG	1632.25	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.636;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FS=1.494;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=20.40;ReadPosRankSum=-0.099;SOR=0.373;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:9,71:0.89:80
chr17	1965085	rs7214308	C	T	636.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-1.815;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.8522;FS=0.000;HP=3;HapScore=3;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=18;PP=820;ReadPosRankSum=-0.241;SC=CGGGGACCCTCCCCTGCTGGC;SOR=3.352;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=20;TCF=1;TCR=19;TR=19;WE=1965104;WS=1965075;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,21:0.95:22
chr17	1965096	rs12939002	C	T	400.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-1.705;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.8522;FS=0.000;HP=1;HapScore=3;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=12;PP=537;ReadPosRankSum=0.489;SC=CCCTGCTGGCCTAGAGAGGGC;SOR=2.584;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=14;TCF=1;TCR=13;TR=13;WE=1965104;WS=1965075;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,14:0.93:15
chr17	1968983	rs2232486	T	C	3303.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=22;NR=38;PP=1282;SC=ACTGATGAGATAGAGCCCCAC;SOR=0.945;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=60;TCF=22;TCR=38;TR=60;WE=1968991;WS=1968973;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr17	2195933	rs3215741	GA	G	5824.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.809;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=250;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.229;NF=18;NR=94;PP=2974;ReadPosRankSum=-0.306;SC=AACTAGAACAGAAAAAACAGT;SOR=0.969;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=121;TCF=18;TCR=103;TR=112;WE=2195941;WS=2195923;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,235:0.99:237
chr17	2196088	rs216206	C	T	1587.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=24;NR=24;PP=1158;SC=ACAACACCCACATGGCCTACT;SOR=0.730;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=48;TCF=24;TCR=24;TR=48;WE=2196096;WS=2196078;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr17	2196150	rs216205	C	T	2657.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=48;NR=30;PP=1382;SC=AATAACGAAGCAGAGGTAAAA;SOR=1.103;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=79;TCF=48;TCR=31;TR=78;WE=2196158;WS=2196140;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr17	2200434	rs170043	A	C	1182.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=26;NR=9;PP=812;SC=CTGTATCATTATTTTATCCTC;SOR=1.845;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=36;TCF=27;TCR=9;TR=35;WE=2200442;WS=2200424;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr17	2202943	rs216196	T	C	7751.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.401;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=306;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=90;NR=89;PP=2965;ReadPosRankSum=1.313;SC=CATCCCTGGCTGACCTCACCA;SOR=0.372;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=181;TCF=90;TCR=91;TR=179;WE=2202951;WS=2202933;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,297:0.99:300
chr17	2203167	rs216195	T	G	5951.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=69;NR=81;PP=2965;SC=GACACTTGCTTCTTCAGTCGT;SOR=0.817;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=150;TCF=69;TCR=81;TR=150;WE=2203175;WS=2203157;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,204:1.00:204
chr17	2203348	rs216194	T	C	10880.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.987;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=419;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=156;NR=138;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.431;SC=TCCCGCGGGCTGGGTCGTCGT;SOR=0.778;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=294;TCF=156;TCR=138;TR=294;WE=2203356;WS=2203338;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,413:1.00:415
chr17	2203453	rs216193	A	G	12891.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.634;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=504;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=133;NR=147;PP=2965;ReadPosRankSum=1.698;SC=TTTCTATCTCAGCCCTGTCTG;SOR=0.806;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=285;TCF=135;TCR=150;TR=280;WE=2203461;WS=2203443;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,501:1.00:503
chr17	2238741	.	TA	T	52.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.084;ClippingRankSum=0.000;DP=113;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.54;ReadPosRankSum=-0.222;SOR=0.779;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:73,25:0.26:98
chr17	2265113	rs2429906	C	A	9374.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-2.420;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=364;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=100;NR=139;PP=2965;ReadPosRankSum=1.331;SC=GGGCCAGCCCCTTCTTCCCTC;SOR=0.326;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=241;TCF=100;TCR=141;TR=239;WE=2265121;WS=2265103;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,361:1.00:362
chr17	2266709	rs2003969	T	C	2043.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=35;NR=25;PP=1080;SC=TTCCCAAGCCTTGAGGCCAGT;SOR=1.012;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=60;TCF=35;TCR=25;TR=60;WE=2266717;WS=2266699;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr17	2266799	rs745400	G	A	4051.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.61;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=38;NR=41;PP=1657;SC=TCGGAGGACAGGCTGGCTGCC;SOR=0.748;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=79;TCF=38;TCR=41;TR=79;WE=2266820;WS=2266789;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,148:1.00:148
chr17	2266812	rs2003968	T	C	3856.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.61;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=37;NR=39;PP=1471;SC=TGGCTGCCTGTGCCCGCGAGT;SOR=0.735;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=76;TCF=37;TCR=39;TR=76;WE=2266820;WS=2266789;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,143:1.00:143
chr17	2268139	rs2447099	G	C	1531.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=19;NR=21;PP=993;SC=GGCCAGCAGGGTGTGATAGCC;SOR=0.813;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=19;TCR=21;TR=40;WE=2268147;WS=2268129;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr17	2268311	rs2248821	G	A	3682.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=45;NR=41;PP=1851;SC=CTGCTGCCTCGGGGACAGCTA;SOR=0.769;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=86;TCF=45;TCR=41;TR=86;WE=2268319;WS=2268301;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,135:1.00:135
chr17	2268681	rs2429908	T	C	2175.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=16;NR=41;PP=980;SC=GAAGACGCTCTGGGAGGCGGG;SOR=1.582;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=57;TCF=16;TCR=41;TR=57;WE=2268689;WS=2268671;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr17	2270777	rs2429910	T	C	1009.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.243;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=32;PP=907;ReadPosRankSum=-0.643;SC=ACCACAGGGGTTCGAACGGCA;SOR=3.958;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=35;TCF=2;TCR=33;TR=34;WE=2270785;WS=2270767;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,44:0.98:45
chr17	2297569	rs372744565	ACG	A	865.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.168;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.842;HP=2;HapScore=1;MGOF=30;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=49;PP=1877;ReadPosRankSum=0.612;SC=GCACGCACGCACGCACACACA;SOR=0.506;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=91;TCF=26;TCR=65;TR=66;WE=2297582;WS=2297547;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,44:0.56:79
chr17	2371000	rs10163513	G	A	3208.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQ=59.86;NF=55;NR=28;PP=1505;SC=GATTACAGGCGTGAGCCACCG;SOR=1.266;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=83;TCF=55;TCR=28;TR=83;WE=2371008;WS=2370990;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr17	2585113	rs6628	C	T	375.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=9;PP=256;SC=CTCCTTCGGCCCCTCCTCCCT;SOR=2.147;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=11;TCF=2;TCR=9;TR=11;WE=2585121;WS=2585103;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr17	2595215	rs5818873	GC	G	1636.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.022;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=13.987;HP=7;HapScore=1;MGOF=43;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=36;PP=1025;ReadPosRankSum=1.642;SC=AAGGGATCAGGCCCCCCCGTG;SOR=2.911;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=48;TCF=8;TCR=40;TR=40;WE=2595230;WS=2595205;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,56:0.97:58
chr17	2595273	.	C	CCCCG	1471.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.24;QD=44.60;SOR=3.611;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr17	2595281	rs377576086	A	C	1489.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.23;QD=41.38;SOR=3.026;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr17	2597723	rs66960934	GCAGCGGGGACA	G	7736.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=22;NR=58;PP=2987;SC=CAGCAGGGACGCAGCGGGGAC;SOR=0.875;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=87;TCF=24;TCR=63;TR=80;WE=2597741;WS=2597713;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,177:1.00:177
chr17	2597947	rs113104780	C	G	1229.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.464;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=29;PP=982;ReadPosRankSum=-0.476;SC=CTGTCCAGCCCGGGCCCCCAA;SOR=1.101;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=43;TCF=13;TCR=30;TR=42;WE=2597955;WS=2597937;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,44:0.98:45
chr17	2598627	rs1003398	T	C	12483.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=464;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=142;NR=142;PP=2965;SC=TCCATCCCAGTCCCACAGCTC;SOR=0.711;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=284;TCF=142;TCR=142;TR=284;WE=2598647;WS=2598617;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,454:1.00:454
chr17	2598639	rs1003399	C	G	11379.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.083;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=449;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=144;NR=147;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.156;SC=CCACAGCTCCCGTTCCGCCCC;SOR=0.721;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=296;TCF=147;TCR=149;TR=291;WE=2598647;WS=2598617;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,436:0.99:440
chr17	2599612	rs2302200	C	G	3115.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=42;NR=36;PP=1710;SC=TGCCGCCTGGCGCTGGCGGGG;SOR=0.730;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=78;TCF=42;TCR=36;TR=78;WE=2599620;WS=2599602;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr17	2604375	rs758417	C	T	2381.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=48;NR=20;PP=1365;SC=GCAGGTGGGCCGGCTCACCCC;SOR=1.759;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=69;TCF=48;TCR=21;TR=68;WE=2604383;WS=2604365;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr17	2605528	rs375237892	AAC	A	34.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.176;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.53;MQRankSum=3.461;QD=1.05;ReadPosRankSum=-1.649;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,5:0.15:33
chr17	2606715	rs1065479	G	A	10953.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.496;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=433;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=119;NR=141;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.310;SC=AGAAGCAGGTGCGGTGACACG;SOR=0.807;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=260;TCF=119;TCR=141;TR=260;WE=2606723;WS=2606705;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,423:1.00:425
chr17	2607560	rs12953041	A	G	2168.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=53;NR=13;PP=1539;SC=CTGCCACAAAATGGGGCCGGT;SOR=2.770;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=66;TCF=53;TCR=13;TR=66;WE=2607568;WS=2607550;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr17	2699935	rs123059	T	C	2323.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=21;NR=25;PP=774;SC=TTAAGTGCATTGGCGGCCGTG;SOR=0.807;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=46;TCF=21;TCR=25;TR=46;WE=2699943;WS=2699925;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr17	2703764	rs11869022	C	G	4965.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=0.786;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=44;PP=2046;ReadPosRankSum=-0.875;SC=ATGTAGGAGTCTTCAGCCTCA;SOR=0.929;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=109;TCF=64;TCR=45;TR=107;WE=2703772;WS=2703754;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,186:0.99:188
chr17	2865789	rs34224666	A	C	722.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=17;NR=6;PP=467;SC=CTGTTGCCTCACCTGAGGCTG;SOR=1.981;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=17;TCR=6;TR=23;WE=2865797;WS=2865779;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr17	2921210	rs56791699	C	CGT	688.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=1.226;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=7;PP=502;ReadPosRankSum=1.473;SC=CCTCTGTGACCGTGTGTGTGT;SOR=0.589;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=27;TCF=10;TCR=17;TR=11;WE=2921218;WS=2921200;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,29:0.53:55
chr17	2921251	rs8064800	A	G	2606.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=37;NR=25;PP=1233;SC=GTATGTGTGCACGCATACGTG;SOR=0.941;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=62;TCF=37;TCR=25;TR=62;WE=2921259;WS=2921241;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr17	2923597	rs2304981	C	A	620.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=4;PP=395;SC=CTGTGACTGGCCTGAGTCTCC;SOR=1.931;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=14;TCR=4;TR=18;WE=2923605;WS=2923587;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr17	2923767	rs2304982	A	G	6073.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=84;NR=63;PP=2938;SC=AATTTCATCGACAGCCTCCAG;SOR=0.924;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=148;TCF=85;TCR=63;TR=147;WE=2923775;WS=2923757;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,228:1.00:228
chr17	2924011	rs4790416	T	C	1297.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=33;PP=928;SC=AGGAGATGGCTCTGCCTTCAG;SOR=3.716;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=5;TCR=33;TR=38;WE=2924019;WS=2924001;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr17	2929286	rs4072679	A	C	5220.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=79;NR=52;PP=2627;SC=CTCACTCCTCATTTCCATTCC;SOR=1.029;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=131;TCF=79;TCR=52;TR=131;WE=2929294;WS=2929276;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,197:1.00:197
chr17	2929392	rs55904912	G	A	5363.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=57;NR=73;PP=2512;SC=CCAGCTCTCCGGAAATCTGCC;SOR=0.896;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=131;TCF=58;TCR=73;TR=130;WE=2929400;WS=2929382;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,203:1.00:203
chr17	2929674	rs12941934	T	C	5011.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.019;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=69;NR=43;PP=2174;ReadPosRankSum=2.116;SC=AAAACGGCCGTGCCATCTCCC;SOR=0.456;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=113;TCF=70;TCR=43;TR=112;WE=2929682;WS=2929653;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,182:0.99:183
chr17	2930223	rs4790114	T	C	4199.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=64;NR=37;PP=1671;SC=TCGCTCACCCTGCCTCTCTCC;SOR=1.049;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=101;TCF=64;TCR=37;TR=101;WE=2930231;WS=2930213;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,161:1.00:161
chr17	2930339	rs4790115	G	A	7138.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.639;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=274;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=83;NR=85;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.228;SC=CTGCCACCCCGATCATCATGA;SOR=0.693;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=171;TCF=84;TCR=87;TR=168;WE=2930347;WS=2930329;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,270:0.99:272
chr17	2935577	rs4239038	T	G	1411.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=3;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=15;NR=4;PP=420;SC=GGGAAGTGCTTGTTCCTGGGG;SOR=1.681;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=15;TCR=4;TR=19;WE=2935599;WS=2935567;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr17	2935591	rs4239039	T	C	1634.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=3;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=19;NR=6;PP=473;SC=CCTGGGGTCCTGAATCCCTTC;SOR=1.609;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=19;TCR=6;TR=25;WE=2935599;WS=2935567;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr17	2966032	rs202049082	C	G	1032.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.989;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=44.49;MQRankSum=-1.375;QD=30.38;ReadPosRankSum=-0.480;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,33:0.97:34
chr17	3100827	rs2241093	T	C	9594.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=371;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=125;NR=97;PP=2965;SC=AGAAAGAAAATCAATCCTTTA;SOR=0.833;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=224;TCF=125;TCR=99;TR=222;WE=3100835;WS=3100817;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,364:1.00:364
chr17	3101076	rs2241092	G	C	4976.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=61;NR=69;PP=2866;SC=ATCTCTTGGGGAGCAAGTTCA;SOR=0.801;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=130;TCF=61;TCR=69;TR=130;WE=3101084;WS=3101066;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,173:1.00:173
chr17	3101578	rs2241091	G	T	9713.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.542;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=377;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=122;NR=139;PP=2965;ReadPosRankSum=1.309;SC=TACAACGATGGGCATGTATTT;SOR=0.875;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=265;TCF=124;TCR=141;TR=261;WE=3101586;WS=3101568;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,369:0.99:373
chr17	3101691	rs12150427	G	T	6972.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.580;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=274;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=67;NR=99;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.928;SC=TGAGAAATTGGGATATGAAGG;SOR=0.561;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=169;TCF=68;TCR=101;TR=166;WE=3101699;WS=3101681;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,265:0.99:268
chr17	3119008	rs4325604	T	C	4081.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=54;NR=55;PP=2235;SC=CATCCTCTTCTTGTTCATTTA;SOR=0.706;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=109;TCF=54;TCR=55;TR=109;WE=3119016;WS=3118998;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,151:1.00:151
chr17	3182309	rs2014057	G	T	1999.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=46;PP=1411;SC=TCAAAGCCCCGTGGCGAGTCC;SOR=2.566;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=58;TCF=12;TCR=46;TR=58;WE=3182317;WS=3182299;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr17	3195503	rs703903	C	T	4962.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-1.738;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=49;PP=2172;ReadPosRankSum=0.517;SC=GGCCAGGAATCGGTCATAGGC;SOR=0.300;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=112;TCF=63;TCR=49;TR=110;WE=3195511;WS=3195493;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,188:0.99:189
chr17	3324004	rs146946227	C	T	1101.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=40.00;QD=31.48;SOR=7.168;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr17	3324086	rs227788	G	A	135.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=40.00;QD=27.18;SOR=3.611;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr17	3324255	rs769432	C	T	1959.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=45.76;QD=25.13;SOR=1.493;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr17	3336162	rs11867612	T	C	1976.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=28;NR=18;PP=899;SC=CAAGTATTACTGTCATAGAAG;SOR=0.984;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=46;TCF=28;TCR=18;TR=46;WE=3336170;WS=3336152;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr17	3336260	rs61739591	A	G	3325.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.543;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=-0.139;NF=56;NR=35;PP=1989;ReadPosRankSum=-0.423;SC=GGGTCAGCATAGGGGTCACCA;SOR=0.432;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=92;TCF=57;TCR=35;TR=91;WE=3336268;WS=3336250;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,119:0.99:120
chr17	3337057	rs769431	A	G	3872.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=56;NR=67;PP=2462;SC=AGGGCATAGCACAGGTTTTGC;SOR=0.892;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=123;TCF=56;TCR=67;TR=123;WE=3337065;WS=3337047;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,141:1.00:141
chr17	3349634	rs34586104	C	CTT	457.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=8;NR=1;PP=371;SC=ATTATTAAAACCAGTTCTTTG;SOR=3.442;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=8;TCR=1;TR=9;WE=3349642;WS=3349624;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr17	3352309	rs11556563	T	C	12415.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.659;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=493;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=120;NR=156;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.230;SC=TAATTGTTTTTGTTGTTGAGC;SOR=0.862;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=283;TCF=125;TCR=158;TR=276;WE=3352317;WS=3352299;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,484:1.00:486
chr17	3397702	rs12948217	C	T	6748.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=256;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=73;NR=84;PP=2965;SC=AAGTTGATTACCCCCGGGATG;SOR=0.800;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=157;TCF=73;TCR=84;TR=157;WE=3397710;WS=3397692;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,255:1.00:255
chr17	3417123	rs906418	C	T	3178.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.941;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=8;PP=1191;ReadPosRankSum=-1.376;SC=CCGGACTCCACCATCCCTCAA;SOR=1.552;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=52;TCF=44;TCR=8;TR=52;WE=3417131;WS=3417113;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,66:0.99:67
chr17	3417143	rs10573788	GCA	G	4087.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.045;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQ=60.11;MQRankSum=0.207;NF=32;NR=15;PP=2180;ReadPosRankSum=-1.327;SC=AAGCCTCTCTGCACAGAGTCG;SOR=0.950;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=56;TCF=36;TCR=20;TR=47;WE=3417152;WS=3417133;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,93:0.99:94
chr17	3417995	rs201871427	T	TAG	4207.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.882;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=0.9910;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=31;PP=2930;ReadPosRankSum=0.488;SC=TTCTTACTATTTCACCAGTGC;SOR=0.892;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=40;TCF=6;TCR=34;TR=36;WE=3418007;WS=3417985;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,99:0.96:103
chr17	3417996	rs200648654	TC	T	2320.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=1.060;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=22.75;ReadPosRankSum=0.185;SOR=0.870;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:6,96:0.94:102
chr17	3417997	.	CAC	ACT	2937	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;FR=0.9910;HP=3;HapScore=1;MGOF=18;MMLQ=21;MQ=60.0;NF=19;NR=30;PP=2937;QD=20;SC=CTTACTATTTCACCAGTGCCT;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=58;TCF=23;TCR=35;TR=49;WE=3418007;WS=3417985;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:9,49:0.84:58
chr17	3417999	rs35099512	C	CT	4118.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.992;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=40.38;ReadPosRankSum=0.361;SOR=0.870;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:4,98:0.96:102
chr17	3418027	rs11868818	G	A	1938.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.962;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=70;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=33;PP=955;ReadPosRankSum=-1.224;SC=CTAACAAATAGCCCTGCGTTT;SOR=1.068;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=55;TCF=21;TCR=34;TR=53;WE=3418035;WS=3418017;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,79:0.95:83
chr17	3418119	rs10579788	AGTT	A	668.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=47;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=0;NR=16;PP=620;SC=GTCACACCAAAGTTGTTGGAG;SOR=2.584;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=0;TCR=16;TR=16;WE=3418129;WS=3418109;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr17	3419689	rs8081785	CA	TG	6464.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=70;NR=32;PP=2947;SC=ATCCTGTCACCATCCTGCCCC;SOR=1.464;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=107;TCF=72;TCR=35;TR=102;WE=3419698;WS=3419679;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,142:1.00:142
chr17	3424183	rs8079980	A	G	973.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=17;NR=6;PP=506;SC=AATTGTTGCCAAGGCCGCCAT;SOR=1.493;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=17;TCR=6;TR=23;WE=3424191;WS=3424173;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr17	3424507	rs925101	T	C	352.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.20;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr17	3427442	rs62069862	A	G	2556.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=49;NR=16;PP=1638;SC=CCCCATCTGAAAAATGGCCAT;SOR=1.967;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=65;TCF=49;TCR=16;TR=65;WE=3427450;WS=3427432;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr17	3431532	rs72816030	G	A	1663.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=13;NR=28;PP=800;SC=CCAGAGACCAGCATGAAACCT;SOR=1.329;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=41;TCF=13;TCR=28;TR=41;WE=3431540;WS=3431522;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr17	3433543	rs4790510	A	G	5048.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.965;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=42.43;ReadPosRankSum=-0.782;SOR=0.978;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,117:0.98:119
chr17	3433549	rs4790511	A	C	4911.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.003;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=43.09;ReadPosRankSum=-0.876;SOR=1.109;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,112:0.98:114
chr17	3433595	rs4790512	C	T	1881.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.897;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=86;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=35;PP=972;ReadPosRankSum=-0.415;SC=GGGGATACACCCGCCCAGAAT;SOR=0.672;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=47;TCF=11;TCR=36;TR=46;WE=3433603;WS=3433585;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,69:0.99:70
chr17	3435935	rs454738	C	A	3018.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=0.422;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=71;NR=17;PP=2107;ReadPosRankSum=-0.154;SC=TGCCTCCCCACGCCCCATGGC;SOR=1.498;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=89;TCF=72;TCR=17;TR=88;WE=3435943;WS=3435925;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,102:0.99:103
chr17	3445901	rs11078458	T	G	11887.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=2.507;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=464;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=135;NR=130;PP=2965;ReadPosRankSum=0.496;SC=GGATCCGCACTATCTCCTTGG;SOR=0.230;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=267;TCF=136;TCR=131;TR=265;WE=3445909;WS=3445891;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,460:1.00:461
chr17	3447914	rs1039519	C	T	2473.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.50;SOR=0.799;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr17	3458072	rs322965	T	C	5488.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=67;NR=61;PP=2254;SC=TCTGGCAGGATGGCAGGGTTC;SOR=0.693;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=128;TCF=67;TCR=61;TR=128;WE=3458080;WS=3458062;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,210:1.00:210
chr17	3475367	rs224548	T	G	2633.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=50;NR=29;PP=1591;SC=TGTCCACAGGTGAGCCCCAAA;SOR=1.274;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=79;TCF=50;TCR=29;TR=79;WE=3475375;WS=3475357;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr17	3475405	rs224549	C	T	3979.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=61;NR=44;PP=2009;SC=CAGGTGGAGCCTGGGCATTAC;SOR=0.997;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=106;TCF=61;TCR=45;TR=105;WE=3475413;WS=3475395;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,148:1.00:148
chr17	3475490	rs877610	C	T	7121.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=270;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=84;NR=83;PP=2965;SC=AGCGGAAGGCCTTCCTCATGC;SOR=0.716;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=167;TCF=84;TCR=83;TR=167;WE=3475498;WS=3475480;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,269:1.00:269
chr17	3475564	rs224550	C	T	4610.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=31;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=47;NR=69;PP=2144;SC=ACACCAAGGGCAGAGGAGCTG;SOR=0.929;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=116;TCF=47;TCR=69;TR=116;WE=3475572;WS=3475554;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,177:1.00:177
chr17	3475586	rs877612	G	T	3612.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=31;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=37;NR=56;PP=1857;SC=GGGGCAGAGGGTGCATCCCGG;SOR=1.055;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=93;TCF=37;TCR=56;TR=93;WE=3475594;WS=3475576;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,133:1.00:133
chr17	3476826	rs11441416	G	GC	1003.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=28;PP=744;SC=GCCACACACCGCCCCCACCAC;SOR=5.058;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=35;TCF=5;TCR=30;TR=28;WE=3476840;WS=3476816;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr17	3476832	rs2456855	A	C	1297.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=36.05;SOR=2.432;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr17	3476990	rs17706245	G	A	8647.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.449;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=356;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=119;NR=108;PP=2965;ReadPosRankSum=1.476;SC=CCATGAGGGCGATGAGCATGT;SOR=0.729;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=228;TCF=120;TCR=108;TR=227;WE=3476998;WS=3476980;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,342:0.99:344
chr17	3480910	rs34378673	A	G	8422.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-2.146;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=330;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=133;NR=86;PP=2965;ReadPosRankSum=0.370;SC=TCATGACGGCATAGATGCCCA;SOR=0.388;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=220;TCF=134;TCR=86;TR=219;WE=3480918;WS=3480900;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,326:1.00:327
chr17	3492002	rs161390	A	G	619.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=12;NR=3;PP=408;SC=CGGCTACTTGAGAGGCCGAGA;SOR=2.093;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=12;TCR=3;TR=15;WE=3492010;WS=3492000;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr17	3492107	rs58427247	T	TA	684.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.756;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FS=1.193;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.89;ReadPosRankSum=0.420;SOR=1.084;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,55:0.71:77
chr17	3492319	rs7220415	C	A	854.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=18;PP=550;SC=GTGGCTCATGCCTGTAATCCC;SOR=1.942;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=24;TCF=6;TCR=18;TR=24;WE=3492327;WS=3492309;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr17	3493200	rs222747	C	G	11856.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=451;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=143;NR=127;PP=2965;SC=TGGCCCCCAGCATCAGAATCT;SOR=0.778;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=272;TCF=144;TCR=128;TR=270;WE=3493208;WS=3493190;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,442:1.00:442
chr17	3493533	rs161387	A	G	6182.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=245;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=82;NR=70;PP=2802;SC=GGTCTGCCACACTGTCTCCCT;SOR=0.789;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=152;TCF=82;TCR=70;TR=152;WE=3493541;WS=3493523;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,239:1.00:239
chr17	3514028	rs224496	G	C	7957.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=296;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=67;NR=97;PP=2965;SC=CCACGCCCCAGTCCTGGAGCT;SOR=0.939;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=165;TCF=68;TCR=97;TR=164;WE=3514036;WS=3514018;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,288:1.00:288
chr17	3527281	rs222785	C	T	1522.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=32;NR=15;PP=828;SC=CTGACGCAGCCCCGGCCTATT;SOR=1.528;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=47;TCF=32;TCR=15;TR=47;WE=3527289;WS=3527271;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr17	3527551	rs150638104	TGAAGAAAAG	T	3855.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=2;NR=41;PP=2967;SC=TGACCAAAAATGAAGAAAAGA;SOR=2.120;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=45;TCF=2;TCR=43;TR=43;WE=3527567;WS=3527541;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr17	3533412	rs9913319	G	A	9271.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.075;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=355;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=26.42;ReadPosRankSum=-0.973;SOR=0.396;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,350:1.00:351
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chr17	3553526	rs161350	A	G	2377.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=22;NR=28;PP=950;SC=GAGGCACATCAAGATGGGCTG;SOR=0.829;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=50;TCF=22;TCR=28;TR=50;WE=3553534;WS=3553516;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr17	3558417	rs459613	C	G	4518.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=52;NR=66;PP=2537;SC=TCAGGGTGTGCGGGCCTCACG;SOR=0.892;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=118;TCF=52;TCR=66;TR=118;WE=3558425;WS=3558407;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,163:1.00:163
chr17	3558698	rs467277	G	A	1056.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=22;PP=666;SC=TAGGAGCAGGGCGTTCCAGCA;SOR=1.670;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=8;TCR=22;TR=30;WE=3558706;WS=3558688;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr17	3561396	rs161400	C	T	3825.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=42;NR=46;PP=1577;SC=GTGGGAGTGACCACGTGGCTG;SOR=0.763;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=88;TCF=42;TCR=46;TR=88;WE=3561404;WS=3561386;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,147:1.00:147
chr17	3563963	rs2873624	C	G	5809.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.708;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=71;NR=64;PP=2739;ReadPosRankSum=-0.741;SC=GGACTGGGCACCAAGCTTGCA;SOR=0.721;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=135;TCF=71;TCR=64;TR=135;WE=3563971;WS=3563953;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,219:0.99:221
chr17	3566857	rs11541134	C	T	249.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=8;NR=0;PP=205;SC=GAGAGAAAGCCGGTCCCAGAG;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=8;TCR=0;TR=8;WE=3566865;WS=3566853;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr17	3567461	rs2235107	G	A	7496.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.695;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=294;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=112;NR=76;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.222;SC=CCCAAACCTTGTTTCTCCTCC;SOR=0.991;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=190;TCF=113;TCR=77;TR=188;WE=3567469;WS=3567451;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,288:0.99:290
chr17	3568012	rs8278	A	G	7370.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=287;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=90;NR=91;PP=2965;SC=TCTGGGAAGGATCCTGGTCGA;SOR=0.707;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=181;TCF=90;TCR=91;TR=181;WE=3568020;WS=3568002;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,280:1.00:280
chr17	3577273	rs160587	A	G	1589.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=14;NR=29;PP=888;SC=AAGTCTGAAAAGAGCTACAGT;SOR=1.382;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=43;TCF=14;TCR=29;TR=43;WE=3577281;WS=3577263;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr17	3593074	rs220486	A	G	613.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=14;PP=432;SC=GCGCCCCAGCACCACCCACCG;SOR=2.531;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=3;TCR=14;TR=17;WE=3593082;WS=3593064;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr17	3594276	rs3215407	TG	T	6237.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=27;NR=59;PP=2969;SC=TGCCGCTGGTTGGGGGTCACA;SOR=0.846;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=90;TCF=29;TCR=61;TR=86;WE=3594284;WS=3594266;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,194:1.00:194
chr17	3599044	rs2293880	C	T	2829.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=66;NR=15;PP=1866;SC=CTCACAGACCCCCAGCTACCG;SOR=2.597;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=82;TCF=66;TCR=16;TR=81;WE=3599052;WS=3599034;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr17	3626816	rs16953429	G	A	1264.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=24;NR=19;PP=1024;SC=CGGCCCAAGCGAAGCTCCAGC;SOR=0.941;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=43;TCF=24;TCR=19;TR=43;WE=3626824;WS=3626806;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr17	3634629	rs78134599	CTTTTTTTTTTTT	C	1939.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.435;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FS=4.367;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.77;MQRankSum=-0.113;QD=34.64;ReadPosRankSum=1.397;SOR=1.250;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:3,53:0.95:56
chr17	3635645	rs170209	A	G	2021.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=38;NR=16;PP=1014;SC=AGAGCGAATCAGTCCAAACCG;SOR=1.493;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=56;TCF=40;TCR=16;TR=54;WE=3635653;WS=3635635;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr17	3649214	rs1183610	G	A	6660.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=255;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=59;NR=93;PP=2869;SC=GAAGTGCCTCGCGGAGGCCTG;SOR=1.007;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=153;TCF=59;TCR=94;TR=152;WE=3649222;WS=3649204;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,253:1.00:253
chr17	3657159	rs2272606	C	T	16180.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=383;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=101;NR=124;PP=2965;SC=ATGTTTGTACCGTGGAGCCCC;SOR=0.832;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=226;TCF=101;TCR=125;TR=225;WE=3657183;WS=3657149;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,381:1.00:381
chr17	3657175	rs220479	T	C	15517.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=350;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=94;NR=120;PP=2965;SC=GCCCCCGCGATGTAGGAGAGG;SOR=0.859;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=214;TCF=94;TCR=120;TR=214;WE=3657183;WS=3657149;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,349:1.00:349
chr17	3658358	rs3833165	A	AGGCCCCGCCCTCATCAGGT	1693.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=84.69;SOR=1.721;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr17	3664477	rs10687117	A	AATT	4399.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=9;NR=35;PP=2189;SC=ATTTTCTTTAAAAACACACAT;SOR=0.914;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=48;TCF=9;TCR=39;TR=44;WE=3664485;WS=3664467;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr17	3665116	rs8080482	A	G	2698.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=53;NR=22;PP=1413;SC=CGGGAACAGCATGGCAGTCAG;SOR=1.542;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=75;TCF=53;TCR=22;TR=75;WE=3665124;WS=3665106;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr17	3665160	rs220471	C	G	5057.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=66;NR=49;PP=2132;SC=ACCACGAGGGCTAGCACCAGC;SOR=0.874;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=115;TCF=66;TCR=49;TR=115;WE=3665168;WS=3665150;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,190:1.00:190
chr17	3704483	rs3809805	G	A	3313.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=1.005;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=50;PP=1693;ReadPosRankSum=-0.949;SC=AGGCGAGTGCGACACATGGGC;SOR=1.285;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=75;TCF=24;TCR=51;TR=73;WE=3704491;WS=3704473;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,121:0.98:123
chr17	3769357	rs2567875	G	A	1242.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=13;NR=26;PP=736;SC=TCCCAGACACGCAGCCTCTGC;SOR=1.378;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=40;TCF=13;TCR=27;TR=39;WE=3769365;WS=3769347;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr17	3769379	rs2567874	G	A	1105.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=32;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=12;NR=21;PP=664;SC=CCGATTCCCCGAGAGCAGCTG;SOR=1.206;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=12;TCR=21;TR=33;WE=3769387;WS=3769369;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr17	3769407	rs2532946	C	T	950.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=41;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=8;NR=17;PP=547;SC=GGCCGCAGTGCGGGTCCCATC;SOR=1.418;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=8;TCR=17;TR=25;WE=3769415;WS=3769397;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr17	3775916	rs7214864	T	C	6900.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=278;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=66;NR=84;PP=2471;SC=CGTCGATGAATGGGCACTGTG;SOR=0.825;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=150;TCF=66;TCR=84;TR=150;WE=3775924;WS=3775906;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,273:1.00:273
chr17	3776555	rs34231122	T	C	2786.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=63;NR=15;PP=1771;SC=CAGAGAAAGATAGAAAAAGCC;SOR=2.208;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=78;TCF=63;TCR=15;TR=78;WE=3776563;WS=3776545;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr17	3783872	rs11651131	T	C	1828.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=12;NR=30;PP=907;SC=TAATAAAAAATTTAAAGCACA;SOR=1.473;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=42;TCF=12;TCR=30;TR=42;WE=3783880;WS=3783862;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr17	3786802	rs737360	T	C	2338.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=30;NR=32;PP=1220;SC=GAAATGTCACTACTGTGCAGC;SOR=0.761;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=62;TCF=30;TCR=32;TR=62;WE=3786810;WS=3786792;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr17	3786907	rs758642	G	A	966.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=20;PP=716;SC=GCCCAGGTAAGTGTTAAGCGG;SOR=1.542;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=11;TCR=20;TR=31;WE=3786915;WS=3786897;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr17	3787593	rs8082046	G	A	6803.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=270;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.07;SOR=0.939;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,261:1.00:261
chr17	3801080	rs711174	C	T	1150.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=28;NR=11;PP=716;SC=CCTCACGCTGCACCCAGTCAG;SOR=1.828;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=39;TCF=28;TCR=11;TR=39;WE=3801088;WS=3801070;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr17	3827952	rs141379404	G	GGGGAACCCTGAGTCCAGGA	1208.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=0;PP=2042;SC=AGCTCAGGACGGGGAACCCTG;SOR=3.816;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=13;TCR=1;TR=8;WE=3827960;WS=3827944;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr17	3828086	rs1043246	C	G	7670.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=0.976;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=313;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=94;NR=68;PP=2933;ReadPosRankSum=-1.191;SC=ACCCTTCACCCGCCCGGGCCC;SOR=0.902;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=166;TCF=97;TCR=69;TR=162;WE=3828094;WS=3828076;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,303:0.99:307
chr17	3828702	rs887387	T	C	6928.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-2.153;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=264;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=96;NR=82;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.822;SC=GAGACTCCACTCTGTTCCCAG;SOR=0.292;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=179;TCF=97;TCR=82;TR=178;WE=3828710;WS=3828692;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,260:1.00:261
chr17	3828822	rs1076902	C	T	6317.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-2.132;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=249;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=72;NR=89;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.752;SC=CCATCCTCCACTTCTCCCAGG;SOR=0.294;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=163;TCF=72;TCR=91;TR=161;WE=3828830;WS=3828812;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,241:1.00:242
chr17	3832182	rs9747965	G	A	2527.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-2.089;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=44;PP=1335;ReadPosRankSum=1.490;SC=CTTCATGAGCGCTCCTAAGAA;SOR=0.477;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=68;TCF=23;TCR=45;TR=67;WE=3832190;WS=3832172;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,98:0.99:99
chr17	3833563	.	G	A	1908	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;FR=1.0000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MMLQ=25;MQ=59.8;NF=57;NR=42;PP=1908;QD=19.6239516419;SC=CCCACTCCTCGGCCCCAGCTC;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=101;TCF=58;TCR=43;TR=99;WE=3833571;WS=3833553;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:2,99:0.98:101
chr17	3838626	rs2074991	T	C	2713.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=20;NR=48;PP=1337;SC=TTCTGGCGTCTGTTTCCCCTG;SOR=1.542;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=68;TCF=20;TCR=48;TR=68;WE=3838634;WS=3838616;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr17	3867597	rs148555138	G	A	937.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.66;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=12;PP=381;SC=CCGCCCGCCCGGCCGTCTGCG;SOR=1.061;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=18;TCF=6;TCR=12;TR=18;WE=3867605;WS=3867587;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr17	3921118	rs118017571	C	T	6784.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=255;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=81;NR=93;PP=2965;SC=GGTCCGAGGTCGGGTGACATA;SOR=0.818;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=174;TCF=81;TCR=93;TR=174;WE=3921126;WS=3921108;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,253:1.00:253
chr17	3928080	rs16953649	G	A	1143.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.519;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.904;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=7;PP=753;ReadPosRankSum=-0.090;SC=TAAGGCCCACGCGTTTCTAAA;SOR=2.531;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=40;TCF=32;TCR=8;TR=38;WE=3928088;WS=3928070;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,42:0.95:44
chr17	3985832	rs2727061	A	G	9717.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.820;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=364;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=119;NR=115;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.275;SC=TATTCAGAAAATCTAGTCCAT;SOR=0.732;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=236;TCF=120;TCR=116;TR=234;WE=3985840;WS=3985822;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,361:0.99:363
chr17	3989636	.	AGCG	A	417.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.541;ClippingRankSum=0.000;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=21.99;ReadPosRankSum=-0.070;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,17:0.89:19
chr17	3989642	.	AATCCCTTTCTGGGGGATTCCCACAGCG	A	519.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.007;ClippingRankSum=0.000;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=22.60;ReadPosRankSum=-1.031;SOR=0.638;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,21:0.91:23
chr17	3989669	.	G	A	470	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;FR=1.0000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=18;NR=4;PP=470;QD=22.9441460249;SC=TTCCCACAGCGGCAATCCCTT;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=22;TCF=18;TCR=4;TR=22;WE=3989677;WS=3989659;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr17	3989968	rs2727060	C	T	994.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-1.813;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=25;PP=609;ReadPosRankSum=-0.762;SC=AGACAAAAAACATCAGAGAGC;SOR=1.329;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=30;TCF=4;TCR=26;TR=29;WE=3989976;WS=3989958;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,37:0.97:38
chr17	3994170	rs2727075	T	C	3379.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=30;NR=68;PP=2122;SC=TTGAAACTTCTCAAGGGTCTA;SOR=1.688;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=99;TCF=30;TCR=69;TR=98;WE=3994178;WS=3994160;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr17	4005770	rs1869493	T	C	4996.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=58;NR=65;PP=1966;SC=GAAACTAGCATGCCTATCTGT;SOR=0.745;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=123;TCF=58;TCR=65;TR=123;WE=4005778;WS=4005760;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,195:1.00:195
chr17	4007875	rs9907500	C	T	248.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=2;PP=187;SC=AATGGTTTTACGATTTGTCCA;SOR=3.056;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=7;TCR=2;TR=9;WE=4007883;WS=4007865;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr17	4027036	rs11078481	C	G	199.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=0;PP=89;SC=CACCACCGTACTGGGGATGAA;SOR=2.584;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=4;TCR=0;TR=4;WE=4027044;WS=4027032;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr17	4027392	rs7208760	G	C	1036.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=18;PP=548;SC=TCAAGTAAACGAGGGCAGTTT;SOR=0.843;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=31;TCF=13;TCR=18;TR=31;WE=4027400;WS=4027382;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr17	4045809	rs4239043	T	C	6986.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.915;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=267;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=142;NR=78;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.395;SC=CCCTGCCCCATCCCCGCAGTC;SOR=1.371;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=223;TCF=144;TCR=79;TR=220;WE=4045817;WS=4045798;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,264:0.99:266
chr17	4046101	rs1454121	A	G	3347.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=38;NR=62;PP=2079;SC=CGTGCCCGAGACCGCGGCCCA;SOR=1.131;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=100;TCF=38;TCR=62;TR=100;WE=4046109;WS=4046091;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr17	4046270	rs1454122	T	C	1432.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=18;NR=23;PP=570;SC=CGACAGCAGCTGGCGGGCGGG;SOR=0.960;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=41;TCF=18;TCR=23;TR=41;WE=4046278;WS=4046260;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr17	4071245	rs16953763	C	T	3107.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.864;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=56;PP=1476;ReadPosRankSum=-1.010;SC=GGAGCGCCAACGACAGACTCT;SOR=1.512;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=76;TCF=20;TCR=56;TR=76;WE=4071253;WS=4071235;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,119:0.98:121
chr17	4071302	rs4790583	G	C	1224.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=22;PP=624;SC=GGCAGCCAAGGCGCCCGCAAT;SOR=1.954;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=27;TCF=5;TCR=22;TR=27;WE=4071310;WS=4071292;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr17	4074261	rs897030	A	C	730.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=18;PP=518;SC=GCTGGCAGGAAATCTGTTCAC;SOR=4.804;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=19;TCF=1;TCR=18;TR=19;WE=4074269;WS=4074251;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr17	4077485	rs4790585	G	A	637.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=17;PP=500;SC=TGGGAGCATAGGAGCTTCACA;SOR=3.160;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=19;TCF=2;TCR=17;TR=19;WE=4077493;WS=4077475;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
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chr17	4098573	rs5818941	A	AT	4738.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.233;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=58;PP=1543;ReadPosRankSum=1.892;SC=TCAATGACACATTTTTTTTTA;SOR=0.729;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=128;TCF=59;TCR=69;TR=107;WE=4098581;WS=4098563;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:16,215:0.93:231
chr17	4166804	rs2325881	C	T	3745.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.367;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=5.253;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=82;PP=2873;ReadPosRankSum=1.547;SC=AGGAGACCCACGCTCTTCCGC;SOR=1.770;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=117;TCF=35;TCR=82;TR=114;WE=4166812;WS=4166794;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,180:0.99:181
chr17	4192401	rs148114489	TACAC	T	1086.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.80;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr17	4199933	rs71749369	ATCTT	A	1897.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=11;PP=818;SC=TGAGAAACAGATCTTTCTTAT;SOR=1.179;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=17;TCF=5;TCR=12;TR=16;WE=4199944;WS=4199923;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr17	4337283	rs35751906	G	A	2168.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=48;NR=16;PP=1382;SC=GGATGTCAGCGGAGTGCCCTG;SOR=1.936;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=65;TCF=49;TCR=16;TR=64;WE=4337291;WS=4337273;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr17	4337412	rs3809853	C	G	8695.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=329;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=92;NR=83;PP=2965;SC=CTGCCGCCGTCCTCTGCTACA;SOR=0.743;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=175;TCF=92;TCR=83;TR=175;WE=4337420;WS=4337402;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,326:1.00:326
chr17	4349508	rs56005249	G	A	9070.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=354;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=91;NR=98;PP=2965;SC=GGTATCACCCGTGGGTCTACT;SOR=0.739;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=189;TCF=91;TCR=98;TR=189;WE=4349516;WS=4349498;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,352:1.00:352
chr17	4350182	rs2047233	T	C	4546.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=77;NR=45;PP=2381;SC=CCCTGCCCCTTTGTTGCAGTG;SOR=1.199;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=125;TCF=77;TCR=48;TR=122;WE=4350190;WS=4350172;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,167:1.00:167
chr17	4350367	rs2047232	A	G	7119.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=54;NR=66;PP=2386;SC=CATTAGGGGGACGGGGGGTGG;SOR=0.815;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=121;TCF=54;TCR=67;TR=120;WE=4350382;WS=4350357;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,172:1.00:172
chr17	4350373	rs3055435	GGT	G	3848.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.283;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=61;PP=2386;ReadPosRankSum=-0.151;SC=GGGGACGGGGGGTGGTGGTCA;SOR=0.889;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=77;TCF=11;TCR=66;TR=71;WE=4350382;WS=4350357;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:6,132:0.96:138
chr17	4350407	rs2047231	G	C	2501.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=58;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=30;NR=56;PP=1383;SC=TTGGACATGTGGGGCCTCATA;SOR=1.214;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=86;TCF=30;TCR=56;TR=86;WE=4350415;WS=4350397;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr17	4351396	rs6502786	C	T	734.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=20;NR=5;PP=549;SC=CCCGGGGGTCCCTTGGGCTGT;SOR=2.584;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=20;TCR=5;TR=25;WE=4351404;WS=4351386;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr17	4351640	rs884250	G	A	10983.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=427;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=103;NR=133;PP=2965;SC=AGAAAAGCCCGTTTGTCTGCC;SOR=0.818;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=236;TCF=103;TCR=133;TR=236;WE=4351648;WS=4351630;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,423:1.00:423
chr17	4352636	rs34457931	G	A	5171.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=1.045;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=68;PP=2306;ReadPosRankSum=-0.422;SC=CGTGGTTCACGGGCTGCAGCC;SOR=0.963;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=118;TCF=49;TCR=69;TR=115;WE=4352644;WS=4352626;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,198:0.98:202
chr17	4402803	rs184566	T	C	1649.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=16;NR=34;PP=1137;SC=GCTTTTGGTCTCAGGCCTGCT;SOR=2.041;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=51;TCF=16;TCR=35;TR=50;WE=4402811;WS=4402793;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr17	4416638	rs9894697	G	A	8951.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=0.801;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=346;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=99;NR=91;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.143;SC=TCCCCCCCACGCCCAGGCGTT;SOR=0.723;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=191;TCF=99;TCR=92;TR=190;WE=4416646;WS=4416628;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,339:0.99:341
chr17	4416674	rs7214270	T	C	9580.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=0.682;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=364;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=91;NR=109;PP=2965;ReadPosRankSum=1.472;SC=GTCCTGTTGGTCGTCATCTGC;SOR=0.804;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=201;TCF=91;TCR=110;TR=200;WE=4416682;WS=4416664;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,359:0.99:361
chr17	4434489	rs62064929	C	T	7391.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=282;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=76;NR=104;PP=2965;SC=GAGATGTAATCCAGGCTAGGA;SOR=0.931;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=181;TCF=77;TCR=104;TR=180;WE=4434497;WS=4434479;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,278:1.00:278
chr17	4434617	rs62064930	G	A	1039.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=32;PP=917;SC=GTCAGAGCCAGACACAGCCCC;SOR=4.743;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=34;TCF=2;TCR=32;TR=34;WE=4434625;WS=4434607;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr17	4436005	rs9892232	T	C	4295.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=39;NR=76;PP=1894;SC=AGGGGTCTGGTGGGAAGAGAG;SOR=1.292;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=115;TCF=39;TCR=76;TR=115;WE=4436013;WS=4435995;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,166:1.00:166
chr17	4439313	rs1077200	A	G	2181.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=50;NR=13;PP=1298;SC=GCCCGGGGCCAGGGCCAAGCG;SOR=2.162;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=64;TCF=51;TCR=13;TR=63;WE=4439321;WS=4439303;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr17	4439356	rs74592437	C	T	7792.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=46.66;SOR=1.540;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,167:1.00:167
chr17	4439366	rs75075518	C	T	8115.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.71;SOR=1.464;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,190:1.00:190
chr17	4439497	rs12945732	A	G	18733.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.908;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=428;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=44.08;ReadPosRankSum=-0.421;SOR=0.963;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,423:1.00:425
chr17	4439501	rs1076071	C	G	20236.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=440;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=46.31;SOR=0.965;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,437:1.00:437
chr17	4439512	rs11658114	A	G	13320.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.599;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=483;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=29.02;ReadPosRankSum=-2.116;SOR=0.936;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:12,447:0.97:459
chr17	4439515	rs9908450	G	T	22129.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.019;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=495;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=44.89;ReadPosRankSum=-1.911;SOR=0.904;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:6,487:0.99:493
chr17	4439532	rs1076072	T	C	24476.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=1.302;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=621;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=57;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=205;NR=185;PP=2965;ReadPosRankSum=-2.201;SC=GGCTCTGCCCTGACATCCACC;SOR=0.795;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=394;TCF=207;TCR=187;TR=390;WE=4439540;WS=4439522;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:6,614:0.99:620
chr17	4442088	rs62064958	C	A	794.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=24;NR=4;PP=640;SC=GAGGGCCTGACAAGAGGATGG;SOR=3.690;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=30;TCF=25;TCR=5;TR=28;WE=4442096;WS=4442078;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr17	4443075	rs9905742	T	A	6217.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=62;NR=84;PP=2965;SC=TTCCTGCCCATGCTGGGGGGC;SOR=0.927;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=147;TCF=62;TCR=85;TR=146;WE=4443083;WS=4443065;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,226:1.00:226
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chr17	4448236	rs9910749	C	T	5763.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=123;NR=105;PP=2965;SC=AGAGGCCCAGCGGTCAGCCAG;SOR=1.399;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=230;TCF=124;TCR=106;TR=228;WE=4448244;WS=4448226;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,215:1.00:215
chr17	4448756	rs2306266	C	T	1809.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=7;NR=50;PP=1403;SC=CTAGGAGAGGCGGCCAGGCCA;SOR=3.150;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=57;TCF=7;TCR=50;TR=57;WE=4448764;WS=4448746;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr17	4451545	rs9907224	C	T	11166.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=-2.247;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=435;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=104;NR=146;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.265;SC=AGGTCCAGGGCTGCCCACCCT;SOR=0.597;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=251;TCF=105;TCR=146;TR=250;WE=4451553;WS=4451535;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,428:1.00:429
chr17	4455500	rs7206974	T	C	11276.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.604;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=453;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=114;NR=138;PP=2965;ReadPosRankSum=1.794;SC=CTTCCTTGAGTGCCAGGCGGA;SOR=0.510;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=254;TCF=116;TCR=138;TR=252;WE=4455508;WS=4455490;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,438:0.99:441
chr17	4458302	rs1871348	C	A	15033.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=574;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=164;NR=212;PP=2965;SC=AAGGTGCACGCCCCCGCGCAC;SOR=0.881;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=376;TCF=164;TCR=212;TR=376;WE=4458322;WS=4458292;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,567:1.00:567
chr17	4458314	rs1871347	C	T	13842.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=514;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=147;NR=203;PP=2965;SC=CCCGCGCACCCTGGCATCCAG;SOR=0.956;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=350;TCF=147;TCR=203;TR=350;WE=4458322;WS=4458292;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,510:1.00:510
chr17	4461748	rs7215121	G	A	4343.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=54;NR=56;PP=2314;SC=CACTGCTCTCGGGGCTCACAG;SOR=0.732;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=112;TCF=55;TCR=57;TR=110;WE=4461756;WS=4461738;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,155:1.00:155
chr17	4463023	rs11657054	G	A	2758.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=22;NR=56;PP=1600;SC=CACTACACGGGCCCAGGTTCC;SOR=1.681;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=78;TCF=22;TCR=56;TR=78;WE=4463031;WS=4463013;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr17	4495740	rs12449695	G	A	3081.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=31;NR=41;PP=1210;SC=CCAGCCGGGGGCAGGTAGGGC;SOR=0.885;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=73;TCF=31;TCR=42;TR=72;WE=4495748;WS=4495730;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr17	4497160	rs8080130	T	C	5245.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=54;NR=59;PP=1894;SC=GCTCTGGCTATGGGGCAGTGA;SOR=0.743;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=113;TCF=54;TCR=59;TR=113;WE=4497168;WS=4497150;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,205:1.00:205
chr17	4498682	rs4790655	C	G	1330.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=30;PP=834;SC=CCAGACGGGGCTTGGGTGGGT;SOR=2.511;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=7;TCR=30;TR=37;WE=4498690;WS=4498672;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr17	4500072	rs9906333	A	G	453.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=3;PP=221;SC=TGGTGGTGCCAGGACAGCCTC;SOR=1.493;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=12;TCF=9;TCR=3;TR=12;WE=4500080;WS=4500062;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr17	4500304	rs72634012	C	T	2417.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.939;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=27;PP=1091;ReadPosRankSum=-0.737;SC=GCTGCTGGGACGCCCCAGCTA;SOR=0.929;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=58;TCF=31;TCR=27;TR=58;WE=4500312;WS=4500294;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,92:0.98:94
chr17	4513974	rs111699059	A	AAAAG	4711.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.724;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=29;PP=1783;ReadPosRankSum=1.416;SC=CCTGTCTCAAAAAAGAAAGAA;SOR=0.981;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=47;TCF=16;TCR=31;TR=43;WE=4513982;WS=4513964;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:6,108:0.95:114
chr17	4513992	.	A	AAGAC	904	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;FR=0.5000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MMLQ=25;MQ=60.6;NF=15;NR=29;PP=904;QD=20.8181818182;SC=GAAAGAAAGAAAGAAAAATCC;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=65;TCF=27;TCR=38;TR=44;WE=4514000;WS=4513982;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:21,44:0.68:65
chr17	4535385	rs2619112	A	G	13949.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.870;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=512;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=172;NR=142;PP=2965;ReadPosRankSum=0.490;SC=GTCAGTGCCTACCAAGCACGC;SOR=0.788;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=318;TCF=173;TCR=145;TR=314;WE=4535393;WS=4535375;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,505:1.00:507
chr17	4535413	rs6502804	T	C	13723.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.535;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=525;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=166;NR=158;PP=2965;ReadPosRankSum=1.417;SC=GTGGTCCACCTGCACACAGAC;SOR=0.229;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=325;TCF=166;TCR=159;TR=324;WE=4535421;WS=4535403;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,515:1.00:516
chr17	4541744	rs899452	T	C	685.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=21;NR=2;PP=566;SC=CAACCATGCCTCCTTGACTCC;SOR=4.892;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=23;TCF=21;TCR=2;TR=23;WE=4541752;WS=4541734;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr17	4544729	rs9906597	A	G	4712.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=68;NR=35;PP=2015;SC=GCCAGAGGCCAACGGGGGCGC;SOR=1.141;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=105;TCF=70;TCR=35;TR=103;WE=4544737;WS=4544719;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,180:1.00:180
chr17	4544978	rs369435246	G	GAGA	3095.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=33;PP=1799;SC=CCTTCTGGTGGAGAAGGGTGG;SOR=1.965;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=44;TCF=2;TCR=42;TR=35;WE=4544986;WS=4544968;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr17	4545581	rs2255888	C	T	6819.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=259;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=100;NR=70;PP=2965;SC=CTCCCTGTTGCCTGCAGAATA;SOR=0.943;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=170;TCF=100;TCR=70;TR=170;WE=4545589;WS=4545571;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,257:1.00:257
chr17	4577950	rs8081507	C	A	11864.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=1.241;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=470;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=140;NR=124;PP=2965;ReadPosRankSum=0.145;SC=CAGGGCTCCCCCGCGGGCTAC;SOR=0.530;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=269;TCF=142;TCR=127;TR=264;WE=4577958;WS=4577940;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:7,458:0.98:465
chr17	4578007	rs4790673	C	G	13177.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=497;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=140;NR=144;PP=2965;SC=AGGCAAACAACAAGGCAAGAC;SOR=0.705;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=285;TCF=140;TCR=145;TR=284;WE=4578015;WS=4577997;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,493:1.00:493
chr17	4579937	rs9904806	G	A	2530.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.840;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=36;PP=1844;ReadPosRankSum=-0.670;SC=CAATGAGGCCGAAGGACACAG;SOR=0.321;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=81;TCF=44;TCR=37;TR=79;WE=4579945;WS=4579927;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,85:0.99:86
chr17	4580137	rs6502806	A	G	5947.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=61;NR=86;PP=2745;SC=GGAAGAGGCCAGTGAGCCAGC;SOR=0.915;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=148;TCF=61;TCR=87;TR=147;WE=4580145;WS=4580127;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,227:1.00:227
chr17	4580224	rs11078530	C	T	2829.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=15;NR=50;PP=1443;SC=CCTGTAGACACAAGAAGCAAA;SOR=1.586;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=65;TCF=15;TCR=50;TR=65;WE=4580232;WS=4580214;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr17	4586253	rs34352526	GA	G	2238.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=32;PP=1155;SC=TGGGTCTAAAGAAAAAAATAA;SOR=0.826;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=43;TCF=10;TCR=33;TR=41;WE=4586261;WS=4586243;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr17	4594847	rs7226084	T	C	1339.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=10;NR=29;PP=833;SC=TGAAGTCACATCTCCTCTGAG;SOR=1.981;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=39;TCF=10;TCR=29;TR=39;WE=4594855;WS=4594837;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr17	4622077	rs11463798	C	CT	384.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.109;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=1.795;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.86;ReadPosRankSum=-1.160;SOR=1.402;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,27:0.69:39
chr17	4637886	rs1051009	G	A	6151.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=236;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=96;NR=53;PP=2927;SC=ACCCTCACAAGCTTCCATTCT;SOR=1.125;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=150;TCF=96;TCR=54;TR=149;WE=4637894;WS=4637876;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,230:1.00:230
chr17	4638010	rs3744700	T	G	8425.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=314;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=79;NR=101;PP=2965;SC=TGGGGGATGATAGCTTGAACT;SOR=0.844;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=183;TCF=82;TCR=101;TR=180;WE=4638018;WS=4638000;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,310:1.00:310
chr17	4638484	rs1876444	T	C	3974.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=50;NR=44;PP=1602;SC=GGCACAGGACTGGCACTGTGG;SOR=0.774;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=95;TCF=50;TCR=45;TR=94;WE=4638492;WS=4638474;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,152:1.00:152
chr17	4638563	rs2277680	G	A	5015.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=60;NR=62;PP=2247;SC=CTCAGGCCCAGCTGCCAGACT;SOR=0.704;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=122;TCF=60;TCR=62;TR=122;WE=4638571;WS=4638553;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,191:1.00:191
chr17	4638737	rs1050998	A	G	4506.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.906;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=54;PP=2075;ReadPosRankSum=-0.917;SC=GGCCTGAGAAATTGGGGGGCT;SOR=0.765;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=107;TCF=53;TCR=54;TR=106;WE=4638745;WS=4638727;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,170:0.99:172
chr17	4641755	rs1050997	C	T	1984.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=22;NR=28;PP=948;SC=CCTTGTTGCCCCCACACACGC;SOR=0.864;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=50;TCF=22;TCR=28;TR=50;WE=4641763;WS=4641745;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr17	4642069	rs2250333	A	G	3961.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.945;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=34;PP=1988;ReadPosRankSum=0.992;SC=AGAGGCAGGTAAAATTACCTC;SOR=0.434;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=95;TCF=61;TCR=34;TR=94;WE=4642077;WS=4642059;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,144:0.99:145
chr17	4644491	rs9903643	A	G	1038.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=21;PP=592;SC=CTCCCTTCGGAAGCCCTCCCC;SOR=1.949;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=6;TCR=21;TR=27;WE=4644499;WS=4644481;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr17	4646480	rs12451720	C	T	1046.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=24;NR=6;PP=607;SC=GCTGTAGTGTCCCGTGATCAC;SOR=2.012;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=31;TCF=24;TCR=7;TR=30;WE=4646488;WS=4646470;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr17	4646533	rs369534237	C	CAA	2239.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.474;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.10;MQRankSum=0.442;QD=21.54;ReadPosRankSum=-1.729;SOR=0.807;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:9,95:0.91:104
chr17	4647002	rs8082690	A	G	4119.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=60;NR=42;PP=2019;SC=GAAGGAAGAAAGAGATGGGTC;SOR=0.988;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=102;TCF=60;TCR=42;TR=102;WE=4647010;WS=4646992;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,152:1.00:152
chr17	4648262	rs58866259	T	G	3721.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=39;NR=67;PP=2062;SC=TCTCCCCTCCTGCCTGGCCCC;SOR=1.171;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=106;TCF=39;TCR=67;TR=106;WE=4648270;WS=4648252;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,140:1.00:140
chr17	4686340	rs3853643	TT	GG	12914.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=293;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=76;NR=104;PP=2947;SC=CAGGTGAAATTTCTTGCGGTG;SOR=1.042;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=188;TCF=78;TCR=110;TR=180;WE=4686349;WS=4686330;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,290:1.00:290
chr17	4688996	rs2279962	A	C	3189.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=28;NR=52;PP=1940;SC=CGGGCCCCCCATTCACCAAGC;SOR=1.308;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=80;TCF=28;TCR=52;TR=80;WE=4689004;WS=4688986;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr17	4693054	rs12951761	G	A	13613.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=520;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=139;NR=175;PP=2965;SC=TCGCCCGCAGGTTCCTGACTC;SOR=0.850;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=316;TCF=140;TCR=176;TR=314;WE=4693062;WS=4693044;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,518:1.00:518
chr17	4693170	rs34850425	T	C	3307.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=26;NR=73;PP=1849;SC=TGGTCGCTGGTGGCCATGGCG;SOR=1.788;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=99;TCF=26;TCR=73;TR=99;WE=4693178;WS=4693160;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr17	4693342	rs35910358	C	A	2527.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=35;NR=26;PP=1168;SC=GAGGCCCGGACGCGGGCGTGC;SOR=0.919;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=61;TCF=35;TCR=26;TR=61;WE=4693350;WS=4693332;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr17	4693508	rs34421346	G	C	2172.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=21;NR=33;PP=1104;SC=GGCCGCGCTGGTCCGGGCCGC;SOR=1.079;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=54;TCF=21;TCR=33;TR=54;WE=4693516;WS=4693498;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr17	4699552	rs3169950	G	A	5748.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.733;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=81;NR=60;PP=2494;ReadPosRankSum=-1.062;SC=GGCCGGAGGCGTTCACTCCAG;SOR=0.910;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=143;TCF=82;TCR=61;TR=141;WE=4699560;WS=4699542;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,222:0.99:224
chr17	4699947	rs2241933	T	G	4221.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=62;NR=45;PP=2213;SC=TTTGTATTTTTGGAACTAGGT;SOR=0.966;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=107;TCF=62;TCR=45;TR=107;WE=4699955;WS=4699937;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,155:1.00:155
chr17	4710957	rs3867173	G	T	624.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=1.728;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.771;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=5;PP=394;ReadPosRankSum=1.106;SC=CGGTCAGGAGGCCGTGGGGGA;SOR=1.561;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=18;TCF=12;TCR=6;TR=17;WE=4710965;WS=4710949;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,23:0.96:24
chr17	4712314	rs3786043	G	A	4057.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=76;NR=42;PP=2210;SC=CTTTTCCTCCGAGCCCCATCT;SOR=1.223;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=120;TCF=77;TCR=43;TR=118;WE=4712322;WS=4712304;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,156:1.00:156
chr17	4712757	rs2286671	G	A	8631.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-2.408;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=335;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=123;NR=114;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.078;SC=AAAGCCAGGTGTCTCCTCCGG;SOR=0.737;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=240;TCF=125;TCR=115;TR=237;WE=4712765;WS=4712747;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,323:0.99:325
chr17	4714021	rs3081314	G	GGAAA	4847.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=47.07;SOR=1.679;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr17	4718776	rs1132448	G	A	3858.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=56;NR=45;PP=1811;SC=ACCAGGAGGAGGGTGTCCGTG;SOR=0.861;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=102;TCF=56;TCR=46;TR=101;WE=4718784;WS=4718766;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,152:1.00:152
chr17	4720469	rs1052748	C	T	16000.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=622;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=161;NR=162;PP=2965;SC=AAGACTCCCACATACCCCTAC;SOR=0.700;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=323;TCF=161;TCR=162;TR=323;WE=4720477;WS=4720459;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,620:1.00:620
chr17	4722299	rs2326097	T	C	1125.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=25;NR=6;PP=802;SC=GTAGGAAGAGTTTCTGGAGTG;SOR=2.368;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=25;TCR=6;TR=31;WE=4722307;WS=4722293;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr17	4750573	rs9890271	G	A	669.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=17;PP=520;SC=ATGGAGTCTCGCTCAGGCTGG;SOR=2.833;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=3;TCR=17;TR=20;WE=4750581;WS=4750563;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr17	4758174	rs73341669	C	A	4593.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=45;NR=61;PP=2362;SC=GAGTAAGAAGCGCTGAGAAAA;SOR=0.900;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=107;TCF=46;TCR=61;TR=106;WE=4758182;WS=4758164;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,168:1.00:168
chr17	4774476	.	ATT	A	115.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.420;ClippingRankSum=-0.000;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=3.274;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=5.79;ReadPosRankSum=0.258;SOR=2.712;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,9:0.45:20
chr17	4778487	rs8078776	G	A	2691.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=1.064;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=49;PP=1630;ReadPosRankSum=-0.876;SC=AACTGAAGACGGATGAGATGA;SOR=1.237;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=78;TCF=29;TCR=49;TR=76;WE=4778495;WS=4778477;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,98:0.98:100
chr17	4795307	rs2586532	C	T	3523.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=55;NR=29;PP=1645;SC=TAACCCTGGACGTATTCACTA;SOR=1.144;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=84;TCF=55;TCR=29;TR=84;WE=4795315;WS=4795297;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr17	4795619	rs36079581	TG	T	1313.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=29;NR=24;PP=1995;SC=CCTACCCGCCTGGGGGTGGGA;SOR=1.721;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=62;TCF=31;TCR=31;TR=53;WE=4795627;WS=4795609;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr17	4835852	rs81663	A	T	3436.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=88;NR=11;PP=2170;SC=GGATGCTTCCAGGGGATGCAG;SOR=4.523;SbPval=0.99;Source=Platypus;TC=114;TCF=88;TCR=26;TR=99;WE=4835860;WS=4835842;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr17	4837171	.	GGAGCCCACCTCAGAGCCCGCCCCCAGCCCGACCACCCCA	G	1405.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=85;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.70;QD=30.56;SOR=7.701;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr17	4837952	rs199616811	A	AG	755.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=20;PP=830;SC=ACAGGGTGATAGGGAGGGGTC;SOR=3.014;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=0;TCR=21;TR=20;WE=4837960;WS=4837942;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr17	4845724	.	C	T	7423.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.909;ClippingRankSum=0.000;DP=296;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=88;NR=90;PP=2965;ReadPosRankSum=0.963;SC=GTCTTTATTGCGCTGCTTCGA;SOR=0.787;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=180;TCF=89;TCR=91;TR=178;WE=4845732;WS=4845714;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,289:0.99:293
chr17	4845768	rs238247	G	A	6699.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.604;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=262;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=86;NR=93;PP=2965;ReadPosRankSum=2.084;SC=CAAGGTTGCTGAATGAGGAAG;SOR=0.816;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=179;TCF=86;TCR=93;TR=179;WE=4845776;WS=4845758;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,257:0.99:259
chr17	4856376	rs238238	A	G	6656.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.092;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=244;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=77;NR=87;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.569;SC=AACATCAACAATACTCTGGGC;SOR=0.255;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=165;TCF=77;TCR=88;TR=164;WE=4856384;WS=4856366;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,241:1.00:242
chr17	4856580	rs238239	T	C	8020.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=310;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=91;NR=109;PP=2965;SC=CTAAGCGTTGTGGATCAAGAA;SOR=0.846;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=200;TCF=91;TCR=109;TR=200;WE=4856588;WS=4856570;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,306:1.00:306
chr17	4856812	rs238240	C	G	1287.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.603;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=12;PP=902;ReadPosRankSum=-0.569;SC=CAGGCCTGGGCCGGGCTGTGG;SOR=0.981;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=40;TCF=28;TCR=12;TR=39;WE=4856820;WS=4856810;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,41:0.98:42
chr17	4859102	.	T	TTGTCTCTGCTC	2125.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=40.11;SOR=1.938;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr17	4859156	.	C	T	67	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;FR=0.5000;HP=2;HapScore=3;MGOF=53;MMLQ=28;MQ=57.7;NF=4;NR=2;PP=67;QD=16.9618687579;SC=CTGTCTCTGCCCTGTCTCTGC;SbPval=0.06;Source=Platypus;TC=26;TCF=7;TCR=19;TR=6;WE=4859175;WS=4859154;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:20,6:0.23:26
chr17	4859156	.	CCTGTCTCTGCT	C	483.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.905;ClippingRankSum=0.000;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=30.23;ReadPosRankSum=-1.232;SOR=0.412;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,15:0.94:16
chr17	4863410	rs238224	A	G	6657.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=245;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=83;NR=75;PP=2965;SC=CAAACTCCTGAAGAAGAGCAG;SOR=0.770;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=158;TCF=83;TCR=75;TR=158;WE=4863418;WS=4863400;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,241:1.00:241
chr17	4875566	rs238230	T	C	9725.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.992;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=379;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=106;NR=122;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.931;SC=CAGCGTCCTCTGGAGCAGCCC;SOR=0.772;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=230;TCF=107;TCR=123;TR=228;WE=4875574;WS=4875556;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,368:0.99:370
chr17	4877120	rs238229	G	A	7777.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=309;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=88;NR=126;PP=2965;SC=CTGGCTTGAGGTGGCCTTGGC;SOR=1.007;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=217;TCF=90;TCR=127;TR=214;WE=4877128;WS=4877110;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,297:1.00:297
chr17	4881776	.	C	A	5142.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.816;ClippingRankSum=0.000;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=90;NR=53;PP=2685;ReadPosRankSum=-1.068;SC=AGTCCCTCCCCCTACGGTTCC;SOR=1.132;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=143;TCF=90;TCR=53;TR=143;WE=4881784;WS=4881766;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,194:0.99:196
chr17	4882952	rs1859434	G	A	3062.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=28.36;SOR=1.524;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr17	4883818	rs238234	C	G	2231.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.384;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=26.26;ReadPosRankSum=0.877;SOR=1.056;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,84:0.99:85
chr17	4885537	.	C	T	9383.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=0.456;ClippingRankSum=0.000;DP=398;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.800;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.111;NF=132;NR=136;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.193;SC=GCAGGAATCCCAATCTTTCCA;SOR=0.243;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=272;TCF=132;TCR=140;TR=268;WE=4885545;WS=4885527;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,366:0.99:368
chr17	4885982	rs238233	G	A	1402.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=1.201;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=7;PP=960;ReadPosRankSum=0.532;SC=AGCCCAGGTCGGGCTAGAGCC;SOR=1.085;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=46;TCF=39;TCR=7;TR=44;WE=4885990;WS=4885972;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,50:0.96:52
chr17	4886037	rs238232	A	G	3269.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.868;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=34;PP=1749;ReadPosRankSum=-1.031;SC=TGAGCTGAATATCTGACTCTC;SOR=1.142;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=91;TCF=56;TCR=35;TR=89;WE=4886045;WS=4886027;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,121:0.98:123
chr17	4890843	rs8071428	T	C	4480.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=86;NR=43;PP=2478;SC=AGCTGCGCCCTCTGGCGCGGG;SOR=1.416;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=131;TCF=86;TCR=45;TR=129;WE=4890851;WS=4890833;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,164:1.00:164
chr17	4891956	rs426475	G	A	1580.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=34;NR=14;PP=994;SC=TCTCACCTACGTTATTTTTGT;SOR=1.569;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=48;TCF=34;TCR=14;TR=48;WE=4891964;WS=4891946;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr17	4893357	rs427703	G	C	5696.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=82;NR=61;PP=2815;SC=GAAATTAACCGCAGACTAGGG;SOR=0.941;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=143;TCF=82;TCR=61;TR=143;WE=4893365;WS=4893347;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,214:1.00:214
chr17	4907989	rs391271	A	G	5841.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.656;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=76;NR=92;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.920;SC=GAAGAGTGCCAGGAGTTCAGA;SOR=0.872;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=173;TCF=78;TCR=95;TR=168;WE=4907997;WS=4907979;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,216:0.98:220
chr17	4926882	rs346828	A	G	3524.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=49;NR=28;PP=1519;SC=CCCCCTCGCCACCACTGTCAA;SOR=1.089;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=77;TCF=49;TCR=28;TR=77;WE=4926890;WS=4926872;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,135:1.00:135
chr17	4936972	rs346821	G	A	8922.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=335;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=103;NR=110;PP=2965;SC=CAGCTGATGGGCCTCAGGGTC;SOR=0.756;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=215;TCF=104;TCR=111;TR=213;WE=4936980;WS=4936962;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,328:1.00:328
chr17	4937575	rs346822	T	C	11747.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=447;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=134;NR=139;PP=2965;SC=CGGGGCCAGCTGCCTCCACAG;SOR=0.707;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=273;TCF=134;TCR=139;TR=273;WE=4937583;WS=4937565;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,445:1.00:445
chr17	4937982	rs346824	T	C	3451.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=21;NR=59;PP=1961;SC=GATGCTTTGGTTCTTCTGGAA;SOR=1.629;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=80;TCF=21;TCR=59;TR=80;WE=4937990;WS=4937972;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr17	5036122	.	C	G	580	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;FR=0.5000;HP=3;HapScore=1;MGOF=42;MMLQ=28;MQ=54.85;NF=11;NR=1;PP=580;QD=51.2309343789;SC=CCCACCAGGGCTCCAGAGCCC;SbPval=0.93;Source=Platypus;TC=52;TCF=41;TCR=11;TR=12;WE=5036130;WS=5036096;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:40,12:0.23:52
chr17	5036191	rs75631218	G	A	5275.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-2.051;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=260;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.960;HP=2;HapScore=4;MGOF=33;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=-9.435;NF=44;NR=27;PP=2962;ReadPosRankSum=-2.009;SC=ACTCCAACATGCCTCATTTGA;SOR=0.604;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=161;TCF=100;TCR=61;TR=71;WE=5036232;WS=5036181;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:130,130:0.50:260
chr17	5036205	rs80328123	A	C	6658.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.228;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=328;ExcessHet=3.0103;FS=1.332;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.54;MQRankSum=-10.396;QD=20.30;ReadPosRankSum=0.061;SOR=0.793;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:163,165:0.50:328
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chr17	5036214	rs114647990	C	T	7266.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.308;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=354;ExcessHet=3.0103;FS=4.149;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.67;MQRankSum=-10.415;QD=20.53;ReadPosRankSum=1.317;SOR=0.909;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:175,179:0.51:354
chr17	5036224	rs72830922	C	G	7820.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.981;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=407;ExcessHet=3.0103;FS=0.528;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.78;MQRankSum=-10.284;QD=19.22;ReadPosRankSum=0.623;SOR=0.787;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:190,217:0.53:407
chr17	5036274	rs78465432	C	A	9259.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.186;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=437;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.47;MQRankSum=-8.473;QD=21.24;ReadPosRankSum=2.429;SOR=0.673;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:196,240:0.55:436
chr17	5036281	rs76236903	G	C	9139.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.432;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=415;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.73;MQRankSum=-7.680;QD=22.02;ReadPosRankSum=1.561;SOR=0.695;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:183,232:0.56:415
chr17	5036329	rs72830923	A	G	2857.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.668;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=243;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.569;HP=2;HapScore=2;MGOF=52;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-5.659;NF=45;NR=53;PP=1488;ReadPosRankSum=-0.145;SC=TCTCTGCAGAAACAGGGGACA;SOR=0.584;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=183;TCF=79;TCR=104;TR=98;WE=5036337;WS=5036319;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:109,133:0.55:242
chr17	5036383	rs76207017	C	T	1069.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=6.167;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.077;HP=6;HapScore=2;MGOF=36;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-3.534;NF=6;NR=34;PP=735;ReadPosRankSum=1.252;SC=TCTCAGAGGGCGGGTGGCACA;SOR=0.859;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=83;TCF=10;TCR=73;TR=40;WE=5036391;WS=5036373;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,44:0.47:94
chr17	5048207	rs2304447	A	G	3259.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=23;NR=73;PP=2165;SC=AAATGTTCTGACCACAAATAC;SOR=2.324;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=98;TCF=23;TCR=75;TR=96;WE=5048215;WS=5048197;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr17	5058808	rs9899177	G	A	12061.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.752;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=460;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQRankSum=-0.190;NF=138;NR=147;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.151;SC=GTGCATACCCGGAAGAAAGAC;SOR=0.729;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=294;TCF=145;TCR=149;TR=285;WE=5058816;WS=5058798;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,452:1.00:454
chr17	5066305	rs2307138	A	T	4151.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=38;NR=65;PP=1968;SC=AAAGGGTAAGAATTTAGGGCC;SOR=1.054;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=103;TCF=38;TCR=65;TR=103;WE=5066313;WS=5066295;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,159:1.00:159
chr17	5084763	rs1689965	G	A	11737.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=444;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=124;NR=178;PP=2965;SC=GTTTTCTCACGTTCTTCAAGT;SOR=0.983;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=302;TCF=124;TCR=178;TR=302;WE=5084771;WS=5084753;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,436:1.00:436
chr17	5085893	rs4115657	C	T	11453.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.503;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=436;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQ=59.97;MQRankSum=0.000;NR=144;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.637;SC=CCCTAAGCTCCTCATCCTGGC;SOR=0.478;Source=Platypus;TCR=148;WE=5085901;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,425:1.00:426
chr17	5087040	rs9908414	A	G	5728.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.487;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=102;PP=2965;ReadPosRankSum=1.715;SC=CTGATGTATAATAAGATTTGA;SOR=0.461;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=161;TCF=58;TCR=103;TR=160;WE=5087048;WS=5087030;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,208:1.00:209
chr17	5087602	rs2641232	C	G	1018.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=1;NR=29;PP=805;SC=TTCTATAATTCCTAAAATACA;SOR=4.112;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=30;TCF=1;TCR=29;TR=30;WE=5087610;WS=5087592;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr17	5124352	rs137985713	C	CA	36.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.914;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.20;MQRankSum=1.835;QD=0.72;ReadPosRankSum=-0.055;SOR=0.560;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:40,11:0.22:51
chr17	5126674	rs2641256	A	G	9161.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=75;NR=52;PP=2501;SC=TGAGGCCCAGACCCACAGAGA;SOR=0.915;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=128;TCF=75;TCR=53;TR=127;WE=5126682;WS=5126664;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,207:1.00:207
chr17	5126689	rs2585271	G	A	9436.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=74;NR=60;PP=2579;SC=CAGAGACAACGATGATGGCCA;SOR=0.827;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=134;TCF=74;TCR=60;TR=134;WE=5126697;WS=5126679;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,220:1.00:220
chr17	5126876	rs2641255	C	T	1068.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=7;NR=26;PP=671;SC=CTCACTCTGTCGCCCAGGCTG;SOR=2.613;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=7;TCR=26;TR=33;WE=5126884;WS=5126866;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr17	5268356	rs71151866	TA	T	565.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-1.167;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=13;HapScore=3;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.381;NF=17;NR=6;PP=305;ReadPosRankSum=-0.982;SC=GAGTTAGATTTAAAAAAAAAA;SOR=0.929;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=30;TCF=21;TCR=9;TR=23;WE=5268365;WS=5268346;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,33:0.94:35
chr17	5328659	.	CT	C	302.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.176;ClippingRankSum=0.000;DP=118;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.15;ReadPosRankSum=-0.129;SOR=0.688;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:61,35:0.36:96
chr17	5334804	.	T	TA	377.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.528;ClippingRankSum=0.000;DP=114;ExcessHet=3.0103;FS=0.977;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.19;MQRankSum=1.425;QD=3.93;ReadPosRankSum=-1.910;SOR=0.508;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:59,37:0.39:96
chr17	5338093	.	A	AT	30.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.060;ClippingRankSum=0.000;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.63;ReadPosRankSum=-0.848;SOR=0.909;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,10:0.20:49
chr17	5342425	rs56383756	A	G	220.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=5;PP=112;SC=GTGCAGATGCAAAGGACAACC;SOR=1.402;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=7;TCF=2;TCR=5;TR=7;WE=5342433;WS=5342415;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr17	5421005	rs56750129	TC	AA	5953.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;JOINED;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=69;NR=28;PP=2947;SC=TGTGCCCAGCTCCTTCATTGA;SOR=1.681;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=105;TCF=74;TCR=31;TR=97;WE=5421014;WS=5420995;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,134:1.00:134
chr17	5424129	rs12946467	C	G	830.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=21;NR=5;PP=595;SC=AGCCCTGAGACCTGCCCCACA;SOR=2.753;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=21;TCR=5;TR=26;WE=5424137;WS=5424119;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
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chr17	5425077	rs11651270	T	C	1015.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=7;NR=18;PP=572;SC=AAGTGGGCCATTTGGAACAGG;SOR=1.547;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=7;TCR=18;TR=25;WE=5425085;WS=5425067;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
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chr17	5485367	rs12150220	A	T	1706.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=23;NR=28;PP=879;SC=TTGGTAGAGGAGTGAGGCAGA;SOR=0.886;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=51;TCF=23;TCR=28;TR=51;WE=5485375;WS=5485357;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr17	5991344	rs2302836	C	T	3758.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=44;NR=41;PP=1486;SC=ACGATGGCCACGAGAGGACTC;SOR=0.721;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=85;TCF=44;TCR=41;TR=85;WE=5991352;WS=5991334;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,144:1.00:144
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chr17	6330068	rs2292546	T	C	11194.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=430;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=143;NR=122;PP=2965;SC=GCACCTCCCATGGCTTCTCCT;SOR=0.791;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=266;TCF=144;TCR=122;TR=265;WE=6330076;WS=6330058;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,428:1.00:428
chr17	6331803	rs8075035	T	C	6926.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.448;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=265;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=85;NR=99;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.322;SC=GGCTCCGGGATAGGATGGGGT;SOR=0.266;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=185;TCF=85;TCR=100;TR=184;WE=6331811;WS=6331793;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,259:1.00:260
chr17	6331836	rs12453262	T	G	5188.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.594;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=82;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.920;SC=GCTGTGGGGATAAACGGATGG;SOR=0.362;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=141;TCF=58;TCR=83;TR=139;WE=6331844;WS=6331826;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,186:0.99:187
chr17	6350727	rs12947546	C	T	2806.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=37;NR=29;PP=1195;SC=TGAGCCACCGCGCCCGGCCTA;SOR=0.830;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=66;TCF=37;TCR=29;TR=66;WE=6350735;WS=6350717;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr17	6352863	rs34107703	C	T	2104.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=1.080;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=42;PP=1290;ReadPosRankSum=0.914;SC=GCCTCAGTCTCCCTCATCTCA;SOR=1.580;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=63;TCF=19;TCR=44;TR=60;WE=6352871;WS=6352853;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,78:0.98:80
chr17	6353679	rs7218283	A	C	4863.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=2.298;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=47;PP=2278;ReadPosRankSum=-0.551;SC=CTCTGTCTTGAAGGAAACAAG;SOR=0.292;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=108;TCF=61;TCR=47;TR=107;WE=6353687;WS=6353669;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,182:0.99:183
chr17	6371780	rs34536093	T	A	2056.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=15;NR=47;PP=1219;SC=CCCCCCAACCTCACAGCCTGG;SOR=1.893;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=62;TCF=15;TCR=47;TR=62;WE=6371788;WS=6371770;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr17	6377986	rs12452411	T	C	1199.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=9;NR=24;PP=737;SC=TGCGGGAGTGTTCACACAGCA;SOR=1.981;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=9;TCR=24;TR=33;WE=6377994;WS=6377976;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr17	6381939	rs938288	G	A	6533.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=0.589;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=256;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=62;PP=2356;ReadPosRankSum=-0.665;SC=GCTCGATGACGGTGGCGACAG;SOR=0.750;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=118;TCF=55;TCR=63;TR=116;WE=6381947;WS=6381929;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,251:0.99:253
chr17	6387482	rs11656015	G	C	3028.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=61;NR=26;PP=1944;SC=GAGGGCTCTTGCTAAAATCCT;SOR=1.655;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=87;TCF=61;TCR=26;TR=87;WE=6387490;WS=6387472;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr17	6406731	rs3809836	T	C	201.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=0;PP=106;SC=GCAGGCAAGATGGCAGGGATC;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=6;WE=6406739;WS=6406721;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr17	6428620	rs3809834	C	G	4942.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=79;NR=48;PP=2285;SC=GCCCTACAGCCCCCCCTGCAA;SOR=1.081;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=127;TCF=79;TCR=48;TR=127;WE=6428628;WS=6428610;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,192:1.00:192
chr17	6441164	rs165106	T	C	651.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=18;NR=4;PP=470;SC=TCTTGGCACATCCACAGGATG;SOR=2.833;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=22;TCF=18;TCR=4;TR=22;WE=6441172;WS=6441154;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr17	6483046	rs3744720	T	C	2899.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.086;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.511;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=32;PP=1462;ReadPosRankSum=-0.973;SC=GTGACACAAATGGCCTCGCCT;SOR=1.066;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=91;TCF=57;TCR=34;TR=87;WE=6483054;WS=6483036;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,111:0.97:114
chr17	6493056	rs367918	T	C	791.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=20;NR=5;PP=524;SC=TCTAAAATTTTGCAATTTGGT;SOR=2.387;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=20;TCR=5;TR=25;WE=6493064;WS=6493046;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr17	6493198	rs1443417	T	C	2694.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=27;NR=26;PP=1008;SC=GATGCTGTGCTGCATACCCGG;SOR=0.752;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=53;TCF=27;TCR=26;TR=53;WE=6493206;WS=6493188;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr17	6493391	rs2278646	C	T	870.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=6;NR=17;PP=486;SC=TGTTAATTTACCCTCATGGTT;SOR=1.609;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=6;TCR=17;TR=23;WE=6493399;WS=6493381;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr17	6503518	rs2289640	C	T	616.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=16;NR=0;PP=440;SC=CCCCTTGTCCCTTTATCTCTA;SOR=5.994;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=16;TCR=0;TR=16;WE=6503526;WS=6503515;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr17	6511781	rs4796519	A	G	4048.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-2.350;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=55;PP=1838;ReadPosRankSum=-0.860;SC=TTAGCCATGCAGCACTGAAAT;SOR=0.998;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=95;TCF=39;TCR=56;TR=93;WE=6511789;WS=6511771;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,155:0.99:157
chr17	6513329	rs2304977	G	A	2241.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=45;NR=15;PP=1273;SC=AGGAGACGCTGGTGGGGATGT;SOR=1.697;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=61;TCF=46;TCR=15;TR=60;WE=6513337;WS=6513319;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr17	6515387	rs2289642	A	G	11759.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.604;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=465;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=142;NR=179;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.980;SC=TCCTTCTTCCAGAACTATATC;SOR=0.495;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=326;TCF=144;TCR=182;TR=321;WE=6515395;WS=6515377;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,449:0.99:452
chr17	6515454	rs2289643	C	T	7327.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.411;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=262;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=142;PP=2965;ReadPosRankSum=1.898;SC=AGCTCCGTATCGGGCTGATAC;SOR=0.671;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=204;TCF=61;TCR=143;TR=203;WE=6515462;WS=6515444;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,261:1.00:262
chr17	6524298	rs9889363	T	A	872.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-1.312;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.915;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=16;PP=543;ReadPosRankSum=0.855;SC=ACAGTTTCTTTTCCAGGAGAG;SOR=0.197;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=30;TCF=12;TCR=18;TR=28;WE=6524306;WS=6524288;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,34:0.94:36
chr17	6524358	rs8074991	G	A	447.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=-0.949;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=12;PP=330;ReadPosRankSum=1.546;SC=AGTTTATCTCGCAAAAGTATG;SOR=0.622;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=19;TCF=6;TCR=13;TR=18;WE=6524366;WS=6524348;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,18:0.95:19
chr17	6531648	rs2072149	A	G	4933.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=68;NR=61;PP=2497;SC=CTTTGGCACCAGAGCTGGAGA;SOR=0.771;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=130;TCF=69;TCR=61;TR=129;WE=6531656;WS=6531638;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,185:1.00:185
chr17	6555546	rs56268735	C	CG	16190.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=478;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=51;NR=136;PP=2974;SC=CCCGACCCCGCGGCCAAGCCG;SOR=0.822;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=197;TCF=55;TCR=142;TR=187;WE=6555554;WS=6555536;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,458:1.00:458
chr17	6558645	rs8077691	G	A	307.56	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=2.444;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=2.963;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=2;PP=217;ReadPosRankSum=-0.449;SC=GTGTGTGTGTGTGTGCATGTC;SOR=1.981;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=12;TCF=9;TCR=3;TR=10;WE=6558653;WS=6558639;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,12:0.86:14
chr17	6558768	rs8078913	C	T	1307.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.628;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.64;ReadPosRankSum=-0.619;SOR=1.498;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,50:0.98:51
chr17	6562141	rs17842437	G	A	84.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=39.33;MQRankSum=-0.084;QD=14.13;ReadPosRankSum=1.834;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,4:0.67:6
chr17	6596497	.	AAC	A	63.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.144;ClippingRankSum=0.000;DP=118;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.55;ReadPosRankSum=0.988;SOR=0.784;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,7:0.28:25
chr17	6659324	rs3785793	A	G	1533.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.63;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=25;NR=8;PP=655;SC=GGGCTGGGCCATCGGAAAACT;SOR=1.460;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=25;TCR=8;TR=33;WE=6659332;WS=6659314;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr17	6662948	rs3833979	G	GGT	48.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.768;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=1.902;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.35;ReadPosRankSum=1.414;SOR=0.242;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,6:0.17:36
chr17	6733672	rs8078571	T	C	2822.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=19;NR=51;PP=1245;SC=GGAACTTGGGTGGAGGTTGTA;SOR=1.462;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=70;TCF=19;TCR=51;TR=70;WE=6733680;WS=6733662;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr17	6899559	rs312467	C	G	1297.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=18;NR=14;PP=516;SC=AGCTGCGGCCCGCGCGGGGCG;SOR=0.853;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=33;TCF=18;TCR=15;TR=32;WE=6899567;WS=6899549;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr17	6900383	rs312468	T	C	598.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=13;PP=352;SC=GCACAAGGTCTCGGGAACTGC;SOR=2.200;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=16;TCF=3;TCR=13;TR=16;WE=6900391;WS=6900373;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr17	6902179	rs312470	G	A	4210.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=49;NR=58;PP=2282;SC=CTAGACCTCGGAGTGAAATAA;SOR=0.788;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=108;TCF=50;TCR=58;TR=107;WE=6902187;WS=6902169;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,153:1.00:153
chr17	6904934	rs434473	A	G	6073.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.797;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=239;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=87;NR=55;PP=2965;ReadPosRankSum=1.598;SC=CAGCCTCCCAACCCCAGCTCT;SOR=0.773;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=145;TCF=89;TCR=56;TR=142;WE=6904942;WS=6904924;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:7,226:0.97:233
chr17	6909377	.	GCC	G	99	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.64;FR=1.0000;HP=3;HapScore=2;MGOF=77;MMLQ=28;MQ=58.88;NF=2;NR=0;PP=99;QD=74.640143618;SC=AAATGGTGGGGCCGGGGGGGG;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=7;TCR=4;TR=2;WE=6909386;WS=6909366;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:9,2:0.18:11
chr17	6909378	rs5819132	C	T	842.77	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.82;QD=42.14;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr17	6909379	rs3934010	C	G	842.77	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.81;QD=46.82;SOR=0.914;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr17	6913652	rs312462	G	A	7652.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-3.568;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=308;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=93;NR=90;PP=2965;ReadPosRankSum=0.290;SC=TGGAAAAGCTGGAAAAGGAGA;SOR=0.376;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=187;TCF=95;TCR=92;TR=183;WE=6913660;WS=6913642;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,298:0.99:301
chr17	6915401	rs2271316	C	G	1224.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=22;NR=9;PP=557;SC=AAACCATGCCCGATCCCCAAA;SOR=1.609;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=22;TCR=9;TR=31;WE=6915409;WS=6915391;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr17	6919093	rs14309	T	C	4957.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=75;NR=74;PP=2618;SC=CTTCTGACAGTGCGAAGTGGA;SOR=1.173;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=149;TCF=75;TCR=74;TR=149;WE=6919101;WS=6919083;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,190:1.00:190
chr17	6927350	rs312461	A	G	1226.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=22;NR=15;PP=723;SC=GAAGCTGCGCATGTCTCCCTT;SOR=1.085;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=22;TCR=15;TR=37;WE=6927358;WS=6927340;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr17	6928019	rs146207245	C	CCAG	3007.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.800;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQ=60.09;MQRankSum=0.735;NF=7;NR=45;PP=2466;ReadPosRankSum=2.206;SC=GACGAGGCCTCCAGCAGCAGC;SOR=0.630;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=104;TCF=13;TCR=91;TR=52;WE=6928039;WS=6928009;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,134:0.78:171
chr17	6929924	rs379478	T	C	9139.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=331;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=136;NR=76;PP=2965;SC=TTGCCAGTCATCGTACAGTGC;SOR=1.158;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=212;TCF=136;TCR=76;TR=212;WE=6929932;WS=6929914;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,325:1.00:325
chr17	6933217	rs421264	T	G	2075.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=42;PP=1286;SC=GTGTGGAGGCTGCAGGGAGAA;SOR=1.997;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=55;TCF=13;TCR=42;TR=55;WE=6933225;WS=6933207;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr17	7011087	.	T	TACACATTACACACACCGC	15881.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.64;DP=344;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=57;NR=71;PP=2974;SC=ACCGCACACGTACACACTACA;SOR=0.956;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=144;TCF=66;TCR=78;TR=128;WE=7011095;WS=7011077;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,335:1.00:335
chr17	7011129	rs530779	C	T	12696.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.62;DB;DP=489;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=91;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=136;NR=128;PP=2965;SC=CACGCACATGCGCACACACCC;SOR=0.739;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=264;TCF=136;TCR=128;TR=264;WE=7011137;WS=7011119;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,485:1.00:485
chr17	7012073	rs2304980	G	T	9375.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.96;SOR=0.884;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,204:1.00:204
chr17	7012077	rs2304979	C	T	9624.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.40;SOR=0.921;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,212:1.00:212
chr17	7012079	rs2304978	C	T	9624.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.56;SOR=0.938;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,216:1.00:216
chr17	7080111	rs34652175	TCA	T	158.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.643;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FS=5.151;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.07;ReadPosRankSum=0.102;SOR=1.336;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:126,23:0.15:149
chr17	7096707	rs3215125	TC	T	938.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=16;NR=9;PP=921;SC=TACACACCGATCCCCCAGGAG;SOR=1.765;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=33;TCF=22;TCR=11;TR=25;WE=7096715;WS=7096705;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr17	7111624	rs178471	T	C	1394.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=35;PP=839;SC=CTGGCCGCCCTGGCCGCCGCC;SOR=2.348;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=43;TCF=8;TCR=35;TR=43;WE=7111632;WS=7111614;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr17	7121785	rs2521985	T	C	2451.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=31;NR=42;PP=1554;SC=AAATGATCTCTGGGCTCCCAA;SOR=1.127;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=74;TCF=31;TCR=43;TR=73;WE=7121793;WS=7121775;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr17	7123240	rs139223575	T	TGGGCGTGCAGGACGC	7231.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=37;PP=2900;SC=CGCCAGGACGTGGGCGTGCAG;SOR=0.786;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=64;TCF=15;TCR=49;TR=46;WE=7123248;WS=7123230;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,155:1.00:155
chr17	7124768	.	T	C	299	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;FR=1.0000;HP=2;HapScore=2;MGOF=150;MMLQ=26;MQ=60.9;NF=15;NR=4;PP=299;QD=17.5669059235;SC=CTGCCCTAGGTCAGGAACTGC;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=15;TCR=4;TR=19;WE=7124776;WS=7124763;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr17	7127718	rs17671352	T	C	7230.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.643;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=287;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=81;NR=106;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.145;SC=AGCTGGTAAGTGGCCAGGGGT;SOR=0.489;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=191;TCF=82;TCR=109;TR=187;WE=7127726;WS=7127708;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,274:0.99:277
chr17	7129840	rs35594616	T	C	2821.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=31;NR=47;PP=1662;SC=GGGCAGGGTATTGGTAGGAGA;SOR=1.134;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=78;TCF=31;TCR=47;TR=78;WE=7129848;WS=7129830;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr17	7129974	rs2074222	A	G	1629.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.62;SOR=0.871;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr17	7132556	rs222837	C	T	6477.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-2.046;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=250;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=78;NR=88;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.621;SC=GCTCATTGCTCTGGCCAACAA;SOR=0.244;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=167;TCF=78;TCR=89;TR=166;WE=7132564;WS=7132546;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,242:1.00:243
chr17	7133162	rs222836	G	A	3253.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.172;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=45;PP=1791;ReadPosRankSum=-0.830;SC=AGTCCCCCAGGCTGGTACTCT;SOR=0.762;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=85;TCF=39;TCR=46;TR=83;WE=7133170;WS=7133152;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,118:0.98:120
chr17	7134129	rs222835	A	G	12180.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=0.716;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=469;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=149;NR=150;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.986;SC=GCCAAGCGACAAGGTAGAGGT;SOR=1.006;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=303;TCF=150;TCR=153;TR=299;WE=7134137;WS=7134119;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,466:1.00:468
chr17	7141140	rs77234976	C	G	1526.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=28;PP=821;SC=CTCCCCCTTCCGCCCCGCGAG;SOR=1.412;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=12;TCR=28;TR=40;WE=7141148;WS=7141130;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr17	7145492	rs58574748	C	CA	6384.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=45;NR=42;PP=2936;SC=CTGCCTGTCCCGATCCAAGGC;SOR=1.267;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=87;TCF=45;TCR=42;TR=87;WE=7145500;WS=7145482;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,159:1.00:159
chr17	7150552	rs2074217	A	G	4744.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=57;NR=49;PP=1880;SC=ACCCAGAGCTAGCCCCTACTT;SOR=0.749;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=107;TCF=57;TCR=50;TR=106;WE=7150560;WS=7150542;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,183:1.00:183
chr17	7154534	rs414206	G	A	12771.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=512;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=124;NR=201;PP=2965;SC=TGCCTCCGCAGAAGGTAAATG;SOR=1.086;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=328;TCF=125;TCR=203;TR=325;WE=7154542;WS=7154524;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,495:1.00:495
chr17	7154582	rs3744399	T	C	6044.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-2.739;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=237;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.597;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=128;PP=2965;ReadPosRankSum=0.168;SC=GCCACGAACGTGCGCAGCCCC;SOR=0.341;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=188;TCF=58;TCR=130;TR=186;WE=7154590;WS=7154572;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,231:0.99:233
chr17	7156186	rs2074218	A	G	8829.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=339;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=100;NR=89;PP=2965;SC=CCTACCCTGGATAGGGCACCT;SOR=0.754;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=189;TCF=100;TCR=89;TR=189;WE=7156194;WS=7156176;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,334:1.00:334
chr17	7156447	rs2074219	A	G	668.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=14;PP=478;SC=TTGGATATGGATCTTTCAGGA;SOR=2.636;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=4;TCR=14;TR=18;WE=7156455;WS=7156437;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr17	7158203	rs402514	T	G	12319.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-1.040;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=468;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;MQRankSum=0.099;NF=106;NR=183;PP=2965;ReadPosRankSum=1.025;SC=TACCCTAGAATAAACATCTGG;SOR=0.410;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=297;TCF=107;TCR=190;TR=289;WE=7158211;WS=7158193;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,461:1.00:462
chr17	7158258	rs55999520	GT	G	1426.84	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.926;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.12;MQRankSum=0.790;QD=10.81;ReadPosRankSum=-0.294;SOR=0.786;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,108:0.82:132
chr17	7163739	rs4562	A	G	5406.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=70;NR=59;PP=2568;SC=AGAGCGGGGTACACGGTACCC;SOR=0.766;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=129;TCF=70;TCR=59;TR=129;WE=7163747;WS=7163729;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,197:1.00:197
chr17	7165395	rs56219105	CG	C	2971.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.654;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.373;NF=6;NR=61;PP=1314;ReadPosRankSum=-0.239;SC=GGGCGCCGGGCGGGGAGACCC;SOR=1.389;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=75;TCF=6;TCR=69;TR=67;WE=7165403;WS=7165384;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,91:0.98:93
chr17	7185092	rs5418	G	A	953.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.899;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=4;PP=616;ReadPosRankSum=-0.759;SC=TGCTCTCCGGGTCCTTGGCTT;SOR=1.863;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=24;TCF=20;TCR=4;TR=23;WE=7185100;WS=7185083;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,32:0.97:33
chr17	7185788	rs222848	T	C	9677.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=364;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=112;NR=109;PP=2965;SC=CCCCCCCTCCTCCAGCTCAGG;SOR=0.710;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=221;TCF=112;TCR=109;TR=221;WE=7185796;WS=7185778;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,363:1.00:363
chr17	7185861	rs222849	T	C	10690.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=400;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=84;NR=118;PP=2965;SC=CCCCTCACACTACCTTCCTGC;SOR=0.890;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=202;TCF=84;TCR=118;TR=202;WE=7185869;WS=7185851;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,398:1.00:398
chr17	7187123	rs5435	T	C	7036.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.802;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=279;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=104;NR=81;PP=2965;ReadPosRankSum=0.578;SC=GCCTGGCCAATGCTGCTGCCT;SOR=0.851;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=187;TCF=105;TCR=82;TR=185;WE=7187131;WS=7187113;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,270:0.99:272
chr17	7192091	rs222842	C	T	2974.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=45;NR=34;PP=1426;SC=TGGGTGTCCTCTGAGTTGAGT;SOR=0.922;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=79;TCF=45;TCR=34;TR=79;WE=7192099;WS=7192081;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr17	7192198	rs222841	T	G	2528.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=24;NR=44;PP=1266;SC=GTTCTTTTTGTTTTTGAGACA;SOR=1.203;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=68;TCF=24;TCR=44;TR=68;WE=7192206;WS=7192188;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr17	7193055	rs3833134	GA	G	4958.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQ=60.09;NF=8;NR=35;PP=1787;SC=CTAAGGCAAGGAACAAGGCTC;SOR=1.042;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=44;TCF=8;TCR=36;TR=43;WE=7193068;WS=7193045;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr17	7193060	rs55781423	A	G	4966.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=26;NR=35;PP=1252;SC=GCAAGGAACAAGGCTCTGAGG;SOR=1.022;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=61;TCF=26;TCR=35;TR=61;WE=7193068;WS=7193045;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr17	7193448	rs222838	A	G	5743.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.844;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=71;PP=2694;ReadPosRankSum=3.011;SC=CTGGAGCCAGATTATCCACAG;SOR=0.760;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=136;TCF=65;TCR=71;TR=136;WE=7193456;WS=7193438;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,215:0.99:217
chr17	7194010	rs2521992	C	T	1169.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=26;PP=717;SC=GTGGAATGTGCTTGCACCCAT;SOR=2.476;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=5;TCR=26;TR=31;WE=7194018;WS=7194000;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr17	7197794	rs222859	C	A	753.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=9;NR=12;PP=299;SC=CGCTGTAGCCCCCGCTGCCGC;SOR=0.906;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=9;TCR=12;TR=21;WE=7197802;WS=7197784;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr17	7225425	rs2062771	T	C	3874.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=32;NR=88;PP=2128;SC=GAAATGGGGATGCCAACGCCC;SOR=1.794;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=121;TCF=32;TCR=89;TR=120;WE=7225433;WS=7225415;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,147:1.00:147
chr17	7228469	rs66468923	GC	G	47.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.792;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=17;HapScore=2;MGOF=40;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=7;PP=67;ReadPosRankSum=1.368;SC=TCCTTGCCCCGCCCCCCCCCC;SOR=0.941;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=0;TCR=13;TR=7;WE=7228477;WS=7228459;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,4:0.57:7
chr17	7245674	rs8069505	G	A	9582.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-1.662;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=371;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=128;NR=87;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.052;SC=AAGGATTGTCGGGGTGGTGGC;SOR=0.330;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=217;TCF=130;TCR=87;TR=215;WE=7245682;WS=7245664;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,367:1.00:368
chr17	7246940	rs3809829	T	G	4085.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.824;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=59;PP=2048;ReadPosRankSum=-0.808;SC=CCTCGAGGCTTGGGGGTCTCC;SOR=0.331;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=104;TCF=43;TCR=61;TR=101;WE=7246948;WS=7246930;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,149:0.99:150
chr17	7248084	rs113548364	T	TA	3313.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.936;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.273;NF=5;NR=40;PP=2010;ReadPosRankSum=-0.057;SC=CAGTAGAGTTTCATTCCATCA;SOR=1.302;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=48;TCF=5;TCR=43;TR=45;WE=7248092;WS=7248074;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,85:0.98:87
chr17	7251159	rs72840986	C	T	1107.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=20;NR=9;PP=574;SC=GCCTTGCCTCCCAGTGTCTTC;SOR=1.292;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=20;TCR=9;TR=29;WE=7251167;WS=7251149;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr17	7251605	rs2292066	G	C	6431.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=243;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=84;NR=81;PP=2965;SC=GGAAGACTGCGTGCTTCTCCC;SOR=0.719;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=165;TCF=84;TCR=81;TR=165;WE=7251613;WS=7251595;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,233:1.00:233
chr17	7251713	rs35019942	C	T	7616.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.595;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=311;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=73;NR=97;PP=2965;ReadPosRankSum=0.348;SC=AAGAGGTGGCCGGGGGCGCCC;SOR=0.885;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=176;TCF=75;TCR=101;TR=170;WE=7251721;WS=7251703;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:6,294:0.98:300
chr17	7253624	rs56009878	C	T	811.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=6;NR=28;PP=654;SC=CACGTTCGGGCGGGCGGGCGG;SOR=5.610;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=36;TCF=8;TCR=28;TR=34;WE=7253632;WS=7253614;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr17	7253659	rs2292068	T	C	650.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=33;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=21;PP=488;SC=CAGAAGCCTGTGCTGTGGGGC;SOR=4.977;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=23;TCF=2;TCR=21;TR=23;WE=7253667;WS=7253649;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr17	7258481	rs72840988	C	T	1108.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=25;NR=5;PP=597;SC=GAGCATTCCTCGGCTCAGCTG;SOR=1.981;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=32;TCF=25;TCR=7;TR=30;WE=7258489;WS=7258471;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr17	7259073	rs6503016	C	T	768.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=21;NR=17;PP=946;SC=GACAGGAGGGCTGATCAGGGA;SOR=3.690;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=38;TCF=21;TCR=17;TR=38;WE=7259091;WS=7259063;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr17	7259083	rs144825300	A	AG	937.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=18;NR=12;PP=1200;SC=CTGATCAGGGAGGGGCTGCGT;SOR=3.912;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=36;TCF=20;TCR=16;TR=30;WE=7259091;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr17	7286326	rs1554948	T	A	6571.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-1.613;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=254;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.080;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=77;NR=74;PP=2922;ReadPosRankSum=-0.936;SC=GGCCCATCCTTGAGGAGCTTA;SOR=0.287;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=152;TCF=77;TCR=75;TR=151;WE=7286334;WS=7286316;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,251:1.00:252
chr17	7292107	rs6503018	G	A	6372.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=237;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=88;NR=83;PP=2965;SC=TCTGTCACAGGTGGAGCTGAG;SOR=0.710;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=172;TCF=88;TCR=84;TR=171;WE=7292115;WS=7292097;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,232:1.00:232
chr17	7293715	rs3744549	C	T	6171.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=109;NR=52;PP=2965;SC=TAACTGGTGACGGCAGAGGGC;SOR=1.360;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=161;TCF=109;TCR=52;TR=161;WE=7293723;WS=7293705;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,225:1.00:225
chr17	7297452	rs4613118	A	G	3810.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=42;NR=36;PP=1396;SC=GGGGTTTTCGAGATGATGGTG;SOR=0.776;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=78;TCF=42;TCR=36;TR=78;WE=7297460;WS=7297442;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,148:1.00:148
chr17	7307103	.	A	AC	209.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.413;ClippingRankSum=-0.000;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=12.34;ReadPosRankSum=-0.651;SOR=1.445;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,13:0.76:17
chr17	7307287	rs9900153	T	C	13308.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=0.650;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=511;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=157;NR=126;PP=2965;ReadPosRankSum=2.246;SC=ACGCCCCAAGTACAGTCCCAT;SOR=0.833;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=284;TCF=157;TCR=127;TR=283;WE=7307295;WS=7307277;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,503:1.00:505
chr17	7317647	rs60631713	A	AC	3218.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=20;NR=52;PP=2944;SC=CCACCTGCCCACCCCTCCCCA;SOR=2.424;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=79;TCF=26;TCR=53;TR=72;WE=7317655;WS=7317637;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr17	7318396	rs2241233	C	T	6076.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=51;NR=93;PP=2965;SC=GAGAGGACAGCGCTGAAGCTG;SOR=1.270;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=144;TCF=51;TCR=93;TR=144;WE=7318404;WS=7318386;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,219:1.00:219
chr17	7318559	rs6503019	G	A	976.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=17;PP=560;SC=TGGCAAGGAGGGATGGGCTTC;SOR=1.675;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=24;TCF=5;TCR=19;TR=22;WE=7318567;WS=7318549;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr17	7320142	rs3752031	C	T	1451.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=33;NR=5;PP=909;SC=CTTGCTGTCCCCCTGTCTCTC;SOR=2.608;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=33;TCR=5;TR=38;WE=7320150;WS=7320138;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr17	7324094	rs111604078	G	A	13944.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.148;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=528;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=201;NR=123;PP=2965;ReadPosRankSum=1.774;SC=CTTCTTGCTCGCCCCTCTCAG;SOR=0.594;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=326;TCF=202;TCR=124;TR=324;WE=7324102;WS=7324084;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,520:0.99:523
chr17	7326835	.	C	CA	104.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.189;ClippingRankSum=0.000;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=2.935;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.05;ReadPosRankSum=-1.740;SOR=1.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,14:0.27:51
chr17	7358803	rs7214344	G	A	1668.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=16;NR=28;PP=837;SC=ACCCACATAAGAGGGAGAGGG;SOR=1.214;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=44;TCF=16;TCR=28;TR=44;WE=7358811;WS=7358793;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr17	7360110	rs2302764	T	C	5255.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=38;NR=111;PP=2965;SC=TGTCAAGCCCTATCCTTCTCT;SOR=1.954;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=149;TCF=38;TCR=111;TR=149;WE=7360118;WS=7360100;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,178:1.00:178
chr17	7385174	rs8065577	G	C	1329.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=29;NR=7;PP=925;SC=TTCTAGCTCCGAAGAGTTCCT;SOR=2.584;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=36;TCF=29;TCR=7;TR=36;WE=7385182;WS=7385173;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr17	7400041	rs9890920	C	T	3506.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=63;NR=44;PP=2255;SC=AGGGAAATGGCCCACCCTCTG;SOR=0.998;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=108;TCF=63;TCR=45;TR=107;WE=7400049;WS=7400031;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr17	7400137	rs9898024	T	C	8346.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=308;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=108;NR=90;PP=2965;SC=TGGCCTAGAGTTGTATGCGGA;SOR=0.818;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=198;TCF=108;TCR=90;TR=198;WE=7400145;WS=7400127;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,304:1.00:304
chr17	7401335	rs111845660	G	GGCTCTGGGGT	5942.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=23;NR=35;PP=2970;SC=TTCCACTCAGGGAGGGTGGCT;SOR=0.828;SbPval=0.2;Source=Platypus;TC=76;TCF=24;TCR=52;TR=58;WE=7401343;WS=7401325;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr17	7402556	rs2277638	G	A	9910.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=368;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=129;NR=109;PP=2965;SC=TCAAGGTTTCGCTGCAGACAT;SOR=0.802;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=239;TCF=129;TCR=110;TR=238;WE=7402564;WS=7402546;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,367:1.00:367
chr17	7402600	rs2228129	T	C	10744.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=406;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=147;NR=128;PP=2965;SC=TTAACTGTAGTGTGACAACTC;SOR=0.775;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=275;TCF=147;TCR=128;TR=275;WE=7402608;WS=7402590;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,404:1.00:404
chr17	7403942	rs12936464	A	C	1377.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=34;NR=5;PP=956;SC=TGTCTGCCTTACTCTTTGTCT;SOR=3.516;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=39;TCF=34;TCR=5;TR=39;WE=7403950;WS=7403932;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr17	7404107	rs7217707	T	C	11025.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=419;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=112;NR=105;PP=2965;SC=GTACCCACAGTACCCATCCCG;SOR=0.747;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=217;TCF=112;TCR=105;TR=217;WE=7404115;WS=7404097;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,415:1.00:415
chr17	7404209	rs6503030	G	A	6337.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=241;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=65;NR=79;PP=2888;SC=GAATTTGGACGTGGGAGCCAG;SOR=0.818;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=144;TCF=65;TCR=79;TR=144;WE=7404217;WS=7404199;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,236:1.00:236
chr17	7404991	rs2228130	T	C	6894.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=259;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=76;NR=86;PP=2965;SC=CTGAATACAATAACTTCAAGT;SOR=0.765;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=162;TCF=76;TCR=86;TR=162;WE=7404999;WS=7404981;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,259:1.00:259
chr17	7405074	rs8075218	C	T	4625.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.571;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=68;PP=2379;ReadPosRankSum=1.629;SC=TTTCCATATACGGGGCCGCTG;SOR=0.297;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=125;TCF=55;TCR=70;TR=123;WE=7405082;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,172:0.99:173
chr17	7406343	rs9890028	T	C	480.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=12;NR=3;PP=326;SC=ACCACTGTACTTGGTCGGCTG;SOR=2.712;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=12;TCR=3;TR=15;WE=7406351;WS=7406340;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr17	7411855	rs4796432	A	G	1735.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=10;NR=36;PP=1005;SC=TCAACTGGGTATGGTGGCTCA;SOR=1.802;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=46;TCF=10;TCR=36;TR=46;WE=7411863;WS=7411845;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr17	7412212	rs9889368	A	G	2397.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=48;NR=16;PP=1585;SC=GTTAGAAGAGACGTTTAGAGC;SOR=1.981;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=65;TCF=48;TCR=17;TR=64;WE=7412220;WS=7412202;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr17	7412403	rs2228133	T	C	11839.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=453;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=143;NR=144;PP=2965;SC=TGCCTGACTTTGATGTGGCCC;SOR=0.702;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=289;TCF=145;TCR=144;TR=287;WE=7412411;WS=7412393;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,450:1.00:450
chr17	7413057	rs7213878	C	T	1693.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=22;NR=31;PP=1075;SC=CGGCCAGGCGCGGTGGCTCAC;SOR=0.986;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=53;TCF=22;TCR=31;TR=53;WE=7413065;WS=7413047;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr17	7413120	rs7218412	A	G	787.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=21;PP=606;SC=ACCTGAGCTCAGGAGTTCGAG;SOR=2.387;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=28;TCF=7;TCR=21;TR=28;WE=7413128;WS=7413110;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr17	7414958	rs2071502	G	C	957.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=13;PP=658;SC=CTGGCTCTCAGGCCCCTCATT;SOR=1.022;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=28;TCF=15;TCR=13;TR=28;WE=7414966;WS=7414948;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr17	7416683	rs9894023	A	G	51197.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.63;DB;DP=2007;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=589;NR=577;PP=2965;SC=CCAGCTACTCACCGACATCTC;SOR=0.712;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=1177;TCF=590;TCR=587;TR=1166;WE=7416691;WS=7416673;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,1972:1.00:1972
chr17	7417086	rs4344809	G	A	28603.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=1108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=364;NR=332;PP=2965;SC=CTACAGCCCAGCCTCACCCAA;SOR=0.759;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=701;TCF=368;TCR=333;TR=696;WE=7417094;WS=7417076;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,1093:1.00:1093
chr17	7417551	rs9533	T	C	3742.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=112;PP=2731;SC=CCCGTGCTGCTGTGCAGTTCT;SOR=3.800;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=126;TCF=14;TCR=112;TR=126;WE=7417559;WS=7417541;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,135:1.00:135
chr17	7452977	rs9899183	C	T	1392.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=18;NR=14;PP=585;SC=TGCATGGGTGCGTGTCTGCAG;SOR=0.767;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=32;TCF=18;TCR=14;TR=32;WE=7452985;WS=7452967;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr17	7460517	rs3803798	G	C	3854.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-0.437;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=33;PP=1924;ReadPosRankSum=0.593;SC=CCACTGCGGCGAGTTCCCTCG;SOR=0.345;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=82;TCF=49;TCR=33;TR=81;WE=7460525;WS=7460507;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,135:0.99:136
chr17	7460559	rs4968189	T	G	4873.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=2.073;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=50;PP=2361;ReadPosRankSum=-0.642;SC=AGGTGTCTGGTCTGTTGGCCC;SOR=0.277;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=112;TCF=62;TCR=50;TR=111;WE=7460567;WS=7460549;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,177:0.99:178
chr17	7460685	rs1128963	G	A	4720.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.864;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=73;PP=2157;ReadPosRankSum=-1.289;SC=TGGTCTCCCCGCAGTCGTCCC;SOR=1.160;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=110;TCF=37;TCR=73;TR=109;WE=7460693;WS=7460675;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,179:0.99:181
chr17	7462969	rs3803800	A	G	5087.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=53;NR=59;PP=2234;SC=GCCTGGGAGAATGGGGAGAGA;SOR=0.780;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=112;TCF=53;TCR=59;TR=112;WE=7462977;WS=7462959;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,190:1.00:190
chr17	7468216	rs4968212	T	C	9832.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.681;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=366;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=121;NR=107;PP=2965;ReadPosRankSum=0.394;SC=CTCTCTCCCTTCTCCGACTCC;SOR=0.251;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=231;TCF=122;TCR=109;TR=228;WE=7468224;WS=7468206;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,362:1.00:363
chr17	7468688	rs8068222	G	T	1126.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=27;NR=3;PP=644;SC=GTATTCCAGGGAGTAGTAGGT;SOR=3.500;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=30;TCF=27;TCR=3;TR=30;WE=7468696;WS=7468681;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr17	7470285	rs58837213	CA	C	7026.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=29;NR=53;PP=2951;SC=AACTCCGTACCAAAGGGTTAT;SOR=0.795;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=87;TCF=32;TCR=55;TR=82;WE=7470293;WS=7470275;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,204:1.00:204
chr17	7474277	rs4968213	C	T	1624.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=32;PP=948;SC=GGCCACCTCCCCTAGCTCTGA;SOR=2.066;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=6;TCR=32;TR=38;WE=7474285;WS=7474267;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr17	7477938	rs1057086	G	C	306.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=55.97;QD=25.56;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr17	7478078	rs192210480	A	G	555.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.26;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr17	7480547	rs2270341	T	A	5264.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.904;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=87;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.267;SC=AGGGGAACCATATACTGGATT;SOR=0.628;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=142;TCF=53;TCR=89;TR=139;WE=7480555;WS=7480537;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,195:0.98:198
chr17	7490379	rs2302661	G	C	2135.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.333;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=28.86;ReadPosRankSum=-1.052;SOR=1.112;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,72:0.97:74
chr17	7491910	rs7211847	G	A	290.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=6;PP=172;SC=CTGGGTTGGAGGTGAGTCTGG;SOR=1.802;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=1;TCR=6;TR=7;WE=7491918;WS=7491900;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr17	7495378	rs71387972	GTC	G	2500.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=10;NR=37;PP=2254;SC=TCATGATCCAGTCTCTCTTAC;SOR=1.571;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=51;TCF=10;TCR=41;TR=47;WE=7495387;WS=7495368;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr17	7499382	rs858526	A	G	1085.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=4;NR=33;PP=828;SC=GACCCTTTGCATAACTTAAAT;SOR=3.912;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=37;TCF=4;TCR=33;TR=37;WE=7499390;WS=7499372;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr17	7530147	rs858521	G	C	4089.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=37;NR=62;PP=2334;SC=AATAGCTATTGTTTGAGCTGA;SOR=1.094;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=101;TCF=38;TCR=63;TR=99;WE=7530155;WS=7530137;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,145:1.00:145
chr17	7530271	rs858520	C	T	3734.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=47;NR=40;PP=1870;SC=CCCGATATTCCGGCATCACAT;SOR=0.799;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=87;TCF=47;TCR=40;TR=87;WE=7530279;WS=7530261;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,137:1.00:137
chr17	7531252	rs148963195	T	TC	1132.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.675;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=30;PP=915;ReadPosRankSum=1.057;SC=CACGGCCGCGTCCCCCCCAAG;SOR=1.981;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=41;TCF=6;TCR=35;TR=30;WE=7531260;WS=7531242;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,40:0.98:41
chr17	7534658	.	C	T	1713.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.695;ClippingRankSum=0.000;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.658;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=33;PP=917;ReadPosRankSum=-0.919;SC=TGCTCTTCCCCGCTTCCAACC;SOR=0.305;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=49;TCF=14;TCR=35;TR=47;WE=7534666;WS=7534648;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,65:0.97:67
chr17	7554772	rs1642762	C	T	1258.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.67;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=12;NR=11;PP=460;SC=AGGGCTTCAGCGCGCGGCGCC;SOR=0.693;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=23;TCF=12;TCR=11;TR=23;WE=7554780;WS=7554762;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr17	7557419	rs1642763	A	G	12838.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=486;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=164;NR=149;PP=2965;SC=GCCGCCCTGGACGCTATTACG;SOR=0.793;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=313;TCF=164;TCR=149;TR=313;WE=7557427;WS=7557409;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,481:1.00:481
chr17	7557834	rs1642764	C	T	2009.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=49;NR=19;PP=1370;SC=GCTATCCTCCCGCCTCAACCT;SOR=1.778;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=68;TCF=49;TCR=19;TR=68;WE=7557842;WS=7557824;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr17	7577678	.	C	CT	50.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.242;ClippingRankSum=0.000;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=1.515;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.22;MQRankSum=1.416;QD=1.37;ReadPosRankSum=0.558;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,11:0.30:37
chr17	7578212	.	G	A	8179.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.802;ClippingRankSum=0.000;DP=313;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=104;NR=82;PP=2965;ReadPosRankSum=0.785;SC=ACACTATGTCGAAAAGTGTTT;SOR=0.882;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=188;TCF=105;TCR=83;TR=186;WE=7578220;WS=7578202;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,309:0.99:311
chr17	7646166	rs2642160	A	G	420.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=2;PP=258;SC=GCATGCGCGCATGTGTAGGTC;SOR=2.049;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=10;TCR=2;TR=12;WE=7646174;WS=7646160;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr17	7677927	rs4791759	A	G	328.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=0;PP=154;SC=CATGTTAGACAGTCTGGGGAT;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=9;TCR=0;TR=9;WE=7677935;WS=7677922;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr17	7681412	rs7359662	C	G	6279.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-1.251;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=90;NR=72;PP=2965;ReadPosRankSum=1.236;SC=ATGACTGTGTCATCCGCCAGA;SOR=0.294;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=163;TCF=91;TCR=72;TR=162;WE=7681420;WS=7681402;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,228:1.00:229
chr17	7700712	rs1565817	C	T	15449.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.261;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=609;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=174;NR=179;PP=2965;ReadPosRankSum=0.748;SC=AGTTCCCTGCCCACAGAGTCT;SOR=0.717;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=359;TCF=177;TCR=182;TR=353;WE=7700720;WS=7700702;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:8,595:0.99:603
chr17	7702357	rs12949280	C	T	2929.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=62;NR=16;PP=1835;SC=CCACCTGACCCGCTGCCCCCG;SOR=2.303;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=80;TCF=62;TCR=18;TR=78;WE=7702365;WS=7702347;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr17	7705089	rs4791834	C	G	2239.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=31;NR=42;PP=1910;SC=CGCCTCTCATCTCTCATCGCA;SOR=1.394;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=74;TCF=31;TCR=43;TR=73;WE=7705097;WS=7705079;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr17	7708096	rs9889268	G	A	1013.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=26;NR=7;PP=717;SC=CCCTGGGGGCGGAGGTTGCAG;SOR=2.432;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=26;TCR=7;TR=33;WE=7708104;WS=7708086;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr17	7708163	.	C	CA	42.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.339;ClippingRankSum=0.000;DP=150;ExcessHet=3.0103;FS=1.947;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.30;ReadPosRankSum=0.542;SOR=1.029;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:121,23:0.16:144
chr17	7721030	rs872346	G	A	9460.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.197;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=377;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=108;NR=114;PP=2965;ReadPosRankSum=0.445;SC=GGCAACAGGTGAGGGTGCTGC;SOR=0.478;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=226;TCF=110;TCR=116;TR=222;WE=7721038;WS=7721020;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:5,366:0.99:371
chr17	7721231	rs9916791	T	C	10011.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=2.933;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=379;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=124;NR=104;PP=2965;ReadPosRankSum=0.340;SC=ACCTCTCCCGTAGTGTTCCTT;SOR=0.424;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=233;TCF=127;TCR=106;TR=228;WE=7721239;WS=7721221;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,372:0.99:375
chr17	7726612	rs34255363	C	CA	65.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.361;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=4.38;ReadPosRankSum=1.383;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,8:0.53:15
chr17	7726665	rs55758061	C	CAG	1136.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.698;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=21.45;ReadPosRankSum=0.516;SOR=0.686;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,42:0.79:53
chr17	7733555	rs7405476	A	G	2122.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=64;NR=11;PP=1550;SC=TGTACATGGCAGTGCTAGTGG;SOR=3.174;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=75;TCF=64;TCR=11;TR=75;WE=7733563;WS=7733545;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr17	7733833	rs34121753	A	G	5584.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=51;NR=109;PP=2965;SC=AGGGGTCCTCATCCCAGCCCT;SOR=1.483;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=160;TCF=51;TCR=109;TR=160;WE=7733841;WS=7733823;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,200:1.00:200
chr17	7736242	rs116930996	C	G	5090.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.761;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=69;PP=2604;ReadPosRankSum=2.049;SC=GTGTATCCCCCCAAGGTGGGA;SOR=0.714;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=134;TCF=64;TCR=70;TR=132;WE=7736250;WS=7736232;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,196:0.99:198
chr17	7750177	rs61462443	T	TACC,TACCACC	4257.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.09;QD=41.74;SOR=7.864;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:0,10,92:0.10,0.90:102
chr17	7754993	rs12939056	G	A	6943.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=250;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=70;NR=100;PP=2965;SC=AGGAGCTGCTGAAGCTGCCCG;SOR=0.983;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=172;TCF=71;TCR=101;TR=170;WE=7755001;WS=7754983;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,248:1.00:248
chr17	7788409	rs201772788	C	G	1048.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=23;PP=630;SC=CAGGTAAGCGCCCGCCCCGAC;SOR=1.863;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=9;TCR=23;TR=32;WE=7788417;WS=7788399;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr17	7811876	.	CA	C	42.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.752;ClippingRankSum=0.000;DP=225;ExcessHet=3.0103;FS=0.749;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.21;ReadPosRankSum=-0.597;SOR=0.814;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:168,35:0.17:203
chr17	7811998	rs4239111	T	C	5385.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=79;NR=73;PP=2965;SC=TGATGGTTCCTTTTCCTTCAT;SOR=0.756;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=152;TCF=79;TCR=73;TR=152;WE=7812006;WS=7811988;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,194:1.00:194
chr17	7828847	.	C	CAA	78.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.429;ClippingRankSum=-0.000;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=3.424;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=6.56;ReadPosRankSum=2.042;SOR=0.055;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,6:0.50:12
chr17	7942434	rs73972649	A	G	5017.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.963;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=96;NR=50;PP=2627;ReadPosRankSum=2.206;SC=CCCGCTCTGCAGCCCTGTGCG;SOR=0.493;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=147;TCF=97;TCR=50;TR=146;WE=7942442;WS=7942424;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,198:0.99:199
chr17	7942901	rs76589243	C	G	1205.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.278;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=9;PP=636;ReadPosRankSum=-1.144;SC=GGGCGGGGACCCTGGTGCTGC;SOR=0.781;Source=Platypus;TCF=22;TR=31;WE=7942909;WS=7942891;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,48:0.94:51
chr17	7945593	rs7503115	G	T	670.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.64;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=11;NR=1;PP=290;SC=GTCTGGCTGTGACCAGGCCCC;SOR=2.737;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=12;TCF=11;TCR=1;TR=12;WE=7945601;WS=7945583;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr17	7961115	rs7214969	G	C	667.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=2;NR=17;PP=499;SC=ATGAATTGTGGCCTCAGGAAC;SOR=3.258;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=19;TCF=2;TCR=17;TR=19;WE=7961123;WS=7961105;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr17	7990555	.	GAC	G	247.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.917;ClippingRankSum=0.000;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.034;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.752;NF=18;NR=20;PP=583;ReadPosRankSum=-0.092;SC=GACACACACAGACACACACAC;SOR=0.455;SbPval=0.07;Source=Platypus;TC=95;TCF=61;TCR=34;TR=38;WE=7990564;WS=7990545;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:115,23:0.17:138
chr17	7990577	rs3217514	GAC	G	548.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.492;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=224;ExcessHet=3.0103;FS=0.784;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.74;MQRankSum=1.773;QD=2.77;ReadPosRankSum=-0.332;SOR=0.812;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:153,45:0.23:198
chr17	7991330	rs9909784	T	G	618.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=17;NR=0;PP=340;SC=CGGGGGAGGGTAGGGGGAGGG;SOR=4.712;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=24;TCF=17;TCR=7;TR=17;WE=7991338;WS=7991320;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr17	7991628	rs9903712	C	A	261.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.267;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=3.358;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=58.80;MQRankSum=0.000;QD=20.14;ReadPosRankSum=1.379;SOR=0.707;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,12:0.92:13
chr17	8015579	rs894505	G	C	1177.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=25;PP=768;SC=ATCACTGTGTGCCCCTCTGCC;SOR=2.362;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=29;TCF=4;TCR=25;TR=29;WE=8015587;WS=8015569;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr17	8027593	rs3027279	G	T	2481.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.786;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=63;PP=1662;ReadPosRankSum=-0.613;SC=AAACTGGCCTGGGAGTGCGGG;SOR=1.350;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=81;TCF=17;TCR=64;TR=79;WE=8027601;WS=8027583;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,90:0.99:91
chr17	8045028	rs59587156	CT	C	2697.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=58.66;QD=44.23;SOR=5.387;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr17	8045060	.	CT	C	2492	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;FR=0.5000;HP=8;HapScore=1;MGOF=3;MMLQ=24;MQ=59.19;NF=48;NR=46;PP=2492;QD=26.7765957447;SC=GAGCTCAATTCTTTTTTCTCC;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=106;TCF=55;TCR=51;TR=94;WE=8045068;WS=8045050;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:12,94:0.89:106
chr17	8045061	.	T	TTTTTTCTCCCCCTTGAACTTGAGCTCAATTC	6467.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.209;ClippingRankSum=0.000;DP=127;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.35;MQRankSum=-0.208;QD=51.33;ReadPosRankSum=1.197;SOR=0.955;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,125:0.99:126
chr17	8046772	rs2585405	C	G	3453.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.77;SOR=0.806;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,129:1.00:129
chr17	8048169	rs2253820	T	C	4015.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=36;NR=79;PP=2089;SC=CTTCCTTCTGTGTGTGCAGGG;SOR=1.550;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=117;TCF=36;TCR=81;TR=115;WE=8048177;WS=8048159;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,156:1.00:156
chr17	8048283	rs2735611	G	A	1579.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=16;NR=26;PP=807;SC=CTGGGGCTAGGCCAGGCAGGT;SOR=1.160;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=42;TCF=16;TCR=26;TR=42;WE=8048291;WS=8048273;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr17	8050737	rs885747	G	C	6543.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.195;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=260;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.062;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=78;NR=80;PP=2782;ReadPosRankSum=0.178;SC=GGCTTGACCCGGCTTCCCACA;SOR=0.390;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=161;TCF=80;TCR=81;TR=158;WE=8050745;WS=8050727;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,252:0.99:255
chr17	8052525	rs147233293	CAAAAACA	C	3129.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.001;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FS=7.191;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=62.92;MQRankSum=1.115;QD=36.82;ReadPosRankSum=1.399;SOR=2.012;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:3,82:0.96:85
chr17	8064083	rs1061032	T	G	794.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.64;SOR=2.093;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr17	8066107	rs2304909	G	A	287.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=3;PP=85;SC=GGGAACGCAGGAGAGACCCCG;SOR=0.693;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=6;TCF=3;TCR=3;TR=6;WE=8066115;WS=8066097;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr17	8076778	rs9894790	C	T	2322.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=25;NR=10;PP=753;SC=AAGAATCAGACAGGAGCAATC;SOR=1.402;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=35;TCF=25;TCR=10;TR=35;WE=8076786;WS=8076768;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr17	8076802	rs9901637	T	A	2838.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=31;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=30;NR=20;PP=974;SC=GTGTTGCAAGTCCTGATTACG;SOR=1.002;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=50;TCF=30;TCR=20;TR=50;WE=8076810;WS=8076792;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr17	8076911	rs11655582	A	G	6804.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.709;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=43.07;ReadPosRankSum=-0.946;SOR=0.772;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,156:0.99:158
chr17	8076916	rs11650713	C	T	6917.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.699;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=42.70;ReadPosRankSum=-0.980;SOR=0.718;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,160:0.99:162
chr17	8077047	rs11657574	T	A	1395.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=14;NR=36;PP=1118;SC=CACATTTTTTTAAATTTTTTT;SOR=1.958;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=51;TCF=14;TCR=37;TR=50;WE=8077055;WS=8077037;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr17	8079029	rs8064449	G	C	11470.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-2.213;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=442;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=149;NR=135;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.893;SC=AGGGAGTCCTGATAGAAGTGG;SOR=0.259;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=287;TCF=151;TCR=136;TR=284;WE=8079037;WS=8079019;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,432:1.00:433
chr17	8092694	rs8531	T	G	7618.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=282;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=83;NR=114;PP=2965;SC=CGGGGTCGATTGGGGGAATGG;SOR=0.998;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=198;TCF=84;TCR=114;TR=197;WE=8092702;WS=8092684;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,275:1.00:275
chr17	8108331	rs1059476	A	G	10253.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.20;SOR=0.764;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,232:1.00:232
chr17	8108339	rs2241909	G	A	10308.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.82;SOR=0.821;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,230:1.00:230
chr17	8110764	rs2289590	C	A	1818.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.573;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.658;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=31;PP=1145;ReadPosRankSum=-0.642;SC=CTTCCTCATCCCATCCTGTCC;SOR=0.738;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=52;TCF=21;TCR=31;TR=51;WE=8110772;WS=8110754;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,64:0.98:65
chr17	8132763	rs3826543	T	C	2953.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=27;NR=65;PP=1682;SC=GGCAGGGGAATGCTAAATAAA;SOR=1.609;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=92;TCF=27;TCR=65;TR=92;WE=8132771;WS=8132753;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr17	8135061	rs3027238	T	C	6591.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.856;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=258;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=97;NR=65;PP=2922;ReadPosRankSum=-0.903;SC=CCAGGAGCTATGAGTCGGTAC;SOR=0.969;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=164;TCF=98;TCR=66;TR=162;WE=8135069;WS=8135051;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,251:0.99:253
chr17	8137737	rs4792621	G	A	2579.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=48;NR=31;PP=1526;SC=ATGACAAAAAGGGAAATCACC;SOR=0.896;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=79;TCF=48;TCR=31;TR=79;WE=8137745;WS=8137727;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr17	8139327	rs4791626	A	G	10415.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=383;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=127;NR=112;PP=2965;SC=CCTCTTTGAAAACCCACATTT;SOR=0.775;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=240;TCF=128;TCR=112;TR=239;WE=8139335;WS=8139317;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,381:1.00:381
chr17	8141707	rs6503093	T	C	6964.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=251;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=88;NR=74;PP=2965;SC=ACCTTCCACTTACCTCACAGC;SOR=0.820;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=162;TCF=88;TCR=74;TR=162;WE=8141715;WS=8141697;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,249:1.00:249
chr17	8157310	rs9891699	C	T	13175.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=508;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=152;NR=137;PP=2965;SC=GGGGGCAGCCCCTGGACACAC;SOR=0.768;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=293;TCF=154;TCR=139;TR=289;WE=8157318;WS=8157300;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,498:1.00:498
chr17	8158273	rs6503094	A	G	3774.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=68;NR=31;PP=2147;SC=AGACAGCAGTAGGCAGGATCC;SOR=1.505;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=99;TCF=68;TCR=31;TR=99;WE=8158281;WS=8158263;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,133:1.00:133
chr17	8159232	rs7221716	A	G	2080.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=22;NR=39;PP=1364;SC=CCAATAGGTGAGGAGAAATGG;SOR=1.308;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=61;TCF=22;TCR=39;TR=61;WE=8159240;WS=8159222;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr17	8161149	rs4791641	C	T	2602.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=44;NR=22;PP=1352;SC=TGGGAGGATCCAAGCTTCCAG;SOR=1.265;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=67;TCF=44;TCR=23;TR=66;WE=8161157;WS=8161139;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr17	8166378	rs7206953	T	C	4669.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=67;NR=40;PP=2291;SC=GGGGAGCGTATAGGAGCTTCC;SOR=1.101;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=107;TCF=67;TCR=40;TR=107;WE=8166386;WS=8166368;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,172:1.00:172
chr17	8167600	rs11078738	T	C	5039.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=70;NR=49;PP=2175;SC=CCGACACCCCTGCCAACCCCT;SOR=0.924;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=119;TCF=70;TCR=49;TR=119;WE=8167608;WS=8167590;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,190:1.00:190
chr17	8168224	rs9902252	T	C	2133.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=49;NR=18;PP=1394;SC=TGGACCGCTCTGTGGGAGGCC;SOR=1.905;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=67;TCF=49;TCR=18;TR=67;WE=8168232;WS=8168214;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr17	8168805	rs9897842	A	G	5349.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=88;NR=52;PP=2710;SC=TGGGAGCCCCAGGGAGGGGAG;SOR=1.096;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=140;TCF=88;TCR=52;TR=140;WE=8168813;WS=8168795;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,203:1.00:203
chr17	8169006	rs11655563	T	C	6014.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=61;NR=96;PP=2965;SC=GTGATCTTTGTTTGGCTCCTG;SOR=1.081;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=158;TCF=61;TCR=97;TR=157;WE=8169014;WS=8168996;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,216:1.00:216
chr17	8193473	rs11245	G	A	233.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=5;PP=97;SC=TGGGTCTCTCGATTCCCTTTG;SOR=1.609;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=1;TCR=5;TR=6;WE=8193481;WS=8193463;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr17	8194318	rs72835272	GT	AC	9254.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=49;NR=66;PP=2947;SC=GAGGAAGAGCGTTGTCAACCA;SOR=0.892;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=119;TCF=50;TCR=69;TR=115;WE=8194327;WS=8194308;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,207:1.00:207
chr17	8224133	rs3744646	T	C	1556.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=31;NR=17;PP=909;SC=CCCCACCTCATTGGAGCCTCT;SOR=1.278;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=48;TCF=31;TCR=17;TR=48;WE=8224141;WS=8224123;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr17	8224276	rs3744647	T	C	6531.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=0.677;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=255;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=78;NR=60;PP=2742;ReadPosRankSum=-0.093;SC=GGCTGTTGGATCTTCTTCAGG;SOR=0.742;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=141;TCF=80;TCR=61;TR=138;WE=8224284;WS=8224266;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,250:0.99:252
chr17	8243469	rs12943505	T	C	4688.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.929;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=48;PP=2040;ReadPosRankSum=1.335;SC=GGAGGCAGGATGGGGCACAGG;SOR=0.847;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=108;TCF=60;TCR=48;TR=108;WE=8243477;WS=8243459;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,179:0.99:181
chr17	8243661	rs12601097	G	A	7018.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.103;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=274;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.080;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=88;NR=92;PP=2965;ReadPosRankSum=0.167;SC=ACTATTGGTCGTGGCCTTCTC;SOR=0.409;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=181;TCF=89;TCR=92;TR=180;WE=8243669;WS=8243651;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,268:0.99:271
chr17	8243785	rs12936935	A	G	2942.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=0.488;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=61;PP=1836;ReadPosRankSum=1.136;SC=CTGCACTTTTACAAATCCAGG;SOR=0.987;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=91;TCF=29;TCR=62;TR=89;WE=8243793;WS=8243775;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,107:0.97:110
chr17	8275023	rs1004151	T	G	119.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=3;PP=49;SC=TGTAGCCCATTTATTAATCTT;SOR=1.981;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=1;TCR=3;TR=4;WE=8275031;WS=8275013;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr17	8296440	rs12601265	G	A	1698.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=22;NR=19;PP=1025;SC=CTCCAGGCAGGGGAGGAGGCG;SOR=0.693;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=22;TCR=19;TR=41;WE=8296448;WS=8296430;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr17	8339103	rs8065181	C	T	415.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.46;SOR=2.712;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr17	8339283	rs3744652	C	T	3415.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=26;NR=20;PP=806;SC=CTGAGCCGAGCGGCTGGGCGG;SOR=0.846;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=46;TCF=26;TCR=20;TR=46;WE=8339291;WS=8339273;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr17	8339307	rs8064417	G	A	3583.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=28;NR=21;PP=973;SC=TGGCCGGGCCGGCGGAGGGGA;SOR=0.928;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=50;TCF=29;TCR=21;TR=49;WE=8339315;WS=8339297;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr17	8349984	rs369297844	T	TC	295.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=41;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=0;PP=370;SC=TTCCTTGGGTTCCCCCCCACC;SOR=4.977;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=11;TCR=1;TR=10;WE=8349992;WS=8349974;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr17	8383253	rs4791316	G	C	551.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=13;NR=4;PP=413;SC=GTCCTCCCAGGCTCTGAATGC;SOR=2.303;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=13;TCR=4;TR=17;WE=8383261;WS=8383249;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr17	8383344	rs3215073	G	GC	3157.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.458;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.979;HP=7;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=20;PP=1514;ReadPosRankSum=-0.437;SC=GTGGTGGGGAGCCCCCCCGAA;SOR=1.607;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=59;TCF=34;TCR=25;TR=52;WE=8383352;WS=8383334;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,106:0.99:107
chr17	8383894	rs6503120	A	G	3402.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=34;NR=42;PP=1438;SC=AGCACAGCACAGGAGCCTCAG;SOR=0.838;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=76;TCF=34;TCR=42;TR=76;WE=8383902;WS=8383884;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr17	8384875	rs904417	T	G	925.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=19;PP=562;SC=AATTAAACTGTCAAGAAAATC;SOR=2.376;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=3;TCR=19;TR=22;WE=8384883;WS=8384865;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr17	8387438	rs113838551	G	GATGA	6153.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=37;NR=38;PP=2918;SC=TGAACAAATGGATAAGTAACA;SOR=1.410;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=80;TCF=39;TCR=41;TR=75;WE=8387446;WS=8387428;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,136:1.00:136
chr17	8390655	rs7219356	C	T	431.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=10;NR=3;PP=236;SC=ACGCTGACAGCGGTGCTGTGC;SOR=2.049;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=10;TCR=3;TR=13;WE=8390663;WS=8390645;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr17	8393900	rs2270744	G	C	5409.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.738;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=89;PP=2876;ReadPosRankSum=-0.919;SC=GGAAAGAGTTGACCGGGGTGG;SOR=1.225;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=140;TCF=50;TCR=90;TR=137;WE=8393908;WS=8393890;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,202:0.99:204
chr17	8393979	rs2270743	C	T	1669.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-1.830;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=38;PP=1079;ReadPosRankSum=-0.871;SC=CCACTTTGGTCCCCCTGGGCC;SOR=1.091;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=50;TCF=11;TCR=39;TR=49;WE=8393987;WS=8393969;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,59:0.98:60
chr17	8395894	rs904416	T	C	4821.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.78;SOR=0.770;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,187:1.00:187
chr17	8396010	rs3744653	A	G	1163.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=15;NR=20;PP=1014;SC=TATCACATTTAAATGCCTTTA;SOR=0.869;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=36;TCF=16;TCR=20;TR=35;WE=8396018;WS=8396000;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr17	8397315	rs2277670	C	T	2441.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=19;NR=53;PP=1487;SC=TGCATGAGAACGCCCAGTGAC;SOR=1.863;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=73;TCF=19;TCR=54;TR=72;WE=8397323;WS=8397305;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr17	8412133	rs9889907	A	G	1306.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=8;NR=31;PP=864;SC=ACTGTACACAATCACATGCTG;SOR=1.863;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=39;TCF=8;TCR=31;TR=39;WE=8412141;WS=8412123;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr17	8413358	rs145464629	A	ATT	1221.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.499;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.13;MQRankSum=0.000;QD=20.36;ReadPosRankSum=1.127;SOR=0.784;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:4,56:0.93:60
chr17	8416901	rs11374	C	T	4269.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=63;NR=32;PP=1965;SC=CTTCCACCTTCGTCTGCTTCT;SOR=1.201;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=96;TCF=63;TCR=33;TR=95;WE=8416909;WS=8416891;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,157:1.00:157
chr17	8417006	rs66631876	GT	G	3639.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.524;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=310;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.833;HP=13;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.473;NF=24;NR=81;PP=1093;ReadPosRankSum=-0.867;SC=AAATTAAGCAGTTTTTTTTTT;SOR=0.451;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=134;TCF=28;TCR=106;TR=105;WE=8417016;WS=8416996;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,235:0.84:280
chr17	8424270	rs8067456	G	A	6610.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=249;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=93;NR=74;PP=2965;SC=CCAGGACACCGTTACAGCGAA;SOR=0.840;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=167;TCF=93;TCR=74;TR=167;WE=8424278;WS=8424260;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,245:1.00:245
chr17	8449767	rs4791724	A	G	3493.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=74;NR=28;PP=2195;SC=AAGACAGTTTATATTGATTCA;SOR=1.708;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=102;TCF=74;TCR=28;TR=102;WE=8449775;WS=8449757;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr17	8451744	rs57472344	GA	G	653.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.968;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=15;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.417;NF=8;NR=20;PP=476;ReadPosRankSum=1.736;SC=TTGATAAAAAGAAAAAAAAAA;SOR=0.655;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=32;TCF=8;TCR=24;TR=28;WE=8451752;WS=8451734;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,36:0.90:40
chr17	8455532	rs883811	G	A	1354.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.558;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=24;PP=607;ReadPosRankSum=-0.774;SC=CTCTTTCAGCGTCTGTAAATT;SOR=0.527;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=40;TCF=14;TCR=26;TR=38;WE=8455540;WS=8455522;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,54:0.98:55
chr17	8473182	rs422173	G	A	3242.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=31;NR=61;PP=1751;SC=TTAATCTAATGTCTTTACTCA;SOR=1.368;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=92;TCF=31;TCR=61;TR=92;WE=8473190;WS=8473172;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr17	8478586	rs10573578	CAAT	C	2621.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=21;PP=1160;SC=ATGTTAACAACAATGATTTAT;SOR=0.758;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=5;TCR=21;TR=26;WE=8478596;WS=8478576;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr17	8478605	rs268460	C	T	1404.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.58;QD=25.54;SOR=0.729;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr17	8633310	rs1971773	C	T	331.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.61;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=3;PP=181;SC=GTGAGGCCCACGGGGGAAAAT;SOR=1.981;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=7;TCR=3;TR=10;WE=8633318;WS=8633300;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr17	8633714	rs112414721	G	A	416.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=8;PP=270;SC=GTGGAGTGCAGTGGCACGATC;SOR=1.473;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=4;TCR=8;TR=12;WE=8633722;WS=8633704;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr17	8644854	rs2288156	C	T	5004.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=63;NR=62;PP=2304;SC=TTCAGCTTGGCGCTCAGCCGC;SOR=0.704;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=125;TCF=63;TCR=62;TR=125;WE=8644862;WS=8644844;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,189:1.00:189
chr17	8647127	rs9895426	C	T	1507.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=11;NR=19;PP=682;SC=AGCATCCCTGCCCCAGAGGCT;SOR=0.970;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=11;TCR=19;TR=30;WE=8647135;WS=8647117;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr17	8647181	rs9902109	T	C	1015.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=14;NR=13;PP=616;SC=TCCCACTTTCTACCCCATGCC;SOR=0.749;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=27;TCF=14;TCR=13;TR=27;WE=8647189;WS=8647171;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr17	8647337	rs7218546	A	G	2146.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.59;SOR=3.492;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr17	8647931	rs10852904	G	C	7945.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.676;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=318;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=81;NR=102;PP=2962;ReadPosRankSum=0.697;SC=GACTCATGGTGGCAGTGACCT;SOR=0.851;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=185;TCF=82;TCR=103;TR=183;WE=8647939;WS=8647921;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,311:0.99:313
chr17	8700982	rs2242373	C	T	14397.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=539;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=177;NR=161;PP=2965;SC=CCTCTCCATGCGGGGAGTGGC;SOR=0.747;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=338;TCF=177;TCR=161;TR=338;WE=8700990;WS=8700972;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,530:1.00:530
chr17	8707534	rs7209143	G	C	6895.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.174;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=264;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=72;NR=110;PP=2965;ReadPosRankSum=1.807;SC=CTGCCAACATGCCCTACCCTG;SOR=1.002;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=182;TCF=72;TCR=110;TR=182;WE=8707542;WS=8707524;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,257:0.98:261
chr17	8725214	rs56322041	A	AG	12558.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=375;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=17;NR=138;PP=2936;SC=AGTGGCCCGCAGGAAACGGTG;SOR=0.938;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=158;TCF=17;TCR=141;TR=155;WE=8725222;WS=8725204;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,362:1.00:362
chr17	8726160	rs2074258	A	G	657.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=4;PP=526;SC=GGGGATCAAGAGCAGCCTTGG;SOR=2.636;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=21;TCF=17;TCR=4;TR=20;WE=8726168;WS=8726150;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr17	8784149	rs4791764	T	C	9546.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.403;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=371;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=138;NR=107;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.954;SC=GCCCCCATCCTTCCAGCTCCT;SOR=0.497;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=248;TCF=140;TCR=108;TR=245;WE=8784157;WS=8784139;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,355:0.99:358
chr17	8784361	rs4791765	A	G	2763.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-1.072;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=69;PP=2039;ReadPosRankSum=1.760;SC=GGTCAGCCCCAAATCCCTGGC;SOR=1.123;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=94;TCF=23;TCR=71;TR=92;WE=8784369;WS=8784351;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,95:0.99:96
chr17	8784900	rs376963225	C	CAGTA	7469.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=1.240;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.899;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.166;NF=65;NR=31;PP=2918;ReadPosRankSum=0.837;SC=ATGCACGCTCCAGTAAGTCTC;SOR=1.854;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=109;TCF=74;TCR=35;TR=96;WE=8784908;WS=8784890;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,164:0.99:166
chr17	8785087	rs9903447	A	C	41809.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.180;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=962;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=43.78;ReadPosRankSum=1.216;SOR=0.566;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:11,944:0.99:955
chr17	8785092	rs9902600	C	T	42235.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.612;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=977;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=43.54;ReadPosRankSum=0.609;SOR=0.697;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:10,960:0.99:970
chr17	8790074	rs11078770	G	A	860.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=9;NR=19;PP=531;SC=GGGGAGGGCCGGTGCCCAGCC;SOR=1.473;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=28;TCF=9;TCR=19;TR=28;WE=8790082;WS=8790064;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr17	8792003	rs9915880	C	T	7386.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=282;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=89;NR=93;PP=2965;SC=GGGCCGGCCCCGAGGCCTGGG;SOR=0.744;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=182;TCF=89;TCR=93;TR=182;WE=8792011;WS=8791993;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,281:1.00:281
chr17	8792029	rs381309	A	G	7285.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=265;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=90;NR=84;PP=2965;SC=GCAAGGGACAAGGTGGAGTCA;SOR=0.716;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=174;TCF=90;TCR=84;TR=174;WE=8792037;WS=8792019;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,265:1.00:265
chr17	8792093	rs16957702	G	A	7113.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.806;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=275;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=37;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=89;NR=90;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.148;SC=CACAGTGCCCGTCAGTTTCCA;SOR=0.730;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=179;TCF=89;TCR=90;TR=179;WE=8792101;WS=8792083;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,271:0.99:273
chr17	8792171	rs11650737	T	C	6196.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=59;NR=86;PP=2965;SC=CTGGCTGGAGTAGCTCCTGTT;SOR=0.965;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=145;TCF=59;TCR=86;TR=145;WE=8792179;WS=8792161;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,230:1.00:230
chr17	8792326	rs11654380	C	T	931.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=17;PP=583;SC=AGCACTGCCCCCTTGCTCTGC;SOR=1.352;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=9;TCR=17;TR=26;WE=8792334;WS=8792316;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr17	8792371	rs11654094	G	A	796.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=14;NR=10;PP=514;SC=CTTTGGGGACGGGGTGGGAGC;SOR=0.997;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=24;TCF=14;TCR=10;TR=24;WE=8792379;WS=8792361;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr17	8792514	rs394811	G	A	4981.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.429;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=69;NR=51;PP=2151;ReadPosRankSum=-0.939;SC=TGGGGATGGTGTGGAGCTTCC;SOR=0.949;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=120;TCF=69;TCR=51;TR=120;WE=8792522;WS=8792504;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,199:0.99:201
chr17	8793905	rs365024	T	C	472.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=3;PP=289;SC=ACACCCTCTATGAGGTCAGCC;SOR=1.739;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=10;TCR=3;TR=13;WE=8793913;WS=8793895;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr17	8794002	rs364676	T	C	2047.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=33;NR=20;PP=1032;SC=AGGGAGAGGGTGCTACCTCCT;SOR=1.164;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=53;TCF=33;TCR=20;TR=53;WE=8794022;WS=8793992;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr17	8794014	rs381198	A	G	2387.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=37;NR=23;PP=1175;SC=CTACCTCCTCAGAGAGGTGCT;SOR=1.154;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=60;TCF=37;TCR=23;TR=60;WE=8794022;WS=8793992;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr17	8809148	.	CT	C	276.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.603;ClippingRankSum=0.000;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.69;MQRankSum=0.720;QD=12.58;ReadPosRankSum=-1.446;SOR=0.610;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,20:0.91:22
chr17	8812683	rs181534	T	C	417.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=6;PP=164;SC=CTCAGCTCACTGCAACCTCTG;SOR=1.112;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=3;TCR=6;TR=9;WE=8812691;WS=8812673;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr17	9086338	rs11078789	G	T	6421.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.612;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=270;ExcessHet=3.0103;FS=7.901;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.70;ReadPosRankSum=-0.997;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,258:0.99:260
chr17	9086712	rs56113014	C	T	1187.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=18;NR=16;PP=636;SC=AGGAGCTGGGCGTGGGGGAGA;SOR=0.829;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=34;TCF=18;TCR=16;TR=34;WE=9086720;WS=9086702;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr17	9124463	rs3214279	CT	C	1934.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=42;PP=2778;SC=TTTGTCTGTGCTCCCCCCCCA;SOR=3.651;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=58;TCF=14;TCR=44;TR=56;WE=9124471;WS=9124453;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr17	9395033	rs6503214	A	G	807.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=19;NR=8;PP=484;SC=TGTAACAATCATTGACATTAA;SOR=1.473;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=19;TCR=8;TR=27;WE=9395041;WS=9395023;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr17	9395231	rs9893664	G	A	1397.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=16;NR=27;PP=751;SC=CAAGGCCTGCGTCCTGTTCTG;SOR=1.061;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=43;TCF=16;TCR=27;TR=43;WE=9395239;WS=9395221;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr17	9408594	rs2249929	A	C	1041.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=33;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=26;PP=736;SC=CAATTCAAACACAATTTATTG;SOR=2.649;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=4;TCR=26;TR=30;WE=9408602;WS=9408584;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr17	9408609	rs2125348	A	G	860.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=44;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=23;PP=596;SC=TTATTGCATCATTAGTTTATG;SOR=2.985;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=27;TCF=3;TCR=24;TR=26;WE=9408617;WS=9408599;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr17	9471711	rs1133295	T	G	1161.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=14;PP=454;SC=TCACCTTTTCTTTCATATTGA;SOR=0.693;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=28;TCF=14;TCR=14;TR=28;WE=9471719;WS=9471701;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr17	9479048	rs7210038	T	C	4112.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=56;NR=31;PP=1615;SC=TTGCCTGCTCTCCGGAAGCCC;SOR=1.088;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=87;TCF=56;TCR=31;TR=87;WE=9479056;WS=9479038;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,159:1.00:159
chr17	9479098	rs7224817	C	A	6048.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.61;BaseQRankSum=2.383;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=241;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.292;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=50;PP=1968;ReadPosRankSum=1.874;SC=CCGCCCTCACCCGGGACTCAC;SOR=0.442;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=114;TCF=63;TCR=51;TR=113;WE=9479106;WS=9479088;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,238:1.00:239
chr17	9479364	rs6503230	T	C	1348.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=37;PP=1123;SC=TTAAAATTGTTAAATAGAAAC;SOR=3.109;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=43;TCF=6;TCR=37;TR=43;WE=9479372;WS=9479354;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr17	9546551	rs274899	G	A	611.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=18;PP=499;SC=GGCGTTGCACGCAGTCCTGTT;SOR=3.716;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=20;TCF=2;TCR=18;TR=20;WE=9546559;WS=9546541;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr17	9559656	rs55968714	C	T	1109.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.677;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=11;PP=444;ReadPosRankSum=-1.055;SC=CTGGTGCTCACAGAGCCTTCA;SOR=0.929;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=29;TCF=17;TCR=12;TR=27;WE=9559664;WS=9559646;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,45:0.96:47
chr17	9676134	rs2280490	G	A	5061.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.765;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=68;NR=49;PP=2335;ReadPosRankSum=0.603;SC=CACGTGGTACGACCGGATGAA;SOR=0.908;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=120;TCF=69;TCR=51;TR=117;WE=9676156;WS=9676124;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,193:0.99:195
chr17	9676148	rs2280489	C	T	5614.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.707;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=72;NR=55;PP=2480;ReadPosRankSum=-0.950;SC=GGATGAAAGTCGGGCTCACGG;SOR=0.874;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=129;TCF=73;TCR=56;TR=127;WE=9676156;WS=9676124;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,214:0.99:216
chr17	9683087	rs11078817	G	C	1922.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=36;NR=18;PP=1124;SC=ATTAACAGAGGCCTCTGTAGA;SOR=1.385;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=54;TCF=36;TCR=18;TR=54;WE=9683095;WS=9683077;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr17	9714009	rs4079466	C	A	2964.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=28;NR=42;PP=1332;SC=AATTTCTAGCCCCTTAACTGG;SOR=0.965;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=70;TCF=28;TCR=42;TR=70;WE=9714017;WS=9713999;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr17	9714086	rs4791362	G	A	781.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=23;PP=606;SC=CTGTGTGGGAGCCTGATATAA;SOR=3.258;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=27;TCF=4;TCR=23;TR=26;WE=9714094;WS=9714076;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr17	9764613	rs2280493	A	G	1858.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=17;NR=32;PP=964;SC=GAAAATATCTATCCCTTCTCA;SOR=1.296;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=49;TCF=17;TCR=32;TR=49;WE=9764621;WS=9764603;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr17	9769079	rs141752206	A	G	12055.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.636;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=468;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=26.09;ReadPosRankSum=-0.283;SOR=0.555;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:7,455:0.98:462
chr17	9820695	rs4791910	C	T	7504.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=285;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=72;NR=94;PP=2965;SC=CTGTTAGAGACGGCGGCCAAG;SOR=0.892;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=166;TCF=72;TCR=94;TR=166;WE=9820703;WS=9820685;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,284:1.00:284
chr17	9820739	rs11078821	A	G	5214.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=49;NR=75;PP=2488;SC=TGCTGTCCTCACCTTAGTGTC;SOR=1.033;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=125;TCF=50;TCR=75;TR=124;WE=9820747;WS=9820729;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,195:1.00:195
chr17	9821249	rs11078822	C	T	1215.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-0.864;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=8;PP=781;ReadPosRankSum=1.126;SC=TAACCTGCCACGGCCTAGCGC;SOR=1.445;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=43;TCF=35;TCR=8;TR=41;WE=9821257;WS=9821239;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,44:0.98:45
chr17	9821614	rs61532416	G	GA	2526.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=44;PP=1871;SC=TTTACTTCCTGAAATCCTGCT;SOR=5.856;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=57;TCF=0;TCR=57;TR=44;WE=9821626;WS=9821604;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr17	9821618	rs55976773	T	G	2536.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=44;PP=1292;SC=CTTCCTGAAATCCTGCTCCGC;SOR=5.856;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=45;TCF=1;TCR=44;TR=45;WE=9821626;WS=9821604;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr17	9830171	rs56199323	C	T	3306.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=16;NR=67;PP=1925;SC=AGGGGCACCCCCACTTCCCCA;SOR=1.891;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=83;TCF=16;TCR=67;TR=83;WE=9830179;WS=9830161;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr17	9846521	rs17339499	G	C	5748.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=224;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=69;NR=49;PP=2228;SC=ACCCAGCCACGGTGCCGTTGC;SOR=0.924;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=118;TCF=69;TCR=49;TR=118;WE=9846529;WS=9846511;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,219:1.00:219
chr17	9846631	rs8066006	G	A	4261.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=46;NR=69;PP=2301;SC=GAGGGAGGACGGCTCCTAGAT;SOR=1.074;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=115;TCF=46;TCR=69;TR=115;WE=9846639;WS=9846621;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,158:1.00:158
chr17	9846724	rs733804	C	A	1271.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=32;PP=905;SC=CTGGTGCCCCCACTCCCAACA;SOR=3.312;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=36;TCF=3;TCR=33;TR=35;WE=9846732;WS=9846714;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr17	9850440	rs62064532	C	T	1879.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=16;NR=37;PP=1174;SC=GCTCCAGGGGCCAGCATTTCA;SOR=1.445;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=53;TCF=16;TCR=37;TR=53;WE=9850448;WS=9850430;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr17	9939543	.	CT	C	169.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.436;ClippingRankSum=0.000;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.78;ReadPosRankSum=0.456;SOR=0.576;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:42,19:0.31:61
chr17	10204401	rs76865302	C	T	558.81	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.917;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.893;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=18;PP=465;ReadPosRankSum=0.354;SC=TAAGGAATGGCGTTGTTTCCC;SOR=3.160;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=3;TCR=18;TR=21;WE=10204409;WS=10204391;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,21:0.91:23
chr17	10205047	rs62060457	C	G	5421.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=58;NR=81;PP=2918;SC=GGGGGTATGACGCTGTAGAGC;SOR=0.988;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=139;TCF=58;TCR=81;TR=139;WE=10205055;WS=10205037;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,198:1.00:198
chr17	10205067	rs2008528	C	T	4440.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=43;NR=65;PP=2280;SC=CCTCTCAGTCCGATTATGAGG;SOR=1.049;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=109;TCF=43;TCR=66;TR=108;WE=10205075;WS=10205057;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,161:1.00:161
chr17	10214628	rs2074867	C	T	4781.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=2.690;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=86;PP=2801;ReadPosRankSum=-1.403;SC=CAGGGATGGGCGATTCATTCA;SOR=1.093;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=148;TCF=60;TCR=88;TR=144;WE=10214636;WS=10214618;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,181:0.98:185
chr17	10216442	rs4239113	C	A	3622.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=54;NR=32;PP=1602;SC=TGTCCTCGGGCCCCCTCTGCT;SOR=0.990;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=87;TCF=54;TCR=33;TR=86;WE=10216450;WS=10216432;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,136:1.00:136
chr17	10216510	rs4791401	G	A	4927.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=65;NR=52;PP=2238;SC=GCTGAATGGCGTCCGTCTCGT;SOR=0.853;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=117;TCF=65;TCR=52;TR=117;WE=10216518;WS=10216500;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,186:1.00:186
chr17	10219366	rs2240577	C	T	4928.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=47;NR=70;PP=2170;SC=AAAGTCAACACGAATGGGAAG;SOR=1.050;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=117;TCF=47;TCR=70;TR=117;WE=10219384;WS=10219356;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,187:1.00:187
chr17	10219470	rs2240578	A	T	1482.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=12;NR=30;PP=852;SC=AACAAAAAAAAGTTCAGTTTC;SOR=1.697;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=43;TCF=12;TCR=31;TR=42;WE=10219478;WS=10219460;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr17	10222061	rs2074872	G	A	1644.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=43;NR=5;PP=1140;SC=GCAGGTGGCCGTCGGCTGCCT;SOR=2.794;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=48;TCF=43;TCR=5;TR=48;WE=10222069;WS=10222051;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr17	10223714	rs2074877	T	C	6852.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.944;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=269;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=86;NR=75;PP=2965;ReadPosRankSum=-2.826;SC=TCTAGATCCATAATGGATTCC;SOR=0.788;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=165;TCF=88;TCR=77;TR=161;WE=10223722;WS=10223690;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,264:0.99:268
chr17	10236464	rs2190729	C	T	3558.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=31;NR=42;PP=1359;SC=TCGAGGACCCCGTTACAGCGC;SOR=0.833;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=73;TCF=31;TCR=42;TR=73;WE=10236472;WS=10236454;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,135:1.00:135
chr17	10254197	rs2108568	A	G	2819.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=47;PP=1490;SC=TGGGTGGGTGAAGACTATGGG;SOR=1.609;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=62;TCF=15;TCR=47;TR=62;WE=10254205;WS=10254187;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr17	10267610	rs4791981	C	T	5602.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.947;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=97;NR=50;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.884;SC=TGAGCATGCCCATATTATCAA;SOR=1.306;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=147;TCF=97;TCR=50;TR=147;WE=10267618;WS=10267600;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,204:0.99:206
chr17	10297658	rs8069834	A	G	3544.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.008;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=-0.176;NF=39;NR=45;PP=1546;ReadPosRankSum=-0.667;SC=AGAGTGGCCCACAGCTCCTCG;SOR=0.266;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=85;TCF=39;TCR=46;TR=84;WE=10297666;WS=10297648;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,139:0.99:140
chr17	10303144	rs3815314	G	C	205.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=2;PP=112;SC=TAGGCATGGCGAGTGCATAGT;SOR=1.179;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=6;TCF=4;TCR=2;TR=6;WE=10303152;WS=10303134;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr17	10304261	rs3744552	G	A	2229.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=27;NR=30;PP=1214;SC=TCAAATTGCTGATTTCAAATT;SOR=0.796;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=57;TCF=27;TCR=30;TR=57;WE=10304269;WS=10304251;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr17	10308043	rs147823087	TAC	T	1242.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;QD=40.09;SOR=4.255;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr17	10318636	rs8068729	A	G	4014.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=62;NR=50;PP=2056;SC=CATTCCTCACAGTTTTGGCAT;SOR=0.848;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=114;TCF=63;TCR=51;TR=112;WE=10318644;WS=10318626;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,151:1.00:151
chr17	10357281	rs3826444	T	G	2227.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=9;NR=52;PP=1470;SC=AGGTGGAAATTTCAGTGACTA;SOR=2.895;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=61;TCF=9;TCR=52;TR=61;WE=10357289;WS=10357271;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr17	10359782	rs970292	A	G	6863.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-1.330;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=275;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.971;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=116;NR=65;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.710;SC=ATTTATCTGTAATTCAAGAAT;SOR=0.922;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=184;TCF=116;TCR=68;TR=181;WE=10359790;WS=10359772;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,256:1.00:257
chr17	10400963	rs723903	C	G	2225.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=51;NR=15;PP=1378;SC=TGAGAACAGCCCTCAGATGGT;SOR=2.112;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=66;TCF=51;TCR=15;TR=66;WE=10400971;WS=10400953;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr17	10411322	.	G	GT	171.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.096;ClippingRankSum=0.000;DP=208;ExcessHet=3.0103;FS=1.728;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.05;MQRankSum=0.000;QD=1.05;ReadPosRankSum=0.361;SOR=0.878;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:129,35:0.21:164
chr17	10415840	rs2007027	A	G	6848.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=254;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=87;NR=78;PP=2965;SC=CATCTGAAGTAAAGCCCAGAA;SOR=0.776;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=166;TCF=87;TCR=79;TR=165;WE=10415848;WS=10415830;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,250:1.00:250
chr17	10424897	.	CAT	C	50.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=0.575;ClippingRankSum=0.000;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=6;PP=165;ReadPosRankSum=-3.173;SC=TTATTGATGTCATATATATAT;SOR=0.120;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=0;TCR=21;TR=6;WE=10424906;WS=10424887;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,4:0.24:17
chr17	10426343	rs7223755	C	T	515.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=13;NR=4;PP=397;SC=ACAGCTTGTTCACTACAAGAA;SOR=2.179;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=13;TCR=4;TR=17;WE=10426351;WS=10426333;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr17	10435325	rs11379780	G	GA	1173.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-0.624;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=34;PP=1103;ReadPosRankSum=-0.455;SC=ACATGCAGATGAAAAAATTCT;SOR=1.938;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=37;TCF=1;TCR=36;TR=34;WE=10435333;WS=10435315;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,45:0.98:46
chr17	10532884	rs12940161	G	A	548.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=13;NR=3;PP=363;SC=CAGTCCCTGGGGGGGGGCTCC;SOR=2.419;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=16;TCF=13;TCR=3;TR=16;WE=10532892;WS=10532874;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr17	10533595	rs3216886	C	CT	6078.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=27;NR=52;PP=2969;SC=GGGGTTCCTCCTGCACACACC;SOR=0.705;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=83;TCF=28;TCR=55;TR=79;WE=10533603;WS=10533585;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,163:1.00:163
chr17	10536018	rs2285479	G	A	7908.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.627;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=308;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=95;NR=105;PP=2965;ReadPosRankSum=1.089;SC=CCTTCTCGGCGATCTTTCTAT;SOR=0.761;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=204;TCF=96;TCR=108;TR=200;WE=10536026;WS=10536008;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,302:0.99:304
chr17	10536184	rs2285478	A	G	1223.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.552;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=28;PP=867;ReadPosRankSum=-0.848;SC=CAAAACTTCAATGGAATAGTC;SOR=1.662;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=43;TCF=14;TCR=29;TR=41;WE=10536192;WS=10536174;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,44:0.96:46
chr17	10541515	rs2285477	C	T	6480.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=252;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=85;NR=81;PP=2965;SC=TTCCTCAGCGCGGCCACCATG;SOR=0.710;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=166;TCF=85;TCR=81;TR=166;WE=10541523;WS=10541505;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,244:1.00:244
chr17	10542471	rs2285475	T	G	7212.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-1.515;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=277;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=98;NR=98;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.949;SC=CCAGGTCTACTCGGAGCTTCT;SOR=0.235;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=197;TCF=98;TCR=99;TR=196;WE=10542479;WS=10542461;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,272:1.00:273
chr17	10542765	rs2285474	A	G	1798.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=18;NR=37;PP=1239;SC=CATCTAACCCAGAGAGTTCCT;SOR=1.467;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=55;TCF=18;TCR=37;TR=55;WE=10542773;WS=10542755;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr17	10542803	rs2285473	T	C	1824.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=22;NR=27;PP=1193;SC=TAAGAAGAATTCGCAAGCAAT;SOR=0.859;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=49;TCF=22;TCR=27;TR=49;WE=10542811;WS=10542793;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr17	10542886	rs2285472	T	C	1682.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=26;NR=21;PP=762;SC=CCTTGTTCTCTGTGGCATGCT;SOR=0.925;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=47;TCF=26;TCR=21;TR=47;WE=10542894;WS=10542876;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr17	10543183	rs2285471	A	G	1240.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=28;PP=904;SC=CCAGTATTTCACTATATATGA;SOR=1.900;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=38;TCF=10;TCR=28;TR=38;WE=10543191;WS=10543173;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr17	10543218	rs2285470	A	G	929.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=13;NR=16;PP=742;SC=CATTTCAACTAAAAAGCAAAA;SOR=0.976;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=29;TCF=13;TCR=16;TR=29;WE=10543226;WS=10543208;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr17	10543281	rs138188093	TAA	T	1203.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.61;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.9997;FS=0.000;HP=14;HapScore=4;MGOF=51;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;NF=8;NR=11;PP=404;SC=CTAGAAGAGTTAAAAAAAAAA;SOR=0.927;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=19;TCF=8;TCR=11;TR=19;WE=10543292;WS=10543271;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr17	10543463	rs2285469	T	C	4421.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=80;NR=43;PP=2327;SC=TCTCAGTCTCTGCACTCTTGA;SOR=1.287;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=123;TCF=80;TCR=43;TR=123;WE=10543471;WS=10543453;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,163:1.00:163
chr17	10544018	rs876660	T	C	1305.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=31;PP=791;SC=ATTGTAGACATGGAAATCATC;SOR=1.656;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=43;TCF=12;TCR=31;TR=43;WE=10544026;WS=10544008;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr17	10544416	rs876657	G	T	825.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.371;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=8;PP=500;ReadPosRankSum=-0.639;SC=GTTTAAAATCGCCATAGAGAA;SOR=0.693;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=28;TCF=20;TCR=8;TR=26;WE=10544424;WS=10544406;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,31:0.97:32
chr17	10544696	rs3216884	GA	G	1323.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.664;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=11;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.312;NF=3;NR=33;PP=616;ReadPosRankSum=1.899;SC=TTTCCTAAGAGAAAAAAAAAA;SOR=1.162;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=46;TCF=4;TCR=42;TR=36;WE=10544704;WS=10544686;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,65:0.94:69
chr17	10545432	rs3216883	C	CAGTA	367.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=8;NR=1;PP=515;SC=CACTTCACCTCAGTGACAGTA;SOR=3.056;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=11;TCF=10;TCR=1;TR=9;WE=10545440;WS=10545431;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr17	10546130	rs2285468	T	G	7859.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-1.118;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=295;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=85;NR=90;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.764;SC=ACGGTGGGGATGGAACTGGAT;SOR=0.240;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=176;TCF=85;TCR=91;TR=175;WE=10546138;WS=10546120;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,290:1.00:291
chr17	10549184	rs2239933	G	A	8280.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.730;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=316;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.267;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=110;NR=93;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.620;SC=AGGGCAGCACGTCAGTCAGTT;SOR=0.421;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=204;TCF=110;TCR=94;TR=203;WE=10549192;WS=10549174;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,313:1.00:314
chr17	10550845	rs142213434	TTTTTG	T	1827.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=24;PP=1270;SC=CCCCCTAAAATTTTTGTTTTG;SOR=1.559;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=37;TCF=1;TCR=36;TR=25;WE=10550857;WS=10550835;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr17	10553046	rs1989810	A	G	2734.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=32;NR=42;PP=1414;SC=CAAGTCTGTTAGTATAAACAG;SOR=0.973;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=74;TCF=32;TCR=42;TR=74;WE=10553054;WS=10553036;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr17	10555028	rs2285466	G	A	3386.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.66;SOR=1.000;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr17	10555061	rs71360285	A	G	407.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=1.917;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.33;ReadPosRankSum=0.941;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,24:0.67:36
chr17	10555062	rs150760312	TTG	T	176.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=1.707;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.52;ReadPosRankSum=-0.057;SOR=0.976;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,14:0.44:32
chr17	10555064	rs113649252	G	T	45.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.950;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.39;ReadPosRankSum=0.063;SOR=0.730;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,9:0.27:33
chr17	10589898	rs10712779	CA	C	196.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;QD=15.13;SOR=1.863;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr17	10595388	rs2520178	A	G	3998.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=33;NR=74;PP=2307;SC=AGGTGTTTTGAAAGCAGATGG;SOR=1.378;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=107;TCF=33;TCR=74;TR=107;WE=10595396;WS=10595378;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,145:1.00:145
chr17	10596380	rs9897641	G	A	1392.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=26;PP=740;SC=TCATGGTGGGGGCACAAAATG;SOR=1.958;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=5;TCR=26;TR=31;WE=10596388;WS=10596370;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr17	10614051	rs3215180	AT	A	723.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=7;PP=466;SC=TGAGATAGCAATTTTTTTTTC;SOR=2.235;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=29;TCF=19;TCR=10;TR=23;WE=10614059;WS=10614041;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr17	10614442	rs406446	A	G	2822.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=21;NR=46;PP=1370;SC=TACAAGAAAGAAAGAGCCTTC;SOR=1.314;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=67;TCF=21;TCR=46;TR=67;WE=10614450;WS=10614432;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr17	10618665	rs10676707	A	AAACT	649.92	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.630;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5083;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=0;PP=536;ReadPosRankSum=-0.657;SC=GAGTTTTAAAACTATTAGCCC;SOR=1.863;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=12;TCR=0;TR=11;WE=10618673;WS=10618655;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,15:0.94:16
chr17	10632174	rs453318	A	G	623.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=5;PP=379;SC=ACATTACATTAGAACTCTGAT;SOR=1.609;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=18;TCF=13;TCR=5;TR=18;WE=10632182;WS=10632164;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr17	10632499	rs421541	G	A	1305.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=35;PP=923;SC=GGCATCGAGGGTACAAAATCT;SOR=2.687;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=44;TCF=9;TCR=35;TR=44;WE=10632507;WS=10632489;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr17	10632535	rs378707	C	T	698.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=21;PP=543;SC=CAGATGAGGACGGGTGAAGGG;SOR=4.892;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=22;TCF=1;TCR=21;TR=22;WE=10632543;WS=10632525;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr17	10633181	rs3826448	A	G	2403.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=24;NR=29;PP=977;SC=CTCGGAGAACACGGCGCGGGG;SOR=0.804;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=53;TCF=24;TCR=29;TR=53;WE=10633189;WS=10633171;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr17	10633245	rs202312	T	C	2097.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=32;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=31;PP=889;SC=CGGTCCGCCTTCCTCCTTGCG;SOR=1.300;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=43;TCF=12;TCR=31;TR=43;WE=10633253;WS=10633235;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr17	10633320	rs57860819	G	GT	412.74	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=4;MGOF=42;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=7;PP=250;SC=CCGTCGCTCCGCCCGGGGGCG;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=7;WE=10633329;WS=10633310;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr17	10633321	rs60373482	C	G	421.77	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=42;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=7;PP=181;SC=CGTCGCTCCGCCCGGGGGCGG;SOR=2.303;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=8;WE=10633329;WS=10633310;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr17	10633358	rs202311	C	T	231.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=55;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=6;PP=172;SC=GTGTAGCCCCCACTCAGCGAC;SOR=1.402;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=3;TCR=6;TR=9;WE=10633366;WS=10633348;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr17	11502403	rs8079566	G	C	497.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=16;PP=423;SC=AACCAGGAGGGAAGTTCCTGA;SOR=1.609;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=4;TCR=16;TR=20;WE=11502411;WS=11502393;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr17	11511412	rs4792156	A	G	1374.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=37;NR=8;PP=895;SC=GAATTGGAACACCTGCCTTTC;SOR=2.584;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=45;TCF=37;TCR=8;TR=45;WE=11511420;WS=11511402;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr17	11513661	rs2191072	C	T	1420.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.32;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr17	11522764	rs10852799	G	A	1067.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=23;NR=5;PP=549;SC=TATTATCCTCGTGAAAAATAT;SOR=1.923;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=28;TCF=23;TCR=5;TR=28;WE=11522772;WS=11522754;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr17	11523082	rs9892256	A	G	3597.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=37;NR=59;PP=1895;SC=TTCCTGGGACAACTGCACGTG;SOR=1.153;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=96;TCF=37;TCR=59;TR=96;WE=11523090;WS=11523072;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,134:1.00:134
chr17	11532613	rs9896886	T	C	383.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=6;NR=6;PP=222;SC=CCCCTTCCTGTGTCCATGTGT;SOR=0.818;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=12;TCF=6;TCR=6;TR=12;WE=11532621;WS=11532603;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr17	11532835	rs9895535	A	G	2312.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=29;NR=33;PP=1148;SC=AAATGCATGAAGAATTTCAAG;SOR=0.836;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=62;TCF=29;TCR=33;TR=62;WE=11532843;WS=11532825;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr17	11536049	rs11655911	G	A	2460.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.788;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=37;PP=1158;ReadPosRankSum=2.784;SC=GGAGCCACTCGGTCCTGGATA;SOR=1.085;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=59;TCF=22;TCR=37;TR=59;WE=11536057;WS=11536039;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,94:0.98:96
chr17	11543520	rs11653848	T	C	1171.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=32;NR=2;PP=908;SC=TGGTGGGAGGTGTTTGCCGAG;SOR=4.294;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=34;TCF=32;TCR=2;TR=34;WE=11543528;WS=11543510;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr17	11550340	rs11870495	T	C	1810.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=49;NR=9;PP=1426;SC=CAGGCACCGGTGAGCTGGGAG;SOR=3.076;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=58;TCF=49;TCR=9;TR=58;WE=11550348;WS=11550330;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr17	11572669	rs73975043	G	A	12280.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.733;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=492;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=140;NR=139;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.791;SC=CCTGCCTGCCGTTGTCTCGCT;SOR=0.706;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=284;TCF=142;TCR=142;TR=279;WE=11572677;WS=11572659;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,477:1.00:479
chr17	11583089	rs8071438	T	C	5884.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=96;NR=55;PP=2742;SC=CCAACCTGGATGCGTTTATAA;SOR=1.173;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=153;TCF=98;TCR=55;TR=151;WE=11583097;WS=11583079;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,220:1.00:220
chr17	11593821	rs7220893	C	A	958.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=17;PP=470;SC=TCACCCAGTTCCTGCATTGTC;SOR=1.547;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=6;TCR=17;TR=23;WE=11593829;WS=11593811;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr17	11597375	rs143897466	G	A	921.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=5;NR=26;PP=670;SC=TTTCCCCATCGTCTCTGAGAC;SOR=2.765;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=5;TCR=26;TR=31;WE=11597383;WS=11597365;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr17	11604598	rs7214186	T	A	135.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=22.64;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr17	11622494	rs12945437	A	G	1070.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=28;NR=4;PP=812;SC=TTGCCCGCTAAAGAGTCCTCC;SOR=3.611;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=33;TCF=29;TCR=4;TR=32;WE=11622502;WS=11622486;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr17	11648332	rs3744578	C	T	7626.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.677;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=306;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=85;NR=101;PP=2965;ReadPosRankSum=0.862;SC=GAGACCCCAACTTCGAAGCTT;SOR=0.828;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=187;TCF=86;TCR=101;TR=186;WE=11648340;WS=11648322;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,299:0.99:303
chr17	11648444	rs3744580	T	C	2953.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=23;NR=59;PP=1873;SC=ATCTCTTACTTATTGTCCAGG;SOR=1.609;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=83;TCF=23;TCR=60;TR=82;WE=11648452;WS=11648434;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr17	11651057	rs3744581	A	G	2979.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=35;NR=44;PP=1284;SC=GGCATCATCAATCCAGCCACA;SOR=0.856;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=79;TCF=35;TCR=44;TR=79;WE=11651065;WS=11651047;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr17	11660722	rs11078030	G	T	479.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=11;NR=3;PP=405;SC=CCATTTACCCGCTCACATCTT;SOR=2.049;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=11;TCR=3;TR=14;WE=11660730;WS=11660712;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr17	11666674	rs2277657	T	C	454.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=1;PP=337;SC=CCACTGAAACTGAGTGGTTCC;SOR=3.126;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=14;TCF=13;TCR=1;TR=13;WE=11666682;WS=11666664;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr17	11687521	rs7215021	G	T	1265.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=36;NR=2;PP=1002;SC=AGATTCGAAGGCTGTATAAGA;SOR=5.136;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=38;TCF=36;TCR=2;TR=38;WE=11687529;WS=11687519;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr17	11737899	rs3744584	T	G	1086.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=31;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=19;NR=8;PP=580;SC=ACTAGTCCAGTGCCCACAGTC;SOR=1.493;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=19;TCR=8;TR=27;WE=11737907;WS=11737889;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr17	11737938	rs3744585	G	A	3243.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=46.34;SOR=1.418;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr17	11737941	rs3744586	C	T	3302.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.81;SOR=1.439;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr17	11786951	rs8070256	T	C	4045.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=55;NR=50;PP=2053;SC=CCTGAAAACGTTGGAAGACAG;SOR=0.746;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=105;TCF=55;TCR=50;TR=105;WE=11786959;WS=11786941;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,152:1.00:152
chr17	11787936	rs11868929	A	G	2266.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=28;NR=32;PP=1133;SC=TGGGTAAGACAGATAAACCAG;SOR=0.812;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=60;TCF=28;TCR=32;TR=60;WE=11787944;WS=11787926;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr17	11787975	rs11078042	T	C	2032.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=17;NR=29;PP=948;SC=TGAGGGACAGTTGAGGTTGGA;SOR=1.032;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=46;TCF=17;TCR=29;TR=46;WE=11787983;WS=11787965;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr17	11806266	rs3815269	T	C	480.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=9;PP=294;SC=AGCATAGGCATGGGGCAAGGG;SOR=1.179;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=15;TCF=6;TCR=9;TR=15;WE=11806274;WS=11806256;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr17	11827353	rs2286300	T	C	4136.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=38;NR=68;PP=2192;SC=CTTCTCCCCATCTGTCCTTTC;SOR=1.209;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=106;TCF=38;TCR=68;TR=106;WE=11827361;WS=11827343;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,150:1.00:150
chr17	11827368	rs2286301	T	G	3348.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=33;NR=62;PP=1912;SC=CCTTTCACACTCTTGTCCCCT;SOR=1.281;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=95;TCF=33;TCR=62;TR=95;WE=11827376;WS=11827358;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr17	11887518	rs34299203	GA	G	228.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.522;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.23;MQRankSum=2.920;QD=1.76;ReadPosRankSum=-0.589;SOR=0.730;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:86,44:0.34:130
chr17	11894428	rs139692409	G	A	2956.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.718;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=42;PP=1333;ReadPosRankSum=1.899;SC=TTGGCAGCTTGGAGATTCCAT;SOR=0.965;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=72;TCF=30;TCR=42;TR=72;WE=11894436;WS=11894418;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,114:0.98:116
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chr17	12620897	rs12602716	G	A	844.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=0.624;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=27;PP=674;ReadPosRankSum=2.027;SC=TCTAGGCCACGTAGATACCCA;SOR=3.193;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=2;TCR=29;TR=29;WE=12620905;WS=12620887;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,30:0.97:31
chr17	12647490	rs12709295	T	C	5082.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=80;NR=43;PP=2589;SC=TTTCCTCATCTTCTTTGCAGT;SOR=1.216;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=123;TCF=80;TCR=43;TR=123;WE=12647498;WS=12647480;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,186:1.00:186
chr17	12799985	rs2302068	G	A	3297.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.480;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.640;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=69;PP=2058;ReadPosRankSum=1.859;SC=TTTTCTGTGGGGTAATGACCC;SOR=2.345;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=85;TCF=16;TCR=69;TR=84;WE=12799993;WS=12799975;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,112:0.98:114
chr17	12820421	rs35221864	T	C	415.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=9;NR=6;PP=229;SC=GGACACTCCATCTATATAAAA;SOR=1.061;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=15;TCF=9;TCR=6;TR=15;WE=12820429;WS=12820411;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr17	12820632	rs12451747	A	C	497.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=11;PP=291;SC=CAGAGAAGCCAGTAGCATGGC;SOR=1.609;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=4;TCR=11;TR=15;WE=12820640;WS=12820622;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr17	12860183	.	A	AAC	406.94	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-0.405;ClippingRankSum=0.000;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5066;FS=4.803;HP=2;HapScore=3;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.548;NF=0;NR=11;PP=473;ReadPosRankSum=1.843;SC=TTCCCCTATAAACACACACAC;SOR=3.126;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=0;TCR=19;TR=11;WE=12860191;WS=12860163;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,15:0.88:17
chr17	12876431	rs878065	A	G	1245.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=32;NR=10;PP=1015;SC=GGTATGACTTACACTTACACA;SOR=2.419;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=42;TCF=32;TCR=10;TR=42;WE=12876439;WS=12876421;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr17	12877530	rs1109767	C	T	1538.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=28;PP=839;SC=GGCTGCGCCCCTGCCTTCGCC;SOR=1.316;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=42;TCF=14;TCR=28;TR=42;WE=12877538;WS=12877520;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr17	12899668	rs111710032	T	C	2395.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=39;NR=20;PP=1093;SC=GGAAAGGAACTGAACAGGAAG;SOR=1.270;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=59;TCF=39;TCR=20;TR=59;WE=12899676;WS=12899658;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr17	13928074	rs62052312	A	C	3632.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=3.409;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=5.807;NF=54;NR=53;PP=1897;ReadPosRankSum=0.343;SC=TCAGGAGCTCATTGAGGCACA;SOR=0.655;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=130;TCF=68;TCR=62;TR=107;WE=13928082;WS=13928064;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,156:0.84:185
chr17	13928361	rs143718075	T	C	230.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=40.00;QD=25.64;SOR=4.615;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr17	13972811	rs6502330	G	A	759.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=2;PP=392;SC=GCCGGAAGTGGCGGCCCGGAA;SOR=2.387;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=18;TCF=15;TCR=3;TR=17;WE=13972819;WS=13972801;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr17	13972955	rs8076787	C	T	6308.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=246;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=70;NR=53;PP=2149;SC=TCTCCTCACGCCTCCTGACAG;SOR=0.822;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=123;TCF=70;TCR=53;TR=123;WE=13972963;WS=13972945;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,245:1.00:245
chr17	13977813	rs143814384	C	CTTTA	2037.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=31;PP=1668;SC=TACTTTCTGCCTTTTTCTCTG;SOR=2.560;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=37;TCF=2;TCR=35;TR=33;WE=13977821;WS=13977803;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr17	13980058	rs2230351	A	T	14522.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.343;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=549;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.622;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=202;NR=132;PP=2965;ReadPosRankSum=2.355;SC=TTAGTATGTCACACAGCTGAA;SOR=0.824;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=340;TCF=204;TCR=136;TR=334;WE=13980066;WS=13980048;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:5,541:0.99:546
chr17	14005373	rs1017076	C	T	1985.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=32;NR=17;PP=934;SC=TTTTGTCGTTCTGGCCTTTAC;SOR=1.134;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=49;TCF=32;TCR=17;TR=49;WE=14005394;WS=14005363;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr17	14005386	rs2108683	T	C	2260.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=33;NR=19;SC=GCCTTTACAGTTGGGACTCCT;SOR=1.039;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=52;TCF=33;TCR=19;TR=52;WE=14005394;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr17	14005647	rs3217030	C	CAT	667.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=10;PP=459;SC=CTTCCAAACTCATATATTGAT;SOR=1.371;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=0;TCR=11;TR=10;WE=14005655;WS=14005637;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr17	14063389	rs7212977	G	T	601.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=15;PP=387;SC=AAGAAACAAAGTGATATGGAA;SOR=2.303;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=3;TCR=15;TR=18;WE=14063397;WS=14063379;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr17	14095309	rs2230354	A	G	6263.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=239;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=92;NR=67;PP=2965;SC=TTTCCAGCCCATTGCTAGCTG;SOR=0.864;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=160;TCF=93;TCR=67;TR=159;WE=14095317;WS=14095299;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,239:1.00:239
chr17	14095566	rs151441	T	C	1413.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=5.144;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=303;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.432;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-9.494;NF=61;NR=75;PP=2409;ReadPosRankSum=2.174;SC=TGGAGTCTCATATGAGCACAC;SOR=0.399;SbPval=0.25;Source=Platypus;TC=304;TCF=118;TCR=186;TR=136;WE=14095574;WS=14095556;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:216,81:0.27:297
chr17	14095639	rs373313742	A	G	1234.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.664;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=291;ExcessHet=3.0103;FS=23.118;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.09;MQRankSum=-3.210;QD=4.24;ReadPosRankSum=-5.085;SOR=1.728;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:214,77:0.26:291
chr17	14095682	rs2158978	T	C	4186.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.711;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=-2.600;NF=46;NR=79;PP=2473;ReadPosRankSum=0.700;SC=GACTGAAATTTTGTGGACGCA;SOR=0.505;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=126;TCF=46;TCR=80;TR=125;WE=14095690;WS=14095672;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,162:0.98:165
chr17	14110041	rs4792446	G	A	2835.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.332;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=24;PP=1582;ReadPosRankSum=0.259;SC=GTGCCAGGCAGGCTCTCCCAG;SOR=0.954;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=85;TCF=60;TCR=25;TR=82;WE=14110049;WS=14110031;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,108:0.97:111
chr17	14139191	rs148329066	C	G	646.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.497;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=13.289;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=44.48;MQRankSum=-2.974;QD=20.21;ReadPosRankSum=0.773;SOR=3.442;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,24:0.75:32
chr17	14139347	.	G	A	437	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MMLQ=22;MQ=50.14;NF=13;NR=18;PP=437;QD=15.2184262112;SC=AGATAAACCAGGATCAGGAGA;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=92;TCF=38;TCR=54;TR=31;WE=14139355;WS=14139337;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:61,31:0.34:92
chr17	14139565	rs4791563	T	C	697.80	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.064;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=3.482;NF=17;NR=9;PP=536;ReadPosRankSum=2.336;SC=ACGCTTTCAGTTCCAGGGTTA;SOR=0.922;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=38;TCF=22;TCR=16;TR=26;WE=14139573;WS=14139555;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,27:0.87:31
chr17	14139580	.	T	C	132	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MMLQ=28;MQ=49.4;NF=3;NR=7;PP=132;QD=16.6771212547;SC=GGGTTAGGGCTAGTGGCTACA;SbPval=0.06;Source=Platypus;TC=39;TCF=24;TCR=15;TR=10;WE=14139588;WS=14139570;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:29,10:0.26:39
chr17	14139774	rs4791564	C	A	1164.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=45.84;QD=27.73;SOR=0.788;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr17	14139891	rs62052131	A	C	3162.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=47.61;QD=25.30;SOR=0.775;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr17	14140103	rs4792453	A	G	579.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=14;PP=419;SC=CACTCCCTCCATTCCTGAAGC;SOR=1.508;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=6;TCR=14;TR=20;WE=14140111;WS=14140093;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr17	14248423	rs9906855	T	C	4848.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=56;NR=98;PP=2583;SC=GGGAGGCCCCTGCGCGCATCT;SOR=1.313;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=154;TCF=56;TCR=98;TR=154;WE=14248431;WS=14248413;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,186:1.00:186
chr17	14673431	rs72815721	C	A	2697.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=56;NR=27;PP=1688;SC=ACAGCTGGGCCAGTGACAGAG;SOR=1.384;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=83;TCF=56;TCR=27;TR=83;WE=14673439;WS=14673421;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr17	15222535	rs11387328	C	CA	464.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=1;NR=11;PP=518;SC=AACAATGTAACAAACATCAAT;SOR=1.911;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=12;TCF=1;TCR=11;TR=12;WE=15222543;WS=15222525;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr17	15234232	rs2305959	G	A	900.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=23;NR=5;PP=598;SC=AACAGATGAAGTAAAACATAA;SOR=2.448;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=28;TCF=23;TCR=5;TR=28;WE=15234240;WS=15234222;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr17	15234895	rs7226363	C	T	5203.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.931;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=77;PP=2375;ReadPosRankSum=1.659;SC=ACAACCTACACGTTCCATGAT;SOR=1.144;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=117;TCF=40;TCR=77;TR=117;WE=15234903;WS=15234885;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,195:0.99:197
chr17	15343524	rs71150251	C	CCTT	10860.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=258;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=23;NR=66;PP=2967;SC=CCCAACCCTACCTTCTTTCTT;SOR=0.726;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=92;TCF=23;TCR=69;TR=89;WE=15343532;WS=15343514;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,244:1.00:244
chr17	15406123	.	CCTCTCT	C,CCT	2651.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.56;QD=39.00;SOR=1.066;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:1,9,58:0.13,0.85:68
chr17	15492409	rs151442	T	C	1173.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=43.05;QD=31.72;SOR=3.086;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr17	15492426	rs28445278	C	T	1902.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.669;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FS=4.995;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=49.99;MQRankSum=-0.716;QD=25.37;ReadPosRankSum=-0.697;SOR=2.066;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:5,70:0.93:75
chr17	15517060	rs370671983	GA	G	70.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.211;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FS=1.479;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.07;MQRankSum=-12.029;QD=0.32;ReadPosRankSum=0.089;SOR=0.518;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:183,37:0.17:220
chr17	15690210	rs376068178	AC	A	537.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=42.30;QD=29.87;SOR=4.407;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr17	15973417	.	G	GT	65.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.610;ClippingRankSum=0.000;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=1.824;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.86;ReadPosRankSum=1.203;SOR=1.270;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,9:0.39:23
chr17	16041578	.	T	TA	186.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.414;ClippingRankSum=0.000;DP=124;ExcessHet=3.0103;FS=4.676;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.76;ReadPosRankSum=-1.055;SOR=1.257;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:80,26:0.25:106
chr17	16052606	rs34511605	CAT	C	249.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.727;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.81;ReadPosRankSum=-0.078;SOR=0.704;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,14:0.33:43
chr17	16221271	rs56228407	A	AC	1423.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-2.090;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.337;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=26;PP=730;ReadPosRankSum=1.004;SC=CCTGCCCCAGACCCCTGTCTC;SOR=1.210;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=30;TCF=1;TCR=29;TR=27;WE=16221282;WS=16221261;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,56:0.98:57
chr17	16251859	rs2286666	A	G	2041.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=36;NR=20;PP=1036;SC=GCATGCTAACAGTTGGGTGGG;SOR=1.207;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=56;TCF=36;TCR=20;TR=56;WE=16251867;WS=16251849;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr17	16256240	rs3095172	C	A	372.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=9;NR=2;PP=253;SC=AGGCTCAGAGCTGAAAGGCGC;SOR=2.147;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=11;TCF=9;TCR=2;TR=11;WE=16256248;WS=16256234;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr17	16256686	.	G	GCGGAGGCCC	501.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.72;QD=41.81;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr17	16350239	rs2882581	A	G	1660.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=32.56;SOR=4.133;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr17	16734809	rs2688010	A	G	2719.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.072;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=42.87;MQRankSum=-2.468;QD=26.15;ReadPosRankSum=4.393;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,102:0.98:104
chr17	16734869	rs62074145	A	G	1814.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=43.00;QD=27.09;SOR=1.410;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr17	16734971	rs62074146	A	T	253.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=41.24;QD=28.20;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr17	16855878	rs8072293	C	T	8070.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=317;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=76;NR=87;PP=2839;SC=TAGCCACCCCCGTCCACAGGC;SOR=0.773;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=165;TCF=77;TCR=88;TR=163;WE=16855886;WS=16855868;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,312:1.00:312
chr17	16892265	rs9907308	G	A	7092.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.18;SOR=1.521;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,157:1.00:157
chr17	16892273	rs116846623	A	G	7443.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.78;SOR=1.365;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,174:1.00:174
chr17	16946343	rs61242604	G	C	1152.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.06;SOR=0.976;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr17	17035036	rs2271520	A	G	2886.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.770;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=44;PP=1403;ReadPosRankSum=2.001;SC=GGTTTGCCAGATGGCATCCCC;SOR=1.022;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=74;TCF=30;TCR=44;TR=74;WE=17035044;WS=17035026;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,110:0.98:112
chr17	17039561	rs3833098	CCAG	C	4409.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=0.9854;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;NF=11;NR=51;PP=2995;SC=GTGGCTGTTACCAGCAGCAGC;SOR=0.930;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=83;TCF=16;TCR=67;TR=62;WE=17039574;WS=17039551;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr17	17046024	rs3744137	C	A	1026.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=17;NR=10;PP=515;SC=GGGCCCTCACCATCCAGCGAC;SOR=1.096;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=27;TCF=17;TCR=10;TR=27;WE=17046032;WS=17046014;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr17	17046736	rs6502563	T	G	2009.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=43;NR=15;PP=1346;SC=CTTGCTATGGTGGCTAGGCAG;SOR=2.070;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=58;TCF=43;TCR=15;TR=58;WE=17046744;WS=17046726;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr17	17049547	rs117407639	G	A	211.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=6;PP=144;SC=CAGGGCTGTGGCTGAGACTCC;SOR=1.402;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=3;TCR=6;TR=9;WE=17049555;WS=17049537;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr17	17050573	rs3744134	G	A	3565.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.668;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=35;PP=1340;ReadPosRankSum=-0.591;SC=CCGCCGTGGCGTGGCAGGCAT;SOR=0.812;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=81;TCF=45;TCR=36;TR=79;WE=17050581;WS=17050563;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,140:0.99:142
chr17	17062241	rs11551189	C	G	1643.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=17;NR=20;PP=700;SC=TGCCCATCGCCCCCGTCCACC;SOR=0.790;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=37;TCF=17;TCR=20;TR=37;WE=17062249;WS=17062231;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr17	17064775	rs5819603	G	GC	3292.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=23;PP=1266;SC=CTGAGCAGGGGTGTCTCCCAG;SOR=0.717;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=30;TCF=5;TCR=25;TR=28;WE=17064783;WS=17064765;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr17	17069105	rs3744131	G	A	14855.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.410;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=563;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=146;NR=210;PP=2965;ReadPosRankSum=0.637;SC=TCAAAGACGTGACCGTGAGGC;SOR=0.537;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=359;TCF=146;TCR=213;TR=356;WE=17069113;WS=17069095;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,553:0.99:556
chr17	17075318	rs2292530	A	G	1380.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=16;NR=27;PP=743;SC=TTCTTTGACTATTCACTCTGA;SOR=1.329;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=43;TCF=16;TCR=27;TR=43;WE=17075326;WS=17075308;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr17	17122286	rs8065572	C	T	848.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=21;NR=7;PP=515;SC=CAGCCCATGACTGGCTCTCCT;SOR=2.093;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=29;TCF=22;TCR=7;TR=28;WE=17122294;WS=17122284;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr17	17158128	rs71152853	G	GA	40.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.398;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.67;ReadPosRankSum=-1.569;SOR=0.659;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:48,13:0.21:61
chr17	17165012	rs72321449	G	GA	33.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.193;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.30;MQRankSum=2.968;QD=0.49;ReadPosRankSum=0.499;SOR=0.656;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:57,12:0.17:69
chr17	17409401	rs3816511	G	A	1946.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=31;NR=27;PP=1187;SC=TACCATGGCCGCTCTGACCTG;SOR=0.781;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=58;TCF=31;TCR=27;TR=58;WE=17409409;WS=17409391;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr17	17409560	rs7946	C	T	3656.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=40;NR=46;PP=1672;SC=AGGAGAGCCACTATGTAGGTG;SOR=0.765;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=87;TCF=41;TCR=46;TR=86;WE=17409568;WS=17409550;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,143:1.00:143
chr17	17409709	rs1918249	T	A	790.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=19;PP=530;SC=GCCGTGACCCTGGCCCTCCGG;SOR=3.098;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=21;TCF=2;TCR=19;TR=21;WE=17409717;WS=17409699;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr17	17410397	rs189379566	C	T	6364.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.282;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=252;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=103;NR=61;PP=2965;ReadPosRankSum=0.620;SC=TCGTCAGTGACGGCACCAAGG;SOR=0.680;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=168;TCF=105;TCR=63;TR=164;WE=17410405;WS=17410387;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,241:0.99:244
chr17	17412032	rs4646407	G	C	7251.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=279;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=85;NR=53;PP=2681;SC=CCTCTGACCCGCCGGGGGAGC;SOR=0.933;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=138;TCF=85;TCR=53;TR=138;WE=17412040;WS=17412022;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,276:1.00:276
chr17	17682484	rs1006656	G	A	1320.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=10;NR=24;PP=724;SC=AATATTTTCCGTGGTGAGGAA;SOR=1.562;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=34;TCF=10;TCR=24;TR=34;WE=17682492;WS=17682474;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr17	17697093	rs371983878	CCAG	C	257.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.982;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=280;ExcessHet=3.0103;FS=1.858;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.04;MQRankSum=2.931;QD=1.23;ReadPosRankSum=0.445;SOR=0.490;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:187,22:0.11:209
chr17	17698254	rs8067439	G	A	10438.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.397;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=388;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=172;NR=110;PP=2965;ReadPosRankSum=2.021;SC=CTGGGGAGCCGGAGGCCCTGC;SOR=0.408;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=285;TCF=175;TCR=110;TR=282;WE=17698262;WS=17698244;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,373:1.00:374
chr17	17707105	rs3818717	T	C	8506.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.890;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=320;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=117;NR=64;PP=2965;ReadPosRankSum=1.922;SC=GGGCCACCATTGGGTGCTGCC;SOR=1.186;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=181;TCF=117;TCR=64;TR=181;WE=17707113;WS=17707095;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,314:0.99:316
chr17	17715317	rs2297508	C	G	2537.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.71;SOR=0.802;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr17	17719503	.	G	GCCCCCCAACCCCCCCACCCCCGCCACCCCACACCCCTGCCACCCCCCAGCCCCACCCCCCCACCCCCAATCCCCCCACCCTCCCCACTCCCGCCAT	1830.27	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.150;ClippingRankSum=-0.000;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=87.16;ReadPosRankSum=1.150;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,17:0.81:21
chr17	17721457	rs4925115	A	G	829.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=24;NR=1;PP=503;SC=TGAGGTGGGCAGGGCAGAGGG;SOR=6.869;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=35;TCF=24;TCR=11;TR=25;WE=17721465;WS=17721447;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr17	17726965	rs12936927	C	T	3541.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=28;NR=75;PP=2159;SC=AGCGCTGCGGCGCGCCCGCCC;SOR=2.266;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=105;TCF=29;TCR=76;TR=103;WE=17726979;WS=17726955;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chr17	17740164	rs60282872	GC	G	4251.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.16;QD=35.14;SOR=1.669;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr17	17750907	rs7501812	G	A	787.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=21;NR=0;PP=549;SC=CACGGGGTGCGAGCGGGGACC;SOR=4.255;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=21;TCR=0;TR=21;WE=17750915;WS=17750897;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr17	17767526	.	AT	A	298.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.253;ClippingRankSum=-0.000;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.31;MQRankSum=-0.000;QD=10.67;ReadPosRankSum=0.493;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,8:0.29:28
chr17	17770355	rs11657074	G	A	684.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=14;PP=414;SC=GTCCCACCTGGGGGCTAGGGA;SOR=1.802;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=19;TCF=5;TCR=14;TR=19;WE=17770363;WS=17770345;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr17	17772622	rs34879782	G	GA	906.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.604;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.48;MQRankSum=1.653;QD=8.89;ReadPosRankSum=-0.075;SOR=0.593;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,65:0.64:102
chr17	17774118	rs9907287	C	T	1641.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.449;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=32;PP=861;ReadPosRankSum=1.818;SC=CCTCAAGCCCCGCACTGAGCC;SOR=0.693;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=46;TCF=13;TCR=33;TR=45;WE=17774126;WS=17774108;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,61:0.98:62
chr17	17931884	.	C	CA	103.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.841;ClippingRankSum=0.000;DP=120;ExcessHet=3.0103;FS=2.002;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.09;MQRankSum=1.629;QD=1.01;ReadPosRankSum=-0.449;SOR=0.638;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:80,23:0.22:103
chr17	17948475	rs2955355	G	A	4384.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=59;NR=56;PP=2191;SC=TGGACACGGGGAACTCTTACC;SOR=0.693;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=115;TCF=59;TCR=56;TR=115;WE=17948483;WS=17948465;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,164:1.00:164
chr17	17957348	rs17731766	G	T	1161.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=29;NR=7;PP=767;SC=CTAGGTACTGGAAAGAAGTTA;SOR=2.476;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=36;TCF=29;TCR=7;TR=36;WE=17957356;WS=17957338;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr17	17997209	rs2230316	G	A	7595.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.742;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=294;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=75;NR=89;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.497;SC=AATCGGCCTCGTCCAAAGGAG;SOR=0.771;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=165;TCF=75;TCR=90;TR=164;WE=17997217;WS=17997199;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,291:0.99:293
chr17	18003671	rs2272570	T	G	2077.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=50;NR=18;PP=1532;SC=GGGGTACTCTTCCTAGGTCTC;SOR=1.885;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=68;TCF=50;TCR=18;TR=68;WE=18003679;WS=18003661;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr17	18003845	rs854813	C	T	7867.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.856;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=305;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=102;NR=95;PP=2965;ReadPosRankSum=0.863;SC=TGTGACCCCTCGGTCAGCAGT;SOR=0.748;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=200;TCF=103;TCR=97;TR=197;WE=18003853;WS=18003835;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,298:0.99:300
chr17	18010001	rs10566746	GT	G	45.86	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.150;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=5.73;ReadPosRankSum=-0.489;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,7:0.88:8
chr17	18034131	rs59214589	A	AGTGT	276.76	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.200;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.58;MQRankSum=0.549;QD=25.16;ReadPosRankSum=-0.549;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,9:0.82:11
chr17	18039940	rs186426892	G	A	9607.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=363;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=90;NR=132;PP=2965;SC=GGGTCAACGCGCTGGTGTCCC;SOR=0.933;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=223;TCF=90;TCR=133;TR=222;WE=18039948;WS=18039930;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,359:1.00:359
chr17	18041507	rs2280777	C	T	10270.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=401;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=140;NR=105;PP=2965;SC=CCTCATCTCACTGAAGCCTTA;SOR=0.892;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=247;TCF=141;TCR=106;TR=245;WE=18041515;WS=18041497;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,394:1.00:394
chr17	18042276	rs2075658	A	C	5108.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=48;NR=69;PP=2334;SC=GTCGGCCTGGACGCTGGTGCT;SOR=0.899;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=117;TCF=48;TCR=69;TR=117;WE=18042284;WS=18042266;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,190:1.00:190
chr17	18042527	rs854783	A	G	2300.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=30;NR=24;PP=932;SC=TGACATCACTATGGTCACCCT;SOR=0.809;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=54;TCF=30;TCR=24;TR=54;WE=18042535;WS=18042517;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr17	18042976	rs854782	C	A	1980.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.892;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=44;PP=1174;ReadPosRankSum=1.546;SC=ATGTCCCCACCCCCACACCCA;SOR=0.896;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=61;TCF=16;TCR=45;TR=59;WE=18042984;WS=18042966;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,74:0.97:76
chr17	18043766	rs854780	C	G	9254.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=349;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.98;SOR=0.990;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,343:1.00:343
chr17	18044270	rs854779	T	C	1375.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=22;NR=16;PP=854;SC=ATATTCACCATGATAATGCCT;SOR=0.952;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=38;TCF=22;TCR=16;TR=38;WE=18044278;WS=18044260;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr17	18046058	rs854778	A	C	4943.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=82;NR=40;PP=2505;SC=CCTCCCCACTACCCCAACCCA;SOR=1.198;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=122;TCF=82;TCR=40;TR=122;WE=18046066;WS=18046048;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,182:1.00:182
chr17	18046898	rs854777	T	C	1257.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-0.169;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=11;PP=766;ReadPosRankSum=1.434;SC=AGAGTGGAGGTGCCAGGTGGA;SOR=0.997;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=42;TCF=31;TCR=11;TR=41;WE=18046906;WS=18046888;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,45:0.98:46
chr17	18047671	rs11421905	G	GC	1170.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=16;NR=6;PP=883;SC=CCCCTCACCAGCCTCAGTTTC;SOR=2.303;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=23;TCF=17;TCR=6;TR=22;WE=18047679;WS=18047661;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr17	18047772	rs11421904	T	TC	5280.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=30;NR=37;PP=2776;SC=TGCCTGTCAGTCCAGCTCTGT;SOR=1.067;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=69;TCF=30;TCR=39;TR=67;WE=18047780;WS=18047762;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,148:1.00:148
chr17	18051975	rs854774	T	C	6768.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=251;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=78;NR=79;PP=2965;SC=ATAGGGTCCATTCTGTTCATG;SOR=0.709;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=157;TCF=78;TCR=79;TR=157;WE=18051983;WS=18051965;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,250:1.00:250
chr17	18052466	rs4303606	A	G	4456.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=76;NR=44;PP=2639;SC=GGGTGCAGAAAAAAATTTGGG;SOR=1.309;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=121;TCF=77;TCR=44;TR=120;WE=18052482;WS=18052456;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,154:1.00:154
chr17	18052867	rs2955379	T	C	4151.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=37;NR=58;PP=1668;SC=ATAGCCTCTTTGACCCTGTGC;SOR=1.088;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=95;TCF=37;TCR=58;TR=95;WE=18052875;WS=18052857;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,159:1.00:159
chr17	18054868	rs854773	G	T	5040.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=2.405;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=10.982;HP=5;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=119;PP=2965;ReadPosRankSum=0.244;SC=CCCCCAGCCCGCCAGCCCCCT;SOR=1.914;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=169;TCF=49;TCR=120;TR=162;WE=18054876;WS=18054858;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,195:0.99:197
chr17	18054917	rs865923	T	C	2617.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=73;PP=1874;SC=ACCAGCTTACTGGGTTGAAGC;SOR=3.142;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=87;TCF=14;TCR=73;TR=87;WE=18054925;WS=18054907;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr17	18055229	rs854772	G	A	4256.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=42;NR=72;PP=2109;SC=TCCTGAAAGGGCAGATGACCC;SOR=1.179;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=114;TCF=42;TCR=72;TR=114;WE=18055237;WS=18055219;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,158:1.00:158
chr17	18057167	rs712270	A	T	12260.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=473;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.03;SOR=0.823;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,471:1.00:471
chr17	18057272	rs712271	A	G	5972.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.658;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=101;PP=2965;ReadPosRankSum=2.122;SC=GGCTGAAGCGAGCAGAGGAGG;SOR=0.366;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=162;TCF=59;TCR=103;TR=160;WE=18057280;WS=18057262;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,217:1.00:218
chr17	18058521	rs712272	C	T	15292.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=570;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=187;NR=152;PP=2965;SC=TCTACTTCTCCCGCATCTTCC;SOR=0.828;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=343;TCF=187;TCR=156;TR=339;WE=18058529;WS=18058511;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,566:1.00:566
chr17	18059494	rs861278	C	T	4377.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=78;NR=41;PP=2285;SC=GTCATGCCACCGGCCCATCCT;SOR=1.258;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=119;TCF=78;TCR=41;TR=119;WE=18059502;WS=18059484;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,161:1.00:161
chr17	18060192	rs854771	G	A	1205.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-1.900;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=15;PP=825;ReadPosRankSum=-0.561;SC=AAGGATGTGAGGAGCAGGGGT;SOR=0.693;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=48;TCF=33;TCR=15;TR=46;WE=18060200;WS=18060182;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,46:0.98:47
chr17	18062443	rs854807	G	A	2373.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=51;NR=22;PP=1811;SC=TCCCTCCCAAGGACAGCCTCT;SOR=1.734;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=74;TCF=51;TCR=23;TR=73;WE=18062451;WS=18062433;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr17	18063441	rs712273	T	C	2964.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=23;NR=66;PP=1880;SC=ATTATCTTCCTCTCACCCTCA;SOR=1.970;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=91;TCF=23;TCR=68;TR=89;WE=18063449;WS=18063431;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr17	18070761	rs854796	G	A	1888.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=36;NR=17;PP=1027;SC=ATCATTCCCCGAAACCCAGGA;SOR=1.451;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=53;TCF=36;TCR=17;TR=53;WE=18070769;WS=18070751;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr17	18077175	rs854800	T	C	7515.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=299;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=77;NR=124;PP=2965;SC=GCTACCCCTATGTGGAGATTG;SOR=1.061;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=201;TCF=77;TCR=124;TR=201;WE=18077183;WS=18077165;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,290:1.00:290
chr17	18111802	rs142135062	GTTTTTGT	G	5635.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=19;NR=57;PP=2987;SC=TCATTGGGGGGTTTTTGTTTT;SOR=0.822;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=95;TCF=22;TCR=73;TR=76;WE=18111816;WS=18111792;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chr17	18111868	rs1378602	G	A	5501.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=73;NR=67;PP=2965;SC=TTGCCTGTTAGGGCTGAAGAA;SOR=0.776;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=140;TCF=73;TCR=67;TR=140;WE=18111876;WS=18111858;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,200:1.00:200
chr17	18111980	rs181356656	G	A	4127.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=41;NR=69;PP=1981;SC=GGAGTGGCCAGTAGAGGTGGT;SOR=1.116;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=110;TCF=41;TCR=69;TR=110;WE=18111988;WS=18111970;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,161:1.00:161
chr17	18133495	rs2290502	G	A	1651.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=11;NR=32;PP=918;SC=GGGCTTCTGCGGAGGTTGGCG;SOR=1.773;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=45;TCF=12;TCR=33;TR=43;WE=18133503;WS=18133485;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr17	18135753	rs2290503	T	C	4522.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=75;NR=46;PP=2505;SC=TTGGGTGTCTTCCTCACTGTG;SOR=1.165;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=122;TCF=75;TCR=47;TR=121;WE=18135761;WS=18135743;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,162:1.00:162
chr17	18137141	rs2290505	A	G	10832.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=418;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=121;NR=124;PP=2965;SC=GGTGGCTGCCAGCGACATAGC;SOR=0.698;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=246;TCF=121;TCR=125;TR=245;WE=18137149;WS=18137131;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,413:1.00:413
chr17	18144683	rs2605138	T	C	3813.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=79;NR=28;PP=2283;SC=GTGGGGGCTGTTGGGTCAGCA;SOR=2.017;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=107;TCF=79;TCR=28;TR=107;WE=18144691;WS=18144673;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,133:1.00:133
chr17	18144720	rs2245737	C	T	7024.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=260;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=112;NR=61;PP=2965;SC=GCCCTGGGGACGAGGACAGGG;SOR=1.257;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=173;TCF=112;TCR=61;TR=173;WE=18144728;WS=18144710;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,254:1.00:254
chr17	18145379	rs2746030	G	A	6992.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.384;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=259;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=70;NR=122;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.690;SC=TCCCACCCCCGAGATCTGCCT;SOR=0.439;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=193;TCF=70;TCR=123;TR=192;WE=18145387;WS=18145369;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,249:1.00:250
chr17	18149854	rs2856289	A	G	9131.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.988;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=350;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=116;NR=130;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.784;SC=GCTGGGTCTGAGCCCCACCAC;SOR=0.263;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=249;TCF=117;TCR=132;TR=246;WE=18149862;WS=18149844;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,342:1.00:343
chr17	18150444	rs71155326	A	AC	674.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.510;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.88;ReadPosRankSum=-1.783;SOR=0.976;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,35:0.56:62
chr17	18156541	rs2071241	A	G	3427.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=66;NR=21;PP=1983;SC=ACAGACCACAAGGTGGGCTCT;SOR=1.797;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=89;TCF=68;TCR=21;TR=87;WE=18156549;WS=18156531;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr17	18162015	rs201930874	T	C	4437.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=0.654;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=58;PP=1963;ReadPosRankSum=-0.735;SC=GGCGCCGCTCTCGCTGCCGGG;SOR=0.855;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=103;TCF=45;TCR=58;TR=103;WE=18162023;WS=18162005;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,171:0.99:173
chr17	18164404	rs2605142	C	T	1305.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=22;NR=10;PP=545;SC=TCCTGCTTCTCGGAGCTGGAA;SOR=1.225;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=33;TCF=22;TCR=11;TR=32;WE=18164412;WS=18164394;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr17	18164475	rs117304413	G	A	2179.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=32;NR=18;PP=935;SC=AATTTAGACAGGTTGGGAGTA;SOR=1.075;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=50;TCF=32;TCR=18;TR=50;WE=18164483;WS=18164465;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr17	18167505	rs2605143	T	C	3281.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=47;NR=29;PP=1646;SC=CGCTGGCTGCTTCTGTCAACT;SOR=1.059;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=76;TCF=47;TCR=29;TR=76;WE=18167513;WS=18167495;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr17	18178012	rs3215557	C	CG	1614.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=16;NR=10;PP=1045;SC=ACACTGTCCTCTAAGTTTCCA;SOR=1.730;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=27;TCF=17;TCR=10;TR=26;WE=18178020;WS=18178002;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr17	18181794	rs8071231	A	G	1248.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=22;PP=689;SC=GGAAGCCCACACAAGTCCCCT;SOR=1.414;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=10;TCR=22;TR=32;WE=18181802;WS=18181784;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr17	18184011	rs6502644	G	T	6974.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=2.316;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=267;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=88;PP=2696;ReadPosRankSum=-0.840;SC=AGGAGTGCAGGAGATGCTCTC;SOR=0.368;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=138;TCF=50;TCR=88;TR=138;WE=18184019;WS=18184001;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,264:1.00:265
chr17	18193941	rs2230154	G	A	3138.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=32;NR=30;PP=1156;SC=TGGTCTCCCCGTCCACCATCT;SOR=0.726;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=62;TCF=32;TCR=30;TR=62;WE=18193949;WS=18193931;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr17	18194362	rs6502645	C	T	2449.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=28;NR=41;PP=1294;SC=AAGAGGAGTACGAAACTCCCC;SOR=1.105;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=69;TCF=28;TCR=41;TR=69;WE=18194370;WS=18194352;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr17	18205750	rs66697088	TGGAGAGTGAA	T	2078.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=7;NR=12;PP=2984;SC=AGGCAGCTCCTGGAGAGTGAA;SOR=1.132;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=20;TCF=7;TCR=13;TR=19;WE=18205767;WS=18205740;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr17	18208334	rs7225932	C	A	3294.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=3.206;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=5.586;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=36;PP=1729;ReadPosRankSum=-0.120;SC=CTGCAGAGGACCTCATCCGTG;SOR=0.124;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=98;TCF=62;TCR=36;TR=95;WE=18208342;WS=18208324;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,128:0.98:131
chr17	18208544	rs7207123	G	A	2636.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=20;NR=60;PP=1717;SC=TCTTAAGTTCGCAGTGGAATA;SOR=1.968;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=80;TCF=20;TCR=60;TR=80;WE=18208552;WS=18208534;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr17	18211537	.	CAAAAAAAAAAAAAAAA	C,CA	1187.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;QD=40.96;SOR=1.688;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:0,14,15:0.48,0.52:29
chr17	18211984	rs10647472	C	CTT	323.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;QD=26.98;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr17	18220674	rs8080966	C	T	7556.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=288;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=79;NR=101;PP=2965;SC=AGTACCTGCCCCTCTGAGGCC;SOR=0.864;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=180;TCF=79;TCR=101;TR=180;WE=18220682;WS=18220664;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,276:1.00:276
chr17	18220770	rs1563632	G	A	6000.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=69;NR=77;PP=2821;SC=GGAGCCATCCGCTTCCAGGCA;SOR=0.747;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=146;TCF=69;TCR=77;TR=146;WE=18220778;WS=18220760;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,226:1.00:226
chr17	18221134	rs1563631	C	T	9468.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.410;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=357;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.150;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=125;NR=110;PP=2965;ReadPosRankSum=1.323;SC=CCACCAGCTACGTGAGCAGTG;SOR=0.488;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=240;TCF=128;TCR=112;TR=235;WE=18221142;WS=18221124;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,351:0.99:354
chr17	18226177	rs4925171	G	T	15397.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.634;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=590;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=171;NR=175;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.124;SC=ACCTGCACCTGCCTACCCACG;SOR=0.394;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=351;TCF=171;TCR=180;TR=346;WE=18226185;WS=18226167;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,584:0.99:587
chr17	18231998	rs1979276	G	A	255.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.58;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr17	18232017	rs3783	G	C	376.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=31;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=3;PP=200;SC=CCTCCGGCAGGCAGCTTCCTC;SOR=1.765;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=8;TCR=3;TR=11;WE=18232025;WS=18232007;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr17	18232096	rs1979277	G	A	1445.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.29;SOR=1.061;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr17	18233810	rs12937300	T	C	1180.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=29;NR=3;PP=865;SC=AGCTACAACTTTGGCCAGAAG;SOR=3.797;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=32;TCF=29;TCR=3;TR=32;WE=18233818;WS=18233800;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr17	18239012	rs2273028	G	A	2281.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=23;NR=30;PP=948;SC=AAACATCACAGTGGGATCATA;SOR=0.883;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=53;TCF=23;TCR=30;TR=53;WE=18239020;WS=18239002;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr17	18259415	rs12950117	A	G	774.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=7;NR=14;PP=433;SC=TGCCCAGGCTAGAGTGCAGTG;SOR=1.382;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=22;TCF=7;TCR=15;TR=21;WE=18259423;WS=18259405;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr17	18284262	rs570145	G	A	7706.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=308;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=58;NR=107;PP=2965;SC=ATGCAAGCCAGCGCCGACCAG;SOR=1.085;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=165;TCF=58;TCR=107;TR=165;WE=18284270;WS=18284252;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,298:1.00:298
chr17	18286916	rs112094897	A	AG	2576.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=45;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=23;PP=1216;SC=GCCCTCGGGCAGCGGCAGGGC;SOR=0.831;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=27;TCF=3;TCR=24;TR=26;WE=18286930;WS=18286906;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr17	18286922	rs111736884	A	AG	2563.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=45;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=3;NR=22;PP=934;SC=GGGCAGCGGCAGGGCGGCAGG;SOR=0.765;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=25;TCF=3;TCR=22;TR=25;WE=18286930;WS=18286906;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr17	18286930	rs200680358	A	AG	2257.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=55.07;QD=46.08;SOR=0.818;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr17	18286938	rs145486982	A	AG	1987.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=70;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=21;PP=964;SC=GCAGGGCGGCAGGGCGGGAGG;SOR=0.784;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=25;TCF=4;TCR=21;TR=24;WE=18286946;WS=18286928;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr17	18291432	rs140944304	TCACAGC	T	547.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=46.61;QD=42.13;SOR=3.767;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr17	18291456	rs578670	C	G	925.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=48;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=23;NR=1;PP=519;SC=CAAATAATACCCATAGTGTAG;SOR=3.716;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=24;TCF=23;TCR=1;TR=24;WE=18291478;WS=18291446;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr17	18291470	rs586214	C	G	1291.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=48;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=32;NR=6;PP=759;SC=AGTGTAGGACCCTTACAACGT;SOR=2.242;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=32;TCR=6;TR=38;WE=18291478;WS=18291446;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr17	18291544	rs586322	A	G	3674.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=32;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=58;NR=40;PP=1725;SC=TTCTGTGTCCATCTTCCTCTC;SOR=1.042;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=98;TCF=58;TCR=40;TR=98;WE=18291552;WS=18291534;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,144:1.00:144
chr17	18291618	rs586757	C	T	3516.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=38;NR=59;PP=1900;SC=AAATGAAGTACCAAGAAACTA;SOR=0.870;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=97;TCF=38;TCR=59;TR=97;WE=18291626;WS=18291608;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,133:1.00:133
chr17	18314830	rs62074236	T	C	76.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.626;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=1.327;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.30;MQRankSum=-0.505;QD=1.18;ReadPosRankSum=-1.318;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:54,11:0.17:65
chr17	18314913	rs62074237	T	C	6433.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.847;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=487;ExcessHet=3.0103;FS=1.974;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.07;MQRankSum=-6.513;QD=13.32;ReadPosRankSum=0.264;SOR=0.813;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:297,186:0.39:483
chr17	18314964	rs62074238	T	G	12219.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.083;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1042;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.104;HP=1;HapScore=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-19.332;NF=156;NR=126;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.414;SC=CCCAATCGTCTTCTTTCCCAG;SOR=0.453;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=620;TCF=315;TCR=305;TR=282;WE=18314972;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:554,483:0.47:1037
chr17	18315107	rs113907775	C	CCT	26566.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=0.940;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1631;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-9.064;NF=107;NR=232;PP=2927;ReadPosRankSum=-1.036;SC=GCCCTCTTCTCCTCACTGTCT;SOR=0.663;SbPval=0.26;Source=Platypus;TC=790;TCF=218;TCR=572;TR=339;WE=18315117;WS=18315097;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:852,730:0.46:1582
chr17	18380008	.	T	TACC	65	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;FR=0.9998;HP=3;HapScore=2;MGOF=31;MMLQ=26;MQ=46.59;NF=2;NR=0;PP=65;QD=54.0;SC=CCCAACACCCTACCTTTCTCT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=3;TCR=1;TR=2;WE=18380016;WS=18379998;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:2,2:0.50:4
chr17	18380065	rs1682221	C	G	615.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.69;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=3;PP=254;SC=CATTGAATAACAGCCAAGTTG;SOR=1.270;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=11;TCR=3;TR=14;WE=18380073;WS=18380055;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr17	18380154	rs1682220	A	G	1670.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.64;BaseQRankSum=0.415;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5590;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=-1.772;NF=18;NR=14;PP=777;ReadPosRankSum=-0.371;SC=TGGTGGCCACAGAGGCGGTGG;SOR=0.752;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=34;TCF=19;TCR=15;TR=32;WE=18380172;WS=18380144;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,68:0.97:70
chr17	18380163	rs376412531	GGA	G	2476.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.64;BaseQRankSum=0.528;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5590;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=-2.654;NF=3;NR=13;PP=946;ReadPosRankSum=-1.372;SC=CAGAGGCGGTGGAGAGATGGC;SOR=0.758;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=18;TCF=3;TCR=15;TR=16;WE=18380172;WS=18380144;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,62:0.94:66
chr17	18380260	rs77759205	C	A	392.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.639;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=47.15;MQRankSum=-1.546;QD=23.11;ReadPosRankSum=0.443;SOR=1.402;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,16:0.94:17
chr17	18393867	rs142058102	C	T	104.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=48.83;QD=20.98;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr17	18394431	rs140402450	T	C	1169.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=45.82;QD=28.53;SOR=2.247;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr17	18394552	rs201945348	G	A	3775.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=46.88;QD=27.36;SOR=0.814;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,138:1.00:138
chr17	18394706	rs368033760	A	G	2018.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=46.25;QD=28.04;SOR=1.675;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr17	18395647	.	G	T	2580.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.262;ClippingRankSum=0.000;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=-3.228;NF=66;NR=26;PP=1717;ReadPosRankSum=-0.399;SC=TGGAACCAAGGAAAGATATCG;SOR=1.230;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=97;TCF=70;TCR=27;TR=92;WE=18395655;WS=18395637;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,98:0.97:101
chr17	18396007	rs1725650	C	G	177.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=45.88;QD=29.64;SOR=3.912;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr17	18397711	rs75054442	G	A	2577.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=46.89;QD=23.65;SOR=0.711;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr17	18445541	.	A	G	70.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=41.19;QD=17.51;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr17	18602476	rs1969051	A	G	9418.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=347;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=141;NR=85;PP=2965;SC=GTTTTTGGCAAAATGCTGGCA;SOR=1.088;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=227;TCF=142;TCR=85;TR=226;WE=18602484;WS=18602456;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,344:1.00:344
chr17	18610134	rs1973459	T	G	2720.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=27;NR=49;PP=1475;SC=TTGTAAGAGTTGAGCTCTGGC;SOR=1.247;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=76;TCF=27;TCR=49;TR=76;WE=18610142;WS=18610124;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr17	18638151	rs9916065	A	G	5114.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=81;NR=44;PP=2288;SC=ATCAGCTGTCAGTTCCTGAAC;SOR=1.150;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=125;TCF=81;TCR=44;TR=125;WE=18638159;WS=18638141;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,198:1.00:198
chr17	18643642	rs150131079	T	C	785.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=26;PP=589;SC=ATTTCAGCACTGACTCCCTCC;SOR=3.407;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=5;TCR=26;TR=31;WE=18643650;WS=18643632;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr17	18647539	rs116483657	G	A	900.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=41.17;QD=31.06;SOR=1.460;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr17	18647625	rs74502778	T	A	7041.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=260;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=47.21;QD=27.08;SOR=1.048;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,260:1.00:260
chr17	18659554	rs147772607	T	C	2049.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=49;PP=1141;SC=TTTGTGTACATGGAAAGGCAA;SOR=2.073;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=61;TCF=12;TCR=49;TR=61;WE=18659562;WS=18659544;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr17	18661953	.	C	CTTAT	53.70	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=46.10;QD=26.85;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr17	18670278	rs4611519	A	G	471.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.319;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=46.61;MQRankSum=-0.887;QD=27.76;ReadPosRankSum=0.571;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,16:0.94:17
chr17	18671733	rs10775382	C	A	1329.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=27;NR=13;PP=794;SC=TACCGAGTGACTGGCAGTCAC;SOR=1.519;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=41;TCF=28;TCR=13;TR=40;WE=18671741;WS=18671723;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr17	18682677	.	C	CT	421.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.409;ClippingRankSum=0.000;DP=95;ExcessHet=3.0103;FS=1.382;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.28;MQRankSum=-1.689;QD=6.49;ReadPosRankSum=-0.705;SOR=1.044;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,38:0.58:65
chr17	18694277	rs61075345	G	A	5778.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=94;NR=82;PP=2965;SC=CTTCTCTGTGGGTTGCTCAGC;SOR=0.914;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=176;TCF=94;TCR=82;TR=176;WE=18694285;WS=18694267;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,218:1.00:218
chr17	18785823	.	T	TA	93.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.349;ClippingRankSum=0.000;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.93;ReadPosRankSum=-0.158;SOR=0.743;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,11:0.34:32
chr17	18814661	rs55971101	T	TTA	2657.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=49;PP=2732;SC=CGTTTTTTTTTAGTTGGCAAA;SOR=1.321;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=59;TCF=5;TCR=54;TR=53;WE=18814669;WS=18814651;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,108:0.99:109
chr17	18863105	rs2074276	C	T	1967.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=30;PP=945;SC=TTGCTATTAGCCCGACTAATA;SOR=1.195;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=45;TCF=15;TCR=30;TR=45;WE=18863113;WS=18863095;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr17	18872337	rs8415	T	C	5011.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=72;NR=47;PP=2264;SC=GGAATAACAGTCCCACACAAG;SOR=1.002;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=120;TCF=72;TCR=48;TR=119;WE=18872345;WS=18872327;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,190:1.00:190
chr17	18874685	rs3071666	C	CGGT	6407.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=20;NR=60;PP=2924;SC=GGGGTCTTTGCGGTCCCGGGG;SOR=1.076;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=88;TCF=23;TCR=65;TR=80;WE=18874693;WS=18874675;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,139:1.00:139
chr17	18874720	rs916823	C	G	4869.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=68;NR=64;PP=2538;SC=GTTTAGAATCCGATGAGGCCC;SOR=0.726;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=133;TCF=69;TCR=64;TR=132;WE=18874728;WS=18874710;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,183:1.00:183
chr17	18880268	rs2472715	C	A	6383.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.055;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=240;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=98;PP=2965;ReadPosRankSum=2.255;SC=GCCTGATCATCATGCCGGGCA;SOR=0.697;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=154;TCF=54;TCR=100;TR=151;WE=18880276;WS=18880258;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,236:0.99:239
chr17	18882991	rs2472714	T	A	2244.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=23;NR=39;PP=1145;SC=GAGATTCTGTTTTGGGAACCA;SOR=1.055;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=63;TCF=23;TCR=40;TR=62;WE=18882999;WS=18882981;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr17	18916893	rs11652575	T	C	686.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=57;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=12;PP=394;SC=GCCCAATGAGTATGGGGACTG;SOR=1.609;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=14;TCF=2;TCR=12;TR=14;WE=18916901;WS=18916883;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr17	18918258	rs28526726	C	G	1215.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=27;NR=8;PP=815;SC=CTTGGAGGAGCATGCAAATGG;SOR=2.191;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=35;TCF=27;TCR=8;TR=35;WE=18918266;WS=18918248;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr17	18918510	.	A	ACGGTACGGGGGTGGGGGC	742.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.760;ClippingRankSum=0.000;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=3.467;NF=3;NR=3;PP=1788;ReadPosRankSum=-0.506;SC=TGCTGGTGGGACGGTACGGGG;SOR=0.976;SbPval=0.08;Source=Platypus;TC=17;TCF=3;TCR=14;TR=6;WE=18918518;WS=18918500;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,23:0.96:24
chr17	18923818	rs1624825	G	A	832.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=19;PP=535;SC=GGGATCCCGAGGCCCCAAGAG;SOR=2.468;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=4;TCR=19;TR=23;WE=18923826;WS=18923808;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr17	19213335	rs2296981	C	G	2521.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=20;NR=57;PP=1616;SC=CAGGTCTGCACTGCATTGACT;SOR=1.828;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=77;TCF=20;TCR=57;TR=77;WE=19213343;WS=19213325;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr17	19216917	rs3826405	T	C	8371.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=320;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=95;NR=93;PP=2965;SC=ACACCCAGCGTCCCAGCTGAA;SOR=0.706;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=188;TCF=95;TCR=93;TR=188;WE=19216925;WS=19216907;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,316:1.00:316
chr17	19231898	rs7206963	T	C	1384.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=35;NR=6;PP=966;SC=AGTACCCTTTTGATGGCTGTC;SOR=3.033;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=35;TCR=6;TR=41;WE=19231906;WS=19231888;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr17	19232078	rs6587220	T	C	10011.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=383;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=94;NR=97;PP=2965;SC=GGAGCCACCGTACAATCTGTC;SOR=0.709;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=191;TCF=94;TCR=97;TR=191;WE=19232086;WS=19232068;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,383:1.00:383
chr17	19233096	rs2296979	T	C	2599.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=19;NR=49;PP=1518;SC=GAGCCTGAAGTTTCTAATTCT;SOR=1.584;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=69;TCF=19;TCR=50;TR=68;WE=19233104;WS=19233086;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr17	19240972	rs11652712	G	A	3206.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=44;NR=38;PP=1633;SC=GGCTTCCCGCGGAAGTTTCTC;SOR=0.814;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=84;TCF=45;TCR=39;TR=82;WE=19240980;WS=19240962;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr17	19247075	rs4924987	G	A	5242.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=48;NR=71;PP=2574;SC=TATGGGGGATGGGGGTAAGAG;SOR=0.999;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=120;TCF=49;TCR=71;TR=119;WE=19247083;WS=19247065;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,192:1.00:192
chr17	19265797	rs10445411	C	T	1212.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=30.32;SOR=2.670;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr17	19314611	rs739830	T	C	10128.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.704;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=394;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=134;NR=95;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.929;SC=CCTCACCTTCTACCTACCGCA;SOR=0.911;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=231;TCF=135;TCR=96;TR=229;WE=19314619;WS=19314601;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,382:0.99:384
chr17	19314917	rs33912708	CT	C	399.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.669;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=1.991;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.42;ReadPosRankSum=-0.140;SOR=1.341;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,29:0.83:35
chr17	19318031	rs1295330	A	G	11981.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.881;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=443;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=137;NR=171;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.580;SC=GGTGGGGAAGACATGGGAGGC;SOR=0.834;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=312;TCF=139;TCR=173;TR=308;WE=19318039;WS=19318021;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,437:1.00:439
chr17	19319015	rs1295329	C	T	5888.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=85;NR=57;PP=2745;SC=CTCCCTGTCACAGGACGTAGC;SOR=0.956;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=143;TCF=86;TCR=57;TR=142;WE=19319023;WS=19319005;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,220:1.00:220
chr17	19437187	rs2252281	T	C	502.85	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=3;PP=341;SC=TGCGCGGTACTCACTGCCGGC;SOR=2.093;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=16;TCF=13;TCR=3;TR=16;WE=19437195;WS=19437177;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr17	19535920	rs28672254	C	A	2803.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.848;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=17;PP=1731;ReadPosRankSum=0.283;SC=TTGCGCCCAGCCCACAATGGC;SOR=1.010;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=81;TCF=64;TCR=17;TR=80;WE=19535928;WS=19535910;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,100:0.99:101
chr17	19552476	rs4646793	C	T	4052.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=40;NR=53;PP=1897;SC=AAACTGGCCCCCGCCGCGCAC;SOR=0.864;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=93;TCF=40;TCR=53;TR=93;WE=19552484;WS=19552466;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,150:1.00:150
chr17	19555976	rs1004491	T	C	1734.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.51;SOR=0.949;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr17	19559623	rs2072332	G	A	1969.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-2.690;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=17;PP=1096;ReadPosRankSum=0.243;SC=GATTGCTGATGTTAGACGTTA;SOR=0.356;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=60;TCF=43;TCR=17;TR=58;WE=19559631;WS=19559613;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,75:0.97:77
chr17	19561011	rs3841513	GACTGAATT	G	7750.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=41;NR=48;PP=2978;SC=ATGAATATTTGACTGAATTAC;SOR=1.382;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=101;TCF=48;TCR=53;TR=89;WE=19561026;WS=19561001;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,178:1.00:178
chr17	19568486	rs59755039	CT	C	2034.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=37;PP=1543;SC=TGAGGGAGACCTTTTCCTGGT;SOR=1.451;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=41;TCF=4;TCR=37;TR=41;WE=19568494;WS=19568476;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr17	19578873	rs7216	A	T	7107.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=276;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=74;NR=85;PP=2965;SC=CTCTCCAGGCAGAATATTACT;SOR=0.818;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=160;TCF=74;TCR=86;TR=159;WE=19578881;WS=19578863;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,270:1.00:270
chr17	19595540	.	CAA	C,CA	394.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.579;ClippingRankSum=0.000;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.79;ReadPosRankSum=-0.545;SOR=0.483;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:3,12,10:0.48,0.40:25
chr17	19608773	rs4925042	G	A	4671.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.804;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=61;PP=1903;ReadPosRankSum=1.373;SC=TGGCCACCTCGTAGATGACAG;SOR=0.807;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=113;TCF=51;TCR=62;TR=111;WE=19608781;WS=19608763;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,184:0.98:188
chr17	19609947	rs12942065	C	G	7604.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=282;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=98;NR=73;PP=2965;SC=CGCCCCCCATCCTCTTCCACG;SOR=0.886;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=172;TCF=98;TCR=74;TR=171;WE=19609955;WS=19609937;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,281:1.00:281
chr17	19610104	rs35263947	C	T	5219.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-2.185;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=80;PP=2543;ReadPosRankSum=-0.673;SC=GAGCTGACAGCCTGCCCTGCT;SOR=0.406;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=132;TCF=51;TCR=81;TR=131;WE=19610112;WS=19610094;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,196:0.99:197
chr17	19617236	rs4924792	G	T	3556.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=-1.101;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=40;PP=1200;ReadPosRankSum=-1.573;SC=GGACCAGCGCGCCCCGCTGCA;SOR=0.431;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=76;TCF=34;TCR=42;TR=73;WE=19617244;WS=19617226;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,143:0.98:146
chr17	19617393	rs9900497	G	T	517.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=10;PP=306;SC=TGGCGGACCCGGCGGCCTCTG;SOR=1.292;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=6;TCR=10;TR=16;WE=19617401;WS=19617383;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr17	19642952	rs2228100	G	C	4823.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.919;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=65;PP=2031;ReadPosRankSum=-0.981;SC=TGCATCACCGGGGACTGGGGG;SOR=0.454;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=123;TCF=57;TCR=66;TR=121;WE=19642960;WS=19642942;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,186:0.98:189
chr17	19645938	rs887241	A	C	7674.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=298;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=93;NR=98;PP=2965;SC=AGGACCACTGAGTTCCCTGCA;SOR=0.728;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=192;TCF=94;TCR=98;TR=191;WE=19645946;WS=19645928;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,293:1.00:293
chr17	19648214	.	G	GC	181.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=-0.971;ClippingRankSum=0.000;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5004;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=13;PP=194;ReadPosRankSum=0.760;SC=ACTCTCCCCAGCCCCTCCCCC;SOR=1.244;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=2;TCR=16;TR=13;WE=19648227;WS=19648204;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,10:0.62:16
chr17	19648219	rs56234923	T	C	590.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=6;NR=16;PP=791;SC=CCCCAGCCCCTCCCCCCACGC;SOR=5.670;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=23;TCF=6;TCR=17;TR=22;WE=19648227;WS=19648204;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr17	19651482	rs2072327	T	G	1246.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=19;NR=9;PP=658;SC=GGAGAGATGATGTAGGACTCT;SOR=1.230;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=28;TCF=19;TCR=9;TR=28;WE=19651490;WS=19651472;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr17	19699358	rs192511	T	C	3708.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=61;NR=28;PP=1770;SC=AATCTATGTTTTACTATTACA;SOR=1.253;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=89;TCF=61;TCR=28;TR=89;WE=19699366;WS=19699348;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,140:1.00:140
chr17	19699605	rs10587010	CAT	C	1208.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.284;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=27.47;ReadPosRankSum=1.183;SOR=0.735;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,40:0.91:44
chr17	19702892	rs11456096	C	CA	48.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.917;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.34;MQRankSum=1.327;QD=2.44;ReadPosRankSum=-0.733;SOR=0.818;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,8:0.40:20
chr17	19713740	rs150122	C	T	7178.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=285;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=71;NR=71;PP=2670;SC=GCAGTCCCCACTGGCATATCA;SOR=0.693;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=144;TCF=72;TCR=72;TR=142;WE=19713748;WS=19713730;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,280:1.00:280
chr17	19729313	.	A	AT	40.70	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=20.35;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr17	19729314	.	A	AAATAAATAAAT	264.76	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=52.95;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr17	19729495	rs157397	T	C	2340.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=23;NR=18;PP=721;SC=GGCTAAAAAATGCTTCTGTAA;SOR=0.829;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=41;TCF=23;TCR=18;TR=41;WE=19729503;WS=19729485;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr17	19812541	rs203462	T	C	10149.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.008;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=404;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=120;NR=118;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.117;SC=TGCTGCATAATGTCACTGACT;SOR=0.698;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=240;TCF=121;TCR=119;TR=238;WE=19812549;WS=19812531;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,393:0.99:397
chr17	19850975	rs203475	A	G	504.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=1;NR=14;PP=395;SC=TTTGTGGAAGAGGAGAGTTAC;SOR=3.383;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=15;TCF=1;TCR=14;TR=15;WE=19850983;WS=19850965;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr17	19861458	rs2108978	C	T	5178.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=73;NR=65;PP=2629;SC=CATTTCAAGACGGAGAGAATG;SOR=0.767;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=138;TCF=73;TCR=65;TR=138;WE=19861466;WS=19861448;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,195:1.00:195
chr17	19999781	rs12942179	G	A	824.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=22;NR=5;PP=588;SC=CTAGTATAAAGCCTATAAACC;SOR=2.833;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=27;TCF=22;TCR=5;TR=27;WE=19999789;WS=19999775;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr17	20000131	rs4925085	G	T	2639.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=18;NR=49;PP=1519;SC=AAAATGCACAGGGCCAGGCAG;SOR=1.585;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=67;TCF=18;TCR=49;TR=67;WE=20000139;WS=20000121;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
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chr17	20139968	.	CT	C	48.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.056;ClippingRankSum=0.000;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=9.616;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.72;MQRankSum=1.883;QD=1.87;ReadPosRankSum=1.086;SOR=2.266;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,10:0.38:26
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chr17	20908325	rs9797279	T	C	4868.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=46;NR=78;PP=2582;SC=AACGGCAGGATTCAGCATCAT;SOR=1.153;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=125;TCF=46;TCR=79;TR=124;WE=20908333;WS=20908315;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,176:1.00:176
chr17	20911173	rs2291034	G	T	6375.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.814;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=247;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=85;NR=60;PP=2780;ReadPosRankSum=-0.892;SC=TGGCTTTCTGGAAAACTTACT;SOR=0.950;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=149;TCF=87;TCR=62;TR=145;WE=20911181;WS=20911163;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,242:0.99:244
chr17	20916022	rs17770614	A	C	1806.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=47;NR=12;PP=1280;SC=GGCGTCTATTAATCATTTATC;SOR=2.494;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=59;TCF=47;TCR=12;TR=59;WE=20916043;WS=20916012;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr17	20916035	rs4985962	A	G	2116.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=1.183;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.700;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=20;PP=1282;ReadPosRankSum=0.016;SC=CATTTATCTCATAGCCTCCTT;SOR=1.725;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=75;TCF=53;TCR=22;TR=72;WE=20916043;WS=20916012;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,83:0.98:85
chr17	20916362	rs719093	G	A	686.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=19;PP=544;SC=CGCTTTAAAAGGCCATGTGAG;SOR=2.833;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=4;TCR=19;TR=23;WE=20916370;WS=20916352;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr17	20919334	rs7213684	T	G	691.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.24;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr17	20919337	rs7207753	G	C	691.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.24;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr17	20921492	rs1038107	C	T	815.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=22;PP=563;SC=TGGATCCCAGCGGCTTCCTCT;SOR=3.334;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=24;TCF=2;TCR=22;TR=24;WE=20921500;WS=20921482;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr17	20924523	rs2291037	G	A	6533.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=253;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=69;NR=82;PP=2680;SC=AGATGCCTCCGTACATCAGAT;SOR=0.801;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=152;TCF=69;TCR=83;TR=151;WE=20924531;WS=20924513;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,251:1.00:251
chr17	20924620	rs899342	T	C	2105.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=18;NR=48;PP=1220;SC=TTAAACACAGTGAGGTTCTGT;SOR=1.759;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=67;TCF=18;TCR=49;TR=66;WE=20924628;WS=20924610;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr17	20945874	rs10579510	GCA	G	2445.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=41;NR=3;PP=2062;SC=ACAGGGAAAGGCAACGGGGGA;SOR=4.294;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=44;TCF=41;TCR=3;TR=44;WE=20945895;WS=20945864;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr17	20945887	rs4985967	G	A	2733.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=54;NR=8;PP=1523;SC=ACGGGGGAAGGGAAGAGGGCA;SOR=3.816;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=63;TCF=54;TCR=9;TR=62;WE=20945895;WS=20945864;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr17	20946393	rs140762989	T	C	330.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=8;PP=243;SC=TCGCGGAGGGTGTCGCGGGGC;SOR=0.836;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=15;TCF=6;TCR=9;TR=14;WE=20946401;WS=20946383;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr17	21117837	rs4985988	T	C	889.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=21;PP=462;SC=CCCAGAGCACTGCGCGGAGGC;SOR=2.584;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=4;TCR=21;TR=25;WE=21117845;WS=21117827;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr17	21156530	rs201190568	G	GC	1560.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=13;PP=728;SC=GGATGGGGCAGCCTGCTCCAG;SOR=0.737;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=19;TCF=4;TCR=15;TR=17;WE=21156538;WS=21156520;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr17	21194658	.	T	TACAACACAACACAACACAAC	4535.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=99;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=61.42;QD=49.84;SOR=1.389;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr17	21194769	rs72840055	C	T	2144.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.403;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FS=8.903;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.61;MQRankSum=-2.198;QD=9.33;ReadPosRankSum=2.613;SOR=1.288;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:170,60:0.26:230
chr17	21194769	.	CGA	TGT	2248	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;FR=0.5000;HP=1;HapScore=1;MGOF=31;MMLQ=22;MQ=60.67;NF=27;NR=25;PP=2248;QD=44.2589975935;SC=ACTGGCCTGTCGACAGTGCAG;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=176;TCF=79;TCR=97;TR=52;WE=21194793;WS=21194759;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:124,52:0.30:176
chr17	21194771	rs114473529	A	T	2183.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.528;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FS=7.386;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.56;MQRankSum=-2.195;QD=9.45;ReadPosRankSum=1.878;SOR=1.171;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:167,64:0.28:231
chr17	21194785	rs72840057	T	C	2444.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.631;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.361;HP=2;HapScore=1;MGOF=31;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=-1.511;NF=29;NR=32;PP=2267;ReadPosRankSum=1.653;SC=TGCAGGTGGCTGGCAATGGCC;SOR=1.207;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=170;TCF=73;TCR=97;TR=61;WE=21194793;WS=21194759;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:153,69:0.31:222
chr17	21194820	rs66503560	G	A	2531.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.844;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.340;HP=1;HapScore=1;MGOF=37;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=31;PP=682;ReadPosRankSum=1.170;SC=CCGGGCCCACGTGGGGACCTT;SOR=1.026;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=136;TCF=53;TCR=83;TR=51;WE=21194828;WS=21194810;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:132,71:0.35:203
chr17	21194843	rs75693966	T	C	2381.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.683;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FS=1.249;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.02;ReadPosRankSum=-0.206;SOR=0.846;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:118,65:0.36:183
chr17	21194852	rs72840058	G	A	2096.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.400;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FS=4.985;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.33;ReadPosRankSum=0.124;SOR=1.089;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:113,57:0.34:170
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chr17	21198972	rs2363221	T	C	4433.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=40.31;SOR=0.846;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr17	21198972	.	TGGTGTC	CGGTGTC,CGGTGTT	992	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.56;FR=0.5000,0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=25;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=60,37;NR=31,21;PP=523,992;QD=6.12935398404;SC=GATGCAGGCTTGGTGTCCCCA;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=92;TCF=60;TCR=32;TR=91,58;WE=21198986;WS=21198962;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.99:92
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chr17	21199051	rs56020453	T	C	616.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.128;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=272;ExcessHet=3.0103;FS=65.259;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.29;ReadPosRankSum=-1.490;SOR=3.418;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:213,56:0.21:269
chr17	21199105	rs71291780	AGG	A	7841.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-2.018;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=322;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.472;HP=7;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=61;PP=2976;ReadPosRankSum=2.293;SC=GGCTTGGTGAAGGGGGGGCCA;SOR=0.645;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=136;TCF=34;TCR=102;TR=79;WE=21199119;WS=21199095;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:96,213:0.69:309
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chr17	21199236	rs2363219	C	T	1569.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.875;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.616;HP=1;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=33;PP=819;ReadPosRankSum=-1.870;SC=AAGGGTGGGACTCAAGGGGCT;SOR=0.611;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=110;TCF=44;TCR=66;TR=54;WE=21199244;WS=21199226;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,74:0.50:147
chr17	21199275	rs2363218	G	T	2152.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.455;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FS=4.732;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.57;ReadPosRankSum=0.930;SOR=0.384;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:54,56:0.51:110
chr17	21199275	.	GTG	TTA	1623	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MMLQ=28;MQ=60.0;NF=15;NR=21;PP=1623;QD=46.5685520795;SC=CAGGGTCTCTGTGCAGAGCTT;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=87;TCF=33;TCR=54;TR=36;WE=21199285;WS=21199265;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:51,36:0.41:87
chr17	21199277	rs2363217	G	A	2152.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.512;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FS=4.867;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=20.31;ReadPosRankSum=-0.019;SOR=0.367;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:51,55:0.52:106
chr17	21199376	rs5819736	G	GT	958.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.902;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FS=0.664;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.70;ReadPosRankSum=0.065;SOR=0.808;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:76,67:0.47:143
chr17	21199390	rs4997717	C	T	1335.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.870;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FS=1.281;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.73;ReadPosRankSum=-0.761;SOR=0.849;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:86,67:0.44:153
chr17	21199403	rs4997718	C	T	1374.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.614;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FS=0.609;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.35;ReadPosRankSum=-1.825;SOR=0.781;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:78,69:0.47:147
chr17	21199499	rs2885718	G	A	712.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=0.237;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=18;PP=359;ReadPosRankSum=0.892;SC=ATCTTGCTTCGTCCTGCAGCA;SOR=0.751;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=52;TCF=12;TCR=40;TR=23;WE=21199507;WS=21199489;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,33:0.49:68
chr17	21201719	rs8076154	T	C	8679.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=2.550;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=861;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.105;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=137;NR=119;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.758;SC=CTTCTCTCCATTCTAGGAAAA;SOR=0.569;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=532;TCF=298;TCR=234;TR=256;WE=21201727;WS=21201709;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:430,421:0.49:851
chr17	21201851	rs8072386	A	G	6651.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.190;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=694;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=93;NR=132;PP=2962;ReadPosRankSum=3.261;SC=ACAGGGCTCAATGGAAGGAGT;SOR=0.704;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=432;TCF=180;TCR=252;TR=225;WE=21201859;WS=21201841;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:340,333:0.49:673
chr17	21201890	rs8072401	A	G	6743.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.252;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=340;ExcessHet=3.0103;FS=1.939;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=20.13;ReadPosRankSum=2.074;SOR=0.584;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:157,178:0.53:335
chr17	21201894	rs8071865	C	T	6608.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.974;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=310;ExcessHet=3.0103;FS=4.152;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=21.53;ReadPosRankSum=1.355;SOR=0.493;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:141,166:0.54:307
chr17	21202056	rs34676150	G	A	3203.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.512;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.00;ReadPosRankSum=-0.751;SOR=0.646;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:95,83:0.47:178
chr17	21202063	rs77850849	G	C	3560.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.918;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.55;ReadPosRankSum=-0.943;SOR=0.735;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:101,91:0.47:192
chr17	21202067	rs76764437	A	G	3758.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.077;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.61;ReadPosRankSum=-0.733;SOR=0.727;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:106,96:0.48:202
chr17	21202078	rs35477472	G	A	4423.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=2.922;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=245;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.547;HP=3;HapScore=4;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=73;NR=18;PP=2962;ReadPosRankSum=0.340;SC=AGGCGCCTCCGGGGCAGGAGG;SOR=0.759;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=200;TCF=157;TCR=43;TR=91;WE=21202086;WS=21202046;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:130,112:0.46:242
chr17	21202102	rs35701021	C	T	6554.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.096;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=383;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.894;HP=1;HapScore=1;MGOF=38;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=88;NR=34;PP=1796;ReadPosRankSum=1.786;SC=CTCGTCCCCACGCCAGGCCCC;SOR=0.861;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=281;TCF=191;TCR=90;TR=122;WE=21202110;WS=21202092;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:208,167:0.45:375
chr17	21202123	rs68151103	A	G	7543.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-2.422;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=571;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=35;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=100;NR=59;PP=2044;ReadPosRankSum=0.561;SC=ACACTGGCCCATCTACTGCTG;SOR=0.739;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=372;TCF=229;TCR=143;TR=159;WE=21202131;WS=21202113;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:313,240:0.43:553
chr17	21202191	rs33911218	C	A	9016.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-0.468;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1140;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.528;HP=6;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=144;NR=124;PP=2962;ReadPosRankSum=0.034;SC=TCTCCACAGACCCCCCCGGAA;SOR=0.742;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=620;TCF=325;TCR=295;TR=268;WE=21202199;WS=21202181;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:662,474:0.42:1136
chr17	21202237	rs36047035	G	C	9755.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.913;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1196;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.527;HP=2;HapScore=1;MGOF=30;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQ=60.02;MQRankSum=1.662;NF=136;NR=146;PP=2962;ReadPosRankSum=0.744;SC=ATTGGAGACAGAGTAGGTGCC;SOR=0.651;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=668;TCF=317;TCR=351;TR=282;WE=21202245;WS=21202227;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:690,501:0.42:1191
chr17	21202272	rs34880480	C	G	7680.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-1.634;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=901;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=38;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQ=60.02;MQRankSum=1.612;NF=107;NR=137;PP=2962;ReadPosRankSum=0.204;SC=CAGGGCCTCTCACTTCACCTG;SOR=0.667;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=566;TCF=247;TCR=319;TR=244;WE=21202280;WS=21202262;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:508,392:0.44:900
chr17	21202310	rs77343934	GC	AT	7988.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.175;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=503;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.04;MQRankSum=1.668;QD=15.88;ReadPosRankSum=0.439;SOR=0.716;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:292,211:0.42:503
chr17	21202316	rs78463537	T	C	7807.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.197;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=470;ExcessHet=3.0103;FS=0.543;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.05;MQRankSum=1.648;QD=16.61;ReadPosRankSum=0.127;SOR=0.721;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:270,200:0.43:470
chr17	21202318	rs77591777	G	T	7615.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.445;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=463;ExcessHet=3.0103;FS=0.549;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.05;MQRankSum=1.641;QD=16.45;ReadPosRankSum=-0.022;SOR=0.742;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:265,198:0.43:463
chr17	21202370	rs34794731	G	A	2728.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=1.825;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.260;HP=1;HapScore=4;MGOF=55;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.501;NF=4;NR=66;PP=2962;ReadPosRankSum=0.042;SC=GAAGAGCCTCGTCCTGCGCTG;SOR=1.721;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=146;TCF=15;TCR=131;TR=70;WE=21202390;WS=21202360;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,75:0.47:158
chr17	21202382	rs35763451	TG	T	2595.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-0.941;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.094;HP=2;HapScore=4;MGOF=55;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.409;NF=0;NR=54;PP=2967;ReadPosRankSum=-1.347;SC=CCTGCGCTGCTGGCTGTGTGG;SOR=0.892;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=112;TCF=2;TCR=110;TR=54;WE=21202390;WS=21202360;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,68:0.51:134
chr17	21203711	rs73311537	C	T	555.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-2.317;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.172;HP=1;HapScore=2;MGOF=32;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=4;PP=378;ReadPosRankSum=0.179;SC=TGCTGAGGGTCACACAGCAGG;SOR=0.096;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=39;TCF=34;TCR=5;TR=21;WE=21203719;WS=21203701;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,23:0.53:43
chr17	21203820	rs78304829	G	C	5134.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.488;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=260;ExcessHet=3.0103;FS=0.953;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.90;ReadPosRankSum=-0.647;SOR=0.624;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:126,132:0.51:258
chr17	21203825	rs75854955	C	G	5326.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.313;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=272;ExcessHet=3.0103;FS=1.462;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.73;ReadPosRankSum=-1.035;SOR=0.595;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:129,141:0.52:270
chr17	21203893	rs34105301	T	C	3824.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-2.727;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=381;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.160;HP=2;HapScore=2;MGOF=35;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=59;PP=2865;ReadPosRankSum=0.936;SC=GGTGACCATCTCAGAACTGGG;SOR=0.804;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=229;TCF=108;TCR=121;TR=107;WE=21203915;WS=21203883;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:203,176:0.46:379
chr17	21203907	rs73311539	T	C	3574.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.280;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=360;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.246;HP=3;HapScore=2;MGOF=35;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=56;PP=2865;ReadPosRankSum=0.819;SC=AACTGGGCCGTGGAGCCTATG;SOR=0.815;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=214;TCF=96;TCR=118;TR=96;WE=21203915;WS=21203883;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:195,163:0.46:358
chr17	21203934	rs62057672	G	A	4670.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.543;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=294;ExcessHet=3.0103;FS=2.565;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.94;ReadPosRankSum=-1.473;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:164,129:0.44:293
chr17	21203941	rs2305873	G	A	4508.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.091;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=260;ExcessHet=3.0103;FS=3.438;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.41;ReadPosRankSum=-2.926;SOR=0.901;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:142,117:0.45:259
chr17	21203949	rs62057673	C	T	3920.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.800;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=239;ExcessHet=3.0103;FS=7.193;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.47;ReadPosRankSum=-2.706;SOR=1.094;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:135,103:0.43:238
chr17	21203964	rs34458870	C	G	1842.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=2.532;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.574;HP=1;HapScore=2;MGOF=45;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=35;PP=770;ReadPosRankSum=-1.898;SC=CCATCATGGCCGTGAAGGTGA;SOR=1.192;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=132;TCF=55;TCR=77;TR=50;WE=21203972;WS=21203954;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:117,71:0.38:188
chr17	21203998	rs62057674	G	A	680.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=1.899;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.671;HP=2;HapScore=1;MGOF=40;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=22;PP=507;ReadPosRankSum=-1.049;SC=GCAGCTGGGAGGGCTCCCTGG;SOR=0.972;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=94;TCF=34;TCR=60;TR=31;WE=21204006;WS=21203988;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,36:0.32:114
chr17	21204153	rs66883103	C	T	2129.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.841;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.126;HP=2;HapScore=2;MGOF=35;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=26;PP=1339;ReadPosRankSum=-0.970;SC=GCCTCTGCCACGGCAACCTCT;SOR=0.801;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=181;TCF=126;TCR=55;TR=86;WE=21204161;WS=21204143;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:117,100:0.46:217
chr17	21204187	rs56067280	G	T	6497.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.308;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=406;ExcessHet=3.0103;FS=0.543;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.00;ReadPosRankSum=-0.844;SOR=0.795;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:236,170:0.42:406
chr17	21204192	rs56216806	C	T	6848.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.713;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=420;ExcessHet=3.0103;FS=1.144;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.31;ReadPosRankSum=-1.405;SOR=0.799;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:242,178:0.42:420
chr17	21204210	rs55796947	C	T	7025.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.149;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=522;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.805;HP=2;HapScore=1;MGOF=44;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=90;NR=50;PP=1960;ReadPosRankSum=0.234;SC=CGTGAACTCACAGGAGCAGAA;SOR=0.840;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=340;TCF=208;TCR=132;TR=140;WE=21204218;WS=21204200;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:315,207:0.40:522
chr17	21204257	rs56166328	G	A	10466.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.664;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=747;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.01;ReadPosRankSum=0.177;SOR=0.700;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:460,287:0.38:747
chr17	21204266	rs2230435	T	C	11059.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.684;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=792;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.96;ReadPosRankSum=0.935;SOR=0.716;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:493,299:0.38:792
chr17	21204290	rs2305872	G	C	11699.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=1.706;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=798;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=45;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=104;NR=95;PP=2453;ReadPosRankSum=0.879;SC=CCTTCTACGGGGCACTATTCA;SOR=0.689;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=476;TCF=249;TCR=227;TR=199;WE=21204298;WS=21204280;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:498,299:0.38:797
chr17	21204308	rs55777930	G	T	11570.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.125;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=785;ExcessHet=3.0103;FS=0.533;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.76;ReadPosRankSum=0.636;SOR=0.755;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:481,303:0.39:784
chr17	21204315	rs77379486	T	C	11586.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.004;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=780;ExcessHet=3.0103;FS=1.123;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.87;ReadPosRankSum=0.948;SOR=0.801;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:477,302:0.39:779
chr17	21204318	rs74869330	A	G	11240.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.246;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=774;ExcessHet=3.0103;FS=0.531;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.54;ReadPosRankSum=0.710;SOR=0.727;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:471,302:0.39:773
chr17	21204437	rs76549047	T	C	4031.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.531;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FS=1.804;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.41;ReadPosRankSum=0.854;SOR=0.569;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:113,106:0.48:219
chr17	21204441	rs78162711	T	C	4027.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.123;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FS=4.670;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.84;ReadPosRankSum=-0.947;SOR=0.418;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:99,104:0.51:203
chr17	21205352	rs66761201	CGGA	C	2136.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.718;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.43;MQRankSum=2.614;QD=17.09;ReadPosRankSum=0.605;SOR=0.697;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:71,54:0.43:125
chr17	21205360	rs74998514	G	A	2256.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.693;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FS=1.666;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.41;MQRankSum=2.595;QD=17.23;ReadPosRankSum=0.302;SOR=0.872;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:74,57:0.44:131
chr17	21205361	rs67557217	GGCT	G	2245.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=4.487;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.61;MQRankSum=3.316;QD=16.27;ReadPosRankSum=-0.135;SOR=0.761;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:78,60:0.43:138
chr17	21205396	rs75974715	C	A	4228.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.571;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=224;ExcessHet=3.0103;FS=3.134;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.14;MQRankSum=1.777;QD=19.05;ReadPosRankSum=-0.781;SOR=0.506;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:113,109:0.49:222
chr17	21205406	rs72831582	A	G	4389.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.857;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=251;ExcessHet=3.0103;FS=1.570;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.13;MQRankSum=1.808;QD=17.63;ReadPosRankSum=-0.118;SOR=0.584;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:129,120:0.48:249
chr17	21205460	rs62057721	C	T	4028.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.672;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=433;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=3.259;NF=75;NR=57;PP=2181;ReadPosRankSum=1.628;SC=CACAGGGAGACGTGTGGATCT;SOR=0.671;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=284;TCF=160;TCR=124;TR=132;WE=21205468;WS=21205450;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:229,198:0.46:427
chr17	21205592	rs66644302	GGC	G	36.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.492;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FS=60.182;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.38;MQRankSum=2.818;QD=0.24;ReadPosRankSum=-1.669;SOR=5.782;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:133,17:0.11:150
chr17	21205604	rs62057722	T	C	372.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.092;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FS=54.346;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.80;ReadPosRankSum=-2.204;SOR=4.399;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:115,18:0.14:133
chr17	21205642	rs62057723	T	G	221.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-0.991;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.047;HP=2;HapScore=3;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=51;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.470;SC=CCAGCAGGCATGGAGCCTGCC;SOR=0.226;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=129;TCF=32;TCR=97;TR=68;WE=21205663;WS=21205632;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,11:0.13:82
chr17	21205654	rs72831585	AT	GA	238.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=1.459;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=3;JOINED;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=40;PP=2944;ReadPosRankSum=1.036;SC=GAGCCTGCCTATTGATGGTGT;SOR=0.429;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=103;TCF=23;TCR=80;TR=53;WE=21205663;WS=21205632;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,10:0.16:64
chr17	21206269	rs73982750	G	A	1197.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=2.925;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=44;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=3;PP=444;ReadPosRankSum=2.057;SC=AGGTGAGCCCGGGAGGATGAG;SOR=0.495;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=49;TCF=44;TCR=5;TR=25;WE=21206277;WS=21206259;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,28:0.51:55
chr17	21206294	rs73311581	C	T	1343.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.617;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.767;HP=1;HapScore=2;MGOF=38;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=12;PP=633;ReadPosRankSum=1.909;SC=GGCAGGAGGCCGAGTGTGTCT;SOR=0.229;SbPval=0.18;Source=Platypus;TC=72;TCF=56;TCR=16;TR=39;WE=21206302;WS=21206284;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,42:0.48:87
chr17	21206360	rs67280439	A	G	5060.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.517;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=273;ExcessHet=3.0103;FS=1.510;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.61;ReadPosRankSum=-1.969;SOR=0.584;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:145,127:0.47:272
chr17	21206372	rs72838545	G	C	6304.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.032;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=336;ExcessHet=3.0103;FS=0.404;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.88;ReadPosRankSum=-2.715;SOR=0.648;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:173,161:0.48:334
chr17	21206385	rs72838547	C	T	6385.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.262;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=391;ExcessHet=3.0103;FS=3.265;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.50;ReadPosRankSum=-1.406;SOR=0.550;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:208,179:0.46:387
chr17	21206444	rs62057728	A	G	5776.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.500;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=669;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.095;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=94;NR=71;PP=2464;ReadPosRankSum=0.367;SC=TTTTGACGTGACCAGGAATAA;SOR=0.766;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=378;TCF=208;TCR=170;TR=165;WE=21206452;WS=21206422;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:363,295:0.45:658
chr17	21206556	rs736103	C	T	3254.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-2.184;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=418;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.142;HP=2;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=77;PP=1695;ReadPosRankSum=-0.309;SC=GGTCAGTGCCCGGCAGCCACC;SOR=0.595;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=286;TCF=110;TCR=176;TR=123;WE=21206564;WS=21206546;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:218,184:0.46:402
chr17	21206616	rs57761454	G	A	1204.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.207;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.705;HP=1;HapScore=2;MGOF=28;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=40;PP=852;ReadPosRankSum=-0.684;SC=GCGGGTGGACGTCTCCCTATG;SOR=1.009;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=114;TCF=23;TCR=91;TR=47;WE=21206624;WS=21206606;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,56:0.41:136
chr17	21206635	rs77285979	T	A	1121.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.468;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FS=10.729;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.89;ReadPosRankSum=0.441;SOR=2.533;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:55,32:0.37:87
chr17	21206642	rs59259996	G	A	1105.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.581;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FS=8.448;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.48;ReadPosRankSum=0.471;SOR=2.403;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:51,31:0.38:82
chr17	21206654	rs56821097	G	T	638.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.477;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=4.109;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.30;ReadPosRankSum=0.151;SOR=1.585;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,26:0.42:62
chr17	21207602	rs55677712	C	G	1508.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.942;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.608;HP=2;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=7;PP=650;ReadPosRankSum=1.541;SC=GACCCTGGTGCAACCTGCCCA;SOR=0.401;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=56;TCF=47;TCR=9;TR=35;WE=21207610;WS=21207592;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,43:0.63:68
chr17	21207649	rs56342308	C	T	1932.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.259;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.655;HP=4;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=11;PP=1054;ReadPosRankSum=0.048;SC=GGGTCTTGGGCGAGGGAGGGG;SOR=0.814;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=110;TCF=88;TCR=22;TR=60;WE=21207657;WS=21207639;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,84:0.53:158
chr17	21207834	rs58609466	C	T	4808.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=2.443;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=575;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=81;NR=105;PP=2652;ReadPosRankSum=0.865;SC=GTGGCCAAGACGATGGATGCC;SOR=0.698;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=381;TCF=168;TCR=213;TR=186;WE=21207842;WS=21207824;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:321,242:0.43:563
chr17	21207835	rs76111309	G	A	38.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.611;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=568;ExcessHet=3.0103;FS=1.777;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.07;ReadPosRankSum=-0.649;SOR=0.519;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:488,69:0.12:557
chr17	21207916	rs7209761	A	G	2967.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.677;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.270;HP=2;HapScore=1;MGOF=33;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=71;PP=1925;ReadPosRankSum=1.349;SC=GGCGGGGAGAAATCTGCCCAG;SOR=0.824;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=179;TCF=48;TCR=131;TR=96;WE=21207924;WS=21207906;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,111:0.56:198
chr17	21207938	rs75147012	C	T	694.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.426;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FS=20.829;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.11;ReadPosRankSum=-0.807;SOR=0.062;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:108,28:0.21:136
chr17	21207939	rs41309278	G	T	1799.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.585;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FS=10.124;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.84;ReadPosRankSum=1.696;SOR=1.793;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:79,51:0.39:130
chr17	21207945	rs9896440	A	G	2801.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.979;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FS=2.143;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.58;ReadPosRankSum=0.725;SOR=0.476;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:45,69:0.61:114
chr17	21208292	rs7214432	T	C	1364.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.077;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.164;HP=1;HapScore=1;MGOF=37;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=20;PP=728;ReadPosRankSum=-1.653;SC=AGTTTGGGGATTGGGAGGCAA;SOR=0.575;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=165;TCF=113;TCR=52;TR=58;WE=21208300;WS=21208282;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:138,76:0.36:214
chr17	21208317	rs4456559	G	A	6626.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.318;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=299;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.134;HP=4;HapScore=1;MGOF=31;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=93;NR=57;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.292;SC=TAGCCATGGGGGCTTACCTGG;SOR=0.554;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=218;TCF=141;TCR=77;TR=150;WE=21208339;WS=21208307;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:97,201:0.67:298
chr17	21208331	rs1898407	G	A	2353.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.069;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=364;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.947;HP=2;HapScore=1;MGOF=31;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=37;PP=1090;ReadPosRankSum=-2.511;SC=TACCTGGGGCGGGTGTTCACG;SOR=0.555;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=249;TCF=154;TCR=95;TR=86;WE=21208339;WS=21208307;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:230,132:0.36:362
chr17	21208347	rs4559960	C	A	4181.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.027;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=452;ExcessHet=3.0103;FS=0.552;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.27;ReadPosRankSum=-1.742;SOR=0.608;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:292,159:0.35:451
chr17	21208349	rs7209860	C	G	2295.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.234;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=462;ExcessHet=3.0103;FS=1.957;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.98;ReadPosRankSum=2.404;SOR=0.528;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:325,136:0.30:461
chr17	21208413	rs1657695	C	T	3539.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=2.921;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=578;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.546;HP=1;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=64;PP=1652;ReadPosRankSum=-0.737;SC=ATGTCAAGTCCGACGTCTGGA;SOR=0.651;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=364;TCF=173;TCR=191;TR=124;WE=21208421;WS=21208403;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:380,196:0.34:576
chr17	21208449	rs1657694	G	T	5544.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.183;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=463;ExcessHet=3.0103;FS=0.544;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.03;ReadPosRankSum=-0.708;SOR=0.638;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:298,163:0.35:461
chr17	21208456	rs1657693	A	G	5348.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.736;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=425;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.64;ReadPosRankSum=-0.336;SOR=0.658;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:274,149:0.35:423
chr17	21208640	rs7209152	G	A	201.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.493;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.129;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=8;PP=142;ReadPosRankSum=1.304;SC=GTCACTCATCGTGAAGTCCTG;SOR=0.275;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=25;TCF=3;TCR=22;TR=10;WE=21208648;WS=21208630;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,10:0.37:27
chr17	21215424	rs35026048	G	A	2591.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.538;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FS=9.321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.16;ReadPosRankSum=0.249;SOR=1.407;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:103,68:0.40:171
chr17	21215434	rs113634008	A	AC	3275.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.010;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FS=12.918;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.71;ReadPosRankSum=-0.799;SOR=1.545;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:114,82:0.42:196
chr17	21215446	rs62055363	C	T	3654.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.219;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=262;ExcessHet=3.0103;FS=7.353;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.04;MQRankSum=1.161;QD=14.00;ReadPosRankSum=-0.315;SOR=1.110;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:149,112:0.43:261
chr17	21215483	rs55935757	C	T	4200.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.704;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=457;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.319;HP=1;HapScore=2;MGOF=31;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=1.116;NF=109;NR=50;PP=2435;ReadPosRankSum=0.118;SC=GGTTCCCTTACGAGTCCTGGG;SOR=0.942;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=325;TCF=211;TCR=114;TR=159;WE=21215491;WS=21215473;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:252,204:0.45:456
chr17	21215537	rs55736474	C	A	13920.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.313;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=825;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.101;HP=5;HapScore=1;MGOF=35;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.116;NF=134;NR=92;PP=2962;ReadPosRankSum=1.250;SC=AGGAGCCGTCCCCCCAGCTCC;SOR=0.791;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=463;TCF=264;TCR=199;TR=226;WE=21215545;WS=21215525;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:454,366:0.45:820
chr17	21215552	rs56369732	C	T	16237.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.442;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=921;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.01;MQRankSum=1.102;QD=17.67;ReadPosRankSum=0.328;SOR=0.724;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:503,416:0.45:919
chr17	21215557	rs35206134	G	A	16288.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.823;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=954;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.01;MQRankSum=1.095;QD=17.11;ReadPosRankSum=-0.151;SOR=0.697;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:518,434:0.46:952
chr17	21215637	rs66486636	G	A	9996.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.305;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=640;ExcessHet=3.0103;FS=1.774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.79;ReadPosRankSum=-1.198;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:357,276:0.44:633
chr17	21215643	rs73302034	A	G	9755.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.373;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=594;ExcessHet=3.0103;FS=1.774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.59;ReadPosRankSum=-1.399;SOR=0.820;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:333,255:0.43:588
chr17	21215682	rs73302038	G	A	2917.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=3.267;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=334;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.126;HP=3;HapScore=1;MGOF=34;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=83;PP=1885;ReadPosRankSum=0.530;SC=TTATTCCTTTGGCAAATAAAC;SOR=1.112;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=264;TCF=79;TCR=185;TR=109;WE=21215690;WS=21215672;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:192,137:0.42:329
chr17	21215700	rs73302043	T	G	2078.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=3.729;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.495;HP=1;HapScore=1;MGOF=31;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=65;PP=1358;ReadPosRankSum=0.238;SC=AACCCCCAGATGACTTGGCAT;SOR=1.051;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=194;TCF=43;TCR=151;TR=79;WE=21215708;WS=21215690;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:131,95:0.42:226
chr17	21216661	rs4994551	C	T	1197.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.198;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FS=1.206;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.39;MQRankSum=2.228;QD=14.43;ReadPosRankSum=0.932;SOR=1.037;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:51,32:0.39:83
chr17	21216664	rs4081986	A	G	1311.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.104;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.36;MQRankSum=2.209;QD=14.58;ReadPosRankSum=0.750;SOR=0.792;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:55,35:0.39:90
chr17	21216686	rs4994549	C	A	2598.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-2.240;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.374;HP=2;HapScore=1;MGOF=36;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=2.041;NF=43;NR=16;PP=805;ReadPosRankSum=-0.692;SC=CCCTTCTTCCCTGGGTGCACG;SOR=0.565;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=142;TCF=105;TCR=37;TR=59;WE=21216694;WS=21216676;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:94,69:0.42:163
chr17	21216710	rs4994548	T	C	3051.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.428;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=240;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=32;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=2.154;NF=54;NR=27;PP=1266;ReadPosRankSum=0.490;SC=CCCCTGCTGCTAGGCCTGGGG;SOR=0.692;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=199;TCF=132;TCR=67;TR=81;WE=21216718;WS=21216700;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:145,95:0.40:240
chr17	21216758	rs5819747	G	GCTTC	6220.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.908;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=437;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=2.554;NF=27;NR=47;PP=2968;ReadPosRankSum=-0.236;SC=TGGGGGCTGGGCTTCCTCCCT;SOR=0.717;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=200;TCF=73;TCR=127;TR=74;WE=21216766;WS=21216748;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:265,164:0.38:429
chr17	21216788	rs1673840	C	T	4093.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-3.832;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=548;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.791;HP=1;HapScore=1;MGOF=31;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=1.709;NF=71;NR=62;PP=1745;ReadPosRankSum=-1.708;SC=GCCACAGCTGCACTATTCTCT;SOR=0.548;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=354;TCF=195;TCR=159;TR=133;WE=21216796;WS=21216778;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:324,223:0.41:547
chr17	21216846	rs1657688	G	C	3822.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.026;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=497;ExcessHet=3.0103;FS=9.646;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.09;MQRankSum=2.282;QD=7.98;ReadPosRankSum=-0.544;SOR=0.324;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:270,209:0.44:479
chr17	21216891	rs934688	G	A	1872.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.289;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=272;ExcessHet=3.0103;FS=48.689;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.12;MQRankSum=1.970;QD=7.15;ReadPosRankSum=0.595;SOR=0.093;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:147,115:0.44:262
chr17	21216951	rs1673839	C	G	949.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=0.857;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=27.879;HP=1;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=35;PP=1348;ReadPosRankSum=0.825;SC=TGGGTAGCTCCTCTGGCTGGC;SOR=1.340;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=150;TCF=40;TCR=110;TR=44;WE=21216972;WS=21216941;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,47:0.44:106
chr17	21216964	rs1657686	T	C	1403.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-0.700;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.012;HP=3;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=34;PP=1348;ReadPosRankSum=0.575;SC=TGGCTGGCCCTGTGTTCTCTC;SOR=1.863;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=115;TCF=22;TCR=93;TR=41;WE=21216972;WS=21216941;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,38:0.50:76
chr17	21217290	rs1673837	G	A	1338.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.420;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.427;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=9;PP=639;ReadPosRankSum=-0.121;SC=AGGAGCCACAGATGCCATCTG;SOR=0.840;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=98;TCF=68;TCR=30;TR=39;WE=21217298;WS=21217280;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,63:0.47:134
chr17	21217397	rs1657685	A	G	7874.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.024;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=514;ExcessHet=3.0103;FS=1.793;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.47;ReadPosRankSum=-1.275;SOR=0.856;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:309,200:0.39:509
chr17	21217400	rs1622401	G	A	8156.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.135;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=535;ExcessHet=3.0103;FS=1.781;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.39;ReadPosRankSum=-1.847;SOR=0.850;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:317,213:0.40:530
chr17	21217411	rs1657684	T	C	8961.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=1.412;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=628;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.124;HP=4;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=94;NR=62;PP=2962;ReadPosRankSum=-2.771;SC=TGGCCACCTCTCCCTCCCGCT;SOR=0.812;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=349;TCF=203;TCR=146;TR=156;WE=21217422;WS=21217387;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:358,264:0.42:622
chr17	21217513	rs2363198	G	A	6884.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-1.480;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=693;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=38;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=103;NR=114;PP=2960;ReadPosRankSum=1.590;SC=TGCTGCCTTCGTGAAGGAGAT;SOR=0.710;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=415;TCF=199;TCR=216;TR=217;WE=21217521;WS=21217503;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:339,348:0.51:687
chr17	21217547	rs2363197	T	C	9031.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.931;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=505;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.10;ReadPosRankSum=-0.744;SOR=0.731;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:248,251:0.50:499
chr17	21217554	rs2363196	C	T	8412.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.702;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=454;ExcessHet=3.0103;FS=0.525;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.65;ReadPosRankSum=0.103;SOR=0.743;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:233,218:0.48:451
chr17	21217566	rs2363375	C	T	3888.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=2.668;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=387;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.782;HP=2;HapScore=3;MGOF=26;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=92;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.091;SC=GACCCCACTCCGGCCCTCCAG;SOR=0.739;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=284;TCF=102;TCR=182;TR=144;WE=21217574;WS=21217537;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:202,182:0.47:384
chr17	21217586	rs2363374	G	T	4819.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.602;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=291;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.62;ReadPosRankSum=-1.171;SOR=0.682;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:154,136:0.47:290
chr17	21217596	rs2363373	C	G	4473.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.838;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=252;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.82;ReadPosRankSum=-0.823;SOR=0.726;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:134,117:0.47:251
chr17	21318521	rs76804083	C	T	1461.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-0.231;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.285;HP=1;HapScore=1;MGOF=83;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=2;PP=615;ReadPosRankSum=-0.142;SC=CCTCCAGTCACGTCTGGGGGC;SOR=0.985;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=102;TCF=95;TCR=7;TR=36;WE=21318529;WS=21318511;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,40:0.35:113
chr17	21318546	rs112960185	A	G	2438.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.329;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FS=10.859;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.04;ReadPosRankSum=-0.753;SOR=1.654;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:122,65:0.35:187
chr17	21318552	rs112854769	G	A	3077.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.358;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FS=5.011;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.59;ReadPosRankSum=-1.906;SOR=1.102;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:134,77:0.36:211
chr17	21318555	rs58462457	C	T	1529.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.833;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FS=4.746;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.71;ReadPosRankSum=1.774;SOR=0.427;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:152,76:0.33:228
chr17	21318569	rs74584621	C	T	4669.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.726;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=318;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.092;HP=2;HapScore=1;MGOF=67;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=73;NR=25;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.684;SC=GCCACCAGCCCAGCCAGACAT;SOR=0.855;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=255;TCF=182;TCR=73;TR=98;WE=21318577;WS=21318536;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:198,119:0.38:317
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chr17	21318586	.	GTC	CTG	2944	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;FR=0.5000;HP=1;HapScore=1;MGOF=48;MMLQ=28;MQ=60.0;NF=85;NR=32;PP=2944;QD=20;SC=ACATGCTGTCGTCTCTGTTGC;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=328;TCF=231;TCR=97;TR=117;WE=21318611;WS=21318576;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:211,117:0.36:328
chr17	21318588	rs77791524	C	G	6931.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.401;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=469;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.84;ReadPosRankSum=-1.408;SOR=0.686;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:284,183:0.39:467
chr17	21318595	rs58780973	G	C	4671.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.278;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=512;ExcessHet=3.0103;FS=1.282;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.16;ReadPosRankSum=1.930;SOR=0.592;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:366,144:0.28:510
chr17	21318603	rs79809401	C	T	8047.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.019;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=599;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.156;HP=1;HapScore=1;MGOF=48;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=105;NR=54;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.183;SC=TTGCAGGAGCCGCCCTGCCTG;SOR=0.605;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=412;TCF=276;TCR=136;TR=159;WE=21318611;WS=21318576;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:350,235:0.40:585
chr17	21318629	rs58862472	C	A	6852.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.221;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=871;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.92;ReadPosRankSum=0.896;SOR=0.731;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:361,330:0.48:691
chr17	21318663	rs72846666	G	A	9008.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.114;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1277;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.147;HP=1;HapScore=1;MGOF=35;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=160;NR=115;PP=2962;ReadPosRankSum=0.207;SC=GGATGACCGCGGCCAGCCGGG;SOR=0.595;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=752;TCF=455;TCR=297;TR=275;WE=21318671;WS=21318653;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:787,484:0.38:1271
chr17	21318698	rs1657738	C	T	4924.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.164;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1497;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=155;NR=114;PP=2962;ReadPosRankSum=2.656;SC=ATCGTGTCATCGGAGGAGGAC;SOR=0.665;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=900;TCF=506;TCR=394;TR=269;WE=21318706;WS=21318688;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1066,370:0.26:1436
chr17	21318782	rs78117732	G	A	8871.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.261;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1539;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=176;NR=185;PP=2962;ReadPosRankSum=1.718;SC=CGCAGGTGCCGCAACCGCTTC;SOR=0.694;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=989;TCF=493;TCR=496;TR=361;WE=21318790;WS=21318772;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:975,516:0.35:1491
chr17	21318821	rs1714865	A	C	6919.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.006;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1365;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=126;NR=151;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.846;SC=TGCAACATTGAGTTCGCCAAC;SOR=0.697;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=882;TCF=403;TCR=479;TR=277;WE=21318841;WS=21318811;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:943,411:0.30:1354
chr17	21318867	rs73979893	G	A	5472.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.769;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1283;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.578;HP=3;HapScore=1;MGOF=30;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=122;NR=135;PP=2962;ReadPosRankSum=-3.512;SC=TGGCTGACATGTTCACCACCT;SOR=0.777;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=837;TCF=406;TCR=431;TR=257;WE=21318875;WS=21318857;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:890,361:0.29:1251
chr17	21318897	rs1657739	G	C	6334.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=2.173;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1176;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.565;HP=1;HapScore=1;MGOF=38;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=119;NR=121;PP=2962;ReadPosRankSum=0.291;SC=TCCGCTGGCGGTACATGCTGC;SOR=0.655;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=787;TCF=384;TCR=403;TR=240;WE=21318905;WS=21318887;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:813,358:0.31:1171
chr17	21318912	rs35011501	C	A	10142.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.984;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1122;ExcessHet=3.0103;FS=1.913;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.12;ReadPosRankSum=0.997;SOR=0.874;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:781,331:0.30:1112
chr17	21318918	rs79626424	G	A	10276.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.133;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1092;ExcessHet=3.0103;FS=1.913;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.45;ReadPosRankSum=1.237;SOR=0.849;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:763,325:0.30:1088
chr17	21318948	rs112314728	C	T	9849.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.277;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1005;ExcessHet=3.0103;FS=2.740;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.84;ReadPosRankSum=1.481;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:713,288:0.29:1001
chr17	21318951	rs75757803	C	T	10022.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.284;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=995;ExcessHet=3.0103;FS=1.231;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.12;ReadPosRankSum=1.113;SOR=0.856;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:705,285:0.29:990
chr17	21318952	rs8076599	A	G	18236.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.084;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=994;ExcessHet=3.0103;FS=1.122;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.46;ReadPosRankSum=0.817;SOR=0.779;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:398,590:0.60:988
chr17	21318969	rs79666990	C	T	9175.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.172;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=941;ExcessHet=3.0103;FS=1.238;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.82;ReadPosRankSum=0.042;SOR=0.802;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:673,261:0.28:934
chr17	21318981	rs9909970	C	T	8202.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.601;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=910;ExcessHet=3.0103;FS=0.582;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.10;ReadPosRankSum=-0.973;SOR=0.776;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:652,249:0.28:901
chr17	21319007	rs1657740	G	A	4536.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.027;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=826;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.57;ReadPosRankSum=1.261;SOR=0.684;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:557,257:0.32:814
chr17	21319008	rs1657741	G	C	14704.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.147;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=822;ExcessHet=3.0103;FS=1.120;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.15;ReadPosRankSum=0.148;SOR=0.815;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:337,473:0.58:810
chr17	21319069	rs76265595	G	A	9503.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.115;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=887;ExcessHet=3.0103;FS=0.560;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.81;ReadPosRankSum=-0.279;SOR=0.659;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:603,276:0.31:879
chr17	21319079	rs76518282	C	A	9691.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.070;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=898;ExcessHet=3.0103;FS=0.566;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.89;ReadPosRankSum=1.082;SOR=0.679;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:617,273:0.31:890
chr17	21319087	rs75029097	G	A	9660.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.518;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=892;ExcessHet=3.0103;FS=1.916;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.92;ReadPosRankSum=0.733;SOR=0.680;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:612,273:0.31:885
chr17	21319110	rs77283567	G	A	4893.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.241;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=877;ExcessHet=3.0103;FS=1.898;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.65;ReadPosRankSum=0.884;SOR=0.727;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:597,269:0.31:866
chr17	21319121	rs1714864	C	T	4778.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.196;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=875;ExcessHet=3.0103;FS=1.174;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.55;ReadPosRankSum=0.391;SOR=0.781;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:587,274:0.32:861
chr17	21319171	rs73313922	G	A	4885.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.714;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=955;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.214;HP=1;HapScore=1;MGOF=32;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=98;NR=109;PP=2803;ReadPosRankSum=0.708;SC=CTGCATCATCGACTCCTTCAT;SOR=0.748;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=646;TCF=330;TCR=316;TR=207;WE=21319179;WS=21319161;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:662,284:0.30:946
chr17	21319208	rs73979896	C	T	4950.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.353;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=976;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=34;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=102;NR=97;PP=2510;ReadPosRankSum=-0.344;SC=GCCAAGATGGCAAGGCCCAAG;SOR=0.673;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=647;TCF=338;TCR=309;TR=199;WE=21319216;WS=21319198;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:676,292:0.30:968
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chr17	21319860	rs2917720	C	T,A	2169.77	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.339;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FS=0.628;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.84;ReadPosRankSum=-0.589;SOR=0.602;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:52,64,53:0.38,0.31:169
chr17	21319860	.	CGGCCTCAG	AGGCCTCAT,TGGCCTCAG	784	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.39;FR=0.5000,0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=48;MMLQ=24;NF=11,15;NR=20,28;PP=784,301;QD=27.0150927375;SC=GAAGCCGGGACGGCCTCAGCC;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=122;TCF=45;TCR=77;TR=31,43;WE=21319876;WS=21319850;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.25:122
chr17	21319868	rs73979902	G	T	1790.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.568;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FS=2.181;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.33;ReadPosRankSum=0.116;SOR=0.490;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:106,52:0.33:158
chr17	21319908	rs66981137	C	T	726.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=1.188;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.621;HP=4;HapScore=2;MGOF=54;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-1.893;NF=11;NR=17;PP=370;ReadPosRankSum=0.626;SC=TCCAGGCTGGCGGCGGGGTCC;SOR=0.462;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=81;TCF=28;TCR=53;TR=28;WE=21319916;WS=21319898;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,40:0.36:112
chr17	21319943	rs5021699	A	G	367.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.243;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.51;MQRankSum=1.370;QD=5.11;ReadPosRankSum=-2.269;SOR=0.665;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:50,22:0.31:72
chr17	21319955	rs76506689	G	A	472.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.672;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=4.011;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.40;MQRankSum=-2.306;QD=8.29;ReadPosRankSum=1.771;SOR=0.318;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,25:0.44:57
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chr17	21319993	rs5021701	T	C	950.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.831;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=1.987;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.79;MQRankSum=-0.915;QD=32.79;ReadPosRankSum=-0.963;SOR=0.343;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,24:0.83:29
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chr17	21536168	rs9325916	G	A	1882.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-2.105;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=276;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.804;HP=3;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-12.360;NF=34;NR=52;PP=1179;ReadPosRankSum=2.549;SC=GTTTTTCTTTGCTTTTCCTAT;SOR=0.531;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=196;TCF=71;TCR=125;TR=86;WE=21536176;WS=21536158;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:170,102:0.38:272
chr17	21544462	rs9285742	G	A	913.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.448;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.58;MQRankSum=-1.119;QD=24.05;ReadPosRankSum=1.522;SOR=0.668;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,23:0.61:38
chr17	21544470	rs9285743	A	G	935.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.017;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=1.322;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.45;MQRankSum=-1.449;QD=21.27;ReadPosRankSum=1.265;SOR=0.976;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,26:0.59:44
chr17	21544587	rs9285744	A	G	1755.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=2.357;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.708;HP=4;HapScore=4;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-1.339;NF=25;NR=36;PP=2172;ReadPosRankSum=1.384;SC=TTAAACTGAAAAAGAAACAAG;SOR=0.854;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=123;TCF=53;TCR=70;TR=61;WE=21544607;WS=21544577;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:121,89:0.42:210
chr17	21544599	rs9912297	A	G	2298.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.802;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FS=2.404;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.88;MQRankSum=1.984;QD=11.27;ReadPosRankSum=-0.328;SOR=0.548;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:89,115:0.56:204
chr17	21544646	rs9285745	T	C	1281.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.881;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.112;HP=2;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=31;PP=718;ReadPosRankSum=0.837;SC=TTTCTCCCTATAGAAGATATT;SOR=1.016;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=94;TCF=35;TCR=59;TR=46;WE=21544654;WS=21544636;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,64:0.46:138
chr17	21544674	rs9747056	T	A	820.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.938;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.915;HP=3;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=22;PP=474;ReadPosRankSum=0.057;SC=TTTCCATATTTTGAAACTGTA;SOR=0.583;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=60;TCF=17;TCR=43;TR=31;WE=21544682;WS=21544664;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,39:0.52:75
chr17	21730703	rs72842072	G	A	3740.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.823;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=37;PP=1979;ReadPosRankSum=1.180;SC=GTCAAAATGCGGATCTTCGTG;SOR=0.442;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=101;TCF=64;TCR=37;TR=100;WE=21730711;WS=21730693;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,140:0.99:141
chr17	21731656	rs1985718	C	T	1261.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=14;NR=19;PP=568;SC=GATGGCATTACTCTGCACTAT;SOR=1.007;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=14;TCR=19;TR=33;WE=21731664;WS=21731646;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr17	21731687	rs148018834	G	A	631.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=11;NR=11;PP=331;SC=CCCAACTTAGGTTTAGAAATT;SOR=0.770;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=22;TCF=11;TCR=11;TR=22;WE=21731695;WS=21731677;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr17	21825565	rs12453514	G	T	2176.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=26;NR=36;PP=1160;SC=CCTGCCCGGAGGGTGTTCGGG;SOR=0.987;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=62;TCF=26;TCR=36;TR=62;WE=21825573;WS=21825555;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr17	21826038	rs9989454	T	C	1680.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=34;NR=20;PP=866;SC=CGTGAGGAGATGCGTCGATCC;SOR=1.214;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=54;TCF=34;TCR=20;TR=54;WE=21826046;WS=21826028;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr17	21826256	rs9989450	A	G	4139.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=39;NR=45;PP=1594;SC=AGAGGAAGCCAGGAATGGGAG;SOR=0.784;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=84;TCF=39;TCR=45;TR=84;WE=21826264;WS=21826246;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,159:1.00:159
chr17	22066745	rs78440652	C	G	52.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.634;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FS=3.128;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.53;MQRankSum=-13.862;QD=0.27;ReadPosRankSum=-4.129;SOR=1.048;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:174,20:0.10:194
chr17	22066776	rs75644031	T	C	710.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.418;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=277;ExcessHet=3.0103;FS=0.678;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.09;MQRankSum=-15.688;QD=2.57;ReadPosRankSum=-1.355;SOR=0.781;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:243,34:0.12:277
chr17	22066780	rs78507742	C	T	794.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.914;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=288;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.82;MQRankSum=-16.141;QD=2.76;ReadPosRankSum=-2.321;SOR=0.680;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:247,41:0.14:288
chr17	22066807	rs78727354	G	T	1122.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.574;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=320;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.56;MQRankSum=-16.646;QD=3.51;ReadPosRankSum=1.133;SOR=0.679;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:272,48:0.15:320
chr17	22066822	rs137955476	C	T	1160.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.411;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=307;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.45;MQRankSum=-16.290;QD=3.78;ReadPosRankSum=2.451;SOR=0.686;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:259,48:0.16:307
chr17	22066835	rs147079852	C	T	1209.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.183;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=294;ExcessHet=3.0103;FS=1.234;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.34;MQRankSum=-15.925;QD=4.11;ReadPosRankSum=2.671;SOR=0.572;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:246,48:0.16:294
chr17	22066870	rs79914182	G	T	836.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.342;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FS=1.517;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.19;MQRankSum=-13.417;QD=4.18;ReadPosRankSum=1.381;SOR=0.554;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:167,33:0.17:200
chr17	25628820	rs6561	T	C	4478.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.782;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=445;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.541;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=91;NR=42;PP=2368;ReadPosRankSum=0.863;SC=TTAGTGAGATTACGTACTATA;SOR=0.595;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=290;TCF=202;TCR=88;TR=133;WE=25628828;WS=25628810;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:226,209:0.48:435
chr17	25630388	rs2270761	T	C	5697.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-1.830;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=701;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.530;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=101;NR=55;PP=2512;ReadPosRankSum=-1.989;SC=CTTCCCCCACTCCAGTCTCTT;SOR=0.749;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=384;TCF=237;TCR=147;TR=156;WE=25630396;WS=25630378;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:402,291:0.42:693
chr17	25636954	rs11080131	T	G	338.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=0.595;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.022;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=3;PP=223;ReadPosRankSum=-0.329;SC=ATGTATCATCTCTACTGAGTC;SOR=1.405;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=70;TCF=53;TCR=17;TR=19;WE=25636962;WS=25636944;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,21:0.27:77
chr17	25639104	rs11305587	CT	C	607.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.722;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.543;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.092;NF=15;NR=3;PP=615;ReadPosRankSum=0.287;SC=TTGGTTAGTTCTTCCTGGTTG;SOR=1.179;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=36;TCF=31;TCR=5;TR=18;WE=25639112;WS=25639094;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,21:0.48:44
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chr17	25887530	rs2945397	G	C	7720.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.004;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=659;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.525;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=95;NR=120;PP=2962;ReadPosRankSum=-2.474;SC=TTCTCTTTCCGCTCTCCTCTA;SOR=0.759;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=401;TCF=184;TCR=217;TR=215;WE=25887549;WS=25887520;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:292,356:0.55:648
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chr17	25904755	rs189782552	C	T	7171.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.364;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=573;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=100;NR=104;PP=2962;ReadPosRankSum=2.069;SC=GCGGGGCAAGCGTGGCCCAGG;SOR=0.671;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=350;TCF=172;TCR=178;TR=204;WE=25904763;WS=25904745;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:224,340:0.60:564
chr17	25909816	rs2293180	C	T	8217.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-2.729;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=718;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.522;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=131;NR=103;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.370;SC=GGCAACAGCGCCCAGGGCCCA;SOR=0.745;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=434;TCF=239;TCR=195;TR=234;WE=25909824;WS=25909806;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:311,394:0.56:705
chr17	25912828	rs2945373	A	G	3726.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.487;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=348;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.866;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=82;PP=2084;ReadPosRankSum=0.677;SC=GCTGGTGACCACCTCAGGAAA;SOR=0.635;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=242;TCF=77;TCR=165;TR=119;WE=25912836;WS=25912818;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:159,172:0.52:331
chr17	25915281	rs62057826	C	G	2016.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-6.030;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=75;NR=9;PP=1389;ReadPosRankSum=1.373;SC=CCTCAGAGGCCAGGAGCAAGC;SOR=0.782;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=156;TCF=138;TCR=18;TR=84;WE=25915289;WS=25915271;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,91:0.57:161
chr17	25917810	rs1403321	A	G	4301.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.443;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=364;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.825;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=85;NR=47;PP=2307;ReadPosRankSum=0.312;SC=GCTGGTGCAAACATGTGCCTG;SOR=0.756;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=233;TCF=147;TCR=86;TR=132;WE=25917818;WS=25917800;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:154,197:0.56:351
chr17	25919611	.	G	A	2484.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.099;ClippingRankSum=0.000;DP=277;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.572;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=64;PP=1533;ReadPosRankSum=-0.849;SC=CAGAGCAGCCGAACCCCATTT;SOR=0.811;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=207;TCF=57;TCR=150;TR=85;WE=25919619;WS=25919601;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:158,114:0.42:272
chr17	25924596	rs16966333	C	T	1400.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=1.446;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.430;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=42;PP=807;ReadPosRankSum=0.243;SC=ACTTGTCCGGCGCCCCAAGCA;SOR=0.412;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=133;TCF=24;TCR=109;TR=53;WE=25924604;WS=25924586;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:94,69:0.42:163
chr17	25929036	rs4332787	A	G	3434.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.118;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=314;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.894;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=66;PP=1682;ReadPosRankSum=0.889;SC=TACACTTACTATGTACCAACC;SOR=0.632;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=198;TCF=69;TCR=129;TR=104;WE=25929044;WS=25929026;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:140,162:0.54:302
chr17	25930725	rs2241904	G	A	3126.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.686;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FS=0.815;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=23.69;ReadPosRankSum=0.038;SOR=0.858;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:53,79:0.60:132
chr17	25930730	rs2241905	T	C	3263.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.656;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FS=0.740;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=22.67;ReadPosRankSum=-0.031;SOR=0.785;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:59,85:0.59:144
chr17	25931637	rs2289567	G	T	3019.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-2.429;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=409;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.533;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=45;PP=1472;ReadPosRankSum=1.903;SC=TCTCTCCCGGGAGTCCCCGCT;SOR=0.751;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=261;TCF=154;TCR=107;TR=110;WE=25931645;WS=25931627;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:242,162:0.40:404
chr17	25932940	rs11433820	A	AT	4773.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-1.457;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=304;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.920;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=2.018;NF=6;NR=75;PP=2933;ReadPosRankSum=0.859;SC=GGAAGTTCTAATAGAGGCATA;SOR=0.390;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=161;TCF=9;TCR=152;TR=81;WE=25932948;WS=25932930;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:124,155:0.56:279
chr17	25935104	rs2289569	G	A	3278.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-4.112;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.870;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=84;PP=1995;ReadPosRankSum=0.493;SC=TGTTCCTCTCGCCCTGTTACT;SOR=0.435;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=171;TCF=40;TCR=131;TR=114;WE=25935112;WS=25935094;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,140:0.67:208
chr17	25944235	rs4267373	A	G	3152.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=76;NR=24;PP=2033;SC=TGAGAACATCAAAGGGACCCT;SOR=2.073;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=100;TCF=76;TCR=24;TR=100;WE=25944243;WS=25944225;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr17	25950175	rs2241906	C	T	810.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=1.219;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.656;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=2;PP=585;ReadPosRankSum=1.363;SC=AGGCCTTGGACGCAGTATGAC;SOR=1.981;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=45;TCF=42;TCR=3;TR=30;WE=25950183;WS=25950172;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,31:0.63:49
chr17	25950220	rs1075952	G	A	1887.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=0.481;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.415;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=15;PP=1284;ReadPosRankSum=0.396;SC=TGGCCAATCAGTCATTTTCAT;SOR=1.383;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=125;TCF=92;TCR=33;TR=71;WE=25950228;WS=25950210;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,81:0.56:144
chr17	25958304	rs3751093	G	A	5854.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.075;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=502;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.750;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=81;NR=98;PP=2816;ReadPosRankSum=0.020;SC=GGCCTTCAGCGGTTCCCAGGC;SOR=0.813;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=301;TCF=140;TCR=161;TR=179;WE=25958312;WS=25958294;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:220,279:0.56:499
chr17	25972311	rs2304886	C	T	6491.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.185;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=831;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.293;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-9.054;NF=116;NR=106;PP=2962;ReadPosRankSum=0.381;SC=CCGCGATAACCACCATTCTGA;SOR=0.489;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=541;TCF=254;TCR=287;TR=222;WE=25972319;WS=25972301;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:492,339:0.41:831
chr17	25974545	rs4794976	T	G	3157.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=3.347;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=278;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.518;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.982;NF=26;NR=75;PP=1932;ReadPosRankSum=0.019;SC=CCTTGAACAGTATGGGGGCTG;SOR=0.809;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=202;TCF=59;TCR=143;TR=101;WE=25974553;WS=25974535;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:133,140:0.51:273
chr17	25974600	rs113216780	A	AATTATT	1178.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-0.105;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.661;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=25;PP=1619;ReadPosRankSum=-0.906;SC=GTGGCCAACAAATTATTATTA;SOR=0.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=67;TCF=0;TCR=67;TR=25;WE=25974608;WS=25974590;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,31:0.57:54
chr17	25982119	rs4795843	T	C	3025.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.898;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.320;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=84;NR=23;PP=2046;ReadPosRankSum=-0.872;SC=TTTCCCATTATCCCCACTACC;SOR=0.508;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=163;TCF=130;TCR=33;TR=107;WE=25982127;WS=25982109;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,123:0.66:185
chr17	26073050	rs138929274	T	G	1229.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.588;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.18;MQRankSum=-5.181;QD=17.82;ReadPosRankSum=0.381;SOR=0.795;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,54:0.78:69
chr17	26073136	rs142859551	T	G	1119.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.149;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.91;MQRankSum=-2.969;QD=17.23;ReadPosRankSum=-0.921;SOR=0.789;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,51:0.78:65
chr17	26079737	rs2304887	T	G	134.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=4.109;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.336;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=-6.167;NF=51;NR=4;PP=1309;ReadPosRankSum=-1.128;SC=AGGAAGGCTTTCTTGGGAGCA;SOR=0.411;SbPval=0.97;Source=Platypus;TC=115;TCF=96;TCR=19;TR=55;WE=26079745;WS=26079727;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,12:0.14:84
chr17	26080008	rs4796027	G	A	1717.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-1.752;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=292;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.658;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.725;NF=32;NR=79;PP=1682;ReadPosRankSum=-0.535;SC=CATTGGGAGTGGGGAGGGCAC;SOR=0.494;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=316;TCF=87;TCR=229;TR=111;WE=26080016;WS=26079998;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:191,99:0.34:290
chr17	26087316	rs3729727	C	T	385.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-2.969;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.922;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=14;PP=291;ReadPosRankSum=0.421;SC=AGCATTATCCCCACTTTACAG;SOR=1.329;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=29;TCF=4;TCR=25;TR=16;WE=26087324;WS=26087306;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,16:0.53:30
chr17	26088337	rs59685746	GC	G	248.75	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=9;PP=320;SC=CCACACCACGGCCCTCCTTGG;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=0;TCR=10;TR=9;WE=26088345;WS=26088327;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr17	26089867	rs1060826	T	C	2346.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=53;NR=15;PP=1393;SC=GGTGGATCTCTGTGGGCGTGT;SOR=1.911;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=70;TCF=53;TCR=17;TR=68;WE=26089875;WS=26089857;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr17	26092555	rs2297512	G	A	2370.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=40;NR=26;PP=1295;SC=CTAGCCCGGGGCTCACCACTC;SOR=0.997;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=67;TCF=41;TCR=26;TR=66;WE=26092563;WS=26092545;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr17	26092631	rs1060822	A	G	4069.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=59;NR=42;PP=2197;SC=GCTCCAGGATACCTTGGACCA;SOR=0.967;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=101;TCF=59;TCR=42;TR=101;WE=26092639;WS=26092621;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,146:1.00:146
chr17	26096597	rs2297518	G	A	1843.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.037;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.661;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=17;PP=950;ReadPosRankSum=2.490;SC=CATGAAGAGCGATTTCTTCAG;SOR=0.605;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=92;TCF=64;TCR=28;TR=54;WE=26096605;WS=26096587;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,84:0.60:140
chr17	26099171	rs2274894	T	G	1363.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=37;NR=6;PP=997;SC=GTGTAAGTTTTGGAATCCCTG;SOR=3.209;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=43;TCF=37;TCR=6;TR=43;WE=26099179;WS=26099161;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr17	26100321	rs2248814	A	G	4752.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=44;NR=82;PP=2498;SC=GGCTTGGCTCAGCTCGCGGAT;SOR=1.198;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=126;TCF=44;TCR=82;TR=126;WE=26100329;WS=26100311;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,177:1.00:177
chr17	26105932	rs1137933	G	A	14862.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.525;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1207;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=210;NR=227;PP=2962;ReadPosRankSum=1.120;SC=AGCGCTGGACGTCACAGAAGT;SOR=0.692;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=748;TCF=360;TCR=388;TR=437;WE=26105940;WS=26105922;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:492,704:0.59:1196
chr17	26108040	rs2297520	T	C	19202.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-2.306;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=737;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=239;NR=264;PP=2965;ReadPosRankSum=0.385;SC=CAATGGCCGGTGGCTGAGGCT;SOR=0.122;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=506;TCF=240;TCR=266;TR=503;WE=26108048;WS=26108030;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,726:1.00:728
chr17	26108928	rs28999368	CCTGGTTTCTCCTGGAG	C	2189.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=2.745;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.922;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQ=60.19;MQRankSum=1.370;NF=29;NR=2;PP=2974;ReadPosRankSum=-0.311;SC=TTTCTTTCTCCCTGGTTTCTC;SOR=1.412;SbPval=0.99;Source=Platypus;TC=85;TCF=67;TCR=18;TR=31;WE=26108951;WS=26108921;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,57:0.52:109
chr17	26109030	rs3729508	T	C	12473.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=471;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=200;NR=119;PP=2965;SC=CCCTGGGAAATGTGCACCGAC;SOR=1.125;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=319;TCF=200;TCR=119;TR=319;WE=26109038;WS=26109020;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,467:1.00:467
chr17	26116848	rs8072199	C	T	1412.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=2.257;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.739;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=42;PP=918;ReadPosRankSum=1.329;SC=TGTTCATGGTCGGTCTGACCA;SOR=0.908;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=100;TCF=23;TCR=77;TR=53;WE=26116856;WS=26116838;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,62:0.55:112
chr17	26116896	rs2072324	C	A	379.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.185;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.26;ReadPosRankSum=0.865;SOR=1.287;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,16:0.43:37
chr17	26125918	rs3730013	G	A	3711.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=2.407;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=459;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.827;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=92;PP=2209;ReadPosRankSum=0.441;SC=GCTGAAGAAGGGAAGCAGAGG;SOR=0.833;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=322;TCF=113;TCR=209;TR=138;WE=26125926;WS=26125908;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:269,183:0.40:452
chr17	26206414	rs3751972	C	A	2263.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=45;NR=16;PP=1314;SC=AGGCCAATGGCTCTTCCAAAC;SOR=1.863;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=61;TCF=45;TCR=16;TR=61;WE=26206422;WS=26206404;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr17	26574430	rs140528012	T	TTCCACC	3624.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.331;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FS=3.809;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.09;MQRankSum=0.200;QD=31.52;ReadPosRankSum=-0.654;SOR=2.453;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,113:0.98:115
chr17	26633347	rs35679432	T	TG	989.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.308;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FS=2.447;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.68;ReadPosRankSum=-0.893;SOR=1.721;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:7,49:0.88:56
chr17	26633350	rs74318769	T	G	261.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.507;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.44;ReadPosRankSum=1.462;SOR=0.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,23:0.39:59
chr17	26646434	rs5819836	G	GC	11407.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=299;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=119;PP=2965;SC=AGGCTCTCCCGGCGCTGCGTC;SOR=1.226;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=131;TCF=9;TCR=122;TR=127;WE=26646442;WS=26646424;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,286:1.00:286
chr17	26657261	rs34843464	CA	C	100.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.139;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=1.230;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.73;MQRankSum=1.182;QD=2.46;ReadPosRankSum=1.444;SOR=0.948;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,16:0.39:41
chr17	26669245	rs5819838	A	AG	7649.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=92;NR=35;PP=2957;SC=CCTCACTCCCAGCCGCTTGGC;SOR=2.133;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=131;TCF=94;TCR=37;TR=127;WE=26669253;WS=26669235;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,203:1.00:203
chr17	26684283	rs11314852	GT	G	11522.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=313;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=46;NR=74;PP=2951;SC=TCCAGGCCCAGTTCCTCGCGC;SOR=0.851;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=120;TCF=46;TCR=74;TR=120;WE=26684291;WS=26684273;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,311:1.00:311
chr17	26684390	rs11448856	G	GC	11142.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=266;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=21;NR=83;PP=2936;SC=GCACAGAGCGGCTTTGCCACC;SOR=0.836;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=104;TCF=21;TCR=83;TR=104;WE=26684402;WS=26684380;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,253:1.00:253
chr17	26684394	rs17856014	T	G	11102.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=246;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=64;NR=80;PP=2812;SC=AGAGCGGCTTTGCCACCGGGC;SOR=0.850;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=147;TCF=66;TCR=81;TR=144;WE=26684402;WS=26684380;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,244:1.00:244
chr17	26684449	rs4795429	G	C	3326.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=52;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=23;NR=60;PP=1856;SC=ACGGCCAGGGGCCGCCGGGCT;SOR=1.670;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=83;TCF=23;TCR=60;TR=83;WE=26684457;WS=26684439;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr17	26684529	rs113967755	G	GGC	1880.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=31;PP=1525;SC=GCGGCCGGGCGGTTCCGCCCC;SOR=2.147;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=35;TCF=4;TCR=31;TR=35;WE=26684537;WS=26684519;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr17	26687484	rs11379368	G	GC	2734.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=31;NR=16;PP=2016;SC=AGAGGGCTGAGCCAGACTGTC;SOR=1.640;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=52;TCF=35;TCR=17;TR=47;WE=26687492;WS=26687474;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr17	26687898	rs11382918	G	GC	3488.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=45;PP=2122;SC=AGGGCAGGGTGCCCTGGTGGG;SOR=1.396;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=56;TCF=6;TCR=50;TR=51;WE=26687906;WS=26687888;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr17	26691321	rs9910163	A	G	3457.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.034;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=294;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.413;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=49;PP=1694;ReadPosRankSum=1.536;SC=GACAATGGCCAAGGCATAGAT;SOR=0.785;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=191;TCF=107;TCR=84;TR=113;WE=26691329;WS=26691311;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:124,166:0.57:290
chr17	26692224	rs11387886	A	AG	32850.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=934;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=96;NR=247;PP=2936;SC=GGGCCATGCCAGGCTGTGCCC;SOR=0.819;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=356;TCF=101;TCR=255;TR=343;WE=26692232;WS=26692214;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,925:1.00:925
chr17	26695704	rs2227725	A	G	3746.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=57;NR=59;PP=2528;SC=CCTGAGGAGCAGGGTGGTGGG;SOR=0.693;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=116;TCF=57;TCR=59;TR=116;WE=26695712;WS=26695694;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,134:1.00:134
chr17	26696103	.	G	C	1171.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-1.815;ClippingRankSum=0.000;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.231;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=27;PP=720;ReadPosRankSum=0.480;SC=TGGGCACAGAGGCAGAGTCCC;SOR=0.938;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=119;TCF=54;TCR=65;TR=48;WE=26696111;WS=26696093;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,55:0.41:135
chr17	26699121	rs7212814	G	C	2794.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=38;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=27;NR=31;PP=965;SC=GGCCCACGGCGGGGCGCCGAG;SOR=0.693;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=58;TCF=27;TCR=31;TR=58;WE=26699129;WS=26699111;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr17	26699195	rs11437592	C	CG	3591.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=37;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=24;PP=1394;SC=TGCGGGTGGCCCGGGCCCGCG;SOR=0.718;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=35;TCF=10;TCR=25;TR=33;WE=26699213;WS=26699185;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr17	26699199	rs112387743	G	GC	3578.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.30;SOR=0.718;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr17	26699205	rs11340312	GA	G	3408.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=37;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=23;PP=1237;SC=CCGGGCCCGCGAAAGTGTCGC;SOR=0.746;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=8;TCR=23;TR=31;WE=26699213;WS=26699185;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr17	26699367	rs11437594	G	GC	4482.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=24;NR=33;PP=2685;SC=CCTGGCTGCTGCGGCCGTGGG;SOR=0.928;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=59;TCF=25;TCR=34;TR=57;WE=26699375;WS=26699357;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr17	26708298	.	A	AGC	14120.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.758;ClippingRankSum=0.000;DP=555;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=26.34;ReadPosRankSum=0.739;SOR=0.701;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,534:1.00:536
chr17	26708302	.	GGT	G	24594.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=547;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.13;SOR=0.754;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,545:1.00:545
chr17	26708550	rs11658194	TC	CG	17933.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=410;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=129;NR=118;PP=2947;SC=CGAGCTGCTTTCGCTGCACGC;SOR=0.713;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=256;TCF=132;TCR=124;TR=247;WE=26708559;WS=26708540;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,400:1.00:400
chr17	26727721	rs5819844	GA	G	3801.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=39;PP=1899;SC=GTGAGTTGAAGAATGCCGGAG;SOR=0.925;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=47;TCF=7;TCR=40;TR=45;WE=26727729;WS=26727711;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr17	26729428	rs4795436	C	T	4996.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=44;NR=98;PP=2706;SC=CCATACCCCACGTGGGGCTTA;SOR=1.430;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=142;TCF=44;TCR=98;TR=142;WE=26729436;WS=26729418;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,190:1.00:190
chr17	26729453	rs17719944	A	G	1593.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-0.820;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.600;HP=1;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=42;PP=982;ReadPosRankSum=0.554;SC=AGACCCAGGAAGAACTTCCTT;SOR=0.900;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=101;TCF=25;TCR=76;TR=55;WE=26729461;WS=26729443;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,69:0.56:123
chr17	26818676	rs9890678	T	C	24751.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=900;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=321;NR=290;PP=2965;SC=GATCTGCACATTCACTGGGAG;SOR=0.788;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=611;TCF=321;TCR=290;TR=611;WE=26818684;WS=26818666;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,884:1.00:884
chr17	26820997	rs11568443	G	A	5368.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.465;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=403;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.922;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=131;NR=77;PP=2962;ReadPosRankSum=1.854;SC=AACCCCAAGCGGCTAACCCAG;SOR=0.938;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=352;TCF=221;TCR=131;TR=208;WE=26821019;WS=26820987;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:158,242:0.61:400
chr17	26850810	rs10527420	TTCTCTCTCTCTCTCTCTC	TTC,T	4421.73	.	AC=2,0;AF=1.00,0.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=0.4992,0.5008;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;NF=31,31;NR=17,17;PP=22,2626;SC=CGCTCTCTGGTTCTCTCTCTC;SOR=2.646;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=62;TCF=42;TCR=20;TR=48,48;WE=26850837;WS=26850802;set=Intersection	GT:AF:DP	1/1:1.00:106
chr17	26850929	rs483434	A	C	13932.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=544;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=156;NR=143;PP=2965;SC=GTTGGTCCCCACTGGATGCTG;SOR=0.762;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=300;TCF=156;TCR=144;TR=299;WE=26850937;WS=26850919;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,536:1.00:536
chr17	26851501	rs614434	G	A	26047.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.786;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=994;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=426;NR=250;PP=2965;ReadPosRankSum=2.421;SC=TCACAGGCTCGCTACTCTCTG;SOR=1.136;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=677;TCF=426;TCR=251;TR=676;WE=26851509;WS=26851491;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,977:1.00:979
chr17	26861605	rs373952661	CA	C	138.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.153;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FS=2.613;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.93;ReadPosRankSum=-1.185;SOR=0.363;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:48,24:0.33:72
chr17	26883313	rs631905	A	G	5260.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-2.170;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=632;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=72;NR=96;PP=2225;ReadPosRankSum=0.753;SC=TTGCCACAACATCATACCAGG;SOR=0.743;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=389;TCF=169;TCR=220;TR=168;WE=26883321;WS=26883303;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:344,276:0.45:620
chr17	26887271	rs67590677	G	A	388.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-0.666;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=13;PP=235;ReadPosRankSum=-1.663;SC=GGGGCAGCCTGTACTCCCAGC;SOR=0.665;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=52;TCF=15;TCR=37;TR=18;WE=26887279;WS=26887261;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,21:0.35:60
chr17	26888725	rs8074623	G	A	2359.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.367;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=291;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.966;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=64;PP=1449;ReadPosRankSum=1.305;SC=CTACTGTTCCGAATCTGCCCC;SOR=0.616;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=230;TCF=72;TCR=158;TR=93;WE=26888733;WS=26888715;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:167,115:0.41:282
chr17	26889996	rs2286518	G	C	568.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.209;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.348;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=10;PP=232;ReadPosRankSum=2.002;SC=TGGGATTACAGTGTGAGCCAC;SOR=0.238;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=29;TCF=8;TCR=21;TR=15;WE=26890004;WS=26889986;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,26:0.53:49
chr17	26912696	rs2302206	C	A	273.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-2.967;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.906;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=11;PP=206;ReadPosRankSum=-0.471;SC=GGTTGCAAGGCCACAGTGGGC;SOR=1.292;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=42;TCF=7;TCR=35;TR=12;WE=26912704;WS=26912686;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,13:0.32:41
chr17	26916120	.	AT	A	131.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.316;ClippingRankSum=0.000;DP=251;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.78;ReadPosRankSum=-0.129;SOR=0.661;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:133,35:0.21:168
chr17	26922341	.	T	G	602.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.776;ClippingRankSum=0.000;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.385;HP=5;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=19;PP=453;ReadPosRankSum=2.641;SC=ATATACAAAATAGACACACAT;SOR=1.179;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=65;TCF=31;TCR=34;TR=33;WE=26922349;WS=26922331;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,33:0.51:65
chr17	26923218	.	CA	C	270.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.481;ClippingRankSum=0.000;DP=201;ExcessHet=3.0103;FS=1.453;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.96;MQRankSum=0.000;QD=1.47;ReadPosRankSum=-0.339;SOR=0.551;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:141,43:0.23:184
chr17	26926101	rs28384494	C	CG	3056.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.503;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=353;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.635;HP=6;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQ=60.03;MQRankSum=1.161;NF=3;NR=88;PP=2432;ReadPosRankSum=0.792;SC=GGGTAGAGCCCGGGGGGCGGG;SOR=0.818;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=228;TCF=6;TCR=222;TR=91;WE=26926109;WS=26926091;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:172,129:0.43:301
chr17	26947046	rs2302205	A	C	2420.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.070;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=294;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=43;PP=1176;ReadPosRankSum=-1.265;SC=AAAGGAATGGAAAGGGAAATG;SOR=0.711;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=182;TCF=68;TCR=114;TR=68;WE=26947054;WS=26947036;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:168,121:0.42:289
chr17	26955330	rs12602520	A	C	2536.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-2.178;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=301;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=26;PP=1341;ReadPosRankSum=0.789;SC=GGGAGTGTTAACACGAGGTGG;SOR=0.679;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=215;TCF=148;TCR=67;TR=88;WE=26955338;WS=26955320;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:167,127:0.43:294
chr17	26961465	rs117415755	A	C	935.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=3.125;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=7;PP=555;ReadPosRankSum=0.696;SC=AGTTCCTCTGAAATCACTGAG;SOR=0.775;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=75;TCF=57;TCR=18;TR=29;WE=26961473;WS=26961455;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,40:0.46:87
chr17	26966533	rs2302203	C	T	5655.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=3.255;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=761;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.125;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=117;NR=83;PP=2958;ReadPosRankSum=2.010;SC=AAACTCAAAACGAAATAATGT;SOR=0.956;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=488;TCF=262;TCR=226;TR=200;WE=26966541;WS=26966523;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:454,294:0.39:748
chr17	26988101	.	TAA	T	70.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.388;ClippingRankSum=0.000;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=3.317;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.20;MQRankSum=-0.471;QD=1.73;ReadPosRankSum=0.826;SOR=1.402;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,9:0.22:41
chr17	27000391	rs9904043	A	G	5439.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=69;NR=59;PP=2423;SC=TTCCCTAGTTATCTTCAGGCA;SOR=0.815;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=128;TCF=69;TCR=59;TR=128;WE=27000399;WS=27000381;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,206:1.00:206
chr17	27002402	rs9892089	A	G	12271.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=478;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=162;NR=129;PP=2965;SC=GCCCCAACCCATCCTTTTCCT;SOR=0.847;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=292;TCF=163;TCR=129;TR=291;WE=27002410;WS=27002392;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,472:1.00:472
chr17	27004703	rs7207976	C	A	1761.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-2.634;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.371;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=15;PP=1187;ReadPosRankSum=-0.485;SC=AGATAAAGTCCGTCTCACCCT;SOR=0.540;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=148;TCF=115;TCR=33;TR=66;WE=27004711;WS=27004693;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:96,81:0.46:177
chr17	27009749	rs12051648	C	T	4099.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-2.399;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=313;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=82;NR=35;PP=1908;ReadPosRankSum=2.164;SC=CTTTAGATGGCCTGGCCAAAA;SOR=0.668;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=203;TCF=139;TCR=64;TR=117;WE=27009757;WS=27009739;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:116,188:0.62:304
chr17	27011560	rs57529153	T	A	2498.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=2.457;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.542;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=71;NR=24;PP=1612;ReadPosRankSum=-1.174;SC=CTGATGACCATAATGTCATCA;SOR=0.621;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=193;TCF=149;TCR=44;TR=95;WE=27011568;WS=27011550;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:121,111:0.48:232
chr17	27013468	rs16964503	C	T	2562.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.396;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=360;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.939;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=57;PP=1352;ReadPosRankSum=-1.038;SC=GGTTTAAGGCCGTGACCCAAC;SOR=0.855;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=233;TCF=100;TCR=133;TR=95;WE=27013476;WS=27013458;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:213,135:0.39:348
chr17	27014396	rs28753762	C	T	2700.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.818;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=364;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.809;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=44;PP=1075;ReadPosRankSum=-1.314;SC=AGGTCGGGGTCGATGTCAACC;SOR=0.640;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=214;TCF=96;TCR=118;TR=80;WE=27014404;WS=27014386;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:218,144:0.40:362
chr17	27014483	rs28588628	C	A	1578.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.269;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.105;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=33;PP=744;ReadPosRankSum=-0.920;SC=GGACCCACCTCCTGAAGGTAG;SOR=0.606;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=130;TCF=47;TCR=83;TR=55;WE=27014491;WS=27014473;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:123,84:0.41:207
chr17	27014942	.	C	CT	215.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.222;ClippingRankSum=0.000;DP=110;ExcessHet=3.0103;FS=13.394;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.10;MQRankSum=0.000;QD=2.27;ReadPosRankSum=-0.193;SOR=0.102;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:67,28:0.29:95
chr17	27018096	rs28548383	A	G	3965.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.971;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=446;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=72;PP=1633;ReadPosRankSum=-1.993;SC=GTGCTGCAGCATTATCCTGCT;SOR=0.727;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=288;TCF=119;TCR=169;TR=119;WE=27018104;WS=27018086;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:232,202:0.47:434
chr17	27038533	rs28647848	G	A	1623.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=2.651;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.361;HP=3;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=15;PP=1074;ReadPosRankSum=-1.304;SC=TGCGCCGCTCGGGGTCTGCGA;SOR=0.818;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=153;TCF=114;TCR=39;TR=67;WE=27038541;WS=27038523;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:89,75:0.46:164
chr17	27046781	rs57611722	C	CA	438.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.169;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.19;ReadPosRankSum=-0.891;SOR=0.813;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,32:0.52:61
chr17	27047243	rs149264208	T	TG	921.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-0.695;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.692;HP=9;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=16;PP=407;ReadPosRankSum=-0.628;SC=TAGAGGGAGTTGGGGGGGGGC;SOR=1.025;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=88;TCF=50;TCR=38;TR=36;WE=27047251;WS=27047233;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,47:0.42:113
chr17	27050924	rs146599713	A	AAT	911.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.997;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.912;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=30;PP=884;ReadPosRankSum=-0.146;SC=CCTAATTCTGAATATATATAT;SOR=0.568;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=77;TCF=0;TCR=77;TR=30;WE=27050935;WS=27050914;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,38:0.38:99
chr17	27052358	rs2288595	C	T	4192.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.595;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=494;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.764;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=68;NR=65;PP=1844;ReadPosRankSum=-0.507;SC=AAGAGGCTCGCGTCTGTCCGC;SOR=0.562;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=294;TCF=160;TCR=134;TR=133;WE=27052366;WS=27052348;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:276,215:0.44:491
chr17	27053568	rs12952249	G	A	685.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=5.095;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.743;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=0;PP=462;ReadPosRankSum=-0.494;SC=CCGGGCCACCGGCTACCCCGC;SOR=1.445;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=50;TCF=47;TCR=3;TR=23;WE=27053576;WS=27053558;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,28:0.50:56
chr17	27056025	rs7211214	CC	AT	663.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-1.487;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;JOINED;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=13;PP=636;ReadPosRankSum=-0.923;SC=GTCCCAGTCCCCCGGGGAGAC;SOR=0.760;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=31;TCF=5;TCR=26;TR=15;WE=27056034;WS=27056015;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,19:0.51:37
chr17	27061704	.	C	CA	187.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.647;ClippingRankSum=0.000;DP=173;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.25;MQRankSum=2.889;QD=1.16;ReadPosRankSum=1.369;SOR=0.586;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:129,33:0.20:162
chr17	27065211	rs3809797	T	C	1901.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.536;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=251;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.987;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=37;PP=707;ReadPosRankSum=0.088;SC=GCCAGTCGGGTGTGACCATCA;SOR=0.783;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=154;TCF=68;TCR=86;TR=63;WE=27065219;WS=27065201;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:148,102:0.41:250
chr17	27075423	rs2070265	C	T	3539.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.018;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=431;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=71;PP=1915;ReadPosRankSum=2.416;SC=CTAAGGAGTTCGTCTTTGACA;SOR=0.715;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=275;TCF=128;TCR=147;TR=132;WE=27075431;WS=27075413;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:248,178:0.42:426
chr17	27085564	rs2043031	A	G	4390.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.341;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=528;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=93;PP=2507;ReadPosRankSum=0.513;SC=ACGGCATGGCAAGGTCCTGAG;SOR=0.714;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=383;TCF=155;TCR=228;TR=156;WE=27085572;WS=27085554;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:309,214:0.41:523
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chr17	27187636	rs9279	G	T	5425.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.906;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=519;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.796;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=71;NR=122;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.151;SC=GACCAGTTCTGTCCTTGGCTG;SOR=0.573;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=391;TCF=135;TCR=256;TR=193;WE=27187644;WS=27187626;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:249,260:0.51:509
chr17	27188296	rs28448745	A	C	341.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.839;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.95;ReadPosRankSum=0.398;SOR=0.743;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,18:0.42:43
chr17	27225399	rs12947849	G	A	1163.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.080;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=13;PP=533;ReadPosRankSum=0.010;SC=GCATGGCCTCGCACACATCCG;SOR=0.724;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=88;TCF=61;TCR=27;TR=40;WE=27225407;WS=27225389;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,61:0.42:144
chr17	27225937	rs4795473	C	T	2702.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=9;NR=73;PP=1993;SC=AGAAAGGAGTCGGGCTAGGCA;SOR=3.660;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=82;TCF=9;TCR=73;TR=82;WE=27225945;WS=27225927;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr17	27228198	rs4795474	G	A	8260.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-3.064;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1061;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.101;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=152;NR=150;PP=2962;ReadPosRankSum=0.071;SC=CCACCACCACGCGGCTAGGGG;SOR=0.662;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=692;TCF=334;TCR=358;TR=302;WE=27228206;WS=27228188;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:588,456:0.44:1044
chr17	27239376	rs4795475	G	C	1759.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-3.318;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=12;PP=937;ReadPosRankSum=0.041;SC=ATGAGAGTAAGACAAACAATA;SOR=0.722;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=153;TCF=115;TCR=38;TR=56;WE=27239384;WS=27239366;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:108,83:0.43:191
chr17	27244473	rs8066347	G	A	3035.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.059;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=447;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.550;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=54;PP=1418;ReadPosRankSum=1.017;SC=TTCAGCTAGGGACAAAGCAGA;SOR=0.770;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=257;TCF=127;TCR=130;TR=98;WE=27244481;WS=27244463;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:275,163:0.37:438
chr17	27246368	rs68042462	CCTCCCCTCCTTGATCCTAACATT	C	3738.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.06;QD=45.04;SOR=3.638;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr17	27284443	rs12941884	A	G	6218.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.817;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=765;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.529;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQ=60.01;MQRankSum=1.171;NF=96;NR=121;PP=2906;ReadPosRankSum=-0.155;SC=GGAGCTGCCCATCAGCACAAA;SOR=0.630;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=512;TCF=221;TCR=291;TR=217;WE=27284451;WS=27284433;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:434,318:0.42:752
chr17	27284566	rs67322066	AG	A	2636.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.680;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=260;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.117;NF=3;NR=53;PP=1663;ReadPosRankSum=1.292;SC=CACTATGGGTAGGGGGTGATG;SOR=0.691;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=137;TCF=9;TCR=128;TR=56;WE=27284574;WS=27284556;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:129,105:0.45:234
chr17	27286851	rs1976165	T	C	10366.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=399;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=125;NR=120;PP=2965;SC=TAGGTGGGTGTGCTGCTGCTG;SOR=0.713;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=245;TCF=125;TCR=120;TR=245;WE=27286859;WS=27286841;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,398:1.00:398
chr17	27290969	rs11450637	T	TG	1822.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=0.364;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.576;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=11;PP=1725;ReadPosRankSum=-0.904;SC=CCCTTTCCCCTGGGCACTCAC;SOR=0.926;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=119;TCF=87;TCR=32;TR=49;WE=27290977;WS=27290959;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,69:0.43:159
chr17	27413908	rs4795495	C	G	1045.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=3.715;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.358;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=5;PP=765;ReadPosRankSum=-0.286;SC=TCAGCAGCTACTCAAGGGGCT;SOR=1.445;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=71;TCF=59;TCR=12;TR=38;WE=27413916;WS=27413903;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,40:0.52:77
chr17	27437134	rs2279958	A	G	4067.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.164;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=471;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.521;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=68;PP=1815;ReadPosRankSum=2.378;SC=CGAGGGGAAGAGACTGCCCTC;SOR=0.645;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=268;TCF=114;TCR=154;TR=122;WE=27437142;WS=27437124;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:252,204:0.45:456
chr17	27437208	rs2279959	A	G	1688.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-3.175;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.296;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=47;PP=1102;ReadPosRankSum=-0.512;SC=CACTGCTCACAGGGTAGCAGC;SOR=0.493;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=128;TCF=33;TCR=95;TR=66;WE=27437216;WS=27437198;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,74:0.49:150
chr17	27437710	rs1994663	C	G	1613.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.226;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.145;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=34;PP=774;ReadPosRankSum=0.711;SC=CGCTCCTCCCCCAAGGCCCCA;SOR=0.582;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=142;TCF=53;TCR=89;TR=56;WE=27437718;WS=27437700;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:113,82:0.42:195
chr17	27438469	rs8076604	G	A	2658.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-1.512;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=317;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.436;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=70;NR=28;PP=1524;ReadPosRankSum=-1.464;SC=GAGCCGGGGGGCATTCTGGGT;SOR=0.810;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=235;TCF=164;TCR=71;TR=98;WE=27438477;WS=27438459;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:181,130:0.42:311
chr17	27441077	rs12601535	C	G	5426.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=2.256;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=760;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=88;NR=67;PP=2424;ReadPosRankSum=-0.603;SC=AGTCATCCGTCGGGGGTTCCA;SOR=0.743;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=418;TCF=230;TCR=188;TR=155;WE=27441085;WS=27441067;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:470,283:0.38:753
chr17	27443631	rs144361514	G	GCACACACACACACACA	948.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.484;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FS=4.887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.11;MQRankSum=1.432;QD=12.82;ReadPosRankSum=3.614;SOR=0.119;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,35:0.47:74
chr17	27446571	rs11349517	AT	A	500.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.030;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FS=4.365;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.23;MQRankSum=2.181;QD=4.39;ReadPosRankSum=-1.719;SOR=1.195;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:55,59:0.52:114
chr17	27449059	rs877492	C	A	3738.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-2.934;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=419;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.156;HP=6;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=94;PP=2294;ReadPosRankSum=0.857;SC=TATCCTCCCCCCCACTGCATC;SOR=0.788;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=318;TCF=103;TCR=215;TR=133;WE=27449067;WS=27449044;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:232,174:0.43:406
chr17	27455707	rs55939148	AC	A	570.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.902;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=15;PP=436;ReadPosRankSum=-1.546;SC=CCACGAGGCTACCCCAGGAAG;SOR=0.593;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=50;TCF=2;TCR=48;TR=16;WE=27455715;WS=27455697;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,24:0.34:71
chr17	27455736	rs8075284	A	G	232.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.921;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=5.821;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.97;ReadPosRankSum=-1.367;SOR=0.165;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,12:0.31:39
chr17	27456255	rs11080078	G	C	678.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-4.493;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.454;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=24;PP=385;ReadPosRankSum=0.837;SC=CAAGCACTGAGGAGCCCAGCA;SOR=0.440;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=50;TCF=4;TCR=46;TR=26;WE=27456263;WS=27456245;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,33:0.54:61
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chr17	27613677	rs12452857	G	A	12760.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.376;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=475;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=189;NR=148;PP=2965;ReadPosRankSum=2.337;SC=CAGAAGAGATGGGTGTTAGAG;SOR=0.594;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=344;TCF=192;TCR=152;TR=337;WE=27613685;WS=27613667;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,460:0.99:463
chr17	27794298	.	C	CT	77.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.478;ClippingRankSum=0.000;DP=127;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.91;ReadPosRankSum=-1.984;SOR=0.627;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:67,18:0.21:85
chr17	27829588	rs367720840	CT	C	108.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.533;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=262;ExcessHet=3.0103;FS=1.502;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.42;ReadPosRankSum=0.684;SOR=0.839;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:204,52:0.20:256
chr17	27835138	rs508706	C	T	10365.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=385;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=75;NR=174;PP=2965;SC=ACCAGGCTGCCATGGAGAAAG;SOR=1.366;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=249;TCF=75;TCR=174;TR=249;WE=27835146;WS=27835128;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,380:1.00:380
chr17	27835211	rs622096	A	C	1321.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=4.692;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.121;HP=2;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=38;PP=940;ReadPosRankSum=2.029;SC=AGAATTAACCAACATGGCAGT;SOR=1.638;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=89;TCF=18;TCR=71;TR=44;WE=27835219;WS=27835201;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,53:0.47:112
chr17	27857698	rs536327	C	T	6445.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=246;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=56;NR=134;PP=2965;SC=ACCACCTGAACGAAATCACAG;SOR=1.671;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=190;TCF=56;TCR=134;TR=190;WE=27857706;WS=27857688;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,235:1.00:235
chr17	27869968	rs507577	G	A	22043.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-1.465;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=824;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=222;NR=290;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.650;SC=GGGGACGGACGGAGCAGGGCA;SOR=0.301;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=515;TCF=224;TCR=291;TR=512;WE=27869976;WS=27869958;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,813:1.00:814
chr17	27889986	rs542939	T	C	9143.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.872;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=727;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.768;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=112;NR=134;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.638;SC=TCCCAGTAGGTATCCCAGCTG;SOR=0.751;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=418;TCF=201;TCR=217;TR=246;WE=27889994;WS=27889976;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:299,420:0.58:719
chr17	27896457	rs80029746	T	A	3044.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=3.421;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.196;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=85;PP=2067;ReadPosRankSum=2.462;SC=CTGCCTGTTCTGCTGATCGGC;SOR=0.915;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=178;TCF=34;TCR=144;TR=102;WE=27896465;WS=27896447;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,121:0.61:200
chr17	27901975	rs550818	A	G	4695.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.703;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=787;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=78;NR=67;PP=1802;ReadPosRankSum=-1.574;SC=ACTTTAAGCCACCAGCTGAGA;SOR=0.721;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=477;TCF=257;TCR=220;TR=145;WE=27901983;WS=27901965;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:514,265:0.34:779
chr17	27904322	rs601364	A	G	15285.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=547;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=115;NR=285;PP=2965;SC=CTGACGCAGGACGGCAGGGAC;SOR=1.609;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=400;TCF=115;TCR=285;TR=400;WE=27904330;WS=27904312;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,532:1.00:532
chr17	27905673	rs563976	A	G	1195.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=1.038;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=15;PP=729;ReadPosRankSum=0.036;SC=TCAGAGGCAGAGGAAGCAAGA;SOR=0.640;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=132;TCF=93;TCR=39;TR=49;WE=27905681;WS=27905663;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:96,60:0.38:156
chr17	27936346	rs117661862	C	T	6588.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.112;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=567;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.456;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=95;NR=120;PP=2962;ReadPosRankSum=-2.469;SC=GGGTGCCTGCCTCACCTGGAC;SOR=0.875;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=379;TCF=178;TCR=201;TR=215;WE=27936354;WS=27936336;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:246,308:0.56:554
chr17	27936484	rs201684708	T	C	2732.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.939;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.037;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=55;PP=1575;ReadPosRankSum=-0.161;SC=CACTCTTGCCTACAGCAAGCT;SOR=0.525;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=167;TCF=59;TCR=108;TR=88;WE=27936492;WS=27936474;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:102,122:0.54:224
chr17	27938424	rs11080107	T	C	565.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.481;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.243;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=2;PP=280;ReadPosRankSum=0.495;SC=TGGCCCCTGGTCCTTGAAGCA;SOR=0.067;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=26;TCF=24;TCR=2;TR=15;WE=27938432;WS=27938414;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,23:0.68:34
chr17	27944089	rs11657079	C	T	18879.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=4.603;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1454;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.473;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=343;NR=268;PP=2962;ReadPosRankSum=1.007;SC=CGTGACCAGCCCTGCCCCACC;SOR=0.883;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=1109;TCF=618;TCR=491;TR=611;WE=27944097;WS=27944079;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:594,826:0.58:1420
chr17	27949934	rs77991986	G	GC	2664.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=29;PP=1412;SC=AGAGGGCGGGGCTAGCATAGG;SOR=1.032;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=31;TCF=2;TCR=29;TR=31;WE=27949942;WS=27949924;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr17	27959903	rs2289629	G	A	7808.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.024;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=650;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.116;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=83;NR=125;PP=2962;ReadPosRankSum=-2.094;SC=TGCATTTTCCGAGTGAGACTG;SOR=0.796;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=377;TCF=159;TCR=218;TR=208;WE=27959911;WS=27959893;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:278,370:0.57:648
chr17	28011501	.	TAA	T	1173.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.357;ClippingRankSum=0.000;DP=195;ExcessHet=3.0103;FS=1.003;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.03;ReadPosRankSum=-1.064;SOR=0.896;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:85,82:0.49:167
chr17	28011503	.	A	T	183.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=1.579;ClippingRankSum=0.000;DP=180;ExcessHet=3.0103;FS=20.564;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.07;ReadPosRankSum=3.303;SOR=2.641;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:136,35:0.20:171
chr17	28029938	rs3102560	T	C	1702.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.186;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=246;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.493;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=26;PP=887;ReadPosRankSum=2.257;SC=ACAAAAGATATAGTTACCAAG;SOR=0.759;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=167;TCF=98;TCR=69;TR=65;WE=28029946;WS=28029928;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:140,93:0.40:233
chr17	28088161	rs142973370	G	C	5139.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=2.272;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=630;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.119;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=82;NR=69;PP=2445;ReadPosRankSum=-0.127;SC=GCGCGCGGCGGACTCACAGCT;SOR=0.609;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=343;TCF=195;TCR=148;TR=151;WE=28088169;WS=28088151;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:362,262:0.42:624
chr17	28120851	rs2617882	A	C	2645.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.118;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.85;MQRankSum=1.049;QD=13.57;ReadPosRankSum=-1.712;SOR=0.726;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:74,121:0.62:195
chr17	28268800	rs4567782	A	C	1397.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-1.634;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.247;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=16;PP=580;ReadPosRankSum=0.428;SC=TTTGGTGATAACTTTTGGAGT;SOR=0.566;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=95;TCF=57;TCR=38;TR=38;WE=28268808;WS=28268790;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,74:0.46:161
chr17	28296327	rs9897794	T	G	3878.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.491;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=530;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=76;PP=1990;ReadPosRankSum=0.849;SC=TTACCAGAGGTTGATGAAAGA;SOR=0.712;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=348;TCF=154;TCR=194;TR=138;WE=28296335;WS=28296317;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:321,204:0.39:525
chr17	28320248	rs4795524	T	A	17083.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=2.437;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=667;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=199;NR=183;PP=2965;ReadPosRankSum=1.417;SC=GACAAAATCATAGTCAAGGTG;SOR=0.331;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=386;TCF=199;TCR=187;TR=382;WE=28320256;WS=28320238;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,658:1.00:659
chr17	28323499	rs12944395	A	G	493.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-1.301;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.460;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=9;PP=205;ReadPosRankSum=0.185;SC=AGGGGCAATTAGGCTCTTCCA;SOR=0.368;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=38;TCF=17;TCR=21;TR=18;WE=28323507;WS=28323489;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,26:0.53:49
chr17	28378276	rs11653805	C	T	7632.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.657;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=666;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=89;NR=136;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.927;SC=GCTGGAGTGTCGCAGTGCACT;SOR=0.735;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=431;TCF=177;TCR=254;TR=225;WE=28378284;WS=28378266;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:299,363:0.55:662
chr17	28381141	rs4074170	C	G	2111.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.914;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=44;PP=1005;ReadPosRankSum=0.934;SC=AAGTTCCAACCTTAAGCAGAA;SOR=0.678;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=138;TCF=51;TCR=87;TR=71;WE=28381149;WS=28381131;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:100,104:0.51:204
chr17	28386526	rs4075623	A	G	2735.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=2.087;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=241;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.490;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=28;PP=1515;ReadPosRankSum=-0.552;SC=CAATGAACATATATCTTCCGT;SOR=0.745;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=151;TCF=102;TCR=49;TR=87;WE=28386534;WS=28386516;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:110,124:0.53:234
chr17	28400079	.	A	AT	304.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.218;ClippingRankSum=0.000;DP=508;ExcessHet=3.0103;FS=2.369;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.02;MQRankSum=0.000;QD=0.73;ReadPosRankSum=0.945;SOR=0.550;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:343,77:0.18:420
chr17	28407287	rs11080114	C	T	4200.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-2.361;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=355;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.304;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=88;PP=2012;ReadPosRankSum=-0.421;SC=AGATTGGTTTCACCCTCCTAA;SOR=0.778;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=235;TCF=79;TCR=156;TR=129;WE=28407295;WS=28407277;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:155,195:0.56:350
chr17	28407876	rs7221743	T	G	1874.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.472;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.257;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=29;PP=829;ReadPosRankSum=2.949;SC=ATTATAATGGTTCATTCCTGG;SOR=0.784;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=93;TCF=45;TCR=48;TR=53;WE=28407884;WS=28407866;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,89:0.56:158
chr17	28410124	rs12941382	T	C	806.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-1.871;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=26;PP=451;ReadPosRankSum=0.650;SC=TGTTATTTCTTGCTAATATTT;SOR=0.616;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=62;TCF=13;TCR=49;TR=34;WE=28410132;WS=28410114;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,41:0.55:74
chr17	28417376	rs8065059	T	C	821.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-1.313;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.333;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=7;PP=527;ReadPosRankSum=-1.375;SC=CAATATGTTTTGGTGGAATGA;SOR=0.304;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=44;TCF=36;TCR=8;TR=31;WE=28417384;WS=28417366;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,33:0.65:51
chr17	28417812	rs118025053	A	C	1531.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=2.884;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=42;PP=1025;ReadPosRankSum=0.075;SC=ACATCTTTTCATATAAAAGGA;SOR=0.740;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=110;TCF=25;TCR=85;TR=54;WE=28417820;WS=28417802;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,65:0.48:135
chr17	28434826	rs5819880	ACTTTT	A	701.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-1.059;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.103;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.480;NF=28;NR=6;PP=1408;ReadPosRankSum=0.542;SC=CTCCACTCTTACTTTTCTTTT;SOR=0.947;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=74;TCF=63;TCR=11;TR=34;WE=28434838;WS=28434816;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,48:0.48:99
chr17	28444183	rs6505162	A	C	487.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=1.995;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=15;PP=322;ReadPosRankSum=1.714;SC=TTGCTTCCTAACCCGCGCTTG;SOR=0.612;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=47;TCF=10;TCR=37;TR=20;WE=28444191;WS=28444173;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,23:0.39:59
chr17	28444254	rs8067576	T	A	48.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-1.282;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=3;PP=25;ReadPosRankSum=0.566;SC=CCTGGCTTCCTTAGAGGGCCT;SOR=0.495;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=3;WE=28444262;WS=28444244;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,3:0.43:7
chr17	28499499	rs3764450	T	A	1477.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-4.233;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=8;PP=955;ReadPosRankSum=1.591;SC=TAGGGGACGCTCGTACTGGAA;SOR=0.776;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=103;TCF=86;TCR=17;TR=53;WE=28499507;WS=28499489;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,62:0.54:115
chr17	28505024	rs7221154	G	A	793.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.227;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.367;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=10;PP=329;ReadPosRankSum=0.620;SC=TTCTCAAAAAGCATAGACTTT;SOR=0.821;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=98;TCF=60;TCR=38;TR=30;WE=28505032;WS=28505014;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:107,48:0.31:155
chr17	28511978	rs1979572	G	A	4158.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.908;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=581;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.126;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-1.786;NF=69;NR=82;PP=2193;ReadPosRankSum=0.781;SC=ATCAGCACCAGCAGAAGCAAT;SOR=0.781;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=368;TCF=174;TCR=194;TR=151;WE=28511986;WS=28511968;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:353,221:0.39:574
chr17	28538532	rs140701	C	T	1087.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.237;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.051;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=27;PP=521;ReadPosRankSum=-0.055;SC=ACAACAGTTACAATTCTCATC;SOR=0.917;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=98;TCF=34;TCR=64;TR=38;WE=28538540;WS=28538522;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:105,61:0.37:166
chr17	28549898	rs6354	G	T	3151.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-3.149;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=392;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.791;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=67;PP=1385;ReadPosRankSum=-3.687;SC=TATTCTGCAAGAGAGGGCAAG;SOR=0.743;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=260;TCF=94;TCR=166;TR=100;WE=28549906;WS=28549888;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:221,162:0.42:383
chr17	28549978	rs25528	G	T	761.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=1.324;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.949;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=29;PP=539;ReadPosRankSum=1.379;SC=GGTGGTTGGTGTCGCCGTCCC;SOR=0.291;SbPval=0.17;Source=Platypus;TC=102;TCF=18;TCR=84;TR=39;WE=28549986;WS=28549968;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,39:0.35:111
chr17	28778720	rs2253256	G	C	12493.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=2.313;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=471;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=176;NR=116;PP=2965;ReadPosRankSum=1.497;SC=ATTTCTGTTTGTGCTTCAGTT;SOR=0.353;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=293;TCF=177;TCR=116;TR=292;WE=28778728;WS=28778710;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,465:1.00:466
chr17	28811658	rs5819903	G	GT	1877.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-0.402;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=1.401;HP=12;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=23;PP=787;ReadPosRankSum=1.057;SC=TATTTTGATTGTTTTTTTTTT;SOR=0.412;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=95;TCF=60;TCR=35;TR=72;WE=28811666;WS=28811648;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:11,96:0.90:107
chr17	28811834	.	G	GT	278.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.558;ClippingRankSum=0.000;DP=343;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.99;ReadPosRankSum=1.185;SOR=0.726;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:224,58:0.21:282
chr17	28890203	rs216455	T	C	5755.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=75;NR=56;PP=2965;SC=CGGTAGCCTGTTCTCCCCCTC;SOR=0.917;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=132;TCF=76;TCR=56;TR=131;WE=28890211;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,205:1.00:205
chr17	28900708	rs3764416	G	T	596.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=9;NR=9;PP=301;SC=CCTCAGTGGGGGGAGAGGTGG;SOR=0.693;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=9;TCR=9;TR=18;WE=28900716;WS=28900698;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr17	28901151	rs11080128	G	C	614.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=12;PP=321;SC=ATTAGCACAGGCCCAAGAATG;SOR=1.519;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=3;TCR=12;TR=15;WE=28901159;WS=28901141;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr17	28960991	rs373494507	CTT	C	765.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.295;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FS=4.005;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.65;MQRankSum=-1.258;QD=4.61;ReadPosRankSum=2.907;SOR=0.580;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:113,53:0.32:166
chr17	29192700	.	A	AT	201.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.086;ClippingRankSum=0.000;DP=204;ExcessHet=3.0103;FS=1.500;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.06;ReadPosRankSum=-2.352;SOR=0.905;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:152,38:0.20:190
chr17	29195444	rs201420202	CT	C	114.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.730;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FS=6.340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.39;ReadPosRankSum=-1.511;SOR=0.839;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,17:0.35:48
chr17	29206421	rs6505216	G	T	721.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.121;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FS=2.046;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.43;ReadPosRankSum=3.193;SOR=0.875;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:105,58:0.36:163
chr17	29221227	rs9898911	A	T	1957.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=13;NR=39;PP=1106;SC=GGGGAAATCAATAGAGTTTTT;SOR=1.708;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=52;TCF=13;TCR=39;TR=52;WE=29221235;WS=29221217;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr17	29221277	rs62070652	C	T	367.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-1.238;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=10;PP=204;ReadPosRankSum=0.201;SC=CATGGTAAGCCCTTAACATTA;SOR=0.892;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=18;TCF=3;TCR=15;TR=12;WE=29221285;WS=29221267;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,14:0.74:19
chr17	29226630	rs28539246	T	A	2666.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=3.704;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.226;HP=7;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=51;PP=1233;ReadPosRankSum=1.791;SC=GAAATCTTTTTAAAAAAAGAC;SOR=1.314;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=105;TCF=25;TCR=80;TR=64;WE=29226638;WS=29226620;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,78:0.57:138
chr17	29226652	rs9897628	A	G	2200.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=3.460;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.764;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=39;PP=952;ReadPosRankSum=0.810;SC=AAATAAAGGAACAGAAATAAT;SOR=1.362;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=69;TCF=12;TCR=57;TR=46;WE=29226660;WS=29226642;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,54:0.63:86
chr17	29258846	rs369963418	CA	C	192.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.204;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FS=7.580;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.95;MQRankSum=0.920;QD=1.75;ReadPosRankSum=-1.344;SOR=1.711;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:72,38:0.35:110
chr17	29298435	rs111902263	G	A	2019.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.215;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FS=3.078;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.03;ReadPosRankSum=0.960;SOR=0.468;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:60,95:0.61:155
chr17	29325662	.	C	CT	84.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.255;ClippingRankSum=0.000;DP=278;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.32;ReadPosRankSum=0.310;SOR=0.633;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:228,40:0.15:268
chr17	29482878	rs2269855	G	A	1185.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=33;NR=1;PP=904;SC=TGAGATGCAAGTATAGGTATC;SOR=5.838;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=34;TCF=33;TCR=1;TR=34;WE=29482886;WS=29482868;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr17	29486152	rs2952976	G	A	13966.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=547;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=163;NR=168;PP=2965;SC=TTGTGAATTTGATCTTGAGAA;SOR=0.701;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=331;TCF=163;TCR=168;TR=331;WE=29486160;WS=29486142;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,534:1.00:534
chr17	29496819	rs2905807	C	T	1001.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=15;NR=10;PP=570;SC=CTGCCTTGGCCTCCTGAAGTG;SOR=1.002;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=15;TCR=10;TR=25;WE=29496827;WS=29496809;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr17	29508775	rs1801052	G	A	3167.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.09;QD=25.97;SOR=0.945;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr17	29508819	rs71142032	A	AT	836.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.603;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FS=3.139;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.09;MQRankSum=0.000;QD=7.75;ReadPosRankSum=0.052;SOR=0.633;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:45,63:0.58:108
chr17	29509791	rs2953000	C	T	1127.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.77;SOR=4.332;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr17	29545987	rs67472948	A	AT	3521.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=45;NR=32;PP=2315;SC=CGATTTATTTATTTTTTTAAT;SOR=1.592;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=96;TCF=57;TCR=39;TR=77;WE=29545995;WS=29545977;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,138:1.00:138
chr17	29546175	rs2905880	T	C	7536.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.832;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=276;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.124;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=121;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.941;SC=GAAGGAAAGATTGTAACTATG;SOR=1.027;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=186;TCF=65;TCR=121;TR=184;WE=29546183;WS=29546165;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,273:1.00:274
chr17	29553336	rs141114572	G	GAC	1585.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.444;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.19;MQRankSum=0.000;QD=13.21;ReadPosRankSum=-1.250;SOR=0.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,82:0.68:120
chr17	29563075	.	G	GT	122.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.449;ClippingRankSum=0.000;DP=301;ExcessHet=3.0103;FS=4.419;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.04;MQRankSum=1.947;QD=0.50;ReadPosRankSum=-0.700;SOR=1.086;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:201,43:0.18:244
chr17	29587341	rs17881285	G	C	1560.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-2.567;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.615;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=13;PP=892;ReadPosRankSum=0.174;SC=ACATAAGTCTGGGTGTATCTG;SOR=0.633;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=155;TCF=121;TCR=34;TR=61;WE=29587349;WS=29587331;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:117,75:0.39:192
chr17	29646032	rs1129506	G	A	22000.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=838;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=194;NR=284;PP=2965;SC=CCGTGGGCATGCTTGGCAATC;SOR=0.939;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=478;TCF=194;TCR=284;TR=478;WE=29646040;WS=29646022;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,832:1.00:832
chr17	29647358	rs3837848	A	AT	395.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.296;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FS=1.592;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.19;ReadPosRankSum=-0.088;SOR=0.523;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:78,46:0.37:124
chr17	29647361	.	T	TA	143.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.039;ClippingRankSum=0.000;DP=153;ExcessHet=3.0103;FS=2.388;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.11;ReadPosRankSum=0.209;SOR=0.358;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:97,32:0.25:129
chr17	29653293	rs9894648	T	C	8541.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=320;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=78;NR=130;PP=2965;SC=CTGTGTTTTGTAAACGATTCA;SOR=1.121;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=209;TCF=79;TCR=130;TR=208;WE=29653301;WS=29653283;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,315:1.00:315
chr17	29654876	rs2285894	T	A	2936.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=21;NR=66;PP=1792;SC=TTTAAAATTCTCTTCAGTTTG;SOR=2.258;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=87;TCF=21;TCR=66;TR=87;WE=29654884;WS=29654866;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr17	29663624	rs7406038	T	A	1119.56	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.642;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FS=7.121;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.13;ReadPosRankSum=-0.395;SOR=1.516;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:11,63:0.85:74
chr17	29663625	rs7406039	T	A	3154.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.185;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=40.45;ReadPosRankSum=-0.889;SOR=0.431;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,77:0.99:78
chr17	29670190	rs7405740	C	G	5604.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=42;NR=134;PP=2965;SC=TTATGAAGTACTATTAAGAAA;SOR=2.109;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=176;TCF=42;TCR=134;TR=176;WE=29670198;WS=29670180;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,201:1.00:201
chr17	29675971	rs2525569	T	A	1347.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=32;NR=7;PP=908;SC=TTAATTATTCTCATTCACATA;SOR=2.560;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=39;TCF=32;TCR=7;TR=39;WE=29675979;WS=29675961;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr17	29679246	rs964288	G	A	5558.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=99;NR=50;PP=2917;SC=CATATTAATTGATTTTTCTCT;SOR=1.270;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=149;TCF=99;TCR=50;TR=149;WE=29679254;WS=29679236;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,206:1.00:206
chr17	29684553	rs7350943	C	T	2077.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=55;PP=1576;SC=TTTTGACCTACTAGATCTATT;SOR=4.343;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=60;TCF=5;TCR=55;TR=60;WE=29684561;WS=29684543;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr17	29685660	rs55747230	G	A	8722.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.892;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=733;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=101;NR=136;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.119;SC=TGTATCTGGAGAAGGATGGTT;SOR=0.685;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=448;TCF=192;TCR=256;TR=237;WE=29685668;WS=29685650;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:312,414:0.57:726
chr17	29705947	rs2525574	T	C	23038.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.613;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=909;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=256;NR=274;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.138;SC=GAACAGCCTCTGACAAAGCTG;SOR=0.732;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=530;TCF=256;TCR=274;TR=530;WE=29705955;WS=29705937;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,899:1.00:901
chr17	29815404	rs8075239	T	G	2182.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.500;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.584;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=26;PP=1009;ReadPosRankSum=2.836;SC=TGGGAGGTCGTGTTACCTGAG;SOR=0.505;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=98;TCF=46;TCR=52;TR=55;WE=29815412;WS=29815394;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,103:0.56:184
chr17	29899005	.	G	GT	314.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.258;ClippingRankSum=0.000;DP=371;ExcessHet=3.0103;FS=1.132;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.03;MQRankSum=0.000;QD=0.88;ReadPosRankSum=1.054;SOR=0.783;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:294,62:0.17:356
chr17	30183663	rs71142094	G	GC	542.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=2.231;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.893;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=2;PP=722;ReadPosRankSum=-0.746;SC=GAAGCTCCAAGCAAGGCTTCC;SOR=2.093;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=35;TCF=29;TCR=6;TR=18;WE=30183671;WS=30183653;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,19:0.44:43
chr17	30183857	rs8068049	T	C	2199.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.882;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.066;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=41;PP=987;ReadPosRankSum=0.067;SC=CTCTCCTGACTGGAGTGGTCA;SOR=0.806;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=137;TCF=64;TCR=73;TR=76;WE=30183865;WS=30183847;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:101,109:0.52:210
chr17	30185565	rs9906443	G	A	1127.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-1.558;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=9;PP=818;ReadPosRankSum=0.528;SC=TGTAATAACGGTCTGTAACGT;SOR=0.862;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=74;TCF=59;TCR=15;TR=44;WE=30185573;WS=30185555;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,46:0.59:78
chr17	30185892	rs11542477	A	G	3680.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-3.502;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=300;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.470;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=81;PP=1965;ReadPosRankSum=-1.789;SC=CTGCTGACCCAGAGCGCCCAC;SOR=0.503;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=231;TCF=76;TCR=155;TR=126;WE=30185900;WS=30185882;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:123,165:0.57:288
chr17	30186375	.	C	CGGGGGCGGGGCGGCGCA	120.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.111;ClippingRankSum=-0.000;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=20.12;ReadPosRankSum=0.431;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,4:0.67:6
chr17	30207444	.	TA	T	207.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.660;ClippingRankSum=0.000;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.99;ReadPosRankSum=-0.245;SOR=0.965;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,23:0.44:52
chr17	30216514	.	AT	A	142.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.782;ClippingRankSum=0.000;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=6.429;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.35;MQRankSum=1.600;QD=4.20;ReadPosRankSum=0.948;SOR=0.117;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,19:0.56:34
chr17	30219500	rs1034626	C	G	316.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-2.591;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=10;PP=255;ReadPosRankSum=0.164;SC=TCAAAATTTTCTACCTCAATT;SOR=0.495;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=27;TCF=7;TCR=20;TR=14;WE=30219508;WS=30219490;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,13:0.52:25
chr17	30222002	rs3760454	T	C	2209.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-2.182;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=38;PP=745;ReadPosRankSum=-0.497;SC=TCTTCTTCTCTGGATCAGCTC;SOR=0.706;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=136;TCF=57;TCR=79;TR=65;WE=30222010;WS=30221992;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:103,115:0.53:218
chr17	30228656	rs2074101	G	A	3334.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=2.341;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=378;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.009;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=83;PP=1972;ReadPosRankSum=-2.238;SC=TGAGGTCCGAGGTCTACAACC;SOR=0.865;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=266;TCF=69;TCR=197;TR=109;WE=30228664;WS=30228646;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:220,153:0.41:373
chr17	30274819	.	G	C	309.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.445;ClippingRankSum=0.000;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=4.091;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.98;MQRankSum=-1.072;QD=10.68;ReadPosRankSum=0.489;SOR=0.165;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,15:0.52:29
chr17	30293149	rs55829156	C	CT	449.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.347;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FS=0.866;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.76;MQRankSum=0.000;QD=3.95;ReadPosRankSum=-0.015;SOR=0.537;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:72,42:0.37:114
chr17	30303480	rs147986570	TATATC	T	1657.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.172;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.662;NF=15;NR=11;PP=1256;ReadPosRankSum=1.011;SC=TAAGGGACCATATATCATAAC;SOR=0.732;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=60;TCF=34;TCR=26;TR=26;WE=30303492;WS=30303470;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,45:0.45:101
chr17	30315287	rs530209	A	G	1753.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=2.226;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.771;HP=6;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=19;PP=1026;ReadPosRankSum=-3.218;SC=TCTACAATTTATTTGAATTCA;SOR=0.855;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=176;TCF=124;TCR=52;TR=67;WE=30315295;WS=30315277;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:143,86:0.38:229
chr17	30320439	.	TTTTA	T	58.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.164;ClippingRankSum=0.000;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=2.560;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.10;ReadPosRankSum=-1.097;SOR=0.127;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,4:0.14:28
chr17	30320860	rs55811201	C	CT	1581.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.119;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=342;ExcessHet=3.0103;FS=1.494;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.99;MQRankSum=0.000;QD=4.81;ReadPosRankSum=0.610;SOR=0.788;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:213,116:0.35:329
chr17	30321567	rs1557731	T	G	3058.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.861;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=377;ExcessHet=3.0103;FS=4.997;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.03;MQRankSum=0.000;QD=8.54;ReadPosRankSum=3.292;SOR=0.984;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:207,151:0.42:358
chr17	30321762	rs473356	G	C	3669.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=2.002;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=399;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.396;HP=6;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=90;PP=2250;ReadPosRankSum=-0.286;SC=GGGCATATAAGAAAAGTTTAA;SOR=0.738;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=289;TCF=84;TCR=205;TR=127;WE=30321770;WS=30321752;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:212,167:0.44:379
chr17	30322880	rs504886	TT	AA	657.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.980;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=1.911;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.00;ReadPosRankSum=0.677;SOR=0.281;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,21:0.45:47
chr17	30376461	rs373339302	G	A	1321.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=1.491;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.196;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-11.469;NF=9;NR=62;PP=1267;ReadPosRankSum=1.637;SC=ATCATTTAGCGTATGCCAGGA;SOR=1.628;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=154;TCF=21;TCR=133;TR=71;WE=30376469;WS=30376451;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:92,59:0.39:151
chr17	30376932	rs1843083	C	A	760.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-2.309;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.726;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.862;NF=24;NR=8;PP=520;ReadPosRankSum=-0.919;SC=ACTCAACTGGCATACTGGGGT;SOR=0.343;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=78;TCF=62;TCR=16;TR=32;WE=30376940;WS=30376922;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,34:0.47:73
chr17	30377162	rs16967101	A	G	2596.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.819;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=376;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.392;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.578;NF=56;NR=60;PP=1675;ReadPosRankSum=0.181;SC=TTCAGAATACAATCCTGTGTT;SOR=0.661;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=315;TCF=147;TCR=168;TR=116;WE=30377170;WS=30377152;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:233,136:0.37:369
chr17	30380381	rs17182434	A	G	4917.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.016;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=630;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.533;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-1.215;NF=77;NR=106;PP=2470;ReadPosRankSum=1.458;SC=GCCTGGAGCTATGTTTTTAAA;SOR=0.632;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=401;TCF=160;TCR=241;TR=183;WE=30380389;WS=30380371;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:367,260:0.41:627
chr17	30469423	rs13342625	C	A	909.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.217;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.761;HP=2;HapScore=2;MGOF=68;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=21;PP=482;ReadPosRankSum=2.097;SC=CGGCGCAGAGCGCGTTCGCGT;SOR=0.784;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=65;TCF=28;TCR=37;TR=38;WE=30469431;WS=30469413;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,46:0.49:94
chr17	30469470	.	CCCGCCGCCGCCGCCG	C,CCCGCCGCCGCCGCCGCCGCCGCCG	1407.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.270;ClippingRankSum=0.000;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=2.803;HP=3;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1,1;NR=14,14;PP=2997,2997;ReadPosRankSum=-0.069;SC=TGCCGTCGTCCCCGCCGCCGC;SOR=0.240;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=31;TCF=3;TCR=28;TR=15,15;WE=30469492;WS=30469460;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.51,0.44:41
chr17	30470028	rs149838766	G	GC	23086.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-1.575;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1900;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=2.434;NF=79;NR=237;PP=2971;ReadPosRankSum=2.456;SC=GTCCCTATTAGCCCTAACCGC;SOR=0.680;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=739;TCF=208;TCR=531;TR=316;WE=30470036;WS=30470018;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1007,858:0.46:1865
chr17	30502955	rs8076276	G	A	124.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=2.051;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=1;PP=79;ReadPosRankSum=-1.169;SC=TTTTAGATACGATTAATTTGT;SOR=0.502;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=20;TCF=17;TCR=3;TR=7;WE=30502963;WS=30502945;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,7:0.33:21
chr17	30509939	rs6505286	C	G	3733.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=26;NR=78;PP=2317;SC=TTACTAAATTCGGGTTTTAAA;SOR=1.851;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=104;TCF=26;TCR=78;TR=104;WE=30509947;WS=30509929;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,134:1.00:134
chr17	30519351	.	CTTT	C	444.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.026;ClippingRankSum=0.000;DP=116;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.06;ReadPosRankSum=3.055;SOR=0.743;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,22:0.35:63
chr17	30520411	rs72827703	G	C	271.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-1.598;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=11;PP=182;ReadPosRankSum=-0.780;SC=TTTATGAGTTGGGAGGGACAG;SOR=0.551;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=28;TCF=7;TCR=21;TR=15;WE=30520419;WS=30520401;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,15:0.47:32
chr17	30533970	rs16967164	A	G	1569.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.863;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.809;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=19;PP=814;ReadPosRankSum=-1.838;SC=CTGAAGCTGAAATCATTTGTG;SOR=0.842;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=134;TCF=86;TCR=48;TR=57;WE=30533978;WS=30533960;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:116,80:0.41:196
chr17	30593336	rs9889253	C	T	191.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.718;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.25;ReadPosRankSum=-1.656;SOR=0.787;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:43,16:0.27:59
chr17	30625205	rs4795690	G	A	2077.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.034;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=240;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=37;PP=772;ReadPosRankSum=0.466;SC=GCTTGTCTACGTGGCCGGTGT;SOR=0.673;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=162;TCF=69;TCR=93;TR=65;WE=30625213;WS=30625195;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:127,108:0.46:235
chr17	30632274	rs16967266	G	A	7416.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.296;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=274;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=150;NR=62;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.914;SC=GTCTTAGCACGGAGCCTGCAG;SOR=0.728;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=216;TCF=152;TCR=64;TR=212;WE=30632282;WS=30632264;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,265:1.00:266
chr17	30643361	rs2344973	A	G	3742.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=21;NR=86;PP=2466;SC=CCAGGGCCTGAGGTTCAAAGA;SOR=2.416;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=107;TCF=21;TCR=86;TR=107;WE=30643369;WS=30643351;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chr17	30659006	rs1019152	T	A	2049.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=10;NR=46;PP=1436;SC=GCCTAGAAAATGATTACCCAG;SOR=2.406;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=56;TCF=10;TCR=46;TR=56;WE=30659014;WS=30658996;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr17	30665005	rs35677406	T	C	3903.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.820;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=351;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.828;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=77;PP=2126;ReadPosRankSum=-0.926;SC=AAAGGATGAATAATGAAGACA;SOR=0.745;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=244;TCF=102;TCR=142;TR=132;WE=30665013;WS=30664995;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:154,181:0.54:335
chr17	30687522	rs6505295	G	C	792.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=24;NR=4;PP=736;SC=ATCTCATGAAGTAATTTTACC;SOR=3.098;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=28;TCF=24;TCR=4;TR=28;WE=30687530;WS=30687512;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr17	30687599	.	AT	A	66.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.210;ClippingRankSum=0.000;DP=152;ExcessHet=3.0103;FS=0.871;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.07;MQRankSum=2.038;QD=0.46;ReadPosRankSum=0.240;SOR=0.557;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:120,26:0.18:146
chr17	30689814	rs9896320	G	A	1039.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=25;NR=8;PP=736;SC=ATTCATTTCAGTATTAGAGGT;SOR=1.863;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=25;TCR=8;TR=33;WE=30689822;WS=30689804;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr17	30692396	rs3795244	G	T	4753.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.210;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=568;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.522;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=73;NR=79;PP=2112;ReadPosRankSum=-0.204;SC=AATGACTCAAGCACAGGCTGT;SOR=0.756;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=358;TCF=179;TCR=179;TR=152;WE=30692404;WS=30692386;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:313,248:0.44:561
chr17	30696292	rs2286645	C	T	2175.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.957;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=34.00;ReadPosRankSum=-0.948;SOR=1.647;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,62:0.97:64
chr17	30696292	.	CTGCG	TTGCA,TTGCG	379	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.38;FR=0.5000,0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=13,34;NR=7,14;PP=251,379;QD=15.2233937431;SC=GTATTTAGCCCTGCGCTTATT;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=52;TCF=37;TCR=15;TR=20,48;WE=30696304;WS=30696282;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.38:52
chr17	30696296	rs72813018	G	A	603.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.095;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=2.218;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.43;ReadPosRankSum=0.933;SOR=0.430;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,30:0.47:64
chr17	30791503	rs2302276	C	T	25954.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.280;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1078;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.70;ReadPosRankSum=0.919;SOR=0.597;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:7,1003:0.99:1010
chr17	30791503	.	CCCCCCC	TCCCCCC,TCCCCCG	2962	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.52;FR=0.5000,0.5000;HP=7;HapScore=1;MGOF=1;MMLQ=23;MQ=60.0;NF=331,156;NR=293,131;PP=2962,2944;QD=20;SC=GTGGCTTTTTCCCCCCCCTTC;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=631;TCF=334;TCR=297;TR=624,287;WE=30791517;WS=30791487;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.99:631
chr17	30791509	rs2302277	C	G	9762.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.236;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1113;ExcessHet=3.0103;FS=1.094;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.85;ReadPosRankSum=0.220;SOR=0.788;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:592,511:0.46:1103
chr17	30795913	rs369788458	AT	A	47.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.817;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FS=3.080;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.30;MQRankSum=2.520;QD=0.67;ReadPosRankSum=0.008;SOR=1.214;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:55,16:0.23:71
chr17	30815681	rs8192474	G	A	570.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-1.326;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.620;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=16;PP=320;ReadPosRankSum=2.593;SC=CTTTCCCACAGTCTCTCCCTG;SOR=0.392;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=29;TCF=3;TCR=26;TR=19;WE=30815689;WS=30815671;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,26:0.65:40
chr17	30822034	rs9889257	C	G	2695.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-1.329;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=331;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.949;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=73;PP=1640;ReadPosRankSum=-1.755;SC=GCGCAGCCTGCTTCCTCCACA;SOR=0.828;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=263;TCF=87;TCR=176;TR=105;WE=30822042;WS=30822024;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:194,132:0.40:326
chr17	30980972	rs2249638	G	A	7386.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=270;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=62;NR=126;PP=2965;SC=GCTTCTGAAAGAGAAAGGAAA;SOR=1.312;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=188;TCF=62;TCR=126;TR=188;WE=30980980;WS=30980962;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,268:1.00:268
chr17	31039255	rs11080184	T	C	2117.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-4.377;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=73;PP=1231;ReadPosRankSum=-0.196;SC=GAAAACCATATGGTCATCTCA;SOR=0.698;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=192;TCF=39;TCR=153;TR=92;WE=31039263;WS=31039245;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:118,106:0.47:224
chr17	31072453	rs6505311	A	G	597.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.023;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.400;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=25;PP=459;ReadPosRankSum=-0.543;SC=GTATTAAAGGATACCAAATTT;SOR=1.127;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=75;TCF=15;TCR=60;TR=30;WE=31072461;WS=31072443;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,30:0.38:80
chr17	31082747	rs4548927	T	C	518.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=2.482;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=19;PP=369;ReadPosRankSum=0.213;SC=ACCCTGATGCTCCCATTTGTA;SOR=0.680;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=65;TCF=11;TCR=54;TR=23;WE=31082755;WS=31082737;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,25:0.34:73
chr17	31107845	rs10512439	A	G	1439.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-4.237;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=47;PP=948;ReadPosRankSum=-0.515;SC=CTGTGGTTACAGAGAAATGAT;SOR=0.718;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=129;TCF=22;TCR=107;TR=55;WE=31107853;WS=31107835;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,66:0.46:145
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chr17	31319033	rs3922357	G	C	11559.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=267;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.29;SOR=0.958;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,261:1.00:261
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chr17	31319160	rs2346391	T	C	550.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.931;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.087;HP=1;HapScore=2;MGOF=41;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=13;PP=238;ReadPosRankSum=1.220;SC=TCTGGAGCTGTTGTGAAATGC;SOR=0.508;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=48;TCF=11;TCR=37;TR=19;WE=31319168;WS=31319150;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,26:0.49:53
chr17	31323728	rs140981292	A	AG	3605.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=79;NR=6;PP=2936;SC=AGCAGGTGGGAGGCACCTGCC;SOR=4.514;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=92;TCF=83;TCR=9;TR=85;WE=31323736;WS=31323718;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr17	31324077	rs28904	C	A	2358.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-7.650;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=13.789;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=71;PP=1692;ReadPosRankSum=-0.644;SC=GCTTTTGTTCCATTCCCAGTT;SOR=0.096;SbPval=0.11;Source=Platypus;TC=139;TCF=15;TCR=124;TR=85;WE=31324085;WS=31324067;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,92:0.61:151
chr17	31324330	.	A	AGT	595.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.586;ClippingRankSum=0.000;DP=98;ExcessHet=3.0103;FS=6.708;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.01;ReadPosRankSum=-0.855;SOR=0.167;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:52,33:0.39:85
chr17	31324362	.	T	TGTGTGTAG	1312.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.397;ClippingRankSum=0.000;DP=220;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=20.559;HP=1;HapScore=4;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=17;PP=983;ReadPosRankSum=3.538;SC=TGTGTGTGTGTAGAGAGAGAG;SOR=3.373;SbPval=0.99;Source=Platypus;TC=151;TCF=86;TCR=65;TR=70;WE=31324387;WS=31324351;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:128,64:0.33:192
chr17	31324657	rs28958	T	C	7036.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.872;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=591;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.522;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=90;NR=94;PP=2962;ReadPosRankSum=0.836;SC=ACTCTCCTTCTTGTTCTTCTC;SOR=0.654;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=331;TCF=159;TCR=172;TR=184;WE=31324665;WS=31324647;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:260,326:0.56:586
chr17	31344549	rs2074215	T	C	1161.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-0.732;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.367;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=16;PP=654;ReadPosRankSum=-0.998;SC=TTCCCTCTACTATGATTCTGA;SOR=0.558;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=115;TCF=76;TCR=39;TR=44;WE=31344557;WS=31344539;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:91,58:0.39:149
chr17	31350741	rs75112067	C	T	1715.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-3.601;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=12;PP=1132;ReadPosRankSum=-0.136;SC=GAGCGCAGAGCGTGACACACA;SOR=0.714;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=165;TCF=135;TCR=30;TR=70;WE=31350749;WS=31350731;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:100,77:0.44:177
chr17	31355227	rs58042873	A	AG	3015.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=23;NR=20;PP=1758;SC=GGCAGATCCCAGGGCCCTGTG;SOR=1.414;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=46;TCF=24;TCR=22;TR=43;WE=31355235;WS=31355217;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr17	31439097	rs140895516	AAG	A	917.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.236;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=398;ExcessHet=3.0103;FS=0.565;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.03;MQRankSum=2.267;QD=2.82;ReadPosRankSum=2.283;SOR=0.611;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:271,55:0.17:326
chr17	31618732	rs9893935	A	G	4764.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.421;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=643;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=91;NR=72;PP=2116;ReadPosRankSum=0.052;SC=TGTTGCACACAGTGACGGCGG;SOR=0.652;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=409;TCF=232;TCR=177;TR=163;WE=31618740;WS=31618722;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:374,256:0.41:630
chr17	31618997	rs112647385	C	A	995.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=4.494;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.214;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=27;PP=575;ReadPosRankSum=0.425;SC=CTGCAGCGCCCGCTCGCCGCC;SOR=1.313;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=84;TCF=17;TCR=67;TR=31;WE=31619005;WS=31618987;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,47:0.35:134
chr17	32583132	rs2857657	G	C	3745.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=87;NR=21;PP=2613;SC=TGAGCTCTTTGTCTTCTCCTG;SOR=2.565;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=109;TCF=87;TCR=22;TR=108;WE=32583140;WS=32583122;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr17	32647357	rs34202026	A	T	6436.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-3.127;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=676;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.094;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=106;NR=95;PP=2714;ReadPosRankSum=1.230;SC=CAGAGGCTGGAGAGCTACACA;SOR=0.765;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=392;TCF=202;TCR=190;TR=201;WE=32647365;WS=32647347;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:338,327:0.49:665
chr17	32684389	rs159313	T	C	9389.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.006;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=349;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=170;NR=76;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.368;SC=GTAAGATCTATTTCTTCCTCT;SOR=1.385;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=254;TCF=171;TCR=83;TR=246;WE=32684397;WS=32684379;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,342:0.99:344
chr17	32688712	rs159271	T	C	1878.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=41;NR=10;PP=1116;SC=AACCTTATTCTGGTAAAATAC;SOR=2.165;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=51;TCF=41;TCR=10;TR=51;WE=32688720;WS=32688702;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr17	32904480	rs887231	G	A	11822.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.822;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=452;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=184;NR=107;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.869;SC=TAAGATGAGCGAAGTGCATGA;SOR=1.145;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=291;TCF=184;TCR=107;TR=291;WE=32904488;WS=32904470;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,444:1.00:446
chr17	32904586	rs887230	C	T	18439.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=697;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=206;NR=217;PP=2965;SC=TGGTTTTGTCCTGCTCACTGT;SOR=0.722;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=426;TCF=206;TCR=220;TR=423;WE=32904594;WS=32904576;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,692:1.00:692
chr17	32906038	rs117721431	G	C	11361.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=3.464;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=943;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.528;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=148;NR=227;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.691;SC=GCACAGCAGCGAGGCTGATTC;SOR=0.778;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=696;TCF=289;TCR=407;TR=375;WE=32906046;WS=32906028;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:425,502:0.54:927
chr17	32908036	rs79263247	C	T	4718.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=1.354;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=477;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.725;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=75;NR=61;PP=2179;ReadPosRankSum=2.123;SC=CAAGCCCAGCCTGGGGCCAAG;SOR=0.831;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=246;TCF=131;TCR=115;TR=136;WE=32908044;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:242,231:0.49:473
chr17	32908064	rs4795938	T	C	12701.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=490;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=135;NR=128;PP=2965;SC=CGACTGTTGCTCTCTCGGACC;SOR=0.735;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=264;TCF=135;TCR=129;TR=263;WE=32908072;WS=32908054;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,486:1.00:486
chr17	32908210	rs7218304	T	C	4700.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=33.58;SOR=1.340;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,140:1.00:140
chr17	32908210	.	TGGAGGGG	CGGAGGGA,CGGAGGGG	985	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.5;FR=0.5000,0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=9,29;NR=27,64;PP=592,985;QD=17.9296631906;SC=CAGGCGCCACTGGAGGGGGTA;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=93;TCF=29;TCR=64;TR=36,93;WE=32908225;WS=32908200;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.39:93
chr17	32908217	rs7212426	G	A	1105.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.656;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FS=1.429;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.01;ReadPosRankSum=0.563;SOR=0.866;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:83,55:0.40:138
chr17	32953188	rs372634022	C	T	1634.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=2.855;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.064;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=20;PP=1044;ReadPosRankSum=0.730;SC=CCGCCGGGGCCGCAGGCCAGC;SOR=0.870;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=133;TCF=92;TCR=41;TR=66;WE=32953196;WS=32953178;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,75:0.45:165
chr17	32953258	rs4795954	G	A	4888.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-3.490;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=449;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=73;NR=53;PP=2084;ReadPosRankSum=0.869;SC=TCCTGCGGGAGGCGCGGCCCC;SOR=0.669;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=254;TCF=147;TCR=107;TR=126;WE=32953266;WS=32953248;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:205,237:0.54:442
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chr17	32956955	rs56187143	T	C	1024.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-5.876;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.849;HP=4;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=2;PP=672;ReadPosRankSum=-2.138;SC=GTCCAGGAGCTGGGGCCTTGG;SOR=0.351;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=53;TCF=50;TCR=3;TR=33;WE=32956963;WS=32956950;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,39:0.68:57
chr17	32961751	rs2058164	C	A	812.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-4.906;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=11.413;HP=5;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=7;PP=498;ReadPosRankSum=-1.317;SC=GGCAAGGGTGCGGGGTGTGTA;SOR=0.105;SbPval=0.21;Source=Platypus;TC=55;TCF=46;TCR=9;TR=29;WE=32961759;WS=32961741;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,36:0.56:64
chr17	32965285	.	C	CCA	1954.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.599;ClippingRankSum=0.000;DP=155;ExcessHet=3.0103;FS=4.850;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.30;ReadPosRankSum=-1.264;SOR=1.182;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:71,76:0.52:147
chr17	33286664	rs2230552	A	G	5592.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.348;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=847;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=88;NR=89;PP=2492;ReadPosRankSum=-0.293;SC=TGCACCAGAAACAAGCCTGTT;SOR=0.673;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=504;TCF=249;TCR=255;TR=177;WE=33286672;WS=33286654;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:531,306:0.37:837
chr17	33288363	rs9635769	C	T	2029.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.758;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=284;ExcessHet=3.0103;FS=0.443;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.22;ReadPosRankSum=0.018;SOR=0.748;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:170,111:0.40:281
chr17	33288882	rs931196	T	G	21519.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=794;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=257;NR=275;PP=2965;SC=CAGCGCCTCATTCCGTCAAGA;SOR=0.749;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=533;TCF=257;TCR=276;TR=532;WE=33288890;WS=33288872;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,771:1.00:771
chr17	33307700	rs57311484	GC	G	5342.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=93;PP=2951;SC=AAGGCAGCGGGCCCGGGGCGA;SOR=1.914;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=99;TCF=4;TCR=95;TR=97;WE=33307708;WS=33307690;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,158:1.00:158
chr17	33309982	rs58611631	C	CT	2457.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.558;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=370;ExcessHet=3.0103;FS=1.037;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.18;MQRankSum=1.813;QD=7.40;ReadPosRankSum=0.087;SOR=0.779;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:153,179:0.54:332
chr17	33433820	rs936656	A	G	1336.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=38;NR=7;PP=938;SC=TGGAAGAATCAGTGTGAGTAG;SOR=3.126;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=45;TCF=38;TCR=7;TR=45;WE=33433828;WS=33433814;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr17	33448818	rs1871892	T	C	9757.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.881;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1166;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.103;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=139;NR=125;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.032;SC=AAAACCCTTTTCAAACCCCAA;SOR=0.727;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=654;TCF=330;TCR=324;TR=264;WE=33448826;WS=33448808;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:662,497:0.43:1159
chr17	33454415	rs2306508	C	A	2534.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.789;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=329;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.183;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=58;PP=1320;ReadPosRankSum=-1.578;SC=TTGAGCACACCGTCAACAATT;SOR=0.527;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=213;TCF=67;TCR=146;TR=88;WE=33454423;WS=33454405;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:188,132:0.41:320
chr17	33463568	rs3736143	C	T	315.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=3.113;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=12;PP=213;ReadPosRankSum=-0.964;SC=CACGCCTGGGCGATTAGCCCC;SOR=0.859;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=32;TCF=4;TCR=28;TR=14;WE=33463576;WS=33463558;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,15:0.39:38
chr17	33464864	rs7215209	C	T	1573.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.171;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=32;PP=899;ReadPosRankSum=-2.884;SC=GGCCAGCTTCCTGCCATCTGG;SOR=0.683;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=120;TCF=43;TCR=77;TR=51;WE=33464872;WS=33464854;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:101,76:0.43:177
chr17	33469279	rs1471615	G	C	8327.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=290;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=49;NR=143;PP=2965;SC=ACACCCACCGGCACTGCTGCC;SOR=1.844;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=192;TCF=49;TCR=143;TR=192;WE=33469287;WS=33469269;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,289:1.00:289
chr17	33482522	rs11869662	G	A	4245.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.22;SOR=0.980;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,156:1.00:156
chr17	33497331	rs7213921	A	G	1478.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=41;PP=1128;SC=TGCTGGGTCCAGACCCACAGG;SOR=4.362;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=43;TCF=2;TCR=41;TR=43;WE=33497339;WS=33497321;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr17	33501432	rs1384220	C	T	2872.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=17;NR=57;PP=1853;SC=GGCTGGGGGCCGAGGGTCCTG;SOR=1.863;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=74;TCF=17;TCR=57;TR=74;WE=33501440;WS=33501422;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr17	33502878	rs11658042	C	T	487.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.744;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.201;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=3;PP=260;ReadPosRankSum=-0.223;SC=CCATAGTCTCCCTTTTCATCC;SOR=0.495;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=34;TCF=27;TCR=7;TR=15;WE=33502886;WS=33502868;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,22:0.46:48
chr17	33502937	rs11657816	G	A	1163.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-3.727;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.629;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=15;PP=608;ReadPosRankSum=1.642;SC=CTGCTGCCTGGGAAGGTGTGC;SOR=0.221;SbPval=0.15;Source=Platypus;TC=81;TCF=60;TCR=21;TR=42;WE=33502945;WS=33502927;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,57:0.50:114
chr17	33504194	rs78278095	T	C	3127.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.885;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=241;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.047;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=66;PP=1867;ReadPosRankSum=1.172;SC=AGGGGTCTCCTTTGCTCCTAG;SOR=0.798;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=169;TCF=55;TCR=114;TR=93;WE=33504202;WS=33504184;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:101,135:0.57:236
chr17	33504716	rs77782351	T	C	1775.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=1.183;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=40;PP=1116;ReadPosRankSum=1.607;SC=GAGAATGCTCTTCTCTGAAGA;SOR=0.717;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=104;TCF=37;TCR=67;TR=63;WE=33504724;WS=33504706;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,81:0.57:141
chr17	33504809	rs4795065	C	T	1476.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=14;NR=29;PP=959;SC=AAAAATGCTACAAGGCCCTTC;SOR=1.402;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=43;TCF=14;TCR=29;TR=43;WE=33504817;WS=33504799;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr17	33510656	rs8074705	A	G	675.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=1.302;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.942;HP=7;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=22;PP=485;ReadPosRankSum=-1.140;SC=GAATCTCCCCACCCACAGACC;SOR=0.468;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=77;TCF=19;TCR=58;TR=32;WE=33510664;WS=33510646;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,34:0.37:93
chr17	33513649	rs3744366	A	G	1207.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=1.344;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.463;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=43;PP=987;ReadPosRankSum=-0.133;SC=GGTTCTCCTGAAGAGTCAGGT;SOR=1.001;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=120;TCF=29;TCR=91;TR=56;WE=33513657;WS=33513639;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,56:0.40:140
chr17	33591987	rs11080334	T	G	6876.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.954;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=780;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.114;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;PP=2962;ReadPosRankSum=0.558;SC=GCTTTCAGTTTACTTGCTAAA;SOR=0.796;Source=Platypus;TC=579;TR=243;WE=33591995;WS=33591977;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:437,325:0.43:762
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chr17	33680840	rs28571667	T	C	4918.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=114;NR=40;PP=2965;SC=CCTCTGCATCTTGCTCCCTGA;SOR=2.084;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=154;TCF=114;TCR=40;TR=154;WE=33680848;WS=33680830;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,166:1.00:166
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chr17	33690619	rs72825958	G	T	27985.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=2.752;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1074;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=341;NR=349;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.143;SC=ATCTCCACGGGATGCTCAACC;SOR=0.232;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=694;TCF=343;TCR=351;TR=690;WE=33690627;WS=33690609;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,1055:1.00:1059
chr17	33690863	rs4796078	G	T	6727.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.930;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=260;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=129;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.748;SC=AAGAAATGAAGTGTTACATGC;SOR=0.664;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=182;TCF=53;TCR=129;TR=182;WE=33690871;WS=33690853;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,248:1.00:249
chr17	33748870	rs17548916	C	G	1538.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=5.382;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.894;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=9;PP=1218;ReadPosRankSum=0.425;SC=AGGCAGGGAACTATTGATTGT;SOR=0.990;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=119;TCF=101;TCR=18;TR=59;WE=33748878;WS=33748860;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,60:0.45:133
chr17	33749546	rs2586514	A	G	7108.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.684;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=961;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=130;NR=112;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.556;SC=ATATCAACACAGGGCCTCTTT;SOR=0.692;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=575;TCF=310;TCR=265;TR=242;WE=33749554;WS=33749536;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:556,388:0.41:944
chr17	33768199	rs1822403	G	A	6686.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.490;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=547;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.512;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=76;NR=144;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.656;SC=TCTGAAAGTAGTCCAGAAAGA;SOR=0.904;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=374;TCF=139;TCR=235;TR=220;WE=33768207;WS=33768189;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:235,304:0.56:539
chr17	33768354	rs3744371	C	T	4695.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.092;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.349;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=-0.411;NF=69;NR=56;PP=2927;ReadPosRankSum=1.792;SC=AGGAAAGTTTCCCGGGTCTCT;SOR=0.490;Source=Platypus;TCF=69;TR=125;WE=33768362;WS=33768344;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,159:0.99:160
chr17	33768383	rs11657183	T	A	1779.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.949;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.768;HP=1;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.038;NF=36;NR=26;PP=1107;ReadPosRankSum=-2.355;SC=GATATTTCTATCACTGTAAAA;SOR=0.572;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=146;TCF=87;TCR=59;TR=62;WE=33768391;WS=33768373;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:116,83:0.42:199
chr17	33768937	rs114866073	C	T	289.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.344;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=1.565;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=45.45;MQRankSum=-2.543;QD=6.17;ReadPosRankSum=1.144;SOR=1.119;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,15:0.32:47
chr17	33772550	rs76192030	C	T	8893.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=2.998;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1113;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=126;NR=162;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.011;SC=ATAAAGCACACGCGGCCCGTA;SOR=0.687;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=713;TCF=315;TCR=398;TR=288;WE=33772558;WS=33772540;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:653,454:0.41:1107
chr17	33802156	rs3744372	T	G	4655.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.957;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=621;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.501;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=1.997;NF=93;NR=85;PP=2552;ReadPosRankSum=0.401;SC=AGGGCTCAAGTAGAAGATCTT;SOR=0.819;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=441;TCF=221;TCR=220;TR=178;WE=33802164;WS=33802146;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:369,243:0.40:612
chr17	33805150	rs2304968	T	C	15248.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.860;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=577;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=162;NR=203;PP=2965;ReadPosRankSum=2.415;SC=ACGAAGAGGATAACTCTGGGA;SOR=0.848;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=367;TCF=163;TCR=204;TR=365;WE=33805158;WS=33805140;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,567:1.00:569
chr17	33805180	rs2304967	G	C	2946.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.337;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=488;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.556;HP=2;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=70;PP=1609;ReadPosRankSum=-1.535;SC=TGATGTACTTGCTGGAGAGGG;SOR=0.769;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=320;TCF=127;TCR=193;TR=115;WE=33805188;WS=33805170;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:321,164:0.34:485
chr17	33806332	rs8066132	C	T	4449.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.306;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=572;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=70;NR=89;PP=2314;ReadPosRankSum=0.172;SC=AATTTATCGTCCCCTTCTCCA;SOR=0.679;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=358;TCF=155;TCR=203;TR=159;WE=33806343;WS=33806322;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:338,228:0.40:566
chr17	33806812	rs12451876	C	T	6607.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=2.987;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=767;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.755;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=104;NR=112;PP=2962;ReadPosRankSum=2.087;SC=TGGAGCTCAACGTGGCAATCT;SOR=0.577;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=527;TCF=238;TCR=289;TR=216;WE=33806820;WS=33806802;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:433,322:0.43:755
chr17	33806863	rs12451746	G	A	8564.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-3.442;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=691;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.527;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=158;NR=130;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.184;SC=TCACAAAAATGTGAAAGTAGT;SOR=0.786;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=514;TCF=276;TCR=238;TR=288;WE=33806871;WS=33806853;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:299,382:0.56:681
chr17	33807250	rs9905892	T	A	4970.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=30;NF=32;NR=95;PP=2925;SC=GAGTTAAGCCTGAGAGACAGC;SOR=1.881;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=132;TCF=36;TCR=96;TR=127;WE=33807258;WS=33807240;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,176:1.00:176
chr17	33814735	rs10626701	G	GAA	27939.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=639;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=88;NR=158;PP=2973;SC=TAAAGAAAAAGAGAACGAACC;SOR=0.900;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=252;TCF=92;TCR=160;TR=246;WE=33814743;WS=33814725;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,634:1.00:634
chr17	33875262	rs8073060	T	A	2575.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.958;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=379;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.306;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=34;PP=1366;ReadPosRankSum=-0.036;SC=TAATTTTCAGTAGGCTGCCCT;SOR=0.610;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=272;TCF=177;TCR=95;TR=94;WE=33875270;WS=33875252;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:237,135:0.36:372
chr17	33881769	.	T	TA	439.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.184;ClippingRankSum=0.000;DP=188;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.06;MQRankSum=1.181;QD=4.78;ReadPosRankSum=0.440;SOR=0.784;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:54,38:0.41:92
chr17	33921160	rs225305	C	T	774.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-2.800;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.589;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=13;PP=252;ReadPosRankSum=2.106;SC=AGGCAGAATGCTGCTGACCTC;SOR=0.346;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=43;TCF=13;TCR=30;TR=19;WE=33921168;WS=33921150;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,38:0.58:66
chr17	33963611	rs11345348	AT	A	1327.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.638;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.047;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.707;NF=0;NR=30;PP=1025;ReadPosRankSum=0.879;SC=AATCGGAAACATTAAAATGGT;SOR=1.053;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=57;TCF=0;TCR=57;TR=30;WE=33963619;WS=33963601;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,46:0.52:89
chr17	33968871	rs225270	A	T	2884.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=2.106;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.578;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=75;NR=19;PP=1737;ReadPosRankSum=-1.240;SC=ATTCTTTCACACTATCACAAA;SOR=0.642;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=181;TCF=140;TCR=41;TR=94;WE=33968879;WS=33968861;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:91,121:0.57:212
chr17	34067306	rs11871358	G	A	312.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=2.467;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.862;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=2;PP=204;ReadPosRankSum=-0.111;SC=GGGGATGGTCGGGTATGGAAG;SOR=0.346;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=25;TCF=22;TCR=3;TR=12;WE=34067314;WS=34067305;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,14:0.48:29
chr17	34067892	rs12944858	G	A	384.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-1.685;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=1;PP=249;ReadPosRankSum=-0.362;SC=CATCTTTTAGGTCAGTTGTGC;SOR=0.892;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=36;TCF=30;TCR=6;TR=14;WE=34067900;WS=34067891;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,18:0.43:42
chr17	34072031	rs56386706	G	A	13894.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=3.148;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1312;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=172;NR=195;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.130;SC=CCATCCACCCGGGATGCCTCC;SOR=0.703;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=717;TCF=337;TCR=380;TR=367;WE=34072039;WS=34072021;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:642,668:0.51:1310
chr17	34077232	rs11654604	G	A	17526.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-0.547;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1418;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=276;NR=208;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.029;SC=TGTGGGCGCCGCAACACCAAA;SOR=0.722;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=835;TCF=473;TCR=362;TR=484;WE=34077240;WS=34077222;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:576,832:0.59:1408
chr17	34077428	rs11650416	A	C	3882.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=6.618;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=261;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.964;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=118;PP=2864;ReadPosRankSum=0.398;SC=GGAGGAAAGCACTGGGGTCAT;SOR=0.969;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=232;TCF=34;TCR=198;TR=138;WE=34077436;WS=34077418;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:111,149:0.57:260
chr17	34088118	.	A	AT	41.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.938;ClippingRankSum=0.000;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.09;ReadPosRankSum=1.630;SOR=0.963;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,7:0.35:20
chr17	34090916	.	A	AAAAT	1209.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.519;ClippingRankSum=0.000;DP=103;ExcessHet=3.0103;FS=0.850;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.11;MQRankSum=1.188;QD=15.12;ReadPosRankSum=0.895;SOR=0.843;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:46,34:0.43:80
chr17	34100350	rs58543174	G	GC	28541.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=725;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=55;NR=264;PP=2965;SC=GCCGGCTCCGGAGATGCTCAG;SOR=0.859;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=327;TCF=59;TCR=268;TR=319;WE=34100358;WS=34100340;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,713:1.00:713
chr17	34147533	.	CT	C	152.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.168;ClippingRankSum=0.000;DP=156;ExcessHet=3.0103;FS=1.002;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.14;MQRankSum=2.523;QD=1.26;ReadPosRankSum=0.919;SOR=0.489;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:91,30:0.25:121
chr17	34151245	rs35907284	C	CT	139.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.314;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=3.127;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.78;ReadPosRankSum=0.561;SOR=0.757;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,14:0.38:37
chr17	34171827	rs4251786	C	T	1301.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.560;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=25;PP=608;ReadPosRankSum=0.500;SC=GAGGAGGTTACGGAGGAGATC;SOR=0.677;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=117;TCF=58;TCR=59;TR=50;WE=34171835;WS=34171817;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,67:0.44:153
chr17	34328461	rs854625	A	G	8705.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=335;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=84;NR=119;PP=2965;SC=CTCACCATTTATGAACTGGGC;SOR=0.946;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=203;TCF=84;TCR=119;TR=203;WE=34328469;WS=34328451;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,334:1.00:334
chr17	34340161	rs1734953	T	A	10287.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=395;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=162;NR=75;PP=2965;SC=AATGCTTCTTTAAAAAATAAT;SOR=1.266;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=238;TCF=163;TCR=75;TR=237;WE=34340169;WS=34340150;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,390:1.00:390
chr17	34340284	rs1003645	C	T	16410.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=633;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=176;NR=189;PP=2965;SC=AGCATTCTCACGCAAACCTGA;SOR=0.745;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=366;TCF=176;TCR=190;TR=365;WE=34340292;WS=34340274;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,626:1.00:626
chr17	34341082	rs1719204	C	G	1439.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=4;NR=32;PP=977;SC=GGGTGGGCCACAGCAGGACCA;SOR=2.985;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=37;TCF=5;TCR=32;TR=36;WE=34341090;WS=34341072;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr17	34391617	rs2015086	A	G	2336.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-4.322;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.203;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=26;PP=1341;ReadPosRankSum=-0.936;SC=AAGGAGAGACAACAGCTCATA;SOR=0.302;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=132;TCF=98;TCR=34;TR=87;WE=34391625;WS=34391607;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,107:0.68:158
chr17	34391783	rs2015070	C	T	5236.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.925;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=488;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.522;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=70;NR=87;PP=2485;ReadPosRankSum=-0.683;SC=AGTCTGTCATCCATGTGCTTT;SOR=0.761;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=309;TCF=142;TCR=167;TR=157;WE=34391791;WS=34391773;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:232,249:0.52:481
chr17	34398495	rs14304	C	T	1524.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-4.129;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.572;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=41;PP=910;ReadPosRankSum=-0.765;SC=CCCTGGAGGCCACCTCTTCTA;SOR=0.295;SbPval=0.19;Source=Platypus;TC=98;TCF=23;TCR=75;TR=59;WE=34398503;WS=34398485;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,70:0.58:121
chr17	34416246	rs1719130	T	C	1422.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=32;PP=792;SC=TGCCTATCTCTGTCTAGAGAG;SOR=2.137;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=41;TCF=9;TCR=32;TR=41;WE=34416254;WS=34416236;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr17	34416537	rs1130371	G	A	8277.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.252;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=309;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.975;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=-0.508;NF=183;NR=66;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.308;SC=ACATGACACCGGGCTTGGAGC;SOR=1.901;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=251;TCF=184;TCR=67;TR=249;WE=34416545;WS=34416527;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,296:0.99:298
chr17	34416665	rs1719133	A	G	22953.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=865;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=220;NR=293;PP=2965;SC=GGAAGAGAATAAGCCCGAGTC;SOR=0.880;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=514;TCF=221;TCR=293;TR=513;WE=34416673;WS=34416655;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,858:1.00:858
chr17	34431287	rs1049750	G	T	12745.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=477;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=217;NR=129;PP=2965;SC=AAACCTCTTTGCCACCAATAC;SOR=1.181;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=346;TCF=217;TCR=129;TR=346;WE=34431295;WS=34431277;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,471:1.00:471
chr17	34431403	rs1719144	G	A	19703.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.822;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=776;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=6.733;NF=200;NR=261;PP=2965;ReadPosRankSum=0.259;SC=CTGCTATTTCGAGTCAAGGTG;SOR=0.587;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=467;TCF=201;TCR=266;TR=461;WE=34431411;WS=34431393;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:5,765:0.99:770
chr17	34431961	rs1719146	T	C	1559.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=33;NR=15;PP=902;SC=TTTCTTACACTGCGAGGAAGC;SOR=1.609;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=50;TCF=33;TCR=17;TR=48;WE=34431969;WS=34431951;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr17	34432125	rs1719147	A	G	4045.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.92;QD=25.61;SOR=0.798;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,158:1.00:158
chr17	34432581	rs1719149	T	C	44621.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.714;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1007;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=57.19;MQRankSum=-0.878;QD=44.58;ReadPosRankSum=-0.405;SOR=0.814;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,999:1.00:1001
chr17	34432586	rs1719150	A	G	44869.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.706;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1025;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=57.24;MQRankSum=-0.868;QD=44.03;ReadPosRankSum=-0.291;SOR=0.798;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,1017:1.00:1019
chr17	34432663	rs1049807	AT	GA	38660.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.036;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=871;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=-1.155;NF=242;NR=320;PP=2947;ReadPosRankSum=0.802;SC=ATCCCAGTGAATCCTGGGTCC;SOR=0.521;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=575;TCF=244;TCR=331;TR=562;WE=34432672;WS=34432653;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,867:1.00:870
chr17	34641118	rs139880913	G	A	57.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.090;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=40.00;MQRankSum=0.000;QD=3.85;ReadPosRankSum=0.777;SOR=0.160;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,4:0.27:15
chr17	34842521	rs4796224	A	G	33512.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=0.882;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1277;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=391;NR=343;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.158;SC=GCGGCGCAGTAAACAGTCTCC;SOR=0.775;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=736;TCF=392;TCR=344;TR=734;WE=34842529;WS=34842511;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,1268:1.00:1272
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chr17	34862220	rs1109442	T	C	11702.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=460;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=190;NR=111;PP=2965;SC=GCACCGATCCTGGCAGGTGCT;SOR=1.161;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=303;TCF=191;TCR=112;TR=301;WE=34862228;WS=34862210;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,442:1.00:442
chr17	34869150	rs6607296	C	A	7147.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.40;SOR=1.258;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,161:1.00:161
chr17	34869155	rs8882	G	A	7191.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.59;SOR=1.138;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,165:1.00:165
chr17	34943347	.	C	CT	378.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.013;ClippingRankSum=0.000;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.49;ReadPosRankSum=0.228;SOR=0.708;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,33:0.48:69
chr17	35300494	.	G	GA	538.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.766;ClippingRankSum=0.000;DP=290;ExcessHet=3.0103;FS=4.788;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.07;MQRankSum=2.448;QD=2.21;ReadPosRankSum=0.761;SOR=0.408;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:184,60:0.25:244
chr17	35306312	rs2306658	G	C	892.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.662;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.591;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=10;PP=393;ReadPosRankSum=0.737;SC=GGTCTCTGGCGGAGTCGGGGA;SOR=0.913;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=68;TCF=42;TCR=26;TR=30;WE=35306320;WS=35306302;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,46:0.43:107
chr17	35346641	rs1045056	T	C	1882.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-1.891;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=33;PP=721;ReadPosRankSum=1.078;SC=CCAAGCGCTCTGTCTATCGAG;SOR=0.720;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=106;TCF=48;TCR=58;TR=58;WE=35346649;WS=35346631;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,97:0.53:182
chr17	35414006	rs11653434	C	T	3120.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=4.050;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=328;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.062;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=91;PP=1950;ReadPosRankSum=1.771;SC=TTGGCTGGTGCGGCTGCTGGT;SOR=0.836;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=248;TCF=62;TCR=186;TR=120;WE=35414014;WS=35413996;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:175,143:0.45:318
chr17	35444170	rs139313088	TC	T	571.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-0.528;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=4;PP=711;ReadPosRankSum=2.822;SC=CTGTGCCTTCTCATTACAGTG;SOR=0.830;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=23;TCF=17;TCR=6;TR=11;WE=35444180;WS=35444160;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,16:0.43:37
chr17	35444172	rs201465790	A	T	580.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=1.319;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=4;PP=711;ReadPosRankSum=2.885;SC=GTGCCTTCTCATTACAGTGGT;SOR=0.830;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=31;TCF=24;TCR=7;TR=15;WE=35444180;WS=35444160;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,16:0.43:37
chr17	35478362	rs1470452	T	C	13650.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=533;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=174;NR=157;PP=2965;SC=TGGCCTGATATGTCTTAAACG;SOR=0.740;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=331;TCF=174;TCR=157;TR=331;WE=35478370;WS=35478352;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,526:1.00:526
chr17	35549275	rs2305099	T	C	4446.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.767;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=337;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.890;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=84;PP=2213;ReadPosRankSum=-0.070;SC=GAAAAAACAGTTCACAAGAGG;SOR=0.829;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=197;TCF=70;TCR=127;TR=125;WE=35549283;WS=35549265;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:129,201:0.61:330
chr17	35550158	rs12603097	C	T	517.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.142;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.63;ReadPosRankSum=0.556;SOR=0.878;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,15:0.37:41
chr17	35550179	rs12603098	C	T	542.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.507;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=1.081;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.75;ReadPosRankSum=1.208;SOR=0.951;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:44,18:0.29:62
chr17	35550416	rs2305098	A	G	1021.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=1.236;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.793;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=20;PP=575;ReadPosRankSum=0.471;SC=CTTTGAGAACAAACAGTATAG;SOR=0.804;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=65;TCF=31;TCR=34;TR=38;WE=35550424;WS=35550406;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,50:0.56:89
chr17	35550448	rs2305097	C	A	836.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-1.353;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.653;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=19;PP=484;ReadPosRankSum=1.138;SC=CATTTAGAAGCCAGTTTTCTA;SOR=0.366;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=53;TCF=19;TCR=34;TR=33;WE=35550456;WS=35550438;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,39:0.63:62
chr17	35562546	rs2278679	C	T	931.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=2.808;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.646;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=3;PP=628;ReadPosRankSum=-1.206;SC=TATCCCTAAACGCAGAACTAG;SOR=1.617;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=63;TCF=53;TCR=10;TR=32;WE=35562554;WS=35562536;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,39:0.50:78
chr17	35581887	rs200129602	T	TTA	1062.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.238;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.12;MQRankSum=0.000;QD=6.56;ReadPosRankSum=0.395;SOR=0.676;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:110,52:0.32:162
chr17	35608781	rs72010031	CCT	C	3399.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-2.065;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.987;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=1.490;NF=36;NR=21;PP=2338;ReadPosRankSum=-0.138;SC=GTCAACATCCCCTCTCTTTCT;SOR=0.345;SbPval=0.18;Source=Platypus;TC=102;TCF=73;TCR=29;TR=57;WE=35608790;WS=35608771;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,93:0.65:143
chr17	35608889	rs1519091	G	A	7883.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.324;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=637;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.529;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=1.707;NF=124;NR=90;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.461;SC=TGTACTCAGGGCCATTGATTA;SOR=0.761;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=385;TCF=220;TCR=165;TR=214;WE=35608897;WS=35608879;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:262,362:0.58:624
chr17	35609746	rs2252757	G	A	1784.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-4.973;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.995;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=5;PP=1337;ReadPosRankSum=2.457;SC=TCATGTAGTGGCAGGGATTGA;SOR=1.268;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=126;TCF=115;TCR=11;TR=65;WE=35609754;WS=35609736;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,69:0.50:137
chr17	35609866	rs2229416	C	T	11133.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.191;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=993;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.106;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=212;NR=152;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.809;SC=TTCTGTTCATCTGAAAGCTTT;SOR=0.627;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=694;TCF=413;TCR=281;TR=364;WE=35609874;WS=35609856;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:454,517:0.53:971
chr17	35630997	rs2542659	T	C	4654.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.966;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=335;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.507;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=118;NR=38;PP=2795;ReadPosRankSum=1.250;SC=ACCTTGGGTATATATCACGAG;SOR=0.602;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=259;TCF=198;TCR=61;TR=156;WE=35631005;WS=35630987;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:127,201:0.61:328
chr17	35632979	rs2542660	C	A	4129.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.233;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=383;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.714;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=77;PP=2081;ReadPosRankSum=0.202;SC=TGACTGTAACCCCTTGGCCTC;SOR=0.849;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=232;TCF=104;TCR=128;TR=134;WE=35632987;WS=35632969;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:177,200:0.53:377
chr17	35634023	rs2302803	A	G	9440.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.368;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=764;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=127;NR=159;PP=2962;ReadPosRankSum=0.590;SC=AGGGAATACAATATAATTCAT;SOR=0.721;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=495;TCF=221;TCR=274;TR=286;WE=35634031;WS=35634013;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:315,444:0.58:759
chr17	35696804	rs58654829	G	A	1426.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.941;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.796;HP=4;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=11;PP=270;ReadPosRankSum=0.294;SC=TCCACTTCCAGAAAGACCTAG;SOR=0.766;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=55;TCF=26;TCR=29;TR=20;WE=35696812;WS=35696794;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,38:0.42:91
chr17	35696820	rs147333574	AAAAG	A	1485.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.775;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.790;HP=4;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=17;PP=524;ReadPosRankSum=-0.611;SC=CCTAGAGAGAAAAAGAGAGAA;SOR=0.729;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=33;TCF=6;TCR=27;TR=20;WE=35696831;WS=35696810;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,40:0.43:92
chr17	35743010	rs1714987	C	G	2634.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.726;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=346;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.398;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=54;PP=1228;ReadPosRankSum=1.496;SC=TTTCCCACCACTGCCCCTTCT;SOR=0.738;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=217;TCF=97;TCR=120;TR=95;WE=35743018;WS=35743000;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:205,140:0.41:345
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chr17	35937793	rs33979367	C	CT	35.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=5.102;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.57;MQRankSum=1.417;QD=1.62;ReadPosRankSum=0.889;SOR=0.113;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,8:0.36:22
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chr17	35956391	rs12944821	G	C	3368.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.055;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=426;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.115;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=64;PP=1633;ReadPosRankSum=0.627;SC=CATCAGGCCTGCTGAAAATAT;SOR=0.614;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=273;TCF=113;TCR=160;TR=114;WE=35956399;WS=35956381;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:236,174:0.42:410
chr17	35978487	.	T	A	624.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.173;ClippingRankSum=0.000;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.96;ReadPosRankSum=-0.208;SOR=0.746;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,29:0.51:57
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chr17	35988672	rs7224513	C	T	8016.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-2.067;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=301;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.113;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=83;NR=92;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.418;SC=TCATGTGTATCCTGAATCCTG;SOR=0.309;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=177;TCF=84;TCR=93;TR=175;WE=35988680;WS=35988662;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,298:1.00:299
chr17	35988718	.	TA	T	89.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.897;ClippingRankSum=0.000;DP=166;ExcessHet=3.0103;FS=2.935;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.62;ReadPosRankSum=0.388;SOR=1.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:119,26:0.18:145
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chr17	36003275	rs3813911	T	A	2535.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=64;NR=11;PP=1838;SC=CGGGTGTCCATGTGCGCCGGC;SOR=3.285;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=75;TCF=64;TCR=11;TR=75;WE=36003283;WS=36003265;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr17	36003359	rs3813910	A	G	11324.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=426;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=187;NR=112;PP=2965;SC=CTTGGGCACAATACCTGGAAT;SOR=1.168;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=301;TCF=188;TCR=113;TR=299;WE=36003367;WS=36003349;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,416:1.00:416
chr17	36003613	rs10543338	CT	C	68.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.814;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FS=2.809;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.21;MQRankSum=2.255;QD=0.97;ReadPosRankSum=-1.961;SOR=0.351;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:53,18:0.25:71
chr17	36047275	rs1800929	C	T	12618.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.876;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=356;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=35.95;ReadPosRankSum=2.395;SOR=1.287;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,349:0.99:351
chr17	36047275	.	CG	TG,TT	2142	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.51;FR=0.5000,0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=155,72;NR=78,35;PP=2142,1645;QD=9.34236571909;SC=TCGCAGGTGCCGGTCAGGTCA;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=239;TCF=158;TCR=81;TR=233,107;WE=36047284;WS=36047265;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.97:239
chr17	36047276	rs2229295	G	T	3773.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.696;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=367;ExcessHet=3.0103;FS=1.758;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.45;ReadPosRankSum=1.261;SOR=0.796;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:184,177:0.49:361
chr17	36047417	rs3110641	A	G	6076.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-2.202;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=532;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.746;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=76;NR=96;PP=2677;ReadPosRankSum=-1.726;SC=GAGGAGAGAGAGTGCTCAGCT;SOR=0.556;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=296;TCF=124;TCR=172;TR=172;WE=36047425;WS=36047407;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:231,290:0.56:521
chr17	36058980	rs2269843	C	T	201.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-0.505;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=2;PP=170;ReadPosRankSum=-0.268;SC=CTCAGAAGGACCTAATTTCTG;SOR=0.984;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=32;TCF=26;TCR=6;TR=13;WE=36058988;WS=36058970;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,12:0.36:33
chr17	36059246	rs2269842	A	C	3095.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.975;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=402;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.769;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=51;PP=1405;ReadPosRankSum=1.244;SC=TACACAGGCAAAGACACAGGT;SOR=0.738;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=221;TCF=96;TCR=125;TR=90;WE=36059254;WS=36059236;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:236,159:0.40:395
chr17	36059377	rs2269841	A	G	414.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.347;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.617;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=15;PP=295;ReadPosRankSum=0.365;SC=CAAGTCACATAACCAACTCCC;SOR=1.144;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=56;TCF=14;TCR=42;TR=19;WE=36059385;WS=36059367;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,21:0.33:64
chr17	36233930	rs2677184	G	A	13055.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.631;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=506;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=-0.808;NF=123;NR=196;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.475;SC=CATGGGCCCAGCCTAAAAATA;SOR=0.595;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=320;TCF=123;TCR=197;TR=319;WE=36233938;WS=36233920;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,499:0.99:502
chr17	36234106	rs2677185	G	A	934.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=25;PP=755;SC=ACCACTACTAGAAAAAGCATT;SOR=2.985;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=30;TCF=3;TCR=27;TR=28;WE=36234114;WS=36234096;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
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chr17	36352489	rs4796259	A	C	535.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.854;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=972;ExcessHet=3.0103;FS=1.722;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.31;MQRankSum=-4.409;QD=0.55;ReadPosRankSum=-2.816;SOR=0.978;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:843,129:0.13:972
chr17	36352537	rs62074773	A	G	2050.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=11.183;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=578;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=64.839;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-17.505;NF=8;NR=202;PP=2962;ReadPosRankSum=-7.849;SC=CTGGCAGACAATGTGATTCAG;SOR=4.694;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=505;TCF=135;TCR=370;TR=210;WE=36352545;WS=36352527;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:457,121:0.21:578
chr17	36352572	.	C	T	2120	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;FR=0.5000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MMLQ=28;MQ=51.03;NF=0;NR=107;PP=2120;QD=20.1380487154;SC=GCAGATAGCCCGTAATACTGA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=336;TCF=78;TCR=258;TR=107;WE=36352580;WS=36352562;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:229,107:0.32:336
chr17	36353560	rs111638343	C	T	1275.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.037;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=278;ExcessHet=3.0103;FS=6.940;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.65;MQRankSum=-9.419;QD=4.59;ReadPosRankSum=-1.713;SOR=0.384;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:208,70:0.25:278
chr17	36353761	rs62074778	C	T	6323.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-2.856;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=902;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.150;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.609;NF=114;NR=199;PP=2962;ReadPosRankSum=0.836;SC=ATGAGTCCACCATTCCTAAAA;SOR=0.592;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=870;TCF=305;TCR=565;TR=313;WE=36353769;WS=36353751;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:561,339:0.38:900
chr17	36357280	rs149632022	TA	T	3108.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.176;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1182;ExcessHet=3.0103;FS=1.847;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.09;MQRankSum=-14.614;QD=3.28;ReadPosRankSum=-1.385;SOR=0.848;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:610,337:0.36:947
chr17	36357295	rs79239780	A	G	6242.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.713;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1013;ExcessHet=3.0103;FS=1.790;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.52;MQRankSum=0.829;QD=6.59;ReadPosRankSum=0.540;SOR=0.854;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:560,388:0.41:948
chr17	36357835	rs1848308	G	A	5932.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-1.972;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=821;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.141;NF=103;NR=139;PP=2962;ReadPosRankSum=3.210;SC=ATAAATAGCTGTGAAACTACT;SOR=0.682;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=617;TCF=257;TCR=360;TR=242;WE=36357843;WS=36357825;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:500,314:0.39:814
chr17	36358189	rs5820175	GATATATATATAT	G	1727.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.079;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=334;ExcessHet=3.0103;FS=1.625;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.52;MQRankSum=-6.384;QD=9.05;ReadPosRankSum=4.096;SOR=0.523;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:124,67:0.35:191
chr17	36358847	rs77355093	T	A	29263.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=2.243;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=2443;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-4.870;NF=593;NR=327;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.508;SC=TTTACCTCTATTGCAAATTTT;SOR=0.663;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=1656;TCF=1070;TCR=586;TR=920;WE=36358855;WS=36358837;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1064,1347:0.56:2411
chr17	36361992	rs201942294	C	T	803.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.180;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=396;ExcessHet=3.0103;FS=5.631;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.99;MQRankSum=-0.090;QD=2.07;ReadPosRankSum=-1.906;SOR=0.430;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:316,72:0.19:388
chr17	36374963	rs11389346	TA	T	1965.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.007;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=335;ExcessHet=3.0103;FS=1.919;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.74;MQRankSum=0.861;QD=6.45;ReadPosRankSum=1.541;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:128,177:0.58:305
chr17	36384810	rs142086381	A	G	2052.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.311;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=259;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.012;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=1.146;NF=51;NR=27;PP=1155;ReadPosRankSum=0.597;SC=GTGAGACTCTATCTCTATTAG;SOR=0.607;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=193;TCF=128;TCR=65;TR=78;WE=36384831;WS=36384800;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:156,101:0.39:257
chr17	36384868	rs71252892	C	G	747.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.019;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=486;ExcessHet=3.0103;FS=0.705;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.88;MQRankSum=0.506;QD=1.55;ReadPosRankSum=-1.174;SOR=0.611;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:401,81:0.17:482
chr17	36398089	rs7221889	C	A	514.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.136;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=370;ExcessHet=3.0103;FS=0.606;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.13;MQRankSum=-5.476;QD=1.41;ReadPosRankSum=1.450;SOR=0.611;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:307,59:0.16:366
chr17	36398125	.	GTC	G	1464.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.124;ClippingRankSum=0.000;DP=626;ExcessHet=3.0103;FS=4.353;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.02;MQRankSum=-10.185;QD=2.53;ReadPosRankSum=1.059;SOR=0.416;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:452,126:0.22:578
chr17	36398156	rs147730015	ACACACACACC	A	4291.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.991;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=819;ExcessHet=3.0103;FS=2.726;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.84;MQRankSum=1.984;QD=5.47;ReadPosRankSum=6.743;SOR=0.939;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:542,242:0.31:784
chr17	36584628	.	G	GGGC	738.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.66;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=57;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=4;PP=542;SC=ACCCCGGGGGGCCCCCCACAC;SOR=1.371;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=9;TCF=5;TCR=4;TR=9;WE=36584636;WS=36584618;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr17	36614563	rs16965350	C	T	4236.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.820;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=382;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.853;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=91;PP=2066;ReadPosRankSum=1.414;SC=GGGAGGGAGACTCTTTTGTGC;SOR=0.853;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=243;TCF=79;TCR=164;TR=128;WE=36614571;WS=36614553;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:166,201:0.55:367
chr17	36617210	rs9898977	A	G	19654.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=770;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=279;NR=190;PP=2965;SC=GGACCTGCACAGGACTCCTCT;SOR=0.975;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=469;TCF=279;TCR=190;TR=469;WE=36617218;WS=36617200;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,759:1.00:759
chr17	36622482	rs8075324	G	C	8812.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=-0.879;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1143;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=129;NR=94;PP=2962;ReadPosRankSum=0.586;SC=CAGAGCCACCGCCGATCTGCT;SOR=0.656;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=610;TCF=355;TCR=255;TR=223;WE=36622490;WS=36622472;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:672,465:0.41:1137
chr17	36623602	rs8065549	A	G	6370.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.994;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=830;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=83;NR=123;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.902;SC=GCTGTCCTGGAGGACTTAGCT;SOR=0.690;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=531;TCF=216;TCR=315;TR=206;WE=36623610;WS=36623592;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:492,332:0.40:824
chr17	36638179	rs144390029	G	A	385.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.297;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-5.784;NF=11;NR=6;PP=209;ReadPosRankSum=0.037;SC=ATCCCCATACGTCCAAATGTG;SOR=0.518;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=38;TCF=26;TCR=12;TR=17;WE=36638187;WS=36638169;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,20:0.47:43
chr17	36638255	rs7503829	C	T	1244.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=1.880;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.325;HP=4;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=3.262;NF=24;NR=18;PP=611;ReadPosRankSum=1.707;SC=CTGTCTCCCCCACTTCAGATG;SOR=0.864;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=82;TCF=46;TCR=36;TR=42;WE=36638263;WS=36638245;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,62:0.42:146
chr17	36638388	rs11867891	A	G	720.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.186;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.026;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQ=59.99;MQRankSum=-0.942;NF=11;NR=16;PP=400;ReadPosRankSum=0.278;SC=GAACCAGGTGAGTCTCTGCCA;SOR=0.471;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=55;TCF=21;TCR=34;TR=27;WE=36638396;WS=36638378;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,35:0.51:68
chr17	36638695	rs139165577	G	T	3539.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-2.190;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=283;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.707;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.985;NF=66;NR=48;PP=1677;ReadPosRankSum=0.684;SC=GCCTTGCATTGTCCCCTTCTT;SOR=0.531;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=201;TCF=122;TCR=79;TR=114;WE=36638703;WS=36638685;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:109,167:0.61:276
chr17	36642473	rs71138626	CT	C	2004.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.563;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=276;ExcessHet=3.0103;FS=2.665;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.05;MQRankSum=0.747;QD=9.97;ReadPosRankSum=-2.070;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:47,154:0.77:201
chr17	36646291	rs12937928	A	G	6030.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-1.712;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=485;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.118;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=88;NR=73;PP=2406;ReadPosRankSum=1.075;SC=GGCCGGGAGAACAGGGGAAGG;SOR=0.794;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=276;TCF=146;TCR=130;TR=161;WE=36646299;WS=36646281;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:190,289:0.60:479
chr17	36646386	rs9891156	A	G	9305.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=-1.400;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=356;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=-0.080;NF=68;NR=125;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.985;SC=TTGAGGACGCACGGGAGCGAA;SOR=0.387;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=193;TCF=68;TCR=125;TR=193;WE=36646394;WS=36646376;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,352:1.00:353
chr17	36666551	rs62074752	T	C	6755.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.63;DB;DP=276;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=69;NR=71;PP=2136;SC=GGGCGGGGGATGAGGCGGACG;SOR=0.701;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=140;TCF=69;TCR=71;TR=140;WE=36666559;WS=36666541;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,265:1.00:265
chr17	36708225	rs118010851	C	T	8620.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-4.645;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=685;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.537;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=102;NR=163;PP=2962;ReadPosRankSum=-3.260;SC=AGCTGGCCCGCTCAGCTCATG;SOR=0.629;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=477;TCF=180;TCR=297;TR=265;WE=36708233;WS=36708215;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:279,400:0.59:679
chr17	36717896	rs199805242	G	A	3515.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-2.946;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=365;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.073;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=63;PP=1754;ReadPosRankSum=1.142;SC=CTGGCGAGCCGCGGCTGGGCG;SOR=0.510;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=252;TCF=105;TCR=147;TR=115;WE=36717904;WS=36717886;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:186,168:0.47:354
chr17	36718610	rs6503709	T	A	4816.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=46;NR=66;PP=2008;SC=GTCACCAAGGTCACCCCTGTC;SOR=0.947;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=112;TCF=46;TCR=66;TR=112;WE=36718618;WS=36718600;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,183:1.00:183
chr17	36731049	rs55707518	CA	C	39.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.786;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.23;ReadPosRankSum=2.041;SOR=0.740;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:145,30:0.17:175
chr17	36734700	rs7503695	T	C	10025.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=111;NR=61;PP=2965;SC=CCGCTGGCCGTGGCCGCAGCC;SOR=1.241;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=172;TCF=111;TCR=61;TR=172;WE=36734719;WS=36734690;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,224:1.00:224
chr17	36734706	rs144253512	CAGCCGG	C	6206.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.215;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=239;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=1.866;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=1.081;NF=49;NR=67;PP=2973;ReadPosRankSum=0.227;SC=GCCGTGGCCGCAGCCGGAGCC;SOR=1.199;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=129;TCF=56;TCR=73;TR=116;WE=36734719;WS=36734690;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,230:0.98:234
chr17	36760878	rs62077547	C	T	1354.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.702;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.218;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=27;PP=656;ReadPosRankSum=-2.582;SC=GGCTGGGGGACGAGCACCAGC;SOR=0.420;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=56;TCF=15;TCR=41;TR=38;WE=36760886;WS=36760868;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,58:0.72:81
chr17	36830562	rs79676758	G	C	1264.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.712;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=22;PP=645;ReadPosRankSum=-0.395;SC=CGCGCCGCCAGCTCCCCAGGC;SOR=0.721;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=84;TCF=37;TCR=47;TR=39;WE=36830570;WS=36830552;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,60:0.46:130
chr17	36861983	rs17855918	T	C	7022.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.62;DB;DP=275;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=64;NR=73;PP=2861;SC=TGCAGCGTGGTCGTCCACCAA;SOR=0.716;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=137;TCF=64;TCR=73;TR=137;WE=36861991;WS=36861973;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,265:1.00:265
chr17	36863026	rs2075054	G	C	1443.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-7.322;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=11.857;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=11;PP=932;ReadPosRankSum=-1.883;SC=TGTGGTTGAAGGCTGGTGTTG;SOR=0.156;SbPval=0.12;Source=Platypus;TC=147;TCF=130;TCR=17;TR=60;WE=36863034;WS=36863016;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:94,66:0.41:160
chr17	36886720	rs11652810	C	A	4204.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-3.398;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=500;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=72;NR=43;PP=1382;ReadPosRankSum=-0.627;SC=CCTGCCAGCCCCCACTCCAGC;SOR=0.716;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=277;TCF=173;TCR=104;TR=115;WE=36886728;WS=36886710;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:265,232:0.47:497
chr17	36886828	rs11658500	G	A	5019.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.726;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=503;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.993;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=89;NR=76;PP=2678;ReadPosRankSum=0.525;SC=TCCCTGCCAGGACCTCCGCAG;SOR=0.428;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=384;TCF=228;TCR=156;TR=165;WE=36886836;WS=36886818;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:262,236:0.47:498
chr17	36889466	rs5820264	G	GCCTGC	8224.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.120;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=609;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.473;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=42;PP=2978;ReadPosRankSum=0.365;SC=AGCTCCTGCAGCCTGCCCTGC;SOR=1.052;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=304;TCF=147;TCR=157;TR=89;WE=36889474;WS=36889456;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:372,211:0.36:583
chr17	36889559	rs2879097	C	T	9735.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.501;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1446;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=4.239;NF=159;NR=165;PP=2962;ReadPosRankSum=0.891;SC=CTTCTTCCAACGCACTGGCCT;SOR=0.658;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=819;TCF=393;TCR=426;TR=324;WE=36889567;WS=36889549;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:884,545:0.38:1429
chr17	36896746	rs12601476	T	C	1988.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.129;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FS=2.088;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.66;MQRankSum=-2.335;QD=12.20;ReadPosRankSum=2.032;SOR=0.890;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:81,82:0.50:163
chr17	36896751	rs56171152	G	A	1752.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-2.817;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.630;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=2.344;NF=16;NR=48;PP=2378;ReadPosRankSum=-2.218;SC=GGTGGTTCACGCCTGTAATCC;SOR=0.622;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=133;TCF=33;TCR=100;TR=64;WE=36896759;WS=36896736;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,80:0.50:161
chr17	36906480	rs228271	G	A	1746.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=4.310;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.719;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=56;PP=1379;ReadPosRankSum=0.698;SC=CCAGTGGGAAGGGGGTTGACG;SOR=1.382;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=129;TCF=23;TCR=106;TR=65;WE=36906488;WS=36906470;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,70:0.49:142
chr17	36909061	rs228274	A	G	8864.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.681;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=352;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.55;ReadPosRankSum=0.374;SOR=0.555;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:3,344:0.99:347
chr17	36927690	rs25540	C	CTAAG	719.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-0.562;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.471;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=9;PP=553;ReadPosRankSum=-0.205;SC=CGCGAGCTCTCTCTAATGGGG;SOR=0.436;SbPval=0.21;Source=Platypus;TC=39;TCF=3;TCR=36;TR=11;WE=36927698;WS=36927680;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,20:0.43:46
chr17	36932200	rs228293	C	G	1542.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.237;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FS=0.694;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.44;ReadPosRankSum=-0.612;SOR=0.601;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:50,74:0.60:124
chr17	36932233	.	C	CT	206.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.248;ClippingRankSum=0.000;DP=194;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.11;ReadPosRankSum=-0.833;SOR=0.707;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:151,36:0.19:187
chr17	36934124	rs2075061	C	T	1920.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=4.769;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.931;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=64;PP=1391;ReadPosRankSum=-0.222;SC=ACTGTTCTGCCGGGAGCAACT;SOR=0.888;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=122;TCF=15;TCR=107;TR=72;WE=36934132;WS=36934114;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,76:0.58:130
chr17	36934475	rs7207178	C	T	1877.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.275;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.727;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=10;PP=1170;ReadPosRankSum=-0.457;SC=TGTTGACAGACGGCATGTCTG;SOR=0.980;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=114;TCF=93;TCR=21;TR=68;WE=36934483;WS=36934465;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,84:0.61:137
chr17	36993655	rs645686	T	C	1150.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-1.670;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=33;PP=569;ReadPosRankSum=-0.944;SC=CCAGACCGGGTGCAGTGGCTC;SOR=0.658;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=90;TCF=21;TCR=69;TR=42;WE=36993663;WS=36993645;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,56:0.51:110
chr17	36997288	rs595306	T	C	496.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=0.487;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.026;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=5;PP=359;ReadPosRankSum=0.523;SC=GAGCGAGACTTTGTCTCAAAA;SOR=0.304;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=42;TCF=34;TCR=8;TR=19;WE=36997296;WS=36997283;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,21:0.44:48
chr17	37009072	rs1239179	C	T	14893.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=566;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=204;NR=137;PP=2965;SC=ACTTCCAAAGCCCCTCCCTCC;SOR=0.995;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=341;TCF=204;TCR=137;TR=341;WE=37009080;WS=37009062;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,563:1.00:563
chr17	37010150	rs923370	G	A	2315.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=10;NR=59;PP=1686;SC=TGGGAGTTGAGGTAGAAGCGC;SOR=3.086;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=69;TCF=10;TCR=59;TR=69;WE=37010158;WS=37010140;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr17	37054772	rs1130638	C	T	15515.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.389;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1296;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NR=193;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.205;SC=AGATCAGTAACGTGAGCTCTT;SOR=0.698;Source=Platypus;TCR=339;WE=37054780;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:554,737:0.57:1291
chr17	37054884	rs2286883	A	G	9090.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=3.703;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=687;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.533;HP=4;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=105;NR=168;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.863;SC=TGCCTCCACTACCCCTGCCCT;SOR=0.669;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=474;TCF=179;TCR=295;TR=273;WE=37054892;WS=37054874;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:278,395:0.59:673
chr17	37055077	rs17590541	G	A	2406.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.838;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=319;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.421;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=48;PP=1135;ReadPosRankSum=1.100;SC=GGGTATCGGTGAAGACTGCAT;SOR=0.745;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=220;TCF=91;TCR=129;TR=78;WE=37055085;WS=37055067;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:188,126:0.40:314
chr17	37094715	rs57980928	CT	C	47.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.468;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FS=4.911;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.55;ReadPosRankSum=0.253;SOR=0.234;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:67,20:0.23:87
chr17	37101101	.	A	ATGTGTGTGTGTGTGTGTGTG,ATGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTG	1108.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;QD=52.80;SOR=2.200;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:0,13,8:0.62,0.38:21
chr17	37101380	rs9906595	T	C	11884.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=468;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=103;NR=199;PP=2965;SC=CTCCAGTTTTTGGGCACTTCC;SOR=1.219;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=302;TCF=103;TCR=199;TR=302;WE=37101388;WS=37101370;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,456:1.00:456
chr17	37224288	rs4405583	G	A	1536.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=8;NR=39;PP=1099;SC=GAGCGACAGAGCCAACCAAGA;SOR=2.833;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=8;TCR=39;TR=47;WE=37224296;WS=37224278;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr17	37228691	rs62076605	T	C	3072.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=50;NR=37;PP=1677;SC=GGGCAGGCAGTTCTGTACTCA;SOR=0.941;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=87;TCF=50;TCR=37;TR=87;WE=37228699;WS=37228681;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr17	37228765	rs9907595	A	G	4462.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=52;NR=56;PP=2096;SC=CAGAAGGAGCAAGATTAGTGG;SOR=0.729;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=108;TCF=52;TCR=56;TR=108;WE=37228773;WS=37228755;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,169:1.00:169
chr17	37239671	rs9891236	A	G	5646.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=92;NR=51;PP=2810;SC=TCCCCTCCACAGTCGGCCAGT;SOR=1.200;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=143;TCF=92;TCR=51;TR=143;WE=37239679;WS=37239661;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,215:1.00:215
chr17	37243927	rs12602945	A	G	12425.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=488;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=137;NR=144;PP=2965;SC=CTATGCGGTGATATTCAAAGA;SOR=0.727;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=282;TCF=138;TCR=144;TR=281;WE=37243935;WS=37243917;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,474:1.00:474
chr17	37253316	rs4795349	G	A	4144.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=34;NR=88;PP=2722;SC=GAGGCTGTGAGGAGTCCTCCC;SOR=1.674;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=126;TCF=37;TCR=89;TR=122;WE=37253324;WS=37253306;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,149:1.00:149
chr17	37262117	rs17705646	C	T	20241.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.628;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=779;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQ=60.01;MQRankSum=0.076;NF=231;NR=222;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.040;SC=CTGGCACATCCGGGGATGGAT;SOR=0.725;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=461;TCF=233;TCR=228;TR=453;WE=37262125;WS=37262107;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,770:1.00:772
chr17	37265378	rs16490	C	T	3499.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=25;NR=75;PP=2533;SC=CCCATGGGAACCCCTGGAAGG;SOR=2.221;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=100;TCF=25;TCR=75;TR=100;WE=37265386;WS=37265368;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr17	37309023	rs34536696	TA	T	122.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.572;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.32;ReadPosRankSum=-0.568;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,15:0.41:37
chr17	37359427	rs59332263	AT	A	430.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.073;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=412;ExcessHet=3.0103;FS=1.887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.99;MQRankSum=1.167;QD=2.69;ReadPosRankSum=1.172;SOR=1.015;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:90,70:0.44:160
chr17	37369925	.	CT	C	43.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.356;ClippingRankSum=0.000;DP=99;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.89;ReadPosRankSum=0.221;SOR=0.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,15:0.31:49
chr17	37371141	rs8070891	G	C	30602.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.470;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1156;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=449;NR=294;PP=2965;ReadPosRankSum=2.480;SC=GAAAGGGTGAGAGGCAGCAGG;SOR=0.591;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=745;TCF=451;TCR=294;TR=743;WE=37371149;WS=37371131;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,1134:1.00:1137
chr17	37396201	rs34473775	G	T	9955.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.522;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=394;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=1.840;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=146;NR=97;PP=2965;ReadPosRankSum=1.606;SC=TCTGGCTCAGGAGTCCTTGTG;SOR=0.878;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=248;TCF=149;TCR=99;TR=243;WE=37396209;WS=37396191;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:5,380:0.99:385
chr17	37396523	rs34183032	CT	C	211.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.036;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=3.680;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.08;ReadPosRankSum=0.721;SOR=2.419;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,19:0.90:21
chr17	37399364	rs2338795	T	G	2632.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=46;NR=26;PP=1467;SC=GGCTGACAGGTGGCAGGCGGG;SOR=1.214;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=72;TCF=46;TCR=26;TR=72;WE=37399372;WS=37399354;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr17	37399379	rs2879258	G	T	2975.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=54;NR=27;PP=1473;SC=GGCGGGTAACGGGTTTTGGGT;SOR=1.350;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=81;TCF=54;TCR=27;TR=81;WE=37399387;WS=37399369;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr17	37401051	rs11078895	A	G	2694.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=57;NR=29;PP=1747;SC=GTTCCTCACCACCATTCGCTC;SOR=1.345;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=86;TCF=57;TCR=29;TR=86;WE=37401059;WS=37401041;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr17	37410700	rs752314	C	T	1229.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=33;NR=3;PP=969;SC=TATGTCTGGACACCTCTCTTC;SOR=3.967;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=36;TCF=33;TCR=3;TR=36;WE=37410708;WS=37410699;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr17	37410892	rs2879259	C	G	13576.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=504;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=167;NR=162;PP=2965;SC=AAAAGGGGTGCAGTTGATCAG;SOR=0.738;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=329;TCF=167;TCR=162;TR=329;WE=37410900;WS=37410882;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,501:1.00:501
chr17	37417575	rs3744348	C	G	2966.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=66;NR=15;PP=1949;SC=ATGTGTGGCTCTGGGGATCTG;SOR=2.646;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=81;TCF=66;TCR=15;TR=81;WE=37417583;WS=37417565;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr17	37421767	rs2061338	T	C	1607.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=32;PP=919;SC=GAGTCATACCTGATTCTTTTT;SOR=1.536;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=47;TCF=15;TCR=32;TR=47;WE=37421775;WS=37421757;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr17	37425238	rs1966916	T	G	1182.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.715;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=24;PP=659;ReadPosRankSum=1.901;SC=AATTCTTTGGTGTTTCAGAGC;SOR=0.605;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=34;TCF=9;TCR=25;TR=33;WE=37425246;WS=37425228;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,46:0.98:47
chr17	37425262	rs1966915	A	C	780.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=32;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=17;PP=495;SC=TGTCATGCTAATTTTTTTTTC;SOR=1.863;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=21;TCF=4;TCR=17;TR=21;WE=37425270;WS=37425252;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr17	37427114	rs11307198	TA	T	1729.74	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.230;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FS=13.281;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.26;MQRankSum=1.003;QD=10.48;ReadPosRankSum=0.067;SOR=1.937;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,133:0.81:165
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chr17	37671910	rs8070799	G	A	2667.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=61;NR=17;PP=1697;SC=TATCAATAATGTAAAAATTTT;SOR=2.204;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=78;TCF=61;TCR=17;TR=78;WE=37671918;WS=37671900;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr17	37783787	rs3751903	C	G	14463.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=539;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=116;NR=238;PP=2965;SC=GCTTCTTCGCCCTCCCAAGGC;SOR=1.255;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=354;TCF=116;TCR=238;TR=354;WE=37783795;WS=37783777;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,525:1.00:525
chr17	37814080	rs1877031	G	A	18288.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=693;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=225;NR=176;PP=2965;SC=GCCGTGCTGCGGCTCCGGCAC;SOR=0.845;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=402;TCF=226;TCR=176;TR=401;WE=37814088;WS=37814070;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,689:1.00:689
chr17	37815899	rs11658786	G	A	11011.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.233;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=421;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.099;NF=92;NR=175;PP=2965;ReadPosRankSum=0.996;SC=AAGATTACATGGGTTGGAGCC;SOR=0.432;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=270;TCF=94;TCR=176;TR=267;WE=37815907;WS=37815889;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,408:1.00:409
chr17	37821435	rs931992	G	T	1283.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=28;NR=14;PP=889;SC=CCTCTGACCGGGGGGCAGCCA;SOR=1.514;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=42;TCF=28;TCR=14;TR=42;WE=37821443;WS=37821425;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr17	37822311	rs1053651	A	C	18559.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=681;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=177;NR=265;PP=2965;SC=AGCCCGGTGCACTTCGTCGCT;SOR=1.002;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=443;TCF=177;TCR=266;TR=442;WE=37822319;WS=37822301;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,678:1.00:678
chr17	37829129	rs2247862	A	G	8228.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=311;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=90;NR=121;PP=2965;SC=GCTGTGGGCCAAAGGAGTAGC;SOR=0.915;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=212;TCF=90;TCR=122;TR=211;WE=37829137;WS=37829119;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,307:1.00:307
chr17	37830447	rs2934956	T	A	3399.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=10;NR=81;PP=2439;SC=CTGAGTCTTGTGTTCACATCA;SOR=3.119;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=93;TCF=12;TCR=81;TR=91;WE=37830455;WS=37830437;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr17	37830900	rs2941504	A	G	11552.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=443;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=135;NR=119;PP=2965;SC=TGGTGTGGAAAACTGTGGACC;SOR=0.794;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=257;TCF=137;TCR=120;TR=254;WE=37830908;WS=37830890;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,435:1.00:435
chr17	37831035	rs1565922	A	G	5298.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=40;NR=86;PP=2538;SC=GGGGCTCTGCAGGACAAGAAA;SOR=1.402;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=127;TCF=40;TCR=87;TR=126;WE=37831043;WS=37831025;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,196:1.00:196
chr17	37855713	.	TA	T	227.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.793;ClippingRankSum=0.000;DP=285;ExcessHet=3.0103;FS=0.605;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.15;MQRankSum=3.978;QD=0.87;ReadPosRankSum=1.605;SOR=0.770;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:205,58:0.22:263
chr17	37855834	rs4252596	C	A	6176.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-2.397;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=503;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.534;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQ=60.06;MQRankSum=0.244;NF=82;NR=102;PP=2914;ReadPosRankSum=-0.573;SC=GTCCTGGAAGCCACAAGGTAA;SOR=0.629;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=307;TCF=137;TCR=170;TR=184;WE=37855842;WS=37855824;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:196,292:0.60:488
chr17	37866005	rs1810132	C	T	26798.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=1022;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=336;NR=269;PP=2965;SC=CTCTCTGTTACTAACCCGTCC;SOR=0.825;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=606;TCF=337;TCR=269;TR=605;WE=37866013;WS=37865995;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,1013:1.00:1013
chr17	37868715	rs4252627	C	T	4220.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=36;NR=78;PP=2326;SC=AGAGTGGGCACGATGACCTGA;SOR=1.445;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=114;TCF=36;TCR=78;TR=114;WE=37868723;WS=37868705;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,152:1.00:152
chr17	37879762	rs903506	G	A	14417.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=566;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=163;NR=181;PP=2965;SC=ACCGGCCCCCGGCACTGACCC;SOR=0.761;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=345;TCF=164;TCR=181;TR=344;WE=37879770;WS=37879752;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,548:1.00:548
chr17	37884037	rs1058808	C	G	15849.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.395;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=579;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=216;NR=211;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.696;SC=TCTGGAAAGGCCCAAGACTCT;SOR=0.241;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=429;TCF=218;TCR=211;TR=427;WE=37884045;WS=37884027;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,556:1.00:557
chr17	37898543	rs2952142	T	C	26138.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=1007;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=294;NR=267;PP=2965;SC=GCCCCTCTCTTGCTCAGACGC;SOR=0.734;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=563;TCF=294;TCR=269;TR=561;WE=37898551;WS=37898533;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,1000:1.00:1000
chr17	37898722	rs8192704	G	A	7719.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.084;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=634;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.113;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=135;NR=131;PP=2962;ReadPosRankSum=0.434;SC=ACGATGGGGCGTGGGGCTTGG;SOR=0.601;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=438;TCF=227;TCR=211;TR=266;WE=37898730;WS=37898712;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:258,360:0.58:618
chr17	37921899	rs2952141	C	T	1305.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=34;NR=3;PP=997;SC=ACAGTGTTTCCCTGGCTACCC;SOR=4.514;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=37;TCF=34;TCR=3;TR=37;WE=37921907;WS=37921889;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr17	37922259	rs907092	G	A	9844.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.276;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=879;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.726;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=125;NR=171;PP=2962;ReadPosRankSum=-2.986;SC=TCACTTTGACGGAGTCTCTTG;SOR=0.812;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=610;TCF=279;TCR=331;TR=296;WE=37922267;WS=37922249;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:405,465:0.53:870
chr17	37985801	rs3816470	A	G	1733.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=1.601;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.540;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=49;PP=1165;ReadPosRankSum=1.001;SC=TTATAAATATATATTAAGTAG;SOR=0.973;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=111;TCF=27;TCR=84;TR=64;WE=37985809;WS=37985791;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,75:0.57:131
chr17	38020419	rs1453559	T	C	3426.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-1.383;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=284;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.946;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=72;PP=1844;ReadPosRankSum=-0.887;SC=CTGTGGCTACTCGGCCTCTCC;SOR=0.623;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=224;TCF=86;TCR=138;TR=118;WE=38020427;WS=38020409;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:117,158:0.57:275
chr17	38024626	rs11557466	C	T	3668.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=1.006;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=298;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.204;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=26;PP=1447;ReadPosRankSum=-1.435;SC=AACGTGCGTCCTACTCTCCGC;SOR=0.883;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=157;TCF=104;TCR=53;TR=88;WE=38024634;WS=38024616;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:128,169:0.57:297
chr17	38028634	rs11557467	G	T	3041.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.249;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=268;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=45;PP=1346;ReadPosRankSum=-0.025;SC=ATCTTGGATAGTCTAATTTCT;SOR=0.691;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=169;TCF=83;TCR=86;TR=88;WE=38028642;WS=38028624;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:119,145:0.55:264
chr17	38031674	rs10852935	C	T	8211.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.480;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=708;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.531;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=97;NR=153;PP=2962;ReadPosRankSum=0.052;SC=ACAGTAATTGCGCTAGCTGTT;SOR=0.630;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=444;TCF=168;TCR=276;TR=250;WE=38031682;WS=38031664;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:312,391:0.56:703
chr17	38031714	rs10852936	C	T	4323.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-2.047;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=378;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.829;HP=4;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=112;PP=2570;ReadPosRankSum=-0.228;SC=AATATCTAAACATTTAGGTTA;SOR=0.631;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=287;TCF=79;TCR=208;TR=156;WE=38031722;WS=38031704;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:177,199:0.53:376
chr17	38062196	rs2305480	G	A	6744.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.853;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=549;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=134;NR=79;PP=2962;ReadPosRankSum=1.205;SC=GGCTTGTCTGGGTCCTCCATG;SOR=0.718;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=368;TCF=230;TCR=138;TR=213;WE=38062204;WS=38062186;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:234,309:0.57:543
chr17	38062217	rs2305479	C	T	8523.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.773;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=670;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.129;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=155;NR=97;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.887;SC=TGTAGCTCCCCGGAAATCAGG;SOR=0.783;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=430;TCF=258;TCR=172;TR=252;WE=38062225;WS=38062207;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:271,390:0.59:661
chr17	38063381	rs883770	C	T	1227.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.821;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.229;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=25;PP=523;ReadPosRankSum=-1.023;SC=TCCTCACCAGCGTGTGTCAAT;SOR=1.258;SbPval=0.95;Source=Platypus;TC=71;TCF=22;TCR=49;TR=30;WE=38063389;WS=38063371;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,56:0.55:102
chr17	38064405	rs11078927	C	T	10744.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.709;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=951;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.100;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=168;NR=119;PP=2962;ReadPosRankSum=1.588;SC=AAATGACGAACGGGAAGCCCA;SOR=0.768;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=529;TCF=305;TCR=224;TR=287;WE=38064413;WS=38064395;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:422,524:0.55:946
chr17	38064469	rs11078928	T	C	10346.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.035;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=919;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.518;HP=3;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.920;NF=141;NR=152;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.135;SC=AATGAATATCTAAACCAGCAC;SOR=0.646;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=571;TCF=273;TCR=298;TR=293;WE=38064477;WS=38064459;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:417,495:0.54:912
chr17	38064577	rs5820307	CA	C	562.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.475;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.94;MQRankSum=0.601;QD=8.53;ReadPosRankSum=2.875;SOR=0.873;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,50:0.76:66
chr17	38066240	rs2290400	T	C	1184.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.599;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.069;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=24;PP=586;ReadPosRankSum=1.102;SC=ACTGACTCTTTTCCCTCTCTG;SOR=0.426;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=53;TCF=15;TCR=38;TR=35;WE=38066248;WS=38066230;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,53:0.66:80
chr17	38066267	rs1008723	G	T	909.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-2.968;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.008;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=19;PP=410;ReadPosRankSum=0.703;SC=AGCTCCTATTGAAGATTAATC;SOR=0.489;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=44;TCF=14;TCR=30;TR=29;WE=38066275;WS=38066257;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,43:0.64:67
chr17	38068514	rs1011082	T	C	450.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=0.327;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.046;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=3;PP=365;ReadPosRankSum=0.488;SC=CTGCCACCCTTGAATCCCTTG;SOR=1.238;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=42;TCF=36;TCR=6;TR=21;WE=38068522;WS=38068504;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,20:0.41:49
chr17	38097602	.	TAA	T	139.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.112;ClippingRankSum=0.000;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=9.549;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.34;MQRankSum=-0.666;QD=2.79;ReadPosRankSum=0.757;SOR=0.023;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,13:0.26:50
chr17	38100134	rs4795406	G	C	2974.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.040;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=427;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=45;PP=1506;ReadPosRankSum=-0.224;SC=TGGCAGTGGGGCATGCGATTC;SOR=0.709;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=283;TCF=163;TCR=120;TR=107;WE=38100142;WS=38100124;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:261,159:0.38:420
chr17	38121993	rs3894194	G	A	10372.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-2.015;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1310;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.523;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=145;NR=165;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.482;SC=CTAAACCCTCGAGGGGACCTG;SOR=0.721;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=722;TCF=342;TCR=380;TR=310;WE=38122001;WS=38121983;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:739,556:0.43:1295
chr17	38122680	rs7212938	G	T	3360.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.054;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FS=2.364;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=22.56;ReadPosRankSum=2.094;SOR=0.947;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:63,86:0.58:149
chr17	38122686	rs7212944	G	A	3334.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.270;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FS=2.532;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=23.32;ReadPosRankSum=0.720;SOR=0.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:57,86:0.60:143
chr17	38122708	rs9914973	T	C	1353.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-3.659;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.075;HP=1;HapScore=2;MGOF=29;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=45;PP=805;ReadPosRankSum=-0.381;SC=TGGGCGGGACTGAGGGTCTCC;SOR=0.480;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=85;TCF=12;TCR=73;TR=52;WE=38122716;WS=38122698;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,62:0.65:96
chr17	38126911	rs10531136	AACACACAC	A	789.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.725;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.287;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQ=60.32;MQRankSum=1.502;NF=2;NR=22;PP=2277;ReadPosRankSum=-2.318;SC=GTTTGATTCAAACACACACAC;SOR=0.412;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=62;TCF=4;TCR=58;TR=24;WE=38126928;WS=38126901;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,43:0.61:71
chr17	38127713	rs3916061	A	G	7544.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=298;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=115;NR=72;PP=2965;SC=CCCCCAACTCACGCTCCCAAT;SOR=1.032;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=187;TCF=115;TCR=72;TR=187;WE=38127721;WS=38127703;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,291:1.00:291
chr17	38128584	rs5820314	A	AG	3346.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=30;NR=40;PP=2957;SC=CCTCAACTTTAGAAAGACAGA;SOR=0.780;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=73;TCF=33;TCR=40;TR=70;WE=38128592;WS=38128574;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr17	38128648	rs3859192	C	T	1755.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=0.799;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.018;HP=2;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=20;PP=1062;ReadPosRankSum=-0.850;SC=AGACAGAGACCGGAAGGCACA;SOR=0.467;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=129;TCF=90;TCR=39;TR=63;WE=38128656;WS=38128638;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,78:0.50:155
chr17	38128714	rs3859191	G	A	3278.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.285;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=340;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.911;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=46;PP=1628;ReadPosRankSum=-0.267;SC=CATGGGGGTGGATGAGCTAGC;SOR=0.555;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=245;TCF=146;TCR=99;TR=108;WE=38128722;WS=38128704;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:183,157:0.46:340
chr17	38128765	rs8077456	G	C	5074.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.948;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=452;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.521;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=87;NR=83;PP=2703;ReadPosRankSum=1.124;SC=TGATGAAACTGCCTTGAAGAC;SOR=0.692;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=305;TCF=151;TCR=154;TR=170;WE=38128773;WS=38128755;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:213,237:0.53:450
chr17	38129996	rs60137005	A	T	2293.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.251;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=307;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.938;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=37;PP=985;ReadPosRankSum=2.184;SC=TAGTGTCTCAACCCCTGGGTA;SOR=0.569;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=179;TCF=96;TCR=83;TR=73;WE=38130004;WS=38129986;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:186,121:0.39:307
chr17	38130139	rs56326707	C	T	1280.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-2.169;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=239;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=29;PP=504;ReadPosRankSum=1.771;SC=GCATTAGGGGCAGAGAGAGGA;SOR=0.659;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=137;TCF=48;TCR=89;TR=43;WE=38130147;WS=38130129;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:156,79:0.34:235
chr17	38131187	rs56030650	C	A	1929.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=1.684;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=256;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.552;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=24;PP=807;ReadPosRankSum=-1.127;SC=CATGAAGTGACCCTGGAGGCA;SOR=0.813;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=135;TCF=71;TCR=64;TR=55;WE=38131195;WS=38131177;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:147,102:0.41:249
chr17	38137364	rs3087852	G	A	1787.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.060;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.128;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=19;PP=561;ReadPosRankSum=-0.081;SC=GTGGCGGGTCGACGGGGGAGG;SOR=0.585;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=100;TCF=56;TCR=44;TR=41;WE=38137372;WS=38137354;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:99,91:0.48:190
chr17	38140524	rs3816471	T	C	3299.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NR=39;PP=2095;SC=AGTGACATCATTTTCTTCTCT;SOR=0.759;Source=Platypus;TCR=39;WE=38140532;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
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chr17	38146482	rs11405679	C	CT	1187.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.912;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=414;ExcessHet=3.0103;FS=1.997;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.24;MQRankSum=2.738;QD=4.53;ReadPosRankSum=-0.685;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:145,117:0.45:262
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chr17	38152304	rs8071037	A	T	565.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=2.296;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=3;PP=320;ReadPosRankSum=-1.387;SC=CCCGGGAGGTAAAGGTTGCAG;SOR=0.657;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=32;TCF=25;TCR=7;TR=15;WE=38152312;WS=38152294;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,24:0.57:42
chr17	38152373	rs35244421	CA	C	531.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.885;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.11;MQRankSum=1.301;QD=6.26;ReadPosRankSum=0.033;SOR=0.814;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,49:0.58:85
chr17	38153473	rs12453334	C	T	2240.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=3.452;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=68;NR=13;PP=1543;ReadPosRankSum=-1.216;SC=AGGGGCCCGCCGCTTCCTGCC;SOR=0.742;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=164;TCF=136;TCR=28;TR=81;WE=38153481;WS=38153463;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:98,92:0.48:190
chr17	38153554	rs2241244	G	C	8752.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=2.850;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=828;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.742;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=166;NR=100;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.226;SC=TCCTTCCCTCGCTCATCTCCT;SOR=0.813;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=505;TCF=306;TCR=199;TR=266;WE=38153562;WS=38153544;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:399,421:0.51:820
chr17	38153714	rs10671123	T	TGA	36372.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=877;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=87;NR=312;PP=2957;SC=CTGGAAGGGCTGAGCTGCTCT;SOR=0.811;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=424;TCF=93;TCR=331;TR=399;WE=38153722;WS=38153704;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,841:1.00:841
chr17	38153875	rs7021	T	A	1580.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.210;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.499;HP=2;HapScore=1;MGOF=29;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=-1.144;NF=38;NR=83;PP=1691;ReadPosRankSum=0.712;SC=GGGGACAGGCTCTTTCCCCCT;SOR=0.474;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=282;TCF=94;TCR=188;TR=121;WE=38153883;WS=38153865;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:112,84:0.43:196
chr17	38171668	rs2227322	C	G	2787.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.212;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=359;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.768;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=43;PP=1491;ReadPosRankSum=-0.499;SC=TGTATAAAGGCCCCCCTAGAG;SOR=0.796;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=237;TCF=130;TCR=107;TR=99;WE=38171676;WS=38171658;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:210,144:0.41:354
chr17	38172192	rs2227324	G	A	3500.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=37;NR=71;PP=2151;SC=TGGAAGGGACGTGGGAGAATA;SOR=1.341;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=108;TCF=37;TCR=71;TR=108;WE=38172200;WS=38172182;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr17	38172305	rs2071369	T	C	2240.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=28;NR=31;PP=1196;SC=GTGGAGGCATTACATTCAGGA;SOR=0.768;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=59;TCF=28;TCR=31;TR=59;WE=38172313;WS=38172301;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr17	38172452	rs2071370	T	C	3112.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=47;NR=31;PP=1561;SC=GACCCGGCCATGGCGAGTCTC;SOR=1.054;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=78;TCF=47;TCR=31;TR=78;WE=38172460;WS=38172442;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr17	38172942	rs2227338	A	G	6665.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=234;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=53;NR=144;PP=2965;SC=CACCACAGCCAGGCCTGTGTA;SOR=1.860;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=198;TCF=53;TCR=145;TR=197;WE=38172950;WS=38172932;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,231:1.00:231
chr17	38173143	rs25645	G	A	3258.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.417;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=256;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.463;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=45;PP=1509;ReadPosRankSum=-0.809;SC=GAGGGGTCCTGGTTGCCTCCC;SOR=0.799;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=155;TCF=81;TCR=74;TR=102;WE=38173151;WS=38173133;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,159:0.64:249
chr17	38176256	rs2270401	A	T	2536.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-2.115;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=64;PP=1443;ReadPosRankSum=-0.502;SC=CTCTGGGAGAAGGTGGGACTG;SOR=0.708;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=166;TCF=38;TCR=128;TR=83;WE=38176264;WS=38176246;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:99,111:0.53:210
chr17	38176476	rs9899955	A	G	4343.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=99;NR=35;PP=2848;SC=ATGAGAAGAGAGACTCGTCCA;SOR=1.905;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=136;TCF=101;TCR=35;TR=134;WE=38176484;WS=38176466;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,154:1.00:154
chr17	38178149	rs2302776	A	G	805.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-1.240;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.131;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=5;PP=551;ReadPosRankSum=-0.755;SC=GCAGAGTGGCAGCATCGGGGA;SOR=0.922;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=59;TCF=50;TCR=9;TR=34;WE=38178157;WS=38178139;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,38:0.54:70
chr17	38178627	rs3213762	A	G	6002.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.477;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=645;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.518;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=91;NR=97;PP=2741;ReadPosRankSum=0.300;SC=GAAGCCGGCGAGGGCAGCTGG;SOR=0.638;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=377;TCF=177;TCR=200;TR=188;WE=38178635;WS=38178617;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:342,299:0.47:641
chr17	38179290	rs4794824	G	A	686.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=2.166;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.328;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=3;PP=417;ReadPosRankSum=0.258;SC=CCTGGCTCACGGCAGCCTCTC;SOR=1.152;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=81;TCF=66;TCR=15;TR=28;WE=38179298;WS=38179280;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,33:0.36:91
chr17	38179374	rs4247366	G	A	2547.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-2.339;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=348;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.848;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=33;PP=1149;ReadPosRankSum=-1.912;SC=AGCCACTCCAGCCCAAGTACC;SOR=0.640;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=239;TCF=148;TCR=91;TR=85;WE=38179382;WS=38179364;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:213,132:0.38:345
chr17	38179492	rs2302777	A	G	8243.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=2.844;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=669;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.233;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=111;NR=115;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.396;SC=CCTTGGCAAAAATGTCCGTCA;SOR=0.545;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=418;TCF=224;TCR=194;TR=226;WE=38179500;WS=38179482;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:290,370:0.56:660
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chr17	38183090	rs2302774	G	T	8148.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.818;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=642;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=117;NR=116;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.624;SC=CCCTTGGAGTGGGCGCCCGGG;SOR=0.665;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=407;TCF=200;TCR=207;TR=233;WE=38183098;WS=38183080;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:266,369:0.58:635
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chr17	38188844	rs7502514	A	G	1151.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-3.085;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=7;PP=681;ReadPosRankSum=0.782;SC=CCAGGGTGCCACTGGTCTTGC;SOR=0.735;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=88;TCF=71;TCR=17;TR=44;WE=38188852;WS=38188834;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,55:0.53:104
chr17	38189049	rs4072639	G	A	13798.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.904;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=604;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=22.92;ReadPosRankSum=0.666;SOR=0.657;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:248,354:0.59:602
chr17	38189055	rs3935280	A	G	13775.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.755;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=584;ExcessHet=3.0103;FS=0.531;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=23.67;ReadPosRankSum=-0.326;SOR=0.645;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:235,347:0.60:582
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chr17	38192137	rs11078935	T	G	2470.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=0.085;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=64;PP=1690;ReadPosRankSum=1.362;SC=GGACTCCTGCTCCTCTCTCCT;SOR=0.700;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=158;TCF=48;TCR=110;TR=94;WE=38192145;WS=38192127;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,107:0.55:193
chr17	38252667	rs939346	G	A	8581.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=335;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=140;NR=68;PP=2965;SC=GGCGGAAGAAGGGGGGAGGAT;SOR=1.179;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=210;TCF=140;TCR=70;TR=208;WE=38252675;WS=38252657;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,328:1.00:328
chr17	38253228	rs2102928	T	C	1882.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=25;NR=28;PP=1259;SC=CCAGAATAGGTCCTGGCAAGA;SOR=0.790;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=53;TCF=25;TCR=28;TR=53;WE=38253236;WS=38253218;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr17	38256185	rs4795424	A	C	1999.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=41;NR=12;PP=1159;SC=ACACTAAAGCACCGCAGCACG;SOR=1.965;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=53;TCF=41;TCR=12;TR=53;WE=38256193;WS=38256175;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr17	38279036	rs117827273	C	G	2244.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.428;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=253;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=46;PP=1189;ReadPosRankSum=1.439;SC=AGCCGGGGCCCCCGCTGGCCT;SOR=0.702;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=178;TCF=73;TCR=105;TR=79;WE=38279044;WS=38279026;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:138,111:0.45:249
chr17	38296626	rs71152646	AAC	A	135.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.035;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.43;ReadPosRankSum=0.057;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,10:0.40:25
chr17	38297087	.	C	G	225	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;FR=0.5000;HP=9;HapScore=2;MGOF=4;MMLQ=22;MQ=59.35;NF=0;NR=16;PP=225;QD=16.2357007842;SC=CGGCCGGGGGCGGGGTGTAGG;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=36;TCF=16;TCR=20;TR=16;WE=38297095;WS=38297077;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:20,16:0.44:36
chr17	38323151	rs74458287	T	A	2405.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.176;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=272;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.515;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=53;PP=1145;ReadPosRankSum=-1.254;SC=GGGAGGGAGCTGCCTGTTACA;SOR=0.582;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=207;TCF=72;TCR=135;TR=83;WE=38323159;WS=38323141;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:146,121:0.45:267
chr17	38324766	rs11327454	AT	A	1328.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=29;PP=1175;SC=TTGAGAGAACATTTTCAGTGC;SOR=2.352;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=33;TCF=2;TCR=31;TR=31;WE=38324774;WS=38324756;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr17	38334359	rs66989091	A	AG	2956.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=52;NR=10;PP=2887;SC=CCGCCCCCTGAGAGGAAGGAG;SOR=2.777;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=66;TCF=55;TCR=11;TR=62;WE=38334367;WS=38334349;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr17	38346802	rs56304903	C	G	6317.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.378;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=975;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=114;NR=115;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.956;SC=TTCCCAAGGCCTTGACTGGAA;SOR=0.682;SbPval=0.52;Source=Platypus;TCR=316;TR=229;WE=38346810;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:613,352:0.36:965
chr17	38348616	rs56357916	G	A	1046.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-2.232;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=29;PP=672;ReadPosRankSum=0.590;SC=AAGGTGTTTAGTGTATGGGAC;SOR=0.634;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=88;TCF=28;TCR=60;TR=42;WE=38348624;WS=38348606;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,48:0.51:95
chr17	38451739	.	TA	T	312.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.886;ClippingRankSum=0.000;DP=220;ExcessHet=3.0103;FS=7.065;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.10;MQRankSum=2.144;QD=1.87;ReadPosRankSum=-0.585;SOR=1.465;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:118,49:0.29:167
chr17	38519291	rs502041	C	G	4443.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=61;NR=35;PP=2153;SC=GCGGGGCGCACGGCTCGGGGC;SOR=1.114;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=96;TCF=61;TCR=35;TR=96;WE=38519299;WS=38519281;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,156:1.00:156
chr17	38556770	rs471692	T	C	13947.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=523;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=178;NR=153;PP=2965;SC=AAGAAATCCATAATTATTTAC;SOR=0.791;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=333;TCF=179;TCR=154;TR=331;WE=38556778;WS=38556760;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,512:1.00:512
chr17	38563710	rs558068	C	G	924.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=27;NR=4;PP=748;SC=TCCTATTTAACTAATTTATTT;SOR=3.407;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=27;TCR=4;TR=31;WE=38563718;WS=38563700;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr17	38566396	rs2715548	G	A	863.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=11;PP=419;SC=GGATAAGCAAGAAGTTTGCTA;SOR=0.880;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=7;TCR=11;TR=18;WE=38566404;WS=38566386;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr17	38572366	rs2586112	G	A	988.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=27;PP=780;SC=AGTGTTTTAAGAAACATTCTG;SOR=3.193;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=30;TCF=3;TCR=27;TR=30;WE=38572374;WS=38572356;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr17	38600092	rs598892	G	A	179.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.165;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=5;PP=116;ReadPosRankSum=2.682;SC=AGGAGAAGCTGGCGCGCTGCC;SOR=0.591;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=23;TCF=13;TCR=10;TR=10;WE=38600100;WS=38600082;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,11:0.34:32
chr17	38609431	rs5820347	G	GAC	3530.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.006;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=67;PP=2987;ReadPosRankSum=0.964;SC=CATGTGCATAGACACACACAC;SOR=0.956;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=101;TCF=5;TCR=96;TR=71;WE=38609439;WS=38609421;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:9,105:0.92:114
chr17	38634367	rs9895505	G	C	449.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-0.383;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.200;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=2;PP=315;ReadPosRankSum=-0.600;SC=GGGCTCCCAGGCTCATGTCAC;SOR=0.200;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=31;TCF=29;TCR=2;TR=16;WE=38634375;WS=38634359;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,18:0.51:35
chr17	38634383	rs8072052	A	T	478.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-3.313;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=2;PP=320;ReadPosRankSum=0.786;SC=GTCACCCCCAACAGCCCAGAG;SOR=0.446;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=32;TCF=30;TCR=2;TR=17;WE=38634391;WS=38634373;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,20:0.51:39
chr17	38634605	rs17472276	T	C	2498.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=4.079;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=340;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.852;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=41;PP=1341;ReadPosRankSum=1.307;SC=AAGAACATGATACCGAGTAAT;SOR=0.584;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=222;TCF=116;TCR=106;TR=81;WE=38634613;WS=38634595;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:206,128:0.38:334
chr17	38634929	rs749906	C	T	6673.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.588;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=815;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.527;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=114;NR=109;PP=2962;ReadPosRankSum=0.392;SC=AGAAGGGAAGCGATGACAGCC;SOR=0.711;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=500;TCF=247;TCR=253;TR=223;WE=38634937;WS=38634919;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:465,341:0.42:806
chr17	38635064	rs749907	C	T	2153.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=3.835;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=253;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.093;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=69;PP=1467;ReadPosRankSum=0.569;SC=GGGGCCCTGGCGCCCCGCTCC;SOR=0.807;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=208;TCF=57;TCR=151;TR=96;WE=38635072;WS=38635054;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:144,103:0.42:247
chr17	38635107	rs749908	C	G	1212.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-4.769;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.144;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=41;PP=833;ReadPosRankSum=1.174;SC=TTGTCTGCCTCTGTCTTACAC;SOR=0.988;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=102;TCF=12;TCR=90;TR=45;WE=38635115;WS=38635097;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,49:0.45:108
chr17	38635876	rs72819648	C	T	1302.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.454;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.328;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=14;PP=681;ReadPosRankSum=0.744;SC=CTATCCCCTCCAGCTCTACTC;SOR=0.570;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=123;TCF=89;TCR=34;TR=47;WE=38635884;WS=38635866;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:103,65:0.39:168
chr17	38635897	rs8076413	G	A	2082.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.157;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=256;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.002;HP=4;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=27;PP=1025;ReadPosRankSum=-1.993;SC=CGCCAGCCCCGGAGCCCCAGG;SOR=0.619;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=170;TCF=111;TCR=59;TR=73;WE=38635905;WS=38635887;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:142,106:0.43:248
chr17	38643780	rs3764423	G	A	541.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=2.546;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=16;PP=371;ReadPosRankSum=1.281;SC=GTCAGGCTCCGGATCTGGTGA;SOR=0.749;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=37;TCF=5;TCR=32;TR=18;WE=38643788;WS=38643770;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,22:0.51:43
chr17	38786451	rs4890092	A	T	2036.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=42;NR=15;PP=995;SC=TATTATTATTATTTTTTACCT;SOR=1.897;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=60;TCF=45;TCR=15;TR=57;WE=38786459;WS=38786440;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr17	38813462	rs56178748	C	CAAA	397.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.551;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=26.52;ReadPosRankSum=-0.791;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,14:0.93:15
chr17	38813824	rs8068721	G	A	1548.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=36;NR=18;PP=1139;SC=TTCAAATATTGCTTGTTTTTT;SOR=1.445;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=58;TCF=38;TCR=20;TR=54;WE=38813836;WS=38813814;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr17	38813828	rs11412331	G	GT	1313.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.33;SOR=1.697;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr17	38816526	rs917593	A	G	3698.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=28.02;SOR=1.294;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr17	38816595	rs2008469	T	C	1020.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=32;PP=764;SC=TGCAATGCCATGATCTCGGTT;SOR=2.891;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=6;TCR=32;TR=38;WE=38816603;WS=38816585;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr17	38905477	rs10491127	T	G	14878.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.707;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=567;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=269;NR=144;PP=2965;ReadPosRankSum=2.349;SC=AAATAAAAAATTAGCATTGCA;SOR=1.308;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=413;TCF=269;TCR=144;TR=413;WE=38905485;WS=38905467;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,553:1.00:555
chr17	38906799	.	C	T	4271.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.115;ClippingRankSum=0.000;DP=528;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.525;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQ=59.26;MQRankSum=1.113;NF=62;NR=60;PP=1777;ReadPosRankSum=-0.980;SC=GCGCCAGCTGCGCACAGTAGT;SOR=0.696;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=319;TCF=158;TCR=161;TR=122;WE=38906807;WS=38906789;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:304,217:0.42:521
chr17	38910811	rs34344021	G	T	1965.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-2.118;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.255;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=46;PP=1175;ReadPosRankSum=0.711;SC=TTCTCTTTAAGAAATCACAAG;SOR=0.521;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=113;TCF=37;TCR=76;TR=72;WE=38910819;WS=38910801;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,87:0.61:143
chr17	38910970	rs33924883	C	CAA	174.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.526;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=2.124;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.26;MQRankSum=1.227;QD=5.64;ReadPosRankSum=0.327;SOR=1.371;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,12:0.39:31
chr17	38911212	rs12951078	G	A	6070.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=3.124;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=461;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.120;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=98;NR=99;PP=2962;ReadPosRankSum=1.303;SC=CCAGGTCAGCGTTGGCCTCCT;SOR=0.618;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=321;TCF=164;TCR=157;TR=197;WE=38911220;WS=38911202;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:184,274:0.60:458
chr17	38911363	rs12951399	G	A	5761.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.728;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=475;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.472;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=85;NR=100;PP=2962;ReadPosRankSum=0.819;SC=GTTTCCTCCCGATGAGCTGCC;SOR=0.811;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=331;TCF=160;TCR=171;TR=185;WE=38911371;WS=38911353;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:200,267:0.57:467
chr17	38922718	rs35253595	TTC	T	1548.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.131;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FS=5.942;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.12;MQRankSum=0.850;QD=17.02;ReadPosRankSum=-0.606;SOR=0.285;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,54:0.59:91
chr17	38925099	rs5820360	GT	G	253.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.029;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.69;ReadPosRankSum=-1.110;SOR=1.302;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,22:0.67:33
chr17	38925413	rs200744358	TTTTA	T	1408.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.617;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FS=2.459;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.46;MQRankSum=3.244;QD=12.58;ReadPosRankSum=-0.177;SOR=0.346;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:70,42:0.38:112
chr17	38934118	rs2286648	C	G	521.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.996;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.972;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=19;PP=391;ReadPosRankSum=-0.605;SC=GATTCCACTTCTTCAATATTA;SOR=2.066;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=36;TCF=3;TCR=33;TR=20;WE=38934126;WS=38934108;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,21:0.54:39
chr17	38935812	rs981684	A	G	4971.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.606;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=399;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.649;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=84;NR=62;PP=2191;ReadPosRankSum=0.616;SC=TTTCATCTCGATAAGCTCATT;SOR=0.789;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=255;TCF=143;TCR=112;TR=146;WE=38935820;WS=38935802;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:167,231:0.58:398
chr17	38935876	rs17558532	C	T	3019.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.109;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=399;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.667;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=56;PP=1582;ReadPosRankSum=0.368;SC=TGCAGCGAGGCGCTCTGGAAC;SOR=0.720;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=273;TCF=137;TCR=136;TR=110;WE=38935884;WS=38935866;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:239,157:0.40:396
chr17	38936659	rs17558560	C	T	6720.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.218;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=683;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.521;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=115;NR=111;PP=2962;ReadPosRankSum=0.510;SC=CTTCGCAAACCATTGATGTCC;SOR=0.749;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=431;TCF=217;TCR=214;TR=226;WE=38936667;WS=38936649;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:341,332:0.49:673
chr17	38938216	rs17473777	T	G	1430.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.885;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.070;HP=1;HapScore=1;MGOF=41;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=12;PP=1883;ReadPosRankSum=-0.451;SC=CAAAGCCCTGTTATTGTGATA;SOR=0.556;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=65;TCF=50;TCR=15;TR=49;WE=38938230;WS=38938206;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,59:0.73:81
chr17	38938222	rs72824004	T	C	539.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=3.072;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.433;HP=2;HapScore=1;MGOF=41;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=4;PP=718;ReadPosRankSum=-0.314;SC=CCTGTTATTGTGATAGCTTAT;SOR=1.179;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=77;TCF=57;TCR=20;TR=22;WE=38938230;WS=38938206;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,28:0.30:93
chr17	38950272	rs2250671	T	C	13139.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-2.222;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=509;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=-0.252;NF=130;NR=154;PP=2965;ReadPosRankSum=0.222;SC=TCTCGGTCTCTGTCAAGGAGC;SOR=0.411;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=285;TCF=131;TCR=154;TR=284;WE=38950280;WS=38950262;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,503:1.00:504
chr17	38953540	rs3813038	A	G	20812.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=802;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=202;NR=220;PP=2965;SC=TCTCCTGGAGAGAAGCAAGAG;SOR=0.721;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=423;TCF=203;TCR=220;TR=422;WE=38953548;WS=38953530;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,789:1.00:789
chr17	38954687	rs9914044	C	T	4254.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=36;NR=74;PP=2250;SC=TAAGACTACCCCAAGAAACAG;SOR=1.324;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=111;TCF=36;TCR=75;TR=110;WE=38954695;WS=38954677;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,155:1.00:155
chr17	38955173	rs7222207	G	A	1001.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.389;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.114;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=13;PP=466;ReadPosRankSum=1.352;SC=ACTTACTTTAGCCTGAAATCA;SOR=0.960;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=96;TCF=59;TCR=37;TR=35;WE=38955181;WS=38955163;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:89,53:0.37:142
chr17	38955274	rs7224150	A	C	1276.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.318;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.81;ReadPosRankSum=1.345;SOR=0.716;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:79,66:0.46:145
chr17	38975214	.	T	TGCCGCCGTGGCCGCCGCTGGAGCTTCC	2432.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.125;ClippingRankSum=0.000;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.762;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=8.486;NF=11;NR=38;PP=2973;ReadPosRankSum=0.199;SC=CCGCTGGAACTGCCGCCGTGG;SOR=0.863;SbPval=0.14;Source=Platypus;TC=140;TCF=21;TCR=119;TR=49;WE=38975222;WS=38975204;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,59:0.50:118
chr17	38975328	rs17855579	G	A	6007.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.19;QD=27.43;SOR=1.297;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,219:1.00:219
chr17	38976978	rs6503559	C	A	2154.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.348;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=262;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.404;HP=3;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=56;PP=1363;ReadPosRankSum=-0.635;SC=TGTATCTGGGCAGAGACTATT;SOR=0.981;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=182;TCF=62;TCR=120;TR=80;WE=38976986;WS=38976968;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:152,105:0.41:257
chr17	38976998	rs1799873	G	A	5073.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=49;NR=93;PP=2836;SC=TTAAAAAGCAGCTACATAGTT;SOR=1.305;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=142;TCF=49;TCR=93;TR=142;WE=38977006;WS=38976988;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,188:1.00:188
chr17	38977048	rs1799874	T	C	871.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=2.593;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.930;HP=1;HapScore=2;MGOF=28;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=28;PP=680;ReadPosRankSum=-0.017;SC=TACAGTTCTCTTAGAAGTAAT;SOR=0.551;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=83;TCF=19;TCR=64;TR=37;WE=38977056;WS=38977038;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,38:0.43:89
chr17	38978462	rs77919366	C	T	12164.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=2.158;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1458;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=201;NR=203;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.877;SC=CCTCCAAAGCCGCCTCCACCA;SOR=0.685;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=953;TCF=477;TCR=476;TR=404;WE=38978470;WS=38978452;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:829,617:0.43:1446
chr17	38978536	rs4261597	A	C	45413.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=1696;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=436;NR=546;PP=2965;SC=CCCTCCAAAGATGCCTCCATA;SOR=0.882;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=985;TCF=436;TCR=549;TR=982;WE=38978544;WS=38978513;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,1686:1.00:1686
chr17	38990834	rs2240078	G	C	9704.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.976;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=348;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=171;NR=69;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.608;SC=CCAGCTATGTGCCCTCTGTTG;SOR=0.655;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=241;TCF=172;TCR=69;TR=240;WE=38990842;WS=38990824;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,340:1.00:341
chr17	38991032	rs6694	T	A	8055.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.255;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=984;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=123;NR=140;PP=2962;ReadPosRankSum=2.772;SC=GTGCTTGCGGTCATCGGTTGA;SOR=0.701;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=608;TCF=286;TCR=322;TR=263;WE=38991040;WS=38991022;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:561,414:0.42:975
chr17	39020205	.	TAC	T	72	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=18.00;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr17	39023381	rs17566772	G	A	10276.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-2.240;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=826;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.538;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=120;NR=201;PP=2962;ReadPosRankSum=1.505;SC=GAGGAGAGCCGCCGGGACAGT;SOR=0.652;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=529;TCF=195;TCR=334;TR=321;WE=39023389;WS=39023371;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:325,486:0.60:811
chr17	39032479	rs75091657	C	T	1848.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=4.552;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.676;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=7;PP=1191;ReadPosRankSum=-2.202;SC=ATAGGATTCCCGCCACCCCAC;SOR=1.754;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=115;TCF=100;TCR=15;TR=60;WE=39032487;WS=39032469;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,67:0.66:102
chr17	39033672	.	G	GT	151.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.135;ClippingRankSum=0.000;DP=156;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.17;ReadPosRankSum=-0.212;SOR=0.596;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:100,30:0.23:130
chr17	39038941	rs149855322	T	TTTTATTTA	3386.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.493;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=446;ExcessHet=3.0103;FS=9.072;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.02;MQRankSum=0.000;QD=19.58;ReadPosRankSum=2.312;SOR=1.394;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:84,89:0.51:173
chr17	39041052	rs7212483	C	T	4690.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.300;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=374;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=80;NR=46;PP=2121;ReadPosRankSum=-1.534;SC=TCTCACCTGACTTCGCAGCTC;SOR=0.713;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=233;TCF=145;TCR=88;TR=126;WE=39041060;WS=39041042;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:154,217:0.58:371
chr17	39041309	rs17567558	G	A	6364.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-2.342;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=553;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.106;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=85;NR=104;PP=2795;ReadPosRankSum=-2.212;SC=AGATGCGGATGCCCCGGCCTC;SOR=0.605;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=360;TCF=159;TCR=201;TR=189;WE=39041317;WS=39041299;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:239,308:0.56:547
chr17	39084679	rs74736965	T	G	11506.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.901;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=963;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=181;NR=166;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.591;SC=TTTGGGAAGTTTGTGCATCTT;SOR=0.690;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=620;TCF=322;TCR=298;TR=347;WE=39084687;WS=39084669;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:419,526:0.56:945
chr17	39087597	rs72824086	C	G	6114.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.361;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=612;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.781;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=140;NR=70;PP=2962;ReadPosRankSum=-2.297;SC=AACAAAAACCCGAACAACCCT;SOR=0.867;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=388;TCF=251;TCR=137;TR=210;WE=39087605;WS=39087587;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:300,307:0.51:607
chr17	39092784	rs61745879	C	T	2107.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.553;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=42;PP=1129;ReadPosRankSum=-0.565;SC=AGCTCCTGGGCCGGCCCCAGC;SOR=0.669;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=126;TCF=53;TCR=73;TR=70;WE=39092792;WS=39092774;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,96:0.59:164
chr17	39122564	rs918075	A	T	1245.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=3.118;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=5;PP=919;ReadPosRankSum=-0.601;SC=AACAAAAAATATTAAAGTTTA;SOR=0.772;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=66;TCF=58;TCR=8;TR=44;WE=39122572;WS=39122554;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,47:0.69:68
chr17	39134572	rs142287779	C	G	4583.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.322;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=416;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.522;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=73;NR=61;PP=1948;ReadPosRankSum=-0.127;SC=GATTTTCAACCAAGATTAACA;SOR=0.740;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=253;TCF=136;TCR=117;TR=134;WE=39134580;WS=39134562;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:189,226:0.54:415
chr17	39134590	rs2271281	G	C	4916.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.686;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=434;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.520;HP=3;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=69;NR=70;PP=2002;ReadPosRankSum=0.230;SC=ACAAGGGAATGTTGATAAAAT;SOR=0.671;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=261;TCF=126;TCR=135;TR=139;WE=39134598;WS=39134580;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:191,239:0.56:430
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chr17	39139256	rs9910558	A	T	2067.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=3.914;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.401;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=17;PP=1278;ReadPosRankSum=2.076;SC=GTGAAACTCCATCTCAAAATA;SOR=1.326;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=138;TCF=97;TCR=41;TR=73;WE=39139264;WS=39139246;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:92,90:0.49:182
chr17	39139348	rs16968859	A	G	6478.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.525;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=608;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQ=59.97;MQRankSum=1.066;NF=103;NR=89;PP=2859;ReadPosRankSum=-0.166;SC=GCTGTACAGCAAGTCTAGAAT;SOR=0.662;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=347;TCF=188;TCR=159;TR=192;WE=39139356;WS=39139338;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:284,321:0.53:605
chr17	39140272	rs17843015	A	G	12128.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.104;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1023;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=178;NR=167;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.101;SC=ATTGCTAGTGAACACCCCATC;SOR=0.724;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=612;TCF=316;TCR=296;TR=345;WE=39140280;WS=39140262;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:451,555:0.55:1006
chr17	39150167	rs12452295	G	A	4643.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.010;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=401;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.479;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-6.279;NF=112;NR=74;PP=2962;ReadPosRankSum=0.990;SC=AGGTGGGCACGCAGGGCTGAG;SOR=0.519;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=339;TCF=211;TCR=128;TR=186;WE=39150175;WS=39150157;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:189,206:0.52:395
chr17	39150284	rs2010201	A	G	10690.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.402;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1032;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.088;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-8.824;NF=174;NR=183;PP=2962;ReadPosRankSum=2.658;SC=AGGATTTGTCAGAGGAGCAGA;SOR=0.614;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=643;TCF=306;TCR=337;TR=357;WE=39150292;WS=39150274;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:506,523:0.51:1029
chr17	39150357	rs1989365	A	G	9241.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.583;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=733;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.530;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=113;NR=179;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.968;SC=CATGGCTATTAGAGTCTGTGG;SOR=0.648;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=484;TCF=185;TCR=299;TR=292;WE=39150365;WS=39150347;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:310,421:0.58:731
chr17	39150443	rs2010209	G	A	2289.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=0.771;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.686;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=69;PP=1511;ReadPosRankSum=1.263;SC=GGGCTCTTATGTACCCTCTCC;SOR=1.179;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=144;TCF=27;TCR=117;TR=81;WE=39150451;WS=39150433;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,95:0.58:164
chr17	39156027	rs3829598	G	A	12031.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=2.178;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1161;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=4.188;NF=167;NR=176;PP=2962;ReadPosRankSum=2.755;SC=ACTCCACAGCGGCAGGATTTG;SOR=0.710;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=662;TCF=326;TCR=336;TR=343;WE=39156035;WS=39156017;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:563,586:0.51:1149
chr17	39156224	rs3813051	C	G	1473.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-0.813;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=45;PP=1073;ReadPosRankSum=-0.230;SC=CAACTGGAAGCCTTCCTGTTT;SOR=0.685;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=93;TCF=12;TCR=81;TR=52;WE=39156232;WS=39156214;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,58:0.56:103
chr17	39182867	rs147786626	A	G	1538.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.874;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.366;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=1.654;NF=31;NR=19;PP=764;ReadPosRankSum=-0.063;SC=GCAATTGAAAATAAGCAAACT;SOR=0.848;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=97;TCF=58;TCR=39;TR=50;WE=39182875;WS=39182857;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,72:0.53:136
chr17	39183011	rs200596096	AG	A	2392.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.951;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=1.720;NF=15;NR=35;PP=1378;ReadPosRankSum=2.122;SC=ACCACACAGCAGGGGGGTAGG;SOR=0.714;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=94;TCF=23;TCR=71;TR=50;WE=39183019;WS=39183001;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:92,95:0.51:187
chr17	39186031	rs8074117	C	T	2094.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.552;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.567;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=30;PP=962;ReadPosRankSum=0.431;SC=CACAGTAGGACGGGCGGCAGC;SOR=0.763;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=117;TCF=60;TCR=57;TR=66;WE=39186039;WS=39186021;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,99:0.59:169
chr17	39186168	rs8074887	A	C	1509.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.588;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.599;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-2.595;NF=22;ReadPosRankSum=0.821;SC=GTGCTCACAGATCCACCGCTG;SOR=0.436;Source=Platypus;TCF=47;WE=39186176;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,57:0.56:102
chr17	39186220	rs8073323	G	A	2194.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.110;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.995;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-2.380;NF=43;NR=30;PP=1264;ReadPosRankSum=0.915;SC=TGCCACAGCCGGTTCCGCAGG;SOR=0.551;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=124;TCF=76;TCR=48;TR=73;WE=39186228;WS=39186210;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,97:0.60:163
chr17	39186382	rs8077277	G	A	2114.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.787;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.555;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=48;PP=1079;ReadPosRankSum=-0.173;SC=CTGAGTTTGGGCTGTACCTTC;SOR=0.746;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=139;TCF=48;TCR=91;TR=72;WE=39186390;WS=39186372;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,98:0.53:185
chr17	39190758	rs62622847	T	C	2171.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.972;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.775;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.982;NF=28;NR=35;PP=1160;ReadPosRankSum=0.468;SC=CACCACCTGATACGGGTGCTC;SOR=0.459;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=110;TCF=44;TCR=66;TR=63;WE=39190766;WS=39190748;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,94:0.59:160
chr17	39190954	.	G	GCAGCAGCTTGGCTGGCAGCAGCTGGTCTCA	4563.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.190;ClippingRankSum=0.000;DP=320;ExcessHet=3.0103;FS=4.992;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.77;MQRankSum=-8.637;QD=22.37;ReadPosRankSum=2.573;SOR=1.117;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:148,56:0.27:204
chr17	39197176	rs3815561	G	A	3095.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.457;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=241;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.489;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=2.545;NF=41;NR=58;PP=1562;ReadPosRankSum=0.502;SC=ACTGTCCACAGTAGGATGGGC;SOR=0.749;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=162;TCF=69;TCR=93;TR=99;WE=39197184;WS=39197166;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:91,145:0.61:236
chr17	39197499	rs3213755	G	A	6774.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.240;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=591;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.522;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=4.720;NF=134;NR=93;PP=2962;ReadPosRankSum=0.738;SC=AAGCTGGTCTGGCAGCAGCTT;SOR=0.755;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=407;TCF=238;TCR=169;TR=227;WE=39197507;WS=39197489;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:272,309:0.53:581
chr17	39197760	rs17843047	C	T	3217.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.141;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.753;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=82;PP=1952;ReadPosRankSum=-0.724;SC=CTATTTGTGGCGAGCAACATT;SOR=0.406;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=178;TCF=43;TCR=135;TR=113;WE=39197768;WS=39197750;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,139:0.65:213
chr17	39240426	rs11658607	G	A	11723.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-2.376;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1363;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-17.050;NF=232;NR=192;PP=2962;ReadPosRankSum=3.563;SC=CACTCTCTTGGAAACCCACCC;SOR=0.692;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=855;TCF=481;TCR=374;TR=424;WE=39240434;WS=39240416;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:750,611:0.45:1361
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chr17	39254444	rs6416913	T	C	2147.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=3.218;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.597;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=68;PP=1579;ReadPosRankSum=-1.454;SC=AGGCCCGTTGTCACCACGTCA;SOR=0.770;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=198;TCF=42;TCR=156;TR=85;WE=39254452;WS=39254434;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:123,95:0.44:218
chr17	39258027	rs7503699	G	A	1550.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.274;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.05;ReadPosRankSum=1.466;SOR=0.690;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:135,85:0.39:220
chr17	39258495	rs168397	G	A	1170.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-1.282;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.745;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=27;PP=569;ReadPosRankSum=0.268;SC=TGATTTAAAGGTGGAATTCAT;SOR=0.428;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=77;TCF=18;TCR=59;TR=37;WE=39258503;WS=39258485;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,56:0.52:108
chr17	39261608	rs349791	G	A	2847.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.301;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=789;ExcessHet=3.0103;FS=21.719;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.57;MQRankSum=-17.826;QD=3.63;ReadPosRankSum=-4.301;SOR=2.406;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:671,114:0.15:785
chr17	39261611	rs11654665	G	A	2897.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.904;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=816;ExcessHet=3.0103;FS=18.586;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.66;MQRankSum=-17.204;QD=3.57;ReadPosRankSum=-4.383;SOR=2.183;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:689,123:0.15:812
chr17	39261933	rs7207685	C	T	3867.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=3.171;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=371;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.838;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-10.078;NF=49;NR=64;PP=1633;ReadPosRankSum=-0.098;SC=TGCCAGCCTGCGTGCTGCCAA;SOR=0.798;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=280;TCF=123;TCR=157;TR=113;WE=39261941;WS=39261923;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:249,117:0.32:366
chr17	39261949	rs7212474	T	C	3937.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=4.974;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=368;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-10.387;NF=54;NR=59;PP=1960;ReadPosRankSum=-2.424;SC=GCCAACCCACTTGCTGTCGCC;SOR=0.677;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=267;TCF=122;TCR=145;TR=113;WE=39261957;WS=39261939;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:242,120:0.33:362
chr17	39274069	rs349771	G	C	2615.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.892;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=383;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.010;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.052;NF=46;NR=58;PP=1143;ReadPosRankSum=0.667;SC=CAGGAGACTCGGCCACAGACT;SOR=0.803;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=275;TCF=135;TCR=140;TR=104;WE=39274077;WS=39274059;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:229,144:0.39:373
chr17	39274518	rs9897031	C	T	7929.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.592;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=871;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-3.841;NF=127;NR=125;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.641;SC=GCAGAGGTCTCGGCCACAGCC;SOR=0.670;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=572;TCF=282;TCR=290;TR=252;WE=39274526;WS=39274508;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:476,392:0.45:868
chr17	39324229	.	T	TGCAGCAGGTGGTCAG	2968	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;FR=0.5000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MMLQ=26;MQ=46.55;NF=32;NR=29;PP=2968;QD=20;SC=CAGGTGGTCCTGCAGCAGCTG;SbPval=0.08;Source=Platypus;TC=116;TCF=44;TCR=72;TR=61;WE=39324237;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:55,61:0.53:116
chr17	39333956	rs377518	T	C	2428.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=54;NR=14;PP=1461;SC=CACAGGTGGATCATATCAAGA;SOR=2.196;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=68;TCF=54;TCR=14;TR=68;WE=39333964;WS=39333946;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr17	39334133	rs389784	T	C	11856.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.754;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=437;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=-0.153;NF=159;NR=128;PP=2965;ReadPosRankSum=0.145;SC=GGGCTGGCAGTACACAGACTG;SOR=0.755;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=290;TCF=160;TCR=130;TR=287;WE=39334141;WS=39334123;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,433:1.00:435
chr17	39334456	rs493514	G	A	21645.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=818;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=190;NR=332;PP=2965;SC=TTTCCAGGAAGGTGGGTTTGG;SOR=1.109;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=524;TCF=191;TCR=333;TR=522;WE=39334464;WS=39334446;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,808:1.00:808
chr17	39340597	rs452216	G	A	9627.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=366;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=164;NR=87;PP=2965;SC=ACATGGACAAGTTGATATAAA;SOR=1.255;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=252;TCF=164;TCR=88;TR=251;WE=39340605;WS=39340587;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,352:1.00:352
chr17	39340707	rs398825	C	T	15423.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=578;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NR=173;PP=2965;SC=CAGCAAGTTGCACGGCAGCAG;SOR=0.721;Source=Platypus;TCR=175;WE=39340715;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,576:1.00:576
chr17	39340795	.	ACGGCAGCAGCTGGACATACCACAGCTGGGGTGGCAGGTGGTCTGACAGCAGAGTGGG	A	8873.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=277;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.51;QD=40.89;SOR=1.042;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,217:1.00:217
chr17	39340812	.	T	C	2965	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;FR=1.0000;HP=2;HapScore=1;MMLQ=26;NF=48;NR=79;PP=2965;QD=20;SC=CAGCTGGACATACCACAGCTG;Source=Platypus;TCF=48;TR=127;WS=39340802;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:1,127:0.99:128
chr17	39340826	.	T	C	2793	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;FR=1.0000;HP=6;HapScore=1;MGOF=44;MMLQ=24;MQ=54.91;NF=54;NR=71;PP=2793;QD=20;SC=ACAGCTGGGGTGGCAGGTGGT;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=128;TCF=54;TCR=74;TR=125;WE=39340834;WS=39340802;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:3,125:0.98:128
chr17	39340843	.	GCAGAGTGGG	ACAGACTGGG,ACAGAGTGGA	2944	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.45;FR=0.5000,0.5000;HP=1;HapScore=1;MGOF=42;MMLQ=28;MQ=55.67;NF=11,45;NR=26,36;PP=1491,2944;QD=41.7423749963;SC=TGGTCTGACAGCAGAGTGGGC;SbPval=0.93;Source=Platypus;TC=131;TCF=58;TCR=73;TR=37,81;WE=39340860;WS=39340833;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.28:131
chr17	39340910	rs2320231	T	C	8290.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.273;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=306;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.215;HP=5;HapScore=1;MGOF=34;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=-0.221;NF=97;NR=100;PP=2965;ReadPosRankSum=1.411;SC=ACAGACTGGGTGGCAGCAGCT;SOR=0.384;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=201;TCF=98;TCR=103;TR=197;WE=39340918;WS=39340900;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,303:1.00:304
chr17	39341158	rs452531	G	A	9526.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=356;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=88;NR=149;PP=2965;SC=TGAGTTTTTCGAATGTGGGAA;SOR=1.096;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=237;TCF=88;TCR=149;TR=237;WE=39341166;WS=39341148;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,350:1.00:350
chr17	39341266	rs449817	A	G	2048.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=14;NR=43;PP=1329;SC=TAGATAGGCAATTATCAAGTT;SOR=1.885;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=57;TCF=14;TCR=43;TR=57;WE=39341274;WS=39341256;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr17	39341294	rs385122	T	A	1468.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=8;NR=33;PP=1086;SC=TGTGGGAAAATATCTGTATAA;SOR=2.400;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=8;TCR=33;TR=41;WE=39341302;WS=39341284;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr17	39346518	rs238824	T	C	23611.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=853;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=280;NR=262;PP=2965;SC=TATCAAACTATCTGCTTCAGG;SOR=0.734;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=551;TCF=282;TCR=269;TR=542;WE=39346526;WS=39346508;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,845:1.00:845
chr17	39346595	rs11283848	T	TGCTGTGGGTCCAGCTGCTGCCAGCCTA	24123.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=1.127;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=782;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.228;NF=34;NR=89;PP=2967;ReadPosRankSum=-0.543;SC=CCAGCCCACCTGCTGTGGGTC;SOR=0.701;SbPval=0.24;Source=Platypus;TC=269;TCF=62;TCR=207;TR=123;WE=39346603;WS=39346585;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,510:1.00:512
chr17	39406409	rs2191379	C	A	19484.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=714;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=203;NR=261;PP=2965;SC=ACCTGTGTGTCCAGCTGCTGT;SOR=0.866;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=465;TCF=204;TCR=261;TR=464;WE=39406417;WS=39406399;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,713:1.00:713
chr17	39406447	rs3967754	A	G	16248.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=595;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=156;NR=244;PP=2965;SC=ATCAAGTCCCAAGAGAACCAC;SOR=1.025;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=400;TCF=156;TCR=244;TR=400;WE=39406455;WS=39406437;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,594:1.00:594
chr17	39428033	rs5029747	C	A	71.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=48.02;QD=17.76;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr17	39432562	rs9893993	A	T	4681.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=37;NR=105;PP=2897;SC=AAACCAACAAAGTGAACTTAG;SOR=1.939;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=143;TCF=37;TCR=106;TR=142;WE=39432570;WS=39432552;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,170:1.00:170
chr17	39458765	rs1005197	A	G	16395.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=603;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=209;NR=184;PP=2965;SC=GACAACAAGTAGATTCCGAGC;SOR=0.807;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=394;TCF=210;TCR=184;TR=393;WE=39458773;WS=39458755;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,590:1.00:590
chr17	39459167	rs1005196	G	A	3184.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=84;PP=2510;SC=AAAGACATCCGATACAGAGGG;SOR=3.868;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=94;TCF=10;TCR=84;TR=94;WE=39459175;WS=39459157;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr17	39507115	rs16966714	T	C	1720.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.928;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FS=2.965;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.87;ReadPosRankSum=1.687;SOR=0.486;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:65,80:0.55:145
chr17	39507147	.	CT	C	86.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.813;ClippingRankSum=0.000;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=1.550;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.41;ReadPosRankSum=-0.852;SOR=1.341;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,15:0.42:36
chr17	39523969	.	T	TA	205.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.551;ClippingRankSum=0.000;DP=234;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.23;MQRankSum=4.787;QD=0.94;ReadPosRankSum=-1.240;SOR=0.596;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:181,39:0.18:220
chr17	39535859	rs2239710	A	G	25585.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.536;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=949;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=-0.158;NF=326;NR=287;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.572;SC=CCTGCGGTTAATTTCCACCAG;SOR=0.259;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=615;TCF=327;TCR=288;TR=613;WE=39535867;WS=39535849;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,941:1.00:942
chr17	39577180	rs17737019	G	A	6878.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.448;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=582;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=105;NR=116;PP=2962;ReadPosRankSum=1.696;SC=CCGGTGACAGGGCCACAGCTT;SOR=0.665;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=382;TCF=178;TCR=204;TR=221;WE=39577188;WS=39577170;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:254,321:0.56:575
chr17	39580559	rs9916475	T	A	16763.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.222;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=718;ExcessHet=3.0103;FS=0.532;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=23.54;ReadPosRankSum=0.444;SOR=0.745;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:287,425:0.60:712
chr17	39580562	rs9916484	T	C	16571.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.630;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=707;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=23.64;ReadPosRankSum=0.256;SOR=0.726;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:283,418:0.60:701
chr17	39580660	rs9916724	T	C	5153.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=3.179;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=421;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.537;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=99;PP=2699;ReadPosRankSum=0.238;SC=GGAGGCAGCATTGGCCTCTGC;SOR=0.756;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=272;TCF=89;TCR=183;TR=143;WE=39580668;WS=39580650;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:190,227:0.54:417
chr17	39580739	rs9910204	C	A	2233.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.004;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.918;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=49;PP=1118;ReadPosRankSum=-0.563;SC=ATGGTGCAACCCAGAGGGCAT;SOR=1.136;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=119;TCF=35;TCR=84;TR=65;WE=39580747;WS=39580729;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,99:0.59:169
chr17	39593620	rs9894044	T	C	2454.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.049;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.432;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=29;PP=940;ReadPosRankSum=0.226;SC=CATCTCTCTTTGGGTATCCCT;SOR=0.818;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=113;TCF=61;TCR=52;TR=69;WE=39593628;WS=39593610;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,114:0.61:187
chr17	39593768	rs897416	A	G	1691.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=25;PP=837;SC=CAGGAGGGAGACGTGGAGCAC;SOR=1.143;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=13;TCR=25;TR=38;WE=39593776;WS=39593758;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr17	39593872	rs897415	A	G	482.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=12;PP=309;SC=ATGAGGAAGGAGTCCCCACTG;SOR=1.863;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=4;TCR=12;TR=16;WE=39593880;WS=39593862;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr17	39594679	rs7209968	A	G	4017.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=4.799;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=254;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.709;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=89;PP=2962;ReadPosRankSum=1.143;SC=AGACCTCCAAAATAAAATGCT;SOR=0.934;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=214;TCF=73;TCR=141;TR=129;WE=39594687;WS=39594669;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:105,148:0.58:253
chr17	39594934	rs71155140	AC	A,ACC	36940.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=0.180;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1638;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=1.511;HP=8;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.496;NF=132,132;NR=489,489;PP=2980,2980;ReadPosRankSum=1.361;SC=CTGGTTCTATACCCCCCCCAC;SOR=0.586;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=723;TCF=172;TCR=551;TR=621,621;WE=39594950;WS=39594922;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.47,0.49:1537
chr17	39595116	rs9894668	G	T	17987.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-5.886;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1623;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.522;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQ=59.98;MQRankSum=-2.172;NF=260;NR=271;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.919;SC=ACTTCCTGCAGAAGGGAGGAA;SOR=0.648;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=982;TCF=475;TCR=507;TR=531;WE=39595124;WS=39595106;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:710,905:0.56:1615
chr17	39595661	rs2071611	T	A	4823.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.070;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=563;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.528;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=72;NR=92;PP=2265;ReadPosRankSum=1.022;SC=CAAGAGCCCCTCTCGGCTGCC;SOR=0.629;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=370;TCF=151;TCR=219;TR=164;WE=39595669;WS=39595651;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:309,244:0.44:553
chr17	39596393	rs12601328	C	A	6901.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.641;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=480;ExcessHet=3.0103;FS=1.122;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.68;ReadPosRankSum=-0.092;SOR=0.613;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:281,189:0.40:470
chr17	39596402	rs2071610	G	A	7037.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.557;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=485;ExcessHet=3.0103;FS=0.531;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.85;ReadPosRankSum=-0.987;SOR=0.635;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:281,193:0.41:474
chr17	39596538	rs2071609	C	T	5479.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=3.326;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=711;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=116;NR=84;PP=2962;ReadPosRankSum=2.421;SC=AGCATCATGCCCTAGGCTCCT;SOR=0.680;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=495;TCF=290;TCR=205;TR=200;WE=39596546;WS=39596528;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:435,266:0.38:701
chr17	39596611	rs1350046	T	C	28012.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=1036;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=372;NR=300;PP=2965;SC=TTCTCTGAGCTTTACATGGAT;SOR=0.850;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=673;TCF=373;TCR=300;TR=672;WE=39596619;WS=39596601;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,1014:1.00:1014
chr17	39616288	rs3840884	TG	T	290.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.186;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.430;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.568;NF=5;NR=2;PP=186;ReadPosRankSum=-1.212;SC=GGGCTGGCCCTGCTCTTCTGG;SOR=0.273;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=23;TCF=19;TCR=4;TR=7;WE=39616296;WS=39616283;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,11:0.31:36
chr17	39616430	rs2604953	G	T	7194.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=265;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=115;NR=63;PP=2965;SC=ACGGTGCGGGGCACGCATGGG;SOR=1.223;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=178;TCF=115;TCR=63;TR=178;WE=39616438;WS=39616420;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,263:1.00:263
chr17	39619093	rs2604954	GT	AC	2983.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.145;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.528;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=17;PP=1662;ReadPosRankSum=0.017;SC=TGCAGTCCTCGTTCTCCAGCA;SOR=0.625;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=130;TCF=84;TCR=46;TR=50;WE=39619102;WS=39619083;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:129,81:0.39:210
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chr17	39633317	rs2239711	A	G	2942.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=53;NR=24;PP=1706;SC=CTCAGAACCGACCCCCTGGGC;SOR=1.322;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=79;TCF=54;TCR=25;TR=77;WE=39633325;WS=39633307;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr17	39633349	rs2071601	G	C	4106.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=56;NR=41;PP=1679;SC=ATGGGGCGGGGGCTGCAGTTT;SOR=0.857;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=98;TCF=56;TCR=42;TR=97;WE=39633357;WS=39633339;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,156:1.00:156
chr17	39634625	rs7216017	A	G	4910.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=108;NR=27;PP=2965;SC=TGCTGTGCTGAGCCTGCAGCT;SOR=2.455;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=135;TCF=108;TCR=27;TR=135;WE=39634633;WS=39634615;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,160:1.00:160
chr17	39635194	rs12936485	G	A	8257.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.528;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=681;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.525;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=112;NR=152;PP=2962;ReadPosRankSum=1.318;SC=GTGGGGCAGCGTCCACCTCAA;SOR=0.653;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=459;TCF=189;TCR=270;TR=264;WE=39635202;WS=39635184;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:285,384:0.57:669
chr17	39636044	rs2011243	G	A	5822.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=224;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=71;NR=80;PP=2965;SC=CTGGAGATATGAAGAAGTTAT;SOR=0.768;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=151;TCF=71;TCR=80;TR=151;WE=39636052;WS=39636034;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,220:1.00:220
chr17	39637244	rs743686	A	G	12868.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.500;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=477;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=117;NR=182;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.677;SC=AGCTTGCAAGAGCTGCTGGAG;SOR=1.023;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=302;TCF=119;TCR=183;TR=299;WE=39637252;WS=39637234;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,472:1.00:474
chr17	39643340	rs11657323	T	G	15123.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.443;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=588;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=169;NR=165;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.755;SC=GGCCTCCACGTTGCTGATCAG;SOR=0.697;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=336;TCF=170;TCR=166;TR=334;WE=39643348;WS=39643330;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,581:1.00:583
chr17	39643646	rs2301354	G	A	4332.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=91;NR=35;PP=2716;SC=CGCGTTGACCGTACGTCTCAG;SOR=1.768;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=126;TCF=91;TCR=35;TR=126;WE=39643654;WS=39643636;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,155:1.00:155
chr17	39644057	rs2301353	G	A	7219.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=255;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=52;NR=163;PP=2965;SC=TCAATGACCTGAATTCAAACC;SOR=2.255;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=215;TCF=52;TCR=163;TR=215;WE=39644065;WS=39644047;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,249:1.00:249
chr17	39646021	rs1003842	A	G	13945.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=518;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=119;NR=176;PP=2965;SC=AGCCCACAGAACGGATGGAGG;SOR=0.930;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=297;TCF=121;TCR=176;TR=295;WE=39646029;WS=39646011;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,513:1.00:513
chr17	39659183	rs4796698	G	A	27288.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=634;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=200;NR=250;PP=2965;SC=TGGGAGGGCCGGGTACCTTGG;SOR=0.845;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=451;TCF=201;TCR=250;TR=450;WE=39659202;WS=39659173;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,620:1.00:620
chr17	39659194	rs4796697	T	C	27756.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=641;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=206;NR=249;PP=2965;SC=GGTACCTTGGTGTGGAACCAT;SOR=0.827;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=457;TCF=208;TCR=249;TR=455;WE=39659202;WS=39659173;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,632:1.00:632
chr17	39659529	rs7211835	T	C	11082.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=406;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=143;NR=113;PP=2965;SC=AGCCTGCAATTCCCGCTCACC;SOR=0.880;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=256;TCF=143;TCR=113;TR=256;WE=39659537;WS=39659519;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,405:1.00:405
chr17	39659724	rs117151355	T	C	1813.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=1.828;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.935;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=35;PP=1069;ReadPosRankSum=-0.214;SC=GAAATGTTTTTTGAAAAAGCA;SOR=0.346;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=91;TCF=26;TCR=65;TR=52;WE=39659732;WS=39659717;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,71:0.60:118
chr17	39659913	rs9891361	G	A	6696.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=252;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=71;NR=96;PP=2965;SC=GAAGTCGTCCGCAGCCAGCCT;SOR=0.939;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=168;TCF=71;TCR=97;TR=167;WE=39659921;WS=39659903;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,252:1.00:252
chr17	39661689	rs8182306	G	A	35427.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=1335;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=323;NR=499;PP=2965;SC=CTGATCCCCCGGACACAAACC;SOR=0.992;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=831;TCF=332;TCR=499;TR=822;WE=39661697;WS=39661679;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,1313:1.00:1313
chr17	39670912	rs897420	G	C	8361.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=308;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=134;NR=77;PP=2965;SC=TTCCCTGATGGCAATGCCAGC;SOR=1.134;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=212;TCF=135;TCR=77;TR=211;WE=39670920;WS=39670902;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,307:1.00:307
chr17	39670972	rs56224055	A	T	5310.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.413;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=464;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.752;HP=1;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=91;NR=84;PP=2350;ReadPosRankSum=0.868;SC=CACAAGCTCAAGTGTCCGTAA;SOR=0.729;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=301;TCF=152;TCR=149;TR=175;WE=39670980;WS=39670962;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:203,260:0.56:463
chr17	39671045	rs897421	T	C	9796.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=362;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=82;NR=143;PP=2965;SC=CACCCACACATCTGACTCCTC;SOR=1.113;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=225;TCF=82;TCR=143;TR=225;WE=39671053;WS=39671035;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,360:1.00:360
chr17	39674540	rs3744784	A	G	5377.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.670;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=448;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.528;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=92;NR=63;PP=2577;ReadPosRankSum=-1.421;SC=TGTACAGGGTACCAGCCACCT;SOR=0.629;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=285;TCF=174;TCR=111;TR=155;WE=39674548;WS=39674530;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:197,249:0.56:446
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chr17	39680380	rs138382069	T	TG	4237.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.200;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=363;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.556;HP=8;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.985;NF=21;NR=60;PP=2229;ReadPosRankSum=-0.586;SC=GCGGCGGCGGTGGGGGGACAC;SOR=0.814;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=194;TCF=61;TCR=133;TR=81;WE=39680388;WS=39680370;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:161,168:0.51:329
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chr17	39684321	rs4602	G	C	2389.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=-0.253;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=254;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.466;HP=5;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=31;PP=1058;ReadPosRankSum=-0.509;SC=GCCGCCGTAGGCCCCCGAGGA;SOR=0.715;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=152;TCF=75;TCR=77;TR=66;WE=39684329;WS=39684311;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:137,116:0.46:253
chr17	39684410	rs11550883	G	A	2052.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=0.731;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=241;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.480;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=30;PP=905;ReadPosRankSum=-1.015;SC=GCGCGCGAAAGGCGACCCCCG;SOR=0.641;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=129;TCF=57;TCR=72;TR=57;WE=39684418;WS=39684400;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:138,100:0.42:238
chr17	39723451	rs6503636	A	G	1103.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=3.424;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.055;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.254;NF=38;NR=8;PP=784;ReadPosRankSum=0.910;SC=TGAGACCTTGACTCTCCACCC;SOR=0.453;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=121;TCF=102;TCR=19;TR=46;WE=39723459;WS=39723441;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,49:0.40:124
chr17	39723990	rs3890472	T	A	4313.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-3.006;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=511;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.538;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=107;PP=2174;ReadPosRankSum=1.147;SC=TTTTTCCAGCTCCGGAGGATT;SOR=0.605;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=384;TCF=132;TCR=252;TR=165;WE=39723998;WS=39723980;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:279,221:0.44:500
chr17	39724047	rs1008753	T	C	1938.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=1.841;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.763;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=51;PP=1226;ReadPosRankSum=-0.142;SC=GCGGCCCCCATACACATATAT;SOR=0.414;SbPval=0.23;Source=Platypus;TC=152;TCF=33;TCR=119;TR=70;WE=39724055;WS=39724037;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:103,87:0.46:190
chr17	39726276	rs3816510	C	A	1953.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.718;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=313;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.919;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=53;PP=1306;ReadPosRankSum=-1.404;SC=ACCTGCAGACCAGCCAGGGTT;SOR=0.753;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=231;TCF=96;TCR=135;TR=90;WE=39726284;WS=39726266;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:201,104:0.34:305
chr17	39727816	rs8075921	T	G	7165.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-3.925;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=940;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=174;NR=92;PP=2962;ReadPosRankSum=1.492;SC=CACCATCACCTCCTCCAGCAC;SOR=0.700;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=660;TCF=428;TCR=232;TR=266;WE=39727824;WS=39727806;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:535,379:0.41:914
chr17	39728050	rs8070680	G	A	13740.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.61;BaseQRankSum=-3.126;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1557;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=146;NR=254;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.729;SC=AACTGCCACCGCCTCCCCTCC;SOR=0.711;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=876;TCF=338;TCR=538;TR=400;WE=39728061;WS=39728040;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:820,718:0.47:1538
chr17	39740303	rs200977988	A	ATC	440.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.095;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=281;ExcessHet=3.0103;FS=6.127;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.19;ReadPosRankSum=-0.817;SOR=1.450;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:57,28:0.33:85
chr17	39742807	rs3826550	C	T	10154.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-2.700;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=951;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.522;HP=1;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=2.147;NF=117;NR=168;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.591;SC=CCCAAGCCAGCACCAAGGCCA;SOR=0.753;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=579;TCF=259;TCR=320;TR=285;WE=39742815;WS=39742797;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:440,505:0.53:945
chr17	39742856	rs6503639	G	A	7300.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-2.871;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=737;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.115;HP=1;HapScore=2;MGOF=31;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-1.366;NF=67;NR=135;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.273;SC=CAAAGCTGCTGCTGCTGCTGC;SOR=0.788;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=410;TCF=147;TCR=263;TR=202;WE=39742864;WS=39742846;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:331,354:0.52:685
chr17	39742894	rs3826551	G	A	7676.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.633;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=434;ExcessHet=3.0103;FS=0.542;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.98;MQRankSum=1.413;QD=17.77;ReadPosRankSum=1.373;SOR=0.641;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:217,215:0.50:432
chr17	39742898	rs11551758	G	A	7566.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.097;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=413;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.98;MQRankSum=1.437;QD=18.41;ReadPosRankSum=0.985;SOR=0.731;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:203,208:0.51:411
chr17	39742899	rs6503640	C	T	14585.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=406;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=3;MGOF=34;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=63;NR=177;PP=2962;SC=CCCCAGCCCGCAGGCTCCCCC;SOR=1.466;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=243;TCF=64;TCR=179;TR=240;WE=39742907;WS=39742884;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,402:1.00:402
chr17	39766504	rs7406899	A	G	6884.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=261;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=69;NR=77;PP=2965;SC=GGAGAGAAAAAGCAGGGCAGT;SOR=0.765;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=146;TCF=69;TCR=77;TR=146;WE=39766512;WS=39766494;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,257:1.00:257
chr17	39767744	rs4796681	A	G	2536.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.412;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=260;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.468;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=55;PP=1298;ReadPosRankSum=-0.596;SC=GGGCCAGTTCATGCTCATACC;SOR=0.743;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=168;TCF=56;TCR=112;TR=83;WE=39767752;WS=39767734;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:132,123:0.48:255
chr17	39767836	rs2100509	G	A	614.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-1.910;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.944;HP=6;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=22;PP=439;ReadPosRankSum=0.928;SC=TGGGTGGACCGCCCCACTCTT;SOR=2.822;SbPval=0.95;Source=Platypus;TC=47;TCF=6;TCR=41;TR=23;WE=39767844;WS=39767826;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,25:0.48:52
chr17	39779160	rs9916519	G	C	334.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.683;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.763;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=7;PP=207;ReadPosRankSum=0.259;SC=GAGATCCTCCGCCAGCTGGCC;SOR=0.320;SbPval=0.22;Source=Platypus;TC=21;TCF=13;TCR=8;TR=13;WE=39779168;WS=39779159;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,15:0.60:25
chr17	39871700	rs7220169	G	A	8245.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=325;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=119;NR=96;PP=2965;SC=TGCAGCGACTGTGTGTGTATG;SOR=0.861;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=217;TCF=120;TCR=97;TR=215;WE=39871708;WS=39871690;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,319:1.00:319
chr17	39874075	rs7213435	C	A	5317.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-2.029;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=108;NR=49;PP=2965;ReadPosRankSum=1.138;SC=CTTCTGTATCCCCGGTGGCAA;SOR=0.595;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=161;TCF=110;TCR=51;TR=157;WE=39874083;WS=39874065;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,197:0.99:198
chr17	39874137	rs7212417	G	A	10944.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-2.319;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=419;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=153;NR=116;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.686;SC=TGAGTGGCTGGTGCAGGCATT;SOR=0.311;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=271;TCF=155;TCR=116;TR=269;WE=39874145;WS=39874127;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,411:1.00:412
chr17	39874267	rs7218465	T	A	6282.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-2.009;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=235;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=116;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.845;SC=TCTTAGGTCCTCGGCTGGGGC;SOR=0.596;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=171;TCF=54;TCR=117;TR=170;WE=39874275;WS=39874257;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,228:1.00:229
chr17	39874283	rs11079007	T	A	4899.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.301;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=98;PP=2965;ReadPosRankSum=1.029;SC=GGGGCTCTGTTATAAAAGACA;SOR=0.825;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=134;TCF=35;TCR=99;TR=133;WE=39874291;WS=39874273;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,171:0.99:172
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chr17	39881487	rs11869104	T	C	3600.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=101;PP=2952;SC=TCCACACAGATCCTGATGGTT;SOR=9.541;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=101;TCF=0;TCR=101;TR=101;WE=39881495;WS=39881477;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr17	39883350	rs4523977	G	A	5781.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.684;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=462;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=115;NR=75;PP=2826;ReadPosRankSum=-1.068;SC=CCTTAGAGACGTTCTGAGCTC;SOR=0.701;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=316;TCF=192;TCR=124;TR=190;WE=39883358;WS=39883340;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:185,269:0.59:454
chr17	39883559	rs33914436	G	A	5514.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.484;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=430;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.541;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=109;PP=2694;ReadPosRankSum=1.330;SC=CCAGAGGCACGCTGTATGGGT;SOR=0.765;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=291;TCF=108;TCR=183;TR=169;WE=39883567;WS=39883549;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:168,255:0.60:423
chr17	39883595	rs7216154	T	C	3657.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-2.736;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=293;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.056;HP=5;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=79;PP=1553;ReadPosRankSum=1.917;SC=CAGTGGACACTGGGGGTTGCT;SOR=0.577;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=196;TCF=61;TCR=135;TR=117;WE=39883603;WS=39883585;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:118,175:0.60:293
chr17	39883672	rs11867808	G	A	1019.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-3.680;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.206;HP=4;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=22;PP=486;ReadPosRankSum=2.033;SC=TACTTCTCCCGCAGGTCCTGC;SOR=0.267;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=67;TCF=16;TCR=51;TR=31;WE=39883680;WS=39883662;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,47:0.53:89
chr17	39883972	rs4796600	C	T	6082.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=157;NR=28;PP=2965;SC=TCTGGGCCAGCGGCTCTCCAG;SOR=3.214;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=185;TCF=157;TCR=28;TR=185;WE=39883980;WS=39883962;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,204:1.00:204
chr17	39884065	rs35612698	C	A	8718.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-1.691;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1129;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=161;NR=105;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.351;SC=GCTGCTTCTGCAACTTTTCAG;SOR=0.714;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=683;TCF=402;TCR=281;TR=266;WE=39884073;WS=39884055;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:662,458:0.41:1120
chr17	39884091	rs4796601	G	C	37695.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=1434;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=419;NR=359;PP=2965;SC=GCCCCATACTGGAAGGACCCA;SOR=0.782;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=783;TCF=420;TCR=363;TR=778;WE=39884099;WS=39884081;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,1423:1.00:1423
chr17	39884246	rs4796602	G	A	10521.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=364;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=96;NR=223;PP=2965;SC=GGGGAGTCACGCAGCCTGGTT;SOR=1.684;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=319;TCF=96;TCR=223;TR=319;WE=39884254;WS=39884236;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,357:1.00:357
chr17	39884419	rs4796692	C	T	22721.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=848;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=327;NR=223;PP=2965;SC=CCCATGGGGCCACGACAAGAG;SOR=0.988;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=556;TCF=327;TCR=229;TR=550;WE=39884427;WS=39884409;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,844:1.00:844
chr17	39884583	rs4796693	G	A	12870.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=489;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=99;NR=220;PP=2965;SC=GCTGGCCTCCGCTGGGGAGGG;SOR=1.375;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=319;TCF=99;TCR=220;TR=319;WE=39884591;WS=39884573;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,482:1.00:482
chr17	39884684	rs4796694	C	T	2106.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=60;PP=1633;SC=TCGGCTGCTGCGCTGTGCCAG;SOR=4.143;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=66;TCF=6;TCR=60;TR=66;WE=39884692;WS=39884674;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr17	39888455	rs3895103	G	C	22195.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=0.750;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=898;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=300;NR=227;PP=2965;ReadPosRankSum=1.756;SC=AGATTGGCCCGCTATCCTCTC;SOR=0.886;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=527;TCF=300;TCR=227;TR=527;WE=39888463;WS=39888445;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,845:1.00:847
chr17	39890715	rs4796603	A	T	13323.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=488;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=129;NR=184;PP=2965;SC=AGGAACTGGGATCCAGAGGTG;SOR=0.972;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=314;TCF=129;TCR=185;TR=313;WE=39890723;WS=39890705;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,484:1.00:484
chr17	39890876	rs4796604	T	C	3100.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.809;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=264;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=52;PP=1588;ReadPosRankSum=1.471;SC=GCCCAACCTCTTCGGGCGCAT;SOR=0.687;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=164;TCF=63;TCR=101;TR=87;WE=39890884;WS=39890866;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:124,138:0.53:262
chr17	39912145	rs1126821	T	A	2569.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=2.529;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=235;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.483;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.962;NF=29;NR=47;PP=1208;ReadPosRankSum=-0.011;SC=GTGGCATCCATGTCTGGGGAC;SOR=1.002;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=145;TCF=62;TCR=83;TR=76;WE=39912153;WS=39912135;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:111,122:0.52:233
chr17	39912259	rs141010071	A	AC	771.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=1.298;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.043;HP=4;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.914;NF=6;NR=14;PP=672;ReadPosRankSum=1.678;SC=GGTGGGCCTGACCCCTCCCCA;SOR=0.879;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=39;TCF=12;TCR=27;TR=20;WE=39912267;WS=39912249;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,30:0.57:53
chr17	39912581	rs9890858	A	G	803.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-2.230;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.586;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=18;PP=380;ReadPosRankSum=-0.318;SC=GCTGGGTGCCATGGCTCACGC;SOR=0.339;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=50;TCF=16;TCR=34;TR=29;WE=39912589;WS=39912571;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,39:0.59:66
chr17	39913645	rs7216034	T	C	6622.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.270;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=558;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=125;NR=86;PP=2901;ReadPosRankSum=1.752;SC=CCAACTACTGTGGTCCAACCT;SOR=0.704;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=360;TCF=214;TCR=146;TR=211;WE=39913653;WS=39913635;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:238,310:0.57:548
chr17	39914070	rs8067890	G	T	1287.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=2.744;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.506;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=31;PP=747;ReadPosRankSum=1.449;SC=CAGGGGAGAGGTGGAAAGGGG;SOR=1.357;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=81;TCF=23;TCR=58;TR=40;WE=39914078;WS=39914060;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,56:0.51:110
chr17	39923614	rs12942034	A	G	4175.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=80;NR=34;PP=2552;SC=GCCTCGGGAGAGTTGGGGAGG;SOR=1.761;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=115;TCF=80;TCR=35;TR=114;WE=39923622;WS=39923604;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,145:1.00:145
chr17	39925925	rs7405731	A	G	7685.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=280;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=50;NR=108;PP=2965;SC=GGTACTCCAGATCACCTGGGG;SOR=1.204;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=158;TCF=50;TCR=108;TR=158;WE=39925933;WS=39925915;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,276:1.00:276
chr17	39959189	rs1065029	C	G	9854.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=376;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=123;NR=103;PP=2965;SC=CAAGCTTGAGCGGTGTGGGGT;SOR=0.776;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=226;TCF=123;TCR=103;TR=226;WE=39959197;WS=39959179;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,373:1.00:373
chr17	39959511	rs3809877	C	T	11538.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=413;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=230;NR=88;PP=2965;SC=GGCTGCATCCCCACCCCCCAA;SOR=1.675;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=324;TCF=231;TCR=93;TR=318;WE=39959519;WS=39959501;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,405:1.00:405
chr17	39977862	rs8072866	C	T	1936.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=49;NR=5;PP=1378;SC=GCCCAGACCCCGGCCTGACTA;SOR=3.912;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=54;TCF=49;TCR=5;TR=54;WE=39977870;WS=39977852;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr17	39983644	rs9896766	A	C	2058.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=48;NR=10;PP=1511;SC=GAGAAGAAAGACATGAAGAGA;SOR=2.939;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=58;TCF=48;TCR=10;TR=58;WE=39983652;WS=39983634;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
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chr17	39983820	rs1046403	G	A	15093.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=572;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=188;NR=176;PP=2965;SC=GTTCTCACACGCAGAGCTGTT;SOR=0.754;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=364;TCF=188;TCR=176;TR=364;WE=39983828;WS=39983798;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,571:1.00:571
chr17	39983849	rs1128966	G	C	15034.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=556;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=35;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=171;NR=188;PP=2965;SC=ATGTGTGTATGAGCTGGCCCT;SOR=0.733;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=359;TCF=171;TCR=188;TR=359;WE=39983857;WS=39983839;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,555:1.00:555
chr17	39987130	rs4796712	T	C	26865.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.756;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1062;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=253;NR=420;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.251;SC=GGAGATTGTGTGCTTTGGTCC;SOR=1.076;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=675;TCF=254;TCR=421;TR=673;WE=39987138;WS=39987120;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,1045:1.00:1047
chr17	39988601	rs7208062	C	T	3907.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.870;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=28;PP=1723;ReadPosRankSum=-1.270;SC=CAGCCTACTCCATCTCAAGGG;SOR=1.292;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=93;TCF=62;TCR=31;TR=89;WE=39988609;WS=39988591;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,145:0.99:147
chr17	39991790	rs1319763	C	T	6617.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=242;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQ=60.04;NF=102;NR=53;PP=2965;SC=TATCAGGTCCCTCCTAAGAGA;SOR=1.232;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=156;TCF=102;TCR=54;TR=155;WE=39991798;WS=39991780;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,241:1.00:241
chr17	39991867	rs3039772	A	ATATC	14638.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=330;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=38;NR=110;PP=2918;SC=GGGGAGGATAAGGCCCTAGGT;SOR=0.737;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=153;TCF=39;TCR=114;TR=148;WE=39991875;WS=39991857;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,325:1.00:325
chr17	39991988	rs1865841	G	A	8469.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=298;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=133;NR=99;PP=2965;SC=TCAAGCTCCCGGCCATTTCTT;SOR=0.924;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=233;TCF=134;TCR=99;TR=232;WE=39991996;WS=39991978;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,295:1.00:295
chr17	39998141	rs1529933	C	T	15425.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=582;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=207;NR=166;PP=2965;SC=GCATTTCTCCCGACATGATGA;SOR=0.842;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=374;TCF=207;TCR=167;TR=373;WE=39998149;WS=39998131;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,574:1.00:574
chr17	40003421	rs4796721	C	T	1459.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=37;NR=4;PP=991;SC=ACTGTACAGACTGGAATTAAG;SOR=3.215;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=41;TCF=37;TCR=4;TR=41;WE=40003429;WS=40003411;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr17	40010979	rs3744782	G	A	31144.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=1194;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=350;NR=370;PP=2965;SC=CATCAACAAAGTATCCCACAC;SOR=0.731;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=723;TCF=350;TCR=373;TR=720;WE=40010987;WS=40010969;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,1176:1.00:1176
chr17	40024023	rs7217218	A	T	3787.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=51;NR=26;PP=1417;SC=GGGGGAAGAGATCTTGTCTTC;SOR=1.073;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=78;TCF=51;TCR=27;TR=77;WE=40024031;WS=40024013;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,146:1.00:146
chr17	40024867	rs200513285	AAG	A	58.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-1.629;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FS=3.116;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.76;ReadPosRankSum=2.049;SOR=0.297;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:59,18:0.23:77
chr17	40024868	rs57604811	AG	A	353.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=1.480;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FS=9.052;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.65;ReadPosRankSum=0.665;SOR=2.202;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,35:0.46:76
chr17	40024869	rs12946315	G	A	56.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.091;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FS=5.532;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.75;ReadPosRankSum=-2.157;SOR=0.157;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:58,18:0.24:76
chr17	40024895	rs8079008	A	G	7130.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=261;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=175;NR=60;PP=2965;SC=CAACCCCATGAGTAAGTGGTG;SOR=1.860;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=236;TCF=175;TCR=61;TR=235;WE=40024903;WS=40024885;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,251:1.00:251
chr17	40025264	rs9912300	G	T	23107.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.781;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=865;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=333;NR=222;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.805;SC=ATCAACAAACGTAATGAAGAA;SOR=1.002;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=560;TCF=334;TCR=226;TR=555;WE=40025272;WS=40025254;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,856:1.00:858
chr17	40025285	rs9914829	A	G	27575.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.373;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1050;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=26.44;ReadPosRankSum=-0.647;SOR=0.482;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:3,1040:1.00:1043
chr17	40025453	rs3744779	T	C	5829.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=1.890;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.893;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=133;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.120;SC=CTGTCACTACTATTACTACGA;SOR=3.113;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=153;TCF=20;TCR=133;TR=153;WE=40025461;WS=40025443;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,184:0.99:186
chr17	40025670	rs3744780	G	A	2067.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=46;NR=14;PP=1377;SC=CGTGGCTCCTGTTTCCTCCAA;SOR=2.093;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=60;TCF=46;TCR=14;TR=60;WE=40025678;WS=40025660;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr17	40027869	rs1808787	A	T	2390.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=54;NR=11;PP=1528;SC=TGGCCTCCCAAAGTGCTGTGA;SOR=2.331;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=65;TCF=54;TCR=11;TR=65;WE=40027877;WS=40027859;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr17	40028450	rs8071627	A	T	18073.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=685;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=166;NR=262;PP=2965;SC=AGTGGGGGGAACAAAGGCCAG;SOR=0.996;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=428;TCF=166;TCR=262;TR=428;WE=40028458;WS=40028440;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,674:1.00:674
chr17	40028541	rs8071753	A	G	4292.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=31;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=20;NR=104;PP=2899;SC=GTAACTACCAATCCAAGTCTA;SOR=2.624;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=124;TCF=20;TCR=104;TR=124;WE=40028549;WS=40028531;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,149:1.00:149
chr17	40028568	rs8071234	C	G	2686.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=34;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=64;PP=1816;SC=CCACACAACTCTAAGGCAAAA;SOR=2.910;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=73;TCF=9;TCR=64;TR=73;WE=40028576;WS=40028558;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr17	40048613	rs8065502	A	G	9312.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=408;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=134;NR=74;PP=2965;SC=CTACCTCCGGATGCTTCCTCA;SOR=1.102;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=209;TCF=134;TCR=75;TR=208;WE=40048621;WS=40048603;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,351:1.00:351
chr17	40049171	rs4796735	G	A	2136.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=37;NR=16;PP=1078;SC=GGCTCAAGCAGTTCTCCCACC;SOR=1.439;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=53;TCF=37;TCR=16;TR=53;WE=40049179;WS=40049161;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr17	40049473	rs4796736	A	G	4938.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=50;NR=83;PP=2559;SC=ACATACCCCCAGGAGACCTGC;SOR=1.148;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=134;TCF=50;TCR=84;TR=133;WE=40049481;WS=40049463;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,183:1.00:183
chr17	40053021	rs11652326	T	C	3677.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=33;NR=76;PP=2333;SC=AAAGCCCTCATCATCCCTCTC;SOR=1.574;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=109;TCF=33;TCR=76;TR=109;WE=40053029;WS=40053011;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr17	40058204	rs3816121	C	A	7019.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.881;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FS=5.714;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=42.80;ReadPosRankSum=1.996;SOR=2.056;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,163:0.99:164
chr17	40058212	rs3816122	G	A	6714.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.68;SOR=2.192;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,147:1.00:147
chr17	40068613	rs2304499	G	A	3605.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=86;NR=17;PP=2589;SC=TGCTGACCTGGAGGTGACCAT;SOR=2.933;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=104;TCF=86;TCR=18;TR=103;WE=40068621;WS=40068603;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr17	40101597	rs372991637	CAA	C	286.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.207;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FS=1.063;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.10;MQRankSum=0.000;QD=2.17;ReadPosRankSum=0.237;SOR=0.988;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:104,28:0.21:132
chr17	40105401	rs77012779	T	TATG	14697.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.793;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=330;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.118;NF=53;NR=84;PP=2924;ReadPosRankSum=2.352;SC=AAGTCTGACTTATGAACACAA;SOR=1.026;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=151;TCF=60;TCR=91;TR=137;WE=40105409;WS=40105389;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,323:0.99:325
chr17	40113631	rs72820838	C	T	354.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-1.337;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.532;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=12;PP=237;ReadPosRankSum=-0.662;SC=CCACCAGCAGCCCTAGCCTAT;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=26;TCF=3;TCR=23;TR=12;WE=40113639;WS=40113621;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,14:0.50:28
chr17	40118807	rs4432296	C	T	551.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=2;PP=373;SC=GGGCTCGGGTCGTGCCACCGC;SOR=2.833;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=13;TCR=2;TR=15;WE=40118815;WS=40118797;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr17	40123829	rs12602950	G	A	7193.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=251;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=173;NR=40;PP=2965;SC=AGTGTTTTGCGCTGGGCCTCG;SOR=2.546;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=215;TCF=173;TCR=42;TR=213;WE=40123837;WS=40123819;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,246:1.00:246
chr17	40125864	rs2070106	G	A	12696.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=470;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=118;NR=162;PP=2965;SC=TCTTCACGGGGTACTACGGGA;SOR=0.925;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=281;TCF=118;TCR=163;TR=280;WE=40125872;WS=40125854;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,467:1.00:467
chr17	40146970	rs6503679	G	A	13253.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=484;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=100;NR=252;PP=2965;SC=GAACTGCACCGGAAAATCAGA;SOR=1.615;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=358;TCF=106;TCR=252;TR=352;WE=40146978;WS=40146960;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,470:1.00:470
chr17	40152431	rs374909941	CT	C	1560.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=22;NR=4;PP=1008;SC=GCCACCAGGACTTGGCAGCTA;SOR=2.356;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=27;TCF=23;TCR=4;TR=26;WE=40152439;WS=40152421;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr17	40169519	rs4796758	G	T	6020.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=27;NR=141;PP=2965;SC=CCGCGGCGCCGCGCCCAGAAG;SOR=2.904;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=168;TCF=27;TCR=141;TR=168;WE=40169527;WS=40169509;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,199:1.00:199
chr17	40173851	rs9894001	A	C	14301.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=547;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=133;NR=188;PP=2965;SC=CTGAACAAATACGGAGGGAGA;SOR=0.923;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=322;TCF=133;TCR=189;TR=321;WE=40173859;WS=40173841;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,538:1.00:538
chr17	40186128	rs4277396	C	A	2103.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=50;NR=11;PP=1354;SC=TGGAAAATACCGACCACAGCC;SOR=2.303;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=61;TCF=50;TCR=11;TR=61;WE=40186136;WS=40186118;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr17	40215180	rs4796765	A	G	4287.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=38;NR=87;PP=2640;SC=TGTATCCTCTATATCCCTCTG;SOR=1.548;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=125;TCF=38;TCR=87;TR=125;WE=40215188;WS=40215170;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,153:1.00:153
chr17	40261284	rs1557744	G	A	1721.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.983;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.589;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=14;PP=814;ReadPosRankSum=0.216;SC=CTGCCCCCGCGTACCTGGCTG;SOR=0.924;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=142;TCF=99;TCR=43;TR=54;WE=40261292;WS=40261274;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:120,83:0.41:203
chr17	40314213	rs60075634	A	C	5212.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=0.376;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=469;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.907;NF=84;NR=58;PP=1955;ReadPosRankSum=-1.239;SC=AGCCACGTGTAGGGTCTGAAA;SOR=0.691;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=269;TCF=157;TCR=112;TR=142;WE=40314221;WS=40314203;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:207,249:0.55:456
chr17	40314498	rs61160591	A	G	1042.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-2.655;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.216;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=31;PP=756;ReadPosRankSum=-0.294;SC=CCTGGTTCTGAGGCCCCTGTG;SOR=1.077;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=59;TCF=10;TCR=49;TR=38;WE=40314506;WS=40314488;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,41:0.63:65
chr17	40318296	rs28459794	A	G	3482.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.775;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=305;ExcessHet=3.0103;FS=4.073;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.57;ReadPosRankSum=-0.077;SOR=0.933;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:141,160:0.53:301
chr17	40321553	rs201523967	C	T	6400.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.051;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=617;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.516;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=89;NR=89;PP=2657;ReadPosRankSum=0.446;SC=TTCGAGCATGCGCTGCTTGAG;SOR=0.660;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=355;TCF=184;TCR=171;TR=178;WE=40321561;WS=40321543;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:296,313:0.51:609
chr17	40322252	rs939881	T	C	8621.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.087;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=771;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.518;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=120;NR=147;PP=2962;ReadPosRankSum=1.816;SC=CGCTGCGCCGTGATGGGCCGC;SOR=0.747;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=477;TCF=221;TCR=256;TR=267;WE=40322260;WS=40322242;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:349,416:0.54:765
chr17	40345559	.	GGCA	G	521.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.320;ClippingRankSum=0.000;DP=324;ExcessHet=3.0103;FS=0.702;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.89;ReadPosRankSum=-2.088;SOR=0.733;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:245,31:0.11:276
chr17	40359505	rs57356051	GCACACA	G,GCACA	4585.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.547;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=282;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.19;MQRankSum=0.247;QD=32.76;ReadPosRankSum=-1.000;SOR=0.824;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:1,79,60:0.56,0.43:140
chr17	40462796	.	TTG	T	218.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.083;ClippingRankSum=0.000;DP=157;ExcessHet=3.0103;FS=1.087;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.94;ReadPosRankSum=0.730;SOR=0.946;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:93,20:0.18:113
chr17	40476667	rs17881940	C	G	2223.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-6.324;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=80;NR=2;PP=1268;ReadPosRankSum=-0.244;SC=AATGAACAGCCCTATGGGCCG;SOR=0.855;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=165;TCF=120;TCR=45;TR=82;WE=40476675;WS=40476657;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,96:0.66:145
chr17	40481529	rs2293152	G	C	14142.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=531;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=210;NR=133;PP=2965;SC=AGCCCTCTCCGGCAGCCAGAG;SOR=1.050;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=343;TCF=210;TCR=133;TR=343;WE=40481537;WS=40481519;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,525:1.00:525
chr17	40489892	.	AACTCCTTGACCTGAGGGAAT	A	1304.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.137;ClippingRankSum=0.000;DP=233;ExcessHet=3.0103;FS=26.828;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=62.19;MQRankSum=9.044;QD=12.31;ReadPosRankSum=3.075;SOR=0.071;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:51,55:0.52:106
chr17	40490539	.	T	G	292	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;FR=0.5000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MMLQ=28;MQ=57.37;NF=16;NR=4;PP=292;QD=16.3385606274;SC=GAATACTCCTTGACCTGAGGG;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=72;TCF=59;TCR=13;TR=20;WE=40490547;WS=40490532;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:52,20:0.28:72
chr17	40490559	.	G	T	492	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;FR=0.5000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MMLQ=28;MQ=58.07;NF=25;NR=7;PP=492;QD=16.4616003921;SC=GAATACTCCTGGACCTGAGGG;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=102;TCF=75;TCR=27;TR=32;WE=40490567;WS=40490549;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:70,32:0.31:102
chr17	40491273	rs61308380	C	CA	283.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.430;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.07;MQRankSum=1.470;QD=2.20;ReadPosRankSum=-0.223;SOR=0.606;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:94,35:0.27:129
chr17	40497828	rs12601611	C	T	388.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.676;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=3.783;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.95;ReadPosRankSum=-1.042;SOR=0.212;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,11:0.42:26
chr17	40500265	rs2306581	C	A	577.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-2.251;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=4;PP=394;ReadPosRankSum=1.030;SC=AAAGGGTGCCCCTTTATCTCC;SOR=0.610;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=50;TCF=42;TCR=8;TR=24;WE=40500273;WS=40500255;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,26:0.48:54
chr17	40557338	rs143511306	C	T	8997.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.770;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=743;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.113;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=116;NR=148;PP=2962;ReadPosRankSum=3.101;SC=CGCCCTCCTTCTCTGGCAGCG;SOR=0.778;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=444;TCF=203;TCR=241;TR=264;WE=40557346;WS=40557328;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:297,435:0.59:732
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chr17	40642452	rs9899168	T	C	11503.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=433;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=226;NR=102;PP=2965;SC=GTGTAACCACTACCACAATTA;SOR=1.482;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=328;TCF=226;TCR=102;TR=328;WE=40642460;WS=40642442;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,419:1.00:419
chr17	40646803	rs11651671	G	A	982.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.500;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.211;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=8;PP=533;ReadPosRankSum=-0.595;SC=AAGTTATTGCGGTTTTGGCTG;SOR=1.109;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=50;TCF=36;TCR=14;TR=31;WE=40646811;WS=40646793;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,43:0.61:71
chr17	40653356	rs72352728	CTTTTG	C	2978.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.098;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.907;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.102;NF=2;NR=49;PP=2244;ReadPosRankSum=1.957;SC=AGTTACTAGACTTTTGTTTTG;SOR=1.090;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=118;TCF=4;TCR=114;TR=51;WE=40653368;WS=40653346;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:94,79:0.46:173
chr17	40689455	rs659497	T	C	12866.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=500;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=154;NR=139;PP=2965;SC=AAAGCTACTCTTTCGTGTGGT;SOR=0.738;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=293;TCF=154;TCR=139;TR=293;WE=40689463;WS=40689445;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,495:1.00:495
chr17	40689613	rs2071046	G	C	3015.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=22;NR=63;PP=2072;SC=GGGAGCCACCGTAGGTGTTTT;SOR=1.779;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=85;TCF=22;TCR=63;TR=85;WE=40689621;WS=40689603;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr17	40696233	rs86312	C	G	11727.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=456;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=127;NR=157;PP=2965;SC=ATATTACCCCCGCTGGGTGGC;SOR=0.806;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=286;TCF=127;TCR=159;TR=284;WE=40696241;WS=40696223;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,446:1.00:446
chr17	40699291	rs607740	G	A	10462.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=389;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQ=59.97;NF=121;NR=144;PP=2965;SC=CGCAGTGTGTGACACAGGCCT;SOR=0.780;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=266;TCF=121;TCR=145;TR=265;WE=40699299;WS=40699281;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,384:1.00:384
chr17	40699332	rs607795	T	C	9410.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=383;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.14;QD=24.90;SOR=0.747;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,378:1.00:378
chr17	40699475	rs67843205	G	GC	3060.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=19;NR=48;PP=2699;SC=CAGGGACCGGGCCCGGAGCTC;SOR=1.085;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=69;TCF=20;TCR=49;TR=67;WE=40699483;WS=40699465;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr17	40700448	rs2854973	C	G	11447.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=416;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=124;NR=199;PP=2965;SC=GCGCGCAGCCCGGGCCAGAGC;SOR=1.179;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=323;TCF=124;TCR=199;TR=323;WE=40700456;WS=40700438;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,408:1.00:408
chr17	40705100	rs597255	C	T	5933.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.995;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=456;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.768;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=126;NR=78;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.565;SC=CCTTGGAGGCCAGAAGGGAAG;SOR=0.826;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=355;TCF=214;TCR=141;TR=204;WE=40705108;WS=40705090;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:192,258:0.57:450
chr17	40705955	rs2676530	C	T	26655.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=1.958;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=2335;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.578;NF=365;NR=381;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.182;SC=GACCTAGAGACGCCGAGCACC;SOR=0.691;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=1325;TCF=650;TCR=675;TR=746;WE=40705963;WS=40705945;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1047,1279:0.55:2326
chr17	40706906	rs605059	G	A	4412.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.094;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=306;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.806;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=104;PP=2616;ReadPosRankSum=0.769;SC=GGCCGGGCGCGGTGCGGTGGG;SOR=0.544;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=236;TCF=66;TCR=170;TR=149;WE=40706914;WS=40706896;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:112,187:0.63:299
chr17	40714804	rs615942	C	A	8874.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-2.847;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=742;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.532;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=188;NR=110;PP=2962;ReadPosRankSum=0.168;SC=CAGCCCCAGTCCAGCCCCGTG;SOR=0.769;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=540;TCF=337;TCR=203;TR=298;WE=40714812;WS=40714794;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:332,400:0.55:732
chr17	40716520	rs598126	A	G	9349.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.393;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=787;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=159;NR=142;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.921;SC=TCAGACATACAGAGAATGAAG;SOR=0.730;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=519;TCF=272;TCR=247;TR=301;WE=40716528;WS=40716510;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:329,447:0.58:776
chr17	40717672	rs74886553	C	G	11081.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-3.297;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1394;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=154;NR=195;PP=2962;ReadPosRankSum=-4.309;SC=CTCGTCTGTGCTCAGGCTGTA;SOR=0.729;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=898;TCF=408;TCR=490;TR=349;WE=40717680;WS=40717662;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:796,573:0.42:1369
chr17	40719881	.	ACTGATCACTCACCACTCAGTGGAGCAG	A	948.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.952;ClippingRankSum=0.000;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.165;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=13;PP=2915;ReadPosRankSum=-3.239;SC=AAGTGGTGGAACTGATCACTC;SOR=1.032;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=48;TCF=2;TCR=46;TR=14;WE=40719915;WS=40719871;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,26:0.40:65
chr17	40720605	rs646174	G	A	4275.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.495;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=334;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.676;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=71;PP=1996;ReadPosRankSum=-3.464;SC=CCCCGACCTCGGGGGGCTCAG;SOR=0.524;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=213;TCF=76;TCR=137;TR=111;WE=40720613;WS=40720581;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:138,193:0.58:331
chr17	40721360	rs632758	C	A	7349.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.978;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=631;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=99;NR=110;PP=2962;ReadPosRankSum=1.224;SC=TGGAGCCAAGCGGGGCTGTGA;SOR=0.674;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=405;TCF=192;TCR=213;TR=209;WE=40721368;WS=40721350;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:284,337:0.54:621
chr17	40722162	rs1474040	G	A	2439.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.752;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=314;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.882;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=55;PP=1305;ReadPosRankSum=-0.248;SC=AGCTGTCAGCGTGTGTCTTCA;SOR=0.766;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=213;TCF=90;TCR=123;TR=94;WE=40722170;WS=40722152;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:181,128:0.41:309
chr17	40723391	rs2010750	C	T	904.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.997;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.777;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=12;PP=584;ReadPosRankSum=-1.480;SC=GTGATCCACCCGCCTTGGCCT;SOR=0.588;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=81;TCF=59;TCR=22;TR=37;WE=40723399;WS=40723381;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,44:0.41:107
chr17	40725656	rs2292752	G	C	3514.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.363;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=311;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.432;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=89;PP=2185;ReadPosRankSum=-0.511;SC=AACCACATCCGCCTGGGGTCA;SOR=0.727;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=235;TCF=74;TCR=161;TR=131;WE=40725664;WS=40725646;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:149,158:0.51:307
chr17	40734987	rs35747013	AT	A	286.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.240;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.83;ReadPosRankSum=1.149;SOR=1.089;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,21:0.50:42
chr17	40735469	rs1517002	T	G	3517.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=3.099;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=367;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=42;PP=1765;ReadPosRankSum=0.836;SC=GGTTAAAAGGTAGCTAAAGAA;SOR=0.678;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=209;TCF=126;TCR=83;TR=104;WE=40735477;WS=40735459;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:184,171:0.48:355
chr17	40737043	rs9889580	G	C	1410.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=3.525;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.197;HP=5;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=15;PP=1491;ReadPosRankSum=-3.186;SC=AACTACCCCCGACTTCCACTT;SOR=0.403;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=153;TCF=124;TCR=29;TR=81;WE=40737051;WS=40737033;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,65:0.43:151
chr17	40737117	rs4792992	G	A	4645.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.583;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=564;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.116;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=94;NR=54;PP=2150;ReadPosRankSum=0.790;SC=TTGCGTAAGTGGAAAGAATGA;SOR=0.792;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=366;TCF=231;TCR=135;TR=148;WE=40737125;WS=40737107;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:319,239:0.43:558
chr17	40744320	rs4793253	A	G	1170.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=2.762;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=32;PP=777;ReadPosRankSum=-1.195;SC=CTAGTTATACACCTAGGGTAA;SOR=0.772;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=94;TCF=21;TCR=73;TR=40;WE=40744328;WS=40744310;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,52:0.46:112
chr17	40766546	rs1045710	C	G	5334.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.998;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=410;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.579;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-11.222;NF=145;NR=57;PP=2962;ReadPosRankSum=0.583;SC=TCCGGGAACGCAAGTTGGCCA;SOR=1.220;SbPval=0.75;Source=Platypus;TCF=249;TR=202;WE=40766554;WS=40766536;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:204,204:0.50:408
chr17	40811781	rs2292750	C	T	14810.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.273;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1336;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=230;NR=208;PP=2962;ReadPosRankSum=1.428;SC=TCGTGTCAGCCTCTGAGACTA;SOR=0.685;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=851;TCF=447;TCR=404;TR=438;WE=40811789;WS=40811771;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:627,689:0.52:1316
chr17	40811919	rs525911	A	G	7898.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.216;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=672;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.810;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-5.554;NF=83;NR=170;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.191;SC=TCGTGGAGGAATTCGCCACCG;SOR=0.564;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=474;TCF=149;TCR=325;TR=253;WE=40811927;WS=40811909;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:296,360:0.55:656
chr17	40812797	rs3835175	C	CT	3263.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-2.475;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=263;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.361;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=3.259;NF=1;NR=70;PP=2630;ReadPosRankSum=-0.709;SC=AGGAGGTGGCCTGGATAGGTA;SOR=0.452;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=181;TCF=3;TCR=178;TR=71;WE=40812805;WS=40812787;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:143,111:0.44:254
chr17	40817448	rs3817331	G	A	824.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-3.366;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.103;NF=30;NR=6;PP=606;ReadPosRankSum=-0.033;SC=TTATTTCTATGCCCATTTTAT;SOR=0.682;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=76;TCF=64;TCR=12;TR=36;WE=40817456;WS=40817446;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,37:0.46:80
chr17	40817990	rs7225374	G	A	8500.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=301;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=70;NR=147;PP=2965;SC=CAGAGCGGGCGACTTTCTTGC;SOR=1.446;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=217;TCF=70;TCR=147;TR=217;WE=40817998;WS=40817980;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,295:1.00:295
chr17	40818451	rs1554227	G	A	15783.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=2.970;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1385;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.525;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.135;NF=272;NR=217;PP=2962;ReadPosRankSum=0.251;SC=ACCTGCCCTCGGCCCACCGGG;SOR=0.649;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=909;TCF=518;TCR=391;TR=489;WE=40818459;WS=40818441;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:639,736:0.54:1375
chr17	40818699	rs1046097	A	G	11977.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.315;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1027;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.522;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=177;NR=214;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.119;SC=TAAGGAGGACATGTTCAAGGA;SOR=0.750;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=690;TCF=314;TCR=376;TR=391;WE=40818707;WS=40818689;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:457,559:0.55:1016
chr17	40822308	rs8071056	C	A	1396.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=23;NR=17;PP=843;SC=AGAAGTCCCGCTGCAGGCTCT;SOR=0.994;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=40;TCF=23;TCR=17;TR=40;WE=40822316;WS=40822298;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr17	40826525	rs35595844	AAGG	A	2379.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=40;PP=1893;SC=GGGATTGAGGAAGGAGGAGTC;SOR=3.098;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=48;TCF=0;TCR=48;TR=40;WE=40826535;WS=40826515;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr17	40835819	rs36108420	A	AT	8478.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.608;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=479;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.775;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=72;PP=2954;ReadPosRankSum=-1.237;SC=GCTGACTAACAGTCGGTTTCC;SOR=0.559;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=224;TCF=95;TCR=129;TR=115;WE=40835827;WS=40835809;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:232,246:0.51:478
chr17	40835922	rs2271029	A	C	7227.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-3.827;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=626;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.443;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQ=60.03;MQRankSum=1.255;NF=118;NR=123;PP=2962;ReadPosRankSum=0.377;SC=TACTGCGCCGAGATTCGCCAG;SOR=0.543;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=424;TCF=198;TCR=226;TR=241;WE=40835930;WS=40835912;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:271,346:0.56:617
chr17	40836975	rs9889373	A	G	3903.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.226;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=347;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.942;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=100;NR=31;PP=2063;ReadPosRankSum=-3.037;SC=AGCAGAGGGCAGGACGTGGTT;SOR=0.990;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=241;TCF=175;TCR=66;TR=131;WE=40836983;WS=40836965;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:157,187:0.54:344
chr17	40841397	rs2271028	C	T	1715.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-5.452;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=6;PP=1298;ReadPosRankSum=-0.329;SC=CCTGCATCTGCGCTTATACCC;SOR=0.795;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=113;TCF=104;TCR=9;TR=65;WE=40841405;WS=40841387;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,69:0.56:124
chr17	40842084	rs3760386	G	A	4470.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.731;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=461;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.436;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=79;NR=51;PP=2058;ReadPosRankSum=-0.232;SC=AACTGCCTTTGTCTCAACCTA;SOR=0.875;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=265;TCF=153;TCR=112;TR=130;WE=40842092;WS=40842074;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:233,221:0.49:454
chr17	40848342	rs36083265	AT	A	304.74	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.156;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=3.900;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.69;MQRankSum=1.285;QD=8.24;ReadPosRankSum=0.596;SOR=1.675;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,28:0.76:37
chr17	40849842	rs1553468	A	G	8258.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-4.185;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=617;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.813;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=109;NR=173;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.872;SC=CACAGAGGACAGAAGGGAGGG;SOR=0.556;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=483;TCF=181;TCR=302;TR=282;WE=40849850;WS=40849832;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:241,358:0.60:599
chr17	40850552	rs112344327	CGT	C	120.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.653;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=2.739;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.17;MQRankSum=1.501;QD=2.24;ReadPosRankSum=0.531;SOR=0.330;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,16:0.30:54
chr17	40854534	rs3841620	G	GT	5393.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.069;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=285;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.435;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=42;PP=2954;ReadPosRankSum=-0.091;SC=AAGTGCTGCCGTGGGGCCTGG;SOR=0.918;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=142;TCF=69;TCR=73;TR=84;WE=40854542;WS=40854524;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:113,170:0.60:283
chr17	40856573	.	G	GA	87.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.703;ClippingRankSum=0.000;DP=180;ExcessHet=3.0103;FS=0.791;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.50;ReadPosRankSum=1.979;SOR=0.805;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:145,30:0.17:175
chr17	40874643	rs11298431	CA	C	330.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.779;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.10;MQRankSum=0.000;QD=4.08;ReadPosRankSum=0.558;SOR=0.957;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:44,37:0.46:81
chr17	40881033	rs373619081	CA	C	116.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.788;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.09;MQRankSum=1.808;QD=1.48;ReadPosRankSum=-0.420;SOR=0.889;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:56,23:0.29:79
chr17	40912760	rs1078523	A	G	1650.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.912;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=47;PP=1036;ReadPosRankSum=0.395;SC=CCTGAGCTGCATGGCTCAGCT;SOR=0.678;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=142;TCF=43;TCR=99;TR=67;WE=40912768;WS=40912750;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,77:0.49:158
chr17	40913366	rs9892728	C	T	438.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.179;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=1.261;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.25;ReadPosRankSum=-0.184;SOR=0.425;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,22:0.56:39
chr17	40986454	.	GGA	G	712.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.023;ClippingRankSum=0.000;DP=144;ExcessHet=3.0103;FS=1.755;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.42;ReadPosRankSum=1.112;SOR=0.612;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:73,38:0.34:111
chr17	40997372	rs201046755	G	A	6037.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.123;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=633;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.517;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=95;NR=86;PP=2962;ReadPosRankSum=0.752;SC=AGCTACTACTGGACCACAGGG;SOR=0.729;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=395;TCF=203;TCR=192;TR=181;WE=40997380;WS=40997362;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:331,290:0.47:621
chr17	41036716	rs113918685	CA	C	78.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.459;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=1.576;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.54;ReadPosRankSum=-0.259;SOR=0.293;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,12:0.39:31
chr17	41046440	rs324079	T	G	1862.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-3.280;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.499;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=17;PP=896;ReadPosRankSum=-0.041;SC=CCCTACCTGCTCAGTTCAAGG;SOR=0.470;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=161;TCF=122;TCR=39;TR=64;WE=41046448;WS=41046430;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:118,95:0.45:213
chr17	41063317	rs137978566	C	A	25378.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-1.979;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=2226;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.524;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=335;NR=379;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.481;SC=AACCCCCATCCCAAGTCGAGC;SOR=0.760;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=1278;TCF=618;TCR=660;TR=714;WE=41063325;WS=41063307;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:989,1225:0.55:2214
chr17	41063466	rs2229611	T	C	3866.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=9.280;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=323;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.681;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=121;PP=2962;ReadPosRankSum=1.435;SC=CTTCGGTGTTTAAAGTCAACA;SOR=1.015;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=291;TCF=41;TCR=250;TR=137;WE=41063474;WS=41063456;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:168,147:0.47:315
chr17	41103938	rs534720	T	C	13726.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=517;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=146;NR=164;PP=2965;SC=GGAGATAAGCTCTGATACTGA;SOR=0.782;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=311;TCF=147;TCR=164;TR=310;WE=41103946;WS=41103928;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,514:1.00:514
chr17	41108009	rs151078413	AAC	A	42.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.079;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=376;ExcessHet=3.0103;FS=1.617;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.13;ReadPosRankSum=0.738;SOR=0.529;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:288,30:0.09:318
chr17	41113131	rs35166621	CA	C	1653.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=2.425;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.557;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.345;NF=37;NR=8;PP=1569;ReadPosRankSum=0.155;SC=CTAGAGAACCCAAACTACGTC;SOR=1.269;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=81;TCF=62;TCR=19;TR=45;WE=41113139;WS=41113121;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,58:0.53:109
chr17	41113543	rs2670865	C	G	623.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=16;PP=471;SC=CAGTCCTTTTCATTCTAAACA;SOR=3.716;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=17;TCF=1;TCR=16;TR=17;WE=41113551;WS=41113533;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr17	41116234	rs690941	G	A	24149.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=892;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQ=60.06;NF=236;NR=334;PP=2965;SC=CGGGACAGCAGGAGACCACGG;SOR=0.899;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=578;TCF=242;TCR=336;TR=570;WE=41116242;WS=41116224;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,883:1.00:883
chr17	41116291	rs11278824	CAGCCCT	C	10935.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.214;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=489;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.232;NF=25;NR=204;PP=2980;ReadPosRankSum=-0.975;SC=GCCCCGACCCCAGCCCTAGCC;SOR=1.535;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=268;TCF=34;TCR=234;TR=229;WE=41116304;WS=41116281;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,379:0.99:381
chr17	41116565	rs690971	G	T	11594.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=3.902;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=452;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.398;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=124;NR=159;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.037;SC=AAGCAGGAGGGTAAGGAATGG;SOR=0.393;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=288;TCF=128;TCR=160;TR=283;WE=41116573;WS=41116555;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,445:0.99:448
chr17	41116723	rs690979	G	A	1676.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=35;PP=1125;SC=CAAGGCACGTGGTTTAGTGAG;SOR=2.066;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=46;TCF=11;TCR=35;TR=45;WE=41116731;WS=41116713;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr17	41121207	rs373590793	GGGGC	G	1393.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.152;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FS=31.677;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.64;ReadPosRankSum=2.895;SOR=0.787;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:53,78:0.60:131
chr17	41121210	rs113173233	GC	G	446.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.787;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FS=35.623;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.33;ReadPosRankSum=-3.208;SOR=2.379;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:94,40:0.30:134
chr17	41121217	rs7217553	G	A	679.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.425;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FS=32.309;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.04;ReadPosRankSum=-3.360;SOR=2.056;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:89,46:0.34:135
chr17	41121218	.	G	GAA	1768.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.555;ClippingRankSum=0.000;DP=145;ExcessHet=3.0103;FS=33.749;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.61;ReadPosRankSum=3.943;SOR=0.773;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:46,84:0.65:130
chr17	41121263	rs4793187	G	A	496.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.800;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.090;HP=4;HapScore=1;MGOF=34;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=41;PP=1068;ReadPosRankSum=2.366;SC=AGGAACATTTGTGTTAACAAA;SOR=0.504;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=108;TCF=41;TCR=67;TR=68;WE=41121271;WS=41121253;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,31:0.32:98
chr17	41122443	rs2670866	T	C	5360.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.877;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=79;PP=2250;ReadPosRankSum=-0.612;SC=GAAGAATGGTTGCAGCCAGAA;SOR=0.344;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=135;TCF=55;TCR=80;TR=134;WE=41122451;WS=41122433;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,208:1.00:209
chr17	41132578	rs692074	T	C	1382.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=22;NR=9;PP=578;SC=TGACGTGCGGTGGTGTTTCCG;SOR=1.480;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=22;TCR=9;TR=31;WE=41132586;WS=41132568;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr17	41133071	rs1708875	T	C	9573.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=363;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=130;NR=99;PP=2965;SC=GGACCGGCCATGGTTGCGGGG;SOR=0.888;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=230;TCF=130;TCR=100;TR=229;WE=41133079;WS=41133061;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,356:1.00:356
chr17	41133242	rs550285	G	A	8612.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=322;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=80;NR=142;PP=2965;SC=TGGAGTGCGGGGCCGGCTGAA;SOR=1.193;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=222;TCF=80;TCR=142;TR=222;WE=41133250;WS=41133232;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,315:1.00:315
chr17	41133321	.	G	A	946.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=2.076;ClippingRankSum=0.000;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.102;HP=1;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=32;PP=656;ReadPosRankSum=0.642;SC=AGAGATGTCGGTGCGTGATGA;SOR=1.637;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=76;TCF=10;TCR=66;TR=35;WE=41133329;WS=41133311;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,40:0.45:89
chr17	41150949	rs2271539	G	A	3705.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.011;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=300;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.896;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=68;PP=1758;ReadPosRankSum=-2.237;SC=TGGGGCAGTAGCCAGTGAGCA;SOR=0.638;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=204;TCF=85;TCR=119;TR=119;WE=41150957;WS=41150939;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:122,177:0.59:299
chr17	41150983	rs691954	T	C	5074.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=47;NR=93;PP=2941;SC=CGTGGGAGAGTTTTTGAGAGA;SOR=1.408;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=140;TCF=47;TCR=93;TR=140;WE=41150991;WS=41150973;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,180:1.00:180
chr17	41154817	rs11871636	A	C	2751.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.135;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.698;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=36;PP=1010;ReadPosRankSum=-2.199;SC=AGGCTTTGGTAGTGAATGGTG;SOR=0.638;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=128;TCF=64;TCR=64;TR=77;WE=41154825;WS=41154807;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,130:0.61:214
chr17	41164126	rs692651	A	C	1706.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=42;NR=10;PP=1334;SC=AATAGGCCCCACTTCCCCTGG;SOR=2.468;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=52;TCF=42;TCR=10;TR=52;WE=41164134;WS=41164116;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr17	41165493	rs588703	A	G	14739.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-1.410;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=557;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=153;NR=161;PP=2965;ReadPosRankSum=0.169;SC=CTCCCCCTAGATGTCCAGCCA;SOR=0.237;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=316;TCF=154;TCR=162;TR=314;WE=41165501;WS=41165483;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,549:1.00:550
chr17	41165734	rs443759	C	T	2368.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.089;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.112;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=49;PP=1191;ReadPosRankSum=-0.809;SC=TGCAAGATTACGGTGCAGGGA;SOR=0.932;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=136;TCF=53;TCR=83;TR=77;WE=41165742;WS=41165724;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:101,112:0.53:213
chr17	41165878	rs13229	C	T	4231.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=41;NR=38;PP=1547;SC=CGTATGTGAACGGGGAGATCC;SOR=0.693;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=79;TCF=41;TCR=38;TR=79;WE=41165886;WS=41165868;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,160:1.00:160
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chr17	41170898	rs429464	T	C	2938.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=1.910;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.209;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=1.155;NF=20;NR=52;PP=1359;ReadPosRankSum=-3.527;SC=GGTACAAGGCTACCTTCTTCC;SOR=0.935;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=135;TCF=43;TCR=92;TR=72;WE=41170906;WS=41170888;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,131:0.60:217
chr17	41170943	rs55845054	GTAA	G	2607.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQ=60.23;NF=0;NR=43;PP=2127;SC=AATAGTCATGGTAATAATAAT;SOR=2.683;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=57;TCF=0;TCR=57;TR=43;WE=41170953;WS=41170933;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr17	41174025	rs2070835	A	C	2762.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=2.840;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=365;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=45;PP=1234;ReadPosRankSum=0.820;SC=TGACAGGCAGAGGCGGGAGAC;SOR=0.693;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=201;TCF=100;TCR=101;TR=89;WE=41174033;WS=41174015;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:218,140:0.39:358
chr17	41180772	rs12944458	C	T	883.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.684;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.842;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=25;PP=576;ReadPosRankSum=1.619;SC=CCCAGGCTTCCTGACCTCCTG;SOR=0.589;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=76;TCF=22;TCR=54;TR=36;WE=41180780;WS=41180762;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,41:0.45:92
chr17	41197939	.	A	AT	98.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.188;ClippingRankSum=0.000;DP=126;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.09;MQRankSum=0.000;QD=1.19;ReadPosRankSum=0.571;SOR=0.646;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:62,21:0.25:83
chr17	41215825	rs3092994	C	T	817.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=1.066;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=8;PP=572;ReadPosRankSum=2.339;SC=AGGTGTTAAACGTTAGGTGTA;SOR=0.791;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=94;TCF=72;TCR=22;TR=36;WE=41215833;WS=41215815;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,39:0.38:102
chr17	41219560	rs8176235	C	T	2955.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.189;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=370;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.802;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=37;PP=1258;ReadPosRankSum=1.050;SC=CATGCGCCACCGTGCCTCGCC;SOR=0.750;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=227;TCF=133;TCR=94;TR=94;WE=41219568;WS=41219550;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:206,156:0.43:362
chr17	41219780	rs8176234	T	C	528.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=1.108;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=13;PP=242;ReadPosRankSum=0.365;SC=TACTAGTTATTCCACCATGGC;SOR=0.616;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=41;TCF=7;TCR=34;TR=17;WE=41219788;WS=41219770;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,18:0.36:50
chr17	41219804	rs8176233	T	C	422.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-1.181;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.998;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=10;PP=100;ReadPosRankSum=0.837;SC=TGTTTACCTATGTAGCAATCC;SOR=1.885;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=30;TCF=3;TCR=27;TR=11;WE=41219812;WS=41219794;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,13:0.32:41
chr17	41223094	rs1799966	T	C	3111.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=2.029;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=432;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.545;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=69;PP=1942;ReadPosRankSum=-2.797;SC=GCAGCTGGACTCTGGGCAGAT;SOR=0.746;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=322;TCF=140;TCR=182;TR=121;WE=41223102;WS=41223084;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:270,154:0.36:424
chr17	41226601	rs273900734	G	C	696.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.532;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=21;PP=470;ReadPosRankSum=0.216;SC=AATCATACTTGCTGGGCAGCC;SOR=0.536;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=42;TCF=5;TCR=37;TR=24;WE=41226609;WS=41226591;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,28:0.57:49
chr17	41234470	rs1060915	A	G	4626.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=2.077;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=731;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.169;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=88;NR=80;PP=2506;ReadPosRankSum=-0.191;SC=CAAGGGCAGAAGAGTCACTTA;SOR=0.762;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=481;TCF=241;TCR=240;TR=168;WE=41234478;WS=41234460;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:476,249:0.34:725
chr17	41244000	rs16942	T	C	7250.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=2.125;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=730;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.525;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=103;NR=115;PP=2962;ReadPosRankSum=0.158;SC=AAGCTCTCCTTTCTGGACGCT;SOR=0.603;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=484;TCF=218;TCR=266;TR=218;WE=41244008;WS=41243990;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:388,335:0.46:723
chr17	41244435	rs16941	T	C	5300.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=2.939;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=596;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.790;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=70;NR=113;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.248;SC=TGAGCTGGCTTCTTTAAAAAC;SOR=0.824;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=436;TCF=172;TCR=264;TR=183;WE=41244443;WS=41244425;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:341,247:0.42:588
chr17	41244936	rs799917	G	A	8306.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=2.256;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=980;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.529;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=154;NR=121;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.112;SC=ATTTGAAAACGGAGCAAATGA;SOR=0.644;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=655;TCF=370;TCR=285;TR=275;WE=41244944;WS=41244926;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:560,414:0.43:974
chr17	41245237	rs16940	A	G	10441.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.981;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1278;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.113;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=144;NR=191;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.254;SC=CCAGGTACCAATGAAATACTG;SOR=0.776;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=828;TCF=370;TCR=458;TR=335;WE=41245245;WS=41245223;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:732,524:0.42:1256
chr17	41245466	rs1799949	G	A	4739.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=3.059;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=639;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.509;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-1.254;NF=91;NR=74;PP=2508;ReadPosRankSum=0.387;SC=GGAAAGTATCGCTGTCATGTC;SOR=0.771;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=403;TCF=207;TCR=196;TR=165;WE=41245474;WS=41245456;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:384,243:0.39:627
chr17	41249094	rs8176145	A	G	150.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=2.624;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=1;PP=134;ReadPosRankSum=-0.535;SC=AAAAAAATCTATACACCAAAT;SOR=0.634;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=23;TCF=21;TCR=2;TR=8;WE=41249102;WS=41249084;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,8:0.30:27
chr17	41249363	rs273902772	TA	T	657.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.993;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.889;HP=7;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=1.074;NF=1;NR=20;PP=411;ReadPosRankSum=0.186;SC=TTAAAAGGGTTAAAAAAATGT;SOR=0.881;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=51;TCF=4;TCR=47;TR=21;WE=41249371;WS=41249353;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,39:0.48:82
chr17	41256074	rs368252296	CA	C	614.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.890;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=8.402;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.21;MQRankSum=1.125;QD=12.55;ReadPosRankSum=1.962;SOR=0.100;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,19:0.39:49
chr17	41256089	rs373413425	AAAAAAAAAGAAAAG	A	510.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.371;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FS=1.061;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.79;MQRankSum=1.892;QD=6.01;ReadPosRankSum=3.191;SOR=0.473;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:66,19:0.22:85
chr17	41262604	rs201518255	CA	C	105.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.932;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FS=2.299;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.06;ReadPosRankSum=-0.379;SOR=0.394;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:71,29:0.29:100
chr17	41277187	rs799905	G	C	9421.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.64;BaseQRankSum=2.156;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1142;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=103;NR=147;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.784;SC=CCTACCCCCCGTCAAAGAATA;SOR=0.644;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=550;TCF=226;TCR=324;TR=250;WE=41277195;WS=41277177;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:644,485:0.43:1129
chr17	41291779	rs4792978	G	T	546.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-4.048;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.264;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=1;PP=415;ReadPosRankSum=1.821;SC=TCATCATTTAGCTCCCACTTA;SOR=1.961;SbPval=0.93;Source=Platypus;TC=61;TCF=54;TCR=7;TR=23;WE=41291787;WS=41291769;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,24:0.38:63
chr17	41291953	rs11657835	C	G	5009.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.097;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=613;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.113;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=83;PP=2048;ReadPosRankSum=-0.542;SC=GTTCCTGACACAAGGATTCCT;SOR=0.799;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=362;TCF=167;TCR=195;TR=146;WE=41291961;WS=41291943;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:349,262:0.43:611
chr17	41296197	rs35170910	A	G	757.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.047;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.787;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.293;NF=23;NR=12;PP=462;ReadPosRankSum=-1.395;SC=CCGAGATTGCACCACTGCACT;SOR=1.085;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=63;TCF=40;TCR=23;TR=35;WE=41296205;WS=41296187;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,42:0.45:94
chr17	41327621	rs2271573	A	G	4389.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=63;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=113;NR=18;PP=2965;SC=TCCTGAAACAATTCCTATTTA;SOR=3.082;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=133;TCF=115;TCR=18;TR=131;WE=41327629;WS=41327611;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,137:1.00:137
chr17	41327648	rs2271574	T	C	9815.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=41;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=152;NR=40;PP=2965;SC=ATGGTAAGTTTCGTAAGAACA;SOR=2.358;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=214;TCF=169;TCR=45;TR=192;WE=41327658;WS=41327638;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,215:1.00:215
chr17	41327650	rs3215228	G	GT	10059.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=224;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=41;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=109;NR=47;PP=2974;SC=GGTAAGTTTCGTAAGAACAGG;SOR=2.402;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=157;TCF=110;TCR=47;TR=156;WE=41327658;WS=41327638;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,219:1.00:219
chr17	41327684	rs10684756	C	CTG	18036.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=422;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=38;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=132;NR=106;PP=2957;SC=TTGTTCATTGCTGTCTCCCAA;SOR=1.545;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=250;TCF=138;TCR=112;TR=238;WE=41327692;WS=41327674;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,404:1.00:404
chr17	41330024	rs11657883	T	C	3341.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-1.183;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=27;PP=1796;ReadPosRankSum=0.972;SC=AGGTAAAATATATTATGGCAC;SOR=0.625;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=87;TCF=60;TCR=27;TR=87;WE=41330032;WS=41330014;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,124:0.99:125
chr17	41330265	rs11656945	A	G	1131.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=10;NR=30;PP=915;SC=GGGTCTCACTATGTTGCTCAG;SOR=1.259;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=43;TCF=11;TCR=32;TR=40;WE=41330273;WS=41330255;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr17	41331306	rs11653460	C	T	12552.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.810;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=480;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=180;NR=139;PP=2965;ReadPosRankSum=2.257;SC=AAAAGCTGAACGCTTGGCCTG;SOR=0.906;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=319;TCF=180;TCR=139;TR=319;WE=41331314;WS=41331296;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,474:1.00:476
chr17	41331460	rs11653231	G	A	6110.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=42;NR=116;PP=2965;SC=GTTCAGCCTTGTTTAAAAACC;SOR=1.609;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=158;TCF=42;TCR=116;TR=158;WE=41331468;WS=41331450;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,223:1.00:223
chr17	41332804	rs9904555	T	C	3249.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=32;NR=36;PP=1308;SC=TATTTTTTGTTCTTTTAGGAG;SOR=0.725;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=68;TCF=32;TCR=36;TR=68;WE=41332812;WS=41332794;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr17	41346283	rs4793217	G	A	4221.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=98;NR=21;PP=2825;SC=GTACAGCAGCGTTTTTATTTT;SOR=2.505;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=119;TCF=98;TCR=21;TR=119;WE=41346291;WS=41346273;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,146:1.00:146
chr17	41352643	rs35995789	C	T	6774.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=259;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=55;NR=118;PP=2965;SC=TCACAGCCCCCTCAGCTGGGG;SOR=1.376;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=174;TCF=56;TCR=118;TR=173;WE=41352651;WS=41352633;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,251:1.00:251
chr17	41353806	rs2306829	C	T	6046.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=42;NR=103;PP=2965;SC=AGGTAATGATCAGCCTAAGCT;SOR=1.415;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=145;TCF=42;TCR=103;TR=145;WE=41353814;WS=41353796;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,222:1.00:222
chr17	41354888	rs17527933	A	G	3644.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=29;NR=70;PP=2219;SC=GCTTTGAGCAACACTGAACAA;SOR=1.591;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=100;TCF=29;TCR=71;TR=99;WE=41354896;WS=41354878;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,129:1.00:129
chr17	41355955	rs35909706	CT	C	240.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.836;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=2.363;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.94;ReadPosRankSum=0.074;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,18:0.82:22
chr17	41361881	.	ATT	A,AT	1670.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.440;ClippingRankSum=0.000;DP=148;ExcessHet=3.0103;FS=3.755;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.29;MQRankSum=0.790;QD=12.38;ReadPosRankSum=0.612;SOR=0.363;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:21,47,67:0.35,0.50:135
chr17	41361960	rs8482	A	G	8030.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.895;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=329;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.395;HP=3;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.211;NF=157;NR=105;PP=2965;ReadPosRankSum=1.627;SC=CTGATGGCCCATCTCTTTGAA;SOR=0.843;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=277;TCF=159;TCR=118;TR=262;WE=41361968;WS=41361950;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,318:0.99:321
chr17	41364910	rs3803871	A	G	968.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=0.728;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=2;PP=671;ReadPosRankSum=0.876;SC=TTCACATCCTATCTTCCTTAG;SOR=1.863;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=27;TCF=25;TCR=2;TR=26;WE=41364918;WS=41364903;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,32:0.97:33
chr17	41455232	rs60344336	CT	C	186.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.483;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FS=11.854;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.08;MQRankSum=1.545;QD=5.34;ReadPosRankSum=0.854;SOR=1.326;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,24:0.69:35
chr17	41466035	.	A	C	2962	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.6;FR=0.5000;HP=1;HapScore=1;MGOF=93;MMLQ=24;MQ=59.75;NF=183;NR=337;PP=2962;QD=20;SC=TCAGGGAAGCAGAAGGCCTGG;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=753;TCF=272;TCR=481;TR=520;WE=41466063;WS=41466009;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:233,520:0.69:753
chr17	41466096	rs62080664	A	G	5136.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=-8.068;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=405;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=13.744;HP=1;HapScore=1;MGOF=71;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-1.111;NF=201;NR=253;PP=2962;ReadPosRankSum=-3.451;SC=CAGGAGGCTGACACCAGACAC;SOR=0.341;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=577;TCF=233;TCR=344;TR=454;WE=41466138;WS=41466086;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:153,247:0.62:400
chr17	41466108	rs62080665	G	C	11166.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=-8.823;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=407;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=22.125;HP=2;HapScore=1;MGOF=71;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.996;NF=204;NR=237;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.105;SC=ACCAGACACCGGGCAGAGGGA;SOR=0.257;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=557;TCF=233;TCR=324;TR=441;WE=41466138;WS=41466086;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:133,267:0.67:400
chr17	41466120	rs66825422	GCGGCGCATGGA	G	11654.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=-6.230;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=409;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=35.246;HP=1;HapScore=1;MGOF=71;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.527;NF=33;NR=190;PP=2971;ReadPosRankSum=1.664;SC=GCAGAGGGAGGCGGCGCATGG;SOR=0.168;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=346;TCF=53;TCR=293;TR=223;WE=41466138;WS=41466086;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:116,288:0.71:404
chr17	41522213	rs7207008	T	A	958.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.211;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FS=1.191;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.61;ReadPosRankSum=1.743;SOR=0.812;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:147,61:0.29:208
chr17	41561601	rs140026870	CGGAAGGA	C	26610.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=836;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=23;NR=332;PP=2984;SC=TTGAGGGAAGCGGAAGGAGGA;SOR=1.544;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=422;TCF=26;TCR=396;TR=355;WE=41561615;WS=41561591;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,611:1.00:611
chr17	41566783	rs141196624	CTCT	C	3964.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.048;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=257;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.545;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=32;PP=1651;ReadPosRankSum=-0.651;SC=TTGTTCATGTCTCTTCTTTTC;SOR=0.826;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=110;TCF=33;TCR=77;TR=42;WE=41566793;WS=41566773;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:146,106:0.42:252
chr17	41566965	rs200604126	G	GT	71.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.544;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FS=1.451;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.11;MQRankSum=0.000;QD=1.07;ReadPosRankSum=0.170;SOR=0.421;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:52,15:0.22:67
chr17	41569933	rs11870101	C	T	1165.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=0.706;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.152;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=3;PP=878;ReadPosRankSum=-0.128;SC=AACTCTAATTCAGTTCAAAAC;SOR=1.516;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=85;TCF=76;TCR=9;TR=41;WE=41569941;WS=41569923;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,44:0.50:88
chr17	41585657	rs2293014	G	A	1499.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.277;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=17;PP=704;ReadPosRankSum=0.911;SC=CCTTGTATAGGACACACATAC;SOR=0.717;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=96;TCF=63;TCR=33;TR=51;WE=41585665;WS=41585647;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,70:0.55:128
chr17	41598332	rs10672223	C	CT	44.14	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.215;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=7.123;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=4.01;ReadPosRankSum=-2.965;SOR=0.472;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,7:0.64:11
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chr17	41955158	rs231521	A	G	16789.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=630;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=234;NR=171;PP=2965;SC=AGTGAGCCAAAGACCAGGTGA;SOR=0.939;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=406;TCF=234;TCR=172;TR=405;WE=41955166;WS=41955148;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,614:1.00:614
chr17	41959808	rs124721	T	C	59890.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.707;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=2218;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=663;NR=688;PP=2965;ReadPosRankSum=1.254;SC=GCAGGCCTTGTTGAGCCACCA;SOR=0.706;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=1354;TCF=664;TCR=690;TR=1351;WE=41959816;WS=41959798;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,2206:1.00:2208
chr17	41960343	rs124719	T	C	4332.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.49;SOR=1.172;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,170:1.00:170
chr17	41960633	rs412849	CG	GC	27154.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=610;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=194;NR=144;PP=2947;SC=TGCTCAGCCACGTGCGCCAGG;SOR=0.939;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=349;TCF=201;TCR=148;TR=338;WE=41960642;WS=41960623;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,605:1.00:605
chr17	41961451	rs231518	T	C	11998.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-1.962;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=461;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=128;NR=133;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.893;SC=AGCCACTTTATCCCAAAGTAT;SOR=0.230;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=262;TCF=128;TCR=134;TR=261;WE=41961459;WS=41961441;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,459:1.00:460
chr17	41987062	rs3744416	A	G	2406.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.668;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=263;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=40;PP=1214;ReadPosRankSum=0.497;SC=GTATCTCTCTAATAAAGGCCT;SOR=0.680;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=162;TCF=70;TCR=92;TR=72;WE=41987070;WS=41987052;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:144,117:0.45:261
chr17	41994794	rs231458	C	T	3232.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.134;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=311;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.354;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=51;PP=1389;ReadPosRankSum=-0.227;SC=TCTGAGCCTACGCCGGAAGAC;SOR=0.602;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=192;TCF=86;TCR=106;TR=95;WE=41994802;WS=41994784;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:152,157:0.51:309
chr17	42015818	rs1731897	G	A	1287.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-7.489;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=0;PP=1729;ReadPosRankSum=-1.802;SC=GAAAGCGGGGGGTGGGGGGGG;SOR=0.331;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=149;TCF=122;TCR=27;TR=50;WE=42015839;WS=42015808;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,41:0.38:107
chr17	42015831	.	C	CGG	1610.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.592;ClippingRankSum=0.000;DP=146;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.52;MQRankSum=3.617;QD=12.49;ReadPosRankSum=-2.477;SOR=0.278;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:78,51:0.40:129
chr17	42018471	rs231473	T	C	12150.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-0.239;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=962;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=159;NR=145;PP=2962;ReadPosRankSum=0.789;SC=CCATTTCAGCTCCAGGGAGCT;SOR=0.709;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=525;TCF=270;TCR=255;TR=304;WE=42018479;WS=42018461;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:375,578:0.61:953
chr17	42030531	rs1058046	G	C	2896.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.700;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=258;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.973;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=58;PP=1557;ReadPosRankSum=-2.210;SC=GGAAAGAAGCGTGTCCGGGCC;SOR=0.785;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=192;TCF=72;TCR=120;TR=94;WE=42030539;WS=42030521;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:119,132:0.53:251
chr17	42030743	rs229969	G	C	17975.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=690;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=240;NR=188;PP=2965;SC=GCGTCTTCGCGGGGAGCCTCG;SOR=0.858;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=428;TCF=240;TCR=188;TR=428;WE=42030751;WS=42030733;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,680:1.00:680
chr17	42031331	rs2070592	C	T	1760.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.173;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FS=0.551;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.84;ReadPosRankSum=-0.475;SOR=0.637;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:91,88:0.49:179
chr17	42083840	rs228770	T	C	3532.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=73;NR=28;PP=2328;SC=TCCGTGGGGGTAGGGGGGCAG;SOR=1.688;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=101;TCF=73;TCR=28;TR=101;WE=42083848;WS=42083830;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr17	42084097	rs228771	C	G	1538.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.515;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.11;ReadPosRankSum=-1.867;SOR=0.651;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:93,76:0.45:169
chr17	42085150	rs228773	T	C	8435.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=336;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=60;NR=143;PP=2965;SC=TGGTAGGTCCTGCCACTCCCA;SOR=1.346;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=203;TCF=60;TCR=143;TR=203;WE=42085158;WS=42085140;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,323:1.00:323
chr17	42085972	rs186636	C	T	4428.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=28;NR=84;PP=2585;SC=GCAGCTGACCCTCACCATGGA;SOR=1.818;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=112;TCF=28;TCR=84;TR=112;WE=42085980;WS=42085962;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,155:1.00:155
chr17	42090587	rs228778	G	C	1882.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=15;NR=39;PP=1311;SC=TGGCTTCCCAGAGTGTAGAAC;SOR=1.888;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=54;TCF=15;TCR=39;TR=54;WE=42090595;WS=42090577;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr17	42156471	rs376816	A	C	18277.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.108;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=686;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=267;NR=176;PP=2965;ReadPosRankSum=1.340;SC=GGCCCCTCAGACCTCTGGCCT;SOR=1.002;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=443;TCF=267;TCR=176;TR=443;WE=42156479;WS=42156461;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,678:0.99:682
chr17	42157739	rs850856	C	T	30558.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.692;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1162;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=384;NR=354;PP=2965;ReadPosRankSum=2.073;SC=GGGGCTCCCACTGACTACCAT;SOR=0.739;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=741;TCF=386;TCR=355;TR=738;WE=42157747;WS=42157729;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,1152:1.00:1154
chr17	42158310	rs377963	T	G	3001.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=19;NR=69;PP=2158;SC=ATGGTCAAATTCCACCTGTCA;SOR=2.326;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=88;TCF=19;TCR=69;TR=88;WE=42158318;WS=42158300;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr17	42162694	rs56379369	CT	C	745.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.238;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FS=4.152;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.13;MQRankSum=0.548;QD=12.23;ReadPosRankSum=0.474;SOR=1.775;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,52:0.85:61
chr17	42164885	rs228757	G	C	27726.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.243;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1044;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQ=60.01;MQRankSum=0.089;NF=310;NR=275;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.748;SC=CCTCCCCATCGTCTTCCTCGT;SOR=0.759;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=589;TCF=312;TCR=277;TR=585;WE=42164893;WS=42164875;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:6,1029:0.99:1035
chr17	42170181	rs67111880	TG	T	652.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.26;QD=25.11;SOR=4.255;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr17	42170289	rs368328	G	A	1338.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=17;NR=26;PP=790;SC=GGAAGAGGACGTGGATCTTGG;SOR=1.314;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=44;TCF=18;TCR=26;TR=43;WE=42170297;WS=42170279;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr17	42171206	rs454192	T	C	16113.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=-1.934;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=630;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=147;NR=173;PP=2965;ReadPosRankSum=0.524;SC=ACCTCCACTGTGGGCAGAAGA;SOR=0.423;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=320;TCF=147;TCR=173;TR=320;WE=42171214;WS=42171196;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,622:1.00:623
chr17	42188311	rs228767	C	G	2024.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=32;NR=19;PP=1443;SC=GCAGCCCGCACAGCACAGGTT;SOR=1.092;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=52;TCF=33;TCR=19;TR=51;WE=42188319;WS=42188301;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr17	42248346	rs7218599	A	T	4567.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-1.190;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=436;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.517;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=62;PP=1855;ReadPosRankSum=-0.677;SC=CTGTCCACCAAGCCCTCTTCT;SOR=0.651;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=227;TCF=115;TCR=112;TR=124;WE=42248354;WS=42248336;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:201,225:0.53:426
chr17	42264962	rs4793082	A	G	8029.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=294;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=123;NR=61;PP=2965;SC=CATGGTTAATAACATTAACCT;SOR=1.235;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=184;TCF=123;TCR=61;TR=184;WE=42264970;WS=42264952;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,290:1.00:290
chr17	42266224	rs8073555	G	C	374.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-2.818;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.676;HP=3;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=6;PP=268;ReadPosRankSum=0.992;SC=AGGTCTTTAGGTTTAGGTTGG;SOR=0.243;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=31;TCF=23;TCR=8;TR=20;WE=42266232;WS=42266214;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,20:0.65:31
chr17	42266285	.	C	CT	325.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.631;ClippingRankSum=0.000;DP=91;ExcessHet=3.0103;FS=8.867;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.92;ReadPosRankSum=-0.791;SOR=0.195;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:55,28:0.34:83
chr17	42268274	rs757430	C	T	1673.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.510;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.711;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=40;PP=828;ReadPosRankSum=1.179;SC=TTCTCCTTTACGGCCTCCCCA;SOR=0.800;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=90;TCF=25;TCR=65;TR=55;WE=42268282;WS=42268264;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,74:0.59:126
chr17	42274145	.	CAA	C	98.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.011;ClippingRankSum=0.000;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.90;ReadPosRankSum=1.956;SOR=0.518;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,11:0.21:52
chr17	42329004	rs13306780	A	C	5721.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=40;NR=124;PP=2965;SC=GAGGCCTGGCACCAGTGGGGG;SOR=1.823;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=166;TCF=40;TCR=126;TR=164;WE=42329012;WS=42328994;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,198:1.00:198
chr17	42337091	rs2857082	C	T	5943.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=2.126;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=691;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.525;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=94;NR=98;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.175;SC=TGCTTGTGGTCGGTTTTTCAG;SOR=0.721;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=459;TCF=230;TCR=229;TR=192;WE=42337099;WS=42337081;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:395,290:0.42:685
chr17	42337976	rs2074107	G	A	7171.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.035;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=768;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.111;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=140;NR=109;PP=2962;ReadPosRankSum=0.771;SC=CATCTGCAGGGGGTCCAGAAG;SOR=0.819;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=516;TCF=287;TCR=229;TR=249;WE=42337984;WS=42337966;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:415,338:0.45:753
chr17	42338248	rs2854528	A	G	3505.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.856;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=409;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.801;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=89;PP=2126;ReadPosRankSum=0.445;SC=GTGCTCAGCCACTCTCGAGAG;SOR=0.628;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=307;TCF=96;TCR=211;TR=133;WE=42338256;WS=42338238;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:231,168:0.42:399
chr17	42338998	rs5035	T	G	3916.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.202;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=561;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.801;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.283;NF=66;NR=58;PP=1764;ReadPosRankSum=0.558;SC=TGCCTCGGTGTCGTGAGCTGA;SOR=0.717;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=329;TCF=162;TCR=167;TR=124;WE=42339006;WS=42338988;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:347,212:0.38:559
chr17	42339118	rs13306783	G	GC	1401.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=0.780;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.236;NF=3;NR=38;PP=1408;ReadPosRankSum=1.639;SC=CCTTCCCAGTGCCCTGGGCTG;SOR=0.659;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=107;TCF=6;TCR=101;TR=41;WE=42339126;WS=42339108;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,55:0.40:137
chr17	42392077	rs68030960	T	C	1092.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.247;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FS=0.690;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.42;ReadPosRankSum=0.783;SOR=0.780;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:60,56:0.48:116
chr17	42392622	rs708386	T	C	4669.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.402;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=721;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=74;NR=83;PP=1644;ReadPosRankSum=0.628;SC=TCGTCACCGATGAGGACAGCT;SOR=0.713;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=431;TCF=202;TCR=229;TR=157;WE=42392630;WS=42392612;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:449,268:0.37:717
chr17	42392768	rs187076307	G	A	517.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-0.640;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.101;HP=4;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=27;PP=689;ReadPosRankSum=1.922;SC=GGGGATGGGGGCCGCGGCCGG;SOR=0.527;SbPval=0.13;Source=Platypus;TCF=39;TR=46;WE=42392776;WS=42392758;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,27:0.47:58
chr17	42398052	rs2011951	A	G	4005.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=2.374;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=576;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=75;NR=62;PP=2113;ReadPosRankSum=0.033;SC=TTCGGCCTGAACCCATTGAGC;SOR=0.715;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=346;TCF=187;TCR=159;TR=137;WE=42398060;WS=42398042;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:357,210:0.37:567
chr17	42398757	rs2011895	C	A	4987.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.376;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=593;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.527;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=70;NR=94;PP=2581;ReadPosRankSum=1.027;SC=GGGTTTGGGCCGAGGTGGGGA;SOR=0.760;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=372;TCF=161;TCR=211;TR=164;WE=42398765;WS=42398747;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:332,248:0.43:580
chr17	42400816	rs60776742	C	A	553.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-2.737;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.475;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=33;PP=782;ReadPosRankSum=-0.494;SC=CATCCCCACCCGCCCCCACCC;SOR=0.354;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=90;TCF=6;TCR=84;TR=36;WE=42400824;WS=42400806;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,48:0.40:120
chr17	42427544	rs113219200	G	GAGTC	5433.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.992;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=404;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.228;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=71;PP=2966;ReadPosRankSum=0.047;SC=TGTGATGGGGGAGTCACCTTC;SOR=0.629;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=217;TCF=104;TCR=113;TR=121;WE=42427556;WS=42427534;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:157,237:0.60:394
chr17	42427732	rs850713	G	A	5519.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.577;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=466;ExcessHet=3.0103;FS=0.566;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.49;ReadPosRankSum=-0.348;SOR=0.653;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:180,262:0.59:442
chr17	42428165	rs148507354	C	A	8336.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.816;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=658;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.119;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=96;NR=150;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.539;SC=GCCCAATGCCCAACGTGAGTG;SOR=0.802;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=434;TCF=177;TCR=257;TR=246;WE=42428173;WS=42428155;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:262,385:0.60:647
chr17	42429772	rs63751294	C	T	9691.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-1.158;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1169;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=166;NR=157;PP=2962;ReadPosRankSum=1.495;SC=CGTGAAGGCTCGATCCTGCGA;SOR=0.697;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=752;TCF=384;TCR=368;TR=323;WE=42429780;WS=42429762;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:665,491:0.42:1156
chr17	42430244	rs5848	C	T	2081.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.911;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=49;PP=1173;ReadPosRankSum=0.723;SC=CTAGCACCTCCCCCTAACCAA;SOR=0.756;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=109;TCF=27;TCR=82;TR=65;WE=42430252;WS=42430234;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,90:0.60:151
chr17	42449789	rs5910	G	A	7930.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.716;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=666;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=127;NR=100;PP=2962;ReadPosRankSum=1.476;SC=TGAAGAAGCCGACCTGGGGGT;SOR=0.720;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=400;TCF=220;TCR=180;TR=227;WE=42449797;WS=42449779;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:281,375:0.57:656
chr17	42453065	rs5911	A	C	6632.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.845;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=578;ExcessHet=3.0103;FS=3.244;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.93;ReadPosRankSum=-0.227;SOR=0.747;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:242,314:0.56:556
chr17	42453084	rs74988902	C	T	10698.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.818;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=519;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.215;HP=1;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=110;NR=115;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.364;SC=CCCCAGTCCACCTGGGGGGGC;SOR=0.531;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=394;TCF=179;TCR=215;TR=225;WE=42453092;WS=42453074;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:212,291:0.58:503
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chr17	42454463	rs850730	G	C	6288.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=1.220;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=645;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=1.021;NF=100;NR=94;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.465;SC=CTATCTGGGAGATGAGGAGGG;SOR=0.726;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=371;TCF=187;TCR=184;TR=194;WE=42454471;WS=42454453;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:322,311:0.49:633
chr17	42454566	rs376710190	CT	C	380.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.823;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=370;ExcessHet=3.0103;FS=5.058;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.03;MQRankSum=1.726;QD=1.41;ReadPosRankSum=-0.774;SOR=0.395;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:199,71:0.26:270
chr17	42455022	rs34603233	TGAGCCCCTG	T	1411.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-0.523;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=5;PP=2954;ReadPosRankSum=-1.118;SC=TGGTTATTCATGAGCCCCTGG;SOR=0.767;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=45;TCF=30;TCR=15;TR=17;WE=42455038;WS=42455012;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,37:0.51:72
chr17	42466724	rs77120952	T	C	8106.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.556;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=718;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.531;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=109;NR=167;PP=2962;ReadPosRankSum=0.015;SC=GCATAGAAGGTGAGCTGCACT;SOR=0.638;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=472;TCF=185;TCR=287;TR=276;WE=42466732;WS=42466714;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:311,398:0.56:709
chr17	42734746	.	CTT	C	792.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.838;ClippingRankSum=0.000;DP=166;ExcessHet=3.0103;FS=11.137;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.66;ReadPosRankSum=0.096;SOR=0.040;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,43:0.63:68
chr17	42744210	rs8073475	A	T	3723.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.039;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=455;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.121;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=79;PP=2041;ReadPosRankSum=1.786;SC=AAGGGCAGAGATGTTTCTTTC;SOR=0.796;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=326;TCF=147;TCR=179;TR=141;WE=42744218;WS=42744200;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:260,188:0.42:448
chr17	42751607	rs6416902	C	T	1721.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=4;NR=50;PP=1344;SC=GATAAATATACCAAGACATGC;SOR=4.370;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=55;TCF=4;TCR=51;TR=54;WE=42751615;WS=42751597;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr17	42786213	rs61749923	G	C	3161.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=2.461;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=241;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.653;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=76;PP=2050;ReadPosRankSum=-2.279;SC=AAAGGGTACGGATGCCGGGAA;SOR=0.834;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=194;TCF=61;TCR=133;TR=108;WE=42786221;WS=42786203;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:103,135:0.57:238
chr17	42786630	rs11657247	G	C	3837.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.703;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=416;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.578;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=89;NR=35;PP=2029;ReadPosRankSum=-0.063;SC=AAGTTCCAAGGGTTGGTGAAG;SOR=0.902;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=283;TCF=196;TCR=87;TR=124;WE=42786638;WS=42786620;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:229,179:0.44:408
chr17	42824648	rs9893320	T	C	1484.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-1.603;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.450;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=24;PP=1087;ReadPosRankSum=0.018;SC=GCGATCTCTATGCTGCTATGG;SOR=0.890;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=113;TCF=63;TCR=50;TR=58;WE=42824656;WS=42824638;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,63:0.52:122
chr17	42846994	rs8070918	T	C	460.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.558;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.028;HP=4;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=8;PP=429;ReadPosRankSum=0.996;SC=TGGCCACCCCTTCCCCAGGGC;SOR=0.100;SbPval=0.24;Source=Platypus;TC=41;TCF=31;TCR=10;TR=24;WE=42847002;WS=42846984;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,21:0.48:44
chr17	42850352	rs68017435	T	C	7637.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.910;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=667;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.112;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=120;NR=149;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.558;SC=CTGAGGAGCCTGGCCCTCCTC;SOR=0.831;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=490;TCF=225;TCR=265;TR=269;WE=42850360;WS=42850342;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:294,363:0.55:657
chr17	42851634	rs62066014	G	A	721.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.145;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.772;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=11;PP=459;ReadPosRankSum=-0.509;SC=GAGGGCAGGAGGCCATCCTGA;SOR=1.214;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=33;TCF=19;TCR=14;TR=26;WE=42851642;WS=42851624;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,31:0.69:45
chr17	42851729	rs35936481	C	T	1643.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=1.051;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.639;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=12;PP=1102;ReadPosRankSum=1.707;SC=CCCTGTCCCACGGCGGGGGTG;SOR=1.530;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=116;TCF=90;TCR=26;TR=69;WE=42851737;WS=42851719;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,75:0.56:134
chr17	42852604	rs1558083	G	T	18281.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.174;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=818;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=22.57;ReadPosRankSum=0.364;SOR=0.694;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:351,459:0.57:810
chr17	42852610	rs1558084	T	C	18441.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.867;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=850;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=21.90;ReadPosRankSum=0.636;SOR=0.714;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:364,478:0.57:842
chr17	42853427	rs4792955	A	G	3787.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=2.099;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=302;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.714;HP=5;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=96;NR=43;PP=2392;ReadPosRankSum=0.456;SC=CCAGAGAGCGAGGGGCCTGGG;SOR=1.074;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=239;TCF=161;TCR=78;TR=139;WE=42853442;WS=42853417;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:131,167:0.56:298
chr17	42854053	rs55752145	G	A	1609.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-5.136;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.202;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=8;PP=1173;ReadPosRankSum=-1.856;SC=TTCCTCCCTGGGGCAGCCCTC;SOR=0.212;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=95;TCF=85;TCR=10;TR=58;WE=42854061;WS=42854043;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,64:0.62:103
chr17	42854610	rs8075210	T	C	3911.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.739;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=322;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.130;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=70;NR=43;PP=1568;ReadPosRankSum=-2.101;SC=GCAAGGGATCTGGCTGGGTCC;SOR=0.956;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=203;TCF=116;TCR=87;TR=113;WE=42854618;WS=42854600;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:133,187:0.58:320
chr17	42855248	rs2070603	T	C	9284.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.420;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=743;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.533;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=175;NR=133;PP=2962;ReadPosRankSum=0.104;SC=GCCTGGAGCCTGGGATGGCGG;SOR=0.755;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=503;TCF=284;TCR=219;TR=308;WE=42855256;WS=42855238;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:301,426:0.59:727
chr17	42855472	rs2070604	T	C	9125.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.767;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=797;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.109;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=141;NR=176;PP=2962;ReadPosRankSum=1.287;SC=CTGTCTGTCCTGCTCTCTATG;SOR=0.811;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=497;TCF=229;TCR=268;TR=317;WE=42855480;WS=42855462;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:338,441:0.57:779
chr17	42855554	rs2070605	T	C	5063.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=2.519;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=449;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.065;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=110;PP=2344;ReadPosRankSum=0.507;SC=TTGGCTCCATTGCTGGGGCTG;SOR=1.064;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=284;TCF=107;TCR=177;TR=164;WE=42855565;WS=42855544;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:209,239:0.53:448
chr17	42857430	rs35504352	G	A	17012.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-1.947;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1335;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=208;NR=260;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.521;SC=ACTCGGGGGCGCCTGGAGGGA;SOR=0.674;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=816;TCF=364;TCR=452;TR=468;WE=42857438;WS=42857420;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:526,801:0.60:1327
chr17	42857517	rs16970986	C	T	7082.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-3.026;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=546;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=157;PP=2962;ReadPosRankSum=0.915;SC=CAGGGTCTTACCTCTCTGGGA;SOR=0.671;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=413;TCF=121;TCR=292;TR=220;WE=42857525;WS=42857507;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:231,307:0.57:538
chr17	42882973	rs61749924	G	A	6163.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.751;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=563;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=107;NR=99;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.326;SC=GTACATGGGAGAGAGGTGCAA;SOR=0.738;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=393;TCF=202;TCR=191;TR=206;WE=42882981;WS=42882963;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:264,291:0.52:555
chr17	42925559	rs12164	C	T	5285.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=83;NR=49;PP=2515;SC=CACCTGACGACGAAGACTGTG;SOR=1.106;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=132;TCF=83;TCR=49;TR=132;WE=42925567;WS=42925549;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,199:1.00:199
chr17	42927628	rs2231647	A	G	2013.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=37;NR=13;PP=1108;SC=GTGAACCCCTAGGACGCCTGA;SOR=1.545;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=51;TCF=37;TCR=14;TR=50;WE=42927636;WS=42927618;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr17	42927721	rs1071682	G	A	3434.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-2.425;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=253;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.485;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=44;PP=1529;ReadPosRankSum=1.312;SC=ACAATGTACAGCGATTACGTC;SOR=0.765;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=162;TCF=95;TCR=67;TR=107;WE=42927729;WS=42927711;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:89,160:0.64:249
chr17	42927965	rs2304987	G	A	384.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=1.252;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.314;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=14;PP=290;ReadPosRankSum=-0.353;SC=GGGCAAGGAAGATTCTTAGGG;SOR=1.999;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=31;TCF=2;TCR=29;TR=14;WE=42927973;WS=42927955;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,16:0.41:39
chr17	42929970	rs2289673	T	C	3113.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=26;NR=53;PP=1756;SC=TAGTCAAACATAGGCCAAAAG;SOR=1.295;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=79;TCF=26;TCR=53;TR=79;WE=42929978;WS=42929960;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr17	42929985	rs73984100	G	T	1082.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=1.153;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.670;HP=4;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=27;PP=604;ReadPosRankSum=-0.525;SC=CAAAAGCCAAGAAGCAATCCA;SOR=0.966;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=74;TCF=23;TCR=51;TR=38;WE=42929993;WS=42929975;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,51:0.50:102
chr17	42932193	rs8067689	C	T	1246.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-3.359;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.027;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=14;PP=759;ReadPosRankSum=1.053;SC=GACATAAATGCTCCCCAGAAA;SOR=1.154;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=82;TCF=53;TCR=29;TR=45;WE=42932201;WS=42932183;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,51:0.58:88
chr17	42934372	rs6503405	A	G	2370.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=60;NR=10;PP=1830;SC=TGGTGGGGGTAGAGGTGGAAG;SOR=3.383;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=70;TCF=60;TCR=10;TR=70;WE=42934380;WS=42934362;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr17	42934694	rs2277615	T	C	3773.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=25;NR=91;PP=2667;SC=GCTGTCCAAATCATCACCAAA;SOR=2.556;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=116;TCF=25;TCR=91;TR=116;WE=42934702;WS=42934684;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
chr17	42937749	rs9903106	C	G	4412.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-2.370;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=359;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.401;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=97;NR=51;PP=2160;ReadPosRankSum=0.309;SC=ATGTGTGTCCCTGGGACCATC;SOR=0.669;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=250;TCF=164;TCR=86;TR=148;WE=42937757;WS=42937739;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:142,212:0.60:354
chr17	42937963	rs34404174	A	AT	97.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.489;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.08;MQRankSum=0.000;QD=1.78;ReadPosRankSum=-1.106;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,18:0.33:55
chr17	42945296	rs2120276	A	G	8532.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.609;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=354;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=107;NR=104;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.587;SC=TGAGTGACCCAGGGGAAAAGG;SOR=0.693;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=211;TCF=107;TCR=104;TR=211;WE=42945304;WS=42945286;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,338:0.99:340
chr17	42945542	rs2165896	A	T	44.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.164;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=5.291;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.16;MQRankSum=-0.501;QD=0.72;ReadPosRankSum=0.960;SOR=0.200;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:48,14:0.23:62
chr17	42945867	rs3785890	A	G	7270.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=278;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=74;NR=131;PP=2965;SC=GAGGAAAACGAGGACACTGAG;SOR=1.341;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=205;TCF=74;TCR=131;TR=205;WE=42945875;WS=42945857;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,266:1.00:266
chr17	42949808	rs11654183	G	A	7257.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=279;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=83;NR=83;PP=2965;SC=GCCAGCCAGCGCTTACCAAAG;SOR=0.715;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=166;TCF=83;TCR=83;TR=166;WE=42949816;WS=42949798;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,277:1.00:277
chr17	42957127	rs2289675	G	A	5030.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=39;NR=99;PP=2856;SC=TTTCCTCCTCGCCATAACCCC;SOR=1.571;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=138;TCF=39;TCR=99;TR=138;WE=42957147;WS=42957117;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,184:1.00:184
chr17	42957139	rs2289676	C	T	4275.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=35;NR=88;PP=2511;SC=CATAACCCCCCACAGGGTAAA;SOR=1.624;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=124;TCF=35;TCR=89;TR=123;WE=42957147;WS=42957117;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,158:1.00:158
chr17	42957855	rs1443463	A	G	12421.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.741;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=470;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=172;NR=130;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.907;SC=TTCTGCTCCGAAAAGTGAGAG;SOR=0.896;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=303;TCF=172;TCR=131;TR=302;WE=42957863;WS=42957845;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,463:1.00:465
chr17	42960588	rs2304988	C	T	2571.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.613;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=433;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.555;HP=4;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=59;PP=1437;ReadPosRankSum=-1.376;SC=GTGCCCTTCCCCCAGCTCCCA;SOR=0.719;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=266;TCF=105;TCR=161;TR=96;WE=42960596;WS=42960578;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:287,140:0.33:427
chr17	42960624	rs1561970	G	A	7246.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=262;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=71;NR=131;PP=2965;SC=TAGGGATAAGGAGAGAAAAAG;SOR=1.228;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=202;TCF=71;TCR=131;TR=202;WE=42960632;WS=42960614;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,261:1.00:261
chr17	42961009	rs2289677	C	T	16505.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=628;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=230;NR=163;PP=2965;SC=CTGAAAGTTCCGTCTTACCTT;SOR=0.992;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=398;TCF=230;TCR=168;TR=393;WE=42961017;WS=42960999;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,615:1.00:615
chr17	42978554	rs7222312	T	C	3567.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=33;NR=52;PP=1893;SC=TTATGGTGGATTATAGTAGTT;SOR=1.005;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=85;TCF=33;TCR=52;TR=85;WE=42978562;WS=42978544;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chr17	42979026	rs74349463	T	C	2616.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.790;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.964;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=78;PP=1514;ReadPosRankSum=-0.716;SC=CCCCGGTAGGTGAGGCCCTGC;SOR=1.042;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=154;TCF=31;TCR=123;TR=93;WE=42979034;WS=42979016;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,120:0.61:198
chr17	42979670	rs8079610	C	A	13714.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.825;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=526;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=229;NR=133;PP=2965;ReadPosRankSum=0.798;SC=GGCTCCCCTCCCTGTCACTGT;SOR=1.161;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=362;TCF=229;TCR=133;TR=362;WE=42979678;WS=42979660;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,514:1.00:516
chr17	42980189	rs8079308	G	A	3266.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=19;NR=64;PP=1936;SC=TGACTGATGCGGCAAGCTACC;SOR=1.898;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=84;TCF=19;TCR=65;TR=83;WE=42980197;WS=42980179;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr17	42981239	rs35098586	G	GAGT	8170.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=54;NR=42;PP=2969;SC=GGGCATGGGGGCTCCAGGCCT;SOR=1.609;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=99;TCF=57;TCR=42;TR=96;WE=42981247;WS=42981229;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,181:1.00:181
chr17	42981499	rs12937256	C	T	3845.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.970;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=402;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.111;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=68;NR=68;PP=2106;ReadPosRankSum=-0.078;SC=GACATGCTGACCCGCTTCAGC;SOR=0.616;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=292;TCF=151;TCR=141;TR=136;WE=42981507;WS=42981489;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:212,183:0.46:395
chr17	42981654	rs3826425	A	G	23238.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.705;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=898;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=287;NR=274;PP=2965;ReadPosRankSum=0.510;SC=TTTCCAGGACAAGGGCCAGGA;SOR=0.739;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=562;TCF=288;TCR=274;TR=561;WE=42981662;WS=42981644;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,890:1.00:892
chr17	42982288	rs3744473	A	G	17322.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=647;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=222;NR=225;PP=2965;SC=TCTCATGGGCACTACCCAGCC;SOR=0.696;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=447;TCF=222;TCR=225;TR=447;WE=42982296;WS=42982278;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,641:1.00:641
chr17	42984687	rs11558961	G	C	6066.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.941;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=98;NR=55;PP=2902;ReadPosRankSum=-0.887;SC=TCATGAGACGGGGCAGAGGCC;SOR=1.200;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=155;TCF=99;TCR=56;TR=153;WE=42984695;WS=42984677;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,220:0.99:222
chr17	42984842	rs11651396	G	A	8057.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=307;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=72;NR=119;PP=2965;SC=GTGTAACCTTGGGAAGTCCCC;SOR=1.072;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=192;TCF=73;TCR=119;TR=191;WE=42984850;WS=42984832;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,301:1.00:301
chr17	42987482	rs12941832	G	T	3187.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=1.555;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=322;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=11.006;HP=3;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=90;NR=41;PP=2016;ReadPosRankSum=1.045;SC=TGGGCAAAGCGCCGTGTCTGA;SOR=0.345;SbPval=0.2;Source=Platypus;TC=281;TCF=209;TCR=72;TR=131;WE=42987490;WS=42987472;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:175,145:0.45:320
chr17	42987523	rs9908084	G	A	8925.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.298;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=783;ExcessHet=3.0103;FS=0.531;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.74;ReadPosRankSum=0.184;SOR=0.740;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:346,414:0.54:760
chr17	42987523	.	GT	AC	2944	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;FR=0.5000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=161;NR=93;PP=2944;QD=20;SC=AGCCGGCGGCGTTCCATTTAC;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=522;TCF=325;TCR=197;TR=254;WE=42987532;WS=42987513;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:268,254:0.49:522
chr17	42987524	rs9916491	T	C	28273.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.923;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=791;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=315;NR=185;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.367;SC=GCCGGCGGCGTTCCATTTACA;SOR=1.191;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=525;TCF=328;TCR=197;TR=500;WE=42987532;WS=42987513;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,767:1.00:769
chr17	42988092	rs2289679	G	C	1909.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.177;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.784;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=37;PP=1060;ReadPosRankSum=0.302;SC=GGGTCTTGGTGCGGGGCCATC;SOR=1.785;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=53;TCF=15;TCR=38;TR=51;WE=42988100;WS=42988082;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,69:0.97:71
chr17	42988959	rs2289671	T	C	2516.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=46;NR=21;PP=1569;SC=CAGGTCCTCGTCCCTGGCCCT;SOR=1.455;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=67;TCF=46;TCR=21;TR=67;WE=42988967;WS=42988949;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr17	43003484	rs3169733	T	C	9304.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-2.081;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=776;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.116;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=127;NR=139;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.380;SC=CTGCTGAGAGTGCTCTCCCCA;SOR=0.597;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=460;TCF=210;TCR=250;TR=266;WE=43003492;WS=43003474;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:325,443:0.58:768
chr17	43008905	rs7218001	C	A	2931.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=3.018;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=266;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.896;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=72;NR=31;PP=1732;ReadPosRankSum=0.571;SC=CCAATTCCCACACCCAGGGAG;SOR=0.908;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=183;TCF=125;TCR=58;TR=103;WE=43008913;WS=43008895;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:119,135:0.53:254
chr17	43011908	rs755547	G	A	10861.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.547;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=923;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.524;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=182;NR=155;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.790;SC=AGGAAGTCGCGTTGGCATCAG;SOR=0.767;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=595;TCF=315;TCR=280;TR=337;WE=43011916;WS=43011898;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:404,512:0.56:916
chr17	43012183	rs148267377	G	A	5382.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.531;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=760;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.136;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=101;NR=101;PP=2837;ReadPosRankSum=2.815;SC=CATCCTACCCGAGCCCAATCC;SOR=0.598;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=498;TCF=235;TCR=263;TR=202;WE=43012191;WS=43012173;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:464,289:0.38:753
chr17	43101690	.	TGTGTGTGTGTGTGTGTGG	T	180.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=1.746;ClippingRankSum=0.000;DP=76;ExcessHet=3.0103;FS=8.116;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.48;ReadPosRankSum=0.886;SOR=2.732;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,7:0.21:33
chr17	43101694	.	TGTGTGTGTGTGTGG	T	147.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-1.826;ClippingRankSum=0.000;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=1.987;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.09;ReadPosRankSum=-0.461;SOR=0.200;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,10:0.34:29
chr17	43101696	.	TGTGTGTGTGTGG	T	164.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.832;ClippingRankSum=0.000;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.34;ReadPosRankSum=0.880;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,12:0.32:38
chr17	43111162	rs9303432	A	G	3935.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=83;NR=36;PP=2689;SC=CCACTGCACAAATGAAAAAAT;SOR=1.680;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=120;TCF=84;TCR=36;TR=119;WE=43111170;WS=43111152;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,137:1.00:137
chr17	43111688	rs9900173	G	A	8146.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.535;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=694;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=117;NR=123;PP=2962;ReadPosRankSum=0.330;SC=TTATGTCGCCGTTCTCCAGCA;SOR=0.658;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=427;TCF=204;TCR=223;TR=240;WE=43111696;WS=43111678;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:301,379:0.56:680
chr17	43131480	rs4793172	A	T	9531.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.039;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1077;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.98;ReadPosRankSum=-0.928;SOR=0.685;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:561,500:0.47:1061
chr17	43131622	rs7226225	A	T	623.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.366;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FS=8.820;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.52;MQRankSum=4.522;QD=3.30;ReadPosRankSum=-1.356;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:139,50:0.26:189
chr17	43163756	rs6416904	A	G	1322.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=2.362;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.494;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=8;PP=780;ReadPosRankSum=0.016;SC=GCCTCCCAAAATGTTGGGATT;SOR=0.539;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=136;TCF=109;TCR=27;TR=46;WE=43163764;WS=43163746;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:103,61:0.37:164
chr17	43163851	rs6503422	T	C	4418.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.641;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=612;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=77;NR=58;PP=1893;ReadPosRankSum=-1.206;SC=TGGGCCTTTTTTCTCCCCAAC;SOR=0.718;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=374;TCF=206;TCR=168;TR=135;WE=43163859;WS=43163841;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:372,234:0.39:606
chr17	43170907	rs2239921	C	T	4592.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=113;NR=22;PP=2965;SC=GCTGGAAAGACGGTTTGCAGT;SOR=2.621;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=135;TCF=113;TCR=22;TR=135;WE=43170915;WS=43170897;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,158:1.00:158
chr17	43176804	rs2239923	C	T	7366.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-2.521;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=682;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=115;NR=106;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.169;SC=CCCACGGAAGCTGATTGAAGT;SOR=0.685;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=408;TCF=212;TCR=196;TR=221;WE=43176812;WS=43176794;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:313,365:0.54:678
chr17	43181287	rs4793167	A	G	13164.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=484;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=124;NR=211;PP=2965;SC=TGCAGGGAAGAGGCAGTGGAG;SOR=1.152;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=335;TCF=124;TCR=211;TR=335;WE=43181295;WS=43181277;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,475:1.00:475
chr17	43181325	rs2269745	A	G	2809.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-3.618;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=388;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.874;HP=1;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=59;PP=1390;ReadPosRankSum=0.844;SC=CCCGGGACGCAGCCTCCCATG;SOR=0.430;SbPval=0.22;Source=Platypus;TC=266;TCF=95;TCR=171;TR=102;WE=43181337;WS=43181315;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:236,148:0.39:384
chr17	43183028	rs1053733	G	A	3225.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.753;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=256;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.903;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=59;PP=1484;ReadPosRankSum=-1.267;SC=GTGCGATTCTGGATAAAGCCA;SOR=0.882;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=161;TCF=58;TCR=103;TR=86;WE=43183036;WS=43183018;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:100,147:0.60:247
chr17	43183108	rs1053739	G	A	716.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=4.535;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.153;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=25;PP=553;ReadPosRankSum=0.457;SC=GAGAATCCCTGGCAAAGGGAG;SOR=1.949;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=46;TCF=3;TCR=43;TR=25;WE=43183116;WS=43183098;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,28:0.52:54
chr17	43192549	rs35911033	T	TC	16760.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=453;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=95;NR=108;PP=2973;SC=GGGTGCAGGGTCGCAGGCGGG;SOR=1.153;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=212;TCF=100;TCR=112;TR=203;WE=43192557;WS=43192539;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,448:1.00:448
chr17	43192681	rs713102	C	A	3793.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-9.458;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=523;ExcessHet=3.0103;FS=2.891;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.02;MQRankSum=-1.142;QD=7.45;ReadPosRankSum=2.166;SOR=1.098;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:220,289:0.57:509
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chr17	43197593	rs2129732	G	A	1179.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-1.689;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=10;PP=848;ReadPosRankSum=0.590;SC=AAAGCTGCAGGTGGAGAGGGC;SOR=0.732;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=106;TCF=84;TCR=22;TR=46;WE=43197601;WS=43197583;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,53:0.39:135
chr17	43198166	rs11382448	A	AG	7324.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=43;NR=54;PP=2936;SC=CCCTCAGGACAGGGCCCTGCC;SOR=1.242;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=103;TCF=46;TCR=57;TR=97;WE=43198174;WS=43198156;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,219:1.00:219
chr17	43213772	rs2306828	A	C	11813.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.861;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=427;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=180;NR=157;PP=2965;ReadPosRankSum=0.482;SC=GGGACCCATCACCACCTCTGC;SOR=0.274;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=340;TCF=181;TCR=159;TR=337;WE=43213780;WS=43213762;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,410:1.00:411
chr17	43226472	rs111687345	C	CT	678.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.376;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.48;ReadPosRankSum=-0.943;SOR=0.791;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:54,26:0.32:80
chr17	43226478	rs7216041	C	T	778.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.386;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FS=3.298;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.46;ReadPosRankSum=-0.798;SOR=0.349;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:61,31:0.34:92
chr17	43227766	rs78243847	T	TTTGG	3488.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=48;PP=2760;SC=TCCCCCTGGCTTTGGTTTCGT;SOR=2.690;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=61;TCF=3;TCR=58;TR=50;WE=43227774;WS=43227756;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr17	43310210	rs112855430	ATG	A	189.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.354;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=396;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.03;MQRankSum=2.996;QD=0.49;ReadPosRankSum=0.563;SOR=0.639;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:348,39:0.10:387
chr17	43316520	rs1023995	T	C	2237.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=4.846;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.649;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=65;PP=1640;ReadPosRankSum=-0.131;SC=TGGGGTCAGGTAGACCTGGGT;SOR=1.293;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=152;TCF=33;TCR=119;TR=77;WE=43316528;WS=43316510;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,90:0.51:178
chr17	43318778	rs7218169	GC	CG	11753.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=272;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;JOINED;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=89;NR=84;PP=2947;SC=CCGCCATGGGGCCCTCCAGGC;SOR=0.723;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=181;TCF=91;TCR=90;TR=173;WE=43318787;WS=43318768;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,266:1.00:266
chr17	43319770	rs1801353	C	T	6103.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-2.047;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=617;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=77;NR=107;PP=2795;ReadPosRankSum=-1.749;SC=CTGGGTGGCACTGAAACCCAG;SOR=0.698;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=363;TCF=156;TCR=207;TR=184;WE=43319778;WS=43319760;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:288,309:0.52:597
chr17	43333125	rs11651968	C	T	8506.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.919;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=658;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.543;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=166;NR=105;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.165;SC=CAGGCAGACACGTGGTTCTCC;SOR=0.629;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=448;TCF=279;TCR=169;TR=271;WE=43333133;WS=43333115;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:250,391:0.61:641
chr17	43333785	rs76453679	AAGAC	A	6616.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.313;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=318;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.794;NF=14;NR=59;PP=2974;ReadPosRankSum=2.818;SC=AGTCATCTCTAAGACAGAAGA;SOR=0.684;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=131;TCF=27;TCR=104;TR=73;WE=43333796;WS=43333775;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:135,170:0.56:305
chr17	43334649	rs60163605	C	A	4485.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.064;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FS=1.100;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=21.88;ReadPosRankSum=0.421;SOR=0.797;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:89,116:0.57:205
chr17	43334653	rs58314091	T	C	4394.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.005;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FS=0.527;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=22.20;ReadPosRankSum=0.264;SOR=0.739;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:87,111:0.56:198
chr17	43342141	rs1047833	G	C	5838.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.260;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=442;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.129;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=75;NR=92;PP=2777;ReadPosRankSum=3.243;SC=CGTCTTTGGTGACCAAGCTGA;SOR=0.583;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=285;TCF=123;TCR=162;TR=167;WE=43342149;WS=43342131;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:171,264:0.61:435
chr17	43342306	rs2285674	C	A	718.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-3.283;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=18;PP=408;ReadPosRankSum=-1.968;SC=CTCAGAGAATCCCACCCGGCT;SOR=0.836;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=4;TCR=25;TR=21;WE=43342314;WS=43342296;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,29:0.74:39
chr17	43344073	rs2074293	G	A	5237.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.178;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=373;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.401;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=95;PP=2308;ReadPosRankSum=-0.856;SC=TTGGGTACGGGCTCAGGGCCC;SOR=0.743;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=246;TCF=96;TCR=150;TR=152;WE=43344081;WS=43344063;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:127,242:0.66:369
chr17	43351127	rs2072090	G	C	2896.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.782;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=289;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=60;PP=1270;ReadPosRankSum=-0.338;SC=TAATCGTGGAGGAAGGGAGGA;SOR=0.710;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=185;TCF=73;TCR=112;TR=99;WE=43351135;WS=43351117;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:140,146:0.51:286
chr17	43364293	rs56405343	C	CG	30846.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=840;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=127;NR=240;PP=2969;SC=GAGGCAGAGCCGCCGTAGGCC;SOR=0.818;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=376;TCF=130;TCR=246;TR=367;WE=43364301;WS=43364283;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,825:1.00:825
chr17	43910455	rs17689966	G	A	5591.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.62;DB;DP=224;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=80;NR=75;PP=2827;SC=CCATGCCATCGAGGTGGACGC;SOR=0.836;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=155;TCF=80;TCR=75;TR=155;WE=43910463;WS=43910445;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,223:1.00:223
chr17	43923180	rs242944	G	A	1095.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=46.87;QD=27.39;SOR=1.445;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr17	43923898	rs171443	A	G	1540.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=41.51;QD=29.63;SOR=1.358;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr17	43924412	rs242943	T	C	606.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=39.76;QD=33.71;SOR=5.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr17	44061025	rs63750222	C	T	9586.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=364;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=124;NR=121;PP=2965;SC=CAGAGCCCGACGGGCCCAGTG;SOR=0.715;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=245;TCF=124;TCR=121;TR=245;WE=44061033;WS=44061015;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,364:1.00:364
chr17	44067382	rs2258689	T	C	3301.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.516;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=49.48;MQRankSum=-0.302;QD=25.01;ReadPosRankSum=-0.634;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,130:0.98:132
chr17	44067847	rs2435213	G	T	549.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=11;NR=9;PP=395;SC=GGGCGTGGTGGTATGCGTGGT;SOR=0.874;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=11;TCR=9;TR=20;WE=44067855;WS=44067837;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr17	44067945	rs141013430	A	G	137.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=47.34;QD=22.97;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr17	44144234	rs117385703	T	C	356.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=8;PP=213;SC=CAAAGAAGCATTCTAGAGCAG;SOR=2.670;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=9;WE=44144242;WS=44144224;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
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chr17	44788253	rs78850923	G	A	749.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=18;NR=7;PP=484;SC=AGCATGTACGGATTATAACTC;SOR=1.863;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=18;TCR=7;TR=25;WE=44788261;WS=44788243;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr17	44788310	rs183211	G	A	810.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.242;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.876;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=9;PP=583;ReadPosRankSum=-0.512;SC=AAATGCTTTAGACTCCTTTTT;SOR=0.892;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=59;TCF=42;TCR=17;TR=31;WE=44788318;WS=44788300;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,37:0.45:83
chr17	44806139	.	C	CA	99.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.791;ClippingRankSum=0.000;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=1.322;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.69;ReadPosRankSum=-0.642;SOR=0.450;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:45,14:0.24:59
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chr17	44833088	rs71138549	AT	A	441.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.893;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FS=15.988;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.23;MQRankSum=1.858;QD=3.65;ReadPosRankSum=0.116;SOR=2.628;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:67,54:0.45:121
chr17	44950122	rs4968281	T	C	585.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.261;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.06;ReadPosRankSum=-0.143;SOR=0.735;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:44,39:0.47:83
chr17	44952321	rs184270868	C	T	17159.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.442;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1375;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=334;NR=165;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.113;SC=GGAGCTGTGTCCTCAAGCCAC;SOR=0.709;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=893;TCF=588;TCR=305;TR=499;WE=44952329;WS=44952311;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:589,766:0.57:1355
chr17	45000529	rs189899	G	C	3677.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-0.857;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=371;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.379;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=74;NR=48;PP=1825;ReadPosRankSum=0.909;SC=GGAAGCCAGAGCCGGAGCCGT;SOR=0.721;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=206;TCF=126;TCR=80;TR=122;WE=45000537;WS=45000519;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:186,182:0.49:368
chr17	45000547	rs183199	G	C	11145.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=423;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=133;NR=92;PP=2965;SC=CGTGGCCTGCGGGGCCGGCGA;SOR=0.936;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=225;TCF=133;TCR=92;TR=225;WE=45000555;WS=45000537;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,420:1.00:420
chr17	45008570	rs197922	G	A	3597.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.003;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=287;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.436;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=45;PP=1765;ReadPosRankSum=0.772;SC=CAAAATGCCAGACTGTAAGTG;SOR=0.790;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=184;TCF=105;TCR=79;TR=107;WE=45008578;WS=45008560;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:118,167:0.59:285
chr17	45008742	rs197923	G	C	998.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-0.806;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.373;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=34;PP=751;ReadPosRankSum=-0.283;SC=GAGTGATGCCGCTCAAAATAA;SOR=0.395;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=74;TCF=13;TCR=61;TR=43;WE=45008750;WS=45008732;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,44:0.54:81
chr17	45012248	rs169126	T	G	2675.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=69;NR=8;PP=2117;SC=GCCTTTGCTTTGCTTTTTCTT;SOR=4.021;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=77;TCF=69;TCR=8;TR=77;WE=45012256;WS=45012242;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr17	45017859	rs758392	A	G	4206.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.969;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=333;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.341;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=84;NR=48;PP=2202;ReadPosRankSum=0.419;SC=CTAGCGCAGGACTTTTGGTAA;SOR=0.779;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=225;TCF=144;TCR=81;TR=132;WE=45017867;WS=45017849;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:141,189:0.57:330
chr17	45044147	rs11079745	C	A	2561.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-3.262;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=284;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.474;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=73;PP=1681;ReadPosRankSum=2.301;SC=ACCTGCCTTGCAAGAATTATT;SOR=0.652;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=220;TCF=60;TCR=160;TR=102;WE=45044155;WS=45044137;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:153,121:0.44:274
chr17	45050533	rs11079746	T	C	8935.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=347;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=109;NR=100;PP=2965;SC=AAAACTGGAATGCCGGATGAG;SOR=0.740;SbPval=0.55;Source=Platypus;TCF=109;TR=209;WE=45050541;WS=45050523;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,344:1.00:344
chr17	45209503	rs11570546	G	A	377.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-2.136;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=2;PP=200;ReadPosRankSum=0.312;SC=GGGTGTAATAGGCTCCAGAAT;SOR=0.527;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=31;TCF=27;TCR=4;TR=13;WE=45209511;WS=45209493;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,17:0.46:37
chr17	45219354	rs7220394	A	G	1747.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.61;BaseQRankSum=1.941;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=18;PP=705;ReadPosRankSum=-1.450;SC=AAGCTAAATAACCTTTCCCCA;SOR=0.695;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=75;TCF=43;TCR=32;TR=41;WE=45219362;WS=45219344;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,81:0.54:151
chr17	45234406	rs112848754	CA	C	98.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.458;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FS=6.776;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.76;MQRankSum=-7.469;QD=0.87;ReadPosRankSum=-1.285;SOR=0.751;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:101,12:0.11:113
chr17	45234420	rs78493795	T	G	75.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.610;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FS=7.461;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.81;MQRankSum=-10.366;QD=0.70;ReadPosRankSum=-1.812;SOR=0.830;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:99,10:0.09:109
chr17	45234760	rs11372544	C	CA	1273.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.941;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FS=2.953;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.04;ReadPosRankSum=0.720;SOR=0.998;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:89,92:0.51:181
chr17	45291103	rs11327482	TG	T	9140.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=312;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=60;NR=92;PP=2974;SC=TACTTCCCTTTGGGGGGCCTT;SOR=1.071;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=168;TCF=69;TCR=99;TR=152;WE=45291111;WS=45291093;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,308:1.00:308
chr17	45300218	rs4968309	C	T	390.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-0.868;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.716;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=1;PP=295;ReadPosRankSum=-0.402;SC=CTGCCCTCCACCCACCTTCTC;SOR=0.118;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=39;TCF=38;TCR=1;TR=17;WE=45300226;WS=45300208;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,17:0.43:40
chr17	45331358	rs11871407	C	G	1458.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-2.114;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.565;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=25;PP=657;ReadPosRankSum=0.327;SC=GATCTGCGCCCCGGTCAAGTT;SOR=0.635;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=117;TCF=56;TCR=61;TR=50;WE=45331366;WS=45331348;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:92,77:0.46:169
chr17	45331427	rs11871251	G	A	804.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.607;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.671;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=17;PP=331;ReadPosRankSum=-1.821;SC=CTGGGAATGCGCGTGTCCTGG;SOR=0.896;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=71;TCF=29;TCR=42;TR=26;WE=45331435;WS=45331417;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,42:0.44:95
chr17	45363546	rs35265764	G	T	2093.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.412;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.623;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=18;PP=1129;ReadPosRankSum=0.948;SC=ATCTATATTTGTCCCCTCTCT;SOR=0.770;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=113;TCF=83;TCR=30;TR=67;WE=45363554;WS=45363536;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,93:0.58:161
chr17	45364722	rs2292865	C	T	487.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-0.912;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=15;PP=298;ReadPosRankSum=1.306;SC=GGGCTCGGTTCCAGCTTGCCC;SOR=0.693;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=37;TCF=7;TCR=30;TR=19;WE=45364730;WS=45364712;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,22:0.50:44
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chr17	45368337	rs15908	A	C	5159.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.104;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=449;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.757;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=75;NR=73;PP=1911;ReadPosRankSum=0.579;SC=GTTCTAAAGTAGAGCTGGAAG;SOR=0.543;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=268;TCF=146;TCR=122;TR=148;WE=45368345;WS=45368327;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:196,249:0.56:445
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chr17	45380002	rs3760372	T	C	2389.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=44;NR=16;PP=1172;SC=CATACTTCCCTGGAAGTCCTG;SOR=1.531;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=61;TCF=44;TCR=17;TR=60;WE=45380010;WS=45379992;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr17	45385012	rs3809863	C	T	2809.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.655;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=380;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.246;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=55;PP=1449;ReadPosRankSum=0.408;SC=CAGTAAGAGACGGGGCTGGGC;SOR=0.569;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=237;TCF=99;TCR=138;TR=101;WE=45385020;WS=45385002;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:222,151:0.40:373
chr17	45412629	rs34134208	C	T	2740.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.582;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=239;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.485;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=48;PP=1237;ReadPosRankSum=1.637;SC=TCATCAGGAACTATTAACCAC;SOR=0.755;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=140;TCF=63;TCR=77;TR=86;WE=45412637;WS=45412619;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:101,131:0.56:232
chr17	45422628	rs7214410	A	G	661.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-1.235;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.975;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=21;PP=394;ReadPosRankSum=0.043;SC=GCAAAAGTAGATAGTTTAATC;SOR=0.538;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=66;TCF=18;TCR=48;TR=29;WE=45422636;WS=45422618;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,33:0.45:74
chr17	45425115	rs7206971	G	A	435.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.799;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=5;PP=264;ReadPosRankSum=-0.459;SC=AGAGTGGGGGGAATAAGGATA;SOR=0.638;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=45;TCF=36;TCR=9;TR=19;WE=45425123;WS=45425105;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,21:0.38:55
chr17	45425144	rs3851808	C	T	600.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.136;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.827;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=6;PP=279;ReadPosRankSum=-0.201;SC=TTTTGATTAACTAACTAAATG;SOR=0.934;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=66;TCF=44;TCR=22;TR=21;WE=45425152;WS=45425134;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,33:0.36:92
chr17	45425287	rs71377306	C	T	1213.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.905;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.756;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQ=59.98;MQRankSum=-0.869;NF=16;NR=23;PP=572;ReadPosRankSum=-0.969;SC=TTTAGAAATGCGACAGGCACT;SOR=0.555;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=71;TCF=28;TCR=43;TR=39;WE=45425295;WS=45425277;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,57:0.56:102
chr17	45438886	rs10538163	CAGTG	C	3277.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.102;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.995;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=2.360;NF=7;NR=38;PP=2011;ReadPosRankSum=-0.608;SC=CCTATATTGACAGTGAGTTAT;SOR=0.478;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=119;TCF=14;TCR=105;TR=45;WE=45438897;WS=45438876;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:123,90:0.42:213
chr17	45438952	rs6504872	C	T	715.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=2.537;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.329;HP=2;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=23;PP=474;ReadPosRankSum=-0.722;SC=CATTTTTTTCCGGATATCAAT;SOR=0.407;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=62;TCF=12;TCR=50;TR=30;WE=45438960;WS=45438942;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,34:0.46:74
chr17	45451894	rs4968318	G	A	1158.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.181;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.508;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=16;PP=720;ReadPosRankSum=0.792;SC=GTTATCAAGTGTAGCAGGATG;SOR=0.852;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=83;TCF=55;TCR=28;TR=47;WE=45451902;WS=45451884;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,56:0.48:117
chr17	45452257	rs74969489	A	T	3768.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-2.003;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=540;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=63;PP=1502;ReadPosRankSum=0.445;SC=AAAACTTCAGAAGCCAGCTGT;SOR=0.730;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=331;TCF=162;TCR=169;TR=120;WE=45452265;WS=45452247;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:332,205:0.38:537
chr17	45479446	rs12452315	A	C	1737.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.703;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.610;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=17;PP=905;ReadPosRankSum=-0.264;SC=GCTTTATTGGATCTGACTTTT;SOR=0.805;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=125;TCF=82;TCR=43;TR=54;WE=45479454;WS=45479436;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,79:0.50:158
chr17	45479706	rs11079774	C	G	559.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-3.270;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=16;PP=299;ReadPosRankSum=-0.424;SC=GCAGATGAAACTTGGTTTTGA;SOR=0.941;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=37;TCF=3;TCR=34;TR=17;WE=45479714;WS=45479696;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,24:0.49:49
chr17	45479733	rs12452796	A	C	330.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=3.290;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=9;PP=173;ReadPosRankSum=0.721;SC=ATTGGCTGGCATATAGGAACT;SOR=0.622;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=0;TCR=21;TR=9;WE=45479741;WS=45479723;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,13:0.48:27
chr17	45567593	rs142960189	ATC	A	11175.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.374;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=766;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.182;NF=18;NR=99;PP=2972;ReadPosRankSum=1.064;SC=TCTCTCTATCATCTCTCCTTT;SOR=0.686;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=285;TCF=44;TCR=241;TR=117;WE=45567602;WS=45567583;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:417,311:0.43:728
chr17	45569664	rs146382347	C	T	3568.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.014;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=278;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.098;NF=84;NR=38;PP=1990;ReadPosRankSum=0.141;SC=CTCGTATTGTCCCAGCTCACC;SOR=0.692;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=204;TCF=139;TCR=65;TR=122;WE=45569672;WS=45569654;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:113,161:0.59:274
chr17	45569815	rs2610367	A	G	3970.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.897;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=518;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-11.244;NF=63;NR=82;PP=2138;ReadPosRankSum=-0.232;SC=TTGAGGTATGAGGGCTGCCAT;SOR=0.692;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=343;TCF=145;TCR=198;TR=145;WE=45569823;WS=45569805;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:312,205:0.40:517
chr17	45600306	rs201678252	AT	A	5962.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=2.291;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=403;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-12.044;NF=54;NR=67;PP=2948;ReadPosRankSum=0.497;SC=TCCAACTGTCATTTCAACAGC;SOR=0.693;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=258;TCF=112;TCR=146;TR=121;WE=45600314;WS=45600296;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:199,203:0.50:402
chr17	45623409	.	G	GGTGT,GGT	70.73	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.63;BaseQRankSum=0.125;ClippingRankSum=0.000;DP=489;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.440;NF=12,12;NR=113,113;PP=1467,1453;ReadPosRankSum=0.460;SC=GCATATGTGGGGTGTGTGTGT;SOR=0.680;SbPval=0.17;Source=Platypus;TC=239;TCF=16;TCR=223;TR=125,125;WE=45623420;WS=45623399;set=Intersection	GT:AF:DP	0/1:0.14:188
chr17	45623439	.	T	TGTGAGAGA	966.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=1.043;ClippingRankSum=0.000;DP=289;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.405;HP=2;HapScore=3;MGOF=28;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=2.159;NF=13;NR=116;PP=2256;ReadPosRankSum=1.354;SC=TGTGTGTGTGTGAGAGAGAGA;SOR=1.532;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=158;TCF=15;TCR=143;TR=129;WE=45623449;WS=45623427;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:152,53:0.26:205
chr17	45646981	rs367947091	CT	C	242.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.967;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.37;MQRankSum=-0.737;QD=2.15;ReadPosRankSum=1.847;SOR=0.749;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:79,34:0.30:113
chr17	45663680	rs372546318	GTA	G	1658.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-0.016;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=327;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.528;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.439;NF=25;NR=36;PP=1107;ReadPosRankSum=-0.037;SC=TGATGCAAGAGTATATATATA;SOR=0.769;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=184;TCF=69;TCR=115;TR=61;WE=45663693;WS=45663670;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:209,87:0.29:296
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chr17	45668339	.	T	G	1710	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;FR=0.5000;HP=6;HapScore=1;MGOF=3;MMLQ=30;MQ=43.59;NF=0;NR=78;PP=1710;QD=22.3688616993;SC=ACTTTGAAAATAAGAGAAAAT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=192;TCF=12;TCR=180;TR=78;WE=45668347;WS=45668329;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:114,78:0.41:192
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chr17	45696920	.	C	CA	50.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.611;ClippingRankSum=0.000;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=1.670;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.28;MQRankSum=1.668;QD=1.45;ReadPosRankSum=-1.292;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,9:0.26:35
chr17	45700384	rs3065062	C	CCTA	2905.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-1.063;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.762;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=39;PP=1874;ReadPosRankSum=-0.041;SC=AACAGTATATCCTAATAAGCC;SOR=0.529;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=74;TCF=3;TCR=71;TR=40;WE=45700392;WS=45700374;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,73:0.66:110
chr17	45734209	rs68149542	CTTT	C	5470.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.511;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=248;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.679;HP=10;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.385;NF=33;NR=31;PP=1283;ReadPosRankSum=0.427;SC=TATCTTTTGTCTTTTTTTTTG;SOR=0.844;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=115;TCF=63;TCR=52;TR=64;WE=45734219;WS=45734199;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:99,143:0.59:242
chr17	45742233	rs56226803	T	A	565.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=3.223;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=1;PP=385;ReadPosRankSum=0.995;SC=TGGACCTATATTATATGGCCT;SOR=0.385;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=55;TCF=52;TCR=3;TR=21;WE=45742241;WS=45742223;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,25:0.41:61
chr17	45750596	rs3809868	G	A	2901.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-1.342;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.559;HP=5;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=74;PP=1760;ReadPosRankSum=0.550;SC=ACCTAGGTCTGTTTTCCAGAC;SOR=0.617;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=172;TCF=49;TCR=123;TR=105;WE=45750604;WS=45750586;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,128:0.61:211
chr17	45754569	rs11301979	AC	A	5118.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=64;PP=2936;SC=TTAAATATCGACCAGGCTGGG;SOR=1.329;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=75;TCF=8;TCR=67;TR=71;WE=45754577;WS=45754559;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,142:1.00:142
chr17	45755810	rs4239162	G	A	595.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-1.615;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=16;PP=307;ReadPosRankSum=-0.517;SC=CCCTTCGTCCGCTCGCCAATG;SOR=0.668;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=58;TCF=16;TCR=42;TR=20;WE=45755818;WS=45755800;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,29:0.43:68
chr17	45757598	rs7210738	G	A	2750.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.164;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=48;PP=1168;ReadPosRankSum=0.290;SC=GATGGCAACAGTTCACTTTTT;SOR=0.687;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=128;TCF=47;TCR=81;TR=76;WE=45757606;WS=45757588;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,125:0.63:199
chr17	45759767	rs7223246	C	T	525.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-1.057;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=15;PP=266;ReadPosRankSum=1.467;SC=CATCTGTTTTCAGATCTGTTA;SOR=0.657;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=75;TCF=28;TCR=47;TR=24;WE=45759775;WS=45759757;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,32:0.33:97
chr17	45774072	rs8078309	T	C	23568.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=917;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=257;NR=230;PP=2965;SC=CCACCCCACCTGCAGTACCCA;SOR=0.752;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=487;TCF=257;TCR=230;TR=487;WE=45774080;WS=45774062;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,912:1.00:912
chr17	45786452	rs4794057	C	T	3031.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=47;NR=33;PP=1464;SC=CCAGCCACCACGTGAAGGCCG;SOR=0.955;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=80;TCF=47;TCR=33;TR=80;WE=45786460;WS=45786442;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr17	45885687	rs9907142	A	G	4157.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=86;NR=38;PP=2294;SC=CCATGTTCCCATAGCCTGGCT;SOR=1.508;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=125;TCF=87;TCR=38;TR=124;WE=45885695;WS=45885677;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,159:1.00:159
chr17	45885756	rs9911983	C	T	10020.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=359;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=174;NR=85;PP=2965;SC=CGCTGCTATCCGTCTGCCGCC;SOR=1.292;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=261;TCF=174;TCR=87;TR=259;WE=45885764;WS=45885746;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,355:1.00:355
chr17	45887951	rs2074189	G	T	5277.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-1.937;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=112;NR=48;PP=2965;ReadPosRankSum=1.281;SC=GAGAGTCTAAGAATCCCACCT;SOR=0.656;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=161;TCF=113;TCR=48;TR=160;WE=45887959;WS=45887941;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,194:0.99:195
chr17	45890707	rs2301690	C	T	14897.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=573;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=149;NR=169;PP=2965;SC=GGTTGAAGGGCTTGCAGCCGG;SOR=0.786;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=318;TCF=149;TCR=169;TR=318;WE=45890715;WS=45890697;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,563:1.00:563
chr17	45890898	rs55928544	A	G	6830.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=235;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=110;NR=59;PP=2965;SC=GGGAGAAAAGATCCCAGGGAG;SOR=1.319;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=170;TCF=111;TCR=59;TR=169;WE=45890906;WS=45890888;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,229:1.00:229
chr17	45892545	rs55998645	T	C	2484.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=57;NR=33;PP=1913;SC=AGGTCCCCCCTACCCCGCCTC;SOR=0.693;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=90;TCF=57;TCR=33;TR=90;WE=45892553;WS=45892535;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr17	45892783	rs112619147	C	T	2120.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=1.761;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=53;PP=1292;ReadPosRankSum=1.571;SC=GCAGGGCACCCGCTTGCCTGA;SOR=0.662;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=137;TCF=44;TCR=93;TR=79;WE=45892791;WS=45892773;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,96:0.55:174
chr17	45892821	rs17700604	G	A	908.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=3.390;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=27;PP=608;ReadPosRankSum=2.148;SC=AGGCATAACCGGGCACTTTTG;SOR=0.667;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=85;TCF=16;TCR=69;TR=33;WE=45892829;WS=45892811;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,40:0.41:98
chr17	45893862	rs17773860	G	A	6032.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=234;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=77;NR=60;PP=2901;SC=CAGGGAGTGGGGCAGACCATC;SOR=0.845;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=137;TCF=77;TCR=60;TR=137;WE=45893870;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,224:1.00:224
chr17	45894735	rs9914156	A	G	6693.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=261;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=64;NR=87;PP=2965;SC=TCTGCGGGGAAAAAGAACAAG;SOR=0.851;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=153;TCF=65;TCR=88;TR=151;WE=45894743;WS=45894725;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,257:1.00:257
chr17	45896053	rs62076126	G	A	5030.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=40;NR=76;PP=2346;SC=AGAAGTCAGGGCTCTGGTCCC;SOR=1.216;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=116;TCF=40;TCR=76;TR=116;WE=45896061;WS=45896043;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,186:1.00:186
chr17	45896478	rs878171	T	C	10009.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=390;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=103;NR=139;PP=2965;SC=GGGGGTGAAGTGTTGGTAGAG;SOR=0.891;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=242;TCF=103;TCR=139;TR=242;WE=45896486;WS=45896468;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,385:1.00:385
chr17	45896637	rs8077844	A	G	885.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=29;PP=831;SC=CATGTGCAGAACGCTCCCCTA;SOR=5.211;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=30;TCF=1;TCR=29;TR=30;WE=45896645;WS=45896627;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr17	45897531	rs1985407	C	A	28095.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=1072;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=321;NR=316;PP=2965;SC=TGTCTGGTTCCAGCTTGGCCC;SOR=0.703;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=637;TCF=321;TCR=316;TR=637;WE=45897539;WS=45897521;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,1061:1.00:1061
chr17	45904420	rs11538868	C	T	13946.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=514;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=245;NR=132;PP=2965;SC=TTGGGGAAGACCTTCATCAGG;SOR=1.265;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=381;TCF=245;TCR=136;TR=377;WE=45904428;WS=45904410;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,504:1.00:504
chr17	45905779	rs17774166	G	A	1622.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=41;NR=13;PP=1161;SC=GACAATGGCTGAGTGTCCTAC;SOR=2.107;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=54;TCF=41;TCR=13;TR=54;WE=45905787;WS=45905769;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr17	45905850	rs4793671	C	T	5470.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=82;NR=40;PP=2414;SC=GTGACATGTACCCAAATTCCT;SOR=1.195;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=122;TCF=82;TCR=40;TR=122;WE=45905858;WS=45905840;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,207:1.00:207
chr17	45912696	rs17701113	C	T	8359.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=319;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=76;NR=96;PP=2965;SC=GCTTGGTTTCCCCACTTCGGT;SOR=0.843;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=174;TCF=76;TCR=98;TR=172;WE=45912704;WS=45912686;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,312:1.00:312
chr17	45915468	rs878295	T	G	7703.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=285;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=98;NR=113;PP=2965;SC=AGAAAGGAGATACCCCCCGAC;SOR=0.814;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=212;TCF=98;TCR=114;TR=211;WE=45915476;WS=45915458;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,278:1.00:278
chr17	45915766	rs34480825	T	C	7517.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.753;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=702;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.750;HP=6;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=115;NR=126;PP=2932;ReadPosRankSum=-2.539;SC=GGACAGCACCTGGGGGGCCTG;SOR=0.719;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=456;TCF=227;TCR=229;TR=241;WE=45915774;WS=45915756;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:320,367:0.53:687
chr17	45915788	rs7350974	T	C	25372.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.569;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=735;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=240;NR=231;PP=2965;ReadPosRankSum=1.350;SC=GCCACCCCCATCCCGAAGATG;SOR=0.245;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=472;TCF=241;TCR=231;TR=471;WE=45915796;WS=45915778;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,733:1.00:734
chr17	45917147	rs1004770	C	G	2400.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=9;NR=69;PP=1945;SC=TGGCACTGATCGTATCAAATG;SOR=3.753;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=79;TCF=9;TCR=70;TR=78;WE=45917155;WS=45917137;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr17	45959620	rs17616603	T	C	4118.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=2.804;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=476;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.125;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=92;PP=2424;ReadPosRankSum=-0.072;SC=TGGATGGTATTTGAACTTTCC;SOR=0.807;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=339;TCF=137;TCR=202;TR=151;WE=45959628;WS=45959610;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:266,201:0.43:467
chr17	45992580	rs60876460	C	CA	1981.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.392;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=260;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.08;MQRankSum=0.891;QD=8.29;ReadPosRankSum=-0.040;SOR=0.662;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:95,144:0.60:239
chr17	45994044	rs2228253	C	T	15359.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-1.011;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1333;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=206;NR=288;PP=2962;ReadPosRankSum=0.512;SC=TGTGGTGAAGCTGACAGGTGG;SOR=0.700;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=901;TCF=371;TCR=530;TR=494;WE=45994052;WS=45994034;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:608,693:0.53:1301
chr17	45994094	rs2228251	T	C	14447.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.429;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1222;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.525;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=207;NR=207;PP=2962;ReadPosRankSum=0.285;SC=TCAACAACCTTGTGAACGCCA;SOR=0.632;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=761;TCF=369;TCR=392;TR=414;WE=45994102;WS=45994084;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:545,669:0.55:1214
chr17	45994154	rs2229358	G	A	13450.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-2.135;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1131;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=182;NR=206;PP=2962;ReadPosRankSum=0.836;SC=CCCCAACCCCGCTGTCTAAGA;SOR=0.690;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=701;TCF=330;TCR=371;TR=388;WE=45994162;WS=45994144;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:484,643:0.57:1127
chr17	46002744	rs1130932	G	T	8657.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.833;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=737;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=119;NR=118;PP=2962;ReadPosRankSum=-2.502;SC=AGAAGCACGTGTGCCACATCC;SOR=0.678;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=424;TCF=213;TCR=211;TR=237;WE=46002752;WS=46002734;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:318,412:0.56:730
chr17	46020698	rs11079804	C	T	1062.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.729;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.696;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=12;PP=474;ReadPosRankSum=-1.565;SC=ATCTGACCTCCCTTGACCCAG;SOR=0.621;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=77;TCF=49;TCR=28;TR=35;WE=46020706;WS=46020688;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,53:0.46:116
chr17	46022889	rs2002136	C	T	4576.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.224;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=420;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.097;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=76;NR=65;PP=2345;ReadPosRankSum=0.073;SC=CTCTCCCTGTCCTGATGGCTG;SOR=0.620;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=257;TCF=143;TCR=114;TR=141;WE=46022897;WS=46022879;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:202,217:0.52:419
chr17	46030644	rs3833856	T	TG	1887.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.180;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=269;ExcessHet=3.0103;FS=14.070;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.10;ReadPosRankSum=-2.290;SOR=0.550;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:149,84:0.36:233
chr17	46048157	rs2525084	A	G	844.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.078;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=3.681;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=27.25;ReadPosRankSum=0.892;SOR=0.238;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,21:0.68:31
chr17	46048165	rs2597168	T	C	853.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.969;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=1.983;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=31.62;ReadPosRankSum=-1.147;SOR=0.330;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,21:0.78:27
chr17	46048168	rs2255697	C	T	832.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.965;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=2.015;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=32.03;ReadPosRankSum=0.074;SOR=0.283;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,19:0.73:26
chr17	46048592	rs2905846	A	G	5598.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.583;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=450;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=87;NR=72;PP=2603;ReadPosRankSum=0.164;SC=CTCCCTCCGGAAGCGGCTCAA;SOR=0.722;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=272;TCF=148;TCR=124;TR=159;WE=46048600;WS=46048582;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:185,259:0.58:444
chr17	46048858	rs2525085	C	G	5870.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.446;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=492;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.535;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=70;NR=126;PP=2962;ReadPosRankSum=0.727;SC=GAGCTCTGACCCCTGAAAGCC;SOR=0.627;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=336;TCF=115;TCR=221;TR=196;WE=46048866;WS=46048848;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:217,268:0.55:485
chr17	46052793	rs2597172	A	G	2032.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.262;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.552;HP=6;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=34;PP=1210;ReadPosRankSum=-0.765;SC=GCCTGGTTGCACCCCCTTTGG;SOR=0.757;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=140;TCF=71;TCR=69;TR=71;WE=46052801;WS=46052783;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,95:0.54:177
chr17	46054264	rs2525087	C	A	2658.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=1.613;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=258;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.459;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.961;NF=37;NR=50;PP=1337;ReadPosRankSum=-0.216;SC=GTGTCTGTAACGGCATCACTT;SOR=0.744;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=144;TCF=60;TCR=84;TR=87;WE=46054272;WS=46054254;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:123,131:0.52:254
chr17	46055036	rs7503584	G	A	1131.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-2.342;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=14;PP=682;ReadPosRankSum=-0.772;SC=GAGCAGGGATGATGGGCCATA;SOR=0.675;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=105;TCF=74;TCR=31;TR=48;WE=46055044;WS=46055026;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,56:0.46:122
chr17	46055106	rs2597173	C	T	4109.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.575;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=354;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.810;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=75;NR=43;PP=1865;ReadPosRankSum=-0.414;SC=GAATGTGCAGCCATTGACCTC;SOR=0.808;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=218;TCF=135;TCR=83;TR=118;WE=46055114;WS=46055096;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:148,194:0.57:342
chr17	46055347	rs2875746	A	G	2113.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.525;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.494;HP=5;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=50;PP=1210;ReadPosRankSum=-0.254;SC=CTAGAAACAAAAAATGCAGCG;SOR=1.029;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=138;TCF=43;TCR=95;TR=67;WE=46055355;WS=46055337;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,95:0.52:181
chr17	46058676	rs199527520	G	A	4688.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.320;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=502;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=83;NR=86;PP=2957;ReadPosRankSum=-0.089;SC=TGCTACTGGAGAAGACCAAGG;SOR=0.703;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=390;TCF=193;TCR=197;TR=169;WE=46058684;WS=46058666;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:272,214:0.44:486
chr17	46059071	rs2737	T	C	2887.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.447;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=301;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.377;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-1.455;NF=41;NR=45;PP=1255;ReadPosRankSum=0.033;SC=CTGTGGTCTATCAGGCGAAAA;SOR=0.608;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=173;TCF=80;TCR=93;TR=86;WE=46059079;WS=46059061;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:153,144:0.48:297
chr17	46114620	rs12940701	C	T	2143.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=0.630;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=283;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.012;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=35;PP=838;ReadPosRankSum=0.870;SC=GACAGCGGGCCGAGCCTCCTT;SOR=0.580;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=155;TCF=73;TCR=82;TR=69;WE=46114628;WS=46114610;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:164,116:0.41:280
chr17	46115072	rs199699704	C	CG	6763.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.342;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=40.50;ReadPosRankSum=2.083;SOR=1.242;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,165:0.99:167
chr17	46115084	rs201261614	T	TGG	6091.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=46.50;SOR=1.323;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr17	46115122	.	A	AG	1508.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=79;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=40;PP=1777;SC=GGACGTGGCCAGCCTCGGGCC;SOR=3.365;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=43;TCF=3;TCR=40;TR=43;WE=46115130;WS=46115112;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr17	46132212	rs373501023	T	TG	1913.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.69;QD=34.80;SOR=1.159;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr17	46132303	.	C	G	272.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=2.570;ClippingRankSum=0.000;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.740;HP=2;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.049;NF=4;NR=4;PP=161;ReadPosRankSum=-0.358;SC=CTGGTGTGCTCCCTGAAAGCC;SOR=0.561;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=19;TCF=8;TCR=11;TR=8;WE=46132311;WS=46132302;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,11:0.50:22
chr17	46132578	rs111671883	G	A	2279.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=1.309;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=38;PP=1041;ReadPosRankSum=0.108;SC=GGGGTTAATGGGAGAAGAATA;SOR=0.723;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=141;TCF=61;TCR=80;TR=66;WE=46132586;WS=46132568;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:121,112:0.48:233
chr17	46152559	rs35354810	C	CT	397.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.855;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=381;ExcessHet=3.0103;FS=4.887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.06;MQRankSum=0.000;QD=1.54;ReadPosRankSum=-0.352;SOR=1.066;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:202,57:0.22:259
chr17	46153296	rs2240123	C	T	1502.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.330;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.592;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=15;PP=1040;ReadPosRankSum=0.011;SC=AGGGAAGAAGCAGAACAAAAC;SOR=1.042;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=99;TCF=75;TCR=24;TR=60;WE=46153304;WS=46153286;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,66:0.53:125
chr17	46189542	rs111834120	C	T	1029.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-1.820;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=24;PP=576;ReadPosRankSum=-0.738;SC=TAATTATTACCTGCAGTATTA;SOR=0.593;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=56;TCF=16;TCR=40;TR=35;WE=46189550;WS=46189532;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,46:0.63:73
chr17	46190093	.	C	CT	30.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.059;ClippingRankSum=0.000;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=1.641;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.50;MQRankSum=-2.588;QD=0.88;ReadPosRankSum=-2.379;SOR=0.317;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,8:0.23:35
chr17	46190819	rs8080662	G	A	7973.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=303;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=76;NR=125;PP=2965;SC=GGGTGCTTATGTAGGAACTGG;SOR=1.108;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=205;TCF=76;TCR=129;TR=201;WE=46190827;WS=46190809;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,301:1.00:301
chr17	46190910	.	GTT	G	125.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.699;ClippingRankSum=0.000;DP=88;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.13;ReadPosRankSum=-0.173;SOR=0.503;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:47,12:0.20:59
chr17	46190928	rs12601675	TG	CA	946.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=2.291;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=40;PP=2424;ReadPosRankSum=0.203;SC=TTTTTTTTGATGTAGGGTCTT;SOR=0.702;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=55;TCF=13;TCR=42;TR=50;WE=46190937;WS=46190918;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,46:0.81:57
chr17	46195926	rs8071267	C	T	3002.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.09;QD=27.30;SOR=1.907;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr17	46195939	rs11450766	C	CA	385.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.107;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FS=1.689;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.07;MQRankSum=1.254;QD=2.90;ReadPosRankSum=1.126;SOR=0.489;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:91,42:0.32:133
chr17	46198876	rs3744346	G	C	1390.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=28;PP=750;SC=AGTGAGCTCTGGGTTCTGCTC;SOR=1.524;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=41;TCF=13;TCR=28;TR=41;WE=46198884;WS=46198866;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr17	46214476	rs12600464	A	G	2330.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=4.362;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.260;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=18;PP=1614;ReadPosRankSum=-0.241;SC=TAGCATTAGTATGAGAAATGA;SOR=0.949;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=138;TCF=106;TCR=32;TR=81;WE=46214484;WS=46214466;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,92:0.56:163
chr17	46239985	rs208005	A	G	5528.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=48;NR=106;PP=2965;SC=TTTCCGAGGTACCCATGTTTT;SOR=1.527;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=155;TCF=48;TCR=107;TR=154;WE=46239993;WS=46239975;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,198:1.00:198
chr17	46262171	rs2278868	C	T	5594.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=55;NR=86;PP=2706;SC=ATCCGTACACCGTAGCCCTTA;SOR=1.098;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=141;TCF=55;TCR=86;TR=141;WE=46262179;WS=46262161;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,208:1.00:208
chr17	46265433	rs2305433	G	C	2878.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-1.919;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=84;PP=1999;ReadPosRankSum=1.205;SC=CACTCCCACAGGTTATCCCAT;SOR=2.119;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=99;TCF=14;TCR=85;TR=98;WE=46265441;WS=46265423;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,107:0.99:108
chr17	46607021	rs7226137	T	C	14368.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=520;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=199;NR=158;PP=2965;SC=GACCCGACCTTCCTCTCGCTC;SOR=0.869;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=359;TCF=199;TCR=160;TR=357;WE=46607029;WS=46607011;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,516:1.00:516
chr17	46607817	rs7207109	C	T	6925.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.905;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=502;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.130;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=97;NR=99;PP=2962;ReadPosRankSum=0.670;SC=GTGCAAAGCTCGCGGTCTGCT;SOR=0.598;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=321;TCF=153;TCR=168;TR=196;WE=46607825;WS=46607807;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:193,308:0.61:501
chr17	46607958	rs12939811	T	A	7173.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.130;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=541;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.135;HP=1;HapScore=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQ=59.97;MQRankSum=0.000;NF=109;NR=105;PP=2962;ReadPosRankSum=1.505;SC=CTCCTTCTGATTGACCCAGAG;SOR=0.564;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=340;TCF=181;TCR=159;TR=214;WE=46607966;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:207,330:0.61:537
chr17	46608030	rs12946855	G	A	7165.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=2.757;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=617;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.727;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=109;NR=111;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.947;SC=CCGAGGGCGCGGAGCTGGGGA;SOR=0.581;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=428;TCF=225;TCR=203;TR=220;WE=46608038;WS=46608020;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:273,330:0.55:603
chr17	46608184	rs145570960	G	GGGGCGCTGT	6675.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-0.875;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=722;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.120;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=6.857;NF=9;NR=109;PP=2976;ReadPosRankSum=2.027;SC=AAAGGAGGTTGGGGCGCTGTG;SOR=0.613;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=259;TCF=21;TCR=238;TR=118;WE=46608192;WS=46608174;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:244,310:0.56:554
chr17	46608201	.	G	GTGGGCGCTA	2976	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;FR=0.5000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MMLQ=24;MQ=60.97;NF=9;NR=106;PP=2976;QD=20;SC=TGTGGGCGCTGTAGGCGCTGG;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=251;TCF=23;TCR=228;TR=115;WE=46608209;WS=46608191;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:136,115:0.46:251
chr17	46620288	rs1042815	G	A	882.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-3.282;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.613;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=7;PP=514;ReadPosRankSum=0.308;SC=AGAAGAAAGGGAGTGGATTAA;SOR=0.190;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=74;TCF=60;TCR=14;TR=30;WE=46620296;WS=46620278;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,39:0.48:81
chr17	46620402	rs2229302	G	A	6451.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.708;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=556;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=116;NR=78;PP=2910;ReadPosRankSum=0.549;SC=GAGCGCGGGGGTCGAAAGGAC;SOR=0.704;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=354;TCF=208;TCR=146;TR=194;WE=46620410;WS=46620392;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:241,307:0.56:548
chr17	46621828	rs56128659	T	A	442.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-1.876;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=5;PP=268;ReadPosRankSum=-0.071;SC=CTTCCACTGCTTTTTCTCCCC;SOR=0.631;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=34;TCF=25;TCR=9;TR=18;WE=46621836;WS=46621827;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,21:0.52:40
chr17	46622302	.	TG	T	510.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.298;ClippingRankSum=0.000;DP=72;ExcessHet=3.0103;FS=4.606;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.10;ReadPosRankSum=-1.376;SOR=1.839;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,24:0.52:46
chr17	46622335	rs111979968	A	AC	613.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=76;PP=2610;SC=ATCGGAAGGGACCCCCCTCCT;SOR=0.990;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=83;TCF=3;TCR=80;TR=79;WE=46622356;WS=46622325;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr17	46622348	rs138169880	A	AC	62.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.064;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=2.363;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.18;ReadPosRankSum=-1.170;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,5:0.33:15
chr17	46628613	rs191122217	T	C	977.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.544;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=23;PP=603;ReadPosRankSum=0.908;SC=CACGCCGAAATTGAATGCATC;SOR=0.680;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=53;TCF=14;TCR=39;TR=31;WE=46628621;WS=46628603;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,41:0.59:70
chr17	46629593	rs2229304	G	T	2321.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-2.279;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=279;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.066;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=33;PP=1345;ReadPosRankSum=1.317;SC=GCCGACAGGGGCTCGGGGGCC;SOR=0.831;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=196;TCF=107;TCR=89;TR=76;WE=46629601;WS=46629583;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:161,110:0.41:271
chr17	46632725	rs150349515	AGGGAGG	A,AGAGG	847.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;ALERT;AN=2;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=64.30;QD=49.87;SOR=3.383;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:0,8,9:0.47,0.53:17
chr17	46632729	.	AGG	A	173.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-3.503;ClippingRankSum=0.000;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=64.30;MQRankSum=-2.546;QD=4.83;ReadPosRankSum=2.444;SOR=0.239;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,9:0.25:36
chr17	46651061	rs2288277	T	C	3029.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=62;NR=30;PP=1753;SC=GCAAACCTGCTGAAGCATCCA;SOR=1.466;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=92;TCF=62;TCR=30;TR=92;WE=46651069;WS=46651051;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr17	46669430	rs9299	C	T	333.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=3;PP=252;SC=AGACCTAAGACCAAACGAAAT;SOR=2.833;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=11;TCR=3;TR=14;WE=46669438;WS=46669425;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr17	46670520	rs7406798	T	C	3230.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=73;NR=19;PP=2262;SC=AGGGGAATATTTGCGGAGTCT;SOR=2.415;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=98;TCF=75;TCR=23;TR=92;WE=46670528;WS=46670510;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr17	46671172	.	T	TG	34.84	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.674;ClippingRankSum=-0.000;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=6.021;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=8.71;ReadPosRankSum=-0.319;SOR=2.788;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,3:0.75:4
chr17	46673723	rs12949148	TC	GT	79617.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-2.616;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1789;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;JOINED;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=644;NR=468;PP=2947;ReadPosRankSum=-0.296;SC=TCTGACGCCCTCGGCTCCCCA;SOR=0.170;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=1160;TCF=676;TCR=484;TR=1112;WE=46673732;WS=46673713;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:6,1773:1.00:1779
chr17	46688256	rs7406910	T	C	27675.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=1049;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=289;NR=369;PP=2965;SC=GAAAATAAAGTATTCGCATAA;SOR=0.866;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=659;TCF=289;TCR=370;TR=658;WE=46688264;WS=46688246;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,1035:1.00:1035
chr17	46691587	rs112987208	A	AGGCCCCCTGCCC	4911.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=73;NR=8;PP=2974;SC=CCGGCCTGCCAGGCCTTGGGC;SOR=4.407;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=94;TCF=85;TCR=9;TR=81;WE=46691595;WS=46691577;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr17	46691974	rs199877083	G	A	5072.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.416;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=416;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.533;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=102;PP=2763;ReadPosRankSum=0.725;SC=GGCCGCCCAGGTCCTGGGCGA;SOR=0.760;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=269;TCF=102;TCR=167;TR=163;WE=46691982;WS=46691964;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:171,235:0.58:406
chr17	46709835	rs718079	A	G	705.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=6;PP=386;SC=CCAGCTAAGCAAGGAGCAGTA;SOR=1.528;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=14;TCR=6;TR=20;WE=46709843;WS=46709825;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr17	46799812	rs1054072	A	G	998.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-0.045;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=31;PP=706;ReadPosRankSum=0.508;SC=CTTGCAAGCAAGCATCGGCCT;SOR=0.728;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=106;TCF=37;TCR=69;TR=47;WE=46799820;WS=46799802;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,50:0.41:123
chr17	46801724	rs3110599	T	G	4417.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.667;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=576;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.239;HP=8;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=86;NR=74;PP=2437;ReadPosRankSum=-0.714;SC=AAAGTGTGTGTGGGGGGGTCC;SOR=0.842;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=365;TCF=189;TCR=176;TR=160;WE=46801732;WS=46801713;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:321,241:0.43:562
chr17	46805443	rs9900627	A	G	8516.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=2.602;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1093;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=158;NR=126;PP=2962;ReadPosRankSum=2.425;SC=CGAGAGCCCAAGACTGGTAAC;SOR=0.721;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=669;TCF=367;TCR=302;TR=284;WE=46805451;WS=46805433;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:647,424:0.40:1071
chr17	46840178	rs12936178	T	C	2497.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.189;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.502;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=27;PP=1334;ReadPosRankSum=-0.687;SC=GTTGGCCCCATTGCTGCTACT;SOR=0.738;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=148;TCF=92;TCR=56;TR=75;WE=46840186;WS=46840168;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:101,116:0.53:217
chr17	46847364	rs2032844	C	A	2151.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.432;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=282;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.100;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=52;PP=1238;ReadPosRankSum=1.557;SC=GGCCACTGTACTCAGAGCTGG;SOR=0.834;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=206;TCF=77;TCR=129;TR=82;WE=46847372;WS=46847354;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:165,109:0.40:274
chr17	46847524	rs2032843	T	A	449.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-1.632;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.331;HP=9;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=12;PP=220;ReadPosRankSum=-1.792;SC=ATGCTATTTTTTTTTTATTTT;SOR=0.404;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=34;TCF=9;TCR=25;TR=16;WE=46847532;WS=46847514;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,22:0.51:43
chr17	46847575	rs11868085	C	T	111.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-0.799;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=5;PP=74;ReadPosRankSum=-1.227;SC=CCCAGGCTGGCCTCAAATTGG;SOR=0.368;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=13;TCF=2;TCR=11;TR=6;WE=46847583;WS=46847565;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,6:0.40:15
chr17	46868710	rs3887854	C	T	736.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=1.308;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.750;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=9;PP=577;ReadPosRankSum=-1.383;SC=AACAGGAGTTCGTTTTCGCCC;SOR=0.795;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=98;TCF=67;TCR=31;TR=32;WE=46868718;WS=46868700;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,39:0.31:125
chr17	46879079	rs12947660	G	T	998.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=2.424;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.748;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=36;PP=729;ReadPosRankSum=-0.837;SC=CCATTACTAGGTGCTCCCAGA;SOR=1.728;SbPval=0.94;Source=Platypus;TC=74;TCF=9;TCR=65;TR=38;WE=46879087;WS=46879069;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,42:0.55:77
chr17	46881748	rs489005	T	C	15142.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=596;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=166;NR=194;PP=2965;SC=AAACAAGAACTGGAATGCACA;SOR=0.811;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=362;TCF=167;TCR=195;TR=360;WE=46881756;WS=46881738;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,591:1.00:591
chr17	46894377	rs3959442	A	C	12938.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=0.435;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1608;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=199;NR=176;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.297;SC=CTGCTAGTCCAGCTTGCAACC;SOR=0.659;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=868;TCF=465;TCR=403;TR=375;WE=46894400;WS=46894367;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:914,681:0.43:1595
chr17	46925267	.	T	A	776.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-2.209;ClippingRankSum=0.000;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=6;PP=512;ReadPosRankSum=0.549;SC=TCCACCCACCTTGGCCTCCCA;SOR=0.848;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=48;TCF=37;TCR=11;TR=28;WE=46925275;WS=46925257;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,34:0.59:58
chr17	46926772	rs551605	A	G	1183.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=30;PP=887;SC=ACCTTGGAGCATGGAGATCAG;SOR=2.093;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=39;TCF=9;TCR=30;TR=39;WE=46926780;WS=46926762;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr17	46934001	rs72437948	GCATT	G	3316.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.641;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=283;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.553;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQ=60.04;MQRankSum=1.017;NF=0;NR=67;PP=2991;ReadPosRankSum=3.519;SC=TAAATGCTGTGCATTCATTCA;SOR=1.457;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=174;TCF=3;TCR=171;TR=67;WE=46934016;WS=46933991;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,87:0.50:175
chr17	46934007	rs2546495	A	C	1780.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=2.199;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=273;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.541;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQ=60.04;MQRankSum=-0.752;NF=25;NR=59;PP=2677;ReadPosRankSum=-0.251;SC=CTGTGCATTCATTCATTCATT;SOR=0.624;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=213;TCF=56;TCR=157;TR=84;WE=46934016;WS=46933991;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:154,89:0.37:243
chr17	46939658	rs10278	C	G	4797.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.946;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=808;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.169;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=82;NR=96;PP=2501;ReadPosRankSum=-0.819;SC=AAGTTCTTCCCCCAGCCCGGT;SOR=0.750;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=492;TCF=244;TCR=248;TR=178;WE=46939666;WS=46939648;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:527,271:0.34:798
chr17	46941853	.	A	G	1246.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-1.217;ClippingRankSum=0.000;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.726;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=23;PP=536;ReadPosRankSum=-0.742;SC=ACTATAAGAAAGTAATAATTC;SOR=0.810;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=67;TCF=26;TCR=41;TR=35;WE=46941861;WS=46941843;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,62:0.57:109
chr17	46970836	rs684682	A	G	4465.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=45;NR=72;PP=2283;SC=GCCGCGCCGCAGTGCTCTGTA;SOR=1.066;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=117;TCF=45;TCR=72;TR=117;WE=46970844;WS=46970826;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,167:1.00:167
chr17	46972479	rs3080082	ATCTC	A	19613.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=2.211;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1048;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.092;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=3.074;NF=69;NR=152;PP=2974;ReadPosRankSum=-0.313;SC=ATGCCATACTATCTCTCTGCT;SOR=0.765;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=439;TCF=139;TCR=300;TR=221;WE=46972490;WS=46972469;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:531,510:0.49:1041
chr17	46973139	rs35074390	TG	T	5290.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=104;PP=2979;SC=TGAGGCTCCATGGGGGGGTCA;SOR=2.116;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=122;TCF=5;TCR=117;TR=109;WE=46973147;WS=46973129;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,172:1.00:172
chr17	46985756	rs71144541	AG	A	1922.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=13;PP=949;SC=GTGGAAGCGGAGGGGGTGGGG;SOR=1.292;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=27;TCF=14;TCR=13;TR=27;WE=46985764;WS=46985746;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr17	46988044	rs999475	G	A	475.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-3.390;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=1;PP=361;ReadPosRankSum=0.249;SC=ACAAACACTTGCGGTACCAAG;SOR=1.092;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=37;TCF=34;TCR=3;TR=18;WE=46988052;WS=46988042;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,20:0.50:40
chr17	46993370	rs4378658	G	A	1123.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=2.456;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.886;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=11;PP=733;ReadPosRankSum=-0.963;SC=TGGTGTTGCCGGGCCCCAGGG;SOR=1.002;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=64;TCF=46;TCR=18;TR=40;WE=46993378;WS=46993360;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,49:0.56:87
chr17	47000110	rs2088139	C	T	1010.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=1.218;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.986;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=10;PP=530;ReadPosRankSum=1.635;SC=ACATGGGCTACAGAGCAAGAC;SOR=1.175;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=64;TCF=40;TCR=24;TR=33;WE=47000118;WS=47000100;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,48:0.52:92
chr17	47000251	rs1058018	C	T	1976.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.057;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.300;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=35;PP=978;ReadPosRankSum=2.399;SC=ACGACTTCTACGAGGTGGCCT;SOR=0.578;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=99;TCF=47;TCR=52;TR=67;WE=47000259;WS=47000241;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,94:0.61:153
chr17	47007963	rs2270576	C	T	3243.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-2.530;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=432;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.125;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=39;PP=1049;ReadPosRankSum=-0.013;SC=ACCCTTCCTTCAGCAGGTGTT;SOR=0.592;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=247;TCF=136;TCR=111;TR=85;WE=47007971;WS=47007953;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:255,175:0.41:430
chr17	47010795	rs72523750	CAG	C	2615.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.871;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.653;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.298;NF=7;NR=34;PP=1696;ReadPosRankSum=-0.414;SC=AGGATACTGACAGAAAATTTA;SOR=0.776;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=68;TCF=10;TCR=58;TR=41;WE=47010804;WS=47010785;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,73:0.55:133
chr17	47011897	rs57901004	C	T	999.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.458;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FS=2.043;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.89;MQRankSum=-0.945;QD=13.70;ReadPosRankSum=1.929;SOR=0.481;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,50:0.68:73
chr17	47013382	rs140139274	G	GTTTGT	2858.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.002;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.530;HP=9;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.893;NF=33;NR=20;PP=1906;ReadPosRankSum=1.563;SC=CTTATTTTTTGTTTGTTTTTT;SOR=0.901;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=92;TCF=56;TCR=36;TR=53;WE=47013401;WS=47013372;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,69:0.57:122
chr17	47013717	rs3215074	AT	A	1133.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=1.006;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQ=60.07;MQRankSum=0.949;NF=2;NR=47;PP=695;ReadPosRankSum=2.996;SC=CTAGTTCCTAATTTTTTTTTA;SOR=0.654;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=107;TCF=3;TCR=104;TR=49;WE=47013725;WS=47013707;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,70:0.53:131
chr17	47014651	rs5820737	CT	C	14149.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-3.553;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1125;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.534;HP=1;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=3.040;NF=17;NR=178;PP=2964;ReadPosRankSum=-0.478;SC=ACGGTAACTCCTGCTGAAGAA;SOR=0.654;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=507;TCF=47;TCR=460;TR=195;WE=47014659;WS=47014641;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:668,436:0.39:1104
chr17	47014675	rs2132201	C	T	28609.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=842;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=221;NR=386;PP=2965;SC=GGTCAGACGGCTCCAGAGGGC;SOR=1.193;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=610;TCF=223;TCR=387;TR=607;WE=47014683;WS=47014665;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,833:1.00:833
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chr17	47038471	rs4794004	A	G	387.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.657;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.817;HP=2;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=14;PP=273;ReadPosRankSum=0.895;SC=CGACACAGCTATCTCTCCGTT;SOR=1.426;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=29;TCF=4;TCR=25;TR=16;WE=47038479;WS=47038461;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,17:0.49:35
chr17	47039132	rs2291725	T	C	5746.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.576;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=518;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.523;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=81;NR=71;PP=1843;ReadPosRankSum=0.192;SC=TTAGCTTGACTGGCCAGCTCC;SOR=0.757;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=291;TCF=152;TCR=139;TR=152;WE=47039140;WS=47039122;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:233,282:0.55:515
chr17	47039254	rs2291726	T	C	1963.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=2.943;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=239;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.305;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=43;PP=1028;ReadPosRankSum=0.355;SC=TCTTTTAATATCTGAACCCCA;SOR=0.868;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=169;TCF=62;TCR=107;TR=64;WE=47039262;WS=47039244;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:142,95:0.40:237
chr17	47039302	rs8081301	A	T	1029.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=3.292;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.658;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=29;PP=676;ReadPosRankSum=-0.483;SC=ACCCCACCTAACAGTGGTCTT;SOR=1.067;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=97;TCF=35;TCR=62;TR=41;WE=47039310;WS=47039292;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,48:0.43:112
chr17	47044463	rs62078384	C	T	10462.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.735;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=884;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.524;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=140;NR=119;PP=2962;ReadPosRankSum=1.770;SC=ACCTGTCATCCCCTAACCCCT;SOR=0.744;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=493;TCF=258;TCR=235;TR=259;WE=47044471;WS=47044453;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:379,492:0.56:871
chr17	47076551	rs2411760	G	T	1183.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=2.197;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=29;PP=2204;ReadPosRankSum=-1.763;SC=AGCTCTTTTCGGGGGGGGTGG;SOR=1.662;SbPval=0.01;Source=Platypus;TC=96;TCF=18;TCR=78;TR=46;WE=47076574;WS=47076541;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,44:0.96:46
chr17	47103981	rs200023769	TCCTTCCTTCCTTCCTG	T	329.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.785;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FS=1.098;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.33;MQRankSum=-2.066;QD=4.52;ReadPosRankSum=-3.826;SOR=0.885;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:53,20:0.27:73
chr17	47120776	rs2289636	T	C	1684.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.541;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FS=0.612;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.97;ReadPosRankSum=-2.695;SOR=0.777;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:90,79:0.47:169
chr17	47122525	rs8068981	T	C	3106.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-2.626;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=446;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=82;PP=1529;ReadPosRankSum=1.496;SC=TCCCGTTAGCTGTCAAGTCCT;SOR=0.678;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=289;TCF=90;TCR=199;TR=122;WE=47122533;WS=47122515;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:272,170:0.38:442
chr17	47123423	rs4643373	T	C	839.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=4.310;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=22;PP=625;ReadPosRankSum=0.184;SC=TGGGCCTTGGTCTCCAATCTC;SOR=0.813;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=59;TCF=18;TCR=41;TR=31;WE=47123431;WS=47123413;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,34:0.48:71
chr17	47210429	rs7207842	A	G	3212.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.801;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=328;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.304;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=53;PP=1494;ReadPosRankSum=1.149;SC=TCCACGTGGAAGTGGCCTCTC;SOR=0.619;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=201;TCF=95;TCR=106;TR=107;WE=47210437;WS=47210419;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:170,157:0.48:327
chr17	47210506	rs7207403	C	A	2065.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.474;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.024;HP=4;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=46;PP=1137;ReadPosRankSum=2.010;SC=GGCTTCGGGGCTCTCTGCTTG;SOR=0.781;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=140;TCF=58;TCR=82;TR=78;WE=47210514;WS=47210496;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:126,104:0.45:230
chr17	47230360	rs62079773	T	G	4969.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=0.657;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=526;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=113;PP=2407;ReadPosRankSum=-0.548;SC=GGCTCATGCCTGTAATTCCAG;SOR=0.654;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=364;TCF=115;TCR=249;TR=165;WE=47230368;WS=47230350;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:266,240:0.47:506
chr17	47237802	rs1523137	A	G	2186.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=59;NR=6;PP=1797;SC=TCTCATCCCAACCAGGACTCT;SOR=4.310;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=65;TCF=59;TCR=6;TR=65;WE=47237810;WS=47237792;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr17	47238028	rs8071836	C	T	11025.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=417;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=120;NR=175;PP=2965;SC=CTTGGGGCTCCGTGGTGGCAA;SOR=0.980;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=297;TCF=120;TCR=177;TR=295;WE=47238036;WS=47238018;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,408:1.00:408
chr17	47241604	rs8074457	T	C	16924.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=641;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=158;NR=252;PP=2965;SC=TTAAAGACAATCACGTGGAGT;SOR=1.064;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=411;TCF=159;TCR=252;TR=410;WE=47241612;WS=47241594;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,628:1.00:628
chr17	47241642	rs72835417	G	A	4240.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.046;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=323;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.568;HP=2;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=97;PP=2331;ReadPosRankSum=0.600;SC=GGGAAGGTATGTCCCTCTCAG;SOR=0.851;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=232;TCF=74;TCR=158;TR=139;WE=47241650;WS=47241632;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:131,188:0.59:319
chr17	47280301	rs4794029	T	C	3845.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.005;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=499;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.523;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=73;NR=71;PP=1614;ReadPosRankSum=0.012;SC=TGGATTCATGTGATGTCTTCT;SOR=0.732;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=315;TCF=159;TCR=156;TR=144;WE=47280309;WS=47280291;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:282,208:0.42:490
chr17	47280536	rs6504602	A	G	306.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.834;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.013;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=12;PP=248;ReadPosRankSum=0.259;SC=AGGGGAAGCCAGGTTAAGGGT;SOR=1.206;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=31;TCF=3;TCR=28;TR=13;WE=47280544;WS=47280526;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,13:0.41:32
chr17	47284683	rs2293215	C	T	1329.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.607;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.619;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=17;PP=731;ReadPosRankSum=-1.637;SC=AGAGCAGGGACGGGGCGAGGA;SOR=0.634;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=139;TCF=96;TCR=43;TR=55;WE=47284691;WS=47284673;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:98,67:0.41:165
chr17	47284735	rs35638197	T	C	3104.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-2.362;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=391;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.781;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=35;PP=1179;ReadPosRankSum=-0.704;SC=TTTCTTCAGCTGCTCCACCTC;SOR=0.562;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=241;TCF=159;TCR=82;TR=96;WE=47284743;WS=47284725;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:227,160:0.41:387
chr17	47297297	rs616338	T	C	9905.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=394;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.52;SOR=0.750;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,360:1.00:360
chr17	47299789	rs55978930	A	G	2013.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-1.708;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.747;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=39;PP=1414;ReadPosRankSum=1.384;SC=GAAGGCTTGCAAGAAGGCCCC;SOR=0.377;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=113;TCF=49;TCR=64;TR=73;WE=47299797;WS=47299779;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,82:0.67:122
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chr17	47484228	rs2233667	G	C	4938.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.870;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=451;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=68;NR=64;PP=2219;ReadPosRankSum=-0.300;SC=TAAGGGGAGAGAGTGAGCACA;SOR=0.682;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=258;TCF=132;TCR=126;TR=132;WE=47484236;WS=47484218;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:213,236:0.53:449
chr17	47583581	rs55759007	A	G	3858.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=2.456;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=282;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=88;NR=36;PP=2274;ReadPosRankSum=1.577;SC=GGCAGGCAATAGGGGAGGGAG;SOR=0.725;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=211;TCF=149;TCR=62;TR=124;WE=47583589;WS=47583571;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:114,162:0.59:276
chr17	47588000	rs11466155	C	T	21275.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.811;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=824;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=220;NR=312;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.746;SC=TGGTTGTGGGCCTTGTGGCCT;SOR=0.958;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=532;TCF=220;TCR=312;TR=532;WE=47588008;WS=47587990;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,796:1.00:798
chr17	47685200	rs17644409	C	G	4506.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.968;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=409;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.373;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=105;NR=49;PP=2227;ReadPosRankSum=-1.761;SC=CTCTAGATACCTGGCTAAACA;SOR=0.730;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=300;TCF=199;TCR=101;TR=154;WE=47685208;WS=47685190;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:182,218:0.55:400
chr17	47688881	rs140209761	T	TAGAG	5283.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=66;PP=2957;SC=TGCCAGCAGATAGACGACTTT;SOR=2.127;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=80;TCF=2;TCR=78;TR=68;WE=47688889;WS=47688871;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr17	47696586	rs2066747	GA	G	9785.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.693;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=857;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.192;NF=44;NR=163;PP=2964;ReadPosRankSum=-0.063;SC=ACAAAGAGGAGAACATTTACC;SOR=0.690;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=392;TCF=79;TCR=313;TR=207;WE=47696594;WS=47696576;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:387,456:0.54:843
chr17	47700372	.	A	AT	43.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.436;ClippingRankSum=0.000;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.28;MQRankSum=1.417;QD=1.51;ReadPosRankSum=1.083;SOR=0.976;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,9:0.31:29
chr17	47779288	rs34701118	C	CA	2758.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.692;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=342;ExcessHet=3.0103;FS=3.652;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.25;MQRankSum=1.596;QD=9.02;ReadPosRankSum=1.997;SOR=1.020;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:94,212:0.69:306
chr17	47780065	rs73335243	C	T	355.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.967;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.329;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=4;PP=271;ReadPosRankSum=0.684;SC=GATCGTACCACTGCACTCACT;SOR=1.638;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=25;TCF=18;TCR=7;TR=16;WE=47780073;WS=47780055;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,17:0.50:34
chr17	47780707	rs375908491	TGC	T	671.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.213;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FS=4.468;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.70;MQRankSum=0.945;QD=4.83;ReadPosRankSum=2.666;SOR=1.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:97,42:0.30:139
chr17	47780710	rs10595474	GCA	G	796.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.858;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.890;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-3.451;NF=4;NR=69;PP=1030;ReadPosRankSum=1.565;SC=CAAAATGTGCGCACACACACA;SOR=1.206;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=82;TCF=4;TCR=78;TR=73;WE=47780721;WS=47780697;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,47:0.38:124
chr17	47783464	.	CT	C,CTT	383.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.088;ClippingRankSum=0.000;DP=112;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.10;MQRankSum=0.708;QD=4.92;ReadPosRankSum=-0.226;SOR=0.602;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:19,34,25:0.44,0.32:78
chr17	47785064	rs9908959	C	A	2050.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=34;NR=28;PP=1429;SC=TGGGGAGAGACTGTCGGCCCG;SOR=0.776;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=62;TCF=34;TCR=28;TR=62;WE=47785072;WS=47785054;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr17	47801651	rs11079874	A	G	533.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-2.941;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.974;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=5;PP=200;ReadPosRankSum=-1.888;SC=CACCCCCCACACAAACCTGTT;SOR=0.286;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=43;TCF=32;TCR=11;TR=18;WE=47801659;WS=47801641;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,28:0.45:62
chr17	47888852	rs4462645	A	G	13340.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=512;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=161;NR=144;PP=2965;SC=CAACGGAGAGACAGCTTCGAT;SOR=0.779;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=306;TCF=161;TCR=145;TR=305;WE=47888860;WS=47888842;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,505:1.00:505
chr17	47899280	rs373603649	TA	T	267.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.803;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FS=1.177;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.11;MQRankSum=1.175;QD=3.52;ReadPosRankSum=-1.101;SOR=0.416;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:47,29:0.38:76
chr17	47923640	rs11297059	AT	A	1093.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.792;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=280;ExcessHet=3.0103;FS=0.679;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.15;MQRankSum=1.741;QD=5.26;ReadPosRankSum=-0.689;SOR=0.591;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:93,115:0.55:208
chr17	48068720	rs8081044	T	A	738.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.47;SOR=2.910;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr17	48148413	rs2301628	G	A	573.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=0.701;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.662;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=13;PP=326;ReadPosRankSum=-0.087;SC=TAGCACACACGGATTGGCCGG;SOR=0.346;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=27;TCF=4;TCR=23;TR=16;WE=48148421;WS=48148403;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,23:0.64:36
chr17	48151908	rs4793639	T	C	17012.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.551;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=652;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=186;NR=195;PP=2965;ReadPosRankSum=1.399;SC=GGTGAGATTGTTCTGCCCACC;SOR=0.229;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=385;TCF=187;TCR=198;TR=381;WE=48151916;WS=48151898;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,637:1.00:638
chr17	48155771	rs16948648	C	T	6158.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=33;NR=163;PP=2965;SC=CAGGCCTCCACTTTCCCTGGA;SOR=2.942;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=198;TCF=34;TCR=164;TR=196;WE=48155779;WS=48155761;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,218:1.00:218
chr17	48157827	.	GGTGTGTGT	G,GGT	2154.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=122;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;QD=39.18;SOR=2.215;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:0,13,42:0.24,0.76:55
chr17	48165064	rs12951197	T	C	3326.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=34;NR=33;PP=1409;SC=AGGATGGGCCTAAGCAGGCTG;SOR=0.725;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=67;TCF=34;TCR=33;TR=67;WE=48165072;WS=48165054;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr17	48172779	rs7221362	A	C	3419.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.830;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=298;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.439;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=69;NR=46;PP=1962;ReadPosRankSum=1.008;SC=GACCACAACCAAAGTCGCGGC;SOR=0.795;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=206;TCF=121;TCR=85;TR=115;WE=48172787;WS=48172769;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:126,157:0.55:283
chr17	48184288	rs847694	G	A	5523.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.572;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=459;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=95;NR=104;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.246;SC=GAGAAGCCCCGGGGACCCCTC;SOR=0.653;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=371;TCF=176;TCR=195;TR=199;WE=48184296;WS=48184278;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:206,241:0.54:447
chr17	48184377	rs847693	A	G	7644.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.342;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=625;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=139;NR=122;PP=2962;ReadPosRankSum=1.920;SC=CCCAGTATCAATGTCAGGAGG;SOR=0.715;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=435;TCF=230;TCR=205;TR=261;WE=48184385;WS=48184367;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:272,345:0.56:617
chr17	48186131	rs3059824	T	TCTC	4634.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.047;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=247;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.179;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=2.623;NF=4;NR=66;PP=2966;ReadPosRankSum=-0.318;SC=GGGAGGCTTCTCTCCTCACTC;SOR=0.572;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=144;TCF=7;TCR=137;TR=70;WE=48186139;WS=48186121;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,120:0.58:208
chr17	48202127	.	G	GCGCACGCGCA	173.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.286;ClippingRankSum=0.000;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.43;ReadPosRankSum=1.080;SOR=0.473;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,7:0.26:27
chr17	48202135	.	G	GCACACACA	332.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.761;ClippingRankSum=0.000;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.92;ReadPosRankSum=0.718;SOR=0.404;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,14:0.33:42
chr17	48202137	rs375093360	A	G	410.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.691;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=4.170;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.41;ReadPosRankSum=0.492;SOR=0.184;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,19:0.53:36
chr17	48202139	rs78316969	A	G	149.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.781;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.48;ReadPosRankSum=-0.658;SOR=0.458;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,9:0.21:43
chr17	48212647	rs11317638	GA	G	2713.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=36.67;SOR=2.432;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr17	48212910	rs3744535	A	G	2506.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.638;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=224;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.691;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=32;PP=1490;ReadPosRankSum=0.868;SC=AGGGCGCCCCAGGCCCACCTT;SOR=0.833;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=164;TCF=101;TCR=63;TR=90;WE=48212918;WS=48212900;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:100,116:0.54:216
chr17	48226445	rs112058541	G	GC	4126.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=71;NR=14;PP=2012;SC=TGGCTGGCGAGCGGGGGCGGC;SOR=3.710;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=91;TCF=76;TCR=15;TR=85;WE=48226454;WS=48226435;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr17	48227384	.	G	GGC	17052.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DP=388;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=20;NR=158;PP=2957;SC=GCCGCGCCGCGCTCCTTGTCG;SOR=1.145;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=185;TCF=21;TCR=164;TR=178;WE=48227392;WS=48227374;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,375:1.00:375
chr17	48227403	.	G	GGC	15114.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DP=325;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=35;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=142;PP=2973;SC=CGCCGCCTGCGCGCTGGGGCG;SOR=1.251;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=155;TCF=13;TCR=142;TR=155;WE=48227411;WS=48227393;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,323:1.00:323
chr17	48243504	rs9911548	C	T	6828.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=267;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=83;NR=92;PP=2965;SC=GGTGGTAAGACGGAGGTGTGG;SOR=0.804;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=175;TCF=83;TCR=92;TR=175;WE=48243512;WS=48243494;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,264:1.00:264
chr17	48245180	rs2696297	C	T	11541.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=411;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=210;NR=100;PP=2965;SC=GGATTGGGTGCTCATTCACAG;SOR=1.505;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=311;TCF=211;TCR=100;TR=310;WE=48245188;WS=48245170;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,400:1.00:400
chr17	48249450	rs2696293	C	G	16809.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=624;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=183;NR=233;PP=2965;SC=GAAGTCTCCACTGGGCTGCCC;SOR=0.852;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=419;TCF=185;TCR=234;TR=416;WE=48249458;WS=48249440;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,609:1.00:609
chr17	48252804	rs2696288	T	C	19159.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=712;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=199;NR=219;PP=2965;SC=ACTGACAGCCTAGCCAGGTAG;SOR=0.751;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=418;TCF=199;TCR=219;TR=418;WE=48252812;WS=48252794;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,710:1.00:710
chr17	48258140	rs2586484	T	C	8519.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=326;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=146;NR=76;PP=2965;SC=CTCGCATTCTTTCCCACGCGG;SOR=1.204;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=228;TCF=146;TCR=82;TR=222;WE=48258148;WS=48258130;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,314:1.00:314
chr17	48258284	.	G	GA	554.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.277;ClippingRankSum=0.000;DP=379;ExcessHet=3.0103;FS=3.312;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.09;MQRankSum=1.769;QD=1.77;ReadPosRankSum=0.329;SOR=0.866;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:243,71:0.23:314
chr17	48258321	rs2586485	C	T	8374.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=321;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=103;NR=165;PP=2965;SC=TACTGTATTCCGGTGATAGAA;SOR=1.048;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=271;TCF=105;TCR=166;TR=268;WE=48258329;WS=48258311;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,312:1.00:312
chr17	48262775	rs1061237	A	G	1158.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=5.162;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.327;HP=6;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=4;PP=685;ReadPosRankSum=0.509;SC=TTGGCTTTTGAGGGGGTTCAG;SOR=1.818;SbPval=0.97;Source=Platypus;TC=108;TCF=86;TCR=22;TR=44;WE=48262783;WS=48262765;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,47:0.44:107
chr17	48263021	rs2249492	C	T	4103.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=2.105;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=355;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.806;HP=6;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=76;NR=65;PP=2439;ReadPosRankSum=-0.653;SC=TGGGGTGGGGCGGAGACAACG;SOR=0.646;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=257;TCF=138;TCR=119;TR=141;WE=48263029;WS=48263011;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:163,186:0.53:349
chr17	48263903	rs2277632	A	G	4299.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.272;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=508;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.119;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=71;NR=82;PP=2604;ReadPosRankSum=0.827;SC=AGTCAGGGAAAGGGAGCAGCC;SOR=0.617;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=366;TCF=159;TCR=207;TR=153;WE=48263911;WS=48263893;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:297,204:0.41:501
chr17	48264717	rs2696245	C	T	659.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=4;PP=458;SC=GATTCTTCCTCTCTTTGCCCA;SOR=1.931;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=14;TCR=4;TR=18;WE=48264725;WS=48264707;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr17	48265426	rs2586488	A	G	8734.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.013;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=727;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.530;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=112;NR=158;PP=2962;ReadPosRankSum=0.051;SC=GTAGAGTTCTAAAGGCATGGG;SOR=0.645;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=471;TCF=187;TCR=284;TR=270;WE=48265434;WS=48265416;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:314,400:0.56:714
chr17	48265495	rs1800215	T	C	6460.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=253;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=52;NR=138;PP=2965;SC=ACAGGACCGGTGGGACCAGCA;SOR=1.749;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=190;TCF=52;TCR=138;TR=190;WE=48265503;WS=48265485;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,246:1.00:246
chr17	48266160	rs138425306	CAG	C	129.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.607;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=906;ExcessHet=3.0103;FS=0.944;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.01;MQRankSum=3.205;QD=0.16;ReadPosRankSum=-0.164;SOR=0.787;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:723,77:0.10:800
chr17	48266669	rs2586489	G	C	22701.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=2.045;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=837;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=309;NR=271;PP=2965;ReadPosRankSum=0.918;SC=AGGTGCCAGAGAGCAGCACAG;SOR=0.265;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=580;TCF=309;TCR=271;TR=580;WE=48266677;WS=48266659;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,813:1.00:814
chr17	48267291	rs2075559	G	C	17362.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=647;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=255;NR=200;PP=2965;SC=AGAGCACAGAGGCATCAAGCC;SOR=0.905;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=455;TCF=255;TCR=200;TR=455;WE=48267299;WS=48267281;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,642:1.00:642
chr17	48267585	rs2075558	A	C	4480.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=2.913;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=615;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.145;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=77;NR=65;PP=2293;ReadPosRankSum=-0.911;SC=TCCCGTCTCCACCCTTCTCCC;SOR=0.589;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=388;TCF=216;TCR=172;TR=142;WE=48267593;WS=48267575;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:381,228:0.37:609
chr17	48268223	rs2734272	A	G	16873.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=652;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=248;NR=186;PP=2965;SC=CAATGGGGCCAGTCAGACCAC;SOR=0.925;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=434;TCF=248;TCR=186;TR=434;WE=48268231;WS=48268213;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,648:1.00:648
chr17	48268443	rs2075557	G	T	1273.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-1.310;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.589;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=41;PP=1039;ReadPosRankSum=-1.616;SC=AAGGGTGCCTGCCTGGAGACT;SOR=1.572;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=103;TCF=25;TCR=78;TR=50;WE=48268451;WS=48268433;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,51:0.45:114
chr17	48268626	rs2696246	A	G	12215.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.781;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=466;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=195;NR=104;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.344;SC=AAGGGGAAGAAGGGAGGATTA;SOR=1.227;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=302;TCF=196;TCR=106;TR=299;WE=48268634;WS=48268614;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,460:1.00:462
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chr17	48269903	rs2696247	A	G	4330.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=2.414;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=481;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=80;NR=44;PP=2007;ReadPosRankSum=0.837;SC=TAGGTGGGAAATGGGGGAAGA;SOR=0.669;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=309;TCF=197;TCR=112;TR=124;WE=48269911;WS=48269893;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:260,207:0.44:467
chr17	48271433	rs1007086	A	G	4657.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.129;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=403;ExcessHet=3.0103;FS=2.149;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.88;ReadPosRankSum=-0.858;SOR=0.579;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:171,221:0.56:392
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chr17	48273439	rs2734281	T	C	5447.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.681;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=408;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.535;HP=4;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQRankSum=0.000;NR=68;PP=2841;ReadPosRankSum=0.049;SC=CATAACCTGCTCCCATTGTCA;SOR=0.751;Source=Platypus;TCR=115;WE=48273447;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:156,245:0.61:401
chr17	48273464	rs2141279	T	C	10909.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=413;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=170;NR=122;PP=2965;SC=CAAGAGCAGATACTGAGACCC;SOR=0.973;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=292;TCF=170;TCR=122;TR=292;WE=48273472;WS=48273454;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,402:1.00:402
chr17	48273903	rs17639446	A	C	9337.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.615;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=777;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.524;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=148;NR=156;PP=2962;ReadPosRankSum=0.225;SC=TAGATCAGAGAATAATGAGTG;SOR=0.682;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=545;TCF=271;TCR=274;TR=304;WE=48273911;WS=48273893;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:339,422:0.55:761
chr17	48274291	rs2075555	T	G	1158.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.618;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.572;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=7;PP=687;ReadPosRankSum=0.534;SC=TGCAACTCAGTATCTTTTGGG;SOR=0.377;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=53;TCF=44;TCR=9;TR=36;WE=48274299;WS=48274281;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,48:0.69:70
chr17	48274309	rs2075554	T	C	1459.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.038;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.050;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=14;PP=813;ReadPosRankSum=1.034;SC=GGGGAAGAGGTTGGGACTGGA;SOR=0.401;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=70;TCF=52;TCR=18;TR=47;WE=48274317;WS=48274299;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,63:0.65:97
chr17	48275489	rs35231764	A	G	6595.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.886;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=550;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=101;NR=101;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.658;SC=ACCAAAGCCCAAGGAGGCATA;SOR=0.693;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=349;TCF=173;TCR=176;TR=202;WE=48275497;WS=48275479;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:232,314:0.58:546
chr17	48276004	rs5820805	G	GC	4355.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=74;PP=2957;SC=AGACATTCCTGCAAAGATGCA;SOR=2.041;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=78;TCF=2;TCR=76;TR=76;WE=48276012;WS=48275994;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr17	48276971	rs2256835	G	C	4795.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.454;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=446;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=28;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.987;NF=70;NR=71;PP=2636;ReadPosRankSum=-0.434;SC=GAAGAGACGCGCGTTAGAGCC;SOR=0.711;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=292;TCF=150;TCR=142;TR=141;WE=48276979;WS=48276961;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:218,226:0.51:444
chr17	48277059	rs150854949	AGCCCCAGGCCCCAGGCCCCAG	A,AGCCCCAGGCCCCAG	6274.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=1.049;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=348;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=1.801;HP=4;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.313;NF=32,32;NR=98,98;PP=2987,2987;ReadPosRankSum=2.091;SC=CCCCAGCCCCAGCCCCAGGCC;SOR=0.728;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=181;TCF=48;TCR=133;TR=130,130;WE=48277087;WS=48277049;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.55,0.43:257
chr17	48356260	rs6504642	G	C	9787.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.603;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=832;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQ=59.99;MQRankSum=-0.891;NF=165;NR=153;PP=2962;ReadPosRankSum=2.436;SC=GAGCCAGACAGCCCAGTGGAT;SOR=0.682;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=582;TCF=302;TCR=280;TR=318;WE=48356268;WS=48356250;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:366,458:0.56:824
chr17	48423415	.	AG	A	422.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.888;ClippingRankSum=0.000;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.385;HP=9;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=1.125;NF=8;NR=3;PP=206;ReadPosRankSum=1.332;SC=GGCGTGGAGGAGGGGGGGCGG;SOR=1.007;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=28;TCF=20;TCR=8;TR=11;WE=48423423;WS=48423405;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,19:0.46:41
chr17	48432042	rs11430429	G	GA	7409.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=41;NR=90;PP=2967;SC=AGGTAGCCTAGGAGGGAAACT;SOR=1.142;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=135;TCF=41;TCR=94;TR=131;WE=48432050;WS=48432032;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,185:1.00:185
chr17	48432681	rs2526538	G	A	931.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-3.326;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.410;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=4;PP=745;ReadPosRankSum=-1.724;SC=GCAAGGGGCAGAGGAAGGATG;SOR=0.997;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=61;TCF=54;TCR=7;TR=35;WE=48432689;WS=48432678;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,37:0.56:66
chr17	48432749	rs73344091	G	C	1707.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-3.850;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.566;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=19;PP=918;ReadPosRankSum=0.589;SC=GCCAGGGGTAGGGCACATGGC;SOR=0.630;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=169;TCF=126;TCR=43;TR=68;WE=48432757;WS=48432739;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:128,83:0.39:211
chr17	48433081	rs886568	G	A	2838.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.520;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=341;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=35;PP=1352;ReadPosRankSum=-0.186;SC=TGCCAGGCGGGTGAAAGAGCT;SOR=0.694;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=220;TCF=128;TCR=92;TR=84;WE=48433089;WS=48433071;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:193,137:0.42:330
chr17	48433958	rs4794136	T	C	11212.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.275;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1469;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.524;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQ=60.01;MQRankSum=1.186;NF=181;NR=219;PP=2962;ReadPosRankSum=0.459;SC=TCCACCTGTATGGCAGCTACC;SOR=0.762;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=909;TCF=424;TCR=485;TR=400;WE=48433974;WS=48433948;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:847,604:0.42:1451
chr17	48437456	rs6504649	C	G	8856.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.086;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=659;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.118;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=132;NR=118;PP=2962;ReadPosRankSum=0.711;SC=CAGCGGCACACACAGCTCACA;SOR=0.603;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=410;TCF=222;TCR=188;TR=250;WE=48437464;WS=48437446;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:256,393:0.61:649
chr17	48440467	.	T	TA	961.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.961;ClippingRankSum=0.000;DP=589;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.02;MQRankSum=-0.588;QD=1.77;ReadPosRankSum=0.672;SOR=0.701;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:413,130:0.24:543
chr17	48440522	rs10656180	T	TCCA	30100.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=711;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=47;NR=215;PP=2967;SC=CCTGTCCTTCTCCACCATATT;SOR=0.819;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=279;TCF=48;TCR=231;TR=262;WE=48440536;WS=48440512;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,672:1.00:672
chr17	48445674	rs111380254	CCTGGTCAG	C	2431.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.412;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=435;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.897;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.240;NF=8;NR=56;PP=2983;ReadPosRankSum=0.068;SC=AACACACAGACCTGGTCAGCT;SOR=0.637;SbPval=0.22;Source=Platypus;TC=193;TCF=17;TCR=176;TR=64;WE=48445689;WS=48445664;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:184,121:0.40:305
chr17	48445699	rs2586438	C	T	3645.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.710;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=305;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.920;HP=2;HapScore=1;MGOF=55;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-1.149;NF=46;NR=84;PP=2517;ReadPosRankSum=-2.120;SC=AGCTGGTCAGCGAGGTGGTCC;SOR=0.775;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=228;TCF=84;TCR=144;TR=130;WE=48445707;WS=48445689;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:125,167:0.57:292
chr17	48446130	rs17776853	A	G	944.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.452;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.454;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=10;PP=496;ReadPosRankSum=-0.051;SC=CTAATAAAACAATCATACTAC;SOR=1.133;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=97;TCF=65;TCR=32;TR=38;WE=48446138;WS=48446120;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,52:0.39:135
chr17	48448023	rs16948951	C	G	1016.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=0.737;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.272;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=31;PP=611;ReadPosRankSum=-0.833;SC=CATGCTGATACGTGAGAGGCG;SOR=0.493;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=140;TCF=43;TCR=97;TR=47;WE=48448031;WS=48448013;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:93,53:0.36:146
chr17	48452776	rs3760413	A	C	13285.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=501;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=191;NR=157;PP=2965;SC=CTGTCCCAGAAATAGCTGAAA;SOR=0.864;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=348;TCF=191;TCR=157;TR=348;WE=48452784;WS=48452766;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,491:1.00:491
chr17	48452978	rs3060668	A	AAGC	7182.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.786;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=853;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=109;PP=2966;ReadPosRankSum=2.659;SC=TGACTGGAAAAAGCCCTTTCC;SOR=0.718;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=399;TCF=133;TCR=266;TR=164;WE=48452986;WS=48452968;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:451,351:0.44:802
chr17	48457567	rs917029	G	A	818.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=2.281;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.023;HP=4;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=6;PP=522;ReadPosRankSum=0.769;SC=GTAACATGGCGCCCACCTCTT;SOR=0.859;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=57;TCF=44;TCR=13;TR=29;WE=48457575;WS=48457557;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,36:0.53:68
chr17	48457609	rs917028	C	G	1087.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.587;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=17;PP=541;ReadPosRankSum=0.207;SC=TCAGTTGCCACTTGAGGGGAA;SOR=0.682;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=97;TCF=60;TCR=37;TR=44;WE=48457617;WS=48457599;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,56:0.44:127
chr17	48460745	rs3744525	C	G	400.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.945;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.36;ReadPosRankSum=-3.211;SOR=0.675;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,13:0.43:30
chr17	48460750	rs3744524	C	T	327.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.363;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=2.021;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.61;ReadPosRankSum=-1.910;SOR=1.276;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,9:0.35:26
chr17	48469724	rs757509	T	C	1393.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.422;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=12;PP=820;ReadPosRankSum=-0.568;SC=CCAGGGAGTGTATAAGGAGCC;SOR=0.691;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=87;TCF=65;TCR=22;TR=45;WE=48469732;WS=48469714;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,62:0.53:118
chr17	48472270	rs3760407	C	T	3679.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=75;NR=50;PP=2548;SC=GAAGGAGTCACGGCTGCATGC;SOR=0.910;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=128;TCF=78;TCR=50;TR=125;WE=48472278;WS=48472260;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,140:1.00:140
chr17	48504132	rs9901133	A	G	2160.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=2.565;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.891;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=15;PP=1184;ReadPosRankSum=-2.311;SC=TCATGGGCAAACTTGGGGATC;SOR=0.545;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=163;TCF=123;TCR=40;TR=65;WE=48504140;WS=48504122;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:110,95:0.46:205
chr17	48539035	rs9674937	T	C	5412.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.465;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=711;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=77;NR=94;PP=1929;ReadPosRankSum=1.215;SC=AACTGGAGTATGTCCTCAAGA;SOR=0.716;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=418;TCF=192;TCR=226;TR=171;WE=48539043;WS=48539025;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:411,295:0.42:706
chr17	48539763	rs2277631	C	A	5646.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-3.806;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=476;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.092;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.870;NF=71;NR=131;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.743;SC=TGTCTCTCACCATCGTCCCCA;SOR=0.534;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=371;TCF=132;TCR=239;TR=202;WE=48539771;WS=48539753;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:204,267:0.57:471
chr17	48539997	rs8082089	T	C	11173.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=414;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=104;NR=180;PP=2965;SC=ATGCCCCCTGTCCCTGTGACA;SOR=1.190;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=285;TCF=104;TCR=181;TR=284;WE=48540005;WS=48539987;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,410:1.00:410
chr17	48540960	rs3744522	C	G	7221.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=259;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=74;NR=124;PP=2965;SC=AAACCCTCTTCTTCCTCACTC;SOR=1.183;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=198;TCF=74;TCR=124;TR=198;WE=48540968;WS=48540950;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,251:1.00:251
chr17	48541443	rs2277630	G	C	4760.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=82;NR=60;PP=2965;SC=CCAGCCCAGGGCCAGCTGCCA;SOR=1.151;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=142;TCF=82;TCR=60;TR=142;WE=48541451;WS=48541433;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,161:1.00:161
chr17	48541491	rs2277629	A	G	3811.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=3.347;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=313;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.917;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=82;NR=48;PP=2235;ReadPosRankSum=0.881;SC=AGAAAAGGGAATGTTCCTCCC;SOR=0.830;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=231;TCF=142;TCR=89;TR=130;WE=48541499;WS=48541481;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:141,170:0.55:311
chr17	48541707	rs898455	G	A	5844.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=80;NR=84;PP=2965;SC=TGGGATGACAGCAGATGGACA;SOR=0.732;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=164;TCF=80;TCR=84;TR=164;WE=48541715;WS=48541697;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,210:1.00:210
chr17	48542572	rs898454	C	G	8489.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=320;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=135;NR=75;PP=2965;SC=CCCTCCAGGGCCAGGGGGTAT;SOR=1.224;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=210;TCF=135;TCR=75;TR=210;WE=48542580;WS=48542562;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,309:1.00:309
chr17	48543391	rs2231506	A	C	369.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=2.988;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.845;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=12;PP=279;ReadPosRankSum=1.599;SC=ATCTCAGATAATCCAATCTAC;SOR=0.352;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=32;TCF=5;TCR=27;TR=15;WE=48543399;WS=48543381;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,15:0.48:31
chr17	48545596	rs34864120	G	A	6040.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.232;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=517;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.113;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=94;NR=93;PP=2962;ReadPosRankSum=0.667;SC=GGTTCTCCACGTCGTCCAGGG;SOR=0.577;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=329;TCF=174;TCR=155;TR=187;WE=48545604;WS=48545586;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:220,283:0.56:503
chr17	48546232	rs2412325	G	C	493.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-2.913;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=19;PP=329;ReadPosRankSum=-1.223;SC=CGCGGGCAGCGGCGAGTCCTA;SOR=0.656;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=52;TCF=7;TCR=45;TR=23;WE=48546240;WS=48546222;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,25:0.40:62
chr17	48549791	rs2305998	C	G	4883.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.970;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=448;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.522;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=75;PP=2117;ReadPosRankSum=-1.564;SC=TGTCCCAGGCCCGGATCATGA;SOR=0.766;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=261;TCF=122;TCR=139;TR=140;WE=48549799;WS=48549781;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:207,236:0.53:443
chr17	48556228	rs151222980	C	CGCGCT	714.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-0.338;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=2;PP=603;ReadPosRankSum=-0.776;SC=GTCAGTGCGCCGCGCTGCGCT;SOR=0.752;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=34;TCF=28;TCR=6;TR=12;WE=48556236;WS=48556218;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,18:0.46:39
chr17	48557326	rs2290862	G	A	10792.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=396;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=131;NR=100;PP=2965;SC=TGTGGCACAGGCAGCCCACCT;SOR=0.880;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=231;TCF=131;TCR=100;TR=231;WE=48557334;WS=48557316;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,394:1.00:394
chr17	48557348	rs2290861	T	C	12467.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=471;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=156;NR=127;PP=2965;SC=CCTGCAGACTTGGAAGTCACA;SOR=0.815;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=285;TCF=156;TCR=129;TR=283;WE=48557356;WS=48557338;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,467:1.00:467
chr17	48559559	rs7210579	A	G	4399.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.494;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=533;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=84;NR=69;PP=2148;ReadPosRankSum=-0.994;SC=GCGTGTCTGTAGACTTGATGC;SOR=0.729;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=357;TCF=195;TCR=162;TR=153;WE=48559567;WS=48559549;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:301,222:0.42:523
chr17	48560550	.	A	AAAAG	558.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=64.14;QD=46.56;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr17	48560883	rs1551717	A	G	1386.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.126;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.615;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=30;PP=715;ReadPosRankSum=0.067;SC=CTCCTCCAGGATCCCCACACC;SOR=0.626;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=116;TCF=45;TCR=71;TR=50;WE=48560891;WS=48560873;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,68:0.46:149
chr17	48562047	rs72834177	T	G	2688.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.551;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=291;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.899;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=39;PP=1365;ReadPosRankSum=1.753;SC=CCCTGCTGGGTGATGGGCTTG;SOR=0.638;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=184;TCF=100;TCR=84;TR=84;WE=48562055;WS=48562037;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:157,129:0.45:286
chr17	48594691	rs61749930	G	A	13620.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.953;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=516;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=189;NR=155;PP=2965;ReadPosRankSum=1.684;SC=GAAGATAAACGTGTCATCACC;SOR=0.282;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=348;TCF=191;TCR=157;TR=344;WE=48594699;WS=48594681;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,512:1.00:513
chr17	48598785	rs1380657	G	A	7268.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=272;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=71;NR=112;PP=2965;SC=TGAAGACACAGCATACTTGTG;SOR=1.052;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=183;TCF=71;TCR=112;TR=183;WE=48598793;WS=48598775;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,270:1.00:270
chr17	48599195	rs9893172	T	C	1710.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=39;NR=11;PP=1118;SC=GGAAGCTGCGTGGGAGTGGAG;SOR=2.147;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=51;TCF=40;TCR=11;TR=50;WE=48599203;WS=48599185;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr17	48599450	rs7216625	A	T	5813.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=66;NR=96;PP=2962;SC=AAGGTAAAACAGCCTCCACCA;SOR=1.028;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=163;TCF=66;TCR=97;TR=162;WE=48599458;WS=48599440;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,218:1.00:218
chr17	48602098	.	T	TGTGTGAGA,TGTGTGAGAGA	3306.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=2.003;ClippingRankSum=0.000;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=15.904;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.504;NF=56,56;NR=24,24;PP=247,900;ReadPosRankSum=2.771;SC=TGTGTGTGTGTGAGAGAGAGA;SOR=3.370;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=97;TCF=66;TCR=31;TR=80,80;WE=48602106;WS=48602088;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.25,0.64:102
chr17	48603503	rs9890721	C	T	10266.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=384;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=114;NR=159;PP=2965;SC=GAGTCCTCAGCGGAAGAGCAT;SOR=0.985;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=273;TCF=114;TCR=159;TR=273;WE=48603511;WS=48603493;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,379:1.00:379
chr17	48603775	rs149225883	C	CTATTTATT	712.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=9;PP=743;SC=ATCTATCTATCTATTTATTTA;SOR=1.739;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=19;TCF=2;TCR=17;TR=11;WE=48603783;WS=48603765;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr17	48605780	rs8067733	C	G	5066.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=36;NR=118;PP=2965;SC=CCTTTCTGTCCGCTGCCAGGA;SOR=2.057;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=155;TCF=37;TCR=118;TR=154;WE=48605788;WS=48605770;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,175:1.00:175
chr17	48606313	rs2290864	G	A	6794.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=266;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=112;NR=86;PP=2965;SC=GTGAGCTACTGTTGAGGACAT;SOR=0.935;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=199;TCF=112;TCR=87;TR=198;WE=48606321;WS=48606303;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,256:1.00:256
chr17	48606537	rs1133818	C	G	2967.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=13;NR=61;PP=1841;SC=ACACCCAGAGCCTGCACAGTG;SOR=2.256;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=74;TCF=13;TCR=61;TR=74;WE=48606545;WS=48606527;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr17	48606606	rs4793659	G	A	801.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=17;PP=547;SC=TATTCATTCCGTTCAGTCTGC;SOR=2.387;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=3;TCR=17;TR=20;WE=48606614;WS=48606596;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr17	48607280	rs6504671	G	C	12820.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.390;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=494;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=26.01;ReadPosRankSum=0.514;SOR=0.277;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,492:1.00:493
chr17	48607409	.	C	A	1660.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.205;ClippingRankSum=0.000;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=36;PP=1050;ReadPosRankSum=1.119;SC=GTATTGTGGTCACACTCTGGA;SOR=0.691;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=137;TCF=53;TCR=84;TR=61;WE=48607417;WS=48607399;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:95,75:0.44:170
chr17	48607614	rs4794156	G	A	1998.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=22;NR=36;PP=1132;SC=CAGCACTTTGGGAGGCCAAGG;SOR=1.134;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=58;TCF=22;TCR=36;TR=58;WE=48607622;WS=48607604;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr17	48608717	rs1064055	T	C	6134.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=250;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=77;NR=85;PP=2591;SC=CCCTGGTGACTGACCTGATGG;SOR=0.780;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=163;TCF=78;TCR=85;TR=162;WE=48608725;WS=48608707;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,238:1.00:238
chr17	48608951	rs2277627	C	T	531.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=2;NR=13;PP=361;SC=GCCCTCAGATCCCCTCCTGCC;SOR=2.833;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=2;TCR=13;TR=15;WE=48608959;WS=48608941;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr17	48610272	rs755046	G	C	3402.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=53;NR=33;PP=1835;SC=GTGCCGTCCCGCTGCTGCACA;SOR=1.096;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=86;TCF=53;TCR=33;TR=86;WE=48610280;WS=48610262;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr17	48613837	rs3785915	A	G	18302.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.840;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=710;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=279;NR=194;PP=2965;ReadPosRankSum=1.181;SC=CCCATCCTTCAAGACTGTGAC;SOR=0.635;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=474;TCF=279;TCR=195;TR=473;WE=48613845;WS=48613827;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,691:1.00:692
chr17	48616114	rs4794158	C	G	4358.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=74;NR=30;PP=2117;SC=GCTGACTGAGCGGCAAATGGC;SOR=1.369;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=104;TCF=74;TCR=30;TR=104;WE=48616122;WS=48616104;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,158:1.00:158
chr17	48618106	rs7215760	A	G	11396.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=413;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=185;NR=97;PP=2965;SC=GCCCTGGGCGAGGGATAAGGG;SOR=1.284;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=283;TCF=186;TCR=97;TR=282;WE=48618114;WS=48618096;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,406:1.00:406
chr17	48619249	rs4794159	C	A	17356.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=642;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=183;NR=226;PP=2965;SC=CGCGGGCGAGCCGGGCAGGCC;SOR=0.809;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=410;TCF=183;TCR=227;TR=409;WE=48619257;WS=48619239;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,635:1.00:635
chr17	48624523	rs9890200	A	C	2948.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=32;NR=29;PP=1068;SC=CAGCCTCCTGACTTCCCTTCC;SOR=0.765;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=61;TCF=32;TCR=29;TR=61;WE=48624531;WS=48624513;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr17	48625828	rs8076470	C	T	42299.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.035;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1584;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=502;NR=554;PP=2965;ReadPosRankSum=0.050;SC=AGCACCTCTCCTGGGGCCCTG;SOR=0.764;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=1071;TCF=505;TCR=566;TR=1056;WE=48625836;WS=48625818;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,1570:1.00:1574
chr17	48625928	rs8076632	C	G	21438.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.224;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=740;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=155;NR=367;PP=2965;ReadPosRankSum=1.735;SC=CCCCTGGGGACAGGAAGCCTT;SOR=0.644;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=527;TCF=158;TCR=369;TR=522;WE=48625936;WS=48625918;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,732:1.00:733
chr17	48626389	rs8077316	C	T	21959.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=496;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.54;SOR=0.863;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,493:1.00:493
chr17	48626398	rs8077323	C	T	22078.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=509;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.63;SOR=0.882;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,506:1.00:506
chr17	48626575	rs8077587	C	T	14158.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-2.023;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=524;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=168;NR=192;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.064;SC=AGTTGGGGGACCAGGGTGGGG;SOR=0.267;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=363;TCF=168;TCR=195;TR=360;WE=48626583;WS=48626558;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,514:1.00:515
chr17	48626626	rs8076628	G	A	13685.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=518;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=159;NR=180;PP=2965;SC=TGACCTCCAGGTGTGCCCCCA;SOR=0.787;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=341;TCF=161;TCR=180;TR=339;WE=48626634;WS=48626616;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,511:1.00:511
chr17	48627860	rs10586811	CCT	C	23503.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=564;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=92;NR=169;PP=2969;SC=TCCCCAGTGACCTCTCTGTTC;SOR=0.879;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=270;TCF=98;TCR=172;TR=261;WE=48627869;WS=48627850;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,549:1.00:549
chr17	48628092	rs1132414	A	G	30007.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=1104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=359;NR=348;PP=2965;SC=ATAGCGCAGAAGATGCAGACT;SOR=0.723;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=708;TCF=360;TCR=348;TR=707;WE=48628100;WS=48628082;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,1088:1.00:1088
chr17	48628470	rs9913430	T	A	9379.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.986;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=354;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=82;NR=163;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.659;SC=CTTGCTCAATTCAGGGCTGGA;SOR=1.307;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=245;TCF=82;TCR=163;TR=245;WE=48628478;WS=48628460;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,344:0.99:346
chr17	48628581	rs9913677	T	A	2677.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=15;NR=54;PP=1493;SC=ACCGAGCCTGTCTGTAGGATC;SOR=2.229;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=69;TCF=15;TCR=54;TR=69;WE=48628589;WS=48628571;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr17	48629312	rs8082568	G	C	1948.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=41;NR=9;PP=1226;SC=AGCCCCTCCCGTAATGCCTGT;SOR=2.200;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=50;TCF=41;TCR=9;TR=50;WE=48629320;WS=48629302;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr17	48629458	rs8065903	A	G	15196.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=567;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=174;NR=132;PP=2965;SC=ACACAGGACAAGCTCTTTTGG;SOR=0.845;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=306;TCF=174;TCR=132;TR=306;WE=48629466;WS=48629448;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,564:1.00:564
chr17	48631607	rs739924	T	C	23411.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.757;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=901;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=307;NR=230;PP=2965;ReadPosRankSum=1.473;SC=CCCTATGTGCTGTAGACCAGG;SOR=0.505;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=539;TCF=309;TCR=230;TR=537;WE=48631615;WS=48631597;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,891:1.00:894
chr17	48631857	rs873839	G	A	2625.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=12;NR=67;PP=1921;SC=TAGGAGGGAAGTTGGGGCTGC;SOR=3.160;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=79;TCF=12;TCR=67;TR=79;WE=48631865;WS=48631847;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr17	48639186	.	T	TG	173.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.765;ClippingRankSum=-0.000;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=9.542;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=19.32;ReadPosRankSum=0.967;SOR=4.398;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,8:0.89:9
chr17	48646346	.	A	AGTGTGTGTGT	3000	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;FR=1.0000;HP=2;HapScore=1;MGOF=37;MMLQ=17;MQ=63.04;NF=8;NR=61;PP=3000;QD=20;SC=CCTGCAGGTGAGTGTGTGTGT;SbPval=0.15;Source=Platypus;TC=124;TCF=9;TCR=115;TR=69;WE=48646354;WS=48646336;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:55,69:0.56:124
chr17	48646376	rs58450142	T	TGTGTGTGTGTGTGTGTTG,TGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTTG	1252.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.203;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=66.81;MQRankSum=-0.762;QD=32.12;ReadPosRankSum=1.735;SOR=3.442;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:9,20,10:0.51,0.26:39
chr17	48647011	rs12946808	T	G	17497.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=653;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=212;NR=151;PP=2965;SC=TTGACCTCTTTTGACCCCACT;SOR=0.902;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=364;TCF=212;TCR=152;TR=363;WE=48647019;WS=48647001;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,650:1.00:650
chr17	48652875	rs198550	A	G	2147.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=60;NR=13;PP=1517;SC=TCTTCAGGACATTTCCTCTTC;SOR=2.749;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=74;TCF=61;TCR=13;TR=73;WE=48652883;WS=48652865;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr17	48653354	rs12449998	C	A	49904.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=-1.845;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1837;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=546;NR=577;PP=2965;ReadPosRankSum=0.900;SC=TGGGTCCCGCCGGCTCATGCT;SOR=0.276;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=1128;TCF=550;TCR=578;TR=1123;WE=48653362;WS=48653344;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,1824:1.00:1825
chr17	48668013	rs8064333	G	C	20301.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.331;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=473;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.155;NF=127;NR=164;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.195;SC=CTGACTCTCAGTTGAGGAATG;SOR=0.301;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=292;TCF=127;TCR=165;TR=291;WE=48668029;WS=48668003;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,470:1.00:471
chr17	48668021	rs34926473	AT	A	19500.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.281;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=437;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.162;NF=27;NR=162;PP=2951;ReadPosRankSum=-0.633;SC=CAGTTGAGGAATGGTAGCAGG;SOR=0.329;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=191;TCF=27;TCR=164;TR=189;WE=48668029;WS=48668003;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,434:1.00:435
chr17	48668091	rs8066026	A	C	3880.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-1.917;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=43;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=93;PP=2286;ReadPosRankSum=-0.258;SC=GTCTGGAGTCAGGCCCCACTG;SOR=0.812;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=132;TCF=37;TCR=95;TR=130;WE=48668099;WS=48668081;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,147:0.99:148
chr17	48668653	rs7359536	A	G	817.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=18;NR=8;PP=628;SC=GCTCCTGCTTAGAGGTCTGGG;SOR=1.781;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=27;TCF=19;TCR=8;TR=26;WE=48668661;WS=48668643;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr17	48668720	rs7359527	C	A	1792.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=33;NR=20;PP=1044;SC=CCCTTGGGTGCTACTGAGTCC;SOR=1.196;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=53;TCF=33;TCR=20;TR=53;WE=48668728;WS=48668710;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr17	48669026	rs11079918	T	C	8760.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.752;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=327;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=152;NR=93;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.892;SC=CCGGCCAGGCTGGGGGCAGGA;SOR=0.439;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=246;TCF=153;TCR=93;TR=245;WE=48669034;WS=48669016;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,311:1.00:312
chr17	48678325	rs198530	A	T	12950.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=445;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NR=155;PP=2965;SC=CTGGGAGGGCACTGGAGGGGC;SOR=1.013;Source=Platypus;TCR=157;WE=48678333;WS=48678315;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,435:1.00:435
chr17	48683200	rs3744521	G	C	6266.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=224;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=125;NR=47;PP=2965;SC=GGGCTCAGGAGTCCTGGGCTT;SOR=1.708;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=172;TCF=125;TCR=47;TR=172;WE=48683208;WS=48683190;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,223:1.00:223
chr17	48712705	rs12604031	G	A	14238.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=326;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.50;SOR=0.990;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,320:1.00:320
chr17	48712711	rs9890046	C	G	14458.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=332;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.35;SOR=1.047;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,326:1.00:326
chr17	48733288	rs145596140	C	T	11516.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-2.052;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=980;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=160;NR=177;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.556;SC=ACCTGTGGGTCGCCCTGCCCT;SOR=0.710;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=600;TCF=288;TCR=312;TR=337;WE=48733296;WS=48733278;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:405,559:0.58:964
chr17	48746135	rs879459	C	T	5449.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=2.067;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=381;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=38.228;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=128;NR=64;PP=2962;ReadPosRankSum=2.598;SC=GTCCTCCTTTCCCCTGCCCCC;SOR=1.055;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=316;TCF=200;TCR=116;TR=192;WE=48746148;WS=48746125;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:137,233:0.63:370
chr17	48746923	rs4794176	G	C	4132.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.571;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=365;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.420;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=110;PP=2197;ReadPosRankSum=0.118;SC=AAGAGGCTAGGGCATAGAGCT;SOR=0.840;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=278;TCF=82;TCR=196;TR=153;WE=48746931;WS=48746913;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:159,196:0.55:355
chr17	48750231	.	G	GA	353.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.404;ClippingRankSum=0.000;DP=108;ExcessHet=3.0103;FS=0.961;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.30;MQRankSum=1.888;QD=3.57;ReadPosRankSum=0.286;SOR=0.879;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:66,33:0.33:99
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chr17	48768486	rs1051640	A	G	6611.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=243;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=108;NR=58;PP=2965;SC=TAGTAGCTGAATTTGATTCTC;SOR=1.233;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=166;TCF=108;TCR=58;TR=166;WE=48768494;WS=48768476;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,236:1.00:236
chr17	48777804	rs200111170	C	CG	34.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.440;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.56;ReadPosRankSum=0.372;SOR=0.776;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:48,14:0.23:62
chr17	48777807	rs117765383	A	G	928.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.337;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.29;ReadPosRankSum=-0.406;SOR=0.840;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,50:0.77:65
chr17	48777821	rs200307796	AG	A	87.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.828;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FS=1.314;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.33;ReadPosRankSum=0.426;SOR=1.026;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:46,20:0.30:66
chr17	48777822	rs6504677	G	A	758.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.406;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.50;ReadPosRankSum=-0.567;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,42:0.64:66
chr17	48785100	rs3744519	C	A	2167.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=10.365;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=257;ExcessHet=3.0103;FS=8.011;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.50;ReadPosRankSum=0.922;SOR=1.441;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:164,91:0.36:255
chr17	48797210	rs11398903	T	TG	14479.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=425;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQ=60.31;NF=20;NR=173;PP=2973;SC=CCGCGGGCCTTGGCCTGAGCC;SOR=1.134;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=203;TCF=20;TCR=183;TR=193;WE=48797218;WS=48797200;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,410:1.00:410
chr17	48801314	rs12449971	C	T	2173.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.534;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=302;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.433;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=30;PP=903;ReadPosRankSum=-1.667;SC=CTACCTTACTCCATAGTAAAA;SOR=0.652;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=166;TCF=93;TCR=73;TR=68;WE=48801322;WS=48801304;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:179,116:0.39:295
chr17	48817598	rs3214295	C	CT	532.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-0.962;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.255;HP=10;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=4;PP=257;ReadPosRankSum=0.491;SC=AAAAATAACTCTTTTTTTTTG;SOR=0.412;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=86;TCF=71;TCR=15;TR=24;WE=48817606;WS=48817588;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,37:0.37:99
chr17	48821201	rs9894501	T	C	3585.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.042;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=251;ExcessHet=3.0103;FS=3.734;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.82;ReadPosRankSum=0.953;SOR=0.483;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:140,102:0.42:242
chr17	48821207	rs9894508	T	C	3420.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.236;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FS=2.411;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.55;ReadPosRankSum=1.415;SOR=0.531;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:129,91:0.41:220
chr17	48823815	rs2302288	C	T	331.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=0.591;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.901;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=2;PP=242;ReadPosRankSum=0.727;SC=TAAGTTTTGCCTAGTCTTGTT;SOR=0.316;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=27;TCF=24;TCR=3;TR=13;WE=48823823;WS=48823805;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,15:0.47:32
chr17	48828354	.	CT	C	59.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.184;ClippingRankSum=0.000;DP=230;ExcessHet=3.0103;FS=3.279;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.09;MQRankSum=-0.660;QD=0.33;ReadPosRankSum=1.142;SOR=0.390;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:148,33:0.18:181
chr17	48828384	rs11385262	G	GT	617.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.469;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.18;MQRankSum=1.658;QD=6.37;ReadPosRankSum=2.991;SOR=0.709;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:52,45:0.46:97
chr17	48834023	rs3760403	A	G	805.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=3.095;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.618;HP=1;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=3;PP=506;ReadPosRankSum=3.436;SC=TTAAAAAGCTAGAAACGGCGA;SOR=1.297;SbPval=0.95;Source=Platypus;TC=54;TCF=42;TCR=12;TR=29;WE=48834031;WS=48834013;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,32:0.55:58
chr17	48917333	rs9675120	C	T	34224.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=1283;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=356;NR=486;PP=2965;SC=AGACAGTGAGCTTCCTCTGTG;SOR=0.916;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=843;TCF=356;TCR=487;TR=842;WE=48917341;WS=48917323;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,1268:1.00:1268
chr17	48940422	rs4626	T	C	9729.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=373;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=135;NR=93;PP=2965;SC=CTACAAAAGATTTCTCATTGA;SOR=0.970;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=228;TCF=135;TCR=93;TR=228;WE=48940430;WS=48940412;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,365:1.00:365
chr17	48941417	.	C	CAAAA	33	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.431;ClippingRankSum=-0.000;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=4.771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=11.00;ReadPosRankSum=-0.000;SOR=2.225;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,2:0.67:3
chr17	49047943	rs76571715	C	T	789.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.320;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=1.609;NF=20;NR=10;PP=498;ReadPosRankSum=-1.127;SC=AAAATCCTTTCGTGTGTAAAG;SOR=0.665;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=77;TCF=53;TCR=24;TR=30;WE=49047951;WS=49047933;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,36:0.44:81
chr17	49053072	.	TA	T	185.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.278;ClippingRankSum=0.000;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=3.219;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.57;ReadPosRankSum=0.237;SOR=0.273;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,22:0.42:52
chr17	49076857	.	T	TA	142.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.493;ClippingRankSum=0.000;DP=158;ExcessHet=3.0103;FS=1.978;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.19;ReadPosRankSum=1.115;SOR=0.906;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:95,25:0.21:120
chr17	49084471	.	GGT	G	148.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.898;ClippingRankSum=0.000;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.471;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=7;PP=147;ReadPosRankSum=-0.445;SC=CCAACATTAGGGTGTGTGTGT;SOR=0.446;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=23;TCF=4;TCR=19;TR=8;WE=49084482;WS=49084461;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,12:0.27:45
chr17	49124845	rs11400140	G	GA	862.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=2.186;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.385;HP=9;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=24;PP=741;ReadPosRankSum=-0.441;SC=TTTAAAGAAAGAAAAAATACA;SOR=1.251;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=40;TCF=2;TCR=38;TR=26;WE=49124853;WS=49124835;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,42:0.58:73
chr17	49197654	rs5820842	A	AC	2528.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.13;QD=32.01;SOR=2.720;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr17	49231623	rs34431255	C	G	1779.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.249;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FS=3.933;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.79;ReadPosRankSum=-0.610;SOR=0.291;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,45:0.65:69
chr17	49231627	rs11556835	G	A	1776.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.683;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FS=5.189;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.34;ReadPosRankSum=0.313;SOR=0.298;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,45:0.62:73
chr17	49247503	rs112707943	CT	C	923.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.319;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FS=2.691;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.05;MQRankSum=0.945;QD=6.55;ReadPosRankSum=1.629;SOR=1.055;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:49,92:0.65:141
chr17	49270643	rs35987233	AT	A	184.37	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.887;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5006;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=4;PP=157;ReadPosRankSum=-0.489;SC=TAAAGAAAATATTTATATTGT;SOR=0.595;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=8;TCF=2;TCR=6;TR=5;WE=49270651;WS=49270638;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,7:0.88:8
chr17	49271018	rs12453388	G	A	479.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-2.073;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.840;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=6;PP=169;ReadPosRankSum=-0.084;SC=TTGCTCTGTCGCCCAGGCTGG;SOR=0.307;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=18;TCF=8;TCR=10;TR=12;WE=49271026;WS=49271008;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,22:0.79:28
chr17	49281133	rs17574235	G	A	2409.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-2.169;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=374;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.383;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=72;NR=28;PP=1483;ReadPosRankSum=-0.028;SC=ATTACGGTAAGGGTAAATAAA;SOR=0.792;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=255;TCF=183;TCR=72;TR=100;WE=49281141;WS=49281123;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:227,129:0.36:356
chr17	49350546	rs35339641	AT	A	269.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.013;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.84;ReadPosRankSum=-0.962;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,19:0.90:21
chr17	49350802	rs2318789	A	C	2257.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.951;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=343;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=34;PP=1035;ReadPosRankSum=-1.423;SC=TTCCAAGAGGAATCTTGAAGG;SOR=0.707;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=190;TCF=92;TCR=98;TR=65;WE=49350810;WS=49350792;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:216,122:0.36:338
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chr17	49371505	rs917654	C	G	97.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.606;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.748;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=4;PP=44;ReadPosRankSum=-1.812;SC=TTAATAAATTCTAGTCTGTTT;SOR=1.136;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=13;TCF=4;TCR=9;TR=5;WE=49371513;WS=49371495;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,7:0.29:24
chr17	49711045	rs2286634	A	G	971.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-0.419;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.508;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=32;PP=647;ReadPosRankSum=0.123;SC=AGATCCAACCATCCTCTTAAA;SOR=0.275;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=68;TCF=4;TCR=64;TR=35;WE=49711053;WS=49711035;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,40:0.55:73
chr17	49713428	rs139939914	GACAT	G	1465.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.899;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.557;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=34;PP=1598;ReadPosRankSum=0.217;SC=TGGTATTGCTGACATACATAC;SOR=1.734;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=77;TCF=1;TCR=76;TR=34;WE=49713439;WS=49713418;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,38:0.57:67
chr17	50149899	rs5820905	C	CT	1624.25	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.035;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FS=1.532;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.31;MQRankSum=0.451;QD=16.24;ReadPosRankSum=0.527;SOR=1.265;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:14,86:0.86:100
chr17	51063941	rs2271474	C	G	6954.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.879;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1026;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=156;NR=116;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.077;SC=TTTTAATTTCCACACCACTGT;SOR=0.742;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=721;TCF=401;TCR=320;TR=272;WE=51063949;WS=51063931;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:622,383:0.38:1005
chr17	51900729	rs3803824	C	T	13218.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-3.911;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1089;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=230;NR=209;PP=2962;ReadPosRankSum=1.963;SC=CAGCGTACCGCCACGAAATGG;SOR=0.679;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=745;TCF=392;TCR=353;TR=439;WE=51900737;WS=51900719;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:454,611:0.57:1065
chr17	51900836	rs59657238	C	T	9586.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.548;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1128;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.107;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=175;NR=161;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.205;SC=GAAAAAGTCTCCCTGCCTCTG;SOR=0.749;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=772;TCF=389;TCR=383;TR=336;WE=51900844;WS=51900826;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:632,470:0.43:1102
chr17	51901084	rs3803825	A	G	15988.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=551;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=170;NR=228;PP=2965;SC=AGACAACCTTAAAGGACCTGG;SOR=0.919;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=401;TCF=171;TCR=230;TR=398;WE=51901092;WS=51901074;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,537:1.00:537
chr17	51901643	rs4561518	C	T	7437.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=263;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=83;NR=125;PP=2965;SC=CAGGCAAACACCTGTCAACGC;SOR=1.097;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=208;TCF=83;TCR=125;TR=208;WE=51901651;WS=51901633;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,261:1.00:261
chr17	51901703	rs4561519	C	G	5550.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=73;NR=83;PP=2965;SC=GAAGTCAGGACGGATAATGCA;SOR=0.814;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=158;TCF=73;TCR=85;TR=156;WE=51901711;WS=51901693;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,191:1.00:191
chr17	51902252	rs3826355	C	T	8932.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=323;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=130;NR=110;PP=2965;SC=TAGCCAATGGCTGGAAAACAT;SOR=0.854;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=240;TCF=130;TCR=110;TR=240;WE=51902260;WS=51902242;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,320:1.00:320
chr17	51902492	rs10693171	A	AAAT	3637.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=59;PP=2924;SC=AAAACTGTCCAAATTATCTAA;SOR=2.698;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=70;TCF=4;TCR=66;TR=63;WE=51902500;WS=51902482;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr17	52989920	rs72829469	G	A	386.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-1.247;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.781;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=0;PP=279;ReadPosRankSum=0.029;SC=AATTATGTTTGTTAATTAGGA;SOR=1.954;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=27;TCF=25;TCR=2;TR=14;WE=52989928;WS=52989910;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,16:0.52:31
chr17	52991026	rs71361734	CA	C	41.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.382;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.14;MQRankSum=1.793;QD=0.70;ReadPosRankSum=-0.174;SOR=0.551;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:43,17:0.28:60
chr17	52993346	rs2934935	G	A	2128.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=8;NR=56;PP=1555;SC=CCTGATTTCAGTTGATTTCTA;SOR=3.675;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=64;TCF=8;TCR=56;TR=64;WE=52993354;WS=52993336;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr17	53007655	rs12939352	T	G	1099.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=1.985;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.752;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=31;PP=748;ReadPosRankSum=-0.522;SC=TGCCTACAAGTGACCCCTCTT;SOR=0.245;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=78;TCF=15;TCR=63;TR=41;WE=53007663;WS=53007645;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,47:0.52:91
chr17	53014232	rs5821077	A	ATTAAG	493.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.136;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.744;NF=5;NR=6;PP=617;ReadPosRankSum=1.458;SC=ACTTAATGTTATTAACGTTAA;SOR=0.625;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=18;TCF=9;TCR=9;TR=11;WE=53014240;WS=53014222;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,13:0.72:18
chr17	53014442	rs71361740	CT	C	303.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.928;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=400;ExcessHet=3.0103;FS=0.527;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.03;MQRankSum=0.000;QD=0.81;ReadPosRankSum=0.280;SOR=0.644;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:293,83:0.22:376
chr17	53038082	rs2287136	G	A	336.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=0.069;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.664;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=13;PP=266;ReadPosRankSum=-0.053;SC=TTTTCTAAGGGCCATCTGAGT;SOR=1.158;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=6;TCR=20;TR=17;WE=53038090;WS=53038072;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,15:0.52:29
chr17	53038430	rs4793784	A	G	752.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=2.352;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=7;PP=444;ReadPosRankSum=0.863;SC=AACTATCAAAACTTATTTATT;SOR=0.616;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=52;TCF=39;TCR=13;TR=25;WE=53038438;WS=53038420;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,32:0.48:66
chr17	53038783	rs1057980	G	A	1225.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=0.153;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=38;PP=839;ReadPosRankSum=1.040;SC=TGACAACAGCGTGAGATTTCA;SOR=0.791;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=82;TCF=20;TCR=62;TR=50;WE=53038791;WS=53038773;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,53:0.63:84
chr17	53042017	rs55801837	C	G	2262.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=1.053;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=3;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=15;PP=1851;ReadPosRankSum=0.425;SC=AAGGAATTTACATTAATAAAG;SOR=0.687;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=70;TCF=43;TCR=27;TR=39;WE=53042031;WS=53042007;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,57:0.57:100
chr17	53042023	rs56131849	TA	T	2364.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=1.575;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.563;HP=5;HapScore=3;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.263;NF=14;NR=16;PP=1852;ReadPosRankSum=0.790;SC=TTTACATTAATAAAGTAATCT;SOR=0.936;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=51;TCF=21;TCR=30;TR=30;WE=53042031;WS=53042007;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,62:0.56:110
chr17	53063743	rs958556	C	T	532.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=11;PP=297;SC=AGGATAGCAGCAATGAGTAGT;SOR=2.712;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=12;TCF=1;TCR=11;TR=12;WE=53063751;WS=53063733;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr17	53076799	rs1156287	G	A	9941.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=387;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=110;NR=128;PP=2965;SC=CATAATTACCGGAGCCAAGTT;SOR=0.833;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=242;TCF=113;TCR=129;TR=238;WE=53076807;WS=53076789;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,379:1.00:379
chr17	53076986	rs11658717	G	A	13444.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-2.056;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=508;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=242;NR=127;PP=2965;ReadPosRankSum=0.891;SC=TTTCTTTTTAGTACTAGGTTA;SOR=0.508;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=370;TCF=243;TCR=127;TR=369;WE=53076994;WS=53076976;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,497:1.00:498
chr17	53084700	.	C	CA	74.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.910;ClippingRankSum=0.000;DP=80;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.98;ReadPosRankSum=0.557;SOR=0.521;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:60,16:0.21:76
chr17	53120855	rs1894936	A	G	2863.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=69;NR=15;PP=2126;SC=TAGAGAATTAATTTTTGGTCT;SOR=2.712;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=84;TCF=69;TCR=15;TR=84;WE=53120863;WS=53120845;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr17	53124546	rs71361750	C	CGT	453.74	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.966;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.91;ReadPosRankSum=2.648;SOR=0.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,20:0.83:24
chr17	53155666	rs1026961	C	T	621.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=20;PP=503;SC=AGTCTCAAAGCAGCAATGCTG;SOR=3.912;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=21;TCF=1;TCR=20;TR=21;WE=53155674;WS=53155656;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr17	53158361	rs2628302	G	A	3604.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=72;NR=26;PP=2021;SC=AGTAAAGATAGATGTTGTTTA;SOR=1.857;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=98;TCF=72;TCR=26;TR=98;WE=53158369;WS=53158351;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr17	53392912	rs1465353	G	A	1122.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-0.560;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.997;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=32;PP=713;ReadPosRankSum=2.052;SC=GTGCATGAAGGATTTCTGATT;SOR=0.444;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=88;TCF=18;TCR=70;TR=41;WE=53392920;WS=53392902;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,49:0.49:101
chr17	53478675	rs3744308	A	G	1019.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=20;NR=7;PP=583;SC=CCACCATGCCAAGCTAAACAC;SOR=1.493;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=20;TCR=7;TR=27;WE=53478683;WS=53478665;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr17	53485186	rs2286806	C	T	2938.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.242;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=256;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.256;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=46;PP=1108;ReadPosRankSum=-1.678;SC=ACTGTCCTAGCGAGGGGGAAA;SOR=0.440;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=144;TCF=53;TCR=91;TR=77;WE=53485194;WS=53485176;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:104,144:0.58:248
chr17	53498846	rs75646226	C	T	842.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=3.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.718;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=6;PP=634;ReadPosRankSum=2.322;SC=AGCTCCCATCCTTGGAGGAAG;SOR=1.292;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=60;TCF=46;TCR=14;TR=31;WE=53498854;WS=53498836;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,34:0.47:73
chr17	53498990	rs78612327	T	C	5705.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.058;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=464;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.528;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=94;NR=76;PP=2786;ReadPosRankSum=1.214;SC=GGGAACCCGCTTCTGACACGG;SOR=0.628;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=287;TCF=162;TCR=125;TR=170;WE=53498998;WS=53498980;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:191,264:0.58:455
chr17	53828706	rs890488	C	G	3978.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=62;NR=45;PP=2740;SC=GACAGGGGCGCGTCTTCTCCG;SOR=0.988;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=108;TCF=62;TCR=46;TR=107;WE=53828714;WS=53828696;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,129:1.00:129
chr17	53844769	rs149452285	A	G	5193.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.416;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=654;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.527;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.094;NF=84;NR=90;PP=2403;ReadPosRankSum=-0.543;SC=GCAGACATCTATATGGACTCA;SOR=0.649;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=376;TCF=179;TCR=197;TR=174;WE=53844777;WS=53844759;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:374,272:0.42:646
chr17	53844833	rs57156382	CT	C	5903.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.813;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=363;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=14;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.256;NF=11;NR=124;PP=2492;ReadPosRankSum=1.400;SC=GCTTGCTTTTCTTTTTTTTTT;SOR=0.545;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=166;TCF=12;TCR=154;TR=135;WE=53844855;WS=53844823;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,279:0.99:283
chr17	53844847	rs35430620	C	T	7829.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=287;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=67;NR=133;PP=2965;SC=TTTTTTTAGACGTACTTTCAC;SOR=1.418;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=200;TCF=67;TCR=133;TR=200;WE=53844855;WS=53844823;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,286:1.00:286
chr17	53851071	rs2960063	A	G	6309.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.07;SOR=1.171;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,140:1.00:140
chr17	53851078	rs2912558	T	C	6427.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.03;SOR=1.186;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,146:1.00:146
chr17	53851228	rs2960062	C	T	10110.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=387;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=105;NR=103;PP=2965;SC=GCCTGGCGATCGAGAGTGACG;SOR=0.714;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=208;TCF=105;TCR=103;TR=208;WE=53851236;WS=53851218;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,386:1.00:386
chr17	53852111	rs2960061	T	C	3827.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.708;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=52;PP=2705;ReadPosRankSum=-0.773;SC=ATTTTTCTGGTATTTTTCCTT;SOR=0.735;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=103;TCF=51;TCR=52;TR=103;WE=53852119;WS=53852101;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,145:0.99:147
chr17	54428067	rs2215756	C	T	509.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=1.419;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.761;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=1;PP=438;ReadPosRankSum=-0.174;SC=ATGATAAAATCATATGTCAAC;SOR=2.561;SbPval=0.96;Source=Platypus;TC=61;TCF=52;TCR=9;TR=21;WE=54428075;WS=54428057;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,22:0.33:66
chr17	54428436	rs17759670	A	G	388.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=0.484;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=12;PP=226;ReadPosRankSum=-1.710;SC=GATGCTTGCAATTTTATAAAT;SOR=0.631;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=33;TCF=5;TCR=28;TR=14;WE=54428444;WS=54428426;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,17:0.43:40
chr17	54450038	rs957724	C	A	581.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.296;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.026;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=6;PP=395;ReadPosRankSum=0.316;SC=CAATGCACCTCAACACACTGG;SOR=1.033;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=70;TCF=50;TCR=20;TR=26;WE=54450046;WS=54450028;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,30:0.35:86
chr17	54450134	rs8069322	G	A	1974.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=0.512;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=273;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.447;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=23;PP=754;ReadPosRankSum=-0.340;SC=AGAAAGAGAAGCAGCTGAAAG;SOR=0.917;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=146;TCF=81;TCR=65;TR=58;WE=54450142;WS=54450124;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:164,104:0.39:268
chr17	54517855	rs7224536	T	C	457.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=3.482;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=14;PP=311;ReadPosRankSum=1.459;SC=GTAGCAAATGTCTATTCTGAA;SOR=0.906;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=35;TCF=4;TCR=31;TR=16;WE=54517863;WS=54517845;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,19:0.43:44
chr17	54526301	rs2024316	C	T	664.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.832;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.450;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=6;PP=298;ReadPosRankSum=2.031;SC=TTGGCATCGCCTGCTTGCTCT;SOR=0.966;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=89;TCF=60;TCR=29;TR=24;WE=54526309;WS=54526291;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:99,41:0.29:140
chr17	54534634	rs10852985	G	A	725.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.582;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=9;PP=247;ReadPosRankSum=-1.902;SC=CTACATAGCCGTTATATTTTA;SOR=0.693;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=73;TCF=47;TCR=26;TR=25;WE=54534642;WS=54534624;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,42:0.40:106
chr17	54554821	.	CTT	C	473.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.006;ClippingRankSum=0.000;DP=114;ExcessHet=3.0103;FS=2.080;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.09;MQRankSum=1.472;QD=4.64;ReadPosRankSum=0.688;SOR=0.430;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:69,33:0.32:102
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chr17	54558284	rs11079234	A	G	439.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=1.737;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=24;PP=639;ReadPosRankSum=0.424;SC=GTGTGTGTGTAAATTTTCCTT;SOR=0.941;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=59;TCF=7;TCR=52;TR=27;WE=54558292;WS=54558270;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,21:0.37:57
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chr17	54921494	rs3760158	A	C	993.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.298;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.759;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=25;PP=611;ReadPosRankSum=0.321;SC=GTTATTTAACATCCATTAATC;SOR=0.837;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=79;TCF=25;TCR=54;TR=34;WE=54921502;WS=54921484;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,48:0.44:108
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chr17	54925480	rs56356802	C	CAT	1608.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-2.070;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.504;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=33;PP=1267;ReadPosRankSum=0.494;SC=ATATACTATACATATATATAT;SOR=0.556;SbPval=0.94;Source=Platypus;TC=85;TCF=7;TCR=78;TR=34;WE=54925489;WS=54925470;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,62:0.48:129
chr17	54939715	rs9911560	T	C	1016.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-3.077;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.716;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=37;PP=603;ReadPosRankSum=0.360;SC=CAGTGGTTTATGGCTCATGCA;SOR=0.770;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=126;TCF=30;TCR=96;TR=48;WE=54939723;WS=54939705;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,55:0.38:143
chr17	54939737	rs3826295	T	A	820.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=5.183;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.690;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=28;PP=646;ReadPosRankSum=-0.568;SC=CTGGTCACTGTACACTAGCGG;SOR=1.253;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=89;TCF=16;TCR=73;TR=33;WE=54939745;WS=54939727;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,35:0.36:97
chr17	54978794	rs205498	G	A	1136.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.204;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.663;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=16;PP=812;ReadPosRankSum=0.615;SC=ACTGGGGGTGGGCTCCTGGAG;SOR=0.816;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=113;TCF=76;TCR=37;TR=49;WE=54978802;WS=54978784;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,55:0.38:143
chr17	54981571	.	CA	C	1152.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.936;ClippingRankSum=0.000;DP=518;ExcessHet=3.0103;FS=0.429;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.04;MQRankSum=1.494;QD=2.43;ReadPosRankSum=4.051;SOR=0.655;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:308,166:0.35:474
chr17	54985770	.	G	A	803.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-0.270;ClippingRankSum=0.000;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.774;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=10;PP=429;ReadPosRankSum=-1.545;SC=CGCCCATCCCGCGTGGAAGCT;SOR=0.478;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=86;TCF=65;TCR=21;TR=35;WE=54985778;WS=54985760;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,43:0.41:105
chr17	54990652	rs59740850	C	CT	1047.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=2.539;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=11.749;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQ=60.12;MQRankSum=1.230;NF=30;NR=3;PP=1329;ReadPosRankSum=1.779;SC=TCAGGCCCATCTCCCCAGGGC;SOR=2.128;SbPval=0.94;Source=Platypus;TC=69;TCF=56;TCR=13;TR=33;WE=54990660;WS=54990642;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,37:0.41:91
chr17	55026912	rs12942251	A	G	8949.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=343;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=85;NR=152;PP=2965;SC=GAGCCCTACCAGGAACCCGTA;SOR=1.192;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=238;TCF=86;TCR=152;TR=237;WE=55026920;WS=55026902;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,335:1.00:335
chr17	55027850	rs8071691	T	C	14825.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=553;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=155;NR=167;PP=2965;SC=CATCACAAGATTCAGACTCCG;SOR=0.723;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=322;TCF=155;TCR=167;TR=322;WE=55027858;WS=55027840;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,548:1.00:548
chr17	55028170	rs61731978	C	T	1527.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.150;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.524;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=36;PP=990;ReadPosRankSum=1.702;SC=AGATCCAAGACCTTCTCATTA;SOR=1.046;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=115;TCF=49;TCR=66;TR=58;WE=55028178;WS=55028160;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:99,73:0.42:172
chr17	55038062	rs9899845	T	C	1148.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=29;NR=8;PP=1014;SC=GTCTAGCGGCTTCAGGCCCGG;SOR=2.073;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=29;TCR=8;TR=37;WE=55038070;WS=55038052;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr17	55055741	rs71139945	CT	C	1564.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.262;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FS=7.048;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.33;MQRankSum=1.072;QD=11.94;ReadPosRankSum=-0.901;SOR=1.635;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,109:0.83:131
chr17	55058689	rs3095499	G	C	1550.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=39;PP=1006;SC=AGTGAAGGGCGGATTTGGTCC;SOR=2.001;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=52;TCF=13;TCR=39;TR=52;WE=55058697;WS=55058679;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr17	55065530	rs12453004	A	G	3870.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=60;NR=35;PP=2101;SC=GTGTGACTCAAAAAGCAATCA;SOR=1.092;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=95;TCF=60;TCR=35;TR=95;WE=55065538;WS=55065520;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,140:1.00:140
chr17	55065558	rs11437466	T	TA	5194.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=30;NR=46;PP=2975;SC=TAATTCTGTGTAATTCCTTTT;SOR=0.981;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=79;TCF=31;TCR=48;TR=76;WE=55065566;WS=55065548;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,163:1.00:163
chr17	55074482	.	T	TA	1499.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.613;ClippingRankSum=0.000;DP=238;ExcessHet=3.0103;FS=2.363;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.05;MQRankSum=0.000;QD=7.85;ReadPosRankSum=-1.611;SOR=0.471;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:77,114:0.60:191
chr17	55075670	rs367630962	CA	C	783.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.354;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=496;ExcessHet=3.0103;FS=2.795;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.90;MQRankSum=0.000;QD=1.79;ReadPosRankSum=2.874;SOR=0.533;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:308,131:0.30:439
chr17	55163827	rs72843416	C	T	3530.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.016;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=296;ExcessHet=3.0103;FS=0.916;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.30;ReadPosRankSum=-0.221;SOR=0.762;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:122,165:0.57:287
chr17	55163828	rs10445348	T	A	2348.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-1.790;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=299;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.434;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=38;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.175;SC=GATCTTCCTCTCCTGGGGGAT;SOR=0.642;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=211;TCF=126;TCR=85;TR=92;WE=55163836;WS=55163817;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:168,124:0.42:292
chr17	55182878	rs17761023	C	T	5148.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-2.088;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=383;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.398;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=107;NR=49;PP=2672;ReadPosRankSum=-0.683;SC=GGGATGCTGGCGCTCCTCGGC;SOR=0.662;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=269;TCF=183;TCR=86;TR=156;WE=55182886;WS=55182868;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:143,227:0.61:370
chr17	55183716	rs1050515	T	C	3001.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.024;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.507;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=47;PP=1662;ReadPosRankSum=0.267;SC=AAGCCCAGGATAGAGGTGTCG;SOR=0.701;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=155;TCF=77;TCR=78;TR=92;WE=55183724;WS=55183706;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,132:0.61:217
chr17	55183792	rs35359994	G	A	1350.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.628;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=247;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.671;HP=2;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-2.147;NF=53;NR=29;PP=1529;ReadPosRankSum=5.722;SC=AAATGAGGAGGGCTTGGATAG;SOR=0.823;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=175;TCF=106;TCR=69;TR=82;WE=55183800;WS=55183782;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:104,45:0.30:149
chr17	55183813	rs34535433	A	G	4467.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.195;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=278;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-2.062;NF=67;NR=33;PP=1789;ReadPosRankSum=0.461;SC=AAATGAGGAGAGCTTGGATAG;SOR=0.667;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=203;TCF=129;TCR=74;TR=100;WE=55183821;WS=55183803;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:115,132:0.53:247
chr17	55187558	rs72828911	C	G	641.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.045;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=20;PP=416;ReadPosRankSum=1.432;SC=TGTGGTAAGCCCAAAGCTCCC;SOR=0.620;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=74;TCF=26;TCR=48;TR=32;WE=55187566;WS=55187548;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,36:0.35:103
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chr17	55195559	rs2301702	C	T	1392.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.290;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.209;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=19;PP=1116;ReadPosRankSum=1.488;SC=CTTAGTTTATCCACTGGGAGT;SOR=0.383;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=81;TCF=54;TCR=27;TR=52;WE=55195567;WS=55195549;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,52:0.63:83
chr17	55334577	rs371473884	GCCC	G	310	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=31.00;ReadPosRankSum=-1.593;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,9:0.90:10
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chr17	55363421	rs11079286	G	C	2580.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.462;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=256;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.895;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=53;PP=1482;ReadPosRankSum=0.311;SC=GCCTCTTTCTGTCTTTCCCTC;SOR=0.911;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=175;TCF=75;TCR=100;TR=93;WE=55363429;WS=55363411;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:122,127:0.51:249
chr17	55606875	rs55990806	G	GT	3710.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.161;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=435;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=10;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=46;PP=1493;ReadPosRankSum=1.102;SC=AAAGACCACTGTTTTTTTTTC;SOR=0.716;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=264;TCF=149;TCR=115;TR=106;WE=55606883;WS=55606865;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:203,213:0.51:416
chr17	55674423	rs6503820	G	A	1265.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.175;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.256;HP=4;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=38;PP=818;ReadPosRankSum=-1.752;SC=GGGGTGGGGAGGGGGCTAGAT;SOR=0.897;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=115;TCF=30;TCR=85;TR=49;WE=55674431;WS=55674413;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,62:0.42:146
chr17	55704465	rs1861474	A	G	7131.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=272;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=124;NR=61;PP=2965;SC=AACCCTCATGAGAGACAAATT;SOR=1.297;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=186;TCF=124;TCR=62;TR=185;WE=55704473;WS=55704455;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,261:1.00:261
chr17	55822171	rs12451748	T	C	1718.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=2.572;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.626;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=17;PP=1043;ReadPosRankSum=-0.639;SC=ACCCACGAGGTTCAGTCAGCC;SOR=0.795;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=115;TCF=77;TCR=38;TR=57;WE=55822179;WS=55822161;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,76:0.51:150
chr17	55822214	rs12451753	T	A	2538.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=3.601;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=258;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.766;HP=4;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=29;PP=1323;ReadPosRankSum=1.361;SC=GGGCGTCACGTCCCCTGTCCA;SOR=0.870;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=160;TCF=94;TCR=66;TR=78;WE=55822222;WS=55822204;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:133,120:0.47:253
chr17	55822467	rs12449409	G	A	7392.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-2.021;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=559;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=95;NR=105;PP=2962;ReadPosRankSum=0.164;SC=TTGCACCCCGGCCACCTTCTG;SOR=0.707;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=347;TCF=165;TCR=182;TR=200;WE=55822475;WS=55822457;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:217,334:0.61:551
chr17	56083934	rs2233911	G	A	6131.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=53;NR=133;PP=2965;SC=ACCAGGAGGAGAAGCTCGCTC;SOR=1.741;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=188;TCF=55;TCR=133;TR=186;WE=56083942;WS=56083924;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,223:1.00:223
chr17	56232459	.	T	G	2280.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.702;ClippingRankSum=0.000;DP=248;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.069;HP=7;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=21;PP=1158;ReadPosRankSum=-0.085;SC=TTTTCATTTTTTTTGTTTGTT;SOR=0.612;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=179;TCF=129;TCR=50;TR=73;WE=56232467;WS=56232444;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:129,107:0.45:236
chr17	56235104	rs3863503	C	A	3277.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.324;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=459;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.134;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.568;NF=59;NR=50;PP=1462;ReadPosRankSum=-0.509;SC=CCTGTGCTTCCCATCCCGCCC;SOR=0.592;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=289;TCF=160;TCR=129;TR=109;WE=56235112;WS=56235094;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:281,175:0.38:456
chr17	56235322	rs1987665	G	A	510.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=0.372;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.063;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=17;PP=311;ReadPosRankSum=-0.330;SC=CACAGCTGAAGTTTGTTCTTT;SOR=1.284;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=44;TCF=5;TCR=39;TR=18;WE=56235330;WS=56235312;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,23:0.42:55
chr17	56247101	rs60994383	C	A	4463.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-2.092;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=627;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.147;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=105;NR=73;PP=2580;ReadPosRankSum=-0.109;SC=TTTCCTGTTTCTAATGTTCCT;SOR=0.614;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=432;TCF=263;TCR=169;TR=178;WE=56247109;WS=56247091;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:380,234:0.38:614
chr17	56270121	rs12602891	T	C	2508.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=57;NR=9;PP=1662;SC=CGGCTGGGGGTCCTCAAAGTG;SOR=3.230;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=66;TCF=57;TCR=9;TR=66;WE=56270129;WS=56270111;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr17	56272390	rs2240815	A	G	9972.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-0.389;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1285;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.530;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=127;NR=152;PP=2962;ReadPosRankSum=0.089;SC=ACCGTGGCCGAGCCCTCATGT;SOR=0.760;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=702;TCF=335;TCR=367;TR=279;WE=56272398;WS=56272380;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:757,522:0.41:1279
chr17	56286027	.	C	CT	72.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.688;ClippingRankSum=0.000;DP=97;ExcessHet=3.0103;FS=1.305;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.98;MQRankSum=0.960;QD=1.01;ReadPosRankSum=-0.129;SOR=0.386;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:54,18:0.25:72
chr17	56351708	rs72051182	AGT	A	267.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-0.707;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.925;HP=3;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=7;PP=334;ReadPosRankSum=-1.945;SC=AGAATCTAGGAGTGTGTGTGT;SOR=0.223;SbPval=0.2;Source=Platypus;TC=33;TCF=3;TCR=30;TR=9;WE=56351717;WS=56351698;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,13:0.57:23
chr17	56379759	.	C	T	1916.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-1.682;ClippingRankSum=0.000;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.016;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=47;PP=1097;ReadPosRankSum=-0.011;SC=GCTGGGGGTACAAGGCCCACC;SOR=0.532;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=133;TCF=43;TCR=90;TR=72;WE=56379767;WS=56379749;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,89:0.53:168
chr17	56384928	rs36057095	C	T	1290.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.239;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.190;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=22;PP=658;ReadPosRankSum=-1.968;SC=AGGGAAGACCCAGCTGGTGTT;SOR=0.598;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=144;TCF=92;TCR=52;TR=55;WE=56384936;WS=56384918;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:122,70:0.36:192
chr17	56388416	rs3744098	C	T	1709.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.337;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.616;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=27;PP=894;ReadPosRankSum=0.588;SC=GCAGGCTGGCCGGAGCCAGGG;SOR=0.892;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=134;TCF=69;TCR=65;TR=62;WE=56388424;WS=56388406;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:99,80:0.45:179
chr17	56435885	rs2526374	G	T	10595.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=2.192;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=419;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=124;NR=182;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.118;SC=AGGTGGCTCAGTCCCCAGCCT;SOR=0.382;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=310;TCF=125;TCR=185;TR=306;WE=56435893;WS=56435875;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,407:0.99:411
chr17	56492800	rs3744093	T	C	25965.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.657;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=995;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=315;NR=289;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.716;SC=ACTCTGATAATAGCTTTCTGT;SOR=0.751;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=604;TCF=315;TCR=289;TR=604;WE=56492808;WS=56492790;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,986:1.00:988
chr17	56536257	rs117817367	G	A	7944.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=2.134;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=673;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=99;NR=122;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.388;SC=CTGTTCTGACGGCAAGATATT;SOR=0.699;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=409;TCF=184;TCR=225;TR=221;WE=56536265;WS=56536247;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:301,364:0.55:665
chr17	56544280	rs1017089	T	G	19029.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=2.520;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=737;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=231;NR=218;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.621;SC=GGAAGAGGCATTGGGAGTGAC;SOR=0.290;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=451;TCF=232;TCR=219;TR=449;WE=56544288;WS=56544270;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,721:1.00:722
chr17	56569842	rs75741842	T	TGA	31122.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=0.797;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=700;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.163;NF=128;NR=142;PP=2975;ReadPosRankSum=0.524;SC=CCCTGTTTTTTGTCATACTAA;SOR=1.108;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=281;TCF=133;TCR=148;TR=270;WE=56569850;WS=56569832;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,689:1.00:691
chr17	56580997	rs1860262	T	C	2926.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=42;NR=27;PP=1213;SC=GGCGACAAAGTGAGATTCCGT;SOR=1.042;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=69;TCF=42;TCR=27;TR=69;WE=56581018;WS=56580987;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr17	56581651	rs4277402	C	G	13886.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=509;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=168;NR=186;PP=2965;SC=TTGTCACAGGCCTTAGGACTT;SOR=0.784;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=355;TCF=169;TCR=186;TR=354;WE=56581659;WS=56581641;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,502:1.00:502
chr17	56584205	rs2302189	A	C	11478.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=434;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=118;NR=142;PP=2965;SC=TGTGCTCTCCACTCCAGAGCA;SOR=0.795;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=260;TCF=118;TCR=142;TR=260;WE=56584213;WS=56584195;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,431:1.00:431
chr17	56585872	rs3744108	G	C	14335.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-3.133;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=565;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=221;NR=156;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.897;SC=ACGTTCTGCAGGTCAAAGCCC;SOR=0.167;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=379;TCF=223;TCR=156;TR=377;WE=56585880;WS=56585862;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,545:1.00:547
chr17	56598213	rs10719315	GA	G	6245.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=224;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=11;NR=102;PP=2974;SC=GCTAAAGGGAGAAAAGGGTTG;SOR=1.318;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=120;TCF=13;TCR=107;TR=113;WE=56598221;WS=56598203;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,213:1.00:213
chr17	56598439	rs1057068	T	C	15945.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.141;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=602;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=227;NR=171;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.684;SC=GTGTCTCCCGTGTCACATCCT;SOR=0.915;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=402;TCF=229;TCR=173;TR=398;WE=56598447;WS=56598429;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,596:0.99:600
chr17	56603934	rs376508586	AAC	A	181.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.035;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.14;MQRankSum=1.360;QD=3.71;ReadPosRankSum=-0.410;SOR=0.660;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,13:0.27:49
chr17	56603978	rs2079703	G	A	3870.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=46;NR=48;PP=1840;SC=CACACACTCTGCTCCCTGCCC;SOR=0.708;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=94;TCF=46;TCR=48;TR=94;WE=56603986;WS=56603968;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,135:1.00:135
chr17	56609525	rs11869828	G	A	328.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=6;PP=145;SC=GTGCCGGCGCGAAGTGGGTCG;SOR=1.981;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=1;TCR=6;TR=7;WE=56609533;WS=56609515;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr17	56621286	rs8071623	G	T	12760.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=3.464;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=513;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=6.778;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=205;NR=159;PP=2965;ReadPosRankSum=0.095;SC=CCAGTCTCGGGTCCCCGAGGA;SOR=0.406;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=370;TCF=207;TCR=163;TR=364;WE=56621294;WS=56621276;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:7,502:0.99:509
chr17	56621359	rs6503867	T	C	18287.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.901;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=689;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=279;NR=215;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.972;SC=AGTCTGATGCTGAATGGGGAG;SOR=0.920;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=497;TCF=279;TCR=218;TR=494;WE=56621367;WS=56621349;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,680:1.00:682
chr17	56636854	rs7225128	T	C	10486.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=396;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=114;NR=94;PP=2965;SC=ATTTCCTTCTTTCTGGTGTAA;SOR=0.811;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=209;TCF=114;TCR=95;TR=208;WE=56636862;WS=56636844;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,392:1.00:392
chr17	56654690	rs1267542	T	C	5463.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=66;NR=63;PP=2493;SC=CCATTTAACATTGCATCTATG;SOR=0.722;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=129;TCF=66;TCR=63;TR=129;WE=56654698;WS=56654680;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,209:1.00:209
chr17	57076893	rs4598970	T	A	3154.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=21;NR=75;PP=2084;SC=CCTTCCCAAGTCTTTAAATAA;SOR=2.324;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=96;TCF=21;TCR=75;TR=96;WE=57076901;WS=57076883;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr17	57089576	.	C	CCAGCAGCAGCAGCAG	2982	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;FR=1.0000;HP=1;HapScore=1;MGOF=27;MMLQ=28;MQ=57.78;NF=76;NR=96;PP=2982;QD=20;SC=ATCACTACCACCAGCAGCAGC;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=179;TCF=82;TCR=97;TR=172;WE=57089584;WS=57089566;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:7,172:0.96:179
chr17	57089588	rs72443487	G	GCAGCAGCAGCAGCAGCAC,GCAGCAGCAGCAGCAC	9193.73	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=-0.600;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=448;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.989;NF=93,93;NR=113,113;PP=438,2991;ReadPosRankSum=0.091;SC=AGCAGCAGCAGCACCACCACC;SOR=0.698;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=241;TCF=110;TCR=131;TR=206,206;WE=57089596;WS=57089578;set=Intersection	GT:AF:DP	0/1:0.87:319
chr17	57094617	rs4932691	T	C	5464.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=102;NR=41;PP=2965;SC=TAATAAATATTTACCCCACTA;SOR=1.609;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=146;TCF=103;TCR=43;TR=143;WE=57094625;WS=57094607;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,190:1.00:190
chr17	57148099	rs200622963	T	TA	90.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.616;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.96;MQRankSum=0.000;QD=1.65;ReadPosRankSum=-0.077;SOR=0.481;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:42,13:0.24:55
chr17	57272079	rs2291193	G	A	1109.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.574;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=7;PP=599;ReadPosRankSum=0.469;SC=CAGTTGTGCTGGTTCCAATTT;SOR=0.826;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=49;TCF=36;TCR=13;TR=32;WE=57272087;WS=57272069;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,48:0.70:69
chr17	57278908	.	C	CT	221.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.544;ClippingRankSum=0.000;DP=749;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.31;ReadPosRankSum=1.184;SOR=0.668;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:616,103:0.14:719
chr17	57287454	rs6503905	A	G	4303.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.795;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=376;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.769;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=72;NR=54;PP=1784;ReadPosRankSum=-0.624;SC=TAATGGGAGCATCAGCCTGGA;SOR=0.562;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=234;TCF=138;TCR=96;TR=126;WE=57287462;WS=57287444;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:162,211:0.57:373
chr17	57290383	rs3744383	G	A	6381.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-1.594;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=585;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.091;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=94;NR=119;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.487;SC=CTGAGAAGAGGCCAAACTTCG;SOR=0.772;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=434;TCF=198;TCR=236;TR=213;WE=57290391;WS=57290373;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:290,289:0.50:579
chr17	57334668	rs12450435	C	G	5695.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-2.855;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=416;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.567;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=128;PP=2962;ReadPosRankSum=0.629;SC=AGGTTAGAGTCAGTGACTGCA;SOR=0.619;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=302;TCF=87;TCR=215;TR=179;WE=57334676;WS=57334658;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:159,245:0.61:404
chr17	57466917	rs2290266	A	G	2412.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.813;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=235;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.621;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=59;PP=1459;ReadPosRankSum=-0.560;SC=CTCGCTTTCCATGGCCTTGTG;SOR=0.587;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=179;TCF=64;TCR=115;TR=94;WE=57466925;WS=57466907;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:118,115:0.49:233
chr17	57474667	rs58549129	C	T	2363.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=4.985;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.660;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=69;PP=1559;ReadPosRankSum=-0.805;SC=CCTTGCCATCCGGGGCATCCT;SOR=0.629;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=158;TCF=26;TCR=132;TR=83;WE=57474675;WS=57474657;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:89,98:0.52:187
chr17	57663596	rs58298344	TA	T	1306.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.239;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=499;ExcessHet=3.0103;FS=2.824;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.67;MQRankSum=-3.255;QD=3.29;ReadPosRankSum=1.768;SOR=0.896;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:225,172:0.43:397
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chr17	57759019	rs77062632	G	A	3549.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.111;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=473;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.143;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=48;PP=1642;ReadPosRankSum=0.154;SC=TCTTAATTGAGCATATTGGAA;SOR=0.572;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=288;TCF=173;TCR=115;TR=112;WE=57759027;WS=57759009;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:285,184:0.39:469
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chr17	58018414	rs34535973	CT	C	116.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.975;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FS=4.151;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.17;MQRankSum=2.304;QD=1.24;ReadPosRankSum=0.187;SOR=1.310;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:66,28:0.30:94
chr17	58024224	rs76853887	C	CAA	8021.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.104;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=331;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.906;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.513;NF=6;NR=86;PP=2954;ReadPosRankSum=-1.015;SC=CAAGGTGAAACGACTCAAAAT;SOR=0.636;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=156;TCF=10;TCR=146;TR=92;WE=58024232;WS=58024214;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:114,202:0.64:316
chr17	58024275	rs180515	A	G	1562.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-2.859;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.886;HP=1;HapScore=2;MGOF=33;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=53;PP=1125;ReadPosRankSum=1.324;SC=AGAACACTTCAGACACAGGAA;SOR=0.866;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=105;TCF=20;TCR=85;TR=65;WE=58024283;WS=58024265;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,69:0.61:113
chr17	58031412	rs11368	A	G	269.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.768;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=1;PP=168;ReadPosRankSum=1.115;SC=TTACCTGACAAATGAGAAGAA;SOR=0.269;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=14;TCF=13;TCR=1;TR=9;WE=58031420;WS=58031402;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,11:0.69:16
chr17	58037276	.	GA	G	32.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.115;ClippingRankSum=0.000;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=2.741;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.32;MQRankSum=1.565;QD=1.13;ReadPosRankSum=-0.551;SOR=1.781;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,9:0.31:29
chr17	58037374	rs12600680	T	C	2437.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.454;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.674;HP=1;HapScore=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-1.928;NF=60;NR=33;PP=1595;ReadPosRankSum=-0.596;SC=TACAAAGTGCTATGAAATATA;SOR=0.502;Source=Platypus;TCR=49;TR=93;WE=58037382;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,108:0.58:186
chr17	58040730	rs4968401	T	C	1224.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=2.405;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.753;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=29;PP=739;ReadPosRankSum=1.215;SC=CTTTATTCACTAAAGGAGTAG;SOR=0.854;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=88;TCF=32;TCR=56;TR=43;WE=58040738;WS=58040720;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,55:0.52:105
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chr17	58066607	rs200816848	AT	A	1178.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.096;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=506;ExcessHet=3.0103;FS=9.733;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.79;MQRankSum=-3.613;QD=2.43;ReadPosRankSum=1.930;SOR=1.137;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:324,161:0.33:485
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chr17	58180172	rs8075789	T	C	659.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=2.835;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.971;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=23;PP=425;ReadPosRankSum=-0.319;SC=CATTTCTATTTCTCATTCCAT;SOR=0.171;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=74;TCF=5;TCR=69;TR=24;WE=58180180;WS=58180162;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,30:0.37:82
chr17	58227525	rs58771049	G	T	1386.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-3.017;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.773;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=40;PP=919;ReadPosRankSum=0.370;SC=CGCCCCTGCAGAGGATCCCCC;SOR=0.493;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=85;TCF=19;TCR=66;TR=52;WE=58227533;WS=58227515;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,65:0.58:113
chr17	58232859	.	TAC	T	107.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-0.154;ClippingRankSum=0.000;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=4.105;NF=1;NR=18;PP=348;ReadPosRankSum=-1.464;SC=GTTCCCAGCATACACACACAC;SOR=0.904;SbPval=0.23;Source=Platypus;TC=74;TCF=1;TCR=73;TR=19;WE=58232868;WS=58232849;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,11:0.22:50
chr17	58286977	rs185437051	A	C	3179.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=1.981;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.891;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.330;NF=24;NR=91;PP=2203;ReadPosRankSum=0.013;SC=CCTATAATCCAATCAGAGCCA;SOR=0.430;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=200;TCF=38;TCR=162;TR=115;WE=58286985;WS=58286967;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:92,129:0.58:221
chr17	58289316	rs114885215	C	T	1328.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=0.529;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.286;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-4.078;NF=40;NR=7;PP=950;ReadPosRankSum=0.759;SC=AGCACTTTAACAGTTGAGAGA;SOR=0.425;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=68;TCF=59;TCR=9;TR=47;WE=58289324;WS=58289306;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,53:0.69:77
chr17	58303313	rs11309727	CA	C	410.87	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.655;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=1.880;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.39;ReadPosRankSum=-0.536;SOR=0.260;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,38:0.78:49
chr17	58327217	rs369758772	TTTTTTTAACAACGTACTGACTGTAAGTTAGAGACAAATATTTGTTTCACCTCATTGCATATGAACCAA	T	701.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=1.702;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=10;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=4;PP=2288;ReadPosRankSum=-2.440;SC=CGATACTTTTTTTTTTTAACA;SOR=0.614;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=0;TCR=14;TR=4;WE=58327292;WS=58327207;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,27:0.54:50
chr17	58329701	rs117703545	T	C	924.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.017;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.919;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=14;PP=630;ReadPosRankSum=1.596;SC=ATATTTCAAGTATGTGAAATT;SOR=0.480;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=64;TCF=44;TCR=20;TR=39;WE=58329709;WS=58329691;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,42:0.51:82
chr17	58332409	rs11324851	CT	C	367.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.087;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.17;ReadPosRankSum=-1.579;SOR=0.825;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:73,43:0.37:116
chr17	58503389	rs7222800	A	G	2698.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-1.113;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.558;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=74;PP=1959;ReadPosRankSum=0.913;SC=GAGGTGCACCAGAGCCACCTC;SOR=0.642;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=179;TCF=52;TCR=127;TR=106;WE=58503397;WS=58503379;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:89,114:0.56:203
chr17	58504201	rs11655643	C	T	4303.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=2.241;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=555;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.781;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=68;NR=76;PP=2127;ReadPosRankSum=0.711;SC=ACATTCCGCCCGAGCACAGCT;SOR=0.567;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=332;TCF=145;TCR=187;TR=144;WE=58504209;WS=58504191;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:328,220:0.40:548
chr17	58508618	rs3760332	T	C	3427.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.331;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=308;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.912;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=55;PP=1324;ReadPosRankSum=-0.188;SC=CTCCAGAGACTGAACCGTAAG;SOR=0.686;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=194;TCF=96;TCR=98;TR=106;WE=58508626;WS=58508608;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:133,171:0.56:304
chr17	58786625	rs2643103	A	G	17729.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=670;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=226;NR=190;PP=2965;SC=AGTACTGGGAATGAACCGCCT;SOR=0.794;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=416;TCF=226;TCR=190;TR=416;WE=58786633;WS=58786615;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,664:1.00:664
chr17	58824567	rs7501675	T	C	11389.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=444;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQ=60.02;NF=135;NR=114;PP=2965;SC=AGATCAGTGGTGAAGCACAAG;SOR=0.773;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=249;TCF=135;TCR=114;TR=249;WE=58824575;WS=58824557;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,441:1.00:441
chr17	59001879	.	CT	C	193.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.227;ClippingRankSum=0.000;DP=233;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.19;ReadPosRankSum=0.858;SOR=0.752;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:122,41:0.25:163
chr17	59001886	rs118084185	T	A	642.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.478;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FS=3.755;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.51;ReadPosRankSum=1.700;SOR=1.018;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:124,59:0.32:183
chr17	59480289	rs200207014	GAT	G	3725.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.980;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FS=4.522;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=33.57;ReadPosRankSum=-0.758;SOR=0.260;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,92:0.83:111
chr17	59480291	.	T	TAGAGAGAGAGAGAGAG	512.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-2.287;ClippingRankSum=0.000;DP=114;ExcessHet=3.0103;FS=5.340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.88;ReadPosRankSum=0.743;SOR=1.598;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:92,13:0.12:105
chr17	59480313	rs140392356	GAGAGAGAGAGAGAGAGAGA	G	1597.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.393;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FS=2.103;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.09;MQRankSum=0.000;QD=8.37;ReadPosRankSum=4.902;SOR=0.870;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:124,67:0.35:191
chr17	59482165	rs66504335	GC	G	1521.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.778;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FS=2.482;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=63.31;MQRankSum=13.716;QD=7.25;ReadPosRankSum=0.089;SOR=0.771;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:135,75:0.36:210
chr17	59482166	.	C	G	2962	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;FR=0.5000;HP=4;HapScore=3;MGOF=3;MMLQ=28;MQ=63.13;NF=28;NR=29;PP=2962;QD=20;SC=AGGGAGGTGGCGGCGGGGGGT;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=155;TCF=77;TCR=78;TR=57;WE=59482181;WS=59482156;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:98,57:0.37:155
chr17	59482168	.	GC	G	2968	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;FR=0.5000;HP=1;HapScore=3;MGOF=3;MMLQ=28;MQ=63.44;NF=17;NR=31;PP=2968;QD=20;SC=GGAGGTGGCGGCGGGGGGTCC;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=135;TCF=56;TCR=79;TR=48;WE=59482181;WS=59482156;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:87,48:0.36:135
chr17	59482169	rs35619711	C	G	3041.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.994;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FS=1.666;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=63.17;MQRankSum=13.355;QD=13.17;ReadPosRankSum=0.306;SOR=0.618;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:148,83:0.36:231
chr17	59482173	rs9891115	G	A	3007.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.857;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=237;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.673;HP=5;HapScore=3;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=13.707;NF=29;NR=31;PP=2962;ReadPosRankSum=0.536;SC=TGGCGGCGGGGGGTCCTCAGG;SOR=0.611;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=169;TCF=87;TCR=82;TR=60;WE=59482181;WS=59482156;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:153,81:0.35:234
chr17	59485393	rs2240736	C	T	8314.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.400;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1023;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.531;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=175;NR=119;PP=2962;ReadPosRankSum=0.144;SC=GTCTAACCCTCGTCTTGTTCT;SOR=0.742;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=646;TCF=381;TCR=265;TR=294;WE=59485401;WS=59485383;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:577,429:0.43:1006
chr17	59485555	rs1057987	C	T	12657.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-3.267;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1477;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.522;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=229;NR=203;PP=2962;ReadPosRankSum=0.292;SC=TCTCCCGGAGCCCCTTCCTGG;SOR=0.744;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=995;TCF=514;TCR=481;TR=432;WE=59485563;WS=59485545;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:800,637:0.44:1437
chr17	59489893	rs9907379	T	C	7437.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.774;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=963;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.338;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=90;NR=165;PP=2962;ReadPosRankSum=2.863;SC=CGGCAACTCCTCACAGGTCCA;SOR=0.953;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=587;TCF=230;TCR=357;TR=255;WE=59489901;WS=59489883;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:574,375:0.40:949
chr17	59560974	.	A	AGT	300.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.72;QD=25.06;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr17	59760996	rs4986763	A	G	2128.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-2.410;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=263;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=12.645;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=31;PP=1197;ReadPosRankSum=0.140;SC=CTTCAGGATCATAAAGTTCAG;SOR=1.301;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=204;TCF=113;TCR=91;TR=87;WE=59761004;WS=59760986;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:141,109:0.44:250
chr17	59763114	rs4988357	A	T	323.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=3.135;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.892;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=4;PP=248;ReadPosRankSum=1.075;SC=TTAAGGAATTAATCTATACCC;SOR=1.307;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=38;TCF=26;TCR=12;TR=15;WE=59763122;WS=59763104;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,16:0.36:45
chr17	59763347	rs4986764	A	G	3273.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.901;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=354;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.760;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=49;PP=1688;ReadPosRankSum=-0.823;SC=AAATAAGGTGAGGTACTGTAC;SOR=0.596;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=245;TCF=139;TCR=106;TR=107;WE=59763355;WS=59763337;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:192,158:0.45:350
chr17	59763465	rs4986765	T	C	6445.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.564;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=804;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.107;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=100;NR=95;PP=2951;ReadPosRankSum=-0.223;SC=CAGCCAAGGATTCCAGTGCAC;SOR=0.736;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=468;TCF=236;TCR=232;TR=195;WE=59763473;WS=59763455;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:461,333:0.42:794
chr17	59857809	rs4988351	C	G	2065.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=23;NR=34;PP=1091;SC=TTAGAAGAGGCTGGGCAAAGT;SOR=1.079;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=57;TCF=23;TCR=34;TR=57;WE=59857817;WS=59857799;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr17	59924612	rs4988344	G	C	1999.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.246;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.831;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=34;PP=664;ReadPosRankSum=1.750;SC=TGAAGTTTAAGGTGAACTAGA;SOR=0.541;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=111;TCF=43;TCR=68;TR=58;WE=59924620;WS=59924602;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,103:0.55:187
chr17	59955426	rs606072	T	G	17375.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=646;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=146;NR=292;PP=2965;SC=ACTTGTGTGTTATTTACTGGG;SOR=1.296;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=438;TCF=146;TCR=292;TR=438;WE=59955434;WS=59955416;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,629:1.00:629
chr17	59958635	rs73332565	G	T	4632.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-2.692;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=379;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=91;PP=2327;ReadPosRankSum=3.212;SC=AAGGAAAGAGGGTTATGCTCT;SOR=0.710;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=260;TCF=108;TCR=152;TR=156;WE=59958643;WS=59958625;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:147,226:0.61:373
chr17	59967387	rs2271576	T	C	523.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=2.173;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.125;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=18;PP=416;ReadPosRankSum=-1.019;SC=AGGAGAAATGTTGCTGTGTGT;SOR=0.272;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=37;TCF=3;TCR=34;TR=20;WE=59967395;WS=59967377;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,21:0.55:38
chr17	59989126	rs3744434	A	C	5647.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-4.687;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=478;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.826;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=120;PP=2637;ReadPosRankSum=0.446;SC=CCAAATCTAAAGTATCTAAAG;SOR=0.533;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=336;TCF=110;TCR=226;TR=183;WE=59989134;WS=59989116;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:191,270:0.59:461
chr17	60032650	rs4968463	A	T	391.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=3.627;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=1;PP=308;ReadPosRankSum=0.918;SC=ATTTTTTGGTAAAACAAGGTA;SOR=0.941;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=26;TCF=24;TCR=2;TR=15;WE=60032658;WS=60032640;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,15:0.56:27
chr17	60040329	rs2278812	C	T	3391.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.005;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=260;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.585;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=71;PP=1707;ReadPosRankSum=0.339;SC=CCCGATCCATCGTGCTAAAAT;SOR=0.575;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=188;TCF=72;TCR=116;TR=117;WE=60040337;WS=60040319;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:96,159:0.62:255
chr17	60043884	rs671347	G	A	25020.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=973;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=317;NR=273;PP=2965;SC=CATTGTTACCGTCAGCTGCCT;SOR=0.786;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=592;TCF=317;TCR=275;TR=590;WE=60043892;WS=60043874;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,961:1.00:961
chr17	60070111	rs11375626	G	GT	861.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=22;PP=1007;SC=GATTCTTACAGTAACAAGTAA;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=23;TCF=0;TCR=23;TR=22;WE=60070119;WS=60070101;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr17	60070140	rs11375627	C	CT	203.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=52;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=1;NR=13;PP=233;SC=CTTATTATTACTTTTTTTTGA;SOR=4.804;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=14;TCF=1;TCR=13;TR=14;WE=60070148;WS=60070130;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr17	60072379	rs76912724	A	G	535.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.185;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.657;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=3;PP=285;ReadPosRankSum=0.051;SC=GGCAAAAATAAGTTTTTCTAA;SOR=1.389;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=25;TCF=18;TCR=7;TR=15;WE=60072387;WS=60072369;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,22:0.69:32
chr17	60129875	rs4968467	C	T	1605.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-1.155;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.635;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=18;PP=1019;ReadPosRankSum=1.265;SC=AGAAATATCACGTCAGAATTT;SOR=0.535;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=115;TCF=85;TCR=30;TR=66;WE=60129883;WS=60129865;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,72:0.57:126
chr17	60142662	.	C	CG	115.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.930;ClippingRankSum=0.000;DP=190;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.428;QD=1.45;ReadPosRankSum=-1.527;SOR=0.761;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:66,14:0.17:80
chr17	60142710	.	G	GC	534.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=44;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=151;PP=2974;SC=AGGCCGCCGGGCGCCCGCCCT;SOR=2.584;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=153;TCF=0;TCR=153;TR=151;WE=60142718;WS=60142700;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr17	60215748	rs11079465	T	C	722.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=9;PP=247;SC=CAGCTCCCGGTGCAGCTCGGC;SOR=0.693;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=8;TCR=9;TR=17;WE=60215756;WS=60215738;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr17	60217236	rs56068498	A	G	2884.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=24;NR=39;PP=1265;SC=GGCGTTGTACATGTCCAGCGT;SOR=1.098;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=63;TCF=24;TCR=39;TR=63;WE=60217244;WS=60217226;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr17	60360238	rs10163525	A	G	29672.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=712;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=210;NR=248;PP=2965;SC=GGTAGTAAGGATGAACATTCC;SOR=0.699;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=459;TCF=210;TCR=249;TR=458;WE=60360246;WS=60360228;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,712:1.00:712
chr17	60360261	rs62069132	T	C	27876.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=618;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=166;NR=238;PP=2965;SC=TTGTAGATGGTGAAGAGGAGC;SOR=0.845;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=405;TCF=166;TCR=239;TR=404;WE=60360269;WS=60360251;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,618:1.00:618
chr17	60363906	rs202158824	G	T	1605.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=42.65;QD=31.49;SOR=4.534;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr17	60363941	rs148555715	G	C	3126.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=40.51;QD=33.62;SOR=6.847;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr17	60364233	rs4968513	A	T	2120.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.119;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.692;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.284;NF=20;NR=64;PP=1301;ReadPosRankSum=-0.249;SC=ATGTCCTATAATCCAATCAGA;SOR=0.443;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=198;TCF=43;TCR=155;TR=84;WE=60364241;WS=60364223;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:118,98:0.45:216
chr17	60365992	rs149569922	C	G	3976.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=40.34;QD=34.88;SOR=6.202;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
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chr17	60366787	rs200284807	CT	C	651.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.984;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FS=0.717;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.87;MQRankSum=-5.929;QD=5.01;ReadPosRankSum=0.173;SOR=0.789;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:74,56:0.43:130
chr17	60366800	rs11658000	T	A	764.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.816;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.536;HP=12;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-5.046;NF=14;NR=26;PP=836;ReadPosRankSum=1.059;SC=TTTTTTTTTTTAAAGACATCT;SOR=0.544;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=139;TCF=44;TCR=95;TR=40;WE=60366808;WS=60366777;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:92,43:0.32:135
chr17	60369283	rs143698032	C	T	4742.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.287;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=333;ExcessHet=3.0103;FS=3.804;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.96;MQRankSum=-6.931;QD=14.42;ReadPosRankSum=3.087;SOR=0.516;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:115,214:0.65:329
chr17	60374173	rs202112984	CT	C	963.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.058;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FS=2.265;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.57;MQRankSum=-1.676;QD=8.45;ReadPosRankSum=0.118;SOR=0.462;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:40,74:0.65:114
chr17	60464688	rs9909704	C	T	4265.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=68;NR=38;PP=1959;SC=AATATTTTCACATCTTTCCTC;SOR=1.158;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=107;TCF=69;TCR=38;TR=106;WE=60464696;WS=60464678;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,164:1.00:164
chr17	60472623	rs11079476	C	T	5627.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=46;NR=70;PP=2613;SC=CAGTCAGCTCCCACTAACATC;SOR=0.965;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=116;TCF=46;TCR=70;TR=116;WE=60472631;WS=60472613;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,205:1.00:205
chr17	60491298	rs9913294	G	T	684.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.516;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.610;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.319;NF=3;NR=24;PP=479;ReadPosRankSum=0.019;SC=AAAACCAAGAGAATTTTTATC;SOR=1.884;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=50;TCF=8;TCR=42;TR=27;WE=60491306;WS=60491288;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,29:0.54:54
chr17	60503892	rs2543409	A	G	7307.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=269;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=78;NR=177;PP=2965;SC=AGTGTTCTTCAAAGAGCCTTG;SOR=1.744;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=257;TCF=79;TCR=178;TR=255;WE=60503900;WS=60503882;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,255:1.00:255
chr17	60503921	rs2319055	T	C	4005.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=46.09;QD=32.57;SOR=3.132;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr17	60597986	rs2430926	C	T	420.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=1.604;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.463;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=1;PP=286;ReadPosRankSum=1.775;SC=TGCAGTGAGCCGAGATCACGC;SOR=1.270;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=32;TCF=27;TCR=5;TR=15;WE=60597994;WS=60597976;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,19:0.50:38
chr17	60651884	rs11314763	GT	G	180.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.316;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FS=1.508;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.51;ReadPosRankSum=2.985;SOR=1.230;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:50,22:0.31:72
chr17	60654358	.	G	C	255	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;FR=0.5000;HP=2;HapScore=1;MGOF=78;MMLQ=28;MQ=57.78;NF=1;NR=26;PP=255;QD=10.7322671314;SC=GAGTCTCACTGTGTCTCCCAG;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=68;TCF=3;TCR=65;TR=27;WE=60654366;WS=60654348;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:41,27:0.40:68
chr17	60657334	rs12451705	C	T	1287.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.160;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.903;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=17;PP=706;ReadPosRankSum=-0.662;SC=TCAGTATTTGCCATGTTGATG;SOR=0.964;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=107;TCF=67;TCR=40;TR=49;WE=60657342;WS=60657324;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:91,66:0.42:157
chr17	60683503	rs8078132	A	G	1967.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-3.211;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.619;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=25;PP=1243;ReadPosRankSum=-0.922;SC=ATTTACCACCAGAGTGTTTTG;SOR=0.516;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=189;TCF=140;TCR=49;TR=91;WE=60683511;WS=60683493;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:114,99:0.46:213
chr17	60742348	rs2252814	G	T	2303.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-3.984;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=236;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=63;PP=1247;ReadPosRankSum=-1.222;SC=TGGGGTCCCCGATGTCCAGGG;SOR=0.674;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=188;TCF=46;TCR=142;TR=82;WE=60742356;WS=60742338;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:123,111:0.47:234
chr17	60748926	rs729647	C	T	542.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-1.314;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.817;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=8;PP=282;ReadPosRankSum=1.884;SC=TGGGAGGCCTCGCCTGTGTTG;SOR=0.334;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=50;TCF=36;TCR=14;TR=22;WE=60748934;WS=60748916;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,27:0.44:61
chr17	60753904	rs4968617	A	C	9522.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.682;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=753;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.769;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=127;NR=153;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.472;SC=TGAGCCCCTTATTTGACTTGC;SOR=0.795;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=483;TCF=229;TCR=254;TR=280;WE=60753912;WS=60753894;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:303,441:0.59:744
chr17	60758273	rs2245463	G	C	23990.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=921;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=287;NR=207;PP=2965;SC=AGCTGACCTCGGTGCACAGCC;SOR=0.892;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=494;TCF=287;TCR=207;TR=494;WE=60758281;WS=60758263;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,909:1.00:909
chr17	60759340	rs2429389	A	G	18933.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=426;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.87;SOR=0.802;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,422:1.00:422
chr17	60759347	rs2460300	A	G	19008.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=427;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.62;SOR=0.812;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,426:1.00:426
chr17	60766224	rs2465430	A	G	4216.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=74;NR=47;PP=2228;SC=CCAGCTGTGCAGTGGTCCTGC;SOR=1.151;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=122;TCF=75;TCR=47;TR=121;WE=60766232;WS=60766214;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,161:1.00:161
chr17	60766483	rs2465429	A	G	1275.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=5;NR=31;PP=811;SC=TGGAAAAGCAATAGCACCCAC;SOR=2.935;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=36;TCF=5;TCR=31;TR=36;WE=60766491;WS=60766473;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr17	60767015	rs2429387	G	A	18248.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=700;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=240;NR=182;PP=2965;SC=TGTGAGAGCCGCAATGCCAGC;SOR=0.889;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=422;TCF=240;TCR=182;TR=422;WE=60767023;WS=60767005;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,690:1.00:690
chr17	60767135	rs56288724	A	G	8235.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=0.326;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=788;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.752;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=134;NR=145;PP=2962;ReadPosRankSum=1.677;SC=GGCTCCCGACACTTTTGCCCT;SOR=0.833;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=509;TCF=246;TCR=263;TR=279;WE=60767143;WS=60767125;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:383,398:0.51:781
chr17	60767151	rs740698	C	T	8339.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=0.288;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=834;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.107;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=113;NR=120;PP=2962;ReadPosRankSum=0.047;SC=GCCCTGGGCCCCAGCCTTGCC;SOR=0.604;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=515;TCF=249;TCR=266;TR=233;WE=60767159;WS=60767141;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:431,398:0.48:829
chr17	60767461	rs2465426	C	G	6631.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=255;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=91;NR=78;PP=2965;SC=CATGGGCAAGCTGTCGGTGGC;SOR=0.808;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=170;TCF=91;TCR=79;TR=169;WE=60767469;WS=60767451;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,237:1.00:237
chr17	60767953	rs11357719	GC	G	16145.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=546;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=90;NR=143;PP=2983;SC=GGGGGACTCTGCCCCCCCCGG;SOR=1.084;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=262;TCF=104;TCR=158;TR=233;WE=60767961;WS=60767943;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,533:1.00:533
chr17	60768243	rs2465425	A	G	11419.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=434;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=195;NR=121;PP=2965;SC=TCTAGAACACACCTGCTCTCC;SOR=1.115;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=316;TCF=195;TCR=121;TR=316;WE=60768251;WS=60768233;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,426:1.00:426
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chr17	60778932	rs2251393	G	A	3307.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=60;NR=27;PP=1858;SC=AGAGTGGCACGAGGTGAAAAT;SOR=1.421;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=89;TCF=60;TCR=29;TR=87;WE=60778940;WS=60778922;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr17	60779025	rs2251391	A	G	7586.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=307;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=113;NR=92;PP=2965;SC=AAGGGCTGGCAGGAGAGGTCT;SOR=0.870;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=207;TCF=114;TCR=93;TR=205;WE=60779033;WS=60779015;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,292:1.00:292
chr17	60813245	rs17683602	T	C	2160.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-1.003;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.216;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=25;PP=1316;ReadPosRankSum=1.108;SC=ATGCTAATTTTGGCCTTGGGA;SOR=0.492;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=142;TCF=104;TCR=38;TR=85;WE=60813253;WS=60813235;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,94:0.58:161
chr17	60813627	rs2041283	G	A	9553.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.410;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=771;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=133;NR=143;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.429;SC=CGTGTGCACTGTTTACTGGGA;SOR=0.677;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=463;TCF=229;TCR=234;TR=276;WE=60813635;WS=60813617;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:321,445:0.58:766
chr17	60814273	rs9891498	A	G	6154.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.801;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=474;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.526;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=105;NR=90;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.403;SC=TGTCCCCCCAAATCTACTTCT;SOR=0.635;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=354;TCF=194;TCR=160;TR=195;WE=60814281;WS=60814263;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:202,265:0.57:467
chr17	60824224	rs17746153	A	G	1954.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-2.067;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=24;PP=1035;ReadPosRankSum=-1.374;SC=CACTGCATTCACCTTCACAGG;SOR=0.708;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=181;TCF=125;TCR=56;TR=79;WE=60824232;WS=60824214;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:117,101:0.46:218
chr17	61087073	rs16946713	A	G	1586.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.048;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.718;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=45;PP=985;ReadPosRankSum=-0.595;SC=GTAACACTTTATTAATGCTTA;SOR=0.816;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=100;TCF=26;TCR=74;TR=59;WE=61087081;WS=61087063;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,72:0.56:129
chr17	61315272	rs2460111	G	A	7763.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.093;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=678;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=131;NR=97;PP=2962;ReadPosRankSum=0.503;SC=AACCTTGGCAGTCTCAAAAAT;SOR=0.723;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=404;TCF=232;TCR=172;TR=228;WE=61315280;WS=61315262;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:292,371:0.56:663
chr17	61432774	rs4968765	A	G	1384.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=0.108;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.135;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=38;PP=845;ReadPosRankSum=1.568;SC=TCTGTGATAAACAATTCTGAG;SOR=0.285;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=85;TCF=18;TCR=67;TR=51;WE=61432782;WS=61432764;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,62:0.61:101
chr17	61489968	rs34592714	CT	C	942.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.159;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=517;ExcessHet=3.0103;FS=1.293;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.92;ReadPosRankSum=1.032;SOR=0.822;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:353,139:0.28:492
chr17	61498500	rs117474655	C	T	6288.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-4.043;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=755;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=119;NR=94;PP=2855;ReadPosRankSum=-0.067;SC=AGATCGGACGCAGCCAGTCAG;SOR=0.730;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=507;TCF=277;TCR=230;TR=213;WE=61498508;WS=61498490;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:429,320:0.43:749
chr17	61548918	rs4277405	C	T	6299.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-4.274;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=733;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=123;NR=76;PP=2882;ReadPosRankSum=1.653;SC=GGGAGCCCTGCCATGCCATGT;SOR=0.688;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=479;TCF=288;TCR=191;TR=199;WE=61548926;WS=61548908;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:411,319:0.44:730
chr17	61548948	rs4459609	C	A	7058.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-3.715;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=835;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=139;NR=100;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.079;SC=TATAGTATATCTATGCCCAGC;SOR=0.705;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=580;TCF=328;TCR=252;TR=239;WE=61548956;WS=61548938;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:475,357:0.43:832
chr17	61556298	rs4295	C	G	3315.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=2.831;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=419;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.578;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=77;NR=38;PP=1800;ReadPosRankSum=-0.778;SC=GCTCCTCCTTCTAGCAGCGAG;SOR=0.930;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=268;TCF=171;TCR=97;TR=115;WE=61556306;WS=61556288;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:240,160:0.40:400
chr17	61556527	rs4296	A	G	6244.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=43;NR=142;PP=2965;SC=GCTGCACTCCAGACCATGCAG;SOR=2.164;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=185;TCF=43;TCR=142;TR=185;WE=61556535;WS=61556517;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,217:1.00:217
chr17	61558375	.	G	A	3575.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.460;ClippingRankSum=0.000;DP=266;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.984;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=76;NR=47;PP=2032;ReadPosRankSum=1.773;SC=CCGGCCCCAGGGTGCCACTCA;SOR=0.779;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=187;TCF=117;TCR=70;TR=123;WE=61558383;WS=61558365;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:102,158:0.61:260
chr17	61600717	rs71376915	A	G	5370.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=113;NR=47;PP=2965;SC=CCGAGGACAGACGGAGACGCC;SOR=1.635;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=160;TCF=113;TCR=47;TR=160;WE=61600725;WS=61600707;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,189:1.00:189
chr17	61607708	rs7221517	T	C	15923.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=608;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=265;NR=165;PP=2965;SC=AGGGCTCTCATGGCAGGCCAG;SOR=1.121;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=430;TCF=265;TCR=165;TR=430;WE=61607716;WS=61607698;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,593:1.00:593
chr17	61611423	rs7225568	T	C	9178.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=356;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=279;NR=181;PP=2965;SC=TGCTCAGCGATCAGGACGAAT;SOR=2.779;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=461;TCF=280;TCR=181;TR=460;WE=61611431;WS=61611413;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,340:1.00:340
chr17	61615371	rs4465659	T	G	11460.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.080;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=414;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=215;NR=93;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.133;SC=GGTAAGCCCTTGGTGGTGTGG;SOR=1.551;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=311;TCF=216;TCR=95;TR=308;WE=61615379;WS=61615361;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,402:1.00:404
chr17	61615660	rs148485289	T	TG	7595.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.460;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=329;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.176;HP=8;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=175;PP=2979;ReadPosRankSum=1.213;SC=GCCCCGGGCGTGGGGGGGAGC;SOR=1.833;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=236;TCF=32;TCR=204;TR=198;WE=61615668;WS=61615650;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:7,265:0.97:272
chr17	61621330	rs76957877	C	T	360.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.013;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=3;PP=166;ReadPosRankSum=-0.285;SC=GGCTGCAGCTCCCTGGGCAGT;SOR=0.622;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=36;TCF=26;TCR=10;TR=12;WE=61621338;WS=61621320;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,17:0.38:45
chr17	61621805	rs8070334	T	G	11110.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=415;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=114;NR=143;PP=2965;SC=TGGGGGCTGGTCATGGGTAGC;SOR=0.863;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=257;TCF=114;TCR=143;TR=257;WE=61621813;WS=61621795;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,406:1.00:406
chr17	61622703	rs12603614	A	G	1947.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-4.154;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.770;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=53;PP=1296;ReadPosRankSum=-0.779;SC=TTCACAGTGCAGCATCAGGCC;SOR=0.421;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=115;TCF=23;TCR=92;TR=68;WE=61622711;WS=61622693;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,81:0.59:137
chr17	61623052	rs35819807	C	T	9440.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.707;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1244;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=168;NR=138;PP=2962;ReadPosRankSum=1.064;SC=GCTGTGGCAACGGACAAAACT;SOR=0.719;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=755;TCF=410;TCR=345;TR=306;WE=61623060;WS=61623042;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:733,504:0.41:1237
chr17	61627907	rs139146412	C	T	2855.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=2.470;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.762;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=94;NR=7;PP=2289;ReadPosRankSum=0.477;SC=GTCGCCGCATCCCCGCTTCCG;SOR=1.540;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=161;TCF=148;TCR=13;TR=101;WE=61627915;WS=61627898;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,102:0.62:165
chr17	61660889	rs66502552	CG	C	15136.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=509;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=108;NR=128;PP=2972;SC=TTAGCCGGGCCGGGGGGTGGC;SOR=1.125;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=267;TCF=126;TCR=141;TR=236;WE=61660897;WS=61660879;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,484:1.00:484
chr17	61710010	rs6504171	G	A	1875.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.817;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=22;PP=713;ReadPosRankSum=-0.736;SC=GTATTTAAGTGTCTTAGTCCA;SOR=0.694;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=140;TCF=83;TCR=57;TR=57;WE=61710018;WS=61710000;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:113,95:0.46:208
chr17	61729882	rs8080211	A	G	2568.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.201;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=298;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.948;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=21;PP=1177;ReadPosRankSum=-0.700;SC=TTTTAAGTATACAATTAACCA;SOR=0.626;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=204;TCF=145;TCR=59;TR=77;WE=61729890;WS=61729872;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:161,126:0.44:287
chr17	61735056	rs6504173	T	C	587.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.052;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=3;PP=363;ReadPosRankSum=-0.340;SC=TTCCTCCAAATGTATTTTTAT;SOR=0.791;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=63;TCF=55;TCR=8;TR=24;WE=61735064;WS=61735046;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,28:0.37:76
chr17	61763031	rs11658329	G	C	1146.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=1.556;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.474;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=27;PP=661;ReadPosRankSum=-0.028;SC=GTTAGCTCTGGAGGCCCAGGG;SOR=0.560;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=99;TCF=29;TCR=70;TR=38;WE=61763039;WS=61763021;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,54:0.42:128
chr17	61766880	rs1877316	C	A	2933.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-2.147;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=443;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.552;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=83;NR=42;PP=1664;ReadPosRankSum=-0.303;SC=GACTTGCTCTCCTCTGGCCCT;SOR=0.760;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=304;TCF=200;TCR=104;TR=125;WE=61766888;WS=61766870;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:270,162:0.38:432
chr17	61769456	rs7211213	T	C	542.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-0.342;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.914;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=7;PP=390;ReadPosRankSum=-0.900;SC=GACTCCCCTTTGCTAAATCCT;SOR=0.314;SbPval=0.21;Source=Platypus;TC=48;TCF=38;TCR=10;TR=23;WE=61769464;WS=61769446;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,23:0.48:48
chr17	61776479	rs1877317	T	C	3097.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.299;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=257;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.834;HP=1;HapScore=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=44;PP=1618;ReadPosRankSum=0.302;SC=AGGCCCTGGATCAGGGCTGCA;SOR=0.894;SbPval=0.7;Source=Platypus;TCR=93;TR=104;WE=61776487;WS=61776469;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:107,141:0.57:248
chr17	61776538	rs3817181	G	C	4429.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.412;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=364;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.737;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=74;NR=65;PP=1857;ReadPosRankSum=3.174;SC=AAAGGGGGCCGGCAAACTCTG;SOR=0.771;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=240;TCF=124;TCR=116;TR=139;WE=61776546;WS=61776528;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:153,207:0.57:360
chr17	61781980	rs66871703	TG	T	3229.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.892;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FS=16.071;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=35.89;ReadPosRankSum=-0.441;SOR=0.342;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:5,85:0.94:90
chr17	61781984	rs372457035	G	T	1496.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.053;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FS=18.314;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.12;ReadPosRankSum=3.166;SOR=0.748;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,77:0.78:99
chr17	61782325	rs9897229	T	C	1796.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.708;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=240;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.535;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=34;PP=913;ReadPosRankSum=0.659;SC=TCTGCCATGCTCAGGTGGATC;SOR=0.464;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=170;TCF=76;TCR=94;TR=65;WE=61782333;WS=61782315;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:143,94:0.40:237
chr17	61783908	rs3817182	A	G	635.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=2.873;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.202;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=4;PP=477;ReadPosRankSum=0.425;SC=TAGTATTCCTAGTCTGTGTCC;SOR=0.169;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=30;TCF=25;TCR=5;TR=19;WE=61783916;WS=61783904;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,23:0.66:35
chr17	61805527	rs71377705	C	T	2250.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-1.209;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=30;PP=1354;ReadPosRankSum=-0.200;SC=CCTCTGTCTGCAAACTCTTCT;SOR=0.681;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=152;TCF=99;TCR=53;TR=86;WE=61805535;WS=61805517;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,103:0.56:183
chr17	61805607	rs2137144	G	A	3866.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.245;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=461;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.522;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=55;PP=1573;ReadPosRankSum=-1.252;SC=CGACCCTCACGTAGAAAACCA;SOR=0.733;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=266;TCF=138;TCR=128;TR=116;WE=61805615;WS=61805597;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:249,200:0.45:449
chr17	61805747	rs4968597	G	A	1945.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-2.088;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.110;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=44;PP=969;ReadPosRankSum=-1.690;SC=TACTGTGTAGGCCTACTTCAG;SOR=0.606;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=147;TCF=53;TCR=94;TR=70;WE=61805755;WS=61805737;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:104,96:0.48:200
chr17	61829157	rs11283431	A	ATAGTGTT	2675.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.081;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.639;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=1.301;NF=36;NR=8;PP=2724;ReadPosRankSum=0.775;SC=ATTCTTCTTTATAGTGTTATC;SOR=1.034;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=145;TCF=109;TCR=36;TR=44;WE=61829165;WS=61829147;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:108,65:0.38:173
chr17	61829856	.	CT	C	185.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.745;ClippingRankSum=0.000;DP=219;ExcessHet=3.0103;FS=2.669;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.05;MQRankSum=1.923;QD=1.06;ReadPosRankSum=-1.711;SOR=0.423;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:137,38:0.22:175
chr17	61829989	rs3785572	C	T	1149.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=2.582;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=17.695;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=7;PP=803;ReadPosRankSum=-1.868;SC=TAAGCAAGCACAGGCTTATAG;SOR=1.968;SbPval=0.97;Source=Platypus;TC=124;TCF=89;TCR=35;TR=47;WE=61829997;WS=61829979;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:96,54:0.36:150
chr17	61831644	.	C	T	232.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-1.177;ClippingRankSum=0.000;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.622;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=1;PP=114;ReadPosRankSum=0.264;SC=TCTTATGATGCATGCAGTCAA;SOR=1.609;SbPval=0.93;Source=Platypus;TC=17;TCF=12;TCR=5;TR=8;WE=61831652;WS=61831634;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,12:0.43:28
chr17	61838259	rs11654841	G	A	4397.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.909;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=651;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.133;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=78;NR=63;PP=2067;ReadPosRankSum=2.959;SC=GAAAACCAGCGGGAAGAATAC;SOR=0.623;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=387;TCF=218;TCR=169;TR=141;WE=61838267;WS=61838249;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:402,240:0.37:642
chr17	61870024	.	A	AT	64.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.870;ClippingRankSum=0.000;DP=126;ExcessHet=3.0103;FS=3.705;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.09;MQRankSum=0.000;QD=0.74;ReadPosRankSum=-1.506;SOR=0.231;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:69,19:0.22:88
chr17	61877666	rs3833115	AAT	A	1240.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-0.816;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=1.751;NF=20;NR=4;PP=875;ReadPosRankSum=0.297;SC=TGTTCTTCTGAATATTGCTAT;SOR=0.726;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=69;TCF=58;TCR=11;TR=24;WE=61877675;WS=61877656;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,35:0.40:87
chr17	61884120	rs2251164	G	A	781.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-0.029;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.437;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=30;PP=573;ReadPosRankSum=-0.907;SC=GTAGAACCTTGTTGATAAGGA;SOR=0.425;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=75;TCF=6;TCR=69;TR=33;WE=61884128;WS=61884110;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,35:0.43:82
chr17	61888693	rs2584629	T	A	1014.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=27;PP=797;SC=GGGATAGACGTAACAAGACTG;SOR=3.545;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=4;TCR=27;TR=31;WE=61888701;WS=61888683;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr17	61889213	rs3217509	G	GA	4934.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.237;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=545;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.534;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.194;NF=45;NR=58;PP=2933;ReadPosRankSum=-0.318;SC=GATGCAGGTAGAAATATAATG;SOR=0.618;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=264;TCF=127;TCR=137;TR=103;WE=61889221;WS=61889203;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:310,219:0.41:529
chr17	61898063	rs3833114	C	CGCTTGAACCTGGAAGACGG	741.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.349;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=1.109;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.69;MQRankSum=-1.627;QD=11.59;ReadPosRankSum=-1.124;SOR=0.976;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:47,17:0.27:64
chr17	61898135	rs2665836	C	A	873.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.460;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.328;HP=11;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=1.959;NF=33;NR=19;PP=1033;ReadPosRankSum=1.148;SC=ATCTCAAAAACAAAAAATTAC;SOR=0.826;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=119;TCF=74;TCR=45;TR=52;WE=61898143;WS=61898119;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:98,57:0.37:155
chr17	61901197	rs2727288	T	A	4801.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.521;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=581;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.527;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=108;NR=69;PP=2412;ReadPosRankSum=1.918;SC=CGGATGGTGCTCAAGGAGAAC;SOR=0.648;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=382;TCF=234;TCR=148;TR=177;WE=61901205;WS=61901187;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:325,249:0.43:574
chr17	61901439	rs2584627	T	C	6651.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=3.567;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=689;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.520;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=101;NR=116;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.494;SC=CCCAGCTCCTTTCACCTCTTC;SOR=0.747;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=469;TCF=226;TCR=243;TR=217;WE=61901447;WS=61901429;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:377,310:0.45:687
chr17	61901641	rs894407	T	C	8305.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=3.859;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=665;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.382;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=90;NR=96;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.019;SC=TTCCCAGACTTTTCCCCTGGA;SOR=0.641;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=470;TCF=249;TCR=221;TR=186;WE=61901649;WS=61901631;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:420,239:0.36:659
chr17	61901657	rs894406	A	G	8603.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.021;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=684;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.525;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=93;NR=98;PP=2731;ReadPosRankSum=-2.649;SC=CTGGACACCCAGTCCACACCT;SOR=0.641;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=469;TCF=248;TCR=221;TR=191;WE=61901665;WS=61901647;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:422,253:0.37:675
chr17	61901880	rs752621	G	C	1797.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-3.711;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.126;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=47;PP=1047;ReadPosRankSum=-0.715;SC=TAAATCAAAAGGCTCAGGCCC;SOR=0.591;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=184;TCF=66;TCR=118;TR=76;WE=61901888;WS=61901870;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:119,88:0.43:207
chr17	61902822	rs716880	C	G	8063.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.166;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=907;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=152;NR=123;PP=2962;ReadPosRankSum=1.612;SC=AATTAGTTGACGCACTCTGCA;SOR=0.641;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=647;TCF=362;TCR=285;TR=275;WE=61902830;WS=61902812;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:498,393:0.44:891
chr17	61903445	rs2584625	G	C	1733.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-3.306;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=9;PP=1172;ReadPosRankSum=0.180;SC=GTGATGTCCTGCTGGAGAGTC;SOR=0.722;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=142;TCF=120;TCR=22;TR=61;WE=61903453;WS=61903435;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:91,72:0.44:163
chr17	61904337	rs141581810	TCCACTTCCAGTTTC	T	1691.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.335;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FS=3.330;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.21;MQRankSum=2.705;QD=12.17;ReadPosRankSum=-0.316;SOR=1.035;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:89,50:0.36:139
chr17	61904465	rs28362566	C	CG	177.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.878;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.196;HP=2;HapScore=2;MGOF=35;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=8;PP=221;ReadPosRankSum=0.673;SC=ATGCAGCTAACTACTTCCGCT;SOR=2.030;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=23;TCF=0;TCR=23;TR=8;WE=61904473;WS=61904455;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,8:0.24:33
chr17	61904724	rs2665834	T	C	5769.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.828;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=355;ExcessHet=3.0103;FS=0.820;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.39;ReadPosRankSum=1.819;SOR=0.743;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:200,152:0.43:352
chr17	61904728	rs2727287	G	A	5968.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.849;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=381;ExcessHet=3.0103;FS=0.380;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.75;ReadPosRankSum=1.818;SOR=0.735;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:216,163:0.43:379
chr17	61906846	rs2665833	T	C	3095.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.292;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=449;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=45;PP=1083;ReadPosRankSum=1.486;SC=GTCTCTTGTCTGCCACAGCTG;SOR=0.681;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=252;TCF=131;TCR=121;TR=93;WE=61906854;WS=61906836;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:277,168:0.38:445
chr17	61908055	rs55833669	CT	C	1327.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.035;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FS=4.199;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.22;MQRankSum=1.886;QD=7.14;ReadPosRankSum=0.421;SOR=1.068;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:84,102:0.55:186
chr17	61908271	rs968719	C	T	3662.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.287;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=522;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.129;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=69;PP=1885;ReadPosRankSum=-0.545;SC=TGGCTCTGAACTGGTACAGAA;SOR=0.799;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=335;TCF=159;TCR=176;TR=125;WE=61908279;WS=61908261;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:326,193:0.37:519
chr17	61908316	rs7220892	G	A	3637.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.425;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=510;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.537;HP=1;HapScore=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=67;NR=61;PP=2013;ReadPosRankSum=-0.630;SC=CTAGCAATGTGAGAAGCAAGA;SOR=0.743;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=326;TCF=168;TCR=158;TR=128;WE=61908324;WS=61908306;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:318,189:0.37:507
chr17	61912261	rs2665832	C	T	546.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.157;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=15;PP=275;ReadPosRankSum=-1.706;SC=CCTGGAGCTCCGGATACTGAA;SOR=0.693;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=44;TCF=11;TCR=33;TR=20;WE=61912269;WS=61912251;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,28:0.43:65
chr17	61958669	rs2006123	G	T	13068.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.410;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1743;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.779;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=259;NR=185;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.217;SC=GCGGGGGAAAGTCACCCCTTC;SOR=0.833;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=1076;TCF=595;TCR=481;TR=444;WE=61958677;WS=61958659;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1032,692:0.40:1724
chr17	61986027	rs2854152	A	G	3371.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=83;NR=17;PP=2430;SC=CTTACACCAAATTACCCCAAT;SOR=3.056;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=101;TCF=83;TCR=18;TR=100;WE=61986035;WS=61986017;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr17	61987405	rs2006122	A	T	4061.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.709;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=424;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.746;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-2.231;NF=77;NR=54;PP=2282;ReadPosRankSum=0.110;SC=ATGAAGAATAAGGTGAGTTCT;SOR=0.824;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=284;TCF=159;TCR=125;TR=131;WE=61987413;WS=61987395;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:234,189:0.45:423
chr17	61987570	rs2727307	G	T	14531.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.468;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=720;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.74;MQRankSum=-0.695;QD=20.24;ReadPosRankSum=0.462;SOR=0.662;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:340,378:0.53:718
chr17	61987576	rs2246207	G	A	14455.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.493;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=707;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.74;MQRankSum=-0.678;QD=20.53;ReadPosRankSum=0.210;SOR=0.674;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:332,372:0.53:704
chr17	61988014	rs2006208	G	A	10045.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.057;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=767;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.890;NF=163;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.846;SC=CTGCATTTTCGCTTCAGAAAA;SOR=0.638;SbPval=0.49;Source=Platypus;TCF=280;WE=61988022;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:309,439:0.59:748
chr17	61995030	rs2665802	A	T	4170.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-0.535;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=338;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.594;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=82;NR=67;PP=2579;ReadPosRankSum=-1.358;SC=TCAGGGCCTGACTGCTAAAAA;SOR=0.529;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=270;TCF=154;TCR=116;TR=149;WE=61995038;WS=61995029;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:151,180:0.54:331
chr17	61996204	rs6171	T	C	7774.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.100;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=753;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-4.904;NF=132;NR=114;PP=2962;ReadPosRankSum=0.963;SC=ATCCTTGAGCTGGTCTCTTGT;SOR=0.701;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=476;TCF=253;TCR=223;TR=246;WE=61996212;WS=61996194;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:367,379:0.51:746
chr17	61996255	rs2005172	A	C	22694.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=838;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=237;NR=294;PP=2965;SC=CCCACTGTTGACCCCACCTGT;SOR=0.867;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=533;TCF=239;TCR=294;TR=531;WE=61996263;WS=61996245;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,831:1.00:831
chr17	61996273	rs11568828	T	C	7883.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.599;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=752;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-5.914;NF=114;NR=149;PP=2962;ReadPosRankSum=0.378;SC=TGTTTCTGTGTACATTTATGC;SOR=0.692;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=493;TCF=212;TCR=281;TR=263;WE=61996281;WS=61996263;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:367,378:0.51:745
chr17	62006497	rs1051684	A	G	1791.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=46;NR=7;PP=1101;SC=TGGGGGGTCCAGGAAAGGGGT;SOR=2.765;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=53;TCF=46;TCR=7;TR=53;WE=62006505;WS=62006487;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr17	62007498	rs2070776	A	G	25507.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.371;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=960;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=363;NR=240;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.271;SC=ACTTCTGCTGACAGAAGTAGA;SOR=0.574;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=604;TCF=364;TCR=240;TR=603;WE=62007506;WS=62007488;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,945:1.00:948
chr17	62018773	rs2070720	T	C	14095.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.031;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1229;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.520;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=199;NR=211;PP=2962;ReadPosRankSum=0.584;SC=ACTTCTCCCATGTCTCGTAGA;SOR=0.736;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=752;TCF=370;TCR=382;TR=410;WE=62018781;WS=62018763;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:539,676:0.56:1215
chr17	62020348	rs2058194	T	C	11050.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=2.666;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=974;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.523;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=196;NR=170;PP=2962;ReadPosRankSum=0.716;SC=TGGCTCTGGTTGTCTGTCTCC;SOR=0.743;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=661;TCF=349;TCR=312;TR=366;WE=62020356;WS=62020338;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:434,517:0.54:951
chr17	62020563	rs150461653	CAGAGATGACAGAG	C	2926.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.466;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=302;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=11.571;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=1.654;NF=3;NR=100;PP=2984;ReadPosRankSum=2.621;SC=ACAGAGATGACAGAGATGACA;SOR=1.476;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=171;TCF=3;TCR=168;TR=103;WE=62020587;WS=62020553;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:104,93:0.47:197
chr17	62021374	rs11869827	C	T	554.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=2.652;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.407;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=16;PP=400;ReadPosRankSum=0.315;SC=GGGGAGAATGCGGGACCGAGG;SOR=0.273;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=48;TCF=11;TCR=37;TR=23;WE=62021382;WS=62021364;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,25:0.45:55
chr17	62022659	rs58028318	A	AG	6712.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=109;NR=37;PP=2967;SC=GTACAACGAGAGGACCGGGGT;SOR=2.392;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=162;TCF=119;TCR=43;TR=146;WE=62022667;WS=62022649;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,189:1.00:189
chr17	62025238	rs13341114	G	T	1824.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.683;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.683;HP=5;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=19;PP=1030;ReadPosRankSum=-0.128;SC=GGGCCAGCGTGGGGGGACTCA;SOR=0.789;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=112;TCF=79;TCR=33;TR=64;WE=62025246;WS=62025228;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,81:0.58:139
chr17	62041068	rs6504191	T	C	7888.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=300;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=122;NR=72;PP=2965;SC=TCTCCGCTGCTGCTCTGCCTC;SOR=1.151;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=195;TCF=123;TCR=72;TR=194;WE=62041076;WS=62041058;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,292:1.00:292
chr17	62041317	rs2331408	G	T	1904.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=46;PP=1296;SC=CAAACTTAGTGCAGGTGGGGG;SOR=2.303;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=57;TCF=11;TCR=46;TR=57;WE=62041325;WS=62041307;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr17	62042078	rs2877373	T	C	969.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=22;PP=622;SC=TCCCATGACGTCCACCTCCTT;SOR=2.049;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=28;TCF=6;TCR=22;TR=28;WE=62042086;WS=62042068;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr17	62045293	.	CA	C	205.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.487;ClippingRankSum=0.000;DP=188;ExcessHet=3.0103;FS=1.854;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=1.732;QD=1.24;ReadPosRankSum=1.665;SOR=0.960;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:122,44:0.27:166
chr17	62048467	rs2302236	A	G	9134.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=358;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=128;NR=98;PP=2965;SC=CCAGGCCTGCACATGGTACGG;SOR=0.903;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=226;TCF=128;TCR=98;TR=226;WE=62048475;WS=62048457;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,354:1.00:354
chr17	62048707	rs2302237	C	T	2350.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.55;SOR=1.346;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr17	62049235	rs9892013	A	G	5376.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=48;NR=88;PP=2965;SC=GCCGGCCGGGACAGGCATGTC;SOR=1.167;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=136;TCF=48;TCR=88;TR=136;WE=62049243;WS=62049225;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,192:1.00:192
chr17	62076077	rs62070903	C	G	6720.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.660;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=264;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.387;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=179;NR=116;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.291;SC=CCCTGGGTCACCTTCCTGCAG;SOR=2.176;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=296;TCF=180;TCR=116;TR=295;WE=62076085;WS=62076067;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,256:0.99:258
chr17	62076489	rs3181028	C	T	1558.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-6.835;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=51;PP=1149;ReadPosRankSum=-1.943;SC=GGATGCGGATCCACCTGGGGT;SOR=0.683;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=102;TCF=8;TCR=94;TR=56;WE=62076497;WS=62076479;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,61:0.54:112
chr17	62078606	rs376582987	T	G	5630.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.295;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=666;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.114;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=95;PP=2244;ReadPosRankSum=-0.605;SC=CACCCCTGCTTGTCAGCCCTA;SOR=0.787;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=374;TCF=153;TCR=221;TR=156;WE=62078614;WS=62078596;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:375,290:0.44:665
chr17	62079334	rs11079520	A	G	10778.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=402;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=98;NR=164;PP=2965;SC=GCTGTTGTGTAAGAGCTCCCT;SOR=1.071;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=262;TCF=98;TCR=164;TR=262;WE=62079342;WS=62079324;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,394:1.00:394
chr17	62080969	rs4141180	A	C	16542.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=620;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=236;NR=154;PP=2965;SC=AAAGTGACTTATCACTCCCAA;SOR=1.018;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=393;TCF=236;TCR=157;TR=390;WE=62080977;WS=62080959;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,613:1.00:613
chr17	62083929	rs6504194	A	G	15835.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=611;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=239;NR=172;PP=2965;SC=CACAGGGAACAGGGCACCCCC;SOR=0.946;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=411;TCF=239;TCR=172;TR=411;WE=62083937;WS=62083919;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,607:1.00:607
chr17	62121480	rs196912	T	C	6550.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=254;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=86;NR=82;PP=2778;SC=GGAAGCGAGATGTGAAGTAGC;SOR=0.725;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=168;TCF=86;TCR=82;TR=168;WE=62121488;WS=62121470;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,250:1.00:250
chr17	62122145	rs196915	A	G	3461.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=65;NR=30;PP=1976;SC=AAGATTTATAAAGAATGGATG;SOR=1.360;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=95;TCF=65;TCR=30;TR=95;WE=62122153;WS=62122135;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr17	62122677	rs196917	G	A	5617.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=128;NR=41;PP=2965;SC=AGGCGGCAGCGACTTTTGCAA;SOR=2.030;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=169;TCF=128;TCR=41;TR=169;WE=62122685;WS=62122667;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,198:1.00:198
chr17	62123022	rs196918	C	T	1588.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=42;PP=1174;SC=CTGTTCCTCACGAAGCACAGG;SOR=4.575;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=47;TCF=5;TCR=42;TR=47;WE=62123030;WS=62123012;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr17	62125272	rs196923	A	G	11557.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=462;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.57;SOR=0.865;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,452:1.00:452
chr17	62130389	rs10689374	G	GCCT	2197.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQ=60.17;NF=2;NR=28;PP=1581;SC=GCAACCCCAGGCCTCCTCCAA;SOR=1.802;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=37;TCF=2;TCR=35;TR=30;WE=62130397;WS=62130379;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr17	62130937	rs196929	T	C	976.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=29;PP=855;SC=CTCAAGTTCATTGCCTCATAT;SOR=5.353;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=30;TCF=1;TCR=29;TR=30;WE=62130945;WS=62130927;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr17	62132309	rs196931	C	T	1640.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=17;NR=33;PP=986;SC=AGGCACTGCACCCCAGACTGC;SOR=1.234;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=50;TCF=17;TCR=33;TR=50;WE=62132317;WS=62132299;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr17	62141455	rs187826	A	G	10151.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=393;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=97;NR=142;PP=2965;SC=CCTTGTCCCCAATGGTGACGC;SOR=0.952;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=240;TCF=97;TCR=143;TR=239;WE=62141463;WS=62141445;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,387:1.00:387
chr17	62145672	rs196939	A	G	5201.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=57;NR=65;PP=2227;SC=CAGACCAGCCAGCCCATTACC;SOR=0.776;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=122;TCF=57;TCR=65;TR=122;WE=62145680;WS=62145662;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,198:1.00:198
chr17	62145728	rs196940	A	G	3108.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=32;NR=55;PP=1654;SC=TTATCTAATTATAACAAACAA;SOR=1.188;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=87;TCF=32;TCR=55;TR=87;WE=62145736;WS=62145718;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr17	62152611	rs3044067	T	TA,TAA	1512.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.618;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FS=2.699;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.65;MQRankSum=0.365;QD=10.96;ReadPosRankSum=0.161;SOR=0.377;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:21,36,81:0.26,0.59:138
chr17	62156933	rs196947	T	C	2115.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=49;NR=11;PP=1450;SC=AAGCTCCAGGTGGGAGACACA;SOR=2.239;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=61;TCF=50;TCR=11;TR=60;WE=62156941;WS=62156923;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr17	62158012	rs196950	T	C	7842.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.932;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=312;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=156;NR=71;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.110;SC=AGACTTTATATGTCACTCACT;SOR=1.461;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=230;TCF=158;TCR=72;TR=227;WE=62158020;WS=62158002;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,294:0.99:296
chr17	62158278	rs196951	T	C	4794.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=38;NR=122;PP=2965;SC=TTCTCCCTCCTGTTAACCTAC;SOR=2.238;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=160;TCF=38;TCR=122;TR=160;WE=62158286;WS=62158268;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,181:1.00:181
chr17	62158300	rs196952	C	T	3586.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=35;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=93;PP=2715;SC=TGGGCTAGTGCACGTGAAGGT;SOR=3.376;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=107;TCF=14;TCR=93;TR=107;WE=62158308;WS=62158290;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr17	62158319	rs196953	T	C	2412.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=41;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=63;PP=2023;SC=GTTATATGCATTTTTGTATCA;SOR=4.528;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=68;TCF=5;TCR=63;TR=68;WE=62158327;WS=62158309;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr17	62207521	rs146520954	C	A	930.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.938;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.25;ReadPosRankSum=0.025;SOR=0.656;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,43:0.57:76
chr17	62232073	rs4968693	A	T	2902.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=1.063;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=247;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.060;HP=6;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=70;NR=35;PP=1786;ReadPosRankSum=-0.463;SC=GGATATTAATAAAAAAACCAT;SOR=0.789;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=169;TCF=112;TCR=57;TR=105;WE=62232081;WS=62232063;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:98,131:0.57:229
chr17	62254983	rs1967130	G	A	1230.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=4;NR=32;PP=858;SC=GTCCCACATTGTATTGGTGAC;SOR=2.833;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=36;TCF=4;TCR=32;TR=36;WE=62254991;WS=62254973;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr17	62265838	rs36104018	TC	T	5178.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.230;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=313;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.880;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=66;PP=2609;ReadPosRankSum=-0.017;SC=GTAAGCGGACTCCCTGAGAAA;SOR=0.638;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=137;TCF=16;TCR=121;TR=75;WE=62265846;WS=62265828;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:136,172:0.56:308
chr17	62270785	rs2166290	T	C	2705.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=1.063;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.843;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=76;NR=18;PP=1625;ReadPosRankSum=-1.713;SC=GTCATGAGAATGCACATTAGG;SOR=1.129;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=166;TCF=129;TCR=37;TR=94;WE=62270793;WS=62270775;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,116:0.58:201
chr17	62385609	rs113369705	A	AAAACAAAC	3109.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.226;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FS=5.740;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.74;MQRankSum=0.000;QD=25.28;ReadPosRankSum=-0.020;SOR=1.211;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:61,62:0.50:123
chr17	62386078	rs28670385	T	C	2005.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.036;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.295;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-10.856;NF=29;NR=42;PP=1159;ReadPosRankSum=-0.817;SC=GGAAAGGAAATTGGCCACTAT;SOR=0.359;SbPval=0.22;Source=Platypus;TC=151;TCF=51;TCR=100;TR=71;WE=62386086;WS=62386068;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:107,96:0.47:203
chr17	62401118	rs2812	T	C	3117.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=0.343;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=236;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.489;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=41;PP=1729;ReadPosRankSum=0.915;SC=ATACAGGGATTATCTGTTCTT;SOR=0.653;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=170;TCF=104;TCR=66;TR=104;WE=62401126;WS=62401108;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:94,141:0.60:235
chr17	62406971	rs2070783	A	G	2284.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.194;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=32;PP=1256;ReadPosRankSum=-0.090;SC=GGAAGAATTCATGTGAATGCA;SOR=0.706;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=161;TCF=104;TCR=57;TR=86;WE=62406979;WS=62406961;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:106,112:0.51:218
chr17	62463825	rs199721035	T	TG	4932.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=7;NR=65;PP=2957;SC=CTGAGGCAGGTGATTACTTGA;SOR=1.389;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=78;TCF=8;TCR=70;TR=72;WE=62463833;WS=62463815;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr17	62464412	.	C	CT	61.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.001;ClippingRankSum=0.000;DP=477;ExcessHet=3.0103;FS=1.128;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.05;MQRankSum=3.272;QD=0.15;ReadPosRankSum=-1.781;SOR=0.788;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:344,56:0.14:400
chr17	62541852	rs2872314	G	A	112.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.057;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.13;MQRankSum=0.000;QD=4.34;ReadPosRankSum=-1.545;SOR=0.560;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,12:0.46:26
chr17	62754586	rs9908143	T	C	9262.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.512;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=747;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.529;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.831;NF=117;NR=163;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.296;SC=TAAGTTTTCATCCCTTTCCAA;SOR=0.740;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=467;TCF=195;TCR=272;TR=280;WE=62754594;WS=62754576;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:300,432:0.59:732
chr17	62758626	rs189498994	T	A	6552.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.960;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=508;ExcessHet=3.0103;FS=1.746;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.78;MQRankSum=-4.213;QD=12.92;ReadPosRankSum=-0.685;SOR=0.568;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:228,279:0.55:507
chr17	62758984	rs11374577	G	GC	2379.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=45;PP=2166;SC=TAAGTTAAAAGTAAAGCTAAT;SOR=3.575;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=49;TCF=1;TCR=48;TR=46;WE=62758992;WS=62758974;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr17	62760703	rs7208832	T	A	204.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.450;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.45;ReadPosRankSum=-0.146;SOR=0.628;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,18:0.39:46
chr17	62782689	rs6504255	T	C	6307.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=235;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=114;NR=56;PP=2965;SC=GCATACCTGATTGTGGTGTCA;SOR=1.404;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=170;TCF=114;TCR=56;TR=170;WE=62782697;WS=62782679;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,232:1.00:232
chr17	62788424	.	A	G	131.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.789;ClippingRankSum=0.000;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.761;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-6.812;NF=28;NR=2;PP=422;ReadPosRankSum=-4.561;SC=ATGCATGTGCATGTGTACGTG;SOR=1.485;SbPval=0.99;Source=Platypus;TC=102;TCF=80;TCR=22;TR=30;WE=62788432;WS=62788414;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:101,17:0.14:118
chr17	62796759	.	A	C	2341.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=4.584;ClippingRankSum=0.000;DP=499;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-15.081;NF=70;NR=61;PP=1836;ReadPosRankSum=-2.915;SC=CTCCCGCACCAGGTCCAGCCA;SOR=0.747;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=353;TCF=186;TCR=167;TR=131;WE=62796767;WS=62796749;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:357,135:0.27:492
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chr17	62924044	rs6504263	G	A	3006.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=79;PP=2245;SC=ATACACTTACGTTACAAATTC;SOR=4.174;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=86;TCF=7;TCR=79;TR=86;WE=62924052;WS=62924034;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr17	62952689	rs3960389	C	G	8123.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=296;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=53.96;QD=27.45;SOR=0.899;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,296:1.00:296
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chr17	63052361	rs7216195	C	G	2384.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.838;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=51;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=-0.073;NF=63;NR=21;PP=1730;ReadPosRankSum=-0.420;SC=GGCGGTGCCCCGCCCCGCACC;SOR=0.527;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=87;TCF=66;TCR=21;TR=84;WE=63052369;WS=63052351;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,94:0.99:95
chr17	63052714	rs200801511	TGCC	T	12269.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.424;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1013;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=3.536;NF=11;NR=168;PP=2983;ReadPosRankSum=-0.275;SC=TCCGCCATCTTGCCGCCGCCG;SOR=0.688;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=516;TCF=25;TCR=491;TR=179;WE=63052724;WS=63052704;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:406,329:0.45:735
chr17	63133804	rs2585858	A	G	6709.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=253;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=80;NR=82;PP=2965;SC=AGGAGTGGAGAGCACCCCTTT;SOR=0.725;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=163;TCF=80;TCR=83;TR=162;WE=63133812;WS=63133794;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,252:1.00:252
chr17	63173756	rs9896245	A	G	7293.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.644;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=580;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.793;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=115;NR=85;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.292;SC=TTCTCAGCTCAATCTCACAAT;SOR=0.822;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=335;TCF=184;TCR=151;TR=200;WE=63173764;WS=63173746;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:223,349:0.61:572
chr17	63173959	rs11651062	C	T	2659.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=1.582;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=64;PP=1454;ReadPosRankSum=0.612;SC=GGGCCTAGGTCGGATTCTGGG;SOR=0.715;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=158;TCF=42;TCR=116;TR=85;WE=63173967;WS=63173949;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,118:0.59:200
chr17	63197920	rs2292593	T	C	635.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=2.675;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=2;PP=446;ReadPosRankSum=1.021;SC=AGTGAAGATGTGGCTCCTTTC;SOR=0.430;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=35;TCF=32;TCR=3;TR=21;WE=63197928;WS=63197910;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,24:0.62:39
chr17	63200479	rs79965148	G	A	803.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=0.942;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.903;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=18;PP=476;ReadPosRankSum=1.041;SC=CTAAGTACCCGGAAAATTCTT;SOR=0.555;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=57;TCF=19;TCR=38;TR=28;WE=63200487;WS=63200469;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,37:0.49:75
chr17	63532767	rs28684769	C	G	1860.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.739;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=49;PP=1157;ReadPosRankSum=1.092;SC=CTATTCTGCTCAGAGAGAGAG;SOR=0.713;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=151;TCF=45;TCR=106;TR=69;WE=63532787;WS=63532757;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:98,88:0.47:186
chr17	63532914	rs28760438	A	G	774.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-2.510;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.186;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.905;NF=25;NR=9;PP=512;ReadPosRankSum=1.460;SC=CTGCAAAAACAGCCATTCCCA;SOR=1.091;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=73;TCF=52;TCR=21;TR=34;WE=63532922;WS=63532904;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,38:0.46:82
chr17	63533423	rs7219582	C	A	1947.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-1.305;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.399;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=21;PP=1217;ReadPosRankSum=0.617;SC=CGGGACACTGCGGTCCGCCCG;SOR=0.860;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=109;TCF=73;TCR=36;TR=66;WE=63533431;WS=63533413;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,82:0.58:141
chr17	63533768	rs1133683	G	A	2441.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.467;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=291;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.912;HP=4;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=50;PP=1488;ReadPosRankSum=2.246;SC=AGCGGGAGCGGGGGCTATAGC;SOR=0.770;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=214;TCF=97;TCR=117;TR=88;WE=63533776;WS=63533758;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:170,118:0.41:288
chr17	63533789	rs9915936	T	C	9556.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=297;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=102;NR=109;PP=2965;SC=GGCCTACGCCTGGAGACTGGC;SOR=0.749;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=211;TCF=102;TCR=109;TR=211;WE=63533797;WS=63533779;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,290:1.00:290
chr17	63534036	rs76682777	AC	A	3411.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.276;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.109;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.000;NF=3;NR=40;PP=1623;ReadPosRankSum=-0.413;SC=TCGGCTCCCTACGCAGGAGCA;SOR=0.814;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=94;TCF=11;TCR=83;TR=43;WE=63534044;WS=63534026;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:99,101:0.50:200
chr17	63534250	rs8078753	T	C	3859.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=83;NR=23;PP=2349;SC=ACGCACCCCATGCACATGCGC;SOR=2.053;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=107;TCF=83;TCR=24;TR=106;WE=63534258;WS=63534240;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,135:1.00:135
chr17	63534478	rs35399989	G	A	2649.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.358;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=256;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.996;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=61;PP=1576;ReadPosRankSum=1.379;SC=GACGTGGAAAGGAAAGGGAGG;SOR=0.798;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=179;TCF=63;TCR=116;TR=91;WE=63534486;WS=63534468;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:126,126:0.50:252
chr17	63534538	rs4541111	C	A	1037.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-4.461;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.360;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=29;PP=622;ReadPosRankSum=0.841;SC=GAGCTTCCCGCACCAGGCGCT;SOR=0.357;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=90;TCF=18;TCR=72;TR=38;WE=63534546;WS=63534528;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,48:0.44:110
chr17	63554591	rs2240308	G	A	7377.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-4.153;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=849;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.521;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=103;NR=131;PP=2962;ReadPosRankSum=1.903;SC=GAAGAGACAGGCATGGGTTTG;SOR=0.671;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=523;TCF=227;TCR=296;TR=234;WE=63554599;WS=63554581;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:458,376:0.45:834
chr17	63633073	rs2107654	T	C	1983.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=48;NR=18;PP=1371;SC=AGCACTGGGATGAGAAGGGGG;SOR=1.965;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=66;TCF=48;TCR=18;TR=66;WE=63633081;WS=63633063;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr17	63685174	rs11079582	C	T	1992.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.372;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=28;PP=1023;ReadPosRankSum=0.666;SC=GTGTGAGCCACTGCACCTGGC;SOR=0.659;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=141;TCF=83;TCR=58;TR=67;WE=63685182;WS=63685164;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,94:0.53:178
chr17	63739352	rs12948946	A	G	2612.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.497;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=251;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.465;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=52;PP=1177;ReadPosRankSum=-2.162;SC=TGAAAACAGCATGCTATAACT;SOR=0.749;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=150;TCF=62;TCR=88;TR=89;WE=63739360;WS=63739342;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:117,132:0.53:249
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chr17	64001925	rs1015098	G	A	785.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=-1.109;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.745;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=13;PP=289;ReadPosRankSum=0.393;SC=ATTGGAAGACGAGTAAAGTTT;SOR=0.601;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=58;TCF=25;TCR=33;TR=24;WE=64001933;WS=64001915;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,43:0.42:102
chr17	64002046	rs3055984	A	AATACT	126.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-0.398;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=3;PP=109;ReadPosRankSum=-1.144;SC=GAATGATTTCAATACTATACT;SOR=0.735;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=0;TCR=15;TR=3;WE=64002054;WS=64002036;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,5:0.25:20
chr17	64023483	rs11079627	A	G	596.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.230;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=4;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=5;PP=401;ReadPosRankSum=0.594;SC=TGACAGAGCAAGACTCTGTCT;SOR=0.580;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=40;TCF=28;TCR=12;TR=17;WE=64023501;WS=64023473;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,28:0.46:61
chr17	64023493	rs35334393	T	TA	431.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.379;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.016;HP=9;HapScore=4;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=5;PP=421;ReadPosRankSum=1.809;SC=AGACTCTGTCTAAAAAAAAAG;SOR=0.495;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=34;TCF=20;TCR=14;TR=10;WE=64023501;WS=64023473;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,27:0.44:61
chr17	64023552	rs12449542	A	C	650.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.214;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.761;HP=4;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=14;PP=340;ReadPosRankSum=0.229;SC=GGTTTCATAAAAATCAGTCTG;SOR=0.666;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=66;TCF=34;TCR=32;TR=25;WE=64023560;WS=64023542;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,36:0.39:93
chr17	64023624	rs17704679	T	C	1212.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.117;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.874;HP=6;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=22;PP=647;ReadPosRankSum=-0.318;SC=ATTACCTTTTTTTCATAGATG;SOR=0.540;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=62;TCF=26;TCR=36;TR=41;WE=64023632;WS=64023614;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,57:0.67:85
chr17	64023642	rs11079628	A	G	485.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.948;HP=2;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=14;PP=257;ReadPosRankSum=-1.333;SC=ATGTGTTTTAAATGACTTTTC;SOR=0.565;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=52;TCF=18;TCR=34;TR=21;WE=64023650;WS=64023632;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,26:0.39:67
chr17	64023781	rs11079629	C	T	183.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=4;PP=76;SC=TGTCAAACTTCAGTTCAGAGT;SOR=2.584;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=0;TCR=4;TR=4;WE=64023789;WS=64023771;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr17	64024255	rs56239919	A	T	1051.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=63;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=17;NR=1;PP=392;SC=CTACATCTCAAAGCATCAATC;SOR=4.091;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=22;TCF=21;TCR=1;TR=18;WE=64024263;WS=64024254;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr17	64024303	rs4277386	G	A	615.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=2.342;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=46;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=5;PP=437;ReadPosRankSum=2.125;SC=TATACAATGCGATAAAAGAAT;SOR=0.788;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=45;TCF=38;TCR=7;TR=26;WE=64024311;WS=64024293;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,28:0.48:58
chr17	64024340	rs9901053	T	C	1186.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.847;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.943;HP=3;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=7;PP=706;ReadPosRankSum=0.168;SC=CATTTCTGAGTTTTATTTTTT;SOR=1.179;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=82;TCF=66;TCR=16;TR=42;WE=64024348;WS=64024330;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,57:0.47:120
chr17	64024375	rs9899985	G	A	2636.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.464;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.727;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=21;PP=1247;ReadPosRankSum=-3.585;SC=TGATACATCTGAATCAAGAAA;SOR=0.858;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=140;TCF=95;TCR=45;TR=73;WE=64024383;WS=64024365;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:95,121:0.56:216
chr17	64025056	rs11656768	T	C	57.80	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=0;PP=124;ReadPosRankSum=-0.674;SC=TTGTGCTATATAGTAGACATT;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=4;TCR=0;TR=3;WE=64025076;WS=64025048;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,3:0.75:4
chr17	64025068	rs11651749	C	A	143.98	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=-1.465;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=4;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=0;PP=141;ReadPosRankSum=-1.068;SC=GTAGACATTTCGAATTTTAAA;SOR=1.179;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=5;TCR=0;TR=4;WE=64025076;WS=64025048;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,6:0.86:7
chr17	64025093	rs11651820	G	A	259.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.686;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.112;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=2;PP=107;ReadPosRankSum=1.414;SC=TTAAATACCAGTAAAAATTCC;SOR=0.307;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=14;TCF=11;TCR=3;TR=8;WE=64025101;WS=64025083;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,12:0.67:18
chr17	64025331	rs11652766	A	G	1684.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.953;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.976;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQ=60.07;MQRankSum=-1.164;NF=21;NR=28;PP=664;ReadPosRankSum=1.802;SC=GCTCATAATCATTTACAAGAT;SOR=0.479;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=88;TCF=35;TCR=53;TR=49;WE=64025339;WS=64025321;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,86:0.58:148
chr17	64025435	rs60700240	T	TTAATCA	454.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-0.503;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.077;NF=0;NR=6;PP=338;ReadPosRankSum=-1.668;SC=ATGAAATTTTTTAATCAGCTA;SOR=1.292;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=23;TCF=0;TCR=23;TR=6;WE=64025443;WS=64025425;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,13:0.50:26
chr17	64025926	rs9908964	G	T	2120.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=33;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=59;NR=5;PP=1686;SC=GCAGATAACTGATACAGTTAA;SOR=4.615;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=65;TCF=59;TCR=6;TR=64;WE=64025934;WS=64025920;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr17	64049733	rs1401049	A	G	3449.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=0.110;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=285;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.531;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=77;NR=38;PP=1920;ReadPosRankSum=-0.033;SC=GTAGGAAGGTAAAGTTTTTCT;SOR=0.510;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=223;TCF=152;TCR=71;TR=115;WE=64049741;WS=64049723;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:120,154:0.56:274
chr17	64050007	rs11079637	G	A	798.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=2.145;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.363;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=29;PP=647;ReadPosRankSum=-0.734;SC=GCTACATCAGGAAATCAAGAG;SOR=1.737;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=76;TCF=9;TCR=67;TR=31;WE=64050015;WS=64049997;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,33:0.38:86
chr17	64050062	rs1401048	G	A	604.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=3.336;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=18;PP=495;ReadPosRankSum=0.577;SC=GTAATTCAGCGGAAAAAATGG;SOR=0.646;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=25;TCF=1;TCR=24;TR=19;WE=64050070;WS=64050052;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,21:0.78:27
chr17	64062830	rs908713	T	A	4598.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=74;NR=53;PP=2370;SC=ATCAAATTTTTTTCTCCACAT;SOR=0.979;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=127;TCF=74;TCR=53;TR=127;WE=64062838;WS=64062820;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,172:1.00:172
chr17	64173170	rs2159557	A	G	3678.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.010;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=318;ExcessHet=3.0103;FS=5.525;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.34;ReadPosRankSum=0.587;SOR=0.461;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:123,175:0.59:298
chr17	64179537	rs77237016	T	C	470.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=1.261;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=15;PP=349;ReadPosRankSum=0.655;SC=TCTCCCCAAATTGACCTGTAG;SOR=0.495;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=40;TCF=9;TCR=31;TR=19;WE=64179545;WS=64179527;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,20:0.51:39
chr17	64221994	rs35151038	C	CA	249.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.873;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=1.857;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.35;MQRankSum=1.561;QD=4.62;ReadPosRankSum=-2.089;SOR=0.325;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,21:0.39:54
chr17	64550701	rs35476409	AGGTG	A	13732.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=341;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=142;PP=2971;SC=TCCGAAGGTAAGGTGGGTGAC;SOR=1.563;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=156;TCF=5;TCR=151;TR=147;WE=64550712;WS=64550691;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,307:1.00:307
chr17	64684565	rs1010546	C	T	1498.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=3.727;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=236;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.506;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=52;PP=983;ReadPosRankSum=1.252;SC=GTATGGAAGCCGCTTAGGTTG;SOR=1.142;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=185;TCF=49;TCR=136;TR=66;WE=64684573;WS=64684555;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:149,77:0.34:226
chr17	64685078	rs2227857	G	A	2272.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-2.008;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=261;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.478;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=23;PP=1264;ReadPosRankSum=0.148;SC=GGTACAAGTTGCTTAACCAAG;SOR=0.733;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=179;TCF=125;TCR=54;TR=79;WE=64685086;WS=64685068;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:144,111:0.44:255
chr17	64735035	rs5821506	C	CT	10523.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.449;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=508;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.377;NF=23;NR=157;PP=2975;ReadPosRankSum=0.362;SC=TGGAAACTTCCTTTTTTCCCC;SOR=0.522;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=201;TCF=25;TCR=176;TR=180;WE=64735043;WS=64735025;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:8,415:0.98:423
chr17	64735157	rs9892696	T	C	1020.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-3.030;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.017;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=30;PP=548;ReadPosRankSum=0.254;SC=CACACCACCATGCCTGGCTAA;SOR=0.446;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=75;TCF=17;TCR=58;TR=41;WE=64735165;WS=64735147;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,49:0.55:89
chr17	64783081	rs6504459	G	A	6644.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.045;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=775;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=110;NR=107;PP=2962;ReadPosRankSum=1.452;SC=GGCTGTTTCTGTCTGCAAAGG;SOR=0.712;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=487;TCF=244;TCR=243;TR=217;WE=64783089;WS=64783071;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:423,340:0.45:763
chr17	64785191	rs11420909	T	TG	3894.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=68;PP=2957;SC=AGGAGGCCGGTGCCCCTGGCT;SOR=1.813;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=70;TCF=2;TCR=68;TR=70;WE=64785199;WS=64785181;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr17	64875035	rs2286676	C	T	1623.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.080;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=20;PP=836;ReadPosRankSum=-0.948;SC=TTGTATGGACCAACTTCAAAT;SOR=0.716;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=109;TCF=70;TCR=39;TR=57;WE=64875043;WS=64875025;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,76:0.52:146
chr17	64881075	rs2286678	A	G	12484.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.524;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=981;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.128;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=157;NR=246;PP=2962;ReadPosRankSum=0.405;SC=CAGCGAGCCCATCCTCTGCTG;SOR=0.807;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=690;TCF=279;TCR=411;TR=403;WE=64881083;WS=64881065;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:406,563:0.58:969
chr17	64961275	.	C	CA	2455.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-1.245;ClippingRankSum=0.000;DP=195;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.96;MQRankSum=-0.077;QD=28.56;ReadPosRankSum=0.600;SOR=2.004;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,84:0.98:86
chr17	64961276	.	C	A	2962	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;FR=1.0000;HP=3;HapScore=1;MGOF=34;MMLQ=22;MQ=59.42;NF=32;NR=136;PP=2962;QD=20;SC=CCTCGCCGCCCCACACACACA;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=179;TCF=32;TCR=147;TR=168;WE=64961284;WS=64961263;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:11,168:0.94:179
chr17	64961276	.	C	CACACACA,CACACACACA	3123.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;ALERT;AN=2;DP=195;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=59.96;QD=82.20;SOR=3.611;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:0,21,17:0.55,0.45:38
chr17	65026515	rs2240648	A	G	1542.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-2.343;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=14;PP=1007;ReadPosRankSum=0.692;SC=TGCCCGTCCCACTGTGGGTCT;SOR=0.696;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=117;TCF=92;TCR=25;TR=62;WE=65026523;WS=65026505;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,71:0.51:138
chr17	65027740	rs740555	G	C	5550.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.864;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=695;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=105;NR=110;PP=2641;ReadPosRankSum=0.864;SC=CGCTGTCCCGGGGCCAGCTTC;SOR=0.728;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=498;TCF=246;TCR=252;TR=215;WE=65027748;WS=65027730;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:396,287:0.42:683
chr17	65051104	rs11322532	CA	C	4905.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-1.079;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.168;NF=59;NR=32;PP=2951;ReadPosRankSum=-0.183;SC=GACACACACACAATGACACAC;SOR=0.935;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=94;TCF=62;TCR=32;TR=91;WE=65051112;WS=65051094;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,141:0.99:142
chr17	65051180	rs2363844	A	G	11124.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=430;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=166;NR=102;PP=2965;SC=AAGAGCTCCCATGCTGAGGCC;SOR=1.057;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=268;TCF=166;TCR=102;TR=268;WE=65051188;WS=65051170;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,427:1.00:427
chr17	65074354	rs35467630	G	GA	2904.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.177;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.306;NF=33;NR=31;PP=902;ReadPosRankSum=-1.107;SC=TCCCTTGAGGGAAAAAAAAAG;SOR=0.700;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=72;TCF=40;TCR=32;TR=64;WE=65074362;WS=65074344;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,127:0.98:130
chr17	65104666	rs11657929	T	G	8082.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=311;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=146;NR=82;PP=2965;SC=CAGTCTGCCCTCACTGGCGGC;SOR=1.235;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=228;TCF=146;TCR=82;TR=228;WE=65104674;WS=65104656;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,308:1.00:308
chr17	65104743	rs11653020	G	A	13601.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=516;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=179;NR=174;PP=2965;SC=TGGGTATGGAGCGCTGCCCTG;SOR=0.725;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=353;TCF=179;TCR=174;TR=353;WE=65104751;WS=65104733;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,510:1.00:510
chr17	65116491	rs12709454	T	C	7479.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=295;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=97;NR=70;PP=2958;SC=CATCAGTTTATGAACAGGAGA;SOR=0.880;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=167;TCF=97;TCR=70;TR=167;WE=65116499;WS=65116481;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,289:1.00:289
chr17	65119931	rs148790310	C	CTGTGTG,CTGTGTGTG	2507.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=24;NF=13,13;NR=9,9;PP=251,458;SC=TCCAAAGTGACTGTGTGTGTG;SOR=1.697;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=29;TCF=16;TCR=13;TR=22,22;WE=65119939;WS=65119921;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.46,0.54:63
chr17	65142070	rs34812114	G	GA	2950.27	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-1.712;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.128;HP=12;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.438;NF=6;NR=84;PP=1481;ReadPosRankSum=-0.949;SC=TCACCCATAAGAAAAAAAAAA;SOR=0.413;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=124;TCF=8;TCR=116;TR=90;WE=65142078;WS=65142060;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:25,151:0.86:176
chr17	65145874	rs3213754	A	G	3374.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=80;NR=16;PP=2508;SC=TTGAAGTACTAAAGTTATAAT;SOR=2.750;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=97;TCF=80;TCR=17;TR=96;WE=65145882;WS=65145864;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr17	65156919	rs1035176	G	C	3149.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=71;NR=24;PP=2080;SC=AGAGCTGCATGAAAACTGTCT;SOR=2.036;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=95;TCF=71;TCR=24;TR=95;WE=65156927;WS=65156909;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr17	65157277	rs2287127	A	T	1873.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=0.237;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=48;PP=1323;ReadPosRankSum=-0.591;SC=ATTTCAGTGAACCATTAAAAC;SOR=1.387;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=61;TCF=12;TCR=49;TR=60;WE=65157285;WS=65157267;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,65:0.98:66
chr17	65211876	rs10512514	A	C	1401.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=24;NR=19;PP=910;SC=TGGGAATGTCATCATCCAAAT;SOR=0.900;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=44;TCF=24;TCR=20;TR=43;WE=65211884;WS=65211866;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr17	65341976	rs62086002	A	G	1711.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.105;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.56;ReadPosRankSum=1.468;SOR=0.679;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:93,86:0.48:179
chr17	65342066	rs17647947	T	C	1074.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.019;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.691;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=20;PP=516;ReadPosRankSum=0.995;SC=ATATATCCATTTCAAATTTTA;SOR=0.586;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=74;TCF=30;TCR=44;TR=35;WE=65342074;WS=65342056;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,53:0.45:119
chr17	65362552	rs11079691	T	A	7214.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=2.563;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=952;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=93;NR=96;PP=2859;ReadPosRankSum=0.027;SC=CACACTCGGGTAGGCGCTGAT;SOR=0.657;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=491;TCF=236;TCR=255;TR=189;WE=65362560;WS=65362542;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:569,377:0.40:946
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chr17	65665608	rs36013607	AT	A	666.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-1.316;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=11;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=8;PP=375;ReadPosRankSum=0.101;SC=AATTTCTTTGATTTTTTTTTT;SOR=1.675;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=30;TCF=18;TCR=12;TR=24;WE=65665616;WS=65665598;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,35:0.95:37
chr17	65689053	rs147971105	G	GT	1043.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.793;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FS=5.717;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.96;ReadPosRankSum=0.379;SOR=1.352;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:83,67:0.45:150
chr17	65714359	rs3760226	G	A	4065.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=107;PP=2965;SC=AGTGAGGTCTGGAATCTGGCT;SOR=4.720;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=112;TCF=5;TCR=107;TR=112;WE=65714367;WS=65714349;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr17	65718798	rs5821454	TA	T	323.76	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-0.411;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.793;HP=12;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;MQRankSum=0.558;NF=1;NR=16;PP=231;ReadPosRankSum=-0.164;SC=GAAATTTCTTTAAAAAAAAAA;SOR=1.828;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=21;TCF=2;TCR=19;TR=17;WE=65718806;WS=65718788;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,21:0.91:23
chr17	65718839	rs999043	C	T	483.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=32;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=13;PP=331;SC=GTTGCCCTGTCACCCAGGCTT;SOR=1.981;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=16;TCF=3;TCR=13;TR=16;WE=65718847;WS=65718829;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr17	65720346	rs11654692	A	G	2742.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=28;NR=47;PP=1410;SC=GAGATTATAAATAGAGGATTG;SOR=1.051;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=78;TCF=28;TCR=50;TR=75;WE=65720354;WS=65720336;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr17	65720448	rs34287872	CT	C	91.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.218;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.35;MQRankSum=1.049;QD=4.37;ReadPosRankSum=1.304;SOR=0.818;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,11:0.52:21
chr17	65722849	rs3744268	G	A	2251.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=14;NR=58;PP=1614;SC=TTTTCATTTCGTTATTACCCA;SOR=2.554;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=72;TCF=14;TCR=58;TR=72;WE=65722857;WS=65722839;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr17	65730404	rs4790943	G	A	7216.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=274;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=99;NR=65;PP=2965;SC=ATATTTAACTGTAACTCCCCC;SOR=0.981;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=167;TCF=99;TCR=68;TR=164;WE=65730412;WS=65730394;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,273:1.00:273
chr17	65732959	rs7223990	A	G	933.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=16;PP=658;SC=TATCCTTACAACTCTTAGAGC;SOR=1.214;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=29;TCF=13;TCR=16;TR=29;WE=65732967;WS=65732949;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr17	65733119	rs3752647	T	C	1680.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=24;NR=18;PP=910;SC=GAGTGTTTCATATCCCTCTAA;SOR=0.941;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=42;TCF=24;TCR=18;TR=42;WE=65733127;WS=65733109;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr17	65734349	rs138957141	A	G	3861.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.597;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=308;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-1.209;NF=85;NR=55;PP=2390;ReadPosRankSum=1.026;SC=AAATTCTTCAAAATGGCTTCA;SOR=0.674;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=242;TCF=148;TCR=94;TR=140;WE=65734357;WS=65734339;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:124,169:0.58:293
chr17	65734514	rs1542610	A	G	10628.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=421;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=105;NR=174;PP=2965;SC=TCTTTATAGGATATAGTTATA;SOR=1.093;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=279;TCF=105;TCR=174;TR=279;WE=65734522;WS=65734504;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,405:1.00:405
chr17	65735563	rs2286916	G	A	1699.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=28;NR=11;PP=792;SC=TTCAATCTTCGTGATGGGTTT;SOR=1.402;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=39;TCF=28;TCR=11;TR=39;WE=65735571;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr17	65736725	rs11439892	C	CA,CAA	666.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.352;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.19;ReadPosRankSum=0.857;SOR=1.659;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:7,23,17:0.49,0.36:47
chr17	65737016	rs34886243	CT	C	1354.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-2.227;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=5.105;HP=13;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.535;NF=5;NR=41;PP=716;ReadPosRankSum=1.888;SC=AAAATAACTTCTTTTTTTTTT;SOR=0.161;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=63;TCF=6;TCR=57;TR=46;WE=65737024;WS=65737006;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,69:0.95:73
chr17	65739627	rs10127	A	G	1907.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=50;NR=9;PP=1229;SC=TTCTGGATGCAAATTTTACTG;SOR=2.770;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=59;TCF=50;TCR=9;TR=59;WE=65739635;WS=65739617;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr17	65739789	rs2286917	A	G	10410.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=243;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.74;SOR=0.817;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,238:1.00:238
chr17	65739797	rs2286918	A	T	10316.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=241;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.72;SOR=0.837;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,236:1.00:236
chr17	65821481	rs12945266	C	T	5275.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=116;NR=37;PP=2965;SC=AGCCCAGGCGCCCAGGGCTCC;SOR=2.006;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=153;TCF=116;TCR=37;TR=153;WE=65821489;WS=65821471;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,189:1.00:189
chr17	65849927	rs2046323	T	G	499.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=6.552;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=0;PP=376;ReadPosRankSum=0.065;SC=TGCTTCTTCGTATTATTTTAA;SOR=0.214;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=61;TCF=61;TCR=0;TR=20;WE=65849935;WS=65849923;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,21:0.32:65
chr17	65871559	rs9890629	G	A	382.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=3.025;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=3;PP=251;ReadPosRankSum=0.751;SC=TAAAATGGCCGTTCAATGGAA;SOR=0.653;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=50;TCF=43;TCR=7;TR=18;WE=65871567;WS=65871549;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,19:0.35:55
chr17	65871598	rs12451707	G	A	1010.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.674;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.612;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=11;PP=674;ReadPosRankSum=0.034;SC=TTTAGTAGTTGACTGAATGTG;SOR=0.907;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=101;TCF=71;TCR=30;TR=42;WE=65871606;WS=65871588;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,48:0.40:119
chr17	65882172	rs4318247	A	G	1171.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=2.582;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=6;PP=737;ReadPosRankSum=-0.314;SC=TCCTAAAACAATTGTCTTTTC;SOR=0.786;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=94;TCF=78;TCR=16;TR=40;WE=65882180;WS=65882162;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,51:0.44:115
chr17	65882457	rs8072824	T	A	2680.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=64;PP=1814;SC=CATCCATTCCTTTAAAGGGAA;SOR=3.044;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=75;TCF=11;TCR=64;TR=75;WE=65882465;WS=65882447;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr17	65887896	rs8079754	A	G	1504.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=2.136;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.563;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=13;PP=766;ReadPosRankSum=1.178;SC=GTTTTGGTGAAATAAGGTGGT;SOR=0.754;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=137;TCF=95;TCR=42;TR=48;WE=65887904;WS=65887886;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:120,74:0.38:194
chr17	65906926	rs368956376	AT	A	910.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.138;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=1.250;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.38;MQRankSum=1.538;QD=17.18;ReadPosRankSum=-0.743;SOR=0.963;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,25:0.47:53
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chr17	65955758	rs139709271	T	TCCTCCAGCC	3013.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.113;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=372;ExcessHet=3.0103;FS=50.160;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.97;MQRankSum=0.000;QD=10.96;ReadPosRankSum=1.077;SOR=2.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:190,85:0.31:275
chr17	65962538	rs5821446	A	AT	1804.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.155;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.618;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=17;PP=1664;ReadPosRankSum=1.073;SC=TTAGGTAACTATTACTAGAGC;SOR=0.546;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=71;TCF=45;TCR=26;TR=44;WE=65962546;WS=65962528;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,67:0.59:113
chr17	65972188	rs61489754	TA	T	825.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.456;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=6.547;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.20;ReadPosRankSum=-2.539;SOR=4.073;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,41:0.95:43
chr17	65977682	rs7502707	T	G	2615.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.264;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.346;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=49;PP=1284;ReadPosRankSum=1.901;SC=GTTAATATAATTTTTTAATGT;SOR=0.886;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=133;TCF=58;TCR=75;TR=84;WE=65977690;WS=65977672;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:92,126:0.58:218
chr17	65988049	rs9891146	T	C	5043.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.972;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=423;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-2.184;NF=67;NR=59;PP=2151;ReadPosRankSum=0.061;SC=TGGGTATGAATTGCACCTTGA;SOR=0.743;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=232;TCF=120;TCR=112;TR=126;WE=65988057;WS=65988039;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:185,235:0.56:420
chr17	65989048	rs28368756	T	C	16174.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=612;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.56;SOR=0.807;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,609:1.00:609
chr17	66036934	rs75756883	A	AT	2791.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.316;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=307;ExcessHet=3.0103;FS=56.841;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.50;ReadPosRankSum=3.863;SOR=0.143;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:101,165:0.62:266
chr17	66036943	rs141699894	T	TG	1056.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.455;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=295;ExcessHet=3.0103;FS=64.013;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.94;ReadPosRankSum=-1.552;SOR=3.238;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:192,76:0.28:268
chr17	66038181	rs62084696	C	G	5584.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.024;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=502;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=100;NR=71;PP=2513;ReadPosRankSum=-0.400;SC=ACTTTTATTTCTCTTTTTGTT;SOR=0.664;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=320;TCF=187;TCR=133;TR=171;WE=66038189;WS=66038171;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:226,269:0.54:495
chr17	66038556	rs62084697	G	A	2263.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.277;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=313;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.444;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=52;PP=1196;ReadPosRankSum=1.046;SC=TAGTGACTTTGTCAAGTTTTG;SOR=0.789;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=212;TCF=77;TCR=135;TR=79;WE=66038564;WS=66038546;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:185,115:0.38:300
chr17	66039095	rs11545988	C	T	2038.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.775;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=18;PP=1197;ReadPosRankSum=1.708;SC=CCTTGCAGTTCCTGATATGTC;SOR=0.675;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=149;TCF=110;TCR=39;TR=69;WE=66039103;WS=66039085;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:104,90:0.46:194
chr17	66039350	rs4638	A	G	6210.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.261;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=501;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.523;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.170;NF=97;NR=114;PP=2962;ReadPosRankSum=-2.426;SC=ATCCAGAAGTATTAGCAGATA;SOR=0.751;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=367;TCF=173;TCR=194;TR=211;WE=66039358;WS=66039340;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:218,278:0.56:496
chr17	66039618	rs35594666	G	A	803.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.123;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.239;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=21;PP=460;ReadPosRankSum=-0.683;SC=TCAGGAGTTCGAGACCAGCCT;SOR=1.093;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=52;TCF=12;TCR=40;TR=25;WE=66039626;WS=66039608;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,35:0.51:68
chr17	66122027	rs374673808	TA	T	891.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.400;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=256;ExcessHet=3.0103;FS=4.031;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.79;ReadPosRankSum=-1.072;SOR=0.435;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:94,92:0.49:186
chr17	66122682	.	G	C	9986.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.224;ClippingRankSum=0.000;DP=876;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=182;NR=122;PP=2962;ReadPosRankSum=1.227;SC=ATAGTTCTTAGTTTTCCACTG;SOR=0.734;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=527;TCF=312;TCR=215;TR=304;WE=66122690;WS=66122672;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:394,478:0.55:872
chr17	66122977	rs62085700	C	A	316.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=4.030;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.962;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=12;PP=256;ReadPosRankSum=-0.775;SC=TCAGTGCCCACGTTGTTGTAT;SOR=1.262;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=32;TCF=2;TCR=30;TR=12;WE=66122985;WS=66122967;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,14:0.36:39
chr17	66195421	rs71387380	A	G	3875.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.480;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=316;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.398;HP=1;HapScore=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NR=77;PP=2052;ReadPosRankSum=0.075;SC=GGGCCCCGACAGCACCCCCGC;SOR=0.606;Source=Platypus;TCR=139;WE=66195429;WS=66195411;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:128,178:0.58:306
chr17	66246416	rs3213690	A	G	2511.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=1.920;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=258;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.173;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=25;PP=1440;ReadPosRankSum=-1.314;SC=TGAGAAATTAAATGCTGGGGA;SOR=1.008;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=192;TCF=125;TCR=67;TR=84;WE=66246424;WS=66246406;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:139,117:0.46:256
chr17	66250522	rs35309522	C	A	326.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.093;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=1.218;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.78;ReadPosRankSum=0.190;SOR=0.430;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,19:0.45:42
chr17	66265042	.	CA	C	61.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.403;ClippingRankSum=0.000;DP=106;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.75;MQRankSum=0.000;QD=0.62;ReadPosRankSum=-0.223;SOR=0.677;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:80,19:0.19:99
chr17	66268942	.	C	A	3895.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-1.404;ClippingRankSum=0.000;DP=437;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.757;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=82;PP=2063;ReadPosRankSum=3.373;SC=CCAATGAGACCCACATACTGC;SOR=0.844;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=263;TCF=103;TCR=160;TR=129;WE=66268950;WS=66268932;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:233,192:0.45:425
chr17	66270082	rs35397826	A	G	8019.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.405;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=994;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=144;NR=128;PP=2962;ReadPosRankSum=0.060;SC=GATGATGCCGATGGCGACGTA;SOR=0.663;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=618;TCF=331;TCR=287;TR=272;WE=66270090;WS=66270072;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:566,412:0.42:978
chr17	66364691	rs1558876	C	G	1827.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=51;NR=2;PP=1511;SC=TGTTTCAGCACCAGCGGGAGG;SOR=5.136;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=54;TCF=52;TCR=2;TR=53;WE=66364699;WS=66364681;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr17	66364749	rs1558877	T	C	6588.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=137;NR=43;PP=2965;SC=TGCCCTTACCTGTGACTCAGC;SOR=2.076;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=180;TCF=137;TCR=43;TR=180;WE=66364757;WS=66364739;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,231:1.00:231
chr17	66364804	rs1558878	T	C	15477.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.046;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=594;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=230;NR=142;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.438;SC=TGCAGGGCTCTGGGAGATGGA;SOR=1.118;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=374;TCF=231;TCR=143;TR=372;WE=66364812;WS=66364794;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,580:0.99:584
chr17	66391314	rs11657051	C	T	6719.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.183;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=586;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=93;NR=110;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.779;SC=GCTCTTTGGCCGGTCACAGCC;SOR=0.727;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=372;TCF=172;TCR=200;TR=203;WE=66391322;WS=66391304;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:256,316:0.55:572
chr17	66420766	rs3785605	T	C	4142.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=18;NR=90;PP=2885;SC=CCTGTAATCCTAGCACTTTGG;SOR=2.392;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=110;TCF=18;TCR=92;TR=108;WE=66420774;WS=66420756;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,135:1.00:135
chr17	66422383	.	T	TGGGG	353.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.60;QD=35.37;SOR=1.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr17	66422388	rs3744304	A	G	285.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=58.95;QD=71.45;SOR=3.258;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr17	66422390	rs1006226	C	G	152.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=58.95;QD=38.01;SOR=3.258;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr17	66425995	rs3785610	T	G	4860.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.96;QD=46.29;SOR=2.280;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr17	66425995	.	TCC	GCT	2947	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;FR=1.0000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MMLQ=27;MQ=59.97;NF=63;NR=14;PP=2947;QD=20;SC=CTCCCAAGGTTCCGGGATTAC;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=81;TCF=67;TCR=14;TR=77;WE=66426005;WS=66425985;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:4,77:0.95:81
chr17	66425997	rs3785611	C	T	4860.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.96;QD=43.79;SOR=2.324;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr17	66440514	rs1030098	T	C	4206.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=98;NR=28;PP=2883;SC=GAGATAAACCTCACTAAGACT;SOR=2.419;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=126;TCF=98;TCR=28;TR=126;WE=66440522;WS=66440504;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,145:1.00:145
chr17	66446803	rs2302782	T	C	5675.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=109;NR=52;PP=2965;SC=TCTTGAAAGATGTCCATCTTT;SOR=1.445;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=162;TCF=110;TCR=52;TR=161;WE=66446811;WS=66446793;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,208:1.00:208
chr17	66447073	rs2302783	T	C	1822.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=49;PP=1222;SC=TTACATGGATTGATCACTTCC;SOR=2.799;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=60;TCF=11;TCR=49;TR=60;WE=66447081;WS=66447063;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr17	66449122	rs883541	G	A	8989.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=349;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=100;NR=102;PP=2965;SC=TTTAGTTCCAGTTGCTAGGGA;SOR=0.699;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=204;TCF=100;TCR=104;TR=202;WE=66449130;WS=66449112;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,347:1.00:347
chr17	66453305	rs71378928	C	G	3155.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-0.694;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=34;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=3;PP=1848;ReadPosRankSum=-0.622;SC=GTGGGGGGTGCGGCAAACCCC;SOR=3.556;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=80;TCF=67;TCR=13;TR=67;WE=66453313;WS=66453295;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,74:0.99:75
chr17	66453320	rs67556103	A	C	3709.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=0.544;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=82;NR=16;PP=2653;ReadPosRankSum=-0.854;SC=AACCCCACTGAAGGGGTACGG;SOR=2.812;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=99;TCF=83;TCR=16;TR=98;WE=66453328;WS=66453310;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,96:0.99:97
chr17	66453410	rs71378929	C	T	11101.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=2.057;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=440;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=163;NR=129;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.930;SC=CCACAAGCTGCTCTCAGGACG;SOR=0.479;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=294;TCF=163;TCR=131;TR=292;WE=66453418;WS=66453400;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,436:1.00:437
chr17	66453533	.	CG	C	2967	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;FR=0.5000;HP=5;HapScore=1;MGOF=135;MMLQ=24;MQ=60.12;NF=16;NR=88;PP=2967;QD=20;SC=CAACCCCGCCCGGGGGAGCGT;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=158;TCF=20;TCR=138;TR=104;WE=66453541;WS=66453523;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:54,104:0.66:158
chr17	66453572	rs146213184	GGCCCGGGAA	G	9669.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=240;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=101;PP=2941;SC=TCGGGGGCTCGGCCCGGGAAG;SOR=1.249;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=121;TCF=18;TCR=103;TR=116;WE=66453588;WS=66453562;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,217:1.00:217
chr17	66547249	rs9789047	G	A	6075.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-2.337;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=804;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=117;NR=98;PP=2962;ReadPosRankSum=1.871;SC=TCAAGGAGGAGCATTCCCCTG;SOR=0.647;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=509;TCF=283;TCR=226;TR=215;WE=66547257;WS=66547239;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:473,323:0.41:796
chr17	66547409	rs11657445	G	C	2138.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.851;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=277;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=62;PP=1354;ReadPosRankSum=2.321;SC=AATTTTCAAGGCATGTAGTTG;SOR=0.666;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=219;TCF=59;TCR=160;TR=85;WE=66547417;WS=66547399;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:165,104:0.39:269
chr17	66547829	rs200576196	AATT	A	866.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.547;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.29;MQRankSum=0.630;QD=27.96;ReadPosRankSum=-1.971;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,24:0.77:31
chr17	66547865	.	T	TATTATTATC	163.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.038;ClippingRankSum=0.000;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.319;NF=7;NR=8;PP=1272;ReadPosRankSum=1.292;SC=TTATTATTATTATCACCCCAA;SOR=0.418;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=28;TCF=14;TCR=14;TR=15;WE=66547873;WS=66547855;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,6:0.13:47
chr17	66550887	rs35495396	G	A	525.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.172;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FS=2.830;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.21;ReadPosRankSum=-0.251;SOR=1.583;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:62,39:0.39:101
chr17	66872802	rs1481	G	C	14636.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=562;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=156;NR=189;PP=2965;SC=AGGTCTTCACGGGAGACTTCA;SOR=0.831;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=347;TCF=157;TCR=190;TR=345;WE=66872810;WS=66872792;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,556:1.00:556
chr17	66879927	rs34931250	C	T	869.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.407;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.500;HP=6;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=20;PP=484;ReadPosRankSum=0.288;SC=TGTGTTTTTTCCAACCTAAAG;SOR=0.854;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=90;TCF=37;TCR=53;TR=33;WE=66879935;WS=66879917;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,46:0.39:119
chr17	66880081	rs8080098	A	G	964.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=20;PP=587;SC=TTCAATATCAAAGATATACTA;SOR=1.819;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=28;TCF=8;TCR=20;TR=27;WE=66880089;WS=66880071;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr17	66880371	rs1470293	G	A	509.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=13;NR=2;PP=325;SC=ATAGATACCTGTATCTCTAAC;SOR=2.833;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=13;TCR=2;TR=15;WE=66880379;WS=66880361;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr17	66880405	rs3744492	T	C	416.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=1.823;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=2;PP=273;ReadPosRankSum=1.144;SC=TTTCACAGTGTGTACAGAACT;SOR=0.818;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=24;TCF=20;TCR=4;TR=15;WE=66880413;WS=66880395;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,17:0.61:28
chr17	66883719	rs6501839	A	G	4530.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=25;NR=103;PP=2965;SC=AACTATTCAAACAAAACCTTT;SOR=2.303;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=129;TCF=25;TCR=104;TR=128;WE=66883727;WS=66883709;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,154:1.00:154
chr17	66890117	rs4148000	C	G	87.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=0.345;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=1;PP=161;ReadPosRankSum=0.804;SC=ATGTTTTGTTCATTTTATTTT;SOR=0.765;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=11;TCF=9;TCR=2;TR=5;WE=66890126;WS=66890107;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,5:0.38:13
chr17	66890118	rs4147999	A	G	156.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-0.705;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=4;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=1;PP=250;ReadPosRankSum=-0.804;SC=TGTTTTGTTCATTTTATTTTA;SOR=0.627;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=11;TCF=9;TCR=2;TR=6;WE=66890126;WS=66890107;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,8:0.62:13
chr17	66899710	rs3744494	C	G	966.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-1.238;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.062;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=28;PP=612;ReadPosRankSum=1.275;SC=CTCTGCTAAGCATCTCATGAT;SOR=1.430;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=74;TCF=13;TCR=61;TR=31;WE=66899718;WS=66899700;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,39:0.46:84
chr17	66899725	rs3744495	C	G	1194.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.887;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.83;ReadPosRankSum=1.236;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,33:0.49:67
chr17	66899733	rs3744496	C	T	1131.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.707;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=20.58;ReadPosRankSum=0.367;SOR=0.504;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,29:0.53:55
chr17	66904031	rs200486985	G	GA	109.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.022;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FS=1.263;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.89;ReadPosRankSum=-0.211;SOR=0.418;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:44,14:0.24:58
chr17	66915604	rs148466160	G	A	6496.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.785;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=555;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.532;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=68;NR=120;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.742;SC=TATTGTTATAGATGGTGACTG;SOR=0.770;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=359;TCF=138;TCR=221;TR=188;WE=66915612;WS=66915594;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:243,302:0.55:545
chr17	66933003	rs4147967	C	T	2725.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=58;NR=11;PP=1613;SC=TAGTGATGCTCTAATTTGGCA;SOR=2.277;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=69;TCF=58;TCR=11;TR=69;WE=66933011;WS=66932993;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr17	66985397	.	TCA	T	225	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=17;MMLQ=25;MQ=58.82;NF=1;NR=12;PP=225;QD=17.5384615385;SC=TCTCTCTCTCTCACACACACA;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=39;TCF=1;TCR=38;TR=13;WE=66985408;WS=66985373;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:26,13:0.33:39
chr17	66986162	rs9902444	A	C	8770.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=322;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=76;NR=158;PP=2965;SC=TTTCCTTATAAAAAATCATGA;SOR=1.404;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=235;TCF=76;TCR=159;TR=234;WE=66986170;WS=66986152;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,309:1.00:309
chr17	67028260	rs2302291	T	C	6896.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.929;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=567;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.527;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=121;NR=81;PP=2962;ReadPosRankSum=0.961;SC=TGATGGCTTCTTTCCCACAGA;SOR=0.718;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=345;TCF=204;TCR=141;TR=202;WE=67028268;WS=67028250;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:232,322:0.58:554
chr17	67031369	rs1860448	T	C	8733.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=336;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=137;NR=76;PP=2965;SC=AAAGTGAAAGTGTTACCTTAA;SOR=1.165;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=213;TCF=137;TCR=76;TR=213;WE=67031377;WS=67031359;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,326:1.00:326
chr17	67031457	rs1860447	C	T	11991.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=463;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=145;NR=139;PP=2965;SC=TGCAGGAAGACGTGTATACAA;SOR=0.719;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=284;TCF=145;TCR=139;TR=284;WE=67031465;WS=67031447;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,460:1.00:460
chr17	67047047	rs35873471	AT	A	1454.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=39;NR=4;PP=1711;SC=TTGAAAAAAAATCTAGCTTGT;SOR=4.133;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=44;TCF=40;TCR=4;TR=43;WE=67047055;WS=67047039;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr17	67075294	rs2302289	C	T	10598.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=415;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=120;NR=100;PP=2965;SC=CAGGAAAATGCATGTTGCTTT;SOR=0.811;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=220;TCF=120;TCR=100;TR=220;WE=67075302;WS=67075284;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,411:1.00:411
chr17	67080811	rs71144653	CT	C	44.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.366;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FS=8.473;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.15;MQRankSum=1.817;QD=0.91;ReadPosRankSum=-0.979;SOR=0.037;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,13:0.27:49
chr17	67081161	rs62082719	G	A	2381.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=2.599;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=242;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=22;PP=1314;ReadPosRankSum=-0.221;SC=CGCAGGTCCCGTCTGTACCTT;SOR=0.728;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=166;TCF=119;TCR=47;TR=80;WE=67081169;WS=67081151;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:123,111:0.47:234
chr17	67082962	rs740516	C	G	1758.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.915;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.349;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=44;PP=1025;ReadPosRankSum=-1.296;SC=ATGTCATAAGCCAAACCATAT;SOR=1.002;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=139;TCF=46;TCR=93;TR=61;WE=67082970;WS=67082952;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:104,85:0.45:189
chr17	67101718	rs7212506	C	T	1680.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=12;NR=30;PP=861;SC=ACATAGCATACATTATATTTT;SOR=1.430;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=42;TCF=12;TCR=30;TR=42;WE=67101726;WS=67101708;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr17	67150176	rs2886232	T	C	3312.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=2.124;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=331;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.362;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=69;PP=1785;ReadPosRankSum=0.407;SC=AATGTCAGATTCACCTTTGGT;SOR=0.615;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=223;TCF=71;TCR=152;TR=103;WE=67150184;WS=67150166;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:171,152:0.47:323
chr17	67150561	rs56142812	CT	C	229.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.130;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FS=1.212;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.09;MQRankSum=0.877;QD=3.77;ReadPosRankSum=-0.891;SOR=1.050;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,30:0.49:61
chr17	67178976	rs60708995	GA	G	148.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.065;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FS=2.156;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.22;ReadPosRankSum=-0.608;SOR=0.775;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:45,22:0.33:67
chr17	67188576	rs8070232	A	G	353.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.693;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.527;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=2;PP=259;ReadPosRankSum=-0.803;SC=AGACATTTTGAGCTGTTTATT;SOR=0.180;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=36;TCF=33;TCR=3;TR=15;WE=67188584;WS=67188566;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,15:0.42:36
chr17	67188668	rs8074259	T	C	5651.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=224;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=92;NR=64;PP=2692;SC=CATATTAATATGCTCATTTAA;SOR=0.981;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=157;TCF=93;TCR=64;TR=156;WE=67188676;WS=67188658;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,218:1.00:218
chr17	67219703	rs11655507	G	A	1652.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-4.308;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.886;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=20;PP=830;ReadPosRankSum=-1.293;SC=TATTAACTTTGTATCTCACTC;SOR=0.383;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=145;TCF=104;TCR=41;TR=61;WE=67219711;WS=67219693;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:97,80:0.45:177
chr17	67220060	rs1468513	T	G	350.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.03;BaseQRankSum=0.987;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.677;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=13;PP=243;ReadPosRankSum=1.337;SC=GCTTACACTGTGCATACAGGA;SOR=0.030;SbPval=0.16;Source=Platypus;TC=35;TCF=3;TCR=32;TR=16;WE=67220068;WS=67220050;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,16:0.46:35
chr17	67245941	rs1420904	G	A	125.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.720;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.40;ReadPosRankSum=-2.303;SOR=0.507;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,10:0.27:37
chr17	67257281	rs78349182	C	T	930.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-0.496;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.975;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=14;PP=499;ReadPosRankSum=-0.632;SC=TGAAAGAAATCAGGCAACCTA;SOR=0.434;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=67;TCF=44;TCR=23;TR=36;WE=67257289;WS=67257271;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,44:0.53:83
chr17	67260926	rs12449649	A	G	999.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.429;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.62;ReadPosRankSum=0.173;SOR=0.679;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:93,58:0.38:151
chr17	67267317	rs557491	T	C	6742.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.064;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=560;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.531;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=108;NR=75;PP=2876;ReadPosRankSum=2.208;SC=TCTGAATGCATCACATTTAAA;SOR=0.639;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=317;TCF=186;TCR=131;TR=183;WE=67267325;WS=67267307;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:229,323:0.59:552
chr17	67273882	rs536009	C	A	7500.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=286;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=85;NR=72;PP=2965;SC=CTCACTAGAGCAGCCTTGGTT;SOR=0.773;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=158;TCF=85;TCR=73;TR=157;WE=67273890;WS=67273872;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,285:1.00:285
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chr17	67279959	rs56193366	C	CAGTA	862.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=13;NR=1;PP=840;SC=CTATCACTATCAGTATCTCAT;SOR=3.611;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=14;TCF=13;TCR=1;TR=14;WE=67279967;WS=67279949;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr17	67279979	rs531586	A	C	341.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.435;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=45;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=2;PP=216;ReadPosRankSum=-1.066;SC=TTACTTATTTACTTATTTCTA;SOR=0.668;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=24;TCF=20;TCR=4;TR=13;WE=67279987;WS=67279969;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,15:0.58:26
chr17	67280000	rs139338135	T	TA	295.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.635;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=36;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=3;PP=213;ReadPosRankSum=1.043;SC=CCCTTTATTCTAAAAAAAATA;SOR=0.752;SbPval=0.92;Source=Platypus;TC=28;TCF=19;TCR=9;TR=17;WE=67280008;WS=67279990;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,18:0.46:39
chr17	67280310	rs564426	A	C	1155.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=3;NR=24;PP=738;SC=ACAGCCTGTGAAACATATCAT;SOR=2.554;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=27;TCF=3;TCR=24;TR=27;WE=67280318;WS=67280300;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr17	67282332	rs1550828	T	C	3496.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.069;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=392;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.703;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=73;NR=48;PP=1794;ReadPosRankSum=0.256;SC=GAGTATAATATAGAATAATGT;SOR=0.845;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=287;TCF=163;TCR=124;TR=121;WE=67282340;WS=67282322;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:208,176:0.46:384
chr17	67287327	rs34164530	G	GT	919.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.852;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.330;HP=9;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=12;PP=386;ReadPosRankSum=-0.484;SC=ATATAATGAAGTTTTTTTTTC;SOR=1.143;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=87;TCF=44;TCR=43;TR=33;WE=67287335;WS=67287317;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,59:0.40:147
chr17	67290644	rs2441358	C	A	913.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=1.736;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.154;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=7;PP=621;ReadPosRankSum=0.509;SC=ACCTGGGTGACAGAGCGAGAC;SOR=0.527;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=51;TCF=41;TCR=10;TR=32;WE=67290652;WS=67290634;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,38:0.62:61
chr17	67293535	rs487382	A	G	1910.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=19;NR=42;PP=1297;SC=GAGTTACCATAATTAGTTTTT;SOR=1.576;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=62;TCF=19;TCR=43;TR=61;WE=67293543;WS=67293525;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr17	67293580	rs568536	C	G	536.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.839;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.518;HP=2;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=18;PP=392;ReadPosRankSum=-1.066;SC=CATATGACAACCTGCATCTAA;SOR=1.460;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=35;TCF=7;TCR=28;TR=21;WE=67293588;WS=67293570;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,23:0.62:37
chr17	67297176	rs12938097	T	C	541.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=2.619;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.766;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=2;PP=376;ReadPosRankSum=-0.677;SC=GAATATGACTTAGGGTACCCT;SOR=1.329;SbPval=0.93;Source=Platypus;TC=41;TCF=32;TCR=9;TR=19;WE=67297184;WS=67297166;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,23:0.46:50
chr17	67304661	rs520389	C	A	616.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-4.405;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=21;PP=423;ReadPosRankSum=-0.176;SC=CAAAGGTAAACAATACTTACA;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=43;TCF=1;TCR=42;TR=21;WE=67304669;WS=67304651;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,25:0.50:50
chr17	67501133	rs34498161	C	T	1302.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-5.557;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=36;PP=825;ReadPosRankSum=-1.447;SC=ATTCTACTTCCATTGCTAACT;SOR=0.582;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=68;TCF=10;TCR=58;TR=42;WE=67501141;WS=67501123;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,52:0.68:77
chr17	67502138	rs2074027	G	A	3340.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=8;NR=92;PP=2590;SC=ACCTGAAATAGTCATCTTATC;SOR=4.235;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=100;TCF=8;TCR=92;TR=100;WE=67502146;WS=67502128;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr17	67512924	rs35105918	G	GTT	9397.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=3.138;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=719;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.628;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=5.309;NF=75;NR=61;PP=2968;ReadPosRankSum=2.132;SC=TATCCTCAGTGGTGTGTGATT;SOR=0.939;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=356;TCF=174;TCR=182;TR=136;WE=67512932;WS=67512914;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:450,261:0.37:711
chr17	67513003	rs1133228	C	A	10595.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=0.592;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1428;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=4.086;NF=154;NR=159;PP=2962;ReadPosRankSum=0.189;SC=TAGACCACCTCGAGATTTAGA;SOR=0.661;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=780;TCF=377;TCR=403;TR=313;WE=67513011;WS=67512993;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:853,566:0.40:1419
chr17	67513055	rs2251855	A	G	7972.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=1.057;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1022;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=4.031;NF=104;NR=152;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.048;SC=GTAAGAAAAAATCATGTCTGC;SOR=0.672;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=629;TCF=249;TCR=380;TR=256;WE=67513063;WS=67513045;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:604,413:0.41:1017
chr17	67516340	.	G	GT	129.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.153;ClippingRankSum=0.000;DP=192;ExcessHet=3.0103;FS=10.569;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.72;ReadPosRankSum=0.378;SOR=1.955;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:147,33:0.18:180
chr17	67519542	rs2251160	G	A	6587.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=237;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=162;NR=36;PP=2965;SC=GTGTTGGGCAGCTTGGGGAAA;SOR=2.743;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=199;TCF=163;TCR=36;TR=198;WE=67519550;WS=67519532;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,229:1.00:229
chr17	67521241	rs2716206	C	A	4869.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=38;NR=97;PP=2811;SC=TCCTGCTGAGCTGGTAGGAGA;SOR=1.735;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=137;TCF=40;TCR=97;TR=135;WE=67521249;WS=67521231;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,175:1.00:175
chr17	67522903	rs3729922	C	T	1507.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.469;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.662;HP=1;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=36;PP=885;ReadPosRankSum=-2.683;SC=GATGAGTTCTCATGAATTTCT;SOR=0.582;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=97;TCF=29;TCR=68;TR=55;WE=67522911;WS=67522893;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,70:0.51:137
chr17	67522919	rs2074030	C	T	2999.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.719;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=55;PP=1560;ReadPosRankSum=-1.014;SC=TTTCTTCCATCGGGGTTGAAT;SOR=0.596;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=78;TCF=22;TCR=56;TR=77;WE=67522927;WS=67522909;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,113:0.99:114
chr17	67522975	rs2074031	T	C	438.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.908;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.253;HP=4;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=12;PP=244;ReadPosRankSum=0.571;SC=GAGTATGCCCTCTCTGCTGGA;SOR=0.954;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=39;TCF=10;TCR=29;TR=15;WE=67522983;WS=67522965;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,20:0.43:46
chr17	68127335	.	CA	C	117.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.368;ClippingRankSum=0.000;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=1.616;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.80;ReadPosRankSum=1.934;SOR=1.148;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,16:0.38:42
chr17	69334502	rs5821838	C	CT,CTT	1221.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.356;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.87;ReadPosRankSum=0.914;SOR=0.969;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:11,40,26:0.52,0.34:77
chr17	69334553	rs4401085	G	C	6583.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=269;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=104;NR=85;PP=2965;SC=GTGTCTAGGTGTGGTTACTTT;SOR=0.763;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=197;TCF=111;TCR=86;TR=189;WE=69334561;WS=69334543;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,265:1.00:265
chr17	69334971	.	TATTTC	T	2973.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=83;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=63.37;QD=37.17;SOR=2.133;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr17	69334972	.	A	C	1408	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;FR=1.0000;HP=7;HapScore=1;MGOF=7;MMLQ=29;MQ=62.16;NF=12;NR=46;PP=1408;QD=24.8753657336;SC=TGTTTCTTTTATTTCCTTTCT;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=62;TCF=15;TCR=47;TR=58;WE=69335043;WS=69334962;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:4,58:0.94:62
chr17	69334981	.	CTTTCTTTCTTCCTTCCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTT	C	2858.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=74;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=63.76;QD=39.70;SOR=2.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr17	70119245	rs12950966	C	G	3128.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=1.308;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=244;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.385;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=86;PP=2100;ReadPosRankSum=-0.730;SC=TTGCGCCCGTCCCGCTCCCCT;SOR=0.948;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=211;TCF=48;TCR=163;TR=106;WE=70119253;WS=70119235;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:114,127:0.53:241
chr17	70120551	rs1042667	A	C	8152.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-2.764;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=656;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=94;NR=192;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.304;SC=CGAAGGGCGAAGATGGCCGAG;SOR=0.701;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=450;TCF=147;TCR=303;TR=286;WE=70120559;WS=70120541;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:256,391:0.60:647
chr17	70845688	rs12449747	C	A	2179.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=56;NR=11;PP=1504;SC=ACAATTGCCCCTTCCCCTTTT;SOR=2.630;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=68;TCF=56;TCR=12;TR=67;WE=70845696;WS=70845678;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr17	70845949	.	CA	C	703.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.246;ClippingRankSum=0.000;DP=346;ExcessHet=3.0103;FS=3.305;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.03;MQRankSum=1.547;QD=2.35;ReadPosRankSum=-1.422;SOR=0.926;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:199,100:0.33:299
chr17	70846027	rs4998297	G	A	4884.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=53;NR=103;PP=2965;SC=AGCTACAGCAGGAAGAAGCTT;SOR=1.237;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=157;TCF=54;TCR=103;TR=156;WE=70846035;WS=70846017;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,180:1.00:180
chr17	70846116	rs4436821	C	T	1753.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=15;NR=40;PP=1190;SC=CACTGCAGCCCCAACTTCCCG;SOR=1.888;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=55;TCF=15;TCR=40;TR=55;WE=70846124;WS=70846106;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr17	70943990	rs2466517	T	C	8306.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=310;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=86;NR=90;PP=2965;SC=AGTGCCAGGGTCGTCTGGGGG;SOR=0.739;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=176;TCF=86;TCR=90;TR=176;WE=70943998;WS=70943980;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,309:1.00:309
chr17	71027543	rs9912666	G	A	897.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=25;NR=3;PP=641;SC=AGAAATCACCGATCAGTTCCT;SOR=3.477;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=28;TCF=25;TCR=3;TR=28;WE=71027551;WS=71027533;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr17	71081078	rs9891809	G	A	10473.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=395;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=106;NR=173;PP=2965;SC=AAAGAGCCACGCAAATAAAGA;SOR=1.155;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=280;TCF=106;TCR=174;TR=279;WE=71081086;WS=71081068;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,389:1.00:389
chr17	71166701	rs7220818	A	G	17348.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=653;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=216;NR=204;PP=2965;SC=CATGAGTCCAATTCAGAGAAC;SOR=0.712;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=420;TCF=216;TCR=204;TR=420;WE=71166709;WS=71166691;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,646:1.00:646
chr17	71189155	.	A	AGG	937	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;FR=0.5000;HP=7;HapScore=2;MGOF=17;MMLQ=24;MQ=59.9;NF=11;NR=13;PP=937;QD=40.125;SC=AAGATGGCGGAGGGGGCGGGA;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=59;TCF=31;TCR=28;TR=24;WE=71189163;WS=71189145;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:35,24:0.41:59
chr17	71189182	.	A	G	1246	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MMLQ=24;MQ=59.95;NF=36;NR=20;PP=1246;QD=22.8709145098;SC=GGGCGTAGGTAGATCGCCGGG;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=107;TCF=64;TCR=43;TR=56;WE=71189190;WS=71189172;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:51,56:0.52:107
chr17	71192468	rs1052705	C	T	749.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-0.548;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.393;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=5;PP=476;ReadPosRankSum=-1.542;SC=GATCTTACAACACTCCTGACT;SOR=0.142;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=46;TCF=40;TCR=6;TR=27;WE=71192476;WS=71192465;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,31:0.62:50
chr17	71192663	rs1052706	G	A	4920.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.967;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=416;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.769;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=101;NR=63;PP=2762;ReadPosRankSum=-0.141;SC=AGCCATCCCAGGAGAAGTTCT;SOR=0.836;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=298;TCF=178;TCR=120;TR=164;WE=71192671;WS=71192653;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:183,225:0.55:408
chr17	71192873	rs11544800	A	G	5337.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.417;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=396;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.377;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=68;NR=105;PP=2641;ReadPosRankSum=-1.173;SC=GGCAGGTGGCAGCCGCCAGCC;SOR=0.718;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=273;TCF=106;TCR=167;TR=173;WE=71192881;WS=71192863;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:154,239:0.61:393
chr17	71192955	rs1010442	C	T	1474.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.751;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.852;HP=3;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=44;PP=1099;ReadPosRankSum=0.732;SC=GGGTTTATGGCGTTTGTCTTC;SOR=1.105;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=106;TCF=34;TCR=72;TR=61;WE=71192963;WS=71192945;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,62:0.57:108
chr17	71193594	rs7221701	G	A	3508.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.065;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=320;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.906;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=76;PP=1682;ReadPosRankSum=-2.363;SC=TTTGCTCAGCGTCTACCGTGT;SOR=0.822;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=225;TCF=78;TCR=147;TR=111;WE=71193602;WS=71193584;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:153,165:0.52:318
chr17	71193633	rs11658510	G	A	2230.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.080;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.090;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=56;PP=1433;ReadPosRankSum=-0.133;SC=CTCTGGGGATGGAGCAGTGAA;SOR=0.377;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=142;TCF=36;TCR=106;TR=80;WE=71193641;WS=71193623;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,98:0.56:176
chr17	71195949	rs1009110	C	T	1650.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.029;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=13;PP=951;ReadPosRankSum=1.024;SC=CTCCCTGTTTCAATATGCACT;SOR=0.678;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=89;TCF=69;TCR=20;TR=53;WE=71195957;WS=71195939;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,73:0.56:131
chr17	71196809	rs1026128	A	G	3516.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.359;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=286;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=50;PP=1672;ReadPosRankSum=-0.200;SC=TTACTTACCAATGAGTCCACC;SOR=0.672;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=172;TCF=94;TCR=78;TR=106;WE=71196817;WS=71196799;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:117,164:0.58:281
chr17	71196995	rs1026129	G	A	809.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-0.306;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.599;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=25;PP=540;ReadPosRankSum=2.360;SC=GATTTCTGTCGCTTCCCAAGT;SOR=1.254;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=63;TCF=19;TCR=44;TR=34;WE=71197003;WS=71196985;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,36:0.51:70
chr17	71197200	rs1026130	T	C	2158.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=62;NR=7;PP=1723;SC=TGTTTTGAAATGTCCTTAAAG;SOR=3.912;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=69;TCF=62;TCR=7;TR=69;WE=71197208;WS=71197195;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr17	71197748	rs1037256	G	A	8741.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.723;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=732;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=97;NR=149;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.289;SC=GCATTGAAGAGGGTGTGCAAG;SOR=0.720;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=449;TCF=180;TCR=269;TR=246;WE=71197756;WS=71197738;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:325,399:0.55:724
chr17	71201675	rs3829571	T	C	12180.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=481;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=142;NR=165;PP=2965;SC=GGGTGGGGACTGGGAATTCAT;SOR=0.809;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=307;TCF=142;TCR=165;TR=307;WE=71201683;WS=71201665;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,472:1.00:472
chr17	71202777	rs200268966	CT	C	282.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.450;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FS=0.923;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.27;MQRankSum=2.405;QD=2.64;ReadPosRankSum=-1.053;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:66,41:0.38:107
chr17	71203231	rs57965299	CAAAAA	C	1017.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.105;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=1.932;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.05;MQRankSum=-0.692;QD=19.96;ReadPosRankSum=1.921;SOR=1.519;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,33:0.65:51
chr17	71205854	rs8387	A	G	4753.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=2.051;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=418;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=79;NR=74;PP=2448;ReadPosRankSum=1.299;SC=TGTCCGGGCTATTGATGCTGC;SOR=0.739;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=267;TCF=136;TCR=131;TR=153;WE=71205868;WS=71205844;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:193,222:0.53:415
chr17	71206030	rs11655892	T	C	704.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=0.271;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.195;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=20;PP=421;ReadPosRankSum=0.381;SC=GATGAAGACATATACTGGGCT;SOR=0.425;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=66;TCF=15;TCR=51;TR=27;WE=71206038;WS=71206020;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,33:0.44:75
chr17	71208647	rs10717516	GC	G	2486.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=0.256;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.550;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.718;NF=48;NR=16;PP=2215;ReadPosRankSum=0.919;SC=AGGATTTGCAGCCAGCTGCAA;SOR=0.901;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=130;TCF=97;TCR=33;TR=64;WE=71208655;WS=71208637;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,81:0.51:159
chr17	71208960	rs11655656	T	C	1716.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=2.615;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.648;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=49;PP=1165;ReadPosRankSum=0.701;SC=CGTACTATAATAGCACAAGGG;SOR=0.776;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=141;TCF=34;TCR=107;TR=62;WE=71208968;WS=71208950;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,75:0.46:163
chr17	71223424	rs71154980	GA	G	561.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.266;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FS=1.012;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.31;MQRankSum=1.588;QD=6.77;ReadPosRankSum=0.930;SOR=0.498;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:40,43:0.52:83
chr17	71223501	rs17184168	T	C	311.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.240;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.599;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=15;PP=231;ReadPosRankSum=0.697;SC=ATTTGCCCTCTGGCCTGAGAA;SOR=1.981;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=32;TCF=4;TCR=28;TR=16;WE=71223509;WS=71223491;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,16:0.46:35
chr17	71231604	rs3751925	A	C	6435.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.916;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=479;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.568;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=147;NR=67;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.265;SC=TCTCACATTTACCTTTTTCAG;SOR=0.612;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=358;TCF=250;TCR=108;TR=214;WE=71231614;WS=71231594;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:185,282:0.60:467
chr17	71232687	rs745143	T	C	5582.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.556;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=387;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.258;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=83;NR=97;PP=2962;ReadPosRankSum=0.152;SC=TTTAAGTTTGTTCATTCCGAG;SOR=0.687;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=281;TCF=138;TCR=143;TR=180;WE=71232695;WS=71232677;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:134,237:0.64:371
chr17	71232804	rs904384	C	A	25713.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=710;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=36.32;SOR=0.959;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,708:1.00:708
chr17	71232804	.	CATT	AATC,AATT	2962	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.48;FR=0.5000,0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=132,267;NR=101,190;PP=2944,2962;QD=20;SC=CCAGAATCATCATTGTGTCCC;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=463;TCF=269;TCR=194;TR=233,457;WE=71232815;WS=71232794;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.50:463
chr17	71232807	rs904383	T	C	7787.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.332;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=704;ExcessHet=3.0103;FS=3.246;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.09;ReadPosRankSum=-2.593;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:333,369:0.53:702
chr17	71232881	rs745142	G	C	10440.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.444;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=942;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.743;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=177;NR=148;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.802;SC=CTGATAGTCAGTTCCAAGCAT;SOR=0.835;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=594;TCF=307;TCR=287;TR=325;WE=71232889;WS=71232871;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:447,492:0.52:939
chr17	71233130	rs11869253	A	G	8611.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.094;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=761;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=99;NR=132;PP=2962;ReadPosRankSum=0.076;SC=AAAGACTCTCACAAGGTAAAC;SOR=0.697;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=462;TCF=196;TCR=266;TR=231;WE=71233138;WS=71233120;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:350,408:0.54:758
chr17	71238433	rs1566286	G	A	7639.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.182;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=674;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=117;NR=107;PP=2962;ReadPosRankSum=1.148;SC=GGAACCCCCTGCCGGACTTAC;SOR=0.717;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=403;TCF=206;TCR=197;TR=224;WE=71238441;WS=71238423;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:297,366:0.55:663
chr17	71238525	rs1566287	A	G	6593.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-3.052;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=526;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.798;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQ=60.02;MQRankSum=0.816;NF=77;NR=110;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.913;SC=CTTCTGTTGCAGGTTCTGGGC;SOR=0.555;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=307;TCF=120;TCR=187;TR=187;WE=71238533;WS=71238515;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:205,311:0.60:516
chr17	71238649	rs5821951	T	TC	1984.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=2.184;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.974;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQ=60.11;MQRankSum=0.766;NF=3;NR=40;PP=1833;ReadPosRankSum=-0.966;SC=ATTTTGGAGTTGGACATAATT;SOR=0.875;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=69;TCF=5;TCR=64;TR=43;WE=71238657;WS=71238639;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,58:0.64:90
chr17	71238693	rs1566288	T	C	719.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=3.379;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=28;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=22;PP=557;ReadPosRankSum=0.560;SC=CTACCATTTATTCAACAGCTT;SOR=0.892;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=38;TCF=4;TCR=34;TR=25;WE=71238701;WS=71238683;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,26:0.62:42
chr17	71239000	rs2270726	T	C	410.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=1.537;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.483;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=1;PP=148;ReadPosRankSum=1.696;SC=TAGTTTCAGTTGCTGTAACAA;SOR=1.833;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=21;TCF=18;TCR=3;TR=10;WE=71239008;WS=71238990;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,11:0.42:26
chr17	71239016	rs2270727	C	T	486.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=2.168;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.845;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=2;PP=203;ReadPosRankSum=0.423;SC=AACAACAAGCCGTGTTTCCTT;SOR=1.440;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=25;TCF=21;TCR=4;TR=13;WE=71239024;WS=71239006;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,15:0.48:31
chr17	71239087	rs1566290	G	T	754.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.978;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.704;HP=1;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=12;PP=302;ReadPosRankSum=-0.076;SC=GTGGCATCACGATGCTCTTCA;SOR=0.511;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=69;TCF=43;TCR=26;TR=28;WE=71239095;WS=71239077;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,39:0.41:96
chr17	71239190	rs2270728	A	T	2611.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.242;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FS=0.753;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=23.32;ReadPosRankSum=1.769;SOR=0.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,75:0.67:112
chr17	71239214	rs138600770	GAA	G	2242.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.508;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.12;MQRankSum=0.763;QD=26.39;ReadPosRankSum=2.618;SOR=0.621;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,55:0.65:85
chr17	71239227	.	T	TG	835.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.598;ClippingRankSum=0.000;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=2.085;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.14;MQRankSum=0.744;QD=11.77;ReadPosRankSum=0.195;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,47:0.66:71
chr17	71239234	.	T	TTTTG	1625.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.526;ClippingRankSum=0.000;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=4.873;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.17;MQRankSum=0.795;QD=27.10;ReadPosRankSum=-0.433;SOR=1.482;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,45:0.75:60
chr17	71244630	rs8915	C	T	10706.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.977;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=405;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.165;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=126;NR=139;PP=2965;ReadPosRankSum=1.701;SC=TAAGAAGCAACGCTTAGATCT;SOR=0.345;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=266;TCF=127;TCR=139;TR=265;WE=71244638;WS=71244620;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,399:1.00:400
chr17	71244702	rs12885	G	T	2432.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-1.812;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=290;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.570;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=63;PP=1400;ReadPosRankSum=-1.289;SC=AATGCAGCGTGAGAATCCATA;SOR=0.992;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=209;TCF=78;TCR=131;TR=94;WE=71244710;WS=71244692;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:166,122:0.42:288
chr17	71334473	rs3195414	G	A	27230.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=1048;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQ=60.01;NF=360;NR=293;PP=2965;SC=CCCCAGCTCCGTGTAATTCCC;SOR=0.819;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=657;TCF=361;TCR=296;TR=653;WE=71334481;WS=71334463;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,1040:1.00:1040
chr17	71344584	rs4969105	G	A	9462.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=363;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=194;NR=93;PP=2965;SC=GGAGGGGACAGATGGCCCATA;SOR=1.523;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=288;TCF=194;TCR=94;TR=287;WE=71344592;WS=71344574;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,351:1.00:351
chr17	71344889	rs9905883	C	T	3364.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=24;NR=68;PP=2021;SC=GGAGTGGGGCCGAGAGGTGCA;SOR=1.688;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=93;TCF=24;TCR=69;TR=92;WE=71344897;WS=71344879;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr17	71346329	.	T	TGGGCACTGCTGGGCCTGGCCCCCCACCC	2975	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;FR=1.0000;HP=3;HapScore=1;MGOF=15;MMLQ=23;MQ=64.25;NF=26;NR=4;PP=2975;QD=20;SC=TCTCCCCACCTGGGCACTGCT;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=54;TCF=43;TCR=11;TR=30;WE=71346337;WS=71346319;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:24,30:0.56:54
chr17	71346347	.	G	GC	4112.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=65.87;QD=52.06;SOR=5.918;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr17	71346353	.	A	C	2880	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;FR=1.0000;HP=5;HapScore=1;MGOF=29;MMLQ=28;MQ=64.21;NF=99;NR=35;PP=2880;QD=20;SC=CCTGGCCCCCAACCCACGCAG;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=134;TCF=99;TCR=35;TR=134;WE=71346361;WS=71346343;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,134:1.00:134
chr17	71346353	.	A	ACCCGGGCACTGCTGGGCCTGGCCCCCC	6537.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=103;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=66.86;QD=64.10;SOR=3.745;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr17	71346750	rs1995163	C	G	8998.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=336;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQ=60.03;NF=115;NR=81;PP=2965;SC=ATACATAAAACTCAAGTCCAG;SOR=0.925;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=196;TCF=115;TCR=81;TR=196;WE=71346758;WS=71346740;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,333:1.00:333
chr17	71346943	rs4969107	A	G	4807.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=39;NR=88;PP=2694;SC=GAGCACAGATAGTCAGGTATA;SOR=1.453;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=128;TCF=40;TCR=88;TR=127;WE=71346951;WS=71346933;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,175:1.00:175
chr17	71347027	rs12449590	G	A	1087.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=6;NR=30;PP=895;SC=ACAATCTATGGGAAGGCAGGG;SOR=2.712;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=37;TCF=7;TCR=30;TR=36;WE=71347035;WS=71347017;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr17	71353985	rs2279730	T	C	5497.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=103;NR=44;PP=2965;SC=TGGTCCTCAGTTAGCACTAAC;SOR=1.622;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=147;TCF=103;TCR=44;TR=147;WE=71353993;WS=71353975;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,191:1.00:191
chr17	71357810	rs2279732	G	A	4520.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=2.778;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=653;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.133;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=87;NR=62;PP=2140;ReadPosRankSum=-0.532;SC=TGCCTGGTCCGTTGCTCTCCT;SOR=0.801;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=379;TCF=216;TCR=163;TR=149;WE=71357818;WS=71357800;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:399,243:0.38:642
chr17	71358045	rs11657033	T	C	5026.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=39;NR=116;PP=2705;SC=CTGGAGGCCATGGGGAAGGGG;SOR=1.884;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=155;TCF=39;TCR=116;TR=155;WE=71358053;WS=71358035;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,193:1.00:193
chr17	71365150	rs56761775	C	CA	94.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.194;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FS=4.901;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.09;MQRankSum=1.890;QD=0.91;ReadPosRankSum=-0.150;SOR=0.320;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:83,21:0.20:104
chr17	71365314	rs867998	A	G	5417.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=65;NR=99;PP=2965;SC=GCGCTGGCACATCAGCACTTA;SOR=1.146;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=165;TCF=65;TCR=100;TR=164;WE=71365322;WS=71365304;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,205:1.00:205
chr17	71376869	rs12941386	C	T	2326.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.929;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.727;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=12;PP=1459;ReadPosRankSum=-0.624;SC=CCTACTTTTCCGTGTGTTTAG;SOR=0.304;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=118;TCF=100;TCR=18;TR=72;WE=71376877;WS=71376859;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,92:0.64:143
chr17	71382747	rs7212508	T	C	5171.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=51;NR=78;PP=2438;SC=CGCCCCATGCTCCCACCAAGG;SOR=1.026;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=130;TCF=51;TCR=79;TR=129;WE=71382755;WS=71382737;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,192:1.00:192
chr17	71390366	rs904381	C	A	7913.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.277;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=698;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.094;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=115;NR=113;PP=2962;ReadPosRankSum=0.515;SC=CCAGCACGAGCCCGTTGCGAT;SOR=0.615;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=413;TCF=199;TCR=214;TR=228;WE=71390374;WS=71390356;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:320,373:0.54:693
chr17	71394066	rs7224026	C	G	264.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=1.421;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=2;PP=176;ReadPosRankSum=1.333;SC=CATCAGAAAACAGAAAGAGAG;SOR=0.914;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=24;TCF=20;TCR=4;TR=12;WE=71394074;WS=71394063;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,12:0.46:26
chr17	71397262	rs145375289	C	T	5407.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.778;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=438;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.528;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=83;NR=67;PP=2362;ReadPosRankSum=-0.132;SC=CGGTGAGGCCCGTGACACGGT;SOR=0.623;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=255;TCF=144;TCR=111;TR=150;WE=71397270;WS=71397252;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:180,252:0.58:432
chr17	71397366	rs11653524	G	A	3132.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.111;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=424;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=59;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.265;SC=GAGAGCCGCCGTGTTGGCATG;SOR=0.728;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=234;TCF=100;TCR=134;TR=103;WE=71397383;WS=71397356;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:253,169:0.40:422
chr17	71397375	rs7226251	T	G	5322.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.436;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=407;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=74;PP=2962;ReadPosRankSum=0.581;SC=CGTGTTGGCATGAGCTTGGCT;SOR=0.651;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=224;TCF=92;TCR=132;TR=125;WE=71397383;WS=71397356;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:159,246:0.61:405
chr17	71398170	rs9302962	G	C	8218.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.676;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=669;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.757;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=132;NR=92;PP=2962;ReadPosRankSum=0.151;SC=TGAAGTACTCGGTGAACTTCT;SOR=0.836;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=399;TCF=227;TCR=172;TR=224;WE=71398178;WS=71398160;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:276,388:0.58:664
chr17	71410891	rs12386051	C	T	1557.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.673;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FS=3.867;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.99;ReadPosRankSum=-3.174;SOR=0.863;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:139,84:0.38:223
chr17	71415245	rs8071352	G	A	2398.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.246;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=260;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.775;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=69;NR=36;PP=1531;ReadPosRankSum=0.222;SC=GTCCACTCCCGATCTTCCCCC;SOR=0.483;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=216;TCF=149;TCR=67;TR=105;WE=71415253;WS=71415235;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:133,116:0.47:249
chr17	71418605	rs9894213	T	C	10375.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=361;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=76;NR=204;PP=2965;SC=CAGAAGTGGGTATCTTGGGTG;SOR=1.777;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=280;TCF=76;TCR=204;TR=280;WE=71418613;WS=71418595;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,355:1.00:355
chr17	71420035	rs6501636	T	C	6032.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=114;NR=47;PP=2965;SC=TCTGCCGGGGTCTGGGAGGGC;SOR=1.655;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=162;TCF=115;TCR=47;TR=161;WE=71420043;WS=71420025;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,212:1.00:212
chr17	71452208	rs34494368	C	T	5615.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.564;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=726;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.529;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=82;NR=108;PP=2415;ReadPosRankSum=-0.508;SC=GCCGGGACAACGGCAGTAGGA;SOR=0.647;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=456;TCF=192;TCR=264;TR=190;WE=71452216;WS=71452198;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:420,302:0.42:722
chr17	71503717	.	G	A	3659.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.805;ClippingRankSum=0.000;DP=535;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=54;PP=1389;ReadPosRankSum=-0.676;SC=GCTCTGTCTTGAAATACGGGG;SOR=0.727;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=309;TCF=150;TCR=159;TR=103;WE=71503725;WS=71503707;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:329,200:0.38:529
chr17	71746361	rs17782705	G	A	1092.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=48;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=17;NR=2;PP=456;SC=GGCCTGGCCTGAGCAGGTATG;SOR=2.670;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=19;TCF=17;TCR=2;TR=19;WE=71746369;WS=71746351;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr17	71746386	rs17191848	A	G	1501.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=65;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=29;NR=5;PP=745;SC=CGACAACTGCAGAGAGTGCCA;SOR=2.948;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=29;TCR=5;TR=34;WE=71746394;WS=71746376;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr17	71746427	rs35481671	G	A	3163.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.94;SOR=2.115;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr17	71746435	rs34026863	C	T	3495.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.62;SOR=1.754;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr17	71746479	rs2683163	C	G	4958.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=42;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=88;NR=32;PP=2889;SC=GCTGCGAGCACAGCCAAAAAG;SOR=1.694;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=120;TCF=88;TCR=32;TR=120;WE=71746487;WS=71746469;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,172:1.00:172
chr17	71746508	rs2683162	T	C	6835.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=253;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=118;NR=56;PP=2965;SC=CTCCTGTCCCTGCGGTGGGCT;SOR=1.399;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=174;TCF=118;TCR=56;TR=174;WE=71746516;WS=71746498;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,248:1.00:248
chr17	71746796	rs2620035	A	G	13468.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=516;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=149;NR=220;PP=2965;SC=TGTCTGGAATATCTCCCCTTG;SOR=1.043;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=370;TCF=150;TCR=220;TR=369;WE=71746804;WS=71746786;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,502:1.00:502
chr17	71824671	.	CT	C	227.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.418;ClippingRankSum=0.000;DP=97;ExcessHet=3.0103;FS=1.903;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.22;MQRankSum=1.923;QD=3.45;ReadPosRankSum=-0.203;SOR=1.204;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,27:0.41:66
chr17	72206117	.	CTT	C	735.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.125;ClippingRankSum=0.000;DP=137;ExcessHet=3.0103;FS=1.741;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.16;MQRankSum=-1.228;QD=8.17;ReadPosRankSum=1.589;SOR=0.951;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:51,39:0.43:90
chr17	72209858	rs7206926	A	G	24811.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=925;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=256;NR=271;PP=2965;SC=ACCAGGAGGTAAGTTTACGCC;SOR=0.729;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=527;TCF=256;TCR=271;TR=527;WE=72209866;WS=72209848;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,918:1.00:918
chr17	72226945	rs877583	A	G	3066.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.851;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=257;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.003;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=32;PP=1443;ReadPosRankSum=-0.458;SC=CACCGCACCCAACCCTAAGCT;SOR=0.781;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=152;TCF=97;TCR=55;TR=92;WE=72226953;WS=72226935;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:102,147:0.59:249
chr17	72233419	rs74718342	C	T	6219.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.390;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=508;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.166;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=123;NR=59;PP=2841;ReadPosRankSum=0.331;SC=CTTTTGCCCCCTGCTCCTCCC;SOR=0.995;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=342;TCF=212;TCR=130;TR=182;WE=72233427;WS=72233409;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:213,289:0.58:502
chr17	72233559	rs62621376	G	A	9346.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.119;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=721;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.535;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=144;NR=159;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.883;SC=GGCGGGCAGCGTTGTTGTTCA;SOR=0.767;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=505;TCF=243;TCR=262;TR=303;WE=72233567;WS=72233549;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:271,435:0.62:706
chr17	72240168	rs35682745	G	A	2047.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.015;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FS=1.700;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.99;ReadPosRankSum=1.314;SOR=0.756;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:100,105:0.51:205
chr17	72240177	rs35999669	T	G	7204.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.696;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=34.81;ReadPosRankSum=-0.978;SOR=0.743;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,205:0.99:207
chr17	72240336	rs73356650	G	A	650.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=2.365;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=13;PP=298;ReadPosRankSum=-0.558;SC=CATCTGAACCGGCCCCTCTCG;SOR=0.681;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=49;TCF=16;TCR=33;TR=19;WE=72240344;WS=72240326;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,30:0.42:71
chr17	72245613	rs1870991	A	G	1901.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-2.968;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.645;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=58;PP=1302;ReadPosRankSum=-1.757;SC=CCACTGACCAAGATGGCGGAG;SOR=0.630;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=154;TCF=29;TCR=125;TR=72;WE=72245621;WS=72245603;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:97,84:0.46:181
chr17	72245629	rs1870993	A	G	1130.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-3.678;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.940;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=37;PP=794;ReadPosRankSum=-0.531;SC=CGGAGGTGGCAGGGCCTTGCT;SOR=0.437;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=107;TCF=17;TCR=90;TR=46;WE=72245637;WS=72245619;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,51:0.42:122
chr17	72245953	rs1112216	G	A	1458.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-6.353;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.615;HP=6;HapScore=1;MGOF=47;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-1.343;NF=61;NR=0;PP=1044;ReadPosRankSum=0.942;SC=GCCAGGTGGGGGGGTGGGAGG;SOR=1.828;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=158;TCF=141;TCR=17;TR=61;WE=72245961;WS=72245952;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,56:0.52:107
chr17	72245986	rs36208397	CCACTGTGGGGCTCCTGGGAGACGGAGCCT	C	9235.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=250;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=1;PP=2916;SC=GGCCCCTCAGCCACTGTGGGG;SOR=4.112;SbPval=0.99;Source=Platypus;TC=54;TCF=37;TCR=17;TR=14;WE=72246022;WS=72245976;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,208:1.00:208
chr17	72246101	rs3897753	T	C	9962.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=4.884;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1143;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.524;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=158;NR=153;PP=2962;ReadPosRankSum=1.955;SC=AGCGCGCACTTACCACCATGC;SOR=0.648;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=687;TCF=355;TCR=332;TR=311;WE=72246109;WS=72246091;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:627,499:0.44:1126
chr17	72246382	rs139483749	TCTCG	T	7561.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.198;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=516;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.505;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=2.121;NF=15;NR=71;PP=2971;ReadPosRankSum=1.105;SC=CCTCGGCCTCTCTCGCTCTCT;SOR=0.774;SbPval=0.93;Source=Platypus;TC=204;TCF=54;TCR=150;TR=86;WE=72246393;WS=72246372;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:304,204:0.40:508
chr17	72246466	rs7224615	C	T	3153.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.801;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=421;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.136;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=65;PP=1581;ReadPosRankSum=0.813;SC=ACCAGCTGACCGCCATGGTGG;SOR=0.810;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=266;TCF=112;TCR=154;TR=110;WE=72246474;WS=72246456;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:258,163:0.39:421
chr17	72248363	rs4789639	C	T	1624.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.951;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=234;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.499;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=21;PP=681;ReadPosRankSum=0.103;SC=TGTCCCTCCTCTTCCTCCAGG;SOR=0.648;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=141;TCF=81;TCR=60;TR=50;WE=72248371;WS=72248353;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:141,86:0.38:227
chr17	72248483	rs4789640	A	G	2197.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.146;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=285;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.440;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=42;PP=976;ReadPosRankSum=-0.138;SC=TGATCTGTGCAGGGCCAAGGG;SOR=0.648;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=178;TCF=79;TCR=99;TR=76;WE=72248491;WS=72248473;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:162,118:0.42:280
chr17	72248512	rs12600564	C	T	1489.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.538;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.16;ReadPosRankSum=1.299;SOR=0.696;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:126,82:0.39:208
chr17	72248593	rs4789642	C	T	582.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.787;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.941;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=17;PP=283;ReadPosRankSum=-2.137;SC=CTCTGCTCTACGATTTAGCTG;SOR=1.106;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=70;TCF=22;TCR=48;TR=22;WE=72248601;WS=72248583;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,34:0.31:109
chr17	72250110	rs8069056	G	C	2192.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=2.809;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=55;PP=1355;ReadPosRankSum=0.553;SC=CCAGACCGTCGTGGGTATCCC;SOR=0.710;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=173;TCF=48;TCR=125;TR=77;WE=72250118;WS=72250100;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:118,97:0.45:215
chr17	72250149	rs8074722	T	C	1103.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-2.100;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.831;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=35;PP=648;ReadPosRankSum=-0.639;SC=ATTGCAAAGATGCAAGAAATC;SOR=0.964;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=92;TCF=18;TCR=74;TR=42;WE=72250157;WS=72250139;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,53:0.47:112
chr17	72281367	rs6501706	A	G	15431.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=589;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=145;NR=204;PP=2965;SC=CCCCAGCTGCAAGAGCCCCAT;SOR=0.904;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=349;TCF=145;TCR=204;TR=349;WE=72281375;WS=72281357;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,582:1.00:582
chr17	72283314	rs12452656	G	T	583.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-2.438;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.803;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=16;PP=307;ReadPosRankSum=1.243;SC=GCAACTCCTTGCCATCGCTGC;SOR=0.368;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=45;TCF=6;TCR=39;TR=19;WE=72283322;WS=72283304;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,26:0.46:57
chr17	72285659	rs35604335	CA	C,CAA	958.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.128;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.10;MQRankSum=0.497;QD=9.40;ReadPosRankSum=-0.436;SOR=0.628;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:12,54,36:0.53,0.35:102
chr17	72285705	rs62065706	C	T	1901.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.390;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=24;PP=1269;ReadPosRankSum=-0.953;SC=CACATCCAGCCTTCTGCTCTC;SOR=0.717;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=161;TCF=105;TCR=56;TR=77;WE=72285713;WS=72285695;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:125,94:0.43:219
chr17	72285906	rs62065707	G	A	1836.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.998;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=44;PP=1043;ReadPosRankSum=-1.700;SC=GGTGGCCTGGGAGGGCTGAGG;SOR=0.719;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=125;TCF=42;TCR=83;TR=67;WE=72285914;WS=72285896;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:97,91:0.48:188
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chr17	72297104	rs34880269	C	T	476.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-2.119;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.817;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=1;PP=265;ReadPosRankSum=-0.261;SC=GACCCCAGGACGGTGGGGTGA;SOR=0.233;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=28;TCF=27;TCR=1;TR=16;WE=72297112;WS=72297094;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,21:0.64:33
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chr17	72303449	rs11867486	G	A	8390.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=320;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=78;NR=90;PP=2965;SC=GACCTGTGTCGTAGAACCTGG;SOR=0.758;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=168;TCF=78;TCR=90;TR=168;WE=72303457;WS=72303439;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,318:1.00:318
chr17	72305534	rs2290955	C	T	22930.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=849;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=251;NR=268;PP=2965;SC=GAAGGTCACGCGCATGTCCCT;SOR=0.752;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=519;TCF=251;TCR=268;TR=519;WE=72305542;WS=72305524;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,844:1.00:844
chr17	72305688	rs2290956	T	C	3573.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.851;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=332;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.362;HP=3;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=84;PP=1772;ReadPosRankSum=1.467;SC=CGATTGCTTTTGAGCGTGTGC;SOR=0.946;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=245;TCF=89;TCR=156;TR=125;WE=72305696;WS=72305678;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:154,174:0.53:328
chr17	72305753	rs2290957	C	T	5231.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=49;NR=110;PP=2965;SC=CACAACAGAACCACCTGGGGG;SOR=1.584;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=159;TCF=49;TCR=110;TR=159;WE=72305766;WS=72305743;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,185:1.00:185
chr17	72306116	rs66769719	CCT	C	17859.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=429;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=84;NR=95;PP=2974;SC=TAACTTTGCTCCTCTCTCCTC;SOR=1.203;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=195;TCF=99;TCR=96;TR=179;WE=72306125;WS=72306106;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,425:1.00:425
chr17	72308319	rs1979370	G	A	6562.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=248;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=69;NR=61;PP=2823;SC=CATCATCTTCGCAGAGCTGAA;SOR=0.796;SbPval=0.2;Source=Platypus;TC=152;TCF=69;TCR=83;TR=130;WE=72308327;WS=72308309;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,244:1.00:244
chr17	72308403	rs4239008	G	A	1265.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.19;SOR=4.548;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr17	72308410	rs4239009	C	T	1210.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.84;SOR=4.332;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr17	72308447	rs1979371	G	A	419.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=13;NR=48;PP=1393;SC=TCTGCTTGCCGACTTCCTGGG;SOR=1.739;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=61;TCF=13;TCR=48;TR=61;WE=72308455;WS=72308437;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr17	72310476	rs2054400	G	A	10376.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=374;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=91;NR=182;PP=2965;SC=GTGGTGGGCTGGGAGCATCGG;SOR=1.372;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=276;TCF=94;TCR=182;TR=273;WE=72310484;WS=72310466;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,370:1.00:370
chr17	72321928	rs7207519	T	C	725.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=1.290;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=10;PP=447;ReadPosRankSum=-0.112;SC=GTGCAGACACTCACAGCACAG;SOR=0.662;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=48;TCF=31;TCR=17;TR=26;WE=72321936;WS=72321918;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,32:0.52:62
chr17	72322881	rs8082699	G	A	9018.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.899;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=731;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.222;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=94;NR=231;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.218;SC=CCCAGAAGGAGGGTGGCGGTT;SOR=0.589;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=588;TCF=168;TCR=420;TR=325;WE=72322889;WS=72322871;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:309,398:0.56:707
chr17	72324649	rs11412158	G	GC	5856.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.172;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=343;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.289;NF=35;NR=55;PP=2971;ReadPosRankSum=1.424;SC=GAGCAGGTATGCAGGGCTCTG;SOR=0.706;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=159;TCF=63;TCR=96;TR=90;WE=72324657;WS=72324639;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:154,187:0.55:341
chr17	72332771	.	T	TC	606.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-0.012;ClippingRankSum=0.000;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=5;PP=524;ReadPosRankSum=0.495;SC=AAGCGGGTACTCCCCCCAGCC;SOR=0.598;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=43;TCF=34;TCR=9;TR=19;WE=72332779;WS=72332761;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,24:0.52:46
chr17	72332849	rs1111596	A	G	1938.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.721;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.544;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-1.507;NF=32;NR=26;PP=753;ReadPosRankSum=0.429;SC=GAGACCCACAACTCTGAATCT;SOR=0.635;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=126;TCF=69;TCR=57;TR=58;WE=72332857;WS=72332839;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,97:0.53:182
chr17	72332905	rs72848302	C	T	3085.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.487;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=295;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.423;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQ=60.07;MQRankSum=-1.486;NF=42;NR=38;PP=1135;ReadPosRankSum=-0.534;SC=ATTTACTTAACCCAACTGATT;SOR=0.731;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=163;TCF=84;TCR=79;TR=80;WE=72332913;WS=72332895;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:139,154:0.53:293
chr17	72338164	rs11285065	TC	T	10236.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=346;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=15;NR=160;PP=2969;SC=CAGGAGCCCCTCCCCCACCCT;SOR=1.381;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=184;TCF=15;TCR=169;TR=175;WE=72338172;WS=72338154;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,317:1.00:317
chr17	72344723	rs75219617	TGTAA	T	24770.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=565;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=66;NR=157;PP=2957;SC=CCCTGAGGGCTGTAAGTTTTA;SOR=0.819;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=232;TCF=72;TCR=160;TR=223;WE=72344734;WS=72344713;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,553:1.00:553
chr17	72346736	rs12451539	C	T	20713.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=770;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=242;NR=218;PP=2965;SC=TCCCAGGACCCTCCAGGCCCC;SOR=0.763;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=460;TCF=242;TCR=218;TR=460;WE=72346744;WS=72346726;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,764:1.00:764
chr17	72346855	rs11077744	T	C	22803.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=879;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=305;NR=281;PP=2965;SC=GCTGGAAGCATGAGAAGTCCC;SOR=0.768;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=587;TCF=305;TCR=282;TR=586;WE=72346863;WS=72346845;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,861:1.00:861
chr17	72348741	rs11655890	T	C	5080.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=67;NR=77;PP=2965;SC=CACAAATGGCTCCAGCTGCCC;SOR=0.837;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=145;TCF=68;TCR=77;TR=144;WE=72348749;WS=72348731;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,161:1.00:161
chr17	72348810	rs1814832	A	C	6718.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=150;NR=49;PP=2965;SC=CCACAGCTTAACCCCGAGGAC;SOR=2.024;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=199;TCF=150;TCR=49;TR=199;WE=72348818;WS=72348800;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,226:1.00:226
chr17	72349067	rs2280108	C	T	18596.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.822;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=716;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=208;NR=318;PP=2965;ReadPosRankSum=0.054;SC=TGCAGAACAGCGCCCTCCCTC;SOR=1.069;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=530;TCF=210;TCR=320;TR=526;WE=72349075;WS=72349057;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,701:1.00:703
chr17	72350277	rs2382642	T	G	5775.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.470;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.522;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=102;NR=48;PP=2965;ReadPosRankSum=0.177;SC=TCTCGGGTTGTATGTTCCCCG;SOR=1.140;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=154;TCF=104;TCR=50;TR=150;WE=72350285;WS=72350267;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,209:0.99:212
chr17	72350412	rs2271535	G	A	17315.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-2.283;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=671;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=249;NR=190;PP=2965;ReadPosRankSum=1.639;SC=GCGACAGAGCGCAGCAGCCTG;SOR=0.562;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=441;TCF=249;TCR=192;TR=439;WE=72350420;WS=72350402;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,657:1.00:658
chr17	72357585	rs6501712	A	G	1753.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=46;NR=9;PP=1157;SC=GTTTCCCAGCACGGCCTTCCC;SOR=2.869;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=55;TCF=46;TCR=9;TR=55;WE=72357593;WS=72357575;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr17	72357805	rs12939498	C	T	13440.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.435;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=488;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=205;NR=124;PP=2965;ReadPosRankSum=2.014;SC=CCTGGCCGGCCGCGTGCAGCC;SOR=1.093;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=334;TCF=207;TCR=127;TR=329;WE=72357813;WS=72357795;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,482:0.99:486
chr17	72366695	rs2382647	C	A	18343.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=711;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=197;NR=182;PP=2965;SC=GCCCACGCCCCACGTCAGCGG;SOR=0.731;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=379;TCF=197;TCR=182;TR=379;WE=72366703;WS=72366685;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,697:1.00:697
chr17	72369704	rs12451435	G	A	1140.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=20;NR=9;PP=635;SC=CCAGCCACAGGAGACACAGCC;SOR=1.347;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=20;TCR=9;TR=29;WE=72369712;WS=72369694;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr17	72439700	rs9893663	T	G	11574.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=449;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=151;NR=113;PP=2965;SC=GGGGCTGGGGTGTCTACAGTG;SOR=0.932;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=266;TCF=152;TCR=114;TR=264;WE=72439708;WS=72439690;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,435:1.00:435
chr17	72439808	rs3840056	TG	T	19510.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.854;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=566;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.271;NF=95;NR=157;PP=2951;ReadPosRankSum=0.204;SC=ACCCCCAAGTTGGCCACTCCT;SOR=0.824;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=268;TCF=100;TCR=168;TR=252;WE=72439816;WS=72439798;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,533:1.00:535
chr17	72443192	rs2706527	G	T	11128.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=2.164;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=424;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=105;NR=191;PP=2965;ReadPosRankSum=0.711;SC=GGAGAGGCGGGCGGATTTGGG;SOR=1.008;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=297;TCF=106;TCR=191;TR=296;WE=72443200;WS=72443182;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,413:1.00:414
chr17	72469958	rs1127737	A	G	6634.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.861;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=760;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-12.882;NF=121;NR=122;PP=2962;ReadPosRankSum=2.030;SC=TGGATACACCATGGCTCCGAG;SOR=0.686;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=493;TCF=242;TCR=251;TR=243;WE=72469966;WS=72469948;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:411,343:0.45:754
chr17	72470098	rs146853349	AGT	A	118.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.954;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FS=1.165;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.94;MQRankSum=0.000;QD=0.82;ReadPosRankSum=0.138;SOR=0.425;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:128,16:0.11:144
chr17	72473553	rs7209406	T	C	1262.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=1.826;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.234;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=13;PP=621;ReadPosRankSum=-1.047;SC=GCCCCGCCCTTACCATCCTGT;SOR=0.838;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=90;TCF=58;TCR=32;TR=38;WE=72473561;WS=72473543;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:103,68:0.40:171
chr17	72477385	rs1879967	A	G	14575.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.623;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=578;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=193;NR=165;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.412;SC=CATCCTGGCCATTGTTCCGGG;SOR=0.550;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=362;TCF=194;TCR=168;TR=358;WE=72477393;WS=72477375;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,566:0.99:569
chr17	72478030	rs55682471	CT	C	3372.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-3.188;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.201;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=2.310;NF=5;NR=47;PP=1968;ReadPosRankSum=-1.181;SC=CAGGGCACCCCTGGGAGGGTG;SOR=0.515;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=88;TCF=8;TCR=80;TR=52;WE=72478038;WS=72478020;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,100:0.64:156
chr17	72519798	rs1472726	C	T	3701.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.907;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=313;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.383;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=57;PP=1477;ReadPosRankSum=1.420;SC=CCTCTAGACACAGGCAAAGTC;SOR=0.594;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=187;TCF=82;TCR=105;TR=104;WE=72519806;WS=72519788;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:128,178:0.58:306
chr17	72521897	rs17553512	G	A	7857.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.179;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=738;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.529;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=142;NR=87;PP=2962;ReadPosRankSum=1.624;SC=CTGGGTCAACGATCACTTTCA;SOR=0.653;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=458;TCF=288;TCR=170;TR=229;WE=72521905;WS=72521887;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:338,375:0.53:713
chr17	72527718	rs965229	A	G	6403.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=1.325;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=224;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=140;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.783;SC=CACAGGGCTTAAGCATCGTCA;SOR=1.566;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=203;TCF=58;TCR=145;TR=197;WE=72527726;WS=72527708;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,219:0.99:221
chr17	72537878	rs2293188	G	A	4114.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-2.603;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=528;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.813;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=98;PP=2100;ReadPosRankSum=-0.511;SC=ACAGGGAGCTGTGGGGACACG;SOR=0.541;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=372;TCF=125;TCR=247;TR=157;WE=72537886;WS=72537868;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:295,214:0.42:509
chr17	72541838	rs809740	A	G	3646.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-2.004;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=441;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.531;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=77;NR=43;PP=1637;ReadPosRankSum=-0.011;SC=AGAGCTCCCCAAGTCCAGGGT;SOR=0.636;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=298;TCF=197;TCR=101;TR=120;WE=72541846;WS=72541828;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:237,189:0.44:426
chr17	72541980	rs783230	A	G	4388.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.029;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=563;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.139;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=87;PP=2013;ReadPosRankSum=1.863;SC=ACAAAATGTAATCTCCTCCCA;SOR=0.593;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=373;TCF=144;TCR=229;TR=146;WE=72541988;WS=72541970;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:332,228:0.41:560
chr17	72575977	rs7219289	T	C	897.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=1.207;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=3;PP=527;ReadPosRankSum=-1.002;SC=TGAGCAGAGATTACACCATTG;SOR=0.836;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=57;TCF=50;TCR=7;TR=28;WE=72575985;WS=72575967;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,38:0.53:72
chr17	72584764	rs783239	C	T	8658.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.857;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1101;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=173;NR=114;PP=2962;ReadPosRankSum=0.206;SC=ACGGTGAACACGTGGTTTTTC;SOR=0.684;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=721;TCF=430;TCR=291;TR=287;WE=72584772;WS=72584754;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:630,454:0.42:1084
chr17	72588045	.	T	C	586.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-2.429;ClippingRankSum=0.000;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.308;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=-0.831;NF=25;NR=6;PP=398;ReadPosRankSum=-3.198;SC=TCTGTTTATATGGAACAGTCA;SOR=0.149;SbPval=0.2;Source=Platypus;TC=72;TCF=63;TCR=9;TR=31;WE=72588053;WS=72588039;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,31:0.42:73
chr17	72588326	rs493430	A	C	5937.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=5.288;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=713;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.532;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=106;NR=91;PP=2962;ReadPosRankSum=0.713;SC=AGCAGCAGAGATGGGGACAGC;SOR=0.772;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=488;TCF=258;TCR=230;TR=197;WE=72588334;WS=72588316;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:421,280:0.40:701
chr17	72588806	rs545652	C	A	4152.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.408;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=507;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=61;PP=1713;ReadPosRankSum=0.578;SC=AAAGCCCATGCCCCAGGCTTC;SOR=0.653;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=295;TCF=144;TCR=151;TR=123;WE=72588814;WS=72588796;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:290,216:0.43:506
chr17	72613589	rs581157	T	G	9280.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=349;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=97;NR=174;PP=2965;SC=GCCGGGGCCCTTCAGAGACAA;SOR=1.264;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=271;TCF=97;TCR=174;TR=271;WE=72613597;WS=72613579;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,343:1.00:343
chr17	72615293	rs12950039	C	T	21382.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.466;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=835;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=259;NR=244;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.300;SC=CCAGCAGCACCTCCTTCTAGG;SOR=0.730;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=510;TCF=260;TCR=250;TR=503;WE=72615301;WS=72615283;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,825:1.00:827
chr17	72691928	rs2034310	T	C	7988.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=308;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=82;NR=84;PP=2965;SC=GGTAGCCTTTTGCGGGGAGGT;SOR=0.700;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=166;TCF=82;TCR=84;TR=166;WE=72691936;WS=72691918;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,303:1.00:303
chr17	72699384	rs749780	C	A	976.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=22;PP=605;SC=GGGGTCTGGACTGCTACTATG;SOR=2.584;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=27;TCF=4;TCR=23;TR=25;WE=72699392;WS=72699374;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr17	72700943	rs35489971	A	G	34741.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-1.070;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1305;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=311;NR=520;PP=2965;ReadPosRankSum=1.295;SC=GATTTGAGTGACAATGGAGTA;SOR=0.396;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=834;TCF=311;TCR=523;TR=831;WE=72700951;WS=72700933;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,1281:1.00:1282
chr17	72709195	rs67406906	T	C	621.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-1.577;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.143;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-1.337;NF=3;NR=13;PP=167;ReadPosRankSum=0.744;SC=CCTGTAATCCTGGCACTTTGG;SOR=1.001;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=39;TCF=12;TCR=27;TR=16;WE=72709203;WS=72709185;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,33:0.52:63
chr17	72709210	rs71380839	C	T	557.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-2.384;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-1.315;NF=2;NR=11;PP=206;ReadPosRankSum=0.765;SC=CTTTGGGAGGCCAAGGCGGGC;SOR=0.880;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=29;TCF=7;TCR=22;TR=13;WE=72709218;WS=72709200;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,26:0.53:49
chr17	72736755	rs11651291	A	G	5543.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=134;NR=24;PP=2965;SC=CAGGGTGAAGATGGCGGCTGG;SOR=3.156;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=158;TCF=134;TCR=24;TR=158;WE=72736763;WS=72736745;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,176:1.00:176
chr17	72738324	rs3803786	C	G	1749.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.591;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=248;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.619;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=25;PP=853;ReadPosRankSum=-0.396;SC=GGGAACAAGACAGGACGTCTG;SOR=0.830;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=160;TCF=93;TCR=67;TR=62;WE=72738332;WS=72738314;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:146,93:0.39:239
chr17	72744798	rs745666	G	C	2793.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=2.105;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=324;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.414;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=31;PP=1259;ReadPosRankSum=-0.009;SC=TTGGTCTGTGGTCCTCTCTCG;SOR=0.740;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=188;TCF=113;TCR=75;TR=81;WE=72744806;WS=72744788;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:177,138:0.44:315
chr17	72762901	rs4788849	A	T	1420.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.530;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FS=0.659;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.03;ReadPosRankSum=2.371;SOR=0.798;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:94,83:0.47:177
chr17	72768970	rs2305214	G	A	691.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.737;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=6;PP=351;ReadPosRankSum=-0.618;SC=TTGCAGCCTCGGCAGGCTCAG;SOR=0.622;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=72;TCF=54;TCR=18;TR=25;WE=72768978;WS=72768960;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,38:0.36:105
chr17	72769694	rs878907	A	G	1873.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.735;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=265;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=22;PP=993;ReadPosRankSum=-0.244;SC=GGGCTAGGGGAAGTGGGGGGG;SOR=0.690;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=188;TCF=124;TCR=64;TR=67;WE=72769705;WS=72769684;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:165,98:0.37:263
chr17	72771637	rs750018	C	T	1139.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.806;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.555;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=8;PP=484;ReadPosRankSum=2.030;SC=CTTTTTTCCCCCCTCATATAT;SOR=0.296;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=82;TCF=65;TCR=17;TR=31;WE=72771645;WS=72771617;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,54:0.45:121
chr17	72773387	rs8074137	G	A	2213.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=59;NR=9;PP=1592;SC=GGTGAAGCCTGCTCTTTTGTT;SOR=3.228;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=68;TCF=59;TCR=9;TR=68;WE=72773395;WS=72773377;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr17	72773794	rs9910691	C	A	8375.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=2.623;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=323;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.069;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=11.243;NF=95;NR=130;PP=2965;ReadPosRankSum=1.285;SC=CACGGTGGCTCACGCCTGTAA;SOR=0.231;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=228;TCF=96;TCR=132;TR=225;WE=72773802;WS=72773784;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:5,314:0.98:319
chr17	72781812	rs2166703	G	A	1729.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=39;PP=1186;SC=CAGGAAGCCCGAACATGAGGG;SOR=2.041;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=53;TCF=14;TCR=39;TR=53;WE=72781820;WS=72781802;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr17	72784932	rs2016126	G	A	29205.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=1115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=317;NR=345;PP=2965;SC=CCTCAGCTTCGTGACCACCAC;SOR=0.747;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=663;TCF=317;TCR=346;TR=662;WE=72784940;WS=72784922;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,1105:1.00:1105
chr17	72786377	rs117699067	C	T	8304.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.454;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=922;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=124;NR=121;PP=2962;ReadPosRankSum=-3.256;SC=CCTCAGACAGCGATGTTCTCA;SOR=0.668;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=505;TCF=259;TCR=246;TR=245;WE=72786385;WS=72786367;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:481,432:0.47:913
chr17	72786911	.	TA	T	609.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=2.703;ClippingRankSum=0.000;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=20.191;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.87;ReadPosRankSum=0.368;SOR=4.244;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,30:0.73:41
chr17	72786913	.	A	T	618.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=2.291;ClippingRankSum=0.000;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=20.703;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.73;ReadPosRankSum=0.143;SOR=4.310;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,31:0.74:42
chr17	72791088	rs3830567	A	AG	1004.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.923;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=381;ExcessHet=3.0103;FS=1.388;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.78;ReadPosRankSum=2.491;SOR=0.602;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:253,108:0.30:361
chr17	72791266	rs9910463	G	A	7234.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=270;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=56;NR=139;PP=2965;SC=TACCCTCCTGGCCCCCAGGTT;SOR=1.591;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=195;TCF=56;TCR=139;TR=195;WE=72791274;WS=72791256;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,263:1.00:263
chr17	72791618	rs7221435	A	G	4352.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=88;NR=39;PP=2240;SC=CAGCCCAGCCAGGCGGCCTCG;SOR=1.357;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=128;TCF=89;TCR=39;TR=127;WE=72791626;WS=72791608;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,168:1.00:168
chr17	72838481	rs939536	C	T	3615.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=101;NR=10;PP=2842;SC=GATTTCATGGCAGAAGCCAGA;SOR=4.212;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=111;TCF=101;TCR=10;TR=111;WE=72838489;WS=72838471;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr17	72839130	rs139495021	A	AGCTCCGGGG	2053.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=15;PP=2957;SC=CAGGTCCTCCAGCTCCGGGAA;SOR=1.230;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=0;TCR=20;TR=15;WE=72839138;WS=72839120;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr17	72847899	rs11575878	G	A	652.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-1.092;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=17;PP=325;ReadPosRankSum=0.314;SC=CCTCACCGCCGCCACCGACAG;SOR=0.811;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=56;TCF=12;TCR=44;TR=20;WE=72847907;WS=72847889;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,31:0.42:73
chr17	72848758	rs75018418	C	CG	18639.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=490;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=235;PP=2974;SC=CTCCTGGGGGCGGGCGGGGCC;SOR=1.734;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=272;TCF=15;TCR=257;TR=250;WE=72848789;WS=72848742;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,436:1.00:436
chr17	72848772	rs199662980	G	GC	17305.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=385;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=228;PP=2977;SC=CGGGGCCTGAGCGGGGCGGGA;SOR=1.949;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=238;TCF=10;TCR=228;TR=238;WE=72848789;WS=72848742;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,378:1.00:378
chr17	72848778	rs201209302	C	CG	15341.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=330;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=212;PP=2977;SC=CTGAGCGGGGCGGGAGGGCCG;SOR=2.377;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=219;TCF=6;TCR=213;TR=218;WE=72848789;WS=72848742;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,324:1.00:324
chr17	72851133	rs689730	A	G	10368.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=399;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=106;NR=104;PP=2965;SC=TAAACACCACAGCCACCGTCA;SOR=0.698;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=210;TCF=106;TCR=104;TR=210;WE=72851141;WS=72851123;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,395:1.00:395
chr17	72862705	rs2070918	G	A	18344.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=698;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=169;NR=225;PP=2965;SC=CAGGTCCCCCGGGAATGGGAG;SOR=0.878;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=397;TCF=171;TCR=226;TR=394;WE=72862713;WS=72862695;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,691:1.00:691
chr17	72888836	rs489152	G	A	11581.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=430;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=112;NR=155;PP=2965;SC=GAGGAGGAAGGAGACGGGTCT;SOR=0.913;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=267;TCF=112;TCR=155;TR=267;WE=72888844;WS=72888826;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,429:1.00:429
chr17	72889676	.	G	GGGCTCCGTAGGTTCCATGGGCTCCGTAGGTTCCATGGGCTCCGTAGGTTCCATC	25367.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.970;ClippingRankSum=0.000;DP=723;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.70;MQRankSum=-0.186;QD=37.86;ReadPosRankSum=0.449;SOR=0.473;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,669:1.00:670
chr17	72927123	rs6501741	G	T	15568.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-2.148;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1740;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=196;NR=246;PP=2962;ReadPosRankSum=0.782;SC=ACCCAACCCCGGGCTGGTTAG;SOR=0.655;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=1004;TCF=434;TCR=570;TR=442;WE=72927131;WS=72927103;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:923,806:0.47:1729
chr17	72929380	rs2035835	G	C	1767.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=3.981;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=14;PP=1142;ReadPosRankSum=-0.234;SC=AGGATGGGCCGCCATCTAGCC;SOR=0.633;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=153;TCF=122;TCR=31;TR=67;WE=72929388;WS=72929370;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:98,76:0.44:174
chr17	72937605	rs7210616	G	A	12213.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.388;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=447;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=167;NR=169;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.056;SC=ACCCGGCCCCGGCAGAAGTCC;SOR=0.274;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=338;TCF=168;TCR=170;TR=336;WE=72937613;WS=72937595;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,439:1.00:440
chr17	72937851	rs9890664	G	A	5482.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.103;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=707;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.532;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=91;NR=70;PP=2231;ReadPosRankSum=-0.363;SC=ACCACCCGCCGACCACACGCC;SOR=0.648;SbPval=0.24;Source=Platypus;TC=465;TCF=227;TCR=238;TR=161;WE=72937859;WS=72937841;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:421,278:0.40:699
chr17	72938100	rs1542752	T	C	17742.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=673;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=183;NR=244;PP=2965;SC=CCTTGTCTTCTCTGTCATCGA;SOR=0.900;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=427;TCF=183;TCR=244;TR=427;WE=72938108;WS=72938090;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,665:1.00:665
chr17	72939446	rs4789110	C	T	8687.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.654;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1239;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.131;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=143;NR=127;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.364;SC=CTAGGTAAGACTTCTCTCCCT;SOR=0.718;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=715;TCF=356;TCR=359;TR=270;WE=72939454;WS=72939436;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:752,482:0.39:1234
chr17	72939663	rs8069015	G	A	2354.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=1.315;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.742;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=42;PP=1610;ReadPosRankSum=0.630;SC=CTGGGGAGCCGGCCAGGGTGT;SOR=0.493;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=201;TCF=118;TCR=83;TR=91;WE=72939671;WS=72939653;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:123,104:0.46:227
chr17	72939854	.	AAC	A	2583.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.278;ClippingRankSum=0.000;DP=257;ExcessHet=3.0103;FS=4.896;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.04;MQRankSum=0.000;QD=15.38;ReadPosRankSum=-1.540;SOR=1.192;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:52,116:0.69:168
chr17	72943126	rs8066909	G	A	5960.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.198;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=725;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=105;NR=96;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.604;SC=CGTGCCTGGCGGGCACAGCCA;SOR=0.668;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=475;TCF=254;TCR=221;TR=201;WE=72943134;WS=72943116;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:420,302:0.42:722
chr17	72945334	rs8068514	T	C	3627.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.953;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=333;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.981;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=68;NR=48;PP=1861;ReadPosRankSum=-2.190;SC=CACATCCTCTTCCCCAGCTGT;SOR=0.867;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=213;TCF=120;TCR=93;TR=116;WE=72945342;WS=72945324;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:153,172:0.53:325
chr17	72948369	rs17853024	A	G	6023.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=239;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=80;NR=77;PP=2965;SC=CTCACTTGTCAATGCAGATCT;SOR=1.079;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=158;TCF=81;TCR=77;TR=157;WE=72948377;WS=72948359;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,235:1.00:235
chr17	72949146	rs2307010	C	T	4681.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.536;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=398;ExcessHet=3.0103;FS=1.680;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.10;ReadPosRankSum=1.884;SOR=0.596;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:159,228:0.59:387
chr17	72951823	rs9899490	C	T	11908.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=267;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=142;NR=62;PP=2965;SC=GGCTGTGCCCCCCTTATGTAG;SOR=1.600;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=205;TCF=143;TCR=62;TR=204;WE=72951831;WS=72951813;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,264:1.00:264
chr17	72951845	rs9903414	G	A	14340.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=371;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=162;NR=95;PP=2965;SC=AAGTAGGCCCGCTGGCCACCC;SOR=1.169;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=258;TCF=163;TCR=95;TR=257;WE=72951853;WS=72951835;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,364:1.00:364
chr17	72952017	rs9906160	A	G	6458.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=245;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=64;NR=118;PP=2965;SC=ACTTGTTGGCAGTCACCATGG;SOR=1.278;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=183;TCF=64;TCR=119;TR=182;WE=72952025;WS=72952007;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,238:1.00:238
chr17	72955227	rs902727	C	G	913.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-1.555;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.021;HP=6;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=32;PP=743;ReadPosRankSum=0.632;SC=CCCAACAAATCCCCCCCTCCA;SOR=0.082;SbPval=0.19;Source=Platypus;TC=65;TCF=4;TCR=61;TR=36;WE=72955235;WS=72955217;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,36:0.56:64
chr17	72956124	rs3744198	G	A	8836.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.283;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=994;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.100;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=141;NR=117;PP=2962;ReadPosRankSum=0.856;SC=TCCTTACATCGGCATCATCCA;SOR=0.783;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=605;TCF=315;TCR=290;TR=258;WE=72956132;WS=72956114;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:540,440:0.45:980
chr17	72956399	rs3744199	C	A	1018.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.936;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.881;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=31;PP=666;ReadPosRankSum=-1.785;SC=AGCCCCCTGGCCACACCTCTC;SOR=1.412;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=70;TCF=18;TCR=52;TR=39;WE=72956407;WS=72956389;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,45:0.54:83
chr17	72957962	rs10719287	CT	C	5959.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=1.164;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=320;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.483;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=2.040;NF=33;NR=45;PP=2787;ReadPosRankSum=-1.450;SC=GCCAAGGGCCCTTCACCTGTT;SOR=0.857;SbPval=0.26;Source=Platypus;TC=130;TCF=47;TCR=83;TR=78;WE=72957970;WS=72957952;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:128,188:0.59:316
chr17	72959000	rs7503218	G	C	1215.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.387;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.366;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=15;PP=572;ReadPosRankSum=0.176;SC=CAACTGGCCCGGCCCCAACCC;SOR=0.433;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=106;TCF=76;TCR=30;TR=46;WE=72959008;WS=72958990;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,60:0.45:134
chr17	72983888	rs7222918	A	C	600.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.12;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr17	72995412	rs4789125	G	C	334.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.381;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=2.598;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.18;MQRankSum=-0.645;QD=5.58;ReadPosRankSum=0.533;SOR=0.387;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,19:0.32:60
chr17	72997364	rs58998428	T	TAGG	7591.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.596;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=363;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.769;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=2.295;NF=45;NR=45;PP=2964;ReadPosRankSum=1.831;SC=AAAAAAGAAGTAGGAGGGTCT;SOR=0.804;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=172;TCF=84;TCR=88;TR=90;WE=72997372;WS=72997354;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:165,191:0.54:356
chr17	72999773	rs3744204	C	T	3889.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.673;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=356;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.260;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=70;NR=58;PP=1869;ReadPosRankSum=0.350;SC=CCAGCCGGCACGCGGGCAACC;SOR=0.826;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=219;TCF=116;TCR=103;TR=128;WE=72999781;WS=72999763;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:164,190:0.54:354
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chr17	73015707	rs12449492	C	A	580.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.120;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.179;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=0;PP=323;ReadPosRankSum=1.599;SC=CAATATAATACCTTCCCTACA;SOR=0.148;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=25;TCF=25;TCR=0;TR=15;WE=73015715;WS=73015697;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,23:0.72:32
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chr17	73089852	rs4788863	T	C	28353.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=1053;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=278;NR=321;PP=2965;SC=CTTCACTGAATTGCAATGGGA;SOR=0.781;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=599;TCF=278;TCR=321;TR=599;WE=73089860;WS=73089842;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,1048:1.00:1048
chr17	73094072	rs10598249	TCTC	T	3065.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=37;NR=4;PP=1991;SC=CTCCAGCCACTCTCCTCCTCT;SOR=3.643;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=50;TCF=46;TCR=4;TR=41;WE=73094082;WS=73094062;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr17	73096951	rs4238978	A	G	2790.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=21;NR=63;PP=2130;SC=TAGTGTGGTAAAAGGGGAACA;SOR=1.968;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=84;TCF=21;TCR=63;TR=84;WE=73096959;WS=73096941;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr17	73110144	rs1531565	G	T	3884.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=63;NR=34;PP=1941;SC=AGCCCCAGTTGCCCAGGTCCC;SOR=1.195;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=98;TCF=64;TCR=34;TR=97;WE=73110152;WS=73110134;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,144:1.00:144
chr17	73110279	rs1531564	C	T	8308.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.649;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=327;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=101;NR=104;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.035;SC=GCAGTCTGAACGGTGACGGTG;SOR=0.699;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=208;TCF=103;TCR=105;TR=205;WE=73110287;WS=73110269;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,321:0.99:323
chr17	73124692	rs2291028	C	T	928.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=2.180;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.200;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=9;PP=560;ReadPosRankSum=-0.860;SC=AGCCTGGGCCCCTACCTGGGG;SOR=0.287;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=102;TCF=82;TCR=20;TR=36;WE=73124700;WS=73124682;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,43:0.37:116
chr17	73125173	rs2291027	A	G	767.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-2.979;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=27;PP=554;ReadPosRankSum=1.104;SC=CTACTGCTGGAGACCACAGTC;SOR=0.754;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=65;TCF=9;TCR=56;TR=32;WE=73125181;WS=73125163;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,34:0.47:72
chr17	73126746	rs10715821	GT	G	23945.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=604;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=82;NR=199;PP=2974;SC=GCCTAGGACAGTGAAAGACAG;SOR=0.745;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=285;TCF=83;TCR=202;TR=281;WE=73126754;WS=73126736;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,595:1.00:595
chr17	73127024	rs9910084	C	G	9530.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=348;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=98;NR=144;PP=2965;SC=GGGATAGGGACTTGGCTCTAA;SOR=1.093;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=242;TCF=98;TCR=144;TR=242;WE=73127032;WS=73127014;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,340:1.00:340
chr17	73127217	rs3736075	G	C	4089.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.301;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=379;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.780;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=68;NR=57;PP=1801;ReadPosRankSum=-0.419;SC=AGAAGGACGCGGTTACCGCCG;SOR=0.638;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=238;TCF=130;TCR=108;TR=125;WE=73127225;WS=73127207;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:173,201:0.54:374
chr17	73127683	rs4788867	T	C	841.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.210;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.02;ReadPosRankSum=-1.030;SOR=0.737;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:60,45:0.43:105
chr17	73138722	.	G	GAGGGA	219.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.619;ClippingRankSum=-0.000;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.64;MQRankSum=0.619;QD=27.47;ReadPosRankSum=-0.000;SOR=1.863;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,6:0.75:8
chr17	73138751	rs111454348	G	A	80.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.108;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.37;MQRankSum=-0.550;QD=3.37;ReadPosRankSum=-0.604;SOR=0.634;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,7:0.29:24
chr17	73138980	rs151283915	TAC	T	207.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.515;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=2.114;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.66;ReadPosRankSum=1.166;SOR=1.508;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,9:0.38:24
chr17	73143574	rs1382508	T	A	835.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=22;NR=4;PP=622;SC=TTCCAGTGGGTGAACTGAAAC;SOR=2.833;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=22;TCR=4;TR=26;WE=73143582;WS=73143564;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr17	73177444	rs1471453	C	A	2085.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=13;NR=50;PP=1557;SC=AATGTGAAAGCGGAAAAATCC;SOR=2.406;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=63;TCF=13;TCR=50;TR=63;WE=73177452;WS=73177434;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr17	73204530	rs899326	T	C	1617.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=53;NR=7;PP=1517;SC=AGTGAGTCTTTGTCTCAAAAA;SOR=2.880;SbPval=0.92;Source=Platypus;TC=68;TCF=55;TCR=13;TR=60;WE=73204546;WS=73204520;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr17	73204535	rs10579016	CAA	C	1143.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=13.998;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.31;MQRankSum=0.354;QD=19.39;SOR=2.982;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:8,51:0.86:59
chr17	73208178	.	C	CGCGT	4599.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.281;ClippingRankSum=0.000;DP=549;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=3;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=181;PP=2973;ReadPosRankSum=3.601;SC=TGTGCGCGTGCGCGCGTGTGT;SOR=0.688;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=247;TCF=13;TCR=234;TR=191;WE=73208190;WS=73208166;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:224,167:0.43:391
chr17	73208182	rs12946479	C	T	2632.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=2.331;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=528;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.032;HP=2;HapScore=3;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=98;PP=2962;ReadPosRankSum=2.494;SC=CGCGTGCGCGCGTGTGTGTGT;SOR=1.005;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=342;TCF=123;TCR=219;TR=150;WE=73208190;WS=73208166;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:211,137:0.39:348
chr17	73208205	.	GG	TG	2557	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;FR=0.5000,0.5000;HP=2;HapScore=1;MGOF=38;MMLQ=28;MQ=59.8;NF=8,52;NR=169,112;PP=2557,980;QD=20;SC=GTGTGTGTGTGGGTATTTTGA;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=202;TCF=9;TCR=193;TR=177,164;WE=73208213;WS=73208195;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:106,164:0.61:270
chr17	73208205	.	GG	GTGTTG	2557	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;FR=0.5000,0.5000;HP=2;HapScore=1;MGOF=38;MMLQ=28;MQ=59.8;NF=8,52;NR=169,112;PP=2557,980;QD=20;SC=GTGTGTGTGTGGGTATTTTGA;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=202;TCF=9;TCR=193;TR=177,164;WE=73208213;WS=73208195;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:25,177:0.88:202
chr17	73208205	rs8075486	G	T,GTGTT	9671.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DB;DP=346;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;QD=32.67;SOR=1.627;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:0,194,102:0.66,0.34:296
chr17	73211642	rs9909306	A	G	2828.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=53;NR=19;PP=1747;SC=TAAAATCACAACCACTAAAAC;SOR=1.814;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=72;TCF=53;TCR=19;TR=72;WE=73211650;WS=73211632;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr17	73221439	rs2291029	C	T	15178.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=556;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=201;NR=207;PP=2965;SC=TCCCTTAGCCCGGGAACACCC;SOR=0.730;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=413;TCF=201;TCR=212;TR=408;WE=73221447;WS=73221429;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,546:1.00:546
chr17	73222847	rs1551967	C	T	20866.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=495;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=159;NR=151;PP=2965;SC=CAGGGATGTTCATTTAAAATA;SOR=0.735;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=310;TCF=159;TCR=151;TR=310;WE=73222855;WS=73222837;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,490:1.00:490
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chr17	73228101	rs899318	T	C	5456.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=61;NR=115;PP=2914;SC=CCCAGCCTACTGTCTGTGGGA;SOR=1.385;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=176;TCF=61;TCR=115;TR=176;WE=73228109;WS=73228091;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,211:1.00:211
chr17	73230856	rs9988	C	T	21369.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=811;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=235;NR=258;PP=2965;SC=TGCTGACAGACGCCTTGCCCC;SOR=0.746;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=493;TCF=235;TCR=258;TR=493;WE=73230874;WS=73230846;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,807:1.00:807
chr17	73231638	rs4788874	G	A	1889.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.117;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.565;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=19;PP=1019;ReadPosRankSum=1.495;SC=GCTCCTTCCTGCTCTTAGCTC;SOR=0.782;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=139;TCF=97;TCR=42;TR=66;WE=73231646;WS=73231628;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:98,89:0.48:187
chr17	73231817	rs3841603	AT	A	5805.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=271;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=9;NR=114;PP=2979;SC=ATGTATATAGATTTTTTTAAA;SOR=1.212;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=136;TCF=9;TCR=127;TR=123;WE=73231825;WS=73231807;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,244:1.00:244
chr17	73236605	rs11077781	C	A	2200.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=44;PP=1412;SC=GTGAAGGCGCCGGGAGAAGCT;SOR=1.949;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=58;TCF=14;TCR=44;TR=58;WE=73236613;WS=73236595;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr17	73240559	rs2306216	A	G	2140.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-2.111;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=3;PP=1344;ReadPosRankSum=-0.734;SC=CGTTACCTCCAGGGCCTAGCT;SOR=2.636;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=65;TCF=62;TCR=3;TR=63;WE=73240567;WS=73240549;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,80:0.99:81
chr17	73240836	rs4789156	T	C	6769.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=261;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=69;NR=138;PP=2965;SC=AGTGAGGGCGTGCTCGGGGCT;SOR=1.430;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=207;TCF=69;TCR=138;TR=207;WE=73240844;WS=73240826;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,254:1.00:254
chr17	73242895	rs2242230	A	G	17447.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=643;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=164;NR=285;PP=2965;SC=CACAACAAAGAAGAGGACAAG;SOR=1.150;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=449;TCF=164;TCR=285;TR=449;WE=73242903;WS=73242885;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,630:1.00:630
chr17	73242935	rs2242231	A	G	9693.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=339;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=76;NR=196;PP=2965;SC=GATGCAATGGAAGGTTTTCTT;SOR=1.781;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=273;TCF=76;TCR=197;TR=272;WE=73242943;WS=73242925;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,333:1.00:333
chr17	73257830	rs2279161	C	T	9713.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.551;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=359;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.565;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=150;NR=105;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.344;SC=TTTTGGCGCTCCCCTTTGGAC;SOR=0.635;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=259;TCF=150;TCR=109;TR=255;WE=73257838;WS=73257820;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,349:1.00:350
chr17	73257986	rs8075276	C	T	13949.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=558;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=171;NR=207;PP=2965;SC=GCCAAGATGGCTGCCCCCGCA;SOR=0.834;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=380;TCF=171;TCR=209;TR=378;WE=73257994;WS=73257976;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,542:1.00:542
chr17	73258085	rs36039201	GGC	G	9365.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=224;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=120;PP=2969;SC=GGCGAGCAGCGGCGGGGGGGC;SOR=1.588;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=123;TCF=3;TCR=120;TR=123;WE=73258094;WS=73258075;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,218:1.00:218
chr17	73258479	rs6501772	C	T	26495.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=1006;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=298;NR=251;PP=2965;SC=CGCGCCGCTCCCCCTCGTCGG;SOR=0.788;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=557;TCF=300;TCR=257;TR=549;WE=73258487;WS=73258469;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,991:1.00:991
chr17	73259083	rs2279162	C	T	3450.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=16;NR=91;PP=2605;SC=TGCATGTGTACGGGCTTTAAT;SOR=2.958;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=107;TCF=16;TCR=91;TR=107;WE=73259091;WS=73259073;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr17	73268801	rs3744231	C	T	5987.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=61;NR=98;PP=2965;SC=CCTGCACGGGCGCTGGGATCT;SOR=1.163;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=160;TCF=62;TCR=98;TR=159;WE=73268809;WS=73268791;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,224:1.00:224
chr17	73269530	rs1809352	A	G	5280.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=0.726;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=71;NR=51;PP=2266;ReadPosRankSum=0.604;SC=TCCTTCCTGCACTCAGCGCTG;SOR=0.894;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=124;TCF=72;TCR=52;TR=122;WE=73269538;WS=73269520;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,205:0.99:207
chr17	73269676	rs4789164	C	T	3635.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=45;NR=65;PP=1934;SC=CTTCCTTTTGCAGCACCTGCT;SOR=1.059;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=110;TCF=45;TCR=65;TR=110;WE=73269684;WS=73269666;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,138:1.00:138
chr17	73279624	rs7213318	A	G	10786.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=425;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=139;NR=106;PP=2965;SC=CCCGGGCGTCATACACGCTGC;SOR=0.873;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=245;TCF=139;TCR=106;TR=245;WE=73279632;WS=73279614;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,421:1.00:421
chr17	73279700	rs4788882	C	T	11289.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=425;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=130;NR=143;PP=2965;SC=AAGAAGTCACCGACAGCCCAA;SOR=0.746;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=274;TCF=130;TCR=144;TR=273;WE=73279708;WS=73279690;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,425:1.00:425
chr17	73282299	rs2306218	C	T	2279.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=57;NR=14;PP=1444;SC=CTGCCCTGCGCGGCATTCCTG;SOR=2.690;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=71;TCF=57;TCR=14;TR=71;WE=73282307;WS=73282289;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr17	73282636	rs2306219	C	T	11212.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=401;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=152;NR=107;PP=2965;SC=GGATAGAATTCCAAGTTTTAG;SOR=0.970;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=259;TCF=152;TCR=107;TR=259;WE=73282644;WS=73282626;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,397:1.00:397
chr17	73316679	rs8079197	G	C	3557.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=28;NR=68;PP=2221;SC=TTCCTGGTCTGTGACTGGCCA;SOR=1.688;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=97;TCF=28;TCR=69;TR=96;WE=73316687;WS=73316669;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr17	73317644	rs12946365	C	T	2100.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=44;NR=15;PP=1231;SC=GAAGGGCGCCCGCATGTTGAG;SOR=1.917;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=59;TCF=44;TCR=15;TR=59;WE=73317652;WS=73317634;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr17	73328773	rs1529844	T	C	7933.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=308;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=104;NR=91;PP=2965;SC=TAATGGAGCTTAACTTACGGA;SOR=0.783;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=198;TCF=105;TCR=93;TR=195;WE=73328781;WS=73328763;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,299:1.00:299
chr17	73389446	rs4788890	A	G	1594.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=41;NR=5;PP=951;SC=ACCACACATCACACCAACTCA;SOR=3.538;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=47;TCF=41;TCR=6;TR=46;WE=73389454;WS=73389436;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
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chr17	73482110	rs11331365	TC	T	1664.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.657;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.791;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=33;PP=1140;ReadPosRankSum=0.060;SC=CCCCAACCTCTCCAGCTGTGC;SOR=1.013;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=79;TCF=4;TCR=75;TR=33;WE=73482118;WS=73482100;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,55:0.47:117
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chr17	73485781	rs8079362	C	T	11397.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=1.524;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1539;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.530;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=158;NR=176;PP=2962;ReadPosRankSum=1.301;SC=TGCTTCCCTCCGACCCGCAGG;SOR=0.748;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=840;TCF=406;TCR=434;TR=334;WE=73485789;WS=73485771;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:910,605:0.40:1515
chr17	73487038	rs368464685	G	A	4237.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.676;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=523;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=94;NR=80;PP=2292;ReadPosRankSum=-0.471;SC=CCCCAACTTCGTGGTGCTCCC;SOR=0.714;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=393;TCF=207;TCR=186;TR=174;WE=73487046;WS=73487028;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:294,216:0.42:510
chr17	73488794	rs4078259	C	T	8736.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=2.178;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1127;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.533;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=126;NR=169;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.732;SC=TGTGCAACATCGCCCTGCAAG;SOR=0.763;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=721;TCF=314;TCR=407;TR=295;WE=73488802;WS=73488784;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:671,444:0.40:1115
chr17	73489220	rs7215753	T	C	18234.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=683;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=172;NR=284;PP=2965;SC=CCAGGCGAGATCTTCCAGAGC;SOR=1.127;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=456;TCF=172;TCR=284;TR=456;WE=73489228;WS=73489210;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,675:1.00:675
chr17	73489567	rs4078474	C	G	8101.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.824;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1203;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.541;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=158;NR=120;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.292;SC=AACTCTCTCCCCCAGGCACAG;SOR=0.747;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=716;TCF=397;TCR=319;TR=278;WE=73489575;WS=73489557;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:752,444:0.37:1196
chr17	73490611	rs8078131	A	G	1088.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-3.615;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.265;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=11;PP=487;ReadPosRankSum=-1.005;SC=CCTGGGGCCCATATGCTCATT;SOR=0.518;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=111;TCF=83;TCR=28;TR=41;WE=73490619;WS=73490601;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:89,60:0.40:149
chr17	73491894	rs11077792	G	A	1136.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=2.993;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.960;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=8;PP=840;ReadPosRankSum=0.288;SC=CAGAAGTGCCGATGTTCACAT;SOR=1.179;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=112;TCF=83;TCR=29;TR=45;WE=73491902;WS=73491884;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,50:0.41:123
chr17	73493874	rs12949173	G	C	3031.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.400;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=452;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=68;PP=1575;ReadPosRankSum=1.103;SC=TCTCTCTGCTGGGGAAGCCCC;SOR=0.682;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=297;TCF=133;TCR=164;TR=125;WE=73493882;WS=73493864;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:282,167:0.37:449
chr17	73494963	rs9894026	G	A	1231.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=0.789;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=17.461;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=12;PP=837;ReadPosRankSum=0.697;SC=AAGCAGTGTCGGGTTCACACG;SOR=1.585;SbPval=0.92;Source=Platypus;TC=89;TCF=52;TCR=37;TR=42;WE=73494971;WS=73494953;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,50:0.49:102
chr17	73497415	rs8081353	T	C	2873.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.014;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.79;ReadPosRankSum=-2.413;SOR=0.660;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:107,75:0.41:182
chr17	73497415	.	TTT	CTC	2379	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;FR=0.5000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MMLQ=28;MQ=59.98;NF=41;NR=18;PP=2379;QD=41.2282690655;SC=ATCTAGGTGATTTCAACACCT;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=167;TCF=122;TCR=45;TR=59;WE=73497425;WS=73497405;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:108,59:0.35:167
chr17	73497417	rs8081354	T	C	2873.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.092;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FS=1.298;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.13;ReadPosRankSum=-2.391;SOR=0.552;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:111,79:0.42:190
chr17	73497439	rs8075850	G	A	2607.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=2.919;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=321;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.437;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=69;NR=29;PP=1500;ReadPosRankSum=-1.074;SC=CTCTTATCCCGTTAGTGCCTG;SOR=0.782;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=248;TCF=170;TCR=78;TR=98;WE=73497447;WS=73497429;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:181,129:0.42:310
chr17	73497794	rs9892311	T	C	4419.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.545;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=554;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.254;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=86;NR=61;PP=2253;ReadPosRankSum=-0.228;SC=AAAGGTTGGCTTGGGACTTGG;SOR=0.900;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=386;TCF=205;TCR=181;TR=147;WE=73497802;WS=73497784;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:330,222:0.40:552
chr17	73498483	rs7503373	T	C	1340.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.061;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.490;HP=2;HapScore=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=18;ReadPosRankSum=-0.651;SC=CCCTGGGCTCTCATCTAGTGG;SOR=0.423;Source=Platypus;TCF=66;TR=45;WE=73498491;WS=73498473;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,58:0.46:127
chr17	73498623	rs7502835	A	G	12624.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-2.239;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=500;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=181;NR=146;PP=2965;ReadPosRankSum=0.924;SC=TTGGGGTCACACTAGGACTGG;SOR=0.416;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=328;TCF=182;TCR=146;TR=327;WE=73498631;WS=73498613;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,495:1.00:496
chr17	73499697	rs7207376	T	C	4592.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.105;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=658;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.140;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=80;NR=76;PP=1883;ReadPosRankSum=2.650;SC=CAGCTGAGGGTGACAGCACGT;SOR=0.684;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=428;TCF=212;TCR=216;TR=156;WE=73499705;WS=73499687;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:405,246:0.38:651
chr17	73501752	rs8069700	G	A	975.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-1.666;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.540;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=20;PP=591;ReadPosRankSum=1.880;SC=CGGGGTGGGGGACAGGTGTCA;SOR=0.530;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=93;TCF=39;TCR=54;TR=36;WE=73501760;WS=73501742;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,46:0.40:114
chr17	73502118	rs28558885	G	A	3338.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.496;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=381;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.383;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=76;PP=1849;ReadPosRankSum=1.206;SC=CGATTTTACAGATGAGGACAT;SOR=0.730;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=246;TCF=86;TCR=160;TR=115;WE=73502126;WS=73502108;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:209,166:0.44:375
chr17	73504416	rs6501815	T	C	3978.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=2.815;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=568;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.412;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=99;PP=2332;ReadPosRankSum=-0.824;SC=CTGCCCTCACTCAGCATCCCT;SOR=0.952;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=367;TCF=135;TCR=232;TR=148;WE=73504424;WS=73504406;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:354,205:0.37:559
chr17	73510012	rs4789206	A	T	1775.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-6.819;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.414;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=61;PP=1353;ReadPosRankSum=-0.676;SC=GGAGCAAGTCAGGTGTCCCAG;SOR=0.430;SbPval=0.22;Source=Platypus;TC=118;TCF=7;TCR=111;TR=67;WE=73510020;WS=73510002;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,73:0.53:137
chr17	73512653	rs7216673	G	T	216.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.477;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=1.203;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.34;ReadPosRankSum=1.544;SOR=0.904;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,14:0.28:50
chr17	73513185	rs7218675	C	A	3701.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.707;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=407;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=50.281;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=89;NR=80;PP=2465;ReadPosRankSum=-0.122;SC=CGGGGACCGCCCTCCCTGCCC;SOR=0.110;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=386;TCF=196;TCR=190;TR=169;WE=73513193;WS=73513175;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:208,188:0.47:396
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chr17	73518284	rs6501820	G	C	2232.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.023;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=303;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.229;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=44;PP=1108;ReadPosRankSum=1.176;SC=AGGTGCAGCGGTGCTCCAGCT;SOR=0.521;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=203;TCF=82;TCR=121;TR=79;WE=73518292;WS=73518274;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:185,118:0.39:303
chr17	73519413	rs8064529	C	T	3431.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.177;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=432;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=80;PP=2013;ReadPosRankSum=-0.774;SC=GATGGAGGTGCCCGGTAAGTT;SOR=0.674;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=302;TCF=119;TCR=183;TR=135;WE=73519421;WS=73519403;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:238,176:0.43:414
chr17	73539631	rs6501822	A	G	3753.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.110;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=401;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=71;PP=1793;ReadPosRankSum=-0.657;SC=TCGGCCAAGCAGCTCAGGCTG;SOR=0.691;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=262;TCF=112;TCR=150;TR=123;WE=73539639;WS=73539621;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:209,189:0.47:398
chr17	73552062	rs2305528	G	C	1732.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.086;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.863;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=14;PP=1054;ReadPosRankSum=-0.065;SC=TGCTGCAGCTGCAGCAGCCAT;SOR=0.951;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=133;TCF=93;TCR=40;TR=59;WE=73552070;WS=73552052;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:93,77:0.45:170
chr17	73552185	rs1671036	G	A	7108.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.516;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=652;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.519;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=109;NR=100;PP=2962;ReadPosRankSum=0.382;SC=CCGTCCCTGCGCATCCTGGCC;SOR=0.636;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=367;TCF=197;TCR=170;TR=209;WE=73552193;WS=73552175;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:301,345:0.53:646
chr17	73554523	rs1671033	C	G	1124.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.321;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.300;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=12;PP=461;ReadPosRankSum=-1.380;SC=ACTGGGGCTGCGTGGCCCCAG;SOR=0.821;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=97;TCF=60;TCR=37;TR=35;WE=73554531;WS=73554513;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:93,61:0.40:154
chr17	73554756	rs66614718	C	T	1241.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-0.063;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.512;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=37;PP=848;ReadPosRankSum=1.026;SC=CAGCCTGACCCTTGCCCTTAG;SOR=0.949;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=102;TCF=27;TCR=75;TR=48;WE=73554764;WS=73554746;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,56:0.45:125
chr17	73559342	rs936060	G	A	5454.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.222;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=653;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.773;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=85;NR=106;PP=2962;ReadPosRankSum=0.845;SC=CAGAGGCATGGGGTGCAGGCG;SOR=0.583;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=462;TCF=193;TCR=269;TR=191;WE=73559350;WS=73559332;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:383,264:0.41:647
chr17	73559563	rs1671028	G	A	3281.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.907;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=349;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.298;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=66;PP=1791;ReadPosRankSum=-0.211;SC=TTCACCCGCCGGGCAGGGCCC;SOR=0.615;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=235;TCF=86;TCR=149;TR=105;WE=73559571;WS=73559553;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:192,154:0.45:346
chr17	73559629	rs1671027	A	G	1463.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-4.825;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.280;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=35;PP=952;ReadPosRankSum=-2.117;SC=AGCAAACTCCAGGGCCAGAGA;SOR=0.437;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=120;TCF=41;TCR=79;TR=57;WE=73559637;WS=73559619;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,65:0.49:132
chr17	73564962	rs34001927	A	G	5275.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.057;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=617;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.071;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=85;NR=90;PP=2670;ReadPosRankSum=3.108;SC=CCAGTAGGATATGTGGGGTGG;SOR=0.470;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=433;TCF=190;TCR=243;TR=175;WE=73564970;WS=73564952;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:351,256:0.42:607
chr17	73565171	rs1671021	T	C	8013.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=1.106;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1002;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=116;NR=114;PP=2962;ReadPosRankSum=0.816;SC=CAACGAGAACTTCAGTGCCCA;SOR=0.693;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=566;TCF=279;TCR=287;TR=230;WE=73565179;WS=73565161;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:592,406:0.41:998
chr17	73565262	rs2305526	T	A	16910.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=632;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=188;NR=245;PP=2965;SC=AGCTGGGTCCTGTCCCCGTGG;SOR=0.908;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=435;TCF=190;TCR=245;TR=433;WE=73565270;WS=73565252;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,614:1.00:614
chr17	73565510	rs936059	T	G	687.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=0.217;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.353;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=21;PP=496;ReadPosRankSum=-1.530;SC=TCTGTGTCCTTTGCTTTTCCG;SOR=1.069;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=62;TCF=13;TCR=49;TR=26;WE=73565518;WS=73565500;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,30:0.42:71
chr17	73566561	rs2305525	G	A	4317.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=2.756;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=449;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.134;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=95;PP=2366;ReadPosRankSum=-1.009;SC=AGCGGCACCCGGCTGGCCCCC;SOR=0.798;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=316;TCF=112;TCR=204;TR=144;WE=73566574;WS=73566551;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:245,199:0.45:444
chr17	73567846	rs1661715	C	T	4473.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-3.837;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=440;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.523;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=88;NR=62;PP=2319;ReadPosRankSum=0.102;SC=AATGGATGAGCCTGTGCGGGC;SOR=0.639;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=301;TCF=184;TCR=117;TR=150;WE=73567854;WS=73567836;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:219,212:0.49:431
chr17	73568055	rs1661714	C	T	9610.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.244;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1185;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.523;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=145;NR=161;PP=2962;ReadPosRankSum=1.486;SC=TACCCCTTCCCGAGCCCCTCG;SOR=0.729;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=688;TCF=333;TCR=355;TR=306;WE=73568063;WS=73568045;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:662,501:0.43:1163
chr17	73568984	rs1671020	G	A	2040.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.017;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=1.055;NF=49;NR=23;PP=1084;ReadPosRankSum=1.269;SC=GAGAGCCAAGGGTTTGTCAGG;SOR=0.720;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=155;TCF=105;TCR=50;TR=72;WE=73568992;WS=73568974;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:107,98:0.48:205
chr17	73569010	rs1661713	T	C	2532.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=2.696;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=317;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQ=60.03;MQRankSum=1.212;NF=55;NR=30;PP=1128;ReadPosRankSum=3.356;SC=GGGAGGCATGTGGGGAGGGGA;SOR=0.689;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=206;TCF=135;TCR=71;TR=85;WE=73569018;WS=73569000;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:186,128:0.41:314
chr17	73569776	rs10648915	C	CCT	1541.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=6.048;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=32;PP=1540;ReadPosRankSum=1.160;SC=TCTGAGATACCGAGGCTCCCA;SOR=0.684;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=105;TCF=11;TCR=94;TR=36;WE=73569784;WS=73569766;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,42:0.38:111
chr17	73569927	rs1671019	G	T	3184.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=3.510;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=418;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.844;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-1.272;NF=88;NR=33;PP=1968;ReadPosRankSum=0.299;SC=CAGGCTCTCCGGCTCAGGACA;SOR=0.640;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=317;TCF=231;TCR=86;TR=121;WE=73569935;WS=73569917;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:248,152:0.38:400
chr17	73570718	rs1126939	C	G	3091.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.156;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=352;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.282;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=45;PP=1341;ReadPosRankSum=0.993;SC=CACATCGAGCCGCCGTGGGGT;SOR=0.567;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=230;TCF=127;TCR=103;TR=95;WE=73570726;WS=73570708;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:195,157:0.45:352
chr17	73570756	rs1661712	G	T	4688.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.938;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=314;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.413;HP=4;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=46;PP=1657;ReadPosRankSum=-0.419;SC=GGAGGTGGGGGCTCTGGGCTT;SOR=0.657;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=244;TCF=136;TCR=108;TR=102;WE=73570764;WS=73570746;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:176,138:0.44:314
chr17	73570774	rs1671016	G	A	4585.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.579;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=315;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=45;PP=1569;ReadPosRankSum=-0.429;SC=CTTGAGTGCAGCTGCCAACCG;SOR=0.713;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=250;TCF=141;TCR=109;TR=104;WE=73570782;WS=73570764;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:178,135:0.43:313
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chr17	73571030	rs1042861	A	G	5408.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=2.670;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=653;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.534;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=74;NR=113;PP=2962;ReadPosRankSum=3.699;SC=CCCTGCCCCAACCGGAGAGGC;SOR=0.751;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=399;TCF=154;TCR=245;TR=187;WE=73571038;WS=73571020;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:376,267:0.42:643
chr17	73587640	rs707709	T	C	11727.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=441;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=166;NR=122;PP=2965;SC=GGTGGTCCTATGTGCCCCTCC;SOR=0.914;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=288;TCF=166;TCR=122;TR=288;WE=73587648;WS=73587630;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,438:1.00:438
chr17	73587784	rs936056	A	G	4366.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.029;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=516;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.100;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=84;PP=2126;ReadPosRankSum=0.118;SC=CGGGGAACCGAGAGTGTCAGG;SOR=0.808;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=354;TCF=165;TCR=189;TR=150;WE=73587792;WS=73587774;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:281,219:0.44:500
chr17	73587910	rs12449676	C	T	5650.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=68;NR=85;PP=2965;SC=GAGGGGTGGTCTCCAGGCCTC;SOR=0.890;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=154;TCF=69;TCR=85;TR=153;WE=73587918;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,198:1.00:198
chr17	73590436	rs820254	A	G	2628.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=56;NR=29;PP=1527;SC=AGATCTCCTCATGTGACATAT;SOR=1.540;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=85;TCF=56;TCR=29;TR=85;WE=73590444;WS=73590426;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr17	73590522	rs820255	G	A	3593.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.611;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=319;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.067;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=42;PP=1525;ReadPosRankSum=-0.065;SC=CATTCCTGAAGCAGAGATCTC;SOR=0.872;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=179;TCF=104;TCR=75;TR=104;WE=73590530;WS=73590512;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:140,172:0.55:312
chr17	73590817	rs2305524	C	T	7380.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.539;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=646;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=108;NR=95;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.821;SC=GATCCCTGCCCGTGGAAAGTG;SOR=0.695;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=381;TCF=203;TCR=178;TR=203;WE=73590838;WS=73590807;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:292,349:0.54:641
chr17	73590830	rs820256	T	G	16757.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=2.239;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=642;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=207;NR=180;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.161;SC=GGAAAGTGCCTTTGATGCCAG;SOR=0.402;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=388;TCF=207;TCR=181;TR=387;WE=73590838;WS=73590807;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,637:1.00:638
chr17	73597544	rs11871553	A	G	7422.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-1.432;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=688;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.521;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=92;NR=92;PP=2731;ReadPosRankSum=0.581;SC=TTCCTCCAGAAGAGCCACTAT;SOR=0.692;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=368;TCF=181;TCR=187;TR=184;WE=73597552;WS=73597534;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:324,362:0.53:686
chr17	73598904	rs62089251	C	G	794.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-3.100;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.694;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=8;PP=610;ReadPosRankSum=0.210;SC=GCCCTTCACCCCCACAGCTGG;SOR=0.118;SbPval=0.2;Source=Platypus;TC=54;TCF=45;TCR=9;TR=33;WE=73598912;WS=73598894;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,34:0.60:57
chr17	73601517	rs11448916	T	TA	579.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.325;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.34;MQRankSum=0.845;QD=10.17;ReadPosRankSum=0.310;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,40:0.70:57
chr17	73601755	rs936054	G	A	3782.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=44;NR=49;PP=1889;SC=GAAAGGAGAGGTGCATTCTGG;SOR=0.783;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=93;TCF=44;TCR=49;TR=93;WE=73601763;WS=73601745;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,138:1.00:138
chr17	73602081	rs8068464	G	A	2284.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.64;BaseQRankSum=1.070;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.911;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=37;PP=899;ReadPosRankSum=1.660;SC=ATGCAGGCTCGCATGCGTGGG;SOR=0.827;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=115;TCF=54;TCR=61;TR=65;WE=73602089;WS=73602071;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:114,117:0.51:231
chr17	73607468	rs11077795	A	G	277.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.220;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.094;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=7;PP=191;ReadPosRankSum=0.210;SC=CGCTTGAGCTAGAGCCTCAGA;SOR=0.392;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=29;TCF=18;TCR=11;TR=15;WE=73607476;WS=73607458;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,13:0.46:28
chr17	73607549	.	CA	C	139.25	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.646;ClippingRankSum=0.000;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=3.862;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.03;ReadPosRankSum=-0.109;SOR=0.211;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,21:0.46:46
chr17	73607804	rs3743991	T	C	643.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.744;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.780;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=14;PP=349;ReadPosRankSum=-2.064;SC=GGGGTGTGTCTGTCCCTTGTG;SOR=0.566;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=70;TCF=33;TCR=37;TR=30;WE=73607812;WS=73607794;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,37:0.37:99
chr17	73608203	rs820140	T	C	4734.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=2.777;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=318;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.775;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=116;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.946;SC=TTGCCCTCCTTCCTCCCCAGC;SOR=0.484;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=252;TCF=64;TCR=188;TR=155;WE=73608211;WS=73608193;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:119,196:0.62:315
chr17	73608744	rs11336364	CA	C	950.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.067;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FS=4.303;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.40;MQRankSum=1.427;QD=9.32;ReadPosRankSum=-1.563;SOR=1.374;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,73:0.72:102
chr17	73609112	rs820142	G	A	6071.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.154;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=472;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.525;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=96;NR=101;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.027;SC=GATCATGGGCGCATACCTGGT;SOR=0.622;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=344;TCF=166;TCR=178;TR=197;WE=73609120;WS=73609102;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:194,267:0.58:461
chr17	73609139	rs3803728	C	T	4735.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.652;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=539;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.524;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=86;NR=81;PP=2535;ReadPosRankSum=-0.193;SC=GGGGCAGTGCCGGCCAGGGCT;SOR=0.646;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=378;TCF=195;TCR=183;TR=167;WE=73609147;WS=73609129;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:295,226:0.43:521
chr17	73610203	rs4789221	C	T	840.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-1.447;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.208;HP=4;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=3;PP=521;ReadPosRankSum=-0.526;SC=CAGCCCCCTGCCCCCTTGGCC;SOR=1.085;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=76;TCF=65;TCR=11;TR=31;WE=73610211;WS=73610193;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,37:0.44:84
chr17	73611467	rs3803729	A	G	5706.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=39;NR=116;PP=2965;SC=GAGAGCAGCCACCAGCTCTGG;SOR=1.827;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=155;TCF=39;TCR=116;TR=155;WE=73611475;WS=73611457;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,195:1.00:195
chr17	73611724	rs35131709	G	GTC	6145.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.064;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=328;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.966;NF=19;NR=55;PP=2927;ReadPosRankSum=0.470;SC=TGGAGGAGAGGTCTGTGGCTC;SOR=0.701;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=139;TCF=38;TCR=101;TR=74;WE=73611732;WS=73611714;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:150,163:0.52:313
chr17	73611823	rs820144	T	C	4756.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.62;BaseQRankSum=0.334;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=470;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.100;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=66;PP=1711;ReadPosRankSum=-0.282;SC=GAGCAGCAGATGCAGCAGCGG;SOR=0.731;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=238;TCF=119;TCR=119;TR=124;WE=73611831;WS=73611813;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:230,236:0.51:466
chr17	73612461	rs371699907	CAGG	C	33.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.907;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=263;ExcessHet=3.0103;FS=0.948;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.15;ReadPosRankSum=-0.187;SOR=0.512;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:210,18:0.08:228
chr17	73612642	rs11439064	A	AT	39501.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=1077;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=159;NR=271;PP=2974;SC=TGAAGAAGCCATGAAGCAAGG;SOR=0.873;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=444;TCF=160;TCR=284;TR=430;WE=73612650;WS=73612632;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,1058:1.00:1058
chr17	73613975	rs820145	G	A	6701.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.545;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=654;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=82;NR=128;PP=2962;ReadPosRankSum=0.992;SC=ACACCGGCACGCCCTGGAAGT;SOR=0.699;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=399;TCF=154;TCR=245;TR=210;WE=73613983;WS=73613965;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:319,320:0.50:639
chr17	73614357	rs1093992	G	A	6036.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-2.342;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=466;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.905;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=137;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.903;SC=TTAACACCACGTAGGGCATGT;SOR=0.553;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=330;TCF=93;TCR=237;TR=193;WE=73614365;WS=73614347;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:173,275:0.61:448
chr17	73615644	rs820147	C	T	1580.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=1.312;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.152;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=15;PP=1104;ReadPosRankSum=-0.126;SC=GCAGGAGAGCCGGGGAGCAGA;SOR=1.164;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=90;TCF=63;TCR=27;TR=58;WE=73615652;WS=73615634;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,64:0.63:102
chr17	73615887	rs820148	A	G	10419.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.562;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=824;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=140;NR=143;PP=2962;ReadPosRankSum=0.780;SC=CAGGTGCGCTAGCCCACGACC;SOR=0.660;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=484;TCF=234;TCR=250;TR=283;WE=73615895;WS=73615877;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:344,473:0.58:817
chr17	73615933	rs820149	T	C	8698.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.588;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=627;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.530;HP=3;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=117;NR=130;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.627;SC=CAAGGTGACCTCAGTTCATGC;SOR=0.641;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=393;TCF=181;TCR=212;TR=247;WE=73615941;WS=73615923;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:248,376:0.60:624
chr17	73615962	rs820150	T	C	10801.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.056;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=509;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=32;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=101;NR=121;PP=2962;ReadPosRankSum=0.165;SC=TGCGCAGCTTTGCGGAGGTGC;SOR=0.710;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=349;TCF=156;TCR=193;TR=222;WE=73615970;WS=73615952;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:203,304:0.60:507
chr17	73615983	rs820151	G	A	10226.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.516;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=465;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=29;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=92;NR=114;PP=2962;ReadPosRankSum=1.681;SC=TGGGTGTGGAGTGCCGGGGCG;SOR=0.718;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=331;TCF=147;TCR=184;TR=206;WE=73615991;WS=73615973;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:186,275:0.60:461
chr17	73616088	rs820152	T	C	5958.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.152;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=506;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.767;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=67;NR=100;PP=2374;ReadPosRankSum=-0.231;SC=TATTCCTGAATGAGCTTAAGA;SOR=0.860;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=291;TCF=126;TCR=165;TR=167;WE=73616096;WS=73616078;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:214,287:0.57:501
chr17	73616211	rs3840857	TG	T	3681.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.692;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.685;HP=3;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=45;PP=2389;ReadPosRankSum=-0.246;SC=GCCAAATCCCTGGAAGTCTGG;SOR=0.575;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=132;TCF=43;TCR=89;TR=68;WE=73616219;WS=73616201;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:95,116:0.55:211
chr17	73616239	rs820153	C	G	2459.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.292;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.576;HP=4;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=37;ReadPosRankSum=-1.560;SC=GGTGGAGGGGCAGGCCAGCAG;SOR=0.669;SbPval=0.42;Source=Platypus;TCR=74;TR=78;WE=73616247;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,102:0.56:183
chr17	73616446	rs820154	A	T	4572.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.208;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=415;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=79;NR=69;PP=2424;ReadPosRankSum=-0.442;SC=AGGTATCGCCAGAGGCCGGCA;SOR=0.737;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=285;TCF=151;TCR=134;TR=148;WE=73616454;WS=73616436;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:195,212:0.52:407
chr17	73616853	rs10808	G	C	8124.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.731;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=662;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=129;NR=117;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.547;SC=CCCTCTGCCCGCTCCTGATGG;SOR=0.693;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=440;TCF=229;TCR=211;TR=246;WE=73616872;WS=73616843;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:284,371:0.57:655
chr17	73616864	rs11470	C	A	7877.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.364;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=663;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.522;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=130;NR=124;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.396;SC=CTCCTGATGGCTCGCCTTGTC;SOR=0.634;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=449;TCF=231;TCR=218;TR=254;WE=73616872;WS=73616843;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:290,368:0.56:658
chr17	73616920	rs10814	A	G	8435.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.023;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=719;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.743;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=125;NR=135;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.109;SC=GCTGGGCTGGATGCTGCTCTT;SOR=0.578;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=456;TCF=230;TCR=226;TR=260;WE=73616928;WS=73616910;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:322,392:0.55:714
chr17	73617104	rs820182	A	C	10863.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=3.540;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=856;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.529;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=217;NR=143;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.134;SC=GTTTCTTGTGATCCCAGCGCC;SOR=0.771;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=644;TCF=380;TCR=264;TR=360;WE=73617112;WS=73617094;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:366,468:0.56:834
chr17	73617377	rs820183	A	G	4505.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.700;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=353;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.802;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=104;PP=2911;ReadPosRankSum=-0.066;SC=GCTGGGATGAAGGCAGGAGGG;SOR=0.519;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=279;TCF=81;TCR=198;TR=153;WE=73617385;WS=73617367;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:158,186:0.54:344
chr17	73617403	rs820184	T	C	2939.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.177;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=253;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.602;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=76;PP=1885;ReadPosRankSum=-1.019;SC=CAAGCTGGGCTGTCTCCCTCT;SOR=0.411;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=214;TCF=64;TCR=150;TR=114;WE=73617411;WS=73617393;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:114,133:0.54:247
chr17	73619920	rs820186	G	A	7200.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.602;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=577;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.778;HP=2;HapScore=1;MGOF=46;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=107;NR=78;PP=2962;ReadPosRankSum=2.863;SC=AGCAGGTCACGGGACACCCCC;SOR=0.563;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=342;TCF=209;TCR=133;TR=185;WE=73619928;WS=73619910;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:241,334:0.58:575
chr17	73619952	.	GCTTCT	G	23111.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DP=546;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.96;SOR=0.916;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,514:1.00:514
chr17	73619953	.	CT	GG	2947	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;FR=1.0000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=206;NR=136;PP=2947;QD=20;SC=GGACCGGTGGCTTCTGGGGGT;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=379;TCF=224;TCR=155;TR=342;WE=73619965;WS=73619943;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:37,342:0.90:379
chr17	73619955	.	TCTG	T	2948	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;FR=1.0000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MMLQ=28;MQ=60.07;NF=86;NR=137;PP=2948;QD=20;SC=ACCGGTGGCTTCTGGGGGTGG;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=227;TCF=89;TCR=138;TR=223;WE=73619965;WS=73619943;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:4,223:0.98:227
chr17	73619958	.	G	GGT	13812.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.984;ClippingRankSum=0.000;DP=521;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=27.74;ReadPosRankSum=-1.061;SOR=0.944;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,496:1.00:498
chr17	73620804	rs820187	C	A	11474.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=2.678;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=424;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=164;NR=178;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.056;SC=GTGGCAGGGCCGGGTGTGTGT;SOR=0.219;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=345;TCF=167;TCR=178;TR=342;WE=73620812;WS=73620794;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,411:1.00:413
chr17	73621432	rs820188	A	G	7470.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=256;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=78;NR=143;PP=2965;SC=GGGGCCTGTGAACATCTGTCC;SOR=1.738;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=221;TCF=78;TCR=143;TR=221;WE=73621440;WS=73621422;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,248:1.00:248
chr17	73625286	rs820190	G	A	7085.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-5.625;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=642;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.528;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=116;NR=102;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.830;SC=TGGCAAGGGAGCTGCCCCCAG;SOR=0.765;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=390;TCF=205;TCR=185;TR=218;WE=73625294;WS=73625276;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:260,371:0.59:631
chr17	73625430	rs4788902	G	A	3512.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.762;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=482;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.125;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=65;PP=1613;ReadPosRankSum=1.260;SC=TCGGGGGCTCGTGCTCGCCTC;SOR=0.612;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=290;TCF=129;TCR=161;TR=120;WE=73625438;WS=73625420;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:287,185:0.39:472
chr17	73625478	rs820191	T	C	12125.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=464;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=116;NR=147;PP=2965;SC=TGATCCGAGTTGTCTCCATCA;SOR=0.858;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=263;TCF=116;TCR=147;TR=263;WE=73625486;WS=73625468;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,455:1.00:455
chr17	73625629	rs820192	A	C	4516.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=61;NR=63;PP=2965;SC=CTGGAGCAGTAACTCACATTG;SOR=0.804;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=124;TCF=61;TCR=63;TR=124;WE=73625637;WS=73625619;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,150:1.00:150
chr17	73626208	rs820193	G	C	2324.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=56;NR=11;PP=1630;SC=CAGCTTCTGCGTCAGAGTATG;SOR=2.955;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=67;TCF=56;TCR=11;TR=67;WE=73626216;WS=73626198;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr17	73626817	rs820194	G	A	4000.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=3.156;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=319;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.879;HP=4;HapScore=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=76;NR=59;PP=2512;ReadPosRankSum=0.293;SC=CGCGGCTGGGGGAGGGCCCCG;SOR=0.727;Source=Platypus;TCF=128;TR=135;WE=73626837;WS=73626807;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:131,170:0.56:301
chr17	73626829	rs820195	C	G	9805.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=278;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=121;NR=96;PP=2965;SC=AGGGCCCCGGCGGGTGGCTGA;SOR=0.805;Source=Platypus;TCF=121;TR=217;WE=73626837;WS=73626807;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,262:1.00:262
chr17	73626921	.	T	TG	88.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=4.309;ClippingRankSum=0.000;DP=171;ExcessHet=3.0103;FS=9.231;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.74;ReadPosRankSum=-0.334;SOR=2.792;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:100,20:0.17:120
chr17	73626922	rs56158987	G	GT	2029.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.815;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FS=2.924;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.15;ReadPosRankSum=1.602;SOR=0.431;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:73,61:0.46:134
chr17	73626923	.	GG	TG	597	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;FR=0.5000,0.5000;HP=11;HapScore=3;MGOF=38;MMLQ=27;MQ=58.68;NF=56,31;NR=26,9;PP=597,566;QD=7.35365853659;SC=CTCATCTGTGGGGGGGGGGGG;SbPval=0.01;Source=Platypus;TC=166;TCF=77;TCR=89;TR=82,40;WE=73626931;WS=73626908;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:231,40:0.15:271
chr17	73626923	rs55982817	GG	GTG,GGTG	772.73	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;ALERT;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.575;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=11.318;HP=11;HapScore=3;MGOF=38;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=56,31;NR=26,9;PP=597,566;ReadPosRankSum=1.973;SC=CTCATCTGTGGGGGGGGGGGG;SOR=2.168;SbPval=0.01;Source=Platypus;TC=166;TCF=77;TCR=89;TR=82,40;WE=73626931;WS=73626908;set=Intersection	GT:AF:DP	0/1:0.33:130
chr17	73626983	rs9896073	G	C	3141.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=0.323;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=433;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.790;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=47;PP=1426;ReadPosRankSum=0.127;SC=GTCCCCCACAGCCCGGATGAG;SOR=0.854;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=353;TCF=184;TCR=169;TR=110;WE=73626991;WS=73626973;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:251,168:0.40:419
chr17	73627539	rs820196	T	C	5269.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=1.824;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=454;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=74;NR=77;PP=2579;ReadPosRankSum=-0.616;SC=CCTGCTGAAGTCCCCGTAGCC;SOR=0.663;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=248;TCF=118;TCR=130;TR=151;WE=73627547;WS=73627529;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:197,249:0.56:446
chr17	73627565	rs820197	A	G	10871.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=424;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=115;NR=124;PP=2965;SC=GGCCTCCCTCATACAGCTCGG;SOR=0.761;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=239;TCF=115;TCR=124;TR=239;WE=73627573;WS=73627555;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,422:1.00:422
chr17	73647138	rs1661744	CA	TG	1862.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=0.031;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;JOINED;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=2;PP=1950;ReadPosRankSum=-0.364;SC=CCCGACACAACAGCCTTTGCA;SOR=0.840;SbPval=0.93;Source=Platypus;TC=94;TCF=84;TCR=10;TR=42;WE=73647147;WS=73647135;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,47:0.48:97
chr17	73658489	rs820159	T	C	959.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=25;NR=3;PP=718;SC=GGTCTTAGACTAATCTCCATC;SOR=3.477;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=28;TCF=25;TCR=3;TR=28;WE=73658497;WS=73658485;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr17	73661411	rs820157	A	G	1111.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=0.416;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=34;PP=848;ReadPosRankSum=0.521;SC=TTCTATGAAAAAGGCAAGGAT;SOR=0.721;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=63;TCF=8;TCR=55;TR=38;WE=73661419;WS=73661401;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,43:0.58:74
chr17	73663296	rs2165635	CT	AG	1405.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-3.304;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.271;HP=1;HapScore=2;JOINED;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=7;PP=1178;ReadPosRankSum=0.268;SC=AGCGCGAGCGCTGGCATGAGG;SOR=0.273;SbPval=0.25;Source=Platypus;TC=63;TCF=52;TCR=11;TR=29;WE=73663305;WS=73663286;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,36:0.51:70
chr17	73663313	rs864234	C	A	1030.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-4.065;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.874;HP=1;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=10;PP=595;ReadPosRankSum=0.549;SC=GAGGGCGGAGCCAGGCGCAGG;SOR=0.314;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=78;TCF=62;TCR=16;TR=39;WE=73663321;WS=73663303;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,46:0.52:89
chr17	73663372	rs820156	A	T	2098.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=1.413;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.882;HP=3;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=24;PP=1162;ReadPosRankSum=1.918;SC=GTCTCCTGGGATCCGAAAGAA;SOR=1.096;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=158;TCF=99;TCR=59;TR=76;WE=73663380;WS=73663362;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:108,100:0.48:208
chr17	73687495	rs820218	G	A	6472.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.969;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=593;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.520;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=110;NR=106;PP=2962;ReadPosRankSum=1.025;SC=AACAACCTCAGCTGAGCCTGG;SOR=0.653;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=379;TCF=196;TCR=183;TR=216;WE=73687503;WS=73687485;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:266,323:0.55:589
chr17	73698557	rs820232	C	T	2657.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=41;NR=22;PP=1200;SC=CTCCTCTTCACAGGACAAGAT;SOR=1.064;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=65;TCF=43;TCR=22;TR=63;WE=73698565;WS=73698547;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr17	73700130	rs78580953	AG	A	742.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=2.392;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.943;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=22;PP=775;ReadPosRankSum=-0.038;SC=ACAGCAAAGAAGATGGAACGT;SOR=1.828;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=61;TCF=0;TCR=61;TR=22;WE=73700138;WS=73700120;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,25:0.32:77
chr17	73702253	rs2305529	G	A	1733.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.372;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.298;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=53;PP=1201;ReadPosRankSum=1.217;SC=CAGACAGCACGTGGATCTGGG;SOR=0.573;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=168;TCF=42;TCR=126;TR=69;WE=73702261;WS=73702243;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:114,79:0.41:193
chr17	73702317	rs820230	A	G	3001.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=53;NR=40;PP=2305;SC=GGGGTGGGCCACTTCGGGGTC;SOR=0.888;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=94;TCF=54;TCR=40;TR=93;WE=73702325;WS=73702307;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr17	73702402	rs820229	T	C	10860.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=404;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=191;NR=96;PP=2965;SC=GTGATCCTGATTTCTGCTTTA;SOR=1.351;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=287;TCF=191;TCR=96;TR=287;WE=73702410;WS=73702392;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,391:1.00:391
chr17	73720638	rs820166	C	T	5530.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=119;NR=38;PP=2965;SC=CAGGGCCCTGCCTCTGGCGGC;SOR=1.835;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=157;TCF=119;TCR=38;TR=157;WE=73720646;WS=73720628;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,199:1.00:199
chr17	73720900	rs820167	A	G	6658.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=50;NR=124;PP=2965;SC=TCCTGGCAGGATCATCCCTTG;SOR=1.609;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=174;TCF=50;TCR=124;TR=174;WE=73720908;WS=73720890;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,235:1.00:235
chr17	73723239	rs2584100	G	A	6021.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.550;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=861;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=121;NR=77;PP=2633;ReadPosRankSum=-0.422;SC=TTTGCTGAGCGCCTCCCCATT;SOR=0.691;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=507;TCF=310;TCR=197;TR=198;WE=73723247;WS=73723229;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:533,325:0.38:858
chr17	73723453	rs34275940	GC	G	11080.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=371;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=36;NR=145;PP=2974;SC=AATGGGTGCTGCCCCCCAGTG;SOR=1.017;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=201;TCF=40;TCR=161;TR=181;WE=73723461;WS=73723443;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,352:1.00:352
chr17	73725239	rs71271523	CA	C	670.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.299;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FS=1.308;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.18;MQRankSum=0.725;QD=6.51;ReadPosRankSum=-0.116;SOR=1.140;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:47,56:0.54:103
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chr17	73725304	rs1661675	C	G	11381.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.550;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=537;ExcessHet=3.0103;FS=1.793;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.04;MQRankSum=1.245;QD=21.72;ReadPosRankSum=-0.893;SOR=0.824;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:228,296:0.56:524
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chr17	73732522	rs820176	T	G	2023.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=3.373;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.067;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=37;PP=1156;ReadPosRankSum=0.353;SC=CACAGGGCAGTGTGGGCAGGA;SOR=0.778;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=142;TCF=66;TCR=76;TR=69;WE=73732530;WS=73732512;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:115,94:0.45:209
chr17	73732810	rs820177	A	C	2468.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.653;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=312;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.419;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=51;PP=1002;ReadPosRankSum=0.060;SC=GGTTGCTGAGAGCCTAGGCAG;SOR=0.646;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=216;TCF=90;TCR=126;TR=90;WE=73732818;WS=73732800;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:181,130:0.42:311
chr17	73733315	rs820179	G	C	1132.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=1.137;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.965;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=13;PP=764;ReadPosRankSum=0.189;SC=GAGGCAGATCGCAGAGTAGGG;SOR=0.429;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=96;TCF=75;TCR=21;TR=48;WE=73733323;WS=73733305;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,51:0.48:107
chr17	73746146	rs820387	T	C	18380.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=692;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=292;NR=187;PP=2965;SC=CCCCTGGTGGTGAAGGGGGAT;SOR=1.050;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=479;TCF=292;TCR=187;TR=479;WE=73746154;WS=73746136;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,681:1.00:681
chr17	73746370	rs820388	T	C	6459.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=1.119;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=234;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=149;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.384;SC=GGGCTGAGGGTCACGACAGGT;SOR=1.376;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=204;TCF=53;TCR=151;TR=201;WE=73746378;WS=73746360;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,220:0.99:223
chr17	73747128	rs61735289	G	A	10076.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.450;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1125;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.526;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=145;NR=170;PP=2962;ReadPosRankSum=0.644;SC=GGGCTGAGCCGGCTGAGACCA;SOR=0.633;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=731;TCF=331;TCR=400;TR=315;WE=73747136;WS=73747118;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:612,493:0.45:1105
chr17	73748452	rs2603499	G	C	2808.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-7.278;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=371;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.134;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=67;PP=1660;ReadPosRankSum=1.207;SC=GTGGTGGGCAGGGAGGTGAGG;SOR=0.442;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=357;TCF=178;TCR=179;TR=133;WE=73748460;WS=73748442;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:216,146:0.40:362
chr17	73750859	rs8669	C	G	24128.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=-0.176;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=2275;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=322;NR=390;PP=2962;ReadPosRankSum=1.568;SC=CCACACTGCCCAGGGACTACT;SOR=0.737;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=1278;TCF=588;TCR=690;TR=712;WE=73750867;WS=73750849;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1085,1171:0.52:2256
chr17	73751038	rs201686139	C	CAT	3613.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.595;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=333;ExcessHet=3.0103;FS=2.494;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=64.82;MQRankSum=12.476;QD=11.12;ReadPosRankSum=0.413;SOR=0.853;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:163,162:0.50:325
chr17	73751040	.	C	T	1987	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;FR=0.5000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MMLQ=24;NF=39;NR=79;PP=1987;QD=17.1336543436;SC=CACACGTGCACACGCATGCAC;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=264;TCF=92;TCR=172;TR=118;WE=73751050;WS=73751027;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:146,118:0.45:264
chr17	73751042	rs3988219	C	CACAT,CAT	13475.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DB;DP=319;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=27;NF=47;NR=159;PP=2976;SC=CACGTGCACACGCATGCACAC;SOR=1.341;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=210;TCF=47;TCR=163;TR=206;WE=73751050;WS=73751027;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.51,0.49:317
chr17	73751081	rs55868003	A	T	3337.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.494;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=336;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.396;HP=1;HapScore=2;MGOF=38;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=11.255;NF=46;NR=61;PP=1601;ReadPosRankSum=1.577;SC=GCGCACACGTACACACATGCA;SOR=0.731;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=227;TCF=101;TCR=126;TR=107;WE=73751089;WS=73751071;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:175,161:0.48:336
chr17	73751990	rs1008177	T	A	594.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=1.547;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.176;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=15;PP=333;ReadPosRankSum=-1.064;SC=GGCCCCAGTGTGACACATAGG;SOR=1.508;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=41;TCF=14;TCR=27;TR=20;WE=73751998;WS=73751980;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,26:0.50:52
chr17	73752999	rs2249613	C	G	5254.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=2.237;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=396;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.731;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=90;NR=75;PP=2828;ReadPosRankSum=0.203;SC=GGGCCGCAGACGCTGAAGGCA;SOR=0.568;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=274;TCF=154;TCR=120;TR=165;WE=73753007;WS=73752989;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:156,231:0.60:387
chr17	73753503	rs871443	T	C	8582.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.695;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=696;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=149;NR=148;PP=2962;ReadPosRankSum=1.220;SC=ACAGATGGGCTGACCCTGGGG;SOR=0.695;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=502;TCF=251;TCR=251;TR=297;WE=73753511;WS=73753493;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:292,391:0.57:683
chr17	73753661	rs9367	C	T	12272.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.250;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=636;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=116;NR=273;PP=2965;ReadPosRankSum=1.159;SC=ACCCCCGCCACGTCCCACTAG;SOR=1.643;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=428;TCF=154;TCR=274;TR=389;WE=73753669;WS=73753651;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,576:1.00:578
chr17	73759038	rs35008831	TC	T	13785.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=402;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=58;NR=149;PP=2970;SC=GTGGGCACACTCCCACCCAGG;SOR=0.767;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=213;TCF=60;TCR=153;TR=207;WE=73759046;WS=73759028;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,390:1.00:390
chr17	73759304	rs820386	G	T	2412.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.180;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.492;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=40;ReadPosRankSum=0.306;SC=TCCAGGGAGAGTCCCTGCCAC;SOR=0.752;Source=Platypus;TC=168;TCF=76;TCR=92;WE=73759312;WS=73759294;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:107,115:0.52:222
chr17	73759552	rs7209235	G	A	2306.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=2.635;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.792;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=53;PP=1419;ReadPosRankSum=0.679;SC=ATGGTAAGAGGGGCTGCCTGG;SOR=1.092;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=114;TCF=36;TCR=78;TR=75;WE=73759560;WS=73759542;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,99:0.59:169
chr17	73774877	rs9895763	G	A	4915.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=2.086;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=603;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=78;NR=92;PP=2962;ReadPosRankSum=0.469;SC=CCCGGCTCCAGGCCTTTGTCT;SOR=0.706;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=429;TCF=200;TCR=229;TR=170;WE=73774885;WS=73774867;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:370,224:0.38:594
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chr17	73781075	.	GCC	G	350.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.719;ClippingRankSum=0.000;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=21.92;ReadPosRankSum=-1.590;SOR=0.269;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,11:0.69:16
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chr17	73816026	rs11868471	A	G	28526.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.767;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1092;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=317;NR=318;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.813;SC=AGAGCTCTGCACCCGTGAACA;SOR=0.697;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=638;TCF=319;TCR=319;TR=635;WE=73816034;WS=73816016;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,1084:1.00:1086
chr17	73819525	rs8078208	C	T	12640.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=477;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=140;NR=130;PP=2965;SC=CCGCCTTCTCCGACCTGGAGG;SOR=0.710;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=273;TCF=140;TCR=133;TR=270;WE=73819533;WS=73819515;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,474:1.00:474
chr17	73823720	rs9916685	G	A	2172.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.042;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=263;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=43;PP=1065;ReadPosRankSum=-1.910;SC=CCAGGGCCAGGAGACAGATGG;SOR=0.681;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=186;TCF=75;TCR=111;TR=70;WE=73823728;WS=73823710;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:147,109:0.43:256
chr17	73824121	rs7210574	T	C	6089.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=71;NR=65;PP=2639;SC=AGACCTGGGCTTCTCGGTCAC;SOR=0.765;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=136;TCF=71;TCR=65;TR=136;WE=73824129;WS=73824111;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,230:1.00:230
chr17	73826120	rs35628234	C	T	4009.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.582;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=562;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.517;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=78;NR=59;PP=2017;ReadPosRankSum=2.047;SC=ATTCAAAGGTCTCATCAAACA;SOR=0.855;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=332;TCF=174;TCR=158;TR=137;WE=73826128;WS=73826110;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:344,214:0.38:558
chr17	73826611	rs2290768	G	A	2217.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.176;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=250;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=32;PP=944;ReadPosRankSum=-1.184;SC=AGCGGGAGCGGGGTGCTCCAG;SOR=0.722;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=151;TCF=80;TCR=71;TR=68;WE=73826619;WS=73826601;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:134,113:0.46:247
chr17	73827205	rs1135688	T	C	4837.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.058;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=522;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.129;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=100;NR=54;PP=2123;ReadPosRankSum=0.242;SC=TGCAGGGCCTTGGGTGGCAGG;SOR=0.607;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=339;TCF=225;TCR=114;TR=154;WE=73827213;WS=73827195;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:282,232:0.45:514
chr17	73827436	rs3217698	C	CG	3259.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.281;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=312;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.646;HP=8;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=3.083;NF=2;NR=73;PP=2484;ReadPosRankSum=-0.477;SC=GAGGCTGGGGCGGGGCCGGAG;SOR=0.920;SbPval=0.94;Source=Platypus;TC=186;TCF=12;TCR=174;TR=75;WE=73827444;WS=73827426;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:148,128:0.46:276
chr17	73830270	rs7212635	G	A	3071.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.742;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=410;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.536;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=60;PP=1578;ReadPosRankSum=-0.334;SC=GGCATGAGTCGGGGATGGAAG;SOR=0.625;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=261;TCF=110;TCR=151;TR=106;WE=73830278;WS=73830260;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:245,160:0.40:405
chr17	73831658	rs3744024	A	G	2522.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=4.610;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=246;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.489;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=23;PP=1533;ReadPosRankSum=0.492;SC=GCCACCATGGACCCTGGGGCC;SOR=1.033;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=177;TCF=118;TCR=59;TR=80;WE=73831666;WS=73831648;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:132,108:0.45:240
chr17	73831900	rs3744026	T	C	9028.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.902;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1025;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=156;NR=152;PP=2962;ReadPosRankSum=0.091;SC=ACAGCTCTGTTGGAGGGCATG;SOR=0.705;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=682;TCF=344;TCR=338;TR=308;WE=73831908;WS=73831890;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:557,449:0.45:1006
chr17	73833065	rs187179863	C	A	1048.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-6.062;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.567;HP=2;HapScore=1;MGOF=91;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=26;PP=319;ReadPosRankSum=-2.819;SC=GTTCACCCGGCCTCAGGTGGG;SOR=0.368;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=64;TCF=4;TCR=60;TR=28;WE=73833073;WS=73833055;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,33:0.46:71
chr17	73833087	rs142821095	C	CCCTCCTCCAGGGCCCCTGGTGGAGAA	769.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-1.415;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=12;PP=2897;ReadPosRankSum=1.427;SC=GGAATCGCCTCCCATCCACCA;SOR=0.468;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=50;TCF=1;TCR=49;TR=12;WE=73833095;WS=73833077;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,23:0.38:60
chr17	73836162	rs7223416	C	G	3397.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.410;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=355;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.774;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=67;NR=52;PP=2001;ReadPosRankSum=-0.511;SC=CGGTGTAGCTCGGCTGCGAGC;SOR=0.587;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=249;TCF=144;TCR=105;TR=119;WE=73836170;WS=73836152;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:190,157:0.45:347
chr17	73836441	rs7226310	G	A	1980.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=3.667;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.117;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=35;PP=1365;ReadPosRankSum=-0.561;SC=GCCCGTGAGCGTCAGAACCTC;SOR=0.732;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=171;TCF=86;TCR=85;TR=72;WE=73836449;WS=73836431;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:110,85:0.44:195
chr17	73837142	rs8067076	A	C	3709.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.943;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=440;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.57;ReadPosRankSum=-0.214;SOR=0.698;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:242,191:0.44:433
chr17	73838816	rs3744006	G	A	2082.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-7.576;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=21.369;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=18;PP=1330;ReadPosRankSum=0.291;SC=CCAGCAGCATGGGGGGCCAGC;SOR=0.112;SbPval=0.11;Source=Platypus;TC=146;TCF=122;TCR=24;TR=75;WE=73838824;WS=73838806;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,90:0.54:168
chr17	73839498	rs9903200	G	A	1166.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.204;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.168;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=22;PP=623;ReadPosRankSum=0.793;SC=TGCCATCAGCGTCGGCCGGCA;SOR=0.531;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=92;TCF=48;TCR=44;TR=44;WE=73839506;WS=73839488;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,58:0.43:135
chr17	73840272	rs3744011	C	T	2595.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.718;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=370;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.781;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=35;PP=1182;ReadPosRankSum=0.312;SC=TCCCCAAGGCCAGCTCTCTCC;SOR=0.807;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=202;TCF=124;TCR=78;TR=90;WE=73840280;WS=73840262;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:225,139:0.38:364
chr17	73842892	rs2305914	C	T	2725.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.187;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=380;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.455;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=44;PP=1285;ReadPosRankSum=-2.159;SC=AAAGGAGAGACTTGCATTAGA;SOR=0.528;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=268;TCF=152;TCR=116;TR=91;WE=73842900;WS=73842882;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:235,139:0.37:374
chr17	73843767	rs77051585	G	A	1536.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.084;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=32;PP=863;ReadPosRankSum=-0.606;SC=GGCCTCTCCAGCTCCTTCGTT;SOR=0.723;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=145;TCF=70;TCR=75;TR=62;WE=73843775;WS=73843757;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:101,77:0.43:178
chr17	73844748	rs2290771	A	G	2988.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=2.813;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=270;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.384;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=71;PP=1818;ReadPosRankSum=0.980;SC=AGCCACCTGAAAGGGGAAGGA;SOR=0.966;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=187;TCF=51;TCR=136;TR=94;WE=73844756;WS=73844738;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:135,130:0.49:265
chr17	73847613	rs936393	A	G	1149.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.969;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=12;PP=624;ReadPosRankSum=0.582;SC=CAACAGCAACAAGCCTCTCAA;SOR=0.718;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=100;TCF=72;TCR=28;TR=44;WE=73847621;WS=73847603;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,59:0.45:132
chr17	73847799	rs936391	G	A	3111.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=2.499;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=370;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.796;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=62;PP=1725;ReadPosRankSum=0.386;SC=AGACAGTATGGAGACGCGACG;SOR=0.740;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=231;TCF=99;TCR=132;TR=106;WE=73847807;WS=73847789;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:214,153:0.42:367
chr17	73871467	rs3744017	G	A	3289.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.853;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=410;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.154;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=86;NR=43;PP=1868;ReadPosRankSum=0.038;SC=GAGGGGGCACGGGCGTCCACT;SOR=0.836;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=297;TCF=193;TCR=104;TR=129;WE=73871475;WS=73871457;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:234,169:0.42:403
chr17	73871911	rs3744021	G	A	1044.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=6.194;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.088;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=6;PP=761;ReadPosRankSum=1.335;SC=CTGGATGGGCGCCAGGCCTGG;SOR=0.459;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=98;TCF=86;TCR=12;TR=42;WE=73871919;WS=73871901;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,44:0.41:107
chr17	73872948	rs1055129	A	G	1307.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=0.049;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.507;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=31;PP=714;ReadPosRankSum=-0.538;SC=ACAGCCCTACACTCGGGTCCC;SOR=0.463;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=98;TCF=29;TCR=69;TR=46;WE=73872956;WS=73872938;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,60:0.49:122
chr17	73874656	rs56082951	C	G	1063.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.844;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=21;PP=477;ReadPosRankSum=-0.268;SC=AGGGCGCCGCCGATTGTGCTC;SOR=0.745;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=75;TCF=33;TCR=42;TR=36;WE=73874664;WS=73874646;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,55:0.47:117
chr17	73886888	rs3760128	A	G	2792.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=-1.807;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=301;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.419;HP=4;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=41;PP=1120;ReadPosRankSum=-0.245;SC=CTGGGGCCCCAGAGGGAACAC;SOR=0.721;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=150;TCF=76;TCR=74;TR=84;WE=73886896;WS=73886878;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:150,146:0.49:296
chr17	73887807	rs11270925	TGCACACACACACGTGCTCACA	T	1147.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=2.436;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.264;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=2.010;NF=9;NR=10;PP=2954;ReadPosRankSum=0.800;SC=CATACGAACATGCACACACAC;SOR=1.168;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=60;TCF=32;TCR=28;TR=19;WE=73887835;WS=73887797;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,33:0.34:98
chr17	73888354	rs34974290	G	A	5490.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-2.530;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=826;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.818;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=91;NR=95;PP=2733;ReadPosRankSum=1.391;SC=GCACCTGCAGGAAGGTCTGCT;SOR=0.591;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=497;TCF=262;TCR=235;TR=186;WE=73888362;WS=73888344;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:527,296:0.36:823
chr17	73888423	rs7222755	A	G	9272.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.839;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=764;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.20;ReadPosRankSum=-1.441;SOR=0.712;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:497,263:0.35:760
chr17	73888427	rs7222757	A	C	9387.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.205;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=766;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.34;ReadPosRankSum=-1.457;SOR=0.751;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:499,262:0.34:761
chr17	73888672	rs3744028	T	C	1559.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=2.973;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.479;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=40;PP=1020;ReadPosRankSum=-0.222;SC=GGGCTGAGGGTCAGGGATGTG;SOR=0.563;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=122;TCF=31;TCR=91;TR=54;WE=73888680;WS=73888662;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,66:0.46:143
chr17	73888743	rs3744027	G	A	792.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-0.467;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.793;HP=5;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=19;PP=558;ReadPosRankSum=0.628;SC=GCTCAGCCCCGCTCCCTGCTG;SOR=0.984;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=68;TCF=33;TCR=35;TR=35;WE=73888751;WS=73888733;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,37:0.44:85
chr17	73892600	rs55861951	G	A	811.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.529;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=12;PP=286;ReadPosRankSum=1.358;SC=CGGCGGATGCGTCACCTCGCG;SOR=0.711;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=101;TCF=61;TCR=40;TR=30;WE=73892608;WS=73892590;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:99,49:0.33:148
chr17	73897033	rs111405920	A	AC	7668.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=1.902;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1367;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.001;NF=41;NR=119;PP=2971;ReadPosRankSum=2.690;SC=CCTGGGCAGCACCCCCTACCC;SOR=0.668;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=506;TCF=136;TCR=370;TR=160;WE=73897054;WS=73897023;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:912,421:0.32:1333
chr17	73897046	rs9902371	A	G	15493.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=0.349;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1437;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.552;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-2.043;NF=125;NR=132;PP=2962;ReadPosRankSum=1.050;SC=CCCTACCCCCAGTACTCCAGT;SOR=0.727;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=758;TCF=370;TCR=388;TR=257;WE=73897054;WS=73897023;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:967,463:0.32:1430
chr17	73900688	rs3744015	T	C	3286.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.858;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=402;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.852;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=40;PP=1439;ReadPosRankSum=0.601;SC=CCTGCTCTGCTCGGCGCCGGT;SOR=0.530;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=243;TCF=151;TCR=92;TR=98;WE=73900696;WS=73900678;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:230,169:0.42:399
chr17	73900851	.	GC	G	2642.74	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.195;ClippingRankSum=0.000;DP=275;ExcessHet=3.0103;FS=17.116;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.74;ReadPosRankSum=-0.642;SOR=5.916;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,122:0.87:141
chr17	73900863	.	C	G	2239.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-2.772;ClippingRankSum=0.000;DP=280;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=21.037;HP=16;HapScore=1;MGOF=29;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=123;PP=2962;ReadPosRankSum=1.323;SC=CCCCCCCCCCCCCCCCGCAGA;SOR=2.584;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=419;TCF=127;TCR=292;TR=130;WE=73900871;WS=73900838;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,136:0.75:182
chr17	73906934	rs9302994	G	A	1600.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.092;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=28;PP=610;ReadPosRankSum=-0.871;SC=GAGCTGAGAGGGAGGTGGAGC;SOR=0.727;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=104;TCF=38;TCR=66;TR=45;WE=73906942;WS=73906924;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,77:0.46:167
chr17	73908475	rs8065151	C	G	503.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.893;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=11;PP=228;ReadPosRankSum=-1.882;SC=GCTGCTCCCCCCGCCAGTGGG;SOR=0.836;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=36;TCF=12;TCR=24;TR=15;WE=73908483;WS=73908465;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,23:0.52:44
chr17	73908566	rs9895947	A	C	189.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.193;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=6;PP=111;ReadPosRankSum=-1.198;SC=TCCTACCTGGAAAGACCATTT;SOR=0.760;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=13;TCF=3;TCR=10;TR=8;WE=73908574;WS=73908556;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,9:0.64:14
chr17	73913729	rs4788912	C	G	999.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=8;PP=626;SC=AGTGAGGTCACGGGAGTGCCG;SOR=1.418;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=17;TCR=8;TR=25;WE=73913737;WS=73913728;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr17	73913965	rs11288315	TC	T	6493.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=56;NR=55;PP=2974;SC=CAGCAGCTGCTCCCCCTTCCC;SOR=1.151;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=117;TCF=61;TCR=56;TR=111;WE=73913973;WS=73913955;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,203:1.00:203
chr17	73916423	rs7213548	A	T	1861.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.62;BaseQRankSum=0.152;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.519;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=22;PP=674;ReadPosRankSum=2.370;SC=GCGGGGCTGCACTGAAGTTGC;SOR=0.718;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=92;TCF=47;TCR=45;TR=46;WE=73916431;WS=73916413;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:105,94:0.47:199
chr17	73917426	rs3744014	A	T	4319.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.201;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=506;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.105;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=81;NR=71;PP=2240;ReadPosRankSum=-1.103;SC=GGCCCAGGGCACTGGGCCTGC;SOR=0.636;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=360;TCF=195;TCR=165;TR=152;WE=73917434;WS=73917416;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:276,209:0.43:485
chr17	73918264	rs11870961	A	G	415.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.543;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.278;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=13;PP=259;ReadPosRankSum=0.527;SC=GTCTTGGGGCATTCTCCTCCC;SOR=1.519;SbPval=0.92;Source=Platypus;TC=34;TCF=6;TCR=28;TR=14;WE=73918272;WS=73918254;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,19:0.44:43
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chr17	73919538	rs7218738	G	A	3851.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-3.934;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=443;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.750;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=67;NR=57;PP=1878;ReadPosRankSum=2.340;SC=GGCGTGACAGGCACTGAACTT;SOR=0.826;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=302;TCF=157;TCR=145;TR=124;WE=73919546;WS=73919528;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:248,189:0.43:437
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chr17	73949540	rs1135640	G	C	2577.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.020;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=241;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.049;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=27;PP=1417;ReadPosRankSum=-0.590;SC=ACCCTGGCTTGATTTCAGACT;SOR=0.933;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=167;TCF=112;TCR=55;TR=87;WE=73949548;WS=73949530;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:112,120:0.52:232
chr17	73951864	rs10852766	T	C	10634.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.431;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=947;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=167;NR=166;PP=2962;ReadPosRankSum=0.593;SC=CAGAAGAAAGTGCTCAGTTTC;SOR=0.692;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=616;TCF=309;TCR=307;TR=333;WE=73951872;WS=73951854;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:423,505:0.54:928
chr17	73953404	rs11077798	T	C	2513.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-1.970;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=8;PP=1741;ReadPosRankSum=1.858;SC=TCAAGTGATCTGCCCACCTCA;SOR=1.609;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=68;TCF=60;TCR=8;TR=67;WE=73953412;WS=73953394;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,83:0.99:84
chr17	73982127	rs8073730	T	A	51.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=2.790;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.986;HP=9;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=1;PP=127;ReadPosRankSum=1.052;SC=CCCCAAAAAATTTTTTTTTTA;SOR=1.880;SbPval=0.95;Source=Platypus;TC=38;TCF=28;TCR=10;TR=10;WE=73982135;WS=73982117;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,9:0.23:39
chr17	73997474	rs2069528	G	A	9465.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=356;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=137;NR=104;PP=2965;SC=CAAATTGCCCGGTGCCTTCTG;SOR=0.921;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=244;TCF=139;TCR=105;TR=241;WE=73997482;WS=73997464;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,348:1.00:348
chr17	74006655	rs62090078	G	A	5574.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.729;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=423;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.195;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=123;PP=2877;ReadPosRankSum=0.949;SC=AGAGCACGGGGTGGGCGGTAG;SOR=0.610;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=288;TCF=80;TCR=208;TR=173;WE=74006663;WS=74006645;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:163,253:0.61:416
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chr17	74007846	rs2290251	A	G	2340.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.640;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=278;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.658;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=46;PP=1163;ReadPosRankSum=0.097;SC=GCAAGGTCCCATCTCACCTGG;SOR=0.552;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=204;TCF=90;TCR=114;TR=85;WE=74007854;WS=74007836;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:155,119:0.43:274
chr17	74011452	rs2071195	G	A	9423.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.888;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=723;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=171;NR=140;PP=2962;ReadPosRankSum=0.403;SC=TGGCTCTGCCGCAGAGGAGGC;SOR=0.678;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=512;TCF=284;TCR=228;TR=311;WE=74011460;WS=74011442;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:282,426:0.60:708
chr17	74011721	rs2665970	C	A	4533.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.779;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=343;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=76;PP=2070;ReadPosRankSum=1.399;SC=TAAAGAGGGGCGGGGTCAGGG;SOR=0.676;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=223;TCF=79;TCR=144;TR=116;WE=74011729;WS=74011711;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:138,202:0.59:340
chr17	74014468	rs2071194	C	A	3272.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=50;NR=44;PP=2223;SC=GGCTTGGACACCGCAGGGCCG;SOR=0.767;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=95;TCF=50;TCR=45;TR=94;WE=74014476;WS=74014458;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr17	74014628	rs2071193	G	A	5405.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.432;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=510;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.094;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=87;NR=80;PP=2426;ReadPosRankSum=0.645;SC=CGACCCAGGCGTGCGGGTCAG;SOR=0.619;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=307;TCF=166;TCR=141;TR=167;WE=74014636;WS=74014618;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:247,262:0.51:509
chr17	74014668	rs2071192	T	C	11905.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=459;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=140;NR=148;PP=2965;SC=CCGCTCACCCTGCAGCAGCTG;SOR=0.706;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=288;TCF=140;TCR=148;TR=288;WE=74014676;WS=74014658;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,459:1.00:459
chr17	74015590	rs2244371	C	T	6829.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=46.46;SOR=1.454;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,147:1.00:147
chr17	74015595	rs2244370	T	C	7101.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.78;SOR=1.405;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,166:1.00:166
chr17	74015819	rs79643517	A	T	3049.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.659;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=409;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=58;PP=1445;ReadPosRankSum=0.620;SC=TAAGCCAGCTAAACACAAAGC;SOR=0.656;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=259;TCF=109;TCR=150;TR=101;WE=74015827;WS=74015809;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:245,160:0.40:405
chr17	74017677	rs200115767	G	GCC	3749.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=106;PP=1606;SC=CTCGGACCACGCCCCCCCCAC;SOR=4.112;SbPval=0.99;Source=Platypus;TC=125;TCF=14;TCR=111;TR=110;WE=74017685;WS=74017667;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr17	74017700	rs71161251	T	TC	2853.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.145;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=-0.261;NF=8;NR=105;PP=2973;ReadPosRankSum=0.311;SC=CCGCCCCACCTCCCCCCTTCC;SOR=3.237;SbPval=0.97;Source=Platypus;TC=129;TCF=18;TCR=111;TR=113;WE=74017708;WS=74017690;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,93:0.98:95
chr17	74018655	rs2598417	C	T	8599.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=308;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=61;NR=194;PP=2965;SC=CCCAAAGGACCGCGGTGGGGA;SOR=2.046;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=255;TCF=61;TCR=194;TR=255;WE=74018663;WS=74018645;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,300:1.00:300
chr17	74019572	rs2257388	T	C	7486.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=271;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=75;NR=128;PP=2965;SC=CTGCCGCAGCTCCACTCACTC;SOR=1.254;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=204;TCF=75;TCR=129;TR=203;WE=74019580;WS=74019562;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,264:1.00:264
chr17	74023107	rs2665961	A	G	733.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.68;BaseQRankSum=-0.744;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=10;PP=313;ReadPosRankSum=0.121;SC=CGCCGCCGCCAGGTGGCTCAA;SOR=0.751;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=59;TCF=32;TCR=27;TR=26;WE=74023115;WS=74023094;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,43:0.38:113
chr17	74036468	rs2305346	C	T	11478.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.902;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=448;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=149;NR=130;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.420;SC=AATCCTGCTTCGTATTCCTCA;SOR=0.773;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=281;TCF=150;TCR=131;TR=279;WE=74036476;WS=74036458;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,441:0.99:445
chr17	74066303	.	C	CA	164.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.505;ClippingRankSum=0.000;DP=105;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.21;MQRankSum=0.000;QD=1.81;ReadPosRankSum=-0.395;SOR=0.798;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:63,28:0.31:91
chr17	74076127	rs34700740	TC	T	4845.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=11;NR=80;PP=2969;SC=GCCCTCCTTTTCCCCCATCTA;SOR=1.300;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=97;TCF=11;TCR=86;TR=91;WE=74076135;WS=74076117;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,156:1.00:156
chr17	74076415	rs2257020	G	A	33978.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=1292;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=396;NR=328;PP=2965;SC=CCTGGCCCTCGCCACGGAGAC;SOR=0.827;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=726;TCF=397;TCR=329;TR=724;WE=74076423;WS=74076405;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,1289:1.00:1289
chr17	74076642	rs2257028	G	A	28927.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.280;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1059;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=328;NR=329;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.411;SC=GAACTCCCAGGTCTGTGTTCA;SOR=0.254;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=664;TCF=333;TCR=331;TR=657;WE=74076650;WS=74076632;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,1052:1.00:1053
chr17	74077497	rs8836	G	C	14972.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.329;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=539;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=248;NR=120;PP=2965;ReadPosRankSum=1.123;SC=AGTCAAGTCGGGAGGAGGCCG;SOR=0.563;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=371;TCF=251;TCR=120;TR=368;WE=74077505;WS=74077487;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,532:1.00:533
chr17	74079838	rs2665986	A	G	4212.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=31;NR=71;PP=2193;SC=AAACCTGAGGAGGCACTGTGG;SOR=1.334;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=102;TCF=31;TCR=71;TR=102;WE=74079846;WS=74079828;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,153:1.00:153
chr17	74081345	rs2246277	C	T	2046.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=45;NR=12;PP=1173;SC=AGGAAGAGTGCGTGGTGGCAC;SOR=2.368;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=57;TCF=45;TCR=12;TR=57;WE=74081353;WS=74081335;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr17	74081618	rs2598450	C	T	4492.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=73;NR=59;PP=2965;SC=TCCCACCTTCCGGGTCCTGGG;SOR=0.850;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=133;TCF=73;TCR=60;TR=132;WE=74081626;WS=74081608;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,149:1.00:149
chr17	74083905	rs2243481	C	T	527.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=2.550;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.481;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=12;PP=311;ReadPosRankSum=0.424;SC=GGCTGGGATCCGCCCAGTGAA;SOR=0.230;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=44;TCF=11;TCR=33;TR=18;WE=74083913;WS=74083895;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,24:0.47:51
chr17	74084029	rs2243486	C	T	1420.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-5.070;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.896;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=9;PP=974;ReadPosRankSum=0.393;SC=CACAAAGGTGCGAGCGGCTCT;SOR=0.544;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=127;TCF=109;TCR=18;TR=57;WE=74084037;WS=74084019;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,62:0.44:140
chr17	74084428	rs2305348	C	G	1439.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.132;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=4.669;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.70;ReadPosRankSum=0.877;SOR=1.280;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,39:0.51:77
chr17	74084441	rs2246621	C	T	1449.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.132;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FS=4.552;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.08;ReadPosRankSum=0.872;SOR=1.341;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,38:0.50:76
chr17	74084449	rs2246623	C	T	1380.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.294;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=3.334;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=20.61;ReadPosRankSum=1.211;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,33:0.49:67
chr17	74084737	rs2246632	T	C	1375.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.005;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.248;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=29;PP=792;ReadPosRankSum=-0.558;SC=TCCATGCACCTTCAGAGCAGA;SOR=0.487;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=107;TCF=38;TCR=69;TR=48;WE=74084745;WS=74084727;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,63:0.46:136
chr17	74085012	rs2084666	G	A	2047.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.320;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=243;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.018;HP=4;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=27;PP=812;ReadPosRankSum=0.385;SC=ATCCTGAGGGGGCAGGGAGAC;SOR=0.618;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=176;TCF=94;TCR=82;TR=63;WE=74085020;WS=74085002;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:135,106:0.44:241
chr17	74086633	rs2598451	C	G	1112.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-4.691;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.498;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=41;PP=815;ReadPosRankSum=0.727;SC=TGAGCCCCTCCTCTACCTCAA;SOR=1.179;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=112;TCF=10;TCR=102;TR=43;WE=74086641;WS=74086623;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,48:0.39:123
chr17	74090700	rs2250081	G	A	368.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.047;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=11;PP=253;ReadPosRankSum=0.305;SC=CGGCTGCCAGGCCCTGTCTCT;SOR=0.915;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=28;TCF=6;TCR=22;TR=15;WE=74090708;WS=74090690;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,16:0.41:39
chr17	74094105	rs7208391	C	G	2666.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.181;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=384;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.296;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=67;PP=1662;ReadPosRankSum=0.000;SC=AGTTTCTGCACAGACAACAGA;SOR=0.619;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=275;TCF=95;TCR=180;TR=107;WE=74094113;WS=74094095;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:240,136:0.36:376
chr17	74134318	rs34418968	A	AG	665.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.888;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.10;ReadPosRankSum=0.758;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,31:0.56:55
chr17	74141485	rs3744036	A	T	3800.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.622;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=350;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.768;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=57;PP=1503;ReadPosRankSum=-0.140;SC=GGCCAAATCCAGATGGTGTCT;SOR=0.587;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=200;TCF=90;TCR=110;TR=106;WE=74141493;WS=74141475;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:160,186:0.54:346
chr17	74160914	rs16968638	G	C	3975.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=1.041;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=405;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.105;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=59;PP=1577;ReadPosRankSum=-0.165;SC=AAGGAAGGGAGGGTAATAAAG;SOR=0.595;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=221;TCF=99;TCR=122;TR=111;WE=74160922;WS=74160904;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:196,200:0.51:396
chr17	74161533	rs16968642	C	T	3736.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.356;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=359;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.396;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=86;NR=52;PP=2003;ReadPosRankSum=-1.176;SC=GTGTCTCACACGAAAGAAAGG;SOR=0.655;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=248;TCF=160;TCR=88;TR=138;WE=74161541;WS=74161523;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:169,180:0.52:349
chr17	74161764	rs35164451	C	CT	39.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.776;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FS=2.514;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.14;MQRankSum=2.979;QD=0.36;ReadPosRankSum=0.161;SOR=0.363;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:91,18:0.17:109
chr17	74162506	rs1376356	G	A	1538.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-1.637;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=17;PP=849;ReadPosRankSum=-1.348;SC=CAAAAGAGCAGTGTGCACAGC;SOR=0.634;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=93;TCF=64;TCR=29;TR=53;WE=74162514;WS=74162496;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,72:0.57:127
chr17	74163821	rs2289603	G	A	8663.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.438;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=762;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.105;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQ=60.01;MQRankSum=-1.093;NF=118;NR=134;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.550;SC=ACTCAACATTGTAGTGGACTT;SOR=0.726;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=465;TCF=227;TCR=238;TR=252;WE=74163829;WS=74163811;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:346,415:0.55:761
chr17	74208424	rs9911122	G	A	6593.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.589;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=684;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.526;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=134;NR=86;PP=2962;ReadPosRankSum=0.071;SC=CCAAGTAGGAGTAAACTGATT;SOR=0.742;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=447;TCF=271;TCR=176;TR=220;WE=74208432;WS=74208414;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:348,327:0.48:675
chr17	74208622	rs35372072	T	TA	1232.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.319;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.680;HP=11;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQ=60.06;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=52;PP=668;ReadPosRankSum=0.062;SC=CTAAATCTAGTAAAAAAAAAA;SOR=0.473;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=126;TCF=6;TCR=120;TR=56;WE=74208630;WS=74208612;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,78:0.56:140
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chr17	74289875	rs6501882	C	T	8858.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-3.426;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=648;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.772;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=130;NR=133;PP=2962;ReadPosRankSum=-2.597;SC=GCTGCTGTCTCCCAGTACCAG;SOR=0.569;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=433;TCF=225;TCR=208;TR=263;WE=74289883;WS=74289865;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:250,388:0.61:638
chr17	74289908	rs6501883	A	G	8800.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.408;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=672;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.260;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=122;NR=131;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.430;SC=TTTGTTCCCTACTGGAAACCC;SOR=0.615;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=438;TCF=227;TCR=211;TR=253;WE=74289916;WS=74289898;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:268,396:0.60:664
chr17	74290097	rs7225131	T	A	5754.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=3.137;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=435;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=120;PP=2962;ReadPosRankSum=0.340;SC=TAAGTGTTTCTGAGCCCTGGT;SOR=0.668;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=304;TCF=92;TCR=212;TR=170;WE=74290105;WS=74290087;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:185,247:0.57:432
chr17	74324729	rs346791	C	A	5488.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.95;QD=26.39;SOR=1.445;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,208:1.00:208
chr17	74326553	rs449114	G	A	7835.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.03;SOR=1.477;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,174:1.00:174
chr17	74326556	rs399029	A	T	7974.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.06;SOR=1.458;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,181:1.00:181
chr17	74381567	rs346803	G	A	2742.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=43;NR=21;PP=1286;SC=CGGTGCTCCTGCAGCCACGGC;SOR=1.125;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=64;TCF=43;TCR=21;TR=64;WE=74381575;WS=74381557;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr17	74387284	rs3803739	C	T	7761.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.409;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=628;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.111;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=98;NR=112;PP=2962;ReadPosRankSum=0.149;SC=GAGGCCAGGCCCTGGGCACCG;SOR=0.590;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=376;TCF=170;TCR=206;TR=210;WE=74387292;WS=74387274;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:260,354:0.58:614
chr17	74396421	rs3809691	G	C	4976.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.184;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=571;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=82;NR=87;PP=2200;ReadPosRankSum=0.496;SC=TGGACTCCTGGGAGGCCAGCA;SOR=0.656;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=380;TCF=179;TCR=201;TR=169;WE=74396429;WS=74396411;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:305,254:0.45:559
chr17	74397026	rs3809693	G	A	777.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-1.425;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.011;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=1;PP=589;ReadPosRankSum=-0.092;SC=AAGGAAAGGGGCAGCAGCTCA;SOR=2.364;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=57;TCF=52;TCR=5;TR=26;WE=74397034;WS=74397016;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,30:0.48:63
chr17	74401405	rs11290311	AG	A	15928.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=498;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=37;NR=179;PP=2974;SC=GTCCTGGGGGAGGGGAGGAGA;SOR=0.989;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=228;TCF=39;TCR=189;TR=216;WE=74401413;WS=74401395;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,467:1.00:467
chr17	74401522	rs445683	C	T	2942.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.584;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=280;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.449;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=68;NR=45;PP=1982;ReadPosRankSum=1.094;SC=ATGCAGAGTGCGAGGTGGGCA;SOR=0.641;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=226;TCF=140;TCR=86;TR=113;WE=74401530;WS=74401512;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:143,131:0.48:274
chr17	74468552	rs12942767	A	G	18269.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.708;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=691;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=270;NR=173;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.251;SC=AAGATAAATGAGGCGGTGGAG;SOR=1.046;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=443;TCF=270;TCR=173;TR=443;WE=74468560;WS=74468542;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,682:1.00:684
chr17	74471298	rs12951122	G	A	4436.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.349;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=339;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.390;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=95;PP=2496;ReadPosRankSum=1.097;SC=GGGCCACCCTGGCCTGGTCAC;SOR=0.594;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=246;TCF=83;TCR=163;TR=145;WE=74471306;WS=74471288;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:132,198:0.60:330
chr17	74473593	rs3833088	A	AG	4588.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.094;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=264;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.886;NF=51;NR=37;PP=2966;ReadPosRankSum=2.327;SC=ATGGGGGCCCAGCAGCTCCAC;SOR=0.700;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=169;TCF=99;TCR=70;TR=88;WE=74473601;WS=74473583;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:111,144:0.56:255
chr17	74475024	rs3744045	G	A	9900.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=385;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=129;NR=111;PP=2965;SC=CGGTGGGTGCGGGGCGTGGGG;SOR=0.800;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=243;TCF=129;TCR=114;TR=240;WE=74475032;WS=74475014;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,371:1.00:371
chr17	74475975	rs3809694	C	A	1957.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.383;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=302;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=1.837;NF=43;NR=37;PP=1142;ReadPosRankSum=-1.768;SC=GTGGTGTGTGCAGCCCAGGTC;SOR=0.693;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=205;TCF=111;TCR=94;TR=80;WE=74475983;WS=74475965;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:184,110:0.37:294
chr17	74476045	rs3826287	G	C	1699.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.773;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=282;ExcessHet=3.0103;FS=0.976;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.08;MQRankSum=1.982;QD=6.14;ReadPosRankSum=1.410;SOR=0.614;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:183,94:0.34:277
chr17	74476089	rs138608987	ATGTGTGTGTG	A,ATGTGTGTGTGTGTG	575.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.029;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=3;MGOF=36;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.802;NF=6,6;NR=31,31;PP=1155,926;ReadPosRankSum=0.994;SC=TATATATATAATGTGTGTGTG;SOR=0.735;SbPval=0.1;Source=Platypus;TC=71;TCF=6;TCR=65;TR=37,37;WE=74476108;WS=74476065;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.46,0.35:52
chr17	74476153	.	A	T	198.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.385;ClippingRankSum=-0.000;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=19.83;ReadPosRankSum=-0.385;SOR=0.307;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,9:0.90:10
chr17	74477340	rs3826288	A	G	1026.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.314;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=12;PP=497;ReadPosRankSum=0.201;SC=GGCTGCACAGACAGCAGCTGT;SOR=0.748;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=94;TCF=58;TCR=36;TR=35;WE=74477348;WS=74477330;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,52:0.44:119
chr17	74477620	rs12943385	C	T	2327.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.273;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.343;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=37;PP=1066;ReadPosRankSum=0.694;SC=GGGCAGGAGGCGGGAGGGCTG;SOR=0.565;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=106;TCF=47;TCR=59;TR=69;WE=74477628;WS=74477610;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,107:0.68:158
chr17	74524651	rs4238995	TT	GG	6432.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;JOINED;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.17;SOR=1.934;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,149:1.00:149
chr17	74536332	.	T	TG	560.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=2.632;ClippingRankSum=0.000;DP=144;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.13;ReadPosRankSum=-0.050;SOR=0.523;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,35:0.51:69
chr17	74536333	rs77817682	C	G	3716.77	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=32.89;SOR=2.543;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr17	74539092	rs4318240	C	T	25795.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-2.409;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1014;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=306;NR=263;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.250;SC=TGCTGATCTGCTCTGGTTTTC;SOR=0.253;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=577;TCF=308;TCR=269;TR=569;WE=74539100;WS=74539082;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,1003:1.00:1004
chr17	74541129	rs4232870	A	G	2851.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.41;SOR=2.259;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr17	74557681	rs4510053	A	C	13947.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=2.967;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=529;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.188;NF=232;NR=134;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.773;SC=TGTTTGTAAGATTTGTTTACA;SOR=0.213;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=368;TCF=234;TCR=134;TR=366;WE=74557689;WS=74557671;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,520:1.00:522
chr17	74557803	rs60161580	GT	G	12770.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.965;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=762;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.626;NF=26;NR=248;PP=2988;ReadPosRankSum=0.007;SC=TGGCTCCATGGTTTTTTTTTT;SOR=0.875;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=322;TCF=27;TCR=295;TR=274;WE=74557812;WS=74557791;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:21,613:0.97:634
chr17	74563653	rs2241918	A	G	8520.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-3.373;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=736;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.529;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=108;NR=112;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.212;SC=AAAAAGAGACATTTCAGCTCA;SOR=0.619;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=426;TCF=214;TCR=212;TR=220;WE=74563661;WS=74563643;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:308,420:0.58:728
chr17	74570408	rs7207173	A	G	5460.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.102;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=443;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.528;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=93;NR=65;PP=2661;ReadPosRankSum=1.137;SC=GCAGGAAGCTAAGGCAGAAGG;SOR=0.780;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=257;TCF=150;TCR=107;TR=158;WE=74570416;WS=74570398;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:190,250:0.57:440
chr17	74581914	rs3135934	C	G	3568.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=0.374;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=295;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.430;HP=3;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=47;PP=1189;ReadPosRankSum=1.195;SC=GCGAGCGCCCCGTCCGCTGAC;SOR=0.749;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=164;TCF=71;TCR=93;TR=78;WE=74581922;WS=74581904;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:125,168:0.57:293
chr17	74581945	rs12449329	AA	GC	4630.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.868;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.522;HP=1;HapScore=2;JOINED;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=41;PP=2407;ReadPosRankSum=-0.493;SC=GAAGGGAGAGAACCGGGTGGG;SOR=0.764;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=133;TCF=53;TCR=80;TR=65;WE=74581954;WS=74581935;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,119:0.58:206
chr17	74582025	rs1867561	G	C	628.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=0.865;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.047;HP=3;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=17;PP=362;ReadPosRankSum=-0.573;SC=TGCGGCGCCTGCCCGCCCGGC;SOR=0.882;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=52;TCF=11;TCR=41;TR=20;WE=74582033;WS=74582015;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,29:0.43:68
chr17	74621635	rs2286595	C	T	912.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.670;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=25;PP=454;ReadPosRankSum=-1.124;SC=AGGAGAAACACGGCCTGTAGT;SOR=0.641;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=81;TCF=24;TCR=57;TR=37;WE=74621643;WS=74621625;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,50:0.43:116
chr17	74625865	rs11433733	G	GT	580.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.095;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.53;ReadPosRankSum=0.911;SOR=0.578;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:50,55:0.52:105
chr17	74639530	rs719430	T	C	2761.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.891;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=308;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.879;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=40;PP=1359;ReadPosRankSum=2.603;SC=CCCTGGGCTATCATTTTTCTG;SOR=0.635;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=198;TCF=115;TCR=83;TR=92;WE=74639538;WS=74639520;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:162,139:0.46:301
chr17	74681435	rs2286593	A	G	2130.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=43;PP=1337;SC=CTACAACGAGACAGCCAGAGA;SOR=2.206;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=54;TCF=11;TCR=43;TR=54;WE=74681443;WS=74681425;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr17	74684401	rs2286587	T	C	5799.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.161;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=571;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.103;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=114;NR=79;PP=2522;ReadPosRankSum=1.485;SC=CCTGTGGTCATGGTCAACCAG;SOR=0.816;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=378;TCF=211;TCR=167;TR=193;WE=74684409;WS=74684391;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:281,288:0.51:569
chr17	74684452	rs2286586	G	A	7480.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.903;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=648;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.520;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=114;NR=114;PP=2962;ReadPosRankSum=-2.171;SC=AAAGTGACTCGGCTCACAAAT;SOR=0.648;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=413;TCF=200;TCR=213;TR=228;WE=74684460;WS=74684442;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:293,351:0.55:644
chr17	74684598	rs4788942	C	T	14662.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=559;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=187;NR=173;PP=2965;SC=CTGCGGCCAGCAGACAAAGGG;SOR=0.730;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=361;TCF=187;TCR=174;TR=360;WE=74684606;WS=74684588;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,550:1.00:550
chr17	74684858	rs7219390	T	C	1018.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-3.463;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.842;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=37;PP=562;ReadPosRankSum=0.079;SC=CTTGCAGGAATGTCAGAGGAT;SOR=0.858;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=108;TCF=19;TCR=89;TR=43;WE=74684866;WS=74684848;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,52:0.42:124
chr17	74707050	rs71383084	G	C	393.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=107;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=5;PP=123;SC=CGCCGAGTGCGGGCCAGCTGG;SOR=0.693;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=5;TCR=5;TR=10;WE=74707058;WS=74707040;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr17	74707086	rs372946783	CGTCGCCGCGCCCG	C	667.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=61.14;MQRankSum=0.596;QD=37.10;SOR=0.269;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,17:0.94:18
chr17	74712886	rs1014390	G	A	2953.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.345;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=326;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.737;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=72;PP=1726;ReadPosRankSum=0.588;SC=GTTAAAAGCAGGACCCCCGGG;SOR=0.480;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=236;TCF=68;TCR=168;TR=107;WE=74712894;WS=74712876;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:173,139:0.45:312
chr17	74716759	rs12943725	A	G	1777.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=46;PP=1267;SC=GAGAAACCCAATACGGTGCCC;SOR=3.113;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=54;TCF=8;TCR=46;TR=54;WE=74716767;WS=74716749;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr17	74717604	rs2240770	C	T	523.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.482;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.64;ReadPosRankSum=-0.430;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,22:0.49:45
chr17	74718155	rs2240769	C	T	1008.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-4.141;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.305;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=37;PP=755;ReadPosRankSum=-1.200;SC=CCTTCTGATCCAGGGATTGCA;SOR=2.419;SbPval=0.94;Source=Platypus;TC=67;TCF=5;TCR=62;TR=38;WE=74718163;WS=74718145;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,40:0.60:67
chr17	74721967	rs376352692	TA	T	186.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.136;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.16;ReadPosRankSum=-0.869;SOR=0.669;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:122,39:0.24:161
chr17	74722877	.	G	C	33.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.956;ClippingRankSum=0.000;DP=103;ExcessHet=3.0103;FS=87.510;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.38;ReadPosRankSum=-2.235;SOR=4.796;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:78,10:0.11:88
chr17	74728938	rs4789351	C	T	838.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=24;NR=5;PP=632;SC=TTTATACAAACCCAGAAAGAC;SOR=2.910;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=24;TCR=5;TR=29;WE=74728946;WS=74728928;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr17	74732507	rs237058	A	G	34491.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.799;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1273;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=301;NR=531;PP=2965;ReadPosRankSum=1.703;SC=ACCTGGAACGACTCCGACTCC;SOR=1.070;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=834;TCF=301;TCR=533;TR=832;WE=74732515;WS=74732497;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,1257:1.00:1259
chr17	74733099	rs237057	G	A	17971.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.735;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=689;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=204;NR=252;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.663;SC=TGGTGTAGCGGTCCCGCGGGA;SOR=0.851;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=456;TCF=204;TCR=252;TR=456;WE=74733107;WS=74733089;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,678:1.00:680
chr17	74733403	rs3744061	G	A	248.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=0.243;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.371;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=10;PP=203;ReadPosRankSum=0.646;SC=TAGCGCACCTGAGTAACAACT;SOR=2.584;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=21;TCF=4;TCR=17;TR=11;WE=74733411;WS=74733393;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,11:0.41:27
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chr17	74898590	rs16969485	G	A	5974.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.157;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=481;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=108;NR=68;PP=2839;ReadPosRankSum=-1.473;SC=TCATGGGAAGGTCACCCCGGC;SOR=0.649;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=313;TCF=195;TCR=118;TR=176;WE=74898598;WS=74898580;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:202,270:0.57:472
chr17	74899234	rs568277	T	A	2653.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=2.043;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.686;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=74;NR=16;PP=1707;ReadPosRankSum=-0.793;SC=TAGGCCCGGGTTGACCTTGTG;SOR=0.826;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=138;TCF=111;TCR=27;TR=90;WE=74899242;WS=74899224;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,110:0.65:170
chr17	74899320	rs567361	G	C	7960.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.689;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=634;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.502;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=128;NR=100;PP=2962;ReadPosRankSum=0.639;SC=CCTCCCGCACGCAGGCCTCCC;SOR=0.545;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=384;TCF=223;TCR=161;TR=228;WE=74899328;WS=74899310;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:259,370:0.59:629
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chr17	74922636	rs12450749	G	A	4047.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=31;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=104;NR=29;PP=2847;SC=AGGGACACACGGGGAGGTTGC;SOR=2.352;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=133;TCF=104;TCR=29;TR=133;WE=74922644;WS=74922626;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,145:1.00:145
chr17	74922652	rs11653088	C	T	5171.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=121;NR=35;PP=2965;SC=GTTGCTGACCCTGGTTCCTGG;SOR=2.275;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=157;TCF=121;TCR=36;TR=156;WE=74922660;WS=74922642;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,172:1.00:172
chr17	74928931	rs8078608	C	T	1016.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-3.424;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.126;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=35;PP=695;ReadPosRankSum=-1.467;SC=CGCATCTCCTCCTTCCAGGAT;SOR=0.864;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=111;TCF=7;TCR=104;TR=37;WE=74928939;WS=74928921;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,44:0.34:130
chr17	74929442	rs12600695	A	G	4106.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.272;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=435;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.767;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=85;PP=2093;ReadPosRankSum=0.133;SC=TCCAGCAGCCACTCCAGGGGT;SOR=0.568;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=286;TCF=105;TCR=181;TR=140;WE=74929450;WS=74929432;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:220,203:0.48:423
chr17	74936429	rs920851	T	C	9378.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=1.948;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=819;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=194;NR=102;PP=2962;ReadPosRankSum=0.684;SC=TCCTGGTGCTTACTGGGCTGT;SOR=0.660;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=555;TCF=367;TCR=188;TR=296;WE=74936437;WS=74936419;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:389,425:0.52:814
chr17	74942478	rs8067984	C	T	7873.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=0.033;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1098;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.530;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=144;NR=120;PP=2962;ReadPosRankSum=3.840;SC=ACCTACCCTACGAGTACACCT;SOR=0.756;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=594;TCF=315;TCR=279;TR=264;WE=74942486;WS=74942468;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:654,438:0.40:1092
chr17	74944585	rs11870033	T	C	1774.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-0.047;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.876;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=6;PP=1297;ReadPosRankSum=0.032;SC=CGTAACACATTTCCTTACCCA;SOR=0.846;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=115;TCF=101;TCR=14;TR=60;WE=74944593;WS=74944575;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,70:0.53:132
chr17	74944709	rs9894270	T	C	30039.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.634;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=860;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=35.55;ReadPosRankSum=-0.813;SOR=0.759;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,843:1.00:845
chr17	74944709	.	TGGTCC	CGGTCC,CGGTCG	2962	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.53;FR=0.5000,0.5000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MMLQ=23;MQ=59.99;NF=280,137;NR=249,126;PP=2962,2944;QD=20;SC=CGGTGCTGTGTGGTCCCTGCC;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=530;TCF=280;TCR=250;TR=529,263;WE=74944722;WS=74944699;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:1.00:530
chr17	74944714	rs57502449	C	G	8773.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.587;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=888;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.07;ReadPosRankSum=0.262;SOR=0.733;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:427,444:0.51:871
chr17	75085226	rs3214724	TC	T	4255.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=90;NR=21;PP=2969;SC=TGTTACTTTTTCCCCCAAGGT;SOR=3.033;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=124;TCF=95;TCR=29;TR=111;WE=75085234;WS=75085216;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,145:1.00:145
chr17	75085260	rs2247814	C	G	7346.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.071;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=292;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.284;NF=158;NR=76;PP=2965;ReadPosRankSum=0.965;SC=GAGAAATATCCCCCGACGATT;SOR=1.551;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=234;TCF=158;TCR=76;TR=234;WE=75085268;WS=75085250;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,282:0.99:284
chr17	75085434	rs2678770	G	A	16238.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=607;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;PP=2965;SC=GCCAAGTTGTGGGTGCAGCAT;SOR=0.784;SbPval=0.56;Source=Platypus;WE=75085442;WS=75085424;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,596:1.00:596
chr17	75190846	rs673918	A	C	12266.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=450;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=162;NR=108;PP=2965;SC=TTCCATCACGACCTCTTCAGA;SOR=0.935;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=270;TCF=162;TCR=108;TR=270;WE=75190854;WS=75190836;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,449:1.00:449
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chr17	75203092	rs7226135	C	T	206.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-1.400;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=9;PP=135;ReadPosRankSum=-0.457;SC=TTCTCTGATCCAGGGTTAAGC;SOR=0.741;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=31;TCF=4;TCR=27;TR=10;WE=75203100;WS=75203082;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,11:0.32:34
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chr17	75397802	rs139887327	C	CA	594.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.743;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.53;ReadPosRankSum=-1.892;SOR=0.770;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,42:0.53:79
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chr17	75478481	rs425139	C	T	27353.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=1.902;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1055;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=299;NR=319;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.087;SC=CCCAGGGCGGCCCACAAGCCT;SOR=0.479;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=623;TCF=302;TCR=321;TR=618;WE=75478489;WS=75478471;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:5,1039:1.00:1044
chr17	75478694	rs416438	T	C	7514.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=289;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=60;NR=137;PP=2965;SC=TCCTGATGAGTGGTCGCTGCC;SOR=1.441;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=197;TCF=60;TCR=137;TR=197;WE=75478702;WS=75478684;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,286:1.00:286
chr17	75478806	rs392287	C	G	2165.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.20;SOR=2.078;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr17	75478809	rs405253	C	T	2165.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.20;SOR=2.078;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr17	75483719	.	A	G	1130	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;FR=1.0000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MMLQ=24;MQ=58.12;NF=4;NR=37;PP=1130;QD=28.4090539646;SC=CATCACACACAGTCAGTGGCC;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=41;TCF=4;TCR=37;TR=41;WE=75483727;WS=75483709;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr17	75484156	rs441670	C	T	2272.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=2.046;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=33;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=4;PP=1761;ReadPosRankSum=-0.983;SC=CCAGGGGAACCGTCACCGGCC;SOR=2.862;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=69;TCF=65;TCR=4;TR=67;WE=75484164;WS=75484149;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,71:0.99:72
chr17	75484200	rs35261301	TC	T	5308.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=69;NR=38;PP=2951;SC=GCCATTAATTTCCCGGTGTCT;SOR=1.845;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=120;TCF=77;TCR=43;TR=107;WE=75484208;WS=75484190;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,170:1.00:170
chr17	75484700	rs378578	A	G	4495.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=2.160;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=6.076;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=130;NR=17;PP=2965;ReadPosRankSum=0.144;SC=CTCCCAGGGCATGCATTTCAT;SOR=3.794;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=151;TCF=133;TCR=18;TR=147;WE=75484708;WS=75484690;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,165:0.99:167
chr17	75484781	rs370531	T	C	19124.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.854;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=726;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=293;NR=185;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.627;SC=CTCATGTGCCTGCTGACTCGT;SOR=1.059;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=481;TCF=294;TCR=187;TR=478;WE=75484789;WS=75484771;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,712:1.00:714
chr17	75485014	rs426885	A	C	4770.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=117;PP=2965;SC=CTGGGACTGCAAGACGGTGCT;SOR=3.642;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=128;TCF=11;TCR=117;TR=128;WE=75485022;WS=75485004;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,147:1.00:147
chr17	75488973	rs2627198	C	T	7335.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=246;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=130;NR=77;PP=2965;SC=TTGGGGGACCCCAGGCTCAGG;SOR=1.291;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=207;TCF=130;TCR=77;TR=207;WE=75488981;WS=75488963;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,242:1.00:242
chr17	75489015	rs188747	T	C	10933.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=409;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=185;NR=111;PP=2965;SC=GGGGAGGGAATTGCCTTCCCG;SOR=1.130;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=297;TCF=186;TCR=111;TR=296;WE=75489023;WS=75488994;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,397:1.00:397
chr17	75489216	rs312797	C	T	7109.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.108;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=258;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=138;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.109;SC=CTTCTGCTGACCCAGAGCCTG;SOR=1.581;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=197;TCF=58;TCR=139;TR=195;WE=75489224;WS=75489206;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,253:0.99:255
chr17	75489244	rs167498	A	G	4700.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=1.477;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.512;HP=3;HapScore=1;MGOF=40;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=105;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.588;SC=CGCCTGAGCCAGGGACTCGTG;SOR=2.259;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=135;TCF=28;TCR=107;TR=132;WE=75489252;WS=75489234;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,163:0.99:165
chr17	75489282	rs61127839	C	CA	2764.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-0.373;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=44;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=64;PP=2970;ReadPosRankSum=0.068;SC=TTGCCCCACCCAGAGGGAGGG;SOR=3.003;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=71;TCF=3;TCR=68;TR=66;WE=75489290;WS=75489272;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,76:0.99:77
chr17	75494705	rs2627223	A	G	1557.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=0.558;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=323;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=38;PP=1632;ReadPosRankSum=-0.368;SC=GGCCAACGGCATGGAGGAGAA;SOR=0.685;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=192;TCF=92;TCR=100;TR=73;WE=75494713;WS=75494695;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:161,90:0.36:251
chr17	75494787	rs5822173	T	TC	247.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.728;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=17;PP=346;ReadPosRankSum=1.942;SC=GTCATTTCCGTCCCCCCCCAG;SOR=0.151;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=69;TCF=3;TCR=66;TR=17;WE=75494795;WS=75494777;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,18:0.28:64
chr17	75495065	rs448203	T	C	4520.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.231;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=398;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.641;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=69;NR=65;PP=1850;ReadPosRankSum=-1.497;SC=ATCATCCGTCTGTGTGGGGTT;SOR=0.659;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=246;TCF=122;TCR=124;TR=134;WE=75495073;WS=75495055;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:178,217:0.55:395
chr17	76087407	rs60735984	C	CA	1095.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.417;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FS=5.683;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.45;ReadPosRankSum=-0.866;SOR=1.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,81:0.70:116
chr17	76113954	rs2613516	G	A	3646.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.669;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=324;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=73;PP=1907;ReadPosRankSum=-0.340;SC=TGAGGAAGACGGTGCTCATGT;SOR=0.712;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=213;TCF=78;TCR=135;TR=118;WE=76113962;WS=76113944;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:143,172:0.55:315
chr17	76114963	rs2748430	C	G	881.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.039;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.648;HP=3;HapScore=4;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=11;PP=1265;ReadPosRankSum=-0.398;SC=GGGGAGGGTTCTAGTGTCCCA;SOR=0.323;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=62;TCF=44;TCR=18;TR=32;WE=76114983;WS=76114953;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,36:0.53:68
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chr17	76115181	rs2252496	A	T	3104.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.389;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=273;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.020;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=46;PP=1647;ReadPosRankSum=0.834;SC=CCTCCCCGAGATCAGGCTGGT;SOR=0.861;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=193;TCF=102;TCR=91;TR=107;WE=76115189;WS=76115171;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:126,145:0.54:271
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chr17	76118834	rs2057188	G	C	3793.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.677;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=641;ExcessHet=3.0103;FS=0.543;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.97;ReadPosRankSum=0.128;SOR=0.635;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:412,223:0.35:635
chr17	76118887	rs1474865	G	C	2934.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.535;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=457;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.164;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=62;PP=1078;ReadPosRankSum=3.134;SC=AGAGGCCAAGGGGAGAAGGCA;SOR=0.797;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=271;TCF=101;TCR=170;TR=94;WE=76118895;WS=76118877;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:290,166:0.36:456
chr17	76119930	rs55677349	T	C	1035.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=2.279;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=4;PP=649;ReadPosRankSum=0.809;SC=AAGTGGATAGTTGGATAGGTG;SOR=0.749;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=56;TCF=47;TCR=9;TR=31;WE=76119938;WS=76119920;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,41:0.57:72
chr17	76120065	rs2613522	A	G	3457.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.300;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=480;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.532;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=46;PP=1336;ReadPosRankSum=-0.721;SC=AGGTGGAGGCATTACCTGTAC;SOR=0.764;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=277;TCF=151;TCR=126;TR=106;WE=76120073;WS=76120055;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:281,190:0.40:471
chr17	76121760	rs7502920	C	T	1813.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.364;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=8;PP=1190;ReadPosRankSum=0.226;SC=TTGCACCCCACCCCAGGCCGG;SOR=0.782;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=102;TCF=87;TCR=15;TR=61;WE=76121768;WS=76121750;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,79:0.58:136
chr17	76121864	rs2748427	A	G	4615.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.587;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=539;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.524;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=83;NR=59;PP=1871;ReadPosRankSum=-2.330;SC=AGGCTGGGCCAGGCGGAGCGG;SOR=0.751;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=317;TCF=179;TCR=138;TR=142;WE=76121872;WS=76121854;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:292,244:0.46:536
chr17	76122078	rs761772	T	C	973.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=4.747;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.199;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=28;PP=666;ReadPosRankSum=0.193;SC=CCCAGGAAAATCCTTTCAACA;SOR=1.132;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=73;TCF=13;TCR=60;TR=33;WE=76122086;WS=76122068;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,39:0.45:87
chr17	76128386	rs1354985	G	C	4958.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=2.564;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=461;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=105;NR=74;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.213;SC=GACTCTCAGCGCGGCCCCAGC;SOR=0.633;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=351;TCF=204;TCR=147;TR=179;WE=76128394;WS=76128376;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:228,229:0.50:457
chr17	76128662	rs1396149	G	C	2082.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=0.961;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=49;PP=1490;ReadPosRankSum=0.987;SC=CCAGGGCCCAGAGCGTGGCGA;SOR=0.711;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=142;TCF=44;TCR=98;TR=72;WE=76128670;WS=76128652;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,81:0.51:158
chr17	76129339	rs376057	C	A	1968.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.960;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.14;ReadPosRankSum=1.014;SOR=0.634;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:77,53:0.41:130
chr17	76129342	rs450474	T	C	2030.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.727;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FS=1.536;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.93;ReadPosRankSum=0.434;SOR=0.543;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:79,57:0.42:136
chr17	76129636	rs417780	T	C	1907.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=2.506;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.247;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=52;PP=1184;ReadPosRankSum=-0.033;SC=GAGAGCGAGGTCCACACCTTC;SOR=1.197;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=171;TCF=57;TCR=114;TR=72;WE=76129644;WS=76129626;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:122,89:0.42:211
chr17	76129903	rs433258	C	T	1449.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=4.739;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.187;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=10;PP=976;ReadPosRankSum=0.953;SC=GGTGCCCCTCCTCCAGCAGCC;SOR=1.305;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=130;TCF=101;TCR=29;TR=55;WE=76129911;WS=76129893;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:93,62:0.40:155
chr17	76137198	rs369764	T	G	3613.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=36;NR=63;PP=2103;SC=CTGTAACCCCTACCCCTGCCT;SOR=1.277;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=99;TCF=36;TCR=63;TR=99;WE=76137206;WS=76137188;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr17	76142402	rs2310998	G	A	482.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.559;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=9;PP=318;ReadPosRankSum=-0.131;SC=CACCCACCCAGGGAGCATCCC;SOR=0.594;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=51;TCF=32;TCR=19;TR=22;WE=76142410;WS=76142392;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,25:0.44:57
chr17	76157044	rs72898209	C	T	6706.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=3.127;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=499;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.157;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=138;NR=60;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.361;SC=AGAAATTACCCCTGTGGTCTC;SOR=0.826;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=336;TCF=229;TCR=107;TR=198;WE=76157052;WS=76157034;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:204,291:0.59:495
chr17	76157266	rs4071641	T	C	23223.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.785;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=654;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=35.78;ReadPosRankSum=0.405;SOR=1.064;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,647:1.00:649
chr17	76157266	.	TGGGCG	CGGGCA,CGGGCG	2944	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.55;FR=0.5000,0.5000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=77,147;NR=133,246;PP=2944,2265;QD=20;SC=CTACTTCTGCTGGGCGTCCTC;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=396;TCF=149;TCR=247;TR=210,393;WE=76157279;WS=76157256;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.53:396
chr17	76157271	rs72898212	G	A	7386.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.767;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=608;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.27;ReadPosRankSum=-0.388;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:255,347:0.58:602
chr17	76157343	rs72898214	C	A	2890.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=2.283;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=69;PP=1722;ReadPosRankSum=-0.582;SC=CCAGTGAGTGCGGTGGGGGGC;SOR=0.707;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=155;TCF=38;TCR=117;TR=91;WE=76157351;WS=76157333;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,118:0.63:188
chr17	76162178	rs3642	G	A	265.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.152;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=9;PP=188;ReadPosRankSum=1.203;SC=GGCCATCAGCGTGCACTGTTC;SOR=0.941;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=22;TCF=4;TCR=18;TR=11;WE=76162186;WS=76162168;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,12:0.48:25
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chr17	76170830	rs1065768	C	T	2415.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.715;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=28;PP=1408;ReadPosRankSum=0.726;SC=GGGCGGCCCTCGCAGGTCCCT;SOR=0.664;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=131;TCF=88;TCR=43;TR=84;WE=76170838;WS=76170820;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,105:0.62:169
chr17	76171330	rs2854702	C	T	2453.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-2.412;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.062;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=64;PP=1540;ReadPosRankSum=0.712;SC=GATTCACAAGCACTGAAGCCA;SOR=0.783;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=180;TCF=58;TCR=122;TR=95;WE=76171338;WS=76171320;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:115,113:0.50:228
chr17	76178748	rs1143697	T	C	10890.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.269;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=310;ExcessHet=3.0103;FS=2.291;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=36.30;ReadPosRankSum=-1.027;SOR=0.673;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:3,297:0.99:300
chr17	76178748	.	TGCC	CGCC,CGCT	1822	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.51;FR=0.5000,0.5000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=83,49;NR=108,61;PP=1241,1822;QD=6.67943043218;SC=AGGCGGGCAGTGCCTCCATGG;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=193;TCF=84;TCR=109;TR=191,110;WE=76178759;WS=76178738;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.99:193
chr17	76178751	rs1143696	C	T	3659.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.296;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=304;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.36;ReadPosRankSum=-1.455;SOR=0.683;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:127,169:0.57:296
chr17	76182766	.	AAGGGG	A,AAGGGGAGGGGAGGGG	3137.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.420;ClippingRankSum=0.000;DP=107;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=62.09;MQRankSum=0.595;QD=36.49;ReadPosRankSum=-1.456;SOR=7.523;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:1,44,41:0.51,0.48:86
chr17	76183043	rs1071664	A	G	10202.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.794;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1115;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.523;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=170;NR=183;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.445;SC=TGGGGGAGCCAGGCAGCACAG;SOR=0.747;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=761;TCF=371;TCR=390;TR=353;WE=76183051;WS=76183033;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:593,512:0.46:1105
chr17	76187160	rs17640750	C	T	1732.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.747;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.511;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=37;PP=836;ReadPosRankSum=-0.399;SC=GTGACCTCTCCGTGGCCGCAT;SOR=1.038;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=142;TCF=63;TCR=79;TR=60;WE=76187168;WS=76187150;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:136,92:0.40:228
chr17	76188753	rs12450989	C	A	8038.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-3.033;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=972;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=128;NR=92;PP=2919;ReadPosRankSum=1.351;SC=CTAGTGAAGTCTTAAGGTCCA;SOR=0.719;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=533;TCF=302;TCR=231;TR=220;WE=76188761;WS=76188743;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:541,424:0.44:965
chr17	76198530	rs72897835	T	G	2439.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.418;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=372;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.397;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=35;PP=1295;ReadPosRankSum=0.692;SC=AAAGAAAAATTTCTACCACCT;SOR=0.737;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=232;TCF=140;TCR=92;TR=89;WE=76198538;WS=76198520;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:239,131:0.35:370
chr17	76198587	rs72897838	A	G	3503.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.924;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=551;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.541;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=70;NR=53;PP=1701;ReadPosRankSum=-1.511;SC=CAGCCACCACAAGGGCCCGGG;SOR=0.658;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=320;TCF=187;TCR=133;TR=123;WE=76198595;WS=76198577;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:351,198:0.36:549
chr17	76198704	rs113668382	G	T	4825.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-3.670;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=449;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=33.655;HP=4;HapScore=1;MGOF=30;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=78;NR=75;PP=2166;ReadPosRankSum=0.429;SC=GAAGGGGCTGGGGGTCCCGGG;SOR=0.109;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=385;TCF=190;TCR=195;TR=153;WE=76198712;WS=76198694;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:211,230:0.52:441
chr17	76198735	rs111978523	A	G	5277.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.506;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=515;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=16.830;HP=2;HapScore=1;MGOF=32;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=84;NR=85;PP=2459;ReadPosRankSum=2.517;SC=CCAGTGGCAGAGCTCAGCAGG;SOR=0.253;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=415;TCF=194;TCR=221;TR=169;WE=76198743;WS=76198713;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:257,252:0.50:509
chr17	76198754	rs35822441	T	C	17806.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=515;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=181;NR=213;PP=2965;SC=GGGCGGGCCTTGCTCACACGC;SOR=0.945;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=395;TCF=181;TCR=214;TR=394;WE=76198762;WS=76198744;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,512:1.00:512
chr17	76200965	rs72897843	C	T	4639.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.938;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=564;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.530;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=79;NR=76;PP=2416;ReadPosRankSum=-2.396;SC=TGTCCAGAAGCGGTATCCAAG;SOR=0.674;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=390;TCF=193;TCR=197;TR=155;WE=76200973;WS=76200955;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:334,229:0.41:563
chr17	76210367	rs9904341	G	C	4544.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.282;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=394;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.370;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=77;NR=55;PP=1729;ReadPosRankSum=-0.821;SC=TTTGAATCGCGGGACCCGTTG;SOR=0.669;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=261;TCF=152;TCR=109;TR=132;WE=76210375;WS=76210357;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:172,217:0.56:389
chr17	76212961	rs376637371	AT	A	143.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.074;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=1.616;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.34;ReadPosRankSum=-2.073;SOR=1.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,18:0.42:43
chr17	76219591	rs2071214	G	A	5603.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=70;NR=60;PP=2718;SC=GGAAACTGCGGAGAAAGTGCG;SOR=0.804;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=130;TCF=70;TCR=60;TR=130;WE=76219599;WS=76219581;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,207:1.00:207
chr17	76219783	rs2239680	T	C	791.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.316;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.352;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=19;PP=477;ReadPosRankSum=0.597;SC=AACTGTGCTCTTGTTTTGTCT;SOR=0.330;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=65;TCF=22;TCR=43;TR=32;WE=76219791;WS=76219773;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,40:0.47:85
chr17	76228048	rs186093980	C	T	994.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.763;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FS=7.097;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.70;ReadPosRankSum=-1.473;SOR=0.148;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:42,43:0.51:85
chr17	76228088	rs8068943	T	A	2371.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=34;NR=46;PP=1854;SC=ACCCGTCCCCTCCCGCCGGCC;SOR=1.203;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=83;TCF=37;TCR=46;TR=80;WE=76228096;WS=76228078;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr17	76230184	rs78780583	C	T	4129.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.347;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=550;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQ=60.02;MQRankSum=-0.813;NF=86;NR=82;PP=2430;ReadPosRankSum=0.873;SC=GACGTTTCCACGCAGACCTGT;SOR=0.696;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=412;TCF=214;TCR=198;TR=168;WE=76230192;WS=76230174;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:313,209:0.40:522
chr17	76230729	rs11077350	T	C	6442.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.518;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=950;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.531;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=109;NR=120;PP=2682;ReadPosRankSum=-0.171;SC=TTCTCGTGTGTGGCTGGATCT;SOR=0.657;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=589;TCF=283;TCR=306;TR=229;WE=76230737;WS=76230719;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:576,358:0.38:934
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chr17	76374978	rs62079155	C	G	395.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-0.456;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.428;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=8;PP=185;ReadPosRankSum=0.995;SC=GCGTCCTGGGCATCCGCAGCG;SOR=0.934;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=21;TCF=9;TCR=12;TR=13;WE=76374986;WS=76374968;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,19:0.59:32
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chr17	76400258	rs3744217	G	A	3433.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=47.04;SOR=3.551;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
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chr17	76411154	rs3833108	T	TG	1062.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.286;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.811;HP=5;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.108;NF=1;NR=24;PP=778;ReadPosRankSum=1.303;SC=AGGGTGTGGCTGGGGGCCCAG;SOR=0.547;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=60;TCF=4;TCR=56;TR=25;WE=76411162;WS=76411144;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,44:0.46:96
chr17	76421443	rs1134541	G	A	10554.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.654;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=900;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=165;NR=147;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.940;SC=TGAAGAGTCCGTACACGTAGG;SOR=0.681;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=543;TCF=290;TCR=253;TR=312;WE=76421451;WS=76421433;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:396,499:0.56:895
chr17	76422473	rs4969188	T	C	3881.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=85;NR=37;PP=2300;SC=GGGTGTGGGGTGTGCCGAGCT;SOR=1.716;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=122;TCF=85;TCR=37;TR=122;WE=76422481;WS=76422463;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,136:1.00:136
chr17	76422599	rs35973257	C	T	4287.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.009;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=515;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.104;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=69;NR=60;PP=1625;ReadPosRankSum=0.714;SC=GGGGTAGGCCCGGGCCACCCA;SOR=0.731;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=300;TCF=155;TCR=145;TR=129;WE=76422607;WS=76422589;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:290,225:0.44:515
chr17	76423097	rs2271613	G	A	5333.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.641;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=619;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.523;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=77;NR=79;PP=1978;ReadPosRankSum=1.791;SC=CGACTACCACGTAGGGGGTCT;SOR=0.699;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=347;TCF=175;TCR=172;TR=156;WE=76423105;WS=76423087;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:334,280:0.46:614
chr17	76423151	rs3209030	C	T	5243.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.476;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=434;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=92;PP=2446;ReadPosRankSum=1.196;SC=TGAAAGTCTCCGGAATCTTCT;SOR=0.657;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=284;TCF=116;TCR=168;TR=158;WE=76423159;WS=76423141;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:186,245:0.57:431
chr17	76424482	rs651806	A	G	6399.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=248;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=157;NR=46;PP=2965;SC=ACCCAAGCCCAAGGCTGGGGC;SOR=2.195;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=203;TCF=157;TCR=46;TR=203;WE=76424490;WS=76424472;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,239:1.00:239
chr17	76433685	rs2289757	A	G	736.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-2.766;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.362;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=6;PP=419;ReadPosRankSum=-1.075;SC=AGGCCGTGGCATGGGATGGGG;SOR=0.433;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=65;TCF=55;TCR=10;TR=30;WE=76433693;WS=76433679;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,36:0.47:77
chr17	76433898	rs12941494	T	C	13682.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-2.079;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=536;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=141;NR=174;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.614;SC=CGTGCTGTAGTGCTCCAGCTT;SOR=0.277;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=316;TCF=141;TCR=175;TR=315;WE=76433906;WS=76433888;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,524:1.00:525
chr17	76435448	rs12150123	C	T	273.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.385;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=9;PP=181;ReadPosRankSum=1.352;SC=GTTTTAAAACCCATCTTAAAG;SOR=1.473;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=1;TCR=14;TR=9;WE=76435456;WS=76435438;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,11:0.65:17
chr17	76437343	rs2289750	G	A	1623.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.109;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=41;PP=918;ReadPosRankSum=-1.125;SC=CGGGGCGCTCGGGGTGGGCTG;SOR=0.705;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=99;TCF=27;TCR=72;TR=56;WE=76437351;WS=76437333;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,75:0.59:128
chr17	76440652	rs3816291	G	A	1633.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=4.491;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=8;PP=1236;ReadPosRankSum=-0.094;SC=CCTGGGCCTCGGGGGCGGGGC;SOR=0.614;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=107;TCF=96;TCR=11;TR=64;WE=76440660;WS=76440642;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,65:0.59:111
chr17	76441830	rs60460416	G	T	2262.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.060;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.281;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=62;PP=1451;ReadPosRankSum=0.083;SC=GAAGATGCGCGCTGGACTCGA;SOR=0.832;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=131;TCF=32;TCR=99;TR=82;WE=76441838;WS=76441820;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,101:0.57:178
chr17	76449505	rs2289751	G	C	8054.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-2.081;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=743;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=111;NR=139;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.187;SC=CAATGAGCAAGGTGTCCCCTT;SOR=0.650;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=469;TCF=206;TCR=263;TR=250;WE=76449513;WS=76449495;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:335,398:0.54:733
chr17	76451921	rs8069561	A	G	13129.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=493;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=127;NR=155;PP=2965;SC=CGACCAGCCTAAAGTGGGATG;SOR=0.814;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=282;TCF=127;TCR=155;TR=282;WE=76451929;WS=76451911;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,488:1.00:488
chr17	76455218	rs2289754	G	A	5374.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-1.754;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=758;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=69;NR=105;PP=2459;ReadPosRankSum=-1.781;SC=TGCACCAGGAGCACAGGCCGG;SOR=0.691;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=447;TCF=175;TCR=272;TR=174;WE=76455226;WS=76455208;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:453,294:0.39:747
chr17	76456352	rs623336	T	C	14737.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=575;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=40;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=153;NR=181;PP=2965;SC=GGAAGGAAGATGGACAGGAGA;SOR=0.835;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=336;TCF=153;TCR=183;TR=334;WE=76456360;WS=76456342;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,570:1.00:570
chr17	76456403	rs148454093	C	CGTGCATGTGT,CGTGCATGTGTGTGCATGTGT	6018.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=309;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=24;NF=3,3;NR=63,63;PP=2987,2987;SC=GGGGCGTGTACGTGCATGTGT;SOR=2.594;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=148;TCF=8;TCR=140;TR=66,66;WE=76456411;WS=76456393;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.52,0.47:120
chr17	76456443	.	TGCAC	T	2954	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;FR=0.5000;HP=1;HapScore=1;MGOF=117;MMLQ=28;MQ=60.03;NF=2;NR=59;PP=2954;QD=20;SC=TGTGCATGTATGCACGTGCAT;SbPval=0.95;Source=Platypus;TC=83;TCF=7;TCR=76;TR=61;WE=76456467;WS=76456433;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:22,61:0.73:83
chr17	76456454	.	GAGTGTA	G	2954	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;FR=0.5000;HP=1;HapScore=1;MGOF=117;MMLQ=24;MQ=60.09;NF=2;NR=57;PP=2954;QD=20;SC=GCACGTGCATGAGTGTATGTG;SbPval=0.95;Source=Platypus;TC=82;TCF=7;TCR=75;TR=59;WE=76456467;WS=76456433;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:23,59:0.72:82
chr17	76457559	rs692529	T	G	2920.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=62;NR=19;PP=1815;SC=TGACCACACGTGGAAGCCCAG;SOR=2.101;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=81;TCF=62;TCR=19;TR=81;WE=76457567;WS=76457549;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr17	76457910	rs640292	G	C	536.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.171;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.447;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=17;PP=425;ReadPosRankSum=-1.189;SC=CGTGTCTTACGACTCCCAGTG;SOR=1.143;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=37;TCF=9;TCR=28;TR=20;WE=76457918;WS=76457900;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,23:0.57:40
chr17	76458855	rs56027941	G	C	547.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-3.826;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=2;PP=353;ReadPosRankSum=-0.925;SC=GTGGATGCCTGTGACAGTAGC;SOR=0.532;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=51;TCF=48;TCR=3;TR=20;WE=76458863;WS=76458846;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,23:0.38:60
chr17	76462770	rs691225	G	A	7508.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-0.789;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=645;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=105;NR=91;PP=2899;ReadPosRankSum=0.019;SC=GGAAGCGGGCGCTGACGGACA;SOR=0.710;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=329;TCF=175;TCR=154;TR=196;WE=76462778;WS=76462760;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:266,364:0.58:630
chr17	76480848	rs12952246	T	C	1029.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=166;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=16;PP=704;SC=ACACCAGTCCTGCCCTACTGC;SOR=1.096;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=30;TCF=14;TCR=16;TR=29;WE=76480856;WS=76480840;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr17	76481608	rs11077370	A	G	3508.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=79;NR=18;PP=1998;SC=CCGGGTAGGCAGGGCGTGGCC;SOR=2.321;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=97;TCF=79;TCR=18;TR=97;WE=76481616;WS=76481598;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr17	76481693	rs11872051	C	G	16118.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=633;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=213;NR=137;PP=2965;SC=GGTAGTTGTCCGTGTTCAGGC;SOR=0.970;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=350;TCF=213;TCR=137;TR=350;WE=76481701;WS=76481683;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,625:1.00:625
chr17	76481997	rs12944880	T	C	4236.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=77;NR=38;PP=2419;SC=CACCGATTCCTGCCTCTAAAT;SOR=1.473;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=115;TCF=77;TCR=38;TR=115;WE=76482005;WS=76481987;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,151:1.00:151
chr17	76482256	rs691142	A	G	18302.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=709;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=261;NR=224;PP=2965;SC=CCAGCTAAGCAGGATGCTGAG;SOR=0.802;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=485;TCF=261;TCR=224;TR=485;WE=76482264;WS=76482246;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,694:1.00:694
chr17	76482432	rs691151	A	G	20074.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.726;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=770;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=216;NR=263;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.157;SC=GCAGGTACAGAATCGTTTGGA;SOR=0.823;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=481;TCF=217;TCR=264;TR=479;WE=76482440;WS=76482422;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,750:1.00:752
chr17	76486622	rs113420656	G	GGTCT	1864.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-1.384;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.101;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=9;PP=1522;ReadPosRankSum=-1.332;SC=TTTATTCCCAGGTCTCTCACC;SOR=0.458;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=65;TCF=51;TCR=14;TR=32;WE=76486630;WS=76486612;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,45:0.54:84
chr17	76487473	rs115145142	C	T	7553.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.261;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=322;ExcessHet=3.0103;FS=0.892;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=23.83;ReadPosRankSum=-0.484;SOR=0.629;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:128,189:0.60:317
chr17	76487476	rs74889218	T	C	7605.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.830;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=337;ExcessHet=3.0103;FS=2.465;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=23.05;ReadPosRankSum=0.049;SOR=0.561;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:135,195:0.59:330
chr17	76488937	.	G	GTTTTTTTTTTTT	2170.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=133;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.99;QD=37.43;SOR=2.093;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr17	76488973	rs1983306	A	G	1088.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=272;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=58;PP=880;SC=CACTCTTGTCACCGAGGCTGG;SOR=4.294;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=59;TCF=1;TCR=58;TR=59;WE=76488981;WS=76488963;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr17	76491127	rs691652	TG	CC	23114.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=522;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=119;NR=204;PP=2947;SC=CCCTCGGCCATGAGCATGATC;SOR=1.124;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=331;TCF=122;TCR=209;TR=323;WE=76491136;WS=76491117;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,518:1.00:518
chr17	76491194	rs11077375	G	A	2227.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=5.538;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=11.403;HP=1;HapScore=2;MGOF=46;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=63;PP=1508;ReadPosRankSum=-0.468;SC=GGAGGTCAGCGGTGCCTGTGG;SOR=1.397;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=166;TCF=44;TCR=122;TR=79;WE=76491202;WS=76491184;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:116,95:0.45:211
chr17	76491211	rs11077376	G	A	1525.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.547;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=14.757;HP=3;HapScore=2;MGOF=49;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=51;PP=1128;ReadPosRankSum=-0.886;SC=GTGGGCTTCTGCCCACTCCCT;SOR=1.863;SbPval=0.93;Source=Platypus;TC=121;TCF=27;TCR=94;TR=59;WE=76491219;WS=76491201;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,66:0.46:142
chr17	76495050	rs691291	C	T	15856.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.605;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=611;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=209;NR=162;PP=2965;ReadPosRankSum=1.569;SC=ACGAGCCAGTCACCCGACGTG;SOR=0.860;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=371;TCF=209;TCR=162;TR=371;WE=76495058;WS=76495040;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,605:1.00:607
chr17	76496492	rs2028734	A	G	14062.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=2.033;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=552;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=151;NR=181;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.457;SC=CGGGGCCGGCAGGGGCTCCAC;SOR=0.822;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=334;TCF=152;TCR=182;TR=332;WE=76496500;WS=76496482;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,543:1.00:545
chr17	76496577	rs2028735	C	T	7827.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-0.838;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=292;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=110;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.823;SC=TGTGTGCCAGCGACCCCATGG;SOR=0.476;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=162;TCF=51;TCR=111;TR=160;WE=76496585;WS=76496567;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,290:1.00:291
chr17	76497920	rs690844	C	A	9077.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.506;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1209;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=135;NR=151;PP=2962;ReadPosRankSum=0.631;SC=TGAGGTTCCCCATGAGCAGCG;SOR=0.730;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=711;TCF=345;TCR=366;TR=286;WE=76497928;WS=76497910;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:714,476:0.40:1190
chr17	76498346	rs141632101	CCTT	C	8053.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.567;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=415;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.753;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.966;NF=52;NR=73;PP=2964;ReadPosRankSum=0.936;SC=GGTAAATTCTCCTTCTTTTCA;SOR=0.745;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=220;TCF=84;TCR=136;TR=125;WE=76498356;WS=76498336;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:191,207:0.52:398
chr17	76498393	rs73380870	A	G	2857.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.729;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=429;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.289;HP=10;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQ=60.03;MQRankSum=1.090;NF=85;NR=64;PP=2448;ReadPosRankSum=-0.539;SC=AACCAAGGACATTTTTTTTTT;SOR=0.620;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=329;TCF=180;TCR=149;TR=149;WE=76498414;WS=76498382;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:214,189:0.47:403
chr17	76498406	rs930572	A	G	10695.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=424;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=172;NR=146;PP=2965;SC=TTTTTTTTAAAGACTCTCAGT;SOR=0.747;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=326;TCF=179;TCR=147;TR=318;WE=76498414;WS=76498382;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,417:1.00:417
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chr17	76498692	rs930571	C	T	21837.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-2.098;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=836;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=263;NR=279;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.894;SC=GTTATAATCTCTGATAGCGTT;SOR=0.266;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=545;TCF=264;TCR=281;TR=542;WE=76498700;WS=76498682;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,827:1.00:828
chr17	76498844	rs7218164	A	G	1372.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-2.295;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.190;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=32;PP=837;ReadPosRankSum=0.452;SC=TAACGCAGACATTCCTGCTGA;SOR=0.392;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=137;TCF=44;TCR=93;TR=52;WE=76498852;WS=76498834;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:94,63:0.40:157
chr17	76502734	rs11077378	T	C	904.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=2.712;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.380;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=3;PP=643;ReadPosRankSum=0.299;SC=GCGGTTGAGGTAGAGGTGCCC;SOR=1.027;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=48;TCF=42;TCR=6;TR=29;WE=76502742;WS=76502724;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,35:0.65:54
chr17	76503527	rs9894913	G	A	7828.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.433;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=979;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=125;NR=139;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.172;SC=GGGAACCACCGGGCTGTGCTC;SOR=0.686;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=614;TCF=287;TCR=327;TR=264;WE=76503535;WS=76503517;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:554,404:0.42:958
chr17	76503593	rs9896398	T	C	4859.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-2.214;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=631;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.780;HP=4;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=79;NR=105;PP=2247;ReadPosRankSum=0.489;SC=GGGAGCTGGGTGCGGATGTCT;SOR=0.830;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=464;TCF=210;TCR=254;TR=184;WE=76503601;WS=76503583;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:371,251:0.40:622
chr17	76503624	rs626439	C	T	7649.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-3.377;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=566;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=115;NR=127;PP=2962;ReadPosRankSum=0.902;SC=TGAAGATGCTCTCCAGGTGGC;SOR=0.668;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=403;TCF=190;TCR=213;TR=242;WE=76503632;WS=76503614;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:223,332:0.60:555
chr17	76503966	rs9902653	T	C	2081.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.803;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.510;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=53;PP=1359;ReadPosRankSum=0.055;SC=TTCCAGGACATAGACTGAAGC;SOR=0.740;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=159;TCF=54;TCR=105;TR=79;WE=76503974;WS=76503956;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:118,100:0.46:218
chr17	76506607	rs867654	G	A	2563.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.493;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=355;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.801;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=39;PP=1095;ReadPosRankSum=0.335;SC=AAAAAATCCAGGCAGGATTCA;SOR=0.819;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=190;TCF=87;TCR=103;TR=67;WE=76506615;WS=76506597;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:214,136:0.39:350
chr17	76511089	rs61736352	C	T	7953.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.403;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1008;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.527;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=116;NR=152;PP=2962;ReadPosRankSum=0.358;SC=TTCCAGTCCTCGATGCTGGTA;SOR=0.766;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=639;TCF=291;TCR=348;TR=268;WE=76511097;WS=76511079;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:583,410:0.41:993
chr17	76525475	rs884714	T	G	1109.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=3.848;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.870;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=7;PP=754;ReadPosRankSum=0.183;SC=ATGGTTGCGTTTGATGGGCTG;SOR=0.528;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=119;TCF=99;TCR=20;TR=44;WE=76525483;WS=76525465;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,48:0.37:130
chr17	76525565	rs4273108	A	G	4718.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=3.798;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=617;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=95;NR=61;PP=2471;ReadPosRankSum=-0.737;SC=TGCAGCTTCAAGTGGATCTCC;SOR=0.681;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=395;TCF=246;TCR=149;TR=156;WE=76525573;WS=76525555;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:375,234:0.38:609
chr17	76525759	rs61741523	G	C	5946.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.437;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=786;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=71;NR=120;PP=2962;ReadPosRankSum=-2.911;SC=TTTCATGAAGGCTTCCAGGTC;SOR=0.688;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=514;TCF=192;TCR=322;TR=191;WE=76525767;WS=76525749;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:470,303:0.39:773
chr17	76525805	rs4969212	C	G	2693.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.443;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=388;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.370;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=71;PP=1564;ReadPosRankSum=1.045;SC=ATTTGTGTGGCCCCAGCCCCC;SOR=0.608;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=292;TCF=74;TCR=218;TR=95;WE=76525813;WS=76525795;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:251,134:0.35:385
chr17	76525864	rs4597380	G	A	1128.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-5.422;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.102;HP=3;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=41;PP=822;ReadPosRankSum=0.299;SC=GGGGACGACCGCGGTGAGGTC;SOR=0.928;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=108;TCF=11;TCR=97;TR=44;WE=76525872;WS=76525854;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,50:0.42:120
chr17	76528591	rs11868065	C	T	1080.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.755;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.681;HP=5;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=17;PP=518;ReadPosRankSum=-0.845;SC=CCAGGGTGGGCGGTGTCTTGG;SOR=0.577;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=89;TCF=53;TCR=36;TR=39;WE=76528599;WS=76528581;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,55:0.44:124
chr17	76528790	rs11651537	A	G	2132.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.588;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=41;PP=972;ReadPosRankSum=-1.299;SC=CCTCATCTCTATGAGGTCTGT;SOR=0.705;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=157;TCF=67;TCR=90;TR=71;WE=76528798;WS=76528780;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:122,105:0.46:227
chr17	76528831	rs11077379	G	A	2083.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.903;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=36;PP=926;ReadPosRankSum=-0.427;SC=GAAAGGGGCAGGGGAGAAGCA;SOR=0.698;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=124;TCF=49;TCR=75;TR=60;WE=76528839;WS=76528821;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:106,104:0.50:210
chr17	76533269	rs111781371	A	AAAAG	9186.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=255;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=63.22;QD=36.89;SOR=1.393;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,248:1.00:249
chr17	76535759	rs7220871	T	C	1141.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.703;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.115;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=8;PP=706;ReadPosRankSum=-0.665;SC=CTAGAAACTATAGATTCTAAC;SOR=1.394;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=78;TCF=58;TCR=20;TR=40;WE=76535767;WS=76535749;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,49:0.54:90
chr17	76535948	rs7221209	T	C	9592.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=359;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=103;NR=136;PP=2965;SC=CTGCCCTGAATAGTTCTGCGT;SOR=0.924;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=239;TCF=103;TCR=136;TR=239;WE=76535956;WS=76535938;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,353:1.00:353
chr17	76547634	rs16971526	T	C	9279.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=2.724;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1144;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.107;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=148;NR=146;PP=2962;ReadPosRankSum=1.580;SC=GCCTGGGAAATTCCTTCTATA;SOR=0.621;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=681;TCF=339;TCR=342;TR=294;WE=76547642;WS=76547624;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:646,485:0.43:1131
chr17	76548866	rs61745194	C	T	2376.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.548;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=434;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=57;PP=1147;ReadPosRankSum=-1.115;SC=AGAAATTCTACTGCCTTCACT;SOR=0.697;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=274;TCF=106;TCR=168;TR=92;WE=76548874;WS=76548856;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:283,142:0.33:425
chr17	76554114	rs62075923	A	G	7127.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=3.381;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=620;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=152;NR=74;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.354;SC=ACATCTCTGAAACACACAAAC;SOR=0.699;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=431;TCF=288;TCR=143;TR=226;WE=76554122;WS=76554104;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:297,317:0.52:614
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chr17	76554443	rs76926101	G	A	850.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=4.161;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.013;HP=6;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=27;PP=598;ReadPosRankSum=-0.317;SC=GACAGCCGGGGGGGATCTCAA;SOR=1.345;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=72;TCF=9;TCR=63;TR=29;WE=76554451;WS=76554433;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,34:0.44:78
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chr17	76557943	rs1108366	G	A	9678.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.206;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=837;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=157;NR=133;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.174;SC=TCTGGGCATCGTACAAGATCT;SOR=0.728;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=512;TCF=274;TCR=238;TR=290;WE=76557951;WS=76557933;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:369,459:0.55:828
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chr17	76571243	.	ATC	A	1035.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=0.166;ClippingRankSum=0.000;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.045;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=19;PP=731;ReadPosRankSum=-1.858;SC=ACCGCAGGAAATCTCTGTTTC;SOR=0.892;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=48;TCF=3;TCR=45;TR=19;WE=76571252;WS=76571233;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,30:0.43:70
chr17	76672002	rs1126607	T	C	2867.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.566;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=334;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.664;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=20;PP=1107;ReadPosRankSum=-2.954;SC=CAGTGATAACTGCCCACCCTT;SOR=0.913;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=197;TCF=127;TCR=70;TR=71;WE=76672010;WS=76671992;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:191,142:0.43:333
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chr17	76794981	rs2279308	A	G	7988.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.210;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=767;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=132;NR=98;PP=2962;ReadPosRankSum=-2.195;SC=TCAGCATCACACATCATACCT;SOR=0.730;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=452;TCF=254;TCR=198;TR=230;WE=76794989;WS=76794971;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:359,397:0.53:756
chr17	76798548	rs71964596	TTTTTTC	T	2183.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.412;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FS=3.522;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.09;MQRankSum=0.983;QD=19.50;ReadPosRankSum=-0.830;SOR=1.080;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:54,58:0.52:112
chr17	76799795	rs1057040	G	A	2515.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-1.352;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.133;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=65;PP=1663;ReadPosRankSum=-2.057;SC=TGTGGGAGGCGCGTCTCTGAG;SOR=0.973;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=146;TCF=40;TCR=106;TR=85;WE=76799803;WS=76799785;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,105:0.60:175
chr17	76799860	rs3088040	T	C	2202.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.260;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.522;HP=7;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=35;PP=880;ReadPosRankSum=0.787;SC=AGAGGGGCTCTGGGGGGGCTC;SOR=0.629;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=127;TCF=61;TCR=66;TR=69;WE=76799868;WS=76799850;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:89,110:0.55:199
chr17	76799898	rs9302885	A	G	2427.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.266;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.532;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=28;PP=1046;ReadPosRankSum=0.287;SC=GGTGTGGAAGAGACACAAGGT;SOR=0.640;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=119;TCF=65;TCR=54;TR=65;WE=76799906;WS=76799888;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,110:0.57:194
chr17	76817090	rs3744793	C	T	7526.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.091;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=659;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=107;NR=114;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.576;SC=TCCAGCGCGACGTCCAAGTAG;SOR=0.724;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=391;TCF=191;TCR=200;TR=221;WE=76817098;WS=76817080;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:288,364:0.56:652
chr17	76832133	rs900349	T	C	671.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.177;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.896;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=3;PP=439;ReadPosRankSum=0.600;SC=AATATTTAAGTCCATCCACTT;SOR=0.368;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=31;TCF=27;TCR=4;TR=21;WE=76832141;WS=76832130;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,26:0.70:37
chr17	76867185	rs55743137	G	T	4309.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=38;NR=77;PP=2476;SC=ACAACCTGTAGCTGGGGTACA;SOR=1.314;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=115;TCF=38;TCR=77;TR=115;WE=76867193;WS=76867175;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,157:1.00:157
chr17	76897733	rs12941365	G	T	490.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=0.172;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.353;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=2;PP=196;ReadPosRankSum=-0.258;SC=TAGGCCAAGCGACTTCACTCT;SOR=0.116;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=46;TCF=41;TCR=5;TR=15;WE=76897741;WS=76897723;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,24:0.42:57
chr17	76897974	rs4789936	C	T	1411.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.699;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.528;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=31;PP=637;ReadPosRankSum=-0.011;SC=CTTGAAATCACTGGGCTGACT;SOR=0.634;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=159;TCF=58;TCR=101;TR=49;WE=76897982;WS=76897964;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:144,77:0.35:221
chr17	76970879	rs3744166	A	G	16384.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=634;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=185;NR=201;PP=2965;SC=ACTGGACCTCATCCAGCATGA;SOR=0.762;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=386;TCF=185;TCR=201;TR=386;WE=76970887;WS=76970869;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,627:1.00:627
chr17	77079575	rs117024973	G	A	9935.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-0.729;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=992;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=138;NR=134;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.927;SC=TTCTGGGGCCGACTGGAGCGT;SOR=0.707;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=524;TCF=263;TCR=261;TR=272;WE=77079583;WS=77079565;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:491,490:0.50:981
chr17	77082251	rs200514259	C	T	6806.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.397;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=851;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.112;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=102;NR=131;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.202;SC=CAGAGATGCCCATGTTCCTGG;SOR=0.780;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=558;TCF=253;TCR=305;TR=233;WE=77082259;WS=77082241;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:492,346:0.41:838
chr17	77089515	rs4789891	G	T	330.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-5.253;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.370;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=1;PP=207;ReadPosRankSum=-0.161;SC=CTGCACGGAGGGCCCAAGAGC;SOR=0.238;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=28;TCR=2;TR=12;WE=77089523;WS=77089507;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,15:0.45:33
chr17	77089630	.	G	GA	187.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.191;ClippingRankSum=0.000;DP=208;ExcessHet=3.0103;FS=0.792;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.01;ReadPosRankSum=1.335;SOR=0.593;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:145,41:0.22:186
chr17	77089873	rs60453390	CCACACA	CCACACACA,C	379.73	.	AC=2,0;AF=1.00,0.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=3;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=2,2;NR=28,28;PP=961,1237;SC=CAACAGCTGGCCACACACACA;SOR=1.609;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=44;TCF=3;TCR=41;TR=30,30;WE=77089888;WS=77089863;set=Intersection	GT:AF:DP	1/1:1.00:13
chr17	77093255	rs147472360	TC	T	32.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.352;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=7.077;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.96;ReadPosRankSum=0.363;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,6:0.18:34
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chr17	77097811	rs2612798	G	C	1840.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=2.054;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.531;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=58;PP=1538;ReadPosRankSum=-0.338;SC=GCCCTGCTCCGTTAGCCCCCG;SOR=0.975;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=167;TCF=55;TCR=112;TR=88;WE=77097819;WS=77097801;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,82:0.49:167
chr17	77102966	rs36122090	T	TC	3801.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=49;PP=2098;SC=GGCCAGATTCTCCCCACCCTT;SOR=1.247;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=58;TCF=2;TCR=56;TR=51;WE=77102974;WS=77102956;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr17	77111732	rs80198744	G	A	3632.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.667;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=312;ExcessHet=3.0103;FS=0.429;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.57;ReadPosRankSum=-2.013;SOR=0.724;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:128,161:0.56:289
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chr17	77707168	rs375922133	GC	G	1189.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=1.240;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.203;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.187;NF=26;NR=5;PP=1016;ReadPosRankSum=0.014;SC=GCTCCCCCCAGCCCTGCCCCA;SOR=1.113;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=78;TCF=58;TCR=20;TR=31;WE=77707176;WS=77707158;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,44:0.42:104
chr17	77709527	.	C	CT	280.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.035;ClippingRankSum=0.000;DP=186;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.12;MQRankSum=1.636;QD=1.88;ReadPosRankSum=-0.153;SOR=0.629;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:115,34:0.23:149
chr17	77751983	rs71368052	C	G	1534.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=35;NR=6;PP=1032;SC=GCGCGGCGGTCCGGGCGGGTG;SOR=2.215;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=35;TCR=6;TR=41;WE=77751991;WS=77751976;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr17	77752147	rs56050112	T	C	5127.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=1.039;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=443;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=68;NR=64;PP=2152;ReadPosRankSum=-0.469;SC=CCGCCCGCTGTCCGTCTGGCT;SOR=0.668;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=231;TCF=119;TCR=112;TR=132;WE=77752155;WS=77752137;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:194,245:0.56:439
chr17	77753245	rs143293175	C	CTG	5967.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.249;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=306;ExcessHet=3.0103;FS=0.881;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.39;MQRankSum=3.123;QD=20.23;ReadPosRankSum=-0.774;SOR=0.641;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:136,159:0.54:295
chr17	77758691	rs3751957	G	A	6397.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=2.459;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=796;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=117;NR=103;PP=2962;ReadPosRankSum=0.968;SC=GACAGAACCCGTCAGTGTCCG;SOR=0.682;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=514;TCF=274;TCR=240;TR=220;WE=77758699;WS=77758681;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:460,327:0.42:787
chr17	77768654	rs4889891	C	A	10643.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=391;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=146;NR=126;PP=2965;SC=CAGGCCCCCCCCAGAGCTGGG;SOR=0.814;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=274;TCF=147;TCR=127;TR=272;WE=77768662;WS=77768644;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,384:1.00:384
chr17	77769837	rs11651828	T	C	3530.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=60;NR=28;PP=1938;SC=TCCTCCACCATTGGACACTGC;SOR=1.299;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=88;TCF=60;TCR=28;TR=88;WE=77769845;WS=77769827;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
chr17	77770173	rs34363282	G	GGT	11354.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.236;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=372;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.948;NF=54;NR=82;PP=2989;ReadPosRankSum=0.858;SC=GAGCAGAGGGGGTGTGTGTGT;SOR=0.746;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=169;TCF=67;TCR=102;TR=136;WE=77770181;WS=77770163;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:16,329:0.95:345
chr17	77772068	rs9905914	G	A	6140.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=0.652;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=58;PP=2459;ReadPosRankSum=-0.310;SC=TCCCAACGTGGGCGGCGGACA;SOR=0.801;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=125;TCF=66;TCR=59;TR=123;WE=77772076;WS=77772058;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,232:0.99:234
chr17	77809591	.	G	GC	965.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.160;ClippingRankSum=0.000;DP=218;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.80;MQRankSum=0.000;QD=12.22;ReadPosRankSum=1.717;SOR=0.504;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,52:0.66:79
chr17	77809666	rs28476629	C	A	1701.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.511;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=33;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=132;PP=2965;ReadPosRankSum=0.985;SC=GCAGGTCAGGCCTCTGCGCCC;SOR=1.639;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=137;TCF=4;TCR=133;TR=136;WE=77809674;WS=77809656;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,62:0.97:64
chr17	77811733	.	T	TA	653.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.076;ClippingRankSum=0.000;DP=104;ExcessHet=3.0103;FS=2.171;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.88;ReadPosRankSum=-0.950;SOR=0.788;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:45,50:0.53:95
chr17	77914561	rs2241950	C	T	698.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=2.463;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.799;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=2;PP=470;ReadPosRankSum=-1.830;SC=TAGGTTTCTACCGTCCCCTGT;SOR=1.577;SbPval=0.93;Source=Platypus;TC=71;TCF=59;TCR=12;TR=26;WE=77914569;WS=77914556;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,31:0.37:83
chr17	77916134	rs2650236	G	A	2029.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=9;NR=47;PP=1458;SC=AGCCCAGCTCGGGGGCCGTGT;SOR=2.765;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=57;TCF=9;TCR=48;TR=56;WE=77916142;WS=77916124;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr17	77923478	rs894858	G	A	1759.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.637;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=11.573;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=12;PP=1040;ReadPosRankSum=0.452;SC=TTTCCTCCGCGGCTCGGCGGG;SOR=1.569;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=110;TCF=80;TCR=30;TR=61;WE=77923486;WS=77923468;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,78:0.55:142
chr17	77926491	rs4889804	G	A	5378.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.274;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=585;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=102;PP=2474;ReadPosRankSum=0.735;SC=TGTGGCCCAGGTCCACGCGGA;SOR=0.692;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=366;TCF=145;TCR=221;TR=167;WE=77926499;WS=77926481;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:309,268:0.46:577
chr17	77984141	rs35922784	C	T	6276.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-0.574;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=612;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.172;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=102;NR=90;PP=2822;ReadPosRankSum=-0.273;SC=GCGGCTCCCGCCCCTCCTCGG;SOR=0.689;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=370;TCF=183;TCR=187;TR=192;WE=77984149;WS=77984131;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:300,307:0.51:607
chr17	78010548	rs3752041	C	A	7000.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=2.180;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=671;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.107;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=134;NR=81;PP=2962;ReadPosRankSum=0.681;SC=TCTCCGTTCACCGCTCCAGGT;SOR=0.843;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=422;TCF=250;TCR=172;TR=215;WE=78010556;WS=78010538;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:329,337:0.51:666
chr17	78013724	rs2289527	G	C	11173.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=425;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=142;NR=140;PP=2965;SC=AGGGGGAGGTGGAGACAGAAG;SOR=0.707;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=283;TCF=142;TCR=141;TR=282;WE=78013732;WS=78013714;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,421:1.00:421
chr17	78020941	rs76104475	GGC	TTT	686.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=3.912;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.158;HP=3;HapScore=1;JOINED;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=1;PP=793;ReadPosRankSum=-2.095;SC=CCACGTGCCCGGCCAGGTTTT;SOR=1.747;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=49;TCF=41;TCR=8;TR=13;WE=78020951;WS=78020931;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,20:0.33:61
chr17	78022378	rs2289530	C	G	2371.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-2.108;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.178;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=26;PP=1224;ReadPosRankSum=-1.753;SC=GTCTCTCCCCCCAGTGATCCC;SOR=0.577;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=142;TCF=101;TCR=41;TR=85;WE=78022386;WS=78022368;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,117:0.59:199
chr17	78024036	.	T	G	676.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=1.059;ClippingRankSum=0.000;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.136;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=19;PP=447;ReadPosRankSum=-1.212;SC=CCGCCCGCGCTCTCTACACCA;SOR=2.147;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=33;TCF=8;TCR=25;TR=22;WE=78024044;WS=78024026;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,27:0.68:40
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chr17	78032915	rs11654770	C	T	1450.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=3.014;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.566;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=47;PP=1023;ReadPosRankSum=0.492;SC=CTGCAAACATCGGGCCCTCCC;SOR=0.376;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=101;TCF=14;TCR=87;TR=56;WE=78032923;WS=78032905;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,61:0.55:110
chr17	78039867	rs8082554	C	T	3168.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.085;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=420;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.528;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=73;NR=54;PP=1719;ReadPosRankSum=-1.081;SC=GGGATGGATGCGTGGCTCAGG;SOR=0.757;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=291;TCF=163;TCR=128;TR=127;WE=78039875;WS=78039857;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:242,167:0.41:409
chr17	78055758	rs35578653	T	G	6620.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.433;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=771;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.522;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=89;NR=118;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.818;SC=AGACGGATGCTGCCATCCGGG;SOR=0.746;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=492;TCF=217;TCR=275;TR=207;WE=78055766;WS=78055748;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:425,336:0.44:761
chr17	78157592	rs11656949	C	T	1838.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.086;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.675;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=32;PP=1254;ReadPosRankSum=4.338;SC=CATGCTCACCCGCCCACATGC;SOR=0.876;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=144;TCF=94;TCR=50;TR=79;WE=78157600;WS=78157582;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,93:0.61:153
chr17	78158063	rs4889991	G	A	1275.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-3.053;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.705;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=34;PP=764;ReadPosRankSum=-1.447;SC=GCACCCCGGCGCGACCCTGCT;SOR=0.249;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=65;TCF=13;TCR=52;TR=45;WE=78158071;WS=78158053;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,53:0.69:77
chr17	78164411	.	CAA	C	175.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.466;ClippingRankSum=0.000;DP=85;ExcessHet=3.0103;FS=1.699;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.37;ReadPosRankSum=0.136;SOR=1.295;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:55,19:0.26:74
chr17	78171944	rs2066964	G	C	1734.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-1.104;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.901;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=22;PP=696;ReadPosRankSum=1.771;SC=CCCCTGGAAGGCTTGATGTCT;SOR=0.682;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=89;TCF=44;TCR=45;TR=46;WE=78171952;WS=78171934;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,85:0.50:169
chr17	78175483	rs2304856	T	C	16885.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=632;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=242;NR=161;PP=2965;SC=GCGCCTTCTGTCTTCTGGCTG;SOR=0.978;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=405;TCF=242;TCR=163;TR=403;WE=78175491;WS=78175473;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,625:1.00:625
chr17	78175854	rs3813063	C	A	3746.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=64;NR=42;PP=2098;SC=CCCACTGACTCCAGTGCCAGA;SOR=1.105;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=107;TCF=64;TCR=43;TR=106;WE=78175862;WS=78175844;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,136:1.00:136
chr17	78176233	rs8069255	T	A	6077.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=2.008;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=245;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=117;PP=2965;ReadPosRankSum=1.206;SC=AGCAGCTGCCTCGAGCTCGGT;SOR=0.548;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=177;TCF=59;TCR=118;TR=173;WE=78176241;WS=78176223;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,231:1.00:232
chr17	78178170	rs4889996	A	G	5452.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=21;NR=89;PP=2685;SC=CACAGGGGCCACTGGCTCCAA;SOR=2.416;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=110;TCF=21;TCR=89;TR=110;WE=78178197;WS=78178160;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chr17	78178182	rs4889836	T	C	5505.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.88;SOR=2.507;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr17	78178189	rs4889997	G	A	5083.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=47.51;SOR=2.606;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr17	78178830	rs11653893	A	G	1558.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=46;NR=5;PP=1077;SC=CCTCTCCTCCACAGGCTCCAG;SOR=3.500;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=51;TCF=46;TCR=5;TR=51;WE=78178838;WS=78178820;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr17	78178893	rs11652075	C	T	5304.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=96;NR=54;PP=2860;SC=TACCCTGGTGCGGCCCCATCG;SOR=1.232;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=150;TCF=96;TCR=54;TR=150;WE=78178901;WS=78178883;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,195:1.00:195
chr17	78180618	rs4889998	A	C	6674.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=237;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=194;NR=14;PP=2965;SC=GGCAAGCTCTATTCCCTCATC;SOR=4.523;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=210;TCF=196;TCR=14;TR=208;WE=78180626;WS=78180611;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,230:1.00:230
chr17	78181918	rs111745899	C	A	583.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.387;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.261;HP=7;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=7;PP=340;ReadPosRankSum=1.035;SC=CCCGCCCCCCCCAACTCTGGC;SOR=1.586;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=45;TCF=33;TCR=12;TR=23;WE=78181926;WS=78181908;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,28:0.47:59
chr17	78184601	rs62620232	C	T	2282.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=2.490;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=332;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=45;PP=1132;ReadPosRankSum=1.797;SC=AGGTTGTGCACGAGGCGGAAG;SOR=0.691;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=221;TCF=93;TCR=128;TR=77;WE=78184609;WS=78184591;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:209,120:0.36:329
chr17	78188963	rs4889839	G	A	4044.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=0.377;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=483;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=58;PP=1507;ReadPosRankSum=2.516;SC=CATGAGGTCCGGGGCCCCCGG;SOR=0.678;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=255;TCF=115;TCR=140;TR=106;WE=78188971;WS=78188952;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:273,210:0.43:483
chr17	78189009	rs4889840	C	T	2279.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=1.575;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=267;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.711;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=51;PP=1094;ReadPosRankSum=-1.311;SC=TGTTCTCCCACGGCCCTCCCA;SOR=0.859;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=184;TCF=70;TCR=114;TR=78;WE=78189017;WS=78188999;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:146,120:0.45:266
chr17	78196742	rs5822330	T	TGTG	2509.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.075;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FS=5.925;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.51;MQRankSum=2.229;QD=21.27;ReadPosRankSum=-0.285;SOR=1.238;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:52,66:0.56:118
chr17	78201554	rs6565652	T	C	1028.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.320;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.786;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=9;PP=604;ReadPosRankSum=-1.123;SC=AGCAGCAGGATGCTTGAGTCA;SOR=0.931;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=75;TCF=55;TCR=20;TR=39;WE=78201562;WS=78201544;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,48:0.51:95
chr17	78201783	rs6565653	T	G	2681.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.300;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=325;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.414;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=50;PP=1169;ReadPosRankSum=0.154;SC=GGCTGACATCTTATGCAACCT;SOR=0.652;Source=Platypus;TCF=84;TR=85;WE=78201791;WS=78201773;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:181,136:0.43:317
chr17	78221887	rs113361368	C	T	949.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.311;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=6;PP=657;ReadPosRankSum=-0.776;SC=GTTGGGGCCTCGGGCAGCTGC;SOR=0.628;SbPval=0.26;Source=Platypus;TC=66;TCF=58;TCR=8;TR=35;WE=78221895;WS=78221877;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,42:0.46:91
chr17	78222565	rs7214131	A	G	6033.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=55;NR=69;PP=2527;SC=CCCTGTCCCCAACGCTCTCCA;SOR=0.844;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=124;TCF=55;TCR=69;TR=124;WE=78222573;WS=78222555;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,226:1.00:226
chr17	78222638	rs34911974	GC	G	1430.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.005;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.794;HP=1;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.063;NF=0;NR=25;PP=984;ReadPosRankSum=0.543;SC=TCAGCCAGTGGCTGCTGCAGC;SOR=0.832;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=50;TCF=0;TCR=50;TR=25;WE=78222646;WS=78222628;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,46:0.48:96
chr17	78222661	rs9904116	C	T	715.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.663;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.793;HP=5;HapScore=2;MGOF=31;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=24;PP=522;ReadPosRankSum=0.821;SC=GGGTGGTGGCCCCCCACATAT;SOR=1.350;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=62;TCF=18;TCR=44;TR=31;WE=78222669;WS=78222651;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,32:0.47:68
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chr17	78223170	rs9895606	T	C	757.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.119;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=19;PP=464;ReadPosRankSum=0.103;SC=ATGTGACATCTCTGGGCTGTG;SOR=0.644;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=51;TCF=17;TCR=34;TR=28;WE=78223178;WS=78223160;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,35:0.56:63
chr17	78252770	rs7219131	T	C	5651.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=35;NR=123;PP=2965;SC=TGGCACAGCCTGGCACGGCCA;SOR=1.975;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=158;TCF=35;TCR=123;TR=158;WE=78252778;WS=78252760;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,211:1.00:211
chr17	78261730	rs17853714	G	A	8610.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.180;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=754;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.523;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=143;NR=138;PP=2962;ReadPosRankSum=0.666;SC=TTTCAAACCCGTGGCCTCAGG;SOR=0.614;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=487;TCF=251;TCR=236;TR=281;WE=78261738;WS=78261720;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:330,417:0.56:747
chr17	78261805	rs7215243	A	G	6621.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.756;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=590;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.275;SC=GCCAGCCCCCAGGCACAGCCA;SOR=0.680;Source=Platypus;WE=78261813;WS=78261795;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:276,311:0.53:587
chr17	78263391	.	G	GAAA	319.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.599;ClippingRankSum=0.000;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=4.075;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.66;ReadPosRankSum=1.014;SOR=1.755;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,16:0.53:30
chr17	78263429	rs62076476	C	G	812.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.816;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.69;ReadPosRankSum=0.753;SOR=0.656;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,44:0.58:76
chr17	78263486	rs17853989	T	C	1299.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.020;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=21;PP=600;ReadPosRankSum=0.148;SC=AAGGACGAGATGGCTGCTGCT;SOR=0.662;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=74;TCF=44;TCR=30;TR=49;WE=78263494;WS=78263476;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,64:0.59:109
chr17	78263514	rs17853713	G	A	1430.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.475;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FS=1.456;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.73;ReadPosRankSum=0.525;SOR=0.687;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:53,69:0.57:122
chr17	78264298	rs11651637	G	A	1276.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=3.588;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.476;HP=2;HapScore=1;MGOF=31;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.422;NF=21;NR=7;PP=557;ReadPosRankSum=-1.571;SC=GTGTGTGTGCGCGTGTGTGCA;SOR=1.125;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=38;TCF=28;TCR=10;TR=28;WE=78264306;WS=78264288;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,35:0.64:55
chr17	78264612	.	G	GT	71.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.161;ClippingRankSum=0.000;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=4.500;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.23;MQRankSum=1.417;QD=2.47;ReadPosRankSum=-0.880;SOR=2.219;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,9:0.31:29
chr17	78268496	rs9890495	C	G	1599.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.030;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.561;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=9;PP=762;ReadPosRankSum=-0.085;SC=TAGGTAGGCTCTTGTTCCTTC;SOR=0.916;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=87;TCF=62;TCR=25;TR=42;WE=78268504;WS=78268486;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,69:0.58:119
chr17	78272446	rs140780402	CTT	C	1334.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=1.117;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.106;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.757;NF=0;NR=24;PP=816;ReadPosRankSum=-0.761;SC=AACACACGCTCTTTTAACATT;SOR=1.109;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=67;TCF=3;TCR=64;TR=24;WE=78272455;WS=78272436;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,38:0.40:95
chr17	78280030	rs8066993	C	T	2024.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=1.465;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=25;PP=1312;ReadPosRankSum=-0.844;SC=CTCTTTTCTCCGTCCCTATTT;SOR=0.722;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=129;TCF=86;TCR=43;TR=78;WE=78280038;WS=78280020;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,89:0.59:152
chr17	78281088	rs61087724	G	T	1681.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-1.407;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.045;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=45;PP=1074;ReadPosRankSum=-0.701;SC=TGACCCACATGTGCTGTTGTA;SOR=0.395;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=99;TCF=26;TCR=73;TR=62;WE=78281096;WS=78281078;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,74:0.68:109
chr17	78283084	rs12945169	G	A	1331.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=2.478;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.584;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=29;PP=863;ReadPosRankSum=-0.021;SC=GAGATGGAGCGGTGGTTTCAG;SOR=0.520;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=88;TCF=30;TCR=58;TR=46;WE=78283092;WS=78283074;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,58:0.52:112
chr17	78298938	rs6565674	A	G	8400.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=326;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=69;NR=125;PP=2965;SC=GGACAACTTCAATGACATTTT;SOR=1.129;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=194;TCF=69;TCR=125;TR=194;WE=78298946;WS=78298928;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,316:1.00:316
chr17	78302157	rs8082521	C	A	12244.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=471;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=141;NR=128;PP=2965;SC=CCAGGATGAACAATGTGCTGT;SOR=0.755;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=269;TCF=141;TCR=128;TR=269;WE=78302165;WS=78302147;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,466:1.00:466
chr17	78305871	rs10782008	G	A	6669.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.171;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=526;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.530;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=96;NR=91;PP=2812;ReadPosRankSum=-0.218;SC=AAATGACACCGTGACAGTGAG;SOR=0.633;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=308;TCF=160;TCR=148;TR=187;WE=78305879;WS=78305861;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:210,311:0.60:521
chr17	78306102	rs9913636	G	C	9423.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.222;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=755;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.111;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=152;NR=127;PP=2962;ReadPosRankSum=0.921;SC=CCTTGAGCTTGAAGAGGTGTA;SOR=0.581;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=496;TCF=280;TCR=216;TR=279;WE=78306110;WS=78306092;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:320,421:0.57:741
chr17	78306280	rs8074015	A	G	15352.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=568;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NR=224;PP=2965;SC=GACCACCAGGACCAAAGAGAT;SOR=1.023;SbPval=0.5;Source=Platypus;TCR=225;WE=78306288;WS=78306270;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,556:1.00:556
chr17	78306308	rs9908287	C	G	4976.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=2.462;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=425;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=107;PP=2848;ReadPosRankSum=1.217;SC=AGGACCGAGTCGAACAGATCA;SOR=0.666;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=314;TCF=115;TCR=199;TR=172;WE=78306316;WS=78306298;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:198,225:0.53:423
chr17	78308136	rs11658902	G	A	665.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=0.909;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.591;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=24;PP=559;ReadPosRankSum=0.011;SC=ACTGTGTGGCGTTCCTAAACT;SOR=1.168;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=44;TCF=4;TCR=40;TR=27;WE=78308144;WS=78308126;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,27:0.53:51
chr17	78311508	rs4890009	G	A	17615.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=638;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=289;NR=197;PP=2965;SC=TGATCCAGGCGCCCAAAGGTG;SOR=1.036;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=487;TCF=289;TCR=198;TR=486;WE=78311516;WS=78311498;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,632:1.00:632
chr17	78319136	rs9674961	G	A	18367.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=715;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=226;NR=217;PP=2965;SC=GATGCCATCAGTCACTTGACT;SOR=0.722;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=445;TCF=226;TCR=219;TR=443;WE=78319144;WS=78319126;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,694:1.00:694
chr17	78319380	rs4890012	G	C	6163.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.890;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=551;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.523;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=99;NR=104;PP=2806;ReadPosRankSum=-0.767;SC=GTGGGATCCCGGTTATCATCA;SOR=0.675;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=374;TCF=185;TCR=189;TR=203;WE=78319388;WS=78319370;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:248,296:0.54:544
chr17	78321157	rs61600413	T	C	4169.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.823;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=481;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=66;PP=1609;ReadPosRankSum=0.495;SC=CGAGGCCAAGTGCTCAGAGGA;SOR=0.695;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=303;TCF=137;TCR=166;TR=121;WE=78321165;WS=78321147;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:269,209:0.44:478
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chr17	78325464	.	C	CT	1297.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.018;ClippingRankSum=0.000;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.944;HP=12;HapScore=3;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.181;NF=17;NR=18;PP=383;ReadPosRankSum=-0.340;SC=AATAGGTATTCTTTTTTTTTT;SOR=0.884;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=94;TCF=47;TCR=47;TR=35;WE=78325472;WS=78325454;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:106,85:0.45:191
chr17	78327358	rs7216493	G	A	9597.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=354;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=112;NR=143;PP=2965;SC=AGGCGATGGAGACGGAGGCCA;SOR=0.893;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=256;TCF=112;TCR=144;TR=255;WE=78327366;WS=78327348;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,348:1.00:348
chr17	78332396	rs9915562	A	G	2849.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=22;NR=69;PP=1947;SC=CAACGTTGACATGGGTGCTTT;SOR=2.256;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=91;TCF=22;TCR=69;TR=91;WE=78332404;WS=78332386;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr17	78333840	rs8067292	T	C	6780.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.385;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=587;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=109;NR=89;PP=2962;ReadPosRankSum=0.484;SC=CCTCTTCTTATCATCCCTCAC;SOR=0.725;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=346;TCF=189;TCR=157;TR=198;WE=78333848;WS=78333830;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:259,319:0.55:578
chr17	78337058	rs35332090	G	C	3975.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.431;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=504;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.773;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=73;PP=1910;ReadPosRankSum=-1.455;SC=CTACCCTCAGGTTCTCCACAG;SOR=0.809;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=293;TCF=119;TCR=174;TR=118;WE=78337066;WS=78337048;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:296,203:0.41:499
chr17	78337345	rs72851455	G	A	525.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=0.795;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.998;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=5;PP=290;ReadPosRankSum=-1.757;SC=GCTAACAGCCGGGGCCTCTGG;SOR=0.508;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=73;TCF=57;TCR=16;TR=22;WE=78337353;WS=78337335;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,28:0.33:84
chr17	78337584	rs61740658	A	G	1686.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.991;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.507;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=38;PP=839;ReadPosRankSum=-1.547;SC=GTCATCAGGGAAGTCAGGTGA;SOR=0.734;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=143;TCF=55;TCR=88;TR=64;WE=78337592;WS=78337574;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:132,87:0.40:219
chr17	78337684	rs72851458	G	A	373.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=2.043;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.637;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=13;PP=242;ReadPosRankSum=0.691;SC=AGACGGGCAGGTGCTCCTGCC;SOR=1.581;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=34;TCF=6;TCR=28;TR=15;WE=78337692;WS=78337674;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,17:0.41:41
chr17	78342061	rs72851471	A	C	1840.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-5.549;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=252;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.034;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=76;PP=1239;ReadPosRankSum=-2.520;SC=CTGACCTCAGAGAACTATCAT;SOR=0.976;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=226;TCF=39;TCR=187;TR=89;WE=78342069;WS=78342051;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:149,97:0.39:246
chr17	78348494	rs6565681	A	G	3405.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=16;NR=72;PP=2105;SC=CCACTGATGCAGCCCATCACG;SOR=2.344;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=88;TCF=16;TCR=72;TR=88;WE=78348502;WS=78348484;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr17	78354661	rs4889848	C	T	25728.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=988;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=289;NR=235;PP=2965;SC=AGACCGGCCACGTGCTGGGCA;SOR=0.823;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=524;TCF=289;TCR=235;TR=524;WE=78354669;WS=78354651;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,982:1.00:982
chr17	78362300	rs6565683	A	T	3011.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=45;NR=20;PP=1457;SC=AGGGATACACAGGGCAGCGCG;SOR=1.308;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=66;TCF=45;TCR=21;TR=65;WE=78362308;WS=78362290;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr17	78363847	rs3185057	G	A	2691.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.696;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=376;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.809;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=44;PP=1252;ReadPosRankSum=-0.949;SC=GGTACAAAGCGGATCTGAGCC;SOR=0.628;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=247;TCF=129;TCR=118;TR=89;WE=78363855;WS=78363837;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:229,140:0.38:369
chr17	78395734	rs34933300	G	A	3803.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=2.302;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=273;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.714;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=56;PP=1973;ReadPosRankSum=0.025;SC=CAGCAGCTGCGGGAGAAGGAG;SOR=0.643;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=172;TCF=84;TCR=88;TR=104;WE=78395742;WS=78395724;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:106,164:0.61:270
chr17	78396091	rs9907097	C	G	2429.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.626;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.415;HP=7;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=40;PP=1011;ReadPosRankSum=-1.613;SC=TGGGGAAGAGCGGGGGGAGAG;SOR=0.548;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=130;TCF=49;TCR=81;TR=66;WE=78396099;WS=78396081;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,116:0.56:206
chr17	78401588	rs8065290	G	T	10115.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=377;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=85;NR=177;PP=2965;SC=CAGGCGCTGCGGCGCTCCTGG;SOR=1.378;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=262;TCF=85;TCR=177;TR=262;WE=78401596;WS=78401578;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,371:1.00:371
chr17	78403801	rs41301876	G	A	6698.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.151;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=750;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.526;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=75;NR=102;PP=2799;ReadPosRankSum=-1.428;SC=CACCCCTGGGGGTGGTCTAGG;SOR=0.608;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=421;TCF=173;TCR=248;TR=177;WE=78403809;WS=78403791;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:411,333:0.45:744
chr17	78403906	rs41301878	C	G	2429.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-2.853;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=254;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.445;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=52;PP=1446;ReadPosRankSum=-0.527;SC=CAGCACAGCCCAGCACCAGGT;SOR=0.478;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=190;TCF=71;TCR=119;TR=87;WE=78403914;WS=78403896;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:130,112:0.46:242
chr17	78404175	rs113730607	ATTTG	A	6793.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.304;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=400;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.919;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=3.768;NF=5;NR=83;PP=2979;ReadPosRankSum=0.889;SC=TATTTCACATATTTGTTTGTT;SOR=0.851;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=174;TCF=12;TCR=162;TR=88;WE=78404186;WS=78404165;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:155,183:0.54:338
chr17	78444658	rs12943620	T	G	4229.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=80;NR=41;PP=2241;SC=TGGTGGCCCCTCCGTAGATCT;SOR=1.250;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=122;TCF=81;TCR=41;TR=121;WE=78444666;WS=78444648;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,163:1.00:163
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chr17	78445702	rs1131609	A	G	10795.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=405;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=115;NR=146;PP=2965;SC=ACAAAAGGCAACTTGGCCACC;SOR=0.907;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=261;TCF=115;TCR=146;TR=261;WE=78445710;WS=78445692;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,399:1.00:399
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chr17	78681520	rs9900445	A	G	806.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-1.364;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.163;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=6;PP=448;ReadPosRankSum=1.057;SC=GGAGAAACTCAGAGCCATGTG;SOR=1.045;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=49;TCF=36;TCR=13;TR=28;WE=78681528;WS=78681510;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,37:0.64:58
chr17	78681590	rs2306690	A	G	3612.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=54;NR=39;PP=1771;SC=ATGAGTTCCAAGCATTCCCTG;SOR=0.990;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=94;TCF=55;TCR=39;TR=93;WE=78681598;WS=78681580;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,136:1.00:136
chr17	78704240	rs12946115	A	C	1570.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-1.844;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.241;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=18;PP=913;ReadPosRankSum=0.213;SC=ATAAAGGCTAACTCAGCGTCT;SOR=0.580;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=134;TCF=96;TCR=38;TR=58;WE=78704248;WS=78704230;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:109,77:0.41:186
chr17	78727734	rs12944923	T	C	3476.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.929;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=353;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.037;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=89;NR=42;PP=2109;ReadPosRankSum=-0.307;SC=CCTTCTGTGTTACAGCTGCAG;SOR=0.542;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=279;TCF=196;TCR=83;TR=131;WE=78727742;WS=78727724;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:187,162:0.46:349
chr17	78765219	rs4969429	A	G	2774.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-2.559;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=330;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.418;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=74;NR=42;PP=1494;ReadPosRankSum=-0.779;SC=TGTTCCATTCATGCCGTTCAC;SOR=0.650;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=246;TCF=160;TCR=86;TR=116;WE=78765227;WS=78765209;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:177,144:0.45:321
chr17	78795868	rs9911574	A	G	2931.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-4.553;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=356;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.464;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=100;NR=28;PP=1841;ReadPosRankSum=-0.423;SC=GCCGTGCGCCAAGCTTCTGCT;SOR=0.756;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=295;TCF=229;TCR=66;TR=128;WE=78795876;WS=78795858;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:193,148:0.43:341
chr17	78820212	rs3829572	G	A	11285.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.794;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=443;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=175;NR=112;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.962;SC=GGCAGGGGTGGGCAAGACCAG;SOR=1.050;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=289;TCF=176;TCR=113;TR=287;WE=78820220;WS=78820202;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,421:1.00:423
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chr17	78829375	rs12943041	G	A	1059.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-1.809;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.443;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=29;PP=695;ReadPosRankSum=1.757;SC=TAACCTGGGGGCTGAGGGAGG;SOR=0.388;SbPval=0.2;Source=Platypus;TC=110;TCF=35;TCR=75;TR=49;WE=78829383;WS=78829365;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,53:0.38:140
chr17	78854056	rs6420478	A	G	1475.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=0.357;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.594;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=17;PP=842;ReadPosRankSum=-1.753;SC=GTCTGCAGGCACCGGCTGCAG;SOR=0.753;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=161;TCF=118;TCR=43;TR=63;WE=78854064;WS=78854046;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:112,76:0.40:188
chr17	78857700	rs61753566	G	A	5695.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.157;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=669;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.524;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=109;NR=93;PP=2833;ReadPosRankSum=-0.208;SC=ACTTCGACTCGGCGAGGTGGT;SOR=0.767;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=418;TCF=221;TCR=197;TR=202;WE=78857708;WS=78857690;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:371,291:0.44:662
chr17	78865546	rs2289764	T	C	2303.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.711;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=314;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.919;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=35;PP=880;ReadPosRankSum=1.070;SC=TGAGTCATCTTGTGGTTCAGT;SOR=0.570;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=193;TCF=109;TCR=84;TR=77;WE=78865554;WS=78865536;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:185,126:0.41:311
chr17	78865630	rs2289765	A	G	1886.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.182;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=270;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=41;PP=993;ReadPosRankSum=0.175;SC=CTTCTCCAGCAACCACAGGTA;SOR=0.677;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=173;TCF=67;TCR=106;TR=68;WE=78865638;WS=78865620;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:165,102:0.38:267
chr17	78867733	rs3751943	A	G	3805.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.992;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=534;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.557;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=105;PP=2229;ReadPosRankSum=0.919;SC=AGAGCAGCACAGACCTGTGTC;SOR=0.754;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=409;TCF=145;TCR=264;TR=161;WE=78867741;WS=78867723;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:320,198:0.38:518
chr17	78897146	rs2271607	T	C	3276.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.934;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=267;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.613;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=87;NR=35;PP=1801;ReadPosRankSum=-0.184;SC=TCGGGAGCCATGATGGCATGC;SOR=0.826;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=211;TCF=151;TCR=60;TR=122;WE=78897154;WS=78897136;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:118,145:0.55:263
chr17	78897561	rs6565491	C	T	3616.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-6.957;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=259;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=112;PP=2383;ReadPosRankSum=-0.441;SC=AGGCTGCTCACATCACCATGG;SOR=0.699;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=231;TCF=38;TCR=193;TR=133;WE=78897569;WS=78897551;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:102,152:0.60:254
chr17	78919324	rs28403145	G	A	1536.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=2.799;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.799;HP=1;HapScore=3;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-4.413;NF=26;NR=4;PP=2168;ReadPosRankSum=1.284;SC=CCTGGGAGGCGGAGCTTGCAG;SOR=1.581;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=64;TCF=52;TCR=12;TR=30;WE=78919357;WS=78919314;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,40:0.52:77
chr17	78919327	rs68078977	GCTTGCAGTGAGC	G	1644.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=0.116;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.096;HP=1;HapScore=3;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-4.039;NF=21;NR=5;PP=2954;ReadPosRankSum=1.078;SC=GGGAGGCGGAGCTTGCAGTGA;SOR=1.445;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=63;TCF=47;TCR=16;TR=26;WE=78919357;WS=78919314;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,42:0.47:89
chr17	78919349	rs8080910	A	G	1914.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-2.983;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.839;HP=3;HapScore=3;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-3.668;NF=41;NR=14;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.445;SC=CCAAGATTGCACCACTGCACT;SOR=1.053;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=102;TCF=76;TCR=26;TR=55;WE=78919357;WS=78919314;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,57:0.51:112
chr17	78935197	rs9899178	C	T	3090.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.854;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=290;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.438;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=40;PP=1242;ReadPosRankSum=-0.439;SC=CCTACAGCCGCGTCATGACGT;SOR=0.749;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=177;TCF=101;TCR=76;TR=92;WE=78935205;WS=78935187;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:129,151:0.54:280
chr17	78937925	rs3751938	C	T	1509.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=76;NR=15;PP=2311;SC=CCGGCATTTCCGGGCCTGAGG;SOR=1.519;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=94;TCF=77;TCR=17;TR=91;WE=78937933;WS=78937915;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr17	78938011	rs3751937	C	A	1777.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-7.018;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=310;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.650;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=61;PP=1745;ReadPosRankSum=-0.040;SC=CCGCCCCCCGCAGTGTCTGCC;SOR=1.063;SbPval=0.99;Source=Platypus;TC=237;TCF=112;TCR=125;TR=83;WE=78938019;WS=78937993;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:168,138:0.45:306
chr17	78938204	rs3751936	G	C	3576.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.555;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=396;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.800;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=79;PP=1917;ReadPosRankSum=-1.005;SC=GGGGCACGGGGCGTCGGCTGC;SOR=0.636;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=272;TCF=89;TCR=183;TR=117;WE=78938212;WS=78938194;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:215,170:0.44:385
chr17	78968524	rs56236825	C	T	3368.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.320;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.427;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=-0.131;NF=22;NR=99;PP=2248;ReadPosRankSum=-1.107;SC=GGCACCCTGTCGGCTGGGGTG;SOR=0.278;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=136;TCF=26;TCR=110;TR=121;WE=78968532;WS=78968514;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,132:0.97:136
chr17	78972326	rs10871491	A	G	2954.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=26;NR=47;PP=1441;SC=GGCCGTGGGCAAGCCCTGCTG;SOR=1.138;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=73;TCF=26;TCR=47;TR=73;WE=78972334;WS=78972316;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr17	79006850	rs11870986	T	C	11389.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.275;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=926;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.116;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=155;NR=166;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.104;SC=GCAGGCCAGCTCAGGAAGTAA;SOR=0.712;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=542;TCF=269;TCR=273;TR=321;WE=79006858;WS=79006840;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:384,537:0.58:921
chr17	79007075	rs11150764	C	A	8800.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=326;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=80;NR=126;PP=2965;SC=TTCCTCCAGGCGAGCAGAGCT;SOR=1.045;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=209;TCF=83;TCR=126;TR=206;WE=79007083;WS=79007065;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,321:1.00:321
chr17	79009061	rs8068528	C	T	5456.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-3.132;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=668;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=68;NR=73;PP=1864;ReadPosRankSum=2.123;SC=GACCATGTCTCTGTCTCGCTC;SOR=0.681;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=355;TCF=177;TCR=178;TR=141;WE=79009069;WS=79009051;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:369,290:0.44:659
chr17	79009153	rs8073224	T	C	7218.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=309;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.72;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,292:1.00:292
chr17	79010533	rs4969350	G	A	5349.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=105;NR=45;PP=2965;SC=GGGGTTGTTAGGTTTGGTTTC;SOR=1.467;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=151;TCF=106;TCR=45;TR=150;WE=79010541;WS=79010523;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,193:1.00:193
chr17	79010839	rs6565527	A	C	995.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=30;PP=739;SC=ACCGGGCAGTAGGCCTTCACC;SOR=3.855;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=31;TCF=1;TCR=30;TR=31;WE=79010847;WS=79010829;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr17	79031773	.	ACCCC	A	1426.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=99;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.11;QD=33.18;SOR=5.058;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,41:0.95:43
chr17	79031825	rs9898347	G	A	1287.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=94;PP=2921;SC=GGCAGCTCTGGGGCCCTGTCC;SOR=5.994;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=96;TCF=0;TCR=96;TR=94;WE=79031833;WS=79031815;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr17	79060287	rs11539642	C	T	2734.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.923;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=430;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=54;PP=1224;ReadPosRankSum=-0.560;SC=GCAAAGGCGACGCCCTGGACA;SOR=0.672;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=278;TCF=125;TCR=153;TR=99;WE=79060295;WS=79060277;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:275,152:0.36:427
chr17	79077957	rs34057293	T	C	10046.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=367;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=86;NR=202;PP=2965;SC=ACGTGCCTCCTCAGACCCTAC;SOR=1.569;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=290;TCF=87;TCR=203;TR=288;WE=79077965;WS=79077947;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,355:1.00:355
chr17	79077980	rs57792378	A	C	7155.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=256;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=57;NR=163;PP=2965;SC=TCATGCCACAACCCTCAATAG;SOR=1.924;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=220;TCF=57;TCR=163;TR=220;WE=79077988;WS=79077970;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,251:1.00:251
chr17	79078610	rs72854146	A	G	929.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.697;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.465;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=31;PP=736;ReadPosRankSum=-0.122;SC=TTGTGTTTAGAGTGGCTGTGC;SOR=1.193;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=57;TCF=11;TCR=46;TR=36;WE=79078618;WS=79078600;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,40:0.61:66
chr17	79082081	rs7502590	A	G	1538.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-1.421;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=15;PP=986;ReadPosRankSum=-0.808;SC=TTGGGCAGTCATTACTTTACC;SOR=0.765;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=120;TCF=92;TCR=28;TR=65;WE=79082089;WS=79082071;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,73:0.53:139
chr17	79084574	rs56084168	C	T	3202.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=3.588;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=224;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.595;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=84;NR=18;PP=2053;ReadPosRankSum=-0.396;SC=CAGGGAGAGCCAGAGCCCCAG;SOR=0.784;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=178;TCF=143;TCR=35;TR=102;WE=79084582;WS=79084564;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:89,129:0.59:218
chr17	79089428	rs12450670	A	C	3501.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=74;NR=27;PP=2372;SC=AAAGCAGCGTATATTGTCTGT;SOR=1.792;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=102;TCF=74;TCR=28;TR=101;WE=79089436;WS=79089418;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr17	79089590	rs4969391	A	G	4906.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-2.415;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=484;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.516;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=76;NR=74;PP=1952;ReadPosRankSum=-0.821;SC=GCCCACGTCCAGCTGAAGCCG;SOR=0.668;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=290;TCF=141;TCR=149;TR=150;WE=79089598;WS=79089580;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:232,249:0.52:481
chr17	79093142	rs144250320	C	CCGCGTGCCCTACCTCT	2590.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.433;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FS=4.054;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.02;MQRankSum=6.110;QD=15.51;ReadPosRankSum=2.130;SOR=1.052;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:111,56:0.34:167
chr17	79093427	rs62073018	C	T	1502.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=35;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=8;NR=35;PP=987;SC=CCTGGGACCCCGGCCCGGCCC;SOR=2.215;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=43;TCF=8;TCR=35;TR=43;WE=79093435;WS=79093417;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr17	79093447	.	AGTCACGGGCCCAGGCCCCGCCTCCCATCAT	A	1513	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;FR=0.5000;HP=1;HapScore=1;MGOF=23;MMLQ=23;MQ=61.6;NF=0;NR=7;PP=1513;QD=221.142857143;SC=CCGCTCCCACAGTCACGGGCC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=27;TCF=2;TCR=25;TR=7;WE=79093484;WS=79093437;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:20,7:0.26:27
chr17	79095144	rs8073904	G	A	2625.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.257;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=334;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.109;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=52;PP=1344;ReadPosRankSum=-0.229;SC=AGGTGGCCTCGGCCGTGTCCT;SOR=0.905;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=238;TCF=114;TCR=124;TR=92;WE=79095152;WS=79095134;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:195,130:0.40:325
chr17	79095629	rs7503604	C	A	3819.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.630;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=286;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.469;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=42;PP=1749;ReadPosRankSum=-1.334;SC=TCAGCGTGGCCGCCCGCAGAG;SOR=0.595;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=178;TCF=106;TCR=72;TR=103;WE=79095637;WS=79095619;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:110,172:0.61:282
chr17	79098838	rs141491493	GGCAGGGTGA	G	5861.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=10;NR=65;PP=2988;SC=CAGGGGCAGGGGCAGGGTGAG;SOR=0.953;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=100;TCF=16;TCR=84;TR=75;WE=79098854;WS=79098828;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,136:1.00:136
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chr17	79139473	rs2659034	C	G	8207.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=0.272;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1086;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.125;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=115;NR=164;PP=2962;ReadPosRankSum=1.218;SC=CCCTCCGTGCCCCAGTTACCT;SOR=0.803;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=679;TCF=287;TCR=392;TR=279;WE=79139481;WS=79139463;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:643,432:0.40:1075
chr17	79140505	rs12946891	C	G	1322.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.538;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.027;HP=6;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=12;PP=472;ReadPosRankSum=-0.780;SC=GCCGCCCCCCCACCCCATGCC;SOR=0.542;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=111;TCF=74;TCR=37;TR=36;WE=79140513;WS=79140495;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:95,70:0.42:165
chr17	79155116	rs906180	A	G	5580.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-2.420;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=837;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.553;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=78;NR=121;PP=2754;ReadPosRankSum=-0.034;SC=TGCTGCCCACAGACATGAGAC;SOR=0.606;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=548;TCF=205;TCR=343;TR=199;WE=79155124;WS=79155106;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:527,299:0.36:826
chr17	79163649	rs2292182	G	A	3064.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=-1.123;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=434;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=41;PP=1265;ReadPosRankSum=-0.905;SC=GCAGCCTGCAGCACACCCACA;SOR=0.739;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=224;TCF=122;TCR=102;TR=92;WE=79163657;WS=79163639;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:258,167:0.39:425
chr17	79165171	rs869370	G	A	5451.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=3.773;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=595;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.279;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=125;PP=2962;ReadPosRankSum=0.384;SC=GTTGCCACCCGGAGCCGGCCC;SOR=0.942;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=425;TCF=162;TCR=263;TR=189;WE=79165179;WS=79165161;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:328,259:0.44:587
chr17	79171805	rs7225364	C	A	692.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-2.316;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=21;PP=450;ReadPosRankSum=-0.656;SC=TGACTAAAGCCAGGAGGAGCC;SOR=0.582;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=78;TCF=17;TCR=61;TR=28;WE=79171813;WS=79171795;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,33:0.36:92
chr17	79171967	rs2659016	A	G	5254.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.63;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=72;NR=31;PP=2056;SC=GCGGGGCAGCACGTCCGGCTC;SOR=1.225;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=103;TCF=72;TCR=31;TR=103;WE=79171975;WS=79171957;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,202:1.00:202
chr17	79173184	rs2659015	T	C	7788.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=289;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=118;NR=70;PP=2965;SC=CTCTCACCAGTATTGTTGGCC;SOR=1.116;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=188;TCF=118;TCR=70;TR=188;WE=79173192;WS=79173174;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,285:1.00:285
chr17	79173224	rs2725419	T	C	10658.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=416;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=125;NR=113;PP=2965;SC=TGCCGCCTGGTGTGGGGGACA;SOR=0.753;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=238;TCF=125;TCR=113;TR=238;WE=79173232;WS=79173214;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,408:1.00:408
chr17	79173398	rs906176	A	G	1147.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.164;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.759;HP=4;HapScore=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=22;ReadPosRankSum=0.016;SC=GGACGACCCCAGGCTCCACAG;SOR=0.569;Source=Platypus;TCF=37;TR=41;WE=79173406;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,51:0.52:99
chr17	79173462	rs906175	C	T	1289.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.419;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.746;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=18;PP=825;ReadPosRankSum=2.006;SC=CAGCAGCAGCCCCGCACGGTC;SOR=0.566;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=88;TCF=56;TCR=32;TR=44;WE=79173470;WS=79173452;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,52:0.49:106
chr17	79174221	rs2466773	T	C	5687.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=56;NR=80;PP=2371;SC=ATGGTGACAGTGGCCTGGTTC;SOR=0.959;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=137;TCF=57;TCR=80;TR=136;WE=79174229;WS=79174211;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,218:1.00:218
chr17	79176010	.	G	GC	912.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.886;ClippingRankSum=0.000;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=23.175;HP=9;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.989;NF=8;NR=39;PP=755;ReadPosRankSum=0.538;SC=CTAGGCTCAGGCCCCCCCCCA;SOR=3.022;SbPval=0.99;Source=Platypus;TC=100;TCF=35;TCR=65;TR=47;WE=79176018;WS=79176000;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,44:0.52:84
chr17	79180369	rs55844247	C	G	3548.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-5.995;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=292;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.682;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=109;NR=31;PP=2165;ReadPosRankSum=-0.401;SC=TGCAAGACGCCACCTGGCAGC;SOR=0.431;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=259;TCF=204;TCR=55;TR=140;WE=79180377;WS=79180359;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:121,164:0.58:285
chr17	79180775	rs2256881	A	G	9778.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=340;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=188;NR=98;PP=2965;SC=TCCCATACAGACAGGTGGATG;SOR=1.395;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=287;TCF=188;TCR=99;TR=286;WE=79180783;WS=79180765;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,327:1.00:327
chr17	79182667	rs9896314	A	G	2596.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=62;NR=15;PP=1621;SC=GGAGCAGGCCAGGGTGGGGCA;SOR=2.184;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=77;TCF=62;TCR=15;TR=77;WE=79182675;WS=79182657;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr17	79182778	rs62075318	T	C	2648.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.775;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=315;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.418;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=38;PP=1172;ReadPosRankSum=0.555;SC=TGTTGGATCTTCTAAGGTTGT;SOR=0.648;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=220;TCF=124;TCR=96;TR=86;WE=79182786;WS=79182768;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:176,133:0.43:309
chr17	79202956	rs2048057	T	C	6031.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.256;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=791;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.527;HP=5;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=103;NR=96;PP=2573;ReadPosRankSum=0.564;SC=CCGTGCCCCCTGGGATCCGTT;SOR=0.717;SbPval=0.23;Source=Platypus;TC=530;TCF=240;TCR=290;TR=199;WE=79202964;WS=79202945;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:453,317:0.41:770
chr17	79204661	rs12937612	C	G	487.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-1.183;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.793;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=10;PP=265;ReadPosRankSum=-0.251;SC=CCAGACACCACAGCCCTGTCC;SOR=0.287;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=35;TCF=11;TCR=24;TR=16;WE=79204669;WS=79204651;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,22:0.50:44
chr17	79213141	rs74778772	C	T	427.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-3.144;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.682;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=12;PP=261;ReadPosRankSum=-0.249;SC=TGGCGGCCTCCAGGGGGCTGG;SOR=0.223;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=18;TCF=3;TCR=15;TR=15;WE=79213149;WS=79213131;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,19:0.83:23
chr17	79213305	rs2659009	G	A	387.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.013;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.750;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=3;PP=260;ReadPosRankSum=-0.061;SC=CGGGGAGGTGGCTGGGAGGGA;SOR=1.747;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=42;TCF=31;TCR=11;TR=17;WE=79213313;WS=79213295;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,21:0.39:54
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chr17	79226362	rs3803767	G	A	12588.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.350;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1077;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=182;NR=188;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.141;SC=TTCCGCCCGCGTGTCTGGATG;SOR=0.669;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=653;TCF=319;TCR=334;TR=370;WE=79226370;WS=79226352;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:452,600:0.57:1052
chr17	79227075	rs72860029	C	G	4007.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.644;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=370;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.260;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=81;PP=2235;ReadPosRankSum=2.399;SC=ACTGCACTGCCAAGCAGCTCC;SOR=0.619;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=236;TCF=89;TCR=147;TR=134;WE=79227083;WS=79227065;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:172,188:0.52:360
chr17	79233877	rs150219837	A	C	2452.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.764;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.147;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=30;PP=1427;ReadPosRankSum=-0.361;SC=GCCATGGTGCACAGAGCATGT;SOR=0.579;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=166;TCF=113;TCR=53;TR=92;WE=79233885;WS=79233867;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:93,114:0.55:207
chr17	79244802	rs2292184	T	C	6242.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-1.255;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=516;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.113;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=90;NR=73;PP=2212;ReadPosRankSum=-2.390;SC=TGGTCGCTCCTGTGAGGCCCA;SOR=0.592;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=294;TCF=167;TCR=127;TR=163;WE=79244810;WS=79244792;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:212,299:0.59:511
chr17	79244950	rs111873357	C	T	1993.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=2.047;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.938;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=49;PP=1177;ReadPosRankSum=1.918;SC=AGGCGTGAGCCGGGAGCAGAG;SOR=0.546;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=141;TCF=39;TCR=102;TR=69;WE=79244958;WS=79244940;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:92,91:0.50:183
chr17	79246270	rs3841622	G	GC	1294.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-1.788;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.142;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=5;PP=645;ReadPosRankSum=-1.728;SC=TGATGCCGAAGCCCCGGGTCC;SOR=0.455;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=51;TCF=37;TCR=14;TR=20;WE=79246278;WS=79246260;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,50:0.61:82
chr17	79249922	.	G	A	7081.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=2.075;ClippingRankSum=0.000;DP=855;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.527;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=102;NR=103;PP=2962;ReadPosRankSum=0.078;SC=CCGTGGCCTCGGTGAAGCTGA;SOR=0.628;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=516;TCF=251;TCR=265;TR=205;WE=79249930;WS=79249912;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:494,357:0.42:851
chr17	79249997	rs9898133	C	T	6221.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.349;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=520;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=74;NR=121;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.921;SC=GACATCCTAGCCGAGTGGCAC;SOR=0.741;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=337;TCF=128;TCR=209;TR=195;WE=79250005;WS=79249987;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:229,288:0.56:517
chr17	79255912	rs7213540	C	T	11840.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.427;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=458;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=226;NR=113;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.123;SC=GACCTGGGCACGAGCCTGCTG;SOR=0.547;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=341;TCF=228;TCR=113;TR=339;WE=79255920;WS=79255902;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,442:1.00:443
chr17	79258615	rs80261071	G	A	3744.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.131;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=301;ExcessHet=3.0103;FS=44.897;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.05;ReadPosRankSum=-1.317;SOR=0.056;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:102,185:0.64:287
chr17	79258787	rs8077394	A	G	14404.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.222;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=539;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=130;NR=221;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.821;SC=GGGCGATTTCACAGAAACCCA;SOR=0.406;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=353;TCF=130;TCR=223;TR=351;WE=79258795;WS=79258777;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,532:1.00:533
chr17	79268562	rs8064597	A	G	3953.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-1.558;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=328;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=80;NR=60;PP=1990;ReadPosRankSum=1.490;SC=AGGACGACCCAGCCAGACGCC;SOR=0.684;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=223;TCF=130;TCR=93;TR=140;WE=79268570;WS=79268552;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:125,192:0.61:317
chr17	79372928	.	A	AGT,AGTGT	4401.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.386;ClippingRankSum=0.000;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=13,13;NR=37,37;PP=312,1804;ReadPosRankSum=-2.262;SC=TGTGCGTGTGAGTGTGTGTGT;SOR=0.573;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=72;TCF=19;TCR=53;TR=50,50;WE=79372937;WS=79372918;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.16,0.75:145
chr17	79373203	rs182760976	C	A	10499.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=4.276;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=379;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=49.449;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=317;NR=19;PP=2965;ReadPosRankSum=0.868;SC=CCCCGCCACCCGGCCTGGCCG;SOR=5.250;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=400;TCF=318;TCR=82;TR=336;WE=79373211;WS=79373193;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:6,368:0.98:374
chr17	79380614	rs12450346	C	T	1810.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-3.274;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.773;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=15;PP=1066;ReadPosRankSum=0.317;SC=ATGAGGTCGGCGCGGGGTTTG;SOR=0.595;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=103;TCF=79;TCR=24;TR=63;WE=79380622;WS=79380604;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,78:0.61:127
chr17	79384819	rs4969436	A	G	1370.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.265;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.540;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=21;PP=802;ReadPosRankSum=1.118;SC=TGTTGTCCATATGTCTGTGTG;SOR=0.768;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=146;TCF=91;TCR=55;TR=57;WE=79384827;WS=79384809;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:132,74:0.36:206
chr17	79385044	rs56931525	C	T	901.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-1.564;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.978;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=26;PP=532;ReadPosRankSum=-1.535;SC=TCGCCACCCCCAGTTGAGCAG;SOR=1.134;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=82;TCF=24;TCR=58;TR=33;WE=79385052;WS=79385034;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,43:0.42:103
chr17	79385306	rs146875944	GCCTGCCTGCCTTCCTTCCTT	G	1416.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.643;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.648;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=3.549;NF=25;NR=52;PP=2994;ReadPosRankSum=2.855;SC=CTGCCTGCCTGCCTGCCTGCC;SOR=0.469;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=97;TCF=31;TCR=66;TR=77;WE=79385337;WS=79385292;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:98,45:0.31:143
chr17	79385314	.	GCCTT	G	957.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.108;ClippingRankSum=0.000;DP=201;ExcessHet=3.0103;FS=2.694;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=62.81;MQRankSum=-4.273;QD=6.94;ReadPosRankSum=1.681;SOR=0.424;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:101,37:0.27:138
chr17	79386952	rs730209	A	G	7722.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=2.867;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=682;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=30;MQRankSum=0.000;NF=94;NR=156;PP=2962;ReadPosRankSum=0.768;SC=ACGCTCCCCAACCCCAGAGTG;SOR=0.693;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=472;TCF=175;TCR=297;TR=250;WE=79386960;WS=79386936;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:314,358:0.53:672
chr17	79389251	rs9897258	C	T	3376.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.083;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=404;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.531;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=67;NR=47;PP=1571;ReadPosRankSum=0.324;SC=GTAACGCGAGCGCGAGGCCCC;SOR=0.761;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=257;TCF=147;TCR=110;TR=114;WE=79389259;WS=79389241;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:229,172:0.43:401
chr17	79389411	rs11655888	C	T	2353.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.121;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=62;PP=1478;ReadPosRankSum=1.377;SC=GAGCCAACCTCGTTTTGGGAG;SOR=0.705;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=149;TCF=43;TCR=106;TR=89;WE=79389419;WS=79389401;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,111:0.55:201
chr17	79389486	rs11870740	G	A	369.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.605;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=1.481;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.70;ReadPosRankSum=-0.140;SOR=0.392;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,18:0.38:48
chr17	79390260	rs151241907	G	GGT,GGTGTGT	2156.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=-1.760;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=255;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=1.973;HP=2;HapScore=3;MGOF=67;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=21;MQRankSum=-1.092;NF=29,29;NR=77,77;PP=1193,1394;ReadPosRankSum=0.693;SC=GTCCATTGAGGGTGTGTGTGT;SOR=1.026;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=130;TCF=31;TCR=99;TR=106,106;WE=79390285;WS=79390244;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.41,0.40:123
chr17	79390298	.	T	TGCGTGTGCGCGTGTGTGTCCATGAAAATGGGTGTGTGCATGTGTATGTCCATGAGGATGGGTGTGTGC,TGCGTGTGCGCGTGTGTGTCCATGAAAATGGGTGTGTGCATGTGTGTGCATGTGTATGTCCATGAGGATGGGTGTGTGC,TGC	13577.73	.	AC=1,1,0;AF=0.500,0.500,0.00;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=0.618;ClippingRankSum=0.000;DP=418;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.990;HP=2;HapScore=1;MGOF=52;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.454;NF=67;NR=98;PP=2971;ReadPosRankSum=1.029;SC=GATGGGTGTGTGCATGTGTGC;SOR=2.584;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=193;TCF=80;TCR=113;TR=165;WE=79390314;WS=79390288;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.50,0.48:109
chr17	79390370	rs36169187	CGT	C	10484.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=0.466;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=667;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.735;HP=2;HapScore=1;MGOF=36;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=98;PP=2982;ReadPosRankSum=-1.022;SC=GGTGTATGTGCGTGTGTGTGT;SOR=0.828;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=258;TCF=88;TCR=170;TR=139;WE=79390379;WS=79390353;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:314,330:0.51:644
chr17	79390508	rs35463915	C	T	3592.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.721;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=318;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.250;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=77;PP=1839;ReadPosRankSum=1.106;SC=CTGGCCATCCCGAGCCTGCAC;SOR=0.520;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=225;TCF=71;TCR=154;TR=117;WE=79390516;WS=79390498;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:142,165:0.54:307
chr17	79395814	rs57878731	AT	A,ATT	3970.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.585;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=336;ExcessHet=3.0103;FS=4.386;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.06;MQRankSum=0.326;QD=14.49;ReadPosRankSum=-0.382;SOR=1.235;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:22,156,96:0.57,0.35:274
chr17	79409189	rs12952981	G	A	3050.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.448;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=260;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.783;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=51;PP=1504;ReadPosRankSum=1.039;SC=ACCCCGAGGGGCCTGCGAGGG;SOR=0.890;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=172;TCF=78;TCR=94;TR=88;WE=79409197;WS=79409179;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:113,140:0.55:253
chr17	79409309	rs12938890	A	G	6808.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=256;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=83;NR=90;PP=2965;SC=GCGGCCTGGCACGGGGGTGGT;SOR=0.757;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=173;TCF=83;TCR=90;TR=173;WE=79409317;WS=79409299;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,256:1.00:256
chr17	79409434	rs12939225	A	G	3226.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.993;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=314;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.416;HP=7;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=43;PP=1633;ReadPosRankSum=-0.106;SC=ACGCCGGGCCACCCCCGCCCC;SOR=0.736;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=200;TCF=116;TCR=84;TR=106;WE=79409442;WS=79409424;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:149,157:0.51:306
chr17	79409710	rs12943867	G	A	11178.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.738;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=970;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.745;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=177;NR=133;PP=2962;ReadPosRankSum=0.516;SC=CCCACCTGAAGGCCGAGGGCA;SOR=0.814;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=615;TCF=336;TCR=279;TR=310;WE=79409718;WS=79409700;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:445,510:0.53:955
chr17	79411662	rs11655860	G	A	4466.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=0.935;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=395;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.464;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=49;PP=1826;ReadPosRankSum=-2.693;SC=CCGAGAGTGCGAGGCCTGACC;SOR=0.516;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=218;TCF=125;TCR=93;TR=107;WE=79411670;WS=79411652;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:177,211:0.54:388
chr17	79414307	rs7213444	A	G	11915.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=5.731;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=976;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.123;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=125;NR=208;PP=2962;ReadPosRankSum=1.262;SC=CCCCTACCCTACCGAGCGGGG;SOR=0.809;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=610;TCF=240;TCR=370;TR=333;WE=79414315;WS=79414297;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:431,531:0.55:962
chr17	79414897	rs11650750	C	A	2531.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.285;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=255;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.410;HP=5;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=69;PP=1587;ReadPosRankSum=1.205;SC=GTTGCCGCCACCCCCCAGAGT;SOR=1.130;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=198;TCF=65;TCR=133;TR=96;WE=79414905;WS=79414887;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:125,118:0.49:243
chr17	79414914	rs10871497	A	G	2289.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-1.007;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.027;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=61;PP=1456;ReadPosRankSum=-1.120;SC=GAGTCCCAGCAGTGGGACCCA;SOR=0.908;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=155;TCF=41;TCR=114;TR=80;WE=79414922;WS=79414904;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,99:0.54:185
chr17	79418260	rs6565571	A	G	3466.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.249;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=295;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.466;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=74;PP=1975;ReadPosRankSum=0.520;SC=GCTTCCGTGCACGAGGCCTCA;SOR=0.593;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=206;TCF=72;TCR=134;TR=118;WE=79418268;WS=79418250;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:126,158:0.56:284
chr17	79418599	rs28576195	C	T	3857.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-3.833;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=276;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=81;NR=47;PP=1964;ReadPosRankSum=-0.269;SC=GTCTTCAAGGCTGGGTGGCTT;SOR=0.679;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=198;TCF=126;TCR=72;TR=128;WE=79418607;WS=79418589;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:93,179:0.66:272
chr17	79419025	rs35572189	G	A	4479.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=-0.541;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=331;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.428;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=76;PP=1984;ReadPosRankSum=0.625;SC=GCCATCGACCGGCTGGACACG;SOR=0.660;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=197;TCF=74;TCR=123;TR=121;WE=79419033;WS=79419015;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:112,212:0.65:324
chr17	79419159	rs142997686	TGGGAGGGTCGCAGCACCCCCACCCCC	T	720.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=1.545;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=13.248;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=9;PP=2917;ReadPosRankSum=-1.096;SC=CGGGGGGGCCTGGGAGGGTCG;SOR=3.126;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=2;TCR=18;TR=9;WE=79419192;WS=79419149;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,19:0.58:33
chr17	79422252	rs1478610	G	A	1744.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=2.353;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=11;PP=1152;ReadPosRankSum=-0.960;SC=TGGGGCGGCCGGGCCTGCATC;SOR=0.613;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=89;TCF=73;TCR=16;TR=60;WE=79422260;WS=79422242;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,73:0.66:111
chr17	79422289	rs1842041	C	T	3558.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.423;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=256;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.505;HP=4;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=75;NR=40;PP=1879;ReadPosRankSum=0.328;SC=CCCCATGCCCCCAGGGCGGTG;SOR=0.763;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=169;TCF=109;TCR=60;TR=115;WE=79422297;WS=79422279;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,156:0.65:241
chr17	79424516	rs12601317	A	G	5936.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=2.031;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=353;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.829;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=70;PP=1889;ReadPosRankSum=-2.644;SC=GCTGCTGCACACCGGGGCCAG;SOR=0.635;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=214;TCF=82;TCR=132;TR=115;WE=79424524;WS=79424506;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:155,187:0.55:342
chr17	79424537	rs34224936	C	T	4456.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.389;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=54;PP=1406;ReadPosRankSum=-2.197;SC=TGTGGCCGTGCTGGGGCCCTC;SOR=0.693;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=164;TCF=58;TCR=106;TR=83;WE=79424545;WS=79424527;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:117,117:0.50:234
chr17	79426021	rs34202212	GC	G	7922.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-2.077;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=484;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.104;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.855;NF=39;NR=109;PP=2964;ReadPosRankSum=-1.465;SC=AAGGGTGCCAGCCGCCTGGGG;SOR=0.785;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=287;TCF=85;TCR=202;TR=148;WE=79426029;WS=79426011;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:214,251:0.54:465
chr17	79426416	rs4969272	A	G	4019.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-1.767;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=294;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.455;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=93;PP=2671;ReadPosRankSum=0.750;SC=GGACAAAGGAAGGCCTTGGCC;SOR=0.757;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=249;TCF=94;TCR=155;TR=146;WE=79426424;WS=79426406;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:116,167:0.59:283
chr17	79426481	rs4969273	A	G	3666.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-3.100;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=264;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.457;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=69;NR=59;PP=2285;ReadPosRankSum=0.157;SC=GCCCTGGGCCAGGCCCCACCT;SOR=0.738;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=209;TCF=111;TCR=98;TR=128;WE=79426489;WS=79426471;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:105,158:0.60:263
chr17	79426708	rs1871235	C	G	2927.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-2.131;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=318;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.404;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=70;PP=1606;ReadPosRankSum=0.433;SC=AACAGCCTGGCTTCCGAGGCT;SOR=0.791;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=233;TCF=79;TCR=154;TR=106;WE=79426716;WS=79426698;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:168,140:0.45:308
chr17	79426756	rs11652589	C	T	1110.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=4.872;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=37;PP=837;ReadPosRankSum=0.667;SC=AGACAGAGTACGACAATAAAA;SOR=0.721;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=81;TCF=12;TCR=69;TR=42;WE=79426764;WS=79426746;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,45:0.51:89
chr17	79427258	rs72634331	G	A	551.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.149;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.867;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=5;PP=227;ReadPosRankSum=0.302;SC=TGTTTCGGGCGCCTACTGGGG;SOR=0.804;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=66;TCF=45;TCR=21;TR=20;WE=79427266;WS=79427242;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,32:0.39:83
chr17	79427822	rs3744148	C	T	3362.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.392;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=408;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.198;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=52;PP=1695;ReadPosRankSum=-1.927;SC=AGGCAGGGTCCGGGGAGGGGC;SOR=0.613;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=314;TCF=177;TCR=137;TR=118;WE=79427830;WS=79427812;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:231,166:0.42:397
chr17	79477898	rs375712138	GC	G	5976.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-0.482;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=565;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=81;PP=2418;ReadPosRankSum=2.721;SC=CTCACAGAGCGCCCCCCAGTC;SOR=0.715;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=223;TCF=47;TCR=176;TR=96;WE=79477906;WS=79477888;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:288,240:0.45:528
chr17	79478019	rs1139405	G	A	7511.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=264;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=88;NR=98;PP=2965;SC=CAATGCCCGGGTACATGGTGG;SOR=0.763;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=186;TCF=88;TCR=98;TR=186;WE=79478027;WS=79478009;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,263:1.00:263
chr17	79478870	rs9912403	CC	AT	5581.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=1.435;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=480;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.657;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=34;PP=2871;ReadPosRankSum=0.548;SC=AGAAATCAAGCCGGGCAGAAA;SOR=0.927;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=254;TCF=142;TCR=112;TR=86;WE=79478879;WS=79478860;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:323,157:0.33:480
chr17	79478916	rs9910792	G	T	12401.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=463;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=137;NR=113;PP=2965;SC=CACGGGCGTCGGCCGAGCCTC;SOR=0.802;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=250;TCF=137;TCR=113;TR=250;WE=79478924;WS=79478906;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,462:1.00:462
chr17	79479469	rs8064532	A	C	11177.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.785;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=916;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.780;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=142;NR=209;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.183;SC=TCCCGCGGGGAAGCCTCGGCC;SOR=0.548;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=623;TCF=239;TCR=384;TR=351;WE=79479477;WS=79479459;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:389,511:0.57:900
chr17	79495519	rs2075720	C	T	11403.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.022;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=425;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=212;NR=109;PP=2965;ReadPosRankSum=1.790;SC=ACTCAGAGGGCGCATCCCAGG;SOR=1.396;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=322;TCF=213;TCR=109;TR=321;WE=79495527;WS=79495509;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,415:1.00:417
chr17	79496190	rs75815349	G	A	5628.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.496;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=654;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.520;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=84;NR=103;PP=2769;ReadPosRankSum=-1.049;SC=CCTGCTACACGCTGGAGTTCA;SOR=0.740;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=439;TCF=200;TCR=239;TR=187;WE=79496198;WS=79496180;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:355,282:0.44:637
chr17	79497036	rs12937453	C	A	1020.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=3.833;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.972;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.259;NF=36;NR=4;PP=818;ReadPosRankSum=-0.343;SC=CGGGGTTTCACTGTGTTAGCC;SOR=1.325;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=70;TCF=63;TCR=7;TR=40;WE=79497044;WS=79497033;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,41:0.53:78
chr17	79502316	rs138055235	A	C	318.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=3.369;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.028;NF=0;NR=12;PP=227;ReadPosRankSum=1.559;SC=CACCATCCGCATCCCCATCTC;SOR=1.270;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=41;TCF=3;TCR=38;TR=12;WE=79502324;WS=79502306;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,15:0.33:46
chr17	79508400	rs14422	T	C	2167.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.204;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=347;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.402;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=27;PP=582;ReadPosRankSum=1.472;SC=GAGCCCTGGGTGGCCTGCTCT;SOR=0.753;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=200;TCF=101;TCR=99;TR=61;WE=79508408;WS=79508390;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:221,124:0.36:345
chr17	79508506	rs2228698	G	T	1027.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.636;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.984;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=30;PP=554;ReadPosRankSum=-0.723;SC=CCTCTCCCTCGAGCTGCCTGG;SOR=1.182;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=108;TCF=32;TCR=76;TR=38;WE=79508514;WS=79508496;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:124,59:0.32:183
chr17	79513881	rs369579337	TA	T	860.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.154;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=281;ExcessHet=3.0103;FS=2.628;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.19;MQRankSum=2.970;QD=3.36;ReadPosRankSum=0.527;SOR=0.519;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:153,103:0.40:256
chr17	79514028	rs74818865	C	G	3755.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-2.728;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=409;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-1.588;NF=65;NR=51;PP=1678;ReadPosRankSum=0.914;SC=CGCAGGGAGGCGGGTCCTGCT;SOR=0.674;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=288;TCF=161;TCR=127;TR=116;WE=79514036;WS=79514018;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:218,183:0.46:401
chr17	79514678	.	T	G	14492.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.281;ClippingRankSum=0.000;DP=1300;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.728;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=200;NR=214;PP=2962;ReadPosRankSum=3.580;SC=GTTCCGCTGGTCAACCGCCTT;SOR=0.628;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=794;TCF=404;TCR=390;TR=414;WE=79514686;WS=79514668;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:600,683:0.53:1283
chr17	79526569	rs4076819	C	G	780.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-1.093;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.275;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=23;PP=521;ReadPosRankSum=0.011;SC=CAGTGCTGGTCCTGCCCACAC;SOR=1.106;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=50;TCF=13;TCR=37;TR=29;WE=79526577;WS=79526559;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,32:0.60:53
chr17	79539209	rs6565598	A	T	594.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.279;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FS=4.217;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.13;ReadPosRankSum=-1.676;SOR=1.194;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:105,39:0.27:144
chr17	79539213	rs117824378	T	A	1404.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.443;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FS=0.655;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.82;ReadPosRankSum=5.957;SOR=0.813;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:76,67:0.47:143
chr17	79567610	rs7213849	C	T	839.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-4.339;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.746;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=21;PP=441;ReadPosRankSum=-1.646;SC=ATGCGACACGCCTCCCGGCTT;SOR=0.116;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=48;TCF=5;TCR=43;TR=24;WE=79567618;WS=79567600;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,36:0.59:61
chr17	79573860	rs10695650	C	CTTAA	8089.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=8;NR=71;PP=2918;SC=AGAGAAGCAACTTAAACATCA;SOR=1.316;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=93;TCF=8;TCR=85;TR=79;WE=79573868;WS=79573850;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,181:1.00:181
chr17	79577127	rs8077038	T	G	1705.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=3.084;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=10;PP=1269;ReadPosRankSum=-1.738;SC=GTAAGTTCTTTGAACCACTCA;SOR=0.696;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=102;TCF=87;TCR=15;TR=60;WE=79577135;WS=79577117;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,67:0.54:124
chr17	79580457	rs17852306	C	A	3093.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=3.159;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=389;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.984;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=74;PP=1709;ReadPosRankSum=-1.488;SC=GTGGAACTGACGTCTCCATTT;SOR=1.008;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=260;TCF=85;TCR=175;TR=104;WE=79580465;WS=79580447;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:233,154:0.40:387
chr17	79603831	rs9895741	A	G	2758.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=40;NR=28;PP=1389;SC=GCGAGAGAAGAGAAAGGGGCC;SOR=1.000;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=69;TCF=40;TCR=29;TR=68;WE=79603839;WS=79603821;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr17	79604477	rs60716083	GT	G	3171.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.859;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=646;ExcessHet=3.0103;FS=5.123;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.05;MQRankSum=1.834;QD=6.12;ReadPosRankSum=-1.675;SOR=1.031;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:289,229:0.44:518
chr17	79604494	rs28660208	T	C	6665.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.764;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=485;ExcessHet=3.0103;FS=1.804;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.83;ReadPosRankSum=-1.540;SOR=0.855;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:271,211:0.44:482
chr17	79604511	rs61252917	A	C	5228.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=3.880;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=355;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.039;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.810;NF=26;NR=77;PP=1901;ReadPosRankSum=-0.368;SC=AATTTAACATAAGAAAAACAA;SOR=0.874;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=282;TCF=85;TCR=197;TR=103;WE=79604519;WS=79604501;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:212,141:0.40:353
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chr17	79609550	rs7406636	C	T	1516.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-3.175;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.151;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=28;PP=637;ReadPosRankSum=2.959;SC=AGTCCCTGGGCTGGGTTCACA;SOR=0.473;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=86;TCF=28;TCR=58;TR=43;WE=79609558;WS=79609540;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,73:0.54:136
chr17	79612397	rs6420484	A	G	16210.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.797;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=483;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=157;NR=174;PP=2965;ReadPosRankSum=1.578;SC=CTGGCTGGCTACCTGGGCGCC;SOR=0.344;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=335;TCF=159;TCR=176;TR=331;WE=79612405;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,480:1.00:481
chr17	79612413	rs7210043	T	C	3756.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.713;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=486;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.785;HP=2;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=76;NR=62;PP=2077;ReadPosRankSum=-0.643;SC=GCGCCCTCTGTGAGAACACCT;SOR=0.851;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=347;TCF=183;TCR=164;TR=138;WE=79612421;WS=79612403;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:297,187:0.39:484
chr17	79612443	rs7210193	T	C	4220.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-2.155;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=549;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.543;HP=5;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=93;NR=55;PP=2099;ReadPosRankSum=1.271;SC=GTGGCTTCTCTGGGGGCATCC;SOR=0.773;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=399;TCF=241;TCR=158;TR=148;WE=79612451;WS=79612433;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:332,212:0.39:544
chr17	79612633	rs34379910	T	C	7526.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=1.907;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1004;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.540;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=83;NR=131;PP=2962;ReadPosRankSum=0.874;SC=AGCTGCCTCCTACCAGGACTG;SOR=0.765;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=558;TCF=229;TCR=329;TR=214;WE=79612641;WS=79612623;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:604,388:0.39:992
chr17	79614481	rs9906358	A	G	8820.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.066;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1191;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=161;NR=135;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.079;SC=TGTCACTGCCAGGTACTGCCT;SOR=0.710;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=707;TCF=386;TCR=321;TR=296;WE=79614489;WS=79614471;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:678,487:0.42:1165
chr17	79614932	rs34872037	TTAAC	T	25313.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=573;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQ=60.08;NF=61;NR=176;PP=2972;SC=TGCAGGTACTTTAACTAACTG;SOR=0.861;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=255;TCF=66;TCR=189;TR=237;WE=79614943;WS=79614922;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,564:1.00:564
chr17	79615225	rs7406494	G	T	1167.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=24;PP=664;SC=CTGCCCGCAGGGGGGCGGCGT;SOR=2.247;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=28;TCF=4;TCR=24;TR=28;WE=79615233;WS=79615215;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr17	79617936	rs58894371	TC	T	625.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.093;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.194;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=4;PP=511;ReadPosRankSum=1.148;SC=GGTGGTGGGCTCCTGGTGACT;SOR=0.432;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=46;TCF=37;TCR=9;TR=16;WE=79617944;WS=79617926;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,23:0.35:66
chr17	79620347	rs60243881	CG	C	3645.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=1.404;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=235;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.658;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQ=60.05;MQRankSum=0.933;NF=3;NR=80;PP=2948;ReadPosRankSum=0.747;SC=GTGAGGCTGACGGAGACACCG;SOR=0.934;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=146;TCF=5;TCR=141;TR=83;WE=79620355;WS=79620337;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:99,116:0.54:215
chr17	79623666	rs66656434	G	C	4011.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.665;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=506;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=72;PP=1494;ReadPosRankSum=-1.869;SC=GGCCCCGAGGGGGGGCACAAC;SOR=0.718;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=315;TCF=145;TCR=170;TR=131;WE=79623674;WS=79623653;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:288,213:0.43:501
chr17	79623697	rs66517022	A	G	3076.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.391;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=390;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.376;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=61;PP=1345;ReadPosRankSum=-0.011;SC=CAGGGGATGGAGAGGAGGGGC;SOR=0.666;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=247;TCF=95;TCR=152;TR=100;WE=79623705;WS=79623687;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:228,159:0.41:387
chr17	79632363	rs1128812	C	T	2720.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.858;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=454;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.554;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=51;ReadPosRankSum=-1.339;SC=GCAGCCTGTCCGCGTACTCCA;SOR=0.734;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=260;TCF=127;TCR=133;TR=94;WE=79632371;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:300,152:0.34:452
chr17	79637349	rs10438817	T	C	18168.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=701;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NR=204;PP=2965;SC=AGGGGGAGTCTGACGGGGCCT;SOR=0.702;SbPval=0.51;Source=Platypus;TCR=204;WE=79637357;WS=79637339;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,695:1.00:695
chr17	79637367	rs7226091	C	G	4509.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.040;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=628;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=76;NR=76;PP=2110;ReadPosRankSum=2.449;SC=CCTATATCCACCGCATGCAGC;SOR=0.667;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=394;TCF=193;TCR=201;TR=152;WE=79637375;WS=79637357;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:386,237:0.38:623
chr17	79637552	rs55814747	G	A	1179.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=0.862;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.367;HP=1;HapScore=4;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=22;PP=1036;ReadPosRankSum=1.050;SC=TTCCCATGACGGCCCTCTGCA;SOR=0.418;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=59;TCF=10;TCR=49;TR=27;WE=79637573;WS=79637542;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,35:0.49:71
chr17	79637565	rs7215601	T	G	1031.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=1.549;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.481;HP=2;HapScore=4;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=19;PP=1036;ReadPosRankSum=0.422;SC=CCTCTGCAGGTACCCTGTTTC;SOR=0.336;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=43;TCF=7;TCR=36;TR=24;WE=79637573;WS=79637542;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,26:0.55:47
chr17	79637637	rs7209877	G	C	213.31	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-1.531;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.6705;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=31;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=7;PP=106;ReadPosRankSum=1.824;SC=TTGGCGAGTCGGAGCATCCAG;SOR=1.179;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=8;WE=79637645;WS=79637627;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,10:0.91:11
chr17	79638635	rs58358515	G	A	847.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.057;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=7.734;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.27;ReadPosRankSum=-0.039;SOR=0.131;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,23:0.52:44
chr17	79638635	.	GCG	ACA	491	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;FR=0.5000;HP=1;HapScore=3;MGOF=1;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=12;NR=4;PP=491;QD=34.0292421789;SC=GGTAAGGGGAGCGGGGACTTG;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=34;TCF=28;TCR=6;TR=16;WE=79638645;WS=79638625;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:18,16:0.47:34
chr17	79638637	rs60041560	G	A	847.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.197;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=7.562;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.72;ReadPosRankSum=-0.304;SOR=0.145;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,23:0.53:43
chr17	79639045	rs12940151	C	G	2539.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.780;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=315;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=40;PP=1476;ReadPosRankSum=-0.131;SC=GGTGGTGGCTCTGGGTGTCAG;SOR=0.683;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=205;TCF=110;TCR=95;TR=87;WE=79639053;WS=79639035;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:185,122:0.40:307
chr17	79639198	rs7502870	C	T	3430.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.973;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=408;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=56;PP=1461;ReadPosRankSum=-1.502;SC=AAGTGGGGCACGGGGACAACT;SOR=0.734;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=230;TCF=104;TCR=126;TR=100;WE=79639206;WS=79639188;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:229,176:0.43:405
chr17	79639310	rs12938873	G	A	1131.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=1.098;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.776;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.960;NF=15;NR=26;PP=739;ReadPosRankSum=0.187;SC=CAAGGCAGGCGGATTGCTTGA;SOR=0.560;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=88;TCF=30;TCR=58;TR=41;WE=79639318;WS=79639300;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,49:0.49:100
chr17	79639370	rs35384619	G	GA	568.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.487;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.12;MQRankSum=1.125;QD=6.77;ReadPosRankSum=-0.185;SOR=0.721;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:44,40:0.48:84
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chr17	79650181	rs34815730	A	G	1373.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.545;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.588;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=34;PP=802;ReadPosRankSum=-0.432;SC=ACGATGCAAAAAGAACAATAC;SOR=0.611;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=138;TCF=45;TCR=93;TR=50;WE=79650189;WS=79650171;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:109,69:0.39:178
chr17	79650675	rs8080624	C	G	12180.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=1.137;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1218;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.498;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=243;NR=169;PP=2962;ReadPosRankSum=2.602;SC=CCCCGCCCCACTCCGGGTGCC;SOR=0.536;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=789;TCF=499;TCR=290;TR=412;WE=79650691;WS=79650659;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:645,562:0.47:1207
chr17	79650828	rs8066889	T	G	18452.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-3.345;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=2212;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.102;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQ=59.99;MQRankSum=0.894;NF=279;NR=303;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.283;SC=GCGCCGCGGCTCAAGGCCCGC;SOR=0.614;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=1331;TCF=624;TCR=707;TR=582;WE=79650836;WS=79650818;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1219,972:0.44:2191
chr17	79652487	rs34730558	C	T	1483.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.947;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.101;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=16;PP=662;ReadPosRankSum=1.075;SC=CCCATCAGCACGCTCAGGAGG;SOR=0.506;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=123;TCF=85;TCR=38;TR=52;WE=79652495;WS=79652477;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,73:0.46:160
chr17	79653206	rs66508304	C	A	584.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.492;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FS=3.840;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.08;ReadPosRankSum=1.650;SOR=0.396;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:78,37:0.32:115
chr17	79653259	rs67703038	C	T	1288.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-2.858;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.089;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=19;PP=582;ReadPosRankSum=-0.821;SC=CTGCACCTGGCAGCAGATGAG;SOR=0.778;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=158;TCF=98;TCR=60;TR=52;WE=79653267;WS=79653249;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:151,77:0.34:228
chr17	79653311	rs72858892	T	C	5092.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.716;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=373;ExcessHet=3.0103;FS=1.769;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.99;ReadPosRankSum=-1.143;SOR=0.791;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:228,136:0.37:364
chr17	79653321	rs72858893	T	C	5429.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.033;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=412;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.54;ReadPosRankSum=-1.942;SOR=0.695;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:240,161:0.40:401
chr17	79655985	rs12450153	G	A	1093.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=3.412;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=31;PP=851;ReadPosRankSum=-0.909;SC=GGAGGGCGGTGGCCTGGAGCC;SOR=0.693;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=54;TCF=8;TCR=46;TR=37;WE=79655993;WS=79655975;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,40:0.68:59
chr17	79657107	rs12952375	T	C	1468.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.216;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.184;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=14;PP=578;ReadPosRankSum=-1.895;SC=TTCACTTGGGTGCACGGTCAC;SOR=0.589;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=140;TCF=94;TCR=46;TR=44;WE=79657115;WS=79657097;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:119,75:0.39:194
chr17	79657673	rs12451387	G	A	1740.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.904;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=19;PP=853;ReadPosRankSum=-0.128;SC=GGGGCGGGAAGCGTGTGGTCC;SOR=0.649;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=100;TCF=63;TCR=37;TR=50;WE=79657681;WS=79657663;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,82:0.55:149
chr17	79657840	rs34203932	A	G	1476.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=2.120;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=276;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.569;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=29;PP=753;ReadPosRankSum=-0.564;SC=GCACAAGGCCACCGTCCCTGC;SOR=0.617;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=163;TCF=75;TCR=88;TR=59;WE=79657848;WS=79657830;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:186,87:0.32:273
chr17	79658412	rs34784238	T	G	3007.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-4.898;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=335;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.815;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=89;NR=29;PP=1776;ReadPosRankSum=-1.252;SC=GGGGTGGTTCTGGGCCGGGTG;SOR=0.534;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=288;TCF=216;TCR=72;TR=118;WE=79658420;WS=79658402;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:177,148:0.46:325
chr17	79662067	rs34384005	A	G	3600.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.419;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=478;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=73;PP=2162;ReadPosRankSum=-1.513;SC=AGCCTGGGGAAGGGCACGCAG;SOR=0.662;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=372;TCF=173;TCR=199;TR=138;WE=79662075;WS=79662057;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:281,178:0.39:459
chr17	79662749	rs35646762	C	T	1424.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=2.510;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=14;PP=980;ReadPosRankSum=0.929;SC=TGCCTCCATCCCAGGCCCCAC;SOR=0.662;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=108;TCF=81;TCR=27;TR=57;WE=79662757;WS=79662739;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,63:0.48:131
chr17	79663880	rs12951171	T	C	8485.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.077;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1071;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.766;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=125;NR=140;PP=2962;ReadPosRankSum=1.376;SC=CAGCCGGAGGTGTGCTCTACC;SOR=0.703;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=647;TCF=323;TCR=324;TR=265;WE=79663888;WS=79663870;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:614,446:0.42:1060
chr17	79663931	rs8070488	T	C	6954.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-2.486;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=927;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.529;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=100;NR=134;PP=2729;ReadPosRankSum=-0.548;SC=CCTTCAGCCCTGCCGGCTCGG;SOR=0.738;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=588;TCF=255;TCR=333;TR=234;WE=79663939;WS=79663921;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:545,376:0.41:921
chr17	79667397	.	C	CA	223.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.483;ClippingRankSum=0.000;DP=250;ExcessHet=3.0103;FS=2.617;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.75;MQRankSum=0.000;QD=1.04;ReadPosRankSum=-1.170;SOR=0.965;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:168,48:0.22:216
chr17	79667663	rs142478779	GCCAGCC	G	3393.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.966;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=644;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.370;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=1.689;NF=13;NR=115;PP=2987;ReadPosRankSum=-0.267;SC=TCCTTCCAGGGCCAGCCCCAG;SOR=0.296;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=371;TCF=31;TCR=340;TR=128;WE=79667676;WS=79667653;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:248,175:0.41:423
chr17	79667690	.	AGCCCCT	A	2470	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;FR=0.5000;HP=4;HapScore=1;MGOF=9;MMLQ=27;MQ=59.78;NF=13;NR=115;PP=2470;QD=19.375;SC=CCCCAGCCCCAGCCCCTTCTC;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=363;TCF=31;TCR=332;TR=128;WE=79667703;WS=79667680;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:235,128:0.35:363
chr17	79668135	rs56058441	G	T	7817.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.140;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=999;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=111;NR=155;PP=2962;ReadPosRankSum=0.077;SC=GCCCTACATCGCGGGGCAGCA;SOR=0.734;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=624;TCF=264;TCR=360;TR=266;WE=79668143;WS=79668125;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:584,404:0.41:988
chr17	79668226	rs55837949	A	G	1778.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=1.909;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.650;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=65;PP=1327;ReadPosRankSum=0.665;SC=CGGTTTAGCAATGGGACCCCT;SOR=0.774;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=200;TCF=34;TCR=166;TR=78;WE=79668234;WS=79668216;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:141,82:0.37:223
chr17	79668552	rs34897798	C	T	3657.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.570;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=447;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.152;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=78;NR=46;PP=1889;ReadPosRankSum=-1.175;SC=CACCCTCTGGCGGTCCCCCCC;SOR=0.588;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=300;TCF=195;TCR=105;TR=124;WE=79668560;WS=79668542;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:263,181:0.41:444
chr17	79668664	rs1128805	C	T	6898.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.506;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=919;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=119;NR=109;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.190;SC=GCCATGCTCACGTCCGGAGTA;SOR=0.704;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=549;TCF=285;TCR=264;TR=228;WE=79668672;WS=79668654;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:541,371:0.41:912
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chr17	79670642	rs34724580	G	A	838.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=2.019;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.849;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=20;PP=507;ReadPosRankSum=-0.609;SC=GCCGGCAGGCGGGTTAGGGGG;SOR=0.931;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=54;TCF=16;TCR=38;TR=26;WE=79670650;WS=79670632;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,39:0.47:83
chr17	79671714	rs11546280	T	C	2456.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.916;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=308;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=54;PP=1381;ReadPosRankSum=0.727;SC=TGGTGTGATGTCTGGGGCTGT;SOR=0.694;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=202;TCF=78;TCR=124;TR=89;WE=79671722;WS=79671704;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:183,123:0.40:306
chr17	79674301	rs34153169	T	TC	1473.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.560;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.202;NF=1;NR=29;PP=1033;ReadPosRankSum=1.111;SC=TGTTCAGGGGTCCTGGGCCCC;SOR=0.646;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=76;TCF=5;TCR=71;TR=30;WE=79674309;WS=79674291;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,54:0.42:130
chr17	79682214	rs12452231	G	A	2572.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.424;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.755;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=50;PP=1211;ReadPosRankSum=-0.413;SC=GACCCACCAGGCCGAGAGCTG;SOR=0.834;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=142;TCF=53;TCR=89;TR=76;WE=79682222;WS=79682204;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,117:0.57:204
chr17	79682558	rs2072700	T	C	20873.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-1.653;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=805;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=243;NR=218;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.083;SC=TGCGGGACCGTGTGGCCAAGG;SOR=0.281;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=472;TCF=244;TCR=228;TR=461;WE=79682566;WS=79682548;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,802:1.00:803
chr17	79682943	rs56713834	G	A	1298.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-3.894;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.606;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.809;NF=46;NR=34;PP=1026;ReadPosRankSum=1.753;SC=GCCCTGTCCTGTGGGCCCCGC;SOR=1.116;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=190;TCF=113;TCR=77;TR=80;WE=79682951;WS=79682933;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:104,70:0.40:174
chr17	79683698	rs62077217	T	C	858.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-1.338;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=7;PP=411;ReadPosRankSum=-1.840;SC=CAGGACCAGCTTCATGTTCCC;SOR=0.700;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=74;TCF=52;TCR=22;TR=25;WE=79683706;WS=79683688;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,43:0.39:111
chr17	79683997	rs140229959	T	TGCCTCACCCCTG	9990.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.476;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=771;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=3;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=7.815;NF=45;NR=62;PP=2897;ReadPosRankSum=6.753;SC=CCTCACCCCTTGCCTCACCCC;SOR=0.692;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=285;TCF=125;TCR=160;TR=107;WE=79684005;WS=79683975;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:372,339:0.48:711
chr17	79687218	rs11150813	G	A	2659.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=11;NR=69;PP=1916;SC=GTGGCCACCCGTCCTCCGCAG;SOR=3.134;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=80;TCF=11;TCR=69;TR=80;WE=79687226;WS=79687208;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr17	79784101	rs374374934	GCA	G	1089.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.877;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=700;ExcessHet=3.0103;FS=3.785;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.02;MQRankSum=0.000;QD=1.78;ReadPosRankSum=-0.057;SOR=1.066;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:512,100:0.16:612
chr17	79816926	rs1533756	C	T	656.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-2.964;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.701;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=3;PP=485;ReadPosRankSum=0.030;SC=GAGAACCCGGCCTGAGGAACG;SOR=1.179;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=44;TCF=38;TCR=6;TR=26;WE=79816934;WS=79816916;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,26:0.59:44
chr17	79862630	rs7405872	G	A	5112.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.594;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=383;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.790;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=97;NR=56;PP=2490;ReadPosRankSum=-1.290;SC=TAGAGAGGGCGGCCCTGCAGA;SOR=0.589;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=245;TCF=159;TCR=86;TR=153;WE=79862638;WS=79862620;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:139,235:0.63:374
chr17	79862882	rs146889521	C	G	18106.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=672;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=210;NR=247;PP=2965;SC=GGGGAGGGCACGGTAAGTCTA;SOR=0.786;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=459;TCF=212;TCR=247;TR=457;WE=79862890;WS=79862860;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,653:1.00:653
chr17	79869281	rs11547447	G	A	2408.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.593;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.510;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.009;NF=30;NR=60;PP=1319;ReadPosRankSum=-0.245;SC=GCGACTCCGAGCGCCGCCGCC;SOR=0.620;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=178;TCF=60;TCR=118;TR=90;WE=79869289;WS=79869271;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:112,112:0.50:224
chr17	79872129	rs1879568	A	G	27278.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.829;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1072;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=333;NR=330;PP=2965;ReadPosRankSum=0.520;SC=ACCCTCGGGCAGGCAGGGGCT;SOR=0.697;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=669;TCF=337;TCR=332;TR=663;WE=79872137;WS=79872118;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,1034:1.00:1036
chr17	79872241	rs1879569	A	G	33532.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=1256;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=388;NR=370;PP=2965;SC=TCCCAGTTCAAAGGCTGCCCC;SOR=0.724;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=762;TCF=391;TCR=371;TR=758;WE=79872249;WS=79872231;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,1241:1.00:1241
chr17	79891147	rs61747618	T	C	11097.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=422;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=157;NR=119;PP=2965;SC=GGCCAGAAGGTGACAGAGCGG;SOR=0.891;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=276;TCF=157;TCR=119;TR=276;WE=79891155;WS=79891137;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,418:1.00:418
chr17	79893962	rs34419046	G	A	24860.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=947;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=315;NR=263;PP=2965;SC=AGCCCCACAGGGACTCAGTCT;SOR=0.833;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=581;TCF=318;TCR=263;TR=578;WE=79893970;WS=79893952;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,931:1.00:931
chr17	79894106	.	A	AT	103.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.442;ClippingRankSum=0.000;DP=615;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.04;MQRankSum=0.000;QD=0.22;ReadPosRankSum=-1.699;SOR=0.727;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:403,74:0.16:477
chr17	79898644	rs2293098	G	A	2738.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-4.214;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=289;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.236;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=67;NR=28;PP=1445;ReadPosRankSum=-0.804;SC=CCCTCGCAGAGCCTGGAGCTG;SOR=0.459;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=222;TCF=162;TCR=60;TR=95;WE=79898652;WS=79898634;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:150,130:0.46:280
chr17	79899272	rs4796856	A	G	4158.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=4.442;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=520;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.119;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=79;NR=80;PP=2787;ReadPosRankSum=1.863;SC=GGCTCGGGGGAACACTCCCGC;SOR=0.600;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=380;TCF=198;TCR=182;TR=159;WE=79899280;WS=79899262;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:305,206:0.40:511
chr17	79899495	rs4796854	G	A	5947.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.648;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=607;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=79;NR=113;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.593;SC=CACCCCGGTGGGCCACCAGGC;SOR=0.663;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=410;TCF=165;TCR=245;TR=192;WE=79899503;WS=79899485;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:319,281:0.47:600
chr17	79899698	rs4796852	G	A	510.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=2.633;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=14;PP=295;ReadPosRankSum=-0.410;SC=AGTCCTCTGCGGTAGTGGCAG;SOR=0.487;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=32;TCF=2;TCR=30;TR=15;WE=79899706;WS=79899688;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,21:0.52:40
chr17	79912103	rs4796851	C	T	5365.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=2.031;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=725;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=80;NR=101;PP=2412;ReadPosRankSum=-1.870;SC=ATGTCATGGACGCAAGCTGCC;SOR=0.634;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=467;TCF=202;TCR=265;TR=181;WE=79912111;WS=79912093;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:432,288:0.40:720
chr17	79916302	rs200593108	C	T	10515.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.286;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=926;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=145;NR=148;PP=2962;ReadPosRankSum=1.026;SC=CCTGTCACAGCGCCTGCCGCC;SOR=0.677;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=523;TCF=258;TCR=265;TR=293;WE=79916310;WS=79916292;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:400,509:0.56:909
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chr17	79995616	rs57552134	A	G	2075.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.63;BaseQRankSum=-0.770;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=365;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.410;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=1.382;NF=26;NR=34;PP=678;ReadPosRankSum=0.273;SC=TCTGGCCACGATGGGCGGGGC;SOR=0.564;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=177;TCF=70;TCR=107;TR=60;WE=79995624;WS=79995606;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:231,122:0.35:353
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chr17	80007897	rs9915742	G	T	18403.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.390;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1224;ExcessHet=3.0103;FS=0.532;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.13;ReadPosRankSum=0.842;SOR=0.769;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:724,492:0.40:1216
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chr17	80008392	rs9916764	G	T	6592.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.852;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=754;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.111;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=109;NR=105;PP=2962;ReadPosRankSum=0.787;SC=GGAGGCTCCTGGCGTTCACAT;SOR=0.629;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=514;TCF=246;TCR=268;TR=214;WE=80008400;WS=80008382;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:427,325:0.43:752
chr17	80008676	rs4464142	A	C	12475.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=449;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=121;NR=236;PP=2965;SC=CACGTAGAGGATGGCACTGGG;SOR=1.413;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=357;TCF=121;TCR=236;TR=357;WE=80008684;WS=80008666;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,440:1.00:440
chr17	80009156	rs28552909	T	C	2345.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.086;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=350;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.848;HP=6;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=34;PP=946;ReadPosRankSum=-0.008;SC=CGCCGGGGAGTGGGGGACACT;SOR=0.637;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=226;TCF=136;TCR=90;TR=84;WE=80009164;WS=80009146;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:212,132:0.38:344
chr17	80009668	rs117999554	C	G	476.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.036;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.247;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=3;PP=292;ReadPosRankSum=0.847;SC=CCCGGCGCTGCGAGCGGAGAA;SOR=0.432;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=46;TCF=39;TCR=7;TR=18;WE=80009676;WS=80009658;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,23:0.40:57
chr17	80012449	rs11077966	G	A	6481.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.218;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=692;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.123;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=126;NR=81;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.722;SC=CCCTGGACACGGCCTGGGTGG;SOR=0.577;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=471;TCF=295;TCR=176;TR=207;WE=80012457;WS=80012439;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:365,318:0.47:683
chr17	80012769	rs11655185	G	A	8106.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.658;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=958;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.109;HP=9;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=139;NR=143;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.004;SC=GCGCCCCCCCGCCAGGTCAGC;SOR=0.610;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=690;TCF=332;TCR=358;TR=282;WE=80012777;WS=80012751;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:534,410:0.43:944
chr17	80012997	rs35085155	A	G	9687.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.739;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1220;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.525;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=131;NR=169;PP=2962;ReadPosRankSum=0.684;SC=GCTCTAGGAAATGTGGAGCAT;SOR=0.756;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=716;TCF=320;TCR=396;TR=300;WE=80013005;WS=80012987;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:690,498:0.42:1188
chr17	80013235	rs4969464	A	G	5594.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=53;NR=61;PP=2364;SC=GGGCACATGTACAGGTGTAGG;SOR=0.824;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=116;TCF=55;TCR=61;TR=114;WE=80013243;WS=80013225;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,209:1.00:209
chr17	80014272	rs34689427	G	GCC	16378.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.720;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1026;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.814;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=2.167;NF=116;NR=111;PP=2963;ReadPosRankSum=0.529;SC=ATGAAGGTGGGCCCCGCCTGG;SOR=0.557;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=531;TCF=279;TCR=252;TR=227;WE=80014280;WS=80014262;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:533,456:0.46:989
chr17	80014861	rs4969484	T	G	5889.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.906;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=624;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=103;NR=100;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.581;SC=GTGGGCTGGCTTGAGGGGGGG;SOR=0.643;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=394;TCF=203;TCR=191;TR=203;WE=80014872;WS=80014851;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:319,294:0.48:613
chr17	80022656	rs34249409	C	CG	991.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=0.725;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.088;NF=10;NR=10;PP=611;ReadPosRankSum=-0.137;SC=ATTCCAGGACCGGGAACCCAA;SOR=0.622;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=50;TCF=26;TCR=24;TR=20;WE=80022664;WS=80022646;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,38:0.47:81
chr17	80038952	rs4246444	T	G	971.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=4.951;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.376;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=9;PP=730;ReadPosRankSum=0.547;SC=CGAAGGGCGGTATGCCTGCCG;SOR=0.377;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=95;TCF=75;TCR=20;TR=38;WE=80038960;WS=80038946;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,40:0.40:100
chr17	80039028	rs4246445	A	G	2714.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.416;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=350;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.827;HP=5;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=47;PP=1431;ReadPosRankSum=-0.436;SC=CCGCCTGGCCACCCACACGCA;SOR=0.626;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=260;TCF=150;TCR=110;TR=109;WE=80039036;WS=80039018;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:200,146:0.42:346
chr17	80039481	rs1140616	G	A	2510.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.682;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=398;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.736;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=40;PP=1183;ReadPosRankSum=-2.156;SC=GCTCACCCAGGATGTGTGCCA;SOR=0.591;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=266;TCF=146;TCR=120;TR=83;WE=80039489;WS=80039471;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:262,134:0.34:396
chr17	80039810	.	GAGA	G	1304	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;FR=0.5000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MMLQ=24;MQ=59.23;NF=16;NR=0;PP=1304;QD=83.625;SC=GGGCTGCGGGGAGAAGGTGGG;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=48;TCF=48;TCR=0;TR=16;WE=80039826;WS=80039793;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:32,16:0.33:48
chr17	80040607	rs4969465	T	C	1730.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=2.005;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.253;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=32;PP=1247;ReadPosRankSum=-1.873;SC=GTCTCTTCCCTACACGCCGGG;SOR=0.629;SbPval=0.25;Source=Platypus;TC=154;TCF=71;TCR=83;TR=69;WE=80040615;WS=80040597;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:92,74:0.45:166
chr17	80043274	rs200840955	G	A	2672.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.717;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=334;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.832;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=41;PP=1177;ReadPosRankSum=2.540;SC=GCTCTCCCACGCGTCCTGTGG;SOR=0.746;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=234;TCF=135;TCR=99;TR=99;WE=80043282;WS=80043264;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:191,143:0.43:334
chr17	80043349	rs17848939	C	T	2447.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.261;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=365;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.586;HP=4;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=67;NR=49;PP=1618;ReadPosRankSum=0.755;SC=CCCTGCCCGGCGGCCGCACCT;SOR=0.611;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=258;TCF=138;TCR=120;TR=116;WE=80043357;WS=80043289;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:196,139:0.41:335
chr17	80043739	rs2229422	A	G	619.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-1.132;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.776;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=13;PP=226;ReadPosRankSum=-0.711;SC=GACCGTGGCCAGCCAGCACCT;SOR=0.815;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=50;TCF=18;TCR=32;TR=19;WE=80043747;WS=80043729;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,36:0.35:103
chr17	80050554	rs10591316	CGG	C	1699.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.589;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.12;MQRankSum=0.309;QD=33.33;ReadPosRankSum=-0.809;SOR=5.549;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,49:0.96:51
chr17	80091941	rs4789754	G	A	4210.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=73;NR=39;PP=2339;SC=TAGATGAAGGGGTGTTACCTG;SOR=1.264;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=114;TCF=74;TCR=40;TR=112;WE=80091949;WS=80091931;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,151:1.00:151
chr17	80092131	rs4789753	T	C	7094.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=266;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQ=59.98;NF=57;NR=102;PP=2965;SC=TCCTCTTGTGTTGAATGCAAA;SOR=1.085;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=159;TCF=57;TCR=102;TR=159;WE=80092139;WS=80092121;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,262:1.00:262
chr17	80092171	rs4789752	A	G	3988.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQ=59.96;NF=36;NR=69;PP=2195;SC=GTTCCTTTTCAAAACCAAAGT;SOR=1.218;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=105;TCF=36;TCR=69;TR=105;WE=80092179;WS=80092161;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,148:1.00:148
chr17	80103737	rs6502066	T	C	18172.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=710;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=265;NR=201;PP=2965;SC=CTGCTGGAGTTGGCTCCACAG;SOR=0.906;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=466;TCF=265;TCR=201;TR=466;WE=80103745;WS=80103727;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,689:1.00:689
chr17	80104593	rs12600852	G	A	10568.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=405;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=138;NR=121;PP=2965;SC=CTATGGATGTGTGCATGCATG;SOR=0.781;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=260;TCF=138;TCR=122;TR=259;WE=80104601;WS=80104583;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,403:1.00:403
chr17	80104631	rs12603050	A	G	9134.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=357;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.73;SOR=0.781;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,355:1.00:355
chr17	80104762	rs12602320	C	T	5043.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.24;SOR=1.199;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr17	80104762	.	CGT	TGC	2947	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;FR=1.0000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=28;NR=49;PP=2947;QD=20;SC=CGCAAACAAACGTGTGTGCAC;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=82;TCF=30;TCR=52;TR=77;WE=80104772;WS=80104752;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:5,77:0.94:82
chr17	80104764	rs12603584	T	C	5043.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.44;SOR=1.189;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr17	80121275	rs34448080	A	G	22023.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=823;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=216;NR=304;PP=2965;SC=ACCTGAGAACAAAGGAAGACC;SOR=0.961;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=520;TCF=216;TCR=304;TR=520;WE=80121283;WS=80121265;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,820:1.00:820
chr17	80121358	rs34867501	T	C	6929.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=258;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=52;NR=169;PP=2965;SC=CTGACCCCAATGCGAAGCTGT;SOR=2.115;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=221;TCF=52;TCR=169;TR=221;WE=80121366;WS=80121348;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,257:1.00:257
chr17	80136418	rs7209474	C	T	20007.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=770;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=228;NR=251;PP=2965;SC=TCCAGGGTCACGGCCTTCAGC;SOR=0.761;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=480;TCF=228;TCR=252;TR=479;WE=80136426;WS=80136408;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,761:1.00:761
chr17	80137173	rs3935816	C	T	5381.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=49;NR=103;PP=2965;SC=CTCCTGCTCTCGCATGGCCTG;SOR=1.561;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=152;TCF=49;TCR=103;TR=152;WE=80137181;WS=80137163;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,192:1.00:192
chr17	80141892	rs141760654	TGCGC	T	960.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.012;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=454;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.04;MQRankSum=0.651;QD=9.80;ReadPosRankSum=-0.362;SOR=0.634;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,64:0.65:98
chr17	80141907	rs12953056	G	A	207.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.298;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=333;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.38;MQRankSum=2.135;QD=2.06;ReadPosRankSum=-1.911;SOR=0.592;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:74,27:0.27:101
chr17	80145983	rs4789730	T	A	1265.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=33;NR=5;PP=876;SC=CAGAAGCCACTCTGTCTGCTG;SOR=2.885;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=39;TCF=34;TCR=5;TR=38;WE=80145991;WS=80145979;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr17	80146089	rs4789729	G	A	6128.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=224;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=95;NR=44;PP=2887;SC=CCAAGCACACGCTCACTGGTC;SOR=1.322;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=139;TCF=95;TCR=44;TR=139;WE=80146097;WS=80146079;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,224:1.00:224
chr17	80151501	rs56193110	A	G	2828.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=54;NR=28;PP=2036;SC=GAAATCCAAAACAGCGGGCTC;SOR=1.489;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=82;TCF=54;TCR=28;TR=82;WE=80151509;WS=80151491;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr17	80151805	rs4789670	T	C	7688.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=287;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NR=114;PP=2965;SC=ACTCCAGTCCTGGCCTGCGAG;SOR=0.812;Source=Platypus;TCR=114;WE=80151813;WS=80151795;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,282:1.00:282
chr17	80151881	rs4789722	G	A	7386.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=266;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=114;NR=80;PP=2965;SC=TGGCCTCCAGGTCCTGGAGCT;SOR=0.956;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=194;TCF=114;TCR=80;TR=194;WE=80151889;WS=80151871;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,263:1.00:263
chr17	80159566	rs8072670	T	C	22092.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=827;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=277;NR=274;PP=2965;SC=GCCTGGCCTCTTCCCACTCCC;SOR=0.728;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=552;TCF=278;TCR=274;TR=551;WE=80159574;WS=80159556;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,810:1.00:810
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chr17	80198007	rs9901910	G	C	7392.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.662;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=613;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.528;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=97;NR=129;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.477;SC=CTGGCCTTGCGCCAGCTGGGC;SOR=0.749;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=385;TCF=167;TCR=218;TR=226;WE=80198015;WS=80197997;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:257,341:0.57:598
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chr17	80275253	rs3176829	T	C	3804.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=58;NR=36;PP=1759;SC=GGGAGAGCTCTGGAGCTGTGG;SOR=1.054;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=94;TCF=58;TCR=36;TR=94;WE=80275261;WS=80275243;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,140:1.00:140
chr17	80280865	rs11077986	G	A	14137.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=1.792;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1229;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.526;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=169;NR=241;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.442;SC=ACCCAGTGTCGGGGGCGGACT;SOR=0.762;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=771;TCF=330;TCR=441;TR=410;WE=80280873;WS=80280855;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:552,670:0.55:1222
chr17	80332251	rs11654140	T	C	10031.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=0.896;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=887;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.094;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=147;NR=121;PP=2962;ReadPosRankSum=-2.985;SC=TGGCCGCCACTGGCAGCTCTG;SOR=0.765;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=497;TCF=264;TCR=233;TR=268;WE=80332259;WS=80332241;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:403,477:0.54:880
chr17	80352138	rs6502106	T	C	2003.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.560;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.677;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=1.695;NF=54;NR=20;PP=1248;ReadPosRankSum=0.353;SC=AGTGCTGGGATTACAGGCGTG;SOR=0.802;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=120;TCF=88;TCR=32;TR=74;WE=80352146;WS=80352128;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,86:0.59:147
chr17	80352234	rs62079522	G	A	7799.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.384;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=635;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.531;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=140;NR=103;PP=2962;ReadPosRankSum=0.247;SC=GACTCAGCACGGCAACCAAGG;SOR=0.626;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=395;TCF=237;TCR=158;TR=243;WE=80352242;WS=80352224;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:270,361:0.57:631
chr17	80352303	rs62079523	G	A	8952.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.135;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=772;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.522;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=151;NR=140;PP=2962;ReadPosRankSum=0.962;SC=CCCCTCTCGGGCGGGTGGTGA;SOR=0.631;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=521;TCF=273;TCR=248;TR=291;WE=80352311;WS=80352293;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:341,423:0.55:764
chr17	80355975	rs62079527	C	T	1853.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=1.348;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.312;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=12;PP=1189;ReadPosRankSum=-0.221;SC=GCAGATGCTCCGTGAACTCAG;SOR=0.356;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=102;TCF=86;TCR=16;TR=62;WE=80355983;WS=80355965;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,75:0.60:124
chr17	80356019	rs9905077	C	G	3162.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-3.689;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=298;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.946;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=79;NR=40;PP=1766;ReadPosRankSum=0.590;SC=CCACACCCACCGTGCTTGCCT;SOR=0.404;SbPval=0.22;Source=Platypus;TC=203;TCF=146;TCR=57;TR=119;WE=80356027;WS=80356009;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:123,156:0.56:279
chr17	80356315	rs6502107	A	G	1667.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=0.225;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=41;PP=1257;ReadPosRankSum=-0.594;SC=TTGCTCCATCACCCAGGCTGG;SOR=1.148;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=54;TCF=12;TCR=42;TR=53;WE=80356323;WS=80356305;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,57:0.98:58
chr17	80361753	rs11655676	G	A	1159.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-2.605;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.918;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=6;PP=831;ReadPosRankSum=-0.367;SC=CACTCACCGTGCCCACGGGCA;SOR=0.963;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=106;TCF=86;TCR=20;TR=50;WE=80361761;WS=80361743;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,53:0.49:109
chr17	80367206	rs62080965	G	A	2036.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.745;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.357;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=23;PP=840;ReadPosRankSum=-1.242;SC=CAAAGTTAACGGGTAAAAAAA;SOR=0.296;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=85;TCF=53;TCR=32;TR=52;WE=80367214;WS=80367196;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,92:0.67:137
chr17	80367353	rs7211306	G	A	1156.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=4.205;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.442;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=28;PP=714;ReadPosRankSum=1.917;SC=CTAGGCAAACGTCAATCAGCA;SOR=0.948;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=132;TCF=60;TCR=72;TR=47;WE=80367361;WS=80367343;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:137,64:0.32:201
chr17	80369128	rs9916119	G	A	427.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-2.075;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=5;PP=279;ReadPosRankSum=0.912;SC=TCACCATGTTGCCCAGGCTGG;SOR=0.638;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=41;TCF=33;TCR=8;TR=19;WE=80369136;WS=80369120;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,21:0.41:51
chr17	80373452	rs4789769	C	T	4670.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.082;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=583;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.541;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=96;PP=2139;ReadPosRankSum=0.722;SC=TCCTTAGCCACGGCCTCTGCC;SOR=0.615;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=368;TCF=125;TCR=243;TR=150;WE=80373460;WS=80373442;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:337,237:0.41:574
chr17	80391684	rs4789773	A	G	7881.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-1.283;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=905;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=106;NR=142;PP=2962;ReadPosRankSum=0.144;SC=GCGGCTGCACATCGGGTGTGA;SOR=0.686;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=590;TCF=256;TCR=334;TR=248;WE=80391692;WS=80391674;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:487,405:0.45:892
chr17	80394530	rs4789777	G	T	4659.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.195;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=554;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=76;NR=76;PP=2314;ReadPosRankSum=-0.094;SC=CCTCACGTCCGCTCTGTCTGC;SOR=0.639;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=331;TCF=161;TCR=170;TR=152;WE=80394538;WS=80394520;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:308,233:0.43:541
chr17	80397484	rs28561791	A	G	3657.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.567;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=470;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=75;NR=41;PP=1770;ReadPosRankSum=-1.794;SC=CTGCGGAGCTAAGCGCCCCTC;SOR=0.725;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=303;TCF=191;TCR=112;TR=116;WE=80397492;WS=80397474;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:280,183:0.40:463
chr17	80399193	rs7501824	C	T	367.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.658;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=6.032;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.69;ReadPosRankSum=-0.741;SOR=0.207;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,21:0.38:55
chr17	80401946	rs2306758	A	G	2479.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.300;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=296;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=36;PP=938;ReadPosRankSum=-0.832;SC=TGGGGCTCTCAAGGCAGTGCA;SOR=0.679;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=165;TCF=81;TCR=84;TR=71;WE=80401954;WS=80401936;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:165,129:0.44:294
chr17	80402045	rs67228117	T	C	1969.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.550;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=36;PP=1031;ReadPosRankSum=-0.658;SC=CACCTCGGCATAGGGCACCGT;SOR=0.693;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=145;TCF=68;TCR=77;TR=68;WE=80402053;WS=80402035;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:115,98:0.46:213
chr17	80402296	rs7221125	G	A	4291.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=4.260;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=452;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=114;NR=45;PP=2675;ReadPosRankSum=0.619;SC=CTGCAGCTCCGGCCAGATCAA;SOR=0.734;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=358;TCF=254;TCR=104;TR=159;WE=80402304;WS=80402286;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:244,199:0.45:443
chr17	80403894	rs2291394	G	A	2872.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-3.119;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=384;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=70;PP=1350;ReadPosRankSum=-1.494;SC=CCCCGTGGCCGCTGGGGCCTC;SOR=0.689;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=275;TCF=93;TCR=182;TR=105;WE=80403902;WS=80403884;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:221,155:0.41:376
chr17	80405552	rs3751913	T	C	669.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-0.953;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=16;PP=221;ReadPosRankSum=-1.060;SC=CCCACCTCCCTGGTGCAGCGG;SOR=0.742;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=63;TCF=24;TCR=39;TR=25;WE=80405560;WS=80405542;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,39:0.40:98
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chr17	80439606	rs61126963	CA	C	758.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.653;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FS=1.616;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.07;MQRankSum=1.216;QD=5.02;ReadPosRankSum=-0.306;SOR=0.884;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:69,82:0.54:151
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chr17	80439925	rs9905527	T	C	356.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-1.632;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=8;PP=284;ReadPosRankSum=1.629;SC=CCTGGAATTATGTAGAACCCA;SOR=0.693;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=39;TCF=20;TCR=19;TR=17;WE=80439933;WS=80439917;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,18:0.39:46
chr17	80440296	rs149259276	T	TAAAACATGCGCGGTGGGCTGTTGACAAAATA	454.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.481;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FS=11.516;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.66;ReadPosRankSum=1.603;SOR=3.352;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,14:0.36:39
chr17	80441195	.	C	CA	89.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.973;ClippingRankSum=0.000;DP=462;ExcessHet=3.0103;FS=1.129;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.02;MQRankSum=0.000;QD=0.20;ReadPosRankSum=0.525;SOR=0.816;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:371,70:0.16:441
chr17	80443296	rs11453409	C	CA	1398.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.477;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.791;HP=11;HapScore=3;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.006;NF=39;NR=17;PP=1005;ReadPosRankSum=-0.899;SC=GACTCCGTCTCAAAAAAAAAA;SOR=1.108;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=139;TCF=81;TCR=58;TR=56;WE=80443317;WS=80443286;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:98,96:0.49:194
chr17	80443309	rs9890316	G	A	2398.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.019;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=273;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.859;HP=2;HapScore=3;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.004;NF=53;NR=21;PP=1765;ReadPosRankSum=-0.936;SC=AAAAAAAAAGGAAGTGTTCTT;SOR=0.906;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=186;TCF=127;TCR=59;TR=74;WE=80443317;WS=80443286;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:162,107:0.40:269
chr17	80525802	rs375810303	CT	C	276.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.506;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.17;MQRankSum=1.022;QD=5.22;ReadPosRankSum=0.552;SOR=0.756;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,31:0.58:53
chr17	80544855	rs1387545	T	C	1798.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-2.799;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.417;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=24;PP=1282;ReadPosRankSum=-2.076;SC=GTGTGATAGCTATCTGGTTAT;SOR=0.411;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=137;TCF=101;TCR=36;TR=79;WE=80544863;WS=80544845;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,81:0.60:136
chr17	80544930	rs9914529	T	C	3168.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-5.310;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=358;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.395;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=78;NR=54;PP=2181;ReadPosRankSum=-0.731;SC=TCTTTTCCTTTAATTTCAGTG;SOR=0.666;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=274;TCF=172;TCR=102;TR=132;WE=80544938;WS=80544920;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:151,187:0.55:338
chr17	80545156	rs6502124	A	G	5836.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=46;NR=121;PP=2965;SC=ATGGTAAGACATGCTGGTCGG;SOR=1.726;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=167;TCF=46;TCR=121;TR=167;WE=80545164;WS=80545146;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,209:1.00:209
chr17	80574082	rs753569	T	G	1253.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.812;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FS=2.341;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.83;ReadPosRankSum=-1.487;SOR=1.083;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:55,51:0.48:106
chr17	80601769	rs59318270	TA	T	5900.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.804;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=385;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.740;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.755;NF=37;NR=51;PP=2948;ReadPosRankSum=-3.584;SC=AGGTTAAATTTAAGACTCCGA;SOR=0.854;SbPval=0.24;Source=Platypus;TC=174;TCF=62;TCR=112;TR=88;WE=80601777;WS=80601759;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:163,214:0.57:377
chr17	80606364	rs150551798	A	ACGTGCGTG	428.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.208;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.740;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=3;PP=628;ReadPosRankSum=-0.559;SC=TGTGTGCTGGACGTGCGTGCG;SOR=0.561;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=15;TCF=4;TCR=11;TR=4;WE=80606372;WS=80606354;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,12:0.52:23
chr17	80615643	rs3751911	G	A	17944.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.910;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=704;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=183;NR=244;PP=2965;ReadPosRankSum=1.515;SC=AGCATTCGCCGAGAGGAACCG;SOR=0.876;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=430;TCF=185;TCR=245;TR=427;WE=80615651;WS=80615633;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,686:0.99:690
chr17	80619080	rs4789706	T	C	1043.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=29;PP=656;SC=CCAATGTCCCTGAAGGGATCC;SOR=2.247;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=8;TCR=29;TR=37;WE=80619088;WS=80619070;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr17	80622483	rs74002927	G	T	6291.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=236;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=77;NR=71;PP=2878;SC=CTAACAGGACGCTGGAAGTCT;SOR=0.745;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=149;TCF=77;TCR=72;TR=148;WE=80622491;WS=80622473;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,234:1.00:234
chr17	80626210	rs7221877	T	C	16916.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=675;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=190;NR=246;PP=2965;SC=CCTTCCAGTCTGCAGGACTGG;SOR=0.848;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=438;TCF=190;TCR=248;TR=436;WE=80626218;WS=80626200;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,662:1.00:662
chr17	80656616	rs2243606	T	G	1476.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=35;PP=1126;SC=ACAGCGCGCATCCCCGCCCGG;SOR=2.786;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=42;TCF=7;TCR=35;TR=42;WE=80656624;WS=80656606;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr17	80674643	rs2250000	C	G	3719.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=68;NR=42;PP=2171;SC=TGGAGGAGCTCCTGAGGCGCG;SOR=1.179;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=110;TCF=68;TCR=42;TR=110;WE=80674651;WS=80674633;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,138:1.00:138
chr17	80674839	rs10714010	CG	C	1185.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.006;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.18;MQRankSum=1.727;QD=10.49;ReadPosRankSum=-0.324;SOR=0.633;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:67,46:0.41:113
chr17	80676946	rs111661651	A	ACCACCCC	3703.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=47;PP=2973;SC=GCATCTTCACACCACCCCCCA;SOR=3.003;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=65;TCF=2;TCR=63;TR=47;WE=80676954;WS=80676936;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr17	80676971	rs7207719	C	G	694.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-4.801;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=69;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=25;PP=508;ReadPosRankSum=1.574;SC=GCTTTATTACCTGAGCAGGTG;SOR=0.271;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=51;TCF=2;TCR=49;TR=26;WE=80676979;WS=80676961;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,29:0.54:54
chr17	80680589	rs3748812	G	A	568.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.475;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.670;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=3;PP=306;ReadPosRankSum=-0.737;SC=GTAGGAGCTCGCTGAGGTCGT;SOR=2.494;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=28;TCF=21;TCR=7;TR=18;WE=80680597;WS=80680579;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,24:0.60:40
chr17	80684638	rs2246103	T	C	7436.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=273;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=129;NR=68;PP=2965;SC=CTGGGGGCGGTGGGGACCTGG;SOR=1.362;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=197;TCF=129;TCR=68;TR=197;WE=80684646;WS=80684628;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,263:1.00:263
chr17	80685126	rs2243446	T	C	2427.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=73;PP=1755;SC=CTTCACATGCTGGACTAGCTT;SOR=3.987;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=79;TCF=6;TCR=73;TR=79;WE=80685134;WS=80685116;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr17	80693705	rs2256322	A	G	2306.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.92;SOR=0.761;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr17	80693805	rs2256316	C	G	329.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.773;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=9;PP=235;ReadPosRankSum=-0.570;SC=GAGCCCGGCTCAAGCGTTCTG;SOR=0.712;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=22;TCF=6;TCR=16;TR=12;WE=80693813;WS=80693795;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,15:0.56:27
chr17	80696410	rs2253149	A	C	3088.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=49;NR=26;PP=1389;SC=GGAGGCCCTCAGGAGCACGGG;SOR=1.219;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=75;TCF=49;TCR=26;TR=75;WE=80696418;WS=80696400;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr17	80696542	rs2253132	G	A	7104.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=33.51;SOR=0.791;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,212:1.00:212
chr17	80696542	.	GCACAT	ACACAA,ACACAT	1108	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.48;FR=0.5000,0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MMLQ=28;MQ=60.0;NF=29,65;NR=33,76;PP=959,1108;QD=16.3301270139;SC=ACCCATATGCGCACATGTGTA;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=141;TCF=65;TCR=76;TR=62,141;WE=80696555;WS=80696532;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.44:141
chr17	80696547	rs2253131	T	A	1632.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.875;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.63;ReadPosRankSum=-0.876;SOR=0.692;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:128,86:0.40:214
chr17	80696622	rs7216058	A	C	1168.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.596;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=30;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=25;PP=633;ReadPosRankSum=-2.309;SC=AGGGAGACAGAAACAGGGAGA;SOR=0.726;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=67;TCF=21;TCR=46;TR=36;WE=80696630;WS=80696612;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,51:0.57:90
chr17	80696692	rs7208565	C	T	351.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-4.338;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.124;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=11;PP=199;ReadPosRankSum=-0.504;SC=CCAAGAGTTCCACCCTGCCAT;SOR=0.293;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=25;TCF=3;TCR=22;TR=13;WE=80696700;WS=80696682;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,16:0.57:28
chr17	80699093	rs2252848	A	G	1352.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=46;NR=3;PP=1101;SC=ATATTCTAGCATGCGTAGCCC;SOR=4.935;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=49;TCF=46;TCR=3;TR=49;WE=80699101;WS=80699090;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr17	80700592	rs1994554	T	C	15142.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=590;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.93;SOR=0.756;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,584:1.00:584
chr17	80700712	rs1994553	T	C	8484.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=334;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=80;NR=143;PP=2965;SC=TCTGTCTCCTTGTCGACGCCC;SOR=1.211;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=224;TCF=80;TCR=144;TR=223;WE=80700720;WS=80700702;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,325:1.00:325
chr17	80706928	rs2243416	G	A	6400.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=250;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.34;SOR=1.132;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,243:1.00:243
chr17	80708601	rs1056534	C	G	13064.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-2.892;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=482;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=108;NR=234;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.212;SC=GGAGCCCTTCCTTGGGCACCA;SOR=0.298;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=344;TCF=108;TCR=236;TR=342;WE=80708609;WS=80708591;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,477:1.00:479
chr17	80710278	rs2451217	G	C	481.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=11;PP=320;SC=CCGCGTGCCCGCTTCCTCCCC;SOR=2.584;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=12;TCF=1;TCR=11;TR=12;WE=80710286;WS=80710268;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr17	80730527	rs615630	T	C	1766.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-2.126;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.656;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=51;PP=965;ReadPosRankSum=0.799;SC=TCTGAGGGAGTGTGCAGCAGT;SOR=1.071;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=100;TCF=20;TCR=80;TR=61;WE=80730535;WS=80730517;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,84:0.61:137
chr17	80785875	rs8067667	A	G	21198.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.826;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1912;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.521;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=1.102;NF=403;NR=315;PP=2962;ReadPosRankSum=1.853;SC=AATCGAACGCACACACACCTG;SOR=0.730;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=1280;TCF=704;TCR=576;TR=718;WE=80785883;WS=80785865;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:848,1027:0.55:1875
chr17	80786008	rs6502134	G	A	77575.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-7.851;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=2924;ExcessHet=3.0103;FS=0.660;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=26.82;ReadPosRankSum=27.461;SOR=0.831;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:581,2311:0.80:2892
chr17	80786026	rs78229497	CACAG	C	22294.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=-0.374;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=2695;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.115;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=68;NR=405;PP=2962;ReadPosRankSum=14.672;SC=TGCATACACCCACAGACACAC;SOR=0.797;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=877;TCF=148;TCR=729;TR=473;WE=80786037;WS=80785998;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1480,1107:0.43:2587
chr17	80786261	rs138156874	T	TACAC	62208.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=1415;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=206;NR=381;PP=2957;SC=CACTCACAGATACATGCACAC;SOR=0.950;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=675;TCF=231;TCR=444;TR=587;WE=80786272;WS=80786251;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,1355:1.00:1355
chr17	80786427	rs11364632	GC	G	38510.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.61;BaseQRankSum=0.444;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1566;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=163;NR=567;PP=2983;ReadPosRankSum=1.894;SC=AATGGAATGTGCCCCCCCCGA;SOR=0.680;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=828;TCF=181;TCR=647;TR=730;WE=80786444;WS=80786414;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:6,1297:1.00:1303
chr17	80786641	rs7207932	C	T	11991.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=429;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=117;NR=233;PP=2965;SC=ACACACACATCTAATCAGATG;SOR=1.342;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=353;TCF=117;TCR=236;TR=350;WE=80786649;WS=80786617;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,419:1.00:419
chr17	80789628	rs8074277	T	C	4755.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.718;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=592;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.477;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=85;NR=91;PP=2167;ReadPosRankSum=-2.454;SC=GTGGGGTGCATGTAAGGGGAA;SOR=0.698;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=401;TCF=204;TCR=197;TR=176;WE=80789636;WS=80789618;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:333,247:0.43:580
chr17	80790388	rs12450046	G	A	696.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-1.742;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=23;PP=390;ReadPosRankSum=-0.312;SC=TGTCGACGCCGCGTGCACTTC;SOR=0.825;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=68;TCF=13;TCR=55;TR=28;WE=80790396;WS=80790378;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,34:0.44:77
chr17	80790442	rs3744165	T	G	692.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=19;PP=529;SC=TCTTTCCCGATCACTTCTATC;SOR=3.912;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=21;TCF=2;TCR=19;TR=21;WE=80790450;WS=80790432;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr17	80827955	rs7222931	A	G	6547.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=157;NR=35;PP=2965;SC=GGAGCCCCGAACCTCTGGGTG;SOR=2.800;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=192;TCF=157;TCR=35;TR=192;WE=80827963;WS=80827945;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,210:1.00:210
chr17	80828057	rs3744161	G	A	28957.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=1113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=381;NR=289;PP=2965;SC=CGTGTTGCCCGTGTGGTCTGC;SOR=0.899;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=671;TCF=381;TCR=290;TR=670;WE=80828065;WS=80828047;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,1097:1.00:1097
chr17	80828303	rs3744160	G	A	5211.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.709;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=517;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=69;NR=121;PP=2962;ReadPosRankSum=0.247;SC=GCCCCCTGACGGCGCCGTGTG;SOR=0.695;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=380;TCF=138;TCR=242;TR=190;WE=80828311;WS=80828293;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:259,244:0.49:503
chr17	80847429	rs150290800	T	C	370.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.310;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=2;PP=253;ReadPosRankSum=-1.996;SC=TGAGGGCTTTTATTTAAAAAA;SOR=0.646;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=37;TCF=32;TCR=5;TR=15;WE=80847437;WS=80847419;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,16:0.41:39
chr17	80858669	rs9891862	G	A	22041.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.960;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=843;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=195;NR=294;PP=2965;ReadPosRankSum=0.124;SC=AGATTCAGTTGAGCTTATAAG;SOR=0.969;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=494;TCF=198;TCR=296;TR=489;WE=80858677;WS=80858659;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,832:1.00:836
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chr17	80867153	rs72861530	A	G	1608.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=1.156;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.692;HP=10;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=32;PP=901;ReadPosRankSum=1.727;SC=TCAGTTTTTTATTTTCAGCTC;SOR=0.833;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=92;TCF=42;TCR=50;TR=57;WE=80867161;WS=80867143;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,74:0.61:122
chr17	80878389	rs1471197	A	G	1994.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.57;SOR=0.744;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
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chr17	80878666	.	TACCC	T	571	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;FR=0.5000;HP=3;HapScore=4;MGOF=2;MMLQ=28;MQ=60.0;NF=2;NR=6;PP=571;QD=76.75;SC=AAATAATGGGTACCCACCGCC;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=15;TCF=3;TCR=12;TR=8;WE=80878681;WS=80878656;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:7,8:0.53:15
chr17	80878667	rs376776507	ACC	A	597.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.151;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=4.117;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.91;ReadPosRankSum=-1.020;SOR=0.169;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,16:0.67:24
chr17	80878671	rs10560385	ACC	A	597.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.973;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=4.117;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.91;ReadPosRankSum=-1.767;SOR=0.169;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,16:0.67:24
chr17	80878673	.	C	A	579	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;FR=0.5000;HP=1;HapScore=4;MGOF=2;MMLQ=28;MQ=60.0;NF=5;NR=6;PP=579;QD=55.7973829588;SC=GGGTACCCACCGCCCTCTCCC;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=18;TCF=6;TCR=12;TR=11;WE=80878681;WS=80878656;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:7,11:0.61:18
chr17	80884247	rs1078334	T	C	5890.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.363;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=467;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.781;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=98;NR=79;PP=2826;ReadPosRankSum=-0.054;SC=TAGCTTATGGTTCTTCTGTGA;SOR=0.549;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=293;TCF=171;TCR=122;TR=177;WE=80884255;WS=80884237;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:186,276:0.60:462
chr17	80887206	rs729124	A	G	19180.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.968;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1598;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=276;NR=330;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.004;SC=GATCATTGGCAGCCCGGCCTT;SOR=0.730;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=1055;TCF=485;TCR=570;TR=606;WE=80887214;WS=80887196;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:661,902:0.58:1563
chr17	80887451	rs2034962	A	G	4997.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.021;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=369;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.390;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=93;PP=2727;ReadPosRankSum=-1.753;SC=TCTTGGGAGCATGTATGGAGC;SOR=0.664;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=245;TCF=97;TCR=148;TR=158;WE=80887459;WS=80887441;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:145,223:0.61:368
chr17	80890638	rs898095	T	C	4143.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.358;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=375;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.375;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=59;PP=1727;ReadPosRankSum=-0.933;SC=CATGACTTCCTTTCCGATTAA;SOR=0.660;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=228;TCF=105;TCR=123;TR=113;WE=80890646;WS=80890628;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:173,199:0.53:372
chr17	80895253	rs8079398	G	A	3427.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.754;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=310;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.527;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=65;PP=1520;ReadPosRankSum=-0.642;SC=TTCAAGTGCTGCTGGCCTTAG;SOR=0.848;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=205;TCF=79;TCR=126;TR=103;WE=80895261;WS=80895243;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:137,164:0.54:301
chr17	80895745	rs3785520	T	C	7789.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.833;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=708;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.521;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=120;NR=109;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.290;SC=GCGACACTCGTGTGTGTAGGC;SOR=0.755;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=409;TCF=211;TCR=198;TR=229;WE=80895753;WS=80895735;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:325,379:0.54:704
chr17	80895769	rs3785521	A	G	8369.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=1.513;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=801;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=127;NR=120;PP=2962;ReadPosRankSum=1.038;SC=GTGCAGATGTACGCACACACA;SOR=0.682;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=454;TCF=234;TCR=220;TR=247;WE=80895777;WS=80895758;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:379,397:0.51:776
chr17	80895933	rs3785522	A	G	2771.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.920;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=267;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.600;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=67;PP=1520;ReadPosRankSum=-1.092;SC=AGGTTCTGCGAGATGGTGCAG;SOR=0.934;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=189;TCF=54;TCR=135;TR=88;WE=80895941;WS=80895923;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:134,127:0.49:261
chr17	80899281	rs9390	G	A	7959.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.562;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=677;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=115;NR=107;PP=2962;ReadPosRankSum=1.015;SC=ACAGGGACGCGGAGCTTGCAG;SOR=0.690;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=394;TCF=205;TCR=189;TR=222;WE=80899289;WS=80899271;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:293,379:0.56:672
chr17	80923432	rs7217917	T	C	773.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-1.124;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.377;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=4;PP=382;ReadPosRankSum=-1.014;SC=CCCGGAGGCATGGCAAGGCGG;SOR=0.160;SbPval=0.24;Source=Platypus;TC=37;TCF=33;TCR=4;TR=23;WE=80923440;WS=80923431;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,33:0.63:52
chr17	80923536	rs4986144	C	T	3060.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.641;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=332;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=35;PP=1626;ReadPosRankSum=-0.463;SC=CCTGACCTCCCTCGTTAAAGG;SOR=0.712;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=233;TCF=151;TCR=82;TR=100;WE=80923544;WS=80923526;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:177,148:0.46:325
chr17	80963331	rs9901757	C	T	1616.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.011;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.755;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.207;NF=29;NR=25;PP=732;ReadPosRankSum=-0.256;SC=ACGCGCATCTCGGCGGTGAAC;SOR=0.559;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=142;TCF=79;TCR=63;TR=54;WE=80963339;WS=80963321;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:119,83:0.41:202
chr17	81006286	rs10852789	G	A	4638.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=2.265;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=376;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.846;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=107;NR=44;PP=2584;ReadPosRankSum=0.178;SC=AAACTGTTTCGGTACGTAAGT;SOR=0.762;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=275;TCF=189;TCR=86;TR=151;WE=81006294;WS=81006276;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:151,210:0.58:361
chr17	81006387	rs1143006	G	A	11794.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.187;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=971;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=180;NR=156;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.846;SC=CAATGATCACGTGGACACCAG;SOR=0.717;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=586;TCF=309;TCR=277;TR=336;WE=81006395;WS=81006377;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:392,569:0.59:961
chr17	81009487	rs73360407	C	G	464.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.622;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=6;PP=212;ReadPosRankSum=0.878;SC=GGGCGGAGACCCCGTAGGTGA;SOR=0.602;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=19;TCR=12;TR=15;WE=81009495;WS=81009477;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,24:0.51:47
chr17	81009622	rs59686903	C	T	1269.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.833;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=3;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=17;PP=1405;ReadPosRankSum=-0.303;SC=CCACGTGGGCCTGCATGGCCT;SOR=0.679;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=97;TCF=58;TCR=39;TR=42;WE=81009644;WS=81009612;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,64:0.46:140
chr17	81009636	rs57923322	T	G	1177.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.965;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.262;HP=2;HapScore=3;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=21;PP=1405;ReadPosRankSum=1.711;SC=ATGGCCTGGCTCTCCTCGGAC;SOR=0.594;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=110;TCF=60;TCR=50;TR=45;WE=81009644;WS=81009612;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:91,65:0.42:156
chr17	81043039	rs9908756	A	G	13669.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=525;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=144;NR=201;PP=2965;SC=TGCTGGTACCAGACGGGGACG;SOR=0.947;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=345;TCF=144;TCR=201;TR=345;WE=81043047;WS=81043029;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,508:1.00:508
chr17	81050833	rs74775917	A	AG	8742.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.458;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=658;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.253;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQ=60.03;MQRankSum=1.585;NF=36;NR=88;PP=2954;ReadPosRankSum=0.493;SC=GCTGAGTGTGAGATCCTTTGA;SOR=0.506;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=295;TCF=107;TCR=188;TR=124;WE=81050841;WS=81050823;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:360,288:0.44:648
chr17	81050982	rs7501742	G	C	8313.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-2.257;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=614;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.780;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=74;NR=96;PP=2579;ReadPosRankSum=0.541;SC=GTGAGTGTCTGCTCGGCAGCT;SOR=0.563;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=387;TCF=158;TCR=229;TR=170;WE=81050990;WS=81050972;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:340,257:0.43:597
chr17	81051007	rs7502442	G	T	6944.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.964;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=447;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.508;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=80;PP=2066;ReadPosRankSum=0.310;SC=CCTCCTGTGCGCCTGGTTTCT;SOR=0.533;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=318;TCF=122;TCR=196;TR=137;WE=81051015;WS=81050997;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:254,185:0.42:439
chr17	81051887	rs7223467	T	G	1153.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-5.355;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.279;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=5;PP=890;ReadPosRankSum=-0.600;SC=TGGCAGAGTCTGGGGTCAGCT;SOR=1.363;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=117;TCF=105;TCR=12;TR=57;WE=81051895;WS=81051877;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,56:0.44:127
chr17	81052423	rs8269	G	A	1192.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-1.511;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.057;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=41;PP=753;ReadPosRankSum=-1.357;SC=TGGGAGCCGCGTGCCCTGGGC;SOR=0.501;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=117;TCF=11;TCR=106;TR=45;WE=81052431;WS=81052413;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,54:0.42:128
chr17	81083406	.	T	TCTCAGGGCGGCCGTGTGGGCATCCGTGTCAGAGTGCTGTGTGCCGGGCGACG	947.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.034;ClippingRankSum=0.000;DP=112;ExcessHet=3.0103;FS=1.803;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.85;MQRankSum=-0.189;QD=10.53;ReadPosRankSum=1.202;SOR=0.615;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:59,31:0.34:90
chr17	81083419	rs28399067	G	A	1057.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.683;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FS=0.623;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.68;MQRankSum=2.375;QD=7.56;ReadPosRankSum=2.994;SOR=0.767;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:75,65:0.46:140
chr18	117236	rs199601219	A	G	686.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=41.28;QD=29.86;SOR=3.352;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr18	120862	rs143005099	C	T	2461.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-3.625;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-2.932;NF=23;NR=75;PP=1836;ReadPosRankSum=-1.075;SC=GCACAACACACTGAGGGTTTT;SOR=0.738;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=131;TCF=32;TCR=99;TR=98;WE=120870;WS=120852;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,104:0.77:135
chr18	180211	rs79829832	CT	C	382.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.734;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=312;ExcessHet=3.0103;FS=0.582;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.03;MQRankSum=1.690;QD=1.34;ReadPosRankSum=1.299;SOR=0.789;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:209,76:0.27:285
chr18	196829	rs655781	G	A	6438.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=235;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=45;NR=137;PP=2965;SC=TACATTTACCGTACTTACTGG;SOR=1.960;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=182;TCF=45;TCR=137;TR=182;WE=196837;WS=196819;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,227:1.00:227
chr18	197741	rs35489764	AT	A	939.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=1.233;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.140;HP=11;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.530;NF=1;NR=34;PP=524;ReadPosRankSum=0.039;SC=TTATACCTTGATTTTTTTTTT;SOR=1.649;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=43;TCF=1;TCR=42;TR=35;WE=197749;WS=197731;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:6,51:0.89:57
chr18	203081	rs471274	A	C	13309.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.129;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=497;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=147;NR=171;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.856;SC=GGATTTCTTTACATTTTGTCT;SOR=0.266;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=319;TCF=147;TCR=172;TR=318;WE=203089;WS=203071;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,488:1.00:489
chr18	204780	rs61607000	A	G	4311.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=46;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=37;NR=67;PP=1956;SC=TTCCTGCTTCATTTTTCCTTC;SOR=1.130;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=106;TCF=38;TCR=68;TR=104;WE=204788;WS=204770;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,162:1.00:162
chr18	204815	rs56806027	T	A	3946.77	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=33;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=46;PP=1416;SC=TATAGTATTATTTGGATCAAT;SOR=1.636;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=64;TCF=16;TCR=48;TR=60;WE=204824;WS=204805;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr18	204816	rs4039610	T	TAAAAA	3937.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=33;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=44;PP=2969;SC=ATAGTATTATTTGGATCAATC;SOR=1.636;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=50;TCF=4;TCR=46;TR=48;WE=204824;WS=204805;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr18	219029	rs1784834	G	A	840.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.859;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=24;PP=608;ReadPosRankSum=0.705;SC=AAATACTCATGAAGTGGTGGC;SOR=1.432;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=29;TCF=4;TCR=25;TR=28;WE=219037;WS=219019;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,30:0.97:31
chr18	224184	rs631343	C	G	13670.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=531;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=143;NR=201;PP=2965;SC=GATGTTCTGTCGTGAACAAAA;SOR=0.967;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=346;TCF=144;TCR=202;TR=344;WE=224192;WS=224174;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,517:1.00:517
chr18	252436	rs77154435	A	G	4618.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=1.576;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.657;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=116;NR=35;PP=2955;ReadPosRankSum=1.382;SC=GAAATTTCTTATAATTTCTTT;SOR=0.592;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=197;TCF=151;TCR=46;TR=151;WE=252444;WS=252426;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,180:0.78:232
chr18	252559	rs657138	G	A	21274.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=811;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=249;NR=247;PP=2965;SC=GAGCTTCCTCGTCTCCCATTT;SOR=0.713;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=497;TCF=249;TCR=248;TR=496;WE=252567;WS=252549;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,808:1.00:808
chr18	260108	rs11309829	TA	T	188.76	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.381;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.77;MQRankSum=0.603;QD=13.48;ReadPosRankSum=-0.872;SOR=2.147;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,13:0.93:14
chr18	260140	rs72856275	T	A	867.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.32;QD=26.30;SOR=1.751;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr18	319935	rs12190	T	C	147.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.865;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.37;ReadPosRankSum=0.229;SOR=0.750;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:87,21:0.19:108
chr18	334742	rs2305027	C	T	118.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.245;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.09;ReadPosRankSum=0.817;SOR=0.591;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:91,18:0.17:109
chr18	334758	rs2305026	T	C	3371.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=40;NR=32;PP=1162;SC=CCTCCGGTGCTGGGGTTGGCT;SOR=0.833;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=72;TCF=40;TCR=32;TR=72;WE=334766;WS=334748;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr18	334994	rs2305025	A	G	1706.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.470;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=342;ExcessHet=3.0103;FS=0.445;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.16;ReadPosRankSum=-0.447;SOR=0.640;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:234,97:0.29:331
chr18	335316	rs2012143	A	C	3288.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.086;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.526;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=71;PP=2007;ReadPosRankSum=0.773;SC=AAATCTCCAAATTAAAAAAAC;SOR=0.404;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=139;TCF=38;TCR=101;TR=100;WE=335324;WS=335306;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,133:0.75:177
chr18	346821	rs3826628	C	T	6234.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.371;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=349;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.480;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=97;NR=116;PP=2962;ReadPosRankSum=0.834;SC=TGGCAGCCAGCGTCTGCAAGC;SOR=0.653;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=272;TCF=124;TCR=148;TR=213;WE=346829;WS=346811;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,272:0.79:345
chr18	618124	rs518471	T	C	12300.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=466;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=104;NR=207;PP=2965;SC=TGGTTTCTTATCTGTGCTGTG;SOR=1.286;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=311;TCF=104;TCR=207;TR=311;WE=618132;WS=618114;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,451:1.00:451
chr18	619050	rs546696	G	T	2029.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=61;NR=1;PP=1642;SC=GTGGCAGCTGGGTCCATGTGG;SOR=6.123;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=62;TCF=61;TCR=1;TR=62;WE=619058;WS=619048;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr18	624783	rs495688	A	G	3485.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=71;NR=28;PP=2034;SC=TTTAGAATGTATACATTTCAA;SOR=1.749;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=100;TCF=71;TCR=29;TR=99;WE=624791;WS=624773;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr18	624824	rs495799	T	C	5775.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=100;NR=54;PP=2965;SC=GCACATAGATTATGAAATGGA;SOR=1.268;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=154;TCF=100;TCR=54;TR=154;WE=624832;WS=624814;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,211:1.00:211
chr18	625070	rs498466	G	A	3510.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=21;NR=63;PP=1928;SC=CACAGTTCTTGAGGCACCTAT;SOR=1.667;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=85;TCF=21;TCR=64;TR=84;WE=625078;WS=625060;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr18	627044	.	C	T	2962	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;FR=1.0000;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MMLQ=27;MQ=58.18;NF=107;NR=5;PP=2962;QD=20;SC=AAGAAAGAGTCGAGAAAGAAA;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=113;TCF=108;TCR=5;TR=112;WE=627052;WS=627001;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:1,112:0.99:113
chr18	645176	rs565034	C	A	4893.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=36;NR=107;PP=2965;SC=AACTTGTTTCCAAATACCTGG;SOR=2.032;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=144;TCF=36;TCR=108;TR=143;WE=645184;WS=645166;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,166:1.00:166
chr18	649759	rs1058151	T	C	3565.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.397;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.651;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.620;NF=64;NR=47;PP=1863;ReadPosRankSum=-0.417;SC=TTTTGCTACATACAGTACCAA;SOR=0.498;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=131;TCF=76;TCR=55;TR=111;WE=649767;WS=649749;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,157:0.84:186
chr18	649879	rs34918478	CT	C	211.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.215;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FS=1.819;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.12;MQRankSum=2.264;QD=1.56;ReadPosRankSum=-2.392;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:99,37:0.27:136
chr18	657685	.	G	C	673	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;FR=0.5000;HP=2;HapScore=1;MGOF=21;MMLQ=20;MQ=60.0;NF=27;NR=7;PP=673;QD=20.816800369;SC=CGCGCCACTTGGCCTGCCTCC;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=106;TCF=73;TCR=33;TR=34;WE=657705;WS=657675;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:72,34:0.32:106
chr18	724612	rs537141	A	G	16902.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=643;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=197;NR=225;PP=2965;SC=ACTTGTTCTAATACTTCACGG;SOR=0.748;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=423;TCF=197;TCR=226;TR=422;WE=724620;WS=724602;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,637:1.00:637
chr18	904766	rs2231181	G	C	2073.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.305;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=841;ExcessHet=3.0103;FS=3.154;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.48;ReadPosRankSum=-1.056;SOR=0.496;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:655,180:0.22:835
chr18	905125	rs1893154	A	G	550.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.859;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=260;ExcessHet=3.0103;FS=0.578;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.15;ReadPosRankSum=0.208;SOR=0.607;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:204,52:0.20:256
chr18	905537	rs2231183	T	C	10052.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=350;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=84;NR=199;PP=2965;SC=AGCTGGGGCTTCCCAGGCACA;SOR=1.738;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=284;TCF=84;TCR=200;TR=283;WE=905545;WS=905527;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,343:1.00:343
chr18	907675	rs8192597	G	A	22989.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-2.091;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=881;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=233;NR=267;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.400;SC=AGGAAGAGGCGTACGGCGAGG;SOR=0.257;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=503;TCF=234;TCR=269;TR=500;WE=907683;WS=907665;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,871:1.00:872
chr18	1278665	rs1595005	C	T	10738.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-2.696;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=662;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=144;NR=169;PP=2962;ReadPosRankSum=-2.323;SC=AATCTGAGTGCTCCCCTGTCT;SOR=0.619;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=418;TCF=188;TCR=230;TR=313;WE=1278673;WS=1278655;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:153,495:0.76:648
chr18	2539016	rs8084295	C	G	27523.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=1050;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=376;NR=267;PP=2965;SC=CCAGACTCCACAGCAATAAAA;SOR=0.968;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=648;TCF=378;TCR=270;TR=643;WE=2539024;WS=2539006;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,1030:1.00:1030
chr18	2547500	rs2677879	G	T	15202.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.090;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=568;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=162;NR=230;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.134;SC=GGTATTTGCTGTATTTGCAGG;SOR=0.345;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=395;TCF=162;TCR=233;TR=392;WE=2547508;WS=2547490;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,562:1.00:563
chr18	2564005	rs9965478	A	T	182.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-3.420;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.880;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=11;PP=136;ReadPosRankSum=-0.704;SC=AATCAATGCAAAGGGTATGGA;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=47;TCF=7;TCR=40;TR=11;WE=2564013;WS=2563995;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,11:0.22:49
chr18	2585077	rs6506019	G	A	3296.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=43;NR=29;PP=1410;SC=GTGTTTTTCAGATCAACTTGC;SOR=0.920;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=72;TCF=43;TCR=29;TR=72;WE=2585085;WS=2585067;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr18	2606596	rs4035305	CTT	C	1023.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.559;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.736;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=20;PP=621;ReadPosRankSum=0.156;SC=AAATCAAAATCTTTAAGCTAT;SOR=0.786;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=78;TCF=6;TCR=72;TR=20;WE=2606605;WS=2606586;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:115,34:0.23:149
chr18	2610978	rs3817350	G	A	3747.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=18;NR=99;PP=2884;SC=AGTATGATCTGGCAAAAATTT;SOR=2.991;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=117;TCF=18;TCR=99;TR=117;WE=2610986;WS=2610968;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr18	2616320	rs1983345	G	A	745.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.62;BaseQRankSum=-2.189;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=5;PP=170;ReadPosRankSum=-0.054;SC=CACCATGCCCGGCCCTTTTTA;SOR=0.735;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=19;TCF=11;TCR=8;TR=12;WE=2616328;WS=2616310;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,34:0.79:43
chr18	2616457	rs9051	G	C	1309.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.595;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FS=1.201;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.19;ReadPosRankSum=-1.983;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,60:0.83:72
chr18	2656248	rs2430853	G	C	321.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.813;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=403;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.82;ReadPosRankSum=-0.074;SOR=0.720;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:336,58:0.15:394
chr18	2688798	rs637651	G	A	1663.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=39;PP=1131;SC=GATAGACGGTGGGACAGAACT;SOR=3.098;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=44;TCF=5;TCR=39;TR=44;WE=2688806;WS=2688788;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr18	2698125	rs626994	T	C	1239.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=33;PP=945;SC=ATCGGTTGGGTTATTCAGGTT;SOR=4.461;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=34;TCF=1;TCR=33;TR=34;WE=2698133;WS=2698115;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr18	2705615	.	A	G	35	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;FR=0.5000;HP=3;HapScore=2;MGOF=17;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=4;NR=0;PP=35;QD=17.4428031368;SC=GAAGTTCTGTAAAATTATTAT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=16;TCR=2;TR=4;WE=2705623;WS=2705605;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:14,4:0.22:18
chr18	2705700	rs635132	A	G	3494.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=49;NR=25;PP=1350;SC=AGGTCAAGACAATCAAGACAC;SOR=1.016;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=75;TCF=50;TCR=25;TR=74;WE=2705708;WS=2705690;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,140:1.00:140
chr18	2707619	rs2276092	G	A	11066.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=428;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=125;NR=128;PP=2965;SC=GCCTAATGAGGTTAGGCCTGC;SOR=0.712;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=255;TCF=126;TCR=129;TR=253;WE=2707627;WS=2707609;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,422:1.00:422
chr18	2718265	rs62084229	A	G	499.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.879;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FS=2.990;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.43;ReadPosRankSum=-0.857;SOR=0.947;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:161,45:0.22:206
chr18	2729177	rs17627559	T	C	129.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.324;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.13;ReadPosRankSum=0.435;SOR=0.735;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:49,12:0.20:61
chr18	2738352	rs10638660	T	TAGAC	4982.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=71;NR=8;PP=2918;SC=AAGAGAACATTAGACGAAGCT;SOR=3.507;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=97;TCF=83;TCR=14;TR=79;WE=2738360;WS=2738342;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr18	2738580	rs8094260	C	T	16962.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.745;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=657;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=155;NR=259;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.776;SC=CCTATGGCAACAAAATACTGT;SOR=0.824;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=416;TCF=156;TCR=260;TR=414;WE=2738588;WS=2738570;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,638:1.00:639
chr18	2740714	rs12327477	A	G	4861.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.533;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=78;NR=52;PP=2182;ReadPosRankSum=0.120;SC=TAATAATTACAGATCAGTACG;SOR=1.044;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=133;TCF=80;TCR=53;TR=130;WE=2740722;WS=2740704;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,196:0.99:198
chr18	2750204	rs2304861	C	T	6083.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-2.115;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=329;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.132;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=124;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.049;SC=TAATGACTATCCTTCTGTTTA;SOR=0.826;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=234;TCF=81;TCR=153;TR=186;WE=2750212;WS=2750194;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,253:0.80:315
chr18	2750477	rs2304859	A	G	6702.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.436;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=262;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=94;PP=2965;ReadPosRankSum=1.635;SC=ACAAAGATGCATCCTTCTTAG;SOR=0.555;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=159;TCF=64;TCR=95;TR=158;WE=2750485;WS=2750467;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,257:0.99:260
chr18	2751475	rs300293	A	G	4883.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=41;NR=98;PP=2965;SC=GTAAATATATAATGTTATATA;SOR=1.596;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=142;TCF=41;TCR=101;TR=139;WE=2751483;WS=2751465;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,177:1.00:177
chr18	2771516	rs300291	G	T	5810.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=84;NR=58;PP=2881;SC=GCAAATTTTTGGTTTTTTATT;SOR=0.987;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=142;TCF=84;TCR=58;TR=142;WE=2771524;WS=2771506;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,214:1.00:214
chr18	2771643	rs3214732	A	AT	3316.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=64;PP=2321;SC=TACGTGAAAGATTTTTTATTA;SOR=1.573;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=76;TCF=6;TCR=70;TR=70;WE=2771651;WS=2771633;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chr18	2777923	rs3213926	A	G	7089.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=282;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=71;NR=96;PP=2932;SC=GGTAAAAGACATTATGGTGAC;SOR=0.871;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=167;TCF=71;TCR=96;TR=167;WE=2777931;WS=2777913;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,279:1.00:279
chr18	2778382	rs17552342	C	T	294.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=3.505;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=11;PP=222;ReadPosRankSum=0.990;SC=GTAGGCAAAACGTAGGAATGA;SOR=0.495;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=24;TCF=2;TCR=22;TR=13;WE=2778390;WS=2778372;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,13:0.45:29
chr18	2784926	rs72866583	G	A	110.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.930;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=1.774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.16;ReadPosRankSum=0.711;SOR=0.293;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,9:0.26:35
chr18	2795852	rs2298498	A	G	2460.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-2.565;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=72;NR=13;PP=1694;ReadPosRankSum=-1.144;SC=CTATGTTACCATAACACAAAT;SOR=1.055;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=88;TCF=75;TCR=13;TR=85;WE=2795860;WS=2795842;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,95:0.98:97
chr18	2885118	rs592120	C	T	482.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.155;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.06;ReadPosRankSum=-0.124;SOR=0.653;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:87,32:0.27:119
chr18	2909608	rs606491	C	T	723.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.350;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FS=0.684;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.40;ReadPosRankSum=-0.561;SOR=0.813;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:164,49:0.23:213
chr18	2909831	rs607411	C	G	16818.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=640;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=163;NR=216;PP=2965;SC=AGTGTTTGAACGGAACTGGTA;SOR=0.889;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=382;TCF=164;TCR=218;TR=379;WE=2909839;WS=2909821;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,635:1.00:635
chr18	2913431	rs1790994	T	C	344.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.061;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FS=3.006;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.85;ReadPosRankSum=1.713;SOR=0.418;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:154,32:0.17:186
chr18	2946291	rs643507	C	T	23102.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=858;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=314;PP=2965;SC=AGTTCCTTCTCCTCAGTAGTC;SOR=0.722;SbPval=0.52;Source=Platypus;TCF=315;WE=2946299;WS=2946281;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,830:1.00:830
chr18	2951447	rs138599261	TAA	T	1142.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.37;QD=24.84;SOR=4.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:4,42:0.91:46
chr18	2960969	rs17881253	TTATTAA	T	2405.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=45;PP=2565;SC=ATCATTAGCCTTATTAATTTT;SOR=4.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=47;TCF=0;TCR=47;TR=45;WE=2960982;WS=2960959;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr18	2982817	rs1539792	C	A	4098.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=20;NR=93;PP=2758;SC=GTATATAATCCAAACAGAAAG;SOR=2.444;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=116;TCF=20;TCR=96;TR=113;WE=2982825;WS=2982807;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,138:1.00:138
chr18	3067542	rs1143658	G	C	1031.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.280;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=250;ExcessHet=3.0103;FS=0.559;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.21;ReadPosRankSum=-0.265;SOR=0.778;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:183,62:0.25:245
chr18	3072052	.	AT	A	192.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.466;ClippingRankSum=0.000;DP=204;ExcessHet=3.0103;FS=9.633;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.11;MQRankSum=1.567;QD=1.42;ReadPosRankSum=1.085;SOR=0.173;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:103,33:0.24:136
chr18	3075503	rs10667835	C	CAAA	39531.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=909;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=120;NR=237;PP=2967;SC=AACAAACAGACGAAGAATTTT;SOR=0.872;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=364;TCF=122;TCR=242;TR=357;WE=3075511;WS=3075493;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,885:1.00:885
chr18	3085191	rs148266515	AT	A	3046.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.358;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=240;ExcessHet=3.0103;FS=8.656;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.18;MQRankSum=0.511;QD=17.71;ReadPosRankSum=-1.362;SOR=0.148;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:13,159:0.92:172
chr18	3089522	rs948298	G	T	6677.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=259;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=121;NR=57;PP=2965;SC=CTTTATCCACGGCCTATTTTT;SOR=1.345;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=182;TCF=121;TCR=61;TR=178;WE=3089530;WS=3089512;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,245:1.00:245
chr18	3094377	rs36091956	GA	G	933.82	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.494;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FS=20.038;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.69;MQRankSum=1.819;QD=10.04;ReadPosRankSum=1.117;SOR=1.838;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,74:0.80:93
chr18	3100429	rs7232329	G	A	21356.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.033;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=813;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=196;NR=275;PP=2965;ReadPosRankSum=1.176;SC=TTCGTCCTTCGGAACAAAATA;SOR=0.930;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=480;TCF=204;TCR=276;TR=471;WE=3100437;WS=3100419;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,804:1.00:808
chr18	3112231	rs8096379	G	C	4390.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=86;NR=34;PP=2283;SC=AGCACAGAAAGGCCGAACCTT;SOR=1.552;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=121;TCF=87;TCR=34;TR=120;WE=3112239;WS=3112221;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,162:1.00:162
chr18	3112568	rs8097874	C	A	1134.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=32;PP=898;SC=TCAAACACTACGCAGGTGACT;SOR=4.921;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=35;TCF=3;TCR=32;TR=35;WE=3112576;WS=3112558;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr18	3120037	.	G	GT	336.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.562;ClippingRankSum=0.000;DP=185;ExcessHet=3.0103;FS=1.719;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.29;ReadPosRankSum=-1.777;SOR=0.498;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:107,40:0.27:147
chr18	3120060	rs6506068	G	A	3784.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=24;NR=62;PP=1862;SC=TACTTGTTGAGCATTTTATTT;SOR=1.437;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=86;TCF=24;TCR=62;TR=86;WE=3120068;WS=3120050;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr18	3129131	rs8089599	T	C	467.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-2.036;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=1;PP=210;ReadPosRankSum=0.596;SC=AGAATGGACATTGATGAAAGC;SOR=1.358;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=17;TCF=15;TCR=2;TR=13;WE=3129139;WS=3129121;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,20:0.83:24
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chr18	3214918	rs7232679	G	C	127.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.285;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=1.226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.88;ReadPosRankSum=-0.513;SOR=0.416;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:55,13:0.19:68
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chr18	3215156	.	CAC	GAG	2944	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;FR=0.5000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=56;NR=50;PP=2944;QD=20;SC=CGGTGCTGCGCACGTCCTTGT;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=357;TCF=175;TCR=182;TR=106;WE=3215166;WS=3215146;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:251,106:0.30:357
chr18	3215158	rs1791085	C	G	4212.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.187;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=550;ExcessHet=3.0103;FS=0.617;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.73;ReadPosRankSum=2.278;SOR=0.669;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:414,131:0.24:545
chr18	3215230	rs1662315	C	T	1360.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.352;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=391;ExcessHet=3.0103;FS=6.506;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.50;ReadPosRankSum=0.882;SOR=1.058;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:298,91:0.23:389
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chr18	3253569	rs6417016	C	T	3692.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=33;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=10;NR=94;PP=2670;SC=TGTTTCCCACCGGATCACCAG;SOR=3.949;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=104;TCF=10;TCR=94;TR=104;WE=3253577;WS=3253559;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr18	3272744	rs7242012	A	G	1888.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=42;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=56;NR=4;PP=1373;SC=GTTTAGGTGCATACTTATTCC;SOR=4.080;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=60;TCF=56;TCR=4;TR=60;WE=3272752;WS=3272734;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr18	3272798	rs6506097	AG	TA	5472.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=31;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=88;NR=20;PP=2947;SC=TTTTACCTACAGACTTTAGGT;SOR=2.507;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=118;TCF=91;TCR=27;TR=108;WE=3272807;WS=3272788;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr18	3272855	rs6506099	C	T	9076.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=331;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=161;NR=88;PP=2965;SC=TTTTGTTTTACGTTTTTGTGT;SOR=1.217;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=249;TCF=161;TCR=88;TR=249;WE=3272882;WS=3272845;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,331:1.00:331
chr18	3272874	rs7407072	T	A	11397.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.899;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=447;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.96;ReadPosRankSum=2.019;SOR=1.115;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,437:1.00:439
chr18	3273153	rs7407045	C	T	5359.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=34;NR=103;PP=2912;SC=TTTTTTTGTGCGATGTACAAA;SOR=1.697;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=137;TCF=34;TCR=103;TR=137;WE=3273161;WS=3273143;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,194:1.00:194
chr18	3277466	rs6506100	TG	CA	40027.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=911;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=195;NR=305;PP=2947;SC=AAAGTACTTCTGTGAAATAGA;SOR=1.018;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=514;TCF=201;TCR=313;TR=500;WE=3277475;WS=3277456;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,902:1.00:902
chr18	3277691	rs6506102	A	T	8425.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=318;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=129;NR=74;PP=2965;SC=TACGATTGACAAGCTTTAGGA;SOR=1.127;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=204;TCF=129;TCR=75;TR=203;WE=3277699;WS=3277681;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,306:1.00:306
chr18	3447871	rs151472	T	C	11896.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.562;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=682;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.356;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=149;NR=202;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.542;SC=TCCCCCCTTCTCCTGGAAAGT;SOR=0.844;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=453;TCF=197;TCR=256;TR=351;WE=3447879;WS=3447851;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:156,523:0.77:679
chr18	3534175	rs2072389	G	A	3239.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.913;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1092;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.00;ReadPosRankSum=-1.080;SOR=0.662;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:832,247:0.23:1079
chr18	3580485	rs2240900	G	T	1806.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.145;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FS=5.428;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.57;MQRankSum=-0.103;QD=17.04;ReadPosRankSum=-1.174;SOR=0.313;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,74:0.70:106
chr18	3580742	rs475528	A	G	1252.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.069;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=591;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.77;MQRankSum=-6.873;QD=2.14;ReadPosRankSum=2.214;SOR=0.645;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:473,112:0.19:585
chr18	3582272	rs11662259	A	C	661.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.691;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FS=6.380;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.93;ReadPosRankSum=-0.283;SOR=0.346;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:176,50:0.22:226
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chr18	5577258	rs11876037	T	C	5744.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=1.459;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.900;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=134;NR=34;PP=2965;ReadPosRankSum=0.359;SC=GTATCCAATGTAGAGTTATAA;SOR=2.506;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=171;TCF=135;TCR=36;TR=168;WE=5577266;WS=5577248;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,194:0.99:196
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chr18	5840674	rs9966028	C	A	663.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.836;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FS=5.809;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.61;ReadPosRankSum=1.293;SOR=1.348;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:145,39:0.21:184
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chr18	5891637	rs28656885	C	A	2463.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.944;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=820;ExcessHet=3.0103;FS=1.324;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.03;ReadPosRankSum=-0.818;SOR=0.571;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:623,191:0.23:814
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chr18	6511473	rs4798453	C	T	4057.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=92;NR=35;PP=2668;SC=CTGTAATAATCGTGGACATCA;SOR=1.973;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=127;TCF=92;TCR=35;TR=127;WE=6511481;WS=6511463;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,141:1.00:141
chr18	6511669	rs4798454	T	G	8689.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=332;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=80;NR=131;PP=2965;SC=GAGCTCTTTGTTGGTGACATT;SOR=1.092;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=211;TCF=80;TCR=131;TR=211;WE=6511677;WS=6511659;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,323:1.00:323
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chr18	6912004	rs1346931	G	A	30684.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=1159;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=337;NR=317;PP=2965;SC=ATATGTGTGCGCACGCACACA;SOR=0.728;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=656;TCF=337;TCR=319;TR=654;WE=6912017;WS=6911994;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,1154:1.00:1154
chr18	6912143	rs1056408	A	C	9553.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=339;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=77;NR=176;PP=2965;SC=AAACCCCAACAAAGTTCTTAA;SOR=1.532;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=253;TCF=77;TCR=176;TR=253;WE=6912151;WS=6912133;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,335:1.00:335
chr18	6943264	rs2016639	G	A	9803.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=3.506;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=586;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.612;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=186;NR=104;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.132;SC=CTGCGTTCCCGTCAACAATCA;SOR=0.819;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=374;TCF=234;TCR=140;TR=290;WE=6943272;WS=6943254;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:149,425:0.74:574
chr18	6947013	rs489023	C	T	2442.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=55;NR=15;PP=1563;SC=AAAAGGTTTTCTTGTAGCAAT;SOR=2.476;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=70;TCF=55;TCR=15;TR=70;WE=6947021;WS=6947003;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr18	6947143	rs2155697	A	C	8015.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.680;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=416;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.719;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=121;NR=97;PP=2962;ReadPosRankSum=2.805;SC=GAAGACCCTCATGGAGAGGAA;SOR=0.572;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=250;TCF=142;TCR=108;TR=218;WE=6947151;WS=6947133;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,345:0.84:412
chr18	6947362	rs12966847	C	G	2451.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.799;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.669;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=57;PP=1490;ReadPosRankSum=0.407;SC=CATTTGGCCTCCTGGCTAGGG;SOR=0.892;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=105;TCF=26;TCR=79;TR=75;WE=6947370;WS=6947352;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,100:0.73:137
chr18	6980457	rs693360	T	C	7190.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=267;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=106;NR=72;PP=2965;SC=CTTCCTTATGTTCCTGAGTGA;SOR=0.943;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=179;TCF=107;TCR=72;TR=178;WE=6980465;WS=6980447;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,266:1.00:266
chr18	6980523	rs607230	T	C	8686.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=331;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=98;NR=112;PP=2965;SC=CACTTACCTTTAGGAATTGCT;SOR=0.796;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=210;TCF=98;TCR=112;TR=210;WE=6980531;WS=6980513;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,326:1.00:326
chr18	6982443	rs538815	C	T	9673.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.706;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=377;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=137;NR=93;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.853;SC=GGCTGCTCAGCGAGACGCTCA;SOR=0.980;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=232;TCF=138;TCR=94;TR=230;WE=6982451;WS=6982433;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,369:0.99:371
chr18	6985270	rs11664063	C	T	1454.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.110;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=431;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.41;ReadPosRankSum=-1.522;SOR=0.733;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:322,104:0.24:426
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chr18	6985506	rs616722	T	C	25739.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=586;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.38;SOR=0.888;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,580:1.00:580
chr18	6985506	.	TG	CA	2944	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;FR=0.5000;HP=1;HapScore=1;MMLQ=21;NF=154;NR=119;PP=2944;QD=20;SC=GTACTGTGGCTGTGCTGAGAT;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=377;TCF=210;TCR=167;TR=273;WE=6985515;WS=6985489;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:104,273:0.72:377
chr18	6985507	rs523711	G	A	17822.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.734;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=586;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=30.73;ReadPosRankSum=-0.773;SOR=0.750;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:131,449:0.77:580
chr18	6985631	rs617206	C	T	7423.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.755;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=420;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.665;HP=1;HapScore=1;MGOF=30;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=82;NR=150;PP=2962;ReadPosRankSum=1.638;SC=CTTGAACATGCAGCTTTTTAT;SOR=0.653;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=295;TCF=103;TCR=192;TR=232;WE=6985639;WS=6985621;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,322:0.79:407
chr18	6985655	rs617573	C	T	11555.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=286;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=67;NR=156;PP=2965;SC=GCAGCAGAAACGGCATTTTAA;SOR=1.609;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=223;TCF=67;TCR=156;TR=223;WE=6985663;WS=6985645;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,280:1.00:280
chr18	6986050	rs59480422	C	A	1322.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-0.400;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.512;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=11;PP=849;ReadPosRankSum=0.605;SC=AGCCACCCAGCCAGGCCAGGG;SOR=1.119;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=57;TCF=43;TCR=14;TR=46;WE=6986058;WS=6986040;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,53:0.75:71
chr18	6986259	rs62081531	G	A	1327.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.656;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=472;ExcessHet=3.0103;FS=1.331;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.84;ReadPosRankSum=-1.119;SOR=0.639;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:360,108:0.23:468
chr18	6992509	rs7243349	C	T	9684.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.523;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=563;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.330;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=189;NR=110;PP=2962;ReadPosRankSum=1.217;SC=AGATAGCGTGCAAGTTTCTCT;SOR=0.850;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=384;TCF=240;TCR=144;TR=299;WE=6992517;WS=6992499;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:133,419:0.76:552
chr18	6993673	rs62081533	T	C	617.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.795;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=564;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.11;ReadPosRankSum=-0.300;SOR=0.641;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:462,93:0.17:555
chr18	6997818	rs12961939	A	C	47713.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.598;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1815;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=605;NR=497;PP=2965;ReadPosRankSum=1.830;SC=AGGTTCAGAGAAAGAACGGCA;SOR=0.840;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=1103;TCF=606;TCR=497;TR=1102;WE=6997826;WS=6997808;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,1802:1.00:1804
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chr18	6999368	rs525231	C	T	12735.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.374;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=459;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=28.05;ReadPosRankSum=-1.433;SOR=0.666;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:139,315:0.69:454
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chr18	7033255	rs628540	A	G	260.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.746;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.158;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.325;NF=2;NR=7;PP=69;ReadPosRankSum=-0.581;SC=CACGAGGTCAAGAGATCGAGA;SOR=0.495;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=38;TCF=9;TCR=29;TR=9;WE=7033263;WS=7033245;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,17:0.29:59
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chr18	7117623	rs334406	G	C	14518.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=564;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=187;NR=151;PP=2965;SC=GCCCGCCTGCGGGGGACAGGG;SOR=0.848;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=338;TCF=187;TCR=151;TR=338;WE=7117631;WS=7117613;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,554:1.00:554
chr18	7117782	rs334407	A	G	9599.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=-1.464;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=375;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQ=60.03;MQRankSum=0.105;NF=82;NR=131;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.725;SC=GGAACGCTCCACGGGACGCGA;SOR=0.369;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=214;TCF=82;TCR=132;TR=213;WE=7117790;WS=7117772;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,360:1.00:361
chr18	7117880	rs36201812	CCCCGCCCCGT	C	2462.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=34;PP=2981;SC=CTGCGCCCCGCCCCGCCCCGT;SOR=3.461;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=42;TCF=2;TCR=40;TR=35;WE=7117897;WS=7117870;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr18	7567803	rs67536179	C	G	6109.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=0.201;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=397;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.410;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=94;NR=77;PP=2628;ReadPosRankSum=1.390;SC=GCGGCCCGGCCCGCACTCAGC;SOR=0.647;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=225;TCF=125;TCR=100;TR=171;WE=7567811;WS=7567793;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:108,284:0.72:392
chr18	7774104	rs875530	T	C	4631.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=113;NR=23;PP=2965;SC=ATTCTAGAGGTCTGGTTGGTA;SOR=2.701;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=136;TCF=113;TCR=23;TR=136;WE=7774112;WS=7774094;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,154:1.00:154
chr18	7947197	rs8092781	G	A	932.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=2.172;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.144;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=28;PP=680;ReadPosRankSum=1.573;SC=CAGGTGTTCCGGCGCTTGGGC;SOR=1.445;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=45;TCF=10;TCR=35;TR=35;WE=7947205;WS=7947187;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,38:0.73:52
chr18	8069868	rs2230601	C	T	14686.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.957;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=865;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.333;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=174;NR=253;PP=2962;ReadPosRankSum=0.521;SC=ATACAGAAAACTCACACCCTC;SOR=0.852;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=543;TCF=229;TCR=314;TR=427;WE=8069876;WS=8069858;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:199,649:0.77:848
chr18	8088969	rs488952	G	C	1961.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=1.669;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=51;PP=1352;ReadPosRankSum=2.003;SC=AAATCCATATGTTTATTAGCT;SOR=0.660;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=73;TCF=11;TCR=62;TR=61;WE=8088977;WS=8088959;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,71:0.85:84
chr18	8089027	rs658110	G	A	715.22	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-1.836;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=26;PP=577;ReadPosRankSum=-0.922;SC=TTGATGTAAGGTGATCAAGTA;SOR=1.347;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=30;TCF=2;TCR=28;TR=28;WE=8089035;WS=8089017;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,29:0.91:32
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chr18	8244335	rs12962826	G	A	2459.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=19;NR=66;PP=1881;SC=GGTTTCTTCAGTCATTTTCAG;SOR=1.954;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=85;TCF=19;TCR=66;TR=85;WE=8244343;WS=8244325;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
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chr18	8387219	rs593950	G	C	7302.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=286;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=58;NR=149;PP=2965;SC=AAGGCCGCACGGTTGTGCACT;SOR=1.576;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=208;TCF=58;TCR=150;TR=207;WE=8387227;WS=8387209;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,282:1.00:282
chr18	8624887	rs56371226	A	G	131.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.960;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FS=9.540;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.55;ReadPosRankSum=0.446;SOR=2.742;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:73,12:0.14:85
chr18	8705583	.	A	ACGCCGCCGCCGC	1525.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.63;BaseQRankSum=-0.324;ClippingRankSum=0.000;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.884;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-1.006;NF=6;NR=6;PP=2989;ReadPosRankSum=1.350;SC=GGGAGGCTGCACGCCGCCGCC;SOR=0.960;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=35;TCF=20;TCR=15;TR=12;WE=8705596;WS=8705573;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,73:0.70:105
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chr18	8705871	rs142882599	T	G	4497.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.192;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=275;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.511;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=95;PP=2562;ReadPosRankSum=-1.293;SC=GAGCCCCGGCTCCCGCCGCCC;SOR=0.746;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=210;TCF=82;TCR=128;TR=156;WE=8705879;WS=8705861;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,197:0.74:268
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chr18	8706186	rs11661629	C	T	15237.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=2.649;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=822;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.656;HP=5;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=313;NR=153;PP=2962;ReadPosRankSum=0.803;SC=CCGTCGGCCCCCCGACCCCGG;SOR=0.803;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=591;TCF=391;TCR=200;TR=466;WE=8706194;WS=8706176;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:183,626:0.77:809
chr18	8783835	rs35739383	T	C	17578.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=658;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=269;NR=208;PP=2965;SC=ATGGAGGACATGCGGGGCCAG;SOR=0.899;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=477;TCF=269;TCR=208;TR=477;WE=8783843;WS=8783825;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,647:1.00:647
chr18	8784370	rs918272	A	G	28985.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=1033;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=383;NR=355;PP=2965;SC=ACTCGGAGGAAATGTTTGAGA;SOR=0.748;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=744;TCF=387;TCR=357;TR=738;WE=8784378;WS=8784360;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,1013:1.00:1013
chr18	8786117	.	C	CCCA,CCCCA	5362.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.127;ClippingRankSum=0.000;DP=204;ExcessHet=3.0103;FS=11.843;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=61.83;MQRankSum=0.207;QD=41.90;ReadPosRankSum=1.571;SOR=5.340;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:3,46,79:0.36,0.62:128
chr18	8793236	rs556991	T	C	13578.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=541;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=138;NR=223;PP=2965;SC=GCTAGACTCCTGGGCACGTAT;SOR=1.070;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=363;TCF=139;TCR=224;TR=361;WE=8793244;WS=8793226;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,532:1.00:532
chr18	8806815	rs11877424	A	G	3398.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.597;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.144;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=57;PP=2526;ReadPosRankSum=0.150;SC=CTACCTTGATAGCCAGATCCT;SOR=0.804;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=176;TCF=97;TCR=79;TR=122;WE=8806823;WS=8806805;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,150:0.69:216
chr18	8809418	rs10583994	TCA	T	12666.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.738;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=499;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.944;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.644;NF=59;NR=92;PP=2970;ReadPosRankSum=0.057;SC=TAAAAAGTAATCACACACATC;SOR=0.878;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=222;TCF=81;TCR=141;TR=151;WE=8809427;WS=8809408;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:144,352:0.71:496
chr18	8809445	rs632423	G	C	9695.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.710;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=608;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.238;HP=3;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=166;NR=121;PP=2962;ReadPosRankSum=0.900;SC=TTTCCCGTTAGAATTGTTGTG;SOR=0.839;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=392;TCF=221;TCR=171;TR=287;WE=8809453;WS=8809435;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:170,435:0.72:605
chr18	8821301	rs656602	T	C	3492.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=73;NR=32;PP=2209;SC=GATTGTACTTTAAAGGCCTCA;SOR=1.572;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=105;TCF=73;TCR=32;TR=105;WE=8821309;WS=8821291;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr18	8821556	rs629142	G	T	2401.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=13;NR=56;PP=1611;SC=GTCTTAAAATGTTGTTTTGTC;SOR=2.670;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=69;TCF=13;TCR=56;TR=69;WE=8821564;WS=8821546;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
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chr18	8825192	rs581894	A	G	2196.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.120;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=685;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.22;ReadPosRankSum=-0.036;SOR=0.737;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:536,146:0.21:682
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chr18	9522606	rs329007	G	A	15102.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.956;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=564;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=123;NR=279;PP=2965;ReadPosRankSum=2.238;SC=TGAACTTGAGGAGATAGGTAA;SOR=1.396;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=403;TCF=123;TCR=280;TR=402;WE=9522614;WS=9522596;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,544:1.00:546
chr18	9522666	rs2241943	A	G	3597.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=2.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=13.677;HP=1;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=112;PP=2848;ReadPosRankSum=0.607;SC=GGACAGTGTCAATGTATAAGA;SOR=2.478;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=146;TCF=13;TCR=133;TR=121;WE=9522674;WS=9522656;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,126:0.81:156
chr18	9525965	rs9955578	G	A	2164.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.954;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.072;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=44;PP=1207;ReadPosRankSum=-1.571;SC=TGACCAGGGTGGTCTCAAACT;SOR=0.514;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=84;TCF=29;TCR=55;TR=68;WE=9525973;WS=9525955;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,93:0.85:109
chr18	9530670	.	GCCCAGTTACCAAATGCCCAT	G	2239.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.532;ClippingRankSum=0.000;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.136;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.613;NF=10;NR=14;PP=2924;ReadPosRankSum=-0.798;SC=TATATTCCAAGCCCAGTTACC;SOR=1.002;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=38;TCF=19;TCR=19;TR=24;WE=9530697;WS=9530660;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,56:0.75:75
chr18	9536691	rs3322	G	A	3241.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.406;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.750;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.544;NF=26;NR=73;PP=1913;ReadPosRankSum=-1.596;SC=TTGGTCAAAGGTAGTCACCTT;SOR=0.827;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=130;TCF=36;TCR=94;TR=99;WE=9536699;WS=9536681;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,132:0.78:169
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chr18	9553481	rs407530	G	A	1959.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=9;NR=50;PP=1494;SC=TCTTTTACTAGAGTGCTTAAA;SOR=2.904;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=59;TCF=9;TCR=50;TR=59;WE=9553489;WS=9553471;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
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chr18	9577352	rs329000	C	T	1805.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=17;NR=33;PP=1210;SC=TTAGCTAGGACTGAAAAATTC;SOR=1.329;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=50;TCF=17;TCR=33;TR=50;WE=9577360;WS=9577342;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr18	9708582	rs62078920	C	T	771.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.611;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FS=1.707;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.94;ReadPosRankSum=-1.392;SOR=0.897;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:142,54:0.28:196
chr18	9775372	rs6506697	A	G	5248.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.163;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=330;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.953;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=104;PP=2607;ReadPosRankSum=-2.791;SC=CCTGTATGTCATTCTCCTTCG;SOR=0.764;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=227;TCF=81;TCR=146;TR=158;WE=9775380;WS=9775362;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:92,234:0.72:326
chr18	9775411	rs6506698	A	G	2575.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=2.545;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.639;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=62;PP=1614;ReadPosRankSum=0.727;SC=CATCAGAATGACCACTCTGTC;SOR=0.798;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=137;TCF=44;TCR=93;TR=91;WE=9775419;WS=9775401;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,109:0.66:166
chr18	9815053	rs59446209	CT	TG	7308.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.592;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=254;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.209;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=97;NR=38;PP=2944;ReadPosRankSum=-0.877;SC=TGTATTTCTGCTTAGTTGAAA;SOR=0.808;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=204;TCF=146;TCR=58;TR=135;WE=9815074;WS=9815043;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,180:0.73:248
chr18	9815066	rs59718720	T	C	5471.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.547;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=334;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.547;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=118;NR=67;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.229;SC=AGTTGAAATATTATATTGAGG;SOR=0.823;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=250;TCF=160;TCR=90;TR=185;WE=9815074;WS=9815043;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:89,238:0.73:327
chr18	9815099	rs16955697	C	T	8958.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.459;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=564;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.281;HP=2;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=147;NR=105;PP=2962;ReadPosRankSum=1.309;SC=GATTTGTGTACACTGTTGGTT;SOR=0.811;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=339;TCF=198;TCR=141;TR=252;WE=9815107;WS=9815089;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:142,406:0.74:548
chr18	9859134	rs10695443	A	AAATATT	7673.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.612;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=240;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.255;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=78;NR=26;PP=2903;ReadPosRankSum=0.981;SC=TGCACAGCCCAAAGCAGGAGT;SOR=1.221;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=154;TCF=106;TCR=48;TR=104;WE=9859142;WS=9859124;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,173:0.74:235
chr18	9886288	rs11662060	G	A	1261.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.674;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=237;ExcessHet=3.0103;FS=3.610;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.44;ReadPosRankSum=0.269;SOR=0.984;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:164,68:0.29:232
chr18	9886890	rs601874	A	G	41380.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-3.298;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=2586;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.623;NF=658;NR=633;PP=2962;ReadPosRankSum=5.393;SC=CCAAGTCCTCAGAAAAAGCCA;SOR=0.716;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=1737;TCF=876;TCR=861;TR=1291;WE=9886898;WS=9886879;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:660,1899:0.74:2559
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chr18	10468315	rs3748418	A	G	1128.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.477;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=2;PP=833;ReadPosRankSum=-0.159;SC=AATGTGCATCATACACGAGAG;SOR=1.236;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=33;TCF=30;TCR=3;TR=25;WE=10468335;WS=10468310;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,27:0.77:35
chr18	10468327	rs3748417	A	G	1258.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-2.472;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=3;PP=1066;ReadPosRankSum=-0.198;SC=ACACGAGAGCACGCACTGTGA;SOR=1.270;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=41;TCF=37;TCR=4;TR=33;WE=10468335;WS=10468310;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,35:0.81:43
chr18	10530664	rs71169932	CT	C	217.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.237;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FS=0.905;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.09;MQRankSum=1.671;QD=1.94;ReadPosRankSum=3.117;SOR=0.867;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:75,37:0.33:112
chr18	10548536	rs377525469	CT	C	76.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.126;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=6.087;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.38;MQRankSum=2.313;QD=1.67;ReadPosRankSum=1.539;SOR=0.158;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,13:0.28:46
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chr18	10680132	rs688237	C	T	5928.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.91;SOR=2.904;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr18	10680142	rs688222	T	A	6459.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=40.88;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,158:1.00:158
chr18	10680163	rs487037	G	A	5575.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=1.145;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.289;HP=3;HapScore=1;MGOF=40;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=134;NR=41;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.601;SC=ACTGGGGAAAGGGATAAATTA;SOR=2.112;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=178;TCF=135;TCR=43;TR=175;WE=10680171;WS=10680152;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,216:0.99:218
chr18	10691192	rs3748423	T	G	4766.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.098;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=106;NR=27;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.823;SC=TCTTCCCCCATAAGTGACTGT;SOR=1.263;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=134;TCF=107;TCR=27;TR=133;WE=10691200;WS=10691182;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,157:0.99:158
chr18	10691216	rs3748422	G	A	6728.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.496;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=259;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=131;NR=49;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.718;SC=GTTGCAGAGCGTCCTACCCTT;SOR=0.743;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=181;TCF=132;TCR=49;TR=180;WE=10691224;WS=10691206;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,246:1.00:247
chr18	10691357	rs3748421	G	A	15383.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.615;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=587;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=162;NR=206;PP=2965;ReadPosRankSum=0.605;SC=ACCAAAGCTGGGCAACCAGGT;SOR=0.297;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=371;TCF=164;TCR=207;TR=368;WE=10691365;WS=10691347;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,577:1.00:578
chr18	10696043	rs11661737	T	C	3543.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.512;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.986;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=67;NR=33;PP=1927;ReadPosRankSum=2.025;SC=TGGAGGCAGGTTGGTGCCTCT;SOR=0.254;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=131;TCF=92;TCR=39;TR=100;WE=10696051;WS=10696033;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,147:0.78:189
chr18	10696227	rs2277860	C	T	7053.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.778;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=420;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=111;NR=123;PP=2962;ReadPosRankSum=0.311;SC=TCACCAAAAACGGCCCCGGGA;SOR=0.732;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=303;TCF=140;TCR=163;TR=234;WE=10696235;WS=10696211;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:105,315:0.75:420
chr18	10696333	rs868525	C	G	11580.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.614;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=399;ExcessHet=3.0103;FS=0.864;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=29.54;ReadPosRankSum=0.947;SOR=0.640;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:104,288:0.73:392
chr18	10696337	rs868526	A	G	11404.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.711;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=387;ExcessHet=3.0103;FS=0.887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=30.09;ReadPosRankSum=0.463;SOR=0.628;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:99,280:0.74:379
chr18	10698010	rs6146217	C	CGGATGCATTTGTGAACAATTACTGA	2937.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=24;PP=2900;SC=TGAGTATGCACGGCCTTGGGA;SOR=4.343;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=54;TCF=0;TCR=54;TR=24;WE=10698018;WS=10698000;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr18	10701898	rs62095568	C	T	468.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.108;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=2.141;NF=16;NR=2;PP=266;ReadPosRankSum=0.156;SC=CATCACCAATCCTGATGTCCA;SOR=0.494;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=65;TCF=59;TCR=6;TR=18;WE=10701906;WS=10701895;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,23:0.31:74
chr18	10704619	rs4796901	C	G	326.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.065;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.72;ReadPosRankSum=1.518;SOR=0.655;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:156,34:0.18:190
chr18	10705744	rs7227022	G	A	1425.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.844;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=508;ExcessHet=3.0103;FS=0.635;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.84;ReadPosRankSum=0.395;SOR=0.762;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:390,112:0.22:502
chr18	10714679	rs9962475	T	A	713.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.260;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=246;ExcessHet=3.0103;FS=0.614;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.04;ReadPosRankSum=-1.114;SOR=0.597;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:181,54:0.23:235
chr18	10731428	rs2865121	C	T	12889.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.422;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=751;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=207;NR=146;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.772;SC=TTTCCGCCTTCGTTTCCGTTC;SOR=0.743;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=465;TCF=270;TCR=195;TR=353;WE=10731436;WS=10731418;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:172,572:0.77:744
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chr18	10736476	rs35790059	G	GT	5804.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.117;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.341;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=69;NR=32;PP=2954;ReadPosRankSum=-0.167;SC=AATTGCAGATGTAAATCAGAA;SOR=0.498;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=147;TCF=103;TCR=44;TR=101;WE=10736484;WS=10736466;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,175:0.78:224
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chr18	10748603	rs8096037	A	T	6644.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-2.233;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=378;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.470;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=140;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.396;SC=CCCCACTGGGAAGTGTACAGG;SOR=0.653;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=262;TCF=74;TCR=188;TR=196;WE=10748611;WS=10748593;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,281:0.76:368
chr18	10757888	rs7407954	G	A	229.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-2.883;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.488;HP=1;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=3;PP=164;ReadPosRankSum=-0.891;SC=CCCAAGTATAGCAGAGAAAGT;SOR=0.395;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=63;TCF=53;TCR=10;TR=16;WE=10757896;WS=10757878;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,15:0.23:64
chr18	10758023	rs7407105	G	A	12482.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=458;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=199;NR=124;PP=2965;SC=CCGCATCAAGGTTCATGCAGA;SOR=1.099;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=328;TCF=202;TCR=126;TR=323;WE=10758031;WS=10758013;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,452:1.00:452
chr18	10758284	rs79054145	T	C	337.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.334;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FS=3.471;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.10;MQRankSum=-0.522;QD=3.22;ReadPosRankSum=0.892;SOR=1.473;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:81,24:0.23:105
chr18	10759935	rs2865119	A	G	12750.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.709;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=493;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=11;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=119;NR=194;PP=2965;ReadPosRankSum=2.354;SC=GAGGCAAAAAAAAAAAATCAG;SOR=1.063;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=313;TCF=119;TCR=194;TR=313;WE=10759943;WS=10759925;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,478:1.00:480
chr18	10759961	rs2865118	G	A	9555.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=362;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.15;SOR=1.307;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,352:1.00:352
chr18	10762962	rs7241380	G	A	11162.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=416;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=178;NR=99;PP=2965;SC=TAATGGTTTGGAGCTGGTACA;SOR=1.181;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=279;TCF=178;TCR=101;TR=277;WE=10762970;WS=10762952;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,411:1.00:411
chr18	10763007	rs7227167	T	C	15117.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.815;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=577;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=235;NR=169;PP=2965;ReadPosRankSum=1.004;SC=ACGTCCAGACTGTGCAGACAC;SOR=0.992;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=406;TCF=236;TCR=170;TR=404;WE=10763015;WS=10762997;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,569:1.00:571
chr18	10763132	rs7507093	C	T	1738.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.173;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=577;ExcessHet=3.0103;FS=2.167;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.07;ReadPosRankSum=1.671;SOR=0.514;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:436,130:0.23:566
chr18	10763218	rs2865131	T	C	4256.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=30;NR=105;PP=2614;SC=ATTCCTAGCATGCGCAAGGAA;SOR=2.200;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=135;TCF=30;TCR=105;TR=135;WE=10763226;WS=10763208;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,159:1.00:159
chr18	10784733	rs3830641	GA	G	2626.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=46;NR=4;PP=2196;SC=TAGGGTTGAAGAGCTGCCTTC;SOR=3.816;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=51;TCF=46;TCR=5;TR=50;WE=10784741;WS=10784723;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr18	10785070	rs12604151	A	C	1460.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=43;PP=1225;SC=TCGTTTATTGAATCCCTCTCT;SOR=3.958;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=47;TCF=4;TCR=43;TR=47;WE=10785078;WS=10785060;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr18	10787047	rs6505592	G	A	5018.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=72;NR=51;PP=2391;SC=TCTTTTTTCAGTCCAGTCATA;SOR=0.901;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=123;TCF=72;TCR=51;TR=123;WE=10787055;WS=10787037;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,188:1.00:188
chr18	10787199	rs11468237	GAA	G	2857.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.392;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=11;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.242;NF=0;NR=52;PP=892;ReadPosRankSum=-1.383;SC=ATCAGACATTGAAAAAAAAAA;SOR=0.725;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=60;TCF=0;TCR=60;TR=52;WE=10787208;WS=10787189;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:6,93:0.94:99
chr18	10789014	rs2870106	G	A	4672.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=109;NR=30;PP=2965;SC=AATCTCTGCAGAGGTAGCTCA;SOR=2.318;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=141;TCF=110;TCR=31;TR=139;WE=10789022;WS=10789004;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,159:1.00:159
chr18	10795041	rs6505594	A	G	9396.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.307;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=352;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.610;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=83;NR=141;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.569;SC=TGGTCAATACAATGCTCAGTC;SOR=0.666;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=226;TCF=84;TCR=142;TR=224;WE=10795058;WS=10795031;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,348:1.00:349
chr18	10797303	rs35610200	G	A	3113.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.982;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=58.80;MQRankSum=-0.340;QD=44.48;ReadPosRankSum=1.338;SOR=0.965;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,69:0.99:70
chr18	10797308	rs36081769	G	A	3130.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.871;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=58.64;MQRankSum=-0.352;QD=41.74;ReadPosRankSum=1.086;SOR=0.713;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,74:0.99:75
chr18	10797338	rs145681764	T	TATC	7141.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.814;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=-0.203;NF=62;NR=40;PP=2971;ReadPosRankSum=-0.422;SC=ATATTATACATATCATATTAT;SOR=0.795;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=124;TCF=74;TCR=50;TR=102;WE=10797349;WS=10797328;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,155:0.99:156
chr18	10797567	rs56112279	A	G	10240.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.542;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=404;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=99;NR=198;PP=2965;ReadPosRankSum=1.345;SC=AACATGTGACATTTGTATAAA;SOR=0.560;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=298;TCF=99;TCR=199;TR=297;WE=10797575;WS=10797557;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,386:1.00:387
chr18	10803721	rs117012943	C	T	842.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=0.411;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=2;PP=635;ReadPosRankSum=-0.323;SC=AGTTTTCCCTCTCTGGTACTA;SOR=1.280;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=38;TCF=34;TCR=4;TR=27;WE=10803729;WS=10803711;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,31:0.77:40
chr18	10979480	rs77367208	C	T	3428.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-0.687;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.419;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=87;NR=31;PP=2051;ReadPosRankSum=-0.205;SC=TTATTATGCACGTATATAAAA;SOR=0.480;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=160;TCF=119;TCR=41;TR=118;WE=10979488;WS=10979470;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,146:0.76:191
chr18	11066010	rs7236754	T	C	687.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.901;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=0;PP=531;ReadPosRankSum=1.363;SC=CCATGCCATATTAGCCCTGCT;SOR=2.448;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=32;TCF=32;TCR=0;TR=24;WE=11066018;WS=11066009;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,25:0.78:32
chr18	11609903	rs8087561	CA	GG	68455.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.753;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1534;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=-0.816;NF=540;NR=488;PP=2947;ReadPosRankSum=0.617;SC=TCCGAGGCCGCACCTGCTTCT;SOR=0.802;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=1073;TCF=561;TCR=512;TR=1028;WE=11609912;WS=11609893;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,1527:1.00:1529
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chr18	11689522	rs9303742	T	C	44.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.103;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=2.128;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.24;ReadPosRankSum=-0.246;SOR=0.269;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,5:0.25:20
chr18	11689669	rs201898548	C	CGGCCCT	822.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.429;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FS=1.693;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.27;MQRankSum=5.162;QD=4.42;ReadPosRankSum=-0.039;SOR=0.900;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:156,30:0.16:186
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chr18	11690019	rs9675415	T	C	372.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.954;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.828;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=11;PP=112;ReadPosRankSum=-2.687;SC=CGGGGAGCGGTGGCGGGCACC;SOR=1.276;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=49;TCF=14;TCR=35;TR=14;WE=11690027;WS=11690009;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,29:0.36:80
chr18	11752943	rs1895689	C	A	7024.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-2.309;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=424;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.029;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.586;NF=93;NR=98;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.166;SC=GTTCAGTTTGCTTCCAAACTG;SOR=0.570;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=261;TCF=132;TCR=129;TR=191;WE=11752951;WS=11752933;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:106,314:0.75:420
chr18	11753067	rs5823172	TG	T	3368.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.412;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.576;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.917;NF=3;NR=53;PP=2070;ReadPosRankSum=0.364;SC=TATTTGCTGTTGGATTTGGTA;SOR=0.533;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=85;TCF=5;TCR=80;TR=56;WE=11753075;WS=11753057;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,103:0.71:145
chr18	11753716	rs8095592	G	A	5736.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.001;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=321;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.507;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=102;NR=71;PP=2962;ReadPosRankSum=0.533;SC=TTACTAGAAAGGTCAAGTGCT;SOR=0.657;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=221;TCF=132;TCR=89;TR=173;WE=11753724;WS=11753706;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,246:0.79:312
chr18	11754034	rs72865259	T	C	3298.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=3.423;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.052;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=86;PP=2383;ReadPosRankSum=-0.597;SC=TTGATACTAATTCATTATTAA;SOR=0.520;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=127;TCF=21;TCR=106;TR=103;WE=11754042;WS=11754024;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,118:0.82:144
chr18	11824829	rs1647555	A	G	611.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.697;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FS=2.199;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.13;MQRankSum=-0.720;QD=3.78;ReadPosRankSum=1.190;SOR=0.954;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:128,34:0.21:162
chr18	11824879	rs200508915	C	CT	4786.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.649;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=514;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=12;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=1.707;NF=92;NR=74;PP=2992;ReadPosRankSum=-0.320;SC=GGTTATTACACTTTTTTTTTT;SOR=0.695;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=333;TCF=170;TCR=163;TR=166;WE=11824895;WS=11824869;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:178,311:0.64:489
chr18	11824880	rs1647556	T	A	3962.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-3.230;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=514;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.11;MQRankSum=-1.274;QD=7.86;ReadPosRankSum=-0.446;SOR=0.628;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:381,123:0.24:504
chr18	11824886	rs1647557	T	G	4072.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.143;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=557;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.10;MQRankSum=-1.268;QD=7.49;ReadPosRankSum=-0.244;SOR=0.708;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:412,132:0.24:544
chr18	11851480	rs16976750	C	A	4683.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-1.192;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=261;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.577;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=108;NR=55;PP=2863;ReadPosRankSum=-0.729;SC=GCTTCTCAGCCGGGCCGCCGA;SOR=0.771;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=205;TCF=137;TCR=68;TR=163;WE=11851488;WS=11851470;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,197:0.78:253
chr18	11864707	rs4315401	A	G	3106.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=76;PP=2208;SC=TGTGCATGGCAGCCCTTTCAG;SOR=2.948;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=90;TCF=14;TCR=76;TR=90;WE=11864715;WS=11864697;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr18	11876613	rs3892113	T	G	1614.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.055;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=729;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.26;ReadPosRankSum=-2.233;SOR=0.665;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:577,138:0.19:715
chr18	11885912	rs659485	C	A	10948.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=1.324;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=413;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=75;NR=182;PP=2965;ReadPosRankSum=0.438;SC=CGCTTCTTTCCTTAAATTACA;SOR=1.422;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=260;TCF=76;TCR=184;TR=257;WE=11885920;WS=11885902;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,403:0.99:407
chr18	11886563	rs662515	C	G	28350.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.703;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1062;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=346;NR=314;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.813;SC=CTTTCCTCTGCAGGAGCAGCG;SOR=0.762;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=664;TCF=347;TCR=317;TR=660;WE=11886571;WS=11886553;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,1053:1.00:1055
chr18	11886867	rs16976822	G	A	22448.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.749;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=854;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=231;NR=267;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.002;SC=CAACCGAAGCGGAGCAACACG;SOR=0.772;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=505;TCF=238;TCR=267;TR=498;WE=11886875;WS=11886857;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,842:1.00:844
chr18	11887031	rs16976823	C	T	7550.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=283;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=62;NR=126;PP=2965;SC=AAAGCTGAAGCGGAGGGAAAC;SOR=1.263;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=188;TCF=62;TCR=126;TR=188;WE=11887039;WS=11887021;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,278:1.00:278
chr18	11999115	rs11545506	T	C	1750.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.076;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=902;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.98;MQRankSum=0.000;QD=2.07;ReadPosRankSum=-0.344;SOR=0.724;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:680,167:0.20:847
chr18	12012457	rs635370	A	C	1861.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=39;PP=1156;SC=CCTCGTGTCAACCGTGGTCTA;SOR=2.494;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=45;TCF=6;TCR=39;TR=45;WE=12012465;WS=12012447;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr18	12014411	rs643107	T	G	8000.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=294;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=61;NR=119;PP=2965;SC=ACTTCTGAAATAAAAGTGTGA;SOR=1.198;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=181;TCF=61;TCR=120;TR=180;WE=12014419;WS=12014401;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,293:1.00:293
chr18	12057195	rs9959517	A	G	10146.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=354;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=156;NR=96;PP=2965;SC=GTCCTCCTCTATGAGCCGCGA;SOR=1.136;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=255;TCF=157;TCR=98;TR=252;WE=12057203;WS=12057185;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,349:1.00:349
chr18	12057389	rs9959781	C	G	62792.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=1431;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=433;NR=393;PP=2965;SC=GGTCCTGCAGCGCCTGCAGCT;SOR=0.748;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=827;TCF=434;TCR=393;TR=826;WE=12057411;WS=12057379;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,1420:1.00:1420
chr18	12057403	rs9959774	A	G	63734.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=1464;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=415;NR=421;PP=2965;SC=TGCAGCTCCCAGTCCTTGCTG;SOR=0.707;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=837;TCF=415;TCR=422;TR=836;WE=12057411;WS=12057379;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,1456:1.00:1456
chr18	12057809	rs9960429	G	C	1942.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=36;PP=1084;SC=TGCAAGGGGCGCTGCGCTTAC;SOR=1.785;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=46;TCF=10;TCR=36;TR=46;WE=12057817;WS=12057799;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr18	12067762	rs7506731	C	T	16381.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=394;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQ=59.98;NF=122;NR=163;PP=2965;SC=TGCCCCTGGGCTCGTGGGGAG;SOR=0.951;SbPval=0.54;Source=Platypus;TCF=123;TR=285;WE=12067770;WS=12067752;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,389:1.00:389
chr18	12067777	rs6505712	T	C	15521.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=356;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=120;NR=147;PP=2965;SC=GGGGAGGGCTTCATGGCGCCA;SOR=0.869;SbPval=0.53;Source=Platypus;TCF=120;TR=267;WE=12067785;WS=12067767;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,355:1.00:355
chr18	12067919	rs12966234	G	A	9279.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=402;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.17;SOR=1.737;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,384:1.00:384
chr18	12068078	rs34203217	G	T	16146.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.263;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=881;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=256;NR=185;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.031;SC=CGGAGTGCTCGCAGGCCTCTC;SOR=0.748;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=551;TCF=320;TCR=231;TR=441;WE=12068086;WS=12068068;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:189,683:0.78:872
chr18	12076504	rs12966109	A	C	1809.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=55.65;QD=41.13;SOR=1.105;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr18	12076504	.	ACGC	CCGC,CCGT	391	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.37;FR=0.5000,0.5000;HP=4;HapScore=2;MGOF=87;MMLQ=24;MQ=53.87;NF=13,10;NR=22,19;PP=19,391;QD=1.53632035849;SC=CCCCTCGGGGACGCCCATCGT;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=35;TCF=13;TCR=22;TR=35,29;WE=12076515;WS=12076494;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:1.00:35
chr18	12076507	.	C	T	846.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.322;ClippingRankSum=0.000;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=1.762;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.55;MQRankSum=-2.093;QD=19.69;ReadPosRankSum=0.386;SOR=1.270;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,37:0.86:43
chr18	12076554	rs200141686	CGCCGCCGCA	C	647.94	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.525;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=54.56;MQRankSum=-0.739;QD=34.10;ReadPosRankSum=0.457;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,18:0.95:19
chr18	12081940	rs4389195	A	C	209.81	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.282;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=47.33;MQRankSum=-0.674;QD=20.98;ReadPosRankSum=-1.036;SOR=0.525;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,9:0.90:10
chr18	12094006	rs9964971	C	T	3923.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=86;NR=13;PP=2402;SC=GAGAAGATCTCTGGCTTCAGG;SOR=2.531;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=105;TCF=86;TCR=19;TR=99;WE=12094014;WS=12093996;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chr18	12096249	rs1986751	G	T	7472.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=290;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=78;NR=85;PP=2965;SC=GCAAATGGTGGCATTTTTGTT;SOR=0.750;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=164;TCF=78;TCR=86;TR=163;WE=12096257;WS=12096239;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,286:1.00:286
chr18	12097547	rs4796945	A	G	5438.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=140;NR=22;PP=2965;SC=TTCTACATGGACAGGCATATT;SOR=3.548;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=164;TCF=141;TCR=23;TR=162;WE=12097555;WS=12097541;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,175:1.00:175
chr18	12099654	rs6505715	T	C	6412.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=258;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=90;NR=80;PP=2665;SC=AAACAAGAGATGTAAAAGTCT;SOR=0.826;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=172;TCF=90;TCR=82;TR=170;WE=12099662;WS=12099644;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,254:1.00:254
chr18	12115002	rs9959641	A	G	1051.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=27;NR=4;PP=688;SC=AAACACAGAGATTTTATATAA;SOR=2.833;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=32;TCF=27;TCR=5;TR=31;WE=12115010;WS=12114992;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr18	12115310	rs8091585	C	T	4546.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=67;NR=67;PP=2738;SC=TGTAAAAAGACGGATAATTCC;SOR=0.705;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=134;TCF=67;TCR=67;TR=134;WE=12115318;WS=12115300;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,167:1.00:167
chr18	12115339	rs8091463	A	G	4777.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=62;NR=71;PP=2766;SC=TATATTTAGTATATGCTATAA;SOR=0.816;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=133;TCF=62;TCR=71;TR=133;WE=12115347;WS=12115329;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,170:1.00:170
chr18	12115509	rs4519391	G	A	1846.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=15;NR=38;PP=1209;SC=GTTACTCATTGAACAAAGTGG;SOR=1.721;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=53;TCF=15;TCR=38;TR=53;WE=12115517;WS=12115499;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr18	12124152	rs11873244	C	G	2406.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.106;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.645;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.669;NF=67;NR=23;PP=1623;ReadPosRankSum=1.708;SC=CTTACAACAACAAGAAGAAGA;SOR=1.274;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=130;TCF=90;TCR=40;TR=90;WE=12124160;WS=12124134;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,106:0.67:158
chr18	12125657	rs7243248	G	A	15405.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=576;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=244;NR=162;PP=2965;SC=GAATGAGGAAGCATTAACAAA;SOR=1.047;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=407;TCF=244;TCR=163;TR=406;WE=12125665;WS=12125647;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,562:1.00:562
chr18	12126407	rs9303759	T	A	2688.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=16;NR=63;PP=1680;SC=AGATAAGTATTTTTCAAACTT;SOR=2.352;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=79;TCF=16;TCR=63;TR=79;WE=12126415;WS=12126397;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr18	12254562	rs71369912	C	CCCGCGCACACACCCAT	5627.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.941;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=2787;ExcessHet=3.0103;FS=3.222;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.06;MQRankSum=0.000;QD=2.65;ReadPosRankSum=5.577;SOR=1.015;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1707,418:0.20:2125
chr18	12254956	rs34939372	G	A	1160.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=0.135;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.586;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=33;PP=729;ReadPosRankSum=-1.380;SC=AGCCCTCCAGGTTGGTGGTGC;SOR=1.261;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=67;TCF=21;TCR=46;TR=46;WE=12254964;WS=12254946;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,51:0.67:76
chr18	12274104	rs11545881	G	T	15393.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=2.540;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=591;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.333;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=283;NR=138;PP=2965;ReadPosRankSum=1.946;SC=CAGCCAGCACGTCCCCACTTG;SOR=1.096;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=426;TCF=283;TCR=143;TR=421;WE=12274112;WS=12274094;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,577:0.99:581
chr18	12308243	rs8087840	T	A	3118.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.55;SOR=1.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr18	12308243	.	TGC	AGT	1300	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;FR=1.0000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MMLQ=22;MQ=60.0;NF=25;NR=12;PP=1300;QD=36.5802128341;SC=GGCCCGCAGTTGCCGCTGTCG;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=40;TCF=26;TCR=14;TR=37;WE=12308253;WS=12308233;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:3,37:0.93:40
chr18	12308245	rs8086821	C	T	3118.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.93;SOR=1.117;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr18	12308377	rs8086993	C	A	1378.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=2.189;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=19;PP=638;ReadPosRankSum=-0.548;SC=AGGGCCTCTCCGCGGGTCGGC;SOR=0.330;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=33;TCF=13;TCR=20;TR=32;WE=12308385;WS=12308367;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,52:0.98:53
chr18	12325021	rs62095700	G	C	7826.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.972;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=303;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=146;NR=78;PP=2965;ReadPosRankSum=1.343;SC=TGGTGATGGCGCAGCCCTTTC;SOR=0.511;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=226;TCF=148;TCR=78;TR=224;WE=12325029;WS=12325011;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,293:1.00:294
chr18	12348285	rs11553521	T	C	15065.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=548;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=252;NR=135;PP=2965;SC=CAATCACTCGTTCAATTGCCT;SOR=1.253;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=388;TCF=253;TCR=135;TR=387;WE=12348293;WS=12348275;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,535:1.00:535
chr18	12351342	rs11080572	C	T	8881.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=343;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=94;NR=118;PP=2965;SC=CCGGCCTAAGCAGCGCGGGGT;SOR=0.814;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=212;TCF=94;TCR=118;TR=212;WE=12351350;WS=12351332;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,331:1.00:331
chr18	12358997	rs7407640	A	G	11637.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=2.749;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=419;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=71;NR=207;PP=2965;ReadPosRankSum=2.134;SC=TCCAGCTTTCACATGTGGTGC;SOR=1.627;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=279;TCF=71;TCR=208;TR=278;WE=12359005;WS=12358987;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,412:1.00:414
chr18	12359920	rs8097342	G	A	1601.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=39;NR=8;PP=1062;SC=TTATATTTGAGATTACCCATC;SOR=2.876;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=39;TCR=8;TR=47;WE=12359928;WS=12359912;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
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chr18	12453005	rs499013	A	G	2666.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=57;NR=24;PP=1698;SC=AATAAGGAAGATAATTGGTAT;SOR=1.661;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=81;TCF=57;TCR=24;TR=81;WE=12453013;WS=12452995;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
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chr18	12546608	rs35057526	GA	G	50.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.769;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.72;MQRankSum=4.045;QD=0.87;ReadPosRankSum=0.621;SOR=0.540;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:46,12:0.21:58
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chr18	12634986	rs12454931	T	G	474.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.084;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FS=0.655;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.06;MQRankSum=1.911;QD=2.58;ReadPosRankSum=0.772;SOR=0.763;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:144,40:0.22:184
chr18	12658123	.	C	CCGCCCCGCCCCGCCT	789.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.140;ClippingRankSum=0.000;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=3.512;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=62.09;MQRankSum=1.393;QD=22.56;ReadPosRankSum=0.947;SOR=1.417;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,22:0.63:35
chr18	12662190	rs5823232	G	GA	76.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.814;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.12;MQRankSum=0.000;QD=0.54;ReadPosRankSum=-2.474;SOR=0.617;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:118,24:0.17:142
chr18	12680595	rs35232551	CA	C	988.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.090;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.48;MQRankSum=-1.553;QD=6.59;ReadPosRankSum=0.160;SOR=0.665;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:48,102:0.68:150
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chr18	12712897	rs45492392	T	TA	278.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.708;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=9;PP=302;ReadPosRankSum=-0.163;SC=GAAATAATCTTACAATATTTC;SOR=0.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=0;TCR=20;TR=9;WE=12712905;WS=12712887;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,10:0.53:19
chr18	12785944	rs17656120	A	G	9604.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.320;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=617;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.85;ReadPosRankSum=-0.097;SOR=0.702;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:172,434:0.72:606
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chr18	12786059	rs8092305	G	A	2276.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=3.910;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.214;HP=1;HapScore=1;MGOF=29;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=65;PP=1651;ReadPosRankSum=0.770;SC=GGTGTGACGCGGCCTCATGTG;SOR=1.058;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=110;TCF=18;TCR=92;TR=77;WE=12786067;WS=12786049;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,84:0.70:120
chr18	12840879	rs17657106	T	C	15416.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.523;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=967;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.615;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=167;NR=308;PP=2962;ReadPosRankSum=2.113;SC=TCTGTGCCGATGCAGTCCATG;SOR=0.811;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=628;TCF=225;TCR=403;TR=475;WE=12840887;WS=12840869;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:243,710:0.75:953
chr18	12951738	rs1474043	G	A	486.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.721;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FS=3.523;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.00;ReadPosRankSum=1.374;SOR=0.407;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:125,37:0.23:162
chr18	12955439	rs11286163	CT	C	251.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.356;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FS=5.390;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.20;MQRankSum=-2.956;QD=2.65;ReadPosRankSum=0.337;SOR=1.484;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:66,29:0.31:95
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chr18	13049948	rs11441028	G	GA	455.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.132;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FS=5.275;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.05;MQRankSum=1.867;QD=2.63;ReadPosRankSum=0.352;SOR=1.269;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:134,39:0.23:173
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chr18	13761926	rs78482894	G	T	806.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-1.730;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=4;PP=587;ReadPosRankSum=-0.026;SC=GTTAGGAAGAGGACTAGAAAA;SOR=0.879;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=43;TCF=37;TCR=6;TR=30;WE=13761934;WS=13761916;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,32:0.68:47
chr18	13762011	rs4461147	C	A	7421.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=276;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=133;NR=62;PP=2965;SC=CACACCTTGTCGTCTAAATGT;SOR=1.341;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=195;TCF=133;TCR=62;TR=195;WE=13762019;WS=13762001;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,274:1.00:274
chr18	13763114	rs45596939	T	C	19001.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.123;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1042;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.667;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=307;NR=217;PP=2962;ReadPosRankSum=0.447;SC=TGATGGCCTGTTGGTCAAATA;SOR=0.622;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=653;TCF=386;TCR=267;TR=524;WE=13763122;WS=13763104;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:199,819:0.80:1018
chr18	14105923	rs2159940	T	C	6670.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=237;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=59;NR=102;PP=2965;SC=TAAGGCTTTTTTTGAATATGG;SOR=1.140;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=162;TCF=59;TCR=103;TR=161;WE=14105931;WS=14105913;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,234:1.00:234
chr18	14132402	rs9958799	G	C	4738.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.575;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=-0.675;NF=40;NR=82;PP=2503;ReadPosRankSum=-0.798;SC=AGGCAATGAAGCCCTAACCCC;SOR=0.545;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=123;TCF=40;TCR=83;TR=122;WE=14132410;WS=14132392;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,171:0.99:172
chr18	14156143	rs149108958	A	G	1104.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=41.42;QD=26.95;SOR=3.664;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr18	14156241	rs115684852	A	T	7910.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.897;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=351;ExcessHet=3.0103;FS=1.918;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=50.56;MQRankSum=0.385;QD=22.80;ReadPosRankSum=0.060;SOR=0.389;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:4,343:0.99:347
chr18	14157291	rs9959262	A	T	20506.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=765;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=207;NR=319;PP=2965;SC=TCAGCTGCCTACTTCCTCCGT;SOR=1.040;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=529;TCF=207;TCR=322;TR=526;WE=14157299;WS=14157281;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,758:1.00:758
chr18	14157373	rs7505684	T	A	6538.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=235;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=43;NR=150;PP=2965;SC=ATAAGATAATTTATGAAGTTT;SOR=2.107;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=193;TCF=43;TCR=150;TR=193;WE=14157381;WS=14157363;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,234:1.00:234
chr18	14179603	rs4797872	A	G	1052.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=18;PP=605;SC=ACAGGTAGCGAGGGCTCAGCC;SOR=1.061;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=31;TCF=13;TCR=18;TR=31;WE=14179611;WS=14179593;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr18	14378533	rs2137484	G	C	5569.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=82;NR=68;PP=2402;SC=GCGGCCGTCGGGGAAAGCTCG;SOR=1.137;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=150;TCF=82;TCR=68;TR=150;WE=14378541;WS=14378523;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,219:1.00:219
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chr18	14378621	rs55811695	C	T	1203.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-2.638;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=15.464;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-1.792;NF=2;NR=53;PP=1283;ReadPosRankSum=0.845;SC=ACCAGGCCCGCGTCCTCCTCC;SOR=3.110;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=80;TCF=15;TCR=65;TR=55;WE=14378629;WS=14378611;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,84:0.77:109
chr18	14393807	rs62080576	C	G	294.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.740;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5268;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=2.663;NF=4;NR=6;PP=121;ReadPosRankSum=1.027;SC=CCTAGCCAGTCAGCTCGTCCA;SOR=1.112;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=12;TCF=5;TCR=7;TR=10;WE=14393815;WS=14393797;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,15:0.71:21
chr18	14393945	rs56386651	G	C	159.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;QD=39.94;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
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chr18	14779969	rs9675365	C	G	2480.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.878;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.925;HP=2;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.801;NF=35;NR=34;PP=2458;ReadPosRankSum=0.935;SC=ATCAGATGTTCCCATCAGAAT;SOR=0.551;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=113;TCF=60;TCR=53;TR=69;WE=14779977;WS=14779930;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,118:0.65:181
chr18	14780064	rs78339886	A	G	55.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.452;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FS=1.522;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.32;MQRankSum=-5.318;QD=0.72;ReadPosRankSum=1.179;SOR=0.963;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:70,7:0.09:77
chr18	14780082	rs11080793	G	A	527.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.012;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.16;MQRankSum=-2.202;QD=8.51;ReadPosRankSum=1.888;SOR=0.615;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,23:0.37:62
chr18	14780083	.	C	T	100.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.054;ClippingRankSum=0.000;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.16;MQRankSum=-4.748;QD=1.63;ReadPosRankSum=0.812;SOR=0.774;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:55,7:0.11:62
chr18	14780108	.	C	T	127.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.534;ClippingRankSum=0.000;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=2.526;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.27;MQRankSum=-5.858;QD=3.55;ReadPosRankSum=-0.414;SOR=1.545;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,5:0.14:36
chr18	14780116	rs79644245	A	C	46.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.140;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.70;MQRankSum=-5.676;QD=1.38;ReadPosRankSum=1.047;SOR=0.970;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,3:0.09:34
chr18	14796214	rs9303863	G	T	4204.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.130;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=252;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=-1.497;NF=67;NR=50;PP=1979;ReadPosRankSum=0.070;SC=GTCCCTTTACGTTTAGAGTCT;SOR=0.674;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=167;TCF=95;TCR=72;TR=117;WE=14796222;WS=14796204;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,188:0.76:247
chr18	14814511	rs201268819	A	G	54.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.974;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=3.053;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.40;MQRankSum=-4.136;QD=0.94;ReadPosRankSum=-2.992;SOR=1.230;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:49,9:0.16:58
chr18	14814651	rs200550707	G	T	83.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.560;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.52;MQRankSum=-2.119;QD=6.98;ReadPosRankSum=-1.290;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,5:0.42:12
chr18	14837168	rs56391489	GT	G	3600.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.713;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=287;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.132;HP=10;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.560;NF=39;NR=67;PP=1523;ReadPosRankSum=1.276;SC=TTTTTCTGAAGTTTTTTTTTT;SOR=0.804;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=145;TCF=54;TCR=91;TR=106;WE=14837176;WS=14837158;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,204:0.74:276
chr18	14848820	rs4090319	C	T	564.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.653;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=362;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.74;MQRankSum=10.292;QD=1.56;ReadPosRankSum=-1.775;SOR=0.680;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:300,62:0.17:362
chr18	14848821	rs28555630	G	A	6816.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.996;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=360;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-10.453;NF=112;NR=118;PP=2962;ReadPosRankSum=1.863;SC=TGGAACAAACGAAAAATAAGT;SOR=0.707;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=271;TCF=132;TCR=139;TR=230;WE=14848829;WS=14848810;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,296:0.82:360
chr18	14848935	rs3878726	C	T	2350.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-3.556;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-4.177;NF=20;NR=66;PP=1492;ReadPosRankSum=0.502;SC=TGAGGTATGACATCCTAGTTT;SOR=0.641;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=108;TCF=26;TCR=82;TR=86;WE=14848943;WS=14848925;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,103:0.80:129
chr18	14850375	rs3126404	G	A	4519.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.269;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=286;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.614;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-1.046;NF=49;NR=63;PP=1909;ReadPosRankSum=1.546;SC=CAAGTAATTTGAATCAGGTAA;SOR=0.828;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=167;TCF=76;TCR=91;TR=112;WE=14850383;WS=14850365;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,203:0.72:281
chr18	14851756	rs148887033	G	A	799.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=10.277;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=248;ExcessHet=3.0103;FS=127.989;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.07;MQRankSum=-10.346;QD=3.22;ReadPosRankSum=-3.913;SOR=6.315;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:201,47:0.19:248
chr18	14852335	rs12386087	C	A	13262.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=478;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=172;PP=2965;SC=GTCATCTAAACGAGAAAAATG;SOR=0.866;SbPval=0.56;Source=Platypus;TCF=176;WE=14852343;WS=14852325;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,474:1.00:474
chr18	14866355	rs1770756	T	C	14070.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.594;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=517;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-13.337;NF=138;NR=105;PP=2962;ReadPosRankSum=3.664;SC=GGTAGGAGGGTGGCCTGAGTG;SOR=0.680;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=336;TCF=191;TCR=145;TR=243;WE=14866363;WS=14866345;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:158,356:0.69:514
chr18	14866373	rs1713892	G	C	14652.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.539;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=562;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-13.372;NF=133;NR=115;PP=2962;ReadPosRankSum=1.124;SC=GTGGTAGGAGGGGGGCTGGAG;SOR=0.632;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=355;TCF=192;TCR=163;TR=248;WE=14866381;WS=14866363;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:171,387:0.69:558
chr18	15004661	rs11665121	C	T	1052.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.522;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.980;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-2.967;NF=16;NR=23;PP=526;ReadPosRankSum=-1.063;SC=TAGGGATGACCGGCCGGGCTC;SOR=0.446;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=66;TCF=25;TCR=41;TR=39;WE=15004669;WS=15004651;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,50:0.63:79
chr18	15004728	rs11080802	A	C	389.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=2.674;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.845;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-4.450;NF=1;NR=12;PP=242;ReadPosRankSum=0.390;SC=TGGGGCCACCACGCCCCAGGT;SOR=1.547;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=29;TCF=5;TCR=24;TR=13;WE=15004736;WS=15004718;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,16:0.50:32
chr18	15005736	rs4890719	G	A	1705.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=27;NR=24;PP=1116;SC=ACCCCAAGCCGGGCCCACCCG;SOR=0.760;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=52;TCF=28;TCR=24;TR=51;WE=15005744;WS=15005726;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr18	15005785	rs4890720	C	T	1488.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-0.251;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-1.461;NF=28;NR=20;PP=936;ReadPosRankSum=0.534;SC=GGAAGAAGCGCGGAGCGCTCC;SOR=0.743;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=66;TCF=39;TCR=27;TR=48;WE=15005793;WS=15005775;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,59:0.75:79
chr18	18534702	rs2663699	T	C	2282.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.849;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=433;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.480;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-14.871;NF=108;NR=15;PP=2138;ReadPosRankSum=-3.842;SC=AGACTTAAAATTAAATTTGTT;SOR=0.984;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=376;TCF=315;TCR=61;TR=123;WE=18534710;WS=18534692;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:298,119:0.29:417
chr18	18559675	rs7237677	G	C	1112.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=27;NR=5;PP=798;SC=TCTGCAATTGGTACAGTGTTG;SOR=2.712;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=32;TCF=27;TCR=5;TR=32;WE=18559683;WS=18559671;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr18	18588245	.	G	GA	142.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.083;ClippingRankSum=0.000;DP=85;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.16;ReadPosRankSum=-0.287;SOR=0.840;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:49,17:0.26:66
chr18	18619416	.	G	GA	179.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.227;ClippingRankSum=0.000;DP=299;ExcessHet=3.0103;FS=5.798;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.14;MQRankSum=4.228;QD=0.63;ReadPosRankSum=-1.860;SOR=0.390;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:236,49:0.17:285
chr18	18622539	rs56085230	G	A	2240.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.830;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=858;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.64;ReadPosRankSum=2.479;SOR=0.634;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:667,181:0.21:848
chr18	18983766	rs2117317	C	T	9346.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=347;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=200;NR=70;PP=2965;SC=TTATGGATTGCGTCCCCATCA;SOR=1.934;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=270;TCF=200;TCR=70;TR=270;WE=18983774;WS=18983756;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,331:1.00:331
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chr18	19079853	rs4800747	A	G	23964.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=874;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=305;NR=265;PP=2965;SC=TGAAGCAGGAATGTGACTCCC;SOR=0.801;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=571;TCF=306;TCR=265;TR=570;WE=19079875;WS=19079843;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,860:1.00:860
chr18	19096838	rs11413472	G	GT	86.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.702;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.22;MQRankSum=0.000;QD=2.63;ReadPosRankSum=2.367;SOR=0.346;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,12:0.36:33
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chr18	19100758	rs34960489	A	ATCT	18587.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=490;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=15;NR=181;PP=2957;SC=GTAGGTGCTGATCTTAAGAAA;SOR=1.481;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=242;TCF=16;TCR=226;TR=196;WE=19100766;WS=19100748;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,416:1.00:416
chr18	19115896	rs4800780	A	T	973.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=28;NR=4;PP=789;SC=ATTAAAACTGATCTTTACATG;SOR=3.477;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=32;TCF=28;TCR=4;TR=32;WE=19115904;WS=19115891;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr18	19119801	rs1818274	C	T	502.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.891;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FS=3.647;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.99;ReadPosRankSum=-1.130;SOR=1.057;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:132,36:0.21:168
chr18	19119813	.	TA	T	418.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.844;ClippingRankSum=0.000;DP=241;ExcessHet=3.0103;FS=0.628;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.04;MQRankSum=1.649;QD=1.89;ReadPosRankSum=0.258;SOR=0.607;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:160,62:0.28:222
chr18	19119974	rs35031202	GAT	G	1922.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.227;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=328;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.550;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=58;PP=1397;ReadPosRankSum=-0.700;SC=TCCAGCCCTAGATATATATAT;SOR=0.747;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=141;TCF=6;TCR=135;TR=59;WE=19119987;WS=19119964;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:163,88:0.35:251
chr18	19153494	rs973730	C	T	1452.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.107;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=671;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.19;ReadPosRankSum=1.524;SOR=0.658;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:534,130:0.20:664
chr18	19154143	rs13381941	G	A	31478.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.685;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1212;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=346;NR=441;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.606;SC=AGATCCTTGCGTGCATTGAGA;SOR=0.302;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=790;TCF=346;TCR=444;TR=787;WE=19154151;WS=19154133;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,1186:1.00:1187
chr18	19192255	rs2850556	C	T	23760.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=900;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=425;NR=229;PP=2965;SC=CCGCCATGCGCCTGCAGTGCT;SOR=1.260;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=655;TCF=426;TCR=229;TR=654;WE=19192263;WS=19192245;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,881:1.00:881
chr18	19202890	rs61664136	AT	A	57.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.265;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=5.180;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.62;ReadPosRankSum=0.452;SOR=0.092;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,10:0.45:22
chr18	19208851	rs2847117	A	G	1542.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=47;NR=1;PP=1034;SC=TGGGGGGTGGAGGGAATCTGA;SOR=4.654;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=66;TCF=48;TCR=18;TR=48;WE=19208859;WS=19208841;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr18	19243976	rs11665314	T	G	1263.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=2.462;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=7;PP=917;ReadPosRankSum=0.142;SC=AATCAGACATTTATTTAAAAA;SOR=0.611;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=59;TCF=51;TCR=8;TR=44;WE=19243984;WS=19243966;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,47:0.71:66
chr18	19282515	rs148633631	A	ATTTTG	3361.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.297;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.646;NF=0;NR=49;PP=2741;ReadPosRankSum=2.103;SC=TCATGTCTTAATTTTAATTCT;SOR=0.812;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=88;TCF=1;TCR=87;TR=49;WE=19282523;WS=19282505;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,84:0.72:117
chr18	19408891	rs78641532	A	G	3452.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.311;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=245;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=40;PP=1433;ReadPosRankSum=1.609;SC=TTAATTTACCATATGACGGTC;SOR=0.695;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=145;TCF=81;TCR=64;TR=94;WE=19408899;WS=19408881;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,162:0.67:243
chr18	19408950	rs9989532	C	T	6082.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=62;NR=78;PP=2716;SC=TTTAATTCTCCCTTGGTGGTT;SOR=0.851;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=142;TCF=62;TCR=80;TR=140;WE=19408958;WS=19408940;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,229:1.00:229
chr18	19423003	rs2276157	T	C	3623.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=2.794;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.895;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=96;NR=23;PP=2258;ReadPosRankSum=-0.946;SC=CAGTGTTCGGTGTTATTTATT;SOR=0.605;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=151;TCF=122;TCR=29;TR=119;WE=19423011;WS=19422993;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,138:0.81:170
chr18	19423963	rs3216119	GT	G	150.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.862;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.782;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=1;PP=173;ReadPosRankSum=1.468;SC=TCTTCAGTAGGTCCAGGGTGT;SOR=1.426;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=31;TCF=22;TCR=9;TR=7;WE=19423971;WS=19423953;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,8:0.18:45
chr18	19427096	rs11877131	A	G	6230.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-2.321;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=351;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=11.462;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=71;NR=112;PP=2962;ReadPosRankSum=0.506;SC=GGTTTGTATTATTTATTATCA;SOR=0.310;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=233;TCF=83;TCR=150;TR=183;WE=19427104;WS=19427086;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,269:0.80:336
chr18	19444661	rs76056004	A	C	7156.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=2.156;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=364;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.527;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=67;NR=156;PP=2962;ReadPosRankSum=1.353;SC=TAGCTAATGTATCTAGTCATG;SOR=0.759;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=270;TCF=81;TCR=189;TR=223;WE=19444669;WS=19444651;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,289:0.82:354
chr18	19752072	.	TACC	T	1958.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.109;ClippingRankSum=0.000;DP=1046;ExcessHet=3.0103;FS=2.763;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.01;MQRankSum=1.512;QD=2.50;ReadPosRankSum=1.405;SOR=0.312;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:683,99:0.13:782
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chr18	20555219	rs2336916	T	C	5895.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=59;NR=76;PP=2820;SC=TTTTATTTTATTTAGCTATAC;SOR=0.837;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=135;TCF=59;TCR=76;TR=135;WE=20555227;WS=20555209;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,221:1.00:221
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chr18	20834018	.	G	A	582.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.378;ClippingRankSum=0.000;DP=79;ExcessHet=3.0103;FS=4.882;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.57;ReadPosRankSum=-1.070;SOR=1.781;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:58,19:0.25:77
chr18	20932384	rs8084251	A	G	839.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=21;PP=513;SC=TGTTTTCTAGATCTGTGATCT;SOR=4.479;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=22;TCF=1;TCR=21;TR=22;WE=20932392;WS=20932374;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr18	20950158	rs148939309	GA	G	348.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.079;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.15;MQRankSum=3.096;QD=1.66;ReadPosRankSum=0.202;SOR=0.670;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:156,54:0.26:210
chr18	20953485	rs9944662	C	A	2231.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=47;NR=18;PP=1566;SC=TGCAGCCCTGCGGAGAAGGCA;SOR=1.949;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=65;TCF=47;TCR=18;TR=65;WE=20953493;WS=20953475;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr18	20953720	rs8099409	G	A	6822.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=256;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=54;NR=112;PP=2965;SC=GCCAGGAGGAGGAGGGCACTG;SOR=1.286;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=169;TCF=57;TCR=112;TR=166;WE=20953728;WS=20953710;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,252:1.00:252
chr18	20964769	rs8094375	A	G	2343.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=56;NR=13;PP=1391;SC=ATATTCCCACATATGTCTGGT;SOR=2.250;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=69;TCF=56;TCR=13;TR=69;WE=20964777;WS=20964759;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr18	21017836	rs7226498	T	C	10537.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=389;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=104;NR=150;PP=2965;SC=CGTCCCCTTCTCGGGGATCCA;SOR=0.981;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=255;TCF=104;TCR=151;TR=254;WE=21017844;WS=21017826;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,383:1.00:383
chr18	21033582	rs8086258	G	C	9179.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=363;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=83;NR=156;PP=2965;SC=GGGACCCCGCGGACCTCGGCA;SOR=1.228;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=239;TCF=83;TCR=156;TR=239;WE=21033590;WS=21033572;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,353:1.00:353
chr18	21044607	rs2291993	G	A	8161.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=310;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=73;NR=134;PP=2965;SC=GTTACAGAAAGTATCTATCTC;SOR=1.201;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=207;TCF=73;TCR=134;TR=207;WE=21044615;WS=21044597;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,306:1.00:306
chr18	21055092	rs7235571	A	C	2357.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=42;PP=1242;SC=CTTTTAAAAGAATTCACACAC;SOR=1.609;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=57;TCF=15;TCR=42;TR=57;WE=21055100;WS=21055082;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr18	21083844	rs192294810	C	T	929.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-6.137;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.992;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=31;PP=674;ReadPosRankSum=0.189;SC=TGGGTGGGCTCAGCCGCGGCC;SOR=0.351;SbPval=0.25;Source=Platypus;TC=59;TCF=3;TCR=56;TR=34;WE=21083852;WS=21083834;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,37:0.58:64
chr18	21088081	rs1652381	T	C	1838.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=38;PP=973;SC=AGCGGGGCATTGGGGTCGCAG;SOR=2.139;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=48;TCF=10;TCR=38;TR=48;WE=21088089;WS=21088071;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr18	21089320	rs375025352	AAT	A	83.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.158;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=1.600;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.15;MQRankSum=2.292;QD=1.74;ReadPosRankSum=-1.800;SOR=0.373;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:40,8:0.17:48
chr18	21100240	rs1367083	C	T	12520.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.912;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=487;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=127;NR=193;PP=2965;ReadPosRankSum=1.414;SC=CCGTGCTTCCCGCTCGATCGA;SOR=1.025;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=321;TCF=128;TCR=193;TR=320;WE=21100248;WS=21100230;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,470:0.99:474
chr18	21103909	rs891387	T	C	2070.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=50;NR=9;PP=1417;SC=CCTGGATTGTTAGCTCCTTCC;SOR=3.007;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=59;TCF=50;TCR=9;TR=59;WE=21103917;WS=21103899;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr18	21103971	rs891386	T	G	5111.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=106;NR=59;PP=2836;SC=CATTTCTTCCTTGACTACAAT;SOR=1.225;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=165;TCF=106;TCR=59;TR=165;WE=21103979;WS=21103961;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,202:1.00:202
chr18	21107628	rs111369676	G	GTATTGTATTTCT	7577.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=59;NR=28;PP=2092;SC=GGTCTTTAAAGTAGAGTGTCC;SOR=2.110;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=102;TCF=65;TCR=37;TR=87;WE=21107636;WS=21107618;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,142:1.00:142
chr18	21109250	rs1788825	T	C	8629.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=332;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=88;NR=127;PP=2965;SC=TGTCAGCCTTTGTGGAAAAGA;SOR=0.971;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=215;TCF=88;TCR=127;TR=215;WE=21109258;WS=21109240;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,331:1.00:331
chr18	21109269	rs1652375	T	C	8019.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=307;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=77;NR=121;PP=2965;SC=GAAGGTGGGCTGCAGCTTTCC;SOR=1.022;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=198;TCF=77;TCR=121;TR=198;WE=21109277;WS=21109259;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,306:1.00:306
chr18	21109466	rs1652376	G	T	4452.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=88;NR=29;PP=2965;SC=CTGGAGCGATGTGTGCAAAAC;SOR=1.957;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=118;TCF=89;TCR=29;TR=117;WE=21109474;WS=21109456;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,147:1.00:147
chr18	21110318	rs143589532	G	A	14700.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.269;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1069;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.141;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=198;NR=221;PP=2962;ReadPosRankSum=1.305;SC=CCTGTTGTTTGCACTGACCTG;SOR=0.744;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=662;TCF=322;TCR=340;TR=419;WE=21110326;WS=21110308;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:393,666:0.63:1059
chr18	21113285	rs2510344	T	C	12352.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=466;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=172;NR=105;PP=2965;SC=AATGTCCTTCTATTGTGCCAC;SOR=1.041;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=279;TCF=173;TCR=106;TR=277;WE=21113293;WS=21113275;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,464:1.00:464
chr18	21119291	rs6507720	A	G	6493.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=256;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.47;SOR=0.945;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,255:1.00:255
chr18	21119777	rs1140458	G	A	4158.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=72;NR=36;PP=2161;SC=GTACTGACTAGTTGTCCAGCT;SOR=1.246;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=108;TCF=72;TCR=36;TR=108;WE=21119785;WS=21119767;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,155:1.00:155
chr18	21120035	rs7239575	T	C	1242.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=34;PP=835;SC=GCGAGGATCATGGAGAATAAG;SOR=2.737;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=7;TCR=34;TR=41;WE=21120043;WS=21120025;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr18	21120381	.	TA	T	691.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.798;ClippingRankSum=0.000;DP=328;ExcessHet=3.0103;FS=2.543;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.13;MQRankSum=3.188;QD=2.20;ReadPosRankSum=0.940;SOR=0.506;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:211,103:0.33:314
chr18	21120444	rs1805082	T	C	19026.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=760;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.04;QD=25.27;SOR=0.728;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,753:1.00:753
chr18	21123296	rs34563465	G	GA	48.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.144;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=6.107;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.71;ReadPosRankSum=0.000;SOR=2.613;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,7:0.39:18
chr18	21123304	.	A	AG	289.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.976;ClippingRankSum=0.000;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=2.246;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.07;ReadPosRankSum=-0.233;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,13:0.54:24
chr18	21123311	.	GA	G	280.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.599;ClippingRankSum=0.000;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.26;ReadPosRankSum=1.442;SOR=0.576;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,14:0.41:34
chr18	21123536	rs11299077	TA	T	542.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.623;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.19;MQRankSum=1.348;QD=5.84;ReadPosRankSum=0.219;SOR=0.678;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,54:0.58:93
chr18	21124907	rs3837910	A	ACC,ACCC	716.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;QD=35.84;SOR=4.615;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:0,6,14:0.30,0.70:20
chr18	21124945	.	C	G	3936.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=44;NR=92;PP=2965;SC=GACAGCTTTTCATGTGCCCCA;SOR=0.749;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=137;TCF=45;TCR=92;TR=136;WE=21124953;WS=21124935;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,146:1.00:146
chr18	21127910	rs2435307	C	T	10632.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=403;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=134;NR=106;PP=2965;SC=AAGTGCTTGCCGCAAGTGTCT;SOR=0.826;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=240;TCF=134;TCR=106;TR=240;WE=21127918;WS=21127900;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,397:1.00:397
chr18	21134569	rs11340795	CA	C	734.82	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.418;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FS=3.240;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.28;MQRankSum=0.572;QD=10.50;ReadPosRankSum=1.582;SOR=0.260;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,58:0.83:70
chr18	21140432	rs1805081	T	C	3341.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=24;NR=64;PP=1650;SC=CTCCATCCCATGGACTGGAAA;SOR=1.628;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=90;TCF=24;TCR=66;TR=88;WE=21140440;WS=21140422;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chr18	21192261	rs1652366	G	T	553.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.009;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=259;ExcessHet=3.0103;FS=1.997;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.15;ReadPosRankSum=-0.402;SOR=0.538;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:208,49:0.19:257
chr18	21209988	rs11660305	G	A	2033.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-1.807;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.998;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=43;PP=1151;ReadPosRankSum=-0.184;SC=TAGGGCGGGTGCAGTGGCTCA;SOR=0.437;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=86;TCF=26;TCR=60;TR=63;WE=21209996;WS=21209978;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,88:0.76:116
chr18	21214242	rs71163626	GTTTTTTTTTTTTT	G	643.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.175;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=32.19;ReadPosRankSum=2.015;SOR=1.127;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,17:0.85:20
chr18	21294117	rs34200895	TA	T	1958.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.200;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FS=4.829;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.12;MQRankSum=0.834;QD=12.72;ReadPosRankSum=0.485;SOR=1.177;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,113:0.73:154
chr18	21338276	rs6507894	C	T	1946.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.393;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.275;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=19;PP=1105;ReadPosRankSum=-0.303;SC=CGTGATGACTCGTGTGTCAGG;SOR=0.927;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=110;TCF=73;TCR=37;TR=65;WE=21338284;WS=21338266;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,85:0.62:138
chr18	21338515	rs11308832	TC	T	3687.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=3;NR=67;PP=2206;SC=CGTGGCCTTCTCCCCCCTCTC;SOR=1.670;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=78;TCF=3;TCR=75;TR=70;WE=21338523;WS=21338505;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr18	21393229	rs11420756	A	AT	313.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=0.851;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.246;HP=10;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=18;PP=226;ReadPosRankSum=0.576;SC=TGATTTTGTGATTTTTTTTTT;SOR=1.402;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=49;TCF=2;TCR=47;TR=18;WE=21393237;WS=21393219;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,21:0.52:40
chr18	21395358	rs2155841	G	C	2205.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.627;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.543;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=36;PP=1364;ReadPosRankSum=-2.882;SC=ATACAGTGAGGCAGTTTTCAA;SOR=0.646;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=147;TCF=71;TCR=76;TR=73;WE=21395366;WS=21395348;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,95:0.53:180
chr18	21400005	rs7244406	A	C	1282.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=1.766;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=40;PP=957;ReadPosRankSum=-0.727;SC=AGTAGCTCAGATACTTCCCCA;SOR=0.687;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=78;TCF=15;TCR=63;TR=51;WE=21400013;WS=21399995;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,53:0.62:85
chr18	21400028	rs6507956	G	T	830.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-2.425;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=30;PP=661;ReadPosRankSum=1.952;SC=CCAGTCTCAGGGAGCCCCCTG;SOR=0.883;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=54;TCF=6;TCR=48;TR=34;WE=21400036;WS=21400018;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,34:0.59:58
chr18	21404334	rs1941521	A	G	4579.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.717;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=309;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.582;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=98;NR=50;PP=2114;ReadPosRankSum=-0.300;SC=ATCTAAAATCATAACACTGAC;SOR=0.591;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=207;TCF=139;TCR=68;TR=148;WE=21404342;WS=21404324;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,214:0.71:300
chr18	21413869	rs9962023	T	C	2894.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.755;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=29;PP=1328;ReadPosRankSum=1.572;SC=CGGAGGCAGCTCAGCTGTTTG;SOR=0.735;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=115;TCF=72;TCR=43;TR=78;WE=21413877;WS=21413859;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,129:0.68:191
chr18	21414100	rs1109949	G	A	1112.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.421;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.29;ReadPosRankSum=-1.113;SOR=0.883;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,30:0.68:44
chr18	21414110	rs1109950	G	A	1035.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.665;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=1.890;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=26.56;ReadPosRankSum=-0.218;SOR=1.542;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,25:0.64:39
chr18	21437721	rs867448	A	G	5109.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-2.108;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=371;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.405;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=134;NR=55;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.007;SC=GGCTTTGCACACCAATTAGTC;SOR=0.789;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=289;TCF=203;TCR=86;TR=189;WE=21437729;WS=21437711;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:123,236:0.66:359
chr18	21437931	rs867449	G	C	8789.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.447;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=592;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=107;NR=171;PP=2962;ReadPosRankSum=2.079;SC=GTGACCCAGGGACCGGGGCTT;SOR=0.706;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=404;TCF=155;TCR=249;TR=278;WE=21437939;WS=21437921;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:187,386:0.67:573
chr18	21441717	rs12965685	C	T	5812.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=2.475;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=383;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.636;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=106;PP=2821;ReadPosRankSum=2.228;SC=AGGAGCTGCCCGCAACCATCC;SOR=0.534;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=252;TCF=89;TCR=163;TR=169;WE=21441725;WS=21441707;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:121,253:0.68:374
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chr18	21479181	.	C	CT	67.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.636;ClippingRankSum=0.000;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.17;ReadPosRankSum=-0.924;SOR=0.636;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:45,13:0.22:58
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chr18	21495483	rs1541836	T	C	1221.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=17;PP=492;SC=GAGATGCTATTGATGTTGCTA;SOR=1.132;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=27;TCF=10;TCR=17;TR=27;WE=21495491;WS=21495473;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
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chr18	21511172	rs1258107	G	C	5620.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=48;NR=122;PP=2965;SC=CTGGGTGAGTGGAATAATACT;SOR=1.620;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=170;TCF=48;TCR=122;TR=170;WE=21511180;WS=21511162;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,218:1.00:218
chr18	21513768	rs1131521	C	T	1472.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.641;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=257;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.652;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=23;PP=786;ReadPosRankSum=-0.670;SC=TCCTGAAGTCCTAGATTTGAC;SOR=0.569;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=183;TCF=111;TCR=72;TR=55;WE=21513776;WS=21513758;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:172,82:0.32:254
chr18	21526087	rs2288592	C	T	1439.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.275;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.833;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=11;PP=802;ReadPosRankSum=0.600;SC=ATACAACTCACGTATCTTTCT;SOR=1.087;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=78;TCF=57;TCR=21;TR=48;WE=21526095;WS=21526077;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,65:0.62:104
chr18	21529722	rs2241643	G	A	1107.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-1.541;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=8;PP=698;ReadPosRankSum=-0.867;SC=TTTCTGCTTGGTTGCAGAGCC;SOR=0.801;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=69;TCF=53;TCR=16;TR=38;WE=21529730;WS=21529712;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,47:0.59:80
chr18	21531906	rs11873358	C	T	935.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-5.618;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=13.177;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=24;PP=570;ReadPosRankSum=-0.062;SC=GCTTCCGTCACTCATGGTTGC;SOR=0.035;SbPval=0.22;Source=Platypus;TC=45;TCF=8;TCR=37;TR=32;WE=21531914;WS=21531896;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,38:0.75:51
chr18	21534365	.	TAA	T,TAAA	736.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.037;ClippingRankSum=0.000;DP=114;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.47;ReadPosRankSum=-2.366;SOR=0.813;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:25,38,24:0.44,0.28:87
chr18	21534701	rs1051149	C	A	1578.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.205;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=3.978;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=22.88;ReadPosRankSum=-1.049;SOR=1.287;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,41:0.59:69
chr18	21534701	.	CTC	ATT	1120	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MMLQ=26;MQ=60.0;NF=3;NR=23;PP=1120;QD=45.1333798024;SC=TCATTCTTCACTCAGGACACA;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=49;TCF=8;TCR=41;TR=26;WE=21534711;WS=21534691;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:23,26:0.53:49
chr18	21534703	rs1051150	C	T	1578.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.729;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=2.500;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=23.22;ReadPosRankSum=-0.803;SOR=1.244;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,40:0.59:68
chr18	21662816	rs2305024	A	C	7460.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=274;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=134;NR=56;PP=2965;SC=TGGAGTTTTGAAAAATGGAAA;SOR=1.495;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=191;TCF=134;TCR=57;TR=190;WE=21662824;WS=21662806;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,264:1.00:264
chr18	21693600	rs369639865	G	A	6813.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=3.886;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=467;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.547;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=111;NR=82;PP=2962;ReadPosRankSum=0.638;SC=CTGTCAGGTCGTCTGGCTGTT;SOR=0.749;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=295;TCF=167;TCR=128;TR=193;WE=21693608;WS=21693590;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:165,300:0.65:465
chr18	21693671	rs894931	G	A	14356.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=533;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=164;NR=170;PP=2965;SC=AGATTAAACTGATGCTTTGAA;SOR=0.735;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=337;TCF=164;TCR=173;TR=334;WE=21693679;WS=21693661;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,531:1.00:531
chr18	21694618	rs4800176	G	A	12549.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=489;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=133;NR=182;PP=2965;SC=ATTGGTAAATGTGAAATGTCT;SOR=0.918;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=317;TCF=133;TCR=184;TR=315;WE=21694626;WS=21694608;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,479:1.00:479
chr18	21696599	rs28582690	A	C	894.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=0.448;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.523;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=11;PP=570;ReadPosRankSum=0.452;SC=TATATCTCACACACTCTTCCT;SOR=0.393;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=49;TCF=36;TCR=13;TR=35;WE=21696607;WS=21696589;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,39:0.67:58
chr18	21696783	rs71163662	G	GT	121.74	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.534;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=2.363;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.20;MQRankSum=0.791;QD=6.09;ReadPosRankSum=-1.911;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,10:0.50:20
chr18	21698540	rs8083625	C	T	4388.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.117;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=369;ExcessHet=3.0103;FS=1.772;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.03;MQRankSum=-1.238;QD=12.22;ReadPosRankSum=1.754;SOR=0.812;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:141,218:0.61:359
chr18	21703649	rs9956079	A	G	717.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.93;SOR=0.826;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr18	21705624	rs2306811	G	A	234.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=2.185;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.749;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=9;PP=175;ReadPosRankSum=-1.642;SC=ATCGGAGTCAGGGAGAGTACA;SOR=0.096;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=30;TCF=3;TCR=27;TR=11;WE=21705632;WS=21705614;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,11:0.34:32
chr18	21706390	rs36120839	T	TA	120.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.190;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=3.55;ReadPosRankSum=-1.585;SOR=0.358;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,15:0.44:34
chr18	21706607	.	AT	A	358.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.337;ClippingRankSum=0.000;DP=288;ExcessHet=3.0103;FS=4.161;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.08;MQRankSum=2.325;QD=1.62;ReadPosRankSum=1.851;SOR=1.058;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:160,61:0.28:221
chr18	21706666	rs79462208	C	T	1258.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-1.650;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.996;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=44;PP=1019;ReadPosRankSum=-0.145;SC=AGGCTGGGTGCACTGATGTGT;SOR=0.980;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=88;TCF=16;TCR=72;TR=52;WE=21706674;WS=21706656;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,53:0.58:92
chr18	21710321	rs12970083	C	T	11297.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=434;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=113;NR=179;PP=2965;SC=GTCAGAATAACTTATATGTTC;SOR=1.133;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=293;TCF=114;TCR=179;TR=292;WE=21710329;WS=21710311;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,422:1.00:422
chr18	21714221	.	GTTTT	G	223.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.080;ClippingRankSum=0.000;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=7.761;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.19;ReadPosRankSum=-0.812;SOR=1.901;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,12:0.60:20
chr18	21714228	rs4800548	G	T	39.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.193;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=8.495;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.21;ReadPosRankSum=1.267;SOR=1.078;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,6:0.33:18
chr18	21736933	rs1049683	T	G	2343.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=42;PP=1221;SC=AGAAGGGGAATCAACAGCTGA;SOR=1.429;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=59;TCF=17;TCR=42;TR=59;WE=21736941;WS=21736923;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr18	21739725	rs1049684	T	C	7013.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-3.587;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=503;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.546;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=120;NR=128;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.231;SC=AACCTCTTCCTGGACATGCTG;SOR=0.628;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=376;TCF=178;TCR=198;TR=248;WE=21739733;WS=21739715;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:170,322:0.65:492
chr18	21743391	rs7243722	A	T	2025.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=4.113;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=56;PP=1400;ReadPosRankSum=0.866;SC=GTGATGCTGTATTTCTGCTTA;SOR=0.760;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=99;TCF=15;TCR=84;TR=65;WE=21743399;WS=21743381;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,78:0.68:114
chr18	21758169	rs370187142	TA	T	201.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.856;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FS=3.584;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.88;ReadPosRankSum=1.095;SOR=0.333;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:47,23:0.33:70
chr18	21759593	rs12604451	T	C	1123.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.062;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.433;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=10;PP=609;ReadPosRankSum=-1.168;SC=ACATCAAAATTGTTAACTTGC;SOR=0.891;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=119;TCF=89;TCR=30;TR=44;WE=21759601;WS=21759583;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:99,57:0.37:156
chr18	22008913	rs582358	C	T	10355.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=392;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=106;NR=178;PP=2965;SC=GTTTATATTGCTATAAAAAGA;SOR=1.179;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=285;TCF=107;TCR=178;TR=284;WE=22008921;WS=22008903;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,383:1.00:383
chr18	22010421	rs9783924	C	T	3911.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=33;NR=66;PP=2065;SC=ACCTGTGAACCCTTTGTTAGA;SOR=1.276;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=99;TCF=33;TCR=66;TR=99;WE=22010429;WS=22010411;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,144:1.00:144
chr18	22017736	rs45492905	C	T	409.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.359;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.016;HP=1;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=5;PP=256;ReadPosRankSum=2.415;SC=TTTAACGTTGCTATAACCTGT;SOR=0.324;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=20;TCF=15;TCR=5;TR=16;WE=22017744;WS=22017726;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,18:0.75:24
chr18	22017752	rs1941814	C	A	1171.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=18;NR=8;PP=498;SC=CCTGTATTAACTACTCAGACA;SOR=1.473;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=26;TCF=18;TCR=8;TR=26;WE=22017760;WS=22017742;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr18	22018129	rs1791254	A	C	333.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=9;PP=235;SC=ATTATAAAATACAAGTTTCTC;SOR=3.442;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=9;WE=22018137;WS=22018119;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr18	22020543	rs677688	C	G	7927.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-2.458;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=312;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.067;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=101;NR=94;PP=2965;ReadPosRankSum=0.012;SC=GGAAAGTTCGCTTAAAGCATT;SOR=0.275;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=197;TCF=101;TCR=96;TR=195;WE=22020551;WS=22020533;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,309:1.00:310
chr18	22056766	rs11665084	C	T	6979.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.292;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=399;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.429;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=123;NR=79;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.324;SC=CTGATGGTGGCCGTTTGGGTG;SOR=0.789;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=261;TCF=157;TCR=104;TR=202;WE=22056774;WS=22056756;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:92,302:0.77:394
chr18	22056970	rs11662595	A	G	13454.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.038;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=802;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.995;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=185;NR=210;PP=2962;ReadPosRankSum=2.066;SC=AAGCGTGATCATCTCAGTAGG;SOR=0.700;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=510;TCF=249;TCR=261;TR=395;WE=22056978;WS=22056960;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:183,609:0.77:792
chr18	22669614	rs12454983	A	G	11414.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.938;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=655;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.642;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=142;NR=200;PP=2962;ReadPosRankSum=1.236;SC=ATGACTCTGCATGAACAGACA;SOR=0.767;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=434;TCF=182;TCR=252;TR=342;WE=22669622;WS=22669604;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:144,508:0.78:652
chr18	22804244	rs4129657	T	C	1566.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=4.644;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.412;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=5;PP=1158;ReadPosRankSum=0.991;SC=GTGGAGAGTGTAAACATAAAG;SOR=1.786;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=69;TCF=60;TCR=9;TR=50;WE=22804252;WS=22804234;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,57:0.70:81
chr18	23598160	rs607404	A	T	622.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=0.076;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=7;PP=249;ReadPosRankSum=0.498;SC=TTATAACTAAACCACAAAGGC;SOR=0.770;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=71;TCF=46;TCR=25;TR=23;WE=23598168;WS=23598150;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,33:0.39:85
chr18	23603804	rs34038435	AT	A	775.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.257;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.677;NF=2;NR=36;PP=621;ReadPosRankSum=0.434;SC=CAATTTAAAAATTTTTTTTTC;SOR=0.713;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=62;TCF=2;TCR=60;TR=38;WE=23603812;WS=23603794;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,46:0.71:65
chr18	23714109	rs7235001	T	C	3519.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.379;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=236;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.463;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=73;PP=1917;ReadPosRankSum=-1.345;SC=CCAGCCCACCTTTCCATCCTA;SOR=0.519;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=176;TCF=62;TCR=114;TR=117;WE=23714117;WS=23714099;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,155:0.67:233
chr18	23772224	rs141374631	G	GTAAA	484.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-1.739;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.769;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=2;PP=411;ReadPosRankSum=0.243;SC=TCTTCATATTGTATTTACATA;SOR=0.223;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=14;TCF=12;TCR=2;TR=8;WE=23772232;WS=23772214;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,12:0.75:16
chr18	23772573	rs2069310	G	C	319.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=3.827;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=11;PP=255;ReadPosRankSum=1.133;SC=GATTTTCTTTGAAAGGGGATT;SOR=1.911;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=0;TCR=16;TR=11;WE=23772581;WS=23772563;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,11:0.73:15
chr18	23866185	rs74947492	G	C	2945.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.058;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=545;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.569;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=57;PP=1567;ReadPosRankSum=-1.046;SC=AAAACCACTTGTGACATCTGT;SOR=0.757;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=360;TCF=181;TCR=179;TR=109;WE=23866193;WS=23866175;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:369,163:0.31:532
chr18	23873463	rs1677016	T	C	367.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=2.169;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=7;PP=282;ReadPosRankSum=-0.454;SC=CTCAGAAAAATAGAATAAAAG;SOR=1.044;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=55;TCF=33;TCR=22;TR=19;WE=23873471;WS=23873453;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,26:0.26:101
chr18	23875336	rs1382260	T	A	533.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-2.456;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.542;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=21;PP=339;ReadPosRankSum=-0.029;SC=GACTGATTTCTTGGAAGGCAA;SOR=1.194;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=77;TCF=19;TCR=58;TR=26;WE=23875344;WS=23875326;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,28:0.34:83
chr18	24035675	rs3753	T	C	3169.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=2.431;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=235;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=31;PP=1526;ReadPosRankSum=1.542;SC=TGGTTGTGTGTGTTTTCCTTT;SOR=0.708;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=152;TCF=102;TCR=50;TR=94;WE=24035683;WS=24035665;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,140:0.62:225
chr18	24039964	rs3835044	AT	A	679.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.599;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.300;NF=3;NR=25;PP=514;ReadPosRankSum=1.883;SC=CTAAGAGGTGATTTTTTTCCA;SOR=0.708;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=69;TCF=5;TCR=64;TR=28;WE=24039972;WS=24039954;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,45:0.38:119
chr18	24436519	rs68006382	A	G	2536.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-1.262;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.054;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=69;PP=1848;ReadPosRankSum=-0.388;SC=GCAGCTCATGAATGTAGAATC;SOR=0.378;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=137;TCF=24;TCR=113;TR=87;WE=24436527;WS=24436509;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,99:0.66:151
chr18	25543387	rs1041985	G	A	1458.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.660;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=21;PP=750;ReadPosRankSum=1.760;SC=ACTGGGGCTCGGCGTGGATGG;SOR=0.726;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=41;TCF=20;TCR=21;TR=41;WE=25543395;WS=25543377;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,59:0.97:61
chr18	25565082	rs1220144	A	G	4785.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.62;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=36;NR=53;PP=1882;SC=AAACCTTCACACGCAGGATGG;SOR=0.926;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=89;TCF=36;TCR=53;TR=89;WE=25565090;WS=25565072;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,179:1.00:179
chr18	25570228	rs1628684	G	C	6240.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=245;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=69;NR=87;PP=2723;SC=TTGACTGAGGGGGGTGCTGAA;SOR=0.864;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=156;TCF=69;TCR=87;TR=156;WE=25570236;WS=25570218;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,239:1.00:239
chr18	25572837	rs1662733	G	A	2799.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=26;NR=48;PP=1520;SC=TCAGAGGAGGGGCATGGACCA;SOR=1.247;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=75;TCF=27;TCR=48;TR=74;WE=25572845;WS=25572827;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr18	25573308	rs1662734	C	T	1246.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=32;NR=3;PP=834;SC=GGATGCCTCACGTAAGGCCCT;SOR=3.365;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=35;TCF=32;TCR=3;TR=35;WE=25573316;WS=25573298;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr18	25573401	rs11564295	T	C	5069.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-1.836;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=71;NR=48;PP=2076;ReadPosRankSum=-0.610;SC=TTATTATTCATGACCAACCTT;SOR=0.348;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=120;TCF=72;TCR=48;TR=119;WE=25573409;WS=25573391;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,195:0.99:196
chr18	25573622	rs2957286	G	C	2226.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=23;NR=49;PP=1501;SC=ATAAAGATAAGAACTTAAATG;SOR=1.522;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=72;TCF=23;TCR=49;TR=72;WE=25573630;WS=25573612;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr18	25727760	.	GA	G	588.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.926;ClippingRankSum=0.000;DP=725;ExcessHet=3.0103;FS=0.633;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.89;ReadPosRankSum=0.966;SOR=0.618;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:521,140:0.21:661
chr18	25756811	rs35896910	T	C	91.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=22.76;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr18	25757048	rs113469494	A	C	1150.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.298;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=31;PP=670;ReadPosRankSum=0.797;SC=GCGGCGGCGGAGGAGGAGGAG;SOR=0.663;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=105;TCF=53;TCR=52;TR=62;WE=25757056;WS=25757035;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,60:0.50:121
chr18	28611139	rs276936	A	C	3023.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=2.331;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=44;PP=1360;ReadPosRankSum=-0.783;SC=TCCAAATTAAATGCAAGTAAA;SOR=0.421;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=68;TCF=23;TCR=45;TR=67;WE=28611147;WS=28611129;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,113:0.99:114
chr18	28659724	rs1658128	T	C	314.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=9;NR=0;PP=273;SC=AGTGCATGTATCCAGCTTTAA;SOR=3.442;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=9;TCR=0;TR=9;WE=28659732;WS=28659714;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr18	28662776	rs1790702	G	A	318.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=3;PP=162;SC=CGCCCGCCTCGGCCTCCCAAA;SOR=1.445;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=7;TCR=3;TR=10;WE=28662784;WS=28662766;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr18	28666526	rs35717505	T	TTAA	1916.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=14;NR=6;PP=1000;SC=TCAGGTTTTATTGTTTATGTT;SOR=1.402;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=21;TCF=15;TCR=6;TR=20;WE=28666534;WS=28666516;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr18	28671212	rs1790683	T	G	428.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=13;PP=346;SC=ATTAGCTGGGTAGGGGTGAGA;SOR=3.912;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=14;TCF=1;TCR=13;TR=14;WE=28671220;WS=28671202;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr18	28671381	rs34593516	GA	G	831.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=18;NR=5;PP=446;SC=AAGCAAAACTGAAAAAAAAAT;SOR=2.133;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=27;TCF=21;TCR=6;TR=23;WE=28671389;WS=28671371;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr18	28711519	rs1789072	C	T	2842.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=48;NR=20;PP=1370;SC=TAGCATTTAACTTCCATGTAA;SOR=1.418;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=70;TCF=49;TCR=21;TR=68;WE=28711527;WS=28711509;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr18	28713843	rs77485878	A	C	3316.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.154;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=29;PP=1602;ReadPosRankSum=-1.117;SC=AATGATACTTAATATACTTAC;SOR=0.739;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=86;TCF=57;TCR=29;TR=85;WE=28713851;WS=28713833;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,129:0.98:132
chr18	28719674	rs1789043	A	G	999.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.38;SOR=0.954;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr18	28721882	rs12455973	T	C	366.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.452;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=34;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=2;PP=280;ReadPosRankSum=-0.446;SC=TCTAGTCATATACATATAAGA;SOR=1.739;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=15;TCF=13;TCR=2;TR=14;WE=28721890;WS=28721872;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,14:0.93:15
chr18	28721913	rs12458870	C	T	796.56	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.708;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=37.93;ReadPosRankSum=-0.591;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,20:0.95:21
chr18	28721922	rs12458919	G	A	888.89	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.717;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=37.04;ReadPosRankSum=-0.603;SOR=1.255;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,23:0.96:24
chr18	28722039	rs2577075	G	A	2505.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-0.195;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.222;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=22;PP=942;ReadPosRankSum=-0.932;SC=TTTCCTTGTAGGATTTTGTAT;SOR=0.572;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=52;TCF=28;TCR=24;TR=49;WE=28722047;WS=28722029;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,97:0.97:100
chr18	28722103	rs2577074	T	C	3115.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-1.715;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=31;PP=1192;ReadPosRankSum=1.325;SC=CCTTCATTCGTAAAATCTCCA;SOR=0.223;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=64;TCF=32;TCR=32;TR=63;WE=28722111;WS=28722093;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,120:0.99:121
chr18	28723596	rs2577072	G	C	313.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=1.890;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5013;FS=2.694;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=2;PP=256;ReadPosRankSum=1.141;SC=AAATCTAGATGAATGAATAGA;SOR=2.147;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=16;TCF=12;TCR=4;TR=12;WE=28723604;WS=28723586;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,13:0.76:17
chr18	28723832	rs12454773	G	A	803.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.135;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=36.53;ReadPosRankSum=-0.229;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,20:0.91:22
chr18	28723835	rs12454734	C	T	803.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.873;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=36.53;ReadPosRankSum=-0.458;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,20:0.91:22
chr18	28723875	rs35474327	ATATT	A	292.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.493;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=29.27;ReadPosRankSum=-0.140;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,8:0.80:10
chr18	28728384	rs2577067	C	T	804.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=20;NR=5;PP=579;SC=AATGATAAAACGTAAACATCT;SOR=2.753;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=20;TCR=5;TR=25;WE=28728392;WS=28728374;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr18	28728411	rs3213883	C	T	1147.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-1.777;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=10;PP=802;ReadPosRankSum=1.156;SC=ATAATACTTACGAAATGTCAA;SOR=0.981;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=36;TCF=26;TCR=10;TR=36;WE=28728419;WS=28728401;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,41:0.98:42
chr18	28728693	rs3217442	T	TA	800.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.149;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.05;ReadPosRankSum=0.867;SOR=0.538;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,45:0.79:57
chr18	28734749	rs2249810	A	G	5567.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=91;NR=54;PP=2521;SC=CAAACTGTTCATATTTCTCAC;SOR=1.137;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=145;TCF=91;TCR=54;TR=145;WE=28734757;WS=28734739;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,219:1.00:219
chr18	28737198	rs2246736	C	T	316.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=9;NR=3;PP=221;SC=TTTATTTACACTAATTGTAAG;SOR=1.981;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=12;TCF=9;TCR=3;TR=12;WE=28737206;WS=28737188;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr18	28737299	rs2118342	T	G	1685.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=31;NR=14;PP=974;SC=GTAAGCATATTACTGTGCTAG;SOR=1.460;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=45;TCF=31;TCR=14;TR=45;WE=28737307;WS=28737289;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr18	28739495	rs35550730	C	CAA	974.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.65;QD=27.85;SOR=1.483;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr18	28898201	rs1834582	A	G	2829.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=45;NR=21;PP=1275;SC=TGGGAGAAAGAAAAAGAACAG;SOR=1.244;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=66;TCF=45;TCR=21;TR=66;WE=28898209;WS=28898191;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr18	28898294	rs1426310	A	G	4075.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=55;NR=52;PP=1858;SC=AGTAGTTGCAATGCTGTTCAT;SOR=0.745;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=107;TCF=55;TCR=52;TR=107;WE=28898302;WS=28898284;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,156:1.00:156
chr18	28906460	rs57200666	TG	CA	409.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;JOINED;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.53;SOR=1.402;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr18	28907096	rs765054	C	T	676.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=5;NR=18;PP=529;SC=ACTATAGTCACCTAGATGATG;SOR=2.400;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=23;TCF=5;TCR=18;TR=23;WE=28907104;WS=28907086;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr18	28908090	rs2303465	G	A	1847.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=39;NR=17;PP=1055;SC=GAAAGCTGTCGTATATCAAAT;SOR=1.644;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=56;TCF=39;TCR=17;TR=56;WE=28908098;WS=28908080;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr18	28913599	rs12967407	C	T	3882.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=49;NR=54;PP=1829;SC=ACCGAGATGGCGGGGCAGATG;SOR=0.706;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=103;TCF=49;TCR=54;TR=103;WE=28913607;WS=28913589;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,151:1.00:151
chr18	28913929	rs5823800	TTC	T	791.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=6;NR=3;PP=456;SC=CCTACTGTAGTTCTCTCTCTT;SOR=1.508;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=6;TCR=3;TR=9;WE=28913938;WS=28913919;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr18	28916230	rs74277377	G	GAT	277.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQ=61.53;NF=5;NR=0;PP=243;SC=AAGATAATAAGTTTTTTTTGC;SOR=2.584;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=5;TCR=0;TR=5;WE=28916238;WS=28916220;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr18	28916290	rs6506917	G	A	524.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=3;PP=358;SC=TTCTTATAATGAAACTATTTT;SOR=2.419;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=14;TCR=3;TR=17;WE=28916298;WS=28916280;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr18	28923983	rs11660224	AT	CA	1765.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=14;PP=952;SC=TTTGTTTAACATCTCAAATGC;SOR=1.075;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=24;TCF=8;TCR=16;TR=21;WE=28923992;WS=28923973;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr18	28966518	rs1460597	G	C	281.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=0;PP=262;SC=GTTGTGAATTGGTGAAAACAT;SOR=4.615;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=9;TCR=0;TR=9;WE=28966526;WS=28966513;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr18	28968371	rs16959856	G	A	5144.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.62;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=52;NR=46;PP=1826;SC=TAACATACCGGATTTCTGGAG;SOR=0.755;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=99;TCF=52;TCR=47;TR=98;WE=28968379;WS=28968361;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,198:1.00:198
chr18	28968959	rs9956865	C	T	2761.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=28;NR=43;PP=1352;SC=ACACAGCCAGCATTGAAGAAA;SOR=1.103;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=71;TCF=28;TCR=43;TR=71;WE=28968967;WS=28968949;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr18	28969008	rs16959863	C	T	1263.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=9;NR=26;PP=753;SC=TCCTTCTCTACGTCACAGCAT;SOR=2.200;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=37;TCF=9;TCR=28;TR=35;WE=28969016;WS=28968998;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr18	28986333	rs4799570	A	C	2546.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=23;NR=39;PP=1242;SC=CCTGCTACTGATTTGTAAGTA;SOR=1.109;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=62;TCF=23;TCR=39;TR=62;WE=28986341;WS=28986323;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr18	28993183	rs12960081	A	G	9146.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=352;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=95;NR=120;PP=2965;SC=ATGCTGATCCATGTGTGCAAC;SOR=0.836;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=216;TCF=95;TCR=121;TR=215;WE=28993191;WS=28993173;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,343:1.00:343
chr18	28993501	rs7234288	C	A	2880.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=29;NR=41;PP=1495;SC=CCACATCCCCCATGACATCTC;SOR=0.987;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=71;TCF=29;TCR=42;TR=70;WE=28993509;WS=28993491;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr18	29046398	rs2035042	G	A	493.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=11;NR=1;PP=271;SC=AAGACACACTGAGTTGGCTAC;SOR=3.383;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=12;TCF=11;TCR=1;TR=12;WE=29046406;WS=29046389;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr18	29049018	rs11660216	C	T	2246.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.787;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=22;PP=1163;ReadPosRankSum=2.656;SC=GACACTTCGTCCTACTGTTGA;SOR=1.065;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=61;TCF=39;TCR=22;TR=61;WE=29049026;WS=29049008;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,86:0.98:88
chr18	29055957	rs1380866	A	G	3819.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=53;NR=49;PP=2052;SC=TGCTTTGTCCACCTCTGGGTC;SOR=0.766;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=102;TCF=53;TCR=49;TR=102;WE=29055965;WS=29055947;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,141:1.00:141
chr18	29101215	.	CT	C	95.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.688;ClippingRankSum=0.000;DP=92;ExcessHet=3.0103;FS=1.241;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.47;ReadPosRankSum=-0.193;SOR=0.914;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:47,18:0.28:65
chr18	29207155	rs1026123	C	T	1666.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=39;PP=1133;SC=AAGGTTTCAGCCTTTTATGTG;SOR=2.958;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=8;TCR=39;TR=47;WE=29207163;WS=29207145;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr18	29211163	rs10657836	C	CT	95.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.689;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=8.71;ReadPosRankSum=1.602;SOR=0.293;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,9:0.82:11
chr18	29237765	rs1449086	T	A	607.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=16;NR=2;PP=419;SC=CCCTTCAAAATGCGCTTTGCC;SOR=3.160;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=17;TCR=2;TR=18;WE=29237773;WS=29237755;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr18	29237860	rs1449087	C	T	2810.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.170;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.79;ReadPosRankSum=-0.559;SOR=0.420;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,108:0.99:109
chr18	29238076	rs67738912	CA	C	593.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.659;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=3.854;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.49;ReadPosRankSum=1.683;SOR=0.916;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,35:0.97:36
chr18	29264182	rs1449081	G	A	569.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=13;NR=3;PP=389;SC=GCCCCTGTTTGAACAGCTTCC;SOR=2.531;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=16;TCF=13;TCR=3;TR=16;WE=29264190;WS=29264172;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr18	29426552	rs34846731	A	C	963.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.77;SOR=1.061;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
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chr18	29435778	rs34167680	T	TA	371.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.291;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FS=3.322;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.08;MQRankSum=1.059;QD=4.08;ReadPosRankSum=-0.666;SOR=0.461;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:58,33:0.36:91
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chr18	29775226	.	TAC	T	81	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MMLQ=28;MQ=60.0;NF=2;NR=0;PP=81;QD=42.0;SC=AAAGTAGGGCTACACACACAC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=7;TCR=0;TR=2;WE=29775235;WS=29775216;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:5,2:0.29:7
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chr18	29795076	rs173032	T	C	3489.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=41;NR=36;PP=1534;SC=ACAGGCCTTCTAAAGTGGGAA;SOR=0.772;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=77;TCF=41;TCR=36;TR=77;WE=29795084;WS=29795066;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,129:1.00:129
chr18	29795101	rs233223	T	C	3440.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=39;NR=39;PP=1450;SC=GGCTTTGTTCTCTAATGGAAC;SOR=0.708;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=78;TCF=39;TCR=39;TR=78;WE=29795109;WS=29795091;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr18	29795264	rs73417901	T	A	379.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=11;PP=271;SC=CTAGTTTTTTTTTGTTGTGGC;SOR=3.767;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=12;TCF=1;TCR=11;TR=12;WE=29795272;WS=29795254;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr18	29797921	rs616114	C	T	6837.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.686;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=268;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=70;NR=96;PP=2965;ReadPosRankSum=2.371;SC=AATTTGACTCCGCAAAATGTA;SOR=0.929;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=166;TCF=70;TCR=96;TR=166;WE=29797929;WS=29797911;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,262:0.99:264
chr18	29797958	rs680321	T	C	4248.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=37;NR=73;PP=2356;SC=TGATTATTCATAACCTATTGG;SOR=1.294;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=111;TCF=38;TCR=73;TR=110;WE=29797966;WS=29797948;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,153:1.00:153
chr18	29800119	rs673408	A	G	803.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=13;PP=420;SC=AGACCAGATCATTTTATTATG;SOR=0.693;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=27;TCF=13;TCR=14;TR=26;WE=29800127;WS=29800109;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr18	29850296	rs6506966	G	A	892.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=15;PP=393;SC=AAGGCTTTGCGCTTCGGGGTG;SOR=1.148;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=9;TCR=15;TR=24;WE=29850304;WS=29850286;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr18	29972774	rs3786309	T	C	1489.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.740;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=21;PP=944;ReadPosRankSum=-0.821;SC=CTTTCTAGTTTACAGACAATT;SOR=0.914;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=48;TCF=27;TCR=21;TR=48;WE=29972782;WS=29972764;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,58:0.97:60
chr18	30275526	.	G	GA	61.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.123;ClippingRankSum=0.000;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=5.085;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.13;MQRankSum=1.922;QD=0.95;ReadPosRankSum=-0.961;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:52,13:0.20:65
chr18	30350165	rs61737324	G	A	5626.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.876;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=81;PP=2609;ReadPosRankSum=-0.824;SC=CGATGGACGAGCAGCCCTGCA;SOR=1.039;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=132;TCF=49;TCR=83;TR=129;WE=30350173;WS=30350155;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,212:0.99:214
chr18	30352057	rs200605696	GCGCCGGCC	G	5834.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=61.03;QD=43.87;SOR=1.455;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,133:1.00:133
chr18	30352098	.	AGCC	A	1370	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;FR=0.5000;HP=2;HapScore=1;MGOF=40;MMLQ=24;MQ=60.42;NF=23;NR=36;PP=1370;QD=23.5084745763;SC=CCCGGGGGAGAGCCGCCGCCG;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=115;TCF=47;TCR=68;TR=59;WE=30352108;WS=30352088;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:56,59:0.51:115
chr18	30672631	rs1995096	G	A	426.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=9;NR=4;PP=263;SC=GGATATCATCGTCAGATCAGA;SOR=1.371;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=13;TCF=9;TCR=4;TR=13;WE=30672639;WS=30672621;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr18	30804756	rs466113	C	T	1348.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=24;NR=11;PP=721;SC=TGTTCTTTGTCGAGACTTCTG;SOR=1.345;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=35;TCF=24;TCR=11;TR=35;WE=30804764;WS=30804746;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr18	30846895	rs9965081	A	T	708.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=7;PP=320;SC=ATTGGTTTTTACTGTTATTTT;SOR=0.922;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=10;TCR=7;TR=17;WE=30846903;WS=30846885;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr18	30908046	rs370402331	GATTTTTTTTTTTTTTTTTTTT	G	2296.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.034;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FS=6.734;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.90;MQRankSum=-0.108;QD=34.28;ReadPosRankSum=1.682;SOR=0.515;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,65:0.97:67
chr18	30936121	rs9948028	C	T	56.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=18.76;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr18	30950168	rs9965655	T	C	2906.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=24;NR=49;PP=1507;SC=AGAGAACAAATAGAAGTTCAT;SOR=1.265;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=73;TCF=24;TCR=49;TR=73;WE=30950176;WS=30950158;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr18	30976968	rs4447495	C	G	146.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=0;PP=116;SC=TTTAAAGAAGCGTTACGATTA;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=5;TCR=0;TR=5;WE=30976976;WS=30976958;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr18	30977255	rs6507018	G	A	687.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=16;PP=471;SC=GTAAGGATACGGGAAGAAAAT;SOR=2.494;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=19;TCF=3;TCR=16;TR=19;WE=30977263;WS=30977245;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr18	31225030	rs4799705	G	T	1366.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=8;NR=27;PP=743;SC=ACATGTGAAGGTAAACAAAAT;SOR=1.755;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=35;TCF=8;TCR=27;TR=35;WE=31225038;WS=31225020;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr18	31241497	rs9304126	C	G	1244.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=34;NR=6;PP=1008;SC=TTTTCAATTGCAGAAAAGCTC;SOR=3.611;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=34;TCR=6;TR=40;WE=31241505;WS=31241487;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr18	31250605	rs141877079	TTTATG	T	1301.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=7;PP=868;SC=TGGCTATATTTTTATGTTATA;SOR=2.303;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=22;TCF=15;TCR=7;TR=17;WE=31250617;WS=31250595;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr18	31263320	rs8086318	G	A	3801.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=63;NR=32;PP=1742;SC=GTACGTACACGTTTCCCTCTA;SOR=1.286;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=96;TCF=63;TCR=33;TR=95;WE=31263328;WS=31263310;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,142:1.00:142
chr18	31312106	rs10432168	T	C	960.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=22;PP=644;SC=TCTCTGATTTTTCAGTCTTTT;SOR=2.235;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=8;TCR=22;TR=30;WE=31312114;WS=31312096;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr18	31314196	rs34501189	A	G	356.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=8;NR=3;PP=270;SC=AGTTTACTCAAATGAATTACA;SOR=1.329;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=8;TCR=3;TR=11;WE=31314204;WS=31314186;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr18	31318336	rs1845385	T	C	200.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=7;NR=0;PP=161;SC=ATGTTAATGATTATAAATGTA;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=7;TCR=0;TR=7;WE=31318344;WS=31318334;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr18	31318376	rs1493910	A	G	486.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=3;PP=281;SC=ATTGAATACTACATTCATGAG;SOR=2.179;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=15;TCF=11;TCR=4;TR=14;WE=31318384;WS=31318366;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr18	31320229	rs2282632	A	G	4928.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.785;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=71;PP=2774;ReadPosRankSum=0.478;SC=GGGATAAGAAATGAAAGTAGA;SOR=0.726;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=139;TCF=66;TCR=73;TR=135;WE=31320237;WS=31320219;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,185:0.99:187
chr18	31324766	rs17746949	G	A	3282.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.048;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=40;PP=1750;ReadPosRankSum=-1.288;SC=CTACTTGAACGTGTCAGAACT;SOR=0.795;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=81;TCF=41;TCR=40;TR=81;WE=31324774;WS=31324756;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,122:0.98:124
chr18	31324934	rs7232237	A	G	3827.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=52;NR=53;PP=1920;SC=AACACAGAACATGAAAGCTTC;SOR=0.721;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=105;TCF=52;TCR=53;TR=105;WE=31324942;WS=31324924;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,146:1.00:146
chr18	31463174	.	TAAA	T	3309.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=80;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.40;QD=41.37;SOR=1.236;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr18	32650341	rs3744923	A	G	800.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=7;NR=21;PP=547;SC=GTCATGTGGAATGTGATTTTA;SOR=1.942;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=28;TCF=7;TCR=21;TR=28;WE=32650349;WS=32650331;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr18	32720189	rs3786314	A	G	2284.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=47;NR=20;PP=1365;SC=GGCAGTGGCAATGGGCTGGGA;SOR=1.497;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=67;TCF=47;TCR=20;TR=67;WE=32720197;WS=32720179;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr18	32822382	rs4799374	G	T	942.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=19;NR=4;PP=547;SC=ACACTCCTTCGCAAGCACAGA;SOR=2.235;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=19;TCR=4;TR=23;WE=32822390;WS=32822372;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr18	32823757	rs62096496	A	C	1754.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=20;NR=23;PP=856;SC=AGCCCAAGTAAAGGCCATACC;SOR=0.754;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=43;TCF=20;TCR=23;TR=43;WE=32823765;WS=32823747;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr18	32823905	rs1054890	T	C	1945.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=30;NR=16;PP=986;SC=GTATGTCATGTTAATTTGTTT;SOR=1.117;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=46;TCF=30;TCR=16;TR=46;WE=32823913;WS=32823895;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr18	32836089	rs4799376	T	C	119.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=2;PP=27;SC=ATTATGAGACTAGAGAAAAAT;SOR=0.693;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=2;TCR=2;TR=4;WE=32836097;WS=32836079;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr18	32838807	rs7229055	T	C	276.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=1;PP=139;SC=GCACTCTAGCTTGGGCGACAG;SOR=2.093;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=9;TCF=7;TCR=2;TR=7;WE=32838815;WS=32838797;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr18	32886528	rs147217916	T	TAGTC	2599.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=25;NR=14;PP=2058;SC=ACAAACATTTTAGAGTTCTGA;SOR=2.066;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=43;TCF=27;TCR=16;TR=39;WE=32886536;WS=32886518;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr18	32887914	rs1131709	A	G	1085.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=17;PP=497;SC=CATTAAAACCACACTGGATCC;SOR=1.382;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=27;TCF=10;TCR=17;TR=26;WE=32887922;WS=32887904;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr18	32887933	rs9963614	A	G	964.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=8;NR=13;PP=368;SC=CCGGATACGTATGGTGGCTCA;SOR=1.136;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=8;TCR=13;TR=21;WE=32887941;WS=32887923;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr18	32917644	rs2032729	T	C	3435.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=35;NR=44;PP=1503;SC=AACACCCATATTGAGAGTGCC;SOR=0.838;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=79;TCF=35;TCR=44;TR=79;WE=32917652;WS=32917634;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr18	32917780	rs5823970	G	GA	505.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.62;SOR=2.419;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr18	32948446	.	T	TTTTA	1513.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=80;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.27;QD=43.25;SOR=1.483;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr18	32948510	rs2909340	G	A	502.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=39;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=13;PP=354;SC=CTGTCTGAGCGGTTCAAGCAA;SOR=2.712;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=18;TCF=5;TCR=13;TR=16;WE=32948518;WS=32948500;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr18	33077660	rs189576	A	G	979.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=20;NR=9;PP=536;SC=GCGCACGCGCAGCCTGGGAGC;SOR=1.609;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=20;TCR=9;TR=29;WE=33077668;WS=33077650;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr18	33647254	rs1789517	A	C	6759.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=248;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=116;NR=62;PP=2965;SC=TGACGATGGGACGCGAGTGTT;SOR=1.275;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=178;TCF=116;TCR=62;TR=178;WE=33647262;WS=33647244;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,243:1.00:243
chr18	33694120	rs1050631	G	A	2835.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-2.004;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=30;PP=1355;ReadPosRankSum=0.594;SC=ATCCAGGCCAGAGTGGCGACG;SOR=0.355;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=76;TCF=46;TCR=30;TR=75;WE=33694128;WS=33694110;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,111:0.99:112
chr18	33696772	rs1789504	A	C	1301.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=32;PP=967;SC=CAATACTTTAAAACAGTAATT;SOR=2.409;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=40;TCF=8;TCR=32;TR=40;WE=33696780;WS=33696762;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr18	33706614	rs1789528	C	G	7340.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=288;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQ=59.97;NF=89;NR=100;PP=2965;SC=GATGCTCGTGCTCTGAGTGAT;SOR=0.789;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=190;TCF=90;TCR=100;TR=189;WE=33706622;WS=33706604;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,281:1.00:281
chr18	33709762	rs1632169	G	C	1846.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=39;NR=17;PP=1036;SC=TCAGGGGGGCGGGGCTGCCTC;SOR=1.609;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=56;TCF=39;TCR=17;TR=56;WE=33709770;WS=33709752;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr18	33713132	rs1785904	T	C	631.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=6;PP=389;SC=CTGAAATCTGTTTTTACTTAT;SOR=1.426;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=21;TCF=14;TCR=7;TR=20;WE=33713140;WS=33713122;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr18	33713287	rs1785905	T	A	1306.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=17;PP=499;SC=GCTGTAAGTATTAACCAGATT;SOR=1.051;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=8;TCR=17;TR=25;WE=33713295;WS=33713277;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr18	33718326	rs1785934	A	C	1717.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=20;NR=22;PP=639;SC=TGCATTATGTACACTGATCGT;SOR=0.750;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=42;TCF=20;TCR=22;TR=42;WE=33718334;WS=33718316;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr18	33719434	rs1785932	C	T	792.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=19;NR=2;PP=497;SC=AGCCACCAGCCTCTCTCGCCC;SOR=3.098;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=22;TCF=20;TCR=2;TR=21;WE=33719442;WS=33719424;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr18	33722425	rs1789549	A	G	827.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-0.648;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=23;PP=609;ReadPosRankSum=-0.869;SC=ATGTTTTTCTATTGTCCCAAT;SOR=1.236;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=31;TCF=7;TCR=24;TR=30;WE=33722433;WS=33722415;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,31:0.97:32
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chr18	33725931	rs1785928	G	A	3005.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=41;NR=34;PP=1293;SC=ACAGCAGCCAGTGAGATTATT;SOR=0.800;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=75;TCF=41;TCR=34;TR=75;WE=33725939;WS=33725921;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr18	33726447	rs1785927	C	G	694.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=22;PP=568;SC=AGTAGAGGCACTTGAAGTTCA;SOR=4.892;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=23;TCF=1;TCR=22;TR=23;WE=33726455;WS=33726437;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr18	33744677	rs684890	T	C	855.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=20;PP=553;SC=ACAGTTATGTTCATTTTATCT;SOR=2.910;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=22;TCF=2;TCR=20;TR=22;WE=33744685;WS=33744667;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr18	33750046	rs8299	C	T	3387.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=46;NR=32;PP=1398;SC=GGGGTGAGTGCGACTCCACTG;SOR=0.873;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=78;TCF=46;TCR=32;TR=78;WE=33750054;WS=33750036;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr18	33750314	rs637786	G	A	461.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=13;PP=382;SC=TCACTCTGTCGCCCAGGCTGG;SOR=1.371;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=18;TCF=5;TCR=13;TR=18;WE=33750322;WS=33750304;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr18	33767460	rs140350056	G	T	204.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=22.75;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr18	33767479	rs11665282	G	A	335.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=4;PP=225;SC=GGGCCCGGCCGGCCTGGATGG;SOR=1.179;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=8;TCR=4;TR=12;WE=33767487;WS=33767469;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr18	33767749	rs4267398	G	A	952.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=15;PP=453;SC=GGCGCATTTTGAATCGAAACT;SOR=0.859;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=27;TCF=11;TCR=16;TR=26;WE=33767757;WS=33767739;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr18	33778607	rs596644	C	A	5209.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=66;NR=50;PP=2324;SC=ACAAAAGAAGCGACCCTAAGT;SOR=0.868;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=116;TCF=66;TCR=50;TR=116;WE=33778615;WS=33778597;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,196:1.00:196
chr18	33779821	rs646424	C	A	4925.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=68;NR=61;PP=2701;SC=AGTGGGTATGCGGAACGTGAC;SOR=1.124;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=134;TCF=73;TCR=61;TR=129;WE=33779829;WS=33779811;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,186:1.00:186
chr18	33779855	rs623053	C	T	6102.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=244;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=81;NR=73;PP=2965;SC=GTCATATCCACCCCGGTCAGG;SOR=0.710;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=163;TCF=89;TCR=74;TR=154;WE=33779863;WS=33779845;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,240:1.00:240
chr18	33779896	rs540967	A	G	8712.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=320;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=124;NR=90;PP=2965;SC=AGAGGAACGTAGTGCTTCAGC;SOR=0.877;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=214;TCF=124;TCR=90;TR=214;WE=33779904;WS=33779886;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,317:1.00:317
chr18	33780020	rs623558	A	G	11081.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=431;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=143;NR=128;PP=2965;SC=GGGCGGTTGCACCCTGTGAGC;SOR=0.761;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=271;TCF=143;TCR=128;TR=271;WE=33780028;WS=33780010;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,424:1.00:424
chr18	33785093	rs678560	G	A	2099.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=32;NR=27;PP=1112;SC=GTATACCTACGTGGCCCTGTC;SOR=0.718;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=59;TCF=32;TCR=27;TR=59;WE=33785101;WS=33785083;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr18	33785185	rs667667	A	G	1627.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=20;NR=27;PP=874;SC=TTCAGGGCCCAATCATCAATT;SOR=1.022;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=20;TCR=27;TR=47;WE=33785193;WS=33785175;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr18	33785304	rs667195	T	C	316.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=8;PP=240;SC=GAGAGCAATGTAGTGTGACAA;SOR=1.802;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=3;TCR=8;TR=11;WE=33785312;WS=33785294;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr18	33793511	rs687387	T	C	267.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=5;PP=174;SC=TTGCTGCCTGTGTGTCTGGGG;SOR=1.085;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=3;TCR=5;TR=8;WE=33793519;WS=33793501;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr18	33795425	rs631108	G	A	635.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=15;NR=4;PP=447;SC=ACTGTTTCCAGTGTCTCTATG;SOR=2.636;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=15;TCR=4;TR=19;WE=33795433;WS=33795415;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr18	33828805	rs4799859	C	T	512.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=12;NR=2;PP=329;SC=TTGGTTACTACAGCTTTGTAG;SOR=2.303;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=14;TCF=12;TCR=2;TR=14;WE=33828813;WS=33828795;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr18	33828980	rs567458	C	G	1701.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=22;NR=24;PP=771;SC=CTCTGAAGCACGTGAAAATCT;SOR=0.754;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=46;TCF=22;TCR=24;TR=46;WE=33828988;WS=33828970;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr18	33829077	rs568388	T	C	788.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=17;PP=474;SC=CCAGTTGCTGTCCATTTCTCC;SOR=2.387;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=3;TCR=17;TR=20;WE=33829085;WS=33829067;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr18	33831044	rs518413	C	T	341.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=1;PP=227;SC=TATTTTGTAACCAAACTTTTT;SOR=2.833;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=11;TCF=10;TCR=1;TR=11;WE=33831052;WS=33831034;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr18	33848663	rs111317566	A	ATACAT	2346.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=24;PP=1686;SC=AATTTTTAGCATAAAGTTTCT;SOR=1.524;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=35;TCF=3;TCR=32;TR=27;WE=33848671;WS=33848653;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr18	33877687	rs188660514	T	C	1593.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=38;NR=2;PP=1124;SC=AGCCTGCGAGTCCGCGAGCCA;SOR=4.047;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=40;TCF=38;TCR=2;TR=40;WE=33877695;WS=33877677;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr18	34205385	rs2644253	A	G	378.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=4;PP=229;SC=AAAAATCCCTATTAGGGCAAT;SOR=1.329;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=8;TCR=4;TR=12;WE=34205393;WS=34205379;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr18	34232610	rs2848901	C	T	2456.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.446;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=17;PP=1226;ReadPosRankSum=-0.620;SC=CCTGCTGTCTCGAATGCCAGC;SOR=0.576;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=61;TCF=44;TCR=17;TR=60;WE=34232618;WS=34232600;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,92:0.99:93
chr18	34232952	rs1893433	T	C	1393.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=1.766;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.158;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=32;PP=1001;ReadPosRankSum=2.197;SC=ACACAGTGTGTTAACTGCACC;SOR=2.687;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=41;TCF=8;TCR=33;TR=40;WE=34232960;WS=34232942;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,45:0.96:47
chr18	34233231	rs1893434	C	T	4851.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-1.619;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=40;PP=2080;ReadPosRankSum=0.693;SC=GTCTTTTTGACGCTGAAGAAT;SOR=0.347;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=105;TCF=65;TCR=40;TR=104;WE=34233239;WS=34233221;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,181:0.99:182
chr18	34297753	rs3809994	C	T	879.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=20;NR=6;PP=581;SC=GAAGTGAGGCCCCCTTGCCCC;SOR=1.839;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=20;TCR=6;TR=26;WE=34297761;WS=34297743;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
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chr18	34324190	rs2303509	C	T	719.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=21;PP=560;SC=TGGGCCTGGTCTCGCTGCAGC;SOR=3.442;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=23;TCF=2;TCR=21;TR=23;WE=34324198;WS=34324180;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr18	34398914	rs1045781	C	T	3743.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=39;NR=54;PP=1906;SC=TGATGGTCACCTCAGTCACAC;SOR=0.914;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=93;TCF=39;TCR=54;TR=93;WE=34398922;WS=34398904;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,138:1.00:138
chr18	34408969	rs9958080	C	G	311.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=1;PP=138;SC=CCTTCGCCCCCACCCTCTCGC;SOR=1.445;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=7;TCR=1;TR=8;WE=34408977;WS=34408964;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr18	34539578	rs3744904	A	G	166.28	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=0.157;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5267;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=5;PP=93;ReadPosRankSum=-0.489;SC=CTGTTCCTGGACCCAAAGGTA;SOR=1.402;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=7;TCF=1;TCR=6;TR=6;WE=34539586;WS=34539568;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,7:0.88:8
chr18	34850846	rs1443638	G	A	1028.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=10;NR=20;PP=615;SC=TGCTAGGCACGGCTGGTGCAG;SOR=1.432;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=30;TCF=10;TCR=20;TR=30;WE=34850854;WS=34850836;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr18	35065374	rs5824066	CG	C	132	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=5;NR=1;PP=205;SC=CGAGCTCAGGCGGGGCGGCGG;SOR=3.258;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=5;TCR=1;TR=6;WE=35065382;WS=35065364;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr18	35065396	rs4799451	T	C	199.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=33.31;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr18	35145660	rs138975334	T	TCTCG	629.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=12;PP=709;SC=CGCTCCTCTCTCTCGCTCGCT;SOR=2.448;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=17;TCF=1;TCR=16;TR=13;WE=35145668;WS=35145650;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr18	39542407	rs33946724	GAT	G	1685.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=19;NR=10;PP=1377;SC=TTAAAAGAAAGATATATATAT;SOR=1.828;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=32;TCF=22;TCR=10;TR=29;WE=39542416;WS=39542397;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr18	39570683	rs11082257	A	G	374.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=9;PP=232;SC=TATAACTACAACAAGATTACA;SOR=1.765;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=12;TCF=3;TCR=9;TR=12;WE=39570691;WS=39570673;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr18	39595382	rs3764459	C	T	3835.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=57;NR=27;PP=1665;SC=AAAAATTGTGCGTTCTCTTAT;SOR=1.357;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=84;TCF=57;TCR=27;TR=84;WE=39595390;WS=39595372;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,141:1.00:141
chr18	39623942	rs534507	A	G	298.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=9;PP=217;SC=ATGCTTTGACATAATAGTATT;SOR=4.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=9;WE=39623950;WS=39623932;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr18	40613840	rs12954451	A	G	1124.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.836;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=14;PP=447;ReadPosRankSum=0.445;SC=TTGCTGAAAGAAAAAAAACAC;SOR=0.223;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=31;TCF=15;TCR=16;TR=29;WE=40613848;WS=40613830;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,46:0.98:47
chr18	42456653	rs663651	G	A	3510.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=34;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=41;NR=35;PP=1404;SC=CCCATTCCCCGCAAAACCCGG;SOR=0.754;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=77;TCF=41;TCR=36;TR=76;WE=42456661;WS=42456643;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,134:1.00:134
chr18	42456670	rs3085861	C	CTCTT	5777.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=14;NR=36;PP=2857;SC=CCGGTTCTCTCACTCTTCCTT;SOR=0.708;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=53;TCF=14;TCR=39;TR=50;WE=42456678;WS=42456660;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr18	42532693	rs1064204	C	A	4553.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.597;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=57;PP=1963;ReadPosRankSum=0.289;SC=TGACATGCAGCCTTCTCTGAA;SOR=0.382;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=110;TCF=51;TCR=59;TR=107;WE=42532701;WS=42532683;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,174:0.98:177
chr18	42533130	rs8096662	A	G	2975.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=41;NR=41;PP=1667;SC=GCACGAGATCAGAGAACCTGG;SOR=0.711;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=82;TCF=41;TCR=41;TR=82;WE=42533138;WS=42533120;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr18	42533315	rs3786177	T	A	4553.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=2.926;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=52;PP=1845;ReadPosRankSum=-1.766;SC=GGTAAGGCTGTTTTTCTTCAG;SOR=0.404;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=104;TCF=50;TCR=54;TR=101;WE=42533323;WS=42533305;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,175:0.98:178
chr18	43206985	rs1484873	A	G	594.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.78;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr18	43215000	.	G	GA	68.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.201;ClippingRankSum=0.000;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.86;ReadPosRankSum=1.232;SOR=0.976;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,9:0.24:37
chr18	43221341	rs7233416	T	C	4316.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=39;NR=58;PP=2067;SC=AACCAGGTTATTCTGGCTATT;SOR=0.976;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=97;TCF=39;TCR=58;TR=97;WE=43221349;WS=43221331;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,158:1.00:158
chr18	43243679	rs8092227	A	G	261.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=6;NR=3;PP=146;SC=GATTTTTCCCAGCTCTCTGCT;SOR=1.802;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=6;TCR=3;TR=9;WE=43243687;WS=43243669;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr18	43245986	rs7234198	T	G	494.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=13;NR=4;PP=384;SC=GCTTCCTCAGTAGGAACAGGA;SOR=1.863;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=13;TCR=4;TR=17;WE=43245994;WS=43245976;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr18	43246779	rs2170973	C	T	363.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=2;PP=272;SC=GGAGGTTAAACAGCAATTTAA;SOR=2.833;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=11;TCR=2;TR=13;WE=43246787;WS=43246769;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr18	43247001	rs2156609	C	G	1352.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=15;NR=16;PP=501;SC=GGAAAAGGGTCAGCAAAGCCC;SOR=0.808;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=31;TCF=15;TCR=16;TR=31;WE=43247009;WS=43246991;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr18	43248504	rs6507631	T	C	6238.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.63;SOR=0.991;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,143:1.00:143
chr18	43248509	rs10451385	T	C	6058.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.22;SOR=1.043;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,137:1.00:137
chr18	43248578	rs9304319	C	A	1290.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=14;NR=23;PP=693;SC=GTCCACTGGACTAATAACTAA;SOR=1.225;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=37;TCF=14;TCR=23;TR=37;WE=43248586;WS=43248568;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr18	43252786	rs1531926	A	G	1928.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=36;NR=18;PP=953;SC=GGAAGGGTTCAGTGCCAAGTC;SOR=1.349;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=54;TCF=36;TCR=18;TR=54;WE=43252794;WS=43252776;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr18	43253100	rs1000501	C	T	580.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=4;NR=15;PP=325;SC=TTCAACACTCCACCTGCTGAT;SOR=2.030;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=4;TCR=15;TR=19;WE=43253108;WS=43253090;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr18	43262359	rs3745009	G	A	10216.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=404;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=107;NR=130;PP=2965;SC=CAATAACCCCGCCATCTACAA;SOR=0.873;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=237;TCF=107;TCR=130;TR=237;WE=43262367;WS=43262349;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,397:1.00:397
chr18	43262501	rs3745008	C	T	1384.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=10;NR=28;PP=833;SC=CTGTCTAAAACACATCAGTGT;SOR=1.755;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=38;TCF=10;TCR=28;TR=38;WE=43262509;WS=43262491;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr18	43262532	rs3745007	C	A	981.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=21;PP=590;SC=TTCAGCACGCCGTCCAGATCC;SOR=1.885;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=8;TCR=21;TR=29;WE=43262540;WS=43262522;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr18	43307455	rs3861806	C	T	860.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=8;NR=13;PP=412;SC=GTATCTTTTCCGGGCAGAGCC;SOR=1.112;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=8;TCR=13;TR=21;WE=43307463;WS=43307445;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr18	43310851	rs12963324	G	A	288.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=1;PP=273;SC=GGTTGAGAGAGAAATATTAAA;SOR=4.804;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=12;TCF=11;TCR=1;TR=12;WE=43310859;WS=43310841;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr18	43314401	rs35812340	G	GA	245.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=7;PP=163;SC=ATGCCTTTTTGAAAAAAAAAA;SOR=1.445;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=12;TCF=1;TCR=11;TR=8;WE=43314409;WS=43314391;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr18	43319060	rs473429	T	C	3102.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=53;NR=33;PP=1488;SC=TGTAGGAGTTTGTGGGTGTCC;SOR=1.074;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=88;TCF=54;TCR=34;TR=86;WE=43319068;WS=43319050;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr18	43319359	rs531281	C	T	1446.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=27;NR=14;PP=967;SC=TCCAGATCTTCCTTGAGATCT;SOR=1.298;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=43;TCF=27;TCR=16;TR=41;WE=43319367;WS=43319349;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr18	43328295	rs474270	G	A	4362.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.677;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.178;NF=65;NR=50;PP=2084;ReadPosRankSum=0.919;SC=GTGATTAAAAGTGCATCTACG;SOR=0.508;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=117;TCF=66;TCR=51;TR=115;WE=43328303;WS=43328285;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,169:0.98:172
chr18	43422036	rs12960501	G	A	1453.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.684;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=13;PP=568;ReadPosRankSum=-0.129;SC=CCTCCCACCTGTTTGGATGAT;SOR=0.906;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=36;TCF=21;TCR=15;TR=33;WE=43422044;WS=43422026;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,60:0.97:62
chr18	43435738	rs514001	A	C	478.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=5;NR=7;PP=192;SC=TATGACATAAAAAGATGAACA;SOR=1.022;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=12;TCF=5;TCR=7;TR=12;WE=43435746;WS=43435728;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr18	43438156	rs567801	C	T	380.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=38.08;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr18	43438161	rs34455748	G	C	380.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=47.60;SOR=1.863;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr18	43445730	.	C	CA	274.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.650;ClippingRankSum=0.000;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.23;ReadPosRankSum=0.586;SOR=0.675;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,20:0.53:38
chr18	43446734	rs3826633	T	C	2970.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=62;NR=24;PP=1700;SC=AGGAACAGTCTCTGCCTTTTA;SOR=1.675;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=87;TCF=63;TCR=24;TR=86;WE=43446742;WS=43446724;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr18	43450753	rs11334955	TA	T	292.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.036;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=16.26;ReadPosRankSum=0.126;SOR=0.307;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,17:0.94:18
chr18	43479304	rs371583823	T	C	2350.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.921;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.860;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=24;PP=1210;ReadPosRankSum=-0.809;SC=ATCTTTCTCATTGATAAGCCA;SOR=0.867;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=63;TCF=38;TCR=25;TR=62;WE=43479312;WS=43479294;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,89:0.99:90
chr18	43487885	.	TAA	T,TA	500.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.550;ClippingRankSum=0.000;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.21;ReadPosRankSum=2.270;SOR=0.869;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:6,19,16:0.46,0.39:41
chr18	43492121	rs67738770	CAGAG	C	379.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=3;PP=243;SC=AACATAGAGACAGAGAAAGAG;SOR=1.085;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=7;TCF=4;TCR=3;TR=6;WE=43492132;WS=43492111;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr18	43497710	rs3744998	A	G	4339.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.891;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=44;PP=2254;ReadPosRankSum=1.843;SC=CAGGACATGAACCACTGTTCT;SOR=0.333;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=106;TCF=62;TCR=44;TR=105;WE=43497718;WS=43497700;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,156:0.99:157
chr18	43502190	rs1075906	G	T	544.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=10;NR=5;PP=286;SC=ATTATTATTTGGCCCAATTGC;SOR=1.230;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=10;TCR=5;TR=15;WE=43502198;WS=43502180;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr18	43505558	rs4476262	C	G	1095.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=30;NR=4;PP=950;SC=GAGAATTAAACAGAAAATCCT;SOR=3.675;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=34;TCF=30;TCR=4;TR=34;WE=43505566;WS=43505556;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr18	43547127	rs11301517	TG	T	3651.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=35;PP=1861;SC=CTCGGGAGGGTGGGGGAGATC;SOR=0.822;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=56;TCF=19;TCR=37;TR=49;WE=43547135;WS=43547117;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr18	43833701	rs34068795	T	TCTG	4826.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=9;NR=30;PP=2057;SC=TGACAAAACATCTGGCAATGC;SOR=0.830;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=43;TCF=11;TCR=32;TR=39;WE=43833709;WS=43833691;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr18	43914204	.	AGCC	A	87.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.638;ClippingRankSum=0.000;DP=80;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.12;ReadPosRankSum=-0.464;SOR=0.705;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:70,8:0.10:78
chr18	44114473	rs436433	T	C	4849.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=50;NR=69;PP=1881;SC=AGTATGGCCTTGGCAACATCC;SOR=0.924;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=119;TCF=50;TCR=69;TR=119;WE=44114481;WS=44114463;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,190:1.00:190
chr18	44114580	rs9967253	C	T	874.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=1.702;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=26;PP=663;ReadPosRankSum=1.550;SC=TTGACACACACGCCATGCTTA;SOR=3.193;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=29;TCF=2;TCR=27;TR=28;WE=44114588;WS=44114570;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,30:0.97:31
chr18	44122010	rs10775482	T	C	1156.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=26;PP=729;SC=CTGGCTGATATCATTAACATG;SOR=2.247;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=33;TCF=6;TCR=27;TR=32;WE=44122018;WS=44122000;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr18	44125590	.	C	CTTTTTTTTTT	51.19	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.59;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr18	44126909	rs1893566	T	C	5420.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=61;NR=56;PP=2334;SC=CCGCCTCCCCTACCCTCCTCG;SOR=0.703;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=117;TCF=61;TCR=56;TR=117;WE=44126917;WS=44126899;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,201:1.00:201
chr18	44135027	rs732108	A	G	1684.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=23;NR=14;PP=813;SC=TAAAGCTATAATAATGTTTAA;SOR=1.092;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=37;TCF=23;TCR=14;TR=37;WE=44135035;WS=44135017;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr18	44135050	rs732109	G	A	1939.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=26;NR=18;PP=834;SC=TGTTGGGCTAGCCGAGAAATG;SOR=0.955;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=45;TCF=26;TCR=19;TR=44;WE=44135058;WS=44135040;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr18	44135143	rs11665444	T	C	2082.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=23;NR=28;PP=826;SC=CCCAGCCTCATGGTTCTGTGG;SOR=0.876;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=51;TCF=23;TCR=28;TR=51;WE=44135151;WS=44135133;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr18	44135328	rs62097104	C	T	401.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=12;PP=292;SC=GGTCAGGACCCTGGTTCCCAG;SOR=3.912;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=13;TCF=1;TCR=12;TR=13;WE=44135336;WS=44135318;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr18	44138902	rs4243280	C	T	1089.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=26;NR=3;PP=698;SC=GGCTTAGCACCGACCACAGCT;SOR=3.026;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=32;TCF=27;TCR=5;TR=29;WE=44138910;WS=44138892;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr18	44171827	rs12606558	G	A	2031.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-1.839;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=12;PP=1310;ReadPosRankSum=-0.780;SC=CAGCTCATAGGTCAGGCCCAT;SOR=1.204;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=61;TCF=49;TCR=12;TR=60;WE=44171835;WS=44171817;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,71:0.99:72
chr18	44173449	rs328145	A	C	603.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=15;NR=3;PP=378;SC=TCCATCGTACATTTTTGTCTT;SOR=2.303;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=15;TCR=3;TR=18;WE=44173457;WS=44173443;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr18	44174499	rs12608365	G	T	184.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=4;PP=105;SC=ATGTTCAGCAGGCTCCCAGCC;SOR=1.609;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=5;TCF=1;TCR=4;TR=5;WE=44174507;WS=44174489;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr18	44181224	.	C	T	3469.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=1.035;ClippingRankSum=0.000;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=68;NR=30;PP=1902;ReadPosRankSum=0.311;SC=TTGCCATGCCCGACGGAGACC;SOR=1.482;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=100;TCF=69;TCR=31;TR=98;WE=44181232;WS=44181214;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,126:0.98:128
chr18	44181596	rs674948	G	A	445.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=14;PP=410;SC=TGTCCCTCTCGACCTCATTTC;SOR=5.549;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=0;TCR=14;TR=14;WE=44181604;WS=44181586;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr18	44197963	rs328130	A	C	791.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=21;NR=3;PP=597;SC=TCACACACATAAACTTTACAA;SOR=3.098;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=24;TCF=21;TCR=3;TR=24;WE=44197971;WS=44197960;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr18	44272034	rs533027	A	C	1308.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=27;NR=8;PP=762;SC=GGGAAGATGCACGCTGAGAGC;SOR=1.814;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=35;TCF=27;TCR=8;TR=35;WE=44272042;WS=44272024;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr18	44392304	.	TAA	T	181.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.849;ClippingRankSum=-0.000;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.77;MQRankSum=0.464;QD=12.99;ReadPosRankSum=-2.366;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:5,9:0.64:14
chr18	44409581	rs72907142	C	A	1207.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=33;NR=5;PP=885;SC=AACTATATATCATCAAAAGAC;SOR=3.312;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=33;TCR=5;TR=38;WE=44409589;WS=44409571;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr18	44424105	rs34052557	G	GA	723.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.303;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.56;ReadPosRankSum=-0.832;SOR=1.402;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,37:0.95:39
chr18	44424651	rs377729779	CT	C	39.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.046;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=1.706;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.66;ReadPosRankSum=-0.315;SOR=0.658;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,9:0.38:24
chr18	44471112	rs11877721	T	A	1906.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.068;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=20;PP=1053;ReadPosRankSum=1.167;SC=TTTCCAGCATTCTATCAATTG;SOR=1.002;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=51;TCF=31;TCR=20;TR=50;WE=44471120;WS=44471102;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,72:0.97:74
chr18	44481108	rs112743728	C	T	415.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=6;PP=189;SC=AGGCTGGGTGCGGTGGCTCAC;SOR=0.941;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=10;TCF=4;TCR=6;TR=10;WE=44481116;WS=44481098;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr18	44526798	rs2187092	A	C	1041.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=20;NR=12;PP=646;SC=GTAACTGACTACTTTTCTCCC;SOR=1.179;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=32;TCF=20;TCR=12;TR=32;WE=44526806;WS=44526788;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr18	44560429	rs892586	C	A	2731.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=49;NR=19;PP=1549;SC=GCAGTGGTGGCAGATTTTCCA;SOR=1.561;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=68;TCF=49;TCR=19;TR=68;WE=44560437;WS=44560419;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr18	44561100	rs2571028	C	G	735.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=19;PP=541;SC=CTCGGGCATCCGGAGGGGAGC;SOR=1.981;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=7;TCR=19;TR=26;WE=44561108;WS=44561090;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr18	44561619	rs61738602	G	C	962.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=3;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=12;PP=451;SC=GTGCAGCGTAGTGGACCCTGC;SOR=0.746;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=25;TCF=13;TCR=12;TR=25;WE=44561638;WS=44561609;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr18	44561630	rs61746775	C	T	940.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=3;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=11;PP=423;SC=TGGACCCTGCCGCCATCTCAC;SOR=0.804;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=24;TCF=13;TCR=11;TR=24;WE=44561638;WS=44561609;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr18	44595809	rs2289036	A	T	1885.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=19;NR=25;PP=943;SC=AAGCAGGGGGATGGAGTTGAA;SOR=1.054;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=44;TCF=19;TCR=25;TR=44;WE=44595817;WS=44595799;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr18	44610670	rs61316646	G	C	2644.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=43;NR=27;PP=1335;SC=TGATTGGAGGGATAAGCAGAT;SOR=1.099;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=70;TCF=43;TCR=27;TR=70;WE=44610678;WS=44610660;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr18	44610718	rs16954999	T	C	4180.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=56;NR=44;PP=1870;SC=ACATGCATTTTTGGGCTCCAG;SOR=0.868;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=100;TCF=56;TCR=44;TR=100;WE=44610726;WS=44610708;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,159:1.00:159
chr18	44626461	rs3217429	GTCTCTTCC	G	412.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=4;NR=2;PP=544;SC=TGCTAGCAGGGTCTCTTCCTC;SOR=2.303;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=6;TCF=4;TCR=2;TR=6;WE=44626476;WS=44626451;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr18	44626630	rs2289130	T	G	1770.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=28;NR=19;PP=851;SC=TTCAGGAGACTGAGGGCTACT;SOR=1.022;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=47;TCF=28;TCR=19;TR=47;WE=44626638;WS=44626620;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr18	44635048	rs2635058	C	T	2369.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=34;NR=22;PP=946;SC=GATGCACACACTGCTTCACAA;SOR=0.976;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=56;TCF=34;TCR=22;TR=56;WE=44635056;WS=44635038;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr18	44641466	rs62096470	G	C	216.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.10;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr18	44656759	rs78904615	A	T	1152.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=15;PP=500;SC=GTCACATTTTAAAAAAGTAGT;SOR=0.883;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=11;TCR=15;TR=26;WE=44656767;WS=44656749;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr18	44656852	rs76655632	TAA	T	535.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=0;NR=8;PP=308;SC=TTTGGAAGTATAAGAGAGTAC;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=8;WE=44656861;WS=44656842;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr18	44693042	rs75808931	C	T	2407.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=23;NR=31;PP=986;SC=CTCAGCTTCACCTGAGAGAAG;SOR=0.878;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=54;TCF=23;TCR=31;TR=54;WE=44693050;WS=44693032;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr18	44702502	rs12968552	A	C	2098.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=33;NR=15;PP=1103;SC=CCATTAGGTTACGCGCCCCCG;SOR=1.371;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=48;TCF=33;TCR=15;TR=48;WE=44702510;WS=44702492;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr18	44771419	.	A	AT	121.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.348;ClippingRankSum=0.000;DP=144;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.15;MQRankSum=-0.477;QD=1.07;ReadPosRankSum=0.796;SOR=0.730;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:89,25:0.22:114
chr18	44773382	rs9956387	A	T	2641.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=27;NR=36;PP=1264;SC=CTGGGGTAGCAGCAGCTGGTT;SOR=0.804;SbPval=0.23;Source=Platypus;TC=76;TCF=27;TCR=49;TR=63;WE=44773390;WS=44773372;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr18	45567050	rs71355329	G	A	997.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=18;NR=18;PP=740;SC=CTTCGTCGTCGTCATCGTCCT;SOR=1.121;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=38;TCF=18;TCR=20;TR=36;WE=45567058;WS=45567040;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr18	45688841	rs4939747	C	T	1334.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=13;NR=15;PP=478;SC=ATAATAGGGACTTCATAGACA;SOR=0.853;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=28;TCF=13;TCR=15;TR=28;WE=45688849;WS=45688831;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr18	46196856	rs3830253	AC	A	679.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-0.578;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=2;PP=240;ReadPosRankSum=-1.261;SC=TTACGGGAGGACCCCCCCCCC;SOR=1.508;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=18;TCF=16;TCR=2;TR=15;WE=46196864;WS=46196846;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,17:0.94:18
chr18	46196880	rs2279304	T	G	1144.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.915;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=8;PP=511;ReadPosRankSum=-1.339;SC=CACACACAGCTTCTCTAGGGC;SOR=0.829;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=23;TCR=8;TR=31;WE=46196888;WS=46196870;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,34:0.97:35
chr18	46343818	rs9951895	T	C	1202.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=27;PP=698;SC=CTCAGATAACTGGGACAAAGC;SOR=1.378;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=42;TCF=14;TCR=28;TR=41;WE=46343826;WS=46343808;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr18	46343913	rs62103298	A	G	194.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=32;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=7;PP=175;SC=TTGGGAGGCCAAGGCAGGTGG;SOR=2.584;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=8;WE=46343921;WS=46343903;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr18	46570644	rs111641428	A	G	738.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=13;PP=410;SC=GAGAGTTTGCAGGTGGTGCTG;SOR=1.179;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=22;TCF=9;TCR=13;TR=22;WE=46570652;WS=46570634;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr18	46570704	rs45588531	A	G	482.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=12;PP=326;SC=CAGGGCATGAAAGCTCTGGGG;SOR=2.179;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=3;TCR=12;TR=15;WE=46570712;WS=46570694;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr18	46889514	rs79958143	G	A	4174.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.111;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=1.470;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=49;PP=1823;ReadPosRankSum=-0.755;SC=ACAAATCCTGGCCTAGCCAGA;SOR=0.599;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=113;TCF=61;TCR=52;TR=108;WE=46889522;WS=46889504;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:7,167:0.96:174
chr18	46918165	rs76000822	AG	A	321.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=7;PP=338;SC=CAAAAAAAAAAGTTAGGCTTC;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=7;WE=46918173;WS=46918155;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr18	46956521	rs12456754	C	T	1356.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.797;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=15;PP=850;ReadPosRankSum=-0.822;SC=GACAGATAGACTAGATAGATA;SOR=1.329;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=44;TCF=29;TCR=15;TR=44;WE=46956529;WS=46956511;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,54:0.96:56
chr18	47013626	rs74483357	G	T	1111.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=28;NR=2;PP=735;SC=CGGAGGGAGGGACGATCCGCA;SOR=4.407;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=31;TCF=29;TCR=2;TR=30;WE=47013634;WS=47013616;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr18	47093790	rs2000812	C	T	2342.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=44;NR=24;PP=1322;SC=GAATAAAAAACAACTTCCACT;SOR=1.244;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=68;TCF=44;TCR=24;TR=68;WE=47093798;WS=47093780;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr18	47102002	rs2276269	T	C	1131.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.62;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=11;NR=14;PP=590;SC=CTCAGTTTATTCCATCTCCTT;SOR=1.040;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=11;TCR=14;TR=25;WE=47102010;WS=47101992;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr18	47113008	rs6507931	C	T	1132.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=23;NR=10;PP=620;SC=CGGGGCATGGCATGAAAATTT;SOR=1.455;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=23;TCR=10;TR=33;WE=47113016;WS=47112998;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr18	47310486	rs75478873	C	CA	430.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=4;NR=12;PP=395;SC=AGTTTTTAATCAAAAAAAACA;SOR=1.292;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=19;TCF=4;TCR=15;TR=16;WE=47310494;WS=47310476;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr18	47320850	rs34944087	AAT	A	1037.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=9;PP=397;SC=TTTTAAAAGTAATATGTTATA;SOR=1.051;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=1;TCR=9;TR=9;WE=47320859;WS=47320840;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr18	47376128	rs490697	A	G	718.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=11;PP=316;SC=AGTGCGGCCCATGGGCAGCCG;SOR=0.997;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=7;TCR=11;TR=18;WE=47376136;WS=47376118;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr18	47398504	rs3826580	T	C	1008.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=20;NR=10;PP=534;SC=GCCAGGGGAGTGTTCCAGGAA;SOR=1.432;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=30;TCF=20;TCR=10;TR=30;WE=47398512;WS=47398494;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr18	47398549	rs3826579	G	A	2228.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.651;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.49;ReadPosRankSum=-0.821;SOR=0.911;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,89:0.98:91
chr18	47401935	rs2276172	C	T	1263.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.214;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=8;PP=796;ReadPosRankSum=1.758;SC=AAGTAGGAGCCCTCTGAGACT;SOR=1.262;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=39;TCF=31;TCR=8;TR=38;WE=47401943;WS=47401925;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,44:0.98:45
chr18	47401999	rs2276173	A	T	3641.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.592;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=36;PP=1584;ReadPosRankSum=-0.897;SC=CCTGGACACAAGAGCTAGATT;SOR=0.976;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=91;TCF=54;TCR=37;TR=89;WE=47402007;WS=47401989;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,142:0.99:144
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chr18	47404399	rs2276175	A	G	791.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=7;NR=18;PP=548;SC=TGGCTAAATAAAGCTAGCCCT;SOR=1.609;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=7;TCR=18;TR=25;WE=47404407;WS=47404389;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
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chr18	47405425	rs3841750	T	TGAG	7566.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.820;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.176;NF=13;NR=53;PP=2153;ReadPosRankSum=0.506;SC=TCTTTCTTCATGAGATTTTCC;SOR=0.412;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=71;TCF=14;TCR=57;TR=66;WE=47405436;WS=47405415;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,172:0.98:175
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chr18	47405530	rs4939603	C	T	4297.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.040;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.10;MQRankSum=0.233;QD=42.55;ReadPosRankSum=2.023;SOR=0.653;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:3,98:0.97:101
chr18	47406943	rs2276177	T	G	959.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=17;PP=512;SC=AAAATTGATTTGGTTAAAGCT;SOR=1.675;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=6;TCR=17;TR=23;WE=47406951;WS=47406933;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr18	47429022	rs2298624	C	T	4089.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=51;NR=38;PP=1725;SC=CACGTTGAGACGTTTCAGATG;SOR=0.903;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=89;TCF=51;TCR=38;TR=89;WE=47429030;WS=47429012;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,155:1.00:155
chr18	47455980	rs56278513	GA	G	265.75	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.459;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.93;MQRankSum=0.558;QD=11.55;ReadPosRankSum=1.916;SOR=0.784;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,21:0.91:23
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chr18	47563299	rs1815930	T	C	4639.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=68;NR=41;PP=2092;SC=CCACTGTAGGTATAGATGACA;SOR=1.078;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=109;TCF=68;TCR=41;TR=109;WE=47563307;WS=47563289;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,175:1.00:175
chr18	47787402	rs1899671	G	A	873.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=17;NR=12;PP=464;SC=ACCAACTTTGGATTCTGTTTG;SOR=0.927;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=17;TCR=12;TR=29;WE=47787410;WS=47787392;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr18	47788256	rs698617	C	T	299.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=10;NR=2;PP=213;SC=TTAATATAAACATCTCAGCCA;SOR=2.494;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=10;TCR=2;TR=12;WE=47788264;WS=47788254;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr18	47801800	rs140690	G	A	2982.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.854;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.432;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=49;PP=1816;ReadPosRankSum=-0.775;SC=GGCGACGCAGGCGGTGAGCAA;SOR=0.559;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=86;TCF=37;TCR=49;TR=85;WE=47801808;WS=47801790;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,107:0.99:108
chr18	47802971	rs10775495	A	G	3960.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.272;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.040;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=55;PP=2120;ReadPosRankSum=1.904;SC=CCAGCCTAGCATGACACTGGA;SOR=0.266;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=109;TCF=53;TCR=56;TR=108;WE=47802979;WS=47802961;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,148:0.99:149
chr18	47809871	rs12458654	G	T	3640.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.894;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.255;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=45;PP=2002;ReadPosRankSum=0.821;SC=TCACTGCGTGGCACCCTCACT;SOR=0.618;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=119;TCF=73;TCR=46;TR=108;WE=47809879;WS=47809861;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,138:0.98:141
chr18	47810351	rs7228084	A	G	5635.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=60;NR=74;PP=2923;SC=CCTGAAGGCGAGTGCGGGCAC;SOR=0.875;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=134;TCF=60;TCR=74;TR=134;WE=47810359;WS=47810341;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,201:1.00:201
chr18	47810731	rs2276367	T	C	952.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=20;NR=9;PP=661;SC=CCCTTGAACCTCTCAGGAATG;SOR=1.352;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=20;TCR=9;TR=29;WE=47810739;WS=47810721;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr18	47811305	rs2276366	T	G	7712.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.447;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=293;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=6.157;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=110;NR=103;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.868;SC=CTCTGTCTCCTCATTAGGGAT;SOR=0.180;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=214;TCF=110;TCR=104;TR=213;WE=47811313;WS=47811295;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,288:0.99:290
chr18	47811374	rs17660776	G	A	9504.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=353;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=122;NR=124;PP=2965;SC=CTGCTCACCAGGCCATGGTCA;SOR=0.693;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=246;TCF=122;TCR=124;TR=246;WE=47811382;WS=47811364;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,348:1.00:348
chr18	47908556	rs6507992	G	A	975.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=12;NR=20;PP=526;SC=TAAAGAAAACGTTCCTTCCCA;SOR=1.179;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=32;TCF=12;TCR=20;TR=32;WE=47908564;WS=47908546;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr18	48190271	rs3752085	T	G	866.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=24;NR=7;PP=526;SC=TAGCCGAGACTTGGCCTTTCC;SOR=2.303;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=24;TCR=7;TR=31;WE=48190279;WS=48190261;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr18	48326378	rs2586778	G	T	1882.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=30;NR=21;PP=880;SC=GACCGGAAAAGAATTCTCTCC;SOR=0.934;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=51;TCF=30;TCR=21;TR=51;WE=48326386;WS=48326368;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr18	48327815	rs2276186	G	A	1561.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=19;NR=18;PP=721;SC=ATTTCCTCCCGGCAAAGGCAG;SOR=0.760;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=19;TCR=18;TR=37;WE=48327823;WS=48327805;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr18	48331524	rs2586776	G	A	1953.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.353;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=13;PP=1025;ReadPosRankSum=0.790;SC=ATTTACTTACGTCATCTAATA;SOR=0.673;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=50;TCF=37;TCR=13;TR=49;WE=48331532;WS=48331514;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,72:0.99:73
chr18	48331553	rs2849233	T	C	2847.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.266;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=25;PP=1372;ReadPosRankSum=0.279;SC=GTCTGAAGGGTGATATCTATG;SOR=0.799;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=76;TCF=51;TCR=25;TR=75;WE=48331561;WS=48331543;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,107:0.97:110
chr18	48333367	rs2255672	T	C	353.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=13;PP=307;SC=TGGGTTTTGTTGGAAATGTAC;SOR=3.767;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=14;TCF=1;TCR=13;TR=14;WE=48333375;WS=48333357;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr18	48335839	rs144491761	A	G	5388.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=53;NR=54;PP=2273;SC=ACATTGTTGTACAATGCATTG;SOR=0.764;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=107;TCF=53;TCR=54;TR=107;WE=48335847;WS=48335829;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,203:1.00:203
chr18	48452307	rs1397266	C	T	615.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=5;NR=11;PP=285;SC=ATATTATTTTCCCTCCACTAG;SOR=1.270;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=5;TCR=11;TR=16;WE=48452315;WS=48452297;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
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chr18	48584855	rs57847829	A	ATT	634.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.793;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=22.67;ReadPosRankSum=0.351;SOR=2.584;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,27:0.96:28
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chr18	50451821	rs2298654	T	G	2313.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=19;NR=37;PP=1123;SC=ATCACTGAATTGATTCCTATG;SOR=1.153;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=57;TCF=19;TCR=38;TR=56;WE=50451829;WS=50451811;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr18	50592640	rs28683803	A	G	1017.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=23;PP=632;SC=CAATATGGCAATATGAAATCA;SOR=2.179;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=28;TCF=5;TCR=23;TR=28;WE=50592648;WS=50592630;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr18	50731829	rs4497763	A	G	1305.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=25;PP=706;SC=AGACTCGCAAACTCTTGAAAC;SOR=1.609;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=35;TCF=9;TCR=26;TR=34;WE=50731837;WS=50731819;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr18	50912352	rs3764496	T	C	1876.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=39;NR=12;PP=1102;SC=AATGTTTGCCTTGAGTATTTT;SOR=1.863;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=51;TCF=39;TCR=12;TR=51;WE=50912360;WS=50912342;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr18	50917982	rs12604262	C	T	4252.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.922;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=77;NR=31;PP=2159;ReadPosRankSum=2.086;SC=CTTTTATTTACGTATTTATTT;SOR=1.398;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=108;TCF=77;TCR=31;TR=108;WE=50917990;WS=50917972;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,160:0.99:162
chr18	50918311	rs1393331	A	G	1575.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=34;PP=1013;SC=TTTGTTTAACACATTGTTTTA;SOR=1.532;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=49;TCF=15;TCR=34;TR=49;WE=50918319;WS=50918301;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr18	50923932	rs7231978	G	T	1187.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=31;PP=854;SC=ATATAAAATAGTTCATCCTCT;SOR=3.202;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=35;TCF=4;TCR=31;TR=35;WE=50923940;WS=50923922;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr18	50929276	rs72933411	A	G	2704.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.117;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=45;PP=1451;ReadPosRankSum=-0.931;SC=AAGCATCTCCACTTTCTCTCC;SOR=1.321;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=69;TCF=22;TCR=47;TR=67;WE=50929284;WS=50929266;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,99:0.98:101
chr18	50936780	rs10853631	G	A	576.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=16;NR=4;PP=440;SC=GAACTGCAGCGTGTAGGACAC;SOR=2.531;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=16;TCR=4;TR=20;WE=50936788;WS=50936774;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr18	50936994	rs2229082	T	C	4357.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=47;NR=61;PP=2035;SC=TCTCTGATCCTATCCTCTTCA;SOR=0.889;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=108;TCF=47;TCR=61;TR=108;WE=50937002;WS=50936984;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,165:1.00:165
chr18	50937026	rs11873515	A	G	2758.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=22;NR=47;PP=1424;SC=GGTTTGAATAATTTCCTATTA;SOR=1.329;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=69;TCF=22;TCR=47;TR=69;WE=50937034;WS=50937016;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr18	50942653	rs2270951	C	T	4721.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=43;NR=69;PP=2106;SC=ACTGGCGTGACGATTAATCTT;SOR=1.068;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=113;TCF=44;TCR=69;TR=112;WE=50942661;WS=50942643;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,179:1.00:179
chr18	50994208	rs1502229	G	T	827.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=17;NR=3;PP=403;SC=CTAGAAATTAGGTAAAGTGTT;SOR=1.839;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=17;TCR=3;TR=20;WE=50994216;WS=50994198;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr18	51904461	rs35286005	C	CTTTA	1132.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=12;NR=2;PP=562;SC=TAATAGTCAACTTTATTTATT;SOR=3.611;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=24;TCF=18;TCR=6;TR=14;WE=51904469;WS=51904451;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr18	51904498	rs3753057	G	A	1837.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=35;NR=12;PP=1064;SC=TGGCTATTCAGTTCTTAATAA;SOR=1.646;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=35;TCR=12;TR=47;WE=51904506;WS=51904488;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr18	52551370	.	T	TA	46.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.552;ClippingRankSum=0.000;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.87;ReadPosRankSum=-1.098;SOR=0.569;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,7:0.28:25
chr18	52551716	rs3737477	C	T	2334.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=42;PP=1251;SC=ACTCAACTGCCTTAGGTGCTT;SOR=1.450;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=59;TCF=17;TCR=42;TR=59;WE=52551724;WS=52551706;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr18	52555398	rs4343367	G	A	2782.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=30;NR=54;PP=1760;SC=CTGCTGTTCAGCAAATGGAGC;SOR=1.157;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=84;TCF=30;TCR=54;TR=84;WE=52555406;WS=52555388;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr18	52571434	rs4801109	T	C	523.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=13;NR=2;PP=411;SC=TTTGTTTGATTTTCTGAAATG;SOR=3.258;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=13;TCR=2;TR=15;WE=52571442;WS=52571424;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr18	52571741	rs4801110	C	T	977.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=25;PP=688;SC=ATACTATTCACATCAAATCTG;SOR=2.833;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=28;TCF=3;TCR=25;TR=28;WE=52571749;WS=52571731;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr18	52575002	rs1944382	G	A	2998.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.61;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=30;NR=27;PP=1058;SC=GGGTGGAAGAGGACAGAGACC;SOR=0.800;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=57;TCF=30;TCR=27;TR=57;WE=52575010;WS=52574992;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr18	52585071	.	GACACACACAC	G,GAC	1011.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.38;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=25;NF=0,0;NR=11,11;PP=397,64;SC=CACGTGCACAGACACACACAC;SOR=0.765;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=1;TCR=12;TR=11,11;WE=52585088;WS=52585061;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.26,0.74:27
chr18	52586691	rs8090983	A	G	368.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=10;PP=265;SC=GCCCTCCTACACACTCTACTG;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=0;TCR=10;TR=10;WE=52586699;WS=52586681;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr18	52608329	rs8087479	C	A	1430.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.903;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=22;PP=727;ReadPosRankSum=-0.367;SC=AGAAGGAAAACAAAACCATTT;SOR=0.693;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=44;TCF=21;TCR=23;TR=42;WE=52608337;WS=52608318;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,62:0.97:64
chr18	53131179	rs151196106	C	CTGTG	438.80	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.097;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=3.090;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=27.42;ReadPosRankSum=-1.097;SOR=2.093;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,13:0.81:16
chr18	53302845	rs610362	C	T	735.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=20;NR=1;PP=499;SC=TAGAAACTACCGTTATGTTTG;SOR=4.091;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=21;TCF=20;TCR=1;TR=21;WE=53302853;WS=53302835;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr18	53303101	rs611326	C	G	2269.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=20;NR=30;PP=977;SC=GGCACCTGTGCTATTTTCTCC;SOR=1.039;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=50;TCF=20;TCR=30;TR=50;WE=53303109;WS=53303091;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr18	53332089	rs796742	C	T	322.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=7;PP=168;SC=GAGGCGGGAGCCGGCTCCCTC;SOR=1.981;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=2;TCR=7;TR=9;WE=53332097;WS=53332079;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr18	53696010	rs1477440	A	G	1975.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=34;NR=15;PP=957;SC=GATCAGACTCACTTTGCAAAA;SOR=1.402;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=49;TCF=34;TCR=15;TR=49;WE=53696018;WS=53696000;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr18	53696180	rs2551452	C	A	1716.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=34;PP=1062;SC=TTCTAAGAAACATGAGTAGAA;SOR=1.498;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=13;TCR=34;TR=47;WE=53696188;WS=53696170;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr18	53696212	rs34257372	ATGAG	A	1358.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=0;NR=17;PP=883;SC=CTAAAACAATATGAGTATTTC;SOR=1.911;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=1;TCR=18;TR=17;WE=53696223;WS=53696202;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr18	53727502	rs2535724	T	C	4241.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=50;NR=79;PP=2008;SC=AATAAGTGTTTGTAGGTGCCC;SOR=1.242;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=129;TCF=50;TCR=79;TR=129;WE=53727510;WS=53727492;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,165:1.00:165
chr18	54293843	rs11664091	C	T	336.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=7;PP=221;SC=GACAGAGTCTCACTCTGTCGG;SOR=1.445;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=3;TCR=7;TR=10;WE=54293851;WS=54293833;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr18	54339818	rs568078	C	G	3007.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=37;NR=43;PP=1357;SC=GCATCTCAGCCGTACTTTTAA;SOR=0.856;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=80;TCF=37;TCR=43;TR=80;WE=54339826;WS=54339808;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr18	54339977	rs566956	A	G	442.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=8;PP=205;SC=TATAGTCCCCAAATGATGCTT;SOR=1.371;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=3;TCR=8;TR=11;WE=54339985;WS=54339967;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr18	54346482	rs683248	T	G	1199.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=27;NR=10;PP=799;SC=GTCTTCTATTTTACTATGGCT;SOR=1.721;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=37;TCF=27;TCR=10;TR=37;WE=54346490;WS=54346472;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr18	54346510	rs597585	G	A	2076.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=39;NR=18;PP=1185;SC=CACTCAAATAGAAGGTTAATT;SOR=1.349;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=58;TCF=40;TCR=18;TR=57;WE=54346518;WS=54346500;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr18	54346745	rs11452823	A	AT	350.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.117;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.9990;FS=0.000;HP=11;HapScore=2;MGOF=33;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=13;PP=256;ReadPosRankSum=0.372;SC=GTAGCGAGGTATTTTTTTTTT;SOR=1.022;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=20;TCF=1;TCR=19;TR=14;WE=54346753;WS=54346735;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,22:0.73:30
chr18	54346804	rs525682	T	G	370.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=11;PP=260;SC=TAAATCTAAATGTAGATATTT;SOR=2.985;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=2;TCR=11;TR=13;WE=54346812;WS=54346794;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr18	54348514	rs605067	C	T	1617.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=17;NR=15;PP=558;SC=AAAAGTCACACTCAAAGCTGA;SOR=0.756;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=32;TCF=17;TCR=15;TR=32;WE=54348522;WS=54348504;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr18	54348650	rs474607	T	C	915.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=9;NR=13;PP=438;SC=TGACTCTAAGTACAAACTATT;SOR=1.002;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=22;TCF=9;TCR=13;TR=22;WE=54348658;WS=54348640;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr18	54353382	rs609195	A	T	679.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=18;PP=488;SC=TTATTTTTTGATAATTTTCTT;SOR=3.912;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=19;TCF=1;TCR=18;TR=19;WE=54353390;WS=54353372;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr18	54354074	rs1943016	C	T	2872.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=20;NR=17;PP=710;SC=TTTTACAAATCTTTCTTTTCA;SOR=0.865;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=41;TCF=24;TCR=17;TR=37;WE=54354084;WS=54354064;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr18	54354076	rs5825199	T	TTC	2894.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=17;PP=1146;SC=TTACAAATCTTTCTTTTCAGG;SOR=1.000;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=9;TCR=17;TR=26;WE=54354084;WS=54354064;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr18	54354239	rs576095	T	C	544.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=1;NR=14;PP=413;SC=AGCTGTATTTTTATCCTTCAA;SOR=3.500;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=15;TCF=1;TCR=14;TR=15;WE=54354247;WS=54354229;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr18	54359062	rs2110414	G	A	591.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=12;PP=381;SC=AAATTCTTGAGGTGTCATTTA;SOR=1.329;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=7;TCR=12;TR=19;WE=54359070;WS=54359052;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr18	54363747	rs1468742	A	G	253.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.38;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr18	54448778	rs2302845	G	A	1846.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=18;NR=22;PP=678;SC=GAGAAGCCGCGCAGGCCCTGC;SOR=0.807;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=40;TCF=18;TCR=22;TR=40;WE=54448786;WS=54448768;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr18	54483146	rs3745038	A	G	317.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.48;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr18	54694561	rs3833199	A	ACGGC	622.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQ=60.54;NF=0;NR=14;PP=738;SC=ATCCAGTGGCACGGCCGGGTC;SOR=4.047;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=0;TCR=19;TR=14;WE=54694569;WS=54694551;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr18	54815025	rs11151997	G	T	1801.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=15;NR=29;PP=888;SC=GAGCCAGAAGGCCAGGACCCT;SOR=1.284;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=44;TCF=15;TCR=29;TR=44;WE=54815033;WS=54815015;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr18	55019963	.	T	TCA	566.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.734;ClippingRankSum=0.000;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.51;MQRankSum=1.345;QD=11.57;ReadPosRankSum=-0.207;SOR=0.638;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,30:0.61:49
chr18	55143589	rs618953	A	G	1504.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=32;NR=9;PP=1000;SC=ATCTCTTTGTACAACTTTGTC;SOR=2.170;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=41;TCF=32;TCR=9;TR=41;WE=55143597;WS=55143579;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr18	55143766	rs3745074	C	T	8116.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.643;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=328;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=99;NR=81;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.053;SC=GAACACTCTTCGCCATCTTCA;SOR=0.431;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=185;TCF=101;TCR=84;TR=180;WE=55143774;WS=55143756;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,311:0.99:314
chr18	55218656	rs57800921	CT	C	255.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=19.67;SOR=2.147;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr18	55221648	rs536560	T	C	1969.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=18;NR=43;PP=1072;SC=ACCAGGGCATTGGACCAACCT;SOR=1.673;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=62;TCF=18;TCR=44;TR=61;WE=55221656;WS=55221638;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr18	55221716	rs60626363	CCT	C	682.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=12;PP=542;SC=CTGTAGTACCCCTGTTTGCCC;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=0;TCR=12;TR=12;WE=55221725;WS=55221706;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr18	55226254	rs1736440	T	C	901.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=24;NR=2;PP=681;SC=AGTCTGAGATTTGAGAATTCA;SOR=3.334;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=26;TCF=24;TCR=2;TR=26;WE=55226262;WS=55226244;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
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chr18	55240455	rs577152	T	C	1599.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=23;NR=11;PP=617;SC=AGGTTATAATTGAGGTGTTTA;SOR=1.197;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=23;TCR=11;TR=34;WE=55240463;WS=55240445;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr18	55240708	rs35655063	T	C	697.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.462;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=21.81;ReadPosRankSum=2.069;SOR=1.143;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,30:0.94:32
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chr18	55280764	rs72942215	T	C	2064.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.333;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=12;PP=1156;ReadPosRankSum=1.833;SC=TGCAAATCTTTGTATGTTTTT;SOR=0.919;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=60;TCF=46;TCR=14;TR=57;WE=55280772;WS=55280754;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,74:0.99:75
chr18	55283236	rs9319918	T	C	3100.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.705;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=50;PP=1532;ReadPosRankSum=-0.463;SC=AAAAGACAGTTCTTGAACATT;SOR=0.596;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=71;TCF=19;TCR=52;TR=69;WE=55283244;WS=55283226;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,113:0.99:114
chr18	55283306	rs72942220	A	G	1208.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=27;PP=734;SC=CAATCTAAGCATAAAGACCCC;SOR=1.765;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=38;TCF=11;TCR=27;TR=38;WE=55283314;WS=55283296;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr18	55287739	rs388644	A	C	803.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=17;NR=9;PP=389;SC=GCAAGTCACAAGAAAATTGAC;SOR=1.214;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=17;TCR=9;TR=26;WE=55287747;WS=55287729;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr18	55288879	rs368935	A	G	2496.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=37;NR=19;PP=1371;SC=CCGAAACCCGACTGGAGCAGA;SOR=1.270;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=56;TCF=37;TCR=19;TR=56;WE=55288887;WS=55288869;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr18	55289076	rs2032938	C	T	2966.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.833;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=57;PP=1663;ReadPosRankSum=-1.030;SC=TCTGAGGGCGCCTGCGAGAAT;SOR=1.230;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=89;TCF=31;TCR=58;TR=87;WE=55289084;WS=55289066;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,113:0.98:115
chr18	55289180	rs2032937	A	G	368.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=12;PP=293;SC=TTCCGGATCCAGAGACGCCCC;SOR=3.767;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=13;TCF=1;TCR=12;TR=13;WE=55289188;WS=55289170;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr18	55309018	rs385648	C	T	302.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=4;PP=107;SC=TGATCCGCCTCGGCCTCCCAA;SOR=0.836;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=9;TCF=5;TCR=4;TR=9;WE=55309026;WS=55309008;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr18	55317676	rs222581	C	T	4418.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=51;NR=56;PP=1902;SC=ACAGCAACAGCCAGGATGATA;SOR=0.778;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=107;TCF=51;TCR=56;TR=107;WE=55317684;WS=55317666;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,169:1.00:169
chr18	55334295	rs4306606	G	A	5546.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.991;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=76;NR=51;PP=2321;ReadPosRankSum=-1.115;SC=GAGCTATTACGTAATTTCATA;SOR=0.894;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=129;TCF=77;TCR=52;TR=127;WE=55334303;WS=55334285;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,216:0.98:220
chr18	55335240	rs4940499	A	G	1309.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=29;NR=13;PP=842;SC=TTCCTTAGGTATACAATTTTA;SOR=1.609;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=42;TCF=29;TCR=13;TR=42;WE=55335248;WS=55335230;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr18	55335495	rs317844	A	G	1725.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=24;NR=20;PP=1092;SC=GATGCAGAAGAATGTGCTGGA;SOR=0.877;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=44;TCF=24;TCR=20;TR=44;WE=55335503;WS=55335485;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr18	55335786	.	T	TAAAA	1284.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;QD=40.15;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr18	55338866	rs35718397	A	T	2012.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=2.078;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.039;HP=7;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=52;PP=1512;ReadPosRankSum=1.705;SC=TTATATATATATTTTTTGAGA;SOR=1.375;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=81;TCF=28;TCR=53;TR=79;WE=55338874;WS=55338854;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,86:0.96:90
chr18	55352436	rs319459	G	A	3113.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=37;NR=57;PP=1735;SC=AGTGATGGTGGTAAGACCATA;SOR=1.093;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=94;TCF=37;TCR=57;TR=94;WE=55352444;WS=55352426;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr18	55352470	rs143958246	TTTA	T	2881.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-1.128;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=43;PP=2029;ReadPosRankSum=0.931;SC=GGCTAAAATATTTATTATCTG;SOR=0.892;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=45;TCF=0;TCR=45;TR=43;WE=55352480;WS=55352460;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,66:0.99:67
chr18	55362532	rs319443	T	G	2373.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=27;NR=46;PP=1497;SC=TTATCTAGTCTGTTATTGGGT;SOR=1.204;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=73;TCF=27;TCR=46;TR=73;WE=55362540;WS=55362522;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr18	55362816	rs319442	G	A	130.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=5;PP=100;SC=TGAGTTCAAAGTGGAAGTTAA;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=5;WE=55362824;WS=55362806;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr18	55364852	rs319438	A	G	1578.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=28;NR=14;PP=789;SC=ACACTTACCCATCCAGTTCTG;SOR=1.392;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=42;TCF=28;TCR=14;TR=42;WE=55364860;WS=55364842;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr18	55397512	rs319432	T	G	1012.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=26;NR=5;PP=756;SC=TAGAAAGCCTTCAAGGGCAGA;SOR=2.584;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=32;TCF=26;TCR=6;TR=31;WE=55397520;WS=55397502;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr18	55397624	rs33964473	GATA	G	5714.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=21;NR=38;PP=2748;SC=AGAACACTATGATAATGATTT;SOR=0.840;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=59;TCF=21;TCR=38;TR=59;WE=55397634;WS=55397614;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,129:1.00:129
chr18	55397674	rs319433	G	C	3730.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=51;NR=42;PP=1662;SC=TAGAATTTTAGGGAACACCAT;SOR=0.812;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=93;TCF=51;TCR=42;TR=93;WE=55397682;WS=55397664;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,140:1.00:140
chr18	55397871	rs319434	T	C	4600.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=36;NR=57;PP=2054;SC=TTCTACTGCCTTCAGTGATGT;SOR=0.928;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=95;TCF=36;TCR=59;TR=93;WE=55397879;WS=55397861;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,168:1.00:168
chr18	55398756	rs651867	T	C	3504.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=55;NR=36;PP=1836;SC=GAGAAGATTCTCTCCTAGACC;SOR=1.022;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=92;TCF=56;TCR=36;TR=91;WE=55398764;WS=55398746;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
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chr18	56008148	rs4149609	A	G	547.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=14;NR=1;PP=363;SC=AGTGTTTTCTATATAAATAGA;SOR=2.833;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=15;TCF=14;TCR=1;TR=15;WE=56008156;WS=56008138;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
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chr18	56182507	rs4940399	C	G	842.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=18;PP=532;SC=TCTGAGACGTCAAGGAACTGT;SOR=2.147;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=22;TCF=4;TCR=18;TR=22;WE=56182515;WS=56182497;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr18	56191045	.	A	G	7108.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DP=271;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=97;NR=83;PP=2965;SC=TACCTTTAGTATCCTGGCGAC;SOR=0.818;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=180;TCF=97;TCR=83;TR=180;WE=56191053;WS=56191035;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,270:1.00:270
chr18	56191351	rs7228617	C	T	397.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=13;PP=329;SC=TGCATTTTTTCCTAATATACT;SOR=5.283;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=0;TCR=13;TR=13;WE=56191359;WS=56191341;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr18	56196451	rs7236563	C	T	3036.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.664;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.629;HP=6;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=53;PP=1792;ReadPosRankSum=-0.662;SC=CAGCTTGGATCTTTTTCAGTA;SOR=0.698;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=91;TCF=38;TCR=53;TR=90;WE=56196459;WS=56196441;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,112:0.99:113
chr18	56202059	rs10469211	A	G	4336.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=56;NR=38;PP=1848;SC=CAGCAACAGAACCTCACCTCT;SOR=0.951;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=94;TCF=56;TCR=38;TR=94;WE=56202067;WS=56202049;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,163:1.00:163
chr18	56202418	rs10469212	T	C	5855.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=68;NR=82;PP=2965;SC=CCTGCAGTAATTTAGGGGCTT;SOR=0.831;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=150;TCF=68;TCR=82;TR=150;WE=56202426;WS=56202408;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,214:1.00:214
chr18	56202768	rs3809983	C	A	5263.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=66;NR=65;PP=2901;SC=CCAAGAGAAGCGTGAGTCATT;SOR=0.714;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=133;TCF=68;TCR=65;TR=131;WE=56202776;WS=56202758;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,188:1.00:188
chr18	56202982	rs3826594	A	T	3276.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=33;NR=46;PP=1616;SC=GAATTTGTTCAGCCTCCTGCT;SOR=0.973;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=80;TCF=33;TCR=47;TR=79;WE=56202990;WS=56202972;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr18	56203074	rs3809982	G	A	2530.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=34;NR=34;PP=1407;SC=AAAATGGCCGGCTGGATTTCC;SOR=0.782;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=68;TCF=34;TCR=34;TR=68;WE=56203082;WS=56203064;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr18	56203120	rs3809981	C	T	2593.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=39;NR=30;PP=1376;SC=TTGATTGACCCCCTTCTCTGG;SOR=0.848;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=69;TCF=39;TCR=30;TR=69;WE=56203128;WS=56203110;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr18	56203411	rs3809980	G	C	3689.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=1.972;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=44;PP=1889;ReadPosRankSum=0.582;SC=CCAGGAGTCTGGGTTGGCTGA;SOR=0.303;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=97;TCF=53;TCR=44;TR=97;WE=56203419;WS=56203401;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,136:0.99:137
chr18	56203447	rs3809979	A	G	3869.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=57;NR=44;PP=2019;SC=GACTTCTCCAATGTACACTGA;SOR=0.960;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=101;TCF=57;TCR=44;TR=101;WE=56203455;WS=56203437;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,141:1.00:141
chr18	56203891	rs3809978	G	T	5752.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.681;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=41.99;ReadPosRankSum=-0.729;SOR=0.335;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,136:0.99:137
chr18	56203898	rs3809977	T	G	5459.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.492;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=44.75;ReadPosRankSum=-0.605;SOR=0.342;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,121:0.99:122
chr18	56204250	rs3809976	A	C	5542.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.823;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=69;NR=61;PP=2522;ReadPosRankSum=-0.795;SC=ATATGATCCAACTGCACTTGG;SOR=0.772;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=132;TCF=70;TCR=62;TR=130;WE=56204258;WS=56204240;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,208:0.99:210
chr18	56204387	rs67925233	ACAGTTGATGTGTCCT	A	8169.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=20;NR=48;PP=2933;SC=GGCAATGGTAACAGTTGATGT;SOR=0.727;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=69;TCF=21;TCR=48;TR=68;WE=56204418;WS=56204377;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,179:1.00:179
chr18	56204410	rs55910046	C	T	8393.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=56;NR=56;PP=2398;SC=CCTCAGTCTCCCTGGTCGCTT;SOR=0.758;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=115;TCF=56;TCR=59;TR=112;WE=56204418;WS=56204377;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,190:1.00:190
chr18	56204671	rs4940404	A	T	1724.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=21;NR=25;PP=1028;SC=GGTAGGTGGAATTCTCCACCT;SOR=0.793;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=46;TCF=21;TCR=25;TR=46;WE=56204679;WS=56204661;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr18	56204747	rs3826593	G	A	1667.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=21;NR=19;PP=780;SC=GAAAGTACTGGTAAAAAGAGG;SOR=0.758;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=21;TCR=19;TR=40;WE=56204755;WS=56204737;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr18	56204932	rs3809973	T	G	4461.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.849;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=45;PP=2223;ReadPosRankSum=0.103;SC=GAGGCGAATATTTATCAACTG;SOR=0.948;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=111;TCF=65;TCR=46;TR=109;WE=56204953;WS=56204922;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,165:0.99:167
chr18	56204945	rs3809972	C	G	4469.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.195;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=67;NR=53;PP=2258;ReadPosRankSum=0.212;SC=ATCAACTGGTCTCCCAACAAG;SOR=0.481;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=123;TCF=69;TCR=54;TR=120;WE=56204953;WS=56204922;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,168:0.98:171
chr18	56204977	rs3809971	C	T	5304.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.607;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=80;NR=67;PP=2507;ReadPosRankSum=-1.828;SC=TATCAAAACACGTTCCTTGGT;SOR=0.445;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=150;TCF=82;TCR=68;TR=147;WE=56204999;WS=56204967;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,206:0.99:209
chr18	56204991	rs3809970	C	T	5796.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.869;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=85;NR=69;PP=2595;ReadPosRankSum=-0.967;SC=CCTTGGTCACCAGCCTCAAAA;SOR=0.865;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=161;TCF=88;TCR=73;TR=154;WE=56204999;WS=56204967;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,224:0.98:228
chr18	56205262	rs12103986	A	C	9689.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.176;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=373;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.119;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=126;NR=109;PP=2965;ReadPosRankSum=0.883;SC=GTTTTTCTTCATGCTGTGGAC;SOR=0.312;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=236;TCF=126;TCR=110;TR=235;WE=56205270;WS=56205252;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,364:1.00:365
chr18	56205481	rs9962203	G	A	1723.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=10;NR=39;PP=1034;SC=AGTGATATTAGTAGAATTGTT;SOR=2.157;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=49;TCF=10;TCR=39;TR=49;WE=56205489;WS=56205471;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr18	56205551	rs9962964	C	T	674.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=5;NR=17;PP=432;SC=CCTCAATGACCGTAATAATGG;SOR=2.494;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=5;TCR=17;TR=22;WE=56205559;WS=56205541;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr18	56274720	rs113295953	GA	G	76.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.676;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=1.752;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.48;ReadPosRankSum=1.161;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,10:0.32:31
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chr18	56711225	rs11152115	A	C	572.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=3;PP=426;SC=TTTATTCTGTACAGATTGGGA;SOR=3.056;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=19;TCF=16;TCR=3;TR=19;WE=56711233;WS=56711215;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr18	56711284	rs11152116	C	T	1673.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=26;NR=19;PP=714;SC=GTAATTCCTGCGACAATTCTT;SOR=0.957;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=45;TCF=26;TCR=19;TR=45;WE=56711292;WS=56711274;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr18	56887507	rs1062557	C	A	804.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=17;NR=7;PP=477;SC=CATGCGCGGCCGTGAGCTCCC;SOR=1.536;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=17;TCR=7;TR=24;WE=56887515;WS=56887497;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr18	56897667	rs149962068	TGAAG	T	5327.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.410;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=33;PP=2598;ReadPosRankSum=0.511;SC=GTTCTCAACGTGAAGGAAGGA;SOR=0.324;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=55;TCF=19;TCR=36;TR=51;WE=56897678;WS=56897657;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,121:0.99:122
chr18	56936395	rs7226481	T	C	1569.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=19;NR=29;PP=1009;SC=GCGCGAGAGGTTGCAGGCCGG;SOR=1.009;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=48;TCF=19;TCR=29;TR=48;WE=56936403;WS=56936385;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr18	56963742	rs4940456	C	T	887.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=24;NR=1;PP=653;SC=GTAAGGTTCCCGCTGCAAGGT;SOR=5.211;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=26;TCF=24;TCR=2;TR=25;WE=56963750;WS=56963738;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr18	56979805	.	AAT	A	112	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=34;MMLQ=21;MQ=60.0;NF=2;NR=1;PP=112;QD=40.3333333333;SC=ATATATCTTGAATATATATAT;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=6;TCF=5;TCR=1;TR=3;WE=56979814;WS=56979795;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:3,3:0.50:6
chr18	57026573	rs140141851	A	AC	1948.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=44;PP=1714;SC=AGCCCGGGGGACCCCCAAGGG;SOR=2.833;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=47;TCF=1;TCR=46;TR=45;WE=57026581;WS=57026563;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr18	57115133	rs3809990	T	C	423.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=14;NR=1;PP=342;SC=CTGGAGAACATTGTCCAGGCC;SOR=4.047;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=15;TCF=14;TCR=1;TR=15;WE=57115141;WS=57115132;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr18	57133862	rs8083041	T	A	274.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.48;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr18	57134152	rs4940876	A	G	676.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=12;PP=319;SC=AGAGAATACTAAGTTTCTGAG;SOR=1.445;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=4;TCR=12;TR=16;WE=57134160;WS=57134142;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr18	57136869	rs632899	A	G	1413.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=22;PP=625;SC=GCTCACATCAACTACAGGAGG;SOR=1.702;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=4;TCR=22;TR=26;WE=57136877;WS=57136859;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr18	57136902	rs663452	C	A	584.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.66;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=37;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=10;PP=242;SC=CTGGCCCTGGCCTGGAAAGGA;SOR=1.931;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=11;TCF=1;TCR=10;TR=11;WE=57136910;WS=57136892;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr18	57136943	rs650033	G	A	257.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=66;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=6;PP=131;SC=TCAAGGGCACGTGTGAAGTGT;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=6;WE=57136951;WS=57136933;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr18	57147351	rs1663548	G	A	351.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=8;NR=4;PP=250;SC=ATGAACATCTGAAGTTGATAG;SOR=1.609;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=8;TCR=4;TR=12;WE=57147359;WS=57147341;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr18	57147390	rs1790508	C	G	588.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=9;NR=7;PP=294;SC=TGAATAAAGTCAGACAATATC;SOR=0.963;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=16;TCF=9;TCR=7;TR=16;WE=57147398;WS=57147380;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr18	57567638	rs11663656	G	C	2373.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=39;NR=22;PP=1149;SC=CCTCCAGAAAGTTCTTCGGGG;SOR=1.105;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=62;TCF=39;TCR=23;TR=61;WE=57567646;WS=57567628;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr18	57638330	rs10871774	G	A	2366.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=31;NR=33;PP=1402;SC=TTTCTGCGCAGAACTGTCGTA;SOR=0.693;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=64;TCF=31;TCR=33;TR=64;WE=57638338;WS=57638320;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr18	58290330	rs1560400	A	T	1553.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=20;NR=45;PP=1310;SC=CCTCTTTTTTAAAAAAAAATC;SOR=1.451;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=65;TCF=20;TCR=45;TR=65;WE=58290338;WS=58290320;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr18	58291479	rs9947661	T	C	4870.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.868;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.942;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=75;NR=49;PP=2584;ReadPosRankSum=-0.903;SC=AACTCAGTGGTATTGAAAGGT;SOR=0.182;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=130;TCF=80;TCR=50;TR=124;WE=58291487;WS=58291469;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:6,183:0.97:189
chr18	58310604	rs11659206	C	T	306.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=4;NR=4;PP=111;SC=AGAAAGAAACCTTTATTTAAA;SOR=0.693;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=4;TCR=4;TR=8;WE=58310612;WS=58310594;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr18	59157764	rs680530	T	C	4863.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=69;NR=44;PP=2362;SC=TTCTCCTTCATTTTCTGAAAA;SOR=0.977;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=113;TCF=69;TCR=44;TR=113;WE=59157772;WS=59157754;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,181:1.00:181
chr18	59158065	rs681902	T	G	1019.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=29.14;SOR=2.964;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr18	59166541	rs12964819	C	T	1778.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=23;NR=30;PP=970;SC=AGAGGCTCGACCGAGAGGAAA;SOR=0.849;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=53;TCF=23;TCR=30;TR=53;WE=59166549;WS=59166531;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr18	59166762	.	T	TAC	82	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;FR=0.5040;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MMLQ=28;MQ=60.0;NF=0;NR=2;PP=82;QD=46.0;SC=CCTATATATATACACACACAC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=0;TCR=4;TR=2;WE=59166770;WS=59166752;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:2,2:0.50:4
chr18	59170304	rs595093	C	G	3825.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=2.252;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=37;PP=1571;ReadPosRankSum=-0.025;SC=CCACAACAGTCAACATCACCC;SOR=0.245;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=76;TCF=38;TCR=38;TR=74;WE=59170312;WS=59170294;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,143:0.99:144
chr18	59174817	rs1547956	C	A	643.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=18;PP=496;SC=TTTTTCTAAACCACTTTCATG;SOR=3.258;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=20;TCF=2;TCR=18;TR=20;WE=59174825;WS=59174807;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr18	59206197	rs5825446	C	CT	1339.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.441;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.496;HP=9;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=10;PP=883;ReadPosRankSum=1.740;SC=AACCATTACTCTTTTTTTTCT;SOR=2.262;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=45;TCF=32;TCR=13;TR=35;WE=59206205;WS=59206187;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,57:0.97:59
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chr18	59806190	rs2298779	C	T	516.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=3;PP=245;SC=CATTTTTGTGCGTGCCTTTTT;SOR=1.721;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=10;TCR=3;TR=13;WE=59806198;WS=59806180;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr18	59807635	rs12608212	T	C	1105.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.57;SOR=0.929;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr18	59814268	rs9320000	G	A	2468.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=24;NR=35;PP=1086;SC=TTCCATAGAAGTGGTTAAACA;SOR=0.947;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=59;TCF=24;TCR=35;TR=59;WE=59814276;WS=59814258;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr18	59814324	rs9320001	G	C	1184.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=9;NR=28;PP=850;SC=TTAATATTGTGCTTGTAGTCT;SOR=2.038;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=9;TCR=28;TR=37;WE=59814332;WS=59814314;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr18	59815284	rs7243994	G	C	152.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=5;NR=1;PP=109;SC=TGATTTAAACGACTATATTGG;SOR=2.303;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=5;TCR=1;TR=6;WE=59815292;WS=59815274;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr18	59821949	rs11659731	G	A	345.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=3;NR=9;PP=213;SC=TAAAATATGAGCTAGTCATTC;SOR=2.147;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=12;TCF=3;TCR=9;TR=12;WE=59821957;WS=59821939;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr18	59824209	rs1021952	A	T	752.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-2.764;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=0;PP=569;ReadPosRankSum=-0.685;SC=GGAAAAAAAAATACTGTAATT;SOR=5.136;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=25;TCF=25;TCR=0;TR=24;WE=59824217;WS=59824200;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,25:0.96:26
chr18	59824490	rs1021953	A	T	2154.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=22;NR=40;PP=1216;SC=AGTAATAGTTATATACACATG;SOR=1.281;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=63;TCF=22;TCR=41;TR=62;WE=59824498;WS=59824480;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr18	59947118	rs2980981	G	A	4861.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=49;NR=54;PP=1970;SC=TTTTATATTCGGCATCCCTTT;SOR=0.783;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=104;TCF=49;TCR=55;TR=103;WE=59947126;WS=59947108;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,184:1.00:184
chr18	59958678	rs2980983	G	A	1373.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-2.075;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=3;PP=992;ReadPosRankSum=-0.706;SC=CCATAGGTATGATATAAGAAG;SOR=3.014;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=45;TCF=41;TCR=4;TR=43;WE=59958686;WS=59958668;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,47:0.98:48
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chr18	60025458	rs71651216	GT	G	1322.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.061;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.06;MQRankSum=0.680;QD=8.82;ReadPosRankSum=-0.672;SOR=0.727;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:45,105:0.70:150
chr18	60036083	rs8092336	A	G	3739.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=46;NR=44;PP=1759;SC=GTCAGGGCACATGTGTAGGAG;SOR=0.735;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=90;TCF=46;TCR=44;TR=90;WE=60036091;WS=60036073;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,143:1.00:143
chr18	60051941	rs56231704	C	T	2100.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=38;NR=24;PP=1137;SC=TGCCTCCGGGCGCTGACTCAC;SOR=1.040;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=62;TCF=38;TCR=24;TR=62;WE=60051949;WS=60051931;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr18	60191428	rs7229802	G	A	4888.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=71;NR=55;PP=2510;SC=GGGCCCAGGAGGAACTGCTGC;SOR=0.855;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=126;TCF=71;TCR=55;TR=126;WE=60191436;WS=60191418;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,184:1.00:184
chr18	60232405	rs4940561	C	T	729.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=12;NR=14;PP=507;SC=TTAATAGATACTGAGCTGTTG;SOR=0.922;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=12;TCR=14;TR=26;WE=60232413;WS=60232395;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr18	60237388	rs8096750	A	G	3340.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=53;NR=24;PP=1372;SC=AAACATCTTCAGAGAGTTACA;SOR=1.205;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=78;TCF=53;TCR=25;TR=77;WE=60237396;WS=60237378;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr18	60241732	rs3744926	C	T	5673.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.905;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=81;NR=49;PP=2827;ReadPosRankSum=-0.808;SC=GTAGTACTCCCGCTTTGCATC;SOR=0.359;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=133;TCF=84;TCR=49;TR=130;WE=60241740;WS=60241722;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,204:1.00:205
chr18	60243876	rs11557713	G	A	4353.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.105;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FS=4.161;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=27.38;ReadPosRankSum=-0.947;SOR=1.059;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,158:0.99:159
chr18	60562298	rs624821	A	T	1857.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.743;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=17;PP=639;ReadPosRankSum=1.073;SC=GGGACTTCCCACTGGCAGTCT;SOR=0.721;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=37;TCF=18;TCR=19;TR=34;WE=60562306;WS=60562288;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,71:0.97:73
chr18	60612536	rs525092	T	G	2545.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.775;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=43;PP=1284;ReadPosRankSum=-0.522;SC=ACTCTAAGCTTCAGGTCGGCA;SOR=0.590;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=63;TCF=19;TCR=44;TR=62;WE=60612544;WS=60612526;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,93:0.99:94
chr18	60630531	rs547690	T	C	1854.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=32;NR=13;PP=841;SC=TTTTATTTCTTGGATAAAGGT;SOR=1.352;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=47;TCF=32;TCR=15;TR=45;WE=60630539;WS=60630521;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr18	60985879	rs1801018	T	C	9852.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.786;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=397;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=112;NR=126;PP=2965;ReadPosRankSum=2.340;SC=TATCGTACCCTGTTCTCCCAG;SOR=0.778;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=238;TCF=112;TCR=126;TR=238;WE=60985887;WS=60985869;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,390:0.99:394
chr18	61022634	rs1809319	T	C	3571.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=41;NR=55;PP=2113;SC=ATTAAACCTATAGAGAAGTTG;SOR=0.976;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=96;TCF=41;TCR=55;TR=96;WE=61022642;WS=61022624;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr18	61022791	rs2003149	C	T	1305.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=21;PP=623;SC=ATATGCAAAGCACCACCTGTT;SOR=1.562;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=28;TCF=7;TCR=21;TR=28;WE=61022799;WS=61022781;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr18	61154043	rs34587228	T	C	1242.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=27;NR=14;PP=737;SC=GTGCTGAGGTTGAGGAGCCTT;SOR=1.329;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=27;TCR=14;TR=41;WE=61154051;WS=61154033;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr18	61154388	rs2271254	C	T	380.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=3;NR=9;PP=216;SC=GTTAGACCTACAACTTTTTTT;SOR=2.303;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=12;TCF=3;TCR=9;TR=12;WE=61154396;WS=61154378;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr18	61156606	rs12454742	G	C	3601.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=58;NR=25;PP=1676;SC=CGAAGAGACCGTATGCAAAGG;SOR=1.290;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=83;TCF=58;TCR=25;TR=83;WE=61156614;WS=61156596;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,137:1.00:137
chr18	61160287	rs2289519	T	C	6416.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=245;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=70;NR=82;PP=2947;SC=GAAGAAATTTTCTGAATCAGA;SOR=0.788;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=154;TCF=70;TCR=84;TR=152;WE=61160295;WS=61160277;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,241:1.00:241
chr18	61160385	rs2289521	T	C	3527.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=27;NR=59;PP=2040;SC=TGAAAAATGATAGGGACAGAG;SOR=1.460;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=87;TCF=27;TCR=60;TR=86;WE=61160393;WS=61160375;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr18	61166269	rs56208842	C	T	1105.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.37;QD=42.53;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr18	61166273	rs12458191	C	T	1084.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.36;QD=40.18;SOR=1.781;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr18	61166280	.	G	GTATATATA	744.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.268;ClippingRankSum=0.000;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=5.441;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.34;MQRankSum=0.555;QD=32.38;ReadPosRankSum=1.244;SOR=2.056;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,18:0.78:23
chr18	61170467	rs1840557	G	A	323.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=10;NR=1;PP=253;SC=CTGCTTTGAAGCTGGGCTTAT;SOR=3.442;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=11;TCF=10;TCR=1;TR=11;WE=61170475;WS=61170460;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr18	61170500	rs1455557	T	C	704.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=19;NR=3;PP=465;SC=TGTTTTCAATTGAGCCAGGTC;SOR=2.925;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=19;TCR=3;TR=22;WE=61170508;WS=61170490;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr18	61170721	rs1455556	T	C	4659.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.824;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=66;PP=2135;ReadPosRankSum=-0.838;SC=ATATCTTCAGTGAAGACACAT;SOR=0.809;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=124;TCF=57;TCR=67;TR=122;WE=61170729;WS=61170711;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,180:0.99:182
chr18	61170782	rs1455555	A	G	4944.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.831;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=67;PP=2468;ReadPosRankSum=-0.911;SC=ATCAAATGTTATCCACAAAGT;SOR=0.794;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=126;TCF=59;TCR=67;TR=126;WE=61170790;WS=61170772;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,185:0.99:187
chr18	61170925	rs8093128	T	C	3327.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=32;NR=48;PP=1599;SC=CTCGAAACATTATTTTCTTTG;SOR=0.981;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=80;TCF=32;TCR=48;TR=80;WE=61170933;WS=61170915;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr18	61225801	rs7244584	C	T	3242.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=0.925;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=45;PP=1473;ReadPosRankSum=-0.862;SC=GTGATAGTTGCTTATCCCCAA;SOR=1.115;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=73;TCF=27;TCR=46;TR=71;WE=61225809;WS=61225791;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,122:0.98:124
chr18	61226694	rs11152391	G	A	495.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-1.882;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=2;PP=371;ReadPosRankSum=-0.553;SC=AACAGAGACAGCTGACATCTT;SOR=2.200;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=18;TCF=16;TCR=2;TR=17;WE=61226702;WS=61226687;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,18:0.95:19
chr18	61226740	rs12103954	G	A	1158.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=0.133;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=6;PP=710;ReadPosRankSum=-0.900;SC=TACAAAACACGCATCTTTTAG;SOR=1.179;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=35;TCF=29;TCR=6;TR=34;WE=61226748;WS=61226730;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,42:0.98:43
chr18	61228248	rs9676250	T	C	280.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=9;NR=1;PP=214;SC=CTCAGGAGAGTCTCACTCCTA;SOR=3.258;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=9;TCR=1;TR=10;WE=61228256;WS=61228238;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr18	61231143	rs33927218	AAAAAT	A	233.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.877;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=62.65;MQRankSum=-0.215;QD=6.87;ReadPosRankSum=1.034;SOR=0.598;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,20:0.59:34
chr18	61231144	.	AAAAT	A	43.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=2.068;ClippingRankSum=0.000;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=62.65;MQRankSum=0.814;QD=1.29;ReadPosRankSum=-1.779;SOR=0.275;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,9:0.26:34
chr18	61231417	rs9957786	A	G	3295.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=30;NR=62;PP=1911;SC=GGAATGATTTACAATATGTAT;SOR=1.387;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=93;TCF=31;TCR=62;TR=92;WE=61231425;WS=61231407;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr18	61233739	rs2077549	T	C	331.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=10;NR=3;PP=227;SC=TCTTGAAGGTTGTCACTGCCC;SOR=2.147;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=10;TCR=3;TR=13;WE=61233747;WS=61233729;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr18	61254525	rs3216123	A	AT	1923.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=10;NR=39;PP=1257;SC=TTGGGCATAGATTTTTTTTAA;SOR=1.281;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=58;TCF=14;TCR=44;TR=49;WE=61254533;WS=61254515;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr18	61256117	rs77936810	GC	G	418.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=0;NR=10;PP=367;SC=AATTCATTTGGCGGGGGGGTT;SOR=2.147;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=0;TCR=10;TR=10;WE=61256125;WS=61256107;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr18	61261515	rs11152394	T	C	5976.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=52;NR=50;PP=1813;SC=CAAGTCCATCTGCATCATATT;SOR=0.693;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=103;TCF=52;TCR=51;TR=102;WE=61261523;WS=61261505;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,142:1.00:142
chr18	61261540	rs11152395	T	C	6614.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=56;NR=53;PP=2147;SC=ATACATATTATTTGTCATTTG;SOR=0.734;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=111;TCF=57;TCR=54;TR=109;WE=61261548;WS=61261530;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,147:1.00:147
chr18	61261565	rs11152396	C	G	6183.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=54;NR=55;PP=1936;SC=ATGGGTCAACCTTTTTCTGTT;SOR=0.734;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=109;TCF=54;TCR=55;TR=109;WE=61261573;WS=61261555;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,147:1.00:147
chr18	61264298	rs1020694	G	A	3532.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=46;NR=31;PP=1649;SC=GGTGGAGGACGGTTACGATCT;SOR=0.949;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=78;TCF=47;TCR=31;TR=77;WE=61264306;WS=61264288;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,129:1.00:129
chr18	61264468	rs1020693	C	T	9700.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=363;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=114;NR=95;PP=2965;SC=CAGCTGCCACCGGCATAGGCT;SOR=0.835;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=211;TCF=114;TCR=97;TR=209;WE=61264476;WS=61264458;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,360:1.00:360
chr18	61271065	rs7229459	G	A	512.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.99;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr18	61308895	rs2518061	A	G	5319.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=82;NR=46;PP=2556;SC=TCTCCACCTGAGTCGGCCAGG;SOR=1.190;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=128;TCF=82;TCR=46;TR=128;WE=61308903;WS=61308885;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,194:1.00:194
chr18	61325905	rs7228687	T	G	900.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=9;NR=11;PP=304;SC=TAAGAGTAATTTATGTAACTA;SOR=0.804;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=9;TCR=11;TR=20;WE=61325913;WS=61325895;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr18	61326505	rs8089032	T	A	3064.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=38;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=51;NR=31;PP=1525;SC=AACGGAGCTATTGCACTCTGA;SOR=1.101;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=82;TCF=51;TCR=31;TR=82;WE=61326513;WS=61326495;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr18	61326597	rs8085479	A	C	10144.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=58.90;QD=44.69;SOR=0.702;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,227:1.00:227
chr18	61326602	rs8085482	A	G	10659.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.09;QD=46.55;SOR=0.737;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,229:1.00:229
chr18	61326609	rs8089201	T	G	10521.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=242;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.13;QD=43.66;SOR=0.752;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,241:1.00:241
chr18	61326628	rs11370831	A	AT	7220.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=237;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=58;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=25;NR=72;PP=2936;SC=GCCAGGTGAAATTACCTGTAA;SOR=0.766;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=105;TCF=26;TCR=79;TR=97;WE=61326636;WS=61326618;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,226:1.00:226
chr18	61377579	rs1395268	A	C	2911.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=28;NR=55;PP=1823;SC=GGAGAGACTGAAGAGCAATTG;SOR=1.329;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=83;TCF=28;TCR=55;TR=83;WE=61377587;WS=61377569;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr18	61383181	rs8087185	A	C	350.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=11;NR=1;PP=278;SC=TTTTCTCTGCATTAGAATTTT;SOR=3.611;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=12;TCF=11;TCR=1;TR=12;WE=61383189;WS=61383171;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr18	61390316	rs1395265	C	A	3403.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=39;NR=35;PP=1668;SC=ACACCTCCCCCGATTCAAACT;SOR=0.775;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=76;TCF=41;TCR=35;TR=74;WE=61390324;WS=61390306;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr18	61390332	rs1395266	C	T	3224.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=35;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=44;NR=33;PP=1622;SC=AAACTTGAAACTAAGTATGAG;SOR=0.932;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=77;TCF=44;TCR=33;TR=77;WE=61390340;WS=61390322;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr18	61390361	rs1395267	T	C	2921.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=34;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=42;NR=32;PP=1444;SC=CCTGTTAAAATCTCTAGGGGT;SOR=0.903;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=75;TCF=42;TCR=33;TR=74;WE=61390369;WS=61390351;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr18	61390570	rs953695	T	G	2925.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=25;NR=35;PP=1165;SC=ACCCCTTCCTTTTCTTTATAA;SOR=0.865;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=61;TCF=25;TCR=36;TR=60;WE=61390578;WS=61390560;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr18	61390649	rs953696	C	T	1319.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=12;NR=24;PP=683;SC=TGGGGTTGAGCAAGGCTCAGA;SOR=1.270;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=37;TCF=12;TCR=25;TR=36;WE=61390657;WS=61390639;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr18	61391228	rs2089318	T	C	2648.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.10;QD=25.47;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr18	61391323	rs147160513	CTCT	C	1529.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.17;QD=42.49;SOR=2.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr18	61391505	rs144622175	CTCT	C	1890.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=65.01;QD=35.01;SOR=1.220;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr18	61391697	rs12326861	A	G	2509.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=18;NR=56;PP=1579;SC=TATACTCAGGATAACATGGAG;SOR=1.770;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=74;TCF=18;TCR=56;TR=74;WE=61391705;WS=61391687;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr18	61393442	rs9965604	T	C	299.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=7;NR=2;PP=191;SC=CCAACCCAAATCCACAGAAGG;SOR=1.802;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=7;TCR=2;TR=9;WE=61393450;WS=61393432;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr18	61393644	rs1893563	T	A	1507.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=18;NR=27;PP=826;SC=CTGCTATTTCTGACTCCTAAG;SOR=1.047;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=45;TCF=18;TCR=27;TR=45;WE=61393652;WS=61393634;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr18	61394300	rs8097334	C	T	2587.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=43;NR=22;PP=1310;SC=GTTCCCTCCACTCTCAGTTCT;SOR=1.251;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=65;TCF=43;TCR=22;TR=65;WE=61394308;WS=61394290;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr18	61394403	rs8098025	A	G	3716.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=43;NR=51;PP=1796;SC=ACCAGAGGCAACCACACCCTC;SOR=0.796;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=94;TCF=43;TCR=51;TR=94;WE=61394411;WS=61394393;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,141:1.00:141
chr18	61394522	rs6567386	A	G	734.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=18;PP=531;SC=TAGTCCTTGGACAGGTCATTC;SOR=2.215;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=24;TCF=6;TCR=18;TR=24;WE=61394530;WS=61394512;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr18	61463784	rs1701648	G	T	130.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=4;PP=77;SC=AATGTGGTTTGGAATAATCTT;SOR=1.329;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=6;TCF=2;TCR=4;TR=6;WE=61463792;WS=61463774;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr18	61465746	rs34405525	GA	G	454.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=15;NR=4;PP=455;SC=TATGTGTTAAGAAAAAAACTT;SOR=2.531;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=15;TCR=4;TR=19;WE=61465754;WS=61465736;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr18	61465810	rs1720858	A	G	1459.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=30;NR=12;PP=819;SC=TAAAATAAACATTTTTCCCTC;SOR=1.528;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=43;TCF=30;TCR=13;TR=42;WE=61465837;WS=61465800;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr18	61465822	rs113041735	A	AT	1554.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.114;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=13;PP=562;ReadPosRankSum=0.373;SC=TTTTCCCTCAATTTTTTTTTC;SOR=0.765;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=43;TCF=27;TCR=16;TR=38;WE=61465837;WS=61465800;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,69:0.99:70
chr18	61468306	rs2689399	G	C	937.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=23;PP=704;SC=ACTGTTGATTGAGTTTTCACT;SOR=3.334;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=26;TCF=3;TCR=23;TR=26;WE=61468314;WS=61468296;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr18	61575120	rs1916661	G	T	209.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=0;PP=85;SC=ATACATGCTTGTGAAACTGAA;SOR=1.863;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=4;TCR=0;TR=4;WE=61575128;WS=61575110;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr18	61575166	rs11417838	A	AT	212.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.874;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.77;MQRankSum=0.632;QD=15.20;ReadPosRankSum=-1.439;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,13:0.93:14
chr18	63430340	rs2276190	G	A	286.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=40.97;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr18	63430344	rs2276191	T	G	286.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=40.97;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr18	63477317	rs11332924	GA	G	427.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.142;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.60;MQRankSum=0.500;QD=15.28;ReadPosRankSum=0.536;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,26:0.93:28
chr18	63489378	rs8097752	C	T	5114.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=70;NR=50;PP=2191;SC=ATTTGCTTGTCATTCAGGCAA;SOR=0.930;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=120;TCF=70;TCR=50;TR=120;WE=63489386;WS=63489368;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,195:1.00:195
chr18	63511410	rs145270355	G	GATTTATATATATAT,GATTTATATATATATAT	795.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=26;NF=0,0;NR=20,20;PP=195,286;SC=ATAAAAACCAGATATATATAT;SOR=5.283;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=0;TCR=21;TR=20,20;WE=63511418;WS=63511400;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.62,0.38:13
chr18	63530016	rs2291343	A	G	7318.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-1.236;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=278;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.339;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=87;NR=106;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.788;SC=AGCAGCACCAACACCCTCACC;SOR=0.475;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=194;TCF=88;TCR=106;TR=193;WE=63530024;WS=63530006;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,273:1.00:274
chr18	64179076	rs3831434	G	GT	244.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=0;NR=6;PP=179;SC=ATATTAAAATGTTTTTTCTCA;SOR=4.977;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=0;TCR=10;TR=6;WE=64179084;WS=64179066;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr18	64748928	rs11423865	C	CT	2088.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-1.800;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=24;PP=796;ReadPosRankSum=1.536;SC=TTCAGCAGGACTTTTTTTTGG;SOR=0.295;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=36;TCF=11;TCR=25;TR=34;WE=64748936;WS=64748918;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,87:0.99:88
chr18	65178103	rs112210097	G	GCA	198.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=1;PP=210;SC=ATACACGCGTGCACACACACA;SOR=2.584;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=5;TCF=4;TCR=1;TR=5;WE=65178111;WS=65178093;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr18	65179829	rs2279269	G	A	3602.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=43;NR=46;PP=1821;SC=GTGATTGTGGGTTCCATCTGA;SOR=0.755;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=89;TCF=43;TCR=46;TR=89;WE=65179837;WS=65179819;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr18	66367607	rs72955911	A	G	768.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.69;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=11;NR=4;PP=350;SC=TCAAATATTAATAACATACAG;SOR=1.143;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=11;TCR=4;TR=15;WE=66367615;WS=66367597;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr18	66503897	rs66538157	CAAA	C	231.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.75;SOR=4.615;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr18	66504093	rs485613	A	C	5764.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.760;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=73;NR=61;PP=2633;ReadPosRankSum=-0.762;SC=ACATGGTGGCACCTGCCTCAC;SOR=0.849;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=138;TCF=75;TCR=63;TR=134;WE=66504101;WS=66504083;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,218:0.99:220
chr18	66504459	rs572020	A	T	2977.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=2.073;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.249;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=44;PP=1558;ReadPosRankSum=-0.640;SC=TAGAAGCTAAAGTTACCCAGG;SOR=0.426;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=83;TCF=39;TCR=44;TR=83;WE=66504467;WS=66504449;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,111:0.99:112
chr18	66511027	rs9962597	C	T	410.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=10;NR=3;PP=261;SC=AATATACATCCCAATTATAAA;SOR=1.911;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=10;TCR=3;TR=13;WE=66511035;WS=66511017;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr18	66511207	rs33926572	TA	T	235.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;NF=0;NR=6;PP=106;SC=ATCTAAATACTAAAAAAAAAT;SOR=1.270;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=6;WE=66511215;WS=66511197;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr18	66513235	rs12959654	G	A	185.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=2;PP=77;SC=ATCCTCCTATGTAAGAGAATA;SOR=1.179;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=6;TCF=4;TCR=2;TR=6;WE=66513243;WS=66513225;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr18	66513256	rs8088575	A	G	323.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=5;NR=2;PP=115;SC=TTATGAGTGAAAGGAATTGAG;SOR=1.179;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=7;TCF=5;TCR=2;TR=7;WE=66513264;WS=66513246;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr18	66513471	rs1954878	C	G	434.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=11;NR=3;PP=348;SC=TAGGAAAATGCCTATAAAATT;SOR=2.303;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=11;TCR=3;TR=14;WE=66513479;WS=66513461;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr18	66513662	rs1977942	T	C	4004.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=47;NR=47;PP=1537;SC=GAAAGAGGTATGGGGGAATAT;SOR=0.706;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=94;TCF=47;TCR=47;TR=94;WE=66513670;WS=66513652;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,157:1.00:157
chr18	66513749	rs1970675	T	C	2806.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=19;NR=44;PP=1407;SC=GCACAACAGATAAGAGGAAGG;SOR=1.314;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=63;TCF=19;TCR=44;TR=63;WE=66513757;WS=66513739;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr18	66513840	rs1970674	C	A	381.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=31;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=11;PP=273;SC=AATTCAGACTCTATGACATCT;SOR=2.303;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=2;TCR=11;TR=13;WE=66513848;WS=66513830;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr18	66678131	rs7234663	A	G	673.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=1;PP=455;SC=TTTTATCAGAATAGACTATAA;SOR=3.816;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=17;TCF=16;TCR=1;TR=17;WE=66678139;WS=66678121;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr18	66678453	rs930164	A	G	440.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=14;PP=351;SC=ATAAATATTCATATCTTAATG;SOR=4.047;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=15;TCF=1;TCR=14;TR=15;WE=66678461;WS=66678443;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr18	67345034	rs8099030	T	C	2158.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=25;NR=26;PP=991;SC=GGCTCAATGATATCAGCCTTG;SOR=0.742;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=51;TCF=25;TCR=26;TR=51;WE=67345042;WS=67345024;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr18	67365585	rs4581806	A	G	4551.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.578;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.294;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=78;NR=56;PP=2295;ReadPosRankSum=-1.403;SC=TCGTATGGCCATAGACACTCA;SOR=0.674;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=135;TCF=78;TCR=57;TR=134;WE=67365593;WS=67365575;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,181:0.98:184
chr18	67365668	rs4426448	A	G	5695.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=60;NR=80;PP=2726;SC=TTATGCCTACACCAAACCTGG;SOR=0.928;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=140;TCF=60;TCR=80;TR=140;WE=67365676;WS=67365658;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,215:1.00:215
chr18	67531642	rs763361	T	C	6336.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.857;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=260;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=71;PP=2112;ReadPosRankSum=0.295;SC=GTAGGTTGACTGGTAGAGATG;SOR=0.408;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=140;TCF=67;TCR=73;TR=137;WE=67531650;WS=67531632;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,254:0.99:257
chr18	67534632	rs72481819	C	T	2106.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.322;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=23.67;ReadPosRankSum=0.889;SOR=0.763;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,87:0.98:89
chr18	67563309	rs1630425	A	C	1862.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=14;NR=29;PP=867;SC=ATGATTAGATACAGGTTGTCA;SOR=1.296;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=44;TCF=14;TCR=30;TR=43;WE=67563317;WS=67563299;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr18	67563348	rs1788115	T	C	1114.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=20;PP=619;SC=TGGAAGATACTTAATCATAAA;SOR=1.923;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=6;TCR=20;TR=26;WE=67563356;WS=67563338;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr18	67613926	rs10782036	A	G	865.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=25;NR=5;PP=684;SC=AAATGTTGTAAGTGGATAAAA;SOR=2.546;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=31;TCF=25;TCR=6;TR=30;WE=67613934;WS=67613916;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr18	67614222	.	T	C	7184.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.611;ClippingRankSum=0.000;DP=292;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=79;NR=87;PP=2601;ReadPosRankSum=-0.864;SC=TGTGTTAAGATGCCCATTGAT;SOR=0.743;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=166;TCF=79;TCR=87;TR=166;WE=67614230;WS=67614212;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,283:0.99:285
chr18	67614674	rs3214811	T	TA	734.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.247;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.97;ReadPosRankSum=0.487;SOR=0.880;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:6,40:0.87:46
chr18	67718688	rs4891392	A	G	4768.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=55;NR=72;PP=2548;SC=CACGGTAACAAACGGGAGTGT;SOR=0.877;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=129;TCF=55;TCR=74;TR=127;WE=67718696;WS=67718678;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,175:1.00:175
chr18	67724802	rs12968602	A	G	301.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=8;NR=1;PP=225;SC=TCTCTTTTCTAACATCCAGAC;SOR=3.258;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=8;TCR=1;TR=9;WE=67724810;WS=67724798;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr18	67726975	rs11876398	A	G	385.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=11;NR=2;PP=295;SC=GAGCCTAAAAAAGAATAAAGC;SOR=2.833;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=11;TCR=2;TR=13;WE=67726983;WS=67726965;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr18	67727003	rs1435086	A	T	769.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=20;NR=7;PP=492;SC=CCAGGTCACAAGAAATCTTGT;SOR=1.942;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=20;TCR=7;TR=27;WE=67727011;WS=67726993;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr18	67733234	rs11151561	T	A	1007.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=7;NR=25;PP=687;SC=ACACACAAGATATCCTTAAAC;SOR=2.179;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=7;TCR=25;TR=32;WE=67733242;WS=67733224;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr18	67741117	rs1369292	G	A	2907.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=43;NR=25;PP=1302;SC=TCAAAATAAAGGACTTATGCA;SOR=1.069;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=68;TCF=43;TCR=25;TR=68;WE=67741125;WS=67741107;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr18	67741309	rs1369293	G	A	749.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=15;PP=501;SC=CGCATTACAGGAAACCAATTC;SOR=1.981;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=4;TCR=15;TR=19;WE=67741317;WS=67741299;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr18	67742801	rs285228	G	A	1633.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=28;PP=825;SC=GGGAAAGAAGGAGGAGACACT;SOR=1.392;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=12;TCR=28;TR=40;WE=67742809;WS=67742791;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr18	67759549	rs4891394	C	A	922.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=22;PP=621;SC=ATGAAAACAACGTGAAAATGT;SOR=2.165;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=28;TCF=6;TCR=22;TR=28;WE=67759557;WS=67759539;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr18	67809632	rs78051412	CA	C	53.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.733;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=1.426;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.34;ReadPosRankSum=-1.005;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,12:0.30:40
chr18	67809647	rs11665653	A	C	1110.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;QD=27.77;SOR=1.352;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr18	67812773	rs11662011	G	A	800.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=4;PP=513;SC=ACAAACTGAAGAATGTCACAT;SOR=2.387;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=21;TCF=17;TCR=4;TR=21;WE=67812781;WS=67812763;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr18	67817744	rs12606964	T	C	326.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=2;PP=176;SC=GGTTTCTTTTTAGTTTCTCAC;SOR=1.445;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=6;TCR=2;TR=8;WE=67817752;WS=67817734;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr18	67818046	rs12604751	C	T	332.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=1;NR=6;PP=132;SC=CTTCTGTTTACAATCCCATTT;SOR=1.609;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=1;TCR=6;TR=7;WE=67818054;WS=67818036;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr18	67860412	rs35759421	CA	C	70.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.227;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=4.865;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.57;ReadPosRankSum=2.166;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,14:0.31:45
chr18	67860719	rs283250	T	C	525.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=6;NR=12;PP=320;SC=ATAAAATTATTCTTTAGTAGA;SOR=1.402;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=18;TCF=6;TCR=12;TR=18;WE=67860727;WS=67860709;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr18	67863850	rs74941514	T	TCTC	3607.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=8;NR=29;PP=1963;SC=ATGCTTTCCATCTCCAAAGGC;SOR=0.768;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=38;TCF=8;TCR=30;TR=37;WE=67863858;WS=67863840;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr18	67871343	rs3911730	A	C	4239.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=56;NR=32;PP=1555;SC=GTTTGGTATGAGGCAGAAGAT;SOR=1.017;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=89;TCF=57;TCR=32;TR=88;WE=67871351;WS=67871333;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,161:1.00:161
chr18	70209321	rs7237888	C	A	2181.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.63;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=17;NR=26;PP=766;SC=CGCAGCCGCCCGGCTCGCGCA;SOR=1.013;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=44;TCF=17;TCR=27;TR=43;WE=70209329;WS=70209311;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr18	70416367	rs35742923	C	CA	1802.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.106;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.981;HP=8;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=40;PP=1156;ReadPosRankSum=0.296;SC=ACTATTTGCACAAAAAAATAT;SOR=1.917;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=44;TCF=1;TCR=43;TR=41;WE=70416375;WS=70416357;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,73:0.97:75
chr18	70417396	rs922999	C	T	1733.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=32;NR=17;PP=987;SC=TTGCGAGTAGCTGTGTTTCAT;SOR=1.230;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=50;TCF=33;TCR=17;TR=49;WE=70417404;WS=70417386;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr18	70423192	rs7244244	T	C	2952.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.797;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=28;PP=1424;ReadPosRankSum=0.111;SC=TTAAAGACTGTCTGATTGATA;SOR=1.118;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=77;TCF=48;TCR=29;TR=75;WE=70423200;WS=70423182;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,110:0.98:112
chr18	70532185	rs71924600	TA	T	504.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.800;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=14;HapScore=3;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=16;PP=242;ReadPosRankSum=-0.734;SC=GCTTTTCTGTTAAAAAAAAAA;SOR=1.528;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=1;TCR=19;TR=16;WE=70532195;WS=70532175;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,32:0.94:34
chr18	70532840	rs10164255	T	G	1896.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=21;NR=22;PP=877;SC=CATCTCTGAATGAAGAGAGGG;SOR=0.750;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=43;TCF=21;TCR=22;TR=43;WE=70532848;WS=70532830;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr18	70532977	rs10163845	A	G	507.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=11;PP=315;SC=CAGACTGTGGAGGAGGAGAAT;SOR=1.863;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=3;TCR=11;TR=14;WE=70532985;WS=70532967;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
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chr18	71442077	rs11875403	G	T	275.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=39.40;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr18	71749359	rs12962744	G	A	5254.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=1.881;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=54;PP=1953;ReadPosRankSum=-0.083;SC=TTCAGTCGGCGACTTTATAAG;SOR=0.827;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=98;TCF=44;TCR=54;TR=98;WE=71749367;WS=71749349;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,205:0.98:209
chr18	71920966	rs1790871	T	C	3360.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=32;NR=50;PP=1603;SC=AAATCTTTGCTCCTTCTAACA;SOR=1.051;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=82;TCF=32;TCR=50;TR=82;WE=71920974;WS=71920956;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chr18	71922899	rs3831450	T	TG	1482.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=8;PP=827;SC=ACCCAGAAGGTGGGGGACGCA;SOR=1.562;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=22;TCF=14;TCR=8;TR=21;WE=71922907;WS=71922889;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr18	71927852	rs7238784	G	T	56.78	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.150;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=0.5032;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=0;PP=33;ReadPosRankSum=0.319;SC=AAATCTTTTAGATCAGAAGCA;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=4;TCR=0;TR=3;WE=71927860;WS=71927842;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,3:0.75:4
chr18	71930734	rs2032262	T	C	2699.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.23;SOR=1.211;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr18	71930834	rs144732931	C	CTG	661.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=12;PP=596;SC=CAACAGGAGACTAACTTGTCC;SOR=2.448;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=15;TCF=1;TCR=14;TR=13;WE=71930852;WS=71930824;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr18	71930844	rs2032264	C	G	581.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQ=60.83;NF=3;NR=10;PP=282;SC=CTAACTTGTCCATAAATGTGG;SOR=2.147;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=3;TCR=10;TR=13;WE=71930852;WS=71930824;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr18	72021717	rs12606060	T	C	1842.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=34;NR=18;PP=956;SC=AAATCAAAACTTAAGAAATCT;SOR=1.263;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=52;TCF=34;TCR=18;TR=52;WE=72021725;WS=72021707;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr18	72103782	rs2278154	T	C	996.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=18;NR=9;PP=509;SC=TTGGAGGAGTTGGCGAAGCTT;SOR=1.371;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=27;TCF=18;TCR=9;TR=27;WE=72103790;WS=72103772;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr18	72109428	rs1013727	G	A	1988.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=43;PP=1151;SC=CACAACTTCTGTTCACCTCGT;SOR=2.082;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=55;TCF=12;TCR=43;TR=55;WE=72109436;WS=72109418;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr18	72113730	rs3861310	A	G	1445.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=27;NR=14;PP=697;SC=CTGCAGAAGCAACAGTAGTTT;SOR=1.382;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=27;TCR=14;TR=41;WE=72113738;WS=72113720;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr18	72114455	rs8087020	C	T	5683.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=57;NR=82;PP=2545;SC=AACAGCAGCTCTCCCGCCACA;SOR=0.949;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=140;TCF=58;TCR=82;TR=139;WE=72114463;WS=72114445;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,217:1.00:217
chr18	72167124	rs3764509	C	G	1536.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=34;NR=13;PP=877;SC=CAGGTCGCCCCTCAGTCTCCA;SOR=1.773;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=34;TCR=13;TR=47;WE=72167132;WS=72167114;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr18	72168608	rs2303463	G	A	678.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=13;NR=3;PP=391;SC=CTGCGTGGCCGGAGAAGAGAG;SOR=1.445;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=16;TCF=13;TCR=3;TR=16;WE=72168616;WS=72168598;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr18	72173270	rs35061137	GC	G	1297.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=20;PP=859;SC=GCCTATGCGTGCCCAGAGGAA;SOR=2.093;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=0;TCR=20;TR=20;WE=72173286;WS=72173260;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr18	72173278	rs34780792	G	A	1186.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=4;NR=20;PP=609;SC=GTGCCCAGAGGAAAGGCACTG;SOR=2.753;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=4;TCR=20;TR=24;WE=72173286;WS=72173260;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr18	72176083	rs2278161	T	C	1898.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.63;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=12;NR=16;PP=611;SC=AGGCAAGCTGTATGGGAGAGG;SOR=0.840;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=29;TCF=12;TCR=17;TR=28;WE=72176091;WS=72176073;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr18	72178161	rs2278159	T	C	1742.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=19;NR=20;PP=594;SC=ATGTGGACTATGTCTGCATTT;SOR=0.781;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=39;TCF=19;TCR=20;TR=39;WE=72178169;WS=72178151;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr18	72178300	rs2278158	G	T	358.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=8;PP=225;SC=GAATCTCCCGGTTCTCCCAAA;SOR=2.147;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=9;WE=72178308;WS=72178290;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr18	72179579	rs734559	G	A	3175.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.178;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=36;PP=1713;ReadPosRankSum=0.117;SC=TTTGATTTGGGAAATTGTCAG;SOR=1.028;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=94;TCF=56;TCR=38;TR=90;WE=72179587;WS=72179569;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,122:0.97:126
chr18	72180739	rs2241510	G	A	1491.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.047;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=9;PP=960;ReadPosRankSum=-0.811;SC=GGAAAGAGCAGCTCGCCTTGG;SOR=1.146;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=43;TCF=34;TCR=9;TR=43;WE=72180747;WS=72180729;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,53:0.98:54
chr18	72183695	rs2241509	T	A	571.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=13;PP=336;SC=TTGGGTAATATAGGCTGTTAC;SOR=2.531;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=16;TCF=3;TCR=13;TR=16;WE=72183703;WS=72183685;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr18	72186059	rs733062	G	A	1942.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=40;NR=21;PP=1212;SC=GACCTTGAACGCGGGCTTGCT;SOR=1.451;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=61;TCF=40;TCR=21;TR=61;WE=72186067;WS=72186049;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr18	72226455	rs12605490	A	T	948.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=26;NR=3;PP=735;SC=CTTGATCAACAGAAAAGTACC;SOR=3.477;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=29;TCF=26;TCR=3;TR=29;WE=72226463;WS=72226445;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr18	72226504	rs12605520	C	T	1759.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=38;NR=14;PP=981;SC=TCGCTCCCCCCGCAGAGCAGA;SOR=1.758;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=52;TCF=38;TCR=14;TR=52;WE=72226512;WS=72226494;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr18	72226539	rs12607796	T	C	2769.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.41;SOR=0.956;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr18	72228124	rs4263028	A	G	4506.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=47;NR=56;PP=1968;SC=AATACCTCCCATCATCCTGGC;SOR=0.841;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=103;TCF=47;TCR=56;TR=103;WE=72228132;WS=72228114;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,172:1.00:172
chr18	72234337	rs4891562	A	C	318.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=3;PP=233;SC=CCATGATTCAATTACCTCCCC;SOR=1.445;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=8;TCR=3;TR=11;WE=72234345;WS=72234327;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr18	72234635	rs12960862	C	T	1712.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=15;NR=36;PP=1124;SC=CAATCACTTACGGAACCCGGG;SOR=1.812;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=51;TCF=15;TCR=36;TR=51;WE=72234643;WS=72234625;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr18	72238283	rs4892244	A	G	580.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=5;PP=330;SC=TGAGAAACACAGAAAGTGAAG;SOR=1.708;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=18;TCF=13;TCR=5;TR=18;WE=72238291;WS=72238273;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr18	72245660	rs141377822	A	AG	1862.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.739;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.536;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.275;NF=1;NR=25;PP=1112;ReadPosRankSum=-1.220;SC=CTACCATTGGAGTATCATTTT;SOR=1.345;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=30;TCF=2;TCR=28;TR=26;WE=72245668;WS=72245650;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,53:0.98:54
chr18	72264397	rs7505285	A	C	1714.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.13;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr18	72264406	rs7505289	A	G	1881.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.77;SOR=1.662;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr18	72264473	rs7505334	C	T	2688.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=43;NR=27;PP=1471;SC=TTTTTCTCATCATCTAAAGTA;SOR=1.090;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=71;TCF=43;TCR=28;TR=70;WE=72264481;WS=72264463;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr18	72342875	rs3794943	G	A	1065.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=21;NR=10;PP=618;SC=AGACTAATACGTGTGTCTTTA;SOR=1.552;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=31;TCF=21;TCR=10;TR=31;WE=72342883;WS=72342865;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr18	72343008	rs7243081	T	C	4854.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=70;NR=44;PP=2175;SC=CCGAAAATGATGAGGATGAAA;SOR=1.002;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=115;TCF=70;TCR=45;TR=114;WE=72343016;WS=72342998;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,183:1.00:183
chr18	72344223	rs3794941	T	C	3362.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.906;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=45;PP=1406;ReadPosRankSum=0.424;SC=GGCCAAGACCTGAGCGAAATA;SOR=0.806;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=84;TCF=38;TCR=46;TR=82;WE=72344231;WS=72344213;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,129:0.98:131
chr18	72345890	rs948615	A	C	6028.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=2.101;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=224;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.109;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=70;NR=69;PP=2965;ReadPosRankSum=1.217;SC=GAAGTTGAAAATGTATTTCAT;SOR=0.310;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=140;TCF=71;TCR=69;TR=139;WE=72345898;WS=72345880;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,222:1.00:223
chr18	72347482	rs12327359	T	C	2968.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=35;NR=48;PP=1682;SC=GAATTTATTTTTACATATTAA;SOR=1.028;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=83;TCF=35;TCR=48;TR=83;WE=72347490;WS=72347472;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr18	72493314	rs7228438	G	T	382.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=8;NR=2;PP=218;SC=TTATTCTTAAGTTCTCTTTGT;SOR=1.765;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=8;TCR=2;TR=10;WE=72493322;WS=72493304;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr18	72593118	rs2628126	C	T	890.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=9;NR=21;PP=636;SC=GCAGAGAGGACGGCAAGACAC;SOR=1.681;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=9;TCR=21;TR=30;WE=72593126;WS=72593108;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr18	72776121	rs3744913	G	A	4885.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=39;NR=57;PP=2099;SC=TCATCGTGACGGAGGAGCTGG;SOR=0.880;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=96;TCF=39;TCR=57;TR=96;WE=72776129;WS=72776111;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,184:1.00:184
chr18	72914280	rs7230037	G	A	1331.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=12;NR=17;PP=575;SC=TGTCAGATGCGTTAACACCAA;SOR=0.952;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=12;TCR=17;TR=29;WE=72914288;WS=72914270;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr18	73130653	rs3214645	G	GTT	584.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5497;FS=0.000;HP=9;HapScore=3;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;NF=15;NR=0;PP=164;SC=GAATGTTCTAGTTTTTTTTTA;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=18;TCR=1;TR=15;WE=73130661;WS=73130643;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr18	73139335	rs7235563	C	G	2490.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=37;NR=20;PP=1284;SC=TAGGACCATACCTGTGCAGTG;SOR=1.141;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=57;TCF=37;TCR=20;TR=57;WE=73139343;WS=73139325;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr18	74082584	rs9676093	G	A	1143.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=8;NR=28;PP=812;SC=ACAGATCAGCGTGTGAGCTTC;SOR=2.419;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=36;TCF=8;TCR=28;TR=36;WE=74082592;WS=74082574;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr18	74082655	rs690035	G	C	394.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=12;PP=318;SC=AAAGACACCAGCGCCTAGCCT;SOR=3.767;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=13;TCF=1;TCR=12;TR=13;WE=74082663;WS=74082645;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr18	74090957	rs56087742	CG	C	3022.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.61;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=35;PP=1239;SC=GAGTGTAGGACGGGGGGGCGC;SOR=0.985;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=51;TCF=11;TCR=40;TR=44;WE=74090965;WS=74090947;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr18	74092366	rs12970367	G	A	1211.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=30;PP=884;SC=TGTCTTCAGCGGGAGAAGCCA;SOR=2.670;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=36;TCF=6;TCR=30;TR=36;WE=74092374;WS=74092356;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr18	74208485	rs3841258	CG	C	1353.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.130;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=14;PP=678;ReadPosRankSum=1.512;SC=GGCGATCAGACGGGGGGGGGC;SOR=0.393;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=25;TCF=8;TCR=17;TR=22;WE=74208494;WS=74208475;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,51:0.94:54
chr18	74208573	rs4891164	G	A	133.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=9;NR=21;PP=705;SC=TCAGGCAGAAGGACAGGGACA;SOR=4.174;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=31;TCF=10;TCR=21;TR=30;WE=74208581;WS=74208563;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr18	74591992	rs5826483	G	GT	483.06	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.332;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.6003;FS=0.000;HP=14;HapScore=3;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.481;NF=10;NR=8;PP=207;ReadPosRankSum=0.118;SC=GGTATTGCCTGTTTTTTTTTT;SOR=0.512;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=23;TCF=14;TCR=9;TR=18;WE=74592000;WS=74591982;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,27:0.87:31
chr18	74611127	rs608433	A	G	5978.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=60;NR=80;PP=2702;SC=CAAGACGAATATTCCAGTCCC;SOR=0.919;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=140;TCF=60;TCR=80;TR=140;WE=74611135;WS=74611117;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,223:1.00:223
chr18	74648536	rs630229	G	T	1062.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=26;PP=719;SC=TTTATGAGATGTATTTTGACC;SOR=3.321;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=28;TCF=2;TCR=26;TR=28;WE=74648544;WS=74648526;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr18	74671768	rs470403	T	C	1892.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.105;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=27;PP=1015;ReadPosRankSum=-1.141;SC=GCCGCATACATACAGGTAACG;SOR=1.054;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=44;TCF=17;TCR=27;TR=44;WE=74671776;WS=74671758;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,69:0.97:71
chr18	74680114	rs17575711	T	C	1200.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=30;NR=8;PP=788;SC=TAAATAGGAATCATTTTGTGC;SOR=2.409;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=38;TCF=30;TCR=8;TR=38;WE=74680122;WS=74680104;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr18	74680208	rs73968242	C	T	2216.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=33;NR=31;PP=1201;SC=CGGAGCAGGACGGGGAGGAGC;SOR=0.766;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=64;TCF=33;TCR=31;TR=64;WE=74680216;WS=74680198;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr18	74680259	rs657066	C	T	3494.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.058;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=45;PP=1496;ReadPosRankSum=-1.391;SC=TGCAGGAGGCCGCCGGCGAGT;SOR=0.849;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=80;TCF=35;TCR=45;TR=80;WE=74680267;WS=74680249;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,136:0.97:140
chr18	74680369	rs470774	C	T	1896.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=15;NR=30;PP=774;SC=TTGGAATCTCCGTTTTAAAGC;SOR=1.209;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=45;TCF=15;TCR=30;TR=45;WE=74680377;WS=74680359;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr18	74702864	rs9676113	G	A	2154.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=30;NR=24;PP=994;SC=CTCAGTGTGCGGCTCTCCTGA;SOR=0.846;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=54;TCF=30;TCR=24;TR=54;WE=74702872;WS=74702854;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr18	74702999	rs9676140	C	G	1115.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=21;PP=656;SC=GGGCTGAATACAGGAAAATGC;SOR=1.127;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=34;TCF=13;TCR=21;TR=33;WE=74703007;WS=74702989;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr18	74722006	rs79416582	C	T	257.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=5;PP=100;SC=GAGGAGTGAGCGGGGGGTGGA;SOR=1.402;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=3;TCR=5;TR=8;WE=74722014;WS=74721996;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr18	74779614	rs4890887	C	A	459.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=13;NR=2;PP=370;SC=CCTGGTGCTACCCACCAGCAG;SOR=3.126;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=13;TCR=2;TR=15;WE=74779622;WS=74779604;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr18	74779866	rs4890888	G	A	1184.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=9;NR=23;PP=710;SC=ATGTACTGCAGGCTGTTTGTT;SOR=1.721;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=34;TCF=10;TCR=24;TR=32;WE=74779874;WS=74779856;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
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chr18	74962645	rs5374	T	C	4813.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.777;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=58;PP=2207;ReadPosRankSum=0.454;SC=TCGCGCTGGGTGTGCTGGGCA;SOR=0.771;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=125;TCF=66;TCR=59;TR=123;WE=74962653;WS=74962635;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,185:0.99:187
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chr18	76752544	rs186555722	GC	TT	1101.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.321;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;JOINED;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=39.35;ReadPosRankSum=-0.597;SOR=0.335;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,27:0.96:28
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chr18	77107934	rs9965202	C	T	2203.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=27;NR=27;PP=911;SC=AGGTACTAAGCCTTCTGTGCT;SOR=0.740;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=54;TCF=27;TCR=27;TR=54;WE=77107942;WS=77107924;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr18	77119676	rs3744829	T	A	806.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=22;PP=609;SC=GGGAAAAAAATTTCTCAAATG;SOR=3.258;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=25;TCF=3;TCR=22;TR=25;WE=77119684;WS=77119666;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr18	77135340	rs8097299	C	T	1813.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=0.641;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=23;PP=766;ReadPosRankSum=2.856;SC=CTTGAAATATCCTGGTATCTC;SOR=0.749;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=43;TCF=20;TCR=23;TR=43;WE=77135348;WS=77135330;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,72:0.97:74
chr18	77137202	rs1110784	A	G	3998.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=64;NR=41;PP=2162;SC=AGGGCCCAGGACTTCTTGGTC;SOR=1.073;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=105;TCF=64;TCR=41;TR=105;WE=77137210;WS=77137192;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,146:1.00:146
chr18	77156103	rs71359461	G	C	480.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=1;PP=257;SC=CTTTCCTCCGGGGCGCGCGGC;SOR=2.179;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=12;TCF=11;TCR=1;TR=12;WE=77156111;WS=77156093;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr18	77156449	rs58346397	G	C	331.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.47;SOR=1.863;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr18	77160235	rs56376587	A	C	315.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=35;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=12;NR=1;PP=320;SC=CCGGTTGTTTATGTAAACCCG;SOR=4.804;SbPval=0.96;Source=Platypus;TC=17;TCF=13;TCR=4;TR=13;WE=77160243;WS=77160228;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr18	77160256	.	G	GGGGGGC	308.75	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=0;PP=369;SC=GAAACGCCCCGGGGGGCGGGG;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=10;TCR=0;TR=9;WE=77160264;WS=77160246;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr18	77160367	.	C	CGCCCCG	2423.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.291;ClippingRankSum=0.000;DP=112;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=21.84;ReadPosRankSum=-0.499;SOR=0.961;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:4,107:0.96:111
chr18	77170006	rs182507	C	T	414.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.40;SOR=0.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr18	77171061	rs2230112	T	G	13973.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=-2.934;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=546;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=143;NR=145;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.822;SC=CCGCGTCCCCTTGCAACAAGA;SOR=0.112;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=290;TCF=143;TCR=147;TR=288;WE=77171069;WS=77171051;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,541:1.00:543
chr18	77210902	rs680802	C	T	2060.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=35;NR=17;PP=1011;SC=CAGGCCTTTACGCTCCCGCGT;SOR=1.194;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=52;TCF=35;TCR=17;TR=52;WE=77210910;WS=77210892;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr18	77246538	rs56191735	G	A	5024.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=72;NR=60;PP=2668;SC=GCAGCCGGCCGGAGAGGCCCC;SOR=0.892;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=133;TCF=73;TCR=60;TR=132;WE=77246546;WS=77246528;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,185:1.00:185
chr18	77402305	rs56014953	C	G	787.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=11;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=20;PP=562;SC=ACCCCCCCCCCCCGCCCGACG;SOR=2.147;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=26;TCF=6;TCR=20;TR=25;WE=77402313;WS=77402295;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr18	77420703	rs868678	C	G	2416.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=37;NR=29;PP=1118;SC=AGCTCCCTCCCGGGGTCTTTC;SOR=0.874;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=66;TCF=37;TCR=29;TR=66;WE=77420711;WS=77420693;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr18	77439532	rs3826573	T	C	1930.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=15;NR=32;PP=1021;SC=CCCGCCATGCTCTGTCCGCGG;SOR=1.276;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=47;TCF=15;TCR=32;TR=47;WE=77439540;WS=77439522;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr18	77439844	rs56006341	G	T	158.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=58.84;QD=22.69;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr18	77440128	rs17855830	T	G	169.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=21.22;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr18	77455871	rs558700	C	T	1950.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=42;NR=17;PP=1142;SC=AAGATAGCAGCGTGTGTCCGT;SOR=1.545;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=59;TCF=42;TCR=17;TR=59;WE=77455879;WS=77455861;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr18	77458037	rs2242174	T	C	3248.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.901;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=52;PP=1800;ReadPosRankSum=-0.700;SC=CCGCGGGTCCTAGAATTTTGA;SOR=1.078;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=84;TCF=32;TCR=52;TR=84;WE=77458045;WS=77458027;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,120:0.98:122
chr18	77513721	rs626169	T	C	5505.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=60;NR=92;PP=2410;SC=GCAACGAGGATGAGGGCAGCA;SOR=1.126;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=152;TCF=60;TCR=92;TR=152;WE=77513729;WS=77513711;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,213:1.00:213
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chr18	77694168	rs2277725	T	G	1314.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.888;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=5.035;HP=3;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=32;PP=889;ReadPosRankSum=0.646;SC=GATCACAAGATTTTGGTTTTT;SOR=1.670;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=44;TCF=12;TCR=32;TR=43;WE=77694176;WS=77694158;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,50:0.98:51
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chr19	282753	rs1138439	G	A	5246.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=60;NR=72;PP=2330;SC=CAGACTCACCGCCAAGAACAC;SOR=0.809;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=133;TCF=60;TCR=73;TR=132;WE=282761;WS=282743;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,199:1.00:199
chr19	287818	rs145238946	G	A	2148.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.513;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=47;PP=1468;ReadPosRankSum=1.657;SC=TCCTCCGCACGGGCCTCCCCA;SOR=0.909;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=65;TCF=17;TCR=48;TR=64;WE=287826;WS=287808;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,77:0.99:78
chr19	287970	.	G	GT	1113.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=7;NR=16;PP=931;SC=GGGTAAAGCTGGCCCCACCCC;SOR=2.468;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=24;TCF=7;TCR=17;TR=23;WE=287978;WS=287960;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr19	290947	rs8111051	C	A	326.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.961;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=3;PP=125;ReadPosRankSum=-0.446;SC=GCCCGCGTGACTCACCTCCCA;SOR=0.346;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=9;TCF=6;TCR=3;TR=8;WE=290955;WS=290937;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,14:0.93:15
chr19	312143	rs10416918	T	C	3039.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-4.379;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=16.411;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=-0.684;NF=54;NR=37;PP=1627;ReadPosRankSum=5.589;SC=CGGTCAGCAGTGCCCAGGGCG;SOR=0.692;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=93;TCF=54;TCR=39;TR=91;WE=312151;WS=312133;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:18,113:0.86:131
chr19	367313	rs585487	G	A	1330.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.029;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=24;PP=682;ReadPosRankSum=-1.099;SC=GAGCAACACTGAAAGACACAA;SOR=1.519;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=35;TCF=10;TCR=25;TR=33;WE=367321;WS=367303;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,50:0.96:52
chr19	371369	rs372771292	GGT	G	330.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.725;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FS=2.709;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.51;ReadPosRankSum=0.280;SOR=0.365;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,21:0.35:60
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chr19	372551	rs652081	A	G	3006.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.938;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=23;PP=1319;ReadPosRankSum=-0.793;SC=CCTTTCCCACACAGCATCCTG;SOR=0.451;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=73;TCF=50;TCR=23;TR=72;WE=372559;WS=372541;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,116:0.99:117
chr19	374016	rs2303815	G	A	4712.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.616;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=69;PP=2220;ReadPosRankSum=-1.323;SC=CCCTTCCTGCGAGGAGACAGG;SOR=0.897;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=122;TCF=52;TCR=70;TR=121;WE=374024;WS=374006;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,181:0.99:183
chr19	407900	rs10411998	A	G	3457.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=40;NR=41;PP=1538;SC=GGGGGCTCTCAGCCAGCATGG;SOR=0.724;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=82;TCF=40;TCR=42;TR=81;WE=407908;WS=407890;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chr19	418769	rs12981152	G	A	619.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=15;NR=6;PP=424;SC=TCTGGAATTCGACAGAGATGG;SOR=1.708;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=21;TCF=15;TCR=6;TR=21;WE=418777;WS=418759;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
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chr19	422555	rs2287957	G	A	444.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=3;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=12;PP=327;SC=GGAGTCCCTCGTGCACCCGTC;SOR=3.126;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=14;TCF=2;TCR=12;TR=14;WE=422563;WS=422524;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr19	460475	rs12980271	G	C	142.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=28.58;SOR=3.611;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr19	460668	rs189741717	C	G	239.81	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.344;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.99;ReadPosRankSum=-0.624;SOR=1.863;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,15:0.94:16
chr19	463810	rs60512152	GC	G	408.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=1;PP=263;SC=AGGCCCGCCAGCCCCCCGTTC;SOR=2.303;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=8;TCR=1;TR=9;WE=463818;WS=463800;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr19	464310	rs34551779	A	G	1210.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=16;NR=12;PP=520;SC=CCGATGGCGCACAGGGGGCAC;SOR=0.919;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=28;TCF=16;TCR=12;TR=28;WE=464318;WS=464300;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr19	498212	rs12461640	A	C	3861.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=39;NR=64;PP=1766;SC=GATTGCAGGCAGGGTCCCAGC;SOR=1.141;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=103;TCF=39;TCR=64;TR=103;WE=498220;WS=498202;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,148:1.00:148
chr19	504830	rs7246543	C	G	3193.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=45;NR=25;PP=1333;SC=CCTTGCCCACCTATCACCTCT;SOR=1.046;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=70;TCF=45;TCR=25;TR=70;WE=504838;WS=504820;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr19	505071	rs1140823	T	C	887.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=16;PP=453;SC=CATCCCTCTGTTCACAGAGAT;SOR=1.681;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=22;TCF=6;TCR=16;TR=22;WE=505079;WS=505061;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr19	507450	rs7246920	G	T	876.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=15;NR=10;PP=470;SC=GCCTTGGGGGGGCTCTAGCGC;SOR=1.022;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=15;TCR=10;TR=25;WE=507458;WS=507440;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr19	536088	.	C	T	1613	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;FR=0.5000;HP=2;HapScore=1;MGOF=31;MMLQ=24;MQ=59.35;NF=32;NR=6;PP=1613;QD=43.3624003302;SC=TTCCGGGACCCGAGGCGCTGG;SbPval=0.99;Source=Platypus;TC=57;TCF=36;TCR=21;TR=38;WE=536098;WS=536078;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:19,38:0.67:57
chr19	536088	.	C	CGGGGCGCTGGGAGCCTCACATCCTCGTCCTTCCGGGACCT	2232.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.25;QD=67.66;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr19	536090	.	A	G	484	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;FR=0.5000;HP=3;HapScore=1;MGOF=31;MMLQ=24;MQ=59.37;NF=4;NR=11;PP=484;QD=34.5847475031;SC=CCGGGACCCGAGGCGCTGGGA;SbPval=0.01;Source=Platypus;TC=58;TCF=37;TCR=21;TR=15;WE=536098;WS=536078;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:43,15:0.26:58
chr19	541685	rs7150	C	T	671.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=2;NR=23;PP=563;SC=CTTTTTCTCCCTCCCCATGTC;SOR=4.091;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=25;TCF=2;TCR=23;TR=25;WE=541693;WS=541675;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr19	544315	rs3760874	A	G	506.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=9;PP=292;SC=ACATCCCGGGACCGTGGGAGA;SOR=1.292;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=15;TCF=5;TCR=10;TR=14;WE=544323;WS=544305;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr19	547224	rs4919846	A	G	3022.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=37;NR=27;PP=1142;SC=GGACAGTCGCAGCAGGCAGCA;SOR=0.914;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=64;TCF=37;TCR=27;TR=64;WE=547232;WS=547214;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr19	547491	rs2070795	C	T	888.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=19;PP=581;SC=CCGACGGCGCCCATTCTCTGC;SOR=2.303;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=5;TCR=19;TR=24;WE=547499;WS=547481;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr19	548865	rs12972174	C	T	282.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.71;SOR=1.270;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr19	549595	rs1599883	T	C	2329.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=43;NR=21;PP=1270;SC=CCTCAGCAGGTGCAGAGGCTG;SOR=1.423;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=65;TCF=44;TCR=21;TR=64;WE=549603;WS=549585;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr19	549678	rs1599882	A	G	5672.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=69;NR=63;PP=2303;SC=GGTGTTGGCCAGAGTCCTGTC;SOR=0.767;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=132;TCF=69;TCR=63;TR=132;WE=549686;WS=549668;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,222:1.00:222
chr19	549776	.	C	T	3353.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.597;ClippingRankSum=0.000;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=50;PP=1481;ReadPosRankSum=-1.608;SC=GGAAGGTCACCGGCCGATCGG;SOR=1.125;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=78;TCF=26;TCR=52;TR=74;WE=549784;WS=549766;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,125:0.97:129
chr19	580710	rs1803535	G	A	7355.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-2.834;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=291;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=74;NR=79;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.865;SC=CGGCCATGCTGGTCTGCAAGT;SOR=0.721;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=155;TCF=75;TCR=80;TR=153;WE=580718;WS=580700;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,286:0.99:288
chr19	590172	rs113534512	G	A	71.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=17.76;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr19	603513	rs4919815	C	T	1451.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=29;NR=11;PP=839;SC=GGGGAGGCACCGGCCTGAGGT;SOR=1.755;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=41;TCF=29;TCR=12;TR=40;WE=603521;WS=603492;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr19	604022	rs10409268	A	G	473.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.85;QD=24.94;SOR=0.793;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr19	605255	rs12977789	C	T	281.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=6;PP=131;SC=GAGGGGGAGACGCAGGCTCCC;SOR=1.802;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=1;TCR=6;TR=7;WE=605263;WS=605245;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr19	641215	rs7246140	T	C	2741.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=28;NR=42;PP=1017;SC=CCCACCCTCCTGGGGCTCCCA;SOR=0.987;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=71;TCF=28;TCR=43;TR=70;WE=641223;WS=641205;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr19	643104	.	G	GGAGGGGACTCGTGGTCTGGGGCAGGGGGGGCTCCTCGTGTCTGTCGTGGTCAT	303.76	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,0:0:0
chr19	646900	rs7249518	A	G	2989.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=33;NR=34;PP=1269;SC=CGCGGGACACAGTGAAGAGTG;SOR=0.693;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=69;TCF=34;TCR=35;TR=67;WE=646908;WS=646890;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr19	647039	rs2074460	T	C	1143.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=20;PP=468;SC=CTCCGTTAGCTGTCTCCATCG;SOR=1.559;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=6;TCR=20;TR=26;WE=647047;WS=647029;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr19	648345	rs7254550	G	T	746.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=17;NR=5;PP=635;SC=CGGTCGGGGTGGGGGGGCGGG;SOR=2.303;SbPval=0.01;Source=Platypus;TC=38;TCF=17;TCR=21;TR=22;WE=648353;WS=648335;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr19	649110	rs2040736	G	C	157.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=3;PP=94;SC=GAGCCCGCCCGGGGTCGGAGA;SOR=0.693;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=6;TCF=3;TCR=3;TR=6;WE=649118;WS=649100;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr19	652206	rs8102953	G	A	901.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=16;NR=8;PP=408;SC=TGACACGATCGGGAAGCACGA;SOR=0.749;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=24;TCF=16;TCR=8;TR=24;WE=652214;WS=652196;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr19	652238	rs11554788	A	G	1523.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=22;NR=18;PP=760;SC=CTCACCTCCAACGGTGGCCGG;SOR=0.725;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=41;TCF=23;TCR=18;TR=40;WE=652246;WS=652228;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr19	652739	rs12973146	C	G	3608.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=73;NR=30;PP=2197;SC=CCACACTCGGCGGGGCGGACG;SOR=1.591;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=105;TCF=74;TCR=31;TR=103;WE=652747;WS=652729;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr19	652948	rs10153505	T	G	4383.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=46;NR=78;PP=2316;SC=CCCCCCCAAGTGTGAGGACAG;SOR=1.151;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=124;TCF=46;TCR=78;TR=124;WE=652956;WS=652938;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,166:1.00:166
chr19	687142	rs8102982	G	A	4215.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=40;NR=63;PP=2124;SC=TCTCCCTGGCGGCCTCAGCAG;SOR=0.994;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=103;TCF=40;TCR=63;TR=103;WE=687150;WS=687132;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,157:1.00:157
chr19	727262	rs117394995	A	G	1083.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.902;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.70;ReadPosRankSum=0.483;SOR=1.362;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,53:0.96:55
chr19	727448	rs79721592	C	A	9731.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=2.420;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=387;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=142;NR=95;PP=2965;ReadPosRankSum=0.545;SC=ATAACCCTGACCCCAACCTTG;SOR=1.000;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=242;TCF=145;TCR=97;TR=237;WE=727456;WS=727438;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:6,377:0.98:383
chr19	727544	rs3746168	C	G	18332.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.173;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=440;ExcessHet=3.0103;FS=3.473;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=42.34;ReadPosRankSum=-1.622;SOR=0.728;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:5,428:0.99:433
chr19	727550	rs3746169	T	C	18180.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.207;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=418;ExcessHet=3.0103;FS=3.571;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=44.24;ReadPosRankSum=-1.364;SOR=0.803;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:5,406:0.99:411
chr19	727552	rs3746170	C	T	17948.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.122;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=416;ExcessHet=3.0103;FS=3.600;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=43.88;ReadPosRankSum=-1.425;SOR=0.820;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:5,404:0.99:409
chr19	740560	rs10419493	T	C	1588.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=38;PP=874;SC=CGTGTGGGTCTGGCGTCTGCC;SOR=2.119;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=48;TCF=10;TCR=38;TR=48;WE=740568;WS=740550;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr19	746206	rs2384776	C	T	1250.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=27;NR=11;PP=749;SC=GCCAAGGTTTCCCTCCTGCCT;SOR=1.828;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=38;TCF=27;TCR=11;TR=38;WE=746214;WS=746196;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
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chr19	756985	rs8110536	T	G	4169.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=51;NR=44;PP=1688;SC=TGGGCATCCCTCAGGCACACC;SOR=0.756;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=95;TCF=51;TCR=44;TR=95;WE=756993;WS=756975;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,161:1.00:161
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chr19	840984	rs2074639	C	T	2463.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=35;NR=28;PP=1045;SC=AGGAGCTTGACCGTGGGTGCA;SOR=0.778;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=64;TCF=35;TCR=29;TR=63;WE=840992;WS=840974;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr19	844020	rs351111	G	A	4103.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=40;NR=54;PP=1692;SC=ACTGAACGACGTTCTCCTCAT;SOR=0.931;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=94;TCF=40;TCR=54;TR=94;WE=844028;WS=844010;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,157:1.00:157
chr19	844077	rs351112	A	C	2657.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=27;NR=38;PP=1005;SC=GCACGGCCAGAGGGCTCCGGG;SOR=1.022;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=65;TCF=27;TCR=38;TR=65;WE=844085;WS=844067;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr19	844147	rs150219073	G	C	661.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=33;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=15;PP=408;SC=CCACGACCGAGGCCGCTGCAG;SOR=1.609;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=22;TCF=6;TCR=16;TR=21;WE=844155;WS=844137;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr19	855966	rs17216649	C	A	2682.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=61;NR=18;PP=1681;SC=AGGGGGACTCCGGCAGCCCCT;SOR=2.030;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=81;TCF=61;TCR=20;TR=79;WE=855974;WS=855956;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr19	859831	rs8107095	T	G	2532.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=30;NR=27;PP=974;SC=CTCCAGCCCCTCCAGGTGGGC;SOR=0.753;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=57;TCF=30;TCR=27;TR=57;WE=859839;WS=859821;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr19	860852	rs1629038	G	C	3828.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.950;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=28;PP=1639;ReadPosRankSum=1.376;SC=GACTCCGTCCGGTCCCCAGGG;SOR=1.345;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=92;TCF=63;TCR=29;TR=90;WE=860860;WS=860842;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,143:0.99:145
chr19	861102	rs1626564	C	A	1809.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=42;PP=1161;SC=CCAGCCTCGACCTCTCCTGCT;SOR=2.658;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=54;TCF=11;TCR=43;TR=53;WE=861110;WS=861092;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr19	861593	rs1683563	C	G	629.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=1;PP=255;SC=GACCCACGCCCCTGCCCTGAT;SOR=1.136;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=11;TCF=10;TCR=1;TR=11;WE=861601;WS=861592;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr19	863388	rs1135146	C	G	2467.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQ=60.12;NF=18;NR=51;PP=1460;SC=CTCAGGAGTTCGAGATCAGCA;SOR=1.749;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=69;TCF=18;TCR=51;TR=69;WE=863396;WS=863378;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr19	871033	rs72984029	G	A	579.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=13;NR=3;PP=328;SC=AGGGACACACGCACCTGGCGA;SOR=2.200;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=16;TCF=13;TCR=3;TR=16;WE=871041;WS=871023;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr19	871222	rs8100258	G	A	2288.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=24;NR=24;PP=841;SC=CCAGCGCCTCGTCCGGCTCGC;SOR=0.738;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=48;TCF=24;TCR=24;TR=48;WE=871230;WS=871212;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr19	871447	rs1683570	A	G	1136.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=21;NR=12;PP=698;SC=GTGACCCCAGAGTTCTCTCCC;SOR=1.236;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=21;TCR=12;TR=33;WE=871455;WS=871437;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr19	872089	rs72984031	A	G	5519.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=59;NR=73;PP=2591;SC=CGTCCCGCAGAAAGCTGTGGC;SOR=0.866;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=132;TCF=59;TCR=73;TR=132;WE=872097;WS=872079;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,211:1.00:211
chr19	885818	rs1060442	A	G	5203.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.400;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=87;NR=56;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.642;SC=TGATGGCGGGAAACTTGTCCT;SOR=1.069;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=148;TCF=90;TCR=58;TR=143;WE=885826;WS=885808;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,191:0.98:195
chr19	920170	rs350131	G	T	862.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=18;PP=557;SC=GGTGGGAGGCGCCGGTGGGGG;SOR=1.329;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=27;TCF=9;TCR=18;TR=27;WE=920178;WS=920160;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr19	920642	rs350132	T	A	2364.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=16;NR=54;PP=1660;SC=GCGGAGCTGCTCCGCCTGGGG;SOR=2.484;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=71;TCF=17;TCR=54;TR=70;WE=920650;WS=920632;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr19	929678	rs3826948	G	A	1347.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=16;NR=14;PP=598;SC=GAGAGCCCGAGAGTGCCCGGA;SOR=0.773;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=30;TCF=16;TCR=14;TR=30;WE=929686;WS=929668;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr19	929753	rs1799595	A	G	1286.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=19;NR=18;PP=618;SC=TGGGACACCCAGCCAGCCCCG;SOR=0.732;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=19;TCR=18;TR=37;WE=929761;WS=929743;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr19	960187	rs1637993	G	C	4714.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.840;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=75;PP=2557;ReadPosRankSum=-0.438;SC=CCCCCACCCCGCTGGAGGGAG;SOR=0.950;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=133;TCF=57;TCR=76;TR=131;WE=960195;WS=960176;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,190:0.98:194
chr19	960266	rs1683584	C	T	1284.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=33;PP=912;SC=GTGAGCACCCCGTGGCTGGAG;SOR=3.767;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=37;TCF=4;TCR=33;TR=37;WE=960274;WS=960256;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr19	964434	rs2240615	G	A	2167.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=23;NR=35;PP=1159;SC=CGGACCCAGTGAGTGGCGGAC;SOR=0.902;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=58;TCF=23;TCR=35;TR=58;WE=964442;WS=964424;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr19	965043	rs12608658	T	C	4272.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.61;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=27;NR=47;PP=1368;SC=CAAGCACCAATGGCAGCTCCA;SOR=1.035;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=74;TCF=27;TCR=47;TR=74;WE=965051;WS=965033;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,167:1.00:167
chr19	966458	rs71335324	CA	C	219.70	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.325;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=7.129;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.55;ReadPosRankSum=1.433;SOR=2.948;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,19:0.83:23
chr19	966693	rs6510986	C	T	3509.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=40;NR=42;PP=1583;SC=CAGCTGTGGCCGCACAGGCAG;SOR=0.709;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=82;TCF=40;TCR=42;TR=82;WE=966701;WS=966683;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,129:1.00:129
chr19	968318	rs8105235	C	T	1070.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=31;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=18;NR=8;PP=512;SC=GAGATCGCGCCACTGCACTCC;SOR=1.371;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=26;TCF=18;TCR=8;TR=26;WE=968326;WS=968308;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr19	968345	rs7251219	CA	TG	2626.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=3;JOINED;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=22;NR=11;PP=1140;SC=GGCAACAGAGCAAGACTCTGT;SOR=1.179;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=38;TCF=24;TCR=14;TR=33;WE=968367;WS=968335;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr19	968358	rs372046352	CA	C	105.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.148;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.87;MQRankSum=-0.836;QD=1.32;ReadPosRankSum=1.306;SOR=0.760;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:61,19:0.24:80
chr19	971933	rs1051504	A	G	3969.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.997;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=6.440;HP=4;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=41;PP=1640;ReadPosRankSum=-0.064;SC=CCAACAAAGGAGGCGGCGGCG;SOR=0.333;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=86;TCF=42;TCR=44;TR=83;WE=971941;WS=971919;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,94:0.98:96
chr19	971949	rs1051505	G	A	4394.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.463;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.203;HP=1;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=36;PP=1440;ReadPosRankSum=-0.151;SC=CGGCGGCGGCGGCAGCAGCAG;SOR=0.399;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=79;TCF=42;TCR=37;TR=77;WE=971957;WS=971939;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,105:0.99:106
chr19	990281	rs2158367	G	A	7795.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=309;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=84;NR=81;PP=2849;SC=GTCTCACCACGCGCTCCCCAT;SOR=0.706;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=165;TCF=84;TCR=81;TR=165;WE=990289;WS=990271;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,302:1.00:302
chr19	991196	rs60416441	CGTCCCAG	CCCCAG,C	6547.73	.	AC=2,0;AF=1.00,0.00;ALERT;AN=2;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=13;NR=51;PP=2957;SC=CTGTCTGGCACGTCCCAGGTG;SOR=0.883;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=70;TCF=16;TCR=54;TR=64;WE=991212;WS=991186;set=Intersection	GT:AF:DP	1/1:1.00:147
chr19	991199	rs201372013	CCCAGG	C	6548.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.55;SOR=0.883;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,147:1.00:147
chr19	991204	.	G	C	2074	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;FR=1.0000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MMLQ=28;MQ=60.0;NF=45;NR=51;PP=2074;QD=21.9663667974;SC=CACGTCCCAGGTGACCCCTGT;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=104;TCF=45;TCR=59;TR=96;WE=991212;WS=991186;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:8,96:0.92:104
chr19	991892	rs71335285	T	C	1014.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=30;NR=2;PP=762;SC=GGGGCGGAACTTGGCTTGCTG;SOR=4.921;SbPval=0.97;Source=Platypus;TC=36;TCF=30;TCR=6;TR=32;WE=991900;WS=991882;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr19	991968	rs1127043	T	C	3677.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=51;NR=30;PP=1472;SC=CAGTCACCAATGCCGCCATCC;SOR=1.204;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=81;TCF=51;TCR=30;TR=81;WE=991976;WS=991958;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,137:1.00:137
chr19	1000799	rs2301813	G	C	338.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=9;PP=179;SC=TCCTGGCGGCGGCCACCGAGA;SOR=1.765;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=12;TCF=3;TCR=9;TR=12;WE=1000807;WS=1000789;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr19	1003162	rs113181909	C	T	1599.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=24;NR=10;PP=716;SC=CTGGGCCAGCCCCCTGGAGAC;SOR=1.342;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=35;TCF=24;TCR=11;TR=34;WE=1003170;WS=1003152;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr19	1003657	rs61744452	G	A	1379.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.312;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.254;HP=8;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=19;PP=785;ReadPosRankSum=1.718;SC=CCTCCTCCCCGCCCCGGTCAA;SOR=0.458;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=43;TCF=23;TCR=20;TR=42;WE=1003665;WS=1003647;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,54:0.98:55
chr19	1003808	rs2240155	A	G	1618.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=27;PP=746;SC=ACGTGAGGCCAGACGCGGTGG;SOR=1.234;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=42;TCF=15;TCR=27;TR=42;WE=1003816;WS=1003798;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr19	1003857	rs4806904	G	A	1163.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.10;SOR=1.302;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr19	1003860	rs2240156	C	T	1138.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.80;SOR=1.445;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr19	1004710	rs4807399	C	T	7189.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-2.151;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=276;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=93;NR=90;PP=2965;ReadPosRankSum=0.668;SC=TGCCTCTGCACGGCCCCCGCC;SOR=0.232;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=185;TCF=94;TCR=91;TR=183;WE=1004732;WS=1004700;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,273:1.00:274
chr19	1004724	rs11880849	A	G	7993.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.648;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=315;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=95;NR=98;PP=2965;ReadPosRankSum=1.589;SC=CCCCGCCCCCACAGGGTGCCC;SOR=0.700;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=197;TCF=97;TCR=100;TR=193;WE=1004732;WS=1004700;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,311:0.99:313
chr19	1004740	rs2240157	T	C	8885.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.933;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=348;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=43;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=97;NR=106;PP=2965;ReadPosRankSum=1.231;SC=TGCCCAGGTCTGGCCCAAGCT;SOR=0.723;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=207;TCF=98;TCR=109;TR=203;WE=1004748;WS=1004730;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,343:0.99:345
chr19	1004823	rs4806908	G	A	9894.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.100;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=373;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=33;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=133;NR=113;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.260;SC=AGTGCCCAGCGGGGCAGCTGT;SOR=0.436;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=252;TCF=136;TCR=116;TR=246;WE=1004831;WS=1004813;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,367:0.99:370
chr19	1004844	rs4806909	T	C	9065.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.320;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=354;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=31;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=135;NR=116;PP=2965;ReadPosRankSum=0.329;SC=GCCTGGACCCTGGCACCAACG;SOR=0.428;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=255;TCF=137;TCR=118;TR=251;WE=1004852;WS=1004834;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,348:0.99:351
chr19	1005230	rs2240158	C	T	9137.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.967;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=348;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=134;NR=126;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.851;SC=CACTGGTCCACGTGGCTGGGC;SOR=0.754;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=262;TCF=135;TCR=127;TR=260;WE=1005238;WS=1005220;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,338:0.99:340
chr19	1005531	rs12973948	G	C	4160.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.966;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=67;PP=2312;ReadPosRankSum=-1.232;SC=TCGAGGAGCTGTCGGGGATCC;SOR=1.314;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=102;TCF=34;TCR=68;TR=100;WE=1005539;WS=1005521;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,149:0.99:151
chr19	1005598	rs11671828	T	C	1439.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-1.901;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=32;PP=712;ReadPosRankSum=0.926;SC=GGGCTAGCGGTGGCCCCGGGC;SOR=0.746;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=46;TCF=13;TCR=33;TR=45;WE=1005606;WS=1005588;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,57:0.98:58
chr19	1008358	rs10403909	A	G	358.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=8;NR=24;PP=876;SC=CCTTGTCTGAAGTGACCAACC;SOR=1.765;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=8;TCR=24;TR=32;WE=1008366;WS=1008348;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr19	1009185	rs142853420	GAGC	G	40.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.030;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.20;ReadPosRankSum=2.009;SOR=0.576;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,4:0.12:34
chr19	1009365	rs10417824	T	A	399.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=6;PP=224;SC=GCTGTGCTCCTACGGCCGCCC;SOR=0.693;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=11;TCF=5;TCR=6;TR=11;WE=1009373;WS=1009355;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr19	1009485	rs10401245	C	G	283.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=4;PP=182;SC=GCGGCGCGGCCAGCTCCTGGC;SOR=1.270;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=10;TCF=6;TCR=4;TR=10;WE=1009493;WS=1009475;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr19	1010396	rs77868901	G	C	682.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=16;NR=3;PP=457;SC=ATGGAGGCCGGGCTAGGCCCG;SOR=2.400;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=19;TCF=16;TCR=3;TR=19;WE=1010404;WS=1010386;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
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chr19	1010903	rs11665815	G	A	774.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.466;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=11;PP=427;ReadPosRankSum=-0.831;SC=TGCTGCGGGAGGGAGAGTGGG;SOR=0.941;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=14;TCR=11;TR=25;WE=1010911;WS=1010893;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,34:0.94:36
chr19	1011823	rs2240161	A	G	7601.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.956;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=281;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=124;NR=67;PP=2965;ReadPosRankSum=1.032;SC=AGGAAGCGCTATGAGGGGCTG;SOR=0.413;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=193;TCF=125;TCR=68;TR=191;WE=1011831;WS=1011813;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,275:1.00:276
chr19	1012379	rs2240162	C	G	1338.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.63;SOR=2.019;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr19	1012379	.	CGT	GGC	938	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;FR=1.0000;HP=5;HapScore=1;MGOF=10;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=16;NR=3;PP=938;QD=52.1825197296;SC=CACAGCCCCCCGTCCCGCACC;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=22;TCF=18;TCR=4;TR=19;WE=1012389;WS=1012369;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:3,19:0.86:22
chr19	1012381	rs2240163	T	C	1338.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.63;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr19	1012440	rs11672715	A	C	2267.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=35;NR=19;PP=1099;SC=GGAGCTCCCCAAGCCCAGCAG;SOR=1.179;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=54;TCF=35;TCR=19;TR=54;WE=1012448;WS=1012430;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr19	1012611	rs970100	A	C	3670.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=26;NR=48;PP=1487;SC=GCGCCCCCACACACGTCCCCC;SOR=1.195;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=74;TCF=26;TCR=48;TR=74;WE=1012619;WS=1012601;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,139:1.00:139
chr19	1013148	rs3815170	G	A	2566.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.889;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=20;PP=1344;ReadPosRankSum=1.083;SC=CAGCCAGCAGGCTGGGGATGT;SOR=1.469;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=71;TCF=50;TCR=21;TR=69;WE=1013156;WS=1013138;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,97:0.98:99
chr19	1013347	rs112496473	C	A	3542.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.675;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=60;PP=1771;ReadPosRankSum=-1.283;SC=AAACTGTGGGCGACCAGGGAC;SOR=0.627;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=87;TCF=25;TCR=62;TR=84;WE=1013355;WS=1013337;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,127:0.99:128
chr19	1013373	rs111354196	G	A	2591.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.923;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=49;PP=1311;ReadPosRankSum=-1.241;SC=TGTCAGCAGCGCCAGCCCGGG;SOR=0.810;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=64;TCF=14;TCR=50;TR=63;WE=1013381;WS=1013363;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,95:0.99:96
chr19	1014377	rs1058506	A	G	2749.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=32;NR=38;PP=1431;SC=GGATGCCCTCACGCGGCCACT;SOR=0.815;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=70;TCF=32;TCR=38;TR=70;WE=1014385;WS=1014367;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr19	1014398	rs7146	A	G	2856.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=32;NR=35;PP=1322;SC=TGTCACGCACATGCTCCAGGC;SOR=0.749;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=67;TCF=32;TCR=35;TR=67;WE=1014406;WS=1014388;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr19	1014537	rs67806247	ACGTGATGGGG	A	673.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=0;NR=14;PP=2983;SC=CCAAGGGCCTACGTGATGGGG;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=0;TCR=17;TR=14;WE=1014554;WS=1014527;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr19	1020673	rs1005504	C	G	713.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=18;NR=4;PP=525;SC=GTGGCGCTCGCTGTCCCCAGC;SOR=2.925;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=22;TCF=18;TCR=4;TR=22;WE=1020681;WS=1020663;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr19	1026844	rs147767045	C	G	1356.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=22;PP=660;SC=CCGGGGCGGACGGGCCCTTGT;SOR=1.426;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=12;TCR=22;TR=34;WE=1026852;WS=1026834;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr19	1031212	rs7247087	A	G	2703.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=22;NR=30;PP=1076;SC=GCAGGGACACAGGCTGTCTCA;SOR=0.896;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=52;TCF=22;TCR=30;TR=52;WE=1031220;WS=1031202;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr19	1031338	.	G	GGGGGGGA	129	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;FR=1.0000;HP=1;HapScore=4;MGOF=12;MMLQ=28;MQ=53.91;NF=1;NR=0;PP=129;QD=156.0;SC=CGAGGGTGGTGGCGGGGGGCG;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=2;TCR=1;TR=1;WE=1031348;WS=1031328;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:2,1:0.33:3
chr19	1031340	rs12978059	C	G	121.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.38;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr19	1032369	rs10401325	C	T	1672.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.66;BaseQRankSum=0.494;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=14;PP=447;ReadPosRankSum=-1.037;SC=CTGTTTCCCCCGCCCCATGTT;SOR=0.814;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=32;TCF=18;TCR=14;TR=32;WE=1032377;WS=1032359;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,68:0.97:70
chr19	1032871	rs4630683	A	G	89.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=22.26;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr19	1036018	rs930232	G	A	1430.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=24;NR=18;PP=726;SC=GGCTCTGCGCGGCAGGCAGAG;SOR=0.841;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=42;TCF=24;TCR=18;TR=42;WE=1036026;WS=1036008;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr19	1036552	rs2304262	T	C	15775.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=-0.109;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=598;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=-0.084;NF=213;NR=158;PP=2965;ReadPosRankSum=1.286;SC=CGAACAAGTGTGCCAGCCAGG;SOR=0.514;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=372;TCF=214;TCR=158;TR=371;WE=1036560;WS=1036542;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,589:0.99:592
chr19	1037670	rs199840457	A	G	190.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.049;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.22;MQRankSum=-1.884;QD=11.22;ReadPosRankSum=0.151;SOR=0.551;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,6:0.35:17
chr19	1037679	rs200505828	C	T	238.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.586;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=2.115;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.70;MQRankSum=-1.863;QD=14.92;ReadPosRankSum=-0.103;SOR=0.636;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,7:0.44:16
chr19	1037681	rs200699249	G	A	238.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.322;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=2.115;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.70;MQRankSum=-1.863;QD=14.92;ReadPosRankSum=0.102;SOR=0.636;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,7:0.44:16
chr19	1037715	rs200177867	T	C	268.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.384;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=4.123;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.36;MQRankSum=-2.260;QD=12.80;ReadPosRankSum=1.743;SOR=0.991;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,8:0.38:21
chr19	1037716	rs201532581	G	A	268.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.538;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=4.123;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.36;MQRankSum=-2.260;QD=12.80;ReadPosRankSum=1.778;SOR=0.991;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,8:0.38:21
chr19	1037718	rs199741851	G	T	268.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.412;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=4.123;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.36;MQRankSum=-2.260;QD=12.80;ReadPosRankSum=1.561;SOR=0.991;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,8:0.38:21
chr19	1037731	rs75808449	C	T	131.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.450;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=1.808;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.63;MQRankSum=-2.344;QD=5.99;ReadPosRankSum=0.992;SOR=1.049;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,8:0.36:22
chr19	1037749	rs77454210	G	A	247.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.537;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=6.365;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.89;MQRankSum=-2.793;QD=8.85;ReadPosRankSum=1.834;SOR=0.946;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,8:0.29:28
chr19	1037756	rs77830704	G	A	247.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.327;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=6.852;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.71;MQRankSum=-2.724;QD=9.18;ReadPosRankSum=0.905;SOR=0.916;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,8:0.30:27
chr19	1037766	rs78386506	G	A	241.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.085;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=6.163;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.22;MQRankSum=-2.927;QD=8.06;ReadPosRankSum=0.258;SOR=0.959;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,8:0.27:30
chr19	1037781	rs75676484	C	A	184.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.175;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=3.873;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.51;MQRankSum=-2.767;QD=5.43;ReadPosRankSum=-0.043;SOR=0.661;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,7:0.21:34
chr19	1037791	rs75577125	C	T	184.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.180;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=3.873;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.51;MQRankSum=-2.767;QD=5.43;ReadPosRankSum=-1.216;SOR=0.661;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,7:0.21:34
chr19	1037801	rs78797154	A	C	136.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.089;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=8.174;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.50;MQRankSum=-3.338;QD=4.14;ReadPosRankSum=-1.081;SOR=1.901;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,5:0.15:33
chr19	1037807	rs78288829	G	A	103.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.087;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=7.647;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.78;MQRankSum=-3.215;QD=3.35;ReadPosRankSum=-1.801;SOR=1.919;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,5:0.16:31
chr19	1037810	rs80117328	G	C	103.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.944;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=5.238;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.77;MQRankSum=-3.526;QD=3.58;ReadPosRankSum=-1.647;SOR=1.498;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,4:0.14:29
chr19	1037812	rs79770201	T	C	64.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.459;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=5.238;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.77;MQRankSum=-3.526;QD=2.23;ReadPosRankSum=-1.711;SOR=1.498;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,4:0.14:29
chr19	1037932	rs3848639	G	C	239.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.98;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr19	1049012	rs4147912	A	C	821.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=12;PP=350;SC=AGGGTGAGGCACTACGAGGCT;SOR=1.536;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=3;TCR=12;TR=15;WE=1049020;WS=1049002;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr19	1049490	.	C	CT	1060.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BRF=0.44;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=29;PP=612;SC=ACCCCGTGAGCCCCCCCACCA;SOR=6.518;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=30;TCF=0;TCR=30;TR=29;WE=1049499;WS=1049480;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr19	1049491	.	C	G	1069.77	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BRF=0.44;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=25;PP=755;SC=CCCCGTGAGCCCCCCCACCAC;SOR=6.358;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=27;TCF=0;TCR=27;TR=25;WE=1049499;WS=1049480;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr19	1050781	.	A	AAATAATAAT	1220	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;FR=1.0000;HP=4;HapScore=1;MGOF=12;MMLQ=20;MQ=61.19;NF=4;NR=1;PP=1220;QD=245.0;SC=TCCGTCTCAAAAATAATAATA;SbPval=0.93;Source=Platypus;TC=7;TCF=4;TCR=3;TR=5;WE=1050789;WS=1050771;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:2,5:0.71:7
chr19	1050874	rs12151021	A	G	2273.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=42;NR=14;PP=1145;SC=TGTAACTGCCAGTGCACTCTG;SOR=1.754;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=56;TCF=42;TCR=14;TR=56;WE=1050882;WS=1050864;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr19	1051751	rs3764651	A	G	218.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=4;PP=162;SC=AGAGTTGGGGATAGACAGAGG;SOR=0.693;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=4;TCR=4;TR=8;WE=1051759;WS=1051741;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr19	1052005	rs3764652	C	T	2934.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=47;NR=30;PP=1567;SC=ACCGTGTGGCCGTGGTGGCAG;SOR=1.049;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=77;TCF=47;TCR=30;TR=77;WE=1052013;WS=1051995;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr19	1053299	rs3829687	C	T	146.10	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.534;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5341;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=3;PP=109;ReadPosRankSum=-0.489;SC=TGAGCCGGGGCTCCCTGAAGC;SOR=0.330;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=8;TCF=5;TCR=3;TR=7;WE=1053307;WS=1053289;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,7:0.88:8
chr19	1053524	rs3752241	C	G	2439.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.490;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=31;PP=1052;ReadPosRankSum=-0.518;SC=ACACCAGCCTCGAGGAGGTGT;SOR=0.259;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=62;TCF=29;TCR=33;TR=60;WE=1053532;WS=1053514;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,94:0.99:95
chr19	1053575	rs9282559	T	G	2353.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.716;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=31;PP=1296;ReadPosRankSum=1.930;SC=GAGGAGGGCTTCCTGGAGGAG;SOR=0.242;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=63;TCF=31;TCR=32;TR=62;WE=1053583;WS=1053565;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,86:0.99:87
chr19	1053677	rs3752242	G	A	1663.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.83;SOR=1.536;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr19	1054060	rs3752243	A	G	8967.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=1.313;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=337;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=99;NR=109;PP=2965;ReadPosRankSum=-2.110;SC=ACGTAACCCTACGGCTCAAGA;SOR=0.776;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=213;TCF=101;TCR=112;TR=208;WE=1054068;WS=1054050;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,325:0.99:329
chr19	1055191	rs3745842	G	A	3874.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-1.519;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.128;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=48;PP=1754;ReadPosRankSum=-0.493;SC=CAGTGTAGCCGGCCCGGTGCC;SOR=0.331;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=95;TCF=47;TCR=48;TR=93;WE=1055199;WS=1055181;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,149:0.99:150
chr19	1056018	rs3833881	GC	G	3973.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=22;NR=46;PP=1880;SC=AGCTCTCCCGGCCCCCCCGGC;SOR=0.820;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=73;TCF=25;TCR=48;TR=68;WE=1056026;WS=1056008;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr19	1056065	rs881768	A	G	3609.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=44;NR=40;PP=1667;SC=GGCCCCACAGATACGGAGGCT;SOR=0.708;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=84;TCF=44;TCR=40;TR=84;WE=1056073;WS=1056055;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,137:1.00:137
chr19	1056492	rs3752246	G	C	8258.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.159;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=307;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=69;NR=125;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.887;SC=CTGTCTGAGGGTGCACTGTGA;SOR=0.416;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=195;TCF=69;TCR=126;TR=194;WE=1056500;WS=1056482;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,305:1.00:306
chr19	1059004	rs2279796	A	G	2618.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=22;NR=42;PP=1210;SC=CCTTTCTGAAAGACCTGCACT;SOR=1.202;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=64;TCF=22;TCR=42;TR=64;WE=1059012;WS=1058994;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr19	1061698	rs11420923	C	CA	159.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.203;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.39;ReadPosRankSum=-0.193;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,12:0.48:25
chr19	1064193	rs4147930	G	A	1092.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.64;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=7;PP=367;SC=GCTCGCGCCTGGCCATCATGG;SOR=0.892;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=11;TCR=7;TR=18;WE=1064201;WS=1064183;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr19	1065018	rs4147934	G	T	1191.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=24;NR=9;PP=719;SC=GTTCCCTGGGGCGGAGCTGCG;SOR=1.721;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=24;TCR=9;TR=33;WE=1065026;WS=1065008;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr19	1065197	rs4147936	G	C	3900.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.713;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=46;PP=1731;ReadPosRankSum=1.375;SC=GGTCGGGCTGGGGGAGGCAGG;SOR=0.251;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=100;TCF=54;TCR=46;TR=98;WE=1065205;WS=1065187;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,147:0.99:148
chr19	1066256	rs4147938	G	A	664.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=31;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=7;NR=12;PP=365;SC=ACTTGGGGAGGGGGGAGAGAG;SOR=0.859;SbPval=0.11;Source=Platypus;TC=33;TCF=7;TCR=26;TR=19;WE=1066264;WS=1066246;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr19	1068734	rs3764653	T	C	8132.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.533;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=43.26;ReadPosRankSum=-0.987;SOR=0.295;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,187:0.99:188
chr19	1068738	rs1801284	G	A	8108.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.024;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=44.07;ReadPosRankSum=-0.861;SOR=0.309;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,183:0.99:184
chr19	1071312	rs4807506	C	T	1444.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.63;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=16;PP=518;SC=GACGGCGCACCCGGTGCTGGA;SOR=0.800;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=30;TCF=14;TCR=16;TR=30;WE=1071320;WS=1071302;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr19	1073409	rs2074441	C	G	2191.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=33;NR=32;PP=1448;SC=CAAGCTCCCTCCTGTTCCCCC;SOR=0.719;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=65;TCF=33;TCR=32;TR=65;WE=1073417;WS=1073399;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr19	1074000	rs2074442	A	T	2029.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.65;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=22;NR=10;PP=564;SC=CCAGCCTGGAAGACTGTGACG;SOR=1.068;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=22;TCR=10;TR=32;WE=1074008;WS=1073990;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr19	1074064	rs12610818	C	G	2101.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=28;NR=19;PP=853;SC=GGCCATTGCGCGGGTCGGGCC;SOR=0.995;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=47;TCF=28;TCR=19;TR=47;WE=1074072;WS=1074054;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr19	1074252	rs11084881	T	G	4091.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=59;NR=51;PP=2079;SC=TGAGAGCTGGTGTCCCAGCAG;SOR=0.861;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=110;TCF=59;TCR=51;TR=110;WE=1074260;WS=1074242;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,152:1.00:152
chr19	1077985	rs7251797	A	G	3906.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=-2.270;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=44;PP=1510;ReadPosRankSum=-0.530;SC=GGGAGCAGGCAGCACGGCCAC;SOR=0.276;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=78;TCF=33;TCR=45;TR=77;WE=1077993;WS=1077975;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,149:0.99:150
chr19	1080189	rs2074453	G	C	12089.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.660;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=486;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=146;NR=169;PP=2965;ReadPosRankSum=1.196;SC=CTCTGTCGGGGGCATGAAGAT;SOR=0.786;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=319;TCF=148;TCR=171;TR=315;WE=1080197;WS=1080179;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,471:1.00:473
chr19	1080311	rs2074454	G	C	9651.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=373;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=114;NR=116;PP=2965;SC=TGGCGCGGCCGGAGGCTGCCG;SOR=0.732;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=230;TCF=114;TCR=116;TR=230;WE=1080319;WS=1080301;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,363:1.00:363
chr19	1081120	rs8113708	A	G	1304.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=26;PP=718;SC=TGGGGTGCCCAGCACCGCCGG;SOR=1.708;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=36;TCF=10;TCR=26;TR=36;WE=1081128;WS=1081110;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr19	1081617	rs10404947	A	G	2897.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.725;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=37;PP=1347;ReadPosRankSum=-0.809;SC=AGAAGCTGCAAGGCCGCCTGC;SOR=0.711;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=71;TCF=34;TCR=37;TR=71;WE=1081625;WS=1081607;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,111:0.98:113
chr19	1085528	rs147365366	C	CT	2136.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=40.32;SOR=1.654;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr19	1085966	rs3761028	A	G	5001.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=-1.427;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.923;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=70;PP=2048;ReadPosRankSum=1.331;SC=GGCGGATGACACTGGGCTCCT;SOR=0.893;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=106;TCF=36;TCR=70;TR=105;WE=1085974;WS=1085956;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,189:0.99:190
chr19	1090020	rs61585798	TG	T	460.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.10;SOR=3.383;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr19	1090803	rs3787016	A	G	4586.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-1.313;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=68;NR=36;PP=2009;ReadPosRankSum=1.541;SC=ATGCACTAATAGGAACACCTG;SOR=0.443;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=105;TCF=69;TCR=36;TR=104;WE=1090811;WS=1090793;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,175:0.99:176
chr19	1094004	rs12459404	G	A	4534.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=58;NR=39;PP=1747;SC=CTTGTCCCCAGATTGGGCTTT;SOR=0.904;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=99;TCF=58;TCR=41;TR=97;WE=1094012;WS=1093994;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,175:1.00:175
chr19	1128312	rs10412207	A	G	1927.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=17;NR=38;PP=1212;SC=GGGCGGGGGCAGCCACGCCCA;SOR=1.751;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=55;TCF=17;TCR=38;TR=55;WE=1128320;WS=1128302;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr19	1147431	rs56808651	T	C	73.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.366;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=9.22;ReadPosRankSum=-0.921;SOR=1.863;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,6:0.75:8
chr19	1147546	rs79899115	C	A	294.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=7;PP=172;SC=CCCAGCCCGGCAGGACCCATG;SOR=1.802;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=2;TCR=7;TR=9;WE=1147554;WS=1147536;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr19	1251781	rs2285811	A	G	12385.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.509;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=462;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=26.87;ReadPosRankSum=1.350;SOR=0.407;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,460:1.00:461
chr19	1254122	rs2301761	G	A	440.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=3;PP=295;SC=GGCTGGGGGCGCCGCAAGCTG;SOR=2.049;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=11;TCR=3;TR=14;WE=1254130;WS=1254112;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr19	1256998	rs9823	C	T	3728.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=55;NR=34;PP=1778;SC=TTGCAGGGGACCGGCTTCGGC;SOR=1.154;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=90;TCF=56;TCR=34;TR=89;WE=1257006;WS=1256988;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,139:1.00:139
chr19	1268178	rs12975875	G	A	275.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=0;PP=216;SC=GGGGCAGAGAGGCAGGGGTCC;SOR=3.442;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=10;TCR=0;TR=10;WE=1268186;WS=1268168;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr19	1270231	rs56378951	GC	G	1682.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=1.579;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=5.373;HP=10;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=49;PP=919;ReadPosRankSum=1.409;SC=CTGACAGCCAGCCCCCCCCCC;SOR=3.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=55;TCF=0;TCR=55;TR=49;WE=1270239;WS=1270221;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,62:0.97:64
chr19	1271274	rs12609287	C	T	6832.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=261;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=82;NR=70;PP=2965;SC=AGCAGGAGTCCCGTCTCGAGG;SOR=0.782;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=152;TCF=82;TCR=70;TR=152;WE=1271282;WS=1271264;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,257:1.00:257
chr19	1271529	rs4807050	C	T	1681.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=20;NR=34;PP=1094;SC=AGCTGGTACTCACTTTTTCCT;SOR=1.107;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=56;TCF=20;TCR=36;TR=54;WE=1271537;WS=1271519;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr19	1272040	rs12488	T	C	3073.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=49;NR=34;PP=1383;SC=GAGACAGTTATGACAGTTACG;SOR=0.932;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=83;TCF=49;TCR=34;TR=83;WE=1272048;WS=1272030;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr19	1274539	rs8108009	T	C	357.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=11;PP=223;SC=TATGGCCCCATGGCGGGCGCC;SOR=2.448;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=3;TCR=11;TR=14;WE=1274547;WS=1274529;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr19	1277070	rs72979542	G	T	877.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=16;NR=6;PP=439;SC=AACCAGGGAGGTCTGCAGCAG;SOR=1.418;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=22;TCF=16;TCR=6;TR=22;WE=1277078;WS=1277060;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr19	1277275	rs757292	G	C	2465.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=29;NR=28;PP=1155;SC=AGGAGACGGTGTTTGAGTCCC;SOR=0.693;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=57;TCF=29;TCR=28;TR=57;WE=1277283;WS=1277265;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr19	1278861	rs12460305	C	T	5130.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.545;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=79;NR=65;PP=2364;ReadPosRankSum=0.330;SC=CAACCCCCTGCTCCACCGCTC;SOR=0.513;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=144;TCF=79;TCR=65;TR=144;WE=1278869;WS=1278851;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,203:0.99:206
chr19	1354983	rs10555657	AGCG	A	936.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.58;SOR=0.874;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr19	1357082	rs713042	T	C	3110.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.658;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=59;PP=1800;ReadPosRankSum=1.652;SC=AAATCCTCTCTCTAGAGGAAA;SOR=0.631;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=91;TCF=30;TCR=61;TR=89;WE=1357090;WS=1357072;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,113:0.99:114
chr19	1360575	rs3826942	G	A	5629.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=74;NR=62;PP=2681;SC=TAAGAGGGGAGGAAACTCAGC;SOR=0.809;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=136;TCF=74;TCR=62;TR=136;WE=1360583;WS=1360565;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,216:1.00:216
chr19	1364306	rs17673260	A	G	773.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.391;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=25;PP=664;ReadPosRankSum=-0.861;SC=TCACTGTCTCATCATTGGTGG;SOR=2.376;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=29;TCF=3;TCR=26;TR=28;WE=1364314;WS=1364296;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,27:0.96:28
chr19	1366179	rs72377165	CGCTGGGGTCACCCCCAGA	C	1925.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=10;PP=2957;SC=CGGGAGACTTCGCTGGGGTCA;SOR=1.364;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=20;TCF=9;TCR=11;TR=16;WE=1366204;WS=1366169;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr19	1366422	rs2668418	C	G	2266.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=21;NR=38;PP=1195;SC=GCCTGAGGGGCCAGGCCGGCC;SOR=1.206;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=59;TCF=21;TCR=38;TR=59;WE=1366430;WS=1366412;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr19	1370675	rs12608765	C	G	1498.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=16;NR=15;PP=689;SC=AGCAGGACGTCTTGGGGACCA;SOR=0.728;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=31;TCF=16;TCR=15;TR=31;WE=1370683;WS=1370665;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr19	1383649	rs3848638	G	T	1550.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-1.823;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=6;PP=1043;ReadPosRankSum=0.577;SC=GGTGACTTTTGCCCTCCTGGA;SOR=1.942;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=44;TCF=38;TCR=6;TR=43;WE=1383657;WS=1383639;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,51:0.98:52
chr19	1387919	.	T	G	35.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.67;QD=17.87;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr19	1388538	rs1142530	C	T	1204.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=16;NR=12;PP=422;SC=AGCGTGGGCCCGGCTGTGCAG;SOR=0.919;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=29;TCF=16;TCR=13;TR=28;WE=1388546;WS=1388528;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr19	1389064	rs7258846	G	T	8038.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.651;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=315;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=72;NR=104;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.184;SC=ACTCACATGCGCACATGTGCA;SOR=0.526;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=177;TCF=72;TCR=105;TR=176;WE=1389072;WS=1389054;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,306:0.99:309
chr19	1389324	rs66919466	ACT	A	6505.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.184;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.369;NF=33;NR=34;PP=2979;ReadPosRankSum=-0.520;SC=ACACATGCACACTCACACACA;SOR=0.682;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=71;TCF=35;TCR=36;TR=67;WE=1389333;WS=1389314;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,152:0.98:155
chr19	1389517	rs11666067	C	A	6400.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-2.412;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=252;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=70;NR=89;PP=2754;ReadPosRankSum=-0.963;SC=TGGAGATGACCCCTCCGTTTC;SOR=0.313;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=162;TCF=70;TCR=92;TR=159;WE=1389525;WS=1389507;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,248:1.00:249
chr19	1391235	rs2074897	G	A	793.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=7;NR=16;PP=410;SC=CCCTGATGGCGCTTATCAAAA;SOR=1.536;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=7;TCR=16;TR=23;WE=1391243;WS=1391225;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr19	1399239	rs199732257	G	A	3051.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=33;NR=59;PP=1763;SC=CGGGCTCAGCGCCTCACCCAG;SOR=1.199;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=92;TCF=33;TCR=59;TR=92;WE=1399247;WS=1399229;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr19	1422299	rs2271055	T	C	1244.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=28;NR=10;PP=686;SC=GAAGACCACCTGTGGTGCTGG;SOR=1.765;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=38;TCF=28;TCR=10;TR=38;WE=1422307;WS=1422289;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr19	1453705	rs12985827	T	C	966.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=17;PP=569;SC=CATATGTCTCTGCCCACACCT;SOR=1.209;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=13;TCR=17;TR=30;WE=1453713;WS=1453695;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr19	1454985	.	AC	A	43	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;FR=1.0000;HP=14;HapScore=2;MGOF=5;MMLQ=25;MQ=60.0;NF=0;NR=2;PP=43;QD=26.0;SC=TTCAATACCCACCCCCCCCCC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=2;TCF=0;TCR=2;TR=2;WE=1454993;WS=1454975;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr19	1455933	rs146334923	C	CAGAGTCAGAGCCCAGGGCGAAGTCATCCCAGGA	1053.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=0;PP=144;SC=AGGGAGAAGGCAGAGGTAGGG;SOR=2.712;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=2;WE=1455941;WS=1455923;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr19	1456544	rs2656869	A	G	306.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=8;PP=197;SC=TCTGGCGTGCAGCTCATGCAG;SOR=2.494;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=9;WE=1456552;WS=1456534;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr19	1456730	rs3896893	G	T	728.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=19;NR=2;PP=512;SC=CCCCTCATCTGTCCCCCAGGT;SOR=3.442;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=21;TCF=19;TCR=2;TR=21;WE=1456738;WS=1456720;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr19	1457875	rs12005	G	A	398.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=117;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=21;NR=0;PP=369;SC=GATCCTTCAGGCCTGGGGCGG;SOR=5.283;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=24;TCF=21;TCR=3;TR=21;WE=1457883;WS=1457865;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr19	1457894	rs67685730	C	CGGGGGGGGG	772.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.54;QD=51.52;SOR=4.615;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr19	1467684	rs265273	A	C	2109.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=38;NR=23;PP=1163;SC=GGGCAAGAACAGAGCAGGGCT;SOR=1.108;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=61;TCF=38;TCR=23;TR=61;WE=1467692;WS=1467674;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr19	1487083	rs4807119	C	T	5016.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=69;NR=62;PP=2300;SC=CCAGGAGGGGCGGGGAGGGGG;SOR=0.768;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=131;TCF=69;TCR=62;TR=131;WE=1487091;WS=1487073;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,191:1.00:191
chr19	1488147	rs4807120	C	T	3407.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-1.990;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.748;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=62;PP=1975;ReadPosRankSum=0.042;SC=AGGGCGCCAGCGGCCCCGTCC;SOR=0.779;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=104;TCF=42;TCR=62;TR=103;WE=1488155;WS=1488137;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,127:0.99:128
chr19	1496716	rs34524945	TGC	T	1290.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=0.701;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.530;NF=0;NR=41;PP=1664;ReadPosRankSum=1.433;SC=TGTGTGTGTGTGCGCGCGCGC;SOR=3.767;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=62;TCF=1;TCR=61;TR=41;WE=1496725;WS=1496706;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,42:0.95:44
chr19	1497121	rs2244801	G	T	393.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=39;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=5;PP=382;SC=AGCAGCTCCGGGGAGCCCAGG;SOR=1.112;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=19;TCF=14;TCR=5;TR=19;WE=1497129;WS=1497111;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr19	1497144	rs2292456	C	T	531.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=34;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=18;NR=8;PP=526;SC=TGCCTCACGGCCCTCCCCCAC;SOR=0.793;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=26;TCF=18;TCR=8;TR=26;WE=1497152;WS=1497134;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr19	1497543	rs1050017	A	G	10472.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-1.033;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=400;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=134;NR=118;PP=2965;ReadPosRankSum=0.755;SC=TACTTCCTCCAGCCCCTCCCA;SOR=0.761;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=257;TCF=136;TCR=121;TR=252;WE=1497551;WS=1497533;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,393:0.99:397
chr19	1506710	rs3215149	TC	T	577.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=7;PP=484;SC=TCCCCACTCATCCCCCACCCT;SOR=1.292;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=15;TCF=8;TCR=7;TR=14;WE=1506718;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr19	1507483	rs791460	T	C	6508.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=254;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=81;NR=86;PP=2965;SC=GGCCTCAGTCTCCCCATCTGT;SOR=0.735;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=167;TCF=81;TCR=86;TR=167;WE=1507491;WS=1507473;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,243:1.00:243
chr19	1507535	rs791461	T	C	4906.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=45;NR=77;PP=2899;SC=CGGGTGCCTCTCGCCTCACAT;SOR=1.145;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=123;TCF=45;TCR=78;TR=122;WE=1507543;WS=1507525;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,168:1.00:168
chr19	1507710	rs791462	T	A	3078.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=27;NR=46;PP=1444;SC=CTTGAGGATTTAATGAGCTAC;SOR=1.112;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=73;TCF=27;TCR=46;TR=73;WE=1507718;WS=1507700;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr19	1508737	rs55810939	C	T	1947.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=14;NR=27;PP=748;SC=AGGTGCTCTGCGTCCAGCAAC;SOR=1.358;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=14;TCR=27;TR=41;WE=1508745;WS=1508727;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr19	1508757	rs56135389	G	C	1386.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=22;PP=606;SC=CCTGGGACTCGCAGGCAAGTA;SOR=2.765;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=25;TCF=3;TCR=22;TR=25;WE=1508765;WS=1508747;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr19	1510661	rs265291	A	G	739.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=17;NR=2;PP=358;SC=GGCTGCGCACAGAGACGCCAC;SOR=2.387;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=19;TCF=17;TCR=2;TR=19;WE=1510669;WS=1510651;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr19	1526931	rs2656858	A	C	6055.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=70;NR=62;PP=2549;SC=AACTTCCTGGACCCTGAGGTT;SOR=0.841;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=138;TCF=72;TCR=66;TR=132;WE=1526939;WS=1526921;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,230:1.00:230
chr19	1527051	rs11288093	CG	C	419.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.98;SOR=0.818;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr19	1527806	rs7254791	G	A	1319.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.556;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=4;PP=999;ReadPosRankSum=0.546;SC=AGGTGCAGGCGGATGTTGGGA;SOR=2.024;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=43;TCF=39;TCR=4;TR=42;WE=1527814;WS=1527796;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,47:0.98:48
chr19	1528149	rs139924905	C	CGGCGTGGGGTCCCT	2275.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=25;PP=2974;SC=CGGCGGTCCTCGGCGTGGGGT;SOR=2.078;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=61;TCF=6;TCR=55;TR=29;WE=1528157;WS=1528139;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr19	1528231	rs2668408	T	C	3122.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=72;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=39;NR=39;PP=1522;SC=CCCCGCCCTGTCCCAGGTAAC;SOR=0.728;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=78;TCF=39;TCR=39;TR=78;WE=1528239;WS=1528221;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr19	1528365	rs116095010	C	T	7053.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.64;BaseQRankSum=0.523;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=298;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=74;PP=2087;ReadPosRankSum=-1.232;SC=GCCATACCCCCGCCTCTGGGC;SOR=0.811;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=135;TCF=60;TCR=75;TR=133;WE=1528373;WS=1528355;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,284:0.99:288
chr19	1528780	rs2656861	A	C	200.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=2;PP=161;SC=CCTGCCCACAACTGCCACCTG;SOR=1.609;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=7;TCF=5;TCR=2;TR=7;WE=1528788;WS=1528770;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr19	1529527	rs2668409	G	C	3143.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=27;NR=29;PP=946;SC=GCTGCAGGTGGGGAGGGAGGA;SOR=0.744;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=56;TCF=27;TCR=29;TR=56;WE=1529535;WS=1529517;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr19	1529550	rs2656863	A	G	3058.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=27;NR=29;PP=1106;SC=TACAAGTGACAGGGGGACCAA;SOR=0.807;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=56;TCF=27;TCR=29;TR=56;WE=1529558;WS=1529540;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr19	1530015	rs2668410	C	G	123.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=2;PP=53;SC=GAGGGCTCTGCGGCAGCCTTA;SOR=1.022;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=3;TCF=1;TCR=2;TR=3;WE=1530023;WS=1530005;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr19	1533868	.	TGTGGGGGCGAGGG	T	1487	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;FR=1.0000;HP=4;HapScore=2;MGOF=8;MMLQ=24;MQ=60.54;NF=2;NR=3;PP=1487;QD=304.4;SC=GGGTGCTGGGTGTGGGGGCGA;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=9;TCF=4;TCR=5;TR=5;WE=1533891;WS=1533858;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:4,5:0.56:9
chr19	1533869	rs61257352	GT	G	864.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.51;QD=41.18;SOR=1.508;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr19	1533871	rs201797915	GGGGGCGAGGGGT	G	864.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.51;QD=41.18;SOR=1.508;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr19	1533972	rs11084897	C	G	1558.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=45;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=23;NR=17;PP=633;SC=TGGACCCGGCCTCTGCCTCCT;SOR=0.859;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=40;TCF=23;TCR=17;TR=40;WE=1533980;WS=1533962;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr19	1534042	rs10853954	T	C	1237.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=16;PP=610;SC=ATGGTGCAGGTGAGCCCGGGG;SOR=0.776;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=31;TCF=14;TCR=17;TR=30;WE=1534050;WS=1534032;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr19	1534154	.	GA	G	154.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.232;ClippingRankSum=0.000;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=2.199;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.14;ReadPosRankSum=-0.602;SOR=0.275;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,15:0.79:19
chr19	1534156	.	A	G	163.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.490;ClippingRankSum=0.000;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=2.199;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.19;ReadPosRankSum=0.176;SOR=0.184;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,15:0.75:20
chr19	1534191	rs10775585	C	T	826.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.51;SOR=1.292;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr19	1534198	rs12608783	A	G	826.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.51;SOR=1.292;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr19	1534215	rs11084899	T	C	581.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=52;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=4;NR=8;PP=182;SC=GGAAAATGCATGACGTTTTTG;SOR=1.329;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=4;TCR=8;TR=12;WE=1534223;WS=1534205;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr19	1535084	rs12984316	G	A	2385.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=35;NR=19;PP=1147;SC=GTGGAGTCCCGGCCCAACTGG;SOR=1.090;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=54;TCF=35;TCR=19;TR=54;WE=1535092;WS=1535074;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr19	1535193	rs58035688	GCCC	G	7150.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.392;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.407;NF=17;NR=50;PP=2649;ReadPosRankSum=0.964;SC=CCACGGCTGCGCCCCCACCAC;SOR=0.383;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=72;TCF=19;TCR=53;TR=67;WE=1535213;WS=1535183;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,164:0.98:167
chr19	1535205	rs265282	G	C	7526.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.451;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.284;NF=53;NR=58;PP=2126;ReadPosRankSum=-0.167;SC=CCCCACCACCGGACAGCACCT;SOR=0.368;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=114;TCF=55;TCR=59;TR=111;WE=1535213;WS=1535183;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,178:0.98:181
chr19	1535291	rs12462146	G	A	3144.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.786;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=33;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.338;NF=41;NR=52;PP=1607;ReadPosRankSum=0.193;SC=GGTAGTGCCAGGGACCCAGGC;SOR=0.920;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=98;TCF=44;TCR=54;TR=93;WE=1535299;WS=1535281;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,125:0.97:129
chr19	1535349	rs265281	G	A	1439.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.411;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=33;PP=922;ReadPosRankSum=-0.822;SC=CCTGGGGGAGGGCTGGGGGGC;SOR=0.880;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=47;TCF=13;TCR=34;TR=46;WE=1535357;WS=1535339;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,52:0.98:53
chr19	1555434	rs200001023	A	AC	1369.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=35;PP=1263;SC=GCCGCCGCCCACCCCCCTGCC;SOR=4.362;SbPval=0.92;Source=Platypus;TC=41;TCF=3;TCR=38;TR=36;WE=1555442;WS=1555424;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr19	1622568	.	C	A	152.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=3;PP=77;SC=AATCCCAGCCCCTGGCCAAGT;SOR=1.329;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=5;TCF=2;TCR=3;TR=5;WE=1622576;WS=1622558;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr19	1646221	rs2302419	C	T	2801.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=46;NR=21;PP=1200;SC=TCGCTGCCCCCGACCCGGCCT;SOR=1.329;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=69;TCF=46;TCR=23;TR=67;WE=1646229;WS=1646211;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr19	1650134	rs1860661	A	G	1525.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.25;SOR=3.690;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr19	1753589	rs112596908	C	T	38.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=1;PP=21;SC=GGGGAGCGGGCGGGAGTCATG;SOR=0.693;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=2;TCF=1;TCR=1;TR=2;WE=1753597;WS=1753579;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr19	1789556	rs12978609	C	T	2749.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=0.918;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=27;PP=1132;ReadPosRankSum=-0.906;SC=CTCTGGAGTCCTGGGCTGGCG;SOR=0.752;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=59;TCF=31;TCR=28;TR=58;WE=1789564;WS=1789546;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,103:0.98:105
chr19	1792190	rs2286004	A	C	587.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=15;PP=379;SC=TCCGAGGCTCAGCCCTCCCCA;SOR=2.303;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=4;TCR=15;TR=19;WE=1792198;WS=1792180;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr19	1795783	rs72058575	TACACAC	T	1648.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=4.973;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.36;MQRankSum=0.327;QD=37.47;SOR=1.640;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,43:0.98:44
chr19	1799763	.	C	CA	107.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.119;ClippingRankSum=0.000;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.69;ReadPosRankSum=0.400;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,12:0.30:40
chr19	1806210	rs7252063	A	C	1272.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=21;PP=760;SC=CTCCCTCTGCAAACCCTCCCC;SOR=0.919;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=35;TCF=14;TCR=21;TR=35;WE=1806218;WS=1806200;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr19	1809836	rs8107742	T	C	882.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=24;PP=630;SC=ACCCAGGCACTGGGGAGGCCC;SOR=2.448;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=5;TCR=24;TR=29;WE=1809844;WS=1809826;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr19	1810605	rs716993	T	C	5020.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=46;NR=42;PP=1554;SC=CCGCCCCCTCTGCCCAGGATC;SOR=0.746;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=88;TCF=46;TCR=42;TR=88;WE=1810613;WS=1810595;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,191:1.00:191
chr19	1811547	rs12609187	A	G	8980.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.62;DB;DP=355;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=96;NR=81;PP=2965;SC=GCCTCCTCTCAGGTGCCCCTC;SOR=0.800;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=178;TCF=97;TCR=81;TR=177;WE=1811555;WS=1811537;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,352:1.00:352
chr19	1817134	.	C	CCCAGATGGGG	1976.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=7;NR=5;PP=2982;SC=GTGAGCCAGGCCCAGATGGGG;SOR=1.923;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=18;TCF=11;TCR=7;TR=12;WE=1817142;WS=1817124;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr19	1818459	rs1610106	A	G	975.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=16;NR=10;PP=442;SC=TGGGAAGGGGAAGGACCCGGG;SOR=1.179;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=27;TCF=16;TCR=11;TR=26;WE=1818467;WS=1818449;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr19	1818952	rs893538	C	G	1535.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=20;NR=17;PP=844;SC=CCGTGTGGCACAGCAGGGGCT;SOR=0.767;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=37;TCF=20;TCR=17;TR=37;WE=1818960;WS=1818942;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr19	1819234	rs113598561	ACT	A	1285.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=26;PP=1254;SC=CTCTGCCTCAACTCCCCCTTT;SOR=5.421;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=26;TCF=0;TCR=26;TR=26;WE=1819243;WS=1819224;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr19	1821637	rs4807145	A	G	4495.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=42;NR=54;PP=1927;SC=CCGTTGGAGGACTGGCTGCCG;SOR=0.872;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=96;TCF=42;TCR=54;TR=96;WE=1821645;WS=1821627;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,168:1.00:168
chr19	1825786	rs59277540	T	TA	75.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.598;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=6.186;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.57;MQRankSum=1.688;QD=2.80;ReadPosRankSum=0.357;SOR=0.450;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,11:0.41:27
chr19	1827020	.	TGGA	T	100.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.794;ClippingRankSum=0.000;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=7.106;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.47;ReadPosRankSum=1.243;SOR=0.057;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,5:0.17:29
chr19	1848243	rs12984809	A	G	409.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.32;SOR=0.818;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr19	1863628	rs112570276	A	C	154.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=22.11;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr19	1880950	rs4807160	T	C	3297.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=34;NR=43;PP=1198;SC=CCCCAGCTCTTGCCCAGCAGG;SOR=0.859;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=77;TCF=34;TCR=43;TR=77;WE=1880958;WS=1880940;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chr19	1908694	rs4806818	C	T	1161.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=10;NR=20;PP=590;SC=AACAGGGTCTCTCTATCTTGC;SOR=1.312;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=30;TCF=10;TCR=20;TR=30;WE=1908702;WS=1908684;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr19	1914795	rs11666645	C	T	1023.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=13;NR=8;PP=390;SC=GCACTGGAGCCGAGGGGAGGG;SOR=1.121;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=13;TCR=8;TR=21;WE=1914803;WS=1914785;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr19	1914940	rs11084918	A	G	2975.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=43;NR=34;PP=1339;SC=TGCCCAGGGCAGCTCAGGGTT;SOR=0.838;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=77;TCF=43;TCR=34;TR=77;WE=1914948;WS=1914930;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr19	1915118	rs10853957	A	C	793.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=16;PP=512;SC=GCCGTTGGCAAACAGTGTCCT;SOR=1.781;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=5;TCR=16;TR=21;WE=1915126;WS=1915108;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr19	1918023	rs10415845	T	C	1823.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=39;NR=12;PP=1061;SC=ATGGGGTCACTGGGCTGGGGA;SOR=1.981;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=51;TCF=39;TCR=12;TR=51;WE=1918031;WS=1918013;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr19	1918760	rs376128461	CA	C	314.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.626;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.31;ReadPosRankSum=0.260;SOR=0.610;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,20:0.91:22
chr19	1924050	.	T	C	606	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;FR=1.0000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MMLQ=24;MQ=58.43;NF=20;NR=13;PP=606;QD=19.4173094711;SC=TGAGTCCCCGTGCCCGGCCGC;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=34;TCF=21;TCR=13;TR=33;WE=1924058;WS=1924040;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:1,33:0.97:34
chr19	1952841	rs2396366	T	C	5670.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=55;NR=51;PP=1900;SC=GGCCGAACCCTGCTGTGCCCT;SOR=0.693;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=106;TCF=55;TCR=51;TR=106;WE=1952849;WS=1952831;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,220:1.00:220
chr19	1953637	rs35628322	C	T	647.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=8;NR=12;PP=430;SC=CAGCTCTGCCCGTGGCCCTCA;SOR=0.963;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=8;TCR=12;TR=20;WE=1953645;WS=1953627;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr19	1954126	rs34622118	C	CA	7240.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=8;NR=58;PP=2957;SC=GCACCTGATGCGTTAAACCCA;SOR=1.063;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=72;TCF=8;TCR=64;TR=66;WE=1954136;WS=1954116;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,162:1.00:162
chr19	1954128	rs34797288	T	C	7249.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=42;NR=58;PP=1958;SC=ACCTGATGCGTTAAACCCATT;SOR=1.022;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=105;TCF=43;TCR=62;TR=100;WE=1954136;WS=1954116;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,159:1.00:159
chr19	1970013	rs35089119	C	G	138.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=5;PP=108;SC=AGGGCCGCCCCGAGTCACCGG;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=5;WE=1970021;WS=1970003;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr19	1997363	rs1610045	A	G	4322.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.695;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=48;PP=1779;ReadPosRankSum=-0.873;SC=CGAGGAAGGCAGCGGGTTCCA;SOR=0.705;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=97;TCF=49;TCR=48;TR=97;WE=1997371;WS=1997353;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,169:0.99:171
chr19	2037846	rs1064543	A	C	776.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;QD=24.27;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr19	2041032	rs2287003	T	C	4340.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.832;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.395;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=41;PP=2196;ReadPosRankSum=-0.749;SC=GTGCGGCTGGTACTCACCCCC;SOR=0.833;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=108;TCF=65;TCR=43;TR=105;WE=2041040;WS=2041022;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,161:0.98:164
chr19	2042886	rs7253052	A	G	1692.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.135;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=28;PP=982;ReadPosRankSum=0.656;SC=AGGGCAGGGCAGGGCAGGACA;SOR=1.044;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=50;TCF=20;TCR=30;TR=47;WE=2042894;WS=2042876;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,64:0.97:66
chr19	2043271	rs2302585	G	A	3089.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=25;NR=60;PP=1842;SC=CGGCCTAGGAGGGGCCCACCC;SOR=1.412;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=86;TCF=25;TCR=61;TR=85;WE=2043279;WS=2043261;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr19	2098864	rs58783004	AG	A	4125.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.864;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=31.74;ReadPosRankSum=1.000;SOR=0.791;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,129:0.99:130
chr19	2129473	rs758287	TC	CG	5103.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=28;NR=27;PP=2136;SC=AACAAGGGGTTCTCATCAGCA;SOR=0.693;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=57;TCF=28;TCR=29;TR=55;WE=2129482;WS=2129463;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr19	2137870	rs2240658	C	T	1344.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=21;NR=27;PP=824;SC=TTTTGAGCCGCGGCATCAAGC;SOR=0.813;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=52;TCF=21;TCR=31;TR=48;WE=2137878;WS=2137860;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr19	2138654	rs25672	T	G	2884.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=36;NR=36;PP=1343;SC=CCTTCACCGCTATGTTGTCCT;SOR=0.748;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=72;TCF=36;TCR=36;TR=72;WE=2138662;WS=2138644;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr19	2138848	rs12980238	C	T	479.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=14;PP=357;SC=ATCACGAGGTCGGGAGTTTGA;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=0;TCR=14;TR=14;WE=2138856;WS=2138838;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr19	2164351	rs12985346	T	A	1735.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.65;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=28;PP=885;SC=CAAGCCGCGCTCACCGGTCCC;SOR=1.754;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=40;TCF=12;TCR=28;TR=38;WE=2164359;WS=2164341;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr19	2190947	rs35301355	TTGG	T	1672.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=26;NR=2;PP=1317;SC=GTCCCGGGTCTTGGTGGTGGA;SOR=5.031;SbPval=0.93;Source=Platypus;TC=32;TCF=27;TCR=5;TR=28;WE=2190957;WS=2190937;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr19	2194657	rs4807212	C	T	280.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=10;PP=260;SC=TCCTTTCTTGCCGATGTTGGC;SOR=4.977;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=0;TCR=10;TR=10;WE=2194668;WS=2194647;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr19	2194660	rs11268058	A	ATGTTGGCACATGGC	230.82	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=0;NR=5;PP=2512;SC=TTTCTTGCCGATGTTGGCACA;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=5;WE=2194668;WS=2194647;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr19	2208859	rs2301799	T	C	2172.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=33;NR=23;PP=1078;SC=GTTGCTGTTGTTACCTGGGTG;SOR=1.031;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=57;TCF=34;TCR=23;TR=56;WE=2208867;WS=2208849;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr19	2211050	rs2301800	C	T	7221.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.255;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=276;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=129;NR=74;PP=2965;ReadPosRankSum=0.590;SC=CTCTGCCCACCGCTCTCCCGA;SOR=1.250;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=207;TCF=131;TCR=76;TR=203;WE=2211058;WS=2211040;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,261:0.99:263
chr19	2214057	rs2074552	C	T	822.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=22;PP=608;SC=GTCCTCTGTGCGGGTGGGAGG;SOR=4.332;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=23;TCF=1;TCR=22;TR=23;WE=2214065;WS=2214047;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr19	2226676	rs3815308	G	A	3816.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.860;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=47;PP=1973;ReadPosRankSum=-1.087;SC=GGGCAGCCGCGGCAAGGAGGC;SOR=0.857;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=104;TCF=56;TCR=48;TR=101;WE=2226684;WS=2226666;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,143:0.99:145
chr19	2244903	rs6510652	T	G	1171.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=28;PP=802;SC=CCTGGGCGCTTGAGTACGGTT;SOR=2.419;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=34;TCF=6;TCR=28;TR=34;WE=2244911;WS=2244893;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr19	2246652	rs2074861	G	A	1078.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=25;NR=8;PP=686;SC=GGCCTCCCCCGGGGTCCCGCT;SOR=2.191;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=25;TCR=8;TR=33;WE=2246660;WS=2246642;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr19	2249477	rs10407022	G	T	3439.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=38;NR=49;PP=1759;SC=CCTCCAGGCAGCCCACAAGAG;SOR=0.998;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=87;TCF=38;TCR=49;TR=87;WE=2249485;WS=2249467;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr19	2250528	rs8112524	G	A	473.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.32;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr19	2251512	rs7252789	T	A	776.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=11;NR=9;PP=492;SC=TCTGCCCAGGTGGCCCCGGCG;SOR=0.922;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=11;TCR=9;TR=20;WE=2251520;WS=2251502;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr19	2251817	rs10417628	T	C	6412.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=241;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=56;NR=100;PP=2965;SC=AAGATGCAGGTCCGTGGGGCC;SOR=1.144;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=156;TCF=56;TCR=100;TR=156;WE=2251825;WS=2251807;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,232:1.00:232
chr19	2253590	rs3746158	C	T	4239.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.63;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=34;NR=42;PP=1238;SC=ACCCCAGCCTCGCCCCACCTC;SOR=0.793;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=76;TCF=34;TCR=42;TR=76;WE=2253598;WS=2253580;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,166:1.00:166
chr19	2255336	rs886363	A	G	585.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=11;PP=324;SC=AGCAGGTCCCAGGCCAGGCTG;SOR=1.085;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=5;TCR=11;TR=16;WE=2255344;WS=2255326;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr19	2269829	rs4806836	C	T	1295.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=7;NR=21;PP=569;SC=CCAGATAGGTCCCCGGCGCGC;SOR=1.562;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=28;TCF=7;TCR=21;TR=28;WE=2269837;WS=2269819;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr19	2271282	rs2074457	T	C	1199.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=27;NR=12;PP=834;SC=GCGGGGTCTTTTGGCCGAGGC;SOR=1.721;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=40;TCF=27;TCR=13;TR=39;WE=2271290;WS=2271272;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr19	2271323	rs2523175	A	G	2259.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=41;NR=20;PP=1285;SC=GGCCGCCCGGACGCCCTGGAG;SOR=1.367;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=61;TCF=41;TCR=20;TR=61;WE=2271331;WS=2271313;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr19	2271577	rs28384674	CT	C	2296.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=11;NR=27;PP=1495;SC=GCCACAGGTACTTTCTTGTGC;SOR=1.033;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=38;TCF=11;TCR=27;TR=38;WE=2271585;WS=2271567;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr19	2278508	rs78048915	AT	GC	1435.80	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.722;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=9;PP=686;ReadPosRankSum=0.558;SC=GAAAGGCCAAATGAAACAAGC;SOR=1.002;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=24;TCF=14;TCR=10;TR=21;WE=2278517;WS=2278498;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,35:0.95:37
chr19	2278755	rs73518414	C	T	1376.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=18;NR=15;PP=634;SC=ATAGATGGTACGGAGGCCCTG;SOR=0.804;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=33;TCF=18;TCR=15;TR=33;WE=2278763;WS=2278745;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr19	2280885	rs55662626	G	A	1213.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.28;SOR=1.051;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr19	2290870	rs8111892	G	C	5432.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.953;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=1.683;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=77;NR=83;PP=2824;ReadPosRankSum=-1.030;SC=GCAGGGCCCCGGCCAGGTGCA;SOR=0.509;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=163;TCF=79;TCR=84;TR=160;WE=2290878;WS=2290860;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:5,207:0.98:212
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chr19	2328281	rs11666344	G	A	519.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=58.89;QD=28.88;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr19	2337377	rs3752204	C	G	2472.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=36;NR=18;PP=1187;SC=GGTGGGAGAACGGGCAGCTGG;SOR=1.166;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=55;TCF=37;TCR=18;TR=54;WE=2337385;WS=2337367;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr19	2339949	rs3746285	T	C	9336.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.23;SOR=0.769;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,216:1.00:216
chr19	2339958	rs1609752	T	C	9146.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=75;NR=87;PP=2965;SC=ATTTCTACGATCTCCTCGGTG;SOR=0.857;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=162;TCF=75;TCR=87;TR=162;WE=2339966;WS=2339953;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,208:1.00:208
chr19	2340046	rs3746287	C	T	4484.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.895;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=76;PP=2397;ReadPosRankSum=2.320;SC=GCGGGCCTGGCCCCCGGCCTC;SOR=1.080;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=125;TCF=49;TCR=76;TR=124;WE=2340054;WS=2340036;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,168:0.99:170
chr19	2340154	rs5826760	G	GC	2720.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.829;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.210;NF=2;NR=38;PP=1696;ReadPosRankSum=0.628;SC=TGCGGCGGCTGCCTTCGGCAA;SOR=1.157;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=44;TCF=2;TCR=42;TR=40;WE=2340162;WS=2340144;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,102:0.98:104
chr19	2340235	rs12460384	C	T	692.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=14;PP=388;SC=GCCCCTTTGCCGCCCCATAGC;SOR=1.697;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=19;TCF=5;TCR=14;TR=19;WE=2340243;WS=2340225;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr19	2341047	rs55818311	C	T	5564.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=72;NR=64;PP=2559;SC=CGGCGGGCAGCGGAGTCCTCG;SOR=0.761;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=136;TCF=72;TCR=64;TR=136;WE=2341068;WS=2341037;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,211:1.00:211
chr19	2341059	rs11880345	GT	AC	4781.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.301;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=67;NR=60;PP=2947;ReadPosRankSum=2.132;SC=GAGTCCTCGGGTGCACCAGGG;SOR=0.715;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=130;TCF=68;TCR=62;TR=127;WE=2341068;WS=2341037;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,180:0.98:184
chr19	2382603	rs145510194	G	GACAC	13328.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=333;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=18;NR=107;PP=2974;SC=CACACACACAGACACATGCAC;SOR=0.948;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=136;TCF=21;TCR=115;TR=125;WE=2382611;WS=2382593;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,303:1.00:303
chr19	2382678	rs148093377	TACAC	T	3800.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=39;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=4;NR=72;PP=2976;SC=CGTGCACACATACACACATGC;SOR=2.780;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=76;TCF=4;TCR=72;TR=76;WE=2382689;WS=2382668;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr19	2396556	rs7252886	C	T	3873.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=47;NR=31;PP=1525;SC=CTACACAGGGCTTCCACGTGG;SOR=0.930;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=78;TCF=47;TCR=31;TR=78;WE=2396564;WS=2396546;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,148:1.00:148
chr19	2396611	rs17685098	C	T	3530.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=37;NR=39;PP=1327;SC=CAGCAGTTTGCGGCGGGAGAC;SOR=0.723;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=77;TCF=37;TCR=40;TR=76;WE=2396619;WS=2396601;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,134:1.00:134
chr19	2398849	rs10407225	A	G	3077.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.738;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=38;PP=1509;ReadPosRankSum=-0.937;SC=GTTGCTCGGTACTGAATTATA;SOR=0.710;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=78;TCF=40;TCR=38;TR=78;WE=2398857;WS=2398839;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,117:0.98:119
chr19	2405641	rs4807260	C	T	3493.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=30;NR=64;PP=1825;SC=CTTAGAGCCCCTGGAAGTAAT;SOR=1.371;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=94;TCF=30;TCR=64;TR=94;WE=2405649;WS=2405631;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr19	2408486	rs62120712	T	C	13135.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.524;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=309;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=43.07;ReadPosRankSum=-0.331;SOR=0.447;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:3,302:0.99:305
chr19	2408495	rs62120713	T	G	13079.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.047;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=312;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=42.47;ReadPosRankSum=0.977;SOR=0.511;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:5,303:0.98:308
chr19	2408530	rs62120714	G	A	9712.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-0.021;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=387;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=1.643;HP=2;HapScore=1;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=106;NR=108;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.711;SC=CCTTTCGGCCGGCACATCCAG;SOR=0.460;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=217;TCF=108;TCR=109;TR=214;WE=2408538;WS=2408520;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:5,378:0.99:383
chr19	2408746	rs79792172	G	A	1429.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=8;NR=32;PP=947;SC=AGGCCGAGGCGGGTGGATCAC;SOR=2.400;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=40;TCF=8;TCR=32;TR=40;WE=2408754;WS=2408736;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr19	2410166	rs3848634	T	C	1323.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=29;NR=11;PP=826;SC=GAGGGAGGCTTGGAGAGGAGC;SOR=1.880;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=43;TCF=30;TCR=13;TR=40;WE=2410174;WS=2410156;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr19	2410332	rs3848635	T	C	6024.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.986;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=235;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=83;NR=75;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.837;SC=TGTACGGCCATTCACTCACTG;SOR=0.776;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=162;TCF=85;TCR=77;TR=158;WE=2410340;WS=2410322;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,225:0.98:229
chr19	2410483	rs3848636	C	T	4157.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=40;NR=58;PP=1891;SC=TCTGGATGCCCGCTGTGAGCC;SOR=0.948;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=100;TCF=40;TCR=60;TR=98;WE=2410491;WS=2410473;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,156:1.00:156
chr19	2413961	rs10153475	G	C	7148.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-1.603;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=265;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=94;NR=92;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.101;SC=CCACCAAATCGATGCAGGCCC;SOR=0.226;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=187;TCF=94;TCR=93;TR=186;WE=2413969;WS=2413951;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,261:1.00:262
chr19	2415801	rs61732208	G	A	1619.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.68;BaseQRankSum=0.625;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=11;PP=488;ReadPosRankSum=-1.101;SC=CTGTGGTGGGGGACCGCTGGC;SOR=0.854;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=15;TCR=11;TR=26;WE=2415809;WS=2415791;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,65:0.97:67
chr19	2418031	rs11084939	C	T	3994.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.338;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.909;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=36;PP=1984;ReadPosRankSum=0.684;SC=AGAAGGCGTCCGTGGGCATCA;SOR=0.192;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=98;TCF=62;TCR=36;TR=96;WE=2418039;WS=2418021;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,148:0.99:150
chr19	2422177	rs735911	G	A	4238.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=34;NR=75;PP=2325;SC=TCTGCCGTGAGCACCACTGCT;SOR=1.406;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=109;TCF=34;TCR=75;TR=109;WE=2422185;WS=2422167;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,155:1.00:155
chr19	2424406	rs7259330	C	G	1815.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=0.778;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.813;HP=5;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=55;PP=1595;ReadPosRankSum=0.766;SC=CCTCCCACCCCCCATCTCCCC;SOR=3.126;SbPval=0.96;Source=Platypus;TC=77;TCF=21;TCR=56;TR=65;WE=2424414;WS=2424396;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,70:0.96:73
chr19	2424938	rs7343178	A	G	902.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=24;NR=2;PP=554;SC=GGGGGACACCACAGGGGCGGG;SOR=3.258;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=26;TCF=24;TCR=2;TR=26;WE=2424946;WS=2424928;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr19	2425196	rs7247162	G	A	7461.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=289;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=77;NR=116;PP=2965;SC=CTGCCTGCCCGAGCCCGCGCC;SOR=1.095;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=193;TCF=77;TCR=116;TR=193;WE=2425204;WS=2425186;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,280:1.00:280
chr19	2426186	rs149380178	T	TG	1472.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=28;PP=851;SC=AGGACGGGTGTGGGGGGGCTG;SOR=1.656;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=30;TCF=1;TCR=29;TR=29;WE=2426216;WS=2426176;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr19	2426198	.	G	GGGTCATGGGCATGCATTTTGGTACCACCCTTTGTTCCAA	1395.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=28;PP=2184;SC=GGGGGGCTGTGGGTCATGGGG;SOR=2.419;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=29;TCF=1;TCR=28;TR=29;WE=2426216;WS=2426176;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr19	2426828	rs6945	G	C	1491.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=21;NR=15;PP=876;SC=ACAGTCCCGTGTGTCCCAGCA;SOR=0.994;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=36;TCF=21;TCR=15;TR=36;WE=2426836;WS=2426818;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr19	2427152	rs12609742	A	G	1499.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=25;NR=19;PP=1068;SC=ACGTGCAGTGACCACTCCGTC;SOR=0.909;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=44;TCF=25;TCR=19;TR=44;WE=2427160;WS=2427142;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr19	2427204	rs113881095	CT	C	2962.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.288;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=22;PP=2197;ReadPosRankSum=1.660;SC=CACCTCCCCCCTCGAATCTAG;SOR=1.207;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=54;TCF=28;TCR=26;TR=47;WE=2427212;WS=2427194;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,79:0.98:81
chr19	2427266	rs968688	G	A	5272.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=0.663;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=74;NR=49;PP=2401;ReadPosRankSum=-1.582;SC=GCTCGGAGTTGTCCAGGGAGC;SOR=0.954;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=124;TCF=74;TCR=50;TR=123;WE=2427274;WS=2427256;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,204:0.99:206
chr19	2432555	rs736705	A	G	9642.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=1.167;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=381;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=103;NR=135;PP=2965;ReadPosRankSum=0.261;SC=ACCCTCAGCCACCAGGACTGT;SOR=0.912;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=242;TCF=105;TCR=137;TR=238;WE=2432563;WS=2432545;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:6,371:0.98:377
chr19	2433890	rs11084940	A	G	12025.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=451;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=126;NR=149;PP=2965;SC=TGCTGACGCTACCCGAGGCCG;SOR=0.817;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=276;TCF=127;TCR=149;TR=275;WE=2433898;WS=2433880;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,444:1.00:444
chr19	2434551	rs2304241	A	G	1658.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.609;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=36;PP=947;ReadPosRankSum=-0.209;SC=AGGGCAGCCCATGGGTCACAA;SOR=1.118;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=55;TCF=17;TCR=38;TR=52;WE=2434559;WS=2434541;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:5,65:0.93:70
chr19	2444363	rs11668494	A	G	6060.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=239;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=89;NR=59;PP=2643;SC=CCGTGGTGCCAGGATCAGGGT;SOR=1.003;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=148;TCF=89;TCR=59;TR=148;WE=2444371;WS=2444353;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,234:1.00:234
chr19	2444608	rs2288942	G	A	4157.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.435;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.541;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=68;PP=2152;ReadPosRankSum=0.804;SC=CAGGGGGCCCGGCCACTGGCC;SOR=1.182;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=105;TCF=35;TCR=70;TR=101;WE=2444616;WS=2444598;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,148:0.98:151
chr19	2477665	rs3214277	A	AC	93.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=6;PP=218;SC=AAATATTTGAACCCCCTCCCC;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=6;WE=2477673;WS=2477655;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr19	2514966	rs67860726	CAG	C	421.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=0.135;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5010;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.761;NF=3;NR=5;PP=263;ReadPosRankSum=0.416;SC=GAGACAGAGACAGAGAGAGAG;SOR=0.646;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=12;TCF=4;TCR=8;TR=8;WE=2514975;WS=2514956;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,15:0.83:18
chr19	2520716	rs1133692	T	C	2294.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=23;NR=29;PP=981;SC=GCCCCGTTGTTCAGAGAGCTG;SOR=0.928;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=52;TCF=23;TCR=29;TR=52;WE=2520724;WS=2520706;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr19	2520791	rs3764585	C	A	717.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=16;PP=472;SC=CAGGGGCGCCCGGCCTTGGCT;SOR=1.893;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=5;TCR=16;TR=21;WE=2520799;WS=2520781;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr19	2538074	rs71337145	C	CAAACA	1124.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=2;NR=3;PP=265;SC=GACTCTCTCTCAAACAAAACA;SOR=1.329;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=10;TCF=5;TCR=5;TR=5;WE=2538082;WS=2538064;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr19	2557323	rs71929279	GCA	G	3727.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=29;NR=22;PP=2350;SC=ACACACATGTGCACACAGACA;SOR=1.508;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=55;TCF=31;TCR=24;TR=51;WE=2557332;WS=2557313;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr19	2557392	rs10421267	C	G	5063.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.414;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.260;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.180;NF=64;NR=53;PP=2023;ReadPosRankSum=1.734;SC=CACGCAGGAGCGAGCGCCTCC;SOR=0.422;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=120;TCF=66;TCR=54;TR=117;WE=2557400;WS=2557382;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,196:0.99:197
chr19	2575984	rs146064564	C	CAG	3893.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=0.181;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=1.448;HP=2;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.819;NF=36;NR=26;PP=2615;ReadPosRankSum=3.245;SC=CAGGCAGACACACACATGCTC;SOR=0.484;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=63;TCF=36;TCR=27;TR=62;WE=2575992;WS=2575983;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:9,88:0.91:97
chr19	2576272	rs1029753	T	C	2074.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=58;PP=1444;SC=CCCAGGGGACTGCAGCAAAAA;SOR=2.774;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=69;TCF=11;TCR=58;TR=69;WE=2576280;WS=2576262;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr19	2759241	rs138682017	C	T	4443.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=66;NR=37;PP=1908;SC=CGAAGAAACCCGGTTGTCACT;SOR=1.118;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=103;TCF=66;TCR=37;TR=103;WE=2759249;WS=2759231;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,166:1.00:166
chr19	2834373	rs17605476	C	T	2736.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=34;NR=35;PP=1372;SC=AGAAGCCCTACGGGTGCGGTG;SOR=0.693;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=69;TCF=34;TCR=35;TR=69;WE=2834381;WS=2834363;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr19	2852744	rs35627030	C	T	4865.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-2.438;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=71;NR=61;PP=2779;ReadPosRankSum=-0.999;SC=CTGAGAAAACCTACGAATGTA;SOR=0.801;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=134;TCF=72;TCR=62;TR=132;WE=2852752;WS=2852734;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,173:0.99:175
chr19	2853566	rs10412087	A	G	6808.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=255;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=73;NR=98;PP=2965;SC=ATATGAGAAGACATACCGCAG;SOR=0.920;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=171;TCF=73;TCR=98;TR=171;WE=2853574;WS=2853556;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,252:1.00:252
chr19	2867583	rs8104536	C	A	431.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=14;PP=358;SC=CCTCCCCTGCCCCAGTCTTCA;SOR=5.421;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=0;TCR=14;TR=14;WE=2867591;WS=2867573;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr19	2896818	rs8100809	C	T	4316.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=61;NR=44;PP=1925;SC=CAAATGTCCTCGAAAAGATGA;SOR=0.955;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=105;TCF=61;TCR=44;TR=105;WE=2896826;WS=2896808;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,161:1.00:161
chr19	2896948	rs8104326	T	C	5769.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.74;SOR=1.011;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,135:1.00:135
chr19	2896953	rs8101379	A	G	5565.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.53;SOR=0.958;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr19	2897133	rs8103080	G	A	921.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=20;PP=550;SC=TTTTTCTCCCGTGTGCATTCT;SOR=1.981;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=6;TCR=20;TR=26;WE=2897141;WS=2897123;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr19	2900865	rs10420989	G	A	291.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=48;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=3;PP=170;SC=GGGGCTTAGAGATTGTCCAAT;SOR=1.085;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=7;TCF=4;TCR=3;TR=7;WE=2900873;WS=2900862;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr19	2900930	rs12981209	C	T	496.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=10;NR=6;PP=296;SC=TTCGTCCTCCCTGCCGCGCGT;SOR=1.292;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=10;TCR=6;TR=16;WE=2900938;WS=2900920;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr19	2901114	rs11279103	CGCCGAAGTCT	C	2245.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=0;NR=27;PP=2967;SC=AACCAGAGTCCGCCGAAGTCT;SOR=1.702;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=28;TCF=0;TCR=28;TR=27;WE=2901131;WS=2901104;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr19	2915738	rs2043336	T	A	3206.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=21;NR=52;PP=1642;SC=GGGAAAGGACTAAGACAGACA;SOR=1.417;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=73;TCF=21;TCR=52;TR=73;WE=2915746;WS=2915728;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr19	2916048	rs2043335	T	A	2561.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=50;NR=24;PP=1350;SC=CTTATTCCTTTTGAGATTTGT;SOR=1.445;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=74;TCF=50;TCR=24;TR=74;WE=2916056;WS=2916038;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr19	2917186	rs2288959	T	C	3695.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=47;NR=43;PP=1489;SC=ACGGAAGAACTGACACTGAGG;SOR=0.766;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=91;TCF=48;TCR=43;TR=90;WE=2917194;WS=2917176;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,141:1.00:141
chr19	2917612	rs10410539	T	C	5397.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=82;NR=56;PP=2513;SC=GGATCCACACTGGGGACAAAC;SOR=0.993;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=139;TCF=82;TCR=57;TR=138;WE=2917620;WS=2917602;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,203:1.00:203
chr19	2933480	rs3786948	C	T	388.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=12;NR=0;PP=306;SC=CCACTGTATTCGTAGATTCAC;SOR=5.136;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=12;TCR=0;TR=12;WE=2933488;WS=2933479;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr19	2934282	rs3746073	T	C	2935.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=42;NR=41;PP=1520;SC=CTCGAAAGTATGAGGGACAGC;SOR=0.712;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=83;TCF=42;TCR=41;TR=83;WE=2934290;WS=2934272;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr19	2936443	rs7251272	A	G	381.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=3;PP=272;SC=CCCTGTGCCCAGCCGATACTT;SOR=2.448;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=12;TCR=3;TR=15;WE=2936451;WS=2936433;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr19	2936623	rs4807371	C	T	1751.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=21;NR=28;PP=888;SC=ACTTTACAATCTCTTCATCAT;SOR=0.949;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=49;TCF=21;TCR=28;TR=49;WE=2936631;WS=2936613;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr19	2978135	rs445657	G	C	2475.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=41;NR=19;PP=1276;SC=CGGGTGCCTTGCTTCCCTGGC;SOR=1.364;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=60;TCF=41;TCR=19;TR=60;WE=2978143;WS=2978125;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr19	2979909	rs7248101	C	T	276.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=45;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=12;NR=1;PP=257;SC=TTGCAGTGAGCTGAGATTGTG;SOR=3.442;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=14;TCF=12;TCR=2;TR=13;WE=2979917;WS=2979899;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr19	2979962	rs58993753	C	CAAA	423.37	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.125;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=9.031;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=26.46;ReadPosRankSum=-0.714;SOR=5.421;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,14:0.88:16
chr19	2989380	rs3746075	C	G	1336.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=28;PP=826;SC=TTGAGTCTGGCAGAGCCCAGA;SOR=1.814;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=39;TCF=11;TCR=28;TR=39;WE=2989388;WS=2989370;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr19	2989697	rs6510730	T	C	2618.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=31;NR=30;PP=909;SC=AGGCCCTGGATGCCAACCTGG;SOR=0.712;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=61;TCF=31;TCR=30;TR=61;WE=2989705;WS=2989687;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr19	2991814	rs428113	T	C	4052.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=45;NR=44;PP=1720;SC=CTTGACCTGATTGCCTCCCGA;SOR=0.706;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=89;TCF=45;TCR=44;TR=89;WE=2991822;WS=2991804;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,155:1.00:155
chr19	2993427	rs435806	T	C	3774.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=48;NR=38;PP=1733;SC=GCCCATTACCTAGATAATGAG;SOR=0.871;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=86;TCF=48;TCR=38;TR=86;WE=2993435;WS=2993417;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,144:1.00:144
chr19	2993946	rs35271493	G	A	1024.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=18;NR=11;PP=524;SC=AAAAAGGTGGGTGGGGAGGAT;SOR=0.784;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=30;TCF=19;TCR=11;TR=29;WE=2993954;WS=2993936;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr19	2994107	rs34438430	C	CT	918.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=13;PP=596;SC=CTGCGGTGGGCTGGGGGCAGG;SOR=1.697;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=15;TCF=1;TCR=14;TR=14;WE=2994115;WS=2994097;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr19	2994814	rs439808	T	C	1486.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.66;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=47;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=9;PP=564;SC=TTTGAAGAGATGATGCTTCAT;SOR=0.922;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=15;TCR=9;TR=24;WE=2994822;WS=2994804;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr19	2994837	rs401886	A	G	1816.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.67;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=52;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=17;NR=11;PP=598;SC=TTGAGCTGACAGGTGGAGACC;SOR=0.844;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=28;TCF=17;TCR=11;TR=28;WE=2994845;WS=2994827;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr19	2994885	rs11084986	G	T	1996.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.394;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=23.77;ReadPosRankSum=-0.637;SOR=0.742;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,82:0.98:84
chr19	3000822	rs35046512	C	CT	209.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.110;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.74;ReadPosRankSum=-0.523;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,16:0.67:24
chr19	3006236	rs3050847	A	AAT	2834.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=40;PP=2305;SC=CAGATTGGCCAGAGCCCCACC;SOR=1.963;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=46;TCF=6;TCR=40;TR=45;WE=3006244;WS=3006226;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr19	3009788	rs216284	T	C	405.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=8;PP=274;SC=GCCTTTCATTTAGAGTTTCCA;SOR=1.329;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=4;TCR=8;TR=12;WE=3009796;WS=3009778;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr19	3014647	rs1844880	C	A	3108.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.696;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=42;PP=1462;ReadPosRankSum=-0.825;SC=TCATTGTGGTCATGCCCCTGC;SOR=0.816;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=77;TCF=35;TCR=42;TR=77;WE=3014655;WS=3014637;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,119:0.98:121
chr19	3028871	rs2288950	G	C	1044.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=7;NR=29;PP=835;SC=CCCGCAGTCCGCACTCACCGG;SOR=2.649;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=36;TCF=7;TCR=29;TR=36;WE=3028879;WS=3028861;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr19	3045589	rs56801494	C	A	213.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=21.38;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr19	3053802	rs425485	T	C	2276.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=38;NR=38;PP=1447;SC=CCAACCTCCCTGTCCCGGCCC;SOR=1.637;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=76;TCF=38;TCR=38;TR=76;WE=3053810;WS=3053792;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr19	3056213	rs3888377	G	A	86.18	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.65;BaseQRankSum=1.282;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=1;PP=75;ReadPosRankSum=-0.842;SC=GCCGAGGGCCGGCCGCTACCT;SOR=0.693;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=5;TCF=3;TCR=2;TR=4;WE=3056221;WS=3056209;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,4:0.80:5
chr19	3061344	rs62125457	G	A	564.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=13;PP=378;SC=GCGCAGCTGCGGCGCCCCCCC;SOR=2.419;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=2;TCR=13;TR=15;WE=3061352;WS=3061334;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr19	3113305	rs1682811	G	C	1210.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=30;NR=8;PP=869;SC=AGCTCTCGACGTCTCCCCTGC;SOR=2.303;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=38;TCF=30;TCR=8;TR=38;WE=3113313;WS=3113295;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr19	3119184	rs308046	T	G	2970.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=39;NR=44;PP=1914;SC=TCTGATTCCCTCTGCCTTCGC;SOR=0.751;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=83;TCF=39;TCR=44;TR=83;WE=3119192;WS=3119174;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr19	3119405	rs370286	T	G	2690.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.006;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=27.18;ReadPosRankSum=-0.383;SOR=1.044;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,97:0.98:99
chr19	3136692	rs411210	T	C	482.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=5;NR=11;PP=304;SC=AGGTCAGACATTGGCATCGTG;SOR=1.493;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=5;TCR=11;TR=16;WE=3136700;WS=3136682;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr19	3148552	rs111452853	C	G	724.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=21;NR=8;PP=555;SC=GTGGGAGTCCCGTGGAGGGCT;SOR=3.767;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=21;TCR=8;TR=29;WE=3148560;WS=3148542;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr19	3148819	rs8113569	G	T	1315.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=12;NR=27;PP=767;SC=CAGGGGCCCAGGGCAGGGTTC;SOR=1.473;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=40;TCF=13;TCR=27;TR=39;WE=3148827;WS=3148809;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr19	3149990	rs170159	G	C	1036.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=21;NR=7;PP=599;SC=GTGCGGGGGGGTCGGGAGCTC;SOR=1.802;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=28;TCF=21;TCR=7;TR=28;WE=3149998;WS=3149986;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr19	3150238	rs310680	A	G	5216.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.61;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=55;NR=66;PP=2399;SC=ATCCGGGCCTACTATGAGCGT;SOR=0.777;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=122;TCF=55;TCR=67;TR=121;WE=3150246;WS=3150228;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,196:1.00:196
chr19	3151686	rs72983023	A	C	2956.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=47;NR=28;PP=1230;SC=GCTGGGCCTCAGGACTCCTTG;SOR=1.179;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=75;TCF=47;TCR=28;TR=75;WE=3151694;WS=3151676;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr19	3155736	rs2074864	T	C	1613.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=37;NR=11;PP=1007;SC=TTATGGATCTTGGCATATCCC;SOR=1.919;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=51;TCF=37;TCR=14;TR=48;WE=3155744;WS=3155726;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr19	3157885	rs61758985	T	C	7376.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.17;SOR=1.066;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,167:1.00:167
chr19	3157885	.	TAA	CAG	2947	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;FR=1.0000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=46;NR=67;PP=2947;QD=20;SC=CCAGGGTAAGTAATTCTAGAA;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=115;TCF=47;TCR=68;TR=113;WE=3157895;WS=3157875;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:2,113:0.98:115
chr19	3157887	rs72983041	A	G	7376.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.26;SOR=1.077;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,163:1.00:163
chr19	3157916	rs66509881	C	T	3067.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=41;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=30;NR=55;PP=1786;SC=CCTTCAACTCCCAAAAGCAGC;SOR=1.295;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=85;TCF=30;TCR=55;TR=85;WE=3157924;WS=3157906;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr19	3186085	rs11551095	G	T	2165.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=0.644;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=20;PP=857;ReadPosRankSum=-0.882;SC=CTTGTCTGCCGCTCGGCTTCA;SOR=0.872;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=49;TCF=28;TCR=21;TR=47;WE=3186093;WS=3186075;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,83:0.98:85
chr19	3207348	rs312069	G	C	4926.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.215;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=66;PP=2389;ReadPosRankSum=0.158;SC=TGTTACTGCCGCGCACCATCC;SOR=0.514;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=116;TCF=49;TCR=67;TR=114;WE=3207356;WS=3207338;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,183:0.98:186
chr19	3273818	rs312928	T	C	1846.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=29;NR=37;PP=1573;SC=ACCCCCCGCCTGCCACACCCC;SOR=2.336;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=66;TCF=29;TCR=37;TR=66;WE=3273826;WS=3273808;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr19	3278206	rs11879556	G	A	487.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=14;PP=385;SC=GCTGTCATCCGGTAGCCCCTG;SOR=3.258;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=16;TCF=2;TCR=14;TR=16;WE=3278214;WS=3278196;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr19	3284819	rs3746064	T	C	2181.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.911;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=24;PP=1159;ReadPosRankSum=-0.716;SC=TTTGTTGCTGTCCTTGCGGCT;SOR=0.902;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=56;TCF=32;TCR=24;TR=56;WE=3284827;WS=3284809;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,82:0.98:84
chr19	3285012	rs59656659	T	C	853.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.61;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=15;PP=491;SC=CGCCCCCGCCTAGGGCCCCGC;SOR=4.548;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=17;TCF=2;TCR=15;TR=17;WE=3285020;WS=3285002;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr19	3285042	rs113646375	C	T	601.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.61;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=15;PP=406;SC=CCGCCCCGGACGTGTCGTTCT;SOR=5.058;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=0;TCR=15;TR=15;WE=3285050;WS=3285032;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr19	3293593	rs313784	A	G	1428.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=42;PP=1188;SC=GTGATGCTTCAAGAGGCTACA;SOR=4.758;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=42;TCF=0;TCR=42;TR=42;WE=3293601;WS=3293583;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr19	3366532	.	CG	C	171.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.502;ClippingRankSum=0.000;DP=74;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.77;MQRankSum=0.000;QD=3.18;ReadPosRankSum=0.780;SOR=0.126;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:40,14:0.26:54
chr19	3381645	rs67426967	GC	G	9839.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=273;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=40;NR=86;PP=2966;SC=AGCCTTCGGGGCCGGGCAGTG;SOR=0.895;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=129;TCF=41;TCR=88;TR=126;WE=3381653;WS=3381635;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,269:1.00:269
chr19	3448869	rs4807473	A	G	777.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=26;NR=3;PP=618;SC=TAATGGGCTCACAGCCTCTCC;SOR=3.841;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=29;TCF=26;TCR=3;TR=29;WE=3448877;WS=3448859;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr19	3452683	rs8105687	A	G	8180.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=310;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=75;NR=136;PP=2965;SC=GGCGGGGCGCATTCGGGCCTC;SOR=1.264;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=211;TCF=75;TCR=136;TR=211;WE=3452691;WS=3452673;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,304:1.00:304
chr19	3526452	rs2286543	A	G	639.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=16;PP=387;SC=CCCACCTCCCAGGCACCAGCT;SOR=2.215;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=5;TCR=16;TR=21;WE=3526460;WS=3526442;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr19	3527110	rs10420193	G	T	6501.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.519;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=258;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=7.674;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=71;NR=108;PP=2965;ReadPosRankSum=0.823;SC=TCTCCCGTCAGCAGCAAGAGG;SOR=0.653;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=184;TCF=75;TCR=109;TR=179;WE=3527118;WS=3527100;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:5,247:0.98:252
chr19	3534655	rs740685	G	A	2184.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=35;NR=30;PP=1701;SC=GTCATGTGTCGGGGCAGTGTG;SOR=0.910;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=65;TCF=35;TCR=30;TR=65;WE=3534663;WS=3534645;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr19	3534696	rs740686	C	T	3013.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=57;NR=32;PP=1896;SC=CACCTCCCAGCCCCTCAGGAC;SOR=1.358;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=89;TCF=57;TCR=32;TR=89;WE=3534704;WS=3534686;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr19	3538646	rs114420443	A	G	3015.77	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=56.90;SOR=1.938;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr19	3538647	rs113259909	C	CGTGGGTGCGTG	3064.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=10;PP=2900;SC=CGTTCCAGCACGGTGGCGGCG;SOR=1.938;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=22;TCF=10;TCR=12;TR=19;WE=3538662;WS=3538636;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr19	3538654	rs1128872	G	C	3192.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=41;NR=21;PP=1147;SC=GCACGGTGGCGGCGCCGTGCT;SOR=1.432;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=62;TCF=41;TCR=21;TR=62;WE=3538662;WS=3538636;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr19	3539444	rs7258234	T	G	653.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=13;PP=383;SC=CACTGTGGGGTCTACAGACCT;SOR=2.737;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=2;TCR=13;TR=15;WE=3539452;WS=3539434;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr19	3544120	rs11667842	G	C	2091.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=18;NR=47;PP=1394;SC=CTCGCTGGCCGCCCACAACCA;SOR=1.917;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=65;TCF=18;TCR=47;TR=65;WE=3544128;WS=3544110;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr19	3546185	rs878493	G	A	4912.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=55;NR=52;PP=2201;SC=ACACAGGCGAGGTGGTCAGCG;SOR=0.784;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=107;TCF=55;TCR=52;TR=107;WE=3546193;WS=3546175;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,182:1.00:182
chr19	3576314	rs35766767	CCTT	C	12224.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.080;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=294;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.054;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.352;NF=26;NR=88;PP=2969;ReadPosRankSum=1.702;SC=AGGTAAGCGACCTTCTTCCTC;SOR=0.244;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=120;TCF=29;TCR=91;TR=114;WE=3576324;WS=3576304;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,281:0.99:285
chr19	3595794	rs4523	A	G	3851.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=38;NR=46;PP=1618;SC=GGAACAGGATATACACCCAGG;SOR=0.779;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=84;TCF=38;TCR=46;TR=84;WE=3595802;WS=3595784;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,144:1.00:144
chr19	3610502	rs740349	G	A	480.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=13;NR=2;PP=334;SC=AGGGACCACCGGGCCCCAGTT;SOR=2.712;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=13;TCR=2;TR=15;WE=3610510;WS=3610492;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr19	3611146	rs2074786	A	G	1659.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=20;NR=23;PP=861;SC=CCCTGTGCTCAGAGGTGGGGG;SOR=0.760;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=44;TCF=20;TCR=24;TR=43;WE=3611159;WS=3611136;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr19	3611186	rs758016	C	T	4191.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.12;SOR=0.714;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr19	3611190	rs758017	C	A	4202.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.33;SOR=0.714;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr19	3611765	rs2369188	A	G	3845.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.785;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=38;PP=2001;ReadPosRankSum=0.218;SC=TTTATATAGGAGGAAACTGAG;SOR=1.094;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=104;TCF=65;TCR=39;TR=102;WE=3611773;WS=3611755;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,145:0.99:147
chr19	3611972	rs2158935	G	A	8724.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-1.502;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=344;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=95;NR=105;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.332;SC=GGAAGATGCCGTTGGCAAACT;SOR=0.248;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=203;TCF=96;TCR=107;TR=200;WE=3611980;WS=3611962;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,334:1.00:335
chr19	3612914	rs6510763	T	C	3142.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=33;NR=47;PP=1302;SC=GGTGACGGAATGCACGCTCAG;SOR=0.968;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=80;TCF=33;TCR=47;TR=80;WE=3612922;WS=3612904;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr19	3613346	rs2074789	G	A	2008.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=26;PP=987;SC=GGTGGGCGCCGCGTCCTCAGG;SOR=1.042;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=41;TCF=15;TCR=26;TR=41;WE=3613354;WS=3613336;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr19	3613400	rs2240504	C	G	3604.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=31;NR=24;PP=1183;SC=GGAGGCTGCCCACGGCCCCTC;SOR=0.867;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=55;TCF=31;TCR=24;TR=55;WE=3613408;WS=3613390;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr19	3613422	rs2074790	G	A	3905.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=36;NR=25;PP=1257;SC=ATCCTGCTCCGCGTCTGCATC;SOR=0.969;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=61;TCF=36;TCR=25;TR=61;WE=3613430;WS=3613412;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr19	3613596	rs57918402	A	G	3107.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=29;NR=45;PP=1389;SC=TGGGACGCAGAGCCGGGGTCA;SOR=0.997;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=74;TCF=29;TCR=45;TR=74;WE=3613604;WS=3613586;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr19	3614403	rs7255692	T	C	2911.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=56;NR=24;PP=1666;SC=ACCGGGCCCGTGCCATGTGGG;SOR=1.499;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=80;TCF=56;TCR=24;TR=80;WE=3614411;WS=3614393;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr19	3623229	rs7252821	A	T	398.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=5;NR=5;PP=152;SC=CGAGACCCTGAGTCAAAAAAG;SOR=0.693;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=5;TCR=5;TR=10;WE=3623237;WS=3623219;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr19	3623505	rs7252742	C	T	1350.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=28;NR=9;PP=724;SC=CCAGCCTGGGCGACAGAGCGA;SOR=1.958;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=28;TCR=9;TR=37;WE=3623513;WS=3623495;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr19	3623534	rs7253265	A	G	2718.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=40;NR=19;PP=1286;SC=GTCAAAAAAGAAAGCTGATAG;SOR=1.361;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=59;TCF=40;TCR=19;TR=59;WE=3623542;WS=3623524;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr19	3626476	rs4806945	T	C	910.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=15;NR=7;PP=455;SC=TCCCCTTCTCTAGGAAGCCCT;SOR=1.244;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=15;TCR=7;TR=22;WE=3626484;WS=3626466;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr19	3633273	rs542690	G	C	2130.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=25;NR=32;PP=1236;SC=GAGACACTTAGCCCACGGCCA;SOR=0.887;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=57;TCF=25;TCR=32;TR=57;WE=3633281;WS=3633263;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr19	3637395	rs10408855	T	C	10290.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.817;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=390;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.108;NF=133;NR=103;PP=2965;ReadPosRankSum=1.998;SC=CTGACCTCAATTGCAGCCGTG;SOR=0.880;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=236;TCF=133;TCR=103;TR=236;WE=3637403;WS=3637385;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,383:0.99:385
chr19	3638041	rs1879038	G	C	599.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=6;NR=9;PP=302;SC=ATGAAGCAGCGAGGAGGTGCC;SOR=1.085;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=15;TCF=6;TCR=9;TR=15;WE=3638049;WS=3638031;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr19	3641672	rs3815338	C	T	1085.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=24;NR=7;PP=638;SC=AGCAGGTGGGCGCCCCGACCT;SOR=1.923;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=24;TCR=7;TR=31;WE=3641680;WS=3641662;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr19	3645947	rs12460780	G	A	6790.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.284;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=273;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=92;NR=65;PP=2708;ReadPosRankSum=0.738;SC=GGTCCCTCCCGCCTTGCGGGG;SOR=0.565;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=162;TCF=94;TCR=68;TR=157;WE=3645955;WS=3645937;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,268:0.99:271
chr19	3647440	rs4806948	A	G	1433.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=18;NR=21;PP=687;SC=ATGCCAGGCCACCTCACTCAG;SOR=0.765;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=39;TCF=18;TCR=21;TR=39;WE=3647448;WS=3647430;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr19	3653525	rs2074957	C	T	3477.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=0.805;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=47;PP=1398;ReadPosRankSum=-0.971;SC=TCTTGCCCCCCGACTGCACGC;SOR=1.249;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=68;TCF=21;TCR=47;TR=67;WE=3653533;WS=3653515;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,132:0.99:134
chr19	3656652	rs10432303	G	A	1087.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=27;PP=769;SC=AACTGATGACGGGTCGCTGCA;SOR=2.494;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=6;TCR=27;TR=33;WE=3656660;WS=3656642;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
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chr19	3667461	rs7257360	T	C	1653.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=43;PP=980;SC=TGTGTAACTCTGCGTGGGGCT;SOR=3.296;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=48;TCF=5;TCR=43;TR=48;WE=3667469;WS=3667451;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr19	3721770	rs630335	G	C	484.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=5;PP=317;SC=AGGAGGACGAGAGCCCGGCCC;SOR=1.493;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=17;TCF=12;TCR=5;TR=17;WE=3721778;WS=3721760;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr19	3728495	rs58440297	CCT	C	9161.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-3.591;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=8.834;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.477;NF=36;NR=68;PP=2972;ReadPosRankSum=-0.048;SC=CCTCCCTCTCCCTGTCTGGGT;SOR=0.057;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=109;TCF=39;TCR=70;TR=104;WE=3728504;WS=3728485;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,212:0.98:216
chr19	3730041	rs7258176	C	T	6285.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=241;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=96;NR=52;PP=2877;SC=GCGACCACATCGTCATGGTGA;SOR=1.103;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=149;TCF=97;TCR=52;TR=148;WE=3730049;WS=3730031;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,235:1.00:235
chr19	3734175	rs3746122	G	C	1204.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=32;NR=7;PP=899;SC=GTGAGCCACCGTGCCCAGCTC;SOR=2.531;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=40;TCF=33;TCR=7;TR=39;WE=3734183;WS=3734165;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr19	3738402	rs62130650	C	A	859.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=18;NR=9;PP=487;SC=GGTGATACCCCAGTCGGAAAG;SOR=1.352;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=27;TCF=18;TCR=9;TR=27;WE=3738410;WS=3738392;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr19	3738649	rs599587	A	C	2071.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=20;NR=38;PP=1045;SC=GGTGACGCAGAGGAAGCAGGA;SOR=1.281;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=58;TCF=20;TCR=38;TR=58;WE=3738657;WS=3738639;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr19	3738971	rs600986	A	G	4369.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=55;NR=54;PP=1995;SC=AGCCCAGTCCACCGTCTGGCC;SOR=0.705;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=109;TCF=55;TCR=54;TR=109;WE=3738979;WS=3738961;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,167:1.00:167
chr19	3746087	rs501168	G	A	3540.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=32;NR=38;PP=1459;SC=AAAGTAAGCCGGGTCCTGCTA;SOR=0.820;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=71;TCF=33;TCR=38;TR=70;WE=3746095;WS=3746077;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr19	3746207	rs624300	T	C	598.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=15;PP=354;SC=GAGCCCCTTTTGGAGGCTTTG;SOR=2.030;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=5;TCR=15;TR=20;WE=3746215;WS=3746197;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr19	3749971	rs7257905	A	G	472.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=1;PP=357;SC=TCCCAGCCTCAGTTTTCTCAT;SOR=3.500;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=16;TCF=15;TCR=1;TR=16;WE=3749979;WS=3749969;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr19	3750205	rs10692689	T	TGG	7760.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=16;NR=57;PP=2966;SC=TATTCCAGATTGGGGCCCTCA;SOR=0.807;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=78;TCF=16;TCR=62;TR=73;WE=3750213;WS=3750195;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,184:1.00:184
chr19	3750615	rs1046268	T	C	7044.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.22;SOR=0.808;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,163:1.00:163
chr19	3750622	rs1046271	A	C	6822.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.59;SOR=0.845;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,153:1.00:153
chr19	3750690	rs1046278	A	C	1753.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=34;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=21;NR=33;PP=1196;SC=TGACCTCTCGAAGGCTGCCAG;SOR=1.255;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=54;TCF=21;TCR=33;TR=54;WE=3750698;WS=3750680;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr19	3752874	rs8102086	A	G	4896.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=57;NR=53;PP=2000;SC=TGGAGGTGGCAGGCGCCTGGG;SOR=0.758;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=110;TCF=57;TCR=53;TR=110;WE=3752882;WS=3752864;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,188:1.00:188
chr19	3753148	rs10414283	A	C	1310.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.69;SOR=0.976;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr19	3753152	rs10411927	G	A	1310.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.69;SOR=0.976;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr19	3753656	rs12609548	T	A	1341.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.508;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=10;PP=582;ReadPosRankSum=-0.902;SC=AAAAAGAATTTAAAAATAAGC;SOR=1.342;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=34;TCF=23;TCR=11;TR=32;WE=3753664;WS=3753646;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,57:0.97:59
chr19	3753769	rs3746120	C	T	4864.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=67;NR=40;PP=2009;SC=TCACGTCCTCCGCGTAGAATA;SOR=1.046;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=108;TCF=67;TCR=41;TR=107;WE=3753777;WS=3753759;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,182:1.00:182
chr19	3753874	rs34868972	G	A	6951.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.642;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=273;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.84;ReadPosRankSum=-0.991;SOR=0.747;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,267:0.99:269
chr19	3760334	rs60648147	C	A	879.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=18;PP=518;SC=AGGTTTCGCCCGGGTGCAGTG;SOR=1.609;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=24;TCF=6;TCR=18;TR=24;WE=3760342;WS=3760324;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr19	3770965	rs79588413	G	A	3615.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.68;BaseQRankSum=0.579;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=30;PP=950;ReadPosRankSum=-1.371;SC=CACCTGGAGGGTGCGAGAGGG;SOR=0.859;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=53;TCF=22;TCR=31;TR=51;WE=3770973;WS=3770955;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,141:0.99:143
chr19	3772028	rs148374636	C	CG,CGG	1214.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.604;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=1.833;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=23.82;ReadPosRankSum=-0.336;SOR=1.455;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:6,15,30:0.29,0.59:51
chr19	3779934	rs12610723	A	C	622.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=7;NR=15;PP=443;SC=TGAAACACAGACCCCATGCTC;SOR=1.931;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=7;TCR=15;TR=22;WE=3779942;WS=3779924;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr19	3781566	rs11671881	C	A	6335.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=245;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=78;NR=61;PP=2627;SC=ACGCACCTCCCATCTTCCTTC;SOR=0.833;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=139;TCF=78;TCR=61;TR=139;WE=3781574;WS=3781556;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,242:1.00:242
chr19	3783070	rs3746115	G	A	3998.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=75;NR=33;PP=2234;SC=CCTTCCTCCCGGACTGGGCTA;SOR=1.516;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=108;TCF=75;TCR=33;TR=108;WE=3783078;WS=3783060;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,148:1.00:148
chr19	3784757	rs2074976	T	G	3708.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=51;NR=28;PP=1667;SC=CAGGAAGGGGTCTCAGGGTGT;SOR=1.076;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=79;TCF=51;TCR=28;TR=79;WE=3784765;WS=3784747;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,139:1.00:139
chr19	3785223	rs4807509	T	G	1321.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=32;PP=951;SC=CACAGGCCAGTCGGCTGGCAC;SOR=2.252;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=42;TCF=10;TCR=32;TR=42;WE=3785231;WS=3785213;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr19	3811457	rs10413220	G	C	1417.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.25;SOR=1.118;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr19	3833572	rs56713158	TA	T	33.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.630;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.46;ReadPosRankSum=-0.106;SOR=0.779;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:57,16:0.22:73
chr19	3902722	rs2060247	C	G	1234.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=27;PP=696;SC=TGATGGCGCTCTCATGAAGCC;SOR=1.880;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=36;TCF=8;TCR=28;TR=35;WE=3902730;WS=3902712;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr19	3920616	rs8108660	T	C	602.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=58.47;QD=26.21;SOR=1.708;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr19	3939928	rs4807536	C	T	2866.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=30;NR=37;PP=1271;SC=GCCGCCGGTACTTCCTGACCG;SOR=0.931;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=67;TCF=30;TCR=37;TR=67;WE=3939936;WS=3939918;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr19	3958324	rs3745980	C	G	1444.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=29;NR=12;PP=830;SC=CCCGGTTTGTCCCCTCCTTCC;SOR=1.480;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=41;TCF=29;TCR=12;TR=41;WE=3958332;WS=3958314;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr19	3958397	rs7255123	A	G	3990.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=46;NR=37;PP=1465;SC=GCATATCCCCAGTGGCCAAGG;SOR=0.818;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=83;TCF=46;TCR=37;TR=83;WE=3958405;WS=3958387;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,151:1.00:151
chr19	3963724	rs2278437	G	A	3747.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=31;NR=49;PP=1601;SC=ACCCTCCCAGGACCGTGGCGT;SOR=0.956;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=80;TCF=31;TCR=49;TR=80;WE=3963732;WS=3963714;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,143:1.00:143
chr19	3969505	rs2304194	G	A	731.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=15;NR=7;PP=450;SC=ATTCACAGCCGGGGCTGTCTG;SOR=1.302;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=15;TCR=7;TR=22;WE=3969513;WS=3969495;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr19	3977486	rs36527	A	G	3147.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=43;NR=49;PP=1504;SC=GCACACTGGCATAGAGGCAGC;SOR=0.793;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=92;TCF=43;TCR=49;TR=92;WE=3977494;WS=3977476;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr19	3979408	rs36526	A	G	4185.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=52;NR=43;PP=1684;SC=CCGCGATGATATGCTCTCCCG;SOR=0.770;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=95;TCF=52;TCR=43;TR=95;WE=3979416;WS=3979398;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,160:1.00:160
chr19	3980824	rs36525	A	G	2673.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=28;NR=42;PP=1387;SC=GGGCCCGGCCACCGGGACCAC;SOR=1.067;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=70;TCF=28;TCR=42;TR=70;WE=3980832;WS=3980814;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr19	4024020	rs2028827	G	A	8089.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=311;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=102;NR=79;PP=2965;SC=CCCTGACCCCGTGTTTGTCTT;SOR=0.867;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=181;TCF=102;TCR=79;TR=181;WE=4024028;WS=4024010;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,309:1.00:309
chr19	4028067	rs4520954	C	T	5160.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=69;NR=50;PP=2349;SC=CGGTCTCCACCTTGTCGGGTG;SOR=0.933;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=120;TCF=70;TCR=50;TR=119;WE=4028075;WS=4028057;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,193:1.00:193
chr19	4028783	rs2289863	C	T	7513.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.378;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=293;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.508;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=90;NR=80;PP=2965;ReadPosRankSum=0.240;SC=TCAACCTCACCCACCTCATGT;SOR=0.372;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=177;TCF=93;TCR=84;TR=170;WE=4028791;WS=4028773;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,283:0.99:287
chr19	4032949	rs895333	A	G	3115.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=73;NR=25;PP=1880;SC=CCAATCCCTCACGGCCCCGAG;SOR=2.001;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=98;TCF=73;TCR=25;TR=98;WE=4032957;WS=4032939;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr19	4033244	rs749449	G	C	2180.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=56;PP=1469;SC=CCCTGGGCCCGGGGCGGCTTG;SOR=2.554;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=69;TCF=13;TCR=56;TR=69;WE=4033252;WS=4033234;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr19	4033462	rs7255988	T	C	7428.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=292;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=97;NR=70;PP=2858;SC=CAGAGACCTGTGCCCACCTGC;SOR=0.945;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=168;TCF=97;TCR=71;TR=167;WE=4033470;WS=4033452;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,282:1.00:282
chr19	4033614	rs12460140	G	A	4828.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=45;NR=85;PP=2745;SC=GGCCGGAGCCGGACATCCGTG;SOR=1.272;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=134;TCF=49;TCR=85;TR=130;WE=4033622;WS=4033604;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,175:1.00:175
chr19	4037467	rs145338811	G	A	3932.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.292;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=70;NR=31;PP=2113;ReadPosRankSum=0.635;SC=GAAAAGGAGCGCAGCTGCAGC;SOR=0.623;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=102;TCF=71;TCR=31;TR=101;WE=4037475;WS=4037447;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,141:0.99:142
chr19	4037525	rs2305106	C	T	6781.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.548;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=264;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=87;NR=75;PP=2932;ReadPosRankSum=-0.297;SC=CCCCACCAGCCGCGCAGTCCG;SOR=0.428;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=165;TCF=89;TCR=76;TR=162;WE=4037533;WS=4037515;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,258:0.99:261
chr19	4042077	rs4410205	C	A	1686.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=28;NR=14;PP=791;SC=CTCTGAAGCACAGAGGTTAGG;SOR=1.196;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=42;TCF=28;TCR=14;TR=42;WE=4042085;WS=4042067;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr19	4099272	rs11539506	G	A	5574.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=101;NR=56;PP=2965;SC=CGTCGACCACGGGCCGGCCAA;SOR=0.941;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=159;TCF=101;TCR=58;TR=157;WE=4099280;WS=4099262;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,205:1.00:205
chr19	4102449	rs17851657	G	A	7219.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.63;BaseQRankSum=0.867;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=291;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=72;PP=2549;ReadPosRankSum=0.552;SC=GGGAGCCGCCGTCCTAGAGGG;SOR=0.766;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=137;TCF=65;TCR=72;TR=137;WE=4102457;WS=4102439;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,282:0.99:286
chr19	4123566	.	TCCC	T	313	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;FR=0.5000;HP=7;HapScore=2;MGOF=48;MMLQ=23;MQ=56.9;NF=0;NR=13;PP=313;QD=26.0769230769;SC=TGCCCCGTCCTCCCCCGAGGG;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=2;TCR=16;TR=13;WE=4123576;WS=4123559;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:5,13:0.72:18
chr19	4153659	rs350879	G	A	1390.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=35;NR=15;PP=970;SC=GAGCTTGCCCGGCCCCAGGTA;SOR=1.848;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=50;TCF=35;TCR=15;TR=50;WE=4153667;WS=4153649;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr19	4169998	rs350852	G	A	243.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=8;NR=2;PP=171;SC=CTGACCTGCCGAGTAACCTTG;SOR=2.303;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=11;TCF=9;TCR=2;TR=10;WE=4170006;WS=4169992;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr19	4170378	rs350851	G	A	647.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=10;PP=291;SC=AGGCCGAGGCGGGTGGATCAC;SOR=1.179;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=5;TCR=10;TR=15;WE=4170386;WS=4170368;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr19	4174950	rs350845	A	G	2586.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=29;NR=37;PP=1362;SC=GGTCCTGCCGAGGGGCGGGAC;SOR=0.874;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=66;TCF=29;TCR=37;TR=66;WE=4174958;WS=4174940;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr19	4177051	rs350844	A	G	1347.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=25;NR=10;PP=660;SC=CAGAGCCCCCACCCCTGCACC;SOR=1.118;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=36;TCF=26;TCR=10;TR=35;WE=4177059;WS=4177041;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr19	4177331	rs350843	A	C	477.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=7;NR=8;PP=266;SC=GGGCAAGTGGACCAACCTCTC;SOR=0.914;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=15;TCF=7;TCR=8;TR=15;WE=4177339;WS=4177321;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr19	4180690	rs7260071	T	G	2957.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=43;NR=25;PP=1321;SC=CAGATGGATGTGTTCTCATTC;SOR=1.232;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=68;TCF=43;TCR=25;TR=68;WE=4180698;WS=4180680;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr19	4180836	rs352493	C	T	4280.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=42;NR=47;PP=1804;SC=GAACACCACACTGGAAGACTG;SOR=0.823;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=89;TCF=42;TCR=47;TR=89;WE=4180844;WS=4180826;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,162:1.00:162
chr19	4198154	rs1963331	C	T	1026.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=14;NR=10;PP=450;SC=CGGCGGCCTGCGCTGGTGAGG;SOR=1.040;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=24;TCF=14;TCR=10;TR=24;WE=4198162;WS=4198144;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr19	4199809	rs112892199	C	CA	2676.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=23;NR=13;PP=1708;SC=GAGCCCCTGTCGGGGGCGTGG;SOR=1.385;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=36;TCF=23;TCR=13;TR=36;WE=4199817;WS=4199799;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr19	4199839	rs6510793	A	C	2406.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=43;NR=21;PP=1375;SC=AGCAGCCAACACTGCCCCACG;SOR=1.286;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=64;TCF=43;TCR=21;TR=64;WE=4199847;WS=4199829;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr19	4200156	rs2052191	G	A	1047.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=22;PP=665;SC=TGTCATGAGCGCGGACGGGGC;SOR=1.387;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=9;TCR=22;TR=31;WE=4200164;WS=4200146;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr19	4200206	rs2052192	A	G	458.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=5;NR=10;PP=339;SC=AGGAGGAACTAAGCCCAGGTG;SOR=1.371;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=5;TCR=10;TR=15;WE=4200214;WS=4200196;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr19	4201805	rs11672646	G	T	332.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=10;NR=2;PP=242;SC=GATCGCTTGAGCCTAGGTGTT;SOR=2.670;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=10;TCR=2;TR=12;WE=4201813;WS=4201796;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr19	4202683	rs352513	T	C	524.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=5;PP=374;SC=CCTCAAATTCTCAGCTGCTTC;SOR=1.493;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=17;TCF=12;TCR=5;TR=17;WE=4202691;WS=4202673;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr19	4202793	rs7260407	A	G	1934.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.556;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=22;PP=928;ReadPosRankSum=-0.661;SC=AGCCCAGGGTAGGGAAGGCAG;SOR=0.828;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=52;TCF=30;TCR=22;TR=52;WE=4202801;WS=4202783;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,77:0.97:79
chr19	4208082	rs2240670	T	C	3381.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=28;NR=67;PP=2067;SC=TAGGAGGTCCTAGAGCTTACC;SOR=1.777;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=95;TCF=28;TCR=67;TR=95;WE=4208090;WS=4208072;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr19	4210017	rs67953324	G	A	1805.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=2.461;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=24;PP=891;ReadPosRankSum=-0.540;SC=ATGGCCCCCCGATCGGCCCCC;SOR=0.307;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=56;TCF=32;TCR=24;TR=55;WE=4210025;WS=4210007;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,75:0.99:76
chr19	4210356	rs12978469	G	A	2185.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=38;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=24;NR=26;PP=851;SC=CACAAGGAACGGAGGCAGCAG;SOR=0.846;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=50;TCF=24;TCR=26;TR=50;WE=4210364;WS=4210346;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr19	4210382	rs72980936	C	T	3122.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=45;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=22;NR=30;PP=900;SC=TAGGAGGCCTCGGAGATTTGG;SOR=0.976;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=52;TCF=22;TCR=30;TR=52;WE=4210390;WS=4210372;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr19	4210401	rs60239405	C	CA	3148.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=40;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=28;PP=1443;SC=GGGCGTGGGCCAGCCTGGGTG;SOR=1.032;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=32;TCF=4;TCR=28;TR=32;WE=4210409;WS=4210391;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr19	4210465	rs12710072	A	G	1111.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.25;QD=25.86;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr19	4212808	rs58559746	C	A	798.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=16;PP=451;SC=CACGTGCAAACACACGCACCA;SOR=1.688;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=5;TCR=16;TR=21;WE=4212816;WS=4212798;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr19	4216910	rs10413818	G	A	2129.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=29;NR=30;PP=1220;SC=CACGGGAGCCGAGGCCACGGG;SOR=0.719;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=59;TCF=29;TCR=30;TR=59;WE=4216918;WS=4216900;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr19	4217207	rs353693	T	G	3610.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=30;NR=52;PP=1733;SC=AGGGATGGAATCCACAGGAGT;SOR=1.072;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=82;TCF=30;TCR=52;TR=82;WE=4217215;WS=4217197;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,134:1.00:134
chr19	4217587	rs58333777	G	A	303.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=3;NR=5;PP=136;SC=AGCTGGAGGCGGCCTCGGCCT;SOR=1.022;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=3;TCR=5;TR=8;WE=4217595;WS=4217577;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr19	4217956	rs6510794	A	G	856.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=16;NR=9;PP=414;SC=GGGGCCGGGCAGCCAGTCTGG;SOR=1.244;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=16;TCR=9;TR=25;WE=4217964;WS=4217946;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr19	4292961	.	C	CT	275.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.835;ClippingRankSum=0.000;DP=165;ExcessHet=3.0103;FS=4.325;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.42;ReadPosRankSum=2.001;SOR=0.345;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:83,31:0.27:114
chr19	4297855	rs112590213	TA	T	268.27	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.302;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.94;ReadPosRankSum=-0.031;SOR=0.665;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:5,22:0.81:27
chr19	4297968	rs6510801	C	T	5912.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=235;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=78;NR=57;PP=2482;SC=TCCCTCTCCCCGCTGGCTCCC;SOR=0.862;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=138;TCF=80;TCR=58;TR=135;WE=4297976;WS=4297958;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,228:1.00:228
chr19	4306311	rs4807578	T	C	2165.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=19;NR=40;PP=1313;SC=GTGCCAGCCGTACCTACGAGC;SOR=1.379;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=59;TCF=19;TCR=40;TR=59;WE=4306319;WS=4306301;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr19	4308098	rs11669091	T	C	1635.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=11;NR=22;PP=790;SC=TTGGCAAAAGTACATACTGAT;SOR=1.179;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=33;TCF=11;TCR=22;TR=33;WE=4308106;WS=4308088;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr19	4310217	rs56388602	G	A	1404.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.61;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=25;NR=10;PP=644;SC=GCAAGACTCCGTCTCAAAAAC;SOR=1.402;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=35;TCF=25;TCR=10;TR=35;WE=4310225;WS=4310207;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr19	4322990	rs67511110	G	A	1671.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=29;NR=9;PP=757;SC=CAGGGGACACGCTGATCGACG;SOR=1.536;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=29;TCR=9;TR=38;WE=4322998;WS=4322980;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr19	4325133	rs5826839	CA	C	335.14	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.307;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=2.634;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.97;ReadPosRankSum=0.493;SOR=0.184;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:4,24:0.86:28
chr19	4325327	rs10411394	G	A	5236.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.102;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=56;PP=2232;ReadPosRankSum=-0.650;SC=AAAGTGTAACGTGTCACATCA;SOR=0.275;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=123;TCF=67;TCR=56;TR=122;WE=4325335;WS=4325317;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,200:1.00:201
chr19	4325433	rs1138253	G	A	4233.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.185;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=64;PP=2041;ReadPosRankSum=-0.381;SC=CATCTCCAATGGGGGTCACGT;SOR=1.017;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=116;TCF=49;TCR=67;TR=108;WE=4325441;WS=4325423;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:6,168:0.97:174
chr19	4328860	rs11882358	T	C	4038.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.658;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=54;PP=1517;ReadPosRankSum=-0.785;SC=TCCGCTCTTCTGCACGTAAAC;SOR=0.826;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=100;TCF=45;TCR=55;TR=98;WE=4328868;WS=4328850;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,158:0.99:160
chr19	4331940	rs145454096	AAAAG	A	1942.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.70;QD=44.15;SOR=0.990;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr19	4332105	rs7258060	A	T	2016.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=47;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=17;NR=24;PP=758;SC=AAAGAATCCAAGTCAGTGAGC;SOR=0.876;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=42;TCF=17;TCR=25;TR=41;WE=4332113;WS=4332095;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr19	4333666	rs10413905	T	C	395.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=8;NR=4;PP=137;SC=ACCGCCCCTCTGCACCCCTCC;SOR=1.244;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=8;TCR=4;TR=12;WE=4333674;WS=4333656;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
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chr19	4338586	rs35303066	CAGAG	C	1321.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.782;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.9999;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.375;NF=7;NR=13;PP=1069;ReadPosRankSum=0.510;SC=GACAGGGACTCAGAGAGGTGC;SOR=0.247;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=24;TCF=9;TCR=15;TR=20;WE=4338597;WS=4338576;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,33:0.97:34
chr19	4343626	.	C	CGGGGCGCGGGGCTGCA	252.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.792;ClippingRankSum=-0.000;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=36.10;ReadPosRankSum=1.465;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,6:0.86:7
chr19	4352763	rs11668153	C	T	551.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=14;NR=2;PP=233;SC=TGCTCCCTCCCTCCCTCTAGT;SOR=4.514;SbPval=0.96;Source=Platypus;TC=20;TCF=14;TCR=6;TR=16;WE=4352771;WS=4352753;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr19	4352838	rs11668187	C	G	1467.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.21;SOR=2.221;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr19	4352959	rs11882587	A	G	2798.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=27;NR=29;PP=951;SC=ACGTTCTGGCAGGGGTCTCAG;SOR=0.731;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=56;TCF=27;TCR=29;TR=56;WE=4352967;WS=4352949;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr19	4353841	rs7246177	T	C	327.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=0;PP=144;SC=ATTTCTTCTTTGTAAATAAGA;SOR=1.981;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=7;TCR=0;TR=6;WE=4353849;WS=4353831;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr19	4355035	rs2041772	A	G	1766.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.24;SOR=3.258;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr19	4355054	rs2041773	A	G	1316.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.32;SOR=4.174;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr19	4355203	rs2041774	G	A	388.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=9;PP=283;SC=GCATTCTGGGGAGGGTTGGGA;SOR=1.765;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=13;TCF=4;TCR=9;TR=13;WE=4355211;WS=4355193;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr19	4357555	rs4807583	A	G	5757.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.68;BaseQRankSum=-2.114;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=47;PP=1511;ReadPosRankSum=0.897;SC=CCAAGATCTCACCTTTCTGGG;SOR=0.286;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=83;TCF=34;TCR=49;TR=81;WE=4357563;WS=4357545;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,226:1.00:227
chr19	4363289	rs62129346	C	T	413.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=11;NR=2;PP=300;SC=CACCCCACAGCGAGGTGTGCT;SOR=3.912;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=11;TCR=2;TR=13;WE=4363297;WS=4363279;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr19	4400314	rs62129356	C	T	3547.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.61;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=36;NR=34;PP=1253;SC=CCTGGGCCTGCGCTCACCTGG;SOR=0.737;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=70;TCF=36;TCR=34;TR=70;WE=4400322;WS=4400304;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,137:1.00:137
chr19	4402656	.	C	G	519.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=61.64;QD=39.98;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr19	4402659	rs200677191	G	GGCGGCAGCA	485.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=62.45;QD=37.36;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr19	4406160	rs243342	G	A	76.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=2;PP=25;SC=ACTTATGCACGATTGGTGTTT;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=2;TCF=0;TCR=2;TR=2;WE=4406168;WS=4406150;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr19	4408751	rs243347	A	G	770.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=20;NR=3;PP=507;SC=GATTACAGGCATGAGCCACCA;SOR=2.546;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=23;TCF=20;TCR=3;TR=23;WE=4408759;WS=4408741;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr19	4409756	rs2230636	A	G	5865.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.427;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=235;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=113;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.255;SC=CCCTCCGCAGAGTGAGTATCT;SOR=0.853;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=172;TCF=56;TCR=116;TR=168;WE=4409764;WS=4409746;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,220:0.99:223
chr19	4417845	rs34080966	T	C	537.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-1.528;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=5;PP=393;ReadPosRankSum=0.928;SC=CCGTAGTCTCTCTTGTTATCT;SOR=0.941;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=19;TCF=14;TCR=5;TR=18;WE=4417853;WS=4417835;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,19:0.95:20
chr19	4423419	rs11668886	C	T	3191.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.071;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.53;ReadPosRankSum=-0.926;SOR=0.647;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:3,122:0.98:125
chr19	4429007	rs62130978	C	T	833.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=22;PP=574;SC=CTAGTGCCCTCGGGCCCTGGG;SOR=2.910;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=25;TCF=3;TCR=22;TR=25;WE=4429015;WS=4428997;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr19	4442336	rs9352	C	T	2315.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.555;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=30;PP=1028;ReadPosRankSum=1.036;SC=CCGGATGCTGCGGGTGAGAAG;SOR=0.714;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=61;TCF=30;TCR=31;TR=59;WE=4442344;WS=4442326;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,93:0.98:95
chr19	4442529	rs243382	T	C	294.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=7;PP=170;SC=ATGCCAGGCATCGTTCTGGCC;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=7;WE=4442537;WS=4442519;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr19	4442999	rs243383	T	G	3452.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=61;NR=33;PP=1791;SC=CACCCTGACCTCGAGCCCACT;SOR=1.249;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=94;TCF=61;TCR=33;TR=94;WE=4443007;WS=4442989;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr19	4446995	rs243389	C	T	2189.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.771;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=44;PP=1325;ReadPosRankSum=-0.178;SC=GTCCAGGGGCCCGGCTCTCGC;SOR=0.732;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=64;TCF=19;TCR=45;TR=63;WE=4447003;WS=4446985;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,78:0.99:79
chr19	4453324	rs376965	TG	CC	5158.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=47;NR=27;PP=2947;SC=CCACAACCTGTGTCCACCTTG;SOR=1.199;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=79;TCF=50;TCR=29;TR=74;WE=4453333;WS=4453303;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr19	4454083	rs1127888	C	T	1858.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.68;BaseQRankSum=-2.115;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=18;PP=550;ReadPosRankSum=-0.972;SC=TCTTTGTGGGCCTTTTCCCTG;SOR=0.358;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=29;TCF=10;TCR=19;TR=28;WE=4454091;WS=4454073;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,72:0.99:73
chr19	4457496	rs10425328	CG	GC	1582.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=44;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=21;NR=2;PP=1556;SC=CTGACCCTCGCGTGCCGCTCC;SOR=2.964;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=26;TCF=24;TCR=2;TR=23;WE=4457505;WS=4457486;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr19	4457518	rs56153949	C	G	2105.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=42;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=34;NR=6;PP=1134;SC=AGCCCCTCATCCTCTCCGATC;SOR=2.480;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=34;TCR=6;TR=40;WE=4457526;WS=4457508;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr19	4457792	rs12977256	T	A	1478.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.53;QD=41.08;SOR=3.383;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr19	4457796	rs12985963	A	T	1415.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.48;QD=42.90;SOR=3.193;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr19	4472322	rs61606737	C	T	3338.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.526;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=1.736;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=38;PP=1365;ReadPosRankSum=-0.051;SC=AGCCGCTTTCCGCGGCCTGGG;SOR=0.580;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=81;TCF=41;TCR=40;TR=75;WE=4472330;WS=4472312;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:5,137:0.96:142
chr19	4472460	rs182316418	G	T	268.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;QD=24.43;SOR=3.912;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr19	4472484	.	G	GAGGC	347.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=48;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=2;NR=19;PP=1425;SC=CCCCGGGCCGGAGGCGGGCAC;SOR=4.615;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=22;TCF=2;TCR=20;TR=21;WE=4472492;WS=4472474;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr19	4472503	rs189053880	C	A	286.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=47.80;SOR=3.912;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr19	4475362	rs2288932	T	G	5439.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.929;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.190;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=53;PP=2392;ReadPosRankSum=0.376;SC=AGTGTCCCCTTCTGGGGCTTG;SOR=0.537;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=117;TCF=64;TCR=53;TR=117;WE=4475370;WS=4475352;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,202:0.99:205
chr19	4488632	rs10422594	C	T	518.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=18;NR=1;PP=437;SC=AATCCACCCACGACTGGTGGT;SOR=4.407;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=19;TCF=18;TCR=1;TR=19;WE=4488640;WS=4488622;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr19	4488926	rs10421685	G	A	2774.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.43;SOR=1.168;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr19	4491476	rs11878416	G	C	756.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=20;NR=4;PP=599;SC=GAGCTCAGCTGTCGTGGGTGG;SOR=3.014;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=20;TCR=4;TR=24;WE=4491484;WS=4491466;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr19	4493708	rs892161	A	G	2931.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=65;NR=22;PP=1688;SC=AGAAGGCGCCATCAGCCTCCG;SOR=1.856;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=87;TCF=65;TCR=22;TR=87;WE=4493716;WS=4493698;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr19	4496198	rs2288930	A	G	1863.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=35;NR=17;PP=1028;SC=GTGGAGGGCGACAGAAAGGGT;SOR=1.385;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=52;TCF=35;TCR=17;TR=52;WE=4496206;WS=4496188;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr19	4498212	rs2288927	A	C	749.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=9;NR=11;PP=495;SC=CCCATGACAAATCCTCCAGAG;SOR=0.770;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=9;TCR=11;TR=20;WE=4498220;WS=4498202;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr19	4498245	rs2288926	A	G	947.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=12;NR=10;PP=472;SC=CTGCCCTTGAACAGCTGGCCC;SOR=0.811;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=22;TCF=12;TCR=10;TR=22;WE=4498253;WS=4498235;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr19	4499632	rs72100503	AAGCTGGCCGGGGAGG	A	3276.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=0;NR=30;PP=2933;SC=GGCCGAGGAGAAGCTGGCCGG;SOR=1.739;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=53;TCF=0;TCR=53;TR=30;WE=4499654;WS=4499622;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr19	4502287	rs7254167	G	T	603.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=14;PP=395;SC=TGGGGCGCAGGCGGCAGTGTC;SOR=2.200;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=4;TCR=14;TR=18;WE=4502295;WS=4502277;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr19	4508945	rs8105775	A	G	5329.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=55;NR=63;PP=2240;SC=CCTTTGGCCCAGGCTGGGAGG;SOR=0.785;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=118;TCF=55;TCR=63;TR=118;WE=4508953;WS=4508935;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,203:1.00:203
chr19	4512669	rs55901236	T	C	7936.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.589;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=317;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=8.761;NF=115;NR=134;PP=2965;ReadPosRankSum=1.433;SC=CTGCAGACGGTGTCCTTTGTA;SOR=0.796;SbPval=0.52;Source=Platypus;TCF=116;TR=249;WE=4512677;WS=4512659;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,305:0.99:309
chr19	4513143	rs4807595	CA	TG	7488.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.62;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=85;NR=50;PP=2947;SC=TTCATGGCACCAGTCACCCCA;SOR=1.234;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=146;TCF=91;TCR=55;TR=135;WE=4513152;WS=4513133;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,167:1.00:167
chr19	4525046	rs1610090	A	G	3367.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=54;NR=34;PP=1735;SC=TTCCCAGGGCAGGCCGGGGCG;SOR=1.196;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=95;TCF=55;TCR=40;TR=88;WE=4525054;WS=4525036;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,129:1.00:129
chr19	4529622	rs56850019	T	TACAC	295.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.140;NF=3;NR=0;PP=144;ReadPosRankSum=1.593;SC=CATATATGTATACACACACAC;SOR=0.859;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=4;TCR=1;TR=3;WE=4529630;WS=4529612;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,8:0.89:9
chr19	4544645	rs28731213	T	A	1338.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.84;SOR=4.047;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr19	4546592	rs112691576	T	TTTAA	456.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.52;SOR=1.270;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr19	4548015	rs4807602	G	A	1387.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=23;NR=11;PP=745;SC=TCCCGCCCACGGCTGGCCTGG;SOR=1.244;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=23;TCR=11;TR=34;WE=4548023;WS=4548005;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr19	4548245	rs10853972	C	A	7927.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.244;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=302;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=97;NR=85;PP=2965;ReadPosRankSum=1.311;SC=CTCCTGCTGGCGACCCCTTCC;SOR=0.778;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=184;TCF=98;TCR=86;TR=182;WE=4548253;WS=4548235;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,294:0.99:298
chr19	4550698	rs2043328	C	T	286.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=9;NR=3;PP=195;SC=AACTGTATAACGGGTACAGCT;SOR=1.981;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=12;TCF=9;TCR=3;TR=12;WE=4550706;WS=4550688;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr19	4555310	rs10853973	T	C	623.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=12;PP=409;SC=AAGCCCCAAATCCCGCTGAGC;SOR=0.963;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=9;TCR=12;TR=21;WE=4555318;WS=4555300;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr19	4557056	rs10422881	A	C	3569.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=40;NR=55;PP=2047;SC=TGAGGGGGTAACGGGTCCCAG;SOR=0.895;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=95;TCF=40;TCR=55;TR=95;WE=4557064;WS=4557046;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chr19	4558431	rs2304213	C	G	611.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.49;SOR=1.270;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr19	4695313	rs188329524	C	A	683.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=13;NR=5;PP=267;SC=TGGCGCTCAGCCTTCTAGGAC;SOR=1.802;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=18;TCF=13;TCR=5;TR=18;WE=4695321;WS=4695303;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr19	4720031	rs3833278	C	CCCT	1379.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=20;PP=1039;SC=CCCCTTCGCCCCCTCCTCATT;SOR=2.765;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=27;TCF=1;TCR=26;TR=21;WE=4720060;WS=4720021;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr19	4720042	rs11672100	G	T	1321.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=20;PP=582;SC=CCTCCTCATTGCTCCAGGCAG;SOR=2.546;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=23;TCF=3;TCR=20;TR=23;WE=4720060;WS=4720021;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr19	4720052	rs3833277	G	GC	1087.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=1;NR=18;PP=525;SC=GCTCCAGGCAGCCCCCCAAGC;SOR=2.833;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=19;TCF=1;TCR=18;TR=19;WE=4720060;WS=4720021;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
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chr19	4772449	rs2885717	C	T	1546.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=30;PP=870;SC=CTGCTGTGTCCCCAGCGCCTG;SOR=3.442;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=35;TCF=5;TCR=30;TR=35;WE=4772471;WS=4772439;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr19	4772463	rs3760951	C	T	1413.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=25;PP=664;SC=GCGCCTGGTCCGGGGCCCGGC;SOR=3.407;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=30;TCF=4;TCR=26;TR=29;WE=4772471;WS=4772439;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
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chr19	4847713	rs9973235	A	G	1330.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=21;NR=11;PP=650;SC=CAGGCTTAGGACCTGCGACAG;SOR=1.225;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=21;TCR=11;TR=32;WE=4847721;WS=4847703;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr19	4847874	rs9304915	A	G	3541.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=35;NR=44;PP=1482;SC=ACGCGACGTCAAAGCCATCCA;SOR=0.851;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=79;TCF=35;TCR=44;TR=79;WE=4847882;WS=4847864;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,134:1.00:134
chr19	4852106	rs2271058	A	G	17825.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=1.079;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=661;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=191;NR=165;PP=2965;ReadPosRankSum=2.703;SC=ACCCCACTCAACACCATCTGG;SOR=0.779;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=358;TCF=192;TCR=166;TR=356;WE=4852114;WS=4852096;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,655:0.99:659
chr19	4852137	rs1055919	C	T	16077.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.537;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=607;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=173;NR=183;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.076;SC=AGCCCATGACCGATTGGACGC;SOR=0.419;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=359;TCF=174;TCR=185;TR=356;WE=4852145;WS=4852127;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,601:1.00:604
chr19	4859937	rs8289	T	C	2255.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=34;NR=20;PP=855;SC=ACAGTCTTGATGTGCGGGTAG;SOR=1.030;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=54;TCF=34;TCR=20;TR=54;WE=4859945;WS=4859927;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr19	4902950	rs2602717	C	T	201.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=44;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=7;PP=162;SC=CTCAGAGTTCCGGGAAGTGGG;SOR=1.863;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=2;TCR=7;TR=9;WE=4902958;WS=4902940;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr19	4941456	rs2251519	C	T	1795.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=41;NR=6;PP=1182;SC=CCAGGCATCCCGAGAACCCGT;SOR=2.872;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=49;TCF=42;TCR=7;TR=47;WE=4941464;WS=4941446;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr19	4944555	rs2602730	G	A	4412.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.413;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=63;PP=2016;ReadPosRankSum=-0.954;SC=CCAGGGGTCAGGGTGGTTACC;SOR=0.311;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=116;TCF=49;TCR=67;TR=112;WE=4944563;WS=4944545;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,168:0.99:169
chr19	4944596	rs2251117	T	C	2171.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.102;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=54;PP=1316;ReadPosRankSum=-1.077;SC=AGGAGGGGTGTGGAAAGCCTG;SOR=1.090;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=78;TCF=21;TCR=57;TR=74;WE=4944604;WS=4944586;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,85:0.97:88
chr19	4954454	rs2247238	C	T	2161.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.679;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=-0.462;NF=33;NR=20;PP=935;ReadPosRankSum=-0.760;SC=AGGGGGGCTTCGCGTCCCCCA;SOR=1.048;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=53;TCF=33;TCR=20;TR=53;WE=4954462;WS=4954444;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,83:0.98:85
chr19	4954679	rs55946225	G	GC	1921.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=28;NR=15;PP=1912;SC=CCCGAGCAGGGCGGGTCCCCG;SOR=1.702;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=44;TCF=28;TCR=16;TR=43;WE=4954687;WS=4954669;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr19	5041178	rs2240678	T	C	5302.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=61;NR=60;PP=2032;SC=AGGACTTTGATGACCTTGAAC;SOR=0.703;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=121;TCF=61;TCR=60;TR=121;WE=5041186;WS=5041168;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,205:1.00:205
chr19	5041316	rs2240679	T	G	1890.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=16;NR=37;PP=1090;SC=TGGGTGGTGGTGGGAGGGCCC;SOR=1.478;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=53;TCF=16;TCR=37;TR=53;WE=5041324;WS=5041306;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr19	5070809	rs730291	C	T	2298.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=55;NR=14;PP=1575;SC=TCCTCACTCCCCGCTCCTCCA;SOR=2.303;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=69;TCF=55;TCR=14;TR=69;WE=5070817;WS=5070799;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr19	5070834	rs143379578	C	A	3443.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.974;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=26;PP=1815;ReadPosRankSum=-1.016;SC=CCCCACCTCGCTTCCTTACGG;SOR=0.595;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=91;TCF=65;TCR=26;TR=90;WE=5070842;WS=5070824;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,127:0.99:128
chr19	5110794	rs2613739	A	G	1655.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=38;PP=1051;SC=CCTGGAGTGCATCCCGGGCCT;SOR=2.041;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=50;TCF=12;TCR=38;TR=50;WE=5110802;WS=5110784;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr19	5111994	rs2613736	A	G	2039.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=19;NR=44;PP=1341;SC=GCCAGGCACGATCGCTCACAC;SOR=1.609;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=63;TCF=19;TCR=44;TR=63;WE=5112002;WS=5111984;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr19	5114116	rs1017820	T	G	5061.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.793;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=78;NR=65;PP=2833;ReadPosRankSum=-0.690;SC=GGTGGCGCTGTGCGTTCTGGT;SOR=0.290;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=144;TCF=79;TCR=65;TR=143;WE=5114124;WS=5114106;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,186:0.99:187
chr19	5119544	rs2256523	C	T	1565.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=33;NR=11;PP=928;SC=AGGAGGCCCCCTGCTCATGGA;SOR=2.093;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=44;TCF=33;TCR=11;TR=44;WE=5119552;WS=5119534;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr19	5132051	rs2620839	G	A	1445.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=8;NR=29;PP=856;SC=GGCTCTCATCGGCCCTGCTCC;SOR=1.911;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=8;TCR=29;TR=37;WE=5132059;WS=5132041;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr19	5134096	rs2251561	C	T	608.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=16;PP=429;SC=CCTCACGGGTCCCAGAGAACC;SOR=2.636;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=19;TCF=3;TCR=16;TR=19;WE=5134104;WS=5134086;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr19	5135392	rs2620836	A	G	5429.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=54;NR=52;PP=2110;SC=CTCCCTCGGAAAGGGCTGCCC;SOR=0.703;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=107;TCF=55;TCR=52;TR=106;WE=5135400;WS=5135382;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,205:1.00:205
chr19	5137192	rs2613790	C	T	3084.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=56;NR=29;PP=1624;SC=CCAAGTTACCCGGCCCCTCCC;SOR=1.262;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=88;TCF=56;TCR=32;TR=85;WE=5137200;WS=5137182;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr19	5137846	rs2613786	G	A	1330.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=28;NR=11;PP=828;SC=AGGAGCATACGCCTGCACCGA;SOR=1.931;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=39;TCF=28;TCR=11;TR=39;WE=5137854;WS=5137836;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr19	5144449	.	C	G	237	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;FR=0.5000;HP=11;HapScore=4;MGOF=23;MMLQ=23;MQ=56.91;NF=0;NR=14;PP=237;QD=19.4122294677;SC=GGGCAGGGGGCGGGGGGAGGC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=26;TCF=4;TCR=22;TR=14;WE=5144457;WS=5144433;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:12,14:0.54:26
chr19	5150546	rs62113182	A	G	318.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-0.164;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.9988;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=8;PP=191;ReadPosRankSum=-0.138;SC=GCGTCTTCCAATGGCGTGGAC;SOR=1.473;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=10;TCF=1;TCR=9;TR=9;WE=5150554;WS=5150536;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,12:0.92:13
chr19	5174030	rs2620822	A	G	2265.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=38;NR=28;PP=1071;SC=GCGTGAATCCAGGAGGCGGAG;SOR=1.014;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=67;TCF=38;TCR=29;TR=66;WE=5174038;WS=5174020;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr19	5174180	rs2620821	C	T	2311.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=27;NR=39;PP=1171;SC=AGCAAAGTCTCGTCACCACGG;SOR=1.055;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=67;TCF=27;TCR=40;TR=66;WE=5174188;WS=5174170;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr19	5206775	rs1143700	A	G	4875.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.634;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=80;NR=55;PP=2519;ReadPosRankSum=1.431;SC=GCCTGGGGGGAACCATGGCTT;SOR=0.984;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=137;TCF=82;TCR=55;TR=135;WE=5206783;WS=5206765;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,193:0.99:195
chr19	5211568	rs55858361	G	A	1256.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=33;NR=5;PP=840;SC=GGCTCCTTCTGGGGCCCTGAG;SOR=2.511;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=39;TCF=33;TCR=6;TR=38;WE=5211576;WS=5211558;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr19	5214533	rs9304921	A	G	7273.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=265;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=106;NR=99;PP=2965;SC=GGACAGGCTGACTGGCAGGGG;SOR=0.716;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=206;TCF=106;TCR=100;TR=205;WE=5214541;WS=5214523;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,263:1.00:263
chr19	5214697	rs4807697	A	G	6389.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=247;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=60;NR=88;PP=2878;SC=GCGTTCTGACACCGGTAGCCG;SOR=0.930;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=149;TCF=60;TCR=89;TR=148;WE=5214705;WS=5214687;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,242:1.00:242
chr19	5216896	rs5826875	C	CG	300.37	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.426;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5564;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.577;NF=1;NR=6;PP=154;ReadPosRankSum=-1.208;SC=ACGCGGACAACGGGGGGTATG;SOR=0.593;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=10;TCF=1;TCR=9;TR=7;WE=5216904;WS=5216886;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,12:0.92:13
chr19	5220900	rs10412973	T	C	342.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=0;PP=313;SC=TGATAGGGTCTGTGTTTCATA;SOR=4.977;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=12;TCR=0;TR=12;WE=5220908;WS=5220890;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr19	5222071	rs3746132	G	C	2135.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=42;NR=19;PP=1225;SC=TGAGCCTTAAGCCCTGCTGAA;SOR=1.580;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=61;TCF=42;TCR=19;TR=61;WE=5222079;WS=5222061;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr19	5239111	rs149487300	GGA	G	43.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.737;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=5.930;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.32;MQRankSum=3.351;QD=0.86;ReadPosRankSum=-0.999;SOR=1.850;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:43,8:0.16:51
chr19	5239171	.	AGG	A	35.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.334;ClippingRankSum=-0.000;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=3.57;ReadPosRankSum=1.016;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,3:0.30:10
chr19	5239175	rs79455606	G	A	110.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=11.07;ReadPosRankSum=-0.921;SOR=0.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,7:0.70:10
chr19	5257341	rs112290142	G	A	3578.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=33;NR=34;PP=1163;SC=AACAAGCTTCGCTGGGTGCCG;SOR=0.707;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=67;TCF=33;TCR=34;TR=67;WE=5257349;WS=5257331;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,139:1.00:139
chr19	5260878	rs36016542	T	C	4115.77	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=20;NR=38;PP=936;SC=ACAAGGCGGTTGTTGGGGGGC;SOR=1.119;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=58;TCF=20;TCR=38;TR=58;WE=5260887;WS=5260868;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr19	5260879	rs10708972	GT	G	4106.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=38;PP=1682;SC=CAAGGCGGTTGTTGGGGGGCC;SOR=1.119;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=41;TCF=3;TCR=38;TR=41;WE=5260887;WS=5260868;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr19	5260933	rs7246162	A	T	1100.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=40;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=23;PP=577;SC=GCCAGGCCTCAGCACTCTGCC;SOR=1.455;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=11;TCR=23;TR=34;WE=5260941;WS=5260923;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr19	5263061	rs55840918	G	T	759.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.02;SOR=1.352;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr19	5264967	rs4807017	A	G	3654.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=61;NR=34;PP=1830;SC=GATGCTCCCCACCCCCTGCTG;SOR=1.253;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=95;TCF=61;TCR=34;TR=95;WE=5264975;WS=5264957;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,140:1.00:140
chr19	5455422	rs4375786	T	C	412.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=3;PP=279;SC=AGAACCCTGGTGACTCCTGGT;SOR=1.911;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=10;TCR=3;TR=13;WE=5455430;WS=5455415;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr19	5455611	rs2240743	C	T	4751.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=73;NR=51;PP=2372;SC=GCCCTCGCGTCCTGGCCACAG;SOR=0.972;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=124;TCF=73;TCR=51;TR=124;WE=5455619;WS=5455601;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,176:1.00:176
chr19	5455796	rs420325	A	G	4883.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=63;NR=58;PP=2326;SC=CCGCGCAGGCAGTGGTACGGG;SOR=0.715;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=121;TCF=63;TCR=58;TR=121;WE=5455804;WS=5455786;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,186:1.00:186
chr19	5455971	rs8103406	G	T	9156.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.33;SOR=0.863;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,202:1.00:202
chr19	5455976	rs61740902	C	T	9226.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.23;SOR=0.884;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,204:1.00:204
chr19	5455978	rs8107825	T	C	9184.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.02;SOR=0.884;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,204:1.00:204
chr19	5456450	rs8111108	T	C	9402.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=357;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=155;NR=105;PP=2965;SC=TGGATGAGTATGAGGAGGGCG;SOR=1.037;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=260;TCF=155;TCR=105;TR=260;WE=5456458;WS=5456440;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,348:1.00:348
chr19	5591735	rs2285963	G	A	2784.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=45;NR=27;PP=1372;SC=TGGCCCCAGGGCTTGGCATCG;SOR=1.064;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=72;TCF=45;TCR=27;TR=72;WE=5591743;WS=5591725;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr19	5595354	rs10413286	T	C	1153.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-1.907;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=12;PP=607;ReadPosRankSum=-0.544;SC=GCCCACAGCCTCACCCAGCTC;SOR=0.473;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=34;TCF=22;TCR=12;TR=33;WE=5595362;WS=5595344;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,44:0.98:45
chr19	5661896	.	AT	A	39.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.582;ClippingRankSum=0.000;DP=73;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.15;MQRankSum=1.440;QD=0.97;ReadPosRankSum=-0.124;SOR=0.738;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,14:0.34:41
chr19	5667204	rs148831822	AC	A	145.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.824;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FS=3.304;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.13;ReadPosRankSum=0.317;SOR=0.743;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:109,20:0.16:129
chr19	5759231	rs11879365	T	G	1416.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=10;NR=28;PP=885;SC=GAGAAGCAGGTCTGAGATCAG;SOR=1.863;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=38;TCF=10;TCR=28;TR=38;WE=5759239;WS=5759221;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr19	5766090	rs2446200	T	C	2580.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.63;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=24;NR=15;PP=762;SC=CCTGGGTCCATATTTCTGTCT;SOR=0.863;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=39;TCF=24;TCR=15;TR=39;WE=5766098;WS=5766080;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr19	5768331	rs10680062	T	TTTTA	961.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=0;NR=19;PP=1035;SC=AAATTAGGAATTTTATTTATT;SOR=2.925;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=35;TCF=0;TCR=35;TR=19;WE=5768339;WS=5768321;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
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chr19	5788228	rs113274115	GCA	G	126.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.888;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=351;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.03;MQRankSum=2.988;QD=0.43;ReadPosRankSum=-1.946;SOR=0.757;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:261,37:0.12:298
chr19	5827620	rs8106995	C	T	803.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=43;NR=7;PP=1120;SC=AAATTTGGGACCTGGGAGTGA;SOR=2.147;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=50;TCF=43;TCR=7;TR=50;WE=5827628;WS=5827618;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr19	5832408	.	G	T	870.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.207;ClippingRankSum=0.000;DP=330;ExcessHet=3.0103;FS=1.654;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.68;ReadPosRankSum=-0.427;SOR=0.580;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:257,68:0.21:325
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chr19	5844537	rs778986	A	G	7429.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=286;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=79;NR=83;PP=2965;SC=CACGATGACCATGTCTGCCTG;SOR=0.707;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=163;TCF=79;TCR=84;TR=162;WE=5844545;WS=5844527;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,282:1.00:282
chr19	5844649	rs812936	G	A	2816.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=70;NR=19;PP=1440;SC=GGCCATGTCCGTAGCAGGATC;SOR=2.212;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=140;TCF=70;TCR=70;TR=89;WE=5844657;WS=5844639;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr19	5866585	rs778982	C	T	1576.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.848;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=23;PP=814;ReadPosRankSum=-0.828;SC=AGTGAGGTCCCGGCAGCCCAG;SOR=0.725;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=47;TCF=23;TCR=24;TR=45;WE=5866593;WS=5866575;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,61:0.97:63
chr19	5866654	rs778983	A	G	1626.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.863;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=-0.939;NF=13;NR=24;PP=712;ReadPosRankSum=2.120;SC=TCTGGTACCTAGATTCCTGCT;SOR=1.092;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=39;TCF=14;TCR=25;TR=37;WE=5866662;WS=5866644;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,63:0.97:65
chr19	5866736	rs57100281	T	C	332.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=46.15;QD=25.60;SOR=2.147;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr19	5866840	rs702065	T	C	131.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=39.42;QD=26.38;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr19	5867748	rs778971	G	T	5338.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-2.132;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.034;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=-0.050;NF=44;NR=87;PP=2691;ReadPosRankSum=-0.260;SC=GGTCAGAGTAGCTGGGAAGAG;SOR=0.969;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=132;TCF=45;TCR=87;TR=131;WE=5867756;WS=5867738;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,199:1.00:200
chr19	5892317	rs1626918	C	T	640.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=19;NR=2;PP=458;SC=CCTCAGCGCGCGCATCCGTGG;SOR=3.258;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=21;TCF=19;TCR=2;TR=21;WE=5892325;WS=5892307;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr19	5892382	rs1678867	C	T	1313.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=21;NR=11;PP=566;SC=CCTGGAGGGCCGGGGAAGGGC;SOR=1.298;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=33;TCF=21;TCR=12;TR=32;WE=5892390;WS=5892372;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr19	5892433	rs1627779	C	T	1910.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=22;NR=25;PP=858;SC=GTCCCAGAAGCGGCCATGGTG;SOR=0.776;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=47;TCF=22;TCR=25;TR=47;WE=5892441;WS=5892423;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr19	5892486	rs1628564	C	T	2246.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=26;NR=27;PP=1061;SC=ACTAGTCTTTCCTCCTGTCCA;SOR=0.717;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=53;TCF=26;TCR=27;TR=53;WE=5892494;WS=5892476;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr19	5892568	rs1629368	G	T	2296.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=34;NR=25;PP=1112;SC=TCCCGGCTGCGGTGGGCAGGA;SOR=0.859;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=59;TCF=34;TCR=25;TR=59;WE=5892576;WS=5892558;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr19	5892743	rs10432306	C	T	1959.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=30;NR=27;PP=1111;SC=CCCTGCCGGCCGCAGTAGAGA;SOR=0.840;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=57;TCF=30;TCR=27;TR=57;WE=5892751;WS=5892733;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr19	5892770	rs1631032	C	T	2108.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=25;NR=30;PP=1097;SC=CCGGTGCCCTCGAGTGGATGC;SOR=0.718;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=56;TCF=26;TCR=30;TR=55;WE=5892778;WS=5892760;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr19	5892954	rs1678868	T	C	2781.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=35;NR=31;PP=1251;SC=GAACCCAGAGTGTTTAACAAT;SOR=0.793;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=66;TCF=35;TCR=31;TR=66;WE=5892962;WS=5892944;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr19	5903807	rs8108064	G	T	3145.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.801;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=49;PP=1572;ReadPosRankSum=-0.938;SC=GACTTCTCGGGCTGCGCGCGC;SOR=1.078;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=80;TCF=31;TCR=49;TR=80;WE=5903815;WS=5903797;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,120:0.98:122
chr19	5905141	rs10406399	G	A	654.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=8;PP=236;SC=GGTAGGCGGAGGCAGAGCCGA;SOR=0.765;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=14;TCF=6;TCR=8;TR=14;WE=5905149;WS=5905131;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr19	5928185	rs274793	T	C	1122.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=29;PP=688;SC=CACCAGATCATGTACTCCACA;SOR=2.531;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=5;TCR=29;TR=34;WE=5928193;WS=5928175;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr19	6042059	rs2288846	C	T	2840.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=48;NR=30;PP=1469;SC=ACGCACATGGCTCCATTGGTG;SOR=1.077;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=78;TCF=48;TCR=30;TR=78;WE=6042067;WS=6042049;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr19	6161110	.	C	CA	63.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.343;ClippingRankSum=0.000;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=5.050;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.21;MQRankSum=1.659;QD=1.27;ReadPosRankSum=-0.231;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,12:0.24:50
chr19	6190823	rs200989309	T	TAC	112.87	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.83;QD=22.57;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr19	6306971	rs4807863	G	A	1208.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=14;NR=25;PP=861;SC=ACTTCTCATGGCTCTTGACCA;SOR=1.402;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=39;TCF=14;TCR=25;TR=39;WE=6306979;WS=6306961;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr19	6361845	rs57445020	G	GC	4754.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=16;NR=53;PP=2843;SC=TCGGCTGGCTGCCCCGGCCCC;SOR=0.967;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=73;TCF=19;TCR=54;TR=69;WE=6361853;WS=6361835;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,146:1.00:146
chr19	6364742	.	G	GT	239.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.332;ClippingRankSum=0.000;DP=98;ExcessHet=3.0103;FS=2.421;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.22;MQRankSum=1.785;QD=3.53;ReadPosRankSum=-1.885;SOR=1.078;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:45,23:0.34:68
chr19	6415443	rs1616305	T	C	8881.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=349;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=105;NR=117;PP=2965;SC=GCTGTGGGGGTGCTCCGGGCT;SOR=0.765;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=222;TCF=105;TCR=117;TR=222;WE=6415451;WS=6415433;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,342:1.00:342
chr19	6418142	rs2860167	C	T	5779.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.029;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=85;PP=2737;ReadPosRankSum=-0.842;SC=TGCCCCACACCCCCCCACCTC;SOR=0.463;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=133;TCF=47;TCR=86;TR=132;WE=6418150;WS=6418132;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,211:1.00:212
chr19	6443675	rs348341	G	A	3391.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=38;NR=46;PP=1641;SC=CATCTCCAGTGAAAATCACAA;SOR=0.895;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=87;TCF=38;TCR=49;TR=84;WE=6443683;WS=6443665;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chr19	6452305	rs173229	A	G	2183.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=31;NR=22;PP=1006;SC=GGGAAAGAGGAACGCGCTGCC;SOR=0.928;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=53;TCF=31;TCR=22;TR=53;WE=6452313;WS=6452295;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr19	6456218	rs348367	C	T	1501.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=20;NR=31;PP=1070;SC=TCAAGGGCTGCGCTTCAATCA;SOR=1.287;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=51;TCF=20;TCR=31;TR=51;WE=6456226;WS=6456208;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr19	6457367	rs348370	T	C	553.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=3;PP=385;SC=TGTGAGCCACTGCGCCTGGCC;SOR=2.419;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=14;TCR=3;TR=17;WE=6457375;WS=6457357;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr19	6466368	.	ATG	A	82.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.311;ClippingRankSum=0.000;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.43;ReadPosRankSum=-0.543;SOR=0.606;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,6:0.18:34
chr19	6466482	rs348362	A	G	3650.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=44;NR=37;PP=1442;SC=TGCAGCGTCCAGAAGCCATCA;SOR=0.840;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=81;TCF=44;TCR=37;TR=81;WE=6466490;WS=6466472;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,144:1.00:144
chr19	6468331	rs62107586	T	C	4714.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.260;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=74;NR=54;PP=2065;ReadPosRankSum=-1.471;SC=TTGGCTCCCATGCTAAGACTG;SOR=0.576;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=133;TCF=77;TCR=56;TR=128;WE=6468339;WS=6468321;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:5,183:0.97:188
chr19	6469042	rs150679157	CT	C	2330.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=0.812;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=14;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=37;PP=810;ReadPosRankSum=-0.704;SC=TTTAGTTAGTCTTTTTTTTTT;SOR=0.436;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=54;TCF=3;TCR=51;TR=40;WE=6469061;WS=6469032;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,117:0.97:121
chr19	6469053	rs55698874	T	G	5171.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=12;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=19;NR=40;PP=1260;SC=TTTTTTTTTTTTTGTTTGAAA;SOR=1.207;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=62;TCF=20;TCR=42;TR=59;WE=6469061;WS=6469032;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr19	6471170	rs11882213	C	T	1286.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=25;NR=12;PP=738;SC=TTGCCCTAACCGGTCTCAAAC;SOR=1.464;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=39;TCF=26;TCR=13;TR=37;WE=6471178;WS=6471160;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr19	6471567	rs8105247	G	A	901.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.816;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=17;PP=612;ReadPosRankSum=-0.435;SC=CCAGCACTTCGAAGCCTGCCT;SOR=0.569;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=27;TCF=9;TCR=18;TR=26;WE=6471575;WS=6471557;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,31:0.97:32
chr19	6475163	rs12976944	A	C	3414.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.219;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=69;NR=35;PP=2018;ReadPosRankSum=1.621;SC=CCATCTCGGCATCCCAAAGTG;SOR=0.884;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=105;TCF=70;TCR=35;TR=104;WE=6475171;WS=6475153;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,129:0.98:132
chr19	6475613	rs3745571	T	C	6961.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.779;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=262;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=68;NR=82;PP=2965;ReadPosRankSum=0.835;SC=AAAAGCGGGGTCGGCCGCTCA;SOR=0.826;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=152;TCF=69;TCR=83;TR=150;WE=6475621;WS=6475603;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,254:0.99:256
chr19	6477256	rs348398	G	T	2789.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=38;NR=33;PP=1448;SC=GGGTAGGGGGGGGGATACCCT;SOR=0.856;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=71;TCF=38;TCR=33;TR=71;WE=6477264;WS=6477246;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr19	6477324	rs348399	G	C	3366.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=44;NR=50;PP=1803;SC=CTGTGGTCATGATGGCTGGGA;SOR=0.772;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=94;TCF=44;TCR=50;TR=94;WE=6477332;WS=6477314;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,129:1.00:129
chr19	6495064	rs446199	C	G	296.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=2;PP=214;SC=TTAGGGTCAGCGGGGAGTCAG;SOR=2.494;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=12;TCF=9;TCR=3;TR=11;WE=6495072;WS=6495054;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr19	6535080	rs2234182	T	C	3431.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.881;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=46;PP=1447;ReadPosRankSum=-0.717;SC=CGGAATAACGTCCAGCCTGGG;SOR=0.491;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=71;TCF=24;TCR=47;TR=70;WE=6535088;WS=6535070;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,125:0.99:126
chr19	6583279	rs16989918	T	A	3422.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=39;NR=29;PP=1339;SC=AGGTTCCAGCTGTTACAAAAC;SOR=0.873;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=69;TCF=40;TCR=29;TR=68;WE=6583287;WS=6583269;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr19	6583564	rs72193958	CTTTTTTTTTTTT	C	621.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;QD=36.57;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr19	6585921	rs453462	G	C	408.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=4;PP=232;SC=CCACCACTACGCCCCACCACA;SOR=1.112;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=7;TCR=4;TR=11;WE=6585929;WS=6585911;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr19	6665020	rs344560	T	C	12050.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-1.916;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=463;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=131;NR=140;PP=2965;ReadPosRankSum=0.865;SC=ACGACCACCTTCTCCCCAGCC;SOR=0.302;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=273;TCF=132;TCR=141;TR=271;WE=6665028;WS=6665010;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,451:1.00:452
chr19	6665387	rs142044586	G	T	765.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-1.770;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=21;PP=507;ReadPosRankSum=-0.468;SC=AGACAAAGGGGGCTGCCGGTC;SOR=1.121;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=29;TCF=7;TCR=22;TR=28;WE=6665395;WS=6665377;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,29:0.97:30
chr19	6666908	.	A	AAAATAAAT	322.75	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=2;PP=222;SC=GACTGTCTCAAAAATAAATAA;SOR=0.941;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=3;TCF=1;TCR=2;TR=3;WE=6666916;WS=6666898;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr19	6669934	rs2291668	G	A	5172.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=59;NR=48;PP=2109;SC=CGGCCAGCCCGGCCCCCATCA;SOR=0.822;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=108;TCF=60;TCR=48;TR=107;WE=6669942;WS=6669924;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,196:1.00:196
chr19	6677799	rs11569585	G	A	489.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=13;NR=4;PP=332;SC=CAGGTGAGGCGGCTGGGGATT;SOR=2.303;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=13;TCR=4;TR=17;WE=6677807;WS=6677789;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr19	6679360	rs344555	T	C	2310.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=41;NR=25;PP=1379;SC=ATGGGATAGATGACCTGGGTA;SOR=1.075;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=66;TCF=41;TCR=25;TR=66;WE=6679368;WS=6679350;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr19	6679578	rs11569560	G	A	5136.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=53;NR=85;PP=2775;SC=GGGAGGCCCAGATCCCCAGTT;SOR=1.119;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=138;TCF=53;TCR=85;TR=138;WE=6679586;WS=6679568;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,188:1.00:188
chr19	6681991	rs7951	G	A	1622.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=30;NR=9;PP=923;SC=TATCGGAGAAGGCTTTGTCCA;SOR=1.692;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=39;TCF=30;TCR=9;TR=39;WE=6681999;WS=6681981;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr19	6685304	rs2241393	G	C	226.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=5;PP=142;SC=ATAACTGGAGGTCACTGGACT;SOR=1.863;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=1;TCR=5;TR=6;WE=6685312;WS=6685294;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr19	6689309	rs370834365	CCT	C	568.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.339;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FS=4.447;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.09;MQRankSum=1.310;QD=9.48;ReadPosRankSum=1.430;SOR=1.445;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,26:0.43:60
chr19	6689332	.	CTA	C	275	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;FR=0.5000;HP=2;HapScore=1;MGOF=27;MMLQ=20;MQ=58.84;NF=0;NR=26;PP=275;QD=10.7307692308;SC=CTCTCTCTCTCTACCTACCTC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=60;TCF=4;TCR=56;TR=26;WE=6689341;WS=6689322;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:34,26:0.43:60
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chr19	6709848	rs2230204	C	T	3527.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.755;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=65;PP=1850;ReadPosRankSum=-0.150;SC=CGCTTTTTACCACCAGCTGTG;SOR=1.318;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=102;TCF=36;TCR=66;TR=100;WE=6709856;WS=6709838;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,136:0.99:138
chr19	6710572	rs189367	G	A	409.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.72;QD=29.27;SOR=5.421;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr19	6710584	rs112132860	GGA	G	596.75	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.372;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.98;MQRankSum=0.500;QD=29.84;ReadPosRankSum=-0.261;SOR=4.615;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,19:0.95:20
chr19	6718078	rs2547438	T	G	2058.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=32;NR=21;PP=1055;SC=TGCCCCTGCTTCCCCTGGGGC;SOR=1.022;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=53;TCF=32;TCR=21;TR=53;WE=6718086;WS=6718068;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr19	6718534	rs2250656	T	C	1018.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=29;PP=873;SC=TTCTTGGTCTTCCGAGGTGGC;SOR=3.545;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=33;TCF=3;TCR=30;TR=32;WE=6718542;WS=6718524;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr19	6731057	rs2279624	T	C	2767.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=34;NR=27;PP=1225;SC=ACGGGTTGTTTCCTGTGGGCT;SOR=0.808;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=63;TCF=36;TCR=27;TR=61;WE=6731065;WS=6731047;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr19	6731766	rs1702375	C	A	1101.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=16;NR=11;PP=574;SC=GAAAGAGAGGCCAGACTGGGG;SOR=1.022;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=16;TCR=11;TR=27;WE=6731774;WS=6731756;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr19	6732018	rs2291666	C	T	7565.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.470;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=286;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=114;NR=80;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.585;SC=AGCCTCAGCCCGGGGGCAGGG;SOR=0.344;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=196;TCF=115;TCR=81;TR=194;WE=6732026;WS=6732008;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,281:1.00:282
chr19	6737481	rs340138	T	C	8943.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.62;BaseQRankSum=-1.460;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=341;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.429;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=105;NR=78;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.626;SC=CAGCGCCAGCTGGTGGATGCG;SOR=0.538;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=185;TCF=105;TCR=80;TR=183;WE=6737489;WS=6737471;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,336:1.00:337
chr19	6737509	rs339401	G	A	10166.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.61;BaseQRankSum=-2.364;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=394;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.147;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=112;NR=110;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.612;SC=CAGCCACCCAGCAGCAGCACC;SOR=0.332;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=223;TCF=112;TCR=111;TR=222;WE=6737517;WS=6737499;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,387:1.00:388
chr19	6739749	.	TGCG	T	133.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.715;ClippingRankSum=0.000;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.79;ReadPosRankSum=1.056;SOR=0.512;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,7:0.15:48
chr19	6739934	rs344633	T	C	347.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=8;PP=191;SC=CACCCTCCGCTCTCTCTCGAA;SOR=1.112;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=13;TCF=5;TCR=8;TR=13;WE=6739942;WS=6739924;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr19	6743399	rs381897	A	T	545.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=15;NR=5;PP=395;SC=TACTCCCTTGACCCCTACTTA;SOR=2.093;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=15;TCR=5;TR=20;WE=6743407;WS=6743396;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr19	6743634	rs339407	G	C	2167.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=3.027;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FS=102.739;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.02;ReadPosRankSum=2.698;SOR=4.481;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:12,102:0.89:114
chr19	6744762	rs339405	A	C	6759.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=0.887;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=261;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=94;NR=69;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.638;SC=AGAGGGAGGTACCCATAGGCT;SOR=0.958;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=165;TCF=95;TCR=70;TR=163;WE=6744770;WS=6744751;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,252:0.99:254
chr19	6744909	rs62125119	C	T	9211.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=0.091;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=379;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=99;NR=114;PP=2965;ReadPosRankSum=0.217;SC=GTGCACCCTCCGACAGCAGTC;SOR=0.571;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=218;TCF=100;TCR=118;TR=213;WE=6744917;WS=6744899;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:7,365:0.98:372
chr19	6754774	rs168129	C	A	5744.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=52;NR=75;PP=2814;SC=TCAGGTGAAGCGTGATTATGT;SOR=0.976;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=128;TCF=53;TCR=75;TR=127;WE=6754782;WS=6754764;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,206:1.00:206
chr19	6760974	rs7258236	T	C	4022.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.938;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=52;PP=2056;ReadPosRankSum=-1.118;SC=AAGTCGCCATTTTGCTGAAGA;SOR=0.919;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=94;TCF=41;TCR=53;TR=92;WE=6760982;WS=6760964;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,145:0.99:147
chr19	6761008	rs7258083	A	G	3966.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.053;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=42.65;ReadPosRankSum=0.264;SOR=0.537;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,92:0.99:93
chr19	6761011	rs7246122	T	G	3912.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.860;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=44.97;ReadPosRankSum=0.446;SOR=0.569;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,86:0.99:87
chr19	6763718	rs2305805	A	G	1730.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=25;NR=23;PP=818;SC=CGTGGTACCAAGGTTGGCCAG;SOR=0.781;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=48;TCF=25;TCR=23;TR=48;WE=6763726;WS=6763708;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr19	6772872	rs45448796	G	C	4787.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=82;NR=43;PP=2610;SC=GGGTGCTGCCGCCCAGCCACC;SOR=1.254;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=125;TCF=82;TCR=43;TR=125;WE=6772880;WS=6772862;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,171:1.00:171
chr19	6825032	rs12979659	T	C	1300.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=0.430;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=13;PP=408;ReadPosRankSum=-1.005;SC=GGGAATCTTATCTTCCGTCAT;SOR=0.767;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=27;TCF=13;TCR=14;TR=25;WE=6825040;WS=6825022;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,54:0.96:56
chr19	6833072	rs308200	C	T	164.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.54;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr19	6833777	rs186295	A	G	2016.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.54;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr19	6833989	rs308199	G	T	917.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=8;NR=12;PP=422;SC=GTTGCTGTGTGGGGGCAGGAG;SOR=0.941;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=8;TCR=12;TR=20;WE=6833997;WS=6833979;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr19	6836271	rs308196	A	C	216.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=7;NR=1;PP=181;SC=AAATAGTTTTACAAAGAGTAT;SOR=2.833;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=7;TCR=1;TR=8;WE=6836279;WS=6836261;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr19	6836836	rs308194	G	A	1179.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=1.833;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=8.451;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=2;PP=408;ReadPosRankSum=-0.619;SC=CCATTGAGCAGAGAGATGGAC;SOR=3.672;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=15;TCF=13;TCR=2;TR=14;WE=6836875;WS=6836826;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,27:0.96:28
chr19	6836844	rs6146454	GACACACACACACACACACACAC	G	1233.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.483;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=7.782;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=41.12;ReadPosRankSum=0.000;SOR=3.307;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,29:0.97:30
chr19	6848220	rs331679	G	A	953.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=7;NR=18;PP=530;SC=AGAAGTGTACGGTAATAGCAT;SOR=1.542;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=7;TCR=18;TR=25;WE=6848228;WS=6848210;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr19	6850641	rs41306876	T	C	1662.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=30;NR=15;PP=700;SC=GGAATGGGCCTGGTCCCCAGA;SOR=1.214;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=45;TCF=30;TCR=15;TR=45;WE=6850649;WS=6850631;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr19	6896380	rs10406373	G	A	5357.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=64;NR=65;PP=2356;SC=CTCTAATCTTGTCTAAACTTT;SOR=0.703;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=129;TCF=64;TCR=65;TR=129;WE=6896388;WS=6896370;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,205:1.00:205
chr19	6897392	rs330879	G	A	5788.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=78;NR=63;PP=2828;SC=TTTCTGAACTGAGGCACCCAA;SOR=0.830;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=143;TCF=79;TCR=64;TR=141;WE=6897400;WS=6897382;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,216:1.00:216
chr19	6897464	rs330880	C	G	6870.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=264;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=82;NR=89;PP=2965;SC=TCACCAGCAGCGTCTGCCCTG;SOR=0.765;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=171;TCF=82;TCR=89;TR=171;WE=6897472;WS=6897454;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,259:1.00:259
chr19	6906357	rs366181	C	G	1018.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.12;SOR=1.236;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr19	6908440	rs75964774	C	T	2059.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=0.805;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=13;PP=725;ReadPosRankSum=0.409;SC=AGGGTGTCCCCGATTGAGCTG;SOR=1.068;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=38;TCF=24;TCR=14;TR=36;WE=6908448;WS=6908430;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,79:0.98:81
chr19	6908675	rs34044572	C	CT,CTT	1928.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.449;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.61;ReadPosRankSum=-0.283;SOR=0.598;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:24,74,34:0.56,0.26:132
chr19	6919529	rs171674	T	C	308.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=7;NR=2;PP=171;SC=AAACGATTCCTTCCTTTTTTT;SOR=1.802;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=7;TCR=2;TR=9;WE=6919537;WS=6919519;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr19	6919624	rs373533	A	C	1535.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=28;NR=11;PP=737;SC=GCGCTTCTTCAAAGACCACCA;SOR=1.569;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=39;TCF=28;TCR=11;TR=39;WE=6919632;WS=6919614;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr19	6919753	rs461645	A	G	1822.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=17;NR=28;PP=728;SC=TCTGGAGAACATTCAGGTTTG;SOR=1.073;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=45;TCF=17;TCR=28;TR=45;WE=6919761;WS=6919743;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr19	6919879	rs252566	C	T	158.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=1;NR=6;PP=109;SC=CCACAATTTCCAGCAATTCAA;SOR=2.584;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=1;TCR=6;TR=7;WE=6919887;WS=6919869;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr19	6935113	rs252551	C	T	5946.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=60;NR=64;PP=2359;SC=TCACCTCCCCCCCTCTTTTAA;SOR=0.793;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=124;TCF=60;TCR=64;TR=124;WE=6935129;WS=6935103;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,229:1.00:229
chr19	6935121	rs1160969	T	TAA	8778.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=62;PP=2966;SC=CCCCCTCTTTTAATTTCCTCT;SOR=0.809;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=79;TCF=15;TCR=64;TR=77;WE=6935129;WS=6935103;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,216:1.00:216
chr19	6937683	rs388711	A	G	4768.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=47;NR=70;PP=2050;SC=TGCTCCCTGCAGGTGCTGGTC;SOR=0.974;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=118;TCF=47;TCR=71;TR=117;WE=6937691;WS=6937673;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,183:1.00:183
chr19	6939910	rs463891	G	A	681.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=16;NR=5;PP=400;SC=TAACATTTTAGTGTTTATCCT;SOR=2.124;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=16;TCR=5;TR=21;WE=6939918;WS=6939900;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr19	6940189	rs464849	G	C	830.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=18;PP=426;SC=TGTTGGGGGCGGTCTTCCTGT;SOR=2.303;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=3;TCR=18;TR=21;WE=6940197;WS=6940179;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr19	6954725	rs11085209	G	A	4661.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.63;BaseQRankSum=0.541;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=53;PP=1770;ReadPosRankSum=-0.832;SC=AAATTTGAGTGGAGAGGTCCG;SOR=0.909;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=92;TCF=39;TCR=53;TR=92;WE=6954733;WS=6954715;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,182:0.99:184
chr19	6960834	rs459883	A	C	1241.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=29;NR=3;PP=889;SC=GAATCCAAGGAAAGAAAAGTG;SOR=3.202;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=32;TCF=29;TCR=3;TR=32;WE=6960842;WS=6960824;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr19	6961182	rs460698	G	A	797.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=23;PP=677;SC=ATTTTAGATGGAGTCAGATGT;SOR=6.439;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=23;TCF=0;TCR=23;TR=23;WE=6961190;WS=6961172;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr19	6972357	rs252579	C	T	3883.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.532;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=59;PP=1650;ReadPosRankSum=-0.993;SC=CGTGGACCAGCGGCCTCCCTC;SOR=0.952;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=103;TCF=43;TCR=60;TR=101;WE=6972365;WS=6972347;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,154:0.99:156
chr19	6980939	rs2035972	T	C	842.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=24;NR=2;PP=674;SC=TTTTTGAAAATGGAGTCCTTC;SOR=3.767;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=27;TCF=25;TCR=2;TR=26;WE=6980947;WS=6980929;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr19	6981849	rs1874003	T	C	2518.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=18;NR=56;PP=1772;SC=TCCCTTCTTCTAGTCACCCTC;SOR=1.995;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=74;TCF=18;TCR=56;TR=74;WE=6981857;WS=6981839;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr19	6986307	rs74595696	C	G	2776.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=40;NR=28;PP=1264;SC=TACCTTCACACTTCTCAGAGG;SOR=0.994;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=68;TCF=40;TCR=28;TR=68;WE=6986315;WS=6986297;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr19	6988955	rs68152415	A	C	346.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=8;PP=203;SC=TTGCCCAGTCACACGTGCAAG;SOR=2.670;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=8;WE=6988963;WS=6988945;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr19	6991010	rs8108538	C	T	777.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=3;NR=9;PP=288;SC=ATCGCATCACCGCACTCCAGC;SOR=1.493;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=12;TCF=3;TCR=9;TR=12;WE=6991018;WS=6991000;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr19	7005905	rs62126094	T	A	276.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=44.46;QD=27.68;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr19	7012026	rs8108169	A	G	227.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=40.74;QD=28.47;SOR=1.863;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr19	7074872	rs2967648	G	A	643.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=2;PP=352;SC=CGGGCAGGAGGGGGGGTGACC;SOR=2.494;SbPval=0.93;Source=Platypus;TC=20;TCF=15;TCR=5;TR=17;WE=7074880;WS=7074862;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr19	7083818	rs17637922	C	T	1931.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=20;NR=34;PP=972;SC=TGAGCAAACTCTAACAAGATG;SOR=1.179;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=54;TCF=20;TCR=34;TR=54;WE=7083826;WS=7083808;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr19	7116963	rs1051690	T	C	609.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=16;NR=4;PP=423;SC=CTGAACTCCATTGGACATGGT;SOR=2.303;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=16;TCR=4;TR=20;WE=7116971;WS=7116955;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
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chr19	7117506	rs11883202	G	A	826.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;BaseQRankSum=-0.389;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=25;PP=676;ReadPosRankSum=1.475;SC=CCCTGCAGCCGACACCCACGG;SOR=2.985;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=28;TCF=2;TCR=26;TR=27;WE=7117514;WS=7117496;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,27:0.96:28
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chr19	7166043	.	TA	T	69.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.132;ClippingRankSum=0.000;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.19;MQRankSum=1.570;QD=1.22;ReadPosRankSum=1.893;SOR=0.769;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:40,17:0.30:57
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chr19	7440870	rs1015956	A	G	1159.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=19;PP=539;SC=CCACCATGGCAGGGTGGAGGC;SOR=1.230;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=28;TCF=9;TCR=19;TR=28;WE=7440878;WS=7440860;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr19	7441649	rs72992618	C	T	1950.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=17;NR=31;PP=913;SC=TCAAGGTAGCCAGCCTGGGAG;SOR=1.288;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=48;TCF=17;TCR=31;TR=48;WE=7441657;WS=7441639;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr19	7443253	rs8113073	C	T	3592.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.828;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=34;PP=1606;ReadPosRankSum=-1.093;SC=GACAACTGTGCTTCCTGGGAT;SOR=0.969;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=89;TCF=54;TCR=35;TR=87;WE=7443261;WS=7443243;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,137:0.99:139
chr19	7507010	.	CCCTT	C	508.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=61.13;QD=39.13;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr19	7512016	rs140297736	C	G	1172.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.62;BaseQRankSum=0.651;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=17;PP=467;ReadPosRankSum=-0.717;SC=TTACAAGTTGCTGCTTCAGCA;SOR=1.067;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=27;TCF=10;TCR=17;TR=27;WE=7512024;WS=7512006;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,48:0.96:50
chr19	7568966	rs113706007	A	ATCTCTCTCTCTC,ATCTCTCTCTC	1423.73	.	AC=2,0;AF=1.00,0.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=3;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;NF=10,10;NR=3,3;PP=147,196;SC=GGGAATCTCAATCTCTCTCTC;SOR=2.303;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=17;TCF=13;TCR=4;TR=13,13;WE=7568974;WS=7568956;set=Intersection	GT:AF:DP	1/1:1.00:29
chr19	7569282	rs484870	A	G	2441.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=16;NR=33;PP=1000;SC=AGGCCCCAGGATCTGCCTGAA;SOR=1.119;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=49;TCF=16;TCR=33;TR=49;WE=7569290;WS=7569272;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr19	7570729	rs683729	G	A	915.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=21;NR=4;PP=616;SC=AGTGCTACCAGGTGGGGCCCA;SOR=2.694;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=21;TCR=4;TR=25;WE=7570737;WS=7570719;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr19	7570978	rs685034	T	C	9301.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=56;NR=68;PP=2404;SC=ACTACTGCCCTTCAGAGTGGA;SOR=0.849;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=125;TCF=56;TCR=69;TR=124;WE=7570998;WS=7570968;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,218:1.00:218
chr19	7570990	rs685048	A	G	8858.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=51;NR=64;PP=2181;SC=CAGAGTGGAGACAGGTGCAGA;SOR=0.854;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=116;TCF=51;TCR=65;TR=115;WE=7570998;WS=7570968;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,199:1.00:199
chr19	7571030	rs3826736	T	A	3810.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=76;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=27;NR=55;PP=1854;SC=GCAGCAAAGCTACCTGCCGCG;SOR=1.559;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=84;TCF=28;TCR=56;TR=82;WE=7571038;WS=7571020;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,139:1.00:139
chr19	7571067	rs200631755	A	AAGCCCCGCCCCATGG	1405.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5021;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=102;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=15;PP=2897;SC=CGCTCCCGGGAAGCCCCGCCC;SOR=4.743;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=41;TCF=3;TCR=38;TR=15;WE=7571075;WS=7571057;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr19	7571120	.	CCCCCATGGAGCCCCT	C	925.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=145;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=0;NR=23;PP=2843;SC=GAAAGCCCCGCCCCCATGGAG;SOR=6.091;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=24;TCF=0;TCR=24;TR=23;WE=7571143;WS=7571110;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr19	7571134	.	C	CG	1047	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;FR=0.5000;HP=3;HapScore=1;MGOF=218;MMLQ=24;MQ=60.26;NF=1;NR=19;PP=1047;QD=53.65;SC=CATGGAGCCCCTCCCCATGGA;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=20;TCF=1;TCR=19;TR=20;WE=7571143;WS=7571110;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:0,20:1.00:20
chr19	7571157	rs812664	C	T	1175.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=166;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=17;PP=518;SC=CCCGCCCCCACGGAGCCCCGT;SOR=3.545;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=3;TCR=17;TR=20;WE=7571165;WS=7571147;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr19	7572169	rs505570	G	C	2518.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=24;NR=42;PP=1364;SC=CCTTCAGCCTGAAGATCATCC;SOR=1.191;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=66;TCF=24;TCR=42;TR=66;WE=7572177;WS=7572159;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr19	7573098	rs475923	T	A	1774.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=26;NR=21;PP=898;SC=ACAGTGCAAGTACAGCCACAT;SOR=0.849;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=47;TCF=26;TCR=21;TR=47;WE=7573106;WS=7573088;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr19	7573287	rs1133378	C	T	1406.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=39.08;SOR=1.061;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr19	7573297	rs608144	T	C	1215.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=46.76;SOR=1.220;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr19	7573301	rs1133380	C	T	1141.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.91;SOR=1.220;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr19	7584483	rs78214445	A	C	13110.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.984;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=505;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=135;NR=155;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.587;SC=CGGCGATCCAAAAGTGGACCC;SOR=0.781;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=292;TCF=136;TCR=156;TR=290;WE=7584491;WS=7584473;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,497:0.99:501
chr19	7593169	rs2305889	A	G	2599.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=24;NR=46;PP=1449;SC=CCAGACCAGCACTGACCAGGG;SOR=1.289;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=70;TCF=24;TCR=46;TR=70;WE=7593177;WS=7593159;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr19	7606060	rs140157839	G	C	669.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=15;PP=531;SC=TATCGGCCTGGAGCAGCCAGA;SOR=2.531;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=4;TCR=15;TR=19;WE=7606068;WS=7606050;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr19	7606737	rs492092	G	C	1998.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.946;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=25;PP=1139;ReadPosRankSum=-1.485;SC=CGAGGAAGCTGTGGCCTCGTC;SOR=0.864;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=58;TCF=32;TCR=26;TR=56;WE=7606745;WS=7606727;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,74:0.97:76
chr19	7607023	rs577866	T	C	539.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=10;PP=205;SC=ACCGCCTGCCTGTCTTGATTG;SOR=1.329;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=4;TCR=10;TR=14;WE=7607031;WS=7607013;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr19	7607564	rs620744	T	C	3395.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=52;NR=40;PP=2042;SC=CGGGTAAGGCTTGGGACCCTG;SOR=0.896;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=93;TCF=52;TCR=41;TR=92;WE=7607572;WS=7607554;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr19	7615585	rs577219	T	G	574.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=12;PP=367;SC=CCTCGACAACTCACACACATC;SOR=1.721;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=17;TCF=5;TCR=12;TR=17;WE=7615593;WS=7615575;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr19	7615903	rs8107538	G	A	6576.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=0.620;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=255;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=84;PP=2562;ReadPosRankSum=1.220;SC=CCCGGCAGCCGCGAGCCACGA;SOR=0.854;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=147;TCF=63;TCR=84;TR=147;WE=7615911;WS=7615893;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,253:0.99:255
chr19	7619199	rs534464	C	G	2611.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=35;NR=43;PP=1515;SC=GGTGGGTGGGCCTGGAGCCTC;SOR=0.776;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=78;TCF=35;TCR=43;TR=78;WE=7619207;WS=7619189;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr19	7619239	rs597582	T	C	2196.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=25;NR=37;PP=1085;SC=TTCAAGTTCTTGGCTTCCAAC;SOR=0.954;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=62;TCF=25;TCR=37;TR=62;WE=7619247;WS=7619229;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr19	7619329	rs598023	G	A	2862.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.73;SOR=1.402;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr19	7619338	rs598028	G	C	2878.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.97;SOR=1.318;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr19	7619647	rs599328	GT	CC	1951.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=15;PP=1382;SC=CCCACCTCGGGTCCCGTCCTT;SOR=0.784;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=30;TCF=15;TCR=15;TR=29;WE=7619656;WS=7619637;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr19	7619700	rs524530	G	A	878.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=31;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=13;NR=12;PP=478;SC=CCCTCGCCATGGGGGTAGGCG;SOR=0.752;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=26;TCF=14;TCR=12;TR=25;WE=7619708;WS=7619690;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr19	7619760	rs539887	A	C	1857.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=23;NR=20;PP=784;SC=TGGTGACCTCAGCCGTCCGTA;SOR=0.779;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=43;TCF=23;TCR=20;TR=43;WE=7619768;WS=7619750;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr19	7620116	rs563826	A	G	8227.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=315;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=105;NR=77;PP=2965;SC=CTGGGTCGCGACTATCTCCCC;SOR=0.930;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=183;TCF=106;TCR=77;TR=182;WE=7620124;WS=7620106;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,307:1.00:307
chr19	7621475	rs45505598	T	G	3849.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.124;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=487;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=66;PP=1828;ReadPosRankSum=-0.978;SC=CCTCATCCCCTGCCCTGCCTA;SOR=0.642;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=303;TCF=141;TCR=162;TR=130;WE=7621483;WS=7621465;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:282,201:0.42:483
chr19	7621648	rs489056	C	T	1970.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=45;PP=1295;SC=ACCGCTGACGCCACGTGGGGT;SOR=2.049;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=60;TCF=15;TCR=45;TR=59;WE=7621656;WS=7621638;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr19	7621981	rs2446176	A	G	2441.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=52;NR=17;PP=1262;SC=CAGCGAGCCCATCGGGCCGGC;SOR=1.765;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=70;TCF=52;TCR=18;TR=69;WE=7621989;WS=7621971;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr19	7622226	rs1645800	G	A	15823.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-4.231;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=778;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=189;NR=216;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.920;SC=CCACACACACGCACACGCGTG;SOR=0.718;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=437;TCF=206;TCR=231;TR=405;WE=7622234;WS=7622205;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:45,675:0.94:720
chr19	7623700	rs535208	G	A	2032.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=51;NR=12;PP=1524;SC=CCGGGCCCCCGAGGGGAGCAG;SOR=2.799;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=63;TCF=51;TCR=12;TR=63;WE=7623708;WS=7623690;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr19	7624078	rs538850	C	T	3915.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=2.367;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=344;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.414;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=93;PP=2156;ReadPosRankSum=-0.686;SC=ATAGGTGGTCCGGCTAAGCTT;SOR=0.666;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=250;TCF=75;TCR=175;TR=135;WE=7624086;WS=7624068;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:158,178:0.53:336
chr19	7625723	rs62111318	C	T	3276.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.721;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=356;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.804;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=57;PP=1524;ReadPosRankSum=0.876;SC=AAAGTCTCCCCGAAACCTCAG;SOR=0.628;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=219;TCF=99;TCR=120;TR=105;WE=7625731;WS=7625713;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:196,160:0.45:356
chr19	7626013	rs11307097	AC	A	6894.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.555;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=539;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.523;HP=6;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=2.532;NF=15;NR=109;PP=2972;ReadPosRankSum=2.649;SC=GGCCCAGGGGACCCCCCAAGA;SOR=0.737;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=233;TCF=30;TCR=203;TR=124;WE=7626021;WS=7626003;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:245,271:0.53:516
chr19	7626071	rs62111319	T	C	3755.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-2.155;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=343;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.925;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.930;NF=51;NR=87;PP=1744;ReadPosRankSum=0.602;SC=TCCCCTCACCTGTGCCCTGCT;SOR=0.853;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=238;TCF=90;TCR=148;TR=138;WE=7626079;WS=7626061;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:157,184:0.54:341
chr19	7626275	rs45474094	C	G	805.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=2.439;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.994;HP=5;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=13;PP=529;ReadPosRankSum=0.987;SC=GCAGGGGAGCCGGGGGCGTAT;SOR=0.613;SbPval=0.22;Source=Platypus;TC=66;TCF=32;TCR=34;TR=32;WE=7626283;WS=7626265;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,35:0.47:75
chr19	7626669	rs2303178	G	A	3969.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=-0.235;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=369;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.731;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=64;PP=1697;ReadPosRankSum=0.821;SC=TGTCGTTTTCGGACTGGGGAC;SOR=0.606;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=206;TCF=82;TCR=124;TR=110;WE=7626677;WS=7626659;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:167,192:0.53:359
chr19	7670033	.	G	GGTGTGTGTGTGTGTGTGTGT	1112.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.659;ClippingRankSum=0.000;DP=233;ExcessHet=3.0103;FS=2.962;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.97;MQRankSum=-1.942;QD=6.22;ReadPosRankSum=1.133;SOR=0.399;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:132,47:0.26:179
chr19	7671042	.	A	ACCC	609	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.69;FR=0.5000;HP=12;HapScore=3;MGOF=18;MMLQ=24;MQ=58.49;NF=1;NR=8;PP=609;QD=69.5555555556;SC=CTCAAGCCCCACCCCCCCCGT;SbPval=0.99;Source=Platypus;TC=36;TCF=15;TCR=21;TR=9;WE=7671050;WS=7671032;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:27,9:0.25:36
chr19	7675917	rs747569	C	G	2734.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=1.104;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=305;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.423;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=33;PP=1360;ReadPosRankSum=-2.329;SC=GCTGTTGTCTCCCCCCGGGGA;SOR=0.724;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=203;TCF=121;TCR=82;TR=84;WE=7675925;WS=7675907;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:169,132:0.44:301
chr19	7678127	rs794088	C	T	134.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.272;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=12.25;ReadPosRankSum=-0.000;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,6:0.55:11
chr19	7684450	rs143149642	GGGGGGAT	G	1697.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=5.095;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.149;HP=5;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=4.483;NF=47;NR=2;PP=2487;ReadPosRankSum=-1.798;SC=GGGGTGGGGAGGGGGGATGGG;SOR=1.322;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=88;TCF=84;TCR=4;TR=49;WE=7684464;WS=7684440;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,52:0.37:140
chr19	7692058	rs794084	G	A	998.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.296;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.569;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=16;PP=533;ReadPosRankSum=-0.765;SC=GACATCCTACGCGGAGCTAGT;SOR=0.545;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=81;TCF=54;TCR=27;TR=42;WE=7692066;WS=7692048;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,53:0.49:109
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chr19	7697168	rs2279042	C	T	875.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-2.234;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=6;PP=545;ReadPosRankSum=0.692;SC=GTCAGGGCAGCGGATGGACAG;SOR=0.633;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=57;TCF=47;TCR=10;TR=31;WE=7697176;WS=7697158;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,40:0.54:74
chr19	7697779	rs56272042	T	C	4406.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.598;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=252;ExcessHet=3.0103;FS=1.556;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.04;MQRankSum=1.020;QD=17.84;ReadPosRankSum=-1.759;SOR=0.823;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:125,122:0.49:247
chr19	7697787	rs56262542	T	C	4181.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.114;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FS=1.053;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.05;MQRankSum=1.046;QD=18.84;ReadPosRankSum=-0.334;SOR=0.799;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:115,107:0.48:222
chr19	7697885	rs78473084	TGA	T	928.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-0.548;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.288;HP=1;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=1.001;NF=1;NR=15;PP=667;ReadPosRankSum=-2.915;SC=GAATGAGACATGAGTCTCCTT;SOR=0.446;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=33;TCF=1;TCR=32;TR=16;WE=7697894;WS=7697875;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,25:0.52:48
chr19	7698226	rs151032321	C	CTAAT	1844.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.242;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.133;HP=3;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=23;PP=1686;ReadPosRankSum=0.045;SC=GCCCTACAAACTAGTCTTGTC;SOR=0.471;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=91;TCF=25;TCR=66;TR=33;WE=7698234;WS=7698216;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:103,50:0.33:153
chr19	7698320	rs1862514	C	T	1433.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.989;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=2.216;NF=19;NR=25;PP=534;ReadPosRankSum=-2.603;SC=AGCCTTCCTCCGTCTTCTCCT;SOR=0.702;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=114;TCF=49;TCR=65;TR=44;WE=7698328;WS=7698310;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:129,80:0.38:209
chr19	7703605	rs8104339	C	T	2157.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=0.635;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=276;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=24;PP=714;ReadPosRankSum=-1.490;SC=CCCTCCCTTCCCTGCAGAAAT;SOR=0.704;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=150;TCF=83;TCR=67;TR=58;WE=7703613;WS=7703595;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:156,113:0.42:269
chr19	7704815	rs138165596	TATGTGTGTGC	T	1384.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.375;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.127;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=17;PP=2984;ReadPosRankSum=-0.372;SC=TGTCCATGTGTATGTGTGTGC;SOR=0.929;SbPval=0.25;Source=Platypus;TC=40;TCF=2;TCR=38;TR=19;WE=7704832;WS=7704805;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,36:0.64:56
chr19	7705403	.	TGTGCATGC	T	1781.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-1.487;ClippingRankSum=0.000;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.752;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=13;PP=2638;ReadPosRankSum=-1.068;SC=TGTGTGCATGTGTGCATGCGT;SOR=0.511;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=62;TCF=32;TCR=30;TR=23;WE=7705427;WS=7705388;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,51:0.55:92
chr19	7710134	rs141309384	C	T	3615.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=1.738;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=416;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=59;PP=1525;ReadPosRankSum=-1.166;SC=AATGTACAGGCGCACAGCAGC;SOR=0.673;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=228;TCF=96;TCR=132;TR=104;WE=7710142;WS=7710124;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:223,183:0.45:406
chr19	7710269	rs710951	A	G	746.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-1.874;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.039;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=17;PP=360;ReadPosRankSum=-0.869;SC=GCAGAGGGCCATTGGTGCACA;SOR=0.147;SbPval=0.2;Source=Platypus;TC=41;TCF=7;TCR=34;TR=23;WE=7710277;WS=7710259;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,32:0.58:55
chr19	7712193	rs809916	G	A	2332.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-2.876;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=263;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.949;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=32;PP=898;ReadPosRankSum=-1.299;SC=GCGGCCTGGCGGCGGTGAGGG;SOR=0.631;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=156;TCF=85;TCR=71;TR=70;WE=7712201;WS=7712183;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:136,121:0.47:257
chr19	7712277	rs6791	A	G	2838.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.092;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=298;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.386;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=47;PP=1119;ReadPosRankSum=-0.851;SC=CAAGGCTGGCATAGAAGCCCG;SOR=0.796;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=178;TCF=83;TCR=95;TR=85;WE=7712285;WS=7712267;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:151,144:0.49:295
chr19	7712474	rs794074	G	A	921.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-2.398;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.002;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=16;PP=586;ReadPosRankSum=-0.248;SC=CTAGGTGTCTGGACTCCAGAG;SOR=0.623;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=71;TCF=35;TCR=36;TR=34;WE=7712482;WS=7712464;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,40:0.53:76
chr19	7712585	rs794073	T	G	3427.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.227;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=274;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.749;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=35;PP=1409;ReadPosRankSum=-0.229;SC=CCCCAACATCTTCCCCAAACC;SOR=0.869;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=161;TCF=100;TCR=61;TR=99;WE=7712593;WS=7712575;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:106,166:0.61:272
chr19	7735089	rs10402265	G	C	1373.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.66;BaseQRankSum=1.343;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.163;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=16;PP=1049;ReadPosRankSum=-0.124;SC=CCACGCTCCTGTGTTCCGGGC;SOR=0.979;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=93;TCF=53;TCR=40;TR=45;WE=7735097;WS=7735079;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,64:0.49:130
chr19	7735297	rs3745368	G	A	1010.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=3.261;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.725;HP=4;HapScore=2;MGOF=119;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=30;PP=745;ReadPosRankSum=0.610;SC=GGGGTTGCGGGGGAGCTGGAA;SOR=1.227;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=70;TCF=13;TCR=57;TR=36;WE=7735305;WS=7735287;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,41:0.51:81
chr19	7735318	rs11270887	AGATGATGATGAT	A,AGAT	1513.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;QD=40.91;SOR=3.086;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:0,18,19:0.49,0.51:37
chr19	7742335	rs146580993	ATG	A	327.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.038;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.90;ReadPosRankSum=-0.572;SOR=1.162;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,11:0.50:22
chr19	7742345	rs8107661	G	A	202.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.057;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=4;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=2;PP=390;ReadPosRankSum=1.335;SC=ATGTGTGTGTGGTGTGATCAC;SOR=0.941;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=22;TCF=18;TCR=4;TR=10;WE=7742353;WS=7742330;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,10:0.40:25
chr19	7743879	rs4804766	C	T	874.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.283;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.559;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=16;PP=448;ReadPosRankSum=0.552;SC=CGTAAGTTGGCGCCCCGACAG;SOR=0.498;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=93;TCF=46;TCR=47;TR=34;WE=7743887;WS=7743869;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,49:0.43:113
chr19	7744075	rs112807024	ACC	A	520.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.264;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=32.55;ReadPosRankSum=1.513;SOR=1.863;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,14:0.88:16
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chr19	7764157	rs12984870	A	G	2255.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=60;NR=18;PP=1487;SC=CTCCCCAGCCACTTTCCCAGG;SOR=2.120;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=80;TCF=62;TCR=18;TR=78;WE=7764165;WS=7764147;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
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chr19	7795813	rs6603117	G	A	607.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=14;PP=620;SC=ACCAGCCCCCGCCCCGCACCA;SOR=3.258;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=23;TCF=9;TCR=14;TR=20;WE=7795821;WS=7795803;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr19	7796018	rs62126622	T	G	3354.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=-0.294;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=303;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.479;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=38;PP=1165;ReadPosRankSum=-0.998;SC=TCGGGTCACTTGGGAGGACTC;SOR=0.642;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=159;TCF=80;TCR=79;TR=74;WE=7796026;WS=7796008;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:141,159:0.53:300
chr19	7796497	rs11260026	C	G	7685.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.877;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=295;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=101;NR=84;PP=2965;ReadPosRankSum=0.814;SC=TGGGGGTTTTCTGTCCCCAGG;SOR=0.277;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=188;TCF=104;TCR=84;TR=185;WE=7796505;WS=7796487;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,292:1.00:293
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chr19	7833940	rs67057658	G	A	1381.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-0.814;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.549;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=41;PP=941;ReadPosRankSum=0.082;SC=GTAAGCCAGCGCTTCTTCTCT;SOR=0.998;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=105;TCF=29;TCR=76;TR=54;WE=7833948;WS=7833930;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,62:0.51:122
chr19	7833982	rs1045997	C	T	758.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=4.031;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.721;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=26;PP=558;ReadPosRankSum=-1.761;SC=TGCCCTGAGACGGTTCTCTGT;SOR=1.679;SbPval=0.93;Source=Platypus;TC=57;TCF=9;TCR=48;TR=28;WE=7833990;WS=7833972;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,32:0.50:64
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chr19	7913752	rs3826742	C	T	5058.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=109;NR=29;PP=2965;SC=TGGGTGGCCACGGGGAGGCTG;SOR=2.223;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=138;TCF=109;TCR=29;TR=138;WE=7913760;WS=7913742;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,176:1.00:176
chr19	7913974	rs555609	T	C	16165.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=621;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=196;NR=203;PP=2965;SC=ACCCGGAACATGAGTTCTTCA;SOR=0.730;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=399;TCF=196;TCR=203;TR=399;WE=7913982;WS=7913964;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,609:1.00:609
chr19	7916475	rs2452012	T	C	16081.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=636;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=163;NR=237;PP=2965;SC=TGAGGACCGATGGTGCCTGGG;SOR=0.966;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=400;TCF=163;TCR=237;TR=400;WE=7916483;WS=7916465;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,617:1.00:617
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chr19	7917919	rs12975442	C	T	2790.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=2.083;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=256;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.058;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=67;NR=22;PP=1442;ReadPosRankSum=1.125;SC=GGGCGGCCCCCGGTGGTCAGG;SOR=0.783;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=187;TCF=136;TCR=51;TR=89;WE=7917927;WS=7917909;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:123,124:0.50:247
chr19	7918103	rs526464	A	G	16335.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=617;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=172;NR=236;PP=2965;SC=GGTACTGGTAAGAAGGGGGGA;SOR=0.955;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=409;TCF=172;TCR=237;TR=408;WE=7918111;WS=7918093;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,607:1.00:607
chr19	7920771	rs74176255	T	C	866.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.075;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.051;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=3;PP=592;ReadPosRankSum=-1.080;SC=GAACGTAAGATGCTGGCTGTG;SOR=1.286;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=62;TCF=55;TCR=7;TR=32;WE=7920779;WS=7920761;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,37:0.47:79
chr19	7925383	rs118176823	G	A	395.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-3.473;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.859;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=3;PP=188;ReadPosRankSum=-1.935;SC=AAGCCAGCAGGCATGGAGGCT;SOR=0.148;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=32;TCF=27;TCR=5;TR=12;WE=7925391;WS=7925373;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,19:0.46:41
chr19	7927465	rs57122454	G	C	1164.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=5.237;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.295;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=38;PP=940;ReadPosRankSum=-0.058;SC=ACCGCCCCCGGACGCGCCCCT;SOR=1.023;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=82;TCF=7;TCR=75;TR=41;WE=7927473;WS=7927455;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,44:0.48:92
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chr19	7935055	rs56831289	C	G	1521.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.254;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FS=1.352;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.03;ReadPosRankSum=0.348;SOR=0.847;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:64,74:0.54:138
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chr19	7963949	rs2042919	A	G	5740.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.058;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=491;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.524;HP=1;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=81;NR=119;PP=2962;ReadPosRankSum=1.036;SC=GCAGCCACCGAACGGGCTGCG;SOR=0.760;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=360;TCF=148;TCR=212;TR=200;WE=7963957;WS=7963939;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:233,256:0.52:489
chr19	7963976	rs2115108	T	C	4666.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-2.777;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=404;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.366;HP=2;HapScore=2;MGOF=28;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=69;NR=105;PP=2480;ReadPosRankSum=0.572;SC=ATAGTGGCCATGGCAGGGACC;SOR=0.717;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=310;TCF=123;TCR=187;TR=174;WE=7963984;WS=7963966;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:184,216:0.54:400
chr19	7964727	rs3745382	G	A	4183.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.003;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=394;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.443;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=76;PP=2303;ReadPosRankSum=0.411;SC=GTGAGGTGGAGTCACTCAGGC;SOR=0.915;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=269;TCF=119;TCR=150;TR=127;WE=7964735;WS=7964717;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:198,191:0.49:389
chr19	7969185	rs116836415	A	C	1017.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=2.160;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.448;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=14;PP=529;ReadPosRankSum=-0.076;SC=TCCCGGACCCAGGCGAGGCCC;SOR=1.129;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=97;TCF=61;TCR=36;TR=42;WE=7969193;WS=7969175;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,52:0.40:131
chr19	7969486	rs3810211	C	T	867.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.780;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.182;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=27;PP=651;ReadPosRankSum=2.023;SC=GAGGATTCTCCCTCTCGCTCT;SOR=1.051;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=62;TCF=13;TCR=49;TR=33;WE=7969494;WS=7969476;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,36:0.56:64
chr19	7970635	rs4804833	A	G	3332.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.164;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=459;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.786;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=70;NR=74;PP=1934;ReadPosRankSum=2.773;SC=TGGACGAATCAGTCGTTTCTG;SOR=0.831;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=305;TCF=150;TCR=155;TR=144;WE=7970643;WS=7970625;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:270,182:0.40:452
chr19	7975464	rs11879199	A	C	6089.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.738;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=635;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.456;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=109;NR=86;PP=2962;ReadPosRankSum=0.449;SC=CAACGTGAGTACCTGGCCGCG;SOR=0.865;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=421;TCF=219;TCR=202;TR=195;WE=7975482;WS=7975454;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:336,294:0.47:630
chr19	7976116	rs10412007	T	C	2652.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.62;BaseQRankSum=-0.579;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=322;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.951;HP=1;HapScore=2;MGOF=31;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=64;PP=2290;ReadPosRankSum=-0.431;SC=AGATACGTCTTCTCCTCCCCC;SOR=0.762;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=223;TCF=92;TCR=131;TR=107;WE=7976124;WS=7976106;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:145,127:0.47:272
chr19	7976529	rs2303700	T	C	375.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-2.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.368;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=11;PP=187;ReadPosRankSum=-0.094;SC=GGGGAGGCAATGGCAGGAGGG;SOR=0.283;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=26;TCF=5;TCR=21;TR=15;WE=7976537;WS=7976519;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,19:0.54:35
chr19	7986638	rs475002	C	G	2628.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-1.615;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=279;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.917;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=39;PP=926;ReadPosRankSum=1.527;SC=GGAAGAAGCCCTGGCAGTGGC;SOR=0.621;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=158;TCF=68;TCR=90;TR=69;WE=7986646;WS=7986628;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:143,135:0.49:278
chr19	7990134	rs112578370	T	G	890.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.088;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FS=14.573;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.79;ReadPosRankSum=1.743;SOR=0.153;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:43,48:0.53:91
chr19	7992249	rs34491552	TG	T	336.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=2.117;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.451;HP=9;HapScore=3;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.062;NF=2;NR=12;PP=178;ReadPosRankSum=-0.530;SC=CAGGCAGCTCTGGGGGGGGGC;SOR=1.270;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=24;TCF=5;TCR=19;TR=14;WE=7992257;WS=7992239;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,16:0.47:34
chr19	7995906	rs4804240	G	A	2751.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=2.327;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.834;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=14;PP=2491;ReadPosRankSum=-0.706;SC=TTCCCCCACCGGGAGCCCAGG;SOR=0.587;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=97;TCF=75;TCR=22;TR=61;WE=7995926;WS=7995896;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,70:0.63:111
chr19	7995918	rs4804241	C	A	2902.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-3.420;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.543;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=19;PP=2491;ReadPosRankSum=1.092;SC=GAGCCCAGGTCCTGCCTGTTG;SOR=0.513;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=116;TCF=86;TCR=30;TR=69;WE=7995926;WS=7995896;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,78:0.58:135
chr19	7995987	rs58157552	T	TA	215.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.198;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=366;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.06;MQRankSum=3.043;QD=0.63;ReadPosRankSum=1.747;SOR=0.688;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:277,64:0.19:341
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chr19	7999874	rs9677009	C	T	297.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=1.308;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=4;PP=196;ReadPosRankSum=0.409;SC=ACCCAGGAGCCGACTCTTCCT;SOR=0.627;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=35;TCF=26;TCR=9;TR=15;WE=7999882;WS=7999864;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,15:0.39:38
chr19	8000045	rs35989631	C	T	453.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.943;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FS=6.963;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.13;ReadPosRankSum=-0.233;SOR=1.417;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:79,31:0.28:110
chr19	8000104	rs3745387	A	G	171.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.439;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.376;HP=1;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=11;PP=239;ReadPosRankSum=0.462;SC=AGGCTGGAGTACAGTGGCACG;SOR=1.539;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=47;TCF=14;TCR=33;TR=17;WE=8000112;WS=8000094;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,12:0.27:45
chr19	8000146	rs3745388	A	G	101.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.301;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.046;HP=2;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=8;PP=119;ReadPosRankSum=1.171;SC=CTCCTGCCAGATTCAAGCGAT;SOR=1.262;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=26;TCF=6;TCR=20;TR=10;WE=8000154;WS=8000136;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,7:0.33:21
chr19	8006186	.	A	AT	153.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.547;ClippingRankSum=0.000;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=1.370;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.27;ReadPosRankSum=-2.566;SOR=0.430;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,16:0.44:36
chr19	8028544	rs14394	A	G	14781.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.353;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=586;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=185;NR=185;PP=2965;ReadPosRankSum=0.154;SC=TGGTGACGGCACCAAACGGCC;SOR=0.495;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=376;TCF=188;TCR=188;TR=370;WE=8028552;WS=8028534;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:7,572:0.99:579
chr19	8032680	rs1077340	C	T	11469.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.723;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=442;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=134;NR=145;PP=2965;ReadPosRankSum=0.273;SC=CAAACCTTTTCAACAAATCAA;SOR=0.721;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=281;TCF=135;TCR=146;TR=279;WE=8032688;WS=8032670;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,434:1.00:436
chr19	8045862	rs75461160	G	A	822.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=21;NR=5;PP=596;SC=CCGAGGAGCGGCTGTGCTCAT;SOR=2.468;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=21;TCR=5;TR=26;WE=8045870;WS=8045852;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr19	8046239	rs145288081	CT	C	186.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.154;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=3.109;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.65;MQRankSum=0.792;QD=8.89;ReadPosRankSum=0.318;SOR=2.093;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,17:0.81:21
chr19	8117869	rs11575008	C	T	1904.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=43;NR=7;PP=1260;SC=TTACCACTTCCCTCCACGACC;SOR=2.658;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=50;TCF=43;TCR=7;TR=50;WE=8117877;WS=8117859;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr19	8122737	rs2303164	G	A	9011.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=349;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=112;NR=93;PP=2965;SC=AGTTATCATCGTCCAAGTTTA;SOR=0.803;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=206;TCF=113;TCR=93;TR=205;WE=8122745;WS=8122727;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,344:1.00:344
chr19	8122767	rs2303165	T	C	9307.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=342;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=106;NR=100;PP=2965;SC=TCAGCAGCAGTAAGAGGAATG;SOR=0.741;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=207;TCF=107;TCR=100;TR=206;WE=8122775;WS=8122757;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,340:1.00:340
chr19	8126930	.	C	CAAA	30.74	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=10.25;ReadPosRankSum=0.967;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,2:0.67:3
chr19	8127075	rs34145389	C	G	2009.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=37;NR=25;PP=1137;SC=GTCAATTTTACTTCGGCCTCT;SOR=1.040;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=62;TCF=37;TCR=25;TR=62;WE=8127083;WS=8127065;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr19	8136839	rs73005512	G	C	2267.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=60;NR=9;PP=1712;SC=GCTCCTTCTTGGGGGGGCTGA;SOR=3.321;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=69;TCF=60;TCR=9;TR=69;WE=8136847;WS=8136829;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr19	8137102	rs7256904	G	T	7425.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=283;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=77;NR=136;PP=2965;SC=GATGGGCAGGGTGGAGGGGTT;SOR=1.204;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=213;TCF=77;TCR=136;TR=213;WE=8137110;WS=8137092;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,276:1.00:276
chr19	8137850	.	C	CGT	1079.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.448;ClippingRankSum=0.000;DP=112;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.10;MQRankSum=0.777;QD=11.74;ReadPosRankSum=-0.626;SOR=0.610;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,53:0.58:92
chr19	8151239	rs8103000	G	C	5047.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=53;NR=97;PP=2440;SC=GCAGGTGGGCGGGGAGGCCAC;SOR=1.286;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=151;TCF=53;TCR=98;TR=150;WE=8151247;WS=8151229;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,197:1.00:197
chr19	8152725	rs12460643	A	G	2241.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-1.348;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=252;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.544;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=22;PP=708;ReadPosRankSum=0.340;SC=ACATGGCCCCATCCTCCCGCA;SOR=0.811;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=128;TCF=77;TCR=51;TR=59;WE=8152733;WS=8152715;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:127,119:0.48:246
chr19	8154350	rs3813782	G	A	587.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-1.506;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=6;PP=328;ReadPosRankSum=1.152;SC=CTGCCTGGGGGTGTCTTCCCT;SOR=0.602;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=48;TCF=36;TCR=12;TR=22;WE=8154358;WS=8154340;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,27:0.45:60
chr19	8155173	rs12459760	G	A	3146.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.712;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=320;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=73;PP=1659;ReadPosRankSum=0.442;SC=ATTGAAAGCCGCTGGCAGTGC;SOR=0.700;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=226;TCF=78;TCR=148;TR=110;WE=8155181;WS=8155163;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:153,151:0.50:304
chr19	8156290	rs8104453	A	G	5539.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.387;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=583;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=117;NR=96;PP=2962;ReadPosRankSum=1.215;SC=TTTTCTGGGCAATCTGACCCT;SOR=0.678;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=432;TCF=239;TCR=193;TR=213;WE=8156298;WS=8156280;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:299,280:0.48:579
chr19	8159362	rs7245429	G	T	3678.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.928;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.298;HP=4;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=51;PP=1728;ReadPosRankSum=-0.489;SC=CTGGAAGCCAGGGGGACAGAT;SOR=0.677;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=91;TCF=39;TCR=52;TR=88;WE=8159370;WS=8159352;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,141:0.98:144
chr19	8159409	rs7245552	G	T	2722.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.995;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=45;PP=1345;ReadPosRankSum=-1.010;SC=GGCAAGTGCCGGGTAGGCAGG;SOR=1.329;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=66;TCF=20;TCR=46;TR=64;WE=8159417;WS=8159399;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,102:0.98:104
chr19	8160334	rs12608849	G	A	2508.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=0.756;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=287;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.431;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=35;PP=1190;ReadPosRankSum=0.532;SC=GCTGTGTTGAGGCAATGGCCA;SOR=0.725;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=148;TCF=79;TCR=69;TR=76;WE=8160342;WS=8160324;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:159,126:0.44:285
chr19	8160517	rs10413994	A	G	1599.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=11;NR=33;PP=946;SC=TGTATAGACTATGTATATTAG;SOR=1.823;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=44;TCF=11;TCR=33;TR=44;WE=8160525;WS=8160507;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr19	8160812	rs10404258	C	T	5806.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=78;NR=56;PP=2489;SC=TCTGAGAACCCACTTTGTGGC;SOR=0.914;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=134;TCF=78;TCR=56;TR=134;WE=8160820;WS=8160802;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,218:1.00:218
chr19	8160897	rs12150963	G	C	1966.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-1.497;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.339;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=33;PP=1045;ReadPosRankSum=0.688;SC=AGCAGAGGCAGTTGTAGGAGC;SOR=0.539;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=134;TCF=63;TCR=71;TR=67;WE=8160905;WS=8160887;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:115,99:0.46:214
chr19	8165868	rs56182050	G	A	1638.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.233;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.416;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=30;PP=726;ReadPosRankSum=-0.173;SC=TGCGCAAAGGGGAACAAAGCT;SOR=0.531;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=132;TCF=51;TCR=81;TR=51;WE=8165876;WS=8165858;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:127,86:0.40:213
chr19	8167590	rs62126077	T	C	670.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=1.140;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=8;PP=456;ReadPosRankSum=-0.772;SC=GGGAAGAAGGTTGGGGAGGGT;SOR=0.671;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=49;TCF=35;TCR=14;TR=28;WE=8167598;WS=8167580;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,30:0.56:54
chr19	8167830	rs12986396	A	G	1046.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.291;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.821;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=23;PP=540;ReadPosRankSum=-0.213;SC=CCAAAGAGATAGGAACTCCTT;SOR=0.838;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=58;TCF=19;TCR=39;TR=33;WE=8167838;WS=8167820;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,49:0.55:89
chr19	8167873	rs56921504	A	G	557.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.483;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.108;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=13;PP=250;ReadPosRankSum=1.737;SC=TGGCTTGTCCAGGCACAGTGG;SOR=0.446;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=38;TCF=12;TCR=26;TR=20;WE=8167881;WS=8167863;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,28:0.53:53
chr19	8168326	rs3865463	G	A	226.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-3.734;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.214;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=2;PP=162;ReadPosRankSum=0.317;SC=ACTGCCACATGTCAGCACTTC;SOR=0.105;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=18;TCF=16;TCR=2;TR=10;WE=8168334;WS=8168316;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,10:0.56:18
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chr19	8176569	rs35306870	G	A	2243.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=-3.407;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=268;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.104;HP=1;HapScore=4;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=62;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.572;SC=AGCCCTGGCGGCAGGTGCAGC;SOR=0.916;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=161;TCF=42;TCR=119;TR=82;WE=8176577;WS=8176550;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:135,129:0.49:264
chr19	8176640	rs12975322	C	T	1651.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=3.316;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.693;HP=1;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=37;PP=1052;ReadPosRankSum=-0.674;SC=TCCTGGGAGACGCATTCATCC;SOR=1.068;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=119;TCF=43;TCR=76;TR=55;WE=8176648;WS=8176630;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,78:0.46:168
chr19	8176919	rs4804264	C	T	2562.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.62;BaseQRankSum=-1.248;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=302;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=27;PP=1084;ReadPosRankSum=-0.588;SC=TGAAACTCCCCGGGATGTTGA;SOR=0.687;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=144;TCF=84;TCR=60;TR=66;WE=8176927;WS=8176909;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:146,135:0.48:281
chr19	8182620	rs17160208	A	G	472.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=2.540;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.190;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=11;PP=190;ReadPosRankSum=1.335;SC=GTACACTTGCATTCACTCACA;SOR=1.609;SbPval=0.93;Source=Platypus;TC=38;TCF=12;TCR=26;TR=13;WE=8182628;WS=8182610;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,22:0.44:50
chr19	8183871	rs35579498	G	A	3283.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.823;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=296;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.461;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=75;PP=1855;ReadPosRankSum=1.094;SC=GTGCCTCCCCGGCAGAGCAGC;SOR=0.658;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=213;TCF=57;TCR=156;TR=103;WE=8183879;WS=8183861;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:138,147:0.52:285
chr19	8188812	rs35840170	C	T	4195.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.235;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=496;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.524;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=76;NR=64;PP=1921;ReadPosRankSum=0.932;SC=CAGCAGCAGACGTCCATCCGG;SOR=0.782;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=286;TCF=152;TCR=134;TR=140;WE=8188820;WS=8188802;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:276,216:0.44:492
chr19	8190674	rs368396188	CA	C	202.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.440;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=1.166;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.20;MQRankSum=1.129;QD=4.22;ReadPosRankSum=-0.476;SOR=0.984;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,22:0.46:48
chr19	8190750	rs35988441	T	C	1103.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=2.454;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.686;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.087;NF=28;NR=15;PP=594;ReadPosRankSum=-1.315;SC=CGTGTGGCCCTGTATGCGGAC;SOR=1.140;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=86;TCF=50;TCR=36;TR=43;WE=8190758;WS=8190740;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,55:0.47:118
chr19	8191238	rs10906993	C	T	10314.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=242;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.80;SOR=0.843;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,241:1.00:241
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chr19	8191401	rs3813778	G	A	2920.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.259;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=302;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=41;PP=1439;ReadPosRankSum=-0.610;SC=CGAGGGTGGCGCAGCACTCAG;SOR=0.673;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=211;TCF=121;TCR=90;TR=96;WE=8191409;WS=8191391;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:161,139:0.46:300
chr19	8196292	rs3813776	C	T	1661.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-0.343;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.313;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=37;PP=1014;ReadPosRankSum=-3.418;SC=GACACAACTCCAACCCCGGGG;SOR=0.816;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=117;TCF=51;TCR=66;TR=63;WE=8196300;WS=8196282;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,75:0.52:143
chr19	8196423	rs3813775	C	A	2597.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.218;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=253;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=33;PP=1414;ReadPosRankSum=-0.345;SC=GGGGACCGGGCAGCCGGATGC;SOR=0.680;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=171;TCF=102;TCR=69;TR=84;WE=8196431;WS=8196413;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:130,122:0.48:252
chr19	8196444	rs4804271	C	T	9012.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=336;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=128;NR=84;PP=2965;SC=TCACCGGAGTCTTTGGCAGGA;SOR=1.013;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=212;TCF=128;TCR=84;TR=212;WE=8196452;WS=8196434;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,335:1.00:335
chr19	8196499	rs3813774	G	A	4466.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-1.590;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=457;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQ=60.02;MQRankSum=1.007;NF=66;NR=68;PP=1859;ReadPosRankSum=-1.656;SC=GATTGGCACAGCAGCACTCGG;SOR=0.702;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=266;TCF=131;TCR=135;TR=134;WE=8196507;WS=8196489;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:227,226:0.50:453
chr19	8200759	rs6603148	G	T	95.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.884;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=3;PP=404;ReadPosRankSum=0.542;SC=AGGTGGGTTTGGGGGCACAGT;SOR=0.693;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=44;TCF=37;TCR=7;TR=21;WE=8200767;WS=8200751;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,6:0.30:20
chr19	8201051	rs8112525	T	C	12676.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=4.078;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1245;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=176;NR=186;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.313;SC=ACATCACCCCTACTCTTGGAT;SOR=0.656;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=706;TCF=338;TCR=368;TR=362;WE=8201059;WS=8201025;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:625,607:0.49:1232
chr19	8201249	rs9749144	C	A	3380.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-2.601;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=273;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.678;HP=6;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=64;PP=1864;ReadPosRankSum=-0.401;SC=AACCGCCCCCCCTTCCACCTG;SOR=0.939;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=187;TCF=84;TCR=103;TR=110;WE=8201257;WS=8201233;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:120,148:0.55:268
chr19	8202944	rs1531547	G	C	494.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=2.151;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=5;PP=341;ReadPosRankSum=-0.571;SC=CCTGGACACCGTCCCCTGTTT;SOR=0.756;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=41;TCF=30;TCR=11;TR=20;WE=8202952;WS=8202934;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,22:0.51:43
chr19	8203328	rs7246376	G	A	2377.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.362;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.052;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=35;ReadPosRankSum=-0.443;SC=CTCAGGGACCGGGCCAGCTGC;SOR=0.663;SbPval=0.68;Source=Platypus;TR=76;WE=8203336;WS=8203318;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:100,112:0.53:212
chr19	8206559	rs72993508	G	C	990.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.500;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.82;ReadPosRankSum=-1.678;SOR=0.784;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,26:0.52:50
chr19	8206568	rs72993510	G	A	1101.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.164;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.33;ReadPosRankSum=-1.144;SOR=0.813;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,30:0.53:57
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chr19	8212107	rs11669201	C	A	4440.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.246;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=403;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.405;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=82;NR=52;PP=2118;ReadPosRankSum=1.291;SC=TGAGCCCCTGCCCGTGTGGAC;SOR=0.971;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=256;TCF=144;TCR=112;TR=134;WE=8212115;WS=8212097;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:193,207:0.52:400
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chr19	8315847	rs379983	A	G	1012.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=3.632;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.463;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=4;PP=726;ReadPosRankSum=-0.668;SC=CTGGTTGTCAACTGCGCTGAT;SOR=0.407;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=66;TCF=59;TCR=7;TR=34;WE=8315855;WS=8315837;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,38:0.53:72
chr19	8319206	.	C	CAAAAA	373.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.550;ClippingRankSum=-0.000;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=33.98;ReadPosRankSum=-0.317;SOR=0.293;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,8:0.73:11
chr19	8320656	rs144397154	TGGGGCGGGGC	T	4916.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.668;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=244;ExcessHet=3.0103;FS=51.004;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.44;MQRankSum=2.922;QD=21.28;ReadPosRankSum=2.941;SOR=0.073;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:104,127:0.55:231
chr19	8320890	rs2306199	T	G	1046.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=2.492;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=23;PP=792;ReadPosRankSum=0.512;SC=GAGCGAGCTTTGCAAGATGGT;SOR=0.612;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=71;TCF=28;TCR=43;TR=40;WE=8320898;WS=8320880;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,42:0.55:76
chr19	8321182	rs28334	A	T	2562.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=-0.143;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=267;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.195;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=49;PP=1317;ReadPosRankSum=-0.143;SC=TGAGTGGCAGAGTGTGTGTGA;SOR=0.861;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=143;TCF=57;TCR=86;TR=83;WE=8321190;WS=8321172;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:121,128:0.51:249
chr19	8321946	rs36247	T	C	1158.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.866;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.591;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=27;PP=478;ReadPosRankSum=-0.265;SC=ACGATTCCTCTGACTACCTGC;SOR=0.769;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=116;TCF=48;TCR=68;TR=44;WE=8321954;WS=8321936;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:97,66:0.40:163
chr19	8321969	rs36248	C	T	858.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.182;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.753;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=21;PP=424;ReadPosRankSum=1.046;SC=GAGGTGGGCCCGACCCCTGCC;SOR=0.553;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=87;TCF=28;TCR=59;TR=32;WE=8321977;WS=8321959;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,45:0.40:112
chr19	8322594	rs36250	G	A	459.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.582;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.009;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=4;PP=242;ReadPosRankSum=-0.583;SC=GATTACAGGCGTGAGCCACCA;SOR=0.221;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=50;TCF=42;TCR=8;TR=18;WE=8322602;WS=8322584;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,23:0.40:58
chr19	8326772	rs76022690	T	C	3912.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.139;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=387;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.669;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=55;PP=1876;ReadPosRankSum=-0.399;SC=AAGCTCCTCCTTCCTCCCTGC;SOR=0.598;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=244;TCF=131;TCR=113;TR=116;WE=8326780;WS=8326762;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:193,187:0.49:380
chr19	8326904	rs36259	G	A	10179.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.639;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=399;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.196;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=110;NR=133;PP=2965;ReadPosRankSum=0.880;SC=AAAGAACGGGGCAGCTGGAGG;SOR=0.546;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=247;TCF=113;TCR=134;TR=243;WE=8326912;WS=8326894;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,386:0.99:389
chr19	8367033	rs250510	T	C	448.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=1;PP=316;SC=CAACTTTAATTGCCACCCTCA;SOR=3.126;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=13;TCF=12;TCR=1;TR=13;WE=8367041;WS=8367023;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr19	8367158	rs9426	C	T	2416.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.506;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.055;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=26;PP=1155;ReadPosRankSum=2.076;SC=CCCCGGATCTCCATAGGGAGT;SOR=0.589;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=158;TCF=106;TCR=52;TR=75;WE=8367166;WS=8367137;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:114,114:0.50:228
chr19	8367359	rs2227289	G	C	4704.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.374;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=502;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=80;NR=88;PP=2248;ReadPosRankSum=0.065;SC=AGGGCAGCGAGGTCTTCTGTT;SOR=0.659;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=324;TCF=149;TCR=175;TR=168;WE=8367367;WS=8367349;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:264,236:0.47:500
chr19	8367709	rs2336573	C	T	2897.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.450;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=306;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.417;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=41;PP=1226;ReadPosRankSum=-0.447;SC=GACTGGTCTCCGGCAGAGGAG;SOR=0.739;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=193;TCF=97;TCR=96;TR=85;WE=8367717;WS=8367699;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:159,144:0.48:303
chr19	8367845	rs79658260	C	A	2193.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.613;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.942;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=41;PP=1095;ReadPosRankSum=0.931;SC=CATCCCCTTCCGGGAGGATCT;SOR=0.548;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=116;TCF=42;TCR=74;TR=68;WE=8367853;WS=8367835;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,97:0.56:172
chr19	8368758	rs2232784	G	A	1788.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-2.244;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.832;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=20;PP=695;ReadPosRankSum=-0.946;SC=GCTCGTCGCTGGAGTCGGGAC;SOR=0.417;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=85;TCF=52;TCR=33;TR=47;WE=8368766;WS=8368748;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,86:0.56:154
chr19	8368794	rs2232783	C	A	2347.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-0.276;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.504;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=29;PP=1030;ReadPosRankSum=2.511;SC=CGCAGCGCCACGTGAGTGGAA;SOR=0.466;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=118;TCF=72;TCR=46;TR=64;WE=8368802;WS=8368784;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:115,116:0.50:231
chr19	8369078	rs3214909	CA	C	2845.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=0.645;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=374;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.824;HP=7;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=2.149;NF=7;NR=60;PP=1398;ReadPosRankSum=0.216;SC=CAGCTGAGCCCAAAAAAATGC;SOR=0.636;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=153;TCF=14;TCR=139;TR=67;WE=8369086;WS=8369068;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:185,162:0.47:347
chr19	8369896	rs2232780	A	C	1027.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-2.039;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.759;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=13;PP=422;ReadPosRankSum=-0.490;SC=AAGCCCCGCCAAGGGGCGTGG;SOR=0.431;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=65;TCF=41;TCR=24;TR=32;WE=8369904;WS=8369886;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,51:0.54:94
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chr19	8373023	rs2232776	C	G	998.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.458;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.732;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=11;PP=502;ReadPosRankSum=1.450;SC=CGCTGCGGGGCGTCACTCACC;SOR=0.610;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=88;TCF=60;TCR=28;TR=35;WE=8373031;WS=8373013;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,49:0.42:116
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chr19	8386998	rs4147644	T	C	3432.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.088;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=339;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.803;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=32;PP=1362;ReadPosRankSum=-0.072;SC=AGGACACCCCTTTGATAGACC;SOR=0.801;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=198;TCF=118;TCR=80;TR=85;WE=8387006;WS=8386988;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:169,165:0.49:334
chr19	8387207	rs1057232	G	A	1141.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-0.279;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.945;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=34;PP=748;ReadPosRankSum=-1.542;SC=GTCTGTCACAGTCTGCTCCTT;SOR=0.911;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=80;TCF=16;TCR=64;TR=42;WE=8387223;WS=8387197;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,47:0.52:91
chr19	8387649	rs141480951	C	T	1090.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-1.217;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.723;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=13;PP=569;ReadPosRankSum=1.113;SC=CTGGACCCTTCTGTGCGCCAA;SOR=0.584;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=64;TCF=43;TCR=21;TR=35;WE=8387657;WS=8387639;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,56:0.50:111
chr19	8388410	rs7253567	G	A	144.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.730;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=1.619;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.17;ReadPosRankSum=1.942;SOR=1.302;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,10:0.36:28
chr19	8389768	rs111756439	GTCACAGGTTGAC	G	7093.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.628;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=394;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.432;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=2.725;NF=25;NR=66;PP=2934;ReadPosRankSum=-0.502;SC=GGGAAGGGAGGTCACAGGTTG;SOR=0.776;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=196;TCF=59;TCR=137;TR=91;WE=8389787;WS=8389758;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:196,188:0.49:384
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chr19	8398714	rs2009733	A	G	1423.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=2.247;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=17;PP=589;ReadPosRankSum=-1.614;SC=GCCAGGAGAGACTCAGGATGG;SOR=0.670;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=85;TCF=45;TCR=40;TR=35;WE=8398722;WS=8398704;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:93,71:0.43:164
chr19	8398949	rs111751275	CTCGCTGTCGCCA	C	825.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.706;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.897;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.086;NF=3;NR=13;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.090;SC=CGCCACCGTTCTCGCTGTCGC;SOR=0.527;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=45;TCF=9;TCR=36;TR=16;WE=8398968;WS=8398939;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,39:0.47:83
chr19	8399628	rs710949	A	G	654.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.302;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.958;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=14;PP=354;ReadPosRankSum=0.485;SC=GGTGCTCCAGACTGGCGCGCA;SOR=0.652;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=56;TCF=30;TCR=26;TR=26;WE=8399636;WS=8399618;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,34:0.47:72
chr19	8429680	rs12609364	G	A	241.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=2.439;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.541;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=8;PP=209;ReadPosRankSum=2.286;SC=AGCCGAGGAGGGAGGTTCGCT;SOR=1.646;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=21;TCF=7;TCR=14;TR=11;WE=8429688;WS=8429670;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,11:0.37:30
chr19	8454236	rs72996752	A	G	154.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.727;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=11.05;ReadPosRankSum=2.484;SOR=0.593;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,9:0.64:14
chr19	8467235	rs2913968	T	C	1265.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-3.511;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=13.300;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=30;PP=912;ReadPosRankSum=0.313;SC=GTTGGGGCCCTGGCCACAGCC;SOR=0.730;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=77;TCF=39;TCR=38;TR=53;WE=8467243;WS=8467225;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,54:0.63:86
chr19	8467538	rs148680686	C	CTTGTTTTTTTCTTT	523.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=0.497;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=1.583;NF=0;NR=9;PP=2577;ReadPosRankSum=0.704;SC=TGTTCGTTTGCTTGTTTTTTT;SOR=1.051;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=32;TCF=0;TCR=32;TR=9;WE=8467546;WS=8467528;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,14:0.58:24
chr19	8468337	rs2230876	C	T	8747.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=0.807;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=885;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=109;NR=119;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.990;SC=TCGCAGACCGCGCTGCCCACG;SOR=0.684;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=489;TCF=236;TCR=253;TR=228;WE=8468345;WS=8468327;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:433,433:0.50:866
chr19	8468485	rs2241588	C	T	1884.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.236;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.084;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=49;PP=1097;ReadPosRankSum=-0.235;SC=CCTCCGCCCGCCCCCGCCACG;SOR=1.039;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=130;TCF=33;TCR=97;TR=61;WE=8468493;WS=8468475;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,81:0.49:165
chr19	8495765	rs2303180	G	A	885.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.496;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.838;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=12;PP=280;ReadPosRankSum=-0.168;SC=AGTGGCTGTGGTTGTGCAGCA;SOR=0.544;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=48;TCF=17;TCR=31;TR=19;WE=8495773;WS=8495755;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,43:0.52:83
chr19	8495887	rs2303179	T	A	83.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.166;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=2.632;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=6.98;ReadPosRankSum=0.608;SOR=0.105;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,6:0.50:12
chr19	8503574	rs11259981	A	G	967.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=20;PP=569;SC=GACACCATGCAGAGCCTAGTC;SOR=1.675;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=28;TCF=8;TCR=20;TR=28;WE=8503582;WS=8503564;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr19	8528277	rs3764570	A	G	1928.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=44;NR=11;PP=1275;SC=TGTGACATAAATCATATTTTT;SOR=2.200;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=57;TCF=46;TCR=11;TR=55;WE=8528285;WS=8528267;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr19	8528310	rs8102587	A	G	3316.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=61;NR=23;PP=1830;SC=ACTGTCATTGATATTTACTAT;SOR=1.550;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=86;TCF=63;TCR=23;TR=84;WE=8528318;WS=8528300;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr19	8533504	rs7258281	T	C	1593.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=37;NR=12;PP=894;SC=ATAGGAAGCATGCTCCGCATG;SOR=2.041;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=49;TCF=37;TCR=12;TR=49;WE=8533512;WS=8533494;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr19	8536373	rs12973706	A	G	1931.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=16;NR=26;PP=1069;SC=AATTATTGGGACAACTGGACT;SOR=1.022;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=45;TCF=17;TCR=28;TR=42;WE=8536381;WS=8536363;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr19	8551094	rs2230647	T	C	11766.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=450;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=119;NR=165;PP=2965;SC=GCATGGGCCCTGCCATGGGCC;SOR=0.942;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=284;TCF=119;TCR=165;TR=284;WE=8551102;WS=8551084;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,446:1.00:446
chr19	8551852	rs11669139	A	G	5163.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=65;NR=52;PP=2169;SC=GCTGCAAGGCATGCCTTAGGA;SOR=0.809;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=117;TCF=65;TCR=52;TR=117;WE=8551860;WS=8551842;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,199:1.00:199
chr19	8553630	rs6992	C	T	5917.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=245;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=77;NR=77;PP=2720;SC=AGGGGTGTGGCGTGGTTAAGT;SOR=0.728;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=154;TCF=77;TCR=77;TR=154;WE=8553638;WS=8553620;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,232:1.00:232
chr19	8563456	rs2910435	C	G	4826.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=61;NR=53;PP=2302;SC=GTGTCCCAGCCGCTCCAAACC;SOR=0.842;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=114;TCF=61;TCR=53;TR=114;WE=8563464;WS=8563446;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,185:1.00:185
chr19	8601051	rs369541772	GTC	G	273.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.805;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FS=1.006;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.89;ReadPosRankSum=1.576;SOR=0.927;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:125,20:0.14:145
chr19	8645786	rs7252299	A	C	5073.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=73;NR=46;PP=2394;SC=CCTAGTGGCCATGGCAGGTTT;SOR=1.057;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=119;TCF=73;TCR=46;TR=119;WE=8645794;WS=8645776;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,190:1.00:190
chr19	8654106	rs73501572	G	A	2442.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.746;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=289;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=31;PP=1232;ReadPosRankSum=0.012;SC=GAGTGTGGGAGGGAAGCTGGA;SOR=0.675;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=201;TCF=130;TCR=71;TR=86;WE=8654114;WS=8654096;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:161,125:0.44:286
chr19	8660890	rs28433973	G	A	2434.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.371;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.144;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=47;PP=1291;ReadPosRankSum=-0.536;SC=GATTTCTATCGTCTCCCGTGT;SOR=0.915;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=162;TCF=70;TCR=92;TR=80;WE=8660898;WS=8660880;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:96,110:0.53:206
chr19	8662347	rs5827006	TTGC	T	137.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=2.971;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.61;ReadPosRankSum=0.910;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,5:0.31:16
chr19	8662350	rs7248483	C	T	221.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-2.015;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.86;ReadPosRankSum=-0.341;SOR=0.569;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,11:0.69:16
chr19	8669873	rs7260282	T	C	2216.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.738;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=271;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.460;HP=5;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=27;PP=935;ReadPosRankSum=2.911;SC=CATTTCCCCCTGCGTTCCAGA;SOR=0.649;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=178;TCF=114;TCR=64;TR=72;WE=8669881;WS=8669863;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:157,111:0.41:268
chr19	8669931	rs7255721	G	C	2671.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.212;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=321;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.859;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=42;PP=1404;ReadPosRankSum=-1.654;SC=CACATGGGAGGTGCTGGCCTG;SOR=0.747;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=225;TCF=123;TCR=102;TR=95;WE=8669939;WS=8669921;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:179,136:0.43:315
chr19	8808373	rs4804079	G	T	3762.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-2.598;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=309;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.873;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=45;PP=1593;ReadPosRankSum=0.694;SC=GCGGTCAGGTGGTTGCCCGCC;SOR=0.767;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=195;TCF=107;TCR=88;TR=104;WE=8808381;WS=8808363;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:134,174:0.56:308
chr19	8808900	rs10410943	A	G	10688.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.769;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=413;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=125;NR=127;PP=2965;ReadPosRankSum=0.437;SC=AATAACCACCACGCCGGTCTT;SOR=0.231;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=253;TCF=126;TCR=127;TR=252;WE=8808908;WS=8808890;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,409:1.00:410
chr19	8808942	rs2340550	A	G	10343.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.423;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=388;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.253;HP=4;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=112;NR=130;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.342;SC=CATGCCGGGGAAGTCCCGCTG;SOR=0.409;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=244;TCF=113;TCR=131;TR=242;WE=8808950;WS=8808932;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,386:1.00:387
chr19	8809100	rs62117992	T	C	239.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.243;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.66;ReadPosRankSum=-0.402;SOR=0.627;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,16:0.44:36
chr19	8841558	rs28324	T	C	3658.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.383;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=403;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.755;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=58;PP=1908;ReadPosRankSum=-0.947;SC=CCCGGCTCCATACACCCATGT;SOR=0.689;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=247;TCF=126;TCR=121;TR=118;WE=8841566;WS=8841548;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:217,180:0.45:397
chr19	8923117	rs250315	A	G	2216.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=45;NR=16;PP=1219;SC=CCAGGAACACAGCATTCTCAA;SOR=1.754;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=61;TCF=45;TCR=16;TR=61;WE=8923125;WS=8923107;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr19	8932092	rs2910347	G	A	1860.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=58;PP=1543;SC=AGCACGAGATGTTGGGGGGGG;SOR=4.943;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=61;TCF=3;TCR=58;TR=61;WE=8932100;WS=8932082;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr19	8953801	rs2969292	T	C	4834.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=56;NR=74;PP=2965;SC=AATTTCTGGTTACTGAGGAAG;SOR=0.948;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=130;TCF=56;TCR=74;TR=130;WE=8953809;WS=8953791;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,165:1.00:165
chr19	8953922	rs2972588	C	T	4051.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=47;NR=59;PP=2059;SC=CCAAGAAGGCCGTCCTGAAAA;SOR=0.878;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=106;TCF=47;TCR=59;TR=106;WE=8953930;WS=8953912;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,151:1.00:151
chr19	8961772	rs2972591	A	G	1031.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=35;NR=3;PP=787;SC=ATTATTTGTCAATTAATTAAA;SOR=5.084;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=38;TCF=35;TCR=3;TR=38;WE=8961780;WS=8961762;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr19	8961981	rs1035442	C	G	15945.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=592;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=174;NR=195;PP=2965;SC=CATGTGATGACTCCCAGGAGT;SOR=0.756;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=369;TCF=174;TCR=195;TR=369;WE=8961989;WS=8961971;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,592:1.00:592
chr19	8962461	rs1964289	G	C	268.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=35;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=39;PP=1241;SC=TCTGGAGATGGAGTCTTGCTC;SOR=3.258;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=43;TCF=4;TCR=39;TR=43;WE=8962469;WS=8962451;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr19	8976471	rs3764554	G	A	537.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=0.374;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=10;PP=287;ReadPosRankSum=-1.651;SC=GAGAGGTCCCGAGACCTCTGC;SOR=0.734;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=35;TCF=15;TCR=20;TR=18;WE=8976479;WS=8976461;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,23:0.56:41
chr19	8976504	rs3764553	G	A	473.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-0.525;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=7;PP=284;ReadPosRankSum=-0.508;SC=GTGGAGGGAGGAGCAGGGGAA;SOR=0.527;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=34;TCF=19;TCR=15;TR=16;WE=8976512;WS=8976494;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,20:0.50:40
chr19	8976713	rs3764552	A	G	2528.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.706;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=260;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.462;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=33;PP=1109;ReadPosRankSum=-1.174;SC=TTATCCCACCAGGAGCTGCTG;SOR=0.639;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=169;TCF=99;TCR=70;TR=80;WE=8976721;WS=8976703;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:123,128:0.51:251
chr19	8976921	rs11085755	C	T	626.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=3.612;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.215;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=21;PP=443;ReadPosRankSum=-0.820;SC=GATCAGACTGCGCTCATTATT;SOR=0.922;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=51;TCF=8;TCR=43;TR=25;WE=8976929;WS=8976911;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,28:0.47:60
chr19	8977514	rs1469077	A	G	936.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.091;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.735;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=18;PP=557;ReadPosRankSum=0.540;SC=TATGCCAGGTATCTCACCCCA;SOR=0.437;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=74;TCF=46;TCR=28;TR=41;WE=8977522;WS=8977504;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,46:0.48:96
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chr19	8979223	rs144048376	G	C	2513.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-2.463;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=273;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.309;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=27;PP=785;ReadPosRankSum=-2.005;SC=GTACTTGTAGGAGGCTCATCT;SOR=0.690;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=142;TCF=70;TCR=72;TR=60;WE=8979231;WS=8979213;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:140,132:0.49:272
chr19	8982084	rs3752139	C	G	2181.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.573;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FS=7.286;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=23.98;ReadPosRankSum=-0.549;SOR=2.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,90:0.99:91
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chr19	8986920	rs111523062	CA	C	86.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.559;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=2.049;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.71;ReadPosRankSum=-0.375;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,12:0.38:32
chr19	8987133	rs3764555	T	C	5257.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=50;SC=AGAAGGGAGCTTGGGTTGGTC;SOR=0.778;Source=Platypus;TCF=51;WE=8987141;WS=8987123;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,194:1.00:194
chr19	8987218	rs3764556	G	T	1601.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.020;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.127;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=23;PP=743;ReadPosRankSum=-1.564;SC=ACCAGGTGCTGCATGACGTTG;SOR=0.503;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=89;TCF=37;TCR=52;TR=43;WE=8987226;WS=8987208;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,74:0.52:143
chr19	8987348	rs150904213	A	AAG	382.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.786;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=8.022;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.14;ReadPosRankSum=-0.678;SOR=0.328;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,13:0.65:20
chr19	8992971	.	T	G	214.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.733;ClippingRankSum=0.000;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.16;MQRankSum=-3.237;QD=6.14;ReadPosRankSum=0.517;SOR=0.582;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,8:0.23:35
chr19	8992972	.	A	G	211.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.317;ClippingRankSum=0.000;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.18;MQRankSum=-3.295;QD=5.88;ReadPosRankSum=0.676;SOR=0.542;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,8:0.22:36
chr19	8992980	.	C	G	196.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.359;ClippingRankSum=0.000;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.32;MQRankSum=-3.675;QD=4.58;ReadPosRankSum=0.198;SOR=0.558;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,8:0.19:43
chr19	8992981	.	T	G	196.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.088;ClippingRankSum=0.000;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.33;MQRankSum=-3.726;QD=4.47;ReadPosRankSum=0.349;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,8:0.18:44
chr19	8992988	rs371102230	G	A	184.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.407;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.39;MQRankSum=-3.923;QD=3.85;ReadPosRankSum=-0.226;SOR=0.627;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:40,8:0.17:48
chr19	8992993	rs114497462	G	A	159.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.465;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.74;MQRankSum=-3.541;QD=3.13;ReadPosRankSum=0.097;SOR=0.483;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:44,7:0.14:51
chr19	8992996	.	T	A	114.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.784;ClippingRankSum=0.000;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.76;MQRankSum=-3.738;QD=2.05;ReadPosRankSum=-0.661;SOR=0.608;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:49,7:0.12:56
chr19	8992997	.	G	A	114.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.131;ClippingRankSum=0.000;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=1.790;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.76;MQRankSum=-4.079;QD=2.05;ReadPosRankSum=0.000;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:50,6:0.11:56
chr19	8994113	rs2009979	T	C	2355.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=47;NR=20;PP=1379;SC=ACACTTGGGGTAGCCAGACTG;SOR=1.504;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=67;TCF=47;TCR=20;TR=67;WE=8994121;WS=8994103;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr19	8994285	rs752410	T	A	1207.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.361;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FS=2.258;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.44;ReadPosRankSum=-0.159;SOR=0.503;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:70,58:0.45:128
chr19	8994373	rs873869	A	G	2102.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=36;NR=30;PP=1477;SC=TAGGTGGAACAAGACAAGGTG;SOR=0.864;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=66;TCF=36;TCR=30;TR=66;WE=8994381;WS=8994363;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr19	8995853	rs11672574	T	C	1014.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=12;NR=12;PP=651;SC=CTCTCAGATCTTTCCCTCATG;SOR=0.752;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=24;TCF=12;TCR=12;TR=24;WE=8995861;WS=8995843;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr19	8996019	rs73493652	A	T	1394.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.453;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FS=2.045;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.92;MQRankSum=0.000;QD=9.18;ReadPosRankSum=1.989;SOR=0.521;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:79,73:0.48:152
chr19	8996182	rs56136170	C	T	1937.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.491;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.837;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=22;PP=1151;ReadPosRankSum=0.014;SC=GAAGAAGAAACGGTGAAGTTC;SOR=1.134;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=132;TCF=85;TCR=47;TR=73;WE=8996190;WS=8996172;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,89:0.54:164
chr19	8997189	rs111427194	T	TGGGAGA	2798.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-1.462;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.188;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.194;NF=6;NR=17;PP=1339;ReadPosRankSum=-0.024;SC=ACCTGAGCTGTGGGAGAGGGA;SOR=0.648;SbPval=0.26;Source=Platypus;TC=59;TCF=11;TCR=48;TR=23;WE=8997197;WS=8997179;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:102,73:0.42:175
chr19	8997343	rs55785038	C	T	1260.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-0.629;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=16;PP=778;ReadPosRankSum=-0.183;SC=CTTCCATGCCCTGTCATGAGT;SOR=0.743;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=71;TCF=44;TCR=27;TR=43;WE=8997351;WS=8997333;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,53:0.62:85
chr19	8997415	.	G	A	103.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.957;ClippingRankSum=0.000;DP=195;ExcessHet=3.0103;FS=21.355;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.05;MQRankSum=-12.514;QD=0.53;ReadPosRankSum=-4.401;SOR=1.971;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:179,16:0.08:195
chr19	8997421	.	A	C	61.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.462;ClippingRankSum=0.000;DP=210;ExcessHet=3.0103;FS=17.340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.03;MQRankSum=-12.693;QD=0.29;ReadPosRankSum=-3.421;SOR=1.630;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:193,17:0.08:210
chr19	8997424	.	G	A	52.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.197;ClippingRankSum=0.000;DP=217;ExcessHet=3.0103;FS=17.154;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.03;MQRankSum=-12.547;QD=0.24;ReadPosRankSum=-2.868;SOR=1.634;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:200,17:0.08:217
chr19	8997454	rs76629162	G	A	376.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.805;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=275;ExcessHet=3.0103;FS=23.560;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.82;MQRankSum=-15.858;QD=1.37;ReadPosRankSum=0.685;SOR=1.788;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:247,28:0.10:275
chr19	8997463	rs73001893	C	T	355.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.653;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=289;ExcessHet=3.0103;FS=20.717;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.88;MQRankSum=-16.207;QD=1.24;ReadPosRankSum=0.915;SOR=1.799;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:259,28:0.10:287
chr19	8997472	rs113387108	C	T	280.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.625;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=308;ExcessHet=3.0103;FS=20.602;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.95;MQRankSum=-16.745;QD=0.92;ReadPosRankSum=0.287;SOR=1.801;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:278,28:0.09:306
chr19	8997481	.	C	A	223.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.413;ClippingRankSum=0.000;DP=331;ExcessHet=3.0103;FS=20.802;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.08;MQRankSum=-17.323;QD=0.68;ReadPosRankSum=-0.012;SOR=2.037;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:301,27:0.08:328
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chr19	8997680	rs56233329	C	T	595.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.270;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.368;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=20;PP=373;ReadPosRankSum=-0.820;SC=ACTATAACAACAGAAGTTTCT;SOR=1.121;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=59;TCF=16;TCR=43;TR=25;WE=8997688;WS=8997670;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,29:0.46:63
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chr19	9008413	.	A	G	138.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.122;ClippingRankSum=0.000;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=4.850;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.88;MQRankSum=-5.306;QD=3.02;ReadPosRankSum=0.940;SOR=1.755;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:40,6:0.13:46
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chr19	9009239	.	A	G	176.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.388;ClippingRankSum=0.000;DP=147;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.37;MQRankSum=-11.971;QD=1.22;ReadPosRankSum=1.865;SOR=0.610;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:130,15:0.10:145
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chr19	9025604	rs200791776	A	G	1295.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.446;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=273;ExcessHet=3.0103;FS=2.961;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.59;MQRankSum=-16.130;QD=4.76;ReadPosRankSum=-2.711;SOR=0.518;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:190,82:0.30:272
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chr19	9025700	.	T	G	260.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.503;ClippingRankSum=0.000;DP=228;ExcessHet=3.0103;FS=46.405;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.20;MQRankSum=-15.007;QD=1.15;ReadPosRankSum=-3.119;SOR=5.605;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:206,21:0.09:227
chr19	9025703	.	T	G	194.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.651;ClippingRankSum=0.000;DP=223;ExcessHet=3.0103;FS=40.816;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.28;MQRankSum=-14.843;QD=0.88;ReadPosRankSum=-2.984;SOR=5.426;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:203,19:0.09:222
chr19	9025705	.	T	G	158.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.194;ClippingRankSum=0.000;DP=217;ExcessHet=3.0103;FS=38.125;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.33;MQRankSum=-14.643;QD=0.74;ReadPosRankSum=-2.693;SOR=5.205;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:199,17:0.08:216
chr19	9025707	.	A	T	83.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.425;ClippingRankSum=0.000;DP=209;ExcessHet=3.0103;FS=34.897;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.30;MQRankSum=-14.366;QD=0.40;ReadPosRankSum=-3.265;SOR=5.139;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:191,17:0.08:208
chr19	9025711	.	C	T	68.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.602;ClippingRankSum=0.000;DP=202;ExcessHet=3.0103;FS=32.546;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.31;MQRankSum=-14.124;QD=0.34;ReadPosRankSum=-3.165;SOR=4.909;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:186,15:0.07:201
chr19	9025713	.	A	T	38.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.184;ClippingRankSum=0.000;DP=192;ExcessHet=3.0103;FS=29.109;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.27;MQRankSum=-13.764;QD=0.20;ReadPosRankSum=-3.904;SOR=4.780;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:176,15:0.08:191
chr19	9025715	.	G	A	71.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.896;ClippingRankSum=0.000;DP=185;ExcessHet=3.0103;FS=26.685;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.27;MQRankSum=-13.510;QD=0.39;ReadPosRankSum=-3.683;SOR=4.517;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:171,13:0.07:184
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chr19	9043534	rs35774058	A	AG	1265.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.62;BaseQRankSum=-1.143;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.735;HP=6;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=12;PP=484;ReadPosRankSum=1.168;SC=GAGAGGAAGGAGGGGTAGAAC;SOR=0.559;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=39;TCF=7;TCR=32;TR=15;WE=9043542;WS=9043524;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,51:0.49:104
chr19	9043680	rs2059135	G	A	288.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-2.196;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.128;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.764;NF=2;NR=5;PP=72;ReadPosRankSum=-1.130;SC=AGATTGTGCCGCTGCACTCCA;SOR=0.269;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=13;TCF=3;TCR=10;TR=7;WE=9043688;WS=9043670;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,14:0.70:20
chr19	9045518	rs12984694	T	G	1089.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.512;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.919;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=10;PP=453;ReadPosRankSum=-2.085;SC=AGAATGGCAATTTTTATAGTA;SOR=0.442;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=60;TCF=42;TCR=18;TR=30;WE=9045526;WS=9045508;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,49:0.60:82
chr19	9046876	rs4804378	G	T	2343.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.261;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=252;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.824;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=45;PP=1444;ReadPosRankSum=1.334;SC=AAACCGTTGTGCTGGTTTCTG;SOR=0.568;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=197;TCF=102;TCR=95;TR=88;WE=9046884;WS=9046866;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:137,109:0.44:246
chr19	9048320	rs56334501	C	T	2430.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-2.780;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.617;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=52;PP=1302;ReadPosRankSum=-1.068;SC=TGCCCTGGAACTAGTGACCAG;SOR=0.864;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=160;TCF=73;TCR=87;TR=89;WE=9048328;WS=9048310;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:99,120:0.55:219
chr19	9048342	rs10854118	C	T	1914.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.756;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=40;PP=1030;ReadPosRankSum=-0.841;SC=GGGGTCACCACTCCTGATACC;SOR=0.704;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=155;TCF=71;TCR=84;TR=74;WE=9048350;WS=9048332;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:111,99:0.47:210
chr19	9048421	rs56194405	T	C	1486.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-1.294;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.610;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.145;NF=28;NR=26;PP=693;ReadPosRankSum=-0.013;SC=CCATTGAAGGTGTGGTTTCTA;SOR=0.553;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=132;TCF=64;TCR=68;TR=54;WE=9048429;WS=9048411;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:93,74:0.44:167
chr19	9049339	rs11883220	C	G	3062.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=2.445;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=321;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.871;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=43;PP=1702;ReadPosRankSum=0.311;SC=ATGAGGCTATCGTCTTTGGTT;SOR=0.827;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=210;TCF=111;TCR=99;TR=97;WE=9049347;WS=9049329;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:169,144:0.46:313
chr19	9049726	rs11670328	G	A	2825.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.213;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=243;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.574;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=43;PP=1407;ReadPosRankSum=0.056;SC=CTGAGCTGACGTCTGCCCCAT;SOR=0.580;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=165;TCF=89;TCR=76;TR=91;WE=9049734;WS=9049716;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:107,131:0.55:238
chr19	9049910	rs56307190	C	T	3259.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.859;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=349;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.294;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=62;PP=1604;ReadPosRankSum=0.974;SC=TGCCCCAGAACGAGAGACCAG;SOR=0.813;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=224;TCF=108;TCR=116;TR=113;WE=9049918;WS=9049900;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:183,162:0.47:345
chr19	9056982	rs11670318	G	A	3867.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-3.092;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=363;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.780;HP=2;HapScore=4;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=55;PP=2962;ReadPosRankSum=0.149;SC=CTCAAATCCTGTGGTCTCAAA;SOR=0.668;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=220;TCF=109;TCR=111;TR=114;WE=9056997;WS=9056972;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:163,197:0.55:360
chr19	9056989	rs4804381	C	G	3352.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.365;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=368;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.236;HP=4;HapScore=4;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=53;PP=2962;ReadPosRankSum=0.052;SC=CCTGTGGTCTCAAAATTAGCA;SOR=0.705;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=222;TCF=112;TCR=110;TR=104;WE=9056997;WS=9056972;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:198,166:0.46:364
chr19	9057408	rs1423051	A	G	6426.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=241;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=86;NR=76;PP=2965;SC=TTCCACAAAGAGAGAGCTCTT;SOR=0.789;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=163;TCF=87;TCR=76;TR=162;WE=9057416;WS=9057398;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,237:1.00:237
chr19	9057687	rs1895364	A	G	5549.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=61;NR=63;PP=2732;SC=AGGGATGTGTATTCTATTAGA;SOR=0.723;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=124;TCF=61;TCR=63;TR=124;WE=9057695;WS=9057677;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,201:1.00:201
chr19	9057721	rs2216662	C	T	4918.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=55;NR=61;SC=GTCATGGAGACTTCAGTAGTA;SOR=0.760;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=116;TCF=55;TCR=61;TR=116;WE=9057729;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,184:1.00:184
chr19	9058624	rs11878666	G	A	2690.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.059;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=275;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.938;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=54;PP=1277;ReadPosRankSum=-0.600;SC=GCACCAGAGGGCATCTTGTAA;SOR=0.771;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=185;TCF=71;TCR=114;TR=85;WE=9058632;WS=9058614;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:142,129:0.48:271
chr19	9058907	rs1833777	G	C	2376.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=2.445;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=34;PP=1424;ReadPosRankSum=0.831;SC=TTTCAAAAACGTGAATTGCCT;SOR=0.733;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=144;TCF=80;TCR=64;TR=79;WE=9058915;WS=9058897;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,104:0.57:182
chr19	9058942	rs1833778	C	T	6330.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.864;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=244;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=-0.097;NF=91;NR=79;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.787;SC=GCTTTAGAAGCGGCCAGACTC;SOR=0.807;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=172;TCF=92;TCR=80;TR=170;WE=9058950;WS=9058932;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,239:0.99:241
chr19	9059808	rs7508222	A	G	7542.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=271;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=112;NR=88;PP=2965;SC=GACTTCAGTGATGGCCAGTAT;SOR=0.887;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=200;TCF=112;TCR=88;TR=200;WE=9059816;WS=9059798;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,268:1.00:268
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chr19	9060541	rs11882256	C	T	2255.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-2.921;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=260;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=35;PP=885;ReadPosRankSum=-1.545;SC=GAGGTGACCACTGGAGATGTC;SOR=0.675;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=146;TCF=65;TCR=81;TR=62;WE=9060549;WS=9060531;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:140,117:0.46:257
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chr19	9063678	rs2547064	T	G	3858.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.352;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=406;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.362;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=62;PP=2050;ReadPosRankSum=-0.086;SC=GCTTGACGTGTCCAAAGTACT;SOR=0.666;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=236;TCF=116;TCR=120;TR=123;WE=9063686;WS=9063668;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:217,182:0.46:399
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chr19	9069892	rs1862460	A	C	2014.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.072;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=259;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=36;PP=1101;ReadPosRankSum=0.859;SC=CCTGTTACAAAAGGAAAAGTG;SOR=0.675;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=182;TCF=93;TCR=89;TR=74;WE=9069900;WS=9069882;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:157,101:0.39:258
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chr19	9070837	rs2547067	G	A	8267.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=316;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=98;NR=131;PP=2965;SC=GCTATTGTGGGCCGATCAAGG;SOR=0.950;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=229;TCF=98;TCR=131;TR=229;WE=9070845;WS=9070827;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,303:1.00:303
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chr19	9071834	rs17000803	G	C	2070.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-0.199;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=33;PP=1030;ReadPosRankSum=-1.231;SC=TTGTGTCCGTGGGAAAGCTGG;SOR=0.704;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=140;TCF=76;TCR=64;TR=73;WE=9071842;WS=9071824;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,97:0.52:187
chr19	9072221	rs66498329	G	A	1426.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.905;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.543;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=21;PP=640;ReadPosRankSum=-0.092;SC=TCTTCACTAGGCCAGAGGTGA;SOR=0.776;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=134;TCF=66;TCR=68;TR=41;WE=9072229;WS=9072211;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:122,73:0.37:195
chr19	9072313	rs2121133	A	G	2059.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.634;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.673;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=42;PP=1208;ReadPosRankSum=-2.418;SC=GCAGGTGAGGACAGAAAGGAA;SOR=0.947;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=120;TCF=54;TCR=66;TR=71;WE=9072321;WS=9072303;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,95:0.55:173
chr19	9072561	rs184811119	G	A	2730.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.061;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=322;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.859;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=40;PP=1384;ReadPosRankSum=-1.056;SC=TATTGGGGAGGTAGACAGCCT;SOR=0.888;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=206;TCF=111;TCR=95;TR=96;WE=9072569;WS=9072551;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:181,139:0.43:320
chr19	9072742	rs2591590	T	C	2797.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-3.193;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=267;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.937;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=54;PP=1161;ReadPosRankSum=-0.304;SC=TCCTGGGAGATGCTGGTCTCC;SOR=0.631;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=191;TCF=86;TCR=105;TR=98;WE=9072750;WS=9072732;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:125,140:0.53:265
chr19	9072875	rs73009098	G	A	1763.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.168;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.601;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=35;PP=1104;ReadPosRankSum=-1.260;SC=TTGGAGATGTGACTTTAGATG;SOR=0.797;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=118;TCF=51;TCR=67;TR=60;WE=9072883;WS=9072865;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,77:0.51:152
chr19	9072975	rs17000816	G	A	1937.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.223;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.600;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=28;PP=874;ReadPosRankSum=-0.118;SC=GGAAGGATGCGTTGTCTCTAT;SOR=0.478;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=108;TCF=62;TCR=46;TR=60;WE=9072983;WS=9072965;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,93:0.56:166
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chr19	9076991	rs2591595	C	T	2061.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.573;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=33;PP=1099;ReadPosRankSum=1.196;SC=TGACAGATGACGCAGAGCTTG;SOR=0.662;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=131;TCF=71;TCR=60;TR=69;WE=9076999;WS=9076981;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:89,96:0.52:185
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chr19	9077264	rs1862461	T	G	3550.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.127;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=327;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.404;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=57;PP=1820;ReadPosRankSum=-0.578;SC=CTGTGGTGCTTACCCATGTCT;SOR=0.653;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=225;TCF=112;TCR=113;TR=114;WE=9077272;WS=9077254;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:153,168:0.52:321
chr19	9077436	rs1862462	G	A	2502.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-2.074;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=286;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.434;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=35;PP=1099;ReadPosRankSum=-0.427;SC=AGTTGTCTTTGAAACCAGTTC;SOR=0.656;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=164;TCF=81;TCR=83;TR=71;WE=9077444;WS=9077426;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:155,126:0.45:281
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chr19	9077803	rs2591597	T	C	1591.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-1.218;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.616;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=29;PP=647;ReadPosRankSum=-1.512;SC=GGGCTGATGCTGGGTTCCTTG;SOR=0.758;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=99;TCF=46;TCR=53;TR=53;WE=9077811;WS=9077793;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,79:0.55:143
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chr19	9077984	rs2547078	T	C	246.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=1.434;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.971;HP=2;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=8;PP=156;ReadPosRankSum=2.041;SC=TTCCTCCTTCTCTGGGAAAGA;SOR=1.675;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=19;TCF=5;TCR=14;TR=10;WE=9077992;WS=9077974;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,11:0.50:22
chr19	9080283	.	G	GAGAA	386.14	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.776;ClippingRankSum=0.000;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.52;MQRankSum=-0.518;QD=32.18;ReadPosRankSum=-0.647;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,11:0.92:12
chr19	9080343	rs201367967	GAAAGAAAAGAAAAGA	G	1280.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.524;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.91;MQRankSum=0.000;QD=19.12;ReadPosRankSum=-0.659;SOR=0.582;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,34:0.51:67
chr19	9080462	rs2547065	C	G	6538.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.547;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=258;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.146;NF=96;NR=70;PP=2965;ReadPosRankSum=2.159;SC=TGCTGGACTGCTCCCCGTCTC;SOR=0.483;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=170;TCF=99;TCR=71;TR=166;WE=9080470;WS=9080452;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,249:0.99:252
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chr19	9083427	rs1609453	A	G	2004.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.361;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=32;PP=971;ReadPosRankSum=1.157;SC=CTCCAGAGCTAGCCATACCCT;SOR=0.714;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=133;TCF=68;TCR=65;TR=66;WE=9083435;WS=9083417;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:103,98:0.49:201
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chr19	9084183	rs1609460	G	A	2825.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=3.110;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=280;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=47;PP=1618;ReadPosRankSum=0.019;SC=CTGAGAGATGGGGAGTGAAGG;SOR=0.692;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=182;TCF=84;TCR=98;TR=87;WE=9084191;WS=9084173;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:145,130:0.47:275
chr19	9084299	rs1609458	T	C	2380.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.002;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=296;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.596;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=43;PP=1312;ReadPosRankSum=0.197;SC=CCTACACTGGTCCATGTACCT;SOR=0.714;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=178;TCF=90;TCR=88;TR=80;WE=9084307;WS=9084289;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:164,121:0.42:285
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chr19	9086318	rs4520945	G	A	2364.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.277;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.487;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=36;PP=1228;ReadPosRankSum=-1.716;SC=CTGAGAGTGAGAGAAATCCAT;SOR=0.655;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=146;TCF=79;TCR=67;TR=76;WE=9086326;WS=9086308;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:109,113:0.51:222
chr19	9086819	rs1823056	G	A	2668.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.155;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=243;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=41;PP=1493;ReadPosRankSum=-1.623;SC=CTTCTTTCCAGTGCCATGTTT;SOR=0.668;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=170;TCF=98;TCR=72;TR=95;WE=9086827;WS=9086809;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:113,125:0.53:238
chr19	9087615	rs1596798	T	A	9454.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=2.105;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=364;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=120;NR=126;PP=2965;ReadPosRankSum=0.713;SC=TTTCTGCCAATTTTGTGTAAT;SOR=0.237;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=248;TCF=121;TCR=127;TR=246;WE=9087623;WS=9087605;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,362:1.00:363
chr19	9087758	rs12611293	G	A	2625.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.089;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=285;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.437;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=44;PP=1399;ReadPosRankSum=-1.266;SC=GTCTTTGGATGGTTTTCTGTG;SOR=0.658;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=179;TCF=85;TCR=94;TR=87;WE=9087766;WS=9087748;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:146,129:0.47:275
chr19	9088017	rs1596797	T	G	3989.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.015;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=366;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=53;PP=1696;ReadPosRankSum=-0.549;SC=CCATGGTAAGTTTGATGGTGC;SOR=0.683;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=213;TCF=114;TCR=99;TR=115;WE=9088025;WS=9088007;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:169,193:0.53:362
chr19	9088330	rs17000947	G	A	2955.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.649;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=318;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.853;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=53;PP=1582;ReadPosRankSum=-0.115;SC=GACTTTGGGAGTAGGAGAAGA;SOR=0.617;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=224;TCF=109;TCR=115;TR=106;WE=9088338;WS=9088320;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:166,149:0.47:315
chr19	9088772	rs17000950	T	C	2077.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.124;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.033;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=41;PP=951;ReadPosRankSum=-0.272;SC=GATGGTTCCCTGATAGAAGTT;SOR=0.826;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=149;TCF=71;TCR=78;TR=72;WE=9088780;WS=9088762;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:110,104:0.49:214
chr19	9204307	rs4804097	A	G	5368.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-1.054;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=670;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.125;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=116;NR=74;PP=2560;ReadPosRankSum=-0.388;SC=TCTGCCACCCATTGCACTACG;SOR=0.825;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=427;TCF=253;TCR=174;TR=190;WE=9204315;WS=9204297;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:385,282:0.42:667
chr19	9204358	rs7259007	C	T	8327.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.168;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=896;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.097;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=148;NR=118;PP=2962;ReadPosRankSum=0.852;SC=TGCTGGTCGGCGCCCTCTGGG;SOR=0.787;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=565;TCF=310;TCR=255;TR=266;WE=9204366;WS=9204348;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:466,415:0.47:881
chr19	9212864	rs4804399	A	C	1730.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=39;NR=9;PP=1194;SC=GGAGACAGAGAAAGACTCCAT;SOR=2.428;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=48;TCF=39;TCR=9;TR=48;WE=9212872;WS=9212863;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr19	9213132	rs12610094	A	G	11770.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.344;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=453;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=165;NR=149;PP=2965;ReadPosRankSum=1.067;SC=GTCAGTAACCACAGAACTAAT;SOR=0.777;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=316;TCF=166;TCR=150;TR=314;WE=9213140;WS=9213122;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,444:0.99:448
chr19	9213651	rs62621389	C	T	3083.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.566;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=266;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.476;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=41;PP=1346;ReadPosRankSum=-1.057;SC=CGTGATGCTCCGATTCTGAGC;SOR=0.600;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=169;TCF=82;TCR=87;TR=85;WE=9213659;WS=9213641;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:120,144:0.55:264
chr19	9225287	rs28716093	C	T	966.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=20;NR=8;PP=569;SC=CTCGGGAGGCCGAGGCAGGAG;SOR=1.819;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=28;TCF=20;TCR=8;TR=28;WE=9225295;WS=9225277;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr19	9225387	rs58243883	G	GA	162.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.185;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FS=1.002;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.09;ReadPosRankSum=0.850;SOR=0.507;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:55,23:0.29:78
chr19	9225940	rs7246969	G	A	9660.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-2.261;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=352;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=117;NR=124;PP=2965;ReadPosRankSum=1.632;SC=TTTGCAGAAGGACAGCTGCAA;SOR=0.795;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=243;TCF=118;TCR=125;TR=241;WE=9225948;WS=9225930;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,347:0.99:349
chr19	9225973	rs7246980	G	A	8221.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.105;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=298;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.068;HP=2;HapScore=1;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=110;NR=109;PP=2965;ReadPosRankSum=0.475;SC=CTGAACCAGGGCATCCATAGT;SOR=0.396;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=223;TCF=112;TCR=111;TR=219;WE=9225981;WS=9225963;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,293:0.99:296
chr19	9226017	rs2217657	C	A,G	7165.77	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.881;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=309;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=2.055;HP=3;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=50,67;NR=56,56;PP=1600,2004;ReadPosRankSum=-1.855;SC=TCAGCAAGCCCCAGAAATGGA;SOR=0.239;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=235;TCF=121;TCR=114;TR=106,123;WE=9226025;WS=9226007;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.51,0.48:306
chr19	9226265	rs75711758	T	C	1507.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.111;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=30;PP=759;ReadPosRankSum=0.827;SC=AGGAAGTACATGGGGGTGTGG;SOR=0.675;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=167;TCF=84;TCR=83;TR=62;WE=9226273;WS=9226255;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:139,81:0.37:220
chr19	9226540	rs36095111	A	G	1510.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=42;PP=1142;SC=GAAAAGGGGTAGATTCTAAGG;SOR=4.450;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=46;TCF=3;TCR=43;TR=45;WE=9226548;WS=9226530;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr19	9236698	rs111867493	G	GATGGT	783.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.352;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.433;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=3;PP=666;ReadPosRankSum=-1.075;SC=TCAATGGAAAGATGGTATCCT;SOR=1.085;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=33;TCF=23;TCR=10;TR=13;WE=9236706;WS=9236688;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,18:0.47:38
chr19	9236886	rs10424352	A	G	3878.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.234;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=453;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.125;NF=65;NR=51;PP=1758;ReadPosRankSum=0.808;SC=ACAAGGAAACAACGATTAAAT;SOR=0.720;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=261;TCF=145;TCR=116;TR=116;WE=9236894;WS=9236876;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:250,199:0.44:449
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chr19	9237435	rs10407484	A	G	3327.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=1.183;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=282;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.601;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=45;PP=1741;ReadPosRankSum=-1.129;SC=AGGACAGGATAGAGAGGAGGA;SOR=0.863;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=204;TCF=111;TCR=93;TR=102;WE=9237443;WS=9237425;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:132,148:0.53:280
chr19	9237542	rs10414255	T	C	4109.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.802;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=370;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.382;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=62;PP=1815;ReadPosRankSum=-0.496;SC=AGGAACAGCATGAAGAGGATG;SOR=0.721;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=234;TCF=120;TCR=114;TR=127;WE=9237550;WS=9237532;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:161,198:0.55:359
chr19	9237736	.	C	CT	578.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.646;ClippingRankSum=0.000;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=7.935;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.82;MQRankSum=-2.210;QD=18.09;ReadPosRankSum=2.964;SOR=2.606;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,17:0.53:32
chr19	9237739	.	C	CTTTTT	579.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.029;ClippingRankSum=0.000;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=7.935;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.30;MQRankSum=-2.210;QD=18.12;ReadPosRankSum=2.725;SOR=2.606;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,17:0.53:32
chr19	9237746	rs369468829	TTTTC	T	834.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.94;QD=75.88;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,6:0.55:11
chr19	9251220	rs17002013	C	T	5813.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.983;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=624;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.101;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=91;NR=86;PP=2479;ReadPosRankSum=0.920;SC=CTCTTCGCATCGGCGGCGGCT;SOR=0.658;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=368;TCF=182;TCR=186;TR=177;WE=9251228;WS=9251210;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:325,292:0.47:617
chr19	9251258	rs62103612	T	C	6109.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=3.492;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=648;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=83;NR=84;PP=2843;ReadPosRankSum=2.351;SC=CCCGATCCTATTCCCAGTCGT;SOR=0.687;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=339;TCF=167;TCR=172;TR=167;WE=9251266;WS=9251248;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:339,300:0.47:639
chr19	9296664	rs56246934	T	C	7802.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.497;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=296;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=94;NR=97;PP=2965;ReadPosRankSum=1.398;SC=TGTCCTGGGTTGACATCTGTT;SOR=0.223;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=192;TCF=94;TCR=98;TR=191;WE=9296672;WS=9296654;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,294:1.00:295
chr19	9297381	rs61733545	A	C	3339.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.111;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=379;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.202;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=63;PP=1418;ReadPosRankSum=-0.491;SC=TCAGCAGGGCAGCCTCTTGTT;SOR=0.822;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=232;TCF=100;TCR=132;TR=107;WE=9297389;WS=9297371;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:204,170:0.45:374
chr19	9325116	rs5020278	G	A	16186.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.720;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=630;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=-0.028;NF=188;NR=191;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.425;SC=CATGATGACCGTGTAGTGCAG;SOR=0.233;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=381;TCF=188;TCR=193;TR=379;WE=9325124;WS=9325106;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,618:1.00:619
chr19	9325252	rs61729907	G	A	11880.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.891;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=457;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=-0.215;NF=143;NR=161;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.807;SC=TCTTTGCTCCGTGCCTGGATG;SOR=0.827;SbPval=0.53;Source=Platypus;TCF=143;TR=304;WE=9325260;WS=9325242;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,442:1.00:444
chr19	9346055	rs116863072	C	T	2858.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=2.781;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=294;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.443;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.905;NF=59;NR=29;PP=1626;ReadPosRankSum=-0.318;SC=ACCACAGTCCCCAAGATGCTA;SOR=0.809;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=184;TCF=120;TCR=64;TR=88;WE=9346063;WS=9346045;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:161,130:0.45:291
chr19	9346403	rs118042782	T	A	6653.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.624;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=588;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-3.395;NF=106;NR=124;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.680;SC=GCTCTCCTCATTAACATTGTC;SOR=0.670;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=408;TCF=186;TCR=222;TR=230;WE=9346411;WS=9346393;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:269,311:0.54:580
chr19	9346427	rs1968136	T	C	14102.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=541;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=177;NR=201;PP=2965;SC=TATGTGGCCATGGCACTGCTG;SOR=0.811;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=378;TCF=177;TCR=201;TR=378;WE=9346435;WS=9346417;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,534:1.00:534
chr19	9346599	rs1985937	C	G	10138.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=367;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=127;NR=142;PP=2965;SC=GGGTCTATCTCAGTTCTGCTG;SOR=0.818;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=269;TCF=127;TCR=142;TR=269;WE=9346607;WS=9346589;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,355:1.00:355
chr19	9362343	rs2240927	C	T	6131.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.683;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=629;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.522;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=77;NR=109;PP=2956;ReadPosRankSum=-0.328;SC=TTAGGTGTTCCGACACCTTCA;SOR=0.752;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=380;TCF=161;TCR=219;TR=186;WE=9362351;WS=9362333;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:325,297:0.48:622
chr19	9362443	rs2240928	C	T	1995.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.492;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.214;HP=4;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=58;PP=1324;ReadPosRankSum=-2.466;SC=AATTGTTTCCCCCATTCTGAG;SOR=1.113;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=176;TCF=59;TCR=117;TR=78;WE=9362451;WS=9362433;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:111,92:0.45:203
chr19	9362799	rs917707	T	G	1964.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.341;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.604;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=47;PP=1045;ReadPosRankSum=-0.751;SC=TCACATTATTTTGGTTGCTTG;SOR=0.912;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=136;TCF=39;TCR=97;TR=64;WE=9362807;WS=9362789;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:103,93:0.47:196
chr19	9408811	rs55772378	AT	A	279.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.790;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=2.935;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=61.86;MQRankSum=0.992;QD=13.99;ReadPosRankSum=0.532;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:3,17:0.85:20
chr19	9415942	.	TAC	T	114.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.730;ClippingRankSum=0.000;DP=166;ExcessHet=3.0103;FS=3.972;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.07;MQRankSum=2.658;QD=0.90;ReadPosRankSum=-1.857;SOR=1.304;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:112,15:0.12:127
chr19	9434872	rs28384491	C	T	5280.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-1.315;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=514;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=76;NR=72;PP=2179;ReadPosRankSum=-0.229;SC=TAACGGCCGCCATCTTAACAG;SOR=0.691;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=287;TCF=147;TCR=140;TR=148;WE=9434880;WS=9434862;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:252,262:0.51:514
chr19	9434930	rs10411624	T	C	10886.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=396;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=102;NR=141;PP=2965;SC=TGGGCGGCGTTCGGTGGTGTC;SOR=0.903;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=243;TCF=102;TCR=141;TR=243;WE=9434947;WS=9434920;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,396:1.00:396
chr19	9435304	rs60701608	CCA	C	177.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.931;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=4.838;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.94;ReadPosRankSum=1.319;SOR=0.132;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,13:0.36:36
chr19	9435305	rs57134914	CA	C	489.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.074;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=4.838;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.60;ReadPosRankSum=-1.253;SOR=2.093;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,23:0.64:36
chr19	9435320	rs368039177	GA	G	982.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.096;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FS=2.836;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.13;ReadPosRankSum=-0.739;SOR=1.287;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:12,69:0.85:81
chr19	9448917	rs8113427	T	G	692.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=20;PP=496;SC=GATCAGTTTCTTTTTTGGCAA;SOR=4.091;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=21;TCF=1;TCR=20;TR=21;WE=9448925;WS=9448907;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr19	9449149	rs8110197	A	G	747.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=14;NR=5;PP=352;SC=GGATTCTCAGATTTTATTTCT;SOR=1.528;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=19;TCF=14;TCR=5;TR=19;WE=9449157;WS=9449139;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr19	9449337	rs8110584	G	A	1525.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=14;NR=27;PP=904;SC=AGTGGAACAGGGCCCCTGCAA;SOR=1.329;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=14;TCR=27;TR=41;WE=9449345;WS=9449327;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
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chr19	9489132	rs2304110	C	T	6413.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=248;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=66;NR=99;PP=2965;SC=CTTCATCTTCCGCAGCTCCCA;SOR=0.989;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=165;TCF=66;TCR=99;TR=165;WE=9489140;WS=9489122;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,244:1.00:244
chr19	9490358	rs12461520	C	T	1860.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=8;NR=49;PP=1352;SC=TTGGGAATGTCACTCAGTGAA;SOR=3.056;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=57;TCF=8;TCR=49;TR=57;WE=9490366;WS=9490348;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr19	9490814	rs2217652	C	T	7983.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=319;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=88;NR=91;PP=2965;SC=GGCATAAACACGGTAAGACTT;SOR=0.713;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=179;TCF=88;TCR=91;TR=179;WE=9490822;WS=9490804;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,309:1.00:309
chr19	9491210	rs1347165	C	G	803.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=25;NR=3;PP=531;SC=TCATACGCACCTACTGAAAAT;SOR=3.056;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=28;TCF=25;TCR=3;TR=28;WE=9491218;WS=9491200;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr19	9492141	rs3826783	C	T	10750.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=402;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=141;NR=135;PP=2965;SC=AAGCCTTCATCGATCAGTCAT;SOR=0.740;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=277;TCF=142;TCR=135;TR=276;WE=9492149;WS=9492131;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,395:1.00:395
chr19	9492370	rs2230752	A	T	8071.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=294;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=111;NR=80;PP=2965;SC=TTATAAATGTATTCAGTGTGA;SOR=0.930;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=191;TCF=111;TCR=80;TR=191;WE=9492378;WS=9492360;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,289:1.00:289
chr19	9524185	rs2241356	A	G	6882.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.995;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=251;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=84;NR=76;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.084;SC=GAAACTTAAAAGCTTTGCCAC;SOR=0.768;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=161;TCF=84;TCR=77;TR=160;WE=9524193;WS=9524175;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,247:0.99:249
chr19	9582092	rs3068759	TAAAA	T	200.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.198;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=3.151;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.28;ReadPosRankSum=-2.176;SOR=1.302;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,19:0.50:38
chr19	9646739	rs888872	C	G	859.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=26;NR=1;PP=722;SC=ACAGGCAGAGCCTGACTCACA;SOR=5.211;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=27;TCF=26;TCR=1;TR=27;WE=9646747;WS=9646729;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr19	9673271	rs147918159	CTCT	C	1579.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=2.737;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.793;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=22;PP=1014;ReadPosRankSum=0.653;SC=CTCTCTCCTCCTCTTCCCAGG;SOR=0.979;SbPval=0.26;Source=Platypus;TC=48;TCF=2;TCR=46;TR=24;WE=9673281;WS=9673261;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,42:0.47:90
chr19	9721401	rs28445940	A	T	5548.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-2.389;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=538;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.101;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-1.733;NF=94;NR=77;PP=2653;ReadPosRankSum=0.997;SC=TCCCACAGTAAGTACACTTGT;SOR=0.853;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=326;TCF=172;TCR=154;TR=171;WE=9721409;WS=9721391;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:267,267:0.50:534
chr19	9728350	rs10420371	C	T	2968.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.678;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=300;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.940;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=38;PP=1207;ReadPosRankSum=1.078;SC=ACACTGCTTACGCTTGATCTC;SOR=0.577;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=188;TCF=109;TCR=79;TR=89;WE=9728358;WS=9728340;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:147,148:0.50:295
chr19	9764668	rs57141679	A	AT	283.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.713;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.73;ReadPosRankSum=2.761;SOR=0.319;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,29:0.48:60
chr19	9768925	rs10418705	A	G	3547.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.874;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=361;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=82;PP=1794;ReadPosRankSum=-0.426;SC=CAAGTCTCCCATGATCTACTC;SOR=0.716;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=271;TCF=88;TCR=183;TR=119;WE=9768933;WS=9768915;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:189,169:0.47:358
chr19	9771286	rs111723152	G	GA	1673.74	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.490;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FS=2.322;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.44;MQRankSum=0.755;QD=10.94;ReadPosRankSum=-0.299;SOR=1.176;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:40,113:0.74:153
chr19	9804678	rs10407571	G	A	1749.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-3.216;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.485;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=65;PP=1391;ReadPosRankSum=1.286;SC=CCTACTAGAGGCATATGCCTT;SOR=1.821;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=137;TCF=16;TCR=121;TR=70;WE=9804686;WS=9804668;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,71:0.50:141
chr19	9805397	rs77670201	A	G	3683.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.397;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=306;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.498;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=47;PP=1618;ReadPosRankSum=-0.869;SC=AGAAGGAAATATGTCTACCTA;SOR=0.792;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=205;TCF=108;TCR=97;TR=106;WE=9805405;WS=9805387;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:131,173:0.57:304
chr19	9868278	rs10420364	T	C	3228.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.739;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=310;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.903;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=47;PP=1871;ReadPosRankSum=0.156;SC=AACGTTAAGGTATGTGGAATA;SOR=0.579;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=227;TCF=132;TCR=95;TR=109;WE=9868286;WS=9868268;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:156,150:0.49:306
chr19	9868404	rs10414485	C	T	4044.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.348;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=467;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.109;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=70;PP=1860;ReadPosRankSum=1.350;SC=CTTACATTCACAGGCCTTTTC;SOR=0.721;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=294;TCF=146;TCR=148;TR=131;WE=9868412;WS=9868394;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:256,205:0.44:461
chr19	9873820	rs60184154	CA	C	407.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.388;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=3.224;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.21;MQRankSum=0.000;QD=9.27;ReadPosRankSum=0.814;SOR=1.402;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,32:0.73:44
chr19	9964823	rs8111802	A	G	2594.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=61;NR=11;PP=1454;SC=CCCAGCCCCCAGAGGCCCCCC;SOR=2.502;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=73;TCF=62;TCR=11;TR=72;WE=9964831;WS=9964813;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr19	9968434	rs2303100	C	T	3214.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=36;NR=46;PP=1457;SC=TGCCCGGAGCCGCGCATCCAG;SOR=0.910;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=82;TCF=36;TCR=46;TR=82;WE=9968442;WS=9968424;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr19	10071063	rs10406152	T	C	2286.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=50;NR=15;PP=1249;SC=GGCTCCCTCATGGTCCCTCCC;SOR=2.010;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=66;TCF=50;TCR=16;TR=65;WE=10071071;WS=10071053;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr19	10071634	rs918542	T	C	320.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.785;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.659;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=17;PP=251;ReadPosRankSum=-1.034;SC=AGCCACCCCCTGGAATCTCCA;SOR=1.679;SbPval=0.97;Source=Platypus;TC=41;TCF=8;TCR=33;TR=18;WE=10071642;WS=10071624;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,18:0.43:42
chr19	10073744	rs35427045	C	A	421.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.811;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.143;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=16;PP=286;ReadPosRankSum=1.902;SC=CTGAGGCAGCCCTCACCCAAT;SOR=0.892;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=49;TCF=9;TCR=40;TR=20;WE=10073752;WS=10073734;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,22:0.35:62
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chr19	10077419	rs3745584	C	G	1455.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.958;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=25;PP=726;ReadPosRankSum=-0.707;SC=TCGGCAGGGGCACCCTGGGCG;SOR=0.730;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=83;TCF=34;TCR=49;TR=45;WE=10077427;WS=10077409;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,67:0.56:120
chr19	10077931	rs3786698	C	G	794.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-0.221;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.794;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=3;PP=565;ReadPosRankSum=0.031;SC=CCCAGTGCTGCGCACGGAAGG;SOR=1.445;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=39;TCF=34;TCR=5;TR=27;WE=10077939;WS=10077921;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,30:0.68:44
chr19	10078171	rs3074540	TCACA	T	3025.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.872;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FS=2.123;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=20.31;ReadPosRankSum=1.076;SOR=0.918;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:71,78:0.52:149
chr19	10078208	rs2059144	C	T	1206.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-1.980;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.023;HP=1;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=32;PP=795;ReadPosRankSum=-0.372;SC=CATACACACTCACTCACACAC;SOR=0.430;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=80;TCF=24;TCR=56;TR=48;WE=10078216;WS=10078198;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,54:0.60:90
chr19	10079013	rs3815747	G	C	214.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.035;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=17.626;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.98;ReadPosRankSum=-2.167;SOR=1.807;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,15:0.28:54
chr19	10079093	rs3815746	C	T	2087.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.407;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=247;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.237;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=35;PP=1286;ReadPosRankSum=0.309;SC=GGTCCCTGCACGCCTGGCAAC;SOR=0.445;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=172;TCF=104;TCR=68;TR=80;WE=10079101;WS=10079083;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:128,113:0.47:241
chr19	10080133	.	AC	A	831.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=1.754;ClippingRankSum=0.000;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.695;HP=9;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=15;PP=315;ReadPosRankSum=-1.432;SC=CACAGTGTGGACCCCCCCCCG;SOR=0.467;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=82;TCF=35;TCR=47;TR=27;WE=10080141;WS=10080123;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,39:0.40:97
chr19	10080410	rs2277965	C	G	3718.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.392;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=390;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.368;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NR=69;PP=1920;ReadPosRankSum=-0.345;SC=TTCCTGCCTCCTGACCCCTGC;SOR=0.653;Source=Platypus;TCR=140;WE=10080418;WS=10080400;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:202,185:0.48:387
chr19	10080619	rs57674179	A	AG	1354.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.037;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FS=0.677;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.20;ReadPosRankSum=-0.925;SOR=0.808;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:64,57:0.47:121
chr19	10081276	rs1895371	C	G	1807.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.312;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.038;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=13;PP=990;ReadPosRankSum=-2.325;SC=GCTGAGGACCCAGGAGGTGGC;SOR=1.089;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=118;TCF=88;TCR=30;TR=62;WE=10081284;WS=10081266;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,88:0.54:163
chr19	10083510	rs33996380	CA	C	98.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.687;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.87;MQRankSum=-0.000;QD=6.17;ReadPosRankSum=-0.260;SOR=1.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,10:0.62:16
chr19	10084292	rs2287813	C	G	1625.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.084;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.724;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=21;PP=836;ReadPosRankSum=-1.576;SC=AGCGTCCCCTCGCTCACCCTG;SOR=0.488;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=131;TCF=89;TCR=42;TR=59;WE=10084300;WS=10084282;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:100,79:0.44:179
chr19	10084422	rs2287812	C	T	3672.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.996;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=451;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=54;PP=1598;ReadPosRankSum=-0.489;SC=CCCTGCCTTCCCTCACTCACC;SOR=0.672;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=295;TCF=156;TCR=139;TR=113;WE=10084430;WS=10084412;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:260,186:0.42:446
chr19	10084551	rs2287811	T	G	3792.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.023;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=511;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.128;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=64;PP=1829;ReadPosRankSum=1.077;SC=TAGGAAATGGTTGTCCCCATC;SOR=0.621;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=323;TCF=156;TCR=167;TR=126;WE=10084559;WS=10084541;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:313,196:0.39:509
chr19	10085054	rs3815745	G	A	3883.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=2.202;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=433;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.788;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=97;PP=2420;ReadPosRankSum=1.187;SC=AGGCCTGGGGGTCCCCGGCGC;SOR=0.852;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=308;TCF=115;TCR=193;TR=154;WE=10085062;WS=10085044;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:232,189:0.45:421
chr19	10087200	rs2287810	C	T	830.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.328;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.972;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=6;PP=496;ReadPosRankSum=0.438;SC=CCTTCAAGGACCCAGAGAAGG;SOR=0.497;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=66;TCF=54;TCR=12;TR=32;WE=10087208;WS=10087190;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,38:0.48:79
chr19	10088271	rs2161468	C	G	1135.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.742;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=23;PP=553;ReadPosRankSum=-0.958;SC=GTCACTTACCCGGGACCCCTT;SOR=0.655;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=120;TCF=48;TCR=72;TR=42;WE=10088279;WS=10088261;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:113,61:0.35:174
chr19	10089262	rs12610207	G	A	991.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.347;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.300;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=12;PP=393;ReadPosRankSum=0.438;SC=TGGCCCCCACGGGCCCTGGGG;SOR=0.503;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=75;TCF=50;TCR=25;TR=31;WE=10089270;WS=10089252;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,54:0.42:128
chr19	10090467	.	G	GA	415.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.238;ClippingRankSum=0.000;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=1.046;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.61;MQRankSum=1.866;QD=6.40;ReadPosRankSum=1.806;SOR=0.895;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,31:0.48:65
chr19	10090634	rs12609337	A	G	1366.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=2.499;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.579;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=24;PP=609;ReadPosRankSum=-0.322;SC=CACATCCTCCACCCACCCAAC;SOR=0.791;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=97;TCF=42;TCR=55;TR=40;WE=10090642;WS=10090624;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:93,73:0.44:166
chr19	10091267	rs144086896	A	ATCTC	640.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.265;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.198;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=6;PP=746;ReadPosRankSum=1.368;SC=TCCACTCAGAATCTCTCTCTC;SOR=1.474;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=54;TCF=41;TCR=13;TR=25;WE=10091275;WS=10091257;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,27:0.36:74
chr19	10091294	rs71188870	TCA	T	962.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.252;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FS=2.784;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.06;MQRankSum=0.000;QD=8.09;ReadPosRankSum=3.281;SOR=1.063;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:76,43:0.36:119
chr19	10096650	rs1862474	T	C	2448.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.638;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.163;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=46;PP=987;ReadPosRankSum=-2.921;SC=GGCTGGGGCATGGTGAATGGG;SOR=0.606;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=123;TCF=45;TCR=78;TR=74;WE=10096658;WS=10096640;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,118:0.61:192
chr19	10096686	rs1862473	G	A	1356.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.482;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.627;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=34;PP=818;ReadPosRankSum=-2.082;SC=TTGGGGAAACGAGGTTCAAGT;SOR=0.536;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=88;TCF=23;TCR=65;TR=48;WE=10096694;WS=10096676;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,61:0.54:113
chr19	10097187	rs60604169	G	GC	5189.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.294;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=610;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.065;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.553;NF=34;NR=104;PP=2966;ReadPosRankSum=-0.368;SC=TCTTCCCCGAGCCCCCAGACC;SOR=1.129;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=322;TCF=92;TCR=230;TR=138;WE=10097195;WS=10097170;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:317,264:0.45:581
chr19	10097443	rs111955359	T	TAA	1298.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.466;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FS=1.363;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.46;ReadPosRankSum=0.677;SOR=0.565;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:107,94:0.47:201
chr19	10097536	rs8113693	G	T	941.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.267;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=19;PP=365;ReadPosRankSum=-0.445;SC=CCCAAGAGGAGGCTAGGCAGA;SOR=0.739;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=56;TCF=15;TCR=41;TR=26;WE=10097544;WS=10097526;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,32:0.43:75
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chr19	10099744	rs11879755	C	T	3688.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.241;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FS=1.070;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.69;ReadPosRankSum=0.588;SOR=0.601;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:124,97:0.44:221
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chr19	10112148	rs12980478	T	A	1687.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.090;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.136;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=21;PP=750;ReadPosRankSum=-1.803;SC=TAAAAAAATTTTAATAGGAAT;SOR=0.609;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=111;TCF=70;TCR=41;TR=51;WE=10112156;WS=10112138;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:111,82:0.42:193
chr19	10112346	rs2287803	T	C	18295.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=694;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=240;NR=214;PP=2965;SC=TCCAAGCTCCTCTGAGAACGT;SOR=0.795;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=457;TCF=241;TCR=216;TR=454;WE=10112354;WS=10112336;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,679:1.00:679
chr19	10114252	rs61742765	C	G	2853.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.418;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=312;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.273;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=44;PP=1522;ReadPosRankSum=-1.308;SC=TGGTTCTCTGCGGAGTCAGGA;SOR=0.942;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=194;TCF=103;TCR=91;TR=100;WE=10114260;WS=10114242;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:151,145:0.49:296
chr19	10114740	rs62104337	T	A	2531.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.694;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=47;PP=1180;ReadPosRankSum=0.482;SC=GGTGCCAGGTTGTCACAGTCG;SOR=0.720;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=137;TCF=58;TCR=79;TR=82;WE=10114748;WS=10114730;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:100,124:0.55:224
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chr19	10116703	rs11085530	A	G	3966.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.137;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=435;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=69;NR=64;PP=1802;ReadPosRankSum=-2.596;SC=AGGGCCCAGCAGTGCCTCCCT;SOR=0.700;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=283;TCF=146;TCR=137;TR=133;WE=10116711;WS=10116693;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:228,202:0.47:430
chr19	10120887	rs8108121	C	G	690.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-2.690;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.830;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=23;PP=494;ReadPosRankSum=-2.319;SC=TTCCCCTCCACGCCCCTCCAC;SOR=0.547;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=121;TCF=44;TCR=77;TR=37;WE=10120900;WS=10120877;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:104,52:0.33:156
chr19	10131851	rs374839771	TA	T	36.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.177;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FS=4.505;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.46;ReadPosRankSum=-0.765;SOR=1.574;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:62,18:0.22:80
chr19	10149131	rs17210660	G	T	1725.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.646;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.046;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=31;PP=762;ReadPosRankSum=-0.557;SC=CTCCTCCCAGGATCTGTCCCA;SOR=0.912;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=94;TCF=38;TCR=56;TR=48;WE=10149139;WS=10149121;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,82:0.54:153
chr19	10149207	rs57198581	G	A	454.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=1.205;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=14;PP=299;ReadPosRankSum=0.534;SC=ATCTCTCTCAGGTTCCCGAGA;SOR=0.885;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=39;TCF=9;TCR=30;TR=17;WE=10149215;WS=10149197;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,21:0.46:46
chr19	10149223	rs16997792	A	G	375.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.476;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=13;PP=261;ReadPosRankSum=1.669;SC=CGAGAGCCTGATGTACCTCCC;SOR=0.484;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=34;TCF=5;TCR=29;TR=16;WE=10149231;WS=10149213;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,18:0.45:40
chr19	10160578	rs11085554	C	T	2263.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.306;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=23;PP=1146;ReadPosRankSum=-1.008;SC=CTGTCACCTACGCAGGCATCT;SOR=0.653;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=167;TCF=117;TCR=50;TR=78;WE=10160586;WS=10160568;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:107,107:0.50:214
chr19	10165844	rs60321046	G	A	5928.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.477;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=299;ExcessHet=3.0103;FS=0.881;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.83;ReadPosRankSum=1.133;SOR=0.637;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:144,155:0.52:299
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chr19	10166114	rs10426597	A	G	1299.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-2.513;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.448;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=23;PP=836;ReadPosRankSum=-2.271;SC=TGGGGTGTCCAGCGCACGGCC;SOR=0.412;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=99;TCF=54;TCR=45;TR=48;WE=10166122;WS=10166104;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,56:0.49:114
chr19	10166233	rs10405132	C	T	9502.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.058;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=510;ExcessHet=3.0103;FS=1.773;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.71;ReadPosRankSum=0.339;SOR=0.870;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:271,237:0.47:508
chr19	10166243	rs10403535	G	T	11418.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.344;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=612;ExcessHet=3.0103;FS=1.117;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.75;ReadPosRankSum=-0.555;SOR=0.851;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:320,289:0.47:609
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chr19	10169245	rs1993466	A	G	2683.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.579;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=250;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.995;HP=2;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=28;PP=1358;ReadPosRankSum=2.062;SC=CATCCACAGGATGGCTACCAA;SOR=1.094;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=147;TCF=91;TCR=56;TR=82;WE=10169253;WS=10169235;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:121,127:0.51:248
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chr19	10169477	rs11667515	G	A	3994.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-2.775;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=352;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=75;NR=55;PP=2000;ReadPosRankSum=0.055;SC=CCTCCCTCTGGCCCTCTAGAA;SOR=0.680;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=241;TCF=138;TCR=103;TR=130;WE=10169485;WS=10169467;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:157,187:0.54:344
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chr19	10197488	rs139505689	G	GC	4925.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.303;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FS=3.885;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=61.76;MQRankSum=0.201;QD=34.21;ReadPosRankSum=-0.850;SOR=2.501;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:3,141:0.98:144
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chr19	10218332	rs2305789	A	G	3645.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.276;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=432;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=118;PP=2817;ReadPosRankSum=0.327;SC=CCCTTCCCCTATCTCTCATGA;SOR=0.767;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=313;TCF=91;TCR=222;TR=150;WE=10218340;WS=10218322;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:229,193:0.46:422
chr19	10220714	rs117968981	C	T	4169.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.674;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=408;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.751;HP=6;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=71;PP=1931;ReadPosRankSum=-0.280;SC=GGGCATAGGGCGGGAGGCCAC;SOR=0.741;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=258;TCF=116;TCR=142;TR=128;WE=10220722;WS=10220704;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:197,202:0.51:399
chr19	10222558	rs2010353	G	T	422.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.426;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.527;HP=5;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=7;PP=121;ReadPosRankSum=-0.426;SC=GAGGTCGAGGGGGGTGGAACA;SOR=0.439;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=18;TCF=6;TCR=12;TR=11;WE=10222566;WS=10222548;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,21:0.70:30
chr19	10224548	rs3745601	G	A	6180.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-1.049;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=583;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.523;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=110;NR=85;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.646;SC=CCCGCTGGCCGCCTACCTCTA;SOR=0.623;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=370;TCF=215;TCR=155;TR=195;WE=10224556;WS=10224538;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:274,296:0.52:570
chr19	10226052	rs2305795	G	A	830.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-1.510;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.036;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=10;PP=430;ReadPosRankSum=0.430;SC=AAAACCAGCCGGGGGACTGTT;SOR=0.425;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=59;TCF=41;TCR=18;TR=31;WE=10226060;WS=10226042;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,42:0.56:75
chr19	10226624	rs148928911	GCGT	G	2837.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=1.246;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.169;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQ=60.22;MQRankSum=1.705;NF=28;NR=24;PP=2221;ReadPosRankSum=2.420;SC=CACCAGCCTGGCGTCGGGGTG;SOR=0.510;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=106;TCF=58;TCR=48;TR=52;WE=10226634;WS=10226614;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,75:0.51:146
chr19	10229240	.	CAA	C	291.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.737;ClippingRankSum=0.000;DP=102;ExcessHet=3.0103;FS=1.947;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.78;MQRankSum=0.000;QD=3.14;ReadPosRankSum=2.064;SOR=0.965;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:68,25:0.27:93
chr19	10244554	rs73013012	G	A	654.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-0.352;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.435;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=17;PP=436;ReadPosRankSum=0.502;SC=CTCCTCAAACGGTCCCCAGAG;SOR=0.425;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=34;TCF=9;TCR=25;TR=24;WE=10244562;WS=10244544;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,28:0.68:41
chr19	10251747	rs2290684	A	G	1529.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.044;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.053;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=23;PP=1077;ReadPosRankSum=-0.714;SC=GTTACAGAAGAATAACTTGAA;SOR=0.874;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=122;TCF=75;TCR=47;TR=59;WE=10251755;WS=10251737;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,68:0.44:156
chr19	10257245	rs2288349	G	A	1040.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.326;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.676;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=19;PP=556;ReadPosRankSum=-1.462;SC=TGAGGTGGCCGGCAGTGGCCG;SOR=0.490;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=71;TCF=21;TCR=50;TR=28;WE=10257253;WS=10257235;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,48:0.46:104
chr19	10265248	rs2114724	T	C	2690.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.788;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=335;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.764;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=44;PP=1309;ReadPosRankSum=-0.796;SC=CTCTGGTCCCTGCCGCATCCT;SOR=0.725;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=222;TCF=111;TCR=111;TR=98;WE=10265256;WS=10265238;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:195,137:0.41:332
chr19	10265312	rs721186	T	C	10010.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=383;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=119;NR=126;PP=2965;SC=GCATGCAGGGTGTCAGGAAGA;SOR=0.741;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=245;TCF=119;TCR=126;TR=245;WE=10265320;WS=10265302;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,381:1.00:381
chr19	10265593	rs2228613	G	T	1566.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-1.184;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.234;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=27;PP=756;ReadPosRankSum=-0.902;SC=CGATCTTGTTGATCAGGTCCT;SOR=0.570;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=114;TCF=51;TCR=63;TR=53;WE=10265601;WS=10265583;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,77:0.48:162
chr19	10267077	rs2228611	T	C	2653.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=-1.225;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=314;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.861;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=36;PP=749;ReadPosRankSum=1.093;SC=CTTCAAGAGATGGGTCATCAT;SOR=0.640;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=160;TCF=84;TCR=76;TR=73;WE=10267085;WS=10267067;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:167,142:0.46:309
chr19	10270746	rs3079962	GA	G	6565.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.779;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=406;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=1.329;HP=11;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.567;NF=36;NR=142;PP=2990;ReadPosRankSum=-0.314;SC=CGTTCTGGGGGAAAAAAAAAA;SOR=0.420;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=195;TCF=39;TCR=156;TR=178;WE=10270756;WS=10270736;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:9,344:0.97:353
chr19	10284461	rs7248120	C	T	808.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.466;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.507;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=7;PP=534;ReadPosRankSum=0.455;SC=AGTCACCGTGCCCGGCCTTAA;SOR=1.291;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=62;TCF=46;TCR=16;TR=33;WE=10284469;WS=10284451;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,37:0.50:74
chr19	10334443	rs2116941	A	C	56.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.074;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.05;ReadPosRankSum=1.731;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,4:0.29:14
chr19	10334663	rs2116942	T	G	2136.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.026;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=29;PP=1153;ReadPosRankSum=0.074;SC=ACCCCCGGCCTCCAGCACTGC;SOR=0.662;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=140;TCF=93;TCR=47;TR=77;WE=10334671;WS=10334653;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,113:0.56:200
chr19	10369086	rs17000211	C	T	7602.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.393;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=834;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQ=60.01;MQRankSum=-0.915;NF=110;NR=97;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.031;SC=TTCCTTCCACCAGGACGACCT;SOR=0.723;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=474;TCF=245;TCR=229;TR=207;WE=10369094;WS=10369076;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:450,379:0.46:829
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chr19	10402131	rs901886	T	C	3516.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.189;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=331;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.595;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=69;PP=1571;ReadPosRankSum=2.104;SC=CAAGTCCCGGTGTTCAAAGAG;SOR=0.398;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=243;TCF=98;TCR=145;TR=123;WE=10402139;WS=10402121;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:155,168:0.52:323
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chr19	10425927	rs185441781	G	A	90.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-3.588;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.680;HP=1;HapScore=2;MGOF=33;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=9;NR=3;PP=152;ReadPosRankSum=-0.003;SC=TGAGGCCATGGTGAGGGGTTT;SOR=0.105;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=23;TCF=18;TCR=5;TR=12;WE=10425935;WS=10425917;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,6:0.43:14
chr19	10425986	rs368835	A	G	203.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.370;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=1.524;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.99;ReadPosRankSum=0.547;SOR=0.404;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,9:0.26:34
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chr19	10426422	rs378395	A	C	4063.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.651;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=357;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.588;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=89;NR=44;PP=2024;ReadPosRankSum=0.739;SC=CCTCCTCTCCAGCCGGGCGCG;SOR=0.536;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=248;TCF=171;TCR=77;TR=133;WE=10426430;WS=10426412;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:163,188:0.54:351
chr19	10426628	rs395782	T	C	4392.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=2.655;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=422;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=116;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.553;SC=CAGCCTGCAGTAGAACCCTGG;SOR=0.676;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=299;TCF=74;TCR=225;TR=157;WE=10426636;WS=10426618;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:208,209:0.50:417
chr19	10428788	rs77438995	C	A	118.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=1.403;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=0;PP=135;ReadPosRankSum=0.132;SC=GCAAGACCAACCCCTGCCACC;SOR=1.085;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=15;TCR=1;TR=6;WE=10428796;WS=10428778;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,6:0.38:16
chr19	10429120	rs281427	T	C	716.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.656;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.058;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQ=59.89;MQRankSum=-1.026;NF=11;NR=23;PP=408;ReadPosRankSum=-0.911;SC=ATCTTCCCTCTGCCTCCCAGG;SOR=1.096;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=51;TCF=17;TCR=34;TR=34;WE=10429128;WS=10429110;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,38:0.47:80
chr19	10433253	rs79135132	G	A	458.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.809;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=6;PP=189;ReadPosRankSum=0.224;SC=CCCACCGATCGCACCAGCTGT;SOR=0.693;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=55;TCF=35;TCR=20;TR=16;WE=10433261;WS=10433243;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,28:0.33:86
chr19	10439225	rs144646475	C	CA	40.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.015;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=1.694;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.13;ReadPosRankSum=-0.240;SOR=1.270;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,9:0.25:36
chr19	10444166	rs35633871	G	A	2676.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=2.398;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=310;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=50;PP=1253;ReadPosRankSum=-0.655;SC=GGTGAGTAACGGACACGTCCG;SOR=0.712;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=217;TCF=86;TCR=131;TR=78;WE=10444174;WS=10444156;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:175,131:0.43:306
chr19	10444826	rs2278442	G	A	4821.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-3.586;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=452;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.603;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=140;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.165;SC=GCAGCCCCGTGTTAGCTCACC;SOR=0.612;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=342;TCF=92;TCR=250;TR=191;WE=10444834;WS=10444816;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:197,241:0.55:438
chr19	10449392	rs2304240	A	G	6454.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=236;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=112;NR=62;PP=2965;SC=CTGTTATCTGAGAGCCATTGC;SOR=1.174;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=179;TCF=112;TCR=67;TR=174;WE=10449400;WS=10449382;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,235:1.00:235
chr19	10463118	rs34536443	G	C	1657.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.053;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.934;HP=6;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=19;PP=754;ReadPosRankSum=-0.407;SC=ACCGTGGGGGGGCTCTGGCTG;SOR=0.979;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=103;TCF=63;TCR=40;TR=54;WE=10463126;WS=10463108;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,80:0.53:151
chr19	10464674	rs12720320	A	G	2206.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.020;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.683;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=28;PP=1291;ReadPosRankSum=1.429;SC=CCACGCTCTAACCACGCCCCC;SOR=0.818;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=146;TCF=91;TCR=55;TR=76;WE=10464695;WS=10464664;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:110,103:0.48:213
chr19	10464687	rs280497	A	G	8184.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.915;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=257;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=98;NR=63;PP=2962;ReadPosRankSum=0.821;SC=ACGCCCCCTCAAGTCTCTAGG;SOR=1.052;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=164;TCF=100;TCR=64;TR=161;WE=10464695;WS=10464664;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,244:0.99:246
chr19	10468097	rs12720302	T	C	6792.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.253;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=633;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.518;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=94;NR=82;PP=2884;ReadPosRankSum=1.438;SC=TGAACCTCCTTTGGGAAGCCT;SOR=0.656;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=366;TCF=194;TCR=172;TR=176;WE=10468105;WS=10468087;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:302,325:0.52:627
chr19	10471796	rs12720280	G	A	2888.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=0.783;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=322;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=35;PP=1175;ReadPosRankSum=-2.501;SC=TGGATGTGCAGGGGCTGAGGC;SOR=0.677;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=162;TCF=77;TCR=85;TR=68;WE=10471804;WS=10471786;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:178,142:0.44:320
chr19	10472933	rs280519	A	G	7008.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=269;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=86;NR=78;PP=2965;SC=TCCCCCTATCATCGTACCTCC;SOR=0.755;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=164;TCF=86;TCR=78;TR=164;WE=10472941;WS=10472923;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,264:1.00:264
chr19	10473138	rs280520	A	G	3436.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-2.276;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=328;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=46;PP=1426;ReadPosRankSum=2.748;SC=GGTGCCTGGCAGGAGGTGGCA;SOR=0.680;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=194;TCF=98;TCR=96;TR=96;WE=10473146;WS=10473128;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:155,166:0.52:321
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chr19	10475760	rs12720270	G	A	2430.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.127;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.729;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=49;PP=1310;ReadPosRankSum=-0.303;SC=GGATGGAGAGGGCAATGCCCG;SOR=0.564;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=145;TCF=54;TCR=91;TR=80;WE=10475768;WS=10475750;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:96,112:0.54:208
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chr19	10600654	rs11879158	G	A	522.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=-0.501;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=12;PP=242;ReadPosRankSum=0.512;SC=TTCATCCGGCGCGATGGCTCA;SOR=0.898;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=32;TCF=7;TCR=25;TR=15;WE=10600662;WS=10600644;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,24:0.50:48
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chr19	10610236	rs1048287	A	G	5507.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.044;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=611;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=85;NR=78;PP=2449;ReadPosRankSum=-0.445;SC=ACATGACAGCACCGTTCATGA;SOR=0.712;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=361;TCF=187;TCR=174;TR=163;WE=10610244;WS=10610226;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:321,276:0.46:597
chr19	10625067	rs6511701	A	C	10938.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=413;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=137;NR=117;PP=2965;SC=GTGCACAGATAGCGGCCAGGA;SOR=0.812;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=254;TCF=137;TCR=117;TR=254;WE=10625075;WS=10625057;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,407:1.00:407
chr19	10659737	rs12979378	C	T	4806.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.181;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=503;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=83;PP=1873;ReadPosRankSum=0.813;SC=TCTAGGACACCTCCACCTGGG;SOR=0.661;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=293;TCF=115;TCR=178;TR=136;WE=10659745;WS=10659727;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:251,244:0.49:495
chr19	10659804	rs35786570	C	CT	120.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.433;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FS=1.222;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.22;ReadPosRankSum=-0.532;SOR=0.470;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:78,21:0.21:99
chr19	10664632	rs3087689	A	G	1773.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=2.914;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.938;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=14;PP=1074;ReadPosRankSum=-0.456;SC=GGTGCTCAGGAGCTGTTCTTG;SOR=1.092;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=110;TCF=80;TCR=30;TR=60;WE=10664640;WS=10664622;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,79:0.48:163
chr19	10665691	rs10419405	T	C	630.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=1.717;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=4;PP=379;ReadPosRankSum=-0.778;SC=CAACAAGAGGTTGACGGAGCC;SOR=0.627;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=36;TCF=30;TCR=6;TR=22;WE=10665699;WS=10665681;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,25:0.60:42
chr19	10665912	rs6146467	C	CCCGCCCTGCCCGCAGCGCACCTGGCT	4689.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.612;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=255;ExcessHet=3.0103;FS=4.810;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.92;MQRankSum=-1.039;QD=21.91;ReadPosRankSum=1.497;SOR=1.037;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:112,102:0.48:214
chr19	10668383	rs3745256	T	C	7506.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=2.373;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=825;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=124;NR=125;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.583;SC=GCCAGGCTGCTGGGCTATGCC;SOR=0.638;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=538;TCF=262;TCR=276;TR=249;WE=10668391;WS=10668373;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:445,378:0.46:823
chr19	10668452	rs3745255	A	G	6017.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.184;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=577;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.128;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=77;NR=122;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.344;SC=CACCGGGTTCAAACACGGGCT;SOR=0.574;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=405;TCF=146;TCR=259;TR=199;WE=10668460;WS=10668442;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:291,284:0.49:575
chr19	10668953	rs875569	G	A	3193.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.242;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=331;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.872;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=72;PP=1779;ReadPosRankSum=1.149;SC=GAGCCCACTCGAGACATAGGA;SOR=0.622;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=212;TCF=68;TCR=144;TR=108;WE=10668961;WS=10668943;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:170,152:0.47:322
chr19	10669032	rs892084	T	C	645.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=4.326;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=26;PP=566;ReadPosRankSum=0.768;SC=TAGGGCTCCCTACAGCCCTCC;SOR=0.972;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=55;TCF=5;TCR=50;TR=28;WE=10669040;WS=10669022;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,26:0.48:54
chr19	10670184	rs3826709	C	G	5100.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.627;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=450;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=95;NR=68;PP=2804;ReadPosRankSum=0.614;SC=TGCTTGAGCTCTTCCTGCTTC;SOR=0.683;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=314;TCF=182;TCR=132;TR=163;WE=10670192;WS=10670174;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:213,230:0.52:443
chr19	10670992	rs3745249	C	T	2805.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.076;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=274;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=34;PP=1065;ReadPosRankSum=0.935;SC=GCTCACCCCTCCTCTTCCTCC;SOR=0.677;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=153;TCF=78;TCR=75;TR=68;WE=10671000;WS=10670982;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:129,134:0.51:263
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chr19	10673340	rs12977138	C	T	1583.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.240;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=15;PP=934;ReadPosRankSum=2.041;SC=TCTCCTGCCCCTAAGACCCCC;SOR=0.669;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=88;TCF=64;TCR=24;TR=53;WE=10673348;WS=10673330;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,68:0.56:121
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chr19	10676423	rs3745245	G	A	7537.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=299;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=213;NR=109;PP=2965;SC=CCGACTCGGAGCTGGAGTCGC;SOR=0.853;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=328;TCF=216;TCR=112;TR=322;WE=10676431;WS=10676413;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,294:1.00:294
chr19	10676487	rs34864064	G	GCC	13664.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.497;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=531;ExcessHet=3.0103;FS=2.297;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=32.08;ReadPosRankSum=-0.720;SOR=0.680;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:3,423:0.99:426
chr19	10676537	rs3745244	C	A	5999.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-3.383;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=801;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.281;HP=2;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=93;NR=139;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.849;SC=ACTTCCCAACCGGCCGGCGCG;SOR=0.922;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=530;TCF=224;TCR=306;TR=232;WE=10676545;WS=10676527;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:449,346:0.44:795
chr19	10676681	rs3218222	T	C	3870.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=94;PP=2965;SC=GGCATGGCGGTTCTGTGGCCC;SOR=3.767;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=102;TCF=8;TCR=94;TR=102;WE=10676689;WS=10676671;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr19	10679067	rs33926515	GAGA	G	5738.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQ=60.08;NF=29;NR=29;PP=2862;SC=TGAAAGCCTAGAGAAGAAGGA;SOR=1.196;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=64;TCF=32;TCR=32;TR=58;WE=10679077;WS=10679057;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,129:1.00:129
chr19	10679240	rs1968445	C	G	7979.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=312;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=93;NR=82;PP=2965;SC=GCACCAGCTCCCGGTGCAGAA;SOR=0.761;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=175;TCF=93;TCR=82;TR=175;WE=10679248;WS=10679230;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,304:1.00:304
chr19	10685859	rs1560712	G	C	3820.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=39;NR=61;PP=2071;SC=GAGATACCATGTCTACAAAAA;SOR=1.108;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=100;TCF=39;TCR=61;TR=100;WE=10685867;WS=10685849;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,141:1.00:141
chr19	10687757	rs7252007	T	C	3225.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=70;NR=23;PP=2096;SC=TCATGAGCCATCACACCTGAC;SOR=1.898;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=93;TCF=70;TCR=23;TR=93;WE=10687765;WS=10687747;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr19	10688076	rs118167193	A	G	696.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.394;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.519;HP=1;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.780;NF=3;NR=22;PP=488;ReadPosRankSum=-0.864;SC=TCGCTTGCTCATCCTTCAAAT;SOR=0.262;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=46;TCF=4;TCR=42;TR=25;WE=10688084;WS=10688066;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,28:0.60:47
chr19	10690321	rs73018660	C	T	405.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-2.064;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=4;PP=241;ReadPosRankSum=-0.704;SC=TGAGCCACTGCGCTGGGCCCA;SOR=0.655;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=31;TCF=24;TCR=7;TR=17;WE=10690329;WS=10690311;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,19:0.54:35
chr19	10690557	rs10426276	G	C	4577.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=43;NR=51;PP=2050;SC=GTGGAGAGTGGAGAGTGACCC;SOR=0.779;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=94;TCF=43;TCR=51;TR=94;WE=10690565;WS=10690547;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,167:1.00:167
chr19	10694568	rs140752376	G	A	1206.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.398;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.418;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=13;PP=691;ReadPosRankSum=0.191;SC=CCACCTCCAGGGACACCACGT;SOR=0.862;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=88;TCF=60;TCR=28;TR=43;WE=10694576;WS=10694558;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,59:0.44:135
chr19	10697773	rs75323740	A	G	3648.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-2.060;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=379;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.730;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=46;PP=1603;ReadPosRankSum=-2.492;SC=GTGTTCCCAGACCTCTTCCTG;SOR=0.560;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=231;TCF=142;TCR=89;TR=111;WE=10697781;WS=10697763;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:195,184:0.49:379
chr19	10697801	rs75192074	G	T	4805.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.221;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=530;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.745;HP=5;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=70;NR=61;PP=1768;ReadPosRankSum=1.739;SC=CGGAGGGGTCGCCCCTGAATC;SOR=0.565;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=296;TCF=167;TCR=129;TR=131;WE=10697809;WS=10697791;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:282,241:0.46:523
chr19	10738639	rs3087969	C	T	9477.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=370;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=101;NR=117;PP=2965;SC=ACCCCACTGACAGCCGGGGCG;SOR=0.766;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=219;TCF=101;TCR=118;TR=218;WE=10738647;WS=10738629;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,367:1.00:367
chr19	10741622	rs12710257	A	G	2172.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=56;NR=16;PP=1492;SC=CGGAGGTTGCAGTGAGCCGAG;SOR=2.191;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=73;TCF=56;TCR=17;TR=72;WE=10741630;WS=10741612;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr19	10741681	rs60016481	C	CA	2455.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.122;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=240;ExcessHet=3.0103;FS=1.473;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.18;MQRankSum=0.872;QD=10.96;ReadPosRankSum=0.600;SOR=0.917;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:58,166:0.74:224
chr19	10741907	rs12972963	A	G	24663.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.408;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=936;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=267;NR=308;PP=2965;ReadPosRankSum=2.064;SC=AGTCCTGAGCAGTCTGCCCCA;SOR=0.262;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=576;TCF=268;TCR=308;TR=575;WE=10741915;WS=10741897;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,928:1.00:930
chr19	10742170	rs2288904	A	G	7354.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=279;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=103;NR=85;PP=2965;SC=GAGGTGCTTCAAGATGGTGAC;SOR=0.818;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=188;TCF=103;TCR=85;TR=188;WE=10742178;WS=10742160;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,270:1.00:270
chr19	10742287	rs1560711	C	T	10003.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=374;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=151;NR=117;PP=2965;SC=TGGTGCCATCCTCTGCTCCAT;SOR=0.909;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=270;TCF=151;TCR=119;TR=268;WE=10742295;WS=10742277;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,366:1.00:366
chr19	10742443	rs1560710	C	T	15685.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.232;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=588;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=208;NR=185;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.545;SC=TATTGGCGCACCGCGCCAGGG;SOR=0.787;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=397;TCF=210;TCR=187;TR=393;WE=10742451;WS=10742433;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,580:0.99:584
chr19	10742463	rs1560709	G	T	14942.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.232;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=561;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=198;NR=189;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.638;SC=GTCTCACTTTGCTGGGTGGGA;SOR=0.749;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=391;TCF=200;TCR=191;TR=387;WE=10742471;WS=10742453;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,551:0.99:555
chr19	10745764	rs2163832	T	C	4425.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=2.246;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=529;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=76;NR=65;PP=1898;ReadPosRankSum=1.198;SC=GGGGCCAGGGTGCCAGGGGCC;SOR=0.680;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=334;TCF=179;TCR=155;TR=141;WE=10745772;WS=10745754;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:302,225:0.43:527
chr19	10748820	rs3859514	T	C	3064.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=2.425;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=292;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.905;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=62;PP=1912;ReadPosRankSum=1.120;SC=GATTTCTGTCTTCTGTGATGA;SOR=0.778;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=210;TCF=87;TCR=123;TR=103;WE=10748828;WS=10748810;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:151,137:0.48:288
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chr19	10752968	rs10405617	A	G	3387.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.778;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=294;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.80;ReadPosRankSum=0.738;SOR=0.681;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:120,167:0.58:287
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chr19	11031464	rs2288842	C	G	10065.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=2.396;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=895;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=156;NR=155;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.655;SC=GGCGCCCCGGCCCTGCAACCC;SOR=0.684;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=587;TCF=291;TCR=296;TR=311;WE=11031472;WS=11031454;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:427,461:0.52:888
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chr19	11105608	rs7935	T	C	3559.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.727;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=381;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.371;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=58;PP=1569;ReadPosRankSum=0.115;SC=CCACGTACCATGCCAACACGG;SOR=0.671;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=239;TCF=126;TCR=113;TR=122;WE=11105616;WS=11105598;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:197,180:0.48:377
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chr19	11106790	rs11669202	T	C	1808.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.861;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.608;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=16;PP=1104;ReadPosRankSum=-0.137;SC=CCGCGTGAGCTACGCGTGCCC;SOR=0.606;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=147;TCF=111;TCR=36;TR=64;WE=11106798;WS=11106780;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:102,82:0.45:184
chr19	11107133	rs2304087	T	C	3332.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.122;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=309;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.368;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=76;PP=1837;ReadPosRankSum=-0.034;SC=CTCAGCCTTGTGGGTCAGGGC;SOR=0.612;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=232;TCF=96;TCR=136;TR=133;WE=11107141;WS=11107123;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:147,158:0.52:305
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chr19	11132080	rs12232780	G	A	762.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.924;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.604;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=5;PP=416;ReadPosRankSum=0.326;SC=GCCAGAACGTGCTCGGCATTT;SOR=1.276;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=44;TCF=32;TCR=12;TR=24;WE=11132088;WS=11132070;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,33:0.61:54
chr19	11134090	rs12611191	A	G	1499.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.532;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.425;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=13;PP=775;ReadPosRankSum=2.327;SC=AGATCACCCCAGGGGACCCCG;SOR=0.870;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=106;TCF=79;TCR=27;TR=55;WE=11134098;WS=11134080;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,75:0.53:142
chr19	11136215	rs2075021	C	G	4814.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.647;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=490;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.524;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=95;PP=2640;ReadPosRankSum=1.626;SC=ACGGCTCAGGCCCTGCTGTCT;SOR=0.772;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=311;TCF=127;TCR=184;TR=159;WE=11136223;WS=11136205;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:247,230:0.48:477
chr19	11136315	rs2075022	C	T	1611.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.389;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.680;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=36;PP=912;ReadPosRankSum=-0.621;SC=GTACATCTGTCTCTCATTTGG;SOR=0.607;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=97;TCF=29;TCR=68;TR=51;WE=11136323;WS=11136305;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,72:0.55:131
chr19	11136857	rs1019193	C	T	455.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=2.885;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.674;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=2;PP=330;ReadPosRankSum=0.361;SC=GCCGTGGGCCCGTGCCGAGCA;SOR=1.371;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=41;TCF=34;TCR=7;TR=18;WE=11136865;WS=11136856;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,19:0.43:44
chr19	11168896	rs8104480	A	G	858.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=2.592;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.733;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=1;PP=507;ReadPosRankSum=1.931;SC=GGGTGGGCGGACTCGGGGGTG;SOR=1.590;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=98;TCF=77;TCR=21;TR=37;WE=11168904;WS=11168886;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,41:0.40:102
chr19	11169514	rs9105	C	T	4576.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.492;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=499;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=72;NR=75;PP=2144;ReadPosRankSum=0.943;SC=TAGAGAAGGACGTCATGCTCC;SOR=0.660;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=305;TCF=146;TCR=159;TR=147;WE=11169522;WS=11169504;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:266,229:0.46:495
chr19	11170677	rs117490455	A	G	2338.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.244;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=242;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=31;PP=843;ReadPosRankSum=-1.084;SC=GGGGTGCTGCATTCCCAGAGC;SOR=0.662;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=130;TCF=60;TCR=70;TR=58;WE=11170685;WS=11170667;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:120,118:0.50:238
chr19	11170839	rs7275	T	C	848.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.335;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=18;PP=379;ReadPosRankSum=2.162;SC=TGAGTGACGATGACAGTGAGG;SOR=0.690;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=66;TCF=21;TCR=45;TR=26;WE=11170847;WS=11170829;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,44:0.42:106
chr19	11221454	rs2738442	T	C	25541.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=725;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=35.62;SOR=0.696;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,717:1.00:717
chr19	11221454	.	TCCG	CCCC,CCCG	2962	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.55;FR=0.5000,0.5000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MMLQ=9;MQ=60.0;NF=110,214;NR=98,217;PP=2403,2962;QD=11.8099417061;SC=GAAGGTGATTTCCGGGTGGGA;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=434;TCF=214;TCR=220;TR=208,431;WE=11221465;WS=11221444;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.48:434
chr19	11221457	rs12710260	G	C	6736.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.819;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=727;ExcessHet=3.0103;FS=1.101;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.37;ReadPosRankSum=0.085;SOR=0.699;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:373,346:0.48:719
chr19	11224181	rs1003723	C	T	5960.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.947;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=86;NR=65;PP=2965;ReadPosRankSum=1.409;SC=GGGCTCCTGGCGCTGATGCCC;SOR=0.326;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=151;TCF=86;TCR=65;TR=151;WE=11224189;WS=11224171;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,220:1.00:221
chr19	11224265	rs5930	A	G	11528.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=432;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=145;NR=127;PP=2965;SC=TCATCAGCAGAGACATCCAGG;SOR=0.822;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=272;TCF=145;TCR=127;TR=272;WE=11224273;WS=11224255;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,428:1.00:428
chr19	11224491	rs1569372	A	G	5232.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.686;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.307;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=106;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.620;SC=AGCAGGAAGGAGCTTCAGGAA;SOR=1.821;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=144;TCF=37;TCR=107;TR=142;WE=11224499;WS=11224481;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,188:0.98:192
chr19	11227480	rs2738447	A	C	678.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=16;NR=5;PP=468;SC=GGCCCTCAGGACCCTCTGGGA;SOR=1.802;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=16;TCR=5;TR=21;WE=11227488;WS=11227470;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr19	11227602	rs688	C	T	3339.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=51;NR=31;PP=1475;SC=TCGATGTCAACGGGGGCAACC;SOR=1.110;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=82;TCF=51;TCR=31;TR=82;WE=11227610;WS=11227592;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,129:1.00:129
chr19	11227814	rs58321173	CT	C	442.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.416;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=1.575;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.92;MQRankSum=-0.487;QD=10.30;ReadPosRankSum=0.334;SOR=1.262;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,34:0.79:43
chr19	11230645	rs2569549	T	C	2504.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=61;NR=15;PP=1733;SC=AGTGAAACTCTGTCTGAAACA;SOR=2.598;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=76;TCF=61;TCR=15;TR=76;WE=11230661;WS=11230635;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr19	11230650	rs145643854	GAAAC	G	3880.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=31;NR=17;PP=2270;SC=AACTCTGTCTGAAACAAACAA;SOR=2.584;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=63;TCF=41;TCR=22;TR=48;WE=11230661;WS=11230635;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr19	11230690	rs116959285	C	G	2594.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.226;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.510;HP=7;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.459;NF=54;NR=31;PP=1399;ReadPosRankSum=-1.365;SC=AACAAAAAAACTAGTTGTGGA;SOR=0.627;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=163;TCF=106;TCR=57;TR=85;WE=11230698;WS=11230672;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:101,117:0.54:218
chr19	11230881	rs5925	T	C	14203.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=518;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=199;NR=184;PP=2965;SC=AGGATATGGTTCTCTTCCACA;SOR=0.762;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=384;TCF=199;TCR=185;TR=383;WE=11230889;WS=11230871;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,509:1.00:509
chr19	11233941	rs5927	A	G	17305.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=653;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=184;NR=190;PP=2965;SC=CAACCACCCGACCTGTTCCCG;SOR=0.696;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=374;TCF=184;TCR=190;TR=374;WE=11233949;WS=11233931;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,651:1.00:651
chr19	11238492	rs12459476	A	G	1958.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=41;NR=14;PP=1311;SC=ACCTTCTTAAACCGGAATTGA;SOR=2.035;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=56;TCF=42;TCR=14;TR=55;WE=11238500;WS=11238482;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr19	11238548	rs2569538	A	G	4373.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=2.121;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=1.750;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=92;NR=41;PP=2439;ReadPosRankSum=1.813;SC=GTGGCCTCTCACAGACTTGGG;SOR=1.453;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=137;TCF=92;TCR=45;TR=133;WE=11238556;WS=11238538;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:6,175:0.97:181
chr19	11241915	rs6413504	A	G	8050.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=307;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=114;NR=73;PP=2965;ReadPosRankSum=0.417;SC=TGTTTCCTGAATGCTGGACTG;SOR=1.039;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=187;TCF=114;TCR=73;TR=187;WE=11241923;WS=11241905;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,299:0.99:301
chr19	11242307	rs2738464	G	C	283.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=1;NR=5;PP=151;SC=GATGAAAGGGGAGGGGATGTC;SOR=1.609;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=1;TCR=5;TR=6;WE=11242315;WS=11242297;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr19	11266584	rs892114	A	G	1524.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=14;NR=33;PP=910;SC=GGGGAACAGGATCTTAGACTG;SOR=1.651;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=14;TCR=33;TR=47;WE=11266592;WS=11266574;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr19	11285390	rs440677	G	A	1187.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=32;PP=947;SC=TCAGGTGGGAGAGGATGTGAG;SOR=3.855;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=37;TCF=4;TCR=33;TR=36;WE=11285398;WS=11285380;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr19	11303459	rs35706290	GC	G	119.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.899;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FS=2.977;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.46;ReadPosRankSum=-1.045;SOR=0.145;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:67,15:0.18:82
chr19	11314807	rs3217390	CTGGGGATGAGGAG	C	2135.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=61.40;QD=42.71;SOR=4.091;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr19	11319491	rs8409	G	A	17315.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.092;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=682;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=205;NR=229;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.376;SC=CCTCTAGCACGTTGGATGAGA;SOR=0.482;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=439;TCF=208;TCR=231;TR=434;WE=11319499;WS=11319481;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,669:1.00:672
chr19	11324890	rs12609620	T	C	3109.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=52;NR=26;PP=1444;SC=CATGAGCCACTGTGCTCAGCC;SOR=1.342;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=79;TCF=53;TCR=26;TR=78;WE=11324898;WS=11324880;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr19	11325417	rs2163830	A	G	2383.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=56;PP=1742;SC=CCCAGGGGGCACTGGCTCCCT;SOR=2.425;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=68;TCF=12;TCR=56;TR=68;WE=11325425;WS=11325407;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr19	11325924	rs11673129	C	G	1917.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=57;NR=7;PP=1469;SC=CGGCCCATGCCCGGCTAATTT;SOR=3.675;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=65;TCF=58;TCR=7;TR=64;WE=11325932;WS=11325918;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr19	11326119	rs2304155	A	G	23036.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=531;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.22;SOR=0.720;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,521:1.00:521
chr19	11326125	rs2304154	C	T	22653.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=518;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.68;SOR=0.721;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,507:1.00:507
chr19	11326629	rs10403991	C	A	5030.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=51;NR=77;PP=2434;SC=ACTGGGGTTCCAGGCTGACTC;SOR=1.045;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=128;TCF=51;TCR=77;TR=128;WE=11326637;WS=11326619;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,189:1.00:189
chr19	11327571	rs4804150	C	T	5981.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.900;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=95;NR=51;PP=2958;ReadPosRankSum=-0.848;SC=TCCATCATCTCCTGCCCACGC;SOR=1.195;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=153;TCF=97;TCR=56;TR=146;WE=11327579;WS=11327561;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,217:0.99:219
chr19	11327608	rs4804151	T	C	15954.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=362;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=130;NR=79;PP=2965;SC=CAAAGGCAGCTAGGCAAAGGT;SOR=1.074;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=209;TCF=130;TCR=79;TR=209;WE=11327616;WS=11327598;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,361:1.00:361
chr19	11327626	rs4804152	A	G	16902.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=397;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=127;NR=96;PP=2965;SC=GGTACAGCAAATCCAACAGAC;SOR=0.903;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=223;TCF=127;TCR=96;TR=223;WE=11327634;WS=11327616;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,396:1.00:396
chr19	11358799	rs12978266	G	A	1966.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-1.298;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=27;PP=678;ReadPosRankSum=-1.383;SC=GGGTGGCTCTGGGCGGCTACA;SOR=0.714;SbPval=0.17;Source=Platypus;TC=109;TCF=40;TCR=69;TR=51;WE=11358807;WS=11358789;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,95:0.61:157
chr19	11363146	rs8113582	A	T	1542.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.864;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=26;PP=759;ReadPosRankSum=-0.327;SC=GCTGCCCCTAAGTCAGACTCA;SOR=0.700;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=110;TCF=61;TCR=49;TR=57;WE=11363154;WS=11363136;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:106,83:0.44:189
chr19	11436302	rs56363898	A	AG	3896.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=51;PP=2314;SC=AAGACCCCTGAGGGCAGAGTC;SOR=1.258;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=55;TCF=4;TCR=51;TR=54;WE=11436310;WS=11436292;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr19	11437440	rs138084747	C	T	271.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.969;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.40;MQRankSum=-1.043;QD=10.07;ReadPosRankSum=0.881;SOR=0.818;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,15:0.56:27
chr19	11437473	rs150288932	T	TG	204.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=0.537;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.268;NF=1;NR=3;PP=98;ReadPosRankSum=1.027;SC=TTTGTAGAGGTGGGGGTCTCG;SOR=0.782;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=4;WE=11437481;WS=11437463;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,10:0.42:24
chr19	11446520	rs3816864	T	G	1550.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=2.999;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=36;PP=1013;ReadPosRankSum=1.179;SC=ACCCCTGTCTTAGAGGGGCAC;SOR=0.739;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=102;TCF=31;TCR=71;TR=52;WE=11446528;WS=11446510;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,66:0.50:133
chr19	11447769	.	C	CA	88.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.058;ClippingRankSum=0.000;DP=113;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.19;MQRankSum=2.783;QD=0.85;ReadPosRankSum=-0.497;SOR=0.703;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:82,22:0.21:104
chr19	11459260	rs12976608	T	C	2784.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.483;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=269;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=40;PP=1391;ReadPosRankSum=-2.810;SC=CCACCATTGCTGGCCGCGTCT;SOR=0.681;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=186;TCF=107;TCR=79;TR=95;WE=11459268;WS=11459250;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:127,133:0.51:260
chr19	11462929	.	G	C	349.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.634;ClippingRankSum=0.000;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=10;PP=257;ReadPosRankSum=1.225;SC=ACTCACTGCTGTGTGACTGTG;SOR=0.793;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=28;TCF=9;TCR=19;TR=14;WE=11462937;WS=11462919;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,15:0.52:29
chr19	11464003	rs12975236	C	G	645.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=4.592;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=13.106;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=2;PP=384;ReadPosRankSum=1.572;SC=GTCTCAATCTCCTGACCTCGT;SOR=2.383;SbPval=0.97;Source=Platypus;TC=50;TCF=36;TCR=14;TR=19;WE=11464011;WS=11463993;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,26:0.43:61
chr19	11465129	rs7251786	C	T	808.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.436;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.822;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=6;PP=246;ReadPosRankSum=0.288;SC=TGGTGTCACACTGGATCACAT;SOR=0.813;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=51;TCF=34;TCR=17;TR=21;WE=11465137;WS=11465119;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,44:0.52:85
chr19	11465316	rs6887	G	C	3343.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.177;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=334;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=50;PP=1661;ReadPosRankSum=2.109;SC=GACTCCGACTGTGACCAGGAC;SOR=0.696;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=187;TCF=98;TCR=89;TR=103;WE=11465324;WS=11465306;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:168,162:0.49:330
chr19	11474335	rs8108707	G	A	2309.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.235;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.751;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=24;PP=1244;ReadPosRankSum=-0.315;SC=GTATTTACATGGCTCCTATGT;SOR=0.548;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=139;TCF=94;TCR=45;TR=72;WE=11474343;WS=11474325;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:100,108:0.52:208
chr19	11507855	rs3816865	G	A	2480.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.741;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=249;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.558;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=42;PP=1484;ReadPosRankSum=-0.451;SC=TCCATCCTTGGGCGTGGTCAG;SOR=0.833;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=170;TCF=97;TCR=73;TR=98;WE=11507863;WS=11507845;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:121,121:0.50:242
chr19	11512826	rs317910	A	G	1406.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.883;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FS=11.822;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.35;ReadPosRankSum=-0.568;SOR=0.138;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:58,40:0.41:98
chr19	11512830	rs3745688	C	T	1390.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.557;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FS=7.332;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.05;ReadPosRankSum=0.581;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:61,38:0.38:99
chr19	11512968	rs3833251	TC	T	4559.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.521;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=288;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=44;PP=2983;ReadPosRankSum=0.198;SC=GGGTCAAGGGTCAAGGGTCAA;SOR=0.710;SbPval=0.26;Source=Platypus;TC=144;TCF=48;TCR=96;TR=73;WE=11512976;WS=11512958;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:145,138:0.49:283
chr19	11516007	rs10416704	T	G	1349.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.752;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.826;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=31;PP=832;ReadPosRankSum=-0.221;SC=ACCGGCTCACTGCCCCCCAGC;SOR=0.502;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=75;TCF=27;TCR=48;TR=50;WE=11516015;WS=11515997;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,60:0.65:92
chr19	11526759	rs160838	G	A	4219.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=34;NR=68;PP=1957;SC=GTCCGAATGGGCAGGGGGGTC;SOR=1.290;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=102;TCF=34;TCR=68;TR=102;WE=11526767;WS=11526749;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,158:1.00:158
chr19	11534503	rs57892201	TG	T	690.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.932;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.71;ReadPosRankSum=-0.344;SOR=1.775;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,36:0.61:59
chr19	11537721	.	G	A	3990.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.676;ClippingRankSum=0.000;DP=414;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=62;PP=1613;ReadPosRankSum=-1.080;SC=TCTGTTTTGCGCCTCCGCCAT;SOR=0.667;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=249;TCF=110;TCR=139;TR=114;WE=11537729;WS=11537711;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:213,197:0.48:410
chr19	11541685	rs34095	G	A	6688.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-0.458;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=589;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=92;NR=108;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.707;SC=ATCCACCGCCGCGGGAACCCT;SOR=0.738;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=335;TCF=158;TCR=177;TR=200;WE=11541693;WS=11541675;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:255,322:0.56:577
chr19	11541712	rs34094	T	C	12487.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=473;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=138;NR=162;PP=2965;SC=ACCCCTTTGCTCCTTACCTTG;SOR=0.816;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=300;TCF=138;TCR=162;TR=300;WE=11541720;WS=11541702;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,463:1.00:463
chr19	11547022	rs143936796	GTCC	G	7385.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.957;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=396;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.208;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQ=60.08;MQRankSum=1.712;NF=9;NR=74;PP=2966;ReadPosRankSum=1.101;SC=TCACCAGTGAGTCCTCCTGTT;SOR=0.777;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=164;TCF=25;TCR=139;TR=83;WE=11547032;WS=11547012;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:186,192:0.51:378
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chr19	11708464	rs72997090	G	C	3063.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=1.123;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=351;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.763;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=48;PP=1491;ReadPosRankSum=0.338;SC=GAGGGGTCAGGCGTCCCCAGA;SOR=0.754;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=198;TCF=95;TCR=103;TR=89;WE=11708472;WS=11708454;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:192,154:0.45:346
chr19	11725413	rs12151212	G	A	8224.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-2.779;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=836;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.100;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=137;NR=133;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.374;SC=ATCCTTCCCAGAAGAATCTCT;SOR=0.624;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=549;TCF=270;TCR=279;TR=270;WE=11725421;WS=11725403;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:414,396:0.49:810
chr19	11725823	rs1969533	A	G	491.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=40.98;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
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chr19	11727384	rs4411616	G	C	213.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=36;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=2;PP=147;SC=GTTCACGCCTGGGCAACATAG;SOR=1.863;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=7;TCF=5;TCR=2;TR=7;WE=11727392;WS=11727380;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr19	11727503	rs4545929	T	C	3283.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=77;NR=14;PP=2105;SC=CTCATTTTTCTGACAAGTCAT;SOR=2.636;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=91;TCF=77;TCR=14;TR=91;WE=11727511;WS=11727493;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr19	11728802	rs4804611	A	G	860.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-5.349;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.603;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=32;PP=647;ReadPosRankSum=0.203;SC=AAGGATTCACAGTGGAGAAAG;SOR=0.242;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=83;TCF=8;TCR=75;TR=36;WE=11728810;WS=11728792;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,37:0.41:91
chr19	11878095	rs384148	T	G	3213.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.119;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=304;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.880;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=60;PP=1631;ReadPosRankSum=-0.479;SC=TGGCACCAGGTCTTCCCCGCC;SOR=0.627;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=200;TCF=78;TCR=122;TR=101;WE=11878103;WS=11878085;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:151,152:0.50:303
chr19	11889347	rs371134	C	T	190.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.057;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.307;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=4;PP=59;ReadPosRankSum=2.442;SC=GATCATAGCTCGCTGTAGCCT;SOR=0.197;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=9;TCF=2;TCR=7;TR=6;WE=11889355;WS=11889337;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,10:0.62:16
chr19	11891003	rs799193	G	A	8452.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=320;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=125;NR=97;PP=2965;SC=TAATTGCTACGTTAGAGTTGA;SOR=0.866;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=222;TCF=125;TCR=97;TR=222;WE=11891011;WS=11890993;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,311:1.00:311
chr19	11918093	rs71166630	AT	A	551.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.635;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.679;HP=7;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.146;NF=2;NR=23;PP=627;ReadPosRankSum=0.216;SC=GAGAAATGCTATTTTTTAATT;SOR=1.292;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=51;TCF=5;TCR=46;TR=25;WE=11918101;WS=11918083;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,32:0.44:72
chr19	11941221	rs424132	T	A	5391.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-2.287;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=537;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.748;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-8.701;NF=78;NR=113;PP=2717;ReadPosRankSum=-1.693;SC=CCTGACCTCTTTAGGTAAGGA;SOR=0.866;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=359;TCF=154;TCR=205;TR=191;WE=11941229;WS=11941211;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:265,264:0.50:529
chr19	11941256	rs421355	A	G	3745.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.538;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=410;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.009;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-10.993;NF=48;NR=92;PP=2000;ReadPosRankSum=1.564;SC=CCCTCAGTCCATTAGTGAACC;SOR=1.022;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=285;TCF=111;TCR=174;TR=140;WE=11941264;WS=11941246;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:221,187:0.46:408
chr19	11941363	rs2545810	G	A	1466.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.382;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.010;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-6.638;NF=30;NR=31;PP=1020;ReadPosRankSum=-0.518;SC=AATCATGGGCGTAGAATCTAA;SOR=0.534;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=130;TCF=60;TCR=70;TR=61;WE=11941371;WS=11941353;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,69:0.44:156
chr19	11941532	rs35392612	C	G	2354.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=1.126;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=261;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.119;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-1.633;NF=31;NR=56;PP=1359;ReadPosRankSum=-0.283;SC=TCTCTCTAGACAATCTTAGAA;SOR=0.841;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=193;TCF=75;TCR=118;TR=87;WE=11941540;WS=11941522;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:145,115:0.44:260
chr19	11941617	rs410885	G	A	578.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=0.941;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.017;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-1.805;NF=5;NR=18;PP=383;ReadPosRankSum=-0.423;SC=TAGAATATTTGATCAAAAAAC;SOR=0.941;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=63;TCF=16;TCR=47;TR=23;WE=11941625;WS=11941607;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,28:0.38:74
chr19	11942362	rs427880	A	G	7025.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.622;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=721;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-2.508;NF=128;NR=102;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.461;SC=TTTAATATGAACATCAGAGGT;SOR=0.649;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=466;TCF=267;TCR=199;TR=230;WE=11942370;WS=11942352;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:368,339:0.48:707
chr19	11942615	rs394416	A	C	5252.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.284;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=469;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.750;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=70;NR=95;PP=2920;ReadPosRankSum=-1.732;SC=GTGGGAAAGCATTCCATTGTC;SOR=0.574;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=333;TCF=136;TCR=197;TR=165;WE=11942623;WS=11942605;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:225,236:0.51:461
chr19	11942771	rs436411	G	A	6994.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-2.261;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=623;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.521;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=125;NR=87;PP=2962;ReadPosRankSum=1.157;SC=AATATCAGGAGTGTGGGAAAG;SOR=0.750;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=393;TCF=227;TCR=166;TR=212;WE=11942779;WS=11942761;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:279,333:0.54:612
chr19	11943697	rs400106	G	A	14850.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-2.342;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=429;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=127;NR=151;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.580;SC=ATGGAGAGAAGCCCTATGCAT;SOR=0.269;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=279;TCF=127;TCR=152;TR=278;WE=11943705;WS=11943687;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,420:1.00:421
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chr19	11943823	rs375049	G	A	2992.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.316;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=249;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.557;HP=3;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-1.288;NF=46;NR=53;PP=1740;ReadPosRankSum=-0.192;SC=TATGTGGGAGGGGCTTTTATT;SOR=0.820;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=180;TCF=87;TCR=93;TR=99;WE=11943831;WS=11943813;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:110,132:0.55:242
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chr19	11977572	rs11671596	G	C	515.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=1.398;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=13;PP=298;ReadPosRankSum=0.858;SC=GATCAAGGCTGAGGGCTCACT;SOR=0.467;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=27;TCF=3;TCR=24;TR=15;WE=11977580;WS=11977562;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,21:0.58:36
chr19	11979164	rs10500209	T	C	7277.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.433;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=696;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.521;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NR=145;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.606;SC=AATCTTCAATTGCATGGTAGG;SOR=0.759;Source=Platypus;TCR=272;WE=11979172;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:327,354:0.52:681
chr19	12024208	rs34363657	C	CT	527.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.463;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FS=5.712;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.96;ReadPosRankSum=-1.656;SOR=0.249;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,31:0.58:53
chr19	12058536	rs4804175	C	T	251.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=3.781;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.702;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=10;PP=194;ReadPosRankSum=0.844;SC=TATATTTAAACGTGACTGAGG;SOR=1.148;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=29;TCF=6;TCR=23;TR=12;WE=12058544;WS=12058526;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,12:0.39:31
chr19	12128613	.	CT	C	56.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.170;ClippingRankSum=0.000;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=1.338;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.07;ReadPosRankSum=0.293;SOR=0.951;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,15:0.28:53
chr19	12157334	rs4804176	T	G	2755.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=55;NR=22;PP=2079;SC=CATTGCACCTTTGTCTCATTT;SOR=1.836;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=78;TCF=55;TCR=23;TR=77;WE=12157342;WS=12157324;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr19	12157507	rs11668160	G	C	6545.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.819;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=725;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.095;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=100;NR=102;PP=2620;ReadPosRankSum=0.693;SC=GATTTTTCTGGGAAGGATCCA;SOR=0.601;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=454;TCF=236;TCR=218;TR=202;WE=12157515;WS=12157497;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:386,331:0.46:717
chr19	12191161	.	CAAA	C	129.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.699;ClippingRankSum=0.000;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=3.144;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.49;ReadPosRankSum=1.895;SOR=0.269;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,14:0.27:52
chr19	12204632	rs199664949	G	GT	71.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.542;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FS=1.971;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.56;ReadPosRankSum=0.782;SOR=0.481;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:104,24:0.19:128
chr19	12222381	rs1866382	C	G	4714.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=74;NR=60;PP=2965;SC=AAGGATTCTGCGAAGACATTT;SOR=0.866;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=134;TCF=74;TCR=60;TR=134;WE=12222389;WS=12222371;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,161:1.00:161
chr19	12243276	rs76936724	C	T	589.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.406;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.263;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=6;PP=406;ReadPosRankSum=0.362;SC=ATTGTCCTATCGCAAGTCTCT;SOR=0.456;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=53;TCF=40;TCR=13;TR=23;WE=12243284;WS=12243266;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,24:0.44:54
chr19	12256358	rs12972621	T	G	7436.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.634;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=706;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.443;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=100;NR=127;PP=2962;ReadPosRankSum=0.180;SC=TTTCATGATATCGAACGGAAT;SOR=0.851;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=441;TCF=208;TCR=233;TR=227;WE=12256366;WS=12256348;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:344,353:0.51:697
chr19	12358120	rs191238405	T	C	427.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.094;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=4;PP=191;ReadPosRankSum=0.020;SC=CTTCACATGGTATTGTAAGGA;SOR=0.490;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=22;TCF=16;TCR=6;TR=13;WE=12358128;WS=12358110;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,20:0.59:34
chr19	12491302	rs145317058	TTTC	T	8403.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.924;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=496;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-6.051;NF=47;NR=74;PP=2966;ReadPosRankSum=0.540;SC=ATTCATAGAGTTTCTTCTCTC;SOR=0.722;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=272;TCF=105;TCR=167;TR=121;WE=12491312;WS=12491292;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:262,220:0.46:482
chr19	12491498	rs4804664	C	T	7787.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.824;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=709;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=140;NR=123;PP=2962;ReadPosRankSum=0.104;SC=AGTGGTTTCACGTCTTTGAAG;SOR=0.727;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=498;TCF=264;TCR=234;TR=263;WE=12491506;WS=12491488;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:334,367:0.52:701
chr19	12491639	rs59301182	A	G	15566.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.190;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=825;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-4.072;NF=127;NR=154;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.346;SC=ACATTCATACAGTTTCTCCCC;SOR=0.739;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=551;TCF=252;TCR=299;TR=281;WE=12491647;WS=12491629;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:404,418:0.51:822
chr19	12491654	rs57371898	C	T	15364.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=3.362;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=793;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-4.646;NF=123;NR=160;PP=2962;ReadPosRankSum=0.764;SC=CTCCCCAGTACGTGTTCTTTC;SOR=0.716;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=548;TCF=238;TCR=310;TR=283;WE=12491662;WS=12491644;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:386,404:0.51:790
chr19	12491779	rs17706075	T	C	7647.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.343;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=724;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-3.068;NF=131;NR=121;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.686;SC=GCCAGAAAAATGCTTTCCCAC;SOR=0.701;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=487;TCF=251;TCR=236;TR=252;WE=12491787;WS=12491769;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:347,373:0.52:720
chr19	12491949	rs11668955	T	C	7577.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.609;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=422;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.35;ReadPosRankSum=1.927;SOR=0.738;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:215,198:0.48:413
chr19	12491955	rs11668074	A	C	7752.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.630;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=417;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.96;ReadPosRankSum=0.551;SOR=0.684;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:205,204:0.50:409
chr19	12492036	rs10417283	A	T	6084.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.314;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=303;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.91;MQRankSum=-1.347;QD=20.28;ReadPosRankSum=-1.357;SOR=0.690;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:143,157:0.52:300
chr19	12492039	rs10414984	G	T	6059.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.171;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=298;ExcessHet=3.0103;FS=0.428;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.91;MQRankSum=-1.342;QD=20.54;ReadPosRankSum=-1.543;SOR=0.648;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:140,155:0.53:295
chr19	12494612	rs10418011	T	C	2183.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.097;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FS=10.241;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.99;ReadPosRankSum=-0.637;SOR=1.639;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:55,60:0.52:115
chr19	12494621	rs10412448	A	G	2078.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.352;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FS=7.941;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=20.58;ReadPosRankSum=-0.394;SOR=1.619;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:49,52:0.51:101
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chr19	12540818	rs28438452	G	C	525.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-2.599;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-2.552;NF=22;NR=1;PP=430;ReadPosRankSum=-1.776;SC=AGGTATCAAGGGATGACTGTA;SOR=0.693;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=44;TCF=43;TCR=1;TR=23;WE=12540826;WS=12540809;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,23:0.50:46
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chr19	12542851	rs4804693	A	G	807.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.130;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=39.96;MQRankSum=-0.144;QD=16.16;ReadPosRankSum=-0.509;SOR=0.488;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,22:0.44:50
chr19	12542870	rs76308383	A	G	264.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.201;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=39.96;MQRankSum=-1.170;QD=9.46;ReadPosRankSum=-1.208;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,11:0.39:28
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chr19	12543251	rs138584869	A	C	381.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=5.764;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=22.882;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-9.196;NF=6;NR=40;PP=831;ReadPosRankSum=-3.195;SC=CCATTTCATTACTAAAAGGTA;SOR=2.540;SbPval=0.99;Source=Platypus;TC=159;TCF=50;TCR=109;TR=46;WE=12543259;WS=12543241;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:167,33:0.17:200
chr19	12543866	rs138105074	A	G	592.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.803;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.26;MQRankSum=-6.379;QD=5.39;ReadPosRankSum=-0.223;SOR=0.685;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:72,38:0.35:110
chr19	12551671	rs11878378	G	T	7332.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.102;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=394;ExcessHet=3.0103;FS=3.949;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.86;MQRankSum=-2.817;QD=18.61;ReadPosRankSum=0.050;SOR=0.884;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:208,186:0.47:394
chr19	12551674	rs11878523	C	A	7314.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.209;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=415;ExcessHet=3.0103;FS=1.792;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.87;MQRankSum=-2.822;QD=17.67;ReadPosRankSum=0.198;SOR=0.817;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:219,195:0.47:414
chr19	12551715	rs11881297	A	C	8005.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=1.088;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=746;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.757;HP=3;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.987;NF=152;NR=95;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.158;SC=ACGCCGGCCCAGCACACGCAC;SOR=0.854;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=464;TCF=279;TCR=185;TR=247;WE=12551723;WS=12551705;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:370,374:0.50:744
chr19	12551789	rs3745658	A	C	9717.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-1.490;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=895;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.094;HP=2;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-0.948;NF=142;NR=151;PP=2962;ReadPosRankSum=0.097;SC=TGCGTGTTCCAGCCAGACAAA;SOR=0.592;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=528;TCF=244;TCR=284;TR=293;WE=12551797;WS=12551779;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:424,470:0.53:894
chr19	12551895	rs3745657	A	T	3095.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=5.269;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.747;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=90;PP=2186;ReadPosRankSum=0.780;SC=TCAACCACACACACTTCTCTG;SOR=0.939;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=185;TCF=40;TCR=145;TR=113;WE=12551903;WS=12551879;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:92,125:0.58:217
chr19	12574740	rs60000717	CAAA	C	730.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.311;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.05;ReadPosRankSum=0.260;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,31:0.60:52
chr19	12659875	rs146138143	C	CCATA	409.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.539;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=10;PP=466;ReadPosRankSum=2.756;SC=GAGAAACCTACCATACATGTT;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=0;TCR=15;TR=10;WE=12659883;WS=12659865;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,11:0.69:16
chr19	12661335	rs2861411	C	T	398.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=4;PP=301;SC=CCGGTCGTGGCGGCGCATGCC;SOR=1.765;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=10;TCR=4;TR=14;WE=12661343;WS=12661325;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr19	12662318	rs79749579	G	GC	9581.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=0.734;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=413;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQ=60.08;MQRankSum=0.150;NF=19;NR=135;PP=2973;ReadPosRankSum=-1.842;SC=GTTGAACATTGCCCCTGTCCC;SOR=1.040;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=170;TCF=20;TCR=150;TR=154;WE=12662326;WS=12662308;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,365:0.99:367
chr19	12694089	rs12461643	T	G	941.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-3.029;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.452;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=7;PP=682;ReadPosRankSum=-0.084;SC=TCCTGACCTCTTAATCCGCCC;SOR=1.201;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=89;TCF=70;TCR=19;TR=44;WE=12694097;WS=12694079;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,45:0.49:92
chr19	12707904	rs1864082	T	C	2470.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=3.266;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.704;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=25;PP=1510;ReadPosRankSum=1.908;SC=GGTCTTCCCATAGCCGGTTCC;SOR=0.924;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=141;TCF=96;TCR=45;TR=82;WE=12707912;WS=12707894;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,107:0.57:187
chr19	12707978	rs1864081	G	A	4234.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=2.899;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=439;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.446;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=69;NR=68;PP=2178;ReadPosRankSum=1.829;SC=CTCGGCTTACGGAGGCTCCAG;SOR=0.624;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=266;TCF=141;TCR=125;TR=137;WE=12707986;WS=12707968;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:223,205:0.48:428
chr19	12720631	rs8100964	C	T	135.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.273;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=8.49;ReadPosRankSum=-1.681;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,8:0.50:16
chr19	12759933	rs148420017	G	A	171.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-0.034;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=1;PP=136;ReadPosRankSum=-0.277;SC=GCTCGGATGGGGCTCTGACCC;SOR=0.922;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=22;TCF=18;TCR=4;TR=8;WE=12759941;WS=12759923;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,8:0.35:23
chr19	12760287	rs12984441	A	C	504.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.687;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=11;PP=416;ReadPosRankSum=-1.468;SC=CTGGCTCCCCAACTCTTTTTT;SOR=0.795;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=59;TCF=21;TCR=38;TR=19;WE=12760295;WS=12760277;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,24:0.42:57
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chr19	12763350	rs71168621	C	CT	84.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.622;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.88;ReadPosRankSum=0.135;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,14:0.31:45
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chr19	12876278	rs1205169	C	A	3123.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-2.235;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=277;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.849;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=71;PP=1846;ReadPosRankSum=1.531;SC=GAAAAGAAAGCAGGCCAGGCG;SOR=0.540;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=196;TCF=53;TCR=143;TR=102;WE=12876286;WS=12876268;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:130,139:0.52:269
chr19	12886385	.	G	GC	770.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-2.129;ClippingRankSum=0.000;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.757;HP=10;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=25;PP=692;ReadPosRankSum=-0.436;SC=GCCCCGCCCCGCCCCCCTAGG;SOR=0.085;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=72;TCF=0;TCR=72;TR=25;WE=12886393;WS=12886375;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,35:0.45:78
chr19	12936881	rs4804736	G	A	1008.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.687;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.239;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=31;PP=686;ReadPosRankSum=0.043;SC=GGGAGTCTATGTGCGGAACGT;SOR=1.179;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=77;TCF=19;TCR=58;TR=39;WE=12936889;WS=12936871;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,46:0.47:98
chr19	12939792	rs1466306	T	C	2852.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=23;NR=50;PP=1620;SC=CCCTGTGAGCTAGGGTCTTGG;SOR=1.329;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=73;TCF=23;TCR=50;TR=73;WE=12939800;WS=12939782;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr19	12958360	rs2290689	T	C	3219.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.334;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=390;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.186;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=66;PP=1462;ReadPosRankSum=0.431;SC=GGTTACATCTTGGGGCGGGGG;SOR=0.826;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=252;TCF=109;TCR=143;TR=113;WE=12958368;WS=12958350;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:218,165:0.43:383
chr19	12958697	rs2290688	T	C	3017.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.448;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=274;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.762;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=72;NR=43;PP=1980;ReadPosRankSum=1.503;SC=TGCGCGACTTTACCCGCGCCT;SOR=0.541;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=211;TCF=138;TCR=73;TR=115;WE=12958705;WS=12958687;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:129,136:0.51:265
chr19	12962648	rs7250751	A	G	439.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.950;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=4;PP=263;ReadPosRankSum=0.804;SC=CACCTGTAAGATGGGACAGTA;SOR=0.825;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=31;TCF=21;TCR=10;TR=15;WE=12962656;WS=12962638;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,20:0.43:46
chr19	12963143	rs1078264	T	C	2254.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.670;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=51;PP=964;ReadPosRankSum=0.330;SC=CCTCCCTAGATGTGGTGCATC;SOR=0.692;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=165;TCF=55;TCR=110;TR=75;WE=12963151;WS=12963133;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:119,111:0.48:230
chr19	12963285	rs2077544	C	T	456.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.974;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=34;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=14;PP=317;ReadPosRankSum=1.397;SC=GGCTTCTTTGCCCTCAGGCTT;SOR=0.836;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=3;TCR=23;TR=16;WE=12963293;WS=12963275;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,20:0.53:38
chr19	12975599	rs2242512	G	A	1474.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-3.696;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.524;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=13;PP=787;ReadPosRankSum=0.153;SC=CCCTTTTTATGCGGGCCCATT;SOR=0.488;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=90;TCF=69;TCR=21;TR=50;WE=12975607;WS=12975589;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,68:0.54:126
chr19	12976481	rs150724539	AAAC	A	5207.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.495;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=299;ExcessHet=3.0103;FS=1.405;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.97;MQRankSum=-1.477;QD=18.02;ReadPosRankSum=1.143;SOR=0.785;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:151,138:0.48:289
chr19	12978917	rs55702714	AT	A	345.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.83;QD=18.20;SOR=2.584;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr19	12981477	rs141671785	C	CA	255.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.027;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=3.797;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.95;ReadPosRankSum=0.470;SOR=1.852;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,21:0.49:43
chr19	12985576	rs11085822	A	G	5282.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.126;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=571;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=90;NR=90;PP=2642;ReadPosRankSum=-0.133;SC=TCTTGGGCTCAGGCACCAAGC;SOR=0.668;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=375;TCF=189;TCR=186;TR=180;WE=12985584;WS=12985566;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:299,267:0.47:566
chr19	12989560	rs2293682	G	A	2065.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-3.406;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.318;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=31;PP=839;ReadPosRankSum=2.133;SC=TATGAGGCCAGCTGTATGCAG;SOR=0.500;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=123;TCF=54;TCR=69;TR=61;WE=12989568;WS=12989550;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,101:0.54:187
chr19	12996740	rs2072597	A	G	3318.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.439;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=340;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=59;PP=1785;ReadPosRankSum=-0.910;SC=TGCGCCCCGGAGGCCTCGCTG;SOR=0.697;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=236;TCF=121;TCR=115;TR=117;WE=12996748;WS=12996730;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:175,157:0.47:332
chr19	13010520	rs8012	A	G	2255.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=27;NR=29;PP=1076;SC=GAAGTCGTTCAGATGTGTTCC;SOR=0.693;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=57;TCF=28;TCR=29;TR=56;WE=13010528;WS=13010510;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr19	13029188	rs2965214	G	A	2280.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=18;NR=45;PP=1365;SC=AAGGAGGGAGGATGAGGAGTG;SOR=1.581;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=63;TCF=18;TCR=45;TR=63;WE=13029196;WS=13029178;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr19	13030939	.	AT	ACACACACACACT,A	1413.73	.	AC=2,0;AF=1.00,0.00;ALERT;AN=2;BRF=0.34;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=80;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;NF=33;NR=8;PP=1660;SC=ACACACACACATAATTATATT;SOR=3.258;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=42;TCF=34;TCR=8;TR=41;WE=13030947;WS=13030929;set=Intersection	GT:AF:DP	1/1:1.00:22
chr19	13030940	rs8104603	T	A	1447.77	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.52;QD=39.13;SOR=2.494;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr19	13031210	rs2967897	T	C	2246.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=25;NR=48;PP=1497;SC=TCTAGACAGATAGGCCTTGCT;SOR=1.519;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=74;TCF=25;TCR=49;TR=73;WE=13031218;WS=13031200;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr19	13039284	rs2293683	A	G	10664.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.375;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=416;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=146;NR=113;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.291;SC=GGTGGGAGACACAGCCTGACT;SOR=0.482;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=261;TCF=147;TCR=114;TR=259;WE=13039292;WS=13039274;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,408:0.99:411
chr19	13044544	rs2974750	C	A	1990.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.442;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FS=9.810;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.77;ReadPosRankSum=-1.257;SOR=1.577;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:4,108:0.96:112
chr19	13218799	.	CTTTTTTTT	C	872.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.307;ClippingRankSum=0.000;DP=79;ExcessHet=3.0103;FS=5.395;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.03;MQRankSum=0.656;QD=19.83;ReadPosRankSum=0.971;SOR=0.120;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,27:0.61:44
chr19	13220676	rs10414282	G	A	4376.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.454;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=409;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.215;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;ReadPosRankSum=0.861;SC=GGTGGTTGGTGGGGAGGGAGG;SOR=0.917;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=274;TR=125;WE=13220684;WS=13220666;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:205,201:0.50:406
chr19	13249244	rs8112067	A	G	1394.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.580;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.651;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=41;PP=937;ReadPosRankSum=0.912;SC=CCGCGGGGCCACACACTTCCC;SOR=0.314;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=103;TCF=19;TCR=84;TR=53;WE=13249252;WS=13249234;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,61:0.51:119
chr19	13255536	rs2304095	T	C	4518.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.690;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=425;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.522;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=68;NR=74;PP=2253;ReadPosRankSum=0.015;SC=CACACCAGGGTGGCCGAGAGC;SOR=0.602;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=297;TCF=135;TCR=162;TR=142;WE=13255544;WS=13255526;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:209,209:0.50:418
chr19	13260240	.	A	AAAAG	702.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.260;ClippingRankSum=0.000;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=3.279;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=62.78;MQRankSum=3.299;QD=13.26;ReadPosRankSum=1.144;SOR=1.468;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,26:0.49:53
chr19	13260256	rs61378403	G	A	205.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.769;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FS=3.355;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.87;MQRankSum=-2.628;QD=2.34;ReadPosRankSum=0.289;SOR=1.162;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:66,22:0.25:88
chr19	13317490	rs143342886	GTTA	G	1767.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.508;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.527;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.164;NF=7;NR=14;PP=901;ReadPosRankSum=-0.164;SC=ATTGTTTATTGTTATTATTAT;SOR=1.054;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=46;TCF=16;TCR=30;TR=21;WE=13317500;WS=13317480;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,48:0.43:111
chr19	13318672	rs16054	CCTGCTG	C	701.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.325;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.235;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=4;PP=447;ReadPosRankSum=-1.042;SC=CTGGCCACCGCCTGCTGCTGC;SOR=1.402;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=22;TCF=13;TCR=9;TR=9;WE=13318688;WS=13318662;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,19:0.53:36
chr19	13318811	rs147221323	C	T	1208.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.769;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.99;ReadPosRankSum=-1.879;SOR=0.703;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:48,62:0.56:110
chr19	13318982	rs148672975	AGGAGGG	A	221.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.557;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=3.090;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=62.36;MQRankSum=1.471;QD=18.48;ReadPosRankSum=-0.813;SOR=0.086;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,8:0.67:12
chr19	13319989	rs10413221	T	C	2998.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=30;NR=26;PP=1256;SC=TTCCTGCAGCTGCTGCCTGGC;SOR=0.752;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=56;TCF=30;TCR=26;TR=56;WE=13320010;WS=13319979;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr19	13320002	rs2304093	C	G	3046.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=34;NR=24;PP=1237;SC=TGCCTGGCCCCCTCTGTCCCC;SOR=0.963;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=58;TCF=34;TCR=24;TR=58;WE=13320010;WS=13319979;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr19	13322822	rs3217380	AG	A	1313.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=25;NR=4;PP=1133;SC=TGAGTCCGGCAGGGAGGGGAT;SOR=3.145;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=30;TCF=25;TCR=5;TR=29;WE=13322830;WS=13322812;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr19	13323124	rs16048	T	G	5409.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=59;NR=77;PP=2836;SC=TGTGTGTGTGTGGGGGGCCCA;SOR=0.916;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=136;TCF=59;TCR=77;TR=136;WE=13323132;WS=13323114;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,196:1.00:196
chr19	13323641	.	T	TACAC	144	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;FR=0.5000;HP=2;HapScore=3;MGOF=24;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=0;NR=4;PP=144;QD=37.25;SC=ATCCCCAGTATACACACACAC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=0;TCR=10;TR=4;WE=13323650;WS=13323631;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:6,4:0.40:10
chr19	13335300	rs71168691	CAAA	C	1154.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.693;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.74;MQRankSum=0.942;QD=21.79;ReadPosRankSum=-0.445;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,48:0.91:53
chr19	13335432	rs3816027	G	A	6345.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.692;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=252;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.161;NF=89;NR=75;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.226;SC=GGAGATCCCCGGTTCCACCCT;SOR=0.833;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=167;TCF=90;TCR=77;TR=164;WE=13335440;WS=13335422;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,242:0.99:244
chr19	13338180	rs143245670	AAAG	A	2362.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.779;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FS=3.155;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.28;MQRankSum=0.431;QD=14.95;ReadPosRankSum=1.005;SOR=1.139;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,135:0.85:158
chr19	13339417	rs36088930	GAGAT	G	858.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=0.585;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5045;FS=4.176;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=19;PP=1140;ReadPosRankSum=-0.713;SC=GAGAGAGAGAGAGATATATAT;SOR=1.781;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=50;TCF=29;TCR=21;TR=48;WE=13339430;WS=13339395;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,37:0.76:49
chr19	13355900	rs16039	T	G	1789.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=40;NR=6;PP=1225;SC=AGCTATGGCTTCCGGGACACA;SOR=3.180;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=46;TCF=40;TCR=6;TR=46;WE=13355908;WS=13355890;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr19	13356150	rs16035	T	G	7042.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=2.075;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=269;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=69;NR=129;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.861;SC=GCTGGCCGGGTGCATGTTAGA;SOR=0.492;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=199;TCF=69;TCR=130;TR=198;WE=13356158;WS=13356140;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,260:1.00:261
chr19	13364012	rs8103699	C	T	430.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-3.764;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.625;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=16;PP=334;ReadPosRankSum=-1.304;SC=GGCAACACTCCAGCCCCAGGC;SOR=0.283;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=24;TCF=2;TCR=22;TR=18;WE=13364020;WS=13364002;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,18:0.75:24
chr19	13373477	rs16031	A	G	936.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=0.843;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.649;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=9;PP=561;ReadPosRankSum=-0.516;SC=TGAGCAGTGTACAACCTGCTC;SOR=1.447;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=31;TCF=21;TCR=10;TR=29;WE=13373485;WS=13373467;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,34:0.97:35
chr19	13411482	rs16018	G	A	2057.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-3.248;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.471;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=35;PP=829;ReadPosRankSum=1.915;SC=TAAAAGGCACGTGGAATCTTT;SOR=0.520;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=89;TCF=38;TCR=51;TR=63;WE=13411490;WS=13411472;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,96:0.69:139
chr19	13443770	rs16008	T	C	2401.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.418;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=295;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.909;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=35;PP=1056;ReadPosRankSum=0.071;SC=GTTAAGCTCCTGCATTTGGAG;SOR=0.766;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=164;TCF=85;TCR=79;TR=76;WE=13443778;WS=13443760;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:160,124:0.44:284
chr19	13445144	rs2306348	C	T	569.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=2.931;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.349;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=3;PP=344;ReadPosRankSum=-1.590;SC=CTTTGTACTCCGTGGCCTGGG;SOR=1.148;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=58;TCF=44;TCR=14;TR=21;WE=13445152;WS=13445134;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,27:0.39:69
chr19	13445208	rs2248069	C	T	1195.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.723;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=18;PP=455;ReadPosRankSum=-0.355;SC=TTGAGATCCACTCCATGTACC;SOR=0.693;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=103;TCF=61;TCR=42;TR=43;WE=13445216;WS=13445198;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,67:0.43:157
chr19	13445371	rs199586393	GTGTT	G	81.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.300;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=15.172;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.95;ReadPosRankSum=0.902;SOR=3.325;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,11:0.26:42
chr19	13445407	rs138143360	TTGTG	T	289.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.070;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=2.570;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.80;ReadPosRankSum=-0.165;SOR=0.180;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,9:0.43:21
chr19	13865070	rs378189	C	T	1292.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.111;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.683;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=14;PP=757;ReadPosRankSum=2.384;SC=ATATCAGCCTCTCTCTGAGTC;SOR=1.157;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=104;TCF=65;TCR=39;TR=44;WE=13865078;WS=13865060;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:112,67:0.37:179
chr19	13866793	rs392725	A	G	497.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.562;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.066;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=3;PP=275;ReadPosRankSum=1.162;SC=TAAATAAATAAGAGAGGGACT;SOR=0.105;SbPval=0.2;Source=Platypus;TC=29;TCF=26;TCR=3;TR=15;WE=13866801;WS=13866790;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,21:0.55:38
chr19	13866866	rs417186	T	G	1756.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=3.565;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=7;PP=1204;ReadPosRankSum=1.211;SC=TGCCCCCTATTGCTATGAACA;SOR=0.638;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=115;TCF=97;TCR=18;TR=56;WE=13866874;WS=13866856;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,69:0.51:136
chr19	13866957	rs2910225	T	C	5422.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.495;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=515;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.522;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=86;NR=68;PP=1934;ReadPosRankSum=-0.860;SC=GGCAGAAAATTGTGAGCTCCT;SOR=0.625;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=329;TCF=186;TCR=143;TR=154;WE=13866965;WS=13866947;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:245,268:0.52:513
chr19	13868117	rs693151	A	G	681.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.045;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.783;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=10;PP=326;ReadPosRankSum=0.046;SC=TCCCGTTAACAGGGCAGTCTA;SOR=0.851;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=67;TCF=42;TCR=25;TR=29;WE=13868125;WS=13868107;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,40:0.41:97
chr19	13870153	rs371671	C	A	450.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.982;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.373;HP=5;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=18;PP=363;ReadPosRankSum=-0.392;SC=TCCAGCCCTCCCCCCACCACA;SOR=1.015;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=44;TCF=9;TCR=35;TR=23;WE=13870161;WS=13870143;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,21:0.47:45
chr19	13875258	.	C	G	210	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=20;MMLQ=24;MQ=59.22;NF=13;NR=2;PP=210;QD=16.3180808365;SC=TGGAATCCGCCTCCTGGGAAC;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=21;TCF=17;TCR=4;TR=15;WE=13875266;WS=13875256;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:6,15:0.71:21
chr19	13875626	rs2922288	T	C	104.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.205;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.524;NF=6;NR=4;PP=134;ReadPosRankSum=1.097;SC=GGCGGCCGGGTTGGAGGTGGG;SOR=0.368;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=18;TCF=13;TCR=5;TR=10;WE=13875634;WS=13875616;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,6:0.40:15
chr19	13879622	rs346152	T	C	6921.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=248;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=107;NR=70;PP=2965;SC=CAACTTCTCATACGCCCCCTC;SOR=1.019;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=177;TCF=107;TCR=70;TR=177;WE=13879633;WS=13879612;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,245:1.00:245
chr19	13883099	rs1469071	A	G	13070.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=494;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=120;NR=172;PP=2965;SC=GATGTAACCAACTCAGCTCTC;SOR=0.931;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=293;TCF=120;TCR=173;TR=292;WE=13883107;WS=13883089;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,484:1.00:484
chr19	13884312	rs1559153	A	G	876.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.687;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=1.735;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=30.23;ReadPosRankSum=0.934;SOR=0.270;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,21:0.72:29
chr19	13884321	rs1559152	C	T	907.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.024;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=1.524;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=26.70;ReadPosRankSum=0.973;SOR=0.382;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,24:0.71:34
chr19	13884444	.	TTA	T	224.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.746;ClippingRankSum=0.000;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=1.157;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.75;ReadPosRankSum=0.043;SOR=0.821;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,30:0.50:60
chr19	13884469	rs3029143	G	GAACAA	918.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.025;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.700;HP=2;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=17;PP=629;ReadPosRankSum=0.517;SC=AATCCATGATGAACAAAACAA;SOR=0.982;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=26;TCF=4;TCR=22;TR=19;WE=13884477;WS=13884459;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,24:0.59:41
chr19	13884655	rs1128028	G	A	294.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.872;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=7;PP=144;ReadPosRankSum=-0.635;SC=TATTTTTATTGGAGACACCAT;SOR=0.631;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=13;TCR=14;TR=14;WE=13884663;WS=13884645;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,18:0.38:47
chr19	13884724	rs1128030	G	C	464.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.024;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.33;ReadPosRankSum=0.914;SOR=0.591;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,25:0.56:45
chr19	13884800	rs1044733	T	C	204.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.217;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.38;ReadPosRankSum=-0.379;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,11:0.61:18
chr19	13885309	rs1128749	C	T	4101.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.584;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=342;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=91;NR=42;PP=2221;ReadPosRankSum=-0.588;SC=AGGGGCAGCGCAAGTTTCAGG;SOR=0.689;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=238;TCF=163;TCR=75;TR=133;WE=13885317;WS=13885299;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:151,186:0.55:337
chr19	13885437	rs1559149	C	A	8290.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.845;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=817;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.521;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=125;NR=131;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.626;SC=CCCGGCTTCCCGGCCTCACGT;SOR=0.666;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=508;TCF=256;TCR=252;TR=256;WE=13885445;WS=13885427;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:414,400:0.49:814
chr19	13885484	rs10104	A	G	7188.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.185;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=756;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.108;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=92;NR=141;PP=2962;ReadPosRankSum=1.202;SC=ATCGCTCCCAAGAAGGCGCGC;SOR=0.817;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=490;TCF=209;TCR=281;TR=233;WE=13885492;WS=13885461;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:406,348:0.46:754
chr19	13885614	rs2287752	A	G	686.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=1.335;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.075;HP=4;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=30;PP=572;ReadPosRankSum=-0.956;SC=GAGCCCGGGGATCAGTGAGGG;SOR=1.001;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=99;TCF=19;TCR=80;TR=35;WE=13885622;WS=13885604;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,34:0.31:111
chr19	13892285	rs8104574	G	T	171.82	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=0.967;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5103;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=2;PP=59;ReadPosRankSum=1.282;SC=TGTCAGCCTGGGTGACAGAGT;SOR=0.693;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=6;TCF=3;TCR=3;TR=4;WE=13892293;WS=13892275;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,8:0.80:10
chr19	13899041	.	CT	C	881.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.210;ClippingRankSum=0.000;DP=100;ExcessHet=3.0103;FS=13.554;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.11;MQRankSum=0.548;QD=23.83;ReadPosRankSum=1.417;SOR=3.086;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,35:0.95:37
chr19	13900059	rs62111900	A	G	570.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.65;BaseQRankSum=0.447;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.931;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=13;PP=311;ReadPosRankSum=1.029;SC=TCTTGAGACGAGGTCTGGCTC;SOR=0.824;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=37;TCF=17;TCR=20;TR=21;WE=13900067;WS=13900049;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,31:0.41:75
chr19	13936385	rs62620757	C	T	4220.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=1.423;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=525;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.748;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=51;PP=1605;ReadPosRankSum=-0.090;SC=TGGCTGCACACGGTACTGGGC;SOR=0.789;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=260;TCF=132;TCR=128;TR=111;WE=13936393;WS=13936375;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:301,222:0.42:523
chr19	13941597	rs112676900	C	T	8498.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.177;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=775;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.746;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=136;NR=159;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.465;SC=CACGCCGGGCCGCCAAGCCAC;SOR=0.549;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=553;TCF=244;TCR=309;TR=295;WE=13941605;WS=13941587;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:361,397:0.52:758
chr19	13947292	rs895819	T	C	2253.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.758;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.154;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=29;PP=770;ReadPosRankSum=0.283;SC=CACGACTTGGTGTGGACCCTG;SOR=0.598;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=112;TCF=57;TCR=55;TR=56;WE=13947300;WS=13947282;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,106:0.58:184
chr19	14044287	rs2305778	G	A	3288.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=36;NR=43;PP=1505;SC=AGAGAGGGTCGGTGTTAGGTG;SOR=0.828;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=80;TCF=36;TCR=44;TR=79;WE=14044295;WS=14044277;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr19	14070100	.	G	A	6547.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=1.591;ClippingRankSum=0.000;DP=702;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=99;NR=101;PP=2962;ReadPosRankSum=0.200;SC=GAGGAAGCCCGGCCTGCCCTG;SOR=0.691;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=448;TCF=228;TCR=220;TR=200;WE=14070108;WS=14070090;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:365,318:0.47:683
chr19	14083761	rs2305780	T	C	1461.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.955;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.647;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=20;PP=457;ReadPosRankSum=-1.330;SC=CCAGTGCTGGTGGAGCTGGCG;SOR=0.653;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=104;TCF=57;TCR=47;TR=43;WE=14083769;WS=14083751;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:99,77:0.44:176
chr19	14104688	rs143370000	CT	C	254.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.448;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FS=5.774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.09;MQRankSum=1.626;QD=2.40;ReadPosRankSum=1.037;SOR=1.382;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:72,34:0.32:106
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chr19	14140981	.	G	GT	212.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.764;ClippingRankSum=0.000;DP=119;ExcessHet=3.0103;FS=7.027;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.09;MQRankSum=0.000;QD=1.92;ReadPosRankSum=0.273;SOR=0.211;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:84,27:0.24:111
chr19	14143151	rs2306191	G	C	495.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-1.186;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=4;PP=289;ReadPosRankSum=2.906;SC=CAGGCGGAAGGGGGGGATTCG;SOR=0.579;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=37;TCF=29;TCR=8;TR=18;WE=14143159;WS=14143141;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,21:0.52:40
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chr19	14165278	rs56202530	G	A	9829.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.770;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=899;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=164;NR=160;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.256;SC=AGGTCTCCTCGCCTCCTCCCG;SOR=0.683;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=588;TCF=299;TCR=289;TR=324;WE=14165286;WS=14165268;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:416,468:0.53:884
chr19	14184713	rs35666756	C	CG	6891.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.637;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=587;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.517;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=77;PP=2933;ReadPosRankSum=0.222;SC=GTAGCAACGCCGGGACCCCCA;SOR=0.711;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=237;TCF=52;TCR=185;TR=99;WE=14184721;WS=14184703;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:299,258:0.46:557
chr19	14185226	rs7258963	T	C	1093.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-0.570;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.647;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=18;PP=443;ReadPosRankSum=-1.773;SC=GGAAAGTTGGTGGTGATCTGG;SOR=0.502;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=73;TCF=33;TCR=40;TR=34;WE=14185234;WS=14185216;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,51:0.53:97
chr19	14194458	rs35357458	C	A	4281.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.396;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=446;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=67;NR=73;PP=2139;ReadPosRankSum=1.374;SC=AGCTGGCCTGCGAGGAGTGGG;SOR=0.702;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=310;TCF=147;TCR=163;TR=140;WE=14194466;WS=14194448;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:233,209:0.47:442
chr19	14200109	rs8062	T	C	1337.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.287;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FS=3.103;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.76;ReadPosRankSum=-1.022;SOR=0.461;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:68,69:0.50:137
chr19	14200896	.	C	CG	292	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.68;FR=1.0000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MMLQ=22;MQ=60.0;NF=8;NR=0;PP=292;QD=39.125;SC=TGTGGCGGCGCCGGCGGGGCC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=8;TCR=1;TR=8;WE=14200904;WS=14200886;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:1,8:0.89:9
chr19	14201270	.	TCCC	T	313.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=1.202;ClippingRankSum=-0.000;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=5;PP=257;ReadPosRankSum=0.782;SC=GCGCGCTGCCTCCCTCCCAGC;SOR=1.140;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=14;TCF=3;TCR=11;TR=7;WE=14201280;WS=14201260;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,9:0.50:18
chr19	14208782	rs34415768	C	T	936.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-1.555;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.016;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=26;PP=546;ReadPosRankSum=-0.672;SC=AGAGCCTACCCCAGAGGAAGA;SOR=0.877;SbPval=0.94;Source=Platypus;TC=61;TCF=10;TCR=51;TR=28;WE=14208790;WS=14208772;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,40:0.53:75
chr19	14231243	rs3745464	C	T	683.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-2.311;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.068;HP=3;HapScore=4;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=7;PP=1138;ReadPosRankSum=-0.210;SC=CCCCTCCCGGCGTGCTGGGAC;SOR=0.498;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=55;TCF=44;TCR=11;TR=29;WE=14231264;WS=14231233;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,33:0.49:68
chr19	14231256	rs3745463	T	C	1065.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-1.501;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=8;PP=1233;ReadPosRankSum=0.040;SC=GCTGGGACACTCTGGGTTCCT;SOR=0.611;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=69;TCF=52;TCR=17;TR=34;WE=14231264;WS=14231233;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,49:0.54:91
chr19	14231325	rs8102267	C	G	4128.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.660;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=270;ExcessHet=3.0103;FS=2.134;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.35;ReadPosRankSum=1.243;SOR=0.838;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:162,107:0.40:269
chr19	14231330	rs8102698	A	G	4191.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.936;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=284;ExcessHet=3.0103;FS=1.461;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.81;ReadPosRankSum=0.101;SOR=0.787;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:166,117:0.41:283
chr19	14237119	.	A	AT	31.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.663;ClippingRankSum=0.000;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=6.915;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.86;ReadPosRankSum=-0.886;SOR=0.114;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,8:0.22:37
chr19	14267379	.	G	GT	215.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.530;ClippingRankSum=-0.000;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.57;MQRankSum=0.674;QD=15.41;ReadPosRankSum=1.655;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,7:0.50:14
chr19	14267380	.	G	GT	215.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=1.544;ClippingRankSum=-0.000;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.57;MQRankSum=0.674;QD=15.41;ReadPosRankSum=1.809;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,7:0.50:14
chr19	14268799	rs2242222	G	A	3180.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.009;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=346;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=47;PP=1343;ReadPosRankSum=-0.710;SC=GGGTCGACCAGTAGCCCAGCA;SOR=0.682;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=186;TCF=90;TCR=96;TR=91;WE=14268807;WS=14268789;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:181,162:0.47:343
chr19	14273641	rs3745462	A	G	8758.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=3.971;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=918;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.104;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=112;NR=123;PP=2962;ReadPosRankSum=0.774;SC=CGTACACGGAACGCAGGACGT;SOR=0.638;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=504;TCF=259;TCR=245;TR=235;WE=14273649;WS=14273631;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:493,419:0.46:912
chr19	14273679	.	T	C	10179.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-2.545;ClippingRankSum=0.000;DP=906;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.523;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=146;NR=137;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.920;SC=ATGAAGGCGTTGGATGCCGAG;SOR=0.707;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=525;TCF=263;TCR=262;TR=283;WE=14273687;WS=14273669;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:409,493:0.55:902
chr19	14277727	rs899171	T	G	473.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.429;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.53;ReadPosRankSum=0.454;SOR=0.437;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,19:0.42:45
chr19	14294288	rs61051191	GC	G	7614.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=262;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=38;NR=72;PP=2536;SC=CATTTTATCTGCCCCCCCCAG;SOR=0.899;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=118;TCF=43;TCR=75;TR=110;WE=14294296;WS=14294278;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,254:1.00:254
chr19	14492265	rs2302997	T	C	12024.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.014;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=280;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=58.08;MQRankSum=-0.588;QD=44.37;ReadPosRankSum=1.118;SOR=1.540;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,269:0.99:271
chr19	14492272	rs2302996	T	C	12727.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.969;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=310;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=58.27;MQRankSum=-0.553;QD=42.14;ReadPosRankSum=0.521;SOR=1.441;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,300:0.99:302
chr19	14499357	rs2302094	T	A	1889.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=48.69;QD=35.00;SOR=1.835;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr19	14499366	rs2302093	T	C	490.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.403;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.38;MQRankSum=-0.341;QD=9.44;ReadPosRankSum=-0.701;SOR=0.797;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,22:0.42:52
chr19	14499410	rs2302092	G	C	1688.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=34;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=32;NR=26;PP=1549;SC=GAAAGAGAGGGCTCGCGCACG;SOR=0.730;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=58;TCF=32;TCR=26;TR=58;WE=14499418;WS=14499400;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr19	14499468	rs8108408	T	G	1562.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.344;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FS=0.731;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.80;MQRankSum=-0.350;QD=14.21;ReadPosRankSum=0.930;SOR=0.600;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:67,43:0.39:110
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chr19	14499477	rs8105300	A	G	1656.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.348;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FS=1.462;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.63;MQRankSum=-1.744;QD=12.65;ReadPosRankSum=1.588;SOR=0.516;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:83,48:0.37:131
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chr19	14499616	rs139113505	C	T	2169.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.113;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=310;ExcessHet=3.0103;FS=2.299;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.31;MQRankSum=-15.558;QD=7.11;ReadPosRankSum=0.363;SOR=0.667;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:235,70:0.23:305
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chr19	14520829	rs12461754	G	A	772.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-0.803;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.883;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=20;PP=473;ReadPosRankSum=0.601;SC=TCGCTCAAAAGCTGGATGTAA;SOR=1.157;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=80;TCF=32;TCR=48;TR=30;WE=14520837;WS=14520819;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,38:0.37:102
chr19	14522434	rs55968966	GCCTTA	G	11941.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.121;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=659;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.519;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.694;NF=29;NR=99;PP=2968;ReadPosRankSum=2.096;SC=TAAGAAGAGGGCCTTACCTTA;SOR=0.632;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=287;TCF=77;TCR=210;TR=128;WE=14522446;WS=14522424;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:310,309:0.50:619
chr19	14561722	rs8107892	A	G	2468.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=40;NR=18;PP=1285;SC=AGGAGAAATTAACAGAATCCA;SOR=1.166;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=58;TCF=40;TCR=18;TR=58;WE=14561730;WS=14561712;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr19	14562977	rs12973696	T	C	318.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=0.955;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.423;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=9;PP=172;ReadPosRankSum=-2.419;SC=GAAGCCAAGGTGGACGGATCA;SOR=1.136;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=25;TCF=8;TCR=17;TR=12;WE=14562985;WS=14562967;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,16:0.48:33
chr19	14578354	rs34422078	C	G	2098.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.233;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.150;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=24;PP=996;ReadPosRankSum=-1.473;SC=TCCCCTTACTCTGGCCTCCTC;SOR=0.602;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=117;TCF=72;TCR=45;TR=60;WE=14578362;WS=14578344;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,97:0.52:185
chr19	14583264	rs2241363	G	C	525.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=2.925;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=2;PP=261;ReadPosRankSum=0.101;SC=CGGGACACACGGTCCTGCCTG;SOR=0.673;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=46;TCF=41;TCR=5;TR=17;WE=14583272;WS=14583254;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,24:0.41:59
chr19	14589378	rs1127307	C	T	4917.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=3.554;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=501;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.525;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=89;NR=63;PP=2495;ReadPosRankSum=-0.567;SC=CCATGGTGGCCGCTATTGGGG;SOR=0.756;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=336;TCF=194;TCR=142;TR=152;WE=14589386;WS=14589368;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:260,230:0.47:490
chr19	14590142	rs138580153	TGACAAGAGTGA	T	529.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.619;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=1.833;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.50;MQRankSum=-0.952;QD=25.23;ReadPosRankSum=0.139;SOR=0.346;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,14:0.67:21
chr19	14590164	.	C	CA	84.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.466;ClippingRankSum=0.000;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=2.017;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.36;MQRankSum=-1.302;QD=4.03;ReadPosRankSum=0.940;SOR=0.243;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,10:0.48:21
chr19	14590236	rs3815715	C	T	536.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=1.220;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.478;HP=1;HapScore=2;MGOF=48;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=1.402;NF=16;NR=7;PP=306;ReadPosRankSum=1.968;SC=GATCCTCCACCGTGGCGGGGC;SOR=1.130;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=53;TCF=36;TCR=17;TR=23;WE=14590244;WS=14590226;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,26:0.48:54
chr19	14627050	rs4926222	G	A	4194.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=44;NR=74;PP=2460;SC=CCCAGAGGCCGTCTGCCATAG;SOR=1.127;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=118;TCF=44;TCR=74;TR=118;WE=14627058;WS=14627040;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,152:1.00:152
chr19	14627093	rs117304157	T	C	673.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-1.956;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.841;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=20;PP=448;ReadPosRankSum=1.574;SC=AGCTAAGACCTGGCCCCCAAA;SOR=0.848;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=92;TCF=45;TCR=47;TR=34;WE=14627101;WS=14627083;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,34:0.36:94
chr19	14655812	rs73002853	T	C	3947.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=68;NR=27;PP=2167;SC=ACTCCTTCCCTTCTCTGTTCC;SOR=1.464;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=96;TCF=69;TCR=27;TR=95;WE=14655820;WS=14655802;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,142:1.00:142
chr19	14655865	rs7252966	T	C	7012.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=267;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=91;NR=63;PP=2965;SC=GAGTTGTTTCTAAGCCTCTCA;SOR=0.956;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=155;TCF=92;TCR=63;TR=154;WE=14655873;WS=14655855;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,263:1.00:263
chr19	14674235	rs891089	C	T	880.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.102;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.457;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=31;PP=611;ReadPosRankSum=0.674;SC=CGTGGCACTCCGCAGGAACGC;SOR=0.240;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=60;TCF=8;TCR=52;TR=37;WE=14674243;WS=14674225;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,39:0.57:68
chr19	14676578	rs61732092	C	T	5147.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=-0.968;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=621;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.114;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.495;NF=67;NR=98;PP=2319;ReadPosRankSum=0.485;SC=CCCTGGTGGGCTTCACCCAGA;SOR=0.794;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=353;TCF=148;TCR=205;TR=165;WE=14676586;WS=14676568;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:345,265:0.43:610
chr19	14677711	rs139981425	C	T	1457.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.258;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.602;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=28;PP=663;ReadPosRankSum=-0.060;SC=GCCTCAGCTGCGCGTCCATCA;SOR=0.759;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=89;TCF=36;TCR=53;TR=46;WE=14677719;WS=14677701;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,73:0.49:150
chr19	14682804	rs9543	G	C	741.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.009;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=16;PP=362;ReadPosRankSum=-0.310;SC=GGACCAGGTGGGCCCCCATGG;SOR=0.714;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=67;TCF=34;TCR=33;TR=33;WE=14682812;WS=14682794;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,41:0.38:108
chr19	14693777	.	ATGTG	A	62.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.188;ClippingRankSum=0.000;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.531;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=2;PP=55;ReadPosRankSum=-0.140;SC=CTCTGTGTGTATGTGTGTGTG;SOR=0.141;SbPval=0.24;Source=Platypus;TC=19;TCF=13;TCR=6;TR=3;WE=14693788;WS=14693768;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,4:0.15:27
chr19	14693814	rs117990417	C	T	301.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.103;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=2;PP=112;ReadPosRankSum=-0.867;SC=TGTGTGAGCACGTGTGAGGTC;SOR=0.681;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=27;TCF=21;TCR=6;TR=9;WE=14693822;WS=14693804;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,15:0.41:37
chr19	14719854	rs10404194	T	C	1041.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.627;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.423;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.224;NF=27;NR=12;PP=650;ReadPosRankSum=-2.056;SC=TCAGGTGATCTACCCGTCTTG;SOR=0.968;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=87;TCF=57;TCR=30;TR=39;WE=14719862;WS=14719844;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,51:0.42:121
chr19	14720026	rs11085899	C	T	1427.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=2.534;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.283;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=33;PP=799;ReadPosRankSum=1.632;SC=AGCTCACAACCGGTGACAGCC;SOR=0.854;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=116;TCF=48;TCR=68;TR=54;WE=14720034;WS=14720016;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,70:0.45:154
chr19	14721019	rs6511944	C	T	1086.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.539;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.785;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=23;PP=565;ReadPosRankSum=1.821;SC=AGCCCAGGGCCGAGGCTGGGG;SOR=0.551;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=68;TCF=23;TCR=45;TR=36;WE=14721027;WS=14721009;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,50:0.52:97
chr19	14736288	rs34381727	C	G	2127.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.026;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.305;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=26;PP=1213;ReadPosRankSum=0.056;SC=TAGAACAATTCAGATGTTTCA;SOR=0.403;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=160;TCF=111;TCR=49;TR=74;WE=14736296;WS=14736278;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:99,99:0.50:198
chr19	14740824	rs77548886	A	AG	1823.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.478;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.486;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=1.627;NF=23;NR=9;PP=1221;ReadPosRankSum=2.156;SC=TTAAGTTTAAATAACAAAGAA;SOR=1.304;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=49;TCF=33;TCR=16;TR=32;WE=14740832;WS=14740814;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,54:0.61:88
chr19	14741065	rs62124014	G	A	997.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.057;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=25;PP=612;ReadPosRankSum=0.389;SC=AACTAATAATGAGCATGAACA;SOR=0.841;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=45;TCF=10;TCR=35;TR=32;WE=14741073;WS=14741055;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,43:0.68:63
chr19	14743902	rs2045912	C	T	1233.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-2.707;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.309;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=27;PP=683;ReadPosRankSum=0.976;SC=ACACAGGAGTCCTACCCTCTT;SOR=0.335;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=87;TCF=25;TCR=62;TR=41;WE=14743910;WS=14743892;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,54:0.52:103
chr19	14744032	rs732722	G	A	683.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.635;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.586;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=13;PP=447;ReadPosRankSum=-2.128;SC=TGGGAACATCGAAGGCACATA;SOR=0.817;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=44;TCF=22;TCR=22;TR=29;WE=14744040;WS=14744022;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,32:0.54:59
chr19	14744181	rs899217	T	A	1484.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=22;PP=636;SC=ACATAAAGTGTCTCTTTTCCT;SOR=1.047;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=15;TCR=22;TR=37;WE=14744189;WS=14744171;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr19	14744311	rs62124017	G	A	79.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.703;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=9.97;ReadPosRankSum=-0.000;SOR=0.582;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,5:0.62:8
chr19	14752325	rs8102646	C	T	12628.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.210;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=466;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=-0.735;NF=224;NR=176;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.726;SC=GCTGGTGTTCCGGATGGCTTT;SOR=0.316;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=403;TCF=226;TCR=177;TR=400;WE=14752333;WS=14752315;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,453:1.00:454
chr19	14804183	rs10407394	A	G	1611.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.442;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.602;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=20;PP=762;ReadPosRankSum=0.974;SC=TTTGATTGTGACCACTCTGCT;SOR=0.629;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=85;TCF=49;TCR=36;TR=47;WE=14804191;WS=14804173;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,78:0.52:150
chr19	14805719	rs3850141	T	C	1485.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.697;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=12;PP=903;ReadPosRankSum=-2.511;SC=GGATTTTCCATGCCTGCTGTG;SOR=0.677;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=106;TCF=84;TCR=22;TR=55;WE=14805727;WS=14805709;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,66:0.51:129
chr19	14806017	rs3813144	G	C	695.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=3.253;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=21;PP=499;ReadPosRankSum=1.452;SC=GCCATGTGAAGAAGACAGACG;SOR=0.760;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=36;TCF=1;TCR=35;TR=22;WE=14806025;WS=14806007;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,25:0.62:40
chr19	14817062	rs4808319	G	A	1372.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-1.454;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.426;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=35;PP=790;ReadPosRankSum=-1.518;SC=TTTCCTGAGCGAGCAGCTGCC;SOR=0.546;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=114;TCF=29;TCR=85;TR=47;WE=14817070;WS=14817052;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,65:0.44:148
chr19	14817145	rs4809215	G	T	277.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=0.587;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.744;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=9;PP=136;ReadPosRankSum=2.519;SC=TGCCTGCTCCGCATTCACGCA;SOR=1.194;SbPval=0.95;Source=Platypus;TC=40;TCF=11;TCR=29;TR=10;WE=14817153;WS=14817135;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,16:0.31:52
chr19	14817548	rs6511961	T	A	1429.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.774;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.352;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=24;PP=598;ReadPosRankSum=0.014;SC=CAGTGCCTACTCTGGGCCACC;SOR=0.551;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=87;TCF=34;TCR=53;TR=41;WE=14817556;WS=14817538;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,71:0.51:139
chr19	14819310	rs34925577	C	CAG	1258.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=0.369;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.871;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.147;NF=3;NR=15;PP=673;ReadPosRankSum=0.366;SC=TCTCAGGGGACGGGAGAGTTC;SOR=0.538;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=47;TCF=8;TCR=39;TR=18;WE=14819318;WS=14819300;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,35:0.44:79
chr19	14826849	rs4078586	T	C	2262.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-3.380;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.507;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=25;PP=1493;ReadPosRankSum=0.844;SC=TTCCCCAGGCTTGCCAGCCTC;SOR=0.419;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=163;TCF=122;TCR=41;TR=85;WE=14826857;WS=14826839;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:102,102:0.50:204
chr19	14828366	rs113799168	T	C	1314.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.074;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=14;PP=616;ReadPosRankSum=0.705;SC=GACCAGTATTTGGGAAAAAAA;SOR=0.686;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=99;TCF=64;TCR=35;TR=41;WE=14828374;WS=14828356;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,64:0.45:143
chr19	14829749	rs3764626	C	T	3651.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=2.090;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=401;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.645;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=66;PP=1820;ReadPosRankSum=-1.302;SC=TATGAGTGCGCGACTTGCGGT;SOR=0.829;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=266;TCF=118;TCR=148;TR=115;WE=14829757;WS=14829739;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:215,179:0.45:394
chr19	14846897	rs1859257	T	A	14850.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.066;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=572;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=226;NR=153;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.979;SC=ATTGAATGCCTAGCACGCCTT;SOR=1.015;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=381;TCF=227;TCR=154;TR=379;WE=14846905;WS=14846887;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,561:0.99:565
chr19	14847013	rs1859258	G	C	4094.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.739;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=553;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.541;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=87;PP=1695;ReadPosRankSum=1.716;SC=GATTTTCCACGGGCAAAGAGG;SOR=0.761;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=348;TCF=132;TCR=216;TR=138;WE=14847021;WS=14847003;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:319,218:0.41:537
chr19	14856949	rs2732788	C	A	222.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=0.842;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=2;PP=151;ReadPosRankSum=0.219;SC=CTTCAAAAGACCCTGAGAAGG;SOR=0.892;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=15;TCF=12;TCR=3;TR=10;WE=14856957;WS=14856939;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,10:0.67:15
chr19	14857202	rs2013702	T	TC	522.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.197;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=26.14;ReadPosRankSum=1.779;SOR=1.802;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:3,17:0.85:20
chr19	14857791	rs34186967	T	TA	733.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=-1.463;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.778;HP=8;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=18;PP=266;ReadPosRankSum=-0.031;SC=AAAGAGAGATTAAAAAAAATG;SOR=0.562;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=48;TCF=3;TCR=45;TR=18;WE=14857799;WS=14857781;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,43:0.43:101
chr19	14857891	rs10403842	A	G	441.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.033;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=10;PP=262;ReadPosRankSum=0.031;SC=CAACAATATTAAGTGTTTCTT;SOR=0.527;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=19;TCF=2;TCR=17;TR=12;WE=14857899;WS=14857881;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,17:0.65:26
chr19	14862430	rs2524383	C	G	22447.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=850;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=254;NR=251;PP=2965;SC=GCATCCAGGTCAAGGTGGCCA;SOR=0.703;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=507;TCF=254;TCR=253;TR=505;WE=14862438;WS=14862420;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,834:1.00:834
chr19	14862517	rs3752189	A	G	5215.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.309;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=497;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=107;PP=2448;ReadPosRankSum=-1.280;SC=CAGAGCGGCGATCAGATTTGA;SOR=0.683;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=327;TCF=115;TCR=212;TR=164;WE=14862525;WS=14862507;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:243,249:0.51:492
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chr19	14866698	rs28420691	C	T	424.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=2.128;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.410;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=16;PP=273;ReadPosRankSum=-0.876;SC=GCCTGCAGGGCGAGGCCAAGG;SOR=0.275;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=51;TCF=6;TCR=45;TR=19;WE=14866706;WS=14866688;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,21:0.38:56
chr19	14866974	rs2253472	T	C	11088.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.197;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=417;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=169;NR=83;PP=2965;ReadPosRankSum=0.821;SC=ATCTTTAAATTTCTTATTTTT;SOR=1.265;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=258;TCF=170;TCR=88;TR=252;WE=14866982;WS=14866964;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,408:0.99:412
chr19	14867186	rs2524386	G	A	5201.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=22;NR=115;PP=2965;SC=ACATAAGGGGGGTTAGGTTAG;SOR=2.675;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=138;TCF=23;TCR=115;TR=137;WE=14867194;WS=14867176;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,171:1.00:171
chr19	14875201	rs7253782	G	T	1382.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-1.296;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=13;PP=694;ReadPosRankSum=-2.379;SC=GAAGGAGACAGAAAACATGCA;SOR=0.677;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=115;TCF=78;TCR=37;TR=46;WE=14875209;WS=14875191;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,69:0.47:147
chr19	14884946	rs2302090	A	G	563.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.218;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.713;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-5.824;NF=9;NR=23;ReadPosRankSum=2.254;SC=GATGGGGCAGAGCGCTGAGTT;SOR=1.310;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=62;TCF=17;TCR=45;TR=32;WE=14884954;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,26:0.36:72
chr19	14910438	rs10415312	C	T	15779.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=587;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=183;NR=212;PP=2965;SC=ATTTCCATTTCGGTGCAGAAG;SOR=0.783;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=396;TCF=184;TCR=212;TR=395;WE=14910446;WS=14910428;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,579:1.00:579
chr19	14910573	rs10415562	C	T	4223.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=1.848;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=370;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.237;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQ=59.98;MQRankSum=-1.301;NF=63;NR=84;PP=2288;ReadPosRankSum=-0.757;SC=GGGTGACAGACGGCCACGAAG;SOR=0.573;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=266;TCF=108;TCR=158;TR=147;WE=14910581;WS=14910563;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:168,198:0.54:366
chr19	14952017	rs11880955	T	A	2534.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.359;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=37;PP=1472;ReadPosRankSum=0.204;SC=ATTGCACGTATGGAGGAAACT;SOR=0.673;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=168;TCF=100;TCR=68;TR=91;WE=14952025;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:115,116:0.50:231
chr19	14952238	rs12972670	A	G	4585.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.170;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=470;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.094;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=81;NR=83;PP=2350;ReadPosRankSum=2.335;SC=CAGAACACTCATGATCCAGGA;SOR=0.604;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=324;TCF=151;TCR=173;TR=164;WE=14952246;WS=14952228;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:230,223:0.49:453
chr19	14952560	rs12985894	G	T	3162.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.051;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=332;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.836;HP=1;HapScore=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-1.062;NF=52;NR=60;ReadPosRankSum=0.822;SC=AGGATGATGAGCAGGTTCCCG;SOR=0.598;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=256;TCF=115;TCR=141;TR=112;WE=14952568;WS=14952550;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:177,146:0.45:323
chr19	14952706	.	C	CAG	1238.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.574;ClippingRankSum=0.000;DP=226;ExcessHet=3.0103;FS=0.692;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.05;MQRankSum=1.124;QD=9.24;ReadPosRankSum=1.299;SOR=0.770;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:81,53:0.40:134
chr19	14952734	.	G	GAC	803	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;FR=0.5000;HP=1;HapScore=1;MGOF=20;MMLQ=26;MQ=59.86;NF=4;NR=48;PP=803;QD=15.5;SC=GAGAGAGAGAGTGAAAGAACA;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=95;TCF=6;TCR=89;TR=52;WE=14952742;WS=14952724;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:43,52:0.55:95
chr19	14974930	rs10407452	G	A	4319.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-3.107;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=399;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=77;NR=55;PP=1933;ReadPosRankSum=0.592;SC=GCTGCAAAATGCATCACCATG;SOR=0.697;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=258;TCF=150;TCR=108;TR=132;WE=14974938;WS=14974920;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:187,210:0.53:397
chr19	14975368	rs10415965	A	G	4240.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.560;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=351;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.853;NF=63;NR=75;PP=2204;ReadPosRankSum=0.389;SC=GTGTGGAGGCAGGAGTCTGAG;SOR=0.671;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=242;TCF=108;TCR=134;TR=138;WE=14975376;WS=14975358;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:146,198:0.58:344
chr19	14975471	rs11085912	C	T	2177.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-1.007;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.812;HP=4;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=44;PP=1236;ReadPosRankSum=-0.167;SC=ATTCTTGTTTCTCTGAAAATC;SOR=0.963;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=125;TCF=56;TCR=69;TR=76;WE=14975479;WS=14975461;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,98:0.60:164
chr19	14991133	rs139042522	TAGA	T	1191.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.294;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=7;PP=866;ReadPosRankSum=1.715;SC=TGAGAAAAAATAGAAGGAGCA;SOR=0.604;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=43;TCF=30;TCR=13;TR=20;WE=14991143;WS=14991123;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,32:0.46:70
chr19	14992042	rs10405136	A	G	3487.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.152;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=344;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.837;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-4.567;NF=50;NR=71;PP=1961;ReadPosRankSum=-1.493;SC=TGATGAGCAGATTCCCGAGCA;SOR=0.766;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=251;TCF=105;TCR=146;TR=121;WE=14992050;WS=14992032;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:173,161:0.48:334
chr19	14992178	rs143236373	CTATT	C,CTATTTATT	2792.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.792;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=2.624;HP=10;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.250;NF=2,2;NR=37,37;PP=2994,1375;ReadPosRankSum=0.617;SC=CTTTTTTTTTCTATTTATTTA;SOR=1.675;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=79;TCF=4;TCR=75;TR=39,39;WE=14992193;WS=14992168;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.46,0.51:74
chr19	15052983	rs3044711	T	TATC	21225.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=505;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=52;NR=175;PP=2957;SC=GTCCTAAGAGTATCTGCCAGA;SOR=0.958;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=250;TCF=56;TCR=194;TR=227;WE=15052991;WS=15052973;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,472:1.00:472
chr19	15121223	rs56344453	A	G	962.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=2.051;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.855;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=8;PP=502;ReadPosRankSum=-0.500;SC=TGAAGCTGAAAGAAGGGCCAT;SOR=0.836;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=60;TCF=44;TCR=16;TR=31;WE=15121231;WS=15121213;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,43:0.51:85
chr19	15121307	rs16980212	C	G	1832.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=2.331;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.046;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=24;PP=770;ReadPosRankSum=-0.672;SC=CGACATGCGACAGAGTGTGAC;SOR=0.620;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=112;TCF=64;TCR=48;TR=53;WE=15121315;WS=15121297;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:124,94:0.43:218
chr19	15121390	rs78628129	A	C	1819.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=-1.465;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.263;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=28;PP=603;ReadPosRankSum=-0.421;SC=AACGGCGAGAAGGATGCTAGA;SOR=0.822;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=87;TCF=39;TCR=48;TR=48;WE=15121398;WS=15121380;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,88:0.56:156
chr19	15122045	rs35647251	C	A	2121.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.786;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=246;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.575;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=27;PP=936;ReadPosRankSum=-0.126;SC=CGCGCCTCACCGCCGCCCGCC;SOR=0.813;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=168;TCF=88;TCR=80;TR=61;WE=15122053;WS=15122035;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:136,103:0.43:239
chr19	15124474	rs11085935	C	T	2950.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=34;NR=23;PP=1103;SC=ATTCTCTCCTCGTTTTCTAGG;SOR=0.951;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=58;TCF=34;TCR=24;TR=57;WE=15124482;WS=15124464;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr19	15124694	rs11085936	A	T	285.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-3.922;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=8;PP=141;ReadPosRankSum=-0.820;SC=AATTCCTTCAAGCCACACTGA;SOR=0.387;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=17;TCF=3;TCR=14;TR=10;WE=15124702;WS=15124684;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,13:0.62:21
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chr19	15132545	rs736737	T	C	8026.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=291;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=114;NR=83;PP=2965;SC=GGTGAGAGCCTTCGGGGGTGG;SOR=0.956;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=197;TCF=114;TCR=83;TR=197;WE=15132553;WS=15132535;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,288:1.00:288
chr19	15132574	rs757463	C	G	8635.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=318;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=124;NR=94;PP=2965;SC=GTGCCGGTGGCTGGAGGCTGG;SOR=0.910;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=221;TCF=124;TCR=97;TR=218;WE=15132582;WS=15132564;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,313:1.00:313
chr19	15133762	rs8111625	G	C	18493.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=701;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=207;NR=203;PP=2965;SC=AAGAACCTCAGCTGGGGCCTC;SOR=0.725;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=410;TCF=207;TCR=203;TR=410;WE=15133770;WS=15133752;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,697:1.00:697
chr19	15166162	rs3181163	T	C	2273.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.102;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=31;PP=1432;ReadPosRankSum=-1.756;SC=GAACCTCTCCTCCAGGACCCA;SOR=0.735;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=156;TCF=89;TCR=67;TR=78;WE=15166170;WS=15166152;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:97,97:0.50:194
chr19	15198263	rs8105277	A	G	20606.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.073;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=767;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=290;NR=285;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.147;SC=TTGTCCACCCACAGCGTTACT;SOR=0.696;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=578;TCF=292;TCR=286;TR=575;WE=15198271;WS=15198253;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,753:1.00:755
chr19	15198292	rs8104843	C	G	22297.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.037;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=863;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=300;NR=297;PP=2965;ReadPosRankSum=0.688;SC=ATGTGCTCCCCTGTCTGTGGG;SOR=0.371;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=598;TCF=301;TCR=297;TR=597;WE=15198300;WS=15198282;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,841:1.00:844
chr19	15198507	rs8108721	T	C	16836.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.992;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=604;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=178;NR=239;PP=2965;ReadPosRankSum=0.678;SC=CACCAGCCCATTCTCCTGCAT;SOR=0.335;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=419;TCF=179;TCR=240;TR=417;WE=15198515;WS=15198497;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,593:1.00:594
chr19	15198631	rs8105737	A	C	10068.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.384;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=369;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=108;NR=136;PP=2965;ReadPosRankSum=0.284;SC=TCACTGTCCTATGGGACCATC;SOR=0.920;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=249;TCF=109;TCR=140;TR=244;WE=15198639;WS=15198621;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,359:0.99:363
chr19	15198764	rs12975625	T	C	8837.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=333;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=76;NR=111;PP=2965;SC=GGAACAAGGATATGAAGGCAG;SOR=0.915;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=187;TCF=76;TCR=111;TR=187;WE=15198772;WS=15198754;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,327:1.00:327
chr19	15223466	rs4808977	A	G	1717.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=9;NR=39;PP=1261;SC=TCAGTGTCTTAGGCTTGAAGC;SOR=3.300;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=48;TCF=9;TCR=39;TR=48;WE=15223474;WS=15223456;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr19	15224225	rs8109071	G	C	3007.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=74;NR=9;PP=2205;SC=GCCTAGTTGCGTAAGCAACCA;SOR=3.454;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=83;TCF=74;TCR=9;TR=83;WE=15224233;WS=15224215;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr19	15224265	rs8109089	G	C	5917.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=117;NR=49;PP=2965;SC=AAACCTGAAAGGGTCGAAGGC;SOR=1.632;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=166;TCF=117;TCR=49;TR=166;WE=15224273;WS=15224255;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,216:1.00:216
chr19	15226611	rs2074261	C	A	9948.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=365;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=146;NR=152;PP=2965;SC=CCCCTGGTGACATCTCCCAGA;SOR=1.108;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=298;TCF=146;TCR=152;TR=298;WE=15226619;WS=15226601;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,352:1.00:352
chr19	15226970	rs2074262	G	A	18119.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.838;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=666;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=218;NR=232;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.012;SC=TACCAGGATCGAGCCAGCGCA;SOR=0.233;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=451;TCF=218;TCR=233;TR=450;WE=15226978;WS=15226960;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,660:1.00:661
chr19	15227030	rs2074263	G	A	23531.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.731;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=892;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=261;NR=247;PP=2965;ReadPosRankSum=1.375;SC=CGAAGTCCCCGCCATCCACCA;SOR=0.725;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=509;TCF=261;TCR=248;TR=508;WE=15227038;WS=15227020;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,886:1.00:888
chr19	15227798	rs12972958	G	C	7460.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=272;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=75;NR=112;PP=2965;SC=GTGAGGCTCTGCCGCTGTTCA;SOR=1.041;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=188;TCF=75;TCR=113;TR=187;WE=15227806;WS=15227788;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,271:1.00:271
chr19	15233581	rs2074265	C	A	3508.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.208;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=340;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.397;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=36;PP=1535;ReadPosRankSum=-0.787;SC=AGTAGGGGTACAGCACGTCAA;SOR=0.731;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=209;TCF=125;TCR=84;TR=96;WE=15233589;WS=15233571;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:169,168:0.50:337
chr19	15233631	rs2074266	G	A	4281.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-2.982;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=420;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.748;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=79;NR=52;PP=2080;ReadPosRankSum=-1.230;SC=GGGACAGGGAGGACGCTGAGT;SOR=0.842;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=263;TCF=149;TCR=114;TR=131;WE=15233639;WS=15233621;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:203,210:0.51:413
chr19	15235932	rs4141356	G	A	956.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=14;PP=436;SC=GAACCTCTCCGGAAGAAATCG;SOR=1.061;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=22;TCF=8;TCR=14;TR=22;WE=15235940;WS=15235922;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr19	15271771	rs1044009	G	A	1505.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.739;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.626;HP=4;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=26;PP=706;ReadPosRankSum=-0.962;SC=TGCCCCAGCCGCCGGGTACTC;SOR=0.621;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=92;TCF=38;TCR=54;TR=47;WE=15271779;WS=15271761;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,73:0.52:140
chr19	15273221	rs757472	T	C	1843.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.97;SOR=1.501;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr19	15273231	rs4809028	A	G	1949.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.48;SOR=1.514;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr19	15273248	rs4809029	A	C	1379.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=35;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=23;NR=9;PP=770;SC=CACTGCTGACACCCAGTGGAC;SOR=1.436;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=23;TCR=9;TR=32;WE=15273256;WS=15273238;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr19	15273381	rs4809030	A	G	3646.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=38;NR=41;PP=1496;SC=TCCCTGGAGGATGAAGGGGAG;SOR=0.693;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=79;TCF=38;TCR=41;TR=79;WE=15273389;WS=15273371;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,138:1.00:138
chr19	15276007	rs2886698	C	A	844.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=1.633;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.398;HP=2;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=5;PP=478;ReadPosRankSum=-1.450;SC=CCCTGAGGCACCCTAAGGACT;SOR=0.434;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=46;TCF=38;TCR=8;TR=27;WE=15276015;WS=15275997;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,34:0.62:55
chr19	15276055	rs2074617	C	G	3746.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=71;NR=28;PP=2059;SC=CTTCATGAAGCCTGGTTATGT;SOR=1.699;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=99;TCF=71;TCR=28;TR=99;WE=15276063;WS=15276045;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,135:1.00:135
chr19	15276143	rs2074618	C	T	9141.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=336;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=121;NR=86;PP=2965;SC=CAGGTGACACCAACCCAGCTT;SOR=0.948;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=207;TCF=121;TCR=86;TR=207;WE=15276151;WS=15276133;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,332:1.00:332
chr19	15276919	rs2074619	G	A	11855.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=274;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.91;SOR=1.376;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,270:1.00:270
chr19	15276923	rs10416777	C	T	11665.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=262;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.04;SOR=1.350;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,259:1.00:259
chr19	15277006	rs45591935	T	C	1983.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.33;SOR=2.400;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr19	15277009	rs62113791	CA	TG	1927.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;JOINED;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=47.02;SOR=2.726;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr19	15277938	rs1548554	C	T	3493.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=69;NR=34;PP=2035;SC=TTGCTGAATACACACACCCTT;SOR=1.416;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=103;TCF=69;TCR=34;TR=103;WE=15277946;WS=15277928;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chr19	15278057	rs1548555	A	G	8248.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=307;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=80;NR=94;PP=2965;SC=CACTGTCACTAACCTGGGCCA;SOR=0.803;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=174;TCF=80;TCR=94;TR=174;WE=15278065;WS=15278047;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,304:1.00:304
chr19	15281171	.	T	C	3815.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.477;ClippingRankSum=0.000;DP=344;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.567;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=80;NR=41;PP=2089;ReadPosRankSum=0.785;SC=GGCCCACGGGTTCCCGCCGGC;SOR=0.883;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=243;TCF=154;TCR=89;TR=121;WE=15281179;WS=15281161;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:172,170:0.50:342
chr19	15281386	rs2074620	C	A	6191.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.764;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=335;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.332;HP=7;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=50;PP=2962;ReadPosRankSum=0.475;SC=AAGCAGAGGGCGGGGCTTCAG;SOR=0.600;Source=Platypus;TCF=86;WE=15281409;WS=15281376;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:153,175:0.53:328
chr19	15281399	.	GAG	TCA	5796.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.414;ClippingRankSum=0.000;DP=266;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=32;PP=2934;ReadPosRankSum=0.152;SC=GGCTTCAGCCGAGGGCGGGGC;SOR=0.694;Source=Platypus;TCF=67;WE=15281409;WS=15281376;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:120,142:0.54:262
chr19	15285052	rs1044006	T	C	3342.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=42;NR=33;PP=1310;SC=GTAGCTCCTCTGGCGGCAGCA;SOR=0.790;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=75;TCF=42;TCR=33;TR=75;WE=15285060;WS=15285042;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chr19	15285272	rs10422818	T	C	6145.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=51;NR=64;PP=2451;SC=ACAATCCCCTTCCATGCATTC;SOR=0.853;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=115;TCF=51;TCR=64;TR=115;WE=15285292;WS=15285262;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,186:1.00:186
chr19	15285284	rs184708055	C	T	1007.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.871;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.250;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=19;PP=399;ReadPosRankSum=-1.400;SC=CATGCATTCACACCGTAGAGT;SOR=0.591;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=106;TCF=49;TCR=57;TR=35;WE=15285292;WS=15285262;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:112,59:0.35:171
chr19	15285382	rs71168591	ATTTT	A	1179.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.72;QD=36.87;SOR=2.400;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,31:0.97:32
chr19	15289613	rs11670823	A	T	973.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-0.313;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.948;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=10;PP=573;ReadPosRankSum=1.023;SC=TCCTCCTCCAAAGGCCGCCAC;SOR=0.900;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=67;TCF=46;TCR=21;TR=36;WE=15289621;WS=15289603;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,43:0.57:75
chr19	15290125	rs56061231	G	A	2910.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.985;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=321;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.880;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=45;PP=1866;ReadPosRankSum=-2.185;SC=GGTCAAGAGGGAATGAAGACA;SOR=0.819;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=225;TCF=124;TCR=101;TR=104;WE=15290133;WS=15290115;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:182,135:0.43:317
chr19	15290412	rs2074621	G	A	1553.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.187;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.230;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=41;PP=904;ReadPosRankSum=-0.610;SC=GACACACACAGATGTTCAGCG;SOR=0.990;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=114;TCF=29;TCR=85;TR=52;WE=15290420;WS=15290402;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,70:0.48:146
chr19	15292088	rs7257550	G	C	413.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=10;PP=237;SC=CCCTTATCTCGGCAAGAAGCT;SOR=2.049;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=2;TCR=10;TR=12;WE=15292096;WS=15292078;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr19	15292366	rs11669982	C	T	1918.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=47;NR=13;PP=1388;SC=TCCCTGCTCTCCAAGCAGAGG;SOR=2.376;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=61;TCF=48;TCR=13;TR=60;WE=15292374;WS=15292356;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr19	15292437	rs1043997	T	C	5203.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=93;NR=48;PP=2760;SC=CTCCGTAGCCTGGCGGGCAGG;SOR=1.265;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=141;TCF=93;TCR=48;TR=141;WE=15292445;WS=15292427;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,190:1.00:190
chr19	15294991	rs2074616	C	T	1956.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=35;NR=16;PP=1022;SC=ATAAATAAAACGGGAAAAGTA;SOR=1.362;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=52;TCF=36;TCR=16;TR=51;WE=15294999;WS=15294981;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr19	15295134	rs1043996	G	A	2818.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.005;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=307;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.355;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=37;PP=1037;ReadPosRankSum=-1.025;SC=TGTCCTGATCGCAGGAAGGGC;SOR=0.616;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=181;TCF=96;TCR=85;TR=76;WE=15295142;WS=15295124;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:160,145:0.48:305
chr19	15300069	rs10423702	T	C	19588.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.014;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=760;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=242;NR=229;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.943;SC=TCACAGACGATGGAGCTCCCC;SOR=0.253;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=475;TCF=244;TCR=231;TR=471;WE=15300077;WS=15300058;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,751:1.00:752
chr19	15302844	rs1043994	T	C	8673.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=340;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=104;NR=128;PP=2965;SC=ATGGTGAGGGTGCACAGGGCA;SOR=0.909;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=233;TCF=104;TCR=129;TR=232;WE=15302852;WS=15302834;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,324:1.00:324
chr19	15303225	rs3815188	G	A	3798.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-2.306;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=325;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.338;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=51;PP=1382;ReadPosRankSum=0.344;SC=AGAATCGGGCGGTGCCAGCCA;SOR=0.707;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=174;TCF=85;TCR=89;TR=96;WE=15303233;WS=15303215;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:135,187:0.58:322
chr19	15378087	rs142616621	C	G	121.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.953;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=2.780;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.53;ReadPosRankSum=-2.437;SOR=0.105;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,8:0.36:22
chr19	15471856	rs4809184	T	C	10308.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=399;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=110;NR=133;PP=2965;SC=ACTCCCCATCTGGGCCCACGT;SOR=0.815;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=243;TCF=110;TCR=133;TR=243;WE=15471864;WS=15471846;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,397:1.00:397
chr19	15485350	rs4809185	C	T	15066.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=562;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=244;NR=128;PP=2965;SC=CGGGCTGACCCGCCTGGCCTT;SOR=1.212;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=374;TCF=245;TCR=129;TR=372;WE=15485358;WS=15485340;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,551:1.00:551
chr19	15490485	rs57295859	C	T	4606.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=0.437;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=440;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=94;NR=51;PP=2171;ReadPosRankSum=0.028;SC=CCGCACAGAGCCTTCCCTCCC;SOR=0.678;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=282;TCF=182;TCR=100;TR=145;WE=15490493;WS=15490475;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:209,222:0.52:431
chr19	15508130	rs7247749	G	A	3157.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=36;NR=45;PP=1570;SC=GGGCCCAGGTGCCTAAGATAG;SOR=0.762;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=81;TCF=36;TCR=45;TR=81;WE=15508138;WS=15508120;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr19	15508362	rs2058322	G	C	2442.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=41;NR=28;PP=1491;SC=TGTAGATTTGGTGGATGAGGC;SOR=1.127;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=70;TCF=42;TCR=28;TR=69;WE=15508370;WS=15508352;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr19	15511205	.	CT	C	145.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.320;ClippingRankSum=0.000;DP=157;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.07;MQRankSum=0.000;QD=1.13;ReadPosRankSum=0.664;SOR=0.737;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:98,31:0.24:129
chr19	15536626	rs137992230	AG	A	409.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=64.07;QD=25.61;SOR=1.244;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr19	15539439	rs887898	A	G	1936.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=49;PP=1397;SC=TCCAAGACTCAGGCCGCAGAT;SOR=2.694;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=59;TCF=10;TCR=49;TR=59;WE=15539447;WS=15539429;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
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chr19	15569596	rs34234014	A	AC	269.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=0.495;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=14;HapScore=4;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=9;PP=425;ReadPosRankSum=-0.960;SC=TGCCCCCCCCACCCCCCGCCA;SOR=0.990;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=0;TCR=19;TR=9;WE=15569604;WS=15569582;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,12:0.57:21
chr19	15575055	.	G	A	1018.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=1.323;ClippingRankSum=0.000;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.661;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=21;PP=553;ReadPosRankSum=0.086;SC=CGGCCCCAGCGGAACCCTCCA;SOR=0.776;Source=Platypus;TCF=31;TR=36;WE=15575063;WS=15575045;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,53:0.41:129
chr19	15580290	rs36020076	G	A	3460.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-1.412;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=322;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.410;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=60;PP=1550;ReadPosRankSum=-0.333;SC=CAAAGGCTGGGCCTAGGTTTC;SOR=0.739;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=189;TCF=82;TCR=107;TR=105;WE=15580298;WS=15580280;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:148,167:0.53:315
chr19	15582863	rs34440547	C	T	1396.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.484;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.103;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=24;PP=495;ReadPosRankSum=-0.492;SC=CGGGCGGCCCCGATAAGGCGC;SOR=0.382;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=102;TCF=37;TCR=65;TR=41;WE=15582871;WS=15582853;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,69:0.48:145
chr19	15586672	rs892145	A	T	2729.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.208;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=315;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=41;PP=1136;ReadPosRankSum=-0.440;SC=GAGGAAGGCCATGGTTAACAG;SOR=0.707;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=188;TCF=93;TCR=95;TR=82;WE=15586680;WS=15586662;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:170,141:0.45:311
chr19	15587185	rs733731	C	T	6726.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=2.824;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=646;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=104;NR=107;PP=2962;ReadPosRankSum=1.901;SC=TACGTCATGTCGGGCCACCTC;SOR=0.639;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=405;TCF=192;TCR=213;TR=211;WE=15587193;WS=15587175;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:318,317:0.50:635
chr19	15587345	rs3813135	T	C	1595.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=3.427;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.428;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=46;PP=1115;ReadPosRankSum=-0.863;SC=GTGTGTCTGGTCTTGGCAGCT;SOR=1.154;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=119;TCF=31;TCR=88;TR=58;WE=15587353;WS=15587335;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,69:0.47:147
chr19	15648148	rs4310987	C	T	645.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-0.096;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=4;PP=413;ReadPosRankSum=1.823;SC=TTTTGAGTCACCATTTTCCCT;SOR=0.648;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=45;TCF=38;TCR=7;TR=24;WE=15648158;WS=15648138;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,30:0.53:57
chr19	15651539	rs201608860	GCC	G	5540.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=73;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=36;PP=2160;SC=GTGAGGCTGGGCCCCCTGGAA;SOR=4.338;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=40;TCF=2;TCR=38;TR=38;WE=15651548;WS=15651529;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr19	15651548	rs372183725	AAT	A	5583.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=46.15;SOR=4.461;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr19	15651551	rs372614865	T	G	5416.77	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.77;SOR=4.461;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr19	15651553	rs62113202	C	G	5416.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.90;SOR=4.407;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr19	15651556	.	G	GAGC	5227.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=116;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.86;SOR=4.523;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr19	15651560	rs62113205	C	G	5004.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=46.34;SOR=4.215;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr19	15651562	rs139932061	CG	C	4815.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=181;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=36;PP=1632;SC=GCTGGCCTCCCGAGGGCTGGC;SOR=4.133;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=38;TCF=2;TCR=36;TR=38;WE=15651576;WS=15651552;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr19	15651564	rs60465772	A	T	4644.77	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.09;SOR=4.304;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr19	15651568	rs55832992	C	A	4509.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=46.02;SOR=4.407;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr19	15658813	rs62113245	A	T	192.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.196;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FS=9.481;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=63.60;MQRankSum=-3.210;QD=2.22;ReadPosRankSum=0.528;SOR=0.173;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:65,22:0.25:87
chr19	15726487	rs4646523	G	T	4168.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-2.680;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=331;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.071;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=78;NR=56;PP=2042;ReadPosRankSum=-0.517;SC=CCCCGTGGCTGCTCCTGCTGG;SOR=0.541;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=221;TCF=133;TCR=88;TR=134;WE=15726495;WS=15726477;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:132,193:0.59:325
chr19	15726721	rs148338083	A	AACTCACTCATTCCTCTGATC	929.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.469;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.63;MQRankSum=2.840;QD=18.59;ReadPosRankSum=2.127;SOR=0.343;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,25:0.50:50
chr19	15729056	rs714772	C	G	6301.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-2.315;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=824;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.529;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=115;NR=99;PP=2790;ReadPosRankSum=-1.250;SC=TACTCAGCCCCTTCCTTCCTG;SOR=0.649;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=537;TCF=296;TCR=241;TR=214;WE=15729064;WS=15729046;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:475,334:0.41:809
chr19	15730498	rs55848814	G	GC	8704.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=42;NR=109;PP=2965;SC=ACCGTCGCTTGTGACGCCTGC;SOR=1.287;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=159;TCF=44;TCR=115;TR=151;WE=15730506;WS=15730488;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,218:1.00:218
chr19	15734326	.	TTTAGAGGTGATTGCATAGAAAGCTTCCTGGGAAGAACAAACAGGAGGTCGGAAGGAAGCATG	T	1665.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.741;ClippingRankSum=0.000;DP=127;ExcessHet=3.0103;FS=9.132;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.09;MQRankSum=1.285;QD=13.88;ReadPosRankSum=1.175;SOR=1.498;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:74,46:0.38:120
chr19	15739084	rs4239613	T	C	7608.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=278;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=162;NR=63;PP=2965;SC=GTGTATGCTCTCTGGATAATT;SOR=1.774;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=225;TCF=162;TCR=63;TR=225;WE=15739092;WS=15739074;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,271:1.00:271
chr19	15739274	rs2056820	C	T	8270.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.916;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=777;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.722;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=134;NR=131;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.088;SC=GAGGAGGGTCCTGGGCAGGGC;SOR=0.598;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=492;TCF=237;TCR=255;TR=265;WE=15739282;WS=15739264;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:374,391:0.51:765
chr19	15739315	rs2056821	T	C	19750.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.860;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=724;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=207;NR=255;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.934;SC=CGGACCTTGTTCTTACTGTCC;SOR=0.830;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=462;TCF=207;TCR=255;TR=462;WE=15739323;WS=15739305;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,716:1.00:718
chr19	15739597	rs2056822	A	C	16695.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-2.090;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=652;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=185;NR=214;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.469;SC=GCTTCGACCCAGAAAACGCCC;SOR=0.269;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=401;TCF=185;TCR=216;TR=399;WE=15739605;WS=15739587;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,646:1.00:647
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chr19	15754975	rs2203999	C	T	3294.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-5.666;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=301;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.134;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=86;PP=1903;ReadPosRankSum=0.031;SC=CTTTCCTTCTCTCTCAGCCAT;SOR=0.416;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=243;TCF=58;TCR=185;TR=117;WE=15754983;WS=15754965;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:150,150:0.50:300
chr19	15757927	rs1290626	T	C	4779.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.538;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=441;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-1.387;NF=66;NR=70;PP=2375;ReadPosRankSum=1.715;SC=TGAGTATCTGTAGGTGAACAG;SOR=0.710;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=287;TCF=141;TCR=146;TR=136;WE=15757935;WS=15757917;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:213,221:0.51:434
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chr19	15769253	rs4646513	C	A	6817.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-2.703;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=608;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.471;HP=4;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=95;NR=119;PP=2962;ReadPosRankSum=0.359;SC=GGAAGAGGGGCCCCTCAGGCA;SOR=0.514;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=385;TCF=159;TCR=226;TR=214;WE=15769261;WS=15769243;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:278,324:0.54:602
chr19	15769270	rs4646514	A	C	6638.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.608;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=582;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.221;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=91;NR=117;PP=2962;ReadPosRankSum=0.823;SC=GGCAGGGAGCATTGTCCTGAC;SOR=0.520;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=369;TCF=149;TCR=220;TR=208;WE=15769278;WS=15769260;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:264,311:0.54:575
chr19	15769379	rs4646515	G	C	3459.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=2.798;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=289;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.630;HP=6;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=64;PP=1841;ReadPosRankSum=-0.903;SC=CGGGCCCCCCGTCTCTGTTTT;SOR=0.880;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=166;TCF=63;TCR=103;TR=101;WE=15769387;WS=15769369;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:130,154:0.54:284
chr19	15769449	rs4646516	A	G	1265.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.400;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.560;HP=3;HapScore=2;MGOF=28;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-1.457;NF=21;NR=32;PP=892;ReadPosRankSum=-0.402;SC=ATCCAACATCACCTCCCTCCA;SOR=1.045;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=95;TCF=42;TCR=53;TR=53;WE=15769457;WS=15769439;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,58:0.48:120
chr19	15769478	rs4646517	C	T	1192.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.101;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.490;HP=2;HapScore=2;MGOF=31;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=24;PP=722;ReadPosRankSum=-0.863;SC=ACCACTGTCTCTCCAAGGCTG;SOR=0.903;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=80;TCF=35;TCR=45;TR=42;WE=15769486;WS=15769468;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,54:0.50:107
chr19	15769529	rs4646518	GC	TT	2464.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=2.514;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.380;HP=3;HapScore=2;JOINED;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=21;PP=1667;ReadPosRankSum=2.073;SC=TCTTGGTCTCGCCTCCAGGTC;SOR=0.620;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=82;TCF=36;TCR=46;TR=42;WE=15769538;WS=15769519;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,63:0.48:131
chr19	15769625	rs1915390	A	G	1624.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.263;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FS=0.569;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.73;ReadPosRankSum=1.865;SOR=0.722;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:87,80:0.48:167
chr19	15769664	rs7247021	A	G	1611.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.859;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.656;HP=4;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.966;NF=25;NR=28;PP=743;ReadPosRankSum=0.314;SC=AGATAGGTGCAGGGGTCTGGG;SOR=0.858;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=103;TCF=50;TCR=53;TR=53;WE=15769672;WS=15769654;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:89,81:0.48:170
chr19	15769775	rs4646520	A	G	505.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.609;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQ=59.98;MQRankSum=-1.059;NF=7;NR=14;PP=288;ReadPosRankSum=1.544;SC=ACAGAGTAGGATTGGGTTGGT;SOR=0.602;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=45;TCF=13;TCR=32;TR=21;WE=15769783;WS=15769765;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,25:0.45:55
chr19	15769805	rs10404163	A	T	475.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-2.132;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.746;HP=2;HapScore=2;MGOF=34;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-1.158;NF=6;NR=12;PP=294;ReadPosRankSum=-0.100;SC=ATCCCTAGTGAGCTCAGAGCT;SOR=0.219;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=32;TCF=8;TCR=24;TR=18;WE=15769813;WS=15769795;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,20:0.59:34
chr19	15769992	rs2460817	A	T	870.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=41;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=16;NR=7;PP=519;SC=AGGATGGGGCACCTGGGTGCA;SOR=1.688;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=25;TCF=17;TCR=8;TR=23;WE=15770000;WS=15769982;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr19	15770018	rs68106141	T	C	1683.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.461;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=5.497;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.29;MQRankSum=6.593;QD=35.82;ReadPosRankSum=0.879;SOR=1.250;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,43:0.91:47
chr19	15770018	.	TCC	CCT	1753	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;FR=0.5000;HP=5;HapScore=3;MGOF=23;MMLQ=24;MQ=52.4;NF=20;NR=8;PP=1753;QD=64.5167098165;SC=AGTTTCCACCTCCCTCCCCAA;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=35;TCF=23;TCR=12;TR=28;WE=15770035;WS=15770002;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:7,28:0.80:35
chr19	15770020	rs2460819	C	T	935.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.023;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=7.183;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.29;MQRankSum=5.374;QD=20.34;ReadPosRankSum=0.850;SOR=1.281;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,40:0.87:46
chr19	15784061	rs7254013	C	A	2539.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.886;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=245;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.468;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=36;PP=1271;ReadPosRankSum=1.502;SC=TTCCTGGTAACTGGACTCCTA;SOR=0.735;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=152;TCF=88;TCR=64;TR=86;WE=15784069;WS=15784051;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:119,124:0.51:243
chr19	15784116	rs7253210	G	A	2795.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=2.056;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=284;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.972;HP=1;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=59;PP=1742;ReadPosRankSum=0.182;SC=GACTCTAATCGGCCCATCTCT;SOR=0.690;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=192;TCF=97;TCR=95;TR=115;WE=15784124;WS=15784106;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:145,138:0.49:283
chr19	15784167	rs7254627	A	G	2070.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.371;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.138;HP=2;HapScore=2;MGOF=39;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=49;PP=1248;ReadPosRankSum=0.355;SC=GAGGCCACTTAGTTGTTGGTT;SOR=0.936;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=149;TCF=66;TCR=83;TR=84;WE=15784175;WS=15784157;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:106,101:0.49:207
chr19	15784195	rs10414690	G	C	3081.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.263;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FS=1.951;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.91;ReadPosRankSum=0.310;SOR=0.868;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:80,83:0.51:163
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chr19	15784617	.	A	G	1378	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;FR=0.5000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MMLQ=28;MQ=59.84;NF=13;NR=57;PP=1378;QD=20.1824458935;SC=TCAGTGAGCTAGGTATTGATG;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=118;TCF=24;TCR=94;TR=70;WE=15784625;WS=15784607;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:48,70:0.59:118
chr19	15784660	.	A	G	635	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=46;MMLQ=28;MQ=59.38;NF=1;NR=28;PP=635;QD=23.0955590534;SC=GAGAAGCAAGAGAGATGGCTC;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=56;TCF=3;TCR=53;TR=29;WE=15784668;WS=15784650;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:27,29:0.52:56
chr19	15789034	rs28416595	C	A	3021.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.501;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=319;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.436;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=39;PP=1414;ReadPosRankSum=1.750;SC=CTAAAATTAACCATCACAGGA;SOR=0.561;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=193;TCF=119;TCR=74;TR=96;WE=15789042;WS=15789024;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:165,152:0.48:317
chr19	15789098	rs609636	A	G	3126.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.093;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=339;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.646;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=52;PP=1660;ReadPosRankSum=-2.848;SC=GGGCTTGAAGAACTCGACCCA;SOR=0.651;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=202;TCF=105;TCR=97;TR=98;WE=15789106;WS=15789088;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:188,149:0.44:337
chr19	15789140	rs609290	A	G	2726.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=2.071;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=295;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.402;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=54;PP=1487;ReadPosRankSum=0.182;SC=GGGCTTTACGATATGGCTGGG;SOR=0.796;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=200;TCF=89;TCR=111;TR=95;WE=15789148;WS=15789130;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:162,131:0.45:293
chr19	15791180	rs8100667	C	T	4785.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-2.182;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=461;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=102;PP=2534;ReadPosRankSum=-2.544;SC=CTCTTGCCCACTGTCCTTGGC;SOR=0.661;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=339;TCF=124;TCR=215;TR=159;WE=15791188;WS=15791170;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:229,227:0.50:456
chr19	15793062	rs7253816	G	A	999.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.593;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=7.198;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.19;MQRankSum=-1.401;QD=19.23;ReadPosRankSum=-2.639;SOR=0.077;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,26:0.50:52
chr19	15793068	rs7254785	C	T	993.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.921;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=6.323;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.27;MQRankSum=-1.504;QD=17.13;ReadPosRankSum=-0.993;SOR=0.137;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,27:0.47:58
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chr19	15838746	rs11672695	A	G	2103.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=1.645;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.011;HP=1;HapScore=4;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.991;NF=41;NR=11;PP=2751;ReadPosRankSum=-0.714;SC=GCTTGGACAGATGAAGGAGGC;SOR=0.465;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=101;TCF=81;TCR=20;TR=52;WE=15838761;WS=15838736;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,53:0.51:103
chr19	15838753	rs34728106	AG	A	2177.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-0.468;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=4;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.421;NF=28;NR=14;PP=2753;ReadPosRankSum=-0.394;SC=CAGATGAAGGAGGCGCTCTCA;SOR=0.631;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=83;TCF=56;TCR=27;TR=42;WE=15838761;WS=15838736;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,58:0.50:115
chr19	15838967	rs2285955	G	A	5375.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.060;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=510;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-1.477;NF=98;NR=84;PP=2800;ReadPosRankSum=0.741;SC=ACCTGTTCACGCTGCTGGGCA;SOR=0.707;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=356;TCF=190;TCR=166;TR=182;WE=15838975;WS=15838957;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:251,255:0.50:506
chr19	15839174	rs2285956	C	T	3623.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.108;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=268;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.681;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-1.029;NF=69;NR=70;PP=2463;ReadPosRankSum=0.121;SC=CCTTCAGCTTCGGCTTCACCC;SOR=0.534;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=249;TCF=115;TCR=134;TR=139;WE=15839182;WS=15839164;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:114,150:0.57:264
chr19	15852223	rs1966357	A	C	3005.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=4.358;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.102;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=73;NR=28;PP=1945;ReadPosRankSum=-0.510;SC=AGAACTACAGAACCATATCTG;SOR=0.792;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=182;TCF=128;TCR=54;TR=101;WE=15852231;WS=15852213;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:99,124:0.56:223
chr19	15852872	rs2240228	G	A	3700.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.822;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=411;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=47;PP=1472;ReadPosRankSum=-2.355;SC=TGTCTTCATTGTGGCTGCCAT;SOR=0.691;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=262;TCF=144;TCR=118;TR=107;WE=15852880;WS=15852862;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:223,187:0.46:410
chr19	15881751	rs8112713	A	C	5221.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=2.362;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=484;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.122;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=101;NR=55;PP=2808;ReadPosRankSum=0.815;SC=CATTTGACATAAAGCTCCATT;SOR=0.795;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=316;TCF=198;TCR=118;TR=156;WE=15881759;WS=15881741;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:236,240:0.50:476
chr19	15881953	rs4807986	A	G	5323.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=2.001;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=435;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.493;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=102;PP=2787;ReadPosRankSum=0.883;SC=CGGAAGCGCCACCCGTCATGG;SOR=0.894;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=285;TCF=104;TCR=181;TR=156;WE=15881961;WS=15881943;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:196,234:0.54:430
chr19	15884810	rs10421246	A	T	2572.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.686;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=234;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.260;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=31;PP=1082;ReadPosRankSum=-2.904;SC=ATTCCAGACCAGATCTGTCCA;SOR=0.878;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=148;TCF=88;TCR=60;TR=80;WE=15884818;WS=15884786;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:105,125:0.54:230
chr19	15890388	rs7259595	A	G	673.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=3.212;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=5;PP=431;ReadPosRankSum=0.008;SC=GAGTGAGTGAATGAGCCGCCT;SOR=0.804;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=57;TCF=47;TCR=10;TR=26;WE=15890396;WS=15890383;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,29:0.45:65
chr19	15890517	rs11669449	A	C	3257.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=2.740;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=393;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.185;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=68;NR=46;PP=1772;ReadPosRankSum=0.774;SC=CTGCTGCCACACTCACGAGGT;SOR=0.813;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=257;TCF=147;TCR=110;TR=114;WE=15890525;WS=15890507;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:219,163:0.43:382
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chr19	15890771	rs56317414	T	G	1189.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.577;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=22.88;ReadPosRankSum=0.830;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,31:0.60:52
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chr19	16024662	rs1064796	G	C	2494.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.859;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.499;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=64;PP=1248;ReadPosRankSum=0.737;SC=AGTGCAGCAGGGTGAGCGCCA;SOR=0.744;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=173;TCF=58;TCR=115;TR=97;WE=16024670;WS=16024652;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:106,123:0.54:229
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chr19	16038390	rs2305803	G	T	1361.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-2.127;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=29;PP=615;ReadPosRankSum=-0.005;SC=GCACTTCCACGCATCCCACCC;SOR=0.708;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=87;TCF=13;TCR=74;TR=33;WE=16038398;WS=16038380;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,36:0.39:93
chr19	16040292	rs3765070	A	G	2685.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-1.043;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.993;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=26;PP=940;ReadPosRankSum=-0.292;SC=TAGGCCGGATAATGTCAGGGT;SOR=0.365;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=98;TCF=60;TCR=38;TR=59;WE=16040300;WS=16040282;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,122:0.69:177
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chr19	16045141	rs2305801	T	C	5138.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.873;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=525;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=102;PP=2727;ReadPosRankSum=0.022;SC=GCCAGGAGCCTCCAACCAGCA;SOR=0.748;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=332;TCF=123;TCR=209;TR=159;WE=16045149;WS=16045131;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:264,243:0.48:507
chr19	16060827	rs1594685	T	G	2953.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.880;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=49;PP=1604;ReadPosRankSum=0.854;SC=CTGTTGTAAGTGTTCAGGTAT;SOR=0.951;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=85;TCF=34;TCR=51;TR=83;WE=16060835;WS=16060817;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,111:0.98:113
chr19	16130594	rs11669662	G	C	7382.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.47;SOR=0.931;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,166:1.00:166
chr19	16130604	rs7250074	T	C	7621.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.06;SOR=0.929;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,177:1.00:177
chr19	16131679	rs757545	T	C	12705.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=481;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=134;NR=179;PP=2965;SC=ATGTTGGGACTCCACCAACGC;SOR=0.907;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=314;TCF=134;TCR=180;TR=313;WE=16131687;WS=16131669;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,472:1.00:472
chr19	16136405	rs4808423	C	T	5874.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=86;NR=57;PP=2651;SC=GCCCTGAAACCCGGCCCTGCC;SOR=0.998;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=143;TCF=86;TCR=57;TR=143;WE=16136413;WS=16136395;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,215:1.00:215
chr19	16136528	rs140634016	G	GCAGCACCTGGC	4760.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.733;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=377;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.09;MQRankSum=1.798;QD=18.45;ReadPosRankSum=0.558;SOR=0.696;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:133,125:0.48:258
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chr19	16137025	rs757547	C	A	2602.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=39;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=20;NR=59;PP=1733;SC=AAACCCAGCCCAGCAAGCAGC;SOR=1.880;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=79;TCF=20;TCR=59;TR=79;WE=16137033;WS=16137015;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr19	16137052	rs757548	A	C	1986.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=47;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=8;NR=47;PP=1428;SC=CCGGGCCCCCAAGCCCGCCAG;SOR=2.869;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=55;TCF=8;TCR=47;TR=55;WE=16137060;WS=16137042;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
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chr19	16178587	rs4808031	A	C	5231.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=55;NR=83;PP=2122;SC=GGCTGCTGGGAGTCCTCTCTG;SOR=1.040;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=138;TCF=55;TCR=83;TR=138;WE=16178595;WS=16178577;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,205:1.00:205
chr19	16186815	rs10633690	C	CCA	52.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.308;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=19.024;HP=9;HapScore=3;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-0.350;NF=18;NR=15;PP=350;ReadPosRankSum=-0.584;SC=GGGACGTGACCCCCCCCCCAG;SOR=2.230;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=74;TCF=46;TCR=28;TR=33;WE=16186824;WS=16186803;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,10:0.13:76
chr19	16192898	rs3826722	A	G	2083.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.981;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.677;HP=4;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=26;PP=803;ReadPosRankSum=1.064;SC=GTTTGCTTTTAGAAAATGGGG;SOR=0.533;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=108;TCF=51;TCR=57;TR=54;WE=16192906;WS=16192888;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,97:0.56:173
chr19	16192958	rs3786577	A	G	1324.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-2.629;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.741;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=25;PP=676;ReadPosRankSum=-0.544;SC=CAAGGTCACAAGGACATGCAT;SOR=0.233;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=77;TCF=31;TCR=46;TR=47;WE=16192966;WS=16192948;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,60:0.63:95
chr19	16197421	rs2303149	A	G	1265.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.036;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.653;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=22;PP=520;ReadPosRankSum=-0.436;SC=TAGGGAGGACACCGGGGCCAA;SOR=0.806;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=82;TCF=35;TCR=47;TR=36;WE=16197429;WS=16197411;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,63:0.48:131
chr19	16236557	rs10416989	G	A	1490.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.720;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=39;PP=909;ReadPosRankSum=-0.822;SC=GCCCCACCCCGGAGCCCCTCG;SOR=0.681;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=91;TCF=21;TCR=70;TR=48;WE=16236565;WS=16236547;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,63:0.56:112
chr19	16254422	rs4321304	T	C	3176.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=77;NR=23;PP=2108;SC=TGACTTGAGCTGTCCTTGTTC;SOR=2.158;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=101;TCF=78;TCR=23;TR=100;WE=16254430;WS=16254412;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr19	16254694	rs2446366	A	G	1112.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.495;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FS=1.659;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.50;ReadPosRankSum=-0.750;SOR=0.520;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:55,51:0.48:106
chr19	16268207	rs5827321	TA	T	15249.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=636;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=86;NR=187;PP=2975;SC=CGGCAGCAGCTAAAAAAGCCA;SOR=0.815;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=295;TCF=97;TCR=198;TR=273;WE=16268215;WS=16268197;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,605:1.00:605
chr19	16283852	.	TAC	T	401.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.050;ClippingRankSum=0.000;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.24;MQRankSum=1.002;QD=10.86;ReadPosRankSum=1.371;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,23:0.62:37
chr19	16435717	rs8106384	T	C	8745.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.61;DB;DP=337;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=75;NR=93;PP=2965;SC=CCGCGTCCTTTCTCCCCGGGT;SOR=0.853;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=169;TCF=75;TCR=94;TR=168;WE=16435725;WS=16435707;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,335:1.00:335
chr19	16435853	rs7248864	C	T	940.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.476;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.809;HP=5;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=16;PP=398;ReadPosRankSum=0.852;SC=CCGTGGGCGGCGGGCTCGGGG;SOR=1.060;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=69;TCF=32;TCR=37;TR=27;WE=16435861;WS=16435843;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,46:0.47:97
chr19	16436262	rs3745318	T	C	4045.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.847;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=63;PP=1767;ReadPosRankSum=2.470;SC=GATGCGCCGCTGGGGCCCGCA;SOR=1.008;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=103;TCF=40;TCR=63;TR=103;WE=16436270;WS=16436252;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,158:0.99:160
chr19	16436569	rs45586037	G	A	1326.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.807;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FS=3.479;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.34;ReadPosRankSum=-1.284;SOR=1.078;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:55,62:0.53:117
chr19	16466444	rs55712949	A	G	6025.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.178;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=640;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.11;ReadPosRankSum=2.007;SOR=0.728;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:305,291:0.49:596
chr19	16466765	rs369783739	C	T	813.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=2.018;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=26;PP=530;ReadPosRankSum=0.016;SC=TCCTGCCCACCGCCCAGCGGA;SOR=0.861;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=51;TCF=7;TCR=44;TR=31;WE=16466773;WS=16466755;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,35:0.57:61
chr19	16472811	rs141885889	G	GA	639.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.206;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.08;MQRankSum=0.000;QD=5.04;ReadPosRankSum=-0.688;SOR=0.623;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:79,48:0.38:127
chr19	16487905	rs11086030	T	C	519.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-1.742;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.919;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=8;PP=166;ReadPosRankSum=0.190;SC=CGGTAGGCGGTGGCTGCGAGA;SOR=0.569;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=43;TCF=26;TCR=17;TR=18;WE=16487913;WS=16487895;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,30:0.45:67
chr19	16506012	rs368177768	CA	C	86.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.323;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=2.350;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.40;MQRankSum=0.000;QD=3.94;ReadPosRankSum=1.150;SOR=0.148;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,12:0.55:22
chr19	16513357	rs34782743	CT	C	626.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.175;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.68;MQRankSum=2.895;QD=6.40;ReadPosRankSum=0.815;SOR=0.669;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:50,48:0.49:98
chr19	16514771	rs873636	A	G	1798.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.876;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.875;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=36;PP=843;ReadPosRankSum=-0.425;SC=GATGTTAAAGAGATTCACAGT;SOR=0.406;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=111;TCF=37;TCR=74;TR=54;WE=16514779;WS=16514761;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,86:0.54:160
chr19	16539347	rs71178694	G	GAAGA	1773.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=61.09;QD=47.94;SOR=4.977;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr19	16539356	rs4808510	C	A	499.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.184;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=1.866;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.05;MQRankSum=0.534;QD=10.00;ReadPosRankSum=-0.955;SOR=0.313;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,23:0.46:50
chr19	16547929	rs62118102	G	A	560.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.61;BaseQRankSum=1.725;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5447;FS=1.808;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=12;PP=299;ReadPosRankSum=-0.845;SC=ACTTCACAAAGTTAAACACAG;SOR=1.371;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=18;TCF=4;TCR=14;TR=15;WE=16547937;WS=16547919;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,23:0.74:31
chr19	16552914	rs2305781	G	A	2296.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.972;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=30;PP=1253;ReadPosRankSum=0.578;SC=CCGCTCAGCCGGGCTTCTATT;SOR=0.680;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=151;TCF=92;TCR=59;TR=77;WE=16552922;WS=16552904;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:102,106:0.51:208
chr19	16582785	rs7252649	G	T	379.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.950;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=1.348;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.85;ReadPosRankSum=-0.160;SOR=0.585;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,21:0.60:35
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chr19	16593189	rs138347151	CAACAA	C	4101.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.55;QD=44.58;SOR=1.280;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
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chr19	16593415	rs8100755	G	A	2485.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.022;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=280;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.631;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=42;PP=1245;ReadPosRankSum=0.018;SC=AACCATATGGGGTGGTCTCAA;SOR=0.535;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=170;TCF=77;TCR=93;TR=81;WE=16593423;WS=16593405;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:153,125:0.45:278
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chr19	16594967	rs10413787	A	G	732.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.630;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=2.649;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.57;ReadPosRankSum=0.150;SOR=0.334;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,24:0.44:54
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chr19	16596142	.	CT	C	53.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.466;ClippingRankSum=0.000;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=6.331;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.34;ReadPosRankSum=0.835;SOR=2.062;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,11:0.28:40
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chr19	16601168	rs3810197	G	A	2988.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=2.261;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=258;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=77;NR=38;PP=2962;ReadPosRankSum=1.525;SC=GTTGCACCACGTAAACTCACC;SOR=0.787;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=210;TCF=140;TCR=70;TR=115;WE=16601176;WS=16601144;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:121,137:0.53:258
chr19	16601194	rs3810198	C	T	3325.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.037;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=380;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.241;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=74;NR=44;PP=1604;ReadPosRankSum=0.947;SC=TAATATAGTACTGCGATTTTC;SOR=0.624;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=268;TCF=171;TCR=97;TR=118;WE=16601202;WS=16601184;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:209,168:0.45:377
chr19	16606742	rs3810199	G	C	3401.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=34;NR=65;PP=2489;SC=GGGGACCCTCGAGGATTCGAG;SOR=1.371;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=99;TCF=34;TCR=65;TR=99;WE=16606750;WS=16606732;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr19	16606766	rs3810200	G	C	2785.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=30;NR=52;PP=1795;SC=TCGCTGCCGTGGACCCCGTGG;SOR=1.321;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=82;TCF=30;TCR=52;TR=82;WE=16606774;WS=16606756;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr19	16611527	rs62118143	T	A	325.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-3.564;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.873;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=3;PP=204;ReadPosRankSum=1.080;SC=TGTGAGCTTTTGCCAAGTAGG;SOR=0.223;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=24;TCF=20;TCR=4;TR=13;WE=16611535;WS=16611517;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,16:0.55:29
chr19	16611978	rs728116	T	C	3022.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.895;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=292;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=53;PP=1672;ReadPosRankSum=1.090;SC=CCGCCGATGCTGGTCTTCCAA;SOR=0.721;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=202;TCF=106;TCR=96;TR=112;WE=16611986;WS=16611968;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:140,142:0.50:282
chr19	16612011	rs728117	T	C	3739.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.152;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=389;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.768;HP=5;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=61;PP=1737;ReadPosRankSum=0.275;SC=GAATCCTCTCTGGGGGTGCAC;SOR=0.649;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=243;TCF=129;TCR=114;TR=127;WE=16612019;WS=16612001;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:197,184:0.48:381
chr19	16612365	rs7251978	G	A	1927.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.375;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.08;MQRankSum=-0.961;QD=15.18;ReadPosRankSum=0.919;SOR=0.688;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:65,62:0.49:127
chr19	16612368	rs11397471	A	AT	418.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.057;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FS=0.939;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.09;MQRankSum=-0.794;QD=3.99;ReadPosRankSum=0.629;SOR=0.843;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:68,37:0.35:105
chr19	16613797	rs61130725	CA	C	736.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.203;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FS=1.830;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.85;ReadPosRankSum=1.331;SOR=0.451;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:68,58:0.46:126
chr19	16617646	rs28716321	T	A	214.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.654;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=1.320;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.80;ReadPosRankSum=-0.031;SOR=0.999;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,15:0.41:37
chr19	16625375	rs34208111	G	A	4371.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.375;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=467;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.518;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQ=60.02;MQRankSum=-0.957;NF=82;NR=71;PP=2146;ReadPosRankSum=1.104;SC=TGAGCCTGACGCAGCAGTTCA;SOR=0.753;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=284;TCF=152;TCR=132;TR=153;WE=16625383;WS=16625365;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:239,221:0.48:460
chr19	16628186	rs28447467	G	A	2058.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.388;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.140;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=32;PP=789;ReadPosRankSum=0.533;SC=GCACACACACGCACACAAACA;SOR=0.576;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=122;TCF=50;TCR=72;TR=56;WE=16628194;WS=16628174;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:91,98:0.52:189
chr19	16631322	rs2303119	T	C	2075.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-1.847;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=42;PP=780;ReadPosRankSum=-1.119;SC=GGGTCCGCTGTGGGGAGAGGC;SOR=0.682;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=138;TCF=55;TCR=83;TR=69;WE=16631330;WS=16631312;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:94,105:0.53:199
chr19	16631776	rs8111801	G	C	4100.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.395;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=460;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.523;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=68;PP=2058;ReadPosRankSum=0.942;SC=CCACAAGGAAGTCGTGAAAAA;SOR=0.657;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=271;TCF=123;TCR=148;TR=128;WE=16631789;WS=16631766;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:253,204:0.45:457
chr19	16633950	rs1043481	T	C	3105.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=37;NR=49;PP=1607;SC=TGATGTGGGGTGGGCCCTGTC;SOR=0.802;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=86;TCF=37;TCR=49;TR=86;WE=16633958;WS=16633940;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr19	16664679	rs117188970	G	A	1113.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.603;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.187;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=25;PP=566;ReadPosRankSum=-1.351;SC=TGGTGACGGGGAGGAGGTGCT;SOR=1.010;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=94;TCF=36;TCR=58;TR=37;WE=16664687;WS=16664669;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,56:0.41:138
chr19	16665857	rs731617	C	T	1050.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.009;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=11;PP=510;ReadPosRankSum=-2.325;SC=TGGCAAAGCTCTGACATACAA;SOR=0.651;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=69;TCF=48;TCR=21;TR=36;WE=16665865;WS=16665847;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,51:0.52:98
chr19	16666101	rs2287869	G	C	2277.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.433;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=266;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.730;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=49;PP=1053;ReadPosRankSum=-1.507;SC=AGTAGCTCAGGGGGCTAACGA;SOR=0.889;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=167;TCF=72;TCR=95;TR=82;WE=16666109;WS=16666091;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:145,118:0.45:263
chr19	16797240	rs2249827	A	G	4578.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.44;SOR=0.738;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,180:1.00:180
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chr19	16842221	rs57820084	G	A	275.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.933;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.584;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=1.394;NF=4;NR=6;PP=119;ReadPosRankSum=0.000;SC=GGGTTCAAGCGATTCTCCTGC;SOR=0.344;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=22;TCF=6;TCR=16;TR=10;WE=16842229;WS=16842211;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,14:0.47:30
chr19	16855265	rs812847	A	G	9019.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=343;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=131;NR=88;PP=2965;SC=CCCCTGTCTGATTCCCTCGCG;SOR=0.991;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=219;TCF=131;TCR=88;TR=219;WE=16855273;WS=16855255;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,334:1.00:334
chr19	16856015	rs3848654	T	C	501.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=3.096;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.177;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=11;PP=379;ReadPosRankSum=2.101;SC=CCATCAGATCTTGTGAGACTT;SOR=0.973;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=29;TCF=12;TCR=17;TR=17;WE=16856023;WS=16856005;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,22:0.51:43
chr19	16860105	rs706764	G	A	14102.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=534;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=155;NR=183;PP=2965;SC=CTGCCTGGACGCTGATGCCCA;SOR=0.800;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=338;TCF=155;TCR=183;TR=338;WE=16860113;WS=16860095;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,529:1.00:529
chr19	16876099	rs4808526	T	C	3782.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=36;NR=54;PP=1782;SC=TTTTCATCAATTCTCATACCT;SOR=0.976;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=90;TCF=36;TCR=54;TR=90;WE=16876107;WS=16876089;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,142:1.00:142
chr19	16899838	rs2608737	A	T	1519.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=31;NR=7;PP=820;SC=ACCCTCGCCAACTCTGCTTCA;SOR=2.024;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=39;TCF=31;TCR=8;TR=38;WE=16899846;WS=16899828;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr19	16905474	rs2431802	G	T	851.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=18;PP=661;SC=GGTTAGCAACGTTTTCTGCCA;SOR=1.329;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=29;TCF=11;TCR=18;TR=29;WE=16905482;WS=16905464;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr19	16926067	rs11671361	A	T	1588.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.334;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.561;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=38;PP=831;ReadPosRankSum=-4.152;SC=GCTCCCCAGGACTTGGAGTCA;SOR=0.995;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=125;TCF=47;TCR=78;TR=57;WE=16926075;WS=16926057;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:97,79:0.45:176
chr19	16957638	rs2241377	A	C	427.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-3.416;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.935;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=2;PP=308;ReadPosRankSum=0.411;SC=AAGATCCACAAGTGTGCAGAC;SOR=0.268;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=41;TCF=37;TCR=4;TR=17;WE=16957646;WS=16957629;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,19:0.44:43
chr19	16976286	rs773911	A	G	3611.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=50;NR=45;PP=1870;SC=AGAAGAAGCTATCTCGGATGG;SOR=0.755;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=95;TCF=50;TCR=45;TR=95;WE=16976294;WS=16976276;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr19	16988456	rs2303090	A	G	1218.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.447;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.666;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=25;PP=672;ReadPosRankSum=-0.265;SC=CAGAGGTAAGAGGCCCTGAGA;SOR=0.813;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=88;TCF=36;TCR=52;TR=40;WE=16988464;WS=16988446;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,58:0.45:128
chr19	16988476	rs2258663	T	C	816.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.482;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.621;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=18;PP=397;ReadPosRankSum=0.126;SC=ATGCATGCTCTGTTCCTTCCT;SOR=0.534;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=70;TCF=29;TCR=41;TR=32;WE=16988484;WS=16988466;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,44:0.44:100
chr19	16999897	rs773905	T	C	297.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=2.480;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.207;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=1;PP=245;ReadPosRankSum=0.160;SC=GGTTTATCTCTACCGGCGCGA;SOR=2.985;SbPval=0.93;Source=Platypus;TC=26;TCF=21;TCR=5;TR=13;WE=16999905;WS=16999888;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,13:0.42:31
chr19	17001203	rs2227376	C	T	3053.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=0.644;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=403;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.532;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=39;PP=1192;ReadPosRankSum=0.893;SC=TACTCGGACCCGAGCCCCAGC;SOR=0.792;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=205;TCF=109;TCR=96;TR=87;WE=17001211;WS=17001193;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:241,161:0.40:402
chr19	17003789	rs773901	T	G	3703.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-2.301;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=359;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.799;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=45;PP=1373;ReadPosRankSum=-0.494;SC=ACGTGTATTCTTGTCAATATC;SOR=0.745;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=204;TCF=115;TCR=89;TR=109;WE=17003797;WS=17003779;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:167,189:0.53:356
chr19	17004049	rs1054533	T	C	2152.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.444;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.185;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=42;PP=880;ReadPosRankSum=0.599;SC=ACTATGTCTCTGAGGGGCCGG;SOR=0.504;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=135;TCF=53;TCR=82;TR=73;WE=17004057;WS=17004039;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:97,108:0.53:205
chr19	17006697	rs2227366	C	A	1278.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.543;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FS=0.803;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.90;ReadPosRankSum=-1.032;SOR=0.846;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:56,36:0.39:92
chr19	17006700	rs2981473	G	T	1250.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.506;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.21;ReadPosRankSum=-0.711;SOR=0.646;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:55,33:0.38:88
chr19	17006738	rs146763898	A	ACACGCG	658.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.577;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=1.131;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.29;ReadPosRankSum=0.620;SOR=0.922;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:43,21:0.33:64
chr19	17006787	rs2227367	G	A	399.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-0.759;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=27;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=14;PP=311;ReadPosRankSum=-0.177;SC=TGTTGCGTGGGCCAGGGTGGA;SOR=0.735;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=67;TCF=30;TCR=37;TR=28;WE=17006795;WS=17006777;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,25:0.32:78
chr19	17008578	rs2608732	G	C	1373.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-1.414;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.440;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=12;PP=595;ReadPosRankSum=-0.274;SC=GTGGGCTGTGGGTGCTGACGT;SOR=0.549;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=94;TCF=66;TCR=28;TR=39;WE=17008586;WS=17008568;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,64:0.48:132
chr19	17011860	rs60122837	G	T	861.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.740;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=7.293;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.65;ReadPosRankSum=-1.460;SOR=0.166;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,44:0.59:74
chr19	17011950	rs77345177	A	AC	7934.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=31;NR=84;PP=2936;SC=AGCCAGCCTGACCTGGGTGCC;SOR=1.028;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=123;TCF=36;TCR=87;TR=115;WE=17011959;WS=17011940;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,225:1.00:225
chr19	17015428	rs773863	G	A	1396.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=0.361;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.497;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=34;PP=816;ReadPosRankSum=-0.816;SC=CCCATGGAGCGCATCCAAGCA;SOR=0.848;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=98;TCF=33;TCR=65;TR=50;WE=17015436;WS=17015418;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,62:0.51:121
chr19	17025292	rs706761	G	A	14814.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=583;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=174;NR=189;PP=2965;SC=CAGCGGGACAGTGCCGTGGAT;SOR=0.721;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=363;TCF=174;TCR=189;TR=363;WE=17025300;WS=17025282;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,572:1.00:572
chr19	17032550	rs3745331	A	G	1853.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.284;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FS=2.765;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.92;ReadPosRankSum=0.530;SOR=1.017;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:50,48:0.49:98
chr19	17032559	rs3745332	T	C	2015.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.279;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FS=2.499;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.53;ReadPosRankSum=-0.137;SOR=0.968;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:57,58:0.50:115
chr19	17088299	rs1824152	T	C	833.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-2.394;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.754;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-4.617;NF=11;NR=12;PP=216;ReadPosRankSum=2.064;SC=CACGGCCAGATGAAGAGAGGT;SOR=0.384;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=68;TCF=39;TCR=29;TR=23;WE=17088307;WS=17088289;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,46:0.43:108
chr19	17088319	rs3745335	G	T	936.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.159;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.682;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-4.304;NF=13;NR=13;PP=302;ReadPosRankSum=1.915;SC=TCACACACACGTCGACCTCAG;SOR=0.576;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=79;TCF=42;TCR=37;TR=26;WE=17088327;WS=17088309;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,51:0.41:123
chr19	17091368	rs8103646	T	G	2445.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.636;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=245;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-1.026;NF=56;NR=30;PP=1447;ReadPosRankSum=0.995;SC=CCCGCTTGCTTCGCTGCTGGG;SOR=0.693;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=175;TCF=113;TCR=62;TR=86;WE=17091376;WS=17091358;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:121,113:0.48:234
chr19	17091533	rs8100517	C	T	4873.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.897;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=479;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.523;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=70;NR=96;PP=2160;ReadPosRankSum=-1.771;SC=CTCTGCCTCGCACCAATGTTG;SOR=0.769;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=329;TCF=145;TCR=184;TR=166;WE=17091541;WS=17091523;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:228,244:0.52:472
chr19	17100552	rs1973093	A	G	5012.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.747;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=599;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.522;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-1.109;NF=94;NR=69;PP=2183;ReadPosRankSum=1.221;SC=GAGCCCCCACAGGCTTCCCGT;SOR=0.753;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=356;TCF=203;TCR=153;TR=163;WE=17100560;WS=17100542;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:329,266:0.45:595
chr19	17100666	rs201399822	G	GA	6047.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-1.347;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=434;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.268;NF=6;NR=92;PP=2966;ReadPosRankSum=1.528;SC=GCTCTGCCCAGAAGAAACACC;SOR=0.654;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=194;TCF=15;TCR=179;TR=98;WE=17100674;WS=17100656;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:181,227:0.56:408
chr19	17107825	rs3745337	G	A	9538.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=361;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=174;NR=83;PP=2965;SC=CAGGGGATCCGTTTTCAGCTG;SOR=1.367;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=257;TCF=174;TCR=83;TR=257;WE=17107833;WS=17107815;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,353:1.00:353
chr19	17108135	rs3745340	C	T	6994.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=260;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=68;NR=84;PP=2965;SC=GTCGAAGTCCCGGGAGCCGAG;SOR=0.832;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=152;TCF=68;TCR=84;TR=152;WE=17108143;WS=17108125;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,259:1.00:259
chr19	17111297	rs4808551	A	G	3833.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=71;NR=36;PP=2034;SC=CATGTTGATCATTAAGGCACC;SOR=1.282;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=108;TCF=71;TCR=37;TR=107;WE=17111305;WS=17111287;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,147:1.00:147
chr19	17111411	rs4808064	A	G	6061.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=59;NR=87;PP=2830;SC=GGCCAGGTTGACATAGTGTGG;SOR=0.977;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=146;TCF=59;TCR=87;TR=146;WE=17111419;WS=17111401;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,229:1.00:229
chr19	17119560	rs897768	T	C	2742.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=28;NR=52;PP=1332;SC=CAGAAGGGGATGGGCTGGGCC;SOR=1.232;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=81;TCF=28;TCR=53;TR=80;WE=17119568;WS=17119550;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr19	17160564	rs4808557	T	C	235.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-0.991;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.020;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=3;PP=134;ReadPosRankSum=0.080;SC=TCATAGAAAATGGAGGCTTCA;SOR=0.252;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=27;TCF=22;TCR=5;TR=12;WE=17160572;WS=17160554;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,12:0.44:27
chr19	17163661	rs2305758	C	T	3892.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=2.270;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=430;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.454;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=71;NR=48;PP=1813;ReadPosRankSum=-2.357;SC=CCTTTTTCGCCGTCACGTCCT;SOR=0.861;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=245;TCF=138;TCR=107;TR=119;WE=17163669;WS=17163651;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:228,194:0.46:422
chr19	17166896	rs3214849	TAA	T	1591.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-1.253;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.877;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.976;NF=2;NR=19;PP=840;ReadPosRankSum=-0.536;SC=TGTGCAGGGTTAAGATACAGC;SOR=0.549;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=47;TCF=7;TCR=40;TR=21;WE=17166905;WS=17166886;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,42:0.52:80
chr19	17166981	rs2278997	G	A	231.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-2.336;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=9;PP=164;ReadPosRankSum=2.042;SC=TCCCAAGAGAGCCAAGTGGAT;SOR=0.941;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=18;TCF=4;TCR=14;TR=12;WE=17166989;WS=17166971;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,11:0.55:20
chr19	17169758	rs2305757	G	C	1729.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.854;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.536;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=37;PP=889;ReadPosRankSum=-0.097;SC=CCAGCAGGGGGAGAACTCTGG;SOR=0.748;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=121;TCF=43;TCR=78;TR=57;WE=17169766;WS=17169748;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:107,86:0.45:193
chr19	17170540	rs1551552	GG	AT	1357.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-2.016;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.196;HP=2;HapScore=2;JOINED;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=27;PP=1256;ReadPosRankSum=0.192;SC=TTCTAATGATGGGTTTATTGG;SOR=1.495;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=63;TCF=7;TCR=56;TR=29;WE=17170549;WS=17170530;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,36:0.49:73
chr19	17170885	rs1130222	C	T	3609.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=2.665;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=388;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.921;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=69;NR=46;PP=1672;ReadPosRankSum=0.996;SC=TCACCCTTTCCGACCCCACTG;SOR=0.964;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=236;TCF=128;TCR=108;TR=115;WE=17170893;WS=17170875;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:202,175:0.46:377
chr19	17171035	rs35562523	TAAA	T	1672.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.636;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.90;ReadPosRankSum=-1.011;SOR=0.739;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,71:0.72:99
chr19	17173418	rs71338609	A	G	2804.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.420;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=278;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.433;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=46;PP=1543;ReadPosRankSum=1.508;SC=CCCTTCCCAGAAAGGAAAGAA;SOR=0.602;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=192;TCF=108;TCR=84;TR=101;WE=17173426;WS=17173408;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:141,136:0.49:277
chr19	17173487	rs3816550	A	G	3498.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.792;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=361;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.382;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=52;PP=1688;ReadPosRankSum=-1.069;SC=TCACTGCCCGAGGACCATGGC;SOR=0.684;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=225;TCF=114;TCR=111;TR=108;WE=17173495;WS=17173477;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:188,169:0.47:357
chr19	17179789	rs2305754	G	A	4460.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=66;NR=46;PP=2117;SC=AATTCCAGTTGCTCAGAACCT;SOR=0.987;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=113;TCF=67;TCR=46;TR=112;WE=17179797;WS=17179779;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,168:1.00:168
chr19	17180033	rs2305753	C	T	502.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.529;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=13;PP=252;ReadPosRankSum=2.003;SC=GTCACCACTCCTCCTGCTCGC;SOR=0.957;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=30;TCF=3;TCR=27;TR=14;WE=17180041;WS=17180023;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,22:0.50:44
chr19	17186127	rs2305752	A	C	8398.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.218;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=823;ExcessHet=3.0103;FS=0.525;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.32;ReadPosRankSum=-1.042;SOR=0.757;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:409,405:0.50:814
chr19	17186136	rs2305751	C	A	31054.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=910;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=287;NR=206;PP=2962;SC=TAACTCCCCACCTCCGCTGCC;SOR=0.919;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=494;TCF=287;TCR=207;TR=493;WE=17186144;WS=17186117;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,898:1.00:898
chr19	17212992	rs3745349	C	T	9711.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.264;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1038;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=163;NR=163;PP=2962;ReadPosRankSum=0.284;SC=GTAACCTCCCCGAGCTAACCG;SOR=0.679;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=671;TCF=333;TCR=338;TR=326;WE=17213000;WS=17212982;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:545,483:0.47:1028
chr19	17256032	rs59360945	G	A	663.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-2.996;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.501;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=3;PP=422;ReadPosRankSum=0.839;SC=GTTGCAGTGAGCCAAGATTGT;SOR=0.395;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=45;TCF=40;TCR=5;TR=23;WE=17256040;WS=17256029;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,28:0.53:53
chr19	17263373	.	CA	C	60.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.901;ClippingRankSum=0.000;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.42;MQRankSum=1.515;QD=2.53;ReadPosRankSum=-1.309;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,10:0.42:24
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chr19	17283383	rs11463235	A	AG	2447.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=24;NR=28;PP=2224;SC=GCGAGGTTCCAGGTGCTCAGA;SOR=0.811;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=55;TCF=26;TCR=29;TR=52;WE=17283391;WS=17283373;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
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chr19	17286438	rs8113494	A	T	2065.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=48;NR=15;PP=1385;SC=ATAGGAGGCCATCCCCACCAC;SOR=2.115;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=64;TCF=48;TCR=16;TR=63;WE=17286446;WS=17286428;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr19	17301880	rs4808072	T	C	10795.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.946;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=422;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=132;NR=117;PP=2965;ReadPosRankSum=3.137;SC=CACCTAGATTTTCCTTTCTCC;SOR=0.783;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=249;TCF=132;TCR=117;TR=249;WE=17301888;WS=17301870;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:6,414:0.99:420
chr19	17302056	rs962918	A	G	1937.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=39;PP=1239;SC=TCGGGGCACTACAAACCCACA;SOR=2.056;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=49;TCF=10;TCR=39;TR=49;WE=17302064;WS=17302046;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr19	17306031	rs2279003	T	C	17554.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-1.980;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=676;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=190;NR=222;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.108;SC=CACCGGCCCCTGGCAGCGCCC;SOR=0.273;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=415;TCF=191;TCR=224;TR=412;WE=17306039;WS=17306021;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,668:1.00:669
chr19	17310998	rs79115756	C	T	1188.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.716;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=9;PP=616;ReadPosRankSum=-1.555;SC=TTTTTTGAGTCAGGCATTGAT;SOR=0.660;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=73;TCF=54;TCR=19;TR=36;WE=17311006;WS=17310988;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,53:0.52:101
chr19	17311308	rs8107108	C	T	427.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.360;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.691;HP=4;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=12;PP=306;ReadPosRankSum=-0.202;SC=TGTCCCCAAACGGGGCCTTGA;SOR=1.329;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=25;TCF=7;TCR=18;TR=16;WE=17311316;WS=17311298;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,18:0.64:28
chr19	17316697	rs12327728	C	G	2245.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=1.523;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.340;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=16;PP=1456;ReadPosRankSum=-1.262;SC=GACCAGGAGGCAGAGGCCCCC;SOR=2.155;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=64;TCF=48;TCR=16;TR=64;WE=17316705;WS=17316692;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,77:0.97:79
chr19	17318018	rs17535005	G	A	4763.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=0.611;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=508;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=61;PP=1693;ReadPosRankSum=2.628;SC=ACTCGGACCCGCTGACCAGCA;SOR=0.679;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=266;TCF=136;TCR=130;TR=124;WE=17318026;WS=17318008;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:259,245:0.49:504
chr19	17320272	rs117115747	C	T	146.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.655;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.092;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=2;PP=91;ReadPosRankSum=0.238;SC=AGCCGTGTCCCAGGCACTGCT;SOR=0.293;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=20;TCF=16;TCR=4;TR=8;WE=17320280;WS=17320262;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,8:0.38:21
chr19	17321462	rs55888795	C	A	65.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.114;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=5.98;ReadPosRankSum=-0.369;SOR=0.283;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,4:0.36:11
chr19	17321781	.	C	T	168.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-0.125;ClippingRankSum=0.000;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=4;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=7;PP=105;ReadPosRankSum=-0.409;SC=ACTGGGCAAACAACACTTTTT;SOR=0.582;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=21;TCF=2;TCR=19;TR=8;WE=17321794;WS=17321771;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,9:0.47:19
chr19	17322415	rs8101691	C	T	1960.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.632;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FS=6.270;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.82;ReadPosRankSum=-0.002;SOR=0.353;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:64,89:0.58:153
chr19	17326124	rs113461568	G	A	585.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.055;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=4;PP=199;ReadPosRankSum=0.015;SC=ACGAGCGCGGGGGAAACATCC;SOR=0.812;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=39;TCF=26;TCR=13;TR=15;WE=17326132;WS=17326114;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,31:0.46:67
chr19	17326567	rs388484	A	T	1306.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=21;NR=33;PP=1324;SC=CATGATCAGGACATGGGAAAG;SOR=1.421;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=56;TCF=23;TCR=33;TR=54;WE=17326575;WS=17326557;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr19	17329935	rs71180373	C	CA	253.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.660;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=250;ExcessHet=3.0103;FS=1.551;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.22;ReadPosRankSum=2.082;SOR=0.844;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:160,48:0.23:208
chr19	17330060	rs414528	T	C	13137.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=521;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=145;NR=147;PP=2965;SC=GAGAAGCAGTTGGCAGCTGAG;SOR=0.709;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=292;TCF=145;TCR=147;TR=292;WE=17330068;WS=17330050;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,508:1.00:508
chr19	17337025	rs2288544	C	T	3109.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.007;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=414;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.158;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=53;PP=1498;ReadPosRankSum=1.576;SC=CCCTGCTGAGCGACCCCGCCA;SOR=0.824;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=249;TCF=119;TCR=130;TR=91;WE=17337033;WS=17337015;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:233,166:0.42:399
chr19	17337223	rs2288542	G	A	644.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=4.674;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.161;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=27;PP=570;ReadPosRankSum=1.593;SC=TGCGCGCCCTGGAGGTCGAGG;SOR=1.238;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=70;TCF=5;TCR=65;TR=28;WE=17337231;WS=17337213;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,28:0.35:80
chr19	17337555	rs3745163	C	A	1999.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.796;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=18;PP=779;ReadPosRankSum=0.665;SC=CCCGCAGGACCCGCCCATCAG;SOR=0.677;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=112;TCF=76;TCR=36;TR=54;WE=17337563;WS=17337545;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:101,100:0.50:201
chr19	17338033	rs891202	C	T	4241.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.757;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=341;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.445;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=93;PP=2294;ReadPosRankSum=1.774;SC=TGTGATTCTTCATGCCTGGGA;SOR=0.843;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=220;TCF=66;TCR=154;TR=130;WE=17338041;WS=17338023;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:150,187:0.55:337
chr19	17343326	rs375292555	G	A	2156.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.119;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=49;PP=1296;ReadPosRankSum=1.843;SC=GCAGGCGCCCGAAGCGCTGGG;SOR=0.708;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=172;TCF=67;TCR=105;TR=82;WE=17343334;WS=17343316;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:120,101:0.46:221
chr19	17360878	rs3745168	A	G	185.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-0.397;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.017;HP=5;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=2;PP=103;ReadPosRankSum=1.001;SC=GCCTGGCCACACCCCATCAGG;SOR=1.371;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=17;TCF=13;TCR=4;TR=9;WE=17360886;WS=17360868;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,10:0.53:19
chr19	17361064	rs10415471	C	T	1181.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.635;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.218;HP=5;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=22;PP=682;ReadPosRankSum=0.745;SC=GCTGGGGAGGCGGGAGGGGAG;SOR=0.836;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=121;TCF=70;TCR=51;TR=55;WE=17361072;WS=17361054;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:115,66:0.36:181
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chr19	17362526	rs10469471	A	G	7266.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=281;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=67;NR=134;PP=2965;SC=GTTGCGAAGGAGAAGAGAGGG;SOR=1.404;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=202;TCF=67;TCR=135;TR=201;WE=17362534;WS=17362516;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,265:1.00:265
chr19	17362941	rs7247493	A	C	1808.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=11;NR=33;PP=984;SC=TCAGAGACCCACATCTGGTTC;SOR=1.721;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=44;TCF=11;TCR=33;TR=44;WE=17362949;WS=17362931;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr19	17366110	rs35026554	CA	C	2809.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.683;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.90;ReadPosRankSum=-0.020;SOR=0.644;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:9,148:0.94:157
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chr19	17366313	rs12459398	C	T	4561.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=4.242;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=490;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.769;HP=1;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=94;PP=2220;ReadPosRankSum=1.081;SC=AGCAGGAGCACGTGAGCTGGA;SOR=0.850;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=316;TCF=129;TCR=187;TR=152;WE=17366321;WS=17366303;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:264,222:0.46:486
chr19	17367435	rs9676419	T	C	3483.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.845;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=362;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=61;PP=1604;ReadPosRankSum=0.534;SC=AGAATCTTCATTAGAGAACGG;SOR=0.701;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=212;TCF=81;TCR=131;TR=97;WE=17367443;WS=17367425;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:192,167:0.47:359
chr19	17367585	rs4464206	G	C	1331.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=1.039;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=30;PP=959;ReadPosRankSum=1.680;SC=GGTGGGTTAAGTTCATGCCAA;SOR=1.220;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=38;TCF=7;TCR=31;TR=37;WE=17367593;WS=17367575;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,43:0.98:44
chr19	17379558	rs10424178	C	T	870.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=2.291;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=8;PP=373;ReadPosRankSum=-0.604;SC=GTTTTTAAAACTCCAAGGGGA;SOR=0.749;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=58;TCF=38;TCR=20;TR=25;WE=17379566;WS=17379548;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,38:0.46:82
chr19	17382505	rs10420922	A	T	1677.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-2.201;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.906;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=34;PP=777;ReadPosRankSum=0.820;SC=CAGCCATGGCAGGGAGGGTCC;SOR=0.540;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=116;TCF=42;TCR=74;TR=55;WE=17382513;WS=17382495;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,86:0.49:176
chr19	17384651	rs113272353	C	T	1763.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-2.472;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.716;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=24;PP=1026;ReadPosRankSum=0.817;SC=GAATTACAGGCGTGAGCCACT;SOR=0.518;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=145;TCF=99;TCR=46;TR=72;WE=17384659;WS=17384641;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:96,87:0.48:183
chr19	17387176	rs34084277	A	G	1386.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-2.219;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.051;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=20;PP=692;ReadPosRankSum=1.958;SC=CCTCACAGGCAGCAGTGAACT;SOR=0.357;SbPval=0.23;Source=Platypus;TC=130;TCF=92;TCR=38;TR=55;WE=17387184;WS=17387166;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:100,73:0.42:173
chr19	17387254	rs61634114	G	A	3862.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.745;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=446;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=81;NR=53;PP=2066;ReadPosRankSum=-1.259;SC=TGATAAGAGGGGCAGACCCCC;SOR=0.651;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=312;TCF=189;TCR=123;TR=134;WE=17387262;WS=17387244;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:246,190:0.44:436
chr19	17389648	rs10406920	C	T	2352.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.733;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.024;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=32;PP=1046;ReadPosRankSum=0.777;SC=CCCGCCTCCCCGGCAGGATAT;SOR=0.615;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=144;TCF=84;TCR=60;TR=71;WE=17389656;WS=17389638;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:110,116:0.51:226
chr19	17389704	rs8170	G	A	2624.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.020;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=249;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=39;PP=1348;ReadPosRankSum=-0.977;SC=CCAGCTACAAGTATGAGGTGG;SOR=0.726;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=174;TCF=97;TCR=77;TR=88;WE=17389712;WS=17389694;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:124,124:0.50:248
chr19	17392483	rs7246262	C	G	2025.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=28;NR=23;PP=932;SC=TCCTCCCACCCGGGCTCTTAT;SOR=0.770;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=51;TCF=28;TCR=23;TR=51;WE=17392491;WS=17392473;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr19	17392894	rs8100241	G	A	1401.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=0.577;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.782;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=26;PP=610;ReadPosRankSum=-2.923;SC=GCGCTGCGGCGCGGACCCTAA;SOR=0.917;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=86;TCF=38;TCR=48;TR=43;WE=17392902;WS=17392884;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,71:0.45:159
chr19	17393015	rs1864116	C	T	1090.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=26;PP=698;SC=GACCCCAACGCTCGGTAAGAT;SOR=2.191;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=35;TCF=9;TCR=26;TR=35;WE=17393023;WS=17393005;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr19	17393449	rs73509996	T	G	251.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=2.475;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=0;PP=74;ReadPosRankSum=-0.326;SC=TGACCCCTCTTGCGCTGCCGC;SOR=1.038;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=13;TCR=1;TR=5;WE=17393457;WS=17393439;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,9:0.45:20
chr19	17393504	rs1864113	G	C	1450.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=27;NR=10;PP=817;SC=TGGCCGCCGCGTGGGGCTGCC;SOR=1.524;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=38;TCF=27;TCR=11;TR=37;WE=17393512;WS=17393494;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr19	17393530	rs8108174	T	A	739.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-0.198;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=8;PP=381;ReadPosRankSum=-0.560;SC=GGCCTGGAGCTGCTGCTGAGC;SOR=0.613;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=46;TCF=31;TCR=15;TR=23;WE=17393538;WS=17393520;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,37:0.49:76
chr19	17393925	rs56069439	C	A	647.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-2.945;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.749;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=14;PP=399;ReadPosRankSum=0.845;SC=CTATTTGTGGCCAGCTCTTTC;SOR=0.560;SbPval=0.25;Source=Platypus;TC=51;TCF=28;TCR=23;TR=25;WE=17393933;WS=17393915;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,28:0.50:56
chr19	17394124	rs2363956	T	G	4070.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.329;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=405;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.518;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=52;PP=1762;ReadPosRankSum=-2.365;SC=GACATTGGCTTGGAGGCTGAC;SOR=0.720;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=269;TCF=146;TCR=123;TR=116;WE=17394132;WS=17394114;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:208,196:0.49:404
chr19	17394504	rs891017	A	C	35928.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=1337;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=382;NR=396;PP=2965;SC=ACGGACACCAACCCCTGGAGC;SOR=0.728;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=780;TCF=382;TCR=398;TR=778;WE=17394512;WS=17394494;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,1331:1.00:1331
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chr19	17395003	rs11086065	A	G	7106.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=262;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=61;NR=128;PP=2965;SC=CAGTTTGAGCAGCCAGATCCT;SOR=1.439;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=189;TCF=61;TCR=128;TR=189;WE=17395011;WS=17394993;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,255:1.00:255
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chr19	17397244	rs10425939	C	T	848.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.119;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=12;PP=504;ReadPosRankSum=-1.226;SC=TGGTGGCAGGCTGGCCACCTG;SOR=0.691;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=52;TCF=34;TCR=18;TR=32;WE=17397252;WS=17397234;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,41:0.53:77
chr19	17397479	rs11880549	G	T	281.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.970;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.25;ReadPosRankSum=1.021;SOR=0.705;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:104,21:0.17:125
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chr19	17397483	rs367668712	G	T	636.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.637;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FS=1.765;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.40;ReadPosRankSum=1.035;SOR=0.974;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:87,31:0.26:118
chr19	17397485	.	GTGTGTGTGTGTGTGTT	G	51.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-1.196;ClippingRankSum=0.000;DP=215;ExcessHet=3.0103;FS=7.369;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.37;ReadPosRankSum=2.012;SOR=1.580;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:125,16:0.11:141
chr19	17397487	.	GTGTGTGTGTGTGTT	G	232.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.837;ClippingRankSum=0.000;DP=214;ExcessHet=3.0103;FS=0.870;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.51;ReadPosRankSum=1.954;SOR=0.850;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:132,22:0.14:154
chr19	17397700	rs10401700	A	C	1685.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=7;NR=33;PP=1091;SC=GGGCAACTCCACCTGGAATAG;SOR=2.522;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=7;TCR=33;TR=40;WE=17397708;WS=17397690;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr19	17411507	rs34641950	G	C	647.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-0.647;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.049;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=-0.838;NF=19;NR=6;PP=383;ReadPosRankSum=-1.829;SC=GACTGTTCCCGAACTCCCAAC;SOR=0.213;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=47;TCF=38;TCR=9;TR=25;WE=17411515;WS=17411497;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,30:0.57:53
chr19	17412366	rs11086066	G	A	1783.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=-1.008;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.833;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=23;PP=629;ReadPosRankSum=-0.835;SC=GTGGCCCCACGGCGTTGGGGG;SOR=0.554;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=84;TCF=37;TCR=47;TR=43;WE=17412374;WS=17412356;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:91,90:0.50:181
chr19	17412399	rs11086067	G	A	1667.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-0.790;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=24;PP=655;ReadPosRankSum=-0.763;SC=GGCAACAGAAGATACCGTCGG;SOR=0.706;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=82;TCF=35;TCR=47;TR=41;WE=17412407;WS=17412389;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,82:0.48:170
chr19	17416590	rs3217329	CT	C	6180.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.881;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=264;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.157;NF=60;NR=73;PP=2975;ReadPosRankSum=-0.828;SC=CCAACGGCCTCTTTTTTGCAC;SOR=1.139;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=143;TCF=67;TCR=76;TR=133;WE=17416598;WS=17416579;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,256:0.99:258
chr19	17424932	rs2288463	A	G	4526.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.012;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=44;ReadPosRankSum=-0.525;SC=TGTTCCTGGGACTGGGAGGAA;SOR=0.768;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=93;TCF=48;TCR=45;TR=91;WE=17424940;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,164:0.99:166
chr19	17424947	rs12327712	T	G	1259.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.238;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=20;PP=703;ReadPosRankSum=-1.404;SC=GAGGAATTGGTCACTTCCAGG;SOR=0.672;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=86;TCF=47;TCR=39;TR=41;WE=17424955;WS=17424937;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:91,60:0.40:151
chr19	17430319	rs145884597	AAG	A	1604.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-2.036;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.658;HP=7;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=2.599;NF=21;NR=9;PP=1115;ReadPosRankSum=-1.125;SC=TCCGAAAAAAAAGACTCACAG;SOR=0.299;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=63;TCF=48;TCR=15;TR=30;WE=17430328;WS=17430309;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,54:0.56:96
chr19	17434587	rs12977101	T	G	321.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.81;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr19	17435884	rs755123	T	C	13785.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.052;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=415;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=33.46;ReadPosRankSum=-1.160;SOR=0.753;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:4,408:0.99:412
chr19	17435884	.	TGAC	CGAC,CGAT	2112	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.52;FR=0.5000,0.5000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MMLQ=24;MQ=59.99;NF=135,55;NR=119,52;PP=2112,1400;QD=8.45185516751;SC=ATGTGGCCCCTGACGAGAGGA;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=261;TCF=140;TCR=121;TR=254,107;WE=17435895;WS=17435874;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.97:261
chr19	17435887	rs56286266	C	T	3253.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.639;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=421;ExcessHet=3.0103;FS=0.522;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.82;ReadPosRankSum=0.203;SOR=0.651;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:242,174:0.42:416
chr19	17438642	rs8102944	A	G	14679.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=546;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=136;NR=215;PP=2965;SC=AGAAGAGCACAACGTAGCCGA;SOR=1.059;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=351;TCF=136;TCR=215;TR=351;WE=17438650;WS=17438632;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,539:1.00:539
chr19	17438918	rs11667523	T	C	2457.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=1.891;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.077;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.976;NF=64;NR=27;PP=1391;ReadPosRankSum=0.307;SC=TCGGACGGTGTGTCCCGTCCC;SOR=0.971;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=166;TCF=112;TCR=54;TR=91;WE=17438926;WS=17438908;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:103,106:0.51:209
chr19	17440542	rs8110408	C	G	3617.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.379;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=375;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.778;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=79;NR=59;PP=1912;ReadPosRankSum=-0.057;SC=GCAGGGGGGACTGCCGCTGGG;SOR=0.564;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=280;TCF=168;TCR=112;TR=138;WE=17440550;WS=17440532;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:192,177:0.48:369
chr19	17440871	rs75728808	G	T	3960.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-3.648;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=360;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.258;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=67;NR=88;PP=2343;ReadPosRankSum=-0.771;SC=TCCCCCCAAGGGTGGCAGGGA;SOR=0.620;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=298;TCF=129;TCR=169;TR=155;WE=17440879;WS=17440861;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:167,183:0.52:350
chr19	17441488	rs1529482	C	T	1251.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=32;NR=6;PP=960;SC=ACCTCTCCCCCTGGGGAGCAC;SOR=2.948;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=32;TCR=6;TR=38;WE=17441496;WS=17441485;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr19	17445208	rs117176661	C	T	1558.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=1.699;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.652;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=17;PP=853;ReadPosRankSum=0.236;SC=CCCGAAGCACCGTCCCAGCCC;SOR=0.780;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=113;TCF=74;TCR=39;TR=54;WE=17445216;WS=17445198;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,69:0.50:137
chr19	17448961	rs1864112	A	C	36664.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=1384;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQ=60.01;NF=386;NR=356;PP=2965;SC=GAATTCTCACAGCACCCCGAG;SOR=0.727;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=742;TCF=386;TCR=356;TR=742;WE=17448969;WS=17448951;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,1373:1.00:1373
chr19	17450016	rs3810206	T	C	10369.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=401;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=121;NR=152;PP=2965;SC=CGCTCAGGGGTGCACGTAGTG;SOR=0.767;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=278;TCF=124;TCR=154;TR=273;WE=17450024;WS=17450006;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,390:1.00:390
chr19	17450445	rs11669718	G	C	779.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.363;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=2.859;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.44;ReadPosRankSum=0.700;SOR=0.311;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,32:0.55:58
chr19	17450445	.	GG	CA	370	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;FR=0.5000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=3;NR=16;PP=370;QD=22.2877828875;SC=GGGAACGCGGGGCCCTTTCTC;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=42;TCF=6;TCR=36;TR=19;WE=17450454;WS=17450435;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:23,19:0.45:42
chr19	17450446	rs4808623	G	A	2188.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=35;PP=430;SC=GGAACGCGGGGCCCTTTCTCT;SOR=2.644;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=42;TCF=6;TCR=36;TR=41;WE=17450454;WS=17450435;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr19	17463214	rs62128111	C	T	2960.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.552;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=281;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.914;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=55;PP=1379;ReadPosRankSum=-0.139;SC=AACAGAGTGTCAGACAGAGGG;SOR=0.777;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=175;TCF=82;TCR=93;TR=100;WE=17463222;WS=17463204;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:133,145:0.52:278
chr19	17502698	rs2278235	G	A	2885.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=1.017;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.964;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=69;PP=2020;ReadPosRankSum=0.802;SC=AGGCAGAGGAGAGGAGGAGTG;SOR=1.902;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=100;TCF=29;TCR=71;TR=96;WE=17502706;WS=17502688;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,103:0.98:105
chr19	17514440	rs919265	G	C	1110.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=30.02;SOR=2.494;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr19	17514646	rs113321277	T	TGGG	19024.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=443;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=46;NR=125;PP=2924;SC=GCGGTACAGATGGCAAATCAG;SOR=0.746;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=181;TCF=46;TCR=135;TR=171;WE=17514654;WS=17514636;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,425:1.00:425
chr19	17516400	rs111617488	A	AGCTGAAAG	12129.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=300;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=11;NR=99;PP=2965;SC=TCTCCCCTTTAGAGTCTGGCC;SOR=1.338;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=139;TCF=14;TCR=125;TR=110;WE=17516408;WS=17516390;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,271:1.00:271
chr19	17531450	rs2303680	G	A	2024.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.492;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.138;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=40;PP=965;ReadPosRankSum=-1.450;SC=TCCAGTAAGGGCTGCTTCGGA;SOR=0.605;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=135;TCF=49;TCR=86;TR=64;WE=17531458;WS=17531440;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:98,95:0.49:193
chr19	17531990	rs10679842	C	CTT	1320.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.073;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.49;MQRankSum=0.668;QD=15.36;ReadPosRankSum=0.201;SOR=0.776;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,73:0.85:86
chr19	17533126	rs2303678	A	G	5553.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=88;NR=49;PP=2965;SC=TCACTCCCCTACCCCCCACTC;SOR=1.063;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=138;TCF=88;TCR=50;TR=137;WE=17533134;WS=17533116;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,200:1.00:200
chr19	17534693	rs2288408	T	C	6552.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=235;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=101;NR=74;PP=2965;SC=ATCTTCCTACTTCCCTCTCCC;SOR=1.041;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=176;TCF=102;TCR=74;TR=175;WE=17534701;WS=17534683;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,231:1.00:231
chr19	17535546	rs4808636	C	T	3811.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=67;NR=42;PP=2501;SC=CCTGAGGGGCCGGCACCCGCC;SOR=1.092;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=111;TCF=67;TCR=44;TR=109;WE=17535554;WS=17535536;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chr19	17535658	rs4808637	A	C	14534.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=565;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.14;SOR=0.831;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,556:1.00:556
chr19	17544039	rs62125232	C	T	499.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=1.161;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.763;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=6;PP=306;ReadPosRankSum=0.320;SC=ACTGTCCACACCCTAGAACAT;SOR=0.327;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=42;TCF=30;TCR=12;TR=19;WE=17544047;WS=17544029;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,23:0.48:48
chr19	17544165	rs10415889	C	T	5030.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=54;NR=51;PP=2055;SC=AGATCACCTCCGTTTGTAAAG;SOR=0.693;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=105;TCF=54;TCR=51;TR=105;WE=17544173;WS=17544155;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,184:1.00:184
chr19	17544244	rs34189069	C	T	1353.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=3.115;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.230;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=21;PP=652;ReadPosRankSum=0.941;SC=CTCTGAAAGCCGCACGCCAAA;SOR=0.563;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=99;TCF=42;TCR=57;TR=39;WE=17544252;WS=17544234;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:104,67:0.39:171
chr19	17544375	rs55761990	G	A	326.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.999;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.922;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=11;PP=239;ReadPosRankSum=-0.801;SC=TCCCCTTCCAGGCAGTGCAGA;SOR=0.307;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=29;TCF=4;TCR=25;TR=14;WE=17544383;WS=17544365;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,14:0.47:30
chr19	17547292	rs4808641	A	G	3820.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=66;NR=39;PP=1794;SC=GTCCTTCCCCATGCTCCCTGG;SOR=1.194;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=105;TCF=66;TCR=39;TR=105;WE=17547300;WS=17547282;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,149:1.00:149
chr19	17556054	rs3810209	A	G	8227.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=321;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=81;NR=127;PP=2965;SC=CAAGGGCCACATGTCTGAGGA;SOR=1.055;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=208;TCF=81;TCR=127;TR=208;WE=17556062;WS=17556044;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,313:1.00:313
chr19	17559076	rs4808643	T	C	5386.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=51;NR=71;PP=2625;SC=GGCAGCAGCGTCCCGGCCGCG;SOR=0.908;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=122;TCF=51;TCR=71;TR=122;WE=17559084;WS=17559066;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,193:1.00:193
chr19	17571200	rs12984622	A	G	962.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=28;NR=7;PP=722;SC=CATGGAAGCCAGCATGTGGAA;SOR=2.649;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=35;TCF=28;TCR=7;TR=35;WE=17571208;WS=17571190;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr19	17571766	rs890839	A	G	1230.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=30;PP=859;SC=AAATCTTTAGAAAACCAGCTT;SOR=3.258;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=34;TCF=4;TCR=30;TR=34;WE=17571774;WS=17571756;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr19	17597830	rs12979251	G	T	375.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.013;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.589;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=10;PP=200;ReadPosRankSum=0.433;SC=CGGGCGGGGAGATGCTGCGCC;SOR=1.194;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=42;TCF=18;TCR=24;TR=14;WE=17597838;WS=17597820;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,19:0.41:46
chr19	17598455	rs62126784	G	A	157.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=2.455;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=5;PP=118;ReadPosRankSum=1.796;SC=GGGACAGAGAGGGCAGCTGGT;SOR=0.836;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=18;TCF=3;TCR=15;TR=6;WE=17598463;WS=17598445;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,8:0.33:24
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chr19	17611490	rs11879407	T	G	15621.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=601;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=153;NR=187;PP=2965;SC=ATGGGGATCCTCCACCCATCT;SOR=0.813;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=340;TCF=153;TCR=187;TR=340;WE=17611498;WS=17611480;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,596:1.00:596
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chr19	17622614	rs11086075	C	T	3632.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=42;NR=43;PP=1762;SC=CGCGCTCGGCCTGTCGGGCGG;SOR=0.722;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=86;TCF=42;TCR=44;TR=85;WE=17622622;WS=17622604;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,138:1.00:138
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chr19	17628737	rs8104468	T	C	4332.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=32;NR=107;PP=2965;SC=CCAGACATTATTGTGCTGAAG;SOR=2.237;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=141;TCF=32;TCR=109;TR=139;WE=17628745;WS=17628727;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,142:1.00:142
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chr19	17644224	rs66723561	CAA	C	322.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.208;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=3.010;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.39;MQRankSum=0.738;QD=13.45;ReadPosRankSum=-0.663;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,15:0.62:24
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chr19	17650053	rs74546231	G	A	8407.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=-1.293;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=812;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=106;NR=109;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.452;SC=ACGACGACGTGACCCTAGGCT;SOR=0.669;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=433;TCF=212;TCR=221;TR=215;WE=17650061;WS=17650043;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:402,405:0.50:807
chr19	17651370	rs11878663	A	G	2304.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=2.751;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=267;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.941;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=37;PP=1182;ReadPosRankSum=-0.659;SC=AGAGCCCCTCAGGCACGCGGC;SOR=0.757;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=162;TCF=86;TCR=76;TR=81;WE=17651378;WS=17651360;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:147,116:0.44:263
chr19	17660300	rs11666267	G	A	4111.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.977;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=420;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.048;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=65;PP=1868;ReadPosRankSum=1.631;SC=CACTCTGGACGGCTGCTTGGA;SOR=0.599;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=261;TCF=138;TCR=123;TR=126;WE=17660308;WS=17660290;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:213,205:0.49:418
chr19	17660353	.	G	A	4781.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.194;ClippingRankSum=0.000;DP=446;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.092;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=73;NR=73;PP=2237;ReadPosRankSum=1.098;SC=AACTTCACAGGCTTCTGAAAC;SOR=0.620;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=268;TCF=129;TCR=139;TR=146;WE=17660361;WS=17660343;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:212,228:0.52:440
chr19	17666636	rs7259723	C	T	257.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-2.954;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.813;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=10;PP=174;ReadPosRankSum=0.395;SC=ACGCCTACTTCCCCGAGGAGC;SOR=0.317;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=29;TCF=4;TCR=25;TR=13;WE=17666644;WS=17666626;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,13:0.39:33
chr19	17679597	rs3848645	A	G	1964.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=1.324;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.448;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=53;PP=1276;ReadPosRankSum=0.706;SC=CCAGTTCAGAACACACTGAAG;SOR=0.358;SbPval=0.19;Source=Platypus;TC=133;TCF=29;TCR=104;TR=74;WE=17679605;WS=17679587;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,85:0.52:162
chr19	17691751	rs891184	C	T	2049.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.860;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.562;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=51;PP=1161;ReadPosRankSum=0.225;SC=TGGGGTTTCACGGTGGGTCTG;SOR=0.609;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=140;TCF=47;TCR=93;TR=78;WE=17691759;WS=17691741;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,98:0.53:185
chr19	17692324	rs8100092	T	G	2076.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.180;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=49;PP=1220;ReadPosRankSum=-0.364;SC=GGACATCAGGTCCACCTCTGG;SOR=0.662;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=143;TCF=47;TCR=96;TR=75;WE=17692332;WS=17692314;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:97,95:0.49:192
chr19	17728502	rs2287851	T	C	1883.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.317;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.126;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=23;PP=960;ReadPosRankSum=-0.228;SC=GCGGTCTGGGTACCCTTACCC;SOR=0.818;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=128;TCF=79;TCR=49;TR=63;WE=17728510;WS=17728492;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:103,93:0.47:196
chr19	17729148	rs2287849	C	T	1589.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=2.355;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.206;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=6;PP=928;ReadPosRankSum=0.962;SC=AATGTGGGTCCGAGGCGAGCC;SOR=0.381;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=107;TCF=97;TCR=10;TR=51;WE=17729156;WS=17729138;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,65:0.49:134
chr19	17729672	rs56145097	T	TG	4658.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.549;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=444;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.522;HP=6;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQ=60.05;MQRankSum=1.525;NF=19;NR=57;PP=2096;ReadPosRankSum=0.845;SC=CACATGAGTTTGGGGGGCAGT;SOR=0.699;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=187;TCF=47;TCR=140;TR=76;WE=17729680;WS=17729662;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:223,193:0.46:416
chr19	17729787	rs56257446	T	G	1646.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=1.389;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.880;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.572;NF=17;NR=43;PP=980;ReadPosRankSum=-0.628;SC=GGTAACAACATACAGCTGGGT;SOR=0.490;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=138;TCF=38;TCR=100;TR=60;WE=17729795;WS=17729777;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:96,79:0.45:175
chr19	17734488	rs10419420	A	G	783.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=20;PP=637;SC=CCAGCCCAGAAGAGGTGGAAG;SOR=2.584;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=4;TCR=20;TR=24;WE=17734496;WS=17734478;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr19	17735631	rs148883310	G	A	1390.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.199;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.084;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=12;PP=716;ReadPosRankSum=0.621;SC=CCCCCTGCAGGTCTCACCGTC;SOR=0.905;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=126;TCF=86;TCR=40;TR=47;WE=17735639;WS=17735621;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:96,67:0.41:163
chr19	17737435	rs12610816	A	G	1136.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.382;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.533;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=14;PP=721;ReadPosRankSum=0.186;SC=CACCTGGCCCAGCTCACTTGC;SOR=0.859;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=108;TCF=76;TCR=32;TR=52;WE=17737443;WS=17737425;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,58:0.46:125
chr19	17737650	rs12609205	G	A	2692.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.018;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=241;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.503;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=64;PP=1544;ReadPosRankSum=-0.207;SC=TGAGGACACAGATGCTGATCT;SOR=0.637;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=174;TCF=53;TCR=121;TR=91;WE=17737658;WS=17737640;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:111,124:0.53:235
chr19	17738466	rs3810441	T	C	1442.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=2.072;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.899;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=30;PP=818;ReadPosRankSum=0.317;SC=TACTGGGCATTTTCTCATCTG;SOR=0.886;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=143;TCF=63;TCR=80;TR=52;WE=17738474;WS=17738456;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:109,71:0.39:180
chr19	17738850	rs56388321	C	T	615.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-1.625;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=20;PP=459;ReadPosRankSum=0.381;SC=GGGTCTGGGTCTGGAGGAAGC;SOR=0.871;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=50;TCF=11;TCR=39;TR=25;WE=17738858;WS=17738840;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,27:0.47:58
chr19	17741047	rs10413821	A	G	2335.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=2.767;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=32;PP=1119;ReadPosRankSum=-1.940;SC=GTTGGGAGAAAACATCCACCA;SOR=0.671;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=117;TCF=59;TCR=58;TR=65;WE=17741055;WS=17741037;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,106:0.55:193
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chr19	17746940	rs77267738	C	T	1930.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.554;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.51;ReadPosRankSum=-0.083;SOR=0.656;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:106,97:0.48:203
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chr19	17750183	rs11882798	T	C	850.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=1.961;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.609;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=10;PP=396;ReadPosRankSum=1.447;SC=TCACTTGTCCTGGGAGCTGGG;SOR=1.117;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=72;TCF=42;TCR=30;TR=30;WE=17750191;WS=17750173;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,45:0.39:116
chr19	17750207	rs11879994	C	A	925.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=0.661;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.671;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=12;PP=477;ReadPosRankSum=1.858;SC=CCTAGAGAACCCTCCTTGGAG;SOR=1.063;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=74;TCF=41;TCR=33;TR=34;WE=17750215;WS=17750197;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,49:0.40:124
chr19	17753824	.	A	AT	278.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.574;ClippingRankSum=0.000;DP=210;ExcessHet=3.0103;FS=5.360;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.15;MQRankSum=2.973;QD=1.67;ReadPosRankSum=-1.471;SOR=0.331;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:128,39:0.23:167
chr19	17760561	rs11665951	C	T	874.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=24;PP=684;SC=GGTGACCTTACTTGGAAACGG;SOR=3.767;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=27;TCF=3;TCR=24;TR=27;WE=17760569;WS=17760551;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr19	17763392	rs1159365	A	G	12556.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=479;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=164;NR=145;PP=2965;SC=CCAGCCTTGGACTTGGGGTTC;SOR=0.791;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=309;TCF=164;TCR=145;TR=309;WE=17763400;WS=17763382;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,470:1.00:470
chr19	17766900	rs34752754	C	T	3150.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.388;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=303;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.780;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=1.003;NF=53;NR=48;PP=1549;ReadPosRankSum=0.563;SC=TCACGCTGGGCATAGCTGCCC;SOR=0.514;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=189;TCF=107;TCR=82;TR=101;WE=17766908;WS=17766890;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:150,151:0.50:301
chr19	17769166	rs7258943	C	T	1166.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=32;PP=914;SC=CTTACGGTGCCGCTACCGAAG;SOR=3.500;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=5;TCR=32;TR=37;WE=17769174;WS=17769156;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr19	17777431	rs10424761	A	G	5215.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=56;NR=66;PP=2457;SC=TTCAGCTGATACCCAAGGAAG;SOR=0.799;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=122;TCF=56;TCR=66;TR=122;WE=17777439;WS=17777421;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,196:1.00:196
chr19	17777508	rs9305092	C	G	3439.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=30;NR=50;PP=1657;SC=CATCTTGGAACGAATACTGAA;SOR=1.075;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=80;TCF=30;TCR=50;TR=80;WE=17777516;WS=17777498;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
chr19	17778832	rs7248783	A	G	6933.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=270;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=151;NR=62;PP=2965;SC=AGGGAAAGACAAGCTTAGAGA;SOR=1.739;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=213;TCF=151;TCR=62;TR=213;WE=17778840;WS=17778822;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,264:1.00:264
chr19	17783019	rs4808677	G	A	1966.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=53;NR=11;PP=1394;SC=AGAGCAAGATGGAAGGTGTAT;SOR=3.007;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=64;TCF=53;TCR=11;TR=64;WE=17783027;WS=17783009;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr19	17830278	rs77749111	G	A	193.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.256;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.46;ReadPosRankSum=-1.061;SOR=0.582;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,12:0.40:30
chr19	17830507	.	GGGC	G	763.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.455;ClippingRankSum=0.000;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.91;ReadPosRankSum=1.239;SOR=0.711;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,21:0.44:48
chr19	17835831	rs3761055	T	G	8455.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.396;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=906;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=114;NR=124;PP=2962;ReadPosRankSum=1.342;SC=ACAGAACGGGTCCTTTAGTGT;SOR=0.709;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=545;TCF=266;TCR=279;TR=238;WE=17835839;WS=17835821;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:481,422:0.47:903
chr19	17837425	rs17710707	C	G	2282.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-0.622;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=239;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.593;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=31;PP=924;ReadPosRankSum=0.546;SC=ACGCTGGCCTCTGTGTGCGCC;SOR=0.581;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=145;TCF=79;TCR=66;TR=66;WE=17837433;WS=17837415;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:122,110:0.47:232
chr19	17837981	rs7253548	A	G	6143.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.538;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=688;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=115;NR=124;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.357;SC=CCCCCAGTGCAGCCTGCGGCT;SOR=0.646;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=492;TCF=235;TCR=257;TR=239;WE=17837989;WS=17837958;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:367,305:0.45:672
chr19	17844325	rs2287860	T	C	1552.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.428;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.146;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=27;PP=741;ReadPosRankSum=1.557;SC=TAAGCTGTGTTCCCCAGGCCA;SOR=0.532;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=90;TCF=35;TCR=55;TR=47;WE=17844333;WS=17844315;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,73:0.53:139
chr19	17881834	rs13345061	G	A	300.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=1.296;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=7;PP=130;ReadPosRankSum=-2.136;SC=AGGCCGAGGCGGGAGGATCAC;SOR=0.871;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=17;TCF=3;TCR=14;TR=8;WE=17881842;WS=17881824;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,13:0.62:21
chr19	17885336	rs2287856	C	T	932.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=25;PP=625;SC=CCGAGATCCCCTCCCCTGCCC;SOR=3.193;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=30;TCF=3;TCR=27;TR=28;WE=17885344;WS=17885326;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr19	17885880	rs2287855	C	T	3472.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-2.169;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=337;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.789;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=48;PP=1299;ReadPosRankSum=0.668;SC=TCCTGGAGCCCGATTCAGGGG;SOR=0.752;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=196;TCF=99;TCR=97;TR=100;WE=17885888;WS=17885870;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:158,177:0.53:335
chr19	17887024	rs2287853	T	C	8585.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=321;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=84;NR=115;PP=2965;SC=GCTGGATGCATTCGTGTGTGA;SOR=0.938;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=200;TCF=84;TCR=116;TR=199;WE=17887032;WS=17887014;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,317:1.00:317
chr19	17887563	rs13345379	G	A	1911.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=11;NR=44;PP=1256;SC=CCATGTCTCCGCCTGGTGTTC;SOR=2.200;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=55;TCF=11;TCR=44;TR=55;WE=17887571;WS=17887553;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr19	17888847	rs34991275	C	CA	686.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.092;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.20;MQRankSum=0.563;QD=13.73;ReadPosRankSum=0.203;SOR=0.538;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,41:0.82:50
chr19	17889044	rs34062212	G	A	836.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.995;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.897;HP=3;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=16;PP=443;ReadPosRankSum=-3.200;SC=ACAGGTGATGGGGATAAGGGA;SOR=0.930;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=51;TCF=24;TCR=27;TR=27;WE=17889052;WS=17889034;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,39:0.51:76
chr19	17892193	rs2287852	G	C	9247.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=342;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=129;NR=110;PP=2965;SC=TGGGGGTCGCGTCTGGGGTCC;SOR=0.819;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=240;TCF=130;TCR=110;TR=239;WE=17892201;WS=17892183;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,334:1.00:334
chr19	17892478	rs2042299	A	G	3937.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=38;NR=47;PP=1894;SC=CTATATTCACACTGTCTATCC;SOR=0.853;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=85;TCF=38;TCR=47;TR=85;WE=17892486;WS=17892468;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
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chr19	17892591	rs2042298	A	G	6834.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=271;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=75;NR=67;PP=2507;SC=CAGCCTTCACAGAGTATGTCC;SOR=0.731;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=142;TCF=75;TCR=67;TR=142;WE=17892599;WS=17892581;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,267:1.00:267
chr19	17892796	.	CTTTTTTTTTTTTTTTT	C	584	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;FR=0.5000;HP=20;HapScore=2;MGOF=3;MMLQ=18;MQ=58.06;NF=0;NR=5;PP=584;QD=117.4;SC=ATAGGAGGGCCTTTTTTTTTT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=0;TCR=10;TR=5;WE=17892819;WS=17892786;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:5,5:0.50:10
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chr19	17919024	rs2240813	A	T	4850.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.827;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=486;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.105;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=97;PP=2536;ReadPosRankSum=0.654;SC=AGCGCAAGGTACGGGGTTTGC;SOR=0.817;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=342;TCF=144;TCR=198;TR=158;WE=17919032;WS=17919014;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:245,229:0.48:474
chr19	17922795	rs36686	G	A	20024.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=773;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=221;NR=261;PP=2965;SC=CCATCGCAACGCCTGTCCTCC;SOR=0.824;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=482;TCF=221;TCR=261;TR=482;WE=17922803;WS=17922785;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,759:1.00:759
chr19	17922972	rs45514998	T	G	1406.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=1.350;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.732;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=37;PP=906;ReadPosRankSum=-0.163;SC=CCTGTTTCCATAGGAAGGGGC;SOR=0.449;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=94;TCF=23;TCR=71;TR=52;WE=17922980;WS=17922962;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,61:0.54:113
chr19	17931077	rs10410852	A	G	101.78	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.69;BaseQRankSum=0.366;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=1;PP=35;ReadPosRankSum=-0.921;SC=TGGGTGACAGAGCGAGGCTAT;SOR=1.329;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=3;TCF=2;TCR=1;TR=3;WE=17931085;WS=17931067;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,6:0.75:8
chr19	17932138	rs6523	T	C	1338.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.651;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=13;PP=530;ReadPosRankSum=-2.449;SC=TCGCCTCCGGTCGCAGGCCTC;SOR=0.662;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=103;TCF=62;TCR=41;TR=34;WE=17932146;WS=17932128;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,66:0.43:154
chr19	17932289	rs2286663	C	T	1327.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.456;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=24;PP=537;ReadPosRankSum=-0.579;SC=GCAGCACCAGCGCCCAGGCGG;SOR=0.720;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=91;TCF=36;TCR=55;TR=40;WE=17932297;WS=17932279;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,69:0.45:155
chr19	17937429	rs3008	A	G	2068.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=50;NR=18;PP=1304;SC=ATGCAATGTCATGGGGGTGTT;SOR=1.936;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=68;TCF=50;TCR=18;TR=68;WE=17937437;WS=17937419;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr19	17937758	rs3212798	C	T	1387.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=8;NR=30;PP=898;SC=CGTGCCTGAGCAGTCCAAAGG;SOR=1.863;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=39;TCF=8;TCR=31;TR=38;WE=17937766;WS=17937748;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr19	17950520	rs35060213	C	T	273.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-2.512;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=9;PP=123;ReadPosRankSum=0.790;SC=CAGACACTCTCCTTCTCAGTC;SOR=0.495;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=31;TCF=6;TCR=25;TR=11;WE=17950528;WS=17950510;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,15:0.45:33
chr19	17955001	rs3212713	C	T	477.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.550;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.93;ReadPosRankSum=-0.564;SOR=0.793;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,14:0.47:30
chr19	17955001	.	CCC	TCT	411	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;FR=0.5000;HP=3;HapScore=2;MGOF=18;MMLQ=28;MQ=60.0;NF=7;NR=2;PP=411;QD=51.6075416514;SC=CCCACACAGCCCCATCCTTCC;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=26;TCF=18;TCR=8;TR=9;WE=17955011;WS=17954991;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:17,9:0.35:26
chr19	17955003	rs3212712	C	T	477.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.351;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.06;ReadPosRankSum=0.644;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,12:0.43:28
chr19	17955021	rs3212711	G	A	339.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=1.213;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=6;PP=217;ReadPosRankSum=-0.520;SC=CCTCTGGCCCGATCCACTAGG;SOR=0.481;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=29;TCF=18;TCR=11;TR=14;WE=17955029;WS=17955011;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,16:0.50:32
chr19	17958777	rs7254346	T	C	2059.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=1.046;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.560;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=25;PP=1100;ReadPosRankSum=3.678;SC=GACCCTGGACTTTCGAAGGGC;SOR=0.786;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=105;TCF=61;TCR=44;TR=61;WE=17958785;WS=17958767;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,94:0.54:175
chr19	17959012	rs13345965	C	T	315.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.081;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.764;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=14;PP=232;ReadPosRankSum=0.404;SC=GATGATAGCACAGAGAAGGGT;SOR=2.295;SbPval=0.92;Source=Platypus;TC=44;TCF=11;TCR=33;TR=16;WE=17959020;WS=17959002;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,17:0.31:54
chr19	17994393	rs73520742	T	G	1248.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.950;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.050;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=14;PP=759;ReadPosRankSum=0.097;SC=GAGACCCACATTGGAGTTCCT;SOR=0.384;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=86;TCF=63;TCR=23;TR=45;WE=17994401;WS=17994383;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,56:0.53:106
chr19	17994635	rs55910163	C	T	742.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.385;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.562;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=47;PP=1191;ReadPosRankSum=-0.752;SC=CCCTCCCCTTCCCTGACGCCG;SOR=1.563;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=144;TCF=47;TCR=97;TR=66;WE=17994643;WS=17994625;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,38:0.43:88
chr19	18001686	rs4808708	G	A	2239.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=41;NR=16;PP=1181;SC=ATTTCTCCCCGCCTCTCAGGC;SOR=1.525;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=57;TCF=41;TCR=16;TR=57;WE=18001694;WS=18001676;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr19	18001839	rs4808709	A	G	5427.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.720;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=69;PP=2334;ReadPosRankSum=-1.014;SC=TCCCAGATCTAGAGGCAGCCA;SOR=0.896;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=122;TCF=51;TCR=71;TR=119;WE=18001847;WS=18001829;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,203:0.99:205
chr19	18004393	rs35036312	G	A	797.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=22;NR=3;PP=663;SC=CTGAGCAAGGGGATAGTATGC;SOR=3.528;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=26;TCF=23;TCR=3;TR=25;WE=18004401;WS=18004383;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr19	18047521	rs12151269	C	T	883.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.846;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.771;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=17;PP=340;ReadPosRankSum=-0.362;SC=CAGGCGCTGTCGCTCACGCCT;SOR=0.231;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=44;TCF=12;TCR=32;TR=26;WE=18047529;WS=18047511;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,42:0.67:63
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chr19	18054643	rs1052564	C	T	750.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=2.275;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.446;HP=4;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=22;PP=453;ReadPosRankSum=2.301;SC=CGCCGGGCCCCGGGGCCATGC;SOR=0.372;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=49;TCF=5;TCR=44;TR=26;WE=18054651;WS=18054633;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,32:0.56:57
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chr19	18108904	rs73024700	G	A	2114.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=3.105;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=254;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.829;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=29;PP=1187;ReadPosRankSum=0.918;SC=TCGTGGTATCGTCCTTTCCTC;SOR=0.879;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=182;TCF=108;TCR=74;TR=78;WE=18108912;WS=18108894;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:149,105:0.41:254
chr19	18108956	rs4808732	C	G	3468.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.806;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=387;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.656;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=51;PP=1645;ReadPosRankSum=-1.492;SC=CTCTGTCTCCCGCAGACCCAG;SOR=0.786;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=247;TCF=134;TCR=113;TR=115;WE=18108964;WS=18108946;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:207,178:0.46:385
chr19	18110890	rs4808110	C	T	765.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-1.306;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=15;PP=294;ReadPosRankSum=-0.125;SC=AGGGATCACACTGGAGTCTTT;SOR=0.686;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=66;TCF=28;TCR=38;TR=25;WE=18110898;WS=18110880;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,43:0.42:102
chr19	18110994	rs4808733	T	C	162.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-2.745;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=6;PP=73;ReadPosRankSum=-0.070;SC=ACCCAGGGTTTGGTTAAGGAA;SOR=0.760;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=20;TCF=4;TCR=16;TR=7;WE=18111002;WS=18110984;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,9:0.43:21
chr19	18121154	rs17852059	G	A	2690.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.431;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=258;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=67;PP=1599;ReadPosRankSum=-1.645;SC=GGGCCTTGCCGGAGCGGCCTG;SOR=0.706;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=195;TCF=56;TCR=139;TR=92;WE=18121162;WS=18121144;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:131,123:0.48:254
chr19	18121466	rs8100681	C	T	3986.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-2.716;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=405;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=59;PP=1569;ReadPosRankSum=2.343;SC=AGGACCCCGACATGAGCCTTG;SOR=0.732;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=241;TCF=121;TCR=120;TR=121;WE=18121474;WS=18121456;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:196,206:0.51:402
chr19	18123617	rs7255640	A	G	622.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.726;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=8;PP=282;ReadPosRankSum=-1.914;SC=TGATGGCCTCATCCCTGGTCA;SOR=0.799;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=54;TCF=35;TCR=19;TR=24;WE=18123625;WS=18123607;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,34:0.44:78
chr19	18123738	rs7259041	T	C	1644.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.272;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.622;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=28;PP=798;ReadPosRankSum=-0.264;SC=CCAAACCCACTCTTGGGGGAC;SOR=0.601;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=99;TCF=47;TCR=52;TR=54;WE=18123746;WS=18123728;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,79:0.55:143
chr19	18143862	rs11883085	G	A	96.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=0.387;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=1;PP=72;ReadPosRankSum=1.099;SC=CAGGTACTGGGGCTGAGGGCA;SOR=0.527;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=13;TCF=11;TCR=2;TR=5;WE=18143870;WS=18143852;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,5:0.33:15
chr19	18143954	rs35627700	C	G	2462.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=36;NR=23;PP=1137;SC=CCTCCCTTTCCCTGAGAGCTC;SOR=1.029;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=59;TCF=36;TCR=23;TR=59;WE=18143962;WS=18143944;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr19	18170265	rs3833286	T	TC	427.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=1.262;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.959;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=0;PP=458;ReadPosRankSum=0.249;SC=CATCTAGGGTTCCCCCGCAGG;SOR=2.059;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=30;TCF=26;TCR=4;TR=15;WE=18170273;WS=18170255;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,17:0.53:32
chr19	18170384	rs3746190	G	A	2470.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.720;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.521;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.867;NF=41;NR=35;PP=1220;ReadPosRankSum=-0.456;SC=ACGTAGCCTCGGGCGAGTCAC;SOR=0.631;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=126;TCF=70;TCR=56;TR=76;WE=18170392;WS=18170374;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,117:0.58:203
chr19	18170657	rs12461312	C	A	1190.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.810;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=21.555;HP=5;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=14;PP=773;ReadPosRankSum=2.511;SC=CCCCACCCCCCGGGCAGGGTT;SOR=1.567;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=90;TCF=67;TCR=23;TR=47;WE=18170665;WS=18170647;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,51:0.66:77
chr19	18170680	rs17882555	G	A	1549.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.363;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=11.427;HP=2;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=21;PP=861;ReadPosRankSum=2.721;SC=ACCCCTGACCGTCTGGCCCAC;SOR=1.224;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=119;TCF=80;TCR=39;TR=60;WE=18170688;WS=18170670;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,72:0.57:127
chr19	18170962	rs1870063	C	T	1124.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=2.985;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=36;PP=842;ReadPosRankSum=-0.628;SC=CAGGATGGAACGGACCAGGTC;SOR=0.811;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=72;TCF=15;TCR=57;TR=46;WE=18170970;WS=18170952;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,48:0.56:85
chr19	18171886	rs383483	A	G	4154.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=2.933;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=420;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.034;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=77;NR=50;PP=1761;ReadPosRankSum=1.391;SC=CTTGTCCAGCATGTGCACCCA;SOR=0.973;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=258;TCF=143;TCR=115;TR=127;WE=18171894;WS=18171866;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:208,208:0.50:416
chr19	18172043	rs67773732	G	GT	300.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.911;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FS=3.270;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.57;ReadPosRankSum=-0.501;SOR=0.293;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,28:0.52:54
chr19	18172841	rs17878533	A	G	464.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-4.307;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=12.643;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=6;PP=303;ReadPosRankSum=-1.324;SC=CTGCTGCTTCAATAAAGCTGT;SOR=0.049;SbPval=0.18;Source=Platypus;TC=41;TCF=34;TCR=7;TR=22;WE=18172849;WS=18172831;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,24:0.55:44
chr19	18180413	rs401502	C	G	1827.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.125;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.547;HP=4;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=21;PP=777;ReadPosRankSum=1.281;SC=GCAAGGCCCCCGTCCTGGCCC;SOR=0.755;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=131;TCF=81;TCR=50;TR=60;WE=18180421;WS=18180403;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:95,91:0.49:186
chr19	18180451	rs375947	A	G	3058.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.646;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=316;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=37;PP=992;ReadPosRankSum=-1.456;SC=GCAATACGTCATGCTCTGAGC;SOR=0.715;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=184;TCF=101;TCR=83;TR=84;WE=18180459;WS=18180441;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:155,159:0.51:314
chr19	18180646	rs391410	G	A	517.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.614;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=16;PP=293;ReadPosRankSum=-1.147;SC=AGGGCCAGGGGTGTCTGTGTT;SOR=0.714;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=42;TCF=6;TCR=36;TR=18;WE=18180654;WS=18180636;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,25:0.46:54
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chr19	18193191	rs2305743	G	A	1309.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.508;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.363;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=25;PP=616;ReadPosRankSum=-1.680;SC=AACCCTCCCCGCGTCCTTCCT;SOR=0.435;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=83;TCF=32;TCR=51;TR=44;WE=18193199;WS=18193181;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,64:0.52:122
chr19	18197635	rs436857	G	A	7628.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=1.352;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=761;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=123;NR=109;PP=2962;ReadPosRankSum=0.595;SC=CGGCTCCATCGGATCCACGTA;SOR=0.672;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=466;TCF=245;TCR=221;TR=232;WE=18197643;WS=18197625;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:375,377:0.50:752
chr19	18197744	rs393548	T	A	7031.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-0.249;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=690;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=70;NR=118;PP=2945;ReadPosRankSum=-2.222;SC=GAGAAAAGACTGAAAAAAAAG;SOR=0.674;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=390;TCF=146;TCR=244;TR=188;WE=18197753;WS=18197734;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:330,347:0.51:677
chr19	18218444	rs62123561	A	G	2482.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=3.131;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=273;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=33;PP=1325;ReadPosRankSum=-2.599;SC=TTCACCTGGGACTGGCGGGCT;SOR=0.683;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=177;TCF=98;TCR=79;TR=74;WE=18218452;WS=18218434;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:149,116:0.44:265
chr19	18218610	rs67234314	A	T	1835.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-2.059;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.631;HP=5;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=38;PP=882;ReadPosRankSum=-0.471;SC=CAAACATGGGAGGCCATGCCA;SOR=0.623;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=98;TCF=35;TCR=63;TR=60;WE=18218618;WS=18218600;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,87:0.59:147
chr19	18232778	rs273483	A	G	7131.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=261;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=56;NR=123;PP=2965;SC=ACCACGGGCAAGGGTTGGGCA;SOR=1.379;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=180;TCF=56;TCR=124;TR=179;WE=18232786;WS=18232768;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,254:1.00:254
chr19	18233279	rs273486	C	G	862.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=20;NR=6;PP=625;SC=GGCAGCTGGACTCACGGGGGG;SOR=2.303;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=20;TCR=6;TR=26;WE=18233291;WS=18233269;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr19	18233283	rs55849352	C	CG	362.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-0.354;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.779;HP=7;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=3;PP=162;ReadPosRankSum=-0.859;SC=GCTGGACTCACGGGGGGGCTT;SOR=0.349;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=27;TCF=19;TCR=8;TR=8;WE=18233291;WS=18233269;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,17:0.55:31
chr19	18234441	rs740691	C	T	1767.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=0.582;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=255;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.477;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=29;PP=651;ReadPosRankSum=-0.487;SC=TGATGAATCACGTGTACCGGG;SOR=0.639;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=138;TCF=56;TCR=82;TR=49;WE=18234449;WS=18234431;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:150,97:0.39:247
chr19	18235352	rs123202	T	G	4079.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=0.654;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.604;HP=4;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=69;NR=50;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.918;SC=GGAGACCCAGTGGGTGAGCTG;SOR=0.677;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=121;TCF=70;TCR=51;TR=119;WE=18235360;WS=18235342;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,132:0.99:133
chr19	18235424	rs123203	T	C	8244.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=318;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=117;NR=82;PP=2965;SC=AACCAAGCCCTGGGTGACCAG;SOR=0.953;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=199;TCF=117;TCR=82;TR=199;WE=18235432;WS=18235414;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,308:1.00:308
chr19	18242675	rs273497	C	T	1684.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=31.20;SOR=6.593;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr19	18245512	rs2270623	C	T	5287.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.652;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=493;ExcessHet=3.0103;FS=2.456;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.90;ReadPosRankSum=-2.027;SOR=0.856;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:216,269:0.55:485
chr19	18245807	rs12983325	C	T	2504.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.930;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FS=0.491;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.13;ReadPosRankSum=0.150;SOR=0.639;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:101,124:0.55:225
chr19	18245813	rs273499	T	C	7833.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=36.61;SOR=0.918;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,214:1.00:214
chr19	18248146	rs541225	T	C	21605.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=836;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=226;NR=239;PP=2965;SC=AGCTCGAAGCTGAGGATGATA;SOR=0.722;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=465;TCF=226;TCR=239;TR=465;WE=18248154;WS=18248136;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,830:1.00:830
chr19	18252829	rs613339	A	G	3586.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=37;NR=42;PP=1735;SC=ACATCCGGTAAGTGGCCTGGG;SOR=0.755;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=79;TCF=37;TCR=42;TR=79;WE=18252837;WS=18252819;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr19	18255359	rs8108738	G	A	3628.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.011;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=318;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.859;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=42;PP=1565;ReadPosRankSum=-1.530;SC=TCTGGATGCCGGCCGGGGCCG;SOR=0.621;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=193;TCF=112;TCR=81;TR=98;WE=18255367;WS=18255349;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:146,171:0.54:317
chr19	18256418	rs11305984	TC	T	2539.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=52;NR=10;PP=2263;SC=GAGTAGGAGTTCCCCCAGGAT;SOR=3.726;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=80;TCF=64;TCR=16;TR=62;WE=18256426;WS=18256416;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr19	18257750	rs2072490	C	T	2517.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.616;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=302;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.168;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=51;PP=1237;ReadPosRankSum=-2.529;SC=TCAAGGTGGGCCCCGCCCGGA;SOR=0.873;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=196;TCF=82;TCR=114;TR=82;WE=18257758;WS=18257740;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:173,126:0.42:299
chr19	18257875	rs273279	C	T	1526.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=3;NR=45;PP=1215;SC=GGCGGGGCCACGGGGACTGGG;SOR=3.486;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=49;TCF=3;TCR=46;TR=48;WE=18257883;WS=18257865;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
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chr19	18272190	rs2241088	A	C	260.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=3;PP=66;SC=CCGCGTGGCCAGCCGCGCCCC;SOR=0.859;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=6;TCF=3;TCR=3;TR=6;WE=18272198;WS=18272180;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
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chr19	18286546	rs200373	T	A	1179.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=2.361;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.828;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=31;PP=751;ReadPosRankSum=0.357;SC=GAGGGGGACATGGGTGGTAAC;SOR=1.105;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=81;TCF=28;TCR=53;TR=44;WE=18286554;WS=18286536;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,53:0.53:100
chr19	18288069	rs7125	A	G	4301.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-1.346;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=406;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=59;PP=1592;ReadPosRankSum=-0.084;SC=TCCAGCCACCACACGAGTATG;SOR=0.662;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=232;TCF=107;TCR=125;TR=112;WE=18288077;WS=18288059;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:189,213:0.53:402
chr19	18304700	rs874628	A	G	2679.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.230;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=264;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.155;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=40;PP=1452;ReadPosRankSum=1.428;SC=GGGCTGCAGCATGGGTCCCTT;SOR=0.553;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=180;TCF=119;TCR=61;TR=105;WE=18304708;WS=18304690;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:126,132:0.51:258
chr19	18305578	rs16982263	G	C	928.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.340;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.062;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=5;PP=444;ReadPosRankSum=-1.000;SC=TTCTTGGTTTGCTTCCCAGGC;SOR=1.007;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=57;TCF=41;TCR=16;TR=27;WE=18305586;WS=18305568;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,40:0.55:73
chr19	18305824	rs2271881	C	T	5570.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-2.078;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=832;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.118;HP=6;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=90;NR=105;PP=2962;ReadPosRankSum=0.168;SC=TCGTGCCCCCCCAATTTCGAG;SOR=0.802;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=453;TCF=226;TCR=227;TR=195;WE=18305832;WS=18305814;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:502,326:0.39:828
chr19	18307108	rs1044821	C	T	6518.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.569;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=689;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.520;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=104;NR=92;PP=2962;ReadPosRankSum=0.771;SC=GAACCTCATGCGACCTGTGAC;SOR=0.752;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=417;TCF=215;TCR=202;TR=196;WE=18307116;WS=18307098;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:365,318:0.47:683
chr19	18309365	rs2271882	A	G	643.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-0.200;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.806;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=2;PP=364;ReadPosRankSum=-0.456;SC=TCTGCATGGCAAACTCCTACA;SOR=1.923;SbPval=0.96;Source=Platypus;TC=57;TCF=46;TCR=11;TR=26;WE=18309373;WS=18309355;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,33:0.47:70
chr19	18322095	rs12611244	G	A	3379.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=33;NR=69;PP=2221;SC=ACCTGTGGCGGGGGGTGGGGC;SOR=1.530;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=102;TCF=33;TCR=69;TR=102;WE=18322103;WS=18322085;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr19	18324329	rs2302209	C	T	1204.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.026;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.629;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=29;PP=638;ReadPosRankSum=-0.739;SC=AGGTGACAGGCGCGAGGACCC;SOR=0.393;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=87;TCF=27;TCR=60;TR=44;WE=18324337;WS=18324319;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,59:0.51:115
chr19	18329240	rs1042050	T	C	11213.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.182;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=436;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=114;NR=137;PP=2965;ReadPosRankSum=1.427;SC=GGTAGTGACCTTCCAGCATCA;SOR=0.533;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=254;TCF=115;TCR=139;TR=251;WE=18329248;WS=18329230;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:5,424:0.99:429
chr19	18329784	rs2229228	C	T	1057.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.558;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=19;PP=538;ReadPosRankSum=0.164;SC=TGTGAGGGGCCGGTTCCCACT;SOR=0.726;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=70;TCF=37;TCR=33;TR=41;WE=18329792;WS=18329774;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,53:0.51:103
chr19	18331190	rs142342703	C	G	3134.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-0.159;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=311;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.076;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=42;PP=1643;ReadPosRankSum=-1.111;SC=GGCAGGTGAGCTCAGCGATCT;SOR=0.886;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=194;TCF=104;TCR=90;TR=96;WE=18331198;WS=18331180;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:159,148:0.48:307
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chr19	18331859	.	T	TCCGCCAGGCCCCGCCCCACC	948.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=7;PP=2897;SC=CAGCCCGCTTTCCGCCCACCT;SOR=6.273;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=6;TCR=15;TR=7;WE=18331867;WS=18331849;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr19	18337260	rs4808768	G	A	374.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-0.848;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=9;PP=239;ReadPosRankSum=0.999;SC=CCGAGCGCCGGCTGCGCGGGA;SOR=0.509;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=26;TCF=10;TCR=16;TR=16;WE=18337268;WS=18337250;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,18:0.58:31
chr19	18344273	rs35421958	AC	A	3718.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.530;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=244;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.804;HP=9;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.051;NF=11;NR=53;PP=918;ReadPosRankSum=2.315;SC=GGCTGAAGAGACCCCCCCCCA;SOR=0.371;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=122;TCF=27;TCR=95;TR=64;WE=18344281;WS=18344263;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,149:0.65:230
chr19	18358783	rs4808122	A	G	632.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-2.394;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.510;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=9;PP=423;ReadPosRankSum=0.709;SC=ACACCTGTCCAGGTTCAGCAG;SOR=0.399;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=56;TCF=42;TCR=14;TR=30;WE=18358791;WS=18358773;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,31:0.53:59
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chr19	18368810	rs999813	G	T	3781.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-1.085;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=415;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.519;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=69;NR=60;PP=1921;ReadPosRankSum=-1.426;SC=CCGCCTGGGAGGCACCACCGC;SOR=0.743;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=249;TCF=130;TCR=119;TR=129;WE=18368818;WS=18368800;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:218,186:0.46:404
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chr19	18368988	rs999815	G	A	3291.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.464;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=332;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=57;PP=1594;ReadPosRankSum=1.229;SC=GAGTCCTGCCGTCTCCACGGT;SOR=0.686;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=216;TCF=103;TCR=113;TR=107;WE=18368996;WS=18368978;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:170,161:0.49:331
chr19	18369120	rs2891654	G	A	1805.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.874;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.739;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=36;PP=1106;ReadPosRankSum=0.557;SC=TCCCCAGTGCGGATGACGGGC;SOR=0.658;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=166;TCF=85;TCR=81;TR=70;WE=18369128;WS=18369110;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:111,88:0.44:199
chr19	18369211	rs3810434	T	G	1818.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=2.157;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.091;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=32;PP=960;ReadPosRankSum=1.596;SC=GCACATACTGTAAGGGCCTAA;SOR=0.784;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=134;TCF=57;TCR=77;TR=55;WE=18369219;WS=18369201;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:116,88:0.43:204
chr19	18369270	rs3810433	C	T	1534.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.872;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=27;PP=740;ReadPosRankSum=-0.303;SC=CTACCATGCACGGATCTGTAG;SOR=0.703;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=109;TCF=44;TCR=65;TR=45;WE=18369278;WS=18369260;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:106,80:0.43:186
chr19	18375563	rs12608744	G	A	4999.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.213;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=413;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.102;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=83;NR=97;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.873;SC=GCATGCTCTGGGGCAGGGCTT;SOR=0.810;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=340;TCF=164;TCR=176;TR=180;WE=18375571;WS=18375553;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:195,217:0.53:412
chr19	18375659	rs12608843	C	T	5978.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-3.157;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=615;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.452;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=114;NR=83;PP=2608;ReadPosRankSum=0.217;SC=CTTTGGCCAACAGAGTGCGGA;SOR=0.882;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=386;TCF=212;TCR=174;TR=197;WE=18375667;WS=18375649;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:293,306:0.51:599
chr19	18376407	rs8110972	T	A	3039.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.950;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=348;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.821;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=44;PP=1540;ReadPosRankSum=-1.074;SC=TACAGGCACATACACGTGAGG;SOR=0.742;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=229;TCF=124;TCR=105;TR=101;WE=18376415;WS=18376397;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:193,148:0.43:341
chr19	18376522	rs2277922	T	G	3674.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.435;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=394;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.866;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=65;PP=1932;ReadPosRankSum=0.844;SC=TGTTTCTGGGTGCCAGTCTTG;SOR=0.603;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=252;TCF=131;TCR=121;TR=124;WE=18376530;WS=18376512;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:200,177:0.47:377
chr19	18377274	rs3746186	A	G	2084.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.800;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.025;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=30;PP=882;ReadPosRankSum=1.036;SC=GGTGGTGGTCATCGTGGACGC;SOR=0.773;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=145;TCF=73;TCR=72;TR=60;WE=18377282;WS=18377264;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:122,102:0.46:224
chr19	18377496	rs8104533	C	G	7277.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.036;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=802;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=114;NR=108;PP=2962;ReadPosRankSum=0.377;SC=GGTCCGGGCACTTACACGTTT;SOR=0.716;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=484;TCF=243;TCR=241;TR=222;WE=18377504;WS=18377486;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:427,363:0.46:790
chr19	18377647	rs8103906	G	C	2858.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.235;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=263;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.988;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=60;PP=1780;ReadPosRankSum=-1.372;SC=AGGAAGGCCAGCCCCCGGACT;SOR=0.600;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=180;TCF=63;TCR=117;TR=94;WE=18377655;WS=18377637;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:126,126:0.50:252
chr19	18378219	rs1469023	A	G	3938.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.161;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=379;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.770;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=67;PP=1720;ReadPosRankSum=0.272;SC=CATTTTGTCCAGGAGACTGGG;SOR=0.845;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=232;TCF=96;TCR=136;TR=106;WE=18378227;WS=18378209;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:180,188:0.51:368
chr19	18391142	rs41352349	A	AG	145.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.083;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=11;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=2;PP=84;ReadPosRankSum=-1.744;SC=ACACTCGGGGAGGGGGGGTCC;SOR=0.627;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=16;TCF=11;TCR=5;TR=5;WE=18391150;WS=18391132;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,8:0.40:20
chr19	18392873	rs7247222	C	A	3189.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.249;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.337;HP=2;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=22;PP=754;ReadPosRankSum=0.036;SC=TCCCGCATGGCTAAATAACTC;SOR=0.865;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=88;TCF=50;TCR=38;TR=55;WE=18392881;WS=18392863;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,82:0.57:143
chr19	18392894	rs7247237	C	T	3820.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.408;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FS=1.217;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=22.74;ReadPosRankSum=-1.204;SOR=0.814;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:71,97:0.58:168
chr19	18392913	rs7247767	A	G	3620.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.084;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.204;HP=3;HapScore=2;MGOF=27;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=21;PP=738;ReadPosRankSum=-0.108;SC=CTGTGCCGCCAGGGCCTCCCC;SOR=0.810;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=89;TCF=51;TCR=38;TR=53;WE=18392921;WS=18392903;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,96:0.56:170
chr19	18420704	rs2227270	C	A	4906.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.813;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=76;PP=2455;ReadPosRankSum=-1.173;SC=ATTAACTTACCACCGGGCCGT;SOR=1.160;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=122;TCF=45;TCR=77;TR=120;WE=18420712;WS=18420694;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,184:0.99:186
chr19	18423402	rs2232968	T	C	16381.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=632;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=231;NR=165;PP=2965;SC=CGTTGGTGGGTGCAGCACCCA;SOR=0.902;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=397;TCF=232;TCR=165;TR=396;WE=18423410;WS=18423392;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,630:1.00:630
chr19	18426950	rs2232965	T	C	3018.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=27;NR=50;PP=1306;SC=GTCCCACCCATGACTCATAGA;SOR=1.159;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=77;TCF=27;TCR=50;TR=77;WE=18426958;WS=18426940;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr19	18451381	rs7251555	A	T	378.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.890;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.546;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=3;PP=223;ReadPosRankSum=0.871;SC=ACCGGGGGCGAGGCCGGGGGC;SOR=1.508;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=32;TCF=23;TCR=9;TR=16;WE=18451389;WS=18451371;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,19:0.42:45
chr19	18453629	rs66732430	G	A	1507.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.695;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=22;PP=788;ReadPosRankSum=0.130;SC=ACTGGGAAGGGCCACTCTTGG;SOR=0.650;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=103;TCF=64;TCR=39;TR=56;WE=18453637;WS=18453619;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,73:0.51:143
chr19	18453813	rs113926271	C	CT	229.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.758;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.89;ReadPosRankSum=-1.584;SOR=0.616;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,20:0.51:39
chr19	18466840	rs34068189	C	T	2486.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.949;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=240;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=47;PP=1106;ReadPosRankSum=0.327;SC=TGCCAAGGGGCGGCACTTCCT;SOR=0.695;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=161;TCF=60;TCR=101;TR=74;WE=18466848;WS=18466830;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:115,120:0.51:235
chr19	18497024	rs1059519	G	C	3072.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=66;NR=22;PP=2043;SC=ACTCAGGACGGTGAATGGCTC;SOR=2.189;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=88;TCF=66;TCR=22;TR=88;WE=18497032;WS=18497014;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr19	18497141	rs1059369	T	A	13440.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-2.130;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=507;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=186;NR=117;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.032;SC=AGAGTTGCACTCCGAAGACTC;SOR=0.373;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=304;TCF=187;TCR=117;TR=303;WE=18497149;WS=18497131;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,502:1.00:503
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chr19	18502954	rs144390532	CA	C	2278.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.599;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.724;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.635;NF=9;NR=23;PP=1250;ReadPosRankSum=-0.205;SC=ACAGACAGACCAGGGGTAAGT;SOR=0.542;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=84;TCF=19;TCR=65;TR=32;WE=18502962;WS=18502944;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:96,73:0.43:169
chr19	18503093	rs6512266	T	G	1346.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=10;NR=28;PP=896;SC=CCTGAGATCATGAGTTCAAGA;SOR=1.765;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=38;TCF=10;TCR=28;TR=38;WE=18503101;WS=18503083;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr19	18538742	rs10405636	A	C	5591.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-1.558;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=496;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.750;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-2.588;NF=51;NR=89;PP=1870;ReadPosRankSum=0.973;SC=GGCGCCTGACAGAAGAGAGGC;SOR=0.833;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=276;TCF=103;TCR=173;TR=140;WE=18538750;WS=18538732;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:224,271:0.55:495
chr19	18541579	rs11395316	G	GA	7285.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=50;NR=42;PP=2979;SC=CTGCAGAGAGGGGGGGCACAC;SOR=1.329;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=95;TCF=51;TCR=44;TR=92;WE=18541587;WS=18541569;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,189:1.00:189
chr19	18541785	rs35742476	C	T	3779.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.195;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=335;ExcessHet=3.0103;FS=0.404;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.49;ReadPosRankSum=1.106;SOR=0.657;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:143,186:0.57:329
chr19	18542000	rs146733624	GGTCCTGGTGACCACTGGTGCCTGA	G	1670.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=3.286;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.475;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=15;PP=2919;ReadPosRankSum=1.594;SC=TAGCCACAGTGGTCCTGGTGA;SOR=0.844;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=66;TCF=30;TCR=36;TR=27;WE=18542031;WS=18541990;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,46:0.38:121
chr19	18542701	rs10408290	C	T	7411.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.047;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=758;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.522;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=118;NR=106;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.738;SC=GCCCCTATCCCGCCATCAATC;SOR=0.633;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=458;TCF=246;TCR=212;TR=224;WE=18542709;WS=18542691;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:387,364:0.48:751
chr19	18543054	rs10409003	C	T	1790.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=0.922;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=243;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=31;PP=713;ReadPosRankSum=-0.495;SC=TAGGAGTGTGCAGTTCGCAGG;SOR=0.685;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=135;TCF=61;TCR=74;TR=55;WE=18543062;WS=18543044;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:144,97:0.40:241
chr19	18544284	rs151008041	GGGCGGGGGCGCGTC	G	712.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.093;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.109;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=3;PP=2971;ReadPosRankSum=-1.690;SC=GGGCTGTGCGGGGCGGGGGCG;SOR=1.319;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=31;TCF=10;TCR=21;TR=6;WE=18544305;WS=18544274;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,20:0.41:49
chr19	18544467	rs2288428	T	C	385.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.912;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=10;HapScore=2;MGOF=48;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=1;PP=388;ReadPosRankSum=0.404;SC=CCGGGGGGGGTGGCGGGGAGG;SOR=0.455;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=83;TCF=52;TCR=31;TR=25;WE=18544475;WS=18544457;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,21:0.43:49
chr19	18544498	rs2544723	A	C	3331.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.80;QD=45.64;SOR=3.551;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr19	18544501	rs62122438	C	T	3420.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.80;QD=45.01;SOR=3.640;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr19	18544505	rs2544724	G	C	3464.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.81;QD=43.86;SOR=3.528;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr19	18544677	rs78783575	G	GC	6332.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=19;NR=70;PP=2966;SC=GGCCGGAGGGGCTGGCGGGCA;SOR=0.728;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=93;TCF=20;TCR=73;TR=89;WE=18544685;WS=18544667;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,171:1.00:171
chr19	18545786	rs1045631	G	T	1858.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-1.201;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.251;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=18;PP=671;ReadPosRankSum=0.606;SC=TGCAGCCATTGGTGGCAGCGG;SOR=0.573;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=93;TCF=56;TCR=37;TR=44;WE=18545794;WS=18545776;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,91:0.57:161
chr19	18546029	rs35926638	AG	A	1488.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.279;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.801;HP=6;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.795;NF=8;NR=22;PP=784;ReadPosRankSum=0.599;SC=TAGCTTAGCCAGGGGGGTATC;SOR=0.800;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=55;TCF=16;TCR=39;TR=30;WE=18546037;WS=18546019;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,57:0.63:91
chr19	18546678	rs2303697	T	C	11053.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=2.964;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=151;NR=140;PP=2962;ReadPosRankSum=0.625;SC=ATGGCGCCGATAGGTTCTCCC;SOR=0.701;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=638;TCF=335;TCR=303;TR=291;WE=18546686;WS=18546668;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:560,529:0.49:1089
chr19	18547305	rs4595905	T	A	2897.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=3.341;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=348;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.840;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=55;PP=1775;ReadPosRankSum=1.183;SC=GGTTGGATGGTGAGGGTGTGG;SOR=0.626;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=249;TCF=122;TCR=127;TR=107;WE=18547313;WS=18547295;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:195,139:0.42:334
chr19	18548884	rs2303696	T	C	997.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-5.019;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=40;PP=688;ReadPosRankSum=1.454;SC=AGGCCGTCCCTGCCCCGAACC;SOR=0.644;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=93;TCF=7;TCR=86;TR=44;WE=18548892;WS=18548874;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,48:0.45:107
chr19	18557657	rs2303692	C	T	4271.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.724;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=411;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.526;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=77;PP=1844;ReadPosRankSum=-0.885;SC=CCTGAGTCTGCGCCCATGGCA;SOR=0.635;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=248;TCF=93;TCR=155;TR=125;WE=18557665;WS=18557647;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:191,210:0.52:401
chr19	18562345	rs62122441	A	C	1755.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.152;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FS=2.032;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.33;ReadPosRankSum=1.055;SOR=0.891;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:70,85:0.55:155
chr19	18576484	rs2278238	T	C	1176.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-2.399;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.825;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=22;PP=546;ReadPosRankSum=-0.280;SC=GCCTGGAAAATGGACTCTGTC;SOR=0.332;SbPval=0.25;Source=Platypus;TC=90;TCF=34;TCR=56;TR=41;WE=18576492;WS=18576474;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,59:0.47:126
chr19	18583696	.	TA	T	118.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.571;ClippingRankSum=0.000;DP=122;ExcessHet=3.0103;FS=1.477;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.09;MQRankSum=0.000;QD=1.80;ReadPosRankSum=-0.283;SOR=1.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:40,26:0.39:66
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chr19	18650692	rs11086113	C	T	1371.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=11;NR=35;PP=924;SC=ACTCTGCCACCAGAGTGGGGA;SOR=1.958;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=46;TCF=11;TCR=35;TR=46;WE=18650700;WS=18650682;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
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chr19	18675854	rs10692700	G	GGGC	10715.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=250;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=3;NR=123;PP=2972;SC=TGCCACCCCAGCCCAGCTGAC;SOR=1.753;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=130;TCF=3;TCR=127;TR=126;WE=18675862;WS=18675843;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,240:1.00:240
chr19	18679075	.	CAA	C	385.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.379;ClippingRankSum=0.000;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=5.477;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.67;MQRankSum=1.117;QD=8.39;ReadPosRankSum=-0.790;SOR=0.105;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,20:0.43:46
chr19	18679155	rs1468475	C	T	3884.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=2.009;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=300;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.795;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-1.139;NF=93;NR=35;PP=2273;ReadPosRankSum=0.080;SC=ACAATAAGTCCTACATCACAG;SOR=0.985;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=237;TCF=164;TCR=73;TR=128;WE=18679163;WS=18679145;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:128,168:0.57:296
chr19	18679351	rs11086117	C	T	7022.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.859;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=730;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=87;NR=115;PP=2926;ReadPosRankSum=1.038;SC=CCCTGAGCCCCGGCTTCGAGG;SOR=0.710;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=427;TCF=185;TCR=242;TR=202;WE=18679359;WS=18679341;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:373,348:0.48:721
chr19	18679379	rs7648	C	G	6511.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-1.778;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=614;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.454;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=84;NR=111;PP=2962;ReadPosRankSum=1.028;SC=CCATGTCCAGCCTGGCTCCCC;SOR=0.537;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=366;TCF=146;TCR=220;TR=195;WE=18679387;WS=18679369;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:297,311:0.51:608
chr19	18684563	rs2302055	C	T	3230.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.771;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=364;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.385;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=47;PP=1316;ReadPosRankSum=0.367;SC=AGAAAGGTACCGGGGTTGGGG;SOR=0.721;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=218;TCF=111;TCR=107;TR=95;WE=18684571;WS=18684553;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:188,164:0.47:352
chr19	18685964	rs6554	G	T	5204.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-1.994;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=79;PP=2455;ReadPosRankSum=1.504;SC=CAAATAAGGTGGTTCTTTCCT;SOR=0.465;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=118;TCF=39;TCR=79;TR=118;WE=18685972;WS=18685954;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,196:0.99:197
chr19	18699990	rs2074174	T	C	2701.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.414;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=264;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.973;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=28;PP=1477;ReadPosRankSum=0.021;SC=GGTCCTTGTGTGGCTGCAGAG;SOR=0.764;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=189;TCF=129;TCR=60;TR=90;WE=18699998;WS=18699980;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:142,121:0.46:263
chr19	18700047	rs2074175	A	G	4827.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.896;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=517;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.521;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=88;NR=65;PP=2448;ReadPosRankSum=1.140;SC=ACCTTCACGAAAAAGGCCCCA;SOR=0.673;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=343;TCF=199;TCR=144;TR=153;WE=18700055;WS=18700035;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:277,236:0.46:513
chr19	18703077	rs3170474	T	C	340.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.944;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=11;PP=152;ReadPosRankSum=-1.081;SC=TGGCTGGGGTTGCGCCCCACT;SOR=1.106;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=27;TCF=4;TCR=23;TR=13;WE=18703085;WS=18703067;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,17:0.50:34
chr19	18704528	rs7256319	C	T	904.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.689;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=22;PP=443;ReadPosRankSum=-0.198;SC=TGCCCCTCTCCGGGCCTTGGC;SOR=0.670;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=65;TCF=17;TCR=48;TR=29;WE=18704536;WS=18704518;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,43:0.48:90
chr19	18707878	rs7247346	A	C	1052.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=2.999;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.196;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=1.180;NF=7;NR=34;PP=766;ReadPosRankSum=-0.042;SC=CAGAGGAGGGACCCTCTCAGC;SOR=0.402;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=94;TCF=12;TCR=82;TR=41;WE=18707886;WS=18707868;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,46:0.43:108
chr19	18710535	rs2238647	G	A	1483.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.419;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=17;PP=594;ReadPosRankSum=-0.993;SC=GGCGGCGCCCGTTGAGGGTCC;SOR=0.700;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=104;TCF=63;TCR=41;TR=46;WE=18710543;WS=18710525;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,74:0.49:150
chr19	18717389	rs34503316	GAGC	G	163.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-0.495;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=2;PP=79;ReadPosRankSum=1.824;SC=CGAGGACGCAGAGCAGCAGCA;SOR=0.593;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=2;WE=18717399;WS=18717379;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,6:0.26:23
chr19	18726856	rs709679	T	C	2599.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.237;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=315;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=42;PP=1010;ReadPosRankSum=-0.599;SC=GCAATGACCTTGTCAACTCAG;SOR=0.682;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=180;TCF=89;TCR=91;TR=82;WE=18726864;WS=18726846;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:175,136:0.44:311
chr19	18731439	rs7258375	C	G	1046.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-4.206;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.426;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=29;PP=658;ReadPosRankSum=0.447;SC=TGGGTCCAGCCTTGAGCCCCT;SOR=0.364;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=74;TCF=15;TCR=59;TR=38;WE=18731447;WS=18731429;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,46:0.53:86
chr19	18794473	.	TGGA	T	146.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.823;ClippingRankSum=0.000;DP=326;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.56;ReadPosRankSum=-0.275;SOR=0.630;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:241,23:0.09:264
chr19	18870766	.	G	A	1031	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.62;FR=0.5000;HP=4;HapScore=2;MGOF=12;MMLQ=24;MQ=59.72;NF=24;NR=23;PP=1031;QD=22.6759832457;SC=TGTCCCCGCCGCCAGCCCCGC;SbPval=0.02;Source=Platypus;TC=151;TCF=108;TCR=43;TR=47;WE=18870774;WS=18870756;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:104,47:0.31:151
chr19	18870766	.	G	GCCAGCCCCCTGTCCCCGCCA	1242.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.223;ClippingRankSum=0.000;DP=123;ExcessHet=3.0103;FS=9.882;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.30;ReadPosRankSum=-3.631;SOR=0.625;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:85,25:0.23:110
chr19	18876309	rs3746266	A	G	2582.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=2.844;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=295;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.802;HP=6;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=59;PP=1479;ReadPosRankSum=0.069;SC=GGCATCGCCCACCCTGTCCCC;SOR=0.972;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=193;TCF=68;TCR=125;TR=85;WE=18876317;WS=18876299;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:163,124:0.43:287
chr19	18886367	rs12611313	A	C	183.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=0.720;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=2;PP=124;ReadPosRankSum=-0.122;SC=TGCGGGCAGGACAGCCACAGC;SOR=0.576;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=28;TCF=23;TCR=5;TR=10;WE=18886375;WS=18886357;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,10:0.33:30
chr19	18886431	rs12609934	T	C	955.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.390;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=11;PP=447;ReadPosRankSum=-1.918;SC=CCTCACAGCCTGGTGTGCCTC;SOR=0.741;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=74;TCF=50;TCR=24;TR=35;WE=18886439;WS=18886421;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,45:0.48:94
chr19	18893811	rs28494505	A	G	3534.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.408;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=287;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.469;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=81;NR=43;PP=1811;ReadPosRankSum=1.632;SC=TGAGAAGGCCAGCAGGGCCTG;SOR=0.809;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=207;TCF=132;TCR=75;TR=124;WE=18893819;WS=18893801;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:119,166:0.58:285
chr19	18895218	rs12327738	G	A	1867.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.318;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.571;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=33;PP=828;ReadPosRankSum=-1.395;SC=GTGGGCCACCGGAGCCCCCCT;SOR=0.773;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=103;TCF=37;TCR=66;TR=48;WE=18895226;WS=18895208;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,88:0.51:172
chr19	18897526	rs5827423	A	AG	4421.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=58;PP=2725;SC=CATTAGGATGAGCCAGCCTGA;SOR=1.142;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=64;TCF=4;TCR=60;TR=62;WE=18897534;WS=18897516;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr19	18897572	.	CTTTTTTTTTTTTTT	C	459.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.201;ClippingRankSum=0.000;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.129;HP=20;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=14;PP=885;ReadPosRankSum=1.950;SC=TTCATGGAAGCTTTTTTTTTT;SOR=2.631;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=0;TCR=15;TR=14;WE=18897593;WS=18897562;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,12:0.80:15
chr19	18942888	rs4808161	C	G	2795.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=64;NR=19;PP=1850;SC=CGCCGGGGCGCGCGGTTTGGT;SOR=2.006;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=83;TCF=64;TCR=19;TR=83;WE=18942896;WS=18942878;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr19	18956699	rs59045002	G	A	1127.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-4.410;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.402;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=4;PP=705;ReadPosRankSum=0.165;SC=ATGAGGCCAGGGTGTCACACC;SOR=0.190;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=71;TCF=65;TCR=6;TR=37;WE=18956707;WS=18956689;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,45:0.58:78
chr19	18971322	rs757115	T	C	785.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=1.926;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.109;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=26;PP=569;ReadPosRankSum=0.217;SC=ATTCTACTTATTTTTAACATG;SOR=0.946;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=64;TCF=10;TCR=54;TR=30;WE=18971330;WS=18971312;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,34:0.45:75
chr19	18974200	rs2238658	A	G	1803.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.850;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.655;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=24;PP=937;ReadPosRankSum=-1.741;SC=GTCCTGTGAGACGGGCAGCTC;SOR=0.609;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=105;TCF=67;TCR=38;TR=64;WE=18974208;WS=18974190;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,84:0.60:139
chr19	18976985	rs73001386	C	G	1029.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.309;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=26;PP=623;ReadPosRankSum=0.616;SC=GGCAAGCCCCCCTGGAGCAGG;SOR=0.781;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=69;TCF=24;TCR=45;TR=39;WE=18976993;WS=18976975;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,48:0.56:86
chr19	18979324	rs11673194	A	C	1012.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=17;NR=9;PP=497;SC=CCTCCCCACCACCCAGGCAAG;SOR=1.209;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=17;TCR=9;TR=26;WE=18979332;WS=18979314;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr19	18979666	.	C	T	1090.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=0.200;ClippingRankSum=0.000;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.967;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=16;PP=398;ReadPosRankSum=-1.635;SC=CCGCGCGGCGCGATGACCCAG;SOR=0.428;SbPval=0.25;Source=Platypus;TC=85;TCF=36;TCR=49;TR=33;WE=18979674;WS=18979656;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,60:0.41:148
chr19	18980172	rs4808863	G	A	527.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=-0.195;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=8;PP=190;ReadPosRankSum=-0.225;SC=CGCGGCCGAGGCAGGCTCCGA;SOR=0.836;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=26;TCF=10;TCR=16;TR=13;WE=18980180;WS=18980162;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,27:0.52:52
chr19	18980213	rs4808864	A	G	782.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=41;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=6;NR=13;PP=354;SC=GGGAGGTAGGAACAGGAACTC;SOR=1.143;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=6;TCR=13;TR=19;WE=18980221;WS=18980203;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr19	18993503	rs62138063	C	T	132.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=4;NR=0;PP=74;SC=TATTTATGTACGTGTTTGTTT;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=5;TCR=1;TR=4;WE=18993511;WS=18993493;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr19	19006666	rs3746263	G	C	805.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=12;PP=292;SC=CGGAGCGCAGGGCGGTCCAGC;SOR=0.957;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=18;TCF=6;TCR=12;TR=18;WE=19006674;WS=19006656;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr19	19011244	rs1127821	T	C	4047.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.986;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=72;PP=1778;ReadPosRankSum=1.183;SC=CCAGCGTCTCTGGGTAGCCAC;SOR=0.597;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=99;TCF=26;TCR=73;TR=98;WE=19011252;WS=19011234;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,158:0.99:159
chr19	19015491	rs78590319	C	T	1116.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-5.284;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.890;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=5;PP=675;ReadPosRankSum=-0.793;SC=ACTGGAGTGGCCAGCAGCCTA;SOR=0.307;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=61;TCF=53;TCR=8;TR=36;WE=19015499;WS=19015481;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,44:0.63:70
chr19	19016450	rs4808874	G	A	1425.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=1.051;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.629;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=27;PP=811;ReadPosRankSum=1.107;SC=TGCAGGACAGGGCGAGGGGGC;SOR=0.622;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=107;TCF=43;TCR=64;TR=44;WE=19016458;WS=19016440;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,63:0.44:144
chr19	19018866	rs758032	A	G	1926.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.934;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.107;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=30;PP=879;ReadPosRankSum=-1.885;SC=AAGCTTCCTGAGGCTCCAGCA;SOR=0.598;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=111;TCF=58;TCR=53;TR=62;WE=19018874;WS=19018856;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:98,97:0.50:195
chr19	19018962	rs74254003	C	T	1296.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.341;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.424;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=25;PP=612;ReadPosRankSum=0.019;SC=CCAATGGGGCCGGGTACTGTG;SOR=0.466;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=82;TCF=30;TCR=52;TR=41;WE=19018970;WS=19018952;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,63:0.53:118
chr19	19020328	rs59105113	CT	C	240.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.348;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.46;ReadPosRankSum=0.743;SOR=0.420;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,20:0.95:21
chr19	19021970	rs1468461	T	C	8753.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=331;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=89;NR=148;PP=2965;SC=AGACAGGAAGTCCCTGCCCCA;SOR=1.106;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=238;TCF=90;TCR=148;TR=237;WE=19021978;WS=19021960;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,325:1.00:325
chr19	19022007	rs1468462	C	A	1898.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-3.873;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.055;HP=3;HapScore=2;MGOF=28;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=54;PP=1170;ReadPosRankSum=0.721;SC=CCAGCATGGGCCACCTCCACT;SOR=0.478;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=150;TCF=37;TCR=113;TR=73;WE=19022015;WS=19021997;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,86:0.50:173
chr19	19022045	rs8111633	G	A	1106.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=1.060;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.068;HP=1;HapScore=2;MGOF=29;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=33;PP=762;ReadPosRankSum=1.468;SC=GTGGCATGGCGTCACCTGTCG;SOR=1.059;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=81;TCF=17;TCR=64;TR=40;WE=19022053;WS=19022035;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,46:0.49:93
chr19	19023853	rs3177137	T	C	10575.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.935;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=409;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=118;NR=122;PP=2965;ReadPosRankSum=2.085;SC=CTGGGCTTGATAGCTGTGGGA;SOR=0.713;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=242;TCF=119;TCR=123;TR=240;WE=19023861;WS=19023843;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,404:0.99:408
chr19	19023881	rs111654958	C	T	3594.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.933;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=362;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.715;HP=1;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=62;PP=1597;ReadPosRankSum=-1.408;SC=TGAGTCAGGACGCACAGTGGG;SOR=0.794;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=226;TCF=101;TCR=125;TR=108;WE=19023889;WS=19023871;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:186,176:0.49:362
chr19	19032637	rs2231997	T	C	13340.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=520;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=155;NR=161;PP=2965;SC=CTGCCTCTCATGCTCTGTCCC;SOR=0.709;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=316;TCF=155;TCR=161;TR=316;WE=19032645;WS=19032627;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,516:1.00:516
chr19	19035159	rs5827425	CT	C	4019.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=70;PP=2951;SC=CCTGGGATACCTTCCCCGCCT;SOR=2.045;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=76;TCF=5;TCR=71;TR=75;WE=19035167;WS=19035149;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr19	19035354	rs2301659	GC	TT	5742.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-2.057;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=326;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=32;PP=2944;ReadPosRankSum=0.499;SC=GACTGTCCCGGCCTCCACCCT;SOR=0.713;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=214;TCF=140;TCR=74;TR=92;WE=19035378;WS=19035330;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:169,151:0.47:320
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chr19	19145243	rs117712409	A	G	457.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=1.440;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.764;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=13;PP=288;ReadPosRankSum=0.952;SC=GGAAGCCACTACCGGGCTTTG;SOR=0.180;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=23;TCF=2;TCR=21;TR=15;WE=19145251;WS=19145233;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,18:0.69:26
chr19	19150183	rs12979565	C	T	1187.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=2.196;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.948;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=10;PP=603;ReadPosRankSum=0.371;SC=AGACTTGAAACAGTCCTCCCA;SOR=1.175;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=85;TCF=60;TCR=25;TR=39;WE=19150191;WS=19150173;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,53:0.46:115
chr19	19151692	rs8104799	T	C	3010.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-1.291;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=430;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.785;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=50;PP=1237;ReadPosRankSum=-0.078;SC=CTACCAGGCATCCCTTAGGGT;SOR=0.838;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=229;TCF=112;TCR=117;TR=93;WE=19151700;WS=19151682;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:257,168:0.40:425
chr19	19153801	rs3214143	G	GC	276.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-1.380;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=7;PP=184;ReadPosRankSum=0.219;SC=GAAACCAGGTGCCATTGGGCC;SOR=0.446;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=1;TCR=18;TR=7;WE=19153809;WS=19153791;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,11:0.44:25
chr19	19168183	rs7258637	C	T	316.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-0.049;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.951;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=3;PP=146;ReadPosRankSum=-0.130;SC=GGACCCCACCCCAAAGCCCCA;SOR=0.163;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=32;TCF=26;TCR=6;TR=12;WE=19168191;WS=19168173;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,16:0.43:37
chr19	19215612	rs56247515	T	TA	1734.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=0.034;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=14;PP=1209;ReadPosRankSum=-0.085;SC=GGGACAAGATTGGGGGGAAAA;SOR=0.651;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=53;TCF=29;TCR=24;TR=30;WE=19215620;WS=19215602;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,52:0.59:88
chr19	19230868	rs756791	A	G	643.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.852;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.104;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=8;PP=249;ReadPosRankSum=-1.177;SC=GGCCACCCAGAGCCCCGGCAA;SOR=0.936;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=51;TCF=28;TCR=23;TR=21;WE=19230876;WS=19230858;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,35:0.47:75
chr19	19243843	rs10414676	T	C	286.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-2.713;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.646;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=1;PP=189;ReadPosRankSum=0.215;SC=GGGCCGGTCCTGTGTCCCTGA;SOR=0.136;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=30;TCF=29;TCR=1;TR=12;WE=19243851;WS=19243833;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,13:0.38:34
chr19	19245771	rs3746259	A	G	1178.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.769;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.672;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=31;PP=717;ReadPosRankSum=-0.976;SC=AACCCAGGCTATTTATAGAGA;SOR=0.605;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=81;TCF=29;TCR=52;TR=51;WE=19245779;WS=19245761;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,60:0.48:126
chr19	19256870	rs2238663	G	A	354.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.65;SOR=0.818;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr19	19267802	rs7256766	A	G	495.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=8;NR=0;PP=212;SC=CTACAAAAAAAGTAAAAATTA;SOR=1.863;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=8;TCR=0;TR=8;WE=19267810;WS=19267794;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr19	19267990	rs7257072	C	T	2520.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-2.356;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.098;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=28;PP=991;ReadPosRankSum=-1.326;SC=CTTGGATAATCCTCTGGCATC;SOR=0.319;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=53;TCF=25;TCR=28;TR=52;WE=19267998;WS=19267980;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,99:0.99:100
chr19	19348947	rs12981871	T	C	1445.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=35;NR=4;PP=1000;SC=GAGGGGTGATTTCGCCCCGCA;SOR=2.833;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=39;TCF=35;TCR=4;TR=39;WE=19348955;WS=19348937;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
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chr19	19380996	rs2074300	G	T	4696.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.177;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=409;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.445;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=71;PP=2198;ReadPosRankSum=-0.373;SC=TGCAGATGGCGCCGGCCATGG;SOR=0.713;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=251;TCF=124;TCR=127;TR=130;WE=19381004;WS=19380986;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:193,210:0.52:403
chr19	19381715	rs2074301	G	A	1173.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-1.528;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.494;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=10;PP=660;ReadPosRankSum=-0.975;SC=CCAGTCTGATGGGAGCTCTTA;SOR=0.545;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=98;TCF=74;TCR=24;TR=38;WE=19381723;WS=19381705;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,57:0.43:134
chr19	19381755	rs2074303	C	T	2446.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=0.399;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=257;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.967;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=22;PP=943;ReadPosRankSum=-1.872;SC=GAGGAGGCCCCTTAATGGCCC;SOR=0.631;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=160;TCF=103;TCR=57;TR=64;WE=19381770;WS=19381745;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:136,119:0.47:255
chr19	19387743	rs2074550	A	C	1928.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.887;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.386;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=20;PP=1005;ReadPosRankSum=0.651;SC=GCAGCCCAGGAGGACATGCGT;SOR=0.978;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=132;TCF=89;TCR=43;TR=65;WE=19387751;WS=19387733;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:105,89:0.46:194
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chr19	19388060	rs4808191	C	T	457.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.709;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=26.93;ReadPosRankSum=2.178;SOR=1.038;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,12:0.71:17
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chr19	19431423	rs3934667	T	G	1378.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.902;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=12;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-1.839;NF=20;NR=52;PP=774;ReadPosRankSum=1.092;SC=CGACTGGGTTTTTTTTTTTTT;SOR=0.723;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=162;TCF=44;TCR=118;TR=72;WE=19431431;WS=19431410;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:98,82:0.46:180
chr19	19431963	rs12460764	G	T	2796.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.393;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=372;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=51;PP=1207;ReadPosRankSum=1.477;SC=GGGCCGGGCCGCGAGGGAGGA;SOR=0.682;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=230;TCF=92;TCR=138;TR=86;WE=19431971;WS=19431953;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:226,143:0.39:369
chr19	19446936	rs769267	G	A	2036.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.987;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.975;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=29;PP=890;ReadPosRankSum=1.117;SC=ACTAGATCCCGCAGTTCGAAG;SOR=0.519;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=150;TCF=87;TCR=63;TR=64;WE=19446944;WS=19446926;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:124,103:0.45:227
chr19	19447933	rs34414052	G	GT,GTT	6885.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.394;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=473;ExcessHet=3.0103;FS=0.853;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.07;MQRankSum=0.627;QD=16.47;ReadPosRankSum=2.748;SOR=0.553;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:48,291,79:0.70,0.19:418
chr19	19449603	rs2074089	G	A	2459.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.136;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=274;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=39;PP=1079;ReadPosRankSum=-1.289;SC=GGCAGGTACCGTAAAACTGAT;SOR=0.704;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=185;TCF=98;TCR=87;TR=84;WE=19449611;WS=19449593;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:147,127:0.46:274
chr19	19449686	rs2074090	G	T	3068.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.608;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=283;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.235;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=48;PP=1173;ReadPosRankSum=-0.572;SC=ACCTGGTGTCGGCCTGTGACC;SOR=0.537;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=171;TCF=74;TCR=97;TR=88;WE=19449694;WS=19449676;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:130,152:0.54:282
chr19	19451591	rs2965190	A	G	3576.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=49;NR=33;PP=1546;SC=CCTTGGGGTAATCACAGTCAT;SOR=0.917;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=82;TCF=49;TCR=33;TR=82;WE=19451599;WS=19451581;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,136:1.00:136
chr19	19452249	rs2301668	G	A	740.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.110;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.706;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=12;PP=217;ReadPosRankSum=1.823;SC=GCTGCTGGTTGTGACCAGTGG;SOR=0.777;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=71;TCF=33;TCR=38;TR=21;WE=19452257;WS=19452239;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,43:0.37:117
chr19	19453521	rs2965191	T	G	2464.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.689;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=295;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.230;HP=5;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=49;PP=1372;ReadPosRankSum=1.132;SC=GGGCCAGGGCTGGGGGCGGGG;SOR=1.162;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=241;TCF=116;TCR=125;TR=103;WE=19453529;WS=19453511;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:155,130:0.46:285
chr19	19453560	rs2301669	C	A	2766.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.613;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=317;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=23.933;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=58;PP=1581;ReadPosRankSum=0.539;SC=CCCTGGTAACCCCTGCTGTCT;SOR=1.103;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=235;TCF=107;TCR=128;TR=113;WE=19453568;WS=19453550;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:168,138:0.45:306
chr19	19453742	rs2965192	A	G	2980.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=22;NR=58;PP=1728;SC=GCCAGACGCTAGCTGTACCAG;SOR=1.699;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=80;TCF=22;TCR=58;TR=80;WE=19453750;WS=19453732;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr19	19454828	rs2965193	G	A	839.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-2.645;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.776;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=23;PP=503;ReadPosRankSum=0.409;SC=GACTGAATTCGCCAAGTGCAT;SOR=0.382;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=96;TCF=25;TCR=71;TR=34;WE=19454836;WS=19454818;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,44:0.35:126
chr19	19459554	rs10421505	C	T	2051.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-1.825;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.537;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=23;PP=1198;ReadPosRankSum=0.331;SC=CCAGAGGCTGCTCTTGCTGGT;SOR=0.747;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=167;TCF=114;TCR=53;TR=78;WE=19459562;WS=19459544;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:104,99:0.49:203
chr19	19459800	rs12982276	T	C	2169.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=2.423;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=12.391;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=27;PP=1336;ReadPosRankSum=1.645;SC=CCGTGCTCTTTGGTTGGGGCC;SOR=1.354;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=185;TCF=104;TCR=81;TR=75;WE=19459808;WS=19459790;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:130,95:0.42:225
chr19	19466269	rs2301671	C	T	2123.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-2.033;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=45;PP=1057;ReadPosRankSum=-1.152;SC=GGAAGGGGCACCTTGGCTGTA;SOR=0.712;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=156;TCF=58;TCR=98;TR=71;WE=19466277;WS=19466259;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:125,107:0.46:232
chr19	19545990	rs2916076	T	C	1430.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.070;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.892;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=28;PP=695;ReadPosRankSum=0.002;SC=TGTGTGAGCATAGTACCTGGA;SOR=0.847;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=97;TCF=42;TCR=55;TR=46;WE=19545998;WS=19545980;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:95,76:0.44:171
chr19	19547086	rs2916077	T	C	3798.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=25;NR=91;PP=2246;SC=CAGCAGGCTTTGGTCAGCTTC;SOR=2.406;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=116;TCF=25;TCR=91;TR=116;WE=19547094;WS=19547076;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,140:1.00:140
chr19	19606443	rs3067692	T	TAA	180.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.784;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.63;ReadPosRankSum=1.371;SOR=0.269;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,12:0.71:17
chr19	19606634	rs1047361	G	A	1987.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.499;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.122;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=25;PP=1047;ReadPosRankSum=1.300;SC=AGGCGTCCTCGAAGCTGGGGC;SOR=0.598;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=126;TCF=77;TCR=49;TR=62;WE=19606642;WS=19606624;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:101,93:0.48:194
chr19	19612011	rs372055939	GGGA	G	14807.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-1.502;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=755;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.521;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=2.745;NF=36;NR=115;PP=2966;ReadPosRankSum=2.981;SC=TGCCGCTGGCGGGAGGAGAAG;SOR=0.755;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=313;TCF=82;TCR=231;TR=151;WE=19612021;WS=19612001;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:360,386:0.52:746
chr19	19613381	rs892022	G	A	1987.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=5.172;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.321;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=56;PP=1343;ReadPosRankSum=-0.437;SC=CCCATTGTGGGGTTCACCCTT;SOR=0.913;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=141;TCF=25;TCR=116;TR=66;WE=19613389;WS=19613371;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:93,80:0.46:173
chr19	19616026	rs3752151	T	C	1427.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=0.854;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.667;HP=6;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=15;PP=829;ReadPosRankSum=-0.579;SC=GTAGTGTGGGTGGGTTTGCAA;SOR=0.323;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=92;TCF=68;TCR=24;TR=53;WE=19616034;WS=19616016;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,60:0.59:102
chr19	19625547	rs7250893	A	G	3575.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=1.471;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=410;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.522;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=48;PP=1720;ReadPosRankSum=-1.341;SC=GGCCTTCGGGATAGAGCACGC;SOR=0.739;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=235;TCF=131;TCR=104;TR=113;WE=19625555;WS=19625537;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:230,178:0.44:408
chr19	19637930	rs7251447	A	G	1919.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=48;NR=13;PP=1224;SC=CTCTGCCCACAGCCCTTGCCC;SOR=2.206;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=61;TCF=48;TCR=13;TR=61;WE=19637938;WS=19637920;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr19	19646272	rs2304098	T	C	5731.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=0.263;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=611;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.094;HP=5;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=93;NR=99;PP=2486;ReadPosRankSum=-0.278;SC=CAGCGCTGGGTGGCAAGCAAG;SOR=0.593;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=379;TCF=176;TCR=203;TR=192;WE=19646280;WS=19646262;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:309,290:0.48:599
chr19	19648346	rs1054930	G	C	359.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=0.040;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=10;PP=231;ReadPosRankSum=-1.901;SC=GCCACCCGCGGCCACACCGCA;SOR=0.693;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=26;TCF=8;TCR=18;TR=15;WE=19648354;WS=19648336;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,17:0.50:34
chr19	19650372	rs61235376	C	CA	177.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.027;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=2.018;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.63;MQRankSum=2.293;QD=3.78;ReadPosRankSum=-0.505;SOR=0.307;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,21:0.45:47
chr19	19735248	rs113352973	A	G	4263.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.028;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=487;ExcessHet=3.0103;FS=1.752;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.03;ReadPosRankSum=-0.201;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:258,214:0.45:472
chr19	19735257	rs1266503	G	T	17023.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=519;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=33.84;SOR=0.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,503:1.00:503
chr19	19737686	rs33982830	C	T	3011.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.417;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=282;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.424;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=49;PP=1269;ReadPosRankSum=-1.920;SC=TGTGCAGCTGCACGGCCATCA;SOR=0.796;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=167;TCF=74;TCR=93;TR=86;WE=19737694;WS=19737676;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:140,141:0.50:281
chr19	19740729	rs880090	C	G	1334.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=29;NR=10;PP=820;SC=ATGGGTCCGTCTTCACAATCT;SOR=1.931;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=39;TCF=29;TCR=10;TR=39;WE=19740737;WS=19740719;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr19	19750822	rs45458192	C	T	754.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.830;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=5.562;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.86;ReadPosRankSum=0.264;SOR=0.175;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,20:0.53:38
chr19	19750824	rs11298700	AG	A	745.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-2.297;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.633;HP=5;HapScore=4;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=5;PP=581;ReadPosRankSum=0.394;SC=CTGGGAAACGAGGGGATCAGG;SOR=0.157;SbPval=0.09;Source=Platypus;TC=28;TCF=20;TCR=8;TR=9;WE=19750832;WS=19750812;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,20:0.51:39
chr19	19751456	rs2043293	C	A	1318.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=25;PP=717;SC=CCCAGACCAGCCCAGTGGCAC;SOR=1.562;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=36;TCF=11;TCR=25;TR=36;WE=19751464;WS=19751446;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr19	19753292	rs7248885	G	A	2312.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.762;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.263;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=34;PP=1215;ReadPosRankSum=1.630;SC=TAAATGGTTAGGGGCTTGGGG;SOR=0.553;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=162;TCF=98;TCR=64;TR=81;WE=19753300;WS=19753282;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:119,109:0.48:228
chr19	19758190	rs892035	T	C	2272.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.035;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.88;ReadPosRankSum=2.251;SOR=0.662;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:114,116:0.50:230
chr19	19773826	.	A	G	2327.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=2.132;ClippingRankSum=0.000;DP=239;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.025;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=28;PP=1335;ReadPosRankSum=-0.155;SC=TTTTACAAGTATTACATCACT;SOR=0.773;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=164;TCF=105;TCR=59;TR=84;WE=19773834;WS=19773816;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:122,110:0.47:232
chr19	19822049	rs7246866	T	C	615.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-0.722;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.456;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=7;PP=400;ReadPosRankSum=0.689;SC=CTGGAACAATTAAGGGCTTTA;SOR=0.402;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=34;TCF=25;TCR=9;TR=23;WE=19822057;WS=19822039;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,26:0.65:40
chr19	19824850	rs11085270	T	G	2351.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.054;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=256;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.480;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=33;PP=1446;ReadPosRankSum=2.325;SC=TTGCTTGCTTTCTTTTGAAAT;SOR=0.651;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=173;TCF=112;TCR=61;TR=91;WE=19824858;WS=19824840;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:126,113:0.47:239
chr19	19868879	rs247782	A	C	3237.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.790;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=67;NR=22;PP=1909;ReadPosRankSum=-0.242;SC=AGACTTTTCCATGAATCTTCC;SOR=1.213;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=92;TCF=69;TCR=23;TR=89;WE=19868887;WS=19868869;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,117:0.98:120
chr19	20116963	rs17679334	C	T	2276.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.145;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=244;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=27;PP=1281;ReadPosRankSum=0.224;SC=TAGCGTTTGACGGCAGTATGA;SOR=0.716;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=169;TCF=109;TCR=60;TR=79;WE=20116971;WS=20116953;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:126,107:0.46:233
chr19	20133846	rs7255165	C	T	3678.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.009;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=348;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.391;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=60;PP=1633;ReadPosRankSum=-0.064;SC=TGTCTCTTCACATTCCAGGGC;SOR=0.659;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=210;TCF=96;TCR=114;TR=109;WE=20133854;WS=20133836;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:164,180:0.52:344
chr19	20150075	rs2286920	A	G	5033.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=92;NR=48;PP=2675;SC=GGGAGGCCCCAGTCCCGTCAC;SOR=1.297;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=140;TCF=92;TCR=48;TR=140;WE=20150083;WS=20150065;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,190:1.00:190
chr19	20150125	rs2286921	T	C	9949.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=375;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=123;NR=106;PP=2965;SC=TGCCCCCACCTCGGGATGCGC;SOR=0.770;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=231;TCF=124;TCR=107;TR=229;WE=20150133;WS=20150114;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,374:1.00:374
chr19	20150175	rs2286922	G	C	11284.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=423;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=32;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=135;NR=136;PP=2965;SC=CCGGGATGTCGTGGAGTCTTA;SOR=0.707;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=271;TCF=135;TCR=136;TR=271;WE=20150183;WS=20150165;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,421:1.00:421
chr19	20150247	rs2286923	A	C	6427.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=60;NR=103;PP=2965;SC=GTCACCGGGAACTACTAGAGC;SOR=1.145;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=163;TCF=60;TCR=103;TR=163;WE=20150255;WS=20150237;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,237:1.00:237
chr19	20150380	rs2335896	T	C	974.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=26;PP=767;SC=GTTCCCACTCTAGCGCCCATG;SOR=3.912;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=28;TCF=2;TCR=26;TR=28;WE=20150388;WS=20150370;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr19	20230264	rs1654275	T	A	1159.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=1.684;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.031;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=31;PP=748;ReadPosRankSum=-0.878;SC=ACCACCCCTCTACTCTTACTA;SOR=0.473;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=71;TCF=12;TCR=59;TR=38;WE=20230272;WS=20230254;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,45:0.56:81
chr19	20232177	rs11321273	TA	T	402.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-1.623;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.200;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.850;NF=1;NR=5;PP=164;ReadPosRankSum=-1.826;SC=CATGCCCGGCTAATTGTTTCA;SOR=0.169;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=12;TCF=1;TCR=11;TR=6;WE=20232185;WS=20232167;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,14:0.64:22
chr19	20242092	rs1654287	C	T	105.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=0.411;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.640;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=3;PP=70;ReadPosRankSum=1.145;SC=TGAGCCACCACGCCCAGTCTA;SOR=0.247;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=23;TCF=15;TCR=8;TR=6;WE=20242100;WS=20242090;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,8:0.25:32
chr19	20242379	.	C	CTTTTTTTT	377.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.723;ClippingRankSum=0.000;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=7.987;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.21;ReadPosRankSum=-2.046;SOR=2.130;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,14:0.30:46
chr19	20307777	rs112723967	G	A	4943.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.013;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=499;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.118;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-1.530;NF=98;NR=53;PP=2342;ReadPosRankSum=0.121;SC=TTTCAGTTGTGTGTTCTCATT;SOR=0.826;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=324;TCF=199;TCR=125;TR=151;WE=20307785;WS=20307767;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:252,236:0.48:488
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chr19	20308954	rs112134607	C	T	1090.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.300;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.062;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=31;PP=744;ReadPosRankSum=-0.405;SC=AGAGGTAATTCTGCTGTTGTT;SOR=1.247;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=80;TCF=25;TCR=55;TR=42;WE=20308962;WS=20308944;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,50:0.43:116
chr19	20727463	rs10411329	T	C	5560.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.872;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=618;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.651;NF=108;NR=76;PP=2343;ReadPosRankSum=0.411;SC=TTAAAGCCTTTGCCACATTCT;SOR=0.702;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=381;TCF=224;TCR=157;TR=184;WE=20727471;WS=20727453;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:327,283:0.46:610
chr19	20727932	rs33926	G	A	7331.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.520;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=714;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.515;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-2.433;NF=121;NR=121;PP=2962;ReadPosRankSum=1.223;SC=GAATTATCTTGTGTGTAGTAA;SOR=0.676;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=489;TCF=243;TCR=246;TR=242;WE=20727940;WS=20727922;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:348,355:0.50:703
chr19	20735138	rs58829785	GA	G	603.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.985;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FS=10.361;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.29;ReadPosRankSum=-0.574;SOR=2.335;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:42,54:0.56:96
chr19	20735196	rs7250860	A	T	4105.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.888;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=369;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.263;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=114;NR=57;PP=2560;ReadPosRankSum=-0.751;SC=AGCTTCCCAAATCACACTTTA;SOR=0.768;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=318;TCF=206;TCR=112;TR=171;WE=20735204;WS=20735186;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:167,195:0.54:362
chr19	20735272	rs7251976	T	C	7697.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.888;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=714;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.523;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=115;NR=130;PP=2962;ReadPosRankSum=1.193;SC=CATTTTCACTTGCACCTACCT;SOR=0.776;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=470;TCF=227;TCR=243;TR=245;WE=20735280;WS=20735262;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:318,388:0.55:706
chr19	20736677	rs2562632	A	G	4512.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-1.454;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=613;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.536;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=93;PP=2192;ReadPosRankSum=-1.461;SC=TTTACCAAGTAGCCAAGGGTG;SOR=0.625;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=374;TCF=144;TCR=230;TR=152;WE=20736685;WS=20736667;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:361,238:0.40:599
chr19	20748522	rs12979592	C	A	5385.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-2.535;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=601;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQ=59.98;MQRankSum=1.284;NF=72;NR=119;PP=2889;ReadPosRankSum=1.776;SC=GCCACAGAGGCTGGGCCTCTA;SOR=0.710;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=410;TCF=155;TCR=255;TR=191;WE=20748530;WS=20748512;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:323,265:0.45:588
chr19	20806770	rs34554673	T	TCA	3531.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-1.278;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.260;NF=24;NR=30;PP=2622;ReadPosRankSum=0.355;SC=ATATCAATTCTTAGTTAGAAA;SOR=0.301;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=59;TCF=27;TCR=32;TR=54;WE=20806778;WS=20806762;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,81:0.99:82
chr19	20806824	rs10409289	T	C	3070.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.258;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=32;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.235;NF=53;NR=29;PP=1666;ReadPosRankSum=-0.754;SC=CACATTCACATGGTTTCTCTC;SOR=1.302;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=84;TCF=54;TCR=30;TR=82;WE=20806832;WS=20806814;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,114:0.98:116
chr19	20808149	rs1991528	A	G	8957.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.081;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=338;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=124;NR=137;PP=2965;ReadPosRankSum=2.456;SC=AAGCTTTGCCACATTCTATAT;SOR=0.822;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=263;TCF=124;TCR=139;TR=261;WE=20808157;WS=20808139;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,328:0.99:330
chr19	20808515	rs1968385	T	A	5496.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=42;NR=106;PP=2965;SC=AATATAAATATATATATGCAG;SOR=1.573;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=149;TCF=42;TCR=107;TR=148;WE=20808523;WS=20808505;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,196:1.00:196
chr19	20808586	rs11668824	A	G	697.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=2.504;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.563;HP=1;HapScore=2;MGOF=36;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=25;PP=576;ReadPosRankSum=0.191;SC=CACAAGCTGTAATTTCTTCCT;SOR=2.196;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=51;TCF=4;TCR=47;TR=26;WE=20808594;WS=20808576;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,26:0.50:52
chr19	20828106	rs34588720	C	CAA	456.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.602;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=5;PP=284;ReadPosRankSum=0.451;SC=AGATCTGATGCAAAGAGAACT;SOR=0.828;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=23;TCF=10;TCR=13;TR=9;WE=20828114;WS=20828096;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,16:0.36:45
chr19	20828410	rs34679916	A	AAAG	7342.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=3.264;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=437;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.811;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=50;PP=2964;ReadPosRankSum=2.682;SC=CCCAAATCACACTTTAAGGAC;SOR=0.874;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=212;TCF=101;TCR=111;TR=104;WE=20828418;WS=20828400;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:236,191:0.45:427
chr19	20973560	rs377604472	GAAA	G	3742.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=2.122;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=239;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=10;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=31;PP=784;ReadPosRankSum=-1.274;SC=ATCAGAAAGAGAAAAAAAAAG;SOR=0.699;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=93;TCF=16;TCR=77;TR=40;WE=20973570;WS=20973550;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:116,101:0.47:217
chr19	20976742	rs1808542	A	G	4043.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=1.051;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=393;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.227;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=80;PP=2109;ReadPosRankSum=-1.103;SC=CAAGGTCAAAAAGAAAGCCAG;SOR=0.614;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=289;TCF=108;TCR=181;TR=126;WE=20976750;WS=20976732;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:194,187:0.49:381
chr19	20988637	rs6511163	G	A	3296.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-2.307;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=351;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.909;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=78;NR=44;PP=1808;ReadPosRankSum=0.338;SC=TTTCAGTTTTGTGTTCTCATT;SOR=0.460;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=245;TCF=168;TCR=77;TR=122;WE=20988645;WS=20988627;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:177,159:0.47:336
chr19	21203552	rs2081054	C	T	15206.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=568;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=204;NR=141;PP=2965;SC=CCCTGTGACCCGCAGGTATTG;SOR=1.003;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=350;TCF=206;TCR=144;TR=345;WE=21203560;WS=21203542;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,558:1.00:558
chr19	21205531	rs7252588	C	T	4090.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=64;NR=35;PP=1968;SC=CCAAGATATCCGCCATGGTTA;SOR=1.233;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=100;TCF=64;TCR=36;TR=99;WE=21205539;WS=21205521;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,149:1.00:149
chr19	21216536	rs3760839	G	A	2059.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.434;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=61;PP=1710;ReadPosRankSum=1.043;SC=TTCCATATAGGAAAGAATTTT;SOR=5.549;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=63;TCF=1;TCR=62;TR=62;WE=21216544;WS=21216526;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,64:0.98:65
chr19	21217211	rs1470020	A	G	878.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=25;PP=685;SC=CAAGTTTGCTATCAGAACCAA;SOR=4.479;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=26;TCF=1;TCR=25;TR=26;WE=21217219;WS=21217201;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr19	21281765	rs34494287	T	TA	1880.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.099;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=334;ExcessHet=3.0103;FS=4.532;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.97;ReadPosRankSum=2.971;SOR=0.831;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:131,139:0.51:270
chr19	21299774	rs36125838	T	TATA	18642.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=436;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=52;NR=132;PP=2924;SC=CAAAAAAGGTTATGAACTAAA;SOR=0.822;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=209;TCF=55;TCR=154;TR=184;WE=21299782;WS=21299764;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,411:1.00:411
chr19	21300462	rs2884554	A	G	15354.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=587;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=208;NR=185;PP=2965;SC=ACAAAACATAAAAGAATTCAT;SOR=0.799;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=401;TCF=211;TCR=190;TR=393;WE=21300470;WS=21300452;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,573:1.00:573
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chr19	21492062	rs547516	G	A	27518.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=1072;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=303;NR=338;PP=2965;SC=GGGTTTGGCTGCCATCTCGTG;SOR=0.783;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=642;TCF=303;TCR=339;TR=641;WE=21492070;WS=21492052;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,1062:1.00:1062
chr19	21493255	rs11665988	A	T	904.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FS=1.450;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.74;ReadPosRankSum=-1.090;SOR=0.428;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,38:0.54:71
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chr19	21493278	.	T	TA	130.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.644;ClippingRankSum=0.000;DP=131;ExcessHet=3.0103;FS=1.114;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.08;MQRankSum=2.093;QD=1.06;ReadPosRankSum=0.825;SOR=0.482;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:96,27:0.22:123
chr19	21541806	rs2012013	T	C	2248.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.131;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=16;PP=1304;ReadPosRankSum=-0.704;SC=TTCTTTGTCTTTGGCTGCCGC;SOR=0.658;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=135;TCF=101;TCR=34;TR=69;WE=21541814;WS=21541796;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,97:0.53:183
chr19	21544503	rs12981775	C	T	1818.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.698;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.194;HP=2;HapScore=4;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=17;PP=1932;ReadPosRankSum=-0.596;SC=ACCGAGATATCTGCCATGGTT;SOR=0.581;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=114;TCF=74;TCR=40;TR=51;WE=21544522;WS=21544493;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,89:0.50:177
chr19	21544514	rs12981564	A	G	1989.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.470;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.526;HP=3;HapScore=4;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=18;PP=1932;ReadPosRankSum=0.850;SC=TGCCATGGTTATGTCAGCTAG;SOR=0.753;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=123;TCF=78;TCR=45;TR=54;WE=21544522;WS=21544493;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:102,96:0.48:198
chr19	21544571	rs1142653	G	A	2765.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.600;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=277;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.913;HP=1;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=37;PP=1076;ReadPosRankSum=-0.252;SC=CCCATAGGACGACCTGAGGTA;SOR=0.637;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=167;TCF=84;TCR=83;TR=76;WE=21544579;WS=21544561;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:136,138:0.50:274
chr19	21544714	rs12982282	C	G	933.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-2.042;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.858;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=21;PP=471;ReadPosRankSum=0.102;SC=AAAACATGCTCTACTAAAAAT;SOR=0.464;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=66;TCF=20;TCR=46;TR=30;WE=21544722;WS=21544704;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,42:0.49:86
chr19	21558169	rs2358993	G	A	3354.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.118;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=451;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQ=59.99;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=72;PP=1781;ReadPosRankSum=-0.847;SC=GTTCTTGGGTGAGAATAACTT;SOR=0.683;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=279;TCF=92;TCR=187;TR=108;WE=21558177;WS=21558159;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:277,170:0.38:447
chr19	21558311	rs2914645	C	T	1253.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=39;PP=1023;SC=ATTATCCATGCAGAAAAAAAT;SOR=5.186;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=41;TCF=2;TCR=39;TR=41;WE=21558319;WS=21558301;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr19	21558818	rs376940300	CA	C	176.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.008;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=333;ExcessHet=3.0103;FS=2.779;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.60;ReadPosRankSum=1.386;SOR=0.945;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:240,54:0.18:294
chr19	21560141	rs1875256	G	A	929.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=24;NR=4;PP=694;SC=ACTGCCTTCAGTTCCTCTCTT;SOR=2.899;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=28;TCF=24;TCR=4;TR=28;WE=21560149;WS=21560135;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr19	21560314	rs138705140	GCA	G	107.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.382;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=267;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.47;ReadPosRankSum=0.908;SOR=0.620;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:204,27:0.12:231
chr19	21587918	rs7254059	G	T	7179.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.468;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=664;ExcessHet=3.0103;FS=0.525;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.99;MQRankSum=0.957;QD=10.89;ReadPosRankSum=2.945;SOR=0.745;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:314,345:0.52:659
chr19	21588165	rs2650847	G	A	3703.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=22;NR=96;PP=2776;SC=TGAGTTTCTGGTGCCTGTTTT;SOR=2.726;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=118;TCF=22;TCR=96;TR=118;WE=21588173;WS=21588155;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
chr19	21588692	rs1055753	T	C	1207.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.746;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FS=18.678;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.22;ReadPosRankSum=-1.913;SOR=0.821;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:80,67:0.46:147
chr19	21588709	rs3080710	TA	T	74.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.426;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FS=1.935;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.12;MQRankSum=1.083;QD=2.67;ReadPosRankSum=0.983;SOR=1.639;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,12:0.43:28
chr19	21605645	rs11666213	G	A	158.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.467;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.56;ReadPosRankSum=1.373;SOR=0.665;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,9:0.43:21
chr19	21606429	rs4621113	G	T	2682.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.645;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=326;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.369;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-1.191;NF=55;NR=37;PP=1492;ReadPosRankSum=0.400;SC=CCCTATAAATGTGAAGAATGT;SOR=0.785;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=230;TCF=133;TCR=97;TR=92;WE=21606437;WS=21606419;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:185,129:0.41:314
chr19	21606719	rs10414834	C	G	6382.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-2.006;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=677;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.516;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.799;NF=96;NR=103;PP=2703;ReadPosRankSum=-3.229;SC=GTCTTCACACCTTACTACACA;SOR=0.734;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=425;TCF=209;TCR=216;TR=199;WE=21606727;WS=21606709;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:341,321:0.48:662
chr19	21688495	rs73017722	C	T	2648.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-2.644;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=263;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.597;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=72;NR=36;PP=1603;ReadPosRankSum=0.998;SC=TTCTTAGAGGCCCAGCCTGTG;SOR=0.573;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=195;TCF=137;TCR=58;TR=108;WE=21688503;WS=21688485;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:132,124:0.48:256
chr19	21688602	rs10420016	C	G	7908.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-1.652;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=746;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=105;NR=109;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.308;SC=CTGACATCCCCAGAGAGGGGG;SOR=0.696;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=428;TCF=212;TCR=216;TR=214;WE=21688610;WS=21688592;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:351,392:0.53:743
chr19	21712442	rs77074124	G	T	7771.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.529;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=711;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=139;NR=84;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.823;SC=TCCTTCTGTTGGTGTGTGTGT;SOR=0.718;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=429;TCF=264;TCR=165;TR=223;WE=21712451;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:327,366:0.53:693
chr19	21719401	rs35782355	T	C	1883.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.672;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.346;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=27;PP=1179;ReadPosRankSum=0.648;SC=GCAAATCATTTTGCATGCTTT;SOR=0.673;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=100;TCF=50;TCR=50;TR=60;WE=21719409;WS=21719391;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,78:0.59:133
chr19	21736788	rs2562502	T	C	3040.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=34;NR=34;PP=1293;SC=TTGGTTTTTTTACATACTCCC;SOR=0.693;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=68;TCF=34;TCR=34;TR=68;WE=21736796;WS=21736778;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr19	21736838	rs2681370	T	C	678.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.093;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.087;HP=5;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=11;PP=295;ReadPosRankSum=-2.380;SC=TTTGTTATTTTTTCTCTAATG;SOR=0.456;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=41;TCF=16;TCR=25;TR=19;WE=21736846;WS=21736828;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,32:0.59:54
chr19	21838002	rs7351091	G	T	4749.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=58.28;QD=27.14;SOR=1.078;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,175:1.00:175
chr19	21838113	rs34320073	A	AGAT	5492.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=35;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=13;NR=55;PP=2969;SC=TACACAAAGAAGATAACAAAC;SOR=0.963;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=77;TCF=15;TCR=62;TR=68;WE=21838121;WS=21838103;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr19	21838146	rs7351088	C	T	4517.77	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.08;QD=44.29;SOR=1.212;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr19	21838146	.	CA	TG	2947	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;FR=1.0000;HP=2;HapScore=1;MGOF=41;MMLQ=27;MQ=60.17;NF=29;NR=51;PP=2947;QD=20;SC=TGATAACTACCAAGAGCAATA;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=83;TCF=31;TCR=52;TR=80;WE=21838155;WS=21838136;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:3,80:0.96:83
chr19	21838147	rs7351087	A	G	4517.77	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.08;QD=44.29;SOR=1.157;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr19	21838240	rs6511279	C	A	3380.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=65;NR=46;PP=2427;SC=TAGAAAGAAACCTTTCAAATG;SOR=1.022;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=111;TCF=65;TCR=46;TR=111;WE=21838248;WS=21838230;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr19	21838351	rs7508059	A	G	8057.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=296;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=100;NR=103;PP=2965;SC=TTGTGGCAAAACCTTCAACTG;SOR=0.707;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=204;TCF=101;TCR=103;TR=203;WE=21838359;WS=21838341;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,294:1.00:294
chr19	21838492	rs6511280	C	G	9115.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=318;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=135;NR=83;PP=2965;SC=TGGAGAGAAACCGTACAGATG;SOR=1.132;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=218;TCF=135;TCR=83;TR=218;WE=21838500;WS=21838482;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,314:1.00:314
chr19	21838565	rs6511281	T	C	19450.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=747;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=233;NR=182;PP=2965;SC=AGAATTCATATTGGAGAGAAA;SOR=0.864;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=416;TCF=233;TCR=183;TR=415;WE=21838573;WS=21838555;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,732:1.00:732
chr19	21838657	rs7508494	G	A	20196.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=758;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=207;NR=227;PP=2965;SC=TGCTGGAGAGGAGCCCTACAA;SOR=0.737;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=434;TCF=207;TCR=227;TR=434;WE=21838665;WS=21838647;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,748:1.00:748
chr19	21838785	rs10422946	C	T	11989.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=432;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=140;NR=165;PP=2965;SC=TTAACCACTCCTCAACTCCTA;SOR=0.812;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=312;TCF=140;TCR=172;TR=305;WE=21838793;WS=21838775;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,426:1.00:426
chr19	21838830	rs10422804	A	C	13103.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=496;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=140;NR=177;PP=2965;SC=GAGAGAAACCATACAAATGTG;SOR=0.817;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=317;TCF=140;TCR=177;TR=317;WE=21838838;WS=21838820;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,493:1.00:493
chr19	21909948	rs7246400	G	A	5234.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.338;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=533;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.521;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.920;NF=97;NR=96;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.073;SC=CTTATGTTTAGTAAGGTATGA;SOR=0.625;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=390;TCF=187;TCR=203;TR=193;WE=21909956;WS=21909938;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:273,249:0.48:522
chr19	21948726	rs117844908	T	C	1020.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=1.782;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=29;PP=651;ReadPosRankSum=-0.424;SC=TGAGGACACATCACCCCATAG;SOR=0.727;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=73;TCF=18;TCR=55;TR=38;WE=21948734;WS=21948716;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,44:0.55:80
chr19	21948748	rs11085493	T	C	1479.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=42;PP=1151;SC=TTTTTCCAAATCAAAACCTTG;SOR=3.702;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=48;TCF=6;TCR=42;TR=48;WE=21948756;WS=21948738;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr19	21950337	rs10412066	G	C	5766.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.676;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=554;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.452;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=106;PP=2896;ReadPosRankSum=-0.046;SC=ACACAGAGAAGTGAGAGCAAA;SOR=0.891;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=349;TCF=145;TCR=204;TR=171;WE=21950345;WS=21950327;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:277,271:0.49:548
chr19	21950402	rs6511291	T	C	3482.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=2.065;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=294;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.506;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=68;PP=1965;ReadPosRankSum=2.005;SC=CCGGAAGCCGTCCAGTCCGCT;SOR=0.466;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=194;TCF=64;TCR=130;TR=109;WE=21950410;WS=21950392;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:138,156:0.53:294
chr19	22115982	rs807958	A	G	146.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.934;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=2.622;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.47;MQRankSum=-3.133;QD=9.17;ReadPosRankSum=-1.134;SOR=0.148;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,5:0.31:16
chr19	22115990	rs807957	G	A	140.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.101;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=2.345;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.36;MQRankSum=-3.251;QD=7.82;ReadPosRankSum=-0.395;SOR=0.211;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,5:0.28:18
chr19	22116050	rs140860406	C	CA	296.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.405;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.04;MQRankSum=-3.518;QD=6.45;ReadPosRankSum=1.289;SOR=0.553;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,22:0.48:46
chr19	22153495	rs2359812	A	T	2397.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-2.041;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=237;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.003;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=36;PP=1141;ReadPosRankSum=-2.242;SC=TCATTTGTAGAGTTTCTCTCC;SOR=0.766;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=153;TCF=78;TCR=75;TR=79;WE=22153503;WS=22153485;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:117,117:0.50:234
chr19	22154954	rs2214301	C	T	4080.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-2.066;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=348;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.322;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=72;NR=57;PP=2246;ReadPosRankSum=-1.585;SC=CTTATGATAACTAAGGGTTGA;SOR=0.806;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=242;TCF=125;TCR=117;TR=129;WE=22154962;WS=22154944;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:160,182:0.53:342
chr19	22157302	rs10419899	G	A	6227.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.327;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=632;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.521;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-3.166;NF=98;NR=97;PP=2962;ReadPosRankSum=0.845;SC=ATGATCTGACGTATTCTTTAC;SOR=0.639;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=395;TCF=194;TCR=201;TR=195;WE=22157310;WS=22157292;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:322,305:0.49:627
chr19	22171880	rs4574045	C	T	763.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.575;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FS=15.771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.07;ReadPosRankSum=-0.257;SOR=3.304;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,32:0.46:69
chr19	22193451	rs2040654	C	G	6450.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=260;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=124;NR=56;PP=2965;SC=ATGGCTGAACCGGACTGAGGT;SOR=1.489;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=181;TCF=125;TCR=56;TR=180;WE=22193459;WS=22193441;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,249:1.00:249
chr19	22235307	rs415291	C	G	2581.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-1.985;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=235;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.065;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=26;PP=1278;ReadPosRankSum=1.456;SC=CGCTCTAGCCCGAGCTGCAGG;SOR=0.779;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=179;TCF=123;TCR=56;TR=89;WE=22235315;WS=22235297;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:108,123:0.53:231
chr19	22235491	rs387343	T	G	6320.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.245;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=606;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.523;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=82;NR=113;PP=2871;ReadPosRankSum=-0.878;SC=GGTTGGAACCTGTGGGAAGTC;SOR=0.776;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=372;TCF=159;TCR=213;TR=195;WE=22235499;WS=22235481;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:297,308:0.51:605
chr19	22235526	rs387315	T	C	4577.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.581;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=425;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.781;HP=1;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=99;PP=1864;ReadPosRankSum=1.058;SC=CAGGCCTCCTTGCAGTCAGCC;SOR=0.855;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=289;TCF=103;TCR=186;TR=148;WE=22235534;WS=22235516;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:197,226:0.53:423
chr19	22235577	rs408312	C	T	2116.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=2.004;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.628;HP=2;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=52;PP=1112;ReadPosRankSum=-0.231;SC=AGCTCGGCCTCGGTCCCCCTC;SOR=0.598;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=139;TCF=33;TCR=106;TR=69;WE=22235585;WS=22235567;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,95:0.55:172
chr19	22235620	rs423926	G	C	926.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=4.065;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.527;HP=2;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=27;PP=643;ReadPosRankSum=-1.724;SC=TGACAGCCGGGACCCCGGGCG;SOR=0.409;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=65;TCF=6;TCR=59;TR=31;WE=22235628;WS=22235610;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,35:0.48:73
chr19	22256396	rs3752163	G	A	8347.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.768;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=897;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.104;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=110;NR=146;PP=2962;ReadPosRankSum=0.797;SC=AGTACAACAGGTGAAACAGAT;SOR=0.613;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=558;TCF=234;TCR=324;TR=256;WE=22256404;WS=22256386;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:473,417:0.47:890
chr19	22363826	rs7252593	G	C	4652.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.117;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=882;ExcessHet=3.0103;FS=2.100;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.18;MQRankSum=-0.950;QD=5.39;ReadPosRankSum=-9.277;SOR=0.897;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:661,202:0.23:863
chr19	22363844	rs7252604	G	A	2435.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.499;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=804;ExcessHet=3.0103;FS=2.798;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.32;MQRankSum=-4.264;QD=3.09;ReadPosRankSum=-9.801;SOR=1.110;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:685,103:0.13:788
chr19	22364233	rs12986319	C	T	3293.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.805;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=331;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=69;PP=1858;ReadPosRankSum=-1.373;SC=TTATAACCTTCTTTGTGCACG;SOR=0.674;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=236;TCF=95;TCR=141;TR=116;WE=22364241;WS=22364223;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:171,155:0.48:326
chr19	22469233	rs808373	G	C	7767.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=294;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=157;NR=62;PP=2965;SC=CGTTGTTTCTGGTTGCAGCCG;SOR=1.644;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=225;TCF=158;TCR=67;TR=219;WE=22469241;WS=22469223;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,278:1.00:278
chr19	22585453	.	T	TA	207.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.112;ClippingRankSum=0.000;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.61;MQRankSum=-1.228;QD=2.56;ReadPosRankSum=0.411;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:62,19:0.23:81
chr19	22585517	rs35315232	A	C	8279.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.219;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;MQRankSum=-1.231;NF=146;NR=62;PP=2962;ReadPosRankSum=1.476;SC=ATTTTAAGGAATGGCTTTTTT;SOR=0.536;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=224;TCF=155;TCR=69;TR=208;WE=22585530;WS=22585507;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,202:1.00:203
chr19	22585521	rs35112061	CT	C	2557.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.051;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FS=6.138;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.63;MQRankSum=-8.666;QD=11.95;ReadPosRankSum=0.787;SOR=1.282;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,177:0.83:214
chr19	22586073	rs56768795	C	A	4345.77	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.92;QD=43.46;SOR=3.868;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr19	22586074	.	A	AC	663.70	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-1.285;ClippingRankSum=0.000;DP=101;ExcessHet=3.0103;FS=2.925;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.92;MQRankSum=2.001;QD=10.37;ReadPosRankSum=0.329;SOR=1.971;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,53:0.83:64
chr19	22586084	rs113181884	A	C	5406.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.57;QD=36.53;SOR=5.856;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,148:1.00:148
chr19	22586192	rs1368476	A	G	9564.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.289;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=360;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=-0.164;NF=226;NR=148;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.592;SC=CCTCACCCACAAAGACCAGGT;SOR=0.354;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=377;TCF=229;TCR=148;TR=374;WE=22586200;WS=22586182;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,355:1.00:356
chr19	22605103	rs11669353	G	C	10928.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.887;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=431;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=123;NR=198;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.254;SC=GACACAGAAGGGCGAAGACGA;SOR=1.141;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=322;TCF=123;TCR=199;TR=321;WE=22605111;WS=22605093;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,421:1.00:423
chr19	22605120	rs11669356	G	T	9386.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.018;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=353;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=90;NR=180;PP=2965;ReadPosRankSum=0.985;SC=ACGAGACCAGGAACTCCGGCT;SOR=1.386;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=270;TCF=90;TCR=180;TR=270;WE=22605128;WS=22605110;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,345:0.99:347
chr19	22782955	rs3214614	CT	C	255.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.992;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.720;HP=8;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.938;NF=9;NR=2;PP=176;ReadPosRankSum=0.840;SC=TTATTGTCTGCTTTTTTTTCC;SOR=0.407;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=24;TCF=20;TCR=4;TR=11;WE=22782963;WS=22782951;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,16:0.57:28
chr19	22784349	rs62121319	C	T	825.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.472;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.629;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=13;PP=240;ReadPosRankSum=-0.141;SC=CGGGTTTCTGCGTTAAGTTCG;SOR=0.990;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=57;TCF=27;TCR=30;TR=23;WE=22784357;WS=22784339;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,44:0.45:98
chr19	22784843	rs11670104	T	G	3279.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=2.639;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=338;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.504;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=51;PP=1568;ReadPosRankSum=1.306;SC=AGTCCATGGTTAGCCTACTCC;SOR=0.657;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=182;TCF=95;TCR=87;TR=101;WE=22784851;WS=22784833;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:176,161:0.48:337
chr19	22785134	rs11670207	T	C	5913.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.276;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=555;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=85;NR=89;PP=2253;ReadPosRankSum=0.814;SC=CCAGTGCAGATGGGGAGCAGG;SOR=0.705;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=338;TCF=166;TCR=172;TR=174;WE=22785142;WS=22785124;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:258,292:0.53:550
chr19	22786041	rs62121323	A	G	1857.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-2.039;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=17;PP=1073;ReadPosRankSum=1.188;SC=GGTGACCCTCACCAGCAGCGT;SOR=0.718;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=158;TCF=119;TCR=39;TR=69;WE=22786049;WS=22786031;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:109,91:0.46:200
chr19	22786126	rs2304143	T	A	5381.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.225;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=511;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.762;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=109;NR=73;PP=2703;ReadPosRankSum=-0.640;SC=ATGCAGCTGTTTGGTGAGATG;SOR=0.836;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=371;TCF=219;TCR=152;TR=182;WE=22786134;WS=22786116;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:245,255:0.51:500
chr19	22836873	rs61144086	G	GA	2016.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.491;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=445;ExcessHet=3.0103;FS=1.427;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.15;MQRankSum=-8.551;QD=5.62;ReadPosRankSum=-0.607;SOR=0.795;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:216,143:0.40:359
chr19	22937148	rs4933033	G	A	39.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.056;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.09;ReadPosRankSum=-0.929;SOR=0.730;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,5:0.26:19
chr19	22939224	rs17172927	G	A	4949.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.760;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=513;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.447;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQ=59.93;MQRankSum=0.000;NF=88;NR=79;PP=2765;ReadPosRankSum=0.757;SC=AAGGTTTGAGGACTAAATGCT;SOR=0.688;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=319;TCF=155;TCR=164;TR=167;WE=22939232;WS=22939214;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:260,233:0.47:493
chr19	22941191	rs11667397	T	A	3855.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-2.067;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=370;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.248;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.049;NF=70;NR=71;PP=2208;ReadPosRankSum=-2.941;SC=TTTGCAAGGTTTCTCTTCCAT;SOR=0.729;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=282;TCF=145;TCR=137;TR=141;WE=22941199;WS=22941181;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:170,185:0.52:355
chr19	22942325	rs7255780	G	C	2185.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.760;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.446;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=32;PP=1113;ReadPosRankSum=-0.081;SC=TTTATTATAAGCTTCTTCGTG;SOR=0.784;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=130;TCF=67;TCR=63;TR=70;WE=22942333;WS=22942315;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:95,103:0.52:198
chr19	22952249	rs11669602	C	T	1229.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=2.312;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=38;PP=842;ReadPosRankSum=0.202;SC=GATGACTGAACGTATTCAGTA;SOR=0.818;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=85;TCF=14;TCR=71;TR=45;WE=22952257;WS=22952239;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,54:0.52:103
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chr19	23413937	rs7256859	A	G	6687.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=145;NR=31;PP=2965;SC=TGCCCGCCTTAGCCTCTCCAA;SOR=2.606;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=177;TCF=145;TCR=32;TR=176;WE=23413945;WS=23413927;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,216:1.00:216
chr19	23414167	rs4932841	T	G	5502.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-1.418;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=548;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=117;PP=2728;ReadPosRankSum=1.579;SC=GCAATACCTGTTTTATTAAAA;SOR=0.645;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=362;TCF=116;TCR=246;TR=175;WE=23414175;WS=23414157;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:279,265:0.49:544
chr19	23433107	rs10405424	G	C	5003.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.049;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=403;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.159;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=84;PP=2333;ReadPosRankSum=0.627;SC=TTGCAGGTCAGAGGGCCACAG;SOR=0.588;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=265;TCF=102;TCR=163;TR=137;WE=23433115;WS=23433097;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:172,227:0.57:399
chr19	23542697	rs1821845	G	C	17704.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.150;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=745;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.930;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=-0.463;NF=235;NR=226;PP=2965;ReadPosRankSum=10.805;SC=TAAAAGCTTTGCCACATTCTT;SOR=0.585;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=469;TCF=241;TCR=228;TR=461;WE=23542705;WS=23542687;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:72,664:0.90:736
chr19	23545250	rs1044095	A	G	4371.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=60;NR=68;PP=2845;SC=ATTTCTTTCCAGTATGTCTTA;SOR=0.784;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=128;TCF=60;TCR=68;TR=128;WE=23545258;WS=23545240;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,159:1.00:159
chr19	23837145	rs11671053	A	G	1128.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.219;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.690;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=22;PP=627;ReadPosRankSum=-0.761;SC=GCAGAAATTCACCTTGGTATA;SOR=0.770;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=85;TCF=40;TCR=45;TR=42;WE=23837153;WS=23837135;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,56:0.49:114
chr19	23837365	rs4380159	A	C	9566.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=374;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=106;NR=100;PP=2965;SC=CCCTTGTGCAACTTACATTCA;SOR=0.754;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=208;TCF=108;TCR=100;TR=206;WE=23837373;WS=23837355;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,369:1.00:369
chr19	23845038	rs10418600	T	G	9374.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.60;SOR=1.523;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,215:1.00:215
chr19	23845042	rs10418602	T	C	9063.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.65;SOR=1.586;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,203:1.00:203
chr19	23869684	rs4020520	G	A	6627.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=242;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=133;NR=44;PP=2965;SC=TCTTATGGCTGCAGGGGACTG;SOR=1.810;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=178;TCF=133;TCR=45;TR=177;WE=23869692;WS=23869674;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,236:1.00:236
chr19	23869823	rs2364624	T	G	6322.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=2.730;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=678;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=87;NR=103;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.846;SC=GTCGCACCCGTAACTCTCACC;SOR=0.723;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=424;TCF=198;TCR=226;TR=190;WE=23869831;WS=23869813;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:366,309:0.46:675
chr19	23869941	rs2364625	A	G	8683.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=316;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=84;NR=151;PP=2965;SC=ACACAGAGCAATGAAAGCGAG;SOR=1.234;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=235;TCF=84;TCR=151;TR=235;WE=23869949;WS=23869931;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,313:1.00:313
chr19	23926332	rs10405811	G	A	603.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.16;SOR=1.519;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr19	23927252	rs1818990	C	T	22356.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=856;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=269;NR=268;PP=2965;SC=TTCTTCACATCTGTAGGGCTT;SOR=0.705;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=543;TCF=272;TCR=271;TR=537;WE=23927260;WS=23927242;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,843:1.00:843
chr19	23927468	rs1818989	A	G	7100.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=260;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=69;NR=116;PP=2965;SC=AGTAAGGGTTAAGGACTGATT;SOR=1.129;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=188;TCF=70;TCR=118;TR=185;WE=23927476;WS=23927458;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,250:1.00:250
chr19	23928102	rs7248674	C	G	6344.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=235;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=60;NR=114;PP=2965;SC=GGTGAAAAGTCTTGGGCAAAA;SOR=1.238;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=176;TCF=61;TCR=115;TR=174;WE=23928110;WS=23928092;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,234:1.00:234
chr19	23941459	rs6417220	G	A	10325.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=391;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=170;NR=91;PP=2965;SC=GGAGAACTCAGGGCGCAAATT;SOR=1.236;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=263;TCF=171;TCR=92;TR=261;WE=23941467;WS=23941449;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,385:1.00:385
chr19	29704002	rs11666764	T	C	16198.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=361;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=58.24;QD=45.00;SOR=0.704;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,360:1.00:360
chr19	29704010	rs8100724	A	C	16748.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=386;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=58.48;QD=43.50;SOR=0.709;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,385:1.00:385
chr19	30099457	rs1465585	A	G	4023.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=3.667;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=295;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.916;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=94;NR=44;PP=2436;ReadPosRankSum=0.729;SC=GACTACAGGTATGAGCCACTG;SOR=0.986;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=220;TCF=146;TCR=74;TR=138;WE=30099465;WS=30099447;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:117,172:0.60:289
chr19	30106130	rs72228837	CT	C	327.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.567;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FS=20.396;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=2.485;QD=2.21;ReadPosRankSum=-0.942;SOR=0.341;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:97,51:0.34:148
chr19	30193721	rs10424582	G	A	11777.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.960;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=806;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=197;NR=123;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.557;SC=TGACCAGCGCGGTCAGCTGCA;SOR=0.716;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=480;TCF=294;TCR=186;TR=320;WE=30193729;WS=30193711;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:258,539:0.68:797
chr19	30206271	.	C	CG	4915.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.224;ClippingRankSum=0.000;DP=264;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.726;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.174;NF=54;NR=39;PP=2971;ReadPosRankSum=1.403;SC=TAGGGGGAGCCGGGGGTCGCT;SOR=0.555;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=148;TCF=86;TCR=62;TR=93;WE=30206279;WS=30206261;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,177:0.69:257
chr19	30303714	rs3218029	T	TC	3201.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.188;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=509;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.554;HP=7;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=2.835;NF=30;NR=46;PP=1583;ReadPosRankSum=0.837;SC=TTGGGGAGCATCCCCCCCATC;SOR=0.738;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=247;TCF=93;TCR=154;TR=76;WE=30303722;WS=30303704;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:305,152:0.33:457
chr19	30313523	rs67602822	CCTT	C	1852.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-2.368;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.424;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=25;PP=1007;ReadPosRankSum=0.929;SC=CAGTGCTGCTCCTTCTTTCAG;SOR=0.368;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=105;TCF=7;TCR=98;TR=28;WE=30313533;WS=30313513;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:117,54:0.32:171
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chr19	30500118	rs3840928	GTGA	G	18101.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.248;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1828;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.48;MQRankSum=-0.306;QD=12.00;ReadPosRankSum=-0.640;SOR=0.718;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:550,959:0.64:1509
chr19	31038995	rs1469705	T	C	5285.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-2.235;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=896;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.548;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=97;NR=94;PP=1967;ReadPosRankSum=-1.524;SC=ACCACAAGGATGAGATGTCAA;SOR=0.634;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=586;TCF=306;TCR=280;TR=191;WE=31039003;WS=31038985;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:587,308:0.34:895
chr19	31769763	rs12461253	G	A	13000.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.903;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=849;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.620;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=217;NR=191;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.707;SC=TTTTGGCGGCGACAGGAGTGA;SOR=0.517;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=615;TCF=338;TCR=277;TR=408;WE=31769771;WS=31769742;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:284,554:0.66:838
chr19	31840190	rs71173962	AG	A	4737.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=72;PP=2927;SC=ACAGGGAGGGAGGGGGCGGCG;SOR=1.163;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=85;TCF=8;TCR=77;TR=80;WE=31840198;WS=31840180;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,147:1.00:147
chr19	31840511	.	G	GC	163.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.187;ClippingRankSum=0.000;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.85;ReadPosRankSum=0.216;SOR=0.450;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,10:0.36:28
chr19	32083696	rs7245697	T	C	37732.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=1439;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=456;NR=517;PP=2965;SC=ATGGCTCTACTGCCGTCCACC;SOR=0.798;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=977;TCF=458;TCR=519;TR=973;WE=32083704;WS=32083686;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,1417:1.00:1417
chr19	32873698	rs2270399	A	G	12567.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-1.882;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=467;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=145;NR=190;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.079;SC=CTGGAAGTTCAGAAAATGCAG;SOR=0.303;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=337;TCF=145;TCR=192;TR=335;WE=32873706;WS=32873688;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,458:1.00:459
chr19	32899293	rs2012353	G	A	1425.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.396;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=265;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=32;PP=699;ReadPosRankSum=1.085;SC=CAGCAATTTGGGTTGCTTTTA;SOR=0.687;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=175;TCF=80;TCR=95;TR=59;WE=32899301;WS=32899283;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:179,85:0.32:264
chr19	32902404	rs10410770	A	G	1060.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.274;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.024;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=32;PP=644;ReadPosRankSum=-0.194;SC=AGGTTGGACTATAGAGTGAAA;SOR=0.469;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=138;TCF=40;TCR=98;TR=49;WE=32902412;WS=32902394;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:115,58:0.34:173
chr19	32927311	rs2302773	G	A	459.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-0.862;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.202;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=4;PP=298;ReadPosRankSum=-1.084;SC=GAATAATTATGAGTGTAATTA;SOR=1.000;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=59;TCF=43;TCR=16;TR=21;WE=32927319;WS=32927301;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,25:0.37:68
chr19	32930069	rs6510249	G	A	12303.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.079;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=868;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=158;NR=175;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.782;SC=AGAACTGGGCGCTGCCATTCT;SOR=0.711;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=509;TCF=244;TCR=265;TR=333;WE=32930077;WS=32930059;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:290,573:0.66:863
chr19	32946043	rs2903738	A	T	98.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.998;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=4;PP=61;ReadPosRankSum=0.430;SC=TAATAAACTAATTGTTTTAGA;SOR=0.527;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=17;TCF=5;TCR=12;TR=6;WE=32946051;WS=32946033;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,6:0.32:19
chr19	32954725	rs1544511	G	A	4154.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=2.477;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=275;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.256;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=68;NR=38;PP=1973;ReadPosRankSum=2.428;SC=CAGAATCCAGGTTTATATACA;SOR=1.006;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=164;TCF=99;TCR=65;TR=106;WE=32954733;WS=32954715;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,181:0.67:269
chr19	32955406	rs7252536	A	T	974.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=24;NR=10;PP=617;SC=ATTTCTGGTAATTTTTTAAGG;SOR=1.609;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=34;TCF=24;TCR=10;TR=34;WE=32955414;WS=32955400;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr19	32971223	rs16967141	C	T	1917.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=2.849;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=289;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.584;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=22;PP=1250;ReadPosRankSum=-0.764;SC=TAGACTCAGCCCTGTGGAAGG;SOR=0.822;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=205;TCF=143;TCR=62;TR=74;WE=32971231;WS=32971213;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:182,96:0.35:278
chr19	32973077	rs7253039	C	T	3160.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.332;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=550;ExcessHet=3.0103;FS=1.163;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.88;ReadPosRankSum=0.562;SOR=0.701;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:353,185:0.34:538
chr19	33072069	rs10402931	G	A	1242.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-1.984;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=5;PP=379;ReadPosRankSum=-0.176;SC=TGGATTGGTGGCGCCTGGGCC;SOR=0.669;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=65;TCF=50;TCR=15;TR=26;WE=33072077;WS=33072059;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,32:0.40:80
chr19	33072085	rs10405535	A	G	1383.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.134;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.744;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=12;PP=466;ReadPosRankSum=1.257;SC=GGGCCCCGCGAGCGCCTGCGC;SOR=0.580;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=95;TCF=63;TCR=32;TR=36;WE=33072093;WS=33072075;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,44:0.37:118
chr19	33072118	rs11084660	C	G	1336.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.589;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=20;PP=629;ReadPosRankSum=-0.157;SC=CGCGCTCGCGCCGAGGGGCTG;SOR=0.708;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=129;TCF=78;TCR=51;TR=50;WE=33072126;WS=33072108;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:114,72:0.39:186
chr19	33072266	rs10411464	T	C	4388.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=49;NR=73;PP=2351;SC=GGCTTGGCCCTCGCGGGGCGC;SOR=1.044;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=122;TCF=49;TCR=73;TR=122;WE=33072274;WS=33072256;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,163:1.00:163
chr19	33073086	rs35500233	GT	G	395.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.282;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FS=4.890;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.17;ReadPosRankSum=0.082;SOR=0.476;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:88,37:0.30:125
chr19	33076973	rs10500262	T	A	9496.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=327;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=52;NR=219;PP=2965;SC=GAGAATAAATTGCCTTTCCTA;SOR=2.427;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=272;TCF=53;TCR=219;TR=271;WE=33076981;WS=33076963;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,314:1.00:314
chr19	33098632	rs2302970	G	C	9886.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=359;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=183;NR=95;PP=2965;SC=CAGCAGGAGGGGGATGAGGTC;SOR=1.453;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=280;TCF=183;TCR=97;TR=278;WE=33098640;WS=33098622;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,352:1.00:352
chr19	33098870	rs2903755	C	T	11302.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=271;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.33;SOR=2.348;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,267:1.00:267
chr19	33098875	rs2868150	T	C	10742.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=234;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=46.71;SOR=2.564;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,230:1.00:230
chr19	33106390	rs614370	T	G	2988.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=31;NR=18;PP=1048;SC=GTCAGGACACTGAGGTGAGAG;SOR=1.263;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=51;TCF=33;TCR=18;TR=49;WE=33106398;WS=33106389;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr19	33106621	rs405858	C	T	18115.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=695;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=233;NR=227;PP=2965;SC=ATTCGGGGTCCGCTGCACTGA;SOR=0.714;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=461;TCF=233;TCR=228;TR=460;WE=33106629;WS=33106611;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,685:1.00:685
chr19	33108662	.	T	TC	144	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;FR=1.0000;HP=17;HapScore=4;MGOF=22;MMLQ=25;MQ=60.0;NF=1;NR=4;PP=144;QD=29.4;SC=TGATTTAGTTTTTTTTTTTTT;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=13;TCF=4;TCR=9;TR=5;WE=33108670;WS=33108649;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:8,5:0.38:13
chr19	33110149	rs28615461	T	C	2327.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.45;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr19	33110204	rs2287669	T	C	8303.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.772;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=305;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=155;NR=70;PP=2965;ReadPosRankSum=1.546;SC=TGCCTTGAGCTGGCTGACATG;SOR=0.440;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=227;TCF=157;TCR=70;TR=225;WE=33110212;WS=33110194;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,299:1.00:300
chr19	33117666	rs6510271	T	C	14523.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=540;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=215;NR=141;PP=2965;SC=GCGGAGTGGCTCCATGGTAGT;SOR=1.030;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=356;TCF=215;TCR=141;TR=356;WE=33117674;WS=33117656;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,532:1.00:532
chr19	33117842	rs6510272	C	A	10050.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=391;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=90;NR=179;PP=2965;SC=GGCATGAAACCCACGGTAGAT;SOR=1.309;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=270;TCF=90;TCR=180;TR=269;WE=33117850;WS=33117832;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,376:1.00:376
chr19	33117884	rs6510273	T	C	4527.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=32;NR=107;PP=2965;SC=CTACAGCTAATATAAAGTAAG;SOR=2.318;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=139;TCF=32;TCR=107;TR=139;WE=33117892;WS=33117874;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,151:1.00:151
chr19	33119883	rs6510274	A	G	3202.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=12;NR=77;PP=2340;SC=CTGGAGTGCAATGGTGTGATC;SOR=3.111;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=89;TCF=12;TCR=77;TR=89;WE=33119891;WS=33119873;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr19	33130496	rs11084666	T	C	3231.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=17;NR=84;PP=2012;SC=TCTAGTCAGTTGGTTCGCTCA;SOR=2.683;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=101;TCF=17;TCR=84;TR=101;WE=33130504;WS=33130486;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr19	33131112	rs3760943	G	A	6789.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=224;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=173;NR=30;PP=2965;SC=CTCGTGATCCGCCCGCCTTGG;SOR=3.352;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=205;TCF=174;TCR=31;TR=203;WE=33131120;WS=33131102;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,223:1.00:223
chr19	33131336	rs10416829	T	C	36583.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.752;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1445;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=391;NR=561;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.147;SC=GAGATTCAAATGGACTGACAA;SOR=0.551;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=959;TCF=393;TCR=566;TR=952;WE=33131344;WS=33131326;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,1429:1.00:1432
chr19	33133936	rs3841621	CG	C	7469.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQ=60.11;NF=88;NR=39;PP=2965;SC=ATCAAACCAGCGTGTCACCTC;SOR=2.154;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=128;TCF=89;TCR=39;TR=127;WE=33133944;WS=33133926;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,186:1.00:186
chr19	33134425	rs259229	G	A	14923.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=537;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=148;NR=202;PP=2965;SC=AAAGGGCTTGGATTTGCATGG;SOR=0.912;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=350;TCF=148;TCR=202;TR=350;WE=33134433;WS=33134415;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,533:1.00:533
chr19	33134635	rs259228	A	G	1575.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=41;PP=1241;SC=AAGTGCTAACACAAGCTTTAT;SOR=3.171;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=47;TCF=6;TCR=41;TR=47;WE=33134643;WS=33134625;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr19	33135458	rs259225	C	T	3227.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=18;NR=76;PP=2200;SC=TCCTACAGGGCCTAGGCCCTC;SOR=2.390;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=94;TCF=18;TCR=76;TR=94;WE=33135466;WS=33135448;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr19	33137629	rs259220	T	A	5663.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=1.807;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=149;PP=2965;ReadPosRankSum=0.686;SC=CTTCACCCCATTGTGGGTTTG;SOR=1.720;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=179;TCF=29;TCR=150;TR=178;WE=33137637;WS=33137619;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,204:1.00:205
chr19	33149768	rs259251	G	A	4630.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=111;NR=23;PP=2965;SC=AGTCTACCACGTCTCTGGAAC;SOR=2.533;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=135;TCF=112;TCR=23;TR=134;WE=33149776;WS=33149758;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,161:1.00:161
chr19	33150043	rs199904012	TTC	T	152.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.841;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=239;ExcessHet=3.0103;FS=0.871;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.33;ReadPosRankSum=1.646;SOR=0.514;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:84,31:0.27:115
chr19	33150044	rs375738394	TC	T	244.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-1.195;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.25;ReadPosRankSum=-0.643;SOR=0.636;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:72,37:0.34:109
chr19	33167455	rs259290	G	T	6783.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=1.842;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.508;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=92;NR=72;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.852;SC=CATGCGACGCGCGCTGGAGCT;SOR=0.598;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=166;TCF=92;TCR=74;TR=164;WE=33167463;WS=33167445;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,230:1.00:231
chr19	33167879	rs259291	G	A	4022.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=22;NR=78;PP=2493;SC=CTGAGCTGACGGACACCCGAC;SOR=2.215;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=100;TCF=22;TCR=78;TR=100;WE=33167887;WS=33167869;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,133:1.00:133
chr19	33182802	rs8108837	C	T	121.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.107;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=1.841;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.81;ReadPosRankSum=0.000;SOR=0.267;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,9:0.28:32
chr19	33183352	rs61732600	G	C	3754.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-5.861;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=666;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.345;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=137;PP=2353;ReadPosRankSum=-0.570;SC=AGCCACCGCCGGGCCTGGCCT;SOR=0.830;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=559;TCF=145;TCR=414;TR=179;WE=33183360;WS=33183342;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:453,207:0.31:660
chr19	33211069	rs13346373	C	T	1164.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.62;BaseQRankSum=-11.419;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=708;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=124;PP=2713;ReadPosRankSum=0.381;SC=CAGCCGCGCACAGCCTCCCAC;SOR=0.210;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=386;TCF=0;TCR=386;TR=124;WE=33211077;WS=33211059;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:361,174:0.33:535
chr19	33239450	rs4805805	C	G	3714.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-2.457;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=633;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.561;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=103;PP=2066;ReadPosRankSum=0.809;SC=AAGCCAGTGCCTGATCACTGC;SOR=0.755;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=443;TCF=163;TCR=280;TR=163;WE=33239458;WS=33239440;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:413,208:0.33:621
chr19	33240570	rs9783983	G	A	506.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.694;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=11;PP=302;ReadPosRankSum=-1.240;SC=GGTCCTGCCCGAGGAAGACAT;SOR=0.611;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=96;TCF=65;TCR=31;TR=28;WE=33240578;WS=33240560;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:89,33:0.27:122
chr19	33264298	.	CA	C	8208.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.688;ClippingRankSum=0.000;DP=496;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.201;HP=4;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=1.961;NF=73;NR=95;PP=2963;ReadPosRankSum=0.486;SC=ATTTTGGTTCCAAAAGAATGT;SOR=0.598;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=283;TCF=128;TCR=155;TR=168;WE=33264306;WS=33264288;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:157,332:0.68:489
chr19	33264348	rs12608647	G	T	5155.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.427;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=924;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-1.995;NF=109;NR=80;PP=2355;ReadPosRankSum=-1.264;SC=CTGAAGAAAAGTTTTCTTTTA;SOR=0.752;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=566;TCF=315;TCR=251;TR=189;WE=33264356;WS=33264338;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:615,304:0.33:919
chr19	33281924	rs11881633	A	G	2667.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=3.082;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=502;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.911;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=57;PP=1347;ReadPosRankSum=0.518;SC=GAACAAGATCAAGCCCTGCTT;SOR=0.858;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=307;TCF=138;TCR=169;TR=94;WE=33281932;WS=33281914;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:341,153:0.31:494
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chr19	33309053	rs117126503	G	A	9221.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=3.038;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=606;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=88;NR=201;PP=2962;ReadPosRankSum=1.604;SC=CGAGGAGCAGGGGGGGCAGGG;SOR=0.741;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=429;TCF=129;TCR=300;TR=289;WE=33309061;WS=33309043;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:204,391:0.66:595
chr19	33321717	.	AG	GG	2962	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;FR=0.5000,0.5000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MMLQ=28;MQ=60.0;NF=3,47;NR=34,79;PP=1557,2962;QD=43.9705407686;SC=CCCTGTGCTCAGGATGGCCAG;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=125;TCF=8;TCR=117;TR=37,126;WE=33321725;WS=33321707;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:60,126:0.68:186
chr19	33321717	.	AG	AGGG	2962	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;FR=0.5000,0.5000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MMLQ=28;MQ=60.0;NF=3,47;NR=34,79;PP=1557,2962;QD=43.9705407686;SC=CCCTGTGCTCAGGATGGCCAG;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=125;TCF=8;TCR=117;TR=37,126;WE=33321725;WS=33321707;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:88,37:0.30:125
chr19	33321717	rs3214460	A	G,AGG	7297.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DB;DP=259;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.04;QD=29.19;SOR=1.107;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:0,170,80:0.68,0.32:250
chr19	33321775	rs17272190	C	G	626.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-5.293;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=14.296;HP=3;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=18;PP=332;ReadPosRankSum=-0.681;SC=CTTCTGTCTTCTCCCAGAATT;SOR=0.075;SbPval=0.1;Source=Platypus;TC=73;TCF=13;TCR=60;TR=26;WE=33321783;WS=33321765;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,31:0.40:78
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chr19	33349488	rs2287879	T	C	1569.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.446;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=252;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.032;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=34;PP=697;ReadPosRankSum=-0.528;SC=GGGTCTTTCTTGGCCTCCAAG;SOR=0.598;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=173;TCF=69;TCR=104;TR=60;WE=33349496;WS=33349478;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:157,89:0.36:246
chr19	33351695	rs2287878	T	C	465.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=3.372;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=17;PP=317;ReadPosRankSum=0.539;SC=AGGTGAATTTTTTTCCAGGTG;SOR=0.446;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=63;TCF=8;TCR=55;TR=20;WE=33351703;WS=33351685;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,21:0.33:63
chr19	33353041	rs1007161	G	A	735.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.027;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.442;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=14;PP=512;ReadPosRankSum=-1.188;SC=CATAGGCCCAGAGTCCATTGT;SOR=0.896;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=123;TCF=75;TCR=48;TR=39;WE=33353049;WS=33353031;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:108,44:0.29:152
chr19	33353061	rs1007160	G	T	980.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.503;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FS=4.516;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.95;ReadPosRankSum=-0.010;SOR=1.061;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:137,61:0.31:198
chr19	33353343	rs11084671	A	G	3279.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-1.055;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=270;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=23;PP=2370;ReadPosRankSum=-0.643;SC=GTGCCCGTGCAGGGCCCACCC;SOR=0.684;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=210;TCF=141;TCR=69;TR=70;WE=33353365;WS=33353333;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:176,92:0.34:268
chr19	33353357	rs11084672	C	T	3453.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.045;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=312;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.938;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=28;PP=2370;ReadPosRankSum=-0.333;SC=CCCACCCTCCCGTGGGTCACC;SOR=0.628;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=236;TCF=155;TCR=81;TR=78;WE=33353365;WS=33353333;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:201,107:0.35:308
chr19	33353464	rs11084673	G	A	3203.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.702;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=629;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=65;PP=1603;ReadPosRankSum=1.051;SC=CCAGCCGCACGCTCAGTGAGT;SOR=0.697;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=377;TCF=177;TCR=200;TR=124;WE=33353472;WS=33353454;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:429,189:0.31:618
chr19	33353574	rs72009425	A	AT	429.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.623;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FS=11.067;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.79;MQRankSum=0.990;QD=3.23;ReadPosRankSum=0.803;SOR=1.995;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:85,48:0.36:133
chr19	33354992	rs6510300	A	G	1066.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-2.822;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.319;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=13;PP=511;ReadPosRankSum=-1.516;SC=CCCTGGGCTCAGGTACTCACA;SOR=0.561;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=134;TCF=95;TCR=39;TR=44;WE=33355000;WS=33354982;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:111,62:0.36:173
chr19	33355055	rs12150889	A	G	1809.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.256;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=390;ExcessHet=3.0103;FS=3.654;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.69;ReadPosRankSum=0.244;SOR=0.886;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:272,114:0.30:386
chr19	33355069	rs12150890	A	G	2293.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.125;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=457;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.539;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=29;PP=2474;ReadPosRankSum=-1.335;SC=AGAAGGGCGCACACACATACT;SOR=0.940;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=284;TCF=171;TCR=113;TR=88;WE=33355077;WS=33355045;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:311,143:0.31:454
chr19	33355356	rs12151145	C	T	797.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=2.007;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.596;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=27;PP=485;ReadPosRankSum=1.149;SC=CACCGTGGTCCGCCCTCGCTG;SOR=0.500;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=138;TCF=38;TCR=100;TR=38;WE=33355364;WS=33355346;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:105,44:0.30:149
chr19	33355513	rs12150904	A	C	2371.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-3.814;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=325;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.176;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=29;PP=1365;ReadPosRankSum=-1.151;SC=CGGGGCTGCAACAGGCTCCCA;SOR=0.488;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=246;TCF=176;TCR=70;TR=93;WE=33355521;WS=33355503;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:197,121:0.38:318
chr19	33370070	rs745961	A	G	2390.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=6.091;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.815;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=10;PP=2659;ReadPosRankSum=2.179;SC=CGCAGATTCTAGCAGGTGGGG;SOR=0.535;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=160;TCF=135;TCR=25;TR=59;WE=33370092;WS=33370060;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:106,64:0.38:170
chr19	33370084	rs745960	T	A	2597.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=1.994;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.845;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=21;PP=2659;ReadPosRankSum=1.019;SC=GGTGGGGGCATGAGACTTCAG;SOR=0.445;SbPval=0.23;Source=Platypus;TC=194;TCF=149;TCR=45;TR=73;WE=33370092;WS=33370060;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:136,78:0.36:214
chr19	33370161	rs745959	A	C	4426.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.741;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=776;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.866;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=82;NR=76;PP=2108;ReadPosRankSum=0.136;SC=GGCTGGGGGCAACCAGAGCTC;SOR=0.550;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=497;TCF=273;TCR=224;TR=158;WE=33370169;WS=33370151;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:503,252:0.33:755
chr19	33373040	rs17272274	G	A	689.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=2.595;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=22;PP=480;ReadPosRankSum=-1.591;SC=TAGCAACCCCGGATAAGTTTG;SOR=0.577;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=61;TCF=8;TCR=53;TR=25;WE=33373048;WS=33373030;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,29:0.43:67
chr19	33390796	rs10418340	G	A	16478.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.477;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1211;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=275;NR=210;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.203;SC=CCTGGGTTATGTTTTCTGCCA;SOR=0.722;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=752;TCF=424;TCR=328;TR=485;WE=33390804;WS=33390786;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:431,762:0.64:1193
chr19	33391006	rs10426667	T	G	3093.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=5.689;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.744;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=97;PP=2342;ReadPosRankSum=-0.880;SC=TGTTAGCATTTAAATGCTATT;SOR=1.072;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=182;TCF=25;TCR=157;TR=110;WE=33391014;WS=33390996;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,117:0.60:194
chr19	33406206	.	G	GA	84.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.274;ClippingRankSum=0.000;DP=243;ExcessHet=3.0103;FS=1.807;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.39;ReadPosRankSum=0.846;SOR=0.459;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:176,41:0.19:217
chr19	33406442	rs7246178	A	G	5830.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.867;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=380;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.373;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=121;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.896;SC=CAAAAGAGGAAGATAAAAACT;SOR=0.802;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=261;TCF=75;TCR=186;TR=169;WE=33406450;WS=33406432;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:124,247:0.67:371
chr19	33406484	rs7260149	G	T	3607.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.596;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=239;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.839;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=86;PP=2141;ReadPosRankSum=0.944;SC=ACACAATTATGGGCTATTAGG;SOR=0.852;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=169;TCF=35;TCR=134;TR=110;WE=33406492;WS=33406474;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,150:0.64:236
chr19	33406549	rs7246326	A	G	1378.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-1.097;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=36;PP=889;ReadPosRankSum=1.471;SC=CTTTTGAGCCAGACGTGGTGG;SOR=0.666;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=77;TCF=21;TCR=56;TR=51;WE=33406557;WS=33406539;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,59:0.63:93
chr19	33444453	rs75223967	T	G	16644.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.589;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=905;ExcessHet=3.0103;FS=0.531;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.02;MQRankSum=1.322;QD=18.62;ReadPosRankSum=4.289;SOR=0.636;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:416,478:0.53:894
chr19	33444456	rs2944021	A	G	7981.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.168;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=949;ExcessHet=3.0103;FS=0.545;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.02;MQRankSum=-1.140;QD=8.51;ReadPosRankSum=4.620;SOR=0.600;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:568,370:0.39:938
chr19	33444511	rs80283382	T	C	9426.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.042;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1214;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=44;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=156;NR=211;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.348;SC=ACTGGGAACATAGAAAACACC;SOR=0.704;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=785;TCF=388;TCR=397;TR=367;WE=33444519;WS=33444501;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:685,501:0.42:1186
chr19	33444556	.	T	C	2962	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;FR=0.5000;HP=1;HapScore=1;MGOF=56;MMLQ=24;MQ=59.98;NF=91;NR=181;PP=2962;QD=20;SC=AGGTCATCACTGTGGCCTCCT;SbPval=0.92;Source=Platypus;TC=727;TCF=323;TCR=404;TR=272;WE=33444564;WS=33444546;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:455,272:0.37:727
chr19	33444576	.	C	T	2962	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;FR=0.5000;HP=3;HapScore=1;MGOF=46;MMLQ=28;MQ=59.97;NF=57;NR=154;PP=2962;QD=20;SC=TCTGTCCTCCCGGGCACTGAC;SbPval=0.98;Source=Platypus;TC=646;TCF=264;TCR=382;TR=211;WE=33444596;WS=33444566;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:435,211:0.33:646
chr19	33462564	.	T	TA	747.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.281;ClippingRankSum=0.000;DP=628;ExcessHet=3.0103;FS=1.367;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.10;MQRankSum=3.119;QD=1.38;ReadPosRankSum=1.407;SOR=0.581;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:419,123:0.23:542
chr19	33470869	.	T	C	7575.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.823;ClippingRankSum=0.000;DP=525;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=147;NR=74;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.289;SC=GCACCGGAAATGTTCAGGGCC;SOR=0.655;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=352;TCF=233;TCR=119;TR=221;WE=33470877;WS=33470859;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:181,340:0.65:521
chr19	33490442	.	C	T	85.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.425;ClippingRankSum=0.000;DP=89;ExcessHet=3.0103;FS=1.264;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.77;MQRankSum=-9.280;QD=0.97;ReadPosRankSum=-1.404;SOR=0.936;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:75,13:0.15:88
chr19	33490462	.	G	A	224.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.088;ClippingRankSum=0.000;DP=116;ExcessHet=3.0103;FS=0.970;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.62;MQRankSum=-9.680;QD=1.95;ReadPosRankSum=-1.835;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:94,21:0.18:115
chr19	33490480	rs74603434	G	A	632.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.348;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.99;MQRankSum=-11.365;QD=4.11;ReadPosRankSum=-2.331;SOR=0.619;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:118,36:0.23:154
chr19	33579018	rs35343047	CT	C	214.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.102;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.13;MQRankSum=1.135;QD=3.02;ReadPosRankSum=0.949;SOR=0.608;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,30:0.42:71
chr19	33584498	rs200549163	A	T	3065.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=2.412;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=554;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=85;PP=1821;ReadPosRankSum=-0.148;SC=TTGCTGAGGGATAGTTTGATT;SOR=0.735;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=363;TCF=118;TCR=245;TR=127;WE=33584506;WS=33584488;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:368,173:0.32:541
chr19	33585219	rs58636263	CT	C	343.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.404;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.05;MQRankSum=1.613;QD=1.89;ReadPosRankSum=-0.322;SOR=0.751;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:129,53:0.29:182
chr19	33620855	rs200882587	GA	G	34.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.486;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FS=5.078;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.48;ReadPosRankSum=-0.289;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:57,16:0.22:73
chr19	33663392	rs199637460	C	T	4496.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.546;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=342;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.627;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=86;PP=2347;ReadPosRankSum=0.876;SC=TTCGTTAGTTCCCTCTATAAA;SOR=0.885;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=228;TCF=88;TCR=140;TR=135;WE=33663400;WS=33663382;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:137,199:0.59:336
chr19	33685836	rs60145560	T	C	2628.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=26;NR=40;PP=1295;SC=CTGACCGACCTCCTCTCCGGC;SOR=1.202;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=66;TCF=26;TCR=40;TR=66;WE=33685844;WS=33685826;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr19	33695830	rs11666900	G	A	8922.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=297;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=52;NR=211;PP=2965;SC=CCGGCCCACAGGGGCGGCACC;SOR=2.620;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=264;TCF=52;TCR=212;TR=263;WE=33695838;WS=33695820;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,295:1.00:295
chr19	33696708	rs2112800	T	C	22097.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=836;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=274;NR=298;PP=2965;SC=GCCGCCTCACTGTGGCCTACC;SOR=0.782;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=573;TCF=274;TCR=299;TR=572;WE=33696716;WS=33696698;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,823:1.00:823
chr19	33698291	rs3745974	T	C	13917.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=498;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=193;NR=140;PP=2965;SC=GAGCCACTGGTAGACGGCCCA;SOR=0.948;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=334;TCF=193;TCR=141;TR=333;WE=33698299;WS=33698281;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,490:1.00:490
chr19	33698655	rs376080905	C	CGG	453.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.608;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=13.672;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.07;ReadPosRankSum=1.936;SOR=3.500;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,16:0.32:50
chr19	33698657	rs372869286	GC	G	992.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.311;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=13.672;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.85;ReadPosRankSum=-1.574;SOR=0.031;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,34:0.68:50
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chr19	33703706	rs11673535	A	G	3322.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.174;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=31;PP=1860;ReadPosRankSum=0.291;SC=GGCAGGATGGAGCCCGGGCAG;SOR=1.179;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=88;TCF=56;TCR=32;TR=86;WE=33703714;WS=33703696;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,118:0.98:120
chr19	33878198	rs1061338	A	G	5351.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.433;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=98;NR=38;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.783;SC=GCCCATCACGAAAAGAGGTTG;SOR=0.655;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=137;TCF=99;TCR=38;TR=136;WE=33878206;WS=33878188;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,188:0.99:189
chr19	33878837	rs17570	G	A	10423.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=397;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=148;NR=105;PP=2965;SC=TCGCGGTTAAGGAAGGAGGCG;SOR=0.931;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=253;TCF=148;TCR=105;TR=253;WE=33878845;WS=33878827;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,390:1.00:390
chr19	33953743	rs6510386	A	G	1879.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-1.398;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.256;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=19;PP=1156;ReadPosRankSum=-2.017;SC=GGGCGCAGTCAGAAGAAAAAT;SOR=0.938;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=138;TCF=101;TCR=37;TR=78;WE=33953751;WS=33953733;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,91:0.57:159
chr19	33953800	rs78198054	G	A	4441.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.983;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=343;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.873;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=88;NR=48;PP=2249;ReadPosRankSum=-1.249;SC=CTCCGCTCACGGTGTGTGTGC;SOR=0.806;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=235;TCF=148;TCR=87;TR=136;WE=33953808;WS=33953790;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:132,202:0.60:334
chr19	33954773	rs3745970	T	A	550.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.660;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.830;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=2;PP=400;ReadPosRankSum=0.821;SC=TAAAACTTCCTACCTCTCACT;SOR=1.553;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=44;TCF=38;TCR=6;TR=22;WE=33954781;WS=33954765;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,23:0.51:45
chr19	33955128	.	C	A	1051.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-0.218;ClippingRankSum=0.000;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.112;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=33;PP=783;ReadPosRankSum=0.845;SC=GTGACAAGCTCCATGGAACAG;SOR=1.733;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=58;TCF=8;TCR=50;TR=37;WE=33955136;WS=33955118;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,41:0.62:66
chr19	33981054	rs2288469	G	T	3414.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.063;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.122;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=75;PP=2017;ReadPosRankSum=1.580;SC=CTCAGGACAGGTAAGAACAGG;SOR=0.511;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=155;TCF=54;TCR=101;TR=119;WE=33981062;WS=33981044;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,148:0.75:198
chr19	33984050	rs10411395	T	C	8173.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.980;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=591;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.560;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=185;NR=84;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.768;SC=TCAAGGCACTTGGATAACAGG;SOR=0.775;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=448;TCF=301;TCR=147;TR=269;WE=33984058;WS=33984040;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:220,354:0.62:574
chr19	34003374	rs77298244	G	A	471.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=1.003;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.089;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=3;PP=224;ReadPosRankSum=0.404;SC=CTTCCCAGGCGAGGAAACAGA;SOR=1.075;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=85;TCF=67;TCR=18;TR=23;WE=34003382;WS=34003367;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,30:0.29:103
chr19	34012861	rs40500	C	T	1479.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=15;NR=27;PP=822;SC=GCGGGGCTCCCGGAGATTGGG;SOR=1.199;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=42;TCF=15;TCR=27;TR=42;WE=34012869;WS=34012851;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr19	34288182	.	TGTGTGTGCGCGC	T	78.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=1.446;ClippingRankSum=0.000;DP=188;ExcessHet=3.0103;FS=5.269;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=63.25;MQRankSum=-0.950;QD=0.67;ReadPosRankSum=-1.051;SOR=1.619;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:102,15:0.13:117
chr19	34288184	rs138328510	TGTGTGCGCGC	T	1191.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-2.655;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.469;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.659;NF=97;NR=36;PP=2086;ReadPosRankSum=1.424;SC=TGTGTGTGTGTGTGTGCGCGC;SOR=0.346;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=144;TCF=105;TCR=39;TR=133;WE=34288210;WS=34288170;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,53:0.48:110
chr19	34288186	rs372197494	TGTGCGCGC	T	411.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-3.515;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=63.27;MQRankSum=-1.108;QD=3.74;ReadPosRankSum=1.344;SOR=0.770;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:78,32:0.29:110
chr19	34288202	rs1139231	C	T	9333.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=236;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=158;NR=54;PP=2962;SC=CGCGCGCGCGCGCGCGCTTGT;SOR=2.171;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=222;TCF=168;TCR=54;TR=212;WE=34288210;WS=34288170;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,229:1.00:229
chr19	34291283	rs28609628	C	G	12164.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=462;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=159;NR=128;PP=2965;SC=CCCCATGGTACATGACTAGGA;SOR=0.839;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=288;TCF=160;TCR=128;TR=287;WE=34291291;WS=34291273;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,453:1.00:453
chr19	34291303	rs2303175	C	T	6439.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.584;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=511;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.530;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=98;NR=90;PP=2962;ReadPosRankSum=1.458;SC=AGGAATAAGCCTTCTCTGGTT;SOR=0.630;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=292;TCF=155;TCR=137;TR=188;WE=34291311;WS=34291293;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:197,303:0.61:500
chr19	34302673	.	C	CT	703.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.889;ClippingRankSum=0.000;DP=803;ExcessHet=3.0103;FS=0.642;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.01;MQRankSum=0.000;QD=0.97;ReadPosRankSum=0.155;SOR=0.573;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:579,143:0.20:722
chr19	34304260	rs60235724	A	AT	1998.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.502;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=322;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.973;HP=6;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=1.421;NF=10;NR=39;PP=1504;ReadPosRankSum=1.048;SC=GAGATGGCTTATTTTCTACAG;SOR=0.624;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=158;TCF=44;TCR=114;TR=49;WE=34304268;WS=34304250;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:210,105:0.33:315
chr19	34583729	rs61743238	A	G	3627.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=3.155;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=461;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=60;PP=2149;ReadPosRankSum=0.452;SC=CCAGTCTCCAAATCAATCTGA;SOR=0.731;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=292;TCF=146;TCR=146;TR=123;WE=34583737;WS=34583719;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:279,178:0.39:457
chr19	34584137	rs574004	A	G	3868.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.295;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=353;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.274;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=75;NR=59;PP=2052;ReadPosRankSum=0.911;SC=CGAGCAGCAAACACACCAGTC;SOR=0.469;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=242;TCF=147;TCR=95;TR=134;WE=34584145;WS=34584127;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:166,185:0.53:351
chr19	34663530	.	AGCG	A	10902.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.667;ClippingRankSum=0.000;DP=517;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.804;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.798;NF=42;NR=81;PP=2980;ReadPosRankSum=2.145;SC=AGCAGCTGGGAGCGGCGGCGG;SOR=0.563;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=267;TCF=117;TCR=150;TR=123;WE=34663540;WS=34663520;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:226,282:0.56:508
chr19	34687746	rs3119815	C	A	1437.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=7;NR=34;PP=970;SC=AACTCAACACCAACTATTAGA;SOR=2.303;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=7;TCR=34;TR=41;WE=34687754;WS=34687736;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr19	34706440	rs57270694	A	G	6078.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=234;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=77;NR=72;PP=2868;SC=ATTTCTAACTATGGAAGTTTT;SOR=0.729;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=150;TCF=77;TCR=73;TR=149;WE=34706448;WS=34706430;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,228:1.00:228
chr19	34710532	rs2297521	A	G	3965.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.730;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=51;PP=2024;ReadPosRankSum=2.924;SC=TGTGAATTACAGATGTTTCTC;SOR=0.813;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=111;TCF=59;TCR=52;TR=110;WE=34710540;WS=34710522;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,157:0.99:159
chr19	34710807	rs2599557	A	C	3820.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.906;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=67;PP=2114;ReadPosRankSum=-0.684;SC=CTGTTCTTTTATCTTATGATA;SOR=0.512;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=103;TCF=34;TCR=69;TR=100;WE=34710815;WS=34710797;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,143:0.99:144
chr19	34712654	rs536367	C	T	8525.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.777;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=329;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=96;NR=112;PP=2965;ReadPosRankSum=2.221;SC=GTAAGTGTTACTGTTAATAAA;SOR=0.811;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=208;TCF=96;TCR=112;TR=208;WE=34712662;WS=34712644;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,320:0.99:322
chr19	34712736	rs537252	T	C	3547.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=34;NR=70;PP=2320;SC=GTGAATTGTTTTGAGGACATT;SOR=1.517;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=105;TCF=35;TCR=70;TR=104;WE=34712744;WS=34712726;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr19	34717269	rs67394960	CAT	C	437.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=39.79;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr19	34717280	.	CTT	C	43.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.712;ClippingRankSum=-0.000;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=2.73;ReadPosRankSum=-0.805;SOR=0.850;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,5:0.31:16
chr19	34810671	rs149401501	AG	A	607.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=0.153;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.277;NF=16;NR=2;PP=633;ReadPosRankSum=-1.072;SC=ATCCTTCTGAAGCATGGTGGC;SOR=0.551;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=32;TCF=30;TCR=2;TR=18;WE=34810679;WS=34810661;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,19:0.58:33
chr19	34824582	.	GT	G	201.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.902;ClippingRankSum=0.000;DP=136;ExcessHet=3.0103;FS=0.988;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.08;MQRankSum=0.000;QD=1.83;ReadPosRankSum=-0.006;SOR=0.481;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:72,38:0.35:110
chr19	34832747	rs35577851	G	A	4313.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=2.970;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=588;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.538;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=73;NR=88;PP=2789;ReadPosRankSum=-0.541;SC=AGGATGAGAAGGGTATGAACT;SOR=0.776;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=401;TCF=189;TCR=212;TR=161;WE=34832755;WS=34832737;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:355,214:0.38:569
chr19	34838998	rs328406	C	T	722.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=4.615;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.565;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=28;PP=582;ReadPosRankSum=0.303;SC=AGGTGTCCCCCGAGGGGCCTG;SOR=1.923;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=45;TCF=2;TCR=43;TR=29;WE=34839006;WS=34838988;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,29:0.60:48
chr19	34842488	rs392340	T	C	6151.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.026;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=533;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=89;NR=101;PP=2397;ReadPosRankSum=-0.484;SC=CGGTGGAGGATGTGAACCAGG;SOR=0.667;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=316;TCF=148;TCR=168;TR=190;WE=34842496;WS=34842478;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:229,301:0.57:530
chr19	34843753	.	ACCCCACCCCAGC	A	7772.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.085;ClippingRankSum=0.000;DP=577;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=1.191;NF=16;NR=114;PP=2969;ReadPosRankSum=4.602;SC=CTATGTGCAGACCCCACCCCA;SOR=0.717;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=285;TCF=41;TCR=244;TR=130;WE=34843772;WS=34843743;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:293,208:0.42:501
chr19	34843761	rs397414	C	A	5729.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-2.387;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=568;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.135;HP=3;HapScore=1;MGOF=108;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQ=60.02;MQRankSum=-1.123;NF=84;NR=119;PP=2962;ReadPosRankSum=-4.921;SC=AGACCCCACCCCAGCCCCCAC;SOR=0.808;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=376;TCF=148;TCR=228;TR=203;WE=34843772;WS=34843743;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:222,282:0.56:504
chr19	34843874	rs72121022	AGCCTGCCT	A	2175.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.444;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.694;HP=2;HapScore=1;MGOF=46;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=53;PP=2985;ReadPosRankSum=-0.800;SC=CAGGCCAGCCAGCCTGCCTGC;SOR=1.313;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=81;TCF=3;TCR=78;TR=54;WE=34843889;WS=34843864;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,56:0.62:90
chr19	34859457	rs2099099	G	A	7287.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=2.122;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=279;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.122;NF=144;NR=80;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.985;SC=GTTGGGGGGGGCAGTCTTTAT;SOR=0.515;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=227;TCF=145;TCR=82;TR=224;WE=34859465;WS=34859439;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,270:1.00:271
chr19	34859756	rs8191369	C	T	483.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-3.348;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.763;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=19;PP=331;ReadPosRankSum=-0.610;SC=TGTGTGATCGCTGACCCTGGA;SOR=1.685;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=64;TCF=7;TCR=57;TR=20;WE=34859764;WS=34859746;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,22:0.31:70
chr19	34869724	rs8191378	A	G	3252.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=3.404;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=329;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.446;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=81;NR=27;PP=1983;ReadPosRankSum=-0.040;SC=CTGACCTGCAAATACTGCTCC;SOR=0.736;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=241;TCF=180;TCR=61;TR=108;WE=34869732;WS=34869714;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:176,144:0.45:320
chr19	34870256	rs2278266	C	T	719.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=3.874;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=2;PP=526;ReadPosRankSum=-0.264;SC=GCCTGTGACCCGTCTGCTTTC;SOR=0.990;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=45;TCF=42;TCR=3;TR=26;WE=34870264;WS=34870252;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,27:0.56:48
chr19	34872355	.	G	GT	414.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.702;ClippingRankSum=0.000;DP=855;ExcessHet=3.0103;FS=0.732;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.03;MQRankSum=0.000;QD=0.51;ReadPosRankSum=2.007;SOR=0.662;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:677,136:0.17:813
chr19	34885006	rs8108038	A	G	8342.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=314;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=73;NR=147;PP=2965;SC=GGAGTCAGCAAGATTTGTGGG;SOR=1.386;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=220;TCF=73;TCR=147;TR=220;WE=34885014;WS=34884996;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,304:1.00:304
chr19	34890322	rs2301263	G	A	2257.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.904;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=34;PP=1439;ReadPosRankSum=-0.592;SC=GGCTTGGGGCGTGCCTGGCTT;SOR=0.731;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=144;TCF=86;TCR=58;TR=84;WE=34890330;WS=34890312;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,100:0.55:182
chr19	34895980	rs115486338	G	A	730.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.396;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=21;PP=405;ReadPosRankSum=0.792;SC=CTTTAAAGCCGTGTTCTTTGA;SOR=0.665;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=65;TCF=15;TCR=50;TR=29;WE=34895988;WS=34895970;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,35:0.45:77
chr19	34904539	rs9653103	C	G	827.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=9;NR=7;PP=381;SC=ACTGCGCCTGCCCTGATAAAA;SOR=0.826;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=16;TCF=9;TCR=7;TR=16;WE=34904547;WS=34904529;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr19	34904758	rs141435266	A	G	1471.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.646;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FS=0.633;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.66;ReadPosRankSum=2.034;SOR=0.611;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:64,74:0.54:138
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chr19	34922865	rs3217243	T	TGTATAAA	5628.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=8;NR=41;PP=1256;SC=ATTGCAAAGTTGTATAAGGGT;SOR=1.033;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=60;TCF=9;TCR=51;TR=49;WE=34922878;WS=34922855;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
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chr19	34971763	rs7257588	T	C	5001.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.438;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=449;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.132;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=113;NR=54;PP=2828;ReadPosRankSum=0.035;SC=CCCTGACAGATAACGGTTTGG;SOR=0.805;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=317;TCF=212;TCR=105;TR=167;WE=34971771;WS=34971753;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:212,232:0.52:444
chr19	34971846	rs4344866	C	T	9214.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.291;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=844;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.522;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=146;NR=127;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.193;SC=CCCTAGTCACCTCTCGATTCC;SOR=0.751;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=496;TCF=261;TCR=235;TR=273;WE=34971854;WS=34971836;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:385,447:0.54:832
chr19	34971998	rs7248705	G	A	5573.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.574;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=454;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.525;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=95;NR=103;PP=2962;ReadPosRankSum=0.405;SC=GGGGAGGCTCGCCGCCCACCG;SOR=0.687;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=349;TCF=175;TCR=174;TR=198;WE=34972006;WS=34971988;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:194,250:0.56:444
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chr19	34972892	rs12609305	A	C	829.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=6;PP=252;SC=GCAGCGCTCCAGGGCGGGCGC;SOR=1.022;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=18;TCF=12;TCR=6;TR=18;WE=34972900;WS=34972882;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
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chr19	34973476	rs8107479	G	A	571.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.600;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.150;HP=1;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=11;PP=295;ReadPosRankSum=1.989;SC=GCGCGGCCGAGCGGCGGCTGG;SOR=0.922;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=32;TCF=13;TCR=19;TR=19;WE=34973484;WS=34973466;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,27:0.60:45
chr19	34981191	rs2902629	A	G	2361.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=1.165;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.668;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=16;PP=1487;ReadPosRankSum=-0.417;SC=CCCCAGGTCAAGCGGGTGGGC;SOR=0.475;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=116;TCF=92;TCR=24;TR=75;WE=34981199;WS=34981181;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,94:0.67:141
chr19	34985369	rs28550036	A	T	3502.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=75;NR=36;PP=2238;SC=CGAGGTGTGCACACAGGGAGA;SOR=1.628;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=111;TCF=75;TCR=36;TR=111;WE=34985377;WS=34985359;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
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chr19	35231472	rs11426796	T	TA	690.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=2.856;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.645;HP=9;HapScore=3;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.957;NF=21;NR=10;PP=500;ReadPosRankSum=0.238;SC=TTCAAATAGTTAAAAAAAAAC;SOR=1.285;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=56;TCF=35;TCR=21;TR=31;WE=35231480;WS=35231462;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,40:0.57:70
chr19	35260281	rs2242129	G	A	4548.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.866;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=341;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.878;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=90;NR=40;PP=2240;ReadPosRankSum=0.496;SC=CCTAGAAAGGGTGGATTCAAA;SOR=0.630;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=242;TCF=166;TCR=76;TR=130;WE=35260289;WS=35260271;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:136,202:0.60:338
chr19	35270543	rs7259475	G	T	3391.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-2.553;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=253;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=69;PP=1652;ReadPosRankSum=-0.021;SC=GCACTCATAAGGCCTTTCTCC;SOR=0.664;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=179;TCF=68;TCR=111;TR=113;WE=35270551;WS=35270533;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:92,156:0.63:248
chr19	35420841	rs2546001	A	G	6051.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.668;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=501;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.524;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=75;NR=88;PP=2317;ReadPosRankSum=-1.036;SC=AGTTCTTACAATTCTCAAAGC;SOR=0.677;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=302;TCF=137;TCR=165;TR=163;WE=35420849;WS=35420831;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:205,290:0.59:495
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chr19	35422808	rs10422961	C	T	9141.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.686;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=819;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.522;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=118;NR=148;PP=2962;ReadPosRankSum=0.569;SC=ATAGCCTTCTCCCAGCAGGAG;SOR=0.752;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=508;TCF=232;TCR=276;TR=266;WE=35422816;WS=35422798;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:375,434:0.54:809
chr19	35424504	rs2859486	C	A	3447.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.244;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=287;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.742;HP=7;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=83;NR=42;PP=1913;ReadPosRankSum=-0.540;SC=TATTTTATTTCTTTTCTACAT;SOR=0.885;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=207;TCF=134;TCR=73;TR=125;WE=35424512;WS=35424494;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:115,160:0.58:275
chr19	35424739	rs2546002	C	T	794.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-0.713;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.274;HP=3;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=27;PP=593;ReadPosRankSum=0.026;SC=AGCCCTAGGGCCTGGGTGGAA;SOR=1.445;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=52;TCF=7;TCR=45;TR=29;WE=35424747;WS=35424729;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,33:0.58:57
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chr19	35434238	rs1811	A	G	8254.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.734;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=716;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=129;NR=114;PP=2962;ReadPosRankSum=-2.407;SC=CGTGAATGTCAGGAATATGGA;SOR=0.704;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=425;TCF=224;TCR=201;TR=243;WE=35434246;WS=35434228;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:302,407:0.57:709
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chr19	35449409	rs2651081	G	A	6781.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.224;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=539;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.531;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=95;NR=109;PP=2962;ReadPosRankSum=0.316;SC=CACCACACCCGTGAGGCCGCT;SOR=0.778;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=341;TCF=161;TCR=180;TR=204;WE=35449417;WS=35449399;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:210,318:0.60:528
chr19	35449760	rs2651080	G	C	5719.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.769;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=469;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.527;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=91;NR=89;PP=2684;ReadPosRankSum=-1.308;SC=GGCTTTCACCGGTGTGAACCC;SOR=0.687;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=317;TCF=158;TCR=159;TR=180;WE=35449768;WS=35449750;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:195,263:0.57:458
chr19	35450229	rs2651079	C	T	9858.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=1.745;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=944;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.516;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=139;NR=137;PP=2962;ReadPosRankSum=0.173;SC=CACCTGTTTCCGGGGAAGGTT;SOR=0.654;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=546;TCF=266;TCR=280;TR=276;WE=35450237;WS=35450219;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:455,474:0.51:929
chr19	35451330	rs2546024	A	G	487.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-2.088;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=14;PP=250;ReadPosRankSum=-1.763;SC=ATAGACTACAAGACAGGAAGC;SOR=0.551;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=32;TCF=7;TCR=25;TR=18;WE=35451338;WS=35451320;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,23:0.62:37
chr19	35451742	rs2651078	G	A	3906.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=2.408;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=332;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.736;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=95;NR=43;PP=2278;ReadPosRankSum=-1.571;SC=AGAGGAGCTCGGGACACCGGG;SOR=0.907;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=255;TCF=169;TCR=86;TR=138;WE=35451750;WS=35451732;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:149,180:0.55:329
chr19	35452045	rs2546026	A	C	1919.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-4.650;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.556;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=59;PP=1110;ReadPosRankSum=0.260;SC=CCACTGTGTCAGCCCGCAGCA;SOR=0.868;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=122;TCF=29;TCR=93;TR=76;WE=35452053;WS=35452035;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,89:0.63:141
chr19	35454604	rs2546028	AA	CG	10012.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-3.048;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=438;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.666;HP=3;HapScore=1;JOINED;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=121;PP=2944;ReadPosRankSum=-1.697;SC=ACGGTGCGGGAAACCACGGGG;SOR=0.515;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=301;TCF=78;TCR=223;TR=165;WE=35454613;WS=35454594;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:175,255:0.59:430
chr19	35491326	rs3072398	A	AGCCCT	2812.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=21;PP=1530;SC=CGCGCAGCCCAGCCCTGCCCT;SOR=0.724;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=31;TCF=4;TCR=27;TR=25;WE=35491334;WS=35491316;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr19	35500919	rs11084797	T	C	17998.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-0.500;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1577;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=303;NR=250;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.806;SC=CCCAGCCCTGTGACTCTCCGC;SOR=0.677;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=996;TCF=549;TCR=447;TR=553;WE=35500927;WS=35500909;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:694,860:0.55:1554
chr19	35502352	rs140658050	CCT	C	1533.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.688;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1689;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.01;MQRankSum=2.833;QD=0.99;ReadPosRankSum=0.524;SOR=0.791;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1377,178:0.11:1555
chr19	35504627	rs7251988	C	A	1464.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=15;NR=29;PP=893;SC=GGGTGGGATACTGATAGGAAG;SOR=1.179;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=46;TCF=15;TCR=31;TR=44;WE=35504635;WS=35504617;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr19	35506622	rs2290648	G	T	2436.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=53;NR=18;PP=1615;SC=TCCAGGAGGTGGGGTCCGCCC;SOR=2.010;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=71;TCF=53;TCR=18;TR=71;WE=35506630;WS=35506612;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr19	35506729	rs2290647	G	A	9102.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=340;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=120;NR=78;PP=2965;SC=TGTCTCCAGCGGACTTGGCTG;SOR=0.987;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=200;TCF=121;TCR=79;TR=198;WE=35506737;WS=35506719;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,338:1.00:338
chr19	35510102	rs2290646	G	C	13481.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.450;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=517;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=178;NR=135;PP=2965;ReadPosRankSum=0.227;SC=TAGACGTGACGCTGAGCCCCT;SOR=0.297;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=313;TCF=178;TCR=135;TR=313;WE=35510110;WS=35510092;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,514:1.00:515
chr19	35510504	rs68162641	A	G	6018.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-1.761;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=138;PP=2965;ReadPosRankSum=0.915;SC=CCACTCCTCAAGTCAGCAGCA;SOR=1.292;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=174;TCF=35;TCR=139;TR=173;WE=35510512;WS=35510494;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,202:1.00:203
chr19	35513050	rs66984916	G	A	2436.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=14;NR=65;PP=1851;SC=AAGTGGGAGCGTGGGTTTGCT;SOR=2.948;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=79;TCF=14;TCR=65;TR=79;WE=35513058;WS=35513040;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr19	35513746	rs58690566	T	G	4025.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=0.933;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=32;PP=2105;ReadPosRankSum=-0.994;SC=GCTGGGGGTGTCGGGGGCAGG;SOR=1.516;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=96;TCF=64;TCR=32;TR=96;WE=35513754;WS=35513736;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,148:0.99:150
chr19	35514545	rs3761075	A	G	1099.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=27;PP=773;SC=CCCTCTCCGGATCTCAGTGTC;SOR=3.086;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=30;TCF=3;TCR=27;TR=30;WE=35514553;WS=35514535;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr19	35524824	rs55742440	T	C	16773.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.189;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=624;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=215;NR=187;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.935;SC=CCTCTGTTTCTCTCCAGCCCA;SOR=0.345;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=406;TCF=216;TCR=190;TR=402;WE=35524832;WS=35524814;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,611:1.00:612
chr19	35524939	rs67701503	C	A	28615.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.823;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=661;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=44.16;ReadPosRankSum=0.264;SOR=0.824;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,646:1.00:648
chr19	35524944	rs67486287	G	C	28234.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.813;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=646;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=44.39;ReadPosRankSum=0.270;SOR=0.841;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,634:1.00:636
chr19	35532909	rs68093093	C	T	10533.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.146;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=423;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=102;NR=162;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.803;SC=CTATGACGTCCCCCCAAGCAC;SOR=0.705;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=268;TCF=103;TCR=165;TR=264;WE=35532917;WS=35532899;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:5,402:0.99:407
chr19	35533550	rs11399986	A	AC	5513.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=126;PP=2966;SC=ATGCATCCCCACCCCTGTTAG;SOR=3.422;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=139;TCF=3;TCR=136;TR=129;WE=35533558;WS=35533540;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,172:1.00:172
chr19	35541278	rs12463218	G	A	313.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.248;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.617;HP=1;HapScore=2;MGOF=31;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.003;NF=9;NR=2;PP=163;ReadPosRankSum=1.104;SC=CACCCGCCTCGGCCTCCCAAA;SOR=1.270;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=22;TCF=16;TCR=6;TR=11;WE=35541286;WS=35541268;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,15:0.54:28
chr19	35541330	rs57035236	TA	T	2586.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=15;PP=1309;SC=CTGTCCCTGGTAATTAGCTCC;SOR=1.195;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=35;TCF=19;TCR=16;TR=33;WE=35541338;WS=35541320;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr19	35550451	.	C	T	1728.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.133;ClippingRankSum=0.000;DP=455;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.82;ReadPosRankSum=1.278;SOR=0.723;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:337,115:0.25:452
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chr19	35556281	rs2305745	G	A	17061.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=663;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=221;NR=201;PP=2965;SC=TGATGCCACCGTTTGGGAGAC;SOR=0.772;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=426;TCF=221;TCR=205;TR=422;WE=35556289;WS=35556271;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,657:1.00:657
chr19	35556300	rs2305746	A	G	17205.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=632;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=216;NR=196;PP=2965;SC=ACTCTGAACTAGGCTGGGGAT;SOR=0.800;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=413;TCF=217;TCR=196;TR=412;WE=35556308;WS=35556290;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,628:1.00:628
chr19	35556357	rs2305747	C	T	15088.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=559;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=227;NR=188;PP=2965;SC=GGAGTAGGGACGCTGAGGGGA;SOR=0.886;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=417;TCF=227;TCR=190;TR=415;WE=35556365;WS=35556347;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,553:1.00:553
chr19	35556640	rs1688031	T	C	7168.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=268;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=50;NR=165;PP=2965;SC=GGGATGGAGATGCAGGGGAGT;SOR=1.999;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=216;TCF=50;TCR=166;TR=215;WE=35556648;WS=35556630;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,266:1.00:266
chr19	35556659	rs1672991	A	G	4689.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=36;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=25;NR=111;PP=2965;SC=GTGGGTGGTCAGGCTCCCCAT;SOR=2.425;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=136;TCF=25;TCR=111;TR=136;WE=35556667;WS=35556649;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,158:1.00:158
chr19	35556744	rs1688030	T	C	2762.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=63;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=39;NR=36;PP=2043;SC=ACTTTGGCCTTCAGCCAGACC;SOR=0.815;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=75;TCF=39;TCR=36;TR=75;WE=35556752;WS=35556735;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr19	35557260	rs1042328	T	G	3442.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=22;NR=76;PP=2227;SC=ACGCTGGGCCTAGGATGGGAC;SOR=2.204;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=98;TCF=22;TCR=76;TR=98;WE=35557268;WS=35557250;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr19	35577870	rs7250814	G	A	7885.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-1.180;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=898;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=135;NR=105;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.401;SC=CTGTGTGTCCGTCTTTGCCGA;SOR=0.705;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=563;TCF=316;TCR=247;TR=240;WE=35577878;WS=35577860;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:487,400:0.45:887
chr19	35578055	rs17718894	G	A	4085.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=2.680;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=316;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.121;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=123;PP=2763;ReadPosRankSum=0.084;SC=GCTTTGGGACGTGTCGTTTCT;SOR=1.216;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=270;TCF=68;TCR=202;TR=155;WE=35578063;WS=35578045;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:130,177:0.58:307
chr19	35590180	rs1687994	T	A	11669.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=2.407;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=443;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=113;NR=135;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.720;SC=CCTGTGGGTGTGACATGCATA;SOR=0.277;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=251;TCF=116;TCR=135;TR=248;WE=35590188;WS=35590170;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,439:1.00:440
chr19	35590295	.	GA	G	49.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.562;ClippingRankSum=0.000;DP=82;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.84;ReadPosRankSum=-0.099;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:44,15:0.25:59
chr19	35597215	rs10422803	C	A	414.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-2.509;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.594;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=2;PP=254;ReadPosRankSum=2.231;SC=TTGTGCCGAGCCTGCCCTGCC;SOR=0.297;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=26;TCR=4;TR=14;WE=35597223;WS=35597206;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,19:0.50:38
chr19	35597352	rs2445826	T	C	6063.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=126;NR=34;PP=2965;SC=ACCACCCGGCTGGGGAGGCCT;SOR=2.093;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=161;TCF=127;TCR=34;TR=160;WE=35597360;WS=35597342;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,207:1.00:207
chr19	35597462	rs10424084	A	G	12501.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.695;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1084;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQ=59.99;MQRankSum=-1.290;NF=229;NR=157;PP=2962;ReadPosRankSum=1.471;SC=CAGAGATGTGAGACCCTCAGG;SOR=0.742;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=683;TCF=402;TCR=281;TR=386;WE=35597470;WS=35597452;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:489,587:0.55:1076
chr19	35597620	rs10423723	C	T	8102.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=2.760;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=745;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=105;NR=160;PP=2962;ReadPosRankSum=0.532;SC=CAGCTCATTGCGCCTTTTCAA;SOR=0.649;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=533;TCF=208;TCR=325;TR=265;WE=35597628;WS=35597610;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:357,376:0.51:733
chr19	35597729	rs7258700	C	T	3929.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.835;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=338;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.831;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=82;PP=2111;ReadPosRankSum=0.724;SC=GAGAGAGCCCCGACCTGATGA;SOR=0.821;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=239;TCF=89;TCR=150;TR=125;WE=35597737;WS=35597719;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:157,179:0.53:336
chr19	35602014	rs4806085	T	C	8817.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-0.972;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=849;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.519;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=136;NR=122;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.260;SC=GTGTCAACCATGCCCCGAGGC;SOR=0.645;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=491;TCF=263;TCR=228;TR=258;WE=35602022;WS=35602004;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:390,440:0.53:830
chr19	35602338	rs11665663	T	C	1948.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=-0.842;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.277;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=33;PP=789;ReadPosRankSum=1.352;SC=TTTAAATGTTTGCAATTATTA;SOR=0.589;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=97;TCF=41;TCR=56;TR=59;WE=35602346;WS=35602328;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,96:0.61:158
chr19	35602445	rs199877070	TGGG	T,TGG	1310.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;QD=37.45;SOR=1.751;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:0,19,16:0.54,0.46:35
chr19	35608092	rs1006162	C	T	565.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-0.333;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.180;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=3;PP=391;ReadPosRankSum=0.146;SC=GAATGGGGAACGTGAGGGCAG;SOR=1.341;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=53;TCF=45;TCR=8;TR=25;WE=35608100;WS=35608082;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,26:0.46:56
chr19	35608148	rs1688021	C	T	1131.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.491;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=16;PP=636;ReadPosRankSum=-0.032;SC=TGGGACTGGACGTTGTTTTGC;SOR=0.633;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=109;TCF=76;TCR=33;TR=50;WE=35608156;WS=35608138;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,62:0.43:144
chr19	35609972	rs10543115	GGAC	G	5272.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.396;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=282;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.463;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=2.735;NF=42;NR=34;PP=2945;ReadPosRankSum=0.078;SC=TGTCCAGTGAGGACAACAGCG;SOR=0.632;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=162;TCF=93;TCR=69;TR=76;WE=35609989;WS=35609962;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:143,137:0.49:280
chr19	35609981	rs10426785	C	T	5411.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.885;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=307;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.436;HP=4;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=2.828;NF=79;NR=36;PP=2962;ReadPosRankSum=0.768;SC=AGGACAACAGCGGGCAGTGGC;SOR=0.726;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=243;TCF=166;TCR=77;TR=115;WE=35609989;WS=35609962;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:161,144:0.47:305
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chr19	35632016	rs75048566	C	T	25192.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-1.729;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=2227;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=365;NR=338;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.251;SC=CCCTCACCTTCCCTGCTCTGC;SOR=0.713;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=1271;TCF=657;TCR=614;TR=703;WE=35632024;WS=35632006;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:977,1242:0.56:2219
chr19	35648264	rs12980648	G	A	1099.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=3.183;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=5;PP=677;ReadPosRankSum=1.264;SC=AGGCGAGGGCGGGGGTGGTGA;SOR=0.654;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=67;TCF=56;TCR=11;TR=36;WE=35648272;WS=35648254;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,46:0.57:80
chr19	35648365	rs1688005	T	G	4589.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.296;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=404;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.526;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=72;NR=57;PP=1998;ReadPosRankSum=0.933;SC=TTCAGCAGACTCAACTATCAT;SOR=0.628;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=235;TCF=133;TCR=102;TR=129;WE=35648373;WS=35648355;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:180,221:0.55:401
chr19	35649324	rs1633915	C	G	4533.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=1.362;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=351;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.564;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=106;PP=2562;ReadPosRankSum=-0.220;SC=CAGGGGCAGGCGGCGGGGACA;SOR=0.488;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=265;TCF=69;TCR=196;TR=150;WE=35649332;WS=35649314;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:147,199:0.58:346
chr19	35650593	rs4806093	G	A	5992.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.182;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=481;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.154;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=135;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.111;SC=AATATTTTGCGTATGTTAACT;SOR=0.802;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=341;TCF=109;TCR=232;TR=193;WE=35650601;WS=35650583;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:199,270:0.58:469
chr19	35651531	rs1617607	A	G	2976.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.325;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=247;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.503;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=69;NR=30;PP=1774;ReadPosRankSum=-0.092;SC=ATACAGACATAAGCCACCGCG;SOR=0.637;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=170;TCF=122;TCR=48;TR=99;WE=35651539;WS=35651521;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:107,132:0.55:239
chr19	35655151	rs1672994	T	C	5253.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=3.944;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=379;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.904;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=126;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.652;SC=GCCATCTGGTTAGTAACTGCC;SOR=0.808;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=282;TCF=73;TCR=209;TR=166;WE=35655159;WS=35655141;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:148,217:0.59:365
chr19	35657351	rs8106303	A	C	1242.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=2.168;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=24;PP=654;ReadPosRankSum=-0.874;SC=AGCTGCATATACATACAAACC;SOR=0.675;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=69;TCF=19;TCR=50;TR=33;WE=35657359;WS=35657341;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,54:0.52:103
chr19	35660508	rs12110	G	A	2822.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=2.625;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=271;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.125;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=60;PP=1453;ReadPosRankSum=1.133;SC=TGCCGGAATCGTTGCAGGTGA;SOR=0.949;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=175;TCF=69;TCR=106;TR=95;WE=35660516;WS=35660498;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:130,136:0.51:266
chr19	35719106	rs565791	A	G	33476.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.418;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1263;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=356;NR=474;PP=2965;ReadPosRankSum=0.090;SC=AGGCGTTTACACTCGCCCGGC;SOR=0.554;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=835;TCF=360;TCR=475;TR=830;WE=35719114;WS=35719096;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,1246:1.00:1247
chr19	35719257	rs11673347	G	A	9761.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.923;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=358;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=103;NR=173;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.691;SC=CATCCTGAAAGTCAATTTCAT;SOR=0.443;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=277;TCF=103;TCR=174;TR=276;WE=35719265;WS=35719247;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,347:1.00:348
chr19	35719577	rs34873156	G	A	1670.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=8;NR=45;PP=1273;SC=CACAGCATGGGTGGCATGGTG;SOR=2.998;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=53;TCF=8;TCR=45;TR=53;WE=35719585;WS=35719567;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr19	35741456	rs2073900	T	C	20458.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=777;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=206;NR=299;PP=2965;SC=ACCCCTACGTTGAGTGCCAGG;SOR=0.969;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=505;TCF=206;TCR=299;TR=505;WE=35741464;WS=35741446;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,766:1.00:766
chr19	35757250	rs916147	G	A	28069.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-1.962;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1086;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=384;NR=277;PP=2965;ReadPosRankSum=0.544;SC=CCTGTTGATTGTGTCCTCACA;SOR=0.582;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=662;TCF=384;TCR=278;TR=661;WE=35757258;WS=35757240;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,1067:1.00:1068
chr19	35758275	rs142507475	G	GGGA	26784.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=598;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=109;NR=170;PP=2967;SC=GAGTAATGGTGGGAGAAGCCG;SOR=1.056;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=305;TCF=122;TCR=183;TR=279;WE=35758283;WS=35758265;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,588:1.00:588
chr19	35760167	rs2515621	G	C	636.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=9;PP=267;SC=CCGCGGGCCCGGCTCAAAATG;SOR=1.136;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=14;TCF=5;TCR=9;TR=14;WE=35760175;WS=35760157;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr19	35760622	rs2515622	G	A	2161.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.036;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=276;ExcessHet=3.0103;FS=7.492;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.51;ReadPosRankSum=1.839;SOR=1.213;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:123,131:0.52:254
chr19	35782958	rs2301599	C	T	297.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.365;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=1;PP=127;ReadPosRankSum=1.721;SC=CCCCCTCCCCCGGGGGTAGGG;SOR=0.671;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=15;TCF=13;TCR=2;TR=8;WE=35782966;WS=35782948;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,14:0.56:25
chr19	35790503	rs3746248	G	A	5246.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-1.824;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=714;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=81;NR=96;PP=2694;ReadPosRankSum=-0.669;SC=CAGGCACGGAGGTGGAGGTCA;SOR=0.705;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=425;TCF=197;TCR=228;TR=177;WE=35790511;WS=35790493;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:419,288:0.41:707
chr19	35800720	rs10411883	G	C	889.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=3.359;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.483;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=5;PP=583;ReadPosRankSum=-0.439;SC=AGGAGTCTCCGGGGCCGGGCC;SOR=0.217;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=61;TCF=54;TCR=7;TR=33;WE=35800728;WS=35800717;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,36:0.56:64
chr19	35832914	.	T	TTCCA	69.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.248;ClippingRankSum=0.000;DP=149;ExcessHet=3.0103;FS=3.327;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.06;MQRankSum=-0.713;QD=0.54;ReadPosRankSum=5.518;SOR=1.358;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:110,19:0.15:129
chr19	35835940	rs45453699	C	T	9762.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.460;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=909;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.766;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=101;NR=196;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.583;SC=CACACATGTGCCTTTATTTCT;SOR=0.867;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=585;TCF=218;TCR=367;TR=297;WE=35835948;WS=35835930;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:447,456:0.50:903
chr19	35836855	rs10413526	C	G	1123.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.621;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.56;ReadPosRankSum=-1.062;SOR=0.566;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,29:0.45:64
chr19	35836859	rs4805120	A	G	1186.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.806;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=2.073;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.82;ReadPosRankSum=-0.729;SOR=0.470;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,34:0.45:75
chr19	35837694	rs73031792	C	T	603.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=2.256;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=17;PP=373;ReadPosRankSum=-0.230;SC=TCCTCCTGCGCGCATGTGCGC;SOR=0.502;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=31;TCF=4;TCR=27;TR=20;WE=35837702;WS=35837684;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,25:0.64:39
chr19	35843086	rs2301151	G	A	20386.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=761;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=214;NR=303;PP=2965;SC=GCACTGGCCCGCTCCGGCCTG;SOR=1.002;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=517;TCF=214;TCR=303;TR=517;WE=35843094;WS=35843076;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,752:1.00:752
chr19	35849926	rs79251979	G	A	4824.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.181;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=764;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.891;NF=101;NR=98;PP=2643;ReadPosRankSum=-0.183;SC=AAGCTGCAGCGCCGCCCGGTG;SOR=0.707;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=562;TCF=287;TCR=275;TR=199;WE=35849934;WS=35849916;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:502,262:0.34:764
chr19	35850022	rs149009291	A	G	2396.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.264;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=330;ExcessHet=3.0103;FS=1.504;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.46;MQRankSum=-0.690;QD=7.40;ReadPosRankSum=0.250;SOR=0.801;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:207,117:0.36:324
chr19	35850152	rs145076130	A	C	290.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.104;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=39.83;MQRankSum=-2.138;QD=6.76;ReadPosRankSum=1.368;SOR=0.186;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,13:0.30:43
chr19	35850560	rs77988018	G	A	7795.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=2.254;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1243;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-3.579;NF=167;NR=161;PP=2962;ReadPosRankSum=-2.464;SC=AAAGCCCGGCGTGGAGGATCT;SOR=0.730;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=877;TCF=445;TCR=432;TR=328;WE=35850568;WS=35850550;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:804,437:0.35:1241
chr19	35850672	rs142125121	T	C	1417.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.119;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FS=1.509;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=45.94;MQRankSum=-0.899;QD=6.59;ReadPosRankSum=0.739;SOR=0.506;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:147,68:0.32:215
chr19	35850863	rs117058012	A	G	66.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=46.21;QD=22.09;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr19	35863141	rs201960715	T	C	199.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.935;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FS=54.252;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=44.90;MQRankSum=-4.899;QD=1.77;ReadPosRankSum=1.904;SOR=5.782;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:96,17:0.15:113
chr19	35863180	rs201159994	A	G	1374.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.462;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FS=5.438;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=44.76;MQRankSum=-1.478;QD=12.39;ReadPosRankSum=-0.117;SOR=0.338;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:48,63:0.57:111
chr19	35898641	rs16970293	T	C	3225.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=59;NR=20;PP=1542;SC=ACCAAGAAGATGATGAGATAT;SOR=1.670;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=79;TCF=59;TCR=20;TR=79;WE=35898649;WS=35898631;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr19	35898796	rs112270905	T	TC	11315.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=321;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=44;NR=102;PP=2969;SC=GATCATGCTCTCTGGCCCCAA;SOR=0.779;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=149;TCF=45;TCR=104;TR=146;WE=35898804;WS=35898786;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,313:1.00:313
chr19	35898899	rs16970294	A	G	7950.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=305;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=82;NR=108;PP=2965;SC=TTTGTCTCCCATGGTGGGTTC;SOR=0.918;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=190;TCF=82;TCR=108;TR=190;WE=35898907;WS=35898889;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,303:1.00:303
chr19	35899037	rs113510419	T	C	1258.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.48;QD=27.97;SOR=2.252;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr19	35899068	rs142160831	GTGA	G	1197.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=21;PP=1147;SC=GTGCAGTGGTGTGATGATCTT;SOR=2.833;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=27;TCF=3;TCR=24;TR=24;WE=35899078;WS=35899058;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr19	35979385	rs17638234	C	T	7824.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.002;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=704;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.429;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=120;NR=109;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.162;SC=CAGCCTTAAACGCCTGAGGAG;SOR=0.615;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=434;TCF=213;TCR=221;TR=229;WE=35979393;WS=35979375;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:323,375:0.54:698
chr19	35979464	rs10407971	G	A	3514.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.127;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=433;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.402;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=81;PP=2017;ReadPosRankSum=0.385;SC=CTCTGGAGAAGGTGAAGGAAC;SOR=0.951;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=290;TCF=103;TCR=187;TR=119;WE=35979472;WS=35979454;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:257,172:0.40:429
chr19	35979745	rs10408664	G	A	1267.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.215;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=32;PP=835;ReadPosRankSum=2.277;SC=CTTTCTTCCTGGAAAAGGAGA;SOR=0.704;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=110;TCF=44;TCR=66;TR=55;WE=35979753;WS=35979735;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,65:0.43:151
chr19	35991442	rs909072	T	G	6482.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=2.117;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=242;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.187;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQ=60.04;MQRankSum=0.130;NF=54;NR=108;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.664;SC=CACCTGATCGTCTCTGCCTGC;SOR=1.071;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=163;TCF=55;TCR=108;TR=162;WE=35991450;WS=35991432;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,235:1.00:236
chr19	35991516	rs79152633	C	T	614.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=4.126;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.968;HP=1;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.225;NF=4;NR=23;PP=436;ReadPosRankSum=2.269;SC=TTCGTGCCTCCGCAGTCGTGC;SOR=1.421;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=62;TCF=11;TCR=51;TR=27;WE=35991524;WS=35991506;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,28:0.41:68
chr19	35993606	.	C	CA	47.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.204;ClippingRankSum=0.000;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.49;ReadPosRankSum=-0.763;SOR=0.730;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,9:0.28:32
chr19	35993661	rs11084816	C	T	1238.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.065;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.773;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=12;PP=735;ReadPosRankSum=2.711;SC=AGGGTGGCTGCCTTGAGGGAG;SOR=0.807;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=76;TCF=57;TCR=19;TR=45;WE=35993669;WS=35993651;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,55:0.52:106
chr19	35994376	rs149163465	GTT	G	944.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.489;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=1.116;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.34;MQRankSum=1.482;QD=17.83;ReadPosRankSum=-0.036;SOR=0.504;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,26:0.49:53
chr19	35994384	rs3829678	T	G	950.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.827;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.39;MQRankSum=1.508;QD=17.61;ReadPosRankSum=1.115;SOR=0.593;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,26:0.48:54
chr19	35994386	rs79338830	T	G	545.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.540;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.40;MQRankSum=-1.428;QD=10.30;ReadPosRankSum=-0.965;SOR=0.749;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,27:0.51:53
chr19	35994390	rs3829677	T	G	950.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.865;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.41;MQRankSum=1.512;QD=18.28;ReadPosRankSum=1.620;SOR=0.588;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,25:0.48:52
chr19	35997363	rs6510492	C	T	1607.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.663;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=25;PP=801;ReadPosRankSum=-0.832;SC=ACACCTCAAGCAAATGAGATT;SOR=0.697;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=147;TCF=86;TCR=61;TR=61;WE=35997371;WS=35997353;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:142,89:0.39:231
chr19	35997457	rs6510493	G	T	2699.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.672;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=377;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.251;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=42;PP=1199;ReadPosRankSum=-0.143;SC=CAACACCTTGGTCTGGTGGTG;SOR=0.734;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=234;TCF=117;TCR=117;TR=89;WE=35997465;WS=35997447;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:230,142:0.38:372
chr19	35997644	rs6510494	C	G	424.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=4.233;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.717;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=12;PP=308;ReadPosRankSum=-0.548;SC=GGCTGGGCATCGTGGGTCACG;SOR=0.368;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=46;TCF=11;TCR=35;TR=17;WE=35997652;WS=35997634;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,19:0.36:53
chr19	35998213	rs4358061	A	C	2095.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.262;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=242;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.047;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=29;PP=1360;ReadPosRankSum=-1.008;SC=GGATCCCAGAACCCTGTTTTG;SOR=0.806;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=167;TCF=111;TCR=56;TR=86;WE=35998221;WS=35998203;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:131,104:0.44:235
chr19	35998362	rs4254439	T	G	2887.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.310;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=394;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.323;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=58;PP=1374;ReadPosRankSum=-2.120;SC=AGGCTCACCCTATAATTGTCT;SOR=0.863;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=256;TCF=108;TCR=148;TR=91;WE=35998370;WS=35998352;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:238,152:0.39:390
chr19	35999198	rs77995042	C	T	7414.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.542;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=744;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.525;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=106;NR=149;PP=2962;ReadPosRankSum=1.564;SC=AGGCCACCCCCGAAAATTAAT;SOR=0.649;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=482;TCF=195;TCR=287;TR=255;WE=35999206;WS=35999188;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:371,364:0.50:735
chr19	35999251	rs11084818	C	G	3775.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-1.343;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=380;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.725;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=85;PP=1863;ReadPosRankSum=0.057;SC=TAATGGCACTCTCTTTTGGAA;SOR=0.789;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=286;TCF=96;TCR=190;TR=123;WE=35999259;WS=35999241;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:200,179:0.47:379
chr19	36002393	rs11667007	C	T	2235.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.131;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=391;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.012;HP=1;HapScore=1;MGOF=59;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.888;NF=53;NR=35;PP=1635;ReadPosRankSum=5.007;SC=CCACTGCTGCCGCCACTGCTG;SOR=0.617;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=211;TCF=122;TCR=89;TR=88;WE=36002401;WS=36002371;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:201,80:0.28:281
chr19	36002418	rs72334573	GCCA	G	6036.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=0.007;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=471;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.334;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.518;NF=40;NR=107;PP=2966;ReadPosRankSum=2.718;SC=CACTGCTGCTGCCACCACTGC;SOR=0.603;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=153;TCF=43;TCR=110;TR=147;WE=36002429;WS=36002408;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:148,169:0.53:317
chr19	36002421	.	A	ACTGCTGCTG	4813.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-0.857;ClippingRankSum=0.000;DP=471;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.491;HP=4;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=107;PP=2966;ReadPosRankSum=2.199;SC=TGCTGCTGCCACCACTGCTGC;SOR=0.731;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=151;TCF=42;TCR=109;TR=149;WE=36002429;WS=36002408;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:197,146:0.43:343
chr19	36002895	rs11285451	CT	C	81.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.827;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=2.754;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.55;ReadPosRankSum=-0.278;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,14:0.61:23
chr19	36003430	rs7254784	C	T	5723.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=3.581;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=610;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.522;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=95;NR=116;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.495;SC=CAGGGAGGCACGCGGAGCATG;SOR=0.662;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=447;TCF=199;TCR=248;TR=211;WE=36003438;WS=36003420;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:330,269:0.45:599
chr19	36004106	rs4806163	A	G	49096.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=1809;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=566;NR=572;PP=2965;SC=AGCATCTGCTACGCCAAAGCC;SOR=0.693;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=1141;TCF=567;TCR=574;TR=1138;WE=36004114;WS=36004096;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,1798:1.00:1798
chr19	36015491	rs67543901	G	T	3965.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-1.885;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=100;NR=32;PP=2725;ReadPosRankSum=-0.811;SC=AGGTTGGAGGGTCTTTGCAGA;SOR=1.116;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=134;TCF=102;TCR=32;TR=132;WE=36015499;WS=36015481;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,141:0.99:142
chr19	36015865	rs2285511	A	C	3519.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.498;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=84;PP=2540;ReadPosRankSum=-0.749;SC=AACCCCACAAACGCGGAGGGT;SOR=1.644;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=103;TCF=18;TCR=85;TR=102;WE=36015873;WS=36015855;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,115:0.99:116
chr19	36018407	.	T	C	4672.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.808;ClippingRankSum=0.000;DP=1752;ExcessHet=3.0103;FS=1.378;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.05;MQRankSum=-7.065;QD=2.75;ReadPosRankSum=-7.037;SOR=0.676;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1339,358:0.21:1697
chr19	36038390	rs7599	A	G	7355.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=279;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=54;NR=96;PP=2965;SC=TCCCTGCCTCACTCCAGGTTT;SOR=1.057;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=151;TCF=54;TCR=97;TR=150;WE=36038398;WS=36038380;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,273:1.00:273
chr19	36041383	.	G	T	1394.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=2.540;ClippingRankSum=0.000;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=15.548;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=12;PP=891;ReadPosRankSum=-0.197;SC=GGGTGCCGTGGGCTACAGAAG;SOR=1.714;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=111;TCF=75;TCR=36;TR=52;WE=36041391;WS=36041373;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,64:0.42:152
chr19	36044524	rs2251124	G	A	3182.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=67;NR=20;PP=2004;SC=AGAACCAGCCGGAGCCCAAGG;SOR=2.002;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=87;TCF=67;TCR=20;TR=87;WE=36044532;WS=36044514;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr19	36045772	rs2733739	A	G	1919.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=0.633;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.466;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=6;PP=1367;ReadPosRankSum=-0.124;SC=TCCATCTGCAAGCAAGTGTCT;SOR=2.869;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=56;TCF=49;TCR=7;TR=54;WE=36045780;WS=36045762;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,64:0.97:66
chr19	36048741	rs2230181	G	T	4078.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.662;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.98;ReadPosRankSum=-1.149;SOR=0.533;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,156:0.99:157
chr19	36048791	rs748214	G	A	1350.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.57;SOR=4.935;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr19	36050969	rs2733743	A	G	16542.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=619;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=166;NR=254;PP=2965;SC=CAGGCCCTGCACGGTGCCTGC;SOR=1.075;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=421;TCF=166;TCR=255;TR=420;WE=36050977;WS=36050959;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,612:1.00:612
chr19	36105917	rs34572637	A	G	4168.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.704;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=615;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.545;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=108;NR=62;PP=2168;ReadPosRankSum=0.175;SC=CGATCAGACCATCTGACCCTG;SOR=0.793;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=403;TCF=253;TCR=150;TR=170;WE=36105925;WS=36105907;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:381,232:0.38:613
chr19	36106337	rs3814983	C	T	2101.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-5.575;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.984;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=61;PP=1376;ReadPosRankSum=-1.179;SC=CAGACATTCTCTTAGAGACCT;SOR=0.290;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=135;TCF=19;TCR=116;TR=73;WE=36106345;WS=36106327;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,88:0.58:153
chr19	36113459	rs2285413	G	A	945.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=2.515;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.021;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=10;PP=680;ReadPosRankSum=1.015;SC=AGGTACCAGCGAGCCAGAGGA;SOR=0.922;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=66;TCF=47;TCR=19;TR=38;WE=36113467;WS=36113449;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,41:0.59:70
chr19	36113658	rs2285414	A	G	13801.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=518;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=185;NR=164;PP=2965;SC=CGTGCCGCGGATGGGAAACAG;SOR=0.787;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=349;TCF=185;TCR=164;TR=349;WE=36113666;WS=36113648;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,513:1.00:513
chr19	36122441	rs2285415	G	A	2865.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-1.297;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=63;PP=1870;ReadPosRankSum=-0.604;SC=CCTAAAGCACGAACCTGATCA;SOR=0.784;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=90;TCF=25;TCR=65;TR=87;WE=36122449;WS=36122431;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,103:0.99:104
chr19	36124176	rs8106576	A	G	2144.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=4.750;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.662;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=46;PP=1399;ReadPosRankSum=0.875;SC=CAGGGAACTAACGGTCAGATG;SOR=0.613;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=111;TCF=23;TCR=88;TR=59;WE=36124184;WS=36124166;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,85:0.55:154
chr19	36128295	rs2285416	G	A	9512.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.020;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=820;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.521;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=137;NR=180;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.232;SC=CGCGGCAGGCGCTGGCCTAAG;SOR=0.746;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=580;TCF=251;TCR=329;TR=317;WE=36128303;WS=36128285;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:367,441:0.55:808
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chr19	36135279	rs3835005	C	CT	13791.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.385;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=352;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.154;NF=24;NR=122;PP=2936;ReadPosRankSum=-1.846;SC=CAGCCAAATCCGCCCCGTCTC;SOR=0.986;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=152;TCF=26;TCR=126;TR=146;WE=36135287;WS=36135269;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,347:0.99:349
chr19	36135793	rs6510501	A	T	4819.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.146;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=412;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=89;PP=2255;ReadPosRankSum=-0.276;SC=GCTCCTCTGCAGCATTCTTCC;SOR=0.658;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=277;TCF=105;TCR=172;TR=144;WE=36135801;WS=36135783;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:180,222:0.55:402
chr19	36142187	rs7991	C	T	13773.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=2.419;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1177;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.767;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=249;NR=145;PP=2962;ReadPosRankSum=-2.087;SC=ACTACAAGACCGCCCCTTTTG;SOR=0.865;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=736;TCF=440;TCR=296;TR=394;WE=36142195;WS=36142177;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:525,638:0.55:1163
chr19	36145409	rs377609041	CA	C	383.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.592;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=252;ExcessHet=3.0103;FS=5.558;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.04;MQRankSum=1.781;QD=1.68;ReadPosRankSum=1.352;SOR=0.452;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:158,70:0.31:228
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chr19	36164495	rs113559151	A	G	2603.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-6.461;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.403;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=71;PP=1574;ReadPosRankSum=-2.195;SC=CTCCGTCCACAGAGGCCGATA;SOR=0.275;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=177;TCF=30;TCR=147;TR=87;WE=36164503;WS=36164485;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:93,110:0.54:203
chr19	36168914	rs2285421	T	C	5186.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.516;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=483;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.094;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQ=60.02;MQRankSum=0.936;NF=73;NR=73;PP=1827;ReadPosRankSum=1.320;SC=TTCTACACCATGCTCTGAGGG;SOR=0.625;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=274;TCF=142;TCR=132;TR=146;WE=36168922;WS=36168904;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:224,258:0.54:482
chr19	36206203	rs146855074	T	A	9449.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.926;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=710;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.121;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=143;NR=149;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.155;SC=CTGAGGAAAGTCTGCGCAAGC;SOR=0.669;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=488;TCF=245;TCR=243;TR=292;WE=36206211;WS=36206193;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:279,426:0.60:705
chr19	36213461	rs11084828	C	T	7210.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-1.971;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=582;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.111;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=106;NR=97;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.997;SC=ACTCCGATTTCTCCCCCAGGG;SOR=0.744;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=360;TCF=183;TCR=177;TR=203;WE=36213469;WS=36213451;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:234,339:0.59:573
chr19	36214632	rs11373774	A	AG	3965.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=38;NR=30;PP=2957;SC=CTGTTCCCGCAGCCGGACGAT;SOR=1.115;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=68;TCF=38;TCR=30;TR=68;WE=36214640;WS=36214622;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr19	36215675	rs192726663	A	G	2510.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.938;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.231;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=64;PP=1685;ReadPosRankSum=-1.561;SC=TCCAGGAGCTACCTGGCAAGT;SOR=0.441;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=139;TCF=34;TCR=105;TR=89;WE=36215683;WS=36215665;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,103:0.62:166
chr19	36215779	rs141957853	G	GGGGTCTGGATCA	1628.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.963;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FS=11.208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=20.36;ReadPosRankSum=-1.025;SOR=0.108;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:42,38:0.47:80
chr19	36216043	rs11672164	A	G	8846.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=4.818;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=654;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.532;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=130;NR=140;PP=2962;ReadPosRankSum=0.062;SC=AACCTCGATGACTGTGTCATC;SOR=0.616;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=468;TCF=213;TCR=255;TR=270;WE=36216051;WS=36216033;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:258,380:0.60:638
chr19	36217957	rs3787051	A	G	1541.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.141;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.592;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=24;PP=1203;ReadPosRankSum=-0.211;SC=AAACAGGGGCATAGTGGAGGC;SOR=0.748;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=160;TCF=114;TCR=46;TR=81;WE=36217965;WS=36217947;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,78:0.48:164
chr19	36218478	rs11670414	C	T	6779.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.676;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=538;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.533;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=101;NR=149;PP=2962;ReadPosRankSum=0.454;SC=TGCTCCAGGGCCTGCTGAGCT;SOR=0.781;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=434;TCF=178;TCR=256;TR=250;WE=36218486;WS=36218468;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:237,288:0.55:525
chr19	36224705	rs231591	A	G	4456.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=0.285;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=410;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.517;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=58;PP=1544;ReadPosRankSum=-0.965;SC=CTTCCGGAAGATGGTCCTCCC;SOR=0.762;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=206;TCF=93;TCR=113;TR=103;WE=36224713;WS=36224695;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:193,215:0.53:408
chr19	36228954	rs2242522	G	T	4730.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.010;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=573;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.115;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=95;NR=71;PP=2502;ReadPosRankSum=0.945;SC=TGTTCATCCTGCCCTGCAGAT;SOR=0.800;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=373;TCF=205;TCR=168;TR=166;WE=36228962;WS=36228944;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:321,240:0.43:561
chr19	36231288	rs140952221	C	T	3572.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-3.293;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=253;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.704;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=94;NR=35;PP=1972;ReadPosRankSum=-1.707;SC=CACCTCTCTGCAGCGCCACGG;SOR=0.822;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=210;TCF=148;TCR=62;TR=129;WE=36231296;WS=36231278;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,157:0.64:247
chr19	36233470	rs3746278	G	A	8085.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.322;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=663;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=117;NR=113;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.985;SC=AGACAGGGGCGGTAGAAGAAG;SOR=0.683;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=426;TCF=217;TCR=209;TR=230;WE=36233478;WS=36233460;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:282,376:0.57:658
chr19	36236000	rs2293687	C	A	4058.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.296;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=327;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=14.004;HP=4;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=112;NR=33;PP=2610;ReadPosRankSum=0.029;SC=AGCCGTTAACCCCCGAGGCTC;SOR=1.318;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=254;TCF=184;TCR=70;TR=145;WE=36236008;WS=36235990;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:145,175:0.55:320
chr19	36236120	rs231597	A	G	31911.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=1150;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=434;NR=303;PP=2965;SC=AACCCTGGAAAAGGTGCAAAG;SOR=0.985;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=741;TCF=438;TCR=303;TR=737;WE=36236128;WS=36236110;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,1141:1.00:1141
chr19	36243089	rs170758	T	C	15087.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=1.963;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=570;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=179;NR=143;PP=2965;ReadPosRankSum=0.563;SC=CTGGAGATGGTCAAAGCCCGG;SOR=0.837;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=322;TCF=179;TCR=143;TR=322;WE=36243097;WS=36243079;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,562:0.99:566
chr19	36243190	rs231244	T	C	4954.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.961;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=429;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.105;HP=5;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=81;PP=2342;ReadPosRankSum=-0.648;SC=GGCACCCTGGTGGGTTGGGCC;SOR=0.784;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=274;TCF=126;TCR=148;TR=146;WE=36243198;WS=36243180;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:184,229:0.55:413
chr19	36243813	rs231243	G	A	19617.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.006;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=733;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=236;NR=189;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.492;SC=CTCCCTACGCGGGCCATCTGC;SOR=0.287;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=429;TCF=240;TCR=189;TR=425;WE=36243821;WS=36243803;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,728:1.00:729
chr19	36248975	rs58561864	T	C	467.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=1.910;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.808;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=1;PP=367;ReadPosRankSum=-1.140;SC=CTCTCTTTCATTGGTCGCCTT;SOR=1.692;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=37;TCF=33;TCR=4;TR=20;WE=36248983;WS=36248967;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,21:0.48:44
chr19	36250259	rs107878	C	T	3574.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=2.245;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=252;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.825;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=77;NR=37;PP=1940;ReadPosRankSum=0.941;SC=GCCTGAACCCCACTTTCCTCT;SOR=0.947;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=168;TCF=111;TCR=57;TR=114;WE=36250267;WS=36250249;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,154:0.63:244
chr19	36253317	rs807479	C	T	3304.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-1.050;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=245;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.025;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=90;PP=2135;ReadPosRankSum=-0.239;SC=AGCCCTAGGACAGAATTAGAA;SOR=1.084;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=182;TCF=46;TCR=136;TR=116;WE=36253325;WS=36253307;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:92,145:0.61:237
chr19	36257932	rs35876904	CCT	C	4949.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=8;NR=66;PP=2985;SC=GACCCTCCACCCTCTCTCTCT;SOR=1.628;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=83;TCF=9;TCR=74;TR=74;WE=36257941;WS=36257922;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chr19	36258937	rs5827939	AG	A	14401.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=428;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=95;NR=182;PP=2951;SC=CTGCTTGCCCAGGGCCGCCCT;SOR=0.920;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=287;TCF=97;TCR=190;TR=277;WE=36258945;WS=36258927;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,408:1.00:408
chr19	36259480	rs113059159	C	CT	2320.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.953;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=247;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.19;ReadPosRankSum=-1.144;SOR=0.694;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,141:0.80:176
chr19	36259494	rs231216	C	A	7340.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=13;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=43;NR=84;PP=2651;SC=TTTTTTTTTTCATACAGTTAC;SOR=1.217;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=132;TCF=45;TCR=87;TR=127;WE=36259502;WS=36259469;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,181:1.00:181
chr19	36268923	rs807491	C	T	5921.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=35;NR=136;PP=2965;SC=CTGCTGCACGCGTCTGAGCAG;SOR=2.385;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=171;TCF=35;TCR=136;TR=171;WE=36268931;WS=36268913;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,205:1.00:205
chr19	36269915	rs231230	T	C	1684.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=29;NR=16;PP=843;SC=AGAGGCCCACTCTGACAACCT;SOR=1.179;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=45;TCF=29;TCR=16;TR=45;WE=36269923;WS=36269905;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr19	36270052	rs231231	A	G	4956.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=61;NR=62;PP=2195;SC=GGGCTTGGAGATTCCGAGTGG;SOR=0.714;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=123;TCF=61;TCR=62;TR=123;WE=36270060;WS=36270042;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,190:1.00:190
chr19	36273230	rs231223	C	G	4153.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=96;NR=19;PP=2965;SC=CGTGAGCGAGCCCCTCTGACC;SOR=2.765;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=115;TCF=96;TCR=19;TR=115;WE=36273238;WS=36273220;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,134:1.00:134
chr19	36276086	rs2239949	C	T	8867.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.002;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=330;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=127;NR=104;PP=2965;ReadPosRankSum=0.231;SC=TCCCCCAAACCGCAGGAGGAA;SOR=0.833;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=236;TCF=128;TCR=108;TR=231;WE=36276094;WS=36276076;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,319:0.99:321
chr19	36276403	rs120959	T	G	11908.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.577;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=457;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=116;NR=188;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.714;SC=AGGCGGGCAATTGGGGGGCGC;SOR=0.629;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=308;TCF=117;TCR=191;TR=304;WE=36276411;WS=36276393;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,445:0.99:448
chr19	36278470	rs231235	C	G	18779.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.888;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=727;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=291;NR=230;PP=2965;ReadPosRankSum=1.502;SC=AGGTCAGTGCCCAGCTCAGGG;SOR=0.900;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=521;TCF=291;TCR=230;TR=521;WE=36278478;WS=36278460;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,709:1.00:711
chr19	36279862	rs59882609	AG	A	2149.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=44;PP=1740;SC=ATCTGCAGAGAGGGGAACCAT;SOR=2.531;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=47;TCF=2;TCR=45;TR=46;WE=36279870;WS=36279852;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr19	36321910	rs731934	G	A	11946.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=451;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=119;NR=142;PP=2965;SC=TCCAGGCGTCGGGGGTACCTC;SOR=0.816;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=262;TCF=120;TCR=142;TR=261;WE=36321918;WS=36321900;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,448:1.00:448
chr19	36322270	rs2071327	C	T	27081.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=1044;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=351;NR=305;PP=2965;SC=GGTCCTCTTCCGACCTTCCAG;SOR=0.797;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=663;TCF=352;TCR=311;TR=656;WE=36322278;WS=36322260;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,1008:1.00:1008
chr19	36322456	rs113650287	G	A	16265.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=4.632;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=768;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=8.586;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=162;NR=282;PP=2965;ReadPosRankSum=2.005;SC=CCCCCACCCCGGCCCCAGGAA;SOR=1.111;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=491;TCF=208;TCR=283;TR=444;WE=36322464;WS=36322434;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:10,719:0.99:729
chr19	36341397	.	A	C	2595.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-2.402;ClippingRankSum=0.000;DP=229;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.310;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=44;PP=1115;ReadPosRankSum=-0.969;SC=CGCAAGATAGATTCTGGGGAG;SOR=0.535;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=137;TCF=50;TCR=87;TR=71;WE=36341405;WS=36341387;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:100,127:0.56:227
chr19	36342212	rs3814995	C	T	8349.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.083;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=649;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=92;NR=115;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.070;SC=GGCCCCATCTCAGAGCGGCCG;SOR=0.709;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=352;TCF=161;TCR=191;TR=207;WE=36342220;WS=36342202;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:258,386:0.60:644
chr19	36355595	rs382789	A	G	7688.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=303;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=77;NR=93;PP=2965;SC=TCTGGAGGAGAAAGGGACTCT;SOR=0.792;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=171;TCF=77;TCR=94;TR=170;WE=36355603;WS=36355585;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,296:1.00:296
chr19	36369450	.	G	GA	150.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.269;ClippingRankSum=0.000;DP=275;ExcessHet=3.0103;FS=5.412;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.89;MQRankSum=0.478;QD=0.61;ReadPosRankSum=-0.125;SOR=1.187;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:209,40:0.16:249
chr19	36435936	rs144984680	CT	C	468.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-1.447;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.092;HP=7;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=15;PP=570;ReadPosRankSum=1.947;SC=GCGCCCCCCCCTCTAAGGGTC;SOR=1.371;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=33;TCF=0;TCR=33;TR=15;WE=36435944;WS=36435926;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,18:0.44:41
chr19	36486445	rs7249826	G	C	9150.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=340;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=123;NR=115;PP=2965;SC=GGCGTGGGTTGCCAGCCTGAC;SOR=0.748;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=239;TCF=124;TCR=115;TR=238;WE=36486453;WS=36486435;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,335:1.00:335
chr19	36496121	rs10469279	A	G	2363.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.215;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=245;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.04;MQRankSum=1.012;QD=9.73;ReadPosRankSum=-1.301;SOR=0.680;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:122,121:0.50:243
chr19	36496125	.	C	CT	113.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.329;ClippingRankSum=0.000;DP=270;ExcessHet=3.0103;FS=0.692;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.04;MQRankSum=0.000;QD=0.43;ReadPosRankSum=0.337;SOR=0.605;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:216,46:0.18:262
chr19	36497358	rs2285422	C	G	4744.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=81;NR=34;PP=2559;SC=GGGGCCCCCTCTGGCCACACA;SOR=1.430;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=116;TCF=81;TCR=35;TR=115;WE=36497366;WS=36497348;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,165:1.00:165
chr19	36501445	rs2073894	C	T	4370.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.194;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=535;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.757;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=72;NR=72;PP=2187;ReadPosRankSum=-0.601;SC=CTACAAGCAGCTGGGGCAGTG;SOR=0.559;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=323;TCF=173;TCR=150;TR=144;WE=36501453;WS=36501435;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:302,224:0.43:526
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chr19	36558113	rs12608517	T	C	815.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.218;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=8;PP=328;ReadPosRankSum=-0.803;SC=AGACTTGGAGTGGGGACGAGC;SOR=0.626;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=75;TCF=50;TCR=25;TR=26;WE=36558121;WS=36558103;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,41:0.42:98
chr19	36564653	rs11669890	C	T	3500.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-2.118;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=303;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.887;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=80;PP=1976;ReadPosRankSum=-1.385;SC=GTGAATAACACGCCAAGCAGC;SOR=0.440;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=226;TCF=73;TCR=153;TR=124;WE=36564661;WS=36564643;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:117,166:0.59:283
chr19	36572251	.	CT	C	42.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.045;ClippingRankSum=0.000;DP=170;ExcessHet=3.0103;FS=3.059;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.26;ReadPosRankSum=0.654;SOR=0.416;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:136,29:0.18:165
chr19	36574063	rs45567532	C	T	2523.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.524;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=407;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.545;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=47;PP=1172;ReadPosRankSum=0.362;SC=CACCCATGGACGTGAAAGCCG;SOR=0.634;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=268;TCF=121;TCR=147;TR=88;WE=36574071;WS=36574053;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:261,142:0.35:403
chr19	36575645	rs2301734	G	A	3888.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.503;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=337;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.818;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=74;PP=1863;ReadPosRankSum=1.609;SC=AGCCAGAGACGGGTGAGCCCG;SOR=0.811;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=225;TCF=89;TCR=136;TR=118;WE=36575653;WS=36575635;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:151,185:0.55:336
chr19	36577579	rs4806263	C	T	2189.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.122;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=345;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=27;PP=1194;ReadPosRankSum=-0.705;SC=CTCATTCTCTCCTCTCACAGG;SOR=0.717;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=226;TCF=148;TCR=78;TR=81;WE=36577587;WS=36577569;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:223,116:0.34:339
chr19	36583651	rs61494900	G	A	6928.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=0.325;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=899;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.532;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=86;NR=104;PP=2961;ReadPosRankSum=1.435;SC=AGCACTTGCTGGAGATTGACC;SOR=0.750;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=477;TCF=217;TCR=260;TR=190;WE=36583675;WS=36583641;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:533,363:0.41:896
chr19	36584904	rs2301737	C	T	2185.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.358;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.209;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=28;PP=1162;ReadPosRankSum=1.821;SC=CCTGTATTCTCTCCTTACCAT;SOR=0.589;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=129;TCF=82;TCR=47;TR=73;WE=36584912;WS=36584894;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,99:0.56:176
chr19	36585174	rs62109756	G	A	464.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.742;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.172;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=11;PP=286;ReadPosRankSum=1.531;SC=CTCAGGAGTCGACAGGGTGCG;SOR=1.058;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=35;TCF=10;TCR=25;TR=15;WE=36585182;WS=36585164;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,21:0.41:51
chr19	36590329	rs2285745	T	C	2094.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.113;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=277;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=18;PP=1069;ReadPosRankSum=0.493;SC=GCAGATGGCTTGGCCTTCCAC;SOR=0.652;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=224;TCF=168;TCR=56;TR=77;WE=36590337;WS=36590319;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:172,100:0.37:272
chr19	36594063	rs17851502	C	T	6621.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.089;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=712;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.522;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=89;NR=124;PP=2962;ReadPosRankSum=3.296;SC=TGCAGGTCCTCGCTGCAGGGA;SOR=0.739;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=451;TCF=192;TCR=259;TR=213;WE=36594071;WS=36594053;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:386,317:0.45:703
chr19	36594659	rs2074435	A	T	11171.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-3.331;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1380;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.522;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=179;NR=219;PP=2962;ReadPosRankSum=0.416;SC=GGGCTCCTGCAGCCCCCCGTG;SOR=0.654;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=880;TCF=393;TCR=487;TR=398;WE=36594667;WS=36594649;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:780,579:0.43:1359
chr19	36594853	rs17851503	G	A	1966.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=3.814;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=285;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.308;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=47;PP=1016;ReadPosRankSum=-1.908;SC=CATCCCTGGCGGCACTGCCTC;SOR=0.863;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=192;TCF=49;TCR=143;TR=58;WE=36594861;WS=36594843;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:180,96:0.35:276
chr19	36595436	rs1008328	A	C	19753.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=2.034;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=729;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=343;NR=190;PP=2965;ReadPosRankSum=1.533;SC=TTGGTCTGTTACAGGGCAGCC;SOR=0.458;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=533;TCF=343;TCR=190;TR=533;WE=36595444;WS=36595426;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,715:1.00:716
chr19	36602097	rs2075472	C	T	1145.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.071;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.263;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=12;PP=683;ReadPosRankSum=1.887;SC=GAGAGCCTTCCGGAGGGCATG;SOR=0.440;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=58;TCF=44;TCR=14;TR=42;WE=36602105;WS=36602087;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,48:0.66:73
chr19	36603703	rs2072605	T	A	1604.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-2.264;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.760;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=18;PP=587;ReadPosRankSum=-0.565;SC=CCAGGGGCCCTGGGACGCTGG;SOR=0.442;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=118;TCF=76;TCR=42;TR=47;WE=36603711;WS=36603693;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,80:0.49:162
chr19	36605647	rs2227260	T	C	5677.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.616;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=663;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.108;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=76;NR=91;PP=2553;ReadPosRankSum=-0.862;SC=AGGGGTTAGTTCTGGAGCCAT;SOR=0.786;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=380;TCF=181;TCR=199;TR=167;WE=36605655;WS=36605637;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:377,285:0.43:662
chr19	36605794	rs2231568	C	T	1139.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=1.536;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.784;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=30;PP=599;ReadPosRankSum=-3.251;SC=CCCAGCCTTCCGCGCTTGCTC;SOR=0.576;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=100;TCF=20;TCR=80;TR=37;WE=36605802;WS=36605784;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,52:0.43:121
chr19	36606379	rs199646187	C	CCAG	2241.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.043;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=8;PP=726;ReadPosRankSum=-0.739;SC=GGCTGATAGCCCAGCAGCAGC;SOR=0.652;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=65;TCF=29;TCR=36;TR=18;WE=36606387;WS=36606369;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,57:0.52:109
chr19	36612396	rs2075474	A	G	3857.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.62;BaseQRankSum=-0.844;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=497;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.743;HP=5;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=41;PP=1332;ReadPosRankSum=-0.743;SC=CCCGGCCGACACCCCAACTGA;SOR=0.815;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=240;TCF=133;TCR=107;TR=100;WE=36612404;WS=36612386;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:279,210:0.43:489
chr19	36640769	rs14100	T	C	6210.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=248;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=65;NR=114;PP=2903;SC=GCCCCCTCACTGCCTTGCTAT;SOR=1.256;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=179;TCF=65;TCR=114;TR=179;WE=36640777;WS=36640759;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,241:1.00:241
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chr19	36727365	rs2070132	G	A	8379.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.225;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=719;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.526;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=159;NR=117;PP=2962;ReadPosRankSum=0.290;SC=AGCCAGCAGAGAATTTACAGT;SOR=0.757;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=496;TCF=282;TCR=214;TR=276;WE=36727373;WS=36727355;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:328,387:0.54:715
chr19	36858944	rs11084857	A	G	1291.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.888;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.667;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=34;PP=723;ReadPosRankSum=-1.396;SC=CATCATAAATATGAAAACTTT;SOR=0.589;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=109;TCF=33;TCR=76;TR=51;WE=36858952;WS=36858934;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,63:0.45:140
chr19	36885067	rs17206365	A	T	1177.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.988;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.646;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=22;PP=535;ReadPosRankSum=-0.504;SC=AAAAGAAGCAACATTTCTAAT;SOR=0.610;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=102;TCF=35;TCR=67;TR=33;WE=36885075;WS=36885057;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,58:0.41:143
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chr19	36940965	rs2912441	A	G	561.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-0.926;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.391;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=13;PP=282;ReadPosRankSum=0.789;SC=CAAAACTTCAATCAATATGGG;SOR=0.171;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=40;TCF=8;TCR=32;TR=18;WE=36940973;WS=36940955;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,25:0.51:49
chr19	36963637	rs2967539	C	T	420.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-1.586;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=4;PP=280;ReadPosRankSum=-0.296;SC=AGGAGAAAAGCAGGCAAAGTG;SOR=0.922;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=27;TCF=23;TCR=4;TR=18;WE=36963645;WS=36963627;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,18:0.55:33
chr19	36963743	rs73049826	C	T	1544.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.317;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.897;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=21;PP=780;ReadPosRankSum=1.433;SC=GGAGAGTTTCCCAGATAGCAT;SOR=0.863;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=110;TCF=63;TCR=47;TR=52;WE=36963751;WS=36963733;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:96,77:0.45:173
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chr19	36967352	rs150830509	T	TTTTC	4046.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=38;NR=18;PP=2969;SC=AAGGTGTTGTTTTTCTAACAT;SOR=2.174;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=62;TCF=41;TCR=21;TR=56;WE=36967360;WS=36967342;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr19	36981218	rs2967473	G	A	6973.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=265;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=62;NR=117;PP=2965;SC=AATGAGTGGGGCAGGAAGTAA;SOR=1.233;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=180;TCF=62;TCR=118;TR=179;WE=36981226;WS=36981208;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,259:1.00:259
chr19	37004938	rs2967505	T	C	2298.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=2.204;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=355;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.459;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=26;PP=994;ReadPosRankSum=-0.309;SC=TAATGTGATGTGACTTTTGGC;SOR=0.845;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=233;TCF=150;TCR=83;TR=78;WE=37004946;WS=37004928;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:228,122:0.35:350
chr19	37039069	rs2912444	A	C	9116.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-2.731;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1049;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.520;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=142;NR=141;PP=2962;ReadPosRankSum=0.324;SC=GGTCCTTGTAAGTCAATCTTG;SOR=0.642;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=635;TCF=309;TCR=326;TR=283;WE=37039077;WS=37039059;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:564,469:0.45:1033
chr19	37063218	rs11448179	C	CA	461.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.901;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=528;ExcessHet=3.0103;FS=1.510;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.02;MQRankSum=0.000;QD=0.92;ReadPosRankSum=0.578;SOR=0.819;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:411,90:0.18:501
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chr19	37064267	rs3096618	C	T	2149.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.181;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=341;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.352;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=29;PP=884;ReadPosRankSum=-0.355;SC=AGTCCAACAACGAAAGAGCCC;SOR=0.603;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=202;TCF=121;TCR=81;TR=69;WE=37064275;WS=37064257;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:213,123:0.37:336
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chr19	37068081	rs2912410	G	C	1808.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=34;NR=19;PP=951;SC=GGGCTGGTCTGGAACTCCTGA;SOR=1.402;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=54;TCF=35;TCR=19;TR=53;WE=37068089;WS=37068071;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr19	37068235	rs3108598	T	C	1079.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.210;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.041;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=24;PP=423;ReadPosRankSum=-0.190;SC=GGTCCTCCCATGTTACATTGT;SOR=0.866;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=97;TCF=45;TCR=52;TR=41;WE=37068243;WS=37068225;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:93,61:0.40:154
chr19	37117302	rs3108171	A	G	5199.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=2.317;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=439;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=95;NR=62;PP=2829;ReadPosRankSum=-2.364;SC=ACTGGATGGGAGAAATCACTC;SOR=0.721;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=300;TCF=176;TCR=124;TR=157;WE=37117310;WS=37117292;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:193,231:0.54:424
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chr19	37203249	rs1830031	T	C	1989.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.025;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.611;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=20;PP=1289;ReadPosRankSum=0.642;SC=TGTACCTGGCTAAGTCCACCT;SOR=0.802;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=127;TCF=92;TCR=35;TR=71;WE=37203257;WS=37203239;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,87:0.51:171
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chr19	37399412	rs10418144	C	T	5791.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.728;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=779;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.766;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=77;NR=106;PP=2528;ReadPosRankSum=1.673;SC=AAAAAGATGGCGGTAGAGGTG;SOR=0.810;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=475;TCF=212;TCR=263;TR=183;WE=37399420;WS=37399402;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:459,313:0.41:772
chr19	37406662	rs8101922	C	T	2548.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-6.083;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FS=0.766;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.78;ReadPosRankSum=0.439;SOR=0.573;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:115,70:0.38:185
chr19	37406671	rs2010342	G	C	2830.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.915;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=239;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.25;ReadPosRankSum=0.994;SOR=0.668;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:146,85:0.37:231
chr19	37413945	rs34898479	T	TG	459.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.058;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=8;PP=305;ReadPosRankSum=1.897;SC=TTTTATTTCTTAAGAGTATGT;SOR=0.418;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=18;TCF=1;TCR=17;TR=9;WE=37413953;WS=37413935;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,15:0.58:26
chr19	37416022	rs1667382	C	A	2175.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-2.111;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=243;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.723;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=69;NR=25;PP=1429;ReadPosRankSum=-1.359;SC=AGAGGGTCTTCTAGCCACCTG;SOR=0.853;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=203;TCF=142;TCR=61;TR=94;WE=37416030;WS=37416012;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:127,105:0.45:232
chr19	37441111	rs571294	C	T	15276.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=580;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=199;NR=182;PP=2965;SC=TTATTGAGCACGAGAAAATTC;SOR=0.799;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=382;TCF=199;TCR=183;TR=381;WE=37441119;WS=37441101;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,575:1.00:575
chr19	37441462	rs546589	T	C	10428.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=408;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=137;NR=152;PP=2965;SC=AAATTCACACTGGAGAGAAAC;SOR=0.787;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=289;TCF=137;TCR=152;TR=289;WE=37441470;WS=37441452;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,400:1.00:400
chr19	37441980	rs1644634	A	G	3377.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=33;NR=51;PP=1734;SC=GAGAGACACCAAGTATATTAA;SOR=1.033;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=84;TCF=33;TCR=51;TR=84;WE=37441988;WS=37441970;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
chr19	37442078	rs4806380	T	C	1065.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=10;NR=19;PP=588;SC=TATGGAAAAATTTTAATACTT;SOR=1.206;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=29;TCF=10;TCR=19;TR=29;WE=37442086;WS=37442068;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr19	37465414	rs1375477	A	G	4376.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.231;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=513;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=93;PP=2178;ReadPosRankSum=0.497;SC=ACTGGTTTTCAGGACAGTGTC;SOR=0.700;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=335;TCF=127;TCR=208;TR=149;WE=37465422;WS=37465404;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:275,222:0.45:497
chr19	37482068	rs1644679	T	G	4499.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.113;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=521;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.762;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=101;NR=70;PP=2450;ReadPosRankSum=0.027;SC=GTATTTATTTTTGGTTTCAGG;SOR=0.582;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=383;TCF=233;TCR=150;TR=171;WE=37482076;WS=37482058;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:293,224:0.43:517
chr19	37482151	rs1667354	A	G	5879.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.581;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=802;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=101;NR=107;PP=2873;ReadPosRankSum=0.082;SC=GCTCAGAAGGATTTGTACCGA;SOR=0.726;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=507;TCF=247;TCR=260;TR=208;WE=37482159;WS=37482141;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:482,315:0.40:797
chr19	37482765	rs1644681	T	C	3887.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.266;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.67;ReadPosRankSum=1.203;SOR=0.681;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:114,106:0.48:220
chr19	37482772	rs1644682	G	A	3766.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.538;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FS=0.572;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.56;ReadPosRankSum=0.871;SOR=0.790;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:105,98:0.48:203
chr19	37482817	rs2547049	G	A	712.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-2.099;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.378;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=28;PP=502;ReadPosRankSum=1.569;SC=TGAGAAGGCAGCACTTCAGGG;SOR=1.822;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=84;TCF=21;TCR=63;TR=33;WE=37482825;WS=37482807;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,36:0.41:87
chr19	37487632	rs935706	G	A	1772.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.350;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.378;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=21;PP=862;ReadPosRankSum=0.565;SC=TAACAAATGTGCCTTTAATCA;SOR=0.976;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=147;TCF=84;TCR=63;TR=57;WE=37487640;WS=37487622;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:101,85:0.46:186
chr19	37487723	rs935707	G	A	3683.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.471;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=417;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=44;PP=1608;ReadPosRankSum=-1.262;SC=AAAGCCTTTCGTTCCAGCTCA;SOR=0.720;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=259;TCF=144;TCR=115;TR=105;WE=37487731;WS=37487713;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:229,182:0.44:411
chr19	37487866	rs1667363	A	T	7077.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.976;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=481;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.81;ReadPosRankSum=-1.946;SOR=0.717;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:283,195:0.41:478
chr19	37487873	rs1667364	C	A	7086.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.246;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=482;ExcessHet=3.0103;FS=0.531;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.76;ReadPosRankSum=-2.079;SOR=0.713;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:285,195:0.41:480
chr19	37488055	rs10405238	T	G	5060.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.951;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=509;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.198;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=97;NR=80;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.472;SC=TGGAAAGGTGTACAGTTGTGC;SOR=0.821;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=369;TCF=188;TCR=181;TR=177;WE=37488063;WS=37488045;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:270,234:0.46:504
chr19	37488197	rs1345748	G	A	5006.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.203;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=555;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.078;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=83;NR=92;PP=2808;ReadPosRankSum=-0.936;SC=GAGAAACCCTGTAAGTGTAAG;SOR=0.598;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=397;TCF=208;TCR=189;TR=175;WE=37488205;WS=37488187;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:308,242:0.44:550
chr19	37488299	rs1363752	A	G	6010.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=2.580;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=716;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=105;NR=96;PP=2962;ReadPosRankSum=0.505;SC=AAGGAATGTGAAAAGGCCTTT;SOR=0.726;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=481;TCF=248;TCR=233;TR=201;WE=37488307;WS=37488289;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:415,297:0.42:712
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chr19	37488481	rs1363753	G	C	7135.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.280;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=357;ExcessHet=3.0103;FS=1.285;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=20.21;ReadPosRankSum=-0.971;SOR=0.785;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:173,180:0.51:353
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chr19	37690420	rs1234250	C	T	10122.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=384;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=139;NR=103;PP=2965;SC=AGTGAGACCCCGTTTCAAAAA;SOR=0.918;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=245;TCF=139;TCR=106;TR=242;WE=37690428;WS=37690410;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,381:1.00:381
chr19	37690532	rs11299786	CA	C	2129.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-2.290;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=283;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.848;HP=9;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.165;NF=4;NR=40;PP=1262;ReadPosRankSum=-1.804;SC=AAGGATAAAACAAAAATAGAG;SOR=0.516;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=134;TCF=11;TCR=123;TR=44;WE=37690540;WS=37690522;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:146,109:0.43:255
chr19	37721404	rs56895666	T	TA	1567.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.173;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=381;ExcessHet=3.0103;FS=1.691;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.06;MQRankSum=0.000;QD=5.12;ReadPosRankSum=1.026;SOR=0.566;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:187,119:0.39:306
chr19	37825633	rs10404602	A	T	4241.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.435;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=894;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=94;NR=90;PP=2362;ReadPosRankSum=0.995;SC=ACACCTCTGCACCTTGTTACC;SOR=0.698;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=525;TCF=261;TCR=264;TR=184;WE=37825641;WS=37825623;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:628,261:0.29:889
chr19	37854235	rs3745765	G	T	10235.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-2.907;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1126;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.752;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=151;NR=181;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.578;SC=TCAACCCTGAGCACGCACCAG;SOR=0.779;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=724;TCF=349;TCR=375;TR=332;WE=37854243;WS=37854225;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:611,502:0.45:1113
chr19	37854580	rs3745764	C	T	7399.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.319;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=706;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=128;NR=133;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.515;SC=CACCAGAGGACACATTCAGGA;SOR=0.672;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=506;TCF=247;TCR=259;TR=261;WE=37854588;WS=37854570;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:355,347:0.49:702
chr19	37864925	rs61161652	A	AC	3955.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=33;NR=32;PP=2834;SC=CCACCCCGCCACCCTGGCCAG;SOR=1.512;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=70;TCF=35;TCR=35;TR=65;WE=37864933;WS=37864915;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr19	37879589	rs4452075	A	G	2280.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-1.340;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=284;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.444;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=47;PP=1243;ReadPosRankSum=0.281;SC=AAAAGACTCCATGCTGAGAAG;SOR=0.646;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=214;TCF=96;TCR=118;TR=87;WE=37879597;WS=37879568;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:161,116:0.42:277
chr19	37918609	rs7254009	C	T	908.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=26;NR=2;PP=667;SC=AATCATGATGCTTGCAATAAA;SOR=3.981;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=28;TCF=26;TCR=2;TR=28;WE=37918617;WS=37918599;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr19	37936025	rs2303131	G	A	363.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=1.907;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=13;PP=247;ReadPosRankSum=-0.818;SC=ATAGGTGTGAGGATGATTGGA;SOR=0.708;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=39;TCF=6;TCR=33;TR=15;WE=37936033;WS=37936015;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,15:0.37:41
chr19	37958983	rs35247758	T	TG,TTG	6268.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.09;QD=35.02;SOR=4.054;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:3,85,91:0.47,0.51:179
chr19	37961148	rs199763868	G	GGT	4334.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.224;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.492;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQ=60.05;MQRankSum=0.991;NF=21;NR=29;PP=2104;ReadPosRankSum=-0.351;SC=AGTCTAGACTGGTGATTCTGG;SOR=0.648;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=110;TCF=50;TCR=60;TR=50;WE=37961156;WS=37961138;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:110,114:0.51:224
chr19	37966923	rs4801803	C	T	1525.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.107;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=35;PP=755;ReadPosRankSum=-1.783;SC=AGGATATCTTCTTGCAAAACT;SOR=0.726;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=113;TCF=41;TCR=72;TR=53;WE=37966931;WS=37966913;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,73:0.50:147
chr19	37967214	rs7253091	C	T	1185.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.224;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.865;HP=4;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=7;PP=785;ReadPosRankSum=-0.489;SC=CATGACAAAACTCTACTTTTT;SOR=0.854;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=80;TCF=67;TCR=13;TR=44;WE=37967227;WS=37967204;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,52:0.51:102
chr19	38022358	rs10404945	T	C	923.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.204;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.03;ReadPosRankSum=1.997;SOR=0.741;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:65,50:0.43:115
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chr19	38046946	rs112514764	C	A	7161.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.081;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=277;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=-0.151;NF=99;NR=67;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.518;SC=TTTTTCTGCACCTTTGGAGCT;SOR=0.976;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=168;TCF=100;TCR=68;TR=166;WE=38046954;WS=38046936;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,270:0.99:274
chr19	38077661	rs8111055	G	A	11435.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=426;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQ=59.97;NF=115;NR=184;PP=2965;SC=ACAAGGAAAAGAAGCCACAAG;SOR=1.045;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=301;TCF=115;TCR=186;TR=299;WE=38077669;WS=38077651;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,420:1.00:420
chr19	38135403	rs2972458	T	C	7958.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=284;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=32;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=140;NR=62;PP=2965;SC=CCACTGCACTTCAGCCTGGTG;SOR=1.485;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=204;TCF=140;TCR=64;TR=202;WE=38135411;WS=38135393;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,280:1.00:280
chr19	38135444	rs71298747	C	CAAAAAG	25645.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.935;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=568;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.550;NF=107;NR=121;PP=2906;ReadPosRankSum=-0.214;SC=TGGAAAAAAACAAAGACAGCC;SOR=1.204;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=258;TCF=127;TCR=131;TR=228;WE=38135452;WS=38135434;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,557:1.00:559
chr19	38138887	rs2290999	T	C	3171.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=15;NR=76;PP=2299;SC=TCCATTCCTATATGCAACTCC;SOR=2.562;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=92;TCF=15;TCR=77;TR=91;WE=38138895;WS=38138877;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr19	38161070	rs73037036	A	T	3512.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.110;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.183;NF=13;NR=86;PP=2494;ReadPosRankSum=1.261;SC=CTGATGTTTCATATGATTTGT;SOR=1.626;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=100;TCF=13;TCR=87;TR=99;WE=38161078;WS=38161060;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,119:0.99:120
chr19	38184262	rs17246792	C	T	6752.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=243;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=120;NR=51;PP=2965;SC=GAGGGTTTCCCGGTGGCCCTC;SOR=1.429;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=172;TCF=120;TCR=52;TR=171;WE=38184270;WS=38184252;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,240:1.00:240
chr19	38189440	rs958305	T	C	23346.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=875;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=265;NR=279;PP=2965;SC=TTCAAAGGGTTTCTTACCACT;SOR=0.743;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=546;TCF=265;TCR=281;TR=544;WE=38189448;WS=38189430;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,861:1.00:861
chr19	38189616	rs2075284	T	C	8403.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.922;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=331;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=107;NR=120;PP=2965;ReadPosRankSum=2.326;SC=GTTTCTCTCCTGTATGAATTC;SOR=0.791;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=230;TCF=108;TCR=122;TR=227;WE=38189624;WS=38189606;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,319:0.99:321
chr19	38190845	rs5827990	GT	G	1548.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=28;PP=1149;SC=AAATGTCAATGTTATTGTAGA;SOR=2.147;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=29;TCF=0;TCR=29;TR=28;WE=38190853;WS=38190835;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr19	38202515	rs12461753	GA	AC	12962.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=292;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=99;NR=70;PP=2947;SC=ACTTACATAGGACATGGTTTG;SOR=0.896;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=177;TCF=102;TCR=75;TR=169;WE=38202524;WS=38202505;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,289:1.00:289
chr19	38229378	rs1291	G	A	13223.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=505;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=209;NR=120;PP=2965;SC=TGGCGCGCTCGTACTCTTTAC;SOR=1.167;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=329;TCF=209;TCR=120;TR=329;WE=38229386;WS=38229368;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,488:1.00:488
chr19	38229824	rs3095726	T	C	6568.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=244;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=85;NR=65;PP=2965;SC=TAGGGTTTCATACCAGTATGA;SOR=0.834;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=150;TCF=85;TCR=65;TR=150;WE=38229832;WS=38229814;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,240:1.00:240
chr19	38229926	rs11666245	G	A	2467.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.716;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.376;HP=2;HapScore=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=45;PP=1311;ReadPosRankSum=-0.274;SC=TGAGTTTTCCGATGTTGAATA;SOR=0.764;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=144;TCF=69;TCR=75;TR=84;WE=38229934;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:93,117:0.56:210
chr19	38314767	rs2305105	A	G	4247.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.114;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=367;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.299;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=81;NR=57;PP=2303;ReadPosRankSum=0.673;SC=GAAGTGACAAAAGAACAAATG;SOR=0.578;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=256;TCF=156;TCR=100;TR=138;WE=38314775;WS=38314757;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:159,194:0.55:353
chr19	38375666	rs73027451	C	T	4527.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.388;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=577;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.527;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=70;NR=63;PP=1897;ReadPosRankSum=0.032;SC=GATCCCATACCGGGCAATGCC;SOR=0.731;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=372;TCF=188;TCR=184;TR=133;WE=38375674;WS=38375656;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:337,229:0.40:566
chr19	38376103	rs73027454	A	G	11145.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=2.638;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=908;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=159;NR=165;PP=2962;ReadPosRankSum=0.202;SC=GTTTATCCTTAAAATCCCAGA;SOR=0.725;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=580;TCF=288;TCR=292;TR=324;WE=38376111;WS=38376093;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:391,503:0.56:894
chr19	38376485	rs10408510	T	A	17605.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=2.094;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=658;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=225;NR=232;PP=2965;ReadPosRankSum=0.717;SC=AATGGCTTCATGTTTGGCCAG;SOR=0.248;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=459;TCF=227;TCR=232;TR=457;WE=38376493;WS=38376475;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,643:1.00:644
chr19	38377409	rs7252765	A	T	6933.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.821;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=242;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=29.13;ReadPosRankSum=-0.765;SOR=0.522;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,237:1.00:238
chr19	38377564	rs7253969	T	C	45844.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=1743;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=539;NR=452;PP=2965;SC=AAAACTTTTCTTTTGGTTTGT;SOR=0.814;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=994;TCF=541;TCR=453;TR=991;WE=38377572;WS=38377554;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,1731:1.00:1731
chr19	38378539	rs10422056	G	C	28247.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=1013;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=285;NR=375;PP=2965;SC=CCAGTATCTTGTTGAACATTC;SOR=0.914;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=663;TCF=286;TCR=377;TR=660;WE=38378547;WS=38378529;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,989:1.00:989
chr19	38379446	rs6508750	C	T	9251.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=3.456;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1022;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.108;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.129;NF=153;NR=143;PP=2962;ReadPosRankSum=0.623;SC=TTTTTCAGCTCGGGCTCGTTT;SOR=0.607;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=702;TCF=348;TCR=354;TR=296;WE=38379454;WS=38379422;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:565,445:0.44:1010
chr19	38381053	.	A	AC	416.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.059;ClippingRankSum=0.000;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.91;ReadPosRankSum=0.731;SOR=1.714;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,20:0.57:35
chr19	38382328	rs953370	C	T	4629.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.709;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=723;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.153;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=77;PP=1779;ReadPosRankSum=-0.107;SC=AAGAAAAAGCCGGCTTTTCAT;SOR=0.827;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=435;TCF=208;TCR=227;TR=137;WE=38382336;WS=38382318;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:462,252:0.35:714
chr19	38384421	rs3894129	C	G	13155.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=479;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=154;NR=195;PP=2965;SC=GTCCAGAATGCCTATGAGTCT;SOR=0.902;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=350;TCF=155;TCR=195;TR=349;WE=38384429;WS=38384411;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,471:1.00:471
chr19	38573149	rs10405667	G	C	6877.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.275;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=773;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=141;NR=110;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.941;SC=GGGGAGGCTGGGCGTTCCCCG;SOR=0.726;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=569;TCF=314;TCR=255;TR=251;WE=38573157;WS=38573127;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:425,336:0.44:761
chr19	38573802	rs1568975	T	C	8282.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=2.105;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1056;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=107;NR=148;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.208;SC=AGACCCCCACTACTCATTCAT;SOR=0.695;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=650;TCF=272;TCR=378;TR=255;WE=38573810;WS=38573792;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:621,424:0.41:1045
chr19	38579285	rs855638	T	C	479.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=3.132;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=3;PP=424;ReadPosRankSum=-1.489;SC=GGTCGCCCTGTCTGCAGGCCT;SOR=0.923;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=52;TCF=44;TCR=8;TR=23;WE=38579293;WS=38579275;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,21:0.40:53
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chr19	38610542	rs59924887	G	A	1045.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=0.232;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.758;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=27;PP=619;ReadPosRankSum=0.341;SC=AGAGCCCGGCGATAGGGCGGC;SOR=0.584;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=85;TCF=27;TCR=58;TR=41;WE=38610550;WS=38610532;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,50:0.47:107
chr19	38621473	rs861304	G	A	9648.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=367;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=89;NR=187;PP=2965;SC=CTGGCATGAGGCCTCCCTGGC;SOR=1.447;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=276;TCF=89;TCR=187;TR=276;WE=38621481;WS=38621463;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,354:1.00:354
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chr19	38673126	rs3833273	GT	G	4933.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-1.368;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.159;NF=62;NR=58;PP=2759;ReadPosRankSum=0.129;SC=AATGGATTTGGTTTTTTTTAT;SOR=0.561;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=137;TCF=75;TCR=62;TR=120;WE=38673134;WS=38673116;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,214:1.00:215
chr19	38696708	rs74573108	G	A	886.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.922;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FS=5.966;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.64;ReadPosRankSum=0.056;SOR=1.356;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:51,41:0.45:92
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chr19	38704561	rs4803871	G	A	551.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=3.940;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=19;PP=423;ReadPosRankSum=0.590;SC=CCACGTGGCCGGCAGCAGTCC;SOR=0.465;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=45;TCF=3;TCR=42;TR=21;WE=38704569;WS=38704551;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,22:0.44:50
chr19	38708329	rs2304174	A	C	1768.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=4.190;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.587;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=34;ReadPosRankSum=-0.809;SC=TCAGCCAGAGACCTGAGCAGC;SOR=0.614;SbPval=0.57;Source=Platypus;TCF=60;TR=60;WE=38708337;WS=38708319;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,74:0.46:161
chr19	38708398	rs2304175	A	C	2394.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.197;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=269;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.715;HP=5;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=34;PP=1043;ReadPosRankSum=0.929;SC=GTCTCTGGGCACCCCTCTCTC;SOR=0.581;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=156;TCF=73;TCR=83;TR=68;WE=38708406;WS=38708388;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:140,119:0.46:259
chr19	38709532	rs2288907	C	G	9148.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.823;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=971;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.106;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=179;NR=115;PP=2962;ReadPosRankSum=1.448;SC=AGGGGTGAGACGAAGCCATGC;SOR=0.781;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=679;TCF=404;TCR=275;TR=294;WE=38709540;WS=38709522;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:517,444:0.46:961
chr19	38709552	rs2288909	C	T	11137.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-3.509;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1200;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.104;HP=4;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=201;NR=143;PP=2962;ReadPosRankSum=0.684;SC=CAGCGGGGGTCCCCCAGAGGT;SOR=0.775;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=778;TCF=445;TCR=333;TR=344;WE=38709560;WS=38709542;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:632,553:0.47:1185
chr19	38709568	rs2255456	C	T	12587.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-3.886;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1376;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=204;NR=161;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.040;SC=GAGGTGGGCCCACCTGACAGT;SOR=0.705;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=851;TCF=473;TCR=378;TR=365;WE=38709576;WS=38709558;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:723,632:0.47:1355
chr19	38743371	rs55997240	C	T	660.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=17;NR=2;PP=497;SC=CTCACACTAGCGCCTGCTTCG;SOR=3.258;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=19;TCF=17;TCR=2;TR=19;WE=38743379;WS=38743367;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr19	38778617	rs8104823	A	G	1869.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.557;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.642;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=35;PP=932;ReadPosRankSum=1.140;SC=AGGCCACCGGATGGGTCATTG;SOR=0.911;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=121;TCF=56;TCR=65;TR=60;WE=38778625;WS=38778607;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,89:0.51:173
chr19	38794786	rs76682100	T	G	408.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=1.103;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.039;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=5;PP=283;ReadPosRankSum=-0.320;SC=GGACAGAGGTTGGGTGGGGCG;SOR=0.309;SbPval=0.25;Source=Platypus;TC=51;TCF=42;TCR=9;TR=19;WE=38794794;WS=38794785;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,20:0.36:56
chr19	38794895	rs2304176	T	C	3250.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.278;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=329;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.318;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=34;PP=1427;ReadPosRankSum=-0.932;SC=CAACTTCTCTTACCGCCATGG;SOR=0.616;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=202;TCF=124;TCR=78;TR=89;WE=38794903;WS=38794885;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:169,159:0.48:328
chr19	38795159	rs2304177	G	A	5164.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.605;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=591;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.527;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=95;NR=85;PP=2962;ReadPosRankSum=0.998;SC=GGCTGCGGAGGGGCGGGAAGG;SOR=0.718;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=418;TCF=211;TCR=207;TR=180;WE=38795167;WS=38795149;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:328,245:0.43:573
chr19	38795250	rs45437199	G	A	7219.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.330;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=862;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=120;NR=115;PP=2962;ReadPosRankSum=0.432;SC=CCTCACTGCCGCACCTCCATC;SOR=0.662;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=533;TCF=276;TCR=257;TR=235;WE=38795258;WS=38795240;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:487,371:0.43:858
chr19	38795546	rs139805446	TGAA	T	5777.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.192;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=384;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.786;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQ=60.03;MQRankSum=1.199;NF=13;NR=48;PP=2479;ReadPosRankSum=1.397;SC=AAGCCCAAAGTGAAGAAGAAG;SOR=0.644;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=175;TCF=49;TCR=126;TR=61;WE=38795556;WS=38795536;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:221,155:0.41:376
chr19	38798086	rs3178327	T	C	6342.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=-0.799;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=760;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.103;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=83;NR=78;PP=2453;ReadPosRankSum=0.738;SC=CAAAGATGGCTACGCAGCACC;SOR=0.613;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=373;TCF=199;TCR=174;TR=161;WE=38798094;WS=38798076;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:428,327:0.43:755
chr19	38800165	rs3900981	C	T	2506.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-2.628;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=302;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.423;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=50;PP=1123;ReadPosRankSum=0.779;SC=CAGGATAACTCAGGCCACCAG;SOR=0.607;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=203;TCF=77;TCR=126;TR=80;WE=38800173;WS=38800155;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:163,127:0.44:290
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chr19	38817110	rs7250755	A	G	3955.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=96;NR=14;PP=2965;SC=AGGATCACTTAGGTCCAGGAG;SOR=3.649;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=111;TCF=97;TCR=14;TR=110;WE=38817118;WS=38817100;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
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chr19	38817876	rs34989303	G	A	8451.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.307;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1023;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=125;NR=152;PP=2962;ReadPosRankSum=2.335;SC=CTTCCGCCACGTGTCCGACCT;SOR=0.657;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=616;TCF=268;TCR=348;TR=277;WE=38817884;WS=38817866;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:576,437:0.43:1013
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chr19	38827960	rs2302182	T	C	4456.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.219;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=534;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=85;NR=64;PP=2331;ReadPosRankSum=0.064;SC=CTGGCAGTGCTCCTGGCGTCG;SOR=0.679;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=344;TCF=199;TCR=145;TR=149;WE=38827968;WS=38827950;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:302,222:0.42:524
chr19	38847431	rs2286475	T	C	3244.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.263;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=352;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=45;PP=1444;ReadPosRankSum=-0.980;SC=GTGAGTATACTCTACTGCTGC;SOR=0.674;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=207;TCF=105;TCR=102;TR=90;WE=38847439;WS=38847421;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:185,161:0.47:346
chr19	38848796	rs4802351	A	G	1117.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=3.597;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.067;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=7;PP=896;ReadPosRankSum=-0.778;SC=GGACTAGCAAACCCGAGTGGG;SOR=1.095;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=99;TCF=80;TCR=19;TR=44;WE=38848804;WS=38848786;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,47:0.43:109
chr19	38848861	rs8106895	C	G	3039.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.583;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=326;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.474;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=39;PP=1493;ReadPosRankSum=-0.660;SC=TGCTCCAGCTCCAGGTTTTGA;SOR=0.555;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=227;TCF=142;TCR=85;TR=102;WE=38848869;WS=38848851;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:164,150:0.48:314
chr19	38850246	rs60071299	G	A	1087.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.011;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FS=2.036;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.84;ReadPosRankSum=-1.215;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:69,54:0.44:123
chr19	38853297	rs2302183	G	A	3232.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.793;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=402;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.148;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=71;PP=1615;ReadPosRankSum=0.409;SC=GGACACCATCGGAGGGGCGGG;SOR=0.945;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=289;TCF=115;TCR=174;TR=113;WE=38853305;WS=38853287;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:227,166:0.42:393
chr19	38861333	rs1052375	G	A	7332.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=2.128;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=632;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=84;NR=128;PP=2962;ReadPosRankSum=0.756;SC=CGAGCATGCCGTCTCTGAGAC;SOR=0.752;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=393;TCF=161;TCR=232;TR=212;WE=38861341;WS=38861323;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:277,346:0.56:623
chr19	38872778	rs1131182	C	T	2162.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=2.035;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.223;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=23;PP=1315;ReadPosRankSum=-1.177;SC=CTGGGTGCATCGAGAAGGCCT;SOR=1.054;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=154;TCF=97;TCR=57;TR=72;WE=38872786;WS=38872768;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:93,96:0.51:189
chr19	38877997	rs62123482	G	T	2787.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-2.001;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=240;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=68;PP=1647;ReadPosRankSum=1.888;SC=TTGATCTAATGCGTCCGCACC;SOR=0.719;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=181;TCF=60;TCR=121;TR=102;WE=38878005;WS=38877987;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:106,127:0.55:233
chr19	38882863	rs151129136	CCCT	C	242.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.146;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FS=6.298;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.38;ReadPosRankSum=-0.826;SOR=1.017;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:89,13:0.13:102
chr19	38935280	rs2229139	A	G	9246.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=2.393;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=812;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=2.934;NF=175;NR=123;PP=2962;ReadPosRankSum=0.181;SC=TGCAGACACTATGGAACATGA;SOR=0.682;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=534;TCF=305;TCR=229;TR=298;WE=38935288;WS=38935270;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:371,436:0.54:807
chr19	38935350	rs35018208	T	TC	17534.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-1.782;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1295;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.523;HP=6;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=3.163;NF=30;NR=214;PP=2972;ReadPosRankSum=0.134;SC=TAAATGGAGATCCCCCCAAAA;SOR=0.773;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=457;TCF=72;TCR=385;TR=244;WE=38935358;WS=38935340;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:570,690:0.55:1260
chr19	38939408	rs10406027	T	C	5269.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=45;NR=91;PP=2259;SC=TCACCTATGCTGCTCCAGACC;SOR=1.295;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=136;TCF=45;TCR=91;TR=136;WE=38939416;WS=38939398;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,203:1.00:203
chr19	38939505	rs4476278	T	C	1073.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=7;NR=23;PP=754;SC=ATCGCTTGAGTCCAGGAGGTC;SOR=1.949;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=7;TCR=23;TR=30;WE=38939513;WS=38939495;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr19	38942714	rs4802469	G	A	2263.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=13;NR=54;PP=1540;SC=GGATCGCTTGGGCCCAGGAGC;SOR=2.093;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=68;TCF=13;TCR=55;TR=67;WE=38942722;WS=38942704;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr19	38943430	rs35839245	C	T	1601.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=5.626;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=3;PP=1284;ReadPosRankSum=-0.665;SC=CGCTCCCAGCCGTGGCTGACA;SOR=0.589;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=101;TCF=96;TCR=5;TR=57;WE=38943438;WS=38943420;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,59:0.53:111
chr19	38943728	rs12460768	G	A	1608.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-2.707;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.304;HP=2;HapScore=2;MGOF=27;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=61;PP=1366;ReadPosRankSum=0.992;SC=GGGCCACGGCGCTGGGCGGGG;SOR=0.508;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=148;TCF=32;TCR=116;TR=79;WE=38943736;WS=38943718;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,71:0.53:134
chr19	38945851	rs7254832	T	C	6421.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.934;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=244;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=121;NR=52;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.568;SC=CCTATTGTGATGCCTCTTATT;SOR=0.589;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=173;TCF=121;TCR=52;TR=173;WE=38945859;WS=38945841;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,238:1.00:239
chr19	38946182	rs2288888	G	A	13370.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.042;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1056;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=162;NR=255;PP=2962;ReadPosRankSum=1.689;SC=TGGAGGCCTCGTCTGGTAGGA;SOR=0.658;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=711;TCF=274;TCR=437;TR=417;WE=38946190;WS=38946172;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:428,619:0.59:1047
chr19	38946215	rs2288889	G	C	9434.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.214;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=736;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=118;NR=220;PP=2962;ReadPosRankSum=0.522;SC=GTGGGACAGAGGCTTGTGGGA;SOR=0.709;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=552;TCF=194;TCR=358;TR=338;WE=38946223;WS=38946205;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:286,442:0.61:728
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chr19	38948963	rs2071086	C	G	13694.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=1.385;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1787;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.532;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=184;NR=244;PP=2962;ReadPosRankSum=0.924;SC=GACCCTCACCCCTGACCATTG;SOR=0.796;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=1024;TCF=464;TCR=560;TR=428;WE=38948971;WS=38948953;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1053,719:0.41:1772
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chr19	38959680	rs11083462	C	T	18402.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=703;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=235;NR=183;PP=2965;SC=GCTGTATGATCGACCTCACAG;SOR=0.859;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=419;TCF=236;TCR=183;TR=418;WE=38959688;WS=38959670;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,689:1.00:689
chr19	38979891	rs35021937	A	G	5638.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.145;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=483;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=76;NR=93;PP=2697;ReadPosRankSum=-0.535;SC=TCACTGAGGAAGAAGAGGAGG;SOR=0.685;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=308;TCF=136;TCR=172;TR=169;WE=38979899;WS=38979881;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:216,264:0.55:480
chr19	38982960	rs77756301	A	G	255.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-1.612;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=4;PP=216;ReadPosRankSum=0.844;SC=AGTTGACATCATGCTACTGCT;SOR=0.813;SbPval=0.95;Source=Platypus;TC=57;TCF=38;TCR=19;TR=22;WE=38982968;WS=38982951;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,17:0.40:43
chr19	38987017	rs73930595	A	G	7272.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.284;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=615;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.105;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=105;NR=127;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.071;SC=GCAGCCACAGAGGGCAGGCCC;SOR=0.790;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=428;TCF=200;TCR=228;TR=232;WE=38987025;WS=38987006;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:262,331:0.56:593
chr19	38991516	rs2228072	G	A	5800.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.906;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=764;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=76;NR=119;PP=2960;ReadPosRankSum=0.518;SC=ACCACAAGGCGTCCATGGTGC;SOR=0.686;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=513;TCF=217;TCR=296;TR=195;WE=38991524;WS=38991506;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:452,311:0.41:763
chr19	38991543	rs2071088	G	A	6991.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-2.220;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=919;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=93;NR=125;PP=2962;ReadPosRankSum=0.223;SC=TGGACCGTGTGTATGGCATCG;SOR=0.677;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=557;TCF=244;TCR=313;TR=218;WE=38991551;WS=38991533;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:540,376:0.41:916
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chr19	38993391	.	TGGGGCA	T	1718.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.845;ClippingRankSum=0.000;DP=277;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.92;MQRankSum=0.000;QD=30.15;ReadPosRankSum=-1.316;SOR=2.428;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,44:0.77:57
chr19	38993432	.	C	CAGGGGGAGGGGG	843.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.943;ClippingRankSum=0.000;DP=146;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.84;MQRankSum=0.000;QD=7.89;ReadPosRankSum=-0.596;SOR=0.209;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:87,20:0.19:107
chr19	38993438	.	C	G	1003.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.060;ClippingRankSum=0.000;DP=156;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.85;MQRankSum=0.000;QD=8.03;ReadPosRankSum=-2.599;SOR=0.683;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:95,30:0.24:125
chr19	38993454	rs1469697	A	G	1893.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.532;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.88;MQRankSum=0.000;QD=11.48;ReadPosRankSum=-3.426;SOR=0.761;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:112,53:0.32:165
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chr19	38993547	rs2229142	C	T	7723.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.844;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=971;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=144;NR=128;PP=2962;ReadPosRankSum=1.716;SC=TGCTGCAGCACCTGTTGCGCC;SOR=0.662;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=614;TCF=333;TCR=281;TR=272;WE=38993555;WS=38993537;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:558,401:0.42:959
chr19	38993638	rs1469699	A	G	8775.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.526;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1090;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.756;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=113;NR=165;PP=2962;ReadPosRankSum=0.788;SC=TTAGCATCTCATTTCCAGGCC;SOR=0.805;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=652;TCF=282;TCR=370;TR=278;WE=38993646;WS=38993628;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:616,457:0.43:1073
chr19	38994910	rs2229144	G	A	2870.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.441;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=460;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.145;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=41;PP=1106;ReadPosRankSum=-1.022;SC=GCCTACCCACGGGCTGGGCCA;SOR=0.588;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=250;TCF=137;TCR=113;TR=85;WE=38994918;WS=38994900;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:287,164:0.36:451
chr19	38995152	rs2915949	G	A	317.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=1.730;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.445;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=12;PP=238;ReadPosRankSum=0.292;SC=TTGAGGCTTCGATTTGGAGGT;SOR=1.055;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=54;TCF=17;TCR=37;TR=16;WE=38995160;WS=38995142;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,18:0.29:62
chr19	38995355	rs10532729	ACCT	A	2185.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.533;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=2.037;NF=21;NR=18;PP=1555;ReadPosRankSum=0.325;SC=GCTTATAGCGACCTCCTACCC;SOR=0.682;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=128;TCF=74;TCR=54;TR=39;WE=38995365;WS=38995345;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:129,63:0.33:192
chr19	38995438	rs2960340	T	C	4381.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.473;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=679;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=95;NR=62;PP=1830;ReadPosRankSum=-1.605;SC=TGTGCGCCATTGCCGGGGCTC;SOR=0.664;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=430;TCF=261;TCR=169;TR=157;WE=38995446;WS=38995428;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:437,238:0.35:675
chr19	38995510	rs2915951	T	C	6014.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.296;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=857;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.533;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=119;NR=82;PP=2431;ReadPosRankSum=1.920;SC=CCACAGTGGATGCTGAAGGCA;SOR=0.744;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=541;TCF=305;TCR=236;TR=201;WE=38995518;WS=38995500;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:526,324:0.38:850
chr19	38995975	rs2915952	G	A	1669.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.66;BaseQRankSum=-0.821;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.533;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=17;PP=486;ReadPosRankSum=0.817;SC=CCTATGGAGAGAACATAGACG;SOR=0.625;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=79;TCF=44;TCR=35;TR=36;WE=38995983;WS=38995965;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:101,89:0.47:190
chr19	38996066	rs2915953	A	G	1231.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.61;BaseQRankSum=-0.439;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.908;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=20;PP=530;ReadPosRankSum=-1.968;SC=CCCAGCATTGAGGGTCAAAAT;SOR=0.558;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=98;TCF=54;TCR=44;TR=41;WE=38996074;WS=38996056;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:107,68:0.39:175
chr19	38996620	rs2960342	C	T	914.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.508;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FS=16.595;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.87;MQRankSum=0.000;QD=7.62;ReadPosRankSum=-0.776;SOR=0.852;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:88,32:0.27:120
chr19	38996623	rs2960343	T	G	923.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.406;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FS=16.517;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.85;MQRankSum=0.000;QD=8.71;ReadPosRankSum=-0.349;SOR=0.989;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:80,26:0.25:106
chr19	38996640	rs2915954	A	G	451.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=2.376;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=23.962;HP=1;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=11;PP=282;ReadPosRankSum=0.112;SC=AGGGTCTAGAACAAGGGGCAT;SOR=1.949;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=67;TCF=20;TCR=47;TR=18;WE=38996648;WS=38996630;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,16:0.21:76
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chr19	38997214	rs2960345	T	G	2741.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=2.621;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=302;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.449;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=69;PP=1698;ReadPosRankSum=0.470;SC=GCCCCCACGCTACCCCCGTGG;SOR=0.752;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=249;TCF=82;TCR=167;TR=98;WE=38997222;WS=38997204;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:169,126:0.43:295
chr19	38997323	rs2915957	T	C	1062.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.173;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.586;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=1.444;NF=29;NR=23;PP=677;ReadPosRankSum=-0.284;SC=CATGGGGTAATGAGATGAGCA;SOR=0.780;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=141;TCF=77;TCR=64;TR=52;WE=38997331;WS=38997313;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:121,59:0.33:180
chr19	38997364	rs35973146	T	TTCA	2584.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=2.576;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=302;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.335;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.695;NF=20;NR=23;PP=1911;ReadPosRankSum=1.797;SC=TATTCGTATCTTCTTTATCAC;SOR=1.012;SbPval=0.24;Source=Platypus;TC=131;TCF=50;TCR=81;TR=43;WE=38997372;WS=38997354;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:222,78:0.26:300
chr19	38997459	rs2915958	G	C	2867.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.088;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=407;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=2.191;NF=45;NR=50;PP=1330;ReadPosRankSum=2.552;SC=TCTGGTCTTTGCCTCCCCAGG;SOR=0.675;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=233;TCF=110;TCR=123;TR=95;WE=38997467;WS=38997449;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:243,153:0.39:396
chr19	38997609	rs2915959	T	A	1106.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.849;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=28;PP=680;ReadPosRankSum=0.402;SC=GGGTTGGGGCTCCCGCGGAAG;SOR=0.660;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=96;TCF=36;TCR=60;TR=47;WE=38997617;WS=38997599;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,57:0.43:132
chr19	38997635	rs2960346	A	C	920.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.885;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.642;HP=2;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=26;PP=674;ReadPosRankSum=0.444;SC=CAGGCAGAACACACCCGGCAA;SOR=0.912;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=80;TCF=31;TCR=49;TR=41;WE=38997643;WS=38997625;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,45:0.45:101
chr19	38997679	rs2960347	G	T	408.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-2.106;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=15;PP=245;ReadPosRankSum=-1.123;SC=GAGGGGTGGAGCCGAGAGGAA;SOR=0.836;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=46;TCF=13;TCR=33;TR=20;WE=38997687;WS=38997669;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,21:0.40:52
chr19	38998289	rs35648526	A	G	6736.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.429;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=586;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=118;NR=83;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.432;SC=GGCGGACCTGAGAAGGGTGGG;SOR=0.698;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=365;TCF=214;TCR=151;TR=201;WE=38998297;WS=38998279;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:262,317:0.55:579
chr19	38998497	rs5828009	G	GC	1343.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.510;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.508;HP=7;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.311;NF=1;NR=34;PP=1077;ReadPosRankSum=0.185;SC=GCTTATGCCCGCCCCACCTGC;SOR=1.102;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=105;TCF=3;TCR=102;TR=35;WE=38998505;WS=38998487;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:96,57:0.37:153
chr19	39002614	rs2960337	T	G	3236.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.984;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=350;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.666;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=48;PP=1623;ReadPosRankSum=1.684;SC=AGCCCGCAGGTAGCCTCAGGA;SOR=0.475;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=234;TCF=142;TCR=92;TR=110;WE=39002622;WS=39002604;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:180,158:0.47:338
chr19	39002725	rs2071089	A	G	5506.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=1.607;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=913;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.846;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=126;NR=75;PP=2768;ReadPosRankSum=-1.129;SC=CAGACGCCCCAGCTGTGGTCA;SOR=0.828;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=534;TCF=323;TCR=211;TR=201;WE=39002733;WS=39002715;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:584,313:0.35:897
chr19	39010053	rs41274330	C	T	1771.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.739;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.987;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=44;PP=955;ReadPosRankSum=0.285;SC=GGGACCTCTACGCCCTGTATC;SOR=1.117;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=128;TCF=44;TCR=84;TR=63;WE=39010061;WS=39010043;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:118,90:0.43:208
chr19	39018277	rs77592501	C	T	4173.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.480;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=457;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.32;ReadPosRankSum=0.098;SOR=0.661;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:226,222:0.50:448
chr19	39019153	rs6508806	A	G	1911.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=1.592;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.102;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=34;PP=1471;ReadPosRankSum=-1.283;SC=TGGGGCCTTGAGGGTGGTTGG;SOR=0.596;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=208;TCF=124;TCR=84;TR=82;WE=39019161;WS=39019143;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:130,84:0.39:214
chr19	39019752	rs61441471	C	T	808.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.034;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=20;PP=451;ReadPosRankSum=1.013;SC=GGGCCACCCCCAGCCCAGCAG;SOR=0.619;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=64;TCF=22;TCR=42;TR=31;WE=39019760;WS=39019742;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,40:0.49:82
chr19	39028759	rs2071091	T	G	211.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.797;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.148;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=8;PP=169;ReadPosRankSum=-1.799;SC=CTCTGGAGGCTGGGCGCAGTG;SOR=1.329;SbPval=0.94;Source=Platypus;TC=29;TCF=8;TCR=21;TR=9;WE=39028767;WS=39028749;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,12:0.30:40
chr19	39066494	rs73032656	C	T	4314.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.061;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=509;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.769;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=93;NR=50;PP=2107;ReadPosRankSum=-0.399;SC=CCTGTCGTGGCTGACAGCTCT;SOR=0.843;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=305;TCF=192;TCR=113;TR=143;WE=39066502;WS=39066484;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:285,216:0.43:501
chr19	39077895	.	AAT	A	80.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.059;ClippingRankSum=0.000;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.15;MQRankSum=2.404;QD=1.28;ReadPosRankSum=-0.775;SOR=0.582;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:54,9:0.14:63
chr19	39104437	rs41274338	A	G	706.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-1.734;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.947;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=8;PP=457;ReadPosRankSum=-0.189;SC=GAACGGAGCCAGGAAAGAGGA;SOR=0.874;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=63;TCF=46;TCR=17;TR=31;WE=39104445;WS=39104427;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,35:0.47:75
chr19	39191383	rs2112649	G	C	3889.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.564;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=380;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.311;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=95;PP=2474;ReadPosRankSum=-1.338;SC=CAGTGCGGCCGAGCCCTGGCA;SOR=0.569;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=292;TCF=94;TCR=198;TR=144;WE=39191391;WS=39191373;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:193,177:0.48:370
chr19	39191544	rs73038909	G	A	875.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.444;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.716;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=14;PP=563;ReadPosRankSum=0.744;SC=ACCTGCTTTTGGAGAACAGAG;SOR=0.845;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=76;TCF=38;TCR=38;TR=32;WE=39191552;WS=39191534;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,40:0.43:92
chr19	39196736	rs11553600	G	A	5265.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=2.809;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=716;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.127;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=100;NR=67;PP=2394;ReadPosRankSum=2.491;SC=AGACAGCCCCGTATAAGAACG;SOR=0.825;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=433;TCF=243;TCR=190;TR=167;WE=39196744;WS=39196726;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:429,279:0.39:708
chr19	39207742	rs112545413	G	A	4608.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.494;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=633;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.140;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=95;NR=58;PP=2197;ReadPosRankSum=-0.757;SC=GAGTGGATCCGGCGCACCATC;SOR=0.809;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=385;TCF=230;TCR=155;TR=153;WE=39207750;WS=39207732;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:375,244:0.39:619
chr19	39212392	rs77822825	C	T	4589.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.837;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=575;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQ=59.98;MQRankSum=0.856;NF=59;NR=92;PP=2183;ReadPosRankSum=0.773;SC=AGACTGGTGGCGGCAGCACGC;SOR=0.722;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=343;TCF=135;TCR=208;TR=151;WE=39212400;WS=39212382;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:326,237:0.42:563
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chr19	39224413	rs4801861	A	G	4839.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.590;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=579;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.763;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=67;NR=85;PP=2441;ReadPosRankSum=2.423;SC=CGAACTTGTTAAATATGGCCT;SOR=0.830;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=326;TCF=147;TCR=179;TR=152;WE=39224421;WS=39224403;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:328,242:0.42:570
chr19	39226602	.	G	GCGGGC	55	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;FR=0.5000;HP=4;HapScore=2;MGOF=29;MMLQ=24;MQ=53.09;NF=5;NR=0;PP=55;QD=14.2;SC=CGGGGGTTCTGGGGGCGGGGC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=5;WE=39226610;WS=39226594;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:1,5:0.83:6
chr19	39226623	.	A	G	38	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;FR=0.5000;HP=4;HapScore=2;MGOF=77;MMLQ=23;MQ=56.65;NF=6;NR=0;PP=38;QD=12.1285354245;SC=GGGGCGGGGCAGGGGTTCTGG;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=14;TCR=6;TR=6;WE=39226631;WS=39226613;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:14,6:0.30:20
chr19	39226648	rs368493626	AGGTCTCGGGGGTCTCGGG	A,AGGTCTCGGG	452.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;QD=37.73;SOR=5.136;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:0,6,6:0.50,0.50:12
chr19	39227107	.	T	TTTGACCAAGCCCCAGGGCAGG	1724.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.993;ClippingRankSum=0.000;DP=203;ExcessHet=3.0103;FS=10.525;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.27;MQRankSum=11.104;QD=9.22;ReadPosRankSum=-1.388;SOR=1.377;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:153,34:0.18:187
chr19	39228244	rs73038948	T	C	6203.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.933;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=820;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=84;NR=119;PP=2591;ReadPosRankSum=1.144;SC=ATCTGCACGGTGTCGAAATGG;SOR=0.746;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=488;TCF=206;TCR=282;TR=203;WE=39228252;WS=39228234;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:474,332:0.41:806
chr19	39228868	rs34488364	G	GCA	112.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.431;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=11.27;ReadPosRankSum=1.242;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,4:0.40:10
chr19	39232968	rs35341175	C	CA	338.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.683;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=243;ExcessHet=3.0103;FS=0.740;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.13;MQRankSum=1.732;QD=1.66;ReadPosRankSum=-0.027;SOR=0.776;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:152,52:0.25:204
chr19	39233146	rs936524	A	G	3886.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.250;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=418;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.523;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=78;PP=1832;ReadPosRankSum=0.393;SC=GGGAGGCGGCAGCTGCAAGGA;SOR=0.643;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=283;TCF=114;TCR=169;TR=132;WE=39233154;WS=39233136;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:218,196:0.47:414
chr19	39234511	rs4802775	C	T	1081.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=0.445;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.608;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=14;PP=764;ReadPosRankSum=-1.253;SC=CCCAGGAGTCCATGCCTCCAG;SOR=1.042;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=99;TCF=67;TCR=32;TR=47;WE=39234519;WS=39234501;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,50:0.45:111
chr19	39279713	rs4802853	A	G	68.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.971;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=6.166;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.72;MQRankSum=-1.052;QD=4.58;ReadPosRankSum=-0.707;SOR=0.069;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,5:0.33:15
chr19	39281540	rs147201724	T	A	43.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.744;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=40.00;MQRankSum=-0.000;QD=3.98;ReadPosRankSum=1.550;SOR=0.180;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,3:0.27:11
chr19	39294033	rs73933059	C	T	623.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.630;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.512;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=8;PP=307;ReadPosRankSum=-0.939;SC=AACCTGACCACGAACTCTATC;SOR=0.358;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=69;TCF=49;TCR=20;TR=27;WE=39294041;WS=39294030;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,31:0.42:73
chr19	39297007	rs74176466	C	CA	631.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.493;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.09;MQRankSum=1.311;QD=5.40;ReadPosRankSum=-1.928;SOR=0.748;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:69,48:0.41:117
chr19	39299263	rs371371385	CA	C	58.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.039;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.96;ReadPosRankSum=-0.578;SOR=0.275;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,6:0.20:30
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chr19	39299362	rs1035525	A	G	3728.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.959;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=269;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.586;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=86;NR=36;PP=2239;ReadPosRankSum=0.966;SC=AGCTTGGGAAACAAGAGAGAA;SOR=0.925;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=208;TCF=141;TCR=67;TR=122;WE=39299370;WS=39299352;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:107,160:0.60:267
chr19	39303434	rs73933062	C	T	1084.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-1.435;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.237;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=29;PP=711;ReadPosRankSum=-0.030;SC=GGTGTGAGGGCTTATGGACGG;SOR=0.845;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=135;TCF=65;TCR=70;TR=52;WE=39303442;WS=39303424;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:117,61:0.34:178
chr19	39306425	rs2075588	A	C	18966.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.757;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=748;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=199;NR=259;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.091;SC=ATAAAGCATGAGAGCACCCTG;SOR=0.880;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=461;TCF=201;TCR=260;TR=458;WE=39306433;WS=39306415;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,731:1.00:733
chr19	39307893	rs73933065	G	C	1666.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-2.339;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.741;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=30;PP=946;ReadPosRankSum=0.982;SC=GCCAGTGGCCGCGGCATCGGA;SOR=0.288;SbPval=0.16;Source=Platypus;TC=145;TCF=58;TCR=87;TR=60;WE=39307901;WS=39307883;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:94,74:0.44:168
chr19	39307925	rs2287953	C	T	1898.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-6.473;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.975;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=38;PP=1488;ReadPosRankSum=0.605;SC=ACCTGGGGAGCACCCGAGCAG;SOR=0.546;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=136;TCF=72;TCR=64;TR=73;WE=39307933;WS=39307915;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,77:0.53:145
chr19	39308190	rs15570	C	T	4560.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=3.288;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=633;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=73;NR=97;PP=2392;ReadPosRankSum=0.583;SC=GCAGGATGTCCGAAGCCATGT;SOR=0.724;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=417;TCF=181;TCR=236;TR=170;WE=39308198;WS=39308180;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:386,236:0.38:622
chr19	39321899	rs73930206	G	A	10903.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.235;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1206;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=198;NR=181;PP=2962;ReadPosRankSum=1.102;SC=ACCCAGTCCCGCAGCCCCGCC;SOR=0.727;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=786;TCF=408;TCR=378;TR=379;WE=39321907;WS=39321889;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:645,544:0.46:1189
chr19	39322414	rs117820732	G	T	7759.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=0.364;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=927;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.767;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=117;NR=132;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.937;SC=CGCCGCCATCGCCGCCGCCTT;SOR=0.568;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=568;TCF=248;TCR=320;TR=249;WE=39322422;WS=39322404;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:518,388:0.43:906
chr19	39329517	rs8111670	C	T	1738.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.800;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.617;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=12;PP=832;ReadPosRankSum=-2.118;SC=GCTGCCCTCCCGAGCCTGAGC;SOR=0.608;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=103;TCF=74;TCR=29;TR=46;WE=39329525;WS=39329515;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,78:0.50:155
chr19	39330645	rs77994052	G	A	1028.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.487;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.317;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=14;PP=505;ReadPosRankSum=1.053;SC=CCCGCCCAGCGCCACACCAGG;SOR=0.553;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=125;TCF=80;TCR=45;TR=40;WE=39330653;WS=39330635;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:105,59:0.36:164
chr19	39334811	rs2278011	T	A	1856.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=2.497;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=50;PP=1192;ReadPosRankSum=0.736;SC=TACCCCAGAGTGTGATAAGGA;SOR=0.660;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=134;TCF=32;TCR=102;TR=66;WE=39334819;WS=39334801;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:99,83:0.46:182
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chr19	39364584	rs61747761	C	T	1456.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.378;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=224;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.411;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=34;PP=733;ReadPosRankSum=-3.361;SC=GTCCTGACCTCAACACCAGGG;SOR=0.889;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=146;TCF=64;TCR=82;TR=56;WE=39364592;WS=39364574;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:136,81:0.37:217
chr19	39366899	rs1529713	A	G	12019.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=472;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=178;NR=109;PP=2965;SC=AATTTGTGTCATGTTTGTCAC;SOR=1.031;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=287;TCF=178;TCR=109;TR=287;WE=39366907;WS=39366889;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,469:1.00:469
chr19	39367111	rs1001413	T	C	3909.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=2.337;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=341;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.327;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=74;PP=2207;ReadPosRankSum=-0.861;SC=TCTGCTTTGTTCACCTGTGGT;SOR=0.844;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=236;TCF=105;TCR=131;TR=126;WE=39367119;WS=39367101;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:164,175:0.52:339
chr19	39372244	rs2082435	C	G	3670.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.308;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=357;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.368;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=85;PP=1992;ReadPosRankSum=0.685;SC=ACCTCCATCACTTGGAGTGTG;SOR=0.837;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=236;TCF=82;TCR=154;TR=127;WE=39372252;WS=39372234;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:166,175:0.51:341
chr19	39380030	rs11667030	CA	TG	3372.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.389;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=328;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.416;HP=2;HapScore=2;JOINED;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=79;PP=2944;ReadPosRankSum=0.859;SC=AGCTGAGATTCACACCCAGGC;SOR=0.742;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=241;TCF=86;TCR=155;TR=123;WE=39380039;WS=39380020;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:161,158:0.50:319
chr19	39381338	.	GA	G	239.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.739;ClippingRankSum=0.000;DP=287;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.15;MQRankSum=3.734;QD=0.94;ReadPosRankSum=1.339;SOR=0.639;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:188,67:0.26:255
chr19	39385532	rs10410544	T	C	15952.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.226;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1404;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=179;NR=270;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.037;SC=CTCTCTGCCCTCAGATCCGGG;SOR=0.735;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=826;TCF=337;TCR=489;TR=449;WE=39385540;WS=39385522;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:629,767:0.55:1396
chr19	39390931	rs2053071	C	G	4817.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=1.030;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=405;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.215;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=83;PP=2211;ReadPosRankSum=-1.254;SC=CCTGAGGCTTCCTAACCTCAT;SOR=0.864;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=231;TCF=89;TCR=142;TR=130;WE=39390939;WS=39390921;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:180,219:0.55:399
chr19	39398416	rs3136642	A	G	2302.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-3.109;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=66;PP=1535;ReadPosRankSum=0.623;SC=GAACTCAGGCAGCAGCGCCAG;SOR=0.714;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=127;TCF=18;TCR=109;TR=77;WE=39398424;WS=39398406;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,94:0.61:155
chr19	39400054	rs11404115	T	TA	5236.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=1.779;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=316;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.105;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQ=60.07;MQRankSum=1.268;NF=5;NR=91;PP=2954;ReadPosRankSum=0.188;SC=TCGGTTCTCATAGTGGCATCC;SOR=0.942;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=180;TCF=12;TCR=168;TR=96;WE=39400062;WS=39400044;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:132,166:0.56:298
chr19	39408360	rs7508411	A	G	2032.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-2.809;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.814;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=39;PP=1480;ReadPosRankSum=-0.562;SC=GCCCCTCTCCACACCGGAAGT;SOR=0.507;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=125;TCF=70;TCR=55;TR=79;WE=39408368;WS=39408350;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,108:0.65:166
chr19	39408688	rs4803034	C	G	5648.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.910;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=491;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=73;NR=88;PP=2568;ReadPosRankSum=-0.467;SC=GGAGGGAAGACTGATTGTCAC;SOR=0.715;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=294;TCF=133;TCR=161;TR=161;WE=39408696;WS=39408678;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:221,264:0.54:485
chr19	39409236	rs11083489	C	A	2047.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.366;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=43;PP=1137;ReadPosRankSum=1.030;SC=TTTTACAGTCCCAACCCCAGC;SOR=0.725;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=132;TCF=53;TCR=79;TR=70;WE=39409244;WS=39409215;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:93,97:0.51:190
chr19	39410986	rs12460327	C	G	934.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.498;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.096;HP=6;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=21;PP=563;ReadPosRankSum=-1.802;SC=GAGATAAAAACAGAGACAGGG;SOR=1.014;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=54;TCF=17;TCR=37;TR=29;WE=39410994;WS=39410976;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,39:0.58:67
chr19	39411993	rs80277295	G	A	1371.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.608;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FS=0.674;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.47;ReadPosRankSum=-2.346;SOR=0.822;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:59,72:0.55:131
chr19	39412756	rs59946162	A	AT	6200.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.091;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=833;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=11;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=2.547;NF=52;NR=133;PP=2423;ReadPosRankSum=-2.389;SC=AATAGAGCCTATTTTTTTTTT;SOR=0.674;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=382;TCF=110;TCR=272;TR=185;WE=39412764;WS=39412746;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:376,383:0.50:759
chr19	39421388	rs730078	A	G	4207.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.218;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=312;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.774;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=101;PP=2650;ReadPosRankSum=-1.621;SC=TTGGACCGGGAACAAGGCGGC;SOR=0.876;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=216;TCF=49;TCR=167;TR=128;WE=39421396;WS=39421378;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:126,176:0.58:302
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chr19	39433497	rs11313800	GT	G	2803.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=4.293;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.538;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=50;PP=2948;ReadPosRankSum=-1.144;SC=TCCTGCGCTAGTTTGCTGGGG;SOR=0.395;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=96;TCF=1;TCR=95;TR=50;WE=39433507;WS=39433487;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,72:0.60:121
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chr19	39435485	rs10416055	G	A	1123.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=4.416;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.561;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=3;PP=849;ReadPosRankSum=0.313;SC=AGAAGGGCTCGATACTTCTTA;SOR=0.437;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=68;TCF=63;TCR=5;TR=40;WE=39435493;WS=39435475;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,44:0.61:72
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chr19	39522891	rs3848623	T	C	2461.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.159;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=51;PP=1328;ReadPosRankSum=-1.597;SC=GGCCCGGCTGTGGCTGCGGGA;SOR=1.041;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=76;TCF=24;TCR=52;TR=75;WE=39522899;WS=39522881;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,98:0.97:101
chr19	39589334	rs560364	G	A	10603.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=435;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=103;NR=183;PP=2965;SC=TTGAGGAGGAGTGGGAAGAGG;SOR=1.218;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=292;TCF=109;TCR=183;TR=286;WE=39589342;WS=39589324;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,415:1.00:415
chr19	39589518	rs190998143	T	C	8257.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.100;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=302;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.732;HP=6;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.698;NF=31;NR=74;PP=2962;ReadPosRankSum=1.043;SC=TCTCCTCCCCTCCACCAGTCG;SOR=0.376;SbPval=0.96;Source=Platypus;TC=189;TCF=84;TCR=105;TR=105;WE=39589560;WS=39589508;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:96,201:0.68:297
chr19	39589520	rs371296886	CACCAGTCGGGGAAGGATGGGGTTGGAGGGAGGG	C	8164.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.052;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=353;ExcessHet=3.0103;FS=2.345;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.09;MQRankSum=1.435;QD=23.60;ReadPosRankSum=1.299;SOR=0.572;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:140,206:0.60:346
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chr19	39590955	rs8110736	G	A	5090.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.202;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1332;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.86;ReadPosRankSum=-0.169;SOR=0.678;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:977,342:0.26:1319
chr19	39592138	rs1313617	C	T	16172.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-2.510;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1052;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.573;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=155;NR=304;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.827;SC=TGCCCTACACCAACCCGCGAG;SOR=0.800;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=665;TCF=232;TCR=433;TR=459;WE=39592146;WS=39592128;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:335,709:0.68:1044
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chr19	39688901	rs12610093	G	T	1944.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.455;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=560;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.51;ReadPosRankSum=0.005;SOR=0.722;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:422,132:0.24:554
chr19	39689943	rs12610530	G	A	1338.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-2.905;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.938;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=48;PP=866;ReadPosRankSum=-2.083;SC=CCCCGTGATCGCGCAGGGCTG;SOR=0.937;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=187;TCF=37;TCR=150;TR=58;WE=39689951;WS=39689933;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:158,70:0.31:228
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chr19	39691239	rs11672479	A	G	7284.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.075;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1918;ExcessHet=3.0103;FS=1.253;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.85;ReadPosRankSum=-0.285;SOR=0.784;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1396,497:0.26:1893
chr19	39759240	rs181501557	G	A	2551.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.100;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=588;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.85;MQRankSum=0.582;QD=4.36;ReadPosRankSum=-0.130;SOR=0.706;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:424,161:0.28:585
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chr19	39898667	rs3746083	C	T	15089.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-6.760;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=3371;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.52;ReadPosRankSum=1.472;SOR=0.675;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2367,968:0.29:3335
chr19	39908657	rs117405645	G	T	1105.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.212;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.559;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=20;PP=599;ReadPosRankSum=0.843;SC=CGGCTACGAGGGGGTGAGCGG;SOR=0.756;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=133;TCF=70;TCR=63;TR=45;WE=39908665;WS=39908647;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:130,64:0.33:194
chr19	39912031	.	A	G	1124.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.130;ClippingRankSum=0.000;DP=222;ExcessHet=3.0103;FS=5.962;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.38;ReadPosRankSum=-0.586;SOR=0.376;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:144,65:0.31:209
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chr19	39915637	rs31727	G	A	3782.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.806;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=823;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.69;ReadPosRankSum=-0.878;SOR=0.694;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:580,226:0.28:806
chr19	39915758	rs31728	C	G	3796.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.951;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1188;ExcessHet=3.0103;FS=0.609;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.22;ReadPosRankSum=-0.456;SOR=0.604;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:884,295:0.25:1179
chr19	39916110	rs16746	GGGA	G	1590.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.412;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FS=0.958;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.82;ReadPosRankSum=-0.250;SOR=0.506;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:115,47:0.29:162
chr19	39924129	rs566130	T	C	5216.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.330;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1264;ExcessHet=3.0103;FS=0.594;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.24;ReadPosRankSum=0.154;SOR=0.628;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:900,329:0.27:1229
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chr19	40354576	rs2302523	C	A	2280.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-4.635;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=405;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.479;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=90;PP=1745;ReadPosRankSum=1.378;SC=GGCCACAGCCCCAGAATAGCT;SOR=0.748;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=345;TCF=70;TCR=275;TR=113;WE=40354584;WS=40354566;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:271,118:0.30:389
chr19	40357247	rs887806	A	G	446.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.305;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.60;ReadPosRankSum=-1.428;SOR=0.766;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:141,31:0.18:172
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chr19	40357360	rs2075097	C	G	3580.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.456;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1251;ExcessHet=3.0103;FS=3.030;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.90;ReadPosRankSum=-0.011;SOR=0.965;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:951,283:0.23:1234
chr19	40357683	rs759120	T	G	3224.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.038;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=846;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.88;ReadPosRankSum=-1.482;SOR=0.672;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:613,219:0.26:832
chr19	40362573	rs10422312	A	G	7989.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=256;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=32.61;SOR=7.070;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,245:1.00:245
chr19	40363916	rs77005739	C	T	3859.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.265;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1307;ExcessHet=3.0103;FS=0.639;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.99;ReadPosRankSum=1.667;SOR=0.790;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1000,293:0.23:1293
chr19	40366240	rs62106922	G	A	685.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.335;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FS=0.619;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.10;MQRankSum=1.622;QD=3.59;ReadPosRankSum=1.096;SOR=0.588;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:142,49:0.26:191
chr19	40366362	rs3855679	G	C	9067.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=335;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=100;NR=95;PP=2965;SC=CCACAGCCTTGAGGTCGTCTG;SOR=0.723;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=195;TCF=100;TCR=95;TR=195;WE=40366370;WS=40366352;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,333:1.00:333
chr19	40367862	rs6508920	T	C	5000.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=101;NR=44;PP=2384;SC=GACAGCTGGCTGGGCAGGGTG;SOR=1.647;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=153;TCF=102;TCR=51;TR=145;WE=40367870;WS=40367852;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,190:1.00:190
chr19	40368274	.	C	A	9995.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-7.052;ClippingRankSum=0.000;DP=692;ExcessHet=3.0103;FS=3.423;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.39;MQRankSum=-13.748;QD=19.60;ReadPosRankSum=3.343;SOR=0.484;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:195,315:0.62:510
chr19	40368280	rs62106924	A	G	11412.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-10.150;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=870;ExcessHet=3.0103;FS=0.538;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.79;MQRankSum=-16.120;QD=16.59;ReadPosRankSum=3.280;SOR=0.629;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:267,421:0.61:688
chr19	40368391	rs76288738	G	A	12981.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-1.012;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1533;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.174;HP=2;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-6.431;NF=185;NR=343;PP=2962;ReadPosRankSum=5.386;SC=TGCAAAGAATGTCACGGTCCC;SOR=1.108;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=1071;TCF=457;TCR=614;TR=528;WE=40368403;WS=40368381;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:812,671:0.45:1483
chr19	40368395	rs28472548	C	T	16462.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=0.334;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1499;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.139;HP=2;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=6.603;NF=268;NR=266;PP=2962;ReadPosRankSum=-5.182;SC=AAGAATGTCACGGTCCCCACC;SOR=0.465;SbPval=0.19;Source=Platypus;TC=1056;TCF=455;TCR=601;TR=534;WE=40368403;WS=40368381;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:647,803:0.55:1450
chr19	40368498	rs12610683	AA	CC	21461.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=483;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=111;NR=168;PP=2947;SC=GTGCCAGATGAAAGGGGTCCG;SOR=0.980;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=285;TCF=111;TCR=174;TR=279;WE=40368507;WS=40368488;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,479:1.00:479
chr19	40368520	rs36079378	G	C	9759.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-3.521;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=364;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=8.023;HP=3;HapScore=1;MGOF=48;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=2.405;NF=81;NR=155;PP=2965;ReadPosRankSum=1.782;SC=AGAAGCCAGGGCCCTCGTACT;SOR=0.088;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=242;TCF=82;TCR=160;TR=236;WE=40368528;WS=40368510;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,360:0.99:364
chr19	40373869	.	T	C	4246.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=90;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=45.25;QD=47.19;SOR=1.916;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr19	40373889	.	CCA	TTG	7448.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.398;ClippingRankSum=0.000;DP=193;ExcessHet=3.0103;FS=1.858;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.39;MQRankSum=-1.780;QD=38.59;ReadPosRankSum=4.229;SOR=0.467;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,168:0.87:193
chr19	40373908	.	C	G	9556.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.902;ClippingRankSum=0.000;DP=336;ExcessHet=3.0103;FS=6.207;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.85;MQRankSum=-2.555;QD=28.44;ReadPosRankSum=3.709;SOR=0.384;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:56,280:0.83:336
chr19	40374023	.	C	T	5887.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.788;ClippingRankSum=0.000;DP=325;ExcessHet=3.0103;FS=18.844;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.19;MQRankSum=-3.883;QD=18.28;ReadPosRankSum=-5.915;SOR=1.413;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:157,165:0.51:322
chr19	40374025	.	A	C	5887.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.225;ClippingRankSum=0.000;DP=305;ExcessHet=3.0103;FS=19.838;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.12;MQRankSum=-5.299;QD=19.50;ReadPosRankSum=-5.524;SOR=1.466;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:152,150:0.50:302
chr19	40374034	rs138587194	A	G	8579.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=244;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=46.02;QD=35.45;SOR=1.291;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,242:1.00:242
chr19	40376261	rs137870031	A	G	175.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=45.61;QD=25.11;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr19	40376880	rs75009537	TG	CC	1993.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;JOINED;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=39.63;QD=44.31;SOR=6.229;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr19	40384518	rs149161739	T	C	1098.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=39.84;QD=27.47;SOR=7.428;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr19	40384605	rs143306165	A	G	477.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=40.00;QD=31.85;SOR=5.549;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr19	40384623	rs151293840	A	G	361.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=40.00;QD=30.15;SOR=5.136;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr19	40384650	rs201415831	G	A	57.81	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.150;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=40.00;MQRankSum=-0.000;QD=14.45;ReadPosRankSum=1.150;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,3:0.75:4
chr19	40389581	rs143411450	G	T	611.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=5.172;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=11.228;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-7.564;NF=74;NR=10;PP=1675;ReadPosRankSum=1.458;SC=TACACTACCCGCAGCCCCAGA;SOR=1.823;SbPval=0.96;Source=Platypus;TC=176;TCF=139;TCR=37;TR=84;WE=40389589;WS=40389571;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:101,33:0.25:134
chr19	40392280	rs371090011	C	G	1468.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.112;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FS=1.416;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.07;MQRankSum=-2.571;QD=11.39;ReadPosRankSum=0.461;SOR=0.880;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:56,73:0.57:129
chr19	40392359	rs56242719	T	C	2141.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=42.57;QD=27.46;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr19	40392482	rs62108883	A	G	2388.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=53.14;QD=29.13;SOR=1.367;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr19	40392585	rs79253448	T	G	2030.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-6.170;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=300;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.429;HP=4;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-12.891;NF=86;NR=52;PP=1886;ReadPosRankSum=1.257;SC=GATACAGCCCTCGCTCCCCGG;SOR=0.739;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=287;TCF=153;TCR=134;TR=138;WE=40392593;WS=40392575;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:182,118:0.39:300
chr19	40396323	rs369105601	C	G	1008.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-6.279;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=2.894;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=40.00;MQRankSum=0.000;QD=16.81;ReadPosRankSum=-0.114;SOR=1.863;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,42:0.70:60
chr19	40405899	rs7507507	G	T	7483.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.132;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=262;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.716;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-9.387;NF=99;NR=44;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.151;SC=TCAGCCCCAGGCCCAACCCCA;SOR=0.837;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=229;TCF=159;TCR=70;TR=143;WE=40405920;WS=40405889;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,184:0.71:260
chr19	40405903	rs199846896	A	AGCCC	9200.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=4.017;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=279;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.025;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-10.261;NF=75;NR=44;PP=2915;ReadPosRankSum=-0.422;SC=CCCCAGGCCCAACCCCAGCTC;SOR=0.925;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=163;TCF=99;TCR=64;TR=119;WE=40405920;WS=40405889;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,191:0.69:275
chr19	40405905	.	C	G	9767.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.639;ClippingRankSum=0.000;DP=307;ExcessHet=3.0103;FS=5.429;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.56;MQRankSum=-11.428;QD=32.24;ReadPosRankSum=-2.516;SOR=1.024;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:84,219:0.72:303
chr19	40405912	rs45494494	T	C	10275.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.176;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=382;ExcessHet=3.0103;FS=0.931;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.81;MQRankSum=-10.076;QD=27.18;ReadPosRankSum=-5.008;SOR=0.766;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:93,285:0.75:378
chr19	40406029	rs61735676	C	T	178.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.079;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=960;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.78;MQRankSum=4.612;QD=0.19;ReadPosRankSum=-1.033;SOR=0.755;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:839,118:0.12:957
chr19	40408128	rs4803310	C	T	21075.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.436;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=962;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.805;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-5.670;NF=372;NR=304;PP=2962;ReadPosRankSum=0.128;SC=TCGGAGGGCACTCCATGGCTG;SOR=0.806;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=763;TCF=415;TCR=348;TR=676;WE=40408136;WS=40408118;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:113,837:0.88:950
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chr19	40570428	.	CT	C	298.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.434;ClippingRankSum=0.000;DP=197;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.05;MQRankSum=1.638;QD=1.62;ReadPosRankSum=0.427;SOR=0.676;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:130,54:0.29:184
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chr19	40720079	rs3746005	C	T	45102.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=1765;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=512;NR=718;PP=2965;SC=CGCCATCGGACGGGGCGCTGG;SOR=0.973;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=1230;TCF=512;TCR=718;TR=1230;WE=40720087;WS=40720069;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,1690:1.00:1690
chr19	40721877	rs8106744	G	C	4270.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=130;NR=63;PP=2965;SC=CATTCCCCCCGACCCCACACA;SOR=1.148;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=197;TCF=132;TCR=65;TR=193;WE=40721885;WS=40721866;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,146:1.00:146
chr19	40728935	rs2304185	T	G	40403.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=2.656;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1495;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=697;NR=370;PP=2965;ReadPosRankSum=0.821;SC=CCCAGAAAAATCAAGTCTAGG;SOR=1.257;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=1075;TCF=700;TCR=375;TR=1067;WE=40728943;WS=40728925;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,1464:1.00:1468
chr19	40742105	rs2304188	T	C	16606.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.305;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=533;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=167;NR=307;PP=2965;ReadPosRankSum=1.097;SC=AACACACAGGTCTGGGGGATC;SOR=0.890;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=479;TCF=168;TCR=311;TR=474;WE=40742113;WS=40742095;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,521:0.99:524
chr19	40742320	rs2304189	T	C	34106.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=1309;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=361;NR=428;PP=2965;SC=GGATCTCAGGTGCATGCTCCC;SOR=0.804;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=789;TCF=361;TCR=428;TR=789;WE=40742328;WS=40742310;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,1307:1.00:1307
chr19	40748648	rs35948893	C	T	20925.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=2.723;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=996;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=190;NR=384;PP=2965;ReadPosRankSum=1.244;SC=GCCTCAGAGTCGAACAGCTGA;SOR=0.734;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=656;TCF=220;TCR=436;TR=574;WE=40748656;WS=40748638;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:127,861:0.87:988
chr19	40770982	rs3730050	T	C	6326.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=145;NR=47;PP=2965;SC=GTCCACGAAATGGGGGCATAA;SOR=2.175;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=192;TCF=145;TCR=47;TR=192;WE=40770990;WS=40770972;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,218:1.00:218
chr19	40788641	rs11880261	T	C	7722.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=302;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=74;NR=142;PP=2965;SC=TCTGATAAGATGCGGTGGAAG;SOR=1.311;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=216;TCF=74;TCR=142;TR=216;WE=40788649;WS=40788631;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,297:1.00:297
chr19	40839664	rs8103796	A	C	6754.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=237;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=138;NR=44;PP=2965;SC=TCTACCTTTGAAAATTACAGG;SOR=2.093;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=182;TCF=138;TCR=44;TR=182;WE=40839672;WS=40839654;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,229:1.00:229
chr19	40873453	rs73046346	G	A	8747.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.465;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=385;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=7.804;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=-0.439;NF=219;NR=80;PP=2965;ReadPosRankSum=0.772;SC=GCGCCACTGCGCTTCCAGCCT;SOR=0.259;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=339;TCF=249;TCR=90;TR=299;WE=40873461;WS=40873443;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:34,343:0.91:377
chr19	40873489	.	T	TA	413.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.492;ClippingRankSum=0.000;DP=798;ExcessHet=3.0103;FS=0.720;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.03;MQRankSum=0.000;QD=0.56;ReadPosRankSum=1.530;SOR=0.616;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:610,125:0.17:735
chr19	40882486	rs3745200	C	G	12618.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=467;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=350;NR=72;PP=2965;SC=CCTCTGCATCCTGCCCCACCT;SOR=2.948;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=422;TCF=350;TCR=72;TR=422;WE=40882494;WS=40882476;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,460:1.00:460
chr19	40900865	rs268674	C	T	46470.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=1634;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=636;NR=562;PP=2965;SC=ACCACCTGCCCGGCTGTGGAC;SOR=0.800;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=1207;TCF=638;TCR=569;TR=1198;WE=40900886;WS=40900855;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,1610:1.00:1610
chr19	40947305	rs7259644	A	T	153.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.265;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=357;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.43;ReadPosRankSum=0.082;SOR=0.616;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:313,44:0.12:357
chr19	40947373	rs10560834	GGATC	G	1298.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.665;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=946;ExcessHet=3.0103;FS=0.915;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.01;MQRankSum=3.025;QD=1.39;ReadPosRankSum=0.699;SOR=0.857;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:840,92:0.10:932
chr19	40957441	rs373095840	CTT	C	1396.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.354;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=538;ExcessHet=3.0103;FS=4.608;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.04;MQRankSum=0.000;QD=3.71;ReadPosRankSum=0.225;SOR=0.437;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:276,100:0.27:376
chr19	40964312	rs1061197	G	A	562.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.037;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1688;ExcessHet=3.0103;FS=1.760;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.34;ReadPosRankSum=-1.769;SOR=0.551;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1454,207:0.12:1661
chr19	40971721	rs45441502	A	G	21680.90	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.405;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1037;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=237;NR=445;PP=2965;ReadPosRankSum=0.190;SC=TCGAAGGGCCACGCCTCAGAC;SOR=0.761;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=760;TCF=265;TCR=495;TR=682;WE=40971729;WS=40971711;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:113,901:0.89:1014
chr19	41009982	rs71358911	C	T	6191.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=61;NR=93;PP=2946;SC=AGAACCTTGCCCTGCAGAAGG;SOR=0.862;Source=Platypus;TCF=61;TR=154;WE=41009990;WS=41009972;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,228:1.00:228
chr19	41034912	rs1461008	G	A	4495.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=73;NR=43;PP=2274;SC=CCCCCAACCCGGGGCCTTTCC;SOR=1.116;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=119;TCF=76;TCR=43;TR=116;WE=41034920;WS=41034902;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,178:1.00:178
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chr19	41040334	rs1165858	G	A	382.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=12;PP=285;SC=GGTATGTCAAGTGGAGGGGAT;SOR=2.985;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=14;TCF=2;TCR=12;TR=14;WE=41040342;WS=41040324;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
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chr19	41082993	rs35684786	GC	G	248	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.362;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=10.212;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.53;ReadPosRankSum=1.362;SOR=2.038;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,13:0.87:15
chr19	41083854	rs61373446	TACAC	T,TAC	582.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.299;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.80;ReadPosRankSum=-1.771;SOR=1.911;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:4,11,16:0.35,0.52:31
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chr19	41096189	rs396118	A	G	5678.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=71;NR=69;PP=2475;SC=CACCCACGACAGCCTTCACAG;SOR=0.702;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=140;TCF=71;TCR=69;TR=140;WE=41096197;WS=41096179;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,219:1.00:219
chr19	41098871	rs56013937	C	T	290.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=7;NR=1;PP=160;SC=GAATCTCCACCGGTAGGAATA;SOR=3.056;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=7;TCR=1;TR=8;WE=41098879;WS=41098861;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
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chr19	41111069	rs2303729	G	A	12413.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=484;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=136;NR=134;PP=2965;SC=GGCCCCGGCTGTACCAGGCCT;SOR=0.706;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=271;TCF=136;TCR=135;TR=270;WE=41111077;WS=41111059;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,481:1.00:481
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chr19	41116455	rs33937741	C	G	5547.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=58;NR=68;PP=2285;SC=CGAGTGCCACCGCGTGCCGCC;SOR=0.760;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=126;TCF=58;TCR=68;TR=126;WE=41116463;WS=41116445;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,213:1.00:213
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chr19	41119273	rs12611045	G	C	11917.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=0.803;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=452;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=160;NR=114;PP=2965;ReadPosRankSum=2.172;SC=TGGGAGGCCGGGTCCCGTGAC;SOR=0.987;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=275;TCF=161;TCR=114;TR=274;WE=41119281;WS=41119263;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,446:1.00:448
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chr19	41123093	rs59030801	A	AG	4977.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=72;PP=2936;SC=CTCTGTGACCAGGTTACGAGG;SOR=1.139;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=78;TCF=4;TCR=74;TR=76;WE=41123101;WS=41123083;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,143:1.00:143
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chr19	41125177	rs7259554	G	C	4153.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=59;NR=37;PP=1968;SC=TTTGAAAGCTGAGACTTTCGG;SOR=1.056;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=96;TCF=59;TCR=37;TR=96;WE=41125185;WS=41125167;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,152:1.00:152
chr19	41128309	rs10880	C	T	3862.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.853;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=39;PP=1703;ReadPosRankSum=-0.794;SC=TCCCCAGGCACGTTCCCAGGC;SOR=0.852;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=89;TCF=49;TCR=40;TR=87;WE=41128317;WS=41128299;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,147:0.99:149
chr19	41129079	rs11376199	C	CT	556.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.587;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FS=1.502;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.31;ReadPosRankSum=-1.235;SOR=0.435;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,40:0.74:54
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chr19	41131675	rs2278242	C	G	1109.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=25;NR=13;PP=800;SC=GCAGAGGGTGCCTGGGCTGCT;SOR=1.387;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=25;TCR=13;TR=38;WE=41131683;WS=41131665;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
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chr19	41173880	rs2604901	C	T	7617.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.996;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.753;NF=61;NR=71;ReadPosRankSum=1.484;SC=GCTGTTGCTGCTGCTGCTGCT;SOR=0.822;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=134;TCF=62;TCR=72;TR=132;WS=41173870;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,179:0.99:181
chr19	41173892	rs141662737	CTGCTGT	C	5014.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.119;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FS=4.189;HP=1;HapScore=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.665;NF=19;NR=64;ReadPosRankSum=0.996;SC=GCTGCTGCTGCTGCTGTTGCT;SOR=0.674;Source=Platypus;TR=83;WS=41173870;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,123:0.90:136
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chr19	41188890	rs34359675	T	TG,TGG	1327.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.324;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FS=9.921;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.38;MQRankSum=0.557;QD=11.96;ReadPosRankSum=-0.776;SOR=1.137;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:26,37,48:0.33,0.43:111
chr19	41192610	rs112258640	T	TTGAG	502.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.65;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=1;NR=1;PP=92;SC=ATGTGAGTGTTTGTGACTCTG;SOR=1.270;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=2;TCF=1;TCR=1;TR=2;WE=41192625;WS=41192600;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr19	41192617	rs59449188	T	C	574.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.65;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=1;PP=141;SC=TGTTTGTGACTCTGCACTTGA;SOR=1.765;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=6;TCR=1;TR=7;WE=41192625;WS=41192600;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr19	41205996	rs56056214	G	A	3925.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.875;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=32;PP=1835;ReadPosRankSum=-0.944;SC=CATCATACAGGAAGTTGGCCC;SOR=1.052;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=86;TCF=54;TCR=32;TR=86;WE=41206004;WS=41205986;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,147:0.99:149
chr19	41206208	rs2246095	A	G	5844.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.544;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=235;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.302;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=70;NR=81;PP=2806;ReadPosRankSum=1.659;SC=GCCACCAGACAGCATACCTGG;SOR=0.450;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=152;TCF=71;TCR=81;TR=151;WE=41206216;WS=41206198;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,230:1.00:231
chr19	41209477	rs11538385	C	T	2986.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.63;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=37;NR=17;PP=1133;SC=TCTTGAGTACCGCCAGCAGGT;SOR=1.200;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=55;TCF=38;TCR=17;TR=54;WE=41209485;WS=41209467;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr19	41251180	rs2369302	T	G	1649.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=38;PP=1182;SC=CTGGGAGTGGTCGTATCCAGG;SOR=2.179;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=49;TCF=11;TCR=38;TR=49;WE=41251188;WS=41251170;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr19	41255309	rs147606106	AC	A	41.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.112;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=2.399;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.43;MQRankSum=1.782;QD=1.81;ReadPosRankSum=-0.703;SOR=0.180;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,6:0.26:23
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chr19	41257176	rs1457141	G	C	2807.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=62;NR=20;PP=1955;SC=CTCCGTCCTTGCCCCTACTCC;SOR=1.981;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=82;TCF=62;TCR=20;TR=82;WE=41257184;WS=41257166;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr19	41265201	rs736625	C	T	1013.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-1.213;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=13;PP=748;ReadPosRankSum=-0.489;SC=GTGATCTGCTCGCTTTAGCCT;SOR=0.416;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=39;TCF=26;TCR=13;TR=38;WE=41265209;WS=41265191;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,37:0.97:38
chr19	41269076	rs2305797	T	C	3208.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-1.629;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=66;PP=1814;ReadPosRankSum=-0.776;SC=TTGGGTGGTCTGGGCAGGCCC;SOR=0.571;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=102;TCF=35;TCR=67;TR=101;WE=41269084;WS=41269066;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,122:0.99:123
chr19	41283365	rs2233159	C	G	1667.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.752;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.66;ReadPosRankSum=1.758;SOR=0.307;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,64:0.98:65
chr19	41306362	rs11547373	G	A	359.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=4;PP=165;SC=CCTGCCCCACGCCAGGCCCGG;SOR=1.112;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=7;TCR=4;TR=11;WE=41306370;WS=41306352;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr19	41313202	rs3736329	C	A	12193.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.231;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=467;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NR=146;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.719;SC=CTTCTGGAGACGCACCCAGGT;SOR=0.251;Source=Platypus;TCR=147;WE=41313210;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,460:1.00:461
chr19	41316355	rs41530251	T	C	2403.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=15;NR=54;PP=1692;SC=ACAGATAACATTGGATACAGC;SOR=2.274;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=69;TCF=15;TCR=54;TR=69;WE=41316363;WS=41316345;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr19	41316370	rs11552615	T	C	1933.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=11;NR=46;PP=1383;SC=TACAGCATTATCCAGTAGCCG;SOR=2.566;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=57;TCF=11;TCR=46;TR=57;WE=41316378;WS=41316360;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr19	41324832	rs2545773	T	C	597.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=42.43;QD=27.17;SOR=2.737;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr19	41349640	rs7248240	G	C	3535.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=86;NR=20;PP=2367;SC=TCCCAAGCCCGGTCTTGGCCC;SOR=2.303;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=106;TCF=86;TCR=20;TR=106;WE=41349648;WS=41349630;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr19	41350489	rs2002975	C	G	2339.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.146;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=-1.240;NF=53;NR=19;PP=1318;ReadPosRankSum=0.323;SC=TGAGGGAGGCCCCTGCTGGTG;SOR=1.609;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=74;TCF=54;TCR=20;TR=72;WE=41350497;WS=41350479;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,91:0.98:93
chr19	41350509	rs2002976	G	A	3472.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.228;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=-1.377;NF=61;NR=33;PP=1770;ReadPosRankSum=1.987;SC=GTGAGCCGTGGCCTGGCAGCA;SOR=1.179;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=96;TCF=62;TCR=34;TR=94;WE=41350517;WS=41350499;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,133:0.97:137
chr19	41350594	rs2002977	G	A	6102.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.269;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=241;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=-0.593;NF=64;NR=69;PP=2544;ReadPosRankSum=-0.285;SC=CATTCAGGAAGTGCTGGGGAT;SOR=0.459;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=135;TCF=64;TCR=71;TR=133;WE=41350602;WS=41350584;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:5,236:0.98:241
chr19	41350664	rs1809810	A	T	3607.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=32;NR=52;PP=1768;SC=CAGCATAGGGAACACTTCGGT;SOR=1.033;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=85;TCF=32;TCR=53;TR=84;WE=41350672;WS=41350654;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,134:1.00:134
chr19	41350996	rs8192729	C	T	375.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=9;NR=2;PP=256;SC=GTTTGATTCTCCTGACACAAA;SOR=2.147;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=11;TCF=9;TCR=2;TR=11;WE=41351004;WS=41350986;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
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chr19	41352807	rs55805386	A	G	1245.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.322;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=493;ExcessHet=3.0103;FS=2.155;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.52;MQRankSum=-13.148;QD=2.53;ReadPosRankSum=-2.947;SOR=0.907;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:384,108:0.22:492
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chr19	41354442	rs57607700	C	G	1775.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=37;NR=13;PP=1001;SC=GTCCCCATCCCCAGGCAGAAC;SOR=1.946;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=50;TCF=37;TCR=13;TR=50;WE=41354450;WS=41354432;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr19	41354712	rs8192725	A	G	1007.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=19;PP=539;SC=AGGGGGCGGCAGGGGCAGGAG;SOR=1.739;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=6;TCR=19;TR=25;WE=41354720;WS=41354702;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr19	41356188	rs56283800	C	T	11492.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.530;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=467;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=1.146;NF=156;NR=125;PP=2965;ReadPosRankSum=3.107;SC=CTGTGTTCAGCTGCAGGTAGT;SOR=0.713;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=282;TCF=157;TCR=125;TR=281;WE=41356196;WS=41356178;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:11,450:0.98:461
chr19	41356281	rs1137115	T	C	12022.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=453;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=114;NR=143;PP=2965;SC=TCAAGACCATTACAGTCAGGC;SOR=0.830;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=257;TCF=114;TCR=143;TR=257;WE=41356289;WS=41356271;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,449:1.00:449
chr19	41382476	rs75152309	T	A	6577.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.731;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=265;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=6.848;HP=4;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=72;NR=69;PP=2383;ReadPosRankSum=0.609;SC=AAACTGCCCCTTGTCATCCAG;SOR=0.255;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=145;TCF=73;TCR=72;TR=141;WE=41382484;WS=41382466;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:5,260:0.98:265
chr19	41382560	rs150890087	A	T	3989.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-2.238;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=53;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=-0.266;NF=40;NR=61;PP=1818;ReadPosRankSum=-1.148;SC=CAGCATAGGGAACACTTCGGT;SOR=0.359;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=102;TCF=40;TCR=62;TR=101;WE=41382568;WS=41382550;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,153:0.99:154
chr19	41382607	rs2316206	AG	CA	3068.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;JOINED;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=58.32;QD=43.84;SOR=2.049;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr19	41382612	rs2316208	CG	TA	2936.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;JOINED;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=58.16;QD=45.89;SOR=2.093;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr19	41382645	rs3865455	G	A	1561.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=56.78;QD=42.21;SOR=2.494;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr19	41382653	rs2388869	A	G	1481.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=56.26;QD=46.31;SOR=2.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr19	41382655	rs2316210	T	G	1411.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=56.26;QD=44.12;SOR=2.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr19	41382665	rs3852869	G	A	1186.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=55.66;QD=43.95;SOR=3.180;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr19	41383217	rs2302987	T	C	3815.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.911;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=-0.450;NF=57;NR=59;PP=2482;ReadPosRankSum=-0.925;SC=GGCATCTTGGTCCGGTCCTCA;SOR=0.721;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=118;TCF=58;TCR=60;TR=116;WE=41383225;WS=41383207;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,142:0.99:144
chr19	41383344	rs2302988	T	C	3272.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=26;NR=51;PP=1261;SC=AATGATAGTCTGAATAGGTAA;SOR=1.152;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=77;TCF=26;TCR=51;TR=77;WE=41383352;WS=41383334;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,129:1.00:129
chr19	41383378	rs16958956	C	A	2149.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=17;NR=41;PP=1160;SC=ATACGGCTCCCCCTATGAGAC;SOR=1.609;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=59;TCF=17;TCR=42;TR=58;WE=41383386;WS=41383368;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr19	41384533	rs113986398	G	A	1260.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=40;NR=1;PP=1064;SC=TAGCCACGGCGCCCAGCCAAT;SOR=5.186;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=41;TCF=40;TCR=1;TR=41;WE=41384541;WS=41384523;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr19	41384578	rs4453619	G	C	2849.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=71;NR=16;PP=1886;SC=TAATTTGAACGGGTCTGTGTC;SOR=2.560;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=87;TCF=71;TCR=16;TR=87;WE=41384586;WS=41384568;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr19	41384675	rs4079366	T	C	5352.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=84;NR=88;PP=2751;SC=CTCCTGCATGTGGATGAGAAA;SOR=0.773;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=172;TCF=84;TCR=88;TR=172;WE=41384683;WS=41384665;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,206:1.00:206
chr19	41384702	rs117539170	T	C	4500.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=1.875;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.813;NF=65;NR=93;PP=2532;ReadPosRankSum=0.178;SC=GATGAAGTCCTGTGGGGAATT;SOR=1.085;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=160;TCF=66;TCR=94;TR=158;WE=41384710;WS=41384692;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,178:0.98:182
chr19	41384781	rs112946838	T	G	1171.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=3.063;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=12.900;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=39.34;MQRankSum=-2.516;QD=30.05;ReadPosRankSum=-0.200;SOR=7.276;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,37:0.95:39
chr19	41387669	rs10425185	A	G	5490.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=59;NR=79;PP=2756;SC=GATGGAGGCGAGTGGGAGTGG;SOR=0.907;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=138;TCF=59;TCR=79;TR=138;WE=41387677;WS=41387659;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,204:1.00:204
chr19	41397806	rs8106551	C	A	1348.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=32;NR=10;PP=914;SC=TGTTTATATCCCTCTAAAATC;SOR=2.160;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=42;TCF=32;TCR=10;TR=42;WE=41397814;WS=41397796;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr19	41397988	rs12609161	A	G	4945.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=45;NR=74;PP=2217;SC=GGAAGCCTTGATAGACCAAGC;SOR=1.050;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=120;TCF=46;TCR=74;TR=119;WE=41397996;WS=41397978;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,187:1.00:187
chr19	41400906	rs10626476	C	CAGAG	2716.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=18;NR=14;PP=1696;SC=AGAGAAAAGACAGGCTGAAAA;SOR=0.986;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=37;TCF=21;TCR=16;TR=32;WE=41400921;WS=41400896;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr19	41400913	.	A	AAAAC	2169.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.61;QD=43.39;SOR=1.519;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr19	41401950	rs4803398	G	C	2093.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=35;NR=21;PP=900;SC=CTGCCTTTTCGGGGTGTTAAA;SOR=0.979;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=58;TCF=35;TCR=23;TR=56;WE=41401958;WS=41401940;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr19	41402162	rs3956342	T	C	867.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=10;NR=14;PP=613;SC=TGGGTTCAAGTGATTCTCCTG;SOR=1.112;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=24;TCF=10;TCR=14;TR=24;WE=41402170;WS=41402152;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr19	41402579	rs6508953	A	G	8378.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=314;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=82;NR=104;PP=2965;SC=TCTTTGATGGACATTATCGAG;SOR=0.843;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=186;TCF=82;TCR=104;TR=186;WE=41402587;WS=41402569;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,312:1.00:312
chr19	41403129	rs10574908	CA	C	141.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.252;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=3.979;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.17;MQRankSum=1.297;QD=2.49;ReadPosRankSum=2.121;SOR=1.320;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,22:0.39:57
chr19	41403982	rs11083583	G	GT	3894.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=1.095;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=1.759;HP=5;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.237;NF=40;NR=27;PP=2777;ReadPosRankSum=-1.296;SC=AAAAACACCTGTTTTATTTTG;SOR=1.467;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=74;TCF=43;TCR=31;TR=67;WE=41403994;WS=41403972;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:6,145:0.96:151
chr19	41415112	rs3844442	T	A	2398.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=43;NR=27;PP=1363;SC=AGTAGTAGCCTGGCAGCAAAC;SOR=1.080;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=70;TCF=43;TCR=27;TR=70;WE=41415120;WS=41415102;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
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chr19	41515702	rs2279345	T	C	1450.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=31;NR=6;PP=907;SC=GAAACAGAGTTAGGAAGACTA;SOR=2.608;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=31;TCR=6;TR=37;WE=41515710;WS=41515696;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr19	41531487	rs11670798	A	G	3169.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=51;NR=38;PP=1593;SC=GGGGCGTGACAGCCAGGCTGC;SOR=0.945;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=89;TCF=51;TCR=38;TR=89;WE=41531495;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr19	41531597	rs35930845	C	G	4541.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.935;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=64;PP=2382;ReadPosRankSum=0.479;SC=CAAAGCGGTCCCCAAAGACAA;SOR=0.753;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=123;TCF=58;TCR=65;TR=121;WE=41531605;WS=41531587;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,171:0.99:173
chr19	41531825	rs3745276	A	G	2082.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=34;NR=24;PP=1110;SC=TTTCCCCACCAAGGCCCGGTC;SOR=0.968;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=58;TCF=34;TCR=24;TR=58;WE=41531833;WS=41531815;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr19	41626438	rs34650210	CT	C	84.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.989;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=1.196;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.51;ReadPosRankSum=1.042;SOR=0.456;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:42,14:0.25:56
chr19	41700343	rs338600	C	T	5404.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=99;NR=54;PP=2822;SC=TGGTAGAGGGCGTAGAAGCTA;SOR=1.284;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=155;TCF=101;TCR=54;TR=153;WE=41700351;WS=41700333;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,202:1.00:202
chr19	41700493	rs338599	G	C	9901.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=379;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=101;NR=134;PP=2965;SC=ACCTGGGACCGTGGCGGCCTG;SOR=0.899;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=235;TCF=101;TCR=134;TR=235;WE=41700501;WS=41700483;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,371:1.00:371
chr19	41703604	rs57601532	C	CA	387.70	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.186;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.37;ReadPosRankSum=-0.433;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:5,24:0.83:29
chr19	41703660	rs338594	T	C	1672.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.17;QD=25.73;SOR=1.078;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr19	41704304	rs338593	T	C	3274.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-1.821;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=25;PP=1950;ReadPosRankSum=-1.016;SC=TGGGTTCAGCTCCAACCTGCT;SOR=0.732;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=91;TCF=66;TCR=25;TR=90;WE=41704312;WS=41704294;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,118:0.99:119
chr19	41704832	rs338592	A	G	3990.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=34;NR=63;PP=1862;SC=CTGAATGGGCATGGTGACCTG;SOR=1.209;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=97;TCF=34;TCR=63;TR=97;WE=41704840;WS=41704822;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,150:1.00:150
chr19	41707094	rs1628289	A	G	864.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=20;NR=6;PP=474;SC=TTTACTTCCCAAAGGCTGTGT;SOR=2.049;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=20;TCR=6;TR=26;WE=41707102;WS=41707084;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr19	41712424	rs338583	A	G	8406.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.876;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=325;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=100;NR=99;PP=2965;ReadPosRankSum=1.192;SC=GTGGGTGCCCAGGACGGTGCC;SOR=0.706;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=201;TCF=101;TCR=100;TR=199;WE=41712432;WS=41712414;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,320:0.99:322
chr19	41743861	rs7249222	A	G	20236.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=768;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=232;NR=210;PP=2965;SC=TGTGCTGTCAAACGATGGGAT;SOR=0.781;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=443;TCF=232;TCR=211;TR=442;WE=41743869;WS=41743851;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,756:1.00:756
chr19	41759631	.	AC	A	355.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.272;ClippingRankSum=0.000;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.98;ReadPosRankSum=-0.936;SOR=0.903;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,21:0.41:51
chr19	41798468	rs66479074	GAC	G	146.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-0.360;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=6;PP=183;ReadPosRankSum=-3.141;SC=AGACAGAGGAGACACACACAC;SOR=0.446;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=0;TCR=21;TR=6;WE=41798477;WS=41798458;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,8:0.32:25
chr19	41808416	rs146851124	G	A	2532.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=36;NR=17;PP=1056;SC=GAGCCACCGCGCCCGCCCTTC;SOR=1.132;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=54;TCF=37;TCR=17;TR=53;WE=41808424;WS=41808406;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr19	41811730	rs12745	T	C	2932.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=73;PP=1820;SC=CACCCCCCACTGCACAGACCT;SOR=4.485;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=83;TCF=10;TCR=73;TR=83;WE=41811738;WS=41811720;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr19	41812530	.	C	T	1728.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=1.090;ClippingRankSum=0.000;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=36;PP=1044;ReadPosRankSum=-0.803;SC=GCGCCTGCCTCGGCCCCTCCT;SOR=1.503;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=56;TCF=19;TCR=37;TR=54;WE=41812538;WS=41812520;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,64:0.97:66
chr19	41838206	rs8179181	G	A	1406.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=38;PP=1020;SC=GGAGAGACGCGTCAGGGGCAG;SOR=3.080;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=44;TCF=6;TCR=38;TR=44;WE=41838214;WS=41838196;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr19	41889423	rs11880674	A	T	3340.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.15;SOR=1.457;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr19	41889429	rs7259900	A	T	3364.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.70;SOR=1.379;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr19	41889748	rs12602	T	C	5505.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=57;NR=67;PP=2049;SC=TGACCCTGGCTGCCTACCTTG;SOR=0.833;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=124;TCF=57;TCR=67;TR=124;WE=41889756;WS=41889738;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,212:1.00:212
chr19	41897674	rs878082	G	A	1034.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=28;NR=5;PP=741;SC=CTAGCAGTGAGGGTATATGTA;SOR=3.026;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=33;TCF=28;TCR=5;TR=33;WE=41897696;WS=41897664;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr19	41897688	rs878083	G	A	1290.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=30;NR=7;PP=824;SC=ATATGTATCCGCCAGGAGGGA;SOR=2.461;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=30;TCR=7;TR=37;WE=41897696;WS=41897664;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr19	41903220	rs10853751	G	A	9387.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=2.280;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=362;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.362;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=96;NR=121;PP=2965;ReadPosRankSum=0.678;SC=GTCAGTATGCGTCTCCTCCTC;SOR=0.489;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=217;TCF=96;TCR=121;TR=217;WE=41903228;WS=41903210;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,359:1.00:360
chr19	41903671	rs892044	A	G	1502.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=46.96;SOR=1.681;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr19	41903675	rs892043	A	G	1611.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.33;SOR=1.552;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr19	41919944	rs3213861	A	C	4144.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=58;NR=32;PP=1742;SC=GGTCCCCTCTACACCCCCAGG;SOR=1.094;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=92;TCF=59;TCR=33;TR=90;WE=41919952;WS=41919934;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,157:1.00:157
chr19	41920211	rs3213860	T	C	1143.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=9;NR=25;PP=803;SC=AAGCCAGGGTTAGGACTCTGG;SOR=1.863;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=34;TCF=9;TCR=25;TR=34;WE=41920219;WS=41920201;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr19	41928336	rs284651	T	C	2391.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=24;NR=53;PP=1399;SC=TCCCCAATCCTGCCACCTTCC;SOR=1.942;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=77;TCF=24;TCR=53;TR=77;WE=41928344;WS=41928326;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr19	41928652	rs284652	C	T	9877.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=349;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=143;PP=2965;SC=ACCAGCCCTTCCTCATCGAGG;SOR=0.874;Source=Platypus;TCF=143;WE=41928660;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,347:1.00:347
chr19	41928701	rs284653	C	T	17571.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=408;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=37;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=142;NR=157;PP=2965;SC=CCCGTCAGCACCCCCACAGCA;SOR=0.764;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=299;TCF=142;TCR=157;TR=299;WE=41928709;WS=41928677;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,406:1.00:406
chr19	41928724	rs284654	G	A	18511.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=452;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=38;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=158;NR=152;PP=2965;SC=GACAGCCACCGTAGCATCTTC;SOR=0.738;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=312;TCF=159;TCR=153;TR=310;WE=41928732;WS=41928714;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,450:1.00:450
chr19	41928765	rs284655	C	T	17125.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.791;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=652;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=34;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.187;NF=196;NR=170;PP=2965;ReadPosRankSum=1.042;SC=CAAAACATGGCCTTATCACCT;SOR=0.794;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=367;TCF=197;TCR=170;TR=366;WE=41928773;WS=41928755;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,641:1.00:643
chr19	41928867	rs3217385	G	GC	20236.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=625;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=42;NR=187;PP=2936;SC=ACTCCAGGGAGCCCACACTGA;SOR=0.773;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=234;TCF=43;TCR=191;TR=229;WE=41928877;WS=41928857;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,601:1.00:601
chr19	41930396	rs4674	A	G	25344.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=945;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=288;NR=240;PP=2965;SC=ACCCCAACCTACTCTTCTCAG;SOR=0.786;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=535;TCF=290;TCR=245;TR=528;WE=41930404;WS=41930386;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,940:1.00:940
chr19	41931454	rs113478859	A	AGGCCAGGGCCGG	3049.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=15;PP=1546;SC=CCAGAGGCCCAGGCCAGGTCA;SOR=1.255;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=32;TCF=15;TCR=17;TR=26;WE=41931462;WS=41931444;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr19	41932084	rs284660	G	T	9137.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=334;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=116;NR=123;PP=2965;SC=GGCTCTCCCAGGCCACTAGTG;SOR=0.742;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=240;TCF=117;TCR=123;TR=239;WE=41932092;WS=41932074;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,334:1.00:334
chr19	41932120	rs284661	C	T	9838.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=365;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=127;NR=134;PP=2965;SC=CCGCCTCACCCACCGGAGACC;SOR=0.744;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=261;TCF=127;TCR=134;TR=261;WE=41932128;WS=41932110;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,361:1.00:361
chr19	41932275	rs284662	T	C	7002.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=270;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=93;NR=97;PP=2965;SC=GAGACTTGGCTGCCACCACCT;SOR=0.724;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=191;TCF=93;TCR=98;TR=190;WE=41932283;WS=41932265;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,264:1.00:264
chr19	41932612	rs284663	C	T	7924.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-2.447;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=305;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=86;NR=101;PP=2965;ReadPosRankSum=0.254;SC=CGGATGTCCACTCGATGTACA;SOR=0.260;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=188;TCF=86;TCR=102;TR=187;WE=41932620;WS=41932602;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,303:1.00:304
chr19	41949870	rs3745286	T	C	322.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=9;NR=2;PP=254;SC=CCCCTTGCTCTCTGGGGTGGC;SOR=2.494;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=11;TCF=9;TCR=2;TR=11;WE=41949878;WS=41949860;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr19	42027500	rs4803475	A	G	8491.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.922;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.390;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=-0.217;NF=72;NR=55;PP=2148;ReadPosRankSum=1.500;SC=CCAAATCTCCATTAAGTGTAT;SOR=0.516;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=130;TCF=72;TCR=58;TR=127;WE=42027522;WS=42027490;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,202:1.00:203
chr19	42027514	rs4803476	T	A	8182.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=69;NR=56;PP=2455;SC=AGTGTATTTTTTGAACAGTGA;SOR=0.853;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=125;TCF=69;TCR=56;TR=125;WE=42027522;WS=42027490;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,186:1.00:186
chr19	42083849	rs714106	C	A	5409.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=60;NR=86;PP=2775;SC=GGATACTACACCCTACAAGTC;SOR=1.044;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=146;TCF=60;TCR=86;TR=146;WE=42083857;WS=42083839;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,203:1.00:203
chr19	42085873	rs2302188	A	G	4726.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=41;NR=61;PP=2104;SC=GTTTAACCATATGCTCACCAT;SOR=0.947;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=102;TCF=41;TCR=61;TR=102;WE=42085881;WS=42085863;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,174:1.00:174
chr19	42092121	.	C	T	8638.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.290;ClippingRankSum=0.000;DP=332;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=128;NR=87;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.003;SC=GAACTGAGGACCCCCACACAC;SOR=1.010;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=219;TCF=130;TCR=89;TR=215;WE=42092129;WS=42092111;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,323:0.99:327
chr19	42092815	rs3745936	T	A	7985.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=305;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=73;NR=112;PP=2965;SC=CTGTTTTTACTGGAATTGCTA;SOR=0.978;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=187;TCF=75;TCR=112;TR=185;WE=42092823;WS=42092805;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,300:1.00:300
chr19	42125660	rs1041994	T	C	1539.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=30;NR=15;PP=798;SC=CTGGGAGCTTTGGGGACGCTC;SOR=1.342;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=45;TCF=30;TCR=15;TR=45;WE=42125668;WS=42125650;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr19	42126448	rs9967607	T	C	2829.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=54;NR=20;PP=1544;SC=GGATCCTGGCTGGAGGCACTC;SOR=1.656;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=74;TCF=54;TCR=20;TR=74;WE=42126456;WS=42126438;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr19	42127907	rs4803488	G	A	1384.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=35;NR=11;PP=1008;SC=GGAATGAGAGGGAAGGATTCC;SOR=2.208;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=46;TCF=35;TCR=11;TR=46;WE=42127915;WS=42127897;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr19	42128202	rs8111279	G	A	4173.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=37;NR=62;PP=2089;SC=AAACCATAAGGGGCATTGCAG;SOR=1.141;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=101;TCF=38;TCR=63;TR=99;WE=42128210;WS=42128192;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,148:1.00:148
chr19	42188032	rs34670266	GC	G	5325.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=75;PP=2974;SC=GCCCTGTGTGGCCCCCTTGGT;SOR=1.118;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=85;TCF=7;TCR=78;TR=82;WE=42188040;WS=42188022;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,166:1.00:166
chr19	42190859	rs8102488	A	T	6056.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=2.173;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=90;NR=64;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.240;SC=AGGGTATAGAATCCTGCGTCA;SOR=0.331;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=155;TCF=91;TCR=64;TR=154;WE=42190867;WS=42190849;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,230:1.00:231
chr19	42221607	rs7249230	A	G	11705.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=453;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=126;NR=166;PP=2965;SC=AATCCAGAACAAATTAAGTGT;SOR=0.895;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=292;TCF=126;TCR=166;TR=292;WE=42221615;WS=42221597;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,443:1.00:443
chr19	42265866	rs28547939	C	G	5921.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=1.331;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=237;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=1.533;HP=4;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=78;NR=41;PP=2535;ReadPosRankSum=0.634;SC=GCTTTATTCTCTTTCCTCCAG;SOR=1.035;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=120;TCF=78;TCR=42;TR=119;WE=42265874;WS=42265856;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:6,228:0.97:234
chr19	42265889	rs11548735	G	T	11395.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=1.175;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=293;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=90;NR=58;PP=2893;ReadPosRankSum=0.037;SC=GGCCCAGATGGCCCCACCATT;SOR=0.918;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=150;TCF=91;TCR=59;TR=148;WE=42265897;WS=42265879;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:6,283:0.98:289
chr19	42311060	rs5828129	A	AAAG	3392.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=26;NR=17;PP=2186;SC=GGAGTTGGCCAAATAGGAGAT;SOR=1.842;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=53;TCF=34;TCR=19;TR=43;WE=42311068;WS=42311054;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr19	42313803	rs3795022	T	C	1946.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=51;NR=7;PP=1444;SC=GGGTCCTTCCTCTCTGCTCAG;SOR=3.477;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=58;TCF=51;TCR=7;TR=58;WE=42313811;WS=42313793;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr19	42313921	rs734107	G	T	11022.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=2.278;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=430;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=169;NR=108;PP=2965;ReadPosRankSum=0.914;SC=TGAAAATGGGGTTCCCTTCTT;SOR=0.756;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=278;TCF=170;TCR=108;TR=277;WE=42313929;WS=42313911;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,420:1.00:421
chr19	42315281	rs899662	G	T	1398.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.39;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr19	42315300	rs2008808	G	T	1158.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=17;NR=24;PP=716;SC=TGCTCCTGTGGGTTGATGGAG;SOR=1.105;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=17;TCR=24;TR=41;WE=42315308;WS=42315290;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr19	42342319	rs2290695	A	G	2300.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=18;NR=38;PP=1243;SC=TAAAGCCCACAACTCCCCTTG;SOR=1.367;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=56;TCF=18;TCR=38;TR=56;WE=42342327;WS=42342309;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr19	42342822	rs7252877	T	A	534.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=28.15;SOR=2.419;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr19	42342923	rs10414356	T	A	3363.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=64;NR=30;PP=1912;SC=AGAGCAAGCATAACGAAATTG;SOR=1.445;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=94;TCF=64;TCR=30;TR=94;WE=42342931;WS=42342913;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr19	42343155	rs4130852	G	T	3011.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=46;NR=40;PP=2066;SC=CTGAGCCCGTGAACTGCCAAC;SOR=0.713;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=86;TCF=46;TCR=40;TR=86;WE=42343163;WS=42343145;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr19	42343526	rs3922888	G	T	2717.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=17;NR=60;PP=1737;SC=ATAGGCTCCCGCAGACCTTCT;SOR=1.994;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=77;TCF=17;TCR=60;TR=77;WE=42343534;WS=42343516;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr19	42354629	rs2305809	T	C	8363.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=321;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=104;NR=94;PP=2965;SC=GGACATCTGGTCCCTCAGAGT;SOR=0.752;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=200;TCF=105;TCR=95;TR=198;WE=42354637;WS=42354619;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,311:1.00:311
chr19	42462788	rs1075728	G	A	2928.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=59;NR=27;PP=1875;SC=CCTGGGCGGTGAGAGGAGGGA;SOR=1.519;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=89;TCF=61;TCR=28;TR=86;WE=42462796;WS=42462778;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr19	42463447	rs735571	C	T	14040.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=545;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=150;NR=180;PP=2965;SC=GCTGCCATGTCTGCGTCGTGA;SOR=0.786;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=331;TCF=150;TCR=181;TR=330;WE=42463455;WS=42463437;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,540:1.00:540
chr19	42471050	rs919390	G	C	1965.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=26;NR=17;PP=783;SC=CCTGGGCCTGGGGGACGGGGA;SOR=1.002;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=43;TCF=26;TCR=17;TR=43;WE=42471058;WS=42471040;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr19	42489516	rs2217342	A	C	5664.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=73;NR=71;PP=2328;SC=GGTTGTCGTGAGTGCAGTCGG;SOR=0.731;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=144;TCF=73;TCR=71;TR=144;WE=42489524;WS=42489506;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,214:1.00:214
chr19	42736267	rs851609	A	G	2853.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=43;NR=26;PP=1365;SC=GAGGAGGGATAAGAATGGCGT;SOR=1.056;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=69;TCF=43;TCR=26;TR=69;WE=42736275;WS=42736257;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr19	42793590	rs3826706	G	A	2428.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=28;NR=42;PP=1474;SC=ATCTTGCCCAGGACCCAGCAG;SOR=1.030;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=71;TCF=29;TCR=42;TR=70;WE=42793598;WS=42793580;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr19	42848764	rs874002	A	G	5623.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.873;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=234;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=1.644;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=71;PP=2505;ReadPosRankSum=-1.552;SC=GTGGGCCGGCAGGAGGGGGCC;SOR=0.342;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=141;TCF=67;TCR=74;TR=137;WE=42848772;WS=42848754;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:6,221:0.97:227
chr19	42849069	rs184570085	C	T	1810.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=21;NR=36;PP=1059;SC=CTTTATCACTCTTATGTTTAC;SOR=1.211;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=57;TCF=21;TCR=36;TR=57;WE=42849077;WS=42849059;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr19	43372429	rs146772581	G	A	1526.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-1.231;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=273;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.579;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-1.267;NF=24;NR=40;PP=804;ReadPosRankSum=-0.093;SC=GTTAGAGTCCGCAGAACAGGA;SOR=0.819;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=185;TCF=73;TCR=112;TR=64;WE=43372437;WS=43372419;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:179,90:0.33:269
chr19	43439793	rs7245978	G	A	10768.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=389;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=134;NR=155;PP=2965;SC=TACCAGATGTGGCCAGTAAGA;SOR=0.848;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=290;TCF=135;TCR=155;TR=289;WE=43439801;WS=43439783;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,386:1.00:386
chr19	43519362	rs11083680	C	T	7668.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=286;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=101;NR=80;PP=2965;SC=TTGGAGTAATCTGAGGGATAA;SOR=0.859;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=181;TCF=101;TCR=80;TR=181;WE=43519370;WS=43519352;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,284:1.00:284
chr19	43519442	rs10414166	T	C	9720.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=361;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=95;NR=112;PP=2965;SC=GGGTTAGAGTTTGCGAAGCAG;SOR=0.786;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=207;TCF=95;TCR=112;TR=207;WE=43519450;WS=43519432;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,360:1.00:360
chr19	43530379	rs2526716	A	G	1961.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=35;NR=12;PP=1151;SC=TATTTTTTAGAACCCCAGGAG;SOR=1.576;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=35;TCR=12;TR=47;WE=43530398;WS=43530377;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr19	43530390	rs2736151	C	T	2255.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=40;NR=15;PP=1261;SC=ACCCCAGGAGCCTCTCCAGGA;SOR=1.497;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=55;TCF=40;TCR=15;TR=55;WE=43530398;WS=43530377;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr19	43530640	rs60941975	GT	G	2974.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=50;PP=2229;SC=ACTCTTCCCGGTGGAAGGAGC;SOR=1.833;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=52;TCF=1;TCR=51;TR=51;WE=43530648;WS=43530630;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr19	43570823	rs374036516	G	A	1950.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.287;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.212;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=49;PP=1260;ReadPosRankSum=-1.504;SC=TCAGGAACAAGCATGTAACAT;SOR=2.155;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=60;TCF=9;TCR=51;TR=57;WE=43570831;WS=43570813;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,70:0.96:73
chr19	43575874	rs3746096	T	C	3705.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=1.865;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=72;NR=32;PP=2126;ReadPosRankSum=1.243;SC=CTGTCAACGATGTGGAGCTTT;SOR=0.693;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=105;TCF=73;TCR=32;TR=104;WE=43575882;WS=43575864;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,133:0.99:134
chr19	43674107	rs75994827	A	C	2721.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=64;NR=11;PP=1881;SC=TGGAGGAAGGAGGAGATGCAG;SOR=2.967;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=75;TCF=64;TCR=11;TR=75;WE=43674115;WS=43674100;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr19	43674405	rs59577450	AT	A	993.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=24;PP=1045;SC=CAAGTACTACATTATTCCTCT;SOR=4.407;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=26;TCF=1;TCR=25;TR=25;WE=43674413;WS=43674395;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr19	43689004	rs2302112	G	A	12753.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.728;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=514;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=10.509;NF=183;NR=162;PP=2965;ReadPosRankSum=1.210;SC=TGTGTAAGGTGTAGGATCCTG;SOR=0.641;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=353;TCF=186;TCR=167;TR=345;WE=43689012;WS=43688994;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:9,495:0.98:504
chr19	43690506	rs8107936	G	C	4507.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=75;NR=46;PP=2374;SC=GTGAGCAGGAGCCCCTTCCAG;SOR=1.112;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=121;TCF=75;TCR=46;TR=121;WE=43690514;WS=43690496;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,168:1.00:168
chr19	43708846	.	T	TCCCCCC	323	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.64;FR=1.0000;HP=6;HapScore=3;MGOF=56;MMLQ=19;MQ=53.06;NF=7;NR=5;PP=323;QD=29.0;SC=ATGTCTGTCTTCCCCCCACGA;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=12;TCF=7;TCR=5;TR=12;WE=43708861;WS=43708836;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr19	43708853	.	A	C	517	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.64;FR=1.0000;HP=7;HapScore=3;MGOF=56;MMLQ=19;MQ=58.1;NF=9;NR=6;PP=517;QD=36.7847475031;SC=TCTTCCCCCCACGATGACTGT;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=16;TCF=9;TCR=7;TR=15;WE=43708861;WS=43708836;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:1,15:0.94:16
chr19	43708926	rs11673307	G	T	4318.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.65;BaseQRankSum=0.434;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.561;HP=1;HapScore=1;MGOF=54;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=33;PP=1855;ReadPosRankSum=1.495;SC=TGGAACAGGCGGCAGACTCCT;SOR=0.641;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=90;TCF=56;TCR=34;TR=88;WE=43708934;WS=43708916;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,167:0.99:168
chr19	43708968	rs11669435	T	C	6882.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.61;BaseQRankSum=0.292;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=276;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.463;HP=4;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=81;NR=49;PP=2703;ReadPosRankSum=-0.476;SC=GTCTCCACCCTCTGGATGTTT;SOR=0.564;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=132;TCF=82;TCR=50;TR=130;WE=43708986;WS=43708958;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,272:1.00:273
chr19	43708978	rs67183694	TC	T	8188.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.61;BaseQRankSum=0.321;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=279;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.393;HP=2;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=47;PP=2951;ReadPosRankSum=-1.041;SC=TCTGGATGTTTCTTTTTCCCC;SOR=0.513;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=81;TCF=30;TCR=51;TR=77;WE=43708986;WS=43708958;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,272:1.00:273
chr19	43709072	rs56700032	G	A	2216.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.212;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=40;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQ=59.99;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=48;PP=1311;ReadPosRankSum=1.889;SC=TATAGTTATTGTTATCATTTT;SOR=0.460;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=81;TCF=31;TCR=50;TR=79;WE=43709080;WS=43709062;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,89:0.99:90
chr19	43780616	rs201953667	G	A	914.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.711;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FS=2.620;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.69;MQRankSum=-7.881;QD=6.22;ReadPosRankSum=2.070;SOR=0.443;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:115,32:0.22:147
chr19	43780619	rs199862715	C	T	917.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.975;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FS=2.704;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.65;MQRankSum=-7.608;QD=6.42;ReadPosRankSum=3.265;SOR=0.439;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:113,30:0.21:143
chr19	43780698	.	A	G	100	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MMLQ=27;MQ=44.62;NF=1;NR=8;PP=100;QD=14.9745791719;SC=AGTTTTACCAATGATAATTTC;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=32;TCF=5;TCR=27;TR=9;WE=43780706;WS=43780688;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:23,9:0.28:32
chr19	43859549	rs1962260	T	C	501.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.64;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=6;NR=4;PP=159;SC=CAGGTGTGAGTCACCACACCC;SOR=1.292;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=10;TCF=6;TCR=4;TR=10;WE=43859557;WS=43859539;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr19	43860048	rs117850879	G	T	669.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=15;PP=490;SC=ACCCAGAGGAGGGTGGGCCTG;SOR=2.303;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=5;TCR=15;TR=20;WE=43860056;WS=43860038;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr19	43860192	rs71337594	T	G	200.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=39.43;QD=28.69;SOR=4.174;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr19	43860251	rs199668750	G	A	113.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=39.25;QD=28.26;SOR=3.258;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr19	43865499	rs71339512	T	C	52.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.834;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=3.310;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=40.41;MQRankSum=-0.000;QD=8.79;ReadPosRankSum=-0.431;SOR=0.105;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,4:0.67:6
chr19	43865544	rs371812801	C	G	148.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.823;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=8.751;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=40.24;MQRankSum=-0.000;QD=14.88;ReadPosRankSum=-0.241;SOR=3.912;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,6:0.60:10
chr19	43876913	rs9304628	G	A	9516.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=355;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=34;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=128;NR=124;PP=2965;SC=AGGGCAAACCGCTCCCCACCA;SOR=0.728;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=252;TCF=128;TCR=124;TR=252;WE=43876921;WS=43876903;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,352:1.00:352
chr19	43876979	rs71774559	GC	G	11878.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=266;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=35;NR=98;PP=2973;SC=CAGGCCCCCAGCCCCACCTCC;SOR=0.709;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=143;TCF=38;TCR=105;TR=133;WE=43877009;WS=43876969;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,256:1.00:256
chr19	43876983	rs114301694	C	T	12472.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=270;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=46.54;SOR=0.708;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,268:1.00:268
chr19	43876991	rs10404818	T	G	13470.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=290;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=46.77;SOR=0.750;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,288:1.00:288
chr19	43876994	rs10404822	T	G	13523.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=296;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=46.00;SOR=0.749;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,294:1.00:294
chr19	43877001	rs10403027	A	G	13471.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=312;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.46;SOR=0.815;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,310:1.00:310
chr19	43883124	rs4803622	C	T	1971.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=44;NR=22;PP=1442;SC=AGTTCAGTCCCCGCAGGGACC;SOR=1.244;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=66;TCF=44;TCR=22;TR=66;WE=43883132;WS=43883114;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr19	43883313	rs4803623	C	G	2051.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=47.55;QD=27.36;SOR=0.774;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr19	43969757	rs2259013	A	G	3212.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.824;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=80;PP=2168;ReadPosRankSum=0.571;SC=TCCCCCCTGGATGTGCCGCCT;SOR=1.352;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=103;TCF=22;TCR=81;TR=102;WE=43969765;WS=43969747;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,112:0.99:113
chr19	43979589	rs1055099	G	T	5716.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=78;NR=50;PP=2542;SC=CGTCAGCGGCGGTCACGATGA;SOR=1.004;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=130;TCF=78;TCR=52;TR=128;WE=43979597;WS=43979579;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,211:1.00:211
chr19	43982467	rs2682543	A	G	545.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=13;PP=379;SC=GAGACTGGGCACAGAAACTGG;SOR=1.981;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=18;TCF=5;TCR=13;TR=18;WE=43982475;WS=43982457;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr19	43983740	rs1133929	T	C	480.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=12.99;SOR=5.838;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr19	43999292	.	G	GGTCTGAGGGAGGAGGAGACTCGGGGCAGGACCCCTGA	2266.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.65;BaseQRankSum=0.843;ClippingRankSum=0.000;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.258;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.234;NF=19;NR=8;PP=2973;ReadPosRankSum=-1.571;SC=TGGACTCCTGGGTCTGAGGGA;SOR=2.107;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=32;TCF=21;TCR=11;TR=27;WE=43999300;WS=43999282;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,57:0.93:61
chr19	43999634	rs1125030	A	C	7349.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=277;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=98;NR=82;PP=2965;SC=AGGGCAGGTGACAGGTAGCTC;SOR=0.809;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=180;TCF=98;TCR=82;TR=180;WE=43999642;WS=43999624;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,271:1.00:271
chr19	44001891	rs2682549	T	C	2730.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=42;NR=22;PP=1190;SC=AAGAACCAGATGCCATTACCT;SOR=1.270;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=64;TCF=42;TCR=22;TR=64;WE=44001899;WS=44001881;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr19	44005876	rs112058634	CCAAA	C	13497.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-2.142;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=319;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.096;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.144;NF=24;NR=91;PP=2947;ReadPosRankSum=-1.144;SC=ACCCGGTGAGCCAAACAGACC;SOR=0.297;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=117;TCF=25;TCR=92;TR=115;WE=44005887;WS=44005866;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,305:1.00:306
chr19	44012880	rs2682578	A	G	1925.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=26;NR=18;PP=791;SC=TTTACACTCCACTTTCAAAGT;SOR=0.892;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=44;TCF=26;TCR=18;TR=44;WE=44012888;WS=44012870;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr19	44031324	rs3810381	C	T	3929.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=40;NR=72;PP=2152;SC=GTACAGCCTCCGCCATCGCGC;SOR=1.282;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=112;TCF=40;TCR=72;TR=112;WE=44031332;WS=44031314;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,147:1.00:147
chr19	44047493	rs72484243	CGTGT	C	442.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=40.25;SOR=2.494;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
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chr19	44050195	rs25479	C	T	5046.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.402;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=67;PP=1971;ReadPosRankSum=-0.120;SC=CCCCCAGCCCCAGCCCTACCT;SOR=0.330;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=110;TCF=43;TCR=67;TR=110;WE=44050203;WS=44050185;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,197:0.99:198
chr19	44055582	rs2139720	C	T	1368.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=30;NR=10;PP=845;SC=CCAGCCCCTGCCCCGCTCCTC;SOR=2.030;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=40;TCF=30;TCR=10;TR=40;WE=44055590;WS=44055572;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr19	44055726	rs25487	T	C	8345.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=332;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=96;NR=83;PP=2965;SC=GCCTTACCTCTGGGAGGGCAG;SOR=0.769;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=179;TCF=96;TCR=83;TR=179;WE=44055734;WS=44055716;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,326:1.00:326
chr19	44055898	rs25486	C	T	2322.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=23;NR=48;PP=1549;SC=CAAAGGGGAACGAGACAGGGG;SOR=1.423;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=71;TCF=23;TCR=48;TR=71;WE=44055906;WS=44055888;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr19	44057227	rs915927	T	C	1582.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=35;PP=863;SC=TAGGTCCTGCTGGGTCGCTGG;SOR=1.812;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=46;TCF=11;TCR=35;TR=46;WE=44057235;WS=44057217;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr19	44111524	rs146070175	TAC	T	284.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=1.696;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=1;PP=618;ReadPosRankSum=1.899;SC=CCAGGGGGAATACACACACAC;SOR=0.892;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=79;TCF=72;TCR=7;TR=28;WE=44111533;WS=44111514;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,18:0.21:84
chr19	44111568	rs35296355	TAC	T	292.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.272;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.32;ReadPosRankSum=-0.305;SOR=0.743;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:193,29:0.13:222
chr19	44116956	rs13343696	A	G	4342.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-0.796;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.038;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=60;PP=2605;ReadPosRankSum=-0.632;SC=ATTCCCTCCAAGGAGAAGAGT;SOR=0.264;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=120;TCF=60;TCR=60;TR=119;WE=44116964;WS=44116946;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,154:0.99:155
chr19	44118191	rs34163641	G	A	16549.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=2.280;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=629;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=200;NR=205;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.776;SC=CAAGGAGAGCGACCCCAGTCA;SOR=0.554;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=411;TCF=203;TCR=208;TR=405;WE=44118199;WS=44118181;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:11,611:0.98:622
chr19	44118680	rs1860149	A	G	414.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=11;PP=273;SC=CACTGCTGGCATGGGGCACAG;SOR=2.448;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=3;TCR=11;TR=14;WE=44118688;WS=44118670;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr19	44128437	rs2240633	A	G	4228.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.876;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=99;PP=2822;ReadPosRankSum=1.202;SC=TCAGAGGACGATCCCAGTCTG;SOR=1.395;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=123;TCF=23;TCR=100;TR=122;WE=44128445;WS=44128427;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,146:0.99:147
chr19	44131297	rs407049	T	C	6499.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=252;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=85;NR=71;PP=2723;SC=AGGATGCGTCTGACAAGGGGG;SOR=0.812;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=157;TCF=85;TCR=72;TR=156;WE=44131305;WS=44131287;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,248:1.00:248
chr19	44153100	rs4760	A	G	1836.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=34;NR=17;PP=1080;SC=GGTGATGGTGAGGCTGAGATG;SOR=1.341;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=51;TCF=34;TCR=17;TR=51;WE=44153108;WS=44153090;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr19	44248878	rs346532	A	G	1240.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=39;NR=7;PP=895;SC=CCCTGCTCCCAGTGGGTGCCC;SOR=3.033;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=46;TCF=39;TCR=7;TR=46;WE=44248886;WS=44248868;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr19	44254972	rs164070	C	T	1393.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=7;NR=35;PP=1012;SC=CTAGACTATACGAAGTCCCTT;SOR=2.608;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=42;TCF=7;TCR=35;TR=42;WE=44254980;WS=44254962;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr19	44268555	rs12611024	C	T	126.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=66.83;QD=21.14;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr19	44268654	rs12609587	T	C	1285.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.67;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=5;PP=147;SC=TCCCAGCCTCTTCAAGTGTTC;SOR=0.756;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=5;TCR=5;TR=10;WE=44268662;WS=44268644;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr19	44268678	rs12611034	C	T	1280.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.64;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=31;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=7;PP=177;SC=CCACCTTACCCTCCCAAGTAG;SOR=0.756;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=7;TCR=7;TR=14;WE=44268686;WS=44268668;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr19	44268730	rs145810077	TGTC	T	1208.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=1;NR=6;PP=314;SC=GCTAATTTGTTGTCGTTGTCG;SOR=0.693;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=1;TCR=6;TR=7;WE=44268740;WS=44268720;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr19	44273516	rs347519	T	C	2218.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=53;NR=11;PP=1450;SC=GGCATGGACATGCACACACAC;SOR=2.630;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=64;TCF=53;TCR=11;TR=64;WE=44273524;WS=44273506;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr19	44274041	rs2306799	G	A	2737.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=62;PP=1750;SC=CCTTGAACCCGCCCAACAGCC;SOR=2.184;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=79;TCF=17;TCR=62;TR=79;WE=44274049;WS=44274031;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr19	44276370	rs3760979	A	G	1242.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=29;PP=759;SC=ATACCCTCCCATCCCCTTCCC;SOR=2.885;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=33;TCF=4;TCR=29;TR=33;WE=44276378;WS=44276360;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr19	44278779	rs649540	T	G	8719.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.52;SOR=0.923;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,210:1.00:210
chr19	44278779	.	TAG	GAA	2286	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.61;FR=1.0000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=43;NR=70;PP=2286;QD=20.7032555298;SC=CAGCTGCCGGTAGGGGGCCAA;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=126;TCF=54;TCR=72;TR=113;WE=44278789;WS=44278769;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:13,113:0.90:126
chr19	44278781	rs563995	G	A	8719.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.82;SOR=1.000;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,199:1.00:199
chr19	44280837	rs514328	G	A	2317.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=25;NR=37;PP=1025;SC=GTCTCCCTCCGCCTGGCCCTC;SOR=1.071;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=62;TCF=25;TCR=37;TR=62;WE=44280845;WS=44280827;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr19	44306309	.	T	A	1144	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;FR=0.5000;HP=1;HapScore=4;MGOF=58;MMLQ=27;MQ=54.84;NF=12;NR=8;PP=1144;QD=58.9385606274;SC=GACCCAGGAGTTCAGGCCCCC;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=59;TCF=36;TCR=23;TR=20;WE=44306329;WS=44306299;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:39,20:0.34:59
chr19	44306321	.	GC	G	1153	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;FR=0.5000;HP=5;HapScore=4;MGOF=58;MMLQ=24;MQ=55.03;NF=12;NR=13;PP=1153;QD=47.16;SC=CAGGCCCCCAGCCCCCTCCTC;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=52;TCF=26;TCR=26;TR=25;WE=44306329;WS=44306299;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:27,25:0.48:52
chr19	44306347	.	AT	TC	1558	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;FR=0.5000;HP=1;HapScore=1;MGOF=34;MMLQ=28;MQ=56.67;NF=27;NR=18;PP=1558;QD=35.8103972192;SC=GACCCAGGAGATCAGGCCCCC;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=70;TCF=42;TCR=28;TR=45;WE=44306367;WS=44306337;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:25,45:0.64:70
chr19	44306358	.	A	AGCCCCTCCTCCCTC	2958.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.747;ClippingRankSum=0.000;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=56.66;MQRankSum=-0.892;QD=102.03;ReadPosRankSum=1.249;SOR=0.922;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,27:0.93:29
chr19	44306359	.	A	G	2289	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;FR=1.0000;HP=4;HapScore=1;MGOF=34;MMLQ=24;MQ=57.31;NF=43;NR=30;PP=2289;QD=31.8324823637;SC=CAGGCCCCCAACCCCTCCTCC;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=79;TCF=46;TCR=33;TR=73;WE=44306367;WS=44306337;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:6,73:0.92:79
chr19	44306359	.	A	AGACCCAGGAGTCCAGGCCCCCAG	2958.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=1.035;ClippingRankSum=0.000;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=57.68;MQRankSum=-0.709;QD=64.32;ReadPosRankSum=1.132;SOR=0.883;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,44:0.96:46
chr19	44306482	rs11879355	C	T	9742.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.875;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=388;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=108;NR=101;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.075;SC=TCAGGCAGAGCGCAGCCCCAA;SOR=0.725;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=211;TCF=109;TCR=102;TR=209;WE=44306490;WS=44306472;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,378:0.99:382
chr19	44306576	rs62116993	G	T	4709.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=44;NR=85;PP=2641;SC=GCTGTGATGTGCTGCCTGGCT;SOR=1.375;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=129;TCF=44;TCR=85;TR=129;WE=44306584;WS=44306566;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,172:1.00:172
chr19	44339546	rs11673454	G	A	2023.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=0.544;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=13;PP=1437;ReadPosRankSum=-0.820;SC=TAAATGGTGCGTGGGGTGTGT;SOR=1.312;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=66;TCF=53;TCR=13;TR=65;WE=44339554;WS=44339536;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,71:0.99:72
chr19	44351694	rs2195980	C	T	8477.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=333;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=89;NR=115;PP=2965;SC=AAAATTCATACTGGTGTGAAA;SOR=0.880;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=208;TCF=92;TCR=116;TR=204;WE=44351702;WS=44351684;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,324:1.00:324
chr19	44351836	rs957569	G	A	4971.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=67;NR=59;PP=2602;SC=GTGGCTATCAGCTTACTCAGC;SOR=0.738;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=126;TCF=67;TCR=59;TR=126;WE=44351844;WS=44351826;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,180:1.00:180
chr19	44352665	rs2356437	T	C	4473.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=51;NR=70;PP=1865;SC=GACCTTTACTTGTGGCTCAAA;SOR=0.944;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=123;TCF=51;TCR=72;TR=121;WE=44352673;WS=44352655;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,176:1.00:176
chr19	44376681	rs1050054	G	T	2095.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=35;NR=13;PP=1028;SC=GTAAAAATGTGCCATGGCTAA;SOR=1.488;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=49;TCF=36;TCR=13;TR=48;WE=44376689;WS=44376671;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr19	44377357	rs239942	C	T	6142.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=87;NR=73;PP=2965;SC=GAGCCCTTACCAAAAGCCTTT;SOR=0.824;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=161;TCF=88;TCR=73;TR=160;WE=44377365;WS=44377347;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,226:1.00:226
chr19	44377669	rs12977303	G	A	6527.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=242;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=88;NR=92;PP=2965;SC=ATTTTCTGATGTTCTGTAAGG;SOR=0.727;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=180;TCF=88;TCR=92;TR=180;WE=44377677;WS=44377659;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,240:1.00:240
chr19	44417575	rs417699	A	G	8399.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.887;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=317;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=118;NR=98;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.890;SC=CTGATGAAGGAAAGTCCTTGT;SOR=0.860;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=218;TCF=119;TCR=99;TR=216;WE=44417583;WS=44417565;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,308:0.99:310
chr19	44418077	rs407731	C	T	6729.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=260;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=91;NR=87;PP=2965;SC=CTTACCACACCTCTCGCATTT;SOR=0.758;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=179;TCF=91;TCR=88;TR=178;WE=44418085;WS=44418067;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,254:1.00:254
chr19	44418343	rs406968	C	T	6161.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=1.051;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=83;NR=87;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.902;SC=CACACTGATACGGTTTCTCTC;SOR=0.711;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=173;TCF=84;TCR=89;TR=170;WE=44418351;WS=44418333;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,228:0.99:230
chr19	44418544	rs425221	A	G	7724.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=1.213;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=296;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=104;NR=114;PP=2965;ReadPosRankSum=0.941;SC=TACAATGAATATTAAGGTGTG;SOR=0.794;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=220;TCF=104;TCR=116;TR=218;WE=44418552;WS=44418534;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,288:0.99:292
chr19	44418680	rs388685	G	C	13198.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=322;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=99;NR=101;PP=2965;SC=ACACTTATATGGTTTCTTTCC;SOR=0.700;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=200;TCF=99;TCR=101;TR=200;WE=44418701;WS=44418670;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,313:1.00:313
chr19	44418693	rs388706	T	C	13377.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=325;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=95;NR=95;PP=2965;SC=TTCTTTCCAGTGTGAACTTTC;SOR=0.712;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=194;TCF=96;TCR=98;TR=190;WE=44418701;WS=44418670;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,317:1.00:317
chr19	44418824	rs399098	C	T	6046.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=77;NR=78;PP=2965;SC=CCCAACATTCCTCCCACACTC;SOR=0.739;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=156;TCF=77;TCR=79;TR=155;WE=44418832;WS=44418814;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,221:1.00:221
chr19	44419030	rs420242	A	G	8016.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=309;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=102;NR=93;PP=2965;SC=TCTCTCCTGCATGAGCCCTTT;SOR=0.726;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=195;TCF=102;TCR=93;TR=195;WE=44419038;WS=44419020;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,303:1.00:303
chr19	44422982	rs423320	G	A	3448.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=45;NR=28;PP=1332;SC=TATCTCCAAGGCTAACAGAAA;SOR=1.038;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=73;TCF=45;TCR=28;TR=73;WE=44422990;WS=44422972;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr19	44423195	rs423752	G	A	1134.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=10;NR=28;PP=743;SC=TCATTTCATCGTCTTCAGGAC;SOR=2.038;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=38;TCF=10;TCR=28;TR=38;WE=44423203;WS=44423185;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr19	44423981	rs384329	T	C	3872.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=22;NR=76;PP=2330;SC=TTCAACTTTATTACAGTTAAA;SOR=2.063;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=98;TCF=22;TCR=76;TR=98;WE=44423989;WS=44423971;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr19	44426265	rs413093	A	G	908.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=21;NR=4;PP=600;SC=AATAAGGTGTATGTAATCTTT;SOR=2.621;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=21;TCR=4;TR=25;WE=44426273;WS=44426255;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr19	44426467	rs57712519	T	TG	1848.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=0;NR=30;PP=1103;SC=TGTTTTGTTTTTTTTAACGTG;SOR=1.519;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=30;TCF=0;TCR=30;TR=30;WE=44426475;WS=44426457;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr19	44466754	rs413061	G	C	2441.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=47;NR=16;PP=1319;SC=TTGCAGTTTGGGGTTATGAGT;SOR=1.872;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=63;TCF=47;TCR=16;TR=63;WE=44466762;WS=44466744;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr19	44469577	rs451601	T	G	1343.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=9;NR=34;PP=975;SC=TTGCCAAACTTCTTTCATAAC;SOR=2.511;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=43;TCF=9;TCR=34;TR=43;WE=44469585;WS=44469567;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr19	44470189	rs454301	T	A	11709.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=453;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=130;NR=141;PP=2965;SC=TAAACAGTCCTTCAGTGATGT;SOR=0.769;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=271;TCF=130;TCR=141;TR=271;WE=44470197;WS=44470179;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,438:1.00:438
chr19	44470420	rs439676	T	C	8973.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=344;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=132;NR=103;PP=2965;SC=ACCATTCAAATGTGGGCAATG;SOR=0.858;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=235;TCF=132;TCR=103;TR=235;WE=44470428;WS=44470410;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,338:1.00:338
chr19	44470548	rs453640	A	G	12394.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=447;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=182;NR=142;PP=2965;SC=CACAGCTTCAAGAACATCAGA;SOR=0.882;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=325;TCF=182;TCR=143;TR=324;WE=44470556;WS=44470538;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,436:1.00:436
chr19	44470663	rs435590	G	C	17351.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=643;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=203;NR=201;PP=2965;SC=AGGAGAAAAAGCATTCAGATG;SOR=0.709;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=404;TCF=203;TCR=201;TR=404;WE=44470671;WS=44470653;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,641:1.00:641
chr19	44471209	rs365745	T	A	7162.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.183;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=289;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.736;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=102;NR=81;PP=2965;ReadPosRankSum=1.896;SC=TACTCAGAGTTCACAACTTCA;SOR=0.522;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=186;TCF=102;TCR=84;TR=183;WE=44471217;WS=44471199;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,275:0.99:279
chr19	44471323	rs366111	G	A	7225.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.266;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=285;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=81;NR=101;PP=2965;ReadPosRankSum=0.075;SC=GAGGGTCCACGGGGGAGAGCG;SOR=0.472;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=189;TCF=84;TCR=105;TR=182;WE=44471331;WS=44471313;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,273:0.99:276
chr19	44471632	rs56887248	CT	C	216.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.373;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=10.132;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.68;MQRankSum=0.000;QD=9.85;ReadPosRankSum=1.009;SOR=3.236;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:3,19:0.86:22
chr19	44500478	rs398235	A	T	5247.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=62;NR=86;PP=2965;SC=TAAACAGTCCATCAGTGATGT;SOR=1.006;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=148;TCF=62;TCR=86;TR=148;WE=44500486;WS=44500468;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,188:1.00:188
chr19	44500761	rs448921	G	A	14942.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=568;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=164;NR=167;PP=2965;SC=AATGTTCATCGTAAATTACAC;SOR=0.707;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=333;TCF=164;TCR=169;TR=331;WE=44500769;WS=44500751;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,566:1.00:566
chr19	44501116	rs388812	A	G	13013.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=477;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=138;NR=191;PP=2965;SC=ACACAGGAGAAAAACCATATA;SOR=0.953;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=334;TCF=142;TCR=192;TR=329;WE=44501124;WS=44501106;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,464:1.00:464
chr19	44501227	rs388471	A	G	9621.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=350;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=101;NR=126;PP=2965;SC=AAGAATGTGGAAAGGGATTTT;SOR=0.882;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=227;TCF=101;TCR=126;TR=227;WE=44501235;WS=44501217;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,344:1.00:344
chr19	44501627	rs35292176	T	C	1805.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=46;PP=1384;SC=TGACACATAATTGTTCATATT;SOR=4.654;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=48;TCF=2;TCR=46;TR=48;WE=44501635;WS=44501617;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr19	44503379	rs452554	C	T	1725.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=26;NR=22;PP=936;SC=TACATTTCATCCAGTCCTGTA;SOR=0.790;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=48;TCF=26;TCR=22;TR=48;WE=44503387;WS=44503369;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr19	44503541	rs11314755	TA	T	2532.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=31;PP=1365;SC=AGACAGACCTTAAGAGTTCAT;SOR=1.011;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=34;TCF=2;TCR=32;TR=33;WE=44503549;WS=44503531;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr19	44503569	rs7252394	G	A	1325.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=42;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=14;NR=26;PP=797;SC=TTTACAAAACGAATCATGAAC;SOR=1.345;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=40;TCF=14;TCR=26;TR=40;WE=44503577;WS=44503559;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr19	44503607	rs7253205	T	C	635.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=54;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=15;PP=475;SC=CACTAGAATGTCAGTGACATG;SOR=2.737;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=3;TCR=15;TR=18;WE=44503615;WS=44503597;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr19	44511202	rs2356549	A	T	7673.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=289;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=89;NR=77;PP=2965;SC=TACTCAAGACACTGAAGACTC;SOR=0.794;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=168;TCF=89;TCR=79;TR=166;WE=44511231;WS=44511192;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,288:1.00:288
chr19	44511223	rs424147	T	G	8160.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=307;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=90;NR=90;PP=2965;SC=CAAAAAGTAGTAGGAAAAATG;SOR=0.713;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=181;TCF=90;TCR=91;TR=180;WE=44511231;WS=44511192;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,305:1.00:305
chr19	44511389	rs2191566	G	T	3691.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=34;NR=61;PP=1898;SC=TGTCTCTTTTGTGTTGACTTT;SOR=1.220;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=95;TCF=34;TCR=61;TR=95;WE=44511397;WS=44511379;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,138:1.00:138
chr19	44530390	rs8101750	T	C	3522.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=30;NR=65;PP=2000;SC=TACATGATCTTCACAGTGGCA;SOR=1.416;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=95;TCF=30;TCR=65;TR=95;WE=44530398;WS=44530380;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chr19	44530444	rs3830527	GAC	G	1493.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=25;PP=1311;SC=ATGGGCGTGAGACACAGGTGG;SOR=1.885;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=28;TCF=2;TCR=26;TR=27;WE=44530453;WS=44530434;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr19	44535999	rs7258517	G	T	7887.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=303;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=128;NR=77;PP=2965;SC=GATGGAGACTGTTCCAGAAGC;SOR=1.110;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=206;TCF=128;TCR=78;TR=205;WE=44536007;WS=44535989;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,294:1.00:294
chr19	44564401	rs12610472	T	C	2690.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=32;NR=31;PP=1090;SC=AAGACTTCTTTGTCGTTGGAC;SOR=0.752;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=63;TCF=32;TCR=31;TR=63;WE=44564409;WS=44564391;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr19	44564981	rs3826941	G	A	12221.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.762;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=468;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=133;NR=134;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.958;SC=CAACCCAAAGGGAAGGGAATT;SOR=0.706;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=269;TCF=135;TCR=134;TR=267;WE=44564989;WS=44564971;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,457:1.00:459
chr19	44565125	rs4502339	A	G	4827.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=49;NR=89;PP=2922;SC=CCTTCCAGCTAGTGGCCCTGC;SOR=1.329;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=138;TCF=49;TCR=89;TR=138;WE=44565133;WS=44565115;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,174:1.00:174
chr19	44570393	rs6509138	C	A	5405.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=58;NR=74;PP=2640;SC=TGAGGAAGGACTATCTATAAT;SOR=0.856;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=133;TCF=59;TCR=74;TR=132;WE=44570401;WS=44570383;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,210:1.00:210
chr19	44570551	rs4375771	G	A	4234.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-0.589;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=68;NR=55;PP=2371;ReadPosRankSum=-0.562;SC=ACATCTCAGCGCTTCATATTC;SOR=0.316;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=126;TCF=70;TCR=56;TR=123;WE=44570559;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,160:0.99:161
chr19	44571154	rs4433920	T	C	8492.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=307;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=100;NR=123;PP=2965;SC=ACTTGCACCATAGAGCCCACA;SOR=0.856;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=224;TCF=100;TCR=124;TR=223;WE=44571162;WS=44571144;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,303:1.00:303
chr19	44580440	rs201907991	CT	C	188.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.126;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.02;MQRankSum=0.000;QD=1.29;ReadPosRankSum=1.793;SOR=0.680;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:104,42:0.29:146
chr19	44580758	rs57895932	T	C	1412.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=40;PP=898;SC=ATTTATGTTATGAGTAGAAAT;SOR=3.056;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=7;TCR=40;TR=47;WE=44580766;WS=44580748;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
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chr19	44586076	rs4553729	T	C	4351.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=65;NR=49;PP=1919;SC=ACCATATCAGTGTTCAAGTTC;SOR=0.948;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=115;TCF=65;TCR=50;TR=114;WE=44586084;WS=44586066;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,165:1.00:165
chr19	44589999	rs139900131	TCTC	T	12399.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=284;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=38;NR=79;PP=2965;SC=AGCTCTCAGTTCTCCACACAA;SOR=0.830;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=123;TCF=40;TCR=83;TR=117;WE=44590009;WS=44589989;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,278:1.00:278
chr19	44590558	rs7255701	C	T	6726.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=241;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=96;NR=92;PP=2965;SC=CCATGGTCCACATGCAAGAGA;SOR=0.702;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=188;TCF=96;TCR=92;TR=188;WE=44590566;WS=44590548;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,235:1.00:235
chr19	44591360	rs8113249	G	A	2507.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=54;PP=1532;SC=GAAGCGCTACGAGAGGCGCTT;SOR=2.007;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=68;TCF=13;TCR=55;TR=67;WE=44591368;WS=44591350;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr19	44604914	rs62115526	T	C	6478.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=250;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=108;NR=74;PP=2965;SC=CCAGGAATCATTGGTCATGAG;SOR=0.752;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=182;TCF=108;TCR=74;TR=182;WE=44604922;WS=44604904;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,243:1.00:243
chr19	44610665	rs2068061	A	G	9242.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=346;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=113;NR=82;PP=2965;SC=TCAAGACTTGATGATAAATAG;SOR=0.889;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=195;TCF=113;TCR=82;TR=195;WE=44610673;WS=44610655;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,343:1.00:343
chr19	44610798	rs4239529	A	T	8784.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-1.080;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=333;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.284;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=106;NR=128;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.536;SC=GATGTCTCCCACTTTGATTTT;SOR=0.433;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=237;TCF=107;TCR=130;TR=234;WE=44610806;WS=44610788;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,327:1.00:328
chr19	44611066	rs7508149	T	C	15573.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=582;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=168;NR=175;PP=2965;SC=ATGTTCATCATAAATTACACA;SOR=0.711;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=343;TCF=168;TCR=175;TR=343;WE=44611074;WS=44611056;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,577:1.00:577
chr19	44611420	rs4508518	A	G	13626.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=498;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=143;NR=188;PP=2965;SC=ACACGGGAGAAAAGCCATATA;SOR=0.912;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=333;TCF=143;TCR=190;TR=331;WE=44611428;WS=44611410;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,491:1.00:491
chr19	44612005	rs3746321	A	G	8244.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.73;QD=43.17;SOR=1.069;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,191:1.00:191
chr19	44612014	rs3200505	A	T	8248.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.72;QD=43.88;SOR=1.119;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,188:1.00:188
chr19	44612231	rs3746319	A	G	5885.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=79;NR=70;PP=2965;SC=TTCATTCTCTAAAGTGCAAGA;SOR=0.742;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=149;TCF=79;TCR=70;TR=149;WE=44612239;WS=44612221;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,209:1.00:209
chr19	44634903	rs10413195	A	G	1244.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=34;NR=6;PP=1080;SC=AACATTCCCTATATTTATTAA;SOR=2.948;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=44;TCF=38;TCR=6;TR=40;WE=44634911;WS=44634893;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr19	44662274	rs35483237	T	TA	39.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.233;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=2.998;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.65;ReadPosRankSum=1.613;SOR=0.610;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:50,11:0.18:61
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chr19	44676993	rs113255962	G	A	5214.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.907;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=101;NR=46;PP=2946;ReadPosRankSum=0.132;SC=TTTTCAACTTGTGATTTGGCA;SOR=1.337;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=152;TCF=103;TCR=49;TR=147;WE=44677001;WS=44676983;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,196:0.99:198
chr19	44677233	rs12459795	A	G	5090.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.623;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=86;PP=2715;ReadPosRankSum=-0.794;SC=CACCCTTTGTACTGCTTGCCC;SOR=0.653;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=125;TCF=38;TCR=87;TR=124;WE=44677241;WS=44677223;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,182:0.99:183
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chr19	44739303	rs2279073	T	C	5908.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.897;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=80;NR=59;PP=2777;ReadPosRankSum=-0.814;SC=ATGGCTCCAATCAGAAATTAC;SOR=0.912;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=140;TCF=81;TCR=59;TR=139;WE=44739311;WS=44739293;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,220:0.99:222
chr19	44739399	rs2279072	T	C	7125.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.976;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=268;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=100;NR=82;PP=2965;ReadPosRankSum=0.194;SC=CGAATGTTCATACAGGAGAAA;SOR=0.823;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=184;TCF=101;TCR=83;TR=182;WE=44739407;WS=44739389;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,260:0.99:262
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chr19	44769974	rs12462723	C	T	1302.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-1.124;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=14;PP=539;ReadPosRankSum=1.218;SC=GTACAAACACCTTTTTCAGCG;SOR=0.273;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=30;TCF=16;TCR=14;TR=29;WE=44769982;WS=44769964;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,51:0.98:52
chr19	44778405	rs1233428	A	C	7175.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=264;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=86;NR=79;PP=2965;SC=AGAGTTCACAAAGGAGAGAAG;SOR=0.763;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=165;TCF=86;TCR=79;TR=165;WE=44778413;WS=44778395;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,263:1.00:263
chr19	44791447	rs36119289	T	A	6052.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.856;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=237;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=93;NR=68;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.914;SC=ACAACAGACATCACATATGTA;SOR=0.958;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=163;TCF=94;TCR=69;TR=161;WE=44791455;WS=44791437;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,227:0.99:229
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chr19	44792969	rs2609908	G	A	2695.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=0.836;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=40;PP=1470;ReadPosRankSum=-0.882;SC=AATATACATAGTTTGTTTTTC;SOR=0.772;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=77;TCF=37;TCR=40;TR=77;WE=44792977;WS=44792959;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,104:0.98:106
chr19	44807359	rs67283809	GAT	G	118.74	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=1.242;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.332;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=1;PP=273;ReadPosRankSum=0.619;SC=GAAATTAACAGATATATATAT;SOR=2.303;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=6;TCF=5;TCR=1;TR=5;WE=44807368;WS=44807349;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,6:0.75:8
chr19	44832684	rs2609880	T	G	12466.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=2.706;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=490;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=142;NR=164;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.139;SC=GTTTCTCTCCTGTGTGGACTC;SOR=0.434;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=314;TCF=145;TCR=169;TR=306;WE=44832692;WS=44832674;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:8,476:0.98:484
chr19	44832875	rs2722722	A	G	10134.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.212;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=383;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=123;NR=121;PP=2965;ReadPosRankSum=0.235;SC=CCTTGAAGATATAAATTATGG;SOR=0.374;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=247;TCF=124;TCR=123;TR=244;WE=44832883;WS=44832865;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,378:0.99:381
chr19	44832992	rs2722723	C	G	6491.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.803;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=256;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.908;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=69;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.108;SC=CCACACTCCTCAGAATTATAT;SOR=0.658;Source=Platypus;TCF=71;WE=44833000;WS=44832982;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,246:0.98:250
chr19	44833506	rs4325673	C	T	6913.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.291;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=264;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=100;NR=80;PP=2965;ReadPosRankSum=0.436;SC=GCTGATGAACCTCAGAGCTGG;SOR=0.882;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=183;TCF=102;TCR=81;TR=180;WE=44833514;WS=44833496;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,252:0.98:256
chr19	44833851	rs4280359	G	C	4780.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-0.943;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=68;NR=67;PP=2944;ReadPosRankSum=1.379;SC=CTATATGAGTGAATATATAGT;SOR=0.228;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=136;TCF=69;TCR=67;TR=135;WE=44833859;WS=44833841;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,171:0.99:172
chr19	44840789	rs2571104	T	C	2969.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=43;NR=27;PP=1472;SC=AACATCCATCTCTTGGGGTTT;SOR=1.148;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=70;TCF=43;TCR=27;TR=70;WE=44840797;WS=44840779;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr19	44845385	rs74260472	C	T	1679.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=16;NR=33;PP=913;SC=TCTTCTATCCCATTTCTGGGC;SOR=1.366;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=49;TCF=16;TCR=33;TR=49;WE=44845393;WS=44845375;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr19	44847480	rs5828194	GA	G	9291.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.876;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=283;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQ=60.08;MQRankSum=0.194;NF=15;NR=95;PP=2951;ReadPosRankSum=0.967;SC=AGGGTAATACGAAAGAAGCCA;SOR=0.878;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=118;TCF=16;TCR=102;TR=110;WE=44847488;WS=44847470;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,269:0.99:273
chr19	44890697	rs1836280	A	G	7944.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.386;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=296;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=-0.669;NF=114;NR=69;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.512;SC=CACGCTCACAATGTGTGTACT;SOR=0.388;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=184;TCF=115;TCR=69;TR=183;WE=44890705;WS=44890687;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,295:1.00:296
chr19	44890801	rs12610859	T	C	9725.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.023;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=370;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=1.660;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=-1.184;NF=115;NR=118;PP=2965;ReadPosRankSum=1.482;SC=GGCCTCTCTCTTGTGTGGACT;SOR=0.482;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=238;TCF=117;TCR=121;TR=233;WE=44890809;WS=44890791;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:5,361:0.99:366
chr19	44891784	rs2571089	T	C	8742.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=321;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=102;NR=100;PP=2965;SC=TTTCCCACAGTTGGGATGTCT;SOR=0.699;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=202;TCF=102;TCR=100;TR=202;WE=44891792;WS=44891774;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,317:1.00:317
chr19	44892225	rs114985922	T	G	919.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.355;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=516;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.02;MQRankSum=-18.629;QD=1.79;ReadPosRankSum=-2.738;SOR=0.667;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:458,57:0.11:515
chr19	44892228	rs117953191	G	C	907.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.910;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=519;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.02;MQRankSum=-19.063;QD=1.75;ReadPosRankSum=-2.999;SOR=0.664;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:463,55:0.11:518
chr19	44892333	rs2571090	A	T	2897.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=28;NR=61;PP=1690;SC=TGAGAAAATGAAATATGATGG;SOR=1.609;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=90;TCF=28;TCR=62;TR=89;WE=44892341;WS=44892323;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr19	44976538	rs17727484	A	G	4519.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=47;NR=53;PP=2168;SC=GAGACTCCCTATGAATTCCAC;SOR=0.755;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=100;TCF=47;TCR=53;TR=100;WE=44976546;WS=44976528;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,165:1.00:165
chr19	44977039	rs57946353	A	G	7629.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.340;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=298;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.136;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=4.241;NF=105;NR=112;PP=2965;ReadPosRankSum=0.321;SC=GGGAGAAACCATACAAATGCA;SOR=0.473;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=219;TCF=107;TCR=112;TR=217;WE=44977047;WS=44977029;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,295:0.99:298
chr19	44977240	rs1897823	A	G	8250.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-2.235;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=326;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.022;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=109;NR=101;PP=2965;ReadPosRankSum=0.780;SC=GACTTCAGTCAGAATTCAGAT;SOR=0.110;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=213;TCF=112;TCR=101;TR=210;WE=44977248;WS=44977230;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,320:0.99:322
chr19	44981318	rs954313	G	A	3136.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.312;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=42;PP=1565;ReadPosRankSum=-0.483;SC=GCTTCTCTCCGGTATGTGTTC;SOR=0.301;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=81;TCF=36;TCR=45;TR=78;WE=44981326;WS=44981308;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,116:0.99:117
chr19	44981525	rs2020083	G	A	4697.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.548;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=77;NR=52;PP=2466;ReadPosRankSum=1.173;SC=GCGAGCTCCGGCTGAAGGATT;SOR=0.559;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=130;TCF=78;TCR=52;TR=129;WE=44981533;WS=44981515;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,175:0.98:178
chr19	44981883	rs1897820	C	G	2794.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=36;NR=29;PP=1313;SC=AAATCCATAGCATTTATCTTT;SOR=0.789;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=65;TCF=36;TCR=29;TR=65;WE=44981891;WS=44981873;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr19	44983567	rs2253563	C	G	3303.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=45;NR=46;PP=1783;SC=GAGCAGGGTTCCAAGTACCCT;SOR=0.742;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=91;TCF=45;TCR=46;TR=91;WE=44983575;WS=44983557;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr19	44983728	rs35167767	TG	T	973.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=19;PP=707;SC=ATTGGTGACCTGGGGAGTTGT;SOR=2.019;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=0;TCR=20;TR=19;WE=44983736;WS=44983718;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr19	45001232	rs2571109	C	T	3211.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.676;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=31;PP=1326;ReadPosRankSum=-0.869;SC=CATGAGGGCCCCAAACCCCCT;SOR=0.793;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=71;TCF=39;TCR=32;TR=70;WE=45001240;WS=45001222;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,124:0.98:126
chr19	45001346	rs2571108	G	A	3792.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=44;NR=44;PP=1726;SC=CTGTGCACAGGCCTTCGGGGG;SOR=0.693;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=89;TCF=44;TCR=45;TR=88;WE=45001354;WS=45001336;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,142:1.00:142
chr19	45010116	rs1434577	G	T	727.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=19;NR=7;PP=552;SC=AGATGACAGAGAATGACTGGC;SOR=1.893;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=19;TCR=7;TR=26;WE=45010124;WS=45010106;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr19	45016990	rs5828200	CT	C	6524.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=12;NR=66;PP=2951;SC=GACTGGGGTCCTTCTGTTGTT;SOR=0.704;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=81;TCF=13;TCR=68;TR=78;WE=45016998;WS=45016980;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,177:1.00:177
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chr19	45024879	rs57244256	CGT	C	221.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=0.499;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=10;PP=286;ReadPosRankSum=0.446;SC=GGAGTGTGTGCGTGTGTGTGT;SOR=0.446;SbPval=0.21;Source=Platypus;TC=46;TCF=1;TCR=45;TR=11;WE=45024890;WS=45024869;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,14:0.30:47
chr19	45033379	rs71940010	GCA	G	395.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.253;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FS=0.894;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.17;MQRankSum=2.533;QD=3.96;ReadPosRankSum=-0.083;SOR=0.728;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:72,28:0.28:100
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chr19	45138671	rs370451038	TCTC	T	827.90	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-1.650;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=5.179;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.87;ReadPosRankSum=0.716;SOR=0.148;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,28:0.88:32
chr19	45147340	rs11540084	G	T	1386.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=33;NR=6;PP=874;SC=CAGAGCGAGCGGGCGCCGGGA;SOR=2.560;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=39;TCF=33;TCR=6;TR=39;WE=45147348;WS=45147330;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr19	45147518	rs5828211	C	CA	11698.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=277;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=32;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=19;NR=82;PP=2973;SC=GTCTGGCTCCCGCTCCGCATC;SOR=0.871;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=102;TCF=20;TCR=82;TR=101;WE=45147526;WS=45147508;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,266:1.00:266
chr19	45147542	rs439446	T	C	9985.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=56;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=54;NR=76;PP=2232;SC=GCCGGGTACTTGCCCCCTTGG;SOR=0.999;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=132;TCF=55;TCR=77;TR=130;WE=45147550;WS=45147532;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,225:1.00:225
chr19	45147576	rs5828212	CG	C	4548.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=53;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=51;PP=2605;SC=ACGGCCCCGCCGCGGCGCCAC;SOR=1.003;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=63;TCF=11;TCR=52;TR=62;WE=45147584;WS=45147566;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr19	45157113	rs71171278	A	AG	18842.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=489;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=88;NR=164;PP=2974;SC=AATCCCGCGTACCCCAGGCCC;SOR=0.843;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=255;TCF=89;TCR=166;TR=252;WE=45157121;WS=45157103;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,484:1.00:484
chr19	45162038	rs203710	A	G	3137.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.748;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=38;PP=1431;ReadPosRankSum=0.765;SC=ACTCAGGCATATCCCGTAACG;SOR=0.726;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=76;TCF=38;TCR=38;TR=76;WE=45162046;WS=45162028;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,120:0.98:122
chr19	45162189	rs35385129	C	A	1309.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.64;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=9;NR=20;PP=591;SC=CCAGAGCTGCCGTAATTGAGC;SOR=1.345;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=9;TCR=20;TR=29;WE=45162197;WS=45162179;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr19	45202701	rs199957735	C	CT	43.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.405;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=7.276;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.74;ReadPosRankSum=-2.470;SOR=0.088;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:48,11:0.19:59
chr19	45207037	rs71364503	A	T	797.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.73;SOR=1.402;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr19	45324138	rs28399637	G	A	5231.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=63;NR=62;PP=2174;SC=GAGCACGCCCGTGGGCACAGG;SOR=0.723;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=126;TCF=64;TCR=62;TR=125;WE=45324146;WS=45324128;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,203:1.00:203
chr19	45375072	rs371213833	G	A	2428.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=51;NR=20;PP=1487;SC=AATGACTGCCGGTGAGGAGTG;SOR=1.809;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=73;TCF=52;TCR=21;TR=71;WE=45375080;WS=45375062;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr19	45389224	rs283814	A	G	14001.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=552;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=160;NR=139;PP=2965;SC=ACAAGCCACCAACCCCAAAAG;SOR=0.788;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=300;TCF=160;TCR=140;TR=299;WE=45389232;WS=45389214;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,547:1.00:547
chr19	45404431	rs741780	T	C	3494.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=45;NR=49;PP=1754;SC=TGGGGCCACTTGCTAATTCTC;SOR=0.724;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=94;TCF=45;TCR=49;TR=94;WE=45404439;WS=45404421;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chr19	45404691	rs405697	A	G	3631.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=39;NR=69;PP=2066;SC=CCACATTACCAGGGAACACTT;SOR=1.273;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=108;TCF=39;TCR=69;TR=108;WE=45404699;WS=45404681;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,136:1.00:136
chr19	45409167	rs440446	C	G	844.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=10;NR=16;PP=536;SC=ACCCTGGGAACCCCTGGCCTC;SOR=0.957;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=10;TCR=16;TR=26;WE=45409175;WS=45409157;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr19	45418237	rs12721048	G	A	1789.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=22;NR=26;PP=895;SC=TTGCGGAGTTGGAGATTTGGA;SOR=0.869;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=48;TCF=22;TCR=26;TR=48;WE=45418245;WS=45418227;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr19	45419394	.	C	CAAAAAAAA	214.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.60;QD=35.80;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr19	45465455	rs11421478	C	CT	374.74	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.523;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.92;ReadPosRankSum=-0.755;SOR=0.741;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,23:0.79:29
chr19	45476422	rs204481	T	C	7582.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=279;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=76;NR=98;PP=2965;SC=CCGGAGGAGCTCCACGCGTCG;SOR=0.872;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=174;TCF=76;TCR=98;TR=174;WE=45476430;WS=45476412;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,277:1.00:277
chr19	45477910	rs11318909	CT	C	3532.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=88;PP=2966;SC=ACTGAAGGACCTTTTCCTCCA;SOR=2.948;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=95;TCF=2;TCR=93;TR=89;WE=45477918;WS=45477900;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr19	45488434	rs204472	A	G	2701.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=50;NR=27;PP=1346;SC=TGCAGGTGCCAGCAGGTCTCA;SOR=1.279;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=78;TCF=50;TCR=28;TR=77;WE=45488442;WS=45488424;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr19	45488567	rs204471	T	C	4955.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-2.148;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.362;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=71;PP=2014;ReadPosRankSum=-0.719;SC=TCAAGGTAAATGGGCAGGGTT;SOR=0.496;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=127;TCF=56;TCR=71;TR=126;WE=45488575;WS=45488557;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,192:0.99:193
chr19	45489548	rs58800134	A	AG	2131.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=18;NR=18;PP=1649;SC=GCTTGAGCCCAGAATTCGAGA;SOR=1.278;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=39;TCF=20;TCR=19;TR=36;WE=45489556;WS=45489538;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr19	45490636	rs204468	T	C	8179.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.492;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=309;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=87;NR=138;PP=2965;ReadPosRankSum=1.109;SC=ACTTCCTGGGTGATGAGTTGT;SOR=0.411;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=226;TCF=87;TCR=139;TR=225;WE=45490644;WS=45490626;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,306:1.00:307
chr19	45493635	rs875255	C	G	2919.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.39;SOR=0.984;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
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chr19	45494349	rs11333249	TC	T	2103.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=19;NR=36;PP=2111;SC=CATAACTGCTTCCCTGGGCGA;SOR=1.197;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=56;TCF=20;TCR=36;TR=55;WE=45494357;WS=45494339;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr19	45496303	rs9193	T	C	4784.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=49;NR=55;PP=1984;SC=CAGCGTGTGATGTAGGGGCCG;SOR=0.771;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=104;TCF=49;TCR=55;TR=104;WE=45496311;WS=45496293;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,185:1.00:185
chr19	45506732	rs145291152	CAAA	C	1062.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=11.139;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.18;MQRankSum=0.000;QD=25.30;SOR=0.956;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:4,38:0.90:42
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chr19	45513146	rs150557566	GGCCTTC	G	1561.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.192;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.75;MQRankSum=0.380;QD=39.04;ReadPosRankSum=-1.128;SOR=0.302;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,39:0.98:40
chr19	45536036	rs10424046	C	G	952.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-1.863;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=25;PP=729;ReadPosRankSum=-0.759;SC=GGTGACCCACCACCTCGGAGA;SOR=1.552;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=31;TCF=5;TCR=26;TR=30;WE=45536044;WS=45536026;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,32:0.97:33
chr19	45537417	rs143167603	AAAAT	A	1455.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=10;PP=1068;SC=ACTGTCTCTAAAAATAAATAA;SOR=1.418;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=22;TCF=9;TCR=13;TR=18;WE=45537428;WS=45537407;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr19	45561063	rs4803794	A	G	5261.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=62;NR=61;PP=2307;SC=CACGGTGGCCAAGGTAGAGAA;SOR=0.723;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=123;TCF=62;TCR=61;TR=123;WE=45561071;WS=45561053;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,205:1.00:205
chr19	45567606	.	GCTC	G	83.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.437;ClippingRankSum=0.000;DP=173;ExcessHet=3.0103;FS=1.052;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.13;MQRankSum=4.566;QD=0.53;ReadPosRankSum=-1.689;SOR=0.876;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:144,14:0.09:158
chr19	45571575	.	C	A	37.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.465;ClippingRankSum=-0.000;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=5.40;ReadPosRankSum=1.465;SOR=0.148;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,2:0.29:7
chr19	45571584	.	C	A	34.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.383;ClippingRankSum=-0.000;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=3.86;ReadPosRankSum=1.593;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,2:0.22:9
chr19	45571781	rs10445571	T	C	6610.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.408;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=254;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.045;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=76;NR=72;PP=2873;ReadPosRankSum=-0.537;SC=AGCTCTTCTTTCCCTTGGCAG;SOR=0.261;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=151;TCF=76;TCR=75;TR=148;WE=45571789;WS=45571771;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,251:1.00:252
chr19	45571900	rs34337168	G	GCC	3748.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=42;PP=2015;SC=CAGCTCCGCTGCCGCTATGCT;SOR=1.609;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=50;TCF=3;TCR=47;TR=45;WE=45571911;WS=45571890;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr19	45571903	rs36097205	G	C	3757.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=13;NR=43;PP=1316;SC=CTCCGCTGCCGCTATGCTGGG;SOR=1.638;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=58;TCF=14;TCR=44;TR=56;WE=45571911;WS=45571890;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr19	45572247	rs376538298	CA	C	70.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.755;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=1.433;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.26;ReadPosRankSum=0.544;SOR=1.078;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,17:0.30:56
chr19	45643957	rs116863911	C	T	1368.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=7;NR=36;PP=1076;SC=AGGAGGGGGTCCCCTAGACAA;SOR=3.209;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=43;TCF=7;TCR=36;TR=43;WE=45643965;WS=45643947;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr19	45644720	rs66519628	AGGAAGAGGCAGCTCAGGCTCCC	A	12233.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=310;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=118;PP=2925;SC=CTCGGCTTCCAGGAAGAGGCA;SOR=1.550;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=126;TCF=7;TCR=119;TR=125;WE=45644749;WS=45644710;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,276:1.00:276
chr19	45649386	rs968445	A	G	6769.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.950;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=265;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.235;NF=71;NR=86;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.342;SC=CCTGTTGTGGACCTCAGTTTC;SOR=0.841;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=159;TCF=72;TCR=87;TR=157;WE=45649394;WS=45649376;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,258:0.98:262
chr19	45649503	rs112250728	T	TGTAA	4761.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=14;NR=42;PP=2957;SC=TGGGGGGGCATGTAAGGTGTG;SOR=0.896;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=67;TCF=14;TCR=53;TR=56;WE=45649511;WS=45649493;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr19	45662459	rs8109620	G	A	813.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=23;PP=645;SC=GGGGGCCAGAGTATTCTTGGG;SOR=2.833;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=28;TCF=5;TCR=23;TR=28;WE=45662467;WS=45662449;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr19	45681560	rs7254936	T	C	7398.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=290;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=70;NR=142;PP=2965;SC=TCTTGCGTCATGGCGCGAGCC;SOR=1.363;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=212;TCF=70;TCR=142;TR=212;WE=45681568;WS=45681550;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,282:1.00:282
chr19	45716678	rs346740	G	C	5411.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.668;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=70;PP=2406;ReadPosRankSum=2.021;SC=ACCCAACCCAGCCGTGGACCC;SOR=0.814;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=125;TCF=55;TCR=70;TR=125;WE=45716686;WS=45716668;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,208:0.99:210
chr19	45769386	rs2240671	G	C	1915.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=40;NR=12;PP=1192;SC=GTGCCTTGGGGAGGCCTGGGG;SOR=2.035;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=54;TCF=41;TCR=13;TR=52;WE=45769394;WS=45769376;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr19	45769575	rs2240672	G	A	4665.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.492;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=74;PP=2394;ReadPosRankSum=0.591;SC=CAGGGACCACGGCTCAGCCCA;SOR=0.370;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=127;TCF=52;TCR=75;TR=125;WE=45769583;WS=45769565;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,178:0.99:179
chr19	45774680	rs12984234	A	G	6381.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=250;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=94;NR=54;PP=2965;SC=CGTCCATGAAAGGCTTTGGCC;SOR=1.194;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=148;TCF=94;TCR=54;TR=148;WE=45774688;WS=45774670;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,232:1.00:232
chr19	45781081	rs3046865	TTG	T	411.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.573;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.45;MQRankSum=0.459;QD=20.59;ReadPosRankSum=-0.760;SOR=1.708;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,19:0.95:20
chr19	45797593	rs34313092	T	C	6267.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=243;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=97;NR=75;PP=2804;SC=CCTTCCTGGCTGTGTCTCCTG;SOR=0.923;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=172;TCF=97;TCR=75;TR=172;WE=45797601;WS=45797583;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,239:1.00:239
chr19	45801018	rs173179	T	C	8993.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=337;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=117;NR=85;PP=2965;SC=GCCTGGCACGTGGTTCCACCA;SOR=1.026;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=227;TCF=117;TCR=110;TR=202;WE=45801026;WS=45801008;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,330:1.00:330
chr19	45801314	.	TTCC	T	60.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.779;ClippingRankSum=0.000;DP=168;ExcessHet=3.0103;FS=8.020;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.42;ReadPosRankSum=-0.685;SOR=1.576;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:130,13:0.09:143
chr19	45801337	rs138525840	T	TTCC	7103.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.207;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=37.59;ReadPosRankSum=-1.701;SOR=0.623;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,171:0.90:189
chr19	45810035	rs4884	A	G	11760.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=461;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=144;NR=121;PP=2965;SC=TCATGTCGTCAATGGACTGGC;SOR=0.808;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=266;TCF=145;TCR=121;TR=265;WE=45810043;WS=45810025;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,457:1.00:457
chr19	45818628	rs377993	A	G	1749.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=40;NR=8;PP=1117;SC=CCCTACTTTGAAAAGCGGGGG;SOR=2.381;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=50;TCF=40;TCR=10;TR=48;WE=45818636;WS=45818618;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr19	45818835	rs1133190	A	G	7622.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=283;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=105;NR=85;PP=2965;SC=GCACGTAGTTAGGGTCCAGGT;SOR=0.823;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=190;TCF=105;TCR=85;TR=190;WE=45818843;WS=45818825;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,277:1.00:277
chr19	45820927	rs12976956	G	A	2537.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=65;NR=17;PP=1771;SC=TGATACGCTCGCCTCAGCCTC;SOR=2.356;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=83;TCF=66;TCR=17;TR=82;WE=45820935;WS=45820917;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr19	45859072	rs35665496	CT	C	136.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.169;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FS=4.277;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.16;MQRankSum=1.701;QD=1.80;ReadPosRankSum=-0.771;SOR=0.275;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:50,26:0.34:76
chr19	45918893	rs72086112	C	CA	50.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.534;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=1.560;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.89;MQRankSum=0.000;QD=1.13;ReadPosRankSum=0.191;SOR=1.123;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,10:0.22:45
chr19	45924532	rs3212947	C	T	4316.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.239;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=62;PP=1960;ReadPosRankSum=2.059;SC=CTGTGGGGCACGTGGCCCCAG;SOR=0.480;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=113;TCF=50;TCR=63;TR=112;WE=45924540;WS=45924522;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,170:0.98:173
chr19	46025388	rs2301284	G	A	999.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=26;NR=3;PP=731;SC=CATCCTTAGGGCCCTGATTGA;SOR=3.193;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=29;TCF=26;TCR=3;TR=29;WE=46025396;WS=46025378;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr19	46027681	.	C	CA	94.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.169;ClippingRankSum=0.000;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=1.562;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.20;MQRankSum=1.520;QD=1.89;ReadPosRankSum=1.626;SOR=0.315;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,13:0.26:50
chr19	46027752	rs4802260	C	T	6564.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.559;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=250;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=128;NR=74;PP=2965;ReadPosRankSum=0.748;SC=CTCAATGTGACCCCTGGAATA;SOR=0.407;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=205;TCF=131;TCR=74;TR=202;WE=46027760;WS=46027742;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,247:1.00:248
chr19	46032841	rs12971437	G	C	2450.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=65;PP=1571;SC=GCGTGCTGGCGGGGACGCCTT;SOR=3.160;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=77;TCF=12;TCR=65;TR=77;WE=46032849;WS=46032831;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr19	46057081	rs3826860	A	G	11767.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=462;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=136;NR=127;PP=2965;SC=CGCCCAGCTCAGCTGCCGCCT;SOR=0.707;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=263;TCF=136;TCR=127;TR=263;WE=46057089;WS=46057071;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,447:1.00:447
chr19	46113145	.	C	CT	158.74	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.989;ClippingRankSum=0.000;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.77;MQRankSum=1.037;QD=9.34;ReadPosRankSum=-1.583;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,12:0.71:17
chr19	46116670	rs45507595	A	G	2014.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=48;NR=13;PP=1451;SC=GATCAAGACTACTGTCCTCCT;SOR=2.303;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=62;TCF=48;TCR=14;TR=61;WE=46116678;WS=46116660;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr19	46120003	rs73050347	G	A	5100.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.618;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.606;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=80;NR=54;PP=2518;ReadPosRankSum=0.598;SC=CCGCTTGGGTGTCCCAGGCCT;SOR=0.671;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=135;TCF=80;TCR=55;TR=134;WE=46120011;WS=46119993;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,194:0.99:195
chr19	46121020	rs12985660	T	C	1226.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.135;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=27;PP=829;ReadPosRankSum=0.736;SC=GGACATTCTCTTGCCTCAGGG;SOR=1.022;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=37;TCF=9;TCR=28;TR=36;WE=46121028;WS=46121010;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,42:0.98:43
chr19	46125008	.	CT	C	168.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.273;ClippingRankSum=0.000;DP=118;ExcessHet=3.0103;FS=1.245;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.18;MQRankSum=2.545;QD=2.19;ReadPosRankSum=-0.547;SOR=0.434;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:50,27:0.35:77
chr19	46130191	rs1548026	T	G	1511.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.182;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=2.773;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=26.06;ReadPosRankSum=1.045;SOR=1.781;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,56:0.97:58
chr19	46130218	.	C	CTT	204.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.238;ClippingRankSum=0.000;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.63;ReadPosRankSum=2.285;SOR=1.781;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,11:0.79:14
chr19	46136268	rs111885973	C	CT	18691.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.252;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=523;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQ=60.06;MQRankSum=0.183;NF=67;NR=144;PP=2967;ReadPosRankSum=1.052;SC=GGGGTGCCAGCTGCTTGTCCC;SOR=0.561;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=227;TCF=72;TCR=155;TR=211;WE=46136276;WS=46136258;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:5,509:0.99:514
chr19	46136487	rs16979952	T	C	2529.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=1.186;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=62;PP=1880;ReadPosRankSum=1.011;SC=AATTGGCTGGTTGAGTTTAGT;SOR=1.308;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=75;TCF=11;TCR=64;TR=73;WE=46136495;WS=46136477;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,81:0.98:83
chr19	46141994	rs73050371	T	C	2664.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.029;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=39;PP=1553;ReadPosRankSum=-1.204;SC=GCAGGGAAACTGAGGCCAGAG;SOR=0.905;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=88;TCF=48;TCR=40;TR=85;WE=46142002;WS=46141984;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,102:0.98:104
chr19	46144814	rs28602630	G	A	14124.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=545;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=191;NR=126;PP=2965;SC=TCTAGGTTACGACCTCGTGGC;SOR=1.009;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=317;TCF=191;TCR=126;TR=317;WE=46144822;WS=46144804;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,534:1.00:534
chr19	46180150	rs4803846	A	G	5268.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.619;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.002;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=80;NR=41;PP=2584;ReadPosRankSum=1.268;SC=GCTGGGGGAGACTGGGAGACA;SOR=0.947;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=121;TCF=80;TCR=41;TR=121;WE=46180158;WS=46180140;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,195:0.99:196
chr19	46185217	rs12709891	C	A	5210.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=58;NR=54;PP=2225;SC=CGTGTCTGTTCAGTTAGCATG;SOR=0.693;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=112;TCF=58;TCR=54;TR=112;WE=46185225;WS=46185207;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,196:1.00:196
chr19	46195051	rs61466254	G	GC	7119.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.112;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=287;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=11.625;HP=8;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=97;PP=2418;ReadPosRankSum=-0.324;SC=ATCTGCCCCTGCCCCCCCCGC;SOR=1.460;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=173;TCF=62;TCR=111;TR=138;WE=46195059;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:13,266:0.95:279
chr19	46199106	rs34362798	CT	C	126.75	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.371;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.05;ReadPosRankSum=0.078;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,11:0.79:14
chr19	46204938	rs4803847	C	T	3289.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=70;NR=24;PP=2132;SC=CTGGCATTCACTCTTGTTGGG;SOR=1.891;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=94;TCF=70;TCR=24;TR=94;WE=46204946;WS=46204928;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr19	46205050	rs4803848	T	C	12062.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=454;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=134;NR=118;PP=2965;SC=TCGCCCCCACTTCCAGAGAAG;SOR=0.767;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=252;TCF=134;TCR=118;TR=252;WE=46205058;WS=46205040;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,446:1.00:446
chr19	46214700	rs138545162	TA	T	1832.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.448;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.38;ReadPosRankSum=2.098;SOR=0.639;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,126:0.85:148
chr19	46216642	rs11537711	G	T	1428.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=10;NR=29;PP=805;SC=CCAGGCTCAGGGCAGGCTGAT;SOR=2.004;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=39;TCF=10;TCR=29;TR=39;WE=46216650;WS=46216632;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr19	46262286	rs725660	C	A	11409.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=0.740;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=455;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=106;NR=148;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.093;SC=GAGTACCTGACCCAAGGTGAG;SOR=0.905;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=257;TCF=107;TCR=150;TR=254;WE=46262294;WS=46262276;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,445:0.99:449
chr19	46268902	rs2341097	C	T	9002.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=345;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=126;NR=101;PP=2965;SC=AGCCTCAGCACGGTGTGGGGG;SOR=0.878;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=227;TCF=126;TCR=101;TR=227;WE=46268910;WS=46268892;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,339:1.00:339
chr19	46269313	rs2014377	G	C	3294.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=36;NR=48;PP=1492;SC=CCCTGCTGCAGGGCCACACCC;SOR=0.937;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=84;TCF=36;TCR=48;TR=84;WE=46269321;WS=46269303;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr19	46282890	rs2070737	A	T	932.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=7;NR=18;PP=637;SC=CCCACCTGCCACACCACGCCC;SOR=1.609;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=7;TCR=18;TR=25;WE=46282898;WS=46282880;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr19	46285362	rs149612963	G	GC	277.25	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.952;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=10;PP=319;ReadPosRankSum=-1.451;SC=CTGCCATCCTGCCCCCCCAAC;SOR=1.402;SbPval=0.04;Source=Platypus;TC=26;TCF=14;TCR=12;TR=13;WE=46285371;WS=46285352;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,14:0.82:17
chr19	46288706	rs3760843	A	T	434.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=5;PP=283;SC=GAGGTCTTGTACTGAGACACT;SOR=1.244;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=10;TCR=5;TR=15;WE=46288714;WS=46288696;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr19	46289392	rs8110017	G	C	3516.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=46;NR=36;PP=1463;SC=GGGCCAGGGGGGGGTGCGGGT;SOR=0.851;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=82;TCF=46;TCR=36;TR=82;WE=46289400;WS=46289382;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,134:1.00:134
chr19	46289503	rs8109951	C	T	6817.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=257;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=82;NR=65;PP=2794;SC=GTGGAGAGAGCGGGGCGCCCC;SOR=0.834;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=147;TCF=82;TCR=65;TR=147;WE=46289511;WS=46289493;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,255:1.00:255
chr19	46294136	rs72626215	G	A	1260.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=26;NR=8;PP=793;SC=AGGCAGAGAAGTTGGGGGCTC;SOR=2.007;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=26;TCR=8;TR=34;WE=46294144;WS=46294126;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr19	46313825	rs10407137	A	T	6715.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.831;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=261;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=113;NR=65;PP=2965;ReadPosRankSum=2.840;SC=GCCCCCACTGACCCTGATGCC;SOR=1.147;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=178;TCF=113;TCR=65;TR=178;WE=46313833;WS=46313815;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,252:0.99:254
chr19	46318963	rs3810331	C	A	3451.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=50;NR=40;PP=1907;SC=CTCCTGGTGACCGGGGAAGGA;SOR=0.859;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=90;TCF=50;TCR=40;TR=90;WE=46318971;WS=46318953;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chr19	46319415	rs1132645	G	C	1020.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=20;PP=490;SC=CTGGGGCCGGGGCCAAGGTCA;SOR=1.206;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=32;TCF=12;TCR=20;TR=32;WE=46319423;WS=46319405;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr19	46320041	rs74821481	G	T	1905.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=30;NR=25;PP=1434;SC=GGTACCTGGTGGGGGGAAGGG;SOR=0.941;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=55;TCF=30;TCR=25;TR=55;WE=46320049;WS=46320031;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr19	46326200	rs12976060	A	G	2962.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=26;NR=51;PP=1554;SC=TGGGGAGCTGAGGGCAAGCTC;SOR=1.253;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=78;TCF=26;TCR=52;TR=77;WE=46326208;WS=46326190;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr19	46327166	rs11671524	G	A	3934.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=37;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=28;NR=45;PP=1520;SC=CCAGACCCAGGGTGAGAGCTT;SOR=1.085;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=79;TCF=29;TCR=50;TR=73;WE=46327174;WS=46327156;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr19	46327185	rs7252416	G	C	2953.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=47;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=19;NR=37;PP=1293;SC=TTAGGGGAGGGTCAGGTGTTG;SOR=1.249;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=58;TCF=19;TCR=39;TR=56;WE=46327193;WS=46327175;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr19	46327209	rs11284049	CT	C	1423.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=55;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=28;PP=1421;SC=GGCAGGGTGGCTTGCGGGGCA;SOR=1.387;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=34;TCF=4;TCR=30;TR=32;WE=46327217;WS=46327199;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr19	46329438	rs7246155	G	A	1636.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=34;NR=9;PP=980;SC=GGCCCAGAGCGCGGACACAGC;SOR=1.903;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=43;TCF=34;TCR=9;TR=43;WE=46329446;WS=46329428;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr19	46329781	rs28362500	GT	G	2713.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=0;NR=47;PP=2055;SC=CTGGTCCCCAGTGCAGGAGGC;SOR=2.406;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=48;TCF=0;TCR=48;TR=47;WE=46329789;WS=46329771;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr19	46331302	rs4239535	C	G	1174.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=33;PP=867;SC=CAAGCCCCTGCTTATAAAGCT;SOR=3.003;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=5;TCR=33;TR=38;WE=46331310;WS=46331292;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr19	46332194	rs3745929	C	T	2275.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=46;NR=19;PP=1363;SC=GGAAGCCTCTCGGGGACAGGA;SOR=1.730;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=66;TCF=46;TCR=20;TR=65;WE=46332202;WS=46332184;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr19	46333632	rs4516331	G	A	1171.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=27;PP=788;SC=GTGGGTAAGAGGAAGGAAGAG;SOR=3.145;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=30;TCF=3;TCR=27;TR=30;WE=46333640;WS=46333622;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr19	46334955	rs4803866	C	T	2163.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=16;NR=45;PP=1214;SC=CACAAAACCTCGTTTAAATCC;SOR=1.639;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=61;TCF=16;TCR=45;TR=61;WE=46334963;WS=46334945;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr19	46338492	rs7256192	G	A	3478.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=37;NR=50;PP=1755;SC=AGGACCTGTGGGATGCCCAGG;SOR=0.933;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=88;TCF=38;TCR=50;TR=87;WE=46338500;WS=46338482;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chr19	46367901	rs1363538	T	C	2192.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=22;NR=29;PP=804;SC=CTTGGGCAGCTGAGGAACTGG;SOR=0.843;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=51;TCF=22;TCR=29;TR=51;WE=46367909;WS=46367891;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr19	46443739	rs28742045	T	G	4988.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.670;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=60;PP=2195;ReadPosRankSum=-1.475;SC=AGCCGTAACTTGCCAGCGTGT;SOR=0.746;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=114;TCF=54;TCR=60;TR=114;WE=46443747;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,191:0.99:193
chr19	46443886	rs1047061	C	A	2671.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=46;NR=27;PP=1704;SC=CCGCGGCTGGCAGCACATCCG;SOR=1.095;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=73;TCF=46;TCR=27;TR=73;WE=46443894;WS=46443876;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr19	46476650	.	TGCG	T	30	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.61;FR=0.5000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=0;NR=4;PP=30;QD=10.5;SC=CTGCGGCGGCTGCGGCGGCGG;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=0;TCR=20;TR=4;WE=46476660;WS=46476640;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:16,4:0.20:20
chr19	46511548	rs2287305	T	C	3084.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=36;NR=36;PP=1577;SC=AGATCTGGCATCTGCGGGAGC;SOR=0.905;Source=Platypus;TCF=36;TR=72;WE=46511556;WS=46511538;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr19	46520026	rs2287306	A	G	5384.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.67;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=32;NR=67;PP=2304;SC=CGCCAGACCCAGCCCCCTGCT;SOR=1.036;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=99;TCF=32;TCR=67;TR=99;WE=46520034;WS=46520016;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,207:1.00:207
chr19	46526298	rs2072562	T	G	1530.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=37;PP=1057;SC=GGCGGCAGGGTCCGGGAGACC;SOR=2.093;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=48;TCF=11;TCR=37;TR=48;WE=46526306;WS=46526288;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr19	46543249	rs756401	T	C	2350.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=31;NR=53;PP=1429;SC=GTAGCAGCAGTGGCGGGGAAG;SOR=1.255;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=84;TCF=31;TCR=53;TR=84;WE=46543257;WS=46543239;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr19	46546250	rs4803890	G	A	2849.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=33;NR=33;PP=1100;SC=TTTCACCAACGTGGCCCACGT;SOR=0.766;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=66;TCF=33;TCR=33;TR=66;WE=46546258;WS=46546240;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr19	46664168	rs2270403	G	A	6784.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=256;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=69;NR=106;PP=2965;SC=CCAGGGGGTCGGGGGAAGGGA;SOR=1.016;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=175;TCF=69;TCR=106;TR=175;WE=46664176;WS=46664158;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,254:1.00:254
chr19	46733912	rs2286802	A	G	3017.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.04;SOR=0.723;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr19	46733916	rs2286803	G	A	3054.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.02;SOR=0.904;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr19	46734255	rs2286804	A	C	576.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=15;PP=338;SC=CCCACCCTGCAGCTGCCCTGA;SOR=2.303;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=3;TCR=15;TR=18;WE=46734263;WS=46734245;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr19	46811857	rs73059757	C	T	573.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=11;NR=7;PP=313;SC=GCCAGGGTGCCGGAGGGCACT;SOR=1.085;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=11;TCR=7;TR=18;WE=46811865;WS=46811847;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr19	46811984	rs2311054	A	G	1280.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.65;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=8;PP=324;SC=TGAAGAGTACACTCACCAGCC;SOR=0.733;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=9;TCR=8;TR=17;WE=46811992;WS=46811974;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr19	46812126	rs757638	A	G	968.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=12;PP=431;SC=GGCATCTCCTAGGCTGGGGAC;SOR=0.746;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=24;TCF=12;TCR=12;TR=24;WE=46812134;WS=46812116;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr19	46815297	rs8101216	T	C	11036.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=403;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=157;NR=102;PP=2965;SC=TTCTCTCGGTTACAATCCTTC;SOR=1.040;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=259;TCF=157;TCR=102;TR=259;WE=46815305;WS=46815287;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,398:1.00:398
chr19	46815499	rs8101480	T	C	16890.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-0.481;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=657;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=193;NR=199;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.286;SC=TGGACTCCGATGCGGTCAGCA;SOR=0.399;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=395;TCF=194;TCR=201;TR=392;WE=46815507;WS=46815489;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,646:1.00:649
chr19	46815705	rs3752207	A	C	12653.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=479;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=117;NR=140;PP=2965;SC=GTCCCCAGATATTTCTCTCCC;SOR=0.876;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=268;TCF=123;TCR=145;TR=257;WE=46815714;WS=46815693;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,474:1.00:474
chr19	46815969	rs146459631	G	GGTGTGTGT,GGTGT	984.73	.	AC=2,0;AF=1.00,0.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.4993,0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=3;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;NF=0,0;NR=9,9;PP=23,237;SC=TGTGTGGACAGGTGTGTGTGT;SOR=1.493;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=1;TCR=17;TR=9,9;WE=46815977;WS=46815959;set=Intersection	GT:AF:DP	1/1:0.92:24
chr19	46857286	rs2075144	G	A	1562.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=11;NR=36;PP=1026;SC=CCTGAGCCAGGCAGATACTGA;SOR=1.781;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=11;TCR=36;TR=47;WE=46857294;WS=46857276;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr19	46887007	rs1024781	G	C	7138.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=272;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=121;NR=70;PP=2965;SC=CTCTCGGCCCGTCCCTCTCCG;SOR=1.033;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=191;TCF=121;TCR=70;TR=191;WE=46887015;WS=46886997;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,263:1.00:263
chr19	46892111	rs759290	C	T	1561.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=11;NR=38;PP=1109;SC=AAGAACATGACGAACACCCCC;SOR=2.093;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=50;TCF=12;TCR=38;TR=49;WE=46892124;WS=46892101;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr19	46892168	rs8106745	T	C	566.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=17;PP=428;SC=AGCCTGTGAGTGCTGACCAGC;SOR=2.636;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=3;TCR=17;TR=20;WE=46892176;WS=46892158;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr19	46893238	rs759291	A	C	9472.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=357;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=121;NR=87;PP=2965;SC=TTGCCCAGCCATTCCTTCTCT;SOR=0.891;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=208;TCF=121;TCR=87;TR=208;WE=46893246;WS=46893228;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,352:1.00:352
chr19	46893465	rs2311213	A	G	7278.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=277;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=86;NR=100;PP=2965;SC=GGTAAGGGGCAGGGGTAGGTT;SOR=0.825;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=186;TCF=86;TCR=100;TR=186;WE=46893473;WS=46893455;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,273:1.00:273
chr19	46973981	rs4803960	G	A	5421.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=52;NR=67;PP=2462;SC=TTAAAAACTCGGCATCCTGGG;SOR=0.863;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=120;TCF=52;TCR=68;TR=119;WE=46973989;WS=46973971;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,202:1.00:202
chr19	46974233	rs3826851	G	A	7562.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.634;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=295;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=84;NR=79;PP=2921;ReadPosRankSum=0.989;SC=ACCTGTGGATGTCCACTTCCA;SOR=0.735;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=163;TCF=84;TCR=79;TR=163;WE=46974241;WS=46974223;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,292:0.99:294
chr19	46974306	rs12978825	A	C	5037.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=35;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=43;NR=75;PP=2452;SC=GCGGCTCTGAACCTACTATGT;SOR=1.083;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=118;TCF=43;TCR=75;TR=118;WE=46974314;WS=46974296;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,185:1.00:185
chr19	46974324	rs3826853	A	G	3640.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=39;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=33;NR=58;PP=1717;SC=TGTGTAGTAAATAGTCTATCA;SOR=1.122;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=92;TCF=33;TCR=59;TR=91;WE=46974332;WS=46974314;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,137:1.00:137
chr19	46974399	rs3826854	C	G	882.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=34;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=24;PP=660;SC=AGCGAGGTCACGTTCCCAGGA;SOR=6.666;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=24;TCF=0;TCR=24;TR=24;WE=46974407;WS=46974389;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr19	47137162	rs1005774	C	A	922.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=27;NR=4;PP=733;SC=TCCACGTCCACCCCTACCCCC;SOR=3.477;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=27;TCR=4;TR=31;WE=47137170;WS=47137152;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr19	47137459	rs12974613	C	T	3585.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=29;NR=60;PP=1824;SC=CTGCCTGCGACACCTGCGAGC;SOR=1.353;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=89;TCF=29;TCR=60;TR=89;WE=47137467;WS=47137449;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chr19	47153145	rs375074031	CA	C	762.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.426;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.14;MQRankSum=0.587;QD=10.74;ReadPosRankSum=-0.360;SOR=0.641;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,59:0.83:71
chr19	47177913	rs314665	A	G	15307.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=598;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=175;NR=155;PP=2965;SC=CTCCCAGCGCACGTCGTCACT;SOR=0.781;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=330;TCF=175;TCR=155;TR=330;WE=47177921;WS=47177903;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,591:1.00:591
chr19	47193850	rs314671	T	C	2828.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.735;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=25;PP=1482;ReadPosRankSum=1.037;SC=GGCGGCCTGGTGGTTACCTGC;SOR=0.483;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=76;TCF=51;TCR=25;TR=74;WE=47193858;WS=47193840;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,101:0.99:102
chr19	47214411	rs432157	C	T	4481.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.756;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.91;ReadPosRankSum=-0.960;SOR=1.152;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,171:0.99:173
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chr19	47228985	rs313844	G	C	620.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=14;PP=384;SC=GGGCTTGAGGGCCCCTGTCTT;SOR=2.636;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=16;TCF=2;TCR=14;TR=16;WE=47228993;WS=47228975;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
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chr19	47249369	.	C	CCGGGG	906	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;FR=0.5000;HP=3;HapScore=2;MGOF=13;MMLQ=24;MQ=59.91;NF=16;NR=19;PP=906;QD=26.2857142857;SC=CCGGGCCGGGCCGGGTTGGGG;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=76;TCF=35;TCR=41;TR=35;WE=47249377;WS=47249359;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:41,35:0.46:76
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chr19	47280789	rs313835	C	T	628.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-1.743;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=22;PP=530;ReadPosRankSum=1.632;SC=CCACCCCACCCAGTGGATCCC;SOR=3.981;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=27;TCF=4;TCR=23;TR=22;WE=47280797;WS=47280779;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,29:0.97:30
chr19	47282240	rs3745609	A	G	5595.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.083;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=27.84;ReadPosRankSum=1.703;SOR=1.373;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,199:0.99:201
chr19	47282245	rs56385874	C	T	8210.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.36;SOR=1.458;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,181:1.00:181
chr19	47285589	rs1644343	A	C	708.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=45;NR=21;PP=1403;SC=CTCTGGCAGCAGACCGACCCT;SOR=5.353;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=66;TCF=45;TCR=21;TR=66;WE=47285607;WS=47285579;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr19	47287169	rs313852	G	A	1856.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=36;NR=17;PP=1048;SC=AAGAGCCTGGGCACCTGGGGT;SOR=1.542;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=54;TCF=37;TCR=17;TR=53;WE=47287177;WS=47287159;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr19	47287939	rs313853	T	C	2267.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=29;NR=45;PP=1402;SC=TGCACGCAAATACAGCCCCTA;SOR=1.206;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=74;TCF=29;TCR=45;TR=74;WE=47287947;WS=47287929;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr19	47291174	rs3027956	G	C	5603.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-1.659;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.139;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=56;PP=2545;ReadPosRankSum=-0.632;SC=TTGGCGGTGGGCTCCGCCGCT;SOR=0.333;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=123;TCF=65;TCR=58;TR=121;WE=47291182;WS=47291164;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,205:1.00:206
chr19	47524151	.	GCC	G	992.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=13;HapScore=3;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;NF=5;NR=9;PP=207;SC=CATCATCCAGGCCCCCCCCCC;SOR=0.776;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=21;TCF=9;TCR=12;TR=14;WE=47524172;WS=47524141;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr19	47615559	rs371203061	TTCC	T	205.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-0.427;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.044;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=3;PP=93;ReadPosRankSum=-1.249;SC=GACCCCGCCCTTCCTCCTCCT;SOR=1.643;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=1;TCR=14;TR=3;WE=47615569;WS=47615551;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,7:0.29:24
chr19	47761543	rs2302985	T	C	1510.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=25;NR=15;PP=735;SC=TGAAGTAGGTTGGGGGGCCAT;SOR=1.101;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=25;TCR=15;TR=40;WE=47761551;WS=47761533;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr19	47761646	rs12985905	G	C	5003.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=61;NR=45;PP=2085;SC=TTGGCTCCACGCAGCCAGCGA;SOR=0.839;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=107;TCF=61;TCR=46;TR=106;WE=47761654;WS=47761636;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,189:1.00:189
chr19	47763573	rs45591932	C	T	6286.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.586;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=252;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=82;NR=75;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.555;SC=GCTGTCTGCTCCTAGGAGATT;SOR=0.541;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=158;TCF=83;TCR=75;TR=157;WE=47763581;WS=47763563;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:7,241:0.97:248
chr19	47768128	rs2032811	G	C	3947.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=40;NR=55;PP=1906;SC=GCCGGGAGGAGAGCCGCCGGC;SOR=0.934;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=95;TCF=40;TCR=55;TR=95;WE=47768136;WS=47768118;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,146:1.00:146
chr19	47769839	rs9304666	A	G	1192.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.61;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=19;NR=7;PP=485;SC=GCGGGACATCACCCTGACTCC;SOR=1.414;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=19;TCR=7;TR=26;WE=47769847;WS=47769829;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr19	47770015	rs10413121	A	C	6644.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.835;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=255;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=93;NR=68;PP=2965;ReadPosRankSum=0.605;SC=TGGCCAGTGGAGGCGCGAGTG;SOR=0.913;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=162;TCF=93;TCR=69;TR=161;WE=47770023;WS=47770005;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,249:0.99:251
chr19	47770032	rs60383222	C	T	7965.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.857;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=299;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=105;NR=79;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.558;SC=AGTGGGATGCCGAGAAGACCG;SOR=0.869;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=185;TCF=105;TCR=80;TR=184;WE=47770040;WS=47770022;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,294:0.99:296
chr19	47773786	rs888838	A	G	4269.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.744;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=57;PP=1936;ReadPosRankSum=-0.684;SC=TTCCCTTCCCAATGACACCTG;SOR=0.322;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=95;TCF=37;TCR=58;TR=94;WE=47773794;WS=47773776;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,161:0.99:162
chr19	47773973	rs888837	T	C	626.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=11;PP=361;SC=CGGGCTTGCATACCCCCAGGG;SOR=1.828;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=4;TCR=11;TR=15;WE=47773981;WS=47773963;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr19	47774329	rs73570553	T	C	8278.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=328;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.20;SOR=0.799;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,316:1.00:316
chr19	47774447	rs66726054	G	A	11431.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.61;BaseQRankSum=0.590;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=451;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=104;NR=133;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.525;SC=CCATGCAGGTGAGGCTGGGCT;SOR=0.834;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=237;TCF=104;TCR=133;TR=237;WE=47774455;WS=47774437;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,439:1.00:441
chr19	47774572	rs60930438	C	T	5165.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=56;NR=75;PP=2753;SC=CTCCTGAAGACGAGGGGGAAG;SOR=0.894;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=132;TCF=57;TCR=75;TR=131;WE=47774580;WS=47774562;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,194:1.00:194
chr19	47774772	rs888836	T	C	3708.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.929;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=59;PP=1694;ReadPosRankSum=2.313;SC=GAGCCCCTGCTGGAGCCCCAG;SOR=1.042;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=97;TCF=37;TCR=60;TR=96;WE=47774780;WS=47774762;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,144:0.99:146
chr19	47774985	.	TGTGTGCGCGCGCGCGC	T	196	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;FR=0.5000;HP=2;HapScore=3;MGOF=25;MMLQ=18;MQ=52.15;NF=0;NR=11;PP=196;QD=18.0909090909;SC=TGTGTGTGTGTGTGTGCGCGC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=0;TCR=17;TR=11;WE=47775008;WS=47774973;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:6,11:0.65:17
chr19	47774987	.	TGTGCGCGCGCGCGC	T	274	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;FR=0.5000;HP=2;HapScore=3;MGOF=33;MMLQ=21;MQ=52.15;NF=0;NR=11;PP=274;QD=25.1818181818;SC=TGTGTGTGTGTGTGCGCGCGC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=0;TCR=17;TR=11;WE=47775008;WS=47774973;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:6,11:0.65:17
chr19	47778054	rs34227852	G	GC	223.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=35;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=7;NR=1;PP=464;SC=GCGTGACCATGCTGGCGGGGG;SOR=4.174;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=7;TCR=1;TR=8;WE=47778062;WS=47778044;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr19	47778101	rs35912982	T	TC	483.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=33;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=1;PP=427;SC=AGCGGGGCGGTCTGCGGGGTG;SOR=5.421;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=10;TCF=9;TCR=1;TR=8;WE=47778109;WS=47778091;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr19	47778221	rs10407367	A	C	4890.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=71;NR=56;PP=1905;SC=AGAGCCCCGGAGGCGCGGGGC;SOR=0.944;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=128;TCF=72;TCR=56;TR=127;WE=47778229;WS=47778211;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,194:1.00:194
chr19	47778412	rs1055218	G	T	5662.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=66;NR=77;PP=2965;SC=TGTGCTGCCCGCCCGGGCGTG;SOR=0.863;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=143;TCF=66;TCR=77;TR=143;WE=47778420;WS=47778402;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,202:1.00:202
chr19	47823038	rs4467185	G	A	7121.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=269;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=111;NR=66;PP=2965;SC=TTCCCCTTAGGACTCCTTCAA;SOR=1.087;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=177;TCF=111;TCR=66;TR=177;WE=47823046;WS=47823028;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,267:1.00:267
chr19	47823484	rs4804049	T	C	10146.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=396;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=118;NR=127;PP=2965;SC=TCCGAGGGGCTGGCTTGGCCT;SOR=0.757;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=245;TCF=118;TCR=127;TR=245;WE=47823492;WS=47823474;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,388:1.00:388
chr19	47823871	rs11880097	G	T	11738.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=447;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=169;NR=127;PP=2965;SC=TGCTGCTGAAGAAGCTGGACT;SOR=0.900;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=296;TCF=169;TCR=127;TR=296;WE=47823879;WS=47823861;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,444:1.00:444
chr19	47878858	rs61751860	C	T	2150.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.858;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=31;PP=915;ReadPosRankSum=-0.810;SC=GGGCGCGGGGCGCAGGCGCAA;SOR=1.048;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=53;TCF=21;TCR=32;TR=51;WE=47878866;WS=47878848;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,83:0.98:85
chr19	47879613	rs2253022	A	G	2802.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=42;NR=27;PP=1436;SC=TGGAGGAGGGAACCTGGGCCA;SOR=1.051;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=69;TCF=42;TCR=27;TR=69;WE=47879621;WS=47879603;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr19	47879874	rs10419083	C	T	383.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=4;NR=9;PP=275;SC=GCAGGGATACCGTGAACTCCC;SOR=1.329;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=13;TCF=4;TCR=9;TR=13;WE=47879882;WS=47879864;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr19	47883086	rs28522883	T	G	5931.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.408;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=79;NR=75;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.127;SC=TCCTGGCGGCTTCCCTGCGGC;SOR=0.390;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=156;TCF=81;TCR=75;TR=154;WE=47883094;WS=47883076;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,224:0.99:227
chr19	47885180	rs889167	A	G	6464.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=254;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=107;NR=66;PP=2965;SC=ATTTGGGTGCAGGTAGACCTG;SOR=1.107;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=173;TCF=107;TCR=66;TR=173;WE=47885188;WS=47885170;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,250:1.00:250
chr19	47913119	.	C	CA	252.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.501;ClippingRankSum=-0.000;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=4.228;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=14.87;ReadPosRankSum=-1.221;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,15:0.88:17
chr19	47933190	rs142312177	A	AG	1893.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=18;NR=17;PP=1441;SC=GACACAGAACAGGGCAATCAA;SOR=2.147;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=36;TCF=18;TCR=18;TR=35;WE=47933198;WS=47933180;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr19	47933728	rs8104926	A	G	3770.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=32;NR=65;PP=1995;SC=CGTGTCTGCGAGGCAGAGACA;SOR=1.318;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=98;TCF=32;TCR=66;TR=97;WE=47933736;WS=47933718;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,136:1.00:136
chr19	47935352	rs4801722	T	C	6080.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=97;NR=63;PP=2911;SC=CACCTCATTTTGGCAGGATCC;SOR=1.103;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=160;TCF=97;TCR=63;TR=160;WE=47935360;WS=47935342;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,223:1.00:223
chr19	47969394	rs12459087	G	A	14101.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.635;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=543;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=180;NR=156;PP=2965;ReadPosRankSum=1.212;SC=AACGGTCGGCGATGATGGACA;SOR=0.130;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=339;TCF=182;TCR=157;TR=336;WE=47969402;WS=47969384;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,536:1.00:538
chr19	48182508	rs2914439	G	A	3295.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=77;NR=34;PP=2211;SC=CATTCTTTGCGGCAGCTGTGG;SOR=1.713;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=111;TCF=77;TCR=34;TR=111;WE=48182516;WS=48182498;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr19	48182568	rs2911005	C	T	7474.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=294;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.69;SOR=0.895;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,291:1.00:291
chr19	48182946	rs2911006	T	C	3102.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=40;NR=32;PP=1504;SC=AGGGCCCGCCTACCGTGCTGA;SOR=0.822;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=72;TCF=40;TCR=32;TR=72;WE=48182954;WS=48182936;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr19	48183114	rs2914438	A	G	4757.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=65;NR=62;PP=2494;SC=CGGCGGCCACACTGGGCCTGG;SOR=0.749;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=127;TCF=65;TCR=62;TR=127;WE=48183122;WS=48183104;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,181:1.00:181
chr19	48184547	rs889337	G	A	7414.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=285;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=69;NR=81;PP=2965;SC=AGCAGGGCGGGGCAAGGGAGC;SOR=0.781;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=152;TCF=70;TCR=82;TR=150;WE=48184555;WS=48184537;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,282:1.00:282
chr19	48184642	rs58014830	TG	T	1937.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQ=60.14;NF=1;NR=45;PP=1041;SC=CTGTGGCAGCTGGGGGGGGAA;SOR=3.091;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=52;TCF=1;TCR=51;TR=46;WE=48184650;WS=48184632;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr19	48185147	rs2303755	G	A	1243.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.47;SOR=1.791;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr19	48197218	rs2914428	A	C	1446.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=40;NR=2;PP=1074;SC=GAGGGAGGGAAGGGCAGCCGT;SOR=4.849;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=42;TCF=40;TCR=2;TR=42;WE=48197226;WS=48197214;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr19	48198557	rs2241614	G	A	622.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=39;NR=13;PP=1102;SC=TGGGGCTCCCGTTTGAGGAGG;SOR=3.014;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=52;TCF=39;TCR=13;TR=52;WE=48198565;WS=48198547;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr19	48198796	rs2241613	C	G	3820.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=34;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=31;NR=49;PP=1473;SC=GGAACTGGGGCTGGCAGGGGC;SOR=1.122;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=81;TCF=31;TCR=50;TR=80;WE=48198804;WS=48198786;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr19	48198817	rs2241612	T	A	3370.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=44;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=15;NR=43;PP=1409;SC=AGGGAGACACTGGAAGACGCG;SOR=1.673;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=58;TCF=15;TCR=43;TR=58;WE=48198825;WS=48198807;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr19	48198833	rs2241611	G	C	3069.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=47;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=15;NR=37;PP=1266;SC=ACGCGGACAGGATGAAGCTGG;SOR=1.512;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=52;TCF=15;TCR=37;TR=52;WE=48198841;WS=48198823;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr19	48202125	rs7248050	C	G	5860.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=86;PP=2965;SC=AGCCGCAGGTCCACGGTGCGC;SOR=0.776;Source=Platypus;TCF=86;WE=48202133;WS=48202115;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,198:1.00:198
chr19	48258551	rs10406879	T	C	3209.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.61;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=30;NR=27;PP=1092;SC=AGAGAGAAGGTCTCCCTGTGT;SOR=0.742;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=57;TCF=30;TCR=27;TR=57;WE=48258559;WS=48258541;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr19	48305005	rs35445888	C	A	1629.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=37;NR=10;PP=1037;SC=CCTCTGGGATCTGAAGAACTT;SOR=2.147;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=37;TCR=10;TR=47;WE=48305013;WS=48304995;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr19	48321645	.	C	CTCCA,CCCA	1495.74	.	AC=2,0;AF=1.00,0.00;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=1.632;ClippingRankSum=0.000;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.4932,0.5068;FS=5.203;HP=2;HapScore=1;MGOF=47;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.624;NF=26,23;NR=7,7;PP=6,1209;ReadPosRankSum=-1.935;SC=CCATCCATCCCTCCATCCATC;SOR=3.321;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=34;TCF=27;TCR=7;TR=33,30;WE=48321653;WS=48321639;set=Intersection	GT:AF:DP	1/1:0.95:37
chr19	48389425	rs11083907	A	G	10453.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=407;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=128;NR=132;PP=2965;SC=CCCTTATCACAAACTCATCAC;SOR=0.729;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=260;TCF=128;TCR=132;TR=260;WE=48389433;WS=48389415;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,399:1.00:399
chr19	48479851	rs368680253	AAAC	A	151.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.626;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=8.656;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.10;ReadPosRankSum=2.578;SOR=2.461;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,20:0.54:37
chr19	48484150	rs10422554	G	A	1894.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.60;SOR=0.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr19	48495304	rs60213124	G	A	2343.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=28;NR=25;PP=1000;SC=GGAATTTCGCGTCGTTTCCAC;SOR=0.715;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=53;TCF=28;TCR=25;TR=53;WE=48495312;WS=48495294;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr19	48512121	rs7249129	G	A	1501.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=27;PP=905;SC=AGCTGGGCGCGGTGGCTGACA;SOR=1.402;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=40;TCF=13;TCR=27;TR=39;WE=48512129;WS=48512111;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr19	48522894	rs2115100	C	G	680.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=15;NR=3;PP=393;SC=TGGGATAAAGCGTGGCACAGT;SOR=2.494;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=15;TCR=3;TR=18;WE=48522902;WS=48522884;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr19	48523197	rs2303691	C	A	1268.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=9;NR=32;PP=961;SC=GCTCAACAAACACCTCCTGAA;SOR=2.356;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=41;TCF=9;TCR=32;TR=41;WE=48523205;WS=48523187;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr19	48525507	rs2303690	G	A	6524.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=258;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=82;NR=68;PP=2965;SC=CTGCACTAACGAAGGATCAAA;SOR=0.839;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=150;TCF=82;TCR=68;TR=150;WE=48525515;WS=48525497;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,247:1.00:247
chr19	48533700	rs77128495	C	T	942.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=25;NR=2;PP=724;SC=CCCTCCCTCCCGCCTGCCCTC;SOR=3.912;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=27;TCF=25;TCR=2;TR=27;WE=48533708;WS=48533690;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr19	48533727	rs1171097	G	C	1801.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=43;NR=8;PP=1266;SC=TGCTTTAAGGGGATCTGGGGC;SOR=2.872;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=51;TCF=43;TCR=8;TR=51;WE=48533735;WS=48533717;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr19	48537585	rs3745746	A	G	6787.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.552;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=262;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=75;NR=84;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.916;SC=CTGTAGCTCCACCAGGGTGAT;SOR=0.256;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=161;TCF=75;TCR=86;TR=159;WE=48537593;WS=48537575;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,256:1.00:257
chr19	48537777	rs35163057	GT	G	351.70	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.263;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.07;ReadPosRankSum=-2.619;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:3,22:0.88:25
chr19	48542349	rs5828329	GA	G	570.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=3;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=20;NR=2;PP=477;SC=ACCATGGCTGGAAAAAAAAAG;SOR=3.690;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=28;TCF=24;TCR=4;TR=22;WE=48542358;WS=48542345;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr19	48543906	rs34862923	G	C	5072.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.648;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=70;NR=59;PP=2446;ReadPosRankSum=-0.634;SC=TTCCATCTCCGTGGGCATGTA;SOR=0.834;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=132;TCF=71;TCR=61;TR=129;WE=48543914;WS=48543896;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,195:0.99:197
chr19	48544120	rs139505728	AGAAACAAAAC	A	1168.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=54;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=3;NR=19;PP=2957;SC=AGCGTACATTAGAAACAAAAC;SOR=1.609;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=3;TCR=19;TR=22;WE=48544137;WS=48544110;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr19	48544753	rs3745745	G	A	1828.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=28;NR=18;PP=832;SC=GAATTTATACGGAAATGCACA;SOR=1.011;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=46;TCF=28;TCR=18;TR=46;WE=48544761;WS=48544743;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr19	48544837	rs35535557	C	T	2049.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=25;NR=24;PP=950;SC=TACCTTCAATCTCATCTTGTC;SOR=0.693;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=49;TCF=25;TCR=24;TR=49;WE=48544845;WS=48544827;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr19	48551546	rs9226	A	T	946.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=16;NR=9;PP=439;SC=CCAGGTGGACATCAGGGCCCT;SOR=1.308;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=16;TCR=9;TR=25;WE=48551554;WS=48551536;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr19	48558003	rs744399	A	C	402.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=12;NR=2;PP=307;SC=GAGGCCTCTCAATCCATGCTG;SOR=2.985;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=14;TCF=12;TCR=2;TR=14;WE=48558011;WS=48557993;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr19	48558342	rs3217328	TCTCCAGAAGACCC	T	402.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=4;PP=1414;SC=TTGCAAGACCTCTCCAGAAGA;SOR=1.609;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=7;TCF=1;TCR=6;TR=5;WE=48558362;WS=48558332;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr19	48565468	rs4802425	G	T	5126.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.096;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=81;PP=2335;ReadPosRankSum=1.501;SC=GCAAGACTTGGAAATGGAAGG;SOR=1.150;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=127;TCF=45;TCR=82;TR=125;WE=48565476;WS=48565458;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,198:0.98:202
chr19	48571072	rs11564620	T	G	3127.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=48;NR=32;PP=1386;SC=AAGTTGTGAGTGGTCCCCCAT;SOR=0.936;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=81;TCF=48;TCR=33;TR=80;WE=48571080;WS=48571062;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr19	48581253	rs1019785	C	G	175.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=6;PP=131;SC=TCTGTGCTCGCTGACCTCATG;SOR=2.584;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=6;WE=48581261;WS=48581243;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr19	48598916	rs156632	A	G	2959.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=25;NR=46;PP=1338;SC=GGAATGTAGCAGGTATGCAGG;SOR=1.159;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=71;TCF=25;TCR=46;TR=71;WE=48598924;WS=48598906;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr19	48646993	rs415465	C	T	6528.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=258;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=76;NR=85;PP=2965;SC=CCCAGGGCTGCCTCTCTGTCC;SOR=0.785;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=161;TCF=76;TCR=85;TR=161;WE=48647001;WS=48646983;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,247:1.00:247
chr19	48668966	rs143468290	G	GA	101.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.133;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FS=2.319;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.17;ReadPosRankSum=0.477;SOR=0.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:70,17:0.20:87
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chr19	48707581	.	GTG	ATA	1295	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;FR=1.0000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MMLQ=23;MQ=60.0;NF=30;NR=41;PP=1295;QD=18.9925052797;SC=GATGGAGGGTGTGCCGGAGGA;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=73;TCF=31;TCR=42;TR=71;WE=48707591;WS=48707571;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:2,71:0.97:73
chr19	48707583	rs1965758	G	A	5452.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.33;SOR=0.848;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
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chr19	48715153	rs3745718	T	C	8350.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=317;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=107;NR=111;PP=2965;SC=CCTCATTGTCTTGGAGATCAT;SOR=0.732;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=219;TCF=107;TCR=112;TR=218;WE=48715161;WS=48715143;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,312:1.00:312
chr19	48715269	rs2008521	T	C	2783.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=20;NR=64;PP=1973;SC=TTGAGAATCGTTCACTTACAG;SOR=2.044;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=84;TCF=20;TCR=64;TR=84;WE=48715277;WS=48715259;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr19	48722180	rs10500299	C	T	7385.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.814;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=287;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=87;NR=88;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.102;SC=TTTCAGTAATCTCAAGTTGAA;SOR=0.372;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=176;TCF=87;TCR=89;TR=175;WE=48722188;WS=48722170;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,283:0.99:286
chr19	48735287	rs4802448	A	G	1245.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=30;PP=868;SC=ATTCCATAAGACTTTCTGGGA;SOR=2.200;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=7;TCR=30;TR=37;WE=48735295;WS=48735277;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr19	48736706	rs4802449	G	A	2977.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=28;NR=46;PP=1483;SC=CGCTTTTCTCGGAAGGATTCT;SOR=1.118;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=76;TCF=30;TCR=46;TR=74;WE=48736714;WS=48736696;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr19	48737551	rs2288877	T	C	2621.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=54;NR=22;PP=1683;SC=AGCTCATTCATTCTCCCCTGA;SOR=1.561;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=76;TCF=54;TCR=22;TR=76;WE=48737559;WS=48737541;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr19	48737764	rs2288876	A	G	5543.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=48;NR=87;PP=2882;SC=AGATGTCACAAAGGGTCTCAG;SOR=1.118;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=138;TCF=50;TCR=88;TR=135;WE=48737772;WS=48737754;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,205:1.00:205
chr19	48744025	rs34345721	CA	C	782.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.479;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.31;MQRankSum=0.463;QD=12.62;ReadPosRankSum=0.098;SOR=1.280;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:8,54:0.87:62
chr19	48744164	rs11670259	C	T	8277.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=315;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQ=60.03;NF=112;NR=97;PP=2965;SC=TGAACTATAACGAAACACAGA;SOR=0.786;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=209;TCF=112;TCR=97;TR=209;WE=48744172;WS=48744154;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,312:1.00:312
chr19	48800338	rs7252988	A	G	9593.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=0.716;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=377;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=114;NR=72;PP=2965;ReadPosRankSum=1.138;SC=CGCTCGAATCAGACGCTGTGC;SOR=0.969;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=187;TCF=115;TCR=72;TR=186;WE=48800346;WS=48800328;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,374:0.99:376
chr19	48800914	rs35461177	G	A	6732.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.375;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=279;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=74;NR=90;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.962;SC=CTCAAAACCCGGGGGGTCTTC;SOR=0.453;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=164;TCF=74;TCR=90;TR=164;WE=48800922;WS=48800904;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,267:0.99:270
chr19	48807401	rs56177753	C	T	1585.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=41;PP=1126;SC=CTCCTCCCTGCGGGGGTCAGC;SOR=1.981;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=58;TCF=14;TCR=44;TR=55;WE=48807409;WS=48807391;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr19	48823545	rs8107712	G	A	1669.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=20;NR=22;PP=748;SC=TATAAAGAATGAATGAATTAC;SOR=0.723;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=42;TCF=20;TCR=22;TR=42;WE=48823553;WS=48823535;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr19	48830286	rs10415654	T	A	2620.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.713;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.20;ReadPosRankSum=-1.048;SOR=1.390;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,102:0.98:104
chr19	48832554	rs8102349	A	G	3520.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=66;NR=31;PP=2066;SC=CAAGCAGGTGAAGCTGGAACT;SOR=1.517;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=97;TCF=66;TCR=31;TR=97;WE=48832562;WS=48832544;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr19	48836673	rs3826828	G	T	2256.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.808;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=37;PP=1203;ReadPosRankSum=-0.932;SC=ACCTCCGACCGGAGCCACCTG;SOR=0.892;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=64;TCF=27;TCR=37;TR=64;WE=48836681;WS=48836663;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,86:0.98:88
chr19	48845777	rs4275952	G	A	1865.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=38;NR=19;PP=1106;SC=CGTGGCAGGCGCATGCTCACC;SOR=1.574;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=57;TCF=38;TCR=19;TR=57;WE=48845785;WS=48845767;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr19	48848702	rs17361438	C	T	1523.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-1.830;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=35;PP=967;ReadPosRankSum=1.558;SC=CAGATACTTTCATTTATTTAT;SOR=0.898;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=48;TCF=13;TCR=35;TR=48;WE=48848710;WS=48848692;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,56:0.98:57
chr19	48863386	rs438767	C	T	3895.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=52;NR=27;PP=1674;SC=CCACGTGGGCCGAGAACGCCT;SOR=1.101;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=80;TCF=52;TCR=28;TR=79;WE=48863394;WS=48863376;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,143:1.00:143
chr19	48893820	.	CAG	C	36.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.480;ClippingRankSum=0.000;DP=86;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.25;MQRankSum=3.396;QD=0.57;ReadPosRankSum=0.190;SOR=0.507;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:55,9:0.14:64
chr19	48919427	rs186220254	T	C	4458.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.298;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=70;PP=2074;ReadPosRankSum=-1.028;SC=TCTGGGGCCCTGGGACAGGGA;SOR=0.487;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=129;TCF=57;TCR=72;TR=126;WE=48919435;WS=48919417;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,173:0.98:176
chr19	48922772	rs11302654	CT	C	154.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.179;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FS=4.048;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.11;MQRankSum=1.627;QD=1.91;ReadPosRankSum=-0.977;SOR=0.928;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:56,25:0.31:81
chr19	48945880	rs62130268	T	C	1141.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=17;PP=403;SC=GCTGCAGCGCTGAGGCCGCCC;SOR=1.414;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=7;TCR=17;TR=24;WE=48945888;WS=48945870;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr19	48946325	rs111420822	T	C	205.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=22.86;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr19	48946405	rs112893228	A	G	50.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=16.76;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr19	48949286	rs1643487	G	T	1316.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=25;NR=12;PP=683;SC=AGGGTCGGCGGCGCACGTGTG;SOR=1.390;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=38;TCF=26;TCR=12;TR=37;WE=48949294;WS=48949276;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr19	48949766	rs929743	C	G	6291.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=224;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=67;NR=95;PP=2965;SC=ACAGGTAAGACCCGAGGCTTT;SOR=1.035;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=162;TCF=67;TCR=95;TR=162;WE=48949774;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,221:1.00:221
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chr19	49090368	rs34482710	T	TA	1071.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.907;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.183;HP=9;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.412;NF=27;NR=6;PP=611;ReadPosRankSum=-0.334;SC=GACTCTGTCTTAAAAAAAAAT;SOR=2.137;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=43;TCF=33;TCR=10;TR=33;WE=49090376;WS=49090358;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,49:0.94:52
chr19	49102399	rs1132054	C	T	2968.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=47;NR=28;PP=1340;SC=CAGGGGTCTGCGGCGACTGGA;SOR=1.074;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=75;TCF=47;TCR=28;TR=75;WE=49102407;WS=49102389;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr19	49104308	rs1236093	C	T	2522.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.472;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=16;PP=1316;ReadPosRankSum=-0.739;SC=GGCTCTGAGCCGACAGTTGTC;SOR=0.779;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=66;TCF=49;TCR=17;TR=63;WE=49104316;WS=49104298;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,90:0.99:91
chr19	49116134	rs2617800	T	G	2014.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=45;NR=21;PP=1310;SC=CCCAGTCTGGTGAATGGACAC;SOR=1.577;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=66;TCF=45;TCR=21;TR=66;WE=49116142;WS=49116124;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr19	49123875	.	TA	T	113.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.595;ClippingRankSum=0.000;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=1.449;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.22;MQRankSum=1.260;QD=3.25;ReadPosRankSum=0.710;SOR=0.425;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,15:0.43:35
chr19	49141406	rs137896889	AAGAC	A	1962.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.46;QD=43.62;SOR=1.038;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr19	49141532	rs3848543	T	C	261.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=13;PP=421;SC=CAGAATGTACTAGGTCGAGAA;SOR=1.085;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=2;TCR=13;TR=15;WE=49141540;WS=49141522;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr19	49143025	rs2303147	T	C	2829.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=42;NR=40;PP=1680;SC=TCCCTCCCTCTGAATCTCGCC;SOR=0.713;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=82;TCF=42;TCR=40;TR=82;WE=49143033;WS=49143015;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr19	49148781	rs10426317	C	T	8559.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=342;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=98;NR=116;PP=2965;SC=TCCCCACCTCCACCCTCCCTC;SOR=0.813;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=218;TCF=98;TCR=120;TR=214;WE=49148789;WS=49148771;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,333:1.00:333
chr19	49164952	rs281392	A	G	3585.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=26;NR=40;PP=1424;SC=CCGGCCTGGGACTGGGTGTGG;SOR=0.889;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=66;TCF=26;TCR=40;TR=66;WE=49164960;WS=49164942;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr19	49166875	rs371690	G	A	1768.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=24;NR=32;PP=1271;SC=CCATCCCTCCGTTCCATCTTG;SOR=0.941;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=56;TCF=24;TCR=32;TR=56;WE=49166883;WS=49166865;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr19	49168182	rs373002	T	C	836.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=18;PP=577;SC=ATTATCTTTTTTTTTTGAGAC;SOR=2.387;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=24;TCF=5;TCR=19;TR=23;WE=49168190;WS=49168172;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr19	49183705	rs3826846	G	A	7536.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=290;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=90;NR=89;PP=2965;SC=CGCTGTGTCCGCCTCACGGGC;SOR=0.700;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=179;TCF=90;TCR=89;TR=179;WE=49183713;WS=49183695;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,283:1.00:283
chr19	49206108	rs679574	C	G	2327.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=59;NR=8;PP=1752;SC=AGTAGAAGCACACACACACCC;SOR=3.737;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=68;TCF=60;TCR=8;TR=67;WE=49206116;WS=49206098;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr19	49206145	rs516316	G	C	4121.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=34;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=89;NR=40;PP=2799;SC=CCACCGCATGGCCACGTTCAC;SOR=1.626;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=129;TCF=89;TCR=40;TR=129;WE=49206153;WS=49206135;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,143:1.00:143
chr19	49206172	rs516246	C	T	5765.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=110;NR=56;PP=2965;SC=CCCGGGCCTCCATCTCCCAGC;SOR=1.352;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=168;TCF=110;TCR=58;TR=166;WE=49206180;WS=49206162;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,208:1.00:208
chr19	49206417	rs492602	A	G	5122.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.520;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=-0.431;NF=61;NR=72;ReadPosRankSum=-1.265;SC=CGATCAATGCAATAGGCCGCC;SOR=0.814;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=135;TCF=62;TCR=73;TR=133;WE=49206425;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,191:0.98:195
chr19	49206462	rs681343	C	T	4179.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.716;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=-1.405;NF=72;NR=57;PP=2676;ReadPosRankSum=-1.475;SC=CCACACTGTACGCCCTGGCCA;SOR=0.861;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=131;TCF=73;TCR=58;TR=129;WE=49206470;WS=49206452;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,152:0.97:156
chr19	49206674	rs601338	G	A	6992.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=261;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=80;NR=88;PP=2965;SC=CCCTGCTCCTGGACCTTCTAC;SOR=0.756;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=170;TCF=81;TCR=89;TR=168;WE=49206682;WS=49206664;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,260:1.00:260
chr19	49206985	rs602662	G	A	8545.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.879;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=326;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=108;NR=95;PP=2965;ReadPosRankSum=0.710;SC=CACCTCCCACGGTGATGTGGT;SOR=0.799;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=205;TCF=109;TCR=96;TR=203;WE=49206993;WS=49206975;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,316:0.99:318
chr19	49207206	rs485186	A	G	8749.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=336;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=81;NR=135;PP=2965;SC=CGGAGTGGACAGGGATTGCCG;SOR=1.028;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=216;TCF=81;TCR=135;TR=216;WE=49207214;WS=49207196;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,328:1.00:328
chr19	49207255	rs485073	A	G	7600.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.45;SOR=1.813;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,171:1.00:171
chr19	49207255	.	ATT	GTC	2947	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;FR=1.0000;HP=3;HapScore=1;MGOF=19;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=37;NR=96;PP=2947;QD=20;SC=ATGCTGGCCCATTCTTTGAGA;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=136;TCF=37;TCR=99;TR=133;WE=49207265;WS=49207245;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:3,133:0.98:136
chr19	49207257	rs603985	T	C	7600.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.24;SOR=1.770;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,168:1.00:168
chr19	49216926	rs281384	A	G	5326.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=114;NR=48;PP=2965;SC=GCAGGAGTCCAGAACCTCAGC;SOR=1.586;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=162;TCF=114;TCR=48;TR=162;WE=49216934;WS=49216916;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,203:1.00:203
chr19	49217261	rs281385	A	G	2041.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=41;PP=1211;SC=TATCCGCGGCACGTGGAAGAG;SOR=2.049;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=50;TCF=9;TCR=41;TR=50;WE=49217269;WS=49217251;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr19	49217520	rs281387	T	C	1041.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=27;NR=2;PP=753;SC=TTCCTACCGCTGGTCCTCGCC;SOR=3.258;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=30;TCF=28;TCR=2;TR=29;WE=49217528;WS=49217510;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr19	49217605	rs281388	T	G	3322.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=48;NR=35;SC=GTCCGCAAGCTCATAGCCCCG;SOR=0.971;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=83;TCF=48;TCR=35;TR=83;WE=49217613;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chr19	49218060	rs35866622	C	T	1380.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=26;NR=11;PP=767;SC=ACCCCAAACTCACCGTCAGCT;SOR=1.519;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=26;TCR=11;TR=37;WE=49218068;WS=49218050;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr19	49218111	rs33988101	G	T	2190.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=40;NR=24;PP=1103;SC=TGTGTGGGGGGGGCGAGGGGC;SOR=1.206;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=65;TCF=41;TCR=24;TR=64;WE=49218119;WS=49218101;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr19	49218430	rs12978750	A	G	1564.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=46.02;SOR=2.049;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr19	49218437	rs12978752	A	C	1697.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.41;SOR=2.038;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr19	49218602	rs12979278	C	T	3763.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.916;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=44;PP=1866;ReadPosRankSum=0.993;SC=CTTGGGGGTCCGCCCTGGATC;SOR=0.844;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=104;TCF=57;TCR=47;TR=100;WE=49218610;WS=49218592;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,140:0.99:142
chr19	49228272	rs2287921	T	C	2063.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=19;NR=35;PP=1026;SC=CCAGGAAGCTTCAGGGTAATA;SOR=1.068;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=54;TCF=19;TCR=35;TR=54;WE=49228280;WS=49228262;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr19	49232226	rs2287922	G	A	2167.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=27;NR=22;PP=956;SC=CGGGCCAGGCGGCCCAGCAGT;SOR=0.791;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=49;TCF=27;TCR=22;TR=49;WE=49232234;WS=49232216;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr19	49232956	.	CCTT	C	459.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.453;ClippingRankSum=0.000;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=21.89;ReadPosRankSum=1.788;SOR=0.420;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,20:0.95:21
chr19	49299533	rs557106	A	G	6208.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=248;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=94;NR=72;PP=2965;SC=AGAGCAGCACAGAAAGCCCAC;SOR=0.912;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=166;TCF=94;TCR=72;TR=166;WE=49299541;WS=49299523;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,240:1.00:240
chr19	49300605	rs526744	T	C	2948.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=35;NR=44;PP=1643;SC=TGGAGGGCAGTCTGGTTGGGT;SOR=0.872;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=79;TCF=35;TCR=44;TR=79;WE=49300613;WS=49300595;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr19	49303070	rs11548193	G	C	7131.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-1.206;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=269;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.296;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=81;NR=62;PP=2895;ReadPosRankSum=-0.792;SC=GAGCGCGCGCGTGGGCTGGCT;SOR=0.444;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=144;TCF=81;TCR=63;TR=143;WE=49303078;WS=49303060;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,266:1.00:267
chr19	49334991	rs62127966	C	T	2968.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.220;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=23.56;ReadPosRankSum=0.913;SOR=0.865;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,124:0.98:126
chr19	49336014	.	G	GT	159.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.506;ClippingRankSum=0.000;DP=130;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.54;ReadPosRankSum=0.672;SOR=0.604;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:78,26:0.25:104
chr19	49337657	rs143905588	C	G	1084.79	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=1.096;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.821;NF=15;NR=21;PP=1004;ReadPosRankSum=2.385;SC=CCCTGGGTCTCAGGGAGGAGG;SOR=0.922;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=39;TCF=17;TCR=22;TR=36;WE=49337686;WS=49337647;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,27:0.93:29
chr19	49337670	.	T	C	1084.79	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.925;ClippingRankSum=0.000;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.76;MQRankSum=-0.821;QD=37.41;ReadPosRankSum=2.144;SOR=0.922;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,27:0.93:29
chr19	49337676	.	A	G	1084.79	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.224;ClippingRankSum=0.000;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.52;MQRankSum=-0.821;QD=37.41;ReadPosRankSum=1.372;SOR=0.922;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,27:0.93:29
chr19	49339098	rs8110220	T	C	7560.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=288;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=77;NR=88;PP=2965;SC=GCCCCGCTGTTCACTGAGAAT;SOR=0.773;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=166;TCF=77;TCR=89;TR=165;WE=49339106;WS=49339088;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,285:1.00:285
chr19	49340858	rs10407029	C	T	1412.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=22;PP=740;SC=GCGCTAGGACCCCGGATTCCC;SOR=1.201;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=35;TCF=12;TCR=23;TR=34;WE=49340866;WS=49340848;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr19	49342366	rs17272645	C	G	4159.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=76;NR=32;PP=2212;SC=GCGATTTGTACTTCCATATTC;SOR=1.457;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=110;TCF=78;TCR=32;TR=108;WE=49342374;WS=49342356;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,150:1.00:150
chr19	49342396	rs55966626	G	T	6629.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=248;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=97;NR=52;PP=2965;SC=TAATAATAATGCTACTCCCCT;SOR=1.137;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=150;TCF=98;TCR=52;TR=149;WE=49342404;WS=49342386;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,246:1.00:246
chr19	49349025	rs144491555	G	A	414.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=6;NR=7;PP=328;SC=TAATCCCAGCGCTTTGGGAGG;SOR=0.818;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=6;TCR=7;TR=13;WE=49349033;WS=49349015;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr19	49351149	rs28556985	C	T	4262.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=55;NR=48;PP=1761;SC=GAATTATGTGCGTCTTACCTC;SOR=0.743;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=103;TCF=55;TCR=48;TR=103;WE=49351157;WS=49351139;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,164:1.00:164
chr19	49355385	rs45589039	C	T	1151.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=29;NR=9;PP=844;SC=GTCAACTGGGCGGGGCCTCGA;SOR=2.247;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=29;TCR=9;TR=38;WE=49355393;WS=49355375;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr19	49355405	rs17272658	C	T	1699.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=32;NR=15;PP=916;SC=ATTCTGTGGGCGAAGATTAAA;SOR=1.376;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=47;TCF=32;TCR=15;TR=47;WE=49355413;WS=49355395;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr19	49357656	rs4802513	T	A	636.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=10;PP=318;SC=GATAGGGTCTTGCTCTGTCAC;SOR=1.911;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=3;TCR=10;TR=13;WE=49357664;WS=49357646;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr19	49360522	rs73061629	C	A	679.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=15;NR=9;PP=432;SC=TTCGGCCATGCGCTTTGTTAC;SOR=1.220;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=15;TCR=9;TR=24;WE=49360530;WS=49360512;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr19	49362001	rs17206714	T	A	3008.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=54;NR=32;PP=1803;SC=CCAGCTGAGATCATTATGGAC;SOR=1.138;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=86;TCF=54;TCR=32;TR=86;WE=49362009;WS=49361991;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr19	49368613	rs12151238	T	C	2039.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-0.612;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=11;PP=1430;ReadPosRankSum=2.923;SC=AATAAATAAATAAACAAACAA;SOR=0.416;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=72;TCF=61;TCR=11;TR=69;WE=49368621;WS=49368603;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,75:0.96:78
chr19	49368843	rs506425	T	C	10946.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-0.522;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=432;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=114;NR=144;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.188;SC=AAGGCGTGGATCTTGTTTACT;SOR=0.407;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=262;TCF=115;TCR=147;TR=258;WE=49368851;WS=49368833;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:6,419:0.99:425
chr19	49375676	rs638050	T	C	12073.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.343;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=456;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=132;NR=131;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.134;SC=ATTGTGTTCGTTGCTCTTATC;SOR=0.259;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=264;TCF=132;TCR=132;TR=263;WE=49375684;WS=49375666;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,451:1.00:452
chr19	49377319	rs610308	A	G	6950.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=264;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=80;NR=96;PP=2965;SC=AAAGGCACACAAAGAAACTGG;SOR=0.806;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=176;TCF=80;TCR=96;TR=176;WE=49377327;WS=49377309;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,260:1.00:260
chr19	49377424	rs11541192	G	A	6632.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=50;NR=65;PP=2598;SC=TGAAGAGGAGGGTGAGGTCAA;SOR=0.927;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=116;TCF=50;TCR=66;TR=115;WE=49377444;WS=49377414;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,159:1.00:159
chr19	49377436	rs556052	G	C	6281.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=47;NR=60;PP=2465;SC=TGAGGTCAAGGCTTTGGGGGC;SOR=0.901;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=107;TCF=47;TCR=60;TR=107;WE=49377444;WS=49377414;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,146:1.00:146
chr19	49377873	rs35023389	G	A	10839.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.530;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=413;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=136;NR=133;PP=2965;ReadPosRankSum=0.303;SC=AAGCAGCCTTGGGAGAAGCTG;SOR=0.698;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=274;TCF=139;TCR=135;TR=269;WE=49377881;WS=49377863;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:6,403:0.99:409
chr19	49377918	rs35087747	G	T	10628.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.910;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=419;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=136;NR=124;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.694;SC=CGGACCAGAGGGCCCACTTCA;SOR=0.522;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=264;TCF=138;TCR=126;TR=260;WE=49377926;WS=49377908;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:7,409:0.98:416
chr19	49378180	rs146617539	A	ATT,ATTT	3574.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.690;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.17;MQRankSum=0.000;QD=27.50;ReadPosRankSum=-0.994;SOR=0.593;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:5,37,88:0.28,0.68:130
chr19	49378994	rs500079	A	G	11273.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=442;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=186;NR=112;PP=2965;SC=ACGCCGCATCACCCAGGCCCA;SOR=1.195;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=299;TCF=186;TCR=113;TR=298;WE=49379002;WS=49378984;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,426:1.00:426
chr19	49379167	rs524	C	T	20902.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=1.035;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=531;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=128;NR=212;PP=2965;ReadPosRankSum=0.238;SC=AAGCTGTGGCCACACCTTCCC;SOR=1.100;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=344;TCF=130;TCR=214;TR=340;WE=49379175;WS=49379157;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,515:0.99:519
chr19	49379182	rs527	G	C	18543.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.013;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=426;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=96;NR=191;PP=2965;ReadPosRankSum=1.051;SC=CTTCCCGCTCGTCTGCTGCTG;SOR=0.800;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=290;TCF=97;TCR=193;TR=287;WE=49379190;WS=49379172;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,413:0.99:416
chr19	49384449	.	ACTTTTTTTTTTTTTTTTT	A	364.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.442;ClippingRankSum=0.000;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=4.020;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.14;MQRankSum=0.642;QD=10.13;ReadPosRankSum=0.769;SOR=0.218;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,27:0.75:36
chr19	49401205	.	C	CTTATTTAT	1358.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=0;NR=26;PP=1433;SC=AATCTTTAGCCTTATTTATTT;SOR=3.193;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=45;TCF=0;TCR=45;TR=26;WE=49401213;WS=49401195;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr19	49416554	rs5828369	CA	C	4258.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=8;NR=96;PP=2968;SC=GCCCTTGAGGCAAAAAAACTC;SOR=1.356;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=111;TCF=8;TCR=103;TR=104;WE=49416562;WS=49416544;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,176:1.00:176
chr19	49416936	rs746075	C	T	621.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=14;PP=369;SC=GGCCCAAGAGCCAAGCCTATG;SOR=2.303;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=3;TCR=14;TR=17;WE=49416944;WS=49416926;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr19	49421829	rs2287834	A	G	5507.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.433;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=107;NR=48;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.864;SC=CTAGTGGGGTACTAAAGCCTG;SOR=0.627;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=156;TCF=108;TCR=48;TR=155;WE=49421837;WS=49421819;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,193:0.99:194
chr19	49421966	rs2287836	T	C	15064.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-1.268;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=567;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=147;NR=164;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.716;SC=GATACCTTGCTATCCTCTTCC;SOR=0.249;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=312;TCF=147;TCR=165;TR=311;WE=49421974;WS=49421956;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,559:1.00:560
chr19	49424354	rs12979307	C	T	1322.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.50;SOR=0.846;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr19	49424381	rs12979328	C	A	1931.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=23;NR=20;PP=746;SC=TGGACCTGTGCCCCTGATGGC;SOR=0.746;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=43;TCF=23;TCR=20;TR=43;WE=49424389;WS=49424371;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr19	49424925	rs11671777	C	T	1339.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=29;NR=12;PP=835;SC=TTATTAAGCCCGACTGTCAAT;SOR=1.714;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=42;TCF=29;TCR=13;TR=41;WE=49424933;WS=49424915;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr19	49425772	rs1532704	T	C	1852.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=49;PP=1164;SC=CCCTGGGGGCTGGTGTCATGT;SOR=2.636;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=60;TCF=11;TCR=49;TR=60;WE=49425780;WS=49425762;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr19	49458262	rs4645881	C	T	1223.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=20;NR=20;PP=743;SC=CGAGCCCCCTCGCCGGCCCGT;SOR=0.919;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=40;TCF=20;TCR=20;TR=40;WE=49458270;WS=49458252;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr19	49459104	rs1805419	A	G	1658.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=10;NR=36;PP=1119;SC=TGGGCCCCTGAGGACCCAGAA;SOR=2.345;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=46;TCF=10;TCR=36;TR=46;WE=49459112;WS=49459094;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr19	49464507	.	C	CT	47.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.047;ClippingRankSum=0.000;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.88;ReadPosRankSum=1.912;SOR=0.451;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:42,12:0.22:54
chr19	49464971	rs704243	G	A	695.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.77;SOR=1.101;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr19	49469087	rs2230267	T	C	7017.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.358;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=269;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=-0.154;NF=112;NR=80;PP=2965;ReadPosRankSum=2.065;SC=CTTCCGCGAATTGGCCGAGGA;SOR=0.999;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=195;TCF=113;TCR=82;TR=192;WE=49469095;WS=49469077;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,259:0.98:263
chr19	49474027	rs2270938	A	T	1308.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=13;NR=22;PP=687;SC=GGTCTCCAGGACTCTGTGGCA;SOR=1.179;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=35;TCF=13;TCR=22;TR=35;WE=49474035;WS=49474017;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr19	49485548	rs5464	G	A	2662.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=0.920;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=33;PP=1585;ReadPosRankSum=-0.904;SC=ATGCCTCCAGGAAGACGTCAG;SOR=1.112;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=81;TCF=48;TCR=33;TR=81;WE=49485556;WS=49485538;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,100:0.98:102
chr19	49485758	rs2270937	C	T	1198.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=25;PP=820;SC=AGAGGCATCACGGGGCCTCCT;SOR=1.364;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=15;TCR=25;TR=40;WE=49485766;WS=49485748;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr19	49513273	rs1062708	C	T	13011.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-0.988;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=513;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=145;NR=143;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.637;SC=GATCTCCAAGCTGGGCCGCTC;SOR=0.373;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=291;TCF=148;TCR=143;TR=288;WE=49513281;WS=49513263;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,506:0.99:509
chr19	49513349	rs2287760	C	G	8170.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.896;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=312;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=95;NR=128;PP=2965;ReadPosRankSum=0.004;SC=CCGGGATCCCCTCGCCCCCAG;SOR=0.977;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=225;TCF=96;TCR=129;TR=223;WE=49513357;WS=49513339;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,309:0.99:311
chr19	49518484	rs753307	C	T	2189.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.113;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=37;PP=1178;ReadPosRankSum=1.588;SC=TCCAGGGTTCCGATTTCATCC;SOR=1.264;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=58;TCF=20;TCR=38;TR=57;WE=49518492;WS=49518474;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,81:0.98:83
chr19	49518575	rs753308	A	G	671.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=17;PP=480;SC=TATAGTAGGTATCAGTAAATC;SOR=2.124;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=5;TCR=17;TR=22;WE=49518583;WS=49518565;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr19	49519058	rs749776	T	C	7550.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.919;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=283;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=102;NR=97;PP=2965;ReadPosRankSum=0.930;SC=CCATGTGGCCTTCCTTCTCCC;SOR=0.745;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=201;TCF=103;TCR=98;TR=199;WE=49519066;WS=49519048;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,275:0.99:277
chr19	49519230	rs2013039	T	G	2111.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.126;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=45;PP=1442;ReadPosRankSum=1.750;SC=GAAAGACACCTCCAGAGTGCG;SOR=0.896;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=64;TCF=17;TCR=47;TR=61;WE=49519238;WS=49519220;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,73:0.99:74
chr19	49519466	rs1056917	A	G	1144.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=13;PP=520;SC=CGGGGTCCACACCACGCGGGC;SOR=0.693;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=13;TCR=13;TR=26;WE=49519474;WS=49519456;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr19	49519785	rs140502544	CT	C	652.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=3;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=5;PP=450;SC=GCATCTGCCCCTGGCCCCAGG;SOR=2.049;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=11;TCF=6;TCR=5;TR=11;WE=49519801;WS=49519775;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr19	49519793	rs2387588	A	G	791.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=3;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=5;PP=326;SC=CCCTGGCCCCAGGCAGCTCAC;SOR=2.419;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=19;TCF=14;TCR=5;TR=19;WE=49519801;WS=49519775;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr19	49519855	rs1056914	T	G	1910.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=35;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=11;PP=477;SC=TGATGCACACTGGGCAGCCCT;SOR=0.941;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=15;TCR=11;TR=26;WE=49519863;WS=49519845;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr19	49519873	rs6521	G	C	2120.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=36;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=15;NR=15;PP=602;SC=CCTCCTTCTCGACAGCCAGGA;SOR=0.693;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=30;TCF=15;TCR=15;TR=30;WE=49519881;WS=49519863;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr19	49519997	rs4002462	A	G	613.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=13;PP=390;SC=TGCTTCACCCAGGTCTGAGAC;SOR=1.609;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=6;TCR=13;TR=19;WE=49520005;WS=49519987;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr19	49520315	rs2387589	T	C	2478.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-1.019;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=-0.640;NF=47;NR=30;PP=1506;ReadPosRankSum=-0.130;SC=AGGGGCCCTGTAGTCTTACCT;SOR=1.119;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=80;TCF=49;TCR=31;TR=77;WE=49520323;WS=49520305;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,93:0.98:95
chr19	49520372	rs3752210	A	T	4028.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.769;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=-0.577;NF=47;NR=49;PP=1873;ReadPosRankSum=-0.739;SC=GTATCTGGCTATATACCTCGG;SOR=0.760;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=98;TCF=48;TCR=50;TR=96;WE=49520380;WS=49520362;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,153:0.99:155
chr19	49520502	rs1960072	C	T	975.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.050;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=29;PP=785;ReadPosRankSum=-0.619;SC=CTCAGCAGAGCGCCCCAGCCC;SOR=1.280;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=37;TCF=7;TCR=30;TR=36;WE=49520510;WS=49520492;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,36:0.97:37
chr19	49522106	rs8108340	G	A	879.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=11;PP=358;SC=GCAGGAGGCGGTGCCGAGCGA;SOR=0.804;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=24;TCF=13;TCR=11;TR=24;WE=49522114;WS=49522096;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr19	49528937	rs4802537	T	C	6970.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=278;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=102;NR=69;PP=2931;SC=GGCCTCGAAGTGGGCAACAAA;SOR=0.929;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=171;TCF=102;TCR=69;TR=171;WE=49528945;WS=49528927;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,262:1.00:262
chr19	49529379	rs7255292	T	C	1003.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=16;PP=331;SC=TCAGAGCACATGGAGACAGGG;SOR=1.765;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=5;TCR=16;TR=21;WE=49529387;WS=49529369;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr19	49529404	rs2387592	A	G	553.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=9;PP=217;SC=GGAGGCTGGGATTAGAGAAGA;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=9;WE=49529412;WS=49529394;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr19	49535491	rs10413257	T	C	2724.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=19;NR=69;PP=1630;SC=GTGTGAGCTGTGGAAGGAGGC;SOR=2.517;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=88;TCF=19;TCR=69;TR=88;WE=49535499;WS=49535481;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr19	49540093	rs10853805	A	C	4654.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=40;NR=106;PP=2745;SC=GAACCTGGCCAGAGTCAGCGG;SOR=1.809;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=146;TCF=40;TCR=106;TR=146;WE=49540101;WS=49540083;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,174:1.00:174
chr19	49558573	rs56007532	G	T	239.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=41.77;QD=26.64;SOR=2.093;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr19	49558667	rs111775228	T	C	1622.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=38;NR=22;PP=1180;SC=TACCTGGCTTTATACCTCGGG;SOR=1.316;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=60;TCF=38;TCR=22;TR=60;WE=49558698;WS=49558657;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr19	49558678	rs35000456	T	G	1687.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=35;NR=26;PP=1080;SC=ATACCTCGGGTTTGTGGGGGC;SOR=1.010;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=61;TCF=35;TCR=26;TR=61;WE=49558698;WS=49558657;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr19	49558690	rs55995744	T	G	1771.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=2.202;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.250;NF=35;NR=28;PP=1175;ReadPosRankSum=-0.779;SC=TGTGGGGGCGTCAAGGCCACC;SOR=0.337;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=66;TCF=37;TCR=29;TR=63;WE=49558698;WS=49558657;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,66:0.99:67
chr19	49558729	rs12461085	G	C	1848.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=49;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=31;NR=37;PP=998;SC=GGAGTGAGCTGGACACTAACC;SOR=0.776;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=68;TCF=31;TCR=37;TR=68;WE=49558737;WS=49558719;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr19	49559329	rs3810179	G	A	1590.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=33;NR=14;PP=864;SC=GGAGGACATTGTCTGGACTTA;SOR=1.649;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=33;TCR=14;TR=47;WE=49559337;WS=49559319;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr19	49559518	rs3810180	C	G	3819.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=42;NR=51;PP=1661;SC=GGGGCTGGCCCGGCAGGCTCC;SOR=0.836;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=93;TCF=42;TCR=51;TR=93;WE=49559526;WS=49559508;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,148:1.00:148
chr19	49559693	rs79891871	T	C	1410.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=18;NR=21;PP=763;SC=GAGCTGTAGGTTTCCTGAGCC;SOR=0.730;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=39;TCF=18;TCR=21;TR=39;WE=49559701;WS=49559683;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr19	49560461	rs3810182	G	A	1365.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=14;PP=541;SC=ATACTGTGAAGGGTGGGCCAG;SOR=0.770;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=28;TCF=14;TCR=14;TR=28;WE=49560469;WS=49560451;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr19	49560521	rs3810183	G	A	718.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=11;PP=322;SC=CAAGATTGGGGGAGGAGGCAT;SOR=1.302;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=17;TCF=6;TCR=11;TR=16;WE=49560529;WS=49560511;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr19	49573206	rs11083959	C	T	1284.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=32;NR=8;PP=863;SC=CCACTCGTTACGACTTAACCT;SOR=2.303;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=40;TCF=32;TCR=8;TR=40;WE=49573214;WS=49573196;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr19	49573438	rs1017219	A	G	10947.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=432;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=151;NR=105;PP=2965;SC=ACAAGGCTGCATGTCCACATG;SOR=0.918;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=256;TCF=151;TCR=105;TR=256;WE=49573446;WS=49573428;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,421:1.00:421
chr19	49574125	rs1611775	G	C	2053.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=16;NR=55;PP=1309;SC=GCCATTCAGCGGAGCGGGGAA;SOR=2.524;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=71;TCF=16;TCR=55;TR=71;WE=49574133;WS=49574115;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr19	49588746	rs11539822	C	T	8128.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-2.211;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=307;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.623;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=121;NR=82;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.882;SC=TGAGCAGCGGCCTGGTGCGCT;SOR=0.677;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=204;TCF=121;TCR=83;TR=203;WE=49588754;WS=49588736;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,303:1.00:304
chr19	49604855	rs78616533	CCT	C	3241.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.65;QD=43.22;SOR=8.662;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr19	49605530	rs10419811	A	G	2093.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=82;PP=2376;SC=CCCTCCTCCCACCCCAGTCGC;SOR=6.399;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=85;TCF=3;TCR=82;TR=84;WE=49605538;WS=49605520;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr19	49617901	rs35903102	A	C	119.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=19.97;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr19	49621964	rs2232003	T	C	9879.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=376;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=122;NR=90;PP=2965;SC=AGGACAACGCTGCCTACCCTT;SOR=0.912;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=212;TCF=122;TCR=90;TR=212;WE=49621972;WS=49621954;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,371:1.00:371
chr19	49631469	rs147391976	T	C	1649.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=29;NR=23;PP=1104;SC=GGGAGGAGTCTGGGCGAGGCT;SOR=0.871;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=52;TCF=29;TCR=23;TR=52;WE=49631477;WS=49631459;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr19	49645194	.	ATG	A	92.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.180;ClippingRankSum=0.000;DP=221;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.43;ReadPosRankSum=-2.549;SOR=0.774;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:194,21:0.10:215
chr19	49661582	rs3760664	T	C	5920.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=54;NR=105;PP=2965;SC=CCGCGGATGGTCACGCCCCAG;SOR=1.325;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=159;TCF=54;TCR=105;TR=159;WE=49661590;WS=49661572;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,211:1.00:211
chr19	49684787	.	CT	C	1268.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.96;QD=28.83;SOR=3.160;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr19	49684791	.	T	C	1276.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.96;QD=29.02;SOR=3.160;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr19	49685708	rs201110201	CCCAT	C	6188.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQRankSum=0.337;NF=29;NR=38;PP=2998;SC=CATCCATCCACCCATCCATCC;SOR=0.791;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=90;TCF=41;TCR=49;TR=67;WE=49685723;WS=49685698;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,145:0.99:146
chr19	49797887	rs3214611	TA	T	144.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=6;PP=167;SC=ATCTTCAAGATAAAAAAGGCT;SOR=2.584;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=6;WE=49797895;WS=49797877;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr19	49838891	rs354020	C	A	17513.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.743;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=668;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=210;NR=195;PP=2965;ReadPosRankSum=-2.024;SC=GGCTACCCAGCCGGGGCCCAG;SOR=0.746;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=407;TCF=211;TCR=196;TR=405;WE=49838899;WS=49838881;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,663:1.00:665
chr19	49839015	rs354021	T	C	9925.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.636;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=383;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=26.33;ReadPosRankSum=1.201;SOR=0.290;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,376:1.00:377
chr19	49841054	rs354026	G	T	3346.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=73;NR=27;PP=2513;SC=AGTACACAGAGCTAGCCATTC;SOR=2.093;Source=Platypus;TCF=73;TR=100;WE=49841062;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr19	49903008	rs8110789	G	C	415.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=11;PP=322;SC=GTGGACCAGTGCCTCCCTTCT;SOR=2.303;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=3;TCR=11;TR=14;WE=49903016;WS=49902998;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr19	49930721	rs4802605	T	C	11653.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.613;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=455;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=119;NR=159;PP=2965;ReadPosRankSum=1.336;SC=GAGTCCAACGTCCCTCCTCCC;SOR=0.862;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=281;TCF=120;TCR=161;TR=278;WE=49930729;WS=49930711;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,445:1.00:447
chr19	49935927	rs5828394	A	AG	2106.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.255;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=32;PP=1764;ReadPosRankSum=1.472;SC=ACAGGTGTACAGGGACACTAG;SOR=1.196;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=46;TCF=10;TCR=36;TR=41;WE=49935935;WS=49935917;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,66:0.97:68
chr19	49940131	rs3826718	G	C	1913.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=20;NR=47;PP=1077;SC=CCAGGATCCAGGGCAAAACCT;SOR=3.412;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=67;TCF=20;TCR=47;TR=67;WE=49940139;WS=49940121;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr19	49944730	rs58045148	CA	C	3750.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=79;PP=2951;SC=TCCCGGGGTCCAGCCCCGGCC;SOR=4.826;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=80;TCF=0;TCR=80;TR=79;WE=49944738;WS=49944720;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr19	49949652	rs7462	G	A	6910.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.439;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=264;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=89;NR=79;PP=2965;ReadPosRankSum=1.404;SC=AGAAGGCACCGGCAGAAGCGG;SOR=0.269;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=169;TCF=90;TCR=79;TR=168;WE=49949660;WS=49949642;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,262:1.00:263
chr19	49950298	rs13394	C	T	9904.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.838;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=375;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=95;NR=155;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.061;SC=GGGAGGTCAACTTCGGCCAAG;SOR=1.030;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=254;TCF=96;TCR=158;TR=250;WE=49950306;WS=49950288;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,368:0.99:370
chr19	49950356	rs12443	C	G	4440.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-1.124;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=92;PP=2829;ReadPosRankSum=-0.022;SC=GCTTTTCAGGCCTGAGGAGGA;SOR=0.742;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=131;TCF=38;TCR=93;TR=130;WE=49950364;WS=49950346;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,156:0.99:157
chr19	49950413	rs2335090	C	G	1781.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-2.074;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=33;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=49;PP=1356;ReadPosRankSum=-0.654;SC=GCCTGGCGTGCTGTCCCTTTT;SOR=2.483;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=56;TCF=6;TCR=50;TR=55;WE=49950421;WS=49950403;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,59:0.98:60
chr19	49953051	.	CTTTTTT	C	636.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;QD=37.45;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr19	49954282	rs68029391	CTT	C	170.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.179;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.18;MQRankSum=-0.794;QD=6.10;ReadPosRankSum=1.650;SOR=0.838;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,12:0.43:28
chr19	49954356	rs6509432	G	A	362.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=17;PP=504;SC=CCGAGGTCTCGGCTCATTGCA;SOR=2.147;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=3;TCR=17;TR=20;WE=49954364;WS=49954346;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr19	49954803	rs2293013	C	T	12505.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.807;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=282;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=44.66;ReadPosRankSum=-0.382;SOR=0.914;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,278:0.99:280
chr19	49954807	rs2293012	T	G	12565.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.730;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=292;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=43.33;ReadPosRankSum=-0.089;SOR=0.794;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,288:0.99:290
chr19	49955016	rs2293011	G	T	2580.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.214;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.176;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=61;PP=1773;ReadPosRankSum=-0.327;SC=TCAAATCCGTGGGGAATATGT;SOR=2.044;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=80;TCF=18;TCR=62;TR=78;WE=49955024;WS=49955006;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,95:0.98:97
chr19	49962892	rs62128062	G	A	1199.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.762;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=11;PP=663;ReadPosRankSum=1.443;SC=GCTGAGGGCCGTTGGAAAATG;SOR=0.664;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=38;TCF=27;TCR=11;TR=37;WE=49962900;WS=49962882;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,48:0.98:49
chr19	49963987	rs11668181	C	T	548.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.888;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=3.600;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.44;ReadPosRankSum=-2.715;SOR=1.386;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,29:0.76:38
chr19	49964833	.	T	C	520	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;FR=0.5000;HP=3;HapScore=2;MGOF=77;MMLQ=24;MQ=57.54;NF=20;NR=11;PP=520;QD=17.895845566;SC=GAGGAGGGGCTGGGCCTGGAC;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=32;TCF=20;TCR=12;TR=31;WE=49964841;WS=49964823;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:1,31:0.97:32
chr19	49964833	.	T	TGGGCCTGGACTCCTGGGTCTGAGGGAGGAGGGGCC	1397.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=55.43;QD=73.56;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr19	49964977	rs1320303	C	G	4602.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=47;NR=48;PP=1644;SC=CCTGAATGTCCTCAGTGGCCC;SOR=0.727;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=95;TCF=47;TCR=48;TR=95;WE=49964985;WS=49964967;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,179:1.00:179
chr19	49967808	rs34601909	C	T	8185.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-1.246;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=315;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=101;NR=87;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.000;SC=CGTCACCAGCCCCCCCGCCGC;SOR=0.245;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=190;TCF=103;TCR=87;TR=188;WE=49967816;WS=49967798;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,304:1.00:305
chr19	49967981	rs11558188	T	G	7591.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.112;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=291;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=67;NR=114;PP=2965;ReadPosRankSum=1.058;SC=GCCTCGCTGTTCCCTCAACCC;SOR=0.615;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=184;TCF=68;TCR=116;TR=181;WE=49967989;WS=49967971;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,284:0.99:287
chr19	49969085	rs10853810	C	T	7452.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=294;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=77;NR=80;PP=2965;SC=CGTCTGGCAACCTCCATGGCT;SOR=0.735;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=158;TCF=77;TCR=81;TR=157;WE=49969093;WS=49969075;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,288:1.00:288
chr19	49969310	rs2914668	A	G	597.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=7;PP=471;SC=CCAGGATGCCAACCCCCACTG;SOR=1.508;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=14;TCR=7;TR=21;WE=49969318;WS=49969300;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr19	49994476	rs56974957	T	C	6451.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=0.628;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=261;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=69;PP=2044;ReadPosRankSum=-0.841;SC=GATGTCCCTGTGGGAATGGCG;SOR=0.809;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=128;TCF=58;TCR=70;TR=127;WE=49994484;WS=49994466;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,254:0.99:256
chr19	50086287	rs112161078	C	CA	113.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.090;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=3.851;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.29;MQRankSum=0.000;QD=3.16;ReadPosRankSum=-0.240;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,13:0.36:36
chr19	50093454	rs4429389	A	T	2553.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=65;NR=16;PP=1849;SC=CCCCATGCAAAGGTCTAGGGG;SOR=2.584;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=81;TCF=65;TCR=16;TR=81;WE=50093462;WS=50093444;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr19	50105239	rs6509439	C	T	175.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=7;PP=210;SC=GTTGAGTGCCCGCTGGATGAC;SOR=2.584;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=8;WE=50105247;WS=50105229;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr19	50123756	rs372317811	AG	A	109.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.301;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=1.355;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.96;ReadPosRankSum=1.238;SOR=0.965;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:45,11:0.20:56
chr19	50124663	rs73058085	G	A	4579.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=77;NR=32;PP=2395;SC=GGGGGCTGGGGCCTGTACTTT;SOR=1.377;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=109;TCF=77;TCR=32;TR=109;WE=50124671;WS=50124653;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,164:1.00:164
chr19	50140068	rs1368464	C	T	13424.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=510;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=149;NR=146;PP=2965;SC=CCGCCACCAGCAACCCCTGTC;SOR=0.693;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=296;TCF=150;TCR=146;TR=295;WE=50140076;WS=50140058;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,504:1.00:504
chr19	50140092	rs1865077	G	A	12519.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=466;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=145;NR=136;PP=2965;SC=TCTGCCGGTCGTTAATGGCGA;SOR=0.719;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=282;TCF=145;TCR=137;TR=281;WE=50140100;WS=50140082;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,462:1.00:462
chr19	50140209	rs1368463	C	T	11817.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=426;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=166;NR=143;PP=2965;SC=GAGGGGCCATCGTGGGGACCA;SOR=0.742;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=309;TCF=166;TCR=143;TR=309;WE=50140217;WS=50140199;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,420:1.00:420
chr19	50140246	rs1865076	C	A	13940.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=2.154;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=541;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=169;NR=176;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.228;SC=CCCCAAGAGCCCTCAGCCCCC;SOR=0.357;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=348;TCF=172;TCR=176;TR=345;WE=50140254;WS=50140236;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,532:1.00:533
chr19	50149269	rs34074594	G	A	9279.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.837;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=350;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=155;NR=97;PP=2965;ReadPosRankSum=1.429;SC=GGCTGGTTCCGCTGTCAGGAA;SOR=0.397;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=253;TCF=156;TCR=97;TR=252;WE=50149277;WS=50149259;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,343:1.00:344
chr19	50154408	rs12976076	C	T	11238.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.69;BaseQRankSum=-0.715;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=522;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=116;NR=96;PP=2965;ReadPosRankSum=0.189;SC=TTGAGCCCACCGGCTCCAACC;SOR=0.496;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=222;TCF=122;TCR=100;TR=212;WE=50154424;WS=50154398;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:5,455:0.99:460
chr19	50154904	rs7251334	A	C	2234.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=29;NR=28;PP=981;SC=CGCCCGGCCTACACCGGCCGC;SOR=0.717;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=58;TCF=29;TCR=29;TR=57;WE=50154912;WS=50154894;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr19	50155361	rs3833232	GCCGCTC	G	639.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.65;SOR=1.112;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr19	50156896	rs10401743	T	C	4671.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=45;NR=53;PP=1987;SC=GCTGCCCACGTTGCCCCCGCC;SOR=0.774;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=98;TCF=45;TCR=53;TR=98;WE=50156904;WS=50156886;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,177:1.00:177
chr19	50182697	rs8109314	T	C	218.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=5;NR=1;PP=134;SC=TGTGGGCATATCCTGCCAGCC;SOR=1.863;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=5;TCR=1;TR=6;WE=50182705;WS=50182687;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr19	50183980	rs1433102	TT	CC	2553.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=47;PP=2836;SC=TGCTGCGCACTTCCTAGGGTC;SOR=5.283;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=49;TCF=1;TCR=48;TR=48;WE=50183989;WS=50183970;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr19	50187111	rs3816047	C	G	3292.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=59;NR=24;PP=1747;SC=TCCCCAGGCTCTAGCCCCCGG;SOR=1.490;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=83;TCF=59;TCR=24;TR=83;WE=50187119;WS=50187101;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr19	50216118	rs56405217	T	TG	7565.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=39;NR=79;PP=2974;SC=TGAGTGGAGCTGGGCGCGCTG;SOR=0.886;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=128;TCF=40;TCR=88;TR=118;WE=50216126;WS=50216108;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,224:1.00:224
chr19	50250872	rs8109529	G	A	1196.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=31;PP=909;SC=CCTTGGCTAAGGGGATGGCTT;SOR=2.891;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=6;TCR=31;TR=37;WE=50250880;WS=50250862;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr19	50265549	rs3745477	T	G	2099.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.073;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.273;NF=29;NR=41;PP=1196;ReadPosRankSum=3.103;SC=TGGGCCCTCCTGCCTTCCTTT;SOR=1.075;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=70;TCF=29;TCR=41;TR=70;WE=50265557;WS=50265539;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,84:0.95:88
chr19	50308873	rs147959530	G	A	4575.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.62;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=70;NR=39;PP=2600;SC=GGAGCCTCCGGGGTGAGGGGC;SOR=1.193;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=109;TCF=70;TCR=39;TR=109;WE=50308881;WS=50308863;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,164:1.00:164
chr19	50322611	.	T	TGATGGCTTGGGTGGTTGGGGTCCCTGTAAGGGGCCGTGCATGAGG	7211.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=210;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.98;QD=43.44;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,166:1.00:166
chr19	50322619	.	TG	T	2963	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;FR=0.5000;HP=4;HapScore=1;MGOF=10;MMLQ=28;MQ=59.91;NF=1;NR=81;PP=2963;QD=20;SC=AGTGATGGCTTGGGGTGGTTG;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=102;TCF=1;TCR=101;TR=82;WE=50322665;WS=50322584;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:20,82:0.80:102
chr19	50331678	rs5828413	CT	C	3083.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=29;NR=19;PP=1990;SC=GATGGCAACCCTGGGGGCTGA;SOR=1.730;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=50;TCF=31;TCR=19;TR=48;WE=50331686;WS=50331668;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr19	50358170	rs1290657	T	C	3136.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=15;NR=70;PP=2846;SC=TCCCACCCCATCCACTCTGAG;SOR=2.261;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=85;TCF=15;TCR=70;TR=85;WE=50358178;WS=50358160;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr19	50363175	rs1290646	A	G	3523.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=75;NR=18;PP=2210;SC=CCACGGCATGATGCCGTGGTT;SOR=2.264;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=93;TCF=75;TCR=18;TR=93;WE=50363183;WS=50363165;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr19	50368361	rs1290649	T	A	2060.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=46;NR=14;PP=1224;SC=GGCGGCTCCCTCAGCCCTCGG;SOR=2.336;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=60;TCF=46;TCR=14;TR=60;WE=50368369;WS=50368351;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr19	50375242	rs2290775	C	T	1713.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=13;NR=39;PP=1125;SC=ACAGCCACCACCTCCACCTCC;SOR=2.147;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=52;TCF=13;TCR=39;TR=52;WE=50375250;WS=50375232;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr19	50380858	rs731826	T	G	731.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=26;NR=2;PP=597;SC=CACCCGCTCCTTCTCTAGAAC;SOR=4.332;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=28;TCF=26;TCR=2;TR=28;WE=50380866;WS=50380848;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr19	50383591	rs8109661	A	G	10244.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=386;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=104;NR=131;PP=2965;SC=TTTGACCCCGACTATGAACCT;SOR=0.843;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=237;TCF=106;TCR=131;TR=235;WE=50383599;WS=50383581;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,383:1.00:383
chr19	50383636	rs3745486	T	C	6476.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=241;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=59;NR=101;PP=2965;SC=CGGCCACAGCTCTGCCACTCA;SOR=1.131;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=161;TCF=60;TCR=101;TR=160;WE=50383644;WS=50383626;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,238:1.00:238
chr19	50386340	rs746738	T	C	5583.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.467;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=69;PP=2397;ReadPosRankSum=-0.607;SC=AAACGTGAGTTCTCAGGAGGC;SOR=0.306;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=121;TCF=51;TCR=70;TR=120;WE=50386348;WS=50386330;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,211:1.00:212
chr19	50387729	rs35681527	C	T	15438.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.253;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=604;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=198;NR=160;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.474;SC=ACGTCCAGGGCATGAGTGATC;SOR=0.611;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=363;TCF=201;TCR=162;TR=358;WE=50387737;WS=50387719;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:7,595:0.99:602
chr19	50394203	rs66537733	CCT	C	710.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.756;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.96;MQRankSum=0.000;QD=22.93;ReadPosRankSum=-0.809;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,30:0.97:31
chr19	50394204	.	CT	C	459	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;FR=0.6011;HP=10;HapScore=2;MGOF=17;MMLQ=24;MQ=58.94;NF=5;NR=32;PP=459;QD=12.6486486486;SC=CCCCCCCCCCCTGCCCGCCAG;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=55;TCF=10;TCR=45;TR=37;WE=50394213;WS=50394176;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:18,37:0.67:55
chr19	50399384	rs3840921	G	GC	2428.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=6;NR=35;PP=1611;SC=TTGTTCCAGAGCCCCTCCCCT;SOR=1.194;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=44;TCF=7;TCR=37;TR=41;WE=50399392;WS=50399374;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr19	50404879	rs55853951	C	T	3671.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=74;NR=40;PP=1905;SC=CCCAGGGCCCCGGGTGGGGGC;SOR=1.251;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=117;TCF=77;TCR=40;TR=114;WE=50404887;WS=50404869;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,145:1.00:145
chr19	50411012	rs1127729	C	T	369.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQ=58.77;NF=7;NR=6;PP=192;SC=AGGCTGGTCTCGAACTCCTGA;SOR=0.818;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=7;TCR=6;TR=13;WE=50411020;WS=50411002;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr19	50411742	rs892028	A	G	12954.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=502;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=170;NR=139;PP=2965;SC=TGAGCTGTGCATCGATGTTCT;SOR=0.822;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=309;TCF=170;TCR=139;TR=309;WE=50411750;WS=50411732;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,494:1.00:494
chr19	50412417	rs999583	G	A	3072.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=49;NR=33;PP=1712;SC=TGGGCCCAGTGCTGGTGATGG;SOR=1.015;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=82;TCF=49;TCR=33;TR=82;WE=50412425;WS=50412407;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr19	50434021	rs11554772	C	T	990.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=1.182;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=9;PP=615;ReadPosRankSum=-0.984;SC=CCTGTCTTCGCCCACCTGAGC;SOR=1.670;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=35;TCF=25;TCR=10;TR=33;WE=50434029;WS=50434011;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,38:0.95:40
chr19	50496281	rs113770287	G	GAC	1548.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=14;PP=805;SC=TGCAGACCAGGAGGGAGCCCC;SOR=0.927;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=18;TCF=3;TCR=15;TR=17;WE=50496289;WS=50496271;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr19	50657786	rs66651303	AG	A	11730.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=358;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=81;NR=97;PP=2966;SC=TGACCCATCCAGGGGAGTCGC;SOR=1.309;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=193;TCF=87;TCR=106;TR=178;WE=50657794;WS=50657776;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,347:1.00:347
chr19	50666389	rs61742305	G	A	4126.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-1.887;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=5.871;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=85;PP=2599;ReadPosRankSum=-0.707;SC=CGCACTGCAGGCAGCCCCAGC;SOR=2.153;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=109;TCF=24;TCR=85;TR=108;WE=50666397;WS=50666379;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,142:0.99:143
chr19	50750419	rs607227	C	T	7023.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=0.762;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=275;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=70;NR=85;PP=2949;ReadPosRankSum=-0.282;SC=GAAAGAGCCGCGCACCCCGGC;SOR=0.819;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=155;TCF=70;TCR=85;TR=155;WE=50750427;WS=50750409;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,268:0.99:270
chr19	50750497	rs1947424	C	T	2862.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.458;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=53;PP=1641;ReadPosRankSum=-1.552;SC=GTGCCCGCTCCGTTACCGATC;SOR=0.693;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=84;TCF=29;TCR=55;TR=82;WE=50750505;WS=50750487;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,108:0.97:111
chr19	50762418	rs1651553	A	G	6411.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=249;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=83;NR=71;PP=2776;SC=AGCTGGAGCCACGGCTGGTGC;SOR=0.785;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=154;TCF=83;TCR=71;TR=154;WE=50762426;WS=50762408;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,247:1.00:247
chr19	50763889	rs12981413	C	T	17008.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.62;DB;DP=650;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=178;NR=139;PP=2965;SC=CCCACCCCTCCCTGCTCATTG;SOR=0.839;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=320;TCF=178;TCR=142;TR=317;WE=50763897;WS=50763879;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,642:1.00:642
chr19	50764017	rs146099002	T	TGC	6387.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=1.290;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=311;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.077;HP=2;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.370;NF=9;NR=127;PP=2987;ReadPosRankSum=-1.996;SC=TGTGTGTGTGTGCGTGCATGA;SOR=1.439;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=151;TCF=10;TCR=141;TR=136;WE=50764025;WS=50763995;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:19,259:0.93:278
chr19	50764079	rs140241247	A	AGT	2912.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=55;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=1;NR=67;PP=2418;SC=TGTGTGTGCAAGTGTGTGTGC;SOR=4.407;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=69;TCF=1;TCR=68;TR=68;WE=50764087;WS=50764069;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr19	50766707	rs1529492	T	C	1904.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=20;NR=32;PP=1143;SC=GTGGCCCCAGTAGGGAGAGGA;SOR=1.098;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=52;TCF=20;TCR=32;TR=52;WE=50766715;WS=50766697;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr19	50771609	rs3745504	G	A	4750.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=58;NR=52;PP=1919;SC=AGAAGAGGCTGCAGCAGCACA;SOR=0.771;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=110;TCF=58;TCR=52;TR=110;WE=50771617;WS=50771599;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,185:1.00:185
chr19	50771635	rs930086	T	C	5321.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=59;NR=56;PP=2289;SC=GTCTGGCCCCTTGCATGCCCA;SOR=0.703;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=117;TCF=60;TCR=57;TR=115;WE=50771643;WS=50771624;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,207:1.00:207
chr19	50775742	rs1651543	A	G	1200.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=20;NR=14;PP=591;SC=GTGACTGGGGACCTGTGGTCT;SOR=0.929;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=20;TCR=14;TR=34;WE=50775750;WS=50775732;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr19	50779151	rs8108435	C	T	1960.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=35;NR=19;PP=978;SC=TGGGACTGGCCACTCCCAAAG;SOR=1.257;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=54;TCF=35;TCR=19;TR=54;WE=50779159;WS=50779141;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr19	50779469	rs76579307	C	T	385.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=8;PP=249;SC=CGGTGAGGCCCGGTGGCAGGC;SOR=1.329;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=4;TCR=8;TR=12;WE=50779477;WS=50779459;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr19	50779500	rs708133	A	G	323.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=4;PP=123;SC=GCCTGTGCACATACAGGGCTG;SOR=0.836;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=7;TCF=3;TCR=4;TR=7;WE=50779508;WS=50779490;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr19	50779988	rs788337	A	T	3343.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.95;SOR=0.754;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,134:1.00:134
chr19	50780186	rs7259185	G	A	371.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=21.87;SOR=0.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr19	50796352	rs651044	C	A	3665.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=52;NR=33;PP=1783;SC=CTGTAGGTTGCAGCTCATTCC;SOR=1.082;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=85;TCF=52;TCR=33;TR=85;WE=50796360;WS=50796342;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,137:1.00:137
chr19	50796905	rs3745509	G	A	2005.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=28;NR=22;PP=936;SC=AGAGCAACTCGGAGCTGCTCA;SOR=0.828;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=50;TCF=28;TCR=22;TR=50;WE=50796913;WS=50796895;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr19	50796960	rs3745510	C	T	1940.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=19;NR=20;PP=677;SC=CGTGATTGACCGCCCCCACCA;SOR=0.774;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=39;TCF=19;TCR=20;TR=39;WE=50796968;WS=50796950;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr19	50797131	rs4801826	A	G	292.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=6;PP=156;SC=TTCAGGGCTAAATCCAAAGAT;SOR=1.270;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=2;TCR=6;TR=8;WE=50797139;WS=50797121;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr19	50805138	rs3826772	C	T	3911.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=44;NR=61;PP=1858;SC=TAGGTGAGAGCGGAGGCCACA;SOR=0.992;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=105;TCF=44;TCR=61;TR=105;WE=50805146;WS=50805128;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,150:1.00:150
chr19	50812221	rs889002	A	G	1000.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=27;NR=1;PP=634;SC=GAGTGATGACAGTACCTGGAG;SOR=3.442;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=28;TCF=27;TCR=1;TR=28;WE=50812229;WS=50812211;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr19	50813169	rs12978083	A	C	9791.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=377;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=93;NR=126;PP=2965;SC=ATGGTGCAGCACTCTGGCATT;SOR=0.916;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=219;TCF=93;TCR=126;TR=219;WE=50813177;WS=50813159;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,374:1.00:374
chr19	50813263	rs627491	T	G	2027.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=14;NR=47;PP=1385;SC=AGGGAGGCAATGACTGGAGCT;SOR=2.269;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=61;TCF=14;TCR=47;TR=61;WE=50813271;WS=50813253;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr19	50832152	rs375912738	T	C	1283.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.20;SOR=1.225;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr19	50837859	rs56849250	C	CA	615.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.57;QD=34.21;SOR=4.407;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr19	50881820	rs55652650	A	AAAC	7180.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=34;NR=47;PP=2924;SC=GAAGATTCGGAAACAGCAGCA;SOR=0.941;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=89;TCF=39;TCR=50;TR=81;WE=50881828;WS=50881810;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,160:1.00:160
chr19	50909389	rs1673041	T	G	3326.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=58;NR=29;PP=1978;SC=TCTTCAGGCTTATGTGACGGG;SOR=1.417;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=88;TCF=58;TCR=30;TR=87;WE=50909397;WS=50909379;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr19	50919797	rs3218776	C	T	3438.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=60;NR=40;PP=1757;SC=TACGGGGGCACCAGGGGACTG;SOR=1.078;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=103;TCF=60;TCR=43;TR=100;WE=50919805;WS=50919787;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr19	50922370	rs2244095	A	G	846.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=19;PP=558;SC=GGAGGGGTCCACCCTGTCTCT;SOR=1.536;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=7;TCR=19;TR=26;WE=50922378;WS=50922360;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr19	50926264	rs1673030	TG	CC	4410.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;JOINED;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=19;NR=51;PP=2947;SC=CTGGCCTCCCTGCATACCCCA;SOR=1.993;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=72;TCF=19;TCR=53;TR=70;WE=50926273;WS=50926254;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr19	50926742	rs3745516	A	G	1308.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=33;NR=7;PP=987;SC=AAAGGCCAAAATCTAGGCTGT;SOR=2.780;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=33;TCR=7;TR=40;WE=50926750;WS=50926732;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr19	50939844	rs117858598	G	A	1979.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.026;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=18;PP=1287;ReadPosRankSum=1.233;SC=GGGTGGTCCCGTGCACCCACA;SOR=0.802;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=64;TCF=46;TCR=18;TR=63;WE=50939852;WS=50939834;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,72:0.99:73
chr19	50957677	.	G	GT	37.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.424;ClippingRankSum=-0.000;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=2.70;ReadPosRankSum=0.233;SOR=1.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,7:0.50:14
chr19	51128661	rs16986142	T	C	8018.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=303;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=99;NR=84;PP=2965;SC=AGTCGTAGTCTACCACGGCGA;SOR=0.741;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=183;TCF=99;TCR=84;TR=183;WE=51128669;WS=51128651;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,299:1.00:299
chr19	51128856	rs10426057	A	C	4323.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=46;NR=63;PP=2272;SC=ACAGAGACTCACTCCCTCAGA;SOR=0.911;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=109;TCF=46;TCR=63;TR=109;WE=51128864;WS=51128846;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,160:1.00:160
chr19	51132905	.	G	A	72	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.6;FR=0.5000;HP=3;HapScore=2;MGOF=53;MMLQ=24;MQ=49.86;NF=5;NR=2;PP=72;QD=15.2530303639;SC=CCTCAGACCCGGGAGTCCAGG;SbPval=0.05;Source=Platypus;TC=31;TCF=10;TCR=21;TR=7;WE=51132913;WS=51132899;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:24,7:0.23:31
chr19	51132979	.	G	A	896	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;FR=1.0000;HP=3;HapScore=1;MGOF=67;MMLQ=26;MQ=57.73;NF=22;NR=17;PP=896;QD=23.8659285269;SC=CCTCAGACCCGGGAGTCCAGA;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=42;TCF=24;TCR=18;TR=39;WE=51132987;WS=51132969;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:3,39:0.93:42
chr19	51133356	rs10407511	C	G	5691.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=72;NR=72;PP=2656;SC=GGGCAGGTGGCCGCTCCTCAC;SOR=0.871;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=161;TCF=72;TCR=89;TR=144;WE=51133364;WS=51133346;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,205:1.00:205
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chr19	51301395	rs4801853	C	T	3305.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=62;NR=22;PP=1817;SC=CTGCTTCACCCCTGGAGCACC;SOR=1.781;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=84;TCF=62;TCR=22;TR=84;WE=51301403;WS=51301385;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr19	51301456	rs4802741	G	A	7068.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.842;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=277;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=100;NR=68;PP=2965;ReadPosRankSum=1.561;SC=TCACGGTGGCGTATGGACAGC;SOR=0.970;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=170;TCF=101;TCR=69;TR=168;WE=51301464;WS=51301446;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,267:0.99:269
chr19	51302154	rs1043315	G	A	1801.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=40;NR=17;PP=1171;SC=GGGTGGCAGCGCTTTCCTAGC;SOR=1.646;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=57;TCF=40;TCR=17;TR=57;WE=51302162;WS=51302144;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr19	51302202	rs3745526	T	A	3589.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.182;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=29;PP=1849;ReadPosRankSum=2.994;SC=AACAGCAGAGTGTCTGGAGGG;SOR=0.497;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=93;TCF=64;TCR=29;TR=91;WE=51302210;WS=51302192;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,136:0.97:140
chr19	51302473	rs3833237	T	TAAG	5309.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQ=60.33;NF=16;NR=70;PP=2234;SC=ACAGGGTTACTAAGGTTAATG;SOR=3.164;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=95;TCF=17;TCR=78;TR=86;WE=51302484;WS=51302463;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr19	51302632	rs58572527	CAG	C	1941.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.185;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=-6.781;NF=8;NR=30;PP=1794;ReadPosRankSum=1.354;SC=CAGGAGGGCACAGGGGAGGGG;SOR=1.085;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=38;TCF=8;TCR=30;TR=38;WE=51302641;WS=51302622;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,70:0.97:72
chr19	51305784	rs2560931	C	T	1430.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=23;PP=713;SC=CTCACGCCTGCAACCTCAGCA;SOR=1.358;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=11;TCR=23;TR=34;WE=51305792;WS=51305774;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr19	51321813	rs2411334	A	G	10997.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.799;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=408;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=106;NR=140;PP=2965;ReadPosRankSum=0.413;SC=TCCTCACAGTACCTCCACCCC;SOR=0.852;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=248;TCF=107;TCR=141;TR=246;WE=51321821;WS=51321803;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,404:1.00:406
chr19	51321919	rs3212841	C	CCAGCCTTCGCAGGCCACACCCTGAAGCCACTCTCCACCCGCT	4437.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.83;SOR=4.914;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr19	51321961	rs3212840	G	A	353.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=113;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=19;PP=535;SC=CCGGAGTTCCGGCCTCAGCTC;SOR=4.977;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=0;TCR=19;TR=19;WE=51321969;WS=51321951;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr19	51322312	rs5519	T	C	1277.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=31;NR=6;PP=795;SC=AGGCATGAGATTGACACAGCT;SOR=2.636;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=31;TCR=6;TR=37;WE=51322320;WS=51322302;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr19	51323232	rs5517	T	C	10612.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.794;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=403;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=150;NR=106;PP=2965;ReadPosRankSum=1.531;SC=TGGGCTTTTTTGCACTCATCA;SOR=0.341;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=257;TCF=151;TCR=106;TR=256;WE=51323240;WS=51323222;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,396:1.00:397
chr19	51323473	rs5516	C	G	12778.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.234;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=477;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=127;NR=182;PP=2965;ReadPosRankSum=2.057;SC=TCGGGTTCCTCGGTGGGCAAC;SOR=0.548;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=310;TCF=127;TCR=183;TR=309;WE=51323481;WS=51323463;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,468:0.99:471
chr19	51323501	rs1054713	A	G	9840.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=369;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=102;NR=147;PP=2965;SC=CCTTCACAGCATCTGTGATGG;SOR=0.991;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=249;TCF=102;TCR=147;TR=249;WE=51323509;WS=51323491;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,364:1.00:364
chr19	51323881	rs2659103	T	G	267.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=7;PP=164;SC=AGATGAAAGATTTTGAGAGTG;SOR=1.270;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=8;WE=51323889;WS=51323871;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr19	51327163	rs35641597	GC	G	452.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=11;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=0;NR=15;PP=231;SC=CTGGACAATTGCCCCCCCCCC;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=0;TCR=19;TR=15;WE=51327171;WS=51327153;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr19	51330932	rs3745522	G	T	2753.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=42;NR=16;PP=1214;SC=TTTGGCAGTGGGCCGCAGACA;SOR=1.408;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=58;TCF=42;TCR=16;TR=58;WE=51330940;WS=51330922;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr19	51331199	rs142271509	G	GT	2205.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.31;QD=42.42;SOR=1.480;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr19	51331204	.	T	TTG	915	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;FR=1.0000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MMLQ=27;MQ=60.37;NF=3;NR=21;PP=915;QD=39.2083333333;SC=GCCCTGTTTTTGTTTGTTGTT;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=30;TCF=3;TCR=27;TR=24;WE=51331213;WS=51331194;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:6,24:0.80:30
chr19	51331205	.	G	T	689	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;FR=1.0000;HP=8;HapScore=1;MGOF=2;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=9;NR=18;PP=689;QD=26.8063412055;SC=CCCTGTTTTTGTTTGTTGTTG;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=31;TCF=11;TCR=20;TR=27;WE=51331213;WS=51331194;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:4,27:0.87:31
chr19	51331205	rs372866981	G	GT	2255.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.38;SOR=1.358;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr19	51358150	.	G	C	8987.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-1.484;ClippingRankSum=0.000;DP=343;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.633;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=125;NR=83;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.046;SC=GGTTTTATAGGGCTCCTGGGG;SOR=0.683;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=209;TCF=125;TCR=84;TR=208;WE=51358164;WS=51358140;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,336:1.00:337
chr19	51358394	rs2292186	C	T	1993.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=7;NR=49;PP=1388;SC=CAGCCCCACTCCAAGCCCATA;SOR=3.360;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=57;TCF=8;TCR=49;TR=56;WE=51358402;WS=51358384;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
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chr19	51411636	rs2569527	G	T	3125.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=2.245;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=28;PP=1489;ReadPosRankSum=-0.560;SC=CCTTCTGGTCGTGCCCTCCGC;SOR=0.426;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=80;TCF=50;TCR=30;TR=77;WE=51411644;WS=51411626;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,116:0.99:117
chr19	51412666	rs1654552	C	A	4265.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=29;NR=68;PP=2287;SC=CAGAGACGAGCGATCCTGAGG;SOR=1.371;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=99;TCF=31;TCR=68;TR=97;WE=51412674;WS=51412656;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,150:1.00:150
chr19	51413802	rs198969	G	C	3884.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.234;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.802;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=79;NR=31;PP=2197;ReadPosRankSum=1.256;SC=ACAGCCATGGGGGACGGATAA;SOR=1.789;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=112;TCF=80;TCR=32;TR=110;WE=51413810;WS=51413792;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,137:0.99:139
chr19	51452250	rs183854	T	C	3811.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.41;SOR=0.959;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,150:1.00:150
chr19	51453393	rs200168079	GGGCGGGGCTCAGA	G	1005.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.73;SOR=0.776;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr19	51462619	.	C	CTG	201.75	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=0;NR=8;PP=278;SC=AACCCAGAGACTGTGTGTGTG;SOR=1.179;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=34;TCF=0;TCR=34;TR=8;WE=51462627;WS=51462609;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr19	51480671	rs59354651	AGGTT	A	3670.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.802;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.218;NF=20;NR=28;PP=2449;ReadPosRankSum=-1.060;SC=ACAGGGCATGAGGTTGGTTTA;SOR=0.394;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=50;TCF=22;TCR=28;TR=48;WE=51480682;WS=51480661;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,84:0.99:85
chr19	51482969	rs1701924	C	T	1322.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=1.368;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=8;PP=835;ReadPosRankSum=2.281;SC=CCCAGTCACTCGGGTCAAGCT;SOR=1.609;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=44;TCF=34;TCR=10;TR=41;WE=51482977;WS=51482959;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,50:0.94:53
chr19	51484984	rs1991820	C	T	2391.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.346;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=42.71;ReadPosRankSum=-0.686;SOR=0.618;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,55:0.98:56
chr19	51484990	rs1991819	T	C	2526.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.805;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=42.11;ReadPosRankSum=-0.774;SOR=0.580;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,59:0.98:60
chr19	51485013	rs1991818	C	T	3271.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-1.968;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=22;PP=1184;ReadPosRankSum=-0.627;SC=GAGACTTGGGCGGCACCTACT;SOR=0.503;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=66;TCF=44;TCR=22;TR=65;WE=51485021;WS=51485003;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,87:0.99:88
chr19	51485194	rs1654523	C	T	3473.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.257;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=56;PP=1611;ReadPosRankSum=-1.141;SC=TGGAGGAGCACGTGGGTAGCT;SOR=0.590;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=93;TCF=36;TCR=57;TR=91;WE=51485202;WS=51485184;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,141:0.98:144
chr19	51485622	rs2659067	A	G	5669.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=57;NR=66;PP=2351;SC=GATAGCAGTAAGATCTGCAGG;SOR=0.808;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=124;TCF=57;TCR=67;TR=123;WE=51485630;WS=51485612;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,218:1.00:218
chr19	51487067	rs1275221	T	C	7023.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=0.694;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=271;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=78;NR=71;PP=2938;ReadPosRankSum=-0.691;SC=AGCATCACCCTCTCCCCTACA;SOR=0.771;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=149;TCF=78;TCR=71;TR=149;WE=51487075;WS=51487057;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,266:0.99:268
chr19	51487175	rs1624358	T	G	4483.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=41;NR=80;PP=2514;SC=AAAATCTTCATCCCTCTGCTG;SOR=1.329;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=121;TCF=41;TCR=80;TR=121;WE=51487183;WS=51487165;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,158:1.00:158
chr19	51535130	rs3745540	A	G	15562.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-1.345;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=583;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=141;NR=200;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.524;SC=TGGGCCCCTTACTCCGTGGGT;SOR=0.316;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=344;TCF=142;TCR=202;TR=341;WE=51535138;WS=51535120;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,577:1.00:578
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chr19	51537682	rs3865443	C	A	2197.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=22;NR=23;PP=915;SC=GAGCAGTACCCTGAGAGCTGC;SOR=0.717;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=45;TCF=22;TCR=23;TR=45;WE=51537690;WS=51537672;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr19	51537903	rs71185791	G	GA	1277.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-1.925;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.421;NF=3;NR=23;PP=981;ReadPosRankSum=0.074;SC=AAGTCTGGGGGAAAAGGGGAA;SOR=1.298;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=26;TCF=3;TCR=23;TR=26;WE=51537911;WS=51537893;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,48:0.96:50
chr19	51563965	rs2569474	G	A	608.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=3;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=5;NR=10;PP=317;SC=GGTAAGGGTCGGATTATTGCC;SOR=1.179;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=5;TCR=10;TR=15;WE=51563981;WS=51563955;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr19	51566943	rs2736433	G	A	5049.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=72;NR=41;PP=2106;SC=AGGGAGTGTCGCCAGAGGAGA;SOR=1.092;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=114;TCF=72;TCR=42;TR=113;WE=51566951;WS=51566933;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,193:1.00:193
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chr19	51567990	rs10500306	T	C	4530.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.918;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=88;PP=2223;ReadPosRankSum=0.570;SC=CGCGAACCCATGTCTTTCAGC;SOR=1.299;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=137;TCF=48;TCR=89;TR=136;WE=51567998;WS=51567980;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,177:0.99:179
chr19	51568029	rs2736434	G	T	2786.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=34;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=69;PP=2008;SC=AGCCTTGAACGCGGGAGGGGC;SOR=2.712;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=84;TCF=14;TCR=70;TR=83;WE=51568037;WS=51568019;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr19	51568066	rs12979090	A	G	1497.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=41;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=9;NR=37;PP=1226;SC=TGGGAGGTGAAGGGTCTGGGG;SOR=2.786;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=46;TCF=9;TCR=37;TR=46;WE=51568074;WS=51568056;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr19	51628529	rs2075803	A	G	11078.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.711;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=416;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=116;NR=174;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.615;SC=CCCACATACCAAGAATTGCAC;SOR=0.351;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=291;TCF=116;TCR=175;TR=290;WE=51628537;WS=51628519;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,409:1.00:410
chr19	51630482	rs2258983	C	A	6290.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=47;NR=85;PP=2801;SC=CTGAGGGATGCAGCTGAATTC;SOR=1.121;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=132;TCF=47;TCR=85;TR=132;WE=51630490;WS=51630472;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,232:1.00:232
chr19	51631165	rs867188	C	A	2986.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=31;NR=42;PP=1287;SC=AGACCCAATTCTCTATGATAT;SOR=0.899;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=73;TCF=31;TCR=42;TR=73;WE=51631173;WS=51631155;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr19	51656218	rs273661	G	C	606.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=15;NR=3;PP=448;SC=CTATACAGAGGAATATATCCG;SOR=3.056;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=15;TCR=3;TR=18;WE=51656226;WS=51656208;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr19	51656454	rs273662	A	T	2571.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=28;NR=44;PP=1433;SC=ACCTATCAGGACAAGAAGCCA;SOR=1.109;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=72;TCF=28;TCR=44;TR=72;WE=51656462;WS=51656444;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr19	51728477	rs12459419	C	T	4839.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=79;NR=56;PP=2630;SC=CCCACAGGGGCCCTGGCTATG;SOR=0.990;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=136;TCF=80;TCR=56;TR=135;WE=51728485;WS=51728467;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,182:1.00:182
chr19	51815243	rs4802779	G	C	737.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=12;NR=6;PP=319;SC=GGGTAATCGGGGGATCAGGGG;SOR=1.071;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=18;TCF=12;TCR=6;TR=18;WE=51815251;WS=51815233;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr19	51831759	.	GA	G	80.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.996;ClippingRankSum=0.000;DP=99;ExcessHet=3.0103;FS=2.744;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.11;MQRankSum=2.050;QD=0.94;ReadPosRankSum=-1.201;SOR=1.189;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:61,25:0.29:86
chr19	51835892	rs11402251	T	TG	8694.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=250;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=12;NR=93;PP=2965;SC=CTGGGGTCTGTGCCTGGAAGA;SOR=0.929;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=112;TCF=12;TCR=100;TR=105;WE=51835900;WS=51835882;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,233:1.00:233
chr19	51837332	rs10418551	A	G	2508.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=50;NR=27;PP=1408;SC=GTAGGAGGGCAGGATGGATGA;SOR=1.313;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=77;TCF=50;TCR=27;TR=77;WE=51837340;WS=51837322;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr19	51841417	rs34380065	C	T	8306.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=300;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=65;NR=133;PP=2965;SC=CTCCCCCAACCGTGTCTCTGC;SOR=1.298;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=199;TCF=65;TCR=134;TR=198;WE=51841425;WS=51841407;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,298:1.00:298
chr19	51843589	rs6509528	G	T	6836.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=-0.796;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=273;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=96;NR=59;PP=2931;ReadPosRankSum=-0.165;SC=CGAGTGTCAGGGTCACCTGGG;SOR=0.571;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=158;TCF=99;TCR=59;TR=155;WE=51843597;WS=51843579;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,262:0.99:265
chr19	51843808	rs7259266	C	T	4354.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=47;NR=76;PP=2647;SC=CCTCTGAGCGCATCCGGGGCG;SOR=1.216;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=123;TCF=47;TCR=76;TR=123;WE=51843816;WS=51843798;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,153:1.00:153
chr19	51844978	rs8105710	G	T	4593.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=47;NR=62;PP=2069;SC=CAGAGAAGGGGGAAACCGGGC;SOR=0.892;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=110;TCF=48;TCR=62;TR=109;WE=51844986;WS=51844968;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,174:1.00:174
chr19	51845371	rs10414211	T	G	2301.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=22;NR=28;PP=899;SC=AGCCTGTGGGTTGTCCATGGT;SOR=0.892;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=50;TCF=22;TCR=28;TR=50;WE=51845379;WS=51845361;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr19	51850290	rs1130426	G	A	7616.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=294;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=88;NR=92;PP=2965;SC=CCCCTCCAGCGTCACCTGGGA;SOR=0.714;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=180;TCF=88;TCR=92;TR=180;WE=51850298;WS=51850280;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,291:1.00:291
chr19	51853468	rs4802789	C	T	520.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=13;NR=1;PP=353;SC=TGAGGCAATCCGAGGGAACAG;SOR=2.712;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=14;TCF=13;TCR=1;TR=14;WE=51853476;WS=51853467;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr19	51856619	rs2004309	T	C	4072.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=24;NR=49;PP=1606;SC=AGCCCCTCCTTCCTCAGACCC;SOR=1.402;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=73;TCF=24;TCR=49;TR=73;WE=51856649;WS=51856609;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr19	51856631	rs3889312	G	A	3719.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.78;QD=45.92;SOR=1.497;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr19	51856641	rs3889313	G	C	2761.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.71;QD=46.03;SOR=1.355;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr19	51869346	rs3786625	G	A	1525.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=31;NR=13;PP=856;SC=CGTGACCCCGGAGGGATCGGA;SOR=1.569;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=44;TCF=31;TCR=13;TR=44;WE=51869354;WS=51869336;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr19	51871195	rs3745403	G	A	22464.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=854;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=268;NR=244;PP=2965;SC=CGCCCTCGTCGCACCGAATCC;SOR=0.776;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=512;TCF=268;TCR=244;TR=512;WE=51871203;WS=51871185;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,848:1.00:848
chr19	51874950	rs3009	G	A	1896.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.392;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.898;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=15;PP=1281;ReadPosRankSum=-0.950;SC=GGGCAGATGTGGGACCAGACT;SOR=1.863;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=59;TCF=44;TCR=15;TR=59;WE=51874958;WS=51874940;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,68:0.97:70
chr19	51883727	rs2547318	G	A	6323.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=235;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=94;NR=62;PP=2965;SC=TCTGCCCCAGGCACTGACCTT;SOR=1.003;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=156;TCF=94;TCR=62;TR=156;WE=51883735;WS=51883717;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,234:1.00:234
chr19	51917735	rs1974821	G	A	6831.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=262;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=87;NR=77;PP=2965;SC=GAAACGCTCCGTTGGAGAATG;SOR=0.756;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=165;TCF=87;TCR=78;TR=164;WE=51917743;WS=51917725;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,262:1.00:262
chr19	51918112	rs3810099	A	G	12503.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=1.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=495;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=-0.232;NF=113;NR=161;PP=2965;ReadPosRankSum=2.497;SC=TCTGGGCCCCATGGACGTTCC;SOR=0.748;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=281;TCF=116;TCR=165;TR=274;WE=51918120;WS=51918102;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:7,485:0.99:492
chr19	51918135	rs1833785	G	T	9458.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.735;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=363;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=-0.131;NF=87;NR=142;PP=2965;ReadPosRankSum=0.368;SC=GCCTCACAGCGGAGCCTGAGG;SOR=1.047;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=233;TCF=88;TCR=145;TR=229;WE=51918143;WS=51918125;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,359:0.99:361
chr19	51918360	rs61741672	A	G	2757.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=49;NR=30;PP=1570;SC=AGCTTCGGGGAGTCTGAGGGG;SOR=1.167;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=79;TCF=49;TCR=30;TR=79;WE=51918368;WS=51918350;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
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chr19	51918901	rs112905231	G	A	1999.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=16;NR=43;PP=1265;SC=GGCTCTAGACGGACCAGGGGC;SOR=1.931;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=61;TCF=18;TCR=43;TR=59;WE=51918909;WS=51918891;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
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chr19	51919998	rs61741677	T	C	3127.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=49;NR=34;PP=1372;SC=AGGTCGGTGTTGTGGTCCTGG;SOR=1.015;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=85;TCF=51;TCR=34;TR=83;WE=51920006;WS=51919988;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr19	51920240	rs112587079	G	T	5075.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=74;NR=56;PP=2944;SC=TTCTTGTGCTGCAGGGGTCCC;SOR=0.969;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=130;TCF=74;TCR=56;TR=130;WE=51920248;WS=51920230;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,178:1.00:178
chr19	51994813	rs16982733	G	T	386.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-2.442;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=31;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=0;PP=320;ReadPosRankSum=-0.578;SC=ATGGAGGGCTGTTAATTCTAA;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=14;TCR=0;TR=13;WE=51994821;WS=51994803;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,13:0.93:14
chr19	51994851	rs16982735	C	G	691.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.631;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.961;HP=1;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=2;PP=472;ReadPosRankSum=-0.860;SC=TTCTTTGCTGCAGGGGTCGTG;SOR=2.584;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=22;TCF=19;TCR=3;TR=20;WE=51994859;WS=51994841;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,25:0.93:27
chr19	51995046	rs57043266	G	T	3134.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=0.466;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=37;PP=1069;ReadPosRankSum=-0.955;SC=AGCATGGTGTGGGGGGCTGTC;SOR=0.899;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=61;TCF=24;TCR=37;TR=61;WE=51995054;WS=51995036;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,126:0.98:128
chr19	52085291	rs1543923	T	C	1114.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=25;PP=830;SC=GCTATAAATGTTAAATGTCCT;SOR=1.552;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=36;TCF=11;TCR=25;TR=36;WE=52085299;WS=52085281;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr19	52097401	rs35740364	T	C	24353.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-3.056;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=939;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=352;NR=304;PP=2965;ReadPosRankSum=0.744;SC=TCCACTCCCATGGCTGCAGGG;SOR=0.827;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=660;TCF=354;TCR=306;TR=656;WE=52097409;WS=52097391;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,920:1.00:924
chr19	52101918	rs1868947	T	C	5415.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=72;NR=80;PP=2646;SC=GTGCAGCACATGGTGCTTGTG;SOR=0.827;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=153;TCF=73;TCR=80;TR=152;WE=52101926;WS=52101908;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,205:1.00:205
chr19	52104560	rs3752127	T	C	4172.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=60;NR=48;PP=1712;SC=GCTAGGGGGGTGCCCTTCCGC;SOR=0.897;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=108;TCF=60;TCR=48;TR=108;WE=52104568;WS=52104550;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,159:1.00:159
chr19	52104713	rs3752126	G	C	3440.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=46;NR=56;PP=1719;SC=TGCTGGACCTGGTGCACTCGG;SOR=0.838;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=102;TCF=46;TCR=56;TR=102;WE=52104721;WS=52104703;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr19	52115645	rs3829655	G	C	1065.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.38;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr19	52130637	rs1106476	TC	AA	11314.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.427;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=272;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;JOINED;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=109;NR=67;PP=2947;ReadPosRankSum=-0.900;SC=CAGTCCAGCCTCTCTCTCCCA;SOR=0.599;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=193;TCF=120;TCR=73;TR=176;WE=52130646;WS=52130627;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:6,259:0.98:265
chr19	52132524	.	TAC	T	1042.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.843;ClippingRankSum=0.000;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=2.667;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.16;MQRankSum=0.402;QD=25.43;ReadPosRankSum=0.880;SOR=1.802;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:3,38:0.93:41
chr19	52132986	rs200975295	A	G	2794.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=57;NR=22;PP=1744;SC=ACCTGCCCCAAGTCCTACACC;SOR=1.814;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=79;TCF=57;TCR=22;TR=79;WE=52132994;WS=52132976;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr19	52208277	rs11382950	G	GC	5078.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=31;NR=37;PP=2936;SC=TGGTGTCCAGGCTCCGGGACC;SOR=1.066;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=70;TCF=32;TCR=38;TR=68;WE=52208285;WS=52208267;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,136:1.00:136
chr19	52223121	rs7248778	A	G	1616.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=16;NR=27;PP=852;SC=GAGCAGCGGCAGGCTGCAGGA;SOR=1.160;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=43;TCF=16;TCR=27;TR=43;WE=52223129;WS=52223111;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr19	52223180	rs56166910	A	G	2032.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.62;BaseQRankSum=0.576;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=24;PP=781;ReadPosRankSum=-0.088;SC=AGGAAGGGGCATGAGTCCCGG;SOR=1.151;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=48;TCF=23;TCR=25;TR=46;WE=52223188;WS=52223170;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,82:0.98:84
chr19	52223266	rs57088533	T	C	851.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.62;SOR=3.126;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr19	52223329	rs137889042	GTC	G	118.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=0.175;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.463;HP=2;HapScore=2;MGOF=39;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=2;PP=147;ReadPosRankSum=-1.202;SC=CTGTCTCGCTGTCTCTCTCTC;SOR=0.760;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=14;TCF=4;TCR=10;TR=4;WE=52223338;WS=52223319;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,5:0.45:11
chr19	52227137	.	TAC	T	341.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.161;ClippingRankSum=0.000;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.44;MQRankSum=0.000;QD=5.60;ReadPosRankSum=0.478;SOR=0.644;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:40,21:0.34:61
chr19	52249071	rs5828493	CT	C	503.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.166;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.26;ReadPosRankSum=1.253;SOR=2.093;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,31:0.94:33
chr19	52249211	rs867228	T	G	7080.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=276;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=109;NR=68;PP=2965;SC=TGCCTGTAACTCCACCTCTGC;SOR=1.066;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=177;TCF=109;TCR=68;TR=177;WE=52249219;WS=52249201;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,274:1.00:274
chr19	52249702	rs2070746	G	T	6491.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=253;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=93;NR=81;PP=2965;SC=CGTTGGTCCAGGGCGAAAAGT;SOR=0.776;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=175;TCF=93;TCR=82;TR=174;WE=52249710;WS=52249692;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,250:1.00:250
chr19	52249947	rs2070745	C	G	6856.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=254;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=81;NR=100;PP=2965;SC=ATGGTAAAGACGAATTTGCAC;SOR=0.865;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=181;TCF=81;TCR=100;TR=181;WE=52249955;WS=52249937;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,250:1.00:250
chr19	52250216	rs5030878	A	G	2575.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=20;NR=39;PP=1204;SC=CCCTCCAGAGATGTTCGTGGG;SOR=1.227;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=59;TCF=20;TCR=39;TR=59;WE=52250224;WS=52250206;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr19	52403516	rs1549931	T	C	5008.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=42;NR=83;PP=2706;SC=CCTTCCTTCATTTGAACTCTC;SOR=1.262;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=127;TCF=42;TCR=85;TR=125;WE=52403524;WS=52403506;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,182:1.00:182
chr19	52520714	rs12976476	G	T	1109.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=24;PP=684;SC=CCCAGCACTTGGGGAGGCTGA;SOR=2.362;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=28;TCF=4;TCR=24;TR=28;WE=52520722;WS=52520704;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr19	52619065	rs3764537	T	C	9048.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.294;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=351;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.101;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=108;NR=120;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.631;SC=CACTGCAAGATGTGAATGCTT;SOR=0.433;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=231;TCF=110;TCR=121;TR=228;WE=52619073;WS=52619055;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,342:0.99:345
chr19	52620334	rs45468391	C	T	1722.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=17;NR=30;PP=861;SC=GATAAACAAACATTTTATATT;SOR=1.162;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=17;TCR=30;TR=47;WE=52620342;WS=52620324;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr19	52627349	rs8100114	C	T	3965.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-2.354;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=54;PP=1793;ReadPosRankSum=1.664;SC=GAGAGCTCTTCTGTTTACACA;SOR=0.268;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=98;TCF=43;TCR=55;TR=97;WE=52627357;WS=52627339;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,152:0.99:153
chr19	52659991	rs1821278	A	G	7519.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=266;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=112;NR=79;PP=2965;SC=TTGCAAGGTTATAACTTTGAC;SOR=1.059;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=191;TCF=112;TCR=79;TR=191;WE=52659999;WS=52659981;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,259:1.00:259
chr19	52660279	rs1366245	C	T	4072.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=41;NR=72;PP=2404;SC=ACCCTTTACACATATAAGGTT;SOR=1.324;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=113;TCF=41;TCR=72;TR=113;WE=52660287;WS=52660269;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,147:1.00:147
chr19	52660783	rs17696575	A	G	2018.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=12;NR=38;PP=1168;SC=TCATACATTTAGGAAGGATAC;SOR=1.675;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=51;TCF=13;TCR=38;TR=50;WE=52660791;WS=52660773;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr19	52660826	rs61641512	G	A	1167.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=7;NR=26;PP=731;SC=GAGTTTTTTCGTTGGTTTTTT;SOR=1.954;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=7;TCR=26;TR=33;WE=52660838;WS=52660816;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr19	52664019	rs3794976	A	G	550.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=16;PP=463;SC=AATTCAATAGAAGATTATGAT;SOR=5.784;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=0;TCR=16;TR=16;WE=52664027;WS=52664009;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr19	52693297	rs201332370	C	CT	3844.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.841;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=24;PP=2209;ReadPosRankSum=-1.370;SC=TTGCCCCCCCCACGTTTCAGC;SOR=1.076;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=56;TCF=26;TCR=30;TR=45;WE=52693305;WS=52693287;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,103:0.96:107
chr19	52704961	rs10420138	T	C	7068.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=266;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=85;NR=70;PP=2965;SC=GGTGTCACCTTCATAAGACCC;SOR=0.812;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=156;TCF=85;TCR=71;TR=155;WE=52704969;WS=52704951;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,265:1.00:265
chr19	52772768	rs2657930	T	C	2970.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=51;NR=25;PP=1602;SC=GTCCAATAAGTATTCAGGCCC;SOR=1.322;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=76;TCF=51;TCR=25;TR=76;WE=52772776;WS=52772758;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr19	52773013	rs2560877	C	T	630.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=17;PP=484;SC=TAAATTCATGCGTCCCGTCAG;SOR=3.160;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=19;TCF=2;TCR=17;TR=19;WE=52773021;WS=52773003;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr19	52773039	rs2657929	C	T	525.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=39;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=13;PP=398;SC=TAAAATCGCCCTAGGGCTGGT;SOR=2.712;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=2;TCR=13;TR=15;WE=52773047;WS=52773029;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr19	52803669	rs3217319	CTG	C	9737.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=243;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=34;NR=71;PP=2969;SC=AAGAGTCATGCTGTGTGATGA;SOR=0.693;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=111;TCF=37;TCR=74;TR=105;WE=52803678;WS=52803659;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,232:1.00:232
chr19	52825235	rs8102373	A	G	4080.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=48;NR=61;PP=2125;SC=GTCGCAATTCACACCTTGCAG;SOR=0.845;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=109;TCF=48;TCR=61;TR=109;WE=52825243;WS=52825225;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,153:1.00:153
chr19	52852523	rs321953	T	C	3470.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=27;NR=60;PP=1982;SC=GTTCTCTCTGTTTCTTTCTGA;SOR=1.336;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=89;TCF=27;TCR=62;TR=87;WE=52852531;WS=52852513;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr19	52856955	rs1961205	C	T	3170.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.064;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=67;NR=25;PP=1858;ReadPosRankSum=-0.600;SC=CATTCATGGACGTGGCCATCG;SOR=0.818;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=93;TCF=68;TCR=25;TR=92;WE=52856963;WS=52856945;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,115:0.99:116
chr19	52869022	rs2241586	G	T	2220.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=26;NR=26;PP=999;SC=AACCCTTGAGGCACATCTGTC;SOR=0.717;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=52;TCF=26;TCR=26;TR=52;WE=52869030;WS=52869012;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr19	52869278	rs321937	G	C	3628.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=53;NR=45;PP=2139;SC=TTTAGAGTCCGTGCAAGCCTT;SOR=0.838;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=98;TCF=53;TCR=45;TR=98;WE=52869286;WS=52869268;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr19	52869312	rs162120	T	C	3681.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=59;NR=44;PP=1995;SC=TAATCCATACTGCAGAGAAAC;SOR=0.969;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=103;TCF=59;TCR=44;TR=103;WE=52869320;WS=52869302;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,137:1.00:137
chr19	52869534	rs162119	G	A	8120.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=303;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=99;NR=97;PP=2965;SC=GAGAGTGTTCGGGACTTACTA;SOR=0.693;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=198;TCF=101;TCR=97;TR=196;WE=52869542;WS=52869524;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,296:1.00:296
chr19	52873023	rs707312	A	G	1107.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=29;NR=0;PP=829;SC=CTCTGCCGGGACACAATCTAT;SOR=4.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=29;TCF=29;TCR=0;TR=29;WE=52873031;WS=52873021;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr19	52873345	rs74363354	C	T	2814.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.247;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=62;PP=1654;ReadPosRankSum=-0.508;SC=CCCTCCACCCCGACTAAACTC;SOR=0.983;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=80;TCF=17;TCR=63;TR=79;WE=52873353;WS=52873335;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,102:0.99:103
chr19	52877464	rs35732198	A	AT	67.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.580;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=1.886;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.23;MQRankSum=1.469;QD=1.44;ReadPosRankSum=-0.247;SOR=1.098;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,13:0.28:47
chr19	52877716	.	AT	A	112.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.044;ClippingRankSum=0.000;DP=140;ExcessHet=3.0103;FS=2.107;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.01;ReadPosRankSum=-1.319;SOR=0.441;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:86,26:0.23:112
chr19	52882655	.	CT	C	33.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.033;ClippingRankSum=0.000;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.35;ReadPosRankSum=1.638;SOR=1.048;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,8:0.32:25
chr19	52887603	rs78052167	G	A	6571.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.877;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=249;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=81;NR=66;PP=2965;ReadPosRankSum=1.117;SC=CTCCTTGCACGACATCAGAGA;SOR=0.786;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=149;TCF=82;TCR=67;TR=147;WE=52887611;WS=52887593;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,245:0.99:247
chr19	52893473	rs7253837	A	G	550.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=18;NR=1;PP=422;SC=TGTCCCCTGCACTGGCCCGCA;SOR=4.615;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=19;TCF=18;TCR=1;TR=19;WE=52893481;WS=52893463;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
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chr19	52909303	rs2290745	C	T	13089.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.616;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=507;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=156;NR=158;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.029;SC=ATAATGTCCCCTCAGAAGCCG;SOR=0.697;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=318;TCF=157;TCR=161;TR=314;WE=52909311;WS=52909293;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,501:1.00:503
chr19	52909458	rs2245620	T	G	1901.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=45;PP=1271;SC=CTTTCTTCAGTTATTCTCCTC;SOR=3.056;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=53;TCF=8;TCR=45;TR=53;WE=52909466;WS=52909448;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr19	52909989	rs11668956	A	G	1542.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=42;PP=1134;SC=TGCGGTGGCAATCATAGCTCA;SOR=3.788;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=47;TCF=5;TCR=42;TR=47;WE=52909997;WS=52909979;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr19	52917590	rs162124	G	A	5374.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=45;NR=101;PP=2965;SC=GGGACTGAACGAAGGGGGCGA;SOR=1.489;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=146;TCF=45;TCR=101;TR=146;WE=52917598;WS=52917580;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,192:1.00:192
chr19	52917626	rs162123	A	G	2592.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=17;NR=66;PP=1804;SC=ACAAAGGTGTATATTTGGAAG;SOR=2.636;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=83;TCF=17;TCR=66;TR=83;WE=52917634;WS=52917616;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr19	52920006	rs10664588	C	CTG	6401.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=62;PP=2957;SC=TCCCTACAAACTGTATGGCAA;SOR=1.052;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=76;TCF=11;TCR=65;TR=73;WE=52920014;WS=52919996;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,147:1.00:147
chr19	52937530	rs2560997	C	T	1218.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=31;PP=831;SC=AAATGGTTCACGAGGTCAGGA;SOR=3.056;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=35;TCF=4;TCR=31;TR=35;WE=52937538;WS=52937520;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr19	52938361	rs11084161	C	A	6493.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=249;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=91;NR=71;PP=2965;SC=CTGAGTGTTACCTCCATGTTG;SOR=0.821;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=162;TCF=91;TCR=71;TR=162;WE=52938369;WS=52938351;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,247:1.00:247
chr19	52938417	rs11084162	A	G	7013.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=273;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=31;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=81;NR=90;PP=2965;SC=AGTGAAAATAATAAACAATCC;SOR=0.801;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=171;TCF=81;TCR=90;TR=171;WE=52938425;WS=52938407;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,270:1.00:270
chr19	52938459	rs11084163	A	G	5047.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=31;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQ=59.78;NF=56;NR=82;PP=2600;SC=AGGTGTGAACACAGGTGAGAG;SOR=1.049;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=138;TCF=56;TCR=82;TR=138;WE=52938467;WS=52938449;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,194:1.00:194
chr19	52940931	rs1428179	A	T	346.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=10;NR=2;PP=272;SC=TTTCTGTCAGACTTTAAACAT;SOR=2.670;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=10;TCR=2;TR=12;WE=52940939;WS=52940921;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr19	52941171	rs1428180	T	C	3357.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=54;NR=40;PP=2081;SC=ATAAGTTTTTTCAGTGTCAAA;SOR=0.991;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=94;TCF=54;TCR=40;TR=94;WE=52941179;WS=52941161;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr19	52941540	rs1366257	G	A	5221.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=63;NR=68;PP=2729;SC=AAAGAATGTGGGAAAGTCTTT;SOR=0.758;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=132;TCF=63;TCR=69;TR=131;WE=52941548;WS=52941530;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,190:1.00:190
chr19	52941618	rs1366258	A	C	5665.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=61;NR=74;PP=2965;SC=AAATGTAGTGAATGTGGCAAA;SOR=0.754;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=135;TCF=61;TCR=74;TR=135;WE=52941626;WS=52941608;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,200:1.00:200
chr19	52941847	rs1366259	A	T	5716.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=78;NR=80;PP=2965;SC=TTCATACTGGAGAGAAACCTT;SOR=0.732;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=158;TCF=78;TCR=80;TR=158;WE=52941855;WS=52941837;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,206:1.00:206
chr19	52942159	rs2608497	A	G	11613.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=429;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=135;NR=134;PP=2965;SC=CAAACCTTCAACGACATAGGA;SOR=0.693;Source=Platypus;TCF=135;TR=269;WE=52942167;WS=52942149;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,418:1.00:418
chr19	52942445	rs2608498	C	T	19287.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=510;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=156;NR=158;PP=2965;SC=AGAGAAGCCTCACAGTTGTAA;SOR=0.730;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=317;TCF=156;TCR=161;TR=314;WE=52942453;WS=52942435;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,499:1.00:499
chr19	52942495	rs2561001	G	A	18787.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=489;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NR=169;PP=2965;SC=CACACCTTGCGCGACATAGGA;SOR=0.816;Source=Platypus;TCR=171;WE=52942503;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,480:1.00:480
chr19	52942734	rs2446079	C	T	2412.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=24;NR=51;PP=1582;SC=CAGTGGCTCACGTCTGTAATC;SOR=1.504;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=75;TCF=24;TCR=51;TR=75;WE=52942742;WS=52942724;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr19	52954507	rs324104	T	C	4090.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.560;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=61;PP=1655;ReadPosRankSum=2.358;SC=CCGGAGGTGCTGAGGAGCCAA;SOR=0.821;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=114;TCF=52;TCR=62;TR=112;WE=52954515;WS=52954497;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,164:0.99:166
chr19	53005249	rs9304729	A	G	4346.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=54;NR=72;PP=2587;SC=ATGTATTGTAACAGCCAGTCT;SOR=0.944;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=127;TCF=55;TCR=72;TR=126;WE=53005257;WS=53005239;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,158:1.00:158
chr19	53014346	rs161931	G	A	10587.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=389;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=145;NR=141;PP=2965;SC=TGAGACTGGCGAAGCCTTTAA;SOR=0.704;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=286;TCF=145;TCR=141;TR=286;WE=53014354;WS=53014336;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,380:1.00:380
chr19	53075726	rs162834	G	A	776.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=7;NR=16;PP=502;SC=AACTTGCAAAGGAAGTTTCTT;SOR=1.609;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=24;TCF=8;TCR=16;TR=23;WE=53075734;WS=53075716;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr19	53077280	rs162833	C	G	6895.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=264;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=95;NR=59;PP=2965;SC=GTGTTACAGGCAGGAGGTGTG;SOR=1.010;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=155;TCF=96;TCR=59;TR=154;WE=53077288;WS=53077270;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,258:1.00:258
chr19	53077411	rs162832	T	C	7624.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=281;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=98;NR=106;PP=2965;SC=ATGGCTCTTCTTCAGGTGAGA;SOR=0.729;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=204;TCF=98;TCR=106;TR=204;WE=53077419;WS=53077401;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,279:1.00:279
chr19	53085659	rs366793	C	T	8668.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.037;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=329;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.617;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=85;NR=129;PP=2965;ReadPosRankSum=1.871;SC=ATGACAAAAACCAAAAAGTTG;SOR=0.672;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=215;TCF=86;TCR=129;TR=214;WE=53085667;WS=53085649;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,321:1.00:322
chr19	53086124	rs373554	C	A	9232.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=348;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=102;NR=102;PP=2965;SC=AATCCTTACACGTGTAATGAG;SOR=0.699;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=204;TCF=102;TCR=102;TR=204;WE=53086132;WS=53086114;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,343:1.00:343
chr19	53209553	rs4085566	GG	AT	18991.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=426;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;JOINED;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=115;NR=165;PP=2947;SC=TCCTAAATGGGGTATCTGGTG;SOR=0.991;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=288;TCF=120;TCR=168;TR=280;WE=53209562;WS=53209543;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,426:1.00:426
chr19	53270384	rs1820128	A	G	11107.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=417;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=138;NR=162;PP=2965;SC=TGACATCTACAATGGCATGTA;SOR=0.861;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=300;TCF=138;TCR=162;TR=300;WE=53270392;WS=53270374;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,410:1.00:410
chr19	53303527	rs8107444	A	G	9560.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=371;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=133;NR=120;PP=2965;SC=TTCATTACACATGTATGGTTT;SOR=0.772;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=255;TCF=134;TCR=121;TR=253;WE=53303535;WS=53303517;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,366:1.00:366
chr19	53303705	rs10417163	T	G	7937.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.077;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=289;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQ=59.97;MQRankSum=0.000;NF=99;NR=99;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.097;SC=TTGTATGGTTTCTCTGCAGTA;SOR=0.722;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=201;TCF=100;TCR=101;TR=198;WE=53303713;WS=53303695;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,278:0.99:280
chr19	53311395	rs7257656	G	A	9848.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=372;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=100;NR=149;PP=2965;SC=CCCTGAAATGGAAACACATTT;SOR=1.016;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=249;TCF=100;TCR=149;TR=249;WE=53311403;WS=53311385;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,368:1.00:368
chr19	53344051	rs112227284	T	C	10796.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.423;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=418;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=-1.924;NF=150;NR=141;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.448;SC=CTTGCCACACTCATTACACTT;SOR=0.531;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=298;TCF=153;TCR=145;TR=291;WE=53344059;WS=53344041;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:7,410:0.98:417
chr19	53344118	rs10419826	C	G	7583.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.783;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=282;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=-3.531;NF=144;NR=127;PP=2965;ReadPosRankSum=2.998;SC=GATGTCTGACCGAAGGTCTTG;SOR=0.548;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=272;TCF=145;TCR=127;TR=271;WE=53344126;WS=53344108;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:5,274:0.98:279
chr19	53344426	rs12462929	T	C	12188.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.733;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=481;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=-0.069;NF=150;NR=158;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.963;SC=ATGAAGTCTATGATGGCGTGC;SOR=0.736;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=310;TCF=151;TCR=159;TR=308;WE=53344434;WS=53344416;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,472:1.00:474
chr19	53344701	rs10420793	A	G	14077.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.775;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=542;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=167;NR=157;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.812;SC=GGGATGAATTATGACCAAAGG;SOR=0.736;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=324;TCF=167;TCR=157;TR=324;WE=53344709;WS=53344691;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,525:1.00:527
chr19	53345060	rs61747364	G	C	6644.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=48;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=114;NR=115;PP=2965;SC=TTCTCAACTTGATTACCAATT;SOR=0.711;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=229;TCF=114;TCR=115;TR=229;WE=53345068;WS=53345052;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,222:1.00:222
chr19	53345076	rs61747369	T	C	7032.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.977;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=236;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=56;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=-1.713;NF=125;NR=112;PP=2965;ReadPosRankSum=1.175;SC=CAATTTTCCCTTCAGACTGAA;SOR=0.288;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=238;TCF=126;TCR=112;TR=237;WE=53345084;WS=53345066;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,235:1.00:236
chr19	53345095	rs61729939	G	A	6788.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.320;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=236;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.948;HP=1;HapScore=1;MGOF=59;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=-2.161;NF=129;NR=107;PP=2965;ReadPosRankSum=1.130;SC=AAATATGTGCGGTTCAGGCAG;SOR=0.171;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=242;TCF=133;TCR=109;TR=236;WE=53345103;WS=53345085;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,232:0.99:234
chr19	53345110	rs61729942	A	G	7373.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.200;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=278;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=56;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=-2.098;NF=145;NR=113;PP=2965;ReadPosRankSum=0.895;SC=AGGCAGATGCAAATGAAAGCT;SOR=0.573;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=263;TCF=147;TCR=116;TR=258;WE=53345118;WS=53345100;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,274:0.99:277
chr19	53345176	rs61732713	C	T	12733.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.104;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=489;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=32;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=-1.064;NF=163;NR=143;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.028;SC=ATCATGTTGGCCTGTACTACC;SOR=0.835;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=310;TCF=165;TCR=145;TR=306;WE=53345184;WS=53345166;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,480:0.99:484
chr19	53345447	rs60596790	C	T	5451.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.513;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=116;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.070;SC=TAAGTACAGACGGTATATAAT;SOR=0.480;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=161;TCF=41;TCR=120;TR=155;WE=53345455;WS=53345437;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,196:0.99:198
chr19	53351266	rs7256165	C	T	2442.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.61;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=31;NR=18;PP=909;SC=ACGAGAAATACCCACAGGTAT;SOR=1.061;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=49;TCF=31;TCR=18;TR=49;WE=53351274;WS=53351256;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr19	53369486	rs35128688	CAT	C	758.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=61.86;QD=32.99;SOR=4.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr19	53369845	rs11669868	C	T	1410.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=19;NR=22;PP=1100;SC=TTTATCATGTCGAGCTCTTTG;SOR=0.829;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=19;TCR=22;TR=41;WE=53369853;WS=53369835;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr19	53370122	rs71700464	CAAAAAA	C	361.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;QD=36.17;SOR=4.174;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr19	53384185	rs6509701	C	T	8527.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=326;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=99;NR=108;PP=2965;SC=ATGCGAGGTACGCTTTTGTAC;SOR=0.732;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=207;TCF=99;TCR=108;TR=207;WE=53384193;WS=53384175;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,314:1.00:314
chr19	53391603	.	C	T	107.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=39.03;QD=35.76;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr19	53391606	.	A	T	107.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=39.03;QD=35.76;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr19	53391615	rs201853730	C	T	107.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=39.03;QD=35.76;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr19	53391625	rs28439546	A	G	107.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=39.03;QD=35.76;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr19	53391661	rs28368887	T	C	107.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=39.03;QD=35.76;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr19	53391662	rs28522099	G	C	107.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=39.03;QD=35.76;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr19	53391674	.	T	C	53.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=40.00;QD=26.87;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr19	53453777	rs8110062	C	T	11899.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-1.532;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=440;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=183;NR=129;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.766;SC=CAGTATGAATCTTCCTATGTC;SOR=0.347;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=316;TCF=187;TCR=129;TR=312;WE=53453785;WS=53453767;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,428:1.00:429
chr19	53454475	rs33949217	C	CACT	13507.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.186;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=311;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.143;NF=60;NR=87;PP=2924;ReadPosRankSum=0.393;SC=GAGGAAGCACCGATAGACTTG;SOR=0.863;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=152;TCF=61;TCR=91;TR=147;WE=53454483;WS=53454465;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,304:0.99:308
chr19	53454789	rs12459008	A	T	9307.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=352;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=68;NR=124;PP=2965;SC=TTCTCCTGTAATACTGTGCCT;SOR=1.074;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=194;TCF=69;TCR=125;TR=192;WE=53454797;WS=53454779;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,349:1.00:349
chr19	53456490	rs66502718	C	CA	112.70	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.812;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=12.52;ReadPosRankSum=0.282;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,7:0.78:9
chr19	53456645	rs66883833	C	CAA	114.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=12.75;SOR=1.402;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
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chr19	53553125	rs150642692	C	T	7852.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.803;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=319;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=47.82;MQRankSum=1.869;QD=25.17;ReadPosRankSum=-0.501;SOR=0.226;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,311:1.00:312
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chr19	53577668	rs167918	C	G	1566.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=36;PP=1100;SC=TGCCTGTAATCCCAGCATTTT;SOR=2.093;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=48;TCF=12;TCR=36;TR=48;WE=53577676;WS=53577658;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr19	53589677	rs329718	C	T	6485.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=251;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=75;NR=111;PP=2965;SC=CACAGTCACACGCACAGATCT;SOR=1.025;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=187;TCF=76;TCR=111;TR=186;WE=53589685;WS=53589667;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,248:1.00:248
chr19	53612311	rs4803051	T	C	7526.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.388;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=301;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=92;NR=117;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.009;SC=ACTCTTTACATGTGTAAGGTT;SOR=0.479;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=211;TCF=92;TCR=119;TR=209;WE=53612319;WS=53612301;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,294:0.99:297
chr19	53612720	rs1560099	T	C	5028.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.813;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=62;PP=2760;ReadPosRankSum=-0.729;SC=ATCAGTCCCATATTTATTAGA;SOR=0.228;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=124;TCF=60;TCR=64;TR=122;WE=53612728;WS=53612710;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,183:0.99:184
chr19	53612745	rs1133327	T	C	5211.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.583;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=72;NR=64;PP=2622;ReadPosRankSum=0.503;SC=TGGGTTTTGATGGTAGAAGAA;SOR=0.267;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=136;TCF=72;TCR=64;TR=136;WE=53612765;WS=53612735;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,196:0.99:197
chr19	53612757	rs1054485	T	G	5773.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.827;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=79;NR=65;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.578;SC=GTAGAAGAAATTATTTGGGGT;SOR=0.292;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=144;TCF=79;TCR=65;TR=144;WE=53612765;WS=53612735;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,208:1.00:209
chr19	53612989	rs1054484	A	G	7155.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-2.504;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=282;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.025;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=89;NR=95;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.010;SC=AATTTCTTTCATCATCTCTCC;SOR=0.110;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=185;TCF=89;TCR=96;TR=184;WE=53612997;WS=53612979;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,275:0.99:277
chr19	53618698	rs12609961	C	T	233.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=6;PP=189;SC=AGAGAGTTCACGGAAGTCAGA;SOR=1.863;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=2;TCR=6;TR=8;WE=53618706;WS=53618688;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr19	53619741	rs12608974	T	A	2410.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=1.247;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.412;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.265;NF=12;NR=54;PP=1443;ReadPosRankSum=-0.948;SC=GGAGTTACCATCTTCACACAA;SOR=2.200;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=68;TCF=13;TCR=55;TR=66;WE=53619749;WS=53619731;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,90:0.98:92
chr19	53619864	rs140683001	CTCTT	C	288.75	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=62.65;QD=36.09;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr19	53626112	rs2303689	G	A	1480.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.638;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=43;PP=1119;ReadPosRankSum=-0.628;SC=GTCCTCTGCCGCCCACTACAC;SOR=4.174;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=47;TCF=2;TCR=45;TR=45;WE=53626120;WS=53626102;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,49:0.98:50
chr19	53643497	rs1650972	C	T	2182.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=54;NR=13;PP=1500;SC=AATTCTCTGACGTTGTCAAAG;SOR=2.568;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=67;TCF=54;TCR=13;TR=67;WE=53643505;WS=53643487;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr19	53651845	rs10694633	T	TTC	5098.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=53;NR=16;PP=2930;SC=GAATTCAAACTTGTTTTCCCA;SOR=2.564;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=75;TCF=57;TCR=18;TR=69;WE=53651853;WS=53651835;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr19	53669273	rs4801959	T	C	6603.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=250;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=116;NR=66;PP=2965;SC=TTTCCCTTCATGTTGAAATTG;SOR=1.212;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=182;TCF=116;TCR=66;TR=182;WE=53669281;WS=53669263;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,244:1.00:244
chr19	53762675	rs61734062	G	A	13657.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.125;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=523;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=158;NR=183;PP=2965;ReadPosRankSum=0.593;SC=GGTGGCTAGTGAACACTGCTG;SOR=0.507;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=343;TCF=160;TCR=183;TR=341;WE=53762683;WS=53762665;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,511:0.99:514
chr19	53785265	rs200023470	C	T	136.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=38.70;QD=27.38;SOR=3.611;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr19	53793042	rs8109165	G	A	9939.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.155;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=393;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=155;NR=98;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.357;SC=ACAGCGATATGTCTGTCCATG;SOR=1.056;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=255;TCF=156;TCR=99;TR=253;WE=53793050;WS=53793032;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,377:0.99:381
chr19	53793574	rs2865248	A	G	5933.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=57;NR=76;PP=2876;SC=GCTCTTTGTTAACGGAGTACA;SOR=0.902;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=133;TCF=57;TCR=76;TR=133;WE=53793582;WS=53793564;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,219:1.00:219
chr19	53849446	rs4803089	G	A	580.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=16;NR=5;PP=407;SC=TCTGTTTCATGTTATCTGTAT;SOR=2.200;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=16;TCR=5;TR=21;WE=53849454;WS=53849436;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr19	53849632	rs11406858	G	GC	3273.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=28;PP=1424;SC=AGCCGGCTTCGCTCTCGTGCT;SOR=0.809;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=31;TCF=3;TCR=28;TR=31;WE=53849640;WS=53849622;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr19	53849700	rs4803090	G	A	826.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=31;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=7;NR=14;PP=435;SC=TTGGGAGGCCGAGGCAGGCAA;SOR=1.460;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=7;TCR=14;TR=21;WE=53849708;WS=53849690;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr19	53856349	rs55874600	A	T	10423.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.844;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=399;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=128;NR=151;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.358;SC=AGTGTAATGAATGTGGCAAGA;SOR=0.784;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=279;TCF=128;TCR=151;TR=279;WE=53856357;WS=53856339;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,387:0.99:389
chr19	53884412	rs4438413	G	A	12685.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.982;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=476;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.931;SC=TAACTATGGGGATAATTTTCT;SOR=0.775;SbPval=0.51;Source=Platypus;WE=53884420;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,458:1.00:460
chr19	53905129	rs111753331	TA	T	1178.06	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.389;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FS=1.093;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.43;MQRankSum=1.191;QD=11.11;ReadPosRankSum=-0.100;SOR=0.563;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,87:0.82:106
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chr19	53912242	rs10426347	G	A	14203.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.878;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=539;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=-0.249;NF=163;NR=184;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.852;SC=TCAGCCGGACGTCATCCCTTA;SOR=0.743;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=352;TCF=164;TCR=188;TR=347;WE=53912250;WS=53912232;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,531:1.00:533
chr19	53912521	rs73059151	G	A	6081.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=66;NR=102;PP=2965;SC=CAGAAAATTCGTACTGAAGAG;SOR=1.089;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=168;TCF=66;TCR=102;TR=168;WE=53912529;WS=53912511;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,224:1.00:224
chr19	53958126	rs2708743	T	G	10937.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.971;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=410;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=-0.124;NF=143;NR=135;PP=2965;ReadPosRankSum=0.339;SC=TTGACAGGTATTACAGAACGA;SOR=0.187;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=279;TCF=143;TCR=136;TR=278;WE=53958134;WS=53958116;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,399:1.00:401
chr19	53958263	rs1984432	G	A	13828.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=517;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=166;NR=162;PP=2965;SC=TGTGAAGTCTGTCCACGATGC;SOR=0.733;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=332;TCF=166;TCR=166;TR=328;WE=53958271;WS=53958253;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,514:1.00:514
chr19	53959343	rs2708742	G	A	16218.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.607;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=598;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=228;NR=221;PP=2965;ReadPosRankSum=1.410;SC=TAATGAGTGCGGCAAGACCTT;SOR=0.231;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=452;TCF=231;TCR=221;TR=449;WE=53959351;WS=53959333;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,584:1.00:585
chr19	53959568	rs2617726	G	C	15936.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.844;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=603;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=-0.244;NF=205;NR=203;PP=2965;ReadPosRankSum=2.243;SC=TCATACTGAAGAGAATCCTTA;SOR=0.714;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=411;TCF=205;TCR=206;TR=408;WE=53959576;WS=53959558;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,588:1.00:590
chr19	53983591	.	C	CATA	99.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.020;ClippingRankSum=0.000;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=-4.589;NF=0;NR=11;PP=143;ReadPosRankSum=-0.407;SC=GAGCCCAATGCATGTCTTTAA;SOR=1.112;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=31;TCF=0;TCR=31;TR=11;WE=53983599;WS=53983581;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,5:0.17:29
chr19	54007145	rs72487103	G	A	4826.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=52;NR=66;PP=2343;SC=ATACTGTTCTGCTGCTGATCA;SOR=0.773;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=118;TCF=52;TCR=66;TR=118;WE=54007153;WS=54007135;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,181:1.00:181
chr19	54072757	rs3746304	C	T	2780.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=22;NR=61;PP=1658;SC=TGTTTCCCAGCTCTTTCTATT;SOR=1.958;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=83;TCF=22;TCR=61;TR=83;WE=54072765;WS=54072747;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr19	54080760	.	C	T	1097.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.612;ClippingRankSum=0.000;DP=235;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.796;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=24;PP=699;ReadPosRankSum=0.023;SC=TTACCTTACTCAGCATCAGAA;SOR=0.571;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=150;TCF=83;TCR=67;TR=50;WE=54080768;WS=54080750;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:166,64:0.28:230
chr19	54105521	rs370733154	GGTGTGTGTGT	G	298.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.61;QD=33.19;SOR=2.093;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr19	54106547	rs1541925	G	A	367.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=10;NR=2;PP=277;SC=CTCCCTACTCGGCCCCCTGCC;SOR=2.147;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=10;TCR=2;TR=12;WE=54106555;WS=54106537;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr19	54106756	rs13344462	C	T	6053.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.75;SOR=0.764;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,145:1.00:145
chr19	54106763	rs13344463	C	T	5745.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.86;SOR=0.771;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr19	54106839	rs13344898	C	T	1751.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=31;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=21;NR=30;PP=1100;SC=TAACCCAGGTCCCTGTTCATC;SOR=1.057;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=51;TCF=21;TCR=30;TR=51;WE=54106847;WS=54106829;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr19	54135534	rs11669354	G	A	781.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=18;PP=459;SC=GGCTGTCATCGTTTTTGTTGT;SOR=3.180;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=19;TCF=1;TCR=18;TR=19;WE=54135542;WS=54135524;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr19	54169778	rs76045662	T	A	896.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=15;NR=11;PP=461;SC=AGGATTTGCATTACAAGGCTC;SOR=1.085;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=27;TCF=16;TCR=11;TR=26;WE=54169786;WS=54169768;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr19	54172317	rs1968439	A	G	252.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=49.24;QD=25.28;SOR=1.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr19	54201810	rs71189852	G	GT	225.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.285;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.18;ReadPosRankSum=0.362;SOR=0.641;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:47,24:0.34:71
chr19	54219769	rs4801998	G	A	2835.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=57;NR=27;PP=1597;SC=GGGCCAATACGTGCATCTTTA;SOR=1.358;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=84;TCF=57;TCR=27;TR=84;WE=54219777;WS=54219759;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr19	54220019	.	G	GT	113.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.430;ClippingRankSum=0.000;DP=136;ExcessHet=3.0103;FS=0.963;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.06;ReadPosRankSum=-0.476;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:87,20:0.19:107
chr19	54220100	rs35348659	A	G	1170.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=31;PP=972;SC=TTGGGCTCAAATGGTCCTCTT;SOR=2.948;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=36;TCF=5;TCR=31;TR=36;WE=54220108;WS=54220090;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr19	54224191	rs12973211	A	G	1704.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=47;NR=10;PP=1203;SC=GCTTGAACCCAGGAGGCGGAG;SOR=3.021;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=59;TCF=48;TCR=11;TR=57;WE=54224199;WS=54224181;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr19	54224285	rs58416318	CA	C	7531.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.764;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=346;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.09;MQRankSum=0.158;QD=22.48;ReadPosRankSum=0.671;SOR=0.943;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,333:0.99:335
chr19	54225616	rs10426037	T	A	899.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=16;PP=470;SC=TAAGACAGGGTCTCTGTGGCC;SOR=1.911;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=21;TCF=4;TCR=17;TR=20;WE=54225624;WS=54225606;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr19	54255878	rs10546841	GT	G	274.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.264;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.86;ReadPosRankSum=-1.252;SOR=0.608;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,22:0.71:31
chr19	54291279	rs76335922	C	T	1735.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQ=60.33;NF=17;NR=27;PP=863;SC=CCTGTGGTTTCGATTCCCAGC;SOR=1.044;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=44;TCF=17;TCR=27;TR=44;WE=54291287;WS=54291269;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr19	54291361	rs147896086	A	AG	649.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=13;PP=510;SC=GGGGAAGGGAAGGGGGCCTCC;SOR=1.329;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=16;TCF=2;TCR=14;TR=15;WE=54291369;WS=54291351;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
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chr19	54308554	rs4806773	C	T	4605.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=73;NR=48;PP=2236;SC=GCAGCCTGCACTGGGGATGCC;SOR=1.026;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=121;TCF=73;TCR=48;TR=121;WE=54308562;WS=54308544;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,178:1.00:178
chr19	54308775	rs34166148	C	CT	291.19	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.259;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.65;ReadPosRankSum=0.148;SOR=0.643;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,21:0.84:25
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chr19	54311090	rs11084300	C	T	398.96	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=1.711;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.096;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=10;PP=250;ReadPosRankSum=0.309;SC=CCACAACCTCCGCCTCCTGGG;SOR=2.049;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=15;TCF=4;TCR=11;TR=13;WE=54311098;WS=54311080;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,16:0.89:18
chr19	54314585	rs6509827	G	A	2621.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=22;NR=49;PP=1456;SC=CTCATCAGCAGCCTCTAATGA;SOR=1.445;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=71;TCF=22;TCR=49;TR=71;WE=54314593;WS=54314575;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr19	54327313	rs34436714	C	A	7569.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.771;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=297;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=83;NR=95;PP=2965;ReadPosRankSum=0.944;SC=CTTGCCTTCTCCCAGCTCTGT;SOR=0.794;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=180;TCF=84;TCR=96;TR=178;WE=54327321;WS=54327303;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,288:0.99:290
chr19	54385437	rs307942	A	C	4635.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=65;NR=37;PP=2115;SC=CGCCTCCCCCAACCCGGGGCT;SOR=1.120;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=102;TCF=65;TCR=37;TR=102;WE=54385445;WS=54385427;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,171:1.00:171
chr19	54385820	rs2547362	C	T	7154.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=258;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=54;NR=142;PP=2965;SC=GAAAGGGGGCCCTGAGGCAGA;SOR=1.755;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=198;TCF=54;TCR=144;TR=196;WE=54385828;WS=54385810;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,253:1.00:253
chr19	54387313	rs307956	A	T	2173.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=29;NR=20;PP=881;SC=TGGTTTTCTCAGTGTCCGAGT;SOR=0.928;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=51;TCF=29;TCR=22;TR=49;WE=54387321;WS=54387303;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr19	54396006	rs373719853	GCA	G	267.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.446;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.37;ReadPosRankSum=1.720;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,13:0.31:42
chr19	54409783	rs73603631	G	C	995.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=10;NR=20;PP=785;SC=CAATATACCTGTATGTGGGGG;SOR=1.609;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=30;TCF=10;TCR=20;TR=30;WE=54409791;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr19	54445594	rs11324363	AG	A	12430.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=447;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=12;NR=192;PP=2975;SC=TCCTCGTCTTAGGGGGGTCTC;SOR=1.339;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=218;TCF=12;TCR=206;TR=204;WE=54445602;WS=54445584;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,389:1.00:389
chr19	54483311	.	C	CGT	1008.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.480;ClippingRankSum=0.000;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.422;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=1.855;NF=0;NR=53;PP=1739;ReadPosRankSum=2.794;SC=TGGGCGCGCACGTGTGTGTGT;SOR=2.115;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=112;TCF=0;TCR=112;TR=53;WE=54483322;WS=54483301;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,45:0.59:76
chr19	54544189	rs2303558	C	T	1951.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=22;NR=19;PP=773;SC=ATCCCCCCTCCTTTAGTGGCC;SOR=0.747;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=42;TCF=22;TCR=20;TR=41;WE=54544197;WS=54544179;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr19	54545186	rs73058793	C	T	5007.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.592;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=69;PP=2238;ReadPosRankSum=0.587;SC=CCTCCTGCTCCGGAAGTTTGG;SOR=0.823;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=126;TCF=57;TCR=69;TR=126;WE=54545194;WS=54545176;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,194:0.99:196
chr19	54545274	rs67563163	G	T	1820.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=12;NR=39;PP=1185;SC=GAGGGCAATGGAGGGGAGAGG;SOR=1.758;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=52;TCF=12;TCR=40;TR=51;WE=54545282;WS=54545264;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr19	54545390	rs34610948	A	AC	2638.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=17;NR=21;PP=1693;SC=TGACATGGGAATAAGTGGAGC;SOR=1.066;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=38;TCF=17;TCR=21;TR=38;WE=54545398;WS=54545380;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr19	54545531	rs2433724	T	C	3504.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-2.235;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.214;NF=44;NR=48;PP=1398;ReadPosRankSum=-0.530;SC=CTGAGCTCACTGTGCTGGCTG;SOR=0.235;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=94;TCF=45;TCR=49;TR=92;WE=54545539;WS=54545521;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,140:0.99:141
chr19	54554942	rs4442924	C	A	148.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=5;PP=102;SC=TATGAATGACCCTGCTAACGC;SOR=2.303;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=1;TCR=5;TR=6;WE=54554950;WS=54554932;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr19	54566901	rs662850	C	T	14637.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.252;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=561;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=220;NR=140;PP=2965;ReadPosRankSum=1.244;SC=ACCTGGAAGTCATTACTTCCA;SOR=0.385;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=366;TCF=226;TCR=140;TR=360;WE=54566909;WS=54566891;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,548:0.99:552
chr19	54579363	rs4806706	C	A	10681.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=401;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=144;NR=115;PP=2965;SC=CCTTTCCCAGCGATTCTCCTT;SOR=0.848;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=261;TCF=145;TCR=116;TR=259;WE=54579371;WS=54579353;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,399:1.00:399
chr19	54600232	rs1657535	A	C	4087.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=58;NR=36;PP=2062;SC=GCAGCGGTAAATTCCCCCTTG;SOR=0.992;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=94;TCF=58;TCR=36;TR=94;WE=54600240;WS=54600222;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,150:1.00:150
chr19	54603104	rs368883898	CT	C	47.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.344;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.33;ReadPosRankSum=0.568;SOR=0.646;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,11:0.31:36
chr19	54604194	rs3760698	G	C	6888.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.429;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=275;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=1.529;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=71;NR=104;PP=2965;ReadPosRankSum=0.695;SC=TTACGGAAGAGAGTATCGAGG;SOR=0.816;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=180;TCF=74;TCR=106;TR=175;WE=54604202;WS=54604184;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:7,264:0.97:271
chr19	54606209	rs254260	T	G	2741.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=38;NR=32;PP=1391;SC=AAGTGCAGGTTCCGGTGGCGC;SOR=0.733;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=70;TCF=38;TCR=32;TR=70;WE=54606217;WS=54606199;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr19	54606405	rs254259	T	C	6166.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.338;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=99;NR=58;PP=2965;ReadPosRankSum=1.433;SC=GGGTGACGCTTCTTGCCACCC;SOR=0.460;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=159;TCF=101;TCR=58;TR=157;WE=54606413;WS=54606395;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,218:1.00:219
chr19	54609027	rs254257	A	G	9220.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.686;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=354;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=100;NR=160;PP=2965;ReadPosRankSum=1.026;SC=GTTAGGCTCCAACCCCTACCT;SOR=0.409;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=262;TCF=101;TCR=161;TR=260;WE=54609035;WS=54609017;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,342:1.00:343
chr19	54609170	rs254256	A	G	16646.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=369;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.86;SOR=1.117;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,363:1.00:363
chr19	54609178	rs254255	C	G	17728.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=424;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.52;SOR=1.054;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,417:1.00:417
chr19	54609692	rs254266	T	G	500.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=8;NR=5;PP=266;SC=TAGCCAGGATTGTCTCGATCT;SOR=1.179;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=13;TCF=8;TCR=5;TR=13;WE=54609700;WS=54609682;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr19	54609746	rs8100254	G	C	814.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=12;NR=4;PP=359;SC=AAAGTGCTGGGATTACAGGTG;SOR=1.329;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=12;TCR=4;TR=16;WE=54609754;WS=54609736;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr19	54611287	rs621147	G	A	1972.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=25;PP=1290;ReadPosRankSum=-1.214;SC=CACTGGCGCCGGCTCTGGAGC;SOR=1.003;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=70;TCF=44;TCR=26;TR=65;WE=54611295;WS=54611277;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,79:0.98:81
chr19	54611560	rs254263	C	G	3619.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=44;NR=43;PP=2025;SC=TCCTGGCAGGCAGGAGGGGGA;SOR=0.725;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=88;TCF=45;TCR=43;TR=87;WE=54611568;WS=54611550;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr19	54627039	rs35291886	GCACA	G	2292.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=28;PP=1918;SC=ATACACACATGCACACACACA;SOR=1.609;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=54;TCF=12;TCR=42;TR=37;WE=54627050;WS=54627029;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr19	54627097	rs2303557	T	C	2220.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=36;NR=21;PP=1409;SC=AGGCGGGAGATCCAGGAGGCT;SOR=1.134;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=57;TCF=36;TCR=21;TR=57;WE=54627105;WS=54627087;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr19	54631376	rs12977981	G	T	660.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.05;SOR=1.112;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr19	54631376	.	GGT	TGC	434	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;FR=1.0000;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=8;NR=5;PP=434;QD=37.4975288356;SC=ATACTCGGGGGGTCCGCTCAG;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=13;TCF=8;TCR=5;TR=13;WE=54631386;WS=54631366;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr19	54631378	rs171703	T	C	660.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.30;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr19	54631880	rs74716353	T	C	155.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=2;NR=5;PP=141;SC=CCCAGCCTCCTCCCCCCCGGC;SOR=3.912;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=7;TCF=2;TCR=5;TR=7;WE=54631888;WS=54631870;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr19	54632352	rs608608	C	G	1101.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=21;NR=5;PP=518;SC=GCTGGGCTTCCGGCTGGTGGA;SOR=1.775;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=21;TCR=5;TR=26;WE=54632360;WS=54632342;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr19	54632423	rs655240	T	C	2632.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=43;NR=18;PP=1368;SC=CGCCTCCTCTTCCCCCTAGAT;SOR=1.329;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=61;TCF=43;TCR=18;TR=61;WE=54632431;WS=54632413;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr19	54647078	.	T	TGGG	436.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5715;FS=0.000;HP=8;HapScore=3;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;NF=9;NR=1;PP=92;SC=GGGTAGGGGTTGGGGGGGGTC;SOR=4.804;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=18;TCF=14;TCR=4;TR=10;WE=54647086;WS=54647068;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,12:0.92:13
chr19	54649671	rs36665	T	C	12654.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=0.942;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=534;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=138;NR=157;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.162;SC=CCACCTCCCCTCCCAGCCACA;SOR=0.682;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=299;TCF=140;TCR=159;TR=295;WE=54649679;WS=54649660;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:9,497:0.98:506
chr19	54651774	rs35247489	C	T	1102.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=26;NR=3;PP=647;SC=GTGGGGGCAGCGAGGCCAGAG;SOR=2.891;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=30;TCF=26;TCR=4;TR=29;WE=54651782;WS=54651764;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr19	54652203	rs43211	T	C	4250.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.114;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.123;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=59;PP=2001;ReadPosRankSum=-0.803;SC=GCAGCGGAGGTGGAGGGAGCA;SOR=0.326;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=108;TCF=46;TCR=62;TR=104;WE=54652211;WS=54652193;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,155:0.99:156
chr19	54657877	rs4806718	T	C	2989.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=25;NR=53;PP=1758;SC=GCACACTCGCTTGGGGTGTGG;SOR=1.565;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=78;TCF=25;TCR=53;TR=78;WE=54657885;WS=54657867;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr19	54666060	rs12978996	T	C	1011.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=21;PP=499;SC=GTCAGGGGAGTGGCGGCCTGG;SOR=3.098;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=26;TCF=4;TCR=22;TR=25;WE=54666068;WS=54666050;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr19	54666357	rs2289146	C	G	1025.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=21;NR=7;PP=659;SC=CGATGGGGCACGGCCTCGTCC;SOR=1.675;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=29;TCF=22;TCR=7;TR=28;WE=54666365;WS=54666347;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr19	54667709	.	CT	C	349.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.742;ClippingRankSum=0.000;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.20;MQRankSum=0.772;QD=8.97;ReadPosRankSum=1.605;SOR=0.638;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,31:0.79:39
chr19	54672460	rs6509847	C	T	1210.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=16;NR=26;PP=773;SC=CAGGACCAGCCCCTCCTACCC;SOR=1.038;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=42;TCF=16;TCR=26;TR=42;WE=54672468;WS=54672450;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr19	54672535	.	CT	C	224.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=62.65;QD=37.47;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr19	54672540	.	CTTTCTTTCT	C	224.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=63.51;QD=37.47;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr19	54675572	.	G	C	1658.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=34;NR=17;PP=1183;SC=GGAGGAGACCGAGTCCAGGGT;SOR=1.528;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=51;TCF=34;TCR=17;TR=51;WE=54675580;WS=54675562;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr19	54677759	rs4806721	T	C	1174.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=32;NR=2;PP=819;SC=GGAGCTTCTCTGGGGCAAGGC;SOR=3.912;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=34;TCF=32;TCR=2;TR=34;WE=54677767;WS=54677749;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr19	54691225	rs1865961	T	C	3371.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=26;NR=50;PP=1579;SC=GCCTTGGCCATTCACTCCACG;SOR=1.244;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=76;TCF=26;TCR=50;TR=76;WE=54691233;WS=54691215;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr19	54695163	rs593073	T	C	35.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=17.87;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr19	54695207	rs373725676	C	T	91.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=1;PP=53;SC=TCCCGGCTCCCGCAGGAGGAT;SOR=1.609;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=3;TCR=1;TR=4;WE=54695215;WS=54695197;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr19	54695872	.	G	A	2207.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=24;NR=26;PP=1242;SC=GATCTTTTAGGAATTTTAGCT;SOR=0.719;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=50;TCF=24;TCR=26;TR=50;WE=54695880;WS=54695862;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr19	54696292	rs11420984	C	CT	430.19	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.932;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=4.329;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.66;MQRankSum=0.777;QD=12.29;ReadPosRankSum=-2.477;SOR=1.206;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:5,30:0.86:35
chr19	54697079	rs7595	C	T	3487.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=46;NR=24;PP=1420;SC=GCTGGGCCCCCGAGGACACCA;SOR=1.055;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=70;TCF=46;TCR=24;TR=70;WE=54697087;WS=54697069;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,133:1.00:133
chr19	54697602	rs36622	G	A	3231.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=34;NR=57;PP=1822;SC=GGCCTGGAGGGGGGGGACTGA;SOR=1.150;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=91;TCF=34;TCR=57;TR=91;WE=54697610;WS=54697592;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr19	54705619	rs36614	A	G	3746.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=30;NR=78;PP=2357;SC=GGCACTTGTGAAGTAGGAAAA;SOR=1.900;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=109;TCF=30;TCR=79;TR=108;WE=54705627;WS=54705609;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
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chr19	54725798	rs75069054	G	T	62.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.273;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=24.293;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=45.36;MQRankSum=-2.996;QD=1.85;ReadPosRankSum=-1.774;SOR=3.897;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,6:0.18:34
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chr19	54726711	rs140063405	G	T	1863.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=46.12;QD=39.65;SOR=2.352;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
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chr19	54726833	rs149695852	T	C	7672.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.916;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=259;ExcessHet=3.0103;FS=1.666;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.40;MQRankSum=3.305;QD=29.62;ReadPosRankSum=2.654;SOR=0.587;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:73,186:0.72:259
chr19	54726839	rs141453251	C	T	7642.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.491;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=259;ExcessHet=3.0103;FS=1.058;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.41;MQRankSum=3.389;QD=29.51;ReadPosRankSum=0.748;SOR=0.603;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:74,185:0.71:259
chr19	54726843	rs138124247	C	G	7642.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.410;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=257;ExcessHet=3.0103;FS=2.339;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.46;MQRankSum=3.526;QD=29.74;ReadPosRankSum=-0.270;SOR=0.655;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:74,183:0.71:257
chr19	54726861	rs114813697	C	T	7010.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=4.246;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=251;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.003;HP=2;HapScore=1;MGOF=43;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=4.540;NF=55;NR=61;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.822;SC=CGTCTCCTCCCGGTGACCCCG;SOR=0.912;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=181;TCF=92;TCR=89;TR=116;WE=54726880;WS=54726851;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,169:0.67:251
chr19	54726872	rs140228691	C	G	6372.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=4.801;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.836;HP=2;HapScore=1;MGOF=43;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=3.386;NF=47;NR=65;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.343;SC=GGTGACCCCGCGCTCTGCAGA;SOR=1.071;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=175;TCF=79;TCR=96;TR=112;WE=54726880;WS=54726851;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,153:0.67:229
chr19	54742738	rs448461	G	C	4713.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=92;NR=36;PP=2549;SC=CCCCTCTGGAGGTCCTAGATT;SOR=1.582;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=128;TCF=92;TCR=36;TR=128;WE=54742746;WS=54742728;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,173:1.00:173
chr19	54744104	rs11084326	T	G	1995.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-4.842;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.322;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.522;NF=65;NR=15;PP=1287;ReadPosRankSum=-0.850;SC=GGCCTGGGCCTGAGCTGAGCC;SOR=0.567;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=167;TCF=134;TCR=33;TR=80;WE=54744112;WS=54744094;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:114,98:0.46:212
chr19	54744209	rs8105096	TA	CG	13113.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.103;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=665;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.063;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.996;NF=160;NR=103;PP=2944;ReadPosRankSum=-0.798;SC=GTTGGAGCTGTATGAGCCGTA;SOR=0.982;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=483;TCF=261;TCR=222;TR=263;WE=54744218;WS=54744199;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:328,335:0.51:663
chr19	54744361	rs2361801	A	C	13330.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=494;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=158;NR=188;PP=2965;SC=TGTCAAAATAACCCCGTGACT;SOR=0.850;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=347;TCF=158;TCR=189;TR=346;WE=54744369;WS=54744351;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,492:1.00:492
chr19	54744387	rs71263238	C	T	10801.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=412;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=126;NR=174;PP=2965;SC=AGCAGGGTCACGTTCTCTCCT;SOR=0.991;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=301;TCF=127;TCR=174;TR=300;WE=54744395;WS=54744377;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,410:1.00:410
chr19	54745497	rs146470981	G	A	39.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.799;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=10.447;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=41.84;MQRankSum=-1.269;QD=1.89;ReadPosRankSum=0.243;SOR=3.240;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,4:0.19:21
chr19	54745507	rs61734496	TG	CA	476.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.510;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=20.140;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=42.40;MQRankSum=-1.126;QD=20.73;ReadPosRankSum=1.880;SOR=1.396;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,13:0.57:23
chr19	54745550	rs71257443	G	T	183.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.755;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=20.480;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=42.36;MQRankSum=-0.984;QD=7.35;ReadPosRankSum=0.033;SOR=1.973;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,9:0.36:25
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chr19	54746081	rs28445220	T	C	1762.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.758;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=563;ExcessHet=3.0103;FS=0.609;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.90;MQRankSum=-22.866;QD=3.14;ReadPosRankSum=2.072;SOR=0.578;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:422,140:0.25:562
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chr19	54782420	rs11666104	G	A	10327.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.375;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=244;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.050;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=-0.098;NF=37;NR=102;PP=2965;ReadPosRankSum=0.433;SC=ATCTGTCCTGGAGAGAAGAAG;SOR=1.404;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=141;TCF=38;TCR=103;TR=139;WE=54782428;WS=54782397;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,232:0.98:236
chr19	54782704	rs7247451	G	C	2559.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.524;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=5.666;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=51.00;MQRankSum=-1.410;QD=41.29;ReadPosRankSum=-1.755;SOR=3.575;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,60:0.97:62
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chr19	54783375	rs373032	T	A	13608.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=509;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=159;NR=164;PP=2965;SC=GTGGGTGTTCTTCTTCTCCTT;SOR=0.709;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=323;TCF=159;TCR=164;TR=323;WE=54783383;WS=54783365;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,506:1.00:506
chr19	54783923	rs366337	A	G	4947.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=50;NR=83;PP=2794;SC=TGGGCTTGGGAATGGTCCCTG;SOR=1.191;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=133;TCF=50;TCR=83;TR=133;WE=54783931;WS=54783913;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,179:1.00:179
chr19	54786022	rs4112253	G	C	993.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=13;NR=9;PP=424;SC=TCTTCAGATGGACAAGGAGAC;SOR=0.914;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=22;TCF=13;TCR=9;TR=22;WE=54786030;WS=54786012;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
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chr19	54848507	rs55873636	T	C	3243.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.370;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FS=6.077;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.70;MQRankSum=-0.082;QD=42.13;ReadPosRankSum=1.612;SOR=2.292;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,76:0.99:77
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chr19	54848741	rs12985462	T	C	550.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=11;NR=3;PP=391;SC=CGCCGTAGCATCTGTACTGGC;SOR=2.303;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=11;TCR=3;TR=14;WE=54848749;WS=54848731;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr19	54849463	rs12976217	C	T	5452.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=-2.015;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=51;PP=2091;ReadPosRankSum=-0.553;SC=CTCCTGAGGTCACCACAGGGC;SOR=0.231;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=106;TCF=55;TCR=51;TR=105;WE=54849471;WS=54849453;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,206:1.00:207
chr19	54849481	rs7256494	T	G	5973.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=0.812;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=60;PP=2445;ReadPosRankSum=0.241;SC=GGCTTGGCAGTGCGGACAGGG;SOR=0.729;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=117;TCF=57;TCR=60;TR=116;WE=54849489;WS=54849471;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,224:0.99:226
chr19	54849566	rs2241385	T	C	3942.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-1.345;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=52;PP=1899;ReadPosRankSum=-0.627;SC=CACCTTATCCTACAAGGCTGG;SOR=0.263;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=97;TCF=45;TCR=52;TR=97;WE=54849574;WS=54849556;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,149:0.99:150
chr19	54875791	rs73604725	T	C	582.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=15;NR=7;PP=421;SC=CAATCTAGGGTATATTTAAAG;SOR=1.508;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=23;TCF=16;TCR=7;TR=22;WE=54875799;WS=54875781;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr19	54926249	rs17516390	T	C	1326.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=34;NR=9;PP=901;SC=GGACTTCTTATCCATGGAATT;SOR=2.208;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=43;TCF=34;TCR=9;TR=43;WE=54926257;WS=54926239;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr19	54930624	rs62621451	G	A	1858.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.555;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=18;PP=1240;ReadPosRankSum=-0.764;SC=CCATTTGCAAGCCCACTTCAG;SOR=1.341;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=55;TCF=36;TCR=19;TR=53;WE=54930632;WS=54930614;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,65:0.97:67
chr19	54930822	rs35134302	A	G	3665.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=39;NR=56;PP=1750;SC=CAATTTCCACATCTGTAAACT;SOR=0.960;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=95;TCF=39;TCR=56;TR=95;WE=54930830;WS=54930812;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,141:1.00:141
chr19	54971229	rs3745437	T	C	1646.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=34;NR=15;PP=969;SC=CACCTTCCCCTCAAGGAGGCT;SOR=1.498;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=49;TCF=34;TCR=15;TR=49;WE=54971237;WS=54971219;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr19	55009497	rs3865495	A	C	5486.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=62;NR=90;PP=2965;SC=CTGCTACCACACCACCCTCAG;SOR=1.083;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=152;TCF=62;TCR=90;TR=152;WE=55009505;WS=55009487;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,209:1.00:209
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chr19	55044228	rs10553990	TTC	T	8508.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.29;QD=41.10;SOR=0.825;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,207:1.00:207
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chr19	55175082	rs200867776	C	A	30.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.906;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.11;MQRankSum=-5.666;QD=0.45;ReadPosRankSum=-0.693;SOR=0.605;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:63,6:0.09:69
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chr19	55175740	rs3745871	C	T	14138.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.790;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=534;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.225;NF=166;NR=157;PP=2965;ReadPosRankSum=0.286;SC=TGGACACTTTCCTTCTGATCA;SOR=0.716;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=324;TCF=167;TCR=157;TR=323;WE=55175748;WS=55175730;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,526:1.00:528
chr19	55176262	rs731170	A	G	6743.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.490;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=253;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=85;NR=74;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.346;SC=TCCTTGGAGGATCCCAGGCCC;SOR=0.272;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=160;TCF=86;TCR=74;TR=159;WE=55176270;WS=55176252;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,250:1.00:251
chr19	55176535	rs1925241	C	T	1876.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.483;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=24;PP=960;ReadPosRankSum=1.477;SC=CGAGCTGATGCGGGGAGCAGG;SOR=0.223;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=51;TCF=26;TCR=25;TR=50;WE=55176543;WS=55176525;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,70:0.99:71
chr19	55177929	rs760186	G	A	3692.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=48;NR=63;PP=2720;SC=GTGGAGCTGGGGGTCCCAAAA;SOR=0.906;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=111;TCF=48;TCR=63;TR=111;WE=55177937;WS=55177919;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr19	55246731	rs77241525	C	A	5630.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=75;NR=77;PP=2850;SC=TAACTCCAGACACCTGCACGT;SOR=0.818;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=152;TCF=75;TCR=77;TR=152;WE=55246739;WS=55246721;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,219:1.00:219
chr19	55246897	rs62132699	T	A	1237.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=26;PP=863;SC=CTCAGGTGTGTGTTCCTCACA;SOR=1.230;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=39;TCF=13;TCR=26;TR=39;WE=55246919;WS=55246887;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr19	55246909	rs62132700	G	A	1816.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=56.87;QD=44.31;SOR=1.206;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr19	55246909	.	GCA	ACT	1359	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;FR=1.0000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MMLQ=28;MQ=57.14;NF=11;NR=21;PP=1359;QD=44.1396210894;SC=TTCCTCACAGGCAGGATGGTC;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=11;TCR=21;TR=32;WE=55246919;WS=55246887;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr19	55246911	rs62132701	A	T	1816.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=56.87;QD=44.31;SOR=1.206;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr19	55258778	rs34843749	G	A	2809.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=75;NR=32;PP=2128;SC=CTCCTGTCTCGTGTTCTAGGA;SOR=1.336;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=110;TCF=76;TCR=34;TR=107;WE=55258786;WS=55258768;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr19	55258808	rs35861855	C	T	5256.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.454;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=-0.018;NF=101;NR=61;PP=2965;ReadPosRankSum=2.021;SC=AATAGTTGGCCTTCACCCACT;SOR=0.370;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=166;TCF=102;TCR=64;TR=162;WE=55258816;WS=55258798;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,199:1.00:200
chr19	55266447	rs2916031	A	G	350.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=41.41;QD=29.23;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr19	55266496	rs28715756	A	G	1298.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=32;NR=17;PP=962;SC=GGTCGTCAGCATGGCGTGTGT;SOR=1.345;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=49;TCF=32;TCR=17;TR=49;WE=55266504;WS=55266486;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr19	55278630	rs2915996	G	C	11699.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.501;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=425;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=2.300;NF=189;NR=105;PP=2965;ReadPosRankSum=2.133;SC=CCTCACTCAGGATTTCCCTCT;SOR=1.204;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=298;TCF=191;TCR=107;TR=294;WE=55278638;WS=55278620;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:6,415:0.99:421
chr19	55281315	rs2304224	G	T	4187.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=51;NR=40;PP=1604;SC=GTCGCTCTTGGTCGTCAGCAT;SOR=0.876;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=91;TCF=51;TCR=40;TR=91;WE=55281323;WS=55281305;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,164:1.00:164
chr19	55284858	rs116929762	G	A	364.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=43.29;QD=30.40;SOR=5.136;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr19	55294927	.	A	G	3709.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=90;NR=38;PP=2254;SC=GTTGACTTCCATCTTCTACAG;SOR=1.082;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=129;TCF=90;TCR=39;TR=128;WE=55294935;WS=55294917;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,149:1.00:149
chr19	55327891	rs150752618	A	G	1462.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=40;NR=16;PP=1030;SC=GCAGGGCGCCAAATAACATCC;SOR=1.692;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=56;TCF=40;TCR=16;TR=56;WE=55327899;WS=55327887;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr19	55328023	rs149862889	C	A	5369.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=66;NR=62;PP=2508;SC=GGAGGGAGTGCGGGGATGGAG;SOR=0.713;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=131;TCF=67;TCR=64;TR=128;WE=55328031;WS=55328013;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,200:1.00:200
chr19	55328959	rs149236621	G	T	1007.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.340;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=42.99;MQRankSum=-2.275;QD=27.24;ReadPosRankSum=0.116;SOR=1.308;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,35:0.95:37
chr19	55331419	rs143886704	C	T	6842.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=252;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=64;NR=128;PP=2965;SC=TACTCACACCCCCTATCAGTT;SOR=1.364;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=193;TCF=64;TCR=129;TR=192;WE=55331427;WS=55331409;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,247:1.00:247
chr19	55331574	rs150226565	T	C	326.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=42.28;QD=27.23;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr19	55333246	rs146719656	C	T	103.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=40.00;QD=25.76;SOR=3.258;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr19	55333275	rs150084719	G	T	70.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=40.00;QD=23.43;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr19	55340933	rs62124154	G	C	4469.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.318;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=84;PP=2199;ReadPosRankSum=-1.957;SC=AAGTCTCACGGGGCACAGGCC;SOR=0.839;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=128;TCF=43;TCR=85;TR=127;WE=55340941;WS=55340923;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,172:0.98:175
chr19	55341753	rs12985492	A	G	11586.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=418;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=103;NR=195;PP=2965;SC=GGCCTTGAGGACGTCTTCTAG;SOR=1.288;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=298;TCF=103;TCR=195;TR=298;WE=55341761;WS=55341743;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,412:1.00:412
chr19	55344340	.	A	ATGGGCCTGGAGTGGAGATC	1727.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=0;NR=6;PP=943;SC=AGGTGGAGTTATGGGCCTGGA;SOR=2.448;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=31;TCF=1;TCR=30;TR=6;WE=55344348;WS=55344320;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr19	55344382	rs12151085	A	G	567.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=61.13;QD=28.39;SOR=1.721;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr19	55346409	rs4806584	T	A	2556.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.961;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.405;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=20;PP=1435;ReadPosRankSum=-0.739;SC=GCAGGTAGGCTCTGATGGTGA;SOR=1.237;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=67;TCF=46;TCR=21;TR=66;WE=55346417;WS=55346399;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,90:0.99:91
chr19	55349031	rs58731871	G	A	1923.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=50;NR=8;PP=1460;SC=CTCTTCCTAGGAGTCCACAGA;SOR=3.407;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=58;TCF=50;TCR=8;TR=58;WE=55349039;WS=55349022;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr19	55349273	rs1130492	C	A	10822.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.830;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=420;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=-0.407;NF=115;NR=156;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.844;SC=CGGTTCTGTTCCTCACTCCCC;SOR=0.928;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=273;TCF=116;TCR=157;TR=271;WE=55349281;WS=55349263;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,405:1.00:407
chr19	55396613	rs10402324	G	A	747.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=18;NR=5;PP=537;SC=TCCCCATGGCGAGCCACCTCA;SOR=2.066;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=23;TCF=18;TCR=5;TR=23;WE=55396621;WS=55396603;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr19	55396900	rs1865096	A	G	3981.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=33;NR=73;PP=2090;SC=GGCACTACAGATTCCGGTACA;SOR=1.500;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=106;TCF=33;TCR=73;TR=106;WE=55396908;WS=55396890;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,147:1.00:147
chr19	55401170	rs16986050	A	G	3607.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=31;NR=48;PP=1776;SC=ACCGAGCTGGAGCCAACAGAT;SOR=0.983;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=79;TCF=31;TCR=48;TR=79;WE=55401178;WS=55401160;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr19	55421293	.	CA	C	140.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.253;ClippingRankSum=0.000;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.85;ReadPosRankSum=1.059;SOR=0.813;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,17:0.59:29
chr19	55447572	rs775876	A	G	653.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=19;NR=3;PP=428;SC=TAGATCCCCCAGCAACACGGT;SOR=3.014;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=19;TCR=3;TR=22;WE=55447580;WS=55447562;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr19	55451945	rs62124617	G	A	2377.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=16;NR=52;PP=1628;SC=TTGTAATCCCGGCACTTTGGG;SOR=2.084;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=69;TCF=16;TCR=53;TR=68;WE=55451953;WS=55451935;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr19	55452194	.	C	CA	181.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.494;ClippingRankSum=0.000;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.02;MQRankSum=0.035;QD=3.49;ReadPosRankSum=-1.317;SOR=0.914;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,18:0.35:52
chr19	55458816	rs703473	G	A	2261.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.852;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=25;PP=1164;ReadPosRankSum=-0.902;SC=CAAAGAAATCGATGCAAGAAC;SOR=1.153;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=68;TCF=42;TCR=26;TR=66;WE=55458824;WS=55458806;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,87:0.98:89
chr19	55481669	rs269913	T	C	5081.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=46;NR=76;PP=2101;SC=CAGAGGTGAGTGGAAATCGGT;SOR=1.104;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=122;TCF=46;TCR=76;TR=122;WE=55481677;WS=55481659;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,194:1.00:194
chr19	55485786	rs703468	G	A	1098.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=28;NR=8;PP=772;SC=CCAGTTCTAAGTGTCATCTTT;SOR=2.133;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=36;TCF=28;TCR=8;TR=36;WE=55485794;WS=55485776;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr19	55488178	.	C	CTTTTT	2318.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.291;ClippingRankSum=0.000;DP=96;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=61.89;MQRankSum=0.595;QD=30.11;ReadPosRankSum=0.541;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:3,74:0.96:77
chr19	55488180	.	C	T	2373.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.320;ClippingRankSum=0.000;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=2.465;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.79;MQRankSum=0.556;QD=38.29;ReadPosRankSum=-1.745;SOR=0.923;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:3,59:0.95:62
chr19	55488287	rs775897	A	G	781.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=21;PP=595;SC=GGTTCAAGCAATTCCCTTGCC;SOR=3.180;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=23;TCF=2;TCR=21;TR=23;WE=55488295;WS=55488277;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr19	55489349	rs775900	G	A	2625.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=20;NR=54;PP=1549;SC=CCTCCCTTCCGTAAGAATAGA;SOR=1.765;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=74;TCF=20;TCR=54;TR=74;WE=55489357;WS=55489339;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr19	55494141	rs62124644	T	C	4288.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.027;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=-0.501;NF=37;NR=67;PP=2460;ReadPosRankSum=0.299;SC=GGTGGAGGGCTTCCTGGAGGA;SOR=1.127;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=106;TCF=38;TCR=68;TR=104;WE=55494149;WS=55494131;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,152:0.99:154
chr19	55495106	rs7254951	G	A	1053.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=9;NR=18;PP=548;SC=GGTGAGAACCGTTTCACTCTA;SOR=1.236;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=27;TCF=9;TCR=18;TR=27;WE=55495114;WS=55495096;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr19	55501348	rs71269532	C	CA	230.74	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.577;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.69;ReadPosRankSum=-1.922;SOR=1.044;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,19:0.63:30
chr19	55501579	rs1654495	A	C	5515.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=58;NR=73;PP=2802;SC=CTCCTCTCTTACAGAGCAGCT;SOR=0.854;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=131;TCF=58;TCR=73;TR=131;WE=55501587;WS=55501569;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,199:1.00:199
chr19	55501834	rs1654496	C	A	4581.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=1.055;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=77;NR=44;PP=2459;ReadPosRankSum=-1.245;SC=GAAGTTGGACCTGTCAACCGT;SOR=1.145;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=124;TCF=79;TCR=45;TR=121;WE=55501842;WS=55501824;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,168:0.99:170
chr19	55505557	rs1654504	C	T	612.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=5;PP=427;SC=GTCTAACCCACGGCTCAAGAG;SOR=1.931;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=15;TCR=5;TR=20;WE=55505565;WS=55505547;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr19	55511959	.	TTAAA	T,TA	2909.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=80;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;QD=38.80;SOR=2.056;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:0,25,50:0.33,0.67:75
chr19	55512011	rs16986158	A	C	5939.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.779;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=123;NR=56;PP=2965;ReadPosRankSum=1.680;SC=CACCTAGAATAATCAGGAAAG;SOR=1.404;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=185;TCF=128;TCR=57;TR=179;WE=55512019;WS=55512001;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,221:0.99:223
chr19	55512137	rs12768	C	A	12701.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.822;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=494;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=136;NR=166;PP=2965;ReadPosRankSum=1.973;SC=GGTTGAAAATCGATGACTTTA;SOR=0.818;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=310;TCF=142;TCR=168;TR=302;WE=55512145;WS=55512127;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,472:1.00:474
chr19	55512316	rs1043678	T	G	2856.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=26;NR=63;PP=1892;SC=TTCCAGGTGTTGGTGAACTGC;SOR=1.705;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=89;TCF=26;TCR=63;TR=89;WE=55512324;WS=55512306;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr19	55512347	rs1043680	G	C	1514.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=38;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=42;PP=976;SC=TCTCCTCCCCGGCCCCTACCC;SOR=2.303;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=54;TCF=12;TCR=42;TR=54;WE=55512355;WS=55512337;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
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chr19	55526373	rs2304166	G	C	12888.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.570;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=297;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=84;NR=112;PP=2965;ReadPosRankSum=1.585;SC=GGAGGGGCGGGAGGGGCGGAA;SOR=0.338;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=200;TCF=85;TCR=115;TR=196;WE=55526381;WS=55526335;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,290:1.00:291
chr19	55527081	rs2304167	C	T	4426.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=57;NR=38;PP=1716;SC=TTTGGACTGGCGGTGATACTC;SOR=0.954;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=95;TCF=57;TCR=38;TR=95;WE=55527089;WS=55527071;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,170:1.00:170
chr19	55527189	rs1671153	G	T	4568.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=2.241;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.554;HP=3;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=58;PP=1868;ReadPosRankSum=0.714;SC=ACACACATGGGGAGGCACAAT;SOR=0.636;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=103;TCF=45;TCR=58;TR=102;WE=55527197;WS=55527179;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,169:0.99:170
chr19	55527276	rs1654484	T	C	1425.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=11;NR=29;PP=845;SC=GAGGCTGAGGTAGGAGGCTGG;SOR=1.702;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=11;TCR=29;TR=40;WE=55527284;WS=55527266;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr19	55529836	rs1654415	C	T	430.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=14;NR=0;PP=357;SC=TCACCCAAAACGCTCCTCCTT;SOR=5.421;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=14;TCR=0;TR=14;WE=55529844;WS=55529826;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr19	55529933	rs1671192	A	G	2065.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=1.068;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=17;PP=1174;ReadPosRankSum=-0.987;SC=CGGTGAAGTGATTAAAAGCCT;SOR=1.519;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=56;TCF=39;TCR=17;TR=56;WE=55529941;WS=55529923;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,76:0.97:78
chr19	55530035	rs1654416	C	T	5869.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.601;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=235;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=66;PP=2373;ReadPosRankSum=0.884;SC=GTGAAGACTTCGTTTGTGAAT;SOR=0.711;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=131;TCF=65;TCR=66;TR=131;WE=55530043;WS=55530025;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,228:0.99:230
chr19	55536595	rs1613662	G	A	2132.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=48;NR=12;PP=1366;SC=CCTGCTACCGGGGAAGGTGGT;SOR=2.303;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=61;TCF=49;TCR=12;TR=60;WE=55536603;WS=55536585;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr19	55538980	rs1654425	T	C	3246.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=59;NR=35;PP=1737;SC=CGCTGGGGGCTGACCACAGGT;SOR=1.159;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=94;TCF=59;TCR=35;TR=94;WE=55538988;WS=55538964;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr19	55539061	rs892089	A	G	10158.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=77;NR=73;PP=2965;SC=TGATGATGGGAAAACTAGCCC;SOR=0.737;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=150;TCF=77;TCR=73;TR=150;WE=55539080;WS=55539051;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,233:1.00:233
chr19	55539072	rs892090	T	G	10084.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=75;NR=75;PP=2917;SC=AAACTAGCCCTGTACCATCTC;SOR=0.702;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=150;TCF=75;TCR=75;TR=150;WE=55539080;WS=55539051;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,229:1.00:229
chr19	55559715	rs2305543	G	A	6135.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.990;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=68;NR=93;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.453;SC=CGCCGGCTCAGCTCCTTGGTG;SOR=0.970;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=162;TCF=69;TCR=93;TR=161;WE=55559723;WS=55559705;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,226:0.99:228
chr19	55570574	rs1654447	A	G	4610.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=51;NR=54;PP=1914;SC=CTGTGTTGGCACCCGTCACGA;SOR=0.716;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=105;TCF=51;TCR=54;TR=105;WE=55570582;WS=55570564;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,178:1.00:178
chr19	55574429	.	A	AGGCGTCC	1013	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.65;FR=1.0000;HP=4;HapScore=1;MGOF=18;MMLQ=24;MQ=62.58;NF=6;NR=14;PP=1013;QD=51.65;SC=GTCAGGCGTCAGGGGTCGGCG;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=24;TCF=6;TCR=18;TR=20;WE=55574440;WS=55574419;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:4,20:0.83:24
chr19	55574431	.	G	GC	2434.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=62.65;QD=45.09;SOR=0.767;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr19	55574432	.	G	A	529	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.65;FR=1.0000;HP=3;HapScore=1;MGOF=18;MMLQ=24;MQ=62.2;NF=12;NR=12;PP=529;QD=23.4904671895;SC=AGGCGTCAGGGGTCGGCGCGG;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=25;TCF=13;TCR=12;TR=24;WE=55574440;WS=55574419;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:1,24:0.96:25
chr19	55574432	.	G	GTCCGGA	2434.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=62.83;QD=45.09;SOR=0.846;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr19	55587648	rs372742476	TG	T	3495.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=27;NR=14;PP=1479;SC=GAGGAGGGGCTGGGGGCCTGG;SOR=1.641;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=48;TCF=31;TCR=17;TR=41;WE=55587676;WS=55587638;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr19	55587658	rs62124197	G	A	4197.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.82;QD=46.64;SOR=1.584;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr19	55587668	rs61448344	C	T	4432.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.85;QD=42.22;SOR=1.587;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr19	55587822	rs12609976	G	A	13032.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=499;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=131;NR=121;PP=2965;SC=CATGAGCACCGCCACAGGGTA;SOR=0.730;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=252;TCF=131;TCR=121;TR=252;WE=55587830;WS=55587812;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,497:1.00:497
chr19	55589591	.	T	C	917	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;FR=1.0000;HP=5;HapScore=1;MGOF=26;MMLQ=26;MQ=59.0;NF=19;NR=32;PP=917;QD=18.6621806382;SC=GGGCTGGGGGTCTGGACTCCT;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=52;TCF=20;TCR=32;TR=51;WE=55589599;WS=55589581;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:1,51:0.98:52
chr19	55589619	.	TGCTGGGGGTCTGGACTCCTGGGTCAGAGGGAAGAGGG	T	1252	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;FR=1.0000;HP=3;HapScore=1;MGOF=35;MMLQ=26;MQ=56.83;NF=0;NR=10;PP=1252;QD=129.5;SC=AGGGAAGAGGTGCTGGGGGTC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=1;TCR=19;TR=10;WE=55589663;WS=55589609;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:10,10:0.50:20
chr19	55591392	rs56378581	C	T	6117.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=103;NR=59;PP=2965;SC=TCCCTAACCCCCTAACCGCCT;SOR=1.163;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=164;TCF=104;TCR=60;TR=162;WE=55591400;WS=55591382;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,224:1.00:224
chr19	55593417	rs17700138	C	T	11867.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=450;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=151;NR=152;PP=2965;SC=CTGCCTGGTGCTGGCCCCGCG;SOR=0.698;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=304;TCF=152;TCR=152;TR=303;WE=55593425;WS=55593407;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,439:1.00:439
chr19	55594996	rs1628576	C	G	7894.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-3.166;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=307;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.011;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=76;NR=92;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.469;SC=AAGCGCCCCCCAGGTCGCTGT;SOR=0.127;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=170;TCF=76;TCR=94;TR=168;WE=55595004;WS=55594986;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,303:0.99:305
chr19	55598724	rs1054940	A	G	1484.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=21;NR=11;PP=740;SC=TCGCTGCAGAAGGAGGAGCTG;SOR=1.136;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=21;TCR=11;TR=32;WE=55598732;WS=55598714;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr19	55603388	rs10410929	T	C	3457.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=25;NR=72;PP=2297;SC=CCACAAGCCCTTCCCCCACGG;SOR=2.001;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=97;TCF=25;TCR=72;TR=97;WE=55603396;WS=55603378;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr19	55605704	rs3803899	AC	CT	5141.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;JOINED;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=40;NR=26;PP=1337;SC=ACCCCAGCCCACCCCACACCT;SOR=0.918;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=79;TCF=48;TCR=31;TR=66;WE=55605713;WS=55605694;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr19	55610066	rs55805974	CG	C	3692.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=28;NR=35;PP=1738;SC=TGTCAGAAGTCGGGGGGGTTC;SOR=1.207;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=70;TCF=32;TCR=38;TR=63;WE=55610074;WS=55610056;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr19	55623806	rs604216	C	T	951.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=19;NR=6;PP=469;SC=AGGTGTCCCCCACCCCACACA;SOR=1.547;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=19;TCR=6;TR=25;WE=55623814;WS=55623796;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr19	55644325	rs890868	A	C	4189.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=40;NR=51;PP=2027;SC=CTGCCCCCTTACGGCTGTAGA;SOR=0.859;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=91;TCF=40;TCR=51;TR=91;WE=55644333;WS=55644315;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,154:1.00:154
chr19	55660537	rs9636153	T	C	11795.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-1.940;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=461;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=124;NR=160;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.385;SC=ACCTAGGCTGTGTCTGAGATG;SOR=0.304;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=286;TCF=125;TCR=161;TR=284;WE=55660545;WS=55660527;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,456:1.00:457
chr19	55665584	rs7252610	A	C	3669.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=44;NR=50;PP=1699;SC=TCTGGGGGCAAACGAGGGGGT;SOR=0.750;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=94;TCF=44;TCR=50;TR=94;WE=55665592;WS=55665574;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,142:1.00:142
chr19	55671337	rs890872	C	T	3132.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.01;SOR=1.047;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr19	55699454	rs890870	T	C	6157.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=239;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=86;NR=69;PP=2685;SC=ACCTGGTACTTGTCTGCAAAA;SOR=1.107;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=155;TCF=86;TCR=69;TR=155;WE=55699462;WS=55699444;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,233:1.00:233
chr19	55708557	rs2288521	A	G	10794.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=0.689;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=409;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=124;NR=94;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.374;SC=AAATTGTACAACGTCCCGGGT;SOR=0.852;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=220;TCF=126;TCR=94;TR=218;WE=55708565;WS=55708547;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,404:1.00:406
chr19	55713535	rs2288515	G	A	6309.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.113;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=1.479;NF=79;NR=93;PP=2965;ReadPosRankSum=1.099;SC=ATGTTGGTGTGTGCTGTGCTT;SOR=0.812;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=172;TCF=79;TCR=93;TR=172;WE=55713543;WS=55713525;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,229:0.99:231
chr19	55713614	rs10416122	A	G	6743.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.824;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=260;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.113;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=-1.447;NF=85;NR=88;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.029;SC=GGTCTGGGCCATCGGGGACCT;SOR=0.311;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=174;TCF=86;TCR=88;TR=173;WE=55713622;WS=55713604;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,255:1.00:256
chr19	55715309	rs45535035	C	T	23290.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=552;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.74;SOR=0.872;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,545:1.00:545
chr19	55715319	rs9304763	C	G	22481.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=506;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.05;SOR=0.938;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,499:1.00:499
chr19	55716800	rs2288516	A	G	9160.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=333;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=117;NR=142;PP=2965;SC=CGGTGATGTTAGTGTGTGCTG;SOR=0.912;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=259;TCF=117;TCR=142;TR=259;WE=55716808;WS=55716790;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,320:1.00:320
chr19	55738425	rs3745919	G	A	287.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=3;PP=223;SC=CGGCGGCAGCGGCGCCTGCAG;SOR=1.609;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=7;TCR=3;TR=10;WE=55738433;WS=55738415;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr19	55738634	rs4644955	T	C	3069.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=50;NR=23;PP=1515;SC=GATCACCAGGTGGGCATGGGG;SOR=1.407;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=73;TCF=50;TCR=23;TR=73;WE=55738642;WS=55738624;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr19	55739515	rs4255895	T	C	556.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-1.507;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=4;PP=342;ReadPosRankSum=-0.732;SC=CTGGGGCCTCTCTCACACGGG;SOR=1.022;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=17;TCF=13;TCR=4;TR=16;WE=55739523;WS=55739505;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,20:0.95:21
chr19	55739689	rs10413828	G	A	6293.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-2.204;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=250;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.364;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=82;NR=60;PP=2623;ReadPosRankSum=-0.544;SC=GGCAGAGGACGGGCAGGCACT;SOR=0.494;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=143;TCF=82;TCR=61;TR=142;WE=55739697;WS=55739679;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,242:1.00:243
chr19	55751123	rs8104509	G	A	2452.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=27;NR=39;PP=1436;SC=TATCGGTGGCGGTGGGAGGCT;SOR=1.005;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=66;TCF=27;TCR=39;TR=66;WE=55751131;WS=55751113;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr19	55758628	rs7258327	C	T	2987.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=19;NR=53;PP=1616;SC=GGCCCCGCCCCGGGACTGCCC;SOR=1.655;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=72;TCF=19;TCR=53;TR=72;WE=55758636;WS=55758618;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr19	55785715	rs11427517	A	AC	91.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5103;FS=0.000;HP=10;HapScore=3;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=6;PP=76;ReadPosRankSum=-0.619;SC=CCCACCCGGCACCCCCCCCCA;SOR=1.863;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=2;TCR=8;TR=6;WE=55785723;WS=55785707;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,6:0.75:8
chr19	55790886	rs10701478	A	AGCCGCCGCC,AGCCGCC	3307.73	.	AC=2,0;AF=1.00,0.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.211;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=0.4989,0.5011;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=22,22;NR=20,20;PP=5,1545;ReadPosRankSum=-0.648;SC=CCAGCCGAGGAGCCGCCGCCG;SOR=1.289;SbPval=0.09;Source=Platypus;TC=70;TCF=26;TCR=44;TR=42,42;WE=55790896;WS=55790876;set=Intersection	GT:AF:DP	1/1:0.98:103
chr19	55791091	rs62126354	C	T	5452.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.787;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=97;PP=2908;ReadPosRankSum=-0.884;SC=GGCGGCGTTTCAGGGGAGCTC;SOR=1.218;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=152;TCF=55;TCR=97;TR=152;WE=55791099;WS=55791081;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,204:0.99:206
chr19	55795758	rs201695409	A	AC	296.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=3;NR=2;PP=208;SC=AGACGGGGCGACGGCCGCAGG;SOR=2.093;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=5;TCF=3;TCR=2;TR=5;WE=55795766;WS=55795748;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr19	55800788	rs73053155	CC	TG	3711.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=55;NR=13;PP=2947;SC=AAGTGGGAGACCAGGCCCTTT;SOR=2.642;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=71;TCF=57;TCR=14;TR=68;WE=55800797;WS=55800778;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr19	55854389	rs12610863	G	A	836.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=23;PP=690;SC=TGTGGCTACCGTGGTGCCGCT;SOR=3.180;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=26;TCF=3;TCR=23;TR=26;WE=55854397;WS=55854379;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
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chr19	55870289	rs12974907	C	T	10310.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=387;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=117;NR=128;PP=2965;SC=CTTCAAGCTTCGCCCAGTGGG;SOR=0.752;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=247;TCF=117;TCR=130;TR=245;WE=55870297;WS=55870279;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,385:1.00:385
chr19	55870351	rs12976922	T	C	8516.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=319;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=103;NR=113;PP=2965;SC=GTCACCTCCTTGGTTTGGCTA;SOR=0.751;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=218;TCF=104;TCR=114;TR=216;WE=55870359;WS=55870341;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,317:1.00:317
chr19	55870600	rs12460416	C	G	7303.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=281;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=86;NR=96;PP=2965;SC=ATCTGGTATTCGGTAGGTGAG;SOR=0.786;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=184;TCF=87;TCR=97;TR=182;WE=55870608;WS=55870590;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,268:1.00:268
chr19	55871019	rs12609732	A	G	3399.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.329;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=40;PP=1458;ReadPosRankSum=0.544;SC=AGATGTGACAAGGCCAGATGG;SOR=0.417;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=78;TCF=37;TCR=41;TR=76;WE=55871027;WS=55871009;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,129:0.98:132
chr19	55872191	rs897799	G	A	5591.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.901;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=99;NR=60;PP=2791;ReadPosRankSum=-1.235;SC=GCCACACACTGTGGCAAGGGG;SOR=0.441;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=163;TCF=100;TCR=63;TR=159;WE=55872199;WS=55872181;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,222:1.00:223
chr19	55872397	rs2124918	A	G	8337.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=331;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=104;NR=114;PP=2965;SC=TCCTGACGTCAGCATGCTCCA;SOR=1.092;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=218;TCF=104;TCR=114;TR=218;WE=55872405;WS=55872387;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,323:1.00:323
chr19	55872531	rs11084397	C	G	3576.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.754;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=54;PP=1765;ReadPosRankSum=1.372;SC=CACACCACCCCGCCGGCTCAC;SOR=0.407;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=87;TCF=32;TCR=55;TR=86;WE=55872539;WS=55872521;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,131:0.99:132
chr19	55872566	rs2124919	A	G	2910.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=23;NR=38;PP=1330;SC=GTCTCTGAGCAGCCACCGTCT;SOR=1.056;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=61;TCF=23;TCR=38;TR=61;WE=55872574;WS=55872556;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr19	55872864	rs11673515	G	C	2109.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=17;NR=27;PP=1026;SC=CCTACCCAGCGAGAGGCCTAG;SOR=0.887;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=44;TCF=17;TCR=27;TR=44;WE=55872872;WS=55872854;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr19	55872955	rs11673554	G	C	1347.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=57;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=12;NR=13;PP=631;SC=CCGCTCCTCCGTCAGACCCAG;SOR=0.767;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=25;TCF=12;TCR=13;TR=25;WE=55872963;WS=55872945;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr19	55873642	rs4252574	C	T	2872.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=38;NR=26;PP=1317;SC=GCAGGCGCTTCGGCCAGCGGC;SOR=0.981;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=64;TCF=38;TCR=26;TR=64;WE=55873650;WS=55873632;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr19	55880385	rs62128183	G	T	762.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=1.812;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=14;PP=467;ReadPosRankSum=0.653;SC=TGGACTCCCGGGTCTGAGGGA;SOR=0.487;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=23;TCF=8;TCR=15;TR=22;WE=55880393;WS=55880375;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,29:0.97:30
chr19	55895588	rs1870074	G	A	922.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=21;PP=590;SC=GCACCCGGCGGGCTCCCCTGC;SOR=2.694;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=24;TCF=3;TCR=21;TR=24;WE=55895596;WS=55895578;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr19	55903158	rs10653185	C	CAG	2692.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=28;PP=1465;SC=CAGATGGACTCATGATCACAG;SOR=1.197;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=33;TCF=2;TCR=31;TR=29;WE=55903166;WS=55903148;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr19	55913038	rs7608	C	T	3385.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=54;NR=39;PP=1842;SC=GGGCCCGAGCCGCATACTCCT;SOR=0.963;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=94;TCF=55;TCR=39;TR=93;WE=55913046;WS=55913028;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr19	55913286	rs11393810	T	TC	1514.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=33;PP=1476;SC=TCATCTTTGCTCCTGTCTCCC;SOR=3.467;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=37;TCF=2;TCR=35;TR=35;WE=55913294;WS=55913276;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr19	55914295	.	C	CT	148.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.621;ClippingRankSum=0.000;DP=136;ExcessHet=3.0103;FS=1.903;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.11;ReadPosRankSum=0.731;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:108,26:0.19:134
chr19	55964546	rs3214450	G	GC	264.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=3;PP=116;SC=GCAGCACCCTGCCCCCCCCAC;SOR=1.270;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=10;TCF=5;TCR=5;TR=6;WE=55964554;WS=55964542;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr19	55993260	rs34864744	A	G	6524.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.61;DB;DP=244;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=37;NR=106;PP=2965;SC=CGCCCCGGGTACCGCCTCCGC;SOR=1.795;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=143;TCF=37;TCR=106;TR=143;WE=55993268;WS=55993250;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,241:1.00:241
chr19	55993790	rs7254184	A	G	2650.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=39;NR=37;PP=1438;SC=GCCACGTGGAAGAGGCCGCGG;SOR=0.866;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=77;TCF=39;TCR=38;TR=76;WE=55993798;WS=55993780;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr19	55993876	rs10423355	T	C	1984.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=17;NR=36;PP=1422;SC=GCCGCCCCCGTCCCGCCGCCA;SOR=1.778;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=55;TCF=18;TCR=37;TR=53;WE=55993884;WS=55993866;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr19	55994240	rs12981044	C	T	8343.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=305;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=131;NR=76;PP=2965;SC=GCCACGTGCACACTGGCGAGA;SOR=1.130;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=207;TCF=131;TCR=76;TR=207;WE=55994248;WS=55994230;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,299:1.00:299
chr19	55995272	rs11550705	G	A	4797.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=57;NR=79;PP=2965;SC=TCACTGGCCCGGGCCCCGGGG;SOR=0.928;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=137;TCF=58;TCR=79;TR=136;WE=55995280;WS=55995262;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,168:1.00:168
chr19	55996939	rs3745450	G	A	530.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=10;NR=2;PP=221;SC=GTCCTGATCTGGGAAGTGCCG;SOR=1.721;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=13;TCF=10;TCR=3;TR=12;WE=55996947;WS=55996929;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr19	55999993	rs4405662	A	G	6598.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.881;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=262;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=70;NR=81;PP=2867;ReadPosRankSum=0.281;SC=TGAGTGATCCATTCTCCTTGG;SOR=0.843;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=153;TCF=71;TCR=82;TR=151;WE=56000001;WS=55999983;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,256:0.99:258
chr19	56000239	.	A	ATGTGGGAGCACCAAAGCCGTGGTCCCCAGCCCTGACTTCAGGGGCCAGACATCTGCAGCCCCACCCGCCTCAGAGACCTGCGTCTCAGCCAGCCCCTCTGTCCAGAGTCCTTCCTCCCAGCAGTGGGGGTTTCTGGTTCAGAGGTGTGAGGACCGTGTG	1099.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.84;QD=68.73;SOR=0.039;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:4,12:0.75:16
chr19	56000429	rs57080356	GCC	G	1327.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=14;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=25;PP=465;SC=CCATCTGCCCGCCCCCCCCCC;SOR=5.838;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=29;TCF=1;TCR=28;TR=26;WE=56000438;WS=56000413;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr19	56000492	rs11084399	C	T	551.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=21;PP=574;SC=ACTGGGTCCCCGGCCCATCCG;SOR=4.255;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=22;TCF=1;TCR=21;TR=22;WE=56000500;WS=56000482;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr19	56001419	rs10716127	CG	C	155.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=0.692;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=1.304;NF=3;NR=10;PP=511;ReadPosRankSum=1.260;SC=CTGCCCCCCCCGAGGGGAGAG;SOR=1.022;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=3;TCR=10;TR=13;WE=56001427;WS=56001409;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:7,6:0.46:13
chr19	56001802	rs5828624	C	CCCAAGCAA	6234.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.63;BaseQRankSum=0.696;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=42;PP=2966;ReadPosRankSum=-1.108;SC=CTCCCCCGACCCCAAGGCTGG;SOR=0.965;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=55;TCF=8;TCR=47;TR=50;WE=56001810;WS=56001792;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,139:0.99:141
chr19	56001871	rs4274529	C	T	1385.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=44;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=25;PP=738;SC=TCTCCTTAGCCGGGGCCCTGG;SOR=1.609;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=8;TCR=25;TR=33;WE=56001879;WS=56001861;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr19	56004901	rs889090	G	A	355.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=8;NR=1;PP=195;SC=CCTGAGCATAGCTTAGTCCCC;SOR=2.147;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=8;TCR=1;TR=9;WE=56004909;WS=56004892;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr19	56005354	rs3044271	C	CGGGG	115.06	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=28.77;SOR=3.258;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr19	56009191	rs34794462	GT	G	634.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=7;NR=5;PP=535;SC=TGGATGAAGAGTCAGGAGGCT;SOR=1.371;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=13;TCF=7;TCR=6;TR=12;WE=56009199;WS=56009181;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr19	56009215	rs7254234	G	A	808.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=19;NR=7;PP=561;SC=CGGCTTCCCCGACTCTAATTC;SOR=1.688;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=19;TCR=7;TR=26;WE=56009223;WS=56009205;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr19	56009741	rs4801701	C	T	509.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=14;PP=371;SC=TGTGTTATGCCCATTTTACTG;SOR=3.383;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=15;TCF=1;TCR=14;TR=15;WE=56009749;WS=56009731;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr19	56011091	rs4801314	G	A	1970.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=39;NR=13;PP=1095;SC=AATGGGAACTGGGTGAGTGAC;SOR=1.852;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=52;TCF=39;TCR=13;TR=52;WE=56011099;WS=56011081;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr19	56011460	rs4801713	C	T	16868.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.626;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=630;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=238;NR=191;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.150;SC=CAGACCTAACCTCACAGACCA;SOR=0.852;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=435;TCF=240;TCR=195;TR=429;WE=56011468;WS=56011450;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,622:0.99:626
chr19	56012590	rs11669496	G	A	2417.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.17;SOR=2.958;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr19	56012597	rs11669422	A	G	2288.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.88;SOR=2.970;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr19	56015448	rs7257434	C	T	5623.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=80;NR=67;PP=2684;SC=TGGGTGGGCTCCAGCTGTGAG;SOR=0.789;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=149;TCF=82;TCR=67;TR=147;WE=56015456;WS=56015438;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,216:1.00:216
chr19	56024519	rs671542	T	C	1477.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=27;PP=641;SC=CCTCCAACTCTGAGAGTCCAT;SOR=1.382;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=13;TCR=27;TR=40;WE=56024527;WS=56024509;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr19	56024563	rs514574	G	C	599.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=13;PP=390;SC=CTGGGGTGAGGAGACTGGGAC;SOR=2.531;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=16;TCF=3;TCR=13;TR=16;WE=56024571;WS=56024553;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr19	56024599	rs671152	A	G	300.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=32;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=6;PP=163;SC=GTAAAGAGACAGATTCCAGAC;SOR=1.802;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=2;TCR=6;TR=8;WE=56024607;WS=56024589;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr19	56029465	rs4801331	G	A	9371.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=384;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.46;QD=25.33;SOR=0.748;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,370:1.00:370
chr19	56030428	rs10217	C	A	3609.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.856;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.97;MQRankSum=0.000;QD=23.91;ReadPosRankSum=0.916;SOR=0.714;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:4,147:0.97:151
chr19	56041255	rs620251	C	G	2841.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.564;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=44;PP=1358;ReadPosRankSum=2.164;SC=TCGGCCGCGGCGGCCAGGCCG;SOR=0.865;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=79;TCF=35;TCR=44;TR=79;WE=56041263;WS=56041245;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,111:0.98:113
chr19	56047448	rs310453	A	G	5550.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.801;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.114;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=75;NR=60;PP=2785;ReadPosRankSum=-0.710;SC=CGGCCATAGCAACCCTGGCCC;SOR=0.315;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=135;TCF=75;TCR=60;TR=135;WE=56047456;WS=56047438;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,210:1.00:211
chr19	56052008	rs34837414	C	T	1960.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=45;NR=10;PP=1260;SC=CTGGATCCTGCGTCTGAGAGA;SOR=2.372;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=55;TCF=45;TCR=10;TR=55;WE=56052016;WS=56051998;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr19	56052337	rs55643341	A	AC	28568.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=906;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=55;NR=279;PP=2966;SC=GCTCCCCAAAACCCAGGTCCC;SOR=0.929;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=358;TCF=60;TCR=298;TR=334;WE=56052345;WS=56052327;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,861:1.00:861
chr19	56052770	rs654439	C	T	6948.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=264;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=82;NR=81;PP=2965;SC=GGCTGCAGACCGGGTCGAAGA;SOR=0.716;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=163;TCF=82;TCR=81;TR=163;WE=56052778;WS=56052760;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,263:1.00:263
chr19	56055436	rs694398	A	G	4490.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=65;NR=44;PP=2016;SC=TGGGATAAGCACTCCCAACCT;SOR=0.938;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=109;TCF=65;TCR=44;TR=109;WE=56055444;WS=56055426;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,171:1.00:171
chr19	56056184	rs491639	A	G	1411.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=17;NR=15;PP=609;SC=GAGGCTGGGCAAGGAGCACGC;SOR=0.892;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=32;TCF=17;TCR=15;TR=32;WE=56056192;WS=56056174;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr19	56104136	rs7247236	T	C	4753.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.049;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=27.48;ReadPosRankSum=-0.778;SOR=0.252;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,172:0.99:173
chr19	56114045	rs1077806	C	T	6579.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=244;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=82;NR=77;PP=2965;SC=CGCACCACCACCGCGTGCACT;SOR=0.718;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=159;TCF=82;TCR=77;TR=159;WE=56114053;WS=56114035;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,243:1.00:243
chr19	56114237	rs310459	G	A	3318.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=31;NR=58;PP=1817;SC=GGGCCGAGGAGGAGGAGGAGA;SOR=1.249;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=91;TCF=33;TCR=58;TR=89;WE=56114245;WS=56114227;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr19	56153868	rs310475	G	A	7350.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=286;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=86;NR=69;PP=2831;SC=CCCAGCTGCCGCTCCAGATGC;SOR=0.803;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=155;TCF=86;TCR=69;TR=155;WE=56153876;WS=56153858;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,285:1.00:285
chr19	56160399	rs7246799	T	C	1146.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=23;NR=8;PP=718;SC=CTGGGGTCCGTAGGAAGCCGC;SOR=1.730;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=23;TCR=8;TR=31;WE=56160407;WS=56160389;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr19	56162776	rs2287791	C	T	2030.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=28;NR=26;PP=910;SC=AAGAAGGCAGCGCCAGTGAGA;SOR=0.718;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=55;TCF=28;TCR=27;TR=54;WE=56162784;WS=56162766;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr19	56162881	rs519856	C	T	934.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=11;NR=18;PP=534;SC=GTGCATGGGGCGGGCGCTGAG;SOR=1.061;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=29;TCF=11;TCR=18;TR=29;WE=56162889;WS=56162871;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr19	56170771	rs537728	G	A	1425.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=31;PP=827;SC=GTGTTGGCCGGCCTGTGGGTG;SOR=1.654;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=44;TCF=12;TCR=32;TR=43;WE=56170779;WS=56170761;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr19	56171778	rs507498	A	C	1629.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=1.195;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=29;PP=1922;ReadPosRankSum=-0.640;SC=TGGAGCTTACATGGTTGCGGG;SOR=0.519;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=74;TCF=44;TCR=30;TR=73;WE=56171786;WS=56171769;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,51:0.98:52
chr19	56172058	rs118155303	G	A	8445.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-2.187;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=338;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=76;NR=134;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.065;SC=TCATTCCCCTGCGTGTGTGCT;SOR=0.434;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=214;TCF=77;TCR=137;TR=210;WE=56172066;WS=56172048;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,327:1.00:328
chr19	56175149	rs310444	G	A	3458.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=28;NR=74;PP=2016;SC=TTCTCCCCCAGTCCTGTTCCC;SOR=1.743;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=102;TCF=28;TCR=74;TR=102;WE=56175157;WS=56175139;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chr19	56180732	rs681804	T	C	3276.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=52;NR=33;PP=1554;SC=TGGGGGGGCATGTGAGGGGCC;SOR=1.046;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=86;TCF=52;TCR=34;TR=85;WE=56180740;WS=56180722;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr19	56180968	rs617073	C	T	2227.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=16;NR=36;PP=1086;SC=TCGTGGAGGACGTGCGGGACG;SOR=1.339;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=52;TCF=16;TCR=36;TR=52;WE=56180976;WS=56180958;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr19	56185250	rs664684	G	A	9272.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-2.393;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=362;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=126;NR=92;PP=2965;ReadPosRankSum=1.197;SC=ACGCTGACTGGCTGTTGGGCG;SOR=0.330;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=221;TCF=127;TCR=94;TR=218;WE=56185258;WS=56185240;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,356:1.00:357
chr19	56241265	rs193384	A	G	3575.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=49;NR=34;PP=1703;SC=AGGGATCATCAAGGCTGGTAT;SOR=0.921;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=83;TCF=49;TCR=34;TR=83;WE=56241273;WS=56241255;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,134:1.00:134
chr19	56273136	rs59333538	T	C	8098.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.008;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=313;ExcessHet=3.0103;FS=3.952;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=52.77;MQRankSum=-1.313;QD=25.87;ReadPosRankSum=0.882;SOR=0.907;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,312:1.00:313
chr19	56274086	rs138079370	G	A	1337.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.497;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FS=1.548;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.29;MQRankSum=-4.649;QD=10.70;ReadPosRankSum=-0.368;SOR=0.875;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:62,63:0.50:125
chr19	56274193	rs149361735	G	C	265.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.113;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=42.62;MQRankSum=0.060;QD=15.63;ReadPosRankSum=-2.996;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,13:0.76:17
chr19	56283049	rs58970191	A	T	595.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.737;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=8.751;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=44.61;MQRankSum=-2.401;QD=39.72;ReadPosRankSum=0.433;SOR=5.283;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,13:0.87:15
chr19	56283054	rs201873504	A	G	595.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.479;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=9.294;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.12;MQRankSum=-2.346;QD=35.05;ReadPosRankSum=0.076;SOR=5.549;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,15:0.88:17
chr19	56283056	rs200206915	G	C	617.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.133;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=9.294;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.12;MQRankSum=-2.346;QD=36.34;ReadPosRankSum=0.076;SOR=5.549;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,15:0.88:17
chr19	56283061	rs28568514	C	T	778.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.179;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=6.214;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.63;MQRankSum=-1.794;QD=32.45;ReadPosRankSum=-0.685;SOR=3.912;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,22:0.92:24
chr19	56284090	rs202217602	G	A	2976.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=3.903;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FS=15.546;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=49.68;MQRankSum=-0.105;QD=27.56;ReadPosRankSum=-0.405;SOR=4.091;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:6,102:0.94:108
chr19	56284396	rs141642534	A	T	751.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=41.15;QD=32.69;SOR=4.003;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr19	56303603	rs185930711	C	A	5024.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.682;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=103;NR=40;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.063;SC=CTGCCACCAACCCCACCACCC;SOR=1.165;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=145;TCF=104;TCR=41;TR=143;WE=56303611;WS=56303593;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,182:0.98:185
chr19	56307583	rs2616940	A	G	1563.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.630;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=25;PP=743;ReadPosRankSum=0.977;SC=CGATTTCTTCACATTCGCTGG;SOR=0.933;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=47;TCF=20;TCR=27;TR=44;WE=56307591;WS=56307573;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,63:0.97:65
chr19	56320663	rs12461110	G	A	6296.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=90;NR=75;PP=2965;SC=AGTGTTGCTCGGCAAAAGAAT;SOR=0.805;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=168;TCF=91;TCR=77;TR=165;WE=56320671;WS=56320653;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,224:1.00:224
chr19	56321414	rs299163	C	A	12326.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=458;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=186;NR=154;PP=2965;SC=ATTTCGTGAGCAGTGAGGTGA;SOR=0.869;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=341;TCF=186;TCR=155;TR=340;WE=56321422;WS=56321404;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,453:1.00:453
chr19	56329186	.	GAAA	G	151.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.599;ClippingRankSum=0.000;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=3.981;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.02;MQRankSum=-1.067;QD=7.23;ReadPosRankSum=0.178;SOR=1.643;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,8:0.38:21
chr19	56368863	rs11673189	G	A	431.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=32;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=13;NR=4;PP=328;SC=CAATATACCCGTGAATGGTGT;SOR=2.049;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=13;TCR=4;TR=17;WE=56368871;WS=56368853;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr19	56368948	rs435148	C	T	1976.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=28;NR=16;PP=985;SC=TGTGTAGACCCCTGGAAAGAT;SOR=1.195;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=44;TCF=28;TCR=16;TR=44;WE=56368956;WS=56368938;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr19	56369189	rs441827	G	A	7128.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=271;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.11;SOR=0.994;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,263:1.00:263
chr19	56369215	rs395503	C	T	8668.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=331;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.67;SOR=0.901;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,325:1.00:325
chr19	56369593	rs421810	T	C	6521.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.452;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=245;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=74;NR=90;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.165;SC=TGCTCATCGCTATCAAACCCG;SOR=0.446;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=165;TCF=74;TCR=91;TR=164;WE=56369601;WS=56369583;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,236:0.99:239
chr19	56372705	rs4801635	C	T	2093.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=42;NR=11;PP=1246;SC=ACAAGTGGCTCGTGTTGACCG;SOR=1.917;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=54;TCF=42;TCR=12;TR=53;WE=56372713;WS=56372695;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr19	56393051	rs302457	T	C	2776.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=39;PP=1388;SC=AAATCATTGATACTCTGAGTT;SOR=1.202;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=57;TCF=18;TCR=39;TR=57;WE=56393059;WS=56393041;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr19	56421775	rs11670284	C	T	438.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=14;NR=1;PP=384;SC=CTACTTTGCCCAAGTAGCAGT;SOR=3.912;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=15;TCF=14;TCR=1;TR=15;WE=56421783;WS=56421765;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr19	56421826	rs12982016	C	T	962.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=27;NR=3;PP=700;SC=CTCCTGAGCACGTAGCTTGCC;SOR=3.611;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=30;TCF=27;TCR=3;TR=30;WE=56421834;WS=56421816;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr19	56421861	rs12982043	C	T	1536.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=37;NR=13;PP=1009;SC=CAACCACACTCATCAAAAGAG;SOR=2.024;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=50;TCF=37;TCR=13;TR=50;WE=56421869;WS=56421851;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr19	56422976	rs1436079	A	G	538.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=16;NR=1;PP=412;SC=GCACGAATACATAACGACAAC;SOR=3.056;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=17;TCF=16;TCR=1;TR=17;WE=56422984;WS=56422966;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr19	56423033	rs4801643	C	T	1164.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=30;NR=8;PP=812;SC=CCTGAGAAAACAGGAGAAAGC;SOR=2.247;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=38;TCF=30;TCR=8;TR=38;WE=56423041;WS=56423023;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr19	56423074	rs977070	C	G	2390.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=54;NR=22;PP=1427;SC=ATACTCACTCCAGAATTTCCA;SOR=1.635;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=76;TCF=54;TCR=22;TR=76;WE=56423082;WS=56423064;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr19	56423254	rs304002	G	A	9808.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.404;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=392;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=120;NR=116;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.468;SC=CCTGGGACTCGTGTAGGCAGT;SOR=0.731;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=242;TCF=122;TCR=120;TR=236;WE=56423262;WS=56423244;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:6,379:0.98:385
chr19	56423668	rs304001	G	A	3766.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=49;NR=49;PP=2168;SC=CCAGGCCCTCGATCTCAGTGT;SOR=0.693;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=98;TCF=49;TCR=49;TR=98;WE=56423676;WS=56423658;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,136:1.00:136
chr19	56423692	rs304000	C	T	3721.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=50;NR=50;PP=2023;SC=CTTTGTTAAACGTGAAGTTCA;SOR=0.738;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=100;TCF=50;TCR=50;TR=100;WE=56423700;WS=56423682;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,135:1.00:135
chr19	56423728	rs303999	A	G	4173.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.470;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=51;PP=1990;ReadPosRankSum=-0.796;SC=CTATGGCCAGACTGCAGAGGG;SOR=0.273;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=108;TCF=57;TCR=51;TR=107;WE=56423736;WS=56423718;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,157:0.99:158
chr19	56423893	rs303998	G	A	6258.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.699;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=248;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=63;PP=2643;ReadPosRankSum=0.654;SC=AGGAACATACGGTCCAACACA;SOR=0.710;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=131;TCF=67;TCR=64;TR=129;WE=56423901;WS=56423883;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,238:0.99:240
chr19	56424443	rs303997	T	C	5905.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.709;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=72;PP=2395;ReadPosRankSum=-0.769;SC=CAGCATAGCCTGCATTGCCAA;SOR=0.295;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=134;TCF=61;TCR=73;TR=133;WE=56424451;WS=56424433;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,226:1.00:227
chr19	56436263	rs62128200	G	A	2549.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=40;NR=32;PP=1666;SC=AGTAGGCAGCGGATGTGGACC;SOR=0.807;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=72;TCF=40;TCR=32;TR=72;WE=56436271;WS=56436253;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr19	56473460	rs6509975	T	C	4893.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.707;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=48;PP=2120;ReadPosRankSum=1.021;SC=GGCTGCATCGTTGGTGGCAAG;SOR=0.805;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=109;TCF=60;TCR=49;TR=107;WE=56473468;WS=56473450;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,186:0.99:188
chr19	56477687	rs306497	A	G	4078.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=40;NR=59;PP=1855;SC=TGGAGTCCAAAGCTGTGAAGC;SOR=0.952;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=99;TCF=40;TCR=59;TR=99;WE=56477695;WS=56477677;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,154:1.00:154
chr19	56485077	rs61740015	A	G	4866.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.992;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=63;PP=2097;ReadPosRankSum=-0.481;SC=TGTCTCAGGCAGAGTAAGATG;SOR=0.840;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=115;TCF=51;TCR=64;TR=113;WE=56485085;WS=56485067;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,187:0.99:189
chr19	56487450	rs306482	T	G	1614.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=29.90;SOR=1.835;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr19	56487603	rs306481	A	G	5137.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=47;NR=58;PP=2109;SC=AATAGCCTGAAGGATGATGGG;SOR=0.836;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=105;TCF=47;TCR=58;TR=105;WE=56487611;WS=56487593;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,193:1.00:193
chr19	56499279	rs306457	G	C	6451.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=255;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=65;NR=104;PP=2940;SC=TTAATCCTTAGGCCGTCCAGT;SOR=1.116;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=169;TCF=65;TCR=104;TR=169;WE=56499287;WS=56499269;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,251:1.00:251
chr19	56499345	rs306455	A	G	2925.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=20;NR=57;PP=1848;SC=GGCAAATACCAGGCGTTATCA;SOR=1.879;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=77;TCF=20;TCR=57;TR=77;WE=56499353;WS=56499335;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr19	56510965	rs62123572	C	T	1556.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=30;NR=10;PP=841;SC=CCAGCCCTTCCGACCGGCTCA;SOR=1.877;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=41;TCF=30;TCR=11;TR=40;WE=56510973;WS=56510955;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr19	56511082	rs35427984	C	G	5211.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=64;NR=52;PP=2330;SC=CTTTCCATGGCGATGTTATCA;SOR=0.811;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=116;TCF=64;TCR=52;TR=116;WE=56511090;WS=56511072;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,195:1.00:195
chr19	56538203	rs3103612	C	A	639.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=15;NR=4;PP=433;SC=TGACCTCCCACAGTGCTGGGA;SOR=2.030;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=15;TCR=4;TR=19;WE=56538211;WS=56538193;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr19	56549510	rs16986899	T	C	11306.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=272;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=96;NR=82;PP=2823;SC=CAGGGAGTAATGCCTCTCAGT;SOR=0.785;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=179;TCF=97;TCR=82;TR=178;WE=56549518;WS=56549500;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,270:1.00:270
chr19	56549532	rs306447	A	G	11212.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=271;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=84;NR=87;PP=2965;SC=ATGCCTTGAGAGTCTCCCAGT;SOR=0.754;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=171;TCF=84;TCR=87;TR=171;WE=56549540;WS=56549522;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,268:1.00:268
chr19	56552230	rs2569425	A	G	1143.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=29;NR=1;PP=887;SC=AAAGGAGGGAAAGATGGAACT;SOR=5.610;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=31;TCF=30;TCR=1;TR=30;WE=56552238;WS=56552223;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr19	56561749	rs2574762	A	G	747.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=22;NR=5;PP=538;SC=GGGAATGAGCATCACGATCTT;SOR=2.833;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=27;TCF=22;TCR=5;TR=27;WE=56561757;WS=56561739;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr19	56564972	rs60674753	G	A	3387.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=45;NR=32;PP=1522;SC=CCTCGAGAGAGGCAGACTCTC;SOR=0.937;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=77;TCF=45;TCR=32;TR=77;WE=56564980;WS=56564962;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr19	56565164	rs3103057	G	A	3362.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=34;NR=49;PP=1464;SC=CAGTGTTCTGGCGAGACTCGG;SOR=1.033;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=83;TCF=34;TCR=49;TR=83;WE=56565172;WS=56565154;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
chr19	56569629	rs12462795	C	G	3136.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=45;NR=25;PP=1520;SC=GGACTGACTTCTGATTGCTGT;SOR=1.093;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=70;TCF=45;TCR=25;TR=70;WE=56569637;WS=56569619;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr19	56572832	rs10409555	G	A	5111.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=82;NR=56;PP=2637;SC=CAAGCCCCGAGTCGTAATTGA;SOR=1.014;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=142;TCF=84;TCR=58;TR=138;WE=56572840;WS=56572822;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,191:1.00:191
chr19	56572875	rs36118060	G	A	6387.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=244;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=83;NR=80;PP=2965;SC=GAAGATGACCGGTACTGGTGG;SOR=0.710;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=165;TCF=84;TCR=81;TR=163;WE=56572883;WS=56572865;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,244:1.00:244
chr19	56599405	rs4077285	C	G	205.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=20.58;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr19	56599437	rs5828672	CTCG	C	1233.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.67;QD=42.54;SOR=1.255;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr19	56688669	rs4801681	A	G	3975.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=30;NR=65;PP=1992;SC=GTCCTGGGGAAGAAGCTCAAA;SOR=1.334;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=95;TCF=30;TCR=65;TR=95;WE=56688677;WS=56688659;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,145:1.00:145
chr19	56691912	rs274171	G	C	4722.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=76;NR=50;PP=2380;SC=CGCCTGCCCCGCTTTCTGTCT;SOR=1.030;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=127;TCF=77;TCR=50;TR=126;WE=56691920;WS=56691902;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,176:1.00:176
chr19	56693643	rs274174	T	C	5463.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=54;NR=86;PP=2241;SC=GGGAGTTAGATGTCTTCTCCT;SOR=1.060;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=141;TCF=54;TCR=87;TR=140;WE=56693651;WS=56693633;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,214:1.00:214
chr19	56694505	rs575756	C	T	4980.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=74;NR=46;PP=2199;SC=TGTTTCTAGACGGGCTCCCCT;SOR=1.029;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=120;TCF=74;TCR=46;TR=120;WE=56694513;WS=56694495;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,190:1.00:190
chr19	56719405	rs12979551	A	C	3421.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=71;NR=32;PP=1921;SC=ATTCTCAGGAAGAGGACTTCC;SOR=1.609;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=104;TCF=72;TCR=32;TR=103;WE=56719413;WS=56719395;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr19	56719822	rs1865101	G	T	5722.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=91;NR=62;PP=2758;SC=TTCCAGCAGGGGTGGTGGGAG;SOR=1.005;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=153;TCF=91;TCR=62;TR=153;WE=56719830;WS=56719812;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,218:1.00:218
chr19	56719853	rs1865102	C	A	4358.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.157;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.421;NF=75;NR=76;PP=2965;ReadPosRankSum=0.667;SC=GAAGGAACCCCAAAAAAGAGC;SOR=0.715;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=153;TCF=76;TCR=77;TR=151;WE=56719861;WS=56719839;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,180:0.98:184
chr19	56758938	rs35779585	G	A	3308.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=25;NR=73;PP=2066;SC=CAGAGGGAGTGCCCTAGATAG;SOR=1.883;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=98;TCF=25;TCR=73;TR=98;WE=56758946;WS=56758928;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr19	56901293	rs6509995	C	T	2265.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=42;NR=16;PP=1231;SC=CAGGGAAGATCTTCTAAGACA;SOR=1.554;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=59;TCF=42;TCR=17;TR=58;WE=56901301;WS=56901283;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr19	56904509	rs11439847	T	TA	1724.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.009;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FS=1.421;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.11;MQRankSum=0.741;QD=9.53;ReadPosRankSum=0.725;SOR=0.532;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:69,112:0.62:181
chr19	56918560	rs4801159	T	A	675.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=3;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=16;PP=447;SC=GAACATTTTGTTTTTCTTCCA;SOR=2.833;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=18;TCF=2;TCR=16;TR=18;WE=56918582;WS=56918550;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr19	56918574	rs2288862	T	C	465.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=3;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=13;PP=393;SC=TCTTCCAAAATTCTGCAACCT;SOR=3.912;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=14;TCF=1;TCR=13;TR=14;WE=56918582;WS=56918550;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr19	56918598	rs2288863	T	C	349.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=61;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=10;PP=291;SC=AAGGTTCCATTCATCCAGTGA;SOR=3.442;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=11;TCF=1;TCR=10;TR=11;WE=56918606;WS=56918588;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr19	56925815	.	TGA	T	8711.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DP=247;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=12;NR=90;PP=2973;SC=CCCTGGTGAGTGAGAGAGAAA;SOR=0.966;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=106;TCF=13;TCR=93;TR=102;WE=56925824;WS=56925805;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,221:1.00:221
chr19	56935527	rs3810340	A	G	6892.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=269;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=103;NR=92;PP=2965;SC=GTGGGAAAGCATTTAGCTATA;SOR=0.813;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=196;TCF=104;TCR=92;TR=195;WE=56935535;WS=56935517;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,263:1.00:263
chr19	56953585	rs3760849	T	C	7873.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.007;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=293;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=103;NR=90;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.946;SC=ATTGAAGGCTTTTCCGCACTT;SOR=0.759;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=196;TCF=103;TCR=93;TR=193;WE=56953593;WS=56953575;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,281:0.99:283
chr19	56953863	rs8107758	T	C	4086.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=84;NR=36;PP=2591;SC=GCTTCTCTCCTGTATGAATGT;SOR=1.593;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=121;TCF=84;TCR=37;TR=120;WE=56953871;WS=56953853;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,144:1.00:144
chr19	57023025	rs67525856	CTT	C	9083.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=244;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=17;NR=85;PP=2969;SC=CTGTTTAGGACTTTTTGTAAT;SOR=0.887;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=109;TCF=20;TCR=89;TR=102;WE=57023034;WS=57023015;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,235:1.00:235
chr19	57027606	rs10419939	C	T	2525.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=56;NR=20;PP=1605;SC=TCTTTGGACACGAGCATTGGT;SOR=1.855;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=76;TCF=56;TCR=20;TR=76;WE=57027614;WS=57027596;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
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chr19	57036653	rs3752176	G	A	2325.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=38;NR=31;PP=1545;SC=TACAAATGTGGTGTGTGTGGA;SOR=0.850;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=69;TCF=38;TCR=31;TR=69;WE=57036661;WS=57036643;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
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chr19	57326970	rs35851866	T	C	11675.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.807;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=448;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=143;NR=133;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.034;SC=AGAGGTCTCATTGCTCCTATG;SOR=0.731;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=278;TCF=144;TCR=134;TR=276;WE=57326978;WS=57326960;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,434:1.00:436
chr19	57327503	rs33931963	A	G	8396.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.882;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=337;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=120;NR=96;PP=2965;ReadPosRankSum=0.690;SC=ATTTTGCCTCATAGACATTTT;SOR=0.290;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=217;TCF=121;TCR=96;TR=216;WE=57327511;WS=57327493;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,322:1.00:323
chr19	57335179	rs1860566	T	C	5001.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=42;NR=74;PP=2370;SC=CATTTCTGAGTTCAAAACCCT;SOR=1.237;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=117;TCF=42;TCR=75;TR=116;WE=57335187;WS=57335169;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,180:1.00:180
chr19	57641146	rs1027392	A	G	5337.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=83;NR=65;PP=2965;SC=TTTTCTGGCAACATGCAGAAT;SOR=0.894;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=149;TCF=84;TCR=65;TR=148;WE=57641154;WS=57641136;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,183:1.00:183
chr19	57642098	rs3764574	G	A	6326.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.827;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=251;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=91;NR=64;PP=2947;ReadPosRankSum=1.287;SC=TTCAAGAGGTGCCTCAACATC;SOR=0.932;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=157;TCF=92;TCR=65;TR=155;WE=57642106;WS=57642088;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,240:0.99:242
chr19	57642782	rs9973206	C	A	1261.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=28;PP=857;SC=AGGGGGAATACGAAGGTGACT;SOR=2.531;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=34;TCF=6;TCR=28;TR=34;WE=57642790;WS=57642772;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr19	57646570	rs4801433	T	C	5342.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=79;NR=71;PP=2852;SC=TTATGTTGAATGAGGTTTTTC;SOR=0.822;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=150;TCF=79;TCR=71;TR=150;WE=57646578;WS=57646560;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,196:1.00:196
chr19	57647015	rs7251328	A	G	8639.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.900;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=342;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=128;NR=93;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.744;SC=GCTTGTAGGCATTTCCACAGT;SOR=0.941;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=221;TCF=128;TCR=93;TR=221;WE=57647023;WS=57647005;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,331:0.99:333
chr19	57647236	rs7252632	T	C	7030.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.976;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=274;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=99;NR=94;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.020;SC=GATGGATTATTGCCAACTAAT;SOR=0.732;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=196;TCF=100;TCR=96;TR=193;WE=57647244;WS=57647226;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,263:0.99:265
chr19	57648277	rs4801200	A	T	6814.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=260;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=93;NR=62;PP=2935;SC=TCTTCCTCCAACCATGGCTCC;SOR=0.943;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=155;TCF=93;TCR=62;TR=155;WE=57648285;WS=57648267;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,257:1.00:257
chr19	57648433	rs2370135	T	C	4271.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=45;NR=77;PP=2169;SC=CGTATGCTTGTGTGAATATTT;SOR=1.193;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=122;TCF=45;TCR=77;TR=122;WE=57648441;WS=57648423;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,164:1.00:164
chr19	57653864	rs11084488	T	C	619.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=10;NR=5;PP=275;SC=GTAGAGTGTGTGTTACCTTTT;SOR=1.270;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=10;TCR=5;TR=15;WE=57653872;WS=57653854;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr19	57654065	rs58537382	T	C	3454.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=41;NR=41;PP=1355;SC=TGAGGGAAAATGGAAAAGAAC;SOR=0.738;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=82;TCF=41;TCR=41;TR=82;WE=57654073;WS=57654055;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,135:1.00:135
chr19	57654104	rs59976893	T	C	3516.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=34;NR=46;PP=1635;SC=GCTTTGGAAGTTGGGGATCAT;SOR=0.941;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=80;TCF=34;TCR=46;TR=80;WE=57654112;WS=57654094;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,133:1.00:133
chr19	57654217	rs10426157	T	G	1020.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.59;SOR=1.802;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr19	57665750	rs8108591	T	C	2988.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=64;NR=31;PP=1905;SC=GTCCAGTTGATATTATCAAGT;SOR=1.462;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=96;TCF=64;TCR=32;TR=95;WE=57665758;WS=57665740;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr19	57665935	.	C	CT	88.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.100;ClippingRankSum=0.000;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.61;ReadPosRankSum=1.702;SOR=0.735;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,11:0.32:34
chr19	57666840	rs12459119	G	A	319.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=9;PP=265;SC=TTGAGACAGCGGTCTCTCTCA;SOR=4.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=9;WE=57666848;WS=57666830;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr19	57832089	rs4801461	G	T	998.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=16;NR=8;PP=545;SC=CGCTTTGTGCGCATTTTTCTC;SOR=1.061;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=24;TCF=16;TCR=8;TR=24;WE=57832097;WS=57832079;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
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chr19	57832257	rs4801462	T	C	2109.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=23;NR=28;PP=900;SC=GACGAGGTTTTGGCCTTGCTG;SOR=0.821;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=51;TCF=23;TCR=28;TR=51;WE=57832265;WS=57832247;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
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chr19	57865082	rs862703	T	C	6817.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.141;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=274;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=113;NR=76;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.996;SC=CAGCTGTACTTATCATGGCAG;SOR=1.048;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=193;TCF=115;TCR=78;TR=189;WE=57865090;WS=57865072;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,253:0.98:257
chr19	57865149	rs862704	C	T	9095.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.936;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=340;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=116;NR=122;PP=2965;ReadPosRankSum=1.177;SC=AGTGGGAACTCCTTGAGGAGG;SOR=0.248;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=242;TCF=116;TCR=126;TR=238;WE=57865157;WS=57865139;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,338:1.00:339
chr19	57865365	rs35055601	GT	G	495.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-0.258;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.652;NF=0;NR=24;PP=400;ReadPosRankSum=0.705;SC=TATTTTGAGGGTTTTTTTTTT;SOR=1.292;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=33;TCF=0;TCR=33;TR=24;WE=57865373;WS=57865355;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,28:0.90:31
chr19	57866873	rs862707	A	G	327.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=10;PP=235;ReadPosRankSum=-0.204;SC=CTTCACATCTACTTTACTTTC;SOR=1.061;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=14;TCF=3;TCR=11;TR=13;WE=57866881;WS=57866863;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,13:0.93:14
chr19	57868336	rs862709	A	G	9477.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=362;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=127;PP=2965;SC=TAAGTGCAACAAATGTGGGAA;SOR=0.710;Source=Platypus;TCF=127;WE=57868344;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,351:1.00:351
chr19	57868879	rs34411126	T	C	12117.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=441;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=155;NR=137;PP=2965;SC=CAGCCTCATTTTGCACCAGAG;SOR=0.793;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=292;TCF=155;TCR=137;TR=292;WE=57868887;WS=57868869;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,437:1.00:437
chr19	57890000	rs2361119	C	T	5901.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=61;NR=89;PP=2841;SC=GCCAAAATGACGAACAACACC;SOR=1.025;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=150;TCF=61;TCR=89;TR=150;WE=57890008;WS=57889990;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,220:1.00:220
chr19	57909827	rs17856896	G	T	3200.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=58;NR=31;PP=1879;SC=GGATGAGGAGGCACCTTCACA;SOR=1.270;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=90;TCF=58;TCR=32;TR=89;WE=57909835;WS=57909817;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr19	57909872	rs4801478	G	A	4329.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=78;NR=48;PP=2713;SC=AGAGGTTACAGCTTCAAAGCC;SOR=1.225;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=126;TCF=78;TCR=48;TR=126;WE=57909880;WS=57909862;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,151:1.00:151
chr19	57922664	rs4801480	T	C	2352.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=42;NR=16;PP=1272;SC=TGAGGCTCGGTTGAATCGGTT;SOR=1.552;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=58;TCF=42;TCR=16;TR=58;WE=57922672;WS=57922654;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr19	57922713	rs12974211	C	G	3886.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=62;NR=33;PP=1705;SC=AGGTCACTGCCGCTCCCGCCC;SOR=1.121;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=95;TCF=62;TCR=33;TR=95;WE=57922721;WS=57922703;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,154:1.00:154
chr19	57922910	rs34675948	C	T	3511.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=31;NR=46;PP=1529;SC=GTCCGCGGTGCTGTGAGGCGG;SOR=0.969;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=77;TCF=31;TCR=46;TR=77;WE=57922918;WS=57922900;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,137:1.00:137
chr19	57929213	rs377038890	CA	C	87.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.316;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.51;ReadPosRankSum=-1.352;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,14:0.40:35
chr19	57985702	rs149559142	C	A	4105.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=58;NR=52;PP=2253;SC=AGTAGAAGGACCTCCCTTGGG;SOR=0.760;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=110;TCF=58;TCR=52;TR=110;WE=57985710;WS=57985692;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,153:1.00:153
chr19	57985890	rs144250282	A	G	2972.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=39;NR=40;PP=1881;SC=CCAAGGTCATAGGACTGTTGT;SOR=0.713;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=79;TCF=39;TCR=40;TR=79;WE=57985898;WS=57985880;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr19	58038964	rs12461014	T	A	6261.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=241;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=80;NR=71;PP=2737;SC=GCGCTAGTGATTACGCCGCAG;SOR=0.779;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=151;TCF=80;TCR=71;TR=151;WE=58038972;WS=58038954;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,240:1.00:240
chr19	58058739	rs10410631	T	C	5143.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=61;NR=59;PP=2481;SC=CCTTTCGACATTGACTACACT;SOR=0.714;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=120;TCF=61;TCR=59;TR=120;WE=58058747;WS=58058729;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,190:1.00:190
chr19	58083467	rs73060436	C	T	1721.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.854;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=16;PP=948;ReadPosRankSum=-0.879;SC=AGGCTTTTCTCAGGTTTGGAG;SOR=1.284;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=47;TCF=31;TCR=16;TR=47;WE=58083475;WS=58083457;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,66:0.97:68
chr19	58089521	rs886265	G	C	1432.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=14;NR=28;PP=888;SC=AGCTCCATGGGCTGATGCCTC;SOR=1.358;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=42;TCF=14;TCR=28;TR=42;WE=58089529;WS=58089511;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr19	58095678	rs11880137	C	G	3657.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.599;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=76;NR=32;PP=2332;ReadPosRankSum=-0.783;SC=CTAGGTCCCTCCGCCCGTAGC;SOR=0.705;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=109;TCF=77;TCR=32;TR=108;WE=58095686;WS=58095668;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,128:0.99:129
chr19	58100092	rs45569842	T	C	6028.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.720;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=76;PP=2675;ReadPosRankSum=1.192;SC=TGCTGACTTCTCCACTTTCTT;SOR=0.862;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=136;TCF=58;TCR=78;TR=133;WE=58100100;WS=58100082;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,228:0.99:230
chr19	58115803	rs11881999	C	A	14631.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-3.955;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=570;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=164;NR=186;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.381;SC=TCCCAGTTTCCTTTGTGGGTC;SOR=0.433;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=354;TCF=165;TCR=189;TR=350;WE=58115811;WS=58115793;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,562:0.99:565
chr19	58116929	rs9676996	A	C	764.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=13;NR=5;PP=341;SC=GCTTTTTTCCACAAATTTCCA;SOR=1.329;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=18;TCF=13;TCR=5;TR=18;WE=58116937;WS=58116919;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr19	58117083	rs9677004	A	G	2809.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.850;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=27;PP=1338;ReadPosRankSum=-1.039;SC=AGATGAGGGGACGCCTTCTGC;SOR=0.987;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=69;TCF=41;TCR=28;TR=67;WE=58117091;WS=58117073;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,106:0.98:108
chr19	58117223	rs2360543	T	A	3745.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=40;NR=41;PP=1642;SC=TTGAGCTCCATGCCTCACCCT;SOR=0.736;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=82;TCF=41;TCR=41;TR=81;WE=58117231;WS=58117213;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,141:1.00:141
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chr19	58131623	rs10413455	G	A	6716.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.871;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=259;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=83;NR=77;PP=2965;ReadPosRankSum=1.681;SC=AGGTTTGCCCGCACAGACGGC;SOR=0.767;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=160;TCF=83;TCR=77;TR=160;WE=58131631;WS=58131613;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,251:0.99:253
chr19	58144715	rs9749449	A	G	2863.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=42;NR=22;PP=1234;SC=GGGGATAGCGATGCTCGGGTT;SOR=1.179;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=64;TCF=42;TCR=22;TR=64;WE=58144723;WS=58144705;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr19	58144860	rs28721436	G	C	4356.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-2.438;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=45;PP=1961;ReadPosRankSum=0.589;SC=TCCCAAGTGAGAGGCACCAGC;SOR=0.718;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=92;TCF=46;TCR=46;TR=90;WE=58144868;WS=58144850;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,164:0.99:166
chr19	58151286	rs4801508	T	C	3184.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=54;NR=32;PP=1741;SC=TTAGGACTTATATCATCCTGG;SOR=1.085;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=86;TCF=54;TCR=32;TR=86;WE=58151294;WS=58151276;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr19	58152020	rs3746221	T	C	970.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=25;NR=2;PP=724;SC=AATTGCATTGTCTCCTCCTAA;SOR=3.981;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=27;TCF=25;TCR=2;TR=27;WE=58152041;WS=58152010;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr19	58152033	rs3746220	A	G	1283.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=30;NR=7;PP=874;SC=CCTCCTAATAAAGGTAACATG;SOR=2.636;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=30;TCR=7;TR=37;WE=58152041;WS=58152010;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr19	58152361	rs3746219	T	A	7761.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=280;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=70;NR=112;PP=2965;SC=ATGTGGACACTGCCTCGTTTA;SOR=1.090;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=182;TCF=70;TCR=112;TR=182;WE=58152369;WS=58152351;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,277:1.00:277
chr19	58152795	rs11879465	C	T	10755.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=247;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=90;NR=76;PP=2965;SC=AGGCCTTATGCGTGCCCTGAA;SOR=0.859;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=166;TCF=90;TCR=76;TR=166;WE=58152803;WS=58152785;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,245:1.00:245
chr19	58152817	rs11880050	G	C	11642.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.833;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=289;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=102;NR=83;PP=2965;ReadPosRankSum=2.107;SC=GTGGGAAATCGTTTAGTCAGA;SOR=0.859;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=186;TCF=103;TCR=83;TR=185;WE=58152825;WS=58152807;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,284:0.99:286
chr19	58153000	rs3746218	T	C	19370.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.447;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=470;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=42.57;ReadPosRankSum=1.659;SOR=0.509;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:7,448:0.98:455
chr19	58153009	rs3746217	C	T	19360.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.249;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=470;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=42.55;ReadPosRankSum=-1.392;SOR=0.453;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:5,450:0.99:455
chr19	58153577	rs3746216	T	C	2944.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=16;NR=65;PP=1928;SC=AATTTCCTTTTAGTGTAATTA;SOR=2.471;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=82;TCF=16;TCR=66;TR=81;WE=58153585;WS=58153567;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr19	58153596	rs3746215	G	T	1906.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=32;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=9;NR=45;PP=1207;SC=TATACTGAAGGAGTACACCTG;SOR=2.636;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=54;TCF=9;TCR=45;TR=54;WE=58153604;WS=58153586;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr19	58189287	rs9676604	C	T	7492.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.886;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=289;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=113;NR=80;PP=2965;ReadPosRankSum=2.200;SC=TACAGGTCCACGTCCACATGC;SOR=0.972;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=193;TCF=113;TCR=80;TR=193;WE=58189295;WS=58189277;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,281:0.99:283
chr19	58213952	rs2074078	C	A	9904.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.888;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=383;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.993;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=111;NR=137;PP=2965;ReadPosRankSum=2.390;SC=GATGGCCCCACCGTCGCTTTT;SOR=0.141;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=252;TCF=112;TCR=140;TR=248;WE=58213960;WS=58213942;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,377:0.99:379
chr19	58231807	rs2239986	A	G	6096.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=240;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=93;NR=61;PP=2872;SC=ATAGTAAGTCAGGGGCATTGG;SOR=1.057;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=154;TCF=93;TCR=61;TR=154;WE=58231815;WS=58231797;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,235:1.00:235
chr19	58258466	rs60751243	G	T	10277.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=397;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=104;NR=137;PP=2965;SC=TCAGGTAATTGTGGCGTCTTC;SOR=0.909;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=241;TCF=104;TCR=137;TR=241;WE=58258474;WS=58258456;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,386:1.00:386
chr19	58258589	rs2074081	G	A	4500.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=34;NR=61;PP=1988;SC=CGCTCTCTATGGGCCCCCGTT;SOR=1.132;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=95;TCF=34;TCR=61;TR=95;WE=58258597;WS=58258579;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,167:1.00:167
chr19	58262454	rs11419013	C	CT	1474.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=0;NR=36;PP=1649;SC=ACTGCCCTCTCTCTCCTTGAG;SOR=4.073;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=39;TCF=0;TCR=39;TR=36;WE=58262462;WS=58262444;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr19	58281192	rs74911211	T	TC	8364.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=1.225;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=363;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=7.668;HP=8;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.727;NF=44;NR=120;PP=2747;ReadPosRankSum=-1.266;SC=GAGCCCGCGTTCCCCCCCCGC;SOR=1.513;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=183;TCF=45;TCR=138;TR=164;WE=58281200;WS=58281182;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:23,314:0.93:337
chr19	58281374	rs2285614	G	A	1860.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=40;PP=1302;SC=GCGCCGGCGGGTGGGATCCCT;SOR=2.904;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=7;TCR=40;TR=47;WE=58281382;WS=58281364;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr19	58288169	rs2285615	C	T	5200.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=39;NR=109;PP=2965;SC=TGTTGTTGGTCGGACTGAGGT;SOR=1.868;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=148;TCF=39;TCR=109;TR=148;WE=58288177;WS=58288159;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,185:1.00:185
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chr19	58301766	rs72530696	TG	T	15807.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=448;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=50;NR=126;PP=2951;SC=ATATCCTCCCTGGGTAAGGTA;SOR=0.773;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=179;TCF=51;TCR=128;TR=176;WE=58301774;WS=58301756;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,443:1.00:443
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chr19	58419841	rs10414704	G	T	5328.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=100;NR=47;PP=2831;SC=CACTCATAAGGCCTTTCTCCA;SOR=1.390;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=147;TCF=100;TCR=47;TR=147;WE=58419849;WS=58419831;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,195:1.00:195
chr19	58419874	rs10415951	T	C	7041.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=270;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=143;NR=82;PP=2965;SC=CTGTGTTTAATGAGACGGGAT;SOR=1.272;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=225;TCF=143;TCR=82;TR=225;WE=58419882;WS=58419864;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,266:1.00:266
chr19	58420152	rs17845779	C	A	16512.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.313;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=390;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=54.56;MQRankSum=1.714;QD=43.68;ReadPosRankSum=1.132;SOR=0.506;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:3,375:0.99:378
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chr19	58420699	rs3745133	C	A	14032.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.181;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=534;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=-3.601;NF=206;NR=206;PP=2965;ReadPosRankSum=2.071;SC=AGTGTGAACACGCTGATGGCT;SOR=0.724;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=419;TCF=209;TCR=210;TR=412;WE=58420707;WS=58420689;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:6,524:0.99:530
chr19	58421128	rs201944488	C	T	7977.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=310;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=47.34;QD=25.73;SOR=1.051;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,310:1.00:310
chr19	58446618	rs62126278	G	A	5055.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.761;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=75;PP=2405;ReadPosRankSum=2.196;SC=CGGGGCCTAAGATCTGCCTCT;SOR=0.377;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=125;TCF=49;TCR=76;TR=124;WE=58446626;WS=58446608;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,191:0.99:192
chr19	58453342	rs959231	T	C	10918.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=390;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=157;NR=103;PP=2965;SC=GGCTAGAGCTTTGCCTATAGG;SOR=1.002;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=262;TCF=157;TCR=105;TR=260;WE=58453350;WS=58453332;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,382:1.00:382
chr19	58455381	rs257652	C	T	10193.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=418;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=132;NR=125;PP=2965;SC=GAAGACCCCACTCCTTCCAGG;SOR=0.779;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=262;TCF=132;TCR=130;TR=257;WE=58455389;WS=58455371;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,409:1.00:409
chr19	58485439	rs257676	C	T	3527.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=66;NR=37;PP=1919;SC=GATTCTCACTCCACTGAATGA;SOR=1.277;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=105;TCF=66;TCR=39;TR=103;WE=58485447;WS=58485429;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr19	58549593	rs2241406	C	G	4789.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=82;NR=61;PP=2394;SC=CGCAGGCTTCCTGCCCCGGGC;SOR=0.932;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=143;TCF=82;TCR=61;TR=143;WE=58549601;WS=58549583;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,184:1.00:184
chr19	58570714	rs146738840	A	AGGCCG	142.06	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.67;QD=35.52;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr19	58570794	rs8110363	C	T	184.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=8;PP=192;SC=CAGCAGCGCGCGTCTGTGTGG;SOR=0.693;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=13;TCF=4;TCR=9;TR=12;WE=58570802;WS=58570784;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr19	58571615	rs151015554	GGTGCCCGGCCTCTACTC	G	2234.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQ=61.02;NF=1;NR=35;PP=2931;SC=GGCCTCTACTGGTGCCCGGCC;SOR=3.570;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=50;TCF=1;TCR=49;TR=36;WE=58571639;WS=58571605;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr19	58572979	rs1469087	G	A	4209.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=56;NR=45;PP=2089;SC=GTGGTAGTGGGCTTCAGCCAG;SOR=0.845;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=101;TCF=56;TCR=45;TR=101;WE=58572987;WS=58572969;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,153:1.00:153
chr19	58578578	rs2229375	C	T	13116.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.001;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=497;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=159;NR=166;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.882;SC=AGAGACCTTACGAATGTCACG;SOR=0.226;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=327;TCF=160;TCR=167;TR=325;WE=58578586;WS=58578568;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,492:1.00:493
chr19	58579923	rs2229379	A	G	1701.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=46;PP=1239;SC=AGAAACGTACATTCATACACA;SOR=2.546;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=57;TCF=11;TCR=46;TR=57;WE=58579931;WS=58579913;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr19	58597405	rs1064267	C	T	4388.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=98;NR=25;PP=2598;SC=CTCACTCAGACACGGTGGTGG;SOR=2.288;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=124;TCF=98;TCR=26;TR=123;WE=58597413;WS=58597395;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,157:1.00:157
chr19	58598784	rs2260914	A	G	2224.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=23;NR=38;PP=1153;SC=GGGGAGAAGGAGAGGCAGAGC;SOR=1.124;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=61;TCF=23;TCR=38;TR=61;WE=58598792;WS=58598774;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr19	58601221	rs2547354	T	C	9626.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=371;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=121;NR=95;PP=2965;SC=TTCTCCTCTGTGACAGCCCAC;SOR=0.869;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=217;TCF=121;TCR=96;TR=216;WE=58601229;WS=58601211;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,368:1.00:368
chr19	58629830	rs8108978	A	T	1475.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=12;NR=38;PP=989;SC=GCCTAGTGCGACGAGGGCGGG;SOR=2.024;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=50;TCF=12;TCR=38;TR=50;WE=58629838;WS=58629820;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr19	58629878	rs8109275	G	T	1005.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=34;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=27;PP=730;SC=GGCCGCAGCTGCCTGGCAGCC;SOR=2.179;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=35;TCF=8;TCR=27;TR=35;WE=58629886;WS=58629868;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr19	58718269	rs7256349	G	A	5993.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=54;NR=80;PP=2811;SC=CAGTGAGCAGGTCCAACAGCA;SOR=0.934;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=136;TCF=56;TCR=80;TR=134;WE=58718277;WS=58718259;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,220:1.00:220
chr19	58718360	rs59557917	A	AG	3646.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=42;PP=2554;SC=GGTCCCCGGGAGCCCTGGACC;SOR=1.037;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=59;TCF=16;TCR=43;TR=56;WE=58718368;WS=58718350;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr19	58757870	rs12972443	G	C	3942.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=42;NR=62;PP=2317;SC=GGTGTTCTGGGATGTGCTGGA;SOR=1.038;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=104;TCF=42;TCR=62;TR=104;WE=58757878;WS=58757860;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,139:1.00:139
chr19	58774071	rs260462	A	G	3701.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=46;NR=38;PP=1545;SC=TTCCGGCAGCAATCTCAACTT;SOR=0.825;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=85;TCF=46;TCR=39;TR=84;WE=58774079;WS=58774061;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,143:1.00:143
chr19	58790359	rs11666156	C	A	2234.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=59;NR=9;PP=1681;SC=CATTGTCCGGCGTTCGGCGAG;SOR=3.321;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=68;TCF=59;TCR=9;TR=68;WE=58790367;WS=58790349;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr19	58790675	rs437229	T	C	5058.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.908;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=97;PP=2486;ReadPosRankSum=0.167;SC=CCGTCCTGGCTGGTCAGAGAG;SOR=1.298;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=154;TCF=55;TCR=99;TR=151;WE=58790683;WS=58790665;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,198:0.99:200
chr19	58790713	rs374431	G	C	3165.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=26;NR=69;PP=2134;SC=CAGGCGCCTGGCCCCCGAATG;SOR=2.014;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=95;TCF=26;TCR=69;TR=95;WE=58790721;WS=58790703;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr19	58791213	rs260500	C	A	1432.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.53;SOR=1.445;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr19	58791252	rs66668551	TTA	T	53.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.905;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=4.545;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.44;ReadPosRankSum=-0.580;SOR=1.911;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,8:0.36:22
chr19	58791253	rs141708687	TA	T	65.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-1.582;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=2.046;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.99;ReadPosRankSum=0.888;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,8:0.36:22
chr19	58797344	rs400733	A	C	1823.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=18;NR=36;PP=1219;SC=GCCCTTTTCCATCACCATGCA;SOR=1.536;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=54;TCF=18;TCR=36;TR=54;WE=58797352;WS=58797334;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr19	58797583	rs59553565	C	CT	4297.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.697;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.194;NF=18;NR=37;PP=2530;ReadPosRankSum=-0.050;SC=TGAGAACCCACTATGTGGGAG;SOR=0.761;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=56;TCF=18;TCR=38;TR=55;WE=58797591;WS=58797573;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,120:0.98:122
chr19	58858231	rs3214663	GC	G	3909.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=32;NR=25;PP=2375;SC=TTTAAACAGAGCCTCTCTTCA;SOR=1.418;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=61;TCF=35;TCR=26;TR=57;WE=58858239;WS=58858221;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr19	58858614	rs11345647	AG	A	3276.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=19;NR=34;PP=2022;SC=AGCGCTAACCAGGGGTGCCCA;SOR=1.014;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=54;TCF=19;TCR=35;TR=53;WE=58858622;WS=58858604;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr19	58858676	rs1265957	A	G	4891.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=55;NR=51;PP=1876;SC=CCAGGCAAACATCAGCAGACG;SOR=0.758;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=106;TCF=55;TCR=51;TR=106;WE=58858684;WS=58858666;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,188:1.00:188
chr19	58859055	rs144085420	C	CCCCAGGCCGCG	971.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=24;PP=2966;SC=CCAGGCCACGCCCCAGGCCAC;SOR=2.833;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=32;TCF=1;TCR=31;TR=25;WE=58859074;WS=58859045;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr19	58859066	rs1265959	A	G	982.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=24;PP=686;SC=CCCAGGCCACACCCCAGGCCA;SOR=2.833;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=5;TCR=24;TR=29;WE=58859074;WS=58859045;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr19	58862864	rs371831204	G	A	7922.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=0.897;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=324;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=112;NR=72;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.809;SC=CAGGGCCACCGCGTTCAGGTG;SOR=0.970;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=186;TCF=113;TCR=73;TR=184;WE=58862872;WS=58862854;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,308:0.99:312
chr19	58863161	rs10164322	C	CT	240.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.202;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=3.315;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.02;ReadPosRankSum=-0.560;SOR=0.301;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,19:0.63:30
chr19	58864479	rs893184	T	C	7275.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.863;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=278;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=82;NR=79;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.986;SC=AGTCTCCAGGTGGGCCTGGCA;SOR=0.737;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=162;TCF=83;TCR=79;TR=161;WE=58864487;WS=58864469;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,276:0.99:278
chr19	58864867	rs2375470	A	G	3546.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=38;NR=54;PP=1846;SC=ATGAGGCCCCAAGGGAGGGCG;SOR=0.994;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=94;TCF=38;TCR=56;TR=92;WE=58864887;WS=58864857;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,134:1.00:134
chr19	58864879	rs3833872	T	TG	3210.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=6;NR=45;PP=2185;SC=GGGAGGGCGGTGGGGTGGCTC;SOR=1.112;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=54;TCF=6;TCR=48;TR=51;WE=58864887;WS=58864857;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr19	58868480	rs12609654	G	T	9684.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=3.720;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=396;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=9.134;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=149;NR=125;PP=2965;ReadPosRankSum=0.198;SC=TGAGCTGCGAGTGCGCGCGGA;SOR=0.483;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=285;TCF=153;TCR=132;TR=274;WE=58868488;WS=58868470;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:11,373:0.97:384
chr19	58869515	rs6146577	GTCCCC	G	10841.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.865;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=260;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.183;NF=38;NR=53;PP=2957;ReadPosRankSum=0.123;SC=TCCCTGGGTAGTCCCCTCCAC;SOR=1.037;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=100;TCF=41;TCR=59;TR=91;WE=58869527;WS=58869505;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,247:0.99:249
chr19	58879890	rs142072407	C	T	3115.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.423;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=22.74;ReadPosRankSum=0.139;SOR=2.743;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,136:0.99:137
chr19	58879965	rs7255489	A	G	4532.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=48;NR=74;PP=2642;SC=ACACTGGGGGACTCTTGCCCG;SOR=1.396;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=122;TCF=48;TCR=74;TR=122;WE=58879984;WS=58879955;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr19	58879976	rs7255596	C	T	4513.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=46;NR=70;PP=2416;SC=CTCTTGCCCGCCTGCTGCTGC;SOR=1.212;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=116;TCF=46;TCR=70;TR=116;WE=58879984;WS=58879955;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr19	58898436	rs731835	T	C	296.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=7;PP=203;SC=GTAGCGGACATCCGCCAGGCA;SOR=2.303;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=8;WE=58898444;WS=58898426;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr19	58907443	rs12611212	C	G	685.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=17;NR=5;PP=408;SC=TCCTCTCCTCCCAGGTCCATC;SOR=1.781;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=17;TCR=5;TR=22;WE=58907451;WS=58907433;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr19	58908150	rs13343526	C	G	6415.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=251;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=67;NR=58;PP=2371;SC=CTCCGGCCCCCCGCGGCCCCA;SOR=0.759;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=125;TCF=67;TCR=58;TR=125;WE=58908158;WS=58908140;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,248:1.00:248
chr19	58920050	rs11878203	G	A	822.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=20;NR=5;PP=507;SC=CGCGAGGAGAGCCGGGAATGG;SOR=2.226;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=20;TCR=5;TR=25;WE=58920058;WS=58920040;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr19	58920302	rs11878198	A	G	12424.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.677;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=480;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=139;NR=141;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.230;SC=CCTCAGACTTATCGCTCGCGG;SOR=0.727;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=281;TCF=139;TCR=142;TR=280;WE=58920310;WS=58920292;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,472:1.00:474
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chr19	58945962	rs9941466	C	T	6926.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=259;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=83;NR=92;PP=2965;SC=CAGTGTGAAACTTTTTATTAC;SOR=0.766;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=175;TCF=83;TCR=92;TR=175;WE=58945970;WS=58945952;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,255:1.00:255
chr19	58946056	rs1465789	G	A	5201.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.852;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=74;PP=2845;ReadPosRankSum=-0.770;SC=CAGATGGTTGGGGAGAGTGGA;SOR=0.812;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=138;TCF=63;TCR=75;TR=136;WE=58946064;WS=58946046;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,193:0.99:195
chr19	58946203	rs1122955	C	T	3570.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=48;NR=47;PP=1957;SC=GTCACAGCTGCCCAGGATGAC;SOR=0.724;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=95;TCF=48;TCR=47;TR=95;WE=58946211;WS=58946193;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chr19	58946833	rs11668814	T	C	1381.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=17;NR=14;PP=671;SC=TAGACATTTCTCTAAAAGAAG;SOR=0.892;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=17;TCR=14;TR=31;WE=58946841;WS=58946823;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr19	58951096	rs45617039	G	A	5680.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.850;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=73;PP=2763;ReadPosRankSum=-0.890;SC=GAATCCCAGCGGGTGAGGGCC;SOR=0.812;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=139;TCF=64;TCR=75;TR=135;WE=58951104;WS=58951086;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,212:0.99:214
chr19	58951123	rs7259841	T	C	4989.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.927;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=66;PP=2598;ReadPosRankSum=0.755;SC=ACACTCCACTTACCTGCGCCG;SOR=0.859;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=122;TCF=55;TCR=67;TR=119;WE=58951131;WS=58951113;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,180:0.99:182
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chr19	58982384	rs10418774	A	G	9933.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=373;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=118;NR=120;PP=2965;SC=TCCGGCTTAGAGAAAAGACAC;SOR=0.726;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=238;TCF=118;TCR=120;TR=238;WE=58982392;WS=58982374;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,368:1.00:368
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chr19	58989495	rs893185	A	C	8392.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.996;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=322;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=108;NR=87;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.060;SC=CCCTGAGGGGAACCATGGACA;SOR=0.447;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=198;TCF=110;TCR=88;TR=195;WE=58989503;WS=58989485;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,317:0.99:320
chr19	58992220	rs3752112	T	G	1081.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=26;PP=716;SC=CCCAAGCCAGTTCCCTGCCCC;SOR=2.774;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=5;TCR=26;TR=31;WE=58992228;WS=58992210;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr19	59010593	rs4801274	A	G	10007.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.832;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=378;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=98;NR=165;PP=2965;ReadPosRankSum=2.193;SC=TCCATCTGCAAGGAGGGAGCC;SOR=1.142;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=266;TCF=99;TCR=167;TR=263;WE=59010601;WS=59010583;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,367:0.99:369
chr19	59023166	rs34415062	G	A	2602.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.66;SOR=0.728;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr19	59023174	rs35350976	A	G	2655.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.16;SOR=0.724;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr19	59025685	rs4801602	A	C	2508.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=26;NR=49;PP=1377;SC=CCCCTGCGGAAGACAGGGCGG;SOR=1.329;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=76;TCF=26;TCR=50;TR=75;WE=59025693;WS=59025675;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
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chr20	76962	rs6111385	T	C	27320.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=1059;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=334;NR=319;PP=2965;SC=TGCCACCATCTGAGGCCACTA;SOR=0.732;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=653;TCF=334;TCR=319;TR=653;WE=76970;WS=76952;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,1052:1.00:1052
chr20	126155	rs11467497	GCAAA	G	18291.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=3.228;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=886;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.529;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=89;NR=145;PP=2971;ReadPosRankSum=0.562;SC=GCAATGTGCGGCAAACAAAGG;SOR=0.747;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=441;TCF=168;TCR=273;TR=234;WE=126166;WS=126145;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:393,467:0.54:860
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chr20	138004	rs6055356	G	C	333.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=9;NR=1;PP=237;SC=TGGGTGGCCTGAAATTTCCTG;SOR=3.442;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=9;TCR=1;TR=10;WE=138012;WS=137995;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr20	138125	rs2298108	G	T	324.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-1.122;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=7;PP=198;ReadPosRankSum=-0.408;SC=GAGGAAGGTAGCATAGTGTGC;SOR=0.745;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=58;TCF=38;TCR=20;TR=19;WE=138133;WS=138115;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,21:0.28:76
chr20	138148	rs2298109	C	T	549.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.992;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.882;HP=4;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.639;NF=19;NR=10;PP=354;ReadPosRankSum=-0.175;SC=TTCACTGGACCAAAAGCTTTG;SOR=1.053;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=84;TCF=52;TCR=32;TR=29;WE=138156;WS=138138;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,31:0.30:102
chr20	138178	rs3216039	GC	G	2938.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-2.091;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.698;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.998;NF=16;NR=32;PP=1765;ReadPosRankSum=-0.341;SC=CTTCTGGAAAGCCTGGCCATG;SOR=0.355;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=74;TCF=30;TCR=44;TR=48;WE=138186;WS=138168;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,91:0.67:135
chr20	139362	rs6055460	G	A	914.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=5.119;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=2;PP=696;ReadPosRankSum=0.454;SC=CAAAACCAACGTGCCTTCAGT;SOR=0.822;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=62;TCF=58;TCR=4;TR=34;WE=139370;WS=139352;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,37:0.53:70
chr20	139409	rs12624951	G	A	1434.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.521;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.280;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=14;PP=807;ReadPosRankSum=0.070;SC=TCCTTTCTGTGTATAGTAACC;SOR=0.819;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=131;TCF=92;TCR=39;TR=51;WE=139417;WS=139399;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:105,70:0.40:175
chr20	139456	rs12624954	G	A	2638.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.118;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=350;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.847;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=39;PP=1418;ReadPosRankSum=-0.179;SC=CTATGTACAAGGACATTGCAG;SOR=0.585;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=247;TCF=151;TCR=96;TR=95;WE=139464;WS=139446;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:212,133:0.39:345
chr20	139576	rs16995685	C	A	3528.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.265;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=598;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.595;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=73;PP=1686;ReadPosRankSum=1.146;SC=AAAGCCACCTCGTCCAAAGCC;SOR=0.894;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=360;TCF=165;TCR=195;TR=125;WE=139584;WS=139566;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:387,199:0.34:586
chr20	139745	rs4142304	T	C	1600.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=36;PP=1164;SC=CTTCTTCCTTTTGGTTTCTTG;SOR=3.398;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=40;TCF=4;TCR=36;TR=40;WE=139753;WS=139735;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr20	168466	rs4813042	T	A	2393.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.399;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.819;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=26;PP=1140;ReadPosRankSum=-2.435;SC=GGCTGCTGGATTAGGCAGCAC;SOR=0.419;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=122;TCF=82;TCR=40;TR=73;WE=168474;WS=168456;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,112:0.64:174
chr20	168728	rs4813043	T	A	3886.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-3.954;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=298;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.965;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=54;PP=1465;ReadPosRankSum=0.720;SC=AGCCTGTTACTTTATTGAAGC;SOR=0.502;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=178;TCF=79;TCR=99;TR=102;WE=168736;WS=168718;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:111,187:0.63:298
chr20	207889	rs2298149	G	A	986.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.201;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.681;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=12;PP=560;ReadPosRankSum=0.271;SC=GAGCTCAGGAGCATCAACCCA;SOR=0.813;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=112;TCF=75;TCR=37;TR=40;WE=207897;WS=207879;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:91,51:0.36:142
chr20	208168	rs6110460	T	C	697.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=4.424;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.753;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=22;PP=515;ReadPosRankSum=1.529;SC=AACTGCCAGATTGTGTCCAGT;SOR=1.454;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=47;TCF=4;TCR=43;TR=23;WE=208176;WS=208158;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,26:0.50:52
chr20	210061	rs13045643	G	A	2593.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.054;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=330;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=44;PP=1479;ReadPosRankSum=1.085;SC=AAAACTACCTGCAATATGGAA;SOR=0.692;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=232;TCF=135;TCR=97;TR=102;WE=210069;WS=210051;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:188,130:0.41:318
chr20	256573	rs6075567	A	G	1859.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.168;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.489;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=30;PP=915;ReadPosRankSum=-0.479;SC=TCAGAGTGTGACTGGTTTAAG;SOR=0.632;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=147;TCF=80;TCR=67;TR=65;WE=256581;WS=256563;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:133,96:0.42:229
chr20	256727	rs3827147	T	A	1039.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.349;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.629;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=19;PP=465;ReadPosRankSum=1.480;SC=TGGTCAATAATCTGAGAGGAA;SOR=0.622;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=93;TCF=37;TCR=56;TR=32;WE=256735;WS=256717;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:91,56:0.38:147
chr20	257320	rs2277779	G	A	826.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-1.756;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.020;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=6;PP=508;ReadPosRankSum=0.124;SC=CAACACCAGAGTCAGAGACCT;SOR=1.061;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=101;TCF=78;TCR=23;TR=34;WE=257328;WS=257310;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,40:0.35:115
chr20	257733	rs2277781	A	G	3530.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.828;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=502;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.787;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=50;PP=1395;ReadPosRankSum=-0.128;SC=GAATCTTGTCAGACAAGGATT;SOR=0.764;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=286;TCF=145;TCR=141;TR=109;WE=257741;WS=257723;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:302,197:0.39:499
chr20	257803	rs6075583	G	C	4875.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.139;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=348;ExcessHet=3.0103;FS=1.817;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.17;ReadPosRankSum=0.434;SOR=0.814;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:206,138:0.40:344
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chr20	258785	rs78944940	G	T	490.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-1.650;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.664;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=1;PP=335;ReadPosRankSum=-1.348;SC=CCCAGATACGGGGCCTGGAAA;SOR=1.877;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=34;TCF=31;TCR=3;TR=17;WE=258793;WS=258778;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,20:0.51:39
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chr20	270428	rs6035784	C	T	1426.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-2.190;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.336;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=34;PP=2372;ReadPosRankSum=-0.642;SC=GAGCCTCAATCTTCTCATCTG;SOR=0.563;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=116;TCF=33;TCR=83;TR=47;WE=270436;WS=270404;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,70:0.45:156
chr20	271135	rs3215551	G	GC	1490.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.618;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.224;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=26;PP=1987;ReadPosRankSum=1.230;SC=AAGACCGAGGGCGACCTCGAG;SOR=1.244;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=107;TCF=57;TCR=50;TR=62;WE=271143;WS=271125;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,49:0.46:106
chr20	271204	rs11475281	AT	A	344.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.432;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=245;ExcessHet=3.0103;FS=2.212;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.98;MQRankSum=1.610;QD=1.55;ReadPosRankSum=0.542;SOR=0.688;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:152,71:0.32:223
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chr20	278687	rs5839847	CCGG	C	6918.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=47;NR=32;PP=2983;SC=CCAGGATGAGCCGGCGGCGGC;SOR=1.750;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=96;TCF=59;TCR=37;TR=79;WE=278697;WS=278677;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,157:1.00:157
chr20	330408	rs11556643	C	G	2518.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.236;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.041;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=42;PP=1398;ReadPosRankSum=0.878;SC=AGGCACTGCTCTCAGCGACGA;SOR=0.784;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=145;TCF=78;TCR=67;TR=92;WE=330416;WS=330398;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:99,121:0.55:220
chr20	334317	rs5839855	TC	T	23880.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=2.734;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=994;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.310;NF=70;NR=338;PP=2973;ReadPosRankSum=-1.998;SC=CCTGGATCCTTCCCCCCTTCT;SOR=0.876;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=423;TCF=75;TCR=348;TR=408;WE=334325;WS=334305;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:8,948:0.99:956
chr20	340044	rs142345508	GCAC	G	1449.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-0.141;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.865;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=2.267;NF=0;NR=29;PP=1075;ReadPosRankSum=-0.878;SC=ATGAAGGCTGGCACCACCAGT;SOR=0.826;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=87;TCF=1;TCR=86;TR=29;WE=340054;WS=340034;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,42:0.38:112
chr20	371972	rs6051637	T	C	3767.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=2.540;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=273;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.402;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=84;NR=33;PP=1828;ReadPosRankSum=-0.147;SC=TGGAGCCCTATGCGCGGCTGC;SOR=1.207;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=183;TCF=123;TCR=60;TR=117;WE=371980;WS=371962;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:97,167:0.63:264
chr20	389456	rs3746792	C	T	2118.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.354;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=303;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.927;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=49;PP=1106;ReadPosRankSum=0.705;SC=TGGGGAACTTCCGGTGGGAAG;SOR=0.630;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=204;TCF=78;TCR=126;TR=82;WE=389464;WS=389446;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:176,113:0.39:289
chr20	391170	rs7059	C	T	2159.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.975;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=286;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.441;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=39;PP=1081;ReadPosRankSum=2.527;SC=AAAAATTGTACACACTTCTTC;SOR=0.747;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=180;TCF=93;TCR=87;TR=81;WE=391178;WS=391160;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:171,113:0.40:284
chr20	397928	rs6115906	C	T	5103.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=48;NR=57;PP=1985;SC=TGGAGGCCCTCGTGTGCTGCC;SOR=0.837;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=106;TCF=48;TCR=58;TR=105;WE=397936;WS=397918;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,191:1.00:191
chr20	398039	rs67707964	TTG	T	666.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=1.755;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.725;NF=7;NR=13;PP=688;ReadPosRankSum=1.510;SC=AGACTGGGGTTTGTGTGTGTG;SOR=0.963;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=42;TCF=12;TCR=30;TR=20;WE=398050;WS=398029;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,28:0.74:38
chr20	400504	rs67470622	AGTGACCCTGCACCTGGCT	A	612.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=-0.653;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.459;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=8;PP=2954;ReadPosRankSum=0.977;SC=TGCTGCTGGCAGTGACCCTGC;SOR=1.467;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=36;TCF=1;TCR=35;TR=8;WE=400529;WS=400494;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,18:0.34:53
chr20	402710	rs2057251	A	G	1523.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=2.448;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=239;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.545;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=22;PP=1044;ReadPosRankSum=1.013;SC=CATGTGAGGGATGGAGTCCCC;SOR=0.914;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=198;TCF=134;TCR=64;TR=72;WE=402718;WS=402700;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:152,78:0.34:230
chr20	402921	rs6051905	C	G	1920.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.199;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=355;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.570;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=57;PP=934;ReadPosRankSum=-2.405;SC=CAAGTCCCAACTCCTAAGGAA;SOR=0.866;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=245;TCF=74;TCR=171;TR=76;WE=402929;WS=402911;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:235,112:0.32:347
chr20	402971	rs11483335	C	CT	76.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.312;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FS=2.844;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.78;ReadPosRankSum=-0.050;SOR=0.309;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:80,19:0.19:99
chr20	442937	rs708978	C	G	518.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=6;PP=209;SC=CCCCCCGGGCCGCCCTCGCAG;SOR=0.784;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=7;TCR=6;TR=13;WE=442945;WS=442927;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr20	459409	.	CA	C	53.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.752;ClippingRankSum=0.000;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=1.778;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.43;MQRankSum=0.000;QD=2.99;ReadPosRankSum=0.223;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,8:0.44:18
chr20	467283	rs409994	G	C	472.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=5.401;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=16;PP=357;ReadPosRankSum=0.722;SC=GTAAAAAGCAGAAATAGCTTT;SOR=0.641;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=33;TCF=0;TCR=33;TR=16;WE=467291;WS=467273;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,17:0.49:35
chr20	470606	rs34056933	T	TA	931.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.588;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FS=12.581;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.12;ReadPosRankSum=-1.044;SOR=2.473;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,50:0.70:71
chr20	476285	rs157816	C	T	1831.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=1.028;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.724;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=13;PP=1212;ReadPosRankSum=-2.297;SC=CCTGTGACAACACAAGGGATA;SOR=1.086;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=124;TCF=98;TCR=26;TR=67;WE=476293;WS=476275;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,75:0.54:140
chr20	480602	rs199709718	CA	C	226.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.801;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.67;ReadPosRankSum=0.729;SOR=0.948;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,24:0.60:40
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chr20	488930	rs74119	C	T	5898.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=140;NR=40;PP=2965;SC=ACTCTGCTTCCTCACTGCAAA;SOR=2.560;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=183;TCF=140;TCR=43;TR=180;WE=488938;WS=488920;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,194:1.00:194
chr20	590456	rs282164	A	G	7273.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=280;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=109;NR=81;PP=2965;SC=TGCCCGCGGCACGGAAGCACG;SOR=0.839;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=190;TCF=109;TCR=81;TR=190;WE=590464;WS=590446;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,277:1.00:277
chr20	590542	rs2754502	CG	GC	14655.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=329;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=79;NR=111;PP=2947;SC=GCCAGGCGCACGGTCTCGATC;SOR=0.988;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=197;TCF=80;TCR=117;TR=190;WE=590551;WS=590532;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,329:1.00:329
chr20	590600	rs113965101	C	T	1608.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.167;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=36;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=36;PP=699;ReadPosRankSum=0.235;SC=GCGTGCGCAGCGCCGTGAAGG;SOR=0.724;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=128;TCF=39;TCR=89;TR=50;WE=590608;WS=590590;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:111,83:0.43:194
chr20	590900	rs183989	T	C	1810.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.67;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=20;PP=624;SC=GCCGCGTCCCTCCGTGCGCCG;SOR=1.022;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=32;TCF=12;TCR=20;TR=32;WE=590908;WS=590890;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr20	628890	rs6053666	T	C	11533.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.011;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=928;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.524;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=162;NR=190;PP=2962;ReadPosRankSum=0.962;SC=ACCCCTACCTTCGTGGAGTTG;SOR=0.652;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=586;TCF=267;TCR=319;TR=352;WE=628898;WS=628880;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:381,538:0.59:919
chr20	629649	rs41282134	T	A	3666.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=-0.968;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=246;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.502;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=67;PP=1706;ReadPosRankSum=1.170;SC=CTGAGCTCCTTATAAGGTGAT;SOR=0.531;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=139;TCF=40;TCR=99;TR=95;WE=629657;WS=629639;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,163:0.69:236
chr20	656057	rs6053839	C	T	1633.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-2.033;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=16;PP=785;ReadPosRankSum=-0.710;SC=CTGGGGAGGGCCCCAGCTCCC;SOR=0.368;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=42;TCF=26;TCR=16;TR=41;WE=656065;WS=656047;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,61:0.98:62
chr20	741847	rs910857	A	G	4022.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=40;NR=60;PP=1967;SC=CCTTGACGTAACTGAGGCAGC;SOR=0.974;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=100;TCF=40;TCR=60;TR=100;WE=741855;WS=741837;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,151:1.00:151
chr20	742237	rs3746801	G	A	1427.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.486;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.60;ReadPosRankSum=-0.288;SOR=0.787;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,55:0.64:86
chr20	742237	.	GGT	AGC	1027	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;FR=0.5000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=46;NR=6;PP=1027;QD=20.7782283627;SC=TTCCCGGGAGGGTCCCACAGA;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=80;TCF=70;TCR=10;TR=52;WE=742247;WS=742235;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:28,52:0.65:80
chr20	742239	rs6054589	T	C	3508.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=39.87;SOR=3.767;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr20	744050	rs8122335	A	G	2035.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.654;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.251;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=23;PP=1124;ReadPosRankSum=-0.300;SC=CTTAACCACTACATGTACAGC;SOR=0.467;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=104;TCF=70;TCR=34;TR=66;WE=744058;WS=744040;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,87:0.63:139
chr20	744450	rs3746805	G	A	9117.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-1.901;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=339;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=109;NR=102;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.314;SC=GGTCATTGAGGAGGTCTTCCA;SOR=0.245;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=212;TCF=110;TCR=102;TR=211;WE=744458;WS=744440;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,335:1.00:336
chr20	744662	rs3833341	A	ACAGGTCAAT	952.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-0.983;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.429;NF=0;NR=16;PP=2954;ReadPosRankSum=-0.270;SC=AAAGGACAAGACAGATCCCTG;SOR=0.527;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=41;TCF=0;TCR=41;TR=16;WE=744670;WS=744652;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,25:0.51:49
chr20	825678	rs538094	T	C	21976.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.924;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=810;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=329;NR=210;PP=2965;ReadPosRankSum=0.148;SC=AGCCGCTCTTTAGCCCTGAGA;SOR=1.035;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=545;TCF=331;TCR=214;TR=539;WE=825686;WS=825668;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,789:1.00:791
chr20	826492	rs2282050	G	C	2346.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=9;NR=55;PP=1710;SC=GACCAGCATTGTTGGGCAAGG;SOR=3.198;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=64;TCF=9;TCR=55;TR=64;WE=826500;WS=826482;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr20	1099329	rs2072962	A	G	625.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-4.643;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.560;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=1;PP=429;ReadPosRankSum=0.689;SC=AGAGGGAAGCAGAGTTATAGC;SOR=1.051;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=67;TCF=63;TCR=4;TR=28;WE=1099337;WS=1099328;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,31:0.39:79
chr20	1099523	rs1803415	T	G	5576.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=3.690;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=753;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.533;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=76;NR=88;PP=2638;ReadPosRankSum=1.591;SC=CACGGTTACTTCGGCTTGGGT;SOR=0.764;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=428;TCF=208;TCR=220;TR=164;WE=1099531;WS=1099513;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:462,286:0.38:748
chr20	1099666	rs2072961	G	C	1380.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=3.831;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.122;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=41;PP=951;ReadPosRankSum=0.317;SC=GTCTGGGGCAGATGGCAGCGT;SOR=0.501;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=97;TCF=7;TCR=90;TR=44;WE=1099674;WS=1099656;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,53:0.49:109
chr20	1108262	rs6040024	C	G	793.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-4.078;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.221;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=25;PP=495;ReadPosRankSum=0.336;SC=ATGGAAGAACCTTTTATTTCT;SOR=0.251;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=57;TCF=5;TCR=52;TR=27;WE=1108270;WS=1108252;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,34:0.51:67
chr20	1115529	rs4813939	A	G	9563.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-2.079;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=371;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=135;NR=95;PP=2965;ReadPosRankSum=0.071;SC=GGTGGTAAACAAGGAGGGGCA;SOR=0.329;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=231;TCF=136;TCR=95;TR=230;WE=1115537;WS=1115519;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,369:1.00:370
chr20	1115919	rs2235587	A	G	1946.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.525;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.368;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=41;PP=1071;ReadPosRankSum=-0.971;SC=ATTCCTCCACACCACCCACAC;SOR=0.541;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=140;TCF=54;TCR=86;TR=71;WE=1115927;WS=1115909;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:114,99:0.46:213
chr20	1184045	.	T	TAA	250.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.348;ClippingRankSum=0.000;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.37;ReadPosRankSum=-0.145;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,20:0.59:34
chr20	1210647	rs450739	T	C	1967.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=1.446;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.212;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=39;PP=1050;ReadPosRankSum=-0.980;SC=GATGACATTTTGCCCAGGTAT;SOR=0.502;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=147;TCF=68;TCR=79;TR=78;WE=1210655;WS=1210637;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:101,96:0.49:197
chr20	1214814	rs203534	A	C	1278.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.367;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=25;PP=642;ReadPosRankSum=-1.289;SC=CAATGATCTAATTTTCCAAGC;SOR=0.639;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=74;TCF=28;TCR=46;TR=40;WE=1214822;WS=1214804;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,61:0.54:112
chr20	1221038	rs16992733	T	C	1632.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-2.153;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.389;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=26;PP=641;ReadPosRankSum=1.454;SC=TATTATCAACTGAAGAGGAAG;SOR=0.560;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=91;TCF=43;TCR=48;TR=51;WE=1221046;WS=1221028;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,80:0.60:134
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chr20	1292964	rs4814110	T	C	14980.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=557;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=254;NR=161;PP=2965;SC=CCCTCCCTGGTGCGGCCACCA;SOR=1.093;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=415;TCF=254;TCR=161;TR=415;WE=1292972;WS=1292954;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,552:1.00:552
chr20	1293141	rs35367003	C	T	10265.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.401;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=805;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.768;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=147;NR=169;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.061;SC=GGTGACAGTCCGCTGGAACGG;SOR=0.729;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=560;TCF=274;TCR=286;TR=316;WE=1293149;WS=1293131;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:329,463:0.58:792
chr20	1293247	rs2273959	C	T	26057.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.046;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=986;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=282;NR=299;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.564;SC=CGAACCACCACGACAATCTTA;SOR=0.272;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=583;TCF=284;TCR=299;TR=581;WE=1293255;WS=1293237;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,979:1.00:983
chr20	1298794	rs6078610	G	A	5412.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=67;NR=55;PP=2517;SC=AGTGGTTTTCGTGAAGCCTCA;SOR=0.842;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=122;TCF=67;TCR=55;TR=122;WE=1298802;WS=1298784;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,200:1.00:200
chr20	1300433	rs11087032	C	T	585.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=10;PP=251;SC=GGAGTGTGCACCAACCCTCAG;SOR=2.200;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=2;TCR=10;TR=12;WE=1300441;WS=1300423;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr20	1350672	rs6041749	T	C	4316.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=76;NR=46;PP=2463;SC=TCCATATGGATTCATGTGCAC;SOR=1.122;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=123;TCF=76;TCR=47;TR=122;WE=1350680;WS=1350662;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,159:1.00:159
chr20	1350709	rs8392	T	C	2729.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.024;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=264;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=34;PP=993;ReadPosRankSum=2.217;SC=GATCCCTCCATGGCAGATCTG;SOR=0.706;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=161;TCF=90;TCR=71;TR=80;WE=1350717;WS=1350699;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:122,136:0.53:258
chr20	1356261	rs6074549	G	C	18068.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=698;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQ=59.99;NF=202;NR=202;PP=2965;SC=TGAAAAAGACGACTGTAACAT;SOR=0.711;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=405;TCF=203;TCR=202;TR=404;WE=1356269;WS=1356251;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,688:1.00:688
chr20	1424303	rs6891	G	A	1940.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=47;NR=18;PP=1184;SC=ACTGCTGGGTGTGCACAAGGG;SOR=1.641;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=66;TCF=47;TCR=19;TR=65;WE=1424311;WS=1424293;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr20	1426393	rs9575	C	T	5087.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.560;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=91;NR=48;PP=2835;ReadPosRankSum=1.190;SC=TCTGATTCGTCGATTAAGATG;SOR=0.496;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=141;TCF=93;TCR=48;TR=139;WE=1426401;WS=1426383;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,188:0.99:189
chr20	1435905	rs6042377	T	C	1899.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=10;NR=41;PP=1304;SC=TACTGGCTAGTTGGGAACACA;SOR=2.584;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=51;TCF=10;TCR=41;TR=51;WE=1435913;WS=1435895;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr20	1457045	rs6042499	T	G	486.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-1.495;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=10;PP=187;ReadPosRankSum=1.805;SC=CCACGCCTCATTGCTGCCCAT;SOR=0.693;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=32;TCF=6;TCR=26;TR=11;WE=1457053;WS=1457035;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,20:0.50:40
chr20	1457910	rs6135048	C	A	5509.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.878;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=409;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.684;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=82;NR=87;PP=2719;ReadPosRankSum=2.260;SC=CTGCTCCCTTCCCATGACCAA;SOR=0.642;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=266;TCF=134;TCR=132;TR=169;WE=1457918;WS=1457900;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:148,251:0.63:399
chr20	1458159	rs6135050	A	G	565.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=3.088;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.564;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=22;PP=468;ReadPosRankSum=2.856;SC=CTATGTGGGTATGGGCTAGAA;SOR=1.880;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=38;TCF=3;TCR=35;TR=23;WE=1458167;WS=1458149;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,22:0.59:37
chr20	1459060	rs6042507	T	G	3769.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-3.400;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=317;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.920;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=74;NR=56;PP=1917;ReadPosRankSum=-0.174;SC=CACCGCTGTCTCCTTGGGGTG;SOR=0.588;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=231;TCF=134;TCR=97;TR=130;WE=1459068;WS=1459050;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:128,180:0.58:308
chr20	1460272	rs2873565	T	C	1038.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.493;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.971;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=7;PP=687;ReadPosRankSum=-0.567;SC=TACAGCATGATACAGTGGATA;SOR=0.957;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=88;TCF=71;TCR=17;TR=39;WE=1460280;WS=1460262;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,46:0.46:100
chr20	1520883	rs2256520	T	C	6958.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.387;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=271;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=6.065;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=73;NR=73;PP=2965;ReadPosRankSum=2.736;SC=AGGGAATATGTTCTCTCCTAG;SOR=0.062;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=147;TCF=73;TCR=74;TR=146;WE=1520891;WS=1520873;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,264:0.99:267
chr20	1532595	rs2249317	T	C	16427.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.731;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=632;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=207;NR=171;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.215;SC=GGTAAGGTATTGGGTACGCTG;SOR=0.823;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=381;TCF=208;TCR=173;TR=378;WE=1532603;WS=1532585;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,622:1.00:624
chr20	1532749	.	C	T	2614.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.103;ClippingRankSum=0.000;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=16.148;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=68;PP=1539;ReadPosRankSum=0.509;SC=GTACGGGTCACGGTTGGGCCT;SOR=0.183;SbPval=0.16;Source=Platypus;TC=147;TCF=27;TCR=120;TR=90;WE=1532757;WS=1532739;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,116:0.62:187
chr20	1546742	rs2243602	T	A	11762.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=450;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=173;NR=121;PP=2965;SC=TGGGCCCTCCTGCTGGCCTTG;SOR=0.995;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=295;TCF=174;TCR=121;TR=294;WE=1546750;WS=1546732;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,436:1.00:436
chr20	1546911	rs2243603	C	G	7619.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=287;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=61;NR=137;PP=2965;SC=GCCAGCGCTGCTTCTGGAAAT;SOR=1.423;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=199;TCF=61;TCR=138;TR=198;WE=1546919;WS=1546901;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,281:1.00:281
chr20	1551485	rs2254458	C	T	6138.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-2.851;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=409;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.927;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=104;NR=69;PP=2584;ReadPosRankSum=0.319;SC=CCTTCTGGTGCGCTGAGATCT;SOR=0.546;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=253;TCF=156;TCR=97;TR=173;WE=1551493;WS=1551475;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:127,279:0.69:406
chr20	1552348	rs201016187	GGT	G	6417.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.031;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=484;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.542;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.560;NF=33;NR=52;PP=2964;ReadPosRankSum=1.896;SC=GCTTGGGCTGGGTGTGAGGGT;SOR=0.606;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=233;TCF=97;TCR=136;TR=85;WE=1552357;WS=1552338;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:294,183:0.38:477
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chr20	1553371	.	T	A	204.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-3.486;ClippingRankSum=0.000;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.930;HP=3;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-4.235;NF=9;NR=5;PP=178;ReadPosRankSum=0.547;SC=CGTATTTTTCTTTTCACAAAT;SOR=0.045;SbPval=0.06;Source=Platypus;TC=32;TCF=27;TCR=5;TR=14;WE=1553379;WS=1553366;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,11:0.42:26
chr20	1553416	.	G	C	380.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=1.299;ClippingRankSum=0.000;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-6.329;NF=15;NR=6;PP=364;ReadPosRankSum=1.381;SC=ATTAATTAAGGATAAAGCTTT;SOR=0.656;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=57;TCF=44;TCR=13;TR=21;WE=1553424;WS=1553406;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,19:0.33:57
chr20	1553452	rs150379266	G	C	778.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-1.811;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.537;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-5.354;NF=19;NR=16;PP=412;ReadPosRankSum=-2.066;SC=GTTTGTAAGAGCATTGGAATC;SOR=0.481;SbPval=0.22;Source=Platypus;TC=100;TCF=64;TCR=36;TR=35;WE=1553460;WS=1553442;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,44:0.40:111
chr20	1553570	rs191433751	G	T	565.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.582;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FS=4.934;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.25;MQRankSum=-3.448;QD=4.53;ReadPosRankSum=-3.550;SOR=1.211;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:89,36:0.29:125
chr20	1559101	rs41275422	T	G	4696.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.783;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=9.178;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=75;NR=77;PP=2965;ReadPosRankSum=1.161;SC=TTACTGATGCTGATGGAAAAG;SOR=0.062;SbPval=0.49;Source=Platypus;TCF=79;TR=152;WE=1559109;WS=1559091;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,167:0.98:171
chr20	1586598	rs200716503	G	T	633.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=52.15;QD=26.41;SOR=1.051;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr20	1600524	rs1535882	T	C	2738.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.775;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=404;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=40;PP=1138;ReadPosRankSum=0.972;SC=CCTGTGAGTCTCCCCAGCAGT;SOR=0.674;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=228;TCF=108;TCR=120;TR=76;WE=1600532;WS=1600514;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:253,147:0.37:400
chr20	1610790	rs3746719	G	A	1230.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-0.838;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.748;HP=1;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=19;PP=753;ReadPosRankSum=-0.800;SC=GGTGCTGCATGGCATGTGGGC;SOR=0.455;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=75;TCF=49;TCR=26;TR=48;WE=1610798;WS=1610780;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,56:0.58:97
chr20	1610812	rs3746720	G	A	1344.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.416;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FS=4.832;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.34;ReadPosRankSum=0.107;SOR=0.360;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:46,63:0.58:109
chr20	1610894	rs3746721	G	A	1657.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.256;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.337;HP=1;HapScore=2;MGOF=31;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=35;PP=767;ReadPosRankSum=0.164;SC=TCCAGGGGACGTAGATGGGGC;SOR=1.014;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=90;TCF=35;TCR=55;TR=54;WE=1610902;WS=1610884;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,79:0.62:128
chr20	1610939	rs3746722	G	A	2436.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=18;NR=42;PP=1419;SC=GCGCAGTAAGGGATGATGCCG;SOR=1.528;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=61;TCF=19;TCR=42;TR=60;WE=1610947;WS=1610929;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr20	1615883	rs62186949	A	G	1182.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=2.867;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.673;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=10;PP=774;ReadPosRankSum=1.574;SC=AGAGAAAAAGACAAAATTTAA;SOR=0.806;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=124;TCF=96;TCR=28;TR=47;WE=1615891;WS=1615873;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:101,57:0.36:158
chr20	1615959	rs9305125	T	C	10889.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=402;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=168;NR=97;PP=2965;SC=CTGTGACCTCTAGGGCAAGGC;SOR=1.125;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=265;TCF=168;TCR=97;TR=265;WE=1615967;WS=1615949;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,401:1.00:401
chr20	1616137	rs6034239	G	A	17124.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.648;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=664;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=153;NR=211;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.007;SC=TCCATTCTCCGACCAGGTCAG;SOR=0.903;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=364;TCF=153;TCR=211;TR=364;WE=1616145;WS=1616127;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,648:1.00:650
chr20	1616206	rs6043409	A	G	7405.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=261;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=50;NR=132;PP=2965;SC=CTGGTTCCCCACCCTCATGGG;SOR=1.665;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=182;TCF=50;TCR=132;TR=182;WE=1616214;WS=1616196;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,259:1.00:259
chr20	1616892	rs2277760	A	G	8334.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-1.181;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=662;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-2.284;NF=119;NR=116;PP=2962;ReadPosRankSum=0.508;SC=GCAAGGTGACATGGGCCACCT;SOR=0.710;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=384;TCF=195;TCR=189;TR=235;WE=1616900;WS=1616882;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:257,398:0.61:655
chr20	1629547	rs6110775	T	C	494.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.728;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.890;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=2;PP=364;ReadPosRankSum=0.115;SC=GTCCCTGGGCTTCAACTCACC;SOR=1.445;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=23;TCF=21;TCR=2;TR=18;WE=1629555;WS=1629537;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,20:0.62:32
chr20	1629604	rs6074948	A	C	2525.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.516;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FS=0.808;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.26;ReadPosRankSum=-0.195;SOR=0.838;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,62:0.62:100
chr20	1629604	.	AAA	CAG	1968	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;FR=0.5000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=36;NR=16;PP=1968;QD=38.8743822089;SC=TGAGCACTGAAAATCACACCT;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=75;TCF=52;TCR=23;TR=52;WE=1629614;WS=1629594;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:23,52:0.69:75
chr20	1629606	rs6110777	A	G	2525.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.100;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FS=0.790;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.05;ReadPosRankSum=-0.171;SOR=0.870;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:40,65:0.62:105
chr20	2082767	rs6106228	G	A	588.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=2.043;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.949;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=19;PP=426;ReadPosRankSum=1.682;SC=ACCATCCCCAGGCAGGGGCTC;SOR=1.609;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=30;TCF=5;TCR=25;TR=22;WE=2082775;WS=2082757;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,25:0.56:45
chr20	2097688	rs1891227	T	C	6051.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.438;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=445;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.816;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=87;NR=89;PP=2962;ReadPosRankSum=1.630;SC=TCTACATGGCTCCTGAAGTCT;SOR=0.602;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=282;TCF=145;TCR=137;TR=176;WE=2097696;WS=2097678;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:163,274:0.63:437
chr20	2124603	rs61067536	TC	T	3105.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.254;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=432;ExcessHet=3.0103;FS=12.115;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.00;ReadPosRankSum=2.406;SOR=1.247;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:209,136:0.39:345
chr20	2124616	rs34364101	TC	T	1283.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.597;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=323;ExcessHet=3.0103;FS=5.227;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.17;ReadPosRankSum=0.735;SOR=0.998;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:204,104:0.34:308
chr20	2290333	rs214803	C	A	1707.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.350;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.671;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=20;PP=818;ReadPosRankSum=-1.575;SC=AACTGGCAGACGGCCTTCAAC;SOR=0.422;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=85;TCF=57;TCR=28;TR=55;WE=2290341;WS=2290323;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,78:0.66:119
chr20	2290532	rs214804	T	G	1893.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=1.716;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.566;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=35;PP=916;ReadPosRankSum=-0.305;SC=TAGCCCTTGTTCATTCAAGGA;SOR=0.790;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=125;TCF=49;TCR=76;TR=54;WE=2290540;WS=2290522;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,87:0.50:174
chr20	2290547	rs214805	C	T	1481.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=1.944;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=31;PP=699;ReadPosRankSum=0.134;SC=CAAGGACTGACGGGGACCACA;SOR=0.673;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=113;TCF=41;TCR=72;TR=48;WE=2290555;WS=2290537;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,71:0.48:148
chr20	2315929	rs2076406	C	T	862.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-3.304;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.976;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=25;PP=512;ReadPosRankSum=-0.753;SC=GGTAATGGGGCTCCCCATCCT;SOR=0.491;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=65;TCF=16;TCR=49;TR=34;WE=2315937;WS=2315919;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,41:0.53:78
chr20	2321105	rs214830	G	C	5256.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.869;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=455;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.117;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=96;NR=59;PP=2321;ReadPosRankSum=0.896;SC=GCCCAAGGAGGGGTCCCGGGT;SOR=0.785;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=286;TCF=170;TCR=116;TR=155;WE=2321113;WS=2321095;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:199,243:0.55:442
chr20	2321363	rs214831	A	G	1907.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-0.112;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.172;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=49;PP=1339;ReadPosRankSum=-0.639;SC=ATGGACCTCCAGGCTCCAGCA;SOR=0.929;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=128;TCF=39;TCR=89;TR=69;WE=2321371;WS=2321353;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,80:0.53:152
chr20	2321665	rs214832	T	C	2525.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.929;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.547;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=42;PP=1154;ReadPosRankSum=0.340;SC=GGATGGTTAGTCACCTGCCCC;SOR=0.644;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=109;TCF=36;TCR=73;TR=64;WE=2321673;WS=2321655;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,114:0.60:190
chr20	2398017	rs2295077	G	A	3910.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-1.002;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=274;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.462;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=50;PP=1717;ReadPosRankSum=-0.178;SC=CTGCCACCAAGCCCAGCATCG;SOR=0.696;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=156;TCF=79;TCR=77;TR=103;WE=2398025;WS=2398007;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:95,176:0.65:271
chr20	2413126	rs6036467	C	T	3707.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=74;NR=30;PP=2253;SC=CTCCCCTCCCCTTCCTCCAGC;SOR=1.609;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=105;TCF=74;TCR=31;TR=104;WE=2413134;WS=2413116;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chr20	2442273	rs6049216	C	A	1014.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=23;NR=6;PP=596;SC=AAATAAAGATCCATAGGTGCA;SOR=2.179;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=23;TCR=6;TR=29;WE=2442281;WS=2442263;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr20	2451503	rs4815262	G	A	8751.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=326;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=77;NR=161;PP=2965;SC=TGGAGTTCCGGCCCCGGAGCG;SOR=1.404;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=239;TCF=77;TCR=162;TR=238;WE=2451511;WS=2451493;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,320:1.00:320
chr20	2474081	rs4815270	T	C	6190.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=121;NR=52;PP=2965;SC=CGCCTTTTCCTTTCCCAAGAA;SOR=1.476;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=177;TCF=122;TCR=55;TR=173;WE=2474089;WS=2474071;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,225:1.00:225
chr20	2474136	rs371945940	GA	G	138.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.112;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=459;ExcessHet=3.0103;FS=1.643;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.07;MQRankSum=3.024;QD=0.31;ReadPosRankSum=1.154;SOR=0.586;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:364,77:0.17:441
chr20	2517377	rs6036860	A	G	6666.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=253;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=72;NR=104;PP=2965;SC=GGAAGCACATATGGTGTTCAG;SOR=0.990;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=176;TCF=72;TCR=104;TR=176;WE=2517385;WS=2517367;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,251:1.00:251
chr20	2517432	rs6036861	T	C	3522.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=35;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=30;NR=76;PP=1826;SC=CTGTCCCCTGTGCGCTGAGCG;SOR=1.662;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=106;TCF=30;TCR=76;TR=106;WE=2517440;WS=2517422;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,136:1.00:136
chr20	2517448	rs6036862	G	A	2970.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=36;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=20;NR=61;PP=1859;SC=GAGCGACCTCGGCTGGTTATT;SOR=1.902;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=85;TCF=23;TCR=62;TR=81;WE=2517456;WS=2517438;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr20	2517825	rs6114817	T	C	2873.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=45;NR=20;PP=1391;SC=CAGCCACAAATCAGCTGAGGG;SOR=1.279;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=67;TCF=46;TCR=21;TR=65;WE=2517833;WS=2517815;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr20	2518151	rs6049838	T	C	4293.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-2.689;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.818;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=81;PP=1960;ReadPosRankSum=-0.778;SC=TCAGAGAAGGTGCTGCTCAGC;SOR=0.235;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=127;TCF=44;TCR=83;TR=125;WE=2518159;WS=2518141;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,171:0.99:173
chr20	2539387	rs6050063	G	A	10767.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=441;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=101;NR=128;PP=2965;SC=ATTCCGAGGAGGGAGGAGAAG;SOR=0.869;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=231;TCF=103;TCR=128;TR=229;WE=2539395;WS=2539377;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,429:1.00:429
chr20	2542426	rs55969532	C	T	265.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=1.692;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.255;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=1;PP=143;ReadPosRankSum=-1.587;SC=TTCCATGGGCCCCTCCTCATT;SOR=0.223;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=32;TCF=29;TCR=3;TR=11;WE=2542434;WS=2542416;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,13:0.34:38
chr20	2542747	rs4815323	G	T	837.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-2.469;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.299;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=22;PP=508;ReadPosRankSum=-2.039;SC=TCCCCAAAGGGGCTTGATGTG;SOR=1.038;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=40;TCF=9;TCR=31;TR=28;WE=2542755;WS=2542737;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,35:0.69:51
chr20	2552802	rs34903769	C	CTT	738.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.428;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=266;ExcessHet=3.0103;FS=2.269;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.04;MQRankSum=0.000;QD=2.90;ReadPosRankSum=2.426;SOR=0.921;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:188,67:0.26:255
chr20	2552805	rs1883981	T	A	2028.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.727;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=267;ExcessHet=3.0103;FS=3.443;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.04;MQRankSum=-1.094;QD=7.83;ReadPosRankSum=0.006;SOR=0.510;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:117,142:0.55:259
chr20	2552884	rs11908093	A	G	716.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.372;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FS=19.648;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.62;ReadPosRankSum=0.593;SOR=1.252;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:143,55:0.28:198
chr20	2552926	rs1883980	T	C	1898.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.380;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.987;HP=9;HapScore=2;MGOF=43;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=46;PP=863;ReadPosRankSum=1.490;SC=GTGTGTGGGGTGGGGGCAGTG;SOR=1.152;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=126;TCF=42;TCR=84;TR=70;WE=2552934;WS=2552916;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,90:0.70:129
chr20	2552942	rs11906009	G	C	803.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.685;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FS=4.359;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.20;ReadPosRankSum=-1.511;SOR=0.340;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:70,28:0.29:98
chr20	2552952	rs11906103	C	G	657.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.433;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FS=3.565;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.74;ReadPosRankSum=-0.056;SOR=0.328;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:64,21:0.25:85
chr20	2552974	rs11906105	C	G	379.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.581;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.04;ReadPosRankSum=0.388;SOR=0.591;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,11:0.26:42
chr20	2552984	rs11906107	C	A	304.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.620;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=2.285;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.96;ReadPosRankSum=0.732;SOR=0.195;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,9:0.26:34
chr20	2559778	rs6083735	G	C	7670.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=282;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=94;NR=82;PP=2965;SC=AGAGTTTTACGTCTTTTATTT;SOR=0.782;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=176;TCF=94;TCR=82;TR=176;WE=2559786;WS=2559768;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,280:1.00:280
chr20	2560027	rs71879142	A	ATTTT	446.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=1.853;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.519;HP=9;HapScore=3;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=3.470;NF=0;NR=15;PP=463;ReadPosRankSum=2.612;SC=GCCAAGATTTATTTTTTATTT;SOR=1.501;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=44;TCF=0;TCR=44;TR=15;WE=2560035;WS=2560017;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,17:0.40:43
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chr20	2591232	rs6050576	C	T	2050.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.237;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.510;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=41;PP=875;ReadPosRankSum=-0.818;SC=TGATGGATGACGTCCACCTCA;SOR=0.765;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=129;TCF=56;TCR=73;TR=71;WE=2591240;WS=2591222;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:102,106:0.51:208
chr20	2593006	rs1015159	A	G	410.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=2.518;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=13;PP=280;ReadPosRankSum=0.793;SC=TACACTCTCTAAAAAGGTGAC;SOR=0.775;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=78;TCF=29;TCR=49;TR=21;WE=2593014;WS=2592996;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,26:0.24:109
chr20	2593863	rs6515646	T	C	2865.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.253;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=283;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.294;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=34;PP=1355;ReadPosRankSum=-2.289;SC=TGACGGTGTCTGACATGCTGG;SOR=0.889;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=197;TCF=121;TCR=76;TR=96;WE=2593871;WS=2593853;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:141,139:0.50:280
chr20	2594190	rs10485601	C	T	786.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-3.849;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.892;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=29;PP=658;ReadPosRankSum=0.072;SC=ATGTGACCTTCTATTCTAGGA;SOR=2.303;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=49;TCF=2;TCR=47;TR=30;WE=2594198;WS=2594180;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,29:0.59:49
chr20	2596969	rs4621228	T	A	6464.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-2.032;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=241;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.410;HP=5;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=72;NR=92;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.488;SC=CTCTCTGAACTCCCCTCTTTC;SOR=0.527;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=165;TCF=73;TCR=92;TR=164;WE=2596977;WS=2596959;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,238:1.00:239
chr20	2596998	rs4481063	G	A	3369.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.011;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=254;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.550;HP=2;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=55;PP=1589;ReadPosRankSum=1.110;SC=AATCAAGAGCGGGACTAGATG;SOR=0.802;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=157;TCF=72;TCR=85;TR=99;WE=2597006;WS=2596988;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:97,157:0.62:254
chr20	2597073	rs4544508	T	G	3905.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.306;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.07;MQRankSum=0.163;QD=25.70;ReadPosRankSum=-0.515;SOR=0.330;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,151:0.99:152
chr20	2597978	rs4815428	G	A	15442.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.895;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=557;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=169;NR=228;PP=2965;ReadPosRankSum=0.350;SC=TCAGTTGCCCGGGAGCACCTC;SOR=0.916;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=400;TCF=171;TCR=229;TR=397;WE=2597986;WS=2597968;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,554:1.00:556
chr20	2598019	rs6083866	C	T	12847.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=466;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=146;NR=192;PP=2965;SC=CAGAGGGCCTCGGCCCAGAAT;SOR=0.916;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=341;TCF=147;TCR=194;TR=338;WE=2598027;WS=2598009;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,463:1.00:463
chr20	2616556	rs910271	T	C	4976.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=82;NR=42;PP=2275;SC=ATAGGAGGCATGCTTTTCTCT;SOR=1.216;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=124;TCF=82;TCR=42;TR=124;WE=2616564;WS=2616546;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,186:1.00:186
chr20	2616679	rs2422808	C	G	8220.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=316;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=93;NR=111;PP=2965;SC=TCATCCTGGACGGTAAAAAGA;SOR=0.844;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=204;TCF=93;TCR=111;TR=204;WE=2616687;WS=2616669;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,310:1.00:310
chr20	2617993	rs6083914	C	T	1252.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=44;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=37;NR=11;PP=1110;SC=GAGTTCACGCCGCTGCACTCC;SOR=1.954;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=51;TCF=37;TCR=14;TR=48;WE=2618001;WS=2617983;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr20	2618033	.	C	CAAAAAA	2410.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.97;QD=38.88;SOR=1.445;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr20	2618094	rs6037181	G	A	8125.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=297;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=152;NR=82;PP=2965;SC=CCTGGGCCAGGACCAACAGTT;SOR=1.121;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=234;TCF=152;TCR=82;TR=234;WE=2618102;WS=2618084;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,293:1.00:293
chr20	2618140	rs6083915	T	C	11976.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=463;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=182;NR=147;PP=2965;SC=TTGAGAAGAGTCACAAATCTG;SOR=0.775;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=330;TCF=182;TCR=148;TR=329;WE=2618148;WS=2618130;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,458:1.00:458
chr20	2618308	rs6050771	C	T	3246.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=28;NR=72;PP=2089;SC=TATGAAACAGCGTGAAATCAG;SOR=1.802;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=100;TCF=28;TCR=72;TR=100;WE=2618316;WS=2618298;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr20	2621998	rs6050798	T	C	1393.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-3.079;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=41;PP=673;ReadPosRankSum=0.545;SC=TCCCCACTGATGGCTAGGACT;SOR=0.651;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=131;TCF=38;TCR=93;TR=57;WE=2622006;WS=2621988;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:105,76:0.42:181
chr20	2633234	rs6115305	T	G	556.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.83;QD=42.83;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr20	2633244	rs4815467	A	C	605.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.72;QD=40.38;SOR=0.818;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr20	2633296	rs6138678	G	C	457.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.64;BaseQRankSum=0.470;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=69;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=3.577;NF=6;NR=3;PP=134;ReadPosRankSum=-0.444;SC=CCGAACCCGGGAGCTGGCGCC;SOR=0.830;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=18;TCF=11;TCR=7;TR=9;WE=2633304;WS=2633286;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,21:0.62:34
chr20	2633325	rs150527448	GGGGCGC	G	649.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.69;BaseQRankSum=-0.690;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=107;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-3.589;NF=11;NR=5;PP=202;ReadPosRankSum=-1.306;SC=GAGTGGTTGCGGGGCGCGGGC;SOR=0.653;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=18;TCF=11;TCR=7;TR=16;WE=2633338;WS=2633315;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,18:0.44:41
chr20	2633378	rs149713688	A	AGAGCCTGGGCCT,AGAGCCTGGGCCTGGGCCTGGGCCT	3206.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.63;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=28;NF=15,15;NR=6,6;PP=1058,1483;SC=GGCCGCAGACAGGGCCTGGGC;SOR=1.819;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=22;TCF=16;TCR=6;TR=21,21;WE=2633386;WS=2633368;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.50,0.50:44
chr20	2633404	rs6115307	C	G	2281.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=60;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=34;NR=24;PP=1162;SC=CCTGGGCCTGCGCCTGCGCCT;SOR=1.392;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=58;TCF=34;TCR=24;TR=58;WE=2633412;WS=2633394;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr20	2633936	rs2073194	T	C	7952.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=310;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=128;NR=77;PP=2965;SC=TGGAGGAGTCTGTGCTCAACC;SOR=1.111;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=205;TCF=128;TCR=77;TR=205;WE=2633944;WS=2633926;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,299:1.00:299
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chr20	2644407	rs2073193	C	G	8632.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=302;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=92;NR=146;PP=2965;SC=TCCTCGGCCTCAATTGGGGGA;SOR=1.190;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=239;TCF=92;TCR=147;TR=238;WE=2644415;WS=2644397;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,297:1.00:297
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chr20	2775425	rs11480464	G	GA	136.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.631;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FS=2.650;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.32;ReadPosRankSum=-0.164;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:44,15:0.25:59
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chr20	2778075	rs127076	T	C	4195.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=43;NR=81;PP=2675;SC=CCTCCAAGCTTACTGTCTCCC;SOR=1.314;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=124;TCF=43;TCR=81;TR=124;WE=2778083;WS=2778065;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,149:1.00:149
chr20	2779257	rs215541	G	C	4411.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=39;NR=85;PP=2859;SC=TGAGCCTAAGGTTGCTCCTGC;SOR=1.547;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=124;TCF=39;TCR=85;TR=124;WE=2779265;WS=2779247;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,150:1.00:150
chr20	2796133	rs2073127	G	A	7509.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.554;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=540;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.137;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=108;NR=107;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.184;SC=GTAGGCGGGCGGGCCAGTGGA;SOR=0.602;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=359;TCF=187;TCR=172;TR=215;WE=2796141;WS=2796123;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:193,341:0.64:534
chr20	2796485	rs3830832	C	CCTTTT	10349.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.708;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=528;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.541;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.843;NF=8;NR=92;PP=2966;ReadPosRankSum=1.113;SC=CATCAGGCCCCCTTTTCTCCT;SOR=0.766;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=211;TCF=15;TCR=196;TR=100;WE=2796493;WS=2796475;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:184,262:0.59:446
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chr20	2797137	rs11469869	GCC	G,GC	2831.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.349;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.16;MQRankSum=0.359;QD=25.51;ReadPosRankSum=0.372;SOR=0.681;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:5,67,39:0.60,0.35:111
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chr20	2816821	rs2274669	C	T	886.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.382;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=1.231;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.54;ReadPosRankSum=1.162;SOR=0.510;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,39:0.64:61
chr20	2821400	rs2297046	C	T	1581.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.66;BaseQRankSum=2.009;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.337;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=23;PP=947;ReadPosRankSum=0.826;SC=CGGTGCTTCCCAGCTGCCGTC;SOR=0.497;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=83;TCF=49;TCR=34;TR=56;WE=2821408;WS=2821390;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,77:0.60:128
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chr20	2845130	rs730819	G	A	5466.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.621;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=456;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.106;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=90;NR=72;PP=2506;ReadPosRankSum=1.070;SC=GGGCAGGGTTGTGGTGTAGCC;SOR=0.799;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=296;TCF=160;TCR=136;TR=162;WE=2845138;WS=2845120;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:189,260:0.58:449
chr20	2846289	rs677344	G	A	311.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=2.684;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=10;PP=244;ReadPosRankSum=-0.600;SC=ACACATTTGTGGGCAGGCATC;SOR=0.446;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=16;TCF=1;TCR=15;TR=11;WE=2846297;WS=2846279;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,12:0.63:19
chr20	2904143	rs633284	A	T	103.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.698;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.24;ReadPosRankSum=1.154;SOR=0.678;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,11:0.34:32
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chr20	3002889	rs544090	A	C	4623.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=4.701;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=378;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=23.935;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=135;PP=2962;ReadPosRankSum=1.277;SC=TGACCCTTGTACCCCCACCCC;SOR=1.674;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=320;TCF=94;TCR=226;TR=184;WE=3002897;WS=3002879;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:164,203:0.55:367
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chr20	3147762	rs6051612	A	G	5364.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=58;NR=91;PP=2743;SC=CCAGGAGAGGATCCCGCCCTG;SOR=1.101;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=149;TCF=58;TCR=91;TR=149;WE=3147770;WS=3147752;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,201:1.00:201
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chr20	3172490	rs73075075	A	G	292.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.356;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=11;PP=221;ReadPosRankSum=1.982;SC=GGAGGAAAAGAAAGAGAGGCT;SOR=0.606;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=40;TCF=8;TCR=32;TR=13;WE=3172498;WS=3172480;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,14:0.33:42
chr20	3184134	rs2295553	C	T	746.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=2.600;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=15;PP=402;ReadPosRankSum=0.855;SC=AGCGGCAGCCCGGAAGCCTCA;SOR=0.644;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=71;TCF=29;TCR=42;TR=27;WE=3184142;WS=3184124;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,38:0.38:99
chr20	3185174	rs41281856	A	T	2773.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.062;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=444;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.544;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=52;PP=1362;ReadPosRankSum=-2.799;SC=GTGCAGCGGCATCTCCTACCT;SOR=0.644;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=268;TCF=139;TCR=129;TR=107;WE=3185182;WS=3185164;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:283,157:0.36:440
chr20	3199373	rs2422861	G	A	1578.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=38;PP=1178;SC=GGTGGTGGGAGGGGCGCCTTG;SOR=2.628;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=46;TCF=8;TCR=38;TR=46;WE=3199381;WS=3199363;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr20	3202636	rs6107258	G	A	784.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.403;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.792;HP=7;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=29;PP=535;ReadPosRankSum=-0.997;SC=CCAGTGCCCCGCCCAAGTGCA;SOR=1.018;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=111;TCF=27;TCR=84;TR=37;WE=3202644;WS=3202626;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:92,41:0.31:133
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chr20	3209083	rs41281858	G	A	2267.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.638;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=332;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.360;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=42;PP=1200;ReadPosRankSum=-0.907;SC=GTCTGTGGGCGGCAGGGACCG;SOR=0.602;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=219;TCF=106;TCR=113;TR=86;WE=3209091;WS=3209073;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:208,120:0.37:328
chr20	3209371	rs2281575	G	A	4499.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.053;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=563;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=72;NR=75;PP=2242;ReadPosRankSum=0.123;SC=GGCCCGAGCCGCGAGTGTCAC;SOR=0.666;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=331;TCF=164;TCR=167;TR=147;WE=3209379;WS=3209361;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:326,229:0.41:555
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chr20	3210692	rs6139039	A	G	390.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=2.428;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.043;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=5;PP=266;ReadPosRankSum=2.168;SC=TGCCAGCCCAAGGCTCCCAGA;SOR=0.093;SbPval=0.13;Source=Platypus;TC=31;TCF=25;TCR=6;TR=14;WE=3210700;WS=3210683;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,14:0.45:31
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chr20	3211235	rs6084312	C	T	1820.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.529;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=258;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.471;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=23;PP=741;ReadPosRankSum=0.130;SC=TCCACAGGCCCGTCCATGCGT;SOR=0.648;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=147;TCF=88;TCR=59;TR=56;WE=3211243;WS=3211225;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:159,98:0.38:257
chr20	3211304	rs41281862	G	A	2492.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.161;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=313;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.394;HP=4;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=35;PP=1201;ReadPosRankSum=1.045;SC=CTGCAGGCAGGGGGCAGGGCG;SOR=0.595;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=210;TCF=120;TCR=90;TR=78;WE=3211312;WS=3211294;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:182,124:0.41:306
chr20	3211719	rs3803953	T	G	10386.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=3.156;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=758;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=157;NR=140;PP=2962;ReadPosRankSum=1.458;SC=GAATGGGGGATGGGAGAGAGG;SOR=0.706;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=474;TCF=244;TCR=230;TR=297;WE=3211727;WS=3211709;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:280,458:0.62:738
chr20	3214819	rs3827075	T	G	9064.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.134;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=753;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=112;NR=133;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.469;SC=TCAGGGTCCCTGGCGAAGCGG;SOR=0.715;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=437;TCF=203;TCR=234;TR=245;WE=3214827;WS=3214809;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:314,429:0.58:743
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chr20	3215548	rs3803957	C	A	7130.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.422;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=594;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.462;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=93;NR=107;PP=2962;ReadPosRankSum=1.785;SC=AGCCTAGAGACCCCCAAGAGC;SOR=0.695;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=360;TCF=178;TCR=182;TR=200;WE=3215556;WS=3215538;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:247,339:0.58:586
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chr20	3219894	rs6107260	A	G	1897.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.64;BaseQRankSum=1.116;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.649;HP=6;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=35;PP=838;ReadPosRankSum=-1.433;SC=ACACACCCCCACGCCGCGCCT;SOR=0.767;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=90;TCF=31;TCR=59;TR=53;WE=3219902;WS=3219884;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,86:0.61:141
chr20	3236015	rs1569942	A	G	2247.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.583;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.379;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=53;PP=1402;ReadPosRankSum=-1.313;SC=TCTATTACACAACTAAGATCT;SOR=0.977;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=139;TCF=52;TCR=87;TR=82;WE=3236023;WS=3236005;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:89,101:0.53:190
chr20	3245276	rs6051694	T	C	732.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-2.823;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.293;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=17;PP=364;ReadPosRankSum=-0.108;SC=AGTGCAGTGGTGCAATCTTGG;SOR=0.481;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=36;TCF=12;TCR=24;TR=26;WE=3245284;WS=3245266;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,34:0.72:47
chr20	3275377	rs2281506	G	C	1272.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.319;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.718;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=24;PP=596;ReadPosRankSum=1.724;SC=CAATGACAGAGTCAACTCTTC;SOR=0.602;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=76;TCF=27;TCR=49;TR=38;WE=3275385;WS=3275367;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,60:0.54:111
chr20	3278682	rs41281886	G	A	2583.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.234;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.567;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=30;PP=1379;ReadPosRankSum=1.580;SC=TTACCTCTGAGTAAAATGCTT;SOR=0.762;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=129;TCF=84;TCR=45;TR=86;WE=3278690;WS=3278672;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,116:0.62:187
chr20	3285126	rs2254916	A	T	6379.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-2.048;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=448;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.556;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=91;NR=108;PP=2962;ReadPosRankSum=0.635;SC=GATCCTTGGAAATGATGATAC;SOR=0.799;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=292;TCF=136;TCR=156;TR=199;WE=3285148;WS=3285116;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:145,295:0.67:440
chr20	3285140	rs2422864	T	C	6004.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.430;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=404;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.313;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=80;NR=105;PP=2962;ReadPosRankSum=0.137;SC=ATGATACTTCTATGACGACAG;SOR=0.840;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=267;TCF=119;TCR=148;TR=185;WE=3285148;WS=3285116;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:124,271:0.69:395
chr20	3298881	rs59462924	CAA	C	618.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.173;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.90;ReadPosRankSum=0.495;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,33:0.63:52
chr20	3311438	.	C	CT	361.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.433;ClippingRankSum=0.000;DP=133;ExcessHet=3.0103;FS=4.523;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.05;MQRankSum=0.000;QD=4.31;ReadPosRankSum=-0.890;SOR=0.257;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:46,38:0.45:84
chr20	3355567	rs2208030	T	C	841.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-0.446;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=7;PP=474;ReadPosRankSum=-0.779;SC=TTGGTAAAAATAGACGAAGGG;SOR=0.700;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=85;TCF=64;TCR=21;TR=31;WE=3355575;WS=3355557;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,42:0.40:104
chr20	3515924	rs151518	G	A	614.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.469;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FS=3.750;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.59;ReadPosRankSum=0.613;SOR=0.410;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:72,38:0.35:110
chr20	3515951	rs151519	C	T	753.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.134;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.431;HP=5;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=14;PP=289;ReadPosRankSum=0.209;SC=ATTATAAATACAAAACGAAGT;SOR=0.540;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=89;TCF=47;TCR=42;TR=28;WE=3515959;WS=3515941;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:94,46:0.33:140
chr20	3516100	rs60560655	GA	G	465.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.056;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.154;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.435;NF=0;NR=6;PP=149;ReadPosRankSum=-0.688;SC=AACATTACTTGATAACCTTTC;SOR=0.507;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=28;TCF=1;TCR=27;TR=6;WE=3516108;WS=3516090;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,17:0.34:50
chr20	3541633	rs235577	A	G	1449.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.744;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.688;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=35;PP=839;ReadPosRankSum=3.336;SC=TGTTTAGAAAAGTTCAACCTA;SOR=0.424;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=90;TCF=25;TCR=65;TR=52;WE=3541641;WS=3541623;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,65:0.57:115
chr20	3557342	.	G	GTCTGTCTGTCTATCTA	1089.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=3.471;ClippingRankSum=0.000;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.335;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=2.944;NF=19;NR=0;PP=2680;ReadPosRankSum=4.092;SC=CTGTCTGTCTGTCTATCTATC;SOR=3.014;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=42;TCF=40;TCR=2;TR=19;WE=3557350;WS=3557337;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,29:0.55:53
chr20	3564453	.	C	CA	197.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.549;ClippingRankSum=0.000;DP=111;ExcessHet=3.0103;FS=0.999;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.10;MQRankSum=0.000;QD=1.87;ReadPosRankSum=-0.186;SOR=0.473;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:79,27:0.25:106
chr20	3564672	rs235540	C	T	3825.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.217;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=300;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.656;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=62;PP=1592;ReadPosRankSum=1.463;SC=CCAATGCCTACGTGGCCTCCT;SOR=0.485;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=199;TCF=87;TCR=112;TR=116;WE=3564680;WS=3564662;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:117,182:0.61:299
chr20	3564772	rs170976	T	A	1262.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=3.342;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.446;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=35;PP=872;ReadPosRankSum=0.118;SC=GCATGCCCTCTGTATAGGCAA;SOR=1.136;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=70;TCF=16;TCR=54;TR=44;WE=3564780;WS=3564762;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,49:0.65:75
chr20	3565546	rs235538	C	G	5348.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.969;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=427;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=111;PP=2945;ReadPosRankSum=0.769;SC=CCTTGCATATCCAAATTCAAG;SOR=0.742;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=296;TCF=105;TCR=191;TR=172;WE=3565554;WS=3565536;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:180,241:0.57:421
chr20	3575248	rs235532	G	C	3091.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-3.512;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=239;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.152;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=86;PP=1636;ReadPosRankSum=0.554;SC=GGACCACCAGGGAGGACCAAG;SOR=0.811;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=182;TCF=47;TCR=135;TR=113;WE=3575256;WS=3575238;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,144:0.63:230
chr20	3624704	rs2246799	G	A	2264.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-2.786;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=18;PP=1182;ReadPosRankSum=-2.021;SC=TTATATACCTGAAATTGATGG;SOR=0.662;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=144;TCF=109;TCR=35;TR=75;WE=3624712;WS=3624694;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:93,107:0.54:200
chr20	3624830	rs2246808	G	A	8481.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.260;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=703;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.111;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=120;NR=111;PP=2962;ReadPosRankSum=0.078;SC=CACTGGAGCCGTGTTTTGGCA;SOR=0.704;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=391;TCF=197;TCR=194;TR=231;WE=3624838;WS=3624820;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:289,409:0.59:698
chr20	3640467	rs635674	C	T	3466.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=69;NR=31;PP=2090;SC=GGTAAGCCAGCCCCTTCTCAA;SOR=1.609;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=100;TCF=69;TCR=31;TR=100;WE=3640475;WS=3640457;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
chr20	3640823	rs2853208	C	T	2084.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=30;NR=18;PP=1161;SC=GGCTGTGCTCCGGGTCTCCCT;SOR=1.032;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=48;TCF=30;TCR=18;TR=48;WE=3640831;WS=3640813;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
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chr20	3649803	rs678881	G	C	332.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.082;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=1.186;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.79;ReadPosRankSum=-0.703;SOR=1.041;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,17:0.35:49
chr20	3650066	rs630712	C	A	3128.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=24;NR=37;PP=1429;SC=TCAGCAGGAGCCCCTGGGGCT;SOR=0.946;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=61;TCF=24;TCR=37;TR=61;WE=3650074;WS=3650056;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr20	3657803	rs568251	AT	GA	13237.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=306;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;JOINED;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=60;NR=149;PP=2947;SC=GGGCAAGAAAATGTGTGGAGC;SOR=1.578;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=216;TCF=60;TCR=156;TR=209;WE=3657812;WS=3657793;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,297:1.00:297
chr20	3674821	rs59383643	G	GAC	915.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.382;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.45;ReadPosRankSum=-0.208;SOR=0.696;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:90,52:0.37:142
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chr20	3677736	rs673114	T	G	2323.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=3.774;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.745;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=20;PP=1602;ReadPosRankSum=0.601;SC=ACCCACAGAGTACACTCAGGA;SOR=0.817;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=115;TCF=86;TCR=29;TR=77;WE=3677744;WS=3677726;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,90:0.68:132
chr20	3682011	rs1018493	G	A	2041.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-3.331;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=277;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.131;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=25;PP=997;ReadPosRankSum=0.138;SC=AGTCCAGGGTGGAGGTTGCAT;SOR=0.547;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=173;TCF=116;TCR=57;TR=71;WE=3682019;WS=3682001;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:157,113:0.42:270
chr20	3682126	rs34924243	C	T	2818.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.748;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=468;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.163;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=50;PP=1282;ReadPosRankSum=-0.907;SC=ACCACTGAAGCGTGGGCTGTG;SOR=0.682;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=273;TCF=137;TCR=136;TR=96;WE=3682134;WS=3682116;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:300,157:0.34:457
chr20	3682275	rs1018492	A	G	1220.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-3.168;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.826;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=29;PP=620;ReadPosRankSum=-0.925;SC=TCAGGACTGGAGTGAGAGGCG;SOR=0.318;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=114;TCF=28;TCR=86;TR=41;WE=3682283;WS=3682265;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:94,61:0.39:155
chr20	3684022	rs611847	A	G	3604.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.548;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=508;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=82;PP=1855;ReadPosRankSum=-0.062;SC=TGGGTGCCTCATTGGGTGTGT;SOR=0.658;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=358;TCF=133;TCR=225;TR=132;WE=3684030;WS=3684012;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:314,188:0.37:502
chr20	3684729	rs625372	T	C	2070.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=2.419;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.156;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=60;PP=1470;ReadPosRankSum=0.024;SC=CTTCACACCCTTGGGGGCATC;SOR=0.784;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=181;TCF=47;TCR=134;TR=80;WE=3684737;WS=3684719;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:127,93:0.42:220
chr20	3686436	rs6037651	C	T	3467.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.433;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=525;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=70;NR=67;PP=1606;ReadPosRankSum=0.610;SC=TGATTGGCCACGGAGAGCTGG;SOR=0.668;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=356;TCF=189;TCR=167;TR=137;WE=3686444;WS=3686426;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:317,196:0.38:513
chr20	3723091	rs611073	A	G	6174.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.960;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=271;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=95;PP=2965;ReadPosRankSum=0.491;SC=GAGGTGGGGAAGGTGGGGAGT;SOR=1.083;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=146;TCF=51;TCR=95;TR=146;WE=3723099;WS=3723081;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,227:0.99:229
chr20	3730524	rs62206555	G	A	12460.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=468;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=149;NR=126;PP=2965;SC=GCGGCGCCCCGGTACCCAGCG;SOR=0.798;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=277;TCF=150;TCR=127;TR=275;WE=3730532;WS=3730514;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,461:1.00:461
chr20	3740620	rs11470482	GCA	G	10335.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.889;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=456;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.275;NF=36;NR=115;PP=2992;ReadPosRankSum=-0.665;SC=ACTCACACATGCACACACACA;SOR=0.560;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=169;TCF=39;TCR=130;TR=151;WE=3740631;WS=3740610;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:7,413:0.98:420
chr20	3759200	rs2281477	G	A	2234.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=3.559;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=274;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.254;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=60;PP=1509;ReadPosRankSum=-0.314;SC=AGCTGGGGTGGGAAGCAGCTT;SOR=0.854;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=222;TCF=69;TCR=153;TR=84;WE=3759208;WS=3759190;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:166,100:0.38:266
chr20	3759528	rs2281478	C	T	5115.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-2.210;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=739;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.533;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=91;NR=101;PP=2507;ReadPosRankSum=0.880;SC=CTTCCACTCTCACAAGTGACA;SOR=0.744;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=471;TCF=230;TCR=241;TR=192;WE=3759536;WS=3759518;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:442,276:0.38:718
chr20	3760548	rs6116037	G	A	1178.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=9;NR=30;PP=913;SC=GTGGAGATGCGGAAAGGGGAA;SOR=1.981;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=39;TCF=9;TCR=30;TR=39;WE=3760556;WS=3760538;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr20	3767121	.	TGGGGCCCATCCCGGCGCGCCCCCCGCCCCGGGGCCCGGCGCCGCCGCCGCCGCCCCGGGGCGG	T	425.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.387;ClippingRankSum=0.000;DP=238;ExcessHet=3.0103;FS=25.293;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.28;ReadPosRankSum=-2.429;SOR=3.511;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:165,22:0.12:187
chr20	3778433	rs3746644	T	C	1178.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=1.474;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.647;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=34;PP=718;ReadPosRankSum=0.523;SC=TCTGCCTGTGTCAGGAGAGTT;SOR=0.782;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=132;TCF=40;TCR=92;TR=48;WE=3778441;WS=3778423;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:96,59:0.38:155
chr20	3780857	rs140901750	T	TGGACTGGAGACCTGGTGCTAG	1482.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.237;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FS=18.740;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.46;MQRankSum=4.610;QD=12.67;ReadPosRankSum=-0.635;SOR=3.154;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:94,23:0.20:117
chr20	3783649	rs592687	G	C	13117.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=495;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=205;NR=128;PP=2965;SC=TTTCTAGGCAGATTTGGGACT;SOR=1.082;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=334;TCF=206;TCR=128;TR=333;WE=3783657;WS=3783639;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,487:1.00:487
chr20	3784110	rs1056720	C	T	5915.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-1.067;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=807;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.531;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=91;NR=89;PP=2371;ReadPosRankSum=1.626;SC=AGAGCCCCATCGCGCCCTGTA;SOR=0.655;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=440;TCF=224;TCR=216;TR=180;WE=3784118;WS=3784100;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:483,319:0.40:802
chr20	3785397	rs11570017	G	C	2493.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-6.535;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=485;ExcessHet=3.0103;FS=5.115;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.31;ReadPosRankSum=2.023;SOR=1.284;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:278,192:0.41:470
chr20	3845228	rs149444335	A	G	8101.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-2.152;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1147;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.535;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=135;NR=115;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.944;SC=CCAACCCAGCATCTGTCAGCA;SOR=0.633;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=719;TCF=394;TCR=325;TR=250;WE=3845236;WS=3845218;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:693,440:0.39:1133
chr20	3846843	rs3746660	C	T	9505.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-2.174;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=373;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=87;NR=121;PP=2965;ReadPosRankSum=0.778;SC=TCCTGCAGTACACCTGGCCCC;SOR=0.324;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=210;TCF=88;TCR=122;TR=208;WE=3846851;WS=3846833;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,365:1.00:366
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chr20	4163302	rs1051904	A	G	17996.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.024;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=705;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=216;NR=222;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.512;SC=AGGACGAAGCAGAGAGCCACA;SOR=0.457;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=447;TCF=218;TCR=229;TR=438;WE=4163310;WS=4163292;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:5,687:0.99:692
chr20	4164283	rs1741327	A	G	7448.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=276;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=69;NR=143;PP=2965;SC=TGCCGTACACAGAGAGCTCAA;SOR=1.424;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=213;TCF=69;TCR=144;TR=212;WE=4164291;WS=4164273;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,270:1.00:270
chr20	4167234	rs6139351	C	T	596.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=15;NR=0;PP=384;SC=CAGCATCTTCCGAGAACCAGT;SOR=5.892;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=15;TCR=1;TR=15;WE=4167242;WS=4167231;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr20	4202802	rs835873	A	G	4224.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=2.994;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=349;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.619;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=85;PP=2017;ReadPosRankSum=-0.457;SC=GACCGATACTATTTAGCTGCT;SOR=0.901;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=222;TCF=76;TCR=146;TR=122;WE=4202810;WS=4202792;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:150,193:0.56:343
chr20	4228735	rs35105284	C	T	4452.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.645;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=723;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.158;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=85;NR=83;PP=2064;ReadPosRankSum=-0.339;SC=GCTTGACGCCCGCCTCGAGGC;SOR=0.590;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=496;TCF=264;TCR=232;TR=168;WE=4228743;WS=4228725;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:467,248:0.35:715
chr20	4705718	rs2245220	C	T	2362.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=2.838;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=376;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.336;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=68;PP=1465;ReadPosRankSum=1.272;SC=ATCTGGCTCACGGTGAAATAA;SOR=0.776;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=259;TCF=84;TCR=175;TR=99;WE=4705726;WS=4705708;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:240,128:0.35:368
chr20	4705756	rs2756263	T	C	1165.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.108;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.819;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=43;PP=674;ReadPosRankSum=2.352;SC=CAGTACAGAGTGCAGCAGCGA;SOR=0.954;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=165;TCF=47;TCR=118;TR=58;WE=4705764;WS=4705746;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:135,68:0.33:203
chr20	4764748	rs73058454	G	C	777.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-4.289;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=8;PP=388;ReadPosRankSum=0.438;SC=TCCAGGGATAGGGAGCTGTCT;SOR=0.637;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=60;TCF=43;TCR=17;TR=31;WE=4764756;WS=4764738;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,38:0.56:68
chr20	4768183	rs2422986	G	A	2829.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=4.769;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=258;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.282;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=67;NR=24;PP=1643;ReadPosRankSum=-1.521;SC=GGGCATGGTCGTTGGTCAAAA;SOR=1.055;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=157;TCF=110;TCR=47;TR=91;WE=4768191;WS=4768173;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:117,128:0.52:245
chr20	4768475	rs111533115	A	AAGGGACT	3660.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=2.321;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=0.9996;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.417;NF=2;NR=36;PP=2622;ReadPosRankSum=-0.084;SC=CAGGGGTCCAAAGGCACCTTA;SOR=0.582;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=54;TCF=2;TCR=52;TR=38;WE=4768483;WS=4768465;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,86:0.98:88
chr20	4770440	rs2422992	G	A	643.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=17;PP=502;SC=ACGATACTCAGAATGTACTCC;SOR=3.716;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=19;TCF=2;TCR=17;TR=19;WE=4770448;WS=4770430;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr20	4773338	rs1998291	G	A	1455.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.148;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=37;PP=849;ReadPosRankSum=-0.736;SC=AGACGCCCCCGCACCCGCTGG;SOR=0.766;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=91;TCF=29;TCR=62;TR=54;WE=4773346;WS=4773328;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,66:0.59:112
chr20	4776445	rs2423004	G	A	706.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.941;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=5;PP=499;ReadPosRankSum=0.336;SC=TCCCTGCCCCGTCTCTCCTCA;SOR=0.655;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=59;TCF=46;TCR=13;TR=27;WE=4776453;WS=4776435;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,33:0.49:67
chr20	4776718	rs2423005	C	A	2280.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.471;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.499;HP=4;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=59;PP=1324;ReadPosRankSum=2.171;SC=GGCTGGGGGCCCCCAGACTGT;SOR=0.985;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=140;TCF=44;TCR=96;TR=83;WE=4776726;WS=4776708;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,105:0.55:191
chr20	4776764	rs2423006	G	C	1218.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=0.812;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.022;HP=3;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=39;PP=953;ReadPosRankSum=1.102;SC=AGTTCACACCGCAGCTCTGAG;SOR=0.904;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=72;TCF=13;TCR=59;TR=48;WE=4776772;WS=4776754;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,49:0.59:83
chr20	4778799	rs3830974	CTT	C	4293.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.609;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=334;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.853;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.644;NF=25;NR=62;PP=2962;ReadPosRankSum=1.929;SC=GTTGTTCCCTCTTTCTCTCAC;SOR=0.646;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=143;TCF=35;TCR=108;TR=87;WE=4778808;WS=4778789;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:132,195:0.60:327
chr20	4781496	rs3818277	T	C	604.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-1.323;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.253;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=4;PP=374;ReadPosRankSum=0.736;SC=CCTTCCCCCATGCAGGAGCCC;SOR=0.283;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=48;TCF=41;TCR=7;TR=23;WE=4781504;WS=4781486;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,27:0.53:51
chr20	4843370	rs3737321	C	T	2573.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.701;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=340;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.427;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=31;PP=1366;ReadPosRankSum=0.853;SC=AACACCATGACCCCTATTAAA;SOR=0.853;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=217;TCF=132;TCR=85;TR=89;WE=4843378;WS=4843360;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:202,133:0.40:335
chr20	4848271	rs10545639	TA	T	65.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.013;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=5.942;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.83;ReadPosRankSum=1.471;SOR=2.049;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,14:0.39:36
chr20	4854682	rs1110277	A	G	2253.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=1.365;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=301;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.976;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=49;PP=1131;ReadPosRankSum=0.803;SC=GAGGGAAGACATCTGTCACCG;SOR=0.831;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=183;TCF=76;TCR=107;TR=82;WE=4854690;WS=4854672;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:177,120:0.40:297
chr20	4864570	rs2298174	G	C	783.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-1.003;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.327;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=23;PP=424;ReadPosRankSum=0.946;SC=AAGGCAATAAGTTATTACATC;SOR=0.353;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=90;TCF=24;TCR=66;TR=34;WE=4864578;WS=4864560;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,41:0.42:97
chr20	4880132	rs71993570	AGCTCAATGCCTTCTGC	A	2655.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=20;NR=11;PP=2957;SC=CAAACGGCGCAGCTCAATGCC;SOR=2.722;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=37;TCF=24;TCR=13;TR=31;WE=4880155;WS=4880122;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr20	4880308	rs1776964	G	A	6750.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=260;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=73;NR=89;PP=2965;SC=ACATGGCATCGGCCAACAGGA;SOR=0.844;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=165;TCF=75;TCR=90;TR=162;WE=4880316;WS=4880298;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,254:1.00:254
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chr20	5098391	rs3730428	C	T	257.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=0.988;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=8;PP=150;ReadPosRankSum=1.249;SC=AAAGGCAACACCTAAACAACT;SOR=0.693;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=31;TCF=10;TCR=21;TR=12;WE=5098399;WS=5098381;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,14:0.39:36
chr20	5099516	rs17349	G	A	3590.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.279;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=457;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=66;PP=1870;ReadPosRankSum=-0.014;SC=GGACATACTAGAAGACAGGAG;SOR=0.691;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=280;TCF=123;TCR=157;TR=116;WE=5099524;WS=5099506;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:266,183:0.41:449
chr20	5100185	rs17348	G	T	267.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.900;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FS=9.451;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.04;ReadPosRankSum=-0.703;SOR=1.655;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:107,24:0.18:131
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chr20	5107632	rs11466986	C	CGGGCG	1927.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.626;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.09;MQRankSum=1.256;QD=16.91;ReadPosRankSum=0.728;SOR=0.682;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:69,45:0.39:114
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chr20	5159344	rs2295508	C	T	208.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.164;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=2;PP=142;ReadPosRankSum=0.424;SC=TGAGCTGTCCCGGGGGACTCA;SOR=0.446;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=22;TCF=18;TCR=4;TR=10;WE=5159352;WS=5159336;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,10:0.43:23
chr20	5169877	rs6038087	A	G	996.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=3.653;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.682;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=34;PP=730;ReadPosRankSum=1.244;SC=TCCCTCACCCATCTTCTGCCT;SOR=0.988;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=131;TCF=39;TCR=92;TR=47;WE=5169885;WS=5169867;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:93,49:0.35:142
chr20	5283256	rs3746682	C	G	6068.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.045;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=489;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.046;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=97;NR=103;PP=2962;ReadPosRankSum=1.733;SC=TAAAGAGGACCGTTTCTGTTG;SOR=0.424;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=344;TCF=150;TCR=194;TR=200;WE=5283264;WS=5283246;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:201,279:0.58:480
chr20	5296488	rs910971	G	C	8213.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-3.881;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=627;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.129;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=134;NR=104;PP=2962;ReadPosRankSum=0.643;SC=GACCAAGAATGGGGAGTCCTA;SOR=0.588;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=392;TCF=224;TCR=168;TR=238;WE=5296496;WS=5296478;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:245,381:0.61:626
chr20	5296549	rs910972	C	T	7750.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.745;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=681;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=128;NR=116;PP=2962;ReadPosRankSum=0.110;SC=GGCGCGCGCCCGGGCTGGGAC;SOR=0.709;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=439;TCF=225;TCR=214;TR=244;WE=5296557;WS=5296539;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:293,381:0.57:674
chr20	5296651	rs910973	T	G	9223.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.200;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=770;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=146;NR=157;PP=2962;ReadPosRankSum=0.313;SC=GCGGCCGCACTGTCGGCGTCT;SOR=0.671;SbPval=0.59;Source=Platypus;TCF=248;TR=303;WE=5296659;WS=5296641;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:309,446:0.59:755
chr20	5297172	rs4544519	T	G	4258.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.406;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=299;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=96;PP=2350;ReadPosRankSum=1.195;SC=TGCGCTCTGCTGCTCCGGAAG;SOR=0.719;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=219;TCF=81;TCR=138;TR=153;WE=5297180;WS=5297162;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:98,196:0.67:294
chr20	5297193	rs4315595	A	G	3232.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.058;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.259;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=79;PP=1918;ReadPosRankSum=2.088;SC=CCGGATCGAGAGTCACAGTGT;SOR=0.573;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=165;TCF=56;TCR=109;TR=121;WE=5297201;WS=5297183;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,142:0.70:202
chr20	5454400	rs606389	A	T	3361.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.399;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=613;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-23.109;NF=75;NR=86;PP=2098;ReadPosRankSum=3.839;SC=CTCCAGTACCACTCAAATCAG;SOR=0.749;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=425;TCF=201;TCR=224;TR=161;WE=5454408;WS=5454390;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:409,202:0.33:611
chr20	5454686	rs1060236	A	G	50.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=1.465;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-1.282;NF=0;NR=5;PP=40;ReadPosRankSum=-0.583;SC=ATGCCATTTTAATACCAGGAA;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=26;TCF=2;TCR=24;TR=5;WE=5454694;WS=5454676;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,4:0.20:20
chr20	5482406	rs116753100	T	G	3566.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-2.735;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=356;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-16.279;NF=50;NR=79;PP=1859;ReadPosRankSum=1.856;SC=GGAGAAAGGCTGTGGTGTCTT;SOR=0.708;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=243;TCF=104;TCR=139;TR=129;WE=5482414;WS=5482396;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:169,185:0.52:354
chr20	5528518	rs3747910	A	G	3256.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.498;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=256;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.420;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=73;PP=1917;ReadPosRankSum=-1.751;SC=CAAATACAAAACACATAAAAT;SOR=0.444;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=178;TCF=55;TCR=123;TR=113;WE=5528526;WS=5528508;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:101,149:0.60:250
chr20	5528534	rs3747911	A	G	2477.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.287;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.247;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=64;PP=1598;ReadPosRankSum=1.386;SC=AAAATACTGTAATTTTATGGT;SOR=0.599;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=146;TCF=37;TCR=109;TR=90;WE=5528542;WS=5528524;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,107:0.58:185
chr20	5542052	rs2273371	A	G	1776.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.587;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FS=5.344;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.26;ReadPosRankSum=-0.815;SOR=0.387;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:52,82:0.61:134
chr20	5542092	rs2273372	T	C	1926.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.871;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.885;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=30;PP=611;ReadPosRankSum=-0.535;SC=TAGAATGTGCTGCATAGAGAA;SOR=0.695;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=100;TCF=50;TCR=50;TR=56;WE=5542100;WS=5542082;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,94:0.61:153
chr20	5548081	rs4815840	T	C	1505.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.549;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.116;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.796;NF=26;NR=24;PP=713;ReadPosRankSum=0.252;SC=GCAAGTACAATAGTCCTAAAG;SOR=0.588;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=129;TCF=70;TCR=59;TR=50;WE=5548089;WS=5548071;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:123,80:0.39:203
chr20	5548208	rs11475275	TA	T	202.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.956;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=2.241;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.28;MQRankSum=0.713;QD=8.11;ReadPosRankSum=0.243;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,18:0.72:25
chr20	5551034	rs1056244	G	C	1896.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=18;NR=39;PP=1224;SC=AAAACAATGGGTTTTCTCTTT;SOR=1.341;SbPval=0.08;Source=Platypus;TC=86;TCF=18;TCR=68;TR=57;WE=5551042;WS=5551024;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr20	5551073	rs73896224	A	C	141.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.020;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=6.818;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=11.81;ReadPosRankSum=1.517;SOR=0.039;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,8:0.67:12
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chr20	5556512	rs2273373	G	A	317.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-1.893;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.252;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=8;PP=155;ReadPosRankSum=0.212;SC=GATGGGAAGAGTAAGAATTCC;SOR=0.405;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=35;TCF=20;TCR=15;TR=16;WE=5556520;WS=5556502;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,19:0.47:40
chr20	5556686	rs144724629	TAC	T	206.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=10.34;ReadPosRankSum=-0.260;SOR=0.385;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,9:0.45:20
chr20	5556743	rs151308594	GTA	G	73.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.876;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=7.37;ReadPosRankSum=-1.242;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,4:0.40:10
chr20	5564774	rs6053517	T	C	857.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=20;NR=11;PP=588;SC=CATATGAGACTGCTGCTGCAC;SOR=1.473;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=20;TCR=11;TR=31;WE=5564782;WS=5564764;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr20	5574134	rs1983694	T	C	795.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=6;NR=14;PP=412;SC=TTCACAAAACTCCTCAAATAA;SOR=1.329;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=6;TCR=14;TR=20;WE=5574142;WS=5574124;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr20	5752917	rs237420	A	G	973.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.290;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.390;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=20;PP=364;ReadPosRankSum=-1.083;SC=GGGGCCATTAATAAGTAAAAT;SOR=0.874;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=94;TCF=38;TCR=56;TR=31;WE=5752925;WS=5752907;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,54:0.38:142
chr20	5753579	rs237422	C	T	1145.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.143;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.049;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=12;PP=515;ReadPosRankSum=0.231;SC=CTGCCATCAGCGTGTGACATA;SOR=0.540;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=100;TCF=68;TCR=32;TR=37;WE=5753587;WS=5753569;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:101,61:0.38:162
chr20	5843812	rs1699233	T	C	3977.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.803;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=287;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.962;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=73;NR=55;PP=2271;ReadPosRankSum=-0.382;SC=AAATGTTTGGTCATCCACAGC;SOR=0.630;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=197;TCF=115;TCR=82;TR=128;WE=5843820;WS=5843802;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:100,174:0.64:274
chr20	5922358	rs236175	G	A	470.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-4.901;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.026;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=4;PP=304;ReadPosRankSum=0.338;SC=TGGGACCACAGGGCCCATCTT;SOR=0.346;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=31;TCF=26;TCR=5;TR=19;WE=5922366;WS=5922357;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,20:0.59:34
chr20	5923203	rs394940	TT	CC	11974.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=3.303;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=549;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=102;NR=90;PP=2944;ReadPosRankSum=-0.005;SC=CATTCTCTTGTTCAGAAGCCT;SOR=0.692;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=361;TCF=183;TCR=178;TR=192;WE=5923212;WS=5923193;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:234,305:0.57:539
chr20	5924781	rs236178	G	C	488.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.406;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.378;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=15;PP=277;ReadPosRankSum=0.461;SC=TTAATATTGTGGGCCTTTTAA;SOR=0.437;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=38;TCF=12;TCR=26;TR=22;WE=5924789;WS=5924771;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,23:0.61:38
chr20	5926992	rs236180	C	T	2743.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-2.011;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.271;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=73;NR=22;PP=1678;ReadPosRankSum=0.465;SC=TAGGTGGAGGCTGAGATGTTT;SOR=0.840;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=156;TCF=117;TCR=39;TR=95;WE=5927000;WS=5926982;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,120:0.62:194
chr20	5927218	rs236181	C	G	3083.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-2.890;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.866;HP=5;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=73;PP=1777;ReadPosRankSum=-1.938;SC=AATATCTTTTCTATCCAGTAC;SOR=0.448;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=151;TCF=44;TCR=107;TR=105;WE=5927226;WS=5927208;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,135:0.70:194
chr20	5935385	rs236114	T	C	5428.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=51;NR=56;PP=1956;SC=ATCTTACCAATGTATTCGAGG;SOR=0.732;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=107;TCF=51;TCR=56;TR=107;WE=5935393;WS=5935375;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,208:1.00:208
chr20	5948706	rs236100	A	G	4062.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.77;SOR=1.167;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr20	5948712	rs236101	C	T	4012.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.62;SOR=1.154;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr20	5953815	rs34464794	A	G	3745.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-0.953;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=467;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.522;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=70;PP=1673;ReadPosRankSum=0.906;SC=TTGGAGATCCAGGCCTAGGAA;SOR=0.747;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=249;TCF=106;TCR=143;TR=119;WE=5953823;WS=5953805;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:258,197:0.43:455
chr20	5975124	rs33960795	GAC	G	230.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.360;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.87;ReadPosRankSum=0.106;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,15:0.58:26
chr20	5975380	rs11422423	T	TA	101.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.386;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.35;ReadPosRankSum=-2.609;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,11:0.58:19
chr20	5987267	rs2294971	A	T	92.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.285;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=1.862;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.64;ReadPosRankSum=1.404;SOR=0.330;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,7:0.35:20
chr20	5988095	rs4813786	A	G	2750.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.702;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=354;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=59;PP=1200;ReadPosRankSum=-0.066;SC=CTCTCCTAACATTAACTTTGA;SOR=0.680;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=222;TCF=82;TCR=140;TR=94;WE=5988103;WS=5988085;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:199,147:0.42:346
chr20	5990723	rs71182113	A	AT	145.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.084;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=1.906;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.34;MQRankSum=1.440;QD=3.24;ReadPosRankSum=2.761;SOR=1.140;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,18:0.40:45
chr20	5990727	rs6117033	T	G	353.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.078;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=9.383;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.42;MQRankSum=-1.187;QD=7.08;ReadPosRankSum=-0.793;SOR=0.088;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,21:0.42:50
chr20	6011882	rs2423132	G	T	787.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=17;NR=3;PP=466;SC=TAATGCATATGAGTACTCTTC;SOR=2.387;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=17;TCR=3;TR=20;WE=6011890;WS=6011872;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr20	6032927	rs6107750	C	T	1196.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-2.183;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=25;PP=452;ReadPosRankSum=-2.831;SC=GGTTGAGGAGCTGCAGCGCGG;SOR=0.652;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=149;TCF=65;TCR=84;TR=45;WE=6032935;WS=6032917;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:132,69:0.34:201
chr20	6033004	rs6117050	G	A	1887.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.933;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.544;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=30;PP=920;ReadPosRankSum=-2.114;SC=AGGGCGCGGAGGCTGCTCAGC;SOR=1.288;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=71;TCF=28;TCR=43;TR=44;WE=6033012;WS=6032994;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,54:0.60:90
chr20	6033025	rs1884643	T	C	1683.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-1.333;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.837;HP=3;HapScore=4;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=24;PP=1366;ReadPosRankSum=-0.717;SC=GCGGGCCCGGTGCACGGCGGC;SOR=0.803;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=63;TCF=25;TCR=38;TR=39;WE=6033041;WS=6033015;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,46:0.56:82
chr20	6033033	rs6107751	G	A	821.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.813;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.836;HP=1;HapScore=4;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=15;PP=949;ReadPosRankSum=-0.217;SC=GGTGCACGGCGGCAGAGCGGC;SOR=0.595;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=62;TCF=25;TCR=37;TR=26;WE=6033041;WS=6033015;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,38:0.47:81
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chr20	6064839	rs2232077	T	C	952.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=0.161;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.627;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=24;PP=550;ReadPosRankSum=0.532;SC=TCAACCTCTCTTCACATGCAC;SOR=0.333;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=76;TCF=19;TCR=57;TR=34;WE=6064847;WS=6064829;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,43:0.49:87
chr20	6077725	rs113592214	TTATAAA	T	2232.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.910;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.021;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.806;NF=2;NR=34;PP=1815;ReadPosRankSum=1.098;SC=AACAGAAATGTTATAAATATA;SOR=1.072;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=67;TCF=3;TCR=64;TR=36;WE=6077738;WS=6077715;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,57:0.62:92
chr20	6090969	rs55666319	A	G	280.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.474;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.607;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=2;PP=182;ReadPosRankSum=2.129;SC=GGCTTTATCAACCAGAGACCG;SOR=1.274;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=22;TCF=18;TCR=4;TR=11;WE=6090977;WS=6090959;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,13:0.43:30
chr20	6093090	rs2326719	G	A	2569.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.193;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.061;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=33;PP=1136;ReadPosRankSum=-0.609;SC=TTTACTGTACGTTCAAACAAC;SOR=0.780;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=120;TCF=68;TCR=52;TR=78;WE=6093098;WS=6093080;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:91,124:0.58:215
chr20	6093116	rs41308641	A	G	2675.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=1.776;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=37;PP=1297;ReadPosRankSum=0.835;SC=ACCTGTAACAAGTCTTACCTG;SOR=0.720;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=109;TCF=53;TCR=56;TR=72;WE=6093124;WS=6093106;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:91,123:0.57:214
chr20	6096695	rs2295435	C	T	1738.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-2.443;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.603;HP=5;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=27;PP=756;ReadPosRankSum=-0.556;SC=GATATATCTGCAAAAATGAAA;SOR=0.754;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=99;TCF=46;TCR=53;TR=51;WE=6096703;WS=6096685;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,83:0.56:149
chr20	6096779	.	G	A	856.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.009;ClippingRankSum=0.000;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.625;HP=4;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=21;PP=468;ReadPosRankSum=1.472;SC=CATTGTGTGCGAAAATGGAAA;SOR=0.871;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=74;TCF=30;TCR=44;TR=32;WE=6096787;WS=6096769;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,44:0.44:100
chr20	6100002	rs6038363	C	A	2114.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=37;NR=23;PP=1305;SC=TGGTGATGCACCAGACAGGGT;SOR=1.108;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=60;TCF=37;TCR=23;TR=60;WE=6100010;WS=6099992;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr20	6100088	rs10373	A	G	2826.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.182;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=38;PP=1104;ReadPosRankSum=-0.057;SC=CTCCTCCAACATGAAGGTCTC;SOR=0.659;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=129;TCF=69;TCR=60;TR=80;WE=6100096;WS=6100078;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,138:0.63:219
chr20	6100230	rs2273423	A	C	1000.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.598;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.002;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=22;PP=563;ReadPosRankSum=-0.332;SC=CTGCTGAACAAAAAGGCAGAC;SOR=0.883;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=45;TCF=11;TCR=34;TR=29;WE=6100238;WS=6100220;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,42:0.62:68
chr20	6751034	rs1049007	A	G	5980.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.822;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=891;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.540;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=101;NR=119;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.101;SC=GCAGGCACTCAGGTCAGCCGG;SOR=0.633;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=565;TCF=243;TCR=322;TR=220;WE=6751042;WS=6751023;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:547,325:0.37:872
chr20	6759115	rs235768	A	T	3573.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.407;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=489;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=68;PP=1815;ReadPosRankSum=-0.402;SC=CCGTGACCAGACTTTTGGACA;SOR=0.709;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=316;TCF=146;TCR=170;TR=123;WE=6759124;WS=6759105;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:298,186:0.38:484
chr20	6759758	.	AAT	A	42.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.740;ClippingRankSum=0.000;DP=102;ExcessHet=3.0103;FS=1.394;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.53;ReadPosRankSum=-1.013;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:68,12:0.15:80
chr20	7864284	rs34249643	T	C	2903.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.748;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=386;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.781;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=59;PP=1051;ReadPosRankSum=-1.914;SC=ACCAATGTCTTGTCGATGACT;SOR=0.647;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=247;TCF=107;TCR=140;TR=105;WE=7864292;WS=7864274;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:218,161:0.42:379
chr20	7887025	rs6055387	G	C	1781.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=47;PP=1436;SC=TTAGAAATACGTTTCCAATGA;SOR=4.615;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=51;TCF=4;TCR=47;TR=51;WE=7887033;WS=7887015;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr20	7964476	rs1135711	T	C	3410.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.020;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=536;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.815;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=60;PP=1705;ReadPosRankSum=1.094;SC=AAGTGGCACATAGAAACATTC;SOR=0.558;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=321;TCF=144;TCR=177;TR=116;WE=7964484;WS=7964466;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:333,189:0.36:522
chr20	8626859	rs41275582	G	T	6710.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=2.226;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=575;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.524;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=103;NR=114;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.387;SC=TGCTAAGGGCGTTGCTTCTTC;SOR=0.625;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=355;TCF=164;TCR=191;TR=217;WE=8626867;WS=8626849;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:253,316:0.56:569
chr20	8637727	rs6140670	G	A	3142.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=28.57;SOR=1.907;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr20	8665502	.	G	GA	334.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.608;ClippingRankSum=0.000;DP=214;ExcessHet=3.0103;FS=0.750;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.15;MQRankSum=2.789;QD=1.71;ReadPosRankSum=-1.788;SOR=0.835;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:149,47:0.24:196
chr20	8678446	rs2295179	G	A	2472.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=17;NR=57;PP=1564;SC=GTATATGAATGTTACTAAGAG;SOR=2.007;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=74;TCF=17;TCR=57;TR=74;WE=8678454;WS=8678436;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr20	8698565	rs6039243	T	C	1963.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=48;PP=1164;SC=GGGCTGTGCGTGGTGGCTCAT;SOR=2.400;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=56;TCF=8;TCR=48;TR=56;WE=8698573;WS=8698555;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr20	8703145	rs6086563	C	G	6958.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=256;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=53;NR=143;PP=2965;SC=TGGTCACTTTCTGCCATCTAG;SOR=1.667;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=196;TCF=53;TCR=143;TR=196;WE=8703153;WS=8703135;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,253:1.00:253
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chr20	8708166	rs17446441	A	G	830.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=1.298;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.037;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=28;PP=614;ReadPosRankSum=1.010;SC=TGGGGCGGATAAATAGTTTCA;SOR=0.873;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=72;TCF=9;TCR=63;TR=31;WE=8708174;WS=8708156;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,36:0.40:91
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chr20	8755243	rs2235613	T	C	4152.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-2.135;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=321;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.239;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=49;PP=1808;ReadPosRankSum=0.276;SC=ACCTCGCTGCTCTGGATGCTG;SOR=0.477;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=202;TCF=119;TCR=83;TR=113;WE=8755251;WS=8755233;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:126,192:0.60:318
chr20	8769180	rs2327089	C	T	9713.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=374;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=108;NR=111;PP=2965;SC=GAAGTAAGCCCTCATTCCCAT;SOR=0.732;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=220;TCF=108;TCR=112;TR=219;WE=8769188;WS=8769170;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,369:1.00:369
chr20	8770108	rs4633993	A	C	1863.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-0.057;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=16;PP=1314;ReadPosRankSum=-0.635;SC=GTCTGAGATTACCATTTGTCA;SOR=0.788;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=59;TCF=43;TCR=16;TR=58;WE=8770116;WS=8770098;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,65:0.98:66
chr20	8770130	rs2327090	A	G	2597.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=53;NR=24;PP=1766;SC=TTCTGGATGAATTGGTATAAT;SOR=1.508;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=77;TCF=53;TCR=24;TR=77;WE=8770138;WS=8770120;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr20	8770282	rs6039269	G	A	3473.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.181;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=299;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.393;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=52;PP=1627;ReadPosRankSum=0.665;SC=TGGTGAGCTCGCTGTGAGCTT;SOR=0.600;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=182;TCF=87;TCR=95;TR=103;WE=8770290;WS=8770272;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:130,166:0.56:296
chr20	8773096	rs6086599	C	A	203.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=4.973;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=29;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=0;PP=189;ReadPosRankSum=-0.893;SC=ACTGGGTAGACAGGTTACATA;SOR=0.165;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=32;TCF=32;TCR=0;TR=10;WE=8773104;WS=8773093;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,10:0.29:35
chr20	8773155	rs6056118	C	T	3531.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=88;NR=20;PP=2523;SC=TTCTTCCTTTCTGGCCCCTTG;SOR=2.814;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=108;TCF=88;TCR=20;TR=108;WE=8773163;WS=8773145;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr20	8773295	rs6056119	T	C	18397.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=732;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=203;NR=210;PP=2965;SC=CATCTTTTTGTGTCTGGATTT;SOR=0.727;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=415;TCF=205;TCR=210;TR=413;WE=8773303;WS=8773285;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,724:1.00:724
chr20	8782901	rs6056128	G	C	2964.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=14;NR=75;PP=2293;SC=GGACTTGCTCGTTTGTCCTTC;SOR=3.009;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=89;TCF=14;TCR=75;TR=89;WE=8782909;WS=8782891;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr20	8862157	rs141768696	A	AAGTT	1399.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=0.803;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.905;NF=20;NR=6;PP=1179;ReadPosRankSum=0.236;SC=ATGATATTTTAAGTTAATGTA;SOR=0.874;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=52;TCF=37;TCR=15;TR=26;WE=8862165;WS=8862147;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,33:0.57:58
chr20	9288522	rs6077510	G	A	2554.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.959;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=30;PP=1017;ReadPosRankSum=-0.498;SC=GCAAGAAGGAGCAGTTTTTGA;SOR=0.394;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=60;TCF=30;TCR=30;TR=59;WE=9288530;WS=9288512;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,103:0.97:106
chr20	9318847	rs34265063	G	A	299.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-2.840;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.784;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=10;PP=189;ReadPosRankSum=-0.545;SC=TTTGAGAATAGCATGTGGTTG;SOR=0.191;SbPval=0.23;Source=Platypus;TC=32;TCF=7;TCR=25;TR=15;WE=9318855;WS=9318837;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,15:0.45:33
chr20	9364799	rs2076234	A	G	2041.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.900;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FS=1.744;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.28;ReadPosRankSum=1.262;SOR=0.849;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:122,98:0.45:220
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chr20	9374341	rs34305936	A	T	1875.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.807;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=263;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.535;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=37;PP=834;ReadPosRankSum=-0.156;SC=TGAAACACACACATTTATAAT;SOR=0.599;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=175;TCF=72;TCR=103;TR=65;WE=9374349;WS=9374331;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:159,101:0.39:260
chr20	9453567	rs2206389	T	C	708.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=6;NR=13;PP=379;SC=AGCCACCAGATCTCTAGCTAA;SOR=1.445;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=20;TCF=6;TCR=14;TR=19;WE=9453575;WS=9453557;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr20	9453901	rs11475002	AT	A	153.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.612;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=1.387;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.94;ReadPosRankSum=0.995;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,20:0.51:39
chr20	9510263	rs2232268	T	A	3212.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.112;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=247;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.584;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=32;PP=1331;ReadPosRankSum=-0.477;SC=ACCAGAGCTCTCTGCTTTTCT;SOR=0.808;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=151;TCF=93;TCR=58;TR=87;WE=9510271;WS=9510253;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:98,148:0.60:246
chr20	9543622	rs2297345	C	T	4245.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.945;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=337;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.821;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=67;PP=1996;ReadPosRankSum=-1.741;SC=AAGGTAGCTGCTGTACATGTC;SOR=0.703;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=210;TCF=102;TCR=108;TR=129;WE=9543630;WS=9543612;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:138,198:0.59:336
chr20	9543681	rs2297346	C	T	5189.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.332;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=265;ExcessHet=3.0103;FS=7.626;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.58;ReadPosRankSum=1.678;SOR=1.103;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:125,140:0.53:265
chr20	9543688	rs2297347	T	G	5055.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.102;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=240;ExcessHet=3.0103;FS=11.630;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=21.07;ReadPosRankSum=2.784;SOR=1.277;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:114,126:0.52:240
chr20	9560712	rs3746545	A	G	805.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.898;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=5;PP=425;ReadPosRankSum=-0.076;SC=TTTACAATCCAATCGTATAAA;SOR=0.726;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=46;TCF=38;TCR=8;TR=29;WE=9560720;WS=9560702;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,39:0.64:61
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chr20	10019093	rs575534	A	G	6709.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.633;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=532;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.114;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=115;NR=91;PP=2962;ReadPosRankSum=0.443;SC=CCATTAATGGACTTAGTGCTT;SOR=0.790;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=336;TCF=174;TCR=162;TR=206;WE=10019101;WS=10019083;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:215,305:0.59:520
chr20	10023689	rs4813909	G	A	467.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-1.982;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=3;PP=305;ReadPosRankSum=1.217;SC=AGCTAAATATGGATTTTTAAT;SOR=0.796;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=56;TCF=45;TCR=11;TR=19;WE=10023697;WS=10023679;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,22:0.37:60
chr20	10026357	rs685723	T	C	3987.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.577;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=291;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=76;PP=2272;ReadPosRankSum=-0.297;SC=TAAAATTGTCTAGCAATTTTG;SOR=0.684;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=189;TCF=69;TCR=120;TR=121;WE=10026365;WS=10026347;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:103,177:0.63:280
chr20	10030188	rs652633	T	A	5376.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.686;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=397;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=81;NR=92;PP=2786;ReadPosRankSum=-0.681;SC=CCAAATCCACTGTGGGCCCTT;SOR=0.699;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=259;TCF=121;TCR=138;TR=173;WE=10030196;WS=10030178;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:135,252:0.65:387
chr20	10030452	rs524625	G	A	3825.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-2.350;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=283;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.655;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=62;PP=2092;ReadPosRankSum=-1.276;SC=GGATCGTATGGACCTAAGAAA;SOR=0.644;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=186;TCF=91;TCR=95;TR=117;WE=10030474;WS=10030442;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:110,170:0.61:280
chr20	10030931	rs656111	C	A	1533.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.975;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=41;PP=982;ReadPosRankSum=-0.332;SC=AAAAGATGACCGAATTTTAGT;SOR=0.727;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=94;TCF=27;TCR=67;TR=58;WE=10030939;WS=10030921;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,67:0.60:111
chr20	10032413	rs683145	T	G	5098.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.087;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=440;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.527;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=83;NR=95;PP=2587;ReadPosRankSum=-0.804;SC=AATCTGGAGCTTTAATAGATG;SOR=0.617;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=295;TCF=135;TCR=160;TR=178;WE=10032421;WS=10032403;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:191,246:0.56:437
chr20	10438780	rs6104617	A	G	296.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.262;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.446;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=3;PP=63;ReadPosRankSum=-2.245;SC=CCAAATAAAAAGAAATTTTAA;SOR=0.368;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=21;TCF=14;TCR=7;TR=8;WE=10438788;WS=10438770;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,17:0.55:31
chr20	10439002	rs6039947	T	A	276.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.438;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.69;ReadPosRankSum=2.248;SOR=0.784;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,23:0.39:59
chr20	10439037	rs6039948	A	G	306.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-1.446;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=8;PP=126;ReadPosRankSum=1.975;SC=GTTCTGGGGCATGTGTGCAGG;SOR=0.560;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=32;TCF=10;TCR=22;TR=12;WE=10439045;WS=10439026;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,18:0.47:38
chr20	10620275	rs1051421	G	A	12131.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-2.223;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=466;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=174;NR=148;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.715;SC=CTACCAGCGTGTACGCCGGCT;SOR=0.233;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=324;TCF=174;TCR=150;TR=322;WE=10620283;WS=10620265;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,452:1.00:454
chr20	10620386	rs1051419	A	G	12150.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.290;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=476;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=150;NR=153;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.427;SC=TCTTGTTCTCATAATCCTTGA;SOR=0.728;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=308;TCF=152;TCR=156;TR=303;WE=10620394;WS=10620376;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,464:0.99:468
chr20	10622080	rs3215563	CA	C	2978.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.005;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.237;NF=38;NR=40;PP=1404;ReadPosRankSum=0.038;SC=ATCCACCATTCAAAAAAAAAA;SOR=0.549;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=99;TCF=50;TCR=49;TR=78;WE=10622088;WS=10622070;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:6,146:0.96:152
chr20	10624924	rs33967297	T	TCTCACA,TCTCACACA	3486.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.104;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FS=3.128;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=61.28;MQRankSum=0.000;QD=44.14;ReadPosRankSum=0.251;SOR=2.019;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:3,36,40:0.46,0.51:79
chr20	10633237	rs1131695	G	A	5360.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=68;NR=63;PP=2503;SC=CTTGCCAGCCGTACTGGCACC;SOR=0.765;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=133;TCF=69;TCR=64;TR=131;WE=10633245;WS=10633227;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,201:1.00:201
chr20	10633313	rs6040055	T	C	3534.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=39;NR=58;PP=1560;SC=ACAATTCAAATGGAAGACTGC;SOR=1.001;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=98;TCF=39;TCR=59;TR=97;WE=10633321;WS=10633303;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,139:1.00:139
chr20	10636933	rs187074802	A	T	53.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.751;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=7.347;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.56;ReadPosRankSum=-0.509;SOR=0.048;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,6:0.29:21
chr20	10639385	rs2273060	A	G	3319.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=26;NR=56;PP=1828;SC=AGACAAAGTGATGAATCATGT;SOR=1.402;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=82;TCF=26;TCR=56;TR=82;WE=10639393;WS=10639375;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr20	10653739	rs62185096	G	A	8985.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=346;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=82;NR=188;PP=2965;SC=CCCACTCCCCGCCCCGACGAG;SOR=1.660;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=274;TCF=82;TCR=192;TR=270;WE=10653747;WS=10653729;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,332:1.00:332
chr20	11008345	rs200185236	G	GT	379.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=0.607;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.329;HP=9;HapScore=3;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=0;PP=259;ReadPosRankSum=-0.236;SC=CTTTGGCTCAGTTTTTTTTTG;SOR=1.781;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=33;TCF=30;TCR=3;TR=17;WE=11008353;WS=11008335;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,22:0.61:36
chr20	11008382	rs4813955	A	C	1162.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.942;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=8;PP=680;ReadPosRankSum=-0.913;SC=CTAATATTATACTCTGTGTTT;SOR=0.657;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=64;TCF=49;TCR=15;TR=37;WE=11008390;WS=11008372;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,50:0.64:78
chr20	11009079	rs45609436	T	C	441.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=2.042;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=15;PP=340;ReadPosRankSum=0.417;SC=GGAGAAAACATATATGGTTTT;SOR=0.663;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=29;TCF=3;TCR=26;TR=17;WE=11009087;WS=11009069;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,17:0.61:28
chr20	11790885	rs3036550	C	CTT	502.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-1.215;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.664;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=4;PP=357;ReadPosRankSum=0.437;SC=TTTCCTCATACTTCACCTGCC;SOR=0.317;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=21;TCF=13;TCR=8;TR=10;WE=11790893;WS=11790875;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,15:0.52:29
chr20	11791008	rs803665	C	T	4124.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=58;NR=38;PP=1798;SC=CCACTAGCTTCGCCTCTGTCC;SOR=0.948;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=96;TCF=58;TCR=38;TR=96;WE=11791016;WS=11790998;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,156:1.00:156
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chr20	11791211	rs803663	T	A	238.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-1.392;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.862;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=5;PP=101;ReadPosRankSum=0.522;SC=AAGAATGAAATCACATCTTTC;SOR=0.211;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=21;TCF=6;TCR=15;TR=7;WE=11791219;WS=11791201;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,12:0.48:25
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chr20	13029920	rs934335	C	G	10804.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=402;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=125;NR=149;PP=2965;SC=ATCTCCACCTCCTAAACCCCA;SOR=0.821;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=276;TCF=125;TCR=151;TR=274;WE=13029928;WS=13029910;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,396:1.00:396
chr20	13053018	rs243887	T	G	2275.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.416;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.126;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=35;PP=992;ReadPosRankSum=1.685;SC=TCTGTTTGATTTGATGGAGAG;SOR=0.605;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=114;TCF=52;TCR=62;TR=66;WE=13053026;WS=13053008;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,108:0.57:191
chr20	13053035	rs243888	A	G	2174.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.346;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.706;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=31;PP=864;ReadPosRankSum=0.163;SC=AGAGGGTATCAGACGACTATA;SOR=0.494;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=100;TCF=44;TCR=56;TR=59;WE=13053043;WS=13053025;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,105:0.60:175
chr20	13071871	rs243874	C	A	1367.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-2.086;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.018;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=34;PP=746;ReadPosRankSum=-0.543;SC=AATTGTTAACCTAATTGTCTT;SOR=0.531;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=65;TCF=11;TCR=54;TR=41;WE=13071879;WS=13071861;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,58:0.67:86
chr20	13074235	rs708937	G	A	7918.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=301;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=82;NR=122;PP=2965;SC=GTGAGTATCAGTGTATTTTCT;SOR=1.049;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=204;TCF=82;TCR=122;TR=204;WE=13074243;WS=13074225;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,298:1.00:298
chr20	13090745	rs2236126	G	C	2838.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=11;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=41;NR=27;PP=1122;SC=TTTTTTTTTTGGTATTATTTA;SOR=1.022;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=68;TCF=41;TCR=27;TR=68;WE=13090753;WS=13090723;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr20	13134531	rs6033627	T	C	250.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-2.177;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.245;HP=4;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=0;PP=168;ReadPosRankSum=-0.973;SC=CCCTACTTCCTCCTCCCAGCT;SOR=1.942;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=18;TCR=1;TR=10;WE=13134539;WS=13134527;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,10:0.53:19
chr20	13134768	rs6078938	T	C	2878.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=411;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.522;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=52;PP=1420;ReadPosRankSum=-0.321;SC=TGCTTCTTTATATGCCTGGTA;SOR=0.851;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=265;TCF=129;TCR=136;TR=98;WE=13134776;WS=13134758;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:257,151:0.37:408
chr20	13134931	rs2073303	C	G	2265.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=15;NR=53;PP=1502;SC=CCACCTGTCACTCTATCAGCT;SOR=2.215;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=68;TCF=15;TCR=53;TR=68;WE=13134939;WS=13134921;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr20	13140527	rs6041923	T	G	150.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=3.268;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.424;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=0;PP=121;ReadPosRankSum=0.998;SC=CTTCCACTTATTATCATAAAA;SOR=2.925;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=9;TCR=1;TR=6;WE=13140535;WS=13140517;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,6:0.50:12
chr20	13260252	rs911642	C	T	2844.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.978;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=24;PP=1510;ReadPosRankSum=-0.751;SC=TGACTCCACACTGACCCCAGC;SOR=1.322;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=80;TCF=55;TCR=25;TR=78;WE=13260260;WS=13260242;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,107:0.98:109
chr20	13269438	rs34117863	C	CT	882.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.028;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FS=1.007;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.92;ReadPosRankSum=1.311;SOR=0.529;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,55:0.62:89
chr20	13464030	rs2273480	C	A	1469.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.029;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=281;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.899;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=36;PP=721;ReadPosRankSum=0.068;SC=CAGCACCGAACACCCTGCTTA;SOR=0.891;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=177;TCF=72;TCR=105;TR=55;WE=13464038;WS=13464020;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:190,85:0.31:275
chr20	13695498	rs6079146	G	A	201.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-1.610;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=1;PP=171;ReadPosRankSum=-0.053;SC=GATGTATTCAGTTCAAAAATA;SOR=0.869;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=28;TCF=25;TCR=3;TR=11;WE=13695506;WS=13695488;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,10:0.34:29
chr20	13695607	rs34414644	T	G	1866.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.236;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.097;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=26;PP=893;ReadPosRankSum=0.317;SC=GCAGGATCAATGGACTTCCTT;SOR=0.791;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=148;TCF=88;TCR=60;TR=67;WE=13695615;WS=13695597;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:108,93:0.46:201
chr20	13695824	.	C	CA	477.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.025;ClippingRankSum=0.000;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.15;MQRankSum=0.000;QD=9.19;ReadPosRankSum=2.519;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,33:0.63:52
chr20	13698006	rs4239710	T	C	5359.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=90;NR=48;PP=2955;SC=GCCTGGTGTCTATGGTTACCT;SOR=1.258;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=138;TCF=90;TCR=48;TR=138;WE=13698014;WS=13697996;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,192:1.00:192
chr20	13740283	rs2297050	G	C	297.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.311;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.884;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=1;PP=200;ReadPosRankSum=-1.570;SC=ATATTTAAAAGGTACTCAACA;SOR=1.911;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=14;TCF=13;TCR=1;TR=11;WE=13740291;WS=13740276;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,12:0.71:17
chr20	13740632	rs73100123	T	A	236.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.332;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.803;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=7;PP=135;ReadPosRankSum=-2.333;SC=AATTTCTGAATATTAAATGAA;SOR=0.169;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=33;TCF=8;TCR=25;TR=11;WE=13740640;WS=13740622;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,13:0.34:38
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chr20	13747441	rs3180370	A	G	1684.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=29.05;SOR=1.733;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
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chr20	13755728	rs67609153	CA	C	273.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.433;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.83;ReadPosRankSum=0.667;SOR=0.807;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,25:0.81:31
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chr20	13763896	rs28372964	C	CATTA	919.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=12;PP=644;SC=TTTTAAAACACATTCACAATA;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=0;TCR=14;TR=12;WE=13763904;WS=13763886;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr20	13765944	.	C	CGCGGGGCGGCGGGGCG	1850.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.059;ClippingRankSum=0.000;DP=398;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.08;MQRankSum=3.036;QD=7.91;ReadPosRankSum=-0.952;SOR=0.641;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:176,58:0.25:234
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chr20	13769062	rs73612314	T	C	296.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=1.587;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.657;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=4;PP=188;ReadPosRankSum=-1.667;SC=CAGACAGACTTGCCTTGTACT;SOR=1.314;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=24;TCF=16;TCR=8;TR=14;WE=13769070;WS=13769052;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,14:0.54:26
chr20	13769127	rs6042362	A	G	1490.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.619;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=16;PP=725;ReadPosRankSum=0.715;SC=AGATGATGTAACCTTCTGGAA;SOR=1.034;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=42;TCF=25;TCR=17;TR=40;WE=13769135;WS=13769117;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,59:0.97:61
chr20	13782409	rs1015517	A	G	1414.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=9;NR=33;PP=914;SC=AGAAAACTGTATGTGTTCATG;SOR=2.256;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=42;TCF=9;TCR=33;TR=42;WE=13782417;WS=13782399;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr20	13795018	rs2273318	A	G	3298.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.251;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=251;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.898;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=48;PP=1608;ReadPosRankSum=-2.360;SC=TTTTTTTCTTAATGGTTGTGG;SOR=0.524;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=155;TCF=66;TCR=89;TR=89;WE=13795026;WS=13794996;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:97,149:0.61:246
chr20	13845987	rs761811	C	T	7723.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=284;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=116;NR=87;PP=2965;SC=AATTTTAACTCATCTTACTAG;SOR=0.957;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=206;TCF=116;TCR=90;TR=203;WE=13845995;WS=13845977;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,279:1.00:279
chr20	13847420	rs660710	A	G	11746.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-2.088;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=468;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=122;NR=147;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.553;SC=AATAAATGGCAAGGGGCTGCC;SOR=0.423;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=270;TCF=123;TCR=147;TR=269;WE=13847428;WS=13847410;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,458:1.00:459
chr20	13856558	rs73085418	G	A	1561.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.592;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.849;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=17;PP=908;ReadPosRankSum=-1.471;SC=ACTTCTCCAGGACACAAAACT;SOR=0.843;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=149;TCF=104;TCR=45;TR=60;WE=13856566;WS=13856548;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:124,79:0.39:203
chr20	13868745	rs243910	T	C	3356.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=32;NR=66;PP=2100;SC=CCTAGCTCCATAATGACCCAT;SOR=1.550;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=98;TCF=32;TCR=66;TR=98;WE=13868753;WS=13868735;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr20	14066168	rs35070683	T	G	227.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=0.362;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.884;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=2;PP=156;ReadPosRankSum=0.450;SC=TAGTAGAGCATGACACATATT;SOR=0.204;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=17;TCF=15;TCR=2;TR=11;WE=14066176;WS=14066158;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,11:0.65:17
chr20	14306953	rs6079391	G	T	11728.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.910;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=443;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=137;NR=149;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.857;SC=CTGTGGTTTGGTGATCCTTAG;SOR=0.750;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=286;TCF=137;TCR=149;TR=286;WE=14306961;WS=14306943;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,432:1.00:434
chr20	14830453	rs438632	C	T	2994.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=71;NR=23;PP=1932;SC=TAAGTAGTAACTCTCACATCT;SOR=2.131;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=94;TCF=71;TCR=23;TR=94;WE=14830461;WS=14830443;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr20	14830596	rs6079581	C	G	11394.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.960;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=446;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=135;NR=138;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.224;SC=TTCTCCTACACCTGAAGAGAT;SOR=0.693;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=275;TCF=136;TCR=139;TR=273;WE=14830604;WS=14830586;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,430:0.99:434
chr20	15480226	rs2180526	T	C	1247.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=4.381;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=1;PP=887;ReadPosRankSum=1.172;SC=TCTGTACTGGTGTAGGACCAG;SOR=0.892;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=62;TCF=59;TCR=3;TR=38;WE=15480234;WS=15480225;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,45:0.67:67
chr20	15480308	rs2145014	G	T	6869.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=257;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=119;NR=67;PP=2965;SC=TGTACTTATTGGTTGAACTGA;SOR=1.165;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=187;TCF=120;TCR=67;TR=186;WE=15480316;WS=15480298;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,254:1.00:254
chr20	15480548	rs2145015	T	A	3633.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=25;NR=71;PP=2142;SC=TGATGCTCAGTTCCCCCCAAA;SOR=1.721;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=97;TCF=26;TCR=71;TR=96;WE=15480556;WS=15480538;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chr20	15874325	rs932501	A	G	2650.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=2.711;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=443;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.883;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=42;PP=1582;ReadPosRankSum=0.491;SC=TAGCCCAAAGACCCAGAAGCG;SOR=0.842;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=274;TCF=160;TCR=114;TR=107;WE=15874333;WS=15874315;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:294,145:0.33:439
chr20	15948439	rs6043641	A	G	168.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.298;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.427;NF=0;NR=7;PP=96;ReadPosRankSum=0.340;SC=CCATCTTTAGATGACACTTTT;SOR=0.346;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=0;TCR=20;TR=7;WE=15948447;WS=15948429;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,8:0.38:21
chr20	15967294	rs7261973	C	T	190.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.061;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=1.119;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.08;ReadPosRankSum=-0.379;SOR=0.473;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:46,16:0.26:62
chr20	16021720	rs6135652	C	T	575.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-0.605;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.855;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=8;PP=214;ReadPosRankSum=-0.378;SC=ACCTTTTCTGCAAAAGAAGTT;SOR=0.529;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=53;TCF=32;TCR=21;TR=18;WE=16021728;WS=16021710;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,32:0.38:84
chr20	16025192	rs11482445	C	CT	186.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.450;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FS=1.801;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.06;MQRankSum=1.871;QD=1.14;ReadPosRankSum=0.100;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:132,32:0.20:164
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chr20	16352234	.	CA	C,CAAA	815.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.188;ClippingRankSum=0.000;DP=104;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.27;ReadPosRankSum=0.648;SOR=0.551;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:8,42,38:0.48,0.43:88
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chr20	16362173	rs11306679	CA	C	784.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.103;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FS=0.857;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.08;MQRankSum=0.000;QD=6.18;ReadPosRankSum=1.399;SOR=0.827;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:51,76:0.60:127
chr20	16362265	rs41276372	T	A	5564.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.585;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=432;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.796;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=-0.347;NF=92;NR=82;PP=2719;ReadPosRankSum=-0.139;SC=CAGACACAGATGGAATCAGTC;SOR=0.593;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=263;TCF=136;TCR=127;TR=174;WE=16362273;WS=16362255;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:161,263:0.62:424
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chr20	16486698	rs2295115	G	A	4225.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.257;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=282;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.479;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=79;NR=52;PP=2238;ReadPosRankSum=0.413;SC=CCAGAGTCACGAGGGACTTGT;SOR=0.764;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=185;TCF=111;TCR=74;TR=131;WE=16486706;WS=16486688;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,188:0.69:274
chr20	16492242	rs6135772	C	T	965.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-5.237;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.514;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=35;PP=686;ReadPosRankSum=-0.017;SC=CAACACATAACAGCAGCAACC;SOR=0.393;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=59;TCF=7;TCR=52;TR=40;WE=16492250;WS=16492232;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,43:0.67:64
chr20	16493533	rs6135775	T	C	4368.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=1.831;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=388;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.764;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=56;PP=1969;ReadPosRankSum=-0.016;SC=GACTGAAGAGTCCTTCACAGA;SOR=0.646;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=218;TCF=117;TCR=101;TR=118;WE=16493541;WS=16493523;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:182,204:0.53:386
chr20	16493580	rs6135776	A	G	4455.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.249;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=409;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=68;PP=1995;ReadPosRankSum=1.469;SC=TGCATGGGAAAGACCAATGTC;SOR=0.705;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=244;TCF=111;TCR=133;TR=122;WE=16493588;WS=16493570;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:196,210:0.52:406
chr20	16496362	rs6044046	T	A	3776.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=3.726;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=265;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.895;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=96;PP=2450;ReadPosRankSum=0.347;SC=ATTTTAATAATAGCCCCTTCA;SOR=0.951;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=200;TCF=54;TCR=146;TR=129;WE=16496370;WS=16496352;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:98,160:0.62:258
chr20	16496415	rs6131837	T	C	1210.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=2.515;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=36;PP=917;ReadPosRankSum=0.142;SC=CTCTTAAGGATTAGACCATAT;SOR=0.730;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=67;TCF=9;TCR=58;TR=42;WE=16496423;WS=16496405;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,47:0.57:82
chr20	16506939	rs6034517	C	T	2281.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.029;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=51;PP=1254;ReadPosRankSum=0.317;SC=GACTAAAAACCATTTCATTCC;SOR=0.715;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=95;TCF=26;TCR=69;TR=71;WE=16506947;WS=16506929;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,95:0.73:130
chr20	16506971	rs6044072	A	T	1312.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.117;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=1.270;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.03;ReadPosRankSum=1.019;SOR=0.535;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,52:0.75:69
chr20	16553701	rs6135800	G	C	357.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=2.568;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.123;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=2;PP=254;ReadPosRankSum=-1.045;SC=CAATGTGAACGGGACAGCAGT;SOR=0.121;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=27;TCF=25;TCR=2;TR=15;WE=16553709;WS=16553691;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,15:0.56:27
chr20	16553754	rs78834911	G	A	528.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=1.994;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.912;HP=3;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=5;PP=366;ReadPosRankSum=1.512;SC=GCCTGGGCCCGGTGGGCCAGG;SOR=0.260;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=61;TCF=52;TCR=9;TR=27;WE=16553762;WS=16553744;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,26:0.43:60
chr20	16554067	rs4814510	A	G	662.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-3.105;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.439;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=19;PP=386;ReadPosRankSum=-0.491;SC=GTTCCGCGGCAGCCCCACCTG;SOR=0.173;SbPval=0.23;Source=Platypus;TC=72;TCF=17;TCR=55;TR=28;WE=16554075;WS=16554057;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,32:0.42:77
chr20	16729262	rs6080387	C	T	1123.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-3.588;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.324;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=36;PP=790;ReadPosRankSum=0.607;SC=TGAATCTTCTCCAATGTGTAT;SOR=0.483;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=67;TCF=10;TCR=57;TR=43;WE=16729270;WS=16729252;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,46:0.66:70
chr20	16729654	rs10627353	A	AAGATG	1849.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.837;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=26;PP=1676;ReadPosRankSum=-1.185;SC=CTGGCAGTGTAAGATAATTTA;SOR=0.682;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=66;TCF=9;TCR=57;TR=31;WE=16729662;WS=16729644;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,87:0.59:147
chr20	16730464	rs6075100	T	C	1756.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=36;NR=12;PP=1096;SC=TGATTCTCACTATCAGCAAAG;SOR=1.609;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=48;TCF=36;TCR=12;TR=48;WE=16730472;WS=16730454;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr20	16730479	rs6075101	C	T	529.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.480;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.074;HP=1;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=8;PP=321;ReadPosRankSum=0.314;SC=GCAAAGAGGACGCCTGCGAGT;SOR=1.089;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=70;TCF=45;TCR=25;TR=25;WE=16730487;WS=16730469;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,30:0.34:87
chr20	16730522	rs6135878	T	C	1244.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.613;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.881;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=13;PP=674;ReadPosRankSum=0.115;SC=AGCTTTTTCCTGATTGCTATT;SOR=0.965;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=119;TCF=84;TCR=35;TR=49;WE=16730530;WS=16730512;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:110,65:0.37:175
chr20	16731951	rs34747330	G	A	546.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.017;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.408;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=15;PP=298;ReadPosRankSum=-0.785;SC=CTTGTTTCCTGCTGGCCTGGT;SOR=1.109;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=33;TCF=9;TCR=24;TR=19;WE=16731959;WS=16731941;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,25:0.64:39
chr20	16732004	rs12479958	T	C	220.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=2.433;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=8;PP=164;ReadPosRankSum=0.703;SC=CTCAAATGGGTAAATTGAGAC;SOR=0.818;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=17;TCF=2;TCR=15;TR=9;WE=16732012;WS=16731994;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,9:0.53:17
chr20	17389830	rs2217182	T	C	2525.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=1.192;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.100;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=21;PP=1541;ReadPosRankSum=0.000;SC=GGACTAGAAATGTTTAAAGTC;SOR=1.994;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=86;TCF=63;TCR=23;TR=83;WE=17389838;WS=17389820;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,93:0.98:95
chr20	17436895	rs2021789	G	A	5016.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.016;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=249;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.59;ReadPosRankSum=0.923;SOR=0.964;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:9,195:0.96:204
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chr20	17474968	rs6080718	T	C	4221.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-2.618;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=454;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.519;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=74;NR=73;PP=1853;ReadPosRankSum=1.113;SC=CAGGTATAGATGGTTCCTCTG;SOR=0.662;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=319;TCF=163;TCR=156;TR=147;WE=17474976;WS=17474958;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:239,211:0.47:450
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chr20	17477865	rs6136120	C	T	85.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-2.189;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=3;PP=31;ReadPosRankSum=-0.328;SC=TTTCTTTGAGCTCAAGAGTCA;SOR=0.941;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=3;WE=17477873;WS=17477855;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,4:0.57:7
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chr20	17492755	rs1559956	C	T	1356.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.400;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.724;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=24;PP=674;ReadPosRankSum=-1.183;SC=AGTTGAGCTGCGCTGGTTTTT;SOR=0.569;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=73;TCF=31;TCR=42;TR=42;WE=17492763;WS=17492745;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,63:0.57:110
chr20	17539168	rs6044883	A	G	2436.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=48;NR=17;PP=1516;SC=TCAGACTACTACTGAGCCAAT;SOR=1.981;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=66;TCF=49;TCR=17;TR=65;WE=17539176;WS=17539158;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr20	17594714	rs35586556	GC	G	149.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-0.359;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.895;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=1;PP=149;ReadPosRankSum=-0.337;SC=TTCTCTCGGAGCTACCGGAAG;SOR=1.154;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=25;TCF=18;TCR=7;TR=6;WE=17594722;WS=17594704;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,7:0.22:32
chr20	17594729	rs13734	G	A	817.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-1.057;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=7;PP=523;ReadPosRankSum=2.085;SC=CGGAAGTTGGGCCTGGATAAC;SOR=0.602;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=41;TCF=31;TCR=10;TR=28;WE=17594737;WS=17594719;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,33:0.72:46
chr20	17595329	rs7261001	G	A	540.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=3.498;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=2;PP=315;ReadPosRankSum=-1.327;SC=CTGCCTCCCCGGGGCTCCCGG;SOR=0.684;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=55;TCF=48;TCR=7;TR=20;WE=17595337;WS=17595319;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,26:0.37:71
chr20	17596155	rs1132274	C	A	6255.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.947;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=557;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.747;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=90;NR=70;PP=2376;ReadPosRankSum=0.308;SC=TTCTTGTAACCGACATGCCGA;SOR=0.832;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=319;TCF=169;TCR=150;TR=160;WE=17596163;WS=17596145;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:251,303:0.55:554
chr20	17596219	rs12479820	C	T	5555.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.712;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=454;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.113;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=75;NR=87;PP=2261;ReadPosRankSum=1.168;SC=GTCTTATAAACGGCTGTGCTG;SOR=0.605;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=277;TCF=123;TCR=154;TR=162;WE=17596227;WS=17596209;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:188,265:0.58:453
chr20	17596731	rs2236250	C	T	4463.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=0.590;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=609;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=91;PP=2014;ReadPosRankSum=-1.307;SC=GCACAGGCACCGCTCTCTAGC;SOR=0.674;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=354;TCF=142;TCR=212;TR=154;WE=17596739;WS=17596721;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:363,241:0.40:604
chr20	17597331	rs911347	C	T	938.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-1.918;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.734;HP=3;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=10;PP=656;ReadPosRankSum=-0.311;SC=GGCCTGCACTCTTCTGGGATT;SOR=0.473;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=95;TCF=75;TCR=20;TR=41;WE=17597339;WS=17597321;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,48:0.41:118
chr20	17597361	rs911348	A	G	4936.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=106;NR=47;PP=2826;SC=TCTGGGGACCAGCTCACCGCC;SOR=1.597;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=154;TCF=106;TCR=48;TR=153;WE=17597369;WS=17597351;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,189:1.00:189
chr20	17597531	rs2236252	C	T	5671.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.615;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=416;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=89;PP=2552;ReadPosRankSum=-1.057;SC=CAGTCGCACACCCACCATGCT;SOR=0.737;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=253;TCF=109;TCR=144;TR=155;WE=17597539;WS=17597521;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:152,260:0.63:412
chr20	17599214	rs2328181	T	C	4971.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=84;NR=39;PP=2442;SC=GTCACACTCCTGGCATGGGGA;SOR=1.308;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=125;TCF=85;TCR=40;TR=123;WE=17599222;WS=17599204;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,183:1.00:183
chr20	17602028	rs2236253	T	C	1658.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.052;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.210;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=21;PP=786;ReadPosRankSum=-0.024;SC=GGCCACCTCCTGCCCCATAGG;SOR=0.940;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=148;TCF=95;TCR=53;TR=64;WE=17602036;WS=17602018;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:129,87:0.40:216
chr20	17605016	rs2236254	T	C	694.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-1.922;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=7;PP=488;ReadPosRankSum=0.792;SC=TCCTAGTGCCTCTGTGTGTCC;SOR=0.772;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=95;TCF=73;TCR=22;TR=33;WE=17605024;WS=17605006;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,35:0.35:99
chr20	17605240	rs6034867	A	T	7149.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=265;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=68;NR=112;PP=2965;SC=GGTCAGGGAGAGCAGCTTCTC;SOR=1.161;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=180;TCF=68;TCR=112;TR=180;WE=17605248;WS=17605230;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,261:1.00:261
chr20	17606372	rs2295672	T	C	2410.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.723;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=337;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.930;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=53;PP=1212;ReadPosRankSum=-1.020;SC=GGACGGTCCCTTCTGGCTGCC;SOR=0.812;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=215;TCF=75;TCR=140;TR=80;WE=17606380;WS=17606362;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:211,120:0.36:331
chr20	17610729	rs6044917	T	C	1597.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=39;PP=1002;SC=CTGGTCCATGTGGGAAGGAAA;SOR=1.981;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=52;TCF=13;TCR=39;TR=52;WE=17610737;WS=17610719;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr20	17617531	rs6044923	T	C	836.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=26;PP=596;SC=CCAGCTGCAGTGGGAACGACG;SOR=3.545;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=29;TCF=3;TCR=26;TR=29;WE=17617539;WS=17617521;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr20	17639807	rs78244614	C	T	2363.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.431;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FS=13.731;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.88;MQRankSum=1.800;QD=11.10;ReadPosRankSum=-8.995;SOR=0.577;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:139,74:0.35:213
chr20	17639857	rs77553739	G	T	5415.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.266;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=600;ExcessHet=3.0103;FS=16.984;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.81;MQRankSum=0.432;QD=9.16;ReadPosRankSum=5.875;SOR=0.795;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:351,240:0.41:591
chr20	17640009	rs13040917	A	C	12445.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=493;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=58.83;QD=26.04;SOR=0.807;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,478:1.00:478
chr20	17674451	rs6080781	G	C	288.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-2.398;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=13;PP=185;ReadPosRankSum=1.022;SC=TGTGTCCAGTGGGAGGAGGTG;SOR=0.569;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=32;TCF=3;TCR=29;TR=15;WE=17674459;WS=17674441;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,16:0.41:39
chr20	17705677	rs4814640	A	G	607.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-1.718;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=7;PP=345;ReadPosRankSum=-0.022;SC=GGAGATGGACAACATGTCTCC;SOR=0.714;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=82;TCF=61;TCR=21;TR=29;WE=17705685;WS=17705667;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,35:0.36:96
chr20	17927980	rs78163990	G	C	655.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-1.931;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=3;PP=442;ReadPosRankSum=1.149;SC=CCATGAGGATGACTGTGCATG;SOR=0.636;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=44;TCF=37;TCR=7;TR=21;WE=17927988;WS=17927970;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,27:0.53:51
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chr20	17968871	rs76599088	C	T	6845.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.348;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=562;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=97;NR=106;PP=2922;ReadPosRankSum=-0.597;SC=ATTCAAAGTACATTTGACAAC;SOR=0.657;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=339;TCF=160;TCR=179;TR=203;WE=17968879;WS=17968861;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:230,327:0.59:557
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chr20	18005678	rs373772460	TGC	TC,T	3103.73	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=3.398;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.639;HP=1;HapScore=4;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=37;PP=2954;ReadPosRankSum=-0.959;SC=GTAAAAGTCATGCCATGACCA;SOR=0.777;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=83;TCF=11;TCR=72;TR=43;WE=18005690;WS=18005668;set=Intersection	GT:AF:DP	0/1:0.53:150
chr20	18005681	rs201416729	CA	C	3100.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.562;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FS=0.633;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=20.67;ReadPosRankSum=-1.159;SOR=0.761;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:69,81:0.54:150
chr20	18005682	.	A	C	2962	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;FR=0.5000;HP=2;HapScore=4;MGOF=13;MMLQ=28;MQ=60.0;NF=13;NR=36;PP=2962;QD=20;SC=AAGTCATGCCATGACCAAGGA;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=101;TCF=30;TCR=71;TR=49;WE=18005690;WS=18005668;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:52,49:0.49:101
chr20	18022077	rs6136266	A	G	3210.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=2.075;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.156;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=70;NR=33;PP=1911;ReadPosRankSum=0.636;SC=TAGAAACACAACATTGTTCCA;SOR=0.598;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=162;TCF=113;TCR=49;TR=103;WE=18022085;WS=18022067;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,134:0.63:212
chr20	18022171	rs1571431	C	T	13149.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=509;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=154;NR=148;PP=2965;SC=ACGCACTCCCCGCTCACCTGT;SOR=0.709;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=303;TCF=155;TCR=148;TR=302;WE=18022179;WS=18022161;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,506:1.00:506
chr20	18118740	rs1205190	T	G	12957.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=494;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=140;NR=122;PP=2965;SC=GCGCGCGGCGTCGACCTGGGG;SOR=0.765;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=262;TCF=140;TCR=122;TR=262;WE=18118748;WS=18118730;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,491:1.00:491
chr20	18118829	rs2295181	A	T	3787.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.689;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=305;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.898;HP=5;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=66;PP=1608;ReadPosRankSum=1.391;SC=CCTGCACCCCACGCGTTTGCG;SOR=0.637;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=188;TCF=73;TCR=115;TR=109;WE=18118837;WS=18118819;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:123,177:0.59:300
chr20	18123084	rs78016265	CT	C	378.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=0.721;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=10;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=17;PP=206;ReadPosRankSum=1.764;SC=GTATCTTCATCTTTTTTTTTG;SOR=0.757;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=43;TCF=3;TCR=40;TR=19;WE=18123093;WS=18123074;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,28:0.46:61
chr20	18142564	rs3828013	A	G	2274.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=3.185;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=386;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.840;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=32;PP=1434;ReadPosRankSum=0.311;SC=TAAAAGAGAAAAGGTCTCGAA;SOR=0.818;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=261;TCF=164;TCR=97;TR=93;WE=18142572;WS=18142554;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:258,122:0.32:380
chr20	18142924	rs3748511	G	A	13056.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.256;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1029;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.125;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=154;NR=244;PP=2962;ReadPosRankSum=1.542;SC=TTGGGTATGGGCCATGGTATA;SOR=1.008;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=661;TCF=277;TCR=384;TR=398;WE=18142932;WS=18142914;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:420,593:0.59:1013
chr20	18143117	rs1205193	T	G	8630.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=313;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=87;NR=140;PP=2965;SC=GTGGTTGGGGTCAGAAAGAAG;SOR=1.145;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=229;TCF=88;TCR=141;TR=227;WE=18143125;WS=18143107;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,301:1.00:301
chr20	18162481	rs11557577	C	G	677.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.912;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.705;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=19;PP=366;ReadPosRankSum=0.620;SC=ATCTTGAAACCTTATATCAGG;SOR=0.769;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=82;TCF=30;TCR=52;TR=30;WE=18162489;WS=18162471;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,41:0.31:131
chr20	18167977	rs2747404	T	C	11193.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=431;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=146;NR=133;PP=2965;SC=CAAGCAACCCTGCTATGCTAC;SOR=0.736;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=280;TCF=147;TCR=133;TR=279;WE=18167985;WS=18167967;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,431:1.00:431
chr20	18278814	rs34250688	T	TA	248.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.762;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=6;PP=176;ReadPosRankSum=-1.039;SC=CAATTCCTCTTACTTGCTCCC;SOR=0.404;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=1;TCR=19;TR=6;WE=18278822;WS=18278804;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,10:0.34:29
chr20	18286888	rs2328286	G	A	4967.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.839;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=89;NR=44;PP=2583;ReadPosRankSum=1.023;SC=TTGAATTCTTGAATGGGCTCT;SOR=1.240;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=135;TCF=90;TCR=45;TR=133;WE=18286896;WS=18286878;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,188:0.99:190
chr20	18291064	rs2424155	C	T	1149.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=30;PP=828;SC=TTAATTTTCTCGGCTGTTTCA;SOR=3.202;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=34;TCF=4;TCR=30;TR=34;WE=18291072;WS=18291054;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr20	18295861	rs2228274	G	A	3668.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.075;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=429;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.958;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=68;NR=52;PP=1839;ReadPosRankSum=-0.419;SC=CTGGGGATCCGGGCCCAGGGG;SOR=0.809;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=283;TCF=142;TCR=141;TR=120;WE=18295869;WS=18295851;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:239,185:0.44:424
chr20	18296072	rs1033545	T	A	8762.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.957;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=325;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.080;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=122;NR=112;PP=2965;ReadPosRankSum=0.029;SC=CCCAGCTCAGTCAGGGAACCC;SOR=0.284;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=235;TCF=122;TCR=113;TR=234;WE=18296080;WS=18296062;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,314:1.00:315
chr20	18361603	rs1883938	T	C	11485.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.291;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=444;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=163;NR=125;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.691;SC=AGGACAAGTCTGCAAAGCAGA;SOR=0.917;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=294;TCF=166;TCR=128;TR=288;WE=18361611;WS=18361593;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,432:0.99:436
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chr20	18393312	rs6075337	C	G	1392.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-1.414;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.770;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=14;PP=580;ReadPosRankSum=-0.233;SC=TGATGGCTGTCAGGAGGGGTT;SOR=0.554;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=59;TCF=38;TCR=21;TR=38;WE=18393320;WS=18393302;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,66:0.63:105
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chr20	18432690	rs2424196	T	A	1236.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=5.795;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.394;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.458;NF=7;NR=45;PP=988;ReadPosRankSum=-0.040;SC=CAACCATACCTGACCGTTAGA;SOR=1.279;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=139;TCF=25;TCR=114;TR=52;WE=18432698;WS=18432680;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:94,53:0.36:147
chr20	18445963	rs6035051	A	G	2041.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.967;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=386;ExcessHet=3.0103;FS=0.397;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.17;MQRankSum=0.103;QD=5.30;ReadPosRankSum=-0.823;SOR=0.653;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:264,121:0.31:385
chr20	18446024	rs6111974	C	A	2322.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.291;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=169;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.074;NF=28;NR=53;PP=1336;ReadPosRankSum=1.172;SC=CTCTCTCTCTCTATATATATA;SOR=0.651;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=129;TCF=43;TCR=86;TR=81;WE=18446032;WS=18446014;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,102:0.62:164
chr20	18446050	rs111987137	A	ATGTGCACTTATAGC	4978.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.49;QD=44.45;SOR=2.522;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
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chr20	18460614	rs6035056	A	T	2165.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.656;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.073;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=18;PP=1223;ReadPosRankSum=-1.000;SC=CTGTTCCAAAATATAGGTGTT;SOR=1.019;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=109;TCF=76;TCR=33;TR=68;WE=18460622;WS=18460604;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,96:0.62:156
chr20	18461237	rs57962043	GT	G	575.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.173;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FS=1.555;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.11;MQRankSum=0.817;QD=7.89;ReadPosRankSum=0.263;SOR=0.337;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,42:0.58:73
chr20	18462421	rs1055171	A	G	4224.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-2.344;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=304;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.442;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=76;PP=1841;ReadPosRankSum=-1.760;SC=TCCCTCCCACAGGTTTGGTCC;SOR=0.738;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=187;TCF=62;TCR=125;TR=110;WE=18462429;WS=18462411;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:113,188:0.62:301
chr20	18462492	rs4813332	A	G	865.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=2.382;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.224;HP=4;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=29;PP=632;ReadPosRankSum=0.364;SC=TTGACTGCCCACGGGTGCAAG;SOR=0.501;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=66;TCF=6;TCR=60;TR=32;WE=18462500;WS=18462482;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,37:0.49:75
chr20	18462518	rs6111983	C	G	587.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-3.638;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=27;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=21;PP=449;ReadPosRankSum=-1.313;SC=CATTAAGAAACAGAGCAAGCA;SOR=0.914;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=41;TCF=1;TCR=40;TR=22;WE=18462526;WS=18462508;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,22:0.55:40
chr20	18464101	rs2424213	A	G	338.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.033;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=1.211;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.53;ReadPosRankSum=-1.543;SOR=1.000;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,18:0.40:45
chr20	18464110	rs3827965	T	C	576.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.539;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.77;ReadPosRankSum=1.020;SOR=0.652;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,29:0.59:49
chr20	18470664	rs3748450	A	G	1621.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.020;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=27;PP=758;ReadPosRankSum=0.347;SC=ATCTTTCAGTACCCATGGATA;SOR=0.677;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=73;TCF=29;TCR=44;TR=45;WE=18470672;WS=18470654;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,75:0.62:121
chr20	18470980	rs2424217	A	G	17959.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=678;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=244;NR=176;PP=2965;SC=TTTACAACCTAAACAGACAGC;SOR=0.939;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=425;TCF=245;TCR=180;TR=420;WE=18470988;WS=18470970;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,668:1.00:668
chr20	18477614	rs2247746	A	G	7524.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.941;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=280;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=129;NR=72;PP=2965;ReadPosRankSum=1.428;SC=GGGCTTTGCTAGAGGGGATTA;SOR=1.226;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=203;TCF=129;TCR=74;TR=201;WE=18477622;WS=18477604;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,271:0.99:273
chr20	18477870	rs2247757	T	A	5857.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=49;NR=127;PP=2965;SC=CCCAGCCTGCTCCCGCAGGGA;SOR=1.863;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=176;TCF=49;TCR=127;TR=176;WE=18477878;WS=18477860;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,208:1.00:208
chr20	18505403	rs3762200	G	C	1535.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=20;NR=25;PP=1187;SC=GCCCAGGCTGGAGTTCAGTGG;SOR=0.866;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=45;TCF=20;TCR=25;TR=45;WE=18505411;WS=18505393;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr20	18505563	.	C	CT	148.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.394;ClippingRankSum=0.000;DP=298;ExcessHet=3.0103;FS=2.201;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.54;ReadPosRankSum=-0.353;SOR=0.897;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:233,45:0.16:278
chr20	18506616	rs911115	T	C	3865.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.002;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=36.47;ReadPosRankSum=-0.596;SOR=0.565;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,105:0.99:106
chr20	18506616	.	TG	CA,CG	704	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.36;FR=0.5000,0.5000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=18,28;NR=32,54;PP=704,441;QD=15.1493574972;SC=ATCATACAAATGTGCTCTCAG;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=83;TCF=28;TCR=55;TR=50,82;WE=18506625;WS=18506606;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.60:83
chr20	18506617	rs1555353	G	A	1343.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.610;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FS=0.775;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.17;ReadPosRankSum=-0.345;SOR=0.790;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:40,62:0.61:102
chr20	18511456	rs6081189	A	G	3819.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.09;QD=32.65;SOR=0.936;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr20	18511458	rs57738665	C	CT	331.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.583;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.10;MQRankSum=0.000;QD=4.10;ReadPosRankSum=0.323;SOR=0.795;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:52,29:0.36:81
chr20	18511504	rs3762201	T	C	1265.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=28;PP=942;SC=CAGGCTGGTCTCAAACTCCTG;SOR=1.329;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=43;TCF=15;TCR=28;TR=42;WE=18511512;WS=18511494;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr20	18523864	rs2295557	C	T	1585.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=40;PP=1102;SC=TTCTGCTTTACTTTCGAGAAG;SOR=2.876;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=46;TCF=6;TCR=40;TR=46;WE=18523872;WS=18523854;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
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chr20	18535982	rs1555363	A	G	1588.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=31;PP=981;SC=GAATAACATTACTGGGCCGGA;SOR=2.259;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=6;TCR=31;TR=37;WE=18535990;WS=18535972;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr20	18548293	rs11475009	TC	T	7048.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.243;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=543;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=2.243;NF=18;NR=135;PP=2963;ReadPosRankSum=1.816;SC=CGATGAGAGTTCCCCGGGGGT;SOR=0.667;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=283;TCF=34;TCR=249;TR=153;WE=18548305;WS=18548283;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:222,268:0.55:490
chr20	18548425	rs6075366	A	G	602.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=1.081;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.035;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-1.466;NF=1;NR=21;PP=388;ReadPosRankSum=0.097;SC=GGAATTATTAATACCTTGTAA;SOR=1.352;SbPval=0.96;Source=Platypus;TC=69;TCF=10;TCR=59;TR=22;WE=18548433;WS=18548415;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,29:0.35:84
chr20	18549848	rs11475239	CT	C	365.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.432;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=6.637;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.95;ReadPosRankSum=0.583;SOR=0.193;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,29:0.63:46
chr20	18550218	rs71194252	CT	C	148.37	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.305;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.65;MQRankSum=-0.183;QD=8.73;ReadPosRankSum=-2.193;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,15:0.88:17
chr20	18568902	rs6075371	G	A	121.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.278;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=34;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=4;PP=81;ReadPosRankSum=0.431;SC=CTCGGTCCGCGCAGCCGCGAG;SOR=0.527;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=8;TCF=2;TCR=6;TR=6;WE=18568910;WS=18568892;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,6:0.60:10
chr20	18568918	rs6075372	A	G	217.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=31;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=5;PP=133;SC=GCGAGTCCCCAGGGCCGGCTT;SOR=1.863;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=1;TCR=5;TR=6;WE=18568926;WS=18568908;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr20	18576912	rs1884875	C	G	1721.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=13;NR=36;PP=1076;SC=CATCCAGGAACGGGTCTTTGG;SOR=1.765;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=49;TCF=13;TCR=36;TR=49;WE=18576920;WS=18576902;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr20	18608937	rs3818221	C	G	191.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-0.354;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=3;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=8;PP=296;ReadPosRankSum=-1.000;SC=TCCCTTTAGTCCCTGGAAGAG;SOR=0.573;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=33;TCF=2;TCR=31;TR=8;WE=18608953;WS=18608927;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,11:0.29:38
chr20	18608945	rs3818220	G	C	762.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=3.045;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=3;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=23;PP=1093;ReadPosRankSum=0.000;SC=GTCCCTGGAAGAGTCCTCGGT;SOR=1.075;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=32;TCF=2;TCR=30;TR=25;WE=18608953;WS=18608927;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,27:0.75:36
chr20	19496021	rs373801012	CT	C	2454.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.750;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=454;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.554;HP=8;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=35;PP=1202;ReadPosRankSum=-1.348;SC=GATTCAGGATCTTTTTTTCAT;SOR=0.791;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=205;TCF=88;TCR=117;TR=64;WE=19496029;WS=19496011;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:289,158:0.35:447
chr20	19560555	rs11087288	GA	G	2920.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.487;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=299;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.511;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.447;NF=22;NR=24;PP=1620;ReadPosRankSum=1.445;SC=GATGACAGAAGACATTATCAA;SOR=0.801;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=135;TCF=63;TCR=72;TR=46;WE=19560563;WS=19560545;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:199,96:0.33:295
chr20	19634732	rs3790278	G	A	5823.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-3.180;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.029;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=71;NR=68;PP=2517;ReadPosRankSum=0.557;SC=CCTGGTGCCTGCTGAGGGATT;SOR=0.105;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=141;TCF=71;TCR=70;TR=139;WE=19634740;WS=19634722;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,228:0.99:230
chr20	19634747	rs3790279	T	C	6162.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-1.775;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=236;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.025;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=67;NR=69;PP=2802;ReadPosRankSum=2.050;SC=GGGATTCTATTTACTACACGC;SOR=0.114;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=139;TCF=67;TCR=72;TR=136;WE=19634755;WS=19634737;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,231:0.99:233
chr20	19646436	.	CGTGTGTGT	C,CGTGT	2544.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;ClippingRankSum=0.000;DP=93;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.46;MQRankSum=0.303;QD=33.93;SOR=1.240;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:1,64,10:0.85,0.13:75
chr20	19654452	rs11468498	GTAA	G	3009.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.498;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=34;PP=1771;ReadPosRankSum=0.533;SC=GTGAGTCACTGTAATTTTGAT;SOR=0.728;SbPval=0.18;Source=Platypus;TC=67;TCF=5;TCR=62;TR=39;WE=19654462;WS=19654442;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,77:0.59:131
chr20	19654454	rs1406971	A	G	1027.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.410;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=26;PP=1086;ReadPosRankSum=-0.851;SC=GAGTCACTGTAATTTTGATTA;SOR=0.660;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=92;TCF=30;TCR=62;TR=40;WE=19654462;WS=19654442;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,54:0.41:131
chr20	19662383	rs6112515	C	T	797.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.108;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=7;PP=466;ReadPosRankSum=0.066;SC=ACACTAATAACTTGAGGCCTG;SOR=0.647;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=73;TCF=56;TCR=17;TR=30;WE=19662391;WS=19662373;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,39:0.43:90
chr20	19673767	rs6106120	T	C	678.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.25;SOR=1.911;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr20	19673771	rs6112526	A	G	678.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.42;SOR=2.049;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr20	19673862	rs11481303	A	AT	1676.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-2.570;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=5.842;HP=12;HapScore=4;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=16;PP=430;ReadPosRankSum=-1.520;SC=GTTCTTTGTTATTTTTTTTTT;SOR=0.141;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=54;TCF=34;TCR=20;TR=40;WE=19673870;WS=19673852;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:9,88:0.91:97
chr20	19701867	rs113209531	C	T	1210.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.285;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=27;PP=608;ReadPosRankSum=-0.522;SC=CACAGGCCCCCGGGGCCACGG;SOR=0.718;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=108;TCF=42;TCR=66;TR=44;WE=19701875;WS=19701857;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,60:0.41:146
chr20	19867256	rs11362637	CT	C	308.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.250;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.23;ReadPosRankSum=0.627;SOR=0.656;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,37:0.63:59
chr20	19915611	rs374156281	TA	T	30.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.896;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.95;MQRankSum=1.679;QD=0.32;ReadPosRankSum=-0.633;SOR=0.676;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:75,22:0.23:97
chr20	20050397	rs200183	G	A	3657.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.599;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=364;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.410;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=79;NR=44;PP=1821;ReadPosRankSum=1.141;SC=AGATTTTCTCGTTCTTGTCTG;SOR=0.878;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=228;TCF=142;TCR=86;TR=123;WE=20050405;WS=20050387;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:181,180:0.50:361
chr20	20056038	rs11482118	T	TA	1398.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-1.172;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.916;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=1.110;NF=22;NR=21;PP=1569;ReadPosRankSum=-0.536;SC=TTAGAACAATTAAGCACAATT;SOR=0.478;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=70;TCF=36;TCR=34;TR=43;WE=20056046;WS=20056028;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,51:0.63:81
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chr20	20071634	rs6046614	T	C	4150.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.575;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=315;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.902;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=76;PP=2120;ReadPosRankSum=1.566;SC=AGTGACTGATTCATGTGGGAA;SOR=0.632;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=205;TCF=72;TCR=133;TR=120;WE=20071642;WS=20071624;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:123,186:0.60:309
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chr20	20232356	rs56102210	C	T	1846.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.367;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=345;ExcessHet=3.0103;FS=2.601;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.45;ReadPosRankSum=-0.974;SOR=0.866;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:233,106:0.31:339
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chr20	20377421	rs11426947	A	AC	17567.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.068;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=584;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.04;MQRankSum=0.180;QD=30.87;ReadPosRankSum=0.494;SOR=0.748;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:8,561:0.99:569
chr20	20445793	.	T	TCACACA	1036.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.103;ClippingRankSum=0.000;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=2.046;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=30.49;ReadPosRankSum=0.579;SOR=0.333;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,28:0.82:34
chr20	20445843	.	T	A	628	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;FR=0.5000;HP=2;HapScore=1;MGOF=23;MMLQ=24;MQ=59.19;NF=31;NR=18;PP=628;QD=13.5259431132;SC=ACACACACACTCTCTCATACT;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=149;TCF=86;TCR=63;TR=49;WE=20445851;WS=20445833;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:100,49:0.33:149
chr20	20493222	rs35039408	G	A	4127.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.162;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=382;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.947;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=82;NR=45;PP=2230;ReadPosRankSum=-0.267;SC=AGGGTCCTCGGGGCTCCACTG;SOR=0.977;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=245;TCF=149;TCR=96;TR=127;WE=20493230;WS=20493212;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:193,188:0.49:381
chr20	20609964	rs11471446	A	AACAC	825.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.222;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FS=1.178;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.83;ReadPosRankSum=1.883;SOR=0.411;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:54,30:0.36:84
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chr20	21117240	rs11476720	GT	G	183.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.317;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FS=4.630;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.14;MQRankSum=0.000;QD=3.53;ReadPosRankSum=-0.463;SOR=1.493;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,20:0.38:52
chr20	21126194	rs6047271	C	G	361.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.841;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=5;PP=170;ReadPosRankSum=1.130;SC=ATCAAACTTTCTTTATATTTA;SOR=0.796;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=48;TCF=33;TCR=15;TR=17;WE=21126202;WS=21126184;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,23:0.34:68
chr20	21142441	rs11482798	G	GA	536.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.579;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.105;HP=13;HapScore=3;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-1.027;NF=49;NR=35;PP=886;ReadPosRankSum=-0.123;SC=TTCATTTCTGGAAAAAAAAAA;SOR=0.276;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=111;TCF=69;TCR=42;TR=84;WE=21142462;WS=21142431;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,47:0.40:117
chr20	21142454	rs11482592	A	AC	1402.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.058;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FS=4.999;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.65;MQRankSum=0.000;QD=8.77;ReadPosRankSum=2.282;SOR=1.182;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:76,84:0.52:160
chr20	21142523	rs4815025	C	G	13545.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=493;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=196;NR=117;PP=2965;SC=TTGCAGTGCACGAGGGGATTA;SOR=1.060;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=314;TCF=196;TCR=118;TR=313;WE=21142531;WS=21142513;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,487:1.00:487
chr20	21142813	rs2236178	T	C	19911.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=753;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=258;NR=259;PP=2965;SC=GGTGAGAAAATGCCAGTCACA;SOR=0.717;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=518;TCF=258;TCR=260;TR=517;WE=21142821;WS=21142803;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,747:1.00:747
chr20	21186161	rs11087346	A	AG	9496.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=275;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=41;NR=67;PP=2936;SC=AGACGTACCGAGGCACAGGTG;SOR=0.986;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=111;TCF=42;TCR=69;TR=108;WE=21186169;WS=21186151;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,269:1.00:269
chr20	21186296	rs11321878	TA	T	118.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.432;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.97;ReadPosRankSum=0.991;SOR=0.579;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:91,32:0.26:123
chr20	21227314	rs6047326	C	T	2061.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=61;PP=1735;SC=AGTTTTCTCACTGTTTTATGG;SOR=3.393;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=72;TCF=11;TCR=61;TR=72;WE=21227322;WS=21227304;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
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chr20	21313109	rs11481754	T	TA	1757.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.571;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=239;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.314;HP=11;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=75;PP=911;ReadPosRankSum=0.943;SC=GTTGCCTCATTAAAAAAAAAA;SOR=1.233;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=139;TCF=11;TCR=128;TR=79;WE=21313117;WS=21313099;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,111:0.61:183
chr20	21314079	rs202840	T	C	858.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-0.517;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.888;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=9;PP=571;ReadPosRankSum=1.305;SC=ACTTGTGATATTAAAATGGAT;SOR=0.482;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=89;TCF=66;TCR=23;TR=36;WE=21314087;WS=21314069;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,41:0.42:98
chr20	21319828	rs202844	A	G	2920.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=35;NR=54;PP=1780;SC=AGTAGGACTTAGTCAGGGACG;SOR=1.106;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=89;TCF=35;TCR=54;TR=89;WE=21319836;WS=21319818;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr20	21321294	rs202845	C	T	1092.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=30;NR=5;PP=795;SC=GCCCTTCTTTCCTTTCTGTCA;SOR=2.494;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=35;TCF=30;TCR=5;TR=35;WE=21321302;WS=21321284;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr20	21328715	rs11087351	GT	G	2037.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=13;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=50;NR=14;PP=1455;SC=TCTAATTTTTGTTTTTTTTAA;SOR=2.383;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=70;TCF=54;TCR=16;TR=64;WE=21328723;WS=21328705;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr20	21336825	rs3787500	G	A	2777.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.543;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=244;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=46;PP=1119;ReadPosRankSum=-3.285;SC=GGTATGTTACGCAATTTGGTT;SOR=0.665;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=144;TCF=54;TCR=90;TR=73;WE=21336833;WS=21336815;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:100,131:0.57:231
chr20	21346441	rs11467475	TATATA	T	127.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-0.524;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.979;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=2;PP=72;ReadPosRankSum=-0.000;SC=TTATGCCATATATATAATATA;SOR=1.447;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=1;TCR=4;TR=2;WE=21346453;WS=21346431;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,4:0.80:5
chr20	21362703	rs11476840	TA	T	5180.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=2.057;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=414;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.807;HP=4;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.256;NF=11;NR=80;PP=2963;ReadPosRankSum=0.967;SC=CAGGTAATATTAAAAGTAGAC;SOR=0.873;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=151;TCF=17;TCR=134;TR=91;WE=21362711;WS=21362693;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:172,220:0.56:392
chr20	21362758	rs6047417	T	G	2742.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.924;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.520;HP=4;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=64;PP=1614;ReadPosRankSum=-0.343;SC=GGGTTTATGGTTTTTATGGAA;SOR=0.743;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=154;TCF=45;TCR=109;TR=91;WE=21362766;WS=21362748;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:93,124:0.57:217
chr20	21687344	rs17861031	G	A	9301.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.591;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1382;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.135;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=141;NR=184;PP=2962;ReadPosRankSum=1.068;SC=GGGACTACAAGCAAGGAGACC;SOR=0.800;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=827;TCF=378;TCR=449;TR=325;WE=21687352;WS=21687334;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:848,510:0.38:1358
chr20	22562674	rs1212275	T	C	3676.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.705;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=453;ExcessHet=3.0103;FS=1.102;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.34;ReadPosRankSum=-1.803;SOR=0.607;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:251,190:0.43:441
chr20	23028724	rs1042579	G	A	16791.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=618;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=234;NR=203;PP=2965;SC=AATGTGGCGGGCAAGGGCCGA;SOR=0.792;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=438;TCF=235;TCR=203;TR=437;WE=23028732;WS=23028714;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,611:1.00:611
chr20	23064810	rs11087413	C	T	3652.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.454;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=285;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.990;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=86;NR=32;PP=2072;ReadPosRankSum=0.853;SC=AAACCTGGGCCTGCTCTTGCT;SOR=0.766;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=205;TCF=148;TCR=57;TR=118;WE=23064818;WS=23064800;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:114,159:0.58:273
chr20	23065209	rs3746731	G	A	5734.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.744;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=444;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.783;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=99;NR=97;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.195;SC=CAGACGCCTGGGGACCCACTG;SOR=0.550;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=326;TCF=156;TCR=170;TR=196;WE=23065217;WS=23065199;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:170,257:0.60:427
chr20	23065342	rs3746732	A	G	12494.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.763;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=488;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=153;NR=156;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.056;SC=CTGTTGCAGCACGGGGCACGG;SOR=0.723;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=311;TCF=154;TCR=157;TR=309;WE=23065350;WS=23065332;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,477:1.00:479
chr20	23345844	rs6048760	A	C	3163.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-1.477;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=249;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.004;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=41;ReadPosRankSum=0.750;SC=GAGATGGAGCAGGTTTCCAAA;SOR=0.614;SbPval=0.45;Source=Platypus;TCF=98;TR=95;WE=23345852;WS=23345834;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:99,146:0.60:245
chr20	23347553	rs999072	C	T	73.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.847;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=8.20;ReadPosRankSum=-0.508;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,4:0.44:9
chr20	23349607	rs3833333	CA	C	2942.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=2.156;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=319;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=10;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.909;NF=5;NR=96;PP=1342;ReadPosRankSum=-1.860;SC=TTAGTTTGGCCAAAAAAAAAA;SOR=0.679;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=173;TCF=6;TCR=167;TR=101;WE=23349616;WS=23349597;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:101,177:0.64:278
chr20	23358233	rs6083099	C	T	239.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-0.365;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.132;HP=5;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=11;PP=205;ReadPosRankSum=1.349;SC=TACTAACTTTCTTCATCATTT;SOR=2.147;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=25;TCF=2;TCR=23;TR=11;WE=23358241;WS=23358223;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,10:0.43:23
chr20	23360171	rs2224074	G	C	1905.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.503;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.543;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=42;PP=1182;ReadPosRankSum=-2.337;SC=AGTTCTGTAAGATGAAGTCCC;SOR=1.016;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=92;TCF=35;TCR=57;TR=61;WE=23360179;WS=23360161;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,81:0.66:122
chr20	23401904	rs200080949	ACCCC	A,ACC	20316.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DB;DP=575;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.06;QD=40.15;SOR=0.880;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:0,351,155:0.69,0.31:506
chr20	23424613	rs3746736	T	C	3303.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.710;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=282;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.440;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=46;PP=1538;ReadPosRankSum=-0.497;SC=GAAGATTGGCTGGACCAAATG;SOR=0.747;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=190;TCF=107;TCR=83;TR=108;WE=23424621;WS=23424603;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:124,154:0.55:278
chr20	23472391	rs2983288	A	G	6498.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=256;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=88;NR=61;PP=2677;SC=AGAATGAGACAGGGGTGCTGA;SOR=0.969;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=149;TCF=88;TCR=61;TR=149;WE=23472399;WS=23472381;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,251:1.00:251
chr20	23473522	rs202213134	AT	A	88.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.116;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FS=1.075;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.28;MQRankSum=3.267;QD=0.80;ReadPosRankSum=-1.197;SOR=0.477;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:89,22:0.20:111
chr20	23476412	.	CTT	C	1297.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.965;ClippingRankSum=0.000;DP=144;ExcessHet=3.0103;FS=6.949;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.76;ReadPosRankSum=0.032;SOR=0.232;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:66,67:0.50:133
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chr20	23586184	rs2983639	T	C	2424.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=41;NR=20;PP=1287;SC=AGACTAGACATCTTGGTCCCT;SOR=1.270;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=61;TCF=41;TCR=20;TR=61;WE=23586192;WS=23586174;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr20	23586360	rs2983640	G	A	8600.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=339;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=109;NR=115;PP=2965;SC=ACTGTGGCGAGGAACATAGGA;SOR=0.730;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=230;TCF=115;TCR=115;TR=224;WE=23586368;WS=23586350;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,330:1.00:330
chr20	23615819	.	TCA	T	513.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.364;ClippingRankSum=0.000;DP=246;ExcessHet=3.0103;FS=1.629;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.45;ReadPosRankSum=0.562;SOR=0.486;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:170,40:0.19:210
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chr20	23666690	rs2282378	C	G	589.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=2.445;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.853;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-2.989;NF=9;NR=21;PP=491;ReadPosRankSum=1.934;SC=TGAGATGTCACAGCCTGGGTG;SOR=1.431;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=77;TCF=29;TCR=48;TR=30;WE=23666698;WS=23666680;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,30:0.32:95
chr20	23669630	rs7267397	A	G	2248.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.915;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=290;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.413;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.158;NF=24;NR=54;PP=1270;ReadPosRankSum=-0.838;SC=GCAGAGCACAAAGCTGGAGCT;SOR=0.909;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=207;TCF=74;TCR=133;TR=78;WE=23669638;WS=23669620;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:170,111:0.40:281
chr20	23728342	rs2982	G	A	486.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=4.379;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-2.187;NF=20;NR=2;PP=388;ReadPosRankSum=0.037;SC=GTCTCTTGGCGCAGGCACATG;SOR=0.859;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=50;TCF=41;TCR=9;TR=22;WE=23728350;WS=23728332;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,21:0.43:49
chr20	23729722	rs3188314	G	T	36611.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=1358;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=431;NR=363;PP=2965;SC=TACATATGGTGCGGCCCACCT;SOR=0.813;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=795;TCF=432;TCR=363;TR=794;WE=23729730;WS=23729712;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,1357:1.00:1357
chr20	23731412	rs2070856	G	A	7796.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.133;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=623;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.545;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=70;NR=59;PP=2962;ReadPosRankSum=0.115;SC=GATGCCACCCGGGATTATCCT;SOR=0.752;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=358;TCF=191;TCR=167;TR=129;WE=23731434;WS=23731402;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:400,222:0.36:622
chr20	23731426	rs13045477	C	T	7641.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.634;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=609;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.545;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=69;NR=58;PP=2962;ReadPosRankSum=0.552;SC=TTATCCTATCCTCCTCCTTGG;SOR=0.757;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=353;TCF=185;TCR=168;TR=127;WE=23731434;WS=23731402;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:394,214:0.35:608
chr20	23731494	rs6076122	A	G	2620.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=3.503;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=353;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.967;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-2.883;NF=38;NR=67;PP=1633;ReadPosRankSum=1.363;SC=GTACTCAGATACTGGGCCATG;SOR=0.866;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=269;TCF=106;TCR=163;TR=105;WE=23731502;WS=23731484;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:219,133:0.38:352
chr20	23731560	rs6076123	C	T	1118.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=4.412;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-1.591;NF=5;NR=35;PP=722;ReadPosRankSum=0.029;SC=GGTGAGAGCCCGAGGCAGGGA;SOR=0.645;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=103;TCF=15;TCR=88;TR=40;WE=23731568;WS=23731550;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,49:0.42:116
chr20	23805832	rs6036548	G	A	7087.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=265;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=145;NR=64;PP=2965;SC=CCTGGGACCCGCATCAGGAAC;SOR=1.582;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=209;TCF=145;TCR=64;TR=209;WE=23805840;WS=23805822;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,256:1.00:256
chr20	23806929	rs58314206	A	C	1557.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=19;PP=952;ReadPosRankSum=1.013;SC=TGAAGGCCATAAGCAGAGAGT;SOR=0.706;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=154;TCF=108;TCR=46;TR=63;WE=23806937;WS=23806919;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:117,77:0.40:194
chr20	23807028	rs4407312	A	C	15363.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=580;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=176;NR=156;PP=2965;SC=GGCAACAAACAAGGCTGGGAC;SOR=0.775;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=332;TCF=176;TCR=156;TR=332;WE=23807036;WS=23807018;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,579:1.00:579
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chr20	24524245	rs4813519	A	G	5094.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=36;NR=110;PP=2965;SC=AGGCCCTCTAAGAATGTGTGA;SOR=1.914;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=146;TCF=36;TCR=110;TR=146;WE=24524253;WS=24524235;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,175:1.00:175
chr20	24645939	rs2892217	G	A	4764.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.005;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=403;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.768;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=81;NR=54;PP=2032;ReadPosRankSum=-2.227;SC=TGCTTGTTCCGACTTGCTTAC;SOR=0.636;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=250;TCF=152;TCR=98;TR=135;WE=24645947;WS=24645929;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:171,228:0.57:399
chr20	24937822	rs6050205	C	T	928.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.108;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.034;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=5;PP=629;ReadPosRankSum=-1.282;SC=AGGACACACACGCCAGCAGAG;SOR=0.922;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=56;TCF=48;TCR=8;TR=34;WE=24937830;WS=24937812;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,40:0.54:74
chr20	24938121	rs6050206	A	G	1198.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=1.718;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.410;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=41;PP=875;ReadPosRankSum=-0.099;SC=CTGGTCACATATCACGGACAC;SOR=1.225;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=91;TCF=15;TCR=76;TR=49;WE=24938129;WS=24938111;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,51:0.50:103
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chr20	24939590	rs1056033	G	C	1481.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.956;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=256;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=23;PP=557;ReadPosRankSum=0.442;SC=AATATATGCTGGAGGTGGAAA;SOR=0.711;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=157;TCF=84;TCR=73;TR=53;WE=24939598;WS=24939580;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:162,86:0.35:248
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chr20	24954162	rs66649227	AG	A	553.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-1.335;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=4;PP=514;ReadPosRankSum=1.264;SC=TCCATCTACTAGATGGTCAGA;SOR=0.478;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=35;TCF=27;TCR=8;TR=14;WE=24954170;WS=24954152;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,18:0.40:45
chr20	24959382	rs11087491	C	G	616.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.723;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=34.26;ReadPosRankSum=-0.213;SOR=0.346;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,14:0.78:18
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chr20	24959386	rs56312312	C	A	134.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.086;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.99;ReadPosRankSum=-1.200;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,8:0.30:27
chr20	24964348	rs6050232	T	C	251.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=-0.150;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.234;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=4;PP=170;ReadPosRankSum=-0.773;SC=ACAGGGAAAATACCATGCATA;SOR=0.039;SbPval=0.22;Source=Platypus;TC=18;TCF=14;TCR=4;TR=11;WE=24964356;WS=24964340;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,11:0.61:18
chr20	24964722	rs727964	G	A	559.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.343;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=14;PP=311;ReadPosRankSum=1.606;SC=TGGCTGGTCCGAAAGCCCTCC;SOR=0.602;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=8;TCR=23;TR=19;WE=24964730;WS=24964712;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,25:0.64:39
chr20	24973363	rs11087492	A	G	1080.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=3.490;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.227;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=28;PP=698;ReadPosRankSum=-0.098;SC=ACCACCTCACACTGAGCGGCG;SOR=1.506;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=60;TCF=15;TCR=45;TR=34;WE=24973371;WS=24973353;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,46:0.55:83
chr20	24987438	rs6083718	C	T	3639.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=80;NR=14;PP=2234;SC=TGGTTCTCACCGCCCCAACCA;SOR=2.683;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=94;TCF=80;TCR=14;TR=94;WE=24987446;WS=24987428;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr20	24989797	rs57913893	G	A	1293.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=2.374;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=13;PP=822;ReadPosRankSum=0.795;SC=GCTAGTGTCCGTTTTGATGCT;SOR=0.770;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=85;TCF=60;TCR=25;TR=50;WE=24989805;WS=24989787;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,58:0.62:94
chr20	24993053	rs45501494	G	A	689.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=3.595;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.242;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=3;PP=514;ReadPosRankSum=-0.217;SC=TCAGAAACCCGACCGAACACG;SOR=1.387;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=47;TCF=39;TCR=8;TR=27;WE=24993061;WS=24993043;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,29:0.57:51
chr20	24993220	rs56222810	A	G	4223.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.667;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=405;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=66;PP=1705;ReadPosRankSum=0.871;SC=GGAGGAGCTCATCTCCAGGAC;SOR=0.731;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=260;TCF=129;TCR=131;TR=129;WE=24993228;WS=24993210;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:190,212:0.53:402
chr20	24993414	rs6132785	T	C	2820.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.285;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.642;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=37;PP=1925;ReadPosRankSum=0.213;SC=CATGGAGGTGTAGGAGTGAAG;SOR=1.010;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=183;TCF=107;TCR=76;TR=100;WE=24993422;WS=24993404;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:103,121:0.54:224
chr20	24994003	rs6115000	G	C	331.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.610;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.727;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=2;PP=141;ReadPosRankSum=0.573;SC=GGAAAGCCAGGGAGGTACAGC;SOR=0.094;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=14;TCF=12;TCR=2;TR=9;WE=24994011;WS=24993993;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,14:0.70:20
chr20	24994275	rs6115001	G	A	2658.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.196;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.119;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=47;PP=1213;ReadPosRankSum=-1.323;SC=CCCCGGAGACGTTGCTGCCCT;SOR=0.794;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=122;TCF=52;TCR=70;TR=80;WE=24994283;WS=24994265;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,127:0.62:205
chr20	25000734	rs6115003	G	A	6998.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.632;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=599;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=107;NR=96;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.137;SC=CCGTTGGGGCGCCATAGAACT;SOR=0.692;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=363;TCF=192;TCR=171;TR=203;WE=25000742;WS=25000724;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:259,334:0.56:593
chr20	25004071	rs4813543	G	T	3134.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=58;NR=21;PP=1763;SC=ATATGACCTCGCCTCAAACTG;SOR=1.721;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=80;TCF=58;TCR=22;TR=79;WE=25004079;WS=25004061;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr20	25011423	rs6050259	T	C	9649.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.856;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=814;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.524;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=138;NR=128;PP=2962;ReadPosRankSum=0.532;SC=CCAAGGACTCTGCACTGAAGC;SOR=0.635;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=456;TCF=239;TCR=217;TR=266;WE=25011431;WS=25011413;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:351,457:0.57:808
chr20	25027331	rs6132792	G	A	960.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-4.873;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=1;PP=792;ReadPosRankSum=-0.139;SC=TTCGCAGGCAGATGGAGCTGG;SOR=1.140;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=46;TCF=45;TCR=1;TR=35;WE=25027339;WS=25027326;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,35:0.76:46
chr20	25027526	rs6083730	G	A	3455.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.260;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=589;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.91;ReadPosRankSum=-0.405;SOR=0.742;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:384,201:0.34:585
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chr20	25027692	rs6115015	G	A	267.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=0.941;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=11;PP=151;ReadPosRankSum=-0.627;SC=AGCATCACTCGTCTGCCTCCA;SOR=0.542;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=41;TCF=2;TCR=39;TR=12;WE=25027700;WS=25027682;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,14:0.29:49
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chr20	25190598	rs1007707	A	G	3149.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-1.848;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.567;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=78;PP=1855;ReadPosRankSum=-0.533;SC=GTTCAACTGCAGAATGTGTTC;SOR=0.634;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=166;TCF=46;TCR=120;TR=109;WE=25190606;WS=25190588;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,136:0.65:209
chr20	25193863	rs2076560	T	C	3631.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.713;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=325;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.413;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=43;PP=1852;ReadPosRankSum=-1.899;SC=TATGCTGCACTTGACAGACCC;SOR=0.652;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=197;TCF=120;TCR=77;TR=108;WE=25193871;WS=25193853;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:146,170:0.54:316
chr20	25193949	rs2076561	G	A	4917.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.446;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=425;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.523;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-1.139;NF=71;NR=70;PP=2085;ReadPosRankSum=1.187;SC=AGGACATTCCGTTCGACTTCT;SOR=0.646;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=250;TCF=123;TCR=127;TR=141;WE=25193957;WS=25193939;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:182,238:0.57:420
chr20	25195394	rs6050445	C	T	169.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.818;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.199;HP=6;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=0;PP=98;ReadPosRankSum=1.068;SC=CAGATTTTTTCGTTCTTCTCC;SOR=1.426;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=13;TCR=2;TR=6;WE=25195402;WS=25195384;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,8:0.42:19
chr20	25195509	rs6050446	A	G	4107.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=57;NR=46;PP=1837;SC=TTAGGTGAAAAAAGTATTTAA;SOR=0.857;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=103;TCF=57;TCR=46;TR=103;WE=25195517;WS=25195499;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,156:1.00:156
chr20	25197982	rs4815394	T	C	5189.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=101;NR=41;PP=2965;SC=ATTGGCTCCTTATTGCCTGCT;SOR=1.570;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=143;TCF=102;TCR=41;TR=142;WE=25197990;WS=25197972;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,181:1.00:181
chr20	25229231	rs2273473	C	G	213.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=0.201;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=6;PP=133;ReadPosRankSum=0.535;SC=GTCGGCGGGGCCCGGGCGTCC;SOR=0.458;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=13;TCF=2;TCR=11;TR=7;WE=25229239;WS=25229221;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,9:0.56:16
chr20	25239801	rs56219025	C	T	923.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.117;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.742;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=12;PP=535;ReadPosRankSum=-0.060;SC=CTTCATGGGTCGTGTCATCTC;SOR=0.592;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=75;TCF=49;TCR=26;TR=33;WE=25239809;WS=25239791;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,45:0.41:109
chr20	25255205	rs55654244	C	T	2268.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.272;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.391;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=26;PP=1292;ReadPosRankSum=0.986;SC=CTGAGGGTGCCCTCACAGCTG;SOR=0.536;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=123;TCF=84;TCR=39;TR=78;WE=25255213;WS=25255195;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,100:0.65:155
chr20	25257462	rs2424699	G	A	7485.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.984;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=648;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=88;NR=131;PP=2962;ReadPosRankSum=0.478;SC=CTCGCCCACAGCCTTTACCGC;SOR=0.747;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=409;TCF=170;TCR=239;TR=219;WE=25257470;WS=25257452;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:272,362:0.57:634
chr20	25258916	rs11466827	G	GCCCTGGGACTGGGTCATGGGGCATGTGCC	1418.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=2.264;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.515;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=0;PP=2897;ReadPosRankSum=-0.770;SC=GAGGAGAATGGCCCAGCCTGC;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=40;TCF=33;TCR=7;TR=11;WE=25258924;WS=25258906;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,25:0.43:58
chr20	25259200	rs2261109	T	C	2056.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=2.785;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.771;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=48;PP=1384;ReadPosRankSum=1.426;SC=AGTGGAATGGTACATGCCCCT;SOR=0.867;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=90;TCF=26;TCR=64;TR=67;WE=25259208;WS=25259190;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,83:0.68:122
chr20	25259807	rs2261115	G	A	3898.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.093;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=323;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=71;PP=1865;ReadPosRankSum=-0.737;SC=GGAAAAGGGCGGCACCTCCCC;SOR=0.703;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=214;TCF=89;TCR=125;TR=118;WE=25259815;WS=25259797;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:132,183:0.58:315
chr20	25260931	rs2227890	A	G	8104.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.401;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=720;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=129;NR=116;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.100;SC=AGACCTGTGCATACACCAACC;SOR=0.705;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=414;TCF=218;TCR=196;TR=245;WE=25260939;WS=25260921;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:319,397:0.55:716
chr20	25261784	rs2261747	G	A	4395.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.912;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=341;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.078;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=90;PP=2236;ReadPosRankSum=-2.057;SC=GGCCAGCTCTGTCTGACACCC;SOR=0.876;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=224;TCF=82;TCR=142;TR=138;WE=25261792;WS=25261774;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:130,200:0.61:330
chr20	25262536	rs10582106	TCTC	T	709.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.015;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.360;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.026;NF=7;NR=4;PP=472;ReadPosRankSum=-2.254;SC=GTCACTCTGTTCTCCTTAGAA;SOR=0.399;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=23;TCF=16;TCR=7;TR=11;WE=25262546;WS=25262526;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,20:0.51:39
chr20	25262789	rs2261790	T	C	734.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=3.076;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.155;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=20;PP=488;ReadPosRankSum=-0.848;SC=TGGAGGTGAGTCCCGGGCCCC;SOR=1.009;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=46;TCF=13;TCR=33;TR=27;WE=25262797;WS=25262779;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,30:0.58:52
chr20	25263648	rs2145126	G	A	365.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-3.245;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.407;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=4;PP=234;ReadPosRankSum=-1.368;SC=AGGGGCTGCTGGGGTAACCCT;SOR=0.172;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=26;TCF=21;TCR=5;TR=15;WE=25263656;WS=25263638;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,17:0.63:27
chr20	25264664	rs2257705	T	C	1785.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.865;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=22;PP=979;ReadPosRankSum=1.355;SC=ACAGGGCACTTGAAGCAGGAA;SOR=0.758;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=105;TCF=68;TCR=37;TR=65;WE=25264672;WS=25264654;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,78:0.58:135
chr20	25264814	rs2227892	T	C	4204.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.662;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=324;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.595;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=57;PP=1303;ReadPosRankSum=-2.076;SC=CCATGTTCGATGTGCATGTGA;SOR=0.742;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=185;TCF=89;TCR=96;TR=104;WE=25264822;WS=25264804;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:112,203:0.64:315
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chr20	25268920	rs3002702	T	C	3296.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=1.127;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=261;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.471;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=45;PP=1875;ReadPosRankSum=1.065;SC=TGTGCCACTGTCACCCGTGTC;SOR=0.755;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=196;TCF=111;TCR=85;TR=108;WE=25268928;WS=25268910;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:102,148:0.59:250
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chr20	25273362	rs2281562	G	A	1647.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.610;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=39;PP=948;ReadPosRankSum=1.182;SC=GTGTGCTAGGGTCAGTGCCCA;SOR=0.698;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=87;TCF=26;TCR=61;TR=56;WE=25273370;WS=25273352;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,76:0.61:124
chr20	25274951	rs13042337	G	A	1933.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.875;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FS=1.681;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.72;ReadPosRankSum=0.762;SOR=0.887;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:97,55:0.36:152
chr20	25274953	rs13043183	T	G	1933.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.028;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FS=2.937;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.34;ReadPosRankSum=1.135;SOR=1.068;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:92,53:0.37:145
chr20	25275553	rs16436	GTTAGTT	G	1840.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.172;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.917;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=11;PP=1094;ReadPosRankSum=-0.073;SC=CTGCCTTTGGGTTAGTTTTAG;SOR=0.518;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=44;TCF=23;TCR=21;TR=22;WE=25275566;WS=25275543;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,47:0.59:79
chr20	25275843	rs2258719	C	T	809.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=4.075;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.583;HP=2;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=28;PP=585;ReadPosRankSum=1.532;SC=AGACTTAAGACGGCAAATGGA;SOR=1.933;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=48;TCF=4;TCR=44;TR=29;WE=25275851;WS=25275833;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,32:0.63:51
chr20	25276297	rs1130694	G	A	3681.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.929;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=299;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.431;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=50;PP=1591;ReadPosRankSum=-1.478;SC=AGGTGGACCAGCTGTACCGGG;SOR=0.642;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=192;TCF=105;TCR=87;TR=110;WE=25276305;WS=25276287;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:120,175:0.59:295
chr20	25276343	rs2258728	G	A	3220.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.417;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=290;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.412;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=54;PP=1624;ReadPosRankSum=1.471;SC=GGGAGCAGCTGGGTGGGTCCA;SOR=0.786;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=187;TCF=89;TCR=98;TR=103;WE=25276351;WS=25276333;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:130,155:0.54:285
chr20	25281398	rs2424708	C	T	2011.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=3.080;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.424;HP=5;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=18;PP=1263;ReadPosRankSum=0.958;SC=GCCGGCCCCCCGGGGCTTCAG;SOR=0.855;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=131;TCF=98;TCR=33;TR=72;WE=25281406;WS=25281388;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,83:0.54:154
chr20	25282944	rs10966	A	G	777.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=2.196;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.824;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=14;PP=367;ReadPosRankSum=0.878;SC=GAACTTTGAAATCTCGGAAGC;SOR=0.718;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=60;TCF=30;TCR=30;TR=27;WE=25282952;WS=25282934;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,40:0.48:84
chr20	25284343	rs2260197	T	C	3001.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.020;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=267;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.457;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=58;PP=1303;ReadPosRankSum=-1.194;SC=GGCAGGGATCTGGGTTCAGGG;SOR=0.736;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=161;TCF=63;TCR=98;TR=96;WE=25284351;WS=25284333;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:115,146:0.56:261
chr20	25288505	rs884613	C	T	145.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.025;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=12.15;ReadPosRankSum=-1.599;SOR=1.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,7:0.58:12
chr20	25288632	rs6107027	G	A	791.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=-0.677;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=10;PP=233;ReadPosRankSum=-0.179;SC=TAGCTTCTTCGCGGATATTAG;SOR=0.633;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=69;TCF=41;TCR=28;TR=24;WE=25288640;WS=25288622;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,46:0.37:123
chr20	25295787	rs2297496	T	C	604.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-3.493;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=28;PP=493;ReadPosRankSum=-0.040;SC=AGATGCCAACTGCCACTGCAG;SOR=0.569;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=70;TCF=9;TCR=61;TR=32;WE=25295795;WS=25295777;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,30:0.42:71
chr20	25301022	rs2274890	G	A	1277.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-1.891;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.011;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=28;PP=652;ReadPosRankSum=0.885;SC=GCGACTGCACGTGGTGTTACT;SOR=0.402;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=72;TCF=20;TCR=52;TR=40;WE=25301030;WS=25301012;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,58:0.62:94
chr20	25303932	rs62213662	G	A	1086.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.740;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.616;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=14;PP=647;ReadPosRankSum=0.295;SC=CCTGCTGCTGGAGGGGCTGCA;SOR=0.782;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=117;TCF=80;TCR=37;TR=45;WE=25303940;WS=25303922;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:111,59:0.35:170
chr20	25320228	rs6050544	T	A	3250.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.136;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=523;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=46;PP=1448;ReadPosRankSum=-0.808;SC=TTGAAAGACATAGAAATAGCT;SOR=0.666;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=332;TCF=191;TCR=141;TR=107;WE=25320236;WS=25320218;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:327,180:0.36:507
chr20	25371112	rs139848340	GGCCCCC	G	2880.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.878;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FS=7.490;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.13;MQRankSum=0.261;QD=42.36;ReadPosRankSum=-0.018;SOR=0.766;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,66:0.97:68
chr20	25371125	rs77202707	C	G	2909.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-3.494;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.11;MQRankSum=0.278;QD=39.32;ReadPosRankSum=2.835;SOR=0.554;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:4,70:0.95:74
chr20	25371378	rs145380090	G	GGCCTCCGCC	475.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=0.913;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=2.457;NF=1;NR=8;PP=2312;ReadPosRankSum=-0.069;SC=GGCGCCCGCTGGCCTGCGCCG;SOR=0.693;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=20;TCF=1;TCR=19;TR=9;WE=25371386;WS=25371368;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,14:0.50:28
chr20	25388598	rs200629740	T	TCC	2047.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.080;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.724;NF=2;NR=35;PP=1364;ReadPosRankSum=0.534;SC=GCGGGGCGGCTCCCCGTCAGG;SOR=0.687;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=110;TCF=6;TCR=104;TR=37;WE=25388606;WS=25388588;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:89,61:0.41:150
chr20	25398790	rs6076347	G	A	1946.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.698;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=364;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.861;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=45;PP=981;ReadPosRankSum=-1.289;SC=ATATGGTAGCGTCTTGCCAAA;SOR=0.769;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=227;TCF=97;TCR=130;TR=78;WE=25398798;WS=25398780;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:247,114:0.32:361
chr20	25398876	rs4815425	G	C	1165.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=2.205;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.082;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=26;PP=658;ReadPosRankSum=-0.244;SC=AAATGCTAAAGTTCTGGCATT;SOR=0.518;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=122;TCF=43;TCR=79;TR=43;WE=25398884;WS=25398866;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:106,59:0.36:165
chr20	25426693	rs5841057	CA	C	4957.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.861;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=265;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.961;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=50;PP=2537;ReadPosRankSum=-1.432;SC=CTCTCTCCACCACTCCCTTCA;SOR=0.762;SbPval=0.19;Source=Platypus;TC=111;TCF=18;TCR=93;TR=64;WE=25426701;WS=25426680;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:117,144:0.55:261
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chr20	25442097	rs6107047	G	A	606.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-3.402;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=5;PP=375;ReadPosRankSum=-0.502;SC=CGTTGGCACTGCGGTGATGCT;SOR=0.567;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=45;TCF=36;TCR=9;TR=24;WE=25442105;WS=25442087;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,27:0.56:48
chr20	25443278	rs113237945	A	ATTTGTTTTGT	462.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.404;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.719;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=4;PP=1526;ReadPosRankSum=3.882;SC=TTAAGTAGTCATTTGTTTTGT;SOR=1.179;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=0;TCR=14;TR=4;WE=25443286;WS=25443268;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,12:0.57:21
chr20	25447896	rs404394	A	G	807.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-2.427;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.632;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=3;PP=516;ReadPosRankSum=0.532;SC=CCTGGGGGCCAGTCAGCAACT;SOR=1.189;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=49;TCF=44;TCR=5;TR=32;WE=25447904;WS=25447886;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,37:0.65:57
chr20	25447931	rs404148	A	G	1851.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=2.425;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=15;PP=1239;ReadPosRankSum=0.525;SC=TTAGAAGAATATTCTCTACTT;SOR=0.747;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=104;TCF=82;TCR=22;TR=65;WE=25447939;WS=25447921;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,74:0.61:122
chr20	25456888	rs437635	A	G	4710.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.908;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=394;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.232;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=67;NR=85;PP=2602;ReadPosRankSum=-0.877;SC=CAACCTCCACACTGTGCTTGT;SOR=0.557;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=254;TCF=106;TCR=148;TR=152;WE=25456896;WS=25456878;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:173,218:0.56:391
chr20	25457022	rs6115193	T	C	4069.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.887;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=303;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.406;HP=4;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.421;NF=74;NR=57;PP=2053;ReadPosRankSum=0.340;SC=GCCTGTCCCCTGCACGAAGCG;SOR=0.604;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=219;TCF=126;TCR=93;TR=131;WE=25457030;WS=25457012;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:121,182:0.60:303
chr20	25457049	rs68078266	GCTCCCA	G	7818.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.779;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=362;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQ=60.12;MQRankSum=1.781;NF=43;NR=61;PP=2942;ReadPosRankSum=0.604;SC=CTCAGGGGTGGCTCCCACATC;SOR=0.703;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=187;TCF=80;TCR=107;TR=104;WE=25457062;WS=25457039;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:156,199:0.56:355
chr20	25459764	rs11905437	T	G	5915.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-2.238;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=464;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=83;NR=93;PP=2616;ReadPosRankSum=-0.286;SC=ACCTCGCGCCTGCGAGCCTGC;SOR=0.738;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=291;TCF=138;TCR=153;TR=176;WE=25459772;WS=25459754;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:175,281:0.62:456
chr20	25459919	rs84816	G	A	1883.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=0.097;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=44;PP=1138;ReadPosRankSum=0.674;SC=ACAGAAACACGAAGCTGCCTG;SOR=0.693;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=110;TCF=35;TCR=75;TR=64;WE=25459927;WS=25459909;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,82:0.60:136
chr20	25470056	rs431579	T	C	1219.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-5.262;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.117;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=38;PP=683;ReadPosRankSum=-0.554;SC=GCCCAGCTTCTGCCAACACCA;SOR=0.517;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=78;TCF=7;TCR=71;TR=40;WE=25470064;WS=25470046;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,56:0.59:95
chr20	25479058	rs400357	A	G	890.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.150;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.881;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=14;PP=308;ReadPosRankSum=-2.665;SC=TCCCTCCCTGATCCAGGGCCT;SOR=0.990;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=44;TCF=17;TCR=27;TR=20;WE=25479066;WS=25479048;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,42:0.54:78
chr20	25520691	rs73111222	T	A	3825.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.843;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=325;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.342;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-1.999;NF=66;NR=53;PP=1765;ReadPosRankSum=0.420;SC=AGTTTCTTCTTCATGCAAACT;SOR=0.611;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=208;TCF=116;TCR=92;TR=119;WE=25520699;WS=25520681;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:137,182:0.57:319
chr20	25520827	rs11472175	A	AAC	10163.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=248;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=8;NR=84;PP=2930;SC=GATAAAAAGCAACAGTTTCTC;SOR=1.164;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=101;TCF=9;TCR=92;TR=92;WE=25520835;WS=25520817;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,234:1.00:234
chr20	25666642	rs6115256	C	T	3895.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.823;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=321;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.729;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=67;NR=55;PP=1882;ReadPosRankSum=-0.921;SC=CTAGTGAGACCAGGTGGCTGT;SOR=0.808;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=213;TCF=110;TCR=103;TR=122;WE=25666650;WS=25666632;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:131,181:0.58:312
chr20	25755526	rs112684378	C	T	103.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.852;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=3.545;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.38;MQRankSum=-3.798;QD=3.14;ReadPosRankSum=1.810;SOR=0.605;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,9:0.27:33
chr20	25755558	rs113169583	G	T	224.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.661;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=6.198;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.82;MQRankSum=-5.133;QD=7.02;ReadPosRankSum=1.561;SOR=0.508;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,9:0.28:32
chr20	25755574	.	G	A	187.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.861;ClippingRankSum=0.000;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=4.192;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.75;MQRankSum=-4.723;QD=6.71;ReadPosRankSum=-0.160;SOR=0.614;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,7:0.25:28
chr20	25755583	.	C	T	190.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.570;ClippingRankSum=0.000;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=4.210;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.17;MQRankSum=-5.042;QD=5.96;ReadPosRankSum=-0.936;SOR=0.595;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,7:0.22:32
chr20	25755585	.	C	T	187.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.340;ClippingRankSum=0.000;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=6.787;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.07;MQRankSum=-4.965;QD=6.06;ReadPosRankSum=-1.515;SOR=0.565;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,7:0.23:31
chr20	25755671	rs6076387	G	A	422.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=1.208;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.981;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-2.253;NF=10;NR=9;PP=248;ReadPosRankSum=0.629;SC=GCCCTGGCCCGGGAGCAGGAC;SOR=0.520;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=43;TCF=24;TCR=19;TR=19;WE=25755679;WS=25755661;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,24:0.38:64
chr20	25755984	rs368432091	AAGAAAG	A	33.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.562;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FS=16.117;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.74;MQRankSum=-9.414;QD=0.21;ReadPosRankSum=-1.746;SOR=1.660;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:148,14:0.09:162
chr20	25755988	.	AAG	A	274.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.478;ClippingRankSum=0.000;DP=169;ExcessHet=3.0103;FS=3.412;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.69;MQRankSum=-2.218;QD=2.18;ReadPosRankSum=1.112;SOR=1.229;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:105,21:0.17:126
chr20	25829184	rs74788234	A	G	1361.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=6.099;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=32;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-9.155;NF=44;NR=6;PP=997;ReadPosRankSum=4.552;SC=GTTATGAGGGATGCTGCCTCT;SOR=0.696;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=134;TCF=115;TCR=19;TR=50;WE=25829192;WS=25829179;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:92,51:0.36:143
chr20	25829290	rs75735480	G	T	2670.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.261;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=742;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=33;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-21.974;NF=111;NR=86;PP=2640;ReadPosRankSum=5.303;SC=GGGGATGATAGGCTTACATGG;SOR=0.667;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=574;TCF=330;TCR=244;TR=197;WE=25829300;WS=25829280;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:628,108:0.15:736
chr20	25829292	rs76588078	C	T	2423.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.798;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=747;ExcessHet=3.0103;FS=1.627;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.45;MQRankSum=-21.235;QD=3.25;ReadPosRankSum=5.304;SOR=0.546;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:639,107:0.14:746
chr20	25829312	rs78355493	G	T	2398.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.388;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=857;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.62;MQRankSum=-23.037;QD=2.81;ReadPosRankSum=3.274;SOR=0.634;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:740,115:0.13:855
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chr20	29628488	rs11152459	C	T	815.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.282;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.61;MQRankSum=-0.778;QD=5.59;ReadPosRankSum=1.685;SOR=0.614;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:104,42:0.29:146
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chr20	29630695	rs6087171	C	A	6662.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-0.461;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1326;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.202;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=6.927;NF=122;NR=107;PP=2962;ReadPosRankSum=3.494;SC=CATTTAATTGCAAGCTCTCCT;SOR=0.601;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=739;TCF=422;TCR=317;TR=229;WE=29630703;WS=29630685;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:914,402:0.31:1316
chr20	29630697	rs73605239	A	G	135.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.513;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1339;ExcessHet=3.0103;FS=6.879;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.85;MQRankSum=-35.863;QD=0.10;ReadPosRankSum=-9.555;SOR=1.493;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1217,112:0.08:1329
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chr20	29632519	rs76216438	GA	G	366.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.122;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=24.561;HP=6;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-7.419;NF=29;NR=0;PP=665;ReadPosRankSum=-4.999;SC=TTTAATAAGTGAAAAAAGAAA;SOR=4.505;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=88;TCF=77;TCR=11;TR=29;WE=29632527;WS=29632509;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,24:0.33:73
chr20	29632543	rs9647042	T	C	953.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=3.187;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=14.377;HP=4;HapScore=1;MGOF=31;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-7.522;NF=48;NR=4;PP=905;ReadPosRankSum=-1.012;SC=ACAGTATTTATAAATTTAATA;SOR=2.035;SbPval=0.96;Source=Platypus;TC=159;TCF=133;TCR=26;TR=52;WE=29632551;WS=29632533;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:121,48:0.28:169
chr20	29632564	rs2379677	G	A	6186.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=-0.339;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=316;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.800;HP=2;HapScore=1;MGOF=29;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-11.114;NF=172;NR=40;PP=2962;ReadPosRankSum=-2.042;SC=GTAAATATGTGTAATCAGAGT;SOR=1.209;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=266;TCF=210;TCR=56;TR=212;WE=29632578;WS=29632554;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,246:0.79:312
chr20	29632593	rs112146379	A	G	817.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.913;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=669;ExcessHet=3.0103;FS=0.722;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.51;MQRankSum=-2.023;QD=1.25;ReadPosRankSum=1.236;SOR=0.817;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:551,103:0.16:654
chr20	29632605	.	T	C	89.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.589;ClippingRankSum=0.000;DP=846;ExcessHet=3.0103;FS=5.952;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.05;MQRankSum=-11.408;QD=0.11;ReadPosRankSum=-3.493;SOR=1.496;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:771,58:0.07:829
chr20	29632611	.	AAAG	A	2286	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.61;FR=0.5000;HP=2;HapScore=1;MGOF=41;MMLQ=26;MQ=47.79;NF=98;NR=91;PP=2286;QD=12.2433862434;SC=TTCTTTGCAGAAAGAAATTTC;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=408;TCF=194;TCR=214;TR=189;WE=29632621;WS=29632583;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:219,189:0.46:408
chr20	29632638	rs9647043	C	A	5351.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.570;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1135;ExcessHet=3.0103;FS=0.575;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.06;MQRankSum=4.813;QD=4.74;ReadPosRankSum=1.627;SOR=0.759;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:792,337:0.30:1129
chr20	29632674	rs138867112	T	TA	6440.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=1.135;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1216;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.183;HP=5;HapScore=1;MGOF=48;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=6.813;NF=63;NR=164;PP=2971;ReadPosRankSum=-1.227;SC=GTAAAATTCTTAAAAAGGCTC;SOR=0.791;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=508;TCF=124;TCR=384;TR=227;WE=29632682;WS=29632652;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:794,373:0.32:1167
chr20	29632709	rs78816635	C	T	4192.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.363;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=967;ExcessHet=3.0103;FS=0.714;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.39;MQRankSum=-5.113;QD=4.39;ReadPosRankSum=0.677;SOR=0.852;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:794,161:0.17:955
chr20	29632714	rs76788819	C	A	4286.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.834;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=900;ExcessHet=3.0103;FS=0.686;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.45;MQRankSum=-5.842;QD=4.81;ReadPosRankSum=-1.014;SOR=0.793;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:734,158:0.18:892
chr20	29632715	rs74765991	T	G	4275.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.701;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=887;ExcessHet=3.0103;FS=0.707;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.41;MQRankSum=-6.013;QD=4.86;ReadPosRankSum=-0.820;SOR=0.799;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:726,154:0.17:880
chr20	29632726	rs138922778	CTATT	C	2557.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=0.686;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=766;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=44;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-10.788;NF=24;NR=151;PP=2970;ReadPosRankSum=-0.301;SC=GGACAGGTAGCTATTTATTTA;SOR=0.650;SbPval=0.21;Source=Platypus;TC=415;TCF=45;TCR=370;TR=175;WE=29632737;WS=29632699;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:567,107:0.16:674
chr20	29632761	rs6057390	T	C	10444.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=2.885;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=420;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=49;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-10.402;NF=87;NR=226;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.184;SC=TTTCAGTAGCTAATAGAAATG;SOR=0.711;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=398;TCF=111;TCR=287;TR=313;WE=29632790;WS=29632739;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:102,317:0.76:419
chr20	29632775	.	T	A	125.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.236;ClippingRankSum=0.000;DP=340;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.98;MQRankSum=-2.639;QD=0.37;ReadPosRankSum=2.412;SOR=0.578;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:309,30:0.09:339
chr20	29632782	.	A	T	245.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.631;ClippingRankSum=0.000;DP=295;ExcessHet=3.0103;FS=3.161;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.96;MQRankSum=-2.651;QD=0.83;ReadPosRankSum=1.755;SOR=0.379;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:264,31:0.11:295
chr20	29633770	rs73621653	T	TAA	310.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.029;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=4;MGOF=34;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-5.528;NF=21;NR=1;PP=663;ReadPosRankSum=-0.739;SC=TATTTTAATATGTGTTGTGGT;SOR=0.650;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=35;TCF=34;TCR=1;TR=22;WE=29633778;WS=29633756;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,10:0.30:33
chr20	29633794	rs10084493	C	A	329.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.866;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.21;MQRankSum=-6.163;QD=6.11;ReadPosRankSum=1.357;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,13:0.24:54
chr20	29633847	.	ATGGCAT	AGGCAT,A	1331.73	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;ALERT;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.090;ClippingRankSum=0.000;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=46;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=5.939;NF=40;NR=27;PP=2427;ReadPosRankSum=3.961;SC=TTGAATATATATGGCATGTTT;SOR=0.651;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=149;TCF=94;TCR=55;TR=67;WE=29633869;WS=29633837;set=Intersection	GT:AF:DP	0/1:0.23:195
chr20	29633849	rs374283656	GGC	G	1358.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.599;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.49;MQRankSum=5.869;QD=6.56;ReadPosRankSum=3.988;SOR=0.643;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:163,44:0.21:207
chr20	29633853	.	T	TTA	1433.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=1.405;ClippingRankSum=0.000;DP=211;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.55;MQRankSum=5.905;QD=6.86;ReadPosRankSum=3.525;SOR=0.692;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:164,45:0.22:209
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chr20	29652254	rs77357187	G	A	1396.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.781;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=525;ExcessHet=3.0103;FS=0.691;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.61;MQRankSum=-2.045;QD=2.67;ReadPosRankSum=0.354;SOR=0.801;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:415,108:0.21:523
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chr20	29966362	rs2206383	A	C	750.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=4.301;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=24;PP=555;ReadPosRankSum=-0.130;SC=AACTGAGAGCAACCCAAGTTG;SOR=0.782;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=57;TCF=6;TCR=51;TR=27;WE=29966370;WS=29966352;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,29:0.46:63
chr20	29977156	rs2295500	G	A	1544.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-2.975;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=47;PP=1065;ReadPosRankSum=-1.346;SC=AGTGAGTAATGCCAGACCCAG;SOR=0.684;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=87;TCF=14;TCR=73;TR=57;WE=29977164;WS=29977146;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,64:0.64:100
chr20	29978104	rs117457030	G	A	548.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-0.615;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=5;PP=353;ReadPosRankSum=-0.129;SC=ATGATCCTGGGCAAACCTCCC;SOR=0.765;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=56;TCF=42;TCR=14;TR=22;WE=29978112;WS=29978094;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,26:0.41:64
chr20	29978216	rs2206381	T	C	2672.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.341;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=236;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.898;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=39;PP=1272;ReadPosRankSum=-0.409;SC=CCGAGAGAGGTTCACGTTACC;SOR=0.527;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=133;TCF=70;TCR=63;TR=77;WE=29978224;WS=29978206;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:108,126:0.54:234
chr20	30037783	rs2273468	C	T	3907.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.899;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=356;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.386;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=46;PP=1456;ReadPosRankSum=1.338;SC=AAATCCGGAGCCTACTTGTTA;SOR=0.731;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=209;TCF=115;TCR=94;TR=105;WE=30037791;WS=30037773;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:162,191:0.54:353
chr20	30053255	rs6059440	G	A	1222.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.553;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.844;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=11;PP=549;ReadPosRankSum=-0.868;SC=CAGGCGAGCAGGCAGAAAGAA;SOR=1.027;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=109;TCF=74;TCR=35;TR=44;WE=30053263;WS=30053245;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:94,67:0.42:161
chr20	30060720	rs111402081	G	GCA	2318.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.492;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=378;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.509;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=36;PP=1533;ReadPosRankSum=-1.608;SC=GCACACATGTGCACACACACA;SOR=0.747;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=155;TCF=42;TCR=113;TR=51;WE=30060731;WS=30060710;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:233,100:0.30:333
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chr20	30070239	rs2233832	C	A	2271.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.281;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=305;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.420;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=44;PP=1056;ReadPosRankSum=-0.188;SC=TGCCCATCATCCTCGTGGGCA;SOR=0.596;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=197;TCF=76;TCR=121;TR=76;WE=30070247;WS=30070229;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:180,120:0.40:300
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chr20	30438483	rs41287076	G	T	2264.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.952;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=389;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.801;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=48;PP=1125;ReadPosRankSum=0.473;SC=TGGCACCCTGGTGAAGGAGAG;SOR=0.639;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=228;TCF=118;TCR=110;TR=96;WE=30438491;WS=30438473;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:251,136:0.35:387
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chr20	30618787	rs6061112	T	C	1917.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.100;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=268;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.476;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=25;PP=936;ReadPosRankSum=0.072;SC=GGACTCACCATGCCCCTCGGC;SOR=0.733;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=184;TCF=119;TCR=65;TR=72;WE=30618795;WS=30618777;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:165,98:0.37:263
chr20	30661297	rs2297304	G	A	776.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.890;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.071;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=21;PP=403;ReadPosRankSum=-1.054;SC=CCTCTGAAGTGCTTTGCGCAG;SOR=1.114;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=65;TCF=20;TCR=45;TR=28;WE=30661305;WS=30661287;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,38:0.44:86
chr20	30671875	rs242607	C	T	2186.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.866;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.337;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=44;PP=1079;ReadPosRankSum=-0.675;SC=GTGACATCCCCACCACGATGG;SOR=0.554;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=121;TCF=42;TCR=79;TR=68;WE=30671883;WS=30671865;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,99:0.63:158
chr20	30681999	rs6121337	T	C	650.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=4.792;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.316;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=22;PP=541;ReadPosRankSum=0.035;SC=CACTCAGAGATTTTGAGGAGA;SOR=2.342;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=37;TCF=3;TCR=34;TR=23;WE=30682007;WS=30681989;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,23:0.57:40
chr20	30729488	rs6089193	T	C	4216.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.207;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=595;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=72;PP=2231;ReadPosRankSum=1.365;SC=CCTGTGCTCCTTGCTGCCTCA;SOR=0.659;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=385;TCF=183;TCR=202;TR=138;WE=30729496;WS=30729478;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:363,220:0.38:583
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chr20	30746248	rs6061195	T	C	1409.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.137;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.333;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=30;PP=600;ReadPosRankSum=0.741;SC=TCTCGTTCTGTGGCAGCATCC;SOR=0.855;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=134;TCF=62;TCR=72;TR=53;WE=30746256;WS=30746238;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:147,82:0.36:229
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chr20	30777800	rs11907716	T	C	1886.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-1.614;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=313;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQ=59.98;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=49;PP=749;ReadPosRankSum=-1.004;SC=CGCTGGCTCCTGCCCGAGTCC;SOR=0.709;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=194;TCF=62;TCR=132;TR=71;WE=30777808;WS=30777790;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:194,110:0.36:304
chr20	30777860	rs11907235	A	G	1053.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.014;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.697;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQ=59.97;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=26;PP=556;ReadPosRankSum=-0.556;SC=GGACCCGGCCATTTTCCAGGC;SOR=0.916;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=122;TCF=46;TCR=76;TR=40;WE=30777868;WS=30777850;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:142,62:0.30:204
chr20	30795819	rs1923095	T	C	5222.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-0.715;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=647;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.109;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=77;NR=74;PP=1943;ReadPosRankSum=1.722;SC=CGGGGATGCCTGCGGGCTCCT;SOR=0.601;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=348;TCF=187;TCR=161;TR=151;WE=30795827;WS=30795809;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:365,276:0.43:641
chr20	30897740	.	C	T	1705.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.342;ClippingRankSum=0.000;DP=314;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.369;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=30;PP=1056;ReadPosRankSum=1.732;SC=CCATGAAATGCCCAAGACCTT;SOR=0.896;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=213;TCF=117;TCR=96;TR=72;WE=30897748;WS=30897730;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:213,95:0.31:308
chr20	30914706	rs3746606	C	T	190.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.167;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=3.055;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.54;ReadPosRankSum=-1.152;SOR=0.320;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,13:0.31:42
chr20	30954295	rs2295454	A	G	3015.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.017;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=457;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=57;PP=1223;ReadPosRankSum=0.941;SC=GTTGCTTAACATGAGGGTTTC;SOR=0.726;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=281;TCF=124;TCR=157;TR=102;WE=30954303;WS=30954285;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:282,171:0.38:453
chr20	30959704	rs2424879	A	G	1989.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=1.301;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.629;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=28;PP=914;ReadPosRankSum=-0.376;SC=CTGGCCCTCTATTATCTCATA;SOR=0.760;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=74;TCF=36;TCR=38;TR=52;WE=30959712;WS=30959694;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,91:0.63:145
chr20	31016314	rs3818190	A	G	260.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.661;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.124;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=11;PP=185;ReadPosRankSum=1.111;SC=AGCTGTGAACATGTTCAGAGA;SOR=1.371;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=29;TCF=4;TCR=25;TR=12;WE=31016322;WS=31016304;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,12:0.43:28
chr20	31019024	rs2295765	C	T	12843.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=480;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=159;NR=137;PP=2965;SC=GCAGATAACTCCTGGGTAGCT;SOR=0.803;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=299;TCF=160;TCR=139;TR=296;WE=31019032;WS=31019014;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,479:1.00:479
chr20	31022959	rs6058694	T	C	6482.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=242;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=79;NR=82;PP=2965;SC=GGTCCCATTCTGTCTCTAGTG;SOR=0.727;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=161;TCF=79;TCR=82;TR=161;WE=31022967;WS=31022949;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,238:1.00:238
chr20	31024274	rs4911231	T	C	2309.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.257;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=324;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.385;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=48;PP=1232;ReadPosRankSum=-1.161;SC=CACAGGACAGTAATTCAAATG;SOR=0.604;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=227;TCF=94;TCR=133;TR=83;WE=31024282;WS=31024264;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:196,121:0.38:317
chr20	31025163	rs2295764	A	G	1154.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.432;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.061;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=30;PP=641;ReadPosRankSum=0.201;SC=CATGGGAAACATTGTATATTT;SOR=0.920;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=103;TCF=39;TCR=64;TR=46;WE=31025171;WS=31025153;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:97,63:0.39:160
chr20	31025231	rs2295763	T	C	444.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=1.896;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.266;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=14;PP=309;ReadPosRankSum=-1.662;SC=ATCATTGATATAATACTCTTT;SOR=0.429;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=49;TCF=12;TCR=37;TR=20;WE=31025239;WS=31025221;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,21:0.40:52
chr20	31074372	rs6141734	G	A	1203.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.030;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.634;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=9;PP=585;ReadPosRankSum=-1.616;SC=TGGGACTCTGGTTTGCCATTA;SOR=1.250;SbPval=0.94;Source=Platypus;TC=116;TCF=77;TCR=39;TR=43;WE=31074380;WS=31074362;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,59:0.41:145
chr20	31097877	rs293566	T	C	280.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.923;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.183;HP=2;HapScore=2;MGOF=35;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=8;PP=145;ReadPosRankSum=-0.295;SC=CTCCTGCAGCTCAAACTACTT;SOR=0.105;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=19;TCF=1;TCR=18;TR=9;WE=31097885;WS=31097867;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,12:0.55:22
chr20	31099311	rs159428	T	C	1297.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.980;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=21;PP=491;ReadPosRankSum=-0.095;SC=GCGGGCCTGTTGCCCACATGG;SOR=0.721;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=89;TCF=39;TCR=50;TR=38;WE=31099319;WS=31099301;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,67:0.45:150
chr20	31108805	rs6141745	T	A	1203.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.887;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.259;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=33;PP=648;ReadPosRankSum=-0.917;SC=GGTCTGAGCTTTGGTGGCAGG;SOR=1.012;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=145;TCF=54;TCR=91;TR=50;WE=31108813;WS=31108795;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:148,69:0.32:217
chr20	31291161	rs9421	C	T	1146.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.082;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=10;PP=573;ReadPosRankSum=1.197;SC=GGAACGGGGCCAGGGGAGATG;SOR=0.680;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=69;TCF=48;TCR=21;TR=33;WE=31291169;WS=31291151;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,52:0.56:93
chr20	31291625	rs28620238	A	G	2221.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.168;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.304;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=19;PP=1085;ReadPosRankSum=2.203;SC=CGGCTCTTCAACTGTGGGGGC;SOR=0.580;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=116;TCF=80;TCR=36;TR=62;WE=31291633;WS=31291615;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,99:0.61:163
chr20	31291919	rs35093495	GGGCA	G	2030.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=2.215;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.235;NF=2;NR=31;PP=1505;ReadPosRankSum=1.976;SC=GATGACAACTGGGCAAAGAAA;SOR=0.767;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=60;TCF=2;TCR=58;TR=33;WE=31291930;WS=31291909;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,53:0.58:92
chr20	31292298	rs59379723	CA	C	522.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.879;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FS=0.874;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.07;MQRankSum=1.432;QD=4.25;ReadPosRankSum=-0.293;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:63,60:0.49:123
chr20	31294655	rs28548540	A	G	1217.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-1.205;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.079;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=26;PP=626;ReadPosRankSum=-1.412;SC=GACCTAAAGGACAAAAGGAAC;SOR=0.446;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=61;TCF=21;TCR=40;TR=41;WE=31294663;WS=31294645;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,56:0.70:80
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chr20	31388537	rs77179792	A	T	871.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.735;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.677;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=11;PP=536;ReadPosRankSum=-0.088;SC=CTGGGATTACAGGTGTGAGCC;SOR=0.806;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=110;TCF=77;TCR=33;TR=40;WE=31388545;WS=31388527;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:105,48:0.31:153
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chr20	31484417	rs11167186	T	A	3976.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=2.560;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=522;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.535;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=82;PP=2155;ReadPosRankSum=0.495;SC=AAAGTGGATTTACTCCCTGGG;SOR=0.748;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=327;TCF=131;TCR=196;TR=135;WE=31484425;WS=31484407;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:316,204:0.39:520
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chr20	31531544	rs13045180	C	T	3093.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-2.179;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=401;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.661;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=47;PP=1045;ReadPosRankSum=1.318;SC=GGACAACTTCCAGCTGGTTAT;SOR=0.597;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=234;TCF=100;TCR=134;TR=84;WE=31531552;WS=31531534;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:231,165:0.42:396
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chr20	31571485	rs6087436	C	T	2197.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=46;NR=24;PP=1370;SC=CCTGGGCACCCGGAATGGGAT;SOR=1.387;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=71;TCF=46;TCR=25;TR=70;WE=31571493;WS=31571475;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
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chr20	31573769	rs13040459	T	G	1839.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=8;NR=36;PP=1040;SC=ATCCCACCTTTGATCCCCTGT;SOR=2.035;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=44;TCF=8;TCR=36;TR=44;WE=31573777;WS=31573759;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr20	31584277	rs117098293	T	G	774.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=0.895;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=22;PP=564;ReadPosRankSum=0.899;SC=TCATCCACTTTCCTGTTGACT;SOR=0.546;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=41;TCF=10;TCR=31;TR=30;WE=31584285;WS=31584267;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,30:0.75:40
chr20	31590530	rs41305793	T	G	3319.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=1.492;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=240;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=78;PP=2127;ReadPosRankSum=-1.057;SC=TGCAGAGACCTAGGGAGCACC;SOR=0.683;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=195;TCF=60;TCR=135;TR=113;WE=31590538;WS=31590520;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:97,138:0.59:235
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chr20	31596472	rs6088066	A	T	4884.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.432;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=442;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.522;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=75;NR=68;PP=2073;ReadPosRankSum=-0.072;SC=CGACTCAACAAGGCAGCATTG;SOR=0.631;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=263;TCF=142;TCR=121;TR=143;WE=31596480;WS=31596462;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:194,237:0.55:431
chr20	31603405	.	TA	T	141.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.619;ClippingRankSum=0.000;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.37;ReadPosRankSum=-1.041;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,18:0.43:42
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chr20	31622083	rs2070317	G	A	1864.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-2.224;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.073;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=37;PP=791;ReadPosRankSum=0.570;SC=AGGCATGACCGTCACTGGCAA;SOR=0.520;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=140;TCF=51;TCR=89;TR=60;WE=31622091;WS=31622073;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:120,98:0.45:218
chr20	31622120	rs73256621	G	T	1283.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-2.398;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.621;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=30;PP=670;ReadPosRankSum=-0.240;SC=GGGAGGGGCAGCGGGGAGGAG;SOR=0.618;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=102;TCF=36;TCR=66;TR=47;WE=31622128;WS=31622110;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,66:0.45:148
chr20	31623649	rs17301231	C	T	848.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-2.381;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.141;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=26;PP=552;ReadPosRankSum=1.230;SC=GCCTGAAGTCCCCAGGGAATC;SOR=1.619;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=68;TCF=11;TCR=57;TR=29;WE=31623657;WS=31623639;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,35:0.44:79
chr20	31624300	rs17373408	C	T	5905.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=1.953;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1022;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=86;NR=92;PP=2391;ReadPosRankSum=4.050;SC=TTCTGATGTCCGCACCAGCCA;SOR=0.723;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=513;TCF=256;TCR=257;TR=178;WE=31624308;WS=31624290;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:678,340:0.33:1018
chr20	31630724	rs439255	G	A	752.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.868;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.047;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=29;PP=565;ReadPosRankSum=1.365;SC=GTGCCAAGAAGCACTTTAAGC;SOR=1.054;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=80;TCF=17;TCR=63;TR=35;WE=31630732;WS=31630714;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,37:0.41:90
chr20	31630971	rs411001	C	T	1454.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.303;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=18;PP=841;ReadPosRankSum=-0.304;SC=TAGCTCTTTGCTTGTACAGCT;SOR=0.691;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=123;TCF=83;TCR=40;TR=54;WE=31630979;WS=31630961;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:104,74:0.42:178
chr20	31643511	rs384430	A	G	210.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-0.090;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=7;PP=131;ReadPosRankSum=0.098;SC=CAGGAGTGAAAGTTTCCCTTG;SOR=1.051;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=17;TCF=3;TCR=14;TR=8;WE=31643519;WS=31643501;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,10:0.42:24
chr20	31644520	rs408538	T	C	1112.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.246;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.275;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=21;PP=313;ReadPosRankSum=-0.011;SC=TCCCACCTGCTGCATGCCCTA;SOR=0.819;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=97;TCF=38;TCR=59;TR=32;WE=31644528;WS=31644510;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:97,63:0.39:160
chr20	31647935	rs2424936	G	T	1242.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.633;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.364;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=37;PP=735;ReadPosRankSum=-0.557;SC=GCCAGCTGCGGGGGCCTGAAC;SOR=0.832;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=135;TCF=34;TCR=101;TR=46;WE=31647943;WS=31647925;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:113,61:0.35:174
chr20	31649781	rs398444	T	C	4638.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=36;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=33;NR=98;PP=2505;SC=CCGGGCCTGCTGACCGGCCTT;SOR=1.706;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=131;TCF=33;TCR=98;TR=131;WE=31649789;WS=31649771;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,176:1.00:176
chr20	31651583	rs403461	A	G	1226.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=33;PP=958;SC=GCAGGATCTCAGGGTCCTTTA;SOR=3.967;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=36;TCF=3;TCR=33;TR=36;WE=31651591;WS=31651573;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr20	31652409	rs79047848	C	T	6855.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.741;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=496;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.780;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=91;NR=114;PP=2962;ReadPosRankSum=0.659;SC=TAGGGGATGCCGGATCAAGGC;SOR=0.854;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=345;TCF=160;TCR=185;TR=205;WE=31652417;WS=31652399;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:189,298:0.61:487
chr20	31652596	rs2093066	C	T	2844.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.020;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=401;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.772;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=61;PP=1238;ReadPosRankSum=-1.400;SC=TTCAACACCACGTTTGGACTC;SOR=0.852;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=236;TCF=84;TCR=152;TR=92;WE=31652604;WS=31652586;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:237,154:0.39:391
chr20	31656837	rs2424938	G	A	4338.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=29;NR=91;PP=2602;SC=GGGGGTGACTGTCTCCAGGAC;SOR=2.036;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=122;TCF=31;TCR=91;TR=120;WE=31656845;WS=31656827;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,152:1.00:152
chr20	31660489	rs11700200	T	C	4080.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.648;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=340;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.399;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=52;PP=1635;ReadPosRankSum=0.249;SC=TCCCCACCAATGTACCTTTGT;SOR=0.732;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=195;TCF=108;TCR=87;TR=117;WE=31660497;WS=31660479;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:142,196:0.58:338
chr20	31660543	rs378098	C	T	2633.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.406;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=373;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.808;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=41;PP=1069;ReadPosRankSum=0.998;SC=TGTTGGAATTCCCCTGCCTAA;SOR=0.746;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=211;TCF=98;TCR=113;TR=75;WE=31660551;WS=31660533;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:227,140:0.38:367
chr20	31661650	rs7267265	G	A	961.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=2.594;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.993;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=28;PP=724;ReadPosRankSum=-0.966;SC=CCTGTATCTCGGTATCTCCTG;SOR=0.313;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=58;TCF=9;TCR=49;TR=35;WE=31661658;WS=31661640;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,37:0.61:61
chr20	31671209	rs13036385	G	C	6407.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.611;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=523;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=99;NR=64;PP=2729;ReadPosRankSum=-0.064;SC=TTCCATGTCCGAGGACCCCCC;SOR=0.686;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=312;TCF=187;TCR=125;TR=163;WE=31671221;WS=31671199;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:220,298:0.58:518
chr20	31671599	rs4339026	A	G	1774.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.244;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.363;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=32;PP=841;ReadPosRankSum=-1.072;SC=CTCCTTGGTGATGGAGGACTT;SOR=0.879;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=100;TCF=41;TCR=59;TR=52;WE=31671607;WS=31671589;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,81:0.57:141
chr20	31671663	rs2424945	T	C	1315.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.249;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=19;PP=359;ReadPosRankSum=0.382;SC=TCCTCAGCACTGTGCAAGGCA;SOR=0.651;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=79;TCF=37;TCR=42;TR=36;WE=31671671;WS=31671653;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,66:0.58:114
chr20	31671693	rs3926669	C	T	1051.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.934;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.630;HP=3;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=16;PP=293;ReadPosRankSum=0.520;SC=AAGGAGGGGACGGGTTCTCCC;SOR=0.512;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=68;TCF=25;TCR=43;TR=25;WE=31671701;WS=31671683;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,54:0.53:102
chr20	31671766	rs1547004	G	A	217.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.613;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.458;HP=2;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=9;PP=163;ReadPosRankSum=-1.113;SC=GTTGCCGGAGGGAAGGTCTTC;SOR=1.012;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=31;TCF=9;TCR=22;TR=12;WE=31671774;WS=31671756;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,12:0.33:36
chr20	31673846	rs2070325	A	G	2094.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-2.485;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=300;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.968;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=33;PP=953;ReadPosRankSum=-1.233;SC=CTTCCTGGACATCGCAGTAGA;SOR=0.508;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=188;TCF=117;TCR=71;TR=77;WE=31673854;WS=31673836;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:181,116:0.39:297
chr20	31676622	rs2424949	G	T	1118.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-6.908;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.305;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=6;PP=750;ReadPosRankSum=0.890;SC=CCAAGGTGAAGGTACTCTGTC;SOR=0.197;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=102;TCF=92;TCR=10;TR=44;WE=31676630;WS=31676612;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,49:0.43:113
chr20	31676804	rs2889732	A	C	6074.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.374;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=816;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.537;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=90;NR=98;PP=2769;ReadPosRankSum=1.404;SC=AATTTAGTGAACCGAGTCCTG;SOR=0.624;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=482;TCF=223;TCR=259;TR=188;WE=31676812;WS=31676794;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:496,315:0.39:811
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chr20	31677474	.	AGT	GGC	453	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;FR=0.5000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=2;NR=22;PP=453;QD=21.1028281193;SC=AGGCCCTTGAAGTGAGGAGTG;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=76;TCF=8;TCR=68;TR=24;WE=31677484;WS=31677464;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:52,24:0.32:76
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chr20	31685405	rs13041016	C	T	1036.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.962;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.899;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=9;PP=566;ReadPosRankSum=-1.163;SC=GTCCATCTGGCCTGGTGCCTG;SOR=0.941;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=73;TCF=54;TCR=19;TR=40;WE=31685413;WS=31685395;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,47:0.54:87
chr20	31688241	rs11699009	T	C	3459.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.229;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=301;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=43;PP=1438;ReadPosRankSum=0.355;SC=GGACACAGAATTCTTGGCCTC;SOR=0.678;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=169;TCF=84;TCR=85;TR=85;WE=31688249;WS=31688231;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:133,164:0.55:297
chr20	31688260	rs11696307	C	T	3444.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-2.277;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=301;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=47;PP=1344;ReadPosRankSum=-1.681;SC=TCATTTTCCACAGAAGGAGAT;SOR=0.706;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=169;TCF=80;TCR=89;TR=89;WE=31688268;WS=31688250;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:129,169:0.57:298
chr20	31688330	rs11696310	C	T	1999.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.197;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.670;HP=2;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=39;PP=913;ReadPosRankSum=1.500;SC=GGGGTCCTGACGGTGCTGGTG;SOR=0.512;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=128;TCF=51;TCR=77;TR=69;WE=31688338;WS=31688320;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,100:0.56:177
chr20	31767237	.	GA	G	223.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.244;ClippingRankSum=0.000;DP=83;ExcessHet=3.0103;FS=1.161;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.13;MQRankSum=0.000;QD=3.02;ReadPosRankSum=-0.894;SOR=0.511;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:46,28:0.38:74
chr20	31811551	rs725914	C	T	3627.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.271;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.072;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=78;NR=25;PP=2306;ReadPosRankSum=0.402;SC=CCCAGGCCTCCGAATCCCAAG;SOR=1.972;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=105;TCF=79;TCR=26;TR=103;WE=31811559;WS=31811541;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,127:0.98:129
chr20	31814348	rs1570033	G	A	10450.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=388;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=94;NR=152;PP=2965;SC=CCGAGGGTTAGGGCATATATC;SOR=1.131;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=246;TCF=94;TCR=152;TR=246;WE=31814356;WS=31814338;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,380:1.00:380
chr20	31828265	rs6059187	A	G	3928.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=0.833;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=63;PP=1796;ReadPosRankSum=2.402;SC=TGGAAAGCTGAGACAATGAGA;SOR=1.340;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=88;TCF=23;TCR=65;TR=86;WE=31828273;WS=31828255;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,148:0.99:150
chr20	31828336	.	A	AGATG,AGATGGATG	543.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.049;ClippingRankSum=0.000;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=59.81;MQRankSum=0.000;QD=33.98;ReadPosRankSum=-0.761;SOR=0.610;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:1,8,7:0.50,0.44:16
chr20	31829083	rs2273529	G	A	1788.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=0.689;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=9;PP=1259;ReadPosRankSum=2.026;SC=GACAAGGCTCGGCTTTAGTGA;SOR=1.708;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=58;TCF=49;TCR=9;TR=57;WE=31829091;WS=31829073;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,61:0.98:62
chr20	31873821	rs3746393	C	T	2133.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=51;NR=10;PP=1388;SC=GCCTCAGGTCCCTCTGTGCTC;SOR=2.737;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=62;TCF=51;TCR=11;TR=61;WE=31873829;WS=31873811;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
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chr20	31876681	rs1078761	A	G	12175.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.661;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=486;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=150;NR=139;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.087;SC=CCTGAAGCACATCATCTGGTG;SOR=0.745;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=291;TCF=151;TCR=140;TR=289;WE=31876689;WS=31876671;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,476:1.00:478
chr20	31876808	rs111247568	G	T	1862.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-2.175;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.542;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=44;PP=961;ReadPosRankSum=0.307;SC=ACAAAGAGTGGATCAAACAAA;SOR=0.650;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=149;TCF=53;TCR=96;TR=68;WE=31876816;WS=31876798;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:100,92:0.48:192
chr20	31877898	rs1884885	C	T	473.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=2.533;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=19;PP=360;ReadPosRankSum=0.348;SC=AAGAGAGTTCCGAGCAGAGAG;SOR=0.368;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=57;TCF=9;TCR=48;TR=23;WE=31877906;WS=31877888;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,22:0.40:55
chr20	31886782	.	CT	C	1071.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.325;ClippingRankSum=0.000;DP=149;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.07;MQRankSum=0.795;QD=7.49;ReadPosRankSum=-1.136;SOR=0.661;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:55,88:0.62:143
chr20	31892541	rs71338472	G	GC	1374.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.804;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.748;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=14;PP=995;ReadPosRankSum=-0.014;SC=GTTCACTGGAGCCCGCACTGT;SOR=1.091;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=64;TCF=29;TCR=35;TR=29;WE=31892549;WS=31892531;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,51:0.52:99
chr20	31894789	rs17856249	C	G	2903.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.694;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=269;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.502;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=58;PP=1543;ReadPosRankSum=-1.009;SC=TCCTCACTGACCAAGGTGAGT;SOR=0.805;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=177;TCF=64;TCR=113;TR=88;WE=31894797;WS=31894779;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:129,135:0.51:264
chr20	31897369	rs6141916	G	A	1129.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.499;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.656;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=8;PP=574;ReadPosRankSum=-1.506;SC=CCTCCACCCCGACCCTTCTAA;SOR=1.042;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=71;TCF=50;TCR=21;TR=35;WE=31897377;WS=31897359;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,55:0.52:105
chr20	31897554	rs1999663	G	C	4612.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.269;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=342;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.350;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=78;PP=2082;ReadPosRankSum=1.921;SC=TGGAAACCCAGCTCTCCTGTC;SOR=0.608;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=216;TCF=93;TCR=123;TR=140;WE=31897562;WS=31897544;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:121,217:0.64:338
chr20	31954819	rs368904466	TA	T	487.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.911;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=240;ExcessHet=3.0103;FS=4.322;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.05;MQRankSum=1.561;QD=2.41;ReadPosRankSum=0.244;SOR=0.390;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:138,64:0.32:202
chr20	31954890	rs291674	C	G	768.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=3.458;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.010;HP=4;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=28;PP=554;ReadPosRankSum=0.973;SC=GCACAGAGGGCGACCATGTTC;SOR=0.931;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=82;TCF=16;TCR=66;TR=35;WE=31954898;WS=31954880;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,35:0.42:84
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chr20	32000351	rs291694	A	G	1081.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.673;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.246;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=9;PP=714;ReadPosRankSum=0.783;SC=CGGAAGAGAGAGAGGGATAGG;SOR=0.382;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=80;TCF=62;TCR=18;TR=37;WE=32000359;WS=32000341;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,45:0.49:92
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chr20	32255233	rs3746459	T	C	341.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.116;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=1;PP=236;ReadPosRankSum=-0.143;SC=GACTCGCCGTTGGCGCCGCCC;SOR=1.230;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=22;TCF=20;TCR=2;TR=13;WE=32255241;WS=32255228;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,14:0.61:23
chr20	32273768	rs139636958	G	A	224.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-0.779;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=4;PP=108;ReadPosRankSum=2.551;SC=TGCGCGGGGGGCACAGGCGGC;SOR=0.859;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=11;TCF=6;TCR=5;TR=9;WE=32273776;WS=32273758;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,11:0.73:15
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chr20	32298323	rs2626529	C	T	483.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=1.811;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.815;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=3;PP=356;ReadPosRankSum=-0.114;SC=TGCTGAACCACGCCCCCTTCA;SOR=2.281;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=31;TCF=22;TCR=9;TR=18;WE=32298331;WS=32298313;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,22:0.59:37
chr20	32333181	rs7274811	G	T	1893.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-2.253;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.446;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=49;PP=1154;ReadPosRankSum=-1.279;SC=GGGCACTGGGGCTATAGCAAT;SOR=0.540;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=128;TCF=30;TCR=98;TR=65;WE=32333189;WS=32333171;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,82:0.54:152
chr20	32368929	rs2889785	T	C	1684.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.925;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.771;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=11;PP=1060;ReadPosRankSum=0.141;SC=GAACAAGAGATGATGGCGCTC;SOR=1.076;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=103;TCF=81;TCR=22;TR=60;WE=32368937;WS=32368919;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,72:0.56:128
chr20	32378732	rs2747565	G	A	2619.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.274;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=265;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=32;PP=1344;ReadPosRankSum=-0.197;SC=TATTCCCAGCGCAGGGCACTG;SOR=0.680;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=184;TCF=113;TCR=71;TR=86;WE=32378740;WS=32378722;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:127,126:0.50:253
chr20	32379263	rs2626551	T	C	1601.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.430;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.188;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=30;PP=702;ReadPosRankSum=-1.053;SC=AGCTGCAGGCTGGGGCCGAGG;SOR=0.590;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=103;TCF=40;TCR=63;TR=50;WE=32379271;WS=32379253;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:92,82:0.47:174
chr20	32664601	rs148075348	C	A	1325.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.327;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.546;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=30;PP=755;ReadPosRankSum=1.362;SC=CAGATCGCTGCGGAGCAAAAG;SOR=0.893;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=130;TCF=55;TCR=75;TR=48;WE=32664609;WS=32664591;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:134,71:0.35:205
chr20	32664864	rs10649600	C	CCAG	4255.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.662;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=318;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.040;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=2.427;NF=26;NR=26;PP=1953;ReadPosRankSum=-1.193;SC=GGAGGTGGCGCCGGCGGCGGC;SOR=0.821;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=152;TCF=78;TCR=74;TR=52;WE=32664874;WS=32664854;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:173,117:0.40:290
chr20	32891200	rs819146	G	T	7566.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=276;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=60;NR=140;PP=2965;SC=TATCTTCCTCGCACTTGCATA;SOR=1.458;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=200;TCF=60;TCR=140;TR=200;WE=32891208;WS=32891190;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,274:1.00:274
chr20	32996689	rs3761147	G	T	725.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.069;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.25;ReadPosRankSum=-0.320;SOR=0.801;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:53,35:0.40:88
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chr20	33053985	rs11480899	A	AT	180.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-2.616;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.512;HP=6;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=4;PP=106;ReadPosRankSum=0.164;SC=TGATCATGTGATTTTTTCCCC;SOR=0.048;SbPval=0.07;Source=Platypus;TC=14;TCF=10;TCR=4;TR=6;WE=33053993;WS=33053975;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,10:0.53:19
chr20	33057954	rs6059856	G	C	6661.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.159;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=503;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.174;NF=74;NR=121;PP=2962;ReadPosRankSum=-2.260;SC=TCTCTGTACTGCCTTAACTTT;SOR=0.724;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=315;TCF=118;TCR=197;TR=195;WE=33057962;WS=33057944;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:188,305:0.62:493
chr20	33057974	rs10716089	CT	C	11827.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=358;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=11;NR=157;PP=2951;SC=TGTTGTGTTGCTTTATATTAC;SOR=1.421;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=174;TCF=11;TCR=163;TR=168;WE=33057982;WS=33057964;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,339:1.00:339
chr20	33059478	rs10606931	GGTGTGTGT	G,GGTGTGTGTGT	1110.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.431;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FS=6.606;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.10;MQRankSum=0.369;QD=25.83;ReadPosRankSum=-1.935;SOR=4.112;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:2,28,13:0.65,0.30:43
chr20	33068563	rs6059861	A	T	531.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=0.485;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=16;PP=309;ReadPosRankSum=-0.746;SC=CATGTAATTTATTAAAATATA;SOR=0.880;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=37;TCF=9;TCR=28;TR=20;WE=33068571;WS=33068553;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,25:0.57:44
chr20	33104592	rs2424993	G	C	10629.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=403;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=165;NR=109;PP=2965;SC=GGCAACCCTGGCAACGTTTCC;SOR=1.010;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=278;TCF=166;TCR=112;TR=274;WE=33104600;WS=33104582;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,395:1.00:395
chr20	33114201	rs8116198	A	G	2644.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=0.878;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.515;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=37;PP=1051;ReadPosRankSum=-0.196;SC=AGAAGCAGCCATAACACAGCA;SOR=0.741;Source=Platypus;TCF=49;TR=69;WE=33114209;WS=33114191;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,127:0.61:209
chr20	33114290	.	CT	C,CTT	170.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.512;ClippingRankSum=0.000;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.54;ReadPosRankSum=-0.126;SOR=0.914;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:2,10,8:0.50,0.40:20
chr20	33147737	rs6059915	C	G	2080.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=2.247;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.380;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=54;PP=1295;ReadPosRankSum=0.078;SC=GGGAGTCGGGCGGCCCCGGTC;SOR=1.103;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=123;TCF=41;TCR=82;TR=76;WE=33147745;WS=33147727;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,91:0.64:142
chr20	33148861	rs6059916	T	G	2779.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.754;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.971;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=45;PP=1261;ReadPosRankSum=0.929;SC=CTGGCAGGTGTTGTTGGAAGA;SOR=0.547;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=126;TCF=54;TCR=72;TR=82;WE=33148869;WS=33148851;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,125:0.68:184
chr20	33150503	rs6059918	C	T	1010.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.611;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.411;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=24;PP=593;ReadPosRankSum=-0.860;SC=TGCCTGGGGCCCAGATCACTG;SOR=1.136;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=49;TCF=12;TCR=37;TR=30;WE=33150511;WS=33150493;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,41:0.62:66
chr20	33233288	rs117040440	C	T	758.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.473;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5002;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=14;PP=383;ReadPosRankSum=-0.082;SC=GCCAGCTGGCCGGTGTGCTTA;SOR=0.765;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=30;TCF=12;TCR=18;TR=24;WE=33233296;WS=33233278;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,34:0.76:45
chr20	33320571	rs45465702	T	C	960.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=3.125;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.039;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=24;PP=601;ReadPosRankSum=-0.567;SC=ACTTGGTTTGTTTGGGACATA;SOR=1.324;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=45;TCF=7;TCR=38;TR=27;WE=33320579;WS=33320561;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,36:0.64:56
chr20	33326876	rs6060025	A	G	1168.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.376;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.719;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=27;PP=635;ReadPosRankSum=-0.123;SC=GGAACATGTCAGGGAAGGGAA;SOR=0.943;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=74;TCF=25;TCR=49;TR=39;WE=33326884;WS=33326866;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,54:0.55:98
chr20	33334540	rs910872	T	C	1429.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.529;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.695;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=16;PP=778;ReadPosRankSum=1.707;SC=ATTGTTTCCTTGAAGACATGG;SOR=0.485;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=85;TCF=59;TCR=26;TR=50;WE=33334548;WS=33334530;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,64:0.60:107
chr20	33334734	.	TA	T	135.76	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.098;ClippingRankSum=0.000;DP=95;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.09;ReadPosRankSum=1.895;SOR=0.511;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,18:0.41:44
chr20	33337751	rs3787220	T	C	6680.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.402;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=511;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.534;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=95;NR=119;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.611;SC=CTTGCATGTTTGGAGTTGGTC;SOR=0.751;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=355;TCF=160;TCR=195;TR=214;WE=33337759;WS=33337741;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:198,306:0.61:504
chr20	33338325	.	T	TA	296.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.836;ClippingRankSum=0.000;DP=115;ExcessHet=3.0103;FS=2.077;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.19;MQRankSum=2.204;QD=3.19;ReadPosRankSum=-0.563;SOR=0.465;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:64,29:0.31:93
chr20	33342439	rs1884432	T	C	609.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=1.366;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=5;PP=378;ReadPosRankSum=0.023;SC=CCAAGACTTATTACTTATCTG;SOR=0.880;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=31;TCF=23;TCR=8;TR=21;WE=33342447;WS=33342429;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,25:0.71:35
chr20	33342477	rs6087625	G	A	993.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=0.603;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.530;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=11;PP=620;ReadPosRankSum=0.810;SC=TCAAGTCTACGACACAATGCT;SOR=1.157;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=50;TCF=34;TCR=16;TR=36;WE=33342485;WS=33342467;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,43:0.70:61
chr20	33346556	rs11468960	ATC	A	1188.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.073;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.969;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=5;PP=561;ReadPosRankSum=0.584;SC=TTTTATAATGATCTGTGCAGA;SOR=0.955;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=33;TCF=18;TCR=15;TR=15;WE=33346565;WS=33346546;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,32:0.45:71
chr20	33346832	rs11476500	GT	G	98.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.878;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=1.643;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.28;MQRankSum=1.228;QD=4.29;ReadPosRankSum=0.559;SOR=0.399;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,10:0.43:23
chr20	33356511	rs2295353	C	T	534.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-1.681;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.062;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=18;PP=413;ReadPosRankSum=-0.513;SC=AGTTTACCACCAGAAAAATGG;SOR=1.429;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=29;TCF=5;TCR=24;TR=21;WE=33356519;WS=33356501;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,21:0.70:30
chr20	33364584	rs6060043	C	T	2064.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.138;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=24;PP=794;ReadPosRankSum=1.959;SC=AGGCAATGAACGGAAAGCCGT;SOR=0.706;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=102;TCF=58;TCR=44;TR=55;WE=33364592;WS=33364574;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,101:0.56:180
chr20	33364655	rs6120723	C	T	1257.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.277;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.373;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=22;PP=574;ReadPosRankSum=-0.604;SC=ATAGAATAGGCTCATGCCTAT;SOR=0.985;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=76;TCF=33;TCR=43;TR=35;WE=33364663;WS=33364645;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,60:0.51:118
chr20	33447162	rs60789653	G	A	1059.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.486;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FS=19.754;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.16;ReadPosRankSum=-0.115;SOR=0.093;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:95,53:0.36:148
chr20	33460366	rs11697978	G	C	1528.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.457;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.195;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=17;PP=668;ReadPosRankSum=0.504;SC=TAAGGAGATGGAGCTGGAGGT;SOR=0.595;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=115;TCF=73;TCR=42;TR=46;WE=33460374;WS=33460356;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:98,78:0.44:176
chr20	33462951	rs45585744	G	T	1221.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.268;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.925;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=20;PP=480;ReadPosRankSum=1.292;SC=GTGAGAGATGGAGGAGGGTCC;SOR=0.667;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=99;TCF=47;TCR=52;TR=41;WE=33462959;WS=33462941;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:103,68:0.40:171
chr20	33464710	rs2295096	A	G	227.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.057;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.39;ReadPosRankSum=0.245;SOR=0.608;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,13:0.65:20
chr20	33470514	rs6088638	T	C	1834.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=3.007;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.752;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=18;PP=1371;ReadPosRankSum=1.790;SC=TATAATTTGGTCCTGTGTATA;SOR=0.825;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=110;TCF=84;TCR=26;TR=71;WE=33470522;WS=33470504;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,76:0.58:131
chr20	33470694	rs4911163	C	T	10169.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=386;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=105;NR=146;PP=2965;SC=GGAAAATCTTCATTGAGTGGA;SOR=0.932;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=252;TCF=105;TCR=147;TR=251;WE=33470702;WS=33470684;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,379:1.00:379
chr20	33496667	.	G	GA	130.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.195;ClippingRankSum=0.000;DP=76;ExcessHet=3.0103;FS=6.138;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.89;ReadPosRankSum=1.051;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:49,20:0.29:69
chr20	33500245	rs3787214	C	A	770.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=11;NR=9;PP=425;SC=CACACCACCACACCCAGCTAA;SOR=0.836;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=11;TCR=9;TR=20;WE=33500253;WS=33500235;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr20	33500378	rs2378294	G	A	1604.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=18;NR=16;PP=631;SC=GAGCCACCGCGCCTGGCCAAT;SOR=0.725;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=34;TCF=18;TCR=16;TR=34;WE=33500386;WS=33500368;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr20	33507379	rs60692848	AGTGT	A	261.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.566;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=3.680;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=32.72;ReadPosRankSum=-2.100;SOR=1.061;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,6:0.75:8
chr20	33509275	rs3818273	G	A	8757.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=330;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=108;NR=107;PP=2965;SC=AGTGAGTGAAGGGTACAGAAG;SOR=0.699;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=216;TCF=109;TCR=107;TR=215;WE=33509283;WS=33509265;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,327:1.00:327
chr20	33509523	rs2273683	C	T	3992.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=47;NR=57;PP=2408;SC=GTTCTGGGGCCCCTTGGGAGT;SOR=0.880;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=104;TCF=47;TCR=57;TR=104;WE=33509531;WS=33509513;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,138:1.00:138
chr20	33533736	rs734111	A	C	4603.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=83;NR=46;PP=2488;SC=CTGGCCCCCCAATGCTTCACT;SOR=1.199;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=129;TCF=83;TCR=46;TR=129;WE=33533744;WS=33533726;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,172:1.00:172
chr20	33565480	rs6060137	C	T	6512.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=252;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.60;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,236:1.00:236
chr20	33583331	rs2425015	A	G	10565.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=396;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=106;NR=131;PP=2965;SC=TGATGACCTGAAGCTGACACT;SOR=0.828;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=237;TCF=106;TCR=131;TR=237;WE=33583339;WS=33583321;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,393:1.00:393
chr20	33584822	rs11167250	T	TG	514.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=30.28;SOR=2.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr20	33584864	rs11167251	C	CT	1364.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=11;PP=701;SC=CCTGTGCTGGCCACCCACTCT;SOR=0.941;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=6;TCR=11;TR=17;WE=33584872;WS=33584854;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr20	33587553	.	TC	T	152.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.358;ClippingRankSum=0.000;DP=104;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.42;ReadPosRankSum=0.271;SOR=0.120;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:49,14:0.22:63
chr20	33594464	rs80325521	G	A	307.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.794;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.620;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=10;PP=166;ReadPosRankSum=-1.397;SC=CATTGGCTTTGAGCAAGCATC;SOR=0.144;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=34;TCF=3;TCR=31;TR=12;WE=33594472;WS=33594454;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,14:0.39:36
chr20	33632203	rs11483863	G	GA	62.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.007;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.29;MQRankSum=1.955;QD=0.91;ReadPosRankSum=-0.622;SOR=0.602;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:52,17:0.25:69
chr20	33657088	rs192639285	T	C	751.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.300;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.529;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=8;PP=288;ReadPosRankSum=-1.811;SC=TAATAATAAATAGCTACTTAC;SOR=0.541;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=75;TCF=51;TCR=24;TR=23;WE=33657096;WS=33657078;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,44:0.35:125
chr20	33734905	rs945959	G	C	8044.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=315;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=87;NR=123;PP=2965;SC=GGAAAGGACCGGGTTCACGCT;SOR=0.953;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=211;TCF=88;TCR=123;TR=210;WE=33734913;WS=33734895;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,308:1.00:308
chr20	33762489	rs2069948	C	T	14898.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=563;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=217;NR=131;PP=2965;SC=CAGGCTGAAGCTGACTCTGCC;SOR=1.058;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=348;TCF=217;TCR=131;TR=348;WE=33762497;WS=33762479;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,560:1.00:560
chr20	33763951	rs2069952	C	T	9922.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=379;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=140;NR=104;PP=2965;SC=AGTCCCCTGACCCTGACTGTC;SOR=0.902;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=245;TCF=141;TCR=104;TR=244;WE=33763959;WS=33763941;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,376:1.00:376
chr20	33764632	rs9574	C	G	2569.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=22;NR=46;PP=1443;SC=CTCCAGCCCCCTCAGAAGGGG;SOR=1.396;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=68;TCF=22;TCR=46;TR=68;WE=33764640;WS=33764622;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr20	33839939	rs2247828	A	G	1216.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.920;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.478;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=36;PP=715;ReadPosRankSum=1.196;SC=GGCTTACAACATAGGCCAAGA;SOR=0.900;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=113;TCF=29;TCR=84;TR=48;WE=33839947;WS=33839929;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,59:0.41:145
chr20	33855284	rs2425031	T	C	2601.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=3.441;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=311;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=71;PP=1617;ReadPosRankSum=2.524;SC=CTCCCCGACATCATGGAGCTG;SOR=0.712;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=246;TCF=58;TCR=188;TR=91;WE=33855292;WS=33855274;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:184,120:0.39:304
chr20	33857711	rs2254207	A	C	2518.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=1.374;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=342;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.408;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=37;PP=947;ReadPosRankSum=0.952;SC=GGTAATGTAGACTGTGCTGTG;SOR=0.646;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=180;TCF=73;TCR=107;TR=62;WE=33857719;WS=33857701;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:201,132:0.40:333
chr20	33859244	rs6058219	G	C	640.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.449;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=4;PP=293;ReadPosRankSum=-1.063;SC=CTCAGGCTTCGTGCCCTTCCC;SOR=0.784;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=60;TCF=45;TCR=15;TR=21;WE=33859252;WS=33859234;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,33:0.40:82
chr20	33867248	rs2297789	A	T	1486.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.914;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.780;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=27;PP=950;ReadPosRankSum=1.908;SC=ATGCTCTCACACTCGAGAAGC;SOR=0.718;SbPval=0.43;Source=Platypus;TCR=93;TR=57;WE=33867256;WS=33867238;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:143,71:0.33:214
chr20	33867697	rs619865	A	G	4793.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=75;NR=66;PP=2808;SC=AACACTAGGCAAAAGGATCTG;SOR=0.762;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=141;TCF=75;TCR=66;TR=141;WE=33867705;WS=33867687;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,178:1.00:178
chr20	33867924	rs2250205	G	A	1463.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.479;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.890;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=36;PP=819;ReadPosRankSum=0.194;SC=TCTGTCTCCTGTCAATCAAAG;SOR=0.885;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=135;TCF=49;TCR=86;TR=56;WE=33867932;WS=33867914;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:115,74:0.39:189
chr20	33868702	rs2425043	T	C	515.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=0.451;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.080;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=14;PP=345;ReadPosRankSum=-0.466;SC=AGGATACCACTCAGCCCAGCC;SOR=0.307;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=47;TCF=13;TCR=34;TR=21;WE=33868710;WS=33868692;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,24:0.44:55
chr20	33872311	rs2275275	G	C	3824.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.157;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=512;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.175;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=94;PP=2200;ReadPosRankSum=0.266;SC=GGCGGCGGAGGCGGGAGTTCA;SOR=0.824;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=368;TCF=129;TCR=239;TR=140;WE=33872319;WS=33872301;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:319,189:0.37:508
chr20	33874720	rs2425049	C	T	3314.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.370;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=446;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=52;PP=1401;ReadPosRankSum=0.937;SC=ATCTGGTGCCCGTCTGGCAGG;SOR=0.686;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=266;TCF=132;TCR=134;TR=104;WE=33874728;WS=33874710;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:267,176:0.40:443
chr20	33879478	rs2425050	A	G	1190.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.975;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=7;PP=659;ReadPosRankSum=2.843;SC=ATAGTGCCAGAGGTGCTGGTC;SOR=0.777;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=62;TCF=49;TCR=13;TR=35;WE=33879486;WS=33879468;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,51:0.53:96
chr20	33894463	rs878639	A	G	1872.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.549;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.811;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=27;PP=826;ReadPosRankSum=0.509;SC=GGAAAGGGTCACTCACCTGTT;SOR=0.493;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=147;TCF=90;TCR=57;TR=62;WE=33894471;WS=33894453;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:124,98:0.44:222
chr20	33971914	rs4911494	C	T	4263.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.265;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=329;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.447;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=75;NR=57;PP=2014;ReadPosRankSum=-0.461;SC=ACCACATGCTCGGGACTGGCT;SOR=0.855;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=211;TCF=117;TCR=94;TR=132;WE=33971922;WS=33971904;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:128,197:0.61:325
chr20	33971978	rs4911495	A	C	2427.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.364;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=328;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.869;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=43;PP=1086;ReadPosRankSum=-1.813;SC=CTGAGCACTTACAGGGTTAAT;SOR=0.813;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=206;TCF=97;TCR=109;TR=77;WE=33971986;WS=33971968;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:197,128:0.39:325
chr20	33972053	rs4911496	C	T	2113.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.853;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.259;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=49;PP=1178;ReadPosRankSum=-0.666;SC=CCCACTTCCCCGTGATCAGCT;SOR=0.519;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=116;TCF=36;TCR=80;TR=73;WE=33972061;WS=33972043;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,95:0.64:148
chr20	33972451	rs369555246	T	TAA	467.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.289;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.15;MQRankSum=0.000;QD=8.21;ReadPosRankSum=-0.210;SOR=0.750;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,36:0.63:57
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chr20	34022387	rs224331	A	C	2035.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.313;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=356;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=30;PP=993;ReadPosRankSum=-0.186;SC=TCCAGCAAGGAGGCCGGCTGC;SOR=0.714;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=226;TCF=134;TCR=92;TR=74;WE=34022395;WS=34022377;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:239,113:0.32:352
chr20	34022672	rs224332	C	A	8343.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=3.046;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1051;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=122;NR=170;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.206;SC=GCTCTCTCCCCGTCCAGAGAG;SOR=0.695;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=713;TCF=304;TCR=409;TR=292;WE=34022680;WS=34022662;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:612,421:0.41:1033
chr20	34025756	rs143384	A	G	448.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=0.676;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.750;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=17;PP=332;ReadPosRankSum=-0.836;SC=CGGCAGCAGCAAAGGTGCCTC;SOR=1.747;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=47;TCF=11;TCR=36;TR=20;WE=34025764;WS=34025746;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,21:0.39:54
chr20	34054609	rs224354	G	C	188.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-1.604;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.669;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=0;PP=148;ReadPosRankSum=0.638;SC=CCTCTGACCTGTCGAATCCCA;SOR=1.532;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=32;TCF=29;TCR=3;TR=9;WE=34054617;WS=34054599;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,9:0.28:32
chr20	34054729	rs2296402	T	C	1243.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.025;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.762;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=15;PP=647;ReadPosRankSum=-1.331;SC=AATCCAAGACTCTTGTGTTGG;SOR=1.213;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=116;TCF=66;TCR=50;TR=45;WE=34054737;WS=34054719;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:112,68:0.38:180
chr20	34055068	.	G	A	1978.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-2.326;ClippingRankSum=0.000;DP=248;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.254;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=31;PP=1138;ReadPosRankSum=-1.055;SC=CACTGGGCCTGATCACCACAC;SOR=0.560;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=192;TCF=120;TCR=72;TR=80;WE=34055076;WS=34055058;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:141,100:0.41:241
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chr20	34061578	rs224361	T	C	641.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.079;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.963;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=7;PP=412;ReadPosRankSum=-2.070;SC=AAAAAAGTTTTGCACTAGAAA;SOR=0.906;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=60;TCF=43;TCR=17;TR=27;WE=34061586;WS=34061568;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,30:0.41:73
chr20	34062642	rs224362	C	T	1030.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.893;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FS=0.582;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.96;ReadPosRankSum=-1.251;SOR=0.755;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:112,61:0.35:173
chr20	34062710	rs224363	C	T	1149.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=-1.784;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.757;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=16;PP=366;ReadPosRankSum=-0.194;SC=CAGGGATATACCTTCATCTTT;SOR=0.505;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=87;TCF=38;TCR=49;TR=32;WE=34062718;WS=34062700;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:103,66:0.39:169
chr20	34079200	rs224373	A	G	5239.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=54;NR=68;PP=2223;SC=GGGAGTAGGGAAGAAAGGGGC;SOR=0.830;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=122;TCF=54;TCR=68;TR=122;WE=34079208;WS=34079190;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,201:1.00:201
chr20	34096725	rs2236165	A	G	802.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=3.674;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.954;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=7;PP=608;ReadPosRankSum=1.399;SC=CTCTGCTCCAACCACAGAGCC;SOR=0.828;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=71;TCF=56;TCR=15;TR=33;WE=34096733;WS=34096715;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,34:0.41:83
chr20	34099165	rs72173955	CT	C	581.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.903;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=320;ExcessHet=3.0103;FS=2.613;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.03;MQRankSum=1.653;QD=1.99;ReadPosRankSum=0.584;SOR=0.897;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:205,87:0.30:292
chr20	34116282	rs7261862	T	C	2270.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=3.087;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=363;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.342;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=46;PP=1208;ReadPosRankSum=-0.423;SC=TCCATCACCTTATCACTTAGA;SOR=0.794;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=241;TCF=104;TCR=137;TR=76;WE=34116290;WS=34116272;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:234,119:0.34:353
chr20	34131396	rs12481365	C	T	4310.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.735;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=571;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=76;NR=63;PP=2001;ReadPosRankSum=-0.718;SC=TTTTATCATTCGTTGTTTCAG;SOR=0.681;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=353;TCF=195;TCR=158;TR=139;WE=34131404;WS=34131386;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:340,223:0.40:563
chr20	34136791	rs45563939	C	T	611.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.256;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FS=1.533;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.22;ReadPosRankSum=1.156;SOR=0.508;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:106,39:0.27:145
chr20	34142257	rs60267524	C	T	458.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-4.005;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.581;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=10;PP=189;ReadPosRankSum=0.912;SC=ATTGGGTCTCCTCTGACCTGG;SOR=0.238;SbPval=0.1;Source=Platypus;TC=40;TCF=8;TCR=32;TR=16;WE=34142265;WS=34142247;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,23:0.44:52
chr20	34142287	rs17092784	G	A	219.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=1.023;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=7;PP=128;ReadPosRankSum=0.393;SC=GACTGTAAAAGGTCTGGGATG;SOR=0.392;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=23;TCF=3;TCR=20;TR=9;WE=34142295;WS=34142277;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,10:0.42:24
chr20	34142670	rs73283830	T	G	225.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-3.715;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.631;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=2;PP=120;ReadPosRankSum=-0.265;SC=CTGGCTGTCCTTAAGCAGGAC;SOR=0.352;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=39;TCF=35;TCR=4;TR=12;WE=34142678;WS=34142660;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,15:0.31:49
chr20	34144107	rs224420	T	C	1823.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.639;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=249;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=44;PP=730;ReadPosRankSum=0.328;SC=TCCTGCATTTTGTTCCGTCAG;SOR=0.669;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=170;TCF=58;TCR=112;TR=66;WE=34144115;WS=34144097;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:140,99:0.41:239
chr20	34147998	rs224424	A	G	5049.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.941;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=734;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.533;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=91;NR=81;PP=2337;ReadPosRankSum=-0.820;SC=GACCTGCGCCAGACGCTCACC;SOR=0.748;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=478;TCF=250;TCR=228;TR=172;WE=34148006;WS=34147988;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:445,275:0.38:720
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chr20	34152782	rs2277862	C	T	665.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.675;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.888;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=14;PP=337;ReadPosRankSum=0.286;SC=TGATCAAATACGGCGACCGTC;SOR=0.569;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=52;TCF=20;TCR=32;TR=25;WE=34152790;WS=34152772;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,35:0.48:73
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chr20	34170316	rs6060487	C	A	2104.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=18;NR=47;PP=1335;SC=GGGGCTCCACCTCACTGGGCA;SOR=1.874;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=65;TCF=18;TCR=47;TR=65;WE=34170324;WS=34170306;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr20	34171324	rs6088887	G	A	731.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-1.390;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=23;PP=524;ReadPosRankSum=-1.909;SC=TGAGGAAGACGAAAGCATCTT;SOR=0.622;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=58;TCF=10;TCR=48;TR=28;WE=34171332;WS=34171314;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,30:0.48:62
chr20	34173046	rs1536147	C	T	10613.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=0.366;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=917;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=151;NR=143;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.219;SC=GTCCCCTCACCGTGAGCATTA;SOR=0.655;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=516;TCF=270;TCR=246;TR=294;WE=34173054;WS=34173036;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:396,505:0.56:901
chr20	34173178	rs6060488	A	G	6295.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.602;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=552;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.115;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=83;NR=128;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.493;SC=AGACCAGCACATCGGGGAGGG;SOR=0.626;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=384;TCF=147;TCR=237;TR=211;WE=34173193;WS=34173168;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:238,302:0.56:540
chr20	34205035	rs11698601	G	A	2615.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.939;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=354;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.293;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQ=60.03;MQRankSum=1.238;NF=34;NR=43;PP=1071;ReadPosRankSum=-0.141;SC=CAAGGCCCCAGTGGAGCCCTT;SOR=0.768;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=200;TCF=94;TCR=106;TR=77;WE=34205043;WS=34205025;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:208,137:0.40:345
chr20	34205389	rs3841688	G	GC	596.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-0.131;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=5;PP=523;ReadPosRankSum=-1.265;SC=CGCAGGCTGAGCCCCGCCTCT;SOR=0.627;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=59;TCF=39;TCR=20;TR=17;WE=34205397;WS=34205379;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,25:0.37:67
chr20	34205901	rs79032128	G	A	13684.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=0.941;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=929;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.107;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=113;NR=104;PP=2962;ReadPosRankSum=0.845;SC=AGACTCCCACGGTCCTCCCCA;SOR=0.738;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=495;TCF=255;TCR=240;TR=217;WE=34205909;WS=34205891;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:531,387:0.42:918
chr20	34205919	rs182578430	C	T	13705.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.532;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=950;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.529;HP=4;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=115;NR=109;PP=2962;ReadPosRankSum=3.848;SC=CCAGGCTTAACCCCCTCAAGC;SOR=0.692;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=505;TCF=255;TCR=250;TR=224;WE=34205927;WS=34205909;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:549,389:0.41:938
chr20	34207062	rs149341858	CCCCGACT	C	5770.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.501;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=378;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=16.212;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=2.164;NF=12;NR=89;PP=2980;ReadPosRankSum=1.360;SC=CGCCCCCGCGCCCCGACTCCC;SOR=1.441;SbPval=0.98;Source=Platypus;TC=263;TCF=59;TCR=204;TR=101;WE=34207076;WS=34207052;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:177,153:0.46:330
chr20	34208516	rs2425067	C	T	451.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=45;NR=16;PP=1236;SC=ATTGAATACACAGAAGATCCT;SOR=1.863;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=62;TCF=45;TCR=17;TR=61;WE=34208524;WS=34208506;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr20	34208548	rs10668654	G	GCC	78.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.728;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.37;ReadPosRankSum=0.049;SOR=0.169;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,5:0.28:18
chr20	34214368	rs6060516	T	C	1553.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.633;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.563;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=27;PP=1044;ReadPosRankSum=0.224;SC=TATTTCATGCTCAAGAACCCA;SOR=0.750;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=133;TCF=70;TCR=63;TR=58;WE=34214376;WS=34214358;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:100,73:0.42:173
chr20	34214723	rs2425068	T	C	8569.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=4.286;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=654;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.539;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=94;NR=170;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.617;SC=GCATGAAGTATTGCTGGGGAC;SOR=0.778;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=431;TCF=155;TCR=276;TR=264;WE=34214731;WS=34214713;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:268,375:0.58:643
chr20	34215234	rs147019139	C	CA	1860.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.088;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=282;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.545;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=30;PP=1356;ReadPosRankSum=1.493;SC=GCCTGGGCTGCAAACCTGGCC;SOR=0.597;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=117;TCF=26;TCR=91;TR=39;WE=34215242;WS=34215224;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:177,91:0.34:268
chr20	34218673	rs12481228	G	C	3084.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-2.105;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=395;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.372;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=46;PP=1382;ReadPosRankSum=1.532;SC=CTGCCAGTCAGGGGGAACCTG;SOR=0.721;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=238;TCF=139;TCR=99;TR=109;WE=34218681;WS=34218663;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:229,162:0.41:391
chr20	34219496	rs6579255	T	C	3265.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.325;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=517;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=67;PP=1462;ReadPosRankSum=1.089;SC=ATCGGAGCATTGCACCTGAGG;SOR=0.649;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=326;TCF=151;TCR=175;TR=128;WE=34219504;WS=34219486;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:328,183:0.36:511
chr20	34219987	rs61191623	A	C	17029.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.289;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1159;ExcessHet=3.0103;FS=0.531;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.80;ReadPosRankSum=0.364;SOR=0.737;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:700,451:0.39:1151
chr20	34219990	rs78084033	A	C	17373.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.846;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1178;ExcessHet=3.0103;FS=0.531;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.85;ReadPosRankSum=0.777;SOR=0.737;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:713,457:0.39:1170
chr20	34219994	rs10211771	T	C	17213.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.900;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1184;ExcessHet=3.0103;FS=0.535;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.64;ReadPosRankSum=0.795;SOR=0.752;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:714,462:0.39:1176
chr20	34243017	rs6121015	C	T	6407.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-2.262;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=820;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=117;NR=101;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.084;SC=GCATTTCCGTCTTACTACTCA;SOR=0.679;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=551;TCF=300;TCR=251;TR=218;WE=34243025;WS=34243007;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:474,325:0.41:799
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chr20	34268874	rs3056722	T	TCCA	1387.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=0.145;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.155;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQ=60.11;MQRankSum=1.192;NF=1;NR=25;PP=1177;ReadPosRankSum=0.962;SC=GTGAATTATCTCCAATAGTAA;SOR=1.085;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=71;TCF=6;TCR=65;TR=26;WE=34268882;WS=34268864;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,38:0.42:90
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chr20	34320202	rs11479445	TA	T	268.25	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.425;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.18;ReadPosRankSum=-0.471;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,20:0.83:24
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chr20	34324484	rs6058312	A	C	1027.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.810;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=18;PP=358;ReadPosRankSum=-1.371;SC=TGAAGCATTTAGGGATCTTAG;SOR=0.709;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=98;TCF=49;TCR=49;TR=35;WE=34324492;WS=34324474;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:131,63:0.32:194
chr20	34327159	rs1056196	T	A	183.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-2.717;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=1;PP=52;ReadPosRankSum=-1.174;SC=TAAAAAAATTTTCCATATTAA;SOR=0.518;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=28;TCF=21;TCR=7;TR=6;WE=34327167;WS=34327149;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,10:0.31:32
chr20	34328274	rs1538426	G	A	1888.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=43;NR=10;PP=1094;SC=TTATAAGACTGTTAGAAGATT;SOR=2.139;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=53;TCF=43;TCR=10;TR=53;WE=34328282;WS=34328264;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr20	34328848	rs2425122	C	T	456.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.443;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.71;ReadPosRankSum=-0.687;SOR=0.766;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:69,28:0.29:97
chr20	34435246	rs143955363	C	CT	367.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.338;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=304;ExcessHet=3.0103;FS=2.900;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.07;MQRankSum=0.000;QD=1.29;ReadPosRankSum=-1.252;SOR=0.473;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:224,60:0.21:284
chr20	34443173	rs2425171	G	C	3867.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.067;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=591;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.541;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=62;PP=1871;ReadPosRankSum=1.197;SC=CCAACACCCTGACAATATAGG;SOR=0.643;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=335;TCF=176;TCR=159;TR=126;WE=34443181;WS=34443163;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:369,212:0.36:581
chr20	34446395	rs2425178	A	G	268.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.932;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.238;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=12;PP=190;ReadPosRankSum=1.233;SC=TGTTTATGATAGCAAGTGTTT;SOR=1.078;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=47;TCF=13;TCR=34;TR=15;WE=34446403;WS=34446385;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,16:0.28:57
chr20	34775551	rs2247688	A	G	4769.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.399;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=375;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.030;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=77;NR=66;PP=2409;ReadPosRankSum=-0.288;SC=GCAGGACTAAACCTGGGCCTT;SOR=0.527;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=222;TCF=127;TCR=95;TR=143;WE=34775559;WS=34775541;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:151,215:0.59:366
chr20	34776503	.	AACACACAC	A	64.74	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.319;ClippingRankSum=-0.000;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.98;MQRankSum=0.319;QD=16.18;ReadPosRankSum=-1.150;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,3:0.75:4
chr20	34828609	rs709050	G	A	527.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=3.258;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.778;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=19;PP=430;ReadPosRankSum=0.244;SC=GAGGTGTTTTGGAATAGGGAG;SOR=0.379;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=43;TCF=5;TCR=38;TR=22;WE=34828617;WS=34828599;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,21:0.49:43
chr20	34832601	rs35283785	CCT	C	4743.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.134;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.546;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.820;NF=29;NR=27;PP=2521;ReadPosRankSum=-0.956;SC=AATCACTTCTCCTCTCTGCAC;SOR=0.622;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=93;TCF=55;TCR=38;TR=56;WE=34832610;WS=34832591;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,125:0.60:207
chr20	34858360	rs2425206	T	C	486.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.947;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=6;PP=191;ReadPosRankSum=-2.269;SC=CAGGCGTGAGTCACCGCACCT;SOR=0.861;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=21;TCF=12;TCR=9;TR=16;WE=34858368;WS=34858359;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,24:0.69:35
chr20	35127575	.	TTG	T	45.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.030;ClippingRankSum=0.000;DP=352;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.14;ReadPosRankSum=0.066;SOR=0.738;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:301,31:0.09:332
chr20	35127613	.	C	CT	145.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.308;ClippingRankSum=0.000;DP=327;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.50;ReadPosRankSum=1.414;SOR=0.660;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:243,48:0.16:291
chr20	35207529	rs75200387	A	G	492.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-0.600;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.537;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=14;PP=258;ReadPosRankSum=-0.319;SC=TCCCTGTCTCAAGGGAAGACA;SOR=0.357;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=44;TCF=3;TCR=41;TR=14;WE=35207537;WS=35207519;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,22:0.41:54
chr20	35236418	.	C	T	405.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-2.548;ClippingRankSum=0.000;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.290;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=13;PP=241;ReadPosRankSum=0.015;SC=GGCAGGTTACCTTCCTGCCTT;SOR=0.283;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=49;TCF=10;TCR=39;TR=18;WE=35236426;WS=35236408;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,22:0.34:65
chr20	35288971	rs6028627	A	T	146.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.110;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.53;MQRankSum=0.579;QD=7.34;ReadPosRankSum=0.154;SOR=0.735;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,8:0.40:20
chr20	35423172	.	C	CT	202.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.185;ClippingRankSum=0.000;DP=107;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.78;ReadPosRankSum=-1.155;SOR=0.564;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:52,21:0.29:73
chr20	35445890	.	T	TA	127.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.381;ClippingRankSum=0.000;DP=118;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.23;ReadPosRankSum=1.038;SOR=0.709;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:81,23:0.22:104
chr20	35491551	rs6029806	A	G	2827.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=24;NR=44;PP=1308;SC=CCGTGAGGAGAACGCGGCGCT;SOR=1.064;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=69;TCF=24;TCR=45;TR=68;WE=35491559;WS=35491541;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr20	35541154	.	ATTTTTTT	A	596.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.67;QD=37.30;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr20	35555717	.	C	CT	206.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.004;ClippingRankSum=0.000;DP=146;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.22;MQRankSum=1.682;QD=3.28;ReadPosRankSum=-0.077;SOR=0.569;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,24:0.38:63
chr20	35569619	rs6030312	G	T	1537.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=12;NR=32;PP=1061;SC=ACTAACAGAAGTTAGATTGGA;SOR=1.524;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=44;TCF=12;TCR=32;TR=44;WE=35569627;WS=35569609;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
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chr20	35661046	rs6017076	A	T	4082.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.452;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=85;NR=34;PP=2419;ReadPosRankSum=2.283;SC=AAATTCTTCTAAAGTGCTATA;SOR=0.422;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=122;TCF=87;TCR=35;TR=119;WE=35661054;WS=35661036;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,144:0.99:146
chr20	35672436	.	G	GT	287.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.613;ClippingRankSum=0.000;DP=113;ExcessHet=3.0103;FS=3.642;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.88;ReadPosRankSum=-1.006;SOR=0.501;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:63,37:0.37:100
chr20	35695535	rs371434822	GA	G	381.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.298;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FS=1.584;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.27;MQRankSum=2.696;QD=3.18;ReadPosRankSum=-0.034;SOR=0.938;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:72,48:0.40:120
chr20	35710453	rs1892205	T	C	1410.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=23;PP=621;SC=GCACAGAGCATGTGTCTCTAT;SOR=1.329;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=10;TCR=23;TR=33;WE=35710461;WS=35710443;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr20	35738780	rs369006735	T	G	4506.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=1.264;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=330;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.346;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=67;NR=59;PP=2222;ReadPosRankSum=-0.032;SC=AAAAAGTAAGTATAAAGCAGT;SOR=0.613;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=186;TCF=101;TCR=85;TR=126;WE=35738788;WS=35738770;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:125,202:0.62:327
chr20	35807790	rs11467214	G	GCTTACAGACAGGGCCCCGCGGCCGGCACT	1110.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.193;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FS=8.357;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.95;MQRankSum=-1.594;QD=12.77;ReadPosRankSum=-0.727;SOR=1.751;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:63,24:0.28:87
chr20	35828757	rs72138511	AT	A	50.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.669;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FS=2.530;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.11;MQRankSum=1.732;QD=0.58;ReadPosRankSum=-2.117;SOR=1.157;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:68,19:0.22:87
chr20	35838591	rs2050091	T	C	2115.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.657;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=296;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.431;HP=6;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=43;PP=952;ReadPosRankSum=-0.498;SC=CATATTTTGGTGGGGCGCTGA;SOR=0.587;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=200;TCF=90;TCR=110;TR=81;WE=35838599;WS=35838581;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:176,116:0.40:292
chr20	36030939	rs1885257	G	C	6113.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=236;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=79;NR=78;PP=2843;SC=GCAAAGTGGCGGACTTTGGGC;SOR=0.693;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=157;TCF=79;TCR=78;TR=157;WE=36030947;WS=36030929;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,232:1.00:232
chr20	36031097	rs2145792	A	G	8372.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=318;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=131;NR=95;PP=2965;SC=TGCTTATCTAACAGAGCGGTC;SOR=0.871;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=232;TCF=132;TCR=100;TR=226;WE=36031105;WS=36031087;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,303:1.00:303
chr20	36149929	rs143883420	C	T	738.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-0.946;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.749;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=29;PP=604;ReadPosRankSum=0.700;SC=TCCTTGCCTGCCCAAGTGCCG;SOR=1.773;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=72;TCF=13;TCR=59;TR=33;WE=36149937;WS=36149919;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,33:0.40:83
chr20	36150591	rs34619095	A	AT	429.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.067;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=5.465;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.02;ReadPosRankSum=-0.568;SOR=2.139;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,12:0.36:33
chr20	36150594	rs2344098	T	A	211.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.231;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.62;ReadPosRankSum=1.678;SOR=0.473;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,14:0.44:32
chr20	36150600	rs5841264	T	TA	1655.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.50;QD=41.39;SOR=4.514;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr20	36375071	rs2297154	T	C	4895.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=52;NR=87;PP=2965;SC=CTGTTACTCTTTCTCCTGTCT;SOR=1.347;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=143;TCF=56;TCR=87;TR=139;WE=36375079;WS=36375061;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,178:1.00:178
chr20	36488508	rs3833308	TCTCA	T	5532.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQ=60.08;NF=21;NR=68;PP=2970;SC=TTAGGTGGACTCTCACTCAGG;SOR=1.392;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=98;TCF=25;TCR=73;TR=89;WE=36488519;WS=36488498;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr20	36488911	rs1474623	G	T	360.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=11;PP=297;SC=GTCAGAATACGGAAGACTAGC;SOR=5.136;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=0;TCR=11;TR=11;WE=36488919;WS=36488901;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr20	36500313	rs717599	C	A	4259.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-2.345;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=695;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=72;NR=68;PP=1786;ReadPosRankSum=-0.468;SC=CTGACTCTATCTTTGTCCCCC;SOR=0.659;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=412;TCF=218;TCR=194;TR=140;WE=36500321;WS=36500303;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:442,248:0.36:690
chr20	36531978	rs6021782	G	T	2490.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-2.655;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.048;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=76;PP=1680;ReadPosRankSum=-0.132;SC=CAGTCGTGGCGGGCATCCCGG;SOR=1.005;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=131;TCF=16;TCR=115;TR=84;WE=36531986;WS=36531968;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,98:0.67:147
chr20	36561844	rs6126571	C	T	387.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=3.247;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.779;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=2;PP=187;ReadPosRankSum=-0.224;SC=AGCGGTTGTCCGTATCCCTAT;SOR=1.179;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=44;TCF=33;TCR=11;TR=14;WE=36561852;WS=36561834;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,18:0.37:49
chr20	36572310	rs11365082	AC	A	868.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.280;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.01;ReadPosRankSum=0.041;SOR=0.735;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:70,54:0.44:124
chr20	36615416	rs6022212	A	G	536.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.457;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=7;PP=313;ReadPosRankSum=1.723;SC=AGCAAATGCCATGCCATGCAA;SOR=0.784;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=50;TCF=34;TCR=16;TR=24;WE=36615424;WS=36615406;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,28:0.47:60
chr20	36628853	rs150432768	A	ACGGCCAGCGCAGGCTTCCCTCCCGCGTGGG	1758.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.223;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=327;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.36;MQRankSum=0.000;QD=21.98;ReadPosRankSum=0.117;SOR=1.426;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:4,76:0.95:80
chr20	36678416	rs6097507	A	G	1533.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-1.047;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.426;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=50;PP=991;ReadPosRankSum=-1.996;SC=TCACTGTGTGATGAACTCATT;SOR=0.531;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=167;TCF=34;TCR=133;TR=64;WE=36678424;WS=36678406;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:111,73:0.40:184
chr20	36685915	rs2256288	T	C	6984.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=265;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=71;NR=100;PP=2965;SC=TCAAATTTATTACTTTCTCTT;SOR=0.931;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=171;TCF=71;TCR=100;TR=171;WE=36685923;WS=36685905;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,260:1.00:260
chr20	36758778	rs2076377	G	C	4740.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.048;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=91;PP=2412;ReadPosRankSum=-1.037;SC=TGGGCTGCAGGGAGAGAGGGG;SOR=1.520;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=130;TCF=38;TCR=92;TR=128;WE=36758786;WS=36758768;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,183:0.99:185
chr20	36759751	rs111895659	A	AC	2462.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.386;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.253;NF=3;NR=57;PP=1779;ReadPosRankSum=0.424;SC=TGCCACGATCACCCCCCCTCC;SOR=2.208;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=68;TCF=4;TCR=64;TR=60;WE=36759759;WS=36759741;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,85:0.99:86
chr20	36761014	rs2076386	G	A	11105.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=415;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=153;NR=113;PP=2965;SC=GTCACACAGCGGGGGAATGGC;SOR=0.920;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=268;TCF=155;TCR=113;TR=266;WE=36761022;WS=36761004;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,408:1.00:408
chr20	36761202	rs1555074	G	A	16973.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.699;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=654;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=199;NR=208;PP=2965;ReadPosRankSum=1.358;SC=CCAGGTCCTCGATGTTTGGAT;SOR=0.721;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=409;TCF=200;TCR=209;TR=407;WE=36761210;WS=36761192;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,643:1.00:645
chr20	36769792	rs2076389	G	A	11584.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.352;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=428;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=104;NR=189;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.818;SC=AAGTTCCTGAGGGGGATAGGG;SOR=1.065;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=300;TCF=107;TCR=193;TR=293;WE=36769800;WS=36769782;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,419:0.99:422
chr20	36769839	rs12624511	G	A	7804.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.990;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=291;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=70;NR=131;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.485;SC=AACATTCATCGCCACCTCCCA;SOR=1.219;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=203;TCF=71;TCR=132;TR=201;WE=36769847;WS=36769829;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,288:0.99:290
chr20	36770588	rs2076390	C	T	19592.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.909;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=762;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=194;NR=291;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.065;SC=TAGGGATGCCCAGGCACCTCA;SOR=0.993;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=490;TCF=197;TCR=293;TR=485;WE=36770596;WS=36770578;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:6,742:0.99:748
chr20	36774850	rs45499198	G	A	2285.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.342;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=6.424;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=9;PP=1415;ReadPosRankSum=-0.505;SC=AAAATCCTGAGTTTTTGAGAA;SOR=2.494;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=62;TCF=52;TCR=10;TR=60;WE=36774871;WS=36774840;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,78:0.99:79
chr20	36774863	rs45437493	T	TG	3127.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.928;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=6.160;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=14;PP=2404;ReadPosRankSum=-1.021;SC=TTTGAGAACGTGGGCTCCAGT;SOR=2.334;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=66;TCF=51;TCR=15;TR=59;WE=36774871;WS=36774840;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,94:0.99:95
chr20	36776641	rs2281198	G	C	728.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=16;PP=441;SC=CTCTCTGGTGGCAGCTTCTCT;SOR=1.981;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=5;TCR=16;TR=21;WE=36776649;WS=36776631;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr20	36793529	rs2076380	G	A	10994.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.863;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=412;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=133;NR=152;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.154;SC=AGCTCCCACCGGGTCCTGACC;SOR=0.836;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=287;TCF=134;TCR=153;TR=285;WE=36793537;WS=36793519;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,403:1.00:405
chr20	36946848	rs4358188	G	A	7311.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.765;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=281;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=71;NR=112;PP=2965;ReadPosRankSum=0.802;SC=TGTATCCTCCGAGCTGCAACC;SOR=1.016;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=183;TCF=71;TCR=112;TR=183;WE=36946856;WS=36946838;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,275:0.99:277
chr20	36953097	rs5741806	C	T	5726.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=87;NR=46;PP=2787;SC=GTCAGCCTCTCACCCCGATAC;SOR=1.173;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=134;TCF=87;TCR=47;TR=133;WE=36953105;WS=36953087;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,210:1.00:210
chr20	36959318	rs5743533	G	A	3141.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=77;NR=17;PP=2093;SC=GCTGTGACCCGTGGAAGGGGA;SOR=2.833;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=94;TCF=77;TCR=17;TR=94;WE=36959326;WS=36959308;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr20	36959353	rs5743534	A	G	5334.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=97;NR=51;PP=2838;SC=GGAAAACCAGACAGTATCCAC;SOR=1.291;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=150;TCF=97;TCR=53;TR=148;WE=36959361;WS=36959343;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,200:1.00:200
chr20	36959566	rs2425357	A	G	5077.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=43;NR=81;PP=2638;SC=TCATAGGCTCAAGGCATTATT;SOR=1.216;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=124;TCF=43;TCR=81;TR=124;WE=36959574;WS=36959556;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,186:1.00:186
chr20	36959732	rs6127771	C	T	292.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=1;NR=7;PP=227;SC=TCCAGACCTTCCCCACCTGAG;SOR=2.303;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=8;WE=36959740;WS=36959722;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr20	36965617	rs1131847	A	G	6129.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=237;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=70;NR=104;PP=2965;SC=GCTGTCAGCCACACCTGTTCC;SOR=1.044;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=174;TCF=70;TCR=104;TR=174;WE=36965625;WS=36965607;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,229:1.00:229
chr20	37055875	rs707578	T	C	2166.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=59;NR=5;PP=1723;SC=AAGCATGATGTCCCCCCGCAC;SOR=4.375;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=64;TCF=59;TCR=5;TR=64;WE=37055883;WS=37055865;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr20	37055978	.	G	C	3426.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.388;ClippingRankSum=0.000;DP=414;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.684;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=76;NR=47;PP=1562;ReadPosRankSum=0.195;SC=GGTTCGGATGGGATAGGGTGG;SOR=0.846;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=266;TCF=159;TCR=107;TR=123;WE=37055986;WS=37055968;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:222,173:0.44:395
chr20	37062583	rs788347	T	C	12811.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=485;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=158;NR=146;PP=2965;SC=CGCGATTTCTTTCCCTGCACT;SOR=0.749;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=306;TCF=158;TCR=148;TR=304;WE=37062591;WS=37062573;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,479:1.00:479
chr20	37146131	.	C	CT	344.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.532;ClippingRankSum=0.000;DP=238;ExcessHet=3.0103;FS=1.431;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.05;MQRankSum=0.000;QD=1.51;ReadPosRankSum=1.175;SOR=0.535;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:177,52:0.23:229
chr20	37187110	.	A	ATT	1207.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.477;ClippingRankSum=0.000;DP=202;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.55;ReadPosRankSum=0.786;SOR=0.660;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:76,84:0.52:160
chr20	37230486	rs6070740	C	A	637.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.68;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=4;PP=251;SC=ACTGGGTGCGCCACGGGGGCC;SOR=1.051;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=7;TCR=4;TR=11;WE=37230494;WS=37230476;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr20	37252210	rs6064778	C	A	4538.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.523;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FS=2.511;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.14;ReadPosRankSum=0.121;SOR=1.097;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:3,185:0.98:188
chr20	37255995	rs148944768	A	ATGTGTGTTGGTG	4263.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.886;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=43.51;ReadPosRankSum=1.907;SOR=1.190;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,96:0.98:98
chr20	37257384	rs35399405	A	G	498.78	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.845;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.9965;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=5;PP=366;ReadPosRankSum=0.332;SC=AGCCAGCCAGACTTGGGCCCC;SOR=0.368;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=19;TCF=14;TCR=5;TR=17;WE=37257392;WS=37257374;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,19:0.90:21
chr20	37257590	rs6070809	C	G	4796.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.669;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=53;PP=1981;ReadPosRankSum=-1.029;SC=CAGAGAATGGCGACTCCGGTA;SOR=0.704;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=113;TCF=58;TCR=55;TR=110;WE=37257598;WS=37257580;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,185:0.99:187
chr20	37266205	rs6026964	C	A	3273.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=85;NR=13;PP=2447;SC=TCAAGAGGAGCGGTTTGGGTC;SOR=3.675;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=98;TCF=85;TCR=13;TR=98;WE=37266213;WS=37266195;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr20	37272589	rs419162	G	A	2190.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=14;NR=61;PP=1670;SC=CCCTCTGGGTGCAGCTGCCGT;SOR=2.804;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=75;TCF=14;TCR=61;TR=75;WE=37272597;WS=37272579;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr20	37274559	rs11426603	C	CA	6783.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=78;NR=51;PP=2967;SC=GTCCCGTGTCCAACAAATGCA;SOR=1.776;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=142;TCF=89;TCR=53;TR=129;WE=37274567;WS=37274549;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,207:1.00:207
chr20	37274861	rs117796	A	G	4247.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=24;NR=93;PP=2965;SC=ACAGGTGGAGAAGGGCCGAGG;SOR=2.353;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=117;TCF=24;TCR=93;TR=117;WE=37274869;WS=37274851;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,141:1.00:141
chr20	37277153	rs220527	G	T	2653.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=60;NR=19;PP=1743;SC=TCCTTATGCTGCTTCTCCCCA;SOR=2.059;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=79;TCF=60;TCR=19;TR=79;WE=37277161;WS=37277143;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
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chr20	37279376	rs67738971	TGACGA	T	3841.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.699;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=333;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.425;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.378;NF=6;NR=39;PP=2140;ReadPosRankSum=-0.156;SC=GGGAGCTTGGTGACGAGAGCA;SOR=0.811;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=125;TCF=15;TCR=110;TR=45;WE=37279388;WS=37279366;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:203,108:0.35:311
chr20	37279458	rs6015551	C	T	834.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.761;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.274;HP=8;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=29;PP=507;ReadPosRankSum=-0.388;SC=CCACCGGGGGCGGGAGGGCAG;SOR=0.356;SbPval=0.23;Source=Platypus;TC=92;TCF=16;TCR=76;TR=38;WE=37279466;WS=37279448;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,42:0.40:106
chr20	37383482	rs35702444	T	G	996.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.383;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=3.023;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.08;ReadPosRankSum=1.084;SOR=1.270;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,26:0.42:62
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chr20	37383487	.	TC	CT	979.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.147;ClippingRankSum=0.000;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=3.444;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.07;ReadPosRankSum=1.276;SOR=1.477;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,27:0.42:65
chr20	37395979	.	AT	A	184.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.408;ClippingRankSum=0.000;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=1.943;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.98;ReadPosRankSum=0.064;SOR=1.276;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:40,22:0.35:62
chr20	37524409	.	A	ACTTCCTTCTTTCTCTCCTCCCTTCCTCC	1578.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.516;ClippingRankSum=0.000;DP=154;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.54;ReadPosRankSum=-0.166;SOR=0.648;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:46,44:0.49:90
chr20	37534582	rs12626105	A	G	2002.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.886;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=306;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.914;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=37;PP=1210;ReadPosRankSum=-0.002;SC=TGATCCCCTGAGGAATGCTCA;SOR=0.759;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=192;TCF=96;TCR=96;TR=77;WE=37534590;WS=37534571;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:193,108:0.36:301
chr20	37534665	rs4812332	C	T	2363.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.854;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=300;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.555;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=41;PP=1201;ReadPosRankSum=0.557;SC=TCCTCCTGGACCATGGAGTGC;SOR=0.544;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=167;TCF=71;TCR=96;TR=78;WE=37534673;WS=37534655;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:179,121:0.40:300
chr20	37535555	rs45443095	T	C	1211.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-2.294;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.173;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=7;PP=626;ReadPosRankSum=-0.840;SC=CCTTGGGCACTCTCTCCACCT;SOR=0.542;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=50;TCF=40;TCR=10;TR=34;WE=37535563;WS=37535545;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,50:0.72:69
chr20	37547374	rs4812336	G	A	685.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-4.172;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.911;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=22;PP=494;ReadPosRankSum=0.882;SC=CAGCCCAACAGCCCTGGCTGG;SOR=0.330;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=51;TCF=9;TCR=42;TR=28;WE=37547382;WS=37547364;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,30:0.53:57
chr20	37555116	rs3752290	G	C	3972.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.530;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=531;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.537;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=67;NR=69;PP=2302;ReadPosRankSum=0.487;SC=CCTGGACGAGGTGCCCGCCGC;SOR=0.634;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=338;TCF=162;TCR=176;TR=136;WE=37555124;WS=37555106;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:319,200:0.39:519
chr20	37555322	.	C	CGCG	2470.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.334;ClippingRankSum=0.000;DP=337;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.724;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=2.103;NF=10;NR=43;PP=2273;ReadPosRankSum=1.041;SC=GAGAGGAGGGCGCGGCGGCGG;SOR=0.853;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=147;TCF=36;TCR=111;TR=53;WE=37555332;WS=37555312;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:135,124:0.48:259
chr20	37570725	rs3752293	C	T	2133.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.245;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=344;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.428;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=32;PP=985;ReadPosRankSum=1.906;SC=CTCTCAATTTCTGGATATGTG;SOR=0.832;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=216;TCF=117;TCR=99;TR=76;WE=37570733;WS=37570715;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:217,121:0.36:338
chr20	37580130	rs4300896	A	C	530.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-3.790;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=1;PP=331;ReadPosRankSum=1.216;SC=AGTGAGTAAAACAAAATTGCT;SOR=0.481;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=58;TCF=55;TCR=3;TR=20;WE=37580138;WS=37580122;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,24:0.37:65
chr20	37590835	rs79439920	G	C	294.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=2.569;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=2;PP=199;ReadPosRankSum=-1.325;SC=CGGTGCGCTCGCCGGAGCCTG;SOR=0.536;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=37;TCF=32;TCR=5;TR=13;WE=37590843;WS=37590825;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,15:0.32:47
chr20	37591184	rs974561	G	C	644.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-2.840;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=4;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=29;PP=1209;ReadPosRankSum=0.433;SC=GCCTCTGTGCGGGGGGAGCTC;SOR=0.900;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=66;TCF=5;TCR=61;TR=31;WE=37591206;WS=37591174;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,31:0.44:71
chr20	37591198	rs974560	C	T	609.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-3.147;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=24;PP=1209;ReadPosRankSum=-0.048;SC=GGAGCTCTGGCTCAGGCTCCC;SOR=0.872;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=49;TCF=3;TCR=46;TR=26;WE=37591206;WS=37591174;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,24:0.46:52
chr20	37601243	rs16987712	A	G	1313.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.760;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.197;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=16;PP=530;ReadPosRankSum=-1.840;SC=ATTATCAGACAGTGGTGATTG;SOR=0.926;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=147;TCF=89;TCR=58;TR=47;WE=37601251;WS=37601233;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:142,78:0.35:220
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chr20	37621180	rs68173814	A	G	1379.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-2.131;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.468;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=41;PP=851;ReadPosRankSum=0.745;SC=GAAAATTAAAATCATCCATAA;SOR=0.331;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=111;TCF=22;TCR=89;TR=54;WE=37621188;WS=37621170;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,62:0.50:125
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chr20	39609426	rs4812473	C	T	4080.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.492;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=54;PP=1714;ReadPosRankSum=-0.727;SC=TGCGCTCTCCCTCTTCCAAGC;SOR=0.853;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=98;TCF=43;TCR=55;TR=96;WE=39609434;WS=39609416;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,160:0.99:162
chr20	39634616	rs1000411	C	T	4947.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=79;NR=47;PP=2379;SC=CATCACTACACTAGGGACTTT;SOR=1.109;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=126;TCF=79;TCR=47;TR=126;WE=39634624;WS=39634606;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,192:1.00:192
chr20	39690342	rs1997833	T	C	596.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.324;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=18;PP=470;ReadPosRankSum=1.648;SC=GCAAGTATGTTTAATTTTCTT;SOR=3.258;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=20;TCF=1;TCR=19;TR=19;WE=39690350;WS=39690332;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,20:0.95:21
chr20	39713352	rs2076576	A	C	1341.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=44;PP=1038;SC=TTCTGAAGTAAGTTTTCCAAC;SOR=4.450;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=47;TCF=3;TCR=44;TR=47;WE=39713360;WS=39713342;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr20	39743921	rs6129758	T	G	1452.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=27;NR=15;PP=741;SC=CTTGTGCCTTTTTCTTTGCAA;SOR=1.262;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=42;TCF=27;TCR=15;TR=42;WE=39743929;WS=39743911;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr20	39788855	rs2076148	A	G	2242.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=18;NR=39;PP=1162;SC=AACCTTAGCCAGGCCTCTAAG;SOR=1.367;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=57;TCF=18;TCR=39;TR=57;WE=39788863;WS=39788845;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr20	39794489	rs6124323	G	A	10417.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=401;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=95;NR=160;PP=2965;SC=ATGCAGATGCGTATGTTCAGT;SOR=1.061;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=256;TCF=95;TCR=161;TR=255;WE=39794497;WS=39794479;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,397:1.00:397
chr20	39797465	rs753381	T	C	8020.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.632;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=307;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=74;NR=93;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.283;SC=CTGACCTTCATCAAGAGCGCC;SOR=0.841;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=169;TCF=75;TCR=94;TR=167;WE=39797473;WS=39797455;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,303:0.99:305
chr20	39802814	rs33917926	G	T	15191.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=566;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=216;NR=189;PP=2965;SC=TGCGGGAGCGGGGCTCAGATG;SOR=0.794;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=408;TCF=219;TCR=189;TR=405;WE=39802822;WS=39802804;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,561:1.00:561
chr20	39830122	rs2235367	A	G	1344.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=31;PP=910;SC=TTTCGAGTACAATCCAGAGAA;SOR=2.461;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=7;TCR=31;TR=38;WE=39830130;WS=39830112;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
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chr20	39978564	rs6029646	G	T	3977.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.291;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=70;PP=2404;ReadPosRankSum=-0.821;SC=CCCCAGGCCCGGCCTTTCAGG;SOR=0.430;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=115;TCF=44;TCR=71;TR=114;WE=39978572;WS=39978554;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,141:0.99:142
chr20	39978998	rs61730990	G	C	5968.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.152;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=106;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.229;SC=GGAGGTTCCAGTTCCCACCGG;SOR=0.760;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=165;TCF=56;TCR=109;TR=161;WE=39979006;WS=39978988;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,219:0.99:222
chr20	40049099	rs6029672	G	A	1516.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=43;NR=1;PP=1099;SC=ACCCCCCGTCGTGTGTGAACT;SOR=4.977;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=44;TCF=43;TCR=1;TR=44;WE=40049107;WS=40049089;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr20	40079787	rs73123238	G	C	7587.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.109;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=305;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=70;NR=125;PP=2965;ReadPosRankSum=-2.612;SC=ATAGCCAAGGGGGGTGTTACA;SOR=1.122;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=200;TCF=72;TCR=128;TR=195;WE=40079795;WS=40079774;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,298:0.99:302
chr20	40111900	rs2143228	G	A	1733.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=44;NR=8;PP=1209;SC=AATATCAAAGGAAAGGAACTG;SOR=2.872;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=52;TCF=44;TCR=8;TR=52;WE=40111908;WS=40111890;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr20	40116281	.	T	C	1779.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.419;ClippingRankSum=0.000;DP=250;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.042;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=19;PP=1005;ReadPosRankSum=0.114;SC=CACTGTCTCCTCAATTCTTTG;SOR=0.903;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=175;TCF=115;TCR=60;TR=64;WE=40116289;WS=40116271;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:156,90:0.37:246
chr20	40120211	rs4810321	C	T	900.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=22;NR=8;PP=645;SC=TGTGCAAAGACTACCACCCTA;SOR=1.911;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=22;TCR=8;TR=30;WE=40120219;WS=40120201;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr20	40714305	rs143180826	T	C	735.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.205;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=29.43;ReadPosRankSum=-1.515;SOR=0.551;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,18:0.72:25
chr20	40714305	.	TCG	CCA	550	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MMLQ=28;MQ=60.0;NF=12;NR=2;PP=550;QD=43.1048482044;SC=GGATCCTCTCTCGGCAGCCTC;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=22;TCF=18;TCR=4;TR=14;WE=40714315;WS=40714295;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:8,14:0.64:22
chr20	40714307	rs3092662	G	A	735.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.161;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=28.30;ReadPosRankSum=-1.650;SOR=0.608;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,19:0.73:26
chr20	40714524	rs722898	C	G	3348.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.130;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.066;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=34;PP=902;ReadPosRankSum=0.254;SC=ACAGAAGGAGCTCAAAGGCAG;SOR=0.874;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=88;TCF=36;TCR=52;TR=55;WE=40714532;WS=40714514;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,90:0.60:151
chr20	40714540	rs1569548	G	C	3177.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.777;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.456;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=33;PP=702;ReadPosRankSum=0.256;SC=GGCAGGGGGCGGGTATCAAAG;SOR=0.894;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=81;TCF=29;TCR=52;TR=49;WE=40714548;WS=40714530;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,81:0.62:131
chr20	40733082	rs2076247	C	T	830.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=0.501;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.486;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=5;PP=549;ReadPosRankSum=1.254;SC=AAGCTTGATGCTGGGCTTCTC;SOR=1.666;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=56;TCF=43;TCR=13;TR=31;WE=40733090;WS=40733072;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,35:0.53:66
chr20	40743829	rs2076248	A	G	2339.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=1.082;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=21;PP=1388;ReadPosRankSum=-0.146;SC=ACAGCCTCCAAGAAGCTTACC;SOR=0.693;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=138;TCF=98;TCR=40;TR=76;WE=40743837;WS=40743819;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,100:0.58:173
chr20	40863182	rs6030076	C	A	2083.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=1.906;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=6.388;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=9;PP=1254;ReadPosRankSum=1.774;SC=TACACTGATACCTATCCCCTG;SOR=2.476;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=59;TCF=49;TCR=10;TR=58;WE=40863190;WS=40863172;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,73:0.99:74
chr20	40863305	rs6072666	G	A	1860.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.168;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=364;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.685;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=29;PP=814;ReadPosRankSum=-0.384;SC=AGATAGGCTTGCATACTGTGA;SOR=0.888;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=217;TCF=116;TCR=101;TR=68;WE=40863313;WS=40863295;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:248,112:0.31:360
chr20	40877288	rs6072668	C	T	394.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=0.679;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.211;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=4;PP=329;ReadPosRankSum=0.087;SC=GAGGTCACCTCGGGTCAGCAG;SOR=1.067;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=54;TCF=43;TCR=11;TR=21;WE=40877296;WS=40877278;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,20:0.32:63
chr20	40910951	rs41308707	G	A	567.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=4.192;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.797;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=1;PP=324;ReadPosRankSum=0.471;SC=TCTATTTTACGCACTGTGCTA;SOR=1.269;SbPval=0.97;Source=Platypus;TC=75;TCF=63;TCR=12;TR=22;WE=40910959;WS=40910941;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,27:0.34:79
chr20	40979160	rs2071854	T	C	760.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.689;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.059;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=8;PP=474;ReadPosRankSum=0.770;SC=GGAAGCTTTGTTCCTGGCCAG;SOR=0.420;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=75;TCF=56;TCR=19;TR=28;WE=40979168;WS=40979150;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,36:0.42:86
chr20	41100774	rs760704	G	A	1015.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-3.643;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.921;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=5;PP=721;ReadPosRankSum=-0.134;SC=TTCATTGAAGGCCTAAGAAAA;SOR=1.351;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=110;TCF=94;TCR=16;TR=41;WE=41100782;WS=41100764;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,44:0.37:118
chr20	41101274	rs6065487	C	A	483.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-0.982;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.055;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=18;PP=390;ReadPosRankSum=0.570;SC=TGTTCTGCTACAACAGGGAAC;SOR=1.255;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=43;TCF=7;TCR=36;TR=21;WE=41101282;WS=41101264;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,21:0.41:51
chr20	41306488	rs111229158	G	GA	213.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.208;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.11;ReadPosRankSum=0.506;SOR=0.809;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,18:0.35:52
chr20	41306600	rs2425516	A	G	1587.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.323;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.096;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=20;PP=510;ReadPosRankSum=0.264;SC=CATACTCAACATCGGGGTCCA;SOR=0.793;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=119;TCF=64;TCR=55;TR=49;WE=41306608;WS=41306590;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:115,87:0.43:202
chr20	41400229	rs6030462	G	A	1612.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-1.859;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.756;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=32;PP=838;ReadPosRankSum=0.424;SC=AATGAGATTCGACAGCCTGCA;SOR=0.392;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=81;TCF=22;TCR=59;TR=46;WE=41400237;WS=41400219;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,69:0.59:116
chr20	41419718	rs208244	A	G	428.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-4.335;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.654;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=3;PP=269;ReadPosRankSum=0.050;SC=GAGGAGAAGCACAGTAAACAC;SOR=0.091;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=28;TCF=25;TCR=3;TR=18;WE=41419726;WS=41419708;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,20:0.67:30
chr20	41514690	.	C	CAT	1454.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.326;ClippingRankSum=0.000;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.033;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=33;PP=1065;ReadPosRankSum=-0.104;SC=GAAGATTTTCCATATATATAT;SOR=0.398;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=78;TCF=4;TCR=74;TR=35;WE=41514699;WS=41514680;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,58:0.56:104
chr20	41818289	rs2867655	C	G	403.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.24;SOR=1.244;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr20	42089140	rs34934568	T	A	1176.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=3.140;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.775;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=6;PP=904;ReadPosRankSum=0.234;SC=GACTTCATTGTTTTTCTCCTA;SOR=1.791;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=62;TCF=50;TCR=12;TR=41;WE=42089148;WS=42089130;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,44:0.66:67
chr20	42089511	rs2235611	T	C	5685.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=72;NR=59;PP=2916;SC=CCCGATCCCCTAAAGAAAATG;SOR=0.795;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=131;TCF=72;TCR=59;TR=131;WE=42089519;WS=42089501;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,204:1.00:204
chr20	42157237	rs2071972	C	T	1161.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.983;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.589;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=12;PP=450;ReadPosRankSum=0.870;SC=CAGGGGAAGCCGAAGAAAGTC;SOR=0.786;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=93;TCF=54;TCR=39;TR=31;WE=42157245;WS=42157227;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:109,62:0.36:171
chr20	42163768	rs2071968	C	G	977.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-2.300;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=30;PP=612;ReadPosRankSum=0.149;SC=AGCAGTGCTTCTGGCTACCCC;SOR=0.727;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=75;TCF=12;TCR=63;TR=36;WE=42163776;WS=42163758;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,45:0.48:93
chr20	42164722	rs3746528	T	C	3023.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.827;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=472;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=50;PP=1658;ReadPosRankSum=0.608;SC=CCAACTGAAGTCTCTTCTTCC;SOR=0.708;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=307;TCF=165;TCR=142;TR=110;WE=42164730;WS=42164712;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:307,159:0.34:466
chr20	42195554	rs112275291	G	GGGAC	991.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=0;PP=499;SC=GAGGGAGGGAGGGAGGCGGGC;SOR=2.147;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=12;TCR=1;TR=11;WE=42195562;WS=42195544;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr20	42195863	rs4812721	G	C	1573.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=8;NR=31;PP=980;SC=ATTCAAGACTGTCTGCCATCT;SOR=1.938;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=39;TCF=8;TCR=31;TR=39;WE=42195871;WS=42195853;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr20	42196089	rs2071973	T	C	760.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.528;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=3;PP=534;ReadPosRankSum=-0.831;SC=GCCTGTTGTTTAACTTGAATT;SOR=1.473;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=23;TCF=20;TCR=3;TR=22;WE=42196097;WS=42196079;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,26:0.96:27
chr20	42196550	rs2067061	T	G	4863.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.861;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=67;NR=50;PP=2481;ReadPosRankSum=0.157;SC=TCATGTTTCTTCTCAGGTCCT;SOR=0.953;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=119;TCF=68;TCR=51;TR=117;WE=42196558;WS=42196540;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,179:0.99:181
chr20	42196738	rs6017119	C	G	1738.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=10;NR=38;PP=1170;SC=GGTCCATGGGCCTGGGTGCAG;SOR=2.187;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=48;TCF=10;TCR=38;TR=48;WE=42196746;WS=42196728;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr20	42199704	rs11467250	GGTGT	G	1314.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.961;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.024;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=14;PP=613;ReadPosRankSum=-0.680;SC=CTGCCAGGTTGGTGTGTGTGT;SOR=0.966;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=43;TCF=9;TCR=34;TR=18;WE=42199719;WS=42199694;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,47:0.56:84
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chr20	42225114	rs2664519	G	A	2305.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.370;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=272;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.480;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=23;PP=845;ReadPosRankSum=1.386;SC=TAAATGGAGTGAAACTGTGGA;SOR=0.602;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=163;TCF=101;TCR=62;TR=60;WE=42225122;WS=42225104;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:151,118:0.44:269
chr20	42302201	rs826949	C	T	401.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=0.717;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.372;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=3;PP=186;ReadPosRankSum=-0.739;SC=CATTTGAGTCCAGGAGTTCAA;SOR=0.399;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=42;TCF=33;TCR=9;TR=14;WE=42302209;WS=42302191;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,19:0.39:49
chr20	42302371	rs826950	C	T	4222.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.505;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=556;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.780;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=79;NR=57;PP=1819;ReadPosRankSum=-0.394;SC=GTGGGCTGGCCGCTGCCTACA;SOR=0.816;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=347;TCF=194;TCR=153;TR=136;WE=42302379;WS=42302361;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:322,219:0.40:541
chr20	42310509	rs442143	T	C	820.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-1.909;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.006;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=20;PP=338;ReadPosRankSum=0.185;SC=AGTACAGTCCTGCTGTGGCCC;SOR=0.422;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=68;TCF=23;TCR=45;TR=32;WE=42310517;WS=42310499;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,43:0.51:84
chr20	42328639	rs285162	T	C	1267.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=-1.150;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.562;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=22;PP=404;ReadPosRankSum=0.761;SC=TCCTCATCCCTGCTGTGGGTT;SOR=0.618;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=108;TCF=46;TCR=62;TR=39;WE=42328647;WS=42328629;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:110,71:0.39:181
chr20	42328749	rs285163	A	G	332.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-3.307;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.174;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=10;PP=199;ReadPosRankSum=-0.081;SC=CTTCTCTCTCAGGCCCACATC;SOR=0.069;SbPval=0.2;Source=Platypus;TC=30;TCF=5;TCR=25;TR=14;WE=42328757;WS=42328739;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,15:0.45:33
chr20	42574442	rs4812769	T	C	2116.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.14;SOR=1.670;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr20	42697187	rs41283266	T	C	311.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-1.968;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.452;HP=1;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=2;PP=318;ReadPosRankSum=0.351;SC=GAGGGGCAGCTGAATCCAGGG;SOR=0.141;SbPval=0.92;Source=Platypus;TC=40;TCF=31;TCR=9;TR=18;WE=42697195;WS=42697181;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,14:0.45:31
chr20	42697651	rs6017258	G	C	1327.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-4.388;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=47;PP=790;ReadPosRankSum=0.140;SC=CCCCAGCCCAGGTGGGCCGCC;SOR=0.772;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=113;TCF=17;TCR=96;TR=55;WE=42697659;WS=42697641;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,63:0.52:122
chr20	42743454	rs6093935	A	G	1087.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.247;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.872;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=13;PP=524;ReadPosRankSum=-0.030;SC=GGAGGTGAACAAAGAGGATGG;SOR=1.033;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=96;TCF=60;TCR=36;TR=39;WE=42743462;WS=42743444;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:102,60:0.37:162
chr20	42744587	rs74352869	G	C	907.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.102;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.156;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=18;PP=315;ReadPosRankSum=-0.771;SC=GTGGGGGCTCGGGCGGCGTGG;SOR=0.932;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=97;TCF=44;TCR=53;TR=30;WE=42744595;WS=42744577;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:98,53:0.35:151
chr20	42745115	rs6073336	T	G	2711.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=31;NR=46;PP=1526;SC=CGAGCCTCATTCATGGGCTCA;SOR=1.076;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=77;TCF=31;TCR=46;TR=77;WE=42745123;WS=42745105;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr20	42806429	rs2064381	A	T	1397.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-3.370;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.841;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=12;PP=824;ReadPosRankSum=-1.019;SC=TTGTCCTCAAATATCCTCCCG;SOR=0.417;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=107;TCF=87;TCR=20;TR=52;WE=42806437;WS=42806419;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,62:0.50:123
chr20	42814890	rs75804573	G	A	1134.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=2.135;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.407;HP=3;HapScore=2;MGOF=32;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.730;NF=48;NR=7;PP=1053;ReadPosRankSum=-0.621;SC=ATTGCCGGTCGCCTTTCCCAC;SOR=0.414;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=99;TCF=87;TCR=12;TR=55;WE=42814898;WS=42814880;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,47:0.67:70
chr20	42814931	rs6031442	T	C	5180.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=146;NR=38;PP=2965;SC=CCTCCCTGGCTCCACCCCACC;SOR=1.664;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=184;TCF=146;TCR=38;TR=184;WE=42814939;WS=42814921;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,176:1.00:176
chr20	42815190	rs1883790	G	A	18697.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=702;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=201;NR=280;PP=2965;SC=TGGGCCAGGTGTAGACACCTG;SOR=0.947;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=481;TCF=201;TCR=280;TR=481;WE=42815198;WS=42815180;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,693:1.00:693
chr20	42825929	rs8268	C	T	2096.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.005;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=334;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.386;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=41;PP=1079;ReadPosRankSum=0.177;SC=AAAAGGAATACACTTCCATAT;SOR=0.730;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=231;TCF=115;TCR=116;TR=80;WE=42825937;WS=42825919;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:208,114:0.35:322
chr20	42826350	rs9346	A	C	860.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.044;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=21;PP=376;ReadPosRankSum=0.300;SC=CTGAGTTCTCACTGCTCCTCG;SOR=0.725;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=101;TCF=38;TCR=63;TR=35;WE=42826358;WS=42826340;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:106,53:0.33:159
chr20	42826379	rs11274	C	T	613.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.379;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=18;PP=307;ReadPosRankSum=-1.828;SC=TCCTTGTAGACCTAAAGAGGA;SOR=0.754;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=75;TCF=22;TCR=53;TR=25;WE=42826387;WS=42826369;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,35:0.33:107
chr20	42835757	rs2232286	A	G	408.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-0.614;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=15;PP=280;ReadPosRankSum=0.446;SC=TTCAGTGTAGATAACTGGAGA;SOR=0.468;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=38;TCF=5;TCR=33;TR=18;WE=42835765;WS=42835747;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,19:0.44:43
chr20	42891809	rs2293	C	G	2516.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.703;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.049;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=34;PP=1533;ReadPosRankSum=-0.414;SC=TTGTGTAAGGCAGGTGATGGG;SOR=1.056;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=126;TCF=76;TCR=50;TR=91;WE=42891817;WS=42891799;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,112:0.69:163
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chr20	42907542	rs1884607	A	G	539.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.115;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=5;PP=389;ReadPosRankSum=0.886;SC=GGAGAGAAGCAAGTGTGTGTG;SOR=0.467;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=32;TCF=25;TCR=7;TR=21;WE=42907550;WS=42907537;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,23:0.68:34
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chr20	43254490	rs244074	A	G	801.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=16;PP=472;SC=CCAGGCCCTAACATGTCCCTC;SOR=2.387;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=18;TCF=2;TCR=16;TR=18;WE=43254498;WS=43254480;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr20	43264927	rs394105	C	T	3968.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=43;NR=39;PP=1426;SC=CATGCAGTTCCACCTGCAAGG;SOR=0.706;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=83;TCF=43;TCR=40;TR=82;WE=43264935;WS=43264917;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,153:1.00:153
chr20	43343903	rs1980801	A	T	869.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=61.78;QD=48.32;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
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chr20	43343921	rs71197575	CGT	C	129.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.041;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=64.33;MQRankSum=-0.000;QD=9.98;ReadPosRankSum=1.872;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,7:0.54:13
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chr20	43348735	rs2296530	C	A	5095.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-1.056;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=411;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.530;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=67;NR=71;PP=2159;ReadPosRankSum=-0.707;SC=GACCCGGTGGCCGGGGGGCCC;SOR=0.616;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=241;TCF=112;TCR=129;TR=138;WE=43348743;WS=43348725;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:167,238:0.59:405
chr20	43378770	rs1111032	A	G	1369.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.840;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.720;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=14;PP=715;ReadPosRankSum=-1.535;SC=CCCTGCATAGAGTACGGCCAC;SOR=0.585;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=84;TCF=56;TCR=28;TR=41;WE=43378778;WS=43378760;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,62:0.54:115
chr20	43379264	rs6073538	A	C	3430.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=3.063;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=270;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=35.953;HP=6;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=88;PP=2389;ReadPosRankSum=-0.912;SC=CGCTGCCCGCACCCCCAGCCC;SOR=2.073;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=224;TCF=89;TCR=135;TR=138;WE=43379272;WS=43379254;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:115,149:0.56:264
chr20	43379454	rs13042905	T	C	3373.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=-0.096;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=325;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.843;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=48;PP=1330;ReadPosRankSum=-2.165;SC=GCTCCCAGGCTTGGGGCCCGG;SOR=0.755;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=186;TCF=89;TCR=97;TR=87;WE=43379462;WS=43379444;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:159,162:0.50:321
chr20	43438782	rs150963275	C	T	2114.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.857;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=325;ExcessHet=3.0103;FS=0.928;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.76;ReadPosRankSum=0.191;SOR=0.766;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:187,126:0.40:313
chr20	43535145	.	TA	T	202.87	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.984;ClippingRankSum=0.000;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=4.809;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.21;MQRankSum=0.586;QD=7.80;ReadPosRankSum=0.000;SOR=0.300;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,21:0.81:26
chr20	43560914	rs3746582	T	C	1508.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.034;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.146;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=17;PP=755;ReadPosRankSum=0.663;SC=ATGGTGTCCCTGAGGAGGTGT;SOR=0.816;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=138;TCF=98;TCR=40;TR=54;WE=43560922;WS=43560904;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:136,78:0.36:214
chr20	43561533	rs2664567	G	A	467.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-3.420;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=4;PP=335;ReadPosRankSum=1.750;SC=CCCCCTTTCTGGAGTTCTGGG;SOR=0.599;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=94;TCF=82;TCR=12;TR=25;WE=43561541;WS=43561523;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,26:0.25:103
chr20	43561654	rs12798	C	T	4941.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.109;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=696;ExcessHet=3.0103;FS=0.625;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.17;ReadPosRankSum=3.445;SOR=0.749;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:531,158:0.23:689
chr20	43561660	rs12031	A	G	4896.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.065;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=712;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.96;ReadPosRankSum=4.084;SOR=0.714;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:544,160:0.23:704
chr20	43565559	rs3746583	G	C	1478.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.943;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.520;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=18;PP=612;ReadPosRankSum=0.134;SC=GTCTTAAAACGCTGGTCAGAC;SOR=0.629;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=119;TCF=64;TCR=55;TR=39;WE=43565567;WS=43565549;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:136,78:0.36:214
chr20	43566518	rs6031872	C	T	384.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=4.680;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.228;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=0;PP=320;ReadPosRankSum=1.223;SC=GGCTGACCACCAATACCAGGC;SOR=2.726;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=43;TCF=40;TCR=3;TR=16;WE=43566526;WS=43566511;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,16:0.34:47
chr20	43566787	rs11780	A	G	3125.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.114;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=423;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.528;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=66;PP=1656;ReadPosRankSum=-0.010;SC=TTGACAACTCAGAGCTGTTGC;SOR=0.645;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=287;TCF=133;TCR=154;TR=125;WE=43566795;WS=43566777;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:248,170:0.41:418
chr20	43566863	rs2273357	G	A	1694.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.442;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=48;PP=1051;ReadPosRankSum=0.920;SC=CAGGGAGCCCGAGGGGGCAGG;SOR=0.721;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=154;TCF=43;TCR=111;TR=67;WE=43566871;WS=43566853;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:107,82:0.43:189
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chr20	43577644	rs1884440	C	T	215.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-2.061;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=10;PP=162;ReadPosRankSum=1.999;SC=TCCTCCCCTGCTGTAAATCAT;SOR=1.314;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=31;TCF=2;TCR=29;TR=10;WE=43577652;WS=43577634;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,10:0.32:31
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chr20	43595208	rs190920315	C	G	600.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.718;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.902;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=6;PP=265;ReadPosRankSum=0.565;SC=GCTGGCAGCGCCATGGAGACG;SOR=0.565;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=51;TCF=36;TCR=15;TR=20;WE=43595216;WS=43595198;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,31:0.41:76
chr20	43600673	rs6130717	C	G	139.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=0.653;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=1;PP=97;ReadPosRankSum=-0.266;SC=TGTTCTAGTTCCTAGCAAATA;SOR=0.250;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=23;TCF=21;TCR=2;TR=8;WE=43600681;WS=43600663;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,8:0.35:23
chr20	43623658	rs6017460	C	T	273.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.439;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=2.635;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.70;ReadPosRankSum=-0.181;SOR=0.382;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,18:0.38:48
chr20	43625565	rs67595276	CTTGA	C	1895.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.704;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.07;MQRankSum=1.347;QD=12.64;ReadPosRankSum=-2.161;SOR=0.673;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:96,54:0.36:150
chr20	43681951	rs2284275	C	T	833.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.898;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.764;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=24;PP=503;ReadPosRankSum=1.340;SC=TAAATGCCTGCGGTTTTTGAC;SOR=0.495;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=79;TCF=21;TCR=58;TR=35;WE=43681959;WS=43681941;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,43:0.41:104
chr20	43723623	.	T	C	7909.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.431;ClippingRankSum=0.000;DP=620;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.95;ReadPosRankSum=0.849;SOR=0.675;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:239,372:0.61:611
chr20	43723627	rs734784	T	C	23165.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=633;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=37.24;SOR=0.801;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,622:1.00:622
chr20	43727155	rs13043825	C	T	856.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-2.704;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.273;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=21;PP=422;ReadPosRankSum=1.324;SC=GCCGCGCCTGCTCCTCCGACG;SOR=0.436;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=99;TCF=36;TCR=63;TR=36;WE=43727163;WS=43727145;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,50:0.36:140
chr20	43727367	rs34643859	T	C	975.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=1.005;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.612;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=12;PP=301;ReadPosRankSum=0.685;SC=CGCTGAGGAGTTCCCGGGCTT;SOR=0.765;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=79;TCF=39;TCR=40;TR=24;WE=43727375;WS=43727357;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:100,56:0.36:156
chr20	43727443	rs35456522	G	C	402.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.263;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=9;PP=182;ReadPosRankSum=2.181;SC=GTTGGAGGCTGTGTGTGAAGC;SOR=0.804;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=41;TCF=14;TCR=27;TR=13;WE=43727451;WS=43727433;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,23:0.34:68
chr20	43728070	rs6073643	T	C	907.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.764;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.837;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=28;PP=600;ReadPosRankSum=0.202;SC=TGACCTTGAATCTTGACTCTC;SOR=0.317;SbPval=0.22;Source=Platypus;TC=80;TCF=14;TCR=66;TR=37;WE=43728078;WS=43728060;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,42:0.42:99
chr20	43739119	rs17422688	G	A	6778.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-1.253;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=579;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=112;NR=78;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.159;SC=GAGTCCTTGTGACACAGGTGG;SOR=0.683;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=333;TCF=197;TCR=136;TR=190;WE=43739127;WS=43739109;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:258,319:0.55:577
chr20	43743534	rs11700135	G	A	5556.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.380;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=546;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=131;NR=71;PP=2962;ReadPosRankSum=2.585;SC=ACACACACGCGCACACACACC;SOR=0.678;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=368;TCF=238;TCR=130;TR=202;WE=43743542;WS=43743498;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:237,258:0.52:495
chr20	43803613	rs17333103	C	T	3567.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.470;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=301;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.886;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=64;PP=1672;ReadPosRankSum=-1.337;SC=ATCGCTGGGACGCTGGTTCTA;SOR=0.633;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=206;TCF=86;TCR=120;TR=112;WE=43803621;WS=43803603;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:134,165:0.55:299
chr20	43803708	rs17333180	C	A	876.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-3.009;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.474;HP=3;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=30;PP=726;ReadPosRankSum=2.105;SC=ACACCCTGGGCCAGGACAGGG;SOR=1.699;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=56;TCF=7;TCR=49;TR=33;WE=43803716;WS=43803698;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,33:0.56:59
chr20	43803725	rs1983649	T	A	428.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-5.522;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.403;HP=1;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=13;PP=243;ReadPosRankSum=-0.862;SC=AGGGAGCACTTCTGAAGCAGT;SOR=0.177;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=45;TCF=4;TCR=41;TR=15;WE=43803733;WS=43803715;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,19:0.39:49
chr20	43804522	rs2664581	A	C	3106.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=2.494;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=255;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.238;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=39;PP=1520;ReadPosRankSum=-0.853;SC=AGGTCAAGACACTGTCAAAGG;SOR=0.834;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=153;TCF=82;TCR=71;TR=92;WE=43804530;WS=43804512;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:112,143:0.56:255
chr20	43804789	rs34885285	C	A	2706.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.093;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FS=0.712;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=21.65;ReadPosRankSum=-0.323;SOR=0.793;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:53,72:0.58:125
chr20	43804797	rs17424474	C	A	2684.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.276;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FS=2.578;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=22.37;ReadPosRankSum=-0.638;SOR=1.019;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:51,69:0.57:120
chr20	43835683	rs2233882	T	A	4755.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.880;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=397;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.367;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=71;NR=79;PP=2276;ReadPosRankSum=-1.264;SC=CAGACAAGGTTTTCCAAGCAA;SOR=0.732;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=260;TCF=123;TCR=137;TR=150;WE=43835691;WS=43835673;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:169,225:0.57:394
chr20	43835822	rs2233883	T	C	1672.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=1.553;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.341;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=33;PP=954;ReadPosRankSum=-1.700;SC=GCTAATAATCTAAGATTATTT;SOR=1.027;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=97;TCF=37;TCR=60;TR=47;WE=43835830;WS=43835812;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,71:0.57:124
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chr20	43850143	rs2233895	T	A	1825.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=1.447;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.631;HP=7;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-1.277;NF=28;NR=39;PP=1192;ReadPosRankSum=-0.639;SC=AAAGCTACTTTAAAAAAATGG;SOR=0.616;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=115;TCF=45;TCR=70;TR=67;WE=43850151;WS=43850133;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,79:0.55:144
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chr20	43936931	rs2743317	C	T	2399.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-2.598;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.340;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=49;PP=1103;ReadPosRankSum=1.388;SC=TGGGGACTGCCAGGCAGCTGG;SOR=0.575;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=119;TCF=32;TCR=87;TR=67;WE=43936939;WS=43936921;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,104:0.62:168
chr20	43936990	rs142741580	A	AGGGGAAGT	1124.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=1.213;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.345;HP=8;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=11;PP=699;ReadPosRankSum=-0.965;SC=GCGGGTGGGGAGGGGAAGTGC;SOR=2.786;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=36;TCF=0;TCR=36;TR=11;WE=43936998;WS=43936980;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,28:0.67:42
chr20	43940112	rs2743327	C	G	2240.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.729;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.713;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=21;PP=1234;ReadPosRankSum=-2.165;SC=AAAAGCGTTGCGGGGAGCGGG;SOR=0.826;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=113;TCF=81;TCR=32;TR=75;WE=43940120;WS=43940102;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,94:0.68:139
chr20	43944958	rs2741500	G	T	6710.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.076;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=481;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.163;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=85;NR=115;PP=2962;ReadPosRankSum=1.512;SC=CGGTCACTCCGGTGCCTCTCA;SOR=0.832;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=310;TCF=137;TCR=173;TR=200;WE=43944966;WS=43944948;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:165,307:0.65:472
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chr20	43976807	rs2078423	C	T	628.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=3.189;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.097;HP=3;HapScore=2;MGOF=43;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=6;PP=985;ReadPosRankSum=0.923;SC=CCCGTGACCCCGGAGCAAAGT;SOR=0.515;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=102;TCF=89;TCR=13;TR=46;WE=43976815;WS=43976797;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,27:0.40:67
chr20	43976869	rs5841587	C	CT	2185.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=1.650;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.527;HP=4;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=107;NR=85;PP=2971;ReadPosRankSum=0.710;SC=AGCGTACCCCCGATCTGCCCC;SOR=0.910;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=196;TCF=108;TCR=88;TR=192;WE=43976892;WS=43976854;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:137,72:0.34:209
chr20	43976875	rs5841588	GC	G	8348.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-1.333;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=265;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.401;HP=9;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.249;NF=92;NR=94;PP=2983;ReadPosRankSum=-1.300;SC=CCCCCGATCTGCCCCCCCCCA;SOR=0.520;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=213;TCF=106;TCR=107;TR=186;WE=43976892;WS=43976854;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,255:1.00:256
chr20	43976991	rs2228384	A	G	8316.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=3.549;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1083;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.533;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.004;NF=105;NR=121;PP=2962;ReadPosRankSum=1.683;SC=CCTACGAAGAACAGCAGCAGC;SOR=0.639;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=561;TCF=260;TCR=301;TR=226;WE=43976999;WS=43976981;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:646,432:0.40:1078
chr20	43977066	rs17173360	GC	G	7411.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.009;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=473;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=126;PP=2963;ReadPosRankSum=0.946;SC=GCGGCGAGTGGCCCCGGGCGG;SOR=0.695;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=239;TCF=12;TCR=227;TR=134;WE=43977074;WS=43977056;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:180,259:0.59:439
chr20	43995410	rs6032142	C	T	788.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-1.897;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.987;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=9;PP=540;ReadPosRankSum=2.609;SC=ACACTTATCTCGTCACTTCTG;SOR=0.146;SbPval=0.26;Source=Platypus;TC=54;TCF=42;TCR=12;TR=31;WE=43995418;WS=43995400;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,33:0.58:57
chr20	44002665	rs2231626	C	G	5119.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=48;NR=71;PP=2647;SC=CCAGCAGAAACCTCGGTGTTA;SOR=1.002;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=119;TCF=48;TCR=71;TR=119;WE=44002673;WS=44002655;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,183:1.00:183
chr20	44004155	rs10546815	CATT	C	2627.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=0.278;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.959;NF=3;NR=38;PP=1593;ReadPosRankSum=0.007;SC=TGGAACTCTTCATTATTTTGT;SOR=0.659;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=101;TCF=8;TCR=93;TR=41;WE=44004165;WS=44004145;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:89,71:0.44:160
chr20	44005936	rs2231616	C	T	2334.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.518;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.058;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=41;PP=1191;ReadPosRankSum=-0.539;SC=TTGGATCCGGCGGTTTGAGCT;SOR=0.598;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=133;TCF=63;TCR=70;TR=81;WE=44005944;WS=44005926;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:100,113:0.53:213
chr20	44006078	rs2231614	C	G	764.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.275;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.817;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=15;PP=375;ReadPosRankSum=0.722;SC=AGCCAAGGGCCGGCCTGCTGG;SOR=0.549;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=71;TCF=39;TCR=32;TR=31;WE=44006086;WS=44006068;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,39:0.45:86
chr20	44034985	rs2743259	G	C	1938.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-3.750;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.995;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=7;PP=1292;ReadPosRankSum=0.826;SC=CCGCGGGTCTGCGCGGGGCGG;SOR=0.527;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=90;TCF=80;TCR=10;TR=60;WE=44034993;WS=44034975;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,72:0.64:113
chr20	44038574	rs1127497	A	G	11132.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=427;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=147;NR=115;PP=2965;SC=CTGGGCAGGGATGGACAACCA;SOR=0.857;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=265;TCF=148;TCR=117;TR=262;WE=44038582;WS=44038564;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,418:1.00:418
chr20	44048065	rs3092108	C	CG	7581.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.685;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=712;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.099;HP=11;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.894;NF=48;NR=122;PP=2969;ReadPosRankSum=2.853;SC=CAGCCGGGGGCGGGGGGTGTA;SOR=0.644;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=341;TCF=103;TCR=238;TR=170;WE=44048073;WS=44048055;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:287,362:0.56:649
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chr20	44052992	rs13217	G	A	8070.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-0.755;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=958;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.101;HP=3;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=142;NR=115;PP=2962;ReadPosRankSum=2.000;SC=CCGAGTACACGCCAGATCCTA;SOR=0.639;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=553;TCF=311;TCR=242;TR=257;WE=44053000;WS=44052982;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:534,420:0.44:954
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chr20	44141331	rs6032259	A	G	8952.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=351;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=118;NR=101;PP=2965;SC=TTCTTTCCTCAAAAAGTTGTT;SOR=0.809;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=219;TCF=118;TCR=101;TR=219;WE=44141339;WS=44141321;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,345:1.00:345
chr20	44144118	rs8125061	C	T	5097.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=259;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=78;NR=108;PP=2965;SC=CCCACCACCCCGCCCCCCAGC;SOR=1.720;SbPval=0.19;Source=Platypus;TC=222;TCF=112;TCR=110;TR=186;WE=44144126;WS=44144108;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,243:1.00:243
chr20	44163988	rs6032274	T	C	2676.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=16;NR=56;PP=1686;SC=GATCGCAGAATAGAGCTGTTT;SOR=2.007;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=72;TCF=16;TCR=56;TR=72;WE=44163996;WS=44163978;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr20	44170712	rs11594	C	A	2643.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=57;NR=25;PP=1674;SC=CTGGAGCATCCGTCAGGTACA;SOR=1.585;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=82;TCF=57;TCR=25;TR=82;WE=44170720;WS=44170702;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr20	44174423	rs765156	G	A	12554.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.933;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=478;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=109;NR=183;PP=2965;ReadPosRankSum=0.986;SC=GGGAAAGAGCGGTTTTACACC;SOR=1.108;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=295;TCF=111;TCR=184;TR=292;WE=44174431;WS=44174413;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,461:1.00:463
chr20	44180813	rs17348421	G	A	8670.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=320;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=79;NR=121;PP=2965;SC=GACTTTATGGGGTAAAAGAAA;SOR=0.994;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=200;TCF=79;TCR=121;TR=200;WE=44180821;WS=44180803;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,316:1.00:316
chr20	44180868	rs17433181	A	G	4538.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=42;NR=84;PP=2536;SC=GACAAATTTGAGGAATCTTGG;SOR=1.367;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=127;TCF=43;TCR=84;TR=126;WE=44180876;WS=44180858;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,166:1.00:166
chr20	44181723	rs2294559	A	G	630.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=16;NR=4;PP=465;SC=AGACAGCATGACATCCTTGGC;SOR=2.636;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=21;TCF=17;TCR=4;TR=20;WE=44181731;WS=44181713;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr20	44181980	rs3817886	C	A	6545.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=2.178;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=264;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.424;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=83;PP=2643;ReadPosRankSum=-0.397;SC=TTCAAAGAGCCTTTCCTTCTC;SOR=0.537;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=141;TCF=58;TCR=83;TR=141;WE=44181988;WS=44181970;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,263:1.00:264
chr20	44182081	rs6032299	A	G	1554.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=39;PP=1073;SC=TCATCATATCATGGGATATGG;SOR=1.919;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=53;TCF=14;TCR=39;TR=53;WE=44182089;WS=44182071;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr20	44184285	rs6032305	G	A	494.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=12;NR=0;PP=299;SC=TAACCTCATTGGTATACTATT;SOR=3.383;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=12;TCR=0;TR=12;WE=44184293;WS=44184275;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr20	44184375	rs2250860	T	C	1963.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=32;NR=13;PP=931;SC=GGCATCCTCATTTAAGAAGTT;SOR=1.426;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=45;TCF=32;TCR=13;TR=45;WE=44184383;WS=44184365;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr20	44190705	rs3817887	T	G	9697.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=360;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=130;NR=96;PP=2965;SC=TCATCCCCAATAATGCTTTCT;SOR=0.943;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=227;TCF=131;TCR=96;TR=226;WE=44190713;WS=44190695;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,356:1.00:356
chr20	44190996	rs2272956	A	G	972.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=7;NR=23;PP=691;SC=ATGGGGAAGGAGTCTGTCTGA;SOR=2.235;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=7;TCR=23;TR=30;WE=44191004;WS=44190986;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr20	44208011	rs7273669	C	T	5534.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.892;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=125;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.718;SC=GCCAGTCTGCCCCTCTAGCCC;SOR=1.732;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=142;TCF=16;TCR=126;TR=141;WE=44208019;WS=44208001;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,184:0.99:185
chr20	44378577	rs380421	T	C	13156.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=518;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=155;NR=171;PP=2965;SC=AACTATCCTCTGAAGAAGGGC;SOR=0.737;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=328;TCF=155;TCR=173;TR=326;WE=44378585;WS=44378567;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,515:1.00:515
chr20	44402970	rs73122720	C	T	2479.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=68;NR=12;PP=1945;SC=GCCATGAGTGCCCCTGGAAAT;SOR=3.153;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=81;TCF=68;TCR=13;TR=80;WE=44402978;WS=44402960;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr20	44417643	rs6032537	A	G	7518.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=283;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=85;NR=130;PP=2965;SC=ACAATTCATCACCCTGGCACA;SOR=1.093;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=215;TCF=85;TCR=130;TR=215;WE=44417651;WS=44417633;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,275:1.00:275
chr20	44417675	rs6032538	G	C	5759.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=61;NR=107;PP=2965;SC=GGGTTCTTATGGGGAGGGCAT;SOR=1.211;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=170;TCF=62;TCR=108;TR=168;WE=44417683;WS=44417665;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,216:1.00:216
chr20	44418471	rs411945	G	C	2562.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=37;NR=26;PP=1359;SC=CAGGGGATGAGTTCTCCTCTC;SOR=0.976;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=63;TCF=37;TCR=26;TR=63;WE=44418479;WS=44418461;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr20	44418564	rs3746493	A	G	4177.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=47;NR=45;PP=1933;SC=AGGATTCCAGAGACCCAAGAG;SOR=0.706;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=92;TCF=47;TCR=45;TR=92;WE=44418572;WS=44418554;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,157:1.00:157
chr20	44420637	rs2664539	G	A	3031.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-2.109;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.200;HP=4;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=36;PP=1285;ReadPosRankSum=0.048;SC=TGGGGGCCGGGGGCGCCATGG;SOR=0.389;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=70;TCF=34;TCR=36;TR=68;WE=44420645;WS=44420627;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,116:0.99:117
chr20	44420682	rs2664591	T	C	2725.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-2.141;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=32;PP=1152;ReadPosRankSum=-1.057;SC=CGCGGGGACCTAGCGGGGCCG;SOR=0.223;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=64;TCF=32;TCR=32;TR=63;WE=44420690;WS=44420672;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,104:0.99:105
chr20	44422373	rs6032544	T	C	1160.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=28;NR=8;PP=751;SC=ATGCACTTCATAGAGTTATTA;SOR=1.954;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=36;TCF=28;TCR=8;TR=36;WE=44422381;WS=44422363;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr20	44422705	rs6032545	G	T	1677.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=0.846;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=28;PP=968;ReadPosRankSum=1.232;SC=CTCATGAGGAGCCCAGTCCTT;SOR=0.854;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=51;TCF=23;TCR=28;TR=51;WE=44422713;WS=44422695;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,65:0.97:67
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chr20	44453335	rs144529565	A	AC	3415.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.966;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=4.976;HP=9;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=112;PP=1833;ReadPosRankSum=0.868;SC=CCTCACACCTACCCCCCCCCA;SOR=1.675;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=183;TCF=34;TCR=149;TR=114;WE=44453343;WS=44453325;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,152:0.79:192
chr20	44456059	rs373018	T	C	3314.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=93;PP=2750;SC=GGTCAGCGAGTCCCACCCCTC;SOR=4.215;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=104;TCF=11;TCR=93;TR=104;WE=44456067;WS=44456049;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr20	44468931	rs197669	T	C	2041.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=48;NR=13;PP=1280;SC=AGAGATTGGCTGGGGTTTCAG;SOR=2.147;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=61;TCF=48;TCR=13;TR=61;WE=44468939;WS=44468921;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr20	44468982	rs11418101	A	AC	6208.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=47;NR=36;PP=2936;SC=AGAAGAACTAATGCTCTATGG;SOR=1.276;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=87;TCF=50;TCR=37;TR=83;WE=44468990;WS=44468972;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,157:1.00:157
chr20	44469290	rs4638862	G	A	24250.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-2.396;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=938;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=285;NR=211;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.778;SC=CTACACCCTCGCCGTGATCGG;SOR=0.480;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=497;TCF=285;TCR=212;TR=496;WE=44469298;WS=44469280;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,935:1.00:936
chr20	44470648	.	C	CT	177.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.635;ClippingRankSum=0.000;DP=359;ExcessHet=3.0103;FS=2.209;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.09;MQRankSum=0.000;QD=0.66;ReadPosRankSum=-0.198;SOR=0.498;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:224,47:0.17:271
chr20	44470676	rs3848713	T	C	5565.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=47;NR=96;PP=2956;SC=AAACAGAGTCTCACTAAGTTG;SOR=1.242;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=143;TCF=47;TCR=96;TR=143;WE=44470684;WS=44470666;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,201:1.00:201
chr20	44472163	rs55931834	C	T	12219.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.782;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=462;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=141;NR=143;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.874;SC=GCCCCACACTCACCGGCCCAG;SOR=0.711;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=288;TCF=143;TCR=145;TR=284;WE=44472171;WS=44472153;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,456:1.00:458
chr20	44501458	rs6130959	A	G	4333.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.326;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=78;PP=2380;ReadPosRankSum=-0.935;SC=CACTGTGCACACAATAGGTAC;SOR=0.517;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=124;TCF=43;TCR=81;TR=121;WE=44501466;WS=44501448;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,162:0.98:166
chr20	44505973	rs2903808	T	C	9811.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=349;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=115;NR=117;PP=2965;SC=GCGGAGACAGTCACCTCTGTG;SOR=0.693;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=232;TCF=115;TCR=117;TR=232;WE=44505981;WS=44505963;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,346:1.00:346
chr20	44506418	rs1045493	G	A	9356.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=346;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=127;NR=105;PP=2965;SC=GCCTCTTTCGGGAACAGCAGT;SOR=0.792;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=232;TCF=127;TCR=105;TR=232;WE=44506426;WS=44506408;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,336:1.00:336
chr20	44515059	rs6094224	T	C	2767.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=1.194;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.860;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=20;PP=1649;ReadPosRankSum=-1.183;SC=AACCACCAGCTCTATCCCCAT;SOR=1.832;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=78;TCF=57;TCR=21;TR=76;WE=44515067;WS=44515049;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,100:0.98:102
chr20	44516444	rs7268221	A	G	3458.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.342;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=81;PP=2412;ReadPosRankSum=-0.781;SC=TCTTGCCCTAACCTTGAACGA;SOR=1.418;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=102;TCF=20;TCR=82;TR=101;WE=44516452;WS=44516434;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,116:0.99:117
chr20	44517360	rs1516580	T	C	1761.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=33;NR=12;PP=932;SC=GGTCTGGGGCTCCAGGATGCA;SOR=1.503;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=45;TCF=33;TCR=12;TR=45;WE=44517368;WS=44517350;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr20	44518843	rs3817731	A	T	7273.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=271;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=116;NR=59;PP=2965;SC=AGTAGATTCCAGTCCCCACAC;SOR=1.314;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=176;TCF=116;TCR=60;TR=175;WE=44518851;WS=44518833;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,263:1.00:263
chr20	44519643	rs2868362	G	A	3656.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=33;NR=52;PP=1724;SC=CTCGGCCATAGGGCAGGCCAG;SOR=1.043;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=86;TCF=34;TCR=52;TR=85;WE=44519651;WS=44519633;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,137:1.00:137
chr20	44520237	rs3080212	CCTG	C	14145.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.064;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=380;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.252;NF=87;NR=72;PP=2992;ReadPosRankSum=-0.286;SC=CGCCGCTGTTCCTGCTGCTGC;SOR=1.559;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=198;TCF=106;TCR=92;TR=159;WE=44520250;WS=44520227;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,324:0.99:326
chr20	44522005	rs742034	A	G	6950.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=276;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=73;NR=118;PP=2965;SC=ACATGATCTCAGGTCTGTCCT;SOR=1.170;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=195;TCF=73;TCR=122;TR=191;WE=44522013;WS=44521995;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,262:1.00:262
chr20	44522125	rs10633828	C	CT	114.06	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.373;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=6.264;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=8.15;ReadPosRankSum=-0.003;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,10:0.71:14
chr20	44522594	rs4810476	A	G	5634.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=107;NR=49;PP=2909;SC=TCCCACCAGCAGCTGATGCGC;SOR=1.438;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=156;TCF=107;TCR=49;TR=156;WE=44522602;WS=44522584;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,213:1.00:213
chr20	44523248	rs2075962	T	C	8710.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=329;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=145;NR=95;PP=2965;SC=GTGGAGAGGCTGGGGATCTGT;SOR=1.049;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=240;TCF=145;TCR=95;TR=240;WE=44523256;WS=44523238;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,324:1.00:324
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chr20	44523547	rs2075961	G	A	11291.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.933;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=426;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.104;NF=167;NR=139;PP=2965;ReadPosRankSum=1.004;SC=TCAGGTGTGCGAGGGCGTGGG;SOR=0.945;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=311;TCF=168;TCR=143;TR=306;WE=44523555;WS=44523537;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,415:1.00:417
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chr20	44525464	rs11468785	GC	G	2590.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-1.050;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.819;HP=9;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.289;NF=37;NR=20;PP=1082;ReadPosRankSum=-0.743;SC=TAGAGAGGTGGCCCCCCCCCA;SOR=1.509;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=64;TCF=41;TCR=23;TR=57;WE=44525472;WS=44525454;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,90:0.99:91
chr20	44526783	rs7270170	G	A	5321.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.138;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=72;PP=2810;ReadPosRankSum=-1.362;SC=TAACTGGGCCGGAGGCAAAGG;SOR=0.464;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=142;TCF=65;TCR=77;TR=134;WE=44526791;WS=44526773;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,196:0.98:199
chr20	44530838	rs553359	G	T	1207.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=30;NR=7;PP=840;SC=TACTTTAAGCGCAACATCCCT;SOR=2.670;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=30;TCR=7;TR=37;WE=44530846;WS=44530828;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr20	44538427	rs378114	T	C	1667.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=3.435;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.122;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=37;PP=1089;ReadPosRankSum=0.534;SC=CTACCAAACCTTCCTATCAAC;SOR=1.247;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=82;TCF=25;TCR=57;TR=50;WE=44538435;WS=44538417;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,66:0.60:110
chr20	44538484	rs435306	G	T	1428.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=2.424;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.899;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=18;PP=954;ReadPosRankSum=-0.558;SC=ATGAAGAAACGGAAACTCAGG;SOR=0.514;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=71;TCF=45;TCR=26;TR=47;WE=44538492;WS=44538474;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,56:0.67:84
chr20	44540178	rs394643	A	G	3038.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=2.324;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=253;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.863;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=64;PP=1848;ReadPosRankSum=1.353;SC=CATAAGTGGGAACTAGCCTGG;SOR=0.889;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=163;TCF=57;TCR=106;TR=96;WE=44540186;WS=44540168;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:116,132:0.53:248
chr20	44574533	rs11696196	C	T	3700.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.140;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=266;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=55;PP=1666;ReadPosRankSum=0.765;SC=GTAAGAGCTGCGGGGAGGAAG;SOR=0.687;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=168;TCF=79;TCR=89;TR=103;WE=44574541;WS=44574523;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:91,169:0.65:260
chr20	44574658	rs62213347	C	T	4059.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.122;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=318;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.419;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=37;PP=1764;ReadPosRankSum=-2.030;SC=CTCTCTGTCCCGCTCCACAGT;SOR=0.645;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=183;TCF=112;TCR=71;TR=95;WE=44574666;WS=44574648;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:132,180:0.58:312
chr20	44578557	.	CA	C	8979.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.099;ClippingRankSum=0.000;DP=839;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.531;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQ=60.12;MQRankSum=3.810;NF=34;NR=92;PP=2970;ReadPosRankSum=-0.429;SC=TTCTCTACCCCAACCCCTGCC;SOR=0.676;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=331;TCF=95;TCR=236;TR=126;WE=44578565;WS=44578547;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:506,317:0.39:823
chr20	44578674	rs16990951	T	A	3436.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.027;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=487;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.831;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=3.201;NF=43;NR=80;PP=2025;ReadPosRankSum=0.249;SC=GTAGCCGCTCTGGGCCCAGGA;SOR=0.879;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=326;TCF=126;TCR=200;TR=123;WE=44578682;WS=44578664;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:297,176:0.37:473
chr20	44578776	rs6065910	A	G	2992.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=28;NR=54;SC=CTGCTACTGTACCCAGTGGTG;SOR=1.251;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=82;TCF=28;TCR=54;TR=82;WE=44578784;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr20	44578961	rs3746503	A	G	3177.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.230;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=502;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=49;PP=1415;ReadPosRankSum=-2.304;SC=TCCTCCCATCAGGACTGTGCA;SOR=0.662;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=299;TCF=174;TCR=125;TR=113;WE=44578969;WS=44578951;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:300,181:0.38:481
chr20	44582435	rs41280276	G	T	7042.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.156;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=512;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.802;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=102;NR=108;PP=2962;ReadPosRankSum=0.417;SC=TCTGCGGTAGGTCAGGAGGGC;SOR=0.586;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=330;TCF=153;TCR=177;TR=210;WE=44582443;WS=44582425;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:184,320:0.63:504
chr20	44586036	rs3746506	G	A	786.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=19;NR=5;PP=561;SC=GATACCCTGCGGCCTCCGTGG;SOR=2.584;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=19;TCR=5;TR=24;WE=44586044;WS=44586030;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr20	44586694	rs11480828	C	CT	113.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.655;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FS=2.503;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.09;MQRankSum=1.856;QD=1.32;ReadPosRankSum=0.095;SOR=1.112;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:68,18:0.21:86
chr20	44587801	rs56295229	G	A	2814.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.900;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.430;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=38;PP=1503;ReadPosRankSum=0.401;SC=TGGGAGAAGCGGCCTCACTCT;SOR=0.532;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=139;TCF=84;TCR=55;TR=89;WE=44587809;WS=44587791;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,126:0.60:211
chr20	44587926	rs41305805	A	C	2811.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-2.032;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=323;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=47;PP=1201;ReadPosRankSum=-0.706;SC=AGAGAGAAGAAGGGGCGACGG;SOR=0.715;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=216;TCF=113;TCR=103;TR=100;WE=44587934;WS=44587916;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:172,145:0.46:317
chr20	44588109	rs3746507	G	A	4807.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=36;NR=92;PP=2677;SC=AAGTCTGCCCGTCCCTAGCCT;SOR=1.543;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=128;TCF=36;TCR=92;TR=128;WE=44588117;WS=44588099;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,176:1.00:176
chr20	44592364	rs3746511	C	T	3648.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.886;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=445;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=68;NR=70;PP=2147;ReadPosRankSum=-1.283;SC=ACCCTCACCTCTGCTCCACAT;SOR=0.696;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=300;TCF=148;TCR=152;TR=138;WE=44592372;WS=44592354;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:251,181:0.42:432
chr20	44592636	rs3746512	C	T	4407.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.321;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=569;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.528;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=80;PP=2098;ReadPosRankSum=0.072;SC=ACACCTGCCACGGACATGCCA;SOR=0.773;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=327;TCF=154;TCR=173;TR=146;WE=44592644;WS=44592626;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:333,231:0.41:564
chr20	44596207	rs6032606	C	G	10193.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=373;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=151;NR=90;PP=2965;SC=TTCCTCTTGGCTCTTGGTGGA;SOR=1.096;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=241;TCF=151;TCR=90;TR=241;WE=44596215;WS=44596197;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,367:1.00:367
chr20	44596545	rs3848719	G	A	4859.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-4.650;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=363;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.788;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=76;PP=2233;ReadPosRankSum=0.665;SC=GCACCGGGGAGCTGGGCCCAC;SOR=0.459;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=235;TCF=100;TCR=135;TR=141;WE=44596553;WS=44596535;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:125,231:0.65:356
chr20	44599839	rs6017715	G	C	5027.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=79;NR=38;PP=2409;SC=CCGTCCAGCCGGGTCCATACC;SOR=1.275;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=117;TCF=79;TCR=38;TR=117;WE=44599847;WS=44599829;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,183:1.00:183
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chr20	44639511	rs3918253	C	T	6352.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-3.438;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=475;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.602;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=127;NR=79;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.487;SC=AGCGCACAATCTGCGCAGCAG;SOR=0.496;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=326;TCF=210;TCR=116;TR=206;WE=44639519;WS=44639501;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:171,286:0.63:457
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chr20	44674743	rs2297199	A	C	2557.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=1.733;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=280;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=67;PP=1694;ReadPosRankSum=0.125;SC=CAACCCCAGGAAGTTCCCCAT;SOR=0.724;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=231;TCF=75;TCR=156;TR=99;WE=44674751;WS=44674733;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:157,116:0.42:273
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chr20	44678348	rs6032635	G	A	6887.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=267;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=84;NR=74;PP=2965;SC=AGCTGAAGGCGGGGAAGGGCC;SOR=0.788;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=159;TCF=85;TCR=74;TR=158;WE=44678356;WS=44678338;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,262:1.00:262
chr20	44680412	rs3746522	C	T	2650.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.223;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=432;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=62;PP=1511;ReadPosRankSum=-0.631;SC=TGATCCAGTCCGGGGGCCTCG;SOR=0.695;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=304;TCF=142;TCR=162;TR=118;WE=44680420;WS=44680402;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:265,151:0.36:416
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chr20	44693897	rs17450969	G	A	1946.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.734;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.801;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=43;PP=1062;ReadPosRankSum=2.219;SC=CCAGGTGAGCGACCAACTCCA;SOR=0.942;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=113;TCF=41;TCR=72;TR=65;WE=44693905;WS=44693887;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,90:0.54:166
chr20	44746982	rs1883832	T	C	3284.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.710;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=257;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.203;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=41;PP=1504;ReadPosRankSum=-1.240;SC=CTCACCTCGCTATGGTTCGTC;SOR=0.550;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=175;TCF=104;TCR=71;TR=97;WE=44746990;WS=44746972;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:97,155:0.62:252
chr20	44747086	rs745307	G	A	4686.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.873;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=326;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.51;ReadPosRankSum=-0.137;SOR=0.713;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:118,205:0.63:323
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chr20	44806875	rs2281335	G	A	2258.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.908;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=286;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.942;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=44;PP=995;ReadPosRankSum=1.811;SC=ACTTGGGGCCGGGGGTCAGCA;SOR=0.784;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=179;TCF=63;TCR=116;TR=68;WE=44806883;WS=44806865;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:167,115:0.41:282
chr20	44839322	rs2425785	G	C	502.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-2.259;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.711;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=17;PP=330;ReadPosRankSum=-0.987;SC=AGGGGCGGCAGGGATGTTTGG;SOR=1.179;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=30;TCF=3;TCR=27;TR=19;WE=44839330;WS=44839312;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,23:0.59:39
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chr20	44985307	rs911435	T	G	5314.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=60;NR=78;PP=2424;SC=ACAGGACAGCTTGGGAGGTCC;SOR=0.859;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=138;TCF=60;TCR=78;TR=138;WE=44985315;WS=44985297;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,206:1.00:206
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chr20	44998791	rs2261964	C	T	3957.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=78;NR=34;PP=2158;SC=CAATGTTATACACTATACGAT;SOR=1.577;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=112;TCF=78;TCR=34;TR=112;WE=44998799;WS=44998781;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,143:1.00:143
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chr20	45003788	rs2257545	T	C	485.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=13;NR=1;PP=395;SC=CACCATGGGGTTGGTTGTCAG;SOR=4.047;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=14;TCF=13;TCR=1;TR=14;WE=45003796;WS=45003778;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr20	45173910	rs202395	T	C	2534.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.364;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=335;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.343;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=32;PP=1182;ReadPosRankSum=-0.619;SC=TTTAACAGATTCTCCCCCTGC;SOR=0.783;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=210;TCF=123;TCR=87;TR=82;WE=45173918;WS=45173900;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:194,132:0.40:326
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chr20	45188884	rs910061	A	G	1537.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.381;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=251;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.650;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=37;PP=745;ReadPosRankSum=0.625;SC=CTGACCCACCATACAGATGGA;SOR=0.576;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=185;TCF=68;TCR=117;TR=60;WE=45188892;WS=45188874;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:162,86:0.35:248
chr20	45188971	rs910062	C	A	907.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-2.081;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=29;PP=639;ReadPosRankSum=0.439;SC=GGACACAGACCCAGGTCGGTA;SOR=0.775;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=61;TCF=13;TCR=48;TR=37;WE=45188979;WS=45188961;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,39:0.58:67
chr20	45192249	.	A	AAGAGAGAG,AAGAGAG	798	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.48;FR=0.5000,0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=18;MMLQ=21;MQ=59.96;NF=8,8;NR=34,34;PP=798,415;QD=19.8333333333;SC=CGACCACAGCAAGAGGGAGAG;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=69;TCF=10;TCR=59;TR=42,42;WE=45192262;WS=45192239;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.61:69
chr20	45192253	rs59207395	G	GA	4403.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.919;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.98;MQRankSum=-0.070;QD=41.94;ReadPosRankSum=-1.208;SOR=0.973;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,103:0.98:105
chr20	45192254	.	G	A	1569	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;FR=1.0000;HP=2;HapScore=2;MGOF=18;MMLQ=21;MQ=59.96;NF=28;NR=49;PP=1569;QD=20.8281975655;SC=ACAGCAAGAGGGAGAGAGAGA;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=88;TCF=33;TCR=55;TR=77;WE=45192262;WS=45192239;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:11,77:0.88:88
chr20	45192254	rs35374760	G	GAGAGA,GAGAGAGA	4561.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;ALERT;AN=2;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=59.98;QD=51.26;SOR=1.236;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:2,44,43:0.49,0.48:89
chr20	45204266	rs1880898	G	A	4307.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.548;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=330;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.328;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=72;NR=69;PP=2292;ReadPosRankSum=-1.617;SC=TGATGTTCCAGGGCACTGTCT;SOR=0.617;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=235;TCF=123;TCR=112;TR=141;WE=45204274;WS=45204256;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:132,196:0.60:328
chr20	45212455	rs389905	T	G	684.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=4.746;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=14.187;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=25;PP=656;ReadPosRankSum=1.584;SC=ATTCTGTCCTTCAGTGCGCTC;SOR=2.601;SbPval=0.92;Source=Platypus;TC=54;TCF=11;TCR=43;TR=28;WE=45212463;WS=45212445;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,27:0.44:61
chr20	45214403	rs73113722	A	C	1110.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.152;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FS=1.650;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.33;ReadPosRankSum=-0.439;SOR=0.903;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:45,53:0.54:98
chr20	45220862	rs60378212	G	GCATA	1424.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-1.769;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.120;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=9;PP=1080;ReadPosRankSum=-1.404;SC=AAAACTAAATGCATACATACA;SOR=0.476;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=38;TCF=16;TCR=22;TR=18;WE=45220870;WS=45220852;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,37:0.64:58
chr20	45229028	rs139896803	GGAAA	G	1003.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.294;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=3.503;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=23.90;ReadPosRankSum=0.281;SOR=1.634;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,25:0.60:42
chr20	45229053	.	GAAGGAAGGA	G	1242.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.870;ClippingRankSum=0.000;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.52;MQRankSum=1.642;QD=20.37;ReadPosRankSum=0.652;SOR=0.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,33:0.54:61
chr20	45242269	rs2273024	G	C	2154.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=2.121;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=328;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=41;PP=1167;ReadPosRankSum=-0.536;SC=TGAAGGGGAAGAGGACGATGG;SOR=0.704;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=212;TCF=101;TCR=111;TR=78;WE=45242277;WS=45242259;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:212,115:0.35:327
chr20	45358145	rs2425906	T	G	2224.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.108;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FS=0.606;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.73;ReadPosRankSum=-1.615;SOR=0.631;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:56,106:0.65:162
chr20	45358223	rs2425907	C	T	787.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=2.464;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.163;HP=4;HapScore=2;MGOF=34;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=25;PP=562;ReadPosRankSum=-0.323;SC=CTTTTGCAAGCGGGCATTCCT;SOR=0.990;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=52;TCF=12;TCR=40;TR=32;WE=45358231;WS=45358213;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,34:0.61:56
chr20	45629941	rs3746492	G	A	1948.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-4.708;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.796;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=17;PP=1212;ReadPosRankSum=1.487;SC=AGCATCTGTGGTGGAGAAAGC;SOR=0.280;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=113;TCF=91;TCR=22;TR=72;WE=45629949;WS=45629931;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,81:0.64:126
chr20	45630157	rs6094549	T	G	2238.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-2.551;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.193;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=54;PP=1220;ReadPosRankSum=2.965;SC=CCACCTTTTCTTCTTTCTTGG;SOR=0.590;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=139;TCF=43;TCR=96;TR=82;WE=45630165;WS=45630147;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,106:0.56:188
chr20	45717954	rs866937	C	T	19501.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.371;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=766;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.329;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=209;NR=262;PP=2965;ReadPosRankSum=1.209;SC=GGGCCTCCGACGGGAAGCTCC;SOR=0.693;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=476;TCF=212;TCR=264;TR=471;WE=45717962;WS=45717944;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:7,754:0.99:761
chr20	45725959	rs947018	A	G	2025.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=8;NR=51;PP=1575;SC=AATTCCTATGACATTTTCCTT;SOR=3.511;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=59;TCF=8;TCR=51;TR=59;WE=45725967;WS=45725949;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr20	45795744	rs3091782	T	C	4659.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.398;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=73;PP=2182;ReadPosRankSum=1.211;SC=GCATCCCTTATGACTCTTGGC;SOR=1.085;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=121;TCF=48;TCR=73;TR=121;WE=45795752;WS=45795734;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,178:0.98:182
chr20	45795855	rs3092020	A	G	1292.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=33;PP=961;SC=TACTGGCTTCAAACAACACAC;SOR=1.880;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=44;TCF=11;TCR=33;TR=44;WE=45795863;WS=45795845;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr20	45797749	.	TTC	T	661.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.099;ClippingRankSum=0.000;DP=256;ExcessHet=3.0103;FS=0.642;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.71;ReadPosRankSum=-0.069;SOR=0.600;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:203,41:0.17:244
chr20	45797883	rs3091653	C	T	7374.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-2.345;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=341;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=90;NR=121;PP=2965;ReadPosRankSum=0.447;SC=CATTGATTGACTGATTGATTA;SOR=0.663;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=216;TCF=92;TCR=124;TR=211;WE=45797891;WS=45797869;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:5,287:0.98:292
chr20	45797954	rs3091593	T	A	4363.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=36;NR=82;PP=2563;SC=AAGGACAAGGTGTGCCTGCCT;SOR=1.475;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=121;TCF=39;TCR=82;TR=118;WE=45797962;WS=45797944;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,154:1.00:154
chr20	45798014	rs3091985	C	G	1547.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=28;PP=934;SC=TCACAACTAGCCGGGTGTGGT;SOR=1.524;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=39;TCF=11;TCR=28;TR=39;WE=45798022;WS=45798004;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr20	45853037	rs2664544	A	G	2236.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.673;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=431;ExcessHet=3.0103;FS=1.217;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.20;ReadPosRankSum=-1.579;SOR=0.840;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:300,130:0.30:430
chr20	45856045	rs1124178	A	G	734.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.223;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.700;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=16;PP=232;ReadPosRankSum=-0.368;SC=GAGAGTGAGCATCTTCAAAAG;SOR=0.830;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=82;TCF=31;TCR=51;TR=23;WE=45856053;WS=45856035;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,44:0.33:132
chr20	45867566	.	TTGC	T	337.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.324;ClippingRankSum=0.000;DP=348;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.10;ReadPosRankSum=0.118;SOR=0.686;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:278,29:0.09:307
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chr20	45905717	rs3746484	T	C	132.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.383;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=30;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=5;PP=91;ReadPosRankSum=-0.812;SC=ACAAGCATGTTCTACCATAAC;SOR=1.609;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=6;WE=45905725;WS=45905707;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,6:0.67:9
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chr20	47244523	rs8121156	A	G	807.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.538;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=5.136;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.24;ReadPosRankSum=-0.779;SOR=1.445;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,39:0.59:66
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chr20	47256479	rs4611698	T	C	2074.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.059;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=33;PP=796;ReadPosRankSum=0.763;SC=ACGGAGGTAGTGTTGGAGAAC;SOR=0.707;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=101;TCF=41;TCR=60;TR=54;WE=47256487;WS=47256469;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,101:0.56:179
chr20	47258613	rs4596036	G	A	5644.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-2.615;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=421;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.158;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=120;NR=74;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.783;SC=TTCAGCAGTAGGAGGGCAGAG;SOR=0.579;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=334;TCF=211;TCR=123;TR=194;WE=47258621;WS=47258603;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:162,250:0.61:412
chr20	47258763	rs16993997	C	T	10487.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-1.959;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=897;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=136;NR=166;PP=2962;ReadPosRankSum=0.414;SC=CGGCTCATGACTGGCCCCTTG;SOR=0.722;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=542;TCF=248;TCR=294;TR=302;WE=47258771;WS=47258753;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:393,498:0.56:891
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chr20	47267480	rs41283556	A	G	3745.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.606;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=351;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.551;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=77;NR=50;PP=1891;ReadPosRankSum=-1.357;SC=GCTTGGTGTCACAGATGTTGC;SOR=0.978;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=232;TCF=132;TCR=100;TR=127;WE=47267488;WS=47267470;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:163,183:0.53:346
chr20	47267940	rs61748372	G	A	1306.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.305;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.707;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=14;PP=593;ReadPosRankSum=0.784;SC=AGACCTTGGCGGTGAGGCCGA;SOR=0.578;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=85;TCF=59;TCR=26;TR=43;WE=47267948;WS=47267930;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,63:0.52:120
chr20	47269233	rs41283558	C	G	2455.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.078;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.793;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=50;PP=1270;ReadPosRankSum=-0.191;SC=GGTAGATCCACTGGTACAGGC;SOR=0.836;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=122;TCF=40;TCR=82;TR=74;WE=47269241;WS=47269223;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,112:0.57:198
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chr20	47273037	rs723291	C	T	5267.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-0.654;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=702;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.608;NF=72;NR=91;PP=2298;ReadPosRankSum=-0.655;SC=CATCAGCTTCCTTCTGCTCTT;SOR=0.697;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=411;TCF=185;TCR=226;TR=163;WE=47273045;WS=47273027;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:419,280:0.40:699
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chr20	47317529	rs12479966	C	T	1044.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=0.103;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.873;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=27;PP=627;ReadPosRankSum=0.540;SC=CCAAAAACTCCACCAGCAAGT;SOR=0.957;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=69;TCF=23;TCR=46;TR=40;WE=47317537;WS=47317519;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,48:0.57:84
chr20	47342814	rs12480096	G	A	5831.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=2.298;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=437;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.537;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=86;NR=68;PP=2544;ReadPosRankSum=-1.175;SC=CTTCAAATACGGGAAAGTCTC;SOR=0.751;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=241;TCF=133;TCR=108;TR=154;WE=47342822;WS=47342804;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:165,269:0.62:434
chr20	47361519	rs3746816	T	C	863.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.191;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.893;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=9;PP=469;ReadPosRankSum=0.662;SC=AAGCCCACTTTTCAAAAACTA;SOR=0.822;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=67;TCF=47;TCR=20;TR=29;WE=47361527;WS=47361509;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,38:0.46:82
chr20	47538333	rs2273101	C	T	1194.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=1.952;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=10;PP=761;ReadPosRankSum=-0.213;SC=CGGACGCGGCCGGTGCCGGCC;SOR=0.703;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=141;TCF=112;TCR=29;TR=49;WE=47538341;WS=47538323;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:111,59:0.35:170
chr20	47569112	rs2295030	C	A	401.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-3.393;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=0;PP=309;ReadPosRankSum=-0.287;SC=GCAGAGCCATCTTACAATTTA;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=31;TCF=30;TCR=1;TR=15;WE=47569120;WS=47569104;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,16:0.48:33
chr20	47580347	rs2295031	A	G	2202.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.418;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=333;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.903;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=26;PP=977;ReadPosRankSum=0.619;SC=TGTGTTTTGTATATTTGGATG;SOR=0.811;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=212;TCF=130;TCR=82;TR=73;WE=47580355;WS=47580337;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:209,120:0.36:329
chr20	47585642	rs3764683	T	C	2656.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.370;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.249;HP=5;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.957;NF=52;NR=27;PP=1209;ReadPosRankSum=-0.660;SC=GGACTACAGGTGGGTGCCACC;SOR=0.584;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=130;TCF=86;TCR=44;TR=79;WE=47585650;WS=47585632;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,119:0.65:182
chr20	47589122	rs2273102	T	C	892.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-2.179;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=23;PP=440;ReadPosRankSum=0.371;SC=TTTTAGAGGATGACCAACTTA;SOR=0.600;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=56;TCF=17;TCR=39;TR=34;WE=47589130;WS=47589112;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,43:0.61:71
chr20	47604825	rs4810905	G	A	3119.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=2.877;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=261;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.949;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=32;PP=1390;ReadPosRankSum=0.797;SC=TTGATGTCTCGAATTTTTTTC;SOR=0.758;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=158;TCF=94;TCR=64;TR=83;WE=47604833;WS=47604815;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:117,144:0.55:261
chr20	47610896	rs2295033	C	T	1066.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.168;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=12;PP=675;ReadPosRankSum=1.055;SC=CTCCATTGAACCAACTTTTTT;SOR=0.695;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=107;TCF=79;TCR=28;TR=46;WE=47610908;WS=47610886;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,54:0.39:139
chr20	47614665	rs3764681	G	A	1934.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.180;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.575;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=24;PP=1032;ReadPosRankSum=-0.611;SC=CCAAAGTGCTGAGATTACAGG;SOR=0.634;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=133;TCF=87;TCR=46;TR=68;WE=47614673;WS=47614655;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,88:0.51:174
chr20	47615074	rs60107724	TA	T	341.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.571;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=1.778;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.16;MQRankSum=1.045;QD=6.57;ReadPosRankSum=0.364;SOR=1.480;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,30:0.58:52
chr20	47621554	rs4810910	G	A	2643.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.511;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=24;PP=1373;ReadPosRankSum=0.800;SC=AGAGACCCACGTCGGTCATTA;SOR=0.662;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=157;TCF=112;TCR=45;TR=86;WE=47621562;WS=47621544;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:98,124:0.56:222
chr20	47626736	rs2295579	A	T	593.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=5.535;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=11.353;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=0;PP=365;ReadPosRankSum=-0.956;SC=TCTCCAAAGTACAGACGATAT;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=52;TCF=46;TCR=6;TR=21;WE=47626744;WS=47626726;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,24:0.39:62
chr20	47626847	rs2295580	T	C	2434.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.540;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=365;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.287;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=29;PP=1084;ReadPosRankSum=0.585;SC=TCCGCTCAGGTTGGAAGAACA;SOR=0.772;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=215;TCF=122;TCR=93;TR=73;WE=47626855;WS=47626837;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:229,133:0.37:362
chr20	47627095	rs6095395	A	G	313.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-0.998;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=12;PP=192;ReadPosRankSum=1.121;SC=CTTGATGAGTATTAATCTTGA;SOR=0.606;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=40;TCF=8;TCR=32;TR=15;WE=47627103;WS=47627085;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,18:0.39:46
chr20	47628363	rs1535268	G	A	4160.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-4.480;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=321;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.623;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=112;NR=50;PP=2543;ReadPosRankSum=1.887;SC=AATTATCTCTGATGTATGTGT;SOR=0.462;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=284;TCF=198;TCR=86;TR=162;WE=47628379;WS=47628353;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:127,188:0.60:315
chr20	47628368	rs371203595	ATG	A	222.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.021;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=369;ExcessHet=3.0103;FS=0.696;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.03;MQRankSum=0.000;QD=0.64;ReadPosRankSum=0.497;SOR=0.574;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:309,39:0.11:348
chr20	47628434	rs2273531	T	C	5669.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.080;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=839;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.129;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=1.261;NF=124;NR=89;PP=2302;ReadPosRankSum=1.065;SC=CCTGGTCTTATGAAAAATGTG;SOR=0.810;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=529;TCF=303;TCR=226;TR=213;WE=47628442;WS=47628424;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:510,322:0.39:832
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chr20	47632754	rs1473718	A	G	3371.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=3.250;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=291;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.983;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=39;PP=1604;ReadPosRankSum=2.257;SC=CCAGGAGTGTACAAGAATGCC;SOR=0.843;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=167;TCF=96;TCR=71;TR=95;WE=47632762;WS=47632744;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:134,152:0.53:286
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chr20	47841660	rs11553387	G	T	3651.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.971;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=584;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=70;NR=75;PP=1925;ReadPosRankSum=0.293;SC=GAAGCAGGAGGATTTTTTGAA;SOR=0.744;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=403;TCF=197;TCR=206;TR=145;WE=47841668;WS=47841650;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:362,205:0.36:567
chr20	47842853	rs238162	C	T	682.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-0.696;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.396;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=2;PP=347;ReadPosRankSum=-1.520;SC=GTTTGTGGAACGAATGATTGG;SOR=0.420;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=57;TCF=52;TCR=5;TR=23;WE=47842861;WS=47842843;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,30:0.48:63
chr20	47845220	rs238165	T	A	1052.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.061;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.599;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=15;PP=461;ReadPosRankSum=-0.639;SC=CTAAACTTCTTCTCATTGCTT;SOR=0.614;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=96;TCF=59;TCR=37;TR=37;WE=47845228;WS=47845210;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:107,60:0.36:167
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chr20	47850182	rs238148	C	T	2476.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.034;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=302;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.893;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=45;PP=1088;ReadPosRankSum=-1.756;SC=TGGCTCCCTTCCTGCGGCAGG;SOR=0.617;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=193;TCF=83;TCR=110;TR=80;WE=47850190;WS=47850172;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:170,128:0.43:298
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chr20	47859015	rs238204	A	G	993.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=4.700;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=6;PP=736;ReadPosRankSum=-0.046;SC=ACAGAATGAAAATAGTCTTTG;SOR=0.764;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=119;TCF=101;TCR=18;TR=41;WE=47859023;WS=47859005;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,44:0.34:129
chr20	47859254	rs71186444	CTTTTTTTTTTTTTT	C	3047.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.056;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.98;MQRankSum=0.016;QD=20.32;ReadPosRankSum=0.537;SOR=0.706;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:70,80:0.53:150
chr20	47863282	rs8123912	G	C	2775.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.120;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=360;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.820;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.259;NF=45;NR=43;PP=1378;ReadPosRankSum=2.115;SC=GAAGGGGTGAGATTTGTTAAC;SOR=0.627;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=226;TCF=117;TCR=109;TR=88;WE=47863290;WS=47863272;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:206,144:0.41:350
chr20	47863409	rs144647523	ATT	A	1078.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.214;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FS=1.733;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.18;MQRankSum=1.745;QD=8.70;ReadPosRankSum=0.246;SOR=0.493;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:74,50:0.40:124
chr20	47865372	rs238208	G	A	5202.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-2.735;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=647;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.528;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=95;NR=78;PP=2420;ReadPosRankSum=-0.374;SC=TCTGAACACAGCTGCACACAG;SOR=0.732;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=452;TCF=246;TCR=206;TR=173;WE=47865380;WS=47865362;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:375,261:0.41:636
chr20	47865509	rs238209	G	A	5624.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.147;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=765;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=86;NR=110;PP=2758;ReadPosRankSum=1.104;SC=CCGAGGAATGGTTTTGGGCAC;SOR=0.694;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=484;TCF=212;TCR=272;TR=196;WE=47865517;WS=47865499;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:465,295:0.39:760
chr20	47865784	rs6512577	C	T	3352.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-2.395;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=438;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.531;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=69;NR=57;PP=1766;ReadPosRankSum=-0.858;SC=AGAGCCGGAGCATGGGGCCTA;SOR=0.745;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=316;TCF=171;TCR=145;TR=126;WE=47865792;WS=47865774;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:259,171:0.40:430
chr20	47871197	rs56335217	G	C	754.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-2.464;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.890;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=25;PP=412;ReadPosRankSum=1.583;SC=CTGGAGAATGGGAAGAACCAA;SOR=0.826;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=73;TCF=20;TCR=53;TR=34;WE=47871205;WS=47871187;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,39:0.46:84
chr20	47872327	rs238220	A	G	1677.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.937;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.500;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=22;PP=689;ReadPosRankSum=-1.606;SC=TGGGTTGGCTAGATGTGGAAC;SOR=0.626;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=138;TCF=78;TCR=60;TR=51;WE=47872335;WS=47872317;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:137,88:0.39:225
chr20	47872377	rs238221	C	G	1476.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.781;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=224;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.504;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=25;PP=625;ReadPosRankSum=0.500;SC=TGAGGTCCAGCTGCCAAACAT;SOR=0.652;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=141;TCF=71;TCR=70;TR=52;WE=47872385;WS=47872367;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:141,82:0.37:223
chr20	47874005	rs3021	A	G	3542.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=5.155;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=504;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.628;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=91;NR=46;PP=2245;ReadPosRankSum=-0.359;SC=CAGTGCCACAATGGTCTAGCC;SOR=0.903;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=356;TCF=233;TCR=123;TR=137;WE=47874013;WS=47873995;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:318,174:0.35:492
chr20	47874239	rs11295162	CT	C	1017.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.351;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=352;ExcessHet=3.0103;FS=0.722;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.44;ReadPosRankSum=0.476;SOR=0.606;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:114,115:0.50:229
chr20	47874278	rs11343324	GC	G	2368.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.476;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.765;HP=4;HapScore=4;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=81;PP=2948;ReadPosRankSum=-1.290;SC=TCGCTCTTTTGCCCAGGGTGG;SOR=0.501;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=131;TCF=4;TCR=127;TR=85;WE=47874302;WS=47874268;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,67:0.49:136
chr20	47874294	rs8121511	G	A	2009.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=2.549;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.915;HP=1;HapScore=4;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=49;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.579;SC=GGTGGAGTGCGGTGGTGCGAT;SOR=0.301;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=118;TCF=14;TCR=104;TR=56;WE=47874302;WS=47874268;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,52:0.48:109
chr20	47882893	rs238178	T	A	571.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.907;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=1.880;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.95;ReadPosRankSum=0.178;SOR=1.312;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,22:0.54:41
chr20	47886684	rs57950	G	A	1952.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=1.107;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=293;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.442;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=26;PP=822;ReadPosRankSum=1.462;SC=GGGTAAAGTCGTATCTGCCCC;SOR=0.729;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=163;TCF=88;TCR=75;TR=60;WE=47886692;WS=47886674;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:182,107:0.37:289
chr20	47892270	rs238191	T	C	883.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-0.438;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.843;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=6;PP=513;ReadPosRankSum=-0.163;SC=ATTTCCTTCTTTTATTACTAG;SOR=0.582;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=87;TCF=71;TCR=16;TR=33;WE=47892278;WS=47892260;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,42:0.39:108
chr20	47942184	.	G	GATTAAATGAAGTCATGTATGGGACTTGCTTGGTTTAGCATCCAAAGCACAATGAACGGGGTTATTAGATGGATGTTGTGAGA	4164.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.795;ClippingRankSum=0.000;DP=659;ExcessHet=3.0103;FS=50.919;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.67;ReadPosRankSum=-3.368;SOR=4.612;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:331,26:0.07:357
chr20	47948644	.	C	CT	126.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.157;ClippingRankSum=0.000;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=8.418;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.37;ReadPosRankSum=-0.746;SOR=0.061;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,13:0.45:29
chr20	47948677	rs1972189	G	A	350.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=2.708;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.952;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=10;PP=195;ReadPosRankSum=0.464;SC=GTCTTGCTCTGTTGCCCAGGC;SOR=2.925;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=19;TCF=4;TCR=15;TR=11;WE=47948685;WS=47948667;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,14:0.70:20
chr20	47951040	rs200288022	CTTTT	C	1362.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.815;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=26.21;ReadPosRankSum=1.512;SOR=0.906;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,39:0.75:52
chr20	47956674	.	TATA	T	31	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;FR=0.4999;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MMLQ=20;MQ=60.0;NF=1;NR=0;PP=31;QD=35.0;SC=AAACTGATGCTATAATAATAA;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=6;TCF=2;TCR=4;TR=1;WE=47956684;WS=47956664;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:5,1:0.17:6
chr20	47956709	rs5841756	TA	T	160.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.741;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.93;ReadPosRankSum=-0.855;SOR=0.476;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,7:0.39:18
chr20	47956712	rs33984508	TAA	T	152.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.485;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.36;ReadPosRankSum=-1.708;SOR=0.648;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,9:0.38:24
chr20	48099637	rs11476620	CT	C	701.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.384;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FS=0.904;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.31;ReadPosRankSum=1.114;SOR=0.555;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,62:0.65:96
chr20	48099789	rs490196	C	T	1324.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-2.275;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.959;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=12;PP=889;ReadPosRankSum=0.031;SC=TGTCCGAGGTCACAACAGACG;SOR=1.079;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=81;TCF=55;TCR=26;TR=43;WE=48099797;WS=48099779;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,52:0.57:91
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chr20	48184682	.	G	GCGGGGCTGGCGGGGCTGA	631.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.60;QD=39.48;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr20	48184734	rs7262428	G	C	229.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=9;PP=355;SC=CCCCCACCCGGCGCGCCCCTC;SOR=1.179;Source=Platypus;TCF=4;TR=13;WE=48184742;WS=48184724;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
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chr20	48184840	rs566542	T	G	419.77	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.98;SOR=1.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr20	48184857	rs566508	C	G	419.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.65;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=165;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=1;PP=123;SC=CCTGCTCCCCCCAGCTCAGGC;SOR=2.093;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=3;TCR=1;TR=4;WE=48184865;WS=48184847;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr20	48184871	rs566468	A	G	376.78	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=47.10;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr20	48184872	rs566466	T	G	331.78	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.47;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr20	48257149	rs421801	C	T	16338.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=615;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=165;NR=189;PP=2965;SC=CTTTCATTGCCTCTTGAAAGC;SOR=0.747;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=355;TCF=165;TCR=190;TR=354;WE=48257157;WS=48257139;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,610:1.00:610
chr20	48259034	rs2235855	A	G	1972.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.198;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=253;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.474;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=30;PP=1031;ReadPosRankSum=1.077;SC=GCAAACTGCAAGCGCTGGCGC;SOR=0.631;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=158;TCF=96;TCR=62;TR=72;WE=48259042;WS=48259024;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:150,101:0.40:251
chr20	48260203	rs6122802	G	A	4504.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.808;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=430;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=71;NR=82;PP=2433;ReadPosRankSum=0.509;SC=CAGAGACGGGGAAAAGGGATT;SOR=0.670;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=267;TCF=118;TCR=149;TR=153;WE=48260211;WS=48260193;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:186,229:0.55:415
chr20	48263445	rs6125700	T	C	2351.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=2.510;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.768;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=20;PP=1193;ReadPosRankSum=-0.092;SC=AGATCAAGAGTGCCCTCCCCT;SOR=0.829;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=154;TCF=104;TCR=50;TR=73;WE=48263453;WS=48263435;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:101,104:0.51:205
chr20	48273299	rs4810968	T	C	4367.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=29;NR=87;PP=2779;SC=TAAAAAAACATACCACATAGC;SOR=1.842;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=118;TCF=30;TCR=88;TR=116;WE=48273307;WS=48273289;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,150:1.00:150
chr20	48300990	rs6019972	C	T	2050.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=56;NR=7;PP=1462;SC=GTCCCAGCTGCTGGGGAGGCT;SOR=3.167;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=64;TCF=57;TCR=7;TR=63;WE=48300998;WS=48300980;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr20	48301102	rs11477014	GA	G	4018.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.172;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=347;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.552;HP=10;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.436;NF=31;NR=63;PP=1674;ReadPosRankSum=0.130;SC=TCCTCAAGAAGAAAAAAAAGT;SOR=0.922;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=162;TCF=51;TCR=111;TR=94;WE=48301110;WS=48301092;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:122,219:0.64:341
chr20	48301146	rs6512586	G	A	2783.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.216;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=434;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.551;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-1.056;NF=39;NR=51;PP=1325;ReadPosRankSum=-0.157;SC=ACATATCAAGGACATAAGCAC;SOR=0.813;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=259;TCF=126;TCR=133;TR=90;WE=48301154;WS=48301136;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:277,155:0.36:432
chr20	48330030	rs12329570	G	C	1490.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.139;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=25;PP=870;ReadPosRankSum=0.776;SC=CTCCCGGCCGGGGCCCCTTAG;SOR=0.655;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=173;TCF=105;TCR=68;TR=64;WE=48330038;WS=48330020;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:132,78:0.37:210
chr20	48330045	rs117026282	G	A	1777.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.587;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=283;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.457;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=32;PP=1004;ReadPosRankSum=1.161;SC=CCTTAGGGAGGGGCGGGGATT;SOR=0.657;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=210;TCF=121;TCR=89;TR=75;WE=48330053;WS=48330035;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:179,99:0.36:278
chr20	48429508	rs58677849	GG	CC	4559.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=21;NR=34;PP=2297;SC=TTTCCCGGGCGGCGGAGGCGG;SOR=1.072;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=56;TCF=22;TCR=34;TR=55;WE=48429517;WS=48429498;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr20	48456238	rs2025958	G	A	961.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=9;NR=21;PP=565;SC=ATATTATTATGTTATATATCC;SOR=1.609;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=9;TCR=21;TR=30;WE=48456246;WS=48456228;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr20	48467560	rs532237	G	C	1591.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=40;PP=1215;SC=TGAATCAAAAGTATCCTAAAG;SOR=5.464;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=42;TCF=2;TCR=40;TR=42;WE=48467568;WS=48467550;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr20	48479356	rs3092598	TATGA	T	2088.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=31;NR=4;PP=1826;SC=TGAATGATGGTATGAATGAAT;SOR=4.407;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=42;TCF=36;TCR=6;TR=35;WE=48479367;WS=48479352;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr20	48491258	rs542234	T	G	24044.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=940;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=319;NR=250;PP=2965;SC=TGGCCATCCTTTTCTCAGGCA;SOR=0.884;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=572;TCF=320;TCR=252;TR=569;WE=48491266;WS=48491248;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,901:1.00:901
chr20	48494613	.	C	CT	59.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.074;ClippingRankSum=0.000;DP=107;ExcessHet=3.0103;FS=4.420;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.20;MQRankSum=2.918;QD=0.71;ReadPosRankSum=-0.438;SOR=0.232;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:69,15:0.18:84
chr20	48494650	rs6020100	A	G	1398.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=35;PP=1067;SC=TTTGTAGATCAATAAACACAT;SOR=1.911;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=49;TCF=14;TCR=35;TR=48;WE=48494658;WS=48494640;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr20	48500761	.	A	G	379.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.669;ClippingRankSum=0.000;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=1.585;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.44;MQRankSum=0.000;QD=12.66;ReadPosRankSum=-0.318;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,12:0.40:30
chr20	48500762	.	CA	C	364.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.792;ClippingRankSum=0.000;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=2.831;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.93;MQRankSum=0.000;QD=11.40;ReadPosRankSum=1.071;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,12:0.38:32
chr20	48561893	rs4810993	A	G	2446.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=40;NR=15;PP=1247;SC=TCACTAACTTATGGGCTCTGA;SOR=1.556;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=56;TCF=41;TCR=15;TR=55;WE=48561901;WS=48561883;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr20	48562083	rs11473738	G	GTTGGACACC	3616.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.620;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=25;PP=2900;ReadPosRankSum=-1.393;SC=ATACAAAGAGGTTGCATGCCC;SOR=1.044;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=43;TCF=5;TCR=38;TR=29;WE=48562091;WS=48562073;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,97:0.98:99
chr20	48562797	rs34800638	CT	C	109.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.203;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FS=1.952;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.06;MQRankSum=1.837;QD=0.84;ReadPosRankSum=0.519;SOR=0.458;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:101,30:0.23:131
chr20	48599473	rs113842434	AC	A	822.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=21;PP=1345;SC=ACCCCCCACCACCCCCCCGGA;SOR=0.760;SbPval=0.15;Source=Platypus;TC=47;TCF=24;TCR=23;TR=33;WE=48599481;WS=48599463;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr20	48701351	.	CT	C	328.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.429;ClippingRankSum=0.000;DP=152;ExcessHet=3.0103;FS=1.641;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.14;MQRankSum=2.102;QD=2.63;ReadPosRankSum=0.918;SOR=0.523;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:80,45:0.36:125
chr20	48701428	rs200222788	CTTTTTTTTTTTTT	C,CTTTTTTTTTTTTTT	1129.82	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.668;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=21;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0,0;NR=29,29;PP=1191,171;ReadPosRankSum=-0.086;SC=GAAAAGCAGTCTTTTTTTTTT;SOR=1.270;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=36;TCF=1;TCR=35;TR=29,29;WE=48701449;WS=48701417;set=Intersection	GT:AF:DP	0/1:0.94:31
chr20	48713049	rs6012831	G	A	4597.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=49;NR=44;PP=1780;SC=GCATCAGAGGGGGTTCAAATA;SOR=0.787;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=93;TCF=49;TCR=44;TR=93;WE=48713057;WS=48713039;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,176:1.00:176
chr20	48729677	rs126907	C	G	9492.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=365;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=148;NR=161;PP=2965;SC=TTGCGTCGCTCTTGCTTGAAG;SOR=2.529;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=312;TCF=149;TCR=163;TR=309;WE=48729685;WS=48729667;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,363:1.00:363
chr20	48729803	rs6125906	C	A	1421.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-3.533;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=45;PP=919;ReadPosRankSum=0.555;SC=GACCCGTGGCCTGGAAGGCTC;SOR=0.616;SbPval=0.92;Source=Platypus;TC=125;TCF=25;TCR=100;TR=51;WE=48729811;WS=48729793;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,71:0.50:141
chr20	48746189	rs6122878	C	T	4056.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.519;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=372;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=68;PP=1714;ReadPosRankSum=1.238;SC=TGATAGCTGTCGGGTCAATGT;SOR=0.680;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=206;TCF=82;TCR=124;TR=114;WE=48746197;WS=48746179;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:172,198:0.54:370
chr20	48760238	.	C	CT	98.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.871;ClippingRankSum=0.000;DP=125;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.09;MQRankSum=1.803;QD=1.05;ReadPosRankSum=-3.048;SOR=0.789;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:74,20:0.21:94
chr20	48770159	rs232733	T	C	3715.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=37;NR=59;PP=1965;SC=CCCGGCCAGTTCTCGGCGCCC;SOR=1.066;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=96;TCF=37;TCR=59;TR=96;WE=48770167;WS=48770149;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,136:1.00:136
chr20	49194866	rs3215684	A	AT	1916.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=0.305;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.832;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=10;PP=1848;ReadPosRankSum=0.393;SC=TTAGAGGTAGAGAGTGGAAGG;SOR=0.444;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=123;TCF=96;TCR=27;TR=48;WE=49194874;WS=49194856;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:93,59:0.39:152
chr20	49199355	rs149973869	C	CG	1035.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.162;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.541;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=2.317;NF=1;NR=28;PP=1042;ReadPosRankSum=0.889;SC=CGCCGGACCGCGTAGAGAGCC;SOR=0.988;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=95;TCF=2;TCR=93;TR=29;WE=49199363;WS=49199345;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:111,42:0.27:153
chr20	49203895	rs17788230	C	T	2824.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.923;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=350;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.292;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=52;PP=1275;ReadPosRankSum=-0.797;SC=GACCTGTCAGCGGGTTGGATC;SOR=0.621;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=219;TCF=85;TCR=134;TR=86;WE=49203903;WS=49203885;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:200,146:0.42:346
chr20	49214156	rs6020624	A	G	9752.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=382;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=116;NR=87;PP=2965;SC=CAGCTCATCCAGGGCGAAGTC;SOR=0.869;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=203;TCF=116;TCR=87;TR=203;WE=49214164;WS=49214146;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,379:1.00:379
chr20	49225953	rs73615305	A	G	8305.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.194;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=294;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=69;NR=169;PP=2965;ReadPosRankSum=0.487;SC=AGGGCCTCTAACCATCCCTGC;SOR=0.799;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=239;TCF=69;TCR=170;TR=238;WE=49225961;WS=49225943;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,287:1.00:288
chr20	49227294	rs4811083	T	C	3499.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=76;NR=19;PP=2330;SC=CTGATCCCTGTTTCGAGGGCA;SOR=2.428;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=95;TCF=76;TCR=19;TR=95;WE=49227302;WS=49227284;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr20	49227544	rs144167038	G	GGGCTTAGTGCCGGGCC	10289.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=264;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=26;NR=50;PP=2076;SC=TCAGAGAATGGGGCCCCTCAC;SOR=1.524;SbPval=0.2;Source=Platypus;TC=117;TCF=32;TCR=85;TR=76;WE=49227552;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,218:1.00:218
chr20	49236478	rs6122953	G	A	7734.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.931;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=292;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=131;NR=82;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.523;SC=AGGAGGCGAGGTAGAGGAATG;SOR=0.668;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=216;TCF=133;TCR=83;TR=213;WE=49236486;WS=49236468;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,286:0.99:289
chr20	49354351	.	CT	C	74.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.188;ClippingRankSum=0.000;DP=86;ExcessHet=3.0103;FS=1.365;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.90;ReadPosRankSum=0.832;SOR=0.412;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:60,23:0.28:83
chr20	49367076	rs6020721	T	G	1112.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.918;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.725;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=21;PP=482;ReadPosRankSum=-1.911;SC=GACTTGTACATTTGGCTAGTT;SOR=1.060;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=57;TCF=20;TCR=37;TR=31;WE=49367084;WS=49367066;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,52:0.54:97
chr20	49434669	rs5841815	TA	T	1907.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.951;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=326;ExcessHet=3.0103;FS=3.856;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.45;ReadPosRankSum=2.067;SOR=0.473;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:129,167:0.56:296
chr20	49507892	rs761240	T	G	1421.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=2.283;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=3;PP=1086;ReadPosRankSum=-0.552;SC=TCACACTGGATATCAGAGTTC;SOR=3.306;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=42;TCF=39;TCR=3;TR=40;WE=49507900;WS=49507887;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,43:0.98:44
chr20	49509184	rs17790938	G	A	6115.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-1.598;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=453;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.530;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=102;NR=95;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.469;SC=TCTTTCCAACGCCCCTGCAGT;SOR=0.651;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=340;TCF=180;TCR=160;TR=197;WE=49509192;WS=49509174;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:175,272:0.61:447
chr20	49511041	.	C	T	1978.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-2.112;ClippingRankSum=0.000;DP=253;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.485;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=48;PP=1051;ReadPosRankSum=-0.516;SC=AAGGTTTTGTCCGATAGTCCT;SOR=0.633;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=189;TCF=68;TCR=121;TR=76;WE=49511049;WS=49511031;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:142,102:0.42:244
chr20	49551780	rs11483542	T	TA	666.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.993;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.19;MQRankSum=0.000;QD=6.87;ReadPosRankSum=-0.692;SOR=0.697;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:50,47:0.48:97
chr20	49575334	rs2281282	A	C	2537.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=2.696;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.256;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=28;PP=1617;ReadPosRankSum=0.907;SC=GAGACAGAAGACGGAAGCGGA;SOR=0.590;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=152;TCF=105;TCR=47;TR=88;WE=49575342;WS=49575324;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,107:0.60:179
chr20	49620783	rs1054268	G	T	13409.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.088;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=507;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=161;NR=162;PP=2965;ReadPosRankSum=0.792;SC=TGCCGCTCAGGATGCTGCTCA;SOR=0.262;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=324;TCF=162;TCR=162;TR=323;WE=49620791;WS=49620773;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,496:1.00:497
chr20	49621149	rs6122993	T	C	10888.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=409;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=150;NR=102;PP=2965;SC=TGCGACGGCCTGCGGCGGCGC;SOR=0.991;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=252;TCF=150;TCR=102;TR=252;WE=49621157;WS=49621139;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,403:1.00:403
chr20	49621399	rs4811110	G	C	4229.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=36;NR=98;PP=2475;SC=AGGAAAGGAGGGCAGAAGCTC;SOR=1.828;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=134;TCF=36;TCR=98;TR=134;WE=49621407;WS=49621389;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,159:1.00:159
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chr20	50224161	rs2273089	C	T	2693.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.814;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.331;HP=7;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=58;PP=1348;ReadPosRankSum=0.902;SC=GCCGGTTTCGCGGGGGGCTCA;SOR=0.938;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=136;TCF=44;TCR=92;TR=82;WE=50224169;WS=50224151;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,125:0.61:205
chr20	50224206	rs3818004	G	A	1608.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-2.369;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=39;PP=863;ReadPosRankSum=0.310;SC=TTATTCTCCCGCTAACGAGAT;SOR=0.728;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=90;TCF=26;TCR=64;TR=54;WE=50224214;WS=50224196;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,73:0.63:115
chr20	50225206	rs3827032	G	A	2893.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.399;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.980;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=68;PP=1721;ReadPosRankSum=-1.083;SC=TGGCTGACGCGATAGGAGCTA;SOR=0.442;SbPval=0.24;Source=Platypus;TC=172;TCF=48;TCR=124;TR=102;WE=50225214;WS=50225196;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:98,128:0.57:226
chr20	50225235	rs6021312	G	A	1937.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=2.384;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.767;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=56;PP=1382;ReadPosRankSum=2.099;SC=GCCAGCCTCCGGCACCCAAGT;SOR=0.480;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=114;TCF=21;TCR=93;TR=72;WE=50225243;WS=50225225;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,78:0.59:132
chr20	50226813	rs742756	T	C	347.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=0.074;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.299;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=13;PP=193;ReadPosRankSum=-0.412;SC=CCGGCACTGCTGTAAGGTACT;SOR=1.077;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=45;TCF=11;TCR=34;TR=16;WE=50226821;WS=50226803;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,19:0.38:50
chr20	50230462	rs2235863	A	G	2337.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.369;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.586;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=50;PP=1301;ReadPosRankSum=1.296;SC=CATTGTAGGAAATCTTTGAAG;SOR=0.778;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=124;TCF=40;TCR=84;TR=71;WE=50230470;WS=50230452;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,105:0.60:176
chr20	50238545	rs2235862	A	G	3036.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.523;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=240;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=39;PP=1562;ReadPosRankSum=1.039;SC=GGGCCCACTCAAGGTTAGGAG;SOR=0.716;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=159;TCF=100;TCR=59;TR=104;WE=50238553;WS=50238535;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:89,146:0.62:235
chr20	50241714	rs2235859	C	A	2075.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.318;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.017;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=21;PP=1448;ReadPosRankSum=-0.016;SC=CCCTTCCCTGCGGGCAGCCCG;SOR=0.990;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=144;TCF=103;TCR=41;TR=79;WE=50241722;WS=50241704;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,88:0.53:167
chr20	50244098	rs2426317	T	C	8488.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-1.551;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=328;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=106;NR=83;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.721;SC=GGGAGGCAGGTGGGGCTGCAA;SOR=0.306;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=190;TCF=107;TCR=83;TR=189;WE=50244106;WS=50244088;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,323:1.00:324
chr20	50255762	rs2426333	T	C	1464.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=38;NR=3;PP=1016;SC=TATATTCCCTTGTTAGTCTGG;SOR=5.376;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=44;TCF=38;TCR=6;TR=41;WE=50255770;WS=50255752;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr20	50255849	rs6063682	A	C	3540.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.423;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.66;ReadPosRankSum=-0.621;SOR=1.744;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,137:0.99:138
chr20	50256107	rs2426334	T	C	668.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=14;PP=428;SC=CAGGCTGTGCTATGAACACAA;SOR=2.303;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=4;TCR=14;TR=18;WE=50256115;WS=50256097;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr20	50273749	rs6021355	G	A	6935.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.604;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=261;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=109;PP=2965;ReadPosRankSum=0.868;SC=TTGGAGAGTGGAAGAACAGCC;SOR=0.437;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=172;TCF=62;TCR=110;TR=171;WE=50273757;WS=50273739;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,251:1.00:252
chr20	50286484	rs5841856	T	TA	3624.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.178;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=242;ExcessHet=3.0103;FS=2.555;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.13;MQRankSum=0.782;QD=15.76;ReadPosRankSum=1.540;SOR=0.447;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:32,198:0.86:230
chr20	50287553	rs6013248	G	A	2658.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=76;NR=2;PP=2046;SC=GCAGCAACACGCATCTCTCAT;SOR=5.598;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=78;TCF=76;TCR=2;TR=78;WE=50287561;WS=50287552;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr20	50287790	rs2255342	A	G	22462.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.292;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=876;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=248;NR=295;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.591;SC=CCAGGTTCACACGCAAACTAG;SOR=0.273;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=547;TCF=248;TCR=299;TR=543;WE=50287798;WS=50287780;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,861:1.00:865
chr20	50287925	rs2255358	A	G	4598.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-1.324;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=96;PP=2692;ReadPosRankSum=1.628;SC=GCACACTGCCAGAGCTGAACG;SOR=0.702;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=138;TCF=41;TCR=97;TR=137;WE=50287933;WS=50287915;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,170:0.99:171
chr20	50290654	rs6091346	T	C	7896.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=303;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=131;NR=77;PP=2965;SC=GAGAAGAAGATGTCACGGCAG;SOR=1.159;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=208;TCF=131;TCR=77;TR=208;WE=50290662;WS=50290644;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,293:1.00:293
chr20	50292763	.	G	GA	192.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.669;ClippingRankSum=0.000;DP=246;ExcessHet=3.0103;FS=2.357;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.09;MQRankSum=2.673;QD=0.96;ReadPosRankSum=2.924;SOR=0.484;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:163,38:0.19:201
chr20	50305755	rs6067898	G	A	21053.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=492;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.97;SOR=1.063;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,490:1.00:490
chr20	50305761	rs6067899	G	A	20607.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=457;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.29;SOR=1.102;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,455:1.00:455
chr20	50310466	rs6021389	T	C	10764.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.796;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=414;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.123;NF=134;NR=106;PP=2965;ReadPosRankSum=2.149;SC=TGCCATCCCATGCCTGGCCCC;SOR=0.822;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=240;TCF=134;TCR=106;TR=240;WE=50310474;WS=50310456;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,411:1.00:413
chr20	50310483	rs143733288	A	ATC	18258.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=417;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=60;NR=114;PP=2957;SC=CCCCCCAGGTATGAGTTTGAG;SOR=0.754;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=189;TCF=66;TCR=123;TR=174;WE=50310491;WS=50310473;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,404:1.00:404
chr20	50310709	rs6013259	G	A	3625.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.200;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.929;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=76;PP=2082;ReadPosRankSum=0.564;SC=TCTGGGCAGCGTCTGCTCTGG;SOR=1.875;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=105;TCF=27;TCR=78;TR=102;WE=50310717;WS=50310699;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,132:0.99:134
chr20	50314200	rs1205690	A	G	2841.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=69;PP=2104;SC=TTCAACCGCTACAGAGGCCGT;SOR=3.442;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=78;TCF=9;TCR=69;TR=78;WE=50314208;WS=50314190;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr20	50329416	rs1205698	T	C	4766.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=83;NR=37;PP=2203;SC=TTCCCACACCTGCGGCCCGGG;SOR=1.398;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=120;TCF=83;TCR=37;TR=120;WE=50329424;WS=50329406;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,171:1.00:171
chr20	50329704	rs1205699	G	A	4563.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=31;NR=91;PP=2806;SC=CAGGAAAGGCGAGAGGTCACT;SOR=1.780;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=122;TCF=31;TCR=91;TR=122;WE=50329712;WS=50329694;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,159:1.00:159
chr20	50342555	rs1205709	C	T	2833.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=16;NR=64;PP=1889;SC=TGAATAACATCTAAAAACATT;SOR=2.535;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=80;TCF=16;TCR=64;TR=80;WE=50342563;WS=50342545;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr20	50401355	rs58347405	G	A	165.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=4.330;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.516;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=8;PP=136;ReadPosRankSum=-0.889;SC=GACTTACAGCGGGGTTATGCC;SOR=2.517;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=25;TCF=4;TCR=21;TR=8;WE=50401363;WS=50401345;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,8:0.29:28
chr20	50405502	rs17802735	C	G	6073.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.384;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=489;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.486;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=89;NR=77;PP=2735;ReadPosRankSum=-1.394;SC=CGCTAGCAGACGAGAAGTTCT;SOR=0.720;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=272;TCF=138;TCR=134;TR=166;WE=50405510;WS=50405492;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:202,285:0.59:487
chr20	50407162	rs6021437	T	C	4144.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.695;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=649;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=86;NR=90;PP=2128;ReadPosRankSum=0.416;SC=TCTTAATGGATGTGTTGGTTC;SOR=0.719;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=464;TCF=231;TCR=233;TR=176;WE=50407170;WS=50407152;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:408,230:0.36:638
chr20	50407502	rs6126344	A	C	2484.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.280;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=283;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=53;PP=1069;ReadPosRankSum=0.468;SC=CCCAGGCTGCAGGTCACCGGG;SOR=0.683;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=199;TCF=77;TCR=122;TR=88;WE=50407510;WS=50407492;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:153,126:0.45:279
chr20	50407966	rs13038893	C	T	3873.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.982;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=316;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=60;PP=1784;ReadPosRankSum=-1.001;SC=ATGTGTCTAGCGCCACAGTGG;SOR=0.710;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=204;TCF=101;TCR=103;TR=118;WE=50407974;WS=50407956;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:127,183:0.59:310
chr20	50408482	rs6013281	A	G	10920.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=441;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=154;NR=149;PP=2965;SC=GCAAGGTCACATTAGTGTTGG;SOR=0.766;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=304;TCF=154;TCR=150;TR=303;WE=50408490;WS=50408472;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,425:1.00:425
chr20	50668588	rs73618751	G	A	426.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.805;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.55;ReadPosRankSum=-0.515;SOR=0.874;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,22:0.65:34
chr20	50705211	rs2273382	A	G	1277.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.826;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=27;PP=643;ReadPosRankSum=-1.296;SC=TCAAAGTTAAAGGTTTTTTGG;SOR=0.687;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=125;TCF=56;TCR=69;TR=48;WE=50705219;WS=50705201;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:104,67:0.39:171
chr20	50705584	rs973341	C	T	1489.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.249;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=30;PP=678;ReadPosRankSum=0.454;SC=GGCATCTCCCCCTAGGCTGTT;SOR=0.687;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=119;TCF=51;TCR=68;TR=54;WE=50705592;WS=50705574;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:127,83:0.40:210
chr20	50713652	rs10715971	TA	T	11598.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.983;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=643;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.416;NF=78;NR=154;PP=2988;ReadPosRankSum=0.671;SC=CTGGCTGCCCTAAAAAAAAAA;SOR=0.842;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=279;TCF=100;TCR=179;TR=232;WE=50713661;WS=50713641;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:32,579:0.95:611
chr20	50713992	rs11309611	AT	A	524.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.236;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.28;MQRankSum=0.815;QD=11.16;ReadPosRankSum=0.503;SOR=0.948;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:7,40:0.85:47
chr20	50721106	rs62216874	G	C	1181.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=4.471;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.324;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=17;PP=919;ReadPosRankSum=-2.642;SC=TCGGGCCTCCGGTGACCTCTC;SOR=0.471;SbPval=0.26;Source=Platypus;TC=152;TCF=115;TCR=37;TR=57;WE=50721114;WS=50721096;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:98,56:0.36:154
chr20	50734114	rs148552378	C	T	771.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-2.869;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.098;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=9;PP=531;ReadPosRankSum=-0.201;SC=GCTGAGATCGCGCCATTGCAC;SOR=0.441;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=70;TCF=54;TCR=16;TR=35;WE=50734122;WS=50734104;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,35:0.50:70
chr20	50734144	rs67451131	C	T	1528.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-0.823;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.717;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=18;PP=975;ReadPosRankSum=-0.703;SC=GGCGACAGAGCGAAACTCTGT;SOR=0.835;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=113;TCF=79;TCR=34;TR=62;WE=50734152;WS=50734134;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,69:0.55:126
chr20	50734238	rs67904269	T	C	10008.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.742;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=394;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=124;NR=119;PP=2965;ReadPosRankSum=0.638;SC=AAGTGCAGCATGGGTGTGGAC;SOR=0.377;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=247;TCF=126;TCR=121;TR=243;WE=50734246;WS=50734228;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,391:0.99:394
chr20	50734367	rs2180366	T	C	2198.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=1.354;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=8.814;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=55;PP=1617;ReadPosRankSum=0.622;SC=CCTCTGCTTGTTCTGTCACTC;SOR=2.557;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=70;TCF=14;TCR=56;TR=67;WE=50734375;WS=50734357;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,75:0.96:78
chr20	50768672	rs3838014	GT	G	911.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.077;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.841;HP=11;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=9;PP=619;ReadPosRankSum=-0.597;SC=CACTCCTTTTGTTTTTTTAAG;SOR=0.836;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=58;TCF=39;TCR=19;TR=28;WE=50768680;WS=50768662;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,50:0.56:90
chr20	50769183	rs3746415	G	A	5884.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.583;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=456;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.122;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=91;NR=81;PP=2928;ReadPosRankSum=0.615;SC=TCACTGCAGCGGCGGCAGCCT;SOR=0.580;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=294;TCF=160;TCR=134;TR=172;WE=50769191;WS=50769173;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:184,269:0.59:453
chr20	50769379	rs3746414	C	T	9942.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.412;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=832;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.525;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=148;NR=138;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.162;SC=CTTACTCTCACTGTACTCACT;SOR=0.755;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=528;TCF=269;TCR=259;TR=286;WE=50769387;WS=50769369;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:360,468:0.57:828
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chr20	50770782	rs3787178	G	A	3863.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.530;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=311;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.420;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=51;PP=1609;ReadPosRankSum=-0.927;SC=GATGGCTTCCGGGATGGCAGG;SOR=0.728;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=177;TCF=85;TCR=92;TR=97;WE=50770790;WS=50770772;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:126,180:0.59:306
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chr20	50781709	rs6126487	T	C	1822.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.617;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=30;PP=694;ReadPosRankSum=-0.260;SC=CTTTTGATATTGGTAGAAAGG;SOR=0.695;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=134;TCF=63;TCR=71;TR=58;WE=50781717;WS=50781699;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:134,97:0.42:231
chr20	50781725	rs6021770	G	A	2356.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.332;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.715;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=38;PP=1142;ReadPosRankSum=-1.130;SC=AAAGGACATCGGTGGGACACT;SOR=0.785;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=128;TCF=61;TCR=67;TR=69;WE=50781733;WS=50781715;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:91,112:0.55:203
chr20	50782102	rs2038429	T	C	629.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.513;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=15;PP=364;ReadPosRankSum=-0.236;SC=GGAAAGAAAATTCTTACTGGA;SOR=0.711;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=41;TCF=15;TCR=26;TR=23;WE=50782110;WS=50782092;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,29:0.58:50
chr20	50782303	rs6021771	A	G	1988.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.113;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.883;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=14;PP=1274;ReadPosRankSum=-1.146;SC=GTAGTTTGGAACACATCCATG;SOR=1.852;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=55;TCF=41;TCR=14;TR=55;WE=50782311;WS=50782293;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,71:0.97:73
chr20	50782343	rs6021772	C	A	2062.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.003;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.711;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=19;PP=994;ReadPosRankSum=-1.756;SC=TGAGGAGGAGCCCTGGAGCCT;SOR=0.777;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=90;TCF=60;TCR=30;TR=60;WE=50782351;WS=50782333;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,91:0.69:132
chr20	50782608	rs2273472	G	T	1141.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.734;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.092;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=28;PP=640;ReadPosRankSum=1.727;SC=ATAAATGCCCGCTAGCTATGG;SOR=0.976;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=54;TCF=12;TCR=42;TR=35;WE=50782616;WS=50782598;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,48:0.69:70
chr20	50803444	rs36027430	C	T	1417.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.224;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=255;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.69;ReadPosRankSum=-1.744;SOR=0.711;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:169,80:0.32:249
chr20	50803573	rs34351592	G	A	2217.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.886;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=295;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.437;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=42;PP=1012;ReadPosRankSum=-1.182;SC=TATGGATGTCGGGAGTCAGCT;SOR=0.641;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=201;TCF=88;TCR=113;TR=76;WE=50803581;WS=50803563;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:170,118:0.41:288
chr20	50803760	rs7269302	T	A	212.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=0.523;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.897;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=9;PP=159;ReadPosRankSum=-1.595;SC=TCCTGCGAACTGCATCCTAAT;SOR=1.329;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=23;TCF=6;TCR=17;TR=11;WE=50803768;WS=50803750;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,10:0.45:22
chr20	51802132	rs2010156	T	C	3356.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.792;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=293;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.452;HP=4;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-2.972;NF=84;NR=42;PP=1802;ReadPosRankSum=1.393;SC=GCACTCCAGCTGGGGATACAG;SOR=0.653;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=227;TCF=157;TCR=70;TR=126;WE=51802140;WS=51802122;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:132,154:0.54:286
chr20	51870336	rs739869	G	C	5233.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.635;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=406;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=81;NR=78;PP=2812;ReadPosRankSum=-0.504;SC=CTCACGTCAGGCTTCCAAACG;SOR=0.685;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=291;TCF=150;TCR=141;TR=159;WE=51870344;WS=51870326;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:165,232:0.58:397
chr20	51870849	rs739870	T	C	16573.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.726;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=639;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=206;NR=186;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.634;SC=GCGACTCCTTTGATTCCCTCC;SOR=0.252;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=394;TCF=207;TCR=187;TR=392;WE=51870857;WS=51870839;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,617:1.00:618
chr20	52185814	rs4602270	C	A	2136.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=20;NR=39;PP=1206;SC=CTAAGGAAAACAACATTTTTT;SOR=1.358;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=59;TCF=20;TCR=39;TR=59;WE=52185822;WS=52185804;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr20	52557934	rs74179252	G	GGTGT,GGT	964.73	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.899;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=1.982;HP=1;HapScore=1;MGOF=78;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-1.316;NF=12,12;NR=31,31;PP=122,1978;ReadPosRankSum=1.443;SC=CTGGAAGGGAGGTGTGTGTGT;SOR=1.038;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=49;TCF=15;TCR=34;TR=43,43;WE=52557942;WS=52557924;set=Intersection	GT:AF:DP	0/1:0.34:92
chr20	52557949	rs72548465	G	GTT	2398.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.244;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FS=0.737;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.72;MQRankSum=1.867;QD=21.04;ReadPosRankSum=-0.324;SOR=0.776;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:47,67:0.59:114
chr20	52557950	.	T	TTTGTGTGTGCGCGC	2311	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;FR=0.5000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MMLQ=28;MQ=60.73;NF=14;NR=35;PP=2311;QD=47.2653061224;SC=TGTGTGTGTGTGTGTGTGCGC;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=61;TCF=17;TCR=44;TR=49;WE=52557968;WS=52557939;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:12,49:0.80:61
chr20	52557958	.	C	T	2962	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;FR=0.5000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MMLQ=23;MQ=60.5;NF=33;NR=26;PP=2962;QD=20;SC=TGTGTGTGTGCGCGTGTGTGT;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=105;TCF=59;TCR=46;TR=59;WE=52557968;WS=52557939;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:46,59:0.56:105
chr20	52557958	.	C	CGCGCGTGTGTGT	2432.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.819;ClippingRankSum=0.000;DP=121;ExcessHet=3.0103;FS=0.699;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.51;MQRankSum=2.001;QD=21.15;ReadPosRankSum=-0.611;SOR=0.621;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:51,64:0.56:115
chr20	52558099	rs6013842	T	G	1046.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.393;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.793;HP=4;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=20;PP=520;ReadPosRankSum=0.360;SC=ATAATAATAATAAGAAAGTCA;SOR=0.801;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=58;TCF=19;TCR=39;TR=27;WE=52558107;WS=52558089;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,50:0.54:92
chr20	52561372	rs2072241	A	G	465.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=4.304;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=1;PP=329;ReadPosRankSum=-1.205;SC=TCAGAAGAATATATACATGGA;SOR=0.811;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=52;TCF=48;TCR=4;TR=18;WE=52561380;WS=52561362;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,20:0.34:58
chr20	52573971	rs35575210	T	G	3794.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.141;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=344;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=73;NR=58;PP=1806;ReadPosRankSum=-0.175;SC=GGTCACTTACTTGGCAGCTGG;SOR=0.690;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=227;TCF=128;TCR=99;TR=131;WE=52573979;WS=52573961;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:146,187:0.56:333
chr20	52592026	rs2302039	T	C	4588.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.356;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=317;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=64;PP=1935;ReadPosRankSum=0.926;SC=ACAAAATTGTTACATAAAAGC;SOR=0.683;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=190;TCF=88;TCR=102;TR=121;WE=52592034;WS=52592016;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:104,213:0.67:317
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chr20	52592140	rs11474654	G	GTA	736.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.587;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FS=1.018;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.96;ReadPosRankSum=-0.130;SOR=0.474;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:45,29:0.39:74
chr20	52611427	rs11471603	T	TACACAC	1589.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.957;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.928;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=19;PP=1070;ReadPosRankSum=0.710;SC=ATAGATATGATACACACACAC;SOR=1.402;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=60;TCF=19;TCR=41;TR=29;WE=52611436;WS=52611417;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,54:0.46:117
chr20	52645534	rs466264	T	C	1284.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.130;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.596;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=35;PP=649;ReadPosRankSum=-1.184;SC=ACATAAACAGTGGTTATTCAG;SOR=0.608;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=114;TCF=40;TCR=74;TR=55;WE=52645542;WS=52645524;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:95,70:0.42:165
chr20	52674537	.	AT	A	161.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.115;ClippingRankSum=0.000;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=13.245;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.30;ReadPosRankSum=0.072;SOR=0.049;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,19:0.39:49
chr20	52674615	rs465184	A	G	2175.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.710;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=240;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.472;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=27;PP=1173;ReadPosRankSum=0.288;SC=TTCCCAGAGTAGCACTGACCT;SOR=0.990;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=170;TCF=105;TCR=65;TR=77;WE=52674623;WS=52674605;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:131,107:0.45:238
chr20	52675188	rs394732	G	T	582.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.660;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.720;NF=8;NR=10;PP=278;ReadPosRankSum=-1.077;SC=TACACTACCTGGTAAGTCTCT;SOR=0.614;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=72;TCF=36;TCR=36;TR=18;WE=52675196;WS=52675178;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,32:0.36:90
chr20	52675259	rs2020975	G	T	544.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.825;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.797;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=14;PP=374;ReadPosRankSum=-0.287;SC=GTTACCCATTGCTCCTATAAT;SOR=0.687;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=88;TCF=41;TCR=47;TR=27;WE=52675267;WS=52675249;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,31:0.29:108
chr20	52684837	rs3787551	G	T	1360.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=3.242;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.763;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=20;PP=773;ReadPosRankSum=-1.467;SC=CTTAGAGCTCGCTCTCATAGT;SOR=0.924;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=114;TCF=67;TCR=47;TR=51;WE=52684845;WS=52684827;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:103,67:0.39:170
chr20	52684924	rs6068765	C	A	3211.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.635;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=275;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.443;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=43;PP=1336;ReadPosRankSum=0.710;SC=ATGTGCCAGGCAGCACCAGGG;SOR=0.645;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=143;TCF=70;TCR=73;TR=86;WE=52684932;WS=52684914;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:119,154:0.56:273
chr20	52685084	rs290446	T	C	1038.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=28;PP=639;SC=TCACACACATTGTCTCCTTTT;SOR=2.419;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=35;TCF=7;TCR=28;TR=34;WE=52685092;WS=52685074;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr20	52774579	rs1570670	A	G	1483.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.610;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=20;PP=748;ReadPosRankSum=1.881;SC=TGCAAAGTGTATCTTCCAAGG;SOR=0.681;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=70;TCF=43;TCR=27;TR=50;WE=52774587;WS=52774569;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,64:0.68:94
chr20	52774601	rs2274130	A	G	1795.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.875;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=23;PP=891;ReadPosRankSum=0.528;SC=TTTGTAAGGTATAGAATATAC;SOR=0.768;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=84;TCF=51;TCR=33;TR=58;WE=52774609;WS=52774591;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,79:0.68:117
chr20	52774883	rs2274131	C	T	437.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-1.703;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=12;PP=285;ReadPosRankSum=-0.603;SC=ATCTCTTGTTCCTCTCATCTT;SOR=0.330;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=19;TCF=2;TCR=17;TR=14;WE=52774891;WS=52774873;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,17:0.77:22
chr20	52774903	rs2274132	G	A	262.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.503;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=9;PP=185;ReadPosRankSum=0.000;SC=TCTTGAGTTAGTTAAAACCCC;SOR=0.793;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=14;TCF=1;TCR=13;TR=10;WE=52774911;WS=52774893;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,11:0.73:15
chr20	52775528	rs2296239	C	T	7898.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.473;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=650;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=132;NR=116;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.719;SC=CTTTTAAATACGGCATATTCC;SOR=0.723;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=432;TCF=228;TCR=204;TR=248;WE=52775536;WS=52775518;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:270,378:0.58:648
chr20	52775728	rs2296240	A	G	1621.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.662;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.945;HP=6;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=40;PP=1021;ReadPosRankSum=1.313;SC=TATTAGCTGAAAAAAAGGTGA;SOR=0.846;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=82;TCF=19;TCR=63;TR=49;WE=52775736;WS=52775718;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,63:0.66:96
chr20	52779082	rs6127119	C	T	577.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-2.732;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.248;HP=2;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=5.141;NF=25;NR=0;PP=447;ReadPosRankSum=1.049;SC=GGCACCGTGGCATAGATGCTG;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=48;TCF=46;TCR=2;TR=25;WE=52779090;WS=52779072;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,23:0.47:49
chr20	52779210	rs6091828	G	T	5595.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.093;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=448;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=87;NR=72;PP=2410;ReadPosRankSum=0.786;SC=ATCTAAAAATGGTACAGACCG;SOR=0.679;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=286;TCF=157;TCR=129;TR=159;WE=52779218;WS=52779200;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:187,261:0.58:448
chr20	52786219	rs2296241	G	A	18444.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.698;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=703;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=200;NR=267;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.254;SC=CCATAAAATCGGCCAAGACCT;SOR=0.891;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=469;TCF=201;TCR=268;TR=467;WE=52786227;WS=52786209;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,695:1.00:697
chr20	52788035	rs111675277	T	A	316.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-2.544;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.309;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=6;PP=172;ReadPosRankSum=-1.242;SC=TTTCCTTTGTTCTTTGTAGCT;SOR=0.103;SbPval=0.07;Source=Platypus;TC=38;TCF=30;TCR=8;TR=14;WE=52788043;WS=52788025;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,17:0.37:46
chr20	52788190	rs35873579	G	T	2558.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.177;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=329;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.435;HP=4;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=30;PP=1060;ReadPosRankSum=2.213;SC=CTCCGGACCCGCTGCCAGTCT;SOR=0.840;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=188;TCF=107;TCR=81;TR=77;WE=52788198;WS=52788180;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:190,133:0.41:323
chr20	52788294	rs36106327	C	A	2844.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-2.003;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.762;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=58;PP=1344;ReadPosRankSum=0.116;SC=ACTTCAGGAACCATAAAATCA;SOR=0.556;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=142;TCF=49;TCR=93;TR=91;WE=52788302;WS=52788284;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,135:0.62:216
chr20	52788314	rs2259735	T	C	5820.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=31;NR=83;PP=1995;SC=AAACAAACACTGAGAATCATG;SOR=1.656;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=114;TCF=31;TCR=83;TR=114;WE=52788322;WS=52788304;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,154:1.00:154
chr20	52789696	rs35792925	G	A	2314.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.252;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.189;HP=2;HapScore=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=57;ReadPosRankSum=0.039;SC=TGCCCGAAGCGCTTTCCCTCC;SOR=0.596;SbPval=0.44;Source=Platypus;TCF=60;TR=93;WE=52789704;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,103:0.56:185
chr20	52789725	rs116934993	A	C	1361.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.048;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.466;HP=4;HapScore=1;MGOF=34;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=35;PP=867;ReadPosRankSum=-0.091;SC=CCTTCCTCCTAGGGGACCGGG;SOR=0.524;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=123;TCF=46;TCR=77;TR=56;WE=52789733;WS=52789715;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,61:0.47:130
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chr20	52789885	rs61755338	A	C	4653.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.500;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=673;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.131;HP=5;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=87;NR=66;PP=2237;ReadPosRankSum=1.532;SC=GTTTCTTGAGACCCCCTTTCC;SOR=0.755;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=392;TCF=220;TCR=172;TR=153;WE=52789893;WS=52789875;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:417,251:0.38:668
chr20	52790005	rs61749689	C	A	2590.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.599;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=325;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=61;PP=1489;ReadPosRankSum=3.139;SC=GCACCTCTCGCGGCTGAGGGG;SOR=0.676;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=233;TCF=79;TCR=154;TR=92;WE=52790013;WS=52789995;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:187,127:0.40:314
chr20	52831705	rs1964861	G	C	1357.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-3.217;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.988;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=15;PP=720;ReadPosRankSum=0.261;SC=TACAAATTAAGGTCTTATTCT;SOR=0.446;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=81;TCF=57;TCR=24;TR=51;WE=52831713;WS=52831695;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,61:0.66:92
chr20	52840743	rs11472518	C	CT,CTT	2291.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.006;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FS=8.310;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.06;MQRankSum=0.477;QD=14.98;ReadPosRankSum=-2.318;SOR=0.503;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:30,40,83:0.26,0.54:153
chr20	52841011	rs13039589	A	G	296.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-2.047;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=8;PP=128;ReadPosRankSum=1.076;SC=TAGTTGGGGTAGGCAAAAACA;SOR=0.495;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=26;TCF=4;TCR=22;TR=9;WE=52841019;WS=52841001;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,14:0.45:31
chr20	54575787	.	C	G	3771.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.863;ClippingRankSum=0.000;DP=419;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.189;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=43;PP=1308;ReadPosRankSum=-0.657;SC=AAACACACACCTGGATAGTTT;SOR=0.873;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=238;TCF=127;TCR=111;TR=105;WE=54575795;WS=54575777;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:214,200:0.48:414
chr20	54575931	rs202036487	A	G	1621.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.052;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FS=1.633;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.74;ReadPosRankSum=3.388;SOR=0.923;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:47,71:0.60:118
chr20	54823639	rs148199478	CCT	C	138.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-1.159;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=2;PP=109;ReadPosRankSum=-0.267;SC=AGCTACTCTCCCTCTCTCTCT;SOR=0.355;SbPval=0.12;Source=Platypus;TC=25;TCF=22;TCR=3;TR=5;WE=54823648;WS=54823629;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,8:0.21:38
chr20	54823684	rs368604087	GTC	G	85.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.700;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=1.559;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.17;ReadPosRankSum=0.886;SOR=0.358;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:64,9:0.12:73
chr20	54823779	rs13044293	G	T	6985.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=261;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=111;NR=58;PP=2965;SC=AAACTCTAAGGCCAGATTGAA;SOR=1.201;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=169;TCF=111;TCR=58;TR=169;WE=54823787;WS=54823769;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,258:1.00:258
chr20	54956707	rs6024840	A	G	469.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.075;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=1.164;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.92;ReadPosRankSum=0.296;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,25:0.58:43
chr20	54961463	rs1047972	T	C	6297.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=236;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=96;NR=80;PP=2965;SC=TGCAAAGGAATGCGCTGGGAA;SOR=0.883;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=176;TCF=96;TCR=80;TR=176;WE=54961471;WS=54961453;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,228:1.00:228
chr20	54963149	rs67542863	C	CGACAAGACCAACCTCCATGTGGGTTTATAAATGTGAATGAGATTACAGATTATTCAATTTA	1650.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.17;QD=91.71;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr20	54963303	rs6099126	C	T	5374.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-1.178;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=450;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.111;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=86;NR=79;PP=2412;ReadPosRankSum=-0.152;SC=AAGCCACCTGCTTAAAGTGCT;SOR=0.700;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=274;TCF=140;TCR=134;TR=165;WE=54963311;WS=54963293;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:184,262:0.59:446
chr20	54974424	rs2426617	C	A	2400.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=11;NR=43;PP=1333;SC=GTATGTGAGACGTTGATGTTA;SOR=1.809;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=54;TCF=11;TCR=43;TR=54;WE=54974432;WS=54974414;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr20	55025512	rs6024884	C	G	1484.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=1.035;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.052;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=17;PP=933;ReadPosRankSum=0.004;SC=TCTACCATTACAGCATCATGA;SOR=0.405;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=83;TCF=58;TCR=25;TR=52;WE=55025520;WS=55025502;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,62:0.64:97
chr20	55025762	rs6069753	G	A	1445.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=2.432;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.749;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=27;PP=742;ReadPosRankSum=-0.353;SC=GCTAAGGTGCGGTGTTATGAA;SOR=0.819;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=72;TCF=24;TCR=48;TR=39;WE=55025770;WS=55025752;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,63:0.59:107
chr20	55028167	rs2870738	G	A	11451.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.895;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=448;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=125;NR=161;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.453;SC=AGAAAAATAGGGCAAATATCT;SOR=0.875;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=293;TCF=128;TCR=165;TR=286;WE=55028175;WS=55028157;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:10,428:0.98:438
chr20	55033476	rs3746623	C	G	15613.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-2.056;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=583;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=186;NR=182;PP=2965;ReadPosRankSum=0.662;SC=ACTGCCGGCTCTACTTTGGGG;SOR=0.105;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=370;TCF=186;TCR=184;TR=368;WE=55033484;WS=55033466;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,574:1.00:576
chr20	55033635	rs3746624	C	T	8882.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.944;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=369;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=100;NR=146;PP=2965;ReadPosRankSum=0.471;SC=ACGTGCGCAACGAGATCCTCC;SOR=0.943;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=261;TCF=113;TCR=148;TR=246;WE=55033655;WS=55033625;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,347:0.99:351
chr20	55033647	rs3746625	T	C	8892.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.466;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=341;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=118;NR=131;PP=2965;ReadPosRankSum=0.594;SC=AGATCCTCCGTGGCAGCAGTC;SOR=0.767;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=253;TCF=120;TCR=133;TR=249;WE=55033655;WS=55033625;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,334:0.99:338
chr20	55033713	rs3746626	G	A	8256.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.348;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=322;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=93;NR=114;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.681;SC=CCGTGCTCACGTACCCCAGCC;SOR=0.567;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=212;TCF=95;TCR=117;TR=207;WE=55033721;WS=55033703;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:5,314:0.98:319
chr20	55033856	rs4811697	A	C	3437.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=27;NR=58;PP=1916;SC=CACACCCACAACTTGTGCAAC;SOR=1.374;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=85;TCF=27;TCR=58;TR=85;WE=55033864;WS=55033846;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr20	55045632	rs6024898	G	A	10261.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.272;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=405;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=141;NR=113;PP=2965;ReadPosRankSum=0.918;SC=CCTGGGTGACGGGATCATCTT;SOR=0.275;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=257;TCF=143;TCR=114;TR=254;WE=55045640;WS=55045622;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,391:1.00:392
chr20	55045843	rs6014740	T	C	4032.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.390;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=87;PP=2699;ReadPosRankSum=-1.023;SC=AGTTGAGGGTTTGGAGATTTT;SOR=0.807;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=122;TCF=34;TCR=88;TR=121;WE=55045851;WS=55045833;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,140:0.99:141
chr20	55047632	rs11482055	T	TA	225.79	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-0.662;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.9837;FS=0.000;HP=10;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=13;PP=227;ReadPosRankSum=1.754;SC=TTCTGAACTTTAAAAAAAAAA;SOR=0.693;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=19;TCF=1;TCR=18;TR=14;WE=55047640;WS=55047622;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,13:0.81:16
chr20	55048283	rs6024901	A	G	839.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=19;NR=3;PP=519;SC=TACTGAATATACTTTTATATG;SOR=2.546;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=19;TCR=3;TR=22;WE=55048291;WS=55048273;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr20	55048496	rs11471796	T	TGAG	3675.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=32;PP=2199;SC=TAAGTGATTTTGAGAATTTTG;SOR=1.151;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=42;TCF=7;TCR=35;TR=39;WE=55048504;WS=55048486;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr20	55049908	rs1474890	A	G	5831.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=57;NR=105;PP=2965;SC=CGCCTTAAAGACTGAACTCAG;SOR=1.250;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=162;TCF=57;TCR=105;TR=162;WE=55049916;WS=55049898;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,212:1.00:212
chr20	55071620	rs6014752	T	G	1320.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.554;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=33.02;ReadPosRankSum=-0.843;SOR=1.051;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,39:0.98:40
chr20	55071620	.	TCAATCAA	GCAATCAA,GCAATCAG	620	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.22;FR=0.5000,0.5000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=28,6;NR=10,3;PP=620,72;QD=17.2308213828;SC=AGTCAGTCAATCAATCAATCA;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=40;TCF=30;TCR=10;TR=38,9;WE=55071635;WS=55071612;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.95:40
chr20	55071627	.	A	G	160.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.684;ClippingRankSum=0.000;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=1.659;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.49;ReadPosRankSum=-0.691;SOR=0.326;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,11:0.24:46
chr20	55072472	rs6024911	A	G	12539.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=465;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=35;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=165;NR=142;PP=2965;SC=TTTGCAATTTAGGGGGCCGCC;SOR=0.769;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=307;TCF=165;TCR=142;TR=307;WE=55072480;WS=55072462;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,463:1.00:463
chr20	55072507	.	CACAGTT	CTT,C	9972.73	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;ALERT;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=3.963;ClippingRankSum=0.000;DP=465;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.107;HP=3;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=72;PP=2964;ReadPosRankSum=3.305;SC=TAAAGCGGAACACAGTTCATC;SOR=0.789;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=193;TCF=68;TCR=125;TR=113;WE=55072523;WS=55072497;set=Intersection	GT:AF:DP	0/1:0.56:452
chr20	55072512	.	TTC	T	5717.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=4.558;ClippingRankSum=0.000;DP=458;ExcessHet=3.0103;FS=0.523;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.54;ReadPosRankSum=3.121;SOR=0.772;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:205,251:0.55:456
chr20	55072514	.	CA	TG	2944	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;FR=0.5000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MMLQ=28;MQ=60.0;NF=91;NR=71;PP=2944;QD=20;SC=GAACACAGTTCATCTGGGTAA;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=307;TCF=171;TCR=136;TR=162;WE=55072523;WS=55072497;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:145,162:0.53:307
chr20	55072515	.	A	G	5521.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=5.177;ClippingRankSum=0.000;DP=459;ExcessHet=3.0103;FS=1.103;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.06;ReadPosRankSum=2.225;SOR=0.791;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:205,253:0.55:458
chr20	55088404	rs1059768	A	G	4509.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=70;NR=49;PP=2083;SC=TGATGTCATCATGCTCAATGG;SOR=1.047;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=119;TCF=70;TCR=49;TR=119;WE=55088412;WS=55088394;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,175:1.00:175
chr20	55101085	rs111909024	G	A	1469.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=1.236;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.350;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=57;PP=1142;ReadPosRankSum=-1.333;SC=TCCATACCATGTCACGATCTG;SOR=1.089;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=166;TCF=33;TCR=133;TR=68;WE=55101093;WS=55101075;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:115,69:0.38:184
chr20	55108418	rs41311045	C	T	2614.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.441;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=295;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.964;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.972;NF=67;NR=32;PP=1594;ReadPosRankSum=0.530;SC=TGAAATCGTCCCTGGTCCTGC;SOR=0.616;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=235;TCF=162;TCR=73;TR=99;WE=55108426;WS=55108408;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:161,124:0.44:285
chr20	55108617	rs3209183	C	A	1997.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.408;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=237;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.749;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.654;NF=19;NR=55;PP=1254;ReadPosRankSum=0.612;SC=TGTGATACTGCAGTGTCAAAG;SOR=0.842;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=189;TCF=55;TCR=134;TR=74;WE=55108625;WS=55108607;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:135,94:0.41:229
chr20	55204478	rs62208554	C	T	954.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-2.779;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.080;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=7;PP=616;ReadPosRankSum=-0.424;SC=GACAGCAAGGCCCGCGCGCGG;SOR=0.986;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=83;TCF=65;TCR=18;TR=38;WE=55204486;WS=55204468;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,42:0.46:92
chr20	55206241	.	G	GT	99.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.607;ClippingRankSum=0.000;DP=316;ExcessHet=3.0103;FS=3.383;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.99;MQRankSum=0.000;QD=0.34;ReadPosRankSum=-1.437;SOR=0.428;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:250,47:0.16:297
chr20	55208691	rs186503162	G	A	874.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=0.828;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=25;PP=541;ReadPosRankSum=2.370;SC=AGAGGCCCAGGAGGTATTTTT;SOR=0.781;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=57;TCF=10;TCR=47;TR=29;WE=55208699;WS=55208681;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,37:0.54:68
chr20	55209073	rs62208556	C	T	323.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.045;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=2;PP=266;ReadPosRankSum=0.094;SC=CATTATGGTTCACGTGATGTA;SOR=0.443;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=41;TCF=36;TCR=5;TR=16;WE=55209081;WS=55209063;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,15:0.36:42
chr20	55209257	rs35023929	T	C	2375.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.544;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=261;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.528;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=57;PP=1240;ReadPosRankSum=0.903;SC=TGGACAAGATTGGGTTGAATC;SOR=0.803;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=166;TCF=69;TCR=97;TR=96;WE=55209265;WS=55209247;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:121,131:0.52:252
chr20	55211581	rs5842120	C	CA	282.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.224;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=3.646;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.23;MQRankSum=0.937;QD=6.58;ReadPosRankSum=-0.448;SOR=1.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,24:0.56:43
chr20	55212711	rs6025024	T	G	642.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.303;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=4;PP=417;ReadPosRankSum=2.062;SC=CCAGCCTCAGTGTAGTTGGTT;SOR=0.610;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=47;TCF=38;TCR=9;TR=24;WE=55212719;WS=55212701;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,28:0.52:54
chr20	55800937	rs6070031	C	T	4556.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=0.523;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=348;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=61;PP=1859;ReadPosRankSum=0.481;SC=TCTGCTGGAACGTGAGCTTCC;SOR=0.697;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=188;TCF=94;TCR=94;TR=122;WE=55800945;WS=55800927;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:131,214:0.62:345
chr20	55910542	rs3764674	T	G	948.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.903;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=19;PP=414;ReadPosRankSum=-2.111;SC=CTATTTAAACTTTTGGAATGT;SOR=0.656;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=48;TCF=19;TCR=29;TR=32;WE=55910550;WS=55910532;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,47:0.62:76
chr20	55918014	rs2236330	A	G	620.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=17;PP=434;SC=CACGACTAACATAAGTGTTGT;SOR=3.816;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=19;TCF=2;TCR=17;TR=19;WE=55918022;WS=55918004;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr20	55929881	rs4811837	T	C	14999.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.586;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=583;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=145;NR=205;PP=2965;ReadPosRankSum=0.226;SC=ATGTAAGTGCTCCTTAAATAC;SOR=0.937;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=354;TCF=146;TCR=208;TR=350;WE=55929889;WS=55929871;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,573:1.00:575
chr20	55966904	rs117963839	C	T	1084.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-1.674;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.085;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=37;PP=660;ReadPosRankSum=0.327;SC=GGGCCCGCACCCCGCCGCACA;SOR=1.522;SbPval=0.93;Source=Platypus;TC=121;TCF=29;TCR=92;TR=43;WE=55966912;WS=55966894;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:96,54:0.36:150
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chr20	55982683	rs201839752	G	A	11377.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.61;BaseQRankSum=0.864;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1701;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=186;NR=176;PP=2962;ReadPosRankSum=0.715;SC=CGCTGTCCTCGCCCTACATTG;SOR=0.673;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=973;TCF=506;TCR=467;TR=362;WE=55982691;WS=55982673;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1055,619:0.37:1674
chr20	56064099	rs116593113	TT	CC	6464.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.083;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=236;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.712;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=-0.822;NF=119;NR=52;PP=2947;ReadPosRankSum=-1.503;SC=GTTATTTTTCTTCAGCGAGGC;SOR=1.724;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=184;TCF=129;TCR=55;TR=171;WE=56064108;WS=56064089;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,234:0.99:236
chr20	56064157	rs6128051	C	T	13455.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.653;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=526;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=-0.470;NF=196;NR=137;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.877;SC=CCGGCGCTGTCTCTATGGAGC;SOR=0.543;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=336;TCF=198;TCR=138;TR=333;WE=56064165;WS=56064147;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,514:0.99:517
chr20	56064267	rs6099656	T	C	13019.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-2.278;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=521;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=124;NR=189;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.596;SC=CTGTGCAAGATGTCTACGATA;SOR=0.356;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=316;TCF=124;TCR=192;TR=313;WE=56064275;WS=56064257;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,515:1.00:516
chr20	56071399	rs62204254	C	T	865.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.635;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=13;PP=273;ReadPosRankSum=0.683;SC=CCAACATCATCCTTCCTGTAC;SOR=0.941;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=27;TCF=7;TCR=20;TR=17;WE=56071407;WS=56071389;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,24:0.67:36
chr20	56071416	rs62204255	C	A	745.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.270;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=10;PP=212;ReadPosRankSum=-0.601;SC=GTACAGCCTGCGGAACTATGA;SOR=0.551;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=22;TCF=6;TCR=16;TR=14;WE=56071424;WS=56071406;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,19:0.70:27
chr20	56075371	rs113098798	C	T	145.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.695;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=2.737;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.56;ReadPosRankSum=-0.838;SOR=1.136;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:45,12:0.21:57
chr20	56075580	rs6099660	C	T	126.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=3.588;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.256;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=6;PP=94;ReadPosRankSum=1.783;SC=GCTGGTGTACCGGCAGAGCAG;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=1;TCR=12;TR=6;WE=56075588;WS=56075570;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,6:0.43:14
chr20	56078690	rs6128059	G	A	1665.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.303;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.560;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=33;PP=836;ReadPosRankSum=-0.127;SC=CACACAAGGCGAGTGAGATGG;SOR=0.551;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=86;TCF=26;TCR=60;TR=48;WE=56078698;WS=56078680;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,74:0.62:120
chr20	56082984	rs73176793	A	G	565.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=1.063;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=23;PP=373;ReadPosRankSum=1.882;SC=CAACAGCACTATTCTTTTTTT;SOR=0.716;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=87;TCF=17;TCR=70;TR=28;WE=56082995;WS=56082974;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,32:0.32:101
chr20	56083606	rs55924405	T	C	4081.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-3.708;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=297;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.474;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=92;NR=51;PP=2295;ReadPosRankSum=2.940;SC=GACACTGTCCTCCTGAGATAG;SOR=0.501;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=232;TCF=151;TCR=81;TR=143;WE=56083614;WS=56083596;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:106,184:0.63:290
chr20	56089869	rs11086612	GT	G	378.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.267;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=878;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.01;MQRankSum=2.128;QD=0.47;ReadPosRankSum=2.032;SOR=0.702;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:649,149:0.19:798
chr20	56090807	rs6025601	A	G	2884.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=1.007;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=368;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.134;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=41;PP=1151;ReadPosRankSum=0.127;SC=GCTTGTAGGTATCTCTGCTGG;SOR=0.551;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=229;TCF=106;TCR=123;TR=86;WE=56090815;WS=56090797;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:215,151:0.41:366
chr20	56098733	rs6025606	T	C	4383.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=2.014;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=515;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.528;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=90;NR=69;PP=2481;ReadPosRankSum=-0.612;SC=ATCAGTCCAGTAGTTTCAGCC;SOR=0.638;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=349;TCF=203;TCR=146;TR=159;WE=56098741;WS=56098723;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:290,218:0.43:508
chr20	56099305	rs11699220	G	A	1009.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=0.935;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.180;HP=5;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=30;PP=648;ReadPosRankSum=1.294;SC=GTTTCCATAGGGGGGAGAAGG;SOR=1.614;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=97;TCF=24;TCR=73;TR=40;WE=56099313;WS=56099295;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,46:0.53:86
chr20	56131053	rs17496809	G	A	521.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-3.991;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.340;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=0;PP=420;ReadPosRankSum=-0.260;SC=CATCCCTTCGGTGTTCCCGTC;SOR=1.926;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=38;TCF=37;TCR=1;TR=21;WE=56131061;WS=56131043;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,22:0.54:41
chr20	56136536	rs1042521	A	G	4570.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=2.243;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=527;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=73;PP=2137;ReadPosRankSum=0.673;SC=TGGACAGCCTACCCCAGGCAG;SOR=0.709;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=324;TCF=147;TCR=177;TR=131;WE=56136544;WS=56136526;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:296,226:0.43:522
chr20	56137798	rs1062600	G	A	4688.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.025;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=316;ExcessHet=3.0103;FS=0.869;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.98;ReadPosRankSum=-0.244;SOR=0.720;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:184,129:0.41:313
chr20	56137807	rs1042523	A	G	4704.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.670;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=320;ExcessHet=3.0103;FS=0.859;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.84;ReadPosRankSum=0.270;SOR=0.667;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:184,133:0.42:317
chr20	56137834	rs1062601	A	G	2529.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.713;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=324;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.341;HP=4;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=41;PP=1057;ReadPosRankSum=1.025;SC=TGACGGATTCACCCTACGTGG;SOR=0.599;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=201;TCF=90;TCR=111;TR=78;WE=56137842;WS=56137824;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:189,134:0.41:323
chr20	56137895	rs707555	G	C	2024.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.342;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=248;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.426;HP=1;HapScore=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=34;PP=878;ReadPosRankSum=-0.309;SC=CCTGGAAGCAGTGGGCGATGG;SOR=0.481;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=153;TCF=56;TCR=97;TR=58;WE=56137903;WS=56137885;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:143,102:0.42:245
chr20	56138040	rs2070755	G	C	2129.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.217;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=309;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.442;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=34;PP=1277;ReadPosRankSum=0.171;SC=GGACCCCCAAGCAGGGCCCTG;SOR=0.654;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=231;TCF=144;TCR=87;TR=87;WE=56138048;WS=56138030;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:190,110:0.37:300
chr20	56139403	rs2070756	T	C	3611.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.851;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=547;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=68;PP=1383;ReadPosRankSum=-0.543;SC=TAGCTTCAGGTGTCACCATCA;SOR=0.715;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=353;TCF=160;TCR=193;TR=122;WE=56139411;WS=56139393;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:342,199:0.37:541
chr20	56140076	rs59716278	C	CTT	978.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.415;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.660;HP=10;HapScore=4;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.444;NF=9;NR=14;PP=322;ReadPosRankSum=0.600;SC=GAACATTTCTCTTTTTTTTTC;SOR=0.518;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=64;TCF=29;TCR=35;TR=23;WE=56140084;WS=56140066;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,54:0.43:127
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chr20	56190634	rs2073145	C	T	7033.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=276;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=88;NR=114;PP=2965;SC=TGGGGCCTCTCGGCTGCAGAA;SOR=0.902;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=202;TCF=88;TCR=114;TR=202;WE=56190642;WS=56190624;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,272:1.00:272
chr20	56191172	rs11468882	CAG	C	14089.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.860;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=588;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=-14.394;NF=86;NR=173;PP=2973;ReadPosRankSum=0.912;SC=AACCAAGGCACAGAGAGAGGA;SOR=0.863;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=284;TCF=100;TCR=184;TR=259;WE=56191181;WS=56191162;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,521:1.00:523
chr20	56191475	rs16981188	C	T	1914.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.410;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=235;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.550;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=37;PP=839;ReadPosRankSum=0.369;SC=CAAGTTTCACCGGGGAGCCAG;SOR=0.466;SbPval=0.26;Source=Platypus;TC=148;TCF=56;TCR=92;TR=67;WE=56191483;WS=56191465;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:134,100:0.43:234
chr20	56227532	rs6025699	T	C	6569.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.831;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=260;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=69;NR=93;PP=2793;ReadPosRankSum=2.377;SC=AGATGGTGGGTGGCAGGTCGA;SOR=0.937;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=163;TCF=69;TCR=94;TR=162;WE=56227540;WS=56227522;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,254:0.99:256
chr20	56228019	rs8183538	G	C	4223.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=89;NR=21;PP=2650;SC=AGCCCACACTGTTCCAGCCGC;SOR=2.189;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=112;TCF=90;TCR=22;TR=110;WE=56228027;WS=56228009;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,143:1.00:143
chr20	56265485	.	C	T	3021.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.684;ClippingRankSum=0.000;DP=304;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.897;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=64;PP=1612;ReadPosRankSum=-0.987;SC=TTTGACTTTTCGCCTGTCATT;SOR=0.774;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=213;TCF=82;TCR=131;TR=101;WE=56265493;WS=56265470;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:152,149:0.50:301
chr20	56726107	rs6070358	C	T	14803.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=575;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=165;NR=170;PP=2965;SC=TGGGATCGGGCAACGCGGTGG;SOR=0.704;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=336;TCF=166;TCR=170;TR=335;WE=56726115;WS=56726097;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,571:1.00:571
chr20	56793546	rs583987	A	G	5203.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=100;NR=53;PP=2880;SC=CGTTCCCACCAGGAGCTAATG;SOR=1.261;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=153;TCF=100;TCR=53;TR=153;WE=56793554;WS=56793536;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,200:1.00:200
chr20	56793706	rs584855	G	A	11979.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=454;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=127;NR=152;PP=2965;SC=TGGTTCAGGCGGTGTGCAATG;SOR=0.781;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=281;TCF=128;TCR=153;TR=279;WE=56793714;WS=56793696;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,449:1.00:449
chr20	56793724	rs41275658	G	A	3064.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.385;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=429;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=31;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=58;PP=1448;ReadPosRankSum=0.944;SC=ATGGAGATGGGGGTCTCCCCC;SOR=0.735;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=273;TCF=115;TCR=158;TR=96;WE=56793732;WS=56793714;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:267,159:0.37:426
chr20	56793764	rs1192511	G	A	7553.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=281;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=64;NR=137;PP=2965;SC=TGGAGGCCCCGTGCTGGAGCA;SOR=1.346;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=201;TCF=64;TCR=137;TR=201;WE=56793772;WS=56793754;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,280:1.00:280
chr20	56796267	rs521615	C	T	869.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=23;NR=2;PP=690;SC=GGGACCCTGACTGGTGGCTGA;SOR=3.767;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=25;TCF=23;TCR=2;TR=25;WE=56796275;WS=56796257;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr20	56807969	rs3818744	A	G	3493.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.563;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=66;PP=1857;ReadPosRankSum=2.556;SC=CAAAGAAGTCATTTCAGAATC;SOR=0.741;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=88;TCF=20;TCR=68;TR=86;WE=56807977;WS=56807959;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,128:0.99:129
chr20	56811400	rs474212	C	A	1174.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-1.746;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.419;HP=11;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=47;PP=758;ReadPosRankSum=-1.682;SC=GGCAAAAAAACAAAATTATTG;SOR=0.298;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=63;TCF=11;TCR=52;TR=58;WE=56811408;WS=56811382;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:5,57:0.92:62
chr20	56820702	rs595292	G	T	5910.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.200;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.905;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=128;NR=43;PP=2965;ReadPosRankSum=0.130;SC=CCTCTCAATGGGTATACAGTG;SOR=1.856;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=173;TCF=129;TCR=44;TR=171;WE=56820710;WS=56820692;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,214:0.99:216
chr20	56820880	rs3746406	C	T	13525.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.754;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=516;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=150;NR=185;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.612;SC=CTGCAAGCTACCAAGGACTTT;SOR=0.850;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=339;TCF=152;TCR=187;TR=335;WE=56820888;WS=56820870;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,505:1.00:507
chr20	56821127	rs3746405	A	G	5433.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=75;NR=60;SC=AGCTTTGAGCAGGCGCTGGTC;SOR=0.803;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=135;TCF=75;TCR=60;TR=135;WE=56821135;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,209:1.00:209
chr20	56822236	rs1541117	C	A	1416.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=29;NR=9;PP=792;SC=TTACTTTTTGCTTCTTTACAT;SOR=1.702;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=29;TCR=9;TR=38;WE=56822244;WS=56822226;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr20	56822536	rs4811972	G	A	1187.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=7;NR=24;PP=722;SC=TGAAGGGGCCGAGGGACTGGA;SOR=2.247;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=7;TCR=24;TR=31;WE=56822544;WS=56822526;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr20	56823390	rs11471230	GTTTT	G	414.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.605;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=32;PP=541;ReadPosRankSum=1.389;SC=AGCAGAACCTGTTTTTTTTAT;SOR=0.446;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=48;TCF=1;TCR=47;TR=33;WE=56823403;WS=56823380;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,12:0.52:23
chr20	56823395	rs518929	T	A	152.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.289;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=2.143;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=65.26;MQRankSum=0.000;QD=6.64;ReadPosRankSum=-0.379;SOR=1.646;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,9:0.39:23
chr20	56825826	rs2282205	A	C	554.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=16;NR=1;PP=400;SC=GAAGTTATGAAATTTGAAATT;SOR=3.716;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=17;TCF=16;TCR=1;TR=17;WE=56825834;WS=56825816;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr20	56826934	rs6064631	T	A	5124.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=236;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=53;NR=109;PP=2965;SC=TAAATTTTTTTAAAAAATCGA;SOR=1.387;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=162;TCF=53;TCR=109;TR=162;WE=56826942;WS=56826924;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,205:1.00:205
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chr20	56846580	rs6015238	T	A	3310.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.59;SOR=1.217;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
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chr20	57011383	rs201039529	CTTTTTTTTTTTTTT	C	80.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.036;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=13.46;ReadPosRankSum=-1.645;SOR=0.991;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,3:0.50:6
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chr20	57210712	rs58749102	C	T	540.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=3.457;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.574;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=0;PP=408;ReadPosRankSum=0.431;SC=CTCCCTCGACCTCTCTCTTCT;SOR=1.712;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=42;TCF=37;TCR=5;TR=18;WE=57210720;WS=57210702;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,22:0.44:50
chr20	57234503	.	TA	T	103.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.563;ClippingRankSum=0.000;DP=173;ExcessHet=3.0103;FS=1.872;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.06;MQRankSum=1.826;QD=0.61;ReadPosRankSum=1.483;SOR=0.956;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:137,33:0.19:170
chr20	57244493	rs2296524	G	A	2086.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.945;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=280;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=33;PP=884;ReadPosRankSum=0.766;SC=GGCACGCACAGTCAGGCTACC;SOR=0.699;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=152;TCF=71;TCR=81;TR=62;WE=57244501;WS=57244483;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:167,111:0.40:278
chr20	57266134	rs6015338	G	A	624.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.567;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.898;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=9;PP=368;ReadPosRankSum=1.972;SC=CTCTTCGCCTGTGGAAGTCCT;SOR=1.031;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=55;TCF=38;TCR=17;TR=29;WE=57266142;WS=57266124;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,35:0.39:90
chr20	57266700	rs6123822	T	C	743.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-0.506;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.948;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=16;PP=752;ReadPosRankSum=-0.989;SC=GGAAAACCTCTCACACCACGC;SOR=0.569;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=98;TCF=66;TCR=32;TR=41;WE=57266708;WS=57266690;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,32:0.52:62
chr20	57266749	.	CTTTTTT	C	1721.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.039;ClippingRankSum=0.000;DP=155;ExcessHet=3.0103;FS=25.717;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.99;MQRankSum=0.000;QD=12.48;ReadPosRankSum=1.870;SOR=0.338;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:72,66:0.48:138
chr20	57267942	rs6092682	T	C	1001.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.67;BaseQRankSum=0.120;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.691;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=10;PP=199;ReadPosRankSum=0.815;SC=GGCCGGGGCGTGGGCCGGCAG;SOR=0.616;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=49;TCF=28;TCR=21;TR=21;WE=57267950;WS=57267932;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,52:0.45:115
chr20	57268834	.	G	T	8716.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=-0.775;ClippingRankSum=0.000;DP=1125;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=119;NR=112;PP=2864;ReadPosRankSum=2.201;SC=CCAACCCCACGGACAGCTGTC;SOR=0.710;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=592;TCF=296;TCR=296;TR=231;WE=57268842;WS=57268824;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:651,468:0.42:1119
chr20	57269685	rs200670545	C	T	1154.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.675;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.020;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=27;PP=568;ReadPosRankSum=-1.509;SC=CCCCTGGGCCCGGGCAAGATC;SOR=0.547;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=119;TCF=44;TCR=75;TR=45;WE=57269693;WS=57269675;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:104,63:0.38:167
chr20	57273885	rs2296526	T	C	3224.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.816;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=360;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=73;PP=1784;ReadPosRankSum=-0.741;SC=TGTCATAGACTCCCAGGAGAG;SOR=0.699;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=268;TCF=92;TCR=176;TR=110;WE=57273893;WS=57273875;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:195,153:0.44:348
chr20	57274077	rs6092684	T	A	576.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=0.768;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.429;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=9;PP=366;ReadPosRankSum=-1.457;SC=GAAATGAGAGTGTGTGGAGGG;SOR=0.257;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=51;TCF=34;TCR=17;TR=22;WE=57274085;WS=57274067;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,27:0.44:61
chr20	57274151	rs2296528	G	C	1381.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.069;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.108;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=19;PP=643;ReadPosRankSum=0.252;SC=TCCCCGACGCGGCACAGGCAG;SOR=0.500;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=104;TCF=64;TCR=40;TR=47;WE=57274159;WS=57274141;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,68:0.46:148
chr20	57275949	rs6070554	A	C	2594.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=62;NR=18;PP=1820;SC=GGCAGGGAGCACCAGGCTCAG;SOR=2.383;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=80;TCF=62;TCR=18;TR=80;WE=57275957;WS=57275939;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr20	57280575	rs6100174	T	C	2598.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.206;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=357;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.289;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=55;PP=1081;ReadPosRankSum=-0.806;SC=ACGAATACAGTGGCTCCCGGA;SOR=0.818;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=221;TCF=98;TCR=123;TR=94;WE=57280583;WS=57280565;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:212,144:0.40:356
chr20	57282107	rs113224784	G	A	1186.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.403;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FS=1.682;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.09;ReadPosRankSum=1.088;SOR=0.921;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:106,89:0.46:195
chr20	57290347	rs6026468	C	G	673.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.668;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.700;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=11;PP=240;ReadPosRankSum=-0.760;SC=GGAGGGGGACCTGGGGAGGGA;SOR=0.837;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=84;TCF=43;TCR=41;TR=27;WE=57290355;WS=57290337;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,41:0.34:122
chr20	57292888	rs2426776	G	A	4215.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.603;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=555;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=53;PP=1574;ReadPosRankSum=0.719;SC=TTTCCAGGTCGTGGCCACAGC;SOR=0.693;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=313;TCF=165;TCR=148;TR=112;WE=57292896;WS=57292878;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:320,225:0.41:545
chr20	57293089	rs6026470	A	G	3742.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.803;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=586;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.387;NF=81;NR=68;PP=2118;ReadPosRankSum=0.692;SC=GGCCTGGGAGAGGACCCAGAT;SOR=0.701;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=422;TCF=235;TCR=187;TR=149;WE=57293097;WS=57293079;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:383,200:0.34:583
chr20	57293118	rs2426777	T	C	7712.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.373;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=629;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.162;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.393;NF=84;NR=70;PP=2962;ReadPosRankSum=1.106;SC=CCAGAACTGATGGAAAATCTC;SOR=0.793;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=438;TCF=235;TCR=203;TR=154;WE=57293132;WS=57293108;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:413,214:0.34:627
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chr20	57293350	rs12480759	G	T	1057.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-1.891;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.767;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQ=59.99;MQRankSum=0.812;NF=9;NR=36;PP=660;ReadPosRankSum=0.366;SC=ATTCAGAAGGGACTGGGTGTT;SOR=0.812;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=112;TCF=22;TCR=90;TR=45;WE=57293358;WS=57293340;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,52:0.39:134
chr20	57299030	rs201658287	GGAGGAGGAA	G	1090.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.822;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FS=0.861;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.11;MQRankSum=1.356;QD=12.68;ReadPosRankSum=-1.060;SOR=0.894;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:55,31:0.36:86
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chr20	57415995	rs1800905	A	G	2163.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-1.636;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=349;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.894;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=53;PP=1133;ReadPosRankSum=2.185;SC=GGAGCAGCGCAGGTGGAAAGG;SOR=0.590;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=215;TCF=79;TCR=136;TR=87;WE=57416003;WS=57415985;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:215,122:0.36:337
chr20	57466761	.	CCCG	C	157.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.423;ClippingRankSum=0.000;DP=85;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.88;ReadPosRankSum=-0.718;SOR=0.557;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:74,10:0.12:84
chr20	57474720	rs35714680	GCA	G	521.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.537;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5033;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=7;PP=418;ReadPosRankSum=-0.162;SC=ACACACACACGCACACACATG;SOR=1.112;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=12;TCF=3;TCR=9;TR=9;WE=57474729;WS=57474710;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,15:0.88:17
chr20	57475191	rs13831	A	G	1137.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=38;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=28;PP=772;SC=ACGAAAAATGAACTGAAATCC;SOR=2.038;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=9;TCR=28;TR=37;WE=57475199;WS=57475181;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr20	57478807	rs7121	C	T	3971.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.411;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=543;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=77;PP=1954;ReadPosRankSum=-0.318;SC=TGGACTACATCCTGAGTGTGA;SOR=0.669;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=332;TCF=131;TCR=201;TR=132;WE=57478815;WS=57478797;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:333,205:0.38:538
chr20	57484363	rs1004902	G	A	7359.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=2.544;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=663;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.102;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=121;NR=106;PP=2962;ReadPosRankSum=0.699;SC=TTACTGTTTCGGTTGGCTTTG;SOR=0.771;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=420;TCF=218;TCR=202;TR=227;WE=57484371;WS=57484353;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:306,347:0.53:653
chr20	57556295	rs151333	C	T	977.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=1.060;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.139;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=10;PP=583;ReadPosRankSum=0.071;SC=CCCGCCCGCCCGTCCCCGCCT;SOR=1.094;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=67;TCF=47;TCR=20;TR=36;WE=57556303;WS=57556285;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,44:0.56:79
chr20	57556488	rs3746703	C	T	947.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=0.428;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.622;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=21;PP=426;ReadPosRankSum=0.470;SC=GCGGGCCGGCCCCACTCCCGG;SOR=0.981;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=63;TCF=19;TCR=44;TR=27;WE=57556496;WS=57556478;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,47:0.45:104
chr20	57561416	rs6070683	T	G	164.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.873;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.85;ReadPosRankSum=0.610;SOR=0.425;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,9:0.43:21
chr20	57564070	rs2273360	C	T	2274.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.790;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=327;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.866;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=38;PP=842;ReadPosRankSum=1.109;SC=TGAACTTCACCGTTAAGGTAG;SOR=0.685;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=201;TCF=101;TCR=100;TR=73;WE=57564078;WS=57564060;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:198,127:0.39:325
chr20	57564448	rs12479566	C	T	472.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=1.627;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.424;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=3;PP=361;ReadPosRankSum=-0.175;SC=CCAGCGCACACTTACTCCACC;SOR=1.410;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=44;TCF=36;TCR=8;TR=21;WE=57564456;WS=57564438;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,23:0.40:57
chr20	57565943	rs163782	G	C	4103.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=3.044;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=348;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.418;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=89;NR=47;PP=2488;ReadPosRankSum=1.011;SC=TAGTAACGGGGTCTATGGTTT;SOR=0.992;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=238;TCF=149;TCR=89;TR=136;WE=57565951;WS=57565933;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:160,182:0.53:342
chr20	57566637	rs149265	C	T	583.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=1.835;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=20;PP=411;ReadPosRankSum=0.172;SC=TGTGTTTCTGCGTAGAGAAAG;SOR=0.671;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=42;TCF=8;TCR=34;TR=25;WE=57566645;WS=57566627;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,26:0.60:43
chr20	57567081	.	C	T	4980.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.937;ClippingRankSum=0.000;DP=441;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=72;NR=92;PP=2309;ReadPosRankSum=-1.200;SC=ATTAGGTAAGCAAAACGAAAC;SOR=0.677;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=300;TCF=131;TCR=169;TR=164;WE=57567089;WS=57567071;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:188,241:0.56:429
chr20	57569617	rs374709307	CA	C	161.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.178;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.25;ReadPosRankSum=-1.398;SOR=0.610;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:44,28:0.39:72
chr20	57569860	rs1043219	C	G	896.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-2.187;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.074;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=32;PP=614;ReadPosRankSum=1.164;SC=AGGTGGATGACTTCTTTACAA;SOR=1.080;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=98;TCF=18;TCR=80;TR=37;WE=57569868;WS=57569850;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,42:0.38:112
chr20	57570568	rs13720	G	A	1116.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-5.500;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=5;PP=742;ReadPosRankSum=0.578;SC=CGCAGCCAGTGCCACGCTGTC;SOR=0.622;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=61;TCF=53;TCR=8;TR=39;WE=57570576;WS=57570558;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,45:0.66:68
chr20	57570854	rs3787492	G	A	2265.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=2.652;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.328;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=60;PP=1458;ReadPosRankSum=1.597;SC=ATCTGCAGCCGTCTCCCGCTC;SOR=1.136;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=127;TCF=35;TCR=92;TR=78;WE=57570862;WS=57570844;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,95:0.61:157
chr20	57571763	rs9760	A	G	8536.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.599;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=768;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.107;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=117;NR=141;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.300;SC=ACCCAGCCACAGAAACGACAT;SOR=0.761;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=471;TCF=219;TCR=252;TR=258;WE=57571771;WS=57571753;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:328,427:0.57:755
chr20	57571949	rs143309663	C	T	677.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.660;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.853;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=18;PP=345;ReadPosRankSum=1.165;SC=CCGTGGCTCACGCCTGTAATT;SOR=0.844;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=67;TCF=22;TCR=45;TR=27;WE=57571957;WS=57571939;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,35:0.38:92
chr20	57572675	rs163785	A	G	2111.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=37;NR=20;PP=1024;SC=GACCATTTGCATAGATTTCTG;SOR=1.292;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=57;TCF=37;TCR=20;TR=57;WE=57572683;WS=57572665;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
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chr20	57599016	rs163777	T	G	6952.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=261;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=126;NR=74;PP=2965;SC=TGTCGGACACTGTGGTGGAGC;SOR=1.206;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=200;TCF=126;TCR=74;TR=200;WE=57599024;WS=57599006;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,256:1.00:256
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chr20	57828914	rs56738506	T	TC	63.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.574;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=25.933;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.33;ReadPosRankSum=1.705;SOR=3.587;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:43,5:0.10:48
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chr20	57829301	rs259956	T	C	3491.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.439;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=476;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.129;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=56;PP=1847;ReadPosRankSum=-1.852;SC=CAGTGCTGAATCACGAGACCA;SOR=0.743;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=318;TCF=163;TCR=155;TR=118;WE=57829309;WS=57829291;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:289,178:0.38:467
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chr20	58330128	rs1182477	G	C	2857.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=73;NR=10;PP=2055;SC=AGAGGGGTGGGGGACCACCCA;SOR=3.516;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=84;TCF=74;TCR=10;TR=83;WE=58330136;WS=58330118;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr20	58342130	rs2426831	T	A	1699.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=43;NR=8;PP=1165;SC=AGGTCACTGCTCTGTATGCTC;SOR=3.180;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=51;TCF=43;TCR=8;TR=51;WE=58342138;WS=58342120;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr20	58411441	rs2426849	T	C	502.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=13;NR=3;PP=410;SC=TTTCTCTCCTTCCAATTTTGG;SOR=2.584;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=16;TCF=13;TCR=3;TR=16;WE=58411449;WS=58411431;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr20	58420336	rs1416388	G	A	3396.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=0.211;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=437;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=43;PP=1358;ReadPosRankSum=-1.353;SC=ATTTGTTTCTGTGAATTTCAT;SOR=0.722;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=255;TCF=141;TCR=114;TR=101;WE=58420344;WS=58420326;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:256,177:0.41:433
chr20	58425413	rs2865768	C	T	5046.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=71;NR=54;PP=2418;SC=AAATCCTAATCGTACTATTAA;SOR=0.896;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=125;TCF=71;TCR=54;TR=125;WE=58425421;WS=58425403;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,192:1.00:192
chr20	58559654	rs1474909	C	A	692.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=4.677;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.302;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=3;PP=475;ReadPosRankSum=-0.606;SC=TGATAGGCTACCTTTATCTGA;SOR=0.970;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=76;TCF=68;TCR=8;TR=27;WE=58559662;WS=58559644;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,31:0.35:89
chr20	58644995	rs6071100	T	C	2964.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-3.585;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.096;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=74;NR=28;PP=1655;ReadPosRankSum=-3.004;SC=GAGGCTCTTCTGGGGCCAGCC;SOR=0.461;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=158;TCF=115;TCR=43;TR=102;WE=58645003;WS=58644985;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,126:0.68:186
chr20	58883399	rs11408280	A	AT	4051.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.801;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.689;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.884;NF=45;NR=30;PP=2933;ReadPosRankSum=-2.174;SC=GGACCGGGAAACAGATGCTTA;SOR=0.945;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=124;TCF=72;TCR=52;TR=75;WE=58883407;WS=58883389;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,117:0.59:198
chr20	58883516	rs6513495	A	G	17395.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.283;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=749;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.948;NF=152;NR=148;PP=2962;ReadPosRankSum=0.208;SC=CAGCCAGGACAGTTCAGAAGC;SOR=0.676;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=469;TCF=241;TCR=228;TR=300;WE=58883524;WS=58883506;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:286,456:0.61:742
chr20	58883534	rs6513496	T	C	17561.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.832;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=755;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.539;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=1.733;NF=156;NR=156;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.597;SC=AGCCTGGAGATCAGGAGTCTG;SOR=0.621;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=483;TCF=248;TCR=235;TR=312;WE=58883542;WS=58883524;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:278,466:0.63:744
chr20	58883675	rs6027486	C	T	4592.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.850;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=377;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.282;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=97;PP=2330;ReadPosRankSum=-1.735;SC=AACAGCAGCCCAGGGTCCTGC;SOR=0.773;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=249;TCF=84;TCR=165;TR=146;WE=58883683;WS=58883665;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:154,209:0.58:363
chr20	58883730	rs6027487	T	C	3358.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.776;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=23.82;ReadPosRankSum=0.489;SOR=0.668;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:56,85:0.60:141
chr20	58883730	.	TCT	CCC	2792	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;FR=0.5000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MMLQ=28;MQ=60.0;NF=18;NR=44;PP=2792;QD=20;SC=CAGGAGGTGATCTTACCTACC;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=113;TCF=32;TCR=81;TR=62;WE=58883740;WS=58883720;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:51,62:0.55:113
chr20	58883732	rs6027488	T	C	3358.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.811;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=23.99;ReadPosRankSum=0.686;SOR=0.651;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:56,84:0.60:140
chr20	59053236	.	C	T	1214.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.917;ClippingRankSum=0.000;DP=458;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.73;ReadPosRankSum=-0.184;SOR=0.708;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:346,99:0.22:445
chr20	59091946	rs6064934	A	C	680.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=19;PP=540;SC=AAAACACATAAAATTATATTT;SOR=3.258;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=3;TCR=19;TR=22;WE=59091954;WS=59091936;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr20	59431577	rs11468910	TACAC	T	315.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.061;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.70;MQRankSum=-1.668;QD=2.90;ReadPosRankSum=0.494;SOR=0.646;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:93,16:0.15:109
chr20	59431601	.	CA	C	265.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.320;ClippingRankSum=0.000;DP=152;ExcessHet=3.0103;FS=4.595;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.99;MQRankSum=-1.706;QD=1.85;ReadPosRankSum=-0.063;SOR=1.261;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:121,23:0.16:144
chr20	59431603	.	CA	C	1805.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.789;ClippingRankSum=0.000;DP=151;ExcessHet=3.0103;FS=2.447;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.00;MQRankSum=3.875;QD=12.90;ReadPosRankSum=1.574;SOR=0.938;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:57,83:0.59:140
chr20	59431605	.	CACACACACACA	C	1626.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.072;ClippingRankSum=0.000;DP=143;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.05;MQRankSum=4.209;QD=11.79;ReadPosRankSum=1.009;SOR=0.712;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:71,67:0.49:138
chr20	59431618	rs6027865	A	C	3726.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.412;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FS=3.679;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.11;MQRankSum=2.696;QD=27.61;ReadPosRankSum=1.337;SOR=1.115;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:43,92:0.68:135
chr20	59829847	rs3752252	C	T	9201.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=362;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=125;NR=86;PP=2965;SC=TTTCTGTGAACTTATTGTTTT;SOR=0.930;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=211;TCF=125;TCR=86;TR=211;WE=59829855;WS=59829837;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,354:1.00:354
chr20	59908320	.	TACACAC	T,TAC	9834.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.49;DP=315;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=24;NF=9,9;NR=109,109;PP=2994,313;SC=CACACACATGTACACACACAC;SOR=1.463;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=137;TCF=10;TCR=127;TR=118,118;WE=59908333;WS=59908310;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.15,0.84:244
chr20	59908349	rs11086735	A	G	10415.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.772;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=239;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=47;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.138;NF=51;NR=118;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.444;SC=ACACATGCACACACACCTGCA;SOR=1.589;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=169;TCF=51;TCR=118;TR=169;WE=59908357;WS=59908339;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,236:0.99:238
chr20	59908377	rs11908491	T	C	1507.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=3.423;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.694;HP=2;HapScore=2;MGOF=66;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.886;NF=12;NR=41;PP=1007;ReadPosRankSum=-1.556;SC=GCTGGCAAGTTTCTCTTTTTC;SOR=0.616;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=122;TCF=27;TCR=95;TR=53;WE=59908385;WS=59908367;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,64:0.45:143
chr20	60145672	rs2252560	T	G	4310.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-1.033;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=72;NR=43;PP=2351;ReadPosRankSum=-0.754;SC=CCTGGTGTGTTTGGGAATGGG;SOR=0.431;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=116;TCF=73;TCR=43;TR=115;WE=60145680;WS=60145662;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,156:0.99:157
chr20	60293919	rs2892179	C	A	5307.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-1.990;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=817;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.144;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=69;NR=94;PP=1984;ReadPosRankSum=1.980;SC=TTCACTGTTCCTGCTGTCAGG;SOR=0.818;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=481;TCF=222;TCR=259;TR=163;WE=60293927;WS=60293909;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:513,294:0.36:807
chr20	60294279	rs4925275	A	G	1788.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.104;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=46;PP=916;ReadPosRankSum=0.548;SC=GTTTTTGTTCATTGCTAATAC;SOR=0.688;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=174;TCF=60;TCR=114;TR=69;WE=60294287;WS=60294269;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:133,93:0.41:226
chr20	60347928	rs76634929	C	T	843.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-3.109;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.513;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=8;PP=515;ReadPosRankSum=-1.262;SC=TCCCGCTTAGCTCCTTGTCCC;SOR=0.354;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=56;TCF=44;TCR=12;TR=33;WE=60347936;WS=60347918;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,40:0.60:67
chr20	60485327	rs1776237	C	T	1421.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=39;NR=4;PP=987;SC=TGGGCTGACACGGTGTGTTCT;SOR=4.003;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=43;TCF=39;TCR=4;TR=43;WE=60485335;WS=60485317;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr20	60485627	rs2427240	C	T	7230.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.881;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=276;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=116;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.161;SC=TCCGCACAGACCCCGTAACCA;SOR=1.253;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=176;TCF=59;TCR=117;TR=173;WE=60485635;WS=60485617;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,269:0.99:271
chr20	60498832	rs11484270	A	AC	3439.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=91;PP=2966;SC=GTCCAGAAATACCCCATGAAA;SOR=5.709;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=108;TCF=1;TCR=107;TR=92;WE=60498840;WS=60498822;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr20	60503350	rs6142884	A	G	36307.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=0.964;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1384;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=363;NR=379;PP=2965;ReadPosRankSum=0.557;SC=ATCTGCGAGAAGCCCAACCTG;SOR=0.702;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=746;TCF=365;TCR=381;TR=742;WE=60503358;WS=60503340;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,1366:1.00:1370
chr20	60509209	rs3753045	C	T	7015.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.232;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=278;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.175;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=84;NR=76;PP=2965;ReadPosRankSum=0.715;SC=GGCCGGTGGGCGCTGAGCCCC;SOR=0.518;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=162;TCF=85;TCR=77;TR=160;WE=60509217;WS=60509199;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,264:0.99:267
chr20	60509387	rs3827115	TG	AA	6164.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;JOINED;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=34;NR=67;PP=2947;SC=CTGCCGTGGGTGGGAGGCAGC;SOR=1.357;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=101;TCF=34;TCR=67;TR=101;WE=60509396;WS=60509377;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,141:1.00:141
chr20	60511734	rs4925209	A	G	2826.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.87;SOR=3.021;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr20	60511737	rs4925323	T	C	2826.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.87;SOR=3.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr20	60572568	rs41284980	G	A	398.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-3.754;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.438;HP=4;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=3;PP=256;ReadPosRankSum=0.986;SC=TGTTCCCCATGTTTCCCCCAG;SOR=0.380;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=59;TCF=50;TCR=9;TR=18;WE=60572576;WS=60572558;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,20:0.33:60
chr20	60572663	rs2296081	C	A	7407.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=289;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=108;NR=75;PP=2965;SC=TGGGCCCGATCGCTGCTAGTG;SOR=0.949;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=183;TCF=108;TCR=75;TR=183;WE=60572671;WS=60572653;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,287:1.00:287
chr20	60573983	rs2296082	A	G	1285.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=40;NR=4;PP=958;SC=TGAGCTCATCAGGTTGTGGCT;SOR=3.611;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=44;TCF=40;TCR=4;TR=44;WE=60573991;WS=60573973;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr20	60574216	rs2296083	C	T	4201.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-2.177;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=73;PP=2267;ReadPosRankSum=-0.681;SC=GCCCAGCAAGCAAAGGGGTTG;SOR=0.400;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=122;TCF=48;TCR=74;TR=121;WE=60574224;WS=60574206;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,159:0.99:160
chr20	60582540	rs2281735	T	A	3480.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=60;NR=21;PP=1913;SC=GCACACTTGGTGCATCTGCGC;SOR=1.753;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=81;TCF=60;TCR=21;TR=81;WE=60582548;WS=60582530;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr20	60584328	rs2296087	T	A	1463.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=34;PP=1068;SC=AAAAGATACATATATTTCTTC;SOR=3.865;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=36;TCF=2;TCR=34;TR=36;WE=60584336;WS=60584318;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr20	60639883	rs1886009	T	C	224.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=28.10;SOR=1.863;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr20	60640305	rs200074661	TGCCAGG	T	292.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.282;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=65.57;MQRankSum=-0.728;QD=29.27;ReadPosRankSum=2.287;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,8:0.80:10
chr20	60699938	rs11480126	C	CT	225.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.808;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.7288;FS=0.000;HP=13;HapScore=3;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=15;PP=181;ReadPosRankSum=1.999;SC=GAGGAATAACCTTTTTTTTTT;SOR=0.420;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=26;TCF=1;TCR=25;TR=16;WE=60699946;WS=60699928;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,15:0.62:24
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chr20	60708216	rs6089657	G	A	801.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=3.230;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.492;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=4;PP=625;ReadPosRankSum=2.702;SC=CAGAGCTGACGGGGCCGCCCC;SOR=1.112;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=53;TCF=47;TCR=6;TR=33;WE=60708224;WS=60708206;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,33:0.58:57
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chr20	60713311	rs7076	G	A	4375.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.714;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=358;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=78;PP=2119;ReadPosRankSum=-0.407;SC=CCAGGAACTCGCGCACTGACT;SOR=0.707;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=222;TCF=91;TCR=131;TR=132;WE=60713319;WS=60713301;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:144,204:0.59:348
chr20	60713332	rs1135961	A	G	3664.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.650;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=296;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.911;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=67;PP=1989;ReadPosRankSum=0.597;SC=TGGCACCCCGACCTATGGCAT;SOR=0.764;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=190;TCF=75;TCR=115;TR=112;WE=60713340;WS=60713322;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:125,163:0.57:288
chr20	60718420	rs3746651	C	T	1162.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.63;BaseQRankSum=-0.208;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=16;PP=361;ReadPosRankSum=-0.637;SC=ACTCACGGCCCGCGCGCACCC;SOR=0.616;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=48;TCF=20;TCR=28;TR=29;WE=60718428;WS=60718410;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,56:0.68:82
chr20	60733639	rs6142963	A	G	534.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=4.261;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.537;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=2;PP=391;ReadPosRankSum=1.031;SC=CTCAACCTATATGAAAACTAG;SOR=0.963;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=55;TCF=48;TCR=7;TR=22;WE=60733647;WS=60733636;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,22:0.37:59
chr20	60733672	rs6062094	C	T	1015.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.930;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.396;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=11;PP=634;ReadPosRankSum=-0.663;SC=GGCTGTTCATCCCGAGGGTCA;SOR=0.307;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=108;TCF=83;TCR=25;TR=41;WE=60733680;WS=60733662;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,49:0.39:126
chr20	60735098	rs6121926	T	C	2082.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.673;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.485;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=46;PP=1070;ReadPosRankSum=0.538;SC=GGGCATGTCATCTCAGGTAGC;SOR=0.510;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=146;TCF=50;TCR=96;TR=74;WE=60735106;WS=60735088;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:101,101:0.50:202
chr20	60739077	.	G	A	2209.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=2.310;ClippingRankSum=0.000;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.592;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=18;PP=2962;ReadPosRankSum=1.112;SC=CGATGACAGCGTGGGGTGTTC;SOR=0.881;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=105;TCF=81;TCR=24;TR=75;WE=60739100;WS=60739067;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,92:0.67:138
chr20	60739079	rs56285165	G	A	955.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-2.127;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=6;PP=1868;ReadPosRankSum=-1.514;SC=ATGACAGCGTGGGGTGTTCTC;SOR=0.651;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=113;TCF=86;TCR=27;TR=33;WE=60739100;WS=60739067;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:97,51:0.34:148
chr20	60739092	rs61598322	C	T	1168.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.725;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FS=1.296;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.46;ReadPosRankSum=-0.948;SOR=0.855;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:122,59:0.33:181
chr20	60739353	rs146750123	GGGGCAAGGA	G	1171.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.512;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.971;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.132;NF=1;NR=16;PP=2983;ReadPosRankSum=-0.017;SC=AGCAGCTGCAGGGGCAAGGAG;SOR=0.559;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=65;TCF=4;TCR=61;TR=17;WE=60739369;WS=60739343;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,32:0.45:71
chr20	60740362	rs6142964	G	A	824.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-4.726;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.567;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=1;PP=624;ReadPosRankSum=-0.931;SC=GGTCCTGCCGGCTCTTGTTGC;SOR=2.053;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=65;TCF=62;TCR=3;TR=31;WE=60740370;WS=60740361;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,33:0.44:75
chr20	60740447	rs2295208	C	T	3530.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=3.793;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=367;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.138;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=84;NR=41;PP=2025;ReadPosRankSum=-1.303;SC=GCACAGCCTCCGCTGACTGTC;SOR=0.900;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=262;TCF=170;TCR=92;TR=125;WE=60740455;WS=60740437;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:197,163:0.45:360
chr20	60740584	rs60919036	CTGCGTGCTGGGCTCG	CCGTGCTGGGCTCG,C	10302.73	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;ALERT;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.343;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=716;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.117;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=106;PP=2954;ReadPosRankSum=1.608;SC=AGGAGCACGGCTGCGTGCTGG;SOR=1.165;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=279;TCF=29;TCR=250;TR=117;WE=60740608;WS=60740574;set=Intersection	GT:AF:DP	0/1:0.42:660
chr20	60740587	.	CGTGCTGGGCTCGA	C	10260.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=3.187;ClippingRankSum=0.000;DP=673;ExcessHet=3.0103;FS=6.069;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.59;ReadPosRankSum=1.381;SOR=1.108;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:383,275:0.42:658
chr20	60740600	.	A	C	2962	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;FR=0.5000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=62;NR=105;PP=2962;QD=20;SC=GCTGGGCTCGAGCGTAAGCGC;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=398;TCF=157;TCR=241;TR=167;WE=60740608;WS=60740574;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:231,167:0.42:398
chr20	60773041	rs6062140	G	C	1376.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.795;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=253;ExcessHet=3.0103;FS=0.530;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.60;ReadPosRankSum=0.049;SOR=0.731;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:172,74:0.30:246
chr20	60773684	rs4925355	C	T	1821.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.089;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=17;PP=1150;ReadPosRankSum=-0.673;SC=GCCTGCTGTTCCCCAGGTCCC;SOR=0.734;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=167;TCF=122;TCR=45;TR=66;WE=60773692;WS=60773674;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:122,83:0.40:205
chr20	60774035	rs6142990	A	G	2702.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=2.646;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=310;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.035;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=73;PP=1878;ReadPosRankSum=0.243;SC=CCATCAGTACACTGCTGACTT;SOR=0.574;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=248;TCF=74;TCR=174;TR=110;WE=60774043;WS=60774025;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:181,127:0.41:308
chr20	60776182	rs1054885	G	A	294.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-0.461;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=11;PP=162;ReadPosRankSum=-0.448;SC=GCAAACCTGGGTGTGAATTCG;SOR=0.787;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=50;TCF=10;TCR=40;TR=13;WE=60776190;WS=60776172;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,16:0.29:56
chr20	60791422	rs3787430	C	T	1318.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=2.072;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.254;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=28;PP=744;ReadPosRankSum=-0.261;SC=AGGACGCCGACGGCTTGGAGC;SOR=0.812;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=117;TCF=49;TCR=68;TR=46;WE=60791430;WS=60791412;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:99,65:0.40:164
chr20	60792029	rs1739583	G	A	768.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.358;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.051;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=26;PP=569;ReadPosRankSum=0.649;SC=GGAATATTGGGCTGGGTGCGC;SOR=1.067;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=83;TCF=21;TCR=62;TR=32;WE=60792037;WS=60792019;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,37:0.38:97
chr20	60808026	rs6089695	C	T	13589.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=521;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=161;NR=163;PP=2965;ReadPosRankSum=1.591;SC=AAACCCATGGCGCCACCCTCA;SOR=0.713;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=325;TCF=162;TCR=163;TR=324;WE=60808034;WS=60808016;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,515:1.00:517
chr20	60831300	rs6089706	G	A	2112.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=15;NR=38;PP=1161;SC=AGAACCAACTGGGGACGTACT;SOR=1.519;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=54;TCF=15;TCR=39;TR=53;WE=60831308;WS=60831290;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr20	60848248	rs6061476	G	T	1038.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=24;NR=3;PP=710;SC=AACTGAAAACGCACACGGAAC;SOR=3.545;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=27;TCF=24;TCR=3;TR=27;WE=60848256;WS=60848247;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr20	60848348	rs2236526	C	T	4609.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=66;NR=40;PP=2079;SC=CCTGTCCCCCCCGTGGATTAT;SOR=1.052;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=106;TCF=66;TCR=40;TR=106;WE=60848356;WS=60848338;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,173:1.00:173
chr20	60857034	rs2274938	G	A	2414.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=68;PP=1952;SC=CTACGTGCATGAGACGCGGGT;SOR=3.202;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=79;TCF=11;TCR=68;TR=79;WE=60857042;WS=60857024;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr20	60859381	rs4925225	A	G	4824.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-1.492;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;MQRankSum=0.157;NF=43;NR=79;PP=2373;ReadPosRankSum=0.976;SC=GATGAACCATATATTGTGGGT;SOR=0.437;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=122;TCF=43;TCR=79;TR=122;WE=60859389;WS=60859371;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,184:0.99:185
chr20	60859430	rs11306058	AT	A	713.92	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.058;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.20;MQRankSum=0.984;QD=9.15;ReadPosRankSum=-0.160;SOR=0.784;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,60:0.77:78
chr20	60859486	rs4925226	A	G	1286.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=27;PP=771;SC=AGGCTGGAGTACAGTGGTGCA;SOR=2.200;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=32;TCF=5;TCR=27;TR=32;WE=60859494;WS=60859476;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr20	60861505	.	G	GA	374.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.280;ClippingRankSum=0.000;DP=208;ExcessHet=3.0103;FS=1.560;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.85;MQRankSum=0.627;QD=1.96;ReadPosRankSum=1.104;SOR=0.545;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:145,46:0.24:191
chr20	60864390	rs3746657	C	T	3866.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=40;NR=68;PP=2054;SC=AACATGGGTGCGTCCACGCAG;SOR=1.110;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=109;TCF=41;TCR=68;TR=108;WE=60864398;WS=60864380;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,146:1.00:146
chr20	60881330	rs2427273	G	A	12573.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=487;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=169;NR=125;PP=2965;SC=TGCCTGGGGCGCTGGGGGCCA;SOR=0.915;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=296;TCF=170;TCR=126;TR=294;WE=60881338;WS=60881320;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,485:1.00:485
chr20	60881643	rs2427274	T	C	2587.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=38.06;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr20	60881643	.	TG	CA,CG	531	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.4;FR=0.5000,0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MMLQ=24;MQ=59.85;NF=14,31;NR=13,22;PP=531,341;QD=21.6469583282;SC=GCGCAGGCAGTGCGGTGGGGC;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=54;TCF=32;TCR=22;TR=27,53;WE=60881652;WS=60881633;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.50:54
chr20	60881644	rs181419355	G	A	913.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.875;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=2.101;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.64;ReadPosRankSum=1.073;SOR=0.436;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,40:0.60:67
chr20	60881780	rs2427275	T	C	6331.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=247;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=83;NR=64;PP=2478;SC=CAGCCGGCCTTGGAGGACTGG;SOR=0.834;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=147;TCF=83;TCR=64;TR=147;WE=60881788;WS=60881770;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,240:1.00:240
chr20	60882277	rs2427277	C	T	496.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=3;PP=244;SC=ACCCGCCCCACGCCGCTCCTC;SOR=1.292;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=8;TCR=3;TR=11;WE=60882285;WS=60882273;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr20	60882888	rs2427278	A	G	7654.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=267;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=75;NR=122;PP=2965;SC=CAGCAAGGTAACGTGTGCTGT;SOR=1.148;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=198;TCF=75;TCR=123;TR=197;WE=60882896;WS=60882878;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,262:1.00:262
chr20	60884651	rs6143020	T	G	145.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.65;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=106;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=0;PP=202;SC=AGGAGGGTGGTAGGGGGGTGG;SOR=1.981;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=3;TCR=1;TR=3;WE=60884659;WS=60884641;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr20	60884695	.	T	TGGGGGGGTGGGAGGGGGTGGG	591.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=65.75;SOR=4.615;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr20	60885142	rs2379129	C	A	9574.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=357;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=120;NR=117;PP=2965;SC=CAGGACCTGGCGGGGTAGGAA;SOR=0.728;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=239;TCF=122;TCR=117;TR=237;WE=60885150;WS=60885132;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,346:1.00:346
chr20	60885448	rs944897	A	G	10985.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=403;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=128;NR=114;PP=2965;SC=TGCCCTGCTGAGGCCTGGGAT;SOR=0.776;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=243;TCF=129;TCR=114;TR=242;WE=60885456;WS=60885438;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,400:1.00:400
chr20	60886611	rs2297590	C	T	10893.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=410;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=135;NR=134;PP=2965;SC=GGCGGGCAGGCGGTCAGCAGC;SOR=0.703;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=269;TCF=135;TCR=134;TR=269;WE=60886619;WS=60886601;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,406:1.00:406
chr20	60887581	rs944895	G	A	12949.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.926;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=492;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=147;NR=174;PP=2965;ReadPosRankSum=-2.058;SC=GGGAAGAGCCGTCGCAGGCTG;SOR=0.811;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=321;TCF=147;TCR=174;TR=321;WE=60887589;WS=60887571;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,481:1.00:483
chr20	60890375	rs6062210	C	T	940.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=25;PP=660;SC=CCCTATGGATCGTGTGAGACC;SOR=2.833;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=5;TCR=25;TR=30;WE=60890383;WS=60890365;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr20	60891288	rs2065578	A	G	1754.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=38;PP=1111;SC=GTCTCAGCGTAGCCTCTGTTC;SOR=1.765;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=52;TCF=14;TCR=38;TR=52;WE=60891296;WS=60891278;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr20	60892116	rs2236521	G	A	1005.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=17;PP=468;SC=GTGGGTAAGCGCAGACGCCCT;SOR=1.432;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=6;TCR=17;TR=23;WE=60892124;WS=60892106;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr20	60892526	rs2427281	A	G	10782.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=424;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=133;NR=110;PP=2965;SC=TCCGAGCCCCATCCAGGCTGG;SOR=0.819;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=243;TCF=133;TCR=110;TR=243;WE=60892534;WS=60892516;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,419:1.00:419
chr20	60892692	rs6062216	C	T	3389.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=27;NR=67;PP=2085;SC=GATGGGGTGGCGACAGGGGCC;SOR=1.650;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=94;TCF=27;TCR=67;TR=94;WE=60892700;WS=60892682;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr20	60893387	rs183361685	A	G	472.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=31.52;SOR=5.549;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr20	60893639	rs6089732	G	C	11431.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.946;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=447;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=129;NR=131;PP=2965;ReadPosRankSum=-2.114;SC=GCCGGTCGCGGGTTTGTGTGG;SOR=0.702;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=261;TCF=130;TCR=131;TR=260;WE=60893647;WS=60893629;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,440:0.99:444
chr20	60895738	rs6089346	A	G	5853.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=0.855;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=58;PP=2643;ReadPosRankSum=-0.978;SC=GTGGGAGGCGAAAGGTGAAGG;SOR=0.759;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=124;TCF=66;TCR=58;TR=124;WE=60895746;WS=60895728;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,217:0.99:219
chr20	60897071	rs2274936	A	G	5101.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=69;NR=48;PP=2265;SC=TGTTGAGGACACACCTTCACA;SOR=0.894;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=117;TCF=69;TCR=48;TR=117;WE=60897079;WS=60897061;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,194:1.00:194
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chr20	60898505	rs2379128	C	T	1153.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=21;NR=8;PP=518;SC=CCCAGCCCGACGCCTACGGGT;SOR=1.609;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=21;TCR=8;TR=29;WE=60898513;WS=60898495;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr20	60899206	rs2427283	C	T	4902.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=73;NR=50;PP=2204;SC=CTGCTGCTCACGAAGCCAGCC;SOR=1.010;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=123;TCF=73;TCR=50;TR=123;WE=60899214;WS=60899196;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,186:1.00:186
chr20	60900481	rs2427284	A	G	10278.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=383;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=126;NR=81;PP=2965;SC=CCTGCGCAGGAAGACAGCCGA;SOR=0.991;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=208;TCF=127;TCR=81;TR=207;WE=60900489;WS=60900471;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,380:1.00:380
chr20	60900579	rs2427285	C	A	16376.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=627;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=187;NR=176;PP=2965;SC=CAGTGTTGCGCGTCTCCGTAT;SOR=0.742;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=365;TCF=189;TCR=176;TR=363;WE=60900587;WS=60900569;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,621:1.00:621
chr20	60902214	rs944894	G	A	1700.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=26;NR=19;PP=1020;SC=GACAGACCCCGCTCCTGGCTC;SOR=0.865;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=45;TCF=26;TCR=19;TR=45;WE=60902222;WS=60902204;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr20	60902490	rs944892	C	T	27868.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-0.387;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1084;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=333;NR=300;PP=2965;ReadPosRankSum=0.808;SC=TGGCTGCACACGGGTGGATGC;SOR=0.497;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=635;TCF=334;TCR=301;TR=633;WE=60902498;WS=60902480;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,1075:1.00:1078
chr20	60902544	rs944891	A	C	32479.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=0.264;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1234;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=311;NR=364;PP=2965;ReadPosRankSum=0.183;SC=CCCACCTAAGACCTCCCCGAG;SOR=0.771;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=679;TCF=312;TCR=367;TR=675;WE=60902559;WS=60902534;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:6,1224:1.00:1230
chr20	60902883	rs4925375	C	T	8831.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.737;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=340;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=110;NR=97;PP=2965;ReadPosRankSum=2.096;SC=CTGATGAGGCCGGAGGGAGAG;SOR=0.767;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=207;TCF=110;TCR=97;TR=207;WE=60902891;WS=60902873;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,334:0.99:336
chr20	60904421	rs3065756	GCAGCC	G	2731.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-0.686;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.269;NF=0;NR=53;PP=2989;ReadPosRankSum=1.318;SC=CCTGGCAGCAGCAGCCCAGCC;SOR=3.226;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=70;TCF=1;TCR=69;TR=53;WE=60904433;WS=60904411;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,63:0.98:64
chr20	60904853	rs2427286	T	C	9478.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=361;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=102;NR=109;PP=2965;SC=CACCGGCCCTTGGGCACACGC;SOR=0.750;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=211;TCF=102;TCR=109;TR=211;WE=60904861;WS=60904843;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,358:1.00:358
chr20	60905717	rs2095235	T	C	11065.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=428;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=114;NR=129;PP=2965;SC=GAGCCCCTGCTGCCCCCTGGA;SOR=0.781;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=244;TCF=114;TCR=130;TR=243;WE=60905725;WS=60905707;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,426:1.00:426
chr20	60905878	rs3810548	A	G	3517.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=50;NR=56;PP=2093;SC=AGCTGGGGACATGGCTGGAGT;SOR=0.788;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=106;TCF=50;TCR=56;TR=106;WE=60905886;WS=60905868;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chr20	60906055	rs73613564	C	T	12279.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=1.965;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=473;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=141;NR=115;PP=2965;ReadPosRankSum=0.434;SC=GGCCCTCGGCCGCGCCCCTCC;SOR=0.802;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=259;TCF=142;TCR=117;TR=256;WE=60906063;WS=60906045;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,464:0.99:468
chr20	60906269	rs35653162	C	T	667.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=3.142;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.256;HP=4;HapScore=4;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=21;PP=679;ReadPosRankSum=0.945;SC=GGGGTGCAGGCGGTACGATGG;SOR=1.044;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=27;TCF=3;TCR=24;TR=24;WE=60906285;WS=60906259;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:20,25:0.56:45
chr20	60906277	.	T	TG	196	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;FR=0.5000;HP=7;HapScore=4;MGOF=20;MMLQ=24;MQ=57.92;NF=1;NR=3;PP=196;QD=54.25;SC=GGCGGTACGATGGGGGGGTGC;SbPval=0.23;Source=Platypus;TC=16;TCF=1;TCR=15;TR=4;WE=60906285;WS=60906259;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:12,4:0.25:16
chr20	60907446	rs2151513	T	C	4464.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=52;NR=52;PP=2205;SC=AGCGTGCCTGTTCGGCTGTGA;SOR=0.718;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=104;TCF=52;TCR=52;TR=104;WE=60907454;WS=60907436;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,162:1.00:162
chr20	60907675	rs6142734	G	A	12934.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=1.816;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=507;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=149;NR=129;PP=2965;ReadPosRankSum=0.174;SC=GGGTGTGCACGGCCACGCCCA;SOR=0.769;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=281;TCF=151;TCR=130;TR=278;WE=60907683;WS=60907665;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,492:0.99:496
chr20	60908882	rs12481057	G	A	2557.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=94;NR=12;PP=2147;SC=GGAAGGTGGCGGGGCTTGGGA;SOR=3.339;Source=Platypus;TR=106;WE=60908900;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr20	60908892	rs141833594	A	AGTGGG	3554.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.562;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=0;PP=2355;ReadPosRankSum=-1.386;SC=GGGGCTTGGGAGTGGGGTGGG;SOR=7.378;SbPval=1.0;Source=Platypus;TR=39;WE=60908900;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,79:0.99:80
chr20	60908964	rs13044266	G	A	15983.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=346;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=46.33;SOR=1.278;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,345:1.00:345
chr20	60908969	rs13042941	T	C	16218.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=374;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.48;SOR=1.148;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,373:1.00:373
chr20	60909060	rs13038331	A	G	15076.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=0.687;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=578;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=143;NR=169;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.070;SC=AGAAAAGGTCAGGGGAGGTCA;SOR=0.780;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=312;TCF=143;TCR=169;TR=312;WE=60909068;WS=60909050;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,574:1.00:576
chr20	60909466	rs2379127	G	A	1043.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=19;PP=591;SC=GCGGCCCCGGGTCTCCAGGGA;SOR=1.432;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=7;TCR=19;TR=26;WE=60909474;WS=60909456;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr20	60909518	rs1105019	G	T	841.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=8;PP=566;SC=GACACGGAGAGGCCCGGAGGA;SOR=1.382;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=15;TCR=8;TR=23;WE=60909526;WS=60909508;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr20	60909809	.	C	CAGGGCTCAGGGCGAGGGCG	1742.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=22;PP=974;SC=GCTCAGGGCTCAGGGCGAGGG;SOR=0.880;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=30;TCF=5;TCR=25;TR=24;WE=60909817;WS=60909798;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
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chr20	60910124	rs79319629	T	G	7238.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.500;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=591;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=117;NR=106;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.514;SC=GAAGCCATCCTTGCAGGACGC;SOR=0.719;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=364;TCF=188;TCR=176;TR=223;WE=60910132;WS=60910114;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:231,351:0.60:582
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chr20	60920887	rs11204472	G	A	7306.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=290;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.19;SOR=0.700;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,279:1.00:279
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chr20	60921701	rs4925387	A	G	14039.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=1.218;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=550;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=193;NR=137;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.228;SC=GCCCCACCTCAGGGCCAGCCC;SOR=0.983;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=334;TCF=195;TCR=139;TR=330;WE=60921709;WS=60921690;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,537:0.99:541
chr20	60921896	rs4925388	A	G	15005.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-2.046;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=575;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=183;NR=217;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.794;SC=CGCCCTCCACAGGCCCGGGCA;SOR=0.820;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=402;TCF=184;TCR=218;TR=400;WE=60921904;WS=60921886;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,568:1.00:570
chr20	60927349	rs483876	C	T	14727.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=565;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=159;NR=146;PP=2965;SC=TGCAGATGGCCGCGTCGTCCC;SOR=0.693;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=307;TCF=160;TCR=147;TR=305;WE=60927357;WS=60927339;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,562:1.00:562
chr20	60927412	rs624313	G	A	13344.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-0.529;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=513;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=131;NR=161;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.641;SC=AGTCCCTCTTGGAGGCTGCGG;SOR=0.475;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=298;TCF=135;TCR=163;TR=292;WE=60927420;WS=60927402;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,508:0.99:511
chr20	60927482	rs482220	G	A	5821.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.20;SOR=1.272;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,214:1.00:214
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chr20	60927551	rs482010	A	G	2734.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=33;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=49;PP=1481;SC=GACAGAGACCACAGCTCACTG;SOR=2.985;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=58;TCF=9;TCR=49;TR=58;WE=60927559;WS=60927528;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr20	60937597	rs477859	A	G	6118.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.391;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.053;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=105;PP=2965;ReadPosRankSum=0.122;SC=TGCAGATGTCACAGTACTGGC;SOR=1.407;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=153;TCF=46;TCR=107;TR=149;WE=60937605;WS=60937587;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,224:0.98:228
chr20	60963346	.	C	CT	188.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.825;ClippingRankSum=0.000;DP=407;ExcessHet=3.0103;FS=4.243;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.49;ReadPosRankSum=1.241;SOR=1.031;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:323,63:0.16:386
chr20	60963494	rs6089356	C	T	9538.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.319;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=359;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=91;NR=163;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.455;SC=TTAACGTTGTCCTTTTCCCCT;SOR=1.169;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=258;TCF=93;TCR=165;TR=254;WE=60963502;WS=60963484;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,349:0.99:353
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chr20	60989365	rs3810553	C	T	3972.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.591;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=274;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.554;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=76;PP=2076;ReadPosRankSum=-1.679;SC=AGGCGAAGGTCCTGCATGCCC;SOR=0.587;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=191;TCF=64;TCR=127;TR=113;WE=60989373;WS=60989355;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:101,170:0.63:271
chr20	60990075	rs911078	T	G	330.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.861;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.157;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=3;PP=154;ReadPosRankSum=-1.444;SC=GCCAGAGAAGTTCAGGGCTGT;SOR=0.298;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=28;TCF=21;TCR=7;TR=10;WE=60990083;WS=60990065;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,16:0.44:36
chr20	60990170	rs911079	C	T	927.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-1.155;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.569;HP=5;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=13;PP=373;ReadPosRankSum=-0.452;SC=GTGGGGCAGGCGGGCACCTGT;SOR=0.990;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=75;TCF=43;TCR=32;TR=33;WE=60990178;WS=60990160;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,49:0.47:104
chr20	60990606	rs3810554	A	C	1595.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.417;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.436;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=22;PP=763;ReadPosRankSum=-0.648;SC=CCAGCTGCACATGGTGGGCTC;SOR=0.459;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=83;TCF=49;TCR=34;TR=50;WE=60990614;WS=60990596;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,73:0.61:120
chr20	60992224	rs2427325	T	C	2127.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.800;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=261;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=36;PP=1026;ReadPosRankSum=0.404;SC=TGTCACCTCCTCCTCTCCTGA;SOR=0.670;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=155;TCF=78;TCR=77;TR=72;WE=60992232;WS=60992214;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:145,111:0.43:256
chr20	60992402	rs6061521	G	A	793.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=1.101;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=15;PP=334;ReadPosRankSum=0.732;SC=CTAAAGTGGGGTCCTGTTCCA;SOR=0.687;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=66;TCF=27;TCR=39;TR=25;WE=60992410;WS=60992392;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,43:0.39:111
chr20	61162100	rs13040413	G	A	61.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=1.700;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=2;PP=55;ReadPosRankSum=0.525;SC=CTTCACCGACGTCGCTGTTCC;SOR=1.022;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=29;TCF=21;TCR=8;TR=7;WE=61162108;WS=61162090;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,6:0.20:30
chr20	61162267	rs6062251	T	C	6771.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=263;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=93;NR=70;PP=2768;SC=ACCCAGCAGGTGGCGCGGGGA;SOR=0.895;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=163;TCF=93;TCR=70;TR=163;WE=61162275;WS=61162257;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,258:1.00:258
chr20	61162423	rs6062250	T	C	4416.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=42;NR=83;PP=2546;SC=AGCTGGGTGCTCCTGCTTGTT;SOR=1.427;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=126;TCF=42;TCR=84;TR=125;WE=61162431;WS=61162413;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,162:1.00:162
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chr20	61167934	rs6143063	T	C	1110.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=3.072;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.110;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=32;PP=814;ReadPosRankSum=0.426;SC=AACGGGTATCTAGGCCCACCC;SOR=0.963;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=64;TCF=12;TCR=52;TR=39;WE=61167942;WS=61167924;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,43:0.61:71
chr20	61273578	rs6089951	C	T	13830.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=530;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=146;NR=163;PP=2965;SC=GGGGCGGCGTCGCCACCGCGC;SOR=0.789;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=310;TCF=147;TCR=163;TR=309;WE=61273586;WS=61273568;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,524:1.00:524
chr20	61273640	rs74455850	G	C	2936.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.283;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=258;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.978;HP=3;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=67;PP=1407;ReadPosRankSum=2.638;SC=AGCTGGAGCGGGGAGTCCAGG;SOR=0.763;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=182;TCF=67;TCR=115;TR=106;WE=61273648;WS=61273630;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:114,142:0.55:256
chr20	61289958	rs2427369	G	A	3786.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=80;NR=25;PP=2180;SC=TCCCAGGCACGGGGCCCCACA;SOR=1.887;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=105;TCF=80;TCR=25;TR=105;WE=61289966;WS=61289948;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,136:1.00:136
chr20	61292373	rs144381587	G	GAGCCCCC	905.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.654;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=7.542;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=-0.127;NF=2;NR=23;PP=2410;ReadPosRankSum=-1.020;SC=CCACCTCCGGGAGCCCCCAGC;SOR=4.615;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=40;TCF=14;TCR=26;TR=25;WE=61292381;WS=61292363;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,31:0.91:34
chr20	61326380	rs2427394	C	T	13529.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=501;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=184;NR=133;PP=2965;SC=TAGGATCCAGCCCTGAGCTTC;SOR=0.905;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=318;TCF=185;TCR=133;TR=317;WE=61326388;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,496:1.00:496
chr20	61326450	rs112142491	A	C	7891.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.098;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=625;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=116;NR=102;PP=2962;ReadPosRankSum=0.116;SC=CTGCACCTGCACCTGCACCTG;SOR=0.699;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=393;TCF=206;TCR=187;TR=218;WE=61326458;WS=61326440;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:257,362:0.58:619
chr20	61326746	rs60990764	G	C	273.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.971;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.513;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=10;PP=151;ReadPosRankSum=-0.274;SC=TTTCCCAGAGGCACACATGTG;SOR=0.250;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=43;TCF=7;TCR=36;TR=13;WE=61326754;WS=61326736;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,15:0.33:46
chr20	61331678	rs4809531	C	A	3247.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.892;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=264;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.994;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=75;NR=33;PP=1726;ReadPosRankSum=-0.052;SC=CATCCTTAGCCCAAGGAGGAA;SOR=0.781;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=192;TCF=131;TCR=61;TR=108;WE=61331686;WS=61331668;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:112,149:0.57:261
chr20	61340467	rs112730455	C	G	58.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.103;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=1.805;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.96;ReadPosRankSum=-0.352;SOR=0.330;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,6:0.20:30
chr20	61428423	rs11696245	A	C	4724.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=1.529;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=445;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.518;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=86;NR=52;PP=2415;ReadPosRankSum=-2.323;SC=CTTTCTCCTCACCGCTCACCG;SOR=0.663;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=235;TCF=141;TCR=94;TR=138;WE=61428431;WS=61428413;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:198,235:0.54:433
chr20	61441035	rs2277772	G	A	4516.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-7.923;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=346;ExcessHet=3.0103;FS=26.176;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.81;ReadPosRankSum=2.637;SOR=0.389;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:98,229:0.70:327
chr20	61441797	rs2277771	A	G	4314.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-2.307;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=385;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.583;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=89;NR=55;PP=2067;ReadPosRankSum=-0.739;SC=GCACCTGCCCAAGGTCTGGAA;SOR=0.925;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=254;TCF=149;TCR=105;TR=144;WE=61441805;WS=61441787;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:169,210:0.55:379
chr20	61443547	rs2075776	A	G	3648.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-1.639;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=305;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.901;HP=4;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=51;PP=1490;ReadPosRankSum=0.303;SC=GAGGGGCCCCAGCCATTGACC;SOR=0.628;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=192;TCF=103;TCR=89;TR=111;WE=61443555;WS=61443537;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:118,179:0.60:297
chr20	61443687	rs6122311	G	A	2301.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.454;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.055;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=44;PP=1067;ReadPosRankSum=0.509;SC=TGGAGGAGACGCTGGTGCGGC;SOR=0.618;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=149;TCF=63;TCR=86;TR=77;WE=61443695;WS=61443677;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:101,112:0.53:213
chr20	61444600	.	C	A	498	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;FR=0.5000;HP=4;HapScore=2;MGOF=9;MMLQ=27;MQ=49.23;NF=8;NR=18;PP=498;QD=20.4912004826;SC=CCCAGGCCCCCGCCCAGCAGG;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=46;TCF=16;TCR=30;TR=26;WE=61444608;WS=61444590;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:20,26:0.57:46
chr20	61444939	rs11543349	G	C	3030.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-0.702;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=252;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-1.252;NF=40;NR=41;PP=1089;ReadPosRankSum=0.551;SC=AGCCAAGGCGGGGGAGGCAGC;SOR=0.689;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=135;TCF=67;TCR=68;TR=81;WE=61444947;WS=61444929;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:107,143:0.57:250
chr20	61448969	rs2273079	C	T	6638.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-1.776;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=491;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=92;NR=83;PP=2478;ReadPosRankSum=0.873;SC=CCGGGAAGCCCGGCCAGGACG;SOR=0.704;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=287;TCF=151;TCR=136;TR=175;WE=61448977;WS=61448959;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:175,311:0.64:486
chr20	61449057	rs2273080	C	T	4406.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.015;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=371;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.242;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=91;PP=2562;ReadPosRankSum=0.159;SC=TCCCTGAGCTCCCCGGCCTGA;SOR=0.986;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=257;TCF=108;TCR=149;TR=149;WE=61449065;WS=61449047;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:158,198:0.56:356
chr20	61456440	rs187176638	G	A	248.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.172;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=5.684;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.81;MQRankSum=0.971;QD=8.58;ReadPosRankSum=1.252;SOR=0.177;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,13:0.45:29
chr20	61458547	rs2249766	A	T	1735.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.566;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.499;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=18;PP=784;ReadPosRankSum=-0.174;SC=TCTCCGACCAACTCCATGGTG;SOR=0.992;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=85;TCF=53;TCR=32;TR=51;WE=61458555;WS=61458537;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,80:0.66:122
chr20	61460338	rs6062700	C	T	606.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=3.086;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.107;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=24;PP=501;ReadPosRankSum=1.137;SC=GGTGAGTGCCCGGCGGGTGGG;SOR=2.472;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=46;TCF=7;TCR=39;TR=26;WE=61460346;WS=61460328;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,25:0.53:47
chr20	61467898	rs910152	G	C	6629.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=44;NR=128;PP=2965;SC=AGTCAGCCACGTGCACCGGCT;SOR=2.047;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=172;TCF=44;TCR=128;TR=172;WE=61467906;WS=61467888;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,221:1.00:221
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chr20	61484142	rs73157353	A	G	4789.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.018;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=708;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.131;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=103;NR=85;PP=2507;ReadPosRankSum=-0.265;SC=AAGCACGGTCACCCGGTCCGC;SOR=0.755;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=515;TCF=278;TCR=237;TR=188;WE=61484150;WS=61484132;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:436,262:0.38:698
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chr20	61526001	rs750079	C	T	366.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-1.440;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.871;HP=5;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=3;PP=66;ReadPosRankSum=-0.172;SC=TTGAGACCCACGGGGGAGAAA;SOR=0.591;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=13;TCF=7;TCR=6;TR=6;WE=61526009;WS=61525991;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,11:0.58:19
chr20	61526023	rs1883846	T	G	388.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-3.300;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=2;PP=76;ReadPosRankSum=-0.326;SC=AAGGACCATCTAATACAAGGA;SOR=0.458;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=15;TCF=10;TCR=5;TR=7;WE=61526031;WS=61526013;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,12:0.57:21
chr20	61527480	rs755740	T	C	2410.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.243;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.629;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=22;PP=1564;ReadPosRankSum=1.062;SC=AGAAACGTCTTAGCTTTCCTG;SOR=0.773;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=145;TCF=108;TCR=37;TR=86;WE=61527488;WS=61527470;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,101:0.58:173
chr20	61527563	rs2013097	T	C	7907.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.560;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=620;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.134;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=130;NR=104;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.199;SC=AATACTCCAATGCACCGACAC;SOR=0.820;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=369;TCF=200;TCR=169;TR=234;WE=61527571;WS=61527553;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:233,378:0.62:611
chr20	61528074	rs910149	T	C	5336.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.344;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=383;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.880;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=79;NR=90;PP=2582;ReadPosRankSum=-0.008;SC=AGGCAGCCGTTGCCGCTGCAG;SOR=0.734;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=257;TCF=124;TCR=133;TR=169;WE=61528082;WS=61528064;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:130,243:0.65:373
chr20	61528271	rs1883847	C	T	5642.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.581;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=422;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.810;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=76;NR=90;PP=2457;ReadPosRankSum=-0.028;SC=TTGCCCACCGCGGAGCCTGGA;SOR=0.555;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=260;TCF=114;TCR=146;TR=166;WE=61528279;WS=61528261;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:153,265:0.63:418
chr20	61528306	rs1883848	A	G	4206.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.168;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=322;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.370;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=79;PP=2010;ReadPosRankSum=1.953;SC=TGAGGCTGCCATGGCTGCCGC;SOR=0.607;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=216;TCF=92;TCR=124;TR=140;WE=61528314;WS=61528296;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:122,199:0.62:321
chr20	61538390	rs11479019	GC	G	1002.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-1.752;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.877;HP=7;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=7;PP=669;ReadPosRankSum=0.097;SC=CCACGTGTGCGCCCCCCTACA;SOR=0.182;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=35;TCF=27;TCR=8;TR=25;WE=61538399;WS=61538382;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,39:0.75:52
chr20	61541028	rs2295001	C	G	4787.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=2.469;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=380;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.770;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=95;NR=46;PP=2358;ReadPosRankSum=-0.747;SC=GCTGAATGCTCGTCTCAGCGG;SOR=0.811;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=254;TCF=164;TCR=90;TR=141;WE=61541036;WS=61541018;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:156,212:0.58:368
chr20	61542001	rs2295002	C	T	717.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.626;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.732;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=1;PP=520;ReadPosRankSum=0.705;SC=TCTTTTTTGACAACTTGTTCA;SOR=2.030;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=39;TCF=36;TCR=3;TR=25;WE=61542009;WS=61541991;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,28:0.64:44
chr20	61577275	rs2427452	T	C	13272.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=502;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=181;NR=140;PP=2965;SC=CATCGTCAGCTGGCTCTGCCG;SOR=0.894;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=321;TCF=181;TCR=140;TR=321;WE=61577283;WS=61577265;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,500:1.00:500
chr20	61588159	rs2245341	A	G	3709.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-2.222;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=266;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.490;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=71;NR=43;PP=1699;ReadPosRankSum=-0.415;SC=TGCTGGGCACATGCCTTCTGT;SOR=0.630;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=167;TCF=106;TCR=61;TR=114;WE=61588167;WS=61588149;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,175:0.67:260
chr20	61594493	rs3729555	G	A	3930.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.533;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=468;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=99;NR=40;PP=2020;ReadPosRankSum=-0.434;SC=GGAGGCTGGCGCCCATGTGCA;SOR=0.663;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=352;TCF=250;TCR=102;TR=139;WE=61594501;WS=61594483;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:263,192:0.42:455
chr20	61594679	rs2427463	A	G	26312.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=956;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=225;NR=383;PP=2965;SC=TCCAGGCACAACAGAGTCCCC;SOR=1.108;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=609;TCF=225;TCR=384;TR=608;WE=61594687;WS=61594669;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,946:1.00:946
chr20	61595537	rs2427464	A	G	7927.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=291;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=133;NR=65;PP=2965;SC=AGATGGCCAGATGCCGGCCCT;SOR=1.394;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=201;TCF=134;TCR=67;TR=198;WE=61595545;WS=61595527;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,283:1.00:283
chr20	61595636	rs2248900	C	T	3183.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.785;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=566;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.160;HP=4;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=57;PP=1350;ReadPosRankSum=2.041;SC=GTCTATTCAGCGGGTTTCTCT;SOR=0.639;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=342;TCF=165;TCR=177;TR=117;WE=61595644;WS=61595626;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:375,190:0.34:565
chr20	61597946	rs5842409	CT	C	7178.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.028;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=725;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.146;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQ=60.03;MQRankSum=1.916;NF=31;NR=85;PP=2948;ReadPosRankSum=1.972;SC=AGGACCTTGCCTTACCCCAGC;SOR=0.615;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=321;TCF=100;TCR=221;TR=116;WE=61597954;WS=61597936;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:457,250:0.35:707
chr20	61711649	rs77448481	C	T	900.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-4.948;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.915;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=27;PP=608;ReadPosRankSum=-0.196;SC=TCTCTCCCCCCATCTGTTTGC;SOR=0.204;SbPval=0.24;Source=Platypus;TC=62;TCF=9;TCR=53;TR=34;WE=61711657;WS=61711639;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,38:0.55:69
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chr20	61869223	rs6062855	T	C	3933.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.239;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=315;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=50;PP=1945;ReadPosRankSum=-1.244;SC=TGGGTGGGACTTGGCTGGGGC;SOR=0.716;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=198;TCF=112;TCR=86;TR=113;WE=61869231;WS=61869213;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:131,183:0.58:314
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chr20	61872905	rs1047826	A	G	4081.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.639;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=375;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.784;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=52;PP=1708;ReadPosRankSum=-0.300;SC=GGGCTGGGGCAGCCACTGGGG;SOR=0.647;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=227;TCF=129;TCR=98;TR=118;WE=61872913;WS=61872895;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:168,202:0.55:370
chr20	61873039	rs1047822	T	C	4161.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.274;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=338;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.850;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=74;PP=2028;ReadPosRankSum=0.651;SC=ACTGCCTCTCTCTGTGCCGGC;SOR=0.628;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=225;TCF=93;TCR=132;TR=129;WE=61873047;WS=61873029;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:135,196:0.59:331
chr20	61873080	rs1047819	T	A	2731.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.453;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=60;PP=1400;ReadPosRankSum=1.372;SC=TTTGCTGACATCTCAGTGGGG;SOR=0.721;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=157;TCF=53;TCR=104;TR=90;WE=61873088;WS=61873070;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,125:0.60:208
chr20	61875256	rs183907681	T	G	2399.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-2.105;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.194;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=28;PP=1330;ReadPosRankSum=-0.077;SC=AAGGCCCTGCTGGGCGTGAGG;SOR=0.597;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=148;TCF=104;TCR=44;TR=88;WE=61875264;WS=61875246;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,113:0.58:194
chr20	61875497	rs2236186	A	C	3046.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-3.437;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=224;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.546;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=68;PP=1464;ReadPosRankSum=-0.741;SC=GGTGTCATTGAGGCGATGTGG;SOR=0.346;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=168;TCF=56;TCR=112;TR=109;WE=61875505;WS=61875487;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,142:0.66:216
chr20	61878632	rs2236193	G	A	1430.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-3.019;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=9;PP=858;ReadPosRankSum=0.558;SC=GAGGCGGGGTGTCTCGGCCTG;SOR=0.673;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=69;TCF=56;TCR=13;TR=49;WE=61878640;WS=61878622;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,60:0.71:85
chr20	61878649	rs4809512	T	G	2135.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=2.394;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.833;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=14;PP=1337;ReadPosRankSum=1.331;SC=CCTGATCCGATTCCTTCCCAC;SOR=0.591;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=106;TCF=84;TCR=22;TR=70;WE=61878657;WS=61878639;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,85:0.66:128
chr20	61878830	rs13038098	C	T	4190.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=1.618;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=574;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.512;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=73;NR=65;PP=2265;ReadPosRankSum=0.624;SC=ACGCCTGAGGCCAGGTCAGCT;SOR=0.635;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=328;TCF=157;TCR=171;TR=138;WE=61878838;WS=61878820;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:351,216:0.38:567
chr20	61878950	rs872808	A	C	4640.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=3.262;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=484;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=67;PP=2122;ReadPosRankSum=-0.306;SC=ATCTGCAGGCAACTGTGTAGG;SOR=0.710;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=272;TCF=129;TCR=143;TR=128;WE=61878958;WS=61878940;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:252,222:0.47:474
chr20	61880169	rs1129659	T	G	9631.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=0.425;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=777;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=132;NR=113;PP=2962;ReadPosRankSum=0.477;SC=GCACTCACCTTTAAGAGGCCA;SOR=0.729;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=412;TCF=216;TCR=196;TR=245;WE=61880177;WS=61880159;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:328,444:0.58:772
chr20	61880274	rs2273497	A	G	4871.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.533;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=367;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=103;PP=2564;ReadPosRankSum=-0.995;SC=ATGGGGCGGCAGCTGAACACA;SOR=0.694;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=268;TCF=95;TCR=173;TR=159;WE=61880282;WS=61880264;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:145,216:0.60:361
chr20	61881296	rs927081	A	G	4990.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.371;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=405;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=62;PP=1928;ReadPosRankSum=0.315;SC=CCACCATGACATAGCGCAGCC;SOR=0.727;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=215;TCF=107;TCR=108;TR=127;WE=61881304;WS=61881286;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:162,240:0.60:402
chr20	61885452	rs34203226	G	T	1232.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.898;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.742;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=26;PP=504;ReadPosRankSum=0.683;SC=CCCGCCCGAAGGCTTCCGTCC;SOR=0.926;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=98;TCF=43;TCR=55;TR=42;WE=61885460;WS=61885442;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:102,68:0.40:170
chr20	61916379	rs13042357	C	T	9748.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.032;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=363;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=119;NR=121;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.766;SC=TGGGACTCAGCGAGGCCAAGC;SOR=0.739;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=240;TCF=119;TCR=121;TR=240;WE=61916387;WS=61916369;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,356:0.99:358
chr20	61917241	rs6090342	A	G	3574.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=70;NR=31;PP=2619;SC=TATGGAAACAACTTGGCCCAC;SOR=1.650;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=101;TCF=70;TCR=31;TR=101;WE=61917249;WS=61917231;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
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chr20	61940535	rs6062884	C	T	1291.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-3.188;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.883;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=10;PP=919;ReadPosRankSum=-0.169;SC=CCCTCGGGAGCGCCTGGCCCA;SOR=0.997;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=109;TCF=87;TCR=22;TR=54;WE=61940543;WS=61940534;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,56:0.47:118
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chr20	61951789	rs6062891	C	T	3829.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=40;NR=69;PP=2099;SC=GGTCACAGTGCCTGGGGTCAG;SOR=1.203;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=109;TCF=40;TCR=69;TR=109;WE=61951797;WS=61951779;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,142:1.00:142
chr20	61952490	rs4809533	A	G	5588.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.707;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=94;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.846;SC=ACCAGGGAACACTGGCCAATG;SOR=0.941;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=162;TCF=67;TCR=95;TR=160;WE=61952498;WS=61952480;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,214:0.99:216
chr20	61953365	rs1884821	T	C	3811.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=59;NR=35;PP=1843;SC=TCCTCTACCTTGGTTGGGTAG;SOR=1.114;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=94;TCF=59;TCR=35;TR=94;WE=61953373;WS=61953355;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,139:1.00:139
chr20	61956782	rs2314251	T	C	10149.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.65;BaseQRankSum=0.575;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=402;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=91;NR=73;PP=2965;ReadPosRankSum=1.574;SC=CAGCCCATCTTCCCCCTCCAG;SOR=0.834;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=165;TCF=91;TCR=74;TR=164;WE=61956790;WS=61956772;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,392:0.99:394
chr20	61960762	rs5842416	CTG	C	3845.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=0.267;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQ=60.06;MQRankSum=0.838;NF=35;NR=21;PP=2333;ReadPosRankSum=2.348;SC=CAGGAGGCGCCTGTGTGGAGC;SOR=0.667;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=106;TCF=67;TCR=39;TR=56;WE=61960771;WS=61960752;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,104:0.59:175
chr20	61980991	rs3827020	T	C	2026.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.945;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=247;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.192;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=26;PP=969;ReadPosRankSum=-1.100;SC=AACACAGCCATGGGCGGGACT;SOR=1.083;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=155;TCF=93;TCR=62;TR=76;WE=61980999;WS=61980981;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:141,104:0.42:245
chr20	61981104	rs1044397	C	T	3188.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.998;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=284;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.507;HP=3;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=48;PP=1414;ReadPosRankSum=-0.148;SC=GCGGGGGCGGCGCTTTGGTGC;SOR=0.462;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=181;TCF=81;TCR=100;TR=94;WE=61981112;WS=61981094;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:129,152:0.54:281
chr20	61981134	rs1044396	G	A	2827.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.615;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=255;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.978;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=47;PP=1368;ReadPosRankSum=1.446;SC=TGACCGTGGCGCTCGGGGACA;SOR=0.425;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=169;TCF=71;TCR=98;TR=89;WE=61981142;WS=61981124;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:118,134:0.53:252
chr20	61981536	rs2229960	A	G	4769.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.832;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=72;NR=51;PP=2325;ReadPosRankSum=0.465;SC=CCAGGGGGACACAGAAGGACG;SOR=0.352;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=124;TCF=73;TCR=51;TR=123;WE=61981544;WS=61981526;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,182:0.99:183
chr20	61981554	rs2229959	C	A	5113.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=79;NR=48;PP=2576;SC=ACGGTGAGGGCGGGTGCAGGC;SOR=1.119;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=129;TCF=80;TCR=49;TR=127;WE=61981562;WS=61981544;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,188:1.00:188
chr20	61982085	rs1044394	A	G	18507.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=694;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=283;NR=207;PP=2965;SC=AGATCTCGGCACAGCACTCGT;SOR=0.933;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=491;TCF=283;TCR=208;TR=490;WE=61982093;WS=61982075;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,693:1.00:693
chr20	61982124	rs1044393	A	G	23599.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=903;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=324;NR=274;PP=2965;SC=TGCCCACGGCATCCACGATGA;SOR=0.801;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=598;TCF=324;TCR=274;TR=598;WE=61982132;WS=61982114;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,894:1.00:894
chr20	61982496	.	T	C	714	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;FR=1.0000;HP=2;HapScore=1;MGOF=35;MMLQ=24;MQ=55.97;NF=7;NR=25;PP=714;QD=23.3991003921;SC=CACGCCCACATCCACGTCCAC;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=33;TCF=8;TCR=25;TR=32;WE=61982504;WS=61982486;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:1,32:0.97:33
chr20	61990874	rs6090384	T	C	12248.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-1.873;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=473;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=153;NR=138;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.636;SC=TCAGTCACAGTGCACGATGGC;SOR=0.248;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=293;TCF=154;TCR=139;TR=291;WE=61990882;WS=61990864;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,470:1.00:471
chr20	61992285	rs11698563	A	C	446.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=7;PP=221;SC=GTGCGAGCGCAGCCTGTGCGG;SOR=0.914;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=17;TCF=10;TCR=7;TR=16;WE=61992293;WS=61992275;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr20	61992547	rs6090387	G	C	1196.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=15;PP=376;SC=CTCTAGATGCGGGCGGCTCCC;SOR=0.866;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=11;TCR=15;TR=26;WE=61992555;WS=61992537;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr20	62038277	rs1801475	T	G	4753.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=4.110;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=358;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.901;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=106;PP=2797;ReadPosRankSum=-0.383;SC=GTCCCGCAGGTTCCCCTCGGG;SOR=0.935;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=275;TCF=100;TCR=175;TR=164;WE=62038292;WS=62038267;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:150,204:0.58:354
chr20	62046496	rs112006486	C	CGACAGACA	18117.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=464;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=22;NR=112;PP=2980;SC=CCACGGGAACCGACAGACAGA;SOR=0.945;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=166;TCF=24;TCR=142;TR=134;WE=62046504;WS=62046486;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,400:1.00:400
chr20	62055417	rs6089910	G	A	7107.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.420;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=554;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.537;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=133;NR=89;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.673;SC=AGTCACACACGGAAGCACACA;SOR=0.774;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=354;TCF=212;TCR=142;TR=222;WE=62055425;WS=62055407;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:214,333:0.61:547
chr20	62074003	rs372494294	TCAC	T	611.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.631;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FS=9.328;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.64;MQRankSum=1.558;QD=6.80;ReadPosRankSum=1.431;SOR=1.971;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:69,21:0.23:90
chr20	62074015	rs370394245	TCAC	T	631.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.901;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FS=6.925;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.91;MQRankSum=1.726;QD=6.87;ReadPosRankSum=0.092;SOR=1.628;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:70,22:0.24:92
chr20	62076743	rs6062939	C	A	7729.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-1.466;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=591;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.522;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.983;NF=76;NR=145;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.213;SC=GCTGAGGCCACCTTGAGGCCT;SOR=0.887;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=368;TCF=137;TCR=231;TR=221;WE=62076751;WS=62076733;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:229,357:0.61:586
chr20	62119559	rs2750403	C	G	111.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.76;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr20	62119588	rs71799118	GC	G	637.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.55;SOR=5.421;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr20	62119594	rs71792296	GC	G	727.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.81;SOR=4.294;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr20	62119595	.	C	G	1206	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.66;FR=0.9967;HP=3;HapScore=2;MGOF=35;MMLQ=24;MQ=59.33;NF=18;NR=1;PP=1206;QD=65.3037480288;SC=GGGGCCCGGGCCCGGGGTTCG;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=22;TCF=20;TCR=2;TR=19;WE=62119603;WS=62119568;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:3,19:0.86:22
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chr20	62121702	rs310607	A	G	8194.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=303;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=132;NR=77;PP=2965;SC=ACAGGCGTGAACCACTGCGCC;SOR=1.254;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=210;TCF=132;TCR=78;TR=209;WE=62121710;WS=62121692;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,295:1.00:295
chr20	62121726	rs310608	T	C	10592.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=404;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=167;NR=94;PP=2965;SC=CCTGAGGGTCTGGTTTTCTCC;SOR=1.220;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=263;TCF=168;TCR=95;TR=261;WE=62121734;WS=62121716;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,390:1.00:390
chr20	62124459	rs12480745	G	T	237.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-2.613;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=0;PP=150;ReadPosRankSum=-1.524;SC=AGCTGGCCAGGCAGGAGCTCC;SOR=0.848;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=43;TCF=37;TCR=6;TR=11;WE=62124467;WS=62124449;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,14:0.28:50
chr20	62126185	rs310617	A	G	5805.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-2.524;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=418;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.567;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=128;NR=59;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.833;SC=GCATGTTGTCACCGTGCCAGC;SOR=0.651;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=293;TCF=201;TCR=92;TR=187;WE=62126193;WS=62126175;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:145,267:0.65:412
chr20	62152519	rs72629024	C	G	1665.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-2.983;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.398;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=17;PP=965;ReadPosRankSum=0.156;SC=AAGGCGGTGCCGGGAGCTGGG;SOR=0.471;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=118;TCF=90;TCR=28;TR=66;WE=62152527;WS=62152509;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,80:0.55:145
chr20	62162340	rs191090	T	C	1941.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.204;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.113;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=50;PP=1276;ReadPosRankSum=0.151;SC=TGGGGAAGGGTTGGGGAGGCT;SOR=0.332;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=112;TCF=25;TCR=87;TR=68;WE=62162348;WS=62162330;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,81:0.60:135
chr20	62172219	rs6122130	G	A	9310.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=1.249;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=662;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.162;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=162;NR=118;PP=2962;ReadPosRankSum=1.984;SC=GCAGCGTGGCGAAGGAGGGCC;SOR=0.827;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=414;TCF=236;TCR=178;TR=280;WE=62172227;WS=62172209;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:228,423:0.65:651
chr20	62173029	rs310656	A	G	638.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.583;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.726;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=19;PP=453;ReadPosRankSum=-1.299;SC=CGGTGAGGCCAGCGTCCACCC;SOR=1.296;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=31;TCF=6;TCR=25;TR=23;WE=62173037;WS=62173019;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,26:0.70:37
chr20	62173562	rs56130722	G	T	5534.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.533;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=553;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=103;NR=74;PP=2696;ReadPosRankSum=-0.077;SC=GTTCCGTGACGATGTACACAG;SOR=0.684;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=342;TCF=200;TCR=142;TR=177;WE=62173570;WS=62173552;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:280,263:0.48:543
chr20	62174724	rs4809309	G	A	3588.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.273;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=299;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.423;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=48;PP=1616;ReadPosRankSum=0.043;SC=TGGCCTTGTAGTAGGTGAGCA;SOR=0.603;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=198;TCF=112;TCR=86;TR=109;WE=62174732;WS=62174714;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:122,168:0.58:290
chr20	62191321	rs3810477	A	G	2298.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-1.077;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=342;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.401;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=35;PP=891;ReadPosRankSum=0.163;SC=TGACAGCCACATTCACTTGGT;SOR=0.729;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=199;TCF=108;TCR=91;TR=70;WE=62191329;WS=62191311;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:206,135:0.40:341
chr20	62191475	rs3810478	T	G	1528.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.610;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=12.162;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=36;PP=987;ReadPosRankSum=-0.315;SC=GAGGCCCTGCTGCCGCTGCGC;SOR=0.218;SbPval=0.24;Source=Platypus;TC=164;TCF=71;TCR=93;TR=73;WE=62191483;WS=62191465;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:98,77:0.44:175
chr20	62191558	rs3810479	G	A	1625.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=0.715;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.792;HP=4;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=31;PP=894;ReadPosRankSum=-1.027;SC=CGGCCACCCCGGCGATGCCCT;SOR=0.364;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=99;TCF=26;TCR=73;TR=45;WE=62191566;WS=62191548;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:100,86:0.46:186
chr20	62192352	rs146867999	G	A	4218.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-1.491;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=310;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.180;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;ReadPosRankSum=-1.967;SC=CACGACACCCGCGTCTGCACA;SOR=0.531;Source=Platypus;TC=247;TR=144;WE=62192360;WS=62192342;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:120,184:0.61:304
chr20	62193019	rs11551684	C	T	3438.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.311;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=525;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.141;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=56;PP=1503;ReadPosRankSum=0.135;SC=TGCCCACACGCGGCACTGGGA;SOR=0.679;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=324;TCF=157;TCR=167;TR=114;WE=62193027;WS=62193009;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:322,189:0.37:511
chr20	62193414	rs310629	A	G	10275.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=389;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=115;NR=179;PP=2965;SC=CTCCCCCGGCATGGGCCCTAC;SOR=2.443;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=294;TCF=115;TCR=179;TR=294;WE=62193422;WS=62193404;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,384:1.00:384
chr20	62193445	rs3810481	G	A	1782.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=1.202;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=336;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=19.703;HP=2;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=65;PP=1318;ReadPosRankSum=1.523;SC=CTGAATGACCGTGAAAGGCTT;SOR=1.803;SbPval=0.95;Source=Platypus;TC=254;TCF=83;TCR=171;TR=82;WE=62193453;WS=62193435;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:218,108:0.33:326
chr20	62194030	rs3810483	G	C	3020.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.453;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=395;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.684;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=56;PP=1658;ReadPosRankSum=-1.311;SC=TCCCAGTCCTGCGTCTGCCCG;SOR=0.793;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=251;TCF=123;TCR=128;TR=105;WE=62194038;WS=62194020;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:239,152:0.39:391
chr20	62194103	rs3810484	A	G	2326.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-2.255;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=285;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.781;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=50;PP=1365;ReadPosRankSum=0.687;SC=TGCTGGGCCCAGGGCGTGGGC;SOR=0.603;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=211;TCF=111;TCR=100;TR=96;WE=62194111;WS=62194093;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:166,116:0.41:282
chr20	62194713	rs3810486	A	C	1249.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.239;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.523;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=19;PP=371;ReadPosRankSum=-1.645;SC=CTCCACGGCCAGGGTGTGTGG;SOR=0.682;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=122;TCF=60;TCR=62;TR=36;WE=62194721;WS=62194703;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:149,73:0.33:222
chr20	62195087	rs310630	A	G	7769.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.633;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=614;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=107;NR=121;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.121;SC=CAGAGTAGGCAGAGCCCCCAT;SOR=0.714;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=374;TCF=177;TCR=197;TR=228;WE=62195095;WS=62195077;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:251,361:0.59:612
chr20	62195220	rs3827022	C	T	3395.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.241;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=419;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=58;PP=1666;ReadPosRankSum=2.045;SC=CTGGTGGCCCCGGGCGCAGCG;SOR=0.703;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=297;TCF=144;TCR=153;TR=113;WE=62195228;WS=62195210;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:237,171:0.42:408
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chr20	62195672	rs3827023	C	T	4005.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-2.543;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=583;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=86;PP=2962;ReadPosRankSum=0.432;SC=AGTCGGACCGCAGGCGGTGCC;SOR=0.727;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=398;TCF=174;TCR=224;TR=150;WE=62195680;WS=62195656;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:357,216:0.38:573
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chr20	62196033	rs3810487	C	T	1619.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-2.658;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=261;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=19;PP=617;ReadPosRankSum=3.503;SC=CACCCCGTCCCTGGGCACGAA;SOR=0.702;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=157;TCF=94;TCR=63;TR=47;WE=62196041;WS=62196023;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:167,90:0.35:257
chr20	62196182	rs3810488	G	C	3476.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.171;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=555;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.546;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=61;PP=1294;ReadPosRankSum=-0.248;SC=CTCGGCGGCCGGCAACCCGGC;SOR=0.692;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=354;TCF=178;TCR=176;TR=125;WE=62196190;WS=62196172;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:356,195:0.35:551
chr20	62196253	rs310631	C	A	7412.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.230;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=537;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.144;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=96;NR=121;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.344;SC=GACGGGGGCACCCTCAAGCTG;SOR=0.802;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=345;TCF=158;TCR=187;TR=217;WE=62196261;WS=62196243;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:197,336:0.63:533
chr20	62196807	rs310632	T	C	16837.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=626;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=192;NR=196;PP=2965;SC=GGGCTCCGCGTGCAGCAGCTT;SOR=0.712;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=388;TCF=192;TCR=196;TR=388;WE=62196815;WS=62196797;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,626:1.00:626
chr20	62196884	rs310633	A	G	13650.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.456;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=522;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=198;NR=164;PP=2965;ReadPosRankSum=-2.565;SC=GCCTGGCGACAGTGTCCAGCA;SOR=0.564;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=363;TCF=198;TCR=165;TR=362;WE=62196892;WS=62196874;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,513:0.99:516
chr20	62197370	rs34830600	G	A	9339.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.500;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=680;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=117;NR=134;PP=2962;ReadPosRankSum=0.824;SC=GCCGCTCCACGCACTCACGGA;SOR=0.670;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=413;TCF=193;TCR=220;TR=251;WE=62197378;WS=62197360;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:241,429:0.64:670
chr20	62197619	rs45519633	C	T	349.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.344;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.198;HP=2;HapScore=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=13;ReadPosRankSum=1.250;SC=AGGCTGGGTGCGCAAGACGGT;SOR=1.609;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=29;TCF=3;TCR=26;TR=14;WE=62197627;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,15:0.47:32
chr20	62198348	rs438363	C	T	21351.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=833;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=243;NR=291;PP=2965;SC=CCGGTCTGGGCTGCCCGCCAC;SOR=0.818;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=538;TCF=244;TCR=294;TR=534;WE=62198356;WS=62198338;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,816:1.00:816
chr20	62198662	rs367440	A	G	10705.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=403;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=126;NR=152;PP=2965;SC=CGTGCGAGGCATAGGCCAGCG;SOR=0.848;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=278;TCF=126;TCR=152;TR=278;WE=62198670;WS=62198652;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,401:1.00:401
chr20	62198686	rs3827025	G	A	6008.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.427;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=414;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.594;HP=2;HapScore=1;MGOF=30;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=81;NR=96;PP=2902;ReadPosRankSum=1.201;SC=TGAGGGCCTCGCACTCCAGCA;SOR=0.798;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=271;TCF=131;TCR=140;TR=177;WE=62198694;WS=62198676;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:144,269:0.65:413
chr20	62198713	rs3810490	G	A	5951.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.995;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=432;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.804;HP=1;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=79;NR=92;PP=2962;ReadPosRankSum=1.384;SC=CCGCCTCATCGATGAGAATGT;SOR=0.800;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=269;TCF=129;TCR=140;TR=171;WE=62198721;WS=62198703;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:164,264:0.62:428
chr20	62199126	rs3810491	C	G	5368.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=42;NR=90;PP=2965;SC=TGGTGTCCCTCCTGTCAGGAG;SOR=1.417;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=138;TCF=43;TCR=95;TR=132;WE=62199134;WS=62199116;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,189:1.00:189
chr20	62200471	rs6089923	C	G	992.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.152;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.327;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=17;PP=491;ReadPosRankSum=0.701;SC=GCTCCTGCTACCCCAGCTGCT;SOR=0.556;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=108;TCF=63;TCR=45;TR=37;WE=62200479;WS=62200461;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:101,55:0.35:156
chr20	62200575	rs1741594	T	C	7082.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=33.41;SOR=0.791;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,212:1.00:212
chr20	62200575	.	TG	CA,CG	1539	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.5;FR=0.5000,0.5000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MMLQ=28;MQ=60.0;NF=19,60;NR=20,68;PP=486,1539;QD=13.8325096119;SC=AGTTGGTTGGTGAGATGGGGC;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=131;TCF=61;TCR=70;TR=39,128;WE=62200584;WS=62200565;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.30:131
chr20	62200576	rs6090457	G	A	1487.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.376;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FS=0.520;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.86;ReadPosRankSum=-3.072;SOR=0.766;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:140,77:0.35:217
chr20	62200738	rs6089924	G	A	5856.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=2.768;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=458;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.142;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=116;NR=69;PP=2948;ReadPosRankSum=0.083;SC=GTGGCCGAGCGCCAGATTCCT;SOR=0.805;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=316;TCF=193;TCR=123;TR=185;WE=62200746;WS=62200728;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:176,266:0.60:442
chr20	62200860	rs1757752	A	G	5381.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=0.293;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=870;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.549;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=69;NR=83;PP=2064;ReadPosRankSum=-1.084;SC=CGAACGAGGCAGCCTGCACAC;SOR=0.760;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=467;TCF=222;TCR=245;TR=152;WE=62200868;WS=62200850;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:560,305:0.35:865
chr20	62200929	rs6089925	G	A	7597.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=3.073;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=566;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.791;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=98;NR=140;PP=2962;ReadPosRankSum=1.218;SC=CACCCCGTGCGTAGAGCCGGC;SOR=0.846;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=355;TCF=150;TCR=205;TR=238;WE=62200937;WS=62200919;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:216,349:0.62:565
chr20	62201784	rs749079	T	C	4725.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.569;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=392;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=72;NR=60;PP=1930;ReadPosRankSum=-0.274;SC=CCCAGGCTGTTGACGTCTGCC;SOR=0.705;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=238;TCF=131;TCR=107;TR=132;WE=62201792;WS=62201774;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:157,222:0.59:379
chr20	62202240	rs402211	A	G	2133.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=37;PP=1296;SC=CAGGGAGGTCAGCAGGGCTAC;SOR=1.547;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=52;TCF=15;TCR=37;TR=52;WE=62202248;WS=62202230;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr20	62202301	rs3746346	A	G	875.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=17;PP=498;SC=CCCTCAGCCCAATACTGGCCT;SOR=1.473;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=8;TCR=17;TR=25;WE=62202309;WS=62202291;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr20	62203748	rs34681475	G	A	62.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.885;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.30;ReadPosRankSum=0.806;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,5:0.26:19
chr20	62221364	rs2297427	G	A	578.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-1.631;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.167;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=6;PP=249;ReadPosRankSum=-0.248;SC=CCAGCCCTGCGGCCTCTGCCC;SOR=0.113;SbPval=0.21;Source=Platypus;TC=43;TCF=34;TCR=9;TR=19;WE=62221372;WS=62221356;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,28:0.50:56
chr20	62221610	rs311496	T	C	3540.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=2.195;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=424;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.527;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=53;PP=1725;ReadPosRankSum=0.656;SC=TGAGCAGCTGTAGCGGGCTGA;SOR=0.640;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=257;TCF=137;TCR=120;TR=110;WE=62221618;WS=62221600;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:245,173:0.41:418
chr20	62221766	rs2297428	C	T	2767.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=0.384;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=372;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.384;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=49;PP=1289;ReadPosRankSum=-0.181;SC=GCGGGGAGGCCGGGGAGCTGG;SOR=0.718;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=220;TCF=104;TCR=116;TR=92;WE=62221774;WS=62221756;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:230,142:0.38:372
chr20	62223371	rs311494	A	G	9214.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=355;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=192;NR=85;PP=2965;SC=TGGTCTCAGCATACCTGCCAG;SOR=1.596;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=277;TCF=192;TCR=85;TR=277;WE=62223383;WS=62223361;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,350:1.00:350
chr20	62224595	rs2236503	G	A	1279.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.427;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.135;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=38;PP=783;ReadPosRankSum=-1.065;SC=AAGTGTACCTGCCTTATATTT;SOR=0.784;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=152;TCF=55;TCR=97;TR=58;WE=62224603;WS=62224585;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:132,75:0.36:207
chr20	62227081	rs311489	A	G	3674.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.489;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=457;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.525;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=58;PP=1613;ReadPosRankSum=0.623;SC=AGACCTTGTCATGCTGGTAGA;SOR=0.759;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=268;TCF=137;TCR=131;TR=122;WE=62227089;WS=62227071;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:261,195:0.43:456
chr20	62227180	rs2282157	C	G	1747.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.404;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.117;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=49;PP=1095;ReadPosRankSum=0.046;SC=GCACCTGGCCCGCCCACCCTG;SOR=0.611;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=160;TCF=53;TCR=107;TR=74;WE=62227188;WS=62227170;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:121,88:0.42:209
chr20	62229244	rs2297430	T	C	3853.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.098;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=491;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.123;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=72;PP=1968;ReadPosRankSum=-0.996;SC=TGGGTCAAGCTTGGCCGGGAC;SOR=0.579;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=322;TCF=139;TCR=183;TR=132;WE=62229252;WS=62229234;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:289,198:0.41:487
chr20	62229337	rs414897	G	A	5073.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=34;NR=101;PP=2965;SC=GGCTCTGACCGGTGCAGGCCT;SOR=1.823;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=136;TCF=35;TCR=101;TR=135;WE=62229345;WS=62229327;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,175:1.00:175
chr20	62234240	rs4809312	C	T	437.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.148;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FS=10.013;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.47;ReadPosRankSum=-1.070;SOR=2.543;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:59,21:0.26:80
chr20	62234240	.	CA	TG	343	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;FR=0.5000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MMLQ=28;MQ=60.0;NF=20;NR=1;PP=343;QD=18.8794226125;SC=AGGATGCACTCAGCACAGCTG;SbPval=0.98;Source=Platypus;TC=77;TCF=63;TCR=14;TR=21;WE=62234249;WS=62234230;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:56,21:0.27:77
chr20	62234241	rs2145262	A	G	2662.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=66;NR=14;PP=1026;SC=GGATGCACTCAGCACAGCTGC;SOR=2.888;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=80;TCF=66;TCR=14;TR=80;WE=62234249;WS=62234230;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr20	62234273	rs766915	A	G	812.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-1.087;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.234;HP=3;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=6;PP=485;ReadPosRankSum=1.361;SC=AGTCACAGACACCATGAGGCC;SOR=1.226;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=117;TCF=88;TCR=29;TR=37;WE=62234281;WS=62234263;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,45:0.34:131
chr20	62236148	rs6090471	T	C	2292.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.687;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=359;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.948;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=46;PP=1048;ReadPosRankSum=-0.927;SC=CGGCAGCTGCTGCCGCTGCAT;SOR=0.572;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=232;TCF=110;TCR=122;TR=93;WE=62236156;WS=62236138;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:225,129:0.36:354
chr20	62272658	rs2150910	T	C	646.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=8;PP=302;SC=GAACGTGTTCTGTCGCAGGAT;SOR=0.941;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=19;TCF=10;TCR=9;TR=18;WE=62272666;WS=62272648;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr20	62273435	rs186744824	G	A	1378.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.62;BaseQRankSum=0.542;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.778;HP=1;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=1.546;NF=40;NR=16;PP=1272;ReadPosRankSum=1.755;SC=CCCGCTCCGAGCTCCGCCCCG;SOR=0.568;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=88;TCF=64;TCR=24;TR=56;WE=62273443;WS=62273425;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,63:0.61:103
chr20	62275844	rs6010986	TC	CT	3011.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=3.399;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=41;PP=2316;ReadPosRankSum=-0.546;SC=CTTCCAGACGTCGGCACTGTC;SOR=0.635;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=101;TCF=23;TCR=78;TR=54;WE=62275853;WS=62275834;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,77:0.57:134
chr20	62291008	rs6089953	A	G	1908.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.509;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=50;PP=1166;ReadPosRankSum=1.541;SC=AGGTGGGGTCAGAGAGAGGAT;SOR=0.708;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=103;TCF=24;TCR=79;TR=67;WE=62291016;WS=62290998;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,81:0.63:129
chr20	62294015	rs2297434	C	T	5367.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=4.267;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=455;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.888;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=86;NR=74;PP=2856;ReadPosRankSum=-1.304;SC=GCTCAGTGTCCGACAGGCGAG;SOR=0.635;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=287;TCF=139;TCR=148;TR=160;WE=62294023;WS=62294005;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:209,239:0.53:448
chr20	62294045	rs41298344	C	A	3529.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.769;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=366;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.003;HP=3;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=54;PP=1674;ReadPosRankSum=-0.533;SC=GTGTCCAGAGCCCCAGGCTGC;SOR=0.521;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=267;TCF=145;TCR=122;TR=112;WE=62294053;WS=62294035;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:193,168:0.47:361
chr20	62303794	rs6062300	G	A	293.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=1.430;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=3;PP=139;ReadPosRankSum=0.664;SC=CGACATCGCCGGCGCTGTTGC;SOR=0.549;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=23;TCF=17;TCR=6;TR=10;WE=62303802;WS=62303784;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,15:0.43:35
chr20	62309554	rs41309367	C	T	5385.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.448;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=465;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.762;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=76;NR=72;PP=2127;ReadPosRankSum=0.815;SC=TTGCCCTCCCCGCCTCCTTGC;SOR=0.607;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=267;TCF=131;TCR=136;TR=148;WE=62309562;WS=62309544;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:199,262:0.57:461
chr20	62311935	.	G	A	1454.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=1.911;ClippingRankSum=0.000;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.850;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=11;PP=908;ReadPosRankSum=0.624;SC=CGGGCTGAGCGGGCTCATGCT;SOR=0.582;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=92;TCF=72;TCR=20;TR=51;WE=62311943;WS=62311925;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,64:0.60:106
chr20	62312299	rs2297440	T	C	336.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-2.070;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=9;PP=135;ReadPosRankSum=-0.747;SC=CCCAGGGTGATGCTGGTGAGG;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=1;TCR=15;TR=9;WE=62312307;WS=62312289;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,16:0.70:23
chr20	62319464	rs2738785	T	C	4123.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.037;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=311;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.066;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=57;PP=2103;ReadPosRankSum=0.158;SC=AGGCCTGAGGTCCTGAGCAGT;SOR=0.433;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=210;TCF=124;TCR=86;TR=123;WE=62319472;WS=62319454;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:123,180:0.59:303
chr20	62319604	rs2777941	A	C	8379.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=1.224;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=682;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.123;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=105;NR=112;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.436;SC=CTGGTAGGGAACCCTGCAGAC;SOR=0.593;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=381;TCF=177;TCR=204;TR=217;WE=62319612;WS=62319594;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:281,397:0.59:678
chr20	62320968	rs6062302	T	C	6737.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.542;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=530;ExcessHet=3.0103;FS=1.144;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.76;ReadPosRankSum=-0.849;SOR=0.658;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:197,331:0.63:528
chr20	62321655	rs2236506	G	A	7663.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.075;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=625;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.532;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=100;NR=138;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.121;SC=AGATGCCAGCGCCGGCCCCCC;SOR=0.618;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=407;TCF=165;TCR=242;TR=238;WE=62321667;WS=62321645;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:256,352:0.58:608
chr20	62322288	rs3208007	T	C	856.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.446;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.918;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=16;PP=330;ReadPosRankSum=0.621;SC=CGGGGAGCCCTGGCGAGGAGC;SOR=0.520;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=50;TCF=22;TCR=28;TR=30;WE=62322296;WS=62322278;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,43:0.60:72
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chr20	62328267	rs2257440	C	T	3937.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=0.028;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=558;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.536;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=56;PP=1681;ReadPosRankSum=-1.521;SC=GGCTGGTGTGCGCCCAGTGCC;SOR=0.747;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=320;TCF=166;TCR=154;TR=121;WE=62328275;WS=62328257;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:341,212:0.38:553
chr20	62328375	rs2738787	A	G	15944.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.752;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=592;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=183;NR=206;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.296;SC=GGAACTACCTAGAGCGCTGCC;SOR=0.804;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=393;TCF=183;TCR=210;TR=389;WE=62328383;WS=62328365;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,587:1.00:589
chr20	62328453	rs2258056	T	C	2182.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.472;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=374;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.653;HP=2;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=58;PP=956;ReadPosRankSum=0.429;SC=CCCACAACCGTGCCTGCCGCT;SOR=0.965;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=288;TCF=121;TCR=167;TR=91;WE=62328461;WS=62328443;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:247,126:0.34:373
chr20	62328480	rs55765053	C	T	4389.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=2.157;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=287;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.786;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=95;PP=2691;ReadPosRankSum=1.416;SC=CCGGCTTCTTCGCGCACGCTG;SOR=0.538;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=227;TCF=81;TCR=146;TR=153;WE=62328488;WS=62328470;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:101,186:0.65:287
chr20	62328742	rs909341	C	T	2719.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=-1.026;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=465;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.543;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=47;PP=1187;ReadPosRankSum=-1.885;SC=CAGCCAGCAGCTCCAGCTCAG;SOR=0.657;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=253;TCF=133;TCR=120;TR=97;WE=62328750;WS=62328732;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:301,162:0.35:463
chr20	62328829	rs1291205	C	G	1697.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.457;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=358;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.943;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=38;PP=812;ReadPosRankSum=1.708;SC=CCCATGACACCCTGTGCACCA;SOR=0.832;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=205;TCF=89;TCR=116;TR=66;WE=62328837;WS=62328819;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:246,104:0.30:350
chr20	62331989	rs1048665	T	G	2220.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-1.717;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=314;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.496;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=36;PP=885;ReadPosRankSum=-0.982;SC=TCAGGCAATCTCGCCTGCCGA;SOR=0.567;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=185;TCF=79;TCR=106;TR=67;WE=62331997;WS=62331979;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:189,122:0.39:311
chr20	62332436	rs2738788	A	G	2464.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=57;NR=15;PP=1698;SC=TCAGTGATGGAGGCAGTCTGC;SOR=2.448;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=72;TCF=57;TCR=15;TR=72;WE=62332444;WS=62332426;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr20	62332638	rs374497353	A	AC	8529.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-0.235;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=484;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.773;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=97;PP=2933;ReadPosRankSum=2.556;SC=GTGAAGATTCACCTGGCCCTC;SOR=0.832;SbPval=0.95;Source=Platypus;TC=190;TCF=37;TCR=153;TR=110;WE=62332649;WS=62332628;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:185,281:0.60:466
chr20	62332641	rs2257818	T	C	3396.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=0.163;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=482;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.132;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=51;PP=2672;ReadPosRankSum=-1.720;SC=AAGATTCACCTGGCCCTCTGG;SOR=0.594;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=285;TCF=133;TCR=152;TR=103;WE=62332649;WS=62332628;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:290,185:0.39:475
chr20	62333115	rs2236508	G	A	606.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-1.353;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.661;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=4;PP=363;ReadPosRankSum=-0.786;SC=GTGCACACCTGCTCCCCTTGC;SOR=1.493;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=50;TCF=38;TCR=12;TR=23;WE=62333123;WS=62333105;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,28:0.45:62
chr20	62333350	rs59166240	GCCCC	G,GCCC	849.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.264;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.99;ReadPosRankSum=0.789;SOR=1.445;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:1,22,11:0.65,0.32:34
chr20	62337622	rs1291211	A	G	1924.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=31.55;SOR=4.514;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr20	62340115	rs1291212	C	G	6024.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=70;NR=68;PP=2723;SC=GGAAGAGCAGCTTGTTGGCCG;SOR=0.720;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=139;TCF=70;TCR=69;TR=138;WE=62340123;WS=62340105;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,225:1.00:225
chr20	62364885	rs6011068	T	A	17997.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=676;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=244;NR=177;PP=2965;SC=GGTGGTTCCCTTCAGTGGCAC;SOR=0.953;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=421;TCF=244;TCR=177;TR=421;WE=62364893;WS=62364875;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,670:1.00:670
chr20	62366478	rs2427534	A	G	425.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-2.018;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.123;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=3;PP=225;ReadPosRankSum=-0.083;SC=GGGGTCCCGCAGCCACAGCAC;SOR=0.926;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=53;TCF=40;TCR=13;TR=18;WE=62366486;WS=62366468;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,23:0.40:58
chr20	62367377	rs2427535	A	G	4954.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=47;NR=95;PP=2888;SC=TGGGGCGTGCAGACACTGCTG;SOR=1.434;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=143;TCF=47;TCR=96;TR=142;WE=62367385;WS=62367367;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,182:1.00:182
chr20	62368804	rs2236510	C	T	533.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.139;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.002;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=6;PP=276;ReadPosRankSum=-2.547;SC=GCCCCGCAGCCGCGGGAGGTG;SOR=0.485;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=48;TCF=34;TCR=14;TR=18;WE=62368812;WS=62368794;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,27:0.40:68
chr20	62369300	rs914559	C	G	5512.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=0.213;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=534;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.523;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.652;NF=91;NR=60;PP=2378;ReadPosRankSum=-2.514;SC=GTCCGCAGGGCACCGACCAGC;SOR=0.736;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=283;TCF=167;TCR=116;TR=151;WE=62369308;WS=62369290;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:244,270:0.53:514
chr20	62369426	rs150938918	C	CGGGGCG	1897.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=2.574;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=374;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=20.707;HP=7;HapScore=3;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=3.048;NF=24;NR=41;PP=2972;ReadPosRankSum=-2.935;SC=GAGCAGAGGGCGGGGCGGGGG;SOR=1.555;SbPval=0.03;Source=Platypus;TC=187;TCF=42;TCR=145;TR=65;WE=62369434;WS=62369416;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:211,92:0.30:303
chr20	62369895	rs1151624	A	G	4127.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.887;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=323;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.073;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=77;PP=2399;ReadPosRankSum=-0.629;SC=GGGCCGGCAGATCCTCAGCAG;SOR=0.546;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=228;TCF=98;TCR=130;TR=139;WE=62369903;WS=62369885;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:134,182:0.58:316
chr20	62370349	rs1056441	T	C	2036.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.629;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.324;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=56;PP=1009;ReadPosRankSum=-0.385;SC=GTCCCCGGGCTGCCAGCCCGT;SOR=0.456;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=133;TCF=43;TCR=90;TR=81;WE=62370357;WS=62370339;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,99:0.61:161
chr20	62372706	rs4809221	G	A	1745.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.383;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.384;HP=9;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=28;PP=903;ReadPosRankSum=0.701;SC=CCCGCACCCCGCCCCCATCTC;SOR=0.548;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=104;TCF=60;TCR=44;TR=62;WE=62372714;WS=62372696;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,82:0.59:138
chr20	62372813	rs2427536	G	A	8627.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=334;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=103;NR=98;PP=2965;SC=TGGGGGCCCCGGTTGCAGCCT;SOR=0.755;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=201;TCF=103;TCR=98;TR=201;WE=62372821;WS=62372803;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,332:1.00:332
chr20	62372956	rs2253823	C	T	661.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.349;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.833;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=18;PP=327;ReadPosRankSum=-2.080;SC=AATGGACTCCCGCACCCTCAG;SOR=0.458;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=71;TCF=19;TCR=52;TR=25;WE=62372964;WS=62372946;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,36:0.36:99
chr20	62373707	rs8957	G	T	3052.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.529;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=243;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.581;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=42;PP=1305;ReadPosRankSum=0.450;SC=CAGAGCCTGAGCAGAGTGATG;SOR=0.580;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=128;TCF=61;TCR=67;TR=85;WE=62373715;WS=62373697;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:98,144:0.60:242
chr20	62373983	rs2256814	G	A	3939.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.798;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=490;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.098;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=75;PP=1873;ReadPosRankSum=0.747;SC=GTGAGGCCACGGGTGGCAGCT;SOR=1.007;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=278;TCF=128;TCR=150;TR=125;WE=62373991;WS=62373973;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:274,213:0.44:487
chr20	62374219	rs1151626	A	C	13890.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=2.298;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=524;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=166;NR=150;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.029;SC=ATGTCCTGTGACCCCCCGCAC;SOR=0.252;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=316;TCF=166;TCR=150;TR=316;WE=62374227;WS=62374209;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,518:1.00:519
chr20	62374441	rs6742	T	C	738.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=3.126;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.785;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=22;PP=497;ReadPosRankSum=0.067;SC=AGGGGCTGGCTTTCACCAGCT;SOR=0.920;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=77;TCF=25;TCR=52;TR=31;WE=62374449;WS=62374431;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,34:0.37:93
chr20	62384309	rs2281926	G	C	979.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-2.787;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.481;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=36;PP=591;ReadPosRankSum=0.334;SC=CCAGCAGCCAGGACGGGCTGT;SOR=0.884;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=120;TCF=34;TCR=86;TR=48;WE=62384317;WS=62384299;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:94,54:0.36:148
chr20	62421622	rs755017	A	G	2625.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.345;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=354;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.396;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=52;PP=1568;ReadPosRankSum=-1.560;SC=TGCTCCTCCCAGCCATCACGG;SOR=0.667;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=265;TCF=139;TCR=126;TR=109;WE=62421630;WS=62421612;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:211,136:0.39:347
chr20	62422080	rs2281929	T	C	3641.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.793;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=534;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.545;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=101;PP=1808;ReadPosRankSum=0.589;SC=TAGTGGGACGTGATTTCCATA;SOR=0.725;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=381;TCF=138;TCR=243;TR=157;WE=62422088;WS=62422070;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:325,199:0.38:524
chr20	62488889	.	C	CTTTT	662.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.640;ClippingRankSum=0.000;DP=108;ExcessHet=3.0103;FS=12.991;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.10;MQRankSum=0.000;QD=6.37;ReadPosRankSum=0.233;SOR=0.057;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:67,37:0.36:104
chr20	62489027	rs6011190	G	A	6132.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.109;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=799;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.527;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQ=60.01;MQRankSum=1.206;NF=102;NR=88;PP=2573;ReadPosRankSum=-0.870;SC=CCCCTGCAGGGCTCTTGACCC;SOR=0.741;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=484;TCF=256;TCR=228;TR=190;WE=62489035;WS=62489017;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:469,324:0.41:793
chr20	62504840	.	C	CA	40.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.498;ClippingRankSum=0.000;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.87;ReadPosRankSum=0.240;SOR=0.593;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,13:0.28:47
chr20	62518729	rs3795156	A	G	1073.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-3.071;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=6;PP=712;ReadPosRankSum=-2.244;SC=GGTGCCCCCCATGAGGCCAAG;SOR=0.527;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=58;TCF=50;TCR=8;TR=42;WE=62518737;WS=62518719;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,47:0.73:64
chr20	62518766	rs3795157	C	T	1798.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.682;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=16;PP=1195;ReadPosRankSum=0.211;SC=GAGTTTCCTTCGGGGGCATTG;SOR=0.736;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=95;TCF=72;TCR=23;TR=65;WE=62518774;WS=62518756;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,73:0.66:111
chr20	62520671	rs6062569	T	C	2816.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.342;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FS=0.728;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=23.67;ReadPosRankSum=-0.790;SOR=0.562;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:45,74:0.62:119
chr20	62520674	rs6010690	G	T	2729.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.478;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FS=1.635;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.37;ReadPosRankSum=-1.325;SOR=0.507;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:42,70:0.62:112
chr20	62559964	rs817362	G	A	2051.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=12;NR=48;PP=1331;SC=TGTGTAATGTGCTCCTTATAG;SOR=2.368;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=60;TCF=12;TCR=48;TR=60;WE=62559972;WS=62559954;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr20	62562194	rs78457562	C	T	1795.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.067;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.434;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=16;PP=1154;ReadPosRankSum=0.909;SC=CCACCTTCTTCTCCCCCCAGG;SOR=1.095;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=114;TCF=82;TCR=32;TR=67;WE=62562202;WS=62562184;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,80:0.57:140
chr20	62571417	.	AGGG	A	5800.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.805;ClippingRankSum=0.000;DP=217;ExcessHet=3.0103;FS=46.260;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.25;MQRankSum=0.933;QD=30.37;ReadPosRankSum=0.411;SOR=0.003;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,154:0.81:191
chr20	62573064	rs817370	T	C	390.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=4.520;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.172;HP=3;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=14;PP=319;ReadPosRankSum=1.223;SC=CTCTTGGCTGTCCCGTCCCGC;SOR=2.187;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=34;TCF=7;TCR=27;TR=16;WE=62573072;WS=62573054;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,16:0.41:39
chr20	62574006	rs73147065	A	G	3014.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.270;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.519;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=38;PP=1314;ReadPosRankSum=0.320;SC=GCCCTGCCTGACCCTCCCTCC;SOR=0.627;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=140;TCF=82;TCR=58;TR=88;WE=62574014;WS=62573996;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,141:0.64:219
chr20	62578077	rs111264888	A	AT	2175.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=36;PP=1869;SC=CCCACAGGGCACCCCCCCCAC;SOR=2.080;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=5;TCR=36;TR=41;WE=62578085;WS=62578067;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr20	62594247	rs2275294	G	A	642.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-1.620;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.309;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=10;PP=443;ReadPosRankSum=-2.122;SC=CAGTGTGCTGGGGACATGGCT;SOR=0.446;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=36;TCF=21;TCR=15;TR=22;WE=62594255;WS=62594237;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,25:0.64:39
chr20	62594831	rs41278228	G	A	600.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.326;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=8;PP=312;ReadPosRankSum=2.999;SC=CGGCACCATCGCCACGGAGCC;SOR=0.588;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=41;TCF=25;TCR=16;TR=19;WE=62594839;WS=62594821;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,28:0.48:58
chr20	62595169	rs817325	A	G	4283.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.846;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=602;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.813;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=68;PP=2097;ReadPosRankSum=-1.143;SC=TGTGCTTCTTAAGCCCCACGA;SOR=0.569;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=354;TCF=165;TCR=189;TR=134;WE=62595177;WS=62595159;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:375,220:0.37:595
chr20	62597433	.	G	A	282	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=50;MMLQ=24;MQ=58.18;NF=6;NR=1;PP=282;QD=45.2530303639;SC=CCTGACCTGGGACGAGCCCCC;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=28;TCF=24;TCR=4;TR=7;WE=62597441;WS=62597430;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:21,7:0.25:28
chr20	62597455	.	T	C	1529	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;FR=0.5000;HP=1;HapScore=4;MGOF=19;MMLQ=28;MQ=59.13;NF=11;NR=2;PP=1529;QD=120.290093273;SC=TACCTTTTCTTACCACTGTTC;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=39;TCF=31;TCR=8;TR=13;WE=62597473;WS=62597445;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:26,13:0.33:39
chr20	62597463	.	TTCC	T	1530	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;FR=0.5000;HP=1;HapScore=4;MGOF=19;MMLQ=24;MQ=59.37;NF=9;NR=2;PP=1530;QD=142.090909091;SC=CTTACCACTGTTCCTCCCCGA;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=43;TCF=32;TCR=11;TR=11;WE=62597473;WS=62597445;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:32,11:0.26:43
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chr20	62625036	rs138342962	A	AG	296.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-2.020;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.020;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.193;NF=0;NR=11;PP=314;ReadPosRankSum=0.541;SC=CTACTGTAAAAGGTAGGACAA;SOR=0.252;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=25;TCF=1;TCR=24;TR=11;WE=62625044;WS=62625026;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,12:0.44:27
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chr20	62664365	rs7550	C	T	2294.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-1.338;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=294;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.435;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=42;PP=819;ReadPosRankSum=-0.027;SC=TTGCCATGGCCGGTCTCCGTG;SOR=0.607;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=164;TCF=60;TCR=104;TR=67;WE=62664373;WS=62664355;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:161,125:0.44:286
chr20	62670369	rs118165004	C	T	907.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.036;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=16;PP=303;ReadPosRankSum=-0.040;SC=CTTCGCCTGCCTCTCTGTGGG;SOR=0.748;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=74;TCF=24;TCR=50;TR=22;WE=62670377;WS=62670359;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,47:0.38:124
chr20	62697751	rs4809251	T	C	5456.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=67;NR=63;PP=2535;SC=CCTTGTGTTCTCCTCCAGTAG;SOR=0.762;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=131;TCF=68;TCR=63;TR=130;WE=62697759;WS=62697741;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,207:1.00:207
chr20	62698188	rs34848242	G	A	6220.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=128;NR=60;PP=2965;SC=GTCCTGTGGGGGCCACCAAGG;SOR=1.642;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=189;TCF=129;TCR=60;TR=188;WE=62698196;WS=62698178;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,220:1.00:220
chr20	62698484	rs10460612	G	A	2842.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=22;NR=62;PP=1760;SC=GAGCCAGGTCGCTTGGGAGTG;SOR=1.802;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=84;TCF=22;TCR=62;TR=84;WE=62698492;WS=62698474;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr20	62701092	rs4809393	A	C	5389.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=75;NR=46;PP=2602;SC=CCAGTGGGGGAAGCTAGTCAG;SOR=1.071;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=121;TCF=75;TCR=46;TR=121;WE=62701100;WS=62701082;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,196:1.00:196
chr20	62703490	rs13039439	C	T	17070.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.369;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=636;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=258;NR=156;PP=2965;ReadPosRankSum=0.354;SC=TCTCATGTGGCCACAAGGCTG;SOR=0.626;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=418;TCF=260;TCR=158;TR=414;WE=62703498;WS=62703480;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,624:1.00:627
chr20	62705140	rs6011280	A	C	543.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=5;PP=387;SC=CCTGCCGACAACAACACCTGA;SOR=1.609;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=17;TCF=12;TCR=5;TR=17;WE=62705148;WS=62705130;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr20	62737075	.	G	C	735.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=61.40;QD=45.99;SOR=5.670;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr20	62737078	.	G	GATGATGGGGGT	977.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=61.68;QD=57.51;SOR=5.784;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr20	62830290	rs2295450	C	A	2084.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-2.557;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=333;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.422;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=48;PP=881;ReadPosRankSum=0.383;SC=CCCTCCCCTCCTCCAGGGCTG;SOR=0.655;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=208;TCF=76;TCR=132;TR=78;WE=62830298;WS=62830280;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:206,120:0.37:326
chr20	62836382	rs2273443	C	T	2838.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.039;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=396;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.374;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=40;PP=1160;ReadPosRankSum=-0.020;SC=TTTTATTTCCCCTCAGCTGCC;SOR=0.671;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=247;TCF=143;TCR=104;TR=92;WE=62836390;WS=62836372;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:236,154:0.39:390
chr20	62838866	rs76118085	G	C	1498.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-0.585;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.413;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=7;PP=1084;ReadPosRankSum=0.470;SC=AGGTGGAGGGGTGGTGGGTGT;SOR=0.385;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=112;TCF=100;TCR=12;TR=54;WE=62838874;WS=62838860;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,59:0.48:123
chr20	62838933	rs6090069	T	C	4428.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.117;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=466;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.162;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=107;NR=55;PP=2791;ReadPosRankSum=1.470;SC=CACGTTGATTTTGATTTTGTG;SOR=0.595;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=332;TCF=230;TCR=102;TR=162;WE=62838941;WS=62838923;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:240,205:0.46:445
chr20	62839888	rs59834539	T	C	475.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-1.443;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.638;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=11;PP=178;ReadPosRankSum=-0.666;SC=CTTTCACCCCTGCCCCAGGTG;SOR=0.260;SbPval=0.25;Source=Platypus;TC=44;TCF=15;TCR=29;TR=20;WE=62839896;WS=62839878;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,26:0.47:55
chr20	62843542	.	GGGGGCCAGGGTGGGGGCCGTGGT	G	1256.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.416;ClippingRankSum=0.000;DP=300;ExcessHet=3.0103;FS=0.656;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.67;MQRankSum=9.749;QD=8.43;ReadPosRankSum=-0.432;SOR=0.778;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:89,60:0.40:149
chr20	62850358	rs41279348	C	T	1058.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-2.839;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.547;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=33;PP=582;ReadPosRankSum=1.091;SC=CTGAGAACCTCAGCACGAAGC;SOR=0.974;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=109;TCF=26;TCR=83;TR=39;WE=62850366;WS=62850348;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,53:0.40:133
chr20	62904542	rs6062361	A	G	416.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-2.639;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=2;PP=250;ReadPosRankSum=-0.009;SC=ACTCCGATGCATTTGACTGTG;SOR=0.728;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=48;TCF=43;TCR=5;TR=19;WE=62904550;WS=62904532;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,22:0.40:55
chr20	62959363	rs111569474	G	C	1326.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=34;PP=1011;SC=TGCGCCTGGGGTGGCGGCGGG;SOR=2.833;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=42;TCF=8;TCR=34;TR=42;WE=62959371;WS=62959353;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr21	9825735	rs371225382	T	C	241.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=41.90;QD=26.86;SOR=3.056;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr21	9825838	.	T	TGCG	14901.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=3.807;ClippingRankSum=0.000;DP=612;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.215;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-0.970;NF=138;NR=47;PP=2971;ReadPosRankSum=-0.966;SC=CGGCCGCGACTGCGGCGGCGG;SOR=1.126;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=409;TCF=319;TCR=90;TR=185;WE=9825860;WS=9825823;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:247,357:0.59:604
chr21	9825966	.	A	C	41672.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.402;ClippingRankSum=0.000;DP=4812;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.78;MQRankSum=-17.180;QD=8.68;ReadPosRankSum=-1.370;SOR=0.690;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2607,2192:0.46:4799
chr21	9826301	rs374753985	T	C	74861.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.288;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=3012;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=45.25;MQRankSum=-0.231;QD=25.28;ReadPosRankSum=0.331;SOR=0.729;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:73,2888:0.98:2961
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chr21	9907375	rs146622385	T	C	27403.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.815;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1068;ExcessHet=3.0103;FS=0.557;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.00;MQRankSum=-12.503;QD=25.73;ReadPosRankSum=0.615;SOR=0.763;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:356,709:0.67:1065
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chr21	9907416	.	C	T	18898.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=2.213;ClippingRankSum=0.000;DP=687;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.558;HP=2;HapScore=1;MGOF=54;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-5.045;NF=165;NR=273;PP=2962;ReadPosRankSum=1.907;SC=AAGCTTCTCCCGCAGCGCTGT;SOR=0.990;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=643;TCF=252;TCR=391;TR=438;WE=9907424;WS=9907406;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:228,458:0.67:686
chr21	9907503	.	C	A	2703.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-6.589;ClippingRankSum=0.000;DP=130;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=39.94;MQRankSum=-0.229;QD=20.80;ReadPosRankSum=-0.343;SOR=1.839;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,91:0.70:130
chr21	9907592	.	T	C	399.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.865;ClippingRankSum=0.000;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=39.69;MQRankSum=-0.841;QD=15.99;ReadPosRankSum=-0.837;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,15:0.60:25
chr21	10793771	rs200837359	A	G	118.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.965;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.95;MQRankSum=-0.718;QD=10.80;ReadPosRankSum=1.335;SOR=1.112;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,4:0.36:11
chr21	10793776	rs368569117	GGAGTT	G	235.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.076;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.27;MQRankSum=0.448;QD=18.13;ReadPosRankSum=-0.469;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,7:0.54:13
chr21	10793781	rs113770789	T	G	244.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=1.514;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=4;MGOF=66;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.448;NF=10;NR=1;PP=325;ReadPosRankSum=0.010;SC=AGAATGGAGTTGAATGGAGCA;SOR=0.551;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=11;TCR=1;TR=11;WE=10793806;WS=10793771;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,6:0.46:13
chr21	10793789	.	GCAGAATGGAA	G	433.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=0.497;ClippingRankSum=0.000;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.473;HP=1;HapScore=4;MGOF=66;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.146;NF=7;NR=1;PP=807;ReadPosRankSum=-0.809;SC=GTTGAATGGAGCAGAATGGAA;SOR=0.211;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=14;TCF=11;TCR=3;TR=8;WE=10793806;WS=10793771;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,9:0.45:20
chr21	10793822	rs143361187	G	T	1015.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.076;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=1.216;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.40;MQRankSum=2.707;QD=22.08;ReadPosRankSum=-0.733;SOR=0.419;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,26:0.57:46
chr21	10793825	rs139250106	T	A	1044.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.393;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.70;MQRankSum=3.048;QD=20.90;ReadPosRankSum=-0.440;SOR=0.557;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,28:0.56:50
chr21	10793860	.	T	TGG	853.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.727;ClippingRankSum=0.000;DP=92;ExcessHet=3.0103;FS=0.996;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=63.34;MQRankSum=-4.181;QD=13.34;ReadPosRankSum=1.102;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,25:0.39:64
chr21	10793861	rs28362110	A	G,AATGGAATGGAATGGAGTG	3478.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-1.848;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FS=2.925;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=63.30;MQRankSum=0.788;QD=54.36;ReadPosRankSum=0.548;SOR=0.190;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:2,37,25:0.58,0.39:64
chr21	10793885	rs200167075	A	T	989.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.445;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FS=4.387;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.94;MQRankSum=3.305;QD=10.64;ReadPosRankSum=3.066;SOR=1.251;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:65,28:0.30:93
chr21	10793891	rs28490105	T	G	2917.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.035;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=61.11;MQRankSum=0.764;QD=29.47;ReadPosRankSum=1.247;SOR=0.657;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:5,94:0.95:99
chr21	10793906	rs146787155	G	C	1224.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.084;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FS=6.745;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.45;MQRankSum=4.960;QD=11.66;ReadPosRankSum=0.446;SOR=1.399;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:70,35:0.33:105
chr21	10793912	rs200243265	A	G	1227.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.674;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FS=8.142;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.44;MQRankSum=4.995;QD=11.58;ReadPosRankSum=-0.713;SOR=1.441;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:71,35:0.33:106
chr21	10793961	.	T	TGAATGGAATGGACTC	1357.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.324;ClippingRankSum=0.000;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=2.207;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=62.07;MQRankSum=0.562;QD=36.70;ReadPosRankSum=-1.102;SOR=1.542;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,33:0.89:37
chr21	10794022	rs28971978	A	G	260.41	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.589;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.31;MQRankSum=-0.000;QD=28.93;ReadPosRankSum=0.589;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,8:0.89:9
chr21	10794047	rs28970391	G	A	286.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=47.80;SOR=3.912;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr21	10794051	rs200584440	T	C	286.80	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=47.80;SOR=3.912;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr21	10794052	rs74672900	G	A	286.80	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=47.80;SOR=3.912;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr21	10862599	rs3883945	C	T	10121.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.710;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=234;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=93;NR=59;PP=2885;ReadPosRankSum=-0.840;SC=CTAGAGAAGCCCCTGAGAGCA;SOR=1.081;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=154;TCF=94;TCR=60;TR=152;WE=10862607;WS=10862589;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,228:0.99:230
chr21	10862618	rs3916251	T	C	11254.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.747;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=281;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=-0.124;NF=104;NR=72;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.742;SC=CACAGCTCCTTACCATGGACT;SOR=1.000;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=178;TCF=105;TCR=73;TR=176;WE=10862626;WS=10862608;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,273:0.99:275
chr21	10862846	rs3916645	A	T	12650.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=283;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=57.27;QD=44.86;SOR=0.962;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,282:1.00:282
chr21	10862853	rs1961808	G	A	8424.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.371;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=316;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=57.32;MQRankSum=-0.530;QD=26.75;ReadPosRankSum=-0.630;SOR=0.929;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:6,309:0.98:315
chr21	10862874	rs1807747	A	G	9167.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.316;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=358;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=40;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=-1.171;NF=136;NR=108;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.841;SC=CACTGGGTGCACCAGGTCCAT;SOR=0.892;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=248;TCF=138;TCR=110;TR=244;WE=10862882;WS=10862864;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,350:0.99:354
chr21	10862947	rs3883944	G	A	12446.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.096;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=477;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=-0.926;NF=181;NR=146;PP=2965;ReadPosRankSum=0.624;SC=GCTATGCACAGAAGTTCCAGG;SOR=0.868;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=329;TCF=182;TCR=147;TR=327;WE=10862955;WS=10862937;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,468:0.99:472
chr21	10863087	rs28521368	T	G	9362.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=352;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=87;NR=138;PP=2965;SC=TCTTGAGAGTTTCAGAAACTG;SOR=1.056;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=225;TCF=87;TCR=138;TR=225;WE=10863095;WS=10863077;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,351:1.00:351
chr21	10910291	rs150480	C	T	4140.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.897;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=317;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.426;HP=3;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-4.677;NF=88;NR=57;PP=2211;ReadPosRankSum=2.104;SC=GCAGAGGCTACTTTGTGATTA;SOR=0.739;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=214;TCF=131;TCR=83;TR=145;WE=10910299;WS=10910281;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:120,194:0.62:314
chr21	10910311	rs9996	T	G	5291.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=2.288;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=398;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.373;HP=3;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-5.048;NF=87;NR=66;PP=2594;ReadPosRankSum=0.769;SC=ACTCACCGAATAGAAAAACTG;SOR=0.666;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=241;TCF=140;TCR=101;TR=153;WE=10910319;WS=10910301;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:156,237:0.60:393
chr21	10910347	rs150482	A	G	11067.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.927;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=432;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=-0.590;NF=116;NR=131;PP=2965;ReadPosRankSum=3.735;SC=ATACAGAGGTAGACCGTCGAA;SOR=0.782;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=249;TCF=117;TCR=132;TR=247;WE=10910355;WS=10910337;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,422:0.99:426
chr21	10916293	rs150483	A	G	1382.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-1.133;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=-3.253;NF=36;NR=22;PP=829;ReadPosRankSum=-1.192;SC=CTGTATATACAACTATGAGCA;SOR=0.728;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=87;TCF=55;TCR=32;TR=58;WE=10916301;WS=10916283;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,66:0.65:101
chr21	10920098	rs212146	T	C	6795.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=260;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=63;NR=82;PP=2913;SC=GAAGGAGTTTTTACTCCCTGA;SOR=0.843;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=146;TCF=63;TCR=83;TR=145;WE=10920106;WS=10920088;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,256:1.00:256
chr21	10942842	rs62212562	G	C	3560.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.662;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQ=59.92;MQRankSum=-0.629;NF=38;NR=77;PP=2222;ReadPosRankSum=-0.401;SC=ACATTATACAGTATAGATATC;SOR=0.671;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=158;TCF=51;TCR=107;TR=115;WE=10942850;WS=10942832;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,144:0.71:203
chr21	10969121	rs191128347	T	G	802.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.61;BaseQRankSum=0.315;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.170;NF=13;NR=14;PP=292;ReadPosRankSum=1.292;SC=AATTCACTTGTGTGTGGGCTA;SOR=0.676;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=91;TCF=43;TCR=48;TR=27;WE=10969129;WS=10969111;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:150,55:0.27:205
chr21	10969894	.	A	AATGG	2143.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.386;ClippingRankSum=0.000;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.292;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=4.267;NF=8;NR=16;PP=1025;ReadPosRankSum=1.672;SC=TGGATGGATGAATGGATGGAT;SOR=1.253;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=47;TCF=13;TCR=34;TR=24;WE=10969902;WS=10969884;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,53:0.55:97
chr21	10971453	rs1739180	T	C	515.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.626;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=16;PP=401;ReadPosRankSum=0.453;SC=CTTTTATTATTCACATGTATG;SOR=0.826;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=31;TCF=7;TCR=24;TR=20;WE=10971461;WS=10971443;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,21:0.64:33
chr21	10973787	rs469953	T	A	3016.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.884;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.503;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-9.630;NF=48;NR=86;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.834;SC=CTAGAGGATGTCAAAAGAATA;SOR=0.764;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=196;TCF=67;TCR=129;TR=134;WE=10973806;WS=10973777;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:99,134:0.58:233
chr21	10973798	rs469961	T	C	2648.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=4.027;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.586;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-10.204;NF=36;NR=79;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.438;SC=CAAAAGAATATAGTCAGACAG;SOR=0.790;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=171;TCF=51;TCR=120;TR=115;WE=10973806;WS=10973777;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,108:0.57:188
chr21	10998165	rs364232	C	A	2404.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.784;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=1.864;NF=65;NR=23;PP=1759;ReadPosRankSum=-0.818;SC=TTTAATTAACCAAGTGTTGAT;SOR=0.779;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=89;TCF=66;TCR=23;TR=88;WE=10998173;WS=10998155;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,90:0.99:91
chr21	11026874	rs6582728	G	T	182.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-1.021;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-1.783;NF=6;NR=2;PP=132;ReadPosRankSum=0.483;SC=AACATTCTGTGACAGCCCAAA;SOR=0.368;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=13;TCF=11;TCR=2;TR=8;WE=11026882;WS=11026865;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,8:0.53:15
chr21	11027085	rs6421268	A	C	986.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=1.555;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.699;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-1.644;NF=18;NR=19;PP=518;ReadPosRankSum=-0.157;SC=TATCAGCAAGACTTTGCATGA;SOR=0.569;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=95;TCF=42;TCR=53;TR=37;WE=11027093;WS=11027075;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,50:0.42:118
chr21	11027129	rs4577378	C	T	630.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=2.040;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.216;HP=1;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=20;PP=405;ReadPosRankSum=0.533;SC=TTCTCGGTGACGACAACAACT;SOR=0.416;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=55;TCF=10;TCR=45;TR=26;WE=11027137;WS=11027119;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,29:0.47:62
chr21	11038649	rs28565510	C	A	1267.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.116;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=41.28;MQRankSum=-1.101;QD=16.68;ReadPosRankSum=1.876;SOR=0.831;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,46:0.61:76
chr21	11038722	rs62209718	C	A	9031.31	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=2.670;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=408;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=-1.866;NF=213;NR=87;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.459;SC=ATTAAAATCACCCTACCTGTT;SOR=0.773;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=335;TCF=238;TCR=97;TR=300;WE=11038730;WS=11038712;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:45,363:0.89:408
chr21	11038796	rs71227100	T	C	606.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.370;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=858;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.48;MQRankSum=-10.743;QD=0.71;ReadPosRankSum=0.641;SOR=0.657;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:738,120:0.14:858
chr21	11038802	rs56253511	G	A	2058.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.781;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=846;ExcessHet=3.0103;FS=0.652;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.45;MQRankSum=-1.218;QD=2.44;ReadPosRankSum=0.916;SOR=0.838;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:668,175:0.21:843
chr21	11038843	rs10433076	G	C	14191.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.589;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=755;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.525;HP=1;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-9.336;NF=298;NR=267;PP=2962;ReadPosRankSum=0.544;SC=TTCCAGCAGAGGAACTAAGAG;SOR=0.551;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=683;TCF=375;TCR=308;TR=565;WE=11038851;WS=11038833;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:124,627:0.83:751
chr21	11038868	rs67736403	C	T	12983.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=5.059;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=694;ExcessHet=3.0103;FR=0.5623;FS=0.660;HP=1;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-15.391;NF=324;NR=250;PP=2963;ReadPosRankSum=-0.084;SC=AGGGTAATTACGCAGCATGTC;SOR=0.798;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=672;TCF=371;TCR=301;TR=574;WE=11038876;WS=11038858;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:137,543:0.80:680
chr21	11038998	rs1625628	G	A	112.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.448;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1243;ExcessHet=3.0103;FS=0.855;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.34;MQRankSum=-5.852;QD=0.09;ReadPosRankSum=1.692;SOR=0.846;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1095,147:0.12:1242
chr21	11039072	rs1625833	G	T	243.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.592;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1357;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.31;MQRankSum=-0.364;QD=0.18;ReadPosRankSum=-0.256;SOR=0.655;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1192,160:0.12:1352
chr21	11039079	rs3888469	C	T	452.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.149;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1348;ExcessHet=3.0103;FS=0.830;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.70;MQRankSum=-3.482;QD=0.38;ReadPosRankSum=-2.889;SOR=0.758;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1053,148:0.12:1201
chr21	11039142	rs2537265	T	A	1966.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.172;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1165;ExcessHet=3.0103;FS=0.857;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.70;MQRankSum=-3.831;QD=1.70;ReadPosRankSum=-0.423;SOR=0.739;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1025,129:0.11:1154
chr21	11039152	rs2740231	A	C	1896.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.264;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1164;ExcessHet=3.0103;FS=0.857;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.90;MQRankSum=0.352;QD=1.65;ReadPosRankSum=0.270;SOR=0.707;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1027,125:0.11:1152
chr21	11049343	.	C	T	312.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.837;ClippingRankSum=0.000;DP=218;ExcessHet=3.0103;FS=1.480;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.75;MQRankSum=-0.709;QD=1.43;ReadPosRankSum=-0.423;SOR=0.311;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:186,32:0.15:218
chr21	11049395	rs467462	T	C	15143.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.128;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=446;ExcessHet=3.0103;FS=2.696;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.48;MQRankSum=0.757;QD=33.95;ReadPosRankSum=1.529;SOR=1.011;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:69,377:0.85:446
chr21	11049404	rs2259244	C	G	8945.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.771;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=447;ExcessHet=3.0103;FS=1.500;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.13;MQRankSum=0.090;QD=20.01;ReadPosRankSum=0.433;SOR=0.861;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:85,362:0.81:447
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chr21	11049516	rs468629	G	A	10834.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=359;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=41.48;QD=31.59;SOR=1.050;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,343:1.00:343
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chr21	11059799	rs74827812	C	T	123.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.495;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.95;MQRankSum=-0.088;QD=0.88;ReadPosRankSum=-1.767;SOR=0.746;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:119,22:0.16:141
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chr21	11059845	rs7364036	C	T	1932.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.437;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.553;HP=1;HapScore=2;MGOF=39;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.964;NF=28;NR=19;PP=696;ReadPosRankSum=-2.311;SC=ATTAGCCGGACGTGGTGGCAG;SOR=0.764;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=106;TCF=60;TCR=46;TR=47;WE=11059862;WS=11059831;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:89,88:0.50:177
chr21	11059853	rs75278999	CA	TG	1044.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.320;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.45;MQRankSum=-0.257;QD=5.94;ReadPosRankSum=2.179;SOR=0.635;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:139,37:0.21:176
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chr21	11059951	rs75112368	T	C	266.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.233;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.06;MQRankSum=-1.557;QD=2.38;ReadPosRankSum=0.700;SOR=0.690;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:88,24:0.21:112
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chr21	11060024	.	CAGA	C	128.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.092;ClippingRankSum=0.000;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.06;MQRankSum=2.108;QD=3.68;ReadPosRankSum=0.417;SOR=0.287;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,6:0.17:35
chr21	11060029	rs112803135	A	AAAAAT	208.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.172;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=2.722;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.92;MQRankSum=-4.328;QD=7.20;ReadPosRankSum=2.142;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,10:0.34:29
chr21	11098626	rs1967649	G	A	3932.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.774;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=285;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.457;HP=2;HapScore=2;MGOF=70;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=1.898;NF=78;NR=46;PP=2962;ReadPosRankSum=0.581;SC=ATCTCTAGCCGGTCAAGAGCA;SOR=0.635;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=241;TCF=158;TCR=83;TR=124;WE=11098634;WS=11098606;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:102,182:0.64:284
chr21	11098664	rs75742769	A	G	1811.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.087;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=520;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.61;MQRankSum=-8.575;QD=3.50;ReadPosRankSum=-3.865;SOR=0.613;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:444,74:0.14:518
chr21	11098673	.	GTACTCCTAC	G	1855.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=2.929;ClippingRankSum=0.000;DP=592;ExcessHet=3.0103;FS=0.766;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.64;MQRankSum=-8.823;QD=3.19;ReadPosRankSum=-1.904;SOR=0.816;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:503,79:0.14:582
chr21	11098674	rs1752238	T	C	10910.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-3.091;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=557;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.765;HP=1;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=8.518;NF=197;NR=131;PP=2962;ReadPosRankSum=1.524;SC=ACTCAGGCTGTACTCCTACCA;SOR=0.618;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=338;TCF=200;TCR=138;TR=328;WE=11098736;WS=11098654;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,468:0.86:547
chr21	11098685	.	CTCCAGCCGCCA	C	2281.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.475;ClippingRankSum=0.000;DP=616;ExcessHet=3.0103;FS=1.711;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.65;MQRankSum=-8.802;QD=3.79;ReadPosRankSum=-1.639;SOR=0.973;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:520,82:0.14:602
chr21	11098704	rs74415742	A	G	3403.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.016;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=644;ExcessHet=3.0103;FS=0.700;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.64;MQRankSum=-7.863;QD=5.41;ReadPosRankSum=-2.089;SOR=0.777;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:518,111:0.18:629
chr21	11098723	rs73151874	T	C	5190.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.769;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=660;ExcessHet=3.0103;FS=0.608;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.62;MQRankSum=-6.355;QD=8.06;ReadPosRankSum=-0.023;SOR=0.744;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:485,159:0.25:644
chr21	11098728	rs113315187	C	T	5241.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.893;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=657;ExcessHet=3.0103;FS=0.604;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.61;MQRankSum=-6.283;QD=8.18;ReadPosRankSum=1.319;SOR=0.733;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:480,161:0.25:641
chr21	11098827	rs79274499	C	T	1932.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.340;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=254;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.839;HP=2;HapScore=2;MGOF=28;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-4.963;NF=29;NR=52;PP=1201;ReadPosRankSum=0.720;SC=CCATCCAGAGCGAGACGAGCC;SOR=0.413;SbPval=0.22;Source=Platypus;TC=195;TCF=57;TCR=138;TR=81;WE=11098835;WS=11098817;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:140,98:0.41:238
chr21	11098863	rs75318310	A	G	1201.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=2.976;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=-5.643;NF=10;NR=41;PP=1008;ReadPosRankSum=0.323;SC=CCAGCCTCCAACTCCCCCTTC;SOR=0.649;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=113;TCF=19;TCR=94;TR=51;WE=11098871;WS=11098853;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,53:0.42:127
chr21	14756428	.	T	TAC	112.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.174;ClippingRankSum=0.000;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.63;ReadPosRankSum=0.580;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,5:0.29:17
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chr21	14756449	.	A	ATATGTG	418	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;FR=0.5000;HP=2;HapScore=4;MGOF=35;MMLQ=25;MQ=58.03;NF=6;NR=6;PP=418;QD=35.0833333333;SC=ATATATATATATGTGTGTGTG;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=20;TCF=10;TCR=10;TR=12;WE=14756457;WS=14756428;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:8,12:0.60:20
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chr21	14757095	rs148845140	G	GT	4679.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.392;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=378;ExcessHet=3.0103;FS=1.721;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.65;MQRankSum=-3.114;QD=12.58;ReadPosRankSum=1.875;SOR=0.605;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:149,223:0.60:372
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chr21	14757565	rs2821832	C	G	308.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=2.257;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-1.387;NF=1;NR=12;PP=235;ReadPosRankSum=0.220;SC=ATAACTTGTACGTTTATACAA;SOR=0.693;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=25;TCF=2;TCR=23;TR=13;WE=14757573;WS=14757555;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,13:0.50:26
chr21	14758516	rs2821833	T	A	371.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=47.81;QD=28.60;SOR=2.147;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr21	14760151	rs2775777	T	C	3075.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.377;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=50.51;MQRankSum=-1.254;QD=24.22;ReadPosRankSum=-0.800;SOR=0.845;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,125:0.98:127
chr21	14765864	rs143497898	A	T	139.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=38.92;QD=23.31;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr21	14766093	rs2775805	G	A	771.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.322;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.702;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.948;NF=14;NR=17;PP=465;ReadPosRankSum=-0.248;SC=ATTTATTATCGGTCATAAGTA;SOR=0.345;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=46;TCF=18;TCR=28;TR=31;WE=14766101;WS=14766083;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,35:0.70:50
chr21	14771327	rs143695938	TC	T	2371.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.809;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FS=2.417;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.73;MQRankSum=1.615;QD=19.60;ReadPosRankSum=0.409;SOR=0.468;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:46,75:0.62:121
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chr21	14778811	rs112146711	C	T	350.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=43.02;QD=26.98;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr21	15352253	rs56270809	A	C	168.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.391;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=4;PP=83;ReadPosRankSum=-0.958;SC=CTCCCAACCAACTGCTCTTGA;SOR=0.385;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=13;TCF=5;TCR=8;TR=7;WE=15352261;WS=15352243;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,9:0.50:18
chr21	15373420	rs1297087	C	A	6704.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=250;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=61;NR=101;PP=2965;SC=GTTGATCTTACGGTAACATGC;SOR=1.080;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=165;TCF=62;TCR=103;TR=162;WE=15373428;WS=15373410;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,247:1.00:247
chr21	15374041	rs9976278	G	A	917.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.448;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.065;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.429;NF=13;NR=23;PP=616;ReadPosRankSum=0.045;SC=CTTTATAAACGGAAAGACTAG;SOR=0.892;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=52;TCF=19;TCR=33;TR=36;WE=15374049;WS=15374031;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,39:0.66:59
chr21	15374268	rs150310172	A	T	2112.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=1.841;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.141;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=2.390;NF=32;NR=28;PP=1017;ReadPosRankSum=2.223;SC=ACATTTCACTATGTGCTGGTA;SOR=0.713;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=113;TCF=59;TCR=54;TR=60;WE=15374276;WS=15374258;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,99:0.54:185
chr21	15374334	.	TA	T	304.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.495;ClippingRankSum=0.000;DP=156;ExcessHet=3.0103;FS=2.707;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.84;MQRankSum=-5.383;QD=2.24;ReadPosRankSum=0.329;SOR=0.985;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:98,38:0.28:136
chr21	15374385	.	G	A	124.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.317;ClippingRankSum=0.000;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.757;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=-5.003;NF=17;NR=12;PP=298;ReadPosRankSum=1.208;SC=TACGAAACGCGCTCTTGGTTT;SOR=1.082;SbPval=0.15;Source=Platypus;TC=95;TCF=42;TCR=53;TR=29;WE=15374393;WS=15374375;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,16:0.16:97
chr21	15481234	rs7279700	C	T	159.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.541;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=2;PP=122;ReadPosRankSum=-2.020;SC=TTGAACAGTGCATTATAAAAG;SOR=0.839;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=41;TCF=28;TCR=13;TR=9;WE=15481242;WS=15481224;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,14:0.21:66
chr21	15481365	rs7278737	G	T	469.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.576;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.73;ReadPosRankSum=-1.299;SOR=0.647;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:52,30:0.37:82
chr21	15516898	rs2822431	C	T	161.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-1.203;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=1;PP=51;ReadPosRankSum=-1.411;SC=CCAATATTTTCAAGTTTAAAA;SOR=0.404;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=21;TCF=18;TCR=3;TR=6;WE=15516906;WS=15516888;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,10:0.32:31
chr21	15516948	rs2822432	C	T	245.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.315;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.021;HP=4;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=5;PP=102;ReadPosRankSum=1.742;SC=TCTTACCTTTCTGGGTATGTA;SOR=0.532;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=50;TCF=33;TCR=17;TR=12;WE=15516956;WS=15516938;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,19:0.26:74
chr21	15516976	rs7283442	T	A	2538.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=38;NR=27;PP=1068;SC=TTAACATGAGTCTCTGGATCT;SOR=0.909;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=65;TCF=38;TCR=27;TR=65;WE=15516984;WS=15516966;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr21	15554030	rs2822438	T	C	455.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-1.260;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=4;PP=240;ReadPosRankSum=-0.623;SC=AAGGTCTACATTTTCCTTTTC;SOR=0.520;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=42;TCF=34;TCR=8;TR=19;WE=15554038;WS=15554020;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,23:0.46:50
chr21	15554338	rs381352	T	C	486.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=1.633;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=15;PP=363;ReadPosRankSum=0.148;SC=AGTGAATGAATAGCAGGTAAC;SOR=0.608;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=27;TCF=5;TCR=22;TR=19;WE=15554346;WS=15554328;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,19:0.73:26
chr21	15558203	rs200600449	C	CAAA	108.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-1.742;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.890;HP=13;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=1;PP=54;ReadPosRankSum=0.742;SC=GACTCTGTCTCAAAAAAAAAA;SOR=1.051;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=15;TCF=12;TCR=3;TR=4;WE=15558211;WS=15558193;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,6:0.46:13
chr21	15558346	rs397517	G	A	1767.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-3.343;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.556;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=24;PP=808;ReadPosRankSum=0.740;SC=GAGCCCCTAAGCTCACACCTA;SOR=0.484;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=90;TCF=54;TCR=36;TR=58;WE=15558354;WS=15558336;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,84:0.69:121
chr21	15558464	rs397825	G	A	1467.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.059;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.126;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=29;PP=835;ReadPosRankSum=-1.109;SC=CTCATATATCGACATTTCAAA;SOR=0.362;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=70;TCF=25;TCR=45;TR=48;WE=15558472;WS=15558454;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,66:0.67:99
chr21	15561781	rs416402	G	A	109.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-2.404;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=5;PP=63;ReadPosRankSum=-0.240;SC=TACTGGGATAGTATTTTATTC;SOR=1.445;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=12;TCF=3;TCR=9;TR=6;WE=15561789;WS=15561771;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,6:0.50:12
chr21	15583220	rs440287	G	A	3893.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.555;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=288;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=47;PP=1494;ReadPosRankSum=1.081;SC=AGGAAATTCCGTAACTCATTG;SOR=0.723;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=164;TCF=88;TCR=76;TR=102;WE=15583228;WS=15583210;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:100,184:0.65:284
chr21	15583332	rs380272	T	C	1792.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.610;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=35;PP=982;ReadPosRankSum=-0.288;SC=GGTAGTTTGTTTTCTCCCACT;SOR=0.725;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=89;TCF=34;TCR=55;TR=57;WE=15583340;WS=15583322;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,80:0.65:123
chr21	15596772	rs409782	T	G	1137.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=14;NR=12;PP=481;SC=TGAAGAAATGTTGGTGGGCAG;SOR=0.836;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=14;TCR=12;TR=26;WE=15596780;WS=15596762;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr21	15596882	rs410052	T	C	532.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=12;PP=337;SC=GCATTTTATTTAGTATATAAT;SOR=1.402;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=18;TCF=6;TCR=12;TR=18;WE=15596890;WS=15596872;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr21	15599142	rs4817028	A	G	679.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.697;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.520;HP=2;HapScore=3;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=7;PP=586;ReadPosRankSum=0.052;SC=GTAAACTGTTAATTTTTTTTC;SOR=0.313;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=62;TCF=42;TCR=20;TR=18;WE=15599152;WS=15599132;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,36:0.43:83
chr21	15599144	rs2822444	T	C	1042.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.414;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.355;HP=7;HapScore=3;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=12;PP=1429;ReadPosRankSum=0.172;SC=AAACTGTTAATTTTTTTTCCT;SOR=1.285;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=62;TCF=42;TCR=20;TR=43;WE=15599152;WS=15599132;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,49:0.56:87
chr21	15646397	rs8129984	A	G	536.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.40;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr21	15652160	rs2276212	T	C	40.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.674;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=8.15;ReadPosRankSum=0.842;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,3:0.60:5
chr21	15659778	rs1014538	C	T	377.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=10;NR=3;PP=233;SC=TAAAATAATGCAAAAATCAAA;SOR=2.303;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=10;TCR=3;TR=13;WE=15659786;WS=15659768;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr21	15660716	rs1153305	G	A	1217.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=22;NR=11;PP=641;SC=ATTTTCTTTAGTTATGTAGGT;SOR=1.414;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=33;TCF=22;TCR=11;TR=33;WE=15660724;WS=15660706;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr21	15663704	.	TAA	T	205.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.549;ClippingRankSum=0.000;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.17;MQRankSum=-0.517;QD=4.11;ReadPosRankSum=-0.583;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,16:0.32:50
chr21	15663777	rs148015529	AGTGTGTGT	A,AGTGTGTGTGT	1234.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.836;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=4.962;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.565;NF=24,24;NR=14,14;PP=1785,2446;ReadPosRankSum=0.806;SC=AACAGGTAAGAGTGTGTGTGT;SOR=0.160;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=51;TCF=29;TCR=22;TR=38,38;WE=15663792;WS=15663767;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.36,0.45:56
chr21	15664040	rs17274058	C	T	2533.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.395;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.821;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=62;PP=1608;ReadPosRankSum=-2.019;SC=AAAGTTAAGACAGCTGTAAAT;SOR=0.870;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=160;TCF=54;TCR=106;TR=91;WE=15664048;WS=15664030;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,112:0.56:200
chr21	15748186	rs2822642	C	A	1812.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=17;NR=36;PP=1068;SC=AGGATGCGATCAAGTAATCTC;SOR=1.318;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=53;TCF=17;TCR=36;TR=53;WE=15748194;WS=15748176;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr21	15755182	rs34742635	G	A	1685.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-1.926;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=6;PP=1374;ReadPosRankSum=-0.879;SC=CCCTGGGATGGACACAGCTGG;SOR=2.303;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=51;TCF=45;TCR=6;TR=50;WE=15755190;WS=15755172;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,54:0.98:55
chr21	15755205	rs17274128	C	A	2329.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-2.157;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=9;PP=1678;ReadPosRankSum=-1.283;SC=GCCGTCTATCCTACCTTGGCC;SOR=1.739;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=67;TCF=58;TCR=9;TR=66;WE=15755213;WS=15755195;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,78:0.99:79
chr21	15755349	rs7281846	T	C	15873.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.864;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=631;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=194;NR=178;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.198;SC=CAACCACCCCTGCCCACTCTG;SOR=0.493;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=375;TCF=195;TCR=180;TR=372;WE=15755357;WS=15755339;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:5,615:0.99:620
chr21	15858480	rs3746825	A	G	320.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.631;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=12;PP=202;ReadPosRankSum=0.797;SC=AGCAACACAAAATCTTATTCA;SOR=0.693;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=45;TCF=7;TCR=38;TR=14;WE=15858488;WS=15858470;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,18:0.32:56
chr21	15870638	rs2274796	C	T	369.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=4.130;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=0;PP=298;ReadPosRankSum=-0.271;SC=ATGAAAATACCTATTTTATGG;SOR=1.863;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=18;TCR=0;TR=13;WE=15870646;WS=15870629;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,13:0.72:18
chr21	15884949	rs3761320	A	T	1080.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.088;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=20;PP=477;ReadPosRankSum=-1.167;SC=ACAGAGATGTACATTGAGTAC;SOR=0.600;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=41;TCF=13;TCR=28;TR=29;WE=15884957;WS=15884939;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,48:0.80:60
chr21	15893594	rs760345	T	C	791.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.127;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.343;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=14;PP=427;ReadPosRankSum=1.238;SC=ATTTTCACTGTCCAAACTGAT;SOR=1.179;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=26;TCF=9;TCR=17;TR=21;WE=15893602;WS=15893584;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,33:0.73:45
chr21	15918714	rs12329657	A	G	157.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-0.692;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.347;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=7;PP=108;ReadPosRankSum=-1.168;SC=TTCCTCCTTCAGTCAGGATAT;SOR=0.420;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=38;TCF=13;TCR=25;TR=12;WE=15918722;WS=15918704;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,12:0.26:47
chr21	15954528	rs2822785	G	A	5894.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=87;NR=56;PP=2965;SC=GAGGAGCAGTGGTCCCAGGGT;SOR=1.018;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=144;TCF=88;TCR=56;TR=143;WE=15954536;WS=15954518;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,217:1.00:217
chr21	15954660	rs2822787	T	C	8904.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=334;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=114;NR=113;PP=2965;SC=AAGTTGCAGTTATTTAAAGTG;SOR=0.705;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=227;TCF=114;TCR=113;TR=227;WE=15954668;WS=15954650;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,328:1.00:328
chr21	15964920	rs466913	C	G	2292.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=22;NR=30;PP=1074;SC=CATTTGACTACATAAGTATCT;SOR=0.892;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=52;TCF=22;TCR=30;TR=52;WE=15964928;WS=15964910;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
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chr21	15974409	rs456067	T	C	992.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.83;SOR=1.432;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
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chr21	18814243	rs208893	T	C	920.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.111;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=3.460;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=21.92;ReadPosRankSum=-0.107;SOR=0.255;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,28:0.67:42
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chr21	18885546	rs211964	C	G	1841.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.31;SOR=0.811;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
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chr21	19190427	rs243556	C	T	217.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=2;PP=132;SC=TCATTGAAGACATTTTAGTTT;SOR=1.863;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=7;TCF=5;TCR=2;TR=7;WE=19190435;WS=19190424;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
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chr21	19506694	rs9977750	T	G	7934.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.519;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=51;PP=1932;ReadPosRankSum=-1.607;SC=TGGAGGTGTTTTAAGTCAAGC;SOR=0.382;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=107;TCF=55;TCR=52;TR=104;WE=19506702;WS=19506684;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,187:0.98:190
chr21	19506715	rs2824647	C	T	8275.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.416;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.118;HP=1;HapScore=1;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=53;PP=1891;ReadPosRankSum=-1.013;SC=TGGCATCTCACTCTTGTAGGT;SOR=0.451;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=105;TCF=51;TCR=54;TR=102;WE=19506723;WS=19506705;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,200:0.99:203
chr21	19628809	rs201642242	C	CT	172.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.753;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.60;ReadPosRankSum=-0.718;SOR=0.603;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:84,24:0.22:108
chr21	19653342	rs3215891	AT	A	112.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.163;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.29;MQRankSum=1.696;QD=1.61;ReadPosRankSum=-1.198;SOR=0.760;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:51,19:0.27:70
chr21	19666526	rs6517807	C	T	1731.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=46.80;SOR=4.977;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr21	19666530	rs4395327	T	C	1820.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.34;SOR=4.664;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr21	19666901	rs1540000	T	A	308.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.387;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.123;HP=1;HapScore=3;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=5;PP=388;ReadPosRankSum=-0.491;SC=AAGTGGGATATGACAACATAT;SOR=0.585;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=52;TCF=23;TCR=29;TR=12;WE=19666918;WS=19666891;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,21:0.25:83
chr21	19666910	rs2824718	A	G	1282.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.488;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.128;HP=4;HapScore=3;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=24;PP=1189;ReadPosRankSum=-0.541;SC=ATGACAACATATTTACTTACA;SOR=0.997;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=54;TCF=23;TCR=31;TR=39;WE=19666918;WS=19666891;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,58:0.74:78
chr21	19670118	rs2824721	G	A	5035.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=50;NR=82;PP=2733;SC=CCATCGGTAGGGAAGATTGGC;SOR=1.130;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=132;TCF=50;TCR=82;TR=132;WE=19670126;WS=19670108;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,184:1.00:184
chr21	19685405	rs7281534	A	G	3474.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.436;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=255;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.616;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=63;PP=1642;ReadPosRankSum=-0.710;SC=CTAAAGACACAGAGAGCATAA;SOR=0.829;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=155;TCF=53;TCR=102;TR=93;WE=19685413;WS=19685395;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:94,156:0.62:250
chr21	19687376	rs2144203	G	A	2192.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=54;NR=12;PP=1591;SC=GGTCCTAATAGACACAGTTAT;SOR=2.833;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=66;TCF=54;TCR=12;TR=66;WE=19687384;WS=19687366;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr21	19704296	rs1155847	C	T	1166.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=32;NR=8;PP=841;SC=ACATGATAGGCGTACCCATGT;SOR=2.476;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=40;TCF=32;TCR=8;TR=40;WE=19704304;WS=19704286;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr21	19713821	rs2824751	C	T	1019.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=1.404;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.564;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=21;PP=415;ReadPosRankSum=0.841;SC=TGTCATCCAACGCAATATCAC;SOR=0.753;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=110;TCF=51;TCR=59;TR=37;WE=19713829;WS=19713811;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:137,61:0.31:198
chr21	19744415	.	A	ATGTGTG	309.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.780;ClippingRankSum=0.000;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=6.397;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.47;ReadPosRankSum=0.187;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,10:0.43:23
chr21	19756040	rs2824790	C	G	5217.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.407;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=323;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=82;NR=76;PP=2584;ReadPosRankSum=-1.866;SC=TTTACATTTTCATCTGACACC;SOR=0.689;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=211;TCF=108;TCR=103;TR=158;WE=19756048;WS=19756030;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,232:0.74:313
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chr21	22643720	rs8127865	A	G	105.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.276;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=4;PP=43;ReadPosRankSum=1.663;SC=TGCTCCTAGCAAATAGTACAG;SOR=0.693;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=16;TCF=4;TCR=12;TR=6;WE=22643728;WS=22643710;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,7:0.30:23
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chr21	22757976	rs2826822	G	A	476.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.518;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=10;PP=175;ReadPosRankSum=-0.875;SC=TTTCCGAGGCGTTACTTTACT;SOR=0.671;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=69;TCF=35;TCR=34;TR=20;WE=22757984;WS=22757966;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:89,34:0.28:123
chr21	22804674	rs2826833	C	T	671.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=2.467;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.853;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=20;PP=425;ReadPosRankSum=-0.423;SC=TTGGCTTTTTCGGTTTCCTCC;SOR=1.270;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=32;TCF=4;TCR=28;TR=22;WE=22804682;WS=22804664;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,27:0.73:37
chr21	22840930	rs2250501	A	C	3668.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.930;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=67;NR=32;PP=2113;ReadPosRankSum=-1.030;SC=AATATAGTTTATCTAGGTATC;SOR=1.346;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=102;TCF=68;TCR=34;TR=99;WE=22840938;WS=22840920;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,135:0.99:137
chr21	22841123	rs2250508	G	A	2510.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=18;NR=58;PP=1611;SC=CTTGTTTATTGTCATATCATG;SOR=2.174;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=76;TCF=18;TCR=58;TR=76;WE=22841131;WS=22841113;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr21	22910116	rs2826891	C	T	82.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=13.79;ReadPosRankSum=1.282;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,3:0.50:6
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chr21	26960189	rs2829806	T	G	677.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=7;NR=14;PP=511;SC=GCTTAACCAGTGTTTGTGGCA;SOR=1.931;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=7;TCR=14;TR=21;WE=26960197;WS=26960179;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr21	26961086	rs2829807	T	C	2968.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.692;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=37;PP=1505;ReadPosRankSum=-0.826;SC=TTGGTTGTTATTGGTTAATTT;SOR=0.782;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=81;TCF=44;TCR=37;TR=80;WE=26961094;WS=26961076;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,115:0.98:117
chr21	26965100	rs2829809	C	A	2145.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=34;NR=17;PP=1000;SC=AATTGGAAGACCTAGAACTTT;SOR=1.236;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=51;TCF=34;TCR=17;TR=51;WE=26965108;WS=26965090;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr21	26965148	rs1135638	G	A	3793.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=48;NR=37;PP=1476;SC=GTAAAGACACGCCCTGGAATC;SOR=0.866;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=85;TCF=48;TCR=37;TR=85;WE=26965156;WS=26965138;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,148:1.00:148
chr21	26965205	rs1057885	T	C	3333.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=39;NR=45;PP=1522;SC=GAACTGCTGATACTTCATACT;SOR=0.790;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=84;TCF=39;TCR=45;TR=84;WE=26965213;WS=26965195;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chr21	26966317	rs13048408	A	G	686.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=3;NR=9;PP=297;SC=CAAAATATGTAAAAAGGTGTT;SOR=1.358;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=12;TCF=3;TCR=9;TR=12;WE=26966325;WS=26966307;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr21	26969703	rs1135618	T	C	1103.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.53;SOR=0.929;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr21	26973663	rs140202502	A	ATATACT	6845.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=22;NR=37;PP=2969;SC=ACAAAAAGACATATATGTATA;SOR=0.992;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=64;TCF=27;TCR=37;TR=59;WE=26973671;WS=26973653;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,150:1.00:150
chr21	26976250	rs7278164	A	G	9237.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=361;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=105;NR=126;PP=2965;SC=GCTTAAATCTAGAAATTTAAA;SOR=0.824;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=231;TCF=105;TCR=126;TR=231;WE=26976258;WS=26976240;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,356:1.00:356
chr21	26978950	rs3989369	A	G	3257.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=28;NR=44;PP=1427;SC=TGAGAAGCTGACGATGTTGCT;SOR=1.028;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=72;TCF=28;TCR=44;TR=72;WE=26978958;WS=26978940;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr21	26979628	rs9653688	G	A	14022.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.723;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=533;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=183;NR=125;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.945;SC=TGCCCCGCGGGACCTCCCCGG;SOR=0.938;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=308;TCF=183;TCR=125;TR=308;WE=26979636;WS=26979618;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,526:1.00:528
chr21	27056099	rs2829863	C	A	288.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=2.303;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=0;PP=168;ReadPosRankSum=-2.138;SC=TGTCACCAAACTTTAGGACAG;SOR=0.941;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=29;TCF=25;TCR=4;TR=10;WE=27056107;WS=27056089;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,13:0.41:32
chr21	27141273	rs56048433	C	CATTT	2687.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-1.648;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.256;NF=9;NR=13;PP=1063;ReadPosRankSum=0.448;SC=TAAGAAGTCTCATTTTTTCTG;SOR=0.456;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=25;TCF=10;TCR=15;TR=22;WE=27141281;WS=27141263;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,61:0.98:62
chr21	27254194	rs2829966	C	T	82.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.981;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=11.82;ReadPosRankSum=-0.876;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,5:0.71:7
chr21	27326859	rs2829997	G	A	1819.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=40;NR=15;PP=1173;SC=TCCTCTGGGGGAAAATACATG;SOR=1.681;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=55;TCF=40;TCR=15;TR=55;WE=27326867;WS=27326849;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr21	27327100	rs417676	G	A	551.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=11;PP=270;SC=ACGGAGTCTCGCTCTGTCGCC;SOR=2.093;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=12;TCF=1;TCR=11;TR=12;WE=27327108;WS=27327090;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr21	27327862	rs2251337	G	C	1301.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=34;NR=5;PP=913;SC=CGGAGAATGCGTGGGATCCTG;SOR=3.716;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=40;TCF=35;TCR=5;TR=39;WE=27327870;WS=27327852;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr21	27328175	rs440666	T	C	3716.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=32;NR=68;PP=2158;SC=CATGTGAACGTACTGTGAGTC;SOR=1.389;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=100;TCF=32;TCR=68;TR=100;WE=27328183;WS=27328165;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr21	27369481	rs2051504	C	T	593.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=13;NR=4;PP=302;SC=GTCAATGATGCTCTTAGCCCA;SOR=1.931;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=13;TCR=4;TR=17;WE=27369489;WS=27369471;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
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chr21	27382362	rs11455808	A	AG	7559.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=15;NR=73;PP=2957;SC=GGGAAGACTGACATGTACACC;SOR=0.979;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=90;TCF=15;TCR=75;TR=88;WE=27382370;WS=27382352;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,188:1.00:188
chr21	27382417	rs2409166	C	G	2356.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=1.887;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=31;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.218;NF=22;NR=46;PP=1419;ReadPosRankSum=0.757;SC=AGCAGGCAAACAACCTACAGA;SOR=0.627;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=70;TCF=22;TCR=48;TR=68;WE=27382425;WS=27382407;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,84:0.99:85
chr21	27852724	rs966410	A	G	9307.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=355;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=95;NR=112;PP=2965;SC=CTATTCCAAAAACAATGCCCG;SOR=0.782;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=207;TCF=95;TCR=112;TR=207;WE=27852732;WS=27852714;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,351:1.00:351
chr21	28210657	rs229042	T	C	783.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.799;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.67;ReadPosRankSum=-1.397;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:122,46:0.27:168
chr21	28296324	rs151065	A	G	3687.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQ=59.96;NF=55;NR=30;PP=1518;SC=CGACTGCATCAGTGCTGAATC;SOR=1.132;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=85;TCF=55;TCR=30;TR=85;WE=28296332;WS=28296314;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,145:1.00:145
chr21	28302355	rs226794	A	G	4679.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=48;NR=68;PP=2121;SC=ATTACTGTACAGCCTACATTC;SOR=0.899;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=116;TCF=48;TCR=68;TR=116;WE=28302363;WS=28302345;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,179:1.00:179
chr21	28305212	rs2830585	C	T	5253.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.951;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=93;NR=53;PP=2874;ReadPosRankSum=1.606;SC=ACTGCAGGAGCGGTAGATGGC;SOR=1.214;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=146;TCF=93;TCR=53;TR=146;WE=28305220;WS=28305202;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,196:0.99:198
chr21	28305477	rs2830586	T	G	656.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=17;PP=438;SC=ACAGATACAGTTATATTTTCA;SOR=3.912;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=18;TCF=1;TCR=17;TR=18;WE=28305485;WS=28305467;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr21	28338719	.	G	A	43.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.559;ClippingRankSum=-0.000;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=2.808;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=4.86;ReadPosRankSum=1.559;SOR=0.148;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,4:0.44:9
chr21	30250555	rs2205446	T	C	2743.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=48;NR=21;PP=1474;SC=GAATAATCCTTTTGGTGAAAG;SOR=1.426;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=70;TCF=48;TCR=22;TR=69;WE=30250563;WS=30250545;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr21	30250615	rs2205447	T	C	4668.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=50;NR=48;PP=1880;SC=CCGACCATTTTTGCCACCAGC;SOR=0.693;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=99;TCF=50;TCR=49;TR=98;WE=30250623;WS=30250605;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,180:1.00:180
chr21	30250812	rs2205448	T	C	182.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=7;PP=178;SC=TCATCATTTTTTAGTGTGTAA;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=7;WE=30250820;WS=30250802;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr21	30252088	rs2205449	T	A	157.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=1.235;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=0;PP=84;ReadPosRankSum=-0.549;SC=ATCAGAGTAGTCTGTGATAGC;SOR=1.863;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=7;TCR=1;TR=5;WE=30252096;WS=30252078;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,7:0.70:10
chr21	30254695	rs2254507	C	T	1793.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=8;NR=35;PP=942;SC=AAAATTAGAACGTATTCAATA;SOR=2.187;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=43;TCF=8;TCR=35;TR=43;WE=30254703;WS=30254685;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr21	30257418	rs1997605	G	A	3591.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=77;NR=29;PP=2240;SC=TCATCTGCAAGTGGACCCCGC;SOR=1.907;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=106;TCF=77;TCR=29;TR=106;WE=30257426;WS=30257408;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
chr21	30257560	rs1997606	C	G	21307.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=487;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.21;SOR=0.710;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,482:1.00:482
chr21	30257568	rs1997607	T	C	21282.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=485;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.16;SOR=0.735;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,482:1.00:482
chr21	30257729	rs2859734	A	G	1886.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=38;PP=1126;SC=GCATGCCCTCACCCTCATGCG;SOR=2.303;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=49;TCF=11;TCR=38;TR=49;WE=30257737;WS=30257719;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr21	30303388	rs58119493	GGTGT	G,GGTGTGT	845.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.024;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=4;MGOF=9;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=9,9;NR=2,2;PP=183,171;ReadPosRankSum=0.690;SC=ACATTGTGTAGGTGTGTGTGT;SOR=1.230;SbPval=0.95;Source=Platypus;TC=23;TCF=14;TCR=9;TR=11,11;WE=30303401;WS=30303378;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.45,0.39:38
chr21	30315681	rs2705666	T	A	117.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.395;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.06;ReadPosRankSum=1.831;SOR=0.525;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,9:0.31:29
chr21	30315730	rs2274800	G	A	222.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.191;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=5;PP=91;ReadPosRankSum=2.650;SC=AGAGCAGAAAGACCAATACTT;SOR=0.653;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=10;TCF=3;TCR=7;TR=8;WE=30315738;WS=30315720;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,11:0.65:17
chr21	30316304	.	T	TTTAA,TTTAAGATTTAAGAA	1464.73	.	AC=2,0;AF=1.00,0.00;ALERT;AN=2;BRF=0.36;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=0;NR=17;PP=2957;SC=AACAATCAAATGTCATTTAAG;SOR=4.743;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=26;TCF=0;TCR=26;TR=17;WE=30316316;WS=30316294;set=Intersection	GT:AF:DP	1/1:1.00:33
chr21	30316305	rs3053575	G	GATTTAAGAAA	1460.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=47.12;SOR=5.353;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr21	30316308	rs2026246	A	T	1311.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.72;SOR=5.353;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr21	30319637	rs2832143	A	T	149.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=1.981;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=0;PP=112;ReadPosRankSum=-0.060;SC=GGTAACAGCCACTGTCTAACA;SOR=1.402;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=9;TCR=0;TR=6;WE=30319645;WS=30319627;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,6:0.67:9
chr21	30324644	rs2832145	T	G	807.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.259;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.074;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=12;PP=266;ReadPosRankSum=-0.344;SC=AATAAAATGTTTAAACACTGG;SOR=0.921;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=32;TCF=13;TCR=19;TR=19;WE=30324652;WS=30324634;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,38:0.67:57
chr21	30324755	rs2832146	G	A	284.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=5;PP=162;SC=TATCCAAAGAGCTGAGAGTTT;SOR=0.859;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=9;TCF=4;TCR=5;TR=9;WE=30324763;WS=30324745;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr21	30325875	rs2243491	A	T	376.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=11;PP=284;SC=CTGAGAATATATGTCTGATAC;SOR=5.136;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=0;TCR=11;TR=11;WE=30325883;WS=30325865;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr21	30332911	rs34635840	C	T	5513.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.565;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=398;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.820;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=79;NR=70;PP=2288;ReadPosRankSum=-0.351;SC=TCTGAAGATACCCTGGATTCC;SOR=0.499;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=234;TCF=132;TCR=102;TR=149;WE=30332919;WS=30332901;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:128,256:0.67:384
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chr21	30338293	rs5843357	G	GC	1848.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=16;PP=944;SC=ATGGGGTTTTGTATGTTGCCC;SOR=1.022;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=21;TCF=4;TCR=17;TR=20;WE=30338301;WS=30338283;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr21	30339120	rs34191159	C	A	880.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.083;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=15;PP=515;ReadPosRankSum=-0.822;SC=AATTCCCAGCCTTCAATCTTC;SOR=0.733;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=99;TCF=54;TCR=45;TR=34;WE=30339128;WS=30339110;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:94,47:0.33:141
chr21	30341891	rs2254796	A	G	1289.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=11;NR=23;PP=773;SC=CGAGGACTCTAAAGAGCTGGT;SOR=1.132;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=11;TCR=23;TR=34;WE=30341899;WS=30341881;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr21	30357307	rs2245434	C	T	954.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=26;PP=692;SC=CAGACATTTCCGGATATGCTA;SOR=4.615;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=27;TCF=1;TCR=26;TR=27;WE=30357315;WS=30357297;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr21	30358831	rs151269924	C	CA	175.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-0.857;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.306;NF=0;NR=5;PP=136;ReadPosRankSum=-0.444;SC=ACTATACAGCCAAAATTCCAA;SOR=0.784;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=1;TCR=12;TR=5;WE=30358839;WS=30358821;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,10:0.40:25
chr21	30391671	rs138840391	GAAA	G	612.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;QD=30.64;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr21	30400110	rs8133768	G	A	230.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-1.236;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5041;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=4;PP=141;ReadPosRankSum=0.778;SC=CATAATATACGTGGCTTAGTT;SOR=0.760;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=13;TCF=9;TCR=4;TR=11;WE=30400118;WS=30400100;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,11:0.79:14
chr21	30407208	rs61735763	G	A	1555.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.444;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=386;ExcessHet=3.0103;FS=0.412;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.08;ReadPosRankSum=-0.896;SOR=0.666;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:275,106:0.28:381
chr21	30407335	rs62222370	T	G	316.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.731;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.60;ReadPosRankSum=-0.742;SOR=0.626;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:67,21:0.24:88
chr21	30408670	rs2274802	A	T	3273.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.805;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=243;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=43;PP=1293;ReadPosRankSum=-0.845;SC=TCAGAAAACAAGCCAGCATTA;SOR=0.681;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=138;TCF=64;TCR=74;TR=82;WE=30408678;WS=30408660;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,150:0.64:236
chr21	30409879	rs62222372	T	C	93.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.700;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.066;HP=2;HapScore=2;MGOF=32;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=5;PP=70;ReadPosRankSum=0.955;SC=GAGTAATTTATTTCTATGTAT;SOR=1.402;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=17;TCF=2;TCR=15;TR=6;WE=30409887;WS=30409869;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,6:0.26:23
chr21	30442475	rs2183569	T	C	156.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.317;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=3.090;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=14.25;ReadPosRankSum=-0.114;SOR=0.132;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,8:0.73:11
chr21	30442481	rs2183570	C	T	435.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=39.62;SOR=1.802;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr21	30464141	rs8132105	G	A	2419.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=26;NR=41;PP=1267;SC=ACTCCCATCTGCTGAGTGCTT;SOR=1.095;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=67;TCF=26;TCR=41;TR=67;WE=30464149;WS=30464131;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr21	30464623	rs147901306	A	AACTCCAGTTTATAGG	1758.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=12;NR=0;PP=2900;SC=TCCAGATTTAAACCATTAACA;SOR=4.977;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=15;TCR=1;TR=12;WE=30464631;WS=30464613;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr21	30464916	rs2832170	C	T	2830.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.147;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=54;PP=1688;ReadPosRankSum=-1.235;SC=AGTATTCCGTCCACTTTCTGG;SOR=1.413;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=81;TCF=26;TCR=55;TR=79;WE=30464924;WS=30464906;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,103:0.98:105
chr21	30481371	rs2832181	G	T	5565.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=85;NR=51;PP=2746;SC=GTTGACATTCGTAACCTTCCT;SOR=1.076;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=137;TCF=85;TCR=52;TR=136;WE=30481379;WS=30481361;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,206:1.00:206
chr21	30481612	rs2832182	G	A	1606.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=30;PP=785;SC=TGCTTATTTTGTGCCCATTTA;SOR=1.903;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=36;TCF=6;TCR=30;TR=36;WE=30481620;WS=30481602;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr21	30505836	rs9636820	T	C	173.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.993;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.00;ReadPosRankSum=-2.125;SOR=0.636;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:44,14:0.24:58
chr21	30532146	rs66780570	TA	T	1548.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.053;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=1.167;HP=12;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.603;NF=22;NR=24;PP=511;ReadPosRankSum=-0.766;SC=GTTCTCACGTTAAAAAAAAAA;SOR=0.929;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=63;TCF=31;TCR=32;TR=46;WE=30532156;WS=30532136;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:13,98:0.88:111
chr21	30532437	rs2832224	G	A	1415.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-2.221;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.900;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=33;PP=788;ReadPosRankSum=-0.081;SC=AGGACCAGGGGCAATGGGCAG;SOR=0.505;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=71;TCF=20;TCR=51;TR=47;WE=30532445;WS=30532427;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,62:0.67:92
chr21	30714776	rs388707	T	C	5161.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=63;NR=49;PP=1900;SC=CAACTCTGGGTGAGACAAAGC;SOR=0.927;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=112;TCF=63;TCR=49;TR=112;WE=30714784;WS=30714766;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,197:1.00:197
chr21	30715275	rs425989	T	C	565.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=16;PP=456;SC=TAGTTTACCATAAGGGAATTT;SOR=3.500;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=18;TCF=2;TCR=16;TR=18;WE=30715283;WS=30715265;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr21	30830393	rs9981313	T	G	1650.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=0.809;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=17;PP=458;ReadPosRankSum=-1.536;SC=GGGATTTCAGTTAACTTATCA;SOR=0.707;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=53;TCF=29;TCR=24;TR=38;WE=30830401;WS=30830383;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,79:0.72:110
chr21	30925853	rs112669361	CT	C	333.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.702;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=1.087;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.14;MQRankSum=1.269;QD=4.84;ReadPosRankSum=-0.390;SOR=0.983;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,34:0.49:69
chr21	30961186	rs2229899	G	A	2208.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.663;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=372;ExcessHet=3.0103;FS=2.376;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.10;ReadPosRankSum=1.114;SOR=0.560;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:235,127:0.35:362
chr21	30969901	rs363431	T	C	335.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.345;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=2.063;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.20;ReadPosRankSum=-0.162;SOR=0.890;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:57,23:0.29:80
chr21	31026967	rs10637196	A	AAAAG	488.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.684;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FS=2.953;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.30;MQRankSum=2.688;QD=6.79;ReadPosRankSum=1.898;SOR=0.288;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:56,16:0.22:72
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chr21	31233994	rs468413	T	C	147.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.692;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.70;ReadPosRankSum=1.516;SOR=0.724;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:71,16:0.18:87
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chr21	31803054	rs999597	G	A	3014.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-1.814;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.702;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=51;PP=1352;ReadPosRankSum=-1.876;SC=TGTGGATCTCGCTTCTATCAA;SOR=0.582;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=150;TCF=64;TCR=86;TR=91;WE=31803062;WS=31803044;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,140:0.63:221
chr21	31803159	rs1539783	T	C	1700.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=16;NR=35;PP=1084;SC=TCCCAATATCTTTTTATTCTT;SOR=1.609;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=52;TCF=16;TCR=36;TR=51;WE=31803167;WS=31803149;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr21	31803210	rs1539784	C	T	772.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=21;PP=579;SC=TGGCAGACTGCGAAATTAATG;SOR=3.098;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=4;TCR=21;TR=25;WE=31803218;WS=31803200;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr21	31812772	rs2832873	C	A	8394.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.631;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=329;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=112;NR=106;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.427;SC=TACCTGCCAACTGGGCTCCTC;SOR=0.493;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=223;TCF=115;TCR=108;TR=218;WE=31812780;WS=31812762;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:5,316:0.98:321
chr21	31869286	rs2298437	T	C	14121.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.758;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=526;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=209;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.954;SC=TGGGCGGCAGTAGCCATATCC;SOR=0.894;Source=Platypus;TCF=210;WE=31869294;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,522:1.00:524
chr21	31913981	rs5843453	AG	A	18593.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.863;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=426;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.197;NF=88;NR=103;PP=2976;ReadPosRankSum=1.885;SC=GTTTTTTAGTAGAATCCAGAG;SOR=1.065;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=193;TCF=89;TCR=104;TR=191;WE=31913989;WS=31913971;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,419:1.00:421
chr21	31914000	rs1023364	T	A	19984.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.789;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=489;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.172;NF=184;NR=124;PP=2965;ReadPosRankSum=0.216;SC=AGAATCCATATCCTTCACGGC;SOR=1.000;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=308;TCF=184;TCR=124;TR=308;WE=31914008;WS=31913990;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,481:1.00:483
chr21	31964916	rs9305426	A	C	13427.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.530;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=510;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=177;NR=138;PP=2965;ReadPosRankSum=0.025;SC=GGCTTTGGCTATGGAGGCCTG;SOR=0.571;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=324;TCF=180;TCR=144;TR=315;WE=31964924;WS=31964906;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:5,495:0.99:500
chr21	31973516	rs198915	T	A	3385.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=48;NR=43;PP=1576;SC=GGCTGTGGTCTTAGCGGCTAT;SOR=0.824;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=91;TCF=48;TCR=43;TR=91;WE=31973524;WS=31973506;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chr21	31973685	rs1961491	C	T	937.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-1.816;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=24;PP=628;ReadPosRankSum=0.261;SC=AAAATTTAGCCCACATTGCCA;SOR=1.179;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=31;TCF=6;TCR=25;TR=30;WE=31973693;WS=31973675;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,34:0.97:35
chr21	31992864	rs1702405	A	G	1800.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=37;NR=15;PP=955;SC=ATATGAAACCAAACGGCCTCA;SOR=1.512;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=52;TCF=37;TCR=15;TR=52;WE=31992872;WS=31992854;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr21	32201822	rs9982910	G	T	4350.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.763;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.176;HP=5;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-1.898;NF=43;NR=27;PP=2716;ReadPosRankSum=0.871;SC=CATAGCAGCCGCCCAGGTTGT;SOR=0.916;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=124;TCF=72;TCR=52;TR=70;WE=32201843;WS=32201812;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:92,110:0.54:202
chr21	32201835	rs9982675	A	C	4556.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.307;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.998;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-1.238;NF=45;NR=34;PP=2716;ReadPosRankSum=0.083;SC=CAGGTTGTTGATGTTGCTACC;SOR=0.814;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=137;TCF=73;TCR=64;TR=79;WE=32201843;WS=32201812;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:98,123:0.56:221
chr21	32201866	rs9982755	A	G	2819.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.282;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=235;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.210;HP=4;HapScore=2;MGOF=30;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-1.298;NF=49;NR=40;PP=1333;ReadPosRankSum=0.305;SC=TAGCCCAGGGAGCTGTAGCCA;SOR=0.801;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=150;TCF=79;TCR=71;TR=89;WE=32201874;WS=32201856;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:101,134:0.57:235
chr21	32201951	rs9982775	A	G	2600.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.732;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.645;HP=3;HapScore=1;MGOF=41;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-2.085;NF=33;NR=48;PP=1211;ReadPosRankSum=-1.504;SC=TGAAGGTCCCATGGAAGTTGG;SOR=0.608;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=121;TCF=48;TCR=73;TR=81;WE=32201959;WS=32201941;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,119:0.72:166
chr21	32201969	rs35359062	GA	G	6636.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=67;PP=2951;SC=TGGTCCCATAGAATAGGGTAT;SOR=1.129;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=78;TCF=10;TCR=68;TR=76;WE=32201977;WS=32201959;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,157:1.00:157
chr21	32202106	rs2833118	T	A	370.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.65;BaseQRankSum=0.845;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.585;HP=4;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=8;PP=154;ReadPosRankSum=-0.810;SC=CAGGGCTTTTTATACCTCAAG;SOR=1.292;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=20;TCF=6;TCR=14;TR=10;WE=32202114;WS=32202096;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,17:0.59:29
chr21	32434766	rs2070405	C	T	1355.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-0.665;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.705;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=31;PP=696;ReadPosRankSum=-1.169;SC=CATCATTCACCAGATTTTGAC;SOR=0.819;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=90;TCF=35;TCR=55;TR=49;WE=32434774;WS=32434764;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,63:0.55:115
chr21	32493031	rs762194	A	G	1727.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.347;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=263;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=39;PP=906;ReadPosRankSum=0.974;SC=CAGTGTCCCCACCACCGGGGG;SOR=0.716;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=168;TCF=66;TCR=102;TR=64;WE=32493039;WS=32493021;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:165,92:0.36:257
chr21	32493204	rs2073371	G	A	689.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=2.041;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.617;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=20;PP=448;ReadPosRankSum=1.605;SC=CATGCTTTACGTGAGATGAAA;SOR=0.875;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=84;TCF=30;TCR=54;TR=30;WE=32493212;WS=32493194;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,37:0.32:115
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chr21	32525345	rs723469	G	A	6064.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=234;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=66;NR=70;PP=2520;SC=GTCAAACCACGGTATGATGGT;SOR=0.719;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=137;TCF=67;TCR=70;TR=136;WE=32525353;WS=32525335;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,233:1.00:233
chr21	32526525	rs12482307	C	T	510.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.259;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.49;ReadPosRankSum=-0.866;SOR=0.607;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:63,30:0.32:93
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chr21	33057312	rs367618143	TG	T	166.27	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.221;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=18.47;ReadPosRankSum=-1.593;SOR=3.056;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,8:0.89:9
chr21	33068865	rs11389728	T	TA	35.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.123;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.79;ReadPosRankSum=0.642;SOR=0.641;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,10:0.22:45
chr21	33073985	rs204734	T	C	427.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=3;PP=261;SC=GAAAAGCAGATGTATTTTCTC;SOR=1.609;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=10;TCR=3;TR=13;WE=33073993;WS=33073975;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr21	33368188	rs2070371	T	C	7490.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=276;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=75;NR=114;PP=2965;SC=CAGGCTCGCTTATGACACAGA;SOR=1.000;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=190;TCF=75;TCR=115;TR=189;WE=33368196;WS=33368178;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,273:1.00:273
chr21	33370900	rs9305483	T	C	10622.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=398;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=144;NR=102;PP=2965;SC=TGGCTTCTTCTTCCATGGAGT;SOR=0.940;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=247;TCF=145;TCR=102;TR=246;WE=33370908;WS=33370890;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,396:1.00:396
chr21	33371508	rs2073360	C	T	3569.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.881;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=257;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.499;HP=5;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=69;PP=1692;ReadPosRankSum=-0.252;SC=CTTGGGCCAGCGGGGTTTGGG;SOR=0.749;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=157;TCF=58;TCR=99;TR=108;WE=33371516;WS=33371498;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,169:0.67:251
chr21	33371540	rs2070372	T	G	3881.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=35;NR=70;PP=2115;SC=AAACAGCAACTGAACAGAGCT;SOR=1.373;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=105;TCF=35;TCR=70;TR=105;WE=33371548;WS=33371530;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,142:1.00:142
chr21	33641196	.	A	G	163.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.306;ClippingRankSum=0.000;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=6.709;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.17;MQRankSum=-1.939;QD=5.12;ReadPosRankSum=-0.914;SOR=0.100;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,11:0.34:32
chr21	33690293	rs2070380	C	A	811.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=20;PP=619;SC=GTCAGCACTGCGGCACCCTGA;SOR=2.670;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=4;TCR=20;TR=24;WE=33690301;WS=33690283;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr21	33691502	rs11402028	G	GC	1452.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=21;NR=14;PP=1315;SC=GGCCAGAAGGGCCCCCTGGCG;SOR=1.659;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=39;TCF=25;TCR=14;TR=35;WE=33691510;WS=33691492;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr21	33691754	rs958828	G	A	4236.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=44;NR=62;PP=1965;SC=CCTTCAATCCGCCACATCCTG;SOR=0.895;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=106;TCF=44;TCR=62;TR=106;WE=33691762;WS=33691744;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,161:1.00:161
chr21	33694224	rs3761342	C	G	9222.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=348;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=101;NR=105;PP=2965;SC=TGCCGCAGAACGCCAAACACC;SOR=0.699;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=206;TCF=101;TCR=105;TR=206;WE=33694232;WS=33694214;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,345:1.00:345
chr21	33710001	rs13046776	C	A	764.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=28.32;SOR=1.528;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr21	33719695	rs2070378	C	T	6766.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=258;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=82;NR=88;PP=2965;SC=GGTGTCTTTCCTTCCCGGGGG;SOR=0.749;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=170;TCF=82;TCR=88;TR=170;WE=33719703;WS=33719685;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,257:1.00:257
chr21	33721843	rs743306	T	C	893.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=22;PP=673;SC=GGTTCACAGCTACCAGGCAGT;SOR=2.546;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=27;TCF=5;TCR=22;TR=27;WE=33721851;WS=33721833;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr21	33726457	.	AG	A	1534.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.183;ClippingRankSum=0.000;DP=203;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=30;PP=1003;ReadPosRankSum=1.222;SC=GAGCCACTGAAGGGTTTCACT;SOR=0.728;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=101;TCF=7;TCR=94;TR=32;WE=33726465;WS=33726447;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:127,60:0.32:187
chr21	33730013	rs7283283	T	C	741.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=28.53;SOR=1.445;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr21	33734449	rs73190621	G	A	679.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-0.267;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.144;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=18;PP=378;ReadPosRankSum=-1.000;SC=AGAGGAGTGCGTGTAAGAAGG;SOR=0.518;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=47;TCF=13;TCR=34;TR=25;WE=33734457;WS=33734439;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,31:0.58:53
chr21	33740637	rs7276783	G	A	1268.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=26;NR=7;PP=740;SC=TCGGCCTCCCGAAGTGCTGGG;SOR=1.931;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=26;TCR=7;TR=33;WE=33740645;WS=33740627;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr21	33749533	rs4816431	A	C	4424.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=87;NR=34;PP=2642;SC=AGCCTACGGGAACAGAGGCCA;SOR=1.671;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=121;TCF=87;TCR=34;TR=121;WE=33749541;WS=33749523;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,155:1.00:155
chr21	33830006	rs55878843	G	A	4115.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=47;NR=45;PP=1607;SC=AATACCTCCTGGTCTCCTTTA;SOR=0.706;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=95;TCF=48;TCR=47;TR=92;WE=33830014;WS=33829996;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,159:1.00:159
chr21	33974094	rs71681513	CT	C	136.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.993;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=2.859;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.42;MQRankSum=2.022;QD=2.91;ReadPosRankSum=-1.360;SOR=1.350;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,16:0.34:47
chr21	33982072	.	C	CA	106.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.805;ClippingRankSum=0.000;DP=122;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.92;ReadPosRankSum=1.155;SOR=0.700;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:95,21:0.18:116
chr21	34127438	rs5843565	TA	T	281.19	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.395;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=3.665;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.07;ReadPosRankSum=0.236;SOR=2.400;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,25:0.81:31
chr21	34157085	.	G	GT	179.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.447;ClippingRankSum=0.000;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=4.489;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.72;ReadPosRankSum=-2.999;SOR=1.485;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:44,22:0.33:66
chr21	34157235	rs35174687	GT	G	840.27	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.051;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=12;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=25;PP=339;ReadPosRankSum=-0.986;SC=CCCATGGTAAGTTTTTTTTTT;SOR=0.793;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=38;TCF=5;TCR=33;TR=29;WE=34157243;WS=34157225;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,51:0.86:59
chr21	34165864	rs2231391	C	A	560.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=16;NR=2;PP=435;SC=GTTTCTTTTTCTTTTGTTTTT;SOR=3.611;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=18;TCF=16;TCR=2;TR=18;WE=34165872;WS=34165858;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr21	34166190	rs74617086	A	T	5326.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=60;NR=77;PP=2811;SC=TATATGATTTAAAGGCTGAGT;SOR=0.892;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=138;TCF=60;TCR=78;TR=137;WE=34166198;WS=34166180;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,196:1.00:196
chr21	34166343	rs2231390	C	T	8828.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.920;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=345;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=117;NR=103;PP=2965;ReadPosRankSum=1.087;SC=GATGCTTGGCCTCCATGTTGA;SOR=0.766;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=222;TCF=118;TCR=104;TR=220;WE=34166351;WS=34166333;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,338:0.99:342
chr21	34169181	rs762228	A	G	1362.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.861;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=23.50;ReadPosRankSum=-0.256;SOR=1.302;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,56:0.97:58
chr21	34169317	rs72564613	C	CT	3277.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.504;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=29;PP=1621;ReadPosRankSum=1.562;SC=TATTGGTTTGCGGAACATGTG;SOR=0.791;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=40;TCF=7;TCR=33;TR=36;WE=34169325;WS=34169307;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,84:0.98:86
chr21	34399401	rs762178	A	G	2313.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.107;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=447;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.903;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=49;PP=959;ReadPosRankSum=0.455;SC=GCTTCAAGTCATCCTCGTCCA;SOR=0.856;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=275;TCF=134;TCR=141;TR=85;WE=34399409;WS=34399391;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:303,139:0.31:442
chr21	34400237	rs56307226	G	C	98.98	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-1.465;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.5103;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=4;PP=41;ReadPosRankSum=-0.566;SC=TCTGTCGCGAGGAGGGGCGCA;SOR=1.179;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=4;WE=34400245;WS=34400227;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,6:0.86:7
chr21	34442676	.	C	CCCT	1092.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.444;ClippingRankSum=0.000;DP=223;ExcessHet=3.0103;FS=3.632;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.14;ReadPosRankSum=-0.104;SOR=1.121;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:116,37:0.24:153
chr21	34538065	rs11444667	C	CT	3519.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=7;NR=43;PP=2119;SC=TGGCCTCCTTCTTGTATCCCC;SOR=0.995;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=51;TCF=7;TCR=44;TR=50;WE=34538073;WS=34538055;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr21	34540594	rs11379155	C	CT	1825.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=31;NR=4;PP=1519;SC=TGCTATAGAGCTGGAATTTAT;SOR=3.126;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=36;TCF=32;TCR=4;TR=35;WE=34540602;WS=34540584;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr21	34602934	rs12482556	T	C	2054.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=2.248;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=369;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.384;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=62;PP=1183;ReadPosRankSum=2.807;SC=GCTCACCAGCTGGGTGCTCAG;SOR=0.802;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=257;TCF=96;TCR=161;TR=97;WE=34602942;WS=34602924;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:234,117:0.33:351
chr21	34614255	rs1051393	T	G	520.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.209;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.558;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=13;PP=282;ReadPosRankSum=0.567;SC=TGCCTTCATCTTCAGATCACT;SOR=0.525;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=97;TCF=59;TCR=38;TR=30;WE=34614263;WS=34614245;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:99,37:0.27:136
chr21	34617213	rs2834158	T	C	2734.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=-2.414;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.515;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=35;PP=727;ReadPosRankSum=-1.759;SC=AGAATACAACTGTGGGTTCCA;SOR=0.647;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=97;TCF=48;TCR=49;TR=62;WE=34617221;WS=34617203;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,133:0.69:193
chr21	34617729	rs2252639	A	G	1335.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.514;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=16;PP=523;ReadPosRankSum=-0.718;SC=AAGTCCTGTTATCTGAGGACA;SOR=0.687;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=52;TCF=31;TCR=21;TR=38;WE=34617737;WS=34617719;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,62:0.68:91
chr21	34617950	rs2252650	A	T	43.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.250;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=3.041;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=3.37;ReadPosRankSum=-0.524;SOR=2.215;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,4:0.31:13
chr21	34624386	rs71894734	CATCT	C	1224.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=1.098;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.604;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=2.468;NF=14;NR=6;PP=728;ReadPosRankSum=0.368;SC=AGACCCCATCCATCTATCTAT;SOR=1.620;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=32;TCF=23;TCR=9;TR=20;WE=34624397;WS=34624376;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,36:0.72:50
chr21	34624917	rs2236757	A	G	162.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=4.031;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=0;PP=117;ReadPosRankSum=-0.238;SC=ATTAAGGCCTACCTCTAAATG;SOR=0.321;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=20;TCR=0;TR=7;WE=34624925;WS=34624916;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,7:0.37:19
chr21	34634878	rs1131668	G	A	143.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=3.908;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=0;PP=129;ReadPosRankSum=-0.046;SC=GCAAGGTCTCGCTAAGGGCTG;SOR=1.022;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=19;TCR=1;TR=8;WE=34634886;WS=34634868;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,7:0.37:19
chr21	34635053	rs3216172	G	GT	2191.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.069;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FS=1.823;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.36;ReadPosRankSum=0.222;SOR=0.843;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:118,75:0.39:193
chr21	34635065	rs9984273	C	T	6855.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.887;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=32.80;ReadPosRankSum=-0.053;SOR=0.962;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,207:0.99:209
chr21	34635079	rs34865572	CT	C	783.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.020;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FS=5.445;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.26;ReadPosRankSum=0.252;SOR=0.355;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:106,78:0.42:184
chr21	34638859	rs2239573	G	A	2159.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=33;NR=17;PP=928;SC=TGGGAACCGGGAGGCCCCGCG;SOR=1.085;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=50;TCF=33;TCR=17;TR=50;WE=34638867;WS=34638849;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr21	34640788	rs2834167	A	G	492.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.216;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.705;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=13;PP=254;ReadPosRankSum=1.003;SC=TGCTTTTGCCAAAGGGAACCT;SOR=0.888;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=72;TCF=30;TCR=42;TR=21;WE=34640796;WS=34640778;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,31:0.29:108
chr21	34649123	rs2285020	G	A	1611.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.316;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.858;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=41;PP=1007;ReadPosRankSum=-1.171;SC=TTCCACATTGGTTGGTCCATC;SOR=0.497;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=84;TCF=24;TCR=60;TR=61;WE=34649131;WS=34649113;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,69:0.67:103
chr21	34660676	rs66527331	ACG	A	541.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.632;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=4.212;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.48;ReadPosRankSum=-0.683;SOR=0.180;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,23:0.74:31
chr21	34660684	.	GCGCA	G	663	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=80;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=3;NR=20;PP=663;QD=29.6086956522;SC=ACACGCGCGCGCGCACACACA;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=33;TCF=3;TCR=30;TR=23;WE=34660697;WS=34660674;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:10,23:0.70:33
chr21	34660705	.	CACACAG	C	36.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-3.115;ClippingRankSum=0.000;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=10.687;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.15;ReadPosRankSum=0.052;SOR=0.613;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,5:0.16:32
chr21	34660709	rs66834406	CAG	C	286.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.363;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=3.732;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.96;ReadPosRankSum=-0.796;SOR=0.214;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,15:0.47:32
chr21	34666111	rs139112783	CAA	C	357.74	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.388;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.55;ReadPosRankSum=-0.476;SOR=0.352;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,15:0.65:23
chr21	34666376	rs1467845	A	G	2643.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.042;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=47;PP=1309;ReadPosRankSum=-0.121;SC=CTGCTGGCATAAGCTCTCACC;SOR=0.664;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=129;TCF=53;TCR=76;TR=79;WE=34666384;WS=34666366;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,119:0.65:182
chr21	34668747	rs3171425	A	G	4979.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.490;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=345;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.026;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=74;NR=79;PP=2526;ReadPosRankSum=-2.673;SC=GGCAGCAAACAAGGGCCAAGA;SOR=0.551;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=222;TCF=103;TCR=119;TR=153;WE=34668755;WS=34668737;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:119,225:0.65:344
chr21	34697197	.	G	GGTGTGTGTGTGTGTGTGTGT,GGTGTGTGTGTGTGTGTGT	440.73	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.239;ClippingRankSum=0.000;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.768;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=1;PP=522;ReadPosRankSum=-1.592;SC=GCGGAGGGGCGGTGTGTGTGT;SOR=1.402;SbPval=0.92;Source=Platypus;TC=15;TCF=8;TCR=7;TR=4;WE=34697205;WS=34697187;set=Intersection	GT:AF:DP	0/1:0.37:27
chr21	34697264	rs2850015	T	C	1223.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.503;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.754;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.784;NF=20;NR=18;PP=426;ReadPosRankSum=0.054;SC=GCAGCGCGTGTGCAGAGGGGC;SOR=0.524;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=58;TCF=32;TCR=26;TR=38;WE=34697272;WS=34697254;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,57:0.63:90
chr21	34707808	rs2243592	T	G	1226.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.841;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.696;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=16;PP=502;ReadPosRankSum=-0.086;SC=TATAATGTTCTTATTTCTTGT;SOR=0.991;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=65;TCF=36;TCR=29;TR=39;WE=34707816;WS=34707798;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,62:0.63:99
chr21	34708061	rs2243594	A	G	184.10	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-1.534;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5165;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=5;PP=89;ReadPosRankSum=0.319;SC=TCTATTTTTTAGAAATGTTAC;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=5;WE=34708069;WS=34708051;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,7:0.88:8
chr21	34721348	rs2834196	A	G	157.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.670;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=1;PP=106;ReadPosRankSum=0.478;SC=TGGCAATTGTAAATACTTAAT;SOR=1.402;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=14;TCF=11;TCR=3;TR=7;WE=34721356;WS=34721338;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,7:0.50:14
chr21	34726127	rs2856973	T	A	113.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.314;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=3.048;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.15;ReadPosRankSum=-1.836;SOR=0.311;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:42,11:0.21:53
chr21	34775721	rs17882748	T	C	161.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.645;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=11.55;ReadPosRankSum=0.444;SOR=0.593;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,9:0.64:14
chr21	34775872	.	CGCT	C	58.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.998;ClippingRankSum=0.000;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=2.920;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.52;ReadPosRankSum=0.172;SOR=0.916;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,3:0.23:13
chr21	34793706	rs2834214	C	T	1606.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.610;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.402;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=20;PP=1088;ReadPosRankSum=0.330;SC=AATAAACCTGCGTTTTGAACA;SOR=0.856;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=112;TCF=77;TCR=35;TR=69;WE=34793714;WS=34793696;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,75:0.56:134
chr21	34799350	rs11910627	C	G	3477.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.61;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=27;NR=48;PP=1455;SC=GCAAGAGCATCTTTCTTTTTT;SOR=1.249;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=75;TCF=27;TCR=48;TR=75;WE=34799358;WS=34799340;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr21	34804966	rs1532	T	C	4741.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=74;NR=65;PP=2142;SC=CATTAACTGATGTTTGTGTTG;SOR=0.869;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=139;TCF=74;TCR=65;TR=139;WE=34804974;WS=34804956;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,183:1.00:183
chr21	34805197	rs143248516	C	CT	413.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.262;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=2.741;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.67;MQRankSum=0.453;QD=10.09;ReadPosRankSum=0.144;SOR=0.184;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,28:0.68:41
chr21	34809049	rs2040120	T	A	484.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.165;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.46;ReadPosRankSum=-0.192;SOR=0.749;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:50,25:0.33:75
chr21	34823252	rs2834220	C	T	306.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.281;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=8;PP=132;ReadPosRankSum=-1.211;SC=TATGCTTTGACAGGTACTTCA;SOR=0.511;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=32;TCF=8;TCR=24;TR=11;WE=34823260;WS=34823242;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,17:0.37:46
chr21	34837623	rs2248820	C	A	246.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=0.473;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.419;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=8;PP=105;ReadPosRankSum=-0.096;SC=TTGTCAACACCCATTAACAGC;SOR=1.127;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=43;TCF=20;TCR=23;TR=13;WE=34837631;WS=34837613;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,20:0.24:82
chr21	34837786	rs2243511	A	G	40.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.025;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=3.010;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=4.08;ReadPosRankSum=-0.623;SOR=0.105;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,4:0.40:10
chr21	34839533	rs743334	A	G	1552.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.263;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.478;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=32;PP=894;ReadPosRankSum=2.523;SC=TGGGCTGGGTACAGAGGCTCA;SOR=0.381;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=65;TCF=18;TCR=47;TR=45;WE=34839541;WS=34839523;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,64:0.74:87
chr21	34860749	rs139852262	CAATTA	C	3343.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.074;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.809;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.602;NF=16;NR=28;PP=2116;ReadPosRankSum=-0.028;SC=AGGATGGGAACAATTAAATTA;SOR=0.338;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=69;TCF=28;TCR=41;TR=44;WE=34860761;WS=34860739;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,83:0.75:111
chr21	34870990	rs62226457	G	A	2403.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.520;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.248;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.778;NF=28;NR=51;PP=1291;ReadPosRankSum=-0.550;SC=TACAAAGCCTGGAAGTTGGAA;SOR=0.815;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=124;TCF=47;TCR=77;TR=79;WE=34870998;WS=34870980;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,109:0.63:173
chr21	34871107	rs35013844	AT	A	278.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.032;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=3.424;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.36;MQRankSum=0.671;QD=15.49;ReadPosRankSum=-1.836;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,16:0.89:18
chr21	34878450	rs2070390	A	T	2720.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.999;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.678;NF=28;NR=61;PP=1509;ReadPosRankSum=0.657;SC=TCATACTACTACTTCTTTTTT;SOR=0.732;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=128;TCF=41;TCR=87;TR=89;WE=34878462;WS=34878440;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,113:0.69:163
chr21	34878454	.	CT	C	150.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.194;ClippingRankSum=0.000;DP=155;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.07;MQRankSum=1.708;QD=1.51;ReadPosRankSum=-0.071;SOR=0.657;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:76,24:0.24:100
chr21	34883618	rs8971	T	C	4046.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.702;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=284;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=54;PP=1790;ReadPosRankSum=-0.276;SC=CTGCTGGATATCCCTCAGAAT;SOR=0.704;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=161;TCF=82;TCR=79;TR=109;WE=34883626;WS=34883608;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:92,187:0.67:279
chr21	34892896	rs2834232	C	T	670.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-1.231;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.314;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=18;PP=369;ReadPosRankSum=-0.345;SC=TAAACATCCACATTAGGGAAT;SOR=1.121;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=39;TCF=7;TCR=32;TR=21;WE=34892904;WS=34892886;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,28:0.57:49
chr21	34894623	rs2834234	T	C	2141.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.82;SOR=1.550;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr21	34896962	rs1804385	C	G	188.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=2.128;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=7;NR=0;PP=143;ReadPosRankSum=0.573;SC=GACTGTATCACTCCCACAGAG;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=10;TCR=0;TR=7;WE=34896970;WS=34896952;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,7:0.70:10
chr21	34897113	rs8788	C	T	5958.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=102;NR=50;PP=2933;SC=CGAAAGCCGACGTCTTTCCTA;SOR=1.354;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=154;TCF=103;TCR=51;TR=152;WE=34897121;WS=34897103;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,219:1.00:219
chr21	34897391	rs35083461	C	CT	195.84	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.014;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.23;MQRankSum=0.772;QD=5.93;ReadPosRankSum=0.000;SOR=0.622;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,17:0.52:33
chr21	34900924	rs5843611	G	GA	491.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.717;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FS=2.859;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.45;ReadPosRankSum=1.787;SOR=0.349;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,38:0.58:66
chr21	34901062	rs57178645	TA	T	387.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.085;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FS=6.222;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.15;MQRankSum=1.001;QD=5.87;ReadPosRankSum=0.858;SOR=0.377;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,41:0.62:66
chr21	34903298	.	G	GT	61.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.034;ClippingRankSum=-0.000;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=4.832;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=4.12;ReadPosRankSum=0.001;SOR=0.132;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,6:0.40:15
chr21	34903875	.	AT	A	307.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.027;ClippingRankSum=0.000;DP=192;ExcessHet=3.0103;FS=2.898;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.17;MQRankSum=2.209;QD=2.46;ReadPosRankSum=0.853;SOR=1.031;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:81,44:0.35:125
chr21	34915324	rs1041745	CG	GC	2524.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=36;NR=15;PP=1997;SC=CGAATTGGCCCGTGCGCCTCC;SOR=1.528;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=53;TCF=36;TCR=17;TR=51;WE=34915333;WS=34915314;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr21	34924243	rs16990760	T	C	1873.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.612;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.663;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=32;PP=1086;ReadPosRankSum=0.083;SC=GTACCCAAGATTCTGCTATGT;SOR=0.704;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=97;TCF=49;TCR=48;TR=64;WE=34924251;WS=34924233;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,84:0.63:133
chr21	34925142	rs13433428	C	T	5332.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=69;NR=74;PP=2680;SC=GTGCCATCATCACCATCTGAA;SOR=0.766;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=143;TCF=69;TCR=74;TR=143;WE=34925150;WS=34925132;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,197:1.00:197
chr21	34925689	rs61739710	G	A	7021.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.703;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=488;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.163;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=97;NR=97;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.834;SC=TAACTGTCCTGGAGCCTTCGG;SOR=0.597;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=288;TCF=140;TCR=148;TR=194;WE=34925697;WS=34925679;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:165,317:0.66:482
chr21	34926260	rs13047599	C	T	9390.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=360;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=126;NR=110;PP=2965;SC=GACTAAACAGCGCACAGTATT;SOR=0.775;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=236;TCF=126;TCR=110;TR=236;WE=34926268;WS=34926250;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,354:1.00:354
chr21	34927751	rs34040109	A	AT	284.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.270;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.642;HP=7;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQ=60.14;MQRankSum=1.467;NF=0;NR=15;PP=303;ReadPosRankSum=0.692;SC=TTAAACCTTAATTTTTTTCTG;SOR=1.154;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=47;TCF=0;TCR=47;TR=15;WE=34927759;WS=34927741;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,20:0.33:61
chr21	34945074	.	G	GT	83.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.574;ClippingRankSum=-0.000;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=5.23;ReadPosRankSum=-0.156;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,9:0.56:16
chr21	34948684	rs34377180	G	GA	5023.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=15;NR=31;PP=2080;SC=TTGAGAAATGGAGCCCTTACC;SOR=0.786;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=46;TCF=15;TCR=31;TR=46;WE=34948704;WS=34948674;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr21	34948696	rs34373121	GA	G	5340.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQ=60.09;NF=15;NR=33;PP=2151;SC=GCCCTTACCAGACCCAATTGT;SOR=0.796;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=49;TCF=15;TCR=34;TR=48;WE=34948704;WS=34948674;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr21	34954602	rs77179527	AG	A	394.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-1.534;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.011;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=10;PP=299;ReadPosRankSum=-0.645;SC=AGTATTTAACAGGCATGCTGT;SOR=0.132;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=23;TCF=0;TCR=23;TR=10;WE=34954610;WS=34954592;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,14:0.47:30
chr21	34959776	rs7283856	G	A	461.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=10;NR=2;PP=271;SC=CAAATCCTATGAAAAAAAAGT;SOR=2.179;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=10;TCR=2;TR=12;WE=34959784;WS=34959766;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr21	34968605	rs150787088	GTA	G	445.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=1.689;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=6;PP=351;ReadPosRankSum=0.643;SC=ATTTTGCTAAGTATATGTCAA;SOR=1.445;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=9;TCF=2;TCR=7;TR=8;WE=34968614;WS=34968595;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,12:0.86:14
chr21	34969423	rs3761351	G	A	55.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.951;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.33;ReadPosRankSum=-1.217;SOR=0.457;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,7:0.17:42
chr21	34985754	rs2276226	T	C	1544.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-0.986;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.788;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=21;PP=887;ReadPosRankSum=-0.578;SC=ACAACACTTATGGTAGATTCA;SOR=0.523;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=89;TCF=63;TCR=26;TR=65;WE=34985762;WS=34985744;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,69:0.66:104
chr21	35012719	rs6517185	GG	CT	2207.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;JOINED;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=8;NR=37;PP=2265;SC=AGTTTGAATCGGGGCTTTCCT;SOR=2.701;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=46;TCF=8;TCR=38;TR=45;WE=35012728;WS=35012709;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr21	35124253	rs2834255	A	G	897.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=14;PP=402;SC=GGTTAAGGCCATTACCTGATT;SOR=1.244;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=22;TCF=8;TCR=14;TR=22;WE=35124261;WS=35124243;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr21	35127735	rs2154434	C	A	448.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-1.489;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.966;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=17;PP=271;ReadPosRankSum=0.916;SC=GAAATATGATCTTTGTTTTCA;SOR=0.913;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=68;TCF=18;TCR=50;TR=23;WE=35127743;WS=35127725;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,27:0.31:88
chr21	35134084	rs11444980	G	GC	4829.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=42;NR=36;PP=2936;SC=TTTTTACAAAGCCCTGCGGTA;SOR=1.514;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=87;TCF=49;TCR=38;TR=78;WE=35134092;WS=35134074;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,145:1.00:145
chr21	35174897	rs11390596	T	TA	1236.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=0.033;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.085;HP=9;HapScore=3;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=37;PP=605;ReadPosRankSum=-0.711;SC=TTGTGCTTTTTAAAAAAAAAG;SOR=0.523;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=55;TCF=0;TCR=55;TR=37;WE=35174905;WS=35174887;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,63:0.76:83
chr21	35186127	rs72451475	C	CT	87.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.965;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.29;ReadPosRankSum=-0.654;SOR=0.514;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:53,15:0.22:68
chr21	35206880	rs2248321	A	G	269.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.550;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.497;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=14;PP=203;ReadPosRankSum=0.544;SC=CTAATGTGATATGGAATATGT;SOR=1.012;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=54;TCF=9;TCR=45;TR=16;WE=35206888;WS=35206870;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,16:0.28:57
chr21	35228953	rs9305535	A	G	638.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=2.422;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.952;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.685;NF=21;NR=4;PP=385;ReadPosRankSum=-1.171;SC=AGCCCTCAGGACCCAGCAGCC;SOR=0.910;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=78;TCF=60;TCR=18;TR=25;WE=35228961;WS=35228943;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,32:0.33:96
chr21	35229027	rs141163237	TTG	T	6629.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.273;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=287;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.949;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=1.302;NF=25;NR=58;PP=2964;ReadPosRankSum=0.428;SC=TCCCAAATGGTTGTGTTTTCC;SOR=0.775;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=134;TCF=39;TCR=95;TR=83;WE=35229036;WS=35229017;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:102,183:0.64:285
chr21	35230921	rs2073366	G	C	463.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.008;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.46;ReadPosRankSum=0.580;SOR=0.727;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:103,31:0.23:134
chr21	35237349	rs9984732	A	G	1153.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=1.225;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.360;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=12;PP=837;ReadPosRankSum=0.342;SC=AGTGGCCCTTAAGGCTGTGCC;SOR=0.166;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=73;TCF=57;TCR=16;TR=45;WE=35237357;WS=35237339;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,47:0.57:83
chr21	35237608	rs9976801	T	C	394.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.162;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FS=0.957;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.59;ReadPosRankSum=-0.925;SOR=0.557;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:61,25:0.29:86
chr21	35247611	rs2298681	G	A	2967.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.876;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=28;PP=1601;ReadPosRankSum=-0.666;SC=TCACAGGCCCGCCCACATTGC;SOR=0.606;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=86;TCF=58;TCR=28;TR=85;WE=35247619;WS=35247601;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,111:0.99:112
chr21	35247873	rs933130	C	G	2008.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=33;PP=1028;SC=CAGAGCCTCGCCTGCCAGCCT;SOR=1.609;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=43;TCF=10;TCR=33;TR=43;WE=35247881;WS=35247863;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr21	35256000	rs13052780	T	A	1002.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=2.147;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=19;PP=524;ReadPosRankSum=0.584;SC=CTCCCCAGCATGGGCCCCAGG;SOR=0.791;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=44;TCF=17;TCR=27;TR=31;WE=35256008;WS=35255990;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,44:0.62:71
chr21	35258514	.	TA	T	48.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.697;ClippingRankSum=0.000;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=1.718;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.03;ReadPosRankSum=0.032;SOR=0.340;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,10:0.42:24
chr21	35260418	rs67686176	TGGTCCCTC	T	1578.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.333;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=9;PP=2939;ReadPosRankSum=0.009;SC=AGAGAGGGAATGGTCCCTCTT;SOR=0.783;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=23;TCF=9;TCR=14;TR=15;WE=35260433;WS=35260408;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,40:0.70:57
chr21	35260481	rs2073370	T	C	591.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.941;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FS=0.732;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.89;ReadPosRankSum=0.780;SOR=0.562;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:82,39:0.32:121
chr21	35275955	rs9980730	G	A	7545.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=291;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=68;NR=99;PP=2965;SC=TACAAAAGAAGTAAGACTGGA;SOR=0.933;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=168;TCF=68;TCR=100;TR=167;WE=35275963;WS=35275945;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,285:1.00:285
chr21	35276209	rs2834293	A	G	254.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.405;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.395;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=7;PP=104;ReadPosRankSum=-3.012;SC=ATAACCCGAGAAAACGTACCA;SOR=1.134;SbPval=0.2;Source=Platypus;TC=32;TCF=16;TCR=16;TR=10;WE=35276217;WS=35276199;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,16:0.32:50
chr21	35278919	rs3831798	A	ACT	4487.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=29;NR=26;PP=2835;SC=ATTATAGCCCACTATCAAGTC;SOR=1.632;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=57;TCF=30;TCR=27;TR=55;WE=35278927;WS=35278909;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr21	35281393	rs4591	A	G	1591.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.09;SOR=0.725;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr21	35281421	rs4842	T	C	779.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=1.230;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.556;HP=3;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=13;PP=419;ReadPosRankSum=0.660;SC=GAACCTCTCTTTTGCTGTGAT;SOR=0.705;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=30;TCF=15;TCR=15;TR=24;WE=35281429;WS=35281411;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,35:0.69:51
chr21	35284734	rs2211873	A	G	3384.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.07;SOR=0.937;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,135:1.00:135
chr21	35446136	rs79607614	C	G	2340.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=17;NR=39;PP=1148;SC=GCCGCGGGACCCCGGGCCTTC;SOR=1.429;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=57;TCF=18;TCR=39;TR=56;WE=35446144;WS=35446126;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr21	35467372	rs11295804	AC	A	676.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=15;NR=3;PP=607;SC=AAAGACTTTGACCCTGCTGTG;SOR=2.531;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=15;TCR=3;TR=18;WE=35467380;WS=35467362;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr21	35467472	rs11295803	AG	A	5497.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=28;NR=37;PP=2965;SC=CTGTCATTGGAGCGCTATTAT;SOR=1.082;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=66;TCF=29;TCR=37;TR=65;WE=35467480;WS=35467462;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,137:1.00:137
chr21	35467645	rs8129891	A	G	5538.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=66;NR=82;PP=2965;SC=GACCTGGGTAACAATTGGTGC;SOR=0.866;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=148;TCF=66;TCR=82;TR=148;WE=35467653;WS=35467635;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,198:1.00:198
chr21	35469193	rs4817617	C	A	5724.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=78;NR=64;PP=2957;SC=GGAACCATACCAAATGCAAGA;SOR=0.846;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=142;TCF=78;TCR=64;TR=142;WE=35469201;WS=35469183;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,209:1.00:209
chr21	35469708	rs35685523	G	GA	406.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=1;NR=16;PP=553;SC=GGTCTTTGGGGAAAAAAGTTA;SOR=4.294;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=19;TCF=1;TCR=18;TR=17;WE=35469716;WS=35469698;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr21	35774491	rs72279748	AT	A	147.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.149;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FS=3.733;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.05;MQRankSum=1.896;QD=0.81;ReadPosRankSum=-1.109;SOR=1.101;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:142,41:0.22:183
chr21	35821419	rs2070357	T	C	537.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-0.703;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.575;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=0;PP=404;ReadPosRankSum=0.103;SC=AATCCACCCCTCACCCCTTAC;SOR=2.712;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=25;TCF=24;TCR=1;TR=18;WE=35821427;WS=35821412;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,20:0.69:29
chr21	35821821	rs1805127	T	C	6408.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.387;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=485;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=77;NR=106;PP=2489;ReadPosRankSum=-1.570;SC=TTGCCGTCACTGCTGCGGGGG;SOR=0.705;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=289;TCF=123;TCR=166;TR=183;WE=35821829;WS=35821811;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:177,305:0.63:482
chr21	35890409	rs59601528	C	T	169.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.522;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.54;ReadPosRankSum=2.388;SOR=0.612;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,14:0.29:48
chr21	35893737	rs8131131	T	C	4455.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.420;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.071;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=63;PP=2126;ReadPosRankSum=-0.232;SC=TACTGCTCCCTGGTGCAGGGC;SOR=0.400;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=132;TCF=68;TCR=64;TR=128;WE=35893745;WS=35893727;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,172:0.98:175
chr21	35896082	rs5843666	C	CT	262.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.036;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=17.52;ReadPosRankSum=-0.674;SOR=0.569;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,14:0.93:15
chr21	35985895	rs915540	C	T	1599.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=34;NR=19;PP=1001;SC=AGGAAAAGGTCTGAAATGCTG;SOR=1.255;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=53;TCF=34;TCR=19;TR=53;WE=35985903;WS=35985885;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr21	36041978	rs7280973	A	G	504.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=6;NR=6;PP=208;SC=AGGTGCCCCAAGGAGGGGAGG;SOR=0.793;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=12;TCF=6;TCR=6;TR=12;WE=36041986;WS=36041968;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr21	36042203	rs9680380	G	C	588.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.73;QD=26.76;SOR=1.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr21	36079492	rs2070367	G	A	101.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.054;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=5.929;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.70;ReadPosRankSum=-0.415;SOR=1.931;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:50,10:0.17:60
chr21	36079735	rs139343765	GCACACACACACA	G	1133.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.071;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.646;NF=0;NR=19;PP=2997;ReadPosRankSum=0.419;SC=CTAGTTCTCTGCACACACACA;SOR=0.914;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=31;TCF=0;TCR=31;TR=19;WE=36079754;WS=36079725;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,29:0.74:39
chr21	36080204	rs6517253	A	G	931.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=21;NR=8;PP=520;SC=CCAGATTCTCACGGTGGCCCA;SOR=1.609;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=21;TCR=8;TR=29;WE=36080212;WS=36080194;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr21	36080290	rs6517254	C	T	2676.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-2.103;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.304;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=28;PP=1141;ReadPosRankSum=-0.620;SC=ACCCTCCTTTCATGACTTTTG;SOR=0.467;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=64;TCF=35;TCR=29;TR=63;WE=36080298;WS=36080280;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,106:0.99:107
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chr21	36164405	rs13051066	G	T	379.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.13;SOR=1.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
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chr21	36419858	.	AC	TC	861	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;FR=0.5000,0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=39;MMLQ=8;MQ=51.64;NF=7,16;NR=1,5;PP=602,861;QD=75.625;SC=ACACACACACACTCTCTCTCT;SbPval=0.95;Source=Platypus;TC=25;TCF=17;TCR=8;TR=8,21;WE=36419866;WS=36419848;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:38,21:0.36:59
chr21	36419858	.	AC	ACTCTCTCTCTCTCTCTC	861	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;FR=0.5000,0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=39;MMLQ=8;MQ=51.64;NF=7,16;NR=1,5;PP=602,861;QD=75.625;SC=ACACACACACACTCTCTCTCT;SbPval=0.95;Source=Platypus;TC=25;TCF=17;TCR=8;TR=8,21;WE=36419866;WS=36419848;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:17,8:0.32:25
chr21	36421036	rs8133634	T	C	1723.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.225;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.105;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=16;PP=1071;ReadPosRankSum=-2.062;SC=GACAGGGAACTGGCAGGCACC;SOR=1.000;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=81;TCF=60;TCR=21;TR=62;WE=36421044;WS=36421026;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,71:0.75:95
chr21	36422282	rs10607352	AACACAC	A	861.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.544;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=2.555;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.15;ReadPosRankSum=0.073;SOR=1.148;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,24:0.53:45
chr21	36422478	rs2071029	C	T	515.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-2.829;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.942;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=10;PP=214;ReadPosRankSum=-2.789;SC=TAATTTACACCTGTAGGTAAA;SOR=0.256;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=21;TCF=6;TCR=15;TR=15;WE=36422486;WS=36422468;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,24:0.77:31
chr21	37092980	rs9981293	G	A	2186.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.584;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.900;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=20;PP=1168;ReadPosRankSum=2.149;SC=GATTTGAAGCGTGTATTCCCA;SOR=1.149;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=85;TCF=57;TCR=28;TR=66;WE=37092988;WS=37092970;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,94:0.74:127
chr21	37408608	rs68024241	AACGT	A	936.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.151;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.035;NF=0;NR=16;PP=765;ReadPosRankSum=1.087;SC=TATTTCACAGAACGTACGTAC;SOR=0.836;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=27;TCF=0;TCR=27;TR=16;WE=37408619;WS=37408598;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,25:0.68:37
chr21	37412752	rs2255858	T	C	3740.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.455;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=259;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.682;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=81;NR=41;PP=1834;ReadPosRankSum=1.737;SC=CTCCAATGTATGACATCCCTT;SOR=0.581;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=168;TCF=114;TCR=54;TR=122;WE=37412760;WS=37412742;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,168:0.67:252
chr21	37413946	rs2835243	C	T	289.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-1.473;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.451;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=5;PP=107;ReadPosRankSum=0.864;SC=TCCTCCACAACATCAAGCGCA;SOR=0.382;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=21;TCF=14;TCR=7;TR=12;WE=37413954;WS=37413936;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,16:0.52:31
chr21	37414194	rs11404455	C	CA	111.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.704;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=6.57;ReadPosRankSum=-1.631;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,9:0.53:17
chr21	37420785	rs880221	C	T	589.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-3.304;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=17;PP=387;ReadPosRankSum=-1.251;SC=CCCACAATCACCTACCAGTAA;SOR=0.495;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=24;TCF=3;TCR=21;TR=20;WE=37420793;WS=37420775;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,23:0.85:27
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chr21	37425971	rs762361	C	T	1845.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.458;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.246;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=52;PP=1166;ReadPosRankSum=0.546;SC=TTCAAGGTCCCAGAGATAACT;SOR=1.012;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=113;TCF=35;TCR=78;TR=73;WE=37425979;WS=37425961;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,84:0.60:141
chr21	37429679	rs7282629	G	C	2115.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=22;NR=27;PP=961;SC=CGCAATGACTGACTTCTGTAT;SOR=0.821;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=50;TCF=23;TCR=27;TR=49;WE=37429687;WS=37429669;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr21	37431265	rs2051395	G	T	1348.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-1.593;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=39;PP=916;ReadPosRankSum=0.473;SC=CTGTGGAAATGCTCAATCTAA;SOR=0.723;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=76;TCF=16;TCR=60;TR=51;WE=37431273;WS=37431255;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,55:0.66:83
chr21	37443156	rs113589610	T	TG	340.37	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.205;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=14.270;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.91;ReadPosRankSum=1.207;SOR=3.903;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,14:0.74:19
chr21	37443162	.	T	TG	288.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.532;ClippingRankSum=0.000;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=17.737;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.55;ReadPosRankSum=2.662;SOR=2.953;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,14:0.56:25
chr21	37443480	rs1005696	T	G	3874.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.016;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=234;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.567;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=70;PP=1987;ReadPosRankSum=0.096;SC=TCTGTGCTTTTTCTCCTGCCA;SOR=0.611;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=142;TCF=52;TCR=90;TR=113;WE=37443488;WS=37443470;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,167:0.74:226
chr21	37443565	rs1005695	G	C	1525.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.265;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=30;PP=872;ReadPosRankSum=0.046;SC=CCTCCCTGTCGCACTGGTCTT;SOR=0.644;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=57;TCF=19;TCR=38;TR=46;WE=37443573;WS=37443555;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,62:0.75:83
chr21	37507501	rs8133052	G	A	3439.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.554;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=245;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.645;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=34;PP=1313;ReadPosRankSum=-1.076;SC=ATGTCGTCCTGCAGCCGCGTG;SOR=0.820;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=137;TCF=80;TCR=57;TR=87;WE=37507509;WS=37507491;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,159:0.66:242
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chr21	37507769	rs881712	C	T	2817.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.406;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.633;HP=1;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=46;PP=1189;ReadPosRankSum=0.094;SC=ACGCGGCCGTCGCCTTCAAGA;SOR=0.563;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=137;TCF=55;TCR=82;TR=78;WE=37507777;WS=37507759;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:97,134:0.58:231
chr21	37509995	rs12626192	C	T	451.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=1;PP=348;SC=TCACCGACCTCGTTCTTAAAA;SOR=3.912;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=13;TCF=12;TCR=1;TR=13;WE=37510003;WS=37509993;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
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chr21	37518850	rs34911362	G	A	584.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.784;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.786;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=13;PP=185;ReadPosRankSum=-3.111;SC=AATGTTGGTGGAATGAATGAA;SOR=0.586;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=76;TCF=27;TCR=49;TR=20;WE=37518858;WS=37518840;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,35:0.33:107
chr21	37571667	rs7281674	T	A	1410.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=13;NR=30;PP=893;SC=TGCAACAGTTTATCATAAAGC;SOR=1.911;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=43;TCF=13;TCR=30;TR=43;WE=37571675;WS=37571657;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr21	37572857	rs118183027	G	A	419.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.255;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=13;PP=232;ReadPosRankSum=-1.570;SC=GACGCGGGGAGGGGGCCGGGC;SOR=0.708;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=53;TCF=11;TCR=42;TR=16;WE=37572865;WS=37572847;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,23:0.31:74
chr21	37583657	rs117697278	A	C	457.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=2.044;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=1;PP=318;ReadPosRankSum=1.245;SC=TGAGGTCTGCAGCTGAACGTC;SOR=0.404;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=34;TCF=32;TCR=2;TR=18;WE=37583665;WS=37583651;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,19:0.53:36
chr21	37586236	rs73202247	T	C	581.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-2.950;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=3;PP=452;ReadPosRankSum=-1.012;SC=GAAGAAAATCTGACGTGGTCT;SOR=0.693;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=32;TCF=28;TCR=4;TR=22;WE=37586244;WS=37586230;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,22:0.69:32
chr21	37586877	rs2850079	T	C	4700.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=42;NR=71;PP=2391;SC=ATGCTGCTTCTATCCTATGCT;SOR=1.078;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=113;TCF=42;TCR=71;TR=113;WE=37586885;WS=37586867;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,175:1.00:175
chr21	37609571	rs2835322	T	C	7208.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.853;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=534;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.142;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=110;NR=83;PP=2655;ReadPosRankSum=-0.263;SC=GGGTGGCTCGTGTGCTTTGGA;SOR=0.774;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=308;TCF=173;TCR=135;TR=193;WE=37609579;WS=37609561;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:189,335:0.64:524
chr21	37617630	rs4817788	T	G	12938.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.843;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=506;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=143;NR=152;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.585;SC=TACAAGCTCCTGCCACACGGA;SOR=0.228;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=297;TCF=143;TCR=154;TR=295;WE=37617638;WS=37617620;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,499:1.00:500
chr21	37619724	rs1023367	C	T	6072.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.130;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=117;NR=45;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.359;SC=GTGATCTCTCCCTAGTTCCTG;SOR=1.587;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=162;TCF=117;TCR=45;TR=162;WE=37619732;WS=37619714;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,215:0.99:217
chr21	37619758	rs12626545	C	G	1474.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.848;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=389;ExcessHet=3.0103;FS=1.949;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.92;ReadPosRankSum=-0.823;SOR=0.815;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:275,101:0.27:376
chr21	37619931	rs5843755	A	AT	2705.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-2.306;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.543;HP=11;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=77;PP=849;ReadPosRankSum=-0.888;SC=AAAAAGGTAAATTTTTTTTTT;SOR=0.233;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=115;TCF=5;TCR=110;TR=81;WE=37619939;WS=37619921;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:9,135:0.94:144
chr21	37623447	rs2298450	C	T	2331.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.960;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=26;PP=1474;ReadPosRankSum=1.817;SC=ACTTTTTTTTCCCTATTTTCT;SOR=0.710;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=74;TCF=48;TCR=26;TR=74;WE=37623455;WS=37623437;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,99:0.97:102
chr21	37625935	.	C	CAA	150.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.098;ClippingRankSum=0.000;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.77;ReadPosRankSum=-0.072;SOR=1.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,10:0.71:14
chr21	37626011	rs62232368	C	T	2000.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.075;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.614;HP=1;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=26;PP=1178;ReadPosRankSum=-0.026;SC=AAGGATGTGTCATCCTTATTT;SOR=0.617;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=121;TCF=79;TCR=42;TR=75;WE=37626019;WS=37626001;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,92:0.60:154
chr21	37635797	rs12626686	T	C	424.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.212;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=4;PP=280;ReadPosRankSum=0.612;SC=TAAATGTATTTTGACTTGTTC;SOR=0.776;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=61;TCF=48;TCR=13;TR=20;WE=37635805;WS=37635787;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,23:0.32:72
chr21	37642196	rs11700664	G	A	93.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=4.300;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=2;PP=80;ReadPosRankSum=-0.620;SC=TTAATGGTACGTATATGCTCA;SOR=0.395;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=30;TCF=24;TCR=6;TR=8;WE=37642204;WS=37642186;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,7:0.19:36
chr21	37649170	rs7279450	A	T	282.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-2.421;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.465;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=3;PP=125;ReadPosRankSum=-0.407;SC=AAAAGCTGAAAGTTAACAGAG;SOR=0.177;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=28;TCF=23;TCR=5;TR=12;WE=37649178;WS=37649160;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,14:0.58:24
chr21	37650182	rs2070516	C	T	201.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.737;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.350;HP=1;HapScore=2;MGOF=28;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=3;PP=89;ReadPosRankSum=1.992;SC=TCAAGTGATCCGCCCTCCTCA;SOR=0.180;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=20;TCF=16;TCR=4;TR=10;WE=37650190;WS=37650172;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,10:0.53:19
chr21	37650235	rs2070517	T	C	1375.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=34;NR=5;PP=944;SC=CCGTCGCACCTGGCCAGTTTC;SOR=2.985;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=40;TCF=35;TCR=5;TR=39;WE=37650243;WS=37650225;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr21	37652840	rs7281457	C	T	465.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=3.939;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.241;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.586;NF=3;NR=17;PP=275;ReadPosRankSum=0.241;SC=TTGACAAGAACGCCACGACAA;SOR=1.095;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=76;TCF=17;TCR=59;TR=20;WE=37652860;WS=37652830;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,26:0.27:96
chr21	37653705	rs7277281	A	G	259.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-2.748;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.605;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=3;PP=168;ReadPosRankSum=-2.142;SC=ATAGAATTACACTAGTATGAA;SOR=0.226;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=46;TCF=40;TCR=6;TR=15;WE=37653713;WS=37653695;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,16:0.31:51
chr21	37660161	rs2268299	G	A	986.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=20;NR=4;PP=571;SC=GGGATTACAAGTGCGAGCCAC;SOR=2.368;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=20;TCR=4;TR=24;WE=37660169;WS=37660151;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr21	37660190	rs78702655	C	T	649.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.782;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.435;HP=1;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=3;PP=453;ReadPosRankSum=-1.223;SC=GCCTGTAACACTCATTCCTTA;SOR=1.209;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=36;TCF=30;TCR=6;TR=23;WE=37660198;WS=37660180;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,27:0.59:46
chr21	37660268	rs74949130	A	G	4971.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=84;NR=49;PP=2697;SC=AAGAAACCCTAAACTGCATAT;SOR=1.141;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=135;TCF=84;TCR=51;TR=133;WE=37660276;WS=37660258;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,180:1.00:180
chr21	37661180	rs9979272	A	G	367.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.625;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.57;ReadPosRankSum=-1.913;SOR=0.718;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:78,25:0.24:103
chr21	37664554	rs55884666	C	CT	39.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.396;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=2.128;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.99;ReadPosRankSum=0.537;SOR=0.188;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,6:0.30:20
chr21	37665503	rs201394335	CAA	C	284.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.459;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.04;MQRankSum=1.003;QD=8.14;ReadPosRankSum=0.074;SOR=0.874;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,15:0.43:35
chr21	37692507	rs62229372	C	T	2652.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-0.689;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=300;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.871;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=26;PP=825;ReadPosRankSum=0.473;SC=AGTCGTTCCGCCACCTCCCAG;SOR=0.615;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=175;TCF=100;TCR=75;TR=61;WE=37692515;WS=37692497;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:161,137:0.46:298
chr21	37692589	rs2236433	A	T	2878.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.486;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FS=4.393;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.99;ReadPosRankSum=-0.316;SOR=0.763;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:64,128:0.67:192
chr21	37728892	rs141327973	C	CTTGAA	862.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=3;PP=513;SC=AGAATTTTTTCTTGATTTTAT;SOR=1.609;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=10;TCF=7;TCR=3;TR=9;WE=37728900;WS=37728882;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr21	37729088	rs2835339	G	C	1129.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.61;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=15;PP=440;SC=AGAGTAAAGGGATTGTACAAT;SOR=0.990;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=9;TCR=15;TR=24;WE=37729096;WS=37729078;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr21	37759957	rs62229404	C	T	255.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.783;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.87;ReadPosRankSum=-0.241;SOR=0.656;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:110,27:0.20:137
chr21	37763761	rs376106303	CA	C	188.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.962;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.55;ReadPosRankSum=0.029;SOR=1.127;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,17:0.68:25
chr21	37769590	rs36094135	CT	C	328.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-1.056;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=4;PP=119;ReadPosRankSum=-1.071;SC=GAGTCTCTCACTTACTGCCTG;SOR=0.693;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=13;TCF=6;TCR=7;TR=6;WE=37769598;WS=37769580;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,12:0.50:24
chr21	37784070	rs218630	G	A	375.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=9;PP=233;SC=TCTGTCACCCGGGCTGGAGTG;SOR=1.765;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=12;TCF=3;TCR=9;TR=12;WE=37784078;WS=37784060;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr21	37787572	.	CT	C	473.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.098;ClippingRankSum=0.000;DP=343;ExcessHet=3.0103;FS=0.511;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.03;MQRankSum=1.753;QD=1.44;ReadPosRankSum=0.271;SOR=0.742;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:250,78:0.24:328
chr21	37833307	rs219780	C	T	981.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.511;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=11;PP=243;ReadPosRankSum=-1.184;SC=ACCCGCTGTGCGTGGCCGAGG;SOR=0.639;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=33;TCF=17;TCR=16;TR=20;WE=37833315;WS=37833297;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,47:0.73:64
chr21	37833751	rs219779	G	A	3403.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.157;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.050;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=48;PP=1527;ReadPosRankSum=1.377;SC=CCATGAGGGCGCGGGCAGCCT;SOR=0.600;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=152;TCF=83;TCR=69;TR=103;WE=37833759;WS=37833741;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,155:0.65:238
chr21	38071988	rs116948941	A	G	246.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.133;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FS=0.953;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.10;MQRankSum=-0.476;QD=2.35;ReadPosRankSum=1.428;SOR=0.860;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:84,21:0.20:105
chr21	38081480	rs116988298	C	T	1422.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.353;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=281;ExcessHet=3.0103;FS=0.467;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.08;ReadPosRankSum=1.925;SOR=0.685;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:191,89:0.32:280
chr21	38081562	rs2070647	T	G	6119.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=70;NR=67;PP=2773;SC=TAGAGCGGCCTCGCCGGGGGA;SOR=0.737;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=138;TCF=71;TCR=67;TR=137;WE=38081570;WS=38081552;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,231:1.00:231
chr21	38081577	rs2070648	C	G	5470.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=65;NR=62;PP=2815;SC=GGGGGAGGAGCGCAGCCGCCG;SOR=0.735;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=127;TCF=65;TCR=62;TR=127;WE=38081585;WS=38081567;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,194:1.00:194
chr21	38092039	rs2070650	A	C	785.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=20;NR=2;PP=573;SC=TGGCAGGGTGAGCACCTGTGA;SOR=3.528;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=22;TCF=20;TCR=2;TR=22;WE=38092047;WS=38092033;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr21	38092247	rs145363163	GA	G	1628.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=2.059;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.069;HP=11;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=1.304;NF=8;NR=43;PP=565;ReadPosRankSum=-0.522;SC=CATCCAGAGGGAAAAAAAAAA;SOR=0.706;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=81;TCF=15;TCR=66;TR=51;WE=38092256;WS=38092237;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,103:0.62:167
chr21	38113998	rs2070519	C	A	1687.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=36;NR=14;PP=1042;SC=CTGAGGACTCCTGTCACCTTG;SOR=1.812;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=50;TCF=36;TCR=14;TR=50;WE=38114006;WS=38113988;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr21	38117308	rs2073601	C	A	8399.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.089;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=614;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.545;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=120;NR=142;PP=2962;ReadPosRankSum=1.919;SC=CCTGAGCACACTGCCAGCCAG;SOR=0.624;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=404;TCF=180;TCR=224;TR=262;WE=38117316;WS=38117298;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:219,385:0.64:604
chr21	38118089	rs9982519	G	C	4844.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=0.586;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=339;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.356;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=62;PP=1924;ReadPosRankSum=1.031;SC=CCTTCTCCTGGTGGCAGGCAA;SOR=0.779;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=177;TCF=83;TCR=94;TR=114;WE=38118097;WS=38118079;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:116,221:0.66:337
chr21	38126537	rs201681436	ACGC	A	1273.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.204;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.760;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.433;NF=8;NR=11;PP=748;ReadPosRankSum=1.001;SC=CGTCTCGGGGACGCCCGGCAT;SOR=0.585;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=50;TCF=21;TCR=29;TR=19;WE=38126547;WS=38126527;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,37:0.33:111
chr21	38131284	.	CA	C	72.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.059;ClippingRankSum=0.000;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.00;ReadPosRankSum=1.027;SOR=0.688;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:57,16:0.22:73
chr21	38139632	rs2073421	C	A	2286.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=20;NR=50;PP=1334;SC=ATGGACACGCCCGCGGCACCA;SOR=1.694;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=70;TCF=20;TCR=50;TR=70;WE=38139640;WS=38139622;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr21	38302543	rs140568778	CA	C	1080.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=1.310;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.727;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.389;NF=11;NR=10;PP=676;ReadPosRankSum=-0.256;SC=GCTGAGCCCACAACTCACCTC;SOR=0.842;SbPval=0.21;Source=Platypus;TC=60;TCF=24;TCR=36;TR=21;WE=38302551;WS=38302533;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,42:0.35:121
chr21	38302769	rs2073425	C	T	1293.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-1.273;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-1.220;NF=12;NR=27;PP=596;ReadPosRankSum=0.419;SC=AAACTGAGGGCACTCACAGGC;SOR=0.671;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=60;TCF=17;TCR=43;TR=39;WE=38302777;WS=38302759;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,60:0.61:99
chr21	38308911	rs1065758	G	A	1511.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.624;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=303;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.222;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=41;PP=713;ReadPosRankSum=1.764;SC=GCTTCACCTCGCTCTGGTCAG;SOR=0.953;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=233;TCF=107;TCR=126;TR=71;WE=38308919;WS=38308901;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:205,91:0.31:296
chr21	38334256	rs58618927	G	GA	119.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.254;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.54;MQRankSum=3.154;QD=1.55;ReadPosRankSum=-0.856;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:59,18:0.23:77
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chr21	38338665	rs1055700	C	G	169.85	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.967;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=1;PP=202;ReadPosRankSum=0.674;SC=CTCCCGGGCTCCCGGCGGGGA;SOR=0.941;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=6;TCF=5;TCR=1;TR=5;WE=38338673;WS=38338641;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,5:0.83:6
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chr21	38339023	rs184468430	G	A	677.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-1.548;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=15;PP=293;ReadPosRankSum=-0.676;SC=GAAGGGCCGCGCCGCCCCCCC;SOR=0.843;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=31;TCF=9;TCR=22;TR=22;WE=38339031;WS=38339013;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,31:0.70:44
chr21	38385925	rs77429661	T	C	1947.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=2.140;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.316;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=44;PP=1147;ReadPosRankSum=0.240;SC=TAAGGTAATATACGACTTCAC;SOR=0.851;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=110;TCF=36;TCR=74;TR=64;WE=38385933;WS=38385915;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,87:0.56:154
chr21	38437763	rs7337	C	G	113.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=0;PP=87;SC=AGAAGGTCAACTTACATTTTT;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=4;TCR=0;TR=4;WE=38437771;WS=38437753;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr21	38444863	rs2507733	C	T	4243.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=37;NR=53;PP=1887;SC=ACAATCAGCGCCAGCGATGTG;SOR=0.931;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=92;TCF=39;TCR=53;TR=90;WE=38444871;WS=38444853;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,157:1.00:157
chr21	38495185	rs11440324	G	GT	1808.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=37;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=10;PP=951;SC=TAAATTTGAGGTCCTTACTAT;SOR=1.609;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=24;TCF=14;TCR=10;TR=24;WE=38495193;WS=38495175;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr21	38495213	rs11440325	G	GA	1768.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=39;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=15;NR=14;PP=1126;SC=AAGTAAATTTGAAATCTTTTA;SOR=1.107;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=30;TCF=16;TCR=14;TR=29;WE=38495221;WS=38495203;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr21	38495270	rs11440326	A	AT	2472.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=38;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=8;NR=23;PP=1371;SC=TGTGTGTGTGATGACTTTTAT;SOR=0.781;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=8;TCR=23;TR=31;WE=38495278;WS=38495260;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr21	38498178	rs67628252	GT	G	172.87	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=4;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=1;PP=166;SC=TCAAGAATTTGTTCGTTGCCA;SOR=1.609;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=3;TCR=1;TR=4;WE=38498193;WS=38498168;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr21	38498185	rs66532388	GC	G	172.87	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=0;PP=119;SC=TTTGTTCGTTGCCATATCATG;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=3;TCR=0;TR=3;WE=38498193;WS=38498168;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr21	38498585	rs12185849	G	C	123.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=4;PP=132;SC=AGAAAATATTGAATATTTATT;SOR=1.981;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=5;TCF=1;TCR=4;TR=5;WE=38498593;WS=38498575;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr21	38512956	rs1133001	A	G	1193.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-1.524;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=14;PP=515;ReadPosRankSum=-0.766;SC=TTGGAAAAGTATATTTGAAAA;SOR=0.320;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=33;TCF=19;TCR=14;TR=32;WE=38512964;WS=38512946;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,47:0.98:48
chr21	38517021	rs1344047	G	A	4376.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.094;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=73;PP=2315;ReadPosRankSum=-0.327;SC=ATCAGGAGGCGGAGAGGTAGG;SOR=1.099;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=116;TCF=43;TCR=73;TR=116;WE=38517029;WS=38517011;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,167:0.98:171
chr21	38517058	rs764175	C	T	2814.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=1.064;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=58;PP=1704;ReadPosRankSum=1.626;SC=CTCCCTTACACGCATTTCCCC;SOR=1.522;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=83;TCF=25;TCR=58;TR=83;WE=38517066;WS=38517048;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,105:0.98:107
chr21	38520091	rs9978203	C	T	413.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=10;PP=300;SC=TGCAGTGGCACGATCTTGGCT;SOR=1.473;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=3;TCR=10;TR=13;WE=38520099;WS=38520081;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr21	38522618	rs2257091	G	T	101.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=20.38;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr21	38523266	rs3737540	C	A	712.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=7;NR=13;PP=357;SC=CTAAATTATGCCTTTTTAAAA;SOR=1.179;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=7;TCR=13;TR=20;WE=38523274;WS=38523256;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr21	38525198	rs2051162	G	A	1820.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=28;NR=18;PP=842;SC=CTAAGTTTATGTAATTGTGAA;SOR=1.054;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=46;TCF=28;TCR=18;TR=46;WE=38525206;WS=38525188;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr21	38525356	rs1053808	T	C	2523.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=31;NR=37;PP=1118;SC=AATACAGCCATGCTTCTCAAA;SOR=0.799;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=68;TCF=31;TCR=37;TR=68;WE=38525364;WS=38525346;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr21	38525652	rs767998	T	G	876.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=7;NR=21;PP=641;SC=CATTTTCATTTTCCTGCCATA;SOR=1.911;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=28;TCF=7;TCR=21;TR=28;WE=38525660;WS=38525642;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr21	38528866	rs2835635	A	G	1231.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=18;NR=8;PP=509;SC=GCAAACTATAATCAGCTGGCT;SOR=1.382;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=26;TCF=18;TCR=8;TR=26;WE=38528880;WS=38528856;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr21	38528872	rs10706050	TG	T	1262.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=10;NR=8;PP=701;SC=TATAATCAGCTGGCTTTCAGA;SOR=1.329;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=19;TCF=11;TCR=8;TR=18;WE=38528880;WS=38528856;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr21	38531863	rs4817852	T	C	585.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=14;NR=3;PP=371;SC=GTTTCTAAACTACACTTGTGT;SOR=2.200;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=14;TCR=3;TR=17;WE=38531871;WS=38531853;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr21	38531921	rs1787365	C	A	1644.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=28;NR=10;PP=867;SC=TAGTATGAGGCGTTATTTTAA;SOR=1.532;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=38;TCF=28;TCR=10;TR=38;WE=38531929;WS=38531911;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr21	38532058	rs34771928	TG	T	5227.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=20;NR=44;PP=2710;SC=GTAAGTTACTTGGATCACTTG;SOR=0.693;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=64;TCF=20;TCR=44;TR=64;WE=38532076;WS=38532048;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,142:1.00:142
chr21	38532068	rs113972351	G	GA	4423.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=17;NR=44;PP=2702;SC=TGGATCACTTGAATCTTACGT;SOR=0.737;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=61;TCF=17;TCR=44;TR=61;WE=38532076;WS=38532048;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,139:1.00:139
chr21	38532086	rs34586966	TG	T	4813.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=59;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=12;NR=44;PP=2477;SC=CGTTCTAATCTGATGTTAAAC;SOR=0.726;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=56;TCF=12;TCR=44;TR=56;WE=38532094;WS=38532076;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr21	38532192	rs34367119	A	AT	987.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=47;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=25;PP=1025;SC=ACGTACTATTATTCATTAGAA;SOR=2.765;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=25;TCF=0;TCR=25;TR=25;WE=38532200;WS=38532182;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr21	38532901	rs5843796	G	GT	367.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=3;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=8;NR=0;PP=333;SC=CTTAATTTTAGTATACATTAG;SOR=4.615;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=8;TCR=1;TR=8;WE=38532918;WS=38532892;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr21	38532904	rs5843798	T	TA	442.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=49.19;SOR=4.615;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr21	38532910	rs5843800	A	AG	547.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=3;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=12;NR=1;PP=485;SC=AGTATACATTAGTATTATTAA;SOR=5.283;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=13;TCF=12;TCR=1;TR=13;WE=38532918;WS=38532892;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr21	38534228	rs11424055	A	AT	547.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=3;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=5;PP=215;SC=AATTTTAATGATTTTTCTCTT;SOR=0.836;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=7;TCF=2;TCR=5;TR=7;WE=38534242;WS=38534218;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr21	38534234	rs57522570	C	T	604.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=3;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=5;PP=236;SC=AATGATTTTTCTCTTTAATGG;SOR=0.818;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=11;TCF=6;TCR=5;TR=11;WE=38534242;WS=38534218;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr21	38539673	rs1793885	C	T	601.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.98;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr21	38539677	rs4988831	A	T	601.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.98;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr21	38539681	rs1793886	G	A	601.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.98;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr21	38539718	rs2000413	G	A	611.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=80;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=16;NR=5;PP=449;SC=ACATGTTTACGGAAAGCATGG;SOR=1.931;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=22;TCF=16;TCR=6;TR=21;WE=38539726;WS=38539708;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr21	38539745	rs5843802	G	GA	646.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=3;MGOF=70;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=6;PP=324;SC=ATCTAAATGGGAAAAAAAACT;SOR=2.226;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=22;TCF=16;TCR=6;TR=21;WE=38539753;WS=38539735;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr21	38539836	rs5843803	T	TA	2810.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=22;PP=1335;SC=AAGTGAATTTTATTTTTTGTT;SOR=0.723;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=29;TCF=6;TCR=23;TR=28;WE=38539852;WS=38539826;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr21	38539844	rs2000415	G	A	2975.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=20;NR=23;PP=800;SC=TTTATTTTTTGTTTTGCCCAC;SOR=0.781;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=43;TCF=20;TCR=23;TR=43;WE=38539852;WS=38539826;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr21	38540089	rs2000416	T	A	38.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=19.37;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr21	38563725	rs2835655	G	A	1803.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=15;NR=29;PP=836;SC=AGAAAGCAAAGGTAAGTTGTA;SOR=1.263;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=45;TCF=16;TCR=29;TR=44;WE=38563733;WS=38563715;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr21	38564530	rs202143959	CT	C	159.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.103;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FS=0.856;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.15;MQRankSum=2.493;QD=1.20;ReadPosRankSum=0.617;SOR=0.871;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:100,33:0.25:133
chr21	38567902	rs2835659	C	T	5173.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.38;SOR=2.142;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr21	38567911	rs7280251	T	C	5462.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.35;SOR=1.821;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,129:1.00:129
chr21	38568009	rs1053966	G	C	9446.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.716;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=361;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=118;NR=101;PP=2965;ReadPosRankSum=1.106;SC=GTCTTCAGGCGACGATGGCCA;SOR=0.763;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=222;TCF=120;TCR=102;TR=219;WE=38568017;WS=38567999;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,354:0.99:356
chr21	38568308	rs6579	C	T	3963.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.912;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=68;PP=2151;ReadPosRankSum=-0.769;SC=TTATTGAGCACCTGTCAGTGG;SOR=1.186;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=106;TCF=38;TCR=68;TR=106;WE=38568316;WS=38568298;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,146:0.99:148
chr21	38570055	rs34505047	T	TAA	181.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;QD=13.98;SOR=1.802;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,11:0.85:13
chr21	38574018	rs1053984	C	T	304.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=1;NR=8;PP=189;SC=GTTAATATCGCTGATATTAAG;SOR=2.494;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=9;WE=38574026;WS=38574008;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr21	38599934	rs11300896	TG	T	2778.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.62;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=17;PP=1238;SC=CCATGAGGGCTGGGAGGCGAG;SOR=1.136;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=34;TCF=15;TCR=19;TR=32;WE=38599942;WS=38599924;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr21	38600154	rs10716173	CG	C	924.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=19;PP=824;SC=GCAGAGGCTGCGGGGTCCACA;SOR=2.147;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=0;TCR=20;TR=19;WE=38600162;WS=38600144;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr21	38604651	rs117381241	G	A	461.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=1.465;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=7;PP=266;ReadPosRankSum=0.832;SC=AGATACCCACGGCATTCGCCT;SOR=0.826;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=51;TCF=36;TCR=15;TR=21;WE=38604659;WS=38604641;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,24:0.39:62
chr21	38850640	rs928763	G	A	880.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.234;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.621;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=27;PP=479;ReadPosRankSum=0.733;SC=CTATCTTGCAGTATGTCATTG;SOR=0.483;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=110;TCF=21;TCR=89;TR=35;WE=38850648;WS=38850630;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:97,48:0.33:145
chr21	38862862	rs67837743	C	T	481.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=0;NR=16;PP=405;SC=TTGCGGTTTTCGCCATTGCAG;SOR=5.670;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=0;TCR=16;TR=16;WE=38862870;WS=38862852;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr21	38865507	rs2835772	C	G	1308.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.494;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.555;HP=8;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=28;PP=783;ReadPosRankSum=-0.011;SC=TTCATAATTTCTTTTTGTCTT;SOR=1.267;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=60;TCF=19;TCR=41;TR=38;WE=38865515;WS=38865497;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,55:0.64:86
chr21	38997701	rs702859	G	A	1891.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.550;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=341;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.903;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=44;PP=949;ReadPosRankSum=-0.430;SC=CGTAGAACCCGTCCTCCAGGG;SOR=0.774;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=210;TCF=84;TCR=126;TR=71;WE=38997709;WS=38997691;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:225,107:0.32:332
chr21	39086965	rs2070995	T	C	6196.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.854;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=243;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=81;NR=85;PP=2932;ReadPosRankSum=-0.856;SC=TAATTCCCTCTGGGCATTTAT;SOR=0.727;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=166;TCF=81;TCR=85;TR=166;WE=39086973;WS=39086955;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,236:0.99:238
chr21	39087499	rs79368295	C	T	902.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.349;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.664;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=22;PP=366;ReadPosRankSum=2.220;SC=GACAATGGAACGGCACACTTT;SOR=0.773;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=91;TCF=30;TCR=61;TR=31;WE=39087507;WS=39087489;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:89,51:0.36:140
chr21	39089582	rs857961	A	G	1023.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=8;NR=19;PP=544;SC=CAAATACCAGAATAGGTGTTG;SOR=1.802;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=28;TCF=8;TCR=20;TR=27;WE=39089590;WS=39089572;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr21	39213020	rs2836016	G	A	1744.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=16;NR=32;PP=1011;SC=TCCTGGAGGTGAGAAGAAAAG;SOR=1.306;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=49;TCF=16;TCR=33;TR=48;WE=39213028;WS=39213010;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
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chr21	39739478	rs62217874	A	G	557.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.466;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.053;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=6;PP=342;ReadPosRankSum=-0.445;SC=TGCAAAGAGAAGGCCACGCTG;SOR=1.002;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=45;TCF=31;TCR=14;TR=21;WE=39739486;WS=39739468;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,28:0.40:70
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chr21	39775373	rs2836373	A	G	515.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.551;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.9989;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=4;PP=356;ReadPosRankSum=-0.407;SC=TCTGAAGCTCAGGTCATAAGA;SOR=0.976;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=25;TCF=21;TCR=4;TR=22;WE=39775381;WS=39775363;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,23:0.85:27
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chr21	39822650	rs2211871	G	T	136.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-0.569;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=0;PP=106;ReadPosRankSum=-0.465;SC=TACACCACTTGTCACATTTTA;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=11;TCR=0;TR=6;WE=39822658;WS=39822640;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,6:0.46:13
chr21	39822906	rs9305648	G	C	3188.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.532;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.651;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=59;PP=1776;ReadPosRankSum=0.400;SC=GTTTGTGTCTGTGAATGGAAT;SOR=0.913;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=136;TCF=60;TCR=76;TR=98;WE=39822914;WS=39822896;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,139:0.70:199
chr21	39823349	rs2051165	T	C	586.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=2.831;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.881;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=19;PP=457;ReadPosRankSum=1.815;SC=GATGTGTTCATTGCAGGTGGA;SOR=1.460;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=35;TCF=6;TCR=29;TR=22;WE=39823357;WS=39823339;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,22:0.63:35
chr21	39870310	rs2836441	G	A	2174.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=16;NR=38;PP=1135;SC=GCCATAATGCGATCAAGTTTA;SOR=1.439;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=54;TCF=16;TCR=38;TR=54;WE=39870318;WS=39870300;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr21	40191431	rs457705	T	G	7162.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.694;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=294;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=98;NR=69;PP=2965;ReadPosRankSum=2.836;SC=TGCCAGGGACTCCCAAAGACC;SOR=0.530;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=170;TCF=100;TCR=70;TR=167;WE=40191439;WS=40191421;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,282:0.99:285
chr21	40191638	rs461155	A	G	5562.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=48;NR=93;PP=2850;SC=GGAGTGACCCAGTGGAGCAAG;SOR=1.270;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=141;TCF=48;TCR=93;TR=141;WE=40191646;WS=40191628;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,206:1.00:206
chr21	40250361	rs11464500	T	TA	193.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.432;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.58;ReadPosRankSum=-0.939;SOR=0.700;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:54,21:0.28:75
chr21	40250762	rs5843936	GA	G	1742.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.883;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.855;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQ=60.24;MQRankSum=2.799;NF=7;NR=19;PP=834;ReadPosRankSum=-1.487;SC=TGGTGCAATTGAGAGGAAATT;SOR=0.485;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=86;TCF=18;TCR=68;TR=26;WE=40250770;WS=40250752;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:113,59:0.34:172
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chr21	40549289	rs2142111	G	C	595.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.935;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=5;PP=421;ReadPosRankSum=-1.249;SC=TAAAATGACAGTATACATTTA;SOR=0.963;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=37;TCF=29;TCR=8;TR=24;WE=40549297;WS=40549279;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,25:0.66:38
chr21	40549466	rs14194	T	C	1203.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.268;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.00;ReadPosRankSum=-1.470;SOR=0.787;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,59:0.69:86
chr21	40551943	rs34227163	A	G	8754.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=1.232;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=357;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.970;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=79;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.353;SC=CTTTTTGTCAAGTAAGTTTTA;SOR=0.874;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=225;TCF=87;TCR=138;TR=129;WE=40551952;WS=40551933;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:133,221:0.62:354
chr21	40551944	rs3835285	G	GT	8745.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=1.590;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=354;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.980;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=78;PP=2967;ReadPosRankSum=-0.623;SC=TTTTTGTCAAGTAAGTTTTAT;SOR=0.862;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=149;TCF=16;TCR=133;TR=89;WE=40551952;WS=40551933;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:131,220:0.63:351
chr21	40552307	rs3171465	A	G	1192.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-2.762;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.059;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=24;PP=485;ReadPosRankSum=-1.767;SC=TCCAGAGTTTAGCACAACCAA;SOR=0.371;SbPval=0.19;Source=Platypus;TC=129;TCF=50;TCR=79;TR=47;WE=40552315;WS=40552297;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:150,74:0.33:224
chr21	40552408	rs7280375	A	G	759.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-0.731;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.733;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=12;PP=270;ReadPosRankSum=-2.520;SC=TCTGCAAGCTATATTTTCTAT;SOR=0.381;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=33;TCF=7;TCR=26;TR=15;WE=40552416;WS=40552398;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,34:0.68:50
chr21	40553845	rs6517522	T	C	399.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.274;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.99;ReadPosRankSum=2.443;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,22:0.55:40
chr21	40555160	rs34294410	C	G	3901.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=0.316;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=300;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.716;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.761;NF=81;NR=41;PP=1762;ReadPosRankSum=-1.000;SC=GCGCGCTGCCCTTATCCCGGT;SOR=0.870;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=177;TCF=113;TCR=64;TR=122;WE=40555168;WS=40555150;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:105,185:0.64:290
chr21	40555351	rs13052882	G	C	3078.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.559;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.122;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=68;PP=1375;ReadPosRankSum=-0.059;SC=GCAGCGCCGCGGGACCGCACG;SOR=0.825;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=156;TCF=58;TCR=98;TR=107;WE=40555359;WS=40555341;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,143:0.65:219
chr21	40571246	rs1041439	A	G	7690.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=280;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=109;NR=89;PP=2965;SC=CACTGGTAATAGTTGATTTTC;SOR=0.846;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=198;TCF=109;TCR=89;TR=198;WE=40571254;WS=40571236;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,278:1.00:278
chr21	40572072	rs2234543	G	A	312.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=2.794;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.456;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=2;PP=232;ReadPosRankSum=-0.783;SC=GCATTAAATCGAGAATCTATT;SOR=1.609;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=27;TCF=20;TCR=7;TR=12;WE=40572080;WS=40572062;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,15:0.44:34
chr21	40574305	rs2183573	A	G	584.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=3.719;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.944;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=6;PP=383;ReadPosRankSum=-2.101;SC=CTTTCTGATGATTCTGCTGAA;SOR=1.377;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=78;TCF=53;TCR=25;TR=26;WE=40574313;WS=40574295;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,32:0.29:109
chr21	40574552	rs2150411	G	T	187.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=3.390;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.310;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=8;PP=146;ReadPosRankSum=0.800;SC=CTAAATAGAAGTATATCATAT;SOR=2.765;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=2;TCR=14;TR=8;WE=40574560;WS=40574542;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,8:0.50:16
chr21	40582181	rs35580733	TAG	T	319.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=0.768;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=7;PP=265;ReadPosRankSum=-0.680;SC=AGGAAAAGGTTAGAGGACTCT;SOR=0.976;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=0;TCR=14;TR=7;WE=40582190;WS=40582171;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,9:0.56:16
chr21	40584598	rs6517529	C	T	2628.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=25;NR=30;PP=1027;SC=TTACTCTCCTCCTTCCAGAAG;SOR=0.732;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=55;TCF=25;TCR=30;TR=55;WE=40584606;WS=40584588;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr21	40585330	rs142696785	AAAGCCAACATTTTCTTCACTTT	A	475.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.516;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=1.096;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.89;ReadPosRankSum=0.971;SOR=0.908;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:53,16:0.23:69
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chr21	40597215	rs139986112	A	AAAG	2944.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=0;NR=43;PP=2229;SC=TACAGATAAAAAAGCCAAAAG;SOR=2.448;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=49;TCF=0;TCR=49;TR=43;WE=40597223;WS=40597205;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
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chr21	40636354	rs58999088	TAAA	T,TAA	967.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.564;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=4.289;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.16;MQRankSum=0.454;QD=18.26;ReadPosRankSum=-1.639;SOR=0.200;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:5,30,18:0.57,0.34:53
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chr21	40642189	rs6517532	C	T	2212.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=39;NR=20;PP=1122;SC=ATTTGTTACACTGTACCAGAA;SOR=1.206;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=59;TCF=39;TCR=20;TR=59;WE=40642197;WS=40642179;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr21	40642386	rs2836968	A	G	455.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=1.327;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=14;PP=310;ReadPosRankSum=1.386;SC=CAACATGTAAACTTATTTAGA;SOR=1.106;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=25;TCF=4;TCR=21;TR=17;WE=40642394;WS=40642376;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,19:0.63:30
chr21	40646230	rs56135543	CGA	C	2399.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.272;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.747;NF=23;NR=19;PP=1240;ReadPosRankSum=-0.523;SC=ACACAGAGAGCGAGAGAGAGA;SOR=0.775;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=78;TCF=42;TCR=36;TR=42;WE=40646243;WS=40646220;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,95:0.69:137
chr21	40648065	rs149667995	AAC	A	185.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.819;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FS=1.006;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.51;ReadPosRankSum=0.444;SOR=0.541;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:107,16:0.13:123
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chr21	40648265	rs2836969	G	A	295.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.222;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.271;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=7;PP=120;ReadPosRankSum=0.299;SC=GTGTTGCTTAGCCCTGTCATT;SOR=0.941;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=26;TCF=7;TCR=19;TR=8;WE=40648273;WS=40648255;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,16:0.40:40
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chr21	40652142	rs2836972	G	A	4171.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.270;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=288;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.143;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=61;PP=1692;ReadPosRankSum=0.678;SC=TGGAAACCATGTATCTTTGAG;SOR=0.555;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=173;TCF=76;TCR=97;TR=110;WE=40652150;WS=40652132;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:91,195:0.68:286
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chr21	40684861	rs2297258	C	G	251.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=22.89;SOR=1.270;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
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chr21	40684904	rs71316131	C	G	170.85	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=28.48;SOR=3.912;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr21	40684975	rs35687055	C	T	84.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.617;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.69;ReadPosRankSum=-1.072;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,7:0.30:23
chr21	40685135	rs118102968	A	G	548.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=1.308;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=11;PP=393;ReadPosRankSum=0.043;SC=TGGGGACGCCAAGTCCGCAGC;SOR=0.719;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=52;TCF=30;TCR=22;TR=26;WE=40685143;WS=40685125;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,27:0.47:58
chr21	40685239	rs34240248	A	G	1030.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.599;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FS=3.036;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.13;ReadPosRankSum=-0.175;SOR=0.418;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:54,31:0.36:85
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chr21	40685284	rs35182074	A	C	207.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.729;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=10.408;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.41;ReadPosRankSum=0.445;SOR=0.300;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:40,21:0.34:61
chr21	40685515	rs148082602	GCGC	G	987.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.94;SOR=0.776;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr21	40686020	rs35994303	C	T	1969.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.173;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=382;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=29;PP=750;ReadPosRankSum=-0.220;SC=TTTCACGGACCGGTCGTCTGG;SOR=0.679;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=206;TCF=106;TCR=100;TR=59;WE=40686028;WS=40686010;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:260,119:0.31:379
chr21	40686078	rs9981301	G	C	1807.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-1.798;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=374;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.856;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=27;PP=744;ReadPosRankSum=0.404;SC=TTCGAGGACAGGAAAGCTTTT;SOR=0.762;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=210;TCF=110;TCR=100;TR=63;WE=40686086;WS=40686068;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:259,112:0.30:371
chr21	40686327	rs4624474	T	C	950.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.110;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FS=1.214;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.95;ReadPosRankSum=-0.902;SOR=0.581;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:132,60:0.31:192
chr21	40715132	rs2070867	G	A	2251.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=19;NR=43;PP=1217;SC=ACACGTTGTCGTTTTATTTAT;SOR=1.554;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=63;TCF=19;TCR=44;TR=62;WE=40715140;WS=40715122;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr21	40715175	rs2776308	A	G	576.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=2.118;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=27;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=17;PP=417;ReadPosRankSum=-1.032;SC=AAAGTCAATAACCTTTGTTAT;SOR=0.693;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=29;TCF=4;TCR=25;TR=20;WE=40715183;WS=40715165;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,22:0.69:32
chr21	40719241	rs2249666	C	T	303.31	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.683;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.96;ReadPosRankSum=1.062;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,14:0.88:16
chr21	40720937	rs11541408	T	C	177.88	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=0.660;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5267;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=4;PP=69;ReadPosRankSum=-0.447;SC=TTCGCGAAACTGGGCTGCCTT;SOR=0.892;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=9;TCF=4;TCR=5;TR=7;WE=40720945;WS=40720927;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,9:0.82:11
chr21	40769017	rs1060180	G	T	453.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=13;PP=318;SC=CTTTATGAGAGAGTCTTATAA;SOR=4.174;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=2;TCR=13;TR=15;WE=40769025;WS=40769007;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr21	40778182	rs11558767	C	T	5054.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=2.868;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=325;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.923;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=67;NR=83;PP=2642;ReadPosRankSum=1.435;SC=CTCATGTTGCCGGCATTGGCT;SOR=0.784;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=215;TCF=99;TCR=116;TR=150;WE=40778190;WS=40778172;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:100,216:0.68:316
chr21	40799955	rs2837028	A	C	249.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=8;NR=0;PP=205;SC=TTCCTAATTTATTCTATAAAA;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=8;TCR=0;TR=8;WE=40799963;WS=40799945;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr21	40823860	rs61732692	A	G	1766.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=1.584;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.160;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=19;PP=1058;ReadPosRankSum=-0.788;SC=TTGGAGAGACAGAGCCTCTTA;SOR=1.371;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=113;TCF=76;TCR=37;TR=71;WE=40823868;WS=40823850;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,86:0.59:147
chr21	40823981	rs6517549	G	A	7655.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=296;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=94;NR=95;PP=2965;SC=CGCATTCCCTGACAGGGGTGT;SOR=0.693;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=191;TCF=94;TCR=97;TR=189;WE=40823989;WS=40823971;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,290:1.00:290
chr21	40847249	rs760284	T	G	2679.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=27;NR=53;PP=1606;SC=AAATTAACATTACTTTAGTAC;SOR=1.345;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=80;TCF=27;TCR=53;TR=80;WE=40847257;WS=40847239;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr21	40871690	.	G	GT	364.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.228;ClippingRankSum=0.000;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.68;ReadPosRankSum=-0.226;SOR=0.730;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,24:0.57:42
chr21	40871810	rs9974333	T	C	2498.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=38;NR=30;PP=1214;SC=AGTGAAGATGTGGGCAACCTC;SOR=0.823;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=68;TCF=38;TCR=30;TR=68;WE=40871818;WS=40871800;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr21	40880881	rs138818478	CTTGAA	C	2078.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=10;NR=15;PP=1257;SC=TTTAAACGTACTTGAATTATG;SOR=1.378;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=27;TCF=12;TCR=15;TR=25;WE=40880893;WS=40880871;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr21	40883671	rs3831201	G	GAGA	3262.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=20;NR=16;PP=1405;SC=ACTGCAGAAGGAGAAGAGCCT;SOR=1.103;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=40;TCF=22;TCR=18;TR=36;WE=40883679;WS=40883661;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr21	40969621	rs661650	C	T	1220.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-4.296;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.411;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=4;PP=956;ReadPosRankSum=-0.862;SC=ATGGAAGAGGCGGGAGAGAGT;SOR=0.354;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=55;TCF=51;TCR=4;TR=46;WE=40969629;WS=40969611;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,47:0.82:57
chr21	40969826	rs662571	G	C	11061.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=417;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=108;NR=136;PP=2965;SC=CGTGGATCCTGCACCAGAGCT;SOR=0.837;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=248;TCF=108;TCR=140;TR=244;WE=40969834;WS=40969816;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,414:1.00:414
chr21	40977763	rs73360110	C	T	510.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-0.054;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.342;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=3;PP=277;ReadPosRankSum=-0.044;SC=AGGCTGGTCTCGAACTCCTGA;SOR=0.400;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=40;TCF=33;TCR=7;TR=16;WE=40977771;WS=40977753;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,23:0.47:49
chr21	40977826	rs506382	A	G	1904.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.359;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.649;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=15;PP=859;ReadPosRankSum=-2.018;SC=TTGCAGGCACAAGACATCATT;SOR=0.767;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=100;TCF=69;TCR=31;TR=54;WE=40977834;WS=40977816;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,89:0.61:145
chr21	40978115	rs78905016	C	T	2433.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.552;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.244;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=50;PP=1500;ReadPosRankSum=-1.408;SC=TCCTCAAATGCAGAAATTTGA;SOR=0.352;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=135;TCF=54;TCR=81;TR=89;WE=40978123;WS=40978105;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,103:0.65:159
chr21	40981430	rs71330374	G	GA	629.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.677;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FS=2.176;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.15;MQRankSum=0.911;QD=9.26;ReadPosRankSum=0.497;SOR=0.417;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,41:0.60:68
chr21	40981609	rs71316683	A	G	1340.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-1.284;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=21;PP=552;ReadPosRankSum=-0.916;SC=GGGGAGACAGAGCATGGACAA;SOR=0.743;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=63;TCF=24;TCR=39;TR=32;WE=40981617;WS=40981599;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,58:0.64:91
chr21	41032740	rs3746887	T	C	8593.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=332;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=94;NR=106;PP=2965;SC=AAAGAGAGGATGGTGAAGGGA;SOR=0.749;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=201;TCF=94;TCR=107;TR=200;WE=41032748;WS=41032730;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,329:1.00:329
chr21	41032804	rs734413	G	A	7651.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=278;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=92;NR=89;PP=2965;SC=CAGCGGAAACGAAAGAGGTGG;SOR=0.737;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=181;TCF=92;TCR=89;TR=181;WE=41032812;WS=41032794;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,276:1.00:276
chr21	41117368	rs403527	G	A	1007.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=25;NR=6;PP=638;SC=ATCAGAGGAAGTAGATTCAGA;SOR=2.712;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=25;TCR=6;TR=31;WE=41117376;WS=41117358;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr21	41117533	rs425320	T	C	2813.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=30;NR=42;PP=1181;SC=GCTGGGAGGTTGGGACGACAG;SOR=1.002;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=72;TCF=30;TCR=42;TR=72;WE=41117541;WS=41117523;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr21	41137362	rs9784201	A	C	1444.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=35;NR=9;PP=1011;SC=TGGATGGACAACCTGGGGGTT;SOR=2.303;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=44;TCF=35;TCR=9;TR=44;WE=41137370;WS=41137352;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr21	41137499	rs12626544	A	G	17086.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.980;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=389;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=44.27;ReadPosRankSum=-0.350;SOR=0.448;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:3,383:0.99:386
chr21	41137507	rs2205204	G	C	17102.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.868;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=396;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=43.52;ReadPosRankSum=-0.070;SOR=0.428;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:3,390:0.99:393
chr21	41159977	rs2837218	G	C	145.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=0;PP=115;SC=ATGCTCCTTGGGTCACAAATA;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=5;TCR=0;TR=5;WE=41159985;WS=41159967;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr21	41160242	rs456818	A	G	1924.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=18;NR=26;PP=770;SC=ATTAAGTACCAGAGGTAGACA;SOR=0.992;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=44;TCF=18;TCR=26;TR=44;WE=41160250;WS=41160232;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
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chr21	41165677	rs463903	G	A	1316.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-2.370;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=38;PP=960;ReadPosRankSum=-0.577;SC=CTCCATATCAGCTGGTCAGCA;SOR=4.804;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=40;TCF=1;TCR=39;TR=39;WE=41165685;WS=41165667;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,44:0.98:45
chr21	41270521	rs2075719	C	T	458.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.304;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.932;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=13;PP=224;ReadPosRankSum=1.379;SC=GCAGCAGGTGCGGATCATACA;SOR=0.852;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=56;TCF=21;TCR=35;TR=20;WE=41270529;WS=41270511;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,26:0.36:73
chr21	41297873	rs2037920	G	A	5680.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.088;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=234;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=93;NR=45;PP=2814;ReadPosRankSum=0.767;SC=CTGAATCTGGGGTATTTAGAA;SOR=0.852;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=144;TCF=97;TCR=47;TR=138;WE=41297881;WS=41297863;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:5,217:0.98:222
chr21	41297992	rs2037921	C	T	12727.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.783;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=503;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=154;NR=167;PP=2965;ReadPosRankSum=0.473;SC=CATTCTCTTCCTTACACACTC;SOR=0.393;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=331;TCF=157;TCR=174;TR=321;WE=41298000;WS=41297982;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:8,492:0.98:500
chr21	41384834	rs35506939	C	CTT	197.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.631;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=8.99;ReadPosRankSum=1.403;SOR=1.781;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,13:0.59:22
chr21	41414253	rs200613236	T	C	172.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=2.245;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.248;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=1;PP=100;ReadPosRankSum=0.171;SC=ACCAGGAAGGTGCACTTCCCT;SOR=1.270;SbPval=0.93;Source=Platypus;TC=41;TCF=30;TCR=11;TR=9;WE=41414261;WS=41414243;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,11:0.24:46
chr21	41434671	rs2837408	T	C	556.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=3;PP=401;SC=AAATTACAGTTTTTTCTAAAA;SOR=2.419;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=18;TCF=15;TCR=3;TR=17;WE=41434679;WS=41434661;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr21	41452034	rs2837424	C	T	1241.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.165;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.137;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=13;PP=671;ReadPosRankSum=-0.022;SC=CTCTTCTGGCCGGGAAAAGAA;SOR=1.171;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=59;TCF=37;TCR=22;TR=39;WE=41452042;WS=41452024;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,55:0.65:84
chr21	41465775	.	G	A	371.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.001;ClippingRankSum=0.000;DP=106;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.51;ReadPosRankSum=-0.155;SOR=0.737;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:80,26:0.25:106
chr21	41506058	rs403892	A	G	402.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=1.529;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.569;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=12;PP=255;ReadPosRankSum=-0.668;SC=TCATCTGGACACGAGAATTCT;SOR=1.302;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=29;TCF=8;TCR=21;TR=16;WE=41506066;WS=41506048;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,18:0.55:33
chr21	41514421	rs11701139	G	C	1046.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-0.991;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=7;PP=653;ReadPosRankSum=-0.560;SC=AACTAGGAGGGGTCTGCAAAT;SOR=1.007;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=33;TCF=26;TCR=7;TR=32;WE=41514429;WS=41514411;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,38:0.97:39
chr21	41514688	rs35155500	TA	T	2330.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=31;PP=1225;SC=AGCAAAGCAATAACCGAAAAA;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=32;TCF=0;TCR=32;TR=31;WE=41514696;WS=41514678;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr21	42539569	rs11316732	AC	A	1393.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=0.758;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=14;PP=528;ReadPosRankSum=1.286;SC=CCTCCGAGTCACCCCCGGAAG;SOR=0.677;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=64;TCF=15;TCR=49;TR=20;WE=42539577;WS=42539559;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:123,62:0.34:185
chr21	42598068	rs57826923	CT	C	268.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-0.876;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=0;PP=197;ReadPosRankSum=-1.139;SC=CGTCAGTATACTTTTTTTTTG;SOR=1.708;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=21;TCR=1;TR=14;WE=42598076;WS=42598058;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,17:0.68:25
chr21	42598396	rs9305731	A	G	454.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-1.039;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=17;PP=357;ReadPosRankSum=-1.440;SC=GGGGGATACCAATATGTATGT;SOR=0.892;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=35;TCF=4;TCR=31;TR=19;WE=42598404;WS=42598386;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,19:0.54:35
chr21	42615293	rs2252576	C	T	218.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=2.208;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=6;PP=190;ReadPosRankSum=1.256;SC=GTAAATATTTCCTGTCCCAGG;SOR=0.610;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=56;TCF=36;TCR=20;TR=16;WE=42615301;WS=42615283;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,17:0.20:85
chr21	42622657	rs960231	G	C	182.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.459;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=1;PP=90;ReadPosRankSum=0.070;SC=CATGGTTTCTGATGTGATCTT;SOR=0.712;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=34;TCF=28;TCR=6;TR=8;WE=42622665;WS=42622647;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,12:0.25:48
chr21	42688931	rs66482320	C	G	1751.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.467;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FS=1.437;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.48;ReadPosRankSum=-0.114;SOR=0.570;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:48,82:0.63:130
chr21	42694633	rs2838010	A	T	6279.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.080;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=412;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.192;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=91;NR=80;PP=2817;ReadPosRankSum=-2.437;SC=CTTGCCCTGGAAAGCATTCCT;SOR=0.731;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=255;TCF=135;TCR=120;TR=171;WE=42694641;WS=42694623;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:125,281:0.69:406
chr21	42710175	rs2158354	T	C	502.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=2.005;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.754;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=0;PP=389;ReadPosRankSum=1.076;SC=TGGAAACCCTTCCCCCTCAGG;SOR=3.160;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=28;TCF=27;TCR=1;TR=17;WE=42710183;WS=42710165;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,18:0.58:31
chr21	42710566	rs2253894	A	G	220.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.691;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=8;PP=162;ReadPosRankSum=-0.818;SC=GAGAGCATCCAAGTGGAAATG;SOR=0.818;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=12;TCF=1;TCR=11;TR=9;WE=42710574;WS=42710556;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,9:0.75:12
chr21	42717662	rs417708	T	C	777.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.648;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FS=1.389;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.22;ReadPosRankSum=0.028;SOR=0.547;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:100,49:0.33:149
chr21	42767733	rs440364	T	C	1098.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=10;NR=18;PP=589;SC=TCAGGAAAGCTCTGGAATTAG;SOR=1.151;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=28;TCF=10;TCR=18;TR=28;WE=42767741;WS=42767723;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr21	42775179	rs112479250	G	GT	5649.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=34;NR=24;PP=965;SC=TCTCCTTTTTGCTTTTTTTGG;SOR=1.460;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=61;TCF=36;TCR=25;TR=58;WE=42775188;WS=42775169;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chr21	42775180	rs459763	C	T	5766.77	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=63;NR=25;PP=1793;SC=CTCCTTTTTGCTTTTTTTGGT;SOR=1.539;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=103;TCF=72;TCR=31;TR=88;WE=42775188;WS=42775169;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr21	42775555	rs462161	A	G	9305.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=348;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=118;NR=99;PP=2965;SC=CTCCACCGAGAACTGGCTGGT;SOR=0.862;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=217;TCF=118;TCR=99;TR=217;WE=42775563;WS=42775545;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,343:1.00:343
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chr21	42809206	rs468646	A	C	628.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.628;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=19;PP=419;ReadPosRankSum=2.654;SC=ACATCAGGCCACGGTTCCTTC;SOR=0.591;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=40;TCF=5;TCR=35;TR=22;WE=42809214;WS=42809196;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,27:0.52:52
chr21	42812891	rs467960	C	T	1459.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.073;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.720;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=32;PP=767;ReadPosRankSum=-0.261;SC=ATGTGGACATCGCCACCACAG;SOR=0.785;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=84;TCF=36;TCR=48;TR=54;WE=42812899;WS=42812881;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,67:0.60:111
chr21	42813933	rs145807679	A	AGTGTGT	618.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-0.358;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=3;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=2.184;NF=0;NR=13;PP=594;ReadPosRankSum=-1.678;SC=AGATGTGTGGAGTGTGTGTGT;SOR=0.420;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=27;TCF=0;TCR=27;TR=13;WE=42813941;WS=42813923;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,18:0.67:27
chr21	42817582	rs469288	A	G	268.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=0.348;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.029;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=7;PP=183;ReadPosRankSum=-0.415;SC=TTCCTTCTTCACTCCCCCAAG;SOR=1.445;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=16;TCF=6;TCR=10;TR=10;WE=42817590;WS=42817572;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,12:0.67:18
chr21	42817612	rs469382	G	A	170.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-0.441;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=5;PP=95;ReadPosRankSum=-0.000;SC=AAGACATCTGGCCCGTAGCAC;SOR=1.179;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=15;TCF=6;TCR=9;TR=7;WE=42817620;WS=42817602;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,8:0.50:16
chr21	42817930	rs469390	G	A	2346.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=1.276;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=28;PP=1070;ReadPosRankSum=-0.089;SC=TTGACAGAAAGTTAATGCCTT;SOR=0.683;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=92;TCF=53;TCR=39;TR=64;WE=42817938;WS=42817920;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,107:0.66:162
chr21	42818106	rs467773	C	T	760.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.751;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.672;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=23;PP=487;ReadPosRankSum=-0.634;SC=CTGCTACAACCGAATACCTGA;SOR=1.216;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=49;TCF=13;TCR=36;TR=29;WE=42818114;WS=42818096;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,33:0.61:54
chr21	42818132	rs364199	A	G	533.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=3.294;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=11.620;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=18;PP=436;ReadPosRankSum=-0.114;SC=GGTCATTTATAAACAGTAGAA;SOR=3.258;SbPval=0.96;Source=Platypus;TC=35;TCF=6;TCR=29;TR=19;WE=42818140;WS=42818122;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,20:0.56:36
chr21	42821113	rs2070229	T	C	539.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.830;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FS=0.730;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.25;ReadPosRankSum=-1.286;SOR=0.578;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:90,37:0.29:127
chr21	42822983	rs1050080	G	A	55.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.691;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=2.769;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.49;ReadPosRankSum=0.517;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,4:0.25:16
chr21	42824733	rs469304	G	A	2380.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=0.589;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.363;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=35;PP=967;ReadPosRankSum=-0.778;SC=GGGCTTTCCAGTCCAGCTCGG;SOR=1.046;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=78;TCF=28;TCR=50;TR=51;WE=42824741;WS=42824723;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,105:0.71:147
chr21	42824852	rs2156302	C	T	217.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.503;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=6;PP=99;ReadPosRankSum=0.851;SC=TTCTTCTGAACGCCTCTCTCT;SOR=0.483;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=22;TCF=4;TCR=18;TR=8;WE=42824860;WS=42824842;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,12:0.36:33
chr21	42824874	rs467798	C	T	232.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.725;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.180;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=9;PP=204;ReadPosRankSum=1.040;SC=TAGTCTTGCTCTCTCTGTAGG;SOR=2.215;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=17;TCF=3;TCR=14;TR=10;WE=42824882;WS=42824864;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,10:0.53:19
chr21	42840580	rs462321	T	C	746.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=17;PP=547;SC=CAGCCCTATTTTCCAGCCCTG;SOR=1.893;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=6;TCR=17;TR=23;WE=42840588;WS=42840570;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr21	42842713	rs112132031	C	CCTAAGGCCTCGGG	3413.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=24;PP=1734;SC=GCGGGTATCACCTATGTCTCC;SOR=1.917;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=41;TCF=3;TCR=38;TR=26;WE=42842721;WS=42842703;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr21	42842771	rs28524972	C	G	178.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=2.434;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.793;HP=2;HapScore=2;MGOF=344;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=8;PP=92;ReadPosRankSum=0.062;SC=CCCTGGCCACCCTGCCCAGAG;SOR=2.030;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=27;TCF=4;TCR=23;TR=9;WE=42842779;WS=42842761;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,8:0.33:24
chr21	42843960	rs464431	A	G	1477.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=38.89;SOR=2.554;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr21	42843960	.	AGT	GGA,GGT	448	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.43;FR=0.5000,0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=3,5;NR=18,26;PP=448,78;QD=23.8794226125;SC=CAGAGCTCTCAGTGGATGAAC;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=31;TCF=5;TCR=26;TR=21,31;WE=42843970;WS=42843950;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.68:31
chr21	42843962	rs458213	T	A	682.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.423;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=2.102;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=20.69;ReadPosRankSum=1.649;SOR=1.516;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,25:0.76:33
chr21	42845383	rs17854725	A	G	1604.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.691;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.764;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=26;PP=728;ReadPosRankSum=-1.499;SC=CGCCGCCCACAATCCTGCTCT;SOR=0.494;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=76;TCF=41;TCR=35;TR=52;WE=42845391;WS=42845373;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,73:0.71:103
chr21	42848560	rs140530035	CAG	C	9207.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=80;PP=2957;SC=GCAAAAAGAACAGGGGAAATT;SOR=1.072;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=89;TCF=7;TCR=82;TR=87;WE=42848569;WS=42848550;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,208:1.00:208
chr21	42850911	rs9974995	C	T	249.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=0.954;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=0;PP=159;ReadPosRankSum=0.477;SC=ACCTCAGCCACTTCCTATGAA;SOR=0.853;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=42;TCF=38;TCR=4;TR=11;WE=42850919;WS=42850901;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,13:0.30:44
chr21	42850977	rs9974933	A	G	766.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.020;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.706;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=10;PP=317;ReadPosRankSum=1.025;SC=TCTCCTCCCAATGCAAAACCC;SOR=0.590;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=95;TCF=64;TCR=31;TR=29;WE=42850985;WS=42850967;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:91,44:0.33:135
chr21	42851006	rs9975014	A	G	1043.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.655;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.575;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=14;PP=425;ReadPosRankSum=0.435;SC=CGAGTATTGCAGCTCAGAGAA;SOR=0.780;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=125;TCF=79;TCR=46;TR=41;WE=42851014;WS=42850996;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:126,64:0.34:190
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chr21	42860307	rs422471	C	T	1242.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=19;NR=8;PP=578;SC=TTCCCAAGGTCAAGGCTGACT;SOR=1.203;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=19;TCR=8;TR=27;WE=42860315;WS=42860297;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr21	42860485	rs386416	G	C	2740.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=30;NR=39;PP=1366;SC=GCTGAGAAACGCAATGAGCCT;SOR=0.880;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=69;TCF=30;TCR=39;TR=69;WE=42860493;WS=42860475;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr21	42861332	rs429442	C	T	197.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-0.086;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=2;PP=128;ReadPosRankSum=0.000;SC=AGGAACCTCACGGAGGGCCTC;SOR=0.339;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=30;TCF=26;TCR=4;TR=12;WE=42861340;WS=42861328;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,11:0.32:34
chr21	42879909	rs75603675	C	A	4615.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.586;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FS=3.104;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.55;ReadPosRankSum=-0.534;SOR=0.309;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,187:0.99:188
chr21	43133145	rs6586229	A	G	639.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.778;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=20;PP=346;ReadPosRankSum=-0.580;SC=TGTCGGGAAAAACAAACAAAC;SOR=0.744;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=100;TCF=33;TCR=67;TR=30;WE=43133153;WS=43133135;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:96,39:0.29:135
chr21	43133829	rs2838096	A	G	114.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-1.305;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=3;PP=73;ReadPosRankSum=0.655;SC=GGGTAGCAGCATCCCTGGAAA;SOR=0.846;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=24;TCF=15;TCR=9;TR=8;WE=43133837;WS=43133819;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,8:0.28:29
chr21	43161022	rs7276592	C	T	634.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.134;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FS=4.411;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.13;ReadPosRankSum=1.648;SOR=0.359;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:54,35:0.39:89
chr21	43161357	rs3746891	T	C	6831.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.952;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=268;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=88;NR=95;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.493;SC=TCTGAGGTCATGGCCTCCTTG;SOR=0.740;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=185;TCF=89;TCR=96;TR=183;WE=43161365;WS=43161347;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,260:0.99:262
chr21	43161805	rs2838113	G	A	10360.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=390;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=141;NR=107;PP=2965;SC=TGCTAGACTCGTCCCCGTTCT;SOR=0.867;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=248;TCF=141;TCR=107;TR=248;WE=43161813;WS=43161795;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,385:1.00:385
chr21	43161877	rs3746893	C	T	2189.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.206;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=445;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.470;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=54;PP=1035;ReadPosRankSum=-0.923;SC=TGATCTTCCGCGCCAGCAGGA;SOR=0.949;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=275;TCF=131;TCR=144;TR=91;WE=43161885;WS=43161867;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:307,135:0.31:442
chr21	43162150	rs3746894	G	A	666.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.358;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FS=2.049;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.32;ReadPosRankSum=1.342;SOR=0.904;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:151,50:0.25:201
chr21	43162200	rs3746895	T	C	388.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.044;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.41;ReadPosRankSum=-1.959;SOR=0.718;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:85,29:0.25:114
chr21	43164232	rs2277789	C	A	667.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.288;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=18;PP=383;ReadPosRankSum=0.304;SC=GCTGTGAGAGCAGCTCGGAGA;SOR=0.690;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=84;TCF=32;TCR=52;TR=30;WE=43164240;WS=43164222;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,39:0.31:126
chr21	43164345	rs2277790	A	C	668.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=14;PP=405;SC=CCTGCCATAGACCGCATGGCC;SOR=2.030;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=3;TCR=14;TR=17;WE=43164353;WS=43164335;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr21	43165824	rs34366846	T	C	376.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=1.825;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=3;PP=286;ReadPosRankSum=-1.137;SC=GGGAGAGTGGTCCGGGCGGCG;SOR=0.910;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=24;TCF=19;TCR=5;TR=15;WE=43165832;WS=43165814;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,15:0.62:24
chr21	43169357	rs2838114	C	G	2654.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.617;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.329;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=49;PP=1324;ReadPosRankSum=0.534;SC=AGATGACGATCGCAAAGCTGG;SOR=1.035;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=122;TCF=52;TCR=70;TR=79;WE=43169365;WS=43169347;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,122:0.63:194
chr21	43176799	rs13049286	T	G	2928.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.189;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=29;PP=1204;ReadPosRankSum=0.468;SC=CGTGGATGATTCGGAACCGGA;SOR=0.708;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=124;TCF=76;TCR=48;TR=74;WE=43176807;WS=43176789;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,134:0.63:212
chr21	43176832	rs2277791	A	G	3338.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=1.499;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=242;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.009;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=36;PP=1476;ReadPosRankSum=1.619;SC=ATGGCTCCGAAGCCAGCAGCT;SOR=0.915;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=141;TCF=78;TCR=63;TR=86;WE=43176840;WS=43176822;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,147:0.63:235
chr21	43221483	rs3850706	A	G	5352.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=71;NR=44;PP=2339;SC=TGCGGCTGCGAGGGTGGCAAG;SOR=0.966;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=116;TCF=71;TCR=45;TR=115;WE=43221491;WS=43221473;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,196:1.00:196
chr21	43221826	rs2236696	T	C	3098.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.994;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=54;PP=1666;ReadPosRankSum=-1.458;SC=TGATGTTGGTTAAGCCGACTG;SOR=0.718;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=145;TCF=62;TCR=83;TR=93;WE=43221834;WS=43221816;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,134:0.64:209
chr21	43222779	rs2838128	A	G	1028.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=3.329;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.243;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=5;PP=640;ReadPosRankSum=-1.076;SC=TACACTGTGTATAGTAAAAAG;SOR=0.503;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=54;TCF=46;TCR=8;TR=32;WE=43222787;WS=43222769;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,39:0.61:64
chr21	43223126	rs62216222	C	T	982.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=3.594;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=31;PP=691;ReadPosRankSum=1.647;SC=TAGTCGGTCACGTCAGGCAGC;SOR=1.085;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=49;TCF=5;TCR=44;TR=35;WE=43223134;WS=43223116;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,38:0.70:54
chr21	43224567	rs62216227	C	T	945.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=1.169;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.301;HP=5;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=6;PP=630;ReadPosRankSum=0.710;SC=GCCAAGAAAACAGGGTAACCT;SOR=1.492;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=62;TCF=48;TCR=14;TR=35;WE=43224575;WS=43224557;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,39:0.59:66
chr21	43224683	rs2298687	A	G	3603.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-0.294;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=264;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.562;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=45;PP=1305;ReadPosRankSum=-0.154;SC=CTGGGGCCCCATGCTGCTCAC;SOR=0.573;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=142;TCF=66;TCR=76;TR=87;WE=43224691;WS=43224673;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:92,170:0.65:262
chr21	43231296	rs28461265	A	T	753.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.158;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=26;PP=452;ReadPosRankSum=0.347;SC=TAGGGCCTTCAGGAGAAGGTG;SOR=0.733;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=121;TCF=37;TCR=84;TR=38;WE=43231304;WS=43231286;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:116,47:0.29:163
chr21	43231342	rs28484650	C	T	274.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-4.317;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.922;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=10;PP=114;ReadPosRankSum=1.151;SC=AACGCTCATCCCCAGCCTCGG;SOR=0.105;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=54;TCF=8;TCR=46;TR=13;WE=43231350;WS=43231332;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,17:0.28:60
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chr21	43239972	rs28477638	A	G	9371.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=358;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=92;NR=100;PP=2965;SC=ACTCGCGGACATTGTCGTGCA;SOR=0.768;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=192;TCF=92;TCR=100;TR=192;WE=43239980;WS=43239962;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,357:1.00:357
chr21	43242207	rs28360603	G	A	860.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=24;NR=5;PP=666;SC=GCCTTGAAACGACCACCTTCC;SOR=2.910;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=24;TCR=5;TR=29;WE=43242215;WS=43242197;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr21	43243385	rs33972733	CA	C	130.74	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.005;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=1.824;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.86;MQRankSum=1.026;QD=5.68;ReadPosRankSum=-1.900;SOR=0.330;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,16:0.70:23
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chr21	43243852	rs73357703	G	A	613.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=0.531;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=16;PP=387;ReadPosRankSum=-0.984;SC=GTCTCGTGACGGGAAGGAGCC;SOR=0.865;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=35;TCF=11;TCR=24;TR=23;WE=43243860;WS=43243842;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,26:0.68:38
chr21	43246223	rs28559700	C	T	2024.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=41;NR=11;PP=1222;SC=CAAATCTTCCCTGCAATATTC;SOR=2.338;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=52;TCF=41;TCR=11;TR=52;WE=43246231;WS=43246213;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr21	43246495	rs28473463	T	G	1480.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.023;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=268;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.509;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=44;PP=854;ReadPosRankSum=-0.383;SC=GCCAGCATCCTTTCCAGCGCA;SOR=0.763;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=186;TCF=58;TCR=128;TR=64;WE=43246503;WS=43246485;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:181,82:0.31:263
chr21	43254463	rs2839388	A	G	886.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.094;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=14;PP=573;ReadPosRankSum=0.129;SC=CCCATGTGCGACAGCCCTGGT;SOR=0.700;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=151;TCF=100;TCR=51;TR=45;WE=43254471;WS=43254453;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:129,54:0.30:183
chr21	43254623	rs113774580	C	G	5900.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=0.032;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=378;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=86;PP=2351;ReadPosRankSum=-0.031;SC=CCTGGTAGGTCTCTAAGCCGA;SOR=0.712;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=209;TCF=85;TCR=124;TR=144;WE=43254631;WS=43254613;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:112,266:0.70:378
chr21	43255359	rs2839391	G	C	162.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-3.272;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.512;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=1;PP=80;ReadPosRankSum=0.133;SC=TTACTGGAAAGTTTCCATCTG;SOR=0.132;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=31;TCF=28;TCR=3;TR=9;WE=43255367;WS=43255349;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,10:0.29:35
chr21	43255509	rs2839392	C	T	4875.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.755;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=333;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.596;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=74;NR=63;PP=2042;ReadPosRankSum=1.320;SC=ATCCGTACCGCACAGCGGCCG;SOR=0.493;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=194;TCF=109;TCR=85;TR=137;WE=43255517;WS=43255499;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:106,224:0.68:330
chr21	43255727	rs2839393	T	G	363.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=3.920;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.382;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=14;PP=249;ReadPosRankSum=-0.033;SC=TCCACGCCTGTGTCTGTTATG;SOR=1.545;SbPval=0.92;Source=Platypus;TC=48;TCF=8;TCR=40;TR=15;WE=43255735;WS=43255717;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,17:0.35:49
chr21	43256073	rs8129229	C	G	169.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.751;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=3.522;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.07;MQRankSum=-1.085;QD=18.86;ReadPosRankSum=-0.589;SOR=0.069;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,5:0.56:9
chr21	43256076	rs8129333	C	T	166.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.559;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=3.522;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.07;MQRankSum=-1.085;QD=18.53;ReadPosRankSum=-0.589;SOR=0.069;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,5:0.56:9
chr21	43256082	rs8132216	A	G	166.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.125;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.07;MQRankSum=-1.221;QD=16.68;ReadPosRankSum=0.674;SOR=0.250;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,5:0.50:10
chr21	43256252	rs4920098	C	T	1001.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-2.104;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.580;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=14;PP=330;ReadPosRankSum=-3.096;SC=AGGAAACGTGCTGCTTTAGGC;SOR=0.614;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=109;TCF=64;TCR=45;TR=33;WE=43256260;WS=43256242;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:123,61:0.33:184
chr21	43256438	rs4920101	T	A	228.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=2.561;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.242;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=9;PP=173;ReadPosRankSum=1.524;SC=GCTGCAGAGATGATCGCCCAC;SOR=0.291;SbPval=0.21;Source=Platypus;TC=44;TCF=8;TCR=36;TR=13;WE=43256446;WS=43256428;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,13:0.25:51
chr21	43256548	rs3216763	C	CT	90.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.723;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.398;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=1;PP=89;ReadPosRankSum=-0.365;SC=GCCCTGGCCCCGGGCGCCAGC;SOR=0.223;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=9;TCF=7;TCR=2;TR=3;WE=43256556;WS=43256538;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,4:0.36:11
chr21	43258000	rs8127003	T	C	1907.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=45;NR=15;PP=1311;SC=GCTGCCAGCATTGTCTGTCCA;SOR=2.200;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=60;TCF=45;TCR=15;TR=60;WE=43258008;WS=43257990;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr21	43258353	rs6586335	G	A	209.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-2.743;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=15.079;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=7;PP=115;ReadPosRankSum=0.305;SC=ACATTTACTAGTACAAACAGA;SOR=0.013;SbPval=0.08;Source=Platypus;TC=26;TCF=4;TCR=22;TR=11;WE=43258361;WS=43258343;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,11:0.46:24
chr21	43267260	rs2277793	C	T	966.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.693;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=14;PP=342;ReadPosRankSum=-0.875;SC=ACTGGCTGGGCTCCGACTCCA;SOR=0.656;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=88;TCF=52;TCR=36;TR=32;WE=43267268;WS=43267250;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:92,55:0.37:147
chr21	43277279	rs3833355	C	CT	887.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.250;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FS=3.757;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.05;MQRankSum=1.754;QD=4.23;ReadPosRankSum=0.857;SOR=0.452;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:158,52:0.25:210
chr21	43298715	rs62214725	C	T	4289.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=63;NR=45;PP=1886;SC=GGTAGGCACGCGTCACCTGTC;SOR=0.905;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=108;TCF=63;TCR=45;TR=108;WE=43298723;WS=43298705;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,164:1.00:164
chr21	43298954	rs202107842	C	CG	961.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.58;QD=31.02;SOR=2.694;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr21	43299261	rs112381381	G	A	1304.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.09;SOR=1.036;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr21	43299327	rs185321045	C	A	1231.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.64;SOR=1.656;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr21	43309191	rs2839403	A	G	361.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=3;PP=145;SC=GGTAGTTAACATGGGTGCACG;SOR=1.473;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=7;TCR=3;TR=10;WE=43309199;WS=43309181;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr21	43315057	rs2839411	C	T	4317.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=36;NR=74;PP=2246;SC=CCCACCTCCACGAGCAACACC;SOR=1.409;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=110;TCF=36;TCR=74;TR=110;WE=43315065;WS=43315047;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,158:1.00:158
chr21	43319534	rs511247	A	C	1180.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.034;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.737;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=16;PP=436;ReadPosRankSum=-0.546;SC=TTTGAAAAGAACTGAAAAGCA;SOR=0.307;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=40;TCF=15;TCR=25;TR=27;WE=43319542;WS=43319524;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,53:0.80:66
chr21	43319605	rs2839416	T	G	331.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-0.198;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=9;PP=219;ReadPosRankSum=-0.592;SC=GTGGGCCTCATAGAAGGCGCT;SOR=0.430;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=19;TCF=6;TCR=13;TR=14;WE=43319613;WS=43319595;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,15:0.75:20
chr21	43325742	rs35279709	CA	C	788.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.983;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.115;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=4;PP=491;ReadPosRankSum=-1.854;SC=CAACTTTTTCCAAATTCTGAA;SOR=1.226;SbPval=0.96;Source=Platypus;TC=50;TCF=26;TCR=24;TR=15;WE=43325750;WS=43325732;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,32:0.31:102
chr21	43327793	rs3746904	C	T	814.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.638;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=9;PP=445;ReadPosRankSum=0.096;SC=AGCCCAGCACCGAGCTGCCGC;SOR=0.809;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=50;TCF=33;TCR=17;TR=29;WE=43327801;WS=43327783;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,37:0.61:61
chr21	43327856	rs3746906	A	G	986.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=1.688;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.165;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=16;PP=434;ReadPosRankSum=-2.477;SC=GCTGCTTCTTAAATAAGTCCA;SOR=0.596;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=78;TCF=41;TCR=37;TR=30;WE=43327864;WS=43327846;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:91,53:0.37:144
chr21	43334896	rs3746908	A	G	2298.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=23;NR=36;PP=1151;SC=GGAAGTAGCCACTGGACTCCT;SOR=1.065;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=60;TCF=23;TCR=37;TR=59;WE=43334904;WS=43334886;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr21	43338175	rs3827223	C	T	1949.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=30;NR=16;PP=893;SC=TGGTGCCTAACGGGGTTCAGA;SOR=1.179;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=46;TCF=30;TCR=16;TR=46;WE=43338183;WS=43338165;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr21	43338400	rs2245036	C	T	1216.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=12;NR=26;PP=746;SC=CCCAATCTCACGTCTTCAGGT;SOR=1.559;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=12;TCR=26;TR=38;WE=43338408;WS=43338390;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr21	43338933	rs12483229	A	T	1936.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=44;NR=12;PP=1310;SC=TTCTCACGCCAATGGAAGAAT;SOR=2.267;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=56;TCF=44;TCR=12;TR=56;WE=43338941;WS=43338923;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr21	43338948	rs2245127	A	C	2201.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-1.801;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=15;PP=1388;ReadPosRankSum=-0.627;SC=AAGAATCATAAAAACTTACGG;SOR=0.900;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=65;TCF=50;TCR=15;TR=64;WE=43338956;WS=43338938;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,80:0.99:81
chr21	43339143	rs10681050	C	CTGTG	9041.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.624;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.149;NF=10;NR=87;PP=2975;ReadPosRankSum=1.292;SC=GTGCATGTGACTGTGTGAGCA;SOR=0.525;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=110;TCF=11;TCR=99;TR=97;WE=43339162;WS=43339133;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,203:1.00:204
chr21	43339154	rs2277796	T	C	8544.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.903;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.145;NF=42;NR=86;PP=2309;ReadPosRankSum=1.473;SC=TGTGTGAGCATGTGTGTGTGC;SOR=0.546;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=128;TCF=42;TCR=86;TR=128;WE=43339162;WS=43339133;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,190:0.99:191
chr21	43342046	rs3746909	G	A	3806.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=63;NR=37;PP=2015;SC=GAACTGTGACGGGTCTCATAA;SOR=1.195;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=101;TCF=64;TCR=37;TR=100;WE=43342054;WS=43342036;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,139:1.00:139
chr21	43342269	.	C	CTT	146.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.573;ClippingRankSum=0.000;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=2.452;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.15;ReadPosRankSum=2.753;SOR=1.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,12:0.67:18
chr21	43342272	rs9974090	C	T	156.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.665;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=2.452;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.71;ReadPosRankSum=2.938;SOR=1.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,12:0.67:18
chr21	43362513	rs3746910	C	G	38.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=2;PP=21;SC=ATATCAGGAGCTCTGCACATC;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=2;TCF=0;TCR=2;TR=2;WE=43362521;WS=43362503;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr21	43373409	rs112301094	G	A	3505.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-1.225;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=69;NR=28;PP=1719;ReadPosRankSum=1.216;SC=GACGCCTCCAGGAAAGACCTC;SOR=0.738;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=137;TCF=97;TCR=40;TR=97;WE=43373417;WS=43373399;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,150:0.75:200
chr21	43413553	rs871546	T	G	4176.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.541;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=291;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.956;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=73;NR=51;PP=2063;ReadPosRankSum=-1.636;SC=TCAAGAGACTTTGCATATACC;SOR=0.763;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=198;TCF=113;TCR=85;TR=124;WE=43413561;WS=43413543;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:98,183:0.65:281
chr21	43413651	rs871545	T	C	6573.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.212;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=471;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=86;NR=97;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.462;SC=CTTATTGGTATTGGCCTTGAC;SOR=0.716;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=279;TCF=132;TCR=147;TR=183;WE=43413659;WS=43413641;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:161,303:0.65:464
chr21	43413731	rs915837	C	T	3739.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.926;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=279;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.951;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=74;PP=2244;ReadPosRankSum=-0.361;SC=TTTTTCCTTGCGCTTCGTTTC;SOR=0.781;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=200;TCF=87;TCR=113;TR=127;WE=43413739;WS=43413721;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:107,167:0.61:274
chr21	43442385	rs17114159	C	T	1394.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.255;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=281;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=26;PP=641;ReadPosRankSum=0.351;SC=TGGGCTCTCTCCGGTCCCCAG;SOR=0.678;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=169;TCF=75;TCR=94;TR=48;WE=43442393;WS=43442375;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:193,83:0.30:276
chr21	43496017	rs220285	C	G	1629.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=33;NR=12;PP=993;SC=GGGAGGTGTGCTCTCACTTGC;SOR=1.823;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=45;TCF=33;TCR=12;TR=45;WE=43496025;WS=43496007;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr21	43496381	rs220286	G	T	5229.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=39;NR=80;PP=2419;SC=GCTGGGCTGGGGCGGGGCCAC;SOR=1.301;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=119;TCF=39;TCR=80;TR=119;WE=43496389;WS=43496371;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,193:1.00:193
chr21	43504228	rs7278485	T	C	6745.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=0.771;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=269;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=86;NR=70;PP=2773;ReadPosRankSum=0.963;SC=CGTCAAGACCTGGGGCCTGCC;SOR=0.823;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=156;TCF=86;TCR=70;TR=156;WE=43504236;WS=43504218;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,260:0.99:262
chr21	43506485	rs749020	A	G	299.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=0;PP=215;SC=GGGTTGGGTCACTCCTTGGCC;SOR=5.136;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=11;TCR=0;TR=11;WE=43506493;WS=43506475;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr21	43521647	rs66994219	G	A	783.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=5.935;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.169;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=4;PP=562;ReadPosRankSum=0.093;SC=AATTGCCGCCGACCTGCTCCT;SOR=1.028;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=111;TCF=96;TCR=15;TR=34;WE=43521655;WS=43521637;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:89,39:0.30:128
chr21	43521902	rs12483409	G	A	1582.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.986;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.125;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=45;PP=1019;ReadPosRankSum=0.866;SC=CCCTGATGTTGGGGGCCTGAG;SOR=0.508;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=151;TCF=39;TCR=112;TR=63;WE=43521910;WS=43521892;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:102,75:0.42:177
chr21	43522349	rs220109	T	C	1881.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.150;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=365;ExcessHet=3.0103;FS=0.860;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.27;ReadPosRankSum=-2.088;SOR=0.624;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:243,114:0.32:357
chr21	43523972	rs11701371	G	C	1358.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.100;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=338;ExcessHet=3.0103;FS=2.066;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.11;ReadPosRankSum=-0.495;SOR=0.733;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:241,90:0.27:331
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chr21	43530897	rs220125	G	A	1098.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-1.529;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.078;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=10;PP=605;ReadPosRankSum=0.933;SC=GGGATGCAGAGCAGTCCTGCT;SOR=0.461;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=67;TCF=50;TCR=17;TR=38;WE=43530905;WS=43530887;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,48:0.60:80
chr21	43531008	rs220126	T	C	8448.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=0.464;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=339;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=113;NR=73;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.989;SC=GTGAGCCCCATGGGCGGTGGA;SOR=0.700;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=191;TCF=115;TCR=76;TR=186;WE=43531016;WS=43530998;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:7,330:0.98:337
chr21	43531403	rs220127	C	G	3513.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=64;NR=31;PP=2063;SC=CCCCAGCCAGCGGAGCACCAG;SOR=1.411;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=99;TCF=64;TCR=35;TR=95;WE=43531411;WS=43531393;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr21	43531553	rs220128	A	C	8743.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.253;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=593;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.616;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=138;NR=97;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.626;SC=CCCGAAGGCTACTGGGTCAAC;SOR=0.525;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=368;TCF=225;TCR=143;TR=235;WE=43531561;WS=43531543;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:203,389:0.66:592
chr21	43531632	rs220129	T	C	22144.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=0.683;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=844;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=265;NR=235;PP=2965;ReadPosRankSum=0.662;SC=GGAAACTCCATCATGGAGCCA;SOR=0.785;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=503;TCF=266;TCR=237;TR=500;WE=43531640;WS=43531622;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,837:1.00:839
chr21	43531848	rs220131	C	T	4330.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.514;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=278;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=94;PP=2427;ReadPosRankSum=-2.161;SC=TGCATGGGGACTAGGACTAAT;SOR=0.682;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=196;TCF=64;TCR=132;TR=139;WE=43531856;WS=43531838;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,191:0.71:270
chr21	43534075	rs55981015	C	T	109.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.031;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.680;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=5;PP=63;ReadPosRankSum=2.600;SC=TAGGGACATCCGGCTGGCTTC;SOR=0.105;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=14;TCF=1;TCR=13;TR=6;WE=43534083;WS=43534065;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,6:0.43:14
chr21	43539293	rs220146	G	A	751.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.359;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.446;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=13;PP=247;ReadPosRankSum=-1.441;SC=AGTCGTCAGCGTCACCAACGG;SOR=0.364;SbPval=0.19;Source=Platypus;TC=101;TCF=66;TCR=35;TR=28;WE=43539301;WS=43539283;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:109,47:0.30:156
chr21	43539523	rs220147	C	T	114.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=4.385;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=7;PP=84;ReadPosRankSum=-0.526;SC=TGAAAGATGTCGTGTTGTGCC;SOR=0.892;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=26;TCF=2;TCR=24;TR=7;WE=43539531;WS=43539513;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,7:0.25:28
chr21	43541342	rs220150	C	T	607.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.224;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=11;PP=199;ReadPosRankSum=-1.629;SC=AAGGTAATGTCGTCAGAGTTT;SOR=0.617;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=45;TCF=17;TCR=28;TR=18;WE=43541350;WS=43541332;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,33:0.42:79
chr21	43546705	rs220157	T	C	1706.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=49;PP=1140;SC=TTCCTTGAGATGGAATATACA;SOR=3.947;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=55;TCF=6;TCR=49;TR=55;WE=43546713;WS=43546695;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr21	43547788	rs220158	T	C	2530.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=60;NR=27;PP=1666;SC=TCAGCTGCCCTGTGCCCAACA;SOR=1.880;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=87;TCF=60;TCR=27;TR=87;WE=43547796;WS=43547778;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr21	43547873	rs220159	G	A	791.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.217;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FS=3.710;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.02;ReadPosRankSum=0.936;SOR=1.004;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:143,54:0.27:197
chr21	43548239	rs2839470	T	C	2811.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.708;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=38;PP=1211;ReadPosRankSum=0.759;SC=CTTGCCATGATACCTAGTGCT;SOR=0.666;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=114;TCF=51;TCR=63;TR=70;WE=43548247;WS=43548229;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,127:0.64:197
chr21	43549794	rs7275646	C	T	2018.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.127;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.238;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=23;PP=1001;ReadPosRankSum=-0.738;SC=ATTAATTTGACGTTTCTCTTC;SOR=0.818;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=127;TCF=82;TCR=45;TR=67;WE=43549816;WS=43549784;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,94:0.55:171
chr21	43549808	.	G	GA	49.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.933;ClippingRankSum=0.000;DP=201;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.26;ReadPosRankSum=0.884;SOR=0.628;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:163,30:0.16:193
chr21	43557559	rs3819141	T	A	1311.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-1.180;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.332;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=10;PP=859;ReadPosRankSum=0.203;SC=GTGAGCCTCCTCATGCAGAAG;SOR=1.501;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=63;TCF=47;TCR=16;TR=47;WE=43557567;WS=43557549;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,55:0.75:73
chr21	43557698	rs3819142	A	C	2605.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.767;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.111;HP=2;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.653;NF=30;NR=45;PP=1424;ReadPosRankSum=2.470;SC=AATCCAGTCCAACAACTTCAG;SOR=0.828;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=106;TCF=44;TCR=62;TR=75;WE=43557706;WS=43557688;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,115:0.69:166
chr21	43557735	.	CGCAGGCTGACAGGAAGGTGGGTGCGGAGTGGGGTGGGAGGT	C	702.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=1.039;ClippingRankSum=0.000;DP=97;ExcessHet=3.0103;FS=7.032;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.91;MQRankSum=-0.899;QD=12.12;ReadPosRankSum=-1.146;SOR=0.595;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,31:0.53:58
chr21	43557736	rs220178	G	A	342.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-1.496;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FS=6.042;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.90;MQRankSum=0.647;QD=3.69;ReadPosRankSum=2.972;SOR=1.143;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:67,26:0.28:93
chr21	43557759	.	C	T	608	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;FR=0.5000;HP=3;HapScore=1;MGOF=41;MMLQ=28;MQ=59.25;NF=12;NR=22;PP=608;QD=18.9050356632;SC=AAGGTGGGTGCGGAGTGGGGT;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=53;TCF=20;TCR=33;TR=34;WE=43557767;WS=43557749;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:19,34:0.64:53
chr21	43557791	.	A	G	293	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=51;MMLQ=26;MQ=57.84;NF=5;NR=11;PP=293;QD=20.4857007842;SC=GCTGACAGGAAGGTGGGTGTG;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=36;TCF=14;TCR=22;TR=16;WE=43557799;WS=43557781;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:20,16:0.44:36
chr21	43639332	rs368753152	CCCGCCG	C	2497.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.055;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=243;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.614;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=1.523;NF=23;NR=40;PP=2992;ReadPosRankSum=-0.083;SC=AAGCCTCGTCCCCGCCGCCGC;SOR=0.768;SbPval=0.25;Source=Platypus;TC=107;TCF=32;TCR=75;TR=63;WE=43639351;WS=43639322;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,120:0.67:180
chr21	43639553	rs4148098	T	A	2690.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=2.899;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=65;PP=1788;ReadPosRankSum=0.083;SC=CACCCTAGAGTGGCGCCCGGC;SOR=0.676;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=129;TCF=38;TCR=91;TR=92;WE=43639561;WS=43639543;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,110:0.70:157
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chr21	43640066	rs9975490	C	G	1299.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.307;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.726;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=11;PP=767;ReadPosRankSum=0.940;SC=GAGAGAGAGACGCGGTGGGGA;SOR=0.894;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=67;TCF=48;TCR=19;TR=43;WE=43640074;WS=43640054;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,58:0.61:95
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chr21	43640183	rs4148101	G	A	3461.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.662;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=254;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=52;PP=2962;ReadPosRankSum=1.020;SC=GGGGTGGTCAGGAATCTCCCT;SOR=0.706;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=153;TCF=76;TCR=77;TR=102;WE=43640191;WS=43640159;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,159:0.64:247
chr21	43704731	.	G	A	2615.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.598;ClippingRankSum=0.000;DP=484;ExcessHet=3.0103;FS=0.559;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.43;ReadPosRankSum=0.049;SOR=0.703;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:327,155:0.32:482
chr21	43708431	rs2234720	G	GC	5265.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.986;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.695;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.278;NF=3;NR=89;PP=2936;ReadPosRankSum=-0.943;SC=CGGTAAGGCTGCCCGCATCTT;SOR=1.715;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=97;TCF=4;TCR=93;TR=92;WE=43708439;WS=43708421;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,161:0.99:163
chr21	43710052	rs4148137	C	T	637.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=24;NR=1;PP=609;SC=CTAAGACGTGCTGTCACAGAG;SOR=4.712;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=25;TCF=24;TCR=1;TR=25;WE=43710060;WS=43710042;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr21	43710096	rs2234721	G	T	1691.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=43;NR=4;PP=1131;SC=GCCGCATCCGGGTTGTTCTCT;SOR=3.219;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=47;TCF=43;TCR=4;TR=47;WE=43710104;WS=43710086;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr21	43720512	rs72117495	CAT	C	2316.27	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=2.314;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.6588;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=19;PP=2162;ReadPosRankSum=1.051;SC=TGGACACACACATACACACAC;SOR=0.990;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=65;TCF=37;TCR=28;TR=49;WE=43720533;WS=43720500;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,74:0.93:80
chr21	43720525	rs1023156	A	G	4668.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=60;NR=38;PP=2468;SC=ACACACACATACACACACATA;SOR=1.219;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=98;TCF=60;TCR=38;TR=98;WE=43720533;WS=43720500;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr21	43732425	rs533093	C	T	186.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.995;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=6.495;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.75;ReadPosRankSum=0.864;SOR=1.865;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:53,15:0.22:68
chr21	43766560	rs225334	G	A	1486.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.663;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=273;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.998;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=19;PP=639;ReadPosRankSum=-1.102;SC=ATTTCATGAAGTATGAAGCTG;SOR=0.762;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=174;TCF=105;TCR=69;TR=51;WE=43766568;WS=43766550;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:183,87:0.32:270
chr21	43767500	rs225337	T	A	561.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-2.166;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.461;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=8;PP=345;ReadPosRankSum=-0.537;SC=GCACTGAGGCTGCGAGGCAGC;SOR=0.353;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=83;TCF=64;TCR=19;TR=27;WE=43767508;WS=43767490;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,33:0.31:106
chr21	43786512	rs225358	C	T	3661.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=64;NR=28;PP=1814;SC=GGAAGAAGCACGCCTTACCTG;SOR=1.364;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=92;TCF=64;TCR=28;TR=92;WE=43786520;WS=43786502;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,136:1.00:136
chr21	43796854	rs55652649	C	T	434.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.88;ReadPosRankSum=0.878;SOR=0.706;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:48,26:0.35:74
chr21	43808964	rs225432	T	A	107.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.247;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=1.757;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.14;ReadPosRankSum=-0.476;SOR=0.346;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,8:0.31:26
chr21	43810084	rs928302	C	T	619.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.417;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FS=0.658;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.05;ReadPosRankSum=-0.657;SOR=0.620;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:109,44:0.29:153
chr21	43823910	rs2277797	A	G	230.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.63;BaseQRankSum=1.776;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.784;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=2;PP=120;ReadPosRankSum=0.012;SC=CTGATATCTCATGCAAACAGG;SOR=1.238;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=29;TCF=22;TCR=7;TR=10;WE=43823918;WS=43823900;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,15:0.29:51
chr21	43824106	rs2277798	A	G	3403.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.61;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=26;NR=42;PP=1373;SC=CAAGCTCAAGAGCCGCAGCAG;SOR=1.005;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=68;TCF=26;TCR=42;TR=68;WE=43824114;WS=43824096;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chr21	43824123	rs2277799	G	C	785.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-0.824;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.334;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=13;PP=305;ReadPosRankSum=-1.830;SC=GCAGCCCCTCGCTCCTGGAGC;SOR=0.510;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=63;TCF=25;TCR=38;TR=25;WE=43824131;WS=43824113;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,46:0.36:128
chr21	43826344	rs3746923	C	T	2143.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.020;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=470;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.584;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=39;PP=981;ReadPosRankSum=2.265;SC=TGTGCAAGGCCACACCCTGCC;SOR=0.622;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=260;TCF=142;TCR=118;TR=82;WE=43826352;WS=43826334;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:336,133:0.28:469
chr21	43826391	rs3746924	T	C	2640.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.585;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=426;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.544;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=43;PP=1094;ReadPosRankSum=-0.124;SC=CGACGTGACTTTGTGTCTGTG;SOR=0.768;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=257;TCF=125;TCR=132;TR=82;WE=43826399;WS=43826381;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:277,147:0.35:424
chr21	43829758	rs11702374	G	A	932.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-1.540;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.408;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=26;PP=602;ReadPosRankSum=1.179;SC=ACGGCAGCTGGAGGCATTTTT;SOR=0.341;SbPval=0.26;Source=Platypus;TC=82;TCF=16;TCR=66;TR=35;WE=43829766;WS=43829748;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,42:0.43:97
chr21	43838403	rs9974660	T	A	215.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=1.557;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=2;PP=74;ReadPosRankSum=0.102;SC=ACAGAACACATTGGAGGGGCA;SOR=0.610;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=43;TCF=34;TCR=9;TR=10;WE=43838411;WS=43838393;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,13:0.28:47
chr21	43838643	rs13048049	G	A	655.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.487;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=258;ExcessHet=3.0103;FS=2.813;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.57;ReadPosRankSum=1.081;SOR=0.926;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:205,50:0.20:255
chr21	43846956	rs2839510	T	G	948.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=1.523;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.466;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=26;PP=515;ReadPosRankSum=1.099;SC=TTTTTTCTTTTAAGTAAACTA;SOR=0.859;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=104;TCF=30;TCR=74;TR=35;WE=43846964;WS=43846946;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:92,50:0.35:142
chr21	43852146	rs58639264	A	G	573.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-1.564;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.639;HP=2;HapScore=3;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=4;PP=869;ReadPosRankSum=-0.043;SC=GAGAGCTGCCATTGGTGCAAG;SOR=1.179;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=32;TCF=25;TCR=7;TR=22;WE=43852168;WS=43852136;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,26:0.72:36
chr21	43852160	rs2839512	A	G	679.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-2.625;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.749;HP=2;HapScore=3;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=4;PP=872;ReadPosRankSum=-1.029;SC=GTGCAAGTCCAGTGAGTTGGA;SOR=1.371;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=33;TCF=26;TCR=7;TR=24;WE=43852168;WS=43852136;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,30:0.77:39
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chr21	43852355	rs2839513	T	C	2992.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.832;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.891;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=49;PP=1400;ReadPosRankSum=-0.204;SC=ACACTGTAGATCTAACCAATG;SOR=0.881;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=123;TCF=53;TCR=70;TR=83;WE=43852363;WS=43852345;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,136:0.68:199
chr21	43855067	rs1893592	A	C	971.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=2.066;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.440;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=16;PP=428;ReadPosRankSum=-0.079;SC=AATTGCAGGTATGTTTGAGGA;SOR=0.551;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=82;TCF=33;TCR=49;TR=27;WE=43855075;WS=43855057;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,50:0.38:132
chr21	43862466	rs2254368	G	A	38.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.375;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=6.419;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.85;ReadPosRankSum=-2.362;SOR=0.069;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,5:0.24:21
chr21	43863521	rs868092	A	G	1188.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=3.561;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=12.333;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=39;PP=868;ReadPosRankSum=0.681;SC=ACACCTGTCCACAGGACAGTA;SOR=1.498;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=122;TCF=40;TCR=82;TR=51;WE=43863529;WS=43863511;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:132,62:0.32:194
chr21	43864519	rs4920104	G	A	143.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=2.057;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.521;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=3;PP=94;ReadPosRankSum=-0.983;SC=CTTCTAGCCCGGGGGTCTCGC;SOR=0.068;SbPval=0.16;Source=Platypus;TC=23;TCF=19;TCR=4;TR=8;WE=43864527;WS=43864515;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,8:0.31:26
chr21	43867059	rs3827232	C	T	86.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.792;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.682;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=0;PP=39;ReadPosRankSum=1.677;SC=CCTGGGCAGTCGCAGACCCTC;SOR=1.501;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=18;TCR=3;TR=5;WE=43867067;WS=43867049;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,6:0.26:23
chr21	43892775	rs11203205	G	A	280.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.995;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=5;PP=167;ReadPosRankSum=-0.886;SC=GAGCAGTGGCGCGATCTCCAC;SOR=0.573;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=24;TCF=16;TCR=8;TR=14;WE=43892783;WS=43892765;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,15:0.44:34
chr21	43897355	.	C	T	160	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;FR=0.5000;HP=3;HapScore=2;MGOF=102;MMLQ=24;MQ=55.05;NF=11;NR=2;PP=160;QD=14.9824009652;SC=GGGGGTGCCCCACACCCTCTG;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=23;TCF=19;TCR=4;TR=13;WE=43897363;WS=43897345;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:10,13:0.57:23
chr21	43905887	rs2839536	C	T	926.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=2.518;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.724;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=27;PP=576;ReadPosRankSum=0.657;SC=TGCCCGTCTCCGCGTATAAAT;SOR=0.821;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=86;TCF=22;TCR=64;TR=38;WE=43905895;WS=43905877;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,47:0.37:127
chr21	43906351	rs2839537	G	C	575.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.936;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.836;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=7;PP=407;ReadPosRankSum=1.046;SC=AGAAAGATTGGACCTGCCTGG;SOR=0.836;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=97;TCF=70;TCR=27;TR=27;WE=43906359;WS=43906341;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:91,32:0.26:123
chr21	43916339	rs1573413	G	A	1135.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.558;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=323;ExcessHet=3.0103;FS=1.547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.59;ReadPosRankSum=-0.177;SOR=0.795;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:232,84:0.27:316
chr21	43938673	rs4919990	T	C	597.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.538;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.662;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=12;PP=161;ReadPosRankSum=-0.205;SC=AGGTGAGGGCTACTGTGCAGG;SOR=0.466;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=74;TCF=26;TCR=48;TR=19;WE=43938681;WS=43938663;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,37:0.34:110
chr21	43955427	rs228056	A	G	684.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=22;NR=4;PP=573;SC=GAAACTGAACAGAAAATGCAC;SOR=3.098;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=22;TCR=4;TR=26;WE=43955435;WS=43955417;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr21	43959770	rs228063	A	G	5289.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=63;NR=65;PP=2360;SC=AAGGGTTTGGATCCGTGGCTC;SOR=0.798;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=128;TCF=63;TCR=65;TR=128;WE=43959778;WS=43959760;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,198:1.00:198
chr21	43959908	rs58348531	TC	T	1086.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=28;PP=1155;SC=ACAAAGTCCTTCCCTTTCTCT;SOR=4.680;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=31;TCF=2;TCR=29;TR=30;WE=43959916;WS=43959898;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr21	43963401	rs228074	T	C	427.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=0;PP=314;SC=TCGCGAGTCCTGCATGGCACA;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=12;TCR=0;TR=12;WE=43963409;WS=43963392;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr21	43963759	rs228075	A	G	1429.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=28;PP=786;SC=GAGGCCTCGGATTTCCCTGCC;SOR=1.445;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=43;TCF=14;TCR=29;TR=42;WE=43963767;WS=43963749;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr21	43967084	rs118178746	T	C	348.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.143;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.123;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=2;PP=236;ReadPosRankSum=0.423;SC=ACTCATTTAATGTGAATCCTG;SOR=0.121;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=28;TCF=26;TCR=2;TR=15;WE=43967092;WS=43967083;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,15:0.56:27
chr21	43967126	rs228082	G	A	705.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.085;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=8;PP=448;ReadPosRankSum=-0.486;SC=CGGTGCTCCCGTGTTGCCCTG;SOR=0.525;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=55;TCF=41;TCR=14;TR=30;WE=43967134;WS=43967116;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,33:0.55:60
chr21	43974226	rs2839550	T	C	1341.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.542;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=23;PP=734;ReadPosRankSum=-0.366;SC=GAAGCAAATCTTGAAGAGCGA;SOR=0.693;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=74;TCF=37;TCR=37;TR=49;WE=43974234;WS=43974216;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,66:0.60:110
chr21	43974317	rs75870471	G	A	878.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=0.277;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.158;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=26;PP=541;ReadPosRankSum=-0.250;SC=TTTGAGCCACGTCGGCTCTCT;SOR=1.067;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=53;TCF=17;TCR=36;TR=37;WE=43974325;WS=43974307;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,41:0.69:59
chr21	43979127	rs118032072	C	T	1690.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.020;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.683;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=20;PP=704;ReadPosRankSum=-1.746;SC=ACCCGAACCACGTCGTCATTC;SOR=0.783;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=75;TCF=42;TCR=33;TR=47;WE=43979135;WS=43979117;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,81:0.64:127
chr21	43979265	rs79334525	G	A	859.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=1.786;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.452;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=22;PP=516;ReadPosRankSum=1.019;SC=AAGTCTGGTCGGTTGATGATT;SOR=1.129;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=47;TCF=14;TCR=33;TR=29;WE=43979273;WS=43979255;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,37:0.64:58
chr21	43979289	rs2839551	C	A	741.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-1.110;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=19;PP=448;ReadPosRankSum=0.955;SC=CTTAAAAAGACATCTGTGGTT;SOR=0.843;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=35;TCF=9;TCR=26;TR=25;WE=43979297;WS=43979279;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,31:0.76:41
chr21	43979389	rs2839553	C	T	102.10	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=0.210;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=0.5339;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=41;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=4;PP=59;ReadPosRankSum=-0.674;SC=GATATTTGTTCGCCTCATACC;SOR=0.941;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=6;TCF=1;TCR=5;TR=5;WE=43979397;WS=43979379;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,5:0.83:6
chr21	43984126	rs7282730	C	T	914.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=0.203;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=25;PP=545;ReadPosRankSum=1.291;SC=AGGGTCAGGCCGTCACCTGGG;SOR=0.808;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=47;TCF=12;TCR=35;TR=34;WE=43984134;WS=43984116;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,40:0.71:56
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chr21	43987325	rs9977293	C	T	1268.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.659;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=2.728;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.40;ReadPosRankSum=-0.380;SOR=0.382;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,33:0.63:52
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chr21	43988437	rs7280392	G	A	4508.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.265;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=332;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.425;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=69;NR=67;PP=2076;ReadPosRankSum=-0.031;SC=ATGCTGTGGCGATAACTGCAC;SOR=0.643;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=213;TCF=109;TCR=104;TR=136;WE=43988445;WS=43988427;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:112,210:0.65:322
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chr21	44000078	rs453647	T	C	546.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=1.119;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.207;HP=2;HapScore=2;MGOF=36;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=17;PP=336;ReadPosRankSum=1.289;SC=TAAATACCTCTGGATGGGTTA;SOR=1.038;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=43;TCF=16;TCR=27;TR=26;WE=44000086;WS=44000068;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,26:0.58:45
chr21	44000366	rs388907	A	G	1627.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-0.648;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.483;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=18;PP=956;ReadPosRankSum=1.475;SC=GGCTCCCCATAGGATTTGCAC;SOR=0.372;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=72;TCF=50;TCR=22;TR=56;WE=44000374;WS=44000356;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,69:0.76:91
chr21	44107989	rs2839574	A	G	3443.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=0.480;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=252;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.051;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=76;NR=41;PP=1855;ReadPosRankSum=0.526;SC=CCCAGAGCACACTATGGGCGA;SOR=0.792;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=163;TCF=107;TCR=56;TR=117;WE=44107997;WS=44107979;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,161:0.65:247
chr21	44108228	rs13046426	A	G	1548.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-2.038;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=43;PP=971;ReadPosRankSum=1.936;SC=AGAGATGGAGAGCGAGGGTAG;SOR=0.631;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=91;TCF=21;TCR=70;TR=57;WE=44108236;WS=44108218;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,68:0.62:110
chr21	44108243	rs13047947	C	G	1320.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-2.222;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.970;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=33;PP=799;ReadPosRankSum=0.637;SC=GGGTAGGAGCCAGTGTGAAGG;SOR=0.561;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=67;TCF=16;TCR=51;TR=44;WE=44108251;WS=44108233;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,57:0.68:84
chr21	44117425	rs2269143	G	A	5798.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.147;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=375;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.423;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=100;NR=63;PP=2516;ReadPosRankSum=0.494;SC=GATTTTCCACGTTACCTGTAA;SOR=0.723;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=223;TCF=138;TCR=85;TR=163;WE=44117433;WS=44117415;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:104,264:0.72:368
chr21	44118958	rs1515755	T	A	486.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.622;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=1.464;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.32;ReadPosRankSum=0.975;SOR=1.037;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,22:0.65:34
chr21	44153636	rs72042635	CAAAT	C	2689.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-1.567;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.253;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=29;PP=1421;ReadPosRankSum=0.762;SC=AAGGTAAATACAAATAAATGT;SOR=0.395;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=52;TCF=3;TCR=49;TR=31;WE=44153647;WS=44153626;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,67:0.70:96
chr21	44163839	rs6586344	A	G	3502.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=47;NR=41;PP=1527;SC=GAGATCCTCCACATTCGTCCG;SOR=0.769;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=88;TCF=47;TCR=41;TR=88;WE=44163847;WS=44163829;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,135:1.00:135
chr21	44173971	rs57957426	CA	C	573	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.134;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FS=1.217;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.14;MQRankSum=0.729;QD=8.30;ReadPosRankSum=-0.239;SOR=1.100;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,53:0.77:69
chr21	44174275	rs4919999	T	C	731.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.10;SOR=2.066;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr21	44178992	rs11702144	A	G	225.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-0.219;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.547;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=3;PP=93;ReadPosRankSum=-0.731;SC=GAGGGGGAGAACCCACCTCCT;SOR=0.340;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=34;TCF=27;TCR=7;TR=11;WE=44179000;WS=44178982;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,13:0.32:40
chr21	44180443	rs13047953	C	T	2146.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=0.990;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=418;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.197;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=31;PP=876;ReadPosRankSum=-0.535;SC=CGCAGTTCTGCGTCCACGACA;SOR=0.827;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=236;TCF=127;TCR=109;TR=72;WE=44180451;WS=44180433;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:282,130:0.32:412
chr21	44180866	rs55905735	ACC	A	1325.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=2.404;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.688;HP=9;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.815;NF=29;NR=9;PP=1067;ReadPosRankSum=2.679;SC=ACCCAATTCCACCCCCCCTCA;SOR=1.479;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=65;TCF=45;TCR=20;TR=38;WE=44180875;WS=44180856;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,37:0.77:48
chr21	44180916	rs1547379	G	A	2790.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.053;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.895;NF=67;NR=42;PP=1655;ReadPosRankSum=1.231;SC=AAACACCTACGCCCTGTTTTC;SOR=0.709;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=157;TCF=94;TCR=63;TR=109;WE=44180924;WS=44180906;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,128:0.72:178
chr21	44182135	rs2269168	C	G	1764.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.995;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.690;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=13;PP=944;ReadPosRankSum=0.244;SC=GTTGCTCCCCCGTGCAGGTAC;SOR=0.825;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=105;TCF=80;TCR=25;TR=60;WE=44182143;WS=44182125;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,81:0.58:140
chr21	44185794	rs2284970	TC	GA	535.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.350;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.792;HP=3;HapScore=2;JOINED;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=7;PP=319;ReadPosRankSum=0.043;SC=TCCTGATGGGTCCTCCTTCAT;SOR=1.329;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=15;TCF=6;TCR=9;TR=11;WE=44185803;WS=44185784;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,14:0.64:22
chr21	44188249	rs68104891	GC	G	2054.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.778;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.740;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQ=60.09;MQRankSum=0.840;NF=20;NR=20;PP=1417;ReadPosRankSum=2.063;SC=GCAGCAGCAGGCCCGTGTTCT;SOR=0.567;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=63;TCF=35;TCR=28;TR=40;WE=44188257;WS=44188239;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,68:0.60:114
chr21	44188485	rs2284977	T	A	1120.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.222;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=22;PP=613;ReadPosRankSum=-0.765;SC=CGAGCACGCCTGGGTGGTCCC;SOR=0.726;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=51;TCF=18;TCR=33;TR=35;WE=44188493;WS=44188475;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,49:0.68:72
chr21	44188504	rs67260236	C	A	869.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.041;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=21;PP=508;ReadPosRankSum=0.131;SC=CCGCATATTCCCCGGGCTGCC;SOR=0.684;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=45;TCF=13;TCR=32;TR=30;WE=44188512;WS=44188494;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,38:0.64:59
chr21	44189166	rs1045382	T	C	3156.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.157;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FS=4.357;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=23.04;ReadPosRankSum=1.150;SOR=1.078;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:58,79:0.58:137
chr21	44189172	rs3087994	A	C	3339.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.663;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FS=5.176;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=21.83;ReadPosRankSum=1.123;SOR=1.160;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:64,89:0.58:153
chr21	44189387	rs55990449	G	A	1743.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.099;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.770;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=38;PP=919;ReadPosRankSum=1.322;SC=ATGCACACACGTACACAGATA;SOR=0.588;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=92;TCF=34;TCR=58;TR=63;WE=44189395;WS=44189377;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,82:0.70:117
chr21	44275979	rs465663	T	C	988.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.453;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.130;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=21;PP=545;ReadPosRankSum=-0.842;SC=GTGGTCGGGGTTCCACTCCGT;SOR=0.230;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=41;TCF=11;TCR=30;TR=30;WE=44275987;WS=44275969;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,41:0.77:53
chr21	44279668	rs149300976	C	CCAGGGGCCAGCGATCCA	184.94	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=36.99;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr21	44283718	rs7279435	G	A	7017.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.219;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=474;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.549;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=75;NR=110;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.271;SC=TAGAAGGCCAGAAAGACACCC;SOR=0.650;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=289;TCF=116;TCR=173;TR=185;WE=44283726;WS=44283708;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:162,311:0.66:473
chr21	44293744	rs2248490	C	G	3527.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.615;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=244;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=43;PP=1662;ReadPosRankSum=1.056;SC=AGCTGCCAGACTTGGAGAAGG;SOR=0.727;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=168;TCF=98;TCR=70;TR=104;WE=44293752;WS=44293734;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,158:0.66:239
chr21	44296934	rs7279447	T	A	873.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.087;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FS=3.643;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.01;ReadPosRankSum=0.048;SOR=1.269;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,60:0.62:97
chr21	44323590	rs4148973	T	G	1323.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-2.640;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.782;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=20;PP=624;ReadPosRankSum=-0.712;SC=CTTCATCCTCTTCCAGCTCCT;SOR=0.446;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=64;TCF=28;TCR=36;TR=37;WE=44323598;WS=44323580;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,61:0.64:96
chr21	44324365	rs10595	G	A	1476.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-1.112;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=37;PP=917;ReadPosRankSum=-0.305;SC=CGCGCCAGGGGACGACCGAGG;SOR=0.592;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=75;TCF=22;TCR=53;TR=53;WE=44324373;WS=44324355;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,62:0.73:85
chr21	44327013	rs73905782	A	G	4133.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.202;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FS=2.358;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=28.31;ReadPosRankSum=1.053;SOR=0.928;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:43,103:0.71:146
chr21	44327013	.	ATG	GTA	2485	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;FR=0.5000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MMLQ=28;MQ=60.0;NF=21;NR=48;PP=2485;QD=36.7893894908;SC=AGCTCTTTAAATGAGACATCG;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=100;TCF=34;TCR=66;TR=69;WE=44327023;WS=44327003;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:31,69:0.69:100
chr21	44327015	rs2839604	G	A	4133.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.432;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FS=1.487;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=28.31;ReadPosRankSum=1.153;SOR=0.914;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:44,102:0.70:146
chr21	44328830	rs4148976	A	G	687.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=4.928;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.620;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=0;PP=534;ReadPosRankSum=-0.712;SC=AAGCGCCTGTATGTGAGCCAA;SOR=2.030;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=38;TCF=36;TCR=2;TR=22;WE=44328838;WS=44328820;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,24:0.62:39
chr21	44371114	rs451887	T	C	692.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.680;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.902;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=19;PP=394;ReadPosRankSum=0.107;SC=TGTGATATTATTCATAATATC;SOR=0.527;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=72;TCF=19;TCR=53;TR=27;WE=44371122;WS=44371104;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,35:0.39:89
chr21	44424689	rs3216136	G	GA	69.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.784;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.20;ReadPosRankSum=1.479;SOR=0.774;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:47,11:0.19:58
chr21	44430325	rs234781	T	C	956.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.965;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=22;PP=340;ReadPosRankSum=1.049;SC=ATCCAGAAACTGATAATTTAG;SOR=0.629;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=77;TCF=24;TCR=53;TR=31;WE=44430333;WS=44430315;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,52:0.44:117
chr21	44445185	rs234719	C	T	292.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=1.329;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.879;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=7;PP=109;ReadPosRankSum=-0.077;SC=CCAACTGAGACGGGGTCTTGC;SOR=0.073;SbPval=0.17;Source=Platypus;TC=30;TCF=6;TCR=24;TR=11;WE=44445193;WS=44445175;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,15:0.42:36
chr21	44448763	rs170916	G	C	978.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.814;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=250;ExcessHet=3.0103;FS=0.556;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.10;ReadPosRankSum=-1.674;SOR=0.763;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:177,62:0.26:239
chr21	44448775	rs234728	G	A	1295.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.061;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=299;ExcessHet=3.0103;FS=0.484;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.48;ReadPosRankSum=-2.042;SOR=0.654;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:208,81:0.28:289
chr21	44449095	rs234729	G	A	134.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.162;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=4;PP=43;ReadPosRankSum=0.834;SC=TGGTGAACGAGAGTGCGTGGT;SOR=0.770;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=16;TCF=4;TCR=12;TR=5;WE=44449103;WS=44449085;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,8:0.32:25
chr21	44449917	rs234733	G	A	437.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.325;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=8;PP=304;ReadPosRankSum=1.021;SC=TAGGTCAAACGAGCAAACAGC;SOR=0.570;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=54;TCF=38;TCR=16;TR=24;WE=44449925;WS=44449907;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,24:0.38:63
chr21	44452424	rs141407897	T	TTCCCTCACCACCCTCCGTCTCTTCG	356.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.912;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.72;ReadPosRankSum=0.873;SOR=0.330;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,10:0.38:26
chr21	44452455	rs378528	T	C	220.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.829;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.20;ReadPosRankSum=-2.464;SOR=0.412;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,10:0.42:24
chr21	44475877	rs8132811	C	T	1222.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.829;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.024;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=12;PP=592;ReadPosRankSum=0.469;SC=TCTTGGGGGCCGTGCCGTCTC;SOR=0.883;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=116;TCF=77;TCR=39;TR=40;WE=44475885;WS=44475867;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:112,63:0.36:175
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chr21	44485350	rs234706	G	A	1586.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.281;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=235;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.634;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=29;PP=740;ReadPosRankSum=1.233;SC=CGGTGGTGTCGTAGTGAGCCA;SOR=0.587;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=153;TCF=81;TCR=72;TR=61;WE=44485358;WS=44485340;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:146,87:0.37:233
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chr21	44837555	rs430554	G	A	16758.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.286;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=382;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=44.22;ReadPosRankSum=-0.199;SOR=0.264;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,378:1.00:379
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chr21	44846016	rs3746951	C	T	2721.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-0.220;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=420;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.154;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=54;PP=1294;ReadPosRankSum=1.319;SC=TGGCCCTGACCCTGGCCCGCG;SOR=0.806;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=241;TCF=103;TCR=138;TR=90;WE=44846024;WS=44846006;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:265,151:0.36:416
chr21	44985202	rs9637217	G	A	733.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=4.999;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.384;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-8.017;NF=44;NR=17;PP=1231;ReadPosRankSum=-2.589;SC=AAGGACGGCAGGAAGCGCAAG;SOR=0.828;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=161;TCF=102;TCR=59;TR=61;WE=44985210;WS=44985192;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:148,42:0.22:190
chr21	44985272	rs9637218	C	T	2309.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=3.862;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=277;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.032;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=2.099;NF=55;NR=46;PP=1673;ReadPosRankSum=0.442;SC=AGGTCCACCCCGACACCGGCA;SOR=0.821;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=210;TCF=109;TCR=101;TR=101;WE=44985280;WS=44985262;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:163,113:0.41:276
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chr21	45064296	rs2246602	C	A	1401.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.717;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.822;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=28;PP=606;ReadPosRankSum=1.147;SC=CATAAAATTACTCAAGATATT;SOR=0.569;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=66;TCF=22;TCR=44;TR=42;WE=45064304;WS=45064286;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,65:0.66:98
chr21	45076373	rs2838340	A	G	1048.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=1.792;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.217;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=7;PP=795;ReadPosRankSum=-0.825;SC=GGACTGTAAGAGTACCTTAAA;SOR=1.056;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=67;TCF=55;TCR=12;TR=41;WE=45076381;WS=45076363;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,42:0.60:70
chr21	45076443	rs2838341	A	G	3674.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.804;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=260;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.613;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=75;NR=47;PP=1992;ReadPosRankSum=0.332;SC=GTTACCACCAATGACTGCTGA;SOR=0.823;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=182;TCF=110;TCR=72;TR=122;WE=45076451;WS=45076433;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:89,164:0.65:253
chr21	45077865	rs2838342	G	A	594.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=0.927;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.874;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=3;PP=340;ReadPosRankSum=-1.332;SC=GTCTCCGAGCGCACGGGGCGA;SOR=2.215;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=27;TCF=20;TCR=7;TR=19;WE=45077873;WS=45077855;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,25:0.76:33
chr21	45078035	rs2838343	C	T	4198.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.418;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=294;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.744;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=53;PP=1786;ReadPosRankSum=1.545;SC=TGACCCCTCACGCCAGAAAGC;SOR=0.539;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=173;TCF=97;TCR=76;TR=116;WE=45078043;WS=45078025;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:95,196:0.67:291
chr21	45089877	rs2838344	G	A	1310.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.452;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.861;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=16;PP=456;ReadPosRankSum=-0.190;SC=TCATGCTCCCGGGTTCTTGCT;SOR=0.545;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=48;TCF=20;TCR=28;TR=28;WE=45089885;WS=45089867;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,59:0.67:88
chr21	45092095	rs11909064	G	C	995.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.650;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.538;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=8;PP=714;ReadPosRankSum=-1.859;SC=ACCTTCCCACGAGCGGAAGTG;SOR=0.092;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=47;TCF=39;TCR=8;TR=38;WE=45092103;WS=45092085;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,39:0.81:48
chr21	45092257	rs2251253	T	A	5005.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-1.164;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=355;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.366;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=62;PP=1909;ReadPosRankSum=2.783;SC=GTAAGTCCTGTTGTTTCTTCT;SOR=0.600;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=198;TCF=106;TCR=92;TR=128;WE=45092265;WS=45092247;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:112,233:0.68:345
chr21	45096206	rs2155722	G	A	6316.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=240;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=72;NR=76;PP=2924;SC=AAATTGCTGCGAAGACGAAGG;SOR=0.701;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=148;TCF=72;TCR=76;TR=148;WE=45096214;WS=45096196;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,239:1.00:239
chr21	45107285	rs2838348	C	G	418.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=3.010;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=1;PP=339;ReadPosRankSum=-0.341;SC=GAACTTTCCTCGTGGTAGAAT;SOR=1.721;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=19;TCF=18;TCR=1;TR=15;WE=45107293;WS=45107275;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,15:0.68:22
chr21	45107518	rs7279959	A	G	5764.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=73;NR=70;PP=2749;SC=GTGCAGCCCCATCCCTGGAAC;SOR=0.712;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=143;TCF=73;TCR=70;TR=143;WE=45107526;WS=45107508;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,214:1.00:214
chr21	45107562	rs9306160	T	C	2415.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.320;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=42;PP=1403;ReadPosRankSum=-1.350;SC=GCCTCTGGGCTGAAAGCCCTG;SOR=0.710;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=144;TCF=75;TCR=69;TR=88;WE=45107570;WS=45107552;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,106:0.61:174
chr21	45111512	.	A	AT	722	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;FR=1.0000;HP=8;HapScore=1;MGOF=19;MMLQ=27;MQ=57.87;NF=1;NR=12;PP=722;QD=57.2307692308;SC=CCATTTCTTTATTTTTATTTT;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=25;TCF=1;TCR=24;TR=13;WE=45111520;WS=45111502;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:12,13:0.52:25
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chr21	45170580	rs1079268	A	G	1517.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=13;NR=23;PP=599;SC=AGCAGGATATATGTGTGTGTG;SOR=1.217;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=37;TCF=13;TCR=24;TR=36;WE=45170588;WS=45170570;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr21	45172379	rs8134507	G	A	1022.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.691;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=18;PP=477;ReadPosRankSum=0.046;SC=CGTGGCTGACGCTCCCTGTGC;SOR=0.661;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=137;TCF=86;TCR=51;TR=47;WE=45172387;WS=45172369;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:133,63:0.32:196
chr21	45175571	rs8128639	C	A	1850.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-2.171;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=320;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=30;PP=728;ReadPosRankSum=-0.218;SC=AGTCTGTCCTCCCTGCAGGTG;SOR=0.672;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=174;TCF=93;TCR=81;TR=65;WE=45175579;WS=45175561;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:208,107:0.34:315
chr21	45209659	rs199920102	G	A	530.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.703;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=15;PP=277;ReadPosRankSum=-1.304;SC=CGGGGGTGTGGGCGGCTGGCG;SOR=0.685;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=52;TCF=15;TCR=37;TR=21;WE=45209667;WS=45209649;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,29:0.37:78
chr21	45215052	rs117695203	C	T	3600.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.734;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=270;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.526;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=45;PP=1401;ReadPosRankSum=-0.420;SC=CTAATGCCAACCTCCTTCTGT;SOR=0.586;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=148;TCF=80;TCR=68;TR=93;WE=45215060;WS=45215042;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:98,170:0.63:268
chr21	45220787	rs2329576	A	G	4281.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=55;NR=48;PP=1991;SC=GGCACTGACAATGGCACCACC;SOR=0.771;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=104;TCF=56;TCR=48;TR=103;WE=45220795;WS=45220777;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,158:1.00:158
chr21	45404672	rs149582365	C	CT	134.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.672;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FS=0.979;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.48;ReadPosRankSum=1.353;SOR=0.532;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:72,19:0.21:91
chr21	45405278	rs112367723	TA	T	72.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.137;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=2.649;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.35;ReadPosRankSum=-0.094;SOR=0.143;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,11:0.35:31
chr21	45478904	rs71326023	C	CGTAAT	76.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.443;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.318;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=3;PP=107;ReadPosRankSum=-0.980;SC=CTTTCTCTGTCGTTTAATGGC;SOR=1.541;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=2;TCR=10;TR=3;WE=45478912;WS=45478894;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,4:0.18:22
chr21	45482800	rs2838478	T	C	87.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.957;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.424;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=3;PP=73;ReadPosRankSum=0.098;SC=TACATTGTTATGCTTATTTTA;SOR=0.983;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=32;TCF=20;TCR=12;TR=9;WE=45482808;WS=45482790;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,9:0.19:47
chr21	45494183	rs2277805	G	A	541.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=2.035;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.060;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=4;PP=300;ReadPosRankSum=2.074;SC=CCCCTCACACGTTCGCATTTG;SOR=1.066;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=65;TCF=48;TCR=17;TR=22;WE=45494191;WS=45494173;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,31:0.33:93
chr21	45496609	rs111315474	G	T	356.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.395;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FS=0.838;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.95;ReadPosRankSum=0.368;SOR=0.861;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:94,27:0.22:121
chr21	45502844	rs915877	T	G	1013.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=3.278;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.842;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=18;PP=642;ReadPosRankSum=-0.010;SC=ACTTCAGCATTGAGAAAAACA;SOR=0.840;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=145;TCF=82;TCR=63;TR=45;WE=45502852;WS=45502834;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:161,61:0.27:222
chr21	45503121	rs2071152	G	A	790.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.652;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.233;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=19;PP=397;ReadPosRankSum=0.075;SC=GGGTGCCCACGTGCTGAGGTG;SOR=0.904;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=107;TCF=51;TCR=56;TR=32;WE=45503129;WS=45503111;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:103,47:0.31:150
chr21	45506819	rs1131999	T	C	382.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.865;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=10;PP=236;ReadPosRankSum=-1.355;SC=AGAGCAGGGCTGTGGTCTACT;SOR=0.629;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=75;TCF=30;TCR=45;TR=19;WE=45506827;WS=45506809;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,26:0.25:104
chr21	45509650	rs2277806	A	C	704.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.730;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FS=3.566;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.02;ReadPosRankSum=0.089;SOR=1.004;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:77,40:0.34:117
chr21	45512094	rs3788104	G	A	276.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-2.950;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.322;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=9;PP=153;ReadPosRankSum=0.766;SC=CTGGATCGAGGCTTGCTCCTG;SOR=0.089;SbPval=0.09;Source=Platypus;TC=35;TCF=6;TCR=29;TR=14;WE=45512102;WS=45512084;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,15:0.37:41
chr21	45514141	rs11287102	TG	T	1156.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=3;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=0;NR=11;PP=377;SC=TTTGGGAGGGTGGGGGTGAAA;SOR=1.179;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=0;TCR=11;TR=11;WE=45514157;WS=45514131;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr21	45514149	rs9941801	A	G	1165.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=3;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=10;PP=266;SC=GGTGGGGGTGAAAAAATGAAA;SOR=1.101;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=6;TCR=10;TR=16;WE=45514157;WS=45514131;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr21	45514168	rs4819371	C	T	398.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=53;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=5;NR=9;PP=216;SC=AAGATGGCATCATGTTCTTTA;SOR=1.244;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=14;TCF=5;TCR=9;TR=14;WE=45514176;WS=45514158;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr21	45514188	rs4818879	A	G	244.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=66;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=7;PP=171;SC=ATAATCTGAAAAACTGAATAG;SOR=2.093;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=2;TCR=7;TR=9;WE=45514196;WS=45514178;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr21	45518131	rs2242950	A	T	417.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.785;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=3;PP=193;ReadPosRankSum=0.113;SC=ATAGGTGTCTATCCTCAGCTC;SOR=0.693;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=47;TCF=33;TCR=14;TR=15;WE=45518139;WS=45518121;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,22:0.37:59
chr21	45527112	rs72257518	GCTC	G	331.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-0.137;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=1;PP=232;ReadPosRankSum=-0.230;SC=GGGCGACGCAGCTCCTCCTGC;SOR=0.368;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=11;TCF=10;TCR=1;TR=7;WE=45527122;WS=45527102;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,9:0.75:12
chr21	45527460	rs2850153	G	A	331.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.605;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.114;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=10;PP=184;ReadPosRankSum=1.176;SC=CTGCGCGCCCGTGGCCTCGGG;SOR=1.402;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=19;TCF=2;TCR=17;TR=11;WE=45527468;WS=45527450;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,15:0.62:24
chr21	45528919	rs2020945	G	A	3823.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.465;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=273;ExcessHet=3.0103;FS=0.473;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.27;ReadPosRankSum=0.191;SOR=0.649;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:88,180:0.67:268
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chr21	45538725	rs756554	C	A	3561.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=2.589;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=276;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.355;HP=4;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=68;PP=1989;ReadPosRankSum=0.536;SC=GTTTGTCCCCCGCCTGGGTGG;SOR=0.896;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=181;TCF=80;TCR=101;TR=119;WE=45538733;WS=45538715;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:112,163:0.59:275
chr21	45538782	rs756555	A	T	1541.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=2.849;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.319;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=44;PP=1104;ReadPosRankSum=0.712;SC=GGCTACAGGCATACTTGACAG;SOR=1.026;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=106;TCF=34;TCR=72;TR=63;WE=45538790;WS=45538772;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,69:0.53:131
chr21	45539240	rs2855652	G	C	675.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.090;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=6;PP=384;ReadPosRankSum=0.892;SC=GCCTGAGCCGGGTACCCCAGC;SOR=0.821;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=34;TCF=26;TCR=8;TR=24;WE=45539248;WS=45539230;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,29:0.63:46
chr21	45539426	rs2071142	G	A	1554.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.65;BaseQRankSum=1.274;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.704;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=24;PP=651;ReadPosRankSum=-0.840;SC=TCCCCGTCCCGTTGGCCTCTG;SOR=0.786;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=54;TCF=22;TCR=32;TR=40;WE=45539434;WS=45539416;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,72:0.62:117
chr21	45540143	rs2855653	G	A	687.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=0.671;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5067;FS=2.294;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=3;PP=487;ReadPosRankSum=1.310;SC=AGCATCTTAGGTGGGGCGGCA;SOR=1.765;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=26;TCF=22;TCR=4;TR=22;WE=45540151;WS=45540133;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,26:0.81:32
chr21	45540207	rs2850157	C	T	1975.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.683;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=17;PP=1128;ReadPosRankSum=-0.260;SC=GGTCTGCCCCCGCCCCTCCTG;SOR=0.680;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=87;TCF=62;TCR=25;TR=64;WE=45540215;WS=45540197;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,81:0.75:108
chr21	45540919	rs2071143	A	G	7239.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-2.650;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=500;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.564;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=78;NR=99;PP=2725;ReadPosRankSum=-0.446;SC=GGGACAAGACAGTGCGCCTAT;SOR=0.611;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=277;TCF=119;TCR=158;TR=177;WE=45540927;WS=45540909;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:155,340:0.69:495
chr21	45544594	rs2187313	T	C	3797.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=2.458;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=246;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.403;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=74;PP=2120;ReadPosRankSum=-1.786;SC=CAACCTGTCTTTGGACGCCAT;SOR=0.882;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=149;TCF=47;TCR=102;TR=107;WE=45544602;WS=45544584;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,162:0.67:241
chr21	45547736	rs368215943	T	TAA	513.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.615;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=3.646;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.20;MQRankSum=0.000;QD=10.48;ReadPosRankSum=1.046;SOR=1.569;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,32:0.65:49
chr21	45550460	rs11311220	TC	T	1232.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=8;NR=8;PP=590;SC=GCATTGACCATCCCCTGTGTG;SOR=1.121;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=17;TCF=9;TCR=8;TR=16;WE=45550468;WS=45550450;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr21	45553430	rs2187314	A	C	3332.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=2.529;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.250;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=79;NR=27;PP=2048;ReadPosRankSum=0.676;SC=CCCACCGGCGAACTCACTGGA;SOR=0.820;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=167;TCF=122;TCR=45;TR=106;WE=45553438;WS=45553420;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,136:0.66:207
chr21	45553476	rs968713	A	C	5518.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.422;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=379;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=101;NR=55;PP=2425;ReadPosRankSum=0.375;SC=GGCTCCGCCCAGAAGGCTGCG;SOR=0.715;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=252;TCF=161;TCR=91;TR=156;WE=45553484;WS=45553466;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:125,245:0.66:370
chr21	45553596	rs968714	T	C	7634.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.300;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=493;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=94;NR=127;PP=2962;ReadPosRankSum=1.089;SC=GCTGTGAGGGTCCTGGTGGCC;SOR=0.683;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=328;TCF=139;TCR=189;TR=221;WE=45553604;WS=45553586;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:153,333:0.69:486
chr21	45560331	rs2838492	C	G	639.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-1.636;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=20;PP=435;ReadPosRankSum=1.077;SC=CTCACAGCTGCTTTTCTTGTT;SOR=1.542;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=27;TCF=2;TCR=25;TR=21;WE=45560339;WS=45560321;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,25:0.81:31
chr21	45561039	rs1059813	T	C	8024.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.256;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=504;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=106;NR=110;PP=2962;ReadPosRankSum=0.007;SC=TGTCTCCCCATCCACAGTCAC;SOR=0.691;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=297;TCF=147;TCR=150;TR=216;WE=45561047;WS=45561029;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:145,356:0.71:501
chr21	45564575	rs2838496	G	C	547.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-4.287;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=1;PP=403;ReadPosRankSum=-0.575;SC=CCAGGAGCGAGTTCTCCTCTT;SOR=1.040;SbPval=0.96;Source=Platypus;TC=40;TCF=34;TCR=6;TR=21;WE=45564583;WS=45564565;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,22:0.58:38
chr21	45565473	rs7676	C	T	1654.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.325;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=24;PP=676;ReadPosRankSum=0.315;SC=AAATTGCAGCCCCTCAGCCCC;SOR=0.761;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=66;TCF=31;TCR=35;TR=44;WE=45565481;WS=45565463;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,75:0.72:104
chr21	45642817	rs35694117	TA	T	38.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.696;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.48;ReadPosRankSum=-0.185;SOR=0.578;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:66,15:0.19:81
chr21	45648992	rs7278940	T	C	5995.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=61;NR=75;PP=2536;SC=CAGGCAGACGTCGGTTTTCTC;SOR=0.862;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=136;TCF=61;TCR=75;TR=136;WE=45649000;WS=45648982;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,228:1.00:228
chr21	45649494	rs7278772	A	G	2071.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.64;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=0.000;HP=4;HapScore=4;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=19;NR=18;PP=389;SC=GCCCGGACCCACTCCGGACAC;SOR=0.693;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=38;TCF=20;TCR=18;TR=37;WE=45649518;WS=45649484;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr21	45649499	rs9974245	G	A	292.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.319;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=2.204;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.80;ReadPosRankSum=-0.478;SOR=0.627;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:40,21:0.34:61
chr21	45649543	rs4818891	G	C	595.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=-0.506;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=13.336;HP=1;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.363;NF=5;NR=11;PP=201;ReadPosRankSum=0.322;SC=ACCCGCCCTGGACACCCCACG;SOR=0.729;SbPval=0.02;Source=Platypus;TC=45;TCF=29;TCR=16;TR=16;WE=45649551;WS=45649533;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,31:0.47:66
chr21	45649666	rs4511811	G	A	2489.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.163;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.963;HP=4;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=34;PP=1459;ReadPosRankSum=-1.005;SC=GGAGCGCGGGGGTCTAGCACT;SOR=0.981;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=122;TCF=71;TCR=51;TR=86;WE=45649674;WS=45649656;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,110:0.67:165
chr21	45649778	rs4568033	A	G	8612.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=333;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=111;NR=99;PP=2965;SC=AGGAAATGCCATGCGCACCAT;SOR=0.755;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=210;TCF=111;TCR=99;TR=210;WE=45649786;WS=45649768;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,330:1.00:330
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chr21	45651413	rs3746962	A	G	1661.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=12;NR=38;PP=1046;SC=AAGTGTTGCAAGGAAGTATTT;SOR=2.080;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=50;TCF=12;TCR=38;TR=50;WE=45651421;WS=45651403;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr21	45660835	rs2847224	C	A	283.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.047;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.34;ReadPosRankSum=0.224;SOR=0.818;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,15:0.65:23
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chr21	45674629	rs55831401	G	A	726.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.800;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-1.012;NF=9;NR=25;PP=528;ReadPosRankSum=-0.213;SC=GGGTGAGCGTGGATTGTGCCC;SOR=0.664;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=92;TCF=24;TCR=68;TR=34;WE=45674637;WS=45674619;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,37:0.34:108
chr21	45675877	rs2070563	G	T	50.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.099;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.99;ReadPosRankSum=-0.864;SOR=0.193;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,5:0.29:17
chr21	45681153	rs2070565	T	C	1704.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=19;NR=34;PP=830;SC=GGGGATGCTGTGTCAGGACAC;SOR=1.146;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=53;TCF=19;TCR=34;TR=53;WE=45681161;WS=45681143;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr21	45709568	rs1055311	C	T	3563.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.176;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=286;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.027;HP=6;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=52;PP=1615;ReadPosRankSum=-1.470;SC=TCCAGGTTGGCGGGGAGTTCT;SOR=0.576;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=160;TCF=84;TCR=76;TR=104;WE=45709576;WS=45709558;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:111,171:0.61:282
chr21	45709906	rs1800520	C	G	1965.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=-0.155;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=327;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.567;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=26;PP=849;ReadPosRankSum=0.363;SC=AGCAGGGCAGCGTTCCCGCCC;SOR=0.869;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=209;TCF=127;TCR=82;TR=65;WE=45709914;WS=45709896;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:206,109:0.35:315
chr21	45712357	rs5844181	AC	A	367.82	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-0.415;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=11;PP=368;ReadPosRankSum=-0.897;SC=AGGCTGGGCCACCCCCTCCTG;SOR=1.127;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=14;TCF=1;TCR=13;TR=12;WE=45712365;WS=45712347;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,14:0.88:16
chr21	45712977	rs1800521	T	C	733.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.205;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.319;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=13;PP=324;ReadPosRankSum=-1.153;SC=ACCTGCCGGCTCCGCCTTCTG;SOR=0.818;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=93;TCF=48;TCR=45;TR=29;WE=45712985;WS=45712967;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:122,49:0.29:171
chr21	45714520	rs41296229	T	C	193.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-0.392;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.596;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=7;PP=102;ReadPosRankSum=0.092;SC=GCACTGACCATGTGCTCATTA;SOR=1.115;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=21;TCF=6;TCR=15;TR=9;WE=45714528;WS=45714510;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,11:0.41:27
chr21	45717412	rs3746965	G	A	435.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.200;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.38;ReadPosRankSum=-0.433;SOR=0.760;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:54,27:0.33:81
chr21	45717550	rs1133779	T	C	878.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.62;BaseQRankSum=1.745;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.272;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=15;PP=312;ReadPosRankSum=1.001;SC=ACACCTTCGATGGCATCCTGC;SOR=0.808;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=102;TCF=51;TCR=51;TR=31;WE=45717558;WS=45717540;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:126,53:0.30:179
chr21	45717689	rs72650681	C	G	946.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.246;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FS=2.026;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.79;ReadPosRankSum=-0.966;SOR=0.439;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,45:0.61:74
chr21	45720202	.	CGCCCCGGCCTCCT	C	522	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;FR=0.5000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=1;NR=1;PP=522;QD=293.011774131;SC=CCCGGCCTCCCGCCCCGGCCT;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=7;TCF=2;TCR=5;TR=2;WE=45720222;WS=45720192;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:5,2:0.29:7
chr21	45723986	rs79934442	G	C	122.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-0.065;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.450;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=1;PP=49;ReadPosRankSum=-2.842;SC=GTGGCCATGTGACATGGCCAC;SOR=1.201;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=27;TCF=18;TCR=9;TR=6;WE=45723994;WS=45723976;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,10:0.22:45
chr21	45724141	rs73231239	C	T	626.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.282;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.680;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=12;PP=244;ReadPosRankSum=-0.557;SC=ATCCTGGGGCCCCTTTGCCGT;SOR=0.788;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=82;TCF=40;TCR=42;TR=21;WE=45724149;WS=45724131;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:100,42:0.30:142
chr21	45725136	rs187237044	C	T	693.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-1.105;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=11;PP=320;ReadPosRankSum=0.877;SC=TGGGGTTTCTCAAGGCGTGGC;SOR=0.626;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=63;TCF=41;TCR=22;TR=27;WE=45725144;WS=45725126;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,38:0.40:96
chr21	45725621	rs73231245	G	A	319.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.306;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.24;ReadPosRankSum=-1.782;SOR=0.742;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:42,19:0.31:61
chr21	45726694	rs2070569	CC	GT	1290.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.409;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.960;HP=1;HapScore=2;JOINED;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=16;PP=770;ReadPosRankSum=-0.057;SC=GAGGCGCATGCCGAGGTGTGT;SOR=1.041;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=60;TCF=22;TCR=38;TR=22;WE=45726703;WS=45726684;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,35:0.41:85
chr21	45726743	rs73231246	C	T	429.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.394;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.202;HP=1;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=14;PP=267;ReadPosRankSum=0.204;SC=TGGTCCTGGCCTGGAGGAGCT;SOR=0.988;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=45;TCF=11;TCR=34;TR=17;WE=45726751;WS=45726733;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,21:0.39:54
chr21	45726790	rs2070571	T	C	178.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=1.632;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=6;PP=98;ReadPosRankSum=1.633;SC=GAGGGGGAGCTTGGGGCCAGG;SOR=0.515;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=21;TCF=4;TCR=17;TR=7;WE=45726798;WS=45726780;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,9:0.38:24
chr21	45732116	rs1057034	C	T	2361.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.769;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.711;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=43;PP=1131;ReadPosRankSum=-0.012;SC=ATGGCAGCCTCACAGGTGCCA;SOR=0.575;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=102;TCF=39;TCR=63;TR=71;WE=45732124;WS=45732106;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,105:0.73:144
chr21	45733445	rs17004643	T	G	1084.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.275;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.575;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=19;PP=595;ReadPosRankSum=0.866;SC=CTGGGTCCCTTGAGCACCCCG;SOR=0.614;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=129;TCF=84;TCR=45;TR=47;WE=45733453;WS=45733435;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:132,63:0.32:195
chr21	45733752	rs74979720	C	T	179.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.633;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=5;PP=130;ReadPosRankSum=0.655;SC=CTCCCCTCAACGGCTGGGTGG;SOR=0.586;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=59;TCF=36;TCR=23;TR=15;WE=45733760;WS=45733742;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,15:0.23:65
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chr21	45742115	rs2277808	G	A	1646.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=12;NR=35;PP=1001;SC=GTACCTGGGGGCAGGAGGGCC;SOR=1.773;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=12;TCR=35;TR=47;WE=45742123;WS=45742105;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr21	45742822	rs11088947	T	C	2281.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-1.643;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=27;PP=1097;ReadPosRankSum=1.119;SC=TGCGTGTTCATGCGGATGTGT;SOR=0.384;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=69;TCF=42;TCR=27;TR=68;WE=45742830;WS=45742812;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,88:0.99:89
chr21	45743594	rs12482028	C	T	1365.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.442;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.332;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=9;PP=792;ReadPosRankSum=2.311;SC=AGCCTGTCCCCGGCCCACCCT;SOR=0.434;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=70;TCF=57;TCR=13;TR=44;WE=45743602;WS=45743584;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,55:0.65:84
chr21	45746214	rs4818905	A	C	1646.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=16;NR=37;PP=916;SC=TCCCTGAGGCAGGTGTGCCAG;SOR=1.573;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=53;TCF=16;TCR=37;TR=53;WE=45746233;WS=45746204;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr21	45746225	rs4818906	G	A	1497.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=13;NR=34;PP=947;SC=GGTGTGCCAGGCCCAGCCCCA;SOR=1.835;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=13;TCR=34;TR=47;WE=45746233;WS=45746204;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr21	45750145	rs11552066	T	C	663.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.329;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.689;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=10;PP=246;ReadPosRankSum=-0.376;SC=CACAGTCTGCTGCACGGCCTC;SOR=0.827;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=102;TCF=59;TCR=43;TR=27;WE=45750153;WS=45750135;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:107,41:0.28:148
chr21	45750248	rs11552067	G	A	4366.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.542;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=284;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.573;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=68;NR=56;PP=2058;ReadPosRankSum=-0.526;SC=CACCCGGCACGGCGAGGCTGC;SOR=0.806;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=177;TCF=95;TCR=82;TR=124;WE=45750256;WS=45750238;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,197:0.70:280
chr21	45750856	rs117840172	G	A	102.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.066;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=7;PP=68;ReadPosRankSum=1.187;SC=CACCGGGGGGGCCTCTGCAAA;SOR=0.722;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=40;TCF=13;TCR=27;TR=10;WE=45750864;WS=45750846;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,11:0.20:55
chr21	45757631	rs56242109	G	A	255.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.756;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=2.468;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.71;ReadPosRankSum=-0.592;SOR=1.169;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:52,17:0.25:69
chr21	45758231	rs73231264	G	A	1085.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-0.651;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.601;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=14;PP=347;ReadPosRankSum=0.002;SC=AGTCCCCAGGGAACCCTGGAG;SOR=0.606;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=92;TCF=38;TCR=54;TR=26;WE=45758239;WS=45758221;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:108,59:0.35:167
chr21	45758909	.	T	G	37	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;FR=0.5000;HP=5;HapScore=2;MGOF=47;MMLQ=22;MQ=54.92;NF=6;NR=0;PP=37;QD=11.9618687579;SC=CTCCGCCCTCTCCCCGCCCCG;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=17;TCR=3;TR=6;WE=45758917;WS=45758899;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:14,6:0.30:20
chr21	45758954	rs182132626	G	T	300.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.819;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FS=7.266;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.88;MQRankSum=0.000;QD=2.89;ReadPosRankSum=-1.356;SOR=1.357;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:76,28:0.27:104
chr21	45759045	rs11870	C	T	1946.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=1.304;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=391;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.397;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=28;PP=1048;ReadPosRankSum=0.226;SC=AGGCCTTGGCCCGGGTCAGAA;SOR=0.721;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=195;TCF=104;TCR=91;TR=63;WE=45759053;WS=45759035;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:267,119:0.31:386
chr21	45759197	rs73374031	G	C	805.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=2.462;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=24;PP=544;ReadPosRankSum=-1.116;SC=ATCCTGAGCCGATTGGCGGCT;SOR=0.760;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=67;TCF=14;TCR=53;TR=29;WE=45759205;WS=45759187;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,35:0.44:80
chr21	45784271	rs2276252	G	A	664.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-1.243;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=19;PP=397;ReadPosRankSum=0.757;SC=GGCTGGCAAAGCTCCAGGGTG;SOR=0.924;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=32;TCF=7;TCR=25;TR=24;WE=45784279;WS=45784261;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,29:0.78:37
chr21	45789011	rs34543751	A	AG	1580.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=23;NR=8;PP=1283;SC=CCTGGGTGTCAGGTGCCCCTC;SOR=2.059;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=32;TCF=24;TCR=8;TR=31;WE=45789019;WS=45789001;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr21	45789352	rs45552731	T	C	454.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.748;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.770;HP=5;HapScore=2;MGOF=32;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=-1.759;NF=3;NR=11;PP=153;ReadPosRankSum=0.523;SC=CCGGGCGCTGTGGGGAGCAGG;SOR=1.179;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=21;TCF=5;TCR=16;TR=14;WE=45789360;WS=45789342;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,14:0.58:24
chr21	45799164	rs2838556	T	C	1224.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-3.733;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.972;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=42;PP=740;ReadPosRankSum=0.660;SC=CCAGGACTCATGGACCGATGC;SOR=0.570;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=86;TCF=15;TCR=71;TR=51;WE=45799172;WS=45799154;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,58:0.60:97
chr21	45811343	rs1556314	T	G	4455.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.270;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=327;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.915;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=76;PP=2231;ReadPosRankSum=-0.331;SC=TGGTGGAGGATCCCGAGCGCC;SOR=0.821;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=206;TCF=90;TCR=116;TR=130;WE=45811351;WS=45811333;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:120,200:0.62:320
chr21	45815573	rs67099101	AG	A	304.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=0.639;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.637;HP=5;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=6;PP=560;ReadPosRankSum=-3.530;SC=AGGGGTGTGGAGGGCTGTGGA;SOR=1.473;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=30;TCF=1;TCR=29;TR=6;WE=45815594;WS=45815563;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,10:0.28:36
chr21	45815575	rs150668005	G	A	313.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=3.349;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=2.637;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.72;ReadPosRankSum=-3.494;SOR=1.473;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,10:0.28:36
chr21	45815580	.	TG	T	223.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.180;ClippingRankSum=0.000;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.99;ReadPosRankSum=-3.023;SOR=1.077;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,7:0.22:32
chr21	45815583	.	AGGATGTGG	A,AGGGATGTGG	139.73	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=0.672;ClippingRankSum=0.000;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=6;PP=549;ReadPosRankSum=-2.840;SC=AGGGCTGTGGAGGATGTGGAG;SOR=0.446;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=27;TCF=1;TCR=26;TR=6;WE=45815594;WS=45815563;set=Intersection	GT:AF:DP	0/1:0.16:25
chr21	45815586	.	A	G	454	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=19;MMLQ=28;MQ=55.74;NF=0;NR=6;PP=454;QD=81.4618687579;SC=GCTGTGGAGGATGTGGAGGGG;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=26;TCF=1;TCR=25;TR=6;WE=45815594;WS=45815563;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:20,6:0.23:26
chr21	45844751	rs9978351	A	G	3030.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=32;NR=37;PP=1244;SC=CAGACAGCCCAAGCCCTGCAC;SOR=0.818;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=69;TCF=32;TCR=37;TR=69;WE=45844759;WS=45844741;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr21	45845807	rs762428	C	T	473.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=3;NR=12;PP=313;SC=ATCCTGGCTCCCAGCCACTGC;SOR=2.179;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=3;TCR=12;TR=15;WE=45845815;WS=45845797;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
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chr21	45929090	rs147258456	G	A	783.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.042;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.290;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=11;PP=416;ReadPosRankSum=-0.329;SC=ACCTGCAGGTGAGAATGTCCT;SOR=0.998;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=98;TCF=56;TCR=42;TR=31;WE=45929098;WS=45929080;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:101,43:0.30:144
chr21	45942111	rs233230	A	G	719.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=16;PP=443;SC=ACCCACGAGGACAAGGCCAAC;SOR=2.494;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=18;TCF=2;TCR=16;TR=18;WE=45942119;WS=45942101;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr21	45959195	rs233316	G	A	474.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.343;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FS=13.616;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.46;MQRankSum=-0.346;QD=2.61;ReadPosRankSum=-1.920;SOR=1.726;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:144,38:0.21:182
chr21	45959312	rs233317	C	T	6052.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=98;NR=62;PP=2965;SC=GCAGGCGGGCCGGCATACAGG;SOR=1.064;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=160;TCF=98;TCR=62;TR=160;WE=45959320;WS=45959302;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,212:1.00:212
chr21	45959386	rs233318	G	A	1899.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-2.355;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=384;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.051;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-4.930;NF=45;NR=35;PP=1001;ReadPosRankSum=-1.102;SC=AAGCCGGCTGGCAGCTAGACT;SOR=0.538;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=252;TCF=154;TCR=98;TR=80;WE=45959394;WS=45959376;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:261,114:0.30:375
chr21	45959556	.	A	ATG	5122.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-1.642;ClippingRankSum=0.000;DP=527;ExcessHet=3.0103;FS=0.582;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.95;MQRankSum=1.261;QD=9.85;ReadPosRankSum=0.846;SOR=0.775;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:373,147:0.28:520
chr21	45959557	.	ATC	A	5116.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.091;ClippingRankSum=0.000;DP=530;ExcessHet=3.0103;FS=1.243;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.95;MQRankSum=1.259;QD=9.75;ReadPosRankSum=0.863;SOR=0.820;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:377,148:0.28:525
chr21	45959918	rs233320	G	A	563.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.723;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FS=2.530;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.06;ReadPosRankSum=1.268;SOR=0.702;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:105,34:0.24:139
chr21	45970812	rs2329834	G	A	6005.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.467;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=422;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.155;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=106;NR=89;PP=2962;ReadPosRankSum=1.985;SC=CTGCTGACACGGGGAGGAGGT;SOR=0.772;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=291;TCF=150;TCR=141;TR=195;WE=45970820;WS=45970802;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:147,272:0.65:419
chr21	45971380	rs6147532	A	AGTGAGTGAGTGT	1698.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.197;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.820;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=3.226;NF=3;NR=19;PP=2979;ReadPosRankSum=-0.260;SC=GAGGTGTGTGAGTGAGTGAGT;SOR=1.230;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=39;TCF=5;TCR=34;TR=22;WE=45971388;WS=45971370;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,44:0.79:56
chr21	45978488	rs12483390	G	A	6675.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=51;NR=62;PP=2258;SC=GGGCCGGGGCGCAGCAGCTGG;SOR=0.852;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=113;TCF=51;TCR=62;TR=113;WE=45978511;WS=45978478;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,147:1.00:147
chr21	45978499	rs377549	T	G	7145.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.12;QD=44.94;SOR=0.706;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,159:1.00:159
chr21	45978503	rs435424	G	A	7129.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.24;QD=45.13;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,158:1.00:158
chr21	45978587	rs448908	A	G	2645.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.445;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=277;ExcessHet=3.0103;FS=1.595;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.67;MQRankSum=-6.849;QD=9.59;ReadPosRankSum=0.529;SOR=0.805;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:196,80:0.29:276
chr21	45978592	rs452472	T	C	2559.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.917;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=274;ExcessHet=3.0103;FS=1.040;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.66;MQRankSum=-7.048;QD=9.38;ReadPosRankSum=1.144;SOR=0.802;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:197,76:0.28:273
chr21	45993746	rs200779717	C	T	2299.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.130;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=6.674;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=3.503;NF=27;NR=47;PP=1502;ReadPosRankSum=-1.001;SC=AGAGCTGCTGCGAGCCCCCCT;SOR=1.059;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=82;TCF=32;TCR=50;TR=74;WE=45993754;WS=45993736;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:6,86:0.93:92
chr21	45994842	rs75473696	C	T	1788.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.789;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=258;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.366;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=27;PP=635;ReadPosRankSum=1.121;SC=CCTCCTCTGACGCCCCGTGTG;SOR=0.377;SbPval=0.13;Source=Platypus;TC=168;TCF=68;TCR=100;TR=57;WE=45994850;WS=45994832;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:156,99:0.39:255
chr21	46011149	rs62220886	T	C	35.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.025;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.33;MQRankSum=-3.472;QD=1.02;ReadPosRankSum=2.084;SOR=1.071;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,5:0.14:35
chr21	46011170	rs233302	T	C	193.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.627;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-3.062;NF=14;NR=4;PP=235;ReadPosRankSum=1.271;SC=GCCTGCCCCATCTTCTGAGGG;SOR=0.519;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=50;TCF=40;TCR=10;TR=18;WE=46011178;WS=46011160;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,13:0.26:50
chr21	46011468	rs465279	G	A	3939.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-3.740;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=277;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.054;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.596;NF=72;NR=61;PP=1995;ReadPosRankSum=-0.810;SC=GAGGAGGAGGGTCTGCAGCAG;SOR=0.411;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=197;TCF=113;TCR=84;TR=133;WE=46011476;WS=46011458;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:91,179:0.66:270
chr21	46012240	rs543542	A	G	937.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=19;NR=7;PP=637;SC=AGGGGGGCTCACAGCAGCTCT;SOR=1.418;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=27;TCF=20;TCR=7;TR=26;WE=46012248;WS=46012230;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr21	46020473	rs113686885	C	CTCAT	2777.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.645;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=329;ExcessHet=3.0103;FS=0.963;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.30;MQRankSum=5.056;QD=8.57;ReadPosRankSum=1.318;SOR=0.774;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:238,86:0.27:324
chr21	46020527	rs1211103	C	T	1711.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.211;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=445;ExcessHet=3.0103;FS=0.595;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.05;MQRankSum=3.715;QD=3.85;ReadPosRankSum=-0.300;SOR=0.627;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:328,117:0.26:445
chr21	46021088	rs388827	C	T	828.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.663;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FS=2.587;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=44.47;MQRankSum=-1.150;QD=7.02;ReadPosRankSum=1.249;SOR=0.977;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:81,37:0.31:118
chr21	46021179	rs363877	C	A	1943.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.400;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=395;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.841;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-1.130;NF=53;NR=35;PP=1066;ReadPosRankSum=-0.362;SC=GTCTAGCTGCCAGCCGGCTTG;SOR=0.747;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=284;TCF=166;TCR=118;TR=88;WE=46021187;WS=46021169;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:276,117:0.30:393
chr21	46021205	rs389167	C	T	2376.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-1.621;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=543;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.401;NF=60;NR=47;PP=1070;ReadPosRankSum=0.934;SC=CCTCCTCCCCCTGCCAGCAGG;SOR=0.687;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=349;TCF=199;TCR=150;TR=107;WE=46021213;WS=46021195;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:375,161:0.30:536
chr21	46021335	rs75428839	G	A	7443.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.837;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=593;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.113;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.702;NF=113;NR=131;PP=2962;ReadPosRankSum=0.305;SC=GGGCTGCTGCGTGCCCGTCTG;SOR=0.777;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=389;TCF=185;TCR=204;TR=244;WE=46021343;WS=46021325;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:240,346:0.59:586
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chr21	46021390	rs446817	G	C	6029.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.253;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=425;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.537;HP=2;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-6.486;NF=50;NR=60;PP=1747;ReadPosRankSum=0.465;SC=GGGGCTTCCAGTTCATGCTGC;SOR=0.645;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=293;TCF=127;TCR=166;TR=110;WE=46021398;WS=46021380;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:259,163:0.39:422
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chr21	46021494	rs369720	A	G	3748.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=2.567;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=342;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-6.843;NF=48;NR=40;PP=2962;ReadPosRankSum=2.808;SC=GTGCAGGCCCACCTGCTGCGT;SOR=0.704;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=235;TCF=123;TCR=112;TR=88;WE=46021502;WS=46021471;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:229,109:0.32:338
chr21	46021607	rs370092	A	G	3955.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=0.236;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=662;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=61;PP=1620;ReadPosRankSum=0.796;SC=GCTCCCGCCCAGCCTGCTGTG;SOR=0.702;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=336;TCF=168;TCR=168;TR=122;WE=46021615;WS=46021597;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:434,225:0.34:659
chr21	46021722	rs12627104	G	A	3162.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.856;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.221;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=67;PP=1783;ReadPosRankSum=0.311;SC=TACCCTTGACGGCTCTCCACA;SOR=0.819;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=150;TCF=51;TCR=99;TR=99;WE=46021730;WS=46021712;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,134:0.67:199
chr21	46021746	rs79571149	C	T	625.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.293;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.053;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=25;PP=1135;ReadPosRankSum=0.256;SC=CGCTCCTAAGCCCTGCAGTGG;SOR=0.955;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=102;TCF=23;TCR=79;TR=31;WE=46021767;WS=46021736;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,32:0.29:111
chr21	46021759	rs659638	A	G	589.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.240;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.284;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=24;PP=1135;ReadPosRankSum=-0.373;SC=TGCAGTGGACATCAGTGGTCA;SOR=0.965;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=81;TCF=11;TCR=70;TR=27;WE=46021767;WS=46021736;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,28:0.32:87
chr21	46032094	rs411254	A	G	1680.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.281;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=339;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.899;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=33;PP=724;ReadPosRankSum=-0.854;SC=GACGTGGGCCATGTCAGCCGA;SOR=0.635;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=200;TCF=102;TCR=98;TR=64;WE=46032102;WS=46032084;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:231,102:0.31:333
chr21	46047418	rs8126553	C	T	13505.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=505;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=200;NR=168;PP=2965;SC=CTGTGTGCTGCGTGCCCGTCT;SOR=0.837;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=372;TCF=202;TCR=170;TR=368;WE=46047426;WS=46047408;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,502:1.00:502
chr21	46047633	rs8127342	A	G	20904.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.846;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=760;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=251;NR=237;PP=2965;ReadPosRankSum=1.327;SC=CAGCAGTCCTACTGTGTGCCT;SOR=0.739;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=490;TCF=252;TCR=238;TR=488;WE=46047641;WS=46047623;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,753:1.00:755
chr21	46047710	rs8131142	T	C	17957.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=639;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=206;NR=227;PP=2965;SC=GGCTTCCTCTTTGTGCTGCCA;SOR=0.816;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=438;TCF=206;TCR=232;TR=433;WE=46047718;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,635:1.00:635
chr21	46047857	rs9980129	C	T	16776.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=621;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=168;NR=183;PP=2965;SC=CACCTCCTCCCGCCAGCCCAG;SOR=0.736;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=354;TCF=169;TCR=185;TR=351;WE=46047865;WS=46047847;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,615:1.00:615
chr21	46047925	rs9979457	G	T	14756.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=554;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=138;NR=170;PP=2965;SC=GCTCCCGCCCGGCCTGCTACA;SOR=0.804;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=311;TCF=139;TCR=172;TR=308;WE=46047933;WS=46047915;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,551:1.00:551
chr21	46047971	rs463217	T	C	10459.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=385;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=38;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=92;NR=147;PP=2965;SC=CTGCTGACGGTCATGTCCCCC;SOR=1.022;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=239;TCF=92;TCR=147;TR=239;WE=46047979;WS=46047961;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,383:1.00:383
chr21	46048053	rs59484649	G	C	3519.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=56.64;QD=41.90;SOR=2.726;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr21	46048060	rs57944973	A	G	3264.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=55.89;QD=46.64;SOR=3.458;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr21	46057393	rs2838602	T	A	4143.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=57;NR=46;PP=1900;SC=TGGCGGGTAGTCGACTGCCCA;SOR=0.855;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=103;TCF=57;TCR=46;TR=103;WE=46057401;WS=46057383;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,158:1.00:158
chr21	46057548	rs4818947	A	C	6491.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=237;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=93;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=103;NR=68;PP=2965;SC=CTCCTGCACAACCCCATGCTA;SOR=1.012;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=172;TCF=103;TCR=69;TR=171;WE=46057556;WS=46057538;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,235:1.00:235
chr21	46057612	rs66931310	CCTGCTGTGTGCCTGT	C	13987.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.028;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=355;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=1.390;HP=2;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=-0.738;NF=55;NR=83;PP=2974;ReadPosRankSum=2.607;SC=TGCCAGCAGGCCTGCTGTGTG;SOR=1.056;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=164;TCF=68;TCR=96;TR=138;WE=46057634;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:8,325:0.98:333
chr21	46057806	rs4818950	G	A	11724.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=448;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=131;NR=155;PP=2965;SC=CGTCTGCTATGTGCCTGTGTG;SOR=0.845;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=292;TCF=132;TCR=160;TR=286;WE=46057814;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,437:1.00:437
chr21	46057958	rs4818951	C	T	7838.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=291;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=88;NR=105;PP=2965;SC=CCGTCCCCTCCTGCGGTGCCT;SOR=0.864;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=199;TCF=88;TCR=111;TR=193;WE=46057966;WS=46057948;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,289:1.00:289
chr21	46058060	rs13051517	C	T	5652.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.901;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.562;NF=59;NR=94;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.445;SC=CCTGCTACAGCCTCTGCTCTG;SOR=1.089;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=153;TCF=59;TCR=94;TR=153;WE=46058068;WS=46058050;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,212:0.99:214
chr21	46058229	rs1785474	A	T	196.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=50.32;QD=28.11;SOR=4.174;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr21	46066764	rs4818952	C	T	12175.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=459;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=170;NR=161;PP=2965;SC=TGCCGGCAGTCTAGCTGCCAG;SOR=0.711;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=338;TCF=172;TCR=166;TR=331;WE=46066772;WS=46066754;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,448:1.00:448
chr21	46067180	rs462007	C	T	10789.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=410;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=138;NR=111;PP=2965;SC=CAGCTGCTGCCGCCCGGCCTC;SOR=0.842;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=252;TCF=139;TCR=113;TR=249;WE=46067188;WS=46067170;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,400:1.00:400
chr21	46074104	rs2073437	T	C	795.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=17;NR=3;PP=510;SC=CAGTTTGCTGTGGGAGGATGT;SOR=2.670;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=17;TCR=3;TR=20;WE=46074112;WS=46074094;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr21	46074202	rs9984726	A	G	3130.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=52;NR=25;PP=1476;SC=CTCAGCAGCCAGTGGGGGTGC;SOR=1.278;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=77;TCF=52;TCR=25;TR=77;WE=46074210;WS=46074192;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr21	46077812	rs2838617	A	G	5017.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=90;NR=41;PP=2360;SC=CCCAGATGACAGGACCCAGGT;SOR=1.366;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=131;TCF=90;TCR=41;TR=131;WE=46077820;WS=46077802;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,193:1.00:193
chr21	46077946	rs9306111	A	G	11885.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=456;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=164;NR=126;PP=2965;SC=TGCTGCATACACAGCCCCTGC;SOR=0.876;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=290;TCF=164;TCR=126;TR=290;WE=46077954;WS=46077936;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,450:1.00:450
chr21	46078220	rs9306112	T	C	1632.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=49;PP=1179;SC=GGTACACACCTGTATCCCTCC;SOR=5.318;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=51;TCF=2;TCR=49;TR=51;WE=46078228;WS=46078210;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
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chr21	46086718	rs7275281	GA	CG	25889.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.989;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=593;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=140;NR=262;PP=2947;ReadPosRankSum=-0.214;SC=TGCCTGGCAGGAGCTGGGCAC;SOR=1.280;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=411;TCF=144;TCR=267;TR=402;WE=46086727;WS=46086708;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,583:1.00:585
chr21	46086757	rs7275298	GC	AT	14693.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=332;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=68;NR=195;PP=2947;SC=GGGGCTGGGCGCGCAGCAGGC;SOR=1.927;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=265;TCF=68;TCR=197;TR=263;WE=46086766;WS=46086747;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,330:1.00:330
chr21	46191256	rs4818975	C	A	945.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-0.517;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=9;PP=635;ReadPosRankSum=0.339;SC=TGCTGAGCTGCTTGGCGGTGT;SOR=0.811;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=48;TCF=35;TCR=13;TR=33;WE=46191278;WS=46191246;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,38:0.68:56
chr21	46191270	rs11569	C	T	2499.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=38;NR=18;PP=1311;SC=GCGGTGTGTGCGCGCCTGTGC;SOR=1.385;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=57;TCF=39;TCR=18;TR=56;WE=46191278;WS=46191246;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr21	46197450	rs2294157	C	T	511.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.692;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=13;PP=265;ReadPosRankSum=-0.562;SC=AGGCCGGGTGCGGTGGCTCAC;SOR=0.628;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=25;TCF=4;TCR=21;TR=16;WE=46197458;WS=46197440;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,23:0.64:36
chr21	46198896	rs11702743	G	A	115.90	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.465;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=16.56;ReadPosRankSum=-0.792;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,6:0.86:7
chr21	46221494	rs28728356	G	C	286.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.998;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.395;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=5;PP=132;ReadPosRankSum=1.664;SC=GGACCCACAGGGGGGCTCACG;SOR=0.343;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=39;TCF=30;TCR=9;TR=15;WE=46221502;WS=46221484;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,16:0.34:47
chr21	46226786	rs1051331	A	G	1013.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.533;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FS=0.553;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.85;ReadPosRankSum=1.380;SOR=0.645;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:147,62:0.30:209
chr21	46233863	rs13050872	G	C	2125.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.492;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.320;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=27;PP=977;ReadPosRankSum=1.686;SC=CACACGGGGAGGCTCTGCGGG;SOR=0.864;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=109;TCF=66;TCR=43;TR=69;WE=46233871;WS=46233853;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,97:0.62:156
chr21	46271452	rs235314	C	T	4049.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.137;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=38.21;ReadPosRankSum=1.645;SOR=0.247;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,105:0.99:106
chr21	46271452	.	CGTGCACCT	TGTGCACCC,TGTGCACCT	773	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.51;FR=0.5000,0.5000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MMLQ=23;MQ=60.0;NF=26,33;NR=20,31;PP=773,258;QD=17.9666929318;SC=GGCTGCGGAGCGTGCACCTCA;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=65;TCF=34;TCR=31;TR=46,64;WE=46271468;WS=46271442;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.71:65
chr21	46271460	rs2236442	T	C	1638.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.150;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FS=2.504;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.50;ReadPosRankSum=-0.227;SOR=0.757;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:40,73:0.65:113
chr21	46271660	rs235315	A	G	571.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=16;PP=405;SC=AACAACGGGCATTGTAAGCAG;SOR=3.056;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=18;TCF=2;TCR=16;TR=18;WE=46271668;WS=46271650;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr21	46275047	rs235317	A	C	526.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.012;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.503;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=7;PP=286;ReadPosRankSum=-0.139;SC=ATCTCAGGCCACACTGGCACT;SOR=0.263;SbPval=0.26;Source=Platypus;TC=49;TCF=37;TCR=12;TR=21;WE=46275055;WS=46275037;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,26:0.39:66
chr21	46276343	rs35432315	C	T	2464.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-0.459;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.607;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=63;PP=1575;ReadPosRankSum=-0.331;SC=GCACAGCAGCCTTCCCTCGCC;SOR=0.998;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=118;TCF=32;TCR=86;TR=85;WE=46276351;WS=46276333;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,102:0.72:142
chr21	46281314	rs235276	T	C	1390.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=30;PP=978;SC=AACCTCCCCCTCAACGCCTCA;SOR=1.981;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=39;TCF=9;TCR=30;TR=39;WE=46281322;WS=46281304;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr21	46281948	rs73238097	C	T	218.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=1.999;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.963;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=7;PP=167;ReadPosRankSum=-1.754;SC=GCCCCTTGAACGTCAGGTGTG;SOR=0.105;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=15;TCF=3;TCR=12;TR=10;WE=46281956;WS=46281938;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,10:0.67:15
chr21	46285186	.	TC	T	281.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.935;ClippingRankSum=0.000;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.064;HP=6;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=0;PP=229;ReadPosRankSum=2.070;SC=CCAAAAAACATCCCCCCAAAT;SOR=1.712;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=33;TCF=30;TCR=3;TR=11;WE=46285194;WS=46285176;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,14:0.33:42
chr21	46285416	rs67786546	T	C	1975.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.276;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.649;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=37;PP=1076;ReadPosRankSum=0.691;SC=GCAGTGTAAATATTAGTCCAG;SOR=0.594;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=102;TCF=42;TCR=60;TR=64;WE=46285424;WS=46285406;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,91:0.64:143
chr21	46293692	rs235373	T	C	2814.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=28;NR=51;PP=1754;SC=CCTCGCCATCTGCCCCGCCCC;SOR=1.346;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=79;TCF=28;TCR=51;TR=79;WE=46293706;WS=46293682;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr21	46293698	rs11388069	G	GC	532.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.994;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.400;NF=2;NR=16;PP=554;ReadPosRankSum=0.189;SC=CATCTGCCCCGCCCCTCGCCA;SOR=0.648;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=50;TCF=3;TCR=47;TR=18;WE=46293706;WS=46293682;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,24:0.35:69
chr21	46306472	rs235375	C	G	692.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=3.073;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.296;HP=6;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=20;PP=546;ReadPosRankSum=-0.420;SC=GGCAGCCCCCCCAGGGTCCCA;SOR=1.507;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=58;TCF=21;TCR=37;TR=28;WE=46306480;WS=46306462;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,30:0.38:78
chr21	46311813	rs235326	A	G	6496.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=258;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.88;SOR=0.784;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,251:1.00:251
chr21	46314907	rs235330	T	A	6195.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=72;NR=67;PP=2585;SC=TCTTAATGAGTTGGACCACAT;SOR=0.728;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=140;TCF=73;TCR=67;TR=139;WE=46314915;WS=46314897;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,232:1.00:232
chr21	46320313	rs2230528	C	T	1668.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.234;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=256;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.476;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=34;PP=857;ReadPosRankSum=1.891;SC=CGCCCAGCTTCCCGTCGCCCG;SOR=0.640;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=155;TCF=71;TCR=84;TR=65;WE=46320321;WS=46320303;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:161,93:0.37:254
chr21	46328071	rs145977769	G	T	1987.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.118;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.982;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=51;PP=1293;ReadPosRankSum=-1.751;SC=CCGCGGTGGCGTGGGCTGGAG;SOR=0.532;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=91;TCF=26;TCR=65;TR=72;WE=46328079;WS=46328061;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,83:0.79:105
chr21	46328099	rs760462	T	C	1645.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=46;PP=1122;SC=AGCCGCTCCCTGTGGGACGCA;SOR=2.303;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=60;TCF=14;TCR=46;TR=60;WE=46328107;WS=46328089;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr21	46330628	rs2280965	C	T	1855.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.566;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=295;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.937;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=44;PP=861;ReadPosRankSum=0.722;SC=CTCCGTGGAACACAGAACTCA;SOR=0.785;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=178;TCF=71;TCR=107;TR=69;WE=46330636;WS=46330618;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:188,105:0.36:293
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chr21	46355710	rs11088971	A	G	1003.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.170;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.014;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=23;PP=474;ReadPosRankSum=-1.797;SC=CAGGATCCTCACGCGTGCCGC;SOR=0.868;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=116;TCF=46;TCR=70;TR=34;WE=46355718;WS=46355700;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:119,57:0.32:176
chr21	46355833	rs11701737	A	G	271.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=2.015;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.087;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=7;PP=138;ReadPosRankSum=-0.722;SC=GGAGAAGCAGACCTGAGTTTT;SOR=0.313;SbPval=0.24;Source=Platypus;TC=35;TCF=8;TCR=27;TR=11;WE=46355841;WS=46355823;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,14:0.33:42
chr21	46355856	rs35607013	A	AT	129.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.300;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.49;ReadPosRankSum=-1.914;SOR=0.551;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,10:0.50:20
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chr21	46359913	rs2294170	G	A	703.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.889;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=12;PP=428;ReadPosRankSum=0.872;SC=GCCGGGCGGCGAGAACGCAGG;SOR=0.640;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=49;TCF=31;TCR=18;TR=30;WE=46359921;WS=46359903;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,39:0.46:84
chr21	46387078	rs2294168	G	T	193.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.373;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.40;ReadPosRankSum=0.784;SOR=0.582;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,12:0.27:44
chr21	46387106	rs77534538	C	T	296.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.65;BaseQRankSum=1.422;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.432;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=1;PP=27;ReadPosRankSum=-1.066;SC=GGTGAGTGTCCGGGAGGGGTG;SOR=1.179;SbPval=0.92;Source=Platypus;TC=24;TCF=14;TCR=10;TR=5;WE=46387114;WS=46387096;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,18:0.31:58
chr21	46389017	rs12106383	C	A	937.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-1.350;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.855;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=10;PP=385;ReadPosRankSum=-1.030;SC=AACTTTCCATCTGGGCAGAAA;SOR=0.882;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=43;TCF=26;TCR=17;TR=26;WE=46389025;WS=46389007;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,46:0.57:81
chr21	46389189	rs12106389	C	T	328.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=2.402;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=10;PP=200;ReadPosRankSum=-0.449;SC=AGCGGCCGCCCGGAGTGGCGA;SOR=1.292;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=15;TCF=1;TCR=14;TR=11;WE=46389197;WS=46389179;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,14:0.61:23
chr21	46393059	rs35113332	A	G	2921.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=3.063;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.146;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=46;PP=1495;ReadPosRankSum=-0.214;SC=GCCCACGGGAAGGTGTTTAGG;SOR=0.790;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=133;TCF=65;TCR=68;TR=87;WE=46393067;WS=46393049;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,128:0.65:198
chr21	46393090	rs3827260	C	T	2445.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=2.585;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.880;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=46;PP=1282;ReadPosRankSum=1.604;SC=TGCTGACTCACGTGGCTTCTC;SOR=0.945;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=115;TCF=50;TCR=65;TR=78;WE=46393098;WS=46393080;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,108:0.65:166
chr21	46396659	rs3737075	G	C	365.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=0.040;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.340;NF=5;NR=8;PP=171;ReadPosRankSum=0.259;SC=CAGCCCCCTGGTGGCCATCGG;SOR=0.593;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=34;TCF=14;TCR=20;TR=13;WE=46396667;WS=46396649;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,20:0.43:46
chr21	46554604	rs11369444	A	AT	1623.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.024;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=278;ExcessHet=3.0103;FS=4.873;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.08;MQRankSum=0.000;QD=6.39;ReadPosRankSum=2.154;SOR=0.393;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:123,131:0.52:254
chr21	46572572	rs420085	A	G	2600.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=26;NR=23;PP=913;SC=CTTTTTCAGCATCATGGGGCG;SOR=0.775;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=49;TCF=26;TCR=23;TR=49;WE=46572580;WS=46572562;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr21	46641968	rs1051367	G	A	12422.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=473;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=131;NR=134;PP=2965;SC=AGATTACCAAGCCCAACGTGT;SOR=0.715;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=265;TCF=131;TCR=134;TR=265;WE=46641976;WS=46641958;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,471:1.00:471
chr21	46685560	rs72316840	ATCACAGAGGTTCCAGAGTCAGGGAGAACTGGCG	A	683.52	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.629;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.428;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=13;PP=2957;ReadPosRankSum=1.513;SC=CCTGCAAAGGATCACAGAGGT;SOR=1.863;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=22;TCF=3;TCR=19;TR=14;WE=46685600;WS=46685550;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,28:0.88:32
chr21	46698256	rs914215	T	C	635.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-1.449;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=16;PP=379;ReadPosRankSum=-0.857;SC=GGCAGGCTGCTGTCTGGCCTC;SOR=1.112;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=20;TCF=3;TCR=17;TR=19;WE=46698264;WS=46698246;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,25:0.96:26
chr21	46702506	rs2236449	C	T	1473.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=2.321;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.949;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=39;PP=983;ReadPosRankSum=0.011;SC=ACTTACTGATCGTGACTGCAG;SOR=0.330;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=74;TCF=15;TCR=59;TR=51;WE=46702514;WS=46702496;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,58:0.70:83
chr21	46702822	rs74961332	A	G	584.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.917;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.641;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=15;PP=289;ReadPosRankSum=1.416;SC=TTTAATGGCAATCGACACTTG;SOR=0.898;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=73;TCF=29;TCR=44;TR=24;WE=46702830;WS=46702812;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,35:0.30:115
chr21	46703223	.	C	CG	59.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.674;ClippingRankSum=-0.000;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=4.27;ReadPosRankSum=0.699;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,6:0.43:14
chr21	46703256	rs11367431	TG	T	193.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.960;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=5.181;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.31;ReadPosRankSum=-0.488;SOR=2.108;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,12:0.27:45
chr21	46705345	rs2297284	G	A	1638.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.468;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.037;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=12;PP=999;ReadPosRankSum=-3.256;SC=TAACTGAGGGGGCACAAAGCT;SOR=1.154;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=64;TCF=47;TCR=17;TR=48;WE=46705353;WS=46705335;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,67:0.68:98
chr21	46705621	rs2297285	G	A	6952.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=3.137;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=476;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.153;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=91;NR=109;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.268;SC=ACTCGATGACGGGGATGTTTT;SOR=0.779;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=294;TCF=138;TCR=156;TR=200;WE=46705629;WS=46705611;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:165,302:0.65:467
chr21	46825214	rs113272297	G	C	1100.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.87;SOR=1.270;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr21	46825223	rs60499034	G	C	1131.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.92;SOR=1.302;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr21	46875564	rs914230	T	C	16393.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.834;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=627;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=242;NR=147;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.790;SC=ACACCAGCCATGCAGCTACCA;SOR=1.087;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=393;TCF=243;TCR=150;TR=389;WE=46875572;WS=46875554;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,620:1.00:622
chr21	46924416	.	C	T	1395.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=-0.995;ClippingRankSum=0.000;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.229;NF=14;NR=19;PP=488;ReadPosRankSum=-0.715;SC=CCAGCCTGCCCGGCCCCCCCG;SOR=0.709;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=49;TCF=21;TCR=28;TR=33;WE=46924441;WS=46924406;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,61:0.70:87
chr21	46924425	rs149296338	CGGCCCCCCA	C	2098.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.940;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=61.92;MQRankSum=0.989;QD=24.40;ReadPosRankSum=0.359;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:4,82:0.95:86
chr21	46924997	rs113182963	C	T	684.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.987;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.431;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=14;PP=370;ReadPosRankSum=-1.062;SC=TTGCCCGCCCCCAGTCCAGGG;SOR=0.563;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=96;TCF=57;TCR=39;TR=30;WE=46925005;WS=46924987;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:111,42:0.27:153
chr21	46927370	rs144246690	TGGGAGGGCCAGGTGCTGGGGCGGGAGAGTCGGGTGCTGGGCA	T	910.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-1.576;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.183;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=4.248;NF=8;NR=5;PP=1313;ReadPosRankSum=-0.784;SC=TCCTGTGGGCTGGGAGGGCCA;SOR=1.516;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=20;TCF=12;TCR=8;TR=13;WE=46927419;WS=46927360;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,25:0.58:43
chr21	46929372	rs113268527	G	A	500.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.509;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.68;ReadPosRankSum=-3.127;SOR=0.643;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:100,36:0.26:136
chr21	46929467	rs1050351	G	A	2684.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.67;BaseQRankSum=0.265;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.970;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.924;NF=27;NR=33;PP=927;ReadPosRankSum=-0.393;SC=TGCGGCCGGCGCGACCCACAA;SOR=0.431;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=88;TCF=41;TCR=47;TR=60;WE=46929475;WS=46929457;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,125:0.71:177
chr21	46929522	rs3835286	GC	G	2483.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.68;BaseQRankSum=1.287;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.653;HP=7;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.254;NF=5;NR=26;PP=706;ReadPosRankSum=1.036;SC=GGTGGTGAGTGCCCCCCCAAA;SOR=0.591;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=51;TCF=9;TCR=42;TR=31;WE=46929530;WS=46929512;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,98:0.66:148
chr21	46930163	rs2838952	C	T	1302.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.917;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=270;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.021;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=22;PP=454;ReadPosRankSum=-2.463;SC=CCGTGCCCATCGTCAACCTCA;SOR=0.770;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=151;TCF=73;TCR=78;TR=42;WE=46930171;WS=46930153;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:190,79:0.29:269
chr21	46930865	.	AACACCCCACATACACCCCCAAACACCCCCCACACCC	A	277.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=55.55;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr21	46930909	.	ACAACACACCCCCCC	A	322.75	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=40.34;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr21	46930924	.	C	T	331.78	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.47;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr21	46930929	.	ACATCC	A	445.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;ClippingRankSum=-0.000;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=4.228;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=44.57;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,8:0.80:10
chr21	46930948	rs116087241	A	C	738.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.568;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=5.780;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=20.52;ReadPosRankSum=1.941;SOR=2.093;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,18:0.50:36
chr21	46930959	rs147164507	CA	C	979.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.337;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=4.222;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.84;ReadPosRankSum=-0.374;SOR=1.418;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,31:0.60:52
chr21	46930992	rs56335679	A	C	4249.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=4.263;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FS=2.056;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=27.24;ReadPosRankSum=-0.400;SOR=0.721;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:61,95:0.61:156
chr21	46930993	rs55690336	C	A	4281.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=1.995;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FS=2.889;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=26.76;ReadPosRankSum=-1.093;SOR=0.712;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:60,100:0.62:160
chr21	46931004	rs148407279	T	TAC	4607.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.62;BaseQRankSum=2.721;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.684;HP=2;HapScore=1;MGOF=30;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.870;NF=18;NR=40;PP=2966;ReadPosRankSum=-1.868;SC=CACACACACATACACACGGTT;SOR=0.808;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=88;TCF=26;TCR=62;TR=58;WE=46931013;WS=46930982;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,117:0.64:183
chr21	46932328	rs7499	G	A	2470.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.494;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.599;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=46;PP=1179;ReadPosRankSum=-0.135;SC=GCCTGGATGCGGATGGCCGGA;SOR=0.610;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=123;TCF=42;TCR=81;TR=71;WE=46932336;WS=46932318;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,110:0.63:174
chr21	46932383	rs8199	G	A	1462.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=0.337;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.833;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=36;PP=862;ReadPosRankSum=-1.122;SC=GGCAGGGAGCGGCCGGCCAGC;SOR=0.490;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=86;TCF=24;TCR=62;TR=51;WE=46932391;WS=46932373;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,63:0.62:101
chr21	46934826	rs1051298	G	A	598.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.051;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=7;PP=315;ReadPosRankSum=-0.425;SC=CAGCACGTCCGCGGTGACCGG;SOR=0.623;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=37;TCF=25;TCR=12;TR=22;WE=46934834;WS=46934816;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,28:0.61:46
chr21	46934861	rs1051296	A	C	1298.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.431;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.942;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=15;PP=596;ReadPosRankSum=-1.947;SC=GGGCTGGCACAAGTGTGGGAG;SOR=0.567;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=52;TCF=31;TCR=21;TR=36;WE=46934869;WS=46934851;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,58:0.73:80
chr21	46935077	rs11284347	TA	T	569.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.851;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.16;MQRankSum=0.642;QD=10.75;ReadPosRankSum=0.000;SOR=0.907;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,39:0.74:53
chr21	46951556	rs12659	A	G	3065.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.977;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=460;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.174;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=68;PP=1574;ReadPosRankSum=0.302;SC=CGCCTGGGCCAGGATTCATGC;SOR=0.836;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=299;TCF=117;TCR=182;TR=105;WE=46951564;WS=46951546;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:290,162:0.36:452
chr21	46952094	rs914231	T	C	967.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.515;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=264;ExcessHet=3.0103;FS=0.520;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.74;ReadPosRankSum=0.147;SOR=0.750;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:190,69:0.27:259
chr21	46954343	rs2330184	T	C	3053.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=52;NR=29;PP=1664;SC=GGGCACAGGTTCTGCCCACAG;SOR=1.209;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=81;TCF=52;TCR=29;TR=81;WE=46954351;WS=46954333;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr21	46957794	rs1051266	T	C	1235.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.61;BaseQRankSum=-2.524;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=14;PP=317;ReadPosRankSum=-0.627;SC=GCACACGAGGTGCCGCCAGGA;SOR=0.705;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=99;TCF=51;TCR=48;TR=29;WE=46957802;WS=46957784;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:127,71:0.36:198
chr21	46957916	rs1131596	G	A	266.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-2.241;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.389;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=1.415;NF=5;NR=10;PP=180;ReadPosRankSum=1.132;SC=CGAAGGTGACGCTGTGCCTGG;SOR=0.368;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=41;TCF=10;TCR=31;TR=15;WE=46957924;WS=46957906;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,16:0.35:46
chr21	46957982	rs13052294	G	A	124.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-2.929;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=1.230;NF=1;NR=5;PP=34;ReadPosRankSum=0.615;SC=TCCCTACCCCGCAAAACGAGG;SOR=0.473;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=18;TCF=3;TCR=15;TR=6;WE=46957990;WS=46957972;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,8:0.44:18
chr21	47320805	rs1547240	G	A	865.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=1.694;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=9;PP=614;ReadPosRankSum=2.737;SC=TTCCGTCAGCGGACAGAGGCA;SOR=0.770;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=47;TCF=35;TCR=12;TR=33;WE=47320813;WS=47320795;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,36:0.69:52
chr21	47329352	rs2277812	T	C	2975.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.509;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.065;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=75;PP=1569;ReadPosRankSum=1.472;SC=CCAGCCAGTGTGGGTCCCTGA;SOR=0.926;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=179;TCF=64;TCR=115;TR=113;WE=47329360;WS=47329342;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:93,141:0.60:234
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chr21	47406612	rs754507	C	A	1529.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=1.452;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.880;HP=7;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=44;PP=1253;ReadPosRankSum=0.061;SC=AGGCACCGGCCCCCCCCGGCA;SOR=2.507;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=62;TCF=17;TCR=45;TR=59;WE=47406620;WS=47406600;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,59:0.97:61
chr21	47409503	rs2277814	A	G	2030.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=48;NR=16;PP=1176;SC=GTGTCTCACCATCTCCTCCTG;SOR=1.936;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=64;TCF=48;TCR=16;TR=64;WE=47409511;WS=47409493;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr21	47410378	.	GAATGGGGCGA	G	3133.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.050;ClippingRankSum=0.000;DP=106;ExcessHet=3.0103;FS=1.770;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.82;MQRankSum=-0.257;QD=36.87;ReadPosRankSum=1.142;SOR=1.274;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,78:0.92:85
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chr21	47410401	rs201910945	C	T	2233.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.169;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=29.365;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.73;MQRankSum=-0.584;QD=32.37;ReadPosRankSum=-1.550;SOR=4.625;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,50:0.72:69
chr21	47410404	rs371490467	A	G	1785.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.385;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=35.414;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.69;MQRankSum=-0.782;QD=29.76;ReadPosRankSum=-0.348;SOR=5.952;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,36:0.60:60
chr21	47410411	rs111649307	G	A	897.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.979;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=18.640;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.59;MQRankSum=-1.125;QD=19.95;ReadPosRankSum=-0.023;SOR=4.508;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,19:0.42:45
chr21	47410413	.	C	T	220.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.494;ClippingRankSum=0.000;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=13.607;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.59;MQRankSum=-1.440;QD=4.91;ReadPosRankSum=-0.417;SOR=3.486;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,14:0.31:45
chr21	47410423	rs145398932	AC	A	532.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.242;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=6.278;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.59;MQRankSum=-1.440;QD=11.84;ReadPosRankSum=0.054;SOR=2.066;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,14:0.31:45
chr21	47410460	.	CA	C	162	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;FR=0.5000;HP=1;HapScore=1;MGOF=38;MMLQ=27;MQ=59.04;NF=2;NR=13;PP=162;QD=14.068726658;SC=TGAAGGTGACCAGGGGAAGGA;SbPval=0.92;Source=Platypus;TC=53;TCF=14;TCR=39;TR=15;WE=47410468;WS=47410438;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:38,15:0.28:53
chr21	47410626	rs1980981	T	G	2226.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=25;NR=30;PP=932;SC=AGTCTGACAGTTGATTGGCCT;SOR=0.812;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=55;TCF=25;TCR=30;TR=55;WE=47410634;WS=47410616;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr21	47410931	rs1980982	T	C	9706.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=374;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=110;NR=92;PP=2965;SC=GAGACCCCGGTGCCTTTGGAC;SOR=0.812;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=202;TCF=110;TCR=92;TR=202;WE=47410939;WS=47410921;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,371:1.00:371
chr21	47411989	rs62215499	G	A	2742.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.190;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.604;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=32;PP=1198;ReadPosRankSum=-1.064;SC=GAGACGAGGTGAGGAGCTTCA;SOR=0.752;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=118;TCF=67;TCR=51;TR=76;WE=47411997;WS=47411979;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,125:0.71:177
chr21	47423576	rs13879	C	T	5523.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=1.031;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=426;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=75;NR=70;PP=2336;ReadPosRankSum=-2.786;SC=TTATCAACGACGCCACCGACG;SOR=0.676;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=243;TCF=125;TCR=118;TR=145;WE=47423584;WS=47423566;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:164,258:0.61:422
chr21	47532544	rs1010688	C	T	5724.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.514;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.032;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=81;NR=86;PP=2965;ReadPosRankSum=1.912;SC=CACGGTGGGCCGTCCACCCAC;SOR=0.255;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=169;TCF=81;TCR=88;TR=167;WE=47532552;WS=47532534;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,198:0.99:199
chr21	47536546	rs762438	C	T	2340.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=37;NR=24;PP=1245;SC=CTCACTGCGCCGGCTTTCCTC;SOR=1.101;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=61;TCF=37;TCR=24;TR=61;WE=47536554;WS=47536536;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr21	47536840	rs71185194	T	TACAC	494.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;QD=41.23;SOR=1.802;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr21	47537666	rs5844252	T	TG	732.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=16;NR=4;PP=796;SC=TCACTGAGCCTGGGCCTCACA;SOR=2.833;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=16;TCR=4;TR=20;WE=47537674;WS=47537656;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr21	47537882	rs7279347	G	A	4218.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=50;NR=58;PP=2039;SC=CGGGGCAGGCGGGGTCACCAG;SOR=0.853;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=109;TCF=51;TCR=58;TR=108;WE=47537890;WS=47537872;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,160:1.00:160
chr21	47538050	rs7279535	G	A	702.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=16;PP=450;SC=GGGCGGCCCCGCCGCTGCTCA;SOR=1.981;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=5;TCR=16;TR=21;WE=47538058;WS=47538040;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr21	47538960	rs2839110	G	A	5493.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.472;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=72;NR=70;PP=2286;ReadPosRankSum=-1.176;SC=CAAGGCAACAGTGGAGCCCCA;SOR=0.711;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=144;TCF=73;TCR=71;TR=142;WE=47538968;WS=47538950;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,218:0.99:220
chr21	47539790	rs3737362	A	G	5583.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=224;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=66;NR=54;PP=2003;SC=GAGGCAGCCCAGGGTCTCACT;SOR=0.846;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=120;TCF=66;TCR=54;TR=120;WE=47539798;WS=47539780;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,222:1.00:222
chr21	47542220	rs2070578	C	T	2777.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=35;NR=40;PP=1678;SC=GAGAAGGCTTCGGGTGACTCA;SOR=0.845;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=75;TCF=35;TCR=40;TR=75;WE=47542228;WS=47542210;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr21	47542654	rs5844253	G	GC	3889.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=27;NR=25;PP=2310;SC=TTCAGGCTTTGCAAAAAAACC;SOR=1.127;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=55;TCF=28;TCR=27;TR=52;WE=47542662;WS=47542644;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr21	47542861	rs915786	A	G	3159.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=24;NR=51;PP=1583;SC=TGTGAGTGTCACCGTCCCGAA;SOR=1.302;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=75;TCF=24;TCR=51;TR=75;WE=47542869;WS=47542851;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr21	47544451	rs36033678	GC	G	1070.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=38.24;SOR=4.255;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
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chr21	47544541	rs3746995	C	G	3141.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.750;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=28;PP=1329;ReadPosRankSum=1.650;SC=CCACTGAAGCCCACCTGTTCT;SOR=1.107;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=77;TCF=48;TCR=29;TR=75;WE=47544549;WS=47544531;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,124:0.98:126
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chr21	47556793	rs12774	C	T	3260.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.420;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.984;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=46;PP=1438;ReadPosRankSum=2.497;SC=TGCCCACCTACCCTCCGGGCC;SOR=0.534;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=123;TCF=64;TCR=59;TR=93;WE=47556801;WS=47556783;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,145:0.73:199
chr21	47557074	rs9284510	A	G	6649.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=256;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=120;NR=74;PP=2965;SC=CACTGCCCACAGCCAGTCGGC;SOR=1.170;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=194;TCF=120;TCR=74;TR=194;WE=47557082;WS=47557064;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,252:1.00:252
chr21	47558473	rs1047179	G	C	2037.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=1.231;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.043;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=22;PP=809;ReadPosRankSum=0.824;SC=GTTCCTGCAGGGCCGGCCACA;SOR=0.896;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=75;TCF=42;TCR=33;TR=53;WE=47558481;WS=47558463;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,95:0.61:157
chr21	47558586	rs60525628	A	G	1709.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.240;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FS=0.649;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.96;ReadPosRankSum=-2.577;SOR=0.694;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:94,49:0.34:143
chr21	47558591	rs62214031	A	G	1718.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.025;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FS=1.384;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.69;ReadPosRankSum=-2.107;SOR=0.783;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:98,49:0.33:147
chr21	47558994	rs1980983	A	G	128.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.435;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.625;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=8;PP=106;ReadPosRankSum=-0.449;SC=TATAGCCCTTAGCATCAGGCT;SOR=2.973;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=26;TCF=4;TCR=22;TR=8;WE=47559002;WS=47558984;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,7:0.28:25
chr21	47566090	rs80225292	G	A	322.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=1.827;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.054;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=1;PP=187;ReadPosRankSum=1.239;SC=GGACTCAGCCGGGTCTCCACG;SOR=1.550;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=22;TCF=18;TCR=4;TR=11;WE=47566098;WS=47566080;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,14:0.56:25
chr21	47571383	rs34248722	C	CA	1454.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=18;NR=9;PP=1118;SC=GTGCCCCATCCCCACCGACCT;SOR=2.179;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=28;TCF=19;TCR=9;TR=27;WE=47571391;WS=47571373;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr21	47571845	rs61729391	C	T	330.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.278;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.09;ReadPosRankSum=0.345;SOR=0.784;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:82,25:0.23:107
chr21	47581219	rs10188	C	T	1359.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.847;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=9;PP=636;ReadPosRankSum=0.880;SC=TCCGGGGGGACGCGCAGGAGG;SOR=0.746;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=56;TCF=41;TCR=15;TR=36;WE=47581227;WS=47581209;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,60:0.68:88
chr21	47581423	rs14378	C	T	2488.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.595;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.231;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=44;PP=1355;ReadPosRankSum=-1.645;SC=GGCCGGGCTGCTGTGCAGGGG;SOR=0.519;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=118;TCF=52;TCR=66;TR=81;WE=47581431;WS=47581413;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,110:0.71:155
chr21	47581777	rs3747002	G	A	146.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.129;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.10;ReadPosRankSum=-0.085;SOR=0.719;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:57,13:0.19:70
chr21	47581835	rs113710653	C	T	3061.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.170;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.622;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=32;PP=1280;ReadPosRankSum=-1.070;SC=CGCACCTGCTCGATCTTCTCG;SOR=0.640;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=105;TCF=62;TCR=43;TR=80;WE=47581843;WS=47581825;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,136:0.74:183
chr21	47581949	rs113146399	C	T	3485.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-0.186;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=245;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.103;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=52;PP=1508;ReadPosRankSum=-1.185;SC=ACCACGCGCGCGTCCTTCTCG;SOR=0.740;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=135;TCF=65;TCR=70;TR=99;WE=47581957;WS=47581939;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,168:0.71:237
chr21	47608580	rs2968	G	A	1343.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.184;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=292;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.990;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=26;PP=569;ReadPosRankSum=-0.863;SC=AGTCCTCTTCGTGGAACAGGA;SOR=0.617;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=192;TCF=105;TCR=87;TR=56;WE=47608588;WS=47608570;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:204,85:0.29:289
chr21	47609677	rs914247	A	G	996.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.510;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=15;PP=403;ReadPosRankSum=-2.346;SC=AAGAGCAGATAAGGAGGTATA;SOR=0.711;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=100;TCF=50;TCR=50;TR=31;WE=47609685;WS=47609667;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:111,57:0.34:168
chr21	47612466	rs2187120	A	G	1581.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.487;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FS=2.131;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.11;MQRankSum=-4.838;QD=9.04;ReadPosRankSum=2.162;SOR=0.880;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:127,48:0.27:175
chr21	47612471	rs2187121	T	C	1695.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.311;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FS=1.352;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.05;MQRankSum=-5.147;QD=9.64;ReadPosRankSum=2.412;SOR=0.864;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:128,48:0.27:176
chr21	47612508	rs200659320	A	ATG	2151.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.758;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=235;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.543;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-8.946;NF=11;NR=22;PP=2089;ReadPosRankSum=0.103;SC=CCATGTACGTATGTCTGTGTG;SOR=0.773;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=106;TCF=35;TCR=71;TR=33;WE=47612520;WS=47612498;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:170,63:0.27:233
chr21	47612512	rs73908575	C	G	2167.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.696;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=-8.823;NF=28;NR=24;PP=2097;ReadPosRankSum=-0.520;SC=GTACGTATGTCTGTGTGGCAC;SOR=0.716;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=159;TCF=87;TCR=72;TR=52;WE=47612520;WS=47612498;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:171,65:0.28:236
chr21	47614469	rs2254524	A	C	670.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.392;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FS=4.024;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.57;ReadPosRankSum=0.787;SOR=1.044;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:141,47:0.25:188
chr21	47616071	rs7282841	G	C	852.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.675;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FS=4.638;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.07;ReadPosRankSum=0.961;SOR=1.242;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:68,26:0.28:94
chr21	47616080	rs2839140	G	A	946.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.452;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FS=4.167;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.38;ReadPosRankSum=0.315;SOR=1.237;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:82,31:0.27:113
chr21	47627245	rs2839144	C	A	303.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.791;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=4;PP=234;ReadPosRankSum=-1.595;SC=CCTGGCCGGACTGTGTGCTGG;SOR=0.616;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=27;TCF=20;TCR=7;TR=14;WE=47627253;WS=47627236;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,16:0.48:33
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chr21	47630550	rs2839146	C	T	1947.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-1.234;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.706;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=27;PP=999;ReadPosRankSum=1.298;SC=TGCGTGGGCTCACGTGCACAG;SOR=0.493;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=88;TCF=54;TCR=34;TR=64;WE=47630558;WS=47630540;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,85:0.73:117
chr21	47633789	rs9974665	C	G	1253.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.119;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=377;ExcessHet=3.0103;FS=0.941;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.43;ReadPosRankSum=-0.598;SOR=0.768;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:279,87:0.24:366
chr21	47635302	rs5844259	T	TC	993.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=1;NR=18;PP=791;SC=GACTTGCCCTTCCCAGGGTTT;SOR=3.477;SbPval=0.94;Source=Platypus;TC=21;TCF=3;TCR=18;TR=19;WE=47635310;WS=47635292;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr21	47635577	rs2839152	C	T	1516.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.664;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=18;PP=806;ReadPosRankSum=-0.634;SC=GCTGCCCTGCCGGCCCCTCAG;SOR=0.798;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=77;TCF=48;TCR=29;TR=51;WE=47635585;WS=47635567;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,66:0.69:96
chr21	47635627	rs9980968	C	G	731.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.349;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.662;HP=3;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=15;PP=445;ReadPosRankSum=-0.086;SC=GCCAGCTGTGCGGCGTGTACA;SOR=0.801;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=108;TCF=59;TCR=49;TR=34;WE=47635635;WS=47635617;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:110,44:0.29:154
chr21	47635713	rs11701729	G	A	4756.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-2.259;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.444;HP=4;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=68;PP=2306;ReadPosRankSum=-0.823;SC=AGCTCCTGGTGGGGGCAGTGT;SOR=0.556;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=125;TCF=57;TCR=68;TR=123;WE=47635721;WS=47635703;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,178:0.99:179
chr21	47635856	rs2839153	C	G	702.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=18;PP=561;SC=GACCCCGAGGCCACATGAAGG;SOR=2.400;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=23;TCF=5;TCR=18;TR=23;WE=47635864;WS=47635846;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr21	47639492	rs2277826	C	G	2152.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=1.085;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=390;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=52;PP=1100;ReadPosRankSum=0.329;SC=ACCACCTGAGCGGGGAGAGAA;SOR=0.671;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=262;TCF=93;TCR=169;TR=80;WE=47639500;WS=47639482;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:264,123:0.32:387
chr21	47641700	rs2839157	G	T	192.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.387;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.328;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=2;PP=65;ReadPosRankSum=-0.459;SC=TTTCTGTATCGCGTTTGTGAG;SOR=0.105;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=21;TCF=17;TCR=4;TR=8;WE=47641708;WS=47641690;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,10:0.45:22
chr21	47641996	rs2280959	C	G	950.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.511;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.394;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=22;PP=616;ReadPosRankSum=-1.452;SC=TGCTAAAATGCCTTAACCTGA;SOR=0.420;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=41;TCF=13;TCR=28;TR=33;WE=47642004;WS=47641986;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,40:0.78:51
chr21	47642016	rs2280958	C	T	713.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-0.985;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.838;HP=1;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=20;PP=512;ReadPosRankSum=-0.473;SC=ACATAACATGCCAACACAGGA;SOR=1.542;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=30;TCF=5;TCR=25;TR=23;WE=47642024;WS=47642006;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,27:0.73:37
chr21	47642397	rs2280955	C	T	945.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-0.086;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=13.385;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=10;PP=659;ReadPosRankSum=0.897;SC=GCCCACTCCCCGCCTGCTAGT;SOR=0.030;SbPval=0.21;Source=Platypus;TC=52;TCF=42;TCR=10;TR=38;WE=47642405;WS=47642387;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,38:0.73:52
chr21	47647618	rs10550493	GAA	G	2781.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.853;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=265;ExcessHet=3.0103;FS=1.424;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.29;MQRankSum=1.327;QD=12.04;ReadPosRankSum=-0.184;SOR=0.739;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:81,150:0.65:231
chr21	47648729	.	CCCCGCCCCTCCCGCCCCT	C,CCCCGCCCCT	2126.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.47;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=22;NF=0,0;NR=39,39;PP=2986,2986;SC=TGCCGCCCAGCCCCGCCCCTC;SOR=6.593;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=64;TCF=1;TCR=63;TR=39,39;WE=47648754;WS=47648719;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.37,0.63:54
chr21	47656712	rs2839166	T	C	450.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.884;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.66;ReadPosRankSum=-1.066;SOR=0.614;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:92,31:0.25:123
chr21	47662920	rs60691594	C	A	1411.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.293;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=2.117;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=22.06;ReadPosRankSum=1.749;SOR=1.460;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:4,60:0.94:64
chr21	47669648	rs2330353	T	A	1791.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=1.123;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=38;PP=1028;ReadPosRankSum=-0.410;SC=GCACCTGGCCTGTGCCAGGCA;SOR=0.694;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=88;TCF=30;TCR=58;TR=59;WE=47669656;WS=47669638;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,79:0.66:120
chr21	47671690	rs2839984	A	G	582.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.927;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=19;PP=397;ReadPosRankSum=0.600;SC=AGAAGAAAGAAAAATATCACA;SOR=0.838;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=30;TCF=3;TCR=27;TR=21;WE=47671698;WS=47671680;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,24:0.67:36
chr21	47676711	rs2839173	G	A	860.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-2.827;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.274;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=11;PP=466;ReadPosRankSum=2.407;SC=ACCTGGTGCAGGAGATGCCCA;SOR=0.476;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=40;TCF=26;TCR=14;TR=30;WE=47676719;WS=47676701;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,39:0.75:52
chr21	47676934	rs2839174	T	C	2022.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.070;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.038;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=31;PP=1061;ReadPosRankSum=1.062;SC=CACAGAGTGTTTTCAGGGTCT;SOR=0.452;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=98;TCF=46;TCR=52;TR=64;WE=47676942;WS=47676924;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,93:0.63:148
chr21	47678774	rs2839178	A	G	4228.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=62;NR=31;PP=1962;SC=TACAGAAACTAATAGCTCATA;SOR=1.186;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=94;TCF=62;TCR=32;TR=93;WE=47678782;WS=47678764;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,156:1.00:156
chr21	47681127	rs2839180	T	C	809.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=19;NR=6;PP=587;SC=GCATCGTGGCTAGGGTCAGTT;SOR=2.066;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=19;TCR=6;TR=25;WE=47681135;WS=47681117;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr21	47683958	rs17176492	G	C	1096.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.700;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=271;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=20;PP=529;ReadPosRankSum=0.003;SC=AACTTTATGAGAGGAAACTTC;SOR=0.657;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=151;TCF=82;TCR=69;TR=42;WE=47683966;WS=47683948;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:200,71:0.26:271
chr21	47685498	.	G	A	1119.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-1.624;ClippingRankSum=0.000;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.063;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=26;PP=610;ReadPosRankSum=1.888;SC=GCACCACGGGGACCGAGGTCT;SOR=0.555;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=55;TCF=19;TCR=36;TR=41;WE=47685506;WS=47685488;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,50:0.74:68
chr21	47686152	rs2839182	C	T	1923.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=8;NR=36;PP=1004;SC=AGTGCCCTGCCGAGTACTGCA;SOR=2.833;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=44;TCF=8;TCR=36;TR=44;WE=47686160;WS=47686142;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr21	47686174	rs4818831	T	C	1634.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=31;PP=693;SC=GCCCCTTGGGTGTCACCACAG;SOR=3.855;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=35;TCF=4;TCR=31;TR=35;WE=47686182;WS=47686164;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr21	47687144	rs2839183	G	A	1094.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=9;NR=29;PP=808;SC=CATGGCCAGCGTGGGGCACAT;SOR=2.362;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=9;TCR=29;TR=38;WE=47687152;WS=47687134;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
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chr21	47717350	rs2839206	C	G	503.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-0.958;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=2;PP=290;ReadPosRankSum=0.718;SC=GGGCGGCCGGCTTCCCCCAAA;SOR=1.270;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=17;TCF=14;TCR=3;TR=15;WE=47717358;WS=47717349;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,19:0.95:20
chr21	47717616	rs8651	G	A	3412.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.62;BaseQRankSum=-1.352;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.051;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=35;PP=1282;ReadPosRankSum=-1.360;SC=GGTCGCACACGAATAAATAAC;SOR=0.276;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=64;TCF=27;TCR=37;TR=62;WE=47717624;WS=47717606;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,132:0.97:136
chr21	47717686	rs2839207	G	A	1551.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=16;NR=24;PP=703;SC=GGTATTTTTCGTTATTGTAAA;SOR=0.906;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=40;TCF=16;TCR=24;TR=40;WE=47717694;WS=47717676;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr21	47722391	rs1556337	A	G	1903.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=33;NR=15;PP=1061;SC=GCTGGGGGCTAAGCCTACCTG;SOR=1.376;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=48;TCF=33;TCR=15;TR=48;WE=47722399;WS=47722381;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr21	47722578	rs1974171	G	C	1453.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.62;BaseQRankSum=0.691;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=20;PP=461;ReadPosRankSum=-0.700;SC=CCAGAGAACAGGTGTGTCTGT;SOR=1.071;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=33;TCF=12;TCR=21;TR=32;WE=47722586;WS=47722568;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,60:0.97:62
chr21	47735469	rs117451772	G	A	3849.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=0.484;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=261;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=47;PP=1514;ReadPosRankSum=-1.306;SC=TTCCTGGAGGGAAGAACCTGC;SOR=0.714;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=133;TCF=64;TCR=69;TR=89;WE=47735477;WS=47735459;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,176:0.68:260
chr21	47744037	rs3842460	CG	C	932.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=8;PP=629;SC=ACAGTTGTCGCGGGGGGAGGG;SOR=1.609;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=23;TCF=14;TCR=9;TR=20;WE=47744045;WS=47744027;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr21	47754471	.	G	GTGGGATGTTCACAGTCAGTGACCACCCACCAGAACAGCA	742.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.65;QD=247.58;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr21	47766139	rs9982233	T	C	2647.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=36;NR=50;PP=1217;SC=CGGCGGGGCCTGCACAGGCTC;SOR=0.820;SbPval=0.18;Source=Platypus;TC=108;TCF=36;TCR=72;TR=86;WE=47766147;WS=47766129;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr21	47766650	rs2839217	G	A	3751.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-1.583;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=40;PP=1480;ReadPosRankSum=-0.983;SC=CCTTTTCTCCGCCGCAGGCCG;SOR=0.276;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=89;TCF=49;TCR=40;TR=88;WE=47766658;WS=47766640;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,147:0.99:148
chr21	47771565	rs2839219	A	G	347.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-1.436;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.413;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=11;PP=165;ReadPosRankSum=1.666;SC=AAAAAAGTGGATTTACCTGTT;SOR=0.396;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=48;TCF=14;TCR=34;TR=18;WE=47771573;WS=47771555;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,21:0.34:61
chr21	47773103	rs2249057	C	A	5427.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.360;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.203;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=72;NR=65;PP=2680;ReadPosRankSum=2.139;SC=AGCATGAGTCCGAACTGGAGC;SOR=0.380;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=139;TCF=73;TCR=66;TR=137;WE=47773111;WS=47773093;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,206:1.00:207
chr21	47777063	rs2839223	G	A	2500.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=37;NR=25;PP=1262;SC=AATTTGTATGGGAAGTTGCAG;SOR=1.006;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=62;TCF=37;TCR=25;TR=62;WE=47777071;WS=47777053;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr21	47777222	rs2839224	A	G	721.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=19;PP=588;SC=AGTGCTGTACATGGCACATTT;SOR=1.893;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=7;TCR=19;TR=26;WE=47777230;WS=47777212;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr21	47783796	rs8131546	T	C	5299.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=43;NR=80;PP=2193;SC=GGGAGCTTGCTGCGCTCCACG;SOR=1.081;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=124;TCF=44;TCR=80;TR=123;WE=47783804;WS=47783786;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,204:1.00:204
chr21	47786449	rs9637173	T	A	3092.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=55;NR=30;PP=1723;SC=GCAAGGGTCATTGCTTCCTGA;SOR=1.209;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=85;TCF=55;TCR=30;TR=85;WE=47786457;WS=47786439;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr21	47786494	rs2839226	C	T	5415.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=77;NR=56;PP=2653;SC=ACTTTGTTGCCGCAGGTTTTT;SOR=0.974;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=134;TCF=77;TCR=57;TR=133;WE=47786502;WS=47786484;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,199:1.00:199
chr21	47786817	rs2839228	C	G	3659.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=50;NR=38;PP=1827;SC=CCTGTTACCTCTCTGAATTTC;SOR=0.838;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=90;TCF=50;TCR=40;TR=88;WE=47786825;WS=47786807;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr21	47787002	rs6518289	T	C	3083.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=31;NR=48;PP=1258;SC=CGAACCGAAGTGAGCACAGAG;SOR=0.968;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=79;TCF=31;TCR=48;TR=79;WE=47787010;WS=47786992;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr21	47811272	rs3737438	C	T	708.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=19;PP=497;SC=CAGCCACGGACGCCGAGGCCA;SOR=2.584;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=4;TCR=19;TR=23;WE=47811280;WS=47811262;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr21	47832989	rs4300932	G	A	640.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.268;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.640;HP=1;HapScore=2;MGOF=32;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.180;NF=1;NR=26;PP=586;ReadPosRankSum=-0.746;SC=GGGAAGGCACGAGGCCCACCC;SOR=2.101;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=44;TCF=4;TCR=40;TR=27;WE=47832997;WS=47832979;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,25:0.62:40
chr21	47836653	rs2070425	C	T	1281.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.62;BaseQRankSum=-0.677;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.348;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=22;PP=571;ReadPosRankSum=1.142;SC=ACCCAGGGGCCGGGGCTGCTT;SOR=0.544;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=80;TCF=37;TCR=43;TR=44;WE=47836661;WS=47836643;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,66:0.48:138
chr21	47845992	rs11702810	T	C	294.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=68.56;QD=24.56;SOR=2.670;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr21	47850405	rs2839257	C	T	2042.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=23;NR=19;PP=880;SC=GATTGTTCTGCGATGTCTCCA;SOR=0.828;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=42;TCF=23;TCR=19;TR=42;WE=47850413;WS=47850395;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr21	47850484	rs2070426	G	C	1944.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=18;NR=27;PP=756;SC=AGAGTGAGCAGGGGAAGGGGC;SOR=0.992;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=45;TCF=18;TCR=27;TR=45;WE=47850492;WS=47850474;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr21	47851753	rs2073376	A	G	5840.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=224;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=91;NR=65;PP=2965;SC=GCTCTGCTGCAGAAGCTGAAG;SOR=0.956;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=156;TCF=91;TCR=65;TR=156;WE=47851761;WS=47851743;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,220:1.00:220
chr21	47852085	rs35147998	G	A	1105.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=1.416;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.019;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=29;PP=645;ReadPosRankSum=0.859;SC=GAGCCCAGCGGCTGCGGAGCA;SOR=0.892;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=55;TCF=16;TCR=39;TR=40;WE=47852093;WS=47852075;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,49:0.69:71
chr21	47852151	rs5844270	A	AG	609.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=14;PP=615;SC=CTGCCGGCGGACGTCCACACC;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=0;TCR=14;TR=14;WE=47852159;WS=47852141;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr21	47856106	rs2236616	C	A	1344.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=9;NR=33;PP=882;SC=CTTGCAGCCACCCCTCTGTCC;SOR=2.560;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=42;TCF=9;TCR=33;TR=42;WE=47856114;WS=47856096;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr21	47860764	rs2839260	T	C	1351.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.936;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.289;NF=31;NR=6;PP=887;ReadPosRankSum=-0.755;SC=TTTTTTTCTTTTAGATGGAAA;SOR=1.421;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=39;TCF=32;TCR=7;TR=37;WE=47860772;WS=47860754;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,48:0.98:49
chr21	47862624	rs2839262	A	G	2115.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=21;NR=38;PP=1236;SC=ATTCCGTCAGAGCAGTCGTCC;SOR=1.288;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=59;TCF=21;TCR=38;TR=59;WE=47862632;WS=47862614;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr21	47864560	rs143709505	CTTT	C	1452.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.638;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=2.724;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.21;MQRankSum=0.303;QD=28.48;ReadPosRankSum=1.166;SOR=0.274;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,49:0.96:51
chr21	47910659	rs9976530	A	G	1762.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=10;NR=34;PP=997;SC=GGCAGTGGGGAAGGTGGACGG;SOR=1.888;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=44;TCF=10;TCR=34;TR=44;WE=47910667;WS=47910649;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr21	47916823	rs150329133	AC	A	1199.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.032;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.004;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.454;NF=25;NR=10;PP=1392;ReadPosRankSum=-0.208;SC=CTGAAAACAAACAAAAACATG;SOR=0.990;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=56;TCF=39;TCR=17;TR=35;WE=47916831;WS=47916813;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,49:0.60:82
chr21	47917047	rs11315869	CT	C	6109.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=290;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=14;NR=105;PP=2720;SC=TCAAGTGTGGCTTTTTTTTGA;SOR=1.041;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=125;TCF=14;TCR=111;TR=119;WE=47917055;WS=47917037;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,264:1.00:264
chr21	47918662	rs7283507	C	G	1405.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.223;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=313;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.023;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=31;PP=791;ReadPosRankSum=0.161;SC=GGGAGGGAGACCCACCACTGC;SOR=0.520;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=188;TCF=82;TCR=106;TR=62;WE=47918670;WS=47918652;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:217,86:0.28:303
chr21	47957332	rs2070432	G	A	2068.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.376;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=255;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=12.977;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=30;PP=1323;ReadPosRankSum=-0.536;SC=GGGCCCACTCGCCCTAAGCAT;SOR=1.224;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=194;TCF=108;TCR=86;TR=83;WE=47957340;WS=47957322;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:147,99:0.40:246
chr21	47959692	rs1008548	G	A	730.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.480;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=2.866;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.55;ReadPosRankSum=-0.299;SOR=1.206;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,20:0.43:47
chr21	47959698	rs1008549	C	T	747.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.521;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=4.519;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.38;ReadPosRankSum=0.557;SOR=1.445;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,21:0.40:52
chr21	47959731	rs117443865	C	G	1410.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.117;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.954;HP=3;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=11;PP=676;ReadPosRankSum=-1.209;SC=TGTCCAGCCACCCCTTCCCTG;SOR=0.443;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=62;TCF=46;TCR=16;TR=38;WE=47959739;WS=47959721;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,60:0.64:94
chr21	47959976	rs142952810	G	GCTGTGC	2439.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.786;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.906;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=25;PP=1650;ReadPosRankSum=-1.023;SC=TTATCCTGGAGCTGTGCCTGT;SOR=0.549;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=55;TCF=3;TCR=52;TR=26;WE=47959984;WS=47959966;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,61:0.69:88
chr21	47961711	rs2070435	G	A	1088.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.981;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=240;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.742;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=18;PP=425;ReadPosRankSum=-0.998;SC=AAGCAGTCCTGTCGATGAACG;SOR=0.831;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=138;TCF=72;TCR=66;TR=41;WE=47961719;WS=47961701;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:167,69:0.29:236
chr21	47966016	rs4818845	C	G	891.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.120;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.425;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=21;PP=573;ReadPosRankSum=-2.101;SC=GACCTCCCTGCCCATCACCCT;SOR=0.385;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=53;TCF=13;TCR=40;TR=29;WE=47966024;WS=47966006;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,37:0.57:65
chr21	47966810	rs2839318	G	C	2437.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.245;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.186;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=33;PP=1281;ReadPosRankSum=-0.533;SC=GAGTCTTGACGCACACCCTTT;SOR=0.498;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=115;TCF=71;TCR=44;TR=81;WE=47966818;WS=47966800;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,110:0.69:160
chr21	47969793	rs17302700	C	T	3463.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.455;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=266;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.989;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=64;PP=1737;ReadPosRankSum=1.332;SC=GAGCCGTGTGCTGCAGGTGGG;SOR=0.780;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=169;TCF=68;TCR=101;TR=104;WE=47969801;WS=47969783;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:99,158:0.61:257
chr21	47969962	rs79100421	T	C	366.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.097;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.624;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=12;PP=259;ReadPosRankSum=-0.188;SC=GCTGTATGTATTTACGGGATA;SOR=0.324;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=30;TCF=7;TCR=23;TR=17;WE=47969970;WS=47969952;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,17:0.52:33
chr21	47970581	rs2255397	G	A	1553.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.195;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=258;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.476;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=26;PP=593;ReadPosRankSum=-0.451;SC=TGGAAGGGACGCTGCACCCGT;SOR=0.760;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=160;TCF=80;TCR=80;TR=51;WE=47970589;WS=47970571;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:166,91:0.35:257
chr21	47971539	rs2255526	G	A	2937.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=50;NR=34;PP=1524;SC=GAGTTCCCCCGTTTCTAGAGG;SOR=1.015;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=85;TCF=51;TCR=34;TR=84;WE=47971547;WS=47971529;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr21	47974582	rs1107065	A	G	1756.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.031;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=430;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.10;ReadPosRankSum=-1.796;SOR=0.777;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:311,118:0.28:429
chr21	47978321	rs34920477	G	GC	6248.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=22;NR=66;PP=2966;SC=GGTGCCTGGGGCTGCGGTTCT;SOR=0.818;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=89;TCF=23;TCR=66;TR=88;WE=47978329;WS=47978311;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,168:1.00:168
chr21	47978421	rs2839323	G	A	1749.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.630;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.465;HP=2;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.811;NF=12;NR=29;PP=698;ReadPosRankSum=-0.046;SC=TCCTTCTCTGGGCCTTTGATA;SOR=0.906;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=82;TCF=29;TCR=53;TR=41;WE=47978429;WS=47978411;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,79:0.61:129
chr21	47980570	rs2070429	A	G	5530.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=100;NR=45;PP=2965;SC=ATGCAGCTGTACCTGTAGAAA;SOR=1.402;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=145;TCF=100;TCR=45;TR=145;WE=47980578;WS=47980560;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,196:1.00:196
chr21	47980760	rs2839324	T	G	3204.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.373;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.124;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=54;PP=1461;ReadPosRankSum=0.452;SC=AAACCAGGTCTGCACTGACTA;SOR=0.606;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=139;TCF=51;TCR=88;TR=86;WE=47980768;WS=47980750;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,142:0.66:216
chr21	47983657	rs762253	G	A	2258.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=47;NR=16;PP=1442;SC=GACCTGACATGAGCACATCAG;SOR=1.893;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=63;TCF=47;TCR=16;TR=63;WE=47983665;WS=47983647;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr21	47986633	rs3819044	C	A	5254.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=2.002;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.127;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=92;PP=2834;ReadPosRankSum=0.739;SC=CACGTGGTCCCTCCAGCCCTT;SOR=1.033;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=141;TCF=48;TCR=93;TR=139;WE=47986641;WS=47986623;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,193:0.99:194
chr21	47987167	rs2839337	T	C	188.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.975;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.702;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=3;PP=145;ReadPosRankSum=-0.158;SC=TGGCCTTAAATAGCTGTGTGA;SOR=0.363;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=29;TCF=23;TCR=6;TR=12;WE=47987175;WS=47987157;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,11:0.35:31
chr21	47987547	rs8127941	C	T	666.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=1.682;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.895;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=22;PP=380;ReadPosRankSum=-1.622;SC=CGCAGCACACCGGCCCAGGTG;SOR=1.244;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=97;TCF=34;TCR=63;TR=29;WE=47987555;WS=47987537;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:100,41:0.29:141
chr21	48022230	rs1051169	C	G	1348.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.208;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.382;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=19;PP=624;ReadPosRankSum=-2.369;SC=TGAGCTCCTTCAGTTCGGATT;SOR=0.942;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=118;TCF=63;TCR=55;TR=46;WE=48022238;WS=48022220;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:117,73:0.38:190
chr21	48022375	rs2186358	C	A	713.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-1.954;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=19;PP=353;ReadPosRankSum=0.101;SC=ATACCTCATCCTAAAACATTT;SOR=0.627;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=59;TCF=15;TCR=44;TR=25;WE=48022383;WS=48022365;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,35:0.47:75
chr21	48063387	rs113903382	C	CA	88.27	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.140;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=3.522;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=9.81;ReadPosRankSum=-0.812;SOR=0.515;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,7:0.78:9
chr21	48063476	rs10854485	C	G	776.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=17;PP=580;SC=GCAGTGAGGCCGGTCTCCTGC;SOR=0.892;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=32;TCF=15;TCR=17;TR=32;WE=48063484;WS=48063466;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr21	48078611	rs2070436	G	A	1151.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.821;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=18;PP=472;ReadPosRankSum=-0.149;SC=CTGTGCAGCCGCGGGGCCTGT;SOR=0.666;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=131;TCF=81;TCR=50;TR=45;WE=48078619;WS=48078601;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:129,66:0.34:195
chr22	16157496	.	A	G	50.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=46.49;QD=16.76;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr22	16157603	rs370790235	G	C	218.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=47.34;QD=21.88;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr22	16157622	rs374192809	G	C	250.78	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=48.37;QD=31.35;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr22	16157623	.	G	A	46.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.37;MQRankSum=-2.025;QD=5.85;ReadPosRankSum=1.718;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,4:0.50:8
chr22	16157648	rs373638938	CCTT	C	83.25	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=48.49;QD=27.75;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr22	16157771	.	C	A	65.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.051;ClippingRankSum=0.000;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=45.64;MQRankSum=0.359;QD=3.46;ReadPosRankSum=-0.145;SOR=0.829;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,5:0.26:19
chr22	16157883	rs368849066	T	C	391.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=1.224;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=28;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-6.031;NF=10;NR=15;PP=375;ReadPosRankSum=-2.120;SC=CAGCGCCAGCTTCTCCCCACC;SOR=0.693;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=45;TCF=21;TCR=24;TR=25;WE=16157891;WS=16157873;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,24:0.41:58
chr22	16157913	.	T	G	182.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=1.388;ClippingRankSum=0.000;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.390;HP=1;HapScore=2;MGOF=29;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-4.892;NF=5;NR=9;PP=171;ReadPosRankSum=1.340;SC=GATGGCGGGCTTCGGGTGGGA;SOR=1.144;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=31;TCF=13;TCR=18;TR=14;WE=16157921;WS=16157903;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,12:0.31:39
chr22	16157951	.	A	G	197.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.348;ClippingRankSum=-0.000;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=2.331;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.11;MQRankSum=-3.923;QD=12.36;ReadPosRankSum=-0.464;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,7:0.44:16
chr22	16157958	.	G	A	157.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.460;ClippingRankSum=-0.000;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=6.892;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=45.98;MQRankSum=-3.224;QD=13.15;ReadPosRankSum=-0.389;SOR=3.180;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,5:0.42:12
chr22	16157967	.	T	C	124.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.369;ClippingRankSum=-0.000;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=3.332;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=45.43;MQRankSum=-2.369;QD=15.60;ReadPosRankSum=-0.732;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,3:0.38:8
chr22	16157975	.	A	G	40.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.674;ClippingRankSum=-0.000;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.11;MQRankSum=-1.383;QD=6.79;ReadPosRankSum=1.383;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,1:0.17:6
chr22	17055458	rs35893428	G	A	3017.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-1.184;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=323;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.609;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.294;NF=37;NR=49;PP=1194;ReadPosRankSum=-0.344;SC=TAGGCAAGTCGAGGCAATGGA;SOR=0.830;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=184;TCF=87;TCR=97;TR=86;WE=17055466;WS=17055448;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:169,154:0.48:323
chr22	17055569	rs3729688	T	G	1189.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=4.328;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.515;HP=5;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=35;PP=865;ReadPosRankSum=1.392;SC=TTCACTGCAGTGGGGCAGAGT;SOR=1.323;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=74;TCF=20;TCR=54;TR=45;WE=17055577;WS=17055559;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,51:0.53:97
chr22	17063359	rs2006108	A	G	5209.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=103;NR=40;PP=2965;SC=TGGCAGGGAAAGGTTGCTGTC;SOR=1.744;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=145;TCF=103;TCR=42;TR=143;WE=17063367;WS=17063349;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,182:1.00:182
chr22	17072483	rs2236639	A	G	20174.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=752;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=266;NR=260;PP=2965;SC=ATCTCCATCCAAGACCTAGCT;SOR=0.720;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=526;TCF=266;TCR=260;TR=526;WE=17072491;WS=17072473;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,748:1.00:748
chr22	17073066	rs5747988	A	G	12762.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=491;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=161;NR=121;PP=2965;SC=GAGGCAGGCCAGCCTTCAGCA;SOR=0.866;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=282;TCF=161;TCR=121;TR=282;WE=17073074;WS=17073056;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,487:1.00:487
chr22	17156061	rs8142573	A	G	3233.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=50;NR=34;PP=1767;SC=TTTCTTTTAAAAGAGTGCATT;SOR=1.112;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=84;TCF=50;TCR=34;TR=84;WE=17156069;WS=17156051;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr22	17177594	rs186819369	G	A	235.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=2;PP=162;SC=TCATATCTTGGCAGATGCATG;SOR=2.093;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=6;TCR=2;TR=8;WE=17177602;WS=17177584;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr22	17325892	rs74846257	CA	C	1452.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-0.027;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.969;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=22;PP=1019;ReadPosRankSum=-0.240;SC=CCCTCATCCCCATATCAGCTG;SOR=0.927;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=37;TCF=6;TCR=31;TR=25;WE=17325900;WS=17325882;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,42:0.61:69
chr22	17326914	rs165927	G	A	2000.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.529;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.087;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=26;PP=788;ReadPosRankSum=0.332;SC=TGGAAGACTCGGTGGAGAAGG;SOR=0.585;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=124;TCF=72;TCR=52;TR=57;WE=17326922;WS=17326904;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:108,97:0.47:205
chr22	17327068	rs165588	A	G	2998.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=22;NR=55;PP=1690;SC=CCGGGCACTGACCAAGCTCCC;SOR=1.566;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=77;TCF=22;TCR=55;TR=77;WE=17327076;WS=17327058;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr22	17445502	rs5748765	A	C	590.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=1.713;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=3;PP=421;ReadPosRankSum=-1.190;SC=TGCCTGATACACCTGTGCTCA;SOR=0.866;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=40;TCF=34;TCR=6;TR=23;WE=17445510;WS=17445493;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,25:0.60:42
chr22	17446991	rs4819925	C	T	1159.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=2.414;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.623;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=6;PP=606;ReadPosRankSum=-1.132;SC=AAGACTTACCCTTCTGGTTAG;SOR=0.883;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=81;TCF=61;TCR=20;TR=34;WE=17446999;WS=17446981;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,53:0.46:115
chr22	17449076	rs5748768	C	G	1138.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.782;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.235;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=7;PP=842;ReadPosRankSum=0.199;SC=ACCTAGGCAGCCTCCTAGGAG;SOR=1.234;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=93;TCF=72;TCR=21;TR=42;WE=17449084;WS=17449066;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,50:0.43:117
chr22	17488727	rs5748800	A	C	180.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=0.821;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=1;PP=94;ReadPosRankSum=0.258;SC=AGTCGCCTCCACCCGCAGCTC;SOR=0.784;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=21;TCF=17;TCR=4;TR=8;WE=17488735;WS=17488723;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,10:0.43:23
chr22	17488823	rs11378060	C	CG	1545.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=0.354;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.848;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=9;PP=736;ReadPosRankSum=-0.297;SC=CCCCACTGCCCCACTCACAAA;SOR=1.079;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=40;TCF=19;TCR=21;TR=20;WE=17488831;WS=17488813;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,46:0.52:88
chr22	17565888	rs13053694	C	A	6691.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.634;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=534;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.776;HP=1;HapScore=1;MGOF=29;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=120;NR=88;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.594;SC=CAAAGTGGAGCCGACTCGAAC;SOR=0.836;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=353;TCF=198;TCR=155;TR=208;WE=17565896;WS=17565878;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:217,314:0.59:531
chr22	17565932	rs917864	T	C	18944.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=700;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=206;NR=207;PP=2965;SC=AGAACGTTCGTTCGCTGCGTC;SOR=0.693;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=414;TCF=207;TCR=207;TR=413;WE=17565940;WS=17565922;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,696:1.00:696
chr22	17565974	rs917865	G	C	14177.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=522;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=149;NR=195;PP=2965;SC=CGCGACGCCAGCCGGGCCATG;SOR=0.919;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=344;TCF=149;TCR=195;TR=344;WE=17565982;WS=17565964;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,517:1.00:517
chr22	17566206	rs2270241	G	T	1159.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=19;NR=18;PP=809;SC=GGGACTACGCGCCCGGGCTGG;SOR=0.743;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=19;TCR=18;TR=37;WE=17566214;WS=17566196;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr22	17566229	rs2270242	T	A	1205.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=21;NR=14;PP=708;SC=AGGCAGGAAGTCCGCGCCGCG;SOR=1.179;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=35;TCF=21;TCR=14;TR=35;WE=17566237;WS=17566219;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr22	17586471	rs2241046	C	T	4849.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=49;NR=63;PP=2008;SC=TTCCTCTGTTCTCATTGCAGA;SOR=0.915;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=112;TCF=49;TCR=63;TR=112;WE=17586479;WS=17586461;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,187:1.00:187
chr22	17586610	rs11089412	T	G	1144.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=40.88;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr22	17586614	rs200937197	G	GT	377.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-1.107;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.037;HP=5;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=6;PP=420;ReadPosRankSum=1.343;SC=CCGGGGTGGGGGGTGAGACCA;SOR=0.124;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=33;TCF=20;TCR=13;TR=18;WE=17586622;WS=17586613;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,19:0.54:35
chr22	17589152	rs41372049	T	G	472.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.397;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.166;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=4;PP=247;ReadPosRankSum=-1.643;SC=AGAGCTGCCCTGGGCCCTGGG;SOR=1.008;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=38;TCF=28;TCR=10;TR=19;WE=17589160;WS=17589142;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,25:0.49:51
chr22	17589246	rs879576	G	A	2152.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.640;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.692;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=27;PP=1031;ReadPosRankSum=-0.381;SC=AGCCCAGGAAGGTCTGGATCA;SOR=0.558;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=131;TCF=80;TCR=51;TR=66;WE=17589254;WS=17589236;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:107,105:0.50:212
chr22	17590180	rs41323645	G	A	1928.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.447;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=18;PP=1196;ReadPosRankSum=-1.789;SC=TGACGGTGCCGCAGTCCGGCT;SOR=0.642;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=121;TCF=89;TCR=32;TR=69;WE=17590188;WS=17590170;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,81:0.57:141
chr22	17600148	rs9605220	A	G	765.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=18;NR=7;PP=487;SC=GGTGCAGAAGAACACCCTGGC;SOR=1.528;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=26;TCF=18;TCR=8;TR=25;WE=17600156;WS=17600138;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr22	17600977	rs5994165	G	A	8119.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=309;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=85;NR=95;PP=2965;SC=CCGTGGTGCCGAAGGGCGCGC;SOR=0.781;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=180;TCF=85;TCR=95;TR=180;WE=17600985;WS=17600967;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,307:1.00:307
chr22	17601748	rs9606620	C	T	1861.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=29;NR=17;PP=785;SC=CGGCGTTGGGCACCAGCGGCT;SOR=0.992;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=46;TCF=29;TCR=17;TR=46;WE=17601756;WS=17601738;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr22	17602839	rs5992629	G	A	5497.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=78;NR=58;PP=2612;SC=CCCTGGGGTCGCGAGCCATCT;SOR=0.905;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=136;TCF=78;TCR=58;TR=136;WE=17602847;WS=17602822;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,206:1.00:206
chr22	17603477	rs5748871	A	G	2820.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=48;NR=23;PP=1471;SC=TTGCAGCGTGATAACACCATG;SOR=1.257;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=71;TCF=48;TCR=23;TR=71;WE=17603485;WS=17603467;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr22	17623880	rs34058953	G	GC	3393.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=34;NR=24;PP=2172;SC=TGACTCCAAGGCCCCTTGCTG;SOR=1.677;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=64;TCF=37;TCR=27;TR=58;WE=17623888;WS=17623870;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr22	17640045	rs7287672	G	A	3488.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=48;NR=33;PP=1711;SC=TAGCACCTGCGGGCGGGGCGG;SOR=0.971;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=81;TCF=48;TCR=33;TR=81;WE=17640053;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chr22	17640176	.	GC	G	352.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.453;ClippingRankSum=0.000;DP=72;ExcessHet=3.0103;FS=11.295;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.30;MQRankSum=1.668;QD=5.78;ReadPosRankSum=-0.448;SOR=0.112;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,22:0.36:61
chr22	17640399	rs148919630	G	GGGC	3587.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.188;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.304;NF=2;NR=42;PP=2234;ReadPosRankSum=-0.982;SC=GGCACGGCCTGGGCGGCGGCG;SOR=0.641;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=58;TCF=2;TCR=56;TR=44;WE=17640407;WS=17640389;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,82:0.99:83
chr22	17662679	rs41282461	C	T	1413.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=31;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=31;NR=15;PP=939;SC=TGGAAGGAGGCGGGGGACCTG;SOR=1.565;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=46;TCF=31;TCR=15;TR=46;WE=17662687;WS=17662669;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr22	17662699	rs58754958	A	G	1727.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=43;NR=19;PP=1189;SC=GGGAGGACACAGGACACTCAC;SOR=1.758;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=62;TCF=43;TCR=19;TR=62;WE=17662707;WS=17662689;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr22	17662793	rs7289170	A	G	5468.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=75;NR=70;PP=2617;SC=CATAGAAATCATAGGACAAGC;SOR=0.742;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=146;TCF=76;TCR=70;TR=145;WE=17662803;WS=17662783;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,209:1.00:209
chr22	17662917	rs3764846	G	C	4075.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=44;NR=69;PP=2227;SC=CAGCACCTGCGCAATAGGAGG;SOR=1.097;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=113;TCF=44;TCR=69;TR=113;WE=17662925;WS=17662907;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,150:1.00:150
chr22	17669151	rs2231496	C	T	729.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.491;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=10;PP=427;ReadPosRankSum=0.167;SC=TAGGCTCTAACCCTGAGGCAT;SOR=0.598;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=69;TCF=46;TCR=23;TR=26;WE=17669159;WS=17669141;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,36:0.40:89
chr22	17669306	rs2231495	T	C	3514.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=-1.378;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=385;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=50;PP=1032;ReadPosRankSum=0.518;SC=CTTGTAGTCATGCAAGGAGTG;SOR=0.698;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=188;TCF=88;TCR=100;TR=94;WE=17669314;WS=17669296;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:198,182:0.48:380
chr22	17669406	rs9619005	G	C	2849.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=21;NR=54;PP=1699;SC=GCGCGCCCTGGAGCCTGTGCA;SOR=1.921;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=75;TCF=21;TCR=54;TR=75;WE=17669414;WS=17669396;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr22	17671133	rs2286348	C	G	9763.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=359;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=86;NR=151;PP=2965;SC=TATCAAAGACCCTTGCTGGCT;SOR=1.172;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=237;TCF=86;TCR=151;TR=237;WE=17671141;WS=17671123;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,357:1.00:357
chr22	17680584	rs35963312	TAGG	T	1343.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=1.233;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.072;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.654;NF=2;NR=26;PP=1080;ReadPosRankSum=-2.112;SC=GCGACGAACTTAGGAGCCCTG;SOR=0.948;SbPval=0.2;Source=Platypus;TC=68;TCF=2;TCR=66;TR=28;WE=17680594;WS=17680574;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,37:0.43:86
chr22	17690430	rs7289141	C	G	1225.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.438;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.715;HP=6;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=25;PP=625;ReadPosRankSum=0.296;SC=GCCGCCCCCCCAGCCGCATCA;SOR=0.984;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=97;TCF=40;TCR=57;TR=37;WE=17690438;WS=17690420;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:103,62:0.38:165
chr22	17956759	rs4819593	C	G	3430.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=39;NR=55;PP=1906;SC=CATTTCTTGCCCCAAGAACTA;SOR=1.044;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=95;TCF=39;TCR=56;TR=94;WE=17956767;WS=17956749;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chr22	17978600	rs7284169	G	C	6803.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=270;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=61;NR=102;PP=2830;SC=TTCAGTGTTAGGGCATGATAG;SOR=1.061;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=163;TCF=61;TCR=102;TR=163;WE=17978608;WS=17978590;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,264:1.00:264
chr22	18027817	rs35190782	CT	C	797.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.977;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=1.836;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.16;MQRankSum=0.619;QD=12.46;ReadPosRankSum=-0.739;SOR=1.577;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:9,55:0.86:64
chr22	18030096	rs66840782	TA	T	1463.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.615;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=336;ExcessHet=3.0103;FS=1.214;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.06;MQRankSum=1.393;QD=5.54;ReadPosRankSum=1.458;SOR=0.647;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:105,159:0.60:264
chr22	18032459	rs201209827	GTTTTTTTTTTTTTTT	G	2076.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.651;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FS=37.531;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.96;ReadPosRankSum=1.589;SOR=2.093;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,62:0.77:80
chr22	18084001	rs5747254	T	G	4316.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=37;NR=58;PP=1867;SC=AGTCGGCTCATAACCCACTGT;SOR=0.985;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=96;TCF=38;TCR=58;TR=95;WE=18084009;WS=18083991;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,161:1.00:161
chr22	18165898	rs34013263	C	CA	40.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.530;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.63;ReadPosRankSum=0.546;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,7:0.28:25
chr22	18171650	rs5013026	C	T	1203.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=19;NR=11;PP=753;SC=TCTCCTGCCTCAGCCTCCTGA;SOR=1.312;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=19;TCR=11;TR=30;WE=18171658;WS=18171640;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr22	18178859	rs2257083	C	T	4784.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=82;NR=51;PP=2235;SC=TCTGGAAATACAGAATTTTCC;SOR=1.058;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=133;TCF=82;TCR=51;TR=133;WE=18178867;WS=18178849;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,183:1.00:183
chr22	18209613	rs4488761	A	G	9281.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=364;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=113;NR=123;PP=2965;SC=TGTCACTGTCAGCTAGCCAGA;SOR=0.756;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=236;TCF=113;TCR=123;TR=236;WE=18209621;WS=18209603;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,357:1.00:357
chr22	18218464	rs181382	T	C	2078.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=27;PP=638;SC=TGCAAAAACATGTTCTCCAGA;SOR=1.911;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=34;TCF=7;TCR=27;TR=34;WE=18218483;WS=18218454;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr22	18218475	rs181383	C	G	1980.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=7;NR=27;PP=804;SC=GTTCTCCAGACCCCTGAAGTC;SOR=1.931;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=34;TCF=7;TCR=27;TR=34;WE=18218483;WS=18218454;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr22	18222263	rs181390	A	G	7428.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=290;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=80;NR=94;PP=2965;SC=ATCTGTGTTCAGGCAGGGGCG;SOR=0.772;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=174;TCF=80;TCR=94;TR=174;WE=18222271;WS=18222253;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,287:1.00:287
chr22	18233000	rs181405	G	A	4234.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=48;NR=46;PP=1825;SC=AGGACCCCTCGGGAGGACGAC;SOR=0.731;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=96;TCF=49;TCR=47;TR=94;WE=18233008;WS=18232990;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,161:1.00:161
chr22	18257138	rs443912	T	G	5473.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.66;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=45;NR=49;PP=1887;SC=GGGGCGCGGGTGCACTCACCA;SOR=0.713;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=94;TCF=45;TCR=49;TR=94;WE=18257146;WS=18257128;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,206:1.00:206
chr22	18273463	rs62238879	G	A	1323.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=4.692;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.264;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=8;PP=841;ReadPosRankSum=2.318;SC=CTGGCCAGGCGGATGCCAACA;SOR=1.219;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=129;TCF=96;TCR=33;TR=47;WE=18273471;WS=18273453;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:120,65:0.35:185
chr22	18274092	rs451548	G	C	4471.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=5.206;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=422;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.321;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=110;PP=2900;ReadPosRankSum=-0.951;SC=CTTGTGTCGGGTGCAGGGAGT;SOR=0.986;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=320;TCF=100;TCR=220;TR=152;WE=18274100;WS=18274082;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:215,195:0.48:410
chr22	18291791	rs423710	C	G	3548.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.592;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=325;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.870;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=65;PP=1624;ReadPosRankSum=-1.860;SC=AGGGGAAACACAGGAGTTGCC;SOR=0.813;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=205;TCF=76;TCR=129;TR=96;WE=18291799;WS=18291781;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:153,166:0.52:319
chr22	18293650	rs436590	A	G	1329.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.335;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.354;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=28;PP=584;ReadPosRankSum=-0.602;SC=CAGCAGGCCAACAGGGGCCTG;SOR=0.579;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=111;TCF=34;TCR=77;TR=39;WE=18293658;WS=18293640;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,65:0.44:147
chr22	18300240	rs5992854	T	C	3731.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.988;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=393;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=53;PP=1942;ReadPosRankSum=1.272;SC=CGGCTTCTTCTAGGAGGTTGG;SOR=0.684;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=249;TCF=141;TCR=108;TR=119;WE=18300248;WS=18300230;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:207,180:0.47:387
chr22	18300594	rs11704160	G	A	2950.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.291;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=319;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.335;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=44;PP=1458;ReadPosRankSum=-0.813;SC=TGGCCATGGCGTCCCGCAGCG;SOR=0.790;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=206;TCF=111;TCR=95;TR=98;WE=18300602;WS=18300584;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:173,145:0.46:318
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chr22	18301693	rs8135914	T	C	1522.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.963;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.927;HP=4;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=18;PP=678;ReadPosRankSum=-2.093;SC=CACGGGTGGCTGGGGCTGCGG;SOR=1.054;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=98;TCF=54;TCR=44;TR=44;WE=18301701;WS=18301683;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,69:0.48:145
chr22	18304392	rs2305006	G	T	437.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=1.601;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.757;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=12;PP=330;ReadPosRankSum=-0.535;SC=TCGCTGAGTCGGCTCCCAGTT;SOR=1.230;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=21;TCF=5;TCR=16;TR=15;WE=18304400;WS=18304382;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,18:0.69:26
chr22	18304695	rs5992112	A	G	1890.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-2.799;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.655;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=17;PP=1017;ReadPosRankSum=-1.033;SC=GGTGTGCACCATGGCTCTGCT;SOR=0.612;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=124;TCF=92;TCR=32;TR=67;WE=18304703;WS=18304685;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,89:0.57:156
chr22	18310363	rs5992872	C	T	1795.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.599;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FS=1.625;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.14;ReadPosRankSum=0.829;SOR=0.542;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:52,47:0.47:99
chr22	18310367	rs5992121	T	C	1774.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.241;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FS=1.596;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.90;ReadPosRankSum=1.046;SOR=0.500;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:57,48:0.46:105
chr22	18310700	rs143017613	T	TACAC	339.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-2.017;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=3;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=10;PP=286;ReadPosRankSum=0.283;SC=TGCACATGTATACACACACAC;SOR=0.582;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=23;TCF=1;TCR=22;TR=10;WE=18310709;WS=18310690;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,10:0.40:25
chr22	18314989	rs5992123	C	T	1506.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=1.039;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.004;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=37;PP=871;ReadPosRankSum=0.512;SC=GCTGAGCAGGCGGAGAGAGAC;SOR=0.394;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=80;TCF=23;TCR=57;TR=54;WE=18314997;WS=18314979;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,67:0.66:102
chr22	18317423	rs11705197	C	T	415.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.61;BaseQRankSum=0.527;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.092;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=8;PP=192;ReadPosRankSum=-0.128;SC=AACACAAGCACGGTGGGCGGA;SOR=0.507;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=23;TCF=9;TCR=14;TR=15;WE=18317431;WS=18317413;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,23:0.47:49
chr22	18324564	rs750559	C	T	1721.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-2.081;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.625;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=27;PP=761;ReadPosRankSum=0.141;SC=GGCGGGTGGGCGCCCTGCAGC;SOR=0.455;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=120;TCF=70;TCR=50;TR=56;WE=18324572;WS=18324554;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,85:0.52:165
chr22	18347851	rs200555386	TTTTATTTA	T	424.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.321;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=1.792;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.73;ReadPosRankSum=-0.906;SOR=1.204;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,12:0.44:27
chr22	18347916	rs9605418	A	G	259.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.315;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.82;ReadPosRankSum=0.088;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,12:0.50:24
chr22	18348823	rs2277832	G	A	1751.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.289;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.573;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=32;PP=784;ReadPosRankSum=0.355;SC=AGCCAGGCACGGATCCTGAAC;SOR=0.624;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=114;TCF=45;TCR=69;TR=51;WE=18348831;WS=18348813;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,88:0.52:170
chr22	18368548	rs2289718	G	A	2152.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.496;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.585;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=24;PP=1079;ReadPosRankSum=1.404;SC=CGAACGCTGGGGTCTGTGACA;SOR=0.619;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=115;TCF=76;TCR=39;TR=69;WE=18368556;WS=18368538;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,100:0.58:171
chr22	18369916	rs4819644	A	G	3056.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.428;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=315;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=41;PP=1353;ReadPosRankSum=0.584;SC=CATTCTAGCAATTCCCCAAGT;SOR=0.672;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=178;TCF=101;TCR=77;TR=94;WE=18369924;WS=18369906;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:157,153:0.49:310
chr22	18370066	rs4819472	C	A	6718.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=260;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=77;NR=90;PP=2965;SC=CTTTGCAGCCCATCAAGAGAC;SOR=0.818;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=167;TCF=77;TCR=90;TR=167;WE=18370074;WS=18370056;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,253:1.00:253
chr22	18372020	rs3747032	A	G	1423.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=2.095;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.406;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=38;PP=922;ReadPosRankSum=0.347;SC=CAAGGAAAACATATCAAGATA;SOR=0.934;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=99;TCF=32;TCR=67;TR=54;WE=18372028;WS=18372010;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,64:0.52:122
chr22	18374150	rs2075453	T	C	1049.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-1.485;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.816;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=16;PP=519;ReadPosRankSum=0.687;SC=TATCTTACTATGTACCTCATT;SOR=0.577;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=80;TCF=53;TCR=27;TR=44;WE=18374158;WS=18374140;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,51:0.55:92
chr22	18378002	rs2034113	T	C	347.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.852;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.256;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=2;PP=127;ReadPosRankSum=-0.500;SC=GAATTCTCATTGGTCCTGCAG;SOR=0.456;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=33;TCF=26;TCR=7;TR=10;WE=18378010;WS=18377992;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,18:0.38:47
chr22	18379160	rs3213927	T	A	717.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=2.433;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.206;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=17;PP=431;ReadPosRankSum=-1.010;SC=ATAATTAAAATATAACACACC;SOR=0.404;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=63;TCF=18;TCR=45;TR=25;WE=18379168;WS=18379150;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,33:0.40:82
chr22	18463608	rs8140977	C	T	1065.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.904;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.534;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=9;PP=708;ReadPosRankSum=0.040;SC=TGTGCTGGCCCGTCACCCTCA;SOR=0.957;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=98;TCF=74;TCR=24;TR=42;WE=18463616;WS=18463598;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,51:0.41:124
chr22	18463747	rs5992941	T	C	3705.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.129;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=353;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=62;PP=1585;ReadPosRankSum=1.509;SC=ATTGGTCCCCTCCAGACACTG;SOR=0.711;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=206;TCF=87;TCR=119;TR=106;WE=18463755;WS=18463737;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:166,183:0.52:349
chr22	18562888	rs464541	C	T	405.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=1.298;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.395;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=14;PP=246;ReadPosRankSum=1.264;SC=CCCTCCAGATCGGATTCTTTC;SOR=0.212;SbPval=0.24;Source=Platypus;TC=63;TCF=13;TCR=50;TR=20;WE=18562896;WS=18562878;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,22:0.33:66
chr22	18607090	rs71703459	GGGA	G	1934.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.121;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.445;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.573;NF=1;NR=25;PP=1034;ReadPosRankSum=-1.038;SC=AGGAGGGCAGGGGACGGGTGG;SOR=0.979;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=60;TCF=4;TCR=56;TR=26;WE=18607100;WS=18607080;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,53:0.45:117
chr22	18628715	rs361534	C	T	1347.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=0.511;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.083;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=32;PP=685;ReadPosRankSum=0.424;SC=TTTCTTGTACCGAATATTTAC;SOR=0.919;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=119;TCF=45;TCR=74;TR=48;WE=18628723;WS=18628705;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,68:0.44:154
chr22	18649922	rs9605536	A	G	1962.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=6.091;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.061;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.926;NF=65;NR=16;PP=1409;ReadPosRankSum=0.610;SC=AGGGCTAGGAAGAGACAAAGT;SOR=1.488;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=180;TCF=134;TCR=46;TR=81;WE=18649930;WS=18649912;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,75:0.47:158
chr22	18650682	rs3180408	C	T	4769.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-1.585;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=461;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.522;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-10.762;NF=75;NR=63;PP=1951;ReadPosRankSum=1.942;SC=GCCCTGTATACGATCCGGGTG;SOR=0.636;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=265;TCF=150;TCR=115;TR=138;WE=18650690;WS=18650672;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:220,239:0.52:459
chr22	18775403	rs201208860	G	A	99.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-6.115;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=39.82;MQRankSum=0.738;QD=1.30;ReadPosRankSum=-1.307;SOR=0.032;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:66,11:0.14:77
chr22	18775424	rs201973714	T	A	201.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.879;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=39.72;MQRankSum=-0.398;QD=4.04;ReadPosRankSum=1.212;SOR=0.086;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,11:0.22:50
chr22	18775482	rs201367283	A	G	54.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.158;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=39.60;MQRankSum=0.722;QD=3.42;ReadPosRankSum=0.836;SOR=0.138;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,4:0.25:16
chr22	18894001	rs200505686	CGCGGGCGGG	C	5936.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.978;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=321;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.418;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.769;NF=19;NR=53;PP=2973;ReadPosRankSum=0.615;SC=TGCCCAGGTACGCGGGCGGGG;SOR=0.844;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=145;TCF=39;TCR=106;TR=72;WE=18894017;WS=18893991;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:160,155:0.49:315
chr22	18896087	rs73155293	T	C	873.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=1.742;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=-1.772;NF=29;NR=10;PP=600;ReadPosRankSum=2.556;SC=TAATCCCAAGTGCATGGCTCA;SOR=0.693;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=66;TCF=51;TCR=15;TR=39;WE=18896095;WS=18896077;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,38:0.53:72
chr22	18896169	rs426065	C	T	2434.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.182;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=224;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.060;HP=3;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.004;NF=56;NR=40;PP=1355;ReadPosRankSum=0.579;SC=AGATGCCGCCCCATCATTCTG;SOR=0.594;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=195;TCF=115;TCR=80;TR=96;WE=18896177;WS=18896159;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:104,114:0.52:218
chr22	18896189	rs425576	T	C	3076.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.080;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=305;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.01;MQRankSum=0.936;QD=10.50;ReadPosRankSum=1.517;SOR=0.697;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:143,150:0.51:293
chr22	18897416	rs436638	C	T	551.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=12;NR=2;PP=323;SC=CCCGCCTGCCCCCTCCAGCTG;SOR=2.419;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=14;TCF=12;TCR=2;TR=14;WE=18897424;WS=18897406;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr22	18898289	rs441862	G	C	5189.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=88;NR=41;PP=2547;SC=GGAGAGGCCTGGGTGTGGTGA;SOR=1.313;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=130;TCF=88;TCR=42;TR=129;WE=18898297;WS=18898279;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,186:1.00:186
chr22	18898874	.	G	A	473	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=19;MMLQ=29;MQ=59.56;NF=2;NR=19;PP=473;QD=24.1795815499;SC=TGGGGGCAGAGGCTCAGATTC;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=29;TCF=5;TCR=24;TR=21;WE=18898882;WS=18898865;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:8,21:0.72:29
chr22	18898908	.	A	G	117	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=25;MMLQ=29;MQ=58.99;NF=0;NR=7;PP=117;QD=21.6816017925;SC=TGGGGGCAGAAGCTCAGATTC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=5;TCR=11;TR=7;WE=18898916;WS=18898898;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:9,7:0.44:16
chr22	18899016	rs428224	G	A	946.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.62;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=12;NR=9;PP=334;SC=GGGCCTGGGGGTCACTCTGGC;SOR=0.804;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=12;TCR=9;TR=21;WE=18899024;WS=18899006;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr22	18900669	rs383964	A	G	1624.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=38;NR=13;PP=1043;SC=GCTGGAGGCTAAGGGTGTGCT;SOR=3.461;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=55;TCF=38;TCR=17;TR=51;WE=18900677;WS=18900659;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr22	18900750	rs372055	G	A	1232.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.180;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=20;PP=698;ReadPosRankSum=-2.187;SC=AGCCACAGCAGCTGCCGCTCC;SOR=0.706;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=101;TCF=59;TCR=42;TR=47;WE=18900758;WS=18900740;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,60:0.47:129
chr22	18901004	rs450046	C	T	7415.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=288;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQ=59.92;NF=83;NR=126;PP=2965;SC=AAAGTACACCCGGTGGTCAGC;SOR=1.038;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=209;TCF=83;TCR=126;TR=209;WE=18901012;WS=18900994;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,280:1.00:280
chr22	18901090	rs385440	A	G	2727.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=21;NR=61;PP=1749;SC=CACTGTCCCCAGTGCAGGGAT;SOR=2.006;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=82;TCF=21;TCR=61;TR=82;WE=18901098;WS=18901080;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr22	18904414	rs455072	A	G	4511.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=95;NR=62;PP=2820;SC=TGCGCAGTGCAAAGCGCACTG;SOR=1.159;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=158;TCF=96;TCR=62;TR=157;WE=18904422;WS=18904404;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,174:1.00:174
chr22	18904606	rs375115	T	G	1815.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=11;NR=49;PP=1346;SC=GATCCATCCATTGAGCTGGCT;SOR=2.658;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=60;TCF=11;TCR=49;TR=60;WE=18904614;WS=18904596;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr22	18905964	rs2904552	C	T	958.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.884;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=3;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-2.656;NF=16;NR=17;PP=899;ReadPosRankSum=1.694;SC=GCCCTCACGGCGAGCCAGCTC;SOR=0.588;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=45;TCF=21;TCR=24;TR=33;WE=18905986;WS=18905954;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,45:0.65:69
chr22	18905978	rs16983466	G	A	488.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-2.090;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.912;HP=1;HapScore=3;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=2.072;NF=5;NR=7;PP=213;ReadPosRankSum=-1.648;SC=CCAGCTCCACGTCCAGGGTCA;SOR=0.852;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=45;TCF=21;TCR=24;TR=12;WE=18905986;WS=18905954;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,29:0.41:70
chr22	18906839	rs3970551	A	G	282.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-1.922;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-1.877;NF=14;NR=0;PP=206;ReadPosRankSum=0.987;SC=CCTCCATCCCATGAGCTCCCT;SOR=0.576;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=30;TCF=30;TCR=0;TR=14;WE=18906847;WS=18906829;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,14:0.47:30
chr22	18907124	rs1076466	G	A	1823.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.262;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.746;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.475;NF=37;NR=30;PP=1045;ReadPosRankSum=-2.080;SC=AGAGGCGCAGGGGGTGGGAGA;SOR=0.558;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=159;TCF=91;TCR=68;TR=67;WE=18907132;WS=18907114;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:115,87:0.43:202
chr22	18907405	rs9618419	G	T	1061.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-2.689;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=32;PP=690;ReadPosRankSum=0.490;SC=CCAGCCCACAGGAACCCTCTC;SOR=0.765;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=67;TCF=15;TCR=52;TR=42;WE=18907413;WS=18907395;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,48:0.60:80
chr22	18908875	rs1808320	A	G	1501.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=21;NR=21;PP=694;SC=GGGACTACCAAGTGCTTGGAC;SOR=0.726;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=42;TCF=21;TCR=21;TR=42;WE=18908883;WS=18908865;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr22	18910257	rs2008912	C	T	1091.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=3.427;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=46;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=4;PP=870;ReadPosRankSum=1.188;SC=CACTGCCCACCATGCCCCGTG;SOR=0.683;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=76;TCF=68;TCR=8;TR=41;WE=18910265;WS=18910247;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,42:0.55:77
chr22	18910284	rs5844366	AC	A	4262.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=42;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=81;NR=22;PP=2974;SC=CACGGTGCCCACCCCCTCACA;SOR=2.747;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=110;TCF=85;TCR=25;TR=103;WE=18910292;WS=18910274;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,133:1.00:133
chr22	18910301	rs2008904	A	G	8270.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.06;QD=45.69;SOR=1.903;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,181:1.00:181
chr22	18910307	rs2008903	G	A	8716.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.25;QD=42.11;SOR=1.633;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,207:1.00:207
chr22	18910450	rs3216765	CA	C	5812.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.389;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=581;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.522;HP=3;HapScore=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.964;NF=37;NR=91;PP=2970;ReadPosRankSum=0.541;SC=ACTGCAGCTGCAAACGCAGGC;SOR=0.639;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=275;TCF=76;TCR=199;TR=128;WE=18910458;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:287,274:0.49:561
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chr22	18910545	rs2277834	C	T	3748.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.522;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=383;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.380;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=86;PP=2377;ReadPosRankSum=0.794;SC=GGCATGGGCACCTGTGTTTTT;SOR=0.665;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=309;TCF=131;TCR=178;TR=139;WE=18910553;WS=18910535;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:193,187:0.49:380
chr22	18910756	rs2008878	C	G	3031.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=20;NR=75;PP=2172;SC=GCGCAGGGTGCGACAGGGAGG;SOR=2.540;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=96;TCF=20;TCR=76;TR=95;WE=18910764;WS=18910746;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr22	18910825	rs201928442	TC	T	590.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=0.149;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=26;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=12;PP=696;ReadPosRankSum=-0.341;SC=GCCCATGAAGTCCTTGCACAT;SOR=0.412;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=28;TCF=1;TCR=27;TR=12;WE=18910836;WS=18910815;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,16:0.53:30
chr22	18910828	rs1807172	T	G	599.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-1.284;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=26;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=12;PP=710;ReadPosRankSum=1.007;SC=CATGAAGTCCTTGCACATGGC;SOR=0.465;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=25;TCF=1;TCR=24;TR=12;WE=18910836;WS=18910815;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,16:0.55:29
chr22	18912678	rs4819756	A	G	10234.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.613;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=399;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.145;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=117;NR=130;PP=2965;ReadPosRankSum=1.859;SC=CCGAAGGCCCAGTGGGCCTGG;SOR=0.330;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=248;TCF=118;TCR=130;TR=247;WE=18912686;WS=18912668;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,391:1.00:392
chr22	18918760	rs67625420	T	C	1571.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.285;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.501;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=36;PP=869;ReadPosRankSum=-0.406;SC=AACTCTCCTTTCCCAGCAAGG;SOR=0.855;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=98;TCF=25;TCR=73;TR=45;WE=18918768;WS=18918750;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,69:0.53:131
chr22	18923524	rs3815653	G	A	180.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-0.797;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.952;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=2;PP=50;ReadPosRankSum=-1.490;SC=TGCACCCCGCGCACCTGCTCG;SOR=0.307;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=12;TCF=9;TCR=3;TR=6;WE=18923532;WS=18923523;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,10:0.56:18
chr22	18923585	rs1808323	C	G	116.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=1.229;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=-1.904;NF=3;NR=2;PP=23;ReadPosRankSum=1.476;SC=CCAGCAGGCTCCGCGCCAGCT;SOR=0.845;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=16;TCF=8;TCR=8;TR=5;WE=18923593;WS=18923575;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,7:0.35:20
chr22	18923713	rs3815655	G	A	131.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.68;BaseQRankSum=0.061;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=3;PP=28;ReadPosRankSum=3.080;SC=CCCGCTGCGGGCTGCTCGCGG;SOR=0.765;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=8;TCF=2;TCR=6;TR=4;WE=18923721;WS=18923703;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,8:0.44:18
chr22	18923745	rs2008720	G	T	67.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.124;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=5.65;ReadPosRankSum=0.078;SOR=0.760;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,5:0.42:12
chr22	18923848	rs375706100	TCCCGC	T	98.25	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=32.75;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr22	19077049	rs2800960	C	T	1031.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.668;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.084;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=31;PP=685;ReadPosRankSum=-0.343;SC=TGGCAGTAGGCCAGCAAACCA;SOR=1.063;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=78;TCF=17;TCR=61;TR=38;WE=19077057;WS=19077039;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,44:0.49:89
chr22	19122498	rs2240110	C	T	736.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=2.189;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.580;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=7;PP=546;ReadPosRankSum=0.290;SC=TGCCTCCACACGGTCAGGGCA;SOR=1.181;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=58;TCF=43;TCR=15;TR=32;WE=19122506;WS=19122488;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,33:0.48:69
chr22	19137658	rs34341950	G	A	136.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.401;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.22;ReadPosRankSum=0.925;SOR=0.743;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,9:0.41:22
chr22	19163577	rs35359423	C	CAT	2841.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.598;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=7;PP=2249;ReadPosRankSum=0.292;SC=GCACTGGAATCGTGAGACAAA;SOR=1.522;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=45;TCF=38;TCR=7;TR=45;WE=19163585;WS=19163567;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,65:0.98:66
chr22	19172006	rs1018764	T	C	10658.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=398;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=114;NR=93;PP=2965;SC=TCTCCCCCGCTGGCATGCTGC;SOR=0.826;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=207;TCF=114;TCR=93;TR=207;WE=19172014;WS=19171988;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,397:1.00:397
chr22	19184095	rs1061325	T	C	5631.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.556;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=224;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=114;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.657;SC=TCAGTGAACATGCCCATGTGG;SOR=0.556;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=171;TCF=56;TCR=115;TR=170;WE=19184103;WS=19184085;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,216:1.00:217
chr22	19187375	rs9605957	G	A	4131.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=40;NR=82;PP=2493;SC=GGGCAAGCGTGAGGGTCCCCA;SOR=1.334;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=123;TCF=40;TCR=83;TR=122;WE=19187383;WS=19187365;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,153:1.00:153
chr22	19187427	rs2236759	C	G	1946.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=8;NR=50;PP=1506;SC=ACAAGGCACACAGTTGCAAAT;SOR=3.223;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=59;TCF=9;TCR=50;TR=58;WE=19187435;WS=19187417;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr22	19188855	.	G	C	1224.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.231;ClippingRankSum=0.000;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.323;NF=27;NR=13;PP=649;ReadPosRankSum=-0.275;SC=TCCACGTCCGGGTGCTGCTGG;SOR=0.727;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=61;TCF=42;TCR=19;TR=40;WE=19188863;WS=19188845;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,53:0.62:86
chr22	19189003	rs11386977	A	AC	8562.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=240;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=23;NR=80;PP=2936;SC=GCGGTCTCCAACTACGGATAA;SOR=0.746;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=107;TCF=25;TCR=82;TR=103;WE=19189011;WS=19188993;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,232:1.00:232
chr22	19197896	rs698423	T	C	6349.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=248;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=82;NR=81;PP=2709;SC=CCTCATACAGTGCGCTGCTGA;SOR=0.693;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=163;TCF=82;TCR=81;TR=163;WE=19197904;WS=19197886;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,246:1.00:246
chr22	19211665	rs9604935	C	T	1341.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=10;NR=32;PP=854;SC=GATGACCCTGCTCCACTCTCC;SOR=2.078;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=42;TCF=10;TCR=32;TR=42;WE=19211673;WS=19211655;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr22	19217613	rs2800963	C	T	143.53	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.943;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=5.304;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.49;MQRankSum=-0.213;QD=11.04;ReadPosRankSum=0.305;SOR=3.442;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,11:0.85:13
chr22	19217617	rs113338080	C	T	144.53	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.290;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=5.611;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.40;MQRankSum=-0.204;QD=10.32;ReadPosRankSum=-0.667;SOR=3.611;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,12:0.86:14
chr22	19217621	rs9306213	G	T	144.53	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.806;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=5.611;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.30;MQRankSum=-0.204;QD=10.32;ReadPosRankSum=-1.112;SOR=3.611;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,12:0.86:14
chr22	19220648	rs807458	G	T	2243.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=42;NR=17;PP=1254;SC=TCAACCACACGTGAGTAATCT;SOR=1.552;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=61;TCF=43;TCR=18;TR=59;WE=19220656;WS=19220638;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr22	19318622	rs1210690	T	C	863.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=23;NR=1;PP=686;SC=AGCAGCATGGTGCCTGCAGCA;SOR=4.332;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=24;TCF=23;TCR=1;TR=24;WE=19318630;WS=19318612;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
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chr22	19455871	rs756657	A	C	2994.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.972;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=38;PP=1183;ReadPosRankSum=-0.891;SC=GCAAATTATAAGGCCCTGCGT;SOR=0.918;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=66;TCF=27;TCR=39;TR=64;WE=19455879;WS=19455861;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,116:0.98:118
chr22	19458224	rs5993648	C	T	973.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=15;NR=10;PP=454;SC=TTTGGCCTTCCGAAGTGCTGG;SOR=0.927;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=15;TCR=10;TR=25;WE=19458232;WS=19458214;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr22	19462466	rs5746744	C	G	571.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=5;PP=358;SC=ATGCCCTCCACGGACAATTCA;SOR=1.402;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=11;TCR=5;TR=16;WE=19462474;WS=19462456;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr22	19467652	rs5748232	T	C	11112.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.887;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=429;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=155;NR=141;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.487;SC=CGGGTCGCCGTGTTCAGCCGG;SOR=0.788;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=296;TCF=155;TCR=141;TR=296;WE=19467660;WS=19467642;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,417:1.00:419
chr22	19468655	rs5993650	C	T	2911.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=19;NR=66;PP=1846;SC=ATAGATTAAGCGTGTATTTAA;SOR=2.235;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=85;TCF=19;TCR=66;TR=85;WE=19468663;WS=19468645;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr22	19470493	.	C	CT	134.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.029;ClippingRankSum=0.000;DP=122;ExcessHet=3.0103;FS=4.597;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.09;MQRankSum=1.304;QD=1.87;ReadPosRankSum=0.727;SOR=0.255;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:52,20:0.28:72
chr22	19471609	rs737858	A	G	2158.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=48;PP=1400;SC=CTGCCAGGCCAAGGTGTACTG;SOR=2.368;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=58;TCF=10;TCR=48;TR=58;WE=19471617;WS=19471599;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
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chr22	19504318	rs2073733	G	A	5676.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.053;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=263;ExcessHet=3.0103;FS=5.690;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=26.40;ReadPosRankSum=0.556;SOR=2.037;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,214:1.00:215
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chr22	19511925	rs885985	G	A	10451.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=397;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=84;NR=136;PP=2965;SC=CGCACCTCCTGGGTCTGCCAG;SOR=1.012;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=222;TCF=85;TCR=137;TR=220;WE=19511933;WS=19511915;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,393:1.00:393
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chr22	19712094	rs1059196	C	T	577.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=8;NR=5;PP=202;SC=TGGACCGGTCCCCGCCTCCTC;SOR=0.874;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=14;TCF=8;TCR=6;TR=13;WE=19712102;WS=19712084;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr22	19747082	rs737868	G	C	1671.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.536;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.444;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=17;PP=811;ReadPosRankSum=1.359;SC=TGGTTGCAGCGGAGGCGGCGG;SOR=0.531;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=106;TCF=78;TCR=28;TR=58;WE=19747090;WS=19747072;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,77:0.55:141
chr22	19748456	.	G	T	647.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.061;ClippingRankSum=0.000;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=2.201;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.80;ReadPosRankSum=-0.010;SOR=0.421;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,34:0.57:60
chr22	19751829	rs2301558	C	T	6584.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.556;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=755;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.76;ReadPosRankSum=-1.178;SOR=0.676;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:410,342:0.45:752
chr22	19766782	rs4819522	C	T	8765.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-1.196;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=349;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.056;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=95;NR=94;PP=2965;ReadPosRankSum=1.373;SC=AAAGCTGAGACGTCTAGGAAC;SOR=0.232;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=192;TCF=96;TCR=96;TR=189;WE=19766790;WS=19766772;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,343:0.99:347
chr22	19794366	rs737860	C	A	3636.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=29;NR=63;PP=2026;SC=GCGATTAGCCCGGGCTGCTGT;SOR=1.389;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=93;TCF=30;TCR=63;TR=92;WE=19794374;WS=19794356;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr22	19808769	rs5748449	C	T	1973.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-2.695;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.510;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=26;PP=578;ReadPosRankSum=-1.264;SC=GAGGAGCGGGCGCCCCTGAGC;SOR=0.676;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=113;TCF=57;TCR=56;TR=50;WE=19808777;WS=19808759;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:104,101:0.49:205
chr22	19867771	rs1139795	C	T	4622.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-1.428;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=487;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.519;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=83;NR=69;PP=2169;ReadPosRankSum=0.552;SC=CATACTCCAGCGGGGTGAAGA;SOR=0.743;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=281;TCF=154;TCR=127;TR=152;WE=19867779;WS=19867761;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:252,233:0.48:485
chr22	19867914	rs13054713	C	A	3309.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.238;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=316;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=60;PP=2009;ReadPosRankSum=1.264;SC=GAGCAGGCTGCAAGCACAGTA;SOR=0.686;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=223;TCF=103;TCR=120;TR=112;WE=19867922;WS=19867904;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:156,149:0.49:305
chr22	19868218	rs1139793	A	G	7237.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=263;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQ=60.04;NF=65;NR=126;PP=2965;SC=CATGATCGCTATGGGTGTCAG;SOR=1.288;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=192;TCF=65;TCR=127;TR=191;WE=19868226;WS=19868208;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,260:1.00:260
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chr22	19871097	rs13057374	C	G	570.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-1.887;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.273;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=13;PP=332;ReadPosRankSum=0.520;SC=GCAGTGGCTCCTGCCTGTAAT;SOR=0.285;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=38;TCF=15;TCR=23;TR=23;WE=19871105;WS=19871087;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,27:0.57:47
chr22	19905868	rs34776119	G	T	701.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=1.066;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.972;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=24;PP=465;ReadPosRankSum=-2.061;SC=TTTTAAAGGTGGCAAAACGTG;SOR=1.565;SbPval=0.97;Source=Platypus;TC=73;TCF=19;TCR=54;TR=27;WE=19905876;WS=19905858;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,34:0.39:88
chr22	19906306	rs3747067	C	G	262.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.078;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=2;PP=92;ReadPosRankSum=-0.259;SC=GAGGGCTCATCGAGGATAAGC;SOR=0.620;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=32;TCF=24;TCR=8;TR=9;WE=19906314;WS=19906296;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,14:0.36:39
chr22	19950235	rs4633	C	T	10940.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=421;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=119;NR=109;PP=2965;SC=TCCTGAACCACGTGCTGCAGC;SOR=0.737;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=228;TCF=119;TCR=109;TR=228;WE=19950243;WS=19950225;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,419:1.00:419
chr22	19951271	rs4680	G	A	13898.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=532;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=159;NR=167;PP=2965;SC=TTTCGCTGGCGTGAAGGACAA;SOR=0.764;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=329;TCF=160;TCR=169;TR=326;WE=19951279;WS=19951261;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,522:1.00:522
chr22	19951897	rs4646315	G	C	3010.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.039;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=257;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.183;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=65;PP=1706;ReadPosRankSum=-2.203;SC=CCTCTCCAAAGAGCCAGGCAT;SOR=0.562;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=186;TCF=60;TCR=126;TR=98;WE=19951905;WS=19951887;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:118,136:0.54:254
chr22	19954916	rs113895332	A	AT	481.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.329;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=397;ExcessHet=3.0103;FS=2.451;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.34;ReadPosRankSum=0.834;SOR=0.890;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:283,76:0.21:359
chr22	19956262	rs362204	G	GC	2939.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.048;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.227;HP=7;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.251;NF=2;NR=60;PP=1829;ReadPosRankSum=-1.256;SC=GGCCCTGACTGCCCCCCCGGC;SOR=2.078;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=71;TCF=2;TCR=69;TR=62;WE=19956270;WS=19956252;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,102:0.96:106
chr22	19958669	rs165849	G	A	13018.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=506;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=189;NR=126;PP=2965;SC=TGCAGGCAGCGGAGACTAACA;SOR=1.020;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=317;TCF=190;TCR=127;TR=315;WE=19958677;WS=19958659;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,490:1.00:490
chr22	19959366	rs165824	G	A	6903.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.813;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=266;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=114;NR=64;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.544;SC=CCCTAGACACGGGGCCTCACC;SOR=1.183;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=180;TCF=115;TCR=65;TR=178;WE=19959374;WS=19959356;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,261:0.99:263
chr22	19959473	rs165815	C	T	12376.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.624;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=483;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=141;NR=157;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.819;SC=CCGCTCCCTCCGGTCCACCGT;SOR=0.768;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=299;TCF=141;TCR=158;TR=298;WE=19959481;WS=19959463;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,471:1.00:473
chr22	19959955	rs2073744	A	G	13767.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=486;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=100;NR=270;PP=2965;SC=GGAGGAGGAGACGGGCTGCAT;SOR=1.750;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=370;TCF=100;TCR=270;TR=370;WE=19959963;WS=19959945;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,475:1.00:475
chr22	19960184	rs71313931	C	G	1559.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.978;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.00;ReadPosRankSum=1.279;SOR=0.646;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:44,60:0.58:104
chr22	19960188	rs2518823	T	C	4375.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=83;NR=24;PP=1904;SC=CTCCTTCACCTTCACCCAAGG;SOR=2.432;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=109;TCF=83;TCR=26;TR=107;WE=19960206;WS=19960174;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr22	19960198	rs71313932	G	C	1814.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.282;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FS=0.789;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.75;ReadPosRankSum=1.433;SOR=0.810;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:51,72:0.59:123
chr22	19964418	rs2240718	T	G	6349.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.869;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=255;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=114;PP=2965;ReadPosRankSum=1.055;SC=CCACCAGGGGTACAAGAAGAG;SOR=1.287;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=174;TCF=59;TCR=115;TR=172;WE=19964426;WS=19964407;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,239:0.99:241
chr22	19968971	rs2073748	G	A	1488.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-1.608;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.662;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=31;PP=968;ReadPosRankSum=-0.008;SC=ACCAGGGCCTGGGCCAAGGGG;SOR=0.782;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=113;TCF=55;TCR=58;TR=58;WE=19968979;WS=19968961;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,66:0.53:125
chr22	19969075	rs2073747	A	G	6566.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=249;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=80;NR=60;PP=2783;SC=AGCCACCCCCACTGCTGAGGT;SOR=0.894;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=140;TCF=80;TCR=60;TR=140;WE=19969083;WS=19969065;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,249:1.00:249
chr22	19969106	rs2240717	A	G	2973.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.962;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=292;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.540;HP=3;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=34;PP=1050;ReadPosRankSum=-2.334;SC=GAGTGTGGCCACTGGGCCACC;SOR=0.552;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=163;TCF=91;TCR=72;TR=73;WE=19969114;WS=19969096;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:144,147:0.51:291
chr22	19974583	rs7284393	A	G	4099.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.056;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=569;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.29;ReadPosRankSum=-0.535;SOR=0.682;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:340,222:0.40:562
chr22	19974654	rs7292055	G	A	1606.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=0.313;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.105;HP=4;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=36;PP=839;ReadPosRankSum=-0.409;SC=AGCAGCGGGGGAGGCGGTGGC;SOR=0.806;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=131;TCF=50;TCR=81;TR=55;WE=19974662;WS=19974644;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:125,84:0.40:209
chr22	19978022	rs4819527	C	T	2996.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.847;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.275;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=70;NR=26;PP=1676;ReadPosRankSum=-0.656;SC=AATAAGCGAGCGCATGCTGGC;SOR=0.930;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=150;TCF=108;TCR=42;TR=96;WE=19978030;WS=19978012;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,133:0.60:221
chr22	20020889	rs9605051	T	C	2415.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.686;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=276;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.017;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=69;PP=1218;ReadPosRankSum=-0.300;SC=CTGCTGCCCCTGCACCCTGGC;SOR=0.777;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=211;TCF=55;TCR=156;TR=93;WE=20020897;WS=20020879;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:153,121:0.44:274
chr22	20039867	rs3804046	C	T	605.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.048;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=4.373;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.12;ReadPosRankSum=0.274;SOR=0.272;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,29:0.58:50
chr22	20043700	rs113449283	A	G	3111.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-1.443;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=383;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.549;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=35;PP=1439;ReadPosRankSum=-1.897;SC=GCACCTGGACACTTCAGAGAG;SOR=0.910;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=219;TCF=130;TCR=89;TR=99;WE=20043708;WS=20043690;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:216,165:0.43:381
chr22	20049244	rs2286481	C	T	334.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=0.292;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.217;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=12;PP=242;ReadPosRankSum=1.224;SC=GCCCCAGTGTCCCGCCACCAG;SOR=1.387;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=31;TCF=10;TCR=21;TR=16;WE=20049252;WS=20049234;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,16:0.47:34
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chr22	20082074	rs2286926	C	T	153.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=2.062;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.798;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=0;PP=130;ReadPosRankSum=-0.315;SC=GCTTTTCCTTCTGTCCTCTCC;SOR=2.419;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=13;TCR=1;TR=7;WE=20082082;WS=20082073;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,7:0.37:19
chr22	20096314	rs146291827	G	GCGCCTACCTTGCCAGACCCTGGGCA	725.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=2.030;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.893;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=4.544;NF=7;NR=2;PP=1376;ReadPosRankSum=1.023;SC=GACCCTGGGCGCGCCTGCCTT;SOR=1.284;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=36;TCF=31;TCR=5;TR=9;WE=20096322;WS=20096304;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,14:0.32:44
chr22	20100596	rs1633445	T	C	6006.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-2.382;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=578;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.522;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=77;NR=101;PP=2060;ReadPosRankSum=1.701;SC=AGCCACCCCATGTGTCCTCGT;SOR=0.794;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=344;TCF=154;TCR=190;TR=178;WE=20100604;WS=20100586;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:268,302:0.53:570
chr22	20100911	rs73877139	C	T	1819.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.381;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=50;PP=1632;ReadPosRankSum=0.567;SC=GCAGGGGTGGCGGCTGCCCCC;SOR=0.702;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=232;TCF=132;TCR=100;TR=113;WE=20100919;WS=20100901;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:96,93:0.49:189
chr22	20102090	rs885980	T	C	2742.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.216;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=330;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.335;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=37;PP=1157;ReadPosRankSum=-0.142;SC=CAGGGACTCATGGCTACCTGG;SOR=0.781;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=215;TCF=123;TCR=92;TR=91;WE=20102098;WS=20102080;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:180,141:0.44:321
chr22	20104301	rs395446	T	C	1225.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=2.333;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.211;HP=4;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=35;PP=1432;ReadPosRankSum=-1.311;SC=TTTCCTCCCCTATCGCACCTG;SOR=0.958;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=186;TCF=100;TCR=86;TR=75;WE=20104309;WS=20104291;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,64:0.44:147
chr22	20109677	rs11705021	G	A	665.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.792;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.998;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=8;PP=406;ReadPosRankSum=1.303;SC=GGGCTGGGGCGTTCGTGGAGG;SOR=0.979;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=47;TCF=30;TCR=17;TR=25;WE=20109685;WS=20109667;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,31:0.50:62
chr22	20113777	rs175163	T	C	79.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.497;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=0;PP=28;ReadPosRankSum=-0.241;SC=AGGGCATGTCTCTTCCACTGC;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=7;TCR=1;TR=3;WE=20113785;WS=20113772;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,4:0.44:9
chr22	20116906	rs175168	C	T	1298.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-2.033;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.127;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=13;PP=341;ReadPosRankSum=-1.133;SC=GAAGGCCCCTCGGAATGGCTG;SOR=0.510;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=82;TCF=49;TCR=33;TR=31;WE=20116914;WS=20116896;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,68:0.48:142
chr22	20127554	rs175174	A	G	1948.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.042;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=237;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.017;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=32;PP=1037;ReadPosRankSum=1.224;SC=GGTTGGGAGGAGGTTTGTCCA;SOR=0.621;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=171;TCF=98;TCR=73;TR=72;WE=20127562;WS=20127544;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:137,98:0.42:235
chr22	20131079	rs140129372	G	A	2929.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.030;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=327;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.360;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=46;PP=1396;ReadPosRankSum=-2.150;SC=CGCGGACGTCGTCCTCCTCCC;SOR=0.610;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=226;TCF=125;TCR=101;TR=101;WE=20131087;WS=20131069;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:161,145:0.47:306
chr22	20132972	rs175179	A	G	260.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.208;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=7;PP=156;ReadPosRankSum=0.747;SC=CCAGGACCCCACAGCGCACCC;SOR=0.710;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=32;TCF=14;TCR=18;TR=14;WE=20132980;WS=20132962;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,16:0.38:42
chr22	20136108	rs175180	C	T	273.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=3.150;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.862;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=2;PP=154;ReadPosRankSum=0.057;SC=GTCGCCTGGCCTCCTTGCTGG;SOR=1.755;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=22;TCF=15;TCR=7;TR=9;WE=20136116;WS=20136106;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,12:0.48:25
chr22	20136263	rs175181	G	A	941.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.589;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.20;ReadPosRankSum=0.301;SOR=0.722;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:96,56:0.37:152
chr22	20136606	rs73877146	T	C	1548.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-2.092;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.770;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=21;PP=826;ReadPosRankSum=-1.059;SC=CGATGCCCCCTGCCCTGGACC;SOR=0.477;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=86;TCF=57;TCR=29;TR=58;WE=20136614;WS=20136596;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,69:0.66:104
chr22	20137723	rs139050179	C	T	1571.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.317;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=245;ExcessHet=3.0103;FS=1.636;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.74;MQRankSum=-0.263;QD=6.99;ReadPosRankSum=-1.822;SOR=0.813;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:133,92:0.41:225
chr22	20137822	rs3887519	C	G	738.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.921;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FS=9.107;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.80;MQRankSum=-1.147;QD=8.90;ReadPosRankSum=0.124;SOR=1.449;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:48,35:0.42:83
chr22	20137948	.	G	GTGGGGC	386.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=2.066;ClippingRankSum=0.000;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=0;PP=994;ReadPosRankSum=-0.671;SC=CAGGCGGTGGGTGGGGCTGGG;SOR=0.289;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=18;TCR=0;TR=9;WE=20137956;WS=20137938;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,10:0.36:28
chr22	20138105	rs73391926	T	C	2587.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=2.472;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=265;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=36;PP=1230;ReadPosRankSum=0.022;SC=CTCCCTCCCGTGACAGGGGTG;SOR=0.686;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=168;TCF=100;TCR=68;TR=86;WE=20138113;WS=20138095;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:136,124:0.48:260
chr22	20255020	rs854929	T	C	5712.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=120;NR=50;PP=2965;SC=CTGCAGATGGTGGGCGTTGCT;SOR=1.609;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=171;TCF=120;TCR=51;TR=170;WE=20255028;WS=20255010;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,199:1.00:199
chr22	20255248	rs117475224	G	A	2462.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.243;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=314;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.645;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=74;PP=1743;ReadPosRankSum=-0.836;SC=TAACCCCTTGGTGGCCGGGGC;SOR=0.919;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=223;TCF=48;TCR=175;TR=92;WE=20255256;WS=20255238;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:181,128:0.41:309
chr22	20295420	rs4425183	G	T	818.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.113;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=12;PP=321;ReadPosRankSum=0.330;SC=AGCCTGTGCAGCAGAGATCGG;SOR=0.646;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=52;TCF=27;TCR=25;TR=24;WE=20295428;WS=20295410;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,41:0.51:81
chr22	20303854	rs5993964	G	A	484.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-1.059;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=11;PP=274;ReadPosRankSum=-0.167;SC=GGTGTCTGCAGTGGGGAGGAT;SOR=0.542;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=29;TCF=11;TCR=18;TR=19;WE=20303862;WS=20303844;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,23:0.64:36
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chr22	20378890	.	T	TCTA	1419.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=39.44;QD=43.02;SOR=1.542;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
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chr22	20385739	rs146242498	TTGTC	T	4496.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.64;BaseQRankSum=-3.558;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=258;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.094;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-9.974;NF=0;NR=25;PP=1053;ReadPosRankSum=1.392;SC=AAGAACTTGATTGTCTGGCCG;SOR=0.562;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=80;TCF=18;TCR=62;TR=25;WE=20385750;WS=20385729;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:140,118:0.46:258
chr22	20394502	rs201085493	C	T	367.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-3.138;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.953;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-5.812;NF=21;NR=17;PP=556;ReadPosRankSum=2.575;SC=AGGTGGTTTCCGAAGCACTGC;SOR=0.237;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=73;TCF=45;TCR=28;TR=38;WE=20394510;WS=20394492;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,24:0.36:66
chr22	20394526	rs201289136	C	T	253.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.519;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FS=3.134;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.40;MQRankSum=-6.984;QD=2.56;ReadPosRankSum=3.459;SOR=0.409;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:75,24:0.24:99
chr22	20718525	rs2277833	T	C	1332.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.744;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FS=12.235;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=40.83;MQRankSum=0.127;QD=6.70;ReadPosRankSum=0.439;SOR=0.159;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:139,60:0.30:199
chr22	20718692	rs1807536	G	A	7916.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.609;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=536;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.921;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-3.414;NF=67;NR=161;PP=2962;ReadPosRankSum=1.616;SC=CCCGAGGCCCGACTCTGGGAC;SOR=0.543;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=365;TCF=105;TCR=260;TR=228;WE=20718700;WS=20718682;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:193,343:0.64:536
chr22	20718726	rs28540966	T	C	1223.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-4.393;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=239;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.240;HP=2;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.468;NF=10;NR=49;PP=650;ReadPosRankSum=-0.787;SC=AAAACAGTCCTGACCCACGGC;SOR=0.800;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=193;TCF=39;TCR=154;TR=59;WE=20718734;WS=20718716;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:165,74:0.31:239
chr22	20721783	rs148842077	A	G	709.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.276;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=4.648;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.24;MQRankSum=-3.392;QD=12.45;ReadPosRankSum=-2.494;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,31:0.54:57
chr22	20743771	rs361766	C	T	1794.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-2.939;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.669;HP=4;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=18;PP=1178;ReadPosRankSum=-0.282;SC=GCGCCTGGGGCATGACTGCCC;SOR=0.776;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=151;TCF=117;TCR=34;TR=76;WE=20743779;WS=20743761;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,81:0.49:165
chr22	20744008	.	G	A	1488.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.819;ClippingRankSum=0.000;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.013;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=49;PP=987;ReadPosRankSum=-0.683;SC=CACTTCAAATGTAAGCAATTA;SOR=1.001;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=150;TCF=38;TCR=112;TR=64;WE=20744016;WS=20743998;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:107,72:0.40:179
chr22	20744977	rs78154936	A	G	5260.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.168;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=486;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.430;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=75;NR=70;PP=2354;ReadPosRankSum=-0.813;SC=CCATCTCACAACAAACTAGAA;SOR=0.564;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=326;TCF=173;TCR=153;TR=145;WE=20744985;WS=20744967;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:234,248:0.51:482
chr22	20745201	rs362125	A	G	1030.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=1.268;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-1.658;NF=8;NR=26;PP=1719;ReadPosRankSum=0.499;SC=ACAGTGAGGCACACACACACA;SOR=0.724;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=62;TCF=15;TCR=47;TR=34;WE=20745214;WS=20745191;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,43:0.58:74
chr22	20745206	rs10683060	C	CAT	904.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.706;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.811;NF=1;NR=18;PP=1436;ReadPosRankSum=0.624;SC=GAGGCACACACACACATACAC;SOR=0.724;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=47;TCF=2;TCR=45;TR=19;WE=20745214;WS=20745191;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,26:0.39:67
chr22	20749051	rs112010963	C	CT	997.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.368;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=300;ExcessHet=3.0103;FS=0.652;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.29;MQRankSum=2.822;QD=5.17;ReadPosRankSum=-0.708;SOR=0.758;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:110,83:0.43:193
chr22	20755098	rs1990249	A	G	3143.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.712;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=341;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.302;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=54;PP=1414;ReadPosRankSum=-0.305;SC=GCCTTCTTCTACATGGTAGAT;SOR=0.621;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=197;TCF=72;TCR=125;TR=89;WE=20755106;WS=20755088;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:184,153:0.45:337
chr22	20755226	rs4581986	A	G	441.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-4.109;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=17;PP=348;ReadPosRankSum=0.751;SC=GAAGTCCCCAAGGGACAGCGT;SOR=0.512;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=37;TCF=1;TCR=36;TR=18;WE=20755234;WS=20755216;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,18:0.45:40
chr22	20759534	rs5761555	A	G	526.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-1.021;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.075;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=5;PP=330;ReadPosRankSum=-0.898;SC=CTCTGCCTGCACCTTCCAGCC;SOR=0.960;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=56;TCF=42;TCR=14;TR=26;WE=20759542;WS=20759524;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,28:0.44:64
chr22	20779946	rs759612	C	G	1051.77	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.82;SOR=1.051;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr22	20779946	.	CG	GC	742	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;FR=1.0000;HP=1;HapScore=1;MGOF=27;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=7;NR=10;PP=742;QD=46.7922279331;SC=TTGCCGCGCACGTCAGCGGCC;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=7;TCR=10;TR=17;WE=20779955;WS=20779936;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr22	20779947	rs759611	G	C	1051.77	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.82;SOR=1.051;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr22	20779973	rs5844418	C	CG	559.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=6;PP=359;SC=GAGGCAGCCTCGGCGCGCTTC;SOR=1.061;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=12;TCF=5;TCR=7;TR=11;WE=20779981;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr22	20780024	rs5844420	G	GC	1552.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=34;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=9;PP=975;SC=AGAGGCCGGGGCGCGGCGCGC;SOR=1.473;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=23;TCF=14;TCR=9;TR=23;WE=20780039;WS=20780014;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr22	20780029	rs370015834	G	GC	1647.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=47.08;SOR=1.885;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr22	20780031	rs2329378	G	C	1619.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.78;SOR=1.802;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr22	20780091	rs759610	C	G	5238.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.16;SOR=1.093;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr22	20780097	rs759609	G	C	5327.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.67;SOR=1.115;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr22	20783721	rs8137004	C	T	2485.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=29;NR=43;PP=1738;SC=AGGGGCGGGGCCACGTCCGGG;SOR=1.039;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=72;TCF=29;TCR=43;TR=72;WE=20783729;WS=20783711;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr22	20811930	rs362087	C	A	811.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=21;NR=3;PP=541;SC=CTCATGGGGCCTCATCAATGC;SOR=3.258;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=24;TCF=21;TCR=3;TR=24;WE=20811938;WS=20811926;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr22	20843885	rs165613	T	G	633.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=16;NR=3;PP=477;SC=CTCCCCAATTTTAAAAAGAGA;SOR=3.056;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=19;TCF=16;TCR=3;TR=19;WE=20843893;WS=20843875;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr22	20862646	rs5750324	T	G	10416.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=397;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=112;NR=126;PP=2965;SC=TCAGAGGAACTCTAGCCCCTC;SOR=0.794;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=238;TCF=112;TCR=126;TR=238;WE=20862654;WS=20862636;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,395:1.00:395
chr22	20891259	rs2269830	C	A	671.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=21;NR=2;PP=565;SC=TTCCCATATGCCTCTCCTGGA;SOR=3.912;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=22;TCR=2;TR=23;WE=20891267;WS=20891258;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr22	20891545	rs4821915	A	G	2018.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=19;NR=41;PP=1297;SC=AGAGGAGAGCATCACAGACTC;SOR=1.457;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=60;TCF=19;TCR=41;TR=60;WE=20891553;WS=20891535;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr22	20891568	rs2269831	G	A	1306.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=25;PP=807;SC=GAACCCCTCTGTTGGGTGTCC;SOR=1.345;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=39;TCF=14;TCR=25;TR=39;WE=20891576;WS=20891558;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr22	20920813	rs71769813	ACAG	A	210.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.680;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=276;ExcessHet=3.0103;FS=1.479;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.02;MQRankSum=1.984;QD=0.85;ReadPosRankSum=1.399;SOR=0.532;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:213,36:0.14:249
chr22	20937601	rs165643	C	T	1027.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.365;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FS=1.479;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.78;ReadPosRankSum=-0.042;SOR=0.852;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:64,53:0.45:117
chr22	20938775	rs165747	T	C	4299.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-2.295;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.379;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=56;PP=1490;ReadPosRankSum=-0.748;SC=CTGGGAGTGCTGCTGAGAGGG;SOR=0.510;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=100;TCF=44;TCR=56;TR=98;WE=20938783;WS=20938765;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,171:0.99:172
chr22	20940794	rs93173	G	A	8730.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=0.364;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=774;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=145;NR=95;PP=2962;ReadPosRankSum=0.399;SC=GCACTGCCGGGTGTGCCAGGA;SOR=0.735;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=440;TCF=261;TCR=179;TR=240;WE=20940802;WS=20940784;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:348,420:0.55:768
chr22	21034809	rs28668558	G	A	1020.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=20;NR=7;PP=538;SC=GAATCAAAGAGCTCCTCAACC;SOR=1.609;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=20;TCR=7;TR=27;WE=21034817;WS=21034799;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr22	21045651	rs5760036	C	T	2007.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-1.779;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.127;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=35;PP=807;ReadPosRankSum=3.405;SC=CCTCCCGGGACGAAAGCGGAA;SOR=0.579;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=121;TCF=50;TCR=71;TR=61;WE=21045659;WS=21045641;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:93,100:0.52:193
chr22	21062268	rs13471	G	T	501.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=1.427;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=8;PP=368;ReadPosRankSum=0.295;SC=CAGGGAGGTCGCAGGGCTCCA;SOR=0.732;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=34;TCF=22;TCR=12;TR=24;WE=21062276;WS=21062258;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,23:0.53:43
chr22	21064120	rs146546335	G	A	759.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.821;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.303;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-3.934;NF=27;NR=2;PP=618;ReadPosRankSum=1.505;SC=TACATGAAAGGTACCTATCTT;SOR=2.391;SbPval=0.95;Source=Platypus;TC=53;TCF=44;TCR=9;TR=29;WE=21064128;WS=21064110;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,30:0.53:57
chr22	21064356	rs5760149	A	C	2824.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=25;NR=64;PP=1980;SC=AGTCCTGTGGACTGGCTGATG;SOR=1.921;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=91;TCF=26;TCR=65;TR=89;WE=21064364;WS=21064346;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr22	21064387	rs5760150	C	T	815.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-3.279;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.603;HP=3;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.212;NF=8;NR=26;PP=567;ReadPosRankSum=-1.042;SC=CAGGTGTGGGCTCCTGCCACC;SOR=0.391;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=64;TCF=13;TCR=51;TR=34;WE=21064395;WS=21064377;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,35:0.53:66
chr22	21066789	rs5996654	A	G	624.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.287;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-2.414;NF=8;NR=16;PP=299;ReadPosRankSum=-0.228;SC=GGAAGGCCAGAGTGGACTCAT;SOR=0.679;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=71;TCF=25;TCR=46;TR=24;WE=21066797;WS=21066779;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,36:0.35:103
chr22	21066897	rs1135929	G	A	119.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.808;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=40.00;MQRankSum=0.000;QD=7.49;ReadPosRankSum=0.219;SOR=0.340;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,6:0.38:16
chr22	21066930	rs2629351	T	C	87.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=40.00;QD=21.76;SOR=3.258;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr22	21068850	rs5760167	T	G	3264.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.131;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=339;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.896;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.848;NF=54;NR=41;PP=1332;ReadPosRankSum=0.793;SC=GCACCCATGATGCAGCCGAGA;SOR=0.816;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=200;TCF=105;TCR=95;TR=95;WE=21068858;WS=21068840;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:174,163:0.48:337
chr22	21068878	rs2329478	C	T	3488.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.967;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=355;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.164;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.043;NF=40;NR=59;PP=1433;ReadPosRankSum=0.115;SC=CGCACGCGGACGCGTGGAAGT;SOR=0.852;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=196;TCF=92;TCR=104;TR=99;WE=21068886;WS=21068868;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:178,175:0.50:353
chr22	21073122	rs1807692	G	A	3646.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQ=59.99;NF=35;NR=56;PP=1637;SC=TGCCAAGGAAGCAAAGAGGCT;SOR=1.032;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=91;TCF=35;TCR=56;TR=91;WE=21073130;WS=21073112;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,141:1.00:141
chr22	21075537	rs5751800	A	C	882.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.085;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.39;ReadPosRankSum=-2.212;SOR=0.614;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:47,47:0.50:94
chr22	21079909	rs5751806	A	G	1044.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.077;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.440;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=18;ReadPosRankSum=0.156;SC=GGAGATGGGCACAGTGGCTCA;SOR=0.865;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=89;TCF=42;TCR=47;TR=31;WE=21079917;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,54:0.44:124
chr22	21080721	rs11462205	T	TG	6686.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.926;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.153;NF=46;NR=50;PP=2936;ReadPosRankSum=2.298;SC=GGGCACAAGCTGGTGTGGAAC;SOR=1.155;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=97;TCF=46;TCR=51;TR=96;WE=21080729;WS=21080711;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,193:0.99:195
chr22	21081964	rs4820583	C	T	2809.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=44;NR=18;PP=1318;SC=AGTTGCCAAGCGGCTGTTTTT;SOR=1.314;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=63;TCF=45;TCR=18;TR=62;WE=21081972;WS=21081954;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr22	21087860	rs368649547	G	T	249.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-3.642;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.821;NF=10;NR=0;PP=168;ReadPosRankSum=-0.239;SC=AGGGCTGAAGGGTATTTAAAT;SOR=1.244;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=16;TCR=0;TR=10;WE=21087868;WS=21087859;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,10:0.62:16
chr22	21088146	rs17819969	C	G	168.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=5;PP=106;SC=GAGGGAGCCCCGGACCCAGTT;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=5;WE=21088154;WS=21088136;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr22	21106055	rs5751852	G	A	4483.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.537;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=521;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=72;PP=1884;ReadPosRankSum=-0.327;SC=TGCACCAAGAGCCAGCTCTCA;SOR=0.734;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=306;TCF=143;TCR=163;TR=132;WE=21106063;WS=21106045;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:286,229:0.44:515
chr22	21106141	rs73160984	T	C	1860.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.086;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.122;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=46;PP=1161;ReadPosRankSum=-0.525;SC=CCATATCTGCTTCAGGCCAGC;SOR=0.606;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=152;TCF=48;TCR=104;TR=69;WE=21106149;WS=21106131;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:120,89:0.43:209
chr22	21107153	rs2329583	T	C	4285.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=71;NR=37;PP=2176;SC=GAAGTTTATATACATACACAC;SOR=1.222;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=108;TCF=71;TCR=37;TR=108;WE=21107161;WS=21107143;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,161:1.00:161
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chr22	21141300	rs4675	T	C	11491.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=427;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=103;NR=163;PP=2965;SC=TCTACGAGCATCGCACCAGCT;SOR=1.032;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=266;TCF=103;TCR=163;TR=266;WE=21141308;WS=21141290;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,420:1.00:420
chr22	21147293	rs165793	A	G	2003.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=49;NR=19;PP=1502;SC=GGAGTGAAGGATGTGCCATGG;SOR=1.678;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=68;TCF=49;TCR=19;TR=68;WE=21147301;WS=21147283;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr22	21150340	rs165924	T	C	1558.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=35;NR=5;PP=966;SC=ACAAAGAAAGTGCCATATTCC;SOR=2.970;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=35;TCR=5;TR=40;WE=21150348;WS=21150330;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr22	21150704	rs739523	C	G	423.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-2.394;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=13;PP=270;ReadPosRankSum=-1.752;SC=CAGGCCCAGCCTGCCTTACCA;SOR=0.922;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=28;TCF=4;TCR=24;TR=15;WE=21150712;WS=21150694;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,18:0.55:33
chr22	21153590	rs165758	C	T	559.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-0.269;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.489;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=18;PP=373;ReadPosRankSum=-0.438;SC=CAGAAGCGCCCTAGCAACAGT;SOR=1.118;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=46;TCF=11;TCR=35;TR=22;WE=21153598;WS=21153580;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,26:0.45:58
chr22	21161564	rs5760728	G	C	430.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-2.819;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.703;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=3;PP=233;ReadPosRankSum=1.002;SC=CAGAAAGTGAGTACCAGTCTG;SOR=0.252;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=29;TCF=25;TCR=4;TR=14;WE=21161572;WS=21161554;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,19:0.56:34
chr22	21167605	rs362114	G	GACA	6232.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=34;NR=33;PP=2957;SC=CAATTTTACTGACATATCCAT;SOR=1.284;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=70;TCF=35;TCR=35;TR=67;WE=21167613;WS=21167595;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,134:1.00:134
chr22	21167787	rs165854	G	A	2906.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=26;NR=56;PP=1714;SC=CATCGGGCAAGCAGGAGGCTG;SOR=1.418;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=82;TCF=26;TCR=56;TR=82;WE=21167795;WS=21167777;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr22	21174312	rs165691	C	A	428.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=11;PP=316;SC=TGAAGGTTCACAATAAGCCAC;SOR=2.985;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=12;TCF=1;TCR=11;TR=12;WE=21174320;WS=21174302;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr22	21174798	rs73162824	T	C	1888.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.066;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.620;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=24;PP=847;ReadPosRankSum=2.097;SC=ACAAAACCATTTTAAGAAAAA;SOR=0.506;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=121;TCF=73;TCR=48;TR=57;WE=21174806;WS=21174788;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,91:0.51:179
chr22	21178484	rs165733	C	G	1061.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=25;NR=5;PP=729;SC=GGTCTGCTGTCAACAGGATGA;SOR=2.226;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=25;TCR=5;TR=30;WE=21178492;WS=21178474;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr22	21188732	rs165729	C	A	2252.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=1.555;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.852;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=12;PP=1433;ReadPosRankSum=0.304;SC=CAGTTGTTTCCCAGCCAGGAG;SOR=2.484;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=71;TCF=58;TCR=13;TR=69;WE=21188740;WS=21188722;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,80:0.98:82
chr22	21188964	rs5760899	T	C	2089.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.829;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.704;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=49;PP=1192;ReadPosRankSum=0.338;SC=ATAAGAAGAATAATAAATTAG;SOR=0.568;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=173;TCF=59;TCR=114;TR=75;WE=21188972;WS=21188954;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:120,100:0.45:220
chr22	21241854	rs165877	T	C	346.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=1.356;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=3;PP=243;ReadPosRankSum=1.123;SC=GTGGGTGCAGTCCCCCCAGGC;SOR=0.990;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=26;TCF=19;TCR=7;TR=14;WE=21241862;WS=21241844;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,16:0.50:32
chr22	21311531	rs81027	C	T	1113.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-2.884;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.546;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=14;PP=613;ReadPosRankSum=2.516;SC=TTACCTGGGGCTGGGGAGGTG;SOR=0.521;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=91;TCF=65;TCR=26;TR=44;WE=21311539;WS=21311521;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,60:0.49:122
chr22	21311721	rs178251	T	G	4626.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=-0.338;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=523;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=64;PP=1900;ReadPosRankSum=-1.335;SC=TTTACTCATGTCCCCGCATCG;SOR=0.705;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=280;TCF=138;TCR=142;TR=128;WE=21311729;WS=21311711;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:284,231:0.45:515
chr22	21322325	rs11334069	TC	T	10468.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=314;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.17;QD=42.21;SOR=6.577;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,248:1.00:248
chr22	21322351	rs178254	T	C	10021.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=64;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=215;PP=2965;SC=CTGCACTCGGTAGGCCTCCGA;SOR=6.584;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=223;TCF=8;TCR=215;TR=223;WE=21322359;WS=21322341;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,221:1.00:221
chr22	21322376	rs74610147	T	G	7570.77	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=46.73;SOR=6.543;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,162:1.00:162
chr22	21322377	rs75810376	C	G	7430.77	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=46.15;SOR=6.530;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,161:1.00:161
chr22	21322380	rs71317868	A	G	7147.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=46.72;SOR=6.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,153:1.00:153
chr22	21322383	rs432390	A	G	6787.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=46.81;SOR=6.694;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,145:1.00:145
chr22	21322409	rs2097674	C	A	1468.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=9.416;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.239;HP=1;HapScore=2;MGOF=128;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=54;PP=1300;ReadPosRankSum=1.992;SC=AATACGCTGCCGCCAGGAGGG;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=112;TCF=3;TCR=109;TR=54;WE=21322417;WS=21322399;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,53:0.48:110
chr22	21327834	rs178265	C	G	3086.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.081;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=52;PP=1741;ReadPosRankSum=0.142;SC=TGCCTGGGAGCGGGGATCAGG;SOR=0.884;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=94;TCF=34;TCR=60;TR=85;WE=21327842;WS=21327824;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,112:0.98:114
chr22	21329123	rs733455	A	G	1377.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=9;NR=33;PP=908;SC=GGGTGGGGCAAGTAGGGACCC;SOR=2.078;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=42;TCF=9;TCR=33;TR=42;WE=21329131;WS=21329113;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr22	21330787	rs7285694	C	T	4147.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.152;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=394;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=61;PP=1950;ReadPosRankSum=0.632;SC=TGAGGCTGGCCCGAGGCCGCA;SOR=0.682;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=240;TCF=117;TCR=123;TR=120;WE=21330795;WS=21330777;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:188,195:0.51:383
chr22	21331043	rs178269	A	T	8179.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=315;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=136;NR=93;PP=2965;SC=GCGTGGGTCGAGCCCTCATGA;SOR=1.009;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=229;TCF=136;TCR=93;TR=229;WE=21331051;WS=21331033;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,302:1.00:302
chr22	21331918	rs178275	C	G	543.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-0.505;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=3;PP=410;ReadPosRankSum=0.632;SC=CAAGCGCATGCTGTAGGGTGT;SOR=0.852;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=44;TCF=36;TCR=8;TR=21;WE=21331926;WS=21331908;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,24:0.45:53
chr22	21331950	rs178276	C	G	2628.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=59;NR=18;PP=1785;SC=ACGCAGAAGGCAGGGACAGGG;SOR=2.007;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=77;TCF=59;TCR=18;TR=77;WE=21331958;WS=21331940;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr22	21332122	rs178277	G	A	3962.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.666;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=403;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.336;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=95;NR=53;PP=2501;ReadPosRankSum=-0.359;SC=AGTGGCAGGAGGTTCAGGTCA;SOR=1.005;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=302;TCF=184;TCR=118;TR=148;WE=21332130;WS=21332112;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:204,190:0.48:394
chr22	21334873	rs13057408	G	C	491.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=1.908;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.303;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=3;PP=365;ReadPosRankSum=1.214;SC=TCACCCTCTGGGAGAGAGCTC;SOR=1.402;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=36;TCF=30;TCR=6;TR=19;WE=21334881;WS=21334863;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,20:0.47:43
chr22	21334924	rs105034	G	C	1402.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-1.910;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.723;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=13;PP=647;ReadPosRankSum=1.191;SC=GGGAGGCTATGAGACAGGGGC;SOR=0.575;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=80;TCF=55;TCR=25;TR=42;WE=21334932;WS=21334914;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,65:0.56:116
chr22	21335259	rs178278	C	A	2973.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.278;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=364;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.410;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=42;PP=1395;ReadPosRankSum=-0.358;SC=TGTCTTGACCCCTCCTCCCCT;SOR=0.723;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=224;TCF=112;TCR=112;TR=91;WE=21335267;WS=21335249;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:210,151:0.42:361
chr22	21337266	rs178280	G	A	464.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.571;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.513;HP=6;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=6;PP=227;ReadPosRankSum=0.061;SC=TTCCTTGGGTGCCCCCCAGGA;SOR=0.370;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=44;TCF=30;TCR=14;TR=16;WE=21337274;WS=21337256;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,25:0.38:66
chr22	21337415	rs178281	C	G	4729.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=52;NR=53;PP=1992;SC=GGACCAGGTACGGAGAAGTAC;SOR=0.761;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=105;TCF=52;TCR=53;TR=105;WE=21337423;WS=21337405;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,180:1.00:180
chr22	21340088	rs178287	T	C	2158.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.954;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=247;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.010;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=26;PP=1147;ReadPosRankSum=0.690;SC=CACTGCAGAGTAGACCTGGCT;SOR=0.772;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=149;TCF=91;TCR=58;TR=67;WE=21340096;WS=21340078;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:133,105:0.44:238
chr22	21341677	rs58365624	C	CA	457.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.501;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.20;MQRankSum=1.461;QD=4.67;ReadPosRankSum=-0.614;SOR=0.770;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:60,38:0.39:98
chr22	21342509	rs2269779	C	T	506.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=2.698;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.420;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=16;PP=298;ReadPosRankSum=0.734;SC=CCTGAGGGCACGCAATAGCAG;SOR=2.184;SbPval=0.92;Source=Platypus;TC=47;TCF=16;TCR=31;TR=20;WE=21342517;WS=21342499;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,24:0.42:57
chr22	21343982	rs138025454	TGGGGAGCCAGGGCGCAGGTAGAGGAGGTGAGGGGCAC	T	1485.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.939;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.393;HP=5;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQ=62.24;MQRankSum=9.721;NF=1;NR=29;PP=2963;ReadPosRankSum=0.370;SC=GTGAGGGGCGTGGGGAGCCAG;SOR=0.416;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=95;TCF=6;TCR=89;TR=30;WE=21344026;WS=21343972;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,46:0.35:132
chr22	21344905	rs178290	A	G	669.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.547;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.913;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=21;PP=415;ReadPosRankSum=-0.018;SC=CCTGGTGGCCATGGTAACCAT;SOR=0.540;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=76;TCF=21;TCR=55;TR=30;WE=21344913;WS=21344895;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,34:0.37:91
chr22	21346485	rs112544	T	C	646.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-0.408;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.193;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=3;PP=385;ReadPosRankSum=0.223;SC=CTCATGCCCATGTGTCTCCCC;SOR=1.088;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=48;TCF=38;TCR=10;TR=23;WE=21346493;WS=21346475;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,29:0.50:58
chr22	21347142	rs145833752	C	T	3441.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.257;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=351;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.269;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=32;PP=1258;ReadPosRankSum=0.175;SC=TGTACATCTTCGGGGGCACGG;SOR=0.784;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=197;TCF=112;TCR=85;TR=82;WE=21347150;WS=21347132;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:177,170:0.49:347
chr22	21348084	rs178291	T	C	1050.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.804;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.641;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=30;PP=704;ReadPosRankSum=2.112;SC=CTGCTGTGCCTGGGCAGTGGG;SOR=0.606;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=128;TCF=51;TCR=77;TR=52;WE=21348092;WS=21348074;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:94,54:0.36:148
chr22	21349037	rs178292	A	G	2836.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-2.276;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=308;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.120;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=28;PP=913;ReadPosRankSum=-0.942;SC=GGGTCAGCGCAATCAGGGTTG;SOR=0.533;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=173;TCF=103;TCR=70;TR=63;WE=21349045;WS=21349027;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:159,144:0.48:303
chr22	21350461	rs178294	A	G	454.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-2.803;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.435;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=13;PP=274;ReadPosRankSum=-1.020;SC=CACCCACCTCAGGTGGCTTTG;SOR=0.339;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=38;TCF=9;TCR=29;TR=18;WE=21350469;WS=21350451;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,21:0.50:42
chr22	21350936	rs11704198	G	A	3955.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.696;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=352;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.395;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=84;NR=43;PP=2011;ReadPosRankSum=-1.459;SC=TCCCTGGGAGGGTGCGGGCGG;SOR=0.728;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=243;TCF=158;TCR=85;TR=127;WE=21350944;WS=21350926;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:164,188:0.53:352
chr22	21351018	rs143758478	C	T	8456.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-2.088;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=779;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=134;NR=113;PP=2962;ReadPosRankSum=0.407;SC=ACTACGGCTTCTACAACAACC;SOR=0.701;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=448;TCF=241;TCR=207;TR=247;WE=21351026;WS=21351008;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:362,412:0.53:774
chr22	21354970	rs426938	C	G	14174.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=531;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=156;NR=150;PP=2965;SC=CTGACTTCAGCGGGGCCAGGT;SOR=0.732;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=306;TCF=156;TCR=150;TR=306;WE=21354978;WS=21354958;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,528:1.00:528
chr22	21356029	rs2075269	T	C	2820.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.867;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=287;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.435;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=35;PP=1073;ReadPosRankSum=2.375;SC=CCTCAGTATCTGAGAAAGGCG;SOR=0.741;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=171;TCF=100;TCR=71;TR=86;WE=21356037;WS=21356019;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:142,139:0.49:281
chr22	21356538	rs368989	A	T	3364.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=25;NR=69;PP=2147;SC=CGAGTTTCTGACGCGCCCGCG;SOR=1.981;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=94;TCF=25;TCR=69;TR=94;WE=21356546;WS=21356528;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr22	21356566	rs369250	A	G	692.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=2.878;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=18.044;HP=2;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=15;PP=360;ReadPosRankSum=-0.654;SC=AGCTCCCTGGACTACCAGTAT;SOR=0.039;SbPval=0.08;Source=Platypus;TC=57;TCF=8;TCR=49;TR=21;WE=21356574;WS=21356556;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,29:0.43:67
chr22	21356824	rs28372939	G	A	1929.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.076;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.749;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.990;NF=29;NR=33;PP=857;ReadPosRankSum=-2.006;SC=ACTCACTCTCGTACTGGGGAG;SOR=0.574;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=106;TCF=46;TCR=60;TR=62;WE=21356832;WS=21356814;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:95,99:0.51:194
chr22	21356892	rs66918515	AAGAC	A	2216.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.336;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.509;HP=2;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.713;NF=1;NR=25;PP=1224;ReadPosRankSum=0.842;SC=ACACAGGAGAAAGACAGTATC;SOR=0.849;SbPval=0.92;Source=Platypus;TC=51;TCF=5;TCR=46;TR=26;WE=21356903;WS=21356882;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,59:0.52:113
chr22	21356925	rs9625292	T	A	762.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.842;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=0.942;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.04;MQRankSum=1.425;QD=11.05;ReadPosRankSum=0.474;SOR=0.867;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,35:0.51:69
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chr22	21365668	rs1210564	A	G	87.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=38.37;QD=21.76;SOR=3.258;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
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chr22	21365759	rs146547300	G	A	260.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.601;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=2.098;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.88;MQRankSum=1.480;QD=13.72;ReadPosRankSum=0.094;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,12:0.63:19
chr22	21369454	rs71314758	A	G	429.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.163;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=6;PP=168;ReadPosRankSum=-1.688;SC=TGCAGCTGCCATGCTGACTCA;SOR=0.580;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=42;TCF=27;TCR=15;TR=16;WE=21369462;WS=21369444;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,24:0.44:55
chr22	21369676	rs3893495	G	C	102.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=0.477;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-2.427;NF=2;NR=4;PP=27;ReadPosRankSum=-0.152;SC=GGGAAGAGGTGGGGGGTGGGG;SOR=0.582;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=22;TCF=8;TCR=14;TR=6;WE=21369684;WS=21369666;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,8:0.35:23
chr22	21372405	rs2073598	G	T	20676.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=790;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=200;NR=263;PP=2965;SC=CAGCCCCAGGGGGCCACCCGT;SOR=0.892;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=464;TCF=201;TCR=263;TR=463;WE=21372413;WS=21372395;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,779:1.00:779
chr22	21372467	rs2073599	C	G	4167.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.936;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=349;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.421;HP=4;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=97;PP=2563;ReadPosRankSum=2.159;SC=TGCTCGGTGTCCCCCAGGCAC;SOR=0.652;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=260;TCF=70;TCR=190;TR=136;WE=21372475;WS=21372457;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:166,180:0.52:346
chr22	21377071	rs9613540	C	T	1895.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.216;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.506;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=40;PP=1101;ReadPosRankSum=0.381;SC=CCAGTGCCCCCAGCAGGGTGG;SOR=0.632;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=148;TCF=62;TCR=86;TR=70;WE=21377079;WS=21377061;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:120,94:0.44:214
chr22	21377301	rs1548411	C	A	5757.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.667;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=598;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=94;NR=85;PP=2887;ReadPosRankSum=0.641;SC=GTTGGTGCCCCGTGGAGAGTG;SOR=0.672;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=376;TCF=198;TCR=178;TR=179;WE=21377309;WS=21377291;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:304,280:0.48:584
chr22	21377958	rs929671	A	C	271.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.025;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.455;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=6;PP=128;ReadPosRankSum=0.692;SC=TCGCCCTCTCACTGTGGCGGC;SOR=0.893;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=21;TCF=11;TCR=10;TR=10;WE=21377966;WS=21377948;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,14:0.48:29
chr22	21385985	rs402931	C	T	4208.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.128;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=373;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.792;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=70;PP=1763;ReadPosRankSum=1.161;SC=TCAGGTCCAGCGTGGACAGGC;SOR=0.641;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=204;TCF=80;TCR=124;TR=116;WE=21385993;WS=21385975;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:165,205:0.55:370
chr22	21388605	rs2541956	T	C	686.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=1.310;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.217;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=21;PP=484;ReadPosRankSum=-0.665;SC=GAGGCTGAGGTGAGAGGATCA;SOR=1.102;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=50;TCF=15;TCR=35;TR=29;WE=21388613;WS=21388595;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,33:0.52:64
chr22	21403360	rs201821840	C	T	106.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.442;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.80;MQRankSum=-2.645;QD=1.30;ReadPosRankSum=1.240;SOR=0.793;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:67,15:0.18:82
chr22	21403375	rs28504593	CC	AT	594.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.088;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FS=6.752;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.85;MQRankSum=-1.430;QD=6.54;ReadPosRankSum=0.591;SOR=1.364;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:71,20:0.22:91
chr22	21403544	.	C	G	118.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-2.952;ClippingRankSum=0.000;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.178;HP=1;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.972;NF=3;NR=8;PP=100;ReadPosRankSum=0.254;SC=CGCCAGGGAGCATGTGCTCTG;SOR=0.238;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=39;TCF=8;TCR=31;TR=11;WE=21403552;WS=21403534;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,8:0.29:28
chr22	21411598	rs46148	T	C	925.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=9;NR=23;PP=670;SC=CCCTGCCCAGTTACACAGCGT;SOR=1.911;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=9;TCR=23;TR=32;WE=21411606;WS=21411588;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr22	21576361	rs200542750	T	C	577.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.534;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=41.45;MQRankSum=-1.737;QD=24.07;ReadPosRankSum=-0.984;SOR=2.066;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,23:0.96:24
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chr22	21724423	rs78616296	C	T	135.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=43.91;QD=27.18;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr22	21724432	rs77052488	T	C	62.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=40.00;QD=31.37;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr22	21797094	rs486362	C	G	2466.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=33.99;QD=44.05;SOR=0.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr22	21797102	rs1210228	G	C	2466.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=33.94;QD=44.05;SOR=0.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr22	21800042	rs467181	T	C	14822.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.62;BaseQRankSum=0.636;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=574;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=152;NR=146;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.071;SC=CGGCCTCTGCTCCTCCCGTTG;SOR=0.804;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=302;TCF=154;TCR=148;TR=298;WE=21800050;WS=21800031;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,568:1.00:570
chr22	21800444	rs128477	T	C	9643.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=369;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=129;NR=103;PP=2965;SC=GCAGCGGCCATGCCAGCGCCC;SOR=0.864;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=232;TCF=129;TCR=103;TR=232;WE=21800452;WS=21800434;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,365:1.00:365
chr22	21822725	rs430214	T	C	1353.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.65;BaseQRankSum=2.296;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.7615;FS=3.390;HP=1;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=3.410;NF=13;NR=30;PP=891;ReadPosRankSum=0.061;SC=CTGCAGGTGCTTGAGCGGGAC;SOR=1.456;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=50;TCF=16;TCR=34;TR=43;WE=21822733;WS=21822715;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,52:0.85:61
chr22	21822744	rs395295	G	C	1244.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.249;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=4.032;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=44.09;MQRankSum=0.361;QD=38.90;ReadPosRankSum=1.677;SOR=2.621;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,30:0.94:32
chr22	21822774	rs452545	T	G	372.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=39.84;QD=31.06;SOR=3.611;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr22	21822826	rs430858	C	T	184.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=39.60;QD=36.98;SOR=3.611;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
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chr22	21968716	rs3831682	CA	C	121.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.454;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.95;MQRankSum=2.860;QD=0.64;ReadPosRankSum=-0.278;SOR=0.753;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:150,40:0.21:190
chr22	21982892	rs2298428	C	T	1916.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.252;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=236;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.483;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=29;PP=726;ReadPosRankSum=0.767;SC=CAAGAGAAAGCGTCGGGGCCT;SOR=0.634;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=142;TCF=66;TCR=76;TR=55;WE=21982900;WS=21982882;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:137,98:0.42:235
chr22	21983260	rs2298429	A	G	1039.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.462;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=14;PP=528;ReadPosRankSum=-0.167;SC=GCGGAGGGACAGAGGCAGCTA;SOR=0.631;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=65;TCF=38;TCR=27;TR=32;WE=21983268;WS=21983250;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,52:0.49:106
chr22	21983853	rs861856	G	A	4627.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.471;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=468;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.524;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=68;NR=89;PP=2428;ReadPosRankSum=-0.751;SC=AGCTCTGGGGGTCCTCGCGAG;SOR=0.639;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=316;TCF=135;TCR=181;TR=157;WE=21983861;WS=21983843;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:228,221:0.49:449
chr22	21984205	rs710177	A	G	572.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=11;PP=354;SC=CGCTGGTCACAGCCCCGGCCA;SOR=1.230;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=7;TCR=11;TR=18;WE=21984213;WS=21984195;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr22	21984379	rs3747093	G	A	234.78	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=-2.129;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.310;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=2;PP=61;ReadPosRankSum=-0.912;SC=GACGCTGCCCGGGCCCCGCCC;SOR=0.349;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=7;TCF=3;TCR=4;TR=5;WE=21984387;WS=21984369;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,13:0.87:15
chr22	21988524	rs861854	C	T	4203.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.383;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=353;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.144;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=69;NR=58;PP=2130;ReadPosRankSum=0.479;SC=GGCGACTGAGCGCATGGCTGC;SOR=0.437;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=226;TCF=134;TCR=92;TR=127;WE=21988532;WS=21988514;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:158,190:0.55:348
chr22	21988602	rs861853	C	T	5705.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.077;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=531;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=117;NR=84;PP=2962;ReadPosRankSum=0.046;SC=AAGTGGTGGACGGCGGGCACA;SOR=0.664;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=374;TCF=219;TCR=155;TR=201;WE=21988610;WS=21988592;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:249,270:0.52:519
chr22	21991072	rs861852	T	C	3146.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.911;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=296;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.938;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=42;PP=1259;ReadPosRankSum=0.980;SC=CACCTCCCACTGCAGCACAGA;SOR=0.813;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=183;TCF=98;TCR=85;TR=94;WE=21991080;WS=21991062;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:139,152:0.52:291
chr22	22007143	rs395006	G	A	1123.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=24;NR=9;PP=698;SC=GAAGACCCCAGGGACGCACCC;SOR=1.788;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=24;TCR=9;TR=33;WE=22007151;WS=22007133;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr22	22007370	rs372150	T	C	3063.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=2.166;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=322;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.324;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=42;PP=1208;ReadPosRankSum=1.307;SC=TCCCTCCCTATAACCCTCACC;SOR=0.501;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=180;TCF=85;TCR=95;TR=79;WE=22007378;WS=22007360;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:170,151:0.47:321
chr22	22007426	rs373001	C	T	1739.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.133;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.870;HP=5;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=30;PP=686;ReadPosRankSum=-0.823;SC=GCCCTCCCCTCCCCCCTACCC;SOR=0.344;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=130;TCF=54;TCR=76;TR=50;WE=22007434;WS=22007416;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,87:0.50:175
chr22	22007528	rs861843	C	G	670.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.366;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=16.448;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=11;PP=480;ReadPosRankSum=1.073;SC=GCAGAGGCCCCGCCCCAGCCA;SOR=0.454;SbPval=0.22;Source=Platypus;TC=40;TCF=17;TCR=23;TR=24;WE=22007536;WS=22007518;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,29:0.56:52
chr22	22024150	rs2247115	C	T	1306.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.438;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.390;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=16;PP=683;ReadPosRankSum=1.241;SC=CCAAAGACTTCGTCCTCTTTA;SOR=0.574;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=81;TCF=50;TCR=31;TR=41;WE=22024158;WS=22024140;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,63:0.48:131
chr22	22024507	rs402225	G	A	719.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=13;NR=7;PP=483;SC=ATAAGTAAATGAAATACAAAA;SOR=1.270;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=13;TCR=7;TR=20;WE=22024515;WS=22024497;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr22	22025462	rs1647705	A	G	2014.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.426;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.429;HP=3;HapScore=3;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=40;PP=1966;ReadPosRankSum=1.345;SC=AGTAACAGCTAGGGCCTTGGG;SOR=0.532;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=139;TCF=44;TCR=95;TR=60;WE=22025484;WS=22025452;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:122,96:0.44:218
chr22	22025476	rs108815	A	G	2163.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.866;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.176;HP=1;HapScore=3;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=47;PP=2693;ReadPosRankSum=-0.003;SC=CCTTGGGGACATGGCAGCAAT;SOR=0.790;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=118;TCF=34;TCR=84;TR=65;WE=22025484;WS=22025452;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,101:0.54:188
chr22	22036832	rs1669112	T	C	2251.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.834;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=236;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.013;NF=32;NR=61;PP=1094;ReadPosRankSum=-0.723;SC=GTCCCCTGCCTGCCTGCCCCA;SOR=0.717;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=178;TCF=59;TCR=119;TR=93;WE=22036840;WS=22036822;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:115,114:0.50:229
chr22	22036883	.	G	GCTGCCTCCTCAGTCTAGCTCTTACATCTCCTCCCCGATC	1422.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.910;ClippingRankSum=0.000;DP=98;ExcessHet=3.0103;FS=7.550;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.11;MQRankSum=1.155;QD=15.99;ReadPosRankSum=-0.017;SOR=2.083;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:50,39:0.44:89
chr22	22039199	rs861833	C	T	1351.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.664;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=37;PP=808;ReadPosRankSum=1.040;SC=ACAAGCTGAACGCTGTGAGTG;SOR=0.630;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=81;TCF=24;TCR=57;TR=55;WE=22039207;WS=22039189;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,61:0.62:99
chr22	22040713	rs861831	G	A	3605.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=0.493;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=375;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.380;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=28;PP=1366;ReadPosRankSum=-1.621;SC=CAAGCGACACGTCCCCACCCA;SOR=0.719;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=203;TCF=137;TCR=66;TR=92;WE=22040721;WS=22040703;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:195,178:0.48:373
chr22	22041438	rs436496	C	T	695.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.444;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.822;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=19;PP=382;ReadPosRankSum=-0.495;SC=TGCCCTGTGTCCTTCCTAGGG;SOR=0.802;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=78;TCF=28;TCR=50;TR=28;WE=22041446;WS=22041428;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,36:0.40:90
chr22	22042318	rs861829	C	T	3359.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.431;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=346;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.391;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=38;PP=1141;ReadPosRankSum=-2.486;SC=CGGTGGGCCTCGGGTCTCAGA;SOR=0.719;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=188;TCF=99;TCR=89;TR=80;WE=22042326;WS=22042308;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:173,167:0.49:340
chr22	22042440	rs861828	C	T	1310.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.566;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.057;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=27;PP=512;ReadPosRankSum=0.259;SC=TTGGCTGCTCCGTGGGGCATG;SOR=0.417;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=108;TCF=38;TCR=70;TR=44;WE=22042448;WS=22042430;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,68:0.48:143
chr22	22048862	rs5999098	C	T	1454.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.245;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.361;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=23;PP=684;ReadPosRankSum=2.257;SC=CGCAGACCCACCTCTGTCTCC;SOR=0.423;SbPval=0.24;Source=Platypus;TC=112;TCF=67;TCR=45;TR=47;WE=22048870;WS=22048852;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:105,74:0.41:179
chr22	22049369	rs861820	G	T	1761.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-2.839;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.733;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=48;PP=1105;ReadPosRankSum=-1.591;SC=CGTGAGTGCCGCGGGGCTGGC;SOR=0.827;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=114;TCF=24;TCR=90;TR=59;WE=22049377;WS=22049359;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,75:0.52:143
chr22	22049783	rs12484060	C	T	1522.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.426;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.525;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=41;PP=869;ReadPosRankSum=-0.604;SC=CTGGTAGCAGCAGGTTGGCCG;SOR=1.022;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=142;TCF=50;TCR=92;TR=61;WE=22049791;WS=22049773;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:103,76:0.42:179
chr22	22055280	rs710172	A	G	3021.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=69;NR=19;PP=2048;SC=GAGATGGCCGAGAGTGTCAAG;SOR=2.448;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=88;TCF=69;TCR=19;TR=88;WE=22055288;WS=22055270;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr22	22055394	rs1860	A	G	11169.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.520;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=438;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=123;NR=112;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.116;SC=AACAGCATTCAAAGGAGAAGG;SOR=0.412;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=238;TCF=125;TCR=113;TR=235;WE=22055402;WS=22055384;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,431:0.99:434
chr22	22055581	rs861816	C	A	1397.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=8;NR=47;PP=1277;SC=TTGGCAAAAACCCCCCCCAAG;SOR=3.611;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=55;TCF=8;TCR=47;TR=55;WE=22055589;WS=22055571;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr22	22057997	rs147967901	C	CG	658.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.579;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.372;HP=2;HapScore=4;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQ=60.09;MQRankSum=1.519;NF=26;NR=6;PP=864;ReadPosRankSum=0.417;SC=CAGAAACTCCCGGCGGGGGGA;SOR=1.715;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=80;TCF=60;TCR=20;TR=32;WE=22058008;WS=22057987;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,41:0.34:122
chr22	22058000	rs861814	C	G	1689.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=2.630;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.004;HP=8;HapScore=4;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.249;NF=43;NR=6;PP=1683;ReadPosRankSum=-0.025;SC=AAACTCCCGGCGGGGGGATGG;SOR=1.688;SbPval=0.98;Source=Platypus;TC=116;TCF=85;TCR=31;TR=49;WE=22058008;WS=22057987;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,50:0.40:126
chr22	22058355	rs2236643	A	G	2493.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.149;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=244;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.558;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=42;PP=1381;ReadPosRankSum=0.496;SC=CGGAGCTGCAAGCTGTTTTTC;SOR=0.620;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=171;TCF=82;TCR=89;TR=84;WE=22058363;WS=22058345;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:122,117:0.49:239
chr22	22058586	rs861813	T	C	750.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.331;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.920;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=21;PP=380;ReadPosRankSum=-0.965;SC=AGTTCAGATGTGCTCACGCTG;SOR=0.499;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=60;TCF=17;TCR=43;TR=30;WE=22058594;WS=22058576;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,38:0.48:79
chr22	22287862	rs2027789	G	A	3562.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=0.587;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=332;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.835;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=53;PP=1581;ReadPosRankSum=-1.373;SC=GGCGGGCAGCGTTGGTGTGCA;SOR=0.749;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=202;TCF=106;TCR=96;TR=114;WE=22287870;WS=22287852;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:151,176:0.54:327
chr22	22287964	rs2027790	T	C	3509.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=2.266;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=338;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.293;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=59;PP=1550;ReadPosRankSum=0.646;SC=GGTGGGGATGTGGTGGGAGTC;SOR=0.789;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=201;TCF=95;TCR=106;TR=107;WE=22287972;WS=22287954;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:163,171:0.51:334
chr22	22288309	rs94194	T	C	350.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-0.558;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.407;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=3;PP=138;ReadPosRankSum=1.539;SC=TCAGCCTTGGTGGGCAGCTCT;SOR=0.283;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=20;TCF=16;TCR=4;TR=11;WE=22288317;WS=22288299;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,17:0.55:31
chr22	22311994	.	G	A	34.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=39.50;QD=17.37;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr22	22312315	rs71316717	C	T	2776.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=1.372;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=474;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-2.338;NF=40;NR=52;PP=1169;ReadPosRankSum=-1.127;SC=GCTACTCTGGCGGCAGCAGGA;SOR=0.725;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=261;TCF=112;TCR=149;TR=92;WE=22312323;WS=22312305;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:308,160:0.34:468
chr22	22312350	rs2187583	GG	CC	3248.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.776;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=299;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.460;HP=3;HapScore=1;JOINED;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-3.974;NF=28;NR=36;PP=1747;ReadPosRankSum=-0.050;SC=TCTCACTCCCGGGGCAGCCTG;SOR=0.740;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=197;TCF=80;TCR=117;TR=64;WE=22312359;WS=22312340;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:199,94:0.32:293
chr22	22312502	rs239920	C	T	248.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=2.374;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-1.117;NF=1;NR=10;PP=181;ReadPosRankSum=1.587;SC=GTAATGAGGACGAGGATGAGG;SOR=0.191;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=21;TCF=1;TCR=20;TR=11;WE=22312510;WS=22312492;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,11:0.50:22
chr22	22313829	rs239918	A	C	567.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=2.853;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=3;PP=386;ReadPosRankSum=0.849;SC=GGTGTCACTGACCTGGCCTAC;SOR=0.646;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=42;TCF=36;TCR=6;TR=21;WE=22313837;WS=22313819;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,23:0.49:47
chr22	22316631	rs239915	G	A	409.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=2.774;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=2;PP=276;ReadPosRankSum=-0.366;SC=GGGGATGCCCGCTGTGGACCT;SOR=0.582;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=25;TCF=23;TCR=2;TR=15;WE=22316639;WS=22316629;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,17:0.59:29
chr22	22317337	rs239914	C	T	1041.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.963;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.672;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=26;PP=601;ReadPosRankSum=0.353;SC=CCAGTACTCTCGCTCGAGCAG;SOR=1.064;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=67;TCF=24;TCR=43;TR=38;WE=22317345;WS=22317327;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,50:0.50:100
chr22	22325624	rs34239349	G	A	498.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=2.651;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=16;PP=382;ReadPosRankSum=-1.723;SC=CTTGAGCCACGGGTGAGAGCT;SOR=1.302;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=27;TCF=1;TCR=26;TR=17;WE=22325632;WS=22325614;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,18:0.62:29
chr22	22330082	rs239927	T	C	1311.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.879;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.742;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=22;PP=666;ReadPosRankSum=-1.201;SC=CAGTCTTCATTTTGTCTCGGT;SOR=0.604;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=64;TCF=27;TCR=37;TR=39;WE=22330090;WS=22330072;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,60:0.58:103
chr22	22516883	rs34221567	TC	T	9149.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.204;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=613;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.746;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.883;NF=39;NR=93;PP=2971;ReadPosRankSum=0.326;SC=TCGCATGGCATCAGCAGCAGC;SOR=0.570;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=280;TCF=75;TCR=205;TR=132;WE=22516891;WS=22516873;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:322,274:0.46:596
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chr22	22517026	rs738885	T	C	5724.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=2.101;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=483;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.522;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.755;NF=73;NR=94;PP=2853;ReadPosRankSum=-1.205;SC=AACCTCCAGTTTGAGGATGAG;SOR=0.635;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=328;TCF=140;TCR=188;TR=167;WE=22517034;WS=22517016;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:221,260:0.54:481
chr22	22517205	rs737842	A	G	424.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-2.230;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.900;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=16;PP=345;ReadPosRankSum=0.916;SC=CCTCTGATTTAGAACAATTTT;SOR=2.356;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=25;TCF=0;TCR=25;TR=16;WE=22517213;WS=22517195;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,16:0.59:27
chr22	22550339	rs9623052	G	C	5538.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.099;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=564;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.442;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=79;NR=76;PP=2545;ReadPosRankSum=0.118;SC=CATCTCTCCCGACTGATCTCT;SOR=0.536;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=348;TCF=189;TCR=159;TR=155;WE=22550347;WS=22550329;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:288,267:0.48:555
chr22	22550450	rs2073447	C	G	4396.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.695;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=481;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.728;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=84;NR=74;PP=2126;ReadPosRankSum=0.043;SC=CTCCTGCACCCGCAGCAGTGG;SOR=0.772;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=346;TCF=176;TCR=170;TR=158;WE=22550458;WS=22550440;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:250,222:0.47:472
chr22	22550510	rs2073448	T	G	4790.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.906;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=525;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=78;NR=81;PP=2530;ReadPosRankSum=0.879;SC=CCCGGGCAGTTCCCCCACCAC;SOR=0.697;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=354;TCF=172;TCR=182;TR=159;WE=22550518;WS=22550500;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:292,230:0.44:522
chr22	22550760	rs5757323	A	G	1814.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-4.802;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.320;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=39;PP=786;ReadPosRankSum=-1.885;SC=TGTCTCCACCAGAGAGGGTAG;SOR=0.331;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=133;TCF=40;TCR=93;TR=58;WE=22550768;WS=22550750;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,87:0.51:171
chr22	22569448	rs5750741	T	A	7849.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.541;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=699;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=131;NR=138;PP=2962;ReadPosRankSum=0.825;SC=AACAGCAACATTGTTGGCAAC;SOR=0.673;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=498;TCF=239;TCR=259;TR=269;WE=22569456;WS=22569438;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:314,370:0.54:684
chr22	22569554	rs6001413	C	A	6323.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.469;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=582;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.472;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=117;PP=2962;ReadPosRankSum=1.253;SC=CAGAGAGATTCTCTGCATCCA;SOR=0.883;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=341;TCF=130;TCR=211;TR=181;WE=22569562;WS=22569544;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:281,296:0.51:577
chr22	22569640	rs6001415	T	G	2848.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.667;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=240;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.860;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=52;PP=1254;ReadPosRankSum=-2.593;SC=TGCTCAGCATTGGACAGCAGC;SOR=0.483;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=155;TCF=47;TCR=108;TR=76;WE=22569648;WS=22569630;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:105,129:0.55:234
chr22	22577869	rs201277699	A	G	203.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.703;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=1.537;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.53;MQRankSum=-1.171;QD=6.79;ReadPosRankSum=-1.385;SOR=1.071;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,11:0.37:30
chr22	22599380	rs9619852	G	A	9774.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-2.510;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=923;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.519;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=151;NR=127;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.648;SC=AGCCGGTGCTGCATCAGCCGC;SOR=0.662;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=572;TCF=314;TCR=258;TR=278;WE=22599388;WS=22599370;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:439,474:0.52:913
chr22	22673639	rs737765	T	C	3306.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.148;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=321;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.410;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=48;PP=1354;ReadPosRankSum=-0.905;SC=ACTCTCCTGGTCTAGTGAAAT;SOR=0.839;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=193;TCF=88;TCR=105;TR=86;WE=22673647;WS=22673629;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:158,159:0.50:317
chr22	22676970	rs6001803	T	C	1619.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.024;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-2.287;NF=36;NR=22;PP=930;ReadPosRankSum=1.563;SC=GCTTTCTCCTTCTCTCTCTAG;SOR=0.671;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=124;TCF=73;TCR=51;TR=58;WE=22676978;WS=22676960;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,72:0.50:145
chr22	22681721	rs12484322	T	C	3517.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=2.035;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=299;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.938;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-2.998;NF=60;NR=51;PP=1957;ReadPosRankSum=-0.141;SC=GGCCTGGTCTTCTCTCCTCCT;SOR=0.574;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=203;TCF=115;TCR=88;TR=111;WE=22681729;WS=22681711;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:137,160:0.54:297
chr22	22681765	rs3819309	G	A	4276.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.918;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=384;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.519;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-4.080;NF=68;NR=69;PP=2024;ReadPosRankSum=0.362;SC=GTGACTGGATGCAGATCGAGG;SOR=0.506;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=244;TCF=130;TCR=114;TR=137;WE=22681780;WS=22681755;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:173,207:0.54:380
chr22	22697490	rs6519245	C	A	193.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-0.487;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.359;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=0;PP=99;ReadPosRankSum=-0.607;SC=ATGTCCCTGCCCACTTCTTCA;SOR=2.570;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=31;TCF=26;TCR=5;TR=8;WE=22697498;WS=22697480;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,10:0.30:33
chr22	22698027	rs1894246	A	G	7247.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=264;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=78;NR=107;PP=2965;SC=TCCAGGAAGAAGATGAGAGTG;SOR=0.956;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=185;TCF=78;TCR=107;TR=185;WE=22698035;WS=22698017;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,263:1.00:263
chr22	22698182	rs9306352	A	G	562.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-2.015;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.480;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=19;PP=440;ReadPosRankSum=1.074;SC=CACATTTCAGAGGGCTGTCTC;SOR=0.421;SbPval=0.24;Source=Platypus;TC=36;TCF=6;TCR=30;TR=25;WE=22698190;WS=22698172;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,24:0.59:41
chr22	22707275	rs5995854	C	A	1139.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-4.052;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.445;HP=3;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=13;PP=678;ReadPosRankSum=0.588;SC=GTGGGGTAAGCGGCTGTGTCC;SOR=0.361;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=76;TCF=55;TCR=21;TR=42;WE=22707283;WS=22707265;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,52:0.56:93
chr22	22707299	rs34503659	A	C	3019.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.473;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FS=4.821;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.96;MQRankSum=0.000;QD=23.59;ReadPosRankSum=-0.563;SOR=0.363;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:52,76:0.59:128
chr22	22707309	rs35779014	C	T	3282.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.537;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FS=5.417;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.11;MQRankSum=1.182;QD=22.18;ReadPosRankSum=-0.801;SOR=0.384;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:60,88:0.59:148
chr22	22707388	rs73153800	T	C	3782.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.174;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=375;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=30;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.478;NF=77;NR=44;PP=1786;ReadPosRankSum=1.152;SC=TTCTGACTCTTGTGTCAAAGA;SOR=0.715;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=250;TCF=155;TCR=95;TR=121;WE=22707396;WS=22707378;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:193,178:0.48:371
chr22	22707429	rs73153802	T	C	5997.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.039;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=606;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.107;HP=1;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.466;NF=104;NR=70;PP=2962;ReadPosRankSum=0.279;SC=TTGGTTTCTGTCTTAAAGCCT;SOR=0.596;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=380;TCF=227;TCR=153;TR=174;WE=22707460;WS=22707419;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:312,288:0.48:600
chr22	22707443	rs75417423	T	A	6137.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.190;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=676;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.742;HP=2;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-4.277;NF=100;NR=74;PP=2962;ReadPosRankSum=1.888;SC=AAAGCCTATATATGCCTGTGT;SOR=0.582;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=400;TCF=234;TCR=166;TR=174;WE=22707460;WS=22707419;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:366,304:0.45:670
chr22	22707452	rs113847228	G	GT	7983.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.954;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=718;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.745;HP=3;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-6.561;NF=34;NR=81;PP=2970;ReadPosRankSum=2.276;SC=ATATGCCTGTGTTCCAGGTTC;SOR=0.563;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=298;TCF=101;TCR=197;TR=115;WE=22707460;WS=22707419;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:392,312:0.44:704
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chr22	22707576	rs117042445	T	A	4117.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.616;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=451;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.622;HP=1;HapScore=1;MGOF=45;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-16.348;NF=37;NR=71;PP=1472;ReadPosRankSum=-0.159;SC=TACAGGATATTCTGGTACCAG;SOR=1.057;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=341;TCF=132;TCR=209;TR=108;WE=22707584;WS=22707566;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:308,138:0.31:446
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chr22	22707608	.	C	A	2890.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.120;ClippingRankSum=0.000;DP=308;ExcessHet=3.0103;FS=2.233;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.06;MQRankSum=-14.785;QD=9.42;ReadPosRankSum=-0.149;SOR=0.848;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:223,84:0.27:307
chr22	22707621	rs118041409	G	A	2679.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-3.608;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=247;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.310;HP=1;HapScore=1;MGOF=35;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-12.792;NF=23;NR=46;PP=2962;ReadPosRankSum=-2.521;SC=TATCTCCTGAGCTACTACTCA;SOR=0.941;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=215;TCF=76;TCR=139;TR=69;WE=22707629;WS=22707587;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:174,72:0.29:246
chr22	22707638	.	AG	GA	1958.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.151;ClippingRankSum=0.000;DP=201;ExcessHet=3.0103;FS=15.079;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.24;MQRankSum=-12.947;QD=9.75;ReadPosRankSum=-1.489;SOR=1.690;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:149,52:0.26:201
chr22	22707646	rs117610294	T	C	1493.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.377;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FS=12.250;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.75;MQRankSum=-13.449;QD=8.07;ReadPosRankSum=-0.858;SOR=1.553;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:138,47:0.25:185
chr22	22707696	rs73880635	G	C	1315.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=1.292;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.487;HP=1;HapScore=1;MGOF=32;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-13.492;NF=25;NR=17;PP=714;ReadPosRankSum=2.097;SC=GATGCTTCGAGCAATGCAGGG;SOR=1.201;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=151;TCF=81;TCR=70;TR=42;WE=22707704;WS=22707686;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:143,42:0.23:185
chr22	22707713	rs73880637	G	T	1698.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.336;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.364;HP=1;HapScore=1;MGOF=41;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-13.833;NF=36;NR=24;PP=983;ReadPosRankSum=-1.000;SC=AGGGATTTTAGTCATCTCTGG;SOR=1.164;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=174;TCF=97;TCR=77;TR=60;WE=22707721;WS=22707703;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:158,63:0.29:221
chr22	22707728	rs148013584	C	T	2085.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.105;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=262;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.446;HP=1;HapScore=1;MGOF=41;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-12.696;NF=42;NR=26;PP=1047;ReadPosRankSum=-2.612;SC=CTCTGGGCTCCAGTCTGAGGA;SOR=1.143;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=187;TCF=105;TCR=82;TR=68;WE=22707736;WS=22707718;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:177,82:0.32:259
chr22	22707782	rs76446997	T	C	2674.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.198;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=379;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.797;HP=1;HapScore=1;MGOF=36;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-9.433;NF=49;NR=44;PP=1211;ReadPosRankSum=1.077;SC=CAGTGCTTCTTACAGTGACAC;SOR=0.754;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=233;TCF=118;TCR=115;TR=93;WE=22707790;WS=22707772;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:231,145:0.39:376
chr22	22707814	rs116843465	A	G	5784.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.508;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=366;ExcessHet=3.0103;FS=0.383;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.66;MQRankSum=-7.316;QD=15.89;ReadPosRankSum=3.245;SOR=0.730;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:209,155:0.43:364
chr22	22707820	rs115740254	T	C	5791.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.257;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=360;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.73;MQRankSum=-7.032;QD=16.18;ReadPosRankSum=2.811;SOR=0.685;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:204,154:0.43:358
chr22	22707835	rs66941350	G	GT	4534.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.120;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=333;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.401;HP=2;HapScore=2;MGOF=31;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-6.078;NF=5;NR=54;PP=2283;ReadPosRankSum=1.085;SC=CCTGATCTGGGTCTTGTTCTG;SOR=0.667;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=137;TCF=13;TCR=124;TR=59;WE=22707843;WS=22707825;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:181,149:0.45:330
chr22	22712276	rs5757971	A	G	2343.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-2.611;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=265;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.458;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.743;NF=54;NR=40;PP=1373;ReadPosRankSum=1.113;SC=CTTGTCAATCACCATGTCTGT;SOR=0.659;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=216;TCF=126;TCR=90;TR=94;WE=22712284;WS=22712266;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:142,116:0.45:258
chr22	22712467	rs5757973	T	G	5546.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.898;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=546;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.968;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=-1.404;NF=77;NR=80;PP=2422;ReadPosRankSum=-1.130;SC=TCATCTATAGTAATAATCAGC;SOR=0.474;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=349;TCF=155;TCR=194;TR=157;WE=22712475;WS=22712457;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:271,270:0.50:541
chr22	22724135	rs11324703	GT	G	2118.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.239;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=236;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.758;HP=9;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.186;NF=18;NR=50;PP=1178;ReadPosRankSum=-0.181;SC=ATATATGTCTGTTTTTTTTGT;SOR=0.559;Source=Platypus;TR=68;WE=22724143;WS=22724125;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,120:0.59:204
chr22	22724394	rs7292000	T	C	2681.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.485;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=272;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.064;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=53;PP=1239;ReadPosRankSum=1.169;SC=CTGACCCTTTTGGGTGCGCAG;SOR=0.839;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=178;TCF=80;TCR=98;TR=91;WE=22724402;WS=22724384;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:132,131:0.50:263
chr22	22730504	rs738121	C	T	8637.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.782;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=872;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.752;HP=5;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=180;NR=121;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.836;SC=CCCTGAAAAACTTTACCCTGG;SOR=0.843;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=571;TCF=331;TCR=240;TR=301;WE=22730512;WS=22730494;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:432,432:0.50:864
chr22	22730634	rs2009587	G	A	7028.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.704;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=754;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.763;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=3.556;NF=91;NR=154;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.345;SC=CCTGCACCTTGCGCAGTGGCA;SOR=0.848;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=513;TCF=208;TCR=305;TR=245;WE=22730642;WS=22730624;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:389,345:0.47:734
chr22	22735736	rs448848	A	G	3201.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=2.131;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=347;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.278;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-2.923;NF=38;NR=55;PP=1424;ReadPosRankSum=-0.186;SC=CCAGGCCAATAGGGAACTGAG;SOR=0.772;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=218;TCF=92;TCR=126;TR=93;WE=22735744;WS=22735726;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:188,157:0.46:345
chr22	22758488	rs407401	A	T	329.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.220;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.565;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.440;NF=13;NR=2;PP=267;ReadPosRankSum=1.376;SC=ATTTGCATGGATGGACCCTCC;SOR=1.292;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=33;TCF=26;TCR=7;TR=15;WE=22758496;WS=22758478;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,15:0.44:34
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chr22	22782394	rs165704	A	G	6770.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.852;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=612;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.744;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=72;NR=99;PP=2779;ReadPosRankSum=0.757;SC=CACAGATGGGAAAGTGGGACA;SOR=0.857;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=331;TCF=150;TCR=181;TR=171;WE=22782402;WS=22782384;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:286,323:0.53:609
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chr22	22868776	rs362173	G	A	5133.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.921;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=266;ExcessHet=3.0103;FS=2.074;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.27;MQRankSum=-6.393;QD=19.67;ReadPosRankSum=1.518;SOR=0.561;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:126,135:0.52:261
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chr22	22869545	rs361580	T	G	4997.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.441;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=243;ExcessHet=3.0103;FS=3.608;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=21.00;ReadPosRankSum=1.225;SOR=0.770;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:111,127:0.53:238
chr22	22869548	rs362011	T	C	4931.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.732;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FS=5.301;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=21.17;ReadPosRankSum=1.449;SOR=0.797;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:108,125:0.54:233
chr22	22869649	rs361721	G	C	3173.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=2.313;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=308;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.725;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=52;PP=1542;ReadPosRankSum=1.002;SC=ACAGAGAAACGGGCATGATGG;SOR=0.526;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=198;TCF=108;TCR=90;TR=107;WE=22869657;WS=22869639;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:151,153:0.50:304
chr22	22869742	rs361959	C	A	3652.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.627;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=389;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.51;ReadPosRankSum=-1.162;SOR=0.670;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:202,182:0.47:384
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chr22	22890752	rs17497512	A	G	2684.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.910;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.348;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=57;PP=1666;ReadPosRankSum=-1.454;SC=AGACTCTGCAAGGCAGATATG;SOR=0.882;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=157;TCF=56;TCR=101;TR=86;WE=22890760;WS=22890742;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:103,117:0.53:220
chr22	22890792	rs17497547	T	C	1923.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.080;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=35;PP=1122;ReadPosRankSum=0.593;SC=AGCTTAAGGTTGTAAGCTGGG;SOR=0.676;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=118;TCF=52;TCR=66;TR=65;WE=22890800;WS=22890782;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,87:0.54:162
chr22	22891081	rs2072049	G	T	1080.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.028;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=26;PP=601;ReadPosRankSum=-1.232;SC=AATAGACAAAGCAGTTAGTGC;SOR=0.648;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=90;TCF=26;TCR=64;TR=36;WE=22891089;WS=22891071;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,53:0.45:119
chr22	22898414	rs113693405	A	AT	163.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.283;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.19;MQRankSum=1.041;QD=6.55;ReadPosRankSum=-1.225;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,13:0.52:25
chr22	22899234	rs1129172	A	G	2340.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.768;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=308;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.394;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=38;PP=992;ReadPosRankSum=-1.806;SC=CTTCTTACCCACAAACGCCTT;SOR=0.592;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=198;TCF=107;TCR=91;TR=78;WE=22899242;WS=22899224;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:175,126:0.42:301
chr22	22899363	rs8139318	GA	AG	3234.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.182;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.974;HP=4;HapScore=1;JOINED;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=31;PP=1728;ReadPosRankSum=0.454;SC=CCAAAAAGAAGAATACATGTA;SOR=0.441;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=149;TCF=56;TCR=93;TR=54;WE=22899372;WS=22899353;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:122,88:0.42:210
chr22	22899414	rs2283800	A	G	903.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=0.204;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.898;HP=2;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=25;PP=567;ReadPosRankSum=0.937;SC=AAACCTCCGCAAATACTGCTG;SOR=0.822;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=74;TCF=21;TCR=53;TR=35;WE=22899422;WS=22899404;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,40:0.48:83
chr22	22901979	rs113160976	CG	C	1179	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=1.090;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.355;HP=9;HapScore=4;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=16;PP=463;ReadPosRankSum=0.615;SC=TGAAAGGGGTCGGGGGGGGGA;SOR=2.164;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=26;TCF=1;TCR=25;TR=17;WE=22901996;WS=22901969;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,29:0.91:32
chr22	22901988	rs28364788	G	T	1188.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=2.480;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.355;HP=8;HapScore=4;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=16;PP=645;ReadPosRankSum=0.745;SC=TCGGGGGGGGGACCCCAACAT;SOR=2.164;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=38;TCF=10;TCR=28;TR=20;WE=22901996;WS=22901969;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,29:0.91:32
chr22	22930770	rs6002909	A	G	13082.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=492;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=146;NR=140;PP=2965;SC=CCTCTGAGCTAATGCTTGGTC;SOR=0.701;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=287;TCF=146;TCR=141;TR=286;WE=22930778;WS=22930760;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,486:1.00:486
chr22	22989256	rs2904923	A	G	7155.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=84;NR=73;PP=2962;SC=CCGGTCAGCGAGATCCTGTTC;SOR=0.804;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=159;TCF=84;TCR=75;TR=157;WE=22989289;WS=22989246;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,226:1.00:226
chr22	22989270	rs2330126	G	A	1958.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.476;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.136;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-11.524;NF=29;NR=28;PP=1807;ReadPosRankSum=1.292;SC=CCTGTTCAATGATGAAATGGA;SOR=0.603;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=161;TCF=83;TCR=78;TR=57;WE=22989289;WS=22989246;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:173,63:0.27:236
chr22	22989281	rs3966363	T	C	1964.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.479;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=235;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.588;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-10.832;NF=27;NR=28;PP=1807;ReadPosRankSum=1.416;SC=ATGAAATGGATGACTTCAGCT;SOR=0.526;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=158;TCF=80;TCR=78;TR=55;WE=22989289;WS=22989246;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:172,60:0.26:232
chr22	23010943	rs406876	G	A	5530.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.641;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=468;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=94;NR=91;PP=2962;ReadPosRankSum=0.610;SC=CTGGCAATGCGTCCTTTGTCC;SOR=0.714;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=326;TCF=167;TCR=159;TR=185;WE=23010951;WS=23010933;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:212,253:0.54:465
chr22	23010963	rs5751503	C	A	4542.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-2.325;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=454;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=83;NR=68;PP=2356;ReadPosRankSum=-0.669;SC=CTCAAGCCCCCTCTCCTGTCT;SOR=0.702;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=323;TCF=174;TCR=149;TR=151;WE=23010971;WS=23010953;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:234,216:0.48:450
chr22	23029263	rs443102	T	C	8281.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-1.434;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=788;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQ=59.98;MQRankSum=-1.390;NF=139;NR=98;PP=2962;ReadPosRankSum=1.825;SC=TCTCCCCCTCTTCACTCTCTG;SOR=0.649;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=478;TCF=281;TCR=197;TR=237;WE=23029271;WS=23029253;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:383,396:0.51:779
chr22	23029374	rs451369	G	A	21010.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=799;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=235;NR=284;PP=2965;SC=AAGCCCAGACGCAGCCTCTGG;SOR=0.825;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=521;TCF=236;TCR=285;TR=519;WE=23029382;WS=23029352;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,789:1.00:789
chr22	23029698	rs443756	T	C	13605.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-2.057;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=521;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=-0.221;NF=160;NR=156;PP=2965;ReadPosRankSum=0.903;SC=AGGCAGAAGATGAGGCTGACT;SOR=0.260;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=317;TCF=160;TCR=157;TR=316;WE=23029706;WS=23029688;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,518:1.00:519
chr22	23029718	rs199561156	A	T	865.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.243;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=601;ExcessHet=3.0103;FS=5.915;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.42;MQRankSum=-8.956;QD=1.45;ReadPosRankSum=-7.738;SOR=1.117;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:497,101:0.17:598
chr22	23029846	rs200665672	T	C	1760.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-2.461;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=277;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.426;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-5.719;NF=24;NR=47;PP=1008;ReadPosRankSum=-2.210;SC=AAGCCATGAGTAGGCTTGGCC;SOR=0.475;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=210;TCF=69;TCR=141;TR=71;WE=23029854;WS=23029836;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:167,98:0.37:265
chr22	23029871	.	C	T	1454.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.026;ClippingRankSum=0.000;DP=156;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.61;MQRankSum=-6.454;QD=9.63;ReadPosRankSum=-3.041;SOR=0.642;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:106,45:0.30:151
chr22	23029876	.	C	T	1331.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.347;ClippingRankSum=0.000;DP=142;ExcessHet=3.0103;FS=4.071;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.72;MQRankSum=-6.220;QD=9.72;ReadPosRankSum=-3.258;SOR=0.380;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:98,39:0.28:137
chr22	23040318	rs12170914	C	T	564.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=2.379;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.881;HP=2;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=2;PP=362;ReadPosRankSum=-0.771;SC=GGAGAGGAGCCCAGGATGCTG;SOR=1.460;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=29;TCF=25;TCR=4;TR=19;WE=23040326;WS=23040317;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,22:0.63:35
chr22	23040362	rs5996349	A	G	1049.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=3.180;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.501;HP=2;HapScore=2;MGOF=31;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-1.409;NF=26;NR=6;PP=678;ReadPosRankSum=-0.590;SC=CTCTGAGGCAAAGGGGATAAG;SOR=1.122;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=54;TCF=44;TCR=10;TR=32;WE=23040370;WS=23040352;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,41:0.60:68
chr22	23040389	rs6003229	G	C	1418.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.537;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=32;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-1.540;NF=37;NR=14;PP=908;ReadPosRankSum=1.661;SC=CTGGGGCAGGGCCAGTGCTGG;SOR=0.686;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=85;TCF=64;TCR=21;TR=51;WE=23040397;WS=23040379;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,61:0.56:109
chr22	23040461	rs12166262	CT	AC	5165.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=2.609;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=274;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;JOINED;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-3.285;NF=49;NR=31;PP=2944;ReadPosRankSum=2.234;SC=CTGCTCCTCACTCTCCTCACT;SOR=0.711;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=170;TCF=108;TCR=62;TR=80;WE=23040470;WS=23040451;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:139,133:0.49:272
chr22	23040487	rs12165881	G	A	3512.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=3.312;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=335;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-3.659;NF=59;NR=48;PP=1787;ReadPosRankSum=-0.949;SC=CACAGGTGACGCCTCCAGGGA;SOR=0.680;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=206;TCF=117;TCR=89;TR=107;WE=23040495;WS=23040477;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:166,167:0.50:333
chr22	23040765	rs61732325	G	T	974.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.640;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FS=8.031;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.46;MQRankSum=-8.878;QD=7.12;ReadPosRankSum=-0.229;SOR=1.135;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:106,31:0.23:137
chr22	23040767	rs5751516	G	T	974.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.736;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FS=9.636;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.44;MQRankSum=-8.622;QD=7.22;ReadPosRankSum=-0.274;SOR=1.200;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:103,32:0.24:135
chr22	23046741	rs5759380	A	C	1357.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.187;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.686;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=21;PP=728;ReadPosRankSum=-0.779;SC=AGTGGGCCTGAGAGGAAATAA;SOR=0.831;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=96;TCF=58;TCR=38;TR=55;WE=23046749;WS=23046731;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,64:0.53:121
chr22	23046915	rs5759381	C	T	3177.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.948;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=321;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.406;HP=2;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=53;PP=1570;ReadPosRankSum=0.794;SC=TGGTCTTACCCTGAACCCTGA;SOR=0.559;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=215;TCF=113;TCR=102;TR=107;WE=23046923;WS=23046905;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:164,154:0.48:318
chr22	23046940	rs5751527	T	C	2811.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.366;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=267;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.376;HP=2;HapScore=4;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=49;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.785;SC=AGCCCAGGCATAGCCTCAGGG;SOR=0.508;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=203;TCF=108;TCR=95;TR=98;WE=23046965;WS=23046930;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:134,130:0.49:264
chr22	23046954	rs5759382	T	C	4091.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.131;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=237;ExcessHet=3.0103;FS=2.209;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.56;ReadPosRankSum=-1.494;SOR=0.560;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:122,111:0.48:233
chr22	23046957	rs5751528	T	C	4041.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.840;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FS=0.490;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.96;ReadPosRankSum=-0.536;SOR=0.628;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:123,102:0.45:225
chr22	23047069	rs5751529	C	A	3806.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.662;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=424;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.527;HP=2;HapScore=2;MGOF=30;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=73;NR=52;PP=2131;ReadPosRankSum=0.284;SC=CCAGGACAGACAGCCAGGATC;SOR=0.792;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=279;TCF=157;TCR=122;TR=125;WE=23047077;WS=23047046;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:235,185:0.44:420
chr22	23047104	rs5751530	G	A	4365.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.998;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=497;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=31;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=85;NR=58;PP=2371;ReadPosRankSum=-0.082;SC=TGTACTGGGGGAAAATTATGC;SOR=0.723;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=327;TCF=188;TCR=139;TR=143;WE=23047112;WS=23047094;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:281,212:0.43:493
chr22	23047143	.	GCC	G	7514.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=1.614;ClippingRankSum=0.000;DP=551;ExcessHet=3.0103;FS=0.530;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.18;ReadPosRankSum=1.092;SOR=0.635;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:325,205:0.39:530
chr22	23047144	.	C	T	2962	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;FR=0.5000;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MMLQ=28;MQ=60.0;NF=63;NR=58;PP=2962;QD=20;SC=CCAGGCCAGGCCCCTGAGTTG;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=348;TCF=185;TCR=163;TR=121;WE=23047155;WS=23047133;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:227,121:0.35:348
chr22	23047145	.	C	CTGATATA	2973	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;FR=0.5000;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MMLQ=28;MQ=60.0;NF=30;NR=58;PP=2973;QD=20;SC=CAGGCCAGGCCCCTGAGTTGG;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=236;TCF=81;TCR=155;TR=88;WE=23047155;WS=23047133;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:148,88:0.37:236
chr22	23047146	rs78292630	C	T	7608.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=1.438;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=537;ExcessHet=3.0103;FS=0.534;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.36;ReadPosRankSum=1.771;SOR=0.632;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:325,205:0.39:530
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chr22	23047148	rs77364963	T	TGATATAC	8107.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.649;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=533;ExcessHet=3.0103;FS=0.531;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.41;ReadPosRankSum=1.674;SOR=0.669;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:323,203:0.39:526
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chr22	23055329	rs10560602	CTTATTTAT	C	781.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.483;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=1.268;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.71;ReadPosRankSum=0.689;SOR=1.092;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,22:0.39:57
chr22	23055331	rs1972840	T	C	835.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.583;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.268;HP=1;HapScore=1;MGOF=34;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=8;PP=1068;ReadPosRankSum=-0.508;SC=ACCTCTCTCTTATTTATTTAT;SOR=0.409;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=56;TCF=43;TCR=13;TR=33;WE=23055347;WS=23055319;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,35:0.61:57
chr22	23055339	rs199662081	T	C	790.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.086;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.63;ReadPosRankSum=-0.716;SOR=0.865;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,23:0.40:58
chr22	23055421	rs1985790	G	A	11327.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=260;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=41;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=98;NR=67;PP=2965;SC=AGCCACCCTCGGTGTCAGTGG;SOR=0.971;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=166;TCF=99;TCR=67;TR=165;WE=23055429;WS=23055411;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,258:1.00:258
chr22	23055440	rs1008910	C	A	11623.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=277;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=36;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=106;NR=76;PP=2965;SC=GGCCCCAGGACAGACGGCCAG;SOR=0.925;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=182;TCF=106;TCR=76;TR=182;WE=23055448;WS=23055430;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,275:1.00:275
chr22	23055533	rs4446155	G	A	13102.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.823;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=313;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.78;MQRankSum=-0.184;QD=42.82;ReadPosRankSum=1.750;SOR=0.733;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,304:0.99:306
chr22	23055539	rs1985791	G	T	13116.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.770;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=310;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.86;MQRankSum=-0.144;QD=43.43;ReadPosRankSum=1.376;SOR=0.720;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,300:0.99:302
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chr22	23063645	rs11090173	T	G	8001.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.749;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=308;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=86;NR=122;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.062;SC=CCATCTCACATTGACACAGAC;SOR=0.974;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=208;TCF=86;TCR=122;TR=208;WE=23063653;WS=23063635;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,304:0.99:306
chr22	23077555	rs4822296	T	C	10704.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=394;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=120;NR=137;PP=2965;SC=TACTGCAGCTTATATACAAGC;SOR=0.805;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=258;TCF=120;TCR=138;TR=257;WE=23077563;WS=23077545;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,393:1.00:393
chr22	23077690	rs4822297	C	T	2297.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=10;NR=58;PP=1621;SC=TCCTGCAGTGCGGCCTTGAGA;SOR=2.985;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=68;TCF=10;TCR=58;TR=68;WE=23077698;WS=23077680;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr22	23089740	rs62220366	C	T	2174.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-1.750;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=245;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.029;HP=2;HapScore=1;MGOF=35;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=28;PP=1217;ReadPosRankSum=0.388;SC=GCCTGTGCTGCCCTCACAGCT;SOR=0.605;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=196;TCF=132;TCR=64;TR=85;WE=23089748;WS=23089730;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:134,108:0.45:242
chr22	23089759	rs2040563	A	T	7865.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.825;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=301;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=33;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=147;NR=87;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.302;SC=CTGGTTTGAGAGACATCTCTC;SOR=1.156;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=234;TCF=147;TCR=87;TR=234;WE=23089767;WS=23089749;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,295:0.99:297
chr22	23089826	rs1978004	G	A	15002.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.207;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=562;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=48;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=188;NR=165;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.352;SC=GACTGCCCCCGAAAGCCTGAG;SOR=0.250;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=355;TCF=189;TCR=166;TR=353;WE=23089834;WS=23089816;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,560:1.00:561
chr22	23089857	rs2040564	G	A	23585.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.519;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=536;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=-0.018;QD=44.09;ReadPosRankSum=-0.598;SOR=0.153;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,533:1.00:535
chr22	23089865	rs2040565	A	G	23475.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.812;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=532;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=-0.018;QD=44.21;ReadPosRankSum=-0.741;SOR=0.112;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,529:1.00:531
chr22	23089941	rs3087123	ACT	A	18416.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.047;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=458;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=47;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.287;NF=70;NR=164;PP=2969;ReadPosRankSum=-1.242;SC=CCCCCTCCTCACTCTCTGCAC;SOR=0.406;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=248;TCF=76;TCR=172;TR=234;WE=23089950;WS=23089931;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,436:0.99:439
chr22	23090423	rs34605189	G	C	6226.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.844;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=32;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=-1.285;NF=69;NR=115;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.237;SC=GTGACACAAGGAGACAGGGAA;SOR=0.818;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=187;TCF=70;TCR=117;TR=184;WE=23090431;WS=23090413;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,213:0.99:216
chr22	23090438	rs56223989	A	G	4135.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.051;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=43;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=-1.595;NF=48;NR=94;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.166;SC=AGGGAAGTGAAACATAAACCC;SOR=1.168;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=146;TCF=50;TCR=96;TR=142;WE=23090446;WS=23090428;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,137:0.98:140
chr22	23090468	rs58198190	C	T	2802.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.500;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=40.74;MQRankSum=-1.655;QD=41.22;ReadPosRankSum=-0.079;SOR=1.206;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,67:0.99:68
chr22	23090475	rs58580735	T	C	2730.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.385;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=40.74;MQRankSum=-1.600;QD=42.67;ReadPosRankSum=0.313;SOR=1.096;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,63:0.98:64
chr22	23101247	rs4822303	GC	AT	6042.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=71;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=76;NR=27;PP=2021;SC=GGGCTCTGCTGCTCCTCACCC;SOR=1.846;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=108;TCF=79;TCR=29;TR=103;WE=23101256;WS=23101237;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,137:1.00:137
chr22	23101280	rs1894244	C	T	8416.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=74;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=88;NR=49;PP=2733;SC=GCACAGGTGACGCCTCCAGGG;SOR=1.228;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=137;TCF=88;TCR=49;TR=137;WE=23101288;WS=23101270;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,187:1.00:187
chr22	23101301	rs4822305	A	G	9216.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=65;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=100;NR=59;PP=2965;SC=AAGGGGCTTCAGGGACCTCTG;SOR=1.118;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=162;TCF=103;TCR=59;TR=159;WE=23101309;WS=23101291;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,222:1.00:222
chr22	23101347	rs1894245	G	A	6016.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-1.157;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=242;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=25.986;HP=3;HapScore=1;MGOF=39;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=4.171;NF=101;NR=85;PP=2965;ReadPosRankSum=3.050;SC=CAGGCTCACCGGGGCCCAGCA;SOR=0.011;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=202;TCF=117;TCR=85;TR=186;WE=23101355;WS=23101337;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:10,227:0.96:237
chr22	23101487	rs371001253	C	T	1768.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.100;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=417;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.96;MQRankSum=-7.591;QD=4.29;ReadPosRankSum=2.049;SOR=0.696;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:295,117:0.28:412
chr22	23101523	rs3737543	G	A	1686.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.034;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=316;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.457;HP=1;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=3.474;NF=29;NR=44;PP=1063;ReadPosRankSum=0.226;SC=GGTACCAACAGCACCCAGGCA;SOR=0.651;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=244;TCF=100;TCR=144;TR=73;WE=23101531;WS=23101513;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:222,91:0.29:313
chr22	23101559	rs4134484	G	T	8151.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=265;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=57.03;QD=31.35;SOR=1.048;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,260:1.00:260
chr22	23101559	.	GGTCAGTAAT	TGTCAGTAAG,TGTCAGTAAT	2962	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.39;FR=0.5000,0.5000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MMLQ=28;MQ=55.76;NF=10,89;NR=28,128;PP=302,2962;QD=9.35441775953;SC=TGATTTATGAGGTCAGTAATC;SbPval=0.95;Source=Platypus;TC=220;TCF=92;TCR=128;TR=38,217;WE=23101576;WS=23101549;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.17:220
chr22	23101568	rs28561583	T	G	488.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.208;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=263;ExcessHet=3.0103;FS=15.030;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.25;MQRankSum=-14.151;QD=1.91;ReadPosRankSum=0.684;SOR=1.677;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:211,45:0.18:256
chr22	23114748	rs58165270	C	CT	551.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.121;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FS=2.465;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.23;MQRankSum=2.127;QD=4.24;ReadPosRankSum=0.499;SOR=0.469;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:81,49:0.38:130
chr22	23135588	rs2016511	G	A	1527.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=11;NR=38;PP=1139;SC=CCCTGTGCAAGGGGCTTCCTG;SOR=2.259;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=50;TCF=12;TCR=38;TR=49;WE=23135596;WS=23135578;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr22	23165839	rs5844528	G	GC	7765.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=258;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=15;NR=96;PP=2966;SC=GGGCTCTCAGGCCCCTTCTTG;SOR=1.050;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=119;TCF=17;TCR=102;TR=111;WE=23165847;WS=23165829;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,239:1.00:239
chr22	23223261	rs12628851	G	T	6553.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.005;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=475;ExcessHet=3.0103;FS=0.536;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.00;ReadPosRankSum=0.237;SOR=0.657;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:284,184:0.39:468
chr22	23223278	rs394321	A	T	6841.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.922;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=527;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.16;ReadPosRankSum=-0.004;SOR=0.681;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:315,205:0.39:520
chr22	23241620	rs462915	A	G	767.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.959;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.021;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-3.110;NF=23;NR=5;PP=493;ReadPosRankSum=0.864;SC=TCCTGCTGTGAGTCACAGGAC;SOR=0.933;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=62;TCF=49;TCR=13;TR=28;WE=23241628;WS=23241610;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,34:0.47:73
chr22	23241705	rs62218846	G	A	1004.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=1.388;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=248;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.142;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-11.393;NF=35;NR=26;PP=801;ReadPosRankSum=1.717;SC=TGCCACCAGGGCCACTGGCCC;SOR=0.790;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=172;TCF=105;TCR=67;TR=61;WE=23241713;WS=23241695;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:185,63:0.25:248
chr22	23241753	rs202036213	T	TA	2988.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=2.017;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=366;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.419;HP=4;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-17.307;NF=11;NR=40;PP=1937;ReadPosRankSum=-1.142;SC=GGGCTGGGGCTGGGGCATCCC;SOR=0.734;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=138;TCF=31;TCR=107;TR=51;WE=23241761;WS=23241743;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:259,105:0.29:364
chr22	23241864	rs463830	G	A	1290.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-2.597;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.223;HP=5;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-5.994;NF=17;NR=30;PP=612;ReadPosRankSum=-0.376;SC=CTCCTTCCCCGCTCTTGGGAC;SOR=0.491;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=108;TCF=33;TCR=75;TR=47;WE=23241872;WS=23241854;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,65:0.44:147
chr22	23247028	rs464478	A	G	5428.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=102;NR=48;PP=2965;SC=TCTGTGGGTTAAGTGTGGGGG;SOR=1.487;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=150;TCF=102;TCR=48;TR=150;WE=23247036;WS=23247018;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,189:1.00:189
chr22	23247082	rs2009433	C	T	4638.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.143;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=415;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.222;HP=3;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=2.466;NF=87;NR=58;PP=2233;ReadPosRankSum=0.501;SC=GGACCACTGGCCCCAGCTTCC;SOR=0.922;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=249;TCF=144;TCR=105;TR=145;WE=23247090;WS=23247072;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:191,219:0.53:410
chr22	23248758	rs1059142	G	A	2056.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.138;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FS=2.443;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.22;MQRankSum=-4.760;QD=15.12;ReadPosRankSum=-2.088;SOR=0.503;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,97:0.71:136
chr22	23248839	rs7117	A	T	352.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.702;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=2.155;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=44.46;MQRankSum=-0.073;QD=4.97;ReadPosRankSum=0.518;SOR=0.462;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:51,20:0.28:71
chr22	23248845	rs71815924	AC	A	116.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.393;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=19.462;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=43.79;MQRankSum=0.787;QD=2.33;ReadPosRankSum=-1.627;SOR=3.241;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:40,10:0.20:50
chr22	23256464	rs463185	G	C	14584.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=568;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=176;NR=168;PP=2965;SC=GTGAGGGGACGGAGCTGACCG;SOR=0.718;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=345;TCF=177;TCR=168;TR=344;WE=23256472;WS=23256454;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,565:1.00:565
chr22	23260276	rs139283039	GGC	G	262.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.651;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FS=8.837;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.12;ReadPosRankSum=0.242;SOR=1.552;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:97,27:0.22:124
chr22	23260278	rs59884698	CGG	C	1942.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.803;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.825;HP=10;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=42;PP=849;ReadPosRankSum=0.150;SC=GGTTGGGGGGCGGGGTGGCCT;SOR=0.232;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=75;TCF=28;TCR=47;TR=67;WE=23260287;WS=23260260;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,91:0.73:124
chr22	23260507	rs410521	T	A	1215.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=29;PP=775;SC=CTGGCCCCAATTTCCTCCAGC;SOR=2.356;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=5;TCR=29;TR=34;WE=23260515;WS=23260497;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr22	23262162	rs375081	C	A	500.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=15;PP=408;SC=ATCCTCAGTCCACCAGAAACC;SOR=4.174;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=16;TCF=1;TCR=15;TR=16;WE=23262170;WS=23262152;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr22	23263602	rs373405	C	T	4094.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=43;NR=48;PP=1779;SC=CAGCTGACCGCCCTCGGTAAG;SOR=0.759;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=92;TCF=44;TCR=48;TR=91;WE=23263610;WS=23263592;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,155:1.00:155
chr22	23263708	rs737885	T	G	844.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.715;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.738;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=14;PP=378;ReadPosRankSum=-0.386;SC=CCTGTCTGGATGTCTGGAATC;SOR=0.427;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=66;TCF=26;TCR=40;TR=26;WE=23263716;WS=23263698;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,42:0.44:95
chr22	23481133	.	G	GA	1177.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.057;ClippingRankSum=0.000;DP=461;ExcessHet=3.0103;FS=7.872;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.84;ReadPosRankSum=-0.728;SOR=1.139;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:289,126:0.30:415
chr22	23492236	rs9612248	C	T	1748.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.275;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=249;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.483;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=23;PP=721;ReadPosRankSum=0.473;SC=GTCCGTCTGTCTGTCTCTTTG;SOR=0.631;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=149;TCF=88;TCR=61;TR=56;WE=23492244;WS=23492226;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:150,95:0.39:245
chr22	23494833	rs5759603	T	G	992.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.618;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=24;PP=561;ReadPosRankSum=0.012;SC=GGAACTGCTGTGCCTCAGCCT;SOR=0.664;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=66;TCF=17;TCR=49;TR=32;WE=23494841;WS=23494823;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,47:0.49:95
chr22	23494904	rs2301555	T	G	502.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.005;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=10;PP=321;ReadPosRankSum=-0.592;SC=TGGGCAGAAATTGTGGCGTCC;SOR=0.648;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=27;TCF=9;TCR=18;TR=15;WE=23494912;WS=23494894;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,20:0.57:35
chr22	23501286	rs2246716	T	G	2583.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.626;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=246;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=47;PP=1419;ReadPosRankSum=-1.798;SC=GGCAGCTGCCTATCCCCCTGG;SOR=0.708;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=169;TCF=82;TCR=87;TR=92;WE=23501294;WS=23501276;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:115,124:0.52:239
chr22	23502987	rs9612252	A	G	500.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=2.973;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=2;PP=311;ReadPosRankSum=0.736;SC=AGGGTAGGCTAGCCTGGCTTT;SOR=0.558;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=39;TCF=36;TCR=3;TR=17;WE=23502995;WS=23502977;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,21:0.42:50
chr22	23503008	rs9612253	T	C	812.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.977;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.889;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=6;PP=333;ReadPosRankSum=-0.359;SC=CACACCCAGATGCATTAAGGG;SOR=0.542;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=57;TCF=45;TCR=12;TR=25;WE=23503016;WS=23502998;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,40:0.47:85
chr22	23503170	rs5759612	A	G	3397.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.286;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=398;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.110;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=51;PP=1466;ReadPosRankSum=0.784;SC=CCAGGTCGGCAATGGAGACCT;SOR=0.639;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=219;TCF=107;TCR=112;TR=103;WE=23503178;WS=23503160;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:219,178:0.45:397
chr22	23503205	rs5759613	G	C	3423.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-1.740;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=385;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.151;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=52;PP=1116;ReadPosRankSum=0.233;SC=GGTGTGACTGGGTTGGGCTGG;SOR=0.588;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=215;TCF=99;TCR=116;TR=100;WE=23503213;WS=23503195;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:204,180:0.47:384
chr22	23503266	rs5759614	G	A	2429.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-2.440;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=239;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.574;HP=2;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=42;PP=965;ReadPosRankSum=1.250;SC=GTCACCTGAGGCCTTGCCATT;SOR=0.820;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=144;TCF=58;TCR=86;TR=67;WE=23503274;WS=23503256;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:120,119:0.50:239
chr22	23503319	rs5759615	A	G	1305.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.766;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.543;HP=3;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=27;PP=642;ReadPosRankSum=-1.105;SC=CCCTCCTCTCAGGGTGTCACT;SOR=0.898;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=83;TCF=32;TCR=51;TR=41;WE=23503327;WS=23503309;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,61:0.54:113
chr22	23503533	rs5759617	G	T	1002.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-2.707;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=6;PP=608;ReadPosRankSum=0.041;SC=GTGCCTGGAAGGCCCTCTCTT;SOR=0.787;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=66;TCF=55;TCR=11;TR=35;WE=23503541;WS=23503523;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,43:0.52:83
chr22	23503569	rs10775764	T	C	1834.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.243;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.578;HP=1;HapScore=4;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=23;PP=2251;ReadPosRankSum=-0.090;SC=ATTCAGGCCTTGAACAGCAGG;SOR=0.753;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=119;TCF=76;TCR=43;TR=63;WE=23503588;WS=23503559;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,85:0.51:167
chr22	23503580	rs9608085	C	T	2238.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-1.012;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.131;HP=2;HapScore=4;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=29;PP=2251;ReadPosRankSum=-1.296;SC=GAACAGCAGGCCCAGAAGCTT;SOR=0.589;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=136;TCF=84;TCR=52;TR=72;WE=23503588;WS=23503559;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:91,104:0.53:195
chr22	23503651	rs713682	C	T	4581.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=0.599;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=431;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=51;PP=1807;ReadPosRankSum=2.178;SC=TACAGGATTCCTGGTTGATGC;SOR=0.727;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=223;TCF=118;TCR=105;TR=110;WE=23503659;WS=23503641;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:206,220:0.52:426
chr22	23503756	rs737818	G	A	1971.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.230;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=236;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.628;HP=3;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=44;PP=1194;ReadPosRankSum=-1.055;SC=TGCTAACTGGGGCCTGCGTGG;SOR=0.582;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=166;TCF=67;TCR=99;TR=75;WE=23503764;WS=23503746;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:130,99:0.43:229
chr22	23503819	rs737819	T	C	766.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-3.824;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.380;HP=3;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=32;PP=575;ReadPosRankSum=1.093;SC=GACTGTGGTGTGGAGACTGGA;SOR=1.052;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=65;TCF=7;TCR=58;TR=35;WE=23503827;WS=23503809;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,36:0.52:69
chr22	23504862	rs5759619	C	T	11713.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-0.006;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1179;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=156;NR=154;PP=2962;ReadPosRankSum=0.937;SC=AGCCCCAGGCCCCTGTCACCT;SOR=0.687;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=646;TCF=326;TCR=320;TR=310;WE=23504870;WS=23504852;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:600,574:0.49:1174
chr22	23504916	rs5759620	G	A	9323.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.169;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=963;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.519;HP=3;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=116;NR=154;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.103;SC=GTTGCTTCCCGTAGATGGCGA;SOR=0.744;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=579;TCF=258;TCR=321;TR=270;WE=23504924;WS=23504906;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:492,466:0.49:958
chr22	23504959	rs5759621	C	T	4816.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.420;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=582;ExcessHet=3.0103;FS=0.534;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.41;ReadPosRankSum=0.325;SOR=0.632;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:306,267:0.47:573
chr22	23505084	rs5751594	G	C	749.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=2.280;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.980;HP=6;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=2.055;NF=7;NR=22;PP=471;ReadPosRankSum=1.647;SC=ATTTTTTGTAGTTTTTTATAT;SOR=0.927;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=68;TCF=14;TCR=54;TR=29;WE=23505092;WS=23505074;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,34:0.43:80
chr22	23505101	rs5844548	C	CT	166.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.836;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=2.987;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.54;MQRankSum=2.208;QD=4.17;ReadPosRankSum=-0.996;SOR=1.292;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,16:0.40:40
chr22	23523073	.	G	GC	719.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=1;PP=510;SC=CCGGGGCCGGGCTGGCGAGGC;SOR=3.126;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=14;TCF=13;TCR=1;TR=14;WE=23523090;WS=23523071;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr22	23523082	rs199698427	G	GC	862.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=2;PP=690;SC=GGCTGGCGAGGCGCCGCGCCG;SOR=3.816;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=19;TCF=16;TCR=3;TR=17;WE=23523090;WS=23523071;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr22	23540609	rs4822371	A	G	1712.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=0.012;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.196;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=26;PP=658;ReadPosRankSum=-0.473;SC=AAGGTTGGTGACCCCCAAAGA;SOR=0.822;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=92;TCF=40;TCR=52;TR=43;WE=23540617;WS=23540599;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,84:0.49:171
chr22	23541309	.	C	CA	158.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.459;ClippingRankSum=0.000;DP=139;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.21;ReadPosRankSum=1.595;SOR=0.674;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:101,30:0.23:131
chr22	23585132	rs1004040	A	G	1560.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.887;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.436;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=35;PP=880;ReadPosRankSum=0.258;SC=CCTGGTGACAACATCTCTCCA;SOR=0.425;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=102;TCF=38;TCR=64;TR=61;WE=23585140;WS=23585122;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,74:0.60:124
chr22	23627369	rs140504	A	G	712.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=1.037;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=20;PP=450;ReadPosRankSum=-0.609;SC=CAGATCAAGAATGACATCCAG;SOR=0.784;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=52;TCF=12;TCR=40;TR=25;WE=23627377;WS=23627359;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,31:0.52:60
chr22	23627441	rs131675	T	C	424.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=10;PP=289;SC=GTGGCAGCAGTCCCCGCACAC;SOR=1.911;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=3;TCR=10;TR=13;WE=23627449;WS=23627431;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr22	23632665	rs131677	C	A	1244.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-3.319;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.206;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=19;PP=400;ReadPosRankSum=-0.283;SC=AGGAAGGACTCATCGGGCAGG;SOR=0.364;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=98;TCF=34;TCR=64;TR=33;WE=23632673;WS=23632655;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,66:0.45:148
chr22	23656148	rs66569843	T	G	1579.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=5.146;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.760;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=6;PP=1181;ReadPosRankSum=1.186;SC=CCCACCGCCTTCTGCAGCTCT;SOR=0.330;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=105;TCF=96;TCR=9;TR=55;WE=23656156;WS=23656139;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,59:0.51:115
chr22	23657477	rs180810	A	G	705.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=2.363;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.267;HP=5;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.238;NF=13;NR=2;PP=209;ReadPosRankSum=0.302;SC=CCCCACCCCCATCTCACTGTA;SOR=1.641;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=43;TCF=32;TCR=11;TR=15;WE=23657485;WS=23657467;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,20:0.42:48
chr22	23657495	rs180811	C	G	1021.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=2.648;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.062;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.405;NF=20;NR=10;PP=524;ReadPosRankSum=-0.992;SC=GTAAGGGGTTCATGACACCAG;SOR=1.061;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=60;TCF=37;TCR=23;TR=30;WE=23657503;WS=23657485;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,36:0.49:74
chr22	23657735	rs180812	G	A	372.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=4.050;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=12;PP=277;ReadPosRankSum=0.862;SC=TCCTGGAGGCGGACAGATGGC;SOR=2.179;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=0;TCR=15;TR=12;WE=23657743;WS=23657725;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,13:0.76:17
chr22	23735649	rs8135826	C	A	655.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.055;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FS=1.941;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.86;ReadPosRankSum=0.562;SOR=1.005;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,40:0.54:74
chr22	23915340	rs1064417	T	G	1506.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.214;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=15;PP=959;ReadPosRankSum=0.926;SC=GGTATTTATTTAGGGTTTACT;SOR=0.693;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=47;TCF=32;TCR=15;TR=46;WE=23915348;WS=23915330;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,52:0.98:53
chr22	23955765	rs17627963	T	G	5558.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.445;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=528;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.722;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=80;NR=78;PP=2388;ReadPosRankSum=-1.297;SC=GAATCAGGTTTCTATACACTG;SOR=0.649;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=313;TCF=154;TCR=159;TR=158;WE=23955773;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:255,271:0.52:526
chr22	23961742	rs5844566	G	GGCACCCATAA	1592.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=0.537;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.053;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=25;PP=2897;ReadPosRankSum=1.412;SC=CCAGCATGGAGGTATCACAGA;SOR=0.907;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=72;TCF=5;TCR=67;TR=27;WE=23961750;WS=23961732;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,41:0.48:85
chr22	23962744	rs72559613	T	TTTC	6379.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=2.072;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=392;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.249;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.739;NF=42;NR=39;PP=2967;ReadPosRankSum=1.814;SC=GCCAGCAAGTTTGTTTCTCAG;SOR=0.946;SbPval=0.2;Source=Platypus;TC=180;TCF=78;TCR=102;TR=81;WE=23962752;WS=23962734;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:222,166:0.43:388
chr22	23964282	rs10564183	GCAT	G	6642.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=5.527;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=617;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.575;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-19.102;NF=44;NR=86;PP=2987;ReadPosRankSum=-1.044;SC=TCTTACCTGGGCATCATCATC;SOR=0.845;SbPval=0.25;Source=Platypus;TC=276;TCF=79;TCR=197;TR=130;WE=23964295;WS=23964272;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:343,187:0.35:530
chr22	23967147	rs2877164	C	T	4426.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.561;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=507;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.519;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQ=59.93;MQRankSum=-2.234;NF=69;NR=67;PP=1888;ReadPosRankSum=-1.323;SC=GCTGCACCCCCTACACAGATC;SOR=0.656;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=318;TCF=164;TCR=154;TR=136;WE=23967155;WS=23967137;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:277,223:0.45:500
chr22	23974200	rs3827318	A	G	1252.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=2.297;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.120;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=31;PP=769;ReadPosRankSum=-0.810;SC=ACAGGTCAGTATATTCCCCAT;SOR=0.979;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=104;TCF=41;TCR=63;TR=49;WE=23974208;WS=23974190;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,60:0.44:136
chr22	23982724	rs56397271	T	C	22958.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=517;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.66;QD=44.49;SOR=0.717;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,516:1.00:516
chr22	23982727	rs28645846	A	G	22979.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=512;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.74;QD=44.97;SOR=0.713;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,511:1.00:511
chr22	23982775	rs12627958	C	T	4438.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.446;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=438;ExcessHet=3.0103;FS=0.518;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.53;MQRankSum=-2.348;QD=10.16;ReadPosRankSum=0.238;SOR=0.632;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:219,218:0.50:437
chr22	24034288	rs738786	A	G	4638.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-2.041;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.313;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=54;PP=2281;ReadPosRankSum=-0.610;SC=GCTGTGCTCCAGGGCCTTTGG;SOR=0.462;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=122;TCF=66;TCR=56;TR=118;WE=24034296;WS=24034278;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,177:0.99:178
chr22	24035970	rs2070446	C	T	8346.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=321;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=103;NR=91;PP=2965;SC=GGTGGTGCTCCACGAATGCTT;SOR=0.771;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=194;TCF=103;TCR=91;TR=194;WE=24035978;WS=24035960;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,318:1.00:318
chr22	24036563	rs2070447	G	A	2732.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-0.457;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=315;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.414;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=34;PP=1056;ReadPosRankSum=0.845;SC=ACTTCTCCTCGGTGCACGTCA;SOR=0.650;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=165;TCF=87;TCR=78;TR=71;WE=24036571;WS=24036553;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:166,142:0.46:308
chr22	24036657	rs2070448	T	C	1853.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-1.324;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.634;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=34;PP=688;ReadPosRankSum=1.072;SC=GCTCTCTCCATGGCAGCATCA;SOR=0.563;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=140;TCF=59;TCR=81;TR=61;WE=24036665;WS=24036647;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:127,100:0.44:227
chr22	24038847	rs1007298	T	C	3493.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=25;NR=44;PP=1431;SC=CCCCAGAGAGTCCAGATGAGG;SOR=1.061;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=69;TCF=25;TCR=44;TR=69;WE=24038855;WS=24038837;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr22	24086107	rs5759985	A	G	3670.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-2.633;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=346;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=86;NR=47;PP=2003;ReadPosRankSum=0.046;SC=TATAGTGCTCAATGAGGGCTG;SOR=0.696;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=249;TCF=159;TCR=90;TR=133;WE=24086115;WS=24086097;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:165,178:0.52:343
chr22	24087319	rs2070451	A	C	4087.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.039;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=417;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.197;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=73;PP=2002;ReadPosRankSum=-0.284;SC=TTGCTGGGGGAACCTCCATTG;SOR=0.929;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=249;TCF=108;TCR=141;TR=118;WE=24087327;WS=24087309;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:210,199:0.49:409
chr22	24094836	rs2070452	C	T	6017.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-1.144;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=112;NR=57;PP=2965;ReadPosRankSum=0.951;SC=CCCATTCCCCCGCACACTGCT;SOR=0.527;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=171;TCF=113;TCR=58;TR=169;WE=24094844;WS=24094826;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,222:1.00:223
chr22	24094912	rs4820566	T	C	11699.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-2.137;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=442;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=172;NR=123;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.755;SC=GCCAGGATCTTATGACCCTCA;SOR=0.165;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=300;TCF=175;TCR=125;TR=295;WE=24094920;WS=24094902;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,434:1.00:436
chr22	24106409	rs181949101	G	A	2577.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.092;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=244;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.474;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=36;PP=1327;ReadPosRankSum=-1.525;SC=CCAGGCAGGGGTGCCAGCCCT;SOR=0.631;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=155;TCF=93;TCR=62;TR=86;WE=24106417;WS=24106399;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:117,124:0.51:241
chr22	24106674	rs140181	G	A	12898.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=475;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=169;NR=132;PP=2965;SC=GGCCCTGTCCGGCCTCCCACC;SOR=0.871;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=305;TCF=172;TCR=133;TR=301;WE=24106682;WS=24106664;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,473:1.00:473
chr22	24108288	rs140182	C	G	2400.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=0.103;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=261;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=34;PP=979;ReadPosRankSum=1.780;SC=TCCCCCTCCCCGCCTGAGTCG;SOR=0.667;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=129;TCF=71;TCR=58;TR=72;WE=24108296;WS=24108278;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:131,125:0.49:256
chr22	24108412	rs80027270	G	A	800.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.795;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FS=1.868;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.27;ReadPosRankSum=-1.587;SOR=0.721;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,41:0.53:78
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chr22	24109774	rs179468	T	G	610.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=17;NR=7;PP=597;SC=AGGGCGCGGCTGGGCGGCTGC;SOR=2.494;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=26;TCF=17;TCR=9;TR=24;WE=24109782;WS=24109764;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr22	24109975	rs62241575	A	C	1193.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.62;BaseQRankSum=0.533;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.583;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=20;PP=572;ReadPosRankSum=3.191;SC=GGGAGTGCCCACACTTCCCTA;SOR=0.747;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=84;TCF=40;TCR=44;TR=40;WE=24109983;WS=24109965;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:100,65:0.39:165
chr22	24121378	rs738792	C	T	7844.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=295;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=102;NR=68;PP=2965;SC=GCCTAGGACGCCCACCACCTC;SOR=0.979;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=170;TCF=102;TCR=68;TR=170;WE=24121386;WS=24121368;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,291:1.00:291
chr22	24122499	rs9612427	G	A	507.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.456;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.040;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=6;PP=301;ReadPosRankSum=0.730;SC=CTCAGCCATCGGGGGCTGTCC;SOR=0.301;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=39;TCF=31;TCR=8;TR=21;WE=24122507;WS=24122489;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,24:0.52:46
chr22	24125565	rs2877173	G	A	6597.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=255;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=119;NR=57;PP=2965;SC=CCCAGTGTCCGCTCGCCCAGG;SOR=1.380;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=176;TCF=119;TCR=57;TR=176;WE=24125573;WS=24125555;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,246:1.00:246
chr22	24129240	rs11090285	C	T	1400.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-2.913;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.664;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=9;PP=905;ReadPosRankSum=0.283;SC=CAGTACCCGGCCCGGTCCGCA;SOR=0.890;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=117;TCF=96;TCR=21;TR=53;WE=24129248;WS=24129230;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,61:0.44:139
chr22	24129553	rs55705149	GGC	G	1099.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.812;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FS=1.715;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.21;MQRankSum=1.425;QD=15.49;ReadPosRankSum=-1.027;SOR=0.292;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,36:0.51:71
chr22	24135968	rs11413092	C	CT	525.50	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.835;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.27;MQRankSum=0.608;QD=10.11;ReadPosRankSum=0.100;SOR=0.726;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,39:0.75:52
chr22	24143502	rs738797	C	G	13514.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=511;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=120;NR=206;PP=2965;SC=CTCTCTGGCCCCTCAAGTGGA;SOR=1.142;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=327;TCF=121;TCR=206;TR=326;WE=24143510;WS=24143492;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,500:1.00:500
chr22	24145395	rs5760030	A	G	5067.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=84;NR=43;PP=2694;SC=GGTTTGCAGAAGCCTGCTGTG;SOR=1.295;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=127;TCF=84;TCR=43;TR=127;WE=24145403;WS=24145385;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,182:1.00:182
chr22	24145675	rs5751738	G	C	2101.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=13;NR=51;PP=1653;SC=GAACAGTCCCGTTTCCTGCCA;SOR=2.483;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=64;TCF=13;TCR=51;TR=64;WE=24145683;WS=24145665;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr22	24158899	rs2070457	C	A	3212.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.884;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=306;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.462;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=86;NR=29;PP=1970;ReadPosRankSum=1.515;SC=TGAGGGAGGCCGGTCCATGCC;SOR=0.733;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=227;TCF=170;TCR=57;TR=115;WE=24158907;WS=24158889;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:152,146:0.49:298
chr22	24176959	rs35305666	CA	C	9034.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=247;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQ=60.04;NF=40;NR=69;PP=2951;SC=AGGCTCAGGGCAAGAGGCTCT;SOR=0.861;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=115;TCF=41;TCR=74;TR=109;WE=24176967;WS=24176949;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,243:1.00:243
chr22	24179724	rs2070462	G	C	380.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-0.753;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=2;PP=246;ReadPosRankSum=-0.351;SC=GCAGGAAGATGGGGATGGAGC;SOR=0.859;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=25;TCF=21;TCR=4;TR=13;WE=24179732;WS=24179723;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,16:0.53:30
chr22	24179756	rs147594874	CAAGG	C	628.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.445;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.307;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=3;PP=463;ReadPosRankSum=3.034;SC=AGAACTCCAGCAAGGATGGGA;SOR=1.051;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=32;TCF=23;TCR=9;TR=12;WE=24179767;WS=24179746;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,18:0.38:48
chr22	24199260	rs60895711	TG	T	260.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.665;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=9.467;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.05;ReadPosRankSum=2.716;SOR=2.584;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,16:0.43:37
chr22	24199261	rs71184919	G	GT	211.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.623;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=5.986;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.92;ReadPosRankSum=-1.934;SOR=0.148;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,14:0.33:43
chr22	24199766	rs201808140	C	CCT	706.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.025;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=23;PP=441;ReadPosRankSum=0.365;SC=GACCCCAAACCCCCCCCCCGC;SOR=0.824;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=54;TCF=3;TCR=51;TR=23;WE=24199775;WS=24199751;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,32:0.45:71
chr22	24204158	rs2275979	A	G	617.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=18;NR=0;PP=398;SC=TCTGTGCCTCACTTTCCTCAT;SOR=4.003;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=18;TCR=0;TR=18;WE=24204166;WS=24204157;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr22	24209759	rs2330626	G	C	864.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=16;NR=8;PP=588;SC=TGCGCTTATGGTAATGAGATG;SOR=1.402;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=24;TCF=16;TCR=8;TR=24;WE=24209767;WS=24209749;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr22	24210050	rs4428104	A	C	93.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=2.189;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=4;PP=65;ReadPosRankSum=0.484;SC=CCATCTGGCTATTCATGAGTT;SOR=0.941;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=4;WE=24210058;WS=24210040;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,4:0.57:7
chr22	24212248	rs60719441	A	G	3515.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.285;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=349;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.311;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=51;PP=1451;ReadPosRankSum=-0.803;SC=TGAATTTTGGAAGAGACACAA;SOR=0.567;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=211;TCF=93;TCR=118;TR=93;WE=24212256;WS=24212238;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:173,169:0.49:342
chr22	24217449	rs12157360	A	G	743.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.214;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=16;PP=347;ReadPosRankSum=0.892;SC=GGGGCTTCTCATCCTGCCTCT;SOR=0.713;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=67;TCF=23;TCR=44;TR=25;WE=24217457;WS=24217439;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,41:0.38:109
chr22	24224508	rs6003938	C	G	265.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.993;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.965;NF=4;NR=3;PP=85;ReadPosRankSum=0.648;SC=GAGAGAGACACACACACACAC;SOR=0.836;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=13;TCF=7;TCR=6;TR=7;WE=24224516;WS=24224498;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,13:0.57:23
chr22	24224655	rs9608213	G	A	1313.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.399;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.29;ReadPosRankSum=-0.846;SOR=0.596;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,35:0.46:76
chr22	24224659	rs9612499	C	A	1309.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.506;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.79;ReadPosRankSum=-1.379;SOR=0.704;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:42,36:0.46:78
chr22	24226242	rs2070460	A	G	7769.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.745;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=306;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=83;NR=120;PP=2965;ReadPosRankSum=1.185;SC=CTGGGCATCCATCATCACATA;SOR=0.973;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=205;TCF=84;TCR=121;TR=203;WE=24226250;WS=24226232;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,297:0.99:299
chr22	24227246	rs6003939	A	C	244.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.166;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.744;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=7;PP=113;ReadPosRankSum=-1.081;SC=AATCAGTAACAACATAATTAC;SOR=0.368;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=25;TCF=4;TCR=21;TR=8;WE=24227254;WS=24227236;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,12:0.41:29
chr22	24237463	rs2070767	T	C	4700.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=65;NR=58;PP=2580;SC=AGAGCCGGGATATTGGGGAGC;SOR=0.777;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=123;TCF=65;TCR=58;TR=123;WE=24237471;WS=24237453;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,171:1.00:171
chr22	24284825	rs6003982	C	G	2959.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.173;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=1.933;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=10.746;NF=51;NR=27;PP=1538;ReadPosRankSum=3.111;SC=CTCAACAGCTCCAAGCTAGCT;SOR=1.262;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=79;TCF=51;TCR=28;TR=78;WE=24284833;WS=24284815;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,112:0.97:116
chr22	24285057	rs201546417	TAAAACAAAAACA	T	2378.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=0;NR=25;PP=2988;SC=AAGGAAATACTAAAACAAAAA;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=36;TCF=0;TCR=36;TR=25;WE=24285076;WS=24285047;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr22	24302486	rs185856170	A	G	96.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=41.52;QD=19.38;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr22	24323131	rs55716339	C	T	5062.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.812;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=582;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-1.712;NF=102;NR=79;PP=2553;ReadPosRankSum=1.830;SC=TGACTTCTTCCTCTTCAGGGC;SOR=0.656;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=407;TCF=229;TCR=178;TR=181;WE=24323139;WS=24323121;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:314,254:0.45:568
chr22	24323227	rs76498342	G	A	3690.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.118;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=515;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.802;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-2.925;NF=71;NR=92;PP=2182;ReadPosRankSum=-1.626;SC=TGACCGAAAGGTGCCCTCCTT;SOR=0.859;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=405;TCF=184;TCR=221;TR=163;WE=24323235;WS=24323217;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:305,206:0.40:511
chr22	24323303	rs371581404	G	A	1116.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.687;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.70;MQRankSum=-6.753;QD=9.01;ReadPosRankSum=1.707;SOR=0.738;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:70,54:0.44:124
chr22	24324959	.	TG	T	38.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.870;ClippingRankSum=0.000;DP=82;ExcessHet=3.0103;FS=5.916;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.06;MQRankSum=-0.566;QD=0.47;ReadPosRankSum=-0.431;SOR=0.173;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:74,8:0.10:82
chr22	24325062	rs78284383	G	A	3192.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.242;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FS=1.490;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.83;MQRankSum=7.512;QD=18.14;ReadPosRankSum=2.447;SOR=0.877;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,140:0.80:176
chr22	24340650	rs11343686	GT	G	524.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.018;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.30;MQRankSum=2.260;QD=6.10;ReadPosRankSum=0.182;SOR=0.642;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:45,41:0.48:86
chr22	24340938	rs140290	A	G	1218.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-1.334;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.651;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-2.623;NF=14;NR=30;PP=665;ReadPosRankSum=0.599;SC=CATGGGCTGTAGATAGACGAA;SOR=0.596;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=100;TCF=32;TCR=68;TR=44;WE=24340946;WS=24340928;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,61:0.43:143
chr22	24345691	rs140302	A	C	1182.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=15;NR=16;PP=547;SC=TGAGGCTGGGAAGCTTCCTGA;SOR=0.737;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=31;TCF=15;TCR=16;TR=31;WE=24345699;WS=24345681;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr22	24376322	rs4630	G	A	1419.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=27;NR=11;PP=772;SC=GCAAGTCTTAGGCAAGCCATT;SOR=1.480;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=38;TCF=27;TCR=11;TR=38;WE=24376330;WS=24376312;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr22	24377034	rs140308	A	G	955.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=7;NR=26;PP=721;SC=GAGTTACTGGAGTAGGGAGTT;SOR=2.517;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=7;TCR=26;TR=33;WE=24377042;WS=24377024;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr22	24383954	rs140313	C	T	7785.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=294;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=83;NR=99;PP=2965;SC=TGGGGAGCCCCGACTCTTGGA;SOR=0.809;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=182;TCF=83;TCR=99;TR=182;WE=24383962;WS=24383944;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,290:1.00:290
chr22	24452885	rs2070467	A	G	2960.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=26;NR=51;PP=1459;SC=TACACCATCAATAACATTTCT;SOR=1.295;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=77;TCF=26;TCR=51;TR=77;WE=24452893;WS=24452875;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr22	24455635	rs117501063	A	G	457.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=2.095;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.157;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=3;PP=315;ReadPosRankSum=1.774;SC=AAGAGTTCAGATGCTTGTGTC;SOR=0.069;SbPval=0.24;Source=Platypus;TC=38;TCF=34;TCR=4;TR=16;WE=24455643;WS=24455625;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,19:0.44:43
chr22	24459438	rs762273	T	C	10647.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=394;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=140;NR=106;PP=2965;SC=CTCGGAACTGTCCTGCTGGTA;SOR=0.901;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=247;TCF=141;TCR=106;TR=246;WE=24459446;WS=24459428;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,389:1.00:389
chr22	24472270	rs2283807	A	G	4931.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=49;NR=105;PP=2965;SC=CTGCCAGTGCAGGGCAGGGCT;SOR=1.506;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=154;TCF=49;TCR=105;TR=154;WE=24472278;WS=24472260;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,179:1.00:179
chr22	24480503	rs4820581	G	A	8803.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=333;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=168;NR=68;PP=2965;SC=TGAATGTGTTGCTAATCTGCC;SOR=1.566;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=238;TCF=168;TCR=70;TR=236;WE=24480511;WS=24480493;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,328:1.00:328
chr22	24492061	rs2236622	T	C	4284.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=27;NR=67;PP=2149;SC=TAGCACCCTTTAGGCGACCCC;SOR=1.445;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=94;TCF=27;TCR=67;TR=94;WE=24492069;WS=24492051;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,152:1.00:152
chr22	24578987	.	T	C	240.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.518;ClippingRankSum=0.000;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=3.731;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.24;MQRankSum=-7.495;QD=4.15;ReadPosRankSum=-0.449;SOR=1.565;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:48,10:0.17:58
chr22	24578995	rs62231980	G	A	462.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.523;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FS=2.487;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.74;MQRankSum=-6.384;QD=5.86;ReadPosRankSum=-2.212;SOR=1.107;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:59,20:0.25:79
chr22	24579049	rs62231981	G	A	2069.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-2.854;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=263;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.146;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-5.550;NF=39;NR=27;PP=844;ReadPosRankSum=-0.526;SC=TGCTCCATGCGCTGTGGCGCC;SOR=0.546;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=158;TCF=97;TCR=61;TR=66;WE=24579057;WS=24579039;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:143,111:0.44:254
chr22	24579157	rs200945728	GA	TC	3234.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.843;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=309;ExcessHet=3.0103;FS=3.439;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.04;MQRankSum=-2.299;QD=10.61;ReadPosRankSum=-2.694;SOR=0.927;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:212,93:0.30:305
chr22	24583138	rs17642338	G	A	501.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=4.182;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=1;PP=366;ReadPosRankSum=-0.132;SC=TGCTCACAGCGGGTGACCCTA;SOR=0.648;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=41;TCF=39;TCR=2;TR=20;WE=24583146;WS=24583130;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,21:0.49:43
chr22	24629912	rs116976546	G	A	2571.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.180;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=275;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.043;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=40;PP=1205;ReadPosRankSum=-2.666;SC=TGACGACGCTGGTGCAGACCA;SOR=0.827;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=165;TCF=69;TCR=96;TR=68;WE=24629920;WS=24629902;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:147,123:0.46:270
chr22	24640438	rs144289030	TCA	T	509.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.432;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=6;PP=403;ReadPosRankSum=-0.292;SC=ATACATTCACTCACACACACA;SOR=0.648;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=24;TCF=11;TCR=13;TR=10;WE=24640447;WS=24640428;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,20:0.38:52
chr22	24644921	rs182614205	G	A	2174.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.986;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.032;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.203;NF=35;NR=39;PP=1249;ReadPosRankSum=-0.639;SC=AAATTGGCAGGTGAGGGGGCA;SOR=0.429;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=132;TCF=59;TCR=73;TR=74;WE=24644929;WS=24644911;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:92,104:0.53:196
chr22	24717850	rs204710	A	G	7853.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=287;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=94;NR=105;PP=2965;SC=ATCACCCCTGATAACCAGAGC;SOR=0.790;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=199;TCF=94;TCR=105;TR=199;WE=24717858;WS=24717840;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,279:1.00:279
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chr22	24837301	rs5751876	T	C	2742.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-2.235;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=261;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.044;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=64;PP=1603;ReadPosRankSum=0.271;SC=CCAATGGCTATGCCCTGGGGC;SOR=1.015;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=198;TCF=83;TCR=115;TR=102;WE=24837309;WS=24837291;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:128,128:0.50:256
chr22	24891292	rs2070474	C	G	956.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=4.753;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.321;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=3;PP=687;ReadPosRankSum=2.699;SC=GGGCGCCTGACCGGGCCTGGG;SOR=1.045;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=63;TCF=56;TCR=7;TR=31;WE=24891300;WS=24891282;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,35:0.48:73
chr22	24891355	rs2070475	A	T	2328.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=3.085;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.754;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=26;PP=1236;ReadPosRankSum=1.463;SC=GGACACAAGCACTGGCGGACC;SOR=0.832;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=148;TCF=91;TCR=57;TR=72;WE=24891363;WS=24891345;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:99,102:0.51:201
chr22	24898310	rs2232866	C	T	6072.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.687;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=728;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=88;NR=104;PP=2760;ReadPosRankSum=-0.104;SC=GAAAGTTCTCCGTCCACATCA;SOR=0.707;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=464;TCF=213;TCR=251;TR=192;WE=24898318;WS=24898300;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:407,308:0.43:715
chr22	24936970	rs9704	A	G	18066.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-2.188;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=704;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=207;NR=203;PP=2965;ReadPosRankSum=1.400;SC=CTATTCTAACAATTTTACCAG;SOR=0.260;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=411;TCF=207;TCR=204;TR=410;WE=24936978;WS=24936960;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,698:1.00:699
chr22	24938908	rs8139822	A	G	2757.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=53;NR=21;PP=1394;SC=GGGCCAGGGCATCCTGAGCGG;SOR=1.522;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=74;TCF=53;TCR=21;TR=74;WE=24938916;WS=24938898;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr22	24944053	rs4822506	C	T	4113.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=41;NR=64;PP=1968;SC=TGCAGGTAGACGAGCTGGGGA;SOR=1.135;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=105;TCF=41;TCR=64;TR=105;WE=24944061;WS=24944043;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,155:1.00:155
chr22	24944782	rs1003580	A	G	4302.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=77;NR=42;PP=2130;SC=AGCCCCAACCAAAGATAGCTA;SOR=1.213;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=119;TCF=77;TCR=42;TR=119;WE=24944790;WS=24944772;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,168:1.00:168
chr22	24953479	rs11427005	C	CT	936.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.251;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.38;ReadPosRankSum=1.003;SOR=0.818;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,56:0.80:70
chr22	24953571	rs5760472	A	G	7686.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=306;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=116;NR=77;PP=2965;SC=GATGTGTGCCACATGCCTTTT;SOR=1.009;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=195;TCF=118;TCR=77;TR=193;WE=24953579;WS=24953561;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,295:1.00:295
chr22	24964128	rs4597	T	C	5844.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.659;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=68;NR=78;PP=2814;ReadPosRankSum=-0.742;SC=GAAAAGCTGCTATTCTCAAGG;SOR=0.776;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=147;TCF=68;TCR=79;TR=146;WE=24964136;WS=24964118;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,223:0.99:225
chr22	24985736	rs56017319	GCC	G	643.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.782;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.027;NF=10;NR=2;PP=305;ReadPosRankSum=0.159;SC=GGCTCTGTTGGCCCCCCTGTC;SOR=0.495;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=28;TCF=22;TCR=6;TR=12;WE=24985745;WS=24985726;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,19:0.51:37
chr22	24988920	rs737128	C	T	449.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.247;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.098;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=9;PP=183;ReadPosRankSum=0.542;SC=GCACCCGGCGCTCGTAGGGCG;SOR=0.892;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=32;TCF=13;TCR=19;TR=15;WE=24988928;WS=24988910;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,23:0.48:48
chr22	25003934	rs2076999	G	A	364.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.849;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.325;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.602;NF=5;NR=5;PP=133;ReadPosRankSum=0.667;SC=GTGCAGCCCAGAACTGTCTTC;SOR=0.269;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=17;TCF=7;TCR=10;TR=10;WE=25003942;WS=25003924;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,18:0.60:30
chr22	25023893	rs201313233	G	A	545.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.007;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=261;ExcessHet=3.0103;FS=1.567;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.23;MQRankSum=-11.893;QD=2.12;ReadPosRankSum=2.763;SOR=0.505;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:228,30:0.12:258
chr22	25023915	rs1042004	A	G	659.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.547;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FS=2.520;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.34;MQRankSum=-11.577;QD=3.13;ReadPosRankSum=-0.636;SOR=0.489;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:181,30:0.14:211
chr22	25115959	rs5760605	C	T	726.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-4.404;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.719;HP=6;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=25;PP=493;ReadPosRankSum=1.511;SC=TAATTGCTTACAAAAATCTAT;SOR=0.327;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=54;TCF=5;TCR=49;TR=29;WE=25115967;WS=25115949;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,31:0.53:59
chr22	25119210	rs56199175	A	C	467.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.233;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.213;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=15;PP=271;ReadPosRankSum=1.482;SC=CCACAATGAAAGCTAGAGTGA;SOR=1.058;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=40;TCF=14;TCR=26;TR=23;WE=25119218;WS=25119200;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,26:0.43:61
chr22	25124095	rs738827	C	T	5263.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=84;NR=42;PP=2935;SC=AAGAGAATCTCAAGTTTTATT;SOR=1.179;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=128;TCF=84;TCR=44;TR=126;WE=25124103;WS=25124085;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,188:1.00:188
chr22	25129964	rs5760612	A	G	523.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-2.185;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.486;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=7;PP=300;ReadPosRankSum=0.579;SC=CAGGAAACCAACAACAACATT;SOR=0.061;SbPval=0.22;Source=Platypus;TC=29;TCF=22;TCR=7;TR=20;WE=25129972;WS=25129954;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,23:0.66:35
chr22	25144912	rs11703684	C	T	7075.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-1.015;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=719;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.518;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=101;NR=119;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.995;SC=TTTTTCAAAACTCTTCCCGGG;SOR=0.751;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=421;TCF=196;TCR=225;TR=220;WE=25144920;WS=25144902;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:350,352:0.50:702
chr22	25145453	rs1892723	C	T	4606.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=43;NR=74;PP=2395;SC=AATTCTTTCACAATGCTATAA;SOR=1.139;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=118;TCF=44;TCR=74;TR=117;WE=25145461;WS=25145443;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,170:1.00:170
chr22	25145471	rs1892722	A	G	3512.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=33;NR=62;PP=1901;SC=TAATCTTTACATATTTCATCT;SOR=1.249;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=95;TCF=33;TCR=62;TR=95;WE=25145479;WS=25145461;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr22	25147324	rs11705460	A	G	833.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.326;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.42;ReadPosRankSum=0.765;SOR=0.592;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,39:0.53:73
chr22	25150694	rs8142601	C	T	999.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.419;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.11;ReadPosRankSum=0.720;SOR=0.720;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:42,48:0.53:90
chr22	25151638	rs6004259	T	C	1597.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.322;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.809;HP=3;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=11;PP=911;ReadPosRankSum=-0.161;SC=ACTCTCTTAATACATGAGGAC;SOR=0.472;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=98;TCF=77;TCR=21;TR=52;WE=25151646;WS=25151628;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,68:0.59:115
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chr22	25151890	rs143403523	CA	C,AA	1458.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.274;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.39;ReadPosRankSum=-1.030;SOR=0.865;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:4,41,44:0.46,0.49:89
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chr22	25577554	rs9612886	G	A	1077.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-2.055;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.684;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=9;PP=597;ReadPosRankSum=2.021;SC=AGCGTCTTCTGTGCAGGTCTG;SOR=0.521;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=91;TCF=66;TCR=25;TR=39;WE=25577562;WS=25577544;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,51:0.48:106
chr22	25577688	rs763279	G	A	4285.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.504;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=470;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.516;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=61;PP=1866;ReadPosRankSum=1.581;SC=CCAGGAAGGAGGAGTCGGATG;SOR=0.705;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=248;TCF=124;TCR=124;TR=121;WE=25577696;WS=25577678;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:244,221:0.48:465
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chr22	25601196	rs9608378	C	G	15270.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.442;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=581;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=197;NR=167;PP=2965;ReadPosRankSum=1.159;SC=GGATAGTCCACATCACAAGCT;SOR=0.393;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=365;TCF=198;TCR=167;TR=364;WE=25601204;WS=25601186;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,576:1.00:577
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chr22	25625554	rs55700037	G	A	5647.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=62;NR=87;PP=2701;SC=ACGTAAGTGCGTTGCCAGCCC;SOR=1.004;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=150;TCF=62;TCR=88;TR=149;WE=25625562;WS=25625544;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,211:1.00:211
chr22	25713933	rs133156	A	G	1860.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=43;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=54;NR=3;PP=1519;SC=AGTGAGGTGGACAGGTCCGAG;SOR=5.247;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=57;TCF=54;TCR=3;TR=57;WE=25713941;WS=25713923;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr22	25714110	rs2064141	T	C	10805.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.438;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=583;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.47;MQRankSum=-1.073;QD=18.73;ReadPosRankSum=1.249;SOR=0.688;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:299,278:0.48:577
chr22	25714113	rs2330574	A	G	10823.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.120;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=593;ExcessHet=3.0103;FS=0.521;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.41;MQRankSum=-2.176;QD=18.44;ReadPosRankSum=1.203;SOR=0.678;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:303,284:0.48:587
chr22	25714218	rs2072869	A	T	11867.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=435;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=160;NR=154;PP=2965;SC=TGCCCCTCACACCCAGCAGGT;SOR=0.717;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=314;TCF=160;TCR=154;TR=314;WE=25714226;WS=25714208;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,423:1.00:423
chr22	25716068	rs133162	C	G	3016.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.94;SOR=0.970;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr22	25750814	rs141812512	C	CAGGGCA	6706.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQ=60.13;NF=2;NR=82;PP=2972;SC=CTGGATGGGCCAGGGCCATGC;SOR=2.078;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=102;TCF=5;TCR=97;TR=84;WE=25750822;WS=25750804;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,151:1.00:151
chr22	25753231	rs133194	G	A	5022.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.025;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=112;NR=36;PP=2965;ReadPosRankSum=0.660;SC=CCTCGATCTTGTCTGTCTTGG;SOR=1.241;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=154;TCF=113;TCR=41;TR=148;WE=25753239;WS=25753221;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,179:0.98:182
chr22	26157068	rs61734946	C	G	3143.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.844;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=345;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.294;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=64;PP=1534;ReadPosRankSum=-1.701;SC=GCATGGCCATCTCATCACGCC;SOR=0.774;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=244;TCF=101;TCR=143;TR=107;WE=26157076;WS=26157058;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:183,156:0.46:339
chr22	26157144	rs17623980	A	G	1525.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=0.489;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.278;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=39;PP=958;ReadPosRankSum=0.292;SC=GCAGGGACTGACTCGACCCTC;SOR=0.589;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=134;TCF=45;TCR=89;TR=61;WE=26157152;WS=26157134;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,73:0.45:163
chr22	26158800	rs139503214	C	T	382.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-4.354;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=1;PP=286;ReadPosRankSum=-1.127;SC=ACCAGGAGAGCGTGGATGATT;SOR=0.693;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=32;TCF=30;TCR=2;TR=16;WE=26158808;WS=26158790;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,16:0.50:32
chr22	26158910	rs2331158	C	G	2486.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.234;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=277;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.945;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=38;PP=1446;ReadPosRankSum=-0.757;SC=AACCAGCAGCCTTGACCATAC;SOR=0.764;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=202;TCF=126;TCR=76;TR=102;WE=26158918;WS=26158900;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:141,127:0.47:268
chr22	26159129	rs133884	C	CTT	2706.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.486;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.805;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=46;PP=2222;ReadPosRankSum=-0.318;SC=CCATCACAAACTTTGAAGGGC;SOR=0.496;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=109;TCF=14;TCR=95;TR=54;WE=26159137;WS=26159119;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,83:0.49:170
chr22	26159289	rs133885	G	A	2877.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=36;NR=41;PP=1602;SC=CTGGTCCGGGGGACTGAAAAA;SOR=0.770;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=77;TCF=36;TCR=41;TR=77;WE=26159297;WS=26159279;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr22	26163996	rs133901	T	C	2522.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.806;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=17;PP=1517;ReadPosRankSum=1.406;SC=AAGTGAACAATGAAATGAATG;SOR=0.613;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=78;TCF=61;TCR=17;TR=76;WE=26164004;WS=26163986;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,92:0.98:94
chr22	26164079	rs133902	C	T	8889.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.180;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=337;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=135;NR=75;PP=2965;ReadPosRankSum=0.295;SC=TTCTTTCTCCCAGATCCCAGA;SOR=1.158;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=214;TCF=136;TCR=78;TR=210;WE=26164087;WS=26164069;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,330:0.99:334
chr22	26166011	rs133903	C	A	559.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.226;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.354;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=8;PP=280;ReadPosRankSum=2.357;SC=GAGAAACCCCCGTGTAAGGTA;SOR=0.388;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=37;TCF=25;TCR=12;TR=20;WE=26166019;WS=26166001;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,28:0.51:55
chr22	26166900	rs3859866	G	C	6856.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=262;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=66;NR=121;PP=2965;SC=TGAGACTTTGGATTGATGCTG;SOR=1.221;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=187;TCF=66;TCR=121;TR=187;WE=26166908;WS=26166890;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,245:1.00:245
chr22	26173484	rs12170856	G	A	154.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-1.224;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.379;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=4;PP=72;ReadPosRankSum=-0.762;SC=GGGGCGGGGCGCTGTCTTAGA;SOR=0.130;SbPval=0.23;Source=Platypus;TC=24;TCF=18;TCR=6;TR=10;WE=26173492;WS=26173482;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,10:0.37:27
chr22	26173661	rs5761170	T	C	2860.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=30;NR=34;PP=1019;SC=GGCCCTGGGCTGGAGTGGCGC;SOR=0.766;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=64;TCF=30;TCR=34;TR=64;WE=26173669;WS=26173651;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr22	26173888	rs9624897	G	C	81.88	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-1.383;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=0.5051;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=3;PP=22;ReadPosRankSum=-0.210;SC=CTTGCTACTGGGCAGGGCTAT;SOR=0.368;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=6;TCF=2;TCR=4;TR=5;WE=26173896;WS=26173878;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,5:0.83:6
chr22	26177593	rs28729695	G	A	443.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.151;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.274;HP=17;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.733;NF=16;NR=4;PP=295;ReadPosRankSum=2.256;SC=AAAAAAAAAAGAGTGGATCAG;SOR=0.475;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=42;TCF=33;TCR=9;TR=20;WE=26177601;WS=26177585;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,17:0.35:49
chr22	26181594	rs13053299	T	C	520.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-1.357;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.319;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=18;PP=291;ReadPosRankSum=-0.077;SC=GTGGAAGAGTTGGCACTGCCT;SOR=1.038;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=39;TCF=6;TCR=33;TR=21;WE=26181602;WS=26181584;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,26:0.52:50
chr22	26193824	rs2877299	C	T	1208.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.381;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FS=0.659;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.16;ReadPosRankSum=-1.890;SOR=0.779;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:73,59:0.45:132
chr22	26193982	rs738642	C	G	2101.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.354;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.070;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=31;PP=947;ReadPosRankSum=0.502;SC=TGGAGATGCTCGGCATCTCAG;SOR=0.506;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=136;TCF=61;TCR=75;TR=62;WE=26193990;WS=26193972;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:112,102:0.48:214
chr22	26194045	rs738643	T	C	1358.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.729;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.315;HP=4;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=30;PP=565;ReadPosRankSum=0.749;SC=ACCACCTGGGTGCGGCGGGGG;SOR=0.569;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=97;TCF=36;TCR=61;TR=51;WE=26194053;WS=26194035;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,71:0.48:148
chr22	26194093	rs738644	G	A	729.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.686;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=19;PP=459;ReadPosRankSum=1.395;SC=GCTCACCTGGGAGGGCAGCTG;SOR=0.979;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=48;TCF=16;TCR=32;TR=28;WE=26194101;WS=26194083;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,33:0.50:66
chr22	26219412	rs5752226	T	C	2619.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=63;NR=17;PP=1897;SC=TCCTCTCGGGTGTTCATTCAC;SOR=2.652;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=81;TCF=64;TCR=17;TR=80;WE=26219420;WS=26219402;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr22	26219723	rs143285237	C	CT	711.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=0.862;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.461;NF=0;NR=29;PP=756;ReadPosRankSum=-2.262;SC=CATTCTTTAACTTTTTTATCA;SOR=0.665;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=70;TCF=0;TCR=70;TR=29;WE=26219731;WS=26219713;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,38:0.49:77
chr22	26222247	rs8143030	T	C	440.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-1.517;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.926;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=7;PP=244;ReadPosRankSum=0.722;SC=GAAATAATTTTAGCAGTGGAG;SOR=0.297;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=39;TCF=28;TCR=11;TR=19;WE=26222255;WS=26222237;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,22:0.51:43
chr22	26222454	rs9624909	C	T	1771.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.675;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=35;PP=775;ReadPosRankSum=-0.494;SC=GCTGTGGTCTCACTCATCAAC;SOR=0.668;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=122;TCF=49;TCR=73;TR=59;WE=26222462;WS=26222444;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:96,90:0.48:186
chr22	26222505	rs2331162	G	A	1065.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-2.903;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.455;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=25;PP=547;ReadPosRankSum=-1.044;SC=TTGGCCTCTTGCAGGTGCACA;SOR=0.335;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=72;TCF=24;TCR=48;TR=40;WE=26222513;WS=26222495;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,52:0.56:93
chr22	26224632	rs3848861	G	A	1604.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-1.870;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=12;PP=1000;ReadPosRankSum=-0.209;SC=AGGTCACACAGCCTGTAAGAG;SOR=0.689;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=113;TCF=89;TCR=24;TR=54;WE=26224640;WS=26224622;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,70:0.49:144
chr22	26228757	rs35045598	TA	T	742.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.531;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.516;HP=7;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=2.546;NF=16;NR=14;PP=630;ReadPosRankSum=0.033;SC=TGCCAAAATTTAAAAAAACGA;SOR=0.853;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=74;TCF=42;TCR=32;TR=30;WE=26228765;WS=26228747;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,49:0.39:126
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chr22	26239850	rs5761268	C	A	1264.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.413;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.780;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=42;PP=817;ReadPosRankSum=-0.107;SC=AGGTCCTGCACCAGTCAAAAA;SOR=1.379;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=133;TCF=42;TCR=91;TR=56;WE=26239863;WS=26239840;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:105,64:0.38:169
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chr22	26239950	rs5761271	A	G	182.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.941;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.522;HP=1;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=9;PP=157;ReadPosRankSum=-0.230;SC=ACTACAACACAGTGTGGGAGG;SOR=3.003;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=24;TCF=3;TCR=21;TR=9;WE=26239958;WS=26239940;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,9:0.30:30
chr22	26241928	rs2072011	G	A	220.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=0.716;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.171;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=3;PP=157;ReadPosRankSum=0.926;SC=GGGAGCAGCTGGGACACATGA;SOR=1.609;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=16;TCF=10;TCR=6;TR=10;WE=26241936;WS=26241918;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,10:0.62:16
chr22	26241994	rs2072012	T	C	587.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=1.479;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.101;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=7;PP=314;ReadPosRankSum=1.436;SC=CTTGTTCCCTTTGCCACCACC;SOR=0.479;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=31;TCF=20;TCR=11;TR=17;WE=26242002;WS=26241984;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,26:0.51:51
chr22	26270190	rs67075414	A	ACC	944.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-1.036;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.157;HP=8;HapScore=3;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=7;PP=440;ReadPosRankSum=2.440;SC=ATTTGCAAGCACCCCCCCATT;SOR=0.427;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=50;TCF=34;TCR=16;TR=18;WE=26270198;WS=26270180;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,30:0.40:75
chr22	26270206	rs6004807	C	G	849.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.317;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.680;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=1.187;NF=20;NR=10;PP=494;ReadPosRankSum=1.987;SC=CCATTGTAGACAGCCTTCTTC;SOR=0.492;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=72;TCF=51;TCR=21;TR=30;WE=26270214;WS=26270196;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,44:0.42:104
chr22	26298754	rs2072016	G	A	2523.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=33;NR=40;PP=1287;SC=GCTAAATCTCGGGAAACTGCA;SOR=0.866;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=73;TCF=33;TCR=40;TR=73;WE=26298762;WS=26298744;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr22	26298874	rs2072017	T	C	662.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=34;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=16;PP=454;SC=TGGTGGCTGGTAAATTGATAA;SOR=4.294;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=17;TCF=1;TCR=16;TR=17;WE=26298882;WS=26298864;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr22	26298891	rs5761306	T	G	547.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=47;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=12;PP=297;SC=ATAATCAGACTTTGAGCAAGA;SOR=5.136;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=0;TCR=12;TR=12;WE=26298899;WS=26298881;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr22	26317155	rs739284	A	G	4818.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.21;SOR=1.308;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr22	26317160	rs739285	G	A	3049.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.085;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=26.99;ReadPosRankSum=-1.096;SOR=1.241;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,111:0.98:113
chr22	26342056	rs4820662	C	T	1323.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=28.78;SOR=1.203;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr22	26343805	rs2072007	A	G	3961.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=49;NR=45;PP=1803;SC=GTAGTGAATGAGACCTTGGTG;SOR=0.706;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=95;TCF=50;TCR=45;TR=94;WE=26343813;WS=26343795;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,149:1.00:149
chr22	26346311	rs10600754	AT	A	1691.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.720;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.12;MQRankSum=0.255;QD=18.59;ReadPosRankSum=0.643;SOR=0.582;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:3,88:0.97:91
chr22	26346484	.	A	ATGTGTGTGTATGTGTGTGTG	1299.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=66.40;QD=37.14;SOR=1.148;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr22	26388548	rs9613067	A	G	772.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-3.213;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=12.902;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=25;PP=488;ReadPosRankSum=-2.492;SC=CTGGGGCCACATTCACTGGGA;SOR=0.108;SbPval=0.09;Source=Platypus;TC=76;TCF=13;TCR=63;TR=35;WE=26388556;WS=26388538;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,37:0.46:81
chr22	26422292	rs41531549	G	C	647.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-2.054;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=5;PP=346;ReadPosRankSum=-0.037;SC=GAGTGCGGTAGGGATGGTATT;SOR=0.720;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=38;TCF=30;TCR=8;TR=23;WE=26422300;WS=26422282;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,28:0.60:47
chr22	26422980	rs2236005	A	G	4539.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.699;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=431;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=71;NR=65;PP=2207;ReadPosRankSum=1.278;SC=TCGAAAACCCAATTCAGTTCC;SOR=0.712;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=266;TCF=138;TCR=128;TR=136;WE=26422988;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:211,215:0.50:426
chr22	26423087	rs192639023	C	T	4377.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.973;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=420;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.523;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=80;NR=64;PP=2423;ReadPosRankSum=0.389;SC=ACTGCGTCCTCGGAGGCGGTG;SOR=0.648;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=299;TCF=169;TCR=130;TR=144;WE=26423095;WS=26423077;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:212,200:0.49:412
chr22	26423484	.	T	A	5422.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=1.436;ClippingRankSum=0.000;DP=608;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=85;NR=85;PP=2577;ReadPosRankSum=0.970;SC=TCCGGCTCCATCGTGTCCTTC;SOR=0.694;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=321;TCF=161;TCR=160;TR=170;WE=26423492;WS=26423474;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:325,275:0.46:600
chr22	26689201	rs653361	A	T	3066.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=23;NR=73;PP=1976;SC=AATCTCAAGAAGCCCCGGCCC;SOR=2.137;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=97;TCF=23;TCR=74;TR=96;WE=26689209;WS=26689191;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr22	26690407	rs137204	T	C	3216.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=33;NR=59;PP=1945;SC=CCCAGGAGAGTACCTCACAGA;SOR=1.238;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=92;TCF=33;TCR=59;TR=92;WE=26690415;WS=26690397;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr22	26695077	rs663048	G	T	1638.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-3.786;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.272;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=47;PP=1006;ReadPosRankSum=-1.611;SC=GCGCTAAGATGCTGACATGCA;SOR=1.119;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=119;TCF=25;TCR=94;TR=58;WE=26695085;WS=26695067;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:91,76:0.46:167
chr22	26702015	rs1210894	A	C	1487.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.625;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.600;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=20;PP=813;ReadPosRankSum=-0.765;SC=CTGAAAACACAAATGGGAGCC;SOR=0.601;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=104;TCF=64;TCR=40;TR=45;WE=26702023;WS=26702005;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,69:0.44:156
chr22	26706500	rs35444510	C	CA	521.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.603;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=1;PP=328;ReadPosRankSum=0.929;SC=GAAACTCTGTCAAAAAAAAAG;SOR=0.876;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=79;TCF=72;TCR=7;TR=24;WE=26706508;WS=26706494;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,32:0.43:74
chr22	26706826	rs666999	T	C	2451.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=3.692;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=70;PP=1760;ReadPosRankSum=-1.114;SC=GGAGCTTCCCTTTCTCTTGTG;SOR=0.691;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=166;TCF=32;TCR=134;TR=86;WE=26706834;WS=26706816;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,99:0.54:185
chr22	26710037	.	TAC	T	232	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;FR=0.5000;HP=4;HapScore=2;MGOF=15;MMLQ=23;MQ=59.87;NF=0;NR=6;PP=232;QD=39.3333333333;SC=GCATCACAAATACACACACAC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=23;TCF=1;TCR=22;TR=6;WE=26710046;WS=26710027;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:17,6:0.26:23
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chr22	26769464	rs5844691	G	GA	174.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.372;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.37;ReadPosRankSum=0.500;SOR=0.593;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,14:0.35:40
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chr22	26777795	rs482902	A	T	591.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=1.534;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=3;PP=382;ReadPosRankSum=0.541;SC=ACAGACGGGCACAGTGGCATT;SOR=0.465;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=33;TCF=28;TCR=5;TR=20;WE=26777803;WS=26777785;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,24:0.63:38
chr22	26830478	rs3788398	A	G	7099.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=269;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=66;NR=113;PP=2965;SC=GTATGTTGCAAGGACAGGGGT;SOR=1.148;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=179;TCF=66;TCR=113;TR=179;WE=26830486;WS=26830468;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,262:1.00:262
chr22	26853905	rs1894704	C	A	2846.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=21;NR=41;PP=1302;SC=AGCGGCGATCCTGCGGGGTGG;SOR=1.168;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=62;TCF=21;TCR=41;TR=62;WE=26853913;WS=26853895;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr22	26853980	rs1894705	T	C	947.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=14;PP=330;SC=AGTTACCTTCTGCCCTCCCAC;SOR=1.209;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=22;TCF=8;TCR=14;TR=22;WE=26853988;WS=26853970;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr22	26854441	rs1894706	G	A	8751.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=341;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=110;NR=100;PP=2965;SC=CGGTCGTAATGTGTGAAGTTG;SOR=0.736;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=210;TCF=110;TCR=100;TR=210;WE=26854449;WS=26854431;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,335:1.00:335
chr22	26854682	rs4822722	T	C	904.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=17;PP=528;SC=CAGTGCTTTGTGAGACCGAGG;SOR=1.179;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=27;TCF=10;TCR=17;TR=27;WE=26854690;WS=26854672;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr22	26859942	rs5752330	C	T	5331.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=93;NR=41;PP=2688;SC=AGGGACAGCACCAGCCCTTTG;SOR=1.357;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=134;TCF=93;TCR=41;TR=134;WE=26859950;WS=26859932;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,195:1.00:195
chr22	26860269	rs2014410	G	C	3371.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-2.795;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=298;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=64;PP=2093;ReadPosRankSum=-1.198;SC=TGGTCTTCGAGCTGCTCTTGG;SOR=0.679;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=229;TCF=113;TCR=116;TR=127;WE=26860277;WS=26860259;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:135,156:0.54:291
chr22	26861545	rs3213583	A	G	2823.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=24;NR=48;PP=1605;SC=TATGAACAGGACTTTCCCCTG;SOR=1.345;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=72;TCF=24;TCR=48;TR=72;WE=26861553;WS=26861535;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr22	26862041	rs3747129	G	A	3784.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.775;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=372;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.379;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=62;PP=1923;ReadPosRankSum=0.144;SC=TGGGTAACTCGATTCTTGAAG;SOR=0.661;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=247;TCF=119;TCR=128;TR=119;WE=26862049;WS=26862031;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:182,181:0.50:363
chr22	26862153	rs739289	C	A	7840.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=292;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=79;NR=120;PP=2965;SC=CATAAAAGACCGCCGTTCTCA;SOR=1.017;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=201;TCF=80;TCR=121;TR=199;WE=26862161;WS=26862143;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,289:1.00:289
chr22	26862212	rs713998	T	C	4152.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=35;NR=77;PP=2408;SC=CGGGGCATCCTCTCCCGTAGG;SOR=1.470;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=112;TCF=35;TCR=77;TR=112;WE=26862220;WS=26862202;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,148:1.00:148
chr22	26864658	rs739290	A	G	8316.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=331;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=82;NR=115;PP=2965;SC=AATTTTAAAGATGCCTAACAG;SOR=0.921;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=197;TCF=82;TCR=115;TR=197;WE=26864666;WS=26864648;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,319:1.00:319
chr22	26867490	rs5761549	G	A	641.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=2.578;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.154;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=20;PP=439;ReadPosRankSum=0.025;SC=TGGAGCCTCCGGAGCTGCTGA;SOR=0.072;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=41;TCF=1;TCR=40;TR=21;WE=26867498;WS=26867480;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,25:0.56:45
chr22	26875370	rs9613187	C	T	1892.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.648;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=251;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.583;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=37;PP=832;ReadPosRankSum=1.742;SC=CCAGTGATCACGGCATTTAAA;SOR=0.824;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=149;TCF=59;TCR=90;TR=58;WE=26875378;WS=26875360;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:149,98:0.40:247
chr22	26877539	rs739291	C	T	1561.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=38;NR=13;PP=1167;SC=CGATGGCTCACGTGCTTGATT;SOR=1.877;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=51;TCF=38;TCR=13;TR=51;WE=26877547;WS=26877529;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr22	26879823	rs968425	C	A	470.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=7;NR=6;PP=216;SC=GATGACGTGCCGAGTGCGCCG;SOR=0.793;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=7;TCR=6;TR=13;WE=26879831;WS=26879813;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr22	26879946	rs66831137	GGAGGCGGCGCCCCGGGGGAGA	G	588.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=7;PP=2553;SC=CGCGGCGGAGGGAGGCGGCGC;SOR=1.112;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=7;WE=26879974;WS=26879936;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr22	26882142	rs5761561	G	A	316.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.716;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.526;HP=7;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=12;PP=230;ReadPosRankSum=0.584;SC=AACGCCGCCCGCCCCTTACAG;SOR=1.525;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=30;TCF=8;TCR=22;TR=15;WE=26882150;WS=26882132;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,15:0.47:32
chr22	26884039	rs4820682	G	A	5344.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=93;NR=50;PP=2963;SC=ACAACTGAAGGCCCCTGTGGG;SOR=1.301;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=143;TCF=93;TCR=50;TR=143;WE=26884047;WS=26884029;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,193:1.00:193
chr22	26886953	rs34878449	GT	G	4115.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.699;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.24;MQRankSum=0.522;QD=18.79;ReadPosRankSum=0.361;SOR=0.784;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:13,206:0.94:219
chr22	26887099	rs4820683	T	A	9120.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=351;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=85;NR=128;PP=2965;SC=AATTCTATCTTTCTTTACAGG;SOR=1.028;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=214;TCF=85;TCR=129;TR=213;WE=26887107;WS=26887089;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,349:1.00:349
chr22	26887829	rs1045523	A	G	805.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=22;NR=3;PP=530;SC=GCATTGTCCCATTTTACATCC;SOR=2.985;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=25;TCF=22;TCR=3;TR=25;WE=26887837;WS=26887819;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr22	26894985	rs2187956	C	T	6570.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=246;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=82;NR=74;PP=2965;SC=GGCTCTCCAGCCCTCCCTGCC;SOR=0.770;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=156;TCF=82;TCR=74;TR=156;WE=26894993;WS=26894975;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,241:1.00:241
chr22	26895061	rs2157586	G	A	6710.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=242;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=99;NR=78;PP=2965;SC=GATTTTCCCAGCAACTCACTT;SOR=0.903;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=177;TCF=99;TCR=78;TR=177;WE=26895069;WS=26895051;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,239:1.00:239
chr22	26895337	rs1008530	G	A	16324.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.275;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=631;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=203;NR=185;PP=2965;ReadPosRankSum=0.683;SC=TCTCCAGCTCGTGGAAGAGGT;SOR=0.441;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=390;TCF=203;TCR=187;TR=388;WE=26895345;WS=26895327;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,616:1.00:619
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chr22	26932150	rs3752523	G	A	3073.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.702;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=326;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.855;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=56;PP=1845;ReadPosRankSum=-0.342;SC=CAGATGACCAGGAATTGAGAG;SOR=0.754;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=220;TCF=108;TCR=112;TR=107;WE=26932158;WS=26932140;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:170,144:0.46:314
chr22	26936897	rs12169509	G	A	2596.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.025;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=278;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.445;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=41;PP=1378;ReadPosRankSum=-0.200;SC=TACACAGGCAGGCACTTCTCC;SOR=0.684;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=193;TCF=94;TCR=99;TR=77;WE=26936905;WS=26936887;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:148,121:0.45:269
chr22	26937327	rs4822735	C	G	8263.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=298;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=133;NR=85;PP=2965;SC=CCTCGGGGTGCGCGTCCAGCA;SOR=1.147;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=218;TCF=133;TCR=85;TR=218;WE=26937335;WS=26937317;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,289:1.00:289
chr22	26951317	rs28402932	A	G	56.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-0.241;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=3;PP=22;ReadPosRankSum=-0.000;SC=GAATGCAATCATCGTGGAGTG;SOR=0.368;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=10;TCF=2;TCR=8;TR=4;WE=26951325;WS=26951307;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,4:0.40:10
chr22	27004089	rs5761626	A	C	5263.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=36;NR=110;PP=2965;SC=AGCCCTGAGGACAGTAGGAAA;SOR=1.961;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=146;TCF=36;TCR=110;TR=146;WE=27004097;WS=27004079;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,182:1.00:182
chr22	27009128	rs4822751	G	T	2107.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.369;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.343;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=43;PP=989;ReadPosRankSum=0.469;SC=GGGAAAACTTGAGCTAATCTT;SOR=0.529;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=150;TCF=58;TCR=92;TR=73;WE=27009136;WS=27009118;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:113,104:0.48:217
chr22	27019128	rs2071860	C	T	817.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.899;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.871;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=13;PP=457;ReadPosRankSum=1.912;SC=GATCCTGGGGCGAGCCCCCAA;SOR=1.030;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=62;TCF=37;TCR=25;TR=34;WE=27019136;WS=27019118;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,40:0.50:80
chr22	27021401	rs2071862	G	A	1645.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.829;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.507;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=25;PP=840;ReadPosRankSum=0.204;SC=AATGCAGGGTGAGGGGGACGC;SOR=0.641;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=148;TCF=95;TCR=53;TR=64;WE=27021409;WS=27021391;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:133,90:0.40:223
chr22	27021425	rs4276	A	G	2040.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.638;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=302;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=34;PP=945;ReadPosRankSum=0.740;SC=CCTCCTGCACACTCTACCCTC;SOR=0.685;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=193;TCF=113;TCR=80;TR=80;WE=27021433;WS=27021415;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:183,117:0.39:300
chr22	27021457	rs5761637	T	C	9532.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=373;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=129;NR=102;PP=2965;SC=GGGTGGGCTTTGAGCATGCTG;SOR=0.850;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=232;TCF=129;TCR=103;TR=231;WE=27021465;WS=27021447;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,369:1.00:369
chr22	28146768	rs11379447	A	AG	125.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.140;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.49;ReadPosRankSum=0.992;SOR=0.551;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,13:0.46:28
chr22	28293980	rs738451	G	C	501.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.976;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=17;PP=280;ReadPosRankSum=-0.274;SC=AAGGTGACCAGGTTCTAAGTC;SOR=0.716;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=47;TCF=11;TCR=36;TR=22;WE=28293988;WS=28293970;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,26:0.47:55
chr22	28316591	rs75321888	T	TG	3375.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQ=60.11;NF=16;NR=23;PP=1636;SC=AGGCAGTCCCTGGAGTCACCG;SOR=1.014;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=43;TCF=19;TCR=24;TR=39;WE=28316599;WS=28316581;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr22	28378688	rs9613558	C	G	2270.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-3.188;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.244;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=41;PP=1246;ReadPosRankSum=-0.287;SC=TAGGAGAGAGCTGGGGAGGGT;SOR=0.392;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=135;TCF=60;TCR=75;TR=80;WE=28378696;WS=28378678;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,104:0.56:187
chr22	28386620	rs470100	A	G	203.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.416;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=2;PP=138;ReadPosRankSum=-0.335;SC=ACGGGCCGCCAGTCCAGCAGC;SOR=1.162;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=20;TCF=15;TCR=5;TR=11;WE=28386628;WS=28386618;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,11:0.50:22
chr22	28692331	.	G	GA	34.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.423;ClippingRankSum=0.000;DP=93;ExcessHet=3.0103;FS=1.741;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.23;MQRankSum=3.011;QD=0.55;ReadPosRankSum=0.974;SOR=0.339;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:52,11:0.17:63
chr22	29091037	rs5762749	G	C	917.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.859;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FS=3.018;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.65;MQRankSum=0.031;QD=9.87;ReadPosRankSum=-0.508;SOR=0.398;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:46,47:0.51:93
chr22	29104940	rs374623367	CAA	C	1611.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.665;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FS=3.448;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.07;MQRankSum=0.638;QD=11.85;ReadPosRankSum=1.627;SOR=0.388;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:65,71:0.52:136
chr22	29104955	rs5762756	A	C	5740.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.614;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FS=1.833;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.05;MQRankSum=0.720;QD=27.08;ReadPosRankSum=3.986;SOR=0.873;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:71,141:0.67:212
chr22	29104959	rs5762757	A	C	5796.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.655;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=250;ExcessHet=3.0103;FS=2.321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.04;MQRankSum=0.765;QD=24.25;ReadPosRankSum=4.822;SOR=0.860;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:87,152:0.64:239
chr22	29130300	rs1033667	C	T	1125.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=1.361;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=16;PP=706;ReadPosRankSum=0.914;SC=AAAACCTGGACAACTCCAATC;SOR=0.662;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=64;TCF=41;TCR=23;TR=44;WE=29130308;WS=29130290;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,49:0.67:73
chr22	29130813	rs201340887	G	GA	436.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.935;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.14;MQRankSum=1.018;QD=7.66;ReadPosRankSum=0.016;SOR=0.582;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,29:0.51:57
chr22	29137944	rs2236142	G	C	3749.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=82;NR=29;PP=2494;SC=GTTTAGAAGGGAGAGCGGAAC;SOR=1.944;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=111;TCF=82;TCR=29;TR=111;WE=29137952;WS=29137934;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,129:1.00:129
chr22	29169654	rs76468250	A	T	2744.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.097;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=302;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.876;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=34;PP=1029;ReadPosRankSum=-0.146;SC=GAAAGAGGATACTGAAACCAC;SOR=0.741;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=185;TCF=95;TCR=90;TR=74;WE=29169662;WS=29169644;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:163,138:0.46:301
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chr22	29414001	rs2347790	A	G	2937.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=1.572;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=269;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=65;PP=1677;ReadPosRankSum=0.864;SC=GTATGCCTTAACTTTTCAGAA;SOR=0.695;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=196;TCF=67;TCR=129;TR=98;WE=29414009;WS=29413991;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:126,134:0.52:260
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chr22	29449477	rs2294239	A	G	422.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-3.691;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=1;PP=190;ReadPosRankSum=-0.263;SC=GGCCTGCCACATGCTGGGGAC;SOR=0.495;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=31;TCF=28;TCR=3;TR=14;WE=29449485;WS=29449467;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,21:0.51:41
chr22	29456733	rs6005977	T	C	1529.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.589;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.530;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=27;PP=603;ReadPosRankSum=-0.756;SC=TGAGAGCCGGTGAGTCCACAT;SOR=0.627;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=111;TCF=53;TCR=58;TR=52;WE=29456741;WS=29456723;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:114,82:0.42:196
chr22	29469130	rs7292708	A	C	512.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=2.538;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.115;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=6;PP=329;ReadPosRankSum=1.563;SC=TGGCGCCGCCAGCCGCCCGCC;SOR=0.976;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=42;TCF=32;TCR=10;TR=23;WE=29469138;WS=29469120;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,24:0.44:55
chr22	29490497	rs134657	G	A	253.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=1.611;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=19.071;HP=3;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=11;PP=244;ReadPosRankSum=-0.713;SC=ACAACTAGGGGAAGTCTTTTG;SOR=4.802;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=24;TCF=6;TCR=18;TR=11;WE=29490505;WS=29490487;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,10:0.48:21
chr22	29495079	rs134665	G	A	379.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-2.388;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.314;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=11;PP=238;ReadPosRankSum=-0.779;SC=CATCCTGGGCGAGGATTTTCA;SOR=0.063;SbPval=0.19;Source=Platypus;TC=37;TCF=4;TCR=33;TR=14;WE=29495087;WS=29495069;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,17:0.44:39
chr22	29562853	rs132316	T	C	2704.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=59;NR=19;PP=1720;SC=TCCAAGAGTTTGAGGCTGCAG;SOR=2.059;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=79;TCF=60;TCR=19;TR=78;WE=29562861;WS=29562843;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr22	29562893	rs132317	G	C	5050.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=88;NR=49;PP=2784;SC=CGCACTCCAGGCTGGGTGACA;SOR=1.255;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=138;TCF=88;TCR=50;TR=137;WE=29562901;WS=29562883;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,184:1.00:184
chr22	29602159	rs117544599	T	C	746.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=0.039;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=11;PP=250;ReadPosRankSum=-0.089;SC=TGCACCCCGCTGGCCGAGGGT;SOR=0.754;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=50;TCF=27;TCR=23;TR=24;WE=29602167;WS=29602149;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,42:0.41:103
chr22	29622636	rs9613841	A	G	564.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.667;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=22;PP=448;ReadPosRankSum=-1.085;SC=CCCGCACCCCATGCTCGCACC;SOR=0.874;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=44;TCF=3;TCR=41;TR=23;WE=29622644;WS=29622626;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,25:0.54:46
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chr22	29664423	rs2301291	G	A	1455.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.573;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.896;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=41;PP=947;ReadPosRankSum=-0.216;SC=TGGCTGGGAAGACTGAGTGGA;SOR=0.945;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=128;TCF=43;TCR=85;TR=58;WE=29664431;WS=29664413;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:94,70:0.43:164
chr22	29670467	rs199750846	G	GT	1487.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.511;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.803;HP=7;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.887;NF=2;NR=48;PP=1218;ReadPosRankSum=0.476;SC=TTTGGGAAAGGTTTTTTTATT;SOR=0.581;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=99;TCF=3;TCR=96;TR=50;WE=29670475;WS=29670457;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,76:0.59:128
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chr22	29688751	.	CTTT	C	30.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.407;ClippingRankSum=0.000;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=2.574;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.46;ReadPosRankSum=-0.289;SOR=0.136;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,5:0.24:21
chr22	29692488	rs140065	G	T	295.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.524;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.86;ReadPosRankSum=-0.092;SOR=0.793;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,14:0.47:30
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chr22	29704662	rs56037813	C	G	2212.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.299;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.653;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=44;PP=1177;ReadPosRankSum=1.756;SC=AAACCGCCCCCGCACCAGGGA;SOR=0.838;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=149;TCF=67;TCR=82;TR=76;WE=29704670;WS=29704652;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:106,112:0.51:218
chr22	29707639	rs34777709	G	GC	6542.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQ=60.06;NF=10;NR=65;PP=2972;SC=ACGGCCTCCTGCCTGCGCAGC;SOR=0.920;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=77;TCF=10;TCR=67;TR=75;WE=29707647;WS=29707629;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,183:1.00:183
chr22	29707827	rs112302060	G	A	2136.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.373;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=236;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.283;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=31;PP=1229;ReadPosRankSum=0.519;SC=AAGGGGCAGGGGCAGTGGGGG;SOR=0.533;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=167;TCF=105;TCR=62;TR=77;WE=29707835;WS=29707817;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:127,105:0.45:232
chr22	29710873	rs151207001	G	C	784.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=4.248;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.203;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=5;PP=630;ReadPosRankSum=0.790;SC=GGGCTGAAACGCAAGTATCCC;SOR=1.036;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=83;TCF=68;TCR=15;TR=35;WE=29710881;WS=29710863;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,36:0.38:94
chr22	29711251	rs2519485	T	C	2348.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=18;NR=45;PP=1323;SC=GCCGGCGCTGTCGCTCCCCGC;SOR=1.609;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=63;TCF=18;TCR=45;TR=63;WE=29711259;WS=29711241;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
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chr22	29727866	rs174765	C	T	6454.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=255;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.56;SOR=1.352;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,243:1.00:243
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chr22	29755888	rs2072051	T	C	7000.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.119;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=272;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=72;NR=91;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.630;SC=AGAGGTATACTAGCTTCTTCA;SOR=0.281;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=164;TCF=72;TCR=92;TR=163;WE=29755896;WS=29755878;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,261:1.00:262
chr22	29759188	rs6006105	C	G	346.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.195;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=40.87;MQRankSum=1.271;QD=13.34;ReadPosRankSum=-0.468;SOR=0.420;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,14:0.54:26
chr22	29802801	rs141826381	C	A	1936.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.894;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.484;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-7.673;NF=42;NR=43;PP=1047;ReadPosRankSum=0.703;SC=GGTTTGGACGCCCGCTCCAAG;SOR=0.752;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=173;TCF=86;TCR=87;TR=85;WE=29802809;WS=29802791;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:126,103:0.45:229
chr22	29815161	rs140773932	G	C	8013.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=-0.543;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=854;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.102;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-1.356;NF=128;NR=123;PP=2957;ReadPosRankSum=0.131;SC=CTTTGCCCACGGTCATCGATG;SOR=0.591;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=515;TCF=246;TCR=269;TR=251;WE=29815169;WS=29815151;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:438,416:0.49:854
chr22	29819004	rs3044108	CAT	C	345.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.840;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.867;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-3.474;NF=5;NR=13;PP=642;ReadPosRankSum=-0.141;SC=ATTCCTGCCACATGTTTCCAG;SOR=0.936;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=60;TCF=25;TCR=35;TR=18;WE=29819013;WS=29818994;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,15:0.15:97
chr22	29819081	rs459310	G	A	696.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=10.550;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=22.360;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-10.163;NF=35;NR=15;PP=982;ReadPosRankSum=-0.333;SC=AAGAGAAAGCGTAGGACAAGG;SOR=2.147;SbPval=0.93;Source=Platypus;TC=153;TCF=87;TCR=66;TR=50;WE=29819089;WS=29819071;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:176,43:0.20:219
chr22	29833639	rs174718	C	G	2561.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.703;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=-0.527;NF=39;NR=27;PP=1237;ReadPosRankSum=0.729;SC=ACCAATAAAACGCCCTCATGT;SOR=1.014;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=68;TCF=40;TCR=28;TR=66;WE=29833647;WS=29833629;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,98:0.98:100
chr22	29835060	rs16987627	T	C	14560.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.861;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=565;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=-0.293;NF=183;NR=207;PP=2965;ReadPosRankSum=0.122;SC=CAGGCCCAGTTGGCAGCTAGA;SOR=0.780;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=394;TCF=185;TCR=209;TR=390;WE=29835068;WS=29835050;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,547:0.99:551
chr22	29837884	rs12484086	C	T	12291.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.197;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=498;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=9.785;NF=130;NR=197;PP=2965;ReadPosRankSum=-3.592;SC=CCGCAAGTTACAGCGAGTGGG;SOR=0.879;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=334;TCF=133;TCR=201;TR=327;WE=29837892;WS=29837874;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:19,473:0.96:492
chr22	29879265	rs144426244	C	CA	398.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.212;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.07;MQRankSum=2.119;QD=1.97;ReadPosRankSum=2.314;SOR=0.752;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:152,50:0.25:202
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chr22	29885567	rs147489453	A	AAAGTCCCCTGAGAAGGCC	25855.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=740;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=36;NR=142;PP=2900;SC=AGGAGGAAGCAAAGTCCCCTG;SOR=0.782;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=270;TCF=62;TCR=208;TR=178;WE=29885583;WS=29885557;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,560:1.00:560
chr22	29885861	rs165923	T	C	26884.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.416;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1033;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=-0.174;NF=340;NR=325;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.361;SC=AGGAAGAAGCTAAGTCCCCAG;SOR=0.286;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=681;TCF=345;TCR=336;TR=665;WE=29885869;WS=29885851;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,1022:1.00:1023
chr22	29886413	rs165625	A	G	2947.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=44;NR=40;PP=1778;SC=AGACAGAGGTAGCCAAGAAGG;SOR=0.772;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=85;TCF=44;TCR=41;TR=84;WE=29886421;WS=29886403;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr22	29886893	rs1061373	G	T	1190.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=32;PP=826;SC=CCTGCCCCCAGGCCCTCCCCA;SOR=3.312;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=35;TCF=3;TCR=32;TR=35;WE=29886901;WS=29886883;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr22	29908154	rs2007668	G	T	1472.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-2.543;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.668;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=22;PP=433;ReadPosRankSum=0.693;SC=GGGGAAATGCGCAGTTCTAAG;SOR=0.517;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=103;TCF=43;TCR=60;TR=40;WE=29908162;WS=29908144;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:93,79:0.46:172
chr22	29912885	rs12161054	G	A	1156.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.428;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.846;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=10;PP=667;ReadPosRankSum=-0.993;SC=TTGCTGAACAGGCTCTCACGA;SOR=0.856;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=71;TCF=51;TCR=20;TR=38;WE=29912893;WS=29912875;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,50:0.54:92
chr22	29913272	rs737976	C	T	3312.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.494;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=340;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.491;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=58;PP=1533;ReadPosRankSum=-2.377;SC=TCATGGGCAACTGTCACCCAT;SOR=0.732;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=214;TCF=104;TCR=110;TR=107;WE=29913280;WS=29913262;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:170,166:0.49:336
chr22	29915144	rs2072301	C	T	959.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-1.711;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.010;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=28;PP=634;ReadPosRankSum=0.325;SC=CACGTGTGCTCCCCCATCCCT;SOR=0.871;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=67;TCF=14;TCR=53;TR=34;WE=29915152;WS=29915134;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,41:0.53:77
chr22	29922042	rs71324775	CTACTAGG	C	143.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=0.060;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.260;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=11;PP=735;ReadPosRankSum=1.309;SC=GAAAAACTAACTACTAGGTAT;SOR=2.833;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=24;TCF=2;TCR=22;TR=12;WE=29922056;WS=29922032;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,5:0.62:8
chr22	29952016	rs148052790	CAG	C	1806.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=0.401;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.726;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.611;NF=2;NR=22;PP=929;ReadPosRankSum=1.792;SC=AGAGGTCACACAGGGGGCTCA;SOR=0.824;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=48;TCF=4;TCR=44;TR=24;WE=29952025;WS=29952006;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,49:0.44:111
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chr22	29957944	rs468986	C	T	198.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=2.576;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=27;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=7;PP=115;ReadPosRankSum=-0.574;SC=ACGGGGGAGGCGGGGTGGCCT;SOR=0.569;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=29;TCF=6;TCR=23;TR=8;WE=29957952;WS=29957934;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,11:0.32:34
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chr22	29966083	rs456285	C	T	4552.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=78;NR=48;PP=2326;SC=GAGGATGTTCCGCAAATTTGC;SOR=1.061;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=130;TCF=79;TCR=51;TR=126;WE=29966091;WS=29966073;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,169:1.00:169
chr22	30034994	rs5763378	G	T	1012.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-2.750;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.768;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=5;PP=514;ReadPosRankSum=-0.032;SC=AAAATTTAATGCACGCCTTGC;SOR=0.935;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=75;TCF=56;TCR=19;TR=30;WE=30035002;WS=30034984;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,45:0.46:98
chr22	30051705	.	CTT	C	715.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.062;ClippingRankSum=0.000;DP=178;ExcessHet=3.0103;FS=2.052;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.06;MQRankSum=0.000;QD=4.84;ReadPosRankSum=-1.077;SOR=1.079;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:101,47:0.32:148
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chr22	30124614	rs140096	A	T	2226.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.867;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.138;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=24;PP=1267;ReadPosRankSum=0.462;SC=CTGTGCCTCCACCAGGTGATG;SOR=0.811;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=161;TCF=111;TCR=50;TR=81;WE=30124622;WS=30124604;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:103,102:0.50:205
chr22	30124833	rs140097	T	C	2433.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=3.927;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=243;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.735;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=63;PP=1575;ReadPosRankSum=-0.240;SC=GGATGACCACTTCAGGCTTGT;SOR=1.193;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=193;TCF=62;TCR=131;TR=86;WE=30124841;WS=30124823;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:129,107:0.45:236
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chr22	30138689	rs140121	C	T	299.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=6;PP=133;SC=TCCCACCCCACGCAGGACGGG;SOR=2.494;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=6;WE=30138697;WS=30138679;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr22	30163657	rs180878075	T	C	1348.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=2.736;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.052;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=40;PP=935;ReadPosRankSum=-0.897;SC=CGTCGGCGTCTTCTGTCTCGA;SOR=0.952;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=134;TCF=36;TCR=98;TR=53;WE=30163665;WS=30163647;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:107,64:0.37:171
chr22	30184950	rs7954	A	G	2873.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=60;NR=17;PP=1521;SC=CGATGGGAGCACGGCCTGGTG;SOR=1.813;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=77;TCF=60;TCR=17;TR=77;WE=30184958;WS=30184940;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr22	30196931	rs150264834	T	C	1048.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.847;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=12;PP=553;ReadPosRankSum=-0.845;SC=GTGTCCTCTCTGCACTTCCAG;SOR=0.769;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=62;TCF=42;TCR=20;TR=38;WE=30196939;WS=30196921;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,47:0.60:78
chr22	30200713	rs36571	G	A	6267.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.147;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=697;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=87;NR=98;PP=2752;ReadPosRankSum=-0.703;SC=TCCCCATTAGGCTCCTCAATC;SOR=0.706;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=412;TCF=193;TCR=219;TR=185;WE=30200721;WS=30200703;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:383,311:0.45:694
chr22	30200761	rs28265	C	G	4663.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.749;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=547;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.114;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=68;NR=95;PP=2585;ReadPosRankSum=1.869;SC=TTCCGTCTGTCCACCCCTTCC;SOR=0.794;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=371;TCF=160;TCR=211;TR=163;WE=30200769;WS=30200751;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:310,231:0.43:541
chr22	30200893	rs2074706	G	C	2908.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.249;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.450;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=61;PP=1646;ReadPosRankSum=-0.159;SC=TCCCTCCCCAGCATCTGACCA;SOR=0.545;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=135;TCF=41;TCR=94;TR=93;WE=30200901;WS=30200883;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,131:0.61:215
chr22	30200936	rs36572	T	C	2771.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=20;NR=49;PP=1501;SC=CTGGGCTATATCTAAGTGGTA;SOR=1.408;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=69;TCF=20;TCR=49;TR=69;WE=30200944;WS=30200926;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr22	30202774	rs737945	G	C	1313.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.541;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.079;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=23;PP=697;ReadPosRankSum=-0.218;SC=GAGGCAATTCGTGAGGGCTTA;SOR=0.571;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=97;TCF=46;TCR=51;TR=49;WE=30202782;WS=30202764;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,67:0.48:139
chr22	30209369	rs36577	T	C	1160.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-2.836;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.686;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=16;PP=551;ReadPosRankSum=0.206;SC=TTTGTTAAATTAGTACATAAG;SOR=0.280;SbPval=0.12;Source=Platypus;TC=76;TCF=54;TCR=22;TR=39;WE=30209377;WS=30209359;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,58:0.48:122
chr22	30212194	rs713656	C	G	180.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.219;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=8;PP=137;ReadPosRankSum=-0.521;SC=GCAGCTAGGACCTAGGACGAG;SOR=0.818;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=24;TCF=3;TCR=21;TR=9;WE=30212202;WS=30212184;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,9:0.33:27
chr22	30217827	rs2057882	A	T	274.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.146;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.57;ReadPosRankSum=2.286;SOR=0.467;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,17:0.65:26
chr22	30217989	.	TTTC	T	41.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.445;ClippingRankSum=0.000;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=1.845;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.35;ReadPosRankSum=1.601;SOR=1.292;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,6:0.19:31
chr22	30217992	rs5763521	C	T	421.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.478;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=1.845;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.61;ReadPosRankSum=-1.476;SOR=0.419;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,25:0.81:31
chr22	30221120	rs11549795	C	T	3274.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.641;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=302;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.399;HP=6;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=50;PP=1611;ReadPosRankSum=-0.883;SC=GTGAGAAAAACACTTCGATGG;SOR=0.592;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=214;TCF=123;TCR=91;TR=113;WE=30221128;WS=30221110;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:137,157:0.53:294
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chr22	30223746	rs147155722	G	GACACAC	1326.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;QD=28.84;SOR=2.124;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:9,37:0.80:46
chr22	30223796	rs148580571	T	TCTC	1160.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-0.521;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=64;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=34;PP=2924;ReadPosRankSum=0.469;SC=GGCTACTCATTCTGACACACA;SOR=2.049;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=38;TCF=4;TCR=34;TR=38;WE=30223804;WS=30223786;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,29:0.97:30
chr22	30229399	rs3958025	C	G	1415.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=34;NR=3;PP=1023;SC=AAGAATAGAACGACATGAGAA;SOR=3.209;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=37;TCF=34;TCR=3;TR=37;WE=30229407;WS=30229389;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr22	30229641	rs56332559	C	T	1903.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.921;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=45;PP=1109;ReadPosRankSum=-0.173;SC=AAATGAATCACGGAATAGAAG;SOR=0.651;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=103;TCF=32;TCR=71;TR=68;WE=30229649;WS=30229631;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,88:0.58:152
chr22	30234192	rs10559800	TGCC	T,TGCCGCCGCC	4107.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=24;NF=14,14;NR=25,25;PP=2619,1787;SC=ACCGGCTCTGTGCCGCCGCCG;SOR=1.014;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=42;TCF=15;TCR=27;TR=39,39;WE=30234202;WS=30234182;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.51,0.49:100
chr22	30374281	rs9306468	T	C	117.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=1.221;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.522;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=2;PP=57;ReadPosRankSum=0.303;SC=AGAAAAACTTTTTAAGATCAA;SOR=0.048;SbPval=0.26;Source=Platypus;TC=10;TCF=8;TCR=2;TR=5;WE=30374289;WS=30374280;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,5:0.50:10
chr22	30374621	rs997913	T	A	343.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=1.919;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=12;PP=258;ReadPosRankSum=0.376;SC=TATATATATATAACATACATG;SOR=1.127;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=24;TCF=4;TCR=20;TR=14;WE=30374629;WS=30374611;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,14:0.58:24
chr22	30374872	rs372775454	CT	C	30.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.922;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.32;ReadPosRankSum=1.049;SOR=0.680;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:79,18:0.19:97
chr22	30384572	rs5763671	G	A	1300.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.631;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.395;HP=4;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=35;PP=879;ReadPosRankSum=0.058;SC=TGGTATGTTTGTGTTGCTGTT;SOR=1.092;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=88;TCF=34;TCR=54;TR=53;WE=30384580;WS=30384562;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,63:0.51:123
chr22	30394623	rs5763689	T	C	272.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=2;PP=193;SC=CAGAGTGGAATCCTGTCTCAA;SOR=1.402;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=6;TCR=2;TR=8;WE=30394631;WS=30394620;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr22	30403996	rs2074204	C	T	505.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.350;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=12;PP=271;ReadPosRankSum=0.433;SC=CAAACCGAGCCAAAGGAGGAG;SOR=0.816;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=43;TCF=18;TCR=25;TR=20;WE=30404004;WS=30403986;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,26:0.44:59
chr22	30405151	rs41157	T	C	2943.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.423;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=267;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.535;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=57;PP=1175;ReadPosRankSum=1.145;SC=CATTTTGCATTGCTCTTAAAT;SOR=0.827;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=162;TCF=59;TCR=103;TR=86;WE=30405159;WS=30405141;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:113,144:0.56:257
chr22	30412776	rs73883359	T	C	522.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=2.337;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.016;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=16;PP=371;ReadPosRankSum=1.914;SC=GTGACTGTTTTTGTGAAGACA;SOR=1.371;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=38;TCF=10;TCR=28;TR=20;WE=30412784;WS=30412766;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,22:0.52:42
chr22	30416527	rs41278853	A	G	7085.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.901;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=687;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.100;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=97;NR=116;PP=2962;ReadPosRankSum=1.056;SC=CATTGCGCCAATGGGGAGGCT;SOR=0.787;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=452;TCF=219;TCR=233;TR=213;WE=30416535;WS=30416517;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:340,341:0.50:681
chr22	30418161	rs41168	A	C	1382.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=3.098;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.839;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=41;PP=1029;ReadPosRankSum=-0.402;SC=GAGTGCCATCAATTTAACTGT;SOR=0.821;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=97;TCF=23;TCR=74;TR=54;WE=30418169;WS=30418151;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,56:0.52:107
chr22	30489816	rs41281633	T	C	329.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.817;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=0;PP=236;ReadPosRankSum=-0.496;SC=TGTTTGCTTTTAGACTTTTTC;SOR=1.127;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=17;TCR=1;TR=11;WE=30489824;WS=30489806;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,13:0.59:22
chr22	30518233	rs8141471	G	A	884.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.509;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.551;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=24;PP=456;ReadPosRankSum=-0.355;SC=ATTTTCTATCGTGTCAGTTAA;SOR=0.864;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=74;TCF=23;TCR=51;TR=34;WE=30518241;WS=30518223;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,47:0.40:118
chr22	30660517	rs1476576	A	C	3169.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.312;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FS=3.496;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.32;ReadPosRankSum=0.951;SOR=0.997;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:98,85:0.46:183
chr22	30660521	rs75951407	C	T	3082.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.162;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FS=3.583;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.92;ReadPosRankSum=0.850;SOR=0.966;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:91,81:0.47:172
chr22	30681797	rs6147585	T	TCTGCCCCAGCCCTTGGTGCTCCCC	4153.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.133;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=305;ExcessHet=3.0103;FS=0.472;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.04;MQRankSum=1.251;QD=16.35;ReadPosRankSum=1.126;SOR=0.654;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:153,101:0.40:254
chr22	30685560	rs1860217	G	C	776.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=-0.729;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=15;PP=319;ReadPosRankSum=-1.136;SC=CGGGGGTGGTGCCCGAGCCTT;SOR=0.608;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=41;TCF=13;TCR=28;TR=22;WE=30685568;WS=30685550;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,36:0.63:57
chr22	30691631	rs2097919	G	A	3950.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.689;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=390;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.370;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=71;NR=49;PP=1836;ReadPosRankSum=0.674;SC=TGGGGGCACCGAGCTTCTAAA;SOR=0.655;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=246;TCF=149;TCR=97;TR=120;WE=30691639;WS=30691621;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:195,193:0.50:388
chr22	30714684	rs740219	A	C	4960.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.720;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=513;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=70;NR=67;PP=2154;ReadPosRankSum=-3.326;SC=TGAACCAAGCACTAATGATTT;SOR=0.659;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=307;TCF=160;TCR=147;TR=137;WE=30714692;WS=30714674;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:264,245:0.48:509
chr22	30736147	rs2074732	G	A	342.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=1.833;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=4;PP=250;ReadPosRankSum=-0.890;SC=GCTGTAATTCGGAGACTACCA;SOR=0.846;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=34;TCF=26;TCR=8;TR=17;WE=30736155;WS=30736137;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,17:0.44:39
chr22	30738161	rs9608885	C	T	2348.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=3.085;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=263;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.428;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=22;PP=1200;ReadPosRankSum=-0.593;SC=CCTGGCTCCCCATCTGGAGTC;SOR=0.961;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=173;TCF=115;TCR=58;TR=76;WE=30738169;WS=30738151;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:139,110:0.44:249
chr22	30738370	rs74802973	G	A	1173.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.599;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.407;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=36;PP=771;ReadPosRankSum=-1.603;SC=TTGGTGCTACGCTGAAGCAGG;SOR=1.528;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=90;TCF=20;TCR=70;TR=42;WE=30738378;WS=30738360;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,50:0.46:109
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chr22	30752696	rs5994293	G	T	1293.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.512;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.129;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=16;PP=646;ReadPosRankSum=1.802;SC=CCGGCTGCAGGCTGAGGGGCG;SOR=0.959;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=81;TCF=45;TCR=36;TR=41;WE=30752704;WS=30752686;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,65:0.49:133
chr22	30770603	rs5749082	T	A	5491.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-3.704;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=582;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.744;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=73;NR=79;PP=2304;ReadPosRankSum=-1.956;SC=GGGCAAATCCTTTTGCAGAGC;SOR=0.567;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=338;TCF=152;TCR=186;TR=152;WE=30770611;WS=30770593;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:298,269:0.47:567
chr22	30771554	rs2015035	T	G	24694.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=2.374;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=932;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=236;NR=302;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.682;SC=GCAAGTGCAGTCCAACGACAT;SOR=0.281;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=540;TCF=237;TCR=303;TR=538;WE=30771562;WS=30771544;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,918:1.00:919
chr22	30772228	.	CT	C	197.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.538;ClippingRankSum=0.000;DP=169;ExcessHet=3.0103;FS=2.424;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.94;MQRankSum=0.000;QD=1.28;ReadPosRankSum=2.446;SOR=0.571;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:113,41:0.27:154
chr22	30774340	rs9619104	A	G	673.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-2.350;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.897;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=17;PP=389;ReadPosRankSum=1.781;SC=TTGAGAAGCCAGGCGCAGTGG;SOR=0.317;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=40;TCF=6;TCR=34;TR=21;WE=30774348;WS=30774330;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,29:0.56:52
chr22	30776419	rs757870	T	C	657.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=0.217;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.995;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=17;PP=280;ReadPosRankSum=1.000;SC=ATCAGGGACATGGGGCCACCC;SOR=1.035;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=43;TCF=15;TCR=28;TR=24;WE=30776427;WS=30776409;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,34:0.48:71
chr22	30781774	rs76749047	CA	C	114.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.495;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=1.639;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.21;ReadPosRankSum=0.678;SOR=0.387;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,18:0.35:52
chr22	30782089	rs5997629	A	G	1153.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.311;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=31;PP=722;ReadPosRankSum=-0.020;SC=TCAGGATGAGAAGAAGCAGGG;SOR=0.637;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=70;TCF=15;TCR=55;TR=39;WE=30782097;WS=30782079;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,49:0.58:85
chr22	30793137	rs757660	G	A	4068.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.038;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=462;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=69;PP=1874;ReadPosRankSum=0.058;SC=CTGAGCCCCAGGCAGAAGGAG;SOR=0.721;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=275;TCF=132;TCR=143;TR=131;WE=30793145;WS=30793127;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:248,212:0.46:460
chr22	30793817	rs148293773	C	T	3871.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.060;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=428;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=54;PP=1623;ReadPosRankSum=3.186;SC=AGACCCCTGCCTGGTTCAGGA;SOR=0.685;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=246;TCF=124;TCR=122;TR=109;WE=30793825;WS=30793807;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:233,194:0.45:427
chr22	30794719	rs11089447	C	T	2374.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.346;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=304;ExcessHet=3.0103;FS=1.396;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.05;ReadPosRankSum=0.490;SOR=0.779;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:169,126:0.43:295
chr22	30795484	rs5753124	G	C	315.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-3.013;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.821;HP=2;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.897;NF=12;NR=4;PP=282;ReadPosRankSum=0.224;SC=GCCTGGGCGAGAGTGCGAGAC;SOR=1.981;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=36;TCF=26;TCR=10;TR=16;WE=30795492;WS=30795474;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,15:0.52:29
chr22	30795742	rs142517473	G	C	1433.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.194;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.980;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=37;PP=821;ReadPosRankSum=-0.193;SC=GCTGGGGCAGGGGCTTGTTCT;SOR=0.861;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=116;TCF=37;TCR=79;TR=55;WE=30795750;WS=30795732;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:95,74:0.44:169
chr22	30802132	rs138876463	G	A	392.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=1.722;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=2;PP=195;ReadPosRankSum=-1.167;SC=TGCTCTCCTCGCAAACCTGGG;SOR=0.922;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=26;TCF=22;TCR=4;TR=13;WE=30802140;WS=30802122;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,18:0.55:33
chr22	30803702	rs370128450	CT	C	225.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.500;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=1.744;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.94;ReadPosRankSum=-0.604;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,23:0.61:38
chr22	30812549	rs5997642	C	G	1073.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-1.291;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.878;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=27;PP=643;ReadPosRankSum=-0.614;SC=AGAAATCTAGCCTTGGAGACT;SOR=0.414;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=71;TCF=19;TCR=52;TR=40;WE=30812557;WS=30812539;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,51:0.52:98
chr22	30822920	rs5844906	T	TG	9205.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=285;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQ=60.27;NF=13;NR=104;PP=2965;SC=AAAGTCCCTGTGGACACTCCA;SOR=1.140;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=125;TCF=13;TCR=112;TR=117;WE=30822928;WS=30822910;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,261:1.00:261
chr22	30823013	rs143413219	C	T	787.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=2.217;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-1.075;NF=7;NR=21;PP=536;ReadPosRankSum=0.193;SC=TCCCACTCCCCGAACTGGATG;SOR=0.619;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=56;TCF=13;TCR=43;TR=28;WE=30823021;WS=30823003;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,32:0.55:58
chr22	30823104	rs141569331	C	T	1029.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.139;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.629;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=12;PP=689;ReadPosRankSum=0.120;SC=TGCCCCTTGTCGCAGGATTTT;SOR=0.535;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=85;TCF=62;TCR=23;TR=41;WE=30823112;WS=30823094;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,47:0.42:113
chr22	30823196	rs5753130	T	C	3895.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-2.043;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=379;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.375;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=45;PP=1405;ReadPosRankSum=-0.599;SC=CCAGGGTGACTGTGGCTGTGG;SOR=0.669;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=205;TCF=123;TCR=82;TR=110;WE=30823204;WS=30823186;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:181,192:0.51:373
chr22	30855901	rs117484113	G	A	428.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-0.484;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=2;PP=131;ReadPosRankSum=-0.038;SC=ACTCACTAACGTCACAGAGTC;SOR=0.631;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=17;TCF=14;TCR=3;TR=10;WE=30855909;WS=30855891;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,12:0.57:21
chr22	30855925	rs116853445	A	G	512.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=0.409;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.581;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=3;PP=194;ReadPosRankSum=1.260;SC=AGGACTAACAATCAATTTCAG;SOR=0.250;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=25;TCF=21;TCR=4;TR=12;WE=30855933;WS=30855915;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,16:0.48:33
chr22	30857373	rs2240345	A	C	5233.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.491;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=416;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.108;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=84;NR=83;PP=2756;ReadPosRankSum=1.674;SC=TGGGTAGAACATCTGTCATCT;SOR=0.623;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=269;TCF=137;TCR=132;TR=167;WE=30857381;WS=30857363;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:176,238:0.57:414
chr22	30857448	rs5749104	A	G	4731.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.662;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=469;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=79;NR=75;PP=2356;ReadPosRankSum=0.264;SC=TGTCCGCACCATCAGATGAGA;SOR=0.711;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=281;TCF=146;TCR=135;TR=154;WE=30857456;WS=30857438;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:235,233:0.50:468
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chr22	30864655	rs115278158	A	G	5212.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-2.462;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=565;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=87;NR=80;PP=2304;ReadPosRankSum=0.910;SC=ATAGCCACACAGGCCCCCAGG;SOR=0.648;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=343;TCF=179;TCR=164;TR=167;WE=30864663;WS=30864645;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:287,268:0.48:555
chr22	30864720	rs116970294	C	T	4830.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-2.406;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=559;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.104;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=87;PP=1877;ReadPosRankSum=-0.339;SC=TGGCATTACACACCTCCCTTG;SOR=0.800;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=331;TCF=143;TCR=188;TR=145;WE=30864728;WS=30864710;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:295,258:0.47:553
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chr22	30866053	rs114438349	G	A	768.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.479;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.848;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=11;PP=374;ReadPosRankSum=2.437;SC=ATGGTCTTCCGGAACTCCATG;SOR=0.910;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=54;TCF=28;TCR=26;TR=26;WE=30866061;WS=30866043;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,39:0.45:87
chr22	30866736	rs141744893	G	A	632.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.005;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=17;PP=383;ReadPosRankSum=-0.120;SC=TCACTGGATAGGTGGATGAAT;SOR=0.734;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=62;TCF=18;TCR=44;TR=24;WE=30866744;WS=30866726;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,33:0.39:85
chr22	30885992	rs61746412	G	A	1327.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.373;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=25;ReadPosRankSum=0.453;SC=GGGACAAGTGGCTCTCTGCAG;SOR=0.728;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=89;TCF=43;TCR=46;TR=48;WE=30886000;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,57:0.53:107
chr22	30888206	rs117676448	C	A	731.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-2.276;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-1.086;NF=7;NR=21;PP=435;ReadPosRankSum=-1.221;SC=GCAGAGGGGGCTGAGCTTGGT;SOR=0.650;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=51;TCF=14;TCR=37;TR=28;WE=30888214;WS=30888196;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,34:0.58:59
chr22	30888234	rs117159421	C	G	521.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-0.911;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.379;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=15;PP=319;ReadPosRankSum=0.648;SC=CCTGATATGTCCTGGGCGTGC;SOR=0.452;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=38;TCF=8;TCR=30;TR=19;WE=30888242;WS=30888224;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,23:0.53:43
chr22	30888492	rs61744139	C	G	2085.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.461;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=24;PP=741;ReadPosRankSum=-0.017;SC=TGCGTGTCTCCTCACTCATGA;SOR=0.663;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=122;TCF=69;TCR=53;TR=57;WE=30888500;WS=30888482;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:99,106:0.52:205
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chr22	30901592	rs9608956	T	C	1812.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.172;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=35;PP=715;ReadPosRankSum=0.266;SC=CCGACTCGGCTGCTCATGGTG;SOR=0.668;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=113;TCF=44;TCR=69;TR=58;WE=30901600;WS=30901582;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:89,90:0.50:179
chr22	30921371	rs6518698	T	C	7494.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-0.015;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=833;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-4.525;NF=102;NR=90;PP=2881;ReadPosRankSum=1.027;SC=GAATCCCATCTTCAGGCACCA;SOR=0.681;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=439;TCF=232;TCR=207;TR=192;WE=30921379;WS=30921361;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:449,380:0.46:829
chr22	30921476	rs8135119	A	G	3095.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.578;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=369;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.828;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-3.972;NF=35;NR=71;PP=1820;ReadPosRankSum=-0.069;SC=CCCCAAAGCCAATGTCCCCAC;SOR=0.752;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=260;TCF=91;TCR=169;TR=106;WE=30921484;WS=30921466;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:208,150:0.42:358
chr22	30925390	rs56173866	C	A	2027.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.266;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=44;PP=1096;ReadPosRankSum=-0.542;SC=CCCCTTGCATCCCCTCTCGCC;SOR=0.717;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=118;TCF=34;TCR=84;TR=63;WE=30925398;WS=30925380;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,91:0.53:172
chr22	30927957	rs61742115	G	C	4644.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.582;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=484;ExcessHet=3.0103;FS=1.100;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.78;ReadPosRankSum=0.653;SOR=0.592;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:241,234:0.49:475
chr22	30927975	rs5749118	C	T	10069.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=388;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.36;SOR=0.826;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,382:1.00:382
chr22	30929905	rs4820864	A	G	2198.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-1.293;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.524;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=30;PP=1058;ReadPosRankSum=-1.168;SC=TGGATGGATGAATGAATGAAT;SOR=0.406;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=130;TCF=81;TCR=49;TR=70;WE=30929913;WS=30929895;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,101:0.57:176
chr22	30930080	rs5753187	T	A	3761.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=35;NR=65;PP=1952;SC=CACTCCAGGCTTCTGGAGAGA;SOR=1.220;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=100;TCF=35;TCR=65;TR=100;WE=30930088;WS=30930070;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,138:1.00:138
chr22	30930158	rs2899151	T	C	1127.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=29;PP=706;SC=GTTCTTGACCTGGGGAGCCAC;SOR=2.147;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=8;TCR=29;TR=37;WE=30930166;WS=30930148;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr22	30934816	rs5753190	T	C	14116.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=556;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=157;NR=166;PP=2965;SC=ATCCTTACCTTGGAGCCAGCG;SOR=0.749;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=324;TCF=157;TCR=167;TR=323;WE=30934824;WS=30934806;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,547:1.00:547
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chr22	30934887	rs5753191	G	A	3738.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.187;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=310;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=74;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.862;SC=TGTTCTCCCGGAACTGAGGAC;SOR=0.718;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=211;TCF=77;TCR=134;TR=114;WE=30934895;WS=30934875;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:136,173:0.56:309
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chr22	31010242	rs5749134	G	C	1065.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.609;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.032;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=9;PP=601;ReadPosRankSum=0.381;SC=CCAAAAGAGCGTGTTGGAAAG;SOR=0.433;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=72;TCF=54;TCR=18;TR=33;WE=31010250;WS=31010232;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,47:0.57:83
chr22	31010556	rs5997703	C	G	677.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-3.413;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=23;PP=521;ReadPosRankSum=0.531;SC=CACTGATGACCTCCATACCCT;SOR=0.693;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=49;TCF=8;TCR=41;TR=28;WE=31010564;WS=31010546;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,28:0.55:51
chr22	31011557	rs2267163	T	C	6522.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.459;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=619;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.423;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=112;NR=91;PP=2962;ReadPosRankSum=0.190;SC=GCCGGCTGACTTCCTCTCTCT;SOR=0.888;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=408;TCF=216;TCR=192;TR=203;WE=31011565;WS=31011547;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:312,301:0.49:613
chr22	31011610	rs1801198	G	C	6776.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=2.532;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=666;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=99;NR=114;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.333;SC=TCCCCCATGCGTGGGGCAGAA;SOR=0.716;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=435;TCF=205;TCR=230;TR=213;WE=31011618;WS=31011600;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:340,317:0.48:657
chr22	31011711	rs45624233	C	T	5760.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-4.426;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=605;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.522;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=94;NR=116;PP=2934;ReadPosRankSum=0.471;SC=TTCCCAGCTGCTGCCCGTTCT;SOR=0.613;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=399;TCF=175;TCR=224;TR=210;WE=31011719;WS=31011701;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:300,293:0.49:593
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chr22	31011906	rs5749135	C	T	680.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-5.118;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=25;PP=528;ReadPosRankSum=0.818;SC=TGGGACACAGCAGCCAAAATG;SOR=0.776;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=46;TCF=5;TCR=41;TR=28;WE=31011914;WS=31011896;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,28:0.60:47
chr22	31013549	rs740235	G	A	738.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=1.374;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=24;PP=526;ReadPosRankSum=1.233;SC=GGTCACAGAAGAGACGGGGAA;SOR=0.854;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=56;TCF=6;TCR=50;TR=26;WE=31013557;WS=31013539;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,31:0.46:68
chr22	31018777	rs2301956	G	A	438.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-2.429;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.420;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=3;PP=315;ReadPosRankSum=0.991;SC=TCGGGGGTCTGGAGGGGAAGG;SOR=1.383;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=46;TCF=39;TCR=7;TR=20;WE=31018785;WS=31018767;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,21:0.40:53
chr22	31018817	rs2301957	C	T	991.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-2.665;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=10;PP=548;ReadPosRankSum=-0.891;SC=AGACCTGTGGCCAGGTGGCCT;SOR=0.641;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=80;TCF=59;TCR=21;TR=36;WE=31018825;WS=31018807;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,46:0.46:101
chr22	31018884	rs2301958	G	C	2472.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.030;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=280;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.465;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=29;PP=962;ReadPosRankSum=2.458;SC=TGCTGCTGTGGGTGAGCACTG;SOR=0.800;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=180;TCF=108;TCR=72;TR=76;WE=31018892;WS=31018874;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:150,125:0.45:275
chr22	31022272	rs2072194	G	A	452.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-3.417;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.112;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=3;PP=271;ReadPosRankSum=0.916;SC=GGAACCCTGTGGGAAGCTGAG;SOR=0.062;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=31;TCF=27;TCR=4;TR=14;WE=31022280;WS=31022262;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,20:0.54:37
chr22	31032920	rs5997714	A	G	12396.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=3.258;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1243;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.522;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=162;NR=228;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.731;SC=GCCACCACCCACTTCAGTTGG;SOR=0.754;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=769;TCF=325;TCR=444;TR=390;WE=31032928;WS=31032910;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:633,600:0.49:1233
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chr22	31060029	rs1005887	G	C	1184.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=0.834;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.794;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=31;PP=699;ReadPosRankSum=1.066;SC=AGCGAAGCACGAAGGCTGCGT;SOR=0.487;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=84;TCF=18;TCR=66;TR=41;WE=31060037;WS=31060019;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,52:0.49:106
chr22	31061506	rs145308917	G	C	2249.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.333;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.433;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=28;PP=1497;ReadPosRankSum=1.754;SC=TTCAGCAGAGGACTGCAGAAG;SOR=0.906;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=167;TCF=110;TCR=57;TR=87;WE=31061514;WS=31061496;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:113,102:0.47:215
chr22	31089958	rs11383654	G	GA	409.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.813;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.13;MQRankSum=-1.026;QD=6.12;ReadPosRankSum=1.352;SOR=0.582;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,34:0.51:67
chr22	31090067	rs111265481	T	TCCACAACTA	11047.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.140;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=240;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.153;NF=41;NR=48;PP=2962;ReadPosRankSum=0.766;SC=CAGGTAAACCTCTGCGGAAGC;SOR=0.675;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=93;TCF=43;TCR=50;TR=89;WE=31090075;WS=31090057;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,228:0.99:231
chr22	31091064	rs41279967	C	T	3956.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=1.216;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=380;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=61;PP=1811;ReadPosRankSum=-0.404;SC=AGCCCCAGCCCGTGCCCGAAC;SOR=0.714;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=245;TCF=121;TCR=124;TR=122;WE=31091072;WS=31091054;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:189,189:0.50:378
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chr22	31091633	rs7288635	A	C	1318.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=1.441;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=37;PP=924;ReadPosRankSum=0.447;SC=GGACACTGCCACTAGTCTAGA;SOR=0.677;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=80;TCF=18;TCR=62;TR=48;WE=31091641;WS=31091623;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,54:0.63:86
chr22	31266546	rs2301816	T	C	3888.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.976;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=392;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=56;PP=1258;ReadPosRankSum=-2.261;SC=AGCACGGCGCTGCACTCCAGC;SOR=0.682;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=239;TCF=112;TCR=127;TR=106;WE=31266554;WS=31266536;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:193,196:0.50:389
chr22	31266777	rs4820909	T	C	996.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=27;PP=668;SC=CCATTTCCTGTGGTTCCACGG;SOR=2.494;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=34;TCF=7;TCR=27;TR=34;WE=31266785;WS=31266767;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr22	31285680	rs5749186	G	A	1826.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-1.253;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.902;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=56;PP=1209;ReadPosRankSum=-0.697;SC=TTTCCTGTGCGTGGATGAGCA;SOR=0.516;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=114;TCF=16;TCR=98;TR=66;WE=31285688;WS=31285670;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,76:0.59:129
chr22	31301734	rs10625967	A	AGG	4324.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=39;NR=21;PP=2745;SC=GCGACCCGGGAGGAGACACCG;SOR=1.839;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=66;TCF=44;TCR=22;TR=60;WE=31301742;WS=31301724;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr22	31318341	rs9609157	C	T	1824.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-2.623;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.964;HP=5;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=20;PP=869;ReadPosRankSum=-0.027;SC=GAGCGTGTGGCGGGATTGCGG;SOR=0.530;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=132;TCF=92;TCR=40;TR=63;WE=31318349;WS=31318331;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,88:0.49:178
chr22	31329056	rs2074578	G	C	1922.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=2.730;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.397;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=51;PP=1282;ReadPosRankSum=0.156;SC=GAAAACTAGCGTAGAGTCCCT;SOR=0.884;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=132;TCF=42;TCR=90;TR=72;WE=31329064;WS=31329046;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,83:0.57:146
chr22	31329954	rs5753398	A	G	682.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-0.053;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.992;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=6;PP=368;ReadPosRankSum=-0.162;SC=CTGCTGGTGGATGGTATAGAC;SOR=0.214;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=45;TCF=35;TCR=10;TR=24;WE=31329962;WS=31329944;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,30:0.60:50
chr22	31335724	rs1005252	T	A	669.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.106;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=11;PP=335;ReadPosRankSum=0.172;SC=TGAGGGGAGGTGGCACTCTAG;SOR=0.593;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=52;TCF=20;TCR=32;TR=18;WE=31335732;WS=31335714;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,31:0.44:71
chr22	31342594	rs5753403	C	T	1045.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=4;NR=29;PP=763;SC=CCACAGCCCTCGTTCCCTCTC;SOR=3.442;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=33;TCF=4;TCR=29;TR=33;WE=31342602;WS=31342584;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr22	31479071	rs17822214	C	T	1307.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.864;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=17;PP=541;ReadPosRankSum=0.979;SC=GTAATGGACGCTCCTAGGTTA;SOR=0.693;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=76;TCF=37;TCR=39;TR=34;WE=31479079;WS=31479061;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,62:0.50:124
chr22	31486760	rs79255588	C	T	2533.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=3.336;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=224;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.260;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=69;NR=10;PP=1513;ReadPosRankSum=1.056;SC=TTCTCTTTCCCCACATGGCCA;SOR=0.833;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=171;TCF=144;TCR=27;TR=79;WE=31486781;WS=31486750;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:113,107:0.49:220
chr22	31486911	rs2074737	C	G	9726.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=0.541;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1012;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.101;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=144;NR=130;PP=2962;ReadPosRankSum=-2.107;SC=AGACCCTGTCCCACCCAGTTG;SOR=0.701;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=569;TCF=285;TCR=284;TR=274;WE=31486919;WS=31486901;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:516,478:0.48:994
chr22	31491295	rs3205187	G	C	1428.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=27;NR=6;PP=752;SC=GCAGATGGAAGCAGAGCCAGC;SOR=2.004;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=27;TCR=6;TR=33;WE=31491303;WS=31491285;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr22	31491332	rs5997872	C	T	1193.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-1.788;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=9;PP=459;ReadPosRankSum=0.035;SC=GCAGTGGAAGCGGCCAATGGG;SOR=0.688;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=61;TCF=44;TCR=17;TR=32;WE=31491340;WS=31491322;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,58:0.54:108
chr22	31492750	rs149563592	G	A	4214.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.048;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=422;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.775;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=99;NR=52;PP=2380;ReadPosRankSum=-0.037;SC=AACGGCGGCTGCAGGAGGCAC;SOR=0.845;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=287;TCF=183;TCR=104;TR=151;WE=31492758;WS=31492740;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:215,203:0.49:418
chr22	31493460	rs5753458	T	C	1865.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=48;PP=1239;SC=GAGGCCGAGGTGGGCGGATCA;SOR=2.867;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=57;TCF=9;TCR=48;TR=57;WE=31493468;WS=31493450;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr22	31494568	rs33991833	A	AC	1642.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=1.629;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.127;HP=7;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=15;PP=1010;ReadPosRankSum=-0.489;SC=GTGCTACAAGACCCCCCCTCC;SOR=0.978;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=92;TCF=47;TCR=45;TR=41;WE=31494576;WS=31494558;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,69:0.48:143
chr22	31497054	rs5753459	A	C	2449.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=28;NR=36;PP=1293;SC=CGCCGCCTCTACCACCTGCCC;SOR=0.784;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=64;TCF=28;TCR=36;TR=64;WE=31497062;WS=31497044;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr22	31501788	rs11705137	T	C	867.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=1.960;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.319;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=17;PP=624;ReadPosRankSum=-1.086;SC=GGCTAGACTCTCAGCCTAGGC;SOR=0.773;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=66;TCF=35;TCR=31;TR=32;WE=31501796;WS=31501778;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,36:0.46:79
chr22	31503560	rs13053829	C	T	642.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-0.973;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.253;HP=4;HapScore=2;MGOF=30;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=10;PP=186;ReadPosRankSum=2.333;SC=CGTCTGGGCCCCCAGGCTGGC;SOR=1.129;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=37;TCF=13;TCR=24;TR=15;WE=31503568;WS=31503550;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,23:0.50:46
chr22	31503580	rs140459227	GC	G	470.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.470;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=26.15;ReadPosRankSum=1.542;SOR=0.307;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,14:0.78:18
chr22	31503592	.	A	G	39.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.569;ClippingRankSum=0.000;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.21;ReadPosRankSum=-2.135;SOR=0.551;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,3:0.17:18
chr22	31503594	.	T	C	39.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.470;ClippingRankSum=0.000;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.34;ReadPosRankSum=-1.568;SOR=0.346;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,2:0.12:17
chr22	31521404	rs2240432	G	A	6833.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.538;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=681;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.450;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=128;NR=123;PP=2962;ReadPosRankSum=0.730;SC=GGCATCAGGCGCAGCCTCTGT;SOR=0.520;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=470;TCF=256;TCR=214;TR=251;WE=31521412;WS=31521394;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:342,331:0.49:673
chr22	31521595	rs41282561	C	A	7809.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-0.492;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=828;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.447;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=112;NR=119;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.111;SC=CCCTCCACAGCAGCCCTGAGG;SOR=0.624;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=510;TCF=268;TCR=242;TR=231;WE=31521603;WS=31521585;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:444,372:0.46:816
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chr22	31529043	rs9917541	C	A	2288.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.128;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=253;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.778;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=36;PP=1132;ReadPosRankSum=-1.396;SC=ACTAGAGGGTCTCCCCTGATG;SOR=0.779;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=150;TCF=76;TCR=74;TR=79;WE=31529051;WS=31529033;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:131,117:0.47:248
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chr22	31532568	rs757872	G	C	3939.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=80;NR=32;PP=2197;SC=AGAGGTCTCCGGATCCCTTCC;SOR=1.712;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=112;TCF=80;TCR=32;TR=112;WE=31532576;WS=31532558;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,142:1.00:142
chr22	31533967	rs2074739	G	A	869.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=2.562;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.672;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=17;PP=405;ReadPosRankSum=0.912;SC=GCACTGTGCCGTACATCCTAC;SOR=0.941;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=56;TCF=25;TCR=31;TR=28;WE=31533975;WS=31533957;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,43:0.45:95
chr22	31534127	rs2232179	G	A	389.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=3.759;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.748;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=6;PP=325;ReadPosRankSum=1.846;SC=TCTGCATCCCGGGCCCTCAGG;SOR=1.152;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=34;TCF=19;TCR=15;TR=16;WE=31534135;WS=31534117;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,16:0.44:36
chr22	31536133	rs2232176	A	C	9138.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=332;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=110;NR=92;PP=2965;SC=CAGCTACATGACTGCAGCCTC;SOR=0.814;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=202;TCF=110;TCR=92;TR=202;WE=31536141;WS=31536123;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,331:1.00:331
chr22	31556103	rs5997893	A	G	2178.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=26;NR=32;PP=1050;SC=TTAGAGCTTCAGCCATGGAAA;SOR=0.892;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=58;TCF=26;TCR=32;TR=58;WE=31556111;WS=31556093;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr22	31583007	rs5997902	A	G	1026.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=28;NR=7;PP=800;SC=GCAGAAATGGACAGTCAAGAG;SOR=2.584;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=35;TCF=28;TCR=7;TR=35;WE=31583015;WS=31583005;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr22	31600460	rs2413035	T	C	5632.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=2.013;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=-0.048;NF=59;NR=69;PP=2411;ReadPosRankSum=1.474;SC=TGTTTTCTCCTTTCTGTCTCT;SOR=0.838;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=130;TCF=60;TCR=70;TR=128;WE=31600468;WS=31600450;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,219:0.99:221
chr22	31602139	rs3208937	A	G	1290.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=8;NR=28;PP=866;SC=TGCATAGTTTATGGAAACAAA;SOR=2.007;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=36;TCF=8;TCR=28;TR=36;WE=31602147;WS=31602129;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr22	31602187	rs13158	C	T	469.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=40.00;QD=29.36;SOR=5.670;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr22	31621792	rs5997917	G	A	3325.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.133;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=309;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.098;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=51;PP=1666;ReadPosRankSum=1.119;SC=AACCTGGCACGGCTCTTGCTT;SOR=0.541;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=209;TCF=115;TCR=94;TR=107;WE=31621800;WS=31621782;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:146,156:0.52:302
chr22	31644614	rs11556237	C	T	2361.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=-0.655;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=286;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.460;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=27;PP=946;ReadPosRankSum=0.388;SC=CCGGGAGCCCCGGGCCTGTCA;SOR=0.584;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=156;TCF=96;TCR=60;TR=67;WE=31644622;WS=31644604;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:158,121:0.43:279
chr22	31658281	rs2073857	A	G	7237.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=270;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=71;NR=118;PP=2965;SC=AGATCCTCTGAGAAATCAGGC;SOR=1.132;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=189;TCF=71;TCR=118;TR=189;WE=31658289;WS=31658271;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,265:1.00:265
chr22	31663842	rs2228619	C	G	6868.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.651;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=271;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=82;NR=74;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.850;SC=AGCTGAACCTCCTGACAGAGT;SOR=0.748;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=158;TCF=83;TCR=75;TR=156;WE=31663850;WS=31663832;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,261:0.99:263
chr22	31664032	rs5997929	C	T	1779.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.209;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=31;PP=1168;ReadPosRankSum=0.445;SC=TGAGCATACACAGGGAGGCTT;SOR=0.741;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=144;TCF=82;TCR=62;TR=74;WE=31664040;WS=31664022;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,84:0.50:168
chr22	31669267	rs2040532	A	G	973.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=25;NR=6;PP=641;SC=GTTCACCTACAGCTGAGGAAG;SOR=2.179;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=25;TCR=6;TR=31;WE=31669275;WS=31669257;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr22	31672676	rs59315359	G	A	251.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=22.89;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr22	31672752	rs5997933	A	C	896.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=16;NR=4;PP=413;SC=AGTGGCGGCCAAGGACCACGC;SOR=1.609;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=16;TCR=4;TR=20;WE=31672760;WS=31672742;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr22	31679110	rs2040533	G	C	3103.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=68;NR=23;PP=2079;SC=AAGGGGGGTGGTGCCCTCCTG;SOR=2.235;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=91;TCF=68;TCR=23;TR=91;WE=31679118;WS=31679100;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr22	31679286	rs138919303	AAAAC	A	2975.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.234;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=420;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.708;HP=6;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.504;NF=16;NR=60;PP=2976;ReadPosRankSum=-0.010;SC=TGGCAGGAAAAAAACAAACAA;SOR=0.561;SbPval=0.13;Source=Platypus;TC=165;TCF=24;TCR=141;TR=76;WE=31679297;WS=31679276;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:202,180:0.47:382
chr22	31685129	rs11089495	C	T	1630.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.132;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.349;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=14;PP=821;ReadPosRankSum=0.489;SC=GGTGTAAAGGCACCAAAGGAA;SOR=0.857;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=110;TCF=79;TCR=31;TR=54;WE=31685137;WS=31685119;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,77:0.51:152
chr22	31685458	rs5753543	G	A	10302.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=424;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=119;NR=129;PP=2965;SC=GAATCCCAACGAGGGCAGGGG;SOR=0.703;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=255;TCF=119;TCR=136;TR=248;WE=31685466;WS=31685448;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,414:1.00:414
chr22	31687142	rs5753544	G	C	10492.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=411;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=126;NR=134;PP=2965;SC=CCAGCCCCGGGGCCGTCCCCC;SOR=0.719;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=261;TCF=127;TCR=134;TR=260;WE=31687150;WS=31687132;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,393:1.00:393
chr22	31687313	rs4820044	A	G	6583.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-1.659;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=252;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=85;PP=2701;ReadPosRankSum=-0.936;SC=CGGACACAGAATAGCGGGCAG;SOR=0.344;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=144;TCF=57;TCR=87;TR=142;WE=31687321;WS=31687303;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,249:1.00:250
chr22	31687455	rs10558009	ACCC	A	367.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.738;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.52;ReadPosRankSum=-3.289;SOR=1.473;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,10:0.67:15
chr22	31724972	rs131207	CA	C	4039.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=61;PP=2726;SC=CTCCTTCCCCCAACTCCTCTC;SOR=1.718;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=66;TCF=5;TCR=61;TR=66;WE=31724980;WS=31724962;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
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chr22	31844293	rs738658	A	C	2357.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.462;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=335;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=49;PP=1253;ReadPosRankSum=-0.015;SC=TTAATGCATGACATTTCTTGC;SOR=0.717;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=216;TCF=94;TCR=122;TR=87;WE=31844301;WS=31844283;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:207,125:0.38:332
chr22	31849362	.	CT	C	132.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.640;ClippingRankSum=0.000;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.19;MQRankSum=1.242;QD=2.82;ReadPosRankSum=-0.822;SOR=0.919;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,19:0.40:47
chr22	31854434	rs11293411	AT	A	2444.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.785;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQ=60.05;MQRankSum=0.939;NF=24;NR=39;PP=1699;ReadPosRankSum=0.326;SC=TTAACCACACATTTTTTAAGT;SOR=0.676;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=109;TCF=45;TCR=64;TR=63;WE=31854442;WS=31854424;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:110,127:0.54:237
chr22	31859637	.	TA	T	243.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.117;ClippingRankSum=0.000;DP=73;ExcessHet=3.0103;FS=1.067;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.97;MQRankSum=0.000;QD=3.75;ReadPosRankSum=0.673;SOR=0.745;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,32:0.49:65
chr22	31859859	rs5753627	A	G	2707.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.458;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=269;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.500;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=56;PP=1501;ReadPosRankSum=-0.157;SC=GCCGGGAGCTAACAGCGGCTG;SOR=0.814;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=159;TCF=59;TCR=100;TR=88;WE=31859867;WS=31859849;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:136,126:0.48:262
chr22	31904170	rs2413054	A	G	529.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=1.091;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.661;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=5;PP=245;ReadPosRankSum=-1.616;SC=GAGCTGGCATATAGTTCAGAA;SOR=1.220;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=33;TCF=21;TCR=12;TR=17;WE=31904178;WS=31904160;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,25:0.57:44
chr22	31942829	rs148360145	A	AT	551.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.364;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.21;ReadPosRankSum=0.830;SOR=0.668;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:66,40:0.38:106
chr22	31957077	rs5998045	A	G	335.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=3.517;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=18.402;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=0;PP=287;ReadPosRankSum=-0.620;SC=AGGAACCATAAGTTTCCAACC;SOR=5.136;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=16;TCR=3;TR=13;WE=31957085;WS=31957067;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,12:0.60:20
chr22	31971071	rs71679890	CGTGTGTGTGTGTGTGTGT	C	1047.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=5.863;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=38.80;SOR=2.225;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,26:0.96:27
chr22	31971172	rs10657905	A	ATCT	5888.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=53;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=34;NR=42;PP=2186;SC=TTTCCAGCTCATCTAACCTTA;SOR=1.144;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=82;TCF=40;TCR=42;TR=76;WE=31971180;WS=31971162;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr22	31971258	rs5753700	T	C	9932.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=280;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=78;NR=79;PP=2965;SC=GCTCCAGATATACTTCTGTGA;SOR=0.693;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=158;TCF=79;TCR=79;TR=157;WE=31971266;WS=31971248;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,278:1.00:278
chr22	31971282	rs16989291	T	C	3072.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.380;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=274;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.926;HP=3;HapScore=2;MGOF=31;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.909;NF=38;NR=47;PP=1075;ReadPosRankSum=0.743;SC=GCAGCAGGCCTGGGAGCGGAG;SOR=0.763;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=154;TCF=70;TCR=84;TR=85;WE=31971290;WS=31971272;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:122,150:0.55:272
chr22	31976235	rs56338522	A	G	2744.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.779;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=322;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.379;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=37;PP=1384;ReadPosRankSum=-3.156;SC=CCTTGTAATCAGTTGTGTCCT;SOR=0.787;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=207;TCF=131;TCR=76;TR=102;WE=31976243;WS=31976225;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:164,143:0.47:307
chr22	31976451	rs11347644	AC	A	2581.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=0;NR=54;PP=2402;SC=TTTTAAAAAAACTTTTTGTGC;SOR=2.239;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=54;TCF=0;TCR=54;TR=54;WE=31976459;WS=31976441;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr22	31983287	rs112798271	A	ATTTGTTTTGT	9151.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=307;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQ=59.99;NF=8;NR=56;PP=2982;SC=ATGCCAATTTATTTGTTTTGT;SOR=1.267;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=99;TCF=10;TCR=89;TR=64;WE=31983295;WS=31983277;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,206:1.00:206
chr22	32002294	rs5753723	T	C	3382.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=60;NR=25;PP=1794;SC=TCTGCCTTCCTCGCACCCATG;SOR=1.479;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=86;TCF=61;TCR=25;TR=85;WE=32002302;WS=32002284;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr22	32002521	.	A	G	1049.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.341;ClippingRankSum=0.000;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=25;PP=560;ReadPosRankSum=0.411;SC=CTGAATAAGGAACCTAGAAAA;SOR=0.721;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=60;TCF=15;TCR=45;TR=33;WE=32002529;WS=32002511;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,46:0.57:81
chr22	32007863	rs55883820	C	T	3639.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.758;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=412;ExcessHet=3.0103;FS=2.452;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.92;ReadPosRankSum=-1.343;SOR=0.650;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:222,186:0.46:408
chr22	32011225	rs12171042	T	C	9996.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=0.790;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=378;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=75;NR=125;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.136;SC=CTGCTGCCTCTTTCCTCCTTC;SOR=1.067;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=200;TCF=75;TCR=125;TR=200;WE=32011233;WS=32011215;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,367:0.99:369
chr22	32012634	rs738684	C	T	2495.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=60;NR=22;PP=1684;SC=GGTCTTCCCCCACCCCTGCAG;SOR=1.863;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=82;TCF=60;TCR=22;TR=82;WE=32012642;WS=32012624;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr22	32014250	rs56219558	G	A	1123.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=0.297;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.411;HP=5;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=17;PP=478;ReadPosRankSum=0.241;SC=CCCTGGGGACGCCCCGGGCTG;SOR=0.528;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=75;TCF=43;TCR=32;TR=35;WE=32014258;WS=32014240;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,58:0.45:129
chr22	32015406	rs14034	T	C	1106.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=28;NR=5;PP=801;SC=AGGGGCATGATGGGGGCTCTC;SOR=3.086;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=33;TCF=28;TCR=5;TR=33;WE=32015414;WS=32015396;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr22	32015450	rs9956	T	G	2431.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.360;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=19;PP=1262;ReadPosRankSum=1.104;SC=GAACAGGTGGTAGCCGAATCA;SOR=0.584;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=60;TCF=41;TCR=19;TR=59;WE=32015458;WS=32015440;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,87:0.99:88
chr22	32021836	rs11556539	C	T	3869.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.566;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=388;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.762;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=58;PP=1798;ReadPosRankSum=-0.417;SC=GAGGCTCACTCGATCACTCCC;SOR=0.665;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=233;TCF=117;TCR=116;TR=113;WE=32021844;WS=32021826;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:200,187:0.48:387
chr22	32046512	.	CA	C	136.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.238;ClippingRankSum=0.000;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.32;ReadPosRankSum=-0.598;SOR=0.606;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,20:0.34:59
chr22	32081436	rs33960159	CA	C	1104.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.119;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FS=0.952;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.25;MQRankSum=1.047;QD=9.13;ReadPosRankSum=1.032;SOR=0.564;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,90:0.74:121
chr22	32097775	rs6518754	T	C	1109.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.834;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=23;PP=419;ReadPosRankSum=0.697;SC=AGAAGAAAGATGGTCAAGCTG;SOR=0.754;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=65;TCF=23;TCR=42;TR=35;WE=32097783;WS=32097765;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,55:0.53:103
chr22	32110163	rs140078	G	A	3011.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.353;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=294;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.940;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=34;PP=1179;ReadPosRankSum=0.837;SC=GCAAGACATCGACTCTTTTGA;SOR=0.634;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=169;TCF=88;TCR=81;TR=69;WE=32110171;WS=32110153;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:147,144:0.49:291
chr22	32112461	rs140081	T	C	4653.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=3.817;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=406;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.367;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=89;NR=59;PP=2722;ReadPosRankSum=0.118;SC=AGAACTAGAGTTCCCTGTATG;SOR=0.665;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=276;TCF=169;TCR=107;TR=148;WE=32112469;WS=32112451;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:189,207:0.52:396
chr22	32121626	rs5753766	G	C	1146.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=-0.999;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.372;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=16;PP=271;ReadPosRankSum=-2.041;SC=TGGTCAAGGGGGATTCAGAAG;SOR=0.560;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=68;TCF=24;TCR=44;TR=24;WE=32121634;WS=32121616;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,62:0.45:137
chr22	32161092	rs74331125	C	T	2888.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-2.900;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=300;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.662;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=50;PP=1327;ReadPosRankSum=-1.084;SC=AATAAGCACCCTTCCTCAAGG;SOR=0.475;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=174;TCF=65;TCR=109;TR=87;WE=32161100;WS=32161082;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:149,142:0.49:291
chr22	32179850	rs138286	G	C	4807.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=101;NR=38;PP=2965;SC=AACTGAAACTGTATATGGCAT;SOR=1.785;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=141;TCF=101;TCR=40;TR=139;WE=32179858;WS=32179840;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,169:1.00:169
chr22	32200849	rs41311139	C	T	3247.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.008;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=343;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=49;PP=1417;ReadPosRankSum=-1.202;SC=GAGTGCTCCCCGTGATTCTCG;SOR=0.708;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=220;TCF=114;TCR=106;TR=103;WE=32200857;WS=32200839;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:176,165:0.48:341
chr22	32205703	rs76200772	C	T	528.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.792;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=15;PP=293;ReadPosRankSum=-1.091;SC=CAGTGGCTCACGCCTATAATC;SOR=0.678;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=49;TCF=14;TCR=35;TR=20;WE=32205711;WS=32205693;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,27:0.41:66
chr22	32211371	rs10712869	CT	C	103.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.491;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=1.603;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.22;MQRankSum=1.821;QD=4.15;ReadPosRankSum=0.400;SOR=0.412;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,16:0.64:25
chr22	32211412	rs5749334	A	C	201.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.537;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=31;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.077;NF=6;NR=17;PP=392;ReadPosRankSum=0.454;SC=AGCACCTAGGATAAAGTGCAG;SOR=1.179;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=47;TCF=15;TCR=32;TR=23;WE=32211420;WS=32211402;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,11:0.58:19
chr22	32222476	rs17761491	C	G	4299.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.136;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=468;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=67;NR=61;PP=1956;ReadPosRankSum=-0.546;SC=ATAGGTTCCTCTCTATAGAAT;SOR=0.683;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=289;TCF=154;TCR=135;TR=128;WE=32222484;WS=32222466;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:248,213:0.46:461
chr22	32230185	rs9621346	G	A	245.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=0.886;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.419;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=5;PP=157;ReadPosRankSum=-0.202;SC=AGGTGATTCAGGGGCACCTGG;SOR=0.141;SbPval=0.22;Source=Platypus;TC=15;TCF=4;TCR=11;TR=9;WE=32230193;WS=32230175;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,11:0.52:21
chr22	32330276	rs370888247	C	T	2087.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.879;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.944;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=32;PP=1077;ReadPosRankSum=-0.073;SC=CAGTGCGAGGCTCTGCGGAGA;SOR=0.800;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=153;TCF=75;TCR=78;TR=73;WE=32330284;WS=32330266;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:116,100:0.46:216
chr22	32334229	rs3788443	A	C	1640.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=3.627;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.262;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=55;PP=1318;ReadPosRankSum=-0.489;SC=GCCCCTCCCAACCCAGCCCAC;SOR=0.984;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=111;TCF=17;TCR=94;TR=57;WE=32334237;WS=32334214;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,70:0.56:125
chr22	32334295	rs3788444	C	G	499.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=2.778;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=20;PP=397;ReadPosRankSum=0.129;SC=CAAGCCAAAACGTCTAGAAAA;SOR=1.061;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=33;TCF=0;TCR=33;TR=20;WE=32334303;WS=32334285;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,22:0.58:38
chr22	32340565	.	TGCCTGCA	T	80	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=0;NR=2;PP=80;QD=46.5;SC=GCGGCGGCGCTGCCTGCAGCC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=3;TCR=7;TR=2;WE=32340579;WS=32340555;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:8,2:0.20:10
chr22	32340837	rs71845980	CG	C	418.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.619;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.67;MQRankSum=1.145;QD=13.96;ReadPosRankSum=-0.926;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,19:0.63:30
chr22	32340880	rs138873821	C	CG	245.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-0.131;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=2;PP=84;ReadPosRankSum=-0.564;SC=TGGCCGCGGGCGCGTTCCCCT;SOR=0.495;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=3;WE=32340888;WS=32340870;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,9:0.53:17
chr22	32341669	rs2301415	A	G	525.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.712;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.771;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=18;PP=358;ReadPosRankSum=0.323;SC=TTTTCTGTAAATGAATATTTC;SOR=0.283;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=40;TCF=4;TCR=36;TR=21;WE=32341677;WS=32341659;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,23:0.51:45
chr22	32341684	rs7290696	C	T	394.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-3.423;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=14;PP=292;ReadPosRankSum=-0.322;SC=TATTTCCTCTCCCTGCGTCAA;SOR=0.922;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=25;TCF=0;TCR=25;TR=14;WE=32341692;WS=32341674;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,15:0.56:27
chr22	32343613	rs10631788	G	GCTCT	1967.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.576;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=2.427;NF=2;NR=35;PP=1914;ReadPosRankSum=-1.340;SC=GTATCTTCAAGCTCTATCTCA;SOR=0.741;SbPval=0.21;Source=Platypus;TC=86;TCF=2;TCR=84;TR=37;WE=32343621;WS=32343603;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,54:0.47:115
chr22	32346468	rs4820059	G	A	594.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=2.535;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.456;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=19;PP=418;ReadPosRankSum=-0.483;SC=CCTTCAATTCGGATGCCTCTA;SOR=1.473;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=39;TCF=6;TCR=33;TR=21;WE=32346476;WS=32346458;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,24:0.52:46
chr22	32352791	rs1049583	G	A	6106.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.541;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=612;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.520;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=78;NR=104;PP=2787;ReadPosRankSum=-1.354;SC=GATCCTTCAGGTCCCCTGGCC;SOR=0.754;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=370;TCF=164;TCR=206;TR=182;WE=32352799;WS=32352781;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:312,298:0.49:610
chr22	32435409	rs130262	G	C	309.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.475;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=4;PP=147;ReadPosRankSum=0.792;SC=CTGCTTCTCTGGGCTTTCCAC;SOR=0.703;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=29;TCF=19;TCR=10;TR=12;WE=32435417;WS=32435399;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,16:0.43:37
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chr22	32478972	rs131880	A	AG	9259.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=253;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=48;NR=71;PP=2975;SC=GAAGGCCAGCAGAAGTAGAGG;SOR=0.969;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=122;TCF=50;TCR=72;TR=119;WE=32478980;WS=32478962;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,251:1.00:251
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chr22	32547861	rs11272724	TTGGGAAAGACAGAGGAG	T	219.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.448;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.333;NF=6;NR=0;PP=2122;ReadPosRankSum=-0.433;SC=GGTGTGGGAGTTGGGAAAGAC;SOR=1.270;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=15;TCR=1;TR=6;WE=32547885;WS=32547860;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,7:0.41:17
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chr22	32579550	rs136428	T	C	5306.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.442;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=323;ExcessHet=3.0103;FS=1.841;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.48;ReadPosRankSum=0.063;SOR=0.591;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:179,143:0.44:322
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chr22	32586926	rs136470	T	C	377.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.175;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=248;ExcessHet=3.0103;FS=5.689;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.06;MQRankSum=-13.750;QD=1.55;ReadPosRankSum=2.380;SOR=1.243;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:209,35:0.14:244
chr22	32587023	rs55974778	C	G	7394.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.050;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=537;ExcessHet=3.0103;FS=4.318;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.50;MQRankSum=-8.915;QD=13.80;ReadPosRankSum=-0.822;SOR=1.041;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:334,202:0.38:536
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chr22	32587478	rs136473	T	C	732.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.889;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.389;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=23;PP=571;ReadPosRankSum=-0.247;SC=CTTCATGAGGTAACTTCCCTG;SOR=0.061;SbPval=0.23;Source=Platypus;TC=43;TCF=5;TCR=38;TR=28;WE=32587486;WS=32587468;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,28:0.65:43
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chr22	32589034	rs136479	T	C	6014.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.277;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=607;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.520;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.159;NF=102;NR=89;PP=2962;ReadPosRankSum=0.585;SC=AACAGCAAAGTAGATCCTCCC;SOR=0.655;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=403;TCF=217;TCR=186;TR=191;WE=32589042;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:324,278:0.46:602
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chr22	32590522	rs136484	T	C	233.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=1.026;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=7;PP=171;ReadPosRankSum=-0.624;SC=ACTGGTGATATATCTCCAGTT;SOR=0.368;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=15;TCF=4;TCR=11;TR=10;WE=32590530;WS=32590512;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,10:0.62:16
chr22	32617062	rs5998317	G	A	3465.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.110;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=327;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.428;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=63;PP=1598;ReadPosRankSum=-1.728;SC=GTTTGCAATAGTATAATAGAA;SOR=0.561;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=214;TCF=82;TCR=132;TR=106;WE=32617070;WS=32617052;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:156,164:0.51:320
chr22	32621619	rs2294208	C	T	3739.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.143;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=452;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.126;HP=7;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=90;NR=53;PP=2066;ReadPosRankSum=-0.178;SC=AGCAGGGAAACTTTTTTTCCA;SOR=0.602;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=303;TCF=198;TCR=105;TR=143;WE=32621627;WS=32621608;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:242,208:0.46:450
chr22	32626908	rs2068209	G	A	890.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.983;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=9;PP=511;ReadPosRankSum=-0.447;SC=CTCGAGGCCCGTCTTAGACAG;SOR=0.737;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=71;TCF=54;TCR=17;TR=36;WE=32626916;WS=32626898;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,43:0.49:88
chr22	32633505	rs5998328	G	T	90.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-1.401;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.983;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=5;PP=73;ReadPosRankSum=-1.286;SC=CCCTTGCCTTGCCCTGATTCA;SOR=0.297;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=25;TCF=5;TCR=20;TR=7;WE=32633513;WS=32633495;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,7:0.26:27
chr22	32756652	rs201161881	A	G	154.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.854;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=327;ExcessHet=3.0103;FS=4.750;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.76;MQRankSum=-15.053;QD=0.47;ReadPosRankSum=-0.616;SOR=0.832;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:281,45:0.14:326
chr22	32756684	rs61729165	C	A	537.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.439;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=345;ExcessHet=3.0103;FS=1.064;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.67;MQRankSum=-17.811;QD=1.57;ReadPosRankSum=2.722;SOR=0.611;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:278,64:0.19:342
chr22	32756703	rs73166367	C	T	654.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.575;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=357;ExcessHet=3.0103;FS=0.484;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.67;MQRankSum=-17.824;QD=1.85;ReadPosRankSum=3.411;SOR=0.638;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:282,71:0.20:353
chr22	32764456	.	CAT	C	7324.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.884;ClippingRankSum=0.000;DP=418;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.528;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=3.026;NF=50;NR=48;PP=2968;ReadPosRankSum=0.438;SC=AAATTACACACATGTTAGGCA;SOR=0.718;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=198;TCF=102;TCR=96;TR=98;WE=32764465;WS=32764446;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:218,194:0.47:412
chr22	32813176	rs3885439	CTT	C,CT	873.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.725;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FS=4.182;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.04;ReadPosRankSum=1.518;SOR=1.828;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:9,24,34:0.36,0.51:67
chr22	32828343	rs9609551	T	C	335.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-0.528;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=2;PP=144;ReadPosRankSum=-1.402;SC=GCTGCTCCACTGTCTCCCCAG;SOR=0.693;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=25;TCF=19;TCR=6;TR=10;WE=32828351;WS=32828333;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,16:0.50:32
chr22	32842072	rs59738244	T	C	135.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-1.106;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.638;HP=2;HapScore=4;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=7;PP=230;ReadPosRankSum=0.186;SC=TCTAAGCTCCTGGACTGCAGT;SOR=1.179;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=29;TCF=7;TCR=22;TR=8;WE=32842091;WS=32842062;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,10:0.29:35
chr22	32842083	rs76006752	G	A	435.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-1.308;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.983;HP=1;HapScore=4;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=12;PP=593;ReadPosRankSum=0.099;SC=GGACTGCAGTGACTTTGTCAT;SOR=0.330;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=21;TCF=3;TCR=18;TR=15;WE=32842091;WS=32842062;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,19:0.70:27
chr22	32843436	rs4821063	C	T	355.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-3.587;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=12;PP=259;ReadPosRankSum=0.484;SC=CCATTGTGAACTCCTACAGAG;SOR=0.580;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=5;TCR=21;TR=15;WE=32843444;WS=32843426;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,15:0.56:27
chr22	32849192	rs7290725	C	T	167.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.127;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=2;PP=80;ReadPosRankSum=-1.471;SC=TGGCTGGAACCGCAGTGGCCA;SOR=0.818;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=11;TCF=7;TCR=4;TR=6;WE=32849200;WS=32849182;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,8:0.62:13
chr22	32891355	.	G	GT	135.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.240;ClippingRankSum=0.000;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=4.432;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.12;ReadPosRankSum=2.016;SOR=1.302;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:45,19:0.30:64
chr22	32934225	rs2239765	C	A	4575.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=34;NR=77;PP=2350;SC=TGTATTCTTACGTACACACCT;SOR=1.343;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=111;TCF=34;TCR=77;TR=111;WE=32934233;WS=32934215;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,167:1.00:167
chr22	32934274	rs2239766	T	G	1738.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=9;NR=42;PP=1198;SC=TTTCCCTTCATGCTGTTTGCC;SOR=2.507;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=51;TCF=9;TCR=42;TR=51;WE=32934282;WS=32934264;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr22	32937740	rs135479	T	C	10839.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.980;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=419;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=112;NR=128;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.697;SC=ACCCACCCCGTGTTCACTGAG;SOR=0.379;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=241;TCF=113;TCR=128;TR=240;WE=32937748;WS=32937730;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,416:1.00:417
chr22	33229685	rs242077	T	C	2792.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=52;NR=31;PP=1450;SC=TGGCATGCTATGTCCACCACT;SOR=1.257;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=83;TCF=52;TCR=31;TR=83;WE=33229693;WS=33229675;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr22	33229830	rs242076	A	G	6446.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=251;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=71;NR=84;PP=2889;SC=AGCATTTAGCACTGATCATGC;SOR=0.776;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=155;TCF=71;TCR=84;TR=155;WE=33229838;WS=33229820;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,250:1.00:250
chr22	33253280	rs9862	T	C	1226.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=2.122;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.573;HP=2;HapScore=4;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=26;PP=1713;ReadPosRankSum=0.907;SC=AGTACATCCATACGGAAGCTT;SOR=0.606;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=118;TCF=52;TCR=66;TR=49;WE=33253300;WS=33253270;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:117,64:0.35:181
chr22	33253292	rs11547635	C	T	1349.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.609;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.208;HP=1;HapScore=4;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=27;PP=1713;ReadPosRankSum=-0.988;SC=CGGAAGCTTCCGAGAGTCTCT;SOR=0.571;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=113;TCF=46;TCR=67;TR=49;WE=33253300;WS=33253270;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:109,69:0.39:178
chr22	33376839	rs36093480	CT	C	254.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.212;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=1.496;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.21;ReadPosRankSum=-0.969;SOR=1.220;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,21:0.51:41
chr22	33673125	rs1046166	C	T	5517.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.977;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=588;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.742;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=82;NR=79;PP=2265;ReadPosRankSum=0.470;SC=CGGGCAGTCACGTCTCACAAC;SOR=0.607;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=351;TCF=168;TCR=183;TR=161;WE=33673133;WS=33673115;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:306,277:0.48:583
chr22	33828432	rs73166278	C	T	217.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-2.362;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=8;PP=153;ReadPosRankSum=-0.875;SC=ATTTAATTCTCACCATTAGGC;SOR=1.179;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=11;TCF=1;TCR=10;TR=9;WE=33828440;WS=33828422;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,9:0.82:11
chr22	33832735	rs713740	A	G	313.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=7;PP=175;SC=CCAGCATGCCAACAGATAGCC;SOR=2.494;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=7;WE=33832743;WS=33832725;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
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chr22	35463179	rs361668	T	C	5203.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=60;NR=51;PP=1900;SC=CCTTCTCCATTGAGGCGATCC;SOR=0.765;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=111;TCF=60;TCR=51;TR=111;WE=35463187;WS=35463169;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,201:1.00:201
chr22	35463249	rs362090	C	T	2070.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.240;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.529;HP=3;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=33;PP=1113;ReadPosRankSum=0.451;SC=TGAAGAGGGCCCCGGAGAAGC;SOR=0.695;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=130;TCF=65;TCR=65;TR=68;WE=35463257;WS=35463239;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:94,98:0.51:192
chr22	35478486	rs2899241	A	C	2460.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.277;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=253;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.500;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=27;PP=1284;ReadPosRankSum=-0.417;SC=GGCCACTGACACAACTTGGAC;SOR=0.624;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=196;TCF=140;TCR=56;TR=87;WE=35478494;WS=35478476;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:135,116:0.46:251
chr22	35478529	rs8140287	G	A	4386.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.551;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=468;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=81;NR=53;PP=2001;ReadPosRankSum=1.186;SC=AAGAGCAAGCGGAGGGTTCGT;SOR=0.702;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=302;TCF=180;TCR=122;TR=134;WE=35478537;WS=35478519;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:246,217:0.47:463
chr22	35481493	rs61735502	C	T	5060.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.851;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=544;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.113;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=100;NR=57;PP=2219;ReadPosRankSum=-0.700;SC=GCTCCTCCCACGAGCTGTTGT;SOR=0.785;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=374;TCF=227;TCR=147;TR=157;WE=35481501;WS=35481483;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:291,248:0.46:539
chr22	35481776	rs3810619	T	C	1969.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=4.400;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.365;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=51;PP=1259;ReadPosRankSum=0.612;SC=GGAAATCGATTTCACAATCCA;SOR=0.856;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=139;TCF=33;TCR=106;TR=63;WE=35481793;WS=35481766;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,82:0.49:169
chr22	35660648	rs61752255	G	A	611.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=1.621;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.248;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=4;PP=241;ReadPosRankSum=1.032;SC=TAGATATTTCGTCTTTGGAAT;SOR=1.165;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=36;TCF=25;TCR=11;TR=18;WE=35660656;WS=35660638;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,30:0.50:60
chr22	35684533	rs5750093	G	C	315.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-1.488;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.619;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=10;PP=192;ReadPosRankSum=-1.083;SC=TCTCAGGATGGCGTAACATAG;SOR=0.368;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=25;TCF=6;TCR=19;TR=14;WE=35684541;WS=35684523;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,16:0.53:30
chr22	35741820	rs133398	G	A	4138.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.159;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=381;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.378;HP=3;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=77;PP=2022;ReadPosRankSum=-0.655;SC=AGGAGGACCCGTTGTTCTCAC;SOR=0.730;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=249;TCF=103;TCR=146;TR=130;WE=35741828;WS=35741810;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:172,198:0.54:370
chr22	35741863	rs133399	A	G	6447.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.173;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=237;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=111;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.857;SC=GGGTAGACTTATATAGCATAT;SOR=0.483;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=167;TCF=55;TCR=112;TR=166;WE=35741871;WS=35741853;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,235:1.00:236
chr22	35742925	rs743810	T	G	1503.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.440;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=24;PP=1578;ReadPosRankSum=-1.641;SC=CTTCCCAGGGTAATGATGCGG;SOR=0.750;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=167;TCF=121;TCR=46;TR=90;WE=35742933;WS=35742915;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,71:0.50:142
chr22	35743124	rs2071745	G	C	4570.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=0.597;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=428;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=18.171;HP=5;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=77;NR=91;PP=2962;ReadPosRankSum=3.789;SC=CAGCTGAGGGGCCCCCGGGTC;SOR=0.892;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=301;TCF=138;TCR=163;TR=168;WE=35743132;WS=35743114;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:177,220:0.55:397
chr22	35743178	rs140465923	T	C	3022.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-1.885;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=346;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.824;HP=1;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=57;PP=1405;ReadPosRankSum=0.772;SC=AGGAGAAAGATGATGACATGC;SOR=0.622;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=216;TCF=93;TCR=123;TR=101;WE=35743186;WS=35743168;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:190,155:0.45:345
chr22	35796652	rs743813	C	G	857.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-4.575;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=27;PP=594;ReadPosRankSum=-2.199;SC=GCTCACACGCCTCTACCAGCC;SOR=0.539;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=52;TCF=5;TCR=47;TR=30;WE=35796660;WS=35796642;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,34:0.60:57
chr22	35797333	rs743815	T	C	2067.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.337;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=274;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.737;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=24;PP=871;ReadPosRankSum=-2.425;SC=TAGGATTCACTTCACTTCGCT;SOR=0.877;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=176;TCF=95;TCR=81;TR=60;WE=35797341;WS=35797323;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:157,108:0.41:265
chr22	35799542	rs713618	C	T	1078.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=3.927;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.833;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=36;PP=762;ReadPosRankSum=0.072;SC=GAAGGTGGGTCGGAGGGCAGT;SOR=1.078;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=108;TCF=25;TCR=83;TR=44;WE=35799550;WS=35799532;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,51:0.41:125
chr22	35808767	rs4645783	T	C	611.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=1.903;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=15;PP=389;ReadPosRankSum=-1.086;SC=GGGCACTCTTTTTTGTATTTC;SOR=0.656;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=64;TCF=21;TCR=43;TR=22;WE=35808775;WS=35808757;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,29:0.37:79
chr22	35810052	rs80433	T	C	2292.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=9;NR=60;PP=1791;SC=CTCTGGGTCCTCAGGACACCT;SOR=3.383;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=69;TCF=9;TCR=60;TR=69;WE=35810060;WS=35810042;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr22	35812004	rs4645793	G	A	1371.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.840;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.338;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=29;PP=759;ReadPosRankSum=0.142;SC=AAAGGTGGGTGGCACCAGGGT;SOR=0.815;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=76;TCF=30;TCR=46;TR=46;WE=35812012;WS=35811994;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,66:0.47:139
chr22	35812504	.	CTGTGTGTGTGTGTG	C,CTGTGTGTGTG	2546.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.393;ClippingRankSum=0.000;DP=154;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=59.90;MQRankSum=-0.208;QD=31.06;ReadPosRankSum=0.157;SOR=1.077;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:2,53,27:0.65,0.33:82
chr22	35817597	rs133431	C	A	1488.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.185;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.309;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=34;PP=824;ReadPosRankSum=1.119;SC=TTCTTTTTGCCATAAGACCCC;SOR=0.852;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=92;TCF=25;TCR=67;TR=45;WE=35817605;WS=35817587;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,71:0.46:156
chr22	35819180	rs2307342	G	A	842.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.859;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=6;PP=403;ReadPosRankSum=1.291;SC=CCAGCTCCCCGGCTGCCTCAC;SOR=0.676;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=45;TCF=35;TCR=10;TR=25;WE=35819188;WS=35819170;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,38:0.60:63
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chr22	36114047	rs4821438	C	T	6007.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.744;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=41.15;ReadPosRankSum=-1.027;SOR=1.079;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,144:0.99:146
chr22	36114054	rs2899256	C	T	5609.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.876;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=43.83;ReadPosRankSum=0.158;SOR=1.143;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,126:0.98:128
chr22	36116493	rs34534260	T	TCTAA	2429.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.465;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=1.037;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=36;PP=875;ReadPosRankSum=0.701;SC=TTTGTTGTATTCTTTTTTTTT;SOR=0.955;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=73;TCF=35;TCR=38;TR=70;WE=36116503;WS=36116483;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:16,127:0.89:143
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chr22	36122930	rs2076671	C	T	8322.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=315;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=97;NR=113;PP=2965;SC=CCTTTCTGGACGGCTAGAGGG;SOR=0.831;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=210;TCF=97;TCR=113;TR=210;WE=36122938;WS=36122920;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,308:1.00:308
chr22	36124860	rs2076673	C	G	8219.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=306;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=93;NR=92;PP=2965;SC=AGGACAGTCTCTGCCCCAAGG;SOR=0.713;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=187;TCF=93;TCR=94;TR=185;WE=36124868;WS=36124850;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,305:1.00:305
chr22	36218874	.	C	CT	121.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.415;ClippingRankSum=0.000;DP=195;ExcessHet=3.0103;FS=3.833;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.01;ReadPosRankSum=-1.592;SOR=1.314;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:95,26:0.21:121
chr22	36424450	rs9607299	A	C	1323.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=26;PP=822;SC=GAGGCGGCTGATGCGGCTGGG;SOR=1.298;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=41;TCF=15;TCR=26;TR=41;WE=36424458;WS=36424440;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr22	36537871	rs140252051	C	T	4630.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.199;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=432;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.101;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=90;NR=61;PP=2296;ReadPosRankSum=-0.052;SC=CCAGAGGCAGCGCCAGTGGAG;SOR=0.775;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=306;TCF=180;TCR=126;TR=151;WE=36537879;WS=36537861;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:211,216:0.51:427
chr22	36541448	rs9610409	G	C	917.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.778;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=8;PP=397;ReadPosRankSum=0.193;SC=GTGCCTGCCAGAGAAAACTAG;SOR=0.617;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=50;TCF=36;TCR=14;TR=27;WE=36541456;WS=36541438;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,44:0.56:79
chr22	36541725	rs1807672	G	T	301.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-0.870;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=10;PP=193;ReadPosRankSum=-0.777;SC=GGTGGTTCGAGGTTAATCCTC;SOR=0.693;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=17;TCF=1;TCR=16;TR=11;WE=36541733;WS=36541715;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,13:0.62:21
chr22	36545137	rs132642	A	T	1539.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=2.344;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.585;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=21;PP=788;ReadPosRankSum=-0.660;SC=GAGACTTTCCATGGAGCTCTC;SOR=0.610;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=103;TCF=64;TCR=39;TR=50;WE=36545145;WS=36545127;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,74:0.45:164
chr22	36545826	rs132644	T	C	1835.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.349;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.595;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=26;PP=1016;ReadPosRankSum=-0.568;SC=TACATGCTTATTGTAAATGAC;SOR=0.779;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=105;TCF=60;TCR=45;TR=62;WE=36545834;WS=36545816;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,88:0.56:157
chr22	36553181	rs132649	A	G	1874.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.420;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.531;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=47;PP=1075;ReadPosRankSum=-3.916;SC=TTGTACGAGGAGAAAGAAAAA;SOR=0.763;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=166;TCF=59;TCR=107;TR=70;WE=36553189;WS=36553171;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:116,91:0.44:207
chr22	36556823	rs132653	G	T	3144.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-2.200;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=372;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=48;PP=1461;ReadPosRankSum=0.145;SC=CGTTCTCCAGGCTCTGAGATA;SOR=0.693;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=246;TCF=133;TCR=113;TR=105;WE=36556831;WS=36556813;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:208,163:0.44:371
chr22	36556964	rs916334	C	T	958.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.744;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.054;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=32;PP=681;ReadPosRankSum=-0.999;SC=CACCCTTGGTCCCACCCTCCT;SOR=1.150;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=93;TCF=21;TCR=72;TR=41;WE=36556972;WS=36556954;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,45:0.39:114
chr22	36587099	rs368150007	C	T	755.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.280;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=2.349;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.60;ReadPosRankSum=-0.446;SOR=0.381;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,36:0.60:60
chr22	36587202	rs6000172	G	A	1544.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.497;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.560;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=22;PP=648;ReadPosRankSum=-0.754;SC=CTGCCTCAGCGACTCAGCAGA;SOR=0.643;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=112;TCF=69;TCR=43;TR=53;WE=36587210;WS=36587192;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:93,81:0.47:174
chr22	36587223	rs6000173	G	T	1864.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.747;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FS=0.520;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.47;ReadPosRankSum=0.707;SOR=0.651;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:103,94:0.48:197
chr22	36587279	rs6000174	A	G	2399.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.609;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=34;PP=1204;ReadPosRankSum=-0.107;SC=CCAGCACAACAAGGACACCTG;SOR=0.703;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=144;TCF=81;TCR=63;TR=77;WE=36587287;WS=36587269;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:101,117:0.54:218
chr22	36587486	rs2227167	A	G	5182.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.902;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=515;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.098;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=92;NR=71;PP=2683;ReadPosRankSum=-0.466;SC=CAAGTGCAAAAGAAAGCACAT;SOR=0.817;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=323;TCF=178;TCR=145;TR=163;WE=36587494;WS=36587476;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:265,247:0.48:512
chr22	36587511	rs2227168	C	T	5242.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.956;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=542;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.519;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=96;NR=81;PP=2687;ReadPosRankSum=0.894;SC=TGTGATGTCACGCAGAATGTC;SOR=0.733;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=356;TCF=193;TCR=163;TR=177;WE=36587519;WS=36587501;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:281,255:0.48:536
chr22	36587845	rs3075364	A	ACT	16481.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.012;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=838;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.917;NF=33;NR=143;PP=2927;ReadPosRankSum=1.516;SC=ATTTGAGGAAACTTTCAAAAA;SOR=0.707;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=359;TCF=69;TCR=290;TR=176;WE=36587853;WS=36587835;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:393,430:0.52:823
chr22	36587952	rs2227169	C	T	3564.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.618;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=284;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.006;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=84;PP=2010;ReadPosRankSum=0.133;SC=GAGCATCTGCCTCTTCCCTGT;SOR=0.787;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=205;TCF=51;TCR=154;TR=108;WE=36587960;WS=36587942;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:122,153:0.56:275
chr22	36591380	rs2007468	A	G	2542.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=2.145;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=261;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.451;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=40;PP=1163;ReadPosRankSum=-2.182;SC=CCACACGCACAAATCTCTTCC;SOR=0.653;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=158;TCF=72;TCR=86;TR=75;WE=36591388;WS=36591370;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:133,126:0.49:259
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chr22	36597679	rs132732	G	T	389.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.889;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FS=38.968;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.56;MQRankSum=-8.982;QD=1.68;ReadPosRankSum=-3.388;SOR=3.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:208,24:0.10:232
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chr22	36623361	.	CAAA	C	189.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.361;ClippingRankSum=0.000;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=9.874;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.46;MQRankSum=0.000;QD=6.32;ReadPosRankSum=0.529;SOR=3.535;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,14:0.47:30
chr22	36623731	rs132760	T	C	18333.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=660;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=183;NR=268;PP=2965;SC=CGCCCAATGATATGCGGGGGT;SOR=0.987;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=451;TCF=183;TCR=268;TR=451;WE=36623739;WS=36623721;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,655:1.00:655
chr22	36629466	rs2010499	T	A	4182.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-2.751;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=333;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=75;PP=1734;ReadPosRankSum=-1.307;SC=AGCTTCCTCTTCCCTCACTCT;SOR=0.687;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=223;TCF=86;TCR=137;TR=123;WE=36629474;WS=36629456;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:129,195:0.60:324
chr22	36633427	rs2157251	G	T	3069.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-2.594;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=279;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.499;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=59;PP=1343;ReadPosRankSum=1.205;SC=AGGGAAAGAGGAGTCGAAATG;SOR=0.603;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=164;TCF=47;TCR=117;TR=84;WE=36633435;WS=36633417;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:128,147:0.53:275
chr22	36633452	rs1557535	C	A	1987.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.869;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.591;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=42;PP=1093;ReadPosRankSum=-0.513;SC=CCTGAGAAATCGTCATTTTCA;SOR=0.611;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=121;TCF=38;TCR=83;TR=62;WE=36633460;WS=36633442;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,89:0.53:169
chr22	36633564	rs916263	T	C	1962.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=37;NR=23;PP=1517;SC=AAGTGATCCTTCTGCCTCAGC;SOR=1.179;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=61;TCF=38;TCR=23;TR=60;WE=36633572;WS=36633554;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr22	36633836	rs916264	A	C	2027.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=14;NR=46;PP=1453;SC=GATGCTCTGGACCCCACCTTC;SOR=2.200;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=60;TCF=14;TCR=46;TR=60;WE=36633844;WS=36633826;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr22	36634670	rs1894493	G	C	2809.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.433;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=298;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.903;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-2.572;NF=59;NR=36;PP=1524;ReadPosRankSum=0.026;SC=CACTCCTGTAGTTATACTCAC;SOR=0.776;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=187;TCF=114;TCR=73;TR=95;WE=36634678;WS=36634660;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:151,139:0.48:290
chr22	36635444	rs136144	A	G	1755.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=53;NR=9;PP=1298;SC=GAGCTATTGCAAGAATAAGGA;SOR=3.477;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=63;TCF=54;TCR=9;TR=62;WE=36635452;WS=36635434;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr22	36657596	rs713929	A	G	5234.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=0.696;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=585;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.756;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=91;NR=58;PP=2280;ReadPosRankSum=-1.909;SC=GCTGTTATGCACTCCCACACT;SOR=0.857;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=329;TCF=191;TCR=138;TR=149;WE=36657604;WS=36657586;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:313,268:0.46:581
chr22	36657628	rs136163	T	G	6285.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=0.838;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=699;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.097;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=2.298;NF=96;NR=83;PP=2593;ReadPosRankSum=0.972;SC=TTATCCTTTCTTCTTTCCAAC;SOR=0.770;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=382;TCF=201;TCR=181;TR=179;WE=36657636;WS=36657618;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:370,323:0.47:693
chr22	36657789	rs136164	T	C	3083.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.161;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.431;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=70;PP=1850;ReadPosRankSum=-0.477;SC=TGGGGTTACCTCCATTGGGCA;SOR=0.420;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=156;TCF=39;TCR=117;TR=98;WE=36657797;WS=36657779;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,130:0.61:213
chr22	36661149	rs136169	A	G	1146.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.568;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.46;MQRankSum=-1.277;QD=20.85;ReadPosRankSum=0.304;SOR=0.620;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,30:0.55:55
chr22	36661152	rs28480494	G	A	1137.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.426;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.51;MQRankSum=-1.426;QD=18.65;ReadPosRankSum=1.764;SOR=0.650;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,30:0.49:61
chr22	36661330	rs2239785	G	A	3781.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.572;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=337;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.829;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=67;NR=52;PP=1876;ReadPosRankSum=-0.559;SC=GTTGAAAAGTGAGCTTGAGGA;SOR=0.753;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=230;TCF=128;TCR=102;TR=119;WE=36661338;WS=36661320;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:154,181:0.54:335
chr22	36661536	rs136174	C	A	6015.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.694;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=589;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=85;NR=91;PP=2896;ReadPosRankSum=0.614;SC=GAATCACAGCCGCTTTGACCG;SOR=0.709;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=363;TCF=177;TCR=186;TR=176;WE=36661544;WS=36661526;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:300,286:0.49:586
chr22	36661566	rs136175	G	A	5415.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.784;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=517;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.515;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=84;NR=89;PP=2800;ReadPosRankSum=-0.401;SC=GCAGTACCATGGACTACGGAA;SOR=0.749;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=344;TCF=171;TCR=173;TR=173;WE=36661574;WS=36661556;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:260,255:0.50:515
chr22	36661646	rs136176	G	A	3792.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.476;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=407;ExcessHet=3.0103;FS=2.633;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.58;ReadPosRankSum=-0.653;SOR=0.826;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:215,181:0.46:396
chr22	36661842	rs136177	G	A	4077.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-2.316;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=326;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=64;PP=2025;ReadPosRankSum=0.250;SC=AGGTGGAGAGGGTTAATGAAC;SOR=0.715;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=222;TCF=110;TCR=112;TR=125;WE=36661850;WS=36661832;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:140,184:0.57:324
chr22	36662141	.	C	CT	51.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.356;ClippingRankSum=0.000;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=1.452;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.18;ReadPosRankSum=1.113;SOR=0.434;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,10:0.23:44
chr22	36684354	rs2269529	T	C	5426.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.314;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=319;ExcessHet=3.0103;FS=3.024;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.12;ReadPosRankSum=1.379;SOR=0.858;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:178,139:0.44:317
chr22	36684358	rs2269530	C	A	5510.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.230;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=336;ExcessHet=3.0103;FS=1.800;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.50;ReadPosRankSum=0.109;SOR=0.798;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:181,153:0.46:334
chr22	36690113	rs4821478	G	A	1945.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.044;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.822;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=21;PP=1160;ReadPosRankSum=-0.877;SC=CACTGCCCGCGCCAGGGTCCT;SOR=0.506;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=156;TCF=115;TCR=41;TR=74;WE=36690121;WS=36690103;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:101,90:0.47:191
chr22	36691607	rs710181	A	C	3080.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=52;NR=25;PP=1609;SC=CTGTTTTCAGAGCCTCTAGCT;SOR=1.329;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=77;TCF=52;TCR=25;TR=77;WE=36691615;WS=36691597;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr22	36695173	rs2187776	C	T	1785.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=17;NR=41;PP=1164;SC=GCCCGGAAATCTGGGGCTGAA;SOR=1.758;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=58;TCF=17;TCR=41;TR=58;WE=36695181;WS=36695163;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr22	36695247	rs4821480	G	T	625.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=19;PP=524;SC=GGATAATTTTGAAAGGTCACG;SOR=4.615;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=20;TCF=1;TCR=19;TR=20;WE=36695255;WS=36695237;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr22	36705529	rs1557529	A	G	4944.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=30;NR=104;PP=2856;SC=AACCCCATGCATGGAAAAGTC;SOR=1.988;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=134;TCF=30;TCR=104;TR=134;WE=36705537;WS=36705519;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,177:1.00:177
chr22	36708049	rs3842715	CTCCTGTGA	C	952.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.138;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.966;HP=2;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=3;PP=1996;ReadPosRankSum=0.919;SC=GACTCCACCTCTCCTGTGAAG;SOR=1.845;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=40;TCF=31;TCR=9;TR=18;WE=36708064;WS=36708039;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,26:0.43:60
chr22	36708084	rs2413396	C	T	2652.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.335;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.351;HP=2;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=15;PP=1480;ReadPosRankSum=2.266;SC=TCCCCGTGAGCGCTCCTCACC;SOR=2.160;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=75;TCF=59;TCR=16;TR=73;WE=36708092;WS=36708074;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,96:0.98:98
chr22	36708338	rs2157257	A	G	1398.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.141;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.636;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=28;PP=639;ReadPosRankSum=-0.804;SC=AAGAAGCCAAAGCCCGGACAT;SOR=0.591;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=107;TCF=35;TCR=72;TR=42;WE=36708346;WS=36708328;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,66:0.45:148
chr22	36708400	rs34645860	C	CA	443.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-1.230;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.525;HP=3;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=13;PP=496;ReadPosRankSum=0.128;SC=CCAGGAGAAGCAAAGCACTGT;SOR=0.109;SbPval=0.16;Source=Platypus;TC=42;TCF=2;TCR=40;TR=15;WE=36708408;WS=36708390;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,21:0.42:50
chr22	36710045	rs3752461	C	T	628.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=1.534;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=3;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=5;PP=1636;ReadPosRankSum=-0.845;SC=GGATCTCAGCCTTGGGGCTTC;SOR=0.772;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=43;TCF=35;TCR=8;TR=26;WE=36710064;WS=36710035;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,26:0.57:46
chr22	36710047	rs5756141	T	C	766.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.177;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.31;ReadPosRankSum=0.514;SOR=0.675;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,21:0.45:47
chr22	36710056	rs5756142	A	G	1027.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.555;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.58;ReadPosRankSum=-1.413;SOR=0.776;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,32:0.52:62
chr22	36710183	rs3752462	T	C	4585.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.400;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=415;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=53;PP=1883;ReadPosRankSum=1.691;SC=GCAAGCCTGGTACTCACTGGC;SOR=0.681;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=235;TCF=131;TCR=104;TR=119;WE=36710191;WS=36710173;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:190,223:0.54:413
chr22	36712387	rs5756150	A	G	400.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.345;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=12.784;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=64.88;MQRankSum=4.634;QD=12.52;ReadPosRankSum=-0.577;SOR=0.045;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,18:0.56:32
chr22	36712400	rs67607973	GA	G	544.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.074;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=1.643;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=64.36;MQRankSum=5.252;QD=15.56;ReadPosRankSum=1.339;SOR=0.283;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,16:0.46:35
chr22	36712414	rs5756151	C	G	568.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.989;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=1.461;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=63.84;MQRankSum=5.724;QD=13.87;ReadPosRankSum=0.795;SOR=0.352;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,17:0.41:41
chr22	36712472	rs5756152	A	G	2877.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=78;NR=28;PP=2047;SC=AGATCGATGCAGGACCATGAG;SOR=2.014;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=107;TCF=78;TCR=29;TR=106;WE=36712480;WS=36712462;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr22	36716202	rs3833922	C	CT	6283.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.318;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=315;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=4;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=2.683;NF=36;NR=34;PP=2963;ReadPosRankSum=0.735;SC=CCTGATGCCCCGAGGCCGTGG;SOR=0.710;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=156;TCF=79;TCR=77;TR=70;WE=36716217;WS=36716192;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:157,156:0.50:313
chr22	36716209	rs3752463	G	A	6699.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.033;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=359;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.872;HP=2;HapScore=4;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=2.950;NF=73;NR=42;PP=2962;ReadPosRankSum=0.016;SC=CCCCGAGGCCGTGGGTACCAG;SOR=0.551;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=241;TCF=158;TCR=83;TR=115;WE=36716217;WS=36716192;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:173,184:0.52:357
chr22	36722490	rs8136069	C	A	840.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.678;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.187;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=6;PP=562;ReadPosRankSum=0.174;SC=ATGGGCCCAGCCTCTGCTTCA;SOR=1.127;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=64;TCF=49;TCR=15;TR=32;WE=36722498;WS=36722480;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,37:0.47:78
chr22	36722534	rs8136336	G	A	5073.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=98;NR=42;PP=2933;SC=AGCTGAAGCCGGGACCACTAA;SOR=1.533;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=140;TCF=98;TCR=42;TR=140;WE=36722542;WS=36722524;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,184:1.00:184
chr22	36722838	rs11316214	CG	C	1226.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.527;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.042;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=34;PP=1089;ReadPosRankSum=-1.723;SC=TGGCAGAAAACGGGACTGCCA;SOR=0.995;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=88;TCF=1;TCR=87;TR=34;WE=36722846;WS=36722828;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,45:0.39:114
chr22	36723697	rs5756157	T	G	423.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=3.404;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.998;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=13;PP=277;ReadPosRankSum=0.000;SC=AGGAGCATCTTCGGGGGAGAG;SOR=1.650;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=30;TCF=5;TCR=25;TR=14;WE=36723705;WS=36723687;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,17:0.52:33
chr22	36744886	rs56147525	GC	G	7931.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-1.822;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.979;HP=15;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=59;PP=2992;ReadPosRankSum=0.227;SC=GGGAAGACCCGCCCCCCCCCC;SOR=0.932;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=124;TCF=52;TCR=72;TR=92;WE=36744898;WS=36744876;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,184:0.99:185
chr22	36744888	rs56084634	C	G	6869.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=2.804;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FS=34.430;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=36.35;ReadPosRankSum=1.833;SOR=1.322;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,163:0.86:189
chr22	36744888	.	CCC	GCT	2944	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;FR=0.5000;HP=11;HapScore=1;MGOF=9;MMLQ=24;MQ=59.89;NF=69;NR=36;PP=2944;QD=20;SC=GAAGACCCGCCCCCCCCCCCC;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=160;TCF=88;TCR=72;TR=105;WE=36744898;WS=36744876;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:55,105:0.66:160
chr22	36744890	rs55932404	C	T	6869.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.868;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FS=33.894;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=34.35;ReadPosRankSum=2.387;SOR=1.354;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,170:0.85:200
chr22	36872750	rs2281082	T	G	1417.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=2.884;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.943;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=8;PP=843;ReadPosRankSum=-0.529;SC=TATACTGGCTTCCCTGTGGCA;SOR=1.236;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=100;TCF=74;TCR=26;TR=44;WE=36872758;WS=36872740;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,61:0.47:131
chr22	36900271	rs2277841	T	C	4257.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.836;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=447;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.912;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=69;PP=2293;ReadPosRankSum=2.128;SC=CTGGTTGGTGTTGGCTTCTTC;SOR=0.511;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=283;TCF=153;TCR=130;TR=132;WE=36900279;WS=36900261;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:231,204:0.47:435
chr22	36900806	rs760718	A	G	2182.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.224;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=47;PP=1191;ReadPosRankSum=0.201;SC=GTGGCTACAAAGAGGACGCTG;SOR=0.702;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=139;TCF=46;TCR=93;TR=71;WE=36900814;WS=36900796;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:111,104:0.48:215
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chr22	36920099	rs12165971	G	C	1452.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.646;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.785;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=32;PP=578;ReadPosRankSum=1.865;SC=ACAAGTGGGAGGTCTTTGGAG;SOR=0.868;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=114;TCF=45;TCR=69;TR=50;WE=36920107;WS=36920089;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:122,79:0.39:201
chr22	37159819	rs739002	T	C	1883.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.690;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.793;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=23;PP=912;ReadPosRankSum=1.388;SC=GGCTGCTAAGTGGCAGGGCCA;SOR=0.456;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=128;TCF=89;TCR=39;TR=66;WE=37159827;WS=37159809;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,86:0.51:167
chr22	37162170	rs372969536	C	T	1658.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.776;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.007;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=21;PP=906;ReadPosRankSum=-0.561;SC=AAAAAGACCACGTGCTACTTG;SOR=0.869;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=111;TCF=69;TCR=42;TR=60;WE=37162178;WS=37162160;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,78:0.49:158
chr22	37163329	rs1048012	C	T	16127.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.107;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=634;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=205;NR=206;PP=2965;ReadPosRankSum=0.364;SC=CTGAGTTCCCCTGGGTAAAGG;SOR=0.453;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=418;TCF=208;TCR=210;TR=411;WE=37163337;WS=37163319;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:5,613:0.99:618
chr22	37171611	rs2009667	A	G	2186.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.476;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.494;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=32;PP=1192;ReadPosRankSum=-1.714;SC=CCTTTGGGAGAGAGAAAGGAA;SOR=0.635;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=175;TCF=110;TCR=65;TR=83;WE=37171619;WS=37171601;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:124,105:0.46:229
chr22	37196871	rs3484	G	A	1242.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=1.835;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=13;PP=490;ReadPosRankSum=0.061;SC=GGAGGGTGGCGAGAGGGGCCG;SOR=0.689;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=71;TCF=40;TCR=31;TR=31;WE=37196879;WS=37196861;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,62:0.51:122
chr22	37196971	rs2001063	C	A	1006.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.515;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.364;HP=6;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=16;PP=476;ReadPosRankSum=0.633;SC=TTCTGCAGAACAAAATGACAA;SOR=0.480;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=71;TCF=30;TCR=41;TR=30;WE=37196979;WS=37196961;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,51:0.42:121
chr22	37207319	rs113051616	CTAAATAAATAAA	C	294.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.589;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=29.47;ReadPosRankSum=1.593;SOR=0.473;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,8:0.80:10
chr22	37207667	rs34262500	T	A	139.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=2.130;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=20;PP=397;ReadPosRankSum=1.827;SC=TTTCTCTTCATCAGGTAGGTT;SOR=0.412;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=40;TCF=4;TCR=36;TR=22;WE=37207675;WS=37207657;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,8:0.44:18
chr22	37263618	rs35583148	G	A	1385.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.297;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.142;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=40;PP=947;ReadPosRankSum=-0.469;SC=CTCTGGCTCTGATGGCCCCAT;SOR=1.112;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=91;TCF=15;TCR=76;TR=48;WE=37263626;WS=37263608;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,55:0.51:108
chr22	37266322	rs2075938	A	G	1281.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=35;NR=6;PP=761;SC=TAAACAACGCATTTCTGTTAT;SOR=2.448;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=42;TCF=35;TCR=7;TR=41;WE=37266330;WS=37266312;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr22	37267767	rs2072708	A	G	5614.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=37;NR=72;PP=2406;SC=CCCCGCCCCCACGCTGGCCAG;SOR=1.118;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=109;TCF=37;TCR=72;TR=109;WE=37267775;WS=37267757;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,205:1.00:205
chr22	37268257	rs5756374	C	T	1168.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.255;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=9;PP=508;ReadPosRankSum=0.256;SC=CTTATTCTCCCCAAGCCTCAG;SOR=0.660;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=77;TCF=54;TCR=23;TR=33;WE=37268265;WS=37268247;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,55:0.48:114
chr22	37268501	rs2072710	A	G	2196.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=18;NR=38;PP=1320;SC=GGTGAGATTGAAGGTGAGGTT;SOR=1.379;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=56;TCF=18;TCR=38;TR=56;WE=37268509;WS=37268491;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr22	37268555	rs2072711	A	G	1161.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.40;SOR=1.230;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr22	37271802	rs2072712	C	T	10552.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.434;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1124;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.102;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=147;NR=141;PP=2962;ReadPosRankSum=-2.768;SC=GCTACTACTACGAAGACACCA;SOR=0.595;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=642;TCF=352;TCR=290;TR=288;WE=37271810;WS=37271792;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:589,533:0.48:1122
chr22	37271882	rs2075939	T	C	23646.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=902;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=291;NR=334;PP=2965;SC=CTACGACCACTGCCCCTCACA;SOR=0.786;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=625;TCF=291;TCR=334;TR=625;WE=37271890;WS=37271872;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,896:1.00:896
chr22	37273742	rs11552115	G	A	4151.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.302;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=377;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.752;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=74;PP=2204;ReadPosRankSum=0.817;SC=GGCTGCTGTCGGATGAGGACG;SOR=0.813;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=256;TCF=121;TCR=135;TR=135;WE=37273750;WS=37273732;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:171,194:0.53:365
chr22	37318175	rs117937233	C	T	439.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.901;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.341;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=5;PP=245;ReadPosRankSum=0.089;SC=GACTTCAGGACACTAAGGACC;SOR=1.085;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=23;TCF=15;TCR=8;TR=15;WE=37318183;WS=37318165;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,20:0.56:36
chr22	37319425	rs2072713	G	T	3280.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-4.417;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=284;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.955;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=73;PP=1696;ReadPosRankSum=-0.245;SC=TGATGCTGGGGGCAGGGGCCA;SOR=0.776;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=208;TCF=71;TCR=137;TR=106;WE=37319433;WS=37319415;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:126,149:0.54:275
chr22	37329999	rs1801117	C	T	4480.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-1.297;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=470;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.517;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=77;PP=1925;ReadPosRankSum=0.797;SC=GGATCTGGAGCGAGTGGAGTG;SOR=0.740;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=262;TCF=122;TCR=140;TR=143;WE=37330007;WS=37329989;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:238,229:0.49:467
chr22	37333794	rs131840	A	G	1323.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-2.956;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.543;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=23;PP=649;ReadPosRankSum=-0.476;SC=CGATGGGACCAGGACAGGCCG;SOR=0.743;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=141;TCF=77;TCR=64;TR=50;WE=37333802;WS=37333784;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:121,72:0.37:193
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chr22	37387757	rs5750355	G	T	502.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-1.983;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.022;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=11;PP=249;ReadPosRankSum=-0.369;SC=GAGTGGGAAGGGTTTCAAAGT;SOR=0.283;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=32;TCF=8;TCR=24;TR=15;WE=37387765;WS=37387747;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,24:0.59:41
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chr22	37458586	rs116956945	C	T	1110.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-1.142;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.645;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=15;PP=523;ReadPosRankSum=1.297;SC=CAGAGGCACCCGGATGTGAGG;SOR=0.617;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=74;TCF=38;TCR=36;TR=30;WE=37458594;WS=37458576;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,63:0.48:131
chr22	37462936	rs855791	A	G	3791.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=1.737;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=375;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.571;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=59;PP=1561;ReadPosRankSum=1.516;SC=GTAGCGATAGACCTCGCTGCA;SOR=0.866;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=202;TCF=95;TCR=107;TR=101;WE=37462944;WS=37462926;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:185,185:0.50:370
chr22	37469591	rs4820268	G	A	3009.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.136;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=309;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.102;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=43;PP=1425;ReadPosRankSum=0.825;SC=ACTGCTCTTCGTCGCTGCCGT;SOR=0.853;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=186;TCF=98;TCR=88;TR=98;WE=37469599;WS=37469581;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:151,150:0.50:301
chr22	37470604	rs2072860	G	A	1550.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.532;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.411;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=17;PP=951;ReadPosRankSum=1.366;SC=TGAGGAAGGAGAAGGGATGGG;SOR=1.160;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=112;TCF=76;TCR=36;TR=59;WE=37470612;WS=37470594;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,70:0.50:139
chr22	37471040	rs111225958	TAC	T	839.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-1.381;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.401;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=7;PP=575;ReadPosRankSum=0.599;SC=TGCAAGCACATACACACACAC;SOR=0.264;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=47;TCF=30;TCR=17;TR=18;WE=37471049;WS=37471037;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,30:0.48:62
chr22	37578388	rs17812681	C	T	1787.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.390;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=246;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.369;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=31;PP=893;ReadPosRankSum=0.929;SC=CATGATGCTGCGCTCGCTGGG;SOR=0.561;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=156;TCF=88;TCR=68;TR=61;WE=37578396;WS=37578378;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:147,92:0.38:239
chr22	37578579	rs229519	C	T	5818.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.613;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=621;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=87;NR=89;PP=2384;ReadPosRankSum=0.629;SC=CGAAGAGCAGCGTCTGGAAGT;SOR=0.714;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=401;TCF=196;TCR=205;TR=176;WE=37578587;WS=37578569;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:320,291:0.48:611
chr22	37578652	rs17812699	G	A	6031.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=1.333;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=662;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.100;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=78;NR=91;PP=2606;ReadPosRankSum=0.884;SC=CTTCTGGCACGGGGCGCCGGG;SOR=0.797;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=400;TCF=193;TCR=207;TR=169;WE=37578660;WS=37578642;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:360,296:0.45:656
chr22	37578852	rs229521	C	T	3509.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.216;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=335;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.399;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=62;PP=1477;ReadPosRankSum=0.760;SC=TCATCTGTGACGGCTCTGCCC;SOR=0.733;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=194;TCF=79;TCR=115;TR=103;WE=37578860;WS=37578842;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:164,170:0.51:334
chr22	37578960	rs229522	G	A	929.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.617;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.821;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=27;PP=542;ReadPosRankSum=-1.340;SC=CATCATGACCGTCTTCACTTC;SOR=0.820;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=82;TCF=26;TCR=56;TR=36;WE=37578968;WS=37578950;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,44:0.47:93
chr22	37580442	rs11089827	A	T	2686.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.157;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.245;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=43;PP=1326;ReadPosRankSum=0.640;SC=GCCGTCAGCCACCACAGCCTG;SOR=0.556;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=143;TCF=65;TCR=78;TR=84;WE=37580450;WS=37580432;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:103,126:0.55:229
chr22	37581180	rs190679771	C	T	161.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.896;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.651;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=3;PP=83;ReadPosRankSum=0.490;SC=GACAGGTTTCCGCCCTGCCCT;SOR=0.082;SbPval=0.24;Source=Platypus;TC=21;TCF=17;TCR=4;TR=9;WE=37581188;WS=37581170;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,9:0.43:21
chr22	37581422	rs229526	G	C	1313.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.961;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.570;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=25;PP=452;ReadPosRankSum=-1.658;SC=CTCCACCATAGGGATCTCACA;SOR=0.666;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=120;TCF=58;TCR=62;TR=45;WE=37581430;WS=37581412;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:101,71:0.41:172
chr22	37581485	rs229527	C	A	1309.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.016;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.557;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=21;PP=429;ReadPosRankSum=0.465;SC=GGCGGCTGTCCCCATGGTGAC;SOR=0.773;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=100;TCF=41;TCR=59;TR=32;WE=37581493;WS=37581475;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:112,72:0.39:184
chr22	37602583	rs11406761	G	GC	12111.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=371;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=47;NR=95;PP=2936;SC=CTTTCCCCAGGCCCTACAGGT;SOR=0.828;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=150;TCF=53;TCR=97;TR=142;WE=37602591;WS=37602573;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,361:1.00:361
chr22	37622999	rs62235085	C	T	441.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-2.689;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=37;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=13;PP=349;ReadPosRankSum=0.306;SC=CCATACACCCCTCCCACGCCA;SOR=0.527;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=42;TCF=7;TCR=35;TR=14;WE=37623007;WS=37622989;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,24:0.51:47
chr22	37628053	rs11374583	A	AG	2989.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.096;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.723;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.990;NF=8;NR=42;PP=1842;ReadPosRankSum=1.038;SC=AGAGCAAGCGAGGTTGCTAGT;SOR=0.574;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=94;TCF=12;TCR=82;TR=50;WE=37628061;WS=37628043;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:99,103:0.51:202
chr22	37628145	rs2285110	A	G	825.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-4.788;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=22.694;HP=3;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=20;PP=435;ReadPosRankSum=-0.623;SC=CACCCCAGGGAATGCTGGGGA;SOR=0.023;SbPval=0.13;Source=Platypus;TC=51;TCF=10;TCR=41;TR=29;WE=37628153;WS=37628135;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,38:0.63:60
chr22	37628993	rs9610684	T	G	1760.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.329;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.600;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=32;PP=845;ReadPosRankSum=0.220;SC=GTAAGGTCAATCTCAAACCCC;SOR=0.515;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=127;TCF=49;TCR=78;TR=56;WE=37629001;WS=37628983;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:98,85:0.46:183
chr22	37636949	rs9607434	G	C	572.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.299;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=5;PP=381;ReadPosRankSum=-0.952;SC=GGGTCCGGAGGAGGCAGAGTG;SOR=0.563;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=42;TCF=33;TCR=9;TR=20;WE=37636957;WS=37636939;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,27:0.47:57
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chr22	37678551	rs3213556	A	G	3805.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=56;NR=42;PP=2203;SC=GCCAGCCCGAACAGCAGCTGG;SOR=0.980;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=98;TCF=56;TCR=42;TR=98;WE=37678573;WS=37678541;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,140:1.00:140
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chr22	37678814	rs5995410	C	T	370.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=1.937;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.682;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=15;PP=292;ReadPosRankSum=-0.014;SC=GGACACACAGCAGTAGCAAAG;SOR=2.494;SbPval=0.98;Source=Platypus;TC=38;TCF=9;TCR=29;TR=16;WE=37678822;WS=37678804;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,17:0.41:41
chr22	37678837	rs5995411	C	T	187.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.101;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.143;HP=4;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=7;PP=113;ReadPosRankSum=-1.668;SC=GACGCTGTTTCCCCCTTCATA;SOR=1.646;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=4;TCR=17;TR=7;WE=37678845;WS=37678827;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,9:0.39:23
chr22	37699377	rs2239822	T	C	26497.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=1014;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=248;NR=284;PP=2965;SC=GGCCGCCTTTTGAGCGCTTTG;SOR=0.772;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=533;TCF=249;TCR=284;TR=532;WE=37699385;WS=37699367;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,1004:1.00:1004
chr22	37700177	rs2284050	T	C	3258.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=49;NR=31;PP=1684;SC=CTGGAAGTCTTCACAGAGGAG;SOR=1.015;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=84;TCF=49;TCR=35;TR=80;WE=37700185;WS=37700167;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr22	37707072	rs56378525	C	T	15448.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.116;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=577;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=224;NR=161;PP=2965;ReadPosRankSum=0.999;SC=TCATCCTGACCGACAACTGCC;SOR=0.965;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=392;TCF=227;TCR=165;TR=385;WE=37707092;WS=37707062;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:6,569:0.99:575
chr22	37707140	rs55662193	C	T	20176.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.642;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=768;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=241;NR=231;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.363;SC=CCCCTGCCCCCGCCTCTCCCC;SOR=0.387;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=476;TCF=244;TCR=232;TR=472;WE=37707148;WS=37707130;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,764:1.00:767
chr22	37707982	rs76829506	G	A	979.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=25;NR=9;PP=682;SC=GGACACTAGCGTCTGGGCTTC;SOR=2.049;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=34;TCF=25;TCR=9;TR=34;WE=37707990;WS=37707972;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr22	37770066	rs8142615	G	T	12419.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=3.466;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=493;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.054;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=157;NR=151;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.704;SC=TGCGCACCTCGATATAGTTGC;SOR=0.351;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=318;TCF=159;TCR=159;TR=308;WE=37770074;WS=37770056;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:6,477:0.99:483
chr22	37770357	rs7292751	A	G	13965.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.706;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=521;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NR=185;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.213;SC=TAACCATGCCAAAGAGGCAGC;SOR=0.263;Source=Platypus;TCR=187;WE=37770365;WS=37770347;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,512:1.00:513
chr22	37771158	rs2071857	G	A	9294.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=348;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=123;NR=87;PP=2965;SC=TCACCACCTCGATGAGGTTGT;SOR=0.892;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=212;TCF=124;TCR=88;TR=210;WE=37771166;WS=37771148;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,339:1.00:339
chr22	37888868	rs5756696	G	C	5412.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=51;NR=80;PP=2848;SC=ATACCAGCTCGTCGATACCCC;SOR=1.044;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=131;TCF=51;TCR=80;TR=131;WE=37888876;WS=37888858;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,196:1.00:196
chr22	37902500	rs1997674	C	T	916.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-1.787;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.626;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=32;PP=721;ReadPosRankSum=-0.651;SC=CTATCACTTACTGAGCACTGT;SOR=1.641;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=67;TCF=9;TCR=58;TR=35;WE=37902508;WS=37902490;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,37:0.50:74
chr22	37904957	rs932326	C	G	3412.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.290;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=329;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=69;NR=42;PP=1757;ReadPosRankSum=-0.901;SC=GACAAGTTCACCCAGGATTAT;SOR=0.719;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=229;TCF=140;TCR=89;TR=111;WE=37904965;WS=37904947;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:161,161:0.50:322
chr22	37906308	rs113275238	GCTCCTT	G	6618.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.469;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=783;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.526;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.817;NF=33;NR=72;PP=2987;ReadPosRankSum=0.880;SC=ACATTGTCTGGCTCCTTCTCC;SOR=0.769;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=260;TCF=89;TCR=171;TR=105;WE=37906327;WS=37906298;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:356,325:0.48:681
chr22	37964299	rs2281098	C	G	4057.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.323;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=414;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=3.673;NF=72;NR=90;PP=2788;ReadPosRankSum=1.834;SC=TCATGAGCCTCCCAGAAGCCC;SOR=0.685;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=301;TCF=136;TCR=165;TR=162;WE=37964307;WS=37964289;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:197,196:0.50:393
chr22	37964408	rs200195385	CCAGCGCCTGCTGCAAACCCCT	C	2661.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=2.492;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=308;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.806;HP=5;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=10.561;NF=13;NR=55;PP=2972;ReadPosRankSum=1.250;SC=TGCAAACCCCCCAGCGCCTGC;SOR=0.967;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=165;TCF=33;TCR=132;TR=68;WE=37964436;WS=37964398;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:186,82:0.31:268
chr22	38037105	rs71723818	TC	T	438.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.832;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FS=1.203;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.93;ReadPosRankSum=1.421;SOR=0.869;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:42,32:0.43:74
chr22	38086574	rs9610834	C	T	1345.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=2.422;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=6.825;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=3;PP=1095;ReadPosRankSum=2.377;SC=GAAGCCTTCTCTAGTCCCAAC;SOR=4.223;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=44;TCF=40;TCR=4;TR=42;WE=38086582;WS=38086564;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,44:0.96:46
chr22	38106693	rs144572916	G	T	601.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-2.233;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.808;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=17;PP=363;ReadPosRankSum=-0.228;SC=TGGGTCACGTGGTCAGTCCTC;SOR=1.410;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=28;TCF=3;TCR=25;TR=18;WE=38106701;WS=38106683;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,25:0.68:37
chr22	38119213	rs12628603	G	A	4611.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-2.222;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=475;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=87;NR=49;PP=2180;ReadPosRankSum=-0.399;SC=GGGGGCCGGAGCGCAGGACAG;SOR=0.695;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=310;TCF=201;TCR=109;TR=136;WE=38119221;WS=38119203;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:250,220:0.47:470
chr22	38119754	rs67890459	TCAA	T	22851.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.827;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1226;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.528;NF=65;NR=226;PP=2954;ReadPosRankSum=1.983;SC=ACAGAACCACTCAACGAGAGA;SOR=0.711;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=609;TCF=151;TCR=458;TR=291;WE=38119764;WS=38119744;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:598,593:0.50:1191
chr22	38120542	rs142024473	C	T	14077.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=-3.401;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1790;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=6.539;NF=253;NR=239;PP=2962;ReadPosRankSum=3.111;SC=GATCCCAGAGCCTCCTCTCCT;SOR=0.660;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=1157;TCF=601;TCR=556;TR=492;WE=38120550;WS=38120532;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1006,756:0.43:1762
chr22	38121013	rs41302575	C	G	14001.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.989;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1341;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.521;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=220;NR=244;PP=2962;ReadPosRankSum=0.257;SC=AACCCCAGAACTTGTATTCAA;SOR=0.624;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=910;TCF=417;TCR=493;TR=464;WE=38121021;WS=38121003;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:666,664:0.50:1330
chr22	38121152	rs9610841	C	A	7376.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.873;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=872;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.527;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=128;NR=123;PP=2962;ReadPosRankSum=0.074;SC=AACGAGACAACCCTGGAACCT;SOR=0.636;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=587;TCF=289;TCR=298;TR=251;WE=38121160;WS=38121142;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:492,363:0.42:855
chr22	38122122	rs5756795	T	C	7889.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.063;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=783;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=117;NR=147;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.205;SC=GCCATCCCTCTTCTTCCAGGA;SOR=0.685;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=556;TCF=247;TCR=309;TR=264;WE=38122130;WS=38122112;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:407,371:0.48:778
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chr22	38122462	rs739138	A	G	1018.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=2.600;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=4;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=27;PP=1534;ReadPosRankSum=1.953;SC=GGCCGCACCCACAGCCCTGGC;SOR=0.763;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=74;TCF=20;TCR=54;TR=38;WE=38122470;WS=38122438;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,46:0.46:99
chr22	38129332	rs7284476	G	A	2327.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-0.427;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=248;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.549;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=25;PP=911;ReadPosRankSum=-0.333;SC=GGGCCTTCCAGGCCCAGGACG;SOR=0.813;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=134;TCF=74;TCR=60;TR=61;WE=38129340;WS=38129322;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:127,117:0.48:244
chr22	38130385	rs13054052	A	C	6430.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=3.077;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=557;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=110;NR=78;PP=2962;ReadPosRankSum=0.229;SC=AGCCTCACCTACCCCCTCACC;SOR=0.739;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=329;TCF=190;TCR=139;TR=188;WE=38130393;WS=38130375;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:247,303:0.55:550
chr22	38130472	rs8140958	T	C	17045.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=644;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=193;NR=192;PP=2965;SC=CCCTCATCCTTGGAGTCCTGA;SOR=0.696;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=387;TCF=193;TCR=194;TR=385;WE=38130480;WS=38130462;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,641:1.00:641
chr22	38142468	rs5756803	A	G	970.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=13;PP=441;SC=AGGCCGGGAGAAGGGCGACGA;SOR=0.693;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=27;TCF=14;TCR=13;TR=27;WE=38142476;WS=38142458;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr22	38146585	rs4821704	C	T	6544.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=251;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=90;NR=67;PP=2956;SC=TACAGAGCAGCGGGACAAACG;SOR=0.913;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=157;TCF=90;TCR=67;TR=157;WE=38146593;WS=38146575;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,249:1.00:249
chr22	38146847	rs6519081	T	C	768.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=7;NR=18;PP=612;SC=CACCGCCCACTCCACTGAGCC;SOR=2.215;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=7;TCR=18;TR=25;WE=38146855;WS=38146837;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr22	38155317	rs5756810	C	G	9583.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=360;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=138;NR=111;PP=2965;SC=CAGATTTCTGCTTGCCGTGTT;SOR=0.986;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=251;TCF=138;TCR=113;TR=249;WE=38155325;WS=38155307;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,354:1.00:354
chr22	38161835	rs3833924	T	TG	2145.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.531;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.281;NF=5;NR=27;PP=743;ReadPosRankSum=-1.447;SC=GTATGGACCCTGGGGGGGGCA;SOR=0.718;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=40;TCF=5;TCR=35;TR=32;WE=38161843;WS=38161825;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,83:0.95:87
chr22	38168508	rs762984	T	C	2494.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=50;NR=11;PP=1483;SC=TGAAGCGAGGTATCTGCGGGG;SOR=2.219;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=61;TCF=50;TCR=11;TR=61;WE=38168516;WS=38168498;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr22	38204089	rs710187	C	T	4222.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=41;NR=43;PP=1684;SC=GGAAGGCATCCGCGGAGCTGG;SOR=0.693;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=84;TCF=41;TCR=43;TR=84;WE=38204097;WS=38204079;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,160:1.00:160
chr22	38211954	rs2285179	G	A	2116.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=13;NR=44;PP=1337;SC=GCTTCTGCCTGTTCCCCTCCC;SOR=2.147;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=58;TCF=14;TCR=44;TR=57;WE=38211962;WS=38211944;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr22	38212068	rs739269	C	T	1489.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=19;NR=11;PP=605;SC=CCTGGCTCCCCTCTGCCTCTT;SOR=1.009;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=19;TCR=11;TR=30;WE=38212076;WS=38212058;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr22	38212762	rs13911	A	G	3396.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=22;NR=73;PP=2214;SC=AGGTCCGCCTACTGCCACAGG;SOR=2.012;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=96;TCF=22;TCR=74;TR=95;WE=38212770;WS=38212752;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr22	38220964	rs8138029	T	C	2755.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=27;NR=42;PP=1165;SC=TGCCCGTGGCTGTGGTGAGCC;SOR=1.106;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=69;TCF=27;TCR=42;TR=69;WE=38220972;WS=38220954;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr22	38243675	rs5750504	A	T	1877.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=30;NR=23;PP=998;SC=AATTTTACAAAAGCAAAGGAC;SOR=0.971;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=53;TCF=30;TCR=23;TR=53;WE=38243683;WS=38243665;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr22	38251686	rs2157472	T	C	2821.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=24;NR=39;PP=1135;SC=GTGCACTGAGTGGAATCCAGT;SOR=1.049;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=63;TCF=24;TCR=39;TR=63;WE=38251694;WS=38251676;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr22	38259110	rs61195610	CT	C	646.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.291;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FS=0.681;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.15;MQRankSum=1.705;QD=3.90;ReadPosRankSum=1.113;SOR=0.809;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:94,72:0.43:166
chr22	38282897	rs17752670	C	T	885.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.137;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.495;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=19;PP=488;ReadPosRankSum=0.515;SC=CAGGACAGAGCTTAGGAACTG;SOR=0.542;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=82;TCF=33;TCR=49;TR=33;WE=38282905;WS=38282887;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,46:0.37:123
chr22	38308048	.	ATG	A	552.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.403;ClippingRankSum=0.000;DP=427;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.05;MQRankSum=3.421;QD=1.82;ReadPosRankSum=-0.273;SOR=0.722;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:252,51:0.17:303
chr22	38341134	rs139859	T	C	5930.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=237;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=60;NR=50;PP=1830;SC=TGTCCTTCCCTGTGGCAAAGA;SOR=0.728;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=111;TCF=60;TCR=51;TR=110;WE=38341142;WS=38341124;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,232:1.00:232
chr22	38369976	rs139884	A	G	8394.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.808;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=336;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=136;NR=99;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.529;SC=AGCTGCTCACATGGCCTGGGT;SOR=0.968;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=238;TCF=138;TCR=100;TR=235;WE=38369984;WS=38369966;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,326:0.99:328
chr22	38453679	rs5845366	A	AG	2333.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=44;NR=8;PP=2157;SC=GTCCCGTATGAGGTGGTGGAG;SOR=3.360;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=56;TCF=48;TCR=8;TR=52;WE=38453687;WS=38453669;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr22	38455469	rs713729	T	A	1484.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.500;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=24;PP=492;ReadPosRankSum=0.605;SC=TCTGACCCTCTCAGAGGGGCT;SOR=0.661;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=116;TCF=48;TCR=68;TR=39;WE=38455477;WS=38455459;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:108,79:0.42:187
chr22	38463535	rs880669	C	T	386.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.740;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.077;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=3;PP=280;ReadPosRankSum=0.938;SC=AAGCTGGTCTCAAACTCCTGA;SOR=0.197;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=32;TCF=27;TCR=5;TR=15;WE=38463543;WS=38463525;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,17:0.47:36
chr22	38463652	rs2076369	T	G	5115.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=61;NR=45;PP=1973;SC=CAGTCTTGGCTGGGAAGGGGC;SOR=0.903;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=108;TCF=62;TCR=46;TR=106;WE=38463660;WS=38463642;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,197:1.00:197
chr22	38463968	rs2076370	A	G	20588.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.706;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=812;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=286;NR=235;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.476;SC=CTCTCCCTGCATCTGTTCTTG;SOR=0.845;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=523;TCF=287;TCR=236;TR=521;WE=38463976;WS=38463958;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,801:1.00:803
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chr22	38474852	rs1004764	G	A	921.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=24;PP=690;SC=CTTTATTCCTGTTTTACAGAT;SOR=2.448;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=7;TCR=24;TR=31;WE=38474860;WS=38474842;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
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chr22	38477342	rs4289289	T	A	1178.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.717;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.625;HP=5;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=22;PP=702;ReadPosRankSum=1.306;SC=GGCCGGACCCTGGGGGATGCC;SOR=0.601;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=96;TCF=45;TCR=51;TR=44;WE=38477350;WS=38477332;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,60:0.41:145
chr22	38477589	rs148254406	G	T	1158.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=1.117;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.296;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=11;PP=478;ReadPosRankSum=-0.441;SC=ACACGGGGCTGCCCGCCGCCG;SOR=0.821;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=87;TCF=51;TCR=36;TR=30;WE=38477597;WS=38477579;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:96,60:0.38:156
chr22	38477930	rs2235573	G	A	7961.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-1.543;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=750;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.522;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=102;NR=137;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.614;SC=AGAGCTCCAGGAGGCGCGTGG;SOR=0.629;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=464;TCF=194;TCR=270;TR=239;WE=38477938;WS=38477920;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:351,380:0.52:731
chr22	38481287	rs74529277	G	A	862.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.564;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.797;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=10;PP=473;ReadPosRankSum=1.926;SC=GCACTGTGGGGTACGACCTCG;SOR=0.805;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=54;TCF=36;TCR=18;TR=29;WE=38481295;WS=38481277;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,42:0.46:91
chr22	38503732	rs147395191	C	T	3222.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.954;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=273;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.478;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=75;NR=26;PP=1664;ReadPosRankSum=-2.315;SC=CCCACAGAGCCGGGTGCTGGG;SOR=0.731;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=205;TCF=149;TCR=56;TR=101;WE=38503740;WS=38503722;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:125,141:0.53:266
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chr22	38504372	rs5750540	T	C	1054.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-2.229;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.649;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=20;PP=303;ReadPosRankSum=1.922;SC=GGGACAGGTCTGGTCCAGCCC;SOR=0.775;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=82;TCF=33;TCR=49;TR=31;WE=38504380;WS=38504362;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,58:0.43:134
chr22	38505266	rs60600671	A	G	1704.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.090;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=31;PP=933;ReadPosRankSum=-0.383;SC=GGGGAGCGAGAAGGAACCACG;SOR=0.734;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=133;TCF=64;TCR=69;TR=59;WE=38505274;WS=38505256;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:111,84:0.43:195
chr22	38505347	rs6001008	G	A	1387.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.947;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FS=5.892;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.14;ReadPosRankSum=0.879;SOR=0.290;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:48,38:0.44:86
chr22	38505356	rs6001009	A	G	1387.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.830;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FS=9.788;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.35;ReadPosRankSum=0.367;SOR=0.200;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:43,37:0.46:80
chr22	38506509	rs4820313	A	G	5071.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=50;NR=61;PP=2301;SC=TGGACCTGTAAAACTGGTCCA;SOR=0.814;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=111;TCF=50;TCR=61;TR=111;WE=38506517;WS=38506499;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,191:1.00:191
chr22	38512402	rs11089863	G	A	2831.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.007;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=308;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.952;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=61;PP=1408;ReadPosRankSum=0.356;SC=CTGGAGGAGTGTCAGATTGGT;SOR=0.815;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=226;TCF=88;TCR=138;TR=94;WE=38512410;WS=38512392;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:158,139:0.47:297
chr22	38512562	rs12167576	G	A	583.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.442;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.699;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=14;PP=347;ReadPosRankSum=0.609;SC=CACTGCAGACGTTAGAAAAAG;SOR=0.314;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=42;TCF=15;TCR=27;TR=25;WE=38512570;WS=38512552;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,29:0.48:60
chr22	38535946	rs12329956	G	A	2646.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-3.361;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=265;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.525;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=31;PP=1277;ReadPosRankSum=-0.024;SC=CAGGAGAGCTGGAGCCCAGCA;SOR=0.586;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=172;TCF=113;TCR=59;TR=87;WE=38535954;WS=38535936;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:126,132:0.51:258
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chr22	38540837	rs149247706	CATAAAATAAA	C	791.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.798;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.74;MQRankSum=2.047;QD=16.85;ReadPosRankSum=-0.159;SOR=0.602;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,24:0.51:47
chr22	38543453	rs2284060	T	C	2010.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.960;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=239;ExcessHet=3.0103;FS=6.268;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.93;MQRankSum=0.000;QD=8.67;ReadPosRankSum=-0.467;SOR=0.457;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:123,109:0.47:232
chr22	38543545	.	CTT	C	57.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.512;ClippingRankSum=0.000;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.14;ReadPosRankSum=0.242;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,7:0.26:27
chr22	38559448	rs731821	C	A	1687.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.361;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.471;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=17;PP=614;ReadPosRankSum=-0.694;SC=GCGTGGCACACCACCAGGCAT;SOR=0.529;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=149;TCF=102;TCR=47;TR=50;WE=38559456;WS=38559438;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:129,87:0.40:216
chr22	38564041	rs9622746	C	G	5057.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.393;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=568;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=69;NR=89;PP=2455;ReadPosRankSum=-0.483;SC=CTTCCAGACGCAGAGTAGCTC;SOR=0.693;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=350;TCF=152;TCR=198;TR=158;WE=38564049;WS=38564031;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:313,250:0.44:563
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chr22	38611080	rs9610915	C	G	1965.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.781;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.054;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=41;PP=920;ReadPosRankSum=0.349;SC=GGAAGGGGAACTTGGGTAGGT;SOR=0.774;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=141;TCF=56;TCR=85;TR=67;WE=38611088;WS=38611070;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:116,100:0.46:216
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chr22	38823136	rs196059	T	C	3826.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.190;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=356;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.385;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=47;PP=1328;ReadPosRankSum=-0.053;SC=TGTGAAAACGTGAGTAGTCCA;SOR=0.737;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=200;TCF=103;TCR=97;TR=101;WE=38823144;WS=38823126;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:168,186:0.53:354
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chr22	38877461	rs12004	T	G	6605.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=2.215;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=250;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.414;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=67;NR=86;PP=2965;ReadPosRankSum=1.126;SC=TACTTGTATGTGACCAAAGGT;SOR=0.530;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=154;TCF=68;TCR=86;TR=153;WE=38877469;WS=38877451;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,247:1.00:248
chr22	38881822	rs138440	T	TA	40.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=1.515;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=13;HapScore=3;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=1;PP=63;ReadPosRankSum=-0.114;SC=GGGGAAAAATTAAAAAAAAAA;SOR=0.818;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=13;TCF=9;TCR=4;TR=6;WE=38881830;WS=38881812;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,6:0.40:15
chr22	38889657	rs2267390	C	T	7260.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=278;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=86;NR=72;PP=2965;SC=AGAGCATGAACATTCACTTAT;SOR=0.873;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=159;TCF=87;TCR=72;TR=158;WE=38889665;WS=38889647;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,275:1.00:275
chr22	38891984	rs138444	T	TA	235.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.007;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FS=3.151;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.36;ReadPosRankSum=-0.080;SOR=0.317;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,21:0.48:44
chr22	38895521	rs3833951	AAAG	A	13429.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=355;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=7;NR=138;PP=2974;SC=AAAAAAAATGAAAGAAGTTAG;SOR=1.487;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=158;TCF=7;TCR=151;TR=145;WE=38895531;WS=38895500;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,303:1.00:303
chr22	38917543	.	TAC	T	729.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.515;ClippingRankSum=0.000;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=2.762;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.20;MQRankSum=0.000;QD=23.54;ReadPosRankSum=1.110;SOR=0.242;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,25:0.81:31
chr22	38933740	rs73157142	G	A	379.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.455;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=11;PP=241;ReadPosRankSum=1.423;SC=TCAGAGTTTAGACATATTGCA;SOR=0.634;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=33;TCF=9;TCR=24;TR=15;WE=38933748;WS=38933730;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,19:0.45:42
chr22	38982321	rs5750627	T	C	537.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=14;PP=304;SC=CATGGAATATTGAGGGCGTGC;SOR=2.200;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=3;TCR=14;TR=17;WE=38982329;WS=38982311;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr22	38993370	rs5757162	C	T	4952.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=46;NR=101;PP=2965;SC=CAGTGGCTTCCGCTGTCAAGG;SOR=1.570;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=147;TCF=46;TCR=101;TR=147;WE=38993378;WS=38993360;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,178:1.00:178
chr22	39003495	rs5757169	G	A	7346.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=288;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=77;NR=109;PP=2965;SC=CAGGAGACAAGAGAGAGAAAG;SOR=0.900;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=186;TCF=77;TCR=109;TR=186;WE=39003503;WS=39003485;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,285:1.00:285
chr22	39016182	rs4821797	T	C	735.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.64;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=8;PP=290;SC=CTTATGGGACTCCAAAGGGGT;SOR=0.760;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=9;TCR=8;TR=17;WE=39016190;WS=39016172;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr22	39024961	rs5995602	G	T	2459.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=18;NR=48;PP=1349;SC=AAAATTCACAGTATTATTATT;SOR=1.691;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=66;TCF=18;TCR=48;TR=66;WE=39024969;WS=39024951;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr22	39034867	rs5757193	G	A	5783.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=52;NR=82;PP=2777;SC=AGTAACCACAGGGTCTGTCCA;SOR=1.050;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=135;TCF=53;TCR=82;TR=134;WE=39034875;WS=39034857;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,213:1.00:213
chr22	39045884	rs66496646	AG	A	632.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=39.55;SOR=2.584;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr22	39045886	.	AAAG	A	632.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=39.55;SOR=2.584;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr22	39064209	rs2072795	G	A	2457.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=54;PP=1473;SC=TGAATGGAAAGTGTGGTCCTC;SOR=2.076;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=70;TCF=16;TCR=54;TR=69;WE=39064217;WS=39064199;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr22	39064230	rs2072796	A	G	1511.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=37;PP=1051;SC=CAGAGGCATCAGTGCAGGAGG;SOR=2.393;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=10;TCR=37;TR=47;WE=39064238;WS=39064220;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr22	39066820	rs3761454	C	T	1417.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=32;NR=7;PP=931;SC=ATATTGTTGGCGGAAGAGGAG;SOR=2.124;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=39;TCF=32;TCR=7;TR=39;WE=39066828;WS=39066810;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr22	39069181	rs3747174	T	C	3094.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=45;NR=27;PP=1285;SC=AGTCCACTGCTGAATCCCACT;SOR=1.112;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=72;TCF=45;TCR=27;TR=72;WE=39069189;WS=39069171;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr22	39079148	.	G	GGGGC	132	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;FR=1.0000;HP=9;HapScore=2;MGOF=35;MMLQ=24;MQ=52.73;NF=2;NR=0;PP=132;QD=72.0;SC=GCCGGGGGTCGGGGGGGGGGT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=2;TCR=2;TR=2;WE=39079156;WS=39079138;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:2,2:0.50:4
chr22	39079151	rs59060602	G	GC	277.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=39.68;SOR=4.174;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr22	39079920	rs368066955	AT	A	78.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.578;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=2.021;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.62;ReadPosRankSum=0.569;SOR=1.552;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,12:0.40:30
chr22	39079964	rs5750668	T	C	424.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=16;PP=374;SC=TATCTAAACCTGGTGGGGAGA;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=0;TCR=16;TR=16;WE=39079972;WS=39079954;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr22	39126508	rs909564	A	G	9264.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-1.953;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=376;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=147;NR=91;PP=2965;ReadPosRankSum=1.683;SC=AGGACCACGCAGCCTGCTCAC;SOR=0.410;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=241;TCF=150;TCR=91;TR=238;WE=39126516;WS=39126498;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,359:1.00:360
chr22	39134715	rs1062687	T	C	5786.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=77;NR=71;PP=2965;SC=CGGCGAAGCCTTGTGGCCCCT;SOR=0.732;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=148;TCF=77;TCR=71;TR=148;WE=39134723;WS=39134705;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,206:1.00:206
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chr22	39148483	rs2072798	G	A	2834.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=46;NR=26;PP=1315;SC=GGGGCTGTCAGGGGCCGTGGC;SOR=1.098;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=72;TCF=46;TCR=26;TR=72;WE=39148491;WS=39148473;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr22	39150543	rs2072794	G	T	1150.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=31;NR=6;PP=904;SC=GGGACCGATTGGTAGTAGGAA;SOR=3.442;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=31;TCR=6;TR=37;WE=39150551;WS=39150533;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr22	39151057	rs470107	CG	C	1853.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=44;PP=1886;SC=AAACGCTCATCGGAAAGCATC;SOR=7.701;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=47;TCF=0;TCR=47;TR=44;WE=39151070;WS=39151047;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr22	39151062	rs115271757	A	G	536.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-2.684;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=21;PP=430;ReadPosRankSum=2.100;SC=CTCATCGGAAAGCATCCTTCC;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=45;TCF=0;TCR=45;TR=21;WE=39151070;WS=39151047;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,23:0.50:46
chr22	39178701	rs760482	A	G	1007.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.352;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FS=1.992;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.18;ReadPosRankSum=-2.264;SOR=0.869;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:97,66:0.40:163
chr22	39219069	rs117170777	A	G	3538.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=3.698;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=334;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.234;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=68;NR=46;PP=2007;ReadPosRankSum=1.552;SC=TCCAGCCCCAATATCAGCCTG;SOR=0.911;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=210;TCF=119;TCR=91;TR=114;WE=39219077;WS=39219059;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:166,162:0.49:328
chr22	39222598	rs56034166	G	A	2675.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-1.012;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=271;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.470;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=41;PP=1149;ReadPosRankSum=-2.344;SC=AGAAGGGGGTGCCCTGGCCGG;SOR=0.803;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=162;TCF=79;TCR=83;TR=80;WE=39222606;WS=39222588;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:133,132:0.50:265
chr22	39222652	rs5757299	G	A	2316.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.586;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=241;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.187;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=37;PP=932;ReadPosRankSum=-1.016;SC=CGGTGAATGCGTAGAGCTCGG;SOR=0.848;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=156;TCF=73;TCR=83;TR=66;WE=39222660;WS=39222642;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:124,114:0.48:238
chr22	39224248	rs5757300	T	C	3673.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.733;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=379;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=49;PP=1598;ReadPosRankSum=0.929;SC=GGCTCTGTCATCCTGAGGACC;SOR=0.709;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=228;TCF=128;TCR=100;TR=113;WE=39224256;WS=39224238;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:192,185:0.49:377
chr22	39239172	rs3747176	C	G	270.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.64;BaseQRankSum=0.552;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=2;PP=90;ReadPosRankSum=1.494;SC=CGGGGACCGCCGGACGACCGC;SOR=1.022;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=14;TCF=9;TCR=5;TR=8;WE=39239180;WS=39239162;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,14:0.67:21
chr22	39267312	rs1122771	C	T	1033.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=25;NR=0;PP=708;SC=TGGCTGAGGCCTGCCATCAGG;SOR=4.680;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=25;TCF=25;TCR=0;TR=25;WE=39267320;WS=39267302;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr22	39355717	rs5750717	G	A	1926.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=10;NR=45;PP=1336;SC=ATCCGAATCCGGGCAGGGCCC;SOR=2.531;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=55;TCF=10;TCR=45;TR=55;WE=39355725;WS=39355707;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr22	39381826	rs2076109	A	G	5285.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=82;NR=58;PP=2771;SC=GGTGTATTTCAAGCCTCAGTA;SOR=0.723;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=140;TCF=82;TCR=58;TR=140;WE=39381834;WS=39381816;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,203:1.00:203
chr22	39381999	rs2076111	T	C	3279.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=46.50;QD=27.11;SOR=1.096;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr22	39382079	rs5995649	C	A	3174.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=39;NR=49;PP=2011;SC=GCCCGCGTGACGATCATGGAC;SOR=0.766;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=89;TCF=40;TCR=49;TR=88;WE=39382087;WS=39382069;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr22	39387285	rs141343194	C	T	116.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.515;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=3.332;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.02;MQRankSum=-1.559;QD=12.97;ReadPosRankSum=-1.180;SOR=0.061;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,6:0.67:9
chr22	39388207	rs5757413	G	A	592.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=46.93;QD=37.05;SOR=3.258;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr22	39388216	rs5757414	T	G	477.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=43.56;QD=47.78;SOR=4.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr22	39419112	rs71326743	CTATT	C	254.90	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.887;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=31.86;ReadPosRankSum=0.887;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,7:0.88:8
chr22	39440149	rs5750728	C	T	12627.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=488;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=141;NR=173;PP=2965;SC=GGCCAGTGCGCCCCACCACAT;SOR=0.854;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=315;TCF=142;TCR=173;TR=314;WE=39440157;WS=39440139;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,480:1.00:480
chr22	39441096	rs2020390	G	T	6100.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=1.434;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=-1.226;NF=71;NR=125;PP=2965;ReadPosRankSum=0.360;SC=CGAATTCCTGGCTGAGCACCC;SOR=1.184;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=198;TCF=72;TCR=126;TR=196;WE=39441104;WS=39441086;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,211:0.99:213
chr22	39441203	rs4821862	C	T	6103.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=66;NR=83;PP=2874;SC=CAGGGGCCCGCGTGAAGATTA;SOR=0.861;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=149;TCF=66;TCR=83;TR=149;WE=39441211;WS=39441193;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,230:1.00:230
chr22	39445380	rs2014881	G	A	2405.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.176;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=20;PP=1421;ReadPosRankSum=0.915;SC=CATCAGCTCCGAGGAATCCAG;SOR=0.676;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=67;TCF=47;TCR=20;TR=66;WE=39445388;WS=39445370;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,87:0.99:88
chr22	39445554	rs2076101	G	A	7176.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.549;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=285;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=68;NR=92;PP=2859;ReadPosRankSum=0.930;SC=CCACTCACCTGTCTCCTGGAA;SOR=0.904;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=160;TCF=68;TCR=92;TR=160;WE=39445562;WS=39445544;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,279:0.99:281
chr22	39448711	rs6001402	C	A	5062.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=0.875;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=82;PP=2818;ReadPosRankSum=1.149;SC=GGGGTCTCCCCGGGCCTCATG;SOR=1.038;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=139;TCF=57;TCR=82;TR=138;WE=39448719;WS=39448701;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,186:0.99:188
chr22	39448750	rs5757451	T	C	3267.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=34;NR=63;PP=2089;SC=CCTGCTCATGTTGTGCAGGCC;SOR=1.377;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=97;TCF=34;TCR=63;TR=97;WE=39448758;WS=39448740;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr22	39477123	rs5757465	T	C	14743.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=571;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=182;NR=174;PP=2965;SC=TGACCATCTTTGTTGCCCGCC;SOR=0.718;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=362;TCF=182;TCR=180;TR=356;WE=39477131;WS=39477113;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,561:1.00:561
chr22	39482241	.	C	CA	44.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.680;ClippingRankSum=0.000;DP=104;ExcessHet=3.0103;FS=2.451;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.46;ReadPosRankSum=0.410;SOR=0.382;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:81,16:0.16:97
chr22	39496134	rs139290	G	C	243.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.030;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=1;PP=114;ReadPosRankSum=0.031;SC=GCCAAGATCGGGCCACTGCAC;SOR=0.346;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=18;TCF=17;TCR=1;TR=8;WE=39496142;WS=39496124;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,10:0.40:25
chr22	39496199	rs139291	T	C	776.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.828;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.158;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=8;PP=549;ReadPosRankSum=0.806;SC=AAGAGTTGGGTTTGAAAAGTG;SOR=0.463;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=60;TCF=48;TCR=12;TR=32;WE=39496207;WS=39496189;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,36:0.47:76
chr22	39496322	rs140936762	TAAC	T	5726.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.816;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=336;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQ=60.03;MQRankSum=1.074;NF=19;NR=42;PP=2968;ReadPosRankSum=-0.021;SC=GCTTACAGTTTAACAACAAGC;SOR=0.698;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=133;TCF=41;TCR=92;TR=61;WE=39496344;WS=39496312;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:171,150:0.47:321
chr22	39496336	rs139293	G	T	3199.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.380;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=334;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.290;HP=4;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=1.049;NF=51;NR=47;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.408;SC=AACAAGCGCCGCCTCAGAAGG;SOR=0.747;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=199;TCF=102;TCR=97;TR=98;WE=39496344;WS=39496312;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:173,159:0.48:332
chr22	39496412	rs139294	G	C	2146.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.740;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.509;HP=1;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQ=60.05;MQRankSum=1.048;NF=25;NR=47;PP=1236;ReadPosRankSum=-0.143;SC=CCACGCCCACGAGAGGCTACT;SOR=0.646;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=148;TCF=53;TCR=95;TR=72;WE=39496420;WS=39496402;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:110,102:0.48:212
chr22	39497181	rs9611092	T	A	238.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.699;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=12;PP=421;ReadPosRankSum=-1.831;SC=CCGCCCCCAGTCACATGACTC;SOR=0.795;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=24;TCF=8;TCR=16;TR=15;WE=39497189;WS=39497171;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,14:0.56:25
chr22	39497404	rs139297	G	C	1399.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.927;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.539;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=26;PP=545;ReadPosRankSum=-2.016;SC=TCTGAACCTGGGCATCTTCGC;SOR=0.638;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=116;TCF=52;TCR=64;TR=50;WE=39497412;WS=39497394;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:113,78:0.41:191
chr22	39497452	rs139298	A	G	1623.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.095;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FS=1.563;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.31;ReadPosRankSum=2.767;SOR=0.504;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:77,45:0.37:122
chr22	39497452	.	AAG	GAC	861	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;FR=0.5000;HP=1;HapScore=1;MGOF=20;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=8;NR=16;PP=861;QD=38.1028281193;SC=GCCCCAGCAGAAGGGGCTGCG;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=69;TCF=19;TCR=50;TR=24;WE=39497462;WS=39497442;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:45,24:0.35:69
chr22	39497454	rs139299	G	C	1623.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.144;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FS=1.550;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.09;ReadPosRankSum=2.870;SOR=0.516;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:79,45:0.36:124
chr22	39497509	rs139300	A	G	1608.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.64;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=35;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=8;NR=22;PP=787;SC=GGGCTTCCCAAGTAGGAAAGA;SOR=1.123;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=34;TCF=8;TCR=26;TR=30;WE=39497517;WS=39497499;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr22	39497811	rs139301	A	G	291.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-2.349;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.540;HP=4;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=4;PP=198;ReadPosRankSum=-2.295;SC=AGAATTCCCCAGACAGAGCAA;SOR=0.327;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=46;TCF=38;TCR=8;TR=17;WE=39497819;WS=39497803;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,17:0.35:48
chr22	39498038	rs139302	G	C	3126.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.653;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=288;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.442;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=62;PP=1618;ReadPosRankSum=1.311;SC=GACGGCTTGAGAGGATAAAGG;SOR=0.746;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=193;TCF=77;TCR=116;TR=102;WE=39498046;WS=39498028;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:131,147:0.53:278
chr22	39498373	rs139304	TA	T	902.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=16;NR=2;PP=759;SC=AGGCTGGTCTTAGAACTCTTG;SOR=2.584;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=18;TCF=16;TCR=2;TR=18;WE=39498381;WS=39498363;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr22	39498677	rs139305	A	C	130.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.065;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.999;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=5;PP=32;ReadPosRankSum=-0.474;SC=TCTATTATTTACATCTTTATG;SOR=1.214;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=23;TCF=6;TCR=17;TR=5;WE=39498685;WS=39498667;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,8:0.33:24
chr22	39499575	rs139313	G	T	348.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-3.448;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.994;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=1;PP=204;ReadPosRankSum=0.861;SC=CAGGCCTTCTGGGCCCTTCTG;SOR=0.223;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=34;TCF=31;TCR=3;TR=14;WE=39499583;WS=39499565;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,16:0.42:38
chr22	39499604	rs139314	T	C	586.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.320;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=3;PP=364;ReadPosRankSum=0.485;SC=TCTTTTCTCTTCCTAATGATC;SOR=0.558;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=55;TCF=46;TCR=9;TR=21;WE=39499612;WS=39499594;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,28:0.39:72
chr22	39499653	rs139315	C	T	1844.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.204;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.119;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=24;PP=925;ReadPosRankSum=-1.400;SC=CTGTGGTGTCCCACCAGTTGG;SOR=0.612;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=129;TCF=80;TCR=49;TR=62;WE=39499661;WS=39499643;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:103,91:0.47:194
chr22	39499763	rs139316	T	C	3453.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.414;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=376;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=55;PP=1580;ReadPosRankSum=-1.694;SC=ATCCCACTCATTATCAAGAAG;SOR=0.680;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=237;TCF=114;TCR=123;TR=105;WE=39499771;WS=39499753;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:199,175:0.47:374
chr22	39499902	rs139317	C	T	618.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-2.731;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.370;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=19;PP=473;ReadPosRankSum=1.538;SC=AGAAGACCTTCCTTTCCTCCT;SOR=0.389;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=58;TCF=15;TCR=43;TR=27;WE=39499919;WS=39499892;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,28:0.43:65
chr22	39626375	rs4821874	A	C	1230.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=40;PP=952;SC=GTGGGGCAAAAGCTTTGGCCC;SOR=4.271;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=44;TCF=4;TCR=40;TR=44;WE=39626383;WS=39626365;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr22	39629329	rs11704525	C	A	1672.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.836;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.312;HP=3;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=18;PP=1051;ReadPosRankSum=-0.969;SC=GTGGGGGGAACGGGAGTTGTA;SOR=0.572;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=140;TCF=102;TCR=38;TR=63;WE=39629337;WS=39629319;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:91,77:0.46:168
chr22	39629369	.	G	A	3309.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.610;ClippingRankSum=0.000;DP=342;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.806;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=70;NR=38;PP=1480;ReadPosRankSum=2.363;SC=CCGACTGGCTGCCCGCCCCCG;SOR=0.796;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=224;TCF=140;TCR=84;TR=108;WE=39629377;WS=39629359;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:171,164:0.49:335
chr22	39631963	rs56180415	G	T	393.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.730;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.049;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=12;PP=275;ReadPosRankSum=-0.610;SC=ACGCTTTCTCGCTTTCTCCTG;SOR=0.340;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=23;TCF=3;TCR=20;TR=14;WE=39631971;WS=39631953;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,16:0.59:27
chr22	39636928	rs5757575	A	G	273.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.325;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=1.725;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=63.58;MQRankSum=-1.086;QD=9.13;ReadPosRankSum=3.233;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,11:0.37:30
chr22	39636928	.	ACA	GCG	720	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MMLQ=24;MQ=63.32;NF=7;NR=13;PP=720;QD=38.6733937431;SC=TCAGATGCGCACACACACACA;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=36;TCF=11;TCR=25;TR=20;WE=39636955;WS=39636918;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:16,20:0.56:36
chr22	39636930	rs5757576	A	G	1034.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.600;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=63.82;MQRankSum=0.860;QD=24.06;ReadPosRankSum=1.393;SOR=0.525;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,26:0.60:43
chr22	39636944	rs138673005	ACACT	A	650.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=21;PP=1124;SC=ACACACACACACACTCTCTCT;SOR=2.093;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=23;TCF=1;TCR=22;TR=22;WE=39636955;WS=39636918;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr22	39639853	rs1800817	G	T	9838.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.286;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=405;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.85;ReadPosRankSum=1.652;SOR=1.031;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,394:0.99:396
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chr22	39713105	rs470081	C	T	1949.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.102;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=38;PP=1188;ReadPosRankSum=-1.024;SC=CCTTTCTGCCCTGGGGAAGCC;SOR=1.483;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=55;TCF=17;TCR=38;TR=54;WE=39713113;WS=39713095;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,72:0.97:74
chr22	39713128	rs2072872	A	G	691.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.589;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.203;HP=1;HapScore=2;MGOF=29;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=19;PP=448;ReadPosRankSum=-1.695;SC=CTCAGTGATGAAGGAAATGGG;SOR=0.519;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=42;TCF=10;TCR=32;TR=25;WE=39713136;WS=39713118;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,30:0.60:50
chr22	39714490	rs6509	C	T	4731.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.257;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=476;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-3.835;NF=64;NR=106;PP=2548;ReadPosRankSum=3.230;SC=CCGGCTTGGACGGGTCATCCT;SOR=0.730;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=347;TCF=129;TCR=218;TR=170;WE=39714498;WS=39714480;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:235,225:0.49:460
chr22	39714704	rs1569498	C	T	354.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-1.233;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=11;PP=207;ReadPosRankSum=0.362;SC=AGAATCCTGACCAGACACCCA;SOR=0.776;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=31;TCF=11;TCR=20;TR=16;WE=39714712;WS=39714694;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,18:0.51:35
chr22	39714908	rs137625	A	G	2881.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=59;NR=26;PP=1782;SC=GCAGCTTTATATGCCAATTAG;SOR=1.681;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=85;TCF=59;TCR=26;TR=85;WE=39714916;WS=39714898;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr22	39715140	rs470082	C	T	2152.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.514;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.177;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=37;PP=1134;ReadPosRankSum=0.923;SC=CTCCAGAGGCCTTCGGAGTGC;SOR=0.507;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=104;TCF=41;TCR=63;TR=63;WE=39715148;WS=39715130;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,95:0.64:149
chr22	39746168	rs3747177	C	A	1575.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.289;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.588;HP=3;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-1.566;NF=16;NR=34;PP=787;ReadPosRankSum=0.200;SC=GGGGTGTGAGCAAAGGCGGCG;SOR=0.767;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=121;TCF=42;TCR=79;TR=50;WE=39746176;WS=39746158;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:92,75:0.45:167
chr22	39746186	rs142884306	ACCGACC	A	2079.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.058;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.758;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.696;NF=0;NR=31;PP=1431;ReadPosRankSum=-0.415;SC=GCGCGCCCGGACCGACCCCGA;SOR=1.099;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=64;TCF=3;TCR=61;TR=31;WE=39746199;WS=39746176;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,56:0.52:108
chr22	39770597	rs4821888	A	G	3951.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=2.499;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=462;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.128;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=86;PP=2246;ReadPosRankSum=0.200;SC=CACAGAGTCTACAGAGGGCTG;SOR=0.810;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=304;TCF=115;TCR=189;TR=129;WE=39770605;WS=39770587;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:263,190:0.42:453
chr22	39770780	rs4820377	G	A	394.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-1.522;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.522;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=14;PP=243;ReadPosRankSum=-0.753;SC=GCAGGGGAGCGTGGATGGGAT;SOR=0.395;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=41;TCF=6;TCR=35;TR=18;WE=39770788;WS=39770770;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,19:0.42:45
chr22	39771920	rs1297231	G	C	7269.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=0.217;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=736;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.104;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=126;NR=84;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.105;SC=CCCTTTGCCTGTCCCTTTGGG;SOR=0.807;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=465;TCF=270;TCR=195;TR=210;WE=39771935;WS=39771910;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:356,348:0.49:704
chr22	39777822	rs149306472	C	CCAA	14770.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=0.586;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=846;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.522;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=114;PP=2921;ReadPosRankSum=0.837;SC=TACGTGGAGCCCACTGGGCCG;SOR=0.756;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=299;TCF=44;TCR=255;TR=135;WE=39777830;WS=39777812;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:418,385:0.48:803
chr22	39795683	rs4821892	G	C	496.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-0.382;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=2;PP=281;ReadPosRankSum=1.728;SC=CCCTCTTCGGGCGTGGGGTGG;SOR=0.826;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=25;TCF=21;TCR=4;TR=15;WE=39795691;WS=39795673;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,20:0.67:30
chr22	39812986	rs6001585	C	A	2460.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=24;NR=50;PP=1558;SC=GAGCAACAGGCGTTAGGGAGC;SOR=1.429;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=75;TCF=25;TCR=50;TR=74;WE=39812994;WS=39812976;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr22	39813625	rs370455919	CA	C	67.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.650;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=8.043;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.56;MQRankSum=0.000;QD=1.88;ReadPosRankSum=-2.162;SOR=0.127;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,12:0.33:36
chr22	39832306	rs370640084	GA	G	268.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.080;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=1.429;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.20;MQRankSum=1.216;QD=4.89;ReadPosRankSum=1.548;SOR=1.048;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,23:0.42:55
chr22	39882149	rs77094830	ATT	A	692.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.215;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.11;ReadPosRankSum=-0.910;SOR=0.622;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,33:0.77:43
chr22	39883344	rs4821902	T	C	5054.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-2.768;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=607;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=117;NR=62;PP=2840;ReadPosRankSum=2.544;SC=TCTCTCTCTCTCCCGCAGGAT;SOR=0.667;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=398;TCF=260;TCR=138;TR=179;WE=39883352;WS=39883334;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:311,248:0.44:559
chr22	39913420	rs710192	C	T	66.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.139;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=5.56;ReadPosRankSum=-2.093;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,4:0.33:12
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chr22	39966856	rs3747178	C	T	3312.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-0.399;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=359;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.266;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=43;PP=1412;ReadPosRankSum=0.329;SC=GCCCCCCATCCTCCCCGCCAG;SOR=0.622;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=211;TCF=125;TCR=86;TR=104;WE=39966864;WS=39966846;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:181,169:0.48:350
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chr22	39994293	rs148307297	C	CGCCCT	1600.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.004;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=2.736;NF=0;NR=34;PP=1687;ReadPosRankSum=0.180;SC=CGCCCCGCCCCGCCCTGCCCT;SOR=1.112;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=100;TCF=1;TCR=99;TR=34;WE=39994301;WS=39994283;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,46:0.42:109
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chr22	40043812	rs5757759	A	G	701.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.588;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.469;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=12;PP=317;ReadPosRankSum=-1.119;SC=TAGTAATATTATCTCCACTTT;SOR=0.383;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=43;TCF=24;TCR=19;TR=24;WE=40043820;WS=40043802;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,35:0.57:61
chr22	40052646	rs112171045	G	GGAAT	4892.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.365;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=390;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.475;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=2.318;NF=16;NR=39;PP=2277;ReadPosRankSum=1.177;SC=TAGCCATGCAGGAATGAATGA;SOR=0.841;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=172;TCF=41;TCR=131;TR=55;WE=40052657;WS=40052636;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:175,132:0.43:307
chr22	40054428	rs136848	T	G	3013.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=20;NR=68;PP=2021;SC=CTGAAACAATTATCGAAATAG;SOR=2.086;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=89;TCF=20;TCR=69;TR=88;WE=40054436;WS=40054418;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr22	40054948	rs5757761	T	C	6806.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=259;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=81;NR=65;PP=2635;SC=TCTGGGAGATTGTGGGGCAGG;SOR=0.870;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=146;TCF=81;TCR=65;TR=146;WE=40054956;WS=40054938;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,255:1.00:255
chr22	40055304	rs136850	T	C	2056.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=44;NR=18;PP=1307;SC=TCAGTGTTCATCTCTGTAAAA;SOR=1.550;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=62;TCF=44;TCR=18;TR=62;WE=40055312;WS=40055294;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr22	40055896	rs136851	T	C	4520.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=39;NR=93;PP=2852;SC=CCCCACAGGGTCTGCGAAAGA;SOR=1.609;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=132;TCF=39;TCR=93;TR=132;WE=40055904;WS=40055886;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,160:1.00:160
chr22	40057273	rs136852	T	C	6649.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=255;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=54;NR=100;PP=2930;SC=GAAAGAGCAGTGTCATGTCTC;SOR=1.121;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=155;TCF=54;TCR=101;TR=154;WE=40057281;WS=40057263;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,254:1.00:254
chr22	40058186	rs136853	A	G	15001.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=0.692;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=585;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=137;NR=155;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.732;SC=CGCCCACCACATTCATCACGG;SOR=0.764;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=295;TCF=138;TCR=157;TR=292;WE=40058194;WS=40058176;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,582:1.00:584
chr22	40058999	rs136854	C	T	552.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=1.870;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.322;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=20;PP=388;ReadPosRankSum=-0.866;SC=CGGACCCTCCCGGCCCAGAGG;SOR=1.542;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=45;TCF=6;TCR=39;TR=22;WE=40059007;WS=40058989;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,25:0.49:51
chr22	40061683	rs136855	A	G	3172.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=1.773;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=306;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.104;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=57;PP=1960;ReadPosRankSum=-0.922;SC=GGGAAAAGGAAGTCTCAGACA;SOR=0.454;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=239;TCF=104;TCR=135;TR=111;WE=40061691;WS=40061673;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:156,142:0.48:298
chr22	40068051	rs4820386	C	T	209.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.327;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=3;PP=140;ReadPosRankSum=0.095;SC=ATAGTACACACTAAGATGGAA;SOR=0.465;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=24;TCF=19;TCR=5;TR=12;WE=40068059;WS=40068041;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,12:0.44:27
chr22	40068853	rs2235342	T	C	952.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.332;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.709;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=7;PP=614;ReadPosRankSum=-0.082;SC=TGGGCCACAATAGAAGGGTCA;SOR=0.301;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=68;TCF=58;TCR=10;TR=35;WE=40068861;WS=40068843;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,42:0.50:84
chr22	40069245	rs738315	T	C	499.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.423;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.234;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=33;PP=643;ReadPosRankSum=-0.274;SC=GAGAAGGAGCTGGGAGGCACA;SOR=0.523;SbPval=0.26;Source=Platypus;TC=73;TCF=13;TCR=60;TR=43;WE=40069253;WS=40069235;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,24:0.55:44
chr22	40070234	rs714031	T	C	326.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-1.574;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=9;PP=157;ReadPosRankSum=-0.434;SC=AGTTTCACCATGTGGTTGCCA;SOR=0.636;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=7;TCR=13;TR=14;WE=40070242;WS=40070224;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,16:0.73:22
chr22	40075400	rs2294369	G	A	967.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=4.276;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.644;HP=4;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=27;PP=691;ReadPosRankSum=-0.217;SC=GGCGGGCGGCGGGGGCGACAC;SOR=1.489;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=61;TCF=13;TCR=48;TR=32;WE=40075408;WS=40075390;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,37:0.54:69
chr22	40075473	rs7288746	T	C	1078.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=23;PP=620;SC=TGGAGAGGTGTGAGGGTCGCC;SOR=1.501;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=9;TCR=23;TR=32;WE=40075481;WS=40075463;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr22	40161181	rs71326782	T	TTG,TTGTGTGTG	2091.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.452;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=59.85;MQRankSum=0.000;QD=19.92;ReadPosRankSum=2.131;SOR=0.852;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:21,48,36:0.46,0.34:105
chr22	40271614	rs137945	C	G	1210.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=2.235;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.014;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.118;NF=22;NR=29;PP=815;ReadPosRankSum=-1.518;SC=AGAGAAAGCACCGAGGCTAGG;SOR=1.062;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=122;TCF=60;TCR=62;TR=51;WE=40271622;WS=40271604;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,59:0.41:145
chr22	40364394	rs138009	C	G	594.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.993;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.920;HP=6;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.232;NF=7;NR=22;PP=461;ReadPosRankSum=0.263;SC=CTGGACCCCCCCAAATGGCAG;SOR=0.333;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=63;TCF=13;TCR=50;TR=29;WE=40364402;WS=40364384;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,29:0.41:71
chr22	40364415	rs2267423	A	G	639.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=2.715;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.929;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-1.067;NF=3;NR=17;PP=383;ReadPosRankSum=-1.025;SC=AAATAGGGAAACTGTTCTTGG;SOR=1.250;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=38;TCF=7;TCR=31;TR=20;WE=40364423;WS=40364405;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,27:0.55:49
chr22	40415140	rs2071771	C	T	372.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-0.633;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.271;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=4;PP=152;ReadPosRankSum=-1.644;SC=GTGTAGACACCGTGTGCCTCA;SOR=0.458;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=42;TCF=31;TCR=11;TR=15;WE=40415148;WS=40415130;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,19:0.41:46
chr22	40417780	rs5995793	C	T	5147.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.651;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=509;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.518;HP=3;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=76;NR=76;PP=2061;ReadPosRankSum=0.029;SC=CCAGCCGAAACGGCATGGGAG;SOR=0.687;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=308;TCF=147;TCR=161;TR=152;WE=40417788;WS=40417770;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:249,258:0.51:507
chr22	40417799	rs376449430	C	T	5313.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.466;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=484;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=75;NR=80;PP=2240;ReadPosRankSum=-2.341;SC=AGAAGCGGCCCGGGGGGAGGC;SOR=0.724;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=302;TCF=144;TCR=158;TR=155;WE=40417807;WS=40417789;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:219,258:0.54:477
chr22	40417820	rs5995794	A	G	4581.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.496;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=438;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=73;NR=78;PP=2048;ReadPosRankSum=0.781;SC=CGCCCCCGCCAGGCGCTTCAG;SOR=0.701;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=296;TCF=143;TCR=153;TR=151;WE=40417828;WS=40417810;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:210,227:0.52:437
chr22	40641980	rs3752513	G	A	2009.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=23;NR=22;PP=783;SC=GATTGTGAATGTAGATGTATA;SOR=0.746;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=48;TCF=23;TCR=25;TR=45;WE=40641988;WS=40641970;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr22	40673999	rs2413621	C	T	6965.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=258;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=96;NR=73;PP=2965;SC=TCTTTATTTTCCAGAGTCAGA;SOR=0.907;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=169;TCF=96;TCR=73;TR=169;WE=40674007;WS=40673989;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,255:1.00:255
chr22	40676986	rs5750929	T	A	1435.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=36;NR=8;PP=1008;SC=TATTATCAGATCCAAATTCCA;SOR=2.880;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=44;TCF=36;TCR=8;TR=44;WE=40676994;WS=40676976;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr22	40677001	rs929070	T	C	1734.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=43;NR=11;PP=1166;SC=ATTCCATCCTTGGTTATTGCT;SOR=2.683;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=54;TCF=43;TCR=11;TR=54;WE=40677009;WS=40676991;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr22	40696633	.	C	CT	200.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.681;ClippingRankSum=0.000;DP=221;ExcessHet=3.0103;FS=0.740;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.05;MQRankSum=1.935;QD=1.13;ReadPosRankSum=0.484;SOR=0.582;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:143,35:0.20:178
chr22	40697460	.	T	C	461.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.213;ClippingRankSum=0.000;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.172;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=15;PP=275;ReadPosRankSum=-0.465;SC=AATATTCTTATCCCTGGTTTA;SOR=0.159;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=42;TCF=4;TCR=38;TR=17;WE=40697468;WS=40697450;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,21:0.44:48
chr22	40757228	rs8135371	A	C	2065.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.372;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=27;PP=1039;ReadPosRankSum=0.283;SC=CCCAGACTCTACTGCACACTG;SOR=0.733;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=127;TCF=74;TCR=53;TR=68;WE=40757236;WS=40757218;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:89,98:0.52:187
chr22	40803186	rs2018393	G	T	2358.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.367;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=277;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=31;PP=1030;ReadPosRankSum=1.747;SC=TGGTCACCATGGTTCTCTGGG;SOR=0.685;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=177;TCF=104;TCR=73;TR=73;WE=40803194;WS=40803176;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:153,121:0.44:274
chr22	40814500	rs878756	T	C	3805.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.478;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=402;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.122;HP=4;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=58;PP=1332;ReadPosRankSum=-2.824;SC=TTGATGAGGCTGGGGCCCTGA;SOR=0.629;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=260;TCF=123;TCR=137;TR=115;WE=40814508;WS=40814490;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:197,194:0.50:391
chr22	40814594	rs56211152	C	T	3194.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.528;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=314;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=55;PP=1397;ReadPosRankSum=1.460;SC=ACGGGGGCCCCGGGGCCACAG;SOR=0.705;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=188;TCF=76;TCR=112;TR=92;WE=40814602;WS=40814584;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:154,155:0.50:309
chr22	40915718	rs5757976	C	T	413.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=12;PP=300;SC=TTCTGAAAAGCACAATAATGG;SOR=3.912;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=13;TCF=1;TCR=12;TR=13;WE=40915726;WS=40915708;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr22	41075543	rs133072	A	G	3744.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=65;NR=43;PP=2184;SC=CCCCCTTCCCAACTGCGGGGC;SOR=1.076;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=108;TCF=65;TCR=43;TR=108;WE=41075551;WS=41075533;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,139:1.00:139
chr22	41075695	rs133073	C	T	9297.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=360;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=100;NR=109;PP=2965;SC=CTGGTCCCAACGCCAGCAACA;SOR=0.739;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=209;TCF=100;TCR=109;TR=209;WE=41075703;WS=41075685;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,358:1.00:358
chr22	41075792	.	GT	G	1617.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.814;ClippingRankSum=0.000;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.648;HP=3;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.803;NF=0;NR=36;PP=1196;ReadPosRankSum=0.529;SC=AAATGGGAAGGTTTCACCCCT;SOR=0.490;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=73;TCF=0;TCR=73;TR=36;WE=41075800;WS=41075770;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,57:0.49:117
chr22	41170063	rs2076674	T	C	4570.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=37;NR=70;PP=2223;SC=ACTGTTGCTGTTTTTTAAAAT;SOR=1.192;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=110;TCF=37;TCR=73;TR=107;WE=41170071;WS=41170053;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,169:1.00:169
chr22	41172351	rs6002128	A	G	2163.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=10;NR=49;PP=1462;SC=GAGTGCTTCAAAAAAGCTAAA;SOR=2.505;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=59;TCF=10;TCR=49;TR=59;WE=41172359;WS=41172341;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr22	41175263	rs5758077	C	T	1352.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=30;PP=816;SC=GGTAAGGTGTCTCTTTGTGCC;SOR=2.560;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=35;TCF=5;TCR=30;TR=35;WE=41175271;WS=41175253;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr22	41195142	.	C	CT	37.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.161;ClippingRankSum=0.000;DP=194;ExcessHet=3.0103;FS=1.002;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.28;ReadPosRankSum=-0.425;SOR=0.533;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:115,21:0.15:136
chr22	41223190	rs710193	C	T	621.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.273;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.972;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=5;PP=234;ReadPosRankSum=-0.255;SC=CCATTCCAGGCATTCCTCCGG;SOR=0.906;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=44;TCF=28;TCR=16;TR=17;WE=41223198;WS=41223180;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,31:0.49:63
chr22	41227086	rs138335	C	G	429.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.875;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.223;HP=6;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=11;PP=255;ReadPosRankSum=1.376;SC=TTGTCTTGTACAAAAAGACCT;SOR=0.399;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=39;TCF=15;TCR=24;TR=19;WE=41227094;WS=41227076;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,22:0.50:44
chr22	41256660	.	CTT	C	140.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.347;ClippingRankSum=0.000;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.70;ReadPosRankSum=1.229;SOR=0.616;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,11:0.29:38
chr22	41256802	rs103197	A	G	386.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.537;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=9;PP=226;ReadPosRankSum=0.755;SC=CTACAGGTGCACACCACCACA;SOR=0.727;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=34;TCF=17;TCR=17;TR=17;WE=41256810;WS=41256792;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,21:0.42:50
chr22	41302973	rs5995963	A	T	1710.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.406;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.572;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=20;PP=998;ReadPosRankSum=1.038;SC=ACCAAGCCCCATTATGGTCAC;SOR=0.620;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=132;TCF=86;TCR=46;TR=57;WE=41302981;WS=41302963;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:94,82:0.47:176
chr22	41310148	rs35631136	G	GA	36.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.195;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.67;ReadPosRankSum=0.000;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,7:0.32:22
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chr22	41537234	rs6002267	G	T	5798.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=46;NR=90;PP=2609;SC=CTAGTAAGTGGTTTTTGTTAT;SOR=1.173;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=136;TCF=46;TCR=90;TR=136;WE=41537242;WS=41537224;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,220:1.00:220
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chr22	41550954	rs4822011	C	T	1745.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-2.967;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.267;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=18;PP=981;ReadPosRankSum=1.330;SC=TAAAGTTCTTCTGCTTAATTG;SOR=0.295;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=131;TCF=96;TCR=35;TR=61;WE=41550962;WS=41550944;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,78:0.54:144
chr22	41551039	rs20552	T	A	6245.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.233;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=568;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=94;NR=69;PP=2293;ReadPosRankSum=-1.738;SC=TGATGCCAACTTTGGAGGCAC;SOR=0.709;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=331;TCF=184;TCR=147;TR=163;WE=41551047;WS=41551029;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:265,302:0.53:567
chr22	41568480	rs2076577	T	C	1326.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=0.592;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=6;PP=834;ReadPosRankSum=0.542;SC=GAAATTCCTATATGTACATGC;SOR=0.757;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=95;TCF=81;TCR=14;TR=48;WE=41568488;WS=41568470;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,57:0.54:106
chr22	41569609	rs2076578	C	T	1450.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=4.491;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.042;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=8;PP=993;ReadPosRankSum=-0.343;SC=TTCTTGTCTCCTTTGTGCTAC;SOR=1.145;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=98;TCF=79;TCR=19;TR=51;WE=41569617;WS=41569599;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,58:0.52:112
chr22	41604353	rs139431	C	T	58.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=2.042;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.331;HP=3;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=1;PP=45;ReadPosRankSum=-0.699;SC=AGGCTGGTCTCAAACTCCTGG;SOR=1.609;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=14;TCF=8;TCR=6;TR=4;WE=41604361;WS=41604343;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,4:0.25:16
chr22	41604399	rs4820432	G	A	531.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-1.860;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.968;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=7;PP=153;ReadPosRankSum=3.452;SC=CTCCCAAAGTGCTGGGATTAC;SOR=0.339;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=28;TCF=16;TCR=12;TR=16;WE=41604407;WS=41604389;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,28:0.70:40
chr22	41604557	rs139432	G	A	275.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.544;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=7;PP=129;ReadPosRankSum=0.376;SC=TAAATGACTTGCCCAAGGCCC;SOR=0.754;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=27;TCF=10;TCR=17;TR=11;WE=41604565;WS=41604547;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,14:0.47:30
chr22	41605635	rs139437	T	C	3003.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.295;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FS=0.640;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=21.15;ReadPosRankSum=0.763;SOR=0.615;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:65,77:0.54:142
chr22	41605639	rs139438	C	T	2994.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.318;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=20.37;ReadPosRankSum=1.423;SOR=0.678;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:70,77:0.52:147
chr22	41606030	rs139439	A	C	297.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-3.885;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=12;PP=189;ReadPosRankSum=-1.423;SC=AGAGCCATCCAGATGTAAAAG;SOR=0.929;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=20;TCF=2;TCR=18;TR=13;WE=41606038;WS=41606020;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,14:0.67:21
chr22	41609859	rs139450	T	C	1361.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.141;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=16;PP=565;ReadPosRankSum=1.403;SC=TTTGAGGTGGTCATATCGGGT;SOR=0.731;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=84;TCF=50;TCR=34;TR=40;WE=41609867;WS=41609849;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,66:0.52:126
chr22	41610024	rs139451	G	A	1207.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-2.728;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.725;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=22;PP=457;ReadPosRankSum=-0.650;SC=TCTTGGCTAGGTTACAGGTGA;SOR=0.577;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=77;TCF=29;TCR=48;TR=36;WE=41610032;WS=41610014;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,59:0.54:110
chr22	41612965	rs85220	T	G	319.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=2.974;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.553;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=2;PP=285;ReadPosRankSum=1.055;SC=CACTGGTGGATCAGGTATGGG;SOR=1.431;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=32;TCF=26;TCR=6;TR=14;WE=41612973;WS=41612963;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,14:0.39:36
chr22	41616663	rs34923440	GA	G	271.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.757;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.85;MQRankSum=1.167;QD=4.06;ReadPosRankSum=1.626;SOR=0.711;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,29:0.43:67
chr22	41617160	rs139471	T	TG	2641.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=41;NR=15;PP=2195;SC=TCAGTGGAGGTTTGTCAGTCT;SOR=2.730;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=56;TCF=41;TCR=15;TR=56;WE=41617168;WS=41617150;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr22	41617318	rs139472	G	C	3168.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-1.884;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=372;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.982;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=51;PP=1485;ReadPosRankSum=-0.177;SC=TAACTGATGTGCCTCCTTCCG;SOR=0.565;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=224;TCF=120;TCR=104;TR=100;WE=41617326;WS=41617308;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:208,160:0.43:368
chr22	41634087	.	A	ACGCGCGCC	451.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-0.824;ClippingRankSum=0.000;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.544;HP=2;HapScore=3;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=5;PP=343;ReadPosRankSum=0.945;SC=GTCCGAGCGCACGCGCGCCCG;SOR=0.260;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=18;TCF=9;TCR=9;TR=8;WE=41634095;WS=41634077;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,10:0.40:25
chr22	41635425	rs139495	C	T	3302.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.432;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=307;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.420;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=38;PP=1362;ReadPosRankSum=0.189;SC=CCACTCTGTGCCTGTGCTCCT;SOR=0.662;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=183;TCF=109;TCR=74;TR=94;WE=41635433;WS=41635415;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:142,160:0.53:302
chr22	41645500	rs139500	TG	T	8343.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=303;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=22;NR=88;PP=2979;SC=CAAAGTCACCTGGGGGGGCCC;SOR=0.816;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=121;TCF=23;TCR=98;TR=110;WE=41645508;WS=41645490;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,274:1.00:274
chr22	41645757	rs71948	C	G	6764.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=256;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=76;NR=71;PP=2926;SC=TGTGCACGAGCAGCCTGGTGA;SOR=0.775;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=147;TCF=76;TCR=71;TR=147;WE=41645765;WS=41645747;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,252:1.00:252
chr22	41652345	rs470112	C	G	4258.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=30;NR=75;PP=2446;SC=GGCCAGGACACCAGGTTCTAC;SOR=1.441;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=106;TCF=30;TCR=76;TR=105;WE=41652353;WS=41652335;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,149:1.00:149
chr22	41652733	rs139509	G	A	4194.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.711;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=482;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.522;HP=4;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=59;PP=1648;ReadPosRankSum=-1.296;SC=TGGGCAGGCCGCCGCGGATGG;SOR=0.693;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=276;TCF=140;TCR=136;TR=124;WE=41652741;WS=41652723;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:251,220:0.47:471
chr22	41660645	rs2235851	G	A	1797.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.808;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.831;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=24;PP=883;ReadPosRankSum=-0.645;SC=GGGACTCTGCGGGGAGGGGGC;SOR=0.372;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=130;TCF=87;TCR=43;TR=64;WE=41660653;WS=41660635;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,89:0.53:167
chr22	41660964	rs139520	A	G	2040.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=51;PP=1461;SC=TGCAGAACCAACACAGACACA;SOR=3.226;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=57;TCF=6;TCR=51;TR=57;WE=41660972;WS=41660954;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr22	41673592	rs8139515	A	T	1300.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-2.220;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.260;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=25;PP=668;ReadPosRankSum=0.527;SC=TCTGGTCAAGAAGGGTCTTGA;SOR=0.398;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=85;TCF=33;TCR=52;TR=46;WE=41673600;WS=41673582;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,64:0.49:130
chr22	41676559	rs35821769	C	CAGCT	1892.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=20;NR=6;PP=1569;SC=GGGAAAGCTGCAGCTATTCCC;SOR=2.303;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=33;TCF=25;TCR=8;TR=26;WE=41676567;WS=41676549;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr22	41721853	rs151077891	C	T	1215.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.048;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.682;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=22;PP=622;ReadPosRankSum=-0.720;SC=CTGCCTCTGACCAGGTGGCCC;SOR=0.610;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=73;TCF=31;TCR=42;TR=40;WE=41721861;WS=41721843;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,58:0.49:119
chr22	41723113	rs62238180	G	A	413.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.421;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=3;PP=227;ReadPosRankSum=-0.278;SC=TCTCTGCCAGGAAGGGAAGCT;SOR=0.708;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=35;TCF=27;TCR=8;TR=14;WE=41723121;WS=41723103;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,20:0.43:46
chr22	41739370	rs1883828	T	C	3030.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.441;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=314;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.418;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=41;PP=1716;ReadPosRankSum=0.656;SC=CAGCCATCACTCTTCAATTCT;SOR=0.661;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=197;TCF=120;TCR=77;TR=104;WE=41739378;WS=41739360;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:158,148:0.48:306
chr22	41745355	rs2281331	A	G	1466.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.516;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=39;PP=926;ReadPosRankSum=-0.818;SC=GGTGAGGGGTAGGCGGCGCAG;SOR=0.748;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=86;TCF=20;TCR=66;TR=50;WE=41745363;WS=41745345;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,63:0.54:117
chr22	41753525	.	T	G	147	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;FR=0.5000;HP=12;HapScore=2;MGOF=36;MMLQ=23;MQ=58.57;NF=0;NR=12;PP=147;QD=15.1476010456;SC=GCCAGGGGGGTGGGGGGCCGC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=27;TCF=2;TCR=25;TR=12;WE=41753533;WS=41753515;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:15,12:0.44:27
chr22	41829794	rs6609	C	G	2306.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=49.86;QD=29.96;SOR=1.300;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr22	41833116	rs202641	C	T	28421.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=1082;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=337;NR=371;PP=2965;SC=CATCTTCCACCGCCAGGCCAC;SOR=0.765;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=709;TCF=337;TCR=372;TR=708;WE=41833124;WS=41833106;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,1071:1.00:1071
chr22	41864190	rs9611597	A	T	1299.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.293;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.197;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=25;PP=651;ReadPosRankSum=-1.398;SC=AATTAGAATAAAGGTTTTGAG;SOR=0.593;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=106;TCF=48;TCR=58;TR=48;WE=41864198;WS=41864180;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:103,71:0.41:174
chr22	41864216	rs505533	A	C	4014.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.581;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=55;PP=1829;ReadPosRankSum=-0.597;SC=GGAGAAGTACATCCTCGAGCT;SOR=0.314;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=94;TCF=38;TCR=56;TR=93;WE=41864224;WS=41864206;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,153:0.99:154
chr22	41911525	rs1799932	C	T	2192.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.61;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=24;NR=20;PP=867;SC=CCCCTGGGAGCTGAAGTGCCC;SOR=0.922;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=44;TCF=24;TCR=20;TR=44;WE=41911533;WS=41911515;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr22	41924457	.	C	G	329.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-1.126;ClippingRankSum=0.000;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.493;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=2;PP=256;ReadPosRankSum=-0.804;SC=CCACCACTTCCACCCACACCC;SOR=1.956;SbPval=0.93;Source=Platypus;TC=47;TCF=37;TCR=10;TR=20;WE=41924465;WS=41924447;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,18:0.37:49
chr22	42016699	rs2267437	C	G	4521.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=101;NR=33;PP=2965;SC=CCTCGGCCAGCCGCCACCCTC;SOR=2.052;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=134;TCF=101;TCR=33;TR=134;WE=42016707;WS=42016689;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,153:1.00:153
chr22	42076381	rs5758405	C	A	5539.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=2.197;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.375;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=71;PP=2570;ReadPosRankSum=-0.595;SC=ATGGGGGGGACATAAAAATAT;SOR=0.504;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=129;TCF=57;TCR=72;TR=127;WE=42076389;WS=42076371;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,210:1.00:211
chr22	42089623	rs739134	T	C	20911.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=798;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=313;NR=225;PP=2965;SC=CCAGGAATCATGGGCCCAGAA;SOR=0.973;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=538;TCF=313;TCR=225;TR=538;WE=42089631;WS=42089613;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,790:1.00:790
chr22	42095658	rs147348682	T	G	1287.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.61;BaseQRankSum=-0.461;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.454;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=19;PP=453;ReadPosRankSum=1.454;SC=CTGCTGCCCGTGACCCCCCGC;SOR=0.851;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=60;TCF=28;TCR=32;TR=33;WE=42095666;WS=42095648;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,64:0.54:119
chr22	42109917	rs5758431	A	G	865.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=20;NR=6;PP=603;SC=GCAAATCACTATCCTGCACTG;SOR=1.942;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=20;TCR=6;TR=26;WE=42109925;WS=42109907;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr22	42111896	rs9306355	A	T	1964.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=46;NR=10;PP=1221;SC=CCAGTGGGGGAGCTGGACACT;SOR=2.636;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=56;TCF=46;TCR=10;TR=56;WE=42111904;WS=42111880;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr22	42139054	rs5751147	G	A	2557.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=39;NR=25;PP=1168;SC=TTGCCTTACCGTGAACCTGCT;SOR=1.014;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=64;TCF=39;TCR=25;TR=64;WE=42139062;WS=42139044;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr22	42139078	rs5751148	A	G	3418.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=47;NR=30;PP=1488;SC=GTCTCTCTGGATGCAGGAAGG;SOR=0.988;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=77;TCF=47;TCR=30;TR=77;WE=42139086;WS=42139068;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,129:1.00:129
chr22	42140792	rs56663311	G	A	331.78	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=57.57;QD=47.40;SOR=2.584;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr22	42140793	rs62236786	C	T	376.78	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=57.57;QD=53.83;SOR=2.584;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr22	42140798	rs56138604	G	A	376.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=58.12;QD=41.86;SOR=3.056;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr22	42140800	rs58323591	C	CTTTG	367.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=3;MGOF=49;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=1;PP=278;SC=CCGCGCCCGGCCTATGATTTT;SOR=3.056;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=5;TCR=1;TR=6;WE=42140808;WS=42140786;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr22	42148467	rs715498	G	A	4826.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=79;NR=37;PP=2466;SC=CTAGACAGTGGTGGAGTACAT;SOR=1.299;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=116;TCF=79;TCR=37;TR=116;WE=42148475;WS=42148457;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,177:1.00:177
chr22	42150146	rs1534932	C	T	2398.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=12;NR=32;PP=948;SC=AGTACAGCCACGAGATTTCTT;SOR=1.240;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=44;TCF=12;TCR=32;TR=44;WE=42150154;WS=42150136;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr22	42159229	rs2050033	G	T	11072.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=419;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=154;NR=114;PP=2965;SC=TCCTCCTGTCGCTGCAGGACC;SOR=0.906;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=268;TCF=154;TCR=114;TR=268;WE=42159237;WS=42159219;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,412:1.00:412
chr22	42177781	.	G	T	1272.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.160;ClippingRankSum=0.000;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=18;PP=521;ReadPosRankSum=-1.465;SC=TCCCAGGACTGCACTCCTCTG;SOR=0.738;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=99;TCF=52;TCR=47;TR=40;WE=42177789;WS=42177771;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,67:0.43:157
chr22	42189810	.	AT	A	52.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.520;ClippingRankSum=0.000;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=5.804;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.08;ReadPosRankSum=-1.446;SOR=0.160;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,13:0.27:49
chr22	42336172	rs5758511	G	A	5678.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-0.139;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=594;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.092;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=81;NR=64;PP=2179;ReadPosRankSum=-0.649;SC=TCCCACACTCGGCCCATGCAC;SOR=0.791;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=304;TCF=160;TCR=144;TR=145;WE=42336180;WS=42336162;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:306,283:0.48:589
chr22	42354389	rs62240996	A	C	3932.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.964;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=421;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.458;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=83;PP=2124;ReadPosRankSum=1.011;SC=CTTGGGCCAGACCAGCCGCAC;SOR=0.886;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=261;TCF=107;TCR=154;TR=133;WE=42354397;WS=42354379;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:225,189:0.46:414
chr22	42354487	rs149263017	G	GGAGA	438.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.343;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=21;PP=670;ReadPosRankSum=-0.428;SC=GGGTTGGTGAGGAGAGAGAGA;SOR=0.569;SbPval=0.22;Source=Platypus;TC=74;TCF=5;TCR=69;TR=24;WE=42354498;WS=42354477;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,14:0.27:52
chr22	42388826	rs56234624	A	G	1030.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.488;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.378;HP=5;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=19;PP=516;ReadPosRankSum=0.492;SC=GTCACCATTTATTAAGCATCT;SOR=0.553;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=104;TCF=45;TCR=59;TR=36;WE=42388834;WS=42388816;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,54:0.38:141
chr22	42388841	rs133299	G	A	3250.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=36;NR=57;PP=1791;SC=GCATCTATAGGTCAAGGCACT;SOR=1.188;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=93;TCF=36;TCR=57;TR=93;WE=42388849;WS=42388831;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr22	42390093	rs133301	C	T	1227.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=4.082;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=5;PP=921;ReadPosRankSum=-1.808;SC=GATGTCGTGCCCATTGTAGCT;SOR=0.786;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=70;TCF=62;TCR=8;TR=43;WE=42390101;WS=42390083;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,45:0.62:72
chr22	42390209	rs7290907	G	A	7328.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=3.799;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=463;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.504;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=79;NR=48;PP=1914;ReadPosRankSum=-1.456;SC=AAATGCCTCCGTGACCCAAAC;SOR=0.913;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=276;TCF=165;TCR=111;TR=127;WE=42390217;WS=42390199;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:267,193:0.42:460
chr22	42390225	rs7290655	C	G	7573.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.942;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=494;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.757;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=78;NR=61;PP=2077;ReadPosRankSum=0.718;SC=CAAACAGAAGCTCACCTCCTG;SOR=0.833;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=293;TCF=160;TCR=133;TR=139;WE=42390233;WS=42390215;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:277,214:0.44:491
chr22	42390887	rs368775520	CTGTGTG	C,CTGTGTGTGTG	1531.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.606;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=33.30;ReadPosRankSum=0.030;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:2,26,18:0.57,0.39:46
chr22	42392811	rs1062753	G	A	3992.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-3.234;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=376;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.224;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=76;NR=51;PP=2010;ReadPosRankSum=-0.629;SC=TGGCACCCCTGAACCATGATC;SOR=0.621;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=246;TCF=151;TCR=95;TR=127;WE=42392819;WS=42392801;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:185,191:0.51:376
chr22	42415224	rs11389397	C	CA	155.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.143;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.16;ReadPosRankSum=1.285;SOR=0.661;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:52,20:0.28:72
chr22	42416056	rs133335	A	G	2972.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.058;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=336;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=51;PP=1471;ReadPosRankSum=0.281;SC=AGAAATGGAGATGCCATTGAA;SOR=0.686;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=209;TCF=102;TCR=107;TR=100;WE=42416064;WS=42416046;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:179,150:0.46:329
chr22	42418185	rs133341	T	C	2536.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=60;NR=15;PP=1753;SC=GTTAATTGTTTAGTTGATATC;SOR=2.330;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=75;TCF=60;TCR=15;TR=75;WE=42418193;WS=42418175;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr22	42423110	rs2301521	G	C	8728.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=346;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=109;NR=130;PP=2965;SC=CCAGGCCTCAGGAATCTACAG;SOR=0.792;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=242;TCF=110;TCR=132;TR=239;WE=42423118;WS=42423100;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,338:1.00:338
chr22	42428727	rs133349	A	T	1224.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=2.162;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.720;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=19;PP=600;ReadPosRankSum=1.062;SC=GGTGGGGCAGACAACCATGGA;SOR=0.707;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=86;TCF=42;TCR=44;TR=41;WE=42428735;WS=42428717;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:97,64:0.40:161
chr22	42458827	rs55715427	G	C	2839.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.293;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=316;ExcessHet=3.0103;FS=0.866;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.13;ReadPosRankSum=1.063;SOR=0.766;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:168,143:0.46:311
chr22	42461918	rs2854827	G	A	4981.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.142;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=446;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=91;PP=2425;ReadPosRankSum=-0.224;SC=ATGTCGAGGGGAAGGCAGAGT;SOR=0.681;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=287;TCF=118;TCR=169;TR=153;WE=42461926;WS=42461908;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:208,236:0.53:444
chr22	42463366	rs133367	C	T	5588.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.390;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=109;PP=2965;ReadPosRankSum=1.341;SC=TATCTGACCCCGTCCCATTAA;SOR=0.730;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=150;TCF=40;TCR=110;TR=149;WE=42463374;WS=42463356;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,204:1.00:205
chr22	42463689	rs133368	T	C	1242.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=0.249;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=8;PP=834;ReadPosRankSum=-0.707;SC=ATCTCAATCATGTAAGTGAGC;SOR=1.262;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=41;TCF=32;TCR=9;TR=39;WE=42463697;WS=42463679;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,44:0.98:45
chr22	42463814	rs133369	C	T	10396.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.538;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=410;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=134;NR=106;PP=2965;ReadPosRankSum=-2.054;SC=GCTTGGGATCCGGCATCAGGC;SOR=0.553;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=246;TCF=136;TCR=110;TR=240;WE=42463822;WS=42463804;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,402:0.99:405
chr22	42473603	rs133383	C	T	4778.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.017;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=464;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.100;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=80;NR=67;PP=2180;ReadPosRankSum=-0.063;SC=ACCTGCTGGCCGCAGAAGGGC;SOR=0.777;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=299;TCF=155;TCR=144;TR=147;WE=42473611;WS=42473593;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:228,229:0.50:457
chr22	42522613	rs1135840	G	C	772.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.61;BaseQRankSum=1.996;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.837;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-1.478;NF=11;NR=4;PP=281;ReadPosRankSum=0.626;SC=GGGGGATGGGGTCACCAGGAA;SOR=0.941;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=36;TCF=23;TCR=13;TR=15;WE=42522621;WS=42522603;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,38:0.47:80
chr22	42523003	rs116917064	A	G	384.85	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.148;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=43.32;MQRankSum=-1.671;QD=22.64;ReadPosRankSum=-0.422;SOR=0.330;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,16:0.94:17
chr22	42523309	.	C	T	113.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.287;ClippingRankSum=0.000;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=2.465;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.33;MQRankSum=-5.237;QD=3.07;ReadPosRankSum=-1.705;SOR=1.230;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,5:0.14:37
chr22	42523315	.	T	C	108.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.083;ClippingRankSum=0.000;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=2.466;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.39;MQRankSum=-4.982;QD=2.65;ReadPosRankSum=-0.960;SOR=1.300;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,6:0.15:41
chr22	42523409	rs1985842	G	T	723.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.188;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FS=0.663;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.62;MQRankSum=2.901;QD=4.11;ReadPosRankSum=1.337;SOR=0.594;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:129,47:0.27:176
chr22	42523528	rs1058172	C	T	1667.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.308;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=487;ExcessHet=3.0103;FS=2.892;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.64;MQRankSum=-1.979;QD=3.46;ReadPosRankSum=-0.050;SOR=0.937;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:360,122:0.25:482
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chr22	42524390	.	C	T	2634.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.211;ClippingRankSum=0.000;DP=264;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.216;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.273;NF=31;NR=53;PP=1224;ReadPosRankSum=-0.079;SC=CCCTCCTGTGCTCTGCGTTCA;SOR=0.973;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=170;TCF=73;TCR=97;TR=84;WE=42524398;WS=42524380;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:128,128:0.50:256
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chr22	42525132	rs1058164	G	C	4615.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-1.834;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=521;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.524;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-3.715;NF=94;NR=73;PP=2507;ReadPosRankSum=0.431;SC=GCAAGGTGGAGACGGAGAAGC;SOR=0.760;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=325;TCF=183;TCR=142;TR=167;WE=42525140;WS=42525122;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:286,233:0.45:519
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chr22	42526549	rs56011157	C	T	2883.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=55;NR=30;PP=1630;SC=TCACCCACCACCCATGTTTGC;SOR=1.322;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=86;TCF=56;TCR=30;TR=85;WE=42526588;WS=42526539;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr22	42526561	rs28695233	GG	TC	3172.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.923;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;JOINED;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=58.24;MQRankSum=-1.052;QD=27.59;ReadPosRankSum=-0.310;SOR=1.129;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,113:0.98:115
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chr22	42526580	rs1080995	G	C	6667.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=58.45;QD=42.47;SOR=1.060;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,157:1.00:157
chr22	42526694	rs1065852	G	A	2738.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=0.652;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.620;NF=27;NR=37;PP=1049;ReadPosRankSum=0.263;SC=GGGCCTGGTGGGTAGCGTGCA;SOR=0.916;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=121;TCF=56;TCR=65;TR=64;WE=42526702;WS=42526684;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:98,127:0.56:225
chr22	42536211	rs2092118	G	A	283.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=0.252;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-1.345;NF=9;NR=3;PP=170;ReadPosRankSum=2.785;SC=CAGGGGACCCGAGTTGGAACT;SOR=0.481;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=22;TCF=17;TCR=5;TR=12;WE=42536219;WS=42536201;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,13:0.65:20
chr22	42536263	rs1058174	G	A	261.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-0.060;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.305;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.895;NF=12;NR=4;PP=217;ReadPosRankSum=-0.578;SC=TGGCTAGGGAGCAGGCTGGGG;SOR=1.938;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=36;TCF=23;TCR=13;TR=16;WE=42536271;WS=42536253;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,14:0.34:41
chr22	42536313	rs2743456	G	A	556.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-1.049;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.949;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=-0.047;NF=16;NR=9;PP=278;ReadPosRankSum=0.508;SC=CACAAAGCTCGTAGGGGGATG;SOR=0.930;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=55;TCF=33;TCR=22;TR=25;WE=42536321;WS=42536303;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,29:0.43:68
chr22	42537127	rs3020736	A	G	219.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=3;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=3;PP=223;SC=ACCGGGGCTGATGCTGAGCTG;SOR=1.179;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=8;TCR=3;TR=11;WE=42537135;WS=42537109;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr22	42537196	rs56404506	T	C	2443.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.61;BaseQRankSum=0.735;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=-1.220;NF=32;NR=19;PP=896;ReadPosRankSum=0.113;SC=TTCGATGTCATGGGATGTCAT;SOR=1.022;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=51;TCF=32;TCR=19;TR=51;WE=42537204;WS=42537186;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,96:0.98:98
chr22	42537271	rs28510588	T	C	2822.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.662;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.028;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=-0.143;NF=39;NR=36;PP=1278;ReadPosRankSum=4.834;SC=GGCAGTGGTGTAGGGCATGTG;SOR=0.318;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=88;TCF=51;TCR=37;TR=75;WE=42537279;WS=42537261;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:9,116:0.93:125
chr22	42537404	rs2854741	G	C	5702.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=55;NR=55;PP=2314;SC=ACTCTCCTTCGTCCTGTGTTG;SOR=0.712;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=110;TCF=55;TCR=55;TR=110;WE=42537412;WS=42537394;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,214:1.00:214
chr22	42537597	rs1800754	A	G	3056.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.075;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=315;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.415;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=36;PP=1237;ReadPosRankSum=-1.925;SC=CAGCGTGGTCAAGGTGGTCAC;SOR=0.730;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=174;TCF=98;TCR=76;TR=83;WE=42537605;WS=42537587;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:151,154:0.50:305
chr22	42538029	rs1058167	A	G	11548.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.005;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=448;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.816;NF=126;NR=132;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.056;SC=TGGGATGTGCAGGAGGACGGG;SOR=0.702;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=260;TCF=127;TCR=133;TR=258;WE=42538037;WS=42538019;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,444:0.99:448
chr22	42538071	rs2267444	G	C	6288.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.745;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=343;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.819;HP=3;HapScore=4;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=8.271;NF=47;NR=68;PP=2962;ReadPosRankSum=2.038;SC=CAGACAGAACGGGGTCTCAAT;SOR=0.761;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=219;TCF=92;TCR=127;TR=115;WE=42538092;WS=42538061;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:169,173:0.51:342
chr22	42538084	rs2267446	C	T	5942.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.279;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=294;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=8.197;NF=44;NR=60;PP=2962;ReadPosRankSum=1.345;SC=GTCTCAATCCCTCCTGTGCTC;SOR=0.685;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=191;TCF=79;TCR=112;TR=104;WE=42538092;WS=42538061;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:139,154:0.53:293
chr22	42538103	rs3021083	T	C	1823.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.145;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=34;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-9.563;NF=23;NR=42;PP=940;ReadPosRankSum=2.285;SC=TCTGCGTTCATCTGGACCAGT;SOR=0.710;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=156;TCF=59;TCR=97;TR=65;WE=42538111;WS=42538093;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:124,94:0.43:218
chr22	42538508	rs3021082	A	G	4152.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.793;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FS=0.909;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.45;MQRankSum=5.053;QD=34.32;ReadPosRankSum=2.475;SOR=0.577;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,101:0.83:121
chr22	42538508	.	AG	GA	2510	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.6;FR=0.5000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MMLQ=24;MQ=48.77;NF=32;NR=27;PP=2510;QD=20;SC=CTCCTCCTTCAGTCCCTCCTG;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=69;TCF=37;TCR=32;TR=59;WE=42538524;WS=42538498;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:10,59:0.86:69
chr22	42538509	rs56023519	G	A	4152.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.598;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FS=0.909;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.45;MQRankSum=5.053;QD=34.32;ReadPosRankSum=2.276;SOR=0.577;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,101:0.83:121
chr22	42538514	.	T	TC	2202.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=0.692;ClippingRankSum=0.000;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=5.088;NF=12;NR=30;PP=1884;ReadPosRankSum=1.577;SC=CTTCAGTCCCTCCTGAGCTAG;SOR=0.611;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=49;TCF=16;TCR=33;TR=42;WE=42538524;WS=42538498;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,96:0.81:118
chr22	42538618	rs2267448	A	G	641.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=1.675;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=15.977;HP=2;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-4.323;NF=21;NR=6;PP=368;ReadPosRankSum=0.599;SC=TGTCCAAGAGACCGTTGGGGC;SOR=1.864;SbPval=0.98;Source=Platypus;TC=100;TCF=56;TCR=44;TR=27;WE=42538626;WS=42538608;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,35:0.31:114
chr22	42538669	rs2856955	C	T	826.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.389;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.935;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-4.254;NF=23;NR=8;PP=459;ReadPosRankSum=-0.695;SC=GGTAAGGGGTCGCCTTCTCCG;SOR=1.185;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=98;TCF=62;TCR=36;TR=31;WE=42538677;WS=42538659;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,41:0.36:115
chr22	42538704	rs2743459	G	T	887.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.163;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.494;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-3.515;NF=29;NR=8;PP=577;ReadPosRankSum=0.509;SC=AGTTCCCGCTGTGTGCCCTTC;SOR=1.596;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=116;TCF=79;TCR=37;TR=37;WE=42538712;WS=42538694;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,43:0.34:128
chr22	42538876	rs3020732	A	T	16087.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.097;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=448;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.69;MQRankSum=-0.098;QD=36.56;ReadPosRankSum=0.663;SOR=0.264;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,439:1.00:440
chr22	42538876	.	ACACCCCTGG	TCACCCCTGG,TCACCCCTGT	2962	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.54;FR=0.5000,0.5000;HP=1;HapScore=4;MGOF=3;MMLQ=28;MQ=59.41;NF=137,65;NR=124,59;PP=2962,2944;QD=20;SC=CGCGACAGGAACACCCCTGGG;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=262;TCF=138;TCR=124;TR=261,124;WE=42538905;WS=42538866;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:1.00:262
chr22	42538885	rs2743460	G	T	5132.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.564;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=449;ExcessHet=3.0103;FS=0.517;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.73;MQRankSum=2.699;QD=11.61;ReadPosRankSum=-0.769;SOR=0.656;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:201,241:0.55:442
chr22	42538897	rs2854740	A	G	4230.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.616;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=433;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.446;HP=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-1.524;NF=81;ReadPosRankSum=0.321;SC=GGCGGGACGGACACGTGGGCG;SOR=0.899;Source=Platypus;TC=276;WE=42538905;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:228,196:0.46:424
chr22	42539623	rs769261	C	A	130.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.331;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=45.43;MQRankSum=-0.486;QD=7.26;ReadPosRankSum=0.388;SOR=0.743;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,7:0.39:18
chr22	42540551	rs2743461	A	G	690.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=-0.748;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.318;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.055;NF=5;NR=15;PP=313;ReadPosRankSum=-1.081;SC=GGACACTCTCAGCACACCGAG;SOR=1.156;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=33;TCF=9;TCR=24;TR=20;WE=42540559;WS=42540541;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,32:0.54:59
chr22	42575496	.	CAAA	C	85.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.961;ClippingRankSum=0.000;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=14.675;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.26;MQRankSum=-0.513;QD=2.38;ReadPosRankSum=0.679;SOR=3.928;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,9:0.25:36
chr22	42609148	rs5758651	T	C	4724.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.739;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=395;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=79;NR=72;PP=2084;ReadPosRankSum=-0.315;SC=GGAAAGCCACTGACATTTCGT;SOR=0.692;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=265;TCF=141;TCR=124;TR=151;WE=42609156;WS=42609138;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:170,223:0.57:393
chr22	42783130	rs11913215	G	T	1288.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-1.633;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=28;PP=593;ReadPosRankSum=0.930;SC=GTGTAGAGGGGCAGTCCCTGG;SOR=0.714;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=94;TCF=31;TCR=63;TR=41;WE=42783138;WS=42783120;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,65:0.44:147
chr22	42807314	rs2247576	T	C	541.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.429;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.795;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=9;PP=210;ReadPosRankSum=0.064;SC=TGTGAGCCACTGCGCCTGGCC;SOR=0.816;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=73;TCF=42;TCR=31;TR=23;WE=42807322;WS=42807304;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,33:0.33:101
chr22	42807351	rs2072863	C	T	1094.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.640;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=13;PP=471;ReadPosRankSum=0.120;SC=ATCCAAAGTCCCAAACTGCCA;SOR=0.743;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=103;TCF=63;TCR=40;TR=35;WE=42807359;WS=42807341;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:96,58:0.38:154
chr22	42896553	rs71311440	TGGGGC	T	1863.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.503;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FS=36.081;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.25;MQRankSum=1.168;QD=23.01;ReadPosRankSum=1.535;SOR=0.004;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,49:0.60:81
chr22	42898835	rs201287797	AC	A	208.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.663;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=8.842;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=44.32;MQRankSum=-0.323;QD=4.64;ReadPosRankSum=-0.991;SOR=0.105;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,11:0.24:45
chr22	42899151	rs147364890	G	A	2268.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-0.506;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=246;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.530;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-1.172;NF=39;NR=32;PP=1046;ReadPosRankSum=0.772;SC=GGAAAGGCGGGAGTGTCCTTT;SOR=0.512;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=145;TCF=85;TCR=60;TR=71;WE=42899159;WS=42899141;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:132,114:0.46:246
chr22	42905055	rs56365446	G	A	2084.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=2.275;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=286;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.814;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-2.536;NF=49;NR=31;PP=1146;ReadPosRankSum=-2.363;SC=CATTGACTTCGTCAGCAGGGA;SOR=0.959;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=180;TCF=105;TCR=75;TR=80;WE=42905063;WS=42905045;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:172,111:0.39:283
chr22	42905165	rs55732408	G	A	2877.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-3.163;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=274;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-2.143;NF=39;NR=60;PP=1358;ReadPosRankSum=0.969;SC=AGACATGGGCGCCAGGAATCT;SOR=0.674;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=189;TCF=77;TCR=112;TR=99;WE=42905173;WS=42905155;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:126,145:0.54:271
chr22	42906679	rs56211179	C	G	1726.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.271;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.581;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-5.269;NF=19;NR=20;PP=638;ReadPosRankSum=0.124;SC=ATTACTCTGACAAGGAGTCCC;SOR=0.640;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=94;TCF=44;TCR=50;TR=39;WE=42906687;WS=42906669;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,81:0.51:158
chr22	42908186	rs144737997	G	C	768.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.605;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=16.705;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-4.809;NF=22;NR=16;PP=395;ReadPosRankSum=-0.641;SC=CCCAGCACGTGGCCAGTATCA;SOR=0.660;SbPval=0.08;Source=Platypus;TC=114;TCF=47;TCR=67;TR=38;WE=42908194;WS=42908176;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:101,48:0.32:149
chr22	42908297	rs201277626	C	CT	873.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.523;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.043;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-3.059;NF=5;NR=25;PP=1143;ReadPosRankSum=-1.904;SC=CACTGGGACTCTGAGTTCCTG;SOR=0.275;SbPval=0.14;Source=Platypus;TC=67;TCF=6;TCR=61;TR=30;WE=42908305;WS=42908287;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,32:0.38:84
chr22	42908870	rs9745	T	G	768.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.037;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.878;HP=4;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=13;PP=346;ReadPosRankSum=1.948;SC=CTGCCTCGCCTCCTCCTGGCC;SOR=0.467;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=63;TCF=36;TCR=27;TR=25;WE=42908878;WS=42908860;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,41:0.42:97
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chr22	42910038	rs148135124	A	T	340.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.867;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.191;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-1.403;NF=12;NR=2;PP=174;ReadPosRankSum=0.861;SC=CGCCCTCAGGAGCACTGGCCA;SOR=1.329;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=37;TCF=28;TCR=9;TR=14;WE=42910046;WS=42910028;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,17:0.41:41
chr22	42910376	rs9611811	G	A	282.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.305;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.858;HP=4;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=3.157;NF=2;NR=7;PP=121;ReadPosRankSum=-0.310;SC=CGCCCTCCACGCCCTCCTCCC;SOR=1.492;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=12;TCF=4;TCR=8;TR=9;WE=42910384;WS=42910366;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,13:0.81:16
chr22	42910611	rs2179231	T	C	650.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.140;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.548;HP=1;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-6.196;NF=19;NR=7;PP=333;ReadPosRankSum=-0.016;SC=AGGCCACCACTGCCCTCCCTC;SOR=0.337;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=51;TCF=37;TCR=14;TR=26;WE=42910619;WS=42910594;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,27:0.47:57
chr22	42910676	rs4820471	C	T	938.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.025;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.700;HP=5;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-4.185;NF=24;NR=15;PP=482;ReadPosRankSum=0.429;SC=GCCGACCCCGCGGGGCCTCTA;SOR=0.805;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=89;TCF=50;TCR=39;TR=39;WE=42910684;WS=42910666;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,50:0.43:117
chr22	42910769	rs4822146	G	A	1010.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.043;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.914;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=-2.554;NF=18;NR=21;PP=463;ReadPosRankSum=-1.238;SC=CAGAGTCTGCGTAGTCACTGA;SOR=0.453;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=100;TCF=42;TCR=58;TR=39;WE=42910777;WS=42910759;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:95,57:0.38:152
chr22	42911103	rs145280443	C	A	70.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=39.67;QD=23.43;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr22	42912097	rs11553441	C	T	3771.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.343;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=352;ExcessHet=3.0103;FS=6.251;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.84;ReadPosRankSum=0.380;SOR=0.712;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:162,186:0.53:348
chr22	42912377	rs117268004	C	T	317.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=2.262;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.258;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=5;PP=169;ReadPosRankSum=-0.384;SC=TGCTCTGTAGCCCAGGCTGGA;SOR=0.768;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=35;TCF=17;TCR=18;TR=11;WE=42912385;WS=42912367;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,20:0.30:66
chr22	42912501	rs5751292	A	T	553.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=10;PP=240;SC=GTATTTTGAGAAGAGACAGGG;SOR=1.230;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=4;TCR=10;TR=14;WE=42912509;WS=42912491;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr22	42959624	rs117885227	T	C	1252.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.960;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.988;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=28;PP=656;ReadPosRankSum=-0.817;SC=TAATAATTTGTTTAACTTGTG;SOR=0.396;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=111;TCF=41;TCR=70;TR=48;WE=42959632;WS=42959614;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,65:0.43:151
chr22	42967235	rs137046	C	T	2874.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.601;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=257;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.112;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-5.671;NF=43;NR=48;PP=1295;ReadPosRankSum=-0.006;SC=TCCCCTTCAGCCACCCGCCAA;SOR=0.572;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=158;TCF=70;TCR=88;TR=91;WE=42967243;WS=42967225;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:113,141:0.56:254
chr22	42969854	rs137053	T	G	1525.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.494;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.941;NF=33;NR=15;PP=766;ReadPosRankSum=1.605;SC=GGAGCTGGAATGCTGTGGGAG;SOR=0.773;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=113;TCF=80;TCR=33;TR=48;WE=42969862;WS=42969844;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,41:0.47:87
chr22	42969877	rs137054	G	A	1920.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.041;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.524;HP=4;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=2.657;NF=37;NR=23;PP=781;ReadPosRankSum=0.192;SC=CCCTGACCCCGGGGCCCATGG;SOR=1.027;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=158;TCF=101;TCR=57;TR=60;WE=42969885;WS=42969867;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,62:0.50:124
chr22	42972063	rs142752113	C	T	1307.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.455;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FS=4.300;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.81;MQRankSum=1.290;QD=10.38;ReadPosRankSum=-0.271;SOR=1.072;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:63,63:0.50:126
chr22	42972228	rs137065	T	C	271.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-1.249;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.506;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=7;PP=114;ReadPosRankSum=-0.989;SC=AAGTCAGAACTGCCCTGAGCC;SOR=0.169;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=19;TCF=5;TCR=14;TR=11;WE=42972236;WS=42972218;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,13:0.65:20
chr22	42972485	rs137068	C	T	267.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.388;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=1.529;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.50;MQRankSum=-5.620;QD=4.87;ReadPosRankSum=1.817;SOR=0.307;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,19:0.35:55
chr22	42972590	rs137071	A	G	923.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.362;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-5.626;NF=21;NR=24;PP=584;ReadPosRankSum=2.220;SC=GGTCGGGCACAGAGTCTGCGT;SOR=0.665;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=116;TCF=56;TCR=60;TR=45;WE=42972598;WS=42972580;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:91,53:0.37:144
chr22	42981138	rs137085	T	C	1352.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.470;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.305;HP=5;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=20;PP=651;ReadPosRankSum=2.492;SC=TTCCTCTGGGTGGAGACGACA;SOR=0.335;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=69;TCF=39;TCR=30;TR=41;WE=42981146;WS=42981128;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,59:0.66:90
chr22	42981167	rs137086	G	A	2031.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.716;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.609;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=27;PP=883;ReadPosRankSum=0.207;SC=CAAGCCAAGAGCTTAGATAGA;SOR=0.636;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=92;TCF=49;TCR=43;TR=56;WE=42981175;WS=42981157;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,93:0.61:152
chr22	42993781	rs74279208	G	A	3431.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.426;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=255;ExcessHet=3.0103;FS=2.810;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.13;MQRankSum=0.577;QD=13.67;ReadPosRankSum=0.144;SOR=0.883;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:125,126:0.50:251
chr22	42993786	.	CTTT	C	429.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.096;ClippingRankSum=0.000;DP=227;ExcessHet=3.0103;FS=2.096;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.14;MQRankSum=-0.531;QD=2.75;ReadPosRankSum=0.109;SOR=1.081;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:112,44:0.28:156
chr22	43024410	rs137139	C	T	1124.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=29;PP=794;SC=GGCCTTCTCCCGTGGAGCCCC;SOR=3.145;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=33;TCF=4;TCR=29;TR=33;WE=43024418;WS=43024400;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr22	43026792	rs5758820	A	G	849.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-2.911;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.985;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=9;PP=339;ReadPosRankSum=1.966;SC=TGCACAGGGCAGGAGCGGGAG;SOR=0.309;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=50;TCF=36;TCR=14;TR=26;WE=43026800;WS=43026782;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,40:0.58:69
chr22	43027356	rs743889	G	A	5152.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.062;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=512;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.14;ReadPosRankSum=0.193;SOR=0.676;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:249,259:0.51:508
chr22	43035849	rs59947151	CTT	C	447.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.226;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.00;ReadPosRankSum=0.636;SOR=0.852;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,24:0.43:56
chr22	43036356	.	CTTATTTAT	CTTAT,C	859	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.25;FR=0.5000,0.5000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MMLQ=24;MQ=60.2;NF=0,0;NR=16,16;PP=859,36;QD=54.0;SC=GCGTGGTTCACTTATTTATTT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=47;TCF=0;TCR=47;TR=16,16;WE=43036371;WS=43036346;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.34:47
chr22	43088971	rs9623659	C	T	3391.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=2.059;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=327;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.404;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=57;PP=1661;ReadPosRankSum=-0.807;SC=GTGCCCTGGACGTGGCCTCGA;SOR=0.645;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=226;TCF=104;TCR=122;TR=106;WE=43088979;WS=43088961;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:161,161:0.50:322
chr22	43089055	rs6002904	G	C	6904.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=262;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=89;NR=99;PP=2965;SC=GCAGCTCCTCGGGGTTGATGT;SOR=0.732;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=189;TCF=90;TCR=99;TR=188;WE=43089063;WS=43089045;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,259:1.00:259
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chr22	43195172	rs117877473	C	T	3786.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.611;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=406;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.365;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=81;PP=1897;ReadPosRankSum=1.163;SC=GTTCCCTGCACACACACAGCA;SOR=0.716;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=277;TCF=106;TCR=171;TR=134;WE=43195180;WS=43195162;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:212,188:0.47:400
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chr22	43206950	rs1018448	A	C	6210.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.148;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=247;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=1.832;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=67;NR=93;PP=2954;ReadPosRankSum=1.069;SC=CGTCAAAGTAACTGTAGGAGC;SOR=0.818;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=163;TCF=69;TCR=94;TR=160;WE=43206958;WS=43206940;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:5,240:0.98:245
chr22	43213631	rs147339109	C	CA	1238.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.666;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.376;HP=11;HapScore=3;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=16;PP=627;ReadPosRankSum=1.761;SC=TAATGAATAACAAAAAAAAAT;SOR=0.856;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=94;TCF=51;TCR=43;TR=42;WE=43213639;WS=43213621;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,73:0.48:152
chr22	43213724	rs76140411	G	C	4918.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.818;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=474;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.103;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-1.452;NF=82;NR=62;PP=2185;ReadPosRankSum=1.677;SC=CAAGAAAGCAGTCTCACATAC;SOR=0.801;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=272;TCF=152;TCR=120;TR=144;WE=43213732;WS=43213714;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:229,242:0.51:471
chr22	43218463	rs5758957	C	T	10629.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=404;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=105;NR=140;PP=2965;SC=TTGAAAGCTTCTGTGACTACA;SOR=0.894;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=245;TCF=105;TCR=140;TR=245;WE=43218471;WS=43218453;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,401:1.00:401
chr22	43223095	rs10654612	C	CAT	3044.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=36;PP=1933;SC=CTCAGTGCTACATCTTATCCA;SOR=1.478;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=46;TCF=2;TCR=44;TR=38;WE=43223103;WS=43223085;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr22	43230140	rs2273142	C	G	722.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-1.570;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.275;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=8;PP=409;ReadPosRankSum=1.845;SC=TATGTTTCAGCACTTCTTGTT;SOR=0.282;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=49;TCF=37;TCR=12;TR=26;WE=43230148;WS=43230130;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,32:0.55:58
chr22	43253986	rs3046483	C	CTT	2197.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=18;PP=1025;SC=GCGCCCGACTCTTTTTAATTC;SOR=0.793;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=24;TCF=6;TCR=18;TR=24;WE=43253994;WS=43253976;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr22	43267336	rs3842298	T	TC	2437.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.822;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=239;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.524;HP=6;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=21;PP=1353;ReadPosRankSum=0.378;SC=GCCGCCTCCGTCCCCCCGCTG;SOR=0.618;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=140;TCF=83;TCR=57;TR=51;WE=43267344;WS=43267326;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:133,101:0.43:234
chr22	43272085	rs5751396	G	C	691.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=2.190;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=5;PP=404;ReadPosRankSum=-0.831;SC=AAAAAAGACCGCCCACAGCCT;SOR=0.763;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=44;TCF=33;TCR=11;TR=22;WE=43272093;WS=43272076;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,28:0.55:51
chr22	43272792	rs5751397	C	T	1743.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.961;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.613;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=19;PP=1132;ReadPosRankSum=0.545;SC=CTGCAGAGCTCCGTGCATTGC;SOR=0.800;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=114;TCF=79;TCR=35;TR=63;WE=43272800;WS=43272782;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,77:0.49:157
chr22	43272830	rs35041824	C	CAG	4844.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.326;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=306;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.177;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=39;PP=2976;ReadPosRankSum=-0.468;SC=GACCCCTGGACAGAGAGAGAG;SOR=0.877;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=148;TCF=68;TCR=80;TR=73;WE=43272838;WS=43272820;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:144,153:0.52:297
chr22	43275250	rs2073199	G	A	4392.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=32;NR=62;PP=1915;SC=CTCAGTTCCTGCCCAGCGAGC;SOR=1.077;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=95;TCF=32;TCR=63;TR=94;WE=43275258;WS=43275240;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,163:1.00:163
chr22	43278148	rs5759010	C	T	2190.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.047;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.483;HP=1;HapScore=4;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=31;PP=2624;ReadPosRankSum=0.850;SC=GGCCCAGGTCCTCTTCCAGGC;SOR=0.657;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=153;TCF=91;TCR=62;TR=76;WE=43278170;WS=43278138;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:122,108:0.47:230
chr22	43278162	rs4822217	T	C	2752.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.901;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=252;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.970;HP=1;HapScore=4;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=35;PP=2728;ReadPosRankSum=0.003;SC=TCCAGGCTGATGAGCTCATGG;SOR=0.623;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=169;TCF=100;TCR=69;TR=85;WE=43278170;WS=43278138;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:119,132:0.53:251
chr22	43278220	rs2899365	C	T	3535.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.561;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=339;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.802;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=49;PP=1468;ReadPosRankSum=-2.694;SC=TGGCCATGCCCGGCCCGTGAT;SOR=0.718;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=205;TCF=104;TCR=101;TR=107;WE=43278228;WS=43278210;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:158,174:0.52:332
chr22	43280650	rs2273143	T	C	2626.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=12;NR=60;PP=1742;SC=TCTCAGGCCTTCCCAGATTCC;SOR=2.520;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=72;TCF=12;TCR=60;TR=72;WE=43280658;WS=43280640;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr22	43286876	rs5759012	A	G	1236.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.749;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.370;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=16;PP=650;ReadPosRankSum=-0.083;SC=AGGAAGTCCTAGGTGCAGGAG;SOR=0.500;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=92;TCF=62;TCR=30;TR=43;WE=43286884;WS=43286866;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,59:0.48:124
chr22	43289473	rs5759013	G	A	1349.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=3.910;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.355;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=11;PP=920;ReadPosRankSum=-1.149;SC=CTTTCTCCACGAGCTGCCTCC;SOR=1.357;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=112;TCF=83;TCR=29;TR=52;WE=43289481;WS=43289463;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,57:0.44:129
chr22	43289738	rs2076158	C	T	2501.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-4.725;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.144;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=73;PP=1752;ReadPosRankSum=-1.165;SC=GTTTACCACACCCCTCTCCAA;SOR=0.455;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=171;TCF=36;TCR=135;TR=94;WE=43289746;WS=43289728;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:89,104:0.54:193
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chr22	43435812	rs1052163	C	T	2176.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.149;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=239;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=28;PP=770;ReadPosRankSum=-1.752;SC=CCGCTCTCCCCGAGTCTCTCG;SOR=0.666;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=134;TCF=70;TCR=64;TR=58;WE=43435820;WS=43435802;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:126,112:0.47:238
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chr22	43459813	rs9680750	A	G	1495.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=2.695;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.712;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=24;PP=975;ReadPosRankSum=-1.093;SC=GAAAGGACACACTCACCCCGT;SOR=0.920;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=125;TCF=76;TCR=49;TR=65;WE=43459821;WS=43459803;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:97,76:0.44:173
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chr22	43459864	rs2272870	G	A	2916.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.236;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=255;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.523;HP=3;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=47;PP=1448;ReadPosRankSum=0.685;SC=CGAACATGTTGTCCAGCTCAC;SOR=0.602;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=166;TCF=89;TCR=77;TR=98;WE=43459872;WS=43459854;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:111,139:0.56:250
chr22	43464355	rs6003029	G	A	1811.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.195;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=20;PP=810;ReadPosRankSum=-0.005;SC=CAAAGACTGCGAACAGCATAA;SOR=0.647;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=97;TCF=60;TCR=37;TR=52;WE=43464363;WS=43464345;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,86:0.56:153
chr22	43465814	rs2076155	A	G	2799.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.949;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=314;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.976;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=67;PP=1637;ReadPosRankSum=-1.327;SC=ATCCAGCTTCAACGCTGAACA;SOR=1.059;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=205;TCF=73;TCR=132;TR=97;WE=43465822;WS=43465804;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:176,136:0.44:312
chr22	43466247	rs2076161	G	C	1635.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.583;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.528;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=31;PP=717;ReadPosRankSum=0.249;SC=AGGTCAAGGAGCCTTTAAAAA;SOR=0.650;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=135;TCF=58;TCR=77;TR=55;WE=43466255;WS=43466237;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:110,85:0.44:195
chr22	43471386	rs2294413	G	C	697.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-1.875;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.941;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=9;PP=360;ReadPosRankSum=2.329;SC=ACAGGAGACAGTGGCTCTGAG;SOR=0.560;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=47;TCF=31;TCR=16;TR=24;WE=43471394;WS=43471376;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,34:0.52:66
chr22	43520258	rs4988417	A	C	1198.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=37.46;SOR=3.126;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr22	43520258	.	ATTCTA	CTTCTA,CTTCTG	322	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.27;FR=0.5000,0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MMLQ=28;MQ=60.0;NF=2,0;NR=24,16;PP=63,322;QD=3.76043125182;SC=ATGAGCAGACATTCTATGAGC;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=26;TCF=2;TCR=24;TR=26,16;WE=43520271;WS=43520248;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:1.00:26
chr22	43520263	rs2076079	A	G	458.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.630;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=5.469;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.38;ReadPosRankSum=1.356;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,18:0.64:28
chr22	43523921	rs4988434	A	ACT	3030.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=43;PP=2305;SC=GTGCCTTGACACTGGGGCTAT;SOR=1.819;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=46;TCF=2;TCR=44;TR=45;WE=43523929;WS=43523911;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr22	43524487	rs4988438	CCT	C	1888.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.249;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.756;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=12;PP=951;ReadPosRankSum=0.157;SC=GTCCCCCCATCCTCTTTGTCT;SOR=0.614;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=49;TCF=25;TCR=24;TR=23;WE=43524496;WS=43524477;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,52:0.53:99
chr22	43529029	rs7402	C	T	1321.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=0.031;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.852;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=14;PP=810;ReadPosRankSum=0.050;SC=AGGGGGTCATCGCATTTGAGC;SOR=0.570;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=86;TCF=63;TCR=23;TR=48;WE=43529037;WS=43529019;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,56:0.57:99
chr22	43529314	rs13815	G	C	6075.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-1.517;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=617;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.095;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=78;NR=88;PP=2569;ReadPosRankSum=-1.169;SC=GTATCTATGCGCGTGGACGTT;SOR=0.602;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=363;TCF=165;TCR=198;TR=166;WE=43529322;WS=43529304;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:308,303:0.50:611
chr22	43529517	rs2066910	C	T	1434.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.354;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.788;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=34;PP=758;ReadPosRankSum=-0.318;SC=AGGTTTCAGCCGAGCAATGTC;SOR=0.558;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=79;TCF=20;TCR=59;TR=46;WE=43529525;WS=43529507;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,65:0.60:108
chr22	43538780	rs151166687	C	CAA	416.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.129;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=1.500;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.40;MQRankSum=0.650;QD=11.58;ReadPosRankSum=2.661;SOR=0.412;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,19:0.53:36
chr22	43538806	rs5759181	A	C	739.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.114;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.18;MQRankSum=0.662;QD=8.50;ReadPosRankSum=0.538;SOR=0.778;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:48,39:0.45:87
chr22	43558926	rs6971	A	G	4862.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=66;NR=47;PP=2094;SC=GCTGGCCTTCACGACCACACT;SOR=0.938;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=113;TCF=66;TCR=47;TR=113;WE=43558934;WS=43558916;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,189:1.00:189
chr22	43564963	rs138931	C	G	1512.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=19;NR=34;PP=1036;SC=TCAGAACAGCCTCTCAAGAGG;SOR=1.371;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=53;TCF=19;TCR=34;TR=53;WE=43564971;WS=43564953;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr22	43565443	rs138932	C	T	4613.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.119;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=105;NR=30;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.646;SC=GGAGCAGCTCCTGCAGGCCCC;SOR=1.101;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=138;TCF=106;TCR=32;TR=135;WE=43565451;WS=43565433;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,159:0.99:160
chr22	43565855	rs138933	C	T	6603.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=252;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=63;NR=100;PP=2965;SC=GACTTTGCCACGCAGCTGTGA;SOR=1.085;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=164;TCF=64;TCR=100;TR=163;WE=43565863;WS=43565845;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,250:1.00:250
chr22	43569608	rs138938	C	A	2871.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=39;NR=27;PP=1130;SC=TGTAAGCCACCCTGCCCAGCC;SOR=0.927;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=67;TCF=39;TCR=28;TR=66;WE=43569616;WS=43569598;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr22	43575774	rs138945	A	T	2004.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.444;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=244;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.486;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=27;PP=1025;ReadPosRankSum=-0.096;SC=CCAAGACATGAGTGCCCATCA;SOR=0.740;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=152;TCF=88;TCR=64;TR=64;WE=43575782;WS=43575764;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:138,96:0.41:234
chr22	43594361	rs116600414	C	G	1962.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.521;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.876;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=25;PP=1015;ReadPosRankSum=2.546;SC=TGGGAGGGCACGCAGGCCATG;SOR=0.552;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=110;TCF=68;TCR=42;TR=62;WE=43594369;WS=43594351;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,91:0.51:178
chr22	43594833	rs1543792	G	A	539.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=0.704;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=19;PP=403;ReadPosRankSum=-0.465;SC=GGGGCAGGGTGTCTGTCTATC;SOR=0.787;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=43;TCF=5;TCR=38;TR=21;WE=43594841;WS=43594823;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,23:0.46:50
chr22	43599917	rs138983	T	C	897.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.261;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=5;PP=457;ReadPosRankSum=-0.954;SC=CCCAAGGTGGTGTGGAGGCCC;SOR=0.616;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=52;TCF=42;TCR=10;TR=28;WE=43599925;WS=43599907;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,38:0.60:63
chr22	43599991	rs13056939	C	T	2526.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.754;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.711;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=27;PP=1144;ReadPosRankSum=0.880;SC=CAGGCAGGGCCGCTCCCCCCG;SOR=0.834;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=141;TCF=91;TCR=50;TR=79;WE=43599999;WS=43599981;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:96,117:0.55:213
chr22	43606143	rs5759217	C	T	3824.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.523;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=372;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.376;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=60;PP=1817;ReadPosRankSum=1.255;SC=TTGGGGGAGGCGCGATGTGCC;SOR=0.715;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=242;TCF=122;TCR=120;TR=125;WE=43606151;WS=43606133;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:183,185:0.50:368
chr22	43610207	rs138993	A	G	4308.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.61;BaseQRankSum=0.667;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=481;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=71;NR=58;PP=2243;ReadPosRankSum=-0.590;SC=GGCATACATGACACACACTGG;SOR=0.714;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=239;TCF=132;TCR=107;TR=129;WE=43610215;WS=43610197;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:227,221:0.49:448
chr22	43614223	rs9623782	C	G	610.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=4.797;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=2;PP=503;ReadPosRankSum=-0.024;SC=CAAGGAAGGACAGAGTCAGCA;SOR=0.914;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=45;TCF=41;TCR=4;TR=23;WE=43614231;WS=43614218;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,23:0.47:49
chr22	43614316	rs9620123	C	G	2957.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.391;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=287;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.436;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=39;PP=1473;ReadPosRankSum=-0.398;SC=GCCCCTCCAGCGCCTTGGCTG;SOR=0.658;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=176;TCF=104;TCR=72;TR=94;WE=43614324;WS=43614306;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:138,142:0.51:280
chr22	43614588	rs5759218	A	G	401.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-1.123;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.170;HP=1;HapScore=4;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=13;PP=528;ReadPosRankSum=-1.732;SC=ACATTCTCACAACAGTCCTGG;SOR=0.252;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=25;TCF=2;TCR=23;TR=15;WE=43614609;WS=43614578;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,17:0.55:31
chr22	43614601	rs5759219	C	T	213.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-3.088;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=4;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=9;PP=528;ReadPosRankSum=-0.687;SC=AGTCCTGGGGCAAGGGGCCAC;SOR=0.465;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=19;TCF=1;TCR=18;TR=10;WE=43614609;WS=43614578;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,10:0.43:23
chr22	43618632	rs139005	CG	C	3591.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=44;NR=26;PP=1982;SC=ATGGACAGGCCGGGGGGGTTA;SOR=1.797;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=78;TCF=47;TCR=31;TR=70;WE=43618641;WS=43618622;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr22	43619062	rs2071726	C	G	1155.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=33;NR=5;PP=753;SC=GAGGAAGACCCCCCTGCCACA;SOR=2.833;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=33;TCR=5;TR=38;WE=43619070;WS=43619052;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr22	43619404	rs6003115	C	G	725.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=17;PP=545;SC=ATGCTGGGCCCAGACAGCTGG;SOR=2.124;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=5;TCR=17;TR=22;WE=43619412;WS=43619394;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr22	43623395	rs129415	C	G	6243.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=251;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=97;NR=58;PP=2711;SC=CAATCCTTCCCGTTCCAGTGG;SOR=1.040;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=155;TCF=97;TCR=58;TR=155;WE=43623403;WS=43623385;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,245:1.00:245
chr22	43627728	rs735703	G	A	1761.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=2.166;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.406;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=13;PP=1059;ReadPosRankSum=-2.744;SC=CGCTGGGCCCGAGAGCCACCC;SOR=0.854;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=134;TCF=103;TCR=31;TR=63;WE=43627736;WS=43627718;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,80:0.49:162
chr22	43634750	rs57531768	T	C	1505.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=2.831;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.031;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=16;PP=795;ReadPosRankSum=-2.002;SC=GTGGCCCCCGTTCAGCCCAGC;SOR=0.872;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=106;TCF=65;TCR=41;TR=47;WE=43634758;WS=43634740;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,72:0.47:153
chr22	43687305	rs5751472	CC	AG	1234.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-1.111;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.010;HP=1;HapScore=2;JOINED;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=21;PP=1055;ReadPosRankSum=-0.637;SC=GGGAGGGACTCCAGAGAGGGC;SOR=0.470;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=56;TCF=11;TCR=45;TR=26;WE=43687314;WS=43687295;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,33:0.45:73
chr22	43739395	rs7286392	A	G	121.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.871;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.41;ReadPosRankSum=1.746;SOR=0.631;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,8:0.42:19
chr22	43830848	rs6519374	C	T	2649.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=67;NR=5;PP=1856;SC=TGGATCTGAGCGGGATTGATG;SOR=3.912;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=72;TCF=67;TCR=5;TR=72;WE=43830856;WS=43830838;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr22	43830996	rs2413761	C	T	23644.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.61;DB;DP=934;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=260;NR=205;PP=2965;SC=CTCCAGGCTACACCCGCTTCG;SOR=0.831;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=468;TCF=260;TCR=208;TR=465;WE=43831004;WS=43830986;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,928:1.00:928
chr22	43831056	rs4331615	C	T	23852.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.61;DB;DP=907;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=222;NR=253;PP=2965;SC=AGATGCCGTACGGCGACGTGC;SOR=0.764;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=475;TCF=222;TCR=253;TR=475;WE=43831064;WS=43831046;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,903:1.00:903
chr22	43976396	rs9614382	G	A	3695.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=77;NR=32;PP=2280;SC=CTTCCTCACAGCCTCCTGTGG;SOR=1.523;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=110;TCF=77;TCR=33;TR=109;WE=43976404;WS=43976386;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,134:1.00:134
chr22	43976675	rs4823114	G	A	806.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=23;PP=615;SC=TTCGCTGTACGTGCAGACATG;SOR=4.332;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=25;TCF=2;TCR=23;TR=25;WE=43976683;WS=43976665;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr22	44004498	rs192370477	G	A	4319.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.320;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=528;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.117;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=68;PP=2017;ReadPosRankSum=-0.058;SC=ATCAGAATACGGTATTTAGGA;SOR=0.598;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=300;TCF=136;TCR=164;TR=130;WE=44004506;WS=44004488;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:297,220:0.43:517
chr22	44074076	.	GA	G	47.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.015;ClippingRankSum=0.000;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.65;ReadPosRankSum=-0.685;SOR=0.479;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,9:0.31:29
chr22	44112845	rs5764234	C	T	3456.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=34;NR=43;PP=1294;SC=GATTCTCCAACGAGACCTCTG;SOR=0.902;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=77;TCF=34;TCR=43;TR=77;WE=44112853;WS=44112835;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,135:1.00:135
chr22	44223635	rs71313366	C	CCA,CCACA	597.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.292;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=8.089;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0,0;NR=11,11;PP=130,345;ReadPosRankSum=0.327;SC=CGCTGCTTCACCACACACACA;SOR=2.485;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=0;TCR=15;TR=11,11;WE=44223643;WS=44223625;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.35,0.52:23
chr22	44229492	rs138069	G	C	4140.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=59;NR=54;PP=1956;SC=CAGGGCACCCGGAGGACAGCT;SOR=0.706;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=113;TCF=59;TCR=54;TR=113;WE=44229500;WS=44229482;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,157:1.00:157
chr22	44236005	rs4149443	G	A	216.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.613;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=5;PP=132;ReadPosRankSum=-0.797;SC=AGGAAGGGGTGGGGTTCAGGG;SOR=0.399;SbPval=0.25;Source=Platypus;TC=21;TCF=6;TCR=15;TR=9;WE=44236013;WS=44235995;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,10:0.71:14
chr22	44258036	rs2269601	G	C	657.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.716;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.176;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=8;PP=305;ReadPosRankSum=0.988;SC=CGGCGTCTACGCGGCCGCGCT;SOR=0.387;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=52;TCF=36;TCR=16;TR=24;WE=44258044;WS=44258026;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,33:0.50:66
chr22	44258311	.	ACGCGCC	A	60	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;FR=0.5000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=0;NR=6;PP=60;QD=11.6666666667;SC=CGCAGCCCGCACGCGCCCGCG;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=25;TCF=0;TCR=25;TR=6;WE=44258324;WS=44258301;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:19,6:0.24:25
chr22	44258339	.	G	GCCCGCA	230	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;FR=0.5000;HP=5;HapScore=2;MGOF=17;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=0;NR=5;PP=230;QD=48.0;SC=CCGCGCCCGCGCCCCGCACAC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=0;TCR=11;TR=5;WE=44258347;WS=44258329;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:6,5:0.45:11
chr22	44277406	rs55905376	C	T	2635.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=3.556;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=246;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.439;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=23;PP=1121;ReadPosRankSum=1.784;SC=CACAGCCACCCCCTCTCCATC;SOR=0.993;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=136;TCF=84;TCR=52;TR=69;WE=44277414;WS=44277396;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:118,120:0.50:238
chr22	44280412	rs5764011	G	T	2914.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=10;NR=87;PP=2380;SC=GTGAGACAAGGGGTGTATGCC;SOR=4.240;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=99;TCF=12;TCR=87;TR=97;WE=44280420;WS=44280402;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr22	44282276	rs739231	A	G	9334.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.970;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=370;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=86;NR=127;PP=2965;ReadPosRankSum=2.068;SC=CCCCCCTTCCAGCGTTGGTCA;SOR=0.965;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=214;TCF=87;TCR=127;TR=213;WE=44282284;WS=44282266;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,362:0.99:366
chr22	44282307	rs739232	G	A	6956.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=263;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=60;NR=117;PP=2965;SC=CCCAGTTTCCGTCAGCCGGGG;SOR=1.228;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=177;TCF=60;TCR=117;TR=177;WE=44282315;WS=44282297;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,261:1.00:261
chr22	44283440	rs2071881	G	A	2572.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.958;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=246;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.476;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=32;PP=1313;ReadPosRankSum=-0.897;SC=TGTGGGACATGATCCCCAGCC;SOR=0.760;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=165;TCF=101;TCR=64;TR=84;WE=44283448;WS=44283430;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:117,124:0.51:241
chr22	44283556	rs5764380	A	G	10373.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-1.998;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=399;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.020;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.145;NF=124;NR=120;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.129;SC=GGCAAGGGTGAGATGGGCAAG;SOR=0.111;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=246;TCF=126;TCR=120;TR=244;WE=44283564;WS=44283546;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,389:0.99:391
chr22	44283676	.	G	GAC	10096.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.375;ClippingRankSum=0.000;DP=254;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=35;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.166;NF=17;NR=79;PP=2974;ReadPosRankSum=-0.806;SC=AGGGCTCAGGGCAGGAGCCTG;SOR=0.537;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=118;TCF=22;TCR=96;TR=96;WE=44283697;WS=44283666;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,229:1.00:230
chr22	44283677	.	CAGGAG	C	10096.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-1.874;ClippingRankSum=0.000;DP=224;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=45.28;ReadPosRankSum=-0.761;SOR=0.543;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,222:1.00:223
chr22	44283687	rs143992164	GGCA	G	9691.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.008;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=35;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=78;PP=2948;ReadPosRankSum=-1.371;SC=CAGGAGCCTGGGCAGGACCTT;SOR=0.567;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=92;TCF=13;TCR=79;TR=91;WE=44283697;WS=44283666;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,215:1.00:216
chr22	44285658	rs743934	G	A	436.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.147;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.421;HP=3;HapScore=4;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=6;PP=585;ReadPosRankSum=-1.545;SC=AGCACAGAACGGGGTTCCAGA;SOR=0.351;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=29;TCF=20;TCR=9;TR=16;WE=44285675;WS=44285648;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,21:0.58:36
chr22	44285667	rs713864	G	A	388.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.326;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.925;HP=2;HapScore=4;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=5;PP=512;ReadPosRankSum=-0.721;SC=CGGGGTTCCAGAGTGCACTCA;SOR=1.432;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=35;TCF=23;TCR=12;TR=18;WE=44285675;WS=44285648;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,19:0.46:41
chr22	44285765	rs2017461	A	G	4080.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=52;NR=37;PP=1641;SC=AAGAGTCAGCAGGAACACAAC;SOR=0.884;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=89;TCF=52;TCR=37;TR=89;WE=44285773;WS=44285755;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,158:1.00:158
chr22	44285812	rs743935	C	T	1502.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.109;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=21;PP=556;ReadPosRankSum=1.658;SC=TTCCTAGGCACGGTTTCTAAT;SOR=0.648;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=99;TCF=51;TCR=48;TR=44;WE=44285820;WS=44285802;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,78:0.48:162
chr22	44286950	rs2071883	G	A	3073.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-2.566;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=322;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.406;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=35;PP=1049;ReadPosRankSum=-1.091;SC=ACCTGGATGAGCTCATCGCAG;SOR=0.731;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=174;TCF=93;TCR=81;TR=78;WE=44286958;WS=44286940;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:159,158:0.50:317
chr22	44287062	rs2071884	A	G	3344.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.325;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=289;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.438;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=57;PP=1663;ReadPosRankSum=2.421;SC=GGGGCAGAGCATCCTGCAGCT;SOR=0.716;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=201;TCF=101;TCR=100;TR=117;WE=44287070;WS=44287052;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:121,159:0.57:280
chr22	44287207	rs916358	C	T	2057.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-2.224;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=243;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.007;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=45;PP=944;ReadPosRankSum=-0.563;SC=GAGACCTCAGCGCCCAGGGAT;SOR=0.615;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=155;TCF=65;TCR=90;TR=81;WE=44287215;WS=44287197;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:123,111:0.47:234
chr22	44323074	rs139047	G	A	3226.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=19;NR=58;PP=1645;SC=TCTGGACGTTGTCAAGTTAGA;SOR=1.713;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=78;TCF=19;TCR=59;TR=77;WE=44323082;WS=44323064;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr22	44324727	rs738409	C	G	5568.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.022;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=344;ExcessHet=3.0103;FS=0.823;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.38;ReadPosRankSum=1.135;SOR=0.743;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:193,147:0.43:340
chr22	44324730	rs738408	C	T	5574.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.004;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=344;ExcessHet=3.0103;FS=0.396;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.40;ReadPosRankSum=0.808;SOR=0.741;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:191,149:0.44:340
chr22	44324855	rs3747207	G	A	852.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=0.505;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.085;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=23;PP=551;ReadPosRankSum=0.200;SC=CACTGGTGTCGGGCACCTCAG;SOR=0.320;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=56;TCF=11;TCR=45;TR=30;WE=44324863;WS=44324845;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,36:0.56:64
chr22	44328730	rs4823173	G	A	1352.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.627;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.846;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=17;PP=596;ReadPosRankSum=0.132;SC=TTCAGACAGTGCCAGTCCTTT;SOR=0.836;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=118;TCF=67;TCR=51;TR=43;WE=44328738;WS=44328720;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:114,72:0.39:186
chr22	44328832	rs34179073	C	T	2324.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-1.175;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=251;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=37;PP=983;ReadPosRankSum=-1.010;SC=TGTCCCCCTTCTATGGGGAGT;SOR=0.684;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=141;TCF=65;TCR=76;TR=69;WE=44328840;WS=44328822;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:128,119:0.48:247
chr22	44332878	rs34879941	C	T	849.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=0.588;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=10;PP=1689;ReadPosRankSum=0.975;SC=GGGTGGGTAACGACCACCACT;SOR=0.652;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=67;TCF=47;TCR=20;TR=34;WE=44332896;WS=44332868;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,38:0.51:74
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chr22	44342325	rs2294919	C	T	1614.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-1.891;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=45;PP=993;ReadPosRankSum=1.082;SC=CATCTTTGTGCAGCTACCTCC;SOR=0.659;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=145;TCF=47;TCR=98;TR=65;WE=44342333;WS=44342315;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:98,80:0.45:178
chr22	44364594	rs5764434	C	T	10314.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.289;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=409;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.53;ReadPosRankSum=0.652;SOR=0.390;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:3,401:0.99:404
chr22	44364794	rs2273031	T	C	953.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-1.677;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=33;PP=770;ReadPosRankSum=-0.580;SC=AGCAGAGCACTGCTCCCTGCT;SOR=2.476;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=39;TCF=5;TCR=34;TR=38;WE=44364802;WS=44364784;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,36:0.97:37
chr22	44368122	rs3761472	A	G	1102.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.794;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.392;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=24;PP=701;ReadPosRankSum=0.455;SC=TTAGGTGATGACGCACTTCCA;SOR=0.575;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=95;TCF=44;TCR=51;TR=46;WE=44368130;WS=44368112;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,57:0.44:130
chr22	44368204	rs3177036	A	G	2406.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=22;NR=47;PP=1485;SC=CCATGGTTGGAAACAATGAAG;SOR=1.402;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=69;TCF=22;TCR=47;TR=69;WE=44368212;WS=44368194;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr22	44368728	rs34361615	A	AT,ATT	1190.73	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.557;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=11.328;HP=13;HapScore=3;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=40;PP=1097;ReadPosRankSum=1.271;SC=GACCACTGCTATTTTTTTTTT;SOR=0.296;SbPval=0.1;Source=Platypus;TC=128;TCF=64;TCR=64;TR=63;WE=44368749;WS=44368718;set=Intersection	GT:AF:DP	0/1:0.44:208
chr22	44368741	rs932430	C	T	4263.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.940;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=251;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=20.21;ReadPosRankSum=-2.511;SOR=0.647;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,170:0.81:211
chr22	44372069	rs2073084	G	A	3003.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.092;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=304;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=53;PP=1424;ReadPosRankSum=-1.374;SC=TTTCGGTAACGGTTTCTCTTA;SOR=0.714;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=200;TCF=89;TCR=111;TR=95;WE=44372077;WS=44372059;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:155,146:0.49:301
chr22	44372190	rs2073085	C	T	555.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=2.558;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=21;PP=392;ReadPosRankSum=-0.374;SC=TCCACAGTGGCGGCCCCCACT;SOR=0.720;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=52;TCF=7;TCR=45;TR=24;WE=44372198;WS=44372180;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,25:0.45:56
chr22	44372632	rs14315	C	T	3783.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.61;BaseQRankSum=-0.391;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=385;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=44;PP=1285;ReadPosRankSum=0.767;SC=TCTTTCAGCACGCCATGGTCA;SOR=0.714;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=182;TCF=93;TCR=89;TR=92;WE=44372640;WS=44372622;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:184,190:0.51:374
chr22	44377442	rs4823182	A	G	601.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.269;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=18;PP=369;ReadPosRankSum=-0.207;SC=TTAGGAGAGCATAGTATTTCA;SOR=0.651;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=46;TCF=7;TCR=39;TR=22;WE=44377450;WS=44377432;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,26:0.49:53
chr22	44379740	rs2294923	C	A	3949.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.999;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=380;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.693;HP=3;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=43;PP=1661;ReadPosRankSum=0.324;SC=ACATGTGTTTCCTACGCGTTC;SOR=0.594;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=220;TCF=137;TCR=83;TR=109;WE=44379748;WS=44379730;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:186,191:0.51:377
chr22	44379822	rs10452	T	C	12985.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=504;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=146;NR=154;PP=2965;SC=GGTTTTACCTTGGGGGACCCA;SOR=0.734;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=300;TCF=146;TCR=154;TR=300;WE=44379830;WS=44379812;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,502:1.00:502
chr22	44379838	rs8418	A	G	12770.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=495;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=138;NR=154;PP=2965;SC=ACCCACAAGCATCCGCGGATT;SOR=0.764;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=292;TCF=138;TCR=154;TR=292;WE=44379846;WS=44379828;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,493:1.00:493
chr22	44386281	rs7587	C	T	5874.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.450;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=624;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.094;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=83;NR=102;PP=2576;ReadPosRankSum=1.932;SC=TACAGACAGGCGACAGGTACG;SOR=0.777;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=370;TCF=169;TCR=201;TR=185;WE=44386289;WS=44386271;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:323,296:0.48:619
chr22	44395389	rs2281292	A	C	2640.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.838;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=291;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.411;HP=5;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=33;PP=1208;ReadPosRankSum=1.145;SC=TCCGACAAACAAAAAATGTTC;SOR=0.804;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=178;TCF=94;TCR=84;TR=75;WE=44395397;WS=44395379;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:162,128:0.44:290
chr22	44395451	rs1007863	T	C	3126.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.130;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=358;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=50;PP=1182;ReadPosRankSum=-2.510;SC=TTCCTGCAGCTGGGGCCTGTG;SOR=0.707;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=223;TCF=110;TCR=113;TR=98;WE=44395459;WS=44395441;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:191,162:0.46:353
chr22	44420118	rs111806469	C	G	179.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=22.47;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr22	44420156	rs112388263	T	A	699.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=15;NR=6;PP=431;SC=GCCCTCGGCCTCTCCCCGGGG;SOR=1.302;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=22;TCF=16;TCR=6;TR=21;WE=44420164;WS=44420146;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr22	44489868	rs1983609	T	C	6570.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.744;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=259;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=96;PP=2668;ReadPosRankSum=-0.626;SC=CCCGCCCTGGTGGATGTTCAC;SOR=0.435;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=148;TCF=51;TCR=97;TR=147;WE=44489876;WS=44489858;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,253:1.00:254
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chr22	44514809	rs5764541	C	T	281.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=1.290;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=1;PP=192;ReadPosRankSum=2.223;SC=GCTGTGGTCCCGGTGGTGGCT;SOR=0.784;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=19;TCF=18;TCR=1;TR=11;WE=44514817;WS=44514799;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,13:0.52:25
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chr22	44582499	rs79478	T	C	17861.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=700;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=196;NR=247;PP=2965;SC=GGACACCATCTGTGGTCTTGC;SOR=0.866;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=443;TCF=196;TCR=247;TR=443;WE=44582507;WS=44582489;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,687:1.00:687
chr22	44589857	rs139142	T	G	1300.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.680;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.632;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=33;PP=810;ReadPosRankSum=-0.760;SC=TTGTCCCTCTTTCTGTCTGTC;SOR=0.476;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=93;TCF=25;TCR=68;TR=46;WE=44589865;WS=44589847;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,58:0.51:113
chr22	44594476	rs139151	T	C	3479.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.238;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=432;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=72;NR=48;PP=1724;ReadPosRankSum=1.057;SC=TTCCATGTGATTGTCTCCAGT;SOR=0.653;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=310;TCF=185;TCR=125;TR=120;WE=44594484;WS=44594466;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:246,179:0.42:425
chr22	44594584	rs139152	C	G	5484.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-1.171;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=697;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.772;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=71;NR=85;PP=2295;ReadPosRankSum=-0.204;SC=ACCTCACTCCCAACTCTCCTG;SOR=0.570;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=392;TCF=168;TCR=224;TR=156;WE=44594592;WS=44594574;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:401,288:0.42:689
chr22	44602001	rs139185	G	T	1353.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=35;NR=8;PP=955;SC=ATTCAGAGGAGGACTGGCCAG;SOR=2.985;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=43;TCF=35;TCR=8;TR=43;WE=44602009;WS=44601991;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr22	44602229	rs139186	A	C	9764.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=375;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=125;NR=117;PP=2965;SC=GAGCACACTGAGGGTGCTCTA;SOR=0.742;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=242;TCF=125;TCR=117;TR=242;WE=44602237;WS=44602219;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,373:1.00:373
chr22	44681612	rs135388	A	G	5535.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.685;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.507;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=84;PP=2723;ReadPosRankSum=-0.699;SC=ACTCCCAACAAGGCGGTGTAA;SOR=0.598;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=146;TCF=62;TCR=84;TR=146;WE=44681620;WS=44681602;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,212:1.00:213
chr22	44965320	rs138593	G	A	6966.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=266;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=80;NR=83;PP=2965;SC=TGTGACATGGGAGTAAGTTTG;SOR=0.708;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=163;TCF=80;TCR=83;TR=163;WE=44965328;WS=44965310;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,262:1.00:262
chr22	44967767	rs138596	C	G	1005.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=1.088;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.776;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=12;PP=584;ReadPosRankSum=-0.450;SC=AGAGAAATAACGAGGCCCGAA;SOR=0.913;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=73;TCF=47;TCR=26;TR=37;WE=44967775;WS=44967757;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,45:0.52:87
chr22	45075738	rs763213	T	C	1388.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=0.093;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.941;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=17;PP=396;ReadPosRankSum=0.636;SC=CCGGAAAAGATGCCGGCGCAG;SOR=0.646;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=78;TCF=36;TCR=42;TR=36;WE=45075746;WS=45075728;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,71:0.49:145
chr22	45126638	rs3761484	G	T	555.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-5.215;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.519;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=3;PP=304;ReadPosRankSum=0.747;SC=CTATTGGAAGGGGTCTCCGTG;SOR=0.078;SbPval=0.22;Source=Platypus;TC=37;TCF=34;TCR=3;TR=20;WE=45126646;WS=45126628;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,25:0.56:45
chr22	45126775	rs3761485	T	C	4119.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-0.869;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=456;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=46;PP=1698;ReadPosRankSum=-1.442;SC=CACCCCTGGCTACTGCCCTTA;SOR=0.679;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=253;TCF=149;TCR=104;TR=112;WE=45126783;WS=45126765;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:245,210:0.46:455
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chr22	45182207	rs739176	G	A	978.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.310;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.528;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=14;PP=473;ReadPosRankSum=1.891;SC=GTGGGTGCACGGCTGAGGTAG;SOR=0.551;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=82;TCF=51;TCR=31;TR=34;WE=45182215;WS=45182197;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,49:0.43:113
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chr22	45204520	rs35386894	AT	A	793.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-2.344;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=5.381;HP=11;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=-0.180;NF=2;NR=20;PP=303;ReadPosRankSum=-0.350;SC=GTTGGCACTCATTTTTTTTTT;SOR=0.136;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=28;TCF=3;TCR=25;TR=22;WE=45204528;WS=45204510;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,44:0.94:47
chr22	45210666	rs2071758	G	A	1669.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-2.344;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.342;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=42;PP=882;ReadPosRankSum=-0.716;SC=AGAGGACCTCGCTGGGGTTGG;SOR=0.583;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=115;TCF=31;TCR=84;TR=59;WE=45210674;WS=45210656;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,80:0.52:154
chr22	45218223	rs136662	C	T	7623.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=294;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=108;NR=68;PP=2965;SC=CCTAATCGTTCTTTATTCTCT;SOR=1.011;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=179;TCF=110;TCR=69;TR=176;WE=45218231;WS=45218213;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,286:1.00:286
chr22	45221423	rs3209476	A	T	3181.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.244;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=299;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.390;HP=4;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=43;PP=1529;ReadPosRankSum=0.430;SC=CCAAGACACCACCGCCGCGGC;SOR=0.609;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=192;TCF=113;TCR=79;TR=100;WE=45221440;WS=45221413;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:146,150:0.51:296
chr22	45244930	rs2269543	C	T	4833.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.039;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=392;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.198;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=92;PP=2138;ReadPosRankSum=-1.415;SC=AGCAGATTCTCGGGATCACCT;SOR=0.818;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=252;TCF=95;TCR=157;TR=142;WE=45244938;WS=45244920;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:163,227:0.58:390
chr22	45279003	rs78473374	G	A	1046.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.712;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.465;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=12;PP=491;ReadPosRankSum=-0.821;SC=GGTGGGGTGTGTGGCTGCCAC;SOR=0.856;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=71;TCF=45;TCR=26;TR=35;WE=45279011;WS=45278993;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,52:0.43:122
chr22	45279320	rs3747224	A	G	276.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-2.261;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=10;PP=187;ReadPosRankSum=0.661;SC=CACAAAAACCAGGCAGTGGTG;SOR=0.610;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=24;TCF=4;TCR=20;TR=12;WE=45279328;WS=45279310;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,13:0.48:27
chr22	45291833	rs3752467	A	G	501.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.077;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.082;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=1;PP=305;ReadPosRankSum=0.520;SC=CAGACCACCCATCATCACACC;SOR=1.609;SbPval=0.98;Source=Platypus;TC=44;TCF=35;TCR=9;TR=19;WE=45291841;WS=45291823;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,26:0.45:58
chr22	45309653	rs3213527	C	T	932.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=22;NR=7;PP=579;SC=CCTCAGATGGCACCTGCAGAC;SOR=2.049;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=22;TCR=7;TR=29;WE=45309661;WS=45309643;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr22	45316507	rs4823420	T	A	2559.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=23;NR=56;PP=1624;SC=TTATGATTTTTAAAAAATCAC;SOR=1.542;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=79;TCF=23;TCR=56;TR=79;WE=45316515;WS=45316497;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr22	45577372	rs372438307	TCAAGTGGAACAGGAAAGAATTCTTGGCCAGTTTATTTA	TTGGAACAGGAAAGAATTCTTGGCCAGTTTATTTA,T	2184.73	.	AC=2,0;AF=1.00,0.00;ALERT;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=1;NR=13;PP=2967;SC=TTGCCTGCTCTCAAGTGGAAC;SOR=2.448;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=14;TCF=1;TCR=13;TR=14;WE=45577419;WS=45577362;set=Intersection	GT:AF:DP	1/1:1.00:49
chr22	45577377	rs376698610	TGGAACAGGAAAGAATTCTTGGCCAGTTTATTTAA	T	2168.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.26;SOR=2.448;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr22	45577411	.	A	T	365	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;FR=1.0000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MMLQ=28;MQ=60.0;NF=4;NR=13;PP=365;QD=23.5159536792;SC=AGTTTATTTAAAAATCCAGTT;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=22;TCF=4;TCR=18;TR=17;WE=45577419;WS=45577362;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:5,17:0.77:22
chr22	45579422	rs6006950	A	G	3599.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=43;NR=35;PP=1383;SC=TTTTTCAGTTAGCACAAAATC;SOR=0.864;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=78;TCF=43;TCR=35;TR=78;WE=45579430;WS=45579412;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,137:1.00:137
chr22	45595721	rs5765217	A	G	2232.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.305;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.851;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=27;PP=1040;ReadPosRankSum=-0.546;SC=ACTGAAGGGCACGGGGACCCT;SOR=0.889;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=126;TCF=68;TCR=58;TR=66;WE=45595729;WS=45595711;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:95,108:0.53:203
chr22	45598833	rs732373	C	T	5246.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.410;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=107;NR=36;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.239;SC=GTGAACTTGACGGATGGGAGC;SOR=1.115;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=144;TCF=108;TCR=36;TR=143;WE=45598841;WS=45598823;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,190:0.98:193
chr22	45680824	rs2255432	A	G	231.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.75;SOR=1.402;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr22	45682975	rs2673087	A	G	755.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=21;NR=4;PP=486;SC=AAGGATGATCAGGCATTTGAT;SOR=2.546;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=21;TCR=4;TR=25;WE=45682983;WS=45682965;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr22	45683246	rs2673088	C	T	7805.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=302;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=98;NR=87;PP=2965;SC=CCTACCTGGTCAGGGTGGGTG;SOR=0.748;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=185;TCF=98;TCR=87;TR=185;WE=45683254;WS=45683236;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,300:1.00:300
chr22	45683304	rs1057353	G	C	7995.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=304;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=73;NR=105;PP=2965;SC=CCTCTGTAACGCACCCCTGTC;SOR=0.974;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=178;TCF=73;TCR=105;TR=178;WE=45683312;WS=45683294;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,304:1.00:304
chr22	45685002	rs1135360	A	G	3193.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.879;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=383;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.781;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=66;PP=1681;ReadPosRankSum=-0.057;SC=CCCTGTGGTCAGACCCCATCC;SOR=0.756;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=235;TCF=100;TCR=135;TR=113;WE=45685010;WS=45684992;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:218,163:0.43:381
chr22	45691594	rs1057356	A	G	1204.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.300;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=26;PP=608;ReadPosRankSum=0.744;SC=GCAAGCTCCAAGACTGAGCCC;SOR=0.707;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=94;TCF=39;TCR=55;TR=45;WE=45691602;WS=45691584;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,63:0.42:150
chr22	45718041	rs1473953	A	G	1734.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=0.085;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=252;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.565;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=21;PP=741;ReadPosRankSum=2.462;SC=CGAGAGTCCAACCAGCCTGAT;SOR=0.799;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=126;TCF=71;TCR=55;TR=52;WE=45718049;WS=45718031;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:152,96:0.39:248
chr22	45718922	rs34063912	CTG	CTGTGTG,C	389.73	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.930;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.773;HP=1;HapScore=4;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=3;PP=673;ReadPosRankSum=1.748;SC=TCAGAGGGGACTGTGTGTGTG;SOR=2.303;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=44;TCF=34;TCR=10;TR=22;WE=45718933;WS=45718912;set=Intersection	GT:AF:DP	0/1:0.28:46
chr22	45723696	rs6007591	G	C	614.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.989;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.307;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=6;PP=470;ReadPosRankSum=1.037;SC=CTGATGTTTTGGTAACTGTCG;SOR=1.079;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=58;TCF=45;TCR=13;TR=27;WE=45723704;WS=45723686;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,28:0.38:73
chr22	45723807	rs11556482	G	C	2909.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-1.005;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=286;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.549;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=34;PP=1227;ReadPosRankSum=-2.035;SC=CCGGAGTCCTGTGGTGCTGCA;SOR=0.843;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=163;TCF=88;TCR=75;TR=74;WE=45723815;WS=45723797;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:144,142:0.50:286
chr22	45723842	rs17851057	G	A	3088.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-1.241;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=328;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.400;HP=3;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-2.094;NF=30;NR=43;PP=1284;ReadPosRankSum=0.048;SC=TGATGGACAGGGGCGCCATGG;SOR=0.649;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=175;TCF=80;TCR=95;TR=73;WE=45723850;WS=45723832;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:171,157:0.48:328
chr22	45723947	rs74676649	A	G	908.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=2.526;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=25;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.207;NF=1;NR=18;PP=1152;ReadPosRankSum=-4.025;SC=AGACCAAGGTATGGGCTGGGG;SOR=0.613;SbPval=0.99;Source=Platypus;TC=63;TCF=15;TCR=48;TR=19;WE=45723966;WS=45723937;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,30:0.41:73
chr22	45723958	rs113718742	G	C	714.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.465;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=2.431;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.09;MQRankSum=0.606;QD=11.72;ReadPosRankSum=-2.308;SOR=0.389;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:42,19:0.31:61
chr22	45723965	.	A	C	392.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.729;ClippingRankSum=0.000;DP=145;ExcessHet=3.0103;FS=1.023;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.18;MQRankSum=-1.189;QD=2.75;ReadPosRankSum=3.732;SOR=0.843;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:128,15:0.10:143
chr22	45723966	.	G	A	392.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.961;ClippingRankSum=0.000;DP=143;ExcessHet=3.0103;FS=4.058;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.17;MQRankSum=-1.396;QD=2.79;ReadPosRankSum=4.302;SOR=1.280;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:128,13:0.09:141
chr22	45723970	.	T	TGCAGGTGTGGGGAGTTC	269.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.911;ClippingRankSum=0.000;DP=138;ExcessHet=3.0103;FS=1.214;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.14;MQRankSum=-1.611;QD=1.98;ReadPosRankSum=1.290;SOR=0.953;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:125,11:0.08:136
chr22	45726345	rs7285172	A	G	503.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=3.318;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.326;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=3;PP=368;ReadPosRankSum=1.129;SC=TTTTGAAGGTATAAGTGTAAA;SOR=0.998;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=43;TCF=34;TCR=9;TR=18;WE=45726353;WS=45726335;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,21:0.43:49
chr22	45728370	rs6007594	G	A	1455.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.755;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=17;PP=722;ReadPosRankSum=-1.759;SC=GAGACCCTTCGTGATCAGATA;SOR=0.637;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=99;TCF=67;TCR=32;TR=50;WE=45728378;WS=45728360;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,71:0.50:142
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chr22	45767455	rs136569	A	G	1433.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=14;NR=19;PP=687;SC=TCACTTTGTAACTGAGATTGT;SOR=0.892;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=14;TCR=19;TR=33;WE=45767463;WS=45767445;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr22	45767599	rs136570	G	A	216.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=6;PP=160;SC=TGGATAAAAGGTTAAATACCA;SOR=1.863;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=2;TCR=6;TR=8;WE=45767607;WS=45767589;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr22	45767946	rs136572	G	A	414.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=7;NR=2;PP=193;SC=AAAAGTATCTGAAAATTACAT;SOR=1.609;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=7;TCR=2;TR=9;WE=45767954;WS=45767940;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr22	45779335	rs136585	A	G	6714.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.736;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=261;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=122;NR=49;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.670;SC=AACTTTTATGACATGGATTTA;SOR=0.675;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=174;TCF=123;TCR=51;TR=171;WE=45779343;WS=45779325;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,244:1.00:245
chr22	45779553	rs11090629	C	T	1136.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-2.467;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.817;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=33;PP=684;ReadPosRankSum=1.033;SC=AATAAAGACACAATGTGTCAA;SOR=0.580;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=88;TCF=18;TCR=70;TR=42;WE=45779561;WS=45779543;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,52:0.48:109
chr22	45782646	rs136591	C	T	2110.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=57;NR=7;PP=1540;SC=AAAAAGAACACATAAAACGCA;SOR=3.521;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=64;TCF=57;TCR=7;TR=64;WE=45782654;WS=45782636;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr22	45782903	rs6007010	T	C	3492.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.759;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=260;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=71;PP=1810;ReadPosRankSum=0.211;SC=TAAGCTCCCTTAGTCTTTCAT;SOR=0.690;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=189;TCF=58;TCR=131;TR=101;WE=45782911;WS=45782893;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:108,150:0.58:258
chr22	45785840	rs8138001	A	G	599.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=1.568;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.649;HP=6;HapScore=4;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=24;PP=1038;ReadPosRankSum=-0.232;SC=ATAATTCATTATTTTCTAATG;SOR=1.244;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=64;TCF=11;TCR=53;TR=28;WE=45785855;WS=45785830;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,28:0.39:72
chr22	45785847	rs5764719	A	C	912.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=0.671;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.767;HP=1;HapScore=4;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=22;PP=1299;ReadPosRankSum=-0.564;SC=ATTATTTTCTAATGTAACAAA;SOR=0.245;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=55;TCF=10;TCR=45;TR=28;WE=45785855;WS=45785830;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,37:0.61:61
chr22	45789642	rs136603	A	C	4572.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=37;NR=73;PP=2466;SC=TCTTCATTAAATTCAGACATT;SOR=1.250;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=110;TCF=37;TCR=73;TR=110;WE=45789650;WS=45789632;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,163:1.00:163
chr22	45789743	rs136604	T	G	297.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=2.849;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=11;PP=238;ReadPosRankSum=0.974;SC=CAACAAATTATACAGCAAAAT;SOR=0.307;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=21;TCF=1;TCR=20;TR=12;WE=45789751;WS=45789733;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,12:0.57:21
chr22	45794925	rs79154	C	A	2889.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=58;NR=22;PP=1762;SC=TAATTCAAAGCAGCTGAAATA;SOR=1.855;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=80;TCF=58;TCR=22;TR=80;WE=45794933;WS=45794915;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
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chr22	45809698	rs2272805	G	A	5038.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.023;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=416;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=88;NR=71;PP=2373;ReadPosRankSum=0.149;SC=CCTTGCCTGCGCTACAGCTTC;SOR=0.689;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=267;TCF=152;TCR=115;TR=159;WE=45809706;WS=45809688;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:172,237:0.58:409
chr22	45810278	rs59404993	A	AC	13438.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=369;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=34;NR=140;PP=2936;SC=TAGACATGAAACTTTGGTGAG;SOR=0.704;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=175;TCF=34;TCR=141;TR=174;WE=45810286;WS=45810268;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,366:1.00:366
chr22	45813433	rs11320557	AT	A	2509.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=44;NR=22;PP=2324;SC=ATTCAAATTTATTTTTTCCTC;SOR=1.993;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=76;TCF=49;TCR=27;TR=66;WE=45813453;WS=45813423;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr22	45813445	rs5764723	G	A	1117.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-2.361;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.766;NF=30;NR=8;PP=652;ReadPosRankSum=0.607;SC=TTTTTCCTCTGAATCCTAAGC;SOR=0.771;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=102;TCF=75;TCR=27;TR=38;WE=45813453;WS=45813423;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,51:0.44:116
chr22	45813687	rs12172195	G	A	2518.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.697;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.061;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=54;PP=1408;ReadPosRankSum=3.436;SC=TTCGGAATACGATATCAGGAA;SOR=0.594;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=173;TCF=62;TCR=111;TR=86;WE=45813695;WS=45813677;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:104,117:0.53:221
chr22	45821715	rs1022476	C	T	1087.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-4.115;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=3;PP=693;ReadPosRankSum=1.742;SC=CCGACTCCTGCTGCCCTTAGC;SOR=0.776;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=62;TCF=56;TCR=6;TR=37;WE=45821723;WS=45821705;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,45:0.59:76
chr22	45821887	rs1022477	G	A	18084.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.506;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=522;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=151;NR=151;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.051;SC=AGGACAACTTGGCCGAGATCA;SOR=0.378;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=306;TCF=153;TCR=153;TR=302;WE=45821895;WS=45821877;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,514:0.99:517
chr22	45821909	rs2142661	C	T	5256.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.258;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=493;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.233;HP=2;HapScore=1;MGOF=31;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=85;NR=81;PP=2299;ReadPosRankSum=0.545;SC=CAACCTCCTGCGTGGGGACCT;SOR=0.570;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=301;TCF=144;TCR=157;TR=166;WE=45821917;WS=45821899;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:225,261:0.54:486
chr22	45821935	rs2142662	G	A	4758.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.511;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=416;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.751;HP=4;HapScore=2;MGOF=33;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=78;NR=78;PP=2164;ReadPosRankSum=-0.706;SC=CCGAGAACCCGCAGCAGGCAG;SOR=0.576;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=275;TCF=131;TCR=144;TR=156;WE=45821943;WS=45821925;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:181,230:0.56:411
chr22	45821956	rs1022478	C	G	3192.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=2.393;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=353;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=34;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=63;PP=1665;ReadPosRankSum=-0.680;SC=CCAGCTCCTTCGGGCCCCACC;SOR=0.715;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=255;TCF=111;TCR=144;TR=109;WE=45821964;WS=45821946;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:193,155:0.45:348
chr22	45822161	rs5765345	C	G	1065.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=7;NR=23;PP=709;SC=TCTGCCCTAGCACCTGCCCTC;SOR=2.179;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=31;TCF=7;TCR=24;TR=30;WE=45822169;WS=45822151;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr22	45826880	rs2072770	G	A	8363.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=318;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=82;NR=87;PP=2965;SC=CAGTGGCGGCGGCAGCGCGAC;SOR=0.752;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=169;TCF=82;TCR=87;TR=169;WE=45826888;WS=45826870;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,315:1.00:315
chr22	45827020	rs5765352	G	A	2248.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=20;NR=43;PP=1290;SC=GGTCAAGGACGAGGAGGGGGC;SOR=1.367;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=63;TCF=20;TCR=43;TR=63;WE=45827028;WS=45827010;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr22	45828091	rs35724408	CA	C	45.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.541;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=2.632;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=4.16;ReadPosRankSum=0.709;SOR=1.802;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,6:0.55:11
chr22	45897997	rs3810631	T	C	969.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=2.201;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.863;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=11;PP=684;ReadPosRankSum=-1.890;SC=CCCAGTGGCGTTCCTATGCGT;SOR=0.529;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=98;TCF=74;TCR=24;TR=42;WE=45898005;WS=45897987;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,45:0.43:105
chr22	45898117	rs3810633	T	C	6180.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-1.002;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=659;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.520;HP=1;HapScore=4;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=95;NR=71;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.041;SC=CCCCGGTAGCTATGAATTCCT;SOR=0.751;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=356;TCF=195;TCR=161;TR=166;WE=45898138;WS=45898107;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:347,308:0.47:655
chr22	45898130	rs3810634	A	T	6133.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.671;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=658;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=4;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=89;NR=86;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.600;SC=GAATTCCTATACAAGAGGCTC;SOR=0.694;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=363;TCF=183;TCR=180;TR=175;WE=45898138;WS=45898107;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:341,313:0.48:654
chr22	45898252	rs3810635	T	G	1530.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-4.131;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.869;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=56;PP=1225;ReadPosRankSum=-1.207;SC=ATTTTGGTTGTTTGTTGGCCT;SOR=0.970;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=128;TCF=15;TCR=113;TR=65;WE=45898260;WS=45898242;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,66:0.45:147
chr22	45914461	rs7292978	G	A	587.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=2.539;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.717;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=1;PP=351;ReadPosRankSum=-0.606;SC=TGATGCTGTCGTCAAGACAGA;SOR=0.362;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=40;TCF=38;TCR=2;TR=19;WE=45914469;WS=45914451;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,25:0.54:46
chr22	45918877	rs2018279	A	T	605.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.646;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=5;PP=239;ReadPosRankSum=-0.930;SC=AGAAAGTAATAAGTCCGTCTG;SOR=0.749;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=35;TCF=23;TCR=12;TR=15;WE=45918885;WS=45918867;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,30:0.51:59
chr22	45923827	rs136730	A	G	5128.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=64;NR=63;PP=2271;SC=CAGGTCTTCCAGGCATGCTGT;SOR=0.693;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=127;TCF=64;TCR=63;TR=127;WE=45923835;WS=45923817;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,200:1.00:200
chr22	45924001	rs136731	T	TG	1313.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=24;PP=950;SC=CATGTGATCGTGGGGCTGGCA;SOR=1.900;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=28;TCF=0;TCR=28;TR=24;WE=45924009;WS=45923991;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr22	45927045	rs6006767	T	C	466.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.552;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.159;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=2;PP=230;ReadPosRankSum=-0.702;SC=CAAATGGGCATTACTGCCTGA;SOR=0.976;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=45;TCF=34;TCR=11;TR=15;WE=45927053;WS=45927035;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,23:0.43:54
chr22	45927112	rs2239844	A	G	1811.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.423;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.310;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=18;PP=642;ReadPosRankSum=-1.695;SC=GGGTGTTTGGATAAATGTCTG;SOR=0.940;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=115;TCF=66;TCR=49;TR=51;WE=45927120;WS=45927102;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:98,90:0.48:188
chr22	45927220	rs6006768	C	G	1527.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.243;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.273;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=30;PP=728;ReadPosRankSum=-0.709;SC=ACTCGGGCGTCTCCCATCAGT;SOR=0.833;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=97;TCF=42;TCR=55;TR=52;WE=45927228;WS=45927210;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,76:0.50:153
chr22	45929190	rs2071936	C	T	1218.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=4.279;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.044;HP=2;HapScore=3;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=37;PP=1693;ReadPosRankSum=0.846;SC=TTCTCGTGTTCGCTGGAGTTT;SOR=0.914;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=73;TCF=7;TCR=66;TR=40;WE=45929208;WS=45929180;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,51:0.54:94
chr22	45929200	rs11702924	T	C	798.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-3.396;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=3;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=28;PP=1118;ReadPosRankSum=-1.470;SC=CGCTGGAGTTTGCAGCGCAGA;SOR=0.719;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=66;TCF=5;TCR=61;TR=30;WE=45929208;WS=45929180;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,40:0.47:85
chr22	45929577	rs105199	T	C	7229.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=270;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=113;NR=60;PP=2965;SC=CACATTCCTTTCTAGGATGTA;SOR=1.192;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=173;TCF=113;TCR=60;TR=173;WE=45929585;WS=45929567;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,267:1.00:267
chr22	45929594	rs3216851	TG	T	3608.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.684;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=325;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.418;HP=3;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=32;PP=1895;ReadPosRankSum=-1.120;SC=TGTATTAGGATGGGTCGTTCT;SOR=0.745;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=143;TCF=67;TCR=76;TR=55;WE=45929602;WS=45929584;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:190,129:0.40:319
chr22	45931262	rs2071938	C	T	2452.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=16;NR=59;PP=1720;SC=CCAGGAGGGGCCAGCGACCTA;SOR=2.359;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=75;TCF=16;TCR=59;TR=75;WE=45931270;WS=45931252;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr22	45937016	.	G	C	922.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-2.227;ClippingRankSum=0.000;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=11;PP=479;ReadPosRankSum=-0.650;SC=TTTGCAAAGAGGTGGGAAGGG;SOR=0.693;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=67;TCF=47;TCR=20;TR=36;WE=45937024;WS=45937006;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,43:0.52:83
chr22	45954029	rs2097484	G	A	1501.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=11;NR=17;PP=474;SC=TGGAGACCACGGGCATTTGAG;SOR=0.950;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=28;TCF=11;TCR=17;TR=28;WE=45954037;WS=45954019;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr22	45958694	rs743930	C	T	878.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-2.492;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.998;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=8;PP=577;ReadPosRankSum=1.404;SC=CGGCGGGAGGCCCCGCCTGCC;SOR=0.478;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=72;TCF=57;TCR=15;TR=34;WE=45958702;WS=45958684;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,40:0.48:84
chr22	45961213	rs1118	C	T	1417.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=9;NR=37;PP=1024;SC=CTTTGAGCTGCACCTGCCCCA;SOR=2.448;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=46;TCF=9;TCR=37;TR=46;WE=45961221;WS=45961203;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
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chr22	46326971	rs150637057	A	C	1759.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=3.673;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.048;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=14;PP=968;ReadPosRankSum=1.255;SC=CCGCACCCGCACCCTACCTTC;SOR=1.069;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=107;TCF=74;TCR=33;TR=53;WE=46326979;WS=46326961;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,76:0.51:150
chr22	46346121	rs10448592	G	A	710.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=4.299;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=25;PP=540;ReadPosRankSum=-0.549;SC=CTCAGTCACAGGCCCTGCACT;SOR=0.892;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=63;TCF=8;TCR=55;TR=27;WE=46346129;WS=46346111;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,28:0.47:60
chr22	46368130	rs62226057	T	C	1712.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=16;NR=23;PP=834;SC=TGGGCCGGCGTGCCTGGCGGG;SOR=0.957;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=39;TCF=16;TCR=23;TR=39;WE=46368138;WS=46368120;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr22	46368235	.	G	A	210.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=2.616;ClippingRankSum=-0.000;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.392;HP=3;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=7;PP=136;ReadPosRankSum=-2.839;SC=GGGCGCTAGGGGCCGGGTCTC;SOR=2.030;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=2;TCR=12;TR=7;WE=46368243;WS=46368225;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,9:0.50:18
chr22	46403320	rs115353123	C	T	848.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-2.317;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.954;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=23;PP=444;ReadPosRankSum=-2.000;SC=CTTGCTCGGCCAGCCGGCATC;SOR=0.387;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=81;TCF=29;TCR=52;TR=38;WE=46403328;WS=46403310;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,44:0.50:88
chr22	46447795	rs141796966	T	TA	191.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.62;BaseQRankSum=1.815;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=11;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=6;PP=86;ReadPosRankSum=0.882;SC=CAACAAAGGTTAAAAAAAAAA;SOR=0.818;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=16;TCF=3;TCR=13;TR=8;WE=46447803;WS=46447785;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,15:0.41:37
chr22	46449891	rs12159707	G	A	423.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.199;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=7;PP=193;ReadPosRankSum=0.441;SC=TGCGGGGTTGGGGGGGGAGGT;SOR=0.693;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=21;TCF=8;TCR=13;TR=11;WE=46449899;WS=46449881;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,19:0.61:31
chr22	46493852	rs3747243	C	T	4046.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.140;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=364;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=68;PP=1921;ReadPosRankSum=1.166;SC=AGGAGCCCATCGTGGGCTAGG;SOR=0.705;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=215;TCF=100;TCR=115;TR=127;WE=46493860;WS=46493842;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:162,199:0.55:361
chr22	46494039	rs6008955	A	G	357.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-1.121;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.628;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=11;PP=197;ReadPosRankSum=1.139;SC=CCCTGCCCAGAGTCCTCGAGG;SOR=1.206;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=34;TCF=12;TCR=22;TR=14;WE=46494047;WS=46494029;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,19:0.40:47
chr22	46499120	rs9616125	G	C	2927.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.903;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=301;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.378;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=49;PP=1525;ReadPosRankSum=-1.290;SC=GGCCTGGGCTGAGTCCTCAGG;SOR=0.799;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=169;TCF=79;TCR=90;TR=88;WE=46499128;WS=46499110;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:158,141:0.47:299
chr22	46501355	rs8139990	G	T	2490.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.766;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=278;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=32;PP=1406;ReadPosRankSum=-0.694;SC=GCCTGTGTTCGCCACGTGGCC;SOR=0.675;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=188;TCF=117;TCR=71;TR=85;WE=46501363;WS=46501345;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:149,118:0.44:267
chr22	46505337	rs11090905	G	A	190.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.135;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.840;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=8;PP=126;ReadPosRankSum=-0.752;SC=AGGTCCTTAGGTGGGGACTTG;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=1;TCR=19;TR=8;WE=46505345;WS=46505327;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,9:0.36:25
chr22	46505986	rs2474020	T	C	4026.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=35;NR=72;PP=2432;SC=GTGAGCACTGTAGGCTCTAGG;SOR=1.461;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=107;TCF=35;TCR=72;TR=107;WE=46505994;WS=46505976;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,139:1.00:139
chr22	46508765	rs731085	C	G	855.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.671;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=14;PP=382;ReadPosRankSum=-1.169;SC=GCGGGCAGGGCCAGGTTTGGG;SOR=0.788;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=61;TCF=30;TCR=31;TR=27;WE=46508773;WS=46508755;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,42:0.50:84
chr22	46594555	.	C	CTT	293.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.176;ClippingRankSum=0.000;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=4.262;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.16;MQRankSum=0.417;QD=11.30;ReadPosRankSum=0.029;SOR=0.195;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,19:0.73:26
chr22	46627603	rs4253772	C	T	232.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=0.333;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=1;PP=145;ReadPosRankSum=-1.555;SC=GTGATTTGGACGCAGGAGCTG;SOR=1.329;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=15;TCF=13;TCR=2;TR=9;WE=46627611;WS=46627593;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,10:0.62:16
chr22	46643964	rs9627280	T	C	747.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=1.859;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=7;PP=484;ReadPosRankSum=1.455;SC=CAGGGTGGGGTCTAAAGCTCC;SOR=0.675;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=60;TCF=47;TCR=13;TR=29;WE=46643972;WS=46643954;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,33:0.47:70
chr22	46644168	rs9627281	A	G	4810.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.988;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=521;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.738;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=81;NR=63;PP=2242;ReadPosRankSum=0.372;SC=ACGGCACTCTACATGGGACGC;SOR=0.828;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=313;TCF=163;TCR=150;TR=144;WE=46644176;WS=46644158;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:278,235:0.46:513
chr22	46652372	rs6008361	G	A	404.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-1.459;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.177;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=1;PP=322;ReadPosRankSum=1.206;SC=AGCATGACTAGGCCACTGACA;SOR=1.628;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=41;TCF=36;TCR=5;TR=17;WE=46652380;WS=46652362;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,17:0.41:41
chr22	46652737	rs6008362	G	A	5422.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.607;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=504;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=83;NR=78;PP=2404;ReadPosRankSum=-1.466;SC=TGATCAAGACGCAGATCATCA;SOR=0.731;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=324;TCF=166;TCR=158;TR=161;WE=46652745;WS=46652727;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:236,259:0.52:495
chr22	46652929	rs6008365	G	A	3171.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.969;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=308;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.920;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=56;PP=1815;ReadPosRankSum=2.274;SC=AGAAATACACGGACACAACAA;SOR=0.574;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=211;TCF=97;TCR=114;TR=109;WE=46652937;WS=46652919;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:154,144:0.48:298
chr22	46652959	rs4508712	A	G	2891.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-1.421;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=273;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.928;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=49;PP=1696;ReadPosRankSum=-0.082;SC=GGCAGATGCCAGGGAGGGCAG;SOR=0.770;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=207;TCF=110;TCR=97;TR=107;WE=46652967;WS=46652949;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:135,134:0.50:269
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chr22	46655493	.	C	T	5958.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=3.216;ClippingRankSum=0.000;DP=591;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.518;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=100;NR=84;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.656;SC=GTCCCAGACCCCCAACGACTT;SOR=0.728;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=371;TCF=195;TCR=176;TR=184;WE=46655501;WS=46655483;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:304,274:0.47:578
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chr22	46656511	rs9627324	A	G	6028.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=2.014;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=558;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.722;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=93;NR=93;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.789;SC=ACATTGTAGAAATGGGACCAT;SOR=0.583;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=351;TCF=168;TCR=183;TR=186;WE=46656519;WS=46656501;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:273,279:0.51:552
chr22	46656607	rs8143066	G	A	3080.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.524;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=313;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.385;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=70;PP=1885;ReadPosRankSum=1.894;SC=AGAGCTGGTTGATACCCCACT;SOR=0.800;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=206;TCF=78;TCR=128;TR=112;WE=46656615;WS=46656597;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:160,145:0.48:305
chr22	46656805	rs6519994	G	A	2504.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=1.309;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=253;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.220;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=30;PP=1441;ReadPosRankSum=1.176;SC=CAGTACTCACGATTTCTATTT;SOR=0.561;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=182;TCF=121;TCR=61;TR=85;WE=46656813;WS=46656795;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:128,117:0.48:245
chr22	46657261	rs6007747	A	G	4419.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.462;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=340;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.574;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=75;PP=2185;ReadPosRankSum=-1.475;SC=CTCCTAGAGAATCATAGACCT;SOR=0.804;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=243;TCF=118;TCR=125;TR=139;WE=46657269;WS=46657251;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:137,202:0.60:339
chr22	46657798	rs6007748	A	G	3084.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.091;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=326;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.470;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=75;PP=1843;ReadPosRankSum=0.624;SC=AAGAAAATCTATCAGAGACAA;SOR=0.853;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=260;TCF=106;TCR=154;TR=124;WE=46657806;WS=46657788;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:164,147:0.47:311
chr22	46658978	rs112735000	T	C	118.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=2.155;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.760;HP=5;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=4;PP=54;ReadPosRankSum=1.339;SC=GGTCCCGCCATGGGGGAAGCA;SOR=1.061;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=17;TCF=9;TCR=8;TR=7;WE=46658986;WS=46658968;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,8:0.33:24
chr22	46659186	rs113101219	C	A	137.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.62;BaseQRankSum=0.111;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=30;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=2;PP=31;ReadPosRankSum=1.540;SC=CTCAGGCCCACGCCCAGAAGG;SOR=0.527;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=8;TCF=3;TCR=5;TR=3;WE=46659194;WS=46659176;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,8:0.47:17
chr22	46659294	.	G	C	138.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.383;ClippingRankSum=-0.000;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=2.463;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=12.62;ReadPosRankSum=0.191;SOR=1.206;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,6:0.55:11
chr22	46664564	rs138035782	TTTTTG	T	1509.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.113;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.35;ReadPosRankSum=0.740;SOR=0.759;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:45,42:0.48:87
chr22	46664985	rs58531030	GC	G	1014.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.558;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.729;HP=10;HapScore=3;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=16;PP=268;ReadPosRankSum=2.083;SC=ACATATCTCTGCCCCCCCCCC;SOR=0.781;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=57;TCF=26;TCR=31;TR=25;WE=46664993;WS=46664975;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,48:0.44:110
chr22	46665006	rs9615330	A	G	1260.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.992;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.616;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=19;PP=680;ReadPosRankSum=0.372;SC=ACAGCGTCCTAAAAGGGCCTC;SOR=0.618;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=91;TCF=55;TCR=36;TR=45;WE=46665014;WS=46664996;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,64:0.44:147
chr22	46677607	rs130642	T	C	8422.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=311;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=94;NR=102;PP=2965;SC=CTCAGAGACCTTCTGGAAGGT;SOR=0.733;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=196;TCF=94;TCR=102;TR=196;WE=46677615;WS=46677597;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,308:1.00:308
chr22	46679851	rs6008505	T	G	296.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-0.236;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.848;HP=12;HapScore=4;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=13;PP=468;ReadPosRankSum=1.863;SC=ATAAATTCTCTTTTTTTTTTT;SOR=0.560;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=103;TCF=67;TCR=36;TR=36;WE=46679859;WS=46679840;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,30:0.34:88
chr22	46680067	rs6008507	T	C	1826.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.456;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.418;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=40;PP=1011;ReadPosRankSum=-1.716;SC=AAGAGCACTCTAGGCTTCAAC;SOR=0.546;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=98;TCF=26;TCR=72;TR=55;WE=46680075;WS=46680057;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,83:0.58:144
chr22	46682955	rs55926596	C	T	3785.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=2.444;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=247;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.205;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=23;PP=909;ReadPosRankSum=-2.621;SC=CCGCCTTGGCCGCCCTGTCTT;SOR=1.113;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=144;TCF=86;TCR=58;TR=66;WE=46682963;WS=46682945;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:145,100:0.41:245
chr22	46682976	rs55653327	C	T	4315.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=1.767;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=303;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.344;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=31;PP=1190;ReadPosRankSum=0.342;SC=CCAGATCCTTCCCAGCCTGCA;SOR=0.998;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=166;TCF=92;TCR=74;TR=79;WE=46682984;WS=46682966;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:170,129:0.43:299
chr22	46684528	rs739165	C	T	3176.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=2.780;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=334;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.518;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=87;PP=1889;ReadPosRankSum=0.601;SC=CTCACCCTGCCGAGAGGGTGA;SOR=0.849;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=265;TCF=81;TCR=184;TR=122;WE=46684536;WS=46684518;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:180,149:0.45:329
chr22	46684558	rs739164	T	C	1856.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-4.003;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.656;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=64;PP=1115;ReadPosRankSum=0.249;SC=AGGGCCATGCTGAGACCTGTT;SOR=0.616;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=160;TCF=28;TCR=132;TR=77;WE=46684566;WS=46684548;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:97,91:0.48:188
chr22	46685131	rs11703848	A	G	217.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=1.726;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=1;PP=105;ReadPosRankSum=-2.985;SC=TGAGCTCAGTACCCTGTCCTG;SOR=0.495;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=17;TCF=13;TCR=4;TR=6;WE=46685139;WS=46685121;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,10:0.45:22
chr22	46685274	rs11704586	T	C	1453.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-2.323;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.379;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=20;PP=552;ReadPosRankSum=-0.396;SC=GGCAGGCAGCTGAGGGCACCG;SOR=0.565;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=84;TCF=50;TCR=34;TR=46;WE=46685282;WS=46685264;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,69:0.52:132
chr22	46685380	rs11705624	C	T	1913.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=1.148;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=27;PP=697;ReadPosRankSum=0.116;SC=AGGCTGAGGACGGGAACCCTG;SOR=0.669;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=93;TCF=44;TCR=49;TR=52;WE=46685388;WS=46685370;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,94:0.54:173
chr22	46704243	rs6008598	C	T	4568.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.954;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=418;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=84;NR=69;PP=2426;ReadPosRankSum=-0.875;SC=AAGTCTTCTTCGGACCCTTTG;SOR=0.657;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=284;TCF=156;TCR=128;TR=153;WE=46704251;WS=46704233;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:201,212:0.51:413
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chr22	46704916	rs6007819	C	G	612.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=5.412;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=21;PP=440;ReadPosRankSum=-2.227;SC=AAGCCACATGCGGAAAGCCTC;SOR=1.179;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=45;TCF=3;TCR=42;TR=22;WE=46704924;WS=46704906;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,24:0.49:49
chr22	46707907	rs6008612	G	A	303.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-2.905;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=0;PP=167;ReadPosRankSum=-0.875;SC=CCTTCAATCTGGCTGATGAAT;SOR=0.735;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=38;TCF=34;TCR=4;TR=12;WE=46707915;WS=46707897;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,16:0.37:43
chr22	46707924	rs6008613	G	T	959.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.570;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.48;ReadPosRankSum=-0.638;SOR=0.661;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,24:0.39:62
chr22	46707928	rs6008615	G	A	1017.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.011;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=1.062;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.75;ReadPosRankSum=-1.680;SOR=0.519;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,30:0.43:69
chr22	46707954	rs6008616	A	G	1174.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=2.327;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=7;PP=691;ReadPosRankSum=-1.473;SC=GATGGGGCCTAGGCTCGCTCT;SOR=0.680;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=86;TCF=65;TCR=21;TR=37;WE=46707962;WS=46707944;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,50:0.48:104
chr22	46709881	rs6008622	G	A	3044.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.565;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=345;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.400;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=65;PP=1489;ReadPosRankSum=0.711;SC=GGGGCATCCAGTGCGTGCACA;SOR=0.732;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=229;TCF=89;TCR=140;TR=105;WE=46709900;WS=46709871;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:183,154:0.46:337
chr22	46711920	rs11446441	A	AC	5295.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.480;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=365;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.838;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.003;NF=42;NR=44;PP=2933;ReadPosRankSum=0.860;SC=TTGTGTGTATACCTTCTAGCT;SOR=1.044;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=178;TCF=78;TCR=100;TR=86;WE=46711928;WS=46711910;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:179,180:0.50:359
chr22	46712077	rs9615947	C	T	6393.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=4.025;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=598;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.088;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=105;NR=112;PP=2962;ReadPosRankSum=0.046;SC=CCAAGCGGGTCGATGTTTCTG;SOR=0.763;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=425;TCF=212;TCR=213;TR=217;WE=46712085;WS=46712067;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:300,294:0.49:594
chr22	46719100	rs6008684	C	G	4194.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.370;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=453;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=73;NR=67;PP=2249;ReadPosRankSum=-0.363;SC=ACTCCCCGGACAGCTCAACAC;SOR=0.732;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=282;TCF=143;TCR=139;TR=140;WE=46719108;WS=46719090;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:242,206:0.46:448
chr22	46722400	rs140054	T	C	14330.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=550;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=205;NR=135;PP=2965;SC=GCTGAGCGCATGGCGTGTGTC;SOR=1.011;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=340;TCF=205;TCR=135;TR=340;WE=46722408;WS=46722390;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,546:1.00:546
chr22	46722531	rs9615949	C	T	4905.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.853;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=536;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.105;HP=3;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=92;PP=2370;ReadPosRankSum=-0.553;SC=CCTCTGAGCCCCGCAAGAACT;SOR=0.606;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=336;TCF=134;TCR=202;TR=158;WE=46722539;WS=46722521;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:274,244:0.47:518
chr22	46722560	rs6008700	C	T	3477.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.543;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=378;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.812;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=79;PP=1825;ReadPosRankSum=-1.600;SC=AGGTAAGACACGAAGGTGGTA;SOR=0.643;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=256;TCF=84;TCR=172;TR=120;WE=46722568;WS=46722550;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:199,169:0.46:368
chr22	46724558	rs140053	T	C	9716.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=367;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=125;NR=97;PP=2965;SC=AGAGACATTTTCTCATAAGTT;SOR=0.858;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=222;TCF=125;TCR=97;TR=222;WE=46724566;WS=46724548;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,364:1.00:364
chr22	46731689	rs11090865	G	T	2909.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.475;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=295;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.211;HP=4;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=92;NR=45;PP=2155;ReadPosRankSum=-0.163;SC=CGTCGTGTGCGCCCTGTCCGG;SOR=0.531;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=261;TCF=169;TCR=92;TR=137;WE=46731697;WS=46731679;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:153,140:0.48:293
chr22	46731771	rs11090866	G	C	4273.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=2.681;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=667;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=27.611;HP=8;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=105;NR=108;PP=2962;ReadPosRankSum=0.544;SC=CCCGCCCCCCGCCGAGCGAAT;SOR=2.010;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=433;TCF=222;TCR=211;TR=213;WE=46731779;WS=46731754;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:409,236:0.37:645
chr22	46731791	rs2272937	G	A	5705.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-1.288;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=762;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=17.187;HP=3;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=105;NR=124;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.764;SC=TGTGTCCCCGGAAACCTGTCC;SOR=1.645;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=450;TCF=218;TCR=232;TR=229;WE=46731799;WS=46731781;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:441,316:0.42:757
chr22	46739024	rs9615954	T	G	139.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=3.432;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.410;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=8;NR=0;PP=135;ReadPosRankSum=0.214;SC=TGACTGACGTTCTCCTGTTTT;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=14;TCR=4;TR=8;WE=46739032;WS=46739014;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,6:0.40:15
chr22	46739070	rs112770345	T	TTC	703.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=2.932;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.944;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=10;PP=571;ReadPosRankSum=-0.819;SC=CAAGGGGAAATTACATTAAAC;SOR=1.460;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=25;TCF=12;TCR=13;TR=20;WE=46739078;WS=46739060;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,19:0.50:38
chr22	46739096	.	C	CT	148.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.921;ClippingRankSum=0.000;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=1.364;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.81;ReadPosRankSum=-0.128;SOR=1.107;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,17:0.32:53
chr22	46746419	rs79354880	C	A	671.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=2.283;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=15;PP=321;ReadPosRankSum=0.488;SC=CTGCATGGCACGGAGCAGCTG;SOR=0.728;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=45;TCF=9;TCR=36;TR=18;WE=46746427;WS=46746409;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,29:0.48:61
chr22	46748310	rs6008770	T	C	901.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-1.032;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=25;PP=473;ReadPosRankSum=1.648;SC=CCAGAGTTCCTGTCGTCCCTT;SOR=0.660;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=67;TCF=19;TCR=48;TR=36;WE=46748318;WS=46748300;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,44:0.56:79
chr22	46749634	rs9615956	C	T	1217.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.817;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=21;PP=653;ReadPosRankSum=1.842;SC=ACTTGTTGCCCAGCCTCATGG;SOR=0.707;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=109;TCF=62;TCR=47;TR=49;WE=46749642;WS=46749624;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,62:0.41:152
chr22	46752080	rs8135519	G	C	470.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=2.442;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=15;PP=337;ReadPosRankSum=0.802;SC=GTGTGCTCGGGTCACACAGCT;SOR=0.756;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=35;TCF=6;TCR=29;TR=18;WE=46752088;WS=46752070;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,19:0.51:37
chr22	46760086	rs35364389	C	T	3180.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=0.419;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=379;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=42;PP=1255;ReadPosRankSum=-2.325;SC=CGGAGCCGGCCCTTCAGCGTC;SOR=0.674;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=227;TCF=112;TCR=115;TR=82;WE=46760094;WS=46760076;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:208,160:0.43:368
chr22	46760481	rs9615351	C	G	2067.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.073;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.081;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=23;PP=1108;ReadPosRankSum=0.159;SC=GGGGGGTACTCTCCACGGTGA;SOR=1.044;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=128;TCF=78;TCR=50;TR=67;WE=46760489;WS=46760471;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:99,95:0.49:194
chr22	46760665	rs9615352	C	T	2609.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=1.234;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.320;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=43;PP=1042;ReadPosRankSum=-0.326;SC=CAGCAGGCAGCGGCACTGCCA;SOR=0.853;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=131;TCF=49;TCR=82;TR=64;WE=46760673;WS=46760655;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:97,123:0.56:220
chr22	46761497	rs12165943	C	G	1564.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.824;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.626;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=11;PP=793;ReadPosRankSum=-2.191;SC=GGGATCCTTGCAGCTCCTGGG;SOR=0.766;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=87;TCF=59;TCR=28;TR=39;WE=46761505;WS=46761487;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,69:0.47:148
chr22	46761723	.	TGTGGGGGAAAGGTGGTGGGGGGAAAGGTTGGGTGGGGGGAAGGTGGTGGGTGGAAAGGTTGG	T	670.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.691;ClippingRankSum=0.000;DP=92;ExcessHet=3.0103;FS=11.006;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.38;MQRankSum=1.786;QD=7.62;ReadPosRankSum=-6.688;SOR=1.621;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,50:0.57:88
chr22	46761730	.	GA	G	712	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.69;FR=0.5000;HP=4;HapScore=2;MGOF=20;MMLQ=26;MQ=59.95;NF=1;NR=17;PP=712;QD=41.3888888889;SC=GTATGTGGGGGAAAGGTGGTG;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=36;TCF=1;TCR=35;TR=18;WE=46761738;WS=46761720;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:18,18:0.50:36
chr22	46762116	.	G	A	1485	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.66;FR=0.5000;HP=2;HapScore=1;MGOF=118;MMLQ=27;MQ=58.32;NF=28;NR=0;PP=1485;QD=54.2775433053;SC=GGCGGGGAGGGAAGGTGCGGG;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=41;TCF=33;TCR=8;TR=28;WE=46762160;WS=46762106;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:13,28:0.68:41
chr22	46762126	.	GGCA	G	2437	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.66;FR=0.5000;HP=3;HapScore=1;MGOF=118;MMLQ=23;MQ=58.05;NF=23;NR=1;PP=2437;QD=102.958333333;SC=GAAGGTGCGGGGCAGGGAGGG;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=27;TCF=25;TCR=2;TR=24;WE=46762160;WS=46762106;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:3,24:0.89:27
chr22	46762146	.	GT	G	2802	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.66;FR=0.5000;HP=2;HapScore=1;MGOF=118;MMLQ=24;MQ=59.04;NF=27;NR=1;PP=2802;QD=20;SC=GAAGTTGCGGGTGGGAAGAAG;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=30;TCF=29;TCR=1;TR=28;WE=46762160;WS=46762106;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:2,28:0.93:30
chr22	46762214	rs73889254	T	G	880.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.474;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FS=5.197;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.83;ReadPosRankSum=-2.146;SOR=0.699;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:101,50:0.33:151
chr22	46762260	rs141907986	C	T	2471.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=0.765;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.811;HP=3;HapScore=1;MGOF=53;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=53;PP=2962;ReadPosRankSum=0.749;SC=GCCACCTCCCCGAACCCGGAG;SOR=0.856;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=171;TCF=89;TCR=82;TR=109;WE=46762274;WS=46762250;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,117:0.61:193
chr22	46762266	rs77823653	C	T	1371.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=0.821;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.323;HP=2;HapScore=1;MGOF=53;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=25;PP=1900;ReadPosRankSum=-0.375;SC=TCCCCGAACCCGGAGCTGCGG;SOR=0.591;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=160;TCF=82;TCR=78;TR=54;WE=46762274;WS=46762250;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:121,76:0.39:197
chr22	46763094	rs11912939	C	G	478.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.885;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.114;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=9;PP=184;ReadPosRankSum=-1.164;SC=CACAGATGCGCATACAGCCTT;SOR=0.434;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=40;TCF=16;TCR=24;TR=16;WE=46763102;WS=46763084;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,23:0.45:51
chr22	46763757	rs76955646	G	A	1181.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=2.013;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.746;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=25;PP=644;ReadPosRankSum=-0.754;SC=AGGGAGCTGCGGGAGGGCAGG;SOR=0.825;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=81;TCF=28;TCR=53;TR=36;WE=46763765;WS=46763747;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,53:0.50:107
chr22	46765181	rs11273699	G	GTCAGGTCGCCGAC	15335.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=379;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=28;NR=93;PP=2967;SC=GCCGATCAATGTCTTCTCTCT;SOR=1.051;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=149;TCF=29;TCR=120;TR=121;WE=46765189;WS=46765171;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,336:1.00:336
chr22	46765823	rs9627428	G	C	2346.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.330;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.443;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=39;PP=1148;ReadPosRankSum=1.532;SC=AGAGGAAGGAGCAAGGAGTCC;SOR=0.545;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=120;TCF=49;TCR=71;TR=68;WE=46765831;WS=46765813;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:89,109:0.55:198
chr22	46769005	rs6008779	T	C	743.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.036;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=20;PP=460;ReadPosRankSum=-1.075;SC=CAGGCTGAGGTCAGACAGGCA;SOR=0.610;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=63;TCF=21;TCR=42;TR=32;WE=46769013;WS=46768995;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,37:0.49:76
chr22	46774446	rs56344079	C	G	1644.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.503;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=235;ExcessHet=3.0103;FS=8.698;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.09;ReadPosRankSum=1.303;SOR=1.188;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:143,89:0.38:232
chr22	46780385	rs80243022	C	T	2281.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.130;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=259;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.991;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=30;PP=1190;ReadPosRankSum=0.111;SC=GGGGCCCTCCCCTCCCTGAAC;SOR=0.606;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=176;TCF=115;TCR=61;TR=82;WE=46780393;WS=46780375;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:142,114:0.45:256
chr22	46780521	rs6007897	T	C	2778.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-2.492;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=318;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.081;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=48;PP=975;ReadPosRankSum=1.921;SC=TCATGGATGGTGTCGAATCGC;SOR=0.543;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=188;TCF=73;TCR=115;TR=80;WE=46780529;WS=46780511;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:167,145:0.46:312
chr22	46782249	rs6008788	A	G	1611.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-1.002;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.594;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=24;PP=793;ReadPosRankSum=-1.443;SC=GCTCTGGGGCACACCCCTGAT;SOR=0.462;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=109;TCF=66;TCR=43;TR=54;WE=46782257;WS=46782239;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,81:0.48:168
chr22	46785301	rs11090875	C	T	2111.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.688;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=273;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.508;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=25;PP=880;ReadPosRankSum=-0.883;SC=TGCCAAAGAGCGTGCCCGTGT;SOR=0.821;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=173;TCF=105;TCR=68;TR=67;WE=46785309;WS=46785291;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:156,110:0.41:266
chr22	46786315	rs4044210	T	C	1697.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.574;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=262;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.991;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=22;PP=668;ReadPosRankSum=1.053;SC=ACGAAGGAGATGGTGGTACAG;SOR=0.777;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=156;TCF=91;TCR=65;TR=58;WE=46786323;WS=46786305;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:163,96:0.37:259
chr22	46787694	rs6008794	A	G	3630.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.505;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FS=0.525;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.52;ReadPosRankSum=0.771;SOR=0.624;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:101,95:0.48:196
chr22	46787697	rs6008795	A	G	3605.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.866;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FS=1.103;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.21;ReadPosRankSum=1.224;SOR=0.593;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:104,94:0.47:198
chr22	46787832	rs9615978	A	G	506.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.088;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=14;PP=329;ReadPosRankSum=2.142;SC=GCCGCCAGCCATCCCACCCCT;SOR=0.686;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=49;TCF=14;TCR=35;TR=21;WE=46787840;WS=46787822;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,26:0.38:69
chr22	46790029	rs11703679	G	T	1144.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=3.271;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.481;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=11;PP=677;ReadPosRankSum=0.026;SC=TCATGGGGGCGGGGCCTCACC;SOR=0.869;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=103;TCF=71;TCR=32;TR=42;WE=46790037;WS=46790019;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,54:0.42:129
chr22	46805772	rs11704506	C	T	4928.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=2.368;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=476;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.522;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQ=60.02;MQRankSum=-1.024;NF=57;NR=89;PP=2175;ReadPosRankSum=0.098;SC=CTCCGAGCAGCGCAGCCTGGC;SOR=0.742;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=276;TCF=108;TCR=168;TR=146;WE=46805780;WS=46805762;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:225,238:0.51:463
chr22	46807439	rs28362161	C	T	1614.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=1.838;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=9;PP=1026;ReadPosRankSum=-0.058;SC=CTGGGAAGGCCGCAGGGTGAG;SOR=0.604;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=95;TCF=79;TCR=16;TR=54;WE=46807447;WS=46807429;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,63:0.59:106
chr22	46807698	rs7284664	A	G	3606.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=2.122;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=372;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.254;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=83;PP=2085;ReadPosRankSum=-0.628;SC=CGTTTTCTCCACCAGTGCCCT;SOR=0.774;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=260;TCF=98;TCR=162;TR=131;WE=46807706;WS=46807688;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:193,172:0.47:365
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chr22	46835338	rs9616008	G	A	380.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.060;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=11;PP=226;ReadPosRankSum=-0.923;SC=TGCCAGAGAGGAGGTTACCGA;SOR=0.770;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=25;TCF=4;TCR=21;TR=13;WE=46835346;WS=46835328;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,17:0.52:33
chr22	46858687	rs5768788	G	A	2143.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.887;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.594;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=23;PP=1191;ReadPosRankSum=-0.976;SC=TTTCTGTACCGCTCTCGGGGT;SOR=0.785;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=131;TCF=90;TCR=41;TR=75;WE=46858695;WS=46858677;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,97:0.56:172
chr22	46859003	rs3788696	G	C	849.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=5.434;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=11.552;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=26;PP=622;ReadPosRankSum=0.506;SC=TTTCTTTTAAGTGGATCTCAC;SOR=2.428;SbPval=0.97;Source=Platypus;TC=63;TCF=12;TCR=51;TR=28;WE=46859011;WS=46858993;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,32:0.46:70
chr22	46929359	rs5767248	C	G	1592.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=46;NR=5;PP=1085;SC=GGGCCTAGGCCGGGCGCCCAC;SOR=4.103;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=51;TCF=46;TCR=5;TR=51;WE=46929367;WS=46929353;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr22	46929692	rs4823561	A	G	14539.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=558;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=167;NR=176;PP=2965;SC=GCCGGGATGCAGCCGATCACG;SOR=0.745;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=344;TCF=167;TCR=177;TR=343;WE=46929700;WS=46929682;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,552:1.00:552
chr22	46931077	rs4823850	G	C	5785.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=67;NR=66;PP=2965;SC=CATGGGGGGCGAGCCGTGGTC;SOR=0.703;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=133;TCF=67;TCR=66;TR=133;WE=46931085;WS=46931067;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,209:1.00:209
chr22	46931292	rs61737812	C	T	5190.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.377;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=502;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.100;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=105;NR=72;PP=2787;ReadPosRankSum=-1.514;SC=CTCCAGAGTCCGCGTCCACCG;SOR=0.786;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=364;TCF=205;TCR=159;TR=177;WE=46931300;WS=46931282;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:250,242:0.49:492
chr22	46931793	rs1009154	G	C	11863.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=446;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=167;NR=197;PP=2965;SC=CCTCCACCAGGAGCTGGTACT;SOR=1.329;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=365;TCF=168;TCR=197;TR=364;WE=46931801;WS=46931783;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,438:1.00:438
chr22	46931838	rs1009155	G	A	13680.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=512;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=168;NR=180;PP=2965;SC=CCGCCCGTGTGCTCACCACGC;SOR=1.000;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=349;TCF=168;TCR=181;TR=348;WE=46931846;WS=46931828;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,504:1.00:504
chr22	47057076	rs34926187	G	A	742.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=4.997;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=2;PP=505;ReadPosRankSum=-0.943;SC=AAAACAAAACGTGTGCCTGTT;SOR=0.767;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=55;TCF=51;TCR=4;TR=28;WE=47057084;WS=47057073;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,30:0.52:58
chr22	47057191	rs2076707	C	T	4517.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.943;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=431;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.03;MQRankSum=-1.042;QD=10.78;ReadPosRankSum=-1.275;SOR=0.673;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:200,219:0.52:419
chr22	47057197	rs2076708	C	T	16022.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.099;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=474;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.02;MQRankSum=0.117;QD=34.68;ReadPosRankSum=-1.471;SOR=0.990;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:4,458:0.99:462
chr22	47058992	rs2542040	T	C	5597.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.64;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=53;NR=48;PP=1889;SC=ACGAGCGGTTTGGGGAGTACG;SOR=0.712;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=101;TCF=53;TCR=48;TR=101;WE=47059000;WS=47058982;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,214:1.00:214
chr22	47059597	rs2542035	A	G	1896.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=46;NR=15;PP=1131;SC=GTGCATGGCCATTCTGTGCAC;SOR=2.030;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=62;TCF=46;TCR=16;TR=61;WE=47059605;WS=47059587;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr22	47062894	rs6008947	G	T	292.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-0.739;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=9;PP=188;ReadPosRankSum=0.808;SC=TGGAGTCCTGGCCTGGCCTGA;SOR=0.941;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=24;TCF=5;TCR=19;TR=10;WE=47062902;WS=47062884;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,13:0.48:27
chr22	47064164	rs2748338	C	A	683.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=18;PP=492;SC=CGCCGGCCTCCGCTGCTGCCT;SOR=3.912;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=19;TCF=1;TCR=18;TR=19;WE=47064172;WS=47064154;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr22	47064665	rs9616088	C	T	993.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.108;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FS=1.607;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.12;ReadPosRankSum=-0.423;SOR=0.901;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:58,51:0.47:109
chr22	47064837	rs2076711	A	C	638.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-2.284;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.634;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=16;PP=400;ReadPosRankSum=0.629;SC=CTGTAGCTTCAGGAGGAGGGA;SOR=0.319;SbPval=0.18;Source=Platypus;TC=55;TCF=16;TCR=39;TR=27;WE=47064845;WS=47064827;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,35:0.45:77
chr22	47066796	rs12159145	G	A	571.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.119;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.025;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=6;PP=380;ReadPosRankSum=1.056;SC=CACTGCGCCCGGCCCCTGCTG;SOR=1.325;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=37;TCF=26;TCR=11;TR=23;WE=47066804;WS=47066786;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,25:0.62:40
chr22	47068929	rs11350999	TG	T	896.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.395;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.228;HP=6;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=17;PP=776;ReadPosRankSum=-0.309;SC=GATGGGGGGATGGGGGGCCAC;SOR=0.375;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=52;TCF=1;TCR=51;TR=17;WE=47068943;WS=47068919;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,26:0.33:79
chr22	47068935	rs135662	G	T	927.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.638;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.172;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=16;PP=759;ReadPosRankSum=-0.005;SC=GGGATGGGGGGCCACGAAGCC;SOR=0.428;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=61;TCF=13;TCR=48;TR=20;WE=47068943;WS=47068919;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,27:0.34:79
chr22	47070432	rs2073275	G	C	1058.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.570;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.758;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=9;PP=537;ReadPosRankSum=0.401;SC=CTCACTGTGGGTGTGACGTGA;SOR=1.022;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=72;TCF=48;TCR=24;TR=34;WE=47070440;WS=47070422;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,49:0.51:97
chr22	47071531	rs2073276	T	C	6454.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=243;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=55;NR=106;PP=2965;SC=CCCTATAGACTTCTGCCAGCC;SOR=1.332;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=162;TCF=56;TCR=106;TR=161;WE=47071539;WS=47071521;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,233:1.00:233
chr22	47072477	rs2236028	G	A	1764.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.111;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.492;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=19;PP=546;ReadPosRankSum=-1.337;SC=CTGTGGTGACGGCCACGCTTT;SOR=0.633;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=119;TCF=65;TCR=54;TR=41;WE=47072485;WS=47072467;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:133,94:0.41:227
chr22	47073199	rs375658129	CT	C	1284.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.568;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=240;ExcessHet=3.0103;FS=0.627;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.26;ReadPosRankSum=0.390;SOR=0.764;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:78,99:0.56:177
chr22	47073254	rs35748179	T	C	1062.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=3.464;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.139;HP=3;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=34;PP=864;ReadPosRankSum=0.061;SC=TCATGAGCTTTTGCAATAATT;SOR=1.003;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=75;TCF=15;TCR=60;TR=42;WE=47073262;WS=47073244;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,41:0.59:70
chr22	47083010	rs2542014	T	C	14066.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=308;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.82;SOR=1.029;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,307:1.00:307
chr22	47083010	.	TGT	CGA	2947	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;FR=1.0000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=115;NR=83;PP=2947;QD=20;SC=TTTCCCAGTTTGTGAGCAGGA;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=207;TCF=123;TCR=84;TR=198;WE=47083020;WS=47083000;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:9,198:0.96:207
chr22	47083012	rs2748349	T	A	14066.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=319;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.24;SOR=0.992;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,318:1.00:318
chr22	47083172	.	CTGGACAGGGGCTGCAGTAAACCCCACGTGTCCCTCACTCAAAGCTGGCCCTGAGCACCGCTCT	C	1325.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.573;ClippingRankSum=0.000;DP=159;ExcessHet=3.0103;FS=3.013;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.79;MQRankSum=4.361;QD=11.53;ReadPosRankSum=-1.679;SOR=1.099;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:77,38:0.33:115
chr22	47087341	.	TA	T	32.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.524;ClippingRankSum=0.000;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=5.358;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.35;MQRankSum=1.769;QD=1.06;ReadPosRankSum=-0.069;SOR=2.206;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,8:0.26:31
chr22	47091321	rs135676	C	T	242.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.170;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=8;PP=130;ReadPosRankSum=-0.354;SC=CTGCCTAAACCGTCTGCAGGA;SOR=0.693;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=15;TCF=3;TCR=12;TR=10;WE=47091329;WS=47091311;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,12:0.71:17
chr22	47097450	rs135688	C	T	971.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=27;NR=3;PP=720;SC=GGCTGGAACACGCGACGGGGA;SOR=3.193;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=30;TCF=27;TCR=3;TR=30;WE=47097458;WS=47097440;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr22	47106800	rs135701	T	C	567.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=4.107;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.460;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=0;PP=427;ReadPosRankSum=0.231;SC=CAGAGAGGAGTGTGTGACTGC;SOR=1.688;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=35;TCF=34;TCR=1;TR=19;WE=47106808;WS=47106790;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,21:0.57:37
chr22	47116274	rs6008965	C	T	910.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-0.757;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.307;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=23;PP=458;ReadPosRankSum=0.995;SC=AAAAAACATCCGATCTTTCAA;SOR=0.265;SbPval=0.23;Source=Platypus;TC=69;TCF=17;TCR=52;TR=34;WE=47116282;WS=47116264;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,44:0.53:83
chr22	47116905	rs12166204	G	A	4050.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.214;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=407;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=78;PP=1996;ReadPosRankSum=2.539;SC=CAGGCACAGAGCAGGCATCTG;SOR=0.684;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=253;TCF=108;TCR=145;TR=139;WE=47116913;WS=47116895;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:202,201:0.50:403
chr22	47134147	.	G	GGCGGGCT	1476.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=61.02;QD=43.43;SOR=3.258;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr22	47185415	rs801605	C	T	6800.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.251;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=268;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=119;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.136;SC=GTTGTGCTTACCTTTGCCTCC;SOR=1.174;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=186;TCF=66;TCR=120;TR=184;WE=47185423;WS=47185405;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,255:0.98:259
chr22	47274638	rs131869	C	T	3218.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=34;NR=56;PP=1756;SC=CACCGCACCGCCCATCAGCGC;SOR=1.227;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=90;TCF=34;TCR=56;TR=90;WE=47274646;WS=47274628;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr22	47307828	rs34153333	A	AC	1322.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=62.65;QD=30.06;SOR=3.352;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr22	47311404	rs738935	A	T	4485.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=46;NR=55;PP=1999;SC=TGCAGCTGCCAGTGGCACTAG;SOR=0.805;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=101;TCF=46;TCR=55;TR=101;WE=47311412;WS=47311394;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,167:1.00:167
chr22	47370060	rs4436	A	G	2847.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=48;NR=18;PP=1420;SC=TCATTTAGCTAGACTGATGAG;SOR=1.586;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=66;TCF=48;TCR=18;TR=66;WE=47370068;WS=47370050;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr22	47370343	rs4437	G	A	1024.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.922;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=22;PP=506;ReadPosRankSum=-1.386;SC=CAGCCCCTGCGGTGAAGAGAG;SOR=0.605;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=64;TCF=19;TCR=45;TR=32;WE=47370351;WS=47370333;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,46:0.53:86
chr22	47857525	rs148633789	G	A	3145.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.778;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=256;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.543;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=47;PP=2962;ReadPosRankSum=2.599;SC=AGTCTTACAGGGTGTGTTCCC;SOR=0.592;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=182;TCF=104;TCR=78;TR=106;WE=47857559;WS=47857515;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:105,147:0.58:252
chr22	47857537	rs130877	T	C	3733.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=2.794;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=262;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.974;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=31;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.346;SC=TGTGTTCCCTTAGTTGCACCT;SOR=0.760;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=186;TCF=102;TCR=84;TR=71;WE=47857559;WS=47857515;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:157,101:0.39:258
chr22	47857551	rs130878	T	G	4062.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=2.479;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=290;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.440;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=36;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.564;SC=TGCACCTCTGTTCTTGAGCTT;SOR=0.724;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=197;TCF=100;TCR=97;TR=76;WE=47857559;WS=47857515;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:176,110:0.38:286
chr22	47857576	rs130879	A	G	4029.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.810;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=311;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.424;HP=3;HapScore=1;MGOF=34;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=37;PP=1084;ReadPosRankSum=0.335;SC=TCTTTCTGCAAAACTAAACCA;SOR=0.730;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=207;TCF=100;TCR=107;TR=78;WE=47857584;WS=47857566;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:187,120:0.39:307
chr22	47857658	rs130880	A	T	366.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.239;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FS=0.690;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.66;ReadPosRankSum=-0.363;SOR=0.586;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:96,42:0.30:138
chr22	47857659	rs130881	A	T	338.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-1.675;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.57;ReadPosRankSum=-0.413;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:93,39:0.30:132
chr22	48023241	rs8137874	G	T	4151.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=79;NR=46;PP=2339;SC=TGCAGAAGTGGGTCTGGCCCA;SOR=1.231;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=125;TCF=79;TCR=46;TR=125;WE=48023249;WS=48023231;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,154:1.00:154
chr22	48940553	rs4823540	T	C	4531.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-1.940;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=492;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.523;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=87;PP=1923;ReadPosRankSum=-0.579;SC=CACTCCGGGCTGCGGGGAGGC;SOR=0.661;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=312;TCF=127;TCR=185;TR=148;WE=48940561;WS=48940543;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:255,230:0.47:485
chr22	48940644	rs9615919	C	T	2562.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.107;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=266;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.116;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=52;PP=1271;ReadPosRankSum=0.779;SC=TGGGGTCCCACGCTGCCTCTG;SOR=0.556;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=168;TCF=57;TCR=111;TR=84;WE=48940652;WS=48940634;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:138,126:0.48:264
chr22	48942566	rs739155	G	A	770.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-0.591;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.899;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=26;PP=544;ReadPosRankSum=0.282;SC=TGCAGTTCTGGAAAGGCTCAC;SOR=0.350;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=63;TCF=7;TCR=56;TR=31;WE=48942574;WS=48942556;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,34:0.49:69
chr22	48972536	rs147114256	C	G	698.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=5.207;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=25;PP=561;ReadPosRankSum=0.803;SC=GCCGGCGGCGCGACCCTACCA;SOR=0.892;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=53;TCF=3;TCR=50;TR=27;WE=48972544;WS=48972526;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,28:0.47:60
chr22	49103380	rs130147	A	G	1257.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=34;NR=4;PP=791;SC=CCCTGGGCCCAGTGTCCCTGT;SOR=3.306;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=38;TCF=34;TCR=4;TR=38;WE=49103388;WS=49103370;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr22	49103660	rs132234	T	C	5042.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=43;NR=109;PP=2777;SC=CACCACGGTATGTGGCCCTCG;SOR=1.698;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=152;TCF=43;TCR=109;TR=152;WE=49103668;WS=49103650;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,191:1.00:191
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chr22	49246744	rs28593488	G	A	533.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=-0.355;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.319;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=10;PP=191;ReadPosRankSum=-0.747;SC=GCCTCGCAGCGGATAGCTAAA;SOR=0.407;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=26;TCF=4;TCR=22;TR=11;WE=49246752;WS=49246734;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,23:0.51:45
chr22	49246803	rs28515193	G	A	196.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-3.125;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.662;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=4;PP=41;ReadPosRankSum=-0.196;SC=AAGGGACAGCGCTCAATGGTA;SOR=0.048;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=0;TCR=11;TR=4;WE=49246811;WS=49246793;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,10:0.56:18
chr22	49667912	rs9616543	C	T	560.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.233;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.620;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=4;PP=301;ReadPosRankSum=-0.353;SC=GTGGAGCCAGCGTCCCCGGGG;SOR=1.236;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=35;TCF=26;TCR=9;TR=19;WE=49667920;WS=49667902;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,26:0.52:50
chr22	49667985	rs7289562	G	A	3025.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=36;NR=23;PP=1187;SC=GAAAGTCCCCGGGCAAACAGG;SOR=0.941;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=61;TCF=38;TCR=23;TR=59;WE=49667993;WS=49667975;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr22	49668137	rs7288663	T	G	910.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=1.035;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.506;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=19;PP=411;ReadPosRankSum=1.108;SC=CTACTAGCTTTGAAAACCTGT;SOR=1.054;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=80;TCF=35;TCR=45;TR=29;WE=49668145;WS=49668127;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,47:0.42:113
chr22	49668188	rs2688112	T	C	1626.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=1.275;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.861;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=40;PP=949;ReadPosRankSum=-0.897;SC=CCAGGCTAGATGCAATTTAGC;SOR=1.839;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=57;TCF=16;TCR=41;TR=55;WE=49668196;WS=49668178;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,64:0.97:66
chr22	49834624	rs11705513	A	G	1029.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-1.676;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.487;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=4;PP=701;ReadPosRankSum=0.578;SC=CCCTGTGAGCATCTTTCAGGG;SOR=1.683;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=100;TCF=87;TCR=13;TR=47;WE=49834632;WS=49834617;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,49:0.48:102
chr22	49834747	rs1016809	C	T	7599.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=-0.385;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=779;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=122;NR=89;PP=2962;ReadPosRankSum=1.058;SC=CTAGTACCGTCTCCTTCTCCC;SOR=0.696;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=415;TCF=242;TCR=173;TR=211;WE=49834755;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:407,368:0.47:775
chr22	49937272	rs73176963	A	G	1134.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-0.113;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=30;PP=634;ReadPosRankSum=0.505;SC=GAAGACCCCAATTCTTGATAG;SOR=0.676;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=83;TCF=26;TCR=57;TR=45;WE=49937280;WS=49937262;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,52:0.54:96
chr22	50014002	rs135877	A	G	1668.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=50;NR=7;PP=1214;SC=CTGCTGTCCCAAGCTTGTCAC;SOR=3.187;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=57;TCF=50;TCR=7;TR=57;WE=50014010;WS=50013992;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr22	50017234	rs916362	A	G	15183.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=589;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=133;NR=206;PP=2965;SC=CACGTGCTGCAGAGCTCAGGG;SOR=0.959;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=339;TCF=133;TCR=206;TR=339;WE=50017242;WS=50017224;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,581:1.00:581
chr22	50018045	rs763128	G	A	4904.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=64;NR=28;PP=1940;SC=AGTGATGCTCGGGGCTGCTGA;SOR=1.449;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=98;TCF=66;TCR=32;TR=92;WE=50018053;WS=50018035;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
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chr22	50018497	rs5770594	G	A	13329.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.742;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=507;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=172;NR=138;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.617;SC=TGCCTCTGATGACACCCACCT;SOR=0.833;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=310;TCF=172;TCR=138;TR=310;WE=50018505;WS=50018487;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,503:1.00:505
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chr22	50018651	rs135879	C	T	6030.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.69;SOR=2.647;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
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chr22	50051007	rs6009803	A	G	2461.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=30;NR=26;PP=1090;SC=GAAAGACCTAACTGAGACTGG;SOR=0.782;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=56;TCF=30;TCR=26;TR=56;WE=50051015;WS=50050997;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr22	50170674	rs148324843	C	T	3600.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.121;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=345;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.822;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=51;PP=1513;ReadPosRankSum=0.300;SC=CAGGTCCGGGCGACTCACCGG;SOR=0.627;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=205;TCF=111;TCR=94;TR=111;WE=50170682;WS=50170664;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:162,177:0.52:339
chr22	50277835	rs910796	T	C	9814.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.278;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=369;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=139;NR=122;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.458;SC=AAAATGGCAGTGTGTCTGCCG;SOR=0.261;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=262;TCF=140;TCR=122;TR=261;WE=50277843;WS=50277825;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,362:1.00:363
chr22	50277883	rs910797	A	G	10675.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.202;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=414;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=129;NR=122;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.903;SC=TGCTTCCACCACAGCCTGCGG;SOR=0.389;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=254;TCF=131;TCR=123;TR=251;WE=50277891;WS=50277873;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,405:0.99:408
chr22	50278438	rs910798	A	G	12801.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.821;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=499;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=138;NR=184;PP=2965;ReadPosRankSum=2.177;SC=CCTCGTCTCCAGTAAAGCCGG;SOR=0.905;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=322;TCF=138;TCR=184;TR=322;WE=50278446;WS=50278428;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,485:1.00:487
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chr22	50278642	rs910800	C	T	8214.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=306;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=95;NR=99;PP=2965;SC=TTGAATCTGGCGCCATCTTCC;SOR=0.726;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=195;TCF=95;TCR=100;TR=194;WE=50278650;WS=50278632;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,303:1.00:303
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chr22	50356693	rs4077129	T	C	6109.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=0.674;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=239;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=77;PP=2589;ReadPosRankSum=-1.525;SC=GACGGGGGCGTCCCGGAGAGC;SOR=0.881;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=137;TCF=59;TCR=78;TR=135;WE=50356701;WS=50356683;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,230:0.99:232
chr22	50356850	rs1801645	C	T	800.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.55;SOR=1.418;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr22	50435480	rs5771069	A	G	1488.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.906;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FS=1.889;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.51;ReadPosRankSum=0.594;SOR=0.549;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:99,76:0.43:175
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chr22	50437976	rs7290572	G	T	827.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.617;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FS=0.823;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.85;ReadPosRankSum=2.313;SOR=0.622;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:43,41:0.49:84
chr22	50439194	rs9617090	C	T	1950.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=0.426;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.509;HP=6;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=27;PP=799;ReadPosRankSum=-0.040;SC=TGCTGCCCCCCCTGCTGCCGG;SOR=0.631;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=111;TCF=54;TCR=57;TR=55;WE=50439202;WS=50439184;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:112,96:0.46:208
chr22	50439430	rs137845	A	G	919.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.211;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=11;PP=309;ReadPosRankSum=-2.082;SC=AGGCCGCCCAAGGTTTGATGG;SOR=0.693;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=50;TCF=25;TCR=25;TR=22;WE=50439438;WS=50439420;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,46:0.48:96
chr22	50439755	rs137846	G	GCA	316.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.025;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=6;PP=227;ReadPosRankSum=0.524;SC=CCCTGGGGCTGCAGTCTTTGC;SOR=0.368;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=0;TCR=14;TR=6;WE=50439763;WS=50439745;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,9:0.53:17
chr22	50454825	rs7292558	A	G	502.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.965;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.88;ReadPosRankSum=1.025;SOR=0.723;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:73,30:0.29:103
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chr22	50468933	rs79298	G	T	1382.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=1.069;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.965;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=16;PP=922;ReadPosRankSum=0.955;SC=CAGCGGGTGCGCATTTAGCTG;SOR=0.384;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=90;TCF=67;TCR=23;TR=53;WE=50468941;WS=50468923;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,61:0.55:110
chr22	50470516	rs11101958	C	T	3152.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.368;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=365;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.744;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=57;PP=1318;ReadPosRankSum=2.644;SC=TTCTGGACGGCGTTGTTGCAC;SOR=0.799;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=216;TCF=84;TCR=132;TR=91;WE=50470524;WS=50470506;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:204,160:0.44:364
chr22	50471620	rs5845912	AC	A	2974.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.427;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.299;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.582;NF=21;NR=23;PP=1452;ReadPosRankSum=-0.537;SC=CAGGTCGCCCACCGCACTGAC;SOR=0.860;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=107;TCF=46;TCR=61;TR=44;WE=50471628;WS=50471610;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:126,102:0.45:228
chr22	50472712	rs12484423	C	T	453.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-0.116;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=2;PP=285;ReadPosRankSum=0.000;SC=CCCTCACTCACGGCTCCTGGC;SOR=0.713;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=25;TCF=22;TCR=3;TR=16;WE=50472720;WS=50472710;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,20:0.65:31
chr22	50479856	rs9617137	A	C	710.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=2.484;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.523;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=16;PP=521;ReadPosRankSum=-0.349;SC=GACAGACACCACAATACTCAA;SOR=0.122;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=34;TCF=9;TCR=25;TR=24;WE=50479864;WS=50479846;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,26:0.72:36
chr22	50480108	rs9628315	C	T	4277.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.202;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=378;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=72;NR=55;PP=1924;ReadPosRankSum=0.034;SC=GTGAGGTCCTCCACGGCATCT;SOR=0.709;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=247;TCF=140;TCR=107;TR=127;WE=50480116;WS=50480098;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:172,202:0.54:374
chr22	50483850	rs8138121	T	C	3573.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.240;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=333;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.407;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=64;PP=1752;ReadPosRankSum=-1.153;SC=GCCCTATCTGTCCGAGCCAGG;SOR=0.735;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=223;TCF=94;TCR=129;TR=107;WE=50483858;WS=50483840;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:155,171:0.52:326
chr22	50483889	rs8137790	A	G	1993.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.818;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.589;HP=3;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=47;PP=1152;ReadPosRankSum=-2.538;SC=GGCCAGGGCCACGGAGGCTCC;SOR=0.599;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=159;TCF=56;TCR=103;TR=73;WE=50483897;WS=50483879;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:93,93:0.50:186
chr22	50483926	rs8138277	T	C	1157.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=2.245;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.216;HP=2;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=30;PP=800;ReadPosRankSum=-2.595;SC=CCCGCCCTCATAGCCGATGGG;SOR=0.269;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=91;TCF=18;TCR=73;TR=40;WE=50483934;WS=50483916;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,50:0.48:104
chr22	50485793	rs137906	T	C	3828.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=40;NR=69;PP=1945;SC=TGGGATGGAGTGAGGCAACCA;SOR=1.179;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=109;TCF=40;TCR=69;TR=109;WE=50485801;WS=50485783;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,148:1.00:148
chr22	50487567	rs137911	T	C	624.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=16;NR=2;PP=428;SC=GGCTTTGCCCTCGCCGGGCTG;SOR=2.636;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=18;TCF=16;TCR=2;TR=18;WE=50487575;WS=50487557;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr22	50488804	rs137913	CT	C	134.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.706;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=2.858;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.74;ReadPosRankSum=-0.927;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,14:0.70:20
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chr22	50492970	rs12166094	C	T	502.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-2.099;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.083;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=2;PP=39;ReadPosRankSum=1.545;SC=GCACAGTGAGCGTCCCTAAGG;SOR=0.283;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=28;TCF=20;TCR=8;TR=7;WE=50492978;WS=50492960;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,15:0.37:41
chr22	50493062	rs17013085	T	C	1493.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.570;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FS=0.593;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.70;ReadPosRankSum=0.232;SOR=0.752;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:78,76:0.49:154
chr22	50499964	rs137919	T	C	1076.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-1.031;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.968;HP=1;HapScore=3;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=11;PP=1713;ReadPosRankSum=-0.657;SC=TGCGTTTCCATGCTTGGGGCC;SOR=0.492;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=70;TCF=53;TCR=17;TR=43;WE=50499975;WS=50499954;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,48:0.61:79
chr22	50499967	rs2072873	T	C	713.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-1.060;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=3;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=8;PP=1031;ReadPosRankSum=0.126;SC=GTTTCCATGCTTGGGGCCAGG;SOR=0.744;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=75;TCF=56;TCR=19;TR=31;WE=50499975;WS=50499954;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,35:0.41:85
chr22	50500263	rs75152548	T	C	660.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=2.087;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.889;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=19;PP=441;ReadPosRankSum=-0.371;SC=AGCCTTCACTTCCTCAGTGTC;SOR=1.577;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=50;TCF=13;TCR=37;TR=23;WE=50500271;WS=50500253;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,29:0.48:60
chr22	50502469	.	A	AGCACCCCCACCCCACAGGCCACTCACCTCCCCG	975.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.500;ClippingRankSum=0.000;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=6.316;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.59;MQRankSum=3.998;QD=12.20;ReadPosRankSum=-2.486;SOR=1.598;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:67,13:0.16:80
chr22	50502491	rs11568188	T	C	1263.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.63;BaseQRankSum=3.289;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.743;HP=1;HapScore=2;MGOF=32;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=7.834;NF=13;NR=9;PP=576;ReadPosRankSum=-0.878;SC=CTGCGGGCCGTTCTGGGTGTC;SOR=0.791;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=69;TCF=37;TCR=32;TR=22;WE=50502499;WS=50502481;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,35:0.29:120
chr22	50502526	rs11568187	A	G	2097.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.61;BaseQRankSum=0.701;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.604;HP=2;HapScore=2;MGOF=27;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=6.531;NF=19;NR=13;PP=386;ReadPosRankSum=2.415;SC=GCAGCCTTGCACTGACCTTGA;SOR=0.772;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=80;TCF=44;TCR=36;TR=32;WE=50502534;WS=50502516;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:103,58:0.36:161
chr22	50502544	rs11568186	G	A	2179.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=-0.950;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.846;HP=2;HapScore=2;MGOF=29;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=6.194;NF=21;NR=15;PP=419;ReadPosRankSum=3.089;SC=TGAAGCGCACGCACTGGATGG;SOR=0.744;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=82;TCF=41;TCR=41;TR=36;WE=50502552;WS=50502534;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:99,62:0.39:161
chr22	50502636	rs11568185	G	A	1851.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=2.091;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=4;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=22;PP=1283;ReadPosRankSum=0.223;SC=GGCTGCAGGCGGAAGGAGGTG;SOR=0.747;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=71;TCF=32;TCR=39;TR=40;WE=50502658;WS=50502626;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,50:0.47:107
chr22	50502650	rs11568184	G	A	1828.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.751;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.742;HP=1;HapScore=4;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=22;PP=1283;ReadPosRankSum=-0.258;SC=GGAGGTGTGAGCAGAGTGGCC;SOR=0.835;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=68;TCF=29;TCR=39;TR=38;WE=50502658;WS=50502626;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,49:0.48:103
chr22	50502766	rs11568183	C	T	532.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=5;NR=13;PP=326;SC=AAACGCATTGCTATTTCAACA;SOR=1.828;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=18;TCF=5;TCR=13;TR=18;WE=50502774;WS=50502756;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr22	50506810	rs5771349	A	G	314.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.020;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=1.042;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.52;ReadPosRankSum=0.068;SOR=0.542;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,21:0.37:57
chr22	50507019	rs11568179	G	A	893.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.489;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.279;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=13;PP=370;ReadPosRankSum=0.796;SC=GACCACGGCCGGAGCCTGGGA;SOR=0.500;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=47;TCF=21;TCR=26;TR=23;WE=50507027;WS=50507009;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,41:0.67:61
chr22	50507064	rs75474964	G	C	517.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.553;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=19.174;HP=6;HapScore=4;MGOF=30;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=13;PP=393;ReadPosRankSum=2.056;SC=GGCTGGGGGGGCGGGCATGGC;SOR=1.402;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=38;TCF=12;TCR=26;TR=19;WE=50507076;WS=50507054;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,22:0.73:30
chr22	50507094	rs111258391	T	C	495.53	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=1.260;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=13.819;HP=3;HapScore=2;MGOF=36;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=11;PP=230;ReadPosRankSum=-1.087;SC=ATGGGCATAGTCCCAAGCTGG;SOR=1.665;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=26;TCF=6;TCR=20;TR=15;WE=50507102;WS=50507084;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,21:0.88:24
chr22	50508895	rs2076134	A	G	484.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.463;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=1.470;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.43;ReadPosRankSum=2.151;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,14:0.36:39
chr22	50508895	.	AGG	GGT	511	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MMLQ=28;MQ=60.0;NF=11;NR=2;PP=511;QD=43.4206057586;SC=AGGGAGGGCTAGGCCAGGCCC;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=35;TCF=26;TCR=9;TR=13;WE=50508905;WS=50508885;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:22,13:0.37:35
chr22	50508897	rs2076135	G	T	484.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.049;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=1.470;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.43;ReadPosRankSum=1.990;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,14:0.36:39
chr22	50512617	rs2038048	C	T	1873.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.918;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=28;PP=1119;ReadPosRankSum=-0.001;SC=CCCAGAGCGGCGGCGGGCGGG;SOR=0.670;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=160;TCF=105;TCR=55;TR=78;WE=50512625;WS=50512607;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:107,92:0.46:199
chr22	50515270	rs6010164	T	C	6188.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.158;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=294;ExcessHet=3.0103;FS=0.432;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=21.79;ReadPosRankSum=-0.928;SOR=0.664;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:125,159:0.56:284
chr22	50515273	rs6010165	G	A	6166.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.530;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=289;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=22.10;ReadPosRankSum=-1.179;SOR=0.676;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:123,156:0.56:279
chr22	50515766	rs2076137	C	T	1124.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-1.078;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.607;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=13;PP=463;ReadPosRankSum=0.377;SC=CTGAGACCCACCTCGCTCACC;SOR=0.796;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=99;TCF=63;TCR=36;TR=38;WE=50515774;WS=50515756;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:98,62:0.39:160
chr22	50515808	rs2072874	C	T	1830.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-0.719;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=26;PP=746;ReadPosRankSum=0.378;SC=CCCTGCCCTGCGGGGTCAGAA;SOR=0.707;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=120;TCF=63;TCR=57;TR=55;WE=50515816;WS=50515798;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:116,96:0.45:212
chr22	50515843	rs6010260	C	A	2309.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=1.541;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=234;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.452;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=35;PP=1007;ReadPosRankSum=-0.520;SC=CTTTTTCTTGCAGTCCTCCTC;SOR=0.825;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=128;TCF=63;TCR=65;TR=62;WE=50515851;WS=50515833;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:123,110:0.47:233
chr22	50518226	rs11568176	A	C	428.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-4.762;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.043;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=3;PP=249;ReadPosRankSum=-0.104;SC=ACTTTAGTCAAACTCACGAGC;SOR=0.217;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=29;TCF=25;TCR=4;TR=16;WE=50518247;WS=50518216;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,19:0.59:32
chr22	50518239	rs2235349	T	C	1296.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=33;NR=5;PP=1053;SC=TCACGAGCTGTGAATAACATT;SOR=3.312;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=39;TCF=34;TCR=5;TR=38;WE=50518247;WS=50518216;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr22	50518723	rs79301	A	G	6815.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=264;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=122;NR=63;PP=2965;SC=ACTGTCTGTCAGCCCCTCCGG;SOR=1.233;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=187;TCF=122;TCR=65;TR=185;WE=50518731;WS=50518713;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,259:1.00:259
chr22	50523417	rs11568171	G	A	539.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.011;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.477;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=15;PP=297;ReadPosRankSum=-0.360;SC=ATCGGCTTTGGCCACTCTGAG;SOR=1.134;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=37;TCF=11;TCR=26;TR=20;WE=50523425;WS=50523407;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,26:0.51:51
chr22	50528496	.	C	CGGTG	1390.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=49.67;SOR=0.997;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr22	50528497	.	A	ACGGCG	1390.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=47.96;SOR=0.906;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr22	50528569	rs12628964	A	T	1475.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.89;SOR=0.728;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr22	50528623	rs117477158	C	A	424.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=1.677;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=7;PP=220;ReadPosRankSum=1.774;SC=AGGTGGCTCGCGGGAGGCGGC;SOR=0.569;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=19;TCF=9;TCR=10;TR=14;WE=50528631;WS=50528613;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,20:0.61:33
chr22	50528916	rs9617018	C	T	4676.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.456;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=446;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.517;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=79;NR=70;PP=2283;ReadPosRankSum=0.995;SC=TGTCGTTCCTCCCTGTCCGCA;SOR=0.629;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=295;TCF=161;TCR=134;TR=149;WE=50528924;WS=50528906;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:217,222:0.51:439
chr22	50529134	rs8142824	T	C	4938.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=16;NR=73;PP=2271;SC=AGACGGAGTTTCGCTCTTGTT;SOR=2.187;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=89;TCF=16;TCR=73;TR=89;WE=50529156;WS=50529124;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr22	50529146	rs8140485	C	T	4140.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.50;SOR=2.546;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr22	50529146	.	CCC	TCG	2947	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;FR=1.0000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=7;NR=55;PP=2947;QD=20;SC=GCTCTTGTTGCCCAGGCTGGA;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=66;TCF=8;TCR=58;TR=62;WE=50529156;WS=50529124;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:4,62:0.94:66
chr22	50529148	rs8140486	C	G	4066.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=48.41;SOR=2.726;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr22	50530501	rs9617066	A	T	15047.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.013;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=578;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=169;NR=188;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.385;SC=GATTGATGATATGATCTACTT;SOR=0.762;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=360;TCF=171;TCR=189;TR=357;WE=50530509;WS=50530491;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,569:0.99:573
chr22	50538174	rs9617023	G	A	598.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.903;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=13;PP=372;ReadPosRankSum=-1.248;SC=CCCAGGAGTTGGAGGCTGCAG;SOR=1.358;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=18;TCF=5;TCR=13;TR=18;WE=50538182;WS=50538164;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,25:0.93:27
chr22	50546666	rs3810971	C	T	11020.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=424;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=154;NR=124;PP=2965;SC=GAGATACAAGCGCGTGGACAA;SOR=0.863;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=279;TCF=155;TCR=124;TR=278;WE=50546674;WS=50546656;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,417:1.00:417
chr22	50546844	rs3810972	T	A	5277.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.904;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=93;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.943;SC=GTGTTTCGTTTGGAAACAATA;SOR=0.685;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=133;TCF=39;TCR=94;TR=130;WE=50546852;WS=50546834;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,186:0.99:187
chr22	50546868	rs3810973	G	T	3611.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=34;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=24;NR=72;PP=2206;SC=CCTAGTGCTTGCATACCTGAA;SOR=1.888;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=96;TCF=24;TCR=72;TR=96;WE=50546876;WS=50546858;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr22	50546900	rs3810974	C	T	2395.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=43;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=22;NR=48;PP=1448;SC=GTAGCTTATGCAACAGTGCTA;SOR=1.637;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=70;TCF=22;TCR=48;TR=70;WE=50546908;WS=50546890;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr22	50546971	rs3810975	A	G	1081.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=31;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=16;NR=13;PP=812;SC=GGGATGGCGGACTTGAGCTTC;SOR=0.811;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=31;TCF=17;TCR=14;TR=29;WE=50546979;WS=50546961;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr22	50547247	rs138217	A	G	5695.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=51;NR=78;PP=2443;SC=TCTGGAGGGCACTTTGTATGA;SOR=0.981;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=129;TCF=51;TCR=78;TR=129;WE=50547255;WS=50547237;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,218:1.00:218
chr22	50548099	rs71316996	CA	C	253.79	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.122;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.28;MQRankSum=0.756;QD=7.69;ReadPosRankSum=0.923;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,26:0.79:33
chr22	50548214	rs11703494	C	T	1540.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.64;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=45;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=15;NR=15;PP=707;SC=GAGGCTGCAGCGAGCTGTGAT;SOR=0.762;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=30;TCF=15;TCR=15;TR=30;WE=50548222;WS=50548204;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr22	50548270	rs200470549	T	TA	161.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.195;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.75;MQRankSum=0.000;QD=5.05;ReadPosRankSum=0.530;SOR=0.763;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,15:0.47:32
chr22	50548277	rs13055849	T	A	1087.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=11;HapScore=3;MGOF=38;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=17;PP=560;SC=TCTTAAAAAATAAAAAGAGAA;SOR=1.244;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=27;TCF=9;TCR=18;TR=26;WE=50548285;WS=50548260;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr22	50552278	rs4838839	C	T	2604.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-1.864;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=65;PP=1743;ReadPosRankSum=0.820;SC=CACTATGACTCAATAATTTCT;SOR=0.932;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=91;TCF=22;TCR=69;TR=87;WE=50552286;WS=50552268;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,92:0.99:93
chr22	50552736	rs4240525	T	C	1313.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=32;NR=7;PP=937;SC=AGATTAGGTTTTGTGTTTTAT;SOR=2.636;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=40;TCF=33;TCR=7;TR=39;WE=50552744;WS=50552726;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr22	50553148	rs9617079	C	T	1961.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=11;NR=42;PP=1008;SC=GGGGCCAGGACACCCGGCAGC;SOR=2.012;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=53;TCF=11;TCR=42;TR=53;WE=50553156;WS=50553138;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr22	50553514	rs742183	A	T	2421.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=41;NR=18;PP=1167;SC=CCTTTTGGTCAACTTTTGTAT;SOR=1.338;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=59;TCF=41;TCR=18;TR=59;WE=50553522;WS=50553504;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr22	50555486	rs126241	G	C	757.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=18;NR=5;PP=543;SC=CTAAAGATGAGTCTTAACTCT;SOR=1.981;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=23;TCF=18;TCR=5;TR=23;WE=50555494;WS=50555476;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr22	50555619	rs138222	C	T	5420.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=71;NR=48;PP=2361;SC=TCCTTTTGCTCTGTTTTTCCG;SOR=0.907;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=121;TCF=71;TCR=50;TR=119;WE=50555627;WS=50555609;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,204:1.00:204
chr22	50555635	rs882753	C	T	2359.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.130;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.933;HP=1;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=25;PP=971;ReadPosRankSum=0.294;SC=TTCCGATTTCCTAATTGGGCG;SOR=0.899;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=132;TCF=73;TCR=59;TR=63;WE=50555643;WS=50555625;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:114,115:0.50:229
chr22	50555825	rs4838804	T	A	430.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-2.860;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=13;PP=267;ReadPosRankSum=1.381;SC=GGCAGTTTTATCTGTGAAGGA;SOR=0.544;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=22;TCF=1;TCR=21;TR=14;WE=50555833;WS=50555815;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,19:0.66:29
chr22	50564413	rs138242	A	G	1186.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.89;QD=43.95;SOR=1.302;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr22	50564419	rs9617088	C	T	1186.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.89;QD=43.95;SOR=1.302;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr22	50564442	rs9617034	C	T	1372.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=51;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=23;NR=6;PP=698;SC=AGGATGGTCTCGATCCCCTGA;SOR=1.949;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=30;TCF=24;TCR=6;TR=29;WE=50564450;WS=50564432;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr22	50564510	rs9617089	T	C	2558.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=35;NR=23;PP=1094;SC=CATGAGCCACTGCACCCAGCC;SOR=1.029;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=58;TCF=35;TCR=23;TR=58;WE=50564518;WS=50564500;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr22	50564618	rs3830747	A	AT	5630.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=-1.574;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.209;NF=36;NR=47;PP=2786;ReadPosRankSum=1.733;SC=ATGGTAATATATTTTTTAACT;SOR=0.373;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=94;TCF=40;TCR=54;TR=83;WE=50564626;WS=50564608;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,216:1.00:217
chr22	50566781	rs4838809	T	G	1150.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.76;SOR=1.954;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr22	50566835	rs13055917	C	T	2396.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=40;NR=27;PP=1207;SC=ATTGTTTGTTCCTTTTTTAGA;SOR=1.095;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=67;TCF=40;TCR=27;TR=67;WE=50566843;WS=50566825;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr22	50566969	rs199731305	CTTTTTTTTTTT	C	1032.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.764;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=30.37;ReadPosRankSum=1.675;SOR=0.723;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,26:0.76:34
chr22	50572473	rs2340601	G	A	13260.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.927;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=518;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=127;NR=167;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.099;SC=ACTTGAACACGTCATCCACTT;SOR=0.885;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=296;TCF=128;TCR=168;TR=294;WE=50572481;WS=50572463;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,509:0.99:513
chr22	50573081	rs3736690	T	G	6784.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.779;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=266;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=68;NR=107;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.842;SC=CAATGTGGCTTTCTCTACACA;SOR=1.063;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=176;TCF=68;TCR=108;TR=175;WE=50573089;WS=50573071;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,257:0.99:259
chr22	50580699	rs9617102	C	T	691.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-4.278;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.954;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=20;PP=402;ReadPosRankSum=-0.899;SC=AGTGGGCTCTCATGCAGAAGG;SOR=0.384;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=40;TCF=2;TCR=38;TR=21;WE=50580707;WS=50580689;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,28:0.60:47
chr22	50581707	rs2272835	T	C	3783.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=33;NR=65;PP=1757;SC=ATGTGTCGTCTGTGTCTTCAG;SOR=1.226;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=98;TCF=33;TCR=65;TR=98;WE=50581715;WS=50581697;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,146:1.00:146
chr22	50582550	rs2272836	C	A	3581.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.966;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=349;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.387;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=46;PP=1325;ReadPosRankSum=0.067;SC=GCCGGACAGTCGGATTTTAGT;SOR=0.670;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=193;TCF=95;TCR=98;TR=93;WE=50582558;WS=50582540;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:166,180:0.52:346
chr22	50582626	rs2272837	A	G	5834.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=224;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=52;NR=90;PP=2721;SC=AAGGTGCTACAGCCGGCCACC;SOR=1.093;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=142;TCF=52;TCR=90;TR=142;WE=50582634;WS=50582616;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,222:1.00:222
chr22	50584201	rs2272838	A	C	2669.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=22;NR=39;PP=1408;SC=TCATCACCACATGCAGCAGCT;SOR=1.044;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=61;TCF=22;TCR=39;TR=61;WE=50584209;WS=50584191;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr22	50585442	rs4838811	C	G	3435.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=43;NR=32;PP=1539;SC=CTGAACAAGACAGGGATTTTT;SOR=0.912;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=75;TCF=43;TCR=32;TR=75;WE=50585450;WS=50585432;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,129:1.00:129
chr22	50585595	rs4838851	G	A	1569.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=28;PP=739;SC=GGAGGAGGTGGCCGGCCAGGG;SOR=1.931;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=36;TCF=7;TCR=29;TR=35;WE=50585603;WS=50585585;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr22	50585626	rs4838852	A	G	814.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=16;PP=445;SC=TCTCAGAGGCACTCTGTGCAG;SOR=3.500;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=0;TCR=16;TR=16;WE=50585634;WS=50585616;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr22	50588153	rs2272840	G	A	2572.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=19;NR=53;PP=1609;SC=GGTAAGTCCCGACTACTGTGT;SOR=1.688;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=72;TCF=19;TCR=53;TR=72;WE=50588161;WS=50588143;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr22	50598030	rs35222089	C	CA	204.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.739;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.06;ReadPosRankSum=-0.703;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,16:0.55:29
chr22	50599466	rs2272843	C	A	2164.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=-0.247;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.517;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=32;PP=863;ReadPosRankSum=0.353;SC=TTACCTCCTGCACTGCAGTCT;SOR=0.743;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=105;TCF=43;TCR=62;TR=53;WE=50599474;WS=50599456;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:98,103:0.51:201
chr22	50616656	rs7286904	T	C	2455.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.62;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=47;PP=1927;SC=CGCCCGCCCCTGACAAGAAGC;SOR=2.179;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=57;TCF=10;TCR=47;TR=57;WE=50616664;WS=50616646;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr22	50616806	rs5771206	A	G	370.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.056;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=1.161;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.42;ReadPosRankSum=1.759;SOR=0.453;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,20:0.40:50
chr22	50632869	rs4838813	C	T	3016.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.116;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=401;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.682;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=55;PP=1537;ReadPosRankSum=-1.865;SC=TGGCTGAGGACGGGAGCAGGG;SOR=0.800;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=260;TCF=138;TCR=122;TR=119;WE=50632877;WS=50632859;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:221,162:0.42:383
chr22	50637597	rs8238	G	C	2286.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.011;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=248;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.466;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=38;PP=1157;ReadPosRankSum=1.739;SC=TCCAAAGGGAGAGAATTCGTG;SOR=0.736;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=155;TCF=76;TCR=79;TR=71;WE=50637605;WS=50637587;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:131,113:0.46:244
chr22	50639367	rs7293065	A	C	74.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=2.597;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.236;HP=9;HapScore=3;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=1;PP=244;ReadPosRankSum=-0.126;SC=CCCTCCCCCCACCCGCCCCAC;SOR=0.233;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=23;TCF=19;TCR=4;TR=9;WE=50639375;WS=50639364;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,6:0.29:21
chr22	50639473	rs5771225	T	C	513.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=0.839;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.403;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=13;PP=284;ReadPosRankSum=-0.683;SC=CGGATGGCCGTATACAGGGCA;SOR=1.042;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=57;TCF=28;TCR=29;TR=21;WE=50639481;WS=50639463;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,32:0.32:100
chr22	50639528	rs5771226	T	C	858.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=3.355;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.669;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=15;PP=449;ReadPosRankSum=0.246;SC=TGCCCCTCGGTCGCTGTTCCC;SOR=0.776;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=64;TCF=30;TCR=34;TR=26;WE=50639536;WS=50639518;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,46:0.34:136
chr22	50639636	rs6010201	C	G	401.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.617;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.831;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=6;PP=146;ReadPosRankSum=0.227;SC=CCCTGCGCGCCCTGCCCGTGG;SOR=0.645;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=36;TCF=18;TCR=18;TR=15;WE=50639644;WS=50639626;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,22:0.39:56
chr22	50639778	rs3747942	T	C	215.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.949;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=3.495;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.96;ReadPosRankSum=-1.943;SOR=0.250;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,12:0.39:31
chr22	50639965	rs2272846	C	A	469.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.946;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.035;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=5;PP=125;ReadPosRankSum=-0.656;SC=TGCACGGCGACCGGCGAGCGC;SOR=0.859;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=31;TCF=16;TCR=15;TR=12;WE=50639973;WS=50639955;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,24:0.46:52
chr22	50644969	rs2294399	G	A	1533.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.770;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.380;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=34;PP=840;ReadPosRankSum=-0.870;SC=GGGGCCTTTCGGCCTGTCTAC;SOR=0.935;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=88;TCF=31;TCR=57;TR=51;WE=50644977;WS=50644959;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,69:0.57:122
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chr22	50655098	rs2272851	A	G	775.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.394;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.742;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=8;PP=236;ReadPosRankSum=-1.722;SC=GCTACCTCCCAGACACCCTGG;SOR=0.791;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=60;TCF=34;TCR=26;TR=21;WE=50655106;WS=50655088;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,43:0.42:103
chr22	50656096	rs2038050	A	G	16082.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=632;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=188;NR=196;PP=2965;SC=CTCAGCCCCCACCCAGGAGAG;SOR=0.732;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=387;TCF=191;TCR=196;TR=384;WE=50656104;WS=50656086;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,624:1.00:624
chr22	50657010	rs4838864	C	G	11883.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=452;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=113;NR=132;PP=2965;SC=TACTTGCTCACGCAGCCCTCG;SOR=0.786;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=245;TCF=113;TCR=132;TR=245;WE=50657018;WS=50657000;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,446:1.00:446
chr22	50658053	rs6537642	A	G	5214.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=83;NR=58;PP=2936;SC=CTCCCTGCCAACAGCAACTGC;SOR=1.050;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=141;TCF=83;TCR=58;TR=141;WE=50658061;WS=50658043;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,187:1.00:187
chr22	50658274	rs2272854	C	G	5573.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=2.644;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=588;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.445;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=98;NR=72;PP=2739;ReadPosRankSum=-0.077;SC=GTCCCCACAACCAGCTTGTGC;SOR=0.884;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=372;TCF=199;TCR=173;TR=170;WE=50658293;WS=50658264;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:318,265:0.45:583
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chr22	50658501	rs9617119	A	G	3145.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-1.873;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=257;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.791;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=65;PP=1908;ReadPosRankSum=-0.384;SC=TGGCGGGTACAGAGCCGAGCC;SOR=0.948;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=211;TCF=100;TCR=111;TR=114;WE=50658509;WS=50658491;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:116,141:0.55:257
chr22	50658570	rs17248273	A	G	3008.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.384;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=290;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.026;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=68;NR=40;PP=1752;ReadPosRankSum=-1.583;SC=CCTGGCTGACAAGGAGGCCTG;SOR=0.842;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=234;TCF=141;TCR=93;TR=108;WE=50658578;WS=50658560;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:142,139:0.49:281
chr22	50664612	rs4838865	A	G	6201.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.981;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=623;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=119;NR=92;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.550;SC=TGTCCAGTACAACTTATCTAA;SOR=0.729;SbPval=0.55;Source=Platypus;TCR=189;TR=211;WE=50664620;WS=50664602;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:318,300:0.49:618
chr22	50678571	rs5771109	T	C	432.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-0.860;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.804;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=2;PP=197;ReadPosRankSum=-0.549;SC=ACACACCCCATCCAAGGCCAC;SOR=0.223;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=28;TCF=25;TCR=3;TR=13;WE=50678579;WS=50678561;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,20:0.54:37
chr22	50682061	.	AAAG	A	907.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.318;ClippingRankSum=0.000;DP=78;ExcessHet=3.0103;FS=1.055;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.97;ReadPosRankSum=-4.439;SOR=0.963;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,46:0.71:65
chr22	50682865	rs5771270	G	A	2077.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-1.341;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.902;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=57;PP=1382;ReadPosRankSum=0.256;SC=ACAGGTCGTCGAACAGCTGCG;SOR=0.539;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=165;TCF=50;TCR=115;TR=84;WE=50682873;WS=50682855;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:97,95:0.49:192
chr22	50684296	rs13058062	T	C	6894.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=262;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=76;NR=64;PP=2965;SC=ACTGGTCCTTTCCCTCGTCCC;SOR=0.743;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=141;TCF=76;TCR=65;TR=140;WE=50684304;WS=50684286;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,246:1.00:246
chr22	50685508	rs4838866	A	G	1218.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=27;PP=767;SC=TCAGCCACACATCTTCTTACA;SOR=1.714;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=37;TCF=10;TCR=27;TR=37;WE=50685516;WS=50685498;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr22	50687655	rs3830749	A	AG	1073.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.62;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=22;NR=1;PP=2914;SC=GGCCCGGGGGAGGGGGTGGGT;SOR=3.737;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=45;TCF=25;TCR=20;TR=23;WE=50687663;WS=50687644;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr22	50688235	rs738334	T	C	2727.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.797;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=34;PP=1542;ReadPosRankSum=-0.639;SC=CCTCCTGCGCTGCCCCTTGCT;SOR=0.390;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=80;TCF=46;TCR=34;TR=79;WE=50688243;WS=50688225;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,98:0.99:99
chr22	50688348	rs1555048	A	G	6140.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.830;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=243;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=82;NR=55;PP=2772;ReadPosRankSum=-0.180;SC=TGTTGAACACACAGAACCCGT;SOR=0.966;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=139;TCF=83;TCR=56;TR=137;WE=50688356;WS=50688338;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,237:0.99:239
chr22	50689030	rs909688	A	G	2351.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.189;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.210;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=57;PP=1622;ReadPosRankSum=-0.681;SC=CCTGGGATTCATGGTGGGAGT;SOR=1.108;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=78;TCF=20;TCR=58;TR=76;WE=50689038;WS=50689020;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,86:0.99:87
chr22	50691870	rs138582408	C	T	3067.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=1.079;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=259;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.674;HP=4;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=24;PP=1264;ReadPosRankSum=0.321;SC=CCCCAGCTGCCGGGGAGGCTT;SOR=0.941;SbPval=0.05;Source=Platypus;TC=166;TCF=81;TCR=85;TR=72;WE=50691878;WS=50691848;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:111,133:0.55:244
chr22	50693479	rs5771281	A	G	3834.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=48;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=53;NR=13;PP=1381;SC=CAGGGCCCACAGGGTCCACAC;SOR=2.303;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=66;TCF=53;TCR=13;TR=66;WE=50693487;WS=50693469;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr22	50693521	rs5771282	C	T	8235.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=89;NR=36;PP=2663;SC=ACTCACGGGTCCACACAGGCC;SOR=1.694;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=128;TCF=91;TCR=37;TR=125;WE=50693546;WS=50693511;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,172:1.00:172
chr22	50693534	rs6010218	A	G	10771.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=241;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.77;QD=46.43;SOR=1.404;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,232:1.00:232
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chr22	50693554	rs6010220	A	G	12092.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=316;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=45;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=124;NR=76;PP=2965;SC=CCCAACTCACAGGTCCACACA;SOR=1.123;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=203;TCF=125;TCR=78;TR=200;WE=50693562;WS=50693544;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,303:1.00:303
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chr22	50704661	rs2076139	T	C	3111.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.722;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=340;ExcessHet=3.0103;FS=1.791;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.26;ReadPosRankSum=-0.355;SOR=0.593;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:176,160:0.48:336
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chr22	50706381	rs36083586	G	A	2546.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.006;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=268;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=37;PP=973;ReadPosRankSum=1.465;SC=AGGCCGAACTGGAAGGCGGGC;SOR=0.703;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=166;TCF=71;TCR=95;TR=59;WE=50706389;WS=50706371;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:146,122:0.46:268
chr22	50708731	rs9617050	A	G	2795.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.61;BaseQRankSum=-0.967;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=275;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.502;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=51;PP=1138;ReadPosRankSum=0.902;SC=TGTCCGGAGCAGCCGCCGCTC;SOR=0.588;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=147;TCF=48;TCR=99;TR=81;WE=50708739;WS=50708721;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:128,139:0.52:267
chr22	50713866	rs1042979	G	C	4611.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.63;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=45;NR=36;PP=1450;SC=TCAAATCACTGGAGACTCGAC;SOR=0.787;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=81;TCF=45;TCR=36;TR=81;WE=50713874;WS=50713856;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,176:1.00:176
chr22	50714289	rs5771118	T	C	4025.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.693;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=409;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=67;NR=68;PP=1605;ReadPosRankSum=-0.302;SC=GCACCCCACCTGCCCCCGCCC;SOR=0.674;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=245;TCF=115;TCR=130;TR=135;WE=50714297;WS=50714279;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:202,202:0.50:404
chr22	50714491	rs6010224	A	C	434.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.953;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=10;PP=256;ReadPosRankSum=1.676;SC=CTCCCCGGGGAAGCAGCTGGG;SOR=0.569;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=22;TCF=6;TCR=16;TR=14;WE=50714499;WS=50714481;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,20:0.56:36
chr22	50715029	rs5771119	T	C	9576.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=355;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=140;NR=97;PP=2965;SC=CGGGGAGGGCTGTGGGTGCGT;SOR=0.950;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=237;TCF=140;TCR=97;TR=237;WE=50715037;WS=50715019;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,355:1.00:355
chr22	50715973	rs28637964	G	T	2116.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-3.898;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.563;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=18;PP=1102;ReadPosRankSum=1.225;SC=GCCTCCTGGGGACAGACCCAG;SOR=0.542;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=97;TCF=72;TCR=25;TR=64;WE=50715981;WS=50715963;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,91:0.67:136
chr22	50716010	rs139527301	C	T	1911.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.996;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=256;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.617;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=25;PP=893;ReadPosRankSum=-1.336;SC=CCTGCCCCCACCCCACTCACG;SOR=0.586;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=168;TCF=111;TCR=57;TR=70;WE=50716018;WS=50716000;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:142,100:0.41:242
chr22	50716167	rs1127000	G	A	5142.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.170;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=481;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.047;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=79;NR=100;PP=2551;ReadPosRankSum=0.686;SC=GGAGCGGTAAGCTGAGGCAGA;SOR=0.779;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=331;TCF=154;TCR=177;TR=179;WE=50716175;WS=50716157;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:234,243:0.51:477
chr22	50717129	rs28718510	T	G	2526.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.384;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.087;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=39;PP=1131;ReadPosRankSum=-0.420;SC=CGCCACTCTGTGGGAAGAGAC;SOR=0.816;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=143;TCF=69;TCR=74;TR=74;WE=50717137;WS=50717119;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,119:0.57:207
chr22	50717547	rs28633213	T	C	1369.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-0.998;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.363;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=46;PP=846;ReadPosRankSum=-0.212;SC=GCGGCACCCTTGGGCAGCAGG;SOR=0.929;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=124;TCF=33;TCR=91;TR=61;WE=50717555;WS=50717537;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,66:0.48:138
chr22	50718397	rs28611220	A	G	2349.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-1.354;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=272;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.938;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=34;PP=1091;ReadPosRankSum=1.595;SC=AGTCTGCCTCATCCCTCAAGC;SOR=0.630;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=176;TCF=105;TCR=71;TR=80;WE=50718405;WS=50718387;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:145,122:0.46:267
chr22	50719165	rs28540713	T	C	1637.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-2.277;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=12.449;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=53;PP=1045;ReadPosRankSum=2.298;SC=GCCCGACGCCTGGCTCACATT;SOR=1.854;SbPval=0.92;Source=Platypus;TC=122;TCF=16;TCR=106;TR=57;WE=50719173;WS=50719155;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,78:0.48:164
chr22	50719251	rs11547734	A	G	2737.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.033;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=283;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.437;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=40;PP=1490;ReadPosRankSum=-0.144;SC=GCCGCGGCTCAGGGATGTCCA;SOR=0.726;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=183;TCF=95;TCR=88;TR=86;WE=50719259;WS=50719241;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:142,132:0.48:274
chr22	50720181	rs28442189	C	G	3521.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=2.209;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=357;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.388;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=54;PP=2093;ReadPosRankSum=2.915;SC=CCTGGGGAGGCGGCAGTGGTC;SOR=0.717;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=251;TCF=132;TCR=119;TR=114;WE=50720189;WS=50720171;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:186,159:0.46:345
chr22	50720622	rs11547728	C	T	5392.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-3.025;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=457;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.765;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=69;NR=111;PP=2822;ReadPosRankSum=-0.712;SC=CCGTCATGGGCTGCAGGGATT;SOR=0.854;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=320;TCF=129;TCR=191;TR=180;WE=50720630;WS=50720612;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:194,252:0.57:446
chr22	50722134	rs11547731	T	C	6903.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.484;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=765;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.517;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=99;NR=95;PP=2324;ReadPosRankSum=-1.506;SC=GACCCCAGGATGGTGATGCGG;SOR=0.735;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=433;TCF=218;TCR=215;TR=194;WE=50722142;WS=50722124;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:409,352:0.46:761
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chr22	50724190	rs28604596	G	T	1134.10	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.121;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.91;MQRankSum=-0.450;QD=32.40;ReadPosRankSum=0.818;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,33:0.94:35
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chr22	50752150	rs68178377	C	T	16773.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.585;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=405;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=148;NR=97;PP=2965;ReadPosRankSum=0.090;SC=TTCTTCTGCACGCCCTGCAGG;SOR=1.024;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=247;TCF=149;TCR=98;TR=245;WE=50752158;WS=50752140;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,388:0.99:390
chr22	50752169	rs73891220	G	A	17534.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.592;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=445;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=152;NR=119;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.966;SC=GGGGAGAGAGGGCCAGGCCCT;SOR=0.888;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=274;TCF=154;TCR=120;TR=271;WE=50752177;WS=50752159;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,424:1.00:426
chr22	50753334	rs73439311	G	A	4864.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-2.242;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.634;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=69;PP=2100;ReadPosRankSum=-0.728;SC=ATATGAGTCAGCACAGGCCGG;SOR=0.691;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=115;TCF=45;TCR=70;TR=113;WE=50753342;WS=50753324;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,186:0.99:187
chr22	50753973	rs62241228	T	C	2035.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.926;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=5.251;HP=3;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.375;NF=46;NR=14;PP=1284;ReadPosRankSum=1.506;SC=CTGCCTCCCTTGGGCAGTCCC;SOR=2.147;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=62;TCF=47;TCR=15;TR=60;WE=50753981;WS=50753963;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,73:0.95:77
chr22	50754052	rs71964200	TACTC	T	8337.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.771;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.272;NF=23;NR=56;PP=2957;ReadPosRankSum=-0.566;SC=CGCACACACATACTCACACAC;SOR=0.825;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=84;TCF=24;TCR=60;TR=79;WE=50754063;WS=50754042;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,192:0.98:196
chr22	50754363	rs35812349	A	G	1488.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=33;NR=12;PP=1179;SC=GGGTGAACCAAGGAAGCAGGT;SOR=2.252;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=45;TCF=33;TCR=12;TR=45;WE=50754371;WS=50754362;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr22	50754466	rs62241230	C	T	6143.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=240;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=84;NR=46;PP=2519;SC=CTTGGTCAAACTGCTTCGGAG;SOR=1.076;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=132;TCF=85;TCR=47;TR=130;WE=50754474;WS=50754456;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,237:1.00:237
chr22	50754648	rs11553141	T	C	10777.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=404;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=139;NR=123;PP=2965;SC=TCTGCCCAGGTGCAGGCGCCG;SOR=0.777;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=262;TCF=139;TCR=123;TR=262;WE=50754656;WS=50754638;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,396:1.00:396
chr22	50755782	rs145811594	G	A	7795.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.149;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=800;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=117;NR=127;PP=2962;ReadPosRankSum=1.639;SC=ACACGTAGCCGAAGTAGTGTG;SOR=0.734;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=474;TCF=230;TCR=244;TR=244;WE=50755790;WS=50755772;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:393,395:0.50:788
chr22	50757470	rs67488807	T	C	6255.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.695;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=243;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=90;PP=2928;ReadPosRankSum=-0.888;SC=ACACCATCTGTCCGAGGAGGC;SOR=1.053;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=145;TCF=55;TCR=90;TR=145;WE=50757478;WS=50757460;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,237:0.99:239
chr22	50757541	rs62241233	T	C	1937.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=40;PP=915;SC=CATCTGTCTGTGGGGCGCAGG;SOR=1.704;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=56;TCF=15;TCR=41;TR=55;WE=50757549;WS=50757531;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr22	50853132	rs60172550	TC	T	772.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.442;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=1.319;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.20;MQRankSum=1.022;QD=14.86;ReadPosRankSum=-2.420;SOR=0.993;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,23:0.44:52
chr22	50853134	rs115621755	C	T	781.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.309;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.20;MQRankSum=1.143;QD=15.33;ReadPosRankSum=-1.279;SOR=0.844;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,23:0.45:51
chr22	50857140	rs7293044	G	A	363.98	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.023;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.33;ReadPosRankSum=-0.360;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,17:0.81:21
chr22	50860565	rs9616844	G	A	1182.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.443;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=5.565;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=22.75;ReadPosRankSum=1.184;SOR=0.198;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,29:0.56:52
chr22	50860573	rs12163227	T	C	1258.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.280;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=2.738;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.07;ReadPosRankSum=1.831;SOR=0.352;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,32:0.48:66
chr22	50860583	rs12163230	T	C	1444.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.202;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FS=5.899;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.88;ReadPosRankSum=-0.130;SOR=0.297;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:46,45:0.49:91
chr22	50870620	rs2076712	G	T	1574.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.64;BaseQRankSum=-0.666;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=20;PP=458;ReadPosRankSum=1.571;SC=GCCCTGCCCAGTCCAGGGATG;SOR=0.675;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=83;TCF=41;TCR=42;TR=38;WE=50870628;WS=50870610;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:94,85:0.47:179
chr22	50876077	rs9306550	T	C	2443.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=0.775;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=284;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.441;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=29;PP=955;ReadPosRankSum=-1.548;SC=CGGCTCTCCCTGCTGCTGAGC;SOR=0.651;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=149;TCF=79;TCR=70;TR=63;WE=50876085;WS=50876067;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:151,123:0.45:274
chr22	50876235	rs5770779	T	C	15435.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=586;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=218;NR=162;PP=2965;SC=GCAGTGGGCCTGGAGGAACGC;SOR=0.905;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=381;TCF=219;TCR=162;TR=380;WE=50876243;WS=50876225;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,580:1.00:580
chr22	50876357	rs5770890	C	G	4733.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.443;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=486;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.453;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=69;NR=90;PP=2255;ReadPosRankSum=1.641;SC=TGTGGGGTGCCGCCACCCTTT;SOR=0.534;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=332;TCF=134;TCR=198;TR=159;WE=50876365;WS=50876347;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:240,237:0.50:477
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chr22	50877166	rs4824131	G	C	2270.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.120;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=261;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.950;HP=6;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=42;PP=1173;ReadPosRankSum=-0.166;SC=AGAAGGAAGCGCCCCCTGTGG;SOR=0.758;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=155;TCF=72;TCR=83;TR=81;WE=50877174;WS=50877156;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:139,118:0.46:257
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chr22	50903221	rs2076714	C	T	2324.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.262;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=259;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.533;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=45;PP=1001;ReadPosRankSum=0.869;SC=GGCGGTACGACGCCCTCCCGT;SOR=0.828;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=170;TCF=69;TCR=101;TR=72;WE=50903229;WS=50903211;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:138,115:0.45:253
chr22	50906518	rs1983679	G	A	707.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=3.964;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.892;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=22;PP=529;ReadPosRankSum=-0.945;SC=CAGTCTCTCCGGGTGAAGGGA;SOR=1.547;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=56;TCF=12;TCR=44;TR=26;WE=50906526;WS=50906508;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,29:0.45:65
chr22	50906917	rs9616852	C	A	1886.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.560;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=224;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.865;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=69;PP=2477;ReadPosRankSum=-1.309;SC=GGGGTCAGAGCACCCAACCCG;SOR=0.489;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=182;TCF=54;TCR=128;TR=74;WE=50906925;WS=50906907;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,92:0.53:172
chr22	50913394	rs373485644	CGCG	C	292.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=-0.115;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=4;PP=153;ReadPosRankSum=-0.822;SC=TGGTTCGCTCCGCGGCGGCGG;SOR=1.022;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=3;TCR=13;TR=4;WE=50913404;WS=50913384;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,9:0.36:25
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chr22	50920465	.	C	T	3709.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.61;BaseQRankSum=-0.256;ClippingRankSum=0.000;DP=312;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.420;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=56;PP=1486;ReadPosRankSum=0.737;SC=GGGCCGCCCTCCCTCCACGCC;SOR=0.660;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=163;TCF=66;TCR=97;TR=96;WE=50920473;WS=50920455;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:131,175:0.57:306
chr22	50925672	rs2232878	T	C	3334.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=61;NR=30;PP=1715;SC=GATGATGGCGTGGGAGAGGCT;SOR=1.304;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=92;TCF=61;TCR=31;TR=91;WE=50925680;WS=50925662;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr22	50925771	rs2232879	G	A	2796.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-2.415;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=316;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.135;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=67;NR=36;PP=1437;ReadPosRankSum=-3.052;SC=TCCTCGTGGAGCTGACATGAT;SOR=0.896;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=223;TCF=137;TCR=86;TR=103;WE=50925779;WS=50925761;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:165,143:0.46:308
chr22	50941985	rs6009975	T	C	4259.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=50;NR=53;PP=2399;SC=CTAGCAGGGCTTGCACAAATC;SOR=0.719;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=103;TCF=50;TCR=53;TR=103;WE=50941993;WS=50941975;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,152:1.00:152
chr22	50944163	rs128941	G	A	3945.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.891;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=371;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.785;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=50;PP=1606;ReadPosRankSum=1.518;SC=TGGTCGTCCAGCAGCGCAGTG;SOR=0.756;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=216;TCF=112;TCR=104;TR=109;WE=50944171;WS=50944153;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:177,191:0.52:368
chr22	50946965	rs131823	T	C	405.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.556;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=4.575;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.14;ReadPosRankSum=-0.015;SOR=0.260;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,21:0.52:40
chr22	50954124	rs131819	C	CT	46.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.269;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.77;MQRankSum=0.000;QD=0.65;ReadPosRankSum=-0.763;SOR=0.524;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:57,15:0.21:72
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chr22	50957598	rs45499897	A	G	1237.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=0.649;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.659;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=12;PP=396;ReadPosRankSum=0.936;SC=GGAGCTGATCACTCTCTTGCT;SOR=0.796;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=67;TCF=38;TCR=29;TR=29;WE=50957606;WS=50957588;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,62:0.49:127
chr22	50960101	rs131814	G	A	13061.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-1.376;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=537;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=190;NR=146;PP=2965;ReadPosRankSum=1.709;SC=GGCATGAGGTGGGGGGGTGGG;SOR=0.536;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=348;TCF=193;TCR=155;TR=336;WE=50960109;WS=50960091;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,519:1.00:520
chr22	50961169	rs131813	A	G	5971.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.907;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=224;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=26.90;ReadPosRankSum=-0.033;SOR=1.253;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,220:0.99:222
chr22	50961786	rs41282347	C	T	1431.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.550;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=34;PP=675;ReadPosRankSum=-0.389;SC=ACGCTGCCCCCTCCATGGCCC;SOR=0.734;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=144;TCF=51;TCR=93;TR=51;WE=50961794;WS=50961776;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:129,79:0.38:208
chr22	50961854	rs2782	T	C	2020.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=50;PP=1250;SC=AGGAGCCGTGTGTCTGCTCCT;SOR=2.463;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=63;TCF=13;TCR=50;TR=63;WE=50961862;WS=50961844;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr22	50961980	rs201538137	TCA	T	49.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.700;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.51;ReadPosRankSum=-0.624;SOR=0.713;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,5:0.15:33
chr22	50962208	rs12148	T	G	8594.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=337;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=117;NR=89;PP=2965;SC=CCTTGGGGCCTGCATTGTAGT;SOR=0.863;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=208;TCF=119;TCR=89;TR=206;WE=50962216;WS=50962198;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,328:1.00:328
chr22	50962782	rs140523	C	G	7762.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=293;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=128;NR=79;PP=2965;SC=AGGGAGGACCCGAGGCTTGAG;SOR=1.147;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=208;TCF=129;TCR=79;TR=207;WE=50962790;WS=50962772;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,289:1.00:289
chr22	50964153	rs131805	T	C	3261.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=46;NR=29;PP=1525;SC=CCCTGGATCCTTCCGCTCCCG;SOR=1.010;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=75;TCF=46;TCR=29;TR=75;WE=50964161;WS=50964143;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr22	50964255	rs112723255	C	T	1777.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=2.205;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.225;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=29;PP=822;ReadPosRankSum=-1.330;SC=GCGAATGGCGCGCGGTCGGAG;SOR=0.843;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=104;TCF=49;TCR=55;TR=52;WE=50964263;WS=50964245;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,83:0.51:164
chr22	50964862	rs131804	G	A	2783.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=43;NR=37;PP=1676;SC=CAGCGCCCTGGGCCTGAGTCC;SOR=0.713;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=82;TCF=44;TCR=38;TR=80;WE=50964870;WS=50964852;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr22	50966197	.	CTTTTTTT	C,CTT	2334.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.438;ClippingRankSum=0.000;DP=168;ExcessHet=3.0103;FS=1.456;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.06;MQRankSum=0.385;QD=27.79;ReadPosRankSum=1.451;SOR=1.218;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:9,19,56:0.23,0.67:84
chr22	50966914	rs470119	T	C	6139.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=234;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=76;NR=61;PP=2783;SC=CAACCTGGATTAATGACTGAT;SOR=0.821;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=137;TCF=76;TCR=61;TR=137;WE=50966922;WS=50966904;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,230:1.00:230
chr22	50968826	.	CAG	C	546.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.099;ClippingRankSum=0.000;DP=391;ExcessHet=3.0103;FS=2.849;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.49;ReadPosRankSum=1.962;SOR=0.965;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:318,49:0.13:367
chr22	50970068	rs141953471	C	T	409.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=0.504;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.178;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=10;PP=254;ReadPosRankSum=0.046;SC=GGGGCGCCGTCGGTGCCGCGC;SOR=0.290;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=29;TCF=8;TCR=21;TR=15;WE=50970076;WS=50970058;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,19:0.53:36
chr22	50987843	rs61746062	C	T	6429.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-2.413;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=624;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=93;NR=112;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.291;SC=AATGCCTGTACAGCATGGAGT;SOR=0.674;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=405;TCF=182;TCR=223;TR=205;WE=50987851;WS=50987833;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:306,305:0.50:611
chr22	50988193	rs131779	A	G	3520.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=3.207;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=437;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.470;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=110;PP=2962;ReadPosRankSum=0.688;SC=GCCCCACTGCACTGCACCACC;SOR=0.886;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=259;TCF=43;TCR=216;TR=126;WE=50988201;WS=50988183;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:217,205:0.49:422
chr22	50989537	rs41281531	G	A	179.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=2.684;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.741;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=0;PP=115;ReadPosRankSum=-1.096;SC=AGAGGTCCTCGGGCTGTGCTT;SOR=1.473;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=28;TCF=26;TCR=2;TR=9;WE=50989545;WS=50989527;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,10:0.34:29
chr22	51010788	rs131761	T	A	3238.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=27;NR=58;PP=1750;SC=TGTCCAGAGGTGCCTGACCTG;SOR=1.349;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=85;TCF=27;TCR=58;TR=85;WE=51010796;WS=51010778;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr22	51040134	rs9616878	C	G	83.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.541;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=2.216;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.58;ReadPosRankSum=-1.825;SOR=1.432;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,5:0.33:15
chr22	51040387	rs12169357	G	C	946.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.495;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.165;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=14;PP=391;ReadPosRankSum=0.909;SC=TCTTCTTAGCGTTCACTTGGG;SOR=0.382;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=54;TCF=21;TCR=33;TR=25;WE=51040395;WS=51040377;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,45:0.54:83
chr22	51040413	rs74937467	T	A	720.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.539;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.353;HP=2;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=12;PP=343;ReadPosRankSum=0.570;SC=AGGGTGGGTGTGAGCTCAGCC;SOR=0.369;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=37;TCF=14;TCR=23;TR=21;WE=51040421;WS=51040403;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,33:0.59:56
chr22	51040430	rs12168113	C	T	608.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.812;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=12;PP=262;ReadPosRankSum=0.224;SC=AGCCTTGAACCGGGGACTCCT;SOR=0.700;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=31;TCF=12;TCR=19;TR=19;WE=51040438;WS=51040420;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,29:0.63:46
chr22	51041570	rs10439940	C	G	2985.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-1.377;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=299;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.882;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=33;PP=1100;ReadPosRankSum=-0.287;SC=TGATGCTCCCCGATTTCCCTT;SOR=0.750;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=151;TCF=88;TCR=63;TR=81;WE=51041578;WS=51041560;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:142,153:0.52:295
chr22	51042484	rs56314791	C	T	2925.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=1.102;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=253;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.462;HP=2;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQ=60.13;MQRankSum=-1.933;NF=34;NR=52;PP=1264;ReadPosRankSum=0.884;SC=TGTCCTCGCCCGGCTCCGACT;SOR=0.732;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=160;TCF=65;TCR=95;TR=86;WE=51042492;WS=51042474;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:112,139:0.55:251
chr22	51042513	rs140511	C	CG	8400.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.15;QD=40.19;SOR=0.803;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,209:1.00:209
chr22	51043617	rs41282363	C	T	510.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-3.140;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.421;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=10;PP=377;ReadPosRankSum=0.835;SC=GGGCTGGGTGCCCTCTCCCAC;SOR=0.155;SbPval=0.1;Source=Platypus;TC=50;TCF=17;TCR=33;TR=21;WE=51043625;WS=51043607;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,22:0.40:55
chr22	51043635	rs79047750	A	G	620.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-2.893;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=13.579;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=11;PP=414;ReadPosRankSum=-0.393;SC=CACCCAGGACATGGCATGAGG;SOR=0.090;SbPval=0.11;Source=Platypus;TC=46;TCF=16;TCR=30;TR=23;WE=51043643;WS=51043625;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,27:0.52:52
chr22	51044907	rs73445585	T	C	384.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-3.008;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=4;PP=251;ReadPosRankSum=0.151;SC=TTGCTCCTCCTGAGCCTGAGG;SOR=0.693;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=38;TCF=30;TCR=8;TR=17;WE=51044915;WS=51044897;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,18:0.45:40
chr22	51045190	rs1140555	C	T	2559.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.590;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=242;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=49;PP=2908;ReadPosRankSum=0.107;SC=GAGGAGGGCCCGAGGTGGGAG;SOR=0.692;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=182;TCF=87;TCR=95;TR=92;WE=51045238;WS=51045180;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:113,123:0.52:236
chr22	51045230	rs75465264	G	T	1683.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.794;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.897;HP=4;HapScore=4;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=47;PP=2908;ReadPosRankSum=0.583;SC=GGGACTGGGGGATAGGGTTAG;SOR=0.788;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=154;TCF=71;TCR=83;TR=83;WE=51045238;WS=51045180;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:92,79:0.46:171
chr22	51045433	rs131736	C	T	2611.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.712;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=308;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=48;PP=1213;ReadPosRankSum=-2.145;SC=AGAGTCTGACCGTCCCCGAGT;SOR=0.718;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=185;TCF=84;TCR=101;TR=85;WE=51045441;WS=51045423;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:169,134:0.44:303
chr22	51048781	rs5770941	T	G	2524.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-2.354;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.401;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=68;PP=1539;ReadPosRankSum=-0.199;SC=GGGTGCAGGGTTACGGAGGTG;SOR=0.428;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=183;TCF=50;TCR=133;TR=97;WE=51048789;WS=51048771;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:97,114:0.54:211
chr22	51063610	rs6151428	C	T	1065.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.506;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.323;HP=9;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=16;PP=551;ReadPosRankSum=-0.396;SC=GCAAGCTGGGCGGGGGGTGCA;SOR=0.495;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=87;TCF=52;TCR=35;TR=36;WE=51063618;WS=51063600;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,53:0.41:128
chr22	51063987	rs762674	G	C	4146.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.989;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=340;ExcessHet=3.0103;FS=34.797;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.30;ReadPosRankSum=-0.259;SOR=0.157;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:148,189:0.56:337
chr22	51064039	rs743616	G	C	5272.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.649;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=522;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.264;HP=1;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=78;NR=76;PP=2550;ReadPosRankSum=1.884;SC=GTACTTTCCAGTCCGCACAGC;SOR=0.496;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=346;TCF=173;TCR=173;TR=154;WE=51064057;WS=51064029;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:262,257:0.50:519
chr22	51064141	rs762673	G	A	2602.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.898;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=273;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.529;HP=3;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=58;PP=1343;ReadPosRankSum=0.405;SC=ACGGGGCGGGGCAGGCCCCAA;SOR=0.599;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=194;TCF=64;TCR=130;TR=87;WE=51064149;WS=51064131;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:137,126:0.48:263
chr22	51064169	rs873697	G	A	1755.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.179;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.385;HP=3;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=44;PP=1036;ReadPosRankSum=1.044;SC=ACATACCTGGGGCTGCCAGCC;SOR=0.559;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=127;TCF=30;TCR=97;TR=59;WE=51064177;WS=51064159;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,78:0.48:161
chr22	51064416	rs2071421	T	C	1212.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.293;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.678;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=13;PP=609;ReadPosRankSum=1.089;SC=CAAGGTGACATTGGGCAGTGG;SOR=0.622;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=86;TCF=57;TCR=29;TR=39;WE=51064424;WS=51064406;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,58:0.47:124
chr22	51064818	rs762672	T	C	861.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-3.531;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.048;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=29;PP=573;ReadPosRankSum=-0.567;SC=GTGCCCAGCATGAGCCCGGCA;SOR=0.411;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=81;TCF=18;TCR=63;TR=39;WE=51064826;WS=51064808;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,43:0.48:90
chr22	51064915	rs6151419	G	A	453.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-3.048;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=6;PP=294;ReadPosRankSum=-0.401;SC=GCATCTCCTGGCACCCCCTCA;SOR=0.910;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=34;TCF=21;TCR=13;TR=16;WE=51064923;WS=51064910;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,19:0.50:38
chr22	51065600	rs6151412	G	A	3273.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.408;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=345;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.392;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=47;PP=1598;ReadPosRankSum=-0.455;SC=CTACCTGGTCGTGGGAGTACG;SOR=0.717;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=214;TCF=116;TCR=98;TR=105;WE=51065608;WS=51065590;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:178,161:0.47:339
chr22	51113001	.	CCG	C	461.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=38.48;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr22	51117137	rs9616914	G	A	4050.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=3.176;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=502;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.751;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=75;NR=62;PP=2087;ReadPosRankSum=-0.348;SC=GAGTGGAGTCGGGGAGGGGCA;SOR=0.815;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=325;TCF=171;TCR=154;TR=137;WE=51117145;WS=51117127;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:289,204:0.41:493
chr22	51117580	rs9616915	T	C	4193.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=2.603;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=418;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.516;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=72;PP=2184;ReadPosRankSum=0.850;SC=CAGCTGGGGATCACCGACGAG;SOR=0.755;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=254;TCF=121;TCR=133;TR=133;WE=51117588;WS=51117570;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:207,199:0.49:406
chr22	51133518	rs13055562	G	A	4248.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=50;NR=88;PP=2654;SC=TGGGAGGGTGGGGTGCCGGGA;SOR=1.379;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=139;TCF=51;TCR=88;TR=138;WE=51133526;WS=51133508;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,156:1.00:156
chr22	51135545	rs9616818	T	C	794.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=8;PP=303;SC=AGTGGAGGAGTGAGAGCTCAG;SOR=0.892;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=19;TCF=11;TCR=8;TR=19;WE=51135553;WS=51135535;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr22	51137249	rs1557620	T	C	5293.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.130;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=67;NR=57;PP=2556;ReadPosRankSum=-0.241;SC=ACCCCACGGCTCCCCGGGCAG;SOR=0.806;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=124;TCF=67;TCR=57;TR=124;WE=51137257;WS=51137239;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,203:0.98:207
chr22	51142381	rs12483981	G	A	2395.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.636;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=250;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.156;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=39;PP=1115;ReadPosRankSum=1.883;SC=CAGGGACCCTGGCTGGCGGGA;SOR=0.453;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=162;TCF=69;TCR=93;TR=75;WE=51142389;WS=51142371;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:127,119:0.48:246
chr22	51144731	rs9968024	T	C	247.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-2.167;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.972;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=8;PP=102;ReadPosRankSum=1.198;SC=CAGAGGTGAATGGGTGGGTGC;SOR=0.194;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=30;TCF=5;TCR=25;TR=10;WE=51144739;WS=51144721;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,14:0.40:35
chr22	51150167	rs5770819	T	C	544.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.672;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=18;PP=341;ReadPosRankSum=1.182;SC=CAGGGTGGCCTGGAAGCCTGG;SOR=0.597;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=55;TCF=13;TCR=42;TR=24;WE=51150175;WS=51150157;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,28:0.41:69
chr22	51169784	.	GC	G	458	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;FR=0.5000;HP=6;HapScore=2;MGOF=17;MMLQ=26;MQ=59.69;NF=0;NR=19;PP=458;QD=25.5263157895;SC=TGCCGGCAGGGCCCCCCACCC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=41;TCF=2;TCR=39;TR=19;WE=51169792;WS=51169774;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:22,19:0.46:41
chr22	51182485	rs6009961	A	G	6330.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.948;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=237;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=-1.154;NF=110;NR=62;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.028;SC=TGGTCTGACTATAGCCCCCAG;SOR=1.272;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=174;TCF=111;TCR=63;TR=172;WE=51182493;WS=51182475;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,227:0.99:229
chrX	2699968	rs2306737	A	G	816.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=-1.759;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=6;PP=332;ReadPosRankSum=1.263;SC=AGACAATGGCAATCTATAAAC;SOR=0.578;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=22;TCF=16;TCR=6;TR=21;WE=2699976;WS=2699958;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,34:0.97:35
chrX	2700027	rs2306736	T	C	2116.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.64;BaseQRankSum=-0.629;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=13;PP=796;ReadPosRankSum=0.908;SC=ATAGTCACGCTGATGAGCTTG;SOR=0.713;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=44;TCF=31;TCR=13;TR=43;WE=2700035;WS=2700017;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,84:0.97:87
chrX	2724760	rs3749988	T	C	1327.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=30;NR=9;PP=800;SC=GGCTATAGACTCAACTCTCGT;SOR=1.656;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=39;TCF=30;TCR=9;TR=39;WE=2724768;WS=2724750;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chrX	2726396	rs6567645	A	G	401.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQ=59.92;NF=2;NR=11;PP=323;SC=GTATGTATATAAAGTAGCTCC;SOR=2.833;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=2;TCR=11;TR=13;WE=2726404;WS=2726386;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chrX	2729540	rs11439714	T	TA	790.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=0.759;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.6748;FS=0.000;HP=11;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=11;PP=173;ReadPosRankSum=-0.271;SC=AAGCCTGATTTAAAAAAAAAA;SOR=0.593;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=22;TCF=1;TCR=21;TR=12;WE=2729548;WS=2729530;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,42:0.78:54
chrX	2732166	rs5939337	A	T	71.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=0;PP=53;SC=TCTTTTTTTTAAAATAGATTT;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=3;TCR=0;TR=3;WE=2732174;WS=2732161;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chrX	2732356	rs34201156	C	CTT	902.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;QD=30.09;SOR=0.776;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chrX	2748253	rs6642032	G	C	2753.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=28;NR=39;PP=1298;SC=AGCTCAAGCTGCTTCAGTTCA;SOR=0.973;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=67;TCF=28;TCR=39;TR=67;WE=2748261;WS=2748243;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chrX	2761050	rs11797037	C	T	341.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=7;NR=6;PP=227;SC=GACAGAGTTTCACCATGGTGC;SOR=0.836;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=7;TCR=6;TR=13;WE=2761058;WS=2761040;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chrX	2774478	rs5939132	A	G	1931.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=24;NR=17;PP=689;SC=CACATCTCGCATTCTTGGAGT;SOR=0.887;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=24;TCR=17;TR=41;WE=2774486;WS=2774468;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
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chrX	2832742	rs211648	G	C	1459.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=19;NR=16;PP=665;SC=AAGACAGCGTGTCTGCATTGT;SOR=0.765;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=36;TCF=19;TCR=17;TR=35;WE=2832750;WS=2832732;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chrX	2833506	rs211649	G	C	177.03	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.534;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5268;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=0;PP=109;ReadPosRankSum=-0.000;SC=TTTATTGCAAGTTGGTTCATA;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=7;TCR=0;TR=6;WE=2833514;WS=2833496;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,7:0.88:8
chrX	2833856	rs211650	T	C	242.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=6;PP=173;SC=CCTTCTGAGTTCATCAGTGGG;SOR=1.402;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=3;TCR=6;TR=9;WE=2833864;WS=2833846;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chrX	2836037	rs211653	G	C	1425.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=13;NR=23;PP=821;SC=CGCGGAGACAGAGAAGAAACC;SOR=1.270;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=36;TCF=13;TCR=23;TR=36;WE=2836045;WS=2836027;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chrX	2836084	rs73632973	C	G	1339.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.583;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.565;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=19;PP=693;ReadPosRankSum=-0.686;SC=GAATCCCCAGCGCCAGGAACT;SOR=0.687;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=34;TCF=15;TCR=19;TR=33;WE=2836092;WS=2836074;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,49:0.98:50
chrX	2852915	rs11055	C	T	268.56	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.631;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.9992;FS=6.021;HP=3;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=-1.329;NF=8;NR=1;PP=162;ReadPosRankSum=-0.903;SC=AGAGGGGGAACGGGCCACAGC;SOR=2.430;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=10;TCF=8;TCR=2;TR=9;WE=2852923;WS=2852905;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,11:0.92:12
chrX	2852951	rs11222	G	A	627.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=13;NR=4;PP=382;SC=GTCTCCAGATGTTGCCCAGCC;SOR=1.708;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=13;TCR=4;TR=17;WE=2852959;WS=2852941;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chrX	2856155	rs35143646	C	T	723.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=15;NR=9;PP=422;SC=GGCACCTCGCCGCCCGCCAGC;SOR=1.101;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=15;TCR=9;TR=24;WE=2856163;WS=2856145;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chrX	2871011	rs211640	G	C	709.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=17;NR=7;PP=484;SC=TATTTCTTGAGTATCTACTTT;SOR=1.697;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=17;TCR=7;TR=24;WE=2871019;WS=2871001;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chrX	2877835	rs211636	G	A	349.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=5;NR=8;PP=186;SC=GGTGGCTCATGCCCATTATCT;SOR=1.112;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=13;TCF=5;TCR=8;TR=13;WE=2877843;WS=2877825;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chrX	2877876	rs211637	T	C	240.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=5;PP=115;SC=GTGGGAGCATTGCCTGAGCCC;SOR=1.085;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=3;TCR=5;TR=8;WE=2877884;WS=2877866;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chrX	2942109	rs5939407	T	C	1661.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=23;NR=16;PP=731;SC=CAACCACACCTTGGTGTACTT;SOR=0.925;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=39;TCF=23;TCR=16;TR=39;WE=2942117;WS=2942099;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chrX	2950961	rs5982634	A	G	305.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=2;PP=196;SC=GAGTATTATCAATCACTAGAA;SOR=2.833;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=10;TCR=2;TR=12;WE=2950969;WS=2950951;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chrX	2950998	rs5939411	C	T	1005.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=17;NR=8;PP=462;SC=ACATCTTTAACGAAAAGAGTC;SOR=1.329;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=17;TCR=8;TR=25;WE=2951006;WS=2950988;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chrX	2951434	rs5939155	C	G	294.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=9;PP=229;SC=TGAGACCATGCGGACCACGTG;SOR=2.494;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=11;TCF=2;TCR=9;TR=11;WE=2951442;WS=2951424;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chrX	2999141	rs5983001	G	A	546.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=3;NR=12;PP=299;SC=TCTTGGAAACGCTGTATTTTA;SOR=2.093;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=3;TCR=12;TR=15;WE=2999149;WS=2999131;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chrX	3002219	rs5983002	T	C	788.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.29;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chrX	3002687	rs5983003	A	G	990.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=20;PP=626;SC=TGGTGAAGGAAGCGATTTCCT;SOR=1.483;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=30;TCF=10;TCR=20;TR=30;WE=3002695;WS=3002677;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chrX	3007480	rs2290453	G	T	1187.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=29;NR=8;PP=772;SC=CAAAACAATAGTTTTCACATT;SOR=2.247;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=29;TCR=8;TR=37;WE=3007488;WS=3007470;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chrX	3190004	rs1726214	G	A	525.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=8;PP=314;SC=CCGGGGCACCGGTAAATATTT;SOR=1.022;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=14;TCF=6;TCR=8;TR=14;WE=3190012;WS=3189994;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chrX	3190161	.	A	AAC	188.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.728;ClippingRankSum=-0.000;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=18.87;ReadPosRankSum=-0.319;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,7:0.70:10
chrX	3190191	rs1726212	T	C	627.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=34;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=17;NR=5;PP=549;SC=GAAAGCACCATCTTCCTCAAA;SOR=2.200;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=17;TCR=5;TR=22;WE=3190199;WS=3190181;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chrX	3190297	rs1726211	C	T	4279.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.558;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.163;NF=60;NR=44;PP=1799;ReadPosRankSum=-0.716;SC=TTCATAGAGACTCCATTTCTC;SOR=0.912;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=104;TCF=60;TCR=44;TR=104;WE=3190305;WS=3190287;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,169:0.99:171
chrX	3194918	.	TGAAAAACAGGTCATGA	T	1538.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=12;NR=7;PP=2966;SC=ATGGGGATTTTGAAAAACAGG;SOR=2.115;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=20;TCF=12;TCR=8;TR=19;WE=3194941;WS=3194908;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chrX	3195109	rs1635207	C	T	1009.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=8;NR=20;PP=532;SC=CTTGGACTTCCAGCCTCCAGA;SOR=1.329;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=28;TCF=8;TCR=20;TR=28;WE=3195117;WS=3195099;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chrX	3227682	rs6655019	T	G	309.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=7;NR=2;PP=119;SC=TAAGAGCTCCTATTCCCCAAC;SOR=1.609;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=7;TCR=2;TR=9;WE=3227690;WS=3227672;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chrX	3228096	rs5983115	C	T	1127.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.110;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=-2.217;NF=21;NR=15;PP=609;ReadPosRankSum=1.190;SC=AAGGGCCGTACTCCGTCTCCA;SOR=0.919;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=38;TCF=22;TCR=16;TR=36;WE=3228104;WS=3228086;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,47:0.92:51
chrX	3228144	rs112101834	C	G	1438.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.067;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=-2.003;NF=23;NR=23;PP=802;ReadPosRankSum=2.057;SC=ACACCGAGGCCTCACGAACCG;SOR=0.693;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=48;TCF=24;TCR=24;TR=46;WE=3228152;WS=3228134;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,60:0.94:64
chrX	3228378	rs5983116	A	C	435.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=52.54;QD=36.31;SOR=1.445;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chrX	3228382	rs199982099	G	A	408.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=48.37;QD=51.10;SOR=1.863;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chrX	3228411	rs1635233	G	A	373.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=43.15;QD=41.53;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chrX	3228420	rs113892373	C	T	407.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=43.55;QD=40.78;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
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chrX	3228711	rs41304695	G	A	612.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=56.62;QD=25.53;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
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chrX	3238167	rs1635245	T	G	655.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.380;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.9999;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=9;PP=257;ReadPosRankSum=-0.703;SC=TGAGGATTTGTGGCTTTTCCC;SOR=0.335;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=19;TCF=9;TCR=10;TR=18;WE=3238175;WS=3238157;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,27:0.96:28
chrX	3238733	rs1974522	G	A	2858.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=28;NR=37;PP=1298;SC=GATAATCTTGGAGTTGTAAAC;SOR=0.916;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=66;TCF=28;TCR=38;TR=65;WE=3238741;WS=3238723;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chrX	3239545	rs1726199	C	T	507.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.08;SOR=0.874;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
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chrX	3241050	rs1635247	G	A	1249.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.63;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=11;PP=436;SC=CAGTCTTCTCGGAAAGGTCAT;SOR=0.735;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=22;TCF=11;TCR=11;TR=21;WE=3241058;WS=3241040;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chrX	3241256	rs5983119	T	C	1236.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=13;NR=15;PP=668;SC=GGGGGAGAAATAGCAGGAAAA;SOR=0.737;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=28;TCF=13;TCR=15;TR=28;WE=3241264;WS=3241246;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chrX	3241284	rs1635248	A	G	1086.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=32;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=12;NR=16;PP=590;SC=TGACTTCTAGACTCAAGGATG;SOR=0.968;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=28;TCF=12;TCR=16;TR=28;WE=3241292;WS=3241274;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chrX	3241317	rs1635249	T	C	1057.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=16;NR=12;PP=501;SC=TTTTAATCAATGGGGGTACTT;SOR=0.793;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=28;TCF=16;TCR=12;TR=28;WE=3241325;WS=3241307;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chrX	3241791	rs1635250	G	A	1408.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=14;NR=28;PP=869;SC=AGTAACCACTGTCACTGACTT;SOR=1.436;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=42;TCF=14;TCR=28;TR=42;WE=3241799;WS=3241781;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chrX	3530512	rs7066317	A	C	577.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.900;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=9.031;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=18;PP=363;ReadPosRankSum=-0.851;SC=CATTTATGAAAGCGGCAATCT;SOR=3.989;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=1;TCR=18;TR=18;WE=3530520;WS=3530502;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,23:0.96:24
chrX	3539376	rs369523977	CA	C	188.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.306;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.11;MQRankSum=1.619;QD=2.14;ReadPosRankSum=-1.062;SOR=0.776;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:61,27:0.31:88
chrX	3592725	rs10871864	G	A	2061.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=27;NR=28;PP=998;SC=GGATGACGTCGGGAATGCTCA;SOR=0.744;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=55;TCF=27;TCR=28;TR=55;WE=3592733;WS=3592715;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chrX	3592847	rs7880937	C	T	576.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=8;NR=14;PP=468;SC=TTAAGTCTTCCGACAAAGGAA;SOR=1.508;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=22;TCF=8;TCR=14;TR=22;WE=3592855;WS=3592837;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chrX	3631167	rs3752362	A	G	1228.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.08;SOR=0.909;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chrX	3735939	rs151012322	G	A	918.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=18;PP=451;SC=GGTTTGTTACGTGGATATATT;SOR=1.371;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=27;TCF=9;TCR=18;TR=27;WE=3735947;WS=3735929;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chrX	3736489	rs1133336	C	T	2565.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.64;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=29;NR=16;PP=780;SC=TCACCAACAGCGTATAAGCAA;SOR=0.957;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=45;TCF=29;TCR=16;TR=45;WE=3736497;WS=3736479;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chrX	6975782	rs868756	C	G	2993.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=31;NR=23;PP=1269;SC=CAGTTGATTACACAGAAGGAG;SOR=0.869;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=54;TCF=31;TCR=23;TR=54;WE=6975790;WS=6975772;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chrX	6995315	rs2379206	C	T	1225.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=22;NR=8;PP=553;SC=GGAAGATGTCCGGGTCTGGCT;SOR=1.414;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=22;TCR=8;TR=30;WE=6995323;WS=6995305;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chrX	6995438	rs1803675	C	T	2934.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.61;BaseQRankSum=0.621;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=30;PP=1071;ReadPosRankSum=-0.795;SC=AGCTGGTGGCCAGTGCAAAGG;SOR=0.802;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=54;TCF=24;TCR=30;TR=54;WE=6995446;WS=6995428;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,114:0.98:116
chrX	8138080	rs1058239	G	C	589.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.68;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=65;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=4;PP=210;SC=AACTTAGTCGGTGCTCTCGGA;SOR=0.776;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=10;TCF=6;TCR=4;TR=10;WE=8138088;WS=8138070;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chrX	8138160	rs1058238	T	C	511.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.67;QD=42.65;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chrX	8138165	rs1058237	C	G	511.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.67;QD=42.65;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chrX	8138170	rs75657421	CT	GC	511.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;JOINED;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.67;QD=42.65;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chrX	8138182	rs41305169	A	G	466.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.64;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=5;PP=140;SC=CTCCTGACTCAGGGGGTCGTG;SOR=0.859;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=9;TCF=4;TCR=5;TR=9;WE=8138190;WS=8138150;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chrX	8270615	.	A	AAGAAAGAAAG	1060.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=68.43;QD=58.93;SOR=1.493;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chrX	8501120	rs41303179	C	A	1188.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.599;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.711;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=18;PP=530;ReadPosRankSum=-0.686;SC=ATATGTCAGTCACATCCATTT;SOR=0.793;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=30;TCF=11;TCR=19;TR=29;WE=8501128;WS=8501110;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,46:0.98:47
chrX	8503641	rs809446	G	A	799.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=11;NR=4;PP=342;SC=CGGAAGGCAGGATCTGGGACT;SOR=1.214;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=11;TCR=4;TR=15;WE=8503649;WS=8503631;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chrX	8504773	rs808120	G	T	607.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=17;NR=1;PP=455;SC=TGCTGACACCGTAGACCTAGA;SOR=3.716;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=18;TCF=17;TCR=1;TR=18;WE=8504781;WS=8504763;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chrX	8504833	rs808119	C	T	1280.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=24;NR=12;PP=595;SC=AGGCAGCCAACAGGCTTGTGG;SOR=1.225;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=37;TCF=24;TCR=13;TR=36;WE=8504841;WS=8504823;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chrX	8700168	.	A	C	21	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;FR=0.9998;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=1;NR=2;PP=21;QD=18.5904041824;SC=GACCAGGCAGACGCCGCGACT;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=3;TCF=1;TCR=2;TR=3;WE=8700176;WS=8700158;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chrX	8761553	rs5978272	T	G	115.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=0;PP=89;SC=ATGTTAAATTTGGAACAATAC;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=4;TCR=0;TR=4;WE=8761561;WS=8761545;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
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chrX	9659863	rs2301674	G	A	202.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=32;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=3;NR=8;PP=182;SC=TTCTTACCCCGGTGTGTGGGC;SOR=1.609;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=3;TCR=8;TR=11;WE=9659871;WS=9659853;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chrX	9661110	rs3747431	C	G	498.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=11;NR=5;PP=292;SC=CCTGGATCCTCGGAGAGGCTC;SOR=1.493;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=17;TCF=11;TCR=6;TR=16;WE=9661118;WS=9661100;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chrX	9661165	rs3747430	G	T	1624.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=25;NR=17;PP=715;SC=TTTTTGTGGGGTTTTGTCTCT;SOR=1.044;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=42;TCF=25;TCR=17;TR=42;WE=9661173;WS=9661155;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chrX	9665368	rs2239411	C	A	533.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=10;NR=8;PP=306;SC=AAAACTTTGCCAGAATAGTTA;SOR=0.793;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=18;TCF=10;TCR=8;TR=18;WE=9665376;WS=9665358;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chrX	10062079	rs5934746	T	A	921.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=21;NR=3;PP=526;SC=TAATAAATAATGCAGCAGACC;SOR=2.235;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=24;TCF=21;TCR=3;TR=24;WE=10062087;WS=10062069;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chrX	10062163	rs5934747	G	C	2239.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=36;NR=15;PP=1182;SC=TTGTCTCATTGTGTTCCAGAG;SOR=1.281;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=52;TCF=36;TCR=16;TR=51;WE=10062171;WS=10062153;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chrX	10084395	rs200929467	CTTGTT	C	1354.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=9;NR=8;PP=760;SC=AGTGGACTGTCTTGTTATGAA;SOR=1.751;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=9;TCR=8;TR=17;WE=10084407;WS=10084385;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chrX	10085227	rs7058143	T	C	3817.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.720;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=44;PP=1615;ReadPosRankSum=-0.962;SC=CCTCCAGCCGTGGGTCTCTGG;SOR=0.838;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=98;TCF=53;TCR=45;TR=96;WE=10085235;WS=10085217;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,146:0.99:148
chrX	10085674	rs6530368	T	C	2305.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-2.299;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=31;PP=845;ReadPosRankSum=1.624;SC=TCCCCGGGGATGGGGAAGGGC;SOR=0.260;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=56;TCF=25;TCR=31;TR=56;WE=10085682;WS=10085664;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,92:0.99:93
chrX	10092331	rs36076296	A	G	2945.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.61;BaseQRankSum=0.762;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=27;PP=1015;ReadPosRankSum=-0.947;SC=GAGCCTGCCTACGGAGACACG;SOR=0.729;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=55;TCF=26;TCR=29;TR=53;WE=10092339;WS=10092321;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,112:0.98:114
chrX	10104543	rs5978376	A	G	988.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=21;NR=6;PP=589;SC=ACAAGCACCAATAATCATAAG;SOR=1.885;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=28;TCF=21;TCR=7;TR=27;WE=10104551;WS=10104533;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chrX	10104585	rs4830697	G	T	1552.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=26;NR=16;PP=755;SC=AGGATGAAAAGAATCCATTCT;SOR=1.160;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=42;TCF=26;TCR=16;TR=42;WE=10104593;WS=10104575;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chrX	10107329	rs68029463	G	A	71.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=17.76;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chrX	10107389	.	T	TAA	44.14	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=11.04;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chrX	10109670	.	A	C	332.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.439;ClippingRankSum=0.000;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=22.18;ReadPosRankSum=0.134;SOR=1.473;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,14:0.93:15
chrX	10166198	rs2240019	A	C	342.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=7;PP=174;SC=TTTTACTTCTACTAACTCATT;SOR=1.609;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=2;TCR=7;TR=9;WE=10166206;WS=10166188;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chrX	10491233	.	CA	C	41.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.806;ClippingRankSum=0.000;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=1.987;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.32;ReadPosRankSum=-1.142;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,8:0.44:18
chrX	11200070	.	TAAAA	T	35.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.431;ClippingRankSum=-0.000;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=5.96;ReadPosRankSum=1.282;SOR=0.307;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,2:0.33:6
chrX	11313027	rs946252	T	C	1335.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=11;NR=22;PP=669;SC=AAAAATCTGCTCATAGTTGGT;SOR=1.270;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=33;TCF=11;TCR=22;TR=33;WE=11313035;WS=11313017;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chrX	12722616	rs4469660	C	G	2119.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=20;NR=27;PP=915;SC=TATCACATTTCCATCTTAAAA;SOR=0.908;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=20;TCR=27;TR=47;WE=12722624;WS=12722606;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chrX	12809661	rs1731469	G	A	2661.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.63;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=18;NR=29;PP=987;SC=ATCAGGACCTGTCCCAGCGCG;SOR=0.884;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=18;TCR=29;TR=47;WE=12809669;WS=12809651;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chrX	12939928	rs2109135	T	C	2278.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=29;NR=28;PP=1198;SC=GGGATTGGGATCCGGGATTGG;SOR=0.766;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=57;TCF=29;TCR=28;TR=57;WE=12939936;WS=12939918;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chrX	12994867	rs138495959	CT	C	217.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.803;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.02;ReadPosRankSum=0.479;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,22:0.71:31
chrX	13337059	rs4830842	C	T	2970.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=45;NR=32;PP=1416;SC=CTGTACTGTGCCTTCACTGAT;SOR=0.965;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=78;TCF=46;TCR=32;TR=77;WE=13337067;WS=13337049;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chrX	13607881	rs2885181	C	G	234.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=5;PP=105;SC=GCCAGTGGATCTCTCAGGCAA;SOR=2.093;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=5;WE=13607889;WS=13607871;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chrX	13681115	rs2361159	C	T	2131.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=33;NR=26;PP=1118;SC=GGCAAGAGATCGAGTGAGTTG;SOR=0.821;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=59;TCF=33;TCR=26;TR=59;WE=13681123;WS=13681105;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chrX	13681638	rs5935649	C	T	1204.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=10;NR=17;PP=526;SC=TAATTTGTAACGAATGTGGGG;SOR=1.154;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=27;TCF=10;TCR=17;TR=27;WE=13681646;WS=13681628;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chrX	13681679	rs5935650	G	T	660.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=14;PP=356;SC=TGGGTGTGCTGGTAACTGTAA;SOR=1.609;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=19;TCF=5;TCR=14;TR=19;WE=13681687;WS=13681669;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chrX	13734539	rs2285633	T	C	513.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=12;NR=3;PP=282;SC=GAAACTTACATTTTCACCTGA;SOR=2.833;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=12;TCR=3;TR=15;WE=13734547;WS=13734529;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chrX	13734919	rs35084098	C	CTTTG	181.87	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=3;PP=92;SC=TGCTTTTATACTTTGTTATTG;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=0;TCR=4;TR=3;WE=13734927;WS=13734909;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chrX	13758375	rs2238908	G	A	2167.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=21;NR=37;PP=1167;SC=CGTCCAGTGTGACTCTCTGTG;SOR=1.124;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=58;TCF=21;TCR=37;TR=58;WE=13758383;WS=13758365;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chrX	13769593	rs3214141	GA	G	114.75	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=12;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=2;NR=2;PP=61;SC=TTTAGTGTTTGAAAAAAAAAA;SOR=0.693;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=6;TCF=3;TCR=3;TR=4;WE=13769601;WS=13769583;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chrX	13771576	rs3815049	A	G	591.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.374;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.9995;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=7;PP=219;ReadPosRankSum=-0.843;SC=GTTTGGGGGGAAAATAAGCTG;SOR=0.412;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=16;TCF=9;TCR=7;TR=15;WE=13771584;WS=13771566;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,27:0.90:30
chrX	13775752	rs36052228	AT	A	61.27	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.157;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=7.66;ReadPosRankSum=0.489;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,7:0.88:8
chrX	13779409	rs112117780	A	AT	175.84	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.391;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5341;FS=0.000;HP=12;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=5;PP=61;ReadPosRankSum=-0.742;SC=TTTTACTGGGATTTTTTTTTT;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=5;WE=13779417;WS=13779399;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,13:0.81:16
chrX	13803960	rs5978663	C	T	917.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=17;PP=436;SC=ATAGCCGTTACGGGCAAGAAC;SOR=1.308;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=8;TCR=17;TR=25;WE=13803968;WS=13803950;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chrX	14625399	.	CT	C	419.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.538;ClippingRankSum=0.000;DP=74;ExcessHet=3.0103;FS=16.445;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.39;ReadPosRankSum=2.274;SOR=3.317;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,35:0.70:50
chrX	15262813	rs112382242	T	TG	464.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=61.69;QD=25.82;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chrX	15262814	rs28628283	T	A	473.77	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=61.78;QD=27.87;SOR=1.371;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chrX	15266819	rs1139868	C	T	825.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=15;NR=8;PP=437;SC=TACTAGAGCCCCAAGGGATGT;SOR=1.214;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=15;TCR=8;TR=23;WE=15266827;WS=15266809;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chrX	15301533	rs5935925	G	A	604.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=11;NR=5;PP=288;SC=AAAGATACTAGGAGTCTAAGC;SOR=1.179;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=11;TCR=5;TR=16;WE=15301541;WS=15301523;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chrX	15307563	rs5935930	T	C	463.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=5;PP=299;SC=AACTTCATCTTTGAAGCTGTA;SOR=1.371;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=10;TCR=5;TR=15;WE=15307571;WS=15307553;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chrX	15308103	rs5934230	G	T	124.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=3;NR=2;PP=83;SC=CCGAGATAGCGCCACTGCACT;SOR=1.022;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=5;TCF=3;TCR=2;TR=5;WE=15308111;WS=15308093;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chrX	15308163	rs6628942	A	T	209.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.31;SOR=1.402;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chrX	15332558	rs5935944	A	G	1925.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.61;BaseQRankSum=0.780;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=23;PP=990;ReadPosRankSum=-0.762;SC=ACCTTCTGATACGTTCTGAAA;SOR=0.864;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=40;TCF=17;TCR=23;TR=40;WE=15332566;WS=15332548;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,74:0.97:76
chrX	15333842	rs4830529	T	A	54.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=2;PP=21;SC=GTTACCGAGATCTCTGTAGGT;SOR=1.179;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=3;TCF=1;TCR=2;TR=3;WE=15333850;WS=15333832;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chrX	15343401	rs35222742	C	CAA	248.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.67;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=2;PP=28;SC=TTCTCCACCTCAAGATTAGTA;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=0;TCR=3;TR=2;WE=15343409;WS=15343391;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chrX	15353483	rs45538433	G	C	2770.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=39;NR=25;PP=1245;SC=CTACTCTGGAGACCCTCCGAC;SOR=1.015;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=64;TCF=39;TCR=25;TR=64;WE=15353491;WS=15353473;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chrX	15353689	rs4830938	T	C	1497.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=25;PP=745;SC=TCCCTGCTGTTCCGCAGCACC;SOR=1.893;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=5;TCR=25;TR=30;WE=15353697;WS=15353679;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chrX	15373469	rs4531212	C	T	686.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=6;NR=11;PP=313;SC=TTTTATATATCATTTTTAAAG;SOR=1.220;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=6;TCR=11;TR=17;WE=15373477;WS=15373459;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chrX	15381109	rs6629030	A	G	430.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=4;PP=244;SC=ACTGGAAATCAAAGACCGACT;SOR=1.863;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=12;TCR=4;TR=16;WE=15381117;WS=15381099;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chrX	15403351	rs5935959	G	A	356.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=3;NR=9;PP=231;SC=AAGCACATCCGAAGAGTAAAA;SOR=2.147;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=12;TCF=3;TCR=9;TR=12;WE=15403359;WS=15403341;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chrX	15552564	rs1877752	T	C	471.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=3;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=13;PP=308;SC=TAGGGAACCATGAAAGTAGGA;SOR=1.981;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=18;TCF=5;TCR=13;TR=18;WE=15552581;WS=15552554;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chrX	15552573	rs34879154	G	GA	453.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=3;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=0;NR=12;PP=383;SC=ATGAAAGTAGGAAAAAATCCT;SOR=1.863;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=0;TCR=15;TR=12;WE=15552581;WS=15552554;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chrX	15554602	rs28505625	T	G	583.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=2.242;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.764;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=15;PP=421;ReadPosRankSum=-1.204;SC=ATTTTTTATTTAAATATATGG;SOR=0.250;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=25;TCF=8;TCR=17;TR=23;WE=15554610;WS=15554592;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,24:0.92:26
chrX	15554625	rs61657459	CA	C	123.70	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.538;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=3.736;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.52;ReadPosRankSum=0.893;SOR=2.494;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,11:0.85:13
chrX	15554696	.	T	TA	63	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;FR=0.9994;HP=14;HapScore=2;MGOF=27;MMLQ=15;MQ=60.0;NF=0;NR=6;PP=63;QD=11.1666666667;SC=GGATTTTCTTTAAAAAAAAAA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=1;TCR=6;TR=6;WE=15554704;WS=15554686;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:1,6:0.86:7
chrX	15596143	rs113691336	C	CATAAG	502.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=7;NR=1;PP=481;SC=ATATTTCCTACATAATAAATA;SOR=3.258;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=7;TCR=1;TR=8;WE=15596151;WS=15596133;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chrX	15607650	rs971249	T	C	494.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=13;PP=363;SC=ACAAAATACATAGATTAGCCT;SOR=3.258;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=14;TCF=1;TCR=13;TR=14;WE=15607658;WS=15607640;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chrX	15610348	rs2285666	C	T	574.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=8;NR=5;PP=197;SC=AATTAGTAGCCTACCTGGTTC;SOR=1.085;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=13;TCF=8;TCR=5;TR=13;WE=15610356;WS=15610338;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
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chrX	15677315	.	CCA	C	46	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MMLQ=23;MQ=60.0;NF=1;NR=2;PP=46;QD=17.3333333333;SC=CTCTCTCTCTCCACACACACA;SbPval=0.14;Source=Platypus;TC=20;TCF=1;TCR=19;TR=3;WE=15677324;WS=15677305;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:17,3:0.15:20
chrX	15706830	rs4060	C	A	467.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=48.08;QD=25.99;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chrX	15711209	rs1996225	C	T	1022.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.65;BaseQRankSum=1.043;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=3.336;NF=10;NR=21;PP=549;ReadPosRankSum=1.696;SC=CTTTAAATGACGTGTTGTATT;SOR=1.445;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=32;TCF=10;TCR=22;TR=31;WE=15711217;WS=15711199;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,40:0.95:42
chrX	15792527	rs4364812	T	A	612.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=47.16;QD=27.85;SOR=0.874;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chrX	15794815	rs5936050	G	A	691.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=9;NR=7;PP=288;SC=ATAATGACTCGGTTATCTCTT;SOR=0.765;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=16;TCF=9;TCR=7;TR=16;WE=15794823;WS=15794805;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chrX	15800600	rs4830548	A	G	1037.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=22;NR=7;PP=681;SC=TTCTGTTTCTATTTCTAGCTT;SOR=1.609;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=22;TCR=7;TR=29;WE=15800608;WS=15800590;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chrX	15800751	rs1808	G	A	2368.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=23;NR=29;PP=1085;SC=ATGTACAAGCGAAACCCAAGC;SOR=0.812;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=52;TCF=23;TCR=29;TR=52;WE=15800759;WS=15800741;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chrX	15808795	rs4830994	T	C	336.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=10;PP=259;SC=TGGTGCGCGCTCTGGTGCCCT;SOR=1.981;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=3;TCR=10;TR=13;WE=15808803;WS=15808785;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chrX	15817963	rs5980192	A	G	473.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=6;PP=213;SC=GATTTGCAGCACTCAGTTTAA;SOR=0.793;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=7;TCR=6;TR=13;WE=15817971;WS=15817953;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chrX	15818114	rs62985661	AT	A	227.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=5;PP=166;SC=GAATGAAGTTATTTTATTGGA;SOR=1.402;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=5;WE=15818122;WS=15818104;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chrX	15822013	rs5936060	C	T	1863.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.42;SOR=0.929;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chrX	15822022	rs5934280	C	T	1715.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.15;SOR=1.040;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chrX	15826162	rs57639759	CA	C	68.87	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=3;NR=0;PP=45;SC=GACCCTGTCTCAAAAAAAAAA;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=5;TCR=0;TR=3;WE=15826170;WS=15826152;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chrX	15826556	rs5936061	T	C	79.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.43;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chrX	15827524	rs5980193	T	G	587.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=8;PP=221;SC=GAGAGGCGCATGTTTCCATTT;SOR=0.963;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=14;TCF=6;TCR=8;TR=14;WE=15827532;WS=15827514;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chrX	15827563	rs6629131	C	T	403.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=6;PP=140;SC=CATCTGCTGCCTTCTTGCTGC;SOR=1.244;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=3;TCR=6;TR=9;WE=15827571;WS=15827553;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chrX	15836648	rs5936062	T	G	1296.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=22;NR=17;PP=660;SC=CAAACAACATTTGATGAATGG;SOR=0.952;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=39;TCF=22;TCR=17;TR=39;WE=15836656;WS=15836638;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chrX	15838366	rs2301724	C	T	2350.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=28;NR=20;PP=882;SC=CTCTGTTTAACGGACGATGGT;SOR=0.990;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=48;TCF=28;TCR=20;TR=48;WE=15838374;WS=15838356;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chrX	16189670	rs12839379	G	A	378.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=11;PP=270;SC=TGTCTACCGCGTGTTCCTTTG;SOR=2.303;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=3;TCR=11;TR=14;WE=16189678;WS=16189660;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chrX	16608793	rs1527805	G	A	1624.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=37;NR=12;PP=951;SC=CCTGTGAGGCGAGTCCTATAA;SOR=1.727;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=49;TCF=37;TCR=12;TR=49;WE=16608801;WS=16608783;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chrX	16762002	rs4830562	A	G	616.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=15;PP=410;SC=CATGGCCTCCATTATGTGCTC;SOR=2.737;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=4;TCR=15;TR=19;WE=16762010;WS=16761992;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chrX	16873108	.	G	GTT	70.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.864;ClippingRankSum=-0.000;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=3.72;ReadPosRankSum=-0.375;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,6:0.32:19
chrX	16887655	rs67984110	C	T	2234.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=25;NR=30;PP=945;SC=AGGGGCTGCGCGACCCAGTCG;SOR=0.740;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=55;TCF=25;TCR=30;TR=55;WE=16887663;WS=16887645;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chrX	17070688	rs933946	G	A	168.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=4;PP=77;SC=GACTACAGGAGTGAATACAAC;SOR=1.609;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=5;TCF=1;TCR=4;TR=5;WE=17070696;WS=17070678;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chrX	17080492	rs713355	G	A	315.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=1;PP=175;SC=GCACAGAAAAGCTGATGGGAA;SOR=2.670;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=8;TCR=1;TR=9;WE=17080500;WS=17080482;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chrX	17092152	rs1346246	G	T	1306.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=26;NR=12;PP=712;SC=ACATTTACCTGTTGATGTGTT;SOR=1.609;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=26;TCR=12;TR=38;WE=17092160;WS=17092142;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chrX	17122102	rs714070	C	T	121.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=4;PP=80;SC=AGAAAGTTTCCTCAATAAGCC;SOR=1.981;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=5;TCF=1;TCR=4;TR=5;WE=17122110;WS=17122092;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chrX	17157148	rs1946395	T	A	505.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=5;PP=168;SC=AGCTTTTTTTTAATTTAATAG;SOR=0.892;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=9;TCF=4;TCR=5;TR=9;WE=17157156;WS=17157138;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chrX	17705850	rs5901624	C	CT	3777.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=12;NR=36;PP=2171;SC=CGCCCTGTTTCTTGTCTTGCA;SOR=0.693;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=51;TCF=14;TCR=37;TR=48;WE=17705858;WS=17705840;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chrX	17819377	rs6527818	T	C	2129.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.61;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=22;NR=17;PP=731;SC=CTCTGAGGCATCGGGATGGGG;SOR=0.850;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=40;TCF=22;TCR=18;TR=39;WE=17819385;WS=17819367;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chrX	18323348	.	T	TA	87.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.757;ClippingRankSum=0.000;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=6.880;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.31;ReadPosRankSum=0.332;SOR=0.116;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,10:0.26:38
chrX	18671795	rs56396491	A	G	1111.77	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.76;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chrX	18671796	rs34450419	T	A	1111.77	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.47;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chrX	18824794	rs2239437	T	G	125.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.18;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chrX	18844012	rs2273247	G	A	421.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=4;NR=7;PP=176;SC=TGTATGTTGGGGATACAAAAT;SOR=1.061;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=4;TCR=7;TR=11;WE=18844020;WS=18844002;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chrX	18913362	.	ATGCATGCACACACAGGCG	A	1052.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=10;PP=2974;SC=GGATAAGCACATGCATGCACA;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=0;TCR=14;TR=10;WE=18913387;WS=18913352;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chrX	18924132	rs144321105	C	T	297.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=10;PP=243;SC=GGCTGAAATGCACTGTTCCGT;SOR=4.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=0;TCR=10;TR=10;WE=18924140;WS=18924122;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chrX	18929128	rs11291764	CT	C	349.70	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.994;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.9967;FS=0.000;HP=13;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=12;PP=170;ReadPosRankSum=2.449;SC=AAGAACAACACTTTTTTTTTT;SOR=0.491;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=22;TCF=5;TCR=17;TR=16;WE=18929136;WS=18929118;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,24:0.89:27
chrX	18958016	rs148519311	C	T	503.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=14;NR=2;PP=410;SC=TTCCAATATTCCAACATAAAA;SOR=3.258;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=16;TCF=14;TCR=2;TR=16;WE=18958024;WS=18958006;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chrX	19024426	rs368756788	TA	T	184.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.713;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.74;ReadPosRankSum=-1.134;SOR=0.722;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,17:0.44:39
chrX	19086800	.	G	GA	31.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.333;ClippingRankSum=0.000;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=1.552;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.66;ReadPosRankSum=1.349;SOR=1.069;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,9:0.19:48
chrX	19379369	rs11094770	G	C	87.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=21.76;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chrX	19389184	.	T	TA	30.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.307;ClippingRankSum=0.000;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.05;ReadPosRankSum=0.246;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,5:0.33:15
chrX	19478294	rs5909118	T	A	430.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=4;NR=7;PP=188;SC=AAACACAAAATCCTCCAGTCA;SOR=1.061;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=4;TCR=7;TR=11;WE=19478302;WS=19478284;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chrX	19478336	rs61014139	C	CA	136.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=5;PP=171;SC=GTCTTGCGCCCAAAATGGTTC;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=1;TCR=5;TR=5;WE=19478344;WS=19478326;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chrX	19482476	rs5909299	C	T	1869.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=18;NR=27;PP=898;SC=AAATAATCAGCGCACGGTGTC;SOR=0.971;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=45;TCF=18;TCR=27;TR=45;WE=19482484;WS=19482466;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chrX	19554649	rs41304739	C	T	326.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=3;NR=5;PP=127;SC=GAAAGATTATCAACCCGGTCG;SOR=1.179;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=3;TCR=5;TR=8;WE=19554657;WS=19554639;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chrX	19725324	rs113856322	A	G	135.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=5;PP=105;SC=AAAGGCATGGATATGAGAAAC;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=5;WE=19725332;WS=19725314;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chrX	20028993	rs140304472	G	A	758.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=11;NR=6;PP=326;SC=TGTTACAGTCGTCCAGGCTGA;SOR=1.071;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=11;TCR=6;TR=17;WE=20029001;WS=20028983;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chrX	20067879	rs60349697	T	C	546.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=10;NR=10;PP=210;SC=ACGGTCAGACTGTGTTCTACA;SOR=0.776;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=10;TCR=10;TR=20;WE=20067887;WS=20067869;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chrX	20071046	rs34519770	T	C	2132.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=26;NR=25;PP=1039;SC=CAGGCGTTTATTCATGGGAGG;SOR=0.718;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=52;TCF=27;TCR=25;TR=51;WE=20071054;WS=20071036;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chrX	20205856	rs7882807	A	C	2232.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.336;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=24;PP=1354;ReadPosRankSum=-1.442;SC=AAAATAAAGAAAATAAAAACA;SOR=0.938;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=76;TCF=51;TCR=25;TR=73;WE=20205864;WS=20205846;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,87:0.97:90
chrX	20253004	.	CA	C	97.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.426;ClippingRankSum=0.000;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.35;MQRankSum=2.122;QD=2.04;ReadPosRankSum=-0.701;SOR=0.593;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,17:0.35:48
chrX	20284862	rs11276983	GGCGGCA	G	881.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=61.19;QD=41.99;SOR=1.508;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chrX	21544890	rs192590228	G	T	512.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=3;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=4;PP=388;SC=ATTTTAAAATGATAACTATGT;SOR=1.863;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=12;TCR=4;TR=16;WE=21544914;WS=21544880;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chrX	22116211	.	G	GT	133.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=14.86;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chrX	22244528	rs201981539	A	AT	56.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.075;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.96;ReadPosRankSum=-0.367;SOR=0.846;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,8:0.28:29
chrX	23398214	rs5926304	T	C	2659.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=30;NR=30;PP=1158;SC=CCATCCTGTGTTGCTCTATGC;SOR=0.693;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=60;TCF=30;TCR=30;TR=60;WE=23398222;WS=23398204;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chrX	23682877	rs477914	T	C	639.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=10;PP=315;SC=GCTGGCATCATCTTTTTCATC;SOR=1.051;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=18;TCF=8;TCR=10;TR=18;WE=23682885;WS=23682867;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chrX	23682929	rs478051	G	A	367.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=31;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=9;PP=245;SC=AGAAAGCAGAGTATACAGTGG;SOR=2.147;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=11;TCF=2;TCR=9;TR=11;WE=23682937;WS=23682919;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chrX	23682976	rs476316	A	G	111.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=39;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=4;PP=85;SC=GGAAAGGGGAAATTTTCTATC;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=0;TCR=4;TR=4;WE=23682984;WS=23682966;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chrX	23685964	rs496067	T	C	1995.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=26;NR=26;PP=919;SC=GGAGGGGAGATTCCGGAGACA;SOR=0.772;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=52;TCF=26;TCR=26;TR=52;WE=23685972;WS=23685954;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chrX	23689636	rs513572	AT	TC	2378.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;JOINED;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=21;NR=19;PP=1401;SC=CATGTATTTTATTTTCTTAGT;SOR=0.730;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=21;TCR=19;TR=40;WE=23689645;WS=23689626;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chrX	23693084	.	AT	A	123.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=1.468;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.75;ReadPosRankSum=1.840;SOR=0.395;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,16:0.36:45
chrX	23697485	rs795493	G	A	412.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=8;PP=205;SC=TTATGAAATAGAAGAACAAAT;SOR=1.911;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=9;WE=23697493;WS=23697475;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chrX	23700473	rs552105	G	A	203.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=4;NR=3;PP=109;SC=ACATAAATGAGAAGAAATGAC;SOR=1.179;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=7;TCF=4;TCR=3;TR=7;WE=23700481;WS=23700463;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chrX	23700693	rs795489	A	G	365.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=8;PP=189;SC=AGATAGCATAATTAGTTAGGT;SOR=1.765;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=2;TCR=8;TR=10;WE=23700701;WS=23700683;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chrX	23701662	rs2665364	G	A	152.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=5;NR=1;PP=105;SC=TCATGTGCTCGGTGGTCTGGA;SOR=2.303;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=5;TCR=1;TR=6;WE=23701670;WS=23701652;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chrX	23739857	rs5970601	A	G	30.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=15.37;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
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chrX	24665273	rs1207651	G	A	1295.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=12;NR=21;PP=610;SC=TCTCCTCCCAGGCAGAGAATG;SOR=1.112;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=12;TCR=21;TR=33;WE=24665281;WS=24665263;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chrX	24751958	rs4058344	T	C	434.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=22.88;SOR=0.793;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chrX	27765399	rs371896121	AGAG	A	71.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.357;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.42;MQRankSum=2.125;QD=3.59;ReadPosRankSum=-0.401;SOR=0.283;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,4:0.20:20
chrX	27766045	rs5926895	A	G	1674.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.065;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=26;PP=1034;ReadPosRankSum=-1.037;SC=TGTTGTCTTCACCATTGACCT;SOR=0.512;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=59;TCF=33;TCR=26;TR=58;WE=27766053;WS=27766035;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,67:0.96:70
chrX	27839572	rs1368769	T	C	1630.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=28;NR=17;PP=886;SC=AAGGATGTTTTCCAGAGTTCA;SOR=1.197;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=45;TCF=28;TCR=17;TR=45;WE=27839580;WS=27839562;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chrX	27839617	rs12557898	G	A	1981.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=35;NR=19;PP=1105;SC=CATGGACTTCGGGAAGCCCAA;SOR=1.340;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=54;TCF=35;TCR=19;TR=54;WE=27839625;WS=27839607;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chrX	28807345	rs12009069	G	A	103.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=4;NR=0;PP=77;SC=TCATTGCACCGATCATGTTTG;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=4;TCR=0;TR=4;WE=28807353;WS=28807335;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chrX	28807442	rs6526806	G	A	452.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=7;PP=259;SC=TTTAGGGAACGGCCTTTAAGA;SOR=0.914;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=16;TCF=9;TCR=7;TR=16;WE=28807450;WS=28807432;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chrX	29417510	rs4829347	C	A	152.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=5;PP=105;SC=GATATTTTTACTCTCTAAAGA;SOR=2.303;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=1;TCR=5;TR=6;WE=29417518;WS=29417500;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chrX	30236878	rs2529541	G	A	1899.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=30;NF=14;NR=25;PP=827;SC=CATTCCCCAGGAGCCTCAGAG;SOR=1.054;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=39;TCF=14;TCR=25;TR=39;WE=30236886;WS=30236868;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chrX	30254376	rs2071309	T	C	1392.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=13;NR=25;PP=794;SC=GACCCTCTAATCATGAAGACA;SOR=1.201;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=13;TCR=25;TR=38;WE=30254384;WS=30254366;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chrX	30261002	rs2071311	A	G	1875.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=32;NR=15;PP=1103;SC=AAGATCTGGTACAGGAAAAAT;SOR=1.249;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=47;TCF=32;TCR=15;TR=47;WE=30261010;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chrX	30261158	rs2856733	G	C	4073.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=47;NR=51;PP=1854;SC=ACTTCCCACTGCTTTATGAAG;SOR=0.772;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=99;TCF=47;TCR=52;TR=98;WE=30261166;WS=30261148;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,156:1.00:156
chrX	30323948	rs3788890	T	G	683.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=7;PP=238;SC=TTAATGATGATTGCAATCATT;SOR=0.846;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=15;TCF=8;TCR=7;TR=15;WE=30323956;WS=30323938;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chrX	30327367	rs6150	G	A	7716.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-0.041;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=301;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=74;NR=96;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.417;SC=AACAGCCCCAGCACTGATCCA;SOR=0.619;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=174;TCF=76;TCR=98;TR=170;WE=30327375;WS=30327357;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:5,293:0.98:298
chrX	30577846	rs887369	A	C	2665.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=22;NR=27;PP=1037;SC=ACTCATTCAGAACTGCATTAG;SOR=0.845;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=49;TCF=22;TCR=27;TR=49;WE=30577854;WS=30577836;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chrX	30712796	rs5927587	G	C	432.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=9;PP=243;SC=AACAGGAGAAGTTTTCAGCTT;SOR=1.609;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=13;TCF=4;TCR=9;TR=13;WE=30712804;WS=30712786;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chrX	30715827	rs2035432	C	T	3509.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.356;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.25;ReadPosRankSum=-0.971;SOR=0.405;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:3,136:0.98:139
chrX	30725794	rs4617310	C	T	135.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=3;PP=49;SC=TACTATTAAACAACTTTTAGT;SOR=1.329;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=1;TCR=3;TR=4;WE=30725802;WS=30725784;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chrX	30742592	rs75486718	GA	G	537.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=11;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=8;NR=7;PP=247;SC=TCTTCTTAATGAAAAAAAAAA;SOR=1.528;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=16;TCF=8;TCR=8;TR=15;WE=30742600;WS=30742582;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chrX	30742691	rs6631161	T	G	2013.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=24;NR=26;PP=896;SC=CTGAAAGCTGTATTAATTTCA;SOR=0.693;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=50;TCF=24;TCR=26;TR=50;WE=30742699;WS=30742681;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chrX	30745790	rs5927596	A	T	103.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=4;PP=77;SC=GAAAATCAATAAAAGGTCTAA;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=0;TCR=4;TR=4;WE=30745798;WS=30745780;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chrX	30872602	rs5927629	A	G	2428.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=25;NR=32;PP=1125;SC=TGTTGATTCCATGGAGATGGT;SOR=0.852;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=57;TCF=25;TCR=32;TR=57;WE=30872610;WS=30872592;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chrX	30872887	.	GAGA	G	1767.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=9;NR=21;PP=1453;SC=GAAGGACATTGAGAAGGAGGT;SOR=0.741;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=31;TCF=9;TCR=22;TR=30;WE=30872897;WS=30872877;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chrX	30877477	rs137921689	C	CCA	91.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-0.921;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=1;PP=175;ReadPosRankSum=0.272;SC=AAATCCTGCTCCACACACACA;SOR=0.330;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=8;TCF=6;TCR=2;TR=4;WE=30877485;WS=30877472;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,5:0.62:8
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chrX	31224881	rs2293667	G	A	922.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=4;NR=24;PP=672;SC=GAAAAATAAAGGAGTAAAGTG;SOR=3.056;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=29;TCF=5;TCR=24;TR=28;WE=31224889;WS=31224871;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
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chrX	31496566	rs17338583	G	C	460.79	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.217;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=10;PP=249;ReadPosRankSum=-0.176;SC=CATACTGGAAGAAAGAAAGAG;SOR=1.085;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=13;TCF=2;TCR=11;TR=12;WE=31496574;WS=31496556;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,17:0.94:18
chrX	31837916	rs17341004	A	G	148.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=0;PP=118;SC=AACACTTTGAATCAGAGTCAA;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=5;TCR=0;TR=5;WE=31837924;WS=31837908;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chrX	31854782	rs1379871	G	C	1994.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.813;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=16;PP=911;ReadPosRankSum=-0.776;SC=GTACAACAGGGGAAGCATAAC;SOR=1.148;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=47;TCF=31;TCR=16;TR=47;WE=31854790;WS=31854772;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,72:0.97:74
chrX	31893307	rs1800275	T	G	654.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.65;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=4;PP=312;SC=TTCCCTACCTTAACGTCAAAT;SOR=1.519;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=11;TCR=4;TR=15;WE=31893315;WS=31893297;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chrX	32305881	rs72468612	T	A	462.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=15;PP=411;SC=AAGAGAAAAATATATATATAT;SOR=4.047;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=16;TCF=1;TCR=15;TR=16;WE=32305889;WS=32305871;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chrX	32360138	rs3833416	CTT	C	250.75	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.689;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=3.090;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=22.80;ReadPosRankSum=-1.691;SOR=2.093;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,9:0.82:11
chrX	32363964	rs10626188	A	AAG	223.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=1;PP=214;SC=TCTGATGACTAAGTCTGAAGC;SOR=2.303;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=7;TCF=6;TCR=1;TR=6;WE=32363972;WS=32363954;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chrX	32563263	rs228373	A	G	823.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=15;NR=10;PP=482;SC=ATAAAAGCTTAAGATGCTCTC;SOR=1.329;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=15;TCR=10;TR=25;WE=32563271;WS=32563253;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chrX	32563488	rs115571	A	C	321.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=10;PP=206;SC=AGACATTGCTAGAAAGACTTC;SOR=2.147;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=3;TCR=10;TR=13;WE=32563496;WS=32563478;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chrX	34961306	rs41305183	G	C	1933.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=27;NR=25;PP=1230;SC=GTTCGTAGAGGAAGTGGAAGC;SOR=0.752;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=52;TCF=27;TCR=25;TR=52;WE=34961314;WS=34961296;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chrX	37655143	.	ATG	A	163	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=21;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=5;NR=0;PP=163;QD=33.2;SC=GCTTGCGCACATGTGTGTGTG;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=11;TCR=1;TR=5;WE=37655152;WS=37655142;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:7,5:0.42:12
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chrX	38079975	rs72249350	CGCA	C	2283.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.773;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.9903;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=26;PP=1583;ReadPosRankSum=-0.177;SC=GGGCGGGACGCGCAGCAGCAG;SOR=1.329;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=36;TCF=2;TCR=34;TR=27;WE=38079988;WS=38079965;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,54:0.96:56
chrX	38158290	rs1801686	C	T	2023.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.719;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=25;PP=949;ReadPosRankSum=-1.037;SC=GCAGAAAAGTCGCCACAGATA;SOR=0.881;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=60;TCF=34;TCR=26;TR=57;WE=38158298;WS=38158280;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,79:0.98:81
chrX	38169777	rs35587043	T	TA	1025.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-1.520;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=3;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=12;PP=556;ReadPosRankSum=-0.710;SC=CTTACCACAATAAAAAAATGA;SOR=0.446;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=26;TCF=12;TCR=14;TR=20;WE=38169799;WS=38169767;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,43:0.98:44
chrX	38178019	rs3810692	G	A	860.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-1.857;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=5;PP=443;ReadPosRankSum=0.859;SC=GGTTTACTGAGTTGGCATATA;SOR=0.784;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=24;TCF=19;TCR=5;TR=23;WE=38178027;WS=38178009;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,33:0.97:34
chrX	38262808	rs2235125	G	A	418.79	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-1.554;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=7;PP=243;ReadPosRankSum=-0.633;SC=TTTAACCTTAGTAATTGCTAC;SOR=0.317;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=17;TCF=10;TCR=7;TR=16;WE=38262816;WS=38262798;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,18:0.95:19
chrX	38271377	rs3215429	A	AT	287.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=8;PP=249;SC=TGTAACATCTATTTTTTTCCA;SOR=2.147;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=13;TCF=1;TCR=12;TR=9;WE=38271385;WS=38271367;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chrX	38515168	rs5917614	G	T	431.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=3;PP=180;SC=AAGCCAAATAGGTTCAACATA;SOR=1.371;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=8;TCR=3;TR=11;WE=38515176;WS=38515158;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chrX	38535174	rs4826996	A	G	1096.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=27;PP=713;SC=GGGCTTTTTTATTTCCATGAA;SOR=2.362;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=34;TCF=7;TCR=27;TR=34;WE=38535182;WS=38535164;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chrX	39909033	rs5963724	C	T	419.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=11;NR=1;PP=292;SC=CCTTGGGCTCCCCCTTTGCCT;SOR=3.912;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=12;TCF=11;TCR=1;TR=12;WE=39909041;WS=39909026;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chrX	39911657	rs5963725	C	A	1723.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=14;NR=30;PP=926;SC=TCGTGGCCTACAAAACAGAAA;SOR=1.329;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=44;TCF=14;TCR=30;TR=44;WE=39911665;WS=39911647;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chrX	40456961	rs3112299	G	C	1383.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=15;NR=25;PP=712;SC=ATTAATTTCCGTCTTTTTAAA;SOR=1.118;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=15;TCR=25;TR=40;WE=40456969;WS=40456951;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chrX	40506697	rs6610447	A	G	3285.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=36;NR=33;PP=1390;SC=CGCAGCAGTAACAGGCAGTGG;SOR=0.795;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=69;TCF=36;TCR=33;TR=69;WE=40506705;WS=40506687;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chrX	40514322	rs11266293	G	A	988.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=18;PP=499;SC=ACTATTTTGAGGGGGAAAAAT;SOR=1.432;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=7;TCR=18;TR=25;WE=40514330;WS=40514312;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chrX	40551599	rs11292945	TA	T	130.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.789;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.17;MQRankSum=1.261;QD=2.84;ReadPosRankSum=0.257;SOR=0.606;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,17:0.37:46
chrX	40570332	rs41298448	T	C	1257.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=25;NR=10;PP=745;SC=GGGTCAACTGTATATTAAATC;SOR=1.514;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=35;TCF=25;TCR=10;TR=35;WE=40570340;WS=40570322;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chrX	40996313	rs113937187	A	G	2195.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=19;NR=36;PP=1077;SC=AAATAATACAATTGTTTTGTT;SOR=1.264;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=55;TCF=19;TCR=36;TR=55;WE=40996321;WS=40996303;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chrX	41007940	rs1978255	C	T	725.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=20;PP=524;SC=AATGATCTTCCGGAGTTGACT;SOR=3.014;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=22;TCF=2;TCR=20;TR=22;WE=41007948;WS=41007930;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chrX	41012102	rs2302380	G	T	283.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=9;NR=1;PP=218;SC=TAATTTTTAAGTTTTTACATC;SOR=3.258;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=9;TCR=1;TR=10;WE=41012110;WS=41012096;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chrX	41043944	rs5918130	T	C	704.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.587;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=11;PP=308;ReadPosRankSum=-0.650;SC=ACAGACTTTTTAAAAATCCTT;SOR=0.512;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=17;TCF=5;TCR=12;TR=16;WE=41043952;WS=41043934;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,27:0.96:28
chrX	41069669	rs111415313	G	A	248.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=8;NR=1;PP=187;SC=GTTGTTTGTGGTCTTGTTGCT;SOR=3.056;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=8;TCR=1;TR=9;WE=41069677;WS=41069659;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chrX	41383297	.	GA	G	40.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.265;ClippingRankSum=0.000;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=1.563;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.25;MQRankSum=1.765;QD=1.16;ReadPosRankSum=0.454;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,9:0.26:35
chrX	41530655	rs199561120	A	AT	1871.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.61;BaseQRankSum=-0.620;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=12;HapScore=3;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.032;NF=9;NR=26;PP=383;ReadPosRankSum=0.563;SC=GTTTTGAAGAATTTTTTTTTT;SOR=0.598;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=48;TCF=15;TCR=33;TR=35;WE=41530675;WS=41530645;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,105:0.83:127
chrX	43591036	rs6323	G	T	1696.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=16;NR=21;PP=674;SC=TAATTCAGCGGCTTCCAATGG;SOR=0.854;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=16;TCR=21;TR=37;WE=43591044;WS=43591026;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chrX	43595428	rs2235186	A	G	2078.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=23;NR=16;PP=817;SC=CAGCTCTTAAAATAAACAGCT;SOR=0.828;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=39;TCF=23;TCR=16;TR=39;WE=43595436;WS=43595418;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chrX	43601142	rs979606	C	T	246.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=7;NR=0;PP=173;SC=ATTATTGACTCGCAGCATTTC;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=7;TCR=0;TR=7;WE=43601150;WS=43601132;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chrX	43601363	rs979605	A	G	2180.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=24;NR=33;PP=1041;SC=GCAGAGTTCAATGCAAATTCT;SOR=0.987;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=57;TCF=24;TCR=33;TR=57;WE=43601371;WS=43601353;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chrX	43603391	rs1137070	T	C	887.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=9;NR=13;PP=510;SC=CCGAGAAAGATATCTGGGTAC;SOR=0.892;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=22;TCF=9;TCR=13;TR=22;WE=43603399;WS=43603381;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chrX	43741616	rs1181251	G	C	2231.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=22;NR=37;PP=1193;SC=CCAGTCCTGCGTGCCAGCCAG;SOR=1.151;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=60;TCF=22;TCR=38;TR=59;WE=43741624;WS=43741606;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chrX	44202890	rs5902346	G	GC	2998.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=23;PP=1422;SC=GCAGGCAGCGGCGCCTCCCGG;SOR=0.876;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=32;TCF=8;TCR=24;TR=31;WE=44202898;WS=44202880;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chrX	44401934	.	T	TA	52.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.616;ClippingRankSum=0.000;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.05;ReadPosRankSum=0.821;SOR=0.882;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:40,10:0.20:50
chrX	44935924	rs10605935	CT	C	260.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.9999;FS=0.000;HP=13;HapScore=3;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=5;PP=114;SC=CTGATTATCCCTTTTTTTTTT;SOR=0.804;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=9;TCF=3;TCR=6;TR=8;WE=44935933;WS=44935914;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chrX	45011340	rs4824527	T	C	624.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=10;PP=218;SC=CGGTGGCTCATGCCTGTAATC;SOR=1.022;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=7;TCR=10;TR=17;WE=45011348;WS=45011330;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chrX	45013523	.	CCTAT	C	51	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;FR=0.9990;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MMLQ=28;MQ=60.0;NF=0;NR=1;PP=51;QD=56.0;SC=TATCTATCTCCCTATCTATCT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=2;TCF=0;TCR=2;TR=1;WE=45013534;WS=45013513;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:1,1:0.50:2
chrX	46321944	rs11342771	CA	C	406.92	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.542;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=1.604;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.92;ReadPosRankSum=2.788;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,33:0.80:41
chrX	46466760	rs2072840	C	T	354.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=9;PP=225;SC=AACTTGCCTGCCTTGAGCCTC;SOR=2.147;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=11;TCF=2;TCR=9;TR=11;WE=46466768;WS=46466750;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chrX	46472666	rs6611276	C	T	178.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=2;PP=143;SC=CTTCTTCCTACGTAAGACACT;SOR=1.863;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=7;TCR=2;TR=9;WE=46472674;WS=46472656;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chrX	46472826	rs3208940	G	A	249.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=6;PP=132;SC=TGGGCTTCAGGTAACTTTAAA;SOR=1.609;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=1;TCR=6;TR=7;WE=46472834;WS=46472816;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chrX	46513260	rs370041978	CT	C	55.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.937;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=12.178;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.30;MQRankSum=1.377;QD=1.92;ReadPosRankSum=-1.761;SOR=0.396;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,9:0.31:29
chrX	46618321	rs1056846	C	G	1724.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=20;NR=22;PP=637;SC=TGCTGTCCTCCGCCGCCGCCC;SOR=0.781;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=42;TCF=20;TCR=22;TR=42;WE=46618329;WS=46618311;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chrX	46737138	rs58164919	G	GGT	151.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=2;PP=96;SC=GAATTTTTGGGGTGTGTGTGT;SOR=1.329;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=0;TCR=3;TR=2;WE=46737146;WS=46737128;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chrX	46884050	rs5952987	G	A	367.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=10;NR=3;PP=217;SC=CTCCCAGAGGGCATTTAGCCA;SOR=1.765;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=10;TCR=3;TR=13;WE=46884058;WS=46884040;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chrX	46893249	rs5906311	G	A	504.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=13;PP=297;SC=GTTCCCCACAGCATTCAGACT;SOR=2.419;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=18;TCF=4;TCR=14;TR=17;WE=46893257;WS=46893239;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chrX	46944155	rs6611328	A	C	172.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=6;PP=138;SC=GAGTTCGATAACTGCCTGGGC;SOR=2.584;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=6;WE=46944163;WS=46944145;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chrX	46949403	rs6611330	C	T	975.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=9;NR=20;PP=517;SC=ATGTATTTTTCATTATTTGTC;SOR=1.329;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=9;TCR=20;TR=29;WE=46949411;WS=46949393;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chrX	46951004	rs5906327	G	T	257.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.64;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=0;PP=84;SC=GAGAGCTCTCGGTTTGATTCT;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=4;TCR=0;TR=4;WE=46951012;WS=46950994;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chrX	46952219	rs4480242	A	G	44.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=22.37;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chrX	46952398	rs14312	C	T	323.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=3;NR=7;PP=162;SC=CTAGAGAATTCTGGGCCTGAA;SOR=1.179;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=3;TCR=7;TR=10;WE=46952406;WS=46952388;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chrX	47057647	rs4468050	A	G	1056.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=19;NR=7;PP=447;SC=TCCCGCCGCCATCCCTGGGAT;SOR=1.402;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=19;TCR=7;TR=26;WE=47057655;WS=47057637;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chrX	47061018	rs4239964	C	G	651.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=11;PP=310;SC=GGGTGAGCTGCGACCATGGGG;SOR=1.519;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=4;TCR=11;TR=15;WE=47061026;WS=47061008;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chrX	47086347	rs6417923	G	A	1538.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=20;NR=21;PP=928;SC=GGAGACACACGGGGAGGACCT;SOR=0.767;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=41;TCF=20;TCR=21;TR=41;WE=47086355;WS=47086337;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chrX	47087812	rs41305231	G	T	388.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=13;NR=0;PP=355;SC=TTCCCTGGTTGTAGCTGGTTT;SOR=5.136;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=13;TCR=0;TR=13;WE=47087820;WS=47087802;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chrX	47107350	.	GA	G	105.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.134;ClippingRankSum=0.000;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.71;ReadPosRankSum=-1.575;SOR=0.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,16:0.41:39
chrX	47343254	rs2071778	C	T	1575.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=14;NR=20;PP=741;SC=GGTCTTAACACCATTTTGCAT;SOR=0.906;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=14;TCR=20;TR=34;WE=47343262;WS=47343244;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chrX	47372903	rs3748520	A	C	95.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=53.55;QD=19.18;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chrX	47430611	rs377351122	GGTGTGT	GGTGT,G	98.73	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.354;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=1.782;NF=2;NR=3;PP=95;ReadPosRankSum=-0.350;SC=GGGACTGTTGGGTGTGTGTGT;SOR=0.904;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=23;TCF=7;TCR=16;TR=5;WE=47430624;WS=47430601;set=Intersection	GT:AF:DP	0/1:0.32:25
chrX	47442048	rs55990337	C	A	2996.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.68;BaseQRankSum=0.340;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=28;PP=895;ReadPosRankSum=0.997;SC=ACTGCTTTCCCAACCCCGAGG;SOR=0.795;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=53;TCF=24;TCR=29;TR=51;WE=47442056;WS=47442038;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,122:0.98:124
chrX	47444879	rs5953060	G	C	2594.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=37;NR=34;PP=1431;SC=CGGGCCTTTGGCAGCTTGGCA;SOR=0.758;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=71;TCF=37;TCR=34;TR=71;WE=47444887;WS=47444869;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chrX	47444985	rs4898	T	C	2676.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=1.028;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=44;PP=1528;ReadPosRankSum=-0.754;SC=CCTGCAGTTTTGTGGCTCCCT;SOR=0.732;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=86;TCF=41;TCR=45;TR=85;WE=47444993;WS=47444975;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,102:0.98:104
chrX	47445286	rs6609533	A	G	3762.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-1.278;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.461;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=51;PP=1862;ReadPosRankSum=-0.610;SC=CCGTGTGATCACCTGTCCCTC;SOR=0.573;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=91;TCF=40;TCR=51;TR=89;WE=47445294;WS=47445276;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,141:0.99:142
chrX	47466361	rs1142636	A	G	851.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=23;NR=5;PP=561;SC=CCTTCACCCCATTCCGAAGAA;SOR=2.765;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=28;TCF=23;TCR=5;TR=28;WE=47466369;WS=47466351;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chrX	47487912	rs11436787	T	TG	2351.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=7;NR=14;PP=944;SC=ATTGGAAGGCTGCATGGCCAA;SOR=0.822;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=22;TCF=7;TCR=15;TR=21;WE=47487920;WS=47487902;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chrX	47518996	rs139062431	G	T	40.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=2;PP=23;SC=TTCACTCCTGGCAATGGGACT;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=2;TCF=0;TCR=2;TR=2;WE=47519004;WS=47518986;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chrX	47658046	rs723119	C	T	2435.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=1.254;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=1.961;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=26;PP=1198;ReadPosRankSum=-1.032;SC=CTACATTATACAGTCCACTGA;SOR=1.289;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=75;TCF=48;TCR=27;TR=73;WE=47658054;WS=47658036;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,95:0.96:99
chrX	47662972	rs909713	T	G	2352.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-1.137;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=-0.249;NF=43;NR=35;PP=1435;ReadPosRankSum=-0.536;SC=TCACTGCAAGTAATCAACACC;SOR=0.316;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=79;TCF=44;TCR=35;TR=78;WE=47662980;WS=47662962;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,89:0.99:90
chrX	47663200	rs1207505	G	A	2559.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.036;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=-0.452;NF=34;NR=37;PP=1368;ReadPosRankSum=-0.036;SC=CAGGACACCAGGGATATCATG;SOR=0.406;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=74;TCF=35;TCR=39;TR=71;WE=47663208;WS=47663190;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,99:0.97:102
chrX	47663987	rs145272833	C	T	4443.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=1.424;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=56;PP=2086;ReadPosRankSum=0.463;SC=CCTTGCCTGCCATAAGCGATG;SOR=0.728;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=107;TCF=50;TCR=57;TR=105;WE=47663995;WS=47663977;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:8,175:0.96:183
chrX	47695547	rs1207491	T	C	1345.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=23;NR=12;PP=709;SC=TTAGTATTGGTACTACGTAGT;SOR=1.157;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=35;TCF=23;TCR=12;TR=35;WE=47695555;WS=47695537;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chrX	47695742	rs35084954	CT	C	3333.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.185;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=50;PP=2844;ReadPosRankSum=-1.751;SC=TCCTCCTCCCCTTGTGGTATG;SOR=0.845;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=71;TCF=21;TCR=50;TR=70;WE=47695750;WS=47695725;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,97:0.96:101
chrX	47755164	rs3949810	C	A	285.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=1;PP=163;SC=CTCAGTTCCCCATGAAATGTG;SOR=2.303;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=6;TCR=1;TR=7;WE=47755172;WS=47755154;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chrX	47757758	rs5906510	T	G	1050.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=10;NR=13;PP=432;SC=TCACTGGGAGTGGGCAGTCTC;SOR=0.968;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=23;TCF=10;TCR=13;TR=23;WE=47757766;WS=47757748;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chrX	47918205	rs501128	G	A	1056.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-0.531;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.150;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=10;PP=680;ReadPosRankSum=-0.481;SC=TACACTCATAGGGTTTCTCCC;SOR=1.108;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=31;TCF=20;TCR=11;TR=30;WE=47918213;WS=47918195;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,38:0.97:39
chrX	47920356	rs727079	A	G	2973.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=34;NR=47;PP=1407;SC=CAATCTGCTCATTCTGGTCAT;SOR=0.918;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=81;TCF=34;TCR=47;TR=81;WE=47920364;WS=47920346;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chrX	47927449	rs2152823	G	A	662.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.55;SOR=0.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chrX	48049666	rs5906557	C	T	1778.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=15;NR=37;PP=1064;SC=GCACTCCCTTCGAATCATTTC;SOR=1.646;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=52;TCF=15;TCR=37;TR=52;WE=48049674;WS=48049656;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chrX	48053521	rs4239967	T	C	3422.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=56;NR=35;PP=1911;SC=TGAAAAGCAGTTGCGCTTGAG;SOR=1.133;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=92;TCF=56;TCR=36;TR=91;WE=48053529;WS=48053511;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chrX	48054294	.	G	GA	46.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.946;ClippingRankSum=0.000;DP=148;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.34;ReadPosRankSum=0.322;SOR=0.767;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:117,21:0.15:138
chrX	48054740	rs4824675	C	G	4060.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=47;NR=42;PP=1789;SC=TGCATCTTCTCTGGTATTTGA;SOR=0.820;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=89;TCF=47;TCR=42;TR=89;WE=48054748;WS=48054730;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,149:1.00:149
chrX	48073924	rs4593689	T	C	1133.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=26;NR=7;PP=699;SC=TTATCTGTCATCTTCACATTA;SOR=2.247;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=26;TCR=7;TR=33;WE=48073932;WS=48073914;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chrX	48164138	rs5906631	A	G	1197.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=18;NR=11;PP=675;SC=CAGTATCTCTATCCTCCCCTC;SOR=1.206;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=29;TCF=18;TCR=11;TR=29;WE=48164146;WS=48164129;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chrX	48432791	rs2661105	T	C	442.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=2;PP=315;SC=ACCACTCCGCTCCTGCTGGCC;SOR=2.448;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=11;TCR=2;TR=13;WE=48432799;WS=48432781;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chrX	48433499	rs2249583	C	G	3280.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.974;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=1.579;HP=5;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=32;PP=1637;ReadPosRankSum=-1.803;SC=TCGCTATTTTCTCACATCTCC;SOR=1.082;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=89;TCF=55;TCR=34;TR=85;WE=48433507;WS=48433489;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:6,125:0.95:131
chrX	48433529	rs2249585	C	T	3823.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=2.752;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.247;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=44;PP=1934;ReadPosRankSum=2.068;SC=CTCCTTCCTGCCACCATTCTT;SOR=0.607;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=103;TCF=57;TCR=46;TR=99;WE=48433537;WS=48433519;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,144:0.98:147
chrX	48435308	rs235830	G	A	364.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=11;NR=2;PP=273;SC=TTTTTGATACGTAAGGTTTAT;SOR=2.833;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=11;TCR=2;TR=13;WE=48435316;WS=48435303;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chrX	48435928	rs235829	C	T	1397.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=16;NR=22;PP=743;SC=GGAGCTGCACCGAAGCATCTT;SOR=0.994;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=38;TCF=16;TCR=22;TR=38;WE=48435936;WS=48435918;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chrX	48460314	rs235842	A	G	2749.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=41;NR=33;PP=1263;SC=GGTGATGACCATGGCAGTGTC;SOR=0.830;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=74;TCF=41;TCR=33;TR=74;WE=48460322;WS=48460304;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chrX	48460625	rs235841	G	C	909.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=17;PP=397;SC=TCCTGGAGACGGAGGACCTGC;SOR=1.371;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=27;TCF=10;TCR=17;TR=27;WE=48460633;WS=48460615;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chrX	48544650	rs235423	A	G	189.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=6;PP=140;SC=ATGGACGAGCAGGTGCATGGA;SOR=2.584;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=1;TCR=6;TR=7;WE=48544658;WS=48544640;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chrX	48623981	rs66661999	CA	C	432.92	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.290;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.82;ReadPosRankSum=-0.736;SOR=1.426;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,17:0.74:23
chrX	48624003	.	A	G	1469.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=3.627;ClippingRankSum=0.000;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=1.842;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=22.97;ReadPosRankSum=-1.741;SOR=0.324;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:6,58:0.91:64
chrX	48649426	rs139472040	A	AG	547.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.13;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chrX	48649449	rs62600348	T	G	860.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.30;SOR=2.419;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chrX	48649456	rs66717003	T	G	882.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.04;SOR=2.636;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chrX	48690416	rs6520383	G	T	269.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=3;PP=79;SC=GCTGGGCTGCGAGGGCGGCAG;SOR=0.859;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=7;TCF=4;TCR=3;TR=7;WE=48690424;WS=48690406;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chrX	48694053	.	T	C	69.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=11;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=5;PP=123;SC=AGGCCCCCCCTCCCCGCCCCC;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=5;WE=48694061;WS=48694043;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chrX	48751471	rs1128363	A	G	2416.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=27;NR=24;PP=948;SC=GGCCACAGTCAATGGTGGAGA;SOR=0.758;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=51;TCF=27;TCR=24;TR=51;WE=48751479;WS=48751461;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chrX	48759204	rs741932	C	T	1600.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=29;NR=9;PP=754;SC=TGCGGCCCCACAGCGGGCTCC;SOR=1.688;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=29;TCR=9;TR=38;WE=48759212;WS=48759194;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chrX	48760793	rs2239453	C	T	1928.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=20;NR=37;PP=1076;SC=GCTAGGCTGGCAGGCGGGTTT;SOR=1.577;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=58;TCF=20;TCR=38;TR=57;WE=48760801;WS=48760783;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chrX	48768695	.	GCA	G	55	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.63;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=1;NR=1;PP=55;QD=30.5;SC=CTGACAATGTGCACACACACA;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=14;TCF=7;TCR=7;TR=2;WE=48768704;WS=48768685;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:12,2:0.14:14
chrX	48847265	rs140680685	C	T	1069.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=18;NR=13;PP=624;SC=CAGCCATCTCCGTGGGACTAT;SOR=0.968;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=32;TCF=18;TCR=14;TR=31;WE=48847273;WS=48847255;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chrX	48858802	rs28727466	G	A	1033.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=28;PP=802;SC=AAACCGACGAGTCAGGTGAAC;SOR=3.258;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=31;TCF=3;TCR=28;TR=31;WE=48858810;WS=48858792;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chrX	48888074	rs3027472	T	C	1800.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.146;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=27;PP=903;ReadPosRankSum=1.045;SC=GAGTGGGAGGTACTGGCAGGC;SOR=0.548;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=49;TCF=21;TCR=28;TR=48;WE=48888082;WS=48888064;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,71:0.96:74
chrX	48898183	rs7056903	C	G	238.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=6;PP=139;SC=AGACAGAGAGCGGGGGAGAAC;SOR=2.093;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=1;TCR=6;TR=7;WE=48898191;WS=48898173;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chrX	48900900	rs4824738	T	G	662.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.62;SOR=2.124;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chrX	49021256	rs5906744	A	G	4123.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=43;NR=52;PP=1736;SC=GGTAAGGCACATAGTGCTCCG;SOR=0.900;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=95;TCF=43;TCR=52;TR=95;WE=49021264;WS=49021246;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,157:1.00:157
chrX	49021537	rs5905720	G	C	2954.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=26;NR=35;PP=1287;SC=GGTCGGGGACGTCGTGCTCCA;SOR=0.846;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=61;TCF=26;TCR=35;TR=61;WE=49021545;WS=49021527;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chrX	49022276	rs5953269	C	G	1051.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.73;SOR=2.400;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chrX	49022286	rs72619037	C	G	1321.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=47.21;SOR=1.863;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chrX	49022291	.	GT	G	1523.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BRF=0.37;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=7;NR=6;PP=544;SC=CAGAACGCCTGTCAAGGGAGA;SOR=2.165;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=14;TCF=8;TCR=6;TR=13;WE=49022319;WS=49022266;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chrX	49022293	rs75416104	C	G	1557.77	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.82;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
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chrX	49022295	rs138365388	A	G	1557.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.27;SOR=2.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chrX	49022309	rs73634213	C	A	2357.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.49;SOR=1.524;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chrX	49022309	.	CAA	AAG	871	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;FR=1.0000;HP=2;HapScore=4;MGOF=0;MMLQ=23;MQ=60.0;NF=30;NR=15;PP=871;QD=20.5437305525;SC=AGATTTCTCTCAAGGTCAGGG;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=49;TCF=32;TCR=17;TR=45;WE=49022319;WS=49022266;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:4,45:0.92:49
chrX	49022311	rs7880193	A	G	2357.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.10;SOR=1.528;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chrX	49022700	rs4824462	T	C	528.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=9;PP=258;SC=GGCAGCGCAGTTCGCTCAGGA;SOR=1.402;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=12;TCF=3;TCR=9;TR=12;WE=49022708;WS=49022690;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chrX	49030776	rs200730422	AGT	A	56.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.391;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.49;ReadPosRankSum=0.042;SOR=0.774;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:103,12:0.10:115
chrX	49049948	rs191244318	G	A	632.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=12;PP=360;SC=GAGGAAGACAGCACTGTGAGT;SOR=0.941;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=9;TCR=12;TR=21;WE=49049956;WS=49049938;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chrX	49075777	rs41312124	C	T	841.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=15;NR=8;PP=457;SC=GCCAAAGGCTCACATGGTTGC;SOR=1.112;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=24;TCF=15;TCR=9;TR=23;WE=49075785;WS=49075767;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chrX	49105920	.	A	T	1040.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=15;NR=11;PP=500;SC=GGGCATGGAGATGGTCAAGGG;SOR=0.902;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=15;TCR=11;TR=26;WE=49105928;WS=49105910;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chrX	49369503	.	C	T	392.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=9;NR=3;PP=199;SC=CTCTGGCTCCCAGGCTAAAGC;SOR=1.473;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=12;TCF=9;TCR=3;TR=12;WE=49369511;WS=49369493;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chrX	49370511	rs35846904	A	AAAT	333.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=37.08;SOR=1.402;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chrX	49767832	rs456615	A	G	1875.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.66;SOR=0.788;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chrX	49767835	rs456617	A	G	1875.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.62;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chrX	49767904	rs149259	A	G	672.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=33;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=8;NR=13;PP=378;SC=AAGGGAGGTAAACCCTCTCTT;SOR=1.022;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=8;TCR=13;TR=21;WE=49767912;WS=49767894;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chrX	50054570	.	G	GT	83.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.425;ClippingRankSum=0.000;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=1.661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.79;ReadPosRankSum=-0.418;SOR=1.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,10:0.33:30
chrX	50121146	rs11415594	A	AG	1250.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=11;PP=641;SC=AATTTTGATAAGCCTGGTCTC;SOR=0.749;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=4;TCR=11;TR=15;WE=50121154;WS=50121136;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chrX	50341598	rs2295544	G	A	1579.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=19;PP=606;SC=ACTGATTTGTGCCTGTAACCT;SOR=1.123;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=11;TCR=19;TR=30;WE=50341606;WS=50341588;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chrX	50341675	rs2295543	G	C	420.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=9;PP=215;SC=GGAAACTTGGGCAAGTCATGA;SOR=2.049;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=11;TCF=2;TCR=9;TR=11;WE=50341683;WS=50341665;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chrX	50653775	rs3810682	C	G	1475.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.83;SOR=0.884;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chrX	50654091	rs41308602	A	G	877.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=11;NR=12;PP=394;SC=CCCTTGACCAATGTGGCAAGG;SOR=0.693;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=23;TCF=11;TCR=12;TR=23;WE=50654099;WS=50654081;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chrX	51239295	.	ATCCTCGAGGCAGCC	A	3730.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=29;PP=2957;SC=TTTGCACTTCATCCTCGAGGC;SOR=1.005;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=46;TCF=10;TCR=36;TR=37;WE=51239316;WS=51239285;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chrX	51486659	rs974285	C	T	344.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=1;PP=213;SC=ACCCCGCCGGCGGAGCCCGCT;SOR=2.670;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=9;TCR=1;TR=10;WE=51486667;WS=51486649;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chrX	52825471	rs2806837	A	G	1215.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=28;NR=12;PP=673;SC=CTAGGTCTTCATCCTCCTGTG;SOR=1.514;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=28;TCR=12;TR=40;WE=52825479;WS=52825461;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chrX	52825546	rs2806838	C	G	2619.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=31;NR=34;PP=1150;SC=GGTCATTCTCCAGTTGATTTG;SOR=0.734;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=68;TCF=32;TCR=36;TR=65;WE=52825554;WS=52825536;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chrX	52891492	rs114794367	T	C	167.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.876;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=15.25;ReadPosRankSum=0.637;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,6:0.55:11
chrX	52891512	rs78471253	A	T	205.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.750;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=18.71;ReadPosRankSum=1.404;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,5:0.45:11
chrX	52891513	rs114568211	C	T	205.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.776;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=18.71;ReadPosRankSum=1.404;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,5:0.45:11
chrX	52891523	rs75536354	G	T	238.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.647;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=14.92;ReadPosRankSum=1.311;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,7:0.44:16
chrX	52891542	rs78672295	A	G	246.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.278;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=39;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=1;PP=32;ReadPosRankSum=0.222;SC=ATGAACAAAAAATGTGCAAGA;SOR=0.473;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=13;TCF=11;TCR=2;TR=5;WE=52891550;WS=52891532;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,8:0.44:18
chrX	52891565	rs79831867	A	G	318.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=0.581;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.657;HP=2;HapScore=2;MGOF=27;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=2;PP=43;ReadPosRankSum=-0.390;SC=TCTTTGGAGAAAGCTGCAAAA;SOR=0.368;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=16;TCF=12;TCR=4;TR=5;WE=52891573;WS=52891555;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,11:0.42:26
chrX	52891584	rs5943751	C	A	424.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.223;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.184;HP=3;HapScore=2;MGOF=36;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=2;PP=85;ReadPosRankSum=0.108;SC=AAGTTTATTTCGATATTTTTA;SOR=0.894;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=25;TCF=18;TCR=7;TR=8;WE=52891592;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,18:0.41:44
chrX	52891619	.	GT	G	830.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=0.315;ClippingRankSum=0.000;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=40;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=6;PP=281;ReadPosRankSum=0.957;SC=GATAAAAACAGTTTTGTGTTG;SOR=0.723;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=25;TCF=10;TCR=15;TR=9;WE=52891627;WS=52891609;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,25:0.39:64
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chrX	52891653	rs73206488	C	T	1080.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.070;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.51;ReadPosRankSum=0.532;SOR=0.743;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:50,30:0.38:80
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chrX	52891832	rs66491662	CT	C	118.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.792;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=4;MGOF=40;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=3;PP=149;ReadPosRankSum=-0.396;SC=TCTGTAGAGACTTTGAAGATA;SOR=1.179;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=0;TCR=11;TR=3;WE=52891840;WS=52891808;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,6:0.32:19
chrX	52895579	.	GGT	G	621.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=3;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.530;NF=1;NR=11;PP=426;ReadPosRankSum=-0.670;SC=TGGAACCAGGGGTGTGTGTGT;SOR=0.582;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=19;TCF=1;TCR=18;TR=12;WE=52895590;WS=52895569;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,23:0.88:26
chrX	53105890	rs17850567	G	A	1083.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=24;NR=10;PP=645;SC=TGGTACTGCTGGGACTGATTA;SOR=1.445;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=34;TCF=24;TCR=10;TR=34;WE=53105898;WS=53105880;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chrX	53106865	rs11091720	C	T	4139.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=49;NR=53;PP=1762;SC=TGAGGACTCACGCCCCCTGCT;SOR=0.730;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=103;TCF=49;TCR=54;TR=102;WE=53106873;WS=53106855;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,163:1.00:163
chrX	53114327	rs7885663	T	C	1750.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=13;NR=27;PP=976;SC=GCTAGGCTTGTTCCTGGGTGC;SOR=1.460;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=13;TCR=27;TR=40;WE=53114335;WS=53114317;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chrX	53115502	rs200627173	T	TC,TCC	836.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=25;NF=1;NR=38;PP=580;SC=GGTGAGCTAATCCCCCCCCAC;SOR=5.136;SbPval=0.98;Source=Platypus;TC=48;TCF=5;TCR=43;TR=39;WE=53115510;WS=53115492;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.27,0.73:26
chrX	53115705	rs12400540	A	G	286.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=6;PP=220;SC=TAGGTGATGGATAGATGGTTG;SOR=1.270;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=3;TCR=6;TR=9;WE=53115713;WS=53115695;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chrX	53222043	.	A	AC	315	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;FR=1.0000;HP=8;HapScore=2;MGOF=20;MMLQ=21;MQ=57.2;NF=0;NR=9;PP=315;QD=37.7777777778;SC=AGGGATGGCCACCCCCCTACC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=3;TCR=9;TR=9;WE=53222051;WS=53222033;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:3,9:0.75:12
chrX	53225751	rs1536247	A	G	415.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=14;NR=1;PP=303;SC=GGGGAGAGTCAATACAGTAAC;SOR=3.258;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=15;TCF=14;TCR=1;TR=15;WE=53225759;WS=53225741;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chrX	53228148	rs1977364	C	A	3649.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.270;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=52;PP=2052;ReadPosRankSum=0.983;SC=TCCAGAAAGGCCCATGCTCAC;SOR=0.396;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=103;TCF=50;TCR=53;TR=102;WE=53228156;WS=53228138;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,135:0.98:138
chrX	53239798	.	C	G	3135.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=45;NR=41;PP=1510;SC=TAAATCACACCTTGGTCATGC;SOR=0.710;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=86;TCF=45;TCR=41;TR=86;WE=53239806;WS=53239788;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chrX	53265053	.	AC	A	42.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.352;ClippingRankSum=-0.000;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=3.29;ReadPosRankSum=0.817;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,4:0.31:13
chrX	53265835	rs2296541	T	C	113.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=4;PP=59;SC=GACCAGCCCTTGTCTCCCCCA;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=0;TCR=4;TR=4;WE=53265843;WS=53265825;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chrX	53271147	rs2274307	T	G	362.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=8;PP=205;SC=GCTTCAGGCCTCCTGGCACCT;SOR=2.147;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=3;TCR=8;TR=11;WE=53271155;WS=53271137;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chrX	53280421	rs7886988	G	A	398.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=6;PP=274;SC=AGGGAAGAATGGTGGAAGGTG;SOR=0.976;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=13;TCF=6;TCR=7;TR=12;WE=53280429;WS=53280411;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chrX	53436232	rs1264008	G	T	1088.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=18;PP=609;SC=GAGTTACTCCGGCTGGTGAGA;SOR=1.096;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=31;TCF=12;TCR=19;TR=30;WE=53436240;WS=53436222;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chrX	53449336	rs11462431	A	AG	352.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=1;PP=288;SC=GGAACCCGTAAGGTCCGCGAC;SOR=2.494;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=7;TCR=1;TR=8;WE=53449344;WS=53449329;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chrX	53449568	rs1264011	G	A	3008.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.573;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=39;PP=1329;ReadPosRankSum=0.143;SC=CGGCGCCGGCGGCAGTAGGAC;SOR=0.411;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=77;TCF=36;TCR=41;TR=74;WE=53449576;WS=53449558;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,118:0.98:121
chrX	53457622	rs1264013	T	C	1673.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-1.186;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.522;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=22;PP=785;ReadPosRankSum=-0.389;SC=AAAGCCAGACTATGAGCTCAG;SOR=0.643;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=36;TCF=14;TCR=22;TR=35;WE=53457630;WS=53457612;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,62:0.98:63
chrX	53461359	rs1264014	G	C	1364.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=25;PP=767;SC=CCGAGGCGAAGCGGCGGAAGG;SOR=1.473;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=36;TCF=11;TCR=25;TR=36;WE=53461367;WS=53461349;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chrX	53563589	rs426298	A	G	824.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=14;PP=349;SC=GCAGGAGCCCACCAGCATCCT;SOR=1.352;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=19;TCF=5;TCR=14;TR=19;WE=53563597;WS=53563579;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chrX	53566593	rs111723336	C	G	593.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=11;NR=6;PP=299;SC=TGGGTTGGGACCTGGGCCTTT;SOR=1.179;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=11;TCR=6;TR=17;WE=53566601;WS=53566583;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chrX	53601990	rs35473057	A	C	255.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.63;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=2;PP=94;SC=GAGAAAGTTCACTTAGACCAG;SOR=1.270;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=7;TCF=5;TCR=2;TR=7;WE=53601998;WS=53601980;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chrX	53629649	.	AAT	A	145.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-1.701;ClippingRankSum=0.000;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=3;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=5;PP=134;ReadPosRankSum=-0.415;SC=GAGCAAAAGAAATATATATAT;SOR=0.465;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=28;TCF=4;TCR=24;TR=6;WE=53629658;WS=53629639;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,8:0.25:32
chrX	53641647	rs6638360	T	C	567.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.69;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=6;PP=137;SC=CCTTCTGGATTGATGGCTTCT;SOR=0.859;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=11;TCF=5;TCR=6;TR=11;WE=53641655;WS=53641637;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chrX	53652844	rs198501	G	A	1356.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=63.71;QD=41.11;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chrX	53652852	.	T	TGCCGGG	1535.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=15;PP=1031;SC=CCGGGGCCGGTGCCGGGACTG;SOR=1.061;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=20;TCF=2;TCR=18;TR=16;WE=53652860;WS=53652834;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
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chrX	53654518	.	ATT	A	83	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;FR=0.5000;HP=7;HapScore=2;MGOF=11;MMLQ=28;MQ=60.36;NF=0;NR=8;PP=83;QD=11.25;SC=ATATATATATATTTTTTCAGG;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=23;TCF=4;TCR=19;TR=8;WE=53654527;WS=53654508;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:15,8:0.35:23
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chrX	53964588	rs41306892	T	C	345.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=6;PP=183;SC=AAGTTCCCGATGGAGGACCCA;SOR=0.693;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=11;TCF=5;TCR=6;TR=11;WE=53964596;WS=53964578;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chrX	53966984	rs7886772	G	C	722.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.67;BaseQRankSum=0.505;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.6715;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=6;PP=179;ReadPosRankSum=0.720;SC=AGAGATTAAGGAGTGAAGAAG;SOR=0.892;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=12;TCF=5;TCR=7;TR=10;WE=53966992;WS=53966974;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,31:0.94:33
chrX	53989230	rs41315088	C	T	511.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=4;PP=290;SC=TTGTCTATTTCCTCCTGACCA;SOR=1.609;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=11;TCR=4;TR=15;WE=53989238;WS=53989220;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chrX	54022352	.	C	CAA	25	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;FR=0.5009;HP=11;HapScore=2;MGOF=11;MMLQ=28;MQ=62.65;NF=0;NR=2;PP=25;QD=17.0;SC=TATCCACATGCAAAAAAAAAA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=0;TCR=4;TR=2;WE=54022360;WS=54022342;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:2,2:0.50:4
chrX	54028839	rs112731110	T	C	181.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=1;PP=146;SC=GAAACTTGGGTTCAAAGGTTA;SOR=2.303;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=5;TCR=1;TR=6;WE=54028847;WS=54028830;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chrX	54107692	rs2516098	T	C	3426.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=55;NR=26;PP=1647;SC=TAGGCATTTTTCCAAGGAGGC;SOR=1.311;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=83;TCF=56;TCR=27;TR=81;WE=54107700;WS=54107682;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chrX	54117740	rs2495797	C	A	863.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=15;NR=7;PP=447;SC=GGTACATGAACTCACCTTGAG;SOR=1.244;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=15;TCR=7;TR=22;WE=54117748;WS=54117730;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chrX	54161859	rs4826523	C	T	394.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=10;NR=3;PP=261;SC=ATATATAGCCCTGACAGTCTA;SOR=2.303;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=10;TCR=3;TR=13;WE=54161867;WS=54161849;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chrX	54209387	rs2495783	A	G	923.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=14;PP=539;SC=ATGGTGCCGAATCGGCCCCGC;SOR=1.214;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=7;TCR=14;TR=21;WE=54209395;WS=54209377;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chrX	54280277	rs3021284	A	T	447.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=14;NR=1;PP=342;SC=TCTGTACAAAATTTTAAAACT;SOR=4.047;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=15;TCF=14;TCR=1;TR=15;WE=54280285;WS=54280267;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chrX	54584985	rs141548321	C	T	1950.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.63;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=19;NR=17;PP=704;SC=GCTCAGTGGACCGCCGCTCAG;SOR=0.719;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=36;TCF=19;TCR=17;TR=36;WE=54584993;WS=54584975;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chrX	54585146	.	G	GT	93.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.373;ClippingRankSum=0.000;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=1.792;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.26;ReadPosRankSum=-0.068;SOR=0.307;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,8:0.36:22
chrX	54781359	rs34779123	T	C	488.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=9;NR=3;PP=260;SC=AATACATTACTTCCCTCTGGT;SOR=1.493;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=12;TCF=9;TCR=3;TR=12;WE=54781367;WS=54781349;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chrX	54800637	.	CAA	C,CA	476.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.447;ClippingRankSum=0.000;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=1.594;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.83;ReadPosRankSum=1.360;SOR=0.459;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:8,20,16:0.45,0.36:44
chrX	54836361	rs1043031	A	G	1085.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=20;NR=15;PP=602;SC=CCCAGGCCTCATCTACTACTC;SOR=1.005;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=35;TCF=20;TCR=15;TR=35;WE=54836369;WS=54836351;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chrX	54836505	rs1043034	A	G	1908.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=28;NR=20;PP=871;SC=TGGCTGATACAAAGGTCAATA;SOR=0.869;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=48;TCF=28;TCR=20;TR=48;WE=54836513;WS=54836495;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chrX	54837340	rs1043044	C	T	864.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=10;NR=9;PP=361;SC=TCTCAAAGGCCCTAATGGCCT;SOR=0.752;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=19;TCF=10;TCR=9;TR=19;WE=54837348;WS=54837330;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chrX	54838077	rs2071932	C	T	1495.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=15;NR=16;PP=487;SC=CAGGCTATTCCTTGGAGAAGG;SOR=0.762;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=31;TCF=15;TCR=16;TR=31;WE=54838085;WS=54838067;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chrX	54838437	rs2071934	G	A	364.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=12;NR=0;PP=301;SC=CATTTGCAGCGTGTTTACCGG;SOR=5.136;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=12;TCR=0;TR=12;WE=54838445;WS=54838434;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chrX	54840013	rs763183	C	T	1123.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=10;NR=16;PP=577;SC=GTTCATGTGTCCCATGCATTT;SOR=1.005;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=10;TCR=16;TR=26;WE=54840021;WS=54840003;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chrX	54972134	.	CGTGTGTGTGTGTGTGTGTGCGTGT	CGTGTGTGTGTGTGTGTGCGTGT,C	108.73	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=2.166;ClippingRankSum=-0.000;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.632;HP=2;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=4;PP=440;ReadPosRankSum=2.484;SC=AGTGTGTATGCGTGTGTGTGT;SOR=0.180;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=15;TCF=1;TCR=14;TR=5;WE=54972165;WS=54972124;set=Intersection	GT:AF:DP	0/1:0.45:11
chrX	55116466	rs1845444	C	G	770.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.69;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chrX	55173732	rs11327722	TA	T	3806.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=9;NR=30;PP=1575;SC=GGTCACACAGTAACACTGTCC;SOR=0.712;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=42;TCF=9;TCR=33;TR=39;WE=55173740;WS=55173722;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chrX	55246827	.	TCCG	T	98.25	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=0;PP=92;SC=CTTCGTTCTTTCCGCCATCTT;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=3;TCR=0;TR=3;WE=55246837;WS=55246826;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chrX	55246965	rs5914272	C	T	685.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=8;PP=257;SC=GGACAGGTCCCGTGGCACAGT;SOR=0.765;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=9;TCR=8;TR=17;WE=55246973;WS=55246955;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chrX	55247030	rs5914273	C	G	783.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=10;PP=316;SC=CCCCCAGGTCCTGATGCAGGC;SOR=0.693;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=18;TCF=8;TCR=10;TR=18;WE=55247038;WS=55247020;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chrX	55248320	rs5914274	G	A	3951.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.63;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=35;NR=58;PP=1638;SC=TGAAGGGAGAGTGGAGAATAA;SOR=1.088;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=94;TCF=36;TCR=58;TR=93;WE=55248328;WS=55248310;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,159:1.00:159
chrX	55286887	rs3761559	G	T	644.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=18;NR=3;PP=466;SC=ATTAGCAGTAGTGGTACCTCT;SOR=3.258;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=18;TCR=3;TR=21;WE=55286895;WS=55286877;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chrX	55287031	rs3761560	T	G	4938.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-0.657;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=1.686;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=55;PP=1741;ReadPosRankSum=0.453;SC=TAGGACCATCTCCACGTTCAC;SOR=0.511;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=107;TCF=51;TCR=56;TR=103;WE=55287039;WS=55287021;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:5,199:0.98:204
chrX	55289593	rs2148981	C	T	1312.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.61;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=18;NR=11;PP=618;SC=CTTTCTATTGCTTTTTTCCTC;SOR=0.994;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=29;TCF=18;TCR=11;TR=29;WE=55289601;WS=55289583;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chrX	55289774	rs4826381	T	C	1832.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=11;NR=23;PP=767;SC=AGCTGGTCATTACTGGGCAGC;SOR=1.146;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=35;TCF=11;TCR=24;TR=34;WE=55289782;WS=55289764;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chrX	55479299	rs11545211	G	A	1321.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=18;NR=14;PP=594;SC=TCTTCTGGGGGCCCCGAGCAC;SOR=0.952;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=32;TCF=18;TCR=14;TR=32;WE=55479307;WS=55479289;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chrX	55651001	rs2375465	T	C	992.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.208;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=18;PP=625;ReadPosRankSum=1.119;SC=GAGACTCGTGTCTTAGCCTTT;SOR=0.582;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=32;TCF=13;TCR=19;TR=31;WE=55651009;WS=55650991;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,40:0.93:43
chrX	55748820	rs1473761	A	G	160.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=4;PP=86;SC=GAGGTTGGGGAATTTGTTATG;SOR=2.303;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=5;TCF=1;TCR=4;TR=5;WE=55748828;WS=55748810;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chrX	55757744	rs5960480	T	G	304.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=3;PP=172;SC=AGGCTATAAGTAGGAGTGATT;SOR=1.445;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=7;TCR=3;TR=10;WE=55757752;WS=55757734;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chrX	56291516	rs1033565	T	G	114.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=0;PP=88;SC=ATTCCTTCCATGTGAAATGAA;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=4;TCR=0;TR=4;WE=56291524;WS=56291506;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chrX	56295245	rs3747284	T	C	1813.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.774;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=16;PP=820;ReadPosRankSum=-0.839;SC=TAATAAGGAATATTTGACAGC;SOR=1.042;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=43;TCF=27;TCR=16;TR=43;WE=56295253;WS=56295235;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,71:0.97:73
chrX	56295438	rs59394346	AAC	A	1459.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.036;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.19;MQRankSum=0.320;QD=31.06;ReadPosRankSum=1.432;SOR=0.476;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,46:0.98:47
chrX	56295958	rs200952140	ATG	A	502.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=11;PP=471;SC=GTCTTTGTGTATGTGTGTGTG;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=0;TCR=18;TR=11;WE=56295967;WS=56295948;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chrX	56296488	rs12862304	G	C	553.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=16;NR=1;PP=466;SC=TTTCTTTTTGGGGGGACCTAG;SOR=4.294;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=18;TCF=16;TCR=2;TR=17;WE=56296496;WS=56296478;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chrX	57405163	rs4826543	T	C	2021.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=26;NR=24;PP=913;SC=CTATGTGCCGTTATGCTGAAG;SOR=0.693;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=50;TCF=26;TCR=24;TR=50;WE=57405171;WS=57405153;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chrX	57474943	rs1821118	A	T	771.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=19;NR=3;PP=497;SC=TTGATATATGATATCATTCTG;SOR=2.753;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=19;TCR=3;TR=22;WE=57474951;WS=57474933;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chrX	57475132	rs1367830	T	C	3832.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=40;NR=47;PP=1747;SC=TAACACGGCCTTTCAACTTTG;SOR=0.825;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=87;TCF=40;TCR=47;TR=87;WE=57475140;WS=57475122;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,143:1.00:143
chrX	57619648	rs1057328	G	T	3421.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=57;NR=38;PP=1998;SC=ACTTCGAACCGGAGAGGCCTT;SOR=0.963;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=95;TCF=57;TCR=38;TR=95;WE=57619656;WS=57619638;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chrX	63412635	rs376626895	G	A	1000.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.233;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=14;PP=495;ReadPosRankSum=2.015;SC=TTCCGGTGACGGCGGATACTG;SOR=0.243;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=28;TCF=13;TCR=15;TR=27;WE=63412643;WS=63412625;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,39:0.98:40
chrX	65382685	rs5919015	T	C	617.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=16;PP=349;SC=TGGAGAAAAGTGTCTGCTCCT;SOR=1.358;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=9;TCR=16;TR=25;WE=65382693;WS=65382675;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chrX	65393658	rs5918591	A	G	2013.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=16;NR=35;PP=1161;SC=AGGTCCCAAGAATAAGCTATG;SOR=1.319;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=51;TCF=16;TCR=35;TR=51;WE=65393666;WS=65393648;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chrX	65420609	rs1264215	A	G	389.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=2;NR=10;PP=255;SC=GTGCCTTAGCAGCTGGCCCTA;SOR=2.303;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=2;TCR=10;TR=12;WE=65420617;WS=65420599;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chrX	65478922	rs11433175	T	TA	325.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=8;PP=280;SC=AACAATTAGTTAAAGAGCAGA;SOR=1.445;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=8;WE=65478930;WS=65478912;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chrX	65486172	rs2054180	C	T	1177.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=21;NR=10;PP=554;SC=TAAGGACAGGCCTCCTGTCCT;SOR=1.280;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=31;TCF=21;TCR=10;TR=31;WE=65486180;WS=65486162;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chrX	65819223	rs4827499	A	G	76.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=0;PP=55;SC=ACTCCTAGTGAATAATACTAT;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=3;TCR=0;TR=3;WE=65819231;WS=65819213;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chrX	65819286	rs11379040	G	GT	652.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.18;SOR=1.528;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chrX	65822607	rs1385698	T	C	650.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=8;NR=12;PP=397;SC=ACTGTGGGTGTATCTGCCTCC;SOR=1.051;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=8;TCR=12;TR=20;WE=65822615;WS=65822597;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chrX	65824986	rs1385699	C	T	1640.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.66;BaseQRankSum=0.840;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.9972;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=12;PP=450;ReadPosRankSum=-1.212;SC=ACTCTGACATCTGTGGTGGCC;SOR=0.754;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=32;TCF=18;TCR=14;TR=28;WE=65824994;WS=65824976;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,66:0.94:70
chrX	66765158	.	TGCAGCA	T	787.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.74;QD=39.39;SOR=0.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chrX	66941597	rs1337076	T	G	384.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=10;NR=3;PP=269;SC=TGGCGAGGGATGGCAATCAGA;SOR=2.147;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=10;TCR=3;TR=13;WE=66941605;WS=66941596;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chrX	67331928	.	CACAGAG	C	64.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.955;ClippingRankSum=-0.000;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=3.090;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=5.88;ReadPosRankSum=-0.789;SOR=0.132;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,3:0.27:11
chrX	67331930	.	CAG	C	232.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=1.569;ClippingRankSum=-0.000;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=23.27;ReadPosRankSum=1.235;SOR=1.863;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,7:0.70:10
chrX	67331934	rs5918812	G	C	241.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.235;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=24.18;ReadPosRankSum=1.150;SOR=1.863;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,7:0.70:10
chrX	67412906	rs1191948	G	A	2127.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=13;NR=27;PP=831;SC=GGTACACTAGGGTCAATTCAG;SOR=1.179;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=13;TCR=27;TR=40;WE=67412914;WS=67412896;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chrX	67429834	rs57516402	CT	C	292.76	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.713;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.40;MQRankSum=0.625;QD=11.26;ReadPosRankSum=0.474;SOR=0.481;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,22:0.85:26
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chrX	69282603	rs373072089	G	A	2128.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.968;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=29;PP=1129;ReadPosRankSum=1.707;SC=ATCTGTCGTCGAAGACCTGGC;SOR=0.796;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=57;TCF=27;TCR=30;TR=56;WE=69282611;WS=69282593;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,80:0.98:82
chrX	69368853	rs650028	T	C	828.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=17;PP=357;SC=CTGAGGTGGGTGGATCACCTG;SOR=1.473;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=8;TCR=17;TR=25;WE=69368861;WS=69368843;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chrX	69459945	rs1152194	C	T	447.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=12;NR=0;PP=290;SC=AAGAGGAGGTCCTAACACTTT;SOR=3.126;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=12;TCR=0;TR=12;WE=69459953;WS=69459935;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chrX	69495817	rs5936871	G	A	281.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=2;PP=160;SC=GTGAGCCACCGCGCCCAGCCA;SOR=1.802;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=7;TCR=2;TR=9;WE=69495825;WS=69495807;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chrX	69496228	rs1572732	T	C	822.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=10;PP=498;SC=CCATTTCTTTTGTATTTGTTT;SOR=0.976;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=24;TCF=14;TCR=10;TR=24;WE=69496236;WS=69496218;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chrX	69500852	.	T	TG	25	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;FR=0.5039;HP=11;HapScore=3;MGOF=41;MMLQ=28;MQ=60.0;NF=3;NR=0;PP=25;QD=11.3333333333;SC=ATTGGGAAGTTGGGGGGGGGG;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=8;TCR=1;TR=3;WE=69500860;WS=69500842;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:6,3:0.33:9
chrX	69502054	rs5936549	A	G	687.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=15;NR=9;PP=516;SC=TTTGGCTGCAACCTACCTGAA;SOR=1.136;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=15;TCR=9;TR=24;WE=69502062;WS=69502044;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chrX	69502479	rs1626469	A	G	1809.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=27;NR=20;PP=937;SC=CATTTTTGCCACTCTTCTTGG;SOR=0.910;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=27;TCR=20;TR=47;WE=69502487;WS=69502469;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chrX	69504073	rs2275412	T	C	421.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.18;SOR=1.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chrX	69504078	rs12556489	T	G	421.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.18;SOR=1.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chrX	69510335	rs1199470	C	T	260.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=7;NR=1;PP=177;SC=AGGGAATTCCCGTAAGAGTGG;SOR=2.303;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=7;TCR=1;TR=8;WE=69510343;WS=69510325;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chrX	69572242	rs1199428	G	A	40.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=0;PP=23;SC=TTTTATAAGAGCTACACAATT;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=2;TCF=2;TCR=0;TR=2;WE=69572250;WS=69572235;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chrX	69635457	.	C	CAAA	104	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.00;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chrX	69639698	rs1886892	G	T	1416.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=11;NR=18;PP=589;SC=TTATCTATGAGAGACCAGTAG;SOR=1.022;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=29;TCF=11;TCR=18;TR=29;WE=69639706;WS=69639688;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chrX	69652762	rs2296542	A	G	1908.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=18;NR=21;PP=862;SC=CTCCCCACAGAAGATTTGTTA;SOR=0.750;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=40;TCF=19;TCR=21;TR=39;WE=69652770;WS=69652752;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chrX	69749852	rs1536250	AT	GA	1945.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=17;PP=1084;SC=TAGTCTTTCTATAATCCAAGA;SOR=1.105;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=28;TCF=11;TCR=17;TR=28;WE=69749861;WS=69749842;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chrX	69774517	rs4844240	A	T	2208.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=36;NR=20;PP=1047;SC=TTGTTTCAAAAGTTTTAGTTT;SOR=1.206;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=56;TCF=36;TCR=20;TR=56;WE=69774525;WS=69774507;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chrX	69844797	rs1325094	G	A	382.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=6;PP=161;SC=AATATAATACGTTAAATTACA;SOR=1.112;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=10;TCF=4;TCR=6;TR=10;WE=69844805;WS=69844787;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chrX	69898742	rs55853716	GA	G	42.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=8.58;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
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chrX	70093038	rs5937008	C	T	1023.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.283;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.97;ReadPosRankSum=-0.721;SOR=0.593;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,40:0.98:41
chrX	70146398	rs4360450	A	G	856.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=11;NR=8;PP=329;SC=GGGGAGTGGAACTCTGTGGCT;SOR=0.941;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=19;TCF=11;TCR=8;TR=19;WE=70146406;WS=70146388;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chrX	70148927	rs5936605	T	A	1826.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.66;BaseQRankSum=2.033;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=27;PP=707;ReadPosRankSum=-0.742;SC=AGTCCCTGCCTTTTTCACCTA;SOR=0.651;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=34;TCF=6;TCR=28;TR=33;WE=70148935;WS=70148917;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,68:0.99:69
chrX	70149360	rs5936606	G	A	554.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=22.19;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chrX	70149404	rs5936607	C	T	1120.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=26;NR=12;PP=728;SC=ATAAAGAATACTTCCACCCAG;SOR=1.055;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=26;TCR=12;TR=38;WE=70149412;WS=70149394;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chrX	70352617	.	CCTCTT	C	257.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=62.13;QD=36.82;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chrX	70368779	.	GGA	G	150.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.733;ClippingRankSum=0.000;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.80;ReadPosRankSum=-1.945;SOR=0.631;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,7:0.27:26
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chrX	70617443	rs5980760	A	G	471.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=13;PP=327;SC=AGTGATTCTCATGCCTCAACT;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=0;TCR=15;TR=13;WE=70617451;WS=70617433;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chrX	70774984	.	T	TTG	192.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.095;ClippingRankSum=0.000;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.83;ReadPosRankSum=-0.339;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,10:0.77:13
chrX	71349753	rs12397326	G	A	4589.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.330;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=68;NR=41;PP=2201;ReadPosRankSum=1.631;SC=GCACAGGGGGGCGTCTTCGAA;SOR=1.133;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=111;TCF=69;TCR=42;TR=109;WE=71349761;WS=71349743;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,172:0.98:176
chrX	71349774	rs12393722	T	C	6228.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.272;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=236;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=92;NR=54;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.534;SC=CTTGGCGTTGTCCTAAACGAC;SOR=1.125;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=148;TCF=93;TCR=55;TR=146;WE=71349782;WS=71349764;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,230:0.98:234
chrX	71351443	rs62614085	A	G	958.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=21;PP=686;SC=GGGAACTGGAACTACGGGCGG;SOR=2.093;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=8;TCR=21;TR=29;WE=71351451;WS=71351433;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chrX	71352187	rs7471996	C	G	304.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=6;PP=137;SC=AAGATAAAGACAGAGAGTTTA;SOR=2.494;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=6;WE=71352195;WS=71352177;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chrX	71357093	rs6625949	G	A	2586.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=22;NR=54;PP=1575;SC=CACCACAGCTGATTCCCCAGT;SOR=1.661;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=77;TCF=22;TCR=55;TR=76;WE=71357101;WS=71357083;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chrX	71357160	rs6625950	G	T	775.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=23;PP=594;SC=TGTGGTGATGGGGAACAGGAA;SOR=4.255;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=25;TCF=2;TCR=23;TR=25;WE=71357168;WS=71357150;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chrX	71363415	rs6624597	C	T	3457.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=33;NR=36;PP=1447;SC=CCGATAACCCCAGTACCTAAG;SOR=0.739;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=69;TCF=33;TCR=36;TR=69;WE=71363423;WS=71363405;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,133:1.00:133
chrX	71364479	rs11094247	A	C	3293.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=26;NR=56;PP=1921;SC=CTGTTCCAAAAACCAAGAACA;SOR=1.297;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=82;TCF=26;TCR=56;TR=82;WE=71364487;WS=71364469;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chrX	71379702	rs7884806	T	C	5027.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.926;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=58;PP=2201;ReadPosRankSum=-1.301;SC=ATCATGATTATCTACTGGGAC;SOR=0.734;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=119;TCF=60;TCR=59;TR=118;WE=71379710;WS=71379692;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,196:0.98:200
chrX	71379853	rs7880917	C	T	2537.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=30;NR=40;PP=1297;SC=GAAATGCCTCCGCTGAAGGCC;SOR=0.919;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=70;TCF=30;TCR=40;TR=70;WE=71379861;WS=71379843;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chrX	71380152	rs7881332	C	T	988.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=18;PP=469;SC=TGGTGTGACCCGATATATGAT;SOR=1.609;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=23;TCF=5;TCR=18;TR=23;WE=71380160;WS=71380142;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chrX	71401607	rs6525589	G	A	916.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.66;SOR=1.828;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chrX	71401614	rs7058353	C	A	1065.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=39.47;SOR=1.781;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chrX	71493691	rs7580	C	T	5604.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.123;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=80;NR=61;PP=2902;ReadPosRankSum=-0.748;SC=TGCCAGTCTCCAAATCAATCT;SOR=0.320;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=142;TCF=80;TCR=62;TR=141;WE=71493699;WS=71493681;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,203:1.00:204
chrX	71495344	rs3827426	C	T	4453.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=52;NR=35;PP=1592;SC=TATTTGGATACCATAGGGCTG;SOR=0.954;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=87;TCF=52;TCR=35;TR=87;WE=71495352;WS=71495334;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,170:1.00:170
chrX	71495388	rs34563981	T	TCTA	8999.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQ=60.05;NF=23;NR=44;PP=2967;SC=ATTTAAAACTTCTTACCCATG;SOR=0.765;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=71;TCF=24;TCR=47;TR=67;WE=71495396;WS=71495378;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,201:1.00:201
chrX	71495869	rs3747303	A	G	1183.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=23;NR=10;PP=617;SC=TTGGAAGTGGAGGACAGCTAG;SOR=1.559;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=23;TCR=10;TR=33;WE=71495877;WS=71495859;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chrX	71518799	rs5958780	G	T	4498.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=2.542;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=53;PP=1625;ReadPosRankSum=-0.581;SC=CTCAGACCAAGGCTTACACCA;SOR=0.288;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=95;TCF=41;TCR=54;TR=93;WE=71518807;WS=71518789;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,179:0.99:180
chrX	71521867	rs3012627	G	C	4412.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=31;NR=64;PP=2442;SC=GTTTCTGCAGGTGCATACTAG;SOR=1.194;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=95;TCF=31;TCR=64;TR=95;WE=71521875;WS=71521857;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,149:1.00:149
chrX	71549512	rs660392	G	C	3086.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=38;NR=42;PP=1557;SC=AACCCTGCCTGTCAGCTGCCT;SOR=0.763;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=80;TCF=38;TCR=42;TR=80;WE=71549520;WS=71549502;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chrX	71791975	rs3830710	TA	T	232.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.617;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FS=1.749;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.11;MQRankSum=2.650;QD=1.46;ReadPosRankSum=-2.133;SOR=0.914;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:116,43:0.27:159
chrX	71813191	rs200569284	C	CT	671.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.646;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.75;MQRankSum=0.059;QD=16.38;ReadPosRankSum=-0.545;SOR=0.726;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,39:0.95:41
chrX	71856350	.	GAC	G	37.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=1.155;ClippingRankSum=0.000;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=3;PP=47;ReadPosRankSum=-1.511;SC=TATACATATAGACACACACAC;SOR=0.495;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=0;TCR=15;TR=3;WE=71856359;WS=71856340;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,3:0.23:13
chrX	71896110	.	C	CAT	31	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;FR=0.4999;HP=1;HapScore=3;MGOF=9;MMLQ=20;MQ=60.0;NF=0;NR=4;PP=31;QD=10.0;SC=ACTAATTTGCCATATATATAT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=0;TCR=10;TR=4;WE=71896119;WS=71896100;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:6,4:0.40:10
chrX	71933512	.	TCACACA	T,TCA	5826.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.473;ClippingRankSum=0.000;DP=225;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.10;MQRankSum=0.235;QD=36.42;ReadPosRankSum=-0.497;SOR=0.704;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:4,36,120:0.22,0.75:160
chrX	72223371	.	A	G	250.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=0;PP=206;SC=TGCGGATGCGAATGCGAAGGT;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=8;TCR=0;TR=8;WE=72223379;WS=72223364;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
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chrX	74494483	rs5981831	A	G	5533.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=42;NR=86;PP=2701;SC=CAAGTAAGCCAAGAGCGGAAG;SOR=1.306;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=128;TCF=42;TCR=86;TR=128;WE=74494491;WS=74494460;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,204:1.00:204
chrX	74511202	rs5981834	G	C	881.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=15;NR=8;PP=416;SC=TTATCAGATAGAAGATAATTA;SOR=1.148;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=15;TCR=8;TR=23;WE=74511210;WS=74511192;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chrX	74523367	rs972561	A	G	737.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=6;NR=13;PP=359;SC=TAAAATAATTATCTTATGTAA;SOR=1.445;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=6;TCR=13;TR=19;WE=74523375;WS=74523357;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chrX	74598903	rs5937369	G	A	791.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=24;NR=3;PP=633;SC=CTCCCAAGCCGCCTTCTTAGC;SOR=3.180;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=27;TCF=24;TCR=3;TR=27;WE=74598911;WS=74598893;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chrX	74961968	rs5938183	G	A	1690.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=17;NR=22;PP=738;SC=GTTCCTTATCGTTTCCATCAT;SOR=0.854;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=39;TCF=17;TCR=22;TR=39;WE=74961976;WS=74961958;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chrX	75395172	rs2301863	T	C	1008.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=17;NR=5;PP=471;SC=TGATTTCATCTAGGATGTAGA;SOR=2.303;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=17;TCR=5;TR=22;WE=75395180;WS=75395162;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chrX	75395187	rs2301862	C	T	1159.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=22;NR=7;PP=666;SC=TGTAGACTGTCGACACTTCCT;SOR=2.226;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=22;TCR=7;TR=29;WE=75395195;WS=75395177;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chrX	76139959	rs232961	C	T	259.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.62;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chrX	77086467	rs201564456	TTTTTATTTTATTTTATTTTA	T	308.75	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.282;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=9.542;HP=6;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=3;PP=1256;ReadPosRankSum=0.765;SC=ATACTTTCTTTTTTTATTTTA;SOR=4.398;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=3;WE=77086494;WS=77086457;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,8:0.89:9
chrX	77110822	.	G	GA	106.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.463;ClippingRankSum=0.000;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.35;MQRankSum=1.518;QD=3.44;ReadPosRankSum=0.022;SOR=0.569;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,10:0.32:31
chrX	77258770	.	A	AG	2385.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=46;PP=2143;SC=TAAAACTTCCAGAAAAAAAAC;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=47;TCF=0;TCR=47;TR=46;WE=77258778;WS=77258760;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chrX	77296047	rs5913631	G	C	3306.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=51;NR=22;PP=1435;SC=TCTCCTTTCAGTATATTCCAA;SOR=1.215;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=73;TCF=51;TCR=22;TR=73;WE=77296055;WS=77296037;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chrX	77298857	rs4826245	G	A	1056.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=10;PP=601;SC=CTTATCAAGAGAGACAGTCAA;SOR=1.121;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=27;TCF=17;TCR=10;TR=27;WE=77298865;WS=77298847;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chrX	77528317	rs320995	G	A	5363.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=69;NR=44;PP=2358;SC=AATGCTTTCTGAATGTAGACA;SOR=0.946;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=115;TCF=69;TCR=46;TR=113;WE=77528325;WS=77528307;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,201:1.00:201
chrX	77913569	rs4077512	G	A	2237.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=29;NR=26;PP=1121;SC=GTTGCTGGAGGCGCCAGGGAC;SOR=0.743;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=55;TCF=29;TCR=26;TR=55;WE=77913577;WS=77913559;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chrX	78617053	rs1736662	A	G	573.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=18;PP=481;SC=TAAAAGTGCAAGTTTGTTACT;SOR=5.892;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=0;TCR=18;TR=18;WE=78617061;WS=78617043;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chrX	78617999	rs1751133	T	C	725.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=15;NR=9;PP=413;SC=TTTGGACAAATTCATTATTTT;SOR=1.179;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=25;TCF=15;TCR=10;TR=24;WE=78618007;WS=78617989;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chrX	78618050	rs1751134	A	G	1437.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=26;NR=14;PP=802;SC=AAATGCTTATATAAAAATTTG;SOR=1.287;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=40;TCF=26;TCR=14;TR=40;WE=78618058;WS=78618040;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chrX	79278546	rs55760411	C	A	429.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=12;NR=3;PP=327;SC=GAGCGCCTTTCTGTGTCCAGC;SOR=2.448;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=12;TCR=3;TR=15;WE=79278554;WS=79278536;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
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chrX	79937084	rs3122406	G	A	373.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=12;PP=294;SC=CCATATCTCTGTTATTTTATT;SOR=3.767;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=13;TCF=1;TCR=12;TR=13;WE=79937092;WS=79937074;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
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chrX	82764040	.	AGG	GGC	2947	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;FR=1.0000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=85;NR=64;PP=2947;QD=20;SC=GCAGGTTCGAAGGCTTGCAGC;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=157;TCF=88;TCR=69;TR=149;WE=82764050;WS=82764030;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:8,149:0.95:157
chrX	82764042	rs5921979	G	C	10494.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=242;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.28;SOR=0.905;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,237:1.00:237
chrX	83119939	rs5922000	T	C	708.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=20;PP=581;SC=TTGAATAGCCTAAAAACTTAG;SOR=3.352;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=4;TCR=20;TR=24;WE=83119947;WS=83119929;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chrX	83124802	rs5968237	A	T	139.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.31;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chrX	83319457	rs35061036	TA	T	132.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.913;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FS=1.146;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.12;MQRankSum=1.714;QD=1.77;ReadPosRankSum=1.995;SOR=0.506;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:52,23:0.31:75
chrX	83352970	rs10521366	T	C	507.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=4;NR=14;PP=394;SC=AAAACTTCAATCATTTTATGC;SOR=2.303;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=4;TCR=14;TR=18;WE=83352978;WS=83352960;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chrX	83403178	rs1539517	G	C	1122.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=16;PP=459;SC=CACATTTCTAGTCATTCTTGC;SOR=1.230;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=22;TCF=6;TCR=16;TR=22;WE=83403186;WS=83403168;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chrX	84258843	rs3747422	C	G	1713.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.63;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=18;NR=13;PP=431;SC=TGGGGCTGTCCTAAGGGAAGC;SOR=0.910;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=32;TCF=19;TCR=13;TR=31;WE=84258851;WS=84258833;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chrX	84309549	rs66517260	TATTG	T	143	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=4;PP=177;SC=TTGATTAATTTATTGATTATT;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=0;TCR=4;TR=4;WE=84309560;WS=84309539;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chrX	84349807	rs4828124	G	A	341.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=6;NR=3;PP=171;SC=AAAAAAACTGGGTTTATACAC;SOR=1.981;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=6;TCR=3;TR=9;WE=84349815;WS=84349797;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chrX	84350010	rs4828326	A	G	2885.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=33;NR=36;PP=1212;SC=AATCTGAAATATCAATTCATA;SOR=0.767;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=69;TCF=33;TCR=36;TR=69;WE=84350018;WS=84350000;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chrX	84350128	rs4828327	G	T	1041.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=7;NR=18;PP=527;SC=AAACTGAAGTGAATATTTTGG;SOR=1.670;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=7;TCR=18;TR=25;WE=84350136;WS=84350118;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chrX	84358864	rs5922146	C	T	1879.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=21;NR=24;PP=772;SC=CCACAAAACACCTTACCAGCT;SOR=0.747;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=45;TCF=21;TCR=24;TR=45;WE=84358872;WS=84358854;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chrX	84363140	rs10126146	A	G	3944.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=64;NR=49;PP=2032;SC=CTTGCACTCCATTGGTTCATG;SOR=0.892;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=113;TCF=64;TCR=49;TR=113;WE=84363148;WS=84363130;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,152:1.00:152
chrX	84534383	rs2227090	A	C	2128.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.720;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FS=2.213;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=23.39;ReadPosRankSum=1.412;SOR=0.560;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:3,88:0.97:91
chrX	84563135	rs363774	T	A	2987.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=41;NR=22;PP=1172;SC=CTTACTGTCATATCATTTTGA;SOR=1.035;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=64;TCF=41;TCR=23;TR=63;WE=84563143;WS=84563125;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chrX	84601094	.	TA	T	2145.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=24;PP=657;SC=GGATAAACATTACTAATCAAG;SOR=1.445;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=27;TCF=1;TCR=26;TR=25;WE=84601103;WS=84601084;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chrX	85994683	rs6623765	G	T	544.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=11;NR=1;PP=268;SC=TTCAAATGTAGAGACTCAACC;SOR=2.093;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=12;TCF=11;TCR=1;TR=12;WE=85994691;WS=85994673;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chrX	86070935	rs3761542	T	C	68.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=0;PP=47;SC=CAAGGTCTTATGTTATCTATA;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=3;TCR=0;TR=3;WE=86070943;WS=86070925;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chrX	86887244	rs222084	C	T	1302.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.320;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=11;PP=762;ReadPosRankSum=0.668;SC=ACCTCAGGACCAACAGTTGGC;SOR=0.826;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=41;TCF=29;TCR=12;TR=39;WE=86887252;WS=86887234;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,47:0.98:48
chrX	88008423	rs5940915	A	C	1061.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=21;NR=7;PP=586;SC=AGGATGAGTTATCCTACTAAA;SOR=1.552;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=28;TCF=21;TCR=7;TR=28;WE=88008431;WS=88008413;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chrX	88009322	rs5984613	A	G	1181.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=18;PP=596;SC=TGGGAATTAAATTAAATTGGG;SOR=1.364;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=27;TCF=9;TCR=18;TR=27;WE=88009330;WS=88009312;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chrX	91147703	rs35310035	A	AT	173.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.948;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FS=5.755;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.54;MQRankSum=-1.664;QD=2.09;ReadPosRankSum=2.256;SOR=0.882;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:59,24:0.29:83
chrX	91456467	rs4252207	C	A	6776.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.549;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=272;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=68;NR=93;PP=2767;ReadPosRankSum=0.694;SC=ATGGCAAAAGCCCTATGATTT;SOR=0.873;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=163;TCF=69;TCR=94;TR=161;WE=91456475;WS=91456457;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,264:0.99:266
chrX	95990839	rs20386	A	T	787.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=11;NR=9;PP=367;SC=GTTGCCTTTTAATTAAAATGG;SOR=0.826;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=11;TCR=9;TR=20;WE=95990847;WS=95990829;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chrX	95990883	rs5949989	A	G	604.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=8;PP=274;SC=TGTAAGATACAAAATGTCTGG;SOR=0.693;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=8;TCR=8;TR=16;WE=95990891;WS=95990873;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chrX	96013128	rs2297827	CC	TT	4626.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=56;NR=22;PP=2947;SC=TTATCAATGCCCACAGTAAAT;SOR=1.679;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=79;TCF=57;TCR=22;TR=78;WE=96013137;WS=96013118;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
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chrX	96354863	rs5920744	A	G	3191.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=31;NR=66;PP=1967;SC=CAGTGAAAAGACAAACATTTC;SOR=1.510;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=97;TCF=31;TCR=66;TR=97;WE=96354871;WS=96354853;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chrX	96396659	rs363755	C	T	907.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=16;NR=10;PP=469;SC=GTTGTTTTCTCCCAGATCAGA;SOR=1.179;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=27;TCF=16;TCR=11;TR=26;WE=96396667;WS=96396649;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chrX	96854426	rs20384	A	G	832.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-0.940;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=23;PP=620;ReadPosRankSum=-0.606;SC=GCATTTCTGCAAAGATCAAGA;SOR=1.179;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=28;TCF=4;TCR=24;TR=27;WE=96854434;WS=96854416;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,30:0.97:31
chrX	99919733	rs2022475	G	A	1217.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=25;NR=8;PP=662;SC=CCAGATAGTCGCACAAGCCAC;SOR=1.714;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=25;TCR=8;TR=33;WE=99919741;WS=99919723;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chrX	99930886	rs10623103	T	TAC	115.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=0.289;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=4;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=1;PP=107;ReadPosRankSum=1.419;SC=TACATGTTTGTACACATACAC;SOR=0.693;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=11;TCF=8;TCR=3;TR=5;WE=99930900;WS=99930876;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,6:0.50:12
chrX	99930892	rs4828041	T	C	415.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=3;PP=252;SC=TTTGTACACATACACACACAC;SOR=2.670;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=14;TCF=11;TCR=3;TR=13;WE=99930900;WS=99930876;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chrX	99936147	rs4828043	A	G	909.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-0.580;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=9;PP=546;ReadPosRankSum=-0.559;SC=AACAGTGCTAACCAGTAGCCA;SOR=0.693;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=30;TCF=21;TCR=9;TR=29;WE=99936155;WS=99936137;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,34:0.97:35
chrX	99941705	rs2022039	T	C	3072.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=46;NR=38;PP=1648;SC=AGTGGATTAATAGTGTCCCGC;SOR=0.820;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=84;TCF=46;TCR=38;TR=84;WE=99941713;WS=99941695;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chrX	100098355	rs148448908	TAAG	T	1452.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=9;PP=645;SC=TGAGCAAAAATAAGAATAAAT;SOR=0.811;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=17;TCF=6;TCR=11;TR=14;WE=100098365;WS=100098345;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chrX	100105418	rs5921669	A	G	1597.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=29;PP=869;SC=AACTCTAATGACGACAGGGAC;SOR=1.421;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=43;TCF=14;TCR=29;TR=43;WE=100105426;WS=100105408;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chrX	100212432	rs12842818	C	G	3558.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.963;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=53;PP=1887;ReadPosRankSum=-0.908;SC=TAAATGAGGCCTCTCGCTCCC;SOR=0.723;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=101;TCF=48;TCR=53;TR=101;WE=100212440;WS=100212422;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,136:0.99:138
chrX	100229355	.	GTC	G	52.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.525;ClippingRankSum=0.000;DP=80;ExcessHet=3.0103;FS=4.955;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.14;MQRankSum=2.508;QD=1.08;ReadPosRankSum=0.343;SOR=0.134;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:42,7:0.14:49
chrX	100242305	rs5921702	G	A	676.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=18;NR=2;PP=500;SC=CTCTTTGAATGAGAGTGACTG;SOR=3.912;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=20;TCF=18;TCR=2;TR=20;WE=100242313;WS=100242295;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chrX	100243459	rs3934462	G	T	4147.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=34;NR=85;PP=2390;SC=CTAGGAGAATGAGAGCTCAGA;SOR=1.690;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=119;TCF=34;TCR=85;TR=119;WE=100243467;WS=100243449;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,150:1.00:150
chrX	100245606	rs6523438	A	G	5854.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=72;NR=77;PP=2607;SC=GATGGCATCCATTGAGAATGA;SOR=0.747;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=150;TCF=72;TCR=78;TR=149;WE=100245614;WS=100245596;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,228:1.00:228
chrX	100265552	rs5921705	T	A	1068.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=17;NR=8;PP=437;SC=AATAGCCTGCTGTCTTCTAGG;SOR=1.179;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=17;TCR=8;TR=25;WE=100265560;WS=100265542;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chrX	100268841	rs5967226	C	T	31.29	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=10.43;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chrX	100547933	rs5951328	A	G	3989.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=52;NR=47;PP=1912;SC=ACGGTCGACAAGAATTTGGGG;SOR=0.734;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=99;TCF=52;TCR=47;TR=99;WE=100547941;WS=100547923;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,149:1.00:149
chrX	100604757	rs700	T	G	975.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=1.012;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.788;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=7;PP=534;ReadPosRankSum=-0.842;SC=AGGGGCCTTTTTGTATTGAGT;SOR=1.802;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=30;TCF=22;TCR=8;TR=27;WE=100604765;WS=100604747;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,37:0.95:39
chrX	100609547	rs2071223	G	A	2189.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.007;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=17;PP=1172;ReadPosRankSum=0.704;SC=GATTAAAACTGTAACACCTAC;SOR=1.638;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=61;TCF=44;TCR=17;TR=61;WE=100609555;WS=100609537;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,83:0.98:85
chrX	100617372	rs2071222	T	C	358.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=5;PP=236;SC=TCACATAGCTTGGAGAGCAGA;SOR=1.022;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=5;TCR=5;TR=10;WE=100617380;WS=100617362;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chrX	100629354	rs3027627	G	A	869.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=23;NR=7;PP=679;SC=GAATATGAAGGAAAGAAGCTA;SOR=2.093;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=23;TCR=7;TR=30;WE=100629362;WS=100629344;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chrX	100666907	.	C	CT	267.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.631;ClippingRankSum=0.000;DP=197;ExcessHet=3.0103;FS=3.426;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.43;ReadPosRankSum=-1.141;SOR=1.040;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:149,38:0.20:187
chrX	100742551	rs2361298	G	A	1122.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.875;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=14;PP=589;ReadPosRankSum=-1.116;SC=TGTTCTACCAGGGACTCGGTT;SOR=0.784;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=30;TCF=16;TCR=14;TR=30;WE=100742559;WS=100742541;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,44:0.96:46
chrX	100743037	rs963618	C	T	1878.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=24;NR=35;PP=1087;SC=TTAGGGTGTACTGCCAAGAGA;SOR=1.011;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=59;TCF=24;TCR=35;TR=59;WE=100743045;WS=100743027;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
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chrX	100745825	rs5951333	T	C	4824.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=61;NR=58;PP=2612;SC=TCTGCCCGGCTCCAGGCTGTG;SOR=0.765;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=123;TCF=63;TCR=60;TR=119;WE=100745833;WS=100745815;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,172:1.00:172
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chrX	101096219	rs201887839	G	A	1080.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=40.00;QD=31.79;SOR=7.112;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
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chrX	101141776	rs67953349	AC	A	357.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=7;PP=233;SC=TTAGAACTGGACCAAAAATTT;SOR=1.981;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=7;WE=101141784;WS=101141766;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
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chrX	101395780	rs11408120	T	TG	5608.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=88;PP=2936;SC=GTTGTCCCCTTGGGCGAATGG;SOR=0.941;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=106;TCF=15;TCR=91;TR=103;WE=101395788;WS=101395770;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,169:1.00:169
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chrX	102332171	.	CTT	C	312.80	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.397;ClippingRankSum=0.000;DP=79;ExcessHet=3.0103;FS=4.684;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.14;MQRankSum=0.693;QD=10.79;ReadPosRankSum=1.824;SOR=0.129;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,17:0.59:29
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chrX	102342405	rs5945935	G	A	1907.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=25;NR=27;PP=1306;SC=AAAATCTGAAGACATTTGTGA;SOR=0.693;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=52;TCF=25;TCR=27;TR=52;WE=102342413;WS=102342395;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
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chrX	102831217	rs221946	C	T	309.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=7;NR=4;PP=227;SC=GTAAATATTTCAGGCTTTGTG;SOR=1.270;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=7;TCR=4;TR=11;WE=102831225;WS=102831207;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
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chrX	102842041	rs11010	T	C	5720.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=68;NR=80;PP=2256;SC=AGGCCATACATGATATGAATT;SOR=0.795;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=148;TCF=68;TCR=80;TR=148;WE=102842049;WS=102842031;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,225:1.00:225
chrX	102978806	rs5945807	G	C	2892.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=48;NR=25;PP=1395;SC=GCATCGTGCAGGTCTGGATGT;SOR=1.279;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=73;TCF=48;TCR=25;TR=73;WE=102978814;WS=102978796;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chrX	102979486	rs4907817	T	C	1806.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=19;NR=20;PP=582;SC=GTCTTGGTGATGGAGCTGAAA;SOR=0.693;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=39;TCF=19;TCR=20;TR=39;WE=102979494;WS=102979476;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chrX	102979992	rs2239814	A	G	184.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=7;PP=156;SC=GAGGCCAGTTATGTGCTGCAC;SOR=2.584;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=8;WE=102980000;WS=102979982;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chrX	103031700	rs11371342	A	AG	851.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.40;QD=31.55;SOR=1.302;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chrX	103267865	rs553509	C	T	2352.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.918;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=30;PP=1134;ReadPosRankSum=2.459;SC=GCGGGCCAGGCGACCAGCCTC;SOR=0.784;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=57;TCF=27;TCR=30;TR=57;WE=103267873;WS=103267855;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,90:0.98:92
chrX	103268241	rs7885967	G	A	4790.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.761;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=64;PP=2354;ReadPosRankSum=2.172;SC=ATGGCTCCACGTCTCGGGCCA;SOR=0.737;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=129;TCF=64;TCR=65;TR=128;WE=103268249;WS=103268231;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,184:0.99:186
chrX	103274226	rs494006	A	G	613.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=13;PP=354;SC=GCAAAAAGTAAACAAATGTGA;SOR=1.708;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=4;TCR=13;TR=17;WE=103274234;WS=103274216;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chrX	103294760	rs2301384	C	T	2995.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.866;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.345;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=37;PP=1799;ReadPosRankSum=1.222;SC=GCAGGTTCACCAGGGCCTCAG;SOR=0.496;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=85;TCF=47;TCR=38;TR=84;WE=103294768;WS=103294750;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,107:0.99:108
chrX	103495088	.	GAG	CAC	585	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;FR=1.0000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MMLQ=24;MQ=54.59;NF=3;NR=18;PP=585;QD=30.4032321363;SC=CCGGGTGGCAGAGGCGCCATG;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=27;TCF=4;TCR=23;TR=21;WE=103495098;WS=103495078;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:6,21:0.78:27
chrX	103495171	.	G	C	43	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MMLQ=24;MQ=55.75;NF=1;NR=3;PP=43;QD=19.4428031368;SC=GGGTGGCACAGGCGCCATGGG;SbPval=0.24;Source=Platypus;TC=18;TCF=10;TCR=8;TR=4;WE=103495179;WS=103495161;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:14,4:0.22:18
chrX	104464276	rs375033944	CA	C	12397.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=287;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=29;NR=90;PP=2951;SC=CCACAACCTCCAACATCCCCT;SOR=0.798;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=121;TCF=29;TCR=92;TR=119;WE=104464289;WS=104464266;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,278:1.00:278
chrX	104464281	rs367644904	TC	T	12431.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=277;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=28;NR=90;PP=2966;SC=ACCTCCAACATCCCCTCTGCT;SOR=0.783;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=120;TCF=29;TCR=91;TR=118;WE=104464289;WS=104464266;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,276:1.00:276
chrX	105132225	rs17332342	T	C	1066.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=23;NR=8;PP=701;SC=TACTGTACTTTAGGGACTTAT;SOR=1.802;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=23;TCR=8;TR=31;WE=105132233;WS=105132215;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chrX	105153001	rs209372	A	G	5377.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=73;NR=52;PP=2596;SC=TGAAGGCTAAAGCCTCTAAAC;SOR=0.877;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=125;TCF=73;TCR=52;TR=125;WE=105153009;WS=105152991;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,199:1.00:199
chrX	105179132	rs209095	C	T	2135.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=40;NR=23;PP=1142;SC=TAGTAATTTCCCTTATTATCT;SOR=1.207;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=64;TCF=40;TCR=24;TR=63;WE=105179140;WS=105179122;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chrX	105192769	.	C	CT	93.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.132;ClippingRankSum=0.000;DP=119;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.09;MQRankSum=1.604;QD=0.93;ReadPosRankSum=0.750;SOR=0.587;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:80,21:0.21:101
chrX	105279499	rs2234034	C	T	475.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=14;PP=398;SC=CTACAGTCAACCAGTTTTACA;SOR=4.047;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=15;TCF=1;TCR=14;TR=15;WE=105279507;WS=105279489;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chrX	105449971	rs147535924	G	A	2965.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=25;NR=42;PP=1556;SC=CAAGTGAAGTGGAAACAAAGT;SOR=1.146;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=67;TCF=25;TCR=42;TR=67;WE=105449979;WS=105449961;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chrX	106028279	.	G	GT	121.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.205;ClippingRankSum=0.000;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=1.706;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.07;ReadPosRankSum=1.422;SOR=0.293;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,11:0.46:24
chrX	106184601	rs3835279	TGAGAGAGA	T	282.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.198;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=2.363;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.13;MQRankSum=-1.599;QD=20.20;ReadPosRankSum=1.108;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,9:0.64:14
chrX	106200202	rs6622126	G	A	4139.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=58;NR=54;PP=2008;SC=GTCTTCATCAGTGAGTTCTTG;SOR=0.744;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=112;TCF=58;TCR=54;TR=112;WE=106200210;WS=106200192;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,158:1.00:158
chrX	106841056	.	TGAG	T	461.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.393;ClippingRankSum=0.000;DP=194;ExcessHet=3.0103;FS=4.222;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.75;ReadPosRankSum=-2.020;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:145,23:0.14:168
chrX	107160680	rs145488866	A	C	389.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=2;PP=219;SC=AACAATTGTAAAATTCCAGAA;SOR=2.985;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=11;TCF=9;TCR=2;TR=11;WE=107160688;WS=107160670;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chrX	107169296	.	C	CT	65.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.436;ClippingRankSum=0.000;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=1.492;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.64;ReadPosRankSum=-1.510;SOR=0.399;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,10:0.25:40
chrX	107328436	rs807178	G	A	2717.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=23;NR=50;PP=1487;SC=TAGGTAGTCTGAAGTGCATAT;SOR=1.449;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=74;TCF=23;TCR=51;TR=73;WE=107328444;WS=107328426;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chrX	107332133	rs201894843	GA	G	3623.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.382;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.408;HP=10;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.169;NF=7;NR=57;PP=1455;ReadPosRankSum=-0.412;SC=AAAAAAGCAAGAAAAAAAATA;SOR=0.532;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=67;TCF=7;TCR=60;TR=64;WE=107332141;WS=107332123;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,159:0.99:160
chrX	107371904	rs61191454	TA	T	480.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=4;NR=4;PP=307;SC=AGCCCCATAATAATGGAATTG;SOR=1.329;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=4;TCR=4;TR=8;WE=107371912;WS=107371894;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chrX	107393330	rs3215492	T	TG	2324.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=14;NR=20;PP=1351;SC=ACAACAGCAGTGGGCCAGGAC;SOR=1.011;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=14;TCR=20;TR=34;WE=107393338;WS=107393320;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chrX	107396365	rs1883411	G	A	1091.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=18;PP=497;SC=ACATATAGCAGTTGTTTTATG;SOR=1.259;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=26;TCF=8;TCR=18;TR=26;WE=107396373;WS=107396355;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chrX	107415825	rs2881142	T	C	1348.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=10;NR=22;PP=651;SC=CCCTCTTACTTCCTCACCCCT;SOR=1.314;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=10;TCR=22;TR=32;WE=107415833;WS=107415815;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chrX	107418281	rs2295914	C	T	3037.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=41;NR=23;PP=1201;SC=TATGAAGCCTCTCTTGAGCAT;SOR=1.066;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=64;TCF=41;TCR=23;TR=64;WE=107418289;WS=107418271;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chrX	107418906	rs4623610	A	G	4757.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=62;NR=58;PP=2092;SC=GAGTACCAGCACGTCCAGATG;SOR=0.747;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=120;TCF=62;TCR=58;TR=120;WE=107418914;WS=107418896;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,187:1.00:187
chrX	107423674	.	TACACAC	T,TAC	2738.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=83;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.65;QD=40.28;SOR=2.105;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:0,11,57:0.16,0.84:68
chrX	107430579	rs1266715	G	A	1704.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=33;PP=961;SC=TCTGACTACAGGAAAGAGGTA;SOR=1.727;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=45;TCF=12;TCR=33;TR=45;WE=107430587;WS=107430569;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chrX	107433688	rs1042065	A	G	4381.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=67;NR=43;PP=2286;SC=GGGAACCCTGACTCTTTGTTG;SOR=1.122;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=110;TCF=67;TCR=43;TR=110;WE=107433696;WS=107433667;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,159:1.00:159
chrX	107437848	rs1266719	G	C	3329.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=0.511;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=36;PP=1543;ReadPosRankSum=-0.854;SC=CCACTAAGTGGAAAGTATGAG;SOR=0.838;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=79;TCF=43;TCR=36;TR=78;WE=107437856;WS=107437838;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,131:0.98:133
chrX	107438119	rs1266720	G	T	442.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=7;NR=7;PP=343;SC=GGCAAGGCACGGAATTTGACA;SOR=0.693;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=7;TCR=7;TR=14;WE=107438127;WS=107438115;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chrX	107448639	rs1266730	G	T	3949.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=40;NR=51;PP=1644;SC=GCATATGGAAGGCAGACTGTA;SOR=0.875;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=91;TCF=40;TCR=51;TR=91;WE=107448647;WS=107448629;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,153:1.00:153
chrX	107450101	rs1266732	T	G	482.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.68;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=8;PP=219;SC=AAGGCTAGAGTTTATATCATT;SOR=1.493;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=2;TCR=8;TR=10;WE=107450109;WS=107450091;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chrX	107455014	rs1266736	C	T	733.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=9;NR=17;PP=451;SC=CACACACTTACAGTCTTTTTA;SOR=1.382;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=9;TCR=17;TR=26;WE=107455022;WS=107455004;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chrX	107463090	rs201304389	CCCATATTGTATT	C	1591.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=19;PP=2966;SC=TACCCCCCTCCCCATATTGTA;SOR=2.242;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=20;TCF=1;TCR=19;TR=20;WE=107463109;WS=107463080;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chrX	107807225	rs149638471	T	C	403.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=10;PP=233;SC=TGAAGTATTATGAGACAATTG;SOR=1.609;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=4;TCR=10;TR=14;WE=107807233;WS=107807215;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chrX	107918007	.	C	CT	49.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.698;ClippingRankSum=0.000;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.55;ReadPosRankSum=-0.244;SOR=0.534;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,10:0.31:32
chrX	108636057	.	CT	C	129.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.567;ClippingRankSum=0.000;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=2.623;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.66;ReadPosRankSum=0.527;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:59,19:0.24:78
chrX	108708516	rs502209	C	T	4121.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=48;NR=54;PP=2060;SC=CCTTAGGACCCGGTAGGGGGT;SOR=0.760;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=103;TCF=48;TCR=55;TR=102;WE=108708524;WS=108708506;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,153:1.00:153
chrX	108708552	rs12008095	A	G	4157.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=49;NR=51;PP=1938;SC=ACTGTAGAGCAGGGCATCATA;SOR=0.706;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=101;TCF=49;TCR=52;TR=100;WE=108708560;WS=108708542;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,157:1.00:157
chrX	108904729	rs839408	C	T	1054.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=20;NR=10;PP=580;SC=TTTTGACTTACGAAACAAAAA;SOR=1.387;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=30;TCF=20;TCR=10;TR=30;WE=108904737;WS=108904719;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chrX	108917757	rs5942830	T	C	623.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=13;PP=401;SC=AAACATGTTGTAATTCAAGTA;SOR=1.609;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=18;TCF=5;TCR=13;TR=18;WE=108917765;WS=108917747;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chrX	108917773	rs5943413	A	G	489.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=10;PP=288;SC=AAGTATTAATAACAAATACAG;SOR=1.493;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=4;TCR=10;TR=14;WE=108917781;WS=108917763;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chrX	109416688	rs34813944	AT	A	1164.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.272;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.10;MQRankSum=0.359;QD=15.33;ReadPosRankSum=0.355;SOR=0.756;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:7,69:0.91:76
chrX	109419165	rs2795995	G	A	1402.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=26;NR=15;PP=809;SC=TATCTGCCCTGTGCCGGCCCT;SOR=1.136;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=41;TCF=26;TCR=15;TR=41;WE=109419173;WS=109419155;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chrX	109507669	.	G	GT	321.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.585;ClippingRankSum=0.000;DP=102;ExcessHet=3.0103;FS=2.077;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.25;ReadPosRankSum=0.313;SOR=0.465;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:68,31:0.31:99
chrX	110494528	.	G	GA	242.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.794;ClippingRankSum=0.000;DP=116;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.37;MQRankSum=3.113;QD=3.19;ReadPosRankSum=2.060;SOR=0.774;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:53,23:0.30:76
chrX	110987996	rs56717389	ACCT	A	106.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.230;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.92;MQRankSum=0.000;QD=1.75;ReadPosRankSum=1.234;SOR=0.429;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:51,10:0.16:61
chrX	111000721	.	AT	A	44.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.173;ClippingRankSum=0.000;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.49;ReadPosRankSum=0.311;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,8:0.44:18
chrX	111019447	.	A	G	293.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=2;PP=126;SC=TCTGGGGGGCAGGGGCAGTGA;SOR=2.670;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=7;TCR=2;TR=9;WE=111019455;WS=111019437;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chrX	112021649	rs2286064	G	C	1146.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=26;NR=11;PP=808;SC=TATTACTCAAGTAGTACATTG;SOR=1.788;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=26;TCR=11;TR=37;WE=112021657;WS=112021639;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chrX	113965679	.	G	GT	98.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.248;ClippingRankSum=0.000;DP=109;ExcessHet=3.0103;FS=1.043;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.93;ReadPosRankSum=-0.204;SOR=0.958;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:83,23:0.22:106
chrX	114082535	rs5946005	G	A	3114.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=59;NR=27;PP=1591;SC=TTTGGATGACGTGTTCTTGTC;SOR=1.349;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=86;TCF=59;TCR=27;TR=86;WE=114082543;WS=114082525;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chrX	114400318	rs4361922	T	G	689.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=9;PP=443;SC=TGTAAGAGTTTGCTAAAGACA;SOR=0.859;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=11;TCR=9;TR=20;WE=114400326;WS=114400308;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chrX	114425181	.	A	AGAGGCCGCTCGCCCAACGCCCACAGCG	9880.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.69;DP=216;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=32;PP=2965;SC=CGAGGAGTACAGAGGCCGCTC;SOR=0.794;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=53;TCF=17;TCR=36;TR=46;WE=114425189;WS=114425171;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,185:1.00:185
chrX	114425400	rs12857270	G	A	8450.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=315;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=97;NR=103;PP=2965;SC=CGACTGCTGCGGAGGAGGAGG;SOR=0.745;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=204;TCF=100;TCR=104;TR=200;WE=114425408;WS=114425390;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,312:1.00:312
chrX	114426171	rs5946294	C	T	9773.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=369;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=133;NR=107;PP=2965;SC=CAGCGGAGGCCGCTCGCCTGA;SOR=0.828;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=249;TCF=140;TCR=109;TR=240;WE=114426179;WS=114426161;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,361:1.00:361
chrX	114426917	rs4911809	C	T	6378.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.266;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=278;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=7.413;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=83;NR=79;PP=2965;ReadPosRankSum=8.790;SC=TCAAGAGTTACGGCCTGAGCG;SOR=0.287;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=163;TCF=83;TCR=80;TR=162;WE=114426925;WS=114426907;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:31,247:0.89:278
chrX	115584402	rs6608646	C	G	1071.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=10;NR=14;PP=407;SC=CCTATTACCCCCTCTAGCTGT;SOR=0.892;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=24;TCF=10;TCR=14;TR=24;WE=115584410;WS=115584392;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chrX	115585678	rs12559530	C	G	362.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=30;NF=7;NR=9;PP=235;SC=ACTAAAGAAACCAAAGCTTAA;SOR=1.112;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=16;TCF=7;TCR=9;TR=16;WE=115585686;WS=115585668;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chrX	115586700	rs10521578	A	G	620.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=7;NR=12;PP=321;SC=TTAATAATTCACATTGAAGAC;SOR=1.220;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=7;TCR=12;TR=19;WE=115586708;WS=115586690;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chrX	117117398	rs368634632	GA	G	71.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.070;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=3.227;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.94;ReadPosRankSum=0.670;SOR=1.197;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,11:0.30:37
chrX	117676909	rs17326744	A	G	4789.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.155;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=73;PP=2402;ReadPosRankSum=0.091;SC=TAGGTCGTCAACGCAGAACGG;SOR=0.368;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=123;TCF=49;TCR=74;TR=122;WE=117676917;WS=117676899;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,180:0.99:181
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chrX	117764615	rs1937176	T	C	487.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=14;PP=399;SC=TAAATTGAACTTCAAAATAGG;SOR=2.712;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=18;TCF=4;TCR=14;TR=17;WE=117764623;WS=117764605;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chrX	117817266	rs4372173	C	T	1394.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=21;PP=553;SC=TCAAAATGCACAACCTTAAAG;SOR=1.220;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=31;TCF=10;TCR=21;TR=31;WE=117817274;WS=117817256;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chrX	117874898	rs2246663	T	C	650.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=2;PP=436;SC=TACTGTCTTGTCCTCTAGGAC;SOR=2.737;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=18;TCF=16;TCR=2;TR=18;WE=117874906;WS=117874888;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
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chrX	118147233	rs2290514	G	T	833.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=6;NR=17;PP=538;SC=AAAGATAGTTGTGAAAGGATT;SOR=1.765;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=6;TCR=17;TR=23;WE=118147241;WS=118147223;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chrX	118148229	rs2278954	A	G	4125.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=48;NR=39;PP=1532;SC=ATCAGCAAGCATCATTGTGGT;SOR=0.824;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=87;TCF=48;TCR=39;TR=87;WE=118148237;WS=118148219;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,160:1.00:160
chrX	118215229	.	CAAA	C	118.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.180;ClippingRankSum=-0.000;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=11.87;ReadPosRankSum=-1.981;SOR=0.850;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,5:0.50:10
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chrX	118281635	rs11405916	G	GC	428.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=10;PP=394;SC=CTAAGAGCTAGCCCTGGGCCA;SOR=2.303;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=13;TCF=1;TCR=12;TR=11;WE=118281643;WS=118281625;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chrX	118284579	rs5957121	G	A	365.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=9;PP=262;SC=TGTGTCCCCCGACCTGCCGAG;SOR=2.670;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=1;TCR=9;TR=10;WE=118284587;WS=118284569;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chrX	118514072	rs217941	A	G	2070.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=16;NR=37;PP=1152;SC=CAGTGAAGGAAGAATGGAAGA;SOR=1.349;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=53;TCF=16;TCR=37;TR=53;WE=118514080;WS=118514062;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chrX	118544448	rs16274	T	C	712.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=7;NR=16;PP=516;SC=TGACTGCTCATAAATACTGTG;SOR=1.802;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=7;TCR=16;TR=23;WE=118544456;WS=118544438;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chrX	118560403	rs217997	G	C	1177.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=9;NR=23;PP=730;SC=AATAAGTACTGTCAATAATGC;SOR=1.556;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=9;TCR=23;TR=32;WE=118560411;WS=118560393;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chrX	118585943	rs425331	A	G	1276.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=23;NR=15;PP=668;SC=TGTTTCAATCACCTCATCCCA;SOR=1.051;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=38;TCF=23;TCR=15;TR=38;WE=118585951;WS=118585933;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chrX	118603550	rs5910591	A	G	3727.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=-1.295;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=29;PP=1705;ReadPosRankSum=0.619;SC=GCATTGATCGAGATGGCATAA;SOR=0.422;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=86;TCF=57;TCR=29;TR=85;WE=118603558;WS=118603540;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,140:0.99:141
chrX	118603706	rs113356560	A	AG	45.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.401;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FS=10.120;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.52;MQRankSum=-10.295;QD=0.34;ReadPosRankSum=1.999;SOR=1.497;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:126,10:0.07:136
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chrX	118603729	rs143413528	G	A	261.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.434;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FS=6.419;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.24;MQRankSum=-7.733;QD=2.52;ReadPosRankSum=-0.747;SOR=0.475;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:91,13:0.12:104
chrX	118603742	rs148294496	A	C	348.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.039;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FS=8.659;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.88;MQRankSum=-7.435;QD=3.75;ReadPosRankSum=-1.365;SOR=0.659;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:79,14:0.15:93
chrX	118603747	rs141428607	A	T	357.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.104;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FS=10.219;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.74;MQRankSum=-7.655;QD=3.77;ReadPosRankSum=-1.302;SOR=0.864;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:80,15:0.16:95
chrX	118603756	.	T	A	324.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.049;ClippingRankSum=0.000;DP=88;ExcessHet=3.0103;FS=6.275;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.03;MQRankSum=-7.062;QD=3.69;ReadPosRankSum=-0.347;SOR=0.490;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:75,13:0.15:88
chrX	118603773	rs148920941	T	C	189.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.621;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.98;MQRankSum=-6.066;QD=2.64;ReadPosRankSum=1.678;SOR=0.546;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:63,9:0.12:72
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chrX	118603830	rs73637847	A	G	266.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.689;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FS=2.419;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.67;MQRankSum=-8.022;QD=2.49;ReadPosRankSum=0.702;SOR=0.901;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:93,14:0.13:107
chrX	118603844	rs371749	T	G	2313.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-2.089;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.061;HP=2;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=8.623;NF=36;NR=31;PP=1984;ReadPosRankSum=0.595;SC=CAGTTTTGGCTCTACTTTGCA;SOR=0.740;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=80;TCF=42;TCR=38;TR=67;WE=118603852;WS=118603808;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,103:0.87:118
chrX	118603869	.	G	A	129.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.053;ClippingRankSum=0.000;DP=125;ExcessHet=3.0103;FS=2.626;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.80;MQRankSum=-9.501;QD=1.04;ReadPosRankSum=-1.058;SOR=0.920;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:113,12:0.10:125
chrX	118603872	.	T	C	123.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.325;ClippingRankSum=0.000;DP=125;ExcessHet=3.0103;FS=2.626;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.80;MQRankSum=-9.501;QD=0.99;ReadPosRankSum=-1.075;SOR=0.920;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:113,12:0.10:125
chrX	118603873	.	G	T	126.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.611;ClippingRankSum=0.000;DP=127;ExcessHet=3.0103;FS=2.597;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.82;MQRankSum=-9.580;QD=1.00;ReadPosRankSum=-1.085;SOR=0.942;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:115,12:0.09:127
chrX	118604436	rs12390	T	C	1588.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=21;NR=22;PP=647;SC=CATTTGACACTGTTCGCCGCC;SOR=0.724;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=43;TCF=21;TCR=22;TR=43;WE=118604444;WS=118604426;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chrX	118604536	rs5910592	C	T	1305.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=16;NR=15;PP=508;SC=CTGCCACAAACTGGTGATACA;SOR=0.693;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=31;TCF=16;TCR=15;TR=31;WE=118604544;WS=118604526;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chrX	118604553	rs3216181	T	TA	1006.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=15;PP=638;SC=TACATACCTTTAAAATGGCTG;SOR=0.984;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=18;TCF=2;TCR=16;TR=17;WE=118604561;WS=118604543;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chrX	118678364	rs5910611	G	A	1549.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=33;NR=9;PP=934;SC=TTTTCCCAAAGCCCTGGCCAA;SOR=2.024;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=42;TCF=33;TCR=9;TR=42;WE=118678372;WS=118678354;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chrX	118679315	.	C	CA	41	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;FR=0.5109;HP=15;HapScore=2;MGOF=36;MMLQ=15;MQ=59.97;NF=2;NR=2;PP=41;QD=11.0;SC=GACTCTGTCTCAAAAAAAAAA;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=11;TCF=4;TCR=7;TR=4;WE=118679323;WS=118679305;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:7,4:0.36:11
chrX	118699320	rs5910616	A	G	10646.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=409;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=130;NR=103;PP=2965;SC=TTTCGGCATGATTCCCAAGAG;SOR=0.857;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=233;TCF=130;TCR=103;TR=233;WE=118699328;WS=118699310;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,405:1.00:405
chrX	118709567	rs56726502	T	TAA	84.94	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=16.99;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chrX	118737263	rs34571222	CA	C	148.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;QD=13.52;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chrX	118754064	rs59071899	CA	C	419.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.294;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.99;ReadPosRankSum=0.394;SOR=0.730;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:3,27:0.90:30
chrX	118758107	rs11338110	GT	G	295.74	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.401;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5082;FS=0.000;HP=12;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.516;NF=2;NR=14;PP=189;ReadPosRankSum=0.330;SC=TTTATTATGGGTTTTTTTTTT;SOR=0.368;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=22;TCF=2;TCR=20;TR=16;WE=118758115;WS=118758097;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,20:0.87:23
chrX	118758128	rs2782252	T	G	602.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.42;QD=35.45;SOR=2.584;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chrX	118892888	rs2782222	G	C	389.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.67;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=4;PP=102;SC=CGGCTCCTGCGGGGTGGCTGT;SOR=0.804;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=7;TCF=3;TCR=4;TR=7;WE=118892896;WS=118892878;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chrX	118893054	rs2782223	C	A	3005.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=36;NR=25;PP=1105;SC=GCTGCTGCTGCGGGGCGACCC;SOR=0.859;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=61;TCF=36;TCR=25;TR=61;WE=118893062;WS=118893044;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chrX	118893137	rs2782224	T	C	3627.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.63;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=37;NR=34;PP=1265;SC=TGGTACACGATTTCGCCCTAC;SOR=0.796;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=72;TCF=37;TCR=35;TR=71;WE=118893145;WS=118893127;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,141:1.00:141
chrX	118893413	rs2782225	T	C	2989.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=45;NR=42;PP=1566;SC=ACAACAGCAGTGGCACCACTG;SOR=0.748;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=87;TCF=45;TCR=42;TR=87;WE=118893421;WS=118893403;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chrX	118920809	rs7885997	C	T	2662.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=24;NR=44;PP=1343;SC=TTTCTCTCCTCTAACAAGTTT;SOR=1.190;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=68;TCF=24;TCR=44;TR=68;WE=118920817;WS=118920799;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chrX	118921530	rs73214964	A	C	390.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=11;PP=327;SC=AGGGTATATAATCTTACGTAC;SOR=3.611;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=12;TCF=1;TCR=11;TR=12;WE=118921538;WS=118921520;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chrX	118925181	rs41304508	C	A	13145.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.878;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=518;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.282;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=156;NR=177;PP=2965;ReadPosRankSum=0.143;SC=ACGGGCAGCCCACAGTCAGGC;SOR=0.612;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=339;TCF=159;TCR=180;TR=333;WE=118925189;WS=118925171;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:5,499:0.99:504
chrX	118925705	rs2240448	C	T	1505.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=19;NR=28;PP=867;SC=GGTGCGCTCCCGTGGCGCCGT;SOR=1.118;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=47;TCF=19;TCR=28;TR=47;WE=118925713;WS=118925695;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chrX	118985711	rs373850121	CT	C	244.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.638;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.63;MQRankSum=0.832;QD=7.89;ReadPosRankSum=1.631;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,24:0.77:31
chrX	119054001	rs3829719	C	T	2821.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=25;NR=51;PP=1552;SC=AGCAGTTGCGCAACAACAGAT;SOR=1.314;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=76;TCF=25;TCR=51;TR=76;WE=119054009;WS=119053991;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chrX	119065893	rs194302	G	A	3212.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=37;NR=33;PP=1448;SC=ACACACTGCTGCTTACTTCAA;SOR=0.761;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=70;TCF=37;TCR=33;TR=70;WE=119065901;WS=119065883;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chrX	119070411	rs194307	T	A	1217.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=17;NR=21;PP=646;SC=AAGTACAAATTAAAAAATTAT;SOR=0.963;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=38;TCF=17;TCR=21;TR=38;WE=119070419;WS=119070401;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chrX	119070567	rs194308	A	T	594.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=10;NR=9;PP=367;SC=CCCTTTTTTTAAAAATACCTT;SOR=0.776;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=19;TCF=10;TCR=9;TR=19;WE=119070575;WS=119070557;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chrX	119387833	rs201958171	C	CTGA	9482.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=43;NR=51;PP=2988;SC=GTTACCGATTCTGATGATGAT;SOR=1.125;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=112;TCF=49;TCR=63;TR=94;WE=119387841;WS=119387823;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,210:1.00:210
chrX	119394904	rs3752341	G	T	440.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=1;NR=7;PP=142;SC=AAAAGAAAACGTTAGTTTAGG;SOR=1.493;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=8;WE=119394912;WS=119394894;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chrX	119421163	.	TAC	T	88	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;FR=0.5000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MMLQ=28;MQ=60.0;NF=0;NR=5;PP=88;QD=18.2;SC=AAGGTTTGAATACACACACAC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=25;TCF=0;TCR=25;TR=5;WE=119421178;WS=119421153;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:20,5:0.20:25
chrX	119421166	.	AC	A	35.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.177;ClippingRankSum=0.000;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.32;ReadPosRankSum=-0.968;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,5:0.19:27
chrX	119421167	rs45453700	C	A	409.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=1.314;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.349;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=18;PP=648;ReadPosRankSum=2.497;SC=TTTGAATACACACACACACAC;SOR=1.828;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=33;TCF=10;TCR=23;TR=26;WE=119421178;WS=119421153;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,18:0.67:27
chrX	119421168	.	AC	A	35.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.642;ClippingRankSum=0.000;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.32;ReadPosRankSum=-0.687;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,5:0.19:27
chrX	119504439	rs2075099	G	A	1023.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=18;NR=5;PP=520;SC=GAATAAGCAAGGACATACTGA;SOR=1.949;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=23;TCF=18;TCR=5;TR=23;WE=119504447;WS=119504429;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chrX	119510144	rs3213723	C	G	1021.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=27;NR=5;PP=722;SC=CCTGAGGAAGCATGACTGGGA;SOR=2.649;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=32;TCF=27;TCR=5;TR=32;WE=119510152;WS=119510134;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chrX	119581776	rs145169006	C	T	2914.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=35;NR=24;PP=1058;SC=GAATAGGTTCCAGCTTCTGGT;SOR=0.844;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=61;TCF=35;TCR=26;TR=59;WE=119581784;WS=119581766;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chrX	119675354	.	C	CA	42.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.438;ClippingRankSum=0.000;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.58;ReadPosRankSum=-2.045;SOR=0.426;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,8:0.30:27
chrX	119760594	rs45557031	G	A	3229.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-2.955;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=55;PP=1764;ReadPosRankSum=0.398;SC=AGTGGGGCGTGCAAGGAAGAA;SOR=0.924;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=97;TCF=41;TCR=56;TR=95;WE=119760602;WS=119760584;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,123:0.98:125
chrX	119972052	rs5903581	C	CT	95.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.385;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=2.527;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.32;ReadPosRankSum=1.475;SOR=1.721;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,10:0.56:18
chrX	120504923	rs5956321	A	G	1692.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=22;NR=18;PP=662;SC=ATTAAAGCTGATAACTTTGAA;SOR=0.818;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=41;TCF=23;TCR=18;TR=40;WE=120504931;WS=120504913;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chrX	120505069	rs7885213	G	T	301.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=7;PP=203;SC=TTTGACTTTTGTGCTAGAGTC;SOR=1.802;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=3;TCR=7;TR=10;WE=120505077;WS=120505059;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chrX	122318386	rs58044961	A	AG	3635.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=16;NR=27;PP=1978;SC=TTTTAGGCGTACATGGCCAGG;SOR=0.807;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=43;TCF=16;TCR=27;TR=43;WE=122318394;WS=122318376;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chrX	122336600	rs11452643	T	TG	1703.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=17;PP=738;SC=GTTCACCAGGTGGGCCCGCCA;SOR=0.941;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=21;TCF=3;TCR=18;TR=20;WE=122336608;WS=122336590;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chrX	122528803	rs550640	T	C	702.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=12;NR=1;PP=295;SC=TCATGATCCTTTCAATGTCTT;SOR=1.528;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=15;TCF=13;TCR=2;TR=13;WE=122528811;WS=122528793;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chrX	122537277	rs502434	T	C	2557.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=41;NR=26;PP=1091;SC=GCTACTGGAATGAGTATGAAA;SOR=1.067;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=67;TCF=41;TCR=26;TR=67;WE=122537285;WS=122537267;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chrX	122537418	rs504096	C	T	2138.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=24;NR=40;PP=1170;SC=GCAAGACTTCCGTTTTCTGAA;SOR=1.136;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=65;TCF=24;TCR=41;TR=64;WE=122537426;WS=122537408;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chrX	122551245	rs139058646	T	A	3116.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=55;NR=26;PP=1632;SC=TTTTTTCTTTTTTTTCAGAGA;SOR=1.322;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=81;TCF=55;TCR=26;TR=81;WE=122551253;WS=122551235;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chrX	122616962	rs199682384	CT	C	50.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.566;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.81;ReadPosRankSum=0.763;SOR=0.752;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,9:0.32:28
chrX	122758529	rs2072914	G	A	3601.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=35;NR=59;PP=1931;SC=ACCTACAGGAGAAAAATGTTT;SOR=1.033;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=94;TCF=35;TCR=59;TR=94;WE=122758537;WS=122758519;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,134:1.00:134
chrX	122765750	rs3764750	T	C	1519.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.424;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=30;PP=886;ReadPosRankSum=0.527;SC=CCAAAGTGATTAAGAAGTCAT;SOR=0.693;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=44;TCF=12;TCR=32;TR=42;WE=122765758;WS=122765740;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,55:0.98:56
chrX	122805421	rs2105889	C	A	1255.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-2.291;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=14;PP=550;ReadPosRankSum=0.964;SC=TTGAGAACCTCGAACCAACCC;SOR=0.354;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=36;TCF=22;TCR=14;TR=35;WE=122805429;WS=122805411;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,51:0.98:52
chrX	123189873	rs191881407	A	G	330.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-1.635;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=1;PP=252;ReadPosRankSum=-0.654;SC=ACACAAATTCATGAAACTTTA;SOR=1.739;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=14;TCF=13;TCR=1;TR=13;WE=123189881;WS=123189863;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,14:0.93:15
chrX	123204978	.	CT	C	117.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.663;ClippingRankSum=0.000;DP=109;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.10;MQRankSum=1.719;QD=1.11;ReadPosRankSum=0.984;SOR=0.688;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:82,24:0.23:106
chrX	123498120	rs12393085	C	T	344.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=4;NR=6;PP=184;SC=GGCTAATGTGCGTATTTGTGT;SOR=0.836;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=10;TCF=4;TCR=6;TR=10;WE=123498128;WS=123498110;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chrX	123498355	rs55941348	C	A	505.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=2;NR=4;PP=85;SC=ATTATTGAAGCGATACAGTTT;SOR=1.179;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=6;TCF=2;TCR=4;TR=6;WE=123498370;WS=123498345;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chrX	123498362	rs60637596	GT	G	96.82	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.493;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=9.68;ReadPosRankSum=0.493;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,8:0.80:10
chrX	123498379	rs57958188	C	G	421.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.18;SOR=1.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chrX	123498389	rs185125411	C	T	113.78	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.619;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=14.22;ReadPosRankSum=2.100;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,6:0.75:8
chrX	123538802	rs34194370	T	TAAAC	5251.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.534;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FS=1.892;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=42.01;ReadPosRankSum=-0.435;SOR=1.321;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:5,120:0.96:125
chrX	123540308	.	T	C	1372.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=25;PP=766;SC=GTGGGAAACGTTGCATTGGTC;SOR=1.863;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=6;TCR=25;TR=31;WE=123540316;WS=123540298;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chrX	123556622	rs5911838	C	T	1126.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=28;PP=774;SC=GGTGATGTCTCGGAAAGTGGA;SOR=2.891;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=34;TCF=6;TCR=28;TR=34;WE=123556630;WS=123556612;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chrX	123587110	rs2223416	C	A	2962.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=55;NR=21;PP=1554;SC=CATTCTACCTCATTTCTACAT;SOR=1.505;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=77;TCF=55;TCR=22;TR=76;WE=123587118;WS=123587100;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chrX	123615545	rs10656532	G	GTATATA	699.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.998;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.37;MQRankSum=0.000;QD=26.91;ReadPosRankSum=-0.081;SOR=1.371;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,23:0.88:26
chrX	123630790	rs3788774	G	A	324.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=1;PP=212;SC=TCTACTGGCAGTGCTTTGTCT;SOR=2.833;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=11;TCF=10;TCR=1;TR=11;WE=123630798;WS=123630780;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chrX	123654641	rs370102872	TAAA	T	628.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;QD=29.94;SOR=2.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
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chrX	125953932	rs5931715	A	G	3234.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=30;NR=45;PP=1522;SC=ACAGGGATGAATGGGTTGGAG;SOR=1.022;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=76;TCF=30;TCR=46;TR=75;WE=125953940;WS=125953922;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chrX	125955428	rs2269777	G	A	6714.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=262;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=64;NR=75;PP=2795;SC=CTCCTCCTCCGATATTTGGTC;SOR=0.782;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=141;TCF=65;TCR=76;TR=139;WE=125955436;WS=125955418;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,255:1.00:255
chrX	125955644	rs2269776	A	T	373.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=11;PP=281;SC=ACTTGAAACCACGTACCCTCC;SOR=5.136;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=0;TCR=11;TR=11;WE=125955652;WS=125955634;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chrX	128674631	.	T	TG	181.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.474;ClippingRankSum=0.000;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5062;FS=0.000;HP=12;HapScore=3;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=0;PP=101;ReadPosRankSum=0.294;SC=AGGGCGGCGGTGGGGGGGGGG;SOR=1.765;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=17;TCR=0;TR=11;WE=128674639;WS=128674621;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,10:0.71:14
chrX	128885571	.	AAAGG	A	433.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=69.45;QD=28.92;SOR=3.126;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chrX	128948893	rs5932686	T	C	624.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=28.40;SOR=0.874;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chrX	128957640	rs2275605	T	C	4885.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=46;NR=48;PP=1508;SC=GCAATGTCCCTGTAGTTTTAC;SOR=0.714;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=94;TCF=46;TCR=48;TR=94;WE=128957648;WS=128957630;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,188:1.00:188
chrX	129147079	rs4830173	T	C	8233.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=309;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=132;NR=100;PP=2965;SC=GGCTGAGGGCTTCTTGGTGCC;SOR=0.903;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=232;TCF=132;TCR=100;TR=232;WE=129147087;WS=129147069;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,301:1.00:301
chrX	129267464	.	T	TA	50.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.308;ClippingRankSum=0.000;DP=94;ExcessHet=3.0103;FS=1.148;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.64;ReadPosRankSum=1.232;SOR=0.512;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:65,14:0.18:79
chrX	130217020	rs5932835	G	C	525.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=4;PP=362;SC=TTCGCCCGCTGGGCAGAGCTC;SOR=1.609;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=12;TCR=4;TR=16;WE=130217028;WS=130217010;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chrX	130409884	rs55936630	A	T	737.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-1.851;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=10;PP=432;ReadPosRankSum=0.756;SC=ACTCTCCCTAACCCCTTCTCC;SOR=0.428;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=27;TCF=17;TCR=10;TR=26;WE=130409892;WS=130409874;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,30:0.97:31
chrX	130410965	rs4830219	A	G	3102.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.542;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=32;PP=1202;ReadPosRankSum=1.205;SC=TAGAAAAGTCATAATATCGGC;SOR=0.976;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=81;TCF=47;TCR=34;TR=78;WE=130410973;WS=130410955;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,126:0.98:128
chrX	130412178	rs4524963	C	G	859.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=11;NR=17;PP=544;SC=CTCAGGGTCACTTTGTCAGCA;SOR=1.284;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=28;TCF=11;TCR=17;TR=28;WE=130412186;WS=130412168;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chrX	130415818	rs1128617	T	C	5022.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.737;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=67;NR=56;PP=2293;ReadPosRankSum=-1.007;SC=CCAGAGAAAATTCCAGTACTG;SOR=0.768;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=125;TCF=68;TCR=57;TR=123;WE=130415826;WS=130415808;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,191:0.99:193
chrX	130416958	rs5932877	C	T	5073.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=56;NR=50;PP=2109;SC=TCTTACCAGTCACCCAGATTT;SOR=0.778;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=106;TCF=56;TCR=50;TR=106;WE=130416966;WS=130416948;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,194:1.00:194
chrX	130420006	rs5930458	T	C	1802.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=18;NR=29;PP=722;SC=TCCACAACTCTGGTTGAGGGT;SOR=1.042;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=48;TCF=18;TCR=30;TR=47;WE=130420014;WS=130419996;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chrX	130420415	rs4495600	T	C	3071.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=54;NR=35;PP=1607;SC=ACTTACCTATTGATGTCATAC;SOR=1.129;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=89;TCF=54;TCR=35;TR=89;WE=130420423;WS=130420405;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chrX	130423359	rs6637829	C	G	4004.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=49;NR=39;PP=1979;SC=CCCCTCCCTGCGCCGGGCTCG;SOR=0.707;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=89;TCF=50;TCR=39;TR=88;WE=130423367;WS=130423349;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,147:1.00:147
chrX	130423543	rs6637830	G	C	5769.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=57;NR=76;PP=2693;SC=TCACTGTATTGTGGGGGGGAG;SOR=0.921;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=134;TCF=57;TCR=77;TR=133;WE=130423551;WS=130423533;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,212:1.00:212
chrX	131231430	.	TAC	T	95.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=0.246;ClippingRankSum=0.000;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.831;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.637;NF=0;NR=6;PP=181;ReadPosRankSum=0.289;SC=CAGTTATAGGTACACACACAC;SOR=0.169;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=26;TCF=0;TCR=26;TR=6;WE=131231439;WS=131231420;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,6:0.30:20
chrX	131233588	.	C	CT	56.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.714;ClippingRankSum=0.000;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.49;ReadPosRankSum=0.038;SOR=0.869;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,7:0.18:38
chrX	132161673	rs41304540	C	T	3093.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=51;NR=39;PP=1912;SC=TCAAGAATTCCTCATTCATCT;SOR=0.927;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=92;TCF=52;TCR=40;TR=90;WE=132161681;WS=132161663;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chrX	132351002	.	T	TA	266.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.066;ClippingRankSum=0.000;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=2.634;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.88;ReadPosRankSum=1.089;SOR=0.275;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,20:0.74:27
chrX	132437337	rs1048369	G	A	2339.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=15;NR=45;PP=1341;SC=GCCCTGGTTGGCTAATCCATT;SOR=1.816;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=61;TCF=15;TCR=46;TR=60;WE=132437345;WS=132437327;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chrX	132438872	rs1129980	C	A	1205.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=13;NR=18;PP=584;SC=GTTTCAGTTTCTCCTTGACAT;SOR=0.874;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=31;TCF=13;TCR=18;TR=31;WE=132438880;WS=132438862;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chrX	132549013	rs2073288	G	A	1534.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=38;PP=1039;SC=CGGGGCGGACGCGTTCCCACC;SOR=3.528;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=43;TCF=4;TCR=39;TR=42;WE=132549021;WS=132549003;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chrX	133379551	rs2428577	C	T	5493.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=73;NR=67;PP=2801;SC=GAACAGAAATCTAAAAGAAGC;SOR=0.765;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=140;TCF=73;TCR=67;TR=140;WE=133379559;WS=133379541;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,199:1.00:199
chrX	133511988	rs5978001	G	A	151.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=2;NR=3;PP=77;SC=GTTTTACTGTGATTAATTTAT;SOR=1.329;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=5;TCF=2;TCR=3;TR=5;WE=133511996;WS=133511978;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chrX	133528116	rs6529627	A	C	418.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=12;PP=359;SC=AGAATTGAGAAAAGTGTTAGG;SOR=2.303;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=3;TCR=12;TR=15;WE=133528124;WS=133528106;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chrX	133620474	.	G	GT	149.27	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.723;ClippingRankSum=0.000;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.48;ReadPosRankSum=-0.932;SOR=0.627;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,10:0.77:13
chrX	133699960	rs1982	T	G	378.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=11;NR=1;PP=305;SC=GCTATAGGTTTCTCTTTCTCA;SOR=3.611;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=12;TCF=11;TCR=1;TR=12;WE=133699968;WS=133699950;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chrX	134033226	.	G	GTT	32.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.335;ClippingRankSum=0.000;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.20;MQRankSum=2.056;QD=0.68;ReadPosRankSum=1.065;SOR=0.478;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,9:0.19:48
chrX	134427640	rs5978119	C	G	4585.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=62;NR=42;PP=2163;SC=TACATGTAGGCAATCTTTCTT;SOR=0.922;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=104;TCF=62;TCR=42;TR=104;WE=134427648;WS=134427630;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,172:1.00:172
chrX	134494512	rs45461393	T	C	4786.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=60;NR=59;PP=2149;SC=GCCCTGAATGTGGGAAAAGAT;SOR=0.693;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=119;TCF=60;TCR=59;TR=119;WE=134494520;WS=134494502;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,182:1.00:182
chrX	134703108	rs1937729	T	G	79.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=0;PP=58;SC=ATATATAATTTTGGTAAATAG;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=3;TCR=0;TR=3;WE=134703116;WS=134703098;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chrX	134708007	.	CT	C	114.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.083;ClippingRankSum=0.000;DP=97;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.11;MQRankSum=0.000;QD=1.42;ReadPosRankSum=0.173;SOR=0.653;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:59,22:0.27:81
chrX	134978425	rs5930805	G	A	170.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=1;PP=51;SC=CACTTCAAACGAGTCAACCAA;SOR=1.179;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=3;TCR=1;TR=4;WE=134978433;WS=134978415;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chrX	134986700	rs12014884	T	C	6695.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=262;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=45;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=81;NR=72;PP=2510;SC=TAGCTGATAATGTCTTGTCAA;SOR=0.756;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=153;TCF=81;TCR=72;TR=153;WE=134986708;WS=134986690;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,262:1.00:262
chrX	134986768	rs377366296	A	G	6792.77	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=24;NR=48;PP=1784;SC=ATGAGTATGAAATTCATCCAT;SOR=1.942;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=83;TCF=24;TCR=59;TR=72;WE=134986789;WS=134986755;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,153:1.00:153
chrX	134986769	rs373579002	ATT	A	6783.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=48;PP=1186;SC=TGAGTATGAAATTCATCCATG;SOR=1.965;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=54;TCF=6;TCR=48;TR=54;WE=134986789;WS=134986755;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,151:1.00:151
chrX	134986772	rs370382498	C	G	6631.77	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.81;SOR=1.917;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,148:1.00:148
chrX	134986775	.	CCA	C,CTGTGCA	6667.73	.	AC=2,0;AF=1.00,0.00;AN=2;BRF=0.45;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=48;PP=2918;SC=TGAAATTCATCCATGAGTACT;SOR=1.802;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=53;TCF=5;TCR=48;TR=53;WE=134986789;WS=134986755;set=Intersection	GT:AF:DP	1/1:1.00:141
chrX	134986780	rs202237401	A	T	6361.77	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=46.44;SOR=1.789;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,137:1.00:137
chrX	134986781	.	G	GTATGTC	6352.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DP=135;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=47.41;SOR=1.737;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,134:1.00:134
chrX	134986870	rs12014949	T	C	693.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=75;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=32;PP=948;SC=ATATTCTTTCTTAGCCTCAAT;SOR=4.712;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=33;TCF=1;TCR=32;TR=33;WE=134986878;WS=134986860;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chrX	134988393	rs5930814	T	A	3183.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=48;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=27;NR=48;PP=2494;SC=TGAAGGGAGTTAGGTGGTTTT;SOR=1.808;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=75;TCF=27;TCR=48;TR=75;WE=134988401;WS=134988383;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chrX	134988759	rs201109985	G	A	1678.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.932;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.711;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-2.812;NF=2;NR=36;PP=873;ReadPosRankSum=-2.090;SC=CCATATGCATGCATAGTGTCA;SOR=0.487;SbPval=0.96;Source=Platypus;TC=94;TCF=13;TCR=81;TR=38;WE=134988767;WS=134988749;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,52:0.44:118
chrX	134988767	rs374573491	T	C	1567.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.187;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FS=15.905;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.13;MQRankSum=-3.196;QD=17.62;ReadPosRankSum=-1.189;SOR=3.070;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:55,34:0.38:89
chrX	134988769	.	A	ATG	1224.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.755;ClippingRankSum=0.000;DP=90;ExcessHet=3.0103;FS=22.642;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.08;MQRankSum=-3.208;QD=14.58;ReadPosRankSum=-1.270;SOR=4.499;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:52,32:0.38:84
chrX	134988771	.	A	AGG	1149.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=3.420;ClippingRankSum=0.000;DP=87;ExcessHet=3.0103;FS=22.546;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.04;MQRankSum=-3.285;QD=14.19;ReadPosRankSum=-1.758;SOR=4.423;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:51,30:0.37:81
chrX	134988772	.	A	G	1119.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=2.558;ClippingRankSum=0.000;DP=79;ExcessHet=3.0103;FS=13.534;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.95;MQRankSum=-3.398;QD=15.34;ReadPosRankSum=-2.219;SOR=3.635;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:47,26:0.36:73
chrX	134988774	.	GCA	G	912.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-1.254;ClippingRankSum=0.000;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=10.605;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.89;MQRankSum=-3.467;QD=13.23;ReadPosRankSum=-2.150;SOR=3.307;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:45,24:0.35:69
chrX	134988777	.	TAC	T	837.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.415;ClippingRankSum=0.000;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=8.200;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.76;MQRankSum=-3.198;QD=13.51;ReadPosRankSum=-3.150;SOR=2.621;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,24:0.39:62
chrX	134990944	rs5974569	T	C	2855.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=58;NR=19;PP=1583;SC=TTTCTAAAAATTCATCATCAG;SOR=1.632;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=77;TCF=58;TCR=19;TR=77;WE=134990952;WS=134990934;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chrX	134991078	rs5974570	A	G	6231.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.828;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=247;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=73;NR=83;PP=2778;ReadPosRankSum=-0.295;SC=GCAAACCCCAAACTGATAAGG;SOR=0.796;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=158;TCF=74;TCR=84;TR=156;WE=134991086;WS=134991068;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,242:0.98:246
chrX	134994005	rs4829799	T	C	1485.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=35;PP=1012;SC=GTAATGTCTTTGGTGGAAACT;SOR=2.259;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=45;TCF=10;TCR=35;TR=45;WE=134994013;WS=134993995;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chrX	134994054	rs4829584	G	A	907.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=2.293;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=17;PP=703;ReadPosRankSum=2.511;SC=CCATGGCAAAGAAAATTAATG;SOR=1.329;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=27;TCF=10;TCR=17;TR=27;WE=134994062;WS=134994044;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,30:0.94:32
chrX	135080623	rs370833071	C	CT,CTT	753.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.061;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.22;ReadPosRankSum=1.315;SOR=0.685;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:9,30,14:0.57,0.26:53
chrX	135252234	rs3215593	AC	A	2893.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQ=60.13;NF=5;NR=39;PP=1799;SC=CTTTATTTGTACCAGGAGGTT;SOR=1.416;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=45;TCF=5;TCR=40;TR=44;WE=135252242;WS=135252224;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chrX	135292017	rs11798700	T	C	826.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.51;SOR=2.419;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chrX	135292022	rs2076705	C	T	898.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=40.85;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chrX	135307049	rs5929742	G	A	2261.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=40;PP=1287;SC=TCTATTTAAAGGAAAATAAAA;SOR=1.445;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=61;TCF=21;TCR=40;TR=58;WE=135307057;WS=135307039;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chrX	135310785	rs2273221	T	C	3621.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=46;NR=25;PP=1365;SC=TGCTGACCTTTGCTGCATTTC;SOR=1.105;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=71;TCF=46;TCR=25;TR=71;WE=135310793;WS=135310775;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,136:1.00:136
chrX	135313034	rs1055497	T	G	6703.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=253;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=78;NR=84;PP=2965;SC=ACAAGCATTTTCAGGAGATGA;SOR=0.751;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=162;TCF=78;TCR=84;TR=162;WE=135313042;WS=135313024;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,247:1.00:247
chrX	135313185	rs34471049	CT	C	213.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.331;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=7.396;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.94;ReadPosRankSum=-1.049;SOR=0.083;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,19:0.53:36
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chrX	135323452	rs5975707	G	A	2009.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=23;NR=38;PP=1178;SC=TAAAATAAAAGCCAACATATT;SOR=1.288;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=61;TCF=23;TCR=38;TR=61;WE=135323460;WS=135323442;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chrX	135338312	rs5975709	C	T	1636.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=35;NR=9;PP=950;SC=CTCCTCTCGTCGCTCACTCTT;SOR=1.961;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=45;TCF=35;TCR=10;TR=44;WE=135338320;WS=135338302;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chrX	135430970	.	C	A	7284.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-2.808;ClippingRankSum=0.000;DP=276;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.145;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=86;NR=92;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.054;SC=TTTCTATCAGCAACTCAACAG;SOR=0.482;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=183;TCF=88;TCR=95;TR=178;WE=135430978;WS=135430960;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,271:0.99:274
chrX	135630678	.	T	TA	42.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.334;ClippingRankSum=0.000;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=2.891;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.55;ReadPosRankSum=-0.700;SOR=0.320;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:65,13:0.17:78
chrX	135732732	.	TA	T	27	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;FR=0.9998;HP=12;HapScore=2;MGOF=0;MMLQ=28;MQ=60.0;NF=0;NR=2;PP=27;QD=16.5;SC=GTGTGGGGGTTAAAAAAAAAA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=2;TCF=0;TCR=2;TR=2;WE=135732740;WS=135732722;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chrX	135961586	rs201673579	TG	T	216.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.513;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FS=6.331;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.79;ReadPosRankSum=0.804;SOR=0.647;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:86,35:0.29:121
chrX	135961587	rs2011584	G	T	1613.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-1.224;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FS=7.800;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.34;ReadPosRankSum=-0.519;SOR=0.979;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,85:0.70:121
chrX	136113464	rs1190736	C	A	4700.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=52;NR=56;PP=2181;SC=ACTGACACCACGACAATGGTG;SOR=0.775;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=110;TCF=54;TCR=56;TR=108;WE=136113472;WS=136113454;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,175:1.00:175
chrX	137749997	rs5976185	A	T	769.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=7;NR=12;PP=340;SC=TCTGTTGTGAATCTATGTGGG;SOR=1.143;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=7;TCR=12;TR=19;WE=137750005;WS=137749987;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chrX	138067202	rs34825181	A	G	6063.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.312;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=240;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=26.71;ReadPosRankSum=-0.568;SOR=0.387;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,226:1.00:227
chrX	138067368	rs5974786	G	A	2376.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-1.860;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=62;PP=1704;ReadPosRankSum=-0.687;SC=TAAATGTTTCGCAGATTTACA;SOR=1.244;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=79;TCF=16;TCR=63;TR=78;WE=138067376;WS=138067358;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,85:0.99:86
chrX	138698652	.	G	GA	50.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.834;ClippingRankSum=0.000;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.11;ReadPosRankSum=0.955;SOR=0.602;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,7:0.29:24
chrX	138713463	rs56186070	G	GT	1621.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=11;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=28;NR=16;PP=1306;SC=GTTTTGTTTTGTTTTTTTCAA;SOR=1.839;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=49;TCF=32;TCR=17;TR=44;WE=138713471;WS=138713453;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chrX	138724725	rs926563	G	A	3970.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=47;NR=42;PP=1677;SC=TCAACGCAACGTTGATGAAAT;SOR=0.818;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=93;TCF=47;TCR=46;TR=89;WE=138724733;WS=138724715;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,151:1.00:151
chrX	138774209	rs4824861	C	T	2912.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=32;NR=41;PP=1266;SC=GTGCAGCCATCTGGGTTCTGG;SOR=0.859;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=73;TCF=32;TCR=41;TR=73;WE=138774217;WS=138774199;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chrX	138811003	rs2094702	G	A	1717.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.62;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=20;NR=12;PP=518;SC=AGTGTGTTGCGTATCAAGTAT;SOR=0.949;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=32;TCF=20;TCR=12;TR=32;WE=138811011;WS=138810993;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chrX	138814745	.	CA	C	82.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.344;ClippingRankSum=0.000;DP=80;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.45;ReadPosRankSum=0.402;SOR=0.501;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:40,17:0.30:57
chrX	138825675	rs1268015	T	C	236.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=7;NR=1;PP=192;SC=GAAAGTATTATAAAAACAGTA;SOR=2.833;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=7;TCR=1;TR=8;WE=138825683;WS=138825665;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chrX	138882172	rs10717380	AC	A	300.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.619;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=2.062;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.37;ReadPosRankSum=-0.266;SOR=0.330;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,17:0.59:29
chrX	138897130	rs2491014	A	C	1465.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=2.371;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=16;PP=540;ReadPosRankSum=-0.654;SC=TGTGTCTCAGACAATCCTCAT;SOR=0.276;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=34;TCF=18;TCR=16;TR=33;WE=138897138;WS=138897120;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,59:0.98:60
chrX	139099429	rs5907565	T	G	1526.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=26;NR=18;PP=866;SC=TGGGTATACATAAGGAGGTCA;SOR=1.009;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=44;TCF=26;TCR=18;TR=44;WE=139099437;WS=139099419;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chrX	139099699	rs5909001	C	T	584.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=16;NR=7;PP=552;SC=CTAGCACAACCCCCTTCCTCA;SOR=1.292;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=24;TCF=17;TCR=7;TR=23;WE=139099707;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chrX	139099828	rs5909002	T	A	3053.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=50;NR=31;PP=1779;SC=TCATAAAGGTTAAAAAACCCC;SOR=0.899;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=81;TCF=50;TCR=31;TR=81;WE=139099836;WS=139099818;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chrX	139866477	rs41299075	T	C	14443.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.563;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=686;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=228;NR=237;PP=2965;ReadPosRankSum=0.356;SC=AACAAAGGTATGTCTTCCAAC;SOR=0.286;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=467;TCF=229;TCR=238;TR=465;WE=139866485;WS=139866467;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,565:1.00:566
chrX	140271268	rs2038375	G	C	2045.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.65;SOR=0.747;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chrX	140785696	rs2983592	T	C	1028.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=3.645;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=12.265;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-9.416;NF=35;NR=11;PP=778;ReadPosRankSum=-0.416;SC=ATTCTGTTCTTTCGGGCGTGG;SOR=1.679;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=96;TCF=67;TCR=29;TR=46;WE=140785704;WS=140785686;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,49:0.37:131
chrX	140785739	rs149295712	A	C	3745.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.942;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FS=5.777;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.34;MQRankSum=-7.850;QD=17.84;ReadPosRankSum=-0.133;SOR=1.095;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:113,97:0.46:210
chrX	140785739	.	AAA	CAC	2347	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;FR=0.5000;HP=4;HapScore=2;MGOF=9;MMLQ=24;MQ=56.29;NF=42;NR=24;PP=2347;QD=36.3707253767;SC=ATGTTCTTTTAAAGTTCCTCC;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=131;TCF=76;TCR=55;TR=66;WE=140785749;WS=140785729;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:65,66:0.50:131
chrX	140785741	rs144554749	A	C	3745.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.403;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FS=5.675;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.40;MQRankSum=-7.853;QD=17.42;ReadPosRankSum=-0.021;SOR=1.064;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:116,99:0.46:215
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chrX	140993150	rs5953637	T	C	2274.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=38;NR=22;PP=1743;SC=TCCTCCTGTTTTTCTTTCTCA;SOR=1.478;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=61;TCF=39;TCR=22;TR=60;WE=140993158;WS=140993140;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chrX	140993877	.	C	A	2962	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;FR=0.5000;HP=2;HapScore=1;MGOF=54;MMLQ=25;NF=35;NR=51;PP=2962;QD=20;SC=AGGGTTTTGCCCAGTCTCCTC;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=236;TCF=114;TCR=122;TR=86;WE=140993885;WS=140993842;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:150,86:0.36:236
chrX	140993912	.	C	T	2962	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;FR=0.5000;HP=1;HapScore=1;MGOF=44;MMLQ=28;MQ=48.09;NF=32;NR=48;PP=2962;QD=20;SC=AGCCCCTCCTCCTCCTCCACT;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=129;TCF=46;TCR=83;TR=80;WE=140993955;WS=140993895;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:49,80:0.62:129
chrX	140993989	.	T	C	2501	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.66;FR=1.0000;HP=1;HapScore=1;MGOF=44;MMLQ=27;MQ=43.55;NF=56;NR=41;PP=2501;QD=20;SC=TGCCCAGTCTTCTCTCCAGAT;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=99;TCF=56;TCR=43;TR=97;WE=140993997;WS=140993979;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:2,97:0.98:99
chrX	140994037	.	C	A	2965	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.61;FR=1.0000;HP=5;HapScore=1;MGOF=39;MMLQ=26;MQ=47.55;NF=99;NR=83;PP=2965;QD=20;SC=TTTAGTGAGTCTTTTCCAGAG;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=186;TCF=101;TCR=85;TR=182;WE=140994045;WS=140994027;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:4,182:0.98:186
chrX	140994066	.	G	C	2965	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;FR=1.0000;HP=2;HapScore=1;MGOF=39;MMLQ=25;MQ=49.15;NF=144;NR=114;PP=2965;QD=20;SC=AGAGAACTCAGAGTACTTTTG;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=267;TCF=148;TCR=119;TR=258;WE=140994074;WS=140994056;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:9,258:0.97:267
chrX	140994171	rs176047	C	G	20170.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=498;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=173;NR=174;PP=2965;SC=AGAGAACTCACAGTACTTTTG;SOR=0.747;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=357;TCF=179;TCR=178;TR=347;WE=140994179;WS=140994161;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,491:1.00:491
chrX	140994200	rs57227275	T	C	20396.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=502;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=159;NR=180;PP=2965;SC=CCCCAGTCTCTTCTCCAGATT;SOR=0.790;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=340;TCF=160;TCR=180;TR=339;WE=140994208;WS=140994190;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,493:1.00:493
chrX	140994407	rs62611965	C	G	18804.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=3.320;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=468;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=8.383;NF=134;NR=147;PP=2965;ReadPosRankSum=-2.486;SC=TTTCCCCAGTCTCCTCTCCAG;SOR=0.573;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=289;TCF=138;TCR=151;TR=281;WE=140994427;WS=140994397;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:16,446:0.97:462
chrX	140994419	rs138268726	T	C	18946.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=3.650;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=476;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=1.658;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=8.222;NF=134;NR=140;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.217;SC=CCTCTCCAGATTCCTATGACC;SOR=0.516;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=282;TCF=139;TCR=143;TR=274;WE=140994427;WS=140994397;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:16,456:0.97:472
chrX	140994517	rs62611966	C	G	11365.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.357;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=426;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=11.709;PP=2965;ReadPosRankSum=1.416;SC=CCAGTCTCCTCTCCAGATTCC;SOR=0.466;Source=Platypus;WE=140994525;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,412:0.99:415
chrX	140995315	rs56256227	C	T	3610.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=50;NR=47;PP=1927;SC=GTCTTCTCTCCATTTTCCTCA;SOR=0.693;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=102;TCF=50;TCR=52;TR=97;WE=140995323;WS=140995305;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chrX	140996672	rs41300301	C	T	2739.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=27;NR=49;PP=1361;SC=CGAGTTTCTACGTGGTGGAGG;SOR=1.179;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=76;TCF=27;TCR=49;TR=76;WE=140996680;WS=140996662;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chrX	142795225	rs3859898	G	A	4431.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=2.139;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.111;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=2.303;NF=66;NR=64;PP=2131;ReadPosRankSum=-0.569;SC=CCAGGTCTTCGTCCTCCTGTG;SOR=0.316;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=131;TCF=67;TCR=64;TR=130;WE=142795233;WS=142795215;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,173:0.99:174
chrX	142803571	rs851092	A	G	754.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=25;NR=0;PP=560;SC=GGCATTAAGCAGGTCCCCCAC;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=25;TCF=25;TCR=0;TR=25;WE=142803579;WS=142803563;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chrX	142967468	rs237520	T	G	4623.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.660;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=52;PP=2709;ReadPosRankSum=-0.684;SC=AGAATAAGTTTAGATATTTTG;SOR=0.278;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=113;TCF=61;TCR=52;TR=112;WE=142967476;WS=142967458;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,158:0.99:159
chrX	144904882	rs2748588	T	C	5810.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=73;NR=84;PP=2965;SC=GTCCAACTCCTCGAGTGACTG;SOR=0.823;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=157;TCF=73;TCR=84;TR=157;WE=144904890;WS=144904872;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,211:1.00:211
chrX	145075633	rs5919984	T	C	260.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=7;NR=1;PP=145;SC=CTCTGAAAAATAGGTATTTCC;SOR=2.494;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=9;TCF=8;TCR=1;TR=8;WE=145075641;WS=145075623;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chrX	145701066	rs200640157	G	A	70.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=40.00;QD=23.43;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chrX	146993561	.	C	T	46.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.524;ClippingRankSum=-0.000;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=9.35;ReadPosRankSum=-0.842;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,2:0.40:5
chrX	146993599	.	A	AGGC	621.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.41;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chrX	147003564	rs1270092	T	C	1157.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=17;NR=19;PP=611;SC=GCTAATTCTATTCTTCATTTT;SOR=0.784;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=36;TCF=17;TCR=19;TR=36;WE=147003572;WS=147003554;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chrX	147014960	rs4824232	C	T	720.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=10;PP=310;SC=TCTAAAAAGTCCCAAAGCTAG;SOR=0.836;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=18;TCF=8;TCR=10;TR=18;WE=147014968;WS=147014950;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chrX	147015021	rs4824233	C	T	921.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=11;PP=375;SC=TAGTAATTCTCCATTTTGACT;SOR=0.869;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=19;TCF=8;TCR=11;TR=19;WE=147015029;WS=147015011;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chrX	147026330	rs11293471	AC	A	210.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=3;NR=1;PP=115;SC=GCTTCTGTTAACCCTCTTTTT;SOR=2.303;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=5;TCF=4;TCR=1;TR=4;WE=147026338;WS=147026320;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chrX	147733265	rs5904246	G	GA	659.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=9;PP=531;SC=CAAGGGAAGAGATTTTGCTTT;SOR=0.793;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=12;TCF=3;TCR=9;TR=12;WE=147733273;WS=147733255;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
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chrX	147919063	rs375432534	CAGTTA	C	1468.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.63;QD=43.20;SOR=2.584;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
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chrX	148037055	rs16994868	G	C	959.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=23;NR=9;PP=745;SC=GCTTTTAGTAGTAGTCTCTGT;SOR=2.235;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=23;TCR=9;TR=32;WE=148037063;WS=148037045;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
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chrX	148582350	rs139515077	CATT	C	633.19	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.151;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5041;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=2;PP=491;ReadPosRankSum=1.798;SC=TCTGTCAAAACATTATCACAA;SOR=1.981;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=14;TCF=12;TCR=2;TR=12;WE=148582360;WS=148582341;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,16:0.94:17
chrX	148582549	rs1141608	G	A	4783.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.748;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.06;MQRankSum=0.157;QD=26.00;ReadPosRankSum=-1.256;SOR=0.784;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,182:0.99:184
chrX	148615567	.	T	TAGG	98.25	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=40.00;QD=32.75;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chrX	148619841	.	CAG	C	83.25	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=46.47;QD=27.75;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chrX	148622730	rs3747443	G	A	962.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=17;NR=13;PP=594;SC=GTCTCGGGGAGGCAGAGGACT;SOR=0.793;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=31;TCF=18;TCR=13;TR=30;WE=148622738;WS=148622720;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chrX	148622745	rs3747442	T	A	1229.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=17;NR=13;PP=597;SC=AGGACTGTTCTTTCCTGTGGC;SOR=0.780;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=17;TCR=13;TR=30;WE=148622753;WS=148622735;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chrX	148627384	rs145921071	A	G	1799.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=43.45;QD=31.57;SOR=2.428;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chrX	148628490	.	A	T	819.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=47.41;QD=29.28;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chrX	148681163	.	T	C	145.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=45.00;QD=29.18;SOR=3.611;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chrX	148713418	.	T	TCGCCGC	1784.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=13;PP=1059;SC=GCCGTCGCCGTCGCCGCCGCC;SOR=0.892;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=29;TCF=6;TCR=23;TR=18;WE=148713426;WS=148713408;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chrX	148794953	rs1970766	G	A	655.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=16;PP=475;SC=TCCAAGGCACGGTGGCCACAT;SOR=2.124;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=5;TCR=16;TR=21;WE=148794961;WS=148794943;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chrX	148797348	rs2233048	C	T	4859.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=62;NR=47;PP=2092;SC=GTAAGTAGGCCTTTGTTAGAT;SOR=0.932;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=109;TCF=62;TCR=47;TR=109;WE=148797356;WS=148797338;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,184:1.00:184
chrX	148798223	rs2233050	T	C	1439.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=18;NR=18;SC=AGAGGCTCCTTACCCAAAATT;SOR=0.780;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=36;TCF=18;TCR=18;TR=36;WE=148798231;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chrX	149013727	rs5983916	A	G	8720.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.750;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=343;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=105;NR=107;PP=2965;ReadPosRankSum=0.270;SC=TCTGGGAAGCATTGAGTGTGA;SOR=0.705;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=214;TCF=106;TCR=108;TR=212;WE=149013735;WS=149013717;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,338:0.99:340
chrX	149114389	.	G	A	350.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=39.91;QD=31.89;SOR=4.977;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chrX	149613617	rs6526057	T	C	562.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=14;NR=5;PP=410;SC=AGGAATGTGGTTGACTCCACA;SOR=2.093;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=19;TCF=14;TCR=5;TR=19;WE=149613625;WS=149613607;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chrX	149630848	rs507156	T	C	53.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=17.76;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chrX	149680221	rs659188	G	C	1944.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=36;NR=20;PP=1187;SC=GGCCACAGCCGAAGTCGAGGA;SOR=1.244;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=56;TCF=36;TCR=20;TR=56;WE=149680229;WS=149680211;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chrX	149680554	rs2070779	C	T	8459.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.820;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=328;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=106;NR=103;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.359;SC=ATATGCAGAGCCCCAAGGCCA;SOR=0.693;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=209;TCF=106;TCR=103;TR=209;WE=149680562;WS=149680544;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,318:0.99:320
chrX	149826503	rs222410	G	A	1929.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=11;NR=37;PP=1155;SC=TTGCATCTGTGAGTAAACAAA;SOR=1.946;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=48;TCF=11;TCR=37;TR=48;WE=149826511;WS=149826493;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chrX	149862214	rs222346	A	C	123.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=3;PP=37;SC=GCGCGAGGCCAGCCCGCCCCC;SOR=1.329;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=1;TCR=3;TR=4;WE=149862222;WS=149862204;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chrX	149887054	.	TC	T	153.75	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=19.22;SOR=4.407;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chrX	149895603	rs75451888	A	AAT	3303.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=29;NR=11;PP=1873;SC=TGGAATCACAAATATATATTT;SOR=1.872;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=51;TCF=34;TCR=17;TR=40;WE=149895611;WS=149895593;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chrX	149896019	rs3747313	G	A	670.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=0;PP=435;SC=AAGGAATGCTGTCAATCAGAC;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=17;TCR=0;TR=17;WE=149896027;WS=149896009;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chrX	149898765	.	G	GT	42.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.703;ClippingRankSum=0.000;DP=87;ExcessHet=3.0103;FS=2.827;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.55;ReadPosRankSum=-0.432;SOR=0.283;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:65,13:0.17:78
chrX	149931106	rs16995747	C	T	2409.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=22;NR=37;PP=1148;SC=GTGTGGAGGGCCTACAGCGGG;SOR=1.071;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=59;TCF=22;TCR=37;TR=59;WE=149931114;WS=149931096;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chrX	150336814	rs644345	G	A	1056.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.443;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.938;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=23;PP=593;ReadPosRankSum=0.449;SC=GGAGACTCAGGAAGTGTTTTT;SOR=2.554;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=29;TCF=5;TCR=24;TR=27;WE=150336822;WS=150336804;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,38:0.95:40
chrX	150348228	rs1202874	C	T	1591.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=30;NR=15;PP=908;SC=CTCCCTCCCTCGATATGTTTT;SOR=1.278;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=45;TCF=30;TCR=15;TR=45;WE=150348236;WS=150348218;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chrX	150349871	rs13440581	A	G	6645.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=249;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=58;NR=123;PP=2965;SC=TGTCGTGGTTATTGATGTTGA;SOR=1.404;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=181;TCF=58;TCR=123;TR=181;WE=150349879;WS=150349861;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,243:1.00:243
chrX	150565330	rs176451	G	C	8112.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.641;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=327;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=106;NR=83;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.847;SC=GTCTCCTTGCGGCCCCCAGCT;SOR=0.828;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=191;TCF=107;TCR=84;TR=189;WE=150565338;WS=150565320;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,314:0.99:316
chrX	150565560	rs176452	G	T	811.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=23;PP=601;SC=CCCCCGCGCCGGCAACAGCCC;SOR=3.258;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=27;TCF=4;TCR=23;TR=27;WE=150565568;WS=150565550;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chrX	150789864	rs41311672	G	A	200.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=7;NR=0;PP=161;SC=AAATCTAATCGAAGAAAGACA;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=7;TCR=0;TR=7;WE=150789872;WS=150789855;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chrX	150790203	rs4408034	C	A	378.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=10;PP=239;SC=ACTCACATTACTTAGACTTTT;SOR=2.303;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=2;TCR=10;TR=12;WE=150790211;WS=150790193;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chrX	150790240	rs113767850	T	TG	71.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=0.842;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=3;PP=86;ReadPosRankSum=0.842;SC=ATTTACAAGGTGGGGGACACT;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=0;TCR=3;TR=3;WE=150790248;WS=150790230;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,4:0.67:6
chrX	150791503	rs5924977	A	G	3938.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.28;SOR=1.321;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chrX	150791512	rs5924978	C	T	3785.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.54;SOR=1.450;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chrX	150840185	rs6627174	T	C	3618.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=41;NR=34;PP=1445;SC=GTTTCTGTGGTTTATCTTTAT;SOR=0.784;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=76;TCF=41;TCR=35;TR=75;WE=150840193;WS=150840175;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,136:1.00:136
chrX	150844702	rs4553055	G	A	840.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=56;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQ=60.36;NF=5;NR=22;PP=633;SC=TTCAAGGTGCGTAAAGTCCCT;SOR=2.546;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=27;TCF=5;TCR=22;TR=27;WE=150844710;WS=150844692;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chrX	150867321	rs5925008	C	T	2245.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.493;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=25;PP=935;ReadPosRankSum=-0.660;SC=TGGGCAGAGCCGTGGAGGGCC;SOR=0.259;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=56;TCF=29;TCR=27;TR=53;WE=150867329;WS=150867311;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,87:0.99:88
chrX	150869267	rs4323608	A	G	5493.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=65;NR=88;PP=2965;SC=GAGGCAGCGAACAGCCCCCAG;SOR=0.911;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=153;TCF=65;TCR=88;TR=153;WE=150869275;WS=150869257;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,200:1.00:200
chrX	150911512	.	GT	AC	472	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;FR=1.0000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MMLQ=22;MQ=59.01;NF=7;NR=1;PP=472;QD=65.6834843578;SC=ACATATATATGTATATATATA;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=9;TCF=8;TCR=1;TR=8;WE=150911521;WS=150911502;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:1,8:0.89:9
chrX	151138745	rs45468892	C	T	1282.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=18;NR=15;PP=610;SC=CAACTCTGCTCCCAGTCTCAG;SOR=0.693;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=34;TCF=18;TCR=16;TR=33;WE=151138753;WS=151138735;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chrX	151303393	rs210586	C	T	5459.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=60;NR=72;PP=2865;SC=TCTATGAAGACTATGCTTAGG;SOR=0.776;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=133;TCF=61;TCR=72;TR=132;WE=151303401;WS=151303383;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,198:1.00:198
chrX	151303596	rs210585	C	T	8907.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=341;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=96;NR=111;PP=2965;SC=TTCATAATTTCTTATGACACT;SOR=0.786;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=207;TCF=96;TCR=111;TR=207;WE=151303604;WS=151303586;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,335:1.00:335
chrX	151560868	rs5970292	G	A	4634.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=42;NR=75;PP=2167;SC=AAATCATGGTGCACAAAATTA;SOR=1.166;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=117;TCF=42;TCR=75;TR=117;WE=151560876;WS=151560858;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,177:1.00:177
chrX	151817820	rs6627251	C	T	2453.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.83;SOR=1.289;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chrX	151821277	rs3810651	T	A	7622.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=283;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=77;NR=99;PP=2965;SC=TGACAGTATTTTTCCTACCGA;SOR=0.871;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=176;TCF=77;TCR=99;TR=176;WE=151821285;WS=151821267;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,279:1.00:279
chrX	151899760	rs2515830	A	G	2744.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=63;NR=12;PP=1901;SC=TGGGCCTCATATCACACGAGG;SOR=3.056;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=75;TCF=63;TCR=12;TR=75;WE=151899768;WS=151899750;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chrX	151909156	rs2515848	A	G	10487.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.743;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=392;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=-0.302;NF=91;NR=135;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.849;SC=AGACAACCCAAAAGGGAAAAG;SOR=0.982;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=227;TCF=92;TCR=135;TR=226;WE=151909169;WS=151909146;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,390:0.99:392
chrX	151996539	rs11428901	C	CT	343.14	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=1.394;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5563;FS=0.000;HP=12;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.728;NF=1;NR=14;PP=190;ReadPosRankSum=-0.582;SC=AAGTAATAGACTTTTTTTTTT;SOR=1.022;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=28;TCF=1;TCR=27;TR=15;WE=151996547;WS=151996529;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,20:0.83:24
chrX	152018832	rs5969919	T	G	989.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=16;NR=7;PP=500;SC=CAGTGATCGGTGGCTCTGGAT;SOR=1.209;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=24;TCF=17;TCR=7;TR=23;WE=152018840;WS=152018822;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chrX	152089039	rs2071258	G	A	1412.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=20;NR=21;PP=802;SC=ATGAAAGGGTGGGTGGAGAGA;SOR=0.765;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=41;TCF=20;TCR=21;TR=41;WE=152089047;WS=152089029;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chrX	152090551	rs2071259	T	C	1740.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=36;NR=16;PP=1122;SC=CAGTATGCTGTCCTTATCCTG;SOR=1.430;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=52;TCF=36;TCR=16;TR=52;WE=152090559;WS=152090541;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chrX	152090809	rs12558188	T	C	2215.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=18;NR=42;PP=1400;SC=AGGTAATCCATTGCGCTCATC;SOR=1.578;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=60;TCF=18;TCR=42;TR=60;WE=152090817;WS=152090799;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chrX	152091153	rs2071261	A	C	3119.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=44;NR=22;PP=1397;SC=TGGCAGTAGCATGCCATTGTC;SOR=1.159;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=66;TCF=44;TCR=22;TR=66;WE=152091161;WS=152091143;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chrX	152106850	rs5969927	A	G	468.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=30;NF=1;NR=11;PP=324;SC=AGAAGCCCCAACCAGAACCCT;SOR=4.047;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=12;TCF=1;TCR=11;TR=12;WE=152106858;WS=152106840;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chrX	152158979	rs56350208	T	C	6843.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.991;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=270;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=72;NR=96;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.793;SC=GTTTCACTAATGGGGGTAAGC;SOR=0.863;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=170;TCF=73;TCR=97;TR=168;WE=152158987;WS=152158969;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,265:0.99:269
chrX	152225379	rs73244173	C	A	332.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=10;NR=2;PP=246;SC=CCTGATCACTCCCCCCAAATT;SOR=2.670;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=10;TCR=2;TR=12;WE=152225387;WS=152225375;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chrX	152226542	rs6526155	T	C	3038.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.208;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=29;PP=1721;ReadPosRankSum=0.853;SC=AGTTTTGATGTGAGGCCTTCC;SOR=1.274;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=88;TCF=58;TCR=30;TR=86;WE=152226550;WS=152226532;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,110:0.98:112
chrX	152609450	rs3213462	T	C	895.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=24;NR=4;PP=639;SC=TGCCCTGGCTTGTCATTCAGC;SOR=3.334;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=28;TCF=24;TCR=4;TR=28;WE=152609458;WS=152609440;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chrX	152609668	rs3213463	T	C	2828.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=30;NR=43;PP=1440;SC=GCCAGAGGCCTAGGTGAGCTG;SOR=0.921;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=73;TCF=30;TCR=43;TR=73;WE=152609676;WS=152609658;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chrX	152610051	rs1467880	A	T	1246.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=25;NR=11;PP=717;SC=TCACCTCTTGACCCTGGCATT;SOR=1.714;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=36;TCF=25;TCR=11;TR=36;WE=152610059;WS=152610041;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chrX	152610108	rs1467881	G	C	2443.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=47;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=32;NR=31;PP=1223;SC=AAAGACTGATGAGCCCTGGGA;SOR=0.780;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=63;TCF=32;TCR=31;TR=63;WE=152610116;WS=152610098;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chrX	152610224	rs35024993	CGTGACCTCT	C	2629.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=27;PP=2957;SC=ATTATGGGAACGTGACCTCTG;SOR=1.292;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=29;TCF=1;TCR=28;TR=28;WE=152610240;WS=152610214;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chrX	152610294	rs1467882	A	G	546.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=344;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=14;PP=267;SC=GGGGCAGGGGACACATGGCTA;SOR=2.419;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=4;TCR=14;TR=18;WE=152610302;WS=152610284;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chrX	152610947	rs3213465	T	C	2200.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=30;NR=24;PP=769;SC=CTCTGGCTGTTGCCATAACCA;SOR=0.839;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=54;TCF=30;TCR=24;TR=54;WE=152610955;WS=152610937;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chrX	152610985	rs3213466	T	C	2147.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.349;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=23.86;ReadPosRankSum=-0.895;SOR=0.887;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,88:0.98:90
chrX	152613112	rs7066295	C	T	7622.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=288;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=111;NR=101;PP=2965;SC=CCTACGCCTGCGGCCAGTGCG;SOR=0.797;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=213;TCF=111;TCR=102;TR=212;WE=152613120;WS=152613102;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,282:1.00:282
chrX	152727446	rs3020966	T	A	498.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=3;PP=168;SC=GAAAACCAGCTGTAGCCCAAC;SOR=1.127;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=8;TCR=3;TR=11;WE=152727454;WS=152727436;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chrX	152727535	rs138590468	TA	T	810.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=8;PP=259;SC=TCTTCAGATATAAAAAAAAGA;SOR=0.746;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=15;TCF=4;TCR=11;TR=12;WE=152727543;WS=152727525;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chrX	152728155	rs2980032	T	C	5458.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=65;NR=56;PP=2101;SC=GAGCCCATCATGGCAGGCACC;SOR=0.781;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=121;TCF=65;TCR=56;TR=121;WE=152728163;WS=152728145;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,211:1.00:211
chrX	152736686	rs2980037	C	G	881.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=15;PP=431;SC=CCTCTTTGCCCTCACCTAATG;SOR=1.352;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=21;TCF=6;TCR=15;TR=21;WE=152736694;WS=152736676;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chrX	152770402	rs2980053	A	G	1910.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=12;NR=44;PP=1366;SC=TCTGAAGGGGACACATGCTGG;SOR=2.494;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=56;TCF=12;TCR=44;TR=56;WE=152770410;WS=152770392;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chrX	152771214	rs11363938	GA	G	624.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=11;NR=3;PP=510;SC=AGCATGGACTGAACCTCCTCG;SOR=2.833;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=15;TCF=12;TCR=3;TR=14;WE=152771222;WS=152771208;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chrX	152771509	rs1126499	C	T	5395.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.800;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.362;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=79;PP=2396;ReadPosRankSum=-0.500;SC=GAGTGTTCAGCGGGCTCCGGA;SOR=0.781;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=134;TCF=55;TCR=79;TR=133;WE=152771517;WS=152771499;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,209:0.99:212
chrX	152773615	rs5945215	G	T	1555.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=43;NR=7;PP=1194;SC=TTGAAGTAGGGTGCAGAGGCA;SOR=3.215;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=50;TCF=43;TCR=7;TR=50;WE=152773623;WS=152773605;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chrX	152807425	rs762733	G	A	1481.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=9;NR=26;PP=840;SC=AAGGAAGCTCGGCTCCTGCTT;SOR=1.565;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=35;TCF=9;TCR=26;TR=35;WE=152807433;WS=152807415;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chrX	152807665	rs2980012	A	G	1498.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=40;NR=5;PP=1246;SC=GTTCCCCAGAAGGAGGAGGGC;SOR=3.865;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=45;TCF=40;TCR=5;TR=45;WE=152807673;WS=152807655;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chrX	152807923	rs2980013	G	C	5756.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=56;NR=98;PP=2481;SC=GCCACCCTCCGGGCCAGCCTG;SOR=1.169;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=154;TCF=56;TCR=98;TR=154;WE=152807931;WS=152807913;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,227:1.00:227
chrX	152814373	rs2285034	T	C	578.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=14;PP=403;SC=TAAGAAGTCATTGGGCGCCTT;SOR=1.508;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=6;TCR=14;TR=20;WE=152814381;WS=152814363;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chrX	152815089	rs3020949	A	G	10738.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=418;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=136;NR=121;PP=2965;SC=CCTACCTAGGAGACACCCACT;SOR=0.774;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=259;TCF=136;TCR=123;TR=257;WE=152815097;WS=152815079;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,410:1.00:410
chrX	152821887	rs3020957	C	T	1296.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=30;PP=827;SC=GTAGCCGAGCCCCCACACCCC;SOR=1.814;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=11;TCR=30;TR=41;WE=152821895;WS=152821877;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chrX	152825414	rs3020959	G	T	3655.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.982;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=69;PP=1705;ReadPosRankSum=-0.760;SC=GGCTGGCCAGGGGCACCCGGG;SOR=0.496;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=102;TCF=33;TCR=69;TR=102;WE=152825422;WS=152825404;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,149:0.99:150
chrX	152825433	rs2980018	A	G	3283.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=25;NR=63;PP=1884;SC=GGAGGACTTCAGGACACTGTT;SOR=1.550;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=88;TCF=25;TCR=63;TR=88;WE=152825441;WS=152825423;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chrX	152830322	rs4243536	A	G	2002.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=37;NR=23;PP=1088;SC=GGGACCTTACACCAGGCAGAT;SOR=1.223;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=60;TCF=37;TCR=23;TR=60;WE=152830330;WS=152830312;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chrX	152835001	rs140501723	C	G	705.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=4;PP=349;SC=CCAGCCCTCCCCTCCGTGATA;SOR=2.066;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=14;TCR=4;TR=18;WE=152835009;WS=152834991;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chrX	152864477	rs199537978	G	GC	143	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=2;PP=22;SC=GGCGCCGGCTGCCCTCCGGGC;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=2;TCF=0;TCR=2;TR=2;WE=152864485;WS=152864467;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chrX	152864513	rs200645137	G	GC	213.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=2;PP=106;SC=CCCCTCCGCCGCCTCCGGGGC;SOR=0.693;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=3;TCF=1;TCR=2;TR=3;WE=152864521;WS=152864503;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chrX	152909047	rs72616448	G	C	2082.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.851;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=39;PP=929;ReadPosRankSum=-1.064;SC=GAGAGAGCCCGGCGCTGAAAT;SOR=1.347;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=60;TCF=20;TCR=40;TR=58;WE=152909055;WS=152909037;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,84:0.98:86
chrX	152913814	rs7882888	C	A	1820.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=16;NR=25;PP=797;SC=CCAGGGGGTTCGGGATTCATT;SOR=0.971;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=16;TCR=25;TR=41;WE=152913822;WS=152913804;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chrX	152914603	rs7883986	C	T	1371.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=29;NR=8;PP=831;SC=CCAAGTTGTCCAGGGTCATCT;SOR=1.981;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=38;TCF=29;TCR=9;TR=37;WE=152914611;WS=152914593;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chrX	152938409	rs10542443	TAC	T	993.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.975;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FS=1.364;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.49;ReadPosRankSum=0.180;SOR=0.840;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:129,52:0.29:181
chrX	152954025	rs384573	A	G	1101.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=17;NR=3;PP=444;SC=CGGCCCGCCGAGGCCATGGCG;SOR=1.402;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=17;TCR=3;TR=20;WE=152954033;WS=152954015;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
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chrX	153009228	rs189010085	G	A	100.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.478;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=15.315;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.41;MQRankSum=-3.884;QD=5.93;ReadPosRankSum=-0.867;SOR=3.229;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,4:0.24:17
chrX	153009289	.	C	A	379	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.65;FR=0.5000;HP=3;HapScore=4;MGOF=58;MMLQ=29;MQ=47.31;NF=0;NR=4;PP=379;QD=103.442803137;SC=CATGCCTGGCCCCTCCTCCTA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=4;WE=153009322;WS=153009279;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:4,4:0.50:8
chrX	153034570	rs187376362	G	A	3561.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=31;NR=43;PP=1707;SC=CAGCACACGCGGCCCAAGTCT;SOR=0.937;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=74;TCF=31;TCR=43;TR=74;WE=153034578;WS=153034560;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chrX	153038516	rs5945161	C	G	1610.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=20;NR=21;PP=970;SC=CACTCCCATACGCCTCAGTGG;SOR=0.765;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=41;TCF=20;TCR=21;TR=41;WE=153038524;WS=153038506;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chrX	153039615	rs1543781	A	G	5116.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=55;NR=69;PP=2288;SC=GGGGGCCAGCAGCTTAGGCTC;SOR=0.836;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=124;TCF=55;TCR=69;TR=124;WE=153039623;WS=153039605;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,193:1.00:193
chrX	153041132	rs5945162	C	T	4474.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=0.734;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=49;PP=1707;ReadPosRankSum=-1.151;SC=GGCACTGTCCCGCCTGCTCCC;SOR=0.791;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=88;TCF=39;TCR=49;TR=88;WE=153041140;WS=153041122;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,170:0.99:172
chrX	153044369	rs2071121	C	A	2117.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=49;NR=11;PP=1324;SC=CTCAGACAGGCACCCTCCTCT;SOR=2.400;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=60;TCF=49;TCR=11;TR=60;WE=153044377;WS=153044359;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chrX	153048403	rs916001	T	C	5124.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.886;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=70;NR=77;PP=2481;ReadPosRankSum=2.195;SC=TGCGACTCTCTGCAGGTGCTG;SOR=0.756;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=149;TCF=70;TCR=79;TR=147;WE=153048411;WS=153048393;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,196:0.99:198
chrX	153049345	rs4898441	G	A	3162.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.74;SOR=0.747;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chrX	153049354	rs4898442	A	G	3071.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.88;SOR=0.811;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chrX	153049389	rs3969088	A	G	2277.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=38;NR=25;PP=1490;SC=AAAGGCTGCAAGACATCTGCT;SOR=1.121;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=63;TCF=38;TCR=25;TR=63;WE=153049397;WS=153049379;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chrX	153049535	rs4898444	A	G	8884.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=341;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.13;SOR=0.830;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,340:1.00:340
chrX	153049739	rs2269366	C	T	6544.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=242;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=63;NR=78;PP=2950;SC=CCCTGCTCTGCCTTCCCCAGC;SOR=0.883;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=142;TCF=63;TCR=79;TR=141;WE=153049747;WS=153049729;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,239:1.00:239
chrX	153050157	.	AG	A	3247.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=27;NR=11;PP=1328;SC=CCGTGGGGGCAGGACAGCCTT;SOR=2.472;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=39;TCF=28;TCR=11;TR=38;WE=153050171;WS=153050147;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chrX	153050160	rs200831546	A	C	3346.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.85;SOR=2.537;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chrX	153050162	rs201480778	A	C	3645.77	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=48.61;SOR=2.599;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chrX	153050163	rs201253610	G	GTCCCC	3636.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=23;NR=11;PP=2155;SC=GGGCAGGACAGCCTTGGCCCC;SOR=2.660;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=38;TCF=24;TCR=14;TR=34;WE=153050171;WS=153050147;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chrX	153051907	rs2071122	G	A	3879.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-2.264;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.248;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=54;PP=1826;ReadPosRankSum=-0.779;SC=CTCGTAGCCTGGGGAGGCAAG;SOR=0.418;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=99;TCF=45;TCR=54;TR=98;WE=153051915;WS=153051897;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,149:0.99:150
chrX	153052649	rs2071123	C	A	1278.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=24;PP=723;SC=TTGGCCATCGCAACAGTCAGC;SOR=1.378;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=36;TCF=12;TCR=24;TR=36;WE=153052669;WS=153052639;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chrX	153052661	rs2269482	A	G	944.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=21;PP=586;SC=ACAGTCAGCCAGAGGGACGGG;SOR=1.819;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=8;TCR=21;TR=29;WE=153052669;WS=153052639;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chrX	153053698	rs72198906	T	TG	1995.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=38;PP=1743;SC=AAATGTTTCCTGAACACTAGA;SOR=2.564;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=43;TCF=0;TCR=43;TR=38;WE=153053706;WS=153053688;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chrX	153061775	rs2239714	A	G	1288.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=37;NR=3;PP=1095;SC=AGGGGCAGGAAGAGCGCATGG;SOR=4.461;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=40;TCF=37;TCR=3;TR=40;WE=153061783;WS=153061765;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chrX	153072107	rs3747309	T	C	1587.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=33;NR=9;PP=1015;SC=GATGCCCTGTTTCTGGTAGCT;SOR=2.093;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=42;TCF=33;TCR=9;TR=42;WE=153072115;WS=153072097;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chrX	153073752	rs3761532	T	C	3314.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=57;NR=31;PP=1748;SC=AGGTGGCCTGTCCTCTCTGGA;SOR=1.266;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=88;TCF=57;TCR=31;TR=88;WE=153073760;WS=153073742;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chrX	153146400	rs5945361	A	G	253.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=8;PP=189;SC=GGCAACTACAACTCACCTGTA;SOR=2.303;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=2;TCR=8;TR=10;WE=153146408;WS=153146390;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chrX	153149118	rs5945167	A	G	1225.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=1.159;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=3;PP=948;ReadPosRankSum=-0.349;SC=CTGAACCACGAGGGAGGGAGG;SOR=2.636;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=37;TCF=34;TCR=3;TR=36;WE=153149126;WS=153149114;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,39:0.98:40
chrX	153149708	rs77883713	G	GC	4807.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=38;PP=2078;SC=ACTGCCCATCGTGGGATCCTG;SOR=0.912;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=46;TCF=5;TCR=41;TR=43;WE=153149723;WS=153149698;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chrX	153149715	rs6643650	C	G	4376.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=25;NR=37;PP=1285;SC=ATCGTGGGATCCTGAGCGCCT;SOR=0.941;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=62;TCF=25;TCR=37;TR=62;WE=153149723;WS=153149698;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chrX	153150791	rs12156710	C	T	5281.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=52;NR=68;PP=2160;SC=ACCGACCTCACCCACTCCAGC;SOR=0.871;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=120;TCF=52;TCR=68;TR=120;WE=153150799;WS=153150781;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,205:1.00:205
chrX	153150929	rs41311376	G	A	1294.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=21;PP=700;SC=TTGGAAAGAAGAAGGAGGAGA;SOR=1.329;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=31;TCF=10;TCR=21;TR=31;WE=153150937;WS=153150919;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chrX	153151277	rs56026845	C	G	2114.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.16;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chrX	153151280	rs143464562	G	GCC	2200.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.65;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=4;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=7;PP=725;SC=CTGGGGCCCCGCAGGTTACCC;SOR=1.112;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=11;TCF=3;TCR=8;TR=10;WE=153151292;WS=153151267;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chrX	153151284	rs199975679	GT	G	2122.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.65;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=7;PP=534;SC=GGCCCCGCAGGTTACCCCTCA;SOR=1.203;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=11;TCF=3;TCR=8;TR=10;WE=153151292;WS=153151267;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chrX	153151423	rs58566947	G	GCGGC	53.70	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=62;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=4;PP=205;SC=ACCGGGCCGGGACTCCCTGGT;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=4;WE=153151431;WS=153151413;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chrX	153151467	.	CG	C	43	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;FR=0.9998;HP=5;HapScore=4;MGOF=83;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=0;NR=2;PP=43;QD=37.0;SC=GTGGTGTCGCCGGGGGATCGC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=2;TCF=0;TCR=2;TR=2;WE=153151475;WS=153151446;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chrX	153153839	rs5987175	C	T	2244.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=45;NR=19;PP=1378;SC=AAGCCACCCCCCCACTGCCAT;SOR=1.670;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=65;TCF=45;TCR=20;TR=64;WE=153153847;WS=153153829;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chrX	153170447	rs55712963	G	GC	721.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=4;PP=566;SC=TACTGCCACCGACACGTGCAC;SOR=1.863;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=8;TCR=4;TR=12;WE=153170455;WS=153170437;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chrX	153170980	rs56689668	T	G	1762.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=31;NR=18;PP=1030;SC=CCCGACTCCTTCCCAGCTGTG;SOR=1.092;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=50;TCF=31;TCR=19;TR=49;WE=153170988;WS=153170970;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chrX	153171993	rs5201	A	G	9571.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=0.728;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=359;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=95;NR=99;PP=2965;ReadPosRankSum=0.250;SC=CCTTTGTGCTACTCATGTTGC;SOR=0.699;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=194;TCF=95;TCR=99;TR=194;WE=153172001;WS=153171983;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,355:0.99:357
chrX	153174819	rs11394527	T	TG	15126.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=428;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=50;NR=114;PP=2936;SC=CCACTCCCACTGGCCAAAGCC;SOR=0.833;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=164;TCF=50;TCR=114;TR=164;WE=153174827;WS=153174809;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,426:1.00:426
chrX	153174867	rs11405331	T	TG	13895.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=414;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=36;NR=130;PP=2967;SC=AGCACACGTGTGGCCCCCTGA;SOR=0.734;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=168;TCF=37;TCR=131;TR=166;WE=153174875;WS=153174857;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,400:1.00:400
chrX	153175053	rs56015121	G	GC	2541.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=28;PP=2037;SC=AGGGCCAGCAGCTCCGCGCCA;SOR=1.054;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=44;TCF=14;TCR=30;TR=42;WE=153175061;WS=153175043;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chrX	153176254	rs2070097	A	G	3717.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=45;NR=49;PP=1813;SC=AGTCCAGGTCATGGGCAGTGC;SOR=0.781;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=95;TCF=45;TCR=50;TR=94;WE=153176262;WS=153176244;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,140:1.00:140
chrX	153178459	rs5904376	G	GC	1782.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=7;NR=19;PP=1054;SC=CAGGGCCCCAGCCCTCAGGGA;SOR=0.808;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=27;TCF=7;TCR=20;TR=26;WE=153178467;WS=153178449;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chrX	153186412	rs34153599	A	AG	2972.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=16;NR=46;PP=2668;SC=CTAGGGAGAGAGGCCTTTGCC;SOR=1.347;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=64;TCF=16;TCR=48;TR=62;WE=153186420;WS=153186402;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chrX	153186484	rs11428457	T	TC	4381.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=43;PP=2169;SC=GCGGTGTTCCTCCCCACTGTG;SOR=0.768;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=61;TCF=17;TCR=44;TR=55;WE=153186492;WS=153186474;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,137:1.00:137
chrX	153195393	rs2071128	G	A	1662.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=32;NR=12;PP=926;SC=GCCACGGAGCGAATTTATTGT;SOR=1.609;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=45;TCF=32;TCR=13;TR=44;WE=153195401;WS=153195383;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chrX	153196345	rs2071131	G	A	5601.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.756;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=78;PP=2757;ReadPosRankSum=2.107;SC=CCTGTATCCCGGGGACACCCT;SOR=0.834;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=144;TCF=66;TCR=78;TR=144;WE=153196353;WS=153196335;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,210:0.99:212
chrX	153196429	rs2269370	C	A	3016.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.846;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=47;PP=1504;ReadPosRankSum=-0.626;SC=CCTGAGACAACAAGTCCAGTG;SOR=1.149;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=76;TCF=29;TCR=47;TR=76;WE=153196437;WS=153196419;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,114:0.98:116
chrX	153200020	rs3747308	G	C	579.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=14;PP=436;SC=GCTCGGCCCCGCTCCCTCGGG;SOR=2.419;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=3;TCR=14;TR=17;WE=153200028;WS=153200010;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chrX	153202650	rs35246509	A	AAAAT	529.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.789;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=3.222;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=35.32;ReadPosRankSum=-0.768;SOR=2.147;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,13:0.87:15
chrX	153207545	rs2269372	A	G	10190.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.62;DB;DP=396;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=79;NR=115;PP=2965;SC=CAGCCACCCAACTAGAAAGAC;SOR=0.896;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=195;TCF=80;TCR=115;TR=194;WE=153207553;WS=153207535;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,386:1.00:386
chrX	153208197	rs11372702	T	TG	865.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=24;NR=0;PP=968;SC=CTTCCCCAGGTGGGACATCCC;SOR=5.211;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=29;TCF=28;TCR=1;TR=24;WE=153208205;WS=153208196;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chrX	153210179	rs146096296	T	TG	2705.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=47;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=43;PP=1938;SC=CCGCTGGGCCTGGGGCGGGGC;SOR=1.609;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=55;TCF=4;TCR=51;TR=47;WE=153210187;WS=153210168;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chrX	153210195	.	G	GGC	2416.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=44;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=3;NR=37;PP=1777;SC=GGGGCTTTGAGCCCGACCCCC;SOR=2.107;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=40;TCF=3;TCR=37;TR=40;WE=153210207;WS=153210185;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chrX	153210199	rs377619070	GA	G	2212.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=44;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=3;NR=28;PP=1365;SC=CTTTGAGCCCGACCCCCGCAC;SOR=1.863;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=31;TCF=3;TCR=28;TR=31;WE=153210207;WS=153210185;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chrX	153216036	rs2071132	G	A	2338.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=42;PP=1266;SC=ACAGGCTAGAGGCTTCCAGAA;SOR=1.501;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=61;TCF=18;TCR=43;TR=60;WE=153216044;WS=153216026;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chrX	153218365	rs3027878	C	A	4463.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.322;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=49;PP=2122;ReadPosRankSum=-0.957;SC=GCCGTGGCGGCAGCTGCTGGC;SOR=0.717;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=104;TCF=54;TCR=50;TR=102;WE=153218373;WS=153218355;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,166:0.98:170
chrX	153219665	rs2071133	C	T	1917.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=26;NR=20;PP=861;SC=CGCTGGGTGCCGCCGCCACCT;SOR=0.840;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=47;TCF=27;TCR=20;TR=46;WE=153219673;WS=153219655;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chrX	153220360	rs1051152	A	G	1954.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=27;NR=26;PP=1160;SC=TGGCACTGGGACTTAGAGCCC;SOR=0.722;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=53;TCF=27;TCR=26;TR=53;WE=153220368;WS=153220350;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chrX	153221657	rs730106	T	C	476.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=3;PP=189;SC=TGGTGATGGTTGGGGTTGTGA;SOR=1.493;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=12;TCF=9;TCR=3;TR=12;WE=153221665;WS=153221647;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chrX	153222835	rs2071134	G	C	1207.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=17;NR=12;PP=434;SC=TGCCGGGCTTGGTGGTACTGG;SOR=1.022;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=17;TCR=12;TR=29;WE=153222843;WS=153222825;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chrX	153225634	rs17421	G	C	2388.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=25;NR=25;PP=1073;SC=CGCAGTTGGTGAGAAGGGGCG;SOR=0.716;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=50;TCF=25;TCR=25;TR=50;WE=153225642;WS=153225624;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chrX	153227770	rs59607260	G	A	3045.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=28;NR=37;PP=1400;SC=GCAGAGAGACGGAGGGGAAAG;SOR=0.884;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=65;TCF=28;TCR=37;TR=65;WE=153227778;WS=153227760;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chrX	153247722	rs2266890	C	T	3426.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=31;NR=55;PP=1783;SC=CTGGGGCTGTCGTGGCTGCAC;SOR=1.143;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=86;TCF=31;TCR=55;TR=86;WE=153247730;WS=153247712;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chrX	153247745	rs7350355	A	G	2877.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=25;NR=42;PP=1556;SC=GGGCGGCGCGATGGGGCTGGG;SOR=1.145;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=67;TCF=25;TCR=42;TR=67;WE=153247753;WS=153247735;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chrX	153247954	rs6571303	C	T	2773.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.677;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=43;PP=1401;ReadPosRankSum=2.479;SC=CTCTTGAGTGCGTCTCCCTGG;SOR=0.827;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=83;TCF=40;TCR=43;TR=82;WE=153247962;WS=153247944;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,109:0.98:111
chrX	153248248	rs13397	G	A	5531.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=61;NR=67;PP=2436;SC=TGTTTCTGACGCATTTCAACA;SOR=0.762;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=128;TCF=61;TCR=67;TR=128;WE=153248256;WS=153248238;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,207:1.00:207
chrX	153279822	.	TAA	T	165.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.552;ClippingRankSum=0.000;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=1.808;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.89;ReadPosRankSum=0.247;SOR=1.276;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,11:0.52:21
chrX	153296689	rs61749714	G	A	10791.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.790;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=424;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=102;NR=135;PP=2965;ReadPosRankSum=0.337;SC=CTTGGGTCTCGTGGTGCCGCT;SOR=0.650;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=240;TCF=104;TCR=136;TR=237;WE=153296697;WS=153296679;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,414:0.99:417
chrX	153418524	rs149897670	C	T	1607.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-0.624;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=-1.011;NF=25;NR=33;PP=1352;ReadPosRankSum=0.818;SC=GTGGGCATTGCCTTCTCCTGG;SOR=0.590;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=59;TCF=25;TCR=34;TR=58;WE=153418549;WS=153418514;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,66:0.96:69
chrX	153418535	rs145009674	A	G	2291.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.258;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=56.26;MQRankSum=-1.026;QD=38.20;ReadPosRankSum=1.498;SOR=0.665;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:3,57:0.95:60
chrX	153418541	rs949431	T	G	2266.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.929;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=55.33;MQRankSum=-0.641;QD=43.59;ReadPosRankSum=-0.723;SOR=0.458;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,51:0.98:52
chrX	153420159	rs148583295	T	C	6548.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.429;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=718;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.097;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.029;NF=108;NR=91;PP=2962;ReadPosRankSum=0.697;SC=TGCTGCATCATCCCACTCGCT;SOR=0.782;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=413;TCF=214;TCR=199;TR=199;WE=153420167;WS=153420149;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:388,328:0.46:716
chrX	153482563	rs138416189	G	C	527.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.224;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=2.838;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.56;MQRankSum=2.278;QD=10.77;ReadPosRankSum=-1.574;SOR=0.307;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,25:0.51:49
chrX	153482675	rs199901667	A	G	1696.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.882;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=44.97;MQRankSum=-3.079;QD=10.47;ReadPosRankSum=0.584;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:72,90:0.56:162
chrX	153553781	rs4898475	G	A	6427.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.140;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=253;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=105;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.826;SC=AAGGGCTTACGCGCTCCTGCG;SOR=0.759;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=172;TCF=66;TCR=106;TR=170;WE=153553789;WS=153553771;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:5,245:0.98:250
chrX	153579448	rs2070822	A	G	1222.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=10;NR=21;PP=635;SC=GGGGTGCTTGAGCCAGGGCAA;SOR=1.280;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=31;TCF=10;TCR=21;TR=31;WE=153579456;WS=153579438;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chrX	153592314	rs148985076	AC	A	4214.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=22;NR=32;PP=2274;SC=GTGTGCCACAACCACTTGAAA;SOR=1.022;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=56;TCF=24;TCR=32;TR=54;WE=153592322;WS=153592304;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chrX	153595246	rs4898478	G	C	6109.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=55;NR=91;PP=2455;SC=GCCAACCACGGGCCAGCTGTT;SOR=1.103;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=146;TCF=55;TCR=91;TR=146;WE=153595267;WS=153595236;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,235:1.00:235
chrX	153595259	rs4898479	G	A	5218.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=48;NR=79;PP=2595;SC=CAGCTGTTAAGGCCACAGCCT;SOR=1.097;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=127;TCF=48;TCR=79;TR=127;WE=153595267;WS=153595236;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,191:1.00:191
chrX	153599180	rs5987249	A	G	3049.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=67;NR=29;PP=1970;SC=CCGCCCGGGGAGATGGAAGGA;SOR=1.675;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=97;TCF=68;TCR=29;TR=96;WE=153599188;WS=153599170;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chrX	153609616	rs17426	GC	CT	1407.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=10;NR=8;PP=844;SC=CTGGCTGACTGCCTTAGCAGT;SOR=0.957;SbPval=0.03;Source=Platypus;TC=35;TCF=10;TCR=25;TR=18;WE=153609625;WS=153609606;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chrX	153629155	rs12012747	A	G	2660.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=47;NR=36;PP=1916;SC=TACATCCCCAATCGTGGCCCT;SOR=0.911;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=83;TCF=47;TCR=36;TR=83;WE=153629163;WS=153629145;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chrX	153633359	rs1130929	G	C	6227.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=247;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=61;NR=81;PP=2433;SC=GAAGCAGGAGGGGGATGGCGC;SOR=0.912;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=142;TCF=61;TCR=81;TR=142;WE=153633367;WS=153633349;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,240:1.00:240
chrX	153633953	rs1050094	T	C	634.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=13;PP=471;SC=TCCAGGCTGCTCCAGGGTGCG;SOR=1.609;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=4;TCR=13;TR=17;WE=153633961;WS=153633943;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chrX	153637305	rs2070807	T	C	806.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.363;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.722;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=6;PP=487;ReadPosRankSum=0.512;SC=CCAGAGAGAGTGACGGTTCCT;SOR=1.765;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=26;TCF=19;TCR=7;TR=24;WE=153637313;WS=153637295;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,30:0.94:32
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chrX	153994596	rs2728532	G	T	3424.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=42;NR=45;PP=1521;SC=ACAGTGGTACGCTGGATCCCA;SOR=0.788;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=89;TCF=42;TCR=47;TR=87;WE=153994604;WS=153994586;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
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chrX	154774707	rs2305518	C	T	1150.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=18;NR=8;PP=411;SC=CCAAAGCAAACATTTCTTACC;SOR=1.230;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=26;TCF=18;TCR=8;TR=26;WE=154774715;WS=154774697;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
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chrY	13309668	rs77544213	G	A	49.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.23;MQRankSum=-1.383;QD=12.44;ReadPosRankSum=1.383;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,2:0.50:4
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chrY	13309804	rs62599708	C	T	71.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=44.22;QD=17.76;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
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chrY	14107438	.	C	T	284.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=46.38;QD=35.60;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chrY	14107467	.	C	T	253.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=46.60;QD=21.15;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
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chrY	14475428	.	C	T	62.74	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=54.33;QD=31.37;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chrY	14475429	.	A	G	62.74	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=54.33;QD=31.37;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chrY	14475434	.	A	G	62.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=54.33;QD=31.37;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chrY	14475439	.	G	T	62.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=54.33;QD=31.37;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chrY	14475442	.	C	T	62.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=54.33;QD=31.37;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chrY	14475454	.	G	A	62.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=54.33;QD=31.37;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chrY	14475460	.	T	C	62.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=54.33;QD=31.37;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chrY	14475462	.	A	C	62.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=54.33;QD=31.37;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chrY	14475464	.	T	G	62.74	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=54.33;QD=31.37;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chrY	14475465	.	C	A	62.74	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=54.33;QD=31.37;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
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chrY	21154323	rs10465459	G	A	351.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=1;PP=277;SC=AGATGGGGAAGTTTAGAAGAC;SOR=3.611;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=12;TCF=11;TCR=1;TR=12;WE=21154331;WS=21154313;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
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